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T C 737.0 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0913072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6844;QD=49.9663;RBI=0.0913084;REFB=0.0450822;REVB=0.000452801;RO=3;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723077;STB=0.529755;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0331768;OID=.;OPOS=888639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:59:3:4:55:55:0.932203:18:37:0:3:19:36:1:3 chr1 888659 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.38;QD=57.0004;RBI=0.0181577;REFB=0;REVB=-0.0164579;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07702e-05;OID=.;OPOS=888659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr1 894573 . G A 283.96 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00441304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.501;QD=14.9455;RBI=0.00575189;REFB=-0.0194449;REVB=0.00368908;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107351;STB=0.550329;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0323106;OID=.;OPOS=894573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:20:12:12:31:20:12:13:31 chr1 897325 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.774;QD=63.583;RBI=0.0666029;REFB=0;REVB=0.041619;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202261;OID=.;OPOS=897325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr1 900505 . G C 388.65 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0136527;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.263;QD=16.0269;RBI=0.0354132;REFB=-0.0160427;REVB=0.0326756;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100605;STB=0.50567;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0182812;OID=.;OPOS=900505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:56:56:41:41:0.42268:15:26:35:21:15:26:35:21 chr1 900972 . T G 803.34 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0568977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5382;QD=55.4027;RBI=0.0589725;REFB=0.045861;REVB=0.0155053;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0103117;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:21:36:0:1:21:36:0:1 chr1 901023 . T C 814.98 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.662;QD=57.1913;RBI=0.0815464;REFB=0;REVB=0.01685;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158024;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:49:57:1:23:26:0:0:25:32:0:0 chr1 901024 . G C 43.91 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0529855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0169;QD=3.02827;RBI=0.0567788;REFB=-0.0134604;REVB=-0.0204051;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267689;STB=0.693933;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0136552;OID=.;OPOS=901024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:2:6:27:23:2:6:27:23 chr1 902128 . C T 76.08 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000723292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.104;QD=12.1727;RBI=0.0802465;REFB=-0.0211851;REVB=0.0802433;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0416196;OID=.;OPOS=902128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:4:5:8:7:5:5:8:7 chr1 906272 . A C 182.73 PASS AF=0.4;AO=15;DP=46;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.00909603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.867;QD=14.6183;RBI=0.0122297;REFB=-0.0213183;REVB=0.00817482;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129548;STB=0.567506;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0271067;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:30:30:15:20:0.4:12:3:4:26:16:4:4:26 chr1 909238 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.655;QD=63.8718;RBI=0.0402765;REFB=0;REVB=0.0219766;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112704;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr1 909242 . A G 179.3 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0751298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6529;QD=16.2997;RBI=0.0772399;REFB=-0.0372685;REVB=-0.0179308;RO=23;SAF=2;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464055;STB=0.780555;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0311248;OID=.;OPOS=909242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:25:19:19:0.431818:17:2:10:13:17:2:11:14 chr1 909768 . A G 2166.07 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.719;QD=62.7847;RBI=0.0340372;REFB=0;REVB=-0.0338897;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05435e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:77:59:0:0:78:60:0:0 chr1 911595 . A G 2064.74 PASS AF=0.992647;AO=102;DP=139;FAO=135;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0625315;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8611;QD=60.7275;RBI=0.0697238;REFB=0.0354335;REVB=-0.0308418;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000411452;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:136:0:1:102:135:0.992647:53:49:0:0:74:61:0:1 chr1 914333 . C G 628.99 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00760581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.684;QD=57.1806;RBI=0.0132229;REFB=0.0398025;REVB=0.0108165;RO=1;SAF=9;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493147;STB=0.518859;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.000153029;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:33:9:1:0:33:9:1:1 chr1 914852 . G C 517.94 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9932;QD=54.5197;RBI=0.0469892;REFB=-0.206159;REVB=-0.044505;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520649;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00709336;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:8:28:0:0:8:28:1:1 chr1 914876 . T C 942.05 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461804;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.872;QD=58.8783;RBI=0.0349451;REFB=0;REVB=0.0346386;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9788e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr1 914940 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=40;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1451;QD=45.2784;RBI=0.0604115;REFB=0;REVB=0.049633;RO=0;SAF=4;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111405;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:40:66:1:36:4:0:0:40:26:0:0 chr1 915227 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.324;QD=40.7629;RBI=0.0167724;REFB=0;REVB=-0.00771499;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122152;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 916549 . A G 1133.16 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0712;QD=60.4355;RBI=0.0800845;REFB=0;REVB=-0.0608362;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18845e-05;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:46:28:0:0:47:28:0:0 chr1 948921 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2852;QD=56.191;RBI=0.0312822;REFB=0;REVB=0.012846;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262104;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:6:21:0:0:7:21:0:0 chr1 949608 . G A 249.85 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0291347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.113;QD=16.6564;RBI=0.0338578;REFB=-0.00665316;REVB=0.0172489;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555555;STB=0.531228;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00481305;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:19:13:13:15:19:13 chr1 949654 . A G 728.96 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3649;QD=57.1736;RBI=0.0299256;REFB=0;REVB=0.0133243;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95842e-05;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr1 981931 . A G 434.43 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7277;QD=54.304;RBI=0.0281901;REFB=-0.0297384;REVB=-0.0237105;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0011883;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr1 982994 . T C 784.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7949;QD=62.7395;RBI=0.0788359;REFB=0;REVB=-0.0625521;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125793;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr1 984302 . T C 229.59 PASS AF=0.306122;AO=28;DP=96;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0101422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.401;QD=9.37117;RBI=0.0177267;REFB=-0.0232266;REVB=-0.0145386;RO=67;SAF=12;SAR=16;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232503;STB=0.515851;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0571155;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:67:68:28:30:0.306122:16:12:30:37:17:13:31:37 chr1 986443 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4562;QD=47.8172;RBI=0.0455253;REFB=0;REVB=0.0373461;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013113;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 987200 . C T 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.833;QD=59.6776;RBI=0.0289465;REFB=0;REVB=-0.0133688;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2766e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr1 990280 . C T 513.85 PASS AF=0.53;AO=50;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0171751;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8182;QD=20.5539;RBI=0.0189143;REFB=-0.0390207;REVB=-0.00792256;RO=45;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668625;STB=0.531903;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0392036;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:47:50:53:0.53:25:25:19:26:28:25:19:28 chr1 990806 . G A 383.86 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.947;QD=52.9461;RBI=0.0742676;REFB=0.0409352;REVB=0.0605034;RO=1;SAF=23;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198141;STB=0.510631;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000217397;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:5:23:1:0:5:23:1:0 chr1 1007808 . A AG,G 49.56 PASS AF=0.209302,0;AO=5,2;DP=44;FAO=9,0;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0857778,-0.0166967;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=14.1788,253.695;QD=4.61047;RBI=0.112362,0.0167898;REFB=-0.0504569,-0.00250821;REVB=-0.0725769,0.00176546;RO=37;SAF=5,2;SAR=0,0;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.564398,0.360493;STB=0.732697,0.5;STBP=0.205,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.142175,0;OID=.,.;OPOS=1007809,1007808;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:43:37:34:5,2:9,0:0.209302,0:0,0:5,2:25:12:1,0:8,0:24:10 chr1 1026707 . C A 1120.81 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00953985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.104;QD=58.9899;RBI=0.0209008;REFB=-0.110645;REVB=0.0185967;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=2.31197e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:1:0:37:38:1:0 chr1 1147422 . CT TG,TT 233.53 PASS AF=0,0.5;AO=3,20;DP=46;FAO=0,23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=0,17;FSAR=0,6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00964184,4.82437e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.328,242.815;QD=20.3072;RBI=0.0101716,0.0157444;REFB=-0.0133038,-0.0162358;REVB=0.00323979,0.0157444;RO=20;SAF=0,17;SAR=3,3;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731241,0.0806025;STB=0.5,0.527422;STBP=1,0.762;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.015065;OID=.,.;OPOS=1147422,1147422;OREF=CT,C;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:20:23:3,20:0,23:0,0.5:3,3:0,17:16:4:0,6:0,17:16:7 chr1 1153113 . G A 299.92 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0261484;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.58;QD=14.8109;RBI=0.0317409;REFB=-0.0221211;REVB=0.0179929;RO=48;SAF=8;SAR=25;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337807;STB=0.67871;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0383;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:47:33:34:0.419753:25:8:26:22:25:9:26:21 chr1 1156131 . T C 86.32 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0107559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.18;QD=12.3311;RBI=0.0635906;REFB=-0.0012865;REVB=-0.0626744;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00500064;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:14:17:11:11:0.392857:7:4:6:8:7:4:8:9 chr1 1158562 . AAC A 89.57 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.00249712;FXX=0.0697512;HRUN=2;LEN=2;MLLD=97.783;QD=8.95654;RBI=0.00878504;REFB=-0.0417858;REVB=-0.00842267;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202978;STB=0.586106;STBP=0.552;TYPE=del;VARB=0.0556932;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:15:40:15:40:25:12:3:22:3:89:22:12:3:20:2 chr1 1158631 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.471;QD=57.3822;RBI=0.0363159;REFB=0;REVB=0.00295631;RO=0;SAF=45;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25949e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:11:45:0:0:12:45:0:0 chr1 1178245 . C T 429.49 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0572081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6968;QD=16.6792;RBI=0.0607301;REFB=-0.0136383;REVB=0.0203807;RO=55;SAF=25;SAR=22;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156662;STB=0.590815;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0199228;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:22:25:38:17:22:25:39:17 chr1 1178482 . A G 385.75 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0243206;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2179;QD=17.5342;RBI=0.0482252;REFB=-0.0302115;REVB=-0.0416435;RO=48;SAF=10;SAR=30;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147816;STB=0.583289;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0478122;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:48:48:40:40:0.454545:30:10:18:30:30:10:18:30 chr1 1178900 . G A 374.19 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.0200436;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.469;QD=14.5316;RBI=0.020697;REFB=-0.00570644;REVB=-0.00515935;RO=60;SAF=15;SAR=28;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567458;STB=0.5319;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00838539;OID=.;OPOS=1178900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:60:60:43:43:0.417476:28:15:18:42:28:15:18:42 chr1 1178925 . G A 564.49 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0575563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.618;QD=24.2789;RBI=0.0582067;REFB=-0.0364707;REVB=0.00867662;RO=41;SAF=17;SAR=35;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013207;STB=0.507244;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0257411;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:35:17:14:27:35:17:14:27 chr1 1220954 . G A 643.22 PASS AF=0.411429;AO=71;DP=177;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.0251146;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.588;QD=14.7022;RBI=0.099676;REFB=-0.00410392;REVB=0.0964602;RO=100;SAF=39;SAR=32;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516281;STB=0.54139;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00553904;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:100:103:71:72:0.411429:32:39:50:50:32:40:50:53 chr1 1223385 . G C 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0131034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.231;QD=21.9747;RBI=0.0136678;REFB=-0.0140064;REVB=-0.0038869;RO=37;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532544;STB=0.529398;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0109436;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:27:16:16:21:27:16:16:21 chr1 1226292 . G A 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0304497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.027;QD=28.2831;RBI=0.0476977;REFB=-0.0438739;REVB=0.0367135;RO=12;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108984;STB=0.560452;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0171224;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:6:16:7:5:6:16:7:5 chr1 1226348 . C G 104.65 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00684461;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.525;QD=19.9329;RBI=0.022334;REFB=-0.0265563;REVB=0.0212593;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0132149;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr1 1242707 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00782653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6666;QD=22.5855;RBI=0.00783548;REFB=0.0456978;REVB=-0.000374428;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.021988;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:3:3:5:6:3:3 chr1 1244915 . C T 448.99 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00751163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.307;QD=16.943;RBI=0.0350054;REFB=-0.00480593;REVB=-0.03419;RO=56;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122482;STB=0.511767;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00821732;OID=.;OPOS=1244915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:57:49:49:0.462264:26:23:27:29:26:23:28:29 chr1 1246004 . A G 1115.75 PASS AF=1;AO=64;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437435;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.462;QD=60.311;RBI=0.0442514;REFB=0;REVB=0.00668511;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146767;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:64:74:1:24:40:0:0:26:48:0:0 chr1 1246005 . T G 56.29 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=74;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00636861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.5932;QD=3.00224;RBI=0.00684901;REFB=-0.000510995;REVB=0.00251985;RO=64;SAF=8;SAR=2;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233907;STB=0.585751;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000111079;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:75:64:64:10:11:0.146667:2:8:41:23:3:8:41:23 chr1 1254436 . A G 1392.72 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915782;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.669;QD=62.5941;RBI=0.0228119;REFB=0;REVB=0.020893;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121305;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:86:89:1:37:49:0:0:38:51:0:0 chr1 1254443 . G A,C 1286.89 PASS AF=0.911111,0.0555556;AO=81,5;DP=88;FAO=82,5;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=51,0;FSAR=31,5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0107585,0.0503925;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=136.57,12.6095;QD=57.1949;RBI=0.0334033,0.0979681;REFB=-0.0844195,-0.0634926;REVB=0.0316234,-0.084014;RO=0;SAF=51,0;SAR=30,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40248e-08,0;STB=0.510771,0.996444;STBP=0.294,0.184;TYPE=snp,snp;VARB=0.000960726,0.0980175;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:88:90:0:3:81,5:82,5:0.911111,0.0555556:30,5:51,0:0:0:31,5:51,0:1:2 chr1 1254841 . C G 206.38 PASS AF=0.947368;AO=15;DP=17;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0936555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1473;QD=43.4486;RBI=0.0940584;REFB=0.00485877;REVB=-0.00869735;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00323125;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:19:0:1:15:18:0.947368:11:4:0:0:13:5:0:1 chr1 1258532 . CGGGGGGC CGGGGGC,CGGGGGCG,CGGGGGGCG 76.46 PASS AF=0.0576923,0.0192308,0.153846;AO=23,8,21;DP=108;FAO=6,2,16;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=3,1,15;FSAR=3,1,1;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0639401,-0.0748213,-0.0745969;FXX=0.0280348;HRUN=6,6,0;LEN=1,2,1;MLLD=9.9235,77.4338,77.5253;QD=2.94077;RBI=0.136455,0.0807939,0.0787334;REFB=-0.0848969,-0.0148489,-0.0116908;REVB=-0.120547,-0.0304865,-0.0251844;RO=49;SAF=10,7,21;SAR=13,1,0;SRF=30;SRR=19;SSEN=0.62069,0,0;SSEP=0.48,0,0;SSSB=-0.20304,0.388578,0.783285;STB=0.615913,0.620814,0.876761;STBP=0.603,0.79,0.009;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0931305,0.173156,0.196325;OID=.,.,.;OPOS=1258533,1258538,1258540;OREF=G,GC,-;OALT=-,CG,G;OMAPALT=CGGGGGC,CGGGGGCG,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0576923,0.0192308,0.153846:23,8,21:108:6,2,16:104:80:3,1,15:3,1,1:50:30:45:49:10,7,21:13,1,0:30:19 chr1 1262966 . C T 463.44 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228283;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.434;QD=56.1741;RBI=0.228286;REFB=0;REVB=-0.00121399;RO=2;SAF=6;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442502;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:33:2:0:31:33:1:25:6:2:0:25:8:0:0 chr1 1263144 . G A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.272;QD=58.5812;RBI=0.0466089;REFB=0;REVB=0.0444315;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102512;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr1 1269554 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.579;QD=62.9825;RBI=0.0295497;REFB=0;REVB=0.0239949;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113052;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr1 1273116 . A G 2266.58 PASS AF=0.986928;AO=148;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00891558;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9172;QD=59.2571;RBI=0.0112321;REFB=0.0466406;REVB=-0.00683176;RO=2;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117407;STB=0.505952;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00400862;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:2:2:148:151:0.986928:80:68:0:2:83:68:0:2 chr1 1277533 . T C 1262.62 PASS AF=0.911765;AO=84;DP=102;FAO=93;FDP=102;FR=.;FRO=9;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0410214;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.366;QD=49.5145;RBI=0.0420561;REFB=-0.0721184;REVB=0.00927112;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.52314;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00383988;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:102:102:0:9:84:93:0.911765:45:39:0:0:48:45:2:7 chr1 1310073 . GC G,GG 492.63 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=10,22;DP=35;FAO=6,28;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820214,0.0802296;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=292.342,305.634;QD=57.957;RBI=0.0824506,0.0805124;REFB=0,0;REVB=0.008402,0.00674188;RO=3;SAF=7,17;SAR=3,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157689,-0.0749044;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00152844,0.000919025;OID=.,.;OPOS=1310074,1310074;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529:10,22:35:6,28:34:0:3,23:3,5:0:0:23:3:7,17:3,5:3:0 chr1 1361555 . T C 73.06 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.123893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.379;QD=11.2407;RBI=0.124158;REFB=-0.0278896;REVB=-0.00810103;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655979;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0404368;OID=.;OPOS=1361555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:12:16:10:10:0.384615:6:4:4:8:6:4:8:8 chr1 1361633 . G A 64.29 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0897736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.92;QD=23.3773;RBI=0.0919111;REFB=-0.0503709;REVB=0.0197065;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176687;STB=0.59978;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00902396;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:0:3:6:2:0:3 chr1 1361641 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163443;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.957;QD=39.2064;RBI=0.163443;REFB=0;REVB=0.000297366;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000671761;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 1375947 . T G 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1365;QD=62.6391;RBI=0.0670601;REFB=0;REVB=0.0524086;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151636;OID=.;OPOS=1375947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 1376214 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.193;QD=53.2772;RBI=0.0415662;REFB=0;REVB=0.0334899;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171484;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:8:11:0:0:10:13:0:0 chr1 1377535 . G A 426.8 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.115227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5845;QD=51.7337;RBI=0.126219;REFB=-0.0225939;REVB=0.0515164;RO=2;SAF=1;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452983;STB=0.749771;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000597139;OID=.;OPOS=1377535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:30:1:2:0:30:1:2:0 chr1 1387764 . G A 206.85 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00679011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.55;QD=11.0319;RBI=0.0119802;REFB=-0.00662149;REVB=-0.0098701;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15437;STB=0.586602;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00767583;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:47:49:26:26:0.346667:13:13:17:30:13:13:18:31 chr1 1390875 . C G,T 773.24 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,53;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215126,0.0521459;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.8193,195.61;QD=56.2359;RBI=0.0215755,0.0524137;REFB=0,0;REVB=0.00164715,0.00529155;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0663787,-6.76587e-05;OID=.,.;OPOS=1390875,1390875;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:0:0:2,53:2,53:0.0363636,0.963636:0,31:2,22:0:0:0,31:2,22:0:0 chr1 1394594 . G A 48.85 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0238917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.558;QD=13.9564;RBI=0.0329876;REFB=-0.0559739;REVB=0.0227457;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0215755;OID=.;OPOS=1394594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:6:7:0.5:5:1:3:3:6:1:3:4 chr1 1418004 . T C 210.87 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.021704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5964;QD=9.80777;RBI=0.0554761;REFB=0.00218843;REVB=-0.0510543;RO=53;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119647;STB=0.551477;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0205305;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:53:59:27:27:0.313953:14:13:20:33:14:13:24:35 chr1 1421531 . C A 173.63 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00872763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5322;QD=12.8612;RBI=0.01855;REFB=-0.0135655;REVB=0.0163685;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220606;STB=0.626007;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.021957;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:10:11:24:9:10:11:24:9 chr1 1421991 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00158775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.48;QD=17.2298;RBI=0.0190829;REFB=-0.0106441;REVB=0.0190167;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0114203;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr1 1423267 . A G 297.24 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.02406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.013;QD=25.8466;RBI=0.0376477;REFB=-0.0590917;REVB=-0.0289563;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127195;STB=0.512186;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0370136;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:18:19:26:27:0.586957:14:12:8:10:15:12:9:10 chr1 1425700 . T C 244.12 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0177467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7185;QD=18.7783;RBI=0.0188064;REFB=-0.00895507;REVB=0.00622377;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00771698;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:15:11:11:14:15:11:11:15 chr1 1430943 . T C 233.81 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0726831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9626;QD=18.338;RBI=0.0771653;REFB=-0.038435;REVB=-0.0259161;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216766;STB=0.512185;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.03931;OID=.;OPOS=1430943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:15:11:10:15:15:11 chr1 1451380 . T C 704.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6997;QD=62.6601;RBI=0.0847376;REFB=0;REVB=-0.0658663;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154507;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:1:0:43:45:1:20:23:1:0:20:25:0:0 chr1 1458255 . T G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7659;QD=46.8417;RBI=0.0448038;REFB=0;REVB=0.0424584;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755673;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr1 1458954 . C T 414.95 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159265;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.998;QD=57.2346;RBI=0.0618112;REFB=0;REVB=-0.0597241;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029515;OID=.;OPOS=1458954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 1479332 . CA C,CG,GG 259.78 PASS AF=0.0952381,0.761905,0.142857;AO=3,14,3;DP=21;FAO=2,16,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0;FSAR=2,7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698894,-0.0352832,0.0154423;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=66.7333,76.4094,189.015;QD=49.4818;RBI=0.0821768,0.0378384,0.0160924;REFB=0,0,0;REVB=-0.0432261,-0.0136689,0.00452783;RO=0;SAF=0,8,0;SAR=3,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00314301,0.0357924,-0.0269259;OID=.,.,.;OPOS=1479333,1479333,1479332;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GG;OMAPALT=C,CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:21:21:0:0:3,14,3:2,16,3:0.0952381,0.761905,0.142857:3,6,3:0,8,0:0:0:2,7,3:0,9,0:0:0 chr1 1510801 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.986;QD=48.7373;RBI=0.0274691;REFB=0;REVB=0.0163954;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6168e-05;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr1 1511104 . G C 642.07 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00356845;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1391;QD=59.7274;RBI=0.0160479;REFB=-0.0918551;REVB=-0.0156461;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468749;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00179168;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:2:1:42:42:0.976744:23:19:2:0:23:19:1:0 chr1 1558792 . T C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0156242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.833;QD=16.4252;RBI=0.0290401;REFB=-0.0135792;REVB=-0.0244788;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.590003;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0112469;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:4:7:5:6:4:7 chr1 1562437 . C G 334.92 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0148013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6235;QD=27.3404;RBI=0.0688572;REFB=-0.033099;REVB=-0.0672476;RO=19;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160441;STB=0.567117;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0172151;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:28:29:0.591837:9:19:9:10:10:19:10:10 chr1 1588670 . G A 179.04 PASS AF=0.230159;AO=28;DP=128;FAO=29;FDP=126;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0300307;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.604;QD=5.68393;RBI=0.0395442;REFB=-0.0105972;REVB=-0.0257275;RO=90;SAF=15;SAR=13;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169194;STB=0.520096;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0409938;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:90:97:28:29:0.230159:13:15:47:43:13:16:51:46 chr1 1588717 . G A 199.69 PASS AF=0.206061;AO=34;DP=165;FAO=34;FDP=165;FR=.;FRO=131;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.00784059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.018;QD=4.84091;RBI=0.0148918;REFB=-0.00440825;REVB=-0.0126606;RO=131;SAF=17;SAR=17;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048694;STB=0.503029;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0180984;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:131:131:34:34:0.206061:17:17:66:65:17:17:66:65 chr1 1588737 . C T 189.09 PASS AF=0.203822;AO=32;DP=157;FAO=32;FDP=157;FR=.;FRO=125;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0147306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.053;QD=4.81761;RBI=0.014737;REFB=-0.00833714;REVB=0.000434952;RO=125;SAF=15;SAR=17;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143857;STB=0.508976;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00913377;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:125:125:32:32:0.203822:17:15:60:65:17:15:60:65 chr1 1588743 . A T 158.9 PASS AF=0.183007;AO=28;DP=152;FAO=28;FDP=153;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.00543168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.52;QD=4.15423;RBI=0.00546328;REFB=-0.00549151;REVB=-0.000586801;RO=124;SAF=11;SAR=17;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117795;STB=0.578667;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0330139;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:124:125:28:28:0.183007:17:11:60:64:17:11:61:64 chr1 1588744 . AGCG A 163.39 PASS AF=0.186667;AO=28;DP=152;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.00718825;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=3;MLLD=313.525;QD=4.35701;RBI=0.0143422;REFB=-0.0015683;REVB=0.0124108;RO=119;SAF=11;SAR=17;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100943;STB=0.581348;STBP=0.349;TYPE=del;VARB=0.0116314;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186667:28:152:28:150:122:11:17:60:62:99:119:11:17:56:63 chr1 1599812 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0141771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.034;QD=12.0154;RBI=0.0249235;REFB=-0.0116529;REVB=0.0204986;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0169465;OID=.;OPOS=1599812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr1 1599888 . A G 296.55 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0470479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5136;QD=35.9456;RBI=0.0490646;REFB=-0.0240463;REVB=0.0139222;RO=8;SAF=16;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122739;STB=0.567034;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00410867;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:8:8:25:25:0.757576:9:16:3:5:9:16:3:5 chr1 1647814 . T C 638.2 PASS AF=0.402235;AO=71;DP=179;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.0124523;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.946;QD=14.2615;RBI=0.0139902;REFB=-0.0121875;REVB=-0.00637708;RO=106;SAF=39;SAR=32;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228531;STB=0.500234;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218639;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:106:107:71:72:0.402235:32:39:58:48:33:39:58:49 chr1 1647871 . T C 496.84 PASS AF=0.384106;AO=57;DP=150;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0178078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2143;QD=13.1614;RBI=0.031019;REFB=-0.0207632;REVB=0.025398;RO=92;SAF=28;SAR=29;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214032;STB=0.50993;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0345644;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:92:93:57:58:0.384106:29:28:47:45:29:29:48:45 chr1 1647893 . C CTTTCTT 274.8 PASS AF=0.296875;AO=31;DP=137;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.00372286;FXX=0.0303007;HRUN=3;LEN=6;MLLD=157.582;QD=8.58739;RBI=0.023221;REFB=-0.0227079;REVB=-0.0229206;RO=86;SAF=10;SAR=21;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276968;STB=0.605208;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.0455568;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296875:31:137:38:128:90:15:23:49:41:99:86:10:21:47:39 chr1 1650787 . T C 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0189821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.36;QD=18.3459;RBI=0.0240751;REFB=-0.0323873;REVB=0.0148085;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074462;STB=0.542324;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0290627;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:7:11:9:8:7:11 chr1 1650797 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00541049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.369;QD=18.3004;RBI=0.00717724;REFB=-0.00302881;REVB=-0.00471586;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884614;STB=0.561424;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00187711;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:23:20:20:0.465116:9:11:9:11:9:11:10:13 chr1 1650801 . T C 236.16 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00323235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.081;QD=19.2787;RBI=0.00378736;REFB=-0.0181368;REVB=0.00197382;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209355;STB=0.618272;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0168879;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:10:16:9:14:10:16 chr1 1650807 . T C 196.66 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00350395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8457;QD=12.8959;RBI=0.0066746;REFB=-0.0275649;REVB=-0.00568091;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205236;STB=0.659207;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0388275;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:37:24:24:0.393443:8:16:15:17:8:16:15:22 chr1 1650832 . A G 416.59 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.035716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.094;QD=19.604;RBI=0.0445936;REFB=-0.00711253;REVB=0.0267012;RO=41;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132268;STB=0.578079;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00945281;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:43:41:42:0.494118:24:17:23:18:25:17:24:19 chr1 1650845 . G A 453.47 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0559311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.192;QD=19.7159;RBI=0.0559415;REFB=-0.00699651;REVB=-0.00107943;RO=45;SAF=25;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119977;STB=0.576889;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00459776;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:47:45:45:0.48913:20:25:19:26:20:25:19:28 chr1 1654038 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.921;QD=37.4885;RBI=0.0580215;REFB=0;REVB=0.0555071;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360243;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 1654058 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.733;QD=42.1826;RBI=0.0493952;REFB=0;REVB=0.0484266;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428636;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 1654064 . A T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0237248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.343;QD=26.5702;RBI=0.0748722;REFB=0.0176916;REVB=0.0710139;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163533;STB=0.590764;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00045542;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:2:9:4:0:2:9:4:0 chr1 1654065 . AGCG A,AGTA 171.85 PASS AF=0.733333,0.266667;AO=11,4;DP=15;FAO=11,4;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156217,-0.0589917;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=236.279,53.9888;QD=45.8253;RBI=0.0284896,0.0744321;REFB=0,0;REVB=-0.0238248,-0.0453885;RO=0;SAF=9,4;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00259792,0.0215264;OID=.,.;OPOS=1654066,1654067;OREF=GCG,CG;OALT=-,TA;OMAPALT=A,AGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.733333,0.266667:11,4:15:11,4:15:0:9,4:2,0:0:0:21:0:9,4:2,0:0:0 chr1 1666175 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00746021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.56;QD=12.0517;RBI=0.0730219;REFB=-0.0180336;REVB=-0.0726398;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325655;STB=0.701206;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0241806;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:9:4:1:8:9:4 chr1 1684472 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0193443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1936;QD=20.7546;RBI=0.020585;REFB=-0.00921876;REVB=-0.00703835;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.531209;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0067544;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:9:6:4:7:9:6:4:8 chr1 1823922 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0129978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.931;QD=10.6682;RBI=0.0299658;REFB=-0.00962111;REVB=0.0270002;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398055;STB=0.749375;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0237073;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:6:12:9:1:6:12 chr1 1846765 . G A 803.73 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.583;QD=55.4298;RBI=0.0206704;REFB=-0.134157;REVB=0.0018257;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000227521;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:24:33:0:0:24:33:0:1 chr1 1849529 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.827;QD=58.0603;RBI=0.0421478;REFB=0;REVB=0.0159825;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58269e-05;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr1 1854109 . A G 695.81 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.374;QD=60.5049;RBI=0.0346547;REFB=0.028345;REVB=-0.0322353;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000204192;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr1 1861582 . C T 1017.64 PASS AF=0.923077;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0108284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.273;QD=52.1865;RBI=0.0365473;REFB=-0.0185696;REVB=0.0349063;RO=6;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785823;STB=0.541655;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000127305;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:78:78:6:6:72:72:0.923077:33:39:0:6:33:39:0:6 chr1 1873514 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3235;QD=57.6805;RBI=0.110047;REFB=0;REVB=-0.00111017;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198467;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 1873525 . T C 366.25 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0272733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2583;QD=48.8335;RBI=0.0448763;REFB=0.0430187;REVB=-0.0356377;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512114;STB=0.50276;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0217736;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:30:30:2:2:26:26:0.866667:14:12:1:1:14:12:1:1 chr1 1875858 . CA GG 249.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708199;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.172;QD=49.9805;RBI=0.0709012;REFB=0;REVB=-0.00339447;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00411642;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:11:9:0:0 chr1 1887018 . TA T,TG 203.45 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000753688,-0.000497867;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.427,227.922;QD=47.8699;RBI=0.0462848,0.0449506;REFB=0,0;REVB=0.0462787,0.0449478;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0131006,0.0030557;OID=.,.;OPOS=1887019,1887019;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:2,15:17:2,15:17:0:1,3:1,12:0:0:8:0:1,3:1,12:0:0 chr1 1891524 . C G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0281181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.785;QD=11.9196;RBI=0.0441593;REFB=-0.00867593;REVB=-0.0340502;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402505;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0189938;OID=.;OPOS=1891524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:2:5:2:6:2:5:3:6 chr1 1905548 . C T 424.2 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.00732855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.721;QD=18.6462;RBI=0.0168406;REFB=-0.0239925;REVB=-0.0151624;RO=48;SAF=6;SAR=37;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211104;STB=0.61932;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0280922;OID=.;OPOS=1905548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:37:6:13:35:37:6:13:35 chr1 1960638 . G C 487.14 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0346394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2201;QD=18.9182;RBI=0.0359749;REFB=-0.0459684;REVB=-0.009711;RO=48;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280147;STB=0.50476;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0382913;OID=.;OPOS=1960638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:48:52:51:51:0.495146:26:25:22:26:26:25:25:27 chr1 1960674 . C T 958.21 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183319;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.149;QD=58.9666;RBI=0.0371796;REFB=0;REVB=0.032346;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186403;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:40:25:0:0 chr1 1987993 . T C 262.13 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252139;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.513;QD=52.425;RBI=0.0266372;REFB=0;REVB=0.00859073;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55081e-06;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 2005740 . T C 385.99 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8711;QD=55.1418;RBI=0.109228;REFB=0;REVB=0.0700984;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218321;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:24:28:1:10:14:0:0:10:18:0:0 chr1 2144982 . G C,T 696.94 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,48;DP=51;FAO=3,48;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153525,0.0852593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.5791,87.5522;QD=54.6623;RBI=0.0415598,0.108749;REFB=0,0;REVB=0.0386202,0.0675078;RO=0;SAF=2,31;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.174475,0.000709838;OID=.,.;OPOS=2144982,2144982;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:51:51:0:0:3,48:3,48:0.0588235,0.941176:1,17:2,31:0:0:1,17:2,31:0:0 chr1 2145524 . G A 300.92 PASS AF=0.892857;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0545602;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.135;QD=42.9887;RBI=0.0549182;REFB=-0.0793008;REVB=-0.00626064;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.507457;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0015627;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:28:2:3:22:25:0.892857:14:8:0:2:15:10:1:2 chr1 2286920 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.035663;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.452;QD=20.1601;RBI=0.0356721;REFB=-0.0179023;REVB=0.000804256;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32026;STB=0.683952;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0183218;OID=.;OPOS=2286920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:7:7:3:13:7:7 chr1 2288945 . G A 538.29 PASS AF=0.463415;AO=55;DP=121;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00134572;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.766;QD=17.5055;RBI=0.0092736;REFB=-0.028815;REVB=0.00917544;RO=45;SAF=32;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953211;STB=0.525034;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0334664;OID=.;OPOS=2288945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:45:66:55:57:0.463415:23:32:21:24:25:32:34:32 chr1 2340200 . T C 608.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8315;QD=60.8789;RBI=0.0237693;REFB=0;REVB=-0.00308689;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024064;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr1 2399119 . A G 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00145771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.41;QD=19.7381;RBI=0.0145518;REFB=-0.00970064;REVB=-0.0144787;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521633;STB=0.541044;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0110548;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:44:43:43:0.494253:24:19:21:21:24:19:23:21 chr1 2441358 . T C 636.16 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713566;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.313;QD=62.0646;RBI=0.0739388;REFB=0;REVB=-0.0193696;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44513e-05;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr1 2452569 . T C 1366.12 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0588817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.808;QD=60.0493;RBI=0.0591218;REFB=-0.0188223;REVB=0.00532268;RO=3;SAF=37;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368783;STB=0.512818;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000744334;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:3:2:88:89:0.978022:51:37:3:0:51:38:2:0 chr1 2488153 . A G 2933.47 PASS AF=0.884615;AO=207;DP=234;FAO=207;FDP=234;FR=.;FRO=27;FSAF=91;FSAR=116;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.000191828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.427;QD=50.1448;RBI=0.00109198;REFB=-0.0377399;REVB=0.001075;RO=27;SAF=91;SAR=116;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927915;STB=0.504896;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.000515026;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:27:27:207:207:0.884615:116:91:13:14:116:91:13:14 chr1 2488155 . A C 76.32 PASS AF=0.102564;AO=24;DP=234;FAO=24;FDP=234;FR=.;FRO=210;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=118;FWDB=-0.148631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9533;QD=1.30458;RBI=0.155976;REFB=-0.0205409;REVB=-0.0473017;RO=210;SAF=11;SAR=13;SRF=93;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189972;STB=0.55551;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.218199;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:234:234:210:210:24:24:0.102564:13:11:93:117:12:12:92:118 chr1 2490898 . C A 249.76 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.303;QD=49.9512;RBI=0.0204659;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215926;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:0:19:0:0:0:20:0:0 chr1 2490942 . C A,G 490.26 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944718,-0.0196396;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.2302,188.986;QD=57.6781;RBI=0.112485,0.0196696;REFB=0,0;REVB=0.0610576,-0.00108674;RO=0;SAF=23,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02243e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0027089,0.0921778;OID=.,.;OPOS=2490942,2490942;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:9,0:23,2:0:0:9,0:23,2:0:0 chr1 2491205 . C T 1920.66 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025381;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.025;QD=60.9735;RBI=0.028993;REFB=-0.0806494;REVB=0.0140142;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=4.31331e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:55:70:0:0:55:70:1:0 chr1 2526746 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.538;QD=49.5972;RBI=0.0184448;REFB=0;REVB=-0.0165658;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102006;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 2535613 . C A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.714;QD=60.3767;RBI=0.0953224;REFB=0;REVB=0.0774585;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306154;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr1 2541269 . A G 765.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7497;QD=56.7001;RBI=0.0312352;REFB=0;REVB=-0.0105263;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110757;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:42:11:0:0:43:11:0:0 chr1 2573199 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.182;QD=61.5357;RBI=0.0159692;REFB=0;REVB=0.0149395;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76046e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr1 2938265 . C T 50.48 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.013311;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.482;QD=13.4614;RBI=0.0229368;REFB=-0.0204439;REVB=0.0186792;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488979;STB=0.799039;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00979907;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:5:3:6:1:5:3 chr1 2938697 . T G 234.42 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0112728;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.819;QD=12.8451;RBI=0.0140299;REFB=-0.0249121;REVB=0.0083524;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172081;STB=0.518059;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0364997;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:45:28:28:0.383562:12:16:27:19:12:16:27:18 chr1 2938973 . G A 1176.63 PASS AF=0.417197;AO=130;DP=313;FAO=131;FDP=314;FR=.;FRO=183;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=89;FSRR=94;FWDB=0.0277192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.343;QD=14.989;RBI=0.0277743;REFB=-0.0254764;REVB=0.0017474;RO=183;SAF=70;SAR=60;SRF=89;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546869;STB=0.528002;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0366515;OID=.;OPOS=2938973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:183:183:130:131:0.417197:60:70:89:94:61:70:89:94 chr1 2939409 . G T 127.42 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0422945;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.3712;QD=12.7422;RBI=0.0763921;REFB=-0.0364994;REVB=0.0636154;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.636198;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00817229;OID=.;OPOS=2939409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:24:14:15:0.375:6:8:13:5:7:8:18:6 chr1 2984087 . C A 578.76 PASS AF=0.87037;AO=46;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0992454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.113;QD=42.8712;RBI=0.0994925;REFB=-0.20128;REVB=0.00700855;RO=8;SAF=23;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345933;STB=0.529121;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00673802;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:54:8:7:46:47:0.87037:23:23:5:3:24:23:5:2 chr1 3301721 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.86;QD=62.3506;RBI=0.011561;REFB=0;REVB=-0.00177609;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69368e-05;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr1 3312914 . T G 376.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.384;QD=55.7903;RBI=0.0306408;REFB=0;REVB=0.01963;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85805e-05;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:6:19:0:0:6:21:0:0 chr1 3328358 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.88;QD=49.5944;RBI=0.0687559;REFB=0;REVB=0.0135964;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679083;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 3352009 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=29;FWDB=0.0077503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.51;QD=13.774;RBI=0.0160082;REFB=-0.0100663;REVB=-0.0140069;RO=31;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271848;STB=0.652057;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0136622;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:16:4:2:29:16:4:2:29 chr1 3353890 . A G 354.89 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0137498;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8689;QD=12.3441;RBI=0.0179685;REFB=-0.00962664;REVB=-0.0115677;RO=71;SAF=28;SAR=15;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178167;STB=0.606363;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.017099;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:71:72:43:43:0.373913:15:28:35:36:15:28:35:37 chr1 3353949 . A G 319.61 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0336819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.179;QD=12.1756;RBI=0.0342011;REFB=-0.0293869;REVB=-0.0059366;RO=62;SAF=25;SAR=14;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190236;STB=0.600548;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0432563;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:62:66:39:39:0.371429:14:25:29:33:14:25:32:34 chr1 3354595 . T C 469.99 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=0.0173264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.024;QD=16.4907;RBI=0.0180899;REFB=-0.0100605;REVB=0.0052;RO=48;SAF=15;SAR=37;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672919;STB=0.501231;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0182077;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:48:62:52:52:0.45614:37:15:17:31:37:15:18:44 chr1 3354615 . T C 658.35 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0243895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.466;QD=24.6111;RBI=0.0243909;REFB=-0.00433759;REVB=-0.000264404;RO=43;SAF=13;SAR=50;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145879;STB=0.588444;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00264454;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:44:63:63:0.588785:50:13:15:28:50:13:16:28 chr1 3383898 . A G 560.81 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00702223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.975;QD=21.7792;RBI=0.0124095;REFB=-0.00738739;REVB=-0.0102316;RO=47;SAF=28;SAR=28;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168498;STB=0.592201;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00796049;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:28:28:14:33:28:28:14:33 chr1 3389727 . C T 347.62 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0048115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.534;QD=19.8639;RBI=0.0201945;REFB=-0.00499372;REVB=0.0196129;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200886;STB=0.611225;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00527525;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:11:23:16:20:11:23 chr1 3394456 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.86;QD=62.0163;RBI=0.0197842;REFB=0;REVB=0.0131313;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99297e-06;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr1 3395039 . G A 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0148523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.986;QD=14.1195;RBI=0.0211646;REFB=-0.0154976;REVB=0.0150781;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142571;STB=0.58157;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0182988;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:19:8:16:22:19:8:16:22 chr1 3416449 . C A 217.85 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0105241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5503;QD=20.2655;RBI=0.0128811;REFB=-0.0243827;REVB=0.0074273;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12761;STB=0.53441;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.039455;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:21:21:22:0.511628:6:15:13:9:7:15:13:8 chr1 3418391 . C T 601.9 PASS AF=0.423313;AO=67;DP=165;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=0.0653327;FXX=0.0297601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0643;QD=14.7704;RBI=0.0783967;REFB=-0.013388;REVB=0.0433322;RO=94;SAF=51;SAR=16;SRF=62;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133218;STB=0.575071;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0153836;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:94:94:67:69:0.423313:16:51:62:32:17:52:61:33 chr1 3418427 . GGCCC G,GCC,GGCC,GGGCC 337.72 PASS AF=0.178082,0.383562,0.205479,0;AO=10,20,17,8;DP=93;FAO=13,28,15,0;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=13,6,1,0;FSAR=0,22,14,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.149794,-0.277183,-0.475847,-0.197452;FXX=0.0987532;HRUN=5,5,7,7;LEN=4,2,1,1;MLLD=25.6191,14.0922,6.2454,6.13806;QD=18.5052;RBI=0.154681,0.287988,0.486101,0.197736;REFB=-0.0182629,-0.021524,-0.0576841,-0.0314421;REVB=-0.038573,-0.0781422,-0.0993174,-0.0105938;RO=15;SAF=10,2,2,0;SAR=0,18,15,8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0.375,0.375,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.834507,-0.176086,-0.142015,-0.717459;STB=0.999077,0.542569,0.763168,0.5;STBP=0,0.548,0.054,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00440819,-0.0154122,0.187846,0;OID=.,.,.,.;OPOS=3418428,3418428,3418429,3418429;OREF=GCCC,GC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GCC,GGCC,GGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.178082,0.383562,0.205479,0:10,20,17,8:93:13,28,15,0:73:17:13,6,1,0:0,22,14,0:5:12:63:15:10,2,2,0:0,18,15,8:3:12 chr1 3428160 . T G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0132666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.781;QD=16.4055;RBI=0.0180635;REFB=-0.00174392;REVB=-0.0122591;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859701;STB=0.548356;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0012895;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:17:14:20:17:17:14:20:17 chr1 3428608 . G A 264.93 PASS AF=0.397436;AO=15;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0366382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.9;QD=13.5863;RBI=0.0537961;REFB=-0.0319098;REVB=0.0393912;RO=31;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262565;STB=0.516881;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0468095;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:47:15:31:0.397436:3:12:19:12:18:13:21:26 chr1 3440784 . C T 1003.41 PASS AF=0.492823;AO=103;DP=209;FAO=103;FDP=209;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=0.0062661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.901;QD=19.204;RBI=0.0194234;REFB=-0.0268249;REVB=-0.0183849;RO=106;SAF=44;SAR=59;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473337;STB=0.526009;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0265103;OID=.;OPOS=3440784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:106:106:103:103:0.492823:59:44:40:66:59:44:40:66 chr1 3496479 . T C 752.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030422;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.679;QD=64.0805;RBI=0.033201;REFB=0;REVB=0.013297;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175646;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 3511934 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.67;QD=56.9504;RBI=0.0491031;REFB=0;REVB=-0.0299604;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56864e-05;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr1 3545612 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00653665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.094;QD=16.5271;RBI=0.0222748;REFB=-0.00585542;REVB=-0.0212941;RO=29;SAF=18;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389324;STB=0.719824;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.013948;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:7:18:9:20:7:18:9:20 chr1 3548136 . T C 888.55 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.892;QD=56.4156;RBI=0.0269834;REFB=-0.0301764;REVB=0.000243855;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000245706;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:1:0:27:35:1:0 chr1 3551792 . G A 224.87 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00244259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4576;QD=19.9881;RBI=0.0185315;REFB=0.0397234;REVB=-0.0183698;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305004;STB=0.517226;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.043227;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:15:8:7:15:15:8 chr1 3607520 . G A 984.44 PASS AF=0.483412;AO=102;DP=211;FAO=102;FDP=211;FR=.;FRO=109;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.00212687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.774;QD=18.6624;RBI=0.0244581;REFB=-0.0111879;REVB=0.0243655;RO=106;SAF=43;SAR=59;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559679;STB=0.529117;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0134522;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:106:109:102:102:0.483412:59:43:51:55:59:43:52:57 chr1 3638674 . C T 719.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491399;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.97;QD=61.1921;RBI=0.0558408;REFB=-0.119872;REVB=0.0265229;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000778329;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:46:46:0.978723:27:19:0:0:27:19:1:0 chr1 3703710 . G A 436.35 PASS AF=0.5375;AO=40;DP=77;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0431115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7387;QD=21.8175;RBI=0.0442692;REFB=-0.0483481;REVB=0.0100578;RO=34;SAF=14;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244222;STB=0.515043;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0404297;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:34:37:40:43:0.5375:26:14:11:23:29:14:11:26 chr1 3743319 . G A 307.47 PASS AF=0.5;AO=27;DP=60;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00391745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.803;QD=18.6347;RBI=0.0297747;REFB=-0.0368201;REVB=0.0295159;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227246;STB=0.53689;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0377062;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:31:33:27:33:0.5:18:9:11:20:24:9:11:22 chr1 3745924 . G A 474.26 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0136722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1672;QD=14.9375;RBI=0.0220435;REFB=-0.0126844;REVB=-0.0172913;RO=70;SAF=24;SAR=29;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114384;STB=0.552206;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0210022;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:70:74:53:53:0.417323:29:24:24:46:29:24:27:47 chr1 3753136 . A T 533.68 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00150408;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.107;QD=19.7658;RBI=0.00601611;REFB=-0.00645428;REVB=-0.00582506;RO=52;SAF=28;SAR=27;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259018;STB=0.509431;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00609279;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:55:55:0.509259:27:28:28:24:27:28:28:25 chr1 3755675 . T C 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0843208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.145;QD=17.6164;RBI=0.0854294;REFB=-0.0356567;REVB=-0.0137182;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525403;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0331162;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:27:24:24:0.470588:14:10:10:14:14:10:10:17 chr1 3759784 . A G 377.88 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000653309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.205;QD=21.5931;RBI=0.00195885;REFB=-0.0226719;REVB=0.00184669;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218066;STB=0.512042;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0187645;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:20:18:16:16:20:18:16:16 chr1 3761479 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0269518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.496;QD=13.0365;RBI=0.0403664;REFB=0.0130061;REVB=-0.0300508;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224535;STB=0.629499;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0291435;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:8:24:10:8:8:24 chr1 3786189 . G A 1343.78 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.21;QD=61.0811;RBI=0.0210689;REFB=-0.11777;REVB=0.0194968;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129795;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=1.77669e-05;OID=.;OPOS=3786189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:51:36:1:0:51:36:1:0 chr1 3800242 . A G 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424263;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.252;QD=59.4596;RBI=0.0435949;REFB=0;REVB=0.0100261;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128103;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 4772053 . T C 258.77 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0982466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9652;QD=16.4296;RBI=0.103038;REFB=-0.00394324;REVB=-0.0310545;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128955;STB=0.597938;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000432526;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:34:29:29:0.460317:18:11:16:15:18:11:19:15 chr1 4772717 . G A 270.21 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00636348;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.769;QD=16.6282;RBI=0.0383947;REFB=-0.0111847;REVB=0.0378636;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837415;STB=0.547138;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.017796;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:17:18:18:12:17:18 chr1 5926507 . T C 224.45 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0172809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.151;QD=17.6035;RBI=0.0317791;REFB=-0.00455744;REVB=-0.0266699;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520547;STB=0.542821;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00590858;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:24:24:0.470588:8:16:16:10:8:16:16:11 chr1 5928035 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00961522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.727;QD=15.7383;RBI=0.0119361;REFB=-0.0102388;REVB=0.00707227;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037685;STB=0.521262;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0170874;OID=.;OPOS=5928035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:20:16:14:15:20:16 chr1 5935162 . A T 175.79 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.726;QD=46.8781;RBI=0.0566967;REFB=0;REVB=0.0266843;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012362;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr1 5937168 . G A 727.21 PASS AF=0.5;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=-0.00715531;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6699;QD=19.6544;RBI=0.0669244;REFB=-0.0214716;REVB=0.0665408;RO=73;SAF=45;SAR=29;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115047;STB=0.558115;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0178601;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:73:74:74:74:0.5:29:45:53:20:29:45:53:21 chr1 5948677 . G A 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00121779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.346;QD=16.35;RBI=0.00494885;REFB=-0.0231268;REVB=-0.00479668;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161193;STB=0.590216;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0210123;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:16:18:29:13:16:18:29:13 chr1 5987819 . C T 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0028886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.599;QD=21.4759;RBI=0.00670081;REFB=0.0060039;REVB=-0.00604623;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141768;STB=0.585237;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00551087;OID=.;OPOS=5987819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:16:20:11:18:16:20:11:19 chr1 6149053 . C T 658.25 PASS AF=0.651685;AO=55;DP=88;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0260615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.513;QD=29.5843;RBI=0.0333895;REFB=-0.0287131;REVB=0.0208724;RO=31;SAF=32;SAR=23;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435835;STB=0.527249;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0145192;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:31:31:55:58:0.651685:23:32:20:11:25:33:20:11 chr1 6149122 . G A 483.84 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0313803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.254;QD=23.8935;RBI=0.0371642;REFB=-0.0163148;REVB=0.0199111;RO=35;SAF=30;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159837;STB=0.587867;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0167166;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:16:30:16:19:16:30:16:19 chr1 6158562 . A G 462.01 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0199255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2864;QD=18.1179;RBI=0.0271068;REFB=-0.0173768;REVB=-0.018378;RO=52;SAF=29;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227183;STB=0.506432;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0191711;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:20:29:32:20:20:29:32:21 chr1 6162054 . T C 237.73 PASS AF=0.52;AO=22;DP=46;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0616317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2379;QD=19.0183;RBI=0.0617687;REFB=-0.0101641;REVB=0.00411228;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192966;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0440954;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:24:24:22:26:0.52:16:6:11:13:17:9:11:13 chr1 6162110 . G A 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0110989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.456;QD=19.1764;RBI=0.0114032;REFB=-0.011826;REVB=-0.00261643;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00935773;OID=.;OPOS=6162110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:5:6:6:7:5:6 chr1 6162407 . A G 100.53 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=9.8548e-05;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.924;QD=14.8939;RBI=0.0217197;REFB=-0.0161843;REVB=0.0217195;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186933;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:16:15:11:12:0.444444:7:4:5:11:8:4:5:10 chr1 6184092 . A G 450.76 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000401165;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.274;QD=58.1624;RBI=0.0183134;REFB=0;REVB=-0.018309;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31192e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr1 6196869 . A G 203.05 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0364668;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3221;QD=16.2439;RBI=0.046531;REFB=0.018288;REVB=-0.0289017;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351417;STB=0.53157;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0436789;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:13:9:12:15:13:9:13:15 chr1 6209363 . T C 65.14 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0938241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0046;QD=10.857;RBI=0.0958902;REFB=-0.031832;REVB=0.0197978;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456799;STB=0.768713;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0514096;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:12:3:6:3:12:3 chr1 6211183 . G A 409.4 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0797095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.4896;QD=16.5412;RBI=0.105936;REFB=-0.0222288;REVB=0.0697769;RO=50;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121556;STB=0.500472;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0239017;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:50:56:42:43:0.434343:19:23:28:22:20:23:30:26 chr1 6313938 . C T 1057.58 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131789;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.588;QD=59.5822;RBI=0.0151949;REFB=0;REVB=0.0075632;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245963;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:38:33:0:0 chr1 6314822 . T C 936.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.653;QD=58.5341;RBI=0.0470407;REFB=0;REVB=0.0354951;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01312e-05;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr1 6614535 . G A 523.92 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592699;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5544;QD=58.2133;RBI=0.157618;REFB=0;REVB=0.157507;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031741;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:1:0:34:36:1:14:20:0:1:16:20:0:0 chr1 6635231 . A G 357.22 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9523;QD=54.9566;RBI=0.0612943;REFB=0;REVB=-0.053606;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542957;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:24:26:1:12:12:1:0:12:14:0:0 chr1 6635306 . G A 377.2 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.014351;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.686;QD=18.8599;RBI=0.0310413;REFB=-0.0159102;REVB=-0.0275248;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925454;STB=0.56407;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0144384;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:41:39:39:0.4875:22:17:21:18:22:17:23:18 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 46.96 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0121813;FXX=0.0754575;HRUN=2;LEN=9;MLLD=305.389;QD=3.83314;RBI=0.0234071;REFB=-0.00541835;REVB=0.0199877;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522278;STB=0.526268;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.0161157;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:11:51:11:49:38:5:6:16:22:46:34:5:6:14:20 chr1 6659505 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0128468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.301;QD=13.0911;RBI=0.0152529;REFB=-0.0129263;REVB=0.0082225;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550574;STB=0.818522;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.018652;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:3:10:4:16:3:10:4:16 chr1 6679954 . C T 961.45 PASS AF=0.522222;AO=94;DP=180;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0749653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0889;QD=21.3655;RBI=0.0765854;REFB=-0.0240055;REVB=0.0156696;RO=85;SAF=40;SAR=54;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100827;STB=0.558077;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.024134;OID=.;OPOS=6679954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:85:86:94:94:0.522222:54:40:46:39:54:40:47:39 chr1 6693097 . A G 51.89 PASS AF=0.266667;AO=6;DP=28;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.068926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.756;QD=6.91868;RBI=0.0700112;REFB=-0.00118501;REVB=-0.0122792;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295833;STB=0.634255;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00459112;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:30:19:22:6:8:0.266667:1:5:12:7:2:6:13:9 chr1 6695244 . A G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0269342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8799;QD=12.8592;RBI=0.034682;REFB=-0.0623994;REVB=0.0218492;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0716635;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr1 6704635 . A G 315.43 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0323763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0897;QD=24.2637;RBI=0.0524406;REFB=0.000799954;REVB=0.0412528;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140702;STB=0.586152;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000576099;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:17:14:13:7:17:14:14:7 chr1 6711146 . T C 105.3 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0350445;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5211;QD=19.146;RBI=0.0512789;REFB=-0.0205497;REVB=0.0374354;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0218271;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:6:4:5:7:6:4 chr1 6947717 . C T 206.49 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00474947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.846;QD=13.322;RBI=0.00476682;REFB=-0.0160233;REVB=0.000406289;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221086;STB=0.634583;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0312887;OID=.;OPOS=6947717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:17:7:18:19:18:7:18:19 chr1 7811014 . G A 431.16 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.010763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.729;QD=20.0542;RBI=0.0179239;REFB=-0.0201137;REVB=0.0143326;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751303;STB=0.53624;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0207558;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:24:18:15:28:25:18:15:28 chr1 7870048 . T C 332.06 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0388516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7469;QD=17.0288;RBI=0.0410617;REFB=0.00515578;REVB=-0.0132895;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146092;STB=0.50895;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00577149;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:35:36:0.461538:14:21:24:17:14:22:25:17 chr1 7887248 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.021;QD=64.4151;RBI=0.0256949;REFB=0;REVB=0.0137068;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21681e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 7887493 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000989383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.698;QD=58.061;RBI=0.0781797;REFB=0;REVB=0.0781734;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264584;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:40:21:0:0 chr1 7887605 . G A 152.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00477685;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.641;QD=17.4106;RBI=0.0131999;REFB=-0.0134117;REVB=0.0123052;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670294;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0135914;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:19:16:16:0.457143:10:6:8:10:10:6:9:10 chr1 7889941 . C T 337.88 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0145099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.803;QD=17.5523;RBI=0.021375;REFB=-0.00203979;REVB=0.0156957;RO=40;SAF=25;SAR=11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213421;STB=0.522126;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00229487;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:11:25:27:13:11:25:27:14 chr1 7890053 . G A 35.07 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.014311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6344;QD=5.19551;RBI=0.0336642;REFB=-0.0242614;REVB=0.0304708;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146972;STB=0.587912;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.06941;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:5:1:5:15:5:1:5:16 chr1 7890055 . T A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00851711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2428;QD=5.00557;RBI=0.0154711;REFB=-0.0108079;REVB=-0.0129156;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180615;STB=0.624531;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0272534;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:6:16:5:1:6:16 chr1 7906476 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1529;QD=47.8222;RBI=0.0148838;REFB=0;REVB=-0.00059012;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429559;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 7909737 . C T 271.91 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0702964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0501;QD=14.8991;RBI=0.0805735;REFB=-0.0092008;REVB=-0.0393766;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145092;STB=0.582037;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.010381;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:25:17:17:14:25:17 chr1 7990367 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9016;QD=58.5875;RBI=0.0384963;REFB=0;REVB=0.0383185;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537481;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr1 8031054 . G A 294.27 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00712065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1428;QD=12.9349;RBI=0.0738552;REFB=-0.0222428;REVB=0.0735111;RO=54;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103067;STB=0.54248;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0406729;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:57:34:34:0.373626:19:15:29:25:19:15:29:28 chr1 8042970 . G T 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.01331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.569;QD=29.2199;RBI=0.0328398;REFB=-0.0320529;REVB=0.0300215;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164734;STB=0.509083;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0122284;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:9:14:7:5:9:14:7:5 chr1 8390495 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5265;QD=35.5754;RBI=0.0644675;REFB=0;REVB=0.0410902;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206872;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 8390888 . G A 366.19 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0100183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.809;QD=16.2751;RBI=0.0126498;REFB=-0.00413375;REVB=0.00772353;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107044;STB=0.506021;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00410082;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:21:18:23:28:21:18:23:28 chr1 8412935 . C T 1836.33 PASS AF=1;AO=106;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270563;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.75;QD=61.2109;RBI=0.0280312;REFB=0;REVB=0.00732839;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482673;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:106:120:1:54:52:0:0:60:60:0:0 chr1 8412989 . A G 1365.61 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00478039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.401;QD=58.1109;RBI=0.0114524;REFB=-0.0199946;REVB=0.010407;RO=4;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440203;STB=0.523251;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00183627;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:4:4:90:90:0.957447:41:49:0:4:41:49:0:4 chr1 8418644 . C A 327.48 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518129;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.519;QD=54.5792;RBI=0.083056;REFB=0;REVB=0.0649132;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312001;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 8418650 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.817;QD=54.5177;RBI=0.020747;REFB=0;REVB=0.00516166;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010464;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 8928125 . G T 279.71 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.231;QD=48.6444;RBI=0.0264677;REFB=-0.104643;REVB=-0.000317206;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00105927;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:15:7:0:0:15:7:0:1 chr1 9009444 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.35;QD=50.413;RBI=0.01899;REFB=0;REVB=-0.00540504;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183796;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 9009451 . G C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00472662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8963;QD=22.5856;RBI=0.0276513;REFB=0.0272942;REVB=0.0272443;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23253;STB=0.63135;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0141872;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:5:1:6:5:5:1 chr1 9009470 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00625661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.664;QD=15.8391;RBI=0.00883495;REFB=-0.0212768;REVB=-0.00623788;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326506;STB=0.655356;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0235927;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:5:1:5:3:5:2 chr1 9011537 . G A 166.51 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0191613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.557;QD=16.2451;RBI=0.0277105;REFB=-0.0219805;REVB=-0.020018;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2233;STB=0.638151;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0283065;OID=.;OPOS=9011537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:9:8:16:7:10:8:16:7 chr1 9011586 . T G 747.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.255;QD=63.6129;RBI=0.0620307;REFB=0;REVB=0.053768;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70038e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr1 9011627 . G A 205.37 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0198164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8933;QD=16.7651;RBI=0.0256557;REFB=-0.0186026;REVB=-0.016295;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370052;STB=0.710334;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0315209;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:8:20:7:14:8:20 chr1 9011722 . G T 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.903;QD=54.5087;RBI=0.0399856;REFB=0;REVB=0.0114581;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158276;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 9017204 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.02371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.645;QD=22.9576;RBI=0.0312211;REFB=0.000778504;REVB=-0.0203124;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.000512222;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:4:7:7:9:4:7 chr1 9030964 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0126829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.509;QD=18.6421;RBI=0.0166466;REFB=-0.00970728;REVB=0.010782;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311189;STB=0.676304;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0115909;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:8:16:7:14:8:16 chr1 9034421 . G A 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0152016;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.413;QD=16.8253;RBI=0.0168731;REFB=-0.0108611;REVB=-0.00732199;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733611;STB=0.568564;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0104353;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:28:21:21:0.428571:10:11:15:10:10:11:18:10 chr1 9039704 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00058926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.644;QD=39.2067;RBI=0.0736811;REFB=0;REVB=-0.0736787;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017201;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 9129620 . C T 495.5 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0187444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.44;QD=23.3178;RBI=0.0276238;REFB=-0.00777755;REVB=-0.020291;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055676;STB=0.530579;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0058893;OID=.;OPOS=9129620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:23:24:22:16:23:24:22:16 chr1 9188876 . T C 453.48 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0705994;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.794;QD=19.9331;RBI=0.0725583;REFB=-0.00624545;REVB=0.0167463;RO=46;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375664;STB=0.50476;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00718643;OID=.;OPOS=9188876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:46:44:45:0.494505:26:18:19:27:26:19:19:27 chr1 9188967 . G C 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1802;QD=18.7643;RBI=0.0221965;REFB=-0.00231379;REVB=0.0221965;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306858;OID=.;OPOS=9188967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr1 9307033 . G A 198.53 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0279989;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8818;QD=18.9072;RBI=0.0394105;REFB=-0.0387056;REVB=0.0277353;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407202;STB=0.73147;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0267911;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:7:15:5:15:7:15 chr1 9307138 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0749508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.681;QD=14.0974;RBI=0.0749594;REFB=-0.000673321;REVB=0.00113369;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196261;STB=0.586076;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00232453;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:12:13:0.419355:5:7:7:11:6:7:7:11 chr1 9323910 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00989538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.365;QD=12.0243;RBI=0.0109832;REFB=-0.0111142;REVB=-0.0047657;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325542;STB=0.519199;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0229361;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:3:17:10:2:3:17 chr1 9416346 . C T 155.9 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0194432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.155;QD=15.5903;RBI=0.0208434;REFB=-0.0247972;REVB=-0.00751082;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089133;STB=0.559933;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0277811;OID=.;OPOS=9416346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:6:11:16:6:6:11:17:6 chr1 9427869 . G A 801.51 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938502;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.433;QD=57.251;RBI=0.0942074;REFB=0;REVB=0.00819673;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201113;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr1 9670834 . C T 1504.84 PASS AF=0.938596;AO=106;DP=115;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0871655;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4294;QD=52.8015;RBI=0.0877494;REFB=-0.0929528;REVB=-0.010106;RO=5;SAF=49;SAR=57;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289293;STB=0.52458;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0127597;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:115:114:5:7:106:107:0.938596:57:49:4:1:58:49:6:1 chr1 9888202 . C T 410.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.89;QD=56.6718;RBI=0.0550196;REFB=0;REVB=0.00237381;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218686;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:19:7:0:0:21:8:0:0 chr1 10166433 . T TC 35.23 PASS AF=0.25;AO=11;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0303929;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.9289;QD=3.52343;RBI=0.0388116;REFB=-0.00633258;REVB=-0.0241374;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349458;STB=0.556701;STBP=0.685;TYPE=ins;VARB=0.142818;OID=.;OPOS=10166434;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:11:41:10:40:30:3:7:11:19:35:30:2:9:13:17 chr1 10218439 . T C 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00823922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7462;QD=14.7397;RBI=0.0449979;REFB=0.0227203;REVB=-0.0442372;RO=41;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559515;STB=0.531732;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0183781;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:13:17:21:20:13:17:21:20 chr1 10318652 . C G 332.9 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0269576;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.49;QD=16.2391;RBI=0.0278918;REFB=-0.0136692;REVB=-0.0071582;RO=46;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132982;STB=0.580599;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0180776;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:35:36:0.439024:22:13:23:23:23:13:23:23 chr1 10339209 . CAT C 172.16 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000940409;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.582;QD=13.5025;RBI=0.0105018;REFB=-0.0146228;REVB=0.0104596;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194119;STB=0.597962;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=0.0208479;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:20:54:20:51:31:9:11:19:12:99:28:9:11:18:10 chr1 10366692 . C G 317.59 PASS AF=0.52459;AO=26;DP=64;FAO=32;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00780078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.419;QD=20.8255;RBI=0.0578575;REFB=-0.0176364;REVB=0.0573292;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410199;STB=0.665122;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0188568;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:28:27:26:32:0.52459:19:7:20:8:22:10:18:9 chr1 10435324 . C A 254.3 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0117948;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.284;QD=14.3267;RBI=0.0117989;REFB=-0.0103387;REVB=0.000312439;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745841;STB=0.539767;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0125605;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:41:29:30:0.422535:9:20:30:10:9:21:31:10 chr1 10460485 . T C 334.78 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0074255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.058;QD=19.4076;RBI=0.0329705;REFB=-0.0310204;REVB=0.0321234;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976095;STB=0.55197;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0294258;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:33:34:34:35:0.507246:11:23:19:14:12:23:19:15 chr1 10473196 . C T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00494271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.795;QD=14.3342;RBI=0.014779;REFB=0.00321681;REVB=-0.0139279;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157825;STB=0.57609;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00622122;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:8:9:17:8:8:9:17:9 chr1 10490522 . C T 282.64 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00195818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.7;QD=28.9888;RBI=0.0707876;REFB=-0.0102039;REVB=0.0707605;RO=14;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185473;STB=0.601037;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00763487;OID=.;OPOS=10490522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:7:18:13:1:7:18:13:1 chr1 10511589 . T C 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.367;QD=60.9727;RBI=0.0399218;REFB=0;REVB=-0.00498231;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103909;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr1 10521569 . C T 196.67 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0438565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.145;QD=18.2949;RBI=0.0484055;REFB=-0.0386564;REVB=0.0204866;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264302;STB=0.639204;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0255302;OID=.;OPOS=10521569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:14:8:13:7:14:9 chr1 10521649 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0021889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.743;QD=14.0952;RBI=0.0415682;REFB=-0.0208149;REVB=0.0415106;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.604131;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0389334;OID=.;OPOS=10521649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:8:5:6:5:9:5 chr1 10521697 . C T 38.18 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0267808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.116;QD=10.1807;RBI=0.0440975;REFB=-0.0110777;REVB=-0.035034;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374671;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0161415;OID=.;OPOS=10521697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:6:2:4:2:6:3 chr1 11008497 . G C 289.14 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=78;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.0468267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.012;QD=13.7686;RBI=0.0481007;REFB=-0.0240327;REVB=0.0109969;RO=49;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028012;STB=0.58457;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0427397;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:49:49:28:35:0.416667:20:8:13:36:21:14:13:36 chr1 11008695 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0268328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.652;QD=16.1562;RBI=0.027142;REFB=-0.014399;REVB=-0.00408509;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321813;STB=0.681914;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.015196;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:19:8:20:12:19:8:20:12 chr1 11014118 . C T 374.49 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0550477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5655;QD=27.2358;RBI=0.11701;REFB=-0.00669701;REVB=0.103253;RO=19;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029505;STB=0.520113;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00640648;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:35:36:0.654545:15:20:10:9:15:21:10:9 chr1 11015165 . A G 477.35 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0070789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.516;QD=18.0132;RBI=0.0094016;REFB=-0.0187666;REVB=-0.00618702;RO=55;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153532;STB=0.584991;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0195255;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:25:26:19:36:25:26:19:36 chr1 11087524 . G A 681.65 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0774316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.004;QD=59.2737;RBI=0.0796569;REFB=0.0212878;REVB=0.0186967;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000692698;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr1 11090916 . C A 631.57 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.593;QD=61.6167;RBI=0.051538;REFB=0;REVB=-0.0401081;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48343e-05;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr1 11132217 . G A 728.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191406;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.671;QD=57.154;RBI=0.0202204;REFB=0;REVB=0.00651943;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519606;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 11141187 . C G 197.76 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1176;QD=43.9466;RBI=0.0243881;REFB=0.00825342;REVB=-0.0047661;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00312717;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr1 11205058 . C T 338.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.075;QD=54.1724;RBI=0.0499325;REFB=0;REVB=-0.000447189;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679066;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 11288758 . G A 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.261;QD=60.6033;RBI=0.024636;REFB=0;REVB=0.000994185;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98672e-05;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 11301714 . A G 883.54 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.312;QD=57.937;RBI=0.0041854;REFB=0;REVB=-0.0018953;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3804e-06;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr1 11579470 . G A 397.07 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0119713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.529;QD=23.3573;RBI=0.0129942;REFB=-0.0118251;REVB=0.00505332;RO=29;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645567;STB=0.535451;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00931363;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:21:18:11:18:21:18:11:18 chr1 11589911 . G A 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00855192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.028;QD=24.3003;RBI=0.0254157;REFB=-0.0154966;REVB=0.0239338;RO=30;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139097;STB=0.576409;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00923295;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:27:15:16:14:27:15:16:14 chr1 11710561 . T G 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0200731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.225;QD=12.5456;RBI=0.0243985;REFB=-0.026627;REVB=-0.0138692;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158103;STB=0.509084;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0471486;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:20:22:14:12:20:22 chr1 11728894 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=6.02069e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1199;QD=18.1631;RBI=0.00153879;REFB=-0.0170117;REVB=0.00153761;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160348;STB=0.589379;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0122004;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:17:21:16:26:17:21:16:26 chr1 11731399 . G A 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0343656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5886;QD=18.2997;RBI=0.0484289;REFB=0.0378136;REVB=0.0341228;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0413833;OID=.;OPOS=11731399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:11:12:10:10:11:12 chr1 11766424 . C T 80.96 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0523614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.96;QD=11.9941;RBI=0.151432;REFB=-0.0124012;REVB=0.142091;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0306343;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:27:17:16:10:11:0.407407:5:5:10:7:6:5:10:6 chr1 11810674 . G A 173.01 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.000892363;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.88;QD=11.162;RBI=0.0137998;REFB=-0.00435121;REVB=0.013771;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244444;STB=0.695477;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0116694;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:40:22:22:0.354839:7:15:15:18:7:15:15:25 chr1 11810691 . C T 264.75 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0410172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.0697;QD=14.1201;RBI=0.0492717;REFB=-0.00823078;REVB=-0.0273001;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145092;STB=0.612694;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0166324;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:44:31:31:0.413333:14:17:17:25:13:18:17:27 chr1 11810765 . T A 1467.07 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352361;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.442;QD=61.7713;RBI=0.0354443;REFB=-0.104769;REVB=-0.0038359;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000659151;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:51:42:0:1:51:43:0:1 chr1 11810844 . A G 365.88 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0363073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.727;QD=18.763;RBI=0.0371699;REFB=-0.00724335;REVB=0.00796145;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372264;STB=0.502074;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0104068;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:17:23:22:16:17:23 chr1 11826085 . G A 153.49 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0135513;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6008;QD=19.1864;RBI=0.0692313;REFB=0.00151126;REVB=0.0678921;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211416;OID=.;OPOS=11826085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:16:16:16:16:0.5:11:5:5:11:11:5:5:11 chr1 11826630 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0673176;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.387;QD=19.1085;RBI=0.0679977;REFB=-0.00346864;REVB=-0.00959337;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00102676;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr1 11827304 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.919;QD=32.8217;RBI=0.0397255;REFB=0.0558239;REVB=0.0171219;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0207257;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:1:8:0:0:1:8:0:1 chr1 11828238 . G A 61.6 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00163429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.801;QD=10.7139;RBI=0.0615613;REFB=-0.0238756;REVB=0.0615396;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.562357;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0487478;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:22:23:13:14:8:9:0.391304:6:2:5:8:6:3:6:8 chr1 11828319 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00843142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.859;QD=20.0176;RBI=0.00961676;REFB=-0.0119233;REVB=0.00462528;RO=17;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566722;STB=0.833849;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.01066;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:17:1:7:10:17:1:7:10 chr1 11828364 . G A 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0295357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.365;QD=19.0157;RBI=0.0304424;REFB=-0.0081374;REVB=0.00737446;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353412;STB=0.694257;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0126843;OID=.;OPOS=11828364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:0:14:11:4:0:14 chr1 11831615 . C T 523.82 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135513;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.396;QD=59.8646;RBI=0.0155288;REFB=0;REVB=0.00758336;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116493;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 11832311 . G C 207.72 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0162054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6169;QD=17.6781;RBI=0.0493794;REFB=0.00223842;REVB=0.0466446;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258183;STB=0.637548;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00156657;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:14:7:15:10:14:7:15:11 chr1 11835556 . C T 185.86 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0117569;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.923;QD=12.1878;RBI=0.0210004;REFB=-0.0274103;REVB=-0.0174009;RO=38;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151335;STB=0.565552;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0390076;OID=.;OPOS=11835556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:38:22:23:0.377049:7:15:21:17:8:15:21:17 chr1 11836628 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.119;QD=57.1775;RBI=0.0242556;REFB=0;REVB=0.00069032;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18081e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr1 11836670 . C A 124.14 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00642444;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.367;QD=12.4138;RBI=0.00808054;REFB=-0.0149332;REVB=-0.00490119;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134352;STB=0.582673;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0169363;OID=.;OPOS=11836670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:7:7:9:15:7:8:10:15 chr1 11836682 . C T 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.023741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.715;QD=21.9686;RBI=0.0276666;REFB=-0.0165066;REVB=0.0142059;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248193;STB=0.639855;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0161644;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:10:7:14:6:10:7 chr1 11838841 . A G 399.37 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0106987;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.348;QD=20.2213;RBI=0.0111492;REFB=-0.000227598;REVB=0.0031371;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276429;STB=0.631122;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000222564;OID=.;OPOS=11838841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:42:39:39:40:0.506329:21:18:32:10:21:19:29:10 chr1 11838848 . G T 341.59 PASS AF=0.5;AO=34;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0215762;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.672;QD=18.9773;RBI=0.0215835;REFB=-0.00383815;REVB=-0.000564487;RO=36;SAF=26;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303836;STB=0.677312;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0077022;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:36:34:36:0.5:8:26:17:19:8:28:17:19 chr1 11839009 . C T 72.81 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0122079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.449;QD=20.8028;RBI=0.0338392;REFB=0.0558166;REVB=0.0315604;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275108;STB=0.659987;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00482144;OID=.;OPOS=11839009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:2:3:2:7:2:3 chr1 11839034 . G A 58.53 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0101196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6745;QD=14.6333;RBI=0.0773739;REFB=-0.0386446;REVB=0.0767093;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0490055;OID=.;OPOS=11839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr1 11839923 . C T 237.45 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00815679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.951;QD=13.765;RBI=0.0422479;REFB=-0.00189378;REVB=0.041453;RO=39;SAF=6;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190354;STB=0.599378;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00355975;OID=.;OPOS=11839923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:22:6:14:25:22:6:14:27 chr1 11839966 . G A 397.07 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.061212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.847;QD=23.3574;RBI=0.0679282;REFB=-0.0121917;REVB=0.0294506;RO=29;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415535;STB=0.52281;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0124244;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:25:14:9:20:25:14:9:20 chr1 11839998 . T C 804.04 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206383;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.326;QD=57.4314;RBI=0.0295646;REFB=0;REVB=0.021169;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257499;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr1 11844330 . C T 553.04 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0181839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.799;QD=24.5797;RBI=0.021127;REFB=-0.0212146;REVB=0.0107563;RO=38;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935617;STB=0.551479;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0138679;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:38:39:50:51:0.566667:27:23:22:16:27:24:23:16 chr1 11845222 . T C 325.15 PASS AF=0.6;AO=28;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00570688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5675;QD=26.0118;RBI=0.00572406;REFB=-0.0477535;REVB=0.000443059;RO=20;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218991;STB=0.591486;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0366677;OID=.;OPOS=11845222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:28:30:0.6:9:19:8:12:10:20:9:11 chr1 11847449 . G A 170.18 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.040178;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0123;QD=16.6033;RBI=0.0447623;REFB=-0.0182396;REVB=-0.0197331;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494516;STB=0.561333;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0408476;OID=.;OPOS=11847449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:23:18:18:0.439024:6:12:13:8:6:12:13:10 chr1 11848068 . G C 175.99 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0133585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.979;QD=15.3037;RBI=0.0150698;REFB=-0.0135143;REVB=0.00697494;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787827;STB=0.53913;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0160664;OID=.;OPOS=11848068;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:18:19:0.413043:9:9:15:11:9:10:16:11 chr1 11849446 . CA CG,TG 405.6 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=30;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104148,0.0121751;FXX=0.0333222;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=213.828,81.3359;QD=55.9446;RBI=0.0161394,0.0235291;REFB=0,0;REVB=0.0123294,0.0201342;RO=0;SAF=18,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0010811,0.0503903;OID=.,.;OPOS=11849447,11849446;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:9,2:18,0:0:0:10,2:17,0:0:0 chr1 11850927 . C T 578.19 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0172183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.46;QD=15.4183;RBI=0.0682001;REFB=-0.0241537;REVB=0.0659908;RO=86;SAF=44;SAR=18;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300449;STB=0.669594;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0220885;OID=.;OPOS=11850927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:88:62:62:0.413333:18:44:37:49:18:44:38:50 chr1 11854457 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.569;QD=59.8374;RBI=0.0286114;REFB=0;REVB=-0.0278487;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7292e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 11854476 . T G 214.47 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0121625;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.303;QD=20.4261;RBI=0.0184465;REFB=-0.0106011;REVB=0.0138689;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.549248;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0120855;OID=.;OPOS=11854476;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:21:21:21:0.5:13:8:9:11:13:8:10:11 chr1 11854896 . G A 164.09 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0575129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.545;QD=12.87;RBI=0.0579649;REFB=-0.014897;REVB=0.00722471;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142402;STB=0.58238;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.031291;OID=.;OPOS=11854896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:11:21:10:9:11:21 chr1 11863057 . G A 241.64 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.000747793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.664;QD=12.392;RBI=0.0339565;REFB=-0.0086835;REVB=-0.0339482;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216756;STB=0.610792;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0100131;OID=.;OPOS=11863057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:47:49:29:29:0.371795:12:17:18:29:12:17:20:29 chr1 11884554 . GA G,GG 353.49 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,24;DP=27;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660919,-0.00439453;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.006,245.714;QD=54.383;RBI=0.0612734,0.0484463;REFB=0,0;REVB=0.0609159,0.0482466;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000903997,-0.000135842;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:3,24:27:1,25:26:0:1,13:0,12:0:0:5:0:3,11:0,13:0:0 chr1 11897082 . C T 418.2 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0564244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.569;QD=20.1543;RBI=0.120955;REFB=-0.030695;REVB=0.106988;RO=39;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763682;STB=0.54179;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0369341;OID=.;OPOS=11897082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:41:42:42:0.506024:20:22:17:22:20:22:18:23 chr1 11898789 . G T 193.98 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0128291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0396;QD=24.2477;RBI=0.0128296;REFB=-0.0404038;REVB=0.000105258;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.559934;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0290704;OID=.;OPOS=11898789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:13:19:19:0.59375:5:14:7:5:5:14:8:5 chr1 11899033 . G T 99.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0371374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.629;QD=14.6981;RBI=0.0408334;REFB=-0.000810223;REVB=-0.0169757;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256705;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000730036;OID=.;OPOS=11899033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:9:6:8:4:9:6 chr1 11907648 . C T 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00927548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.741;QD=20.4945;RBI=0.0221193;REFB=-0.0153351;REVB=-0.0200805;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509841;STB=0.549137;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0131323;OID=.;OPOS=11907648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:30:34:34:0.53125:18:16:11:16:18:16:11:19 chr1 11968230 . T C 136.7 PASS AF=0.32;AO=17;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0177161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.87;QD=10.9356;RBI=0.0177348;REFB=-0.0124411;REVB=-0.0008142;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247229;STB=0.679397;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0212579;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:17:16:0.32:10:7:21:12:10:6:22:12 chr1 11968259 . A G 132.44 PASS AF=0.320755;AO=14;DP=51;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00543587;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.926;QD=9.99507;RBI=0.0132976;REFB=-0.0130178;REVB=0.0121358;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410522;STB=0.728588;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0242345;OID=.;OPOS=11968259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:34:36:14:17:0.320755:10:4:22:12:12:5:23:13 chr1 11968273 . A G 127.36 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0143186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.974;QD=9.26221;RBI=0.0348795;REFB=0.0106062;REVB=0.031805;RO=38;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357829;STB=0.713127;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.020649;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:12:5:23:15:12:5:23:15 chr1 11968316 . T TA 99.29 PASS AF=0.295455;AO=11;DP=46;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0408518;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=269.338;QD=9.02612;RBI=0.0426085;REFB=0.00113858;REVB=-0.0121085;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531685;STB=0.729391;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=-0.00201105;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:11:46:13:44:31:4:9:20:11:99:33:2:9:21:12 chr1 11969917 . A G 83.77 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0106075;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0131;QD=17.6347;RBI=0.0492731;REFB=-0.0143815;REVB=0.0481178;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.628944;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0119953;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:5:4:7:3:5:4 chr1 11983068 . C T 183.0 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0306999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0442;QD=25.242;RBI=0.0815632;REFB=-0.0182017;REVB=0.075565;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.585268;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0120966;OID=.;OPOS=11983068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:11:11:17:18:0.62069:11:6:6:5:12:6:6:5 chr1 11983206 . AA CG,GA 334.52 PASS AF=0,0.771429;AO=2,20;DP=31;FAO=0,27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=0,9;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0279234,0.0774989;FXX=0.0277701;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=183.404,163.501;QD=38.2305;RBI=0.0306945,0.0791527;REFB=-0.00176555,-0.0323345;REVB=0.0127449,0.0160956;RO=8;SAF=2,2;SAR=0,18;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.812466,0.167345;STB=0.5,0.590848;STBP=1,0.101;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00104495;OID=.,.;OPOS=11983206,11983206;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:31:35:8:8:2,20:0,27:0,0.771429:0,18:2,2:0:8:0,18:0,9:0:8 chr1 12009955 . C T 152.65 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0301152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2805;QD=17.4451;RBI=0.0341859;REFB=-0.00405078;REVB=0.0161787;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359142;STB=0.685035;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00767849;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:15:17:0.485714:10:5:13:5:11:6:13:5 chr1 12024235 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0299939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9515;QD=17.9558;RBI=0.0858034;REFB=-0.0265907;REVB=0.0803902;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796379;STB=0.545398;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0280027;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:7:10:8:8:7:10 chr1 12065981 . A G 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0154949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4799;QD=19.6915;RBI=0.016284;REFB=-0.0191612;REVB=-0.00500772;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155485;STB=0.587088;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0184919;OID=.;OPOS=12065981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:11:14:10:16:11:14 chr1 12082926 . A G 220.74 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0113599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.797;QD=17.6592;RBI=0.0486063;REFB=-0.0142539;REVB=-0.0472601;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168751;STB=0.511226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0236951;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:13:9:11:16:13:9:12:16 chr1 12175729 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.624;QD=57.1944;RBI=0.0419325;REFB=0;REVB=0.0273075;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118537;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 12186058 . A G 184.89 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0156069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.495;QD=18.4888;RBI=0.0244483;REFB=-0.0239674;REVB=-0.0188188;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351908;STB=0.53842;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0252948;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:6:13:13:7:6:13:13:8 chr1 12198297 . T C 1073.76 PASS AF=0.429091;AO=116;DP=275;FAO=118;FDP=275;FR=.;FRO=157;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=80;FSRR=77;FWDB=-0.0523758;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.648;QD=15.6183;RBI=0.0688992;REFB=-0.046222;REVB=-0.0447647;RO=156;SAF=59;SAR=57;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432743;STB=0.504225;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0656575;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:156:157:116:118:0.429091:57:59:80:76:57:61:80:77 chr1 12248942 . A G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0244858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.963;QD=15.6243;RBI=0.0276254;REFB=-0.0224087;REVB=-0.0127909;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266556;STB=0.652008;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0356791;OID=.;OPOS=12248942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:6:17:8:9:6:17 chr1 12251808 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.153;QD=49.5992;RBI=0.0536925;REFB=0;REVB=0.0491087;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342849;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 12252955 . T G 294.48 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00519953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.07;QD=28.0458;RBI=0.0106742;REFB=-0.0231093;REVB=-0.00932222;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907371;STB=0.514695;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0155504;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:25:26:0.619048:12:13:8:7:12:14:8:8 chr1 12382751 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0162447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.934;QD=14.6658;RBI=0.0163906;REFB=-0.0220052;REVB=-0.00218183;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.550496;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0193471;OID=.;OPOS=12382751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:13:7:7:8:13:8 chr1 12401868 . A C 161.7 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0237836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.621;QD=15.4004;RBI=0.0242757;REFB=-0.0125222;REVB=-0.00486335;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492737;STB=0.508371;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0298402;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:24:17:18:0.428571:7:10:14:8:7:11:15:9 chr1 12628188 . T C 297.6 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00543685;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.238;QD=21.6433;RBI=0.0444407;REFB=-0.0240951;REVB=0.0441069;RO=22;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170675;STB=0.584597;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0190197;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:22:24:30:31:0.563636:10:20:10:12:11:20:11:13 chr1 12628459 . G A 313.49 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.139044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4639;QD=22.3924;RBI=0.13908;REFB=-0.0315042;REVB=-0.00319406;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13615;STB=0.566625;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0339665;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:14:17:9:15:15:17:9:15 chr1 12638964 . T C 727.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6894;QD=63.2662;RBI=0.0556085;REFB=0;REVB=0.00264517;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527821;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 12639168 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.825;QD=51.9167;RBI=0.0567944;REFB=0;REVB=0.0136744;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422071;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 12639309 . G C 293.81 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=9.79244e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.48;QD=15.067;RBI=0.000177447;REFB=-0.0113295;REVB=0.00014798;RO=44;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232781;STB=0.631498;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0163496;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:32:33:0.423077:21:11:25:19:22:11:25:20 chr1 12677242 . G A 527.32 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0184385;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.141;QD=20.2814;RBI=0.0311049;REFB=-0.0167823;REVB=0.0250507;RO=49;SAF=26;SAR=28;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992462;STB=0.558718;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0167807;OID=.;OPOS=12677242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:50:54:54:0.519231:28:26:18:31:28:26:18:32 chr1 12779560 . T C 380.77 PASS AF=0.5;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0117834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.953;QD=19.5267;RBI=0.0229144;REFB=-0.00013611;REVB=0.0196525;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883265;STB=0.551974;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000153388;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:39:39:39:0.5:21:18:13:23:21:18:14:25 chr1 12779618 . T C 479.72 PASS AF=0.52809;AO=41;DP=85;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0263672;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.891;QD=21.5603;RBI=0.0263784;REFB=-0.0169275;REVB=-0.00076826;RO=44;SAF=12;SAR=29;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999081;STB=0.510816;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0167532;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:44:42:41:47:0.52809:29:12:17:27:29:18:17:25 chr1 12785493 . TGT TG,TT,TTT 244.29 PASS AF=0.409091,0.0909091,0.318182;AO=12,6,11;DP=44;FAO=18,4,14;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=10,2,9;FSAR=8,2,5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00475797,0.00687733,0.00685649;FXX=0.0222173;HRUN=7,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=6.67592,172.109,175.639;QD=22.2085;RBI=0.30765,0.062446,0.0769485;REFB=-0.124884,-0.0184122,-0.0154774;REVB=0.307613,-0.0620661,-0.0766424;RO=12;SAF=8,4,6;SAR=4,2,5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.222009,0.264239,0.115026;STB=0.517222,0.5,0.554715;STBP=0.765,1,0.537;TYPE=del,del,snp;VARB=0.212812,-0.0158837,0.0177862;OID=.,.,.;OPOS=12785495,12785494,12785494;OREF=T,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.409091,0.0909091,0.318182:12,6,11:44:18,4,14:44:8:10,2,9:8,2,5:4:4:66:12:8,4,6:4,2,5:5:7 chr1 12799736 . C T 535.89 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00823557;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.755;QD=23.2997;RBI=0.0177003;REFB=-0.0356636;REVB=-0.0156676;RO=41;SAF=23;SAR=27;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057907;STB=0.536517;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.033036;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:41:42:50:50:0.543478:27:23:16:25:27:23:16:26 chr1 12820870 . T C 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00764432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.226;QD=20.7383;RBI=0.00855463;REFB=-0.0351513;REVB=0.00384006;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521025;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0312348;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:9:7:9:9:9:7 chr1 12835868 . T C 369.4 PASS AF=0.385965;AO=43;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00397114;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.827;QD=12.9612;RBI=0.0166895;REFB=-0.0221551;REVB=0.0162102;RO=70;SAF=21;SAR=22;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281982;STB=0.522717;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0325446;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:43:44:0.385965:22:21:36:34:23:21:36:34 chr1 12837634 . T A 636.8 PASS AF=0.461538;AO=64;DP=141;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0437736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3196;QD=17.8127;RBI=0.070623;REFB=-0.00861399;REVB=-0.0554209;RO=76;SAF=40;SAR=24;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112623;STB=0.565543;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0145854;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:76:77:64:66:0.461538:24:40:39:37:24:42:40:37 chr1 12853403 . A C 82.2 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0425056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2363;QD=8.88595;RBI=0.0556058;REFB=-0.00471162;REVB=0.0358507;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348831;STB=0.71926;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0263109;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:25:26:11:11:0.297297:7:4:17:8:7:4:18:8 chr1 12854428 . C T 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00976429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.038;QD=9.82626;RBI=0.0139862;REFB=-0.0126384;REVB=0.0100137;RO=48;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171286;STB=0.601815;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0268341;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:18:5:16:32:18:5:16:32 chr1 12854530 . C G 43.27 PASS AF=0.125;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.0160617;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.559;QD=2.40408;RBI=0.0428678;REFB=4.42166e-05;REVB=0.0397451;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271022;STB=0.739212;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00328622;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:73:72:51:63:9:9:0.125:4:5:17:34:4:5:17:46 chr1 12854544 . T C 185.22 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0297975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.751;QD=10.2901;RBI=0.0307378;REFB=-0.00540596;REVB=0.00754491;RO=48;SAF=6;SAR=18;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894026;STB=0.552586;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0113102;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:18:6:15:33:18:6:15:33 chr1 12855835 . C G 335.66 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3248;QD=51.6403;RBI=0.0589399;REFB=0;REVB=0.0453921;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173915;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:19:5:0:0:21:5:0:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 350.7 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469653,-0.0314751;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=33.6673,76.9767;QD=53.9534;RBI=0.0469852,0.0395758;REFB=0,0;REVB=0.00136865,-0.0239909;RO=0;SAF=0,5;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00590786,0.000440316;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:2,19:0,5:0:0:2,19:0,5:0:0 chr1 12855878 . A C 150.93 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00371959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.796;QD=20.1241;RBI=0.00637097;REFB=-0.0181086;REVB=-0.00517242;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194728;STB=0.61161;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0155987;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:5:9:13:3:5:9 chr1 12856010 . C G 108.99 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0198442;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.496;QD=12.8221;RBI=0.0446748;REFB=-0.0118902;REVB=-0.0400255;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.55094;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0118953;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:21:13:13:0.382353:4:9:11:8:4:9:13:8 chr1 12856087 . C T 51.62 PASS AF=0.163636;AO=7;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0296021;FXX=0.0350816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.612;QD=3.75393;RBI=0.0472304;REFB=-0.0109221;REVB=-0.0368025;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264104;STB=0.69952;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0373645;OID=.;OPOS=12856087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:55:55:30:46:7:9:0.163636:2:5:15:15:2:7:26:20 chr1 12856111 . C T 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0323304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.276;QD=5.26825;RBI=0.0438558;REFB=-0.00926321;REVB=-0.0296324;RO=39;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078537;STB=0.568493;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.029238;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:39:41:10:10:0.196078:5:5:22:17:5:5:24:17 chr1 12856146 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.000100863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.176;QD=6.31776;RBI=0.0318014;REFB=0.0013163;REVB=-0.0318012;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166687;STB=0.605807;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0045485;OID=.;OPOS=12856146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:4:4:16:9:4:4:16:9 chr1 12887549 . T C 1425.19 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0192407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9884;QD=60.6463;RBI=0.0332535;REFB=-0.180019;REVB=-0.0271218;RO=2;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023687;STB=0.512497;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00767744;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:39:53:0:2:39:53:0:2 chr1 12888523 . T G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0261816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.641;QD=9.44485;RBI=0.0434781;REFB=-0.0162888;REVB=0.0347113;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.599699;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0413329;OID=.;OPOS=12888523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:8:2:2:4:8:2 chr1 12907379 . T C 65.04 PASS AF=0.183333;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.000760207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.658;QD=4.33601;RBI=0.0121976;REFB=-0.00534625;REVB=0.0121739;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217096;STB=0.588621;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0232028;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:60:49:49:10:11:0.183333:3:7:26:23:4:7:26:23 chr1 12907449 . C G 71.87 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0296316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.422;QD=4.63703;RBI=0.048676;REFB=-0.0164591;REVB=-0.0386176;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150968;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0728088;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:49:50:12:12:0.193548:5:7:28:21:5:7:29:21 chr1 12907633 . G A 74.64 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0117945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.448;QD=4.26501;RBI=0.0173036;REFB=-0.00415825;REVB=-0.0126611;RO=57;SAF=10;SAR=3;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412071;STB=0.768817;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0150433;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:57:57:13:13:0.185714:3:10:25:32:3:10:25:32 chr1 12907762 . T C 231.25 PASS AF=0.214689;AO=38;DP=178;FAO=38;FDP=177;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=-0.00475103;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.038;QD=5.2259;RBI=0.0264692;REFB=-0.0058366;REVB=-0.0260393;RO=134;SAF=26;SAR=12;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308602;STB=0.69619;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0176374;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:134:139:38:38:0.214689:12:26:59:75:12:26:60:79 chr1 12907777 . T C 581.05 PASS AF=0.379888;AO=68;DP=179;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.00410144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0502;QD=12.9844;RBI=0.0259142;REFB=-0.00310801;REVB=0.0255876;RO=109;SAF=38;SAR=30;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991411;STB=0.556051;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00504823;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:109:111:68:68:0.379888:30:38:51:58:30:38:52:59 chr1 12907781 . T C 219.58 PASS AF=0.205556;AO=37;DP=181;FAO=37;FDP=180;FR=.;FRO=143;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=0.000437806;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.389;QD=4.87962;RBI=0.0144322;REFB=-0.00759538;REVB=-0.0144255;RO=143;SAF=16;SAR=21;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108696;STB=0.567531;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.018768;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:143:143:37:37:0.205556:21:16:74:69:21:16:74:69 chr1 12907798 . A C 262.23 PASS AF=0.232044;AO=42;DP=176;FAO=42;FDP=181;FR=.;FRO=139;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.03181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.305;QD=5.79507;RBI=0.033499;REFB=-0.0115009;REVB=-0.0105028;RO=134;SAF=20;SAR=22;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205928;STB=0.521043;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0415628;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:181:134:139:42:42:0.232044:22:20:66:68:22:20:70:69 chr1 12907800 . A G 36.13 PASS AF=0.0730337;AO=14;DP=179;FAO=13;FDP=178;FR=.;FRO=165;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.0294474;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2959;QD=0.811876;RBI=0.0379562;REFB=-0.000959041;REVB=-0.0239483;RO=160;SAF=8;SAR=6;SRF=75;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115948;STB=0.620505;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0138529;OID=.;OPOS=12907800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:179:178:160:165:14:13:0.0730337:6:8:75:85:5:8:80:85 chr1 12907802 . CC TT 272.07 PASS AF=0.238636;AO=42;DP=176;FAO=42;FDP=176;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=-0.0335879;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.583;QD=6.18329;RBI=0.033805;REFB=-0.0075366;REVB=0.00382521;RO=134;SAF=20;SAR=22;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205928;STB=0.512453;STBP=0.837;TYPE=mnp;VARB=0.0210968;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:134:134:42:42:0.238636:22:20:66:68:22:20:66:68 chr1 12907837 . C T 403.79 PASS AF=0.319277;AO=53;DP=166;FAO=53;FDP=166;FR=.;FRO=113;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.019115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.384;QD=9.72992;RBI=0.0206879;REFB=-0.00282649;REVB=-0.00791235;RO=113;SAF=26;SAR=27;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046228;STB=0.526737;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00869639;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:113:113:53:53:0.319277:27:26:51:62:27:26:51:62 chr1 12907843 . T G 51.7 PASS AF=0.0914634;AO=14;DP=162;FAO=15;FDP=164;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=0.00734668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.339;QD=1.26103;RBI=0.0354852;REFB=-0.00182859;REVB=-0.0347164;RO=144;SAF=8;SAR=6;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138581;STB=0.640105;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0320419;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:162:164:144:149:14:15:0.0914634:6:8:65:79:6:9:66:83 chr1 12907848 . G C 48.09 PASS AF=0.0897436;AO=14;DP=153;FAO=14;FDP=156;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.0290958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.954;QD=1.23296;RBI=0.0371814;REFB=-0.000958662;REVB=-0.0231494;RO=137;SAF=9;SAR=5;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253079;STB=0.693884;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00959266;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:153:156:137:142:14:14:0.0897436:5:9:58:79:5:9:60:82 chr1 12907885 . T C 683.04 PASS AF=0.492857;AO=68;DP=139;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.029946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=19.5156;RBI=0.0314651;REFB=-0.00827827;REVB=-0.00965875;RO=71;SAF=27;SAR=41;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511504;STB=0.531181;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0064777;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:71:71:68:69:0.492857:41:27:32:39:42:27:32:39 chr1 12918891 . A C 138.91 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=72;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00120824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.066;QD=7.50886;RBI=0.030751;REFB=-0.0125838;REVB=-0.0307273;RO=53;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01599;STB=0.519533;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0409398;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:53:54:19:20:0.27027:8:11:30:23:8:12:31:23 chr1 12918963 . G T 121.52 PASS AF=0.192661;AO=21;DP=110;FAO=21;FDP=109;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.0112114;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.317;QD=4.45952;RBI=0.0285082;REFB=-0.00933941;REVB=-0.0262111;RO=88;SAF=11;SAR=10;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188659;STB=0.618939;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0422157;OID=.;OPOS=12918963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:88:88:21:21:0.192661:10:11:33:55:10:11:33:55 chr1 12919064 . T G 592.59 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0508449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.71;QD=27.2455;RBI=0.0508449;REFB=-0.0315199;REVB=4.61897e-05;RO=33;SAF=26;SAR=27;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13282;STB=0.558454;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0248781;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:34:53:53:0.609195:27:26:10:23:28:25:11:23 chr1 12919079 . C G 144.59 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0157064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.506;QD=7.05338;RBI=0.0193182;REFB=-0.00719215;REVB=-0.0112473;RO=60;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215937;STB=0.638959;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0225353;OID=.;OPOS=12919079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:61:21:21:0.256098:15:6:27:33:15:6:28:33 chr1 12919111 . G A 199.88 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0186817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2596;QD=11.587;RBI=0.0403786;REFB=0.000779366;REVB=0.0357971;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256262;STB=0.647613;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.000102259;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:10:15:16:28:10:15:16:28 chr1 12919872 . T G 456.16 PASS AF=0.396947;AO=51;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0101521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.916;QD=13.9284;RBI=0.0128123;REFB=-0.0136051;REVB=0.00781605;RO=78;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905493;STB=0.50331;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0214534;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:78:79:51:52:0.396947:29:22:33:45:30:22:33:46 chr1 12919891 . G T 392.57 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00197219;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.738;QD=12.1726;RBI=0.0269092;REFB=-0.0180281;REVB=-0.0268368;RO=75;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284331;STB=0.508745;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0232183;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:75:82:47:47:0.364341:27:20:30:45:27:20:36:46 chr1 12919928 . A G 340.34 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0190726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6784;QD=10.6355;RBI=0.059667;REFB=-0.00443708;REVB=-0.0565366;RO=82;SAF=20;SAR=23;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398214;STB=0.519292;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00900544;OID=.;OPOS=12919928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:82:85:43:43:0.335938:23:20:41:41:23:20:42:43 chr1 12919934 . A G 1139.82 PASS AF=0.754098;AO=92;DP=122;FAO=92;FDP=122;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0252;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0202;QD=37.371;RBI=0.0255994;REFB=-0.00662281;REVB=-0.00450461;RO=29;SAF=44;SAR=48;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175032;STB=0.513549;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00325135;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:29:30:92:92:0.754098:48:44:15:14:48:44:16:14 chr1 12919963 . T G 257.25 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0185794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0655;QD=8.94776;RBI=0.0324109;REFB=-0.0102269;REVB=0.026557;RO=80;SAF=15;SAR=20;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172554;STB=0.600928;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0230998;OID=.;OPOS=12919963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:20:15:46:34:20:15:46:34 chr1 12920067 . C G 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00210669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.573;QD=9.07919;RBI=0.0266883;REFB=0.0040439;REVB=-0.026605;RO=47;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285415;STB=0.51692;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0103509;OID=.;OPOS=12920067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:8:13:28:19:8:13:28:19 chr1 12921110 . A G 217.77 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0163703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.507;QD=13.6107;RBI=0.0166148;REFB=0.00209465;REVB=0.00284027;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190326;STB=0.610062;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00483935;OID=.;OPOS=12921110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:17:9:19:17:17:9:20:18 chr1 12921127 . A G 539.17 PASS AF=0.712121;AO=46;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0257823;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.141;QD=32.6771;RBI=0.0271377;REFB=-0.0209007;REVB=0.00846916;RO=20;SAF=21;SAR=25;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244636;STB=0.516789;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00890999;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:19:46:47:0.712121:25:21:10:10:25:22:10:9 chr1 12921132 . A G 224.07 PASS AF=0.391304;AO=24;DP=66;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00734672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.192;QD=12.9897;RBI=0.0122466;REFB=-0.0109483;REVB=0.0097982;RO=41;SAF=6;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356338;STB=0.646948;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0170938;OID=.;OPOS=12921132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:41:42:24:27:0.391304:18:6:23:18:18:9:24:18 chr1 12921332 . TG CA 263.88 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.024037;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.112;QD=24.547;RBI=0.0260482;REFB=0.000707795;REVB=-0.0100366;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146164;STB=0.581324;STBP=0.259;TYPE=mnp;VARB=0.00483906;OID=.;OPOS=12921332;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:22:22:0.511628:12:10:5:13:12:10:5:13 chr1 13001312 . C G 813.44 PASS AF=0.738636;AO=65;DP=88;FAO=65;FDP=88;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0243619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.655;QD=36.9747;RBI=0.0243718;REFB=-0.00753381;REVB=-0.000694895;RO=23;SAF=27;SAR=38;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120942;STB=0.506492;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00232329;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:23:23:65:65:0.738636:38:27:9:14:38:27:9:14 chr1 13052789 . G A 338.78 PASS AF=0.297297;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=148;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.017474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5635;QD=9.15621;RBI=0.0176004;REFB=-0.0254617;REVB=-0.00210543;RO=103;SAF=34;SAR=10;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276361;STB=0.667774;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0449114;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:103:104:44:44:0.297297:10:34:59:44:10:34:59:45 chr1 13052871 . C T 594.54 PASS AF=0.310757;AO=73;DP=246;FAO=78;FDP=251;FR=.;FRO=173;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=91;FSRR=82;FWDB=0.0110462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.411;QD=9.47473;RBI=0.019994;REFB=-0.0101995;REVB=-0.0166656;RO=172;SAF=47;SAR=26;SRF=90;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150166;STB=0.601645;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0211451;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:251:172:173:73:78:0.310757:26:47:90:82:26:52:91:82 chr1 13052907 . T C 3798.45 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.875;QD=63.5724;RBI=0.0344981;REFB=0;REVB=0.00426301;RO=0;SAF=128;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53827e-05;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:239:0:0:236:239:1:108:128:0:0:110:129:0:0 chr1 13183439 . T C 1364.94 PASS AF=0.721519;AO=114;DP=158;FAO=114;FDP=158;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00515688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.846;QD=34.5554;RBI=0.00710378;REFB=-0.00288531;REVB=0.00488572;RO=43;SAF=42;SAR=72;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137081;STB=0.576909;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000901297;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:43:44:114:114:0.721519:72:42:27:16:72:42:28:16 chr1 13183511 . T C 380.46 PASS AF=0.287293;AO=52;DP=182;FAO=52;FDP=181;FR=.;FRO=129;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=0.0183326;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.141;QD=8.40798;RBI=0.0315954;REFB=-0.00973057;REVB=-0.0257329;RO=130;SAF=25;SAR=27;SRF=55;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705857;STB=0.538939;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0267153;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:130:129:52:52:0.287293:27:25:55:75:27:25:55:74 chr1 13183528 . A C 236.63 PASS AF=0.224852;AO=36;DP=167;FAO=38;FDP=169;FR=.;FRO=131;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.039645;FXX=0.0174408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.057;QD=5.60074;RBI=0.0429684;REFB=-0.0088507;REVB=-0.0165698;RO=129;SAF=18;SAR=18;SRF=52;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123612;STB=0.547998;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.03017;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:129:131:36:38:0.224852:18:18:52:77:20:18:54:77 chr1 13183530 . A G 31.99 PASS AF=0.0697674;AO=12;DP=172;FAO=12;FDP=172;FR=.;FRO=160;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=94;FWDB=-0.0513153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1255;QD=0.744;RBI=0.0633961;REFB=-0.00264509;REVB=-0.0372265;RO=156;SAF=8;SAR=4;SRF=62;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287276;STB=0.725574;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0409073;OID=.;OPOS=13183530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:172:172:156:160:12:12:0.0697674:4:8:62:94:4:8:66:94 chr1 13183532 . CC TT 217.48 PASS AF=0.214286;AO=36;DP=171;FAO=36;FDP=168;FR=.;FRO=132;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=-0.0286419;FXX=0.0175428;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.754;QD=5.17819;RBI=0.0290613;REFB=-0.00249848;REVB=-0.00491914;RO=132;SAF=18;SAR=18;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966685;STB=0.559491;STBP=0.425;TYPE=mnp;VARB=0.0123642;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:132:132:36:36:0.214286:18:18:56:76:18:18:56:76 chr1 13183567 . C T 84.18 PASS AF=0.125;AO=19;DP=152;FAO=19;FDP=152;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.04687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.616;QD=2.2152;RBI=0.0510492;REFB=-0.00848261;REVB=-0.0202293;RO=133;SAF=12;SAR=7;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195967;STB=0.637537;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0427029;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:152:152:133:133:19:19:0.125:7:12:63:70:7:12:63:70 chr1 13183573 . G T 39.0 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=145;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.0160366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.946;QD=1.07598;RBI=0.0161381;REFB=0.00270782;REVB=0.0018072;RO=133;SAF=7;SAR=5;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140741;STB=0.613011;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0282192;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:145:145:133:133:12:12:0.0827586:5:7:61:72:5:7:61:72 chr1 13219048 . T G 59.11 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0117115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6175;QD=5.25433;RBI=0.0235878;REFB=-0.000768543;REVB=-0.020475;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915289;STB=0.545355;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00912423;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:35:36:9:9:0.2:5:4:13:22:5:4:14:22 chr1 13448283 . A G 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.038389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.68;QD=36.8584;RBI=0.0414415;REFB=-0.0212286;REVB=0.0156105;RO=8;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180621;STB=0.598514;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0064142;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:9:17:2:6:9:17:2:6 chr1 13448351 . T C 188.24 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0207361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1426;QD=37.6472;RBI=0.0372891;REFB=-0.0113349;REVB=-0.0309918;RO=3;SAF=14;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196077;STB=0.608553;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00383354;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:3:14:1:2:3:14:1:2 chr1 13695787 . C G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.422;QD=48.626;RBI=0.0203396;REFB=0.0305019;REVB=0.0137913;RO=1;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.571357;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000415055;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:3:19:0:1:3:19:0:1 chr1 13695816 . G A 430.69 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.058;QD=57.4257;RBI=0.0458997;REFB=0;REVB=0.0389625;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517833;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:5:21:0:0:9:21:0:0 chr1 13802325 . T C 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00710095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.109;QD=11.5708;RBI=0.0193109;REFB=-0.0175725;REVB=-0.0179579;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278254;STB=0.65286;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.021492;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:15:9:26:15:15:9:26:16 chr1 13802437 . G A 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0325965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.965;QD=11.6201;RBI=0.0350308;REFB=-0.0158016;REVB=-0.0128306;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100321;STB=0.558083;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0182069;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:24:11:8:12:24:11 chr1 13910417 . C T 671.25 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.021307;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=185.729;QD=50.6606;RBI=0.0215961;REFB=-0.102167;REVB=0.00352175;RO=3;SAF=7;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164739;STB=0.588196;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000341833;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:43:7:3:0:43:7:3:0 chr1 13940864 . C G 1251.74 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994786;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.245;QD=61.8142;RBI=0.0233196;REFB=0;REVB=0.0210913;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67402e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr1 13944236 . C CTT 416.65 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143461;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.6232;QD=49.0175;RBI=0.0215928;REFB=0;REVB=0.0161381;RO=2;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.82856e-05;OID=.;OPOS=13944237;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:36:34:34:0:23:11:0:0:7:2:22:10:1:1 chr1 13944293 . CCTTTCTTC CCTTC,CCTTTCTT 166.08 PASS AF=0.428571,0.371429;AO=7,12;DP=36;FAO=15,13;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=13,9;FSAR=2,4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0118044,0.0230281;FXX=0.0277701;HRUN=3,6;LEN=4,1;MLLD=271.251,5.43008;QD=18.98;RBI=0.0223367,0.291008;REFB=-0.0235007,-0.205077;REVB=-0.0189627,0.290096;RO=7;SAF=6,9;SAR=1,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0.56;SSEP=0.299213,0.8125;SSSB=0.334793,0.14113;STB=0.590773,0.509077;STBP=0.355,0.954;TYPE=del,del;VARB=-8.649e-05,0.143414;OID=.,.;OPOS=13944294,13944301;OREF=CTTT,C;OALT=-,-;OMAPALT=CCTTC,CCTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.428571,0.371429:7,12:36:15,13:35:7:13,9:2,4:5:2:63:7:6,9:1,3:4:3 chr1 14105139 . T A 322.08 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0182897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.322;QD=19.2287;RBI=0.0253124;REFB=-0.0494911;REVB=0.0174987;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172809;STB=0.596216;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0464235;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:13:21:14:19:13:21:14:19 chr1 14105298 . G A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0707487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8092;QD=14.6482;RBI=0.0756295;REFB=0.0290729;REVB=-0.026729;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120243;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.045148;OID=.;OPOS=14105298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:9:10:9:5:9:10 chr1 14106394 . A ACTC 271.37 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0158423;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.724;QD=19.3835;RBI=0.0209282;REFB=-0.0208282;REVB=0.0136752;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813953;STB=0.552789;STBP=0.444;TYPE=ins;VARB=0.0172087;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:28:57:29:56:27:14:15:16:11:99:27:14:14:16:11 chr1 14107821 . G A 114.15 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00542314;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.408;QD=7.02442;RBI=0.0141044;REFB=-0.00793305;REVB=-0.0130201;RO=47;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19315;STB=0.625539;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0155649;OID=.;OPOS=14107821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:47:48:17:17:0.261538:6:11:23:24:6:11:23:25 chr1 14109114 . A G 673.88 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0379738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8313;QD=20.2671;RBI=0.0384671;REFB=-0.00850807;REVB=0.00614048;RO=65;SAF=33;SAR=34;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109772;STB=0.556236;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0080607;OID=.;OPOS=14109114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:66:67:67:0.503759:34:33:40:25:34:33:40:26 chr1 14143003 . A G 978.5 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.179;QD=58.4176;RBI=0.00688342;REFB=0;REVB=0.00453594;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139863;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:31:34:0:0:32:35:0:0 chr1 14149622 . T C 346.23 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0178244;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.399;QD=21.9831;RBI=0.0265051;REFB=-0.0155478;REVB=0.0196165;RO=29;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690021;STB=0.510139;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00927939;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:28:35:35:0.555556:13:22:18:11:13:22:17:11 chr1 14150709 . C T 1494.42 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.709;QD=58.6046;RBI=0.0323681;REFB=-0.132977;REVB=0.0211395;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000229681;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:102:1:1:101:101:0.990196:51:50:0:1:51:50:0:1 chr1 14150714 . G A 1422.29 PASS AF=0.962617;AO=100;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0657993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0134;QD=53.1696;RBI=0.0860051;REFB=-0.133017;REVB=0.0553836;RO=4;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371588;STB=0.518515;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00645306;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:107:107:4:4:100:103:0.962617:49:51:0:4:52:51:0:4 chr1 14150740 . G T 1549.1 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.024;QD=63.8803;RBI=0.028812;REFB=0;REVB=0.0265954;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67235e-05;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:56:41:0:0 chr1 14150992 . T C 1512.98 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106541;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.65;QD=59.92;RBI=0.04424;REFB=0;REVB=0.042938;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152425;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr1 14450771 . G A 292.35 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00455935;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.714;QD=11.5783;RBI=0.0198794;REFB=-0.00751116;REVB=-0.0193495;RO=62;SAF=13;SAR=23;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157413;STB=0.596674;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0113114;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:62:65:36:36:0.356436:23:13:31:31:23:13:33:32 chr1 15438990 . G A 1361.67 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0443129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.461;QD=59.2031;RBI=0.0641652;REFB=-0.202326;REVB=0.0464062;RO=3;SAF=39;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142993;STB=0.501222;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00448532;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:3:2:89:90:0.978261:50:39:2:1:50:40:1:1 chr1 15490865 . T A 829.95 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.605;QD=57.2377;RBI=0.0628868;REFB=0;REVB=0.047938;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146173;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:28:30:0:0 chr1 15497727 . T C 538.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.081;QD=59.846;RBI=0.0679072;REFB=0;REVB=0.0430146;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475745;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr1 15616139 . G A 308.29 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00536621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4879;QD=18.4052;RBI=0.023482;REFB=-0.0419651;REVB=0.0228606;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397967;STB=0.522199;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0361181;OID=.;OPOS=15616139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:17:16:15:19:17:16:15:19 chr1 15708540 . A G 159.77 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0298687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.887;QD=17.7524;RBI=0.0299038;REFB=-0.0100529;REVB=-0.00144788;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387997;STB=0.719387;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0181296;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:4:15:6:11:4:15 chr1 15710411 . G C 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0330795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4004;QD=14.3327;RBI=0.0381753;REFB=-0.00388078;REVB=0.0190552;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289312;STB=0.672094;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00952479;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:8:9:20:5:8:9:21:5 chr1 15714842 . G C 38.52 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0224101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1691;QD=11.0069;RBI=0.0308546;REFB=-0.0194986;REVB=0.0212084;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392853;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0309529;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:5:1:1:6:5:1:2:6 chr1 15714855 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0473412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.803;QD=8.307;RBI=0.121299;REFB=0.0181907;REVB=-0.111679;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196438;STB=0.619299;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0623733;OID=.;OPOS=15714855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:4:14:5:3:4:14 chr1 15754484 . T C 805.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0246502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.223;QD=55.5455;RBI=0.0364438;REFB=-0.126527;REVB=0.0268424;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000350802;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:37:20:0:0:37:20:0:1 chr1 15788630 . G A 207.49 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0187452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.537;QD=11.2159;RBI=0.0422953;REFB=-0.00270638;REVB=-0.0379145;RO=45;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864386;STB=0.577919;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0064043;OID=.;OPOS=15788630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:48:26:26:0.351351:8:18:28:17:8:18:28:20 chr1 15788693 . C T 208.73 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0455631;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.669;QD=10.9855;RBI=0.0460005;REFB=-0.0123785;REVB=-0.0063283;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142257;STB=0.501018;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190116;OID=.;OPOS=15788693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:50:26:26:0.342105:12:14:27:22:12:14:27:23 chr1 15789297 . A C 360.04 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0328709;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.866;QD=25.2656;RBI=0.0440726;REFB=-0.0282028;REVB=-0.0293582;RO=21;SAF=24;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219656;STB=0.630175;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0237037;OID=.;OPOS=15789297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:22:35:35:0.614035:11:24:8:13:11:24:8:14 chr1 15808767 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.952;QD=59.4353;RBI=0.0175391;REFB=0;REVB=0.0161524;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7664e-05;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 15808872 . G A 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0260171;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.159;QD=11.264;RBI=0.0277194;REFB=-0.00154213;REVB=0.00956444;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156476;STB=0.582651;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00498981;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:36:20:20:0.357143:8:12:17:20:8:12:17:19 chr1 15809876 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.632;QD=55.6511;RBI=0.0478262;REFB=0;REVB=0.0269179;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61352e-05;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr1 15812432 . A G 1013.75 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190071;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.439;QD=59.6323;RBI=0.0190159;REFB=0;REVB=0.000579234;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5429e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr1 15813843 . G A 236.07 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0350555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9815;QD=19.2708;RBI=0.0592396;REFB=-0.016993;REVB=0.047754;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204062;STB=0.511535;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0229491;OID=.;OPOS=15813843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:13:13:12:11:13:13 chr1 15832543 . T C 253.9 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0582395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4705;QD=21.6083;RBI=0.0584949;REFB=-0.00150231;REVB=-0.00545995;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.507456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00140852;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:7:16:17:7:7:16 chr1 15844615 . A G 351.2 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0191472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.63;QD=15.7845;RBI=0.019151;REFB=-0.00798576;REVB=0.000385921;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696448;STB=0.551286;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0167596;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:49:51:38:38:0.426966:22:16:24:25:22:16:26:25 chr1 15850613 . G A 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00681106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.35;QD=4.28843;RBI=0.0206297;REFB=-0.00952;REVB=0.0194729;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192335;STB=0.627578;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0337588;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:3:4:23:9:3:4:23:9 chr1 15909850 . C G 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.000460611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4324;QD=15.6216;RBI=0.0243897;REFB=-0.018439;REVB=0.0243854;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578976;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0209622;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:11:15:12:7:11:16 chr1 15986715 . ACCCA ACCA,ACCAG 199.42 PASS AF=0.666667,0.0333333;AO=18,2;DP=30;FAO=20,1;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9,1;FSAR=11,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.063915,0.143638;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=20.4215,16.1646;QD=26.5896;RBI=0.126122,0.153109;REFB=0.111754,0.0711528;REVB=0.108728,0.0530138;RO=7;SAF=8,1;SAR=10,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00814684,0.0720733;STB=0.50174,0.990139;STBP=1,0.495;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0271285,-0.0974975;OID=.,.;OPOS=15986716,15986718;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=ACCA,ACCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.0333333:18,2:30:20,1:30:9:9,1:11,0:4:5:54:7:8,1:10,1:3:4 chr1 16056364 . G A 472.46 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0119021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.953;QD=29.5287;RBI=0.0156008;REFB=0.0276758;REVB=0.0100859;RO=21;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911563;STB=0.504948;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0133359;OID=.;OPOS=16056364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:17:26:13:8:17:26:13:8 chr1 16064411 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0037498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.06;QD=15.1663;RBI=0.0236442;REFB=-0.00492361;REVB=-0.0233449;RO=15;SAF=15;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369535;STB=0.748298;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00660635;OID=.;OPOS=16064411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:20:17:15:0.428571:2:15:9:6:2:13:11:9 chr1 16069644 . C T 348.75 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0138769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.179;QD=17.6581;RBI=0.05285;REFB=-0.0268248;REVB=0.0509957;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182624;STB=0.612711;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0155782;OID=.;OPOS=16069644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:42:36:37:0.468354:21:15:25:16:22:15:26:16 chr1 16096932 . G GT 60.23 PASS AF=0.5;AO=2;DP=19;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0174366;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4898;QD=15.0575;RBI=0.0972245;REFB=0.051104;REVB=0.0956481;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566117;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=ins;VARB=-0.0332565;OID=.;OPOS=16096933;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:19:8:16:8:5:3:4:4:58:17:2:0:7:10 chr1 16096934 . C T 66.9 PASS AF=0.526316;AO=6;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00807262;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.9795;QD=14.0832;RBI=0.216988;REFB=-0.11722;REVB=0.216838;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.677057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.117072;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:19:19:8:9:6:10:0.526316:3:3:5:3:7:3:6:3 chr1 16242620 . C A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-3.70097e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.112;QD=14.0443;RBI=0.00123537;REFB=0.00251733;REVB=-0.00123481;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570969;STB=0.532445;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00401149;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:12:16:25:15:12:16:25:15 chr1 16255644 . C T 163.17 PASS AF=0.515152;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00807307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2058;QD=19.7784;RBI=0.0444077;REFB=0.000980829;REVB=-0.0436677;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212664;STB=0.60427;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00190957;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:15:17:0.515152:5:10:7:9:6:11:7:9 chr1 16256007 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0278107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.687;QD=11.6341;RBI=0.0301574;REFB=-0.00558488;REVB=-0.0116635;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00982681;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:5:11:6:4:5:11 chr1 16259813 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00119992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4816;QD=20.7376;RBI=0.0211569;REFB=0.0161774;REVB=-0.0211228;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.506889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0150998;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:6:10:11:7:6:10 chr1 16260916 . C T 193.94 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0357694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.602;QD=16.8642;RBI=0.0360192;REFB=0.00305036;REVB=-0.00423436;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282422;STB=0.661995;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00615605;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:15:11:14:6:15:11 chr1 16262404 . C T 322.6 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0570531;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.473;QD=21.5064;RBI=0.0576333;REFB=-0.0192865;REVB=0.0081578;RO=27;SAF=11;SAR=21;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232802;STB=0.63151;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0110337;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:21:11:3:24:21:12:3:24 chr1 16269166 . G A 353.09 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0187771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.028;QD=29.4244;RBI=0.019271;REFB=-0.00816303;REVB=-0.00433496;RO=18;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770854;STB=0.504234;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00506078;OID=.;OPOS=16269166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:13:17:10:8:13:17:10:8 chr1 16272250 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00856354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.644;QD=26.399;RBI=0.0246553;REFB=-0.0171561;REVB=-0.0231203;RO=10;SAF=15;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294963;STB=0.666455;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0109419;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:3:15:5:5:3:15:5:5 chr1 16274769 . C T 398.4 PASS AF=0.526316;AO=36;DP=74;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0600999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7291;QD=20.9685;RBI=0.0660101;REFB=0.0568326;REVB=0.0273008;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19919;STB=0.565757;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0254358;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:28:36:36:40:0.526316:18:18:21:7:20:20:23:13 chr1 16341649 . C T 887.21 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.388;QD=55.4509;RBI=0.0738535;REFB=-0.145295;REVB=0.0630776;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03369;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000280707;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:2:1:62:63:0.984375:27:35:0:2:28:35:0:1 chr1 16341733 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.173;QD=57.7122;RBI=0.0263415;REFB=0;REVB=0.0123411;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51198e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 16342237 . A G 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173829;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.003;QD=56.4084;RBI=0.00886891;REFB=-0.0973596;REVB=0.00869689;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=2.00884e-05;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:28:33:0:0:28:33:0:1 chr1 16344360 . A G 2281.93 PASS AF=0.987013;AO=147;DP=148;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0116879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.819;QD=59.2708;RBI=0.0536079;REFB=-0.071403;REVB=0.0523183;RO=1;SAF=94;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088885;STB=0.508927;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00205822;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:154:1:2:147:152:0.987013:53:94:0:1:55:97:0:2 chr1 16344402 . G A 2342.73 PASS AF=0.987421;AO=155;DP=158;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.087939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8384;QD=58.9366;RBI=0.105013;REFB=-0.0643348;REVB=0.0573974;RO=3;SAF=97;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014484;STB=0.50505;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00138707;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:158:159:3:2:155:157:0.987421:58:97:3:0:59:98:2:0 chr1 16344494 . G A 1028.79 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4966;QD=57.9603;RBI=0.121247;REFB=-0.0916574;REVB=0.115322;RO=1;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219749;STB=0.511108;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00269844;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:21:48:0:1:22:48:0:1 chr1 16344625 . C G 1283.31 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.267;QD=61.8465;RBI=0.0269173;REFB=0;REVB=0.0159446;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53281e-05;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr1 16344664 . G A 1361.18 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017783;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.653;QD=62.5832;RBI=0.0614508;REFB=0;REVB=0.0588214;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222256;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr1 16351275 . A G 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.653;QD=57.539;RBI=0.0197077;REFB=0;REVB=0.00252217;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6898e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:15:43:0:0:15:43:0:0 chr1 16356501 . G A 536.22 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.150259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6664;QD=54.9966;RBI=0.153123;REFB=-0.13713;REVB=0.029474;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.524987;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0103216;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:18:19:0:0:18:19:2:0 chr1 16358932 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000394558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.769;QD=51.1846;RBI=0.00938493;REFB=0;REVB=0.00937663;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1118e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr1 16371067 . G T 196.76 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0549369;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.497;QD=10.9313;RBI=0.0549432;REFB=-0.0215323;REVB=0.000832861;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160923;STB=0.639235;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0164625;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:47:25:25:0.347222:15:10:22:18:15:10:29:18 chr1 16373124 . A G 720.75 PASS AF=1;AO=33;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920616;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.292;QD=64.0671;RBI=0.102838;REFB=0;REVB=0.0458299;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942277;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:33:45:1:15:18:0:0:17:28:0:0 chr1 16374533 . G C 1026.15 PASS AF=0.880952;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=84;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00284551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.093;QD=48.8641;RBI=0.00738672;REFB=-0.0500648;REVB=-0.00681665;RO=8;SAF=24;SAR=50;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862842;STB=0.536471;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000878968;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:8:10:74:74:0.880952:50:24:6:2:50:24:6:4 chr1 16374534 . A C 32.21 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.0415917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6904;QD=1.51583;RBI=0.0471363;REFB=-0.0167393;REVB=0.0221802;RO=77;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472512;STB=0.845465;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0164549;OID=.;OPOS=16374534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:2:6:24:53:2:6:24:53 chr1 16374994 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.602;QD=51.1846;RBI=0.0109811;REFB=0;REVB=-0.00915902;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0619e-05;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 16375063 . CA CC,GC 356.59 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,25;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365938,0.130862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=106.528,116.48;QD=50.941;RBI=0.0723949,0.16751;REFB=0,0;REVB=0.0624653,0.104569;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.161724,0.0224398;OID=.,.;OPOS=16375064,16375063;OREF=A,CA;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:28:28:0:0:2,25:1,27:0.0357143,0.964286:2,12:0,13:0:0:1,14:0,13:0:0 chr1 16376191 . C G,T 333.68 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158633,-0.0170205;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.764,56.9141;QD=53.389;RBI=0.0100578,0.0392554;REFB=0,0;REVB=-0.00993192,-0.0353736;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.63689e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14839,-0.00264656;OID=.,.;OPOS=16376191,16376191;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:1,2:1,21:0:0:1,2:1,21:0:0 chr1 16376319 . T C 1255.93 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354185;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9297;QD=59.8064;RBI=0.0381889;REFB=-0.018042;REVB=0.0142803;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000252452;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:82:83:0.988095:37:45:0:0:37:46:1:0 chr1 16380196 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.493;QD=63.286;RBI=0.0288461;REFB=0;REVB=-0.0200263;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169901;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 16380243 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.304;QD=59.7961;RBI=0.0644342;REFB=0.0720041;REVB=-0.0631296;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00200297;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr1 16380252 . C T 655.89 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00952087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7251;QD=59.6264;RBI=0.0308211;REFB=-0.0290336;REVB=-0.0293137;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00088906;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:1:0 chr1 16383682 . G C 467.95 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0298281;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3148;QD=19.9127;RBI=0.035951;REFB=-0.0203088;REVB=0.0200689;RO=48;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163781;STB=0.509087;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0189812;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:48:46:46:0.489362:27:19:19:29:27:19:19:29 chr1 16383742 . C G 181.64 PASS AF=0.212766;AO=28;DP=133;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=-0.005525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6713;QD=5.15287;RBI=0.115908;REFB=-0.0127557;REVB=-0.115776;RO=104;SAF=14;SAR=14;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110071;STB=0.588595;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0535504;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:141:104:111:28:30:0.212766:14:14:43:61:15:15:43:68 chr1 16384986 . G T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-6.04872e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.821;QD=26.5981;RBI=0.028124;REFB=-0.0566185;REVB=0.0281239;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0223719;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:6:2:1:0:6:2:1:1 chr1 16384998 . GG CA 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00896939;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=272.918;QD=32.822;RBI=0.025596;REFB=-0.0786729;REVB=0.023973;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175672;STB=0.599759;STBP=0.166;TYPE=mnp;VARB=0.00972397;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:1:0:7:2:1:0 chr1 16385042 . G A 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.195;QD=30.7868;RBI=0.122883;REFB=-0.0430751;REVB=0.112209;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0192877;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr1 16385175 . G A 169.84 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.01067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.546;QD=16.57;RBI=0.0147261;REFB=-0.00678018;REVB=0.0101493;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345863;STB=0.530268;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00888478;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:4:13:17:6:4:14:17:6 chr1 16385184 . G A 92.0 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00254836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.42;QD=9.20048;RBI=0.0298255;REFB=-0.00360559;REVB=-0.0297165;RO=27;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457349;STB=0.806014;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0176871;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:1:11:18:9:1:11:18:10 chr1 16386008 . T C 153.6 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0213819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4718;QD=14.9851;RBI=0.0521204;REFB=-0.0159227;REVB=0.0475326;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151227;STB=0.597902;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0230917;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:21:24:16:17:0.414634:10:6:5:16:11:6:5:19 chr1 16386416 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0374304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.889;QD=18.1177;RBI=0.0501029;REFB=-0.0121572;REVB=0.0333056;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14072;STB=0.579534;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0299243;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:15:5:7:11:15:5 chr1 16386447 . G C 129.14 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0245942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7639;QD=14.3493;RBI=0.0275644;REFB=-0.0514584;REVB=0.0124467;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356794;STB=0.666481;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.083533;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:21:21:13:15:0.416667:6:7:18:3:6:9:18:3 chr1 16386495 . C T 52.23 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0256809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.788;QD=9.08276;RBI=0.0519706;REFB=-0.0446175;REVB=0.0451822;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229881;STB=0.513475;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.069306;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:13:15:7:7:0.304348:1:6:11:2:1:6:13:2 chr1 16388646 . T C 248.39 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0115072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.561;QD=13.9938;RBI=0.019391;REFB=-0.020191;REVB=0.0156075;RO=42;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264973;STB=0.632558;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0235845;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:42:28:29:0.408451:8:20:20:22:9:20:20:22 chr1 16464673 . G A 324.48 PASS AF=0.9375;AO=17;DP=34;FAO=30;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0595287;FXX=0.0588062;HRUN=6;LEN=1;MLLD=20.8459;QD=40.5599;RBI=0.172178;REFB=-0.0838722;REVB=0.16156;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101507;STB=0.549966;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0148216;OID=.;OPOS=16464673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:32:2:2:17:30:0.9375:8:9:0:2:9:21:0:2 chr1 16532803 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0540196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1596;QD=11.0924;RBI=0.0540297;REFB=0.00829434;REVB=0.00104397;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429211;STB=0.749312;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00365891;OID=.;OPOS=16532803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:6:0:2:3:6:0 chr1 16532848 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00828206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1916;QD=9.44329;RBI=0.0397608;REFB=-0.0110011;REVB=0.0388887;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61712;STB=0.856375;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0233423;OID=.;OPOS=16532848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:10:0:4:2:10:0 chr1 16533022 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2072;QD=43.4855;RBI=0.0520671;REFB=0;REVB=0.0520671;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130456;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr1 16534255 . C G 144.73 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0167356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.324;QD=15.6464;RBI=0.0186522;REFB=-0.00191808;REVB=0.00823551;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156131;STB=0.589368;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00244767;OID=.;OPOS=16534255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:6:15:9:7:6:15 chr1 16534646 . C G 622.31 PASS AF=0.534483;AO=61;DP=115;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0053958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6294;QD=21.459;RBI=0.00618899;REFB=-0.0118382;REVB=0.00303132;RO=53;SAF=29;SAR=32;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13252;STB=0.570448;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00874279;OID=.;OPOS=16534646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:53:54:61:62:0.534483:32:29:17:36:32:30:18:36 chr1 16641899 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0068325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.796;QD=16.1192;RBI=0.00733829;REFB=-0.00349284;REVB=0.00267722;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.563652;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00258488;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:7:6:7:5:7:6 chr1 16723084 . G A 153.65 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00642086;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9537;QD=10.4167;RBI=0.00708585;REFB=0.00497781;REVB=-0.00299697;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21751;STB=0.602846;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0176389;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:39:20:20:0.338983:12:8:8:28:12:8:10:29 chr1 16731510 . C G 264.78 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00639539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9764;QD=20.7669;RBI=0.00696955;REFB=-0.0287651;REVB=0.00277013;RO=24;SAF=23;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199242;STB=0.612497;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0319252;OID=.;OPOS=16731510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:4:23:17:7:4:23:17:7 chr1 16840704 . T C 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0135513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.095;QD=3.07311;RBI=0.0170844;REFB=0.00102456;REVB=-0.0104039;RO=58;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230722;STB=0.661253;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00505124;OID=.;OPOS=16840704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:7:3:28:30:7:3:28:30 chr1 16840730 . C T 61.22 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00272602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.375;QD=6.80257;RBI=0.00956863;REFB=-0.00795409;REVB=-0.0091721;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138175;STB=0.588033;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0216673;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:15:12:3:6:15:12 chr1 16858909 . G C 352.66 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00609866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.531;QD=13.1836;RBI=0.0578897;REFB=-0.00674192;REVB=-0.0575675;RO=65;SAF=19;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757262;STB=0.542964;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00939171;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:23:19:34:31:23:19:34:31 chr1 16860633 . G A 75.35 PASS AF=0.108696;AO=20;DP=185;FAO=20;FDP=184;FR=.;FRO=164;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=105;FWDB=0.0486963;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7852;QD=1.63812;RBI=0.079275;REFB=-0.0107157;REVB=-0.0625556;RO=165;SAF=12;SAR=8;SRF=59;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291606;STB=0.704596;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0868467;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:185:184:165:164:20:20:0.108696:8:12:59:106:8:12:59:105 chr1 16860652 . A C 211.97 PASS AF=0.188776;AO=37;DP=196;FAO=37;FDP=196;FR=.;FRO=159;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=105;FWDB=0.0102116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0082;QD=4.32584;RBI=0.0106325;REFB=-0.00218089;REVB=0.00296189;RO=159;SAF=27;SAR=10;SRF=54;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474208;STB=0.792961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00837514;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:159:159:37:37:0.188776:10:27:54:105:10:27:54:105 chr1 16861772 . A G 172.97 PASS AF=0.266667;AO=23;DP=89;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=16;FWDB=-0.00566165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.582;QD=7.68764;RBI=0.0302883;REFB=-0.000796448;REVB=-0.0297545;RO=66;SAF=11;SAR=12;SRF=50;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345739;STB=0.688754;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00318594;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:66:66:23:24:0.266667:12:11:50:16:12:12:50:16 chr1 16861804 . G A 114.76 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0356771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.367;QD=5.73812;RBI=0.0377129;REFB=-0.0133437;REVB=-0.0122232;RO=62;SAF=7;SAR=11;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13943;STB=0.586981;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0389576;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:11:7:31:31:11:7:31:31 chr1 16861836 . C T 45.8 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.00772142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.231;QD=1.74467;RBI=0.0150138;REFB=-0.0031762;REVB=-0.0128761;RO=93;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113768;STB=0.512219;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0499173;OID=.;OPOS=16861836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:104:105:93:94:11:11:0.104762:7:4:33:60:7:4:33:61 chr1 16861847 . A T 64.36 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=-0.00351888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.296;QD=2.34019;RBI=0.0237442;REFB=-0.00616186;REVB=-0.023482;RO=95;SAF=4;SAR=10;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872417;STB=0.558825;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0679877;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:95:96:14:14:0.127273:10:4:33:62:10:4:33:63 chr1 16861849 . A G 64.62 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=0.00693737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.143;QD=2.34984;RBI=0.0330607;REFB=-0.00409426;REVB=-0.0323246;RO=96;SAF=4;SAR=10;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823243;STB=0.558825;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0352194;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:96:96:14:14:0.127273:10:4:33:63:10:4:33:63 chr1 16862282 . G A 41.08 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0131695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.922;QD=3.57234;RBI=0.0585595;REFB=-0.00988353;REVB=-0.0570594;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427353;STB=0.823433;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0513204;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:46:38:39:6:7:0.152174:2:4:11:27:2:5:11:28 chr1 16862353 . C T 51.36 PASS AF=0.131868;AO=11;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.0680728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4087;QD=2.2577;RBI=0.0855079;REFB=-0.017097;REVB=0.0517465;RO=74;SAF=1;SAR=10;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412172;STB=0.700101;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.132253;OID=.;OPOS=16862353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:91:91:74:79:11:12:0.131868:10:1:25:49:10:2:27:52 chr1 16862454 . T G 1140.55 PASS AF=0.528302;AO=112;DP=213;FAO=112;FDP=212;FR=.;FRO=100;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=-0.00748731;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.747;QD=21.5198;RBI=0.0409236;REFB=-0.00866121;REVB=0.0402328;RO=96;SAF=72;SAR=40;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445391;STB=0.521735;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0209522;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:96:100:112:112:0.528302:40:72:57:39:40:72:60:40 chr1 16862461 . T A 1259.49 PASS AF=0.5625;AO=112;DP=216;FAO=117;FDP=208;FR=.;FRO=91;FSAF=77;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.00188218;FXX=0.0714254;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.863;QD=24.2209;RBI=0.00245282;REFB=-0.0251389;REVB=-0.00157281;RO=62;SAF=75;SAR=37;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875378;STB=0.520501;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00561932;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:208:62:91:112:117:0.5625:37:75:34:28:40:77:56:35 chr1 16862472 . G C 102.41 PASS AF=0.107692;AO=28;DP=260;FAO=28;FDP=260;FR=.;FRO=232;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=134;FSRR=98;FWDB=-0.00782935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2707;QD=1.57547;RBI=0.0345089;REFB=-5.53333e-06;REVB=-0.033609;RO=231;SAF=15;SAR=13;SRF=134;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553961;STB=0.53773;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.000572294;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:231:232:28:28:0.107692:13:15:134:97:13:15:134:98 chr1 16862502 . A G 2475.6 PASS AF=0.671975;AO=208;DP=311;FAO=211;FDP=314;FR=.;FRO=103;FSAF=121;FSAR=90;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.00418993;FXX=0.00946342;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1745;QD=31.5363;RBI=0.026202;REFB=0.0017216;REVB=-0.0258648;RO=103;SAF=121;SAR=87;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565437;STB=0.500216;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.000305912;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:314:103:103:208:211:0.671975:87:121:59:44:90:121:59:44 chr1 16862566 . G A 109.17 PASS AF=0.1;AO=33;DP=330;FAO=33;FDP=330;FR=.;FRO=297;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=155;FSRR=142;FWDB=-0.0145309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.202;QD=1.32332;RBI=0.0446311;REFB=-0.00505829;REVB=-0.0421993;RO=297;SAF=16;SAR=17;SRF=155;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450475;STB=0.533276;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0402277;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:297:297:33:33:0.1:17:16:155:142:17:16:155:142 chr1 16863304 . T C 100.85 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=142;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=76;FWDB=-0.00631469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.595;QD=2.74412;RBI=0.00701931;REFB=-0.00827764;REVB=-0.00306519;RO=124;SAF=5;SAR=10;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900134;STB=0.656556;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0371123;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:147:124:126:15:21:0.142857:10:5:50:74:16:5:50:76 chr1 16863308 . G T 107.24 PASS AF=0.145695;AO=21;DP=150;FAO=22;FDP=151;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=-0.00662157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.43;QD=2.84091;RBI=0.0128232;REFB=-0.00643188;REVB=0.0109813;RO=128;SAF=6;SAR=15;SRF=50;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146225;STB=0.61108;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.032068;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:128:129:21:22:0.145695:15:6:50:78:16:6:50:79 chr1 16863313 . CA CG,TG 91.27 PASS AF=0.102041,0.0408163;AO=15,7;DP=151;FAO=15,6;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=5,1;FSAR=10,5;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=-0.00374444,0.00551107;FXX=0.0264883;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=219.284,114.108;QD=2.48341;RBI=0.0103551,0.0305539;REFB=0.000275083,0.000173334;REVB=0.00965442,0.0300527;RO=125;SAF=5,1;SAR=10,6;SRF=47;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0559701,-0.258769;STB=0.538807,0.739836;STBP=0.758,0.312;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00290984,-0.0374539;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:151:147:125:126:15,7:15,6:0.102041,0.0408163:10,6:5,1:47:78:10,5:5,1:47:79 chr1 16863328 . T G 141.91 PASS AF=0.171053;AO=26;DP=152;FAO=26;FDP=152;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=-0.0606311;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.681;QD=3.73441;RBI=0.0608313;REFB=-0.00579315;REVB=-0.00493101;RO=126;SAF=7;SAR=19;SRF=47;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151114;STB=0.599218;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0394876;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:126:126:26:26:0.171053:19:7:47:79:19:7:47:79 chr1 16863352 . C T 142.57 PASS AF=0.185185;AO=25;DP=138;FAO=25;FDP=135;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=-0.0147787;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2299;QD=4.22427;RBI=0.0147905;REFB=-0.0198453;REVB=0.000592619;RO=110;SAF=8;SAR=17;SRF=41;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741688;STB=0.547627;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0316988;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:135:110:110:25:25:0.185185:17:8:41:69:17:8:41:69 chr1 16874206 . A C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.141;QD=52.7679;RBI=0.0586984;REFB=-0.0384109;REVB=0.0548458;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00431931;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:0:1:18:10:0:1 chr1 16890598 . T A 1175.84 PASS AF=0.668831;AO=103;DP=154;FAO=103;FDP=154;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00779231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.683;QD=30.5412;RBI=0.0100804;REFB=-0.0143003;REVB=0.00639489;RO=51;SAF=45;SAR=58;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880153;STB=0.504734;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00671774;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:51:51:103:103:0.668831:58:45:23:28:58:45:23:28 chr1 16890602 . T G 122.81 PASS AF=0.155844;AO=24;DP=154;FAO=24;FDP=154;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=-0.00672653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.618;QD=3.18989;RBI=0.00730296;REFB=-0.00230523;REVB=-0.00284377;RO=130;SAF=11;SAR=13;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156545;STB=0.510363;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0130204;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:130:130:24:24:0.155844:13:11:58:72:13:11:58:72 chr1 16890607 . G A 110.69 PASS AF=0.151724;AO=22;DP=145;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.01072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.486;QD=3.05355;RBI=0.020551;REFB=-0.00146622;REVB=-0.0175336;RO=123;SAF=10;SAR=12;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199275;STB=0.513296;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0171255;OID=.;OPOS=16890607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:123:123:22:22:0.151724:12:10:54:69:12:10:54:69 chr1 16890639 . C T 529.31 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00303377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.695;QD=19.9739;RBI=0.00715677;REFB=-0.0106219;REVB=-0.00648195;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424156;STB=0.536656;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0115144;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:49:51:54:55:0.518868:26:28:23:26:26:29:23:28 chr1 16890644 . C T 251.98 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0111064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.945;QD=10.4993;RBI=0.0307399;REFB=-0.017429;REVB=-0.0286633;RO=64;SAF=15;SAR=16;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907868;STB=0.547253;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0398905;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:65:31:31:0.322917:16:15:36:28:16:15:36:29 chr1 16890671 . TG CA 485.28 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.000533886;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.658;QD=37.3289;RBI=0.0100124;REFB=-0.0297709;REVB=0.00999814;RO=11;SAF=14;SAR=27;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123128;STB=0.5664;STBP=0.086;TYPE=mnp;VARB=0.00821346;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:27:14:7:4:27:14:7:4 chr1 16901668 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1798;QD=54.5173;RBI=0.0901122;REFB=0;REVB=-0.0878424;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158722;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 16907303 . C T 74.86 PASS AF=0.0613668;AO=44;DP=717;FAO=44;FDP=717;FR=.;FRO=673;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=355;FSRR=318;FWDB=-0.0194779;FXX=0.00139274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.474;QD=0.417627;RBI=0.0326793;REFB=-0.00105996;REVB=-0.0262402;RO=669;SAF=18;SAR=26;SRF=351;SRR=318;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123175;STB=0.610271;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0131664;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:717:717:669:673:44:44:0.0613668:26:18:351:318:26:18:355:318 chr1 16907328 . G T 2714.1 PASS AF=0.489286;AO=273;DP=559;FAO=274;FDP=560;FR=.;FRO=286;FSAF=134;FSAR=140;FSRF=158;FSRR=128;FWDB=0.00206422;FXX=0.00355866;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.288;QD=19.3864;RBI=0.00413914;REFB=-0.0114665;REVB=-0.00358769;RO=284;SAF=133;SAR=140;SRF=156;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577637;STB=0.532345;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0122344;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:560:284:286:273:274:0.489286:140:133:156:128:140:134:158:128 chr1 16907352 . CTGGT C 710.41 PASS AF=0.275204;AO=96;DP=388;FAO=101;FDP=367;FR=.;FRO=266;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=133;FSRR=133;FWDB=0.0151763;FXX=0.0316614;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.319;QD=7.74293;RBI=0.0214997;REFB=-0.00553515;REVB=-0.0152288;RO=263;SAF=58;SAR=38;SRF=131;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133167;STB=0.576242;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.0151912;OID=.;OPOS=16907353;OREF=TGGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275204:96:388:101:367:266:61:40:133:133:99:263:58:38:131:132 chr1 16909052 . C T 1723.19 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.49;QD=60.4628;RBI=0.0245792;REFB=0;REVB=0.00769583;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01389e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:114:0:0:105:114:1:48:57:0:0:48:66:0:0 chr1 16909100 . G C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00964337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.239;QD=7.83715;RBI=0.00972645;REFB=0.00260512;REVB=-0.00126858;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00658539;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:7:9:4:3:7:9 chr1 16913633 . G T 41.63 PASS AF=0.0632911;AO=20;DP=314;FAO=20;FDP=316;FR=.;FRO=296;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=149;FSRR=147;FWDB=-0.0110057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.894;QD=0.526997;RBI=0.0231611;REFB=-0.00247887;REVB=-0.0203792;RO=294;SAF=7;SAR=13;SRF=149;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167523;STB=0.644074;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0255741;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:314:316:294:296:20:20:0.0632911:13:7:149:145:13:7:149:147 chr1 16914252 . C T 170.97 PASS AF=0.130159;AO=41;DP=315;FAO=41;FDP=315;FR=.;FRO=274;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=158;FSRR=116;FWDB=-0.0473252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2946;QD=2.17104;RBI=0.0476913;REFB=-0.00591686;REVB=0.00589741;RO=273;SAF=17;SAR=24;SRF=157;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201842;STB=0.638232;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0400965;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:273:274:41:41:0.130159:24:17:157:116:24:17:158:116 chr1 16918424 . G C 2266.23 PASS AF=0.485169;AO=228;DP=472;FAO=229;FDP=472;FR=.;FRO=243;FSAF=109;FSAR=120;FSRF=95;FSRR=148;FWDB=-0.00777898;FXX=0.00211412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.867;QD=19.2054;RBI=0.00816106;REFB=-0.0189928;REVB=0.0024679;RO=238;SAF=109;SAR=119;SRF=93;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819009;STB=0.544062;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0161194;OID=.;OPOS=16918424;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:472:238:243:228:229:0.485169:119:109:93:145:120:109:95:148 chr1 16918502 . A G 500.71 PASS AF=0.323529;AO=62;DP=202;FAO=66;FDP=204;FR=.;FRO=138;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=79;FSRR=59;FWDB=0.00782058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7013;QD=9.8179;RBI=0.0213901;REFB=-0.00476084;REVB=0.0199091;RO=137;SAF=31;SAR=31;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824749;STB=0.569169;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0135556;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:137:138:62:66:0.323529:31:31:78:59:35:31:79:59 chr1 17004770 . G T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.019219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.969;QD=15.7005;RBI=0.0224869;REFB=0.00886211;REVB=0.0116744;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00916847;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:9:10:6:9:9:10 chr1 17004785 . A C 205.77 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0508928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0271;QD=23.5161;RBI=0.0549561;REFB=-0.00593454;REVB=-0.0207388;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114633;STB=0.564039;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00139498;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:9:6:11:9:9:6 chr1 17004850 . C A 75.45 PASS AF=0.4;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.109876;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.2687;QD=12.0713;RBI=0.127484;REFB=-0.0517687;REVB=-0.0646503;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0600166;OID=.;OPOS=17004850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:25:11:15:9:10:0.4:5:4:4:7:6:4:5:10 chr1 17017717 . C T 75.07 PASS AF=0.20339;AO=11;DP=58;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0127438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.765;QD=5.08934;RBI=0.023507;REFB=-0.0119985;REVB=-0.0197528;RO=47;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798542;STB=0.507234;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.051059;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:59:47:47:11:12:0.20339:7:4:20:27:7:5:20:27 chr1 17017734 . C T 63.75 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0242957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.902;QD=4.72253;RBI=0.0350306;REFB=-0.00940178;REVB=0.0252361;RO=44;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321238;STB=0.717471;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0355556;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:8:2:19:25:8:2:19:25 chr1 17022952 . C A 726.84 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5092;QD=52.8614;RBI=0.0732514;REFB=-0.180629;REVB=0.0666746;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336247;STB=0.51785;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00333937;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:27:26:0:2:27:26:0:2 chr1 17023110 . G A 169.59 PASS AF=0.25;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0198925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2052;QD=7.06642;RBI=0.0328357;REFB=-0.0174818;REVB=0.0261241;RO=71;SAF=14;SAR=10;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774678;STB=0.552587;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0513084;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:71:72:24:24:0.25:10:14:37:34:10:14:37:35 chr1 17023126 . C G 112.59 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0201865;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.03;QD=5.29853;RBI=0.0505812;REFB=-0.00630251;REVB=-0.0463784;RO=67;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152696;STB=0.59575;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0398281;OID=.;OPOS=17023126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:67:67:18:18:0.211765:10:8:38:29:10:8:38:29 chr1 17023143 . C T 107.96 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00580861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.67;QD=5.75805;RBI=0.0107296;REFB=-0.00225752;REVB=-0.00902134;RO=56;SAF=12;SAR=5;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157809;STB=0.601951;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00697092;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:58:17:17:0.226667:5:12:33:23:5:12:34:24 chr1 17023182 . C G 99.55 PASS AF=0.26;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00936235;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1699;QD=7.96399;RBI=0.0980782;REFB=0.00188905;REVB=-0.0976303;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091345;STB=0.509077;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0147621;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:35:37:13:13:0.26:4:9:24:11:4:9:26:11 chr1 17023376 . C T 158.3 PASS AF=0.233645;AO=25;DP=107;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0209541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.838;QD=5.91756;RBI=0.0209555;REFB=-0.00793692;REVB=-0.000236614;RO=79;SAF=16;SAR=9;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229211;STB=0.635573;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0223242;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:82:25:25:0.233645:9:16:36:43:9:16:38:44 chr1 17026033 . C G 40.34 PASS AF=0.6;AO=3;DP=7;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0681891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.767;QD=16.1378;RBI=0.0681891;REFB=-0.113475;REVB=0;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0687749;OID=.;OPOS=17026033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:7:10:4:4:3:6:0.6:0:3:4:0:0:6:4:0 chr1 17029257 . T C 207.66 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00690687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3947;QD=9.22948;RBI=0.0328187;REFB=-0.0120375;REVB=-0.0320836;RO=63;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967982;STB=0.556921;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0283653;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:27:27:0.3:15:12:23:40:15:12:23:40 chr1 17029462 . A G 167.84 PASS AF=0.238938;AO=24;DP=107;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0980271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8836;QD=5.94115;RBI=0.1009;REFB=-0.0752788;REVB=-0.023908;RO=82;SAF=9;SAR=15;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158559;STB=0.630205;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.129432;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:113:82:86:24:27:0.238938:15:9:41:41:18:9:43:43 chr1 17030504 . T A 252.61 PASS AF=0.176471;AO=48;DP=276;FAO=48;FDP=272;FR=.;FRO=224;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=95;FSRR=129;FWDB=7.157e-05;FXX=0.0144922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8471;QD=3.71488;RBI=0.018405;REFB=-0.00378555;REVB=-0.0184049;RO=220;SAF=29;SAR=19;SRF=95;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220215;STB=0.645549;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0170884;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:272:220:224:48:48:0.176471:19:29:95:125:19:29:95:129 chr1 17030515 . G A 232.54 PASS AF=0.167883;AO=46;DP=274;FAO=46;FDP=274;FR=.;FRO=228;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=91;FSRR=137;FWDB=0.00718615;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7631;QD=3.39479;RBI=0.0296106;REFB=-0.0025925;REVB=-0.0287254;RO=227;SAF=31;SAR=15;SRF=91;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343638;STB=0.720178;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0175972;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:227:228:46:46:0.167883:15:31:91:136:15:31:91:137 chr1 17030518 . CT TG 227.47 PASS AF=0.168539;AO=44;DP=269;FAO=45;FDP=267;FR=.;FRO=222;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=88;FSRR=134;FWDB=-0.060651;FXX=0.0183817;HRUN=1;LEN=2;MLLD=83.0681;QD=3.40774;RBI=0.0865284;REFB=-0.00162031;REVB=-0.061714;RO=212;SAF=29;SAR=15;SRF=82;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341564;STB=0.699048;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.00555679;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:267:212:222:44:45:0.168539:15:29:82:130:16:29:88:134 chr1 17030590 . G A 285.42 PASS AF=0.218605;AO=47;DP=215;FAO=47;FDP=215;FR=.;FRO=168;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=111;FWDB=0.0410554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.237;QD=5.31014;RBI=0.0423284;REFB=-0.000360166;REVB=0.0103026;RO=165;SAF=23;SAR=24;SRF=56;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194111;STB=0.617863;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00249757;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:165:168:47:47:0.218605:24:23:56:109:24:23:57:111 chr1 17033805 . C T 141.67 PASS AF=0.206897;AO=24;DP=116;FAO=24;FDP=116;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.00166148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.646;QD=4.88523;RBI=0.0147444;REFB=-0.0119422;REVB=-0.0146505;RO=91;SAF=12;SAR=12;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0429949;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:91:92:24:24:0.206897:12:12:45:46:12:12:46:46 chr1 17033854 . C T 377.44 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0627049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.401;QD=16.2341;RBI=0.0627248;REFB=-0.0246885;REVB=0.00158005;RO=53;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701938;STB=0.528441;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0215118;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:39:40:0.430108:26:13:21:32:26:14:21:32 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C,GTCGTGGGC 95.87 PASS AF=0.20339,0.0508475;AO=12,3;DP=60;FAO=12,3;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=7,3;FSAR=5,0;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.02435,-0.00543484;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=203.128,231.305;QD=6.49954;RBI=0.024828,0.0114499;REFB=-0.0122849,-0.00228597;REVB=0.00484832,-0.0100778;RO=42;SAF=7,3;SAR=5,0;SRF=26;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0455095,0.450434;STB=0.524651,0.995775;STBP=0.861,0.149;TYPE=del,mnp;VARB=0.0277039,0.0302847;OID=.,.;OPOS=17034456,17034455;OREF=GCGCGCGT,CGCGCGCGT;OALT=-,GTCGTGGGC;OMAPALT=C,GTCGTGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:60:59:42:44:12,3:12,3:0.20339,0.0508475:5,0:7,3:26:16:5,0:7,3:27:17 chr1 17046456 . T C 386.67 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00597434;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.87;QD=15.623;RBI=0.048732;REFB=-0.00672564;REVB=-0.0483644;RO=56;SAF=14;SAR=27;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376239;STB=0.52426;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00998142;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:58:41:41:0.414141:27:14:21:35:27:14:22:36 chr1 17052075 . G C 189.86 PASS AF=0.115909;AO=51;DP=441;FAO=51;FDP=440;FR=.;FRO=389;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=197;FSRR=192;FWDB=-0.00589269;FXX=0.00226752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.336;QD=1.72598;RBI=0.00655486;REFB=-0.00171798;REVB=-0.00287096;RO=380;SAF=31;SAR=20;SRF=195;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120219;STB=0.590334;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0103721;OID=.;OPOS=17052075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:440:380:389:51:51:0.115909:20:31:195:185:20:31:197:192 chr1 17052116 . CG GC 254.54 PASS AF=0.137209;AO=59;DP=434;FAO=59;FDP=430;FR=.;FRO=371;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=194;FSRR=177;FWDB=-0.00109003;FXX=0.0137612;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.164;QD=2.36779;RBI=0.0412982;REFB=-0.00522954;REVB=-0.0412838;RO=363;SAF=34;SAR=25;SRF=191;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649303;STB=0.546451;STBP=0.465;TYPE=mnp;VARB=0.0387451;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:430:363:371:59:59:0.137209:25:34:191:172:25:34:194:177 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG 107.79 PASS AF=0.202279,0.031339;AO=77,21;DP=363;FAO=71,11;FDP=351;FR=.;FRO=269;FSAF=14,0;FSAR=57,11;FSRF=174;FSRR=95;FWDB=0.102156,0.0101345;FXX=0.0589796;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.82838,22.7468;QD=1.22833;RBI=0.165717,0.0742703;REFB=-0.114759,-0.0730035;REVB=-0.130485,-0.0735756;RO=220;SAF=17,0;SAR=60,21;SRF=162;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0.454545,0;SSSB=-0.590813,-0.731208;STB=0.834232,0.999312;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0543181,0.145102;OID=.,.;OPOS=17052137,17052142;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202279,0.031339:77,21:363:71,11:351:269:14,0:57,11:174:95:92:220:17,0:60,21:162:58 chr1 17053765 . C T 81.48 PASS AF=0.16129;AO=5;DP=83;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0277817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.455;QD=3.50471;RBI=0.0499022;REFB=-0.00313658;REVB=-0.0414537;RO=77;SAF=0;SAR=5;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506703;STB=0.83019;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0248484;OID=.;OPOS=17053765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:83:93:77:78:5:15:0.16129:5:0:38:39:13:2:38:40 chr1 17053766 . G A 479.36 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0131227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.939;QD=19.9731;RBI=0.0167631;REFB=-0.025735;REVB=0.0104305;RO=49;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055341;STB=0.530673;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0285522;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:26:21:19:30:26:21:19:30 chr1 17053770 . G T 57.27 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0363622;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3237;QD=2.46319;RBI=0.0617598;REFB=-0.0115695;REVB=-0.0499206;RO=81;SAF=2;SAR=10;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399628;STB=0.789991;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.073425;OID=.;OPOS=17053770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:94:93:81:81:12:12:0.129032:10:2:38:43:10:2:38:43 chr1 17053782 . C A,G 979.8 PASS AF=0.33,0.45;AO=33,45;DP=100;FAO=33,45;FDP=100;FR=.;FRO=22;FSAF=17,14;FSAR=16,31;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0179952,-0.0356114;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.508,79.8998;QD=39.1921;RBI=0.0197663,0.0468906;REFB=-0.0162694,0.000515742;REVB=-0.00817801,-0.0305051;RO=22;SAF=17,14;SAR=16,31;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0220777,-0.154408;STB=0.512134,0.584019;STBP=0.861,0.066;TYPE=snp,snp;VARB=0.0132839,-0.00855631;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:100:100:22:22:33,45:33,45:0.33,0.45:16,31:17,14:12:10:16,31:17,14:12:10 chr1 17053809 . C T 190.68 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0326981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9238;QD=8.02853;RBI=0.0552267;REFB=-0.0102627;REVB=-0.0445064;RO=69;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168154;STB=0.599926;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0430504;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:69:26:26:0.273684:13:13:25:44:13:13:25:44 chr1 17053826 . C T 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00215837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.527;QD=11.6126;RBI=0.0220162;REFB=-0.0204607;REVB=-0.0219101;RO=53;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947992;STB=0.554501;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0251043;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:18:11:16:37:18:11:16:37 chr1 17053834 . A AC 104.76 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0271753;FXX=0.0129853;HRUN=0;LEN=1;MLLD=310.308;QD=5.51383;RBI=0.0283124;REFB=-0.000639865;REVB=-0.00794329;RO=57;SAF=3;SAR=19;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378907;STB=0.73297;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.00125742;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:22:80:22:76:54:3:19:20:34:99:57:3:19:21:36 chr1 17053856 . T G 81.88 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0239885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.298;QD=4.5491;RBI=0.0314418;REFB=-0.000505679;REVB=0.0203258;RO=57;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188933;STB=0.523775;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00407802;OID=.;OPOS=17053856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:72:57:58:14:14:0.194444:10:4:17:40:10:4:18:40 chr1 17053861 . C T 370.76 PASS AF=0.535211;AO=33;DP=66;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00333865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.232;QD=20.8879;RBI=0.0233996;REFB=-0.0138648;REVB=0.0231602;RO=33;SAF=6;SAR=27;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286315;STB=0.627303;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0122276;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:33:33:33:38:0.535211:27:6:14:19:30:8:14:19 chr1 17083776 . C A 53.33 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0279197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.922;QD=2.6016;RBI=0.0354613;REFB=-0.00903061;REVB=-0.0218631;RO=71;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193102;STB=0.636116;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0874517;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:71:71:11:11:0.134146:4:7:34:37:4:7:34:37 chr1 17083872 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0152591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.694;QD=22.6324;RBI=0.032732;REFB=-0.0402073;REVB=-0.0289576;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259793;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0144558;OID=.;OPOS=17083872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:4:4:6:7:4:4 chr1 17084086 . A G 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0185698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.927;QD=1.28515;RBI=0.0187998;REFB=-0.000116743;REVB=0.00293219;RO=95;SAF=6;SAR=3;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150327;STB=0.622238;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00139493;OID=.;OPOS=17084086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:3:6:51:44:3:6:51:44 chr1 17084152 . C T 77.81 PASS AF=0.116564;AO=18;DP=161;FAO=19;FDP=163;FR=.;FRO=144;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=-5.37779e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.411;QD=1.90952;RBI=0.0311442;REFB=0.00111651;REVB=-0.0311442;RO=142;SAF=11;SAR=7;SRF=82;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426142;STB=0.557139;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00761597;OID=.;OPOS=17084152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:161:163:142:144:18:19:0.116564:7:11:82:60:7:12:82:62 chr1 17084510 . G A 243.81 PASS AF=0.271318;AO=34;DP=126;FAO=35;FDP=129;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.0243534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1923;QD=7.55996;RBI=0.0577618;REFB=-0.00898785;REVB=0.0523768;RO=92;SAF=15;SAR=19;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216134;STB=0.634708;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.020361;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:92:94:34:35:0.271318:19:15:57:35:20:15:58:36 chr1 17084536 . TGGAACA T 90.74 PASS AF=0.2625;AO=20;DP=82;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0191625;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=6;MLLD=324.953;QD=4.53702;RBI=0.0200537;REFB=-0.00733758;REVB=-0.00591164;RO=59;SAF=7;SAR=13;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.27455;STB=0.642219;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0213698;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2625:20:82:21:80:59:8:13:34:25:90:59:7:13:34:25 chr1 17084968 . G C 153.17 PASS AF=0.318182;AO=15;DP=62;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00501929;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.992;QD=9.28283;RBI=0.0126715;REFB=-0.020231;REVB=-0.011635;RO=45;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188192;STB=0.53496;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0444675;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:45:45:15:21:0.318182:8:7:28:17:8:13:30:15 chr1 17085006 . C T 76.82 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0145058;FXX=0.0370336;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.897;QD=2.95453;RBI=0.0179963;REFB=-0.00830267;REVB=-0.0106511;RO=72;SAF=9;SAR=6;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394921;STB=0.523778;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0521675;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:107:104:72:89:15:15:0.144231:6:9:41:31:6:9:51:38 chr1 17085412 . C T 81.23 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=119;FAO=17;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.000197018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.739;QD=2.73057;RBI=0.00712603;REFB=-0.00580675;REVB=-0.00712331;RO=102;SAF=9;SAR=8;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982547;STB=0.566851;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0572706;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:119:102:102:17:17:0.142857:8:9:46:56:8:9:46:56 chr1 17085427 . T C 177.38 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0167454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9851;QD=5.86385;RBI=0.0265321;REFB=-0.00273032;REVB=0.0205802;RO=89;SAF=15;SAR=13;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107369;STB=0.572468;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00456105;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:89:93:28:28:0.231405:13:15:40:49:13:15:41:52 chr1 17085502 . T C 719.11 PASS AF=0.918033;AO=52;DP=57;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00508329;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=47.1546;RBI=0.00867235;REFB=-0.0477264;REVB=0.00702637;RO=5;SAF=28;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228949;STB=0.512695;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00266401;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:57:61:5:5:52:56:0.918033:24:28:2:3:25:31:2:3 chr1 17085522 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.019786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.83;QD=10.4359;RBI=0.0202129;REFB=-1.66856e-05;REVB=0.0041321;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128368;STB=0.574487;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-2.9426e-05;OID=.;OPOS=17085522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:8:7:18:13:8:7:19:14 chr1 17085834 . G T 330.79 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.48;QD=50.8905;RBI=0.0563924;REFB=-0.147359;REVB=0.0390427;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.529388;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00165629;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:17:7:1:0:17:8:1:0 chr1 17086941 . C T 88.86 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0146128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.332;QD=3.66414;RBI=0.0298361;REFB=-0.00364798;REVB=-0.0260126;RO=76;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36126;STB=0.703467;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0214372;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:76:81:16:16:0.164948:6:10:25:51:6:10:30:51 chr1 17087072 . G A 180.13 PASS AF=0.159483;AO=36;DP=232;FAO=37;FDP=232;FR=.;FRO=195;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=112;FWDB=-0.0152354;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.789;QD=3.10568;RBI=0.0555076;REFB=-0.00326874;REVB=0.0533758;RO=191;SAF=17;SAR=19;SRF=80;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693702;STB=0.551294;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.01373;OID=.;OPOS=17087072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:191:195:36:37:0.159483:19:17:80:111:19:18:83:112 chr1 17087262 . C T 100.34 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0628101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7595;QD=8.53923;RBI=0.0834343;REFB=-0.00338327;REVB=0.0549198;RO=34;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187378;STB=0.65217;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0153539;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:34:34:12:13:0.276596:9:3:5:29:9:4:5:29 chr1 17087365 . C G 354.78 PASS AF=0.673077;AO=27;DP=44;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00794357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.589;QD=27.291;RBI=0.0232862;REFB=-0.0398119;REVB=0.0218895;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115266;STB=0.504948;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0352254;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:52:17:17:27:35:0.673077:10:17:8:9:18:17:8:9 chr1 17087459 . A G 158.68 PASS AF=0.239583;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0130754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.723;QD=6.61179;RBI=0.0146797;REFB=-0.00603973;REVB=-0.00667286;RO=69;SAF=15;SAR=8;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945838;STB=0.572454;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0190679;OID=.;OPOS=17087459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:73:23:23:0.239583:8:15:40:29:8:15:41:32 chr1 17087465 . G A 72.66 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0261512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.435;QD=3.09212;RBI=0.030894;REFB=-0.00833756;REVB=0.0164485;RO=80;SAF=6;SAR=8;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242782;STB=0.662504;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.049616;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:80:80:14:14:0.148936:8:6:50:30:8:6:50:30 chr1 17087521 . G A 88.64 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0262213;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4193;QD=3.28278;RBI=0.0516518;REFB=-0.0113839;REVB=-0.0445012;RO=91;SAF=12;SAR=5;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246357;STB=0.665711;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0474364;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:109:108:91:91:17:17:0.157407:5:12:47:44:5:12:47:44 chr1 17087582 . G A 114.26 PASS AF=0.213483;AO=18;DP=88;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0303577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.846;QD=5.13507;RBI=0.0322162;REFB=-0.00828526;REVB=0.010784;RO=70;SAF=13;SAR=5;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365786;STB=0.698392;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.039522;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:70:70:18:19:0.213483:5:13:30:40:6:13:30:40 chr1 17185437 . C T 42.32 PASS AF=0.0909091;AO=12;DP=132;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=0.00048435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.422;QD=1.28238;RBI=0.0485303;REFB=0.00272606;REVB=-0.0485279;RO=119;SAF=8;SAR=4;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25375;STB=0.699185;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0412372;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:132:119:120:12:12:0.0909091:4:8:53:66:4:8:53:67 chr1 17186685 . T C 355.99 PASS AF=0.274725;AO=50;DP=182;FAO=50;FDP=182;FR=.;FRO=132;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=0.0456649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0481;QD=7.82392;RBI=0.0666015;REFB=-0.00787057;REVB=0.0484818;RO=130;SAF=28;SAR=22;SRF=78;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501118;STB=0.528502;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0224831;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:130:132:50:50:0.274725:22:28:78:52:22:28:79:53 chr1 17186719 . T G 619.85 PASS AF=0.339207;AO=77;DP=225;FAO=77;FDP=227;FR=.;FRO=150;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=91;FSRR=59;FWDB=-0.0159172;FXX=0.00873324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2521;QD=10.9224;RBI=0.0506995;REFB=-0.0139957;REVB=0.0481361;RO=148;SAF=39;SAR=38;SRF=89;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109566;STB=0.566302;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0286332;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:227:148:150:77:77:0.339207:38:39:89:59:38:39:91:59 chr1 17186742 . C T 1602.63 PASS AF=0.632287;AO=137;DP=219;FAO=141;FDP=223;FR=.;FRO=82;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0033751;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.797;QD=28.7467;RBI=0.0068947;REFB=-0.0111697;REVB=0.00601212;RO=82;SAF=83;SAR=54;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755396;STB=0.536037;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00672664;OID=.;OPOS=17186742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:223:82:82:137:141:0.632287:54:83:41:41:57:84:41:41 chr1 17197563 . G T 152.18 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=131;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=38;FWDB=-0.0292552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6213;QD=4.64666;RBI=0.058039;REFB=-0.0128288;REVB=-0.0501265;RO=105;SAF=16;SAR=10;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308494;STB=0.519385;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.052732;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:105:105:26:26:0.198473:10:16:67:38:10:16:67:38 chr1 17197571 . G A 46.99 PASS AF=0.0948905;AO=13;DP=137;FAO=13;FDP=137;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=50;FWDB=-0.027397;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.318;QD=1.37208;RBI=0.0319419;REFB=-0.00388298;REVB=0.0164221;RO=123;SAF=9;SAR=4;SRF=73;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124444;STB=0.593982;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0555068;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:137:137:123:124:13:13:0.0948905:4:9:73:50:4:9:74:50 chr1 17197595 . A C 60.06 PASS AF=0.101266;AO=16;DP=157;FAO=16;FDP=158;FR=.;FRO=142;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=81;FSRR=61;FWDB=-0.00783704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.361;QD=1.52045;RBI=0.0635461;REFB=-0.00381252;REVB=-0.0630609;RO=140;SAF=11;SAR=5;SRF=80;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146919;STB=0.611997;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0382772;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:157:158:140:142:16:16:0.101266:5:11:80:60:5:11:81:61 chr1 17197609 . T C 89.24 PASS AF=0.125;AO=21;DP=168;FAO=21;FDP=168;FR=.;FRO=147;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=0.00504785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.416;QD=2.12484;RBI=0.00880013;REFB=-0.00198144;REVB=0.00720843;RO=143;SAF=14;SAR=7;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19026;STB=0.678837;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0173107;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:168:168:143:147:21:21:0.125:7:14:74:69:6:15:76:71 chr1 17197615 . C A 95.97 PASS AF=0.131737;AO=21;DP=166;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=0.0213338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.716;QD=2.29875;RBI=0.0240245;REFB=-0.00622945;REVB=0.0110475;RO=141;SAF=15;SAR=6;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237418;STB=0.689946;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0201519;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:166:167:141:145:21:22:0.131737:6:15:75:66:6:16:75:70 chr1 17197619 . A G 99.73 PASS AF=0.134146;AO=19;DP=162;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=-0.00794996;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.957;QD=2.43233;RBI=0.0145747;REFB=-0.00696168;REVB=-0.0122156;RO=135;SAF=13;SAR=6;SRF=68;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227488;STB=0.697063;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0307414;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:135:142:19:22:0.134146:6:13:68:67:6:16:72:70 chr1 17199074 . T C 83.77 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0127923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.435;QD=10.1539;RBI=0.0194753;REFB=-0.00824017;REVB=-0.0146848;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554187;STB=0.533274;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.051818;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:15:7:4:7:15:7 chr1 17199076 . T A 82.62 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00567715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.723;QD=9.72013;RBI=0.0142839;REFB=-0.0223384;REVB=-0.0131072;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736464;STB=0.5443;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0522513;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:16:7:4:7:16:7 chr1 17200227 . C A 81.14 PASS AF=0.0845481;AO=29;DP=343;FAO=29;FDP=343;FR=.;FRO=314;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=174;FSRR=140;FWDB=-0.0273947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8985;QD=0.946185;RBI=0.0279468;REFB=-0.000110947;REVB=-0.00552758;RO=313;SAF=11;SAR=18;SRF=174;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20454;STB=0.656958;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00147982;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:343:343:313:314:29:29:0.0845481:18:11:174:139:18:11:174:140 chr1 17200270 . T G 1952.29 PASS AF=0.435685;AO=210;DP=484;FAO=210;FDP=482;FR=.;FRO=272;FSAF=100;FSAR=110;FSRF=164;FSRR=108;FWDB=0.00390466;FXX=0.00413215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9835;QD=16.2016;RBI=0.0390508;REFB=-0.0255709;REVB=0.0388551;RO=272;SAF=100;SAR=110;SRF=164;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128669;STB=0.571197;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0338752;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:482:272:272:210:210:0.435685:110:100:164:108:110:100:164:108 chr1 17200289 . C T 2230.63 PASS AF=0.45977;AO=210;DP=484;FAO=240;FDP=522;FR=.;FRO=282;FSAF=120;FSAR=120;FSRF=164;FSRR=118;FWDB=-0.0547384;FXX=0.00191201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0122;QD=17.093;RBI=0.129667;REFB=-0.0556554;REVB=0.117547;RO=274;SAF=120;SAR=90;SRF=156;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217334;STB=0.544058;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0675307;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:522:274:282:210:240:0.45977:90:120:156:118:120:120:164:118 chr1 17263290 . G A 163.78 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=112;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0144628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.007;QD=5.79761;RBI=0.0244361;REFB=-0.0107605;REVB=-0.0196965;RO=86;SAF=6;SAR=20;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281066;STB=0.679912;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0336159;OID=.;OPOS=17263290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:86:87:26:26:0.230088:20:6:37:49:20:6:38:49 chr1 17264920 . C T 218.07 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0686321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8528;QD=11.4772;RBI=0.0686926;REFB=0.000874428;REVB=0.00288006;RO=49;SAF=19;SAR=8;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653027;STB=0.53791;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.000171088;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:8:19:32:17:8:19:32:17 chr1 17264939 . T C 210.92 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0154398;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.459;QD=11.5573;RBI=0.0347331;REFB=-0.0173404;REVB=-0.0311127;RO=46;SAF=19;SAR=7;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10356;STB=0.555229;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0257922;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:47:26:26:0.356164:7:19:30:16:7:19:31:16 chr1 17273396 . A G 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0485348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.827;QD=4.80934;RBI=0.0492989;REFB=-0.00377753;REVB=0.00864581;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609472;STB=0.890032;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00360047;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:17:6:5:1:17:6 chr1 17292566 . A AG 60.12 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0178692;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.7266;QD=8.90628;RBI=0.0510658;REFB=-0.01165;REVB=-0.0478373;RO=18;SAF=10;SAR=0;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.819995;STB=0.902023;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0898122;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:28:11:27:16:10:1:4:12:60:18:10:0:5:13 chr1 17380497 . G T 1433.1 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0596126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.628;QD=59.7124;RBI=0.0615571;REFB=-0.0874209;REVB=0.0153495;RO=3;SAF=52;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135347;STB=0.507143;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000964178;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:3:3:93:93:0.96875:41:52:1:2:41:52:1:2 chr1 17394613 . T C,G 841.88 PASS AF=0.95,0.05;AO=57,3;DP=60;FAO=57,3;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757031,-0.00899013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.503,82.7768;QD=56.1254;RBI=0.0318678,0.00962119;REFB=0,0;REVB=0.0309556,0.00342707;RO=0;SAF=35,1;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0009478,0.108705;OID=.,.;OPOS=17394613,17394613;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:60:60:0:0:57,3:57,3:0.95,0.05:22,2:35,1:0:0:22,2:35,1:0:0 chr1 17394623 . C A,T 795.46 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,55;DP=57;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000894808,0.010097;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.3523,82.9017;QD=56.8186;RBI=0.0205215,0.0108287;REFB=0,0;REVB=0.020502,-0.00391307;RO=0;SAF=2,34;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.135301,-0.000867067;OID=.,.;OPOS=17394623,17394623;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:56:0:0:2,55:1,55:0.0178571,0.982143:0,21:2,34:0:0:0,21:1,34:0:0 chr1 17395480 . G A 759.03 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.415;QD=55.2019;RBI=0.0847726;REFB=-0.03384;REVB=0.0810564;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936085;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:13:41:0:0:14:41:0:0 chr1 17395521 . G A 1043.88 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.397;QD=57.1991;RBI=0.118545;REFB=-0.0633705;REVB=0.117775;RO=0;SAF=51;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000456243;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:20:51:0:0:21:51:0:1 chr1 17396703 . T C 428.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.401;QD=57.1775;RBI=0.0185379;REFB=0;REVB=0.00190524;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08494e-05;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 17402255 . C T 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.563;QD=59.0051;RBI=0.102402;REFB=0;REVB=0.0197287;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351849;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 17405809 . G A 706.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.603;QD=60.1025;RBI=0.0392612;REFB=0;REVB=0.0367962;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105066;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:18:26:0:0:21:26:0:0 chr1 17431547 . TGGGG TGGG,TGGGC 69.48 PASS AF=0.378378,0.0540541;AO=13,2;DP=37;FAO=14,2;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7,2;FSAR=7,0;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.10138,0.0221422;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.2781,22.9391;QD=7.51128;RBI=0.103541,0.071099;REFB=-0.093069,-0.0744537;REVB=-0.0210405,0.0675633;RO=20;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0910385,0.531429;STB=0.514265,0.994823;STBP=0.936,0.181;TYPE=del,snp;VARB=0.164787,0.0875858;OID=.,.;OPOS=17431548,17431551;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378,0.0540541:13,2:37:14,2:37:21:7,2:7,0:10:11:60:20:7,2:6,0:9:11 chr1 17550121 . G A 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00461273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.581;QD=8.14854;RBI=0.0126315;REFB=-0.00868492;REVB=-0.0117591;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131554;STB=0.578864;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0166511;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:8:11:22:25:8:11:22:25 chr1 17555508 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0023744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.218;QD=10.0339;RBI=0.107557;REFB=0.000518568;REVB=-0.10753;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00464009;OID=.;OPOS=17555508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:4:1:3:3:4:1:3:4 chr1 17557133 . A C 104.79 PASS AF=0.342105;AO=9;DP=35;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0169901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.672;QD=11.0301;RBI=0.020362;REFB=-0.00212676;REVB=0.0112226;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226365;STB=0.663788;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00468287;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:25:25:9:13:0.342105:4:5:9:16:5:8:9:16 chr1 17575645 . A C 142.42 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.103096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.373;QD=10.7488;RBI=0.104093;REFB=-0.0389121;REVB=0.0143694;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33652;STB=0.698699;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0705874;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:13:5:20:15:13:5:20:15 chr1 17586134 . A G 583.64 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.022029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.777;QD=28.1271;RBI=0.0227753;REFB=-0.0110284;REVB=-0.00578249;RO=31;SAF=25;SAR=27;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213231;STB=0.50116;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00575265;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:27:25:15:16:27:25:15:16 chr1 17593316 . G A 186.09 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0183287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1288;QD=14.8872;RBI=0.0226425;REFB=-0.0316601;REVB=-0.0132943;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070966;STB=0.540942;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0639995;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:16:14:8:12:16:14 chr1 17657607 . C G 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0327035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4667;QD=20.4358;RBI=0.0328435;REFB=0.0136341;REVB=-0.00302933;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163806;STB=0.517845;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0123299;OID=.;OPOS=17657607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:15:15:13:12:15:15:14:12 chr1 17674537 . C A 60.39 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.046364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.014;QD=6.5281;RBI=0.0515439;REFB=-0.00644458;REVB=0.0225201;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351447;STB=0.713005;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0158182;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:23:5:4:5:23:5 chr1 17718671 . AG A 638.43 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127942;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.5327;QD=47.2913;RBI=0.172483;REFB=0;REVB=0.115678;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00512418;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:54:54:0:33:21:0:0:12:1:33:20:0:1 chr1 17720545 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00824873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.731;QD=15.1658;RBI=0.0218854;REFB=-0.0107402;REVB=0.0202714;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309894;STB=0.679009;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0105364;OID=.;OPOS=17720545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:13:7:10:5:13:7 chr1 17733267 . ATGT A 1563.61 PASS AF=1;AO=96;DP=110;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127107;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.183;QD=59.0041;RBI=0.0131248;REFB=0;REVB=-0.00327048;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.50064e-05;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:110:106:106:0:41:65:0:0:9:0:40:56:0:0 chr1 17739586 . G A 302.81 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0269162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6469;QD=17.0598;RBI=0.0464904;REFB=-0.00936429;REVB=0.0379062;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103353;STB=0.550225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0125013;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:16:17:15:22:16:17:16:22 chr1 17981184 . A C 230.02 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.00308099;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.868;QD=15.083;RBI=0.0142187;REFB=-0.0222663;REVB=0.0138809;RO=34;SAF=18;SAR=7;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982233;STB=0.563509;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0262224;OID=.;OPOS=17981184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:25:27:0.442623:7:18:27:7:8:19:27:7 chr1 17982559 . G A 704.23 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0395814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.354;QD=18.2917;RBI=0.0414922;REFB=-0.0106562;REVB=0.0124465;RO=80;SAF=42;SAR=32;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404825;STB=0.522382;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0108158;OID=.;OPOS=17982559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:80:80:74:74:0.480519:32:42:42:38:32:42:42:38 chr1 17991052 . T C 197.66 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151746;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.221;QD=49.4141;RBI=0.0292523;REFB=0;REVB=0.0250086;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404093;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:17:16:1:8:9:0:0:8:8:0:0 chr1 18023365 . C T 304.2 PASS AF=0.571429;AO=29;DP=53;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00660858;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.049;QD=21.7286;RBI=0.00717199;REFB=-0.0224343;REVB=-0.00278641;RO=20;SAF=26;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380871;STB=0.634053;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0165999;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:20:24:29:32:0.571429:3:26:12:8:6:26:14:10 chr1 18023509 . T C 371.26 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0214928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.361;QD=21.2148;RBI=0.0302748;REFB=-0.0325083;REVB=-0.0213218;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495906;STB=0.531898;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0263868;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:32:37:38:0.542857:13:24:19:13:13:25:19:13 chr1 18023690 . A G 218.34 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00413748;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.068;QD=15.3221;RBI=0.016909;REFB=-0.0259842;REVB=-0.016395;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923399;STB=0.552198;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.023404;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:10:22:15:10:10:22 chr1 18149510 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.901;QD=55.0986;RBI=0.0558707;REFB=0;REVB=0.0532629;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021582;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr1 18149566 . C A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.735;QD=62.9821;RBI=0.041996;REFB=0;REVB=0.000567128;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57344e-05;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 18152582 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0100545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.628;QD=15.8384;RBI=0.0848716;REFB=0.024683;REVB=0.0842739;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00699223;OID=.;OPOS=18152582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:5:7:8:8:0.533333:3:5:4:1:3:5:4:3 chr1 18807897 . C G 208.55 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00945938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.16;QD=41.7097;RBI=0.0130344;REFB=-0.159627;REVB=0.00896749;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.583236;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0022438;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:13:5:1:0:13:5:2:0 chr1 18807938 . C A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00591981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.257;QD=13.6315;RBI=0.00832948;REFB=-0.0102065;REVB=-0.00585969;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128818;STB=0.620366;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00720501;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:2:6:5:3:2:6:5:4 chr1 18807953 . C A 80.3 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0611751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.437;QD=16.906;RBI=0.0612823;REFB=-0.0111908;REVB=0.00362173;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00261865;OID=.;OPOS=18807953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:6:3:5:5:6:3 chr1 18808292 . C A 759.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331416;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.597;QD=63.2571;RBI=0.03917;REFB=0;REVB=0.0208788;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247599;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr1 18808465 . T A,C 1254.62 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=80,3;DP=84;FAO=80,2;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125631,-0.0271134;FXX=0.0238067;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.627,17.0375;QD=61.2009;RBI=0.026484,0.0489047;REFB=0,0;REVB=0.0233145,0.0407006;RO=0;SAF=55,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000290028,0.0592702;OID=.,.;OPOS=18808465,18808465;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:84:82:0:0:80,3:80,2:0.97561,0.0243902:25,0:55,3:0:0:25,0:55,2:0:0 chr1 18808526 . A C 1339.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.779;QD=62.3137;RBI=0.0334493;REFB=0;REVB=-0.0160377;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75995e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:30:55:0:0:31:55:0:0 chr1 18808711 . G C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00226361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.724;QD=23.2628;RBI=0.014515;REFB=-0.0121887;REVB=-0.0143375;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595207;STB=0.533304;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00830831;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:7:16:12:7:7:16:12:7 chr1 18809896 . A T 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.622;QD=61.6722;RBI=0.0149852;REFB=0;REVB=0.00170448;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26092e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr1 18809916 . G A 132.01 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0681782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2801;QD=14.6674;RBI=0.069117;REFB=-0.000657423;REVB=0.0113536;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286975;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000890666;OID=.;OPOS=18809916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:13:8:10:5:13:8 chr1 18810344 . G T 575.05 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.523;QD=60.5319;RBI=0.0634636;REFB=0;REVB=0.0394635;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230331;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 18810484 . G A 142.39 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0831185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.705;QD=13.2451;RBI=0.0937304;REFB=-0.047541;REVB=0.043321;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127887;STB=0.60454;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0962819;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:25:16:18:0.418605:9:7:8:17:9:9:8:17 chr1 18810486 . A C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0139983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.447;QD=14.3352;RBI=0.0140508;REFB=-0.00454939;REVB=-0.00121381;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131742;STB=0.57609;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00398394;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:9:17:9:8:9:17 chr1 18811668 . T C 75.03 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.651;QD=37.5132;RBI=0.0694398;REFB=0;REVB=0.0369017;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368316;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:4:4:0:0 chr1 18812176 . G A 304.04 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0245761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.464;QD=19.9368;RBI=0.0464392;REFB=-0.0125252;REVB=-0.0394033;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376856;STB=0.509778;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0106024;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:15:17:15:13:15:17:16:13 chr1 18812316 . C T 547.72 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0260583;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.674;QD=20.0999;RBI=0.0261291;REFB=-0.0136625;REVB=-0.00192314;RO=53;SAF=27;SAR=29;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189882;STB=0.604327;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0110229;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:53:53:56:56:0.513761:29:27:37:16:29:27:37:16 chr1 19018405 . G A 133.53 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0118597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0974;QD=7.97175;RBI=0.0379321;REFB=0.00475415;REVB=0.0360305;RO=48;SAF=6;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227159;STB=0.637106;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0110228;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:13:6:24:24:13:6:24:24 chr1 19018432 . A C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0361743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.059;QD=11.992;RBI=0.051288;REFB=-0.00897142;REVB=-0.0363576;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18076;STB=0.606754;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0117229;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:13:5:14:19:13:5:14:19 chr1 19027239 . A G 198.49 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.110902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4054;QD=19.8486;RBI=0.113587;REFB=-0.00937518;REVB=0.0245502;RO=17;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103232;STB=0.562431;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00427781;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:20:20:20:0.5:18:2:1:16:18:2:3:17 chr1 19166294 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0161173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.956;QD=20.838;RBI=0.0165636;REFB=-0.0525401;REVB=-0.00381905;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0233597;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:2:3:5:4:2:3 chr1 19186129 . G C 301.05 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0165607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.15;QD=16.7248;RBI=0.0262164;REFB=-0.00649202;REVB=-0.0203234;RO=38;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125326;STB=0.579782;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0105026;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:23:10:16:22:23:10:17:22 chr1 19201956 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6727;QD=58.5975;RBI=0.0169342;REFB=0;REVB=-0.0131169;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013827;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr1 19202896 . G A 285.09 PASS AF=0.484375;AO=27;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00748621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.203;QD=17.8181;RBI=0.00749883;REFB=-0.00911442;REVB=0.000434743;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119287;STB=0.578044;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00739828;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:33:27:31:0.484375:12:15:16:7:15:16:22:11 chr1 19202917 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.987;QD=56.9453;RBI=0.111567;REFB=0;REVB=0.0189277;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028762;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr1 19202926 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.397;QD=61.6832;RBI=0.0495286;REFB=0;REVB=0.0150718;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330099;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 19203997 . C G 662.78 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0107423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.306;QD=18.8023;RBI=0.0141502;REFB=-0.0261266;REVB=-0.00921045;RO=73;SAF=42;SAR=25;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376438;STB=0.517932;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0281886;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:74:67:67:0.475177:25:42:43:30:25:42:44:30 chr1 19468149 . CA C 40.99 PASS AF=0.237288;AO=12;DP=60;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00565395;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3791;QD=2.77883;RBI=0.0860132;REFB=-0.0371779;REVB=-0.0858271;RO=43;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=26;SSEN=0.3375;SSEP=0;SSSB=0.325581;STB=0.747325;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.0905492;OID=.;OPOS=19468150;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237288:12:60:14:59:45:10:4:17:28:40:43:8:4:17:26 chr1 19476307 . GAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAAA 76.99 PASS AF=0.26087,0.478261;AO=4,3;DP=23;FAO=6,11;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=3,5;FSAR=3,6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.143382,-0.0274007;FXX=0.0416493;HRUN=12,12;LEN=1,2;MLLD=16.8831,5.42506;QD=13.389;RBI=0.168185,0.1089;REFB=-0.160199,-0.110283;REVB=0.0879087,0.105397;RO=5;SAF=2,1;SAR=2,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0874326,-0.0671606;STB=0.583063,0.5434;STBP=0.69,0.684;TYPE=snp,del;VARB=0.233389,0.0679878;OID=.,.;OPOS=19476319,19476308;OREF=A,AA;OALT=G,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.26087,0.478261:4,3:23:6,11:23:6:3,5:3,6:2:4:39:5:2,1:2,2:2:3 chr1 19493520 . T G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00772022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5442;QD=20.5626;RBI=0.00798017;REFB=-0.0040557;REVB=-0.00202024;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122439;STB=0.568076;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00462783;OID=.;OPOS=19493520;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:14:11:17:12:14:11 chr1 19595137 . C T 895.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475711;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7198;QD=56.8305;RBI=0.0166441;REFB=0;REVB=0.0159498;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00591645;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:35:28:0:0 chr1 19596124 . C T 1212.25 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183852;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0744;QD=61.3796;RBI=0.0183855;REFB=0;REVB=0.000102543;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95506e-05;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr1 19596156 . G T 1047.93 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0682177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5026;QD=58.2185;RBI=0.112174;REFB=-0.0540803;REVB=0.0890471;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00246866;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:35:36:0:1:35:36:0:1 chr1 19597420 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.941;QD=43.4845;RBI=0.0226694;REFB=0;REVB=0.0220886;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243117;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr1 19609254 . T C 680.57 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.171;QD=61.8701;RBI=0.0883587;REFB=0;REVB=0.0882042;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126502;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:13:30:0:0:14:30:0:0 chr1 19611241 . T C 575.33 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7305;QD=60.5605;RBI=0.0634319;REFB=0;REVB=-0.016393;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085353;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr1 19621380 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.926;QD=56.9563;RBI=0.0202436;REFB=0;REVB=0.019199;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57075e-05;OID=.;OPOS=19621380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 19638435 . C T 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.149477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.805;QD=24.1898;RBI=0.149826;REFB=-0.0366483;REVB=0.0102242;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629385;STB=0.535653;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0154887;OID=.;OPOS=19638435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:2:4:9:3:2:4 chr1 19726907 . A T 205.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0156349;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.979;QD=22.1864;RBI=0.0169468;REFB=-0.0105918;REVB=-0.00653778;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246804;STB=0.638163;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0105396;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:12:5:12:8:12:5 chr1 19750909 . G T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0114837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.413;QD=19.4206;RBI=0.0230985;REFB=-0.0109792;REVB=0.0200416;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229204;STB=0.626784;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00989046;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:21:6:14:15:21:6 chr1 19953118 . G T 771.51 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924922;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9962;QD=57.149;RBI=0.0529745;REFB=0;REVB=-0.0521608;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013317;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr1 20020993 . AC GT 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0044453;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.721;QD=10.0236;RBI=0.00715893;REFB=-0.0127915;REVB=-0.00561155;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353233;STB=0.701921;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0212118;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:37:18:18:0.327273:7:11:10:25:7:11:11:26 chr1 20097941 . G T 148.08 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00900893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.657;QD=17.9488;RBI=0.0479628;REFB=-0.0321697;REVB=-0.0471091;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0455312;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:8:9:8:8:8:9 chr1 20141528 . C T 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0229999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.375;QD=16.8822;RBI=0.0283142;REFB=-0.0425347;REVB=-0.0165136;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0648485;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:10:7:6:9:10:7 chr1 20246876 . C T 285.73 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0225348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.783;QD=20.4094;RBI=0.0225404;REFB=-0.0279538;REVB=0.000501564;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15365;STB=0.601492;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0166596;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:29:30:0.535714:9:20:13:12:9:21:13:13 chr1 20297752 . A T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0198642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0329;QD=17.1007;RBI=0.0242548;REFB=0.00390616;REVB=-0.0139181;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.58811;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0116791;OID=.;OPOS=20297752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:6:9:6:8:6:9 chr1 20304962 . C G 271.77 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0335964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.043;QD=19.412;RBI=0.0358138;REFB=-0.0212009;REVB=0.012406;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202312;STB=0.605021;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0137021;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:10:19:11:15:10:19:12:15 chr1 20395497 . G A 257.77 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0277548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7639;QD=18.4122;RBI=0.0471329;REFB=-0.00423097;REVB=-0.0380944;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476542;OID=.;OPOS=20395497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:12:16:16:12:12:16 chr1 20442054 . T C 405.45 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0112784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.015;QD=22.525;RBI=0.0283153;REFB=-0.00331083;REVB=0.0259722;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101974;STB=0.505615;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00277414;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:22:18:14:18:22:18:14:18 chr1 20518226 . G A 517.17 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00509015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8856;QD=25.2278;RBI=0.0100701;REFB=-0.0170371;REVB=0.00868895;RO=32;SAF=31;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180392;STB=0.599853;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00840537;OID=.;OPOS=20518226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:32:34:48:48:0.585366:17:31:13:19:17:31:14:20 chr1 20656824 . A G 503.63 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=106;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00723801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.499;QD=18.8273;RBI=0.0105115;REFB=-0.0336359;REVB=-0.00762253;RO=54;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000655714;STB=0.504949;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0361153;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:54:54:52:53:0.495327:25:27:28:26:25:28:28:26 chr1 20662938 . A G 294.04 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.01965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.953;QD=23.062;RBI=0.0210479;REFB=-0.0086074;REVB=0.00754267;RO=22;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121492;STB=0.567519;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00579111;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:21:8:9:13:21:8:9:13 chr1 20671961 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00460676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.497;QD=21.0155;RBI=0.029302;REFB=-0.0218161;REVB=0.0289376;RO=13;SAF=14;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629318;STB=0.870373;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102103;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:15:16:0.551724:1:14:5:8:1:15:5:8 chr1 20972048 . G A 875.91 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205633;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.189;QD=57.4369;RBI=0.0418838;REFB=0;REVB=0.0364884;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366316;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:34:27:0:0 chr1 20972111 . G A,C 1403.17 PASS AF=0.934066,0.0659341;AO=85,5;DP=91;FAO=85,6;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38,5;FSAR=47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925036,0.00392523;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.515,113.076;QD=61.6778;RBI=0.0104492,0.0173054;REFB=0,0;REVB=0.00485962,-0.0168543;RO=0;SAF=38,5;SAR=47,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.83693e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00151575,0.0859458;OID=.,.;OPOS=20972111,20972111;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:91:91:0:0:85,5:85,6:0.934066,0.0659341:47,0:38,5:0:0:47,1:38,5:0:0 chr1 20977000 . A C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.4;QD=60.9777;RBI=0.0414125;REFB=0;REVB=0.038759;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175295;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 20987873 . G C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.664;QD=60.5463;RBI=0.0304593;REFB=0;REVB=0.0187777;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120405;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr1 21011346 . A G 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00232784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.278;QD=24.3885;RBI=0.0245103;REFB=-0.0196709;REVB=-0.0243995;RO=14;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921275;STB=0.551669;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0131183;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:4:16:10:4:4:16:10:4 chr1 21011622 . C CGACA 54.59 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0222491;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.774;QD=8.73467;RBI=0.0222639;REFB=-0.00325655;REVB=-0.000810354;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677072;STB=0.559852;STBP=0.709;TYPE=ins;VARB=0.00714441;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:8:25:8:25:17:4:4:7:10:54:16:4:4:7:9 chr1 21024901 . C T 328.91 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722314;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.621;QD=54.8185;RBI=0.0118483;REFB=0;REVB=0.00939191;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900335;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 21031046 . C T 1466.94 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00518668;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.071;QD=61.1225;RBI=0.00606231;REFB=-0.109099;REVB=-0.00313847;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.508619;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00091105;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:0:2:94:94:0.979167:57:37:0:0:57:37:0:2 chr1 21042094 . G A 1727.01 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.046;QD=59.5522;RBI=0.0312287;REFB=-0.123771;REVB=0.0157123;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.503703;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000479515;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:116:0:1:114:115:0.991379:66:48:0:0:67:48:0:1 chr1 21044161 . A G 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.617;QD=42.1709;RBI=0.13448;REFB=0;REVB=0.00721516;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121909;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 21050958 . C T 834.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.37;QD=57.5368;RBI=0.071208;REFB=0;REVB=0.0711667;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132516;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr1 21099996 . A AG 34.15 PASS AF=0.103448;AO=13;DP=117;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.0163227;FXX=0.00854628;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.0956;QD=1.17772;RBI=0.0287054;REFB=-0.00412243;REVB=-0.023613;RO=103;SAF=13;SAR=0;SRF=34;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724956;STB=0.943024;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.130582;OID=.;OPOS=21099997;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.103448:13:117:12:116:104:11:1:35:69:34:103:13:0:34:69 chr1 21102516 . A T 34.74 PASS AF=0.24;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00223576;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=146.013;QD=5.55837;RBI=0.00935647;REFB=-0.00221742;REVB=0.00908542;RO=19;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.682683;STB=0.768238;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0268405;OID=.;OPOS=21102516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:25:19:19:5:6:0.24:0:5:10:9:1:5:10:9 chr1 21167404 . A G 948.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.064;QD=58.3855;RBI=0.0461921;REFB=0;REVB=-0.00382554;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95799e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:24:40:0:0:25:40:0:0 chr1 21231448 . A G 458.97 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0071933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.285;QD=20.8621;RBI=0.010334;REFB=-0.0310352;REVB=-0.00741947;RO=43;SAF=17;SAR=27;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134779;STB=0.578477;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0240949;OID=.;OPOS=21231448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:44:45:0.511364:27:17:23:20:28:17:23:20 chr1 21299496 . GTT G,GT 86.6 PASS AF=0,0.793103;AO=4,13;DP=29;FAO=0,23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=0,17;FSAR=0,6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0239887,0.0468995;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=11.2983,7.00965;QD=11.9454;RBI=0.0631416,0.103422;REFB=0.0319883,0.0515853;REVB=0.0584073,0.0921768;RO=6;SAF=3,12;SAR=1,1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.426205,-0.181453;STB=0.5,0.519067;STBP=1,0.776;TYPE=del,del;VARB=0.0128867,0.0526035;OID=.,.;OPOS=21299497,21299497;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.793103:4,13:29:0,23:29:6:0,17:0,6:4:2:12:6:3,12:1,1:6:0 chr1 21795388 . A G 322.43 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0245403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.328;QD=16.5351;RBI=0.0250217;REFB=-0.00515949;REVB=0.0048842;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752128;STB=0.534502;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.004151;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:19:16:16:26:19:16:17:26 chr1 21799924 . G A 284.87 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0130037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.517;QD=12.9484;RBI=0.0158109;REFB=-0.0113076;REVB=-0.00899376;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858526;STB=0.549111;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0162417;OID=.;OPOS=21799924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:17:16:31:24:17:16:31:24 chr1 21808159 . G A 55.8 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00318833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6986;QD=10.6294;RBI=0.0325476;REFB=-0.0275759;REVB=0.032391;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196049;STB=0.621869;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0788215;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:10:3:1:7:10:3 chr1 21889635 . T C 1008.11 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2749;QD=59.3005;RBI=0.0784475;REFB=0;REVB=-0.0337287;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549596;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr1 21894735 . T C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.011808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.426;QD=15.577;RBI=0.0129905;REFB=-0.0202741;REVB=0.00541532;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172815;STB=0.607386;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0215706;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:9:15:13:16:9:15:13:17 chr1 21900171 . A G 144.37 PASS AF=0.3125;AO=17;DP=61;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00944586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.38;QD=9.02293;RBI=0.0200722;REFB=-0.0085562;REVB=-0.0177107;RO=38;SAF=12;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13026;STB=0.610992;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00946215;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:38:44:17:20:0.3125:5:12:23:15:5:15:27:17 chr1 21904267 . A G 211.47 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00298769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2228;QD=10.0701;RBI=0.0277418;REFB=0.00303587;REVB=-0.0275804;RO=57;SAF=15;SAR=12;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905281;STB=0.552807;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0144455;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:12:15:36:21:12:15:36:21 chr1 21943820 . G A 248.38 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0379451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.534;QD=18.3985;RBI=0.0389322;REFB=0.000228705;REVB=0.00871089;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358179;STB=0.518556;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000246213;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:27:27:27:0.5:13:14:14:11:13:14:15:12 chr1 22005665 . C T 133.01 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.91;QD=19.0019;RBI=0.0255051;REFB=-0.0685397;REVB=0.0255051;RO=9;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0416965;OID=.;OPOS=22005665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:30:28:9:9:10:12:0.428571:10:0:0:9:12:0:0:9 chr1 22141030 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.105339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.973;QD=21.5457;RBI=0.108016;REFB=-0.00186028;REVB=0.0239014;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222321;STB=0.624832;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00217023;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:2:8:7:7:2:8 chr1 22149935 . T C 196.95 PASS AF=0.4;AO=22;DP=58;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000432396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.819;QD=13.1302;RBI=0.0066189;REFB=-0.0143874;REVB=-0.00660476;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157816;STB=0.558123;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0220184;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:36:22:24:0.4:9:13:15:19:11:13:16:20 chr1 22160047 . C CG 39.09 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0914465;FXX=0.0333222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.626;QD=5.39133;RBI=0.0939165;REFB=-0.0048942;REVB=-0.0213973;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244319;STB=0.585171;STBP=0.643;TYPE=ins;VARB=0.107047;OID=.;OPOS=22160048;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:9:32:9:29:20:3:6:9:11:39:22:3:6:12:10 chr1 22191454 . G A 419.33 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0780515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.319;QD=54.1073;RBI=0.104051;REFB=-0.162651;REVB=0.068809;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00438116;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:0:1 chr1 22199245 . C T 67.41 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0485854;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3141;QD=10.3706;RBI=0.0523688;REFB=-0.00650184;REVB=-0.0195434;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356588;STB=0.719105;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.025846;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:8:9:2:7:8:9 chr1 22206649 . T C 581.26 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000116313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0602;QD=58.1255;RBI=0.0493397;REFB=-0.0150609;REVB=-0.0493396;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0031604;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:12:26:0:1:13:26:0:1 chr1 22206942 . G A 971.89 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.738;QD=58.9023;RBI=0.0302035;REFB=0;REVB=0.0183936;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3958e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:35:31:0:0 chr1 22207235 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.899;QD=62.3509;RBI=0.0323393;REFB=0;REVB=0.00384717;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58056e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 22214127 . A G 508.39 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00183636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.773;QD=20.7505;RBI=0.0553718;REFB=-0.0387291;REVB=-0.0553413;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104666;STB=0.561895;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0391432;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:49:48:49:0.5:28:20:26:23:29:20:26:23 chr1 22216574 . C A 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0025556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.075;QD=28.0796;RBI=0.0287104;REFB=-0.0179659;REVB=0.0285964;RO=15;SAF=5;SAR=20;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104626;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:20:5:3:12:20:5:3:12 chr1 22216604 . C G 184.42 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0672233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6662;QD=26.3455;RBI=0.0836282;REFB=-0.0417602;REVB=0.0497464;RO=9;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425014;STB=0.535676;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0307523;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:13:5:2:7:13:5:2:8 chr1 22217108 . G A 742.64 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0224471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9597;QD=59.4111;RBI=0.0251209;REFB=-0.12995;REVB=-0.0112777;RO=2;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247557;STB=0.513152;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00525052;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:37:11:0:2:37:11:0:2 chr1 22303524 . G A 36.98 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=62;FWDB=-0.0859358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6151;QD=1.64354;RBI=0.0860847;REFB=-0.00199003;REVB=-0.00506125;RO=80;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239744;STB=0.695124;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0124557;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:80:81:9:9:0.1:8:1:19:61:8:1:19:62 chr1 22304428 . CC GT 146.23 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0135247;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=230.312;QD=25.431;RBI=0.073103;REFB=-0.0162879;REVB=-0.071841;RO=7;SAF=14;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526699;STB=0.831099;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0148851;OID=.;OPOS=22304428;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:23:7:8:15:15:0.652174:1:14:3:4:1:14:3:5 chr1 22304431 . G C 141.27 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0104283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.506;QD=21.7339;RBI=0.0702305;REFB=-0.0117123;REVB=-0.0694519;RO=11;SAF=14;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619857;STB=0.860922;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0105327;OID=.;OPOS=22304431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:1:14:4:7:1:14:4:7 chr1 22307538 . C T 325.32 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00491053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.191;QD=22.4359;RBI=0.0246432;REFB=-0.0368982;REVB=-0.024149;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225721;STB=0.623745;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0224693;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:20:5:16:17:20:5 chr1 22310190 . T C 95.44 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0322466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.498;QD=11.5681;RBI=0.0326267;REFB=-0.00326608;REVB=-0.00496568;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140483;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00732098;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:5:7:9:11:5:7:9:12 chr1 22310262 . G C 105.01 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0839715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2626;QD=7.50064;RBI=0.0917741;REFB=-0.0652877;REVB=-0.0370306;RO=39;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987224;STB=0.547381;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.105825;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:39:41:14:15:0.267857:5:9:22:17:6:9:22:19 chr1 22310310 . G C 134.32 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00448577;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.33;QD=10.3324;RBI=0.019729;REFB=-0.0108346;REVB=-0.0192123;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116415;STB=0.528441;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0186168;OID=.;OPOS=22310310;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:35:16:17:0.326923:8:8:17:11:8:9:20:15 chr1 22310725 . G C 203.11 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0111486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2029;QD=15.6239;RBI=0.0177174;REFB=-0.00293596;REVB=0.0137701;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207867;STB=0.62622;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00424999;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:15:7:15:14:16:7:15:14 chr1 22310824 . T C 193.13 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00785836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.124;QD=12.0707;RBI=0.00942477;REFB=-0.001907;REVB=0.00520312;RO=40;SAF=7;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301363;STB=0.681663;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00259234;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:40:23:24:0.375:16:7:23:17:17:7:23:17 chr1 22313161 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00358085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0952;QD=17.4272;RBI=0.00774474;REFB=-0.0111813;REVB=0.00686721;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15049;STB=0.586026;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0115673;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:12:11:12:7:12:11 chr1 22324705 . T C 216.36 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0632793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.712;QD=22.1909;RBI=0.0668592;REFB=-0.00663613;REVB=-0.0215843;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190399;STB=0.606777;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0128002;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:7:11:8:13:7:11 chr1 22328228 . C G 227.66 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.010336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0866;QD=21.6818;RBI=0.0154136;REFB=-0.0243384;REVB=0.0114343;RO=20;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251106;STB=0.642711;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0396999;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:18:4:8:12:18:4:8:12 chr1 22336277 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.014777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6518;QD=9.84387;RBI=0.0234534;REFB=0.0116409;REVB=0.0182127;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466664;STB=0.777284;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0381182;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:15:5:7:3:15:5 chr1 22443760 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00948637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.436;QD=21.1302;RBI=0.00966266;REFB=-0.023969;REVB=0.00183733;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221279;STB=0.624106;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0223474;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:14:7:13:9:14:7 chr1 22443887 . G T 242.24 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.000698459;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.056;QD=9.68943;RBI=0.0330507;REFB=-0.00659713;REVB=-0.0330433;RO=68;SAF=21;SAR=10;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310611;STB=0.677305;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00822021;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:69:31:31:0.31:10:21:28:40:10:21:29:40 chr1 22445991 . C T 597.13 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0202853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.829;QD=17.9589;RBI=0.0322975;REFB=-0.00416329;REVB=-0.0251324;RO=68;SAF=21;SAR=41;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131998;STB=0.579219;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00481342;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:68:71:62:62:0.466165:41:21:32:36:41:21:34:37 chr1 22835677 . A G 2129.17 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142358;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.74;QD=62.6225;RBI=0.0432353;REFB=0;REVB=0.0408245;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64798e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:135:136:1:67:68:0:0:67:69:0:0 chr1 22846709 . G A 962.92 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930781;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.422;QD=59.2566;RBI=0.0275425;REFB=0;REVB=0.0259221;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222874;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 22852715 . G C 210.48 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0371532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4529;QD=20.0457;RBI=0.0502668;REFB=-0.0306229;REVB=-0.0338584;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872148;STB=0.549248;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0466302;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:13:8:10:11:13:8:10:11 chr1 22853141 . G A 142.56 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0305261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7864;QD=14.2562;RBI=0.0370829;REFB=-0.0375777;REVB=-0.0210547;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11135;STB=0.590785;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0218753;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:13:3:6:17:13:3:7:17 chr1 22919904 . C T 552.5 PASS AF=0.41844;AO=56;DP=143;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0150298;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.964;QD=15.6737;RBI=0.031956;REFB=-0.0102653;REVB=0.0282009;RO=81;SAF=23;SAR=33;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359077;STB=0.512721;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0115829;OID=.;OPOS=22919904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:81:82:56:59:0.41844:33:23:33:48:34:25:33:49 chr1 22928813 . A G 88.01 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.00224447;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.088;QD=11.735;RBI=0.0157338;REFB=-0.00687825;REVB=-0.0155729;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405554;STB=0.732166;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0113183;OID=.;OPOS=22928813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:32:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:17:2:5:6:17:2 chr1 22928895 . C T 179.18 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0371027;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7303;QD=12.5743;RBI=0.0414322;REFB=-0.0182605;REVB=-0.0184395;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321393;STB=0.689288;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0332014;OID=.;OPOS=22928895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:35:22:22:0.385965:12:10:22:6:12:10:27:8 chr1 22965438 . A G 941.09 PASS AF=0.554878;AO=81;DP=163;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00207152;FXX=0.0238081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.315;QD=22.9535;RBI=0.00688075;REFB=-0.0322536;REVB=-0.00656152;RO=77;SAF=38;SAR=43;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101294;STB=0.505493;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0263788;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:77:73:81:91:0.554878:43:38:37:40:45:46:36:37 chr1 22970642 . C T 621.98 PASS AF=0.421687;AO=69;DP=166;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.00478421;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9545;QD=14.9874;RBI=0.00480314;REFB=-0.0126207;REVB=-0.000426054;RO=90;SAF=29;SAR=40;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170191;STB=0.594845;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0101147;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:90:96:69:70:0.421687:40:29:53:37:40:30:57:39 chr1 23208925 . G A 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0294766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.637;QD=19.4394;RBI=0.0295404;REFB=-0.00577021;REVB=-0.0019403;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886822;STB=0.549325;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00672939;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:12:17:15:16:12:17 chr1 23219493 . T C 726.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899419;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.686;QD=56.9816;RBI=0.100856;REFB=0;REVB=0.0456343;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51723e-05;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr1 23241193 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00634959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.269;QD=18.7769;RBI=0.00657414;REFB=-0.00656502;REVB=-0.00170354;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137517;STB=0.576865;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00585626;OID=.;OPOS=23241193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:17:9:13:13:17:9 chr1 23280424 . G T 989.23 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.911;QD=59.0588;RBI=0.0641507;REFB=0;REVB=0.054878;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001266;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:23:41:0:0:24:43:0:0 chr1 23286557 . TG T 37.01 PASS AF=0.226667;AO=12;DP=70;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00828275;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9487;QD=1.97391;RBI=0.188858;REFB=0.0102166;REVB=-0.188676;RO=50;SAF=4;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233266;STB=0.847605;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.149056;OID=.;OPOS=23286558;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226667:12:70:17:75:58:2:15:30:28:37:50:4:8:26:24 chr1 23413027 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.469;QD=61.5363;RBI=0.0169675;REFB=0;REVB=0.0103874;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61056e-05;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr1 23418153 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9606;QD=63.58;RBI=0.0649511;REFB=0;REVB=-0.0501058;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112763;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr1 23419261 . G A 508.3 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7351;QD=56.4777;RBI=0.0741919;REFB=-0.00503923;REVB=-0.012651;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190966;STB=0.510198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0027759;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:24:11:0:1:24:11:0:1 chr1 23419374 . G T 1324.84 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351821;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7847;QD=62.3453;RBI=0.0375593;REFB=0;REVB=0.01315;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143168;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr1 23419383 . C T 1324.8 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00516761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1904;QD=60.9105;RBI=0.0542876;REFB=0.0205478;REVB=-0.0540411;RO=1;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010891;STB=0.505746;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000201344;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:43:43:0:1:43:43:0:1 chr1 23419855 . T C 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5281;QD=60.6038;RBI=0.0581511;REFB=0;REVB=0.0297652;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413609;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 23688933 . A G 582.32 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00565935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.12;QD=58.232;RBI=0.00882871;REFB=0.00595889;REVB=0.00677628;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-4.42921e-05;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:15:24:0:0:15:24:0:1 chr1 23696152 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.041;QD=39.2025;RBI=0.00899534;REFB=0;REVB=0.00719082;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08141e-05;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr1 23710805 . A G 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0862918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.76;QD=60.8502;RBI=0.0878487;REFB=0.00825605;REVB=0.0164659;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000704312;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:1:0:17:29:1:0 chr1 23760011 . C G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00311421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.515;QD=12.4554;RBI=0.0129225;REFB=-0.00602985;REVB=-0.0125416;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.606463;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00607585;OID=.;OPOS=23760011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:9:12:24:9:9:12:25:9 chr1 23885498 . T C 1881.65 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648466;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.141;QD=61.6934;RBI=0.0129025;REFB=0;REVB=0.0111546;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143703;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:56:65:0:0:56:66:0:0 chr1 23885599 . T C 182.43 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0146708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6345;QD=14.3079;RBI=0.0158569;REFB=-0.0211013;REVB=-0.00601726;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976478;STB=0.538284;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0148073;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:29:21:22:0.431373:9:12:18:9:9:13:19:10 chr1 23965704 . A C 982.8 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00107625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2041;QD=56.16;RBI=0.0124648;REFB=-0.200065;REVB=-0.0124183;RO=2;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242219;STB=0.512817;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00274718;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:67:68:0.971429:38:29:0:2:38:30:0:2 chr1 23966894 . T TAAG 487.84 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175203;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=3;MLLD=172.62;QD=57.3934;RBI=0.0213751;REFB=0;REVB=0.0122448;RO=4;SAF=15;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00166199;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:35:34:34:0:19:15:0:0:4:4:15:15:4:0 chr1 24018277 . C G 1116.75 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1767;QD=60.365;RBI=0.0162695;REFB=0;REVB=0.0154558;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131906;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr1 24083494 . C T 216.75 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0398902;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2858;QD=15.4823;RBI=0.0482663;REFB=-0.0167251;REVB=0.0271737;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145168;STB=0.59992;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0230508;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:31:25:25:0.446429:10:15:13:16:10:15:13:18 chr1 24121600 . C CT 84.41 PASS AF=0.647059;AO=3;DP=22;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0568685;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=222.323;QD=19.8605;RBI=0.0612419;REFB=-0.00350821;REVB=-0.0227277;RO=19;SAF=2;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370679;STB=0.64977;STBP=0.168;TYPE=ins;VARB=0.00369978;OID=.;OPOS=24121601;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:3:22:11:17:6:4:7:0:6:40:19:2:1:6:13 chr1 24121601 . C T 69.65 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0408311;FXX=0.0475964;HRUN=7;LEN=1;MLLD=195.316;QD=13.9295;RBI=0.0427328;REFB=-0.0301116;REVB=-0.0126063;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265087;STB=0.599799;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0313126;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:10:11:9:9:0.45:6:3:1:9:6:3:2:9 chr1 24134721 . T C 294.19 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0173342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7492;QD=17.5638;RBI=0.0229557;REFB=-0.000348225;REVB=-0.0150495;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228496;STB=0.627446;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000107239;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:24:11:18:14:24:11 chr1 24180962 . T C 309.97 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0126809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.683;QD=18.7862;RBI=0.0399382;REFB=-0.0126588;REVB=0.0378715;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685681;STB=0.545344;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0106269;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:16:17:14:18:16:17:14:19 chr1 24194748 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9293;QD=23.2187;RBI=0.0552691;REFB=-0.0555891;REVB=-0.0490068;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00556295;OID=.;OPOS=24194748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr1 24194773 . G A 59.84 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.958;QD=34.1939;RBI=0.085307;REFB=0;REVB=0.0157896;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403184;OID=.;OPOS=24194773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr1 24201162 . G A 220.88 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0214197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3769;QD=19.2073;RBI=0.0219572;REFB=-0.0363216;REVB=0.00482842;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573397;STB=0.50199;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0702876;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:24:24:20:22:0.478261:12:8:11:13:12:10:11:13 chr1 24288432 . C T 359.62 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0190086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6435;QD=13.8313;RBI=0.0480007;REFB=-0.0165946;REVB=-0.0440766;RO=62;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164425;STB=0.59255;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0247476;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:22:20:20:42:22:20:20:42 chr1 24288476 . T C 531.81 PASS AF=0.549451;AO=31;DP=93;FAO=50;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0160013;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.367;QD=23.3761;RBI=0.016579;REFB=-0.00385891;REVB=-0.00433861;RO=26;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157539;STB=0.570341;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00889102;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:26:41:31:50:0.549451:22:9:12:14:35:15:18:23 chr1 24288529 . TAAAC T,TAACT 216.37 PASS AF=0.4,0.05;AO=22,3;DP=59;FAO=24,3;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=4,3;FSAR=20,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0125582,0.0783973;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,2;MLLD=249.108,40.3363;QD=14.4245;RBI=0.0125736,0.0798097;REFB=-0.00425175,0.0231189;REVB=0.000620953,-0.0149482;RO=31;SAF=3,3;SAR=19,0;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36538,0.593368;STB=0.697486,0.996866;STBP=0.035,0.054;TYPE=del,mnp;VARB=0.00577827,-0.163522;OID=.,.;OPOS=24288530,24288532;OREF=AAAC,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.05:22,3:59:24,3:60:33:4,3:20,0:14:19:99:31:3,3:19,0:12:19 chr1 24289057 . G C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0881066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.578;QD=12.8689;RBI=0.0909824;REFB=0.00177596;REVB=-0.0226941;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246768;STB=0.646777;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00504756;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:8:8:8:3:8:8 chr1 24392600 . G A 354.21 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0237422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.384;QD=21.4671;RBI=0.0288003;REFB=-0.0313964;REVB=0.0163022;RO=29;SAF=17;SAR=19;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278341;STB=0.641438;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.025783;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:19:17:4:25:19:17:5:25 chr1 24392671 . T C 277.52 PASS AF=0.535714;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0643564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.883;QD=19.8231;RBI=0.069191;REFB=-0.0692808;REVB=0.0254096;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248096;STB=0.638411;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0631462;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:25:26:28:30:0.535714:13:15:6:19:14:16:6:20 chr1 24393563 . C T 525.3 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.000359094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.383;QD=15.9182;RBI=0.0318425;REFB=-0.0127392;REVB=-0.0318404;RO=75;SAF=21;SAR=36;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222317;STB=0.624456;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0296667;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:36:21:44:31:36:21:44:31 chr1 24394811 . A G 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00630032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.195;QD=4.70066;RBI=0.0238092;REFB=-0.0104873;REVB=-0.0229605;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181373;STB=0.51216;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.033872;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:17:12:3:4:17:12 chr1 24409165 . C T 440.68 PASS AF=0.373333;AO=38;DP=133;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=0.099959;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1775;QD=11.7514;RBI=0.10003;REFB=-0.00912549;REVB=-0.0037641;RO=94;SAF=8;SAR=30;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254144;STB=0.551573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.016439;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:150:94:94:38:56:0.373333:30:8:36:58:30:26:36:58 chr1 24416058 . GT G,GC,GG 705.2 PASS AF=0.115385,0.865385,0.0192308;AO=9,39,3;DP=52;FAO=6,45,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=4,24,0;FSAR=2,21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163339,0.0963115,-0.052804;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=76.8228,88.0267,60.4439;QD=54.2465;RBI=0.0297203,0.103042,0.0540059;REFB=0,0,0;REVB=0.0248294,0.036631,0.0113302;RO=0;SAF=6,22,0;SAR=3,17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.030977,0.000702888,0.0633739;OID=.,.,.;OPOS=24416059,24416059,24416059;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.865385,0.0192308:9,39,3:52:6,45,1:52:0:4,24,0:2,21,1:0:0:16:0:6,22,0:3,17,3:0:0 chr1 24416070 . G C 294.66 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0186226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.827;QD=20.3211;RBI=0.0242612;REFB=-0.0389058;REVB=0.01555;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678772;STB=0.535691;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0179092;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:27:31:31:0.534483:16:15:10:15:16:15:11:16 chr1 24416133 . C T 337.21 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0319259;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.607;QD=16.449;RBI=0.0322208;REFB=-0.0113502;REVB=-0.00434939;RO=46;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862235;STB=0.548645;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0118935;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:46:46:36:36:0.439024:24:12:19:27:24:12:19:27 chr1 24418768 . T C,G 405.57 PASS AF=0.870968,0.129032;AO=26,2;DP=28;FAO=27,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01634,0.0167777;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.0264,147.132;QD=52.332;RBI=0.049179,0.0262579;REFB=0,0;REVB=-0.0463851,-0.0201986;RO=0;SAF=15,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00986113,0.0275349;OID=.,.;OPOS=24418768,24418768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:28:31:0:0:26,2:27,4:0.870968,0.129032:11,1:15,1:0:0:11,2:16,2:0:0 chr1 24419496 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.644;QD=57.7126;RBI=0.00791086;REFB=0;REVB=-0.00255559;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35588e-05;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr1 24421474 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.265;QD=58.9624;RBI=0.0217381;REFB=0;REVB=-0.0208344;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2769e-05;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr1 24421950 . C G 574.52 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6656;QD=56.0505;RBI=0.061991;REFB=-0.155631;REVB=-0.0192544;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.508193;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00881671;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:0:1:37:40:0.97561:10:27:0:0:10:30:1:0 chr1 24447468 . G C 342.35 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0759374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9548;QD=21.397;RBI=0.107574;REFB=-0.0159129;REVB=0.0761949;RO=30;SAF=26;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172467;STB=0.567645;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0145628;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:29:34:35:0.546875:8:26:18:12:9:26:18:11 chr1 24448084 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00903702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.876;QD=19.7621;RBI=0.016513;REFB=-0.0272119;REVB=-0.0138207;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160681;STB=0.500907;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0391911;OID=.;OPOS=24448084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:13:12:11:12:13:12 chr1 24460797 . T G 229.38 PASS AF=0.415385;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00294754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2872;QD=14.1155;RBI=0.0155665;REFB=-0.0272596;REVB=-0.0152849;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296407;STB=0.678365;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0260795;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:25:27:0.415385:9:16:13:24:10:17:12:26 chr1 24465113 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00940839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.88;QD=19.6663;RBI=0.0129251;REFB=-0.0320188;REVB=0.0088623;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272561;STB=0.515143;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0193179;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:15:17:17:17:15:17 chr1 24480905 . C T 232.73 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0169243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.497;QD=24.4975;RBI=0.0169565;REFB=-0.00698649;REVB=-0.0010444;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163159;STB=0.590826;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00782171;OID=.;OPOS=24480905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:10:6:13:9:10:6 chr1 24690764 . T A 1044.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354716;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.347;QD=59.6755;RBI=0.0513062;REFB=0;REVB=0.0511834;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1202e-05;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr1 24718079 . C A 1274.54 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2205;QD=60.6925;RBI=0.023812;REFB=0;REVB=0.0237148;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793689;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:32:48:0:0:36:48:0:0 chr1 24859617 . G A,C 577.22 PASS AF=0.880952,0.0952381;AO=35,4;DP=40;FAO=37,4;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24,2;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00847317,-0.0123757;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.5389,116.642;QD=54.9732;RBI=0.00916268,0.0140171;REFB=-0.0635307,-0.0498646;REVB=0.00348712,-0.00658203;RO=0;SAF=24,2;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.518508,0.599516;STBP=0.254,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=0.00332431,0.0138502;OID=.,.;OPOS=24859617,24859617;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:40:42:0:1:35,4:37,4:0.880952,0.0952381:11,2:24,2:0:0:13,2:24,2:0:1 chr1 24859665 . G A 732.48 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0205325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.453;QD=51.4021;RBI=0.0205431;REFB=-0.0222828;REVB=-0.000659735;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.525414;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000844101;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:26:28:1:0:26:28:3:0 chr1 24861704 . G A 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.617;QD=60.226;RBI=0.051965;REFB=0;REVB=0.00248073;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187812;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr1 25291010 . A T 1587.1 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1743;QD=64.1251;RBI=0.00750438;REFB=0;REVB=0.00116596;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62145e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:57:42:0:0:57:42:0:0 chr1 25483532 . A G 509.56 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.000946352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.502;QD=21.013;RBI=0.0133786;REFB=-0.00695898;REVB=0.0133451;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157023;STB=0.586677;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00495087;OID=.;OPOS=25483532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:26:23:31:17:26:23:31:17 chr1 25569108 . CT C,TC 54.91 PASS AF=0.529412,0;AO=11,2;DP=35;FAO=18,0;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=3,0;FSAR=15,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.245319,0.0294726;FXX=0.0810592;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.80386,107.616;QD=6.46033;RBI=0.292076,0.113891;REFB=-0.125112,-0.00716258;REVB=-0.158514,-0.110011;RO=14;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.419926,-0.576453;STB=0.704867,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.128557,0.0542364;OID=.,.;OPOS=25569109,25569108;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:35:34:14:16:11,2:18,0:0.529412,0:9,2:2,0:8:6:15,0:3,0:8:8 chr1 25634143 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0115457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.612;QD=7.48188;RBI=0.0232262;REFB=-0.00986035;REVB=0.0201532;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221747;STB=0.627606;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0251652;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:26:28:10:10:0.263158:9:1:5:21:9:1:5:23 chr1 25672845 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0277932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.528;QD=16.8228;RBI=0.0382323;REFB=-0.00140662;REVB=-0.0262535;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000305001;OID=.;OPOS=25672845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:3:4:3:1:3:4:4:1 chr1 25889632 . T C 52.26 PASS AF=0.6;AO=4;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0594664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.542;QD=20.9054;RBI=0.0626546;REFB=-0.0306188;REVB=-0.0197319;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0349434;OID=.;OPOS=25889632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:10:3:3:4:6:0.6:2:2:2:1:2:4:2:1 chr1 25890189 . A G 184.35 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000550689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.534;QD=27.3109;RBI=0.0166102;REFB=0.00521315;REVB=-0.0166011;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333351;STB=0.518498;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00124035;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:9:9:4:5:9:9:4:5 chr1 26131654 . G A 1008.33 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3423;QD=59.3133;RBI=0.0425315;REFB=0;REVB=0.0395826;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96324e-05;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:31:37:0:0 chr1 26138262 . T C 675.48 PASS AF=1;AO=26;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.262052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0122;QD=61.4069;RBI=0.262966;REFB=0;REVB=0.021912;RO=1;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431634;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:26:44:1:22:4:0:1:25:19:0:0 chr1 26140573 . C A 958.65 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0733288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8956;QD=57.2329;RBI=0.0735447;REFB=0.0406865;REVB=0.00563105;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000221607;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:0:1:26:40:0:1 chr1 26144674 . G A 179.01 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.000884279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4462;QD=15.2349;RBI=0.00220076;REFB=-0.017246;REVB=-0.00201529;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882419;STB=0.551067;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0363129;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:11:17:13:6:11:17 chr1 26146884 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.956;QD=35.5759;RBI=0.0716921;REFB=0;REVB=0.0415281;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406121;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 26158962 . A G 227.84 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110848;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.475;QD=50.6308;RBI=0.0154445;REFB=0;REVB=-0.0107544;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199889;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 26290745 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.54;QD=51.1846;RBI=0.0257051;REFB=0;REVB=0.0252298;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102772;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 26357656 . C A 378.88 PASS AF=0.488095;AO=36;DP=79;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00218276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.319;QD=18.0419;RBI=0.0568905;REFB=-0.00755185;REVB=0.0568486;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181365;STB=0.559647;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00577481;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:43:43:36:41:0.488095:15:21:17:26:20:21:17:26 chr1 26378002 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.019711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.333;QD=15.5698;RBI=0.0288622;REFB=-0.0217983;REVB=0.0210833;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0212876;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:5:7:5:6:5:7 chr1 26487940 . A G 35.48 PASS AF=0.2;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00549294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.467;QD=4.73066;RBI=0.0246669;REFB=-0.0184811;REVB=-0.0240475;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.571184;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0747985;OID=.;OPOS=26487940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:30:22:24:6:6:0.2:2:4:12:10:2:4:14:10 chr1 26488019 . G A 113.06 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0207356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.464;QD=28.2654;RBI=0.0220155;REFB=-0.0400558;REVB=0.0073972;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.576787;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0104114;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:16:4:4:11:12:0.75:3:8:2:2:3:9:2:2 chr1 26504067 . G C 37.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0233863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.787;QD=8.25186;RBI=0.0320237;REFB=-0.00314788;REVB=0.0218769;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480689;STB=0.772248;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00876932;OID=.;OPOS=26504067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:12:0:1:5:12:0 chr1 26582091 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.23;QD=60.6102;RBI=0.00830017;REFB=0;REVB=-0.00808866;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78513e-05;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 26608782 . C T 216.03 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6297;QD=48.0073;RBI=0.0652356;REFB=0;REVB=0.0506601;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197707;OID=.;OPOS=26608782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:11:18:1:1:10:0:0:1:17:0:0 chr1 26608811 . TCCAGGACAGGGACTGGG TCCGGGACAGGGACTGGA 158.35 PASS AF=1;AO=7;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906058;FXX=0;HRUN=1;LEN=15;MLLD=383.386;QD=45.2439;RBI=0.0128433;REFB=0;REVB=0.0128113;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0023952;OID=.;OPOS=26608814;OREF=AGGACAGGGACTGGG;OALT=GGGACAGGGACTGGA;OMAPALT=TCCGGGACAGGGACTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:14:14:14:0:13:1:0:0:4:0:7:0:0:0 chr1 26608852 . G A 81.46 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0130159;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.83;QD=17.1499;RBI=0.0130159;REFB=-0.0416028;REVB=0;RO=9;SAF=10;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232887;OID=.;OPOS=26608852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:19:19:9:9:10:10:0.526316:0:10:9:0:0:10:9:0 chr1 26609259 . C T 149.31 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453351;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2772;QD=45.9417;RBI=0.0145373;REFB=0;REVB=-0.0138123;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332949;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 26610891 . A C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.567;QD=58.239;RBI=0.0193403;REFB=0;REVB=-0.0160535;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41947e-05;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr1 26646726 . A G 468.87 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560382;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.645;QD=58.6083;RBI=0.0599711;REFB=0;REVB=0.0213601;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771036;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 26646730 . A G 427.66 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00638696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.558;QD=51.838;RBI=0.0286331;REFB=-0.0779953;REVB=0.0279117;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00061776;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:16:15:2:0:16:15:2:0 chr1 26648551 . G C 573.47 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00754824;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.657;QD=55.9478;RBI=0.00756669;REFB=-0.125483;REVB=-0.000527983;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000446288;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:0:2:38:39:0.95122:18:20:0:0:19:20:1:1 chr1 26670312 . C T 526.48 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0395198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7212;QD=18.9721;RBI=0.0496123;REFB=0.00159694;REVB=0.0299927;RO=56;SAF=41;SAR=14;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268218;STB=0.649297;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000845902;OID=.;OPOS=26670312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:14:41:27:29:14:41:27:29 chr1 26670444 . G T 1025.49 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.437;QD=55.4317;RBI=0.0273931;REFB=-0.181492;REVB=0.0209397;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.50704;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00122942;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:0:3:71:71:0.959459:36:35:0:0:36:35:2:1 chr1 26670609 . C T 238.44 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153654;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.213;QD=47.6876;RBI=0.154053;REFB=-0.118477;REVB=0.0110921;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339645;OID=.;OPOS=26670609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr1 26671690 . A G 40.6 PASS AF=0.5;AO=4;DP=8;FAO=4;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.396;QD=20.3004;RBI=0.145592;REFB=-0.0497516;REVB=0.144417;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161039;STB=0.599463;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0514136;OID=.;OPOS=26671690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:2:4:4:0.5:3:1:1:1:3:1:1:1 chr1 26691174 . C A,G 693.95 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251389,-0.0366988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.719,54.6263;QD=61.6846;RBI=0.0727418,0.0644326;REFB=0,0;REVB=0.0682598,0.0529599;RO=0;SAF=27,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00165285,0.209816;OID=.,.;OPOS=26691174,26691174;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:16,2:27,0:0:0:16,2:27,0:0:0 chr1 26700795 . T C 614.59 PASS AF=1;AO=29;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.758;QD=61.4588;RBI=0.0957691;REFB=0;REVB=0.0567139;RO=0;SAF=2;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822421;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:29:40:1:27:2:0:0:35:5:0:0 chr1 26755919 . A G 718.52 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102279;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=347.288;QD=61.1502;RBI=0.0154976;REFB=-0.118984;REVB=0.0116432;RO=1;SAF=41;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721052;STB=0.538444;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000217618;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:47:46:0.978723:6:41:0:1:6:40:0:1 chr1 26786627 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.73;QD=59.0185;RBI=0.0493846;REFB=0;REVB=0.0439669;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437053;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr1 26879376 . T C 151.7 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0442849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3609;QD=40.4539;RBI=0.057354;REFB=-0.0538051;REVB=0.0364461;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0301972;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:1:0:10:4:1:0 chr1 26879920 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.351;QD=57.2026;RBI=0.026953;REFB=0;REVB=0.0218453;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41939e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 26887592 . T C,G 209.71 PASS AF=0.842105,0.105263;AO=15,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=7,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00116487,-0.0290652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.832,111.184;QD=44.1491;RBI=0.028262,0.0497533;REFB=-0.171976,-0.0576117;REVB=0.028238,0.0403807;RO=0;SAF=8,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.526283,0.993266;STBP=0.504,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00603973,0.0636692;OID=.,.;OPOS=26887592,26887592;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:19:0:1:15,2:16,2:0.842105,0.105263:7,2:8,0:0:0:7,2:9,0:1:0 chr1 26900735 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7785;QD=58.4196;RBI=0.0272294;REFB=0;REVB=0.0227244;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269658;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr1 26901319 . G A,C 707.95 PASS AF=0.897959,0.0816327;AO=44,3;DP=48;FAO=44,4;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23,3;FSAR=21,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363315,0.0331489;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.9107,50.2151;QD=57.7918;RBI=0.0594047,0.0422862;REFB=-0.0501818,-0.063793;REVB=0.0469993,0.026254;RO=0;SAF=24,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.30465e-08,0;STB=0.510633,0.571096;STBP=0.517,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=0.00490065,0.047483;OID=.,.;OPOS=26901319,26901319;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:48:49:0:1:44,3:44,4:0.897959,0.0816327:20,0:24,3:0:0:21,1:23,3:1:0 chr1 27107176 . G A 590.74 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0222717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.042;QD=26.8519;RBI=0.0295204;REFB=-0.0202565;REVB=-0.0193758;RO=34;SAF=26;SAR=27;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990445;STB=0.547468;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0132672;OID=.;OPOS=27107176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:35:53:53:0.602273:27:26:12:22:27:26:13:22 chr1 27210721 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00386033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.373;QD=16.0426;RBI=0.0119599;REFB=-0.0256672;REVB=-0.0113198;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103965;STB=0.559263;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0302536;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:6:20:13:6:6:20 chr1 27278521 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00228065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.453;QD=18.8866;RBI=0.00319579;REFB=-0.0513405;REVB=-0.00223868;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0150325;OID=.;OPOS=27278521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:1:4:6:2:1:4 chr1 27426796 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4694;QD=57.2014;RBI=0.0468336;REFB=0;REVB=-0.0394338;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113266;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 27427041 . T C 482.37 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5142;QD=58.4696;RBI=0.0613463;REFB=0;REVB=-0.047399;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154281;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr1 27679797 . A G 395.05 PASS AF=0.450549;AO=37;DP=87;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=4;FWDB=0.0302488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3222;QD=17.3651;RBI=0.0311968;REFB=-0.00375224;REVB=-0.00763252;RO=50;SAF=31;SAR=6;SRF=46;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177502;STB=0.59953;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00331155;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:50:50:37:41:0.450549:6:31:46:4:7:34:46:4 chr1 27680292 . A G 192.92 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0122572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6243;QD=13.7797;RBI=0.103521;REFB=-0.00148676;REVB=-0.102793;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161409;STB=0.578242;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000983045;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:33:23:23:0.410714:16:7:14:17:16:7:14:19 chr1 27688633 . G A 544.32 PASS AF=0.734375;AO=46;DP=64;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0113352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.386;QD=34.0199;RBI=0.0384857;REFB=-0.033058;REVB=0.0367786;RO=17;SAF=22;SAR=24;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025584;STB=0.516315;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00925066;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:17:17:46:47:0.734375:24:22:9:8:25:22:9:8 chr1 27689476 . A C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0211959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.194;QD=18.4899;RBI=0.0221344;REFB=-0.0139823;REVB=0.00637709;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237933;STB=0.635853;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0272995;OID=.;OPOS=27689476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:16:6:13:13:16:6:13:13 chr1 27699636 . GCCCCCCT GCCCCCT,GCCCCCTC 52.25 PASS AF=0.291667,0;AO=24,3;DP=74;FAO=21,0;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=12,0;FSAR=9,0;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.121263,-0.0355875;FXX=0.0136968;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.7156,17.3226;QD=2.90278;RBI=0.12145,0.0552689;REFB=-0.0688271,-0.0373069;REVB=0.00674246,-0.0422869;RO=37;SAF=12,3;SAR=12,0;SRF=14;SRR=23;SSEN=0.525,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128775,0.574996;STB=0.638006,0.5;STBP=0.138,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.054147,0;OID=.,.;OPOS=27699637,27699642;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCT,GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667,0:24,3:74:21,0:72:51:12,0:9,0:19:32:53:37:12,3:12,0:14:23 chr1 27709020 . T C 332.81 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0218419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.575;QD=19.0179;RBI=0.0289686;REFB=-0.0366464;REVB=0.0190292;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395442;STB=0.514301;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0306343;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:17:18:19:15:17:18:19:16 chr1 27875824 . C T 84.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2798;QD=37.4307;RBI=0.0667715;REFB=0;REVB=-0.0560663;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000871012;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chr1 27876482 . C A 1068.04 PASS AF=0.936709;AO=73;DP=80;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.116438;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.36;QD=54.0781;RBI=0.116632;REFB=-0.131803;REVB=0.00673476;RO=2;SAF=6;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139124;STB=0.517981;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00186103;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:79:2:5:73:74:0.936709:67:6:0:2:67:7:0:5 chr1 28020307 . G C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00465667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6183;QD=22.5834;RBI=0.013676;REFB=-0.0192046;REVB=-0.0128588;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389078;STB=0.521722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.016156;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:10:14:14:12:10:14 chr1 28060574 . A G 170.46 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0473139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.927;QD=25.2537;RBI=0.0498201;REFB=0.0208592;REVB=0.0156025;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10284;STB=0.557534;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00868151;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:5:5:11:6:5:5 chr1 28149924 . A T 315.23 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0630635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2473;QD=22.5162;RBI=0.069088;REFB=-0.0123829;REVB=-0.0282161;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138461;STB=0.584206;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00971033;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:24:32:32:0.571429:15:17:8:15:15:17:8:16 chr1 28173614 . C G 75.43 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0603098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5709;QD=11.604;RBI=0.0668757;REFB=0.00258813;REVB=-0.0288979;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129195;STB=0.576773;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00542038;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:10:6:5:5:10:6 chr1 28209305 . A G 501.38 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.632;QD=58.9853;RBI=0.0271869;REFB=0;REVB=0.0242216;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114633;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr1 28209362 . T C 375.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6575;QD=55.6184;RBI=0.0412303;REFB=0;REVB=-0.0369613;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608938;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 28209366 . A G 363.95 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0979437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3636;QD=51.9925;RBI=0.103471;REFB=0.151023;REVB=-0.0333648;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0122534;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr1 28268835 . A C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0334549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3169;QD=11.3322;RBI=0.0597958;REFB=0.018816;REVB=-0.0495612;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178774;STB=0.510623;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0372661;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:12:15:8:6:12:15 chr1 28282292 . T C 410.07 PASS AF=0.438095;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0208469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.633;QD=15.6215;RBI=0.0209139;REFB=-0.000515823;REVB=0.00167158;RO=56;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107936;STB=0.579174;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000772485;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:59:45:46:0.438095:20:25:25:31:20:26:25:34 chr1 28422847 . C T 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1338;QD=63.2757;RBI=0.156596;REFB=0;REVB=0.0715763;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282888;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 28638859 . A T 433.46 PASS AF=0.356643;AO=50;DP=143;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00138041;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.7;QD=12.1248;RBI=0.00212629;REFB=-0.0170041;REVB=-0.00161727;RO=91;SAF=24;SAR=26;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583018;STB=0.530228;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0253815;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:91:92:50:51:0.356643:26:24:39:52:27:24:39:53 chr1 28733993 . G T 213.32 PASS AF=0.376812;AO=23;DP=66;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0150915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.291;QD=12.3666;RBI=0.0151177;REFB=-0.0126967;REVB=0.00089048;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444829;STB=0.526593;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0224238;OID=.;OPOS=28733993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:40:43:23:26:0.376812:13:10:19:21:15:11:20:23 chr1 28800380 . C A 211.58 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0267681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.18;QD=19.6814;RBI=0.0303455;REFB=-0.0157936;REVB=0.0142941;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736326;STB=0.541364;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0123343;OID=.;OPOS=28800380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:4:18:16:5:4:18 chr1 28843318 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.013258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.297;QD=17.3782;RBI=0.0135083;REFB=-0.0465886;REVB=0.00258842;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119431;STB=0.568841;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0229112;OID=.;OPOS=28843318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:6:4:6:5:6:4 chr1 28861636 . G A 188.34 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0825227;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8732;QD=14.2141;RBI=0.0865079;REFB=-0.0123101;REVB=0.0259542;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092918;STB=0.5632;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0193263;OID=.;OPOS=28861636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:15:15:9:13:15:16 chr1 28887860 . G A 116.27 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00852203;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.155;QD=22.1467;RBI=0.00983453;REFB=0.0085361;REVB=0.00490845;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132648;STB=0.560353;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00354276;OID=.;OPOS=28887860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:9:8:13:13:0.619048:10:3:1:8:10:3:1:7 chr1 28921199 . A C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.059051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.785;QD=7.46541;RBI=0.0610802;REFB=-0.00110667;REVB=-0.0156134;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183097;STB=0.5997;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00192892;OID=.;OPOS=28921199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:16:17:7:7:0.291667:5:2:7:9:5:2:7:10 chr1 29138975 . G T 154.38 PASS AF=1;AO=9;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.17;QD=44.1088;RBI=0.0651458;REFB=0;REVB=0.0598936;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194848;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:9:14:1:5:4:0:0:7:7:0:0 chr1 29189597 . C T 402.37 PASS AF=0.540541;AO=38;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0208577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.206;QD=21.7499;RBI=0.020868;REFB=-0.0147697;REVB=0.000657694;RO=24;SAF=22;SAR=16;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257546;STB=0.576575;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0116038;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:24:34:38:40:0.540541:16:22:5:19:18:22:13:21 chr1 29213739 . T TG 35.63 PASS AF=0.375;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0140286;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.038;QD=5.93887;RBI=0.132587;REFB=-0.0234082;REVB=-0.131842;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2515;STB=0.548284;STBP=0.791;TYPE=ins;VARB=0.00932804;OID=.;OPOS=29213740;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:29:9:24:15:3:6:4:11:35:21:3:5:4:17 chr1 29446332 . AT AA,A 288.37 PASS AF=0,1;AO=3,33;DP=67;FAO=0,68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155174,0.274164;FXX=0.0144907;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.2998,6.62657;QD=16.9629;RBI=0.162111,0.28336;REFB=-0.0944829,-0.0842215;REVB=-0.0469136,-0.0716007;RO=16;SAF=1,20;SAR=2,13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.311196,-0.0118997;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0389434;OID=.,.;OPOS=29446333,29446333;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:3,33:67:0,68:68:0:0,35:0,33:0:0:6:16:1,20:2,13:10:6 chr1 29446811 . A G 594.56 PASS AF=0.893617;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0319689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2539;QD=50.6005;RBI=0.0392406;REFB=-0.0130452;REVB=0.0227557;RO=4;SAF=23;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748954;STB=0.527223;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0140848;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:47:4:5:41:42:0.893617:18:23:4:0:19:23:4:1 chr1 29475341 . C T 371.6 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.00416923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.697;QD=22.8677;RBI=0.0567256;REFB=-0.0770722;REVB=0.0565722;RO=28;SAF=29;SAR=8;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137856;STB=0.575196;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0536458;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:8:29:25:3:8:29:25:3 chr1 29475394 . C G 421.91 PASS AF=0.636364;AO=29;DP=59;FAO=35;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.030478;FXX=0.0517152;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.485;QD=30.6841;RBI=0.0306416;REFB=-0.0941595;REVB=-0.00316189;RO=15;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079335;STB=0.518786;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0348928;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:59:55:15:15:29:35:0.636364:10:19:10:5:12:23:9:6 chr1 29475648 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.721;QD=59.0187;RBI=0.0458749;REFB=0;REVB=0.0327222;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122251;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr1 29529699 . T C 754.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.218;QD=56.9175;RBI=0.0439815;REFB=0;REVB=0.0384667;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158658;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr1 29542637 . A G 1150.4 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000766839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7693;QD=58.2482;RBI=0.00839114;REFB=-0.0516919;REVB=-0.00835603;RO=1;SAF=20;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230684;STB=0.511625;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00159844;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:76:78:0.987342:56:20:1:0:57:21:1:0 chr1 29557260 . ATCCCCGT ATCCCCCGT,ATCCCGTC,TCCCCCGT 447.76 PASS AF=0.76,0.24,0;AO=11,7,2;DP=50;FAO=38,12,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12,0;FSAR=36,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197788,-0.0767701,-0.0545524;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,3,2;MLLD=8.5279,186.975,107.652;QD=35.8208;RBI=0.527594,0.0997425,0.0593844;REFB=0,0,0;REVB=0.489117,-0.0636782,0.0234637;RO=22;SAF=0,7,0;SAR=11,0,2;SRF=0;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.873707,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,mnp;VARB=0.0690857,0.0379397,0;OID=.,.,.;OPOS=29557262,29557265,29557260;OREF=-,CGT,AT;OALT=C,GTC,TC;OMAPALT=ATCCCCCGT,ATCCCGTC,TCCCCCGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:78:50:50:22:0:11,7,2:38,12,0:0.76,0.24,0:11,0,2:0,7,0:0:22:36,0,0:2,12,0:0:0 chr1 29585099 . T C 402.26 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0262697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.791;QD=16.5879;RBI=0.0588511;REFB=-0.0163328;REVB=-0.0526626;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121481;STB=0.562868;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0226269;OID=.;OPOS=29585099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:23:19:31:23:23:19:31:24 chr1 29630455 . C T 329.65 PASS AF=0.336;AO=41;DP=123;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00564104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.167;QD=10.5487;RBI=0.0125317;REFB=-0.00958808;REVB=0.0111902;RO=82;SAF=20;SAR=21;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281724;STB=0.519991;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0231594;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:82:83:41:42:0.336:21:20:38:44:21:21:39:44 chr1 29631909 . A G 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.467;QD=62.0195;RBI=0.0440526;REFB=-0.0275301;REVB=0.0111135;RO=0;SAF=62;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000274919;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:91:93:0.989362:29:62:0:0:29:64:1:0 chr1 31186108 . A C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0154596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.112;QD=7.32253;RBI=0.0175112;REFB=-0.0120689;REVB=0.0082245;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0206654;OID=.;OPOS=31186108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:9:5:2:4:9:5 chr1 31188901 . A G 224.74 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00754811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.057;QD=10.8307;RBI=0.007551;REFB=0.00141325;REVB=-0.000208868;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320681;STB=0.518634;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00280908;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:15:13:24:31:15:13:24:31 chr1 31346057 . A G 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4808;QD=57.3788;RBI=0.0198903;REFB=0;REVB=-0.00929335;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017422;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr1 31347320 . G A 1488.99 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4177;QD=62.0412;RBI=0.0984563;REFB=-0.084523;REVB=0.0954866;RO=1;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969035;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:1:0:95:96:1:45:50:0:1:46:50:0:0 chr1 31349675 . G A 92.17 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0120979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4607;QD=8.99229;RBI=0.0525469;REFB=-0.0076164;REVB=-0.0511353;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338234;STB=0.707031;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0251806;OID=.;OPOS=31349675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:6:6:22:6:6:6:23:6 chr1 31732892 . G A 142.43 PASS AF=0.338462;AO=16;DP=62;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.101218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5676;QD=8.76471;RBI=0.10122;REFB=-0.0321109;REVB=-0.000648212;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295074;STB=0.633063;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0469481;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:31:43:16:22:0.338462:6:10:11:20:7:15:21:22 chr1 31733846 . C T 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00273201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.57;QD=19.5004;RBI=0.0127731;REFB=-0.00967044;REVB=-0.0124775;RO=34;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740195;STB=0.535308;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00813156;OID=.;OPOS=31733846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:23:13:15:19:23:13:15:20 chr1 31733926 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0232474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.115;QD=13.3134;RBI=0.0327347;REFB=0.00483768;REVB=0.023046;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874403;STB=0.550412;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0101739;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:15:7:13:20:15:7:13:20 chr1 31740706 . A G 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0637055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.962;QD=29.0272;RBI=0.0761948;REFB=-0.0260742;REVB=0.0418001;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137618;STB=0.575679;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00708437;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:12:6:1:7:12:6:1:7 chr1 31769560 . C G 480.19 PASS AF=0.402985;AO=50;DP=131;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00316212;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.634;QD=14.334;RBI=0.0146143;REFB=-0.0174102;REVB=0.0142681;RO=80;SAF=19;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106014;STB=0.56941;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0283201;OID=.;OPOS=31769560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:80:80:50:54:0.402985:31:19:38:42:35:19:37:43 chr1 31837174 . C G 816.58 PASS AF=0.432161;AO=86;DP=199;FAO=86;FDP=199;FR=.;FRO=113;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.00393735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.156;QD=16.4136;RBI=0.0120647;REFB=0.00191253;REVB=-0.0114042;RO=112;SAF=60;SAR=26;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169619;STB=0.597983;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00253126;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:112:113:86:86:0.432161:26:60:61:51:26:60:61:52 chr1 31883295 . T C 1430.02 PASS AF=0.980392;AO=95;DP=97;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0333059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5929;QD=56.079;RBI=0.0754109;REFB=-0.0934241;REVB=0.0676574;RO=2;SAF=39;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361052;STB=0.502264;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.016786;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:102:2:2:95:100:0.980392:56:39:1:1:61:39:1:1 chr1 31897643 . G A 1040.2 PASS AF=0.401384;AO=114;DP=288;FAO=116;FDP=289;FR=.;FRO=173;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=89;FSRR=84;FWDB=-0.0211609;FXX=0.00344816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.806;QD=14.3972;RBI=0.0283251;REFB=-0.0113149;REVB=0.018829;RO=171;SAF=44;SAR=70;SRF=87;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133771;STB=0.571537;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0186517;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:289:171:173:114:116:0.401384:70:44:87:84:70:46:89:84 chr1 31905889 . A ACAG 221.72 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0389443;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.162;QD=8.695;RBI=0.0448362;REFB=-0.0352383;REVB=-0.0222177;RO=77;SAF=17;SAR=13;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181343;STB=0.604718;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=0.0794498;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:30:107:30:102:72:17:13:30:42:99:77:17:13:32:45 chr1 31907457 . A G 450.75 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00429949;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3271;QD=24.3648;RBI=0.00468737;REFB=-0.0181464;REVB=-0.00186705;RO=31;SAF=18;SAR=25;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999509;STB=0.554825;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0176021;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:31:31:43:43:0.581081:25:18:17:14:25:18:17:14 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 35.93 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00732148;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=11;MLLD=359.588;QD=5.1324;RBI=0.00870999;REFB=-5.31928e-05;REVB=-0.00471802;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276216;STB=0.702351;STBP=0.337;TYPE=del;VARB=7.71209e-05;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:29:6:28:22:1:5:8:14:35:20:1:5:7:13 chr1 31973138 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00457683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.842;QD=6.52619;RBI=0.025478;REFB=-0.00753898;REVB=-0.0250635;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439766;STB=0.803909;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0192366;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:6:1:9:10:6:1:10:10 chr1 31973348 . A C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0131766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.822;QD=12.4551;RBI=0.0671147;REFB=-0.0135103;REVB=0.0658085;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107991;STB=0.56244;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0193209;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:16:18:9:12:16:18 chr1 31973409 . G A 122.11 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0227313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.966;QD=9.21603;RBI=0.0231159;REFB=-0.00884312;REVB=0.00419943;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965556;STB=0.547111;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.013652;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:8:8:21:15:8:8:21:16 chr1 31973440 . G A 100.28 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0119926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.147;QD=8.02197;RBI=0.0175216;REFB=-0.0134807;REVB=-0.0127743;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682179;STB=0.541992;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0447906;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:22:15:6:7:22:15 chr1 32084837 . CT TC 31.13 PASS AF=0.089172;AO=16;DP=159;FAO=14;FDP=157;FR=.;FRO=143;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0188598;FXX=0.0125778;HRUN=6;LEN=2;MLLD=55.7776;QD=0.793054;RBI=0.0262738;REFB=-0.00869528;REVB=0.0182927;RO=119;SAF=15;SAR=1;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631613;STB=0.925377;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.206328;OID=.;OPOS=32084837;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:159:157:119:143:16:14:0.089172:1:15:48:71:1:13:67:76 chr1 32084904 . C T 1086.82 PASS AF=0.557377;AO=102;DP=183;FAO=102;FDP=183;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0156369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0775;QD=23.7557;RBI=0.0323332;REFB=-0.0118492;REVB=0.0283006;RO=80;SAF=50;SAR=52;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223769;STB=0.509327;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00845884;OID=.;OPOS=32084904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:80:81:102:102:0.557377:52:50:37:43:52:50:38:43 chr1 32089210 . GC AG,G 99.93 PASS AF=0,0.333333;AO=3,29;DP=84;FAO=0,27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=0,21;FSAR=0,6;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.0598587,-0.120988;FXX=0.03571;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=27.4531,10.5711;QD=4.93468;RBI=0.0633448,0.121533;REFB=-0.0700353,-0.139063;REVB=0.0207242,0.0114953;RO=44;SAF=3,21;SAR=0,8;SRF=11;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.632009,0.478163;STB=0.5,0.821211;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.141005;OID=.,.;OPOS=32089210,32089211;OREF=GC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:81:44:54:3,29:0,27:0,0.333333:0,8:3,21:11:33:0,6:0,21:14:40 chr1 32092525 . A G 549.93 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.01731;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.005;QD=23.4015;RBI=0.017312;REFB=-0.017135;REVB=-0.00026474;RO=43;SAF=29;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028481;STB=0.515658;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0149905;OID=.;OPOS=32092525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:43:43:51:51:0.542553:22:29:23:20:22:29:23:20 chr1 32092918 . T TTCC 373.76 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=77;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0144056;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=272.258;QD=20.7644;RBI=0.0160837;REFB=-0.0207116;REVB=-0.00715299;RO=39;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192256;STB=0.564457;STBP=0.256;TYPE=ins;VARB=0.0162075;OID=.;OPOS=32092919;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=TTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:36:77:38:72:34:14:24:17:17:99:39:13:23:22:17 chr1 32096265 . A G 535.59 PASS AF=0.579545;AO=48;DP=85;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0128472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7395;QD=24.3449;RBI=0.014071;REFB=-0.00235352;REVB=0.00573964;RO=37;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155369;STB=0.585624;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00688333;OID=.;OPOS=32096265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:37:37:48:51:0.579545:25:23:25:12:27:24:25:12 chr1 32118158 . AACA AAAA,AAA,AA,AAC 294.33 PASS AF=0.125,0.09375,0.234375,0.1875;AO=11,10,11,21;DP=83;FAO=8,6,15,12;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=0,3,10,7;FSAR=8,3,5,5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00289402,0.00158112,-0.000388574,-0.230318;FXX=0.111096;HRUN=1,1,1,8;LEN=1,1,2,1;MLLD=195.769,196.553,193.664,7.20293;QD=18.3953;RBI=0.00388043,0.00169534,0.00474455,0.258703;REFB=-0.020404,-0.0237521,-0.0282261,-0.307578;REVB=-0.00258503,0.000611747,0.00472862,0.117817;RO=17;SAF=0,5,6,16;SAR=11,5,5,5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.789836,0.030867,0.0766352,0.2677;STB=0.99863,0.585928,0.538409,0.517213;STBP=0.001,0.632,0.727,0.89;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.0491761,0.0264885,0.0120013,0.0996804;OID=.,.,.,.;OPOS=32118160,32118160,32118159,32118161;OREF=C,C,AC,A;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAA,AAA,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.125,0.09375,0.234375,0.1875:11,10,11,21:83:8,6,15,12:64:23:0,3,10,7:8,3,5,5:14:9:49:17:0,5,6,16:11,5,5,5:8:9 chr1 32127953 . G A 306.59 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0181506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.616;QD=22.7106;RBI=0.0182238;REFB=-0.0133786;REVB=-0.00163199;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165498;STB=0.590854;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0127134;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:18:13:5:18:18:13:5:18 chr1 32131163 . C G 488.77 PASS AF=0.539326;AO=45;DP=86;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0180534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.563;QD=21.9672;RBI=0.0183784;REFB=-0.0114388;REVB=-0.0034408;RO=40;SAF=35;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215063;STB=0.619104;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0129903;OID=.;OPOS=32131163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:40:41:45:48:0.539326:10:35:23:17:11:37:23:18 chr1 32148571 . A G 754.6 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.63;QD=56.951;RBI=0.0446627;REFB=0;REVB=0.0322787;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21903e-06;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr1 32158374 . T C 418.32 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0016375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.117;QD=28.3604;RBI=0.017402;REFB=-0.0101948;REVB=-0.0173248;RO=17;SAF=19;SAR=20;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00928609;STB=0.521275;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00570273;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:20:39:39:0.661017:20:19:8:9:20:19:11:9 chr1 32163574 . CGG C,CG 1457.9 PASS AF=0.603865,0.391304;AO=76,59;DP=203;FAO=125,81;FDP=207;FR=.;FRO=1;FSAF=60,62;FSAR=65,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100223,0.221304;FXX=0.0235838;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=14.5137,9.96737;QD=28.1719;RBI=0.100318,0.221492;REFB=0.0118697,0.0183837;REVB=0.00436132,0.00913863;RO=18;SAF=27,43;SAR=49,16;SRF=13;SRR=5;SSEN=0.555556,0.555556;SSEP=0,0;SSSB=-0.137473,0.00362589;STB=0.503816,0.512817;STBP=0.512,0.113;TYPE=del,del;VARB=0.0208031,-0.043239;OID=.,.;OPOS=32163575,32163575;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.603865,0.391304:76,59:203:125,81:207:1:60,62:65,19:0:1:99:18:27,43:49,16:13:5 chr1 32164206 . T G 202.36 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00851388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1097;QD=14.9898;RBI=0.0835727;REFB=-0.0226477;REVB=-0.0831379;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114669;STB=0.565163;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0327508;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:23:24:0.444444:10:13:13:16:10:14:14:16 chr1 32280610 . T C 2331.8 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.116;QD=63.8851;RBI=0.0489698;REFB=0;REVB=-0.0469906;RO=0;SAF=86;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3982e-05;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:60:86:0:0:60:86:0:0 chr1 32374004 . TC TA,T 104.02 PASS AF=0.0526316,0.508772;AO=4,20;DP=61;FAO=3,29;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=0,14;FSAR=3,15;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0149713,-0.0282942;FXX=0.095223;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=90.4278,7.45231;QD=7.29929;RBI=0.0493534,0.10128;REFB=0.00048384,-0.159319;REVB=-0.0470278,0.0972477;RO=21;SAF=0,13;SAR=4,7;SRF=2;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0.402062;SSSB=-0.532701,0.472128;STB=0.994317,0.651069;STBP=0.333,0.032;TYPE=snp,del;VARB=0.0347756,0.179185;OID=.,.;OPOS=32374005,32374005;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.508772:4,20:61:3,29:57:25:0,14:3,15:4:21:85:21:0,13:4,7:2:19 chr1 32378581 . C A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0416592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1509;QD=20.2741;RBI=0.0565243;REFB=-0.000561698;REVB=-0.0382035;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970598;STB=0.554683;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0014484;OID=.;OPOS=32378581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:13:11:13:10:13:11 chr1 32380745 . TAAAAAATA TAAAAAAT,TAAAAATA 38.52 PASS AF=0.117647,0.529412;AO=2,6;DP=17;FAO=2,9;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2,2;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0140746,0.240517;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=19.8415,7.16936;QD=9.06363;RBI=0.105321,0.29347;REFB=-0.0204263,-0.0591383;REVB=-0.104376,-0.168155;RO=6;SAF=2,0;SAR=0,6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.524163,-0.802799;STB=0.991203,0.753262;STBP=0.467,0.041;TYPE=del,del;VARB=0.0771472,0.140675;OID=.,.;OPOS=32380753,32380746;OREF=A,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAAAT,TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.529412:2,6:17:2,9:17:6:2,2:0,7:5:1:25:6:2,0:0,6:5:1 chr1 32544726 . A G 258.13 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0188355;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.458;QD=29.501;RBI=0.0191926;REFB=-0.00468982;REVB=-0.00368491;RO=12;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323245;STB=0.676334;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00138715;OID=.;OPOS=32544726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:12:12:23:23:0.657143:12:11:12:0:12:11:12:0 chr1 32672932 . G A 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0243857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2888;QD=11.4879;RBI=0.0373621;REFB=0.00894784;REVB=0.0283066;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316153;STB=0.687266;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0222128;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:13:19:5:11:13:19 chr1 32745225 . C G 32.03 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.0014852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.57;QD=2.66933;RBI=0.00371768;REFB=-0.000465455;REVB=-0.00340812;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=33;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.696743;STB=0.923;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0533211;OID=.;OPOS=32745225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:39:42:6:6:0.125:5:1:33:6:5:1:33:9 chr1 32831583 . C T 237.73 PASS AF=0.575;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0141571;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.721;QD=23.7728;RBI=0.0181425;REFB=-0.0381471;REVB=0.0113458;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107809;STB=0.52836;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0285779;OID=.;OPOS=32831583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:17:21:23:0.575:10:11:10:5:11:12:10:7 chr1 33065947 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.365;QD=57.68;RBI=0.0216515;REFB=0;REVB=0.00383361;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279863;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr1 33099637 . A G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0022051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.242;QD=10.1855;RBI=0.0126001;REFB=-0.0175403;REVB=0.0124056;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292752;STB=0.675443;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0324831;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:14:20:5:10:14:20 chr1 33133968 . T C 474.22 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00680552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.449;QD=51.2666;RBI=0.0069106;REFB=-0.146885;REVB=0.00120057;RO=2;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825435;STB=0.50888;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00158023;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:2:3:33:34:0.918919:19:14:1:1:19:15:1:2 chr1 33145948 . T G 71.36 PASS AF=0.571429;AO=5;DP=18;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000106797;FXX=0.222099;HRUN=11;LEN=1;MLLD=161.819;QD=20.3873;RBI=0.00788136;REFB=0.00198551;REVB=0.00788064;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.61088;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00572238;OID=.;OPOS=33145948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:18:14:3:4:5:8:0.571429:0:5:3:0:1:7:4:0 chr1 33149698 . AAG A 304.03 PASS AF=0.52439;AO=37;DP=78;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000852893;FXX=0.088879;HRUN=5;LEN=2;MLLD=255.524;QD=14.8306;RBI=0.000993302;REFB=-0.0176996;REVB=-0.00050914;RO=27;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137936;STB=0.53722;STBP=0.503;TYPE=del;VARB=0.0167091;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52439:37:78:43:82:39:21:22:16:23:99:27:19:18:9:18 chr1 33160644 . T G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0381625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.902;QD=12.1823;RBI=0.0396276;REFB=-0.0102754;REVB=-0.0106755;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.567444;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0195805;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:2:13:8:2:2:13 chr1 33160878 . C T 187.78 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00636192;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.608;QD=35.7668;RBI=0.0325529;REFB=-0.00312267;REVB=0.0319251;RO=4;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182147;STB=0.599885;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00122947;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:21:4:4:17:17:0.809524:9:8:4:0:9:8:4:0 chr1 33161212 . T C 522.35 PASS AF=0.707692;AO=45;DP=64;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000768207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8683;QD=32.1446;RBI=0.00997759;REFB=-0.035311;REVB=0.00994797;RO=19;SAF=35;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107973;STB=0.560412;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0171567;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:19:19:45:46:0.707692:10:35:12:7:10:36:12:7 chr1 33161264 . C T 229.3 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=16;FWDB=-0.0143291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.033;QD=9.75731;RBI=0.0155502;REFB=-0.0248949;REVB=-0.00604029;RO=65;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321336;STB=0.685167;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0432825;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:15:14:49:16:15:14:49:16 chr1 33236007 . A AC 40.25 PASS AF=0.264706;AO=23;DP=70;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0609705;FXX=0.0285673;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.4187;QD=2.3675;RBI=0.0722104;REFB=-0.0206238;REVB=-0.0386902;RO=45;SAF=5;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321245;STB=0.683988;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.198568;OID=.;OPOS=33236008;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:23:70:18:68:50:4:14:22:28:40:45:5:18:21:24 chr1 33328165 . G A 558.74 PASS AF=0.375;AO=66;DP=177;FAO=66;FDP=176;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.014787;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.703;QD=12.6987;RBI=0.0181213;REFB=-0.00759958;REVB=0.0104749;RO=110;SAF=29;SAR=37;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106926;STB=0.560588;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0121533;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:110:110:66:66:0.375:37:29:59:51:37:29:59:51 chr1 33360977 . C T 1995.92 PASS AF=0.574534;AO=183;DP=322;FAO=185;FDP=322;FR=.;FRO=137;FSAF=85;FSAR=100;FSRF=55;FSRR=82;FWDB=0.0290914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.979;QD=24.7941;RBI=0.0378363;REFB=-0.0358508;REVB=0.0241923;RO=135;SAF=84;SAR=99;SRF=54;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467779;STB=0.524938;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0255023;OID=.;OPOS=33360977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:135:137:183:185:0.574534:99:84:54:81:100:85:55:82 chr1 33475750 . A G 79.27 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=91;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=-0.0139499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.678;QD=3.33777;RBI=0.0144143;REFB=-0.0182099;REVB=-0.00362921;RO=78;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336288;STB=0.63255;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0709755;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:91:95:78:80:12:15:0.157895:5:7:24:54:8:7:25:55 chr1 33475767 . G A 96.83 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=0.00928227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.785;QD=3.87304;RBI=0.0245651;REFB=-0.00739445;REVB=-0.0227438;RO=83;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169246;STB=0.608962;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0317049;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:83:83:17:17:0.17:10:7:24:59:10:7:24:59 chr1 33646950 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.362;QD=46.8478;RBI=0.105636;REFB=0;REVB=-0.103324;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014574;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr1 33789588 . T C 233.73 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0240629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.833;QD=24.6028;RBI=0.0316941;REFB=-0.0456734;REVB=0.0206275;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426487;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0277538;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:9:12:10:6:10:12:10:6 chr1 33820033 . C T 172.21 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0467445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.067;QD=26.4931;RBI=0.0536292;REFB=-0.0501657;REVB=0.0262878;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.529377;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0262665;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:16:17:0.653846:8:8:5:3:9:8:5:4 chr1 33832730 . G C 2305.93 PASS AF=0.551282;AO=215;DP=390;FAO=215;FDP=390;FR=.;FRO=175;FSAF=109;FSAR=106;FSRF=87;FSRR=88;FWDB=0.00742193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.818;QD=23.6506;RBI=0.0261575;REFB=-0.0217361;REVB=-0.0250825;RO=172;SAF=109;SAR=106;SRF=87;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000952223;STB=0.504413;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0148487;OID=.;OPOS=33832730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:172:175:215:215:0.551282:106:109:87:85:106:109:87:88 chr1 33832865 . A G 669.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=119;FAO=58;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00153739;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.636;QD=23.0962;RBI=0.0232762;REFB=-0.0254552;REVB=-0.0232253;RO=49;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159782;STB=0.562002;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0206787;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:49:50:39:58:0.5:16:23:21:28:27:31:20:30 chr1 33957152 . T G 724.17 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.696;QD=56.7976;RBI=0.13907;REFB=0;REVB=0.139004;RO=0;SAF=42;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.5936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559906;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:4:42:0:0:9:42:0:0 chr1 33960062 . A G 902.22 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.773;QD=58.2075;RBI=0.0368165;REFB=0;REVB=0.00746842;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001065;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr1 33961722 . C T 742.99 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0335845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1391;QD=59.4393;RBI=0.0335845;REFB=-0.11696;REVB=6.48512e-07;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477083;STB=0.502537;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00593301;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:27:21:1:1:27:21:1:1 chr1 33981769 . C T 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00571093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.455;QD=9.73903;RBI=0.00669666;REFB=-0.00613198;REVB=-0.00349722;RO=46;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135732;STB=0.580036;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0111048;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:14:8:22:24:14:8:22:24 chr1 34024928 . T C 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00382134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.146;QD=15.0663;RBI=0.0459029;REFB=0.00582135;REVB=-0.0457436;RO=47;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157936;STB=0.589689;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00776286;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:23:11:22:25:23:11:22:25 chr1 34025030 . A G 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00796156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.889;QD=15.0222;RBI=0.00809263;REFB=-0.00931075;REVB=0.00145062;RO=51;SAF=11;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143108;STB=0.581348;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0115568;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:25:11:22:29:25:11:22:29 chr1 34038214 . T C 382.59 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.038891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1091;QD=25.5062;RBI=0.039008;REFB=-0.0361051;REVB=-0.00302014;RO=23;SAF=9;SAR=28;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165854;STB=0.509086;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0235335;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:28:9:6:17:28:9:6:17 chr1 34071525 . C T 310.18 PASS AF=0.508197;AO=22;DP=63;FAO=31;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.012975;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.604;QD=20.3395;RBI=0.0138855;REFB=-0.0137502;REVB=0.00494547;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.572035;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0285735;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:28:28:22:31:0.508197:9:13:13:15:11:20:14:14 chr1 34090679 . T C 708.04 PASS AF=0.450867;AO=73;DP=169;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=69;FSRR=26;FWDB=-0.0178316;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.077;QD=16.3708;RBI=0.0185718;REFB=-0.0189942;REVB=-0.00519097;RO=88;SAF=47;SAR=26;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666574;STB=0.545168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0280782;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:88:95:73:78:0.450867:26:47:62:26:27:51:69:26 chr1 34270498 . G A 1438.33 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00750646;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.395;QD=60.5613;RBI=0.0112624;REFB=-0.0493016;REVB=0.00839611;RO=2;SAF=58;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160656;STB=0.508332;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00182692;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:92:93:0.978947:34:58:2:0:34:59:2:0 chr1 34285342 . G A 1515.61 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7134;QD=58.8587;RBI=0.0879365;REFB=0;REVB=0.0205159;RO=1;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174327;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:103:1:0:98:103:1:47:51:0:1:48:55:0:0 chr1 34285381 . C T 1498.55 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0129191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.826;QD=56.0204;RBI=0.0217789;REFB=-0.149225;REVB=0.0175333;RO=1;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011714;STB=0.517644;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00141685;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:106:107:1:3:103:104:0.971963:40:63:0:1:41:63:0:3 chr1 34329897 . T C 1283.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524138;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.714;QD=61.8433;RBI=0.0143377;REFB=0;REVB=0.0133453;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56326e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr1 34330067 . A C 465.62 PASS AF=0.489362;AO=43;DP=90;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.00105754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.694;QD=19.8138;RBI=0.014119;REFB=-0.0274627;REVB=0.0140793;RO=45;SAF=29;SAR=14;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390746;STB=0.555646;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0238554;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:45:48:43:46:0.489362:14:29:32:13:17:29:35:13 chr1 34578613 . A G 79.99 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0232183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.153;QD=7.27218;RBI=0.02343;REFB=-0.00185316;REVB=-0.00314264;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045488;STB=0.547738;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00727784;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:30:33:11:11:0.25:7:4:12:18:7:4:14:19 chr1 34663208 . C G 357.82 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0215361;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.394;QD=24.6771;RBI=0.0242885;REFB=-0.0247439;REVB=-0.0112306;RO=23;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878717;STB=0.548082;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0135954;OID=.;OPOS=34663208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:23:23:35:35:0.603448:13:22:17:6:13:22:17:6 chr1 34663411 . C G 256.5 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.022274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.071;QD=15.7847;RBI=0.0222837;REFB=-0.024386;REVB=0.000656293;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738603;STB=0.558782;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0281929;OID=.;OPOS=34663411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:36:29:29:0.446154:10:19:18:13:10:19:20:16 chr1 34667863 . C A 469.01 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0102839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.728;QD=39.0845;RBI=0.0110096;REFB=-0.0363265;REVB=-0.00393103;RO=12;SAF=15;SAR=21;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121705;STB=0.565658;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0136417;OID=.;OPOS=34667863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:21:15:2:10:21:15:2:10 chr1 35184033 . C T 233.48 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00765388;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.191;QD=14.8242;RBI=0.0149911;REFB=-0.0147752;REVB=-0.0128899;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587296;STB=0.557988;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0195406;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:26:27:0.428571:13:13:19:15:14:13:21:15 chr1 35223913 . A C 495.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.981;QD=58.2424;RBI=0.0730447;REFB=0;REVB=0.0236662;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277684;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr1 35251545 . G C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00265182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.723;QD=26.3156;RBI=0.00760372;REFB=-0.0329355;REVB=-0.00712632;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202459;STB=0.61132;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0223173;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:12:2:9:13:12:2 chr1 35251735 . G C 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00954833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.98;QD=18.6453;RBI=0.0222201;REFB=-0.0168627;REVB=0.020064;RO=44;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956519;STB=0.565232;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0199409;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:48:43:43:0.472527:25:18:23:21:25:18:26:22 chr1 35259961 . A G 387.0 PASS AF=0.324503;AO=49;DP=151;FAO=49;FDP=151;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.0267082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.822;QD=10.2517;RBI=0.0310923;REFB=-0.0149502;REVB=-0.0159186;RO=102;SAF=27;SAR=22;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139067;STB=0.508041;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0289062;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:102:102:49:49:0.324503:22:27:55:47:22:27:55:47 chr1 35260929 . G A 248.48 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00269986;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.039;QD=11.5572;RBI=0.015406;REFB=-0.0172742;REVB=-0.0151676;RO=56;SAF=12;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133743;STB=0.577413;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0304401;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:56:56:30:30:0.348837:18:12:29:27:18:12:29:27 chr1 35261044 . CAG C 143.79 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0102745;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.837;QD=9.9162;RBI=0.0277151;REFB=-0.00525384;REVB=0.0257403;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160846;STB=0.594498;STBP=0.333;TYPE=del;VARB=0.0110199;OID=.;OPOS=35261045;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327586:19:60:19:58:39:9:10:24:15:99:39:9:10:24:15 chr1 35261232 . C G 172.23 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0172613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3173;QD=11.1113;RBI=0.0357307;REFB=-0.0381059;REVB=-0.0312847;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137121;STB=0.585511;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0679834;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:13:26:12:10:13:27 chr1 35321242 . A C 727.12 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=165;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.06129;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2815;QD=17.7345;RBI=0.0618569;REFB=-0.00338849;REVB=0.00835516;RO=88;SAF=42;SAR=35;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110174;STB=0.502793;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00602605;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:88:87:77:77:0.469512:35:42:47:41:35:42:47:40 chr1 35562965 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.961;QD=53.9103;RBI=0.0426342;REFB=0;REVB=-0.0414944;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235528;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 35563206 . C G 504.31 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.815;QD=57.635;RBI=0.100431;REFB=0;REVB=0.00734466;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430804;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:20:15:0:0 chr1 36225948 . T C 476.52 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0190079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.235;QD=18.6872;RBI=0.0429995;REFB=0.0016817;REVB=0.0385701;RO=52;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537148;STB=0.529769;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0010123;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:24:26:24:28:24:26:24:28 chr1 36316571 . A C 138.02 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0212703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.547;QD=8.76336;RBI=0.022905;REFB=-0.0041726;REVB=-0.00849784;RO=43;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462044;STB=0.777503;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0177392;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:5:14:14:29:5:14:14:30 chr1 36359669 . A G 359.03 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00174057;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.319;QD=22.0944;RBI=0.0230963;REFB=-0.00954714;REVB=-0.0230306;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321468;STB=0.510724;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00652089;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:29:36:36:0.553846:19:17:13:17:19:17:13:16 chr1 36550658 . C T 337.32 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0161723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.953;QD=34.5971;RBI=0.017589;REFB=-0.0266015;REVB=0.00691586;RO=11;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136718;STB=0.507457;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0193596;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:12:16:6:5:12:16:6:5 chr1 36553576 . A G 75.92 PASS AF=0.22;AO=9;DP=47;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00926274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5386;QD=6.07346;RBI=0.0313894;REFB=-0.0211259;REVB=0.0299916;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678881;STB=0.617431;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0892904;OID=.;OPOS=36553576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:47:50:38:39:9:11:0.22:5:4:19:19:4:7:19:20 chr1 36553673 . A G 1137.63 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.423;QD=59.8753;RBI=0.0611671;REFB=0;REVB=0.0281704;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207698;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:33:43:0:0 chr1 36556867 . C T 116.43 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000441404;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.415;QD=18.6289;RBI=0.0145622;REFB=0.00302594;REVB=0.0145555;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00333823;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:5:8:8:4:5:8:8:4 chr1 36563795 . C CT 95.85 PASS AF=0.576923;AO=3;DP=28;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0532779;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8766;QD=14.7458;RBI=0.0965567;REFB=0.0252021;REVB=0.0805274;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336012;STB=0.541608;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=-0.0138732;OID=.;OPOS=36563796;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:3:28:15:26:11:13:2:9:2:64:24:2:1:21:3 chr1 36563797 . C T 117.84 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00569162;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8178;QD=16.8336;RBI=0.0299724;REFB=-0.0336695;REVB=-0.0294271;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187392;STB=0.609191;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0331613;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:13:14:0.5:1:12:11:2:1:13:12:2 chr1 36636835 . C T 331.91 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00710345;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.815;QD=12.525;RBI=0.00842441;REFB=-0.0123805;REVB=0.00452898;RO=59;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741686;STB=0.513827;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.017439;OID=.;OPOS=36636835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:59:66:40:40:0.377358:24:16:24:35:24:16:25:41 chr1 36642420 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.482;QD=58.0606;RBI=0.03587;REFB=0;REVB=0.00618259;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89497e-05;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:46:15:0:0:46:15:0:0 chr1 36643685 . C A 148.7 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00696727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6992;QD=13.8323;RBI=0.0197523;REFB=-0.047461;REVB=0.0184827;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115094;STB=0.566399;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.077262;OID=.;OPOS=36643685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:18:8:7:10:18:8 chr1 36643783 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=114.799;QD=21.8421;RBI=0.0299969;REFB=-0.067807;REVB=0.0299969;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0309677;OID=.;OPOS=36643783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr1 36752432 . G GT 501.38 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109548;FXX=0.0232504;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.361;QD=47.7502;RBI=0.129929;REFB=0;REVB=0.0698631;RO=37;SAF=0;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.66027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00205425;OID=.;OPOS=36752433;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:43:42:42:0:22:20:0:0:4:37:0:5:22:15 chr1 36752433 . C G,T 634.63 PASS AF=0.116279,0.883721;AO=5,37;DP=42;FAO=5,38;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=5,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245088,0.0136921;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.0593,205.412;QD=59.0351;RBI=0.0247526,0.0549118;REFB=0,0;REVB=0.00346579,0.0531774;RO=0;SAF=0,22;SAR=5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120648,0.00125632;OID=.,.;OPOS=36752433,36752433;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:42:43:0:0:5,37:5,38:0.116279,0.883721:5,15:0,22:0:0:5,16:0,22:0:0 chr1 36773405 . T G 1565.02 PASS AF=0.990741;AO=99;DP=102;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.394;QD=57.9638;RBI=0.0736913;REFB=-0.15445;REVB=0.0679287;RO=1;SAF=58;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810884;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000212463;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:108:1:1:99:107:0.990741:41:58:1:0:45:62:1:0 chr1 36794192 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4916;QD=46.848;RBI=0.0149988;REFB=0;REVB=0.00996384;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65058e-05;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 36927733 . G A 1043.78 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2212;QD=59.6447;RBI=0.0343891;REFB=0;REVB=0.0336902;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346118;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:28:41:0:1:29:41:0:0 chr1 36937059 . A G 1369.99 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.788;QD=62.2724;RBI=0.0248043;REFB=0;REVB=-0.00321246;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38294e-05;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:32:53:0:0:32:56:0:0 chr1 36937065 . A G 1400.15 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.579;QD=62.2289;RBI=0.0232801;REFB=0;REVB=-0.0117525;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197841;OID=.;OPOS=36937065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:90:0:0:81:90:1:31:50:0:0:33:57:0:0 chr1 37307457 . T C 924.88 PASS AF=0.575163;AO=88;DP=152;FAO=88;FDP=153;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0100349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.146;QD=24.18;RBI=0.0101588;REFB=-0.0121765;REVB=-0.00158194;RO=64;SAF=38;SAR=50;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785319;STB=0.500454;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00922867;OID=.;OPOS=37307457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:64:65:88:88:0.575163:50:38:27:37:50:38:28:37 chr1 37346428 . A G 177.35 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0024402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8046;QD=14.4774;RBI=0.0598946;REFB=-0.0127379;REVB=-0.0598448;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193357;STB=0.602511;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0206636;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:7:12:13:16:7:12:14:16 chr1 38006359 . A G 438.53 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982873;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.341;QD=58.471;RBI=0.00985696;REFB=0;REVB=-0.000745491;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211312;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 38019747 . C T 207.17 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00929932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.385;QD=24.373;RBI=0.0729544;REFB=-0.0375612;REVB=0.0723593;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179656;STB=0.599225;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0117783;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:2:12:13:7:2:12 chr1 38077419 . TA CC 72.06 PASS AF=0.642857;AO=4;DP=18;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0751865;FXX=0.222099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.821;QD=20.5887;RBI=0.0751865;REFB=-0.0736994;REVB=0;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0664254;OID=.;OPOS=38077419;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:14:0:5:4:9:0.642857:0:4:0:0:0:9:5:0 chr1 38148765 . A C,G 2198.26 PASS AF=0.035461,0.964539;AO=5,136;DP=141;FAO=5,136;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=2,73;FSAR=3,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106526,0.0264085;FXX=0.00704176;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.465,63.0035;QD=62.362;RBI=0.0789389,0.026673;REFB=0,0;REVB=-0.0782168,-0.00374644;RO=0;SAF=2,73;SAR=3,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.57773e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.162893,-0.000775456;OID=.,.;OPOS=38148765,38148765;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:141:141:0:0:5,136:5,136:0.035461,0.964539:3,63:2,73:0:0:3,63:2,73:0:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT 735.94 PASS AF=0,1;AO=13,41;DP=59;FAO=0,59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181248,0.0211248;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=205.869,213.086;QD=49.8944;RBI=0.0187926,0.0211787;REFB=0,0;REVB=0.00496526,0.00150995;RO=0;SAF=7,22;SAR=6,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0299932,2.39499e-06;OID=.,.;OPOS=38173983,38173984;OREF=TTTC,TTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:13,41:59:0,59:59:0:0,29:0,30:0:0:13:0:7,22:6,19:0:0 chr1 38185169 . G A 241.0 PASS AF=0.305556;AO=31;DP=102;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00432051;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.013;QD=8.92586;RBI=0.00749618;REFB=-0.00874963;REVB=0.00612584;RO=68;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915766;STB=0.529862;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0206417;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:68:75:31:33:0.305556:18:13:28:40:19:14:35:40 chr1 38197170 . C T 692.3 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0123488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.361;QD=19.5015;RBI=0.0130359;REFB=-0.010253;REVB=-0.00417657;RO=72;SAF=37;SAR=32;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078515;STB=0.501026;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0108453;OID=.;OPOS=38197170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:73:69:69:0.485915:32:37:38:34:32:37:39:34 chr1 38227268 . G T 55.7 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00163661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.646;QD=10.6087;RBI=0.0248741;REFB=-0.0264815;REVB=0.0248202;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413404;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0255104;OID=.;OPOS=38227268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:13:13:7:8:0.380952:5:2:9:4:5:3:9:4 chr1 38289383 . T C 397.08 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0335301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.741;QD=23.3574;RBI=0.0336075;REFB=-0.0297487;REVB=0.00228013;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222402;STB=0.639927;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.015194;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:29:38:39:0.573529:25:13:17:10:26:13:19:10 chr1 38293862 . GAAAAAC GAAAAC,GAAAACA 75.68 PASS AF=0.25,0.175;AO=7,7;DP=42;FAO=10,7;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9,7;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0247723,-0.0473892;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.9743,143.364;QD=7.56778;RBI=0.0687224,0.0474948;REFB=-0.0815623,-0.00281077;REVB=0.0641023,-0.00316598;RO=20;SAF=6,7;SAR=1,0;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.606114,0.784093;STB=0.893602,0.998573;STBP=0.005,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.0595931,0.108493;OID=.,.;OPOS=38293863,38293867;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAAAC,GAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.175:7,7:42:10,7:40:23:9,7:1,0:8:15:38:20:6,7:1,0:6:14 chr1 38327982 . G T 666.74 PASS AF=0.560345;AO=64;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0882806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8375;QD=22.9911;RBI=0.105362;REFB=-0.0397825;REVB=0.0575128;RO=50;SAF=26;SAR=38;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114013;STB=0.501639;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0331758;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:51:64:65:0.560345:38:26:21:29:38:27:21:30 chr1 38338795 . A G 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00750312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.058;QD=20.8104;RBI=0.0208403;REFB=-0.000692377;REVB=0.0194428;RO=23;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946086;STB=0.55344;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000997593;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:17:6:8:15:17:6:8:15 chr1 38397369 . C T 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.408;QD=26.0254;RBI=0.0521307;REFB=-0.0607028;REVB=-0.047718;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00335122;OID=.;OPOS=38397369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr1 38411445 . G A 403.11 PASS AF=0.666667;AO=37;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0380662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9597;QD=28.2882;RBI=0.059174;REFB=0.0237002;REVB=0.0453049;RO=20;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086908;STB=0.517551;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00518039;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:19:37:38:0.666667:19:18:10:10:20:18:10:9 chr1 38423853 . G C 1631.26 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293022;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.971;QD=60.4172;RBI=0.0297757;REFB=0;REVB=-0.00528901;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60838e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr1 38442547 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9999;QD=54.5167;RBI=0.0691743;REFB=0;REVB=-0.0527261;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235264;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 38450367 . A G 463.36 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0904;QD=56.1649;RBI=0.0672282;REFB=0;REVB=0.0392185;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195605;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:8:19:0:0:12:21:0:0 chr1 38450368 . C G 34.3 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0166529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.6963;QD=4.15817;RBI=0.0940005;REFB=-0.0148692;REVB=0.0925136;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419954;STB=0.776993;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0122895;OID=.;OPOS=38450368;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:4:2:19:8:4:2:19:8 chr1 38462898 . T A 69.61 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.363;QD=34.8027;RBI=0.0164543;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509731;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr1 38462905 . C G 81.85 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00193452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8282;QD=32.7418;RBI=0.00193452;REFB=0.00650985;REVB=0;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117333;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:0:9:1:0:0:9:1:0 chr1 38463504 . C T 112.39 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000521367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5482;QD=6.61111;RBI=0.0213492;REFB=-0.00651093;REVB=0.0213428;RO=50;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597171;STB=0.53;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0128325;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:7:10:27:23:7:10:28:23 chr1 38862336 . T A 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0073;QD=62.6667;RBI=0.113058;REFB=0;REVB=-0.10116;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205173;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 39339449 . C T 546.73 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0120497;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.653;QD=25.7285;RBI=0.020872;REFB=-0.0260361;REVB=-0.0170424;RO=34;SAF=30;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976659;STB=0.559784;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0115857;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:34:35:50:50:0.588235:20:30:16:18:20:30:16:19 chr1 39340282 . C T 813.48 PASS AF=0.585938;AO=75;DP=127;FAO=75;FDP=128;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0194487;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.435;QD=25.4212;RBI=0.0194731;REFB=-0.0184246;REVB=-0.000975044;RO=52;SAF=36;SAR=39;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295408;STB=0.512192;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0152059;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:52:53:75:75:0.585938:39:36:27:25:39:36:27:26 chr1 39352083 . T G 356.91 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0503972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.005;QD=22.3067;RBI=0.0504492;REFB=-0.013624;REVB=0.00228993;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394158;STB=0.704599;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118653;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:20:16:26:1:20:16:26:2 chr1 39352271 . G T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0229126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.019;QD=16.884;RBI=0.0266098;REFB=-0.00782191;REVB=-0.0135313;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0164619;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:6:11:11:4:6:11 chr1 39549983 . G A 355.13 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0191069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.298;QD=18.448;RBI=0.0316295;REFB=-0.0157845;REVB=0.0252062;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340063;STB=0.519221;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0165356;OID=.;OPOS=39549983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:39:39:36:38:0.493506:19:17:17:22:20:18:17:22 chr1 39748921 . G A 170.02 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0225004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7814;QD=8.94848;RBI=0.0264752;REFB=-0.0230811;REVB=-0.0139523;RO=53;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240021;STB=0.641138;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.057487;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:23:23:0.302632:10:13:19:34:10:13:19:34 chr1 39797169 . G A 390.22 PASS AF=0.43;AO=41;DP=98;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00193475;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.56;QD=15.6087;RBI=0.01168;REFB=-0.0150457;REVB=0.0115186;RO=56;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124611;STB=0.585326;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0187791;OID=.;OPOS=39797169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:56:57:41:43:0.43:24:17:30:26:26:17:31:26 chr1 39801815 . A C 34.77 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0502569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.959;QD=4.63657;RBI=0.0523382;REFB=0.00155791;REVB=0.0146129;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768798;STB=0.566449;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0126266;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:6:6:0.2:3:3:10:13:3:3:10:14 chr1 39806610 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.107;QD=64.4137;RBI=0.0400903;REFB=0;REVB=0.0146562;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173709;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr1 39812822 . C A 758.59 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0623193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8349;QD=54.1851;RBI=0.0672239;REFB=0.0649326;REVB=0.0252064;RO=2;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294362;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00329993;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:31:23:0:2:32:23:0:1 chr1 39835817 . A G 68.02 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0490416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7699;QD=5.55293;RBI=0.0508536;REFB=0.0131202;REVB=-0.0134539;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265333;STB=0.673286;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0569428;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:7:3:20:19:7:3:20:19 chr1 39881040 . G C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4981;QD=49.5941;RBI=0.0578882;REFB=0;REVB=-0.045927;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278269;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 39881468 . T A 779.9 PASS AF=0.42439;AO=87;DP=205;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.00434261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.029;QD=15.2176;RBI=0.00755769;REFB=-0.0110308;REVB=-0.0061855;RO=118;SAF=39;SAR=48;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360828;STB=0.520144;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0144146;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:118:118:87:87:0.42439:48:39:57:61:48:39:57:61 chr1 39882001 . C G 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00994891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7109;QD=25.7285;RBI=0.0110437;REFB=-0.017799;REVB=-0.00479391;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892493;STB=0.54945;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0184613;OID=.;OPOS=39882001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:11:8:14:12:11:8 chr1 39908506 . G A 993.46 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151461;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.628;QD=59.3108;RBI=0.0307703;REFB=0;REVB=0.0267844;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8066e-05;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:34:29:0:0:36:31:0:0 chr1 39914363 . G C 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9913;QD=62.6114;RBI=0.0406423;REFB=0;REVB=-0.0124907;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106394;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr1 39988145 . T C 125.62 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0222282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.178;QD=5.02464;RBI=0.0227349;REFB=-0.00657516;REVB=-0.0047733;RO=78;SAF=11;SAR=9;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127105;STB=0.589198;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0406992;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:80:20:20:0.2:9:11:35:43:9:11:35:45 chr1 40098328 . T C 709.66 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0560792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.232;QD=52.5672;RBI=0.056179;REFB=-0.0735866;REVB=-0.00334844;RO=2;SAF=7;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117064;STB=0.562474;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000337548;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:45:7:2:0:45:7:2:0 chr1 40145297 . C T 193.81 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0330126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1686;QD=13.1397;RBI=0.0371382;REFB=5.56944e-05;REVB=-0.0170122;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584737;STB=0.520531;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000920995;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:23:24:0.40678:15:8:12:22:15:9:12:23 chr1 40149642 . G T 858.19 PASS AF=0.460733;AO=88;DP=192;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.00143071;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.235;QD=17.9726;RBI=0.0159455;REFB=-0.0281704;REVB=-0.0158812;RO=103;SAF=54;SAR=34;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895448;STB=0.549657;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.031291;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:103:103:88:88:0.460733:34:54:54:49:34:54:54:49 chr1 40229368 . A G 330.34 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0722955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3993;QD=50.8216;RBI=0.0859597;REFB=0.185303;REVB=0.0465019;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0115644;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:17:9:0:0:16:9:0:1 chr1 40230336 . C G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00190044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.528;QD=7.12516;RBI=0.0226346;REFB=-0.00903144;REVB=0.0225547;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349848;STB=0.738564;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0424374;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:16:18:7:7:0.28:4:3:12:4:4:3:14:4 chr1 40315888 . A T 153.75 PASS AF=0.255814;AO=21;DP=83;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00149587;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.462;QD=7.15124;RBI=0.06917;REFB=-0.00962089;REVB=-0.0691538;RO=62;SAF=9;SAR=12;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126987;STB=0.545413;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0529624;OID=.;OPOS=40315888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:62:64:21:22:0.255814:12:9:33:29:12:10:33:31 chr1 40349131 . G A 112.07 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0227459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.117;QD=8.45848;RBI=0.0227568;REFB=-0.00878276;REVB=-0.000702745;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110778;STB=0.567475;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0232017;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:5:10:22:16:5:10:22:16 chr1 40363054 . G C 734.39 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0519947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2072;QD=61.199;RBI=0.0789891;REFB=-0.102551;REVB=0.0594628;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015416;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0044408;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:16:30:1:0:17:30:1:0 chr1 40533266 . T G 287.17 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.903;QD=52.2124;RBI=0.0404809;REFB=0;REVB=0.0383413;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206486;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:18:3:0:0:19:3:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 253.58 PASS AF=0.190476,0.809524;AO=5,14;DP=21;FAO=4,17;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=4,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456011,0.0240488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.6657,89.5158;QD=48.3019;RBI=0.0183659,0.0331708;REFB=0,0;REVB=0.0177908,0.0228464;RO=0;SAF=1,0;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0332457,-0.00188924;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.190476,0.809524:5,14:21:4,17:21:0:0,2:4,15:0:0:21:0:1,0:4,14:0:0 chr1 40533315 . T G 371.02 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.083;QD=54.9663;RBI=0.117242;REFB=0;REVB=-0.0325791;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885182;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:24:1:0:0:24:3:0:0 chr1 40533320 . T G 375.25 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.635;QD=55.5922;RBI=0.0660877;REFB=0;REVB=0.0516807;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895824;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:23:3:0:0:24:3:0:0 chr1 40533326 . T G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7552;QD=56.7035;RBI=0.0106811;REFB=0;REVB=-0.00802623;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96305e-05;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr1 40533347 . T G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.322;QD=53.9314;RBI=0.0807128;REFB=-0.23296;REVB=0.076562;RO=1;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182905;STB=0.509797;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00804553;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:25:5:0:1:25:5:0:1 chr1 40537208 . G A 265.53 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00888054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.565;QD=20.0399;RBI=0.0372365;REFB=-0.0158939;REVB=0.036162;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441036;STB=0.524572;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0152619;OID=.;OPOS=40537208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:12:13:16:12:12:13 chr1 40555274 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.024582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.362;QD=13.0908;RBI=0.0257308;REFB=0.00807516;REVB=-0.0076026;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304438;STB=0.678966;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00795948;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:8:12:4:9:8:12 chr1 40737589 . T C 232.38 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.000139049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3828;QD=12.561;RBI=0.0283661;REFB=-0.0173401;REVB=0.0283658;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085557;STB=0.549098;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0634083;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:21:25:13:15:21:25 chr1 40771432 . C T 151.94 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.00305605;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.536;QD=6.75275;RBI=0.0381692;REFB=-0.0100709;REVB=-0.0380467;RO=62;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134519;STB=0.568463;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0347351;OID=.;OPOS=40771432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:62:68:22:22:0.244444:13:9:19:43:13:9:22:46 chr1 40773149 . T C 446.71 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00824307;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.661;QD=15.9537;RBI=0.00897263;REFB=-0.0212454;REVB=-0.003544;RO=63;SAF=26;SAR=23;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412731;STB=0.524721;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0250119;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:62:49:50:0.446429:23:26:36:27:24:26:35:27 chr1 40776752 . C A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.233;QD=55.6549;RBI=0.0557715;REFB=0;REVB=0.0417377;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412865;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr1 40777800 . T G 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1703;QD=61.3235;RBI=0.0660368;REFB=0;REVB=-0.0645009;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00076282;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr1 40840353 . A G 90.28 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.107301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9444;QD=7.85061;RBI=0.116843;REFB=0.00555755;REVB=-0.0462479;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039661;STB=0.516102;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0226327;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:8:4:12:21:8:4:12:22 chr1 40881041 . C G 1812.08 PASS AF=0.919118;AO=125;DP=136;FAO=125;FDP=136;FR=.;FRO=11;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0551812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.575;QD=53.2964;RBI=0.163267;REFB=-0.110506;REVB=0.153659;RO=11;SAF=71;SAR=54;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176606;STB=0.509324;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0148892;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:136:136:11:11:125:125:0.919118:54:71:5:6:54:71:5:6 chr1 40923019 . G A 259.06 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0136815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.55;QD=16.4482;RBI=0.0137268;REFB=-0.00134292;REVB=-0.00111401;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103917;STB=0.555519;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00469773;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:31:33:28:30:0.47619:15:13:11:20:15:15:13:20 chr1 40980731 . G T 126.92 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00978037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.032;QD=19.5258;RBI=0.0171775;REFB=-0.0483737;REVB=-0.0141212;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104309;STB=0.571334;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0317282;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:4:10:9:2:4:10:10:2 chr1 41013015 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0212763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.797;QD=12.73;RBI=0.0301445;REFB=-0.00594726;REVB=-0.0213545;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00738613;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:4:8:5:4:4:8 chr1 41087734 . C T 84.28 PASS AF=0.529412;AO=5;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0526276;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5847;QD=19.8309;RBI=0.0566647;REFB=-0.0713179;REVB=0.0210052;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.553081;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0322416;OID=.;OPOS=41087734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:17:2:7:5:9:0.529412:2:3:2:0:2:7:6:1 chr1 41204569 . C T 389.02 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0225468;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154;QD=21.3159;RBI=0.0371854;REFB=-0.0204577;REVB=-0.0295701;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352341;STB=0.693742;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0143335;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:27:29:27:27:0.369863:17:10:21:6:17:10:22:7 chr1 41454328 . A G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0200022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.959;QD=11.336;RBI=0.0203529;REFB=-0.00282888;REVB=-0.00376189;RO=42;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197135;STB=0.519335;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00504825;OID=.;OPOS=41454328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:13:11:20:22:13:11:21:22 chr1 41976017 . C G,T 766.07 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=3,46;DP=49;FAO=3,46;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348828,-0.0059643;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.0245,146.116;QD=62.536;RBI=0.0573525,0.0180404;REFB=0,0;REVB=-0.0455248,0.0170259;RO=0;SAF=2,19;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0804321,0.00109772;OID=.,.;OPOS=41976017,41976017;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:49:49:0:0:3,46:3,46:0.0612245,0.938776:1,27:2,19:0:0:1,27:2,19:0:0 chr1 41976328 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.122;QD=33.4283;RBI=0.0519256;REFB=0;REVB=-0.0514105;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581684;OID=.;OPOS=41976328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 41976584 . G A 223.94 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0202348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9765;QD=10.6636;RBI=0.0457945;REFB=0.000682084;REVB=0.0410815;RO=56;SAF=18;SAR=10;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147636;STB=0.586205;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000591003;OID=.;OPOS=41976584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:10:18:29:27:10:18:29:27 chr1 41978566 . T G 1975.51 PASS AF=0.984615;AO=111;DP=131;FAO=128;FDP=130;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039101;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0735;QD=60.7848;RBI=0.066765;REFB=0;REVB=0.0541173;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027113;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:130:0:0:111:128:0.984615:61:50:0:0:64:64:0:0 chr1 41978825 . C G 1511.03 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.24;QD=63.6222;RBI=0.0618171;REFB=0;REVB=0.0387976;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4775e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:64:30:0:0:64:31:0:0 chr1 42046812 . C T 71.16 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7967;QD=35.5818;RBI=0.0494167;REFB=0;REVB=-0.0143589;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011531;OID=.;OPOS=42046812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:1:7:0:0 chr1 42047300 . A T 176.67 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0118991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.753;QD=14.1333;RBI=0.0236636;REFB=-0.00862758;REVB=-0.0204543;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841413;STB=0.559259;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0151129;OID=.;OPOS=42047300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:11:8:15:15:11:8:16:15 chr1 42048745 . T C 492.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.091;QD=57.8935;RBI=0.0233307;REFB=0;REVB=0.0230612;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410176;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr1 42049032 . G A 3278.48 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346819;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.186;QD=61.8581;RBI=0.0453824;REFB=-0.106292;REVB=0.02927;RO=0;SAF=122;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336533;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:214:212:0:0:211:212:1:89:122:0:0:90:122:0:0 chr1 42049140 . C G 2234.16 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.92;QD=63.3805;RBI=0.0622947;REFB=0;REVB=0.0170915;RO=0;SAF=85;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91971e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:56:85:0:0:56:85:0:0 chr1 42049448 . A G 69.03 PASS AF=0.204082;AO=11;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0169513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5417;QD=5.63475;RBI=0.0736531;REFB=-0.0265089;REVB=-0.0716759;RO=32;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415575;STB=0.707875;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.165115;OID=.;OPOS=42049448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:50:49:32:35:11:10:0.204082:9:2:16:16:8:2:15:20 chr1 42050366 . C G,T 1409.56 PASS AF=0.043956,0.956044;AO=4,86;DP=91;FAO=4,87;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=4,41;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102151,0.034318;FXX=0.0215031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.121,129.591;QD=61.9586;RBI=0.0344998,0.0546649;REFB=0,0;REVB=-0.0329528,-0.0425502;RO=0;SAF=4,40;SAR=0,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0944675,0.000874137;OID=.,.;OPOS=42050366,42050366;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:91:91:0:0:4,86:4,87:0.043956,0.956044:0,46:4,40:0:0:0,46:4,41:0:0 chr1 42619139 . A G 1560.92 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932292;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.437;QD=63.7111;RBI=0.0381899;REFB=0;REVB=0.0370345;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142937;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:51:46:0:0:52:46:0:0 chr1 42693597 . A G 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.044;QD=64.0206;RBI=0.0262817;REFB=0;REVB=-0.0257539;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94675e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr1 42880516 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0804849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6126;QD=20.456;RBI=0.0826336;REFB=-0.0019582;REVB=-0.0187214;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266006;STB=0.650978;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000929878;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:6:9:5:12:6:9 chr1 42898843 . A G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.017746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.559;QD=12.5664;RBI=0.0275014;REFB=-0.00030604;REVB=0.0210096;RO=39;SAF=18;SAR=7;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675237;STB=0.533306;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000489122;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:7:18:26:13:7:18:27:13 chr1 42915727 . C G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0154201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.183;QD=14.8515;RBI=0.0236294;REFB=-0.0179829;REVB=0.0179044;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778986;STB=0.5045;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0240276;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:17:12:8:11:17:12 chr1 42925688 . T G 281.77 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0368586;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.982;QD=11.7403;RBI=0.0368597;REFB=-0.0128389;REVB=0.000286958;RO=59;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567817;STB=0.544906;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0364149;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:59:63:33:33:0.34375:19:14:28:31:19:14:31:32 chr1 43034740 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0462832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5753;QD=11.3328;RBI=0.0466758;REFB=-0.0161697;REVB=0.00604126;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.537135;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0180262;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:9:18:10:4:9:18 chr1 43042703 . C T 120.63 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0163533;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9197;QD=13.0412;RBI=0.0209754;REFB=-0.0167529;REVB=-0.0131353;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132719;STB=0.578199;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.015226;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:11:12:9:5:11:12 chr1 43047057 . A G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00313398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.214;QD=14.9478;RBI=0.0102458;REFB=-0.00319654;REVB=0.00975474;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711245;STB=0.541566;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00540416;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:30:31:0.424658:16:14:22:19:17:14:22:20 chr1 43108188 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0188188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.035;QD=7.66787;RBI=0.0304097;REFB=-0.00358539;REVB=-0.0238873;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127435;STB=0.507923;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0108588;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:4:8:23:12:4:8:23:12 chr1 43119855 . A C 289.33 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00545752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.22;QD=11.6899;RBI=0.0183255;REFB=-0.00774307;REVB=0.017494;RO=65;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10983;STB=0.563512;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0153485;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:20:14:33:32:20:14:33:32 chr1 43131653 . G A 269.08 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0102926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.46;QD=10.154;RBI=0.0208844;REFB=-0.00276629;REVB=-0.0181719;RO=70;SAF=21;SAR=14;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171893;STB=0.513826;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00783025;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:70:71:35:35:0.330189:14:21:43:27:14:21:44:27 chr1 43167841 . GTTTTTTA GTTTTT,GTTTTTA,TGTTTTTA 122.52 PASS AF=0.135135,0.567568,0;AO=5,15,3;DP=38;FAO=5,21,0;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=3,19,0;FSAR=2,2,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00914608,0.0358144,-0.0420204;FXX=0.0263089;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,2;MLLD=12.9799,9.56498,16.5446;QD=13.2451;RBI=0.0995279,0.26273,0.126836;REFB=-0.0019375,-0.0641256,-0.0321317;REVB=0.0991068,0.260277,0.119673;RO=12;SAF=3,14,2;SAR=2,1,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0.419355,0.419355,0;SSSB=0.283121,0.642781,0.350702;STB=0.657928,0.787674,0.5;STBP=0.475,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0877236,0.0931893,0.0820758;OID=.,.,.;OPOS=43167847,43167842,43167841;OREF=TA,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTA,TGTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:38:37:12:11:5,15,3:5,21,0:0.135135,0.567568,0:2,1,1:3,14,2:4:8:2,2,0:3,19,0:4:7 chr1 43201534 . G A 129.37 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00389255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.532;QD=12.9371;RBI=0.0132701;REFB=-0.020318;REVB=0.0126863;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449217;STB=0.526281;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0295312;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:16:9:6:9:16:9 chr1 43212111 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.208;QD=53.2765;RBI=0.0302777;REFB=0;REVB=0.0289164;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240802;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 43212424 . C CG 474.53 PASS AF=0.869565;AO=18;DP=178;FAO=120;FDP=138;FR=.;FRO=18;FSAF=89;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0105696;FXX=0.148139;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.20287;QD=13.7544;RBI=0.0978789;REFB=-0.0678606;REVB=-0.0973066;RO=153;SAF=12;SAR=6;SRF=108;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554728;STB=0.506182;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.0409709;OID=.;OPOS=43212425;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565:18:178:120:138:18:89:31:14:4:12:153:12:6:108:45 chr1 43212430 . GA G,GC,GG 2155.56 PASS AF=0.175758,0.0424242,0.781818;AO=43,8,112;DP=163;FAO=29,7,129;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=22,5,85;FSAR=7,2,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104808,0.0629836,-0.0205717;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=26.011,18.721,29.2176;QD=52.2561;RBI=0.0180179,0.0630527,0.026742;REFB=0,0,0;REVB=-0.0146559,-0.00294955,-0.0170863;RO=0;SAF=37,5,69;SAR=6,3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0128503,9.37593e-05,0.0250909;OID=.,.,.;OPOS=43212431,43212431,43212431;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.175758,0.0424242,0.781818:43,8,112:163:29,7,129:165:0:22,5,85:7,2,44:0:0:50:0:37,5,69:6,3,43:0:0 chr1 43212869 . A T 375.53 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0136369;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.117;QD=20.5769;RBI=0.0138087;REFB=-0.0326205;REVB=-0.0021713;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290628;STB=0.51612;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0304298;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:34:35:37:38:0.520548:24:13:13:21:24:14:14:21 chr1 43215571 . A G 1658.9 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.503;QD=59.2463;RBI=0.0925061;REFB=0;REVB=0.0916818;RO=0;SAF=66;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165674;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:107:112:1:41:66:0:0:46:66:0:0 chr1 43215930 . C T 452.14 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00322712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.405;QD=22.0555;RBI=0.0120738;REFB=-0.0222791;REVB=0.0116345;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073599;STB=0.540522;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0226531;OID=.;OPOS=43215930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:24:20:14:24:24:20:14:24 chr1 43305753 . G A 524.17 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00973746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.824;QD=15.7644;RBI=0.0116026;REFB=-0.00334574;REVB=0.00630895;RO=76;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536696;STB=0.530053;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00440082;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:76:57:57:0.428571:27:30:36:40:27:30:36:40 chr1 43309842 . G C 1365.64 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186946;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.369;QD=62.7879;RBI=0.022491;REFB=0;REVB=0.0125043;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38195e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr1 43408966 . G A 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00547824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.927;QD=23.5711;RBI=0.0097921;REFB=-0.0273369;REVB=0.00811628;RO=42;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208741;STB=0.511465;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0223238;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:28:23:20:22:28:23:20:22 chr1 43457170 . T C 256.42 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.927;QD=51.2832;RBI=0.0579569;REFB=0;REVB=0.0504389;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407062;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:11:9:0:0 chr1 43675467 . G A 1243.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9529;QD=61.3872;RBI=0.115073;REFB=0;REVB=0.113658;RO=0;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955939;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:57:24:0:0:57:24:0:0 chr1 43771016 . TA T 359.07 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.8189;QD=46.3319;RBI=0.0284533;REFB=0;REVB=0.0230862;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000315846;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:31:31:0:11:20:0:0:6:0:11:17:0:0 chr1 43779564 . T C 1990.73 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744749;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.269;QD=62.2103;RBI=0.0447105;REFB=0;REVB=0.0440858;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6953e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:77:51:0:0:77:51:0:0 chr1 43888460 . A C 30.06 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=-0.104474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.927;QD=0.939404;RBI=0.104567;REFB=-0.000912966;REVB=-0.00442203;RO=106;SAF=9;SAR=1;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438703;STB=0.847269;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.104998;OID=.;OPOS=43888460;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:128:128:106:118:10:10:0.078125:1:9:58:48:1:9:70:48 chr1 44035352 . C T 180.84 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0270358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.665;QD=11.3026;RBI=0.0273746;REFB=-0.0259004;REVB=-0.0042933;RO=40;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116541;STB=0.561776;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0444579;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:7:16:24:16:7:16:25:16 chr1 44058265 . C A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0203218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.889;QD=14.4203;RBI=0.0220828;REFB=-0.0230373;REVB=-0.00864156;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224411;STB=0.512752;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0343874;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:17:20:14:13:17:20 chr1 44071221 . G A 162.77 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0224548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.008;QD=10.8511;RBI=0.0330556;REFB=-0.00864339;REVB=0.0242581;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759993;STB=0.537154;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.013394;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:8:13:21:17:8:13:22:17 chr1 44072018 . C T 313.39 PASS AF=0.283871;AO=44;DP=155;FAO=44;FDP=155;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0219178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0966;QD=8.08736;RBI=0.0322631;REFB=-0.00803348;REVB=-0.0236752;RO=105;SAF=23;SAR=21;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101622;STB=0.500147;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160849;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:105:111:44:44:0.283871:21:23:54:51:21:23:58:53 chr1 44072066 . C T 207.94 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=121;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0469255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.923;QD=6.81761;RBI=0.0473253;REFB=-0.00178277;REVB=0.00613809;RO=90;SAF=17;SAR=14;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872073;STB=0.556458;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00509299;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:90:91:31:31:0.254098:14:17:43:47:14:17:43:48 chr1 44083507 . T C 113.17 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0280612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.62;QD=6.75654;RBI=0.0285786;REFB=-0.0132079;REVB=0.00541329;RO=50;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621701;STB=0.538009;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0391853;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:9:8:21:29:9:8:21:29 chr1 44083519 . G A 99.82 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0549933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5131;QD=5.62339;RBI=0.0557378;REFB=-0.00584015;REVB=-0.00907954;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161389;STB=0.605508;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0378654;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:55:16:16:0.225352:8:8:20:34:8:8:20:35 chr1 44084739 . C T 131.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0501918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.693;QD=23.8439;RBI=0.0677575;REFB=-0.0351877;REVB=0.0455178;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912885;STB=0.550952;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0168757;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:1:7:11:3:1:7 chr1 44086831 . C T 155.34 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.000100045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.352;QD=11.5065;RBI=0.0898223;REFB=-0.00989469;REVB=-0.0898222;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153;STB=0.558763;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0180675;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:19:20:0.37037:5:14:21:13:6:14:21:13 chr1 44137257 . C A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.002;QD=59.6788;RBI=0.0220402;REFB=0;REVB=0.0213452;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0762e-05;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr1 44386126 . GC CG,G 63.9 PASS AF=0.0117647,0.294118;AO=9,18;DP=88;FAO=1,25;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=0,17;FSAR=1,8;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.102844,-0.210988;FXX=0.0449388;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=91.3598,9.56738;QD=3.00707;RBI=0.103068,0.267772;REFB=-0.00840942,-0.159081;REVB=-0.00679239,0.164881;RO=42;SAF=3,17;SAR=6,1;SRF=5;SRR=37;SSEN=0,0.461538;SSEP=0,0;SSSB=0.369798,0.814245;STB=0.986047,0.75739;STBP=0.51,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0.176041,0.180231;OID=.,.;OPOS=44386126,44386127;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:88:85:42:59:9,18:1,25:0.0117647,0.294118:6,1:3,17:5:37:1,8:0,17:17:42 chr1 44395786 . C T 728.39 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.731;QD=56.03;RBI=0.0451337;REFB=0;REVB=0.000108722;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510217;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:35:15:0:0:35:17:0:0 chr1 44401384 . A G 741.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.202;QD=57.0075;RBI=0.0710305;REFB=0;REVB=0.0643047;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377773;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:23:27:0:0:24:28:0:0 chr1 44415415 . C T 823.45 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00185007;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.122;QD=55.827;RBI=0.019131;REFB=-0.108028;REVB=0.0190414;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000417559;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:57:58:0.983051:30:27:0:0:30:28:1:0 chr1 44457305 . G A 1432.53 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0242279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.297;QD=56.7339;RBI=0.033282;REFB=0.0212749;REVB=0.0228188;RO=2;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215451;STB=0.510867;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=3.84307e-05;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:101:2:2:97:99:0.980198:43:54:0:2:45:54:0:2 chr1 44595047 . T A 341.9 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00517919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.506;QD=30.3914;RBI=0.032699;REFB=-0.0165987;REVB=0.0322863;RO=16;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132292;STB=0.57247;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0123702;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:14:15:5:11:14:15:5:11 chr1 44595113 . G C 482.15 PASS AF=0.647887;AO=43;DP=66;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0124495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3978;QD=27.1632;RBI=0.0133832;REFB=-0.0737119;REVB=0.00491117;RO=23;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149559;STB=0.566288;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0237821;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:23:25:43:46:0.647887:18:25:8:15:19:27:10:15 chr1 44596379 . CCAA C 71.86 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0114615;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=3;MLLD=206.954;QD=3.63833;RBI=0.0156183;REFB=-0.00933477;REVB=-0.0106097;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858283;STB=0.640623;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.029291;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227848:18:77:18:79:61:7:11:35:26:71:39:7:11:18:21 chr1 44680719 . G C 244.51 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0297874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.755;QD=19.1771;RBI=0.0298747;REFB=0.0306606;REVB=-0.00228186;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51063;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0272074;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:25:26:0.509804:14:11:11:14:14:12:11:14 chr1 44788397 . CA C,CC,CT 593.54 PASS AF=0.341463,0.0487805,0.609756;AO=15,2,24;DP=41;FAO=14,2,25;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2,10;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165046,0.0135385,0.0133027;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=147.329,128.855,160.057;QD=57.9063;RBI=0.045588,0.0531054,0.0252774;REFB=0,0,0;REVB=-0.0424954,-0.0513507,-0.0214939;RO=0;SAF=15,2,9;SAR=0,0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0237156,-0.0125678,0.0227026;OID=.,.,.;OPOS=44788398,44788398,44788398;OREF=A,A,A;OALT=-,C,T;OMAPALT=C,CC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.341463,0.0487805,0.609756:15,2,24:41:14,2,25:41:0:14,2,10:0,0,15:0:0:87:0:15,2,9:0,0,15:0:0 chr1 45187511 . T C 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00511794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.616;QD=26.9542;RBI=0.00519377;REFB=-0.0179367;REVB=0.000884236;RO=19;SAF=19;SAR=15;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258595;STB=0.640835;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0122169;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:15:19:3:16:15:19:3:16 chr1 45196759 . C T 53.57 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00121739;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.478;QD=6.91221;RBI=0.0012833;REFB=-0.00656936;REVB=0.000405973;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155554;STB=0.654132;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0225611;OID=.;OPOS=45196759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:22:23:8:8:0.258065:6:2:8:14:6:2:10:13 chr1 45196770 . A G 233.77 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0134664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.873;QD=32.2436;RBI=0.014643;REFB=-0.0191809;REVB=-0.00575112;RO=8;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581765;STB=0.526291;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0077388;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:20:21:0.724138:13:7:2:6:14:7:2:6 chr1 45271828 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0186376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.179;QD=10.0339;RBI=0.034152;REFB=-0.000576113;REVB=-0.0286182;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00175302;OID=.;OPOS=45271828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr1 45285638 . G A 276.3 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00191768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.689;QD=19.3893;RBI=0.00202984;REFB=-0.016597;REVB=-0.000665414;RO=27;SAF=5;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271211;STB=0.629534;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0104703;OID=.;OPOS=45285638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:27:28:30:0.526316:23:5:11:16:24:6:11:16 chr1 45285648 . C T 283.82 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00141288;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.255;QD=23.1686;RBI=0.00317836;REFB=-0.000987753;REVB=-0.00284705;RO=23;SAF=4;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231266;STB=0.640653;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00145985;OID=.;OPOS=45285648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:23:24:26:0.530612:20:4:8:15:22:4:8:15 chr1 45285664 . G A 201.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00304729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.128;QD=21.2588;RBI=0.0180654;REFB=-0.00998905;REVB=-0.0178066;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162719;STB=0.590824;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0187496;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:4:14:12:8:4:14 chr1 45292866 . G A 277.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0127097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.816;QD=18.4928;RBI=0.0127108;REFB=-0.0134144;REVB=0.000167599;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300353;STB=0.516767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0197499;OID=.;OPOS=45292866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:13:17:16:14:13:17 chr1 45469586 . G A 238.04 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0038008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.018;QD=23.804;RBI=0.0443724;REFB=-0.0322578;REVB=0.0442093;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0172377;OID=.;OPOS=45469586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:17:22:23:0.575:11:11:8:8:11:12:9:8 chr1 45479709 . A G 295.17 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00465139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.81;QD=15.3336;RBI=0.00907769;REFB=-0.00914711;REVB=-0.00779544;RO=44;SAF=23;SAR=10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179693;STB=0.51016;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0148047;OID=.;OPOS=45479709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:10:23:30:14:10:23:30:14 chr1 45504720 . G C 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=28;FWDB=-0.0515937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8705;QD=9.25703;RBI=0.0516413;REFB=-0.00588232;REVB=0.00221759;RO=28;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508279;STB=0.779776;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0119053;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:11:1:0:28:11:1:0:28 chr1 45671966 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0203431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.901;QD=16.8985;RBI=0.0274792;REFB=-0.0374631;REVB=-0.0184735;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0250507;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:4:5:7:3:4:5 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1969.94 PASS AF=0,0.995261;AO=51,131;DP=207;FAO=0,210;FDP=211;FR=.;FRO=1;FSAF=0,166;FSAR=0,44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.038291,-0.184514;FXX=0.0231471;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=177.136,14.2469;QD=37.3448;RBI=0.0558261,0.232577;REFB=0.0599734,0.0469022;REVB=0.0406245,0.141585;RO=5;SAF=43,108;SAR=8,23;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.176137,0.0714306;STB=0.5,0.501501;STBP=1,0.607;TYPE=del,del;VARB=0,0.00512061;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.995261:51,131:207:0,210:211:1:0,166:0,44:1:0:32:5:43,108:8,23:1:4 chr1 45797505 . C G 199.06 PASS AF=0.305882;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0369686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.757;QD=9.36753;RBI=0.0653201;REFB=-0.0179795;REVB=-0.053852;RO=59;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136741;STB=0.520855;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0383844;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:25:26:0.305882:12:13:30:29:12:14:30:29 chr1 45805565 . CGCT CCCT,CCT,CCTC 742.71 PASS AF=0.833333,0.145833,0.0208333;AO=35,12,2;DP=49;FAO=40,7,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2,0;FSAR=30,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730514,0.0146429,-0.0246024;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=244.308,238.522,105.604;QD=61.8928;RBI=0.0140242,0.020737,0.0260698;REFB=0,0,0;REVB=0.0119713,0.0146836,0.00862295;RO=0;SAF=10,2,0;SAR=25,10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=5.03206e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0180086,-0.00611486,-0.0314031;OID=.,.,.;OPOS=45805566,45805566,45805566;OREF=G,G,GCT;OALT=C,-,CTC;OMAPALT=CCCT,CCT,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.145833,0.0208333:35,12,2:49:40,7,1:48:0:10,2,0:30,5,1:0:0:14:0:10,2,0:25,10,2:0:0 chr1 45810091 . A G 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0118098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.308;QD=14.3322;RBI=0.0154219;REFB=0.00309042;REVB=0.00991794;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319726;STB=0.6959;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00795025;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:5:12:10:15:5:12:10:16 chr1 45810923 . G A 294.01 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00882397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.103;QD=19.933;RBI=0.0480152;REFB=-0.00531832;REVB=-0.0471975;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191635;STB=0.606865;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00548214;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:10:21:13:15:10:21:13:15 chr1 45811094 . A G 351.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00673017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.084;QD=25.5473;RBI=0.0248467;REFB=-0.00822306;REVB=-0.0239178;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873242;STB=0.538439;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00754074;OID=.;OPOS=45811094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:18:16:12:8:18:16:12:9 chr1 45973928 . G A 204.12 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0648553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.692;QD=22.6799;RBI=0.0652282;REFB=-0.0272405;REVB=0.00696437;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.666481;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0161079;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:16:4:8:8:16:4:8:8 chr1 46073489 . G A 136.79 PASS AF=0.5;AO=10;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0512159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.432;QD=18.2385;RBI=0.0707266;REFB=-0.0474819;REVB=0.0487768;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445016;STB=0.66642;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0490876;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:15:10:15:0.5:9:1:5:7:12:3:7:8 chr1 46078854 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00765207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.418;QD=21.7452;RBI=0.00782022;REFB=-0.023655;REVB=-0.00161298;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132818;STB=0.574392;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0143877;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:5:11:10:9:5:11 chr1 46078884 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00732754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.206;QD=19.5232;RBI=0.0089972;REFB=-0.0249078;REVB=0.0052208;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0162344;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:5:7:7:7:5:7 chr1 46086077 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0210196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.485;QD=20.8979;RBI=0.0270745;REFB=-0.00657258;REVB=0.0170647;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00350237;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr1 46087577 . G A 639.4 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=107;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00296232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.571;QD=23.6813;RBI=0.0491698;REFB=-0.022252;REVB=0.0490804;RO=45;SAF=36;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099304;STB=0.513884;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0162861;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:45:46:61:62:0.574074:25:36:26:19:25:37:26:20 chr1 46094027 . A G 334.7 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0399981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3015;QD=14.3956;RBI=0.0425076;REFB=0.0252644;REVB=-0.0143894;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157479;STB=0.58874;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0150336;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:15:22:41:15:15:22:41:15 chr1 46095272 . T C 176.48 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0490123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0718;QD=14.1187;RBI=0.0492842;REFB=-0.0116126;REVB=0.00516914;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148107;STB=0.585281;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0209061;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:22:9:8:11:22:9 chr1 46159001 . G A 97.98 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0416303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.774;QD=7.12604;RBI=0.0417657;REFB=-0.00315937;REVB=-0.00335956;RO=40;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446783;STB=0.77634;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0175514;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:55:40:41:14:14:0.254545:4:10:13:27:4:10:13:28 chr1 46195375 . T C 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00296197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.697;QD=6.68536;RBI=0.00590029;REFB=-0.00195915;REVB=-0.00510295;RO=45;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213747;STB=0.631407;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00714867;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:9:6:26:19:9:6:26:19 chr1 46379518 . A G 1570.64 PASS AF=0.973214;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0261217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6956;QD=56.0944;RBI=0.0284753;REFB=-0.08441;REVB=0.0113359;RO=4;SAF=53;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174006;STB=0.504341;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00399455;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:112:4:3:107:109:0.973214:54:53:3:1:54:55:2:1 chr1 46476587 . T A,G 693.93 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,43;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261916,-0.0341891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.839,86.7424;QD=61.6827;RBI=0.0263739,0.0362274;REFB=0,0;REVB=-0.00309587,0.0119803;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0269679,0.00611166;OID=.,.;OPOS=46476587,46476587;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:2,43:2,43:0.0444444,0.955556:2,40:0,3:0:0:2,40:0,3:0:0 chr1 46493460 . T G 657.32 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0105338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5936;QD=18.3865;RBI=0.0683685;REFB=0.0241036;REVB=0.0675521;RO=73;SAF=40;SAR=27;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993959;STB=0.566337;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.032867;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:73:76:67:67:0.468531:27:40:36:37:27:40:36:40 chr1 46496709 . A G 843.52 PASS AF=0.596899;AO=77;DP=129;FAO=77;FDP=129;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0442038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.754;QD=26.1558;RBI=0.0442915;REFB=-0.0151447;REVB=-0.00278624;RO=52;SAF=39;SAR=38;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809447;STB=0.54394;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0126194;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:52:52:77:77:0.596899:38:39:32:20:38:39:32:20 chr1 46498375 . A G 499.65 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0120752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9413;QD=27.0079;RBI=0.0516987;REFB=-0.0421242;REVB=-0.0502687;RO=28;SAF=38;SAR=8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858332;STB=0.547003;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0239932;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:8:38:21:7:8:38:21:7 chr1 46500454 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0386621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.402;QD=14.9787;RBI=0.0386688;REFB=-0.0186298;REVB=-0.000720405;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19417;STB=0.615131;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0240682;OID=.;OPOS=46500454;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:4:7:8:2:4:7 chr1 46500744 . G C 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00108801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.493;QD=8.46439;RBI=0.00254063;REFB=-0.00855128;REVB=-0.00229587;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316492;STB=0.691108;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0180069;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:5:10:15:23:5:10:15:23 chr1 46512289 . T C 389.24 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0451122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.527;QD=24.3276;RBI=0.0455707;REFB=-0.00223208;REVB=0.00644805;RO=26;SAF=20;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047947;STB=0.526302;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00202465;OID=.;OPOS=46512289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:18:20:12:14:18:20:12:14 chr1 46521517 . G A 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0263669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.915;QD=20.0277;RBI=0.0266025;REFB=-0.000653326;REVB=0.00353299;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684376;STB=0.53843;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000458948;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:19:7:8:16:19:7 chr1 46521559 . A T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0103893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.634;QD=16.9413;RBI=0.0212115;REFB=-0.00891292;REVB=0.018493;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1593;STB=0.592;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00894823;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:4:15:16:8:4:15:16:8 chr1 46655158 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.981;QD=58.9615;RBI=0.0336174;REFB=0;REVB=0.0297044;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42104e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 46744413 . A G 31.44 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0573758;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.3002;QD=7.39827;RBI=0.0637798;REFB=-0.0299741;REVB=-0.0278548;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.7988;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0422413;OID=.;OPOS=46744413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:17:17:8:11:5:5:0.294118:4:1:5:3:4:1:7:4 chr1 46744421 . GA G 42.47 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0338211;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.5203;QD=8.08883;RBI=0.0339787;REFB=-0.071954;REVB=0.0032689;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.302632;SSSB=-0.453553;STB=0.793179;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0893049;OID=.;OPOS=46744422;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:7:22:9:21:12:2:7:9:3:42:12:2:5:9:3 chr1 46810530 . A G 498.98 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8463;QD=58.7039;RBI=0.0122195;REFB=0;REVB=-0.00584343;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16265e-05;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr1 46871986 . T C 1357.04 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0255;QD=62.3927;RBI=0.0193609;REFB=0;REVB=0.00405656;RO=0;SAF=24;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015538;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:63:24:0:0:63:24:0:0 chr1 46972694 . C T 1274.77 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119335;FXX=0.0574647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.41;QD=62.1837;RBI=0.0200307;REFB=0;REVB=0.0160879;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235502;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:33:49:0:0 chr1 47048598 . GA G 57.65 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0107908;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.3954;QD=7.43934;RBI=0.252283;REFB=-0.0377037;REVB=0.252052;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.426966;SSSB=0.228527;STB=0.516106;STBP=0.928;TYPE=del;VARB=0.0632514;OID=.;OPOS=47048599;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:12:31:14:31:17:7:7:8:9:57:16:8:4:7:9 chr1 47048928 . G A 500.03 PASS AF=0.49;AO=46;DP=98;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.020497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4944;QD=20.001;RBI=0.0206377;REFB=-0.0123054;REVB=-0.0024055;RO=51;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648444;STB=0.529833;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0184223;OID=.;OPOS=47048928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:51:51:46:49:0.49:23:23:29:22:24:25:29:22 chr1 47059934 . T C 1594.17 PASS AF=0.981818;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.499;QD=57.9699;RBI=0.0238214;REFB=0.00120726;REVB=0.00784475;RO=2;SAF=39;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004982;STB=0.502732;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-5.3223e-06;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:106:108:0.981818:67:39:1:1:69:39:1:1 chr1 47078637 . T C 1697.73 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.343;QD=59.5695;RBI=0.0489422;REFB=-0.127985;REVB=0.0179962;RO=1;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703472;STB=0.503703;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000579337;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:1:1:113:113:0.991228:67:46:0:1:67:46:0:1 chr1 47080679 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00576775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1823;QD=7.52724;RBI=0.025782;REFB=-0.00468288;REVB=0.0251285;RO=43;SAF=13;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401012;STB=0.747863;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0231246;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:3:13:22:21:3:13:22:21 chr1 47101015 . C A 1664.68 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364694;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.616;QD=59.4528;RBI=0.0364858;REFB=0.00833753;REVB=-0.00109258;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000154917;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:0:1:110:111:0.991071:54:56:0:0:55:56:1:0 chr1 47138819 . T G 104.56 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0174494;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4547;QD=18.1842;RBI=0.028446;REFB=-0.0419255;REVB=-0.0224655;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670073;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0503944;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:5:5:7:5:5:6 chr1 47139117 . T A 192.25 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0818468;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.422;QD=28.4821;RBI=0.0834176;REFB=-0.0412741;REVB=0.0161121;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728138;STB=0.540495;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0177829;OID=.;OPOS=47139117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:4:5:12:6:4:5 chr1 47150104 . T C 510.26 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.00177684;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.217;QD=19.4385;RBI=0.0170875;REFB=-0.0116152;REVB=0.0169949;RO=52;SAF=35;SAR=18;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723203;STB=0.539838;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0110327;OID=.;OPOS=47150104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:18:35:38:14:18:35:38:14 chr1 47280746 . GAT G 236.21 PASS AF=0.341176;AO=27;DP=83;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0156157;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.617;QD=11.1158;RBI=0.0337965;REFB=-0.015263;REVB=0.0299725;RO=56;SAF=16;SAR=11;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394663;STB=0.525127;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.0291044;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341176:27:83:29:85:56:16:13:33:23:99:56:16:11:33:23 chr1 47280859 . G A 537.97 PASS AF=0.372093;AO=64;DP=171;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=-0.00136404;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.599;QD=12.5109;RBI=0.00272556;REFB=-0.00859855;REVB=-0.00235968;RO=106;SAF=36;SAR=28;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679856;STB=0.537246;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.017947;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:106:108:64:64:0.372093:28:36:66:40:28:36:67:41 chr1 47280884 . C T 559.59 PASS AF=0.377143;AO=66;DP=174;FAO=66;FDP=175;FR=.;FRO=109;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=0.00878056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.6;QD=12.7906;RBI=0.0185328;REFB=-0.00536082;REVB=0.0163208;RO=108;SAF=38;SAR=28;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611949;STB=0.536907;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0174229;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:108:109:66:66:0.377143:28:38:68:40:28:38:69:40 chr1 47282772 . C T 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0189391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.328;QD=6.41548;RBI=0.0390915;REFB=-0.0042296;REVB=-0.0341972;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183541;STB=0.607349;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0143243;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:4:7:18:19:4:7:19:19 chr1 47395833 . C T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00644686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8408;QD=17.4539;RBI=0.019673;REFB=-0.0279333;REVB=-0.0185866;RO=28;SAF=21;SAR=6;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112359;STB=0.538895;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0273574;OID=.;OPOS=47395833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:6:21:24:4:6:21:24:5 chr1 47395973 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9142;QD=60.8816;RBI=0.0395148;REFB=0;REVB=-0.0334401;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89361e-05;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr1 47571902 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.398;QD=62.0215;RBI=0.0291968;REFB=0;REVB=-0.0129688;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44046e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 47571905 . C T 591.03 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0943502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2276;QD=56.2885;RBI=0.117811;REFB=-0.176191;REVB=0.0705507;RO=2;SAF=12;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021039;STB=0.51123;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0120117;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:28:12:1:1:28:12:1:1 chr1 47607281 . C T 623.54 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0101918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.115;QD=23.094;RBI=0.0288409;REFB=-0.00811886;REVB=-0.0269801;RO=47;SAF=26;SAR=35;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338489;STB=0.518512;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00787996;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:35:26:22:25:35:26:22:25 chr1 47607785 . G A 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000716207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.471;QD=31.8603;RBI=0.0190274;REFB=-0.00677195;REVB=0.0190139;RO=16;SAF=22;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061957;STB=0.533958;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00621999;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:9:22:10:6:9:22:10:6 chr1 47607851 . A T 739.72 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.021691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.863;QD=50.1502;RBI=0.0269791;REFB=-0.0314794;REVB=0.0160429;RO=3;SAF=40;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340532;STB=0.501945;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00275596;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:3:4:55:55:0.932203:15:40:3:0:15:40:3:1 chr1 47608983 . G T 435.3 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0417708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5401;QD=29.5119;RBI=0.0467365;REFB=0.0146332;REVB=0.0209644;RO=19;SAF=19;SAR=21;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191099;STB=0.603384;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00582132;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:21:19:3:16:21:19:3:16 chr1 47609489 . T C 1400.34 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00859816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.594;QD=61.5533;RBI=0.0251238;REFB=0.00342744;REVB=-0.0236067;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000460439;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:89:90:0.989011:57:32:0:0:58:32:0:1 chr1 47610293 . C T 421.74 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0441603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2544;QD=18.1392;RBI=0.04467;REFB=0.00714744;REVB=-0.00672889;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301346;STB=0.66234;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0105137;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:16:27:15:34:16:27:16:34 chr1 47610590 . A C 444.96 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0142502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.582;QD=17.978;RBI=0.0193048;REFB=-0.0206794;REVB=-0.0130234;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181086;STB=0.594481;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0263045;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:44:45:0.454545:23:21:16:38:24:21:16:38 chr1 47611598 . T C 1195.58 PASS AF=0.666667;AO=98;DP=147;FAO=100;FDP=150;FR=.;FRO=50;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00678748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8538;QD=31.8822;RBI=0.00810249;REFB=-0.0266557;REVB=-0.00442499;RO=49;SAF=49;SAR=49;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315987;STB=0.513331;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0166082;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:49:50:98:100:0.666667:49:49:22:27:50:50:23:27 chr1 47685455 . T C 667.07 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312027;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.341;QD=53.3658;RBI=0.0312524;REFB=-0.0737145;REVB=-0.00176176;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000886238;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:23:25:1:0:23:26:1:0 chr1 47717189 . A G 576.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.034;QD=60.6397;RBI=0.0288288;REFB=0;REVB=0.024288;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34418e-05;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr1 47834209 . G T 193.1 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00942406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6174;QD=12.0689;RBI=0.00946385;REFB=-0.00513801;REVB=-0.000866946;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859619;STB=0.557095;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0063564;OID=.;OPOS=47834209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:13:11:21:18:13:11:22:18 chr1 47842431 . G A 1016.13 PASS AF=0.959459;AO=68;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0374774;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6283;QD=54.9261;RBI=0.0386362;REFB=-0.0196078;REVB=-0.00939157;RO=3;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449444;STB=0.521121;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00651797;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:74:3:3:68:71:0.959459:30:38:0:3:34:37:0:3 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 1350.76 PASS AF=0,0.02,0.96;AO=17,12,63;DP=100;FAO=0,2,96;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,39;FSAR=0,2,57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0472033,-0.144301,0.209611;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=16.919,6.46492,24.0368;QD=54.0302;RBI=0.122112,0.15748,0.210814;REFB=-0.0638062,-0.0305667,-0.0139454;REVB=-0.11262,-0.0630648,0.0224878;RO=4;SAF=10,10,16;SAR=7,2,47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0313083,0.219728,-0.0358098;STB=0.5,0.5,0.508619;STBP=1,1,0.284;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.103205,0.00150831;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.02,0.96:17,12,63:100:0,2,96:100:2:0,0,39:0,2,57:0:2:3:4:10,10,16:7,2,47:2:2 chr1 47883019 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.977;QD=51.9167;RBI=0.0235792;REFB=0;REVB=0.0235792;RO=1;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29557e-05;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:20:0:0:1:21:0:0:0 chr1 47883024 . A C,G 301.98 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,19;DP=22;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418513,0.0357087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.0703,57.031;QD=50.3295;RBI=0.0604844,0.0385809;REFB=0,0;REVB=-0.0436673,0.0146073;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0288548,0.0034238;OID=.,.;OPOS=47883024,47883024;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:24:0:0:3,19:2,22:0.0833333,0.916667:3,18:0,1:0:0:2,20:0,2:0:0 chr1 47883117 . G C 37.92 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=-0.0184401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8531;QD=1.47264;RBI=0.0189088;REFB=-0.00421686;REVB=0.00418382;RO=90;SAF=12;SAR=0;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737408;STB=0.944835;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.144458;OID=.;OPOS=47883117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:102:103:90:91:12:12:0.116505:0:12:28:62:1:11:29:62 chr1 47906338 . G A 2979.56 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.656;QD=63.3949;RBI=0.0230698;REFB=0;REVB=0.0169474;RO=0;SAF=92;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77113e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:95:92:0:0:96:92:0:0 chr1 48460189 . G A 750.27 PASS AF=0.649485;AO=63;DP=97;FAO=63;FDP=97;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0208925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.533;QD=30.9391;RBI=0.022011;REFB=-0.0423312;REVB=0.00692745;RO=33;SAF=15;SAR=48;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170232;STB=0.588927;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0154531;OID=.;OPOS=48460189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:33:34:63:63:0.649485:48:15:15:18:48:15:15:19 chr1 48697733 . T G 1615.12 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00607757;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.563;QD=58.2025;RBI=0.0213501;REFB=-0.121082;REVB=0.0204668;RO=2;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014381;STB=0.507574;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000591755;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:2:2:109:109:0.981982:65:44:0:2:65:44:0:2 chr1 48713394 . C A,T 757.14 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104253,0.020312;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=111.253,175.26;QD=56.0845;RBI=0.0379266,0.0693791;REFB=0,0;REVB=0.0379123,0.0663391;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.84538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0259303,0.00104108;OID=.,.;OPOS=48713394,48713394;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,23:2,29:0:0:0,23:2,29:0:0 chr1 48764419 . C T 523.48 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.00259381;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.879;QD=23.527;RBI=0.004598;REFB=-0.0148859;REVB=0.00379655;RO=40;SAF=9;SAR=40;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119345;STB=0.506551;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0143995;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:49:49:0.550562:40:9:7:33:40:9:7:33 chr1 48937691 . A T 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0222818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6504;QD=11.0182;RBI=0.0495087;REFB=-0.0135465;REVB=-0.0442112;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0130906;OID=.;OPOS=48937691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:2:4:4:3:2:4:5:3 chr1 49113247 . G A 195.44 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0181417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.076;QD=14.2137;RBI=0.0293288;REFB=-0.00562786;REVB=-0.0230447;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301236;STB=0.527844;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00633749;OID=.;OPOS=49113247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:9:13:18:14:9:14:18:14 chr1 49113319 . T C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000932202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.526;QD=18.8283;RBI=0.013838;REFB=-0.00847512;REVB=-0.0138066;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264302;STB=0.64985;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0133851;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:7:13:8:14:7:13:8:14 chr1 50461065 . C T 206.43 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=8;FWDB=0.00555201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.276;QD=11.0097;RBI=0.0910723;REFB=-0.0180734;REVB=-0.0909029;RO=47;SAF=18;SAR=8;SRF=40;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233086;STB=0.620972;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0537477;OID=.;OPOS=50461065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:47:49:26:26:0.346667:8:18:40:7:8:18:41:8 chr1 50461279 . T C 495.34 PASS AF=0.439024;AO=56;DP=125;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=-0.00463411;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.798;QD=16.1084;RBI=0.0109565;REFB=-0.0109782;REVB=-0.00992826;RO=69;SAF=38;SAR=18;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363784;STB=0.504346;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0128152;OID=.;OPOS=50461279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:69:69:56:54:0.439024:18:38:49:20:16:38:49:20 chr1 50461595 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0234661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.281;QD=7.48198;RBI=0.0432353;REFB=-0.00532446;REVB=0.036313;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460892;STB=0.781057;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0217397;OID=.;OPOS=50461595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:7:3:20:8:7:3:20:8 chr1 50461769 . A G 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0029345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.537;QD=11.216;RBI=0.0345488;REFB=-0.0165298;REVB=0.0344239;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177368;STB=0.603145;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0448125;OID=.;OPOS=50461769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:17:9:24:24:17:9:24:24 chr1 50661411 . C T 775.65 PASS AF=0.920635;AO=50;DP=62;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0192755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.784;QD=49.2475;RBI=0.0286508;REFB=-0.0485515;REVB=0.0211972;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.608654;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000590465;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:63:0:5:50:58:0.920635:44:6:0:0:49:9:5:0 chr1 50666515 . C T 710.15 PASS AF=0.628571;AO=64;DP=99;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0403138;FXX=0.0277752;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.9336;QD=27.0534;RBI=0.0527578;REFB=-0.0687683;REVB=0.0340322;RO=35;SAF=34;SAR=30;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048412;STB=0.544498;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0268812;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:105:35:39:64:66:0.628571:30:34:16:19:31:35:16:23 chr1 51439777 . C T 573.41 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0566287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2642;QD=17.9191;RBI=0.0599942;REFB=-0.0126116;REVB=-0.0198115;RO=68;SAF=33;SAR=26;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141571;STB=0.581923;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0135368;OID=.;OPOS=51439777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:59:60:0.46875:26:33:28:40:26:34:28:40 chr1 51753722 . G A 1169.39 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3667;QD=60.7473;RBI=0.0455762;REFB=0;REVB=-0.0193467;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46942e-05;OID=.;OPOS=51753722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr1 51873951 . G A 1521.32 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129571;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.495;QD=64.0555;RBI=0.0149154;REFB=0;REVB=-0.00738809;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178477;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:60:35:0:0 chr1 52264064 . A G 456.31 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0467825;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3124;QD=25.7074;RBI=0.0603877;REFB=0.0282304;REVB=0.0381847;RO=29;SAF=12;SAR=31;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874927;STB=0.553116;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.01703;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:29:28:43:43:0.605634:31:12:11:18:31:12:11:17 chr1 52266242 . G A 166.83 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0252194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.909;QD=8.23853;RBI=0.0312212;REFB=-0.0118974;REVB=-0.018405;RO=56;SAF=7;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319191;STB=0.700681;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0379088;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:56:58:23:23:0.283951:16:7:32:24:16:7:34:24 chr1 52266350 . C T 370.25 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0518575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7495;QD=36.1217;RBI=0.052118;REFB=-0.0177825;REVB=0.00520421;RO=10;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310727;STB=0.530357;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00292188;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:10:11:30:30:0.731707:13:17:5:5:13:17:5:6 chr1 52290984 . T G 470.77 PASS AF=0.46789;AO=49;DP=108;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0805452;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8021;QD=17.276;RBI=0.0832569;REFB=-0.00764763;REVB=0.0210759;RO=56;SAF=25;SAR=24;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931789;STB=0.530423;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00821382;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:58:49:51:0.46789:24:25:34:22:24:27:34:24 chr1 52306063 . ATCT ATCA,A 254.94 PASS AF=0.136364,0.818182;AO=3,15;DP=22;FAO=3,18;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=2,12;FSAR=1,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0402754,0.0795417;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=73.1916,159.783;QD=46.3528;RBI=0.04522,0.0801102;REFB=-0.109725,-0.112961;REVB=-0.0205606,-0.00952653;RO=1;SAF=2,11;SAR=1,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0396758;STB=0.59939,0.519978;STBP=0.681,0.612;TYPE=snp,del;VARB=0.0290967,0.0188812;OID=.,.;OPOS=52306066,52306064;OREF=T,TCT;OALT=A,-;OMAPALT=ATCA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136364,0.818182:3,15:22:3,18:22:1:2,12:1,6:1:0:15:1:2,11:1,4:1:0 chr1 52439128 . G GT 2224.23 PASS AF=1;AO=133;DP=146;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286022;FXX=0.0476158;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.506;QD=63.5493;RBI=0.0324433;REFB=0;REVB=0.0153128;RO=10;SAF=50;SAR=83;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000643497;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:146:140:140:0:52:88:0:0:12:10:50:83:3:7 chr1 52991638 . C T 465.22 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0888911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3997;QD=37.9774;RBI=0.0932761;REFB=0.00214766;REVB=-0.028263;RO=13;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422749;STB=0.522879;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00330347;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:36:36:0.734694:22:14:4:9:22:14:4:9 chr1 53072454 . T C 1134.03 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0012816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.323;QD=54.6523;RBI=0.00128253;REFB=-0.13802;REVB=4.88682e-05;RO=5;SAF=43;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519216;STB=0.527466;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00068235;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:83:5:5:78:78:0.939759:35:43:5:0:35:43:5:0 chr1 53153432 . T C 904.57 PASS AF=0.64;AO=80;DP=125;FAO=80;FDP=125;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00521001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.023;QD=28.9463;RBI=0.020077;REFB=-0.015648;REVB=0.0193893;RO=45;SAF=34;SAR=46;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189297;STB=0.501023;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00850477;OID=.;OPOS=53153432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:45:45:80:80:0.64:46:34:19:26:46:34:19:26 chr1 53250650 . G A 395.34 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00485126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2684;QD=14.9185;RBI=0.016361;REFB=-0.0227477;REVB=0.0156253;RO=61;SAF=22;SAR=23;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103508;STB=0.558133;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0304434;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:45:45:0.424528:23:22:36:25:23:22:36:25 chr1 53320274 . G T 601.15 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0274605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.434;QD=22.901;RBI=0.0277166;REFB=0.0014669;REVB=-0.00375911;RO=45;SAF=27;SAR=32;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424434;STB=0.528146;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000973273;OID=.;OPOS=53320274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:45:46:59:59:0.561905:32:27:23:22:32:27:24:22 chr1 53380922 . T G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0183964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.389;QD=9.47491;RBI=0.0184997;REFB=-0.00096008;REVB=0.00195152;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510665;STB=0.809519;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00296149;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:7:14:2:8:7:14 chr1 53535478 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.02361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.609;QD=17.2889;RBI=0.0331394;REFB=-0.00641515;REVB=0.0232549;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809185;STB=0.545424;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00858582;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:17:16:12:18:17:16 chr1 53537266 . G A 254.25 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0334362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.658;QD=13.0383;RBI=0.0357364;REFB=-0.0120627;REVB=-0.0126142;RO=48;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333669;STB=0.519113;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0283016;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:11:19:29:19:11:19:29:19 chr1 53544439 . G A 999.92 PASS AF=1;AO=53;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551805;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.878;QD=59.6964;RBI=0.062363;REFB=0;REVB=0.0290561;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106311;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:53:67:1:32:21:0:0:33:34:0:0 chr1 53544513 . C T 923.16 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3114;QD=56.8101;RBI=0.0768691;REFB=-0.123869;REVB=0.0235029;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00189977;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:36:27:0:0:36:28:0:1 chr1 53544597 . T C 1329.46 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245088;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.521;QD=62.5627;RBI=0.0500192;REFB=0;REVB=0.0436031;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48965e-05;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr1 53553702 . A G 1609.44 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.827;QD=59.609;RBI=0.0156957;REFB=0;REVB=0.0143014;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044312;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:49:58:0:0:50:58:0:0 chr1 53553754 . T C 1466.66 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593932;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.301;QD=63.0819;RBI=0.0616554;REFB=0;REVB=0.0165481;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110815;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:90:93:1:41:49:0:0:43:50:0:0 chr1 53555783 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.83;QD=33.4285;RBI=0.0609971;REFB=0;REVB=0.0253764;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322962;OID=.;OPOS=53555783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 53558270 . A G 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4381;QD=57.8807;RBI=0.0697983;REFB=0;REVB=0.0540247;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99109e-05;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 53600078 . A G 431.6 PASS AF=0.61194;AO=40;DP=66;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.011436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.887;QD=25.7672;RBI=0.0236213;REFB=-0.00142918;REVB=-0.0206685;RO=25;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421973;STB=0.534529;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000818301;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:26:40:41:0.61194:20:20:11:14:20:21:11:15 chr1 53676448 . G A 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00220304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.571;QD=7.48126;RBI=0.0319871;REFB=-0.0251544;REVB=-0.0319111;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0579329;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:13:15:5:5:13:15 chr1 53684525 . C G 125.93 PASS AF=0.368421;AO=8;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0270204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.476;QD=13.2561;RBI=0.028663;REFB=-0.0139819;REVB=0.00956376;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337897;STB=0.537331;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0343135;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:36:38:19:20:8:14:0.368421:5:3:13:6:5:9:14:6 chr1 53716416 . G A 323.74 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0380791;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.295;QD=11.7723;RBI=0.0395587;REFB=-0.0284164;REVB=0.0107178;RO=68;SAF=14;SAR=26;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262456;STB=0.641611;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0549249;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:70:40:40:0.363636:26:14:40:28:26:14:40:30 chr1 53732315 . G T 347.98 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0233281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.561;QD=12.6538;RBI=0.0245103;REFB=-0.00913788;REVB=0.00752019;RO=67;SAF=12;SAR=30;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176845;STB=0.606883;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0115678;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:68:42:42:0.381818:30:12:29:38:30:12:30:38 chr1 53792651 . A C 762.15 PASS AF=0.601695;AO=70;DP=117;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0833419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7123;QD=25.8355;RBI=0.0856399;REFB=-0.0230813;REVB=-0.019706;RO=47;SAF=28;SAR=42;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130353;STB=0.572757;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0136232;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:47:47:70:71:0.601695:42:28:27:20:43:28:27:20 chr1 53995515 . G A 421.68 PASS AF=0.443299;AO=38;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=47;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0774743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.5438;QD=17.3889;RBI=0.122327;REFB=-0.0156316;REVB=0.0946663;RO=20;SAF=23;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348001;STB=0.555531;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0411435;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:20:47:38:43:0.443299:15:23:12:8:15:28:35:12 chr1 54605319 . G GC 402.74 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=56;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0129939;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.77;QD=31.5871;RBI=0.14325;REFB=-0.0432636;REVB=-0.142659;RO=28;SAF=25;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298411;STB=0.523354;STBP=0.655;TYPE=ins;VARB=0.0100315;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:28:56:42:51:9:34:8:8:1:31:28:25:3:20:8 chr1 54605320 . G C 88.8 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=7;FWDB=-0.016468;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=132.724;QD=6.45822;RBI=0.0209664;REFB=-0.007882;REVB=0.0129767;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269567;STB=0.639821;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00850477;OID=.;OPOS=54605320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:41:42:13:13:0.236364:4:9:35:6:4:9:35:7 chr1 54606804 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.135;QD=57.2021;RBI=0.0468444;REFB=0;REVB=0.0457596;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186861;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 54607051 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.246;QD=59.0125;RBI=0.0370284;REFB=0;REVB=0.0139993;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43432e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr1 54637167 . T C,G 710.14 PASS AF=0.893617,0.106383;AO=42,5;DP=47;FAO=42,5;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=25,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112448,-0.0759407;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=113.169,13.4717;QD=60.4372;RBI=0.0182636,0.110911;REFB=0,0;REVB=-0.0143914,-0.080835;RO=0;SAF=17,1;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.98888e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00337785,0.229097;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:47:47:0:0:42,5:42,5:0.893617,0.106383:25,4:17,1:0:0:25,4:17,1:0:0 chr1 54637417 . G A 1393.17 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00729447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.252;QD=58.6596;RBI=0.0346256;REFB=-0.0969408;REVB=0.0338485;RO=3;SAF=42;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124612;STB=0.506313;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00259989;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:95:95:3:3:91:92:0.968421:49:42:2:1:49:43:2:1 chr1 54637697 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.561;QD=60.8832;RBI=0.0459654;REFB=0;REVB=0.0398507;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13364e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr1 54637915 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2227;QD=48.7362;RBI=0.0198514;REFB=0;REVB=-0.0194483;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680091;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 54683856 . C G 1434.43 PASS AF=0.99;AO=94;DP=96;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401045;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2322;QD=57.3771;RBI=0.0726442;REFB=-0.178263;REVB=0.0605707;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.014413;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:100:0:1:94:99:0.99:38:56:0:0:42:57:0:1 chr1 54683925 . G A 1396.25 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7014;QD=62.7529;RBI=0.0684108;REFB=0;REVB=0.0674487;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181885;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 54686374 . T C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6581;QD=57.1726;RBI=0.0927664;REFB=0;REVB=-0.0756906;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151583;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr1 54686464 . C T 779.98 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9982;QD=56.7258;RBI=0.0472196;REFB=0;REVB=-0.017863;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315911;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr1 54690867 . G A 363.38 PASS AF=0.625;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00379357;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.503;QD=25.9555;RBI=0.0136494;REFB=-0.009917;REVB=-0.0131117;RO=21;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019744;STB=0.510807;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00480405;OID=.;OPOS=54690867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:21:21:35:35:0.625:19:16:9:12:19:16:9:12 chr1 54690954 . T C 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.111108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2222;QD=16.8957;RBI=0.113317;REFB=-0.0369736;REVB=-0.0222654;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325006;STB=0.695364;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0281838;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:0:8:7:3:0:9 chr1 54692854 . AGGGGGG AGGGGGC,AGGGGGGCG,AGGGG 199.77 PASS AF=0.05,0.4,0.225;AO=2,11,6;DP=42;FAO=2,16,9;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=1,9,2;FSAR=1,7,7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0172804,-0.0114179,-0.0894029;FXX=0.0243843;HRUN=10,0,10;LEN=1,2,2;MLLD=152.647,157.068,8.10129;QD=19.9765;RBI=0.0177852,0.0114757,0.123374;REFB=0.00574935,0.00894081,-0.000273807;REVB=0.00420741,-0.00114959,0.0850187;RO=6;SAF=1,7,3;SAR=1,4,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.168213,0.190712,0.138347;STB=0.599045,0.5793,0.619962;STBP=0.786,0.386,0.395;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0178378,-0.00878602,0.0566821;OID=.,.,.;OPOS=54692860,54692860,54692855;OREF=G,-,GG;OALT=C,GC,-;OMAPALT=AGGGGGC,AGGGGGGCG,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.4,0.225:2,11,6:42:2,16,9:40:13:1,9,2:1,7,7:5:8:84:6:1,7,3:1,4,3:2:4 chr1 54704510 . A C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.936;QD=33.4172;RBI=0.0488407;REFB=0;REVB=0.0385556;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144412;OID=.;OPOS=54704510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 54704567 . A G 116.06 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.816;QD=42.2037;RBI=0.0394883;REFB=0;REVB=-0.00360174;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537935;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr1 54704629 . C T 126.21 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0271058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.944;QD=10.9748;RBI=0.0380475;REFB=-0.0104233;REVB=-0.0266999;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252822;STB=0.653671;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0140614;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:9:6:6:24:9:6:6:25 chr1 55060251 . C T 706.23 PASS AF=0.557377;AO=67;DP=121;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00398484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.409;QD=23.1551;RBI=0.00649861;REFB=-0.0324277;REVB=0.00513351;RO=54;SAF=38;SAR=29;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249279;STB=0.509753;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0316244;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:54:54:67:68:0.557377:29:38:29:25:30:38:29:25 chr1 55064980 . G A 657.25 PASS AF=0.604167;AO=57;DP=97;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00713932;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.27;QD=27.3853;RBI=0.0414911;REFB=-0.0518868;REVB=0.0408723;RO=38;SAF=42;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179745;STB=0.59005;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0241309;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:38:38:57:58:0.604167:15:42:20:18:16:42:20:18 chr1 55073719 . G A 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0426417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.349;QD=16.2784;RBI=0.0508177;REFB=0.0120864;REVB=0.0276428;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836136;STB=0.547136;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00984385;OID=.;OPOS=55073719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:17:16:16:12:17:16 chr1 55075062 . C T 265.58 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00159427;FXX=0.028165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.87;QD=15.3958;RBI=0.0567177;REFB=-0.00199784;REVB=-0.0566953;RO=24;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602862;STB=0.550529;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00715977;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:24:39:28:30:0.434783:8:20:17:7:10:20:29:10 chr1 55075122 . C G 456.96 PASS AF=0.475728;AO=50;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0333745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2006;QD=17.7461;RBI=0.0365159;REFB=0.00912493;REVB=0.0148174;RO=53;SAF=33;SAR=17;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200372;STB=0.504041;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0130129;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:50:49:0.475728:17:33:36:17:16:33:36:18 chr1 55076197 . C T 255.66 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0191319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.917;QD=11.1154;RBI=0.0197079;REFB=-0.00279419;REVB=0.00472958;RO=61;SAF=14;SAR=17;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101897;STB=0.559094;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00464825;OID=.;OPOS=55076197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:17:14:33:28:17:14:33:28 chr1 55118566 . C G 654.93 PASS AF=1;AO=27;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.497;QD=62.3743;RBI=0.0989919;REFB=0;REVB=0.0664448;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538656;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:27:42:1:17:10:0:0:24:18:0:0 chr1 55119144 . A G 523.16 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118386;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.062;QD=59.7897;RBI=0.0570228;REFB=0;REVB=0.0557803;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294195;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 55119289 . G C 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2456;QD=58.5798;RBI=0.0338122;REFB=0;REVB=-0.0259601;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471223;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 55119545 . GA CG,G,GG 905.49 PASS AF=0,0.0645161,0.935484;AO=4,10,41;DP=55;FAO=0,4,58;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,31;FSAR=0,0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879017,0.100134,0.109982;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=129.711,177.929,192.931;QD=58.4187;RBI=0.0888829,0.100339,0.110113;REFB=0,0,0;REVB=-0.013171,-0.00641444,0.00537365;RO=0;SAF=4,9,15;SAR=0,1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0305911,0.00448039;OID=.,.,.;OPOS=55119545,55119546,55119546;OREF=GA,A,A;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:55:62:0:0:4,10,41:0,4,58:0,0.0645161,0.935484:0,1,26:4,9,15:0:0:0,0,27:0,4,31:0:0 chr1 55136529 . T C 634.85 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0351672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5237;QD=14.7641;RBI=0.0372194;REFB=-0.0308374;REVB=0.012188;RO=99;SAF=35;SAR=37;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914736;STB=0.502262;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0398254;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:99:100:72:72:0.418605:37:35:49:50:37:35:49:51 chr1 55139741 . A G 1789.2 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543989;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.697;QD=61.1693;RBI=0.019389;REFB=0;REVB=0.0186103;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47112e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:50:67:0:0:50:67:0:0 chr1 55167773 . T A,C 3074.47 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=189,7;DP=196;FAO=189,7;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=116,0;FSAR=73,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025251,0.00226701;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.3549,20.5492;QD=62.7442;RBI=0.0639571,0.0696891;REFB=0,0;REVB=0.0639073,-0.0696522;RO=0;SAF=116,0;SAR=73,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00117981,0.142531;OID=.,.;OPOS=55167773,55167773;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:196:196:0:0:189,7:189,7:0.964286,0.0357143:73,7:116,0:0:0:73,7:116,0:0:0 chr1 55182300 . T A 2008.89 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5998;QD=62.291;RBI=0.0127137;REFB=0;REVB=-0.00970129;RO=0;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52266e-06;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:65:63:0:0:65:64:0:0 chr1 55248120 . T C 531.92 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0758466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.276;QD=31.2896;RBI=0.0758739;REFB=-0.0147471;REVB=-0.00203777;RO=21;SAF=17;SAR=30;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176211;STB=0.509533;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00720434;OID=.;OPOS=55248120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:30:17:7:14:30:17:7:14 chr1 55251689 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.7;QD=60.2046;RBI=0.0452011;REFB=0;REVB=0.0437592;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03483e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr1 55266797 . G C 316.24 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0159427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3881;QD=16.0122;RBI=0.0875034;REFB=-0.112633;REVB=0.0860388;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152352;STB=0.533364;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0405111;OID=.;OPOS=55266797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:44:33:34:0.43038:15:18:11:19:15:19:22:22 chr1 55273580 . G T 374.12 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.000973543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.773;QD=18.0297;RBI=0.00253392;REFB=-0.00691445;REVB=-0.00233943;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161954;STB=0.589931;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0106127;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:17:22:32:12:17:22:32:12 chr1 55277599 . T C 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9195;QD=57.541;RBI=0.124919;REFB=0;REVB=-0.11644;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015624;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 55307501 . A G 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0211577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0562;QD=6.59449;RBI=0.0243785;REFB=0.00946483;REVB=0.0121105;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20252;STB=0.629336;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0307639;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:14:14:3:6:14:14 chr1 55319902 . A G 450.59 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0145269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.477;QD=21.7152;RBI=0.014711;REFB=-0.0197274;REVB=0.00232023;RO=39;SAF=13;SAR=31;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179275;STB=0.599348;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0168371;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:31:13:19:20:31:13:19:20 chr1 55446697 . G A 224.0 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0268712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4066;QD=10.7951;RBI=0.0282398;REFB=-0.0348632;REVB=0.00868473;RO=48;SAF=19;SAR=9;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112786;STB=0.537968;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0658468;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:48:55:28:28:0.337349:9:19:33:15:9:19:40:15 chr1 55457710 . G A 1611.77 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0247489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.19;QD=58.0817;RBI=0.0256498;REFB=0.027513;REVB=0.00673842;RO=2;SAF=35;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699677;STB=0.503686;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=2.43132e-05;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:74:35:1:1:74:35:1:1 chr1 55505551 . CA CACTG,CG,TG 76.23 PASS AF=0.222222,0,0;AO=10,3,3;DP=61;FAO=12,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.025998,-0.0590459,-0.0430341;FXX=0.0357079;HRUN=1,1,2;LEN=3,1,2;MLLD=128.202,76.5764,103.44;QD=5.6466;RBI=0.0664585,0.201792,0.133629;REFB=-0.0483796,-0.0287742,-0.0385784;REVB=-0.0611624,-0.19296,-0.12651;RO=37;SAF=3,0,3;SAR=7,3,0;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.380041,-0.574996,0.469383;STB=0.666389,0.5,0.5;STBP=0.213,1,1;TYPE=ins,snp,mnp;VARB=0.152626,0,0;OID=.,.,.;OPOS=55505553,55505552,55505551;OREF=-,A,CA;OALT=CTG,G,TG;OMAPALT=CACTG,CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:61:54:37:42:10,3,3:12,0,0:0.222222,0,0:7,3,0:3,0,3:23:14:8,0,0:4,0,0:23:19 chr1 55505576 . C G 44.35 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=62;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.062313;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.875;QD=2.8159;RBI=0.129274;REFB=-0.00684687;REVB=-0.113265;RO=52;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478934;STB=0.820592;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.156244;OID=.;OPOS=55505576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:62:63:52:54:10:9:0.142857:9:1:22:30:8:1:22:32 chr1 55505668 . C T 231.62 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0169516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.83;QD=23.1619;RBI=0.0331498;REFB=-0.023524;REVB=0.0284878;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987524;STB=0.562441;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00426824;OID=.;OPOS=55505668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:14:7:8:10:15:7:8:10 chr1 55518467 . A G 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.000213034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.563;QD=12.327;RBI=0.0604841;REFB=-0.0186515;REVB=-0.0604837;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.562803;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0321504;OID=.;OPOS=55518467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:11:11:0.392857:6:5:6:10:6:5:6:11 chr1 55523033 . A G 2532.58 PASS AF=0.988095;AO=165;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00980168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7693;QD=60.2995;RBI=0.0381366;REFB=-0.0452476;REVB=-0.0368555;RO=3;SAF=88;SAR=77;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015944;STB=0.505555;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00313337;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:3:2:165:166:0.988095:77:88:3:0:77:89:2:0 chr1 55524197 . A G 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.637;QD=60.7142;RBI=0.0230752;REFB=0;REVB=-0.0203551;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68592e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr1 55524223 . G A 460.55 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00490816;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.683;QD=17.0573;RBI=0.0081951;REFB=-0.0187593;REVB=0.00656275;RO=57;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443004;STB=0.529226;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0197448;OID=.;OPOS=55524223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:57:58:50:50:0.462963:24:26:27:30:24:26:27:31 chr1 55524237 . G A 1783.39 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126778;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.396;QD=61.4961;RBI=0.0532487;REFB=0;REVB=0.0517175;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010003;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:115:116:1:59:56:0:0:60:56:0:0 chr1 55529187 . G A 2165.77 PASS AF=0.96732;AO=147;DP=153;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0493946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.898;QD=56.6213;RBI=0.0538293;REFB=-0.0442988;REVB=0.0213953;RO=5;SAF=68;SAR=79;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00863128;STB=0.504389;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00111003;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:153:153:5:5:147:148:0.96732:79:68:3:2:79:69:3:2 chr1 55530502 . AAAAAC AA,A 246.91 PASS AF=0.421053,0.0526316;AO=25,10;DP=67;FAO=32,4;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18,3;FSAR=14,1;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.000429748,-0.0197449;FXX=0.0499937;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=142.851,137.128;QD=12.9954;RBI=0.0141409,0.0244172;REFB=-0.00844978,-0.00619483;REVB=-0.0141343,-0.0143645;RO=19;SAF=11,9;SAR=14,1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0264483,0.556241;STB=0.54875,0.748755;STBP=0.478,0.39;TYPE=del,del;VARB=0.0107596,0.0373117;OID=.,.;OPOS=55530504,55530503;OREF=AAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0.0526316:25,10:67:32,4:76:40:18,3:14,1:19:21:99:19:11,9:14,1:9:10 chr1 55533811 . T C 244.58 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0348272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.428;QD=16.0383;RBI=0.0356107;REFB=-0.0247684;REVB=-0.00742885;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760059;STB=0.553361;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0344377;OID=.;OPOS=55533811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:16:11:11:22:16:12:11:22 chr1 55541174 . A G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00646868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.995;QD=16.0324;RBI=0.0173955;REFB=-0.0216843;REVB=0.0161481;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336077;STB=0.690114;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.046295;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:22:6:11:9:22:6 chr1 55638075 . G A 1366.95 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107497;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.757;QD=61.4358;RBI=0.0358003;REFB=-0.0185563;REVB=-0.0341483;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000237338;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:87:88:0.988764:42:45:0:0:42:46:1:0 chr1 55691384 . T C 373.65 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0127117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.885;QD=23.3534;RBI=0.0223389;REFB=-0.0244482;REVB=-0.0183695;RO=26;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162524;STB=0.51541;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0141349;OID=.;OPOS=55691384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:22:15:10:16:22:15:10:17 chr1 55839117 . G T 232.0 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00110088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.067;QD=10.3111;RBI=0.00717544;REFB=-0.00468518;REVB=-0.00709049;RO=61;SAF=15;SAR=14;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658839;STB=0.538435;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0130659;OID=.;OPOS=55839117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:61:29:29:0.322222:14:15:35:26:14:15:35:26 chr1 55864258 . C T 1339.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3445;QD=62.3019;RBI=0.0258166;REFB=0;REVB=0.00237965;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163247;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr1 56197457 . G A 369.59 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0132651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0388;QD=22.3994;RBI=0.0507807;REFB=-0.0117376;REVB=0.0490176;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117861;STB=0.565002;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00994826;OID=.;OPOS=56197457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:15:22:13:16:15:22:13:16 chr1 56961955 . T C 371.56 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0123696;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.096;QD=19.8166;RBI=0.0123696;REFB=6.55759e-05;REVB=1.56379e-05;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481651;STB=0.53465;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-3.4044e-05;OID=.;OPOS=56961955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:37:38:38:0.506667:21:17:15:23:21:17:14:23 chr1 57002627 . C T 239.7 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00394466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.092;QD=11.9849;RBI=0.00923859;REFB=-0.00942004;REVB=-0.00835411;RO=51;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366356;STB=0.710518;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0120808;OID=.;OPOS=57002627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:9:20:18:33:9:20:18:33 chr1 57158051 . G A 568.38 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0138055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.409;QD=27.7261;RBI=0.026584;REFB=-0.0176924;REVB=0.0227182;RO=31;SAF=20;SAR=31;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197077;STB=0.51073;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00989274;OID=.;OPOS=57158051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:31:51:51:0.621951:31:20:13:18:31:20:13:18 chr1 57180867 . A G 1189.17 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.596;QD=60.983;RBI=0.0541142;REFB=0;REVB=0.0229411;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17514e-05;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:46:30:0:0:46:32:0:0 chr1 57209695 . T C 1133.61 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269524;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5591;QD=60.4593;RBI=0.0300339;REFB=0;REVB=-0.0132516;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37873e-05;OID=.;OPOS=57209695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr1 57221548 . C CT 411.59 PASS AF=1;AO=6;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3895;QD=33.5992;RBI=0.178787;REFB=0;REVB=0.161301;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00314887;OID=.;OPOS=57221549;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:50:49:49:0:23:26:0:0:8:43:4:2:18:25 chr1 57221553 . GA G,GT,TG 698.56 PASS AF=0.98,0.02,0;AO=6,7,37;DP=50;FAO=49,1,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1,0;FSAR=28,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323658,-0.0298189,-0.0209304;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=20.5426,17.875,8.54493;QD=55.8848;RBI=0.0919671,0.0603437,0.0299134;REFB=0,0,0;REVB=-0.0860837,-0.0524614,-0.0213713;RO=0;SAF=3,3,16;SAR=3,4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.7558e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.000399612,0.0824014,0;OID=.,.,.;OPOS=57221554,57221554,57221553;OREF=A,A,GA;OALT=-,T,TG;OMAPALT=G,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:50:0:0:6,7,37:49,1,0:0.98,0.02,0:3,4,21:3,3,16:0:0:28,0,0:21,1,0:0:0 chr1 57257883 . C G 36.88 PASS AF=0.0696721;AO=17;DP=244;FAO=17;FDP=244;FR=.;FRO=227;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=129;FSRR=98;FWDB=-0.0429214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.145;QD=0.6046;RBI=0.0434834;REFB=-0.000553238;REVB=-0.00696846;RO=214;SAF=9;SAR=8;SRF=123;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511188;STB=0.536401;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0433585;OID=.;OPOS=57257883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:244:244:214:227:17:17:0.0696721:8:9:123:91:8:9:129:98 chr1 57422484 . C T 1591.34 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00343704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.556;QD=58.9385;RBI=0.022728;REFB=-0.0383463;REVB=0.0224667;RO=1;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870811;STB=0.504504;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=2.67114e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:54:52:0:1:55:52:0:1 chr1 58939634 . G A 709.58 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00383117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.216;QD=21.8333;RBI=0.0172783;REFB=-0.0115842;REVB=0.0168482;RO=61;SAF=41;SAR=28;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324151;STB=0.51779;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0105584;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:28:41:34:27:28:41:34:27 chr1 59127086 . G A 280.66 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00328744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.705;QD=20.0472;RBI=0.0122456;REFB=-0.016338;REVB=0.0117961;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555383;STB=0.513276;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0144111;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:13:17:14:11:13:17:14:12 chr1 59142713 . T C 450.72 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.032837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.1163;QD=13.2565;RBI=0.033722;REFB=-0.00482265;REVB=0.00767514;RO=79;SAF=27;SAR=25;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268347;STB=0.504528;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00661617;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:84:52:52:0.382353:25:27:43:36:25:27:43:41 chr1 59147926 . T C 391.92 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00928687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.979;QD=16.8569;RBI=0.0630379;REFB=0.00538496;REVB=0.0623501;RO=52;SAF=31;SAR=10;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267914;STB=0.651572;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00519908;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:10:31:27:25:10:31:27:25 chr1 59160885 . A G 211.23 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00325091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.393;QD=16.5669;RBI=0.0633501;REFB=-0.0159971;REVB=0.0632666;RO=28;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726269;STB=0.541364;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0341528;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:17:6:9:19:17:6:9:19 chr1 59248813 . G C 538.29 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.981;QD=59.81;RBI=0.0360785;REFB=0;REVB=0.0169049;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144817;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 59249031 . T G 4130.95 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.441;QD=62.5901;RBI=0.0685657;REFB=0;REVB=0.0404694;RO=0;SAF=148;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04804e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:254:264:0:0:254:264:1:106:148:0:0:111:153:0:0 chr1 59249347 . G C 3901.17 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168525;FXX=0.00806419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.063;QD=63.4336;RBI=0.0171179;REFB=0.0146032;REVB=-0.00300261;RO=2;SAF=131;SAR=114;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000538074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71565e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:247:246:2:0:245:246:1:114:131:1:1:115:131:0:0 chr1 59364918 . G A 574.86 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0504673;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4542;QD=28.388;RBI=0.0504935;REFB=-0.0121003;REVB=0.00162615;RO=28;SAF=19;SAR=32;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014114;STB=0.502332;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0130789;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:28:30:51:51:0.62963:32:19:11:17:32:19:11:19 chr1 59787350 . T G 615.32 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00637786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.755;QD=21.9758;RBI=0.0248801;REFB=-0.013581;REVB=-0.0240487;RO=51;SAF=43;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19467;STB=0.607152;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0126702;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:18:43:25:26:18:43:25:26 chr1 59844471 . G A 871.91 PASS AF=0.5375;AO=86;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0117628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.521;QD=21.7977;RBI=0.011764;REFB=-0.0128201;REVB=-0.000168123;RO=74;SAF=40;SAR=46;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978224;STB=0.553481;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00841427;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:74:86:86:0.5375:46:40:43:31:46:40:43:31 chr1 60392236 . G A 199.07 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00559461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.834;QD=15.613;RBI=0.031974;REFB=-0.00553569;REVB=-0.0314808;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176262;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00424291;OID=.;OPOS=60392236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:8:13:18:11:8:14:18:11 chr1 60466814 . T C 1123.07 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0900162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3955;QD=59.109;RBI=0.0961216;REFB=-0.0192688;REVB=-0.0337113;RO=2;SAF=16;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892946;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:2:0:74:76:1:58:16:1:1:59:17:0:0 chr1 60474375 . C T 230.23 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000624266;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5756;QD=21.9265;RBI=0.0229703;REFB=-0.0147806;REVB=-0.0229618;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333191;STB=0.687606;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0126048;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:16:6:13:7:16:6:13:7 chr1 60505783 . G C 412.24 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0134857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5903;QD=35.0845;RBI=0.0178148;REFB=-0.00306954;REVB=-0.0116407;RO=14;SAF=13;SAR=20;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197439;STB=0.510746;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000471456;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:20:13:6:8:20:13:6:8 chr1 60506744 . G A 429.44 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0241373;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5357;QD=24.8952;RBI=0.0353525;REFB=0.00504695;REVB=-0.02583;RO=28;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100429;STB=0.539464;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00581395;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:17:24:20:8:17:24:19:9 chr1 61869783 . G A 1324.27 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225141;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5785;QD=62.3187;RBI=0.0233812;REFB=0;REVB=0.00630834;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68374e-05;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chr1 62232031 . C T 2490.81 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219179;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.946;QD=61.1243;RBI=0.0351582;REFB=0;REVB=0.02749;RO=0;SAF=67;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.9218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27087e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:163:0:0:158:163:1:91:67:0:0:92:71:0:0 chr1 62232130 . T C 1677.14 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6044;QD=60.4377;RBI=0.0131761;REFB=0;REVB=0.004654;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16457e-05;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr1 62318192 . G A 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4296;QD=57.6713;RBI=0.0670145;REFB=0;REVB=0.0400869;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157609;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr1 62330080 . T G 983.02 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243213;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.826;QD=57.8247;RBI=0.0394913;REFB=-0.0731053;REVB=0.0311132;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000829772;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:1:0:39:28:1:0 chr1 62380270 . C T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0297009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.163;QD=25.3156;RBI=0.0297054;REFB=-0.0260927;REVB=0.000515548;RO=13;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530859;STB=0.502956;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139916;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:17:3:2:11:17:3:2:11 chr1 62456014 . G A 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0270914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.424;QD=7.97627;RBI=0.0426987;REFB=-0.0122175;REVB=-0.0330036;RO=48;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699891;STB=0.542086;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.020151;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:8:11:25:23:8:11:25:23 chr1 62579823 . G A 1295.28 PASS AF=0.966292;AO=80;DP=83;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00822295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2835;QD=58.2146;RBI=0.0896338;REFB=-0.119746;REVB=0.0892558;RO=3;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326201;STB=0.515148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0122563;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:89:3:3:80:86:0.966292:42:38:0:3:48:38:0:3 chr1 62579907 . C T 1012.92 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.287;QD=58.7199;RBI=0.0233402;REFB=0;REVB=0.0186776;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386975;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:65:69:1:34:31:0:0:35:34:0:0 chr1 62603421 . C T 2370.85 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252769;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.827;QD=61.1833;RBI=0.0287357;REFB=0;REVB=-0.0136682;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78537e-06;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:154:155:1:78:76:0:0:79:76:0:0 chr1 62603544 . C T 1159.97 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0996;QD=58.7329;RBI=0.137123;REFB=-0.0879979;REVB=0.000670233;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499934;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:1:0:77:79:1:38:39:1:0:38:41:0:0 chr1 62644118 . A G 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3514;QD=56.9916;RBI=0.0251119;REFB=0;REVB=0.0250402;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117005;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 62672546 . G A 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0316433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.676;QD=14.0915;RBI=0.0375608;REFB=0.00414135;REVB=0.0202364;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00547935;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr1 62673037 . T C 344.25 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00906596;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.849;QD=30.6001;RBI=0.0109965;REFB=-0.0190272;REVB=-0.00622348;RO=16;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121758;STB=0.566882;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0105779;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:18:11:9:7:18:11:9:7 chr1 62673225 . G A 538.98 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0330167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1091;QD=29.9435;RBI=0.0330999;REFB=0.0406499;REVB=-0.0023452;RO=20;SAF=32;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205661;STB=0.530599;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0175534;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:24:48:48:0.666667:16:32:14:6:16:32:14:10 chr1 62675709 . T C 192.21 PASS AF=0.575758;AO=17;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0501916;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4422;QD=23.2988;RBI=0.0517683;REFB=-0.0375833;REVB=0.0126789;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292706;STB=0.630785;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0696641;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:17:19:0.575758:7:10:3:11:9:10:3:11 chr1 62675892 . A G 378.55 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.000752172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6369;QD=33.649;RBI=0.0446207;REFB=-0.0214402;REVB=-0.0446144;RO=14;SAF=15;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072549;STB=0.539543;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0117098;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:16:15:5:9:16:15:5:9 chr1 62676091 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0167993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2698;QD=17.2296;RBI=0.023069;REFB=-0.0203724;REVB=0.0158102;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.689206;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0153158;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:1:5:3:5:1:5 chr1 62713224 . C G 2106.6 PASS AF=0.958621;AO=137;DP=145;FAO=139;FDP=145;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00649945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.27;QD=58.113;RBI=0.00852533;REFB=-0.0516549;REVB=0.0055171;RO=7;SAF=79;SAR=58;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000492579;STB=0.503863;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00232116;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:145:145:7:6:137:139:0.958621:58:79:4:3:59:80:4:2 chr1 62713246 . G A 482.42 PASS AF=0.371622;AO=54;DP=147;FAO=55;FDP=148;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.000558022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2508;QD=13.0384;RBI=0.00887918;REFB=-0.0116963;REVB=0.00886163;RO=93;SAF=34;SAR=20;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938876;STB=0.557819;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0291511;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:93:93:54:55:0.371622:20:34:51:42:20:35:51:42 chr1 62728784 . A G 1245.81 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7085;QD=61.5213;RBI=0.0785989;REFB=0;REVB=-0.0784483;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000577922;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr1 62728838 . T C 1881.93 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726015;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0029;QD=61.7027;RBI=0.0349668;REFB=0;REVB=0.0342048;RO=0;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114628;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:73:49:0:0:73:49:0:0 chr1 62728861 . T C 1690.92 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235147;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.826;QD=57.8092;RBI=0.0245993;REFB=0;REVB=-0.00722403;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775825;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:117:0:0:105:117:1:55:50:0:0:63:54:0:0 chr1 62728862 . T C 42.76 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=118;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0345412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7729;QD=1.43738;RBI=0.0748385;REFB=-0.0426167;REVB=-0.0663905;RO=106;SAF=6;SAR=6;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335967;STB=0.529363;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.193106;OID=.;OPOS=62728862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:118:119:106:107:12:12:0.10084:6:6:50:56:6:6:50:57 chr1 62728918 . G A 1679.95 PASS AF=0.974576;AO=113;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0169472;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.504;QD=56.9475;RBI=0.0237716;REFB=-0.17474;REVB=0.0166698;RO=4;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287506;STB=0.511276;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00121231;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:4:3:113:115:0.974576:64:49:0:4:65:50:0:3 chr1 62738904 . T C 1689.0 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176363;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.112;QD=60.3216;RBI=0.0579201;REFB=0;REVB=0.0551697;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20461e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr1 62739198 . G A 1051.63 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456793;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4111;QD=58.424;RBI=0.0900573;REFB=-0.124777;REVB=0.0776126;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00216813;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:30:41:0:0:30:41:0:1 chr1 62740065 . A G 725.17 PASS AF=1;AO=43;DP=56;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570363;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.823;QD=56.8758;RBI=0.0293992;REFB=0;REVB=0.0288407;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106784;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:51:0:0:43:51:1:24:19:0:0:29:22:0:0 chr1 62740446 . T C 746.96 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0230278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8994;QD=50.6415;RBI=0.0358208;REFB=-0.102525;REVB=0.0274381;RO=3;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324906;STB=0.511107;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00368954;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:3:2:55:57:0.966102:42:13:0:3:44:13:0:2 chr1 62740449 . T C 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.546;QD=57.5396;RBI=0.0198172;REFB=0;REVB=5.78737e-05;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68637e-05;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:43:15:0:0:43:15:0:0 chr1 62960101 . A G 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0184649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8868;QD=20.4945;RBI=0.0675525;REFB=0.00377657;REVB=0.0649799;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13699;STB=0.575824;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00217643;OID=.;OPOS=62960101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:19:11:18:16:19:11 chr1 63881552 . C T 322.95 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.745;QD=53.8254;RBI=0.0270897;REFB=0;REVB=-0.0268271;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7889e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:4:19:0:0:4:20:0:0 chr1 63991267 . T C 497.29 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=100;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00397095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8269;QD=19.6946;RBI=0.0241078;REFB=0.00687227;REVB=-0.0237785;RO=50;SAF=33;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151918;STB=0.587377;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0137477;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:50:50:51:0.50495:17:33:25:25:17:34:25:25 chr1 63997633 . A T 298.65 PASS AF=0.322314;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=121;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.00773006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.258;QD=9.87266;RBI=0.0230893;REFB=6.74903e-05;REVB=-0.0217568;RO=82;SAF=11;SAR=28;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097482;STB=0.556907;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00014077;OID=.;OPOS=63997633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:82:82:39:39:0.322314:28:11:29:53:28:11:29:53 chr1 63999826 . C T 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00338347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0884;QD=15.307;RBI=0.0340704;REFB=-0.0164793;REVB=-0.033902;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019445;STB=0.503729;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0148806;OID=.;OPOS=63999826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:19:15:19:26:19:15:20:26 chr1 63999868 . T C 205.87 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0231565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.492;QD=12.867;RBI=0.0243845;REFB=-0.00590023;REVB=-0.00764073;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805147;STB=0.5345;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0123157;OID=.;OPOS=63999868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:39:24:25:0.390625:13:11:15:24:14:11:15:24 chr1 64015217 . G A 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00704437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.252;QD=56.9442;RBI=0.0212482;REFB=0.0543265;REVB=-0.0200466;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00252696;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:0:1:16:20:0:1 chr1 64021096 . G A 142.36 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00544887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6458;QD=6.62125;RBI=0.018833;REFB=0.0016334;REVB=-0.0180276;RO=65;SAF=6;SAR=15;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137462;STB=0.584821;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00587497;OID=.;OPOS=64021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:65:65:21:21:0.244186:15:6:25:40:15:6:25:40 chr1 64038107 . G T 489.28 PASS AF=0.317949;AO=59;DP=193;FAO=62;FDP=195;FR=.;FRO=133;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=-0.0147575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.247;QD=10.0364;RBI=0.0158848;REFB=-0.00769678;REVB=-0.00587746;RO=134;SAF=27;SAR=32;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139077;STB=0.581171;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0209263;OID=.;OPOS=64038107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:134:133:59:62:0.317949:32:27:77:57:34:28:76:57 chr1 64114301 . T C 306.09 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0470309;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.785;QD=26.0506;RBI=0.0507888;REFB=-0.00905807;REVB=0.0191729;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142273;STB=0.507881;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00515879;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:13:14:10:10:13:14:10:10 chr1 64121441 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0208453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.54;QD=16.8229;RBI=0.0500147;REFB=-0.0271427;REVB=0.0454637;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0152106;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:2:3:3:4:2:3 chr1 64121569 . A C 426.32 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.039149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.198;QD=34.8017;RBI=0.039435;REFB=-0.0256048;REVB=0.00474047;RO=15;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052175;STB=0.528399;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0108306;OID=.;OPOS=64121569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:19:15:8:7:19:15:8:7 chr1 64121684 . G A 370.58 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00734768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.467;QD=42.3521;RBI=0.0113696;REFB=-0.0551341;REVB=-0.00867634;RO=6;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475073;STB=0.525674;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0118566;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:14:15:4:2:14:15:4:2 chr1 64515379 . C T 200.07 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0248019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.807;QD=15.0998;RBI=0.0667471;REFB=-0.0220558;REVB=0.0619681;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769762;STB=0.54388;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0224885;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:9:14:16:14:9:14:16:14 chr1 64608329 . G T 567.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.414;QD=59.7109;RBI=0.0393856;REFB=0;REVB=0.0199309;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186197;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr1 64624842 . A G 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.688;QD=62.4639;RBI=0.0281109;REFB=0;REVB=-0.0267128;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81491e-05;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr1 64643277 . C T 592.11 PASS AF=0.546296;AO=58;DP=107;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00158684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.896;QD=21.93;RBI=0.0219996;REFB=0.00335355;REVB=-0.0219423;RO=48;SAF=28;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374696;STB=0.511653;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00171465;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:48:49:58:59:0.546296:30:28:21:27:31:28:22:27 chr1 65016349 . A T 625.97 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8273;QD=56.9064;RBI=0.0695699;REFB=0.0331689;REVB=0.0560011;RO=2;SAF=19;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468564;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000658259;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:41:42:0.954545:22:19:2:0:23:19:2:0 chr1 65113530 . T C 689.32 PASS AF=0.338521;AO=87;DP=256;FAO=87;FDP=257;FR=.;FRO=170;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=99;FWDB=-0.00530231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.021;QD=10.7287;RBI=0.0163613;REFB=-0.000704275;REVB=-0.0154783;RO=168;SAF=35;SAR=52;SRF=69;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100641;STB=0.51051;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00130932;OID=.;OPOS=65113530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:168:170:87:87:0.338521:52:35:69:99:52:35:71:99 chr1 65113568 . T C 3750.46 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533865;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3244;QD=63.567;RBI=0.0610249;REFB=0;REVB=0.0607909;RO=0;SAF=92;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22282e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8622e-05;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:0:0:235:236:1:143:92:0:0:144:92:0:0 chr1 65147002 . C T 714.32 PASS AF=0.62037;AO=66;DP=109;FAO=67;FDP=108;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0126912;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.958;QD=26.4561;RBI=0.0149325;REFB=-0.00492638;REVB=0.0078684;RO=41;SAF=23;SAR=43;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156305;STB=0.57989;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00458276;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:41:41:66:67:0.62037:43:23:23:18:43:24:23:18 chr1 65158724 . C T 1530.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.716;QD=63.7519;RBI=0.0230064;REFB=0;REVB=-0.00321911;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19399e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr1 65311262 . G A 641.31 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.00496523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.3;QD=16.4438;RBI=0.00980744;REFB=-0.018086;REVB=0.00845768;RO=86;SAF=31;SAR=39;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204215;STB=0.613309;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0140311;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:86:70:70:0.448718:39:31:56:30:39:31:56:30 chr1 65523519 . A G 175.75 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0258318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1912;QD=11.915;RBI=0.0512328;REFB=-0.00125903;REVB=0.0442438;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192045;STB=0.61164;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00250791;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:15:7:18:19:15:7:18:19 chr1 65591719 . GC G 306.58 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606705;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.9044;QD=43.7974;RBI=0.269022;REFB=0;REVB=-0.262091;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0135424;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:28:28:0:19:9:0:0:6:0:19:7:0:0 chr1 65614154 . T A 194.01 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0216143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.624;QD=16.8705;RBI=0.0263463;REFB=-0.0132127;REVB=-0.0150648;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324709;STB=0.697466;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0221551;OID=.;OPOS=65614154;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:5:15:11:14:5:15:11:15 chr1 65690461 . G A 1501.41 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.575;QD=63.2171;RBI=0.00981359;REFB=0;REVB=-0.00635224;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58286e-05;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:50:45:0:0 chr1 65858151 . C T 972.76 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=58.9552;RBI=0.00950064;REFB=0;REVB=0.00442644;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11308e-05;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr1 65860660 . T C 1918.35 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351408;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4917;QD=61.8824;RBI=0.035147;REFB=0;REVB=-0.000660468;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120355;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:125:124:1:58:67:0:0:57:67:0:0 chr1 65860687 . A C 1609.96 PASS AF=0.982143;AO=103;DP=107;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0724226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8525;QD=57.4985;RBI=0.0912206;REFB=-0.039503;REVB=0.0554632;RO=3;SAF=50;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973183;STB=0.500488;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00829241;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:112:3:2:103:110:0.982143:53:50:2:1:58:52:1:1 chr1 65867519 . G A 1492.51 PASS AF=1;AO=80;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.493;QD=62.8425;RBI=0.046157;REFB=0;REVB=0.0221685;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211341;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:80:95:1:55:25:0:0:64:31:0:0 chr1 65879252 . A G 542.53 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.828;QD=58.6516;RBI=0.2099;REFB=0;REVB=0.0520232;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442941;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:1:0:34:37:1:27:7:1:0:27:10:0:0 chr1 65886398 . T C 1264.54 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.032;QD=61.6848;RBI=0.0366863;REFB=0;REVB=0.0306023;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47408e-06;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 65886448 . T C 1840.87 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6195;QD=61.3622;RBI=0.0507362;REFB=0;REVB=-0.0465354;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016799;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:65:55:0:0:65:55:0:0 chr1 66036441 . A G 230.5 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6691;QD=46.0999;RBI=0.0601252;REFB=-0.15087;REVB=0.0589517;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00988827;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr1 66058513 . A G 540.11 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00360252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.195;QD=19.4635;RBI=0.0128287;REFB=-0.00982267;REVB=-0.0123125;RO=55;SAF=28;SAR=28;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089797;STB=0.549532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.010807;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:28:28:22:33:28:28:22:33 chr1 66102257 . G A 191.39 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0139973;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8211;QD=13.431;RBI=0.0170366;REFB=0.00337349;REVB=-0.00971204;RO=32;SAF=3;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425195;STB=0.768955;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0153869;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:20:3:14:18:20:3:16:18 chr1 66226961 . T C 549.26 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.053;QD=59.3792;RBI=0.00284117;REFB=0;REVB=-0.000353601;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74533e-06;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:7:28:0:0:7:30:0:0 chr1 66839341 . A G 1198.9 PASS AF=0.664557;AO=105;DP=159;FAO=105;FDP=158;FR=.;FRO=53;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0139045;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.812;QD=30.3518;RBI=0.0139725;REFB=-0.0174628;REVB=-0.00137647;RO=53;SAF=54;SAR=51;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265489;STB=0.514283;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0128627;OID=.;OPOS=66839341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:53:53:105:105:0.664557:51:54:25:28:51:54:25:28 chr1 67094171 . G A 243.91 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0158174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8967;QD=10.7215;RBI=0.0342511;REFB=-0.00476265;REVB=-0.03038;RO=60;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191557;STB=0.516876;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0126343;OID=.;OPOS=67094171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:30:30:0.32967:14:16:31:29:14:16:31:30 chr1 67147691 . A G 605.01 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00204762;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.274;QD=21.8021;RBI=0.0168056;REFB=0.000995831;REVB=0.0166804;RO=50;SAF=26;SAR=34;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224221;STB=0.51734;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.000761184;OID=.;OPOS=67147691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:51:60:60:0.540541:34:26:23:27:34:26:24:27 chr1 67209562 . T C 539.65 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0107136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.195;QD=16.3531;RBI=0.0476898;REFB=-0.00971434;REVB=-0.0464708;RO=74;SAF=20;SAR=38;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938694;STB=0.552554;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0181844;OID=.;OPOS=67209562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:74:58:58:0.439394:38:20:32:42:38:20:32:42 chr1 67266756 . T A,G 1328.09 PASS AF=0.932584,0.0561798;AO=82,6;DP=88;FAO=83,5;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=64,4;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00417014,-0.0182397;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.8785,141.039;QD=59.6892;RBI=0.0164674,0.0241289;REFB=-0.102938,0.0380034;REVB=-0.0159306,0.0157961;RO=0;SAF=63,5;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.35046e-08,-3.18042e-08;STB=0.512817,0.66592;STBP=0.117,0.23;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00163286,0.153677;OID=.,.;OPOS=67266756,67266756;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:88:89:0:1:82,6:83,5:0.932584,0.0561798:19,1:63,5:0:0:19,1:64,4:0:1 chr1 67288045 . C T 408.54 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00781975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.942;QD=20.4272;RBI=0.0142012;REFB=-0.000992363;REVB=0.0118543;RO=35;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244851;STB=0.66079;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000704258;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:39:41:41:0.5125:28:13:21:14:28:13:25:14 chr1 67313249 . G A 1570.43 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302787;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.475;QD=59.8261;RBI=0.0416988;REFB=0;REVB=-0.0286703;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32598e-05;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:51:52:0:0:52:53:0:0 chr1 67390416 . G C 268.48 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0038308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.319;QD=11.6729;RBI=0.0181585;REFB=-0.00290864;REVB=-0.0177498;RO=56;SAF=8;SAR=24;SRF=44;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551524;STB=0.795748;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101309;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:60:32:32:0.347826:24:8:44:12:24:8:44:16 chr1 67390468 . C G 226.76 PASS AF=0.295918;AO=27;DP=96;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.00817923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.958;QD=9.25554;RBI=0.010756;REFB=-0.00373307;REVB=-0.00698509;RO=69;SAF=6;SAR=21;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149842;STB=0.605184;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0100291;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:69:69:27:29:0.295918:21:6:22:47:23:6:22:47 chr1 67442275 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00473177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.101;QD=23.7584;RBI=0.0221129;REFB=-0.0128317;REVB=0.0216007;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373912;STB=0.520817;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00589781;OID=.;OPOS=67442275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:10:12:13:13:10:12 chr1 67452322 . G A 334.76 PASS AF=0.7;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.013682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.844;QD=33.4757;RBI=0.0192042;REFB=0.0210751;REVB=-0.013476;RO=9;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107216;STB=0.517229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0082284;OID=.;OPOS=67452322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:9:12:27:28:0.7:19:8:1:8:20:8:4:8 chr1 67558739 . C T 554.38 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7962;QD=55.4377;RBI=0.0155287;REFB=-0.00193666;REVB=0.0117446;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467955;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000499326;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:2:0:19:19:2:0 chr1 67560956 . C T 2547.57 PASS AF=0.994012;AO=163;DP=164;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0752546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.393;QD=61.0195;RBI=0.076809;REFB=-0.0742777;REVB=-0.0153741;RO=0;SAF=93;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502617;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.55014e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:167:0:1:163:166:0.994012:70:93:0:0:71:95:1:0 chr1 67568351 . C T 976.32 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357024;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.054;QD=59.1708;RBI=0.0517044;REFB=0;REVB=0.037399;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186447;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr1 67579386 . A G 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00402384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5172;QD=58.2409;RBI=0.0194523;REFB=-0.0654899;REVB=-0.0190315;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00133904;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr1 67685387 . T C 592.25 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00968746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.422;QD=56.4051;RBI=0.0266918;REFB=-0.212333;REVB=0.0248718;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046837;STB=0.524987;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00209563;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:21:19:2:0:21:19:2:0 chr1 67733321 . G A 108.1 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.023181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.944;QD=13.1032;RBI=0.0232238;REFB=0.000410906;REVB=0.0014103;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429038;STB=0.763107;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000566605;OID=.;OPOS=67733321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:12:1:6:14:12:1:6:14 chr1 67733346 . G A 594.39 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000732272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.252;QD=60.9635;RBI=0.0173175;REFB=0;REVB=-0.017302;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93445e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr1 67795319 . T C 403.83 PASS AF=0.335616;AO=49;DP=146;FAO=49;FDP=146;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.00560483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.944;QD=11.0639;RBI=0.00571652;REFB=-0.0151351;REVB=-0.00112452;RO=97;SAF=21;SAR=28;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313995;STB=0.518065;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0265174;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:97:97:49:49:0.335616:28:21:39:58:28:21:39:58 chr1 67895866 . CT C 33.2 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.108603;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.33524;QD=7.37837;RBI=0.112288;REFB=-0.12037;REVB=-0.0285303;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.119179;OID=.;OPOS=67895867;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:17:10:18:8:6:4:2:6:32:7:2:3:2:5 chr1 68006815 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.145;QD=54.5176;RBI=0.0417956;REFB=0;REVB=0.0386309;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150342;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 68462247 . A G,T 527.18 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188745,-0.00837667;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.265,87.2161;QD=58.5751;RBI=0.0336046,0.0193276;REFB=0,0;REVB=0.0278032,-0.0174181;RO=0;SAF=22,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.75716e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00125366,0.116915;OID=.,.;OPOS=68462247,68462247;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:12,2:22,0:0:0:12,2:22,0:0:0 chr1 68591253 . C T 808.78 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00810374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.489;QD=53.9186;RBI=0.00845406;REFB=-0.0046456;REVB=0.00240843;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261941;STB=0.513884;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=3.69986e-05;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:23:35:2:0:23:35:2:0 chr1 68624878 . C T 745.67 PASS AF=0.588235;AO=70;DP=119;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0150708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2946;QD=25.0646;RBI=0.023304;REFB=0.00348889;REVB=0.017775;RO=49;SAF=38;SAR=32;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132575;STB=0.571968;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00234504;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:49:70:70:0.588235:32:38:35:14:32:38:35:14 chr1 70034372 . G A 377.69 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.061356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.942;QD=21.5825;RBI=0.0616712;REFB=-0.00429661;REVB=-0.00622699;RO=32;SAF=12;SAR=26;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553092;STB=0.530596;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00202212;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:26:12:12:20:26:12:12:20 chr1 70225923 . G A 1471.61 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153601;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.351;QD=60.0659;RBI=0.0351324;REFB=0;REVB=0.0315967;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91488e-05;OID=.;OPOS=70225923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:66:32:0:0:66:32:0:0 chr1 70345344 . A G 1062.32 PASS AF=1;AO=55;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5291;QD=59.8488;RBI=0.0542483;REFB=0;REVB=0.0266343;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16928e-05;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:55:71:1:36:19:0:0:48:23:0:0 chr1 70460238 . C T 474.57 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00762606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.924;QD=24.3369;RBI=0.0195359;REFB=-0.0309033;REVB=0.017986;RO=31;SAF=12;SAR=32;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102793;STB=0.565785;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0163269;OID=.;OPOS=70460238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:31:33:44:45:0.576923:32:12:12:19:32:13:14:19 chr1 70488818 . T G 491.84 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=0.00195965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.569;QD=15.8657;RBI=0.0220885;REFB=-0.0144231;REVB=-0.0220014;RO=62;SAF=26;SAR=28;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265223;STB=0.622364;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0145358;OID=.;OPOS=70488818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:70:54:54:0.435484:28:26:47:15:28:26:49:21 chr1 70611347 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.189;QD=57.7108;RBI=0.0828525;REFB=0;REVB=0.0807443;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66113e-05;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:17:40:0:0:19:40:0:0 chr1 70646053 . A G 272.4 PASS AF=0.517241;AO=27;DP=55;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0344786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.177;QD=18.7862;RBI=0.0352622;REFB=-0.0259401;REVB=0.0073926;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413356;STB=0.513504;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0182296;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:24:28:27:30:0.517241:10:17:14:10:11:19:17:11 chr1 70831841 . C T 349.0 PASS AF=0.480519;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0310663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.061;QD=18.1299;RBI=0.038652;REFB=-0.0157607;REVB=-0.022997;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059127;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0176656;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:38:40:34:37:0.480519:15:19:21:17:17:20:22:18 chr1 71331430 . G A 278.59 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0764288;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.34;QD=13.5899;RBI=0.0819295;REFB=-0.0212936;REVB=-0.0295141;RO=49;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868544;STB=0.503245;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0354148;OID=.;OPOS=71331430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:50:32:32:0.390244:20:12:18:31:20:12:19:31 chr1 71331497 . GA G,GG 717.99 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=9,37;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833582,0.0744473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.683,219.868;QD=62.4337;RBI=0.0849669,0.0764775;REFB=0,0;REVB=0.0164553,0.0175046;RO=0;SAF=5,19;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0194286,0.00321166;OID=.,.;OPOS=71331498,71331498;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:9,37:46:1,45:46:0:0,24:1,21:0:0:5:0:5,19:4,18:0:0 chr1 71419499 . C T 742.13 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.176;QD=63.16;RBI=0.0231299;REFB=0;REVB=0.0225875;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40149e-05;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:24:23:0:0 chr1 72058552 . G A 1569.58 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349712;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2551;QD=57.5992;RBI=0.0473717;REFB=0.0127879;REVB=-0.0319546;RO=3;SAF=69;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000556899;STB=0.50312;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000986908;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:3:2:105:107:0.981651:36:69:2:1:37:70:1:1 chr1 74506942 . G A 150.94 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.00998602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.637;QD=6.7083;RBI=0.0103556;REFB=-0.00914696;REVB=0.002742;RO=68;SAF=6;SAR=16;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473648;STB=0.78467;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0153667;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:16:6:46:22:16:6:46:22 chr1 74507315 . C T 179.3 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0818771;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4076;QD=10.7043;RBI=0.0818924;REFB=-0.0172061;REVB=0.00157914;RO=46;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363774;STB=0.699471;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.030909;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:46:44:23:23:0.343284:13:10:35:11:13:10:33:11 chr1 74575182 . C T 1567.63 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.348;QD=58.0605;RBI=0.0260183;REFB=-0.000494058;REVB=0.00153285;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=4.50079e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:108:0:1:105:107:0.990741:62:43:0:0:64:43:0:1 chr1 74648408 . C T 270.25 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0240161;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1934;QD=11.879;RBI=0.0337621;REFB=0.00607631;REVB=-0.0237299;RO=58;SAF=25;SAR=7;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333412;STB=0.700253;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0117826;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:58:59:32:32:0.351648:7:25:30:28:7:25:30:29 chr1 74665493 . G A 411.0 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0202836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.346;QD=23.8263;RBI=0.0205445;REFB=-0.0216512;REVB=-0.00326322;RO=28;SAF=10;SAR=30;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131894;STB=0.567532;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0229692;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:29:40:40:0.57971:30:10:11:17:30:10:11:18 chr1 74671519 . A G 367.21 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0105312;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.71;QD=18.5929;RBI=0.0207113;REFB=-0.0162239;REVB=-0.0178341;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605334;STB=0.533761;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0141366;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:41:38:38:0.481013:17:21:20:21:17:21:20:21 chr1 74699099 . T G 310.04 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0405368;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.319;QD=33.5179;RBI=0.0508071;REFB=-0.0101787;REVB=0.0306289;RO=11;SAF=16;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187146;STB=0.602431;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00470461;OID=.;OPOS=74699099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:10:16:3:8:10:16:3:8 chr1 74705684 . G C 481.42 PASS AF=0.6;AO=44;DP=74;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0106944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.103;QD=25.6757;RBI=0.0187097;REFB=-0.0217792;REVB=0.015352;RO=30;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686303;STB=0.540965;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0157885;OID=.;OPOS=74705684;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:30:44:45:0.6:26:18:15:15:27:18:15:15 chr1 74941210 . C T 1686.02 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.125;QD=60.2151;RBI=0.0484434;REFB=0;REVB=-0.00321021;RO=0;SAF=23;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59338e-05;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:88:23:0:0:88:24:0:0 chr1 74941293 . G A 835.73 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0325785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.312;QD=53.9179;RBI=0.0348804;REFB=-0.00283126;REVB=-0.0124615;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.512816;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=5.41978e-05;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:62:0:2:59:60:0.967742:38:21:0:0:38:22:0:2 chr1 75035240 . C T 1265.14 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142118;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.013;QD=61.7139;RBI=0.015584;REFB=0;REVB=-0.0063941;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42523e-06;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:80:82:1:54:26:0:0:56:26:0:0 chr1 75036812 . C T 1648.77 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114872;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.112;QD=59.415;RBI=0.0516981;REFB=-0.110118;REVB=0.0504058;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291564;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:111:1:0:110:111:1:58:52:0:1:59:52:0:0 chr1 75037845 . A G 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8633;QD=55.0826;RBI=0.0483923;REFB=0;REVB=0.000936066;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731171;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr1 75038228 . A C 1069.93 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.234;QD=58.6264;RBI=0.0101643;REFB=-0.10949;REVB=-0.00318723;RO=1;SAF=24;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575365;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:1:0:72:73:1:48:24:1:0:48:25:0:0 chr1 75065466 . A G 255.93 PASS AF=0.508772;AO=25;DP=53;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0189661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.535;QD=17.9597;RBI=0.0191552;REFB=-0.0232063;REVB=-0.00268507;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776015;STB=0.582035;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0204153;OID=.;OPOS=75065466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:28:28:25:29:0.508772:16:9:8:20:16:13:8:20 chr1 75175886 . T A,C 890.63 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=4,58;DP=62;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209031,0.00767106;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.227,150.21;QD=57.4599;RBI=0.0212739,0.00768589;REFB=0,0;REVB=-0.00395487,0.000477211;RO=0;SAF=0,28;SAR=4,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00666702,0.000287659;OID=.,.;OPOS=75175886,75175886;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:62:62:0:0:4,58:1,61:0.016129,0.983871:4,30:0,28:0:0:1,33:0,28:0:0 chr1 75190452 . C T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.282;QD=58.2377;RBI=0.0483118;REFB=0;REVB=-0.0461447;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08846e-05;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr1 75214441 . A G 396.91 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287261;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.152;QD=56.7014;RBI=0.0426351;REFB=0;REVB=0.031505;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283552;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 75672376 . A G 3114.79 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.951;QD=63.8932;RBI=0.0589254;REFB=0;REVB=0.008999;RO=0;SAF=85;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60149e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:109:85:0:0:109:86:0:0 chr1 75681511 . T C 1695.99 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516472;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.248;QD=60.571;RBI=0.0556276;REFB=0;REVB=0.0206638;RO=0;SAF=43;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021334;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:68:43:0:0:68:44:0:0 chr1 75716925 . C T 1603.45 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164803;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2186;QD=58.3074;RBI=0.164872;REFB=0;REVB=-0.00475173;RO=1;SAF=63;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207319;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:110:1:0:109:110:1:46:63:1:0:46:64:0:0 chr1 76143505 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.883;QD=40.7629;RBI=0.0447844;REFB=0;REVB=-0.0439412;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454145;OID=.;OPOS=76143505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 76257892 . A T 1514.78 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00713142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.777;QD=62.4652;RBI=0.0751809;REFB=0.0780607;REVB=-0.0748419;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.505154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00214136;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:48:48:0:1:48:48:0:1 chr1 76344705 . T C 1230.92 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024065;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.795;QD=61.5461;RBI=0.0250061;REFB=0;REVB=0.00679567;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80445e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr1 76344711 . A T 1283.32 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.491;QD=61.8467;RBI=0.0510534;REFB=0;REVB=-0.00223369;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111161;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:39:44:0:0 chr1 76397972 . C T 157.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.784;QD=44.9138;RBI=0.0300295;REFB=0;REVB=-0.00024164;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201899;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr1 77555481 . C T 727.07 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.716;QD=57.0247;RBI=0.0587369;REFB=0;REVB=0.00058289;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160368;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:20:28:0:0:20:31:0:0 chr1 77558057 . G C 112.46 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00641335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.234;QD=8.48773;RBI=0.0143664;REFB=-0.0156323;REVB=-0.0128555;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227727;STB=0.534837;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0293104;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:38:14:15:0.283019:6:8:21:17:6:9:21:17 chr1 77634948 . G A 1998.55 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.177;QD=61.9707;RBI=0.0168394;REFB=0;REVB=0.00989283;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150272;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:127:129:1:54:73:0:0:56:73:0:0 chr1 77763542 . G A 2219.74 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.15;QD=62.9714;RBI=0.0372395;REFB=0;REVB=0.0297204;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601913;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:141:0:0:131:141:1:67:64:0:0:74:67:0:0 chr1 78024284 . T C 519.57 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.292;QD=59.3795;RBI=0.0143726;REFB=0;REVB=0.0063446;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37516e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 822.61 PASS AF=0.910448;AO=58;DP=68;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000445315;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.41;QD=49.1108;RBI=0.0144916;REFB=0.0282686;REVB=0.0144848;RO=7;SAF=30;SAR=28;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690437;STB=0.530552;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=-0.00289429;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910448:58:68:61:67:6:30:31:5:1:26:7:30:28:6:1 chr1 78111200 . A T 746.05 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00846734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8837;QD=52.3546;RBI=0.0302706;REFB=-0.0564647;REVB=0.0290622;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.511624;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0317621;OID=.;OPOS=78111200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:54:55:0.964912:41:13:0:0:42:13:0:2 chr1 78162073 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.247;QD=60.227;RBI=0.0394203;REFB=0;REVB=0.0388699;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023098;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 78392121 . T C 870.66 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=193;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.00899411;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0333;QD=18.1388;RBI=0.0288912;REFB=-0.0226045;REVB=0.0274555;RO=100;SAF=41;SAR=48;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113836;STB=0.565086;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0262079;OID=.;OPOS=78392121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:100:103:89:89:0.463542:48:41:58:42:48:41:60:43 chr1 79093818 . A G 1194.07 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00788648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.105;QD=59.7037;RBI=0.00881413;REFB=-0.0667557;REVB=0.00393603;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014127;STB=0.507245;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00038845;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:33:45:0:1:34:45:0:1 chr1 79094081 . T A 699.3 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.954;QD=54.8471;RBI=0.0155356;REFB=-0.145094;REVB=-0.00611001;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000294052;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:31:19:0:0:31:19:1:0 chr1 79095526 . G A 1810.94 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039189;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.735;QD=61.3877;RBI=0.0445851;REFB=0;REVB=0.0212615;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92748e-05;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:61:56:0:0:61:57:0:0 chr1 79095747 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0264242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2359;QD=11.6337;RBI=0.0433121;REFB=-0.00986717;REVB=-0.0343176;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196547;STB=0.620407;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0141089;OID=.;OPOS=79095747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:9:1:3:13:9:1:3:13 chr1 79102726 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.672;QD=51.1846;RBI=0.0142372;REFB=0;REVB=0.0136391;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93554e-05;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 79115905 . T C 627.18 PASS AF=0.639535;AO=53;DP=85;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0249592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8706;QD=29.1712;RBI=0.124493;REFB=-0.013245;REVB=0.121965;RO=31;SAF=28;SAR=25;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828539;STB=0.504026;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0103827;OID=.;OPOS=79115905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:31:31:53:55:0.639535:25:28:16:15:26:29:16:15 chr1 79128570 . G GT 1696.91 PASS AF=0.992908;AO=130;DP=150;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162316;FXX=0.0275843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.494;QD=48.1393;RBI=0.0167678;REFB=-0.113186;REVB=0.0042063;RO=11;SAF=83;SAR=47;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290298;STB=0.502793;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.000817127;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992908:130:150:140:141:1:89:51:1:0:23:11:83:47:9:2 chr1 79392756 . C A 152.73 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.010735;FXX=0.136333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.927;QD=16.0769;RBI=0.023727;REFB=-0.0197454;REVB=-0.0211596;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366029;STB=0.599874;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0217389;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:38:27:22:16:16:0.421053:6:10:16:11:6:10:10:12 chr1 82421596 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.611;QD=60.9785;RBI=0.0439376;REFB=0;REVB=0.0101298;RO=0;SAF=34;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111534;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:5:34:0:0:5:34:0:0 chr1 82457662 . G A 1526.37 PASS AF=0.972222;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0068277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.908;QD=56.5323;RBI=0.0219783;REFB=0.0157935;REVB=-0.0208909;RO=3;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989519;STB=0.505299;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000646216;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:108:3:3:104:105:0.972222:50:54:1:2:50:55:1:2 chr1 82457880 . TAAAAAAAT AAAAAATTA,TAAAAAAT,TTAAAAAAT 57.09 PASS AF=0.0677966,0.288136,0.0338983;AO=3,8,5;DP=57;FAO=4,17,2;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=4,5,1;FSAR=0,12,1;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0195865,0.140839,0.0790116;FXX=0.063482;HRUN=6,7,7;LEN=9,1,1;MLLD=34.2762,7.35238,9.99195;QD=3.8706;RBI=0.066558,0.170073,0.099365;REFB=-0.0290053,-0.10678,-0.0963891;REVB=0.0636108,0.0953374,0.0602541;RO=27;SAF=3,1,2;SAR=0,7,3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.583327,-0.454425,-0.052991;STB=0.997881,0.552366,0.630363;STBP=0.013,0.634,0.773;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.191691,0.088214,0.00108315;OID=.,.,.;OPOS=82457880,82457881,82457881;OREF=TAAAAAAAT,A,A;OALT=AAAAAATTA,-,T;OMAPALT=AAAAAATTA,TAAAAAAT,TTAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:57:59:27:36:3,8,5:4,17,2:0.0677966,0.288136,0.0338983:0,7,3:3,1,2:12:15:0,12,1:4,5,1:13:23 chr1 84335412 . C T 299.06 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000769339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.976;QD=16.1652;RBI=0.00757217;REFB=-0.0122445;REVB=-0.00753298;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748084;STB=0.542084;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.01261;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:18:23:16:17:18:23 chr1 84640691 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00011768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.371;QD=56.7066;RBI=0.0371349;REFB=0;REVB=0.0371348;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35089e-05;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr1 84810815 . A G 785.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.747;QD=64.1315;RBI=0.053322;REFB=0;REVB=0.0150172;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015611;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr1 84853957 . A T 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2344;QD=61.848;RBI=0.124108;REFB=0;REVB=0.119516;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114708;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr1 84878228 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0214551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.516;QD=6.78771;RBI=0.0217792;REFB=-0.004146;REVB=0.00374338;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179244;STB=0.612635;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.01574;OID=.;OPOS=84878228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:8:15:4:4:8:15 chr1 85009894 . A G 1419.48 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00567298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.874;QD=61.7164;RBI=0.0078756;REFB=-0.100697;REVB=-0.00546282;RO=1;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119989;STB=0.506328;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-1.61104e-05;OID=.;OPOS=85009894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:39:52:0:1:39:52:0:1 chr1 85016177 . A G 2409.04 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.378;QD=64.2411;RBI=0.0267221;REFB=0;REVB=0.0156411;RO=0;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88195e-05;OID=.;OPOS=85016177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:73:77:0:0:73:77:0:0 chr1 85031630 . G A 3985.45 PASS AF=1;AO=253;DP=253;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017986;FXX=0.0115826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.446;QD=62.2726;RBI=0.0180689;REFB=0;REVB=0.00172818;RO=0;SAF=129;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78766e-05;OID=.;OPOS=85031630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:256:0:0:253:256:1:124:129:0:0:126:130:0:0 chr1 85039954 . AG A,AA 1202.12 PASS AF=0.075,0.925;AO=15,66;DP=81;FAO=6,74;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,36;FSAR=4,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673991,0.0718798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.319,223.627;QD=60.1061;RBI=0.075611,0.0813404;REFB=0,0;REVB=0.0342692,0.0380731;RO=0;SAF=4,34;SAR=11,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,-4.75585e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0416838,-0.000927018;OID=.,.;OPOS=85039955,85039955;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.075,0.925:15,66:81:6,74:80:0:2,36:4,38:0:0:14:0:4,34:11,32:0:0 chr1 85113203 . T C 248.51 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0163029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0089;QD=8.87516;RBI=0.0175136;REFB=0.00540281;REVB=0.00639859;RO=78;SAF=18;SAR=16;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448902;STB=0.502633;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00918553;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:78:34:34:0.303571:16:18:41:37:16:18:41:37 chr1 85113229 . A G 249.07 PASS AF=0.300885;AO=33;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0310189;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2486;QD=8.81679;RBI=0.031484;REFB=-0.00637716;REVB=-0.005392;RO=75;SAF=22;SAR=11;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165314;STB=0.606862;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0220569;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:79:33:34:0.300885:11:22:40:35:11:23:42:37 chr1 85121255 . A G 421.09 PASS AF=0.3375;AO=54;DP=161;FAO=54;FDP=160;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0589354;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.883;QD=10.5273;RBI=0.059189;REFB=-0.00428759;REVB=-0.00547311;RO=106;SAF=25;SAR=29;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022724;STB=0.513055;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0099965;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:106:106:54:54:0.3375:29:25:47:59:29:25:47:59 chr1 85589842 . A G 638.16 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0143974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.015;QD=22.0056;RBI=0.0144182;REFB=-0.0127638;REVB=0.00077436;RO=50;SAF=37;SAR=26;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151666;STB=0.587274;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0118676;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:53:63:63:0.543103:26:37:20:30:26:37:21:32 chr1 85594392 . T C 95.16 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00878457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.838;QD=11.1951;RBI=0.0313988;REFB=0.00300767;REVB=-0.0301449;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.58127;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00566807;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:16:5:4:8:17:5 chr1 85624549 . C T 1415.14 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.191;QD=62.8953;RBI=0.0219419;REFB=0;REVB=0.00361143;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77536e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:50:39:0:0:51:39:0:0 chr1 85624864 . G A 934.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.543;QD=58.4054;RBI=0.0327352;REFB=0;REVB=0.0263432;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88825e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:32:29:0:0:34:30:0:0 chr1 85648620 . C T 1227.27 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.563;QD=61.3633;RBI=0.0301985;REFB=0;REVB=7.62886e-05;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66828e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:52:28:0:0:52:28:0:0 chr1 85666156 . T G 805.37 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=100;FAO=66;FDP=99;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0057041;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.67;QD=32.54;RBI=0.00861654;REFB=-0.00597669;REVB=0.00645817;RO=31;SAF=39;SAR=29;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338872;STB=0.505118;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00268598;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:31:33:68:66:0.666667:29:39:16:15:29:37:18:15 chr1 85729987 . A G 233.47 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00563599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1319;QD=15.0628;RBI=0.0430602;REFB=0.00208484;REVB=0.0426898;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159763;STB=0.59084;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00215973;OID=.;OPOS=85729987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:9:18:18:17:9:18:18:17 chr1 85733374 . C T 520.83 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0242833;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.465;QD=21.0437;RBI=0.0245258;REFB=-0.0133017;REVB=0.00344061;RO=48;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468595;STB=0.535339;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0202953;OID=.;OPOS=85733374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:48:49:49:50:0.505051:24:25:27:21:25:25:28:21 chr1 85785751 . T C 2394.71 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.11;QD=61.0118;RBI=0.0194038;REFB=0;REVB=0.00374824;RO=0;SAF=66;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136827;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:90:66:0:0:90:67:0:0 chr1 85786977 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.624;QD=56.1916;RBI=0.00603844;REFB=0;REVB=0.00124438;RO=0;SAF=26;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77641e-05;OID=.;OPOS=85786977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:2:26:0:0:2:26:0:0 chr1 85816134 . T C 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.311;QD=57.5404;RBI=0.0660653;REFB=0;REVB=-0.0379246;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000666589;OID=.;OPOS=85816134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 86202016 . C T 1707.03 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0046656;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.18;QD=59.8959;RBI=0.0122988;REFB=-0.0527784;REVB=-0.0113795;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-5.98283e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:114:0:1:113:113:0.991228:53:60:0:0:53:60:1:0 chr1 86375654 . C G 1042.91 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.65;QD=59.5949;RBI=0.0294983;REFB=0;REVB=-0.00591888;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34562e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:33:34:0:0:33:37:0:0 chr1 86487914 . C A 377.08 PASS AF=0.506494;AO=31;DP=69;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.036396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.123;QD=19.5886;RBI=0.0364498;REFB=-0.0210812;REVB=-0.00198052;RO=36;SAF=6;SAR=25;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460334;STB=0.660787;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0147622;OID=.;OPOS=86487914;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:77:36:38:31:39:0.506494:25:6:23:13:26:13:25:13 chr1 86487981 . G A 894.58 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.22;QD=55.0509;RBI=0.0351514;REFB=-0.00184745;REVB=0.0294825;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505087;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000114034;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:65:0:2:63:63:0.969231:40:23:0:0:41:22:1:1 chr1 86487992 . A AACAG 533.74 PASS AF=0.789474;AO=44;DP=59;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0102087;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=247.057;QD=37.4553;RBI=0.012071;REFB=-0.0444614;REVB=0.00644149;RO=15;SAF=13;SAR=31;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126691;STB=0.570886;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.00971951;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:44:59:45:57:12:13:32:7:5:76:15:13:31:8:7 chr1 86488232 . G A 197.69 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0232855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1646;QD=9.08906;RBI=0.0236075;REFB=0.000776806;REVB=0.00388604;RO=61;SAF=12;SAR=14;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939603;STB=0.555513;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00114611;OID=.;OPOS=86488232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:14:12:33:28:14:12:33:28 chr1 86557967 . G A 352.4 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00160289;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.151;QD=20.7292;RBI=0.0102307;REFB=-0.00845712;REVB=-0.0101043;RO=32;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959504;STB=0.553234;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00598945;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:23:13:15:17:23:13:15:17 chr1 86590915 . G A 786.18 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000690034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.345;QD=64.1783;RBI=0.00437232;REFB=0;REVB=0.00431752;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98041e-06;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:27:20:0:0:27:22:0:0 chr1 86591563 . T C 340.53 PASS AF=0.355372;AO=41;DP=119;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0147264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.792;QD=11.2573;RBI=0.0191248;REFB=-0.0131816;REVB=0.0122021;RO=78;SAF=17;SAR=24;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155336;STB=0.600646;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0375084;OID=.;OPOS=86591563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:78:78:41:43:0.355372:24:17:43:35:26:17:43:35 chr1 86591837 . G A 246.14 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0180921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.625;QD=31.7602;RBI=0.0342217;REFB=-0.058896;REVB=-0.0290482;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394771;STB=0.521719;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0252536;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:16:6:3:6:16:6:3:6 chr1 86622060 . C T 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00237009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.95;QD=9.07921;RBI=0.0130262;REFB=-0.0124263;REVB=0.0128088;RO=47;SAF=14;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188581;STB=0.612135;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0245794;OID=.;OPOS=86622060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:7:14:24:23:7:14:24:23 chr1 86818572 . T C 482.46 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0145465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.443;QD=23.5347;RBI=0.0379108;REFB=-0.00511384;REVB=0.0350089;RO=36;SAF=20;SAR=26;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968121;STB=0.553168;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00362306;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:26:20:20:16:26:20:20:16 chr1 86820267 . C T 809.66 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=129;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0107621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.395;QD=25.1056;RBI=0.0427887;REFB=-0.0328944;REVB=-0.0414132;RO=54;SAF=44;SAR=31;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677685;STB=0.536914;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0196599;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:54:75:75:0.581395:31:44:27:27:31:44:27:27 chr1 86838158 . C T 2478.86 PASS AF=0.584416;AO=226;DP=385;FAO=225;FDP=385;FR=.;FRO=160;FSAF=141;FSAR=84;FSRF=100;FSRR=60;FWDB=-0.00288796;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.888;QD=25.7544;RBI=0.0108892;REFB=-0.00744684;REVB=-0.0104992;RO=158;SAF=141;SAR=85;SRF=99;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218212;STB=0.50074;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00493853;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:158:160:226:225:0.584416:85:141:99:59:84:141:100:60 chr1 86852621 . A G 987.41 PASS AF=0.601307;AO=91;DP=153;FAO=92;FDP=153;FR=.;FRO=61;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00102016;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.634;QD=25.8146;RBI=0.00126665;REFB=-0.036427;REVB=0.000750784;RO=61;SAF=50;SAR=41;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552806;STB=0.532098;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.017047;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:61:61:91:92:0.601307:41:50:38:23:42:50:38:23 chr1 86900332 . T C 232.44 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=-0.0426106;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3524;QD=8.60882;RBI=0.0452685;REFB=-0.00400746;REVB=-0.015283;RO=70;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185562;STB=0.629554;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00852975;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:76:32:32:0.296296:16:16:24:46:16:16:24:52 chr1 86900372 . C G 195.42 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00641782;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.816;QD=7.51632;RBI=0.0106194;REFB=-0.00546633;REVB=-0.00846072;RO=76;SAF=10;SAR=18;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822546;STB=0.549383;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0125643;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:76:76:28:28:0.269231:18:10:32:44:18:10:32:44 chr1 86904588 . C T 132.75 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0128492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.906;QD=7.80908;RBI=0.0143582;REFB=-0.00899045;REVB=-0.00640749;RO=49;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501461;STB=0.530246;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0298811;OID=.;OPOS=86904588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:12:7:20:29:12:7:20:29 chr1 86909493 . C T 242.76 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00605207;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.348;QD=12.2916;RBI=0.0148614;REFB=-0.0110522;REVB=-0.0135733;RO=49;SAF=19;SAR=10;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508499;STB=0.537709;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0157036;OID=.;OPOS=86909493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:49:50:29:29:0.367089:10:19:30:19:10:19:30:20 chr1 86909582 . G A 507.79 PASS AF=0.38;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=150;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00839965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.484;QD=13.541;RBI=0.0243809;REFB=-0.00668632;REVB=-0.0228883;RO=93;SAF=34;SAR=23;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.570526;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0106997;OID=.;OPOS=86909582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:93:93:57:57:0.38:23:34:45:48:23:34:45:48 chr1 86913265 . C T 589.58 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.0618958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4661;QD=21.8361;RBI=0.062508;REFB=0.00108999;REVB=-0.00872674;RO=49;SAF=27;SAR=32;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210306;STB=0.614965;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000415394;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:32:27:35:14:32:27:35:14 chr1 86920904 . A G 1731.78 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0218602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.506;QD=57.2488;RBI=0.0233576;REFB=0.00221904;REVB=0.00822836;RO=4;SAF=62;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017602;STB=0.509275;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-1.42677e-05;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:121:4:4:117:117:0.966942:55:62:1:3:55:62:1:3 chr1 86939130 . C T 1245.55 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.769;QD=61.5088;RBI=0.0392939;REFB=0;REVB=0.0372471;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11618e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:33:45:0:0:34:47:0:0 chr1 86947975 . A T 2001.11 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7097;QD=60.6398;RBI=0.0801257;REFB=-0.136217;REVB=0.0682039;RO=2;SAF=64;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146183;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00304095;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:132:132:2:1:130:131:0.992424:66:64:2:0:66:65:1:0 chr1 86952324 . A G 2016.2 PASS AF=1;AO=118;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412279;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6249;QD=61.5634;RBI=0.0663103;REFB=0;REVB=0.0519356;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015925;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:118:131:1:63:55:0:0:72:59:0:0 chr1 86959173 . T C 3637.23 PASS AF=1;AO=232;DP=235;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333396;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.474;QD=62.7109;RBI=0.0308643;REFB=-0.0548293;REVB=-0.0306837;RO=2;SAF=109;SAR=123;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000493316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35696e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:235:232:2:0:232:232:1:123:109:1:1:123:109:0:0 chr1 86965419 . T C 300.23 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00553714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.682;QD=16.4507;RBI=0.0371239;REFB=-0.0246602;REVB=-0.0367087;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809087;STB=0.53863;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0319623;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:33:33:0.452055:18:15:21:18:18:15:21:19 chr1 87045895 . ATCCTACACCTAC A 50.0 PASS AO=34;DP=66;LEN=12;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=14;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87045896;OREF=TCCTACACCTAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:66:32:34:15:23:14:14 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 766.3 PASS AF=0.877551,0.122449;AO=38,10;DP=49;FAO=43,6;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28,3;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694912,0.00484837;FXX=0.019996;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=251.274,180.48;QD=62.5553;RBI=0.0247911,0.0141883;REFB=0,0;REVB=0.0237972,0.0133343;RO=0;SAF=23,7;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00706858,-0.0120775;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.877551,0.122449:38,10:49:43,6:49:0:28,3:15,3:0:0:42:0:23,7:15,3:0:0 chr1 87045929 . T TACTCCT 50.0 PASS AO=32;DP=66;LEN=6;RO=34;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=14;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=87045929;OREF=-;OALT=TACTCC;OMAPALT=TACTCCT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:66:34:32:15:23:14:14 chr1 87599697 . G A 752.96 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5044;QD=56.8271;RBI=0.0313415;REFB=0;REVB=0.0298181;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120326;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr1 89225976 . T C 294.92 PASS AF=0.414634;AO=31;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0296066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4054;QD=14.3865;RBI=0.038328;REFB=0.0106935;REVB=0.0243409;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108594;STB=0.546735;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00992269;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:48:48:31:34:0.414634:13:18:23:25:15:19:23:25 chr1 89301123 . C T 287.93 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00433941;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2168;QD=10.5661;RBI=0.0354979;REFB=0.00946661;REVB=-0.0352317;RO=72;SAF=17;SAR=20;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129576;STB=0.509995;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0172675;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:72:72:37:37:0.33945:20:17:33:39:20:17:32:40 chr1 89322982 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.119;QD=57.2025;RBI=0.0369995;REFB=0;REVB=0.0302442;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68508e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 89426902 . G A 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.261;QD=63.7497;RBI=0.00269931;REFB=0;REVB=0.00148552;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72726e-06;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr1 89474818 . A G 328.29 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0111332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.181;QD=15.4488;RBI=0.011187;REFB=-0.00318156;REVB=-0.00109548;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320687;STB=0.505879;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00393825;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:49:36:36:0.423529:18:18:22:25:18:18:24:25 chr1 89475135 . C T 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00478499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.485;QD=8.61234;RBI=0.00747431;REFB=-0.00560972;REVB=-0.00574188;RO=47;SAF=6;SAR=14;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409414;STB=0.74189;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0115384;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:14:6:31:16:14:6:31:16 chr1 89479758 . T C 252.18 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00137769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.828;QD=9.98712;RBI=0.0140072;REFB=-0.0151245;REVB=0.0139393;RO=69;SAF=17;SAR=15;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281078;STB=0.516419;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0306328;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:15:17:35:34:15:17:35:34 chr1 89486037 . C T 150.45 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0518821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0231;QD=11.1447;RBI=0.0578626;REFB=-0.00689591;REVB=-0.025619;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502374;STB=0.54094;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0130952;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:12:7:14:20:12:7:15:20 chr1 89518623 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000954188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.831;QD=19.1823;RBI=0.00811345;REFB=-0.00400038;REVB=-0.00805714;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444275;STB=0.524712;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0043329;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:21:22:19:22:21:22 chr1 89521841 . G C 414.99 PASS AF=0.344156;AO=52;DP=153;FAO=53;FDP=154;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.00876218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.562;QD=10.7788;RBI=0.0101522;REFB=-0.00970686;REVB=-0.00512754;RO=101;SAF=36;SAR=16;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100597;STB=0.54751;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0190072;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:101:101:52:53:0.344156:16:36:62:39:17:36:62:39 chr1 89522646 . G C 780.93 PASS AF=0.434555;AO=83;DP=191;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.00953255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.762;QD=16.3546;RBI=0.0189501;REFB=-0.0236945;REVB=-0.0163779;RO=104;SAF=39;SAR=44;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068526;STB=0.537929;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0309279;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:104:108:83:83:0.434555:44:39:56:48:44:39:58:50 chr1 89579941 . T C 846.5 PASS AF=0.546667;AO=81;DP=149;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0307118;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.843;QD=22.5733;RBI=0.03693;REFB=-0.0136444;REVB=-0.0205089;RO=67;SAF=34;SAR=47;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110991;STB=0.500166;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0150669;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:67:68:81:82:0.546667:47:34:29:38:47:35:29:39 chr1 89582690 . G C 1123.14 PASS AF=0.614458;AO=102;DP=166;FAO=102;FDP=166;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0151866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.549;QD=27.0637;RBI=0.0170181;REFB=-0.0189085;REVB=0.00767992;RO=64;SAF=45;SAR=57;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198727;STB=0.510751;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0114247;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:64:64:102:102:0.614458:57:45:30:34:57:45:30:34 chr1 89582702 . A G 497.67 PASS AF=0.352273;AO=61;DP=171;FAO=62;FDP=176;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.0611356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3221;QD=11.3108;RBI=0.0613996;REFB=-0.0129272;REVB=-0.00568785;RO=110;SAF=30;SAR=31;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317997;STB=0.523697;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0218101;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:110:114:61:62:0.352273:31:30:51:59:32:30:51:63 chr1 89637578 . G A 746.54 PASS AF=0.554688;AO=72;DP=129;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.000741072;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.75;QD=23.3294;RBI=0.0209669;REFB=-0.00969298;REVB=0.0209538;RO=57;SAF=33;SAR=39;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737948;STB=0.537263;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00946531;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:57:57:72:71:0.554688:39:33:21:36:39:32:21:36 chr1 89844035 . T C 536.0 PASS AF=0.391304;AO=63;DP=161;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0188162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.725;QD=13.3167;RBI=0.0188525;REFB=0.00148706;REVB=-0.00116935;RO=98;SAF=34;SAR=29;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648162;STB=0.536583;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0016026;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:98:98:63:63:0.391304:29:34:47:51:29:34:47:51 chr1 89847372 . G T 746.21 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0606253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.067;QD=53.3006;RBI=0.0620656;REFB=-0.169172;REVB=0.0132932;RO=1;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119302;STB=0.512191;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000716487;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:56:1:2:53:54:0.964286:39:14:0:1:40:14:0:2 chr1 89847410 . GC G,GT 731.18 PASS AF=0.109091,0.890909;AO=8,52;DP=60;FAO=6,49;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=5,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000612514,0.026139;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.96,39.697;QD=53.1765;RBI=0.0301973,0.0521285;REFB=0,0;REVB=-0.0301911,0.0451014;RO=0;SAF=2,13;SAR=6,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,5.05892e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0228527,-0.00518184;OID=.,.;OPOS=89847411,89847411;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109091,0.890909:8,52:60:6,49:55:0:1,14:5,35:0:0:28:0:2,13:6,39:0:0 chr1 89847444 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9277;QD=64.1027;RBI=0.00773161;REFB=0;REVB=0.00297444;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59106e-05;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:38:11:0:0:38:12:0:0 chr1 89849268 . T C 134.19 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=52;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0159775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0812;QD=9.94017;RBI=0.0583795;REFB=-0.0167121;REVB=0.0561506;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194803;STB=0.597291;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0411244;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:36:36:16:18:0.333333:11:5:17:19:12:6:17:19 chr1 89849742 . A T 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.722;QD=61.9999;RBI=0.0434827;REFB=0;REVB=0.0379427;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142379;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 90048248 . C T 662.16 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00168779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.375;QD=27.5898;RBI=0.00202728;REFB=-0.00918286;REVB=0.00112303;RO=38;SAF=32;SAR=26;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378308;STB=0.5206;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00577109;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:26:32:19:19:26:32:19:19 chr1 90171835 . C T 1267.99 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7007;QD=60.3807;RBI=0.0818797;REFB=0;REVB=-0.081789;RO=0;SAF=65;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65087e-06;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:17:65:0:0:18:66:0:0 chr1 90178308 . A G 134.9 PASS AF=0.287879;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.000224979;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6955;QD=8.17574;RBI=0.0241759;REFB=-0.00668027;REVB=-0.0241749;RO=48;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181635;STB=0.61474;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0119054;OID=.;OPOS=90178308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:47:18:19:0.287879:6:12:25:23:6:13:25:22 chr1 90178648 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0269262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.288;QD=19.8257;RBI=0.0283263;REFB=-0.00785094;REVB=0.00879541;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204789;STB=0.613781;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00835859;OID=.;OPOS=90178648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:7:18:13:14:7:18 chr1 90178743 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7341;QD=58.1365;RBI=0.0668206;REFB=0;REVB=-0.0303831;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426362;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 90179532 . A G 250.79 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00234793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.737;QD=20.8992;RBI=0.0219516;REFB=-0.0462669;REVB=0.0218257;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152138;STB=0.585038;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0350149;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:17:7:11:13:17:7 chr1 90401966 . TA AT 35.01 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=55;FAO=7;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0115381;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.884;QD=2.59319;RBI=0.0337428;REFB=-0.00240966;REVB=-0.0317088;RO=38;SAF=0;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713205;STB=0.881355;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.190169;OID=.;OPOS=90401966;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:55:54:38:47:6:7:0.12963:6:0:25:13:6:1:29:18 chr1 90486412 . T G 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.118;QD=58.6499;RBI=0.029877;REFB=-0.0487954;REVB=0.0180117;RO=1;SAF=62;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759284;STB=0.503999;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000800413;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:42:62:1:0:42:62:1:0 chr1 90493026 . G A 554.02 PASS AF=0.95;AO=39;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4706;QD=55.4016;RBI=0.0290167;REFB=-0.00830218;REVB=-0.00154356;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0032307;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:39:38:0.95:19:20:1:0:18:20:1:1 chr1 90493046 . TG T 49.59 PASS AF=0.4;AO=15;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.016619;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5161;QD=6.61147;RBI=0.0704985;REFB=-0.0918824;REVB=-0.0685116;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420983;STB=0.550477;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.124674;OID=.;OPOS=90493047;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:15:30:12:30:18:5:7:9:9:49:13:7:8:6:7 chr1 91728053 . G A 1380.91 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187766;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.721;QD=62.7688;RBI=0.0267138;REFB=0;REVB=0.0190018;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60693e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr1 91742224 . C T 386.51 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0390873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4543;QD=18.1885;RBI=0.0440831;REFB=-0.00112468;REVB=-0.0203841;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462045;STB=0.52576;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000520138;OID=.;OPOS=91742224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:23:17:17:28:23:17:17:28 chr1 91781413 . T G 1775.98 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466666;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.059;QD=61.2408;RBI=0.0532902;REFB=0;REVB=0.0257307;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165606;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:115:116:1:65:50:0:0:66:50:0:0 chr1 91840937 . T C 210.2 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00171763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.124;QD=11.8421;RBI=0.0019627;REFB=-0.0136453;REVB=-0.00094971;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183594;STB=0.583719;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0157589;OID=.;OPOS=91840937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:45:26:26:0.366197:11:15:17:25:11:15:20:25 chr1 91851253 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.224;QD=57.1062;RBI=0.0124178;REFB=0;REVB=0.00971774;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30418e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr1 91853034 . C G 34.42 PASS AF=0.0456989;AO=42;DP=735;FAO=34;FDP=744;FR=.;FRO=710;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=367;FSRR=343;FWDB=-2.4668e-05;FXX=0.00268093;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7957;QD=0.185068;RBI=0.0353977;REFB=-0.00288103;REVB=-0.0353977;RO=692;SAF=18;SAR=24;SRF=367;SRR=325;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105497;STB=0.544094;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0682043;OID=.;OPOS=91853034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:735:744:692:710:42:34:0.0456989:24:18:367:325:18:16:367:343 chr1 91853111 . AG CG,GC 3623.96 PASS AF=0.94,0.04;AO=216,9;DP=251;FAO=235,10;FDP=250;FR=.;FRO=5;FSAF=135,10;FSAR=100,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.043889,-0.00584071;FXX=0.0118572;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.6579,66.2122;QD=57.9833;RBI=0.0452629,0.00637176;REFB=-0.0383724,0.0186711;REVB=0.0110676,-0.00254667;RO=4;SAF=133,9;SAR=83,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0141106,0;STB=0.504812,0.998096;STBP=0.329,0.177;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00640043,0.113855;OID=.,.;OPOS=91853111,91853111;OREF=A,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:251:250:4:5:216,9:235,10:0.94,0.04:83,0:133,9:4:0:100,0:135,10:4:1 chr1 91859795 . T C 1455.43 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0461062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2732;QD=57.6407;RBI=0.0498439;REFB=-0.160934;REVB=0.0189375;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.505154;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00263116;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:99:100:0.990099:52:47:0:0:52:48:1:0 chr1 91980447 . A G 247.52 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.00326614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.048;QD=11.5126;RBI=0.00416217;REFB=0.00357559;REVB=-0.00257992;RO=56;SAF=23;SAR=6;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097559;STB=0.530377;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00606847;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:29:30:0.348837:6:23:41:15:7:23:41:15 chr1 91981364 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC 354.07 PASS AF=0.697674,0.255814;AO=15,8;DP=43;FAO=30,11;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11,11;FSAR=19,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0676462,-0.0140773;FXX=0.0227221;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.6917,52.8137;QD=32.9371;RBI=0.707154,0.299751;REFB=0.136474,0.0333946;REVB=0.703911,0.29942;RO=16;SAF=10,8;SAR=5,0;SRF=2;SRR=14;SSEN=0.418367,0;SSEP=0,0;SSSB=0.460648,0.837753;STB=0.541638,0.5;STBP=0.137,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0394835,0.0876008;OID=.,.;OPOS=91981365,91981368;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.697674,0.255814:15,8:43:30,11:43:2:11,11:19,0:2:0:33:16:10,8:5,0:2:14 chr1 92108899 . C T 286.21 PASS AF=0.535714;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0140805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.301;QD=20.4433;RBI=0.0142917;REFB=0.00698807;REVB=0.00244807;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331855;STB=0.517845;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00512117;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:26:28:30:0.535714:14:14:14:12:15:15:14:12 chr1 92163682 . C G 87.05 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0200081;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8939;QD=5.90164;RBI=0.0337991;REFB=-0.00394288;REVB=-0.0272407;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449609;STB=0.596754;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00959918;OID=.;OPOS=92163682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:61:59:32:46:13:13:0.220339:6:7:16:16:6:7:19:27 chr1 92174260 . A G 1177.73 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746794;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.156;QD=61.1808;RBI=0.0086908;REFB=0;REVB=0.0044452;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18131e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr1 92185657 . C T 1201.52 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00451345;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.177;QD=58.6107;RBI=0.00532777;REFB=-0.191591;REVB=0.00283088;RO=1;SAF=60;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782698;STB=0.508195;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000347431;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:1:2:80:80:0.97561:20:60:1:0:20:60:2:0 chr1 92187618 . G A 747.94 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00792365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.089;QD=23.7441;RBI=0.0243744;REFB=-0.00664547;REVB=-0.0230505;RO=55;SAF=33;SAR=38;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499996;STB=0.527298;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00509868;OID=.;OPOS=92187618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:71:71:0.563492:38:33:29:26:38:33:29:26 chr1 92262874 . T C 266.72 PASS AF=0.310345;AO=33;DP=113;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00121769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.897;QD=9.19733;RBI=0.00410439;REFB=-0.0134356;REVB=-0.0039196;RO=79;SAF=17;SAR=16;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559578;STB=0.544908;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0317022;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:79:80:33:36:0.310345:16:17:37:42:17:19:37:43 chr1 92295565 . C T 409.9 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0372256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.836;QD=51.2379;RBI=0.0378167;REFB=0.0929068;REVB=0.0066601;RO=2;SAF=10;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844685;STB=0.545424;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000792124;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:20:10:2:0:20:10:2:0 chr1 92327045 . G A 164.96 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0115426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2145;QD=14.3444;RBI=0.0171811;REFB=0.0172845;REVB=-0.0127263;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191516;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0268522;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:12:16:7:11:12:16 chr1 92442695 . A C 1599.53 PASS AF=0.948718;AO=93;DP=117;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00955237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.326;QD=54.6848;RBI=0.0113041;REFB=-0.113789;REVB=0.0060445;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529406;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00109716;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:117:117:0:6:93:111:0.948718:48:45:0:0:63:48:6:0 chr1 92646021 . G A 192.38 PASS AF=0.487805;AO=15;DP=38;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0417066;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.161;QD=18.7692;RBI=0.0419053;REFB=-0.0290452;REVB=-0.00407641;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572348;STB=0.561038;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0306425;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:23:21:15:20:0.487805:9:6:8:15:11:9:7:14 chr1 92647223 . A G 200.41 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0100777;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.866;QD=26.721;RBI=0.0124311;REFB=-0.011724;REVB=-0.00727821;RO=11;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179487;STB=0.599893;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00956133;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:7:12:4:7:7:12:4:7 chr1 92647532 . C A 636.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431913;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8442;QD=62.0698;RBI=0.026492;REFB=0;REVB=-0.0261375;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.182e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr1 92889408 . C T 263.71 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0179326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5919;QD=26.3705;RBI=0.0191475;REFB=0.0125346;REVB=0.00671172;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290558;STB=0.509426;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00629784;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:15:8:5:11:16:8:5:11 chr1 92940411 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.23;QD=7.83716;RBI=0.00147032;REFB=-0.0109542;REVB=0.00147032;RO=16;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210365;OID=.;OPOS=92940411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:7:0:0:16:7:0:0:16 chr1 92946479 . G A 339.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.006;QD=54.398;RBI=0.094189;REFB=0;REVB=0.0841364;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141895;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr1 92974595 . G A 1411.94 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.334;QD=60.7287;RBI=0.0158319;REFB=-0.0105406;REVB=0.0011698;RO=1;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150409;STB=0.507245;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000769131;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:93:1:1:89:92:0.989247:31:58:0:1:34:58:0:1 chr1 92979124 . G A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00615821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9803;QD=12.8598;RBI=0.0925272;REFB=-0.0111859;REVB=-0.092322;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300057;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0142417;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:5:3:1:6:5:3 chr1 92979354 . A G 713.37 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145219;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.471;QD=52.8423;RBI=0.0282422;REFB=-0.0767132;REVB=-0.0242227;RO=2;SAF=8;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209327;STB=0.511107;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00749212;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:2:2:52:52:0.962963:44:8:0:2:44:8:0:2 chr1 93073228 . C A 175.23 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.0142739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.616;QD=8.15025;RBI=0.0205412;REFB=-0.00619453;REVB=0.0147715;RO=62;SAF=17;SAR=7;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439434;STB=0.526354;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.019556;OID=.;OPOS=93073228;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:7:17:42:20:7:17:42:20 chr1 93089823 . T C 1163.3 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00383991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5485;QD=58.1651;RBI=0.0388208;REFB=-0.153401;REVB=0.0386304;RO=2;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262774;STB=0.513885;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00325376;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:2:2:78:78:0.975:35:43:0:2:35:43:0:2 chr1 93160902 . T C 278.08 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443667;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.873;QD=52.9673;RBI=0.0713411;REFB=0;REVB=0.0558672;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210553;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 93306317 . G A 920.15 PASS AF=0.648;AO=77;DP=121;FAO=81;FDP=125;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0214999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4244;QD=29.4449;RBI=0.0443384;REFB=-0.0293188;REVB=0.0387768;RO=44;SAF=29;SAR=48;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132109;STB=0.571847;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00973765;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:44:44:77:81:0.648:48:29:25:19:51:30:25:19 chr1 93307908 . T A 1062.23 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.542;QD=59.8441;RBI=0.00415162;REFB=0;REVB=-0.000456036;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2992e-06;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr1 93311661 . T C 254.56 PASS AF=0.29661;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0408295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1698;QD=8.62927;RBI=0.0530181;REFB=0.0109464;REVB=0.033821;RO=83;SAF=21;SAR=14;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127932;STB=0.575299;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.024947;OID=.;OPOS=93311661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:83:83:35:35:0.29661:14:21:41:42:14:21:41:42 chr1 93311707 . C T 222.08 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0561671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.788;QD=7.65801;RBI=0.0584453;REFB=-0.00566923;REVB=-0.0161592;RO=84;SAF=18;SAR=14;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1193;STB=0.570924;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.026913;OID=.;OPOS=93311707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:84:84:32:32:0.275862:14:18:39:45:14:18:39:45 chr1 93311708 . G A 987.7 PASS AF=0.721739;AO=83;DP=115;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0392588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9516;QD=34.3549;RBI=0.040984;REFB=-0.0137162;REVB=-0.011766;RO=26;SAF=38;SAR=45;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166523;STB=0.529182;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00602003;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:26:32:83:83:0.721739:45:38:12:14:45:38:18:14 chr1 93312142 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0220121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.069;QD=11.0866;RBI=0.0266762;REFB=-0.0225945;REVB=0.0150695;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0576286;OID=.;OPOS=93312142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:12:13:0.342105:7:5:10:14:8:5:11:14 chr1 93435259 . A T 310.45 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.014107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.991;QD=26.4214;RBI=0.0177816;REFB=-0.0247896;REVB=-0.0108249;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431581;STB=0.517599;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0200958;OID=.;OPOS=93435259;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:19:27:28:0.595745:12:15:11:9:13:15:11:8 chr1 93440474 . T C 189.4 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0354865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.513;QD=22.9569;RBI=0.0417377;REFB=-0.0186016;REVB=0.0219714;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681316;STB=0.545404;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0112045;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:4:14:10:4:4:15:10:4 chr1 93493038 . C A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0956173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.419;QD=21.7451;RBI=0.0956174;REFB=0.0207237;REVB=0.000176469;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295473;STB=0.516599;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0186643;OID=.;OPOS=93493038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:9:7:9:10:9:7 chr1 93580581 . G C 1396.97 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.78;QD=62.785;RBI=0.04271;REFB=0;REVB=0.0426842;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55956e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:46:43:0:0 chr1 93581024 . T C 141.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0162447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.153;QD=13.1819;RBI=0.0227728;REFB=-0.0236788;REVB=-0.0159597;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773425;STB=0.565132;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0288892;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:4:12:18:8:4:12:18:9 chr1 93603177 . T C 49.05 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.000476349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.044;QD=4.00376;RBI=0.0414005;REFB=-0.00230839;REVB=0.0413977;RO=40;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873581;STB=0.565067;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0230317;OID=.;OPOS=93603177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:2:6:32:8:2:6:33:8 chr1 93603183 . C CAT,T 723.68 PASS AF=0.723404,0.276596;AO=34,13;DP=50;FAO=34,13;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27,10;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298413,-0.0157005;FXX=0.059988;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=118.183,53.5478;QD=61.5898;RBI=0.0324712,0.0612419;REFB=0,0;REVB=-0.0128014,-0.0591951;RO=3;SAF=27,10;SAR=7,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0491765,-0.118166;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0135695,-0.00680503;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:47:3:0:34,13:34,13:0.723404,0.276596:7,3:27,10:3:0:7,3:27,10:0:0 chr1 93617546 . T C 1087.49 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0766106;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6947;QD=58.783;RBI=0.0867497;REFB=-0.123968;REVB=0.0406979;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00289451;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:37:36:0:0:37:36:0:1 chr1 93620393 . G A 31.28 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00984902;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.772;QD=7.35999;RBI=0.0108565;REFB=-0.0138042;REVB=0.00456741;RO=12;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283121;STB=0.681138;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0722569;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:17:12:12:5:5:0.294118:3:2:8:4:3:2:8:4 chr1 93672723 . A C 228.55 PASS AF=0.358974;AO=26;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0124653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.6462;QD=11.7203;RBI=0.0163029;REFB=-0.0093934;REVB=0.0105072;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056658;STB=0.538434;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0216517;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:50:26:28:0.358974:13:13:20:16:14:14:28:22 chr1 93744055 . G A 516.88 PASS AF=0.515464;AO=47;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00155091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.445;QD=21.3146;RBI=0.00923464;REFB=-0.00610475;REVB=0.00910348;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127173;STB=0.558837;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00539454;OID=.;OPOS=93744055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:47:50:0.515464:24:23:16:30:27:23:16:31 chr1 93851295 . T C 150.23 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00897194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.274;QD=12.2639;RBI=0.021285;REFB=-0.00968478;REVB=-0.0193017;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129409;STB=0.583847;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0176294;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:20:11:8:9:21:11 chr1 93995245 . GAAAA AGAAA,GAAA,GAAAG 94.7 PASS AF=0.0392157,0.313725,0.0392157;AO=4,14,2;DP=56;FAO=2,16,2;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3,0;FSAR=2,13,2;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0395346,0.0646741,0.0920691;FXX=0.0892698;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=26.2641,14.9574,21.1404;QD=7.42728;RBI=0.0516075,0.0837644,0.115604;REFB=-0.0277389,-0.0262882,-0.0360622;REVB=-0.0331715,-0.0532329,0.0699107;RO=29;SAF=0,1,0;SAR=4,13,2;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.724345,-0.738518,-0.611339;STB=0.996981,0.842495,0.996981;STBP=0.038,0.003,0.038;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.187413,0.000765453,0.0866282;OID=.,.,.;OPOS=93995245,93995246,93995249;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AGAAA,GAAA,GAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:56:51:29:31:4,14,2:2,16,2:0.0392157,0.313725,0.0392157:4,13,2:0,1,0:22:7:2,13,2:0,3,0:23:8 chr1 94037329 . C T 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0223979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.977;QD=11.0826;RBI=0.0257776;REFB=-0.00448776;REVB=-0.0127602;RO=40;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866903;STB=0.505046;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00945539;OID=.;OPOS=94037329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:15:7:13:27:15:7:13:27 chr1 94341267 . A G 827.8 PASS AF=0.910448;AO=60;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0296794;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.89;QD=49.4206;RBI=0.0309644;REFB=-0.0701986;REVB=0.00882735;RO=3;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367393;STB=0.537488;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000800668;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:67:67:3:6:60:61:0.910448:37:23:0:3:37:24:0:6 chr1 94342564 . C A 999.23 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495426;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.448;QD=57.0987;RBI=0.0512361;REFB=-0.0805357;REVB=0.0130638;RO=2;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239951;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000492477;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:2:1:68:69:0.985714:37:31:1:1:38:31:1:0 chr1 94343023 . A G 1362.83 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.135;QD=61.9468;RBI=0.0427232;REFB=0;REVB=0.0180942;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74058e-05;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:88:0:0:82:88:1:50:32:0:0:51:37:0:0 chr1 94343233 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.324;QD=59.8291;RBI=0.0230884;REFB=0;REVB=0.0204221;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76823e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr1 94344716 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.209;QD=63.2868;RBI=0.0682431;REFB=0;REVB=0.0589506;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136722;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 94471075 . A G 1175.94 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0722214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3245;QD=58.7972;RBI=0.0760262;REFB=0.0423679;REVB=0.0237498;RO=1;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000636092;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:76:79:0.9875:49:27:0:1:49:30:0:1 chr1 94578547 . GT G,GC 888.17 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=8,54;DP=62;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484876,0.0828732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.733,120.602;QD=57.3015;RBI=0.0376988,0.0880114;REFB=0,0;REVB=0.0373857,0.0296316;RO=0;SAF=1,19;SAR=7,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,3.86274e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0190023,0.00251798;OID=.,.;OPOS=94578548,94578548;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:8,54:62:1,61:62:0:1,19:0,42:0:0:3:0:1,19:7,35:0:0 chr1 94639337 . A G 597.38 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265739;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.604;QD=61.2698;RBI=0.026818;REFB=0;REVB=0.00361058;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633171;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:32:39:1:24:8:0:0:26:13:0:0 chr1 94639447 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.941;QD=51.1845;RBI=0.0247352;REFB=0;REVB=0.0246835;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117091;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 94930345 . G A 252.81 PASS AF=0.365385;AO=31;DP=98;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0212186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.953;QD=9.72353;RBI=0.0422012;REFB=-0.0577507;REVB=0.0364789;RO=67;SAF=18;SAR=13;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689336;STB=0.514278;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.121476;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:67:66:31:38:0.365385:13:18:35:32:17:21:35:31 chr1 95001600 . A C,G 1073.1 PASS AF=0.972603,0.0273973;AO=69,3;DP=72;FAO=71,2;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108057,-0.00954152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.281,146.607;QD=58.8;RBI=0.0124327,0.0186145;REFB=0,0;REVB=0.00614884,0.0159831;RO=0;SAF=34,2;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00113047,-0.0160144;OID=.,.;OPOS=95001600,95001600;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:72:73:0:0:69,3:71,2:0.972603,0.0273973:35,1:34,2:0:0:36,1:35,1:0:0 chr1 95330372 . G A 1512.25 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767941;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.33;QD=59.891;RBI=0.0143319;REFB=0;REVB=0.0121008;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56603e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:53:48:0:0 chr1 95392382 . A AC,C 42.74 PASS AF=0.203704,0;AO=7,6;DP=54;FAO=11,0;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0302357,-0.0751595;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=93.3779,96.0828;QD=3.16581;RBI=0.0303137,0.0752039;REFB=-0.00350223,-0.00287938;REVB=0.00217313,0.00258451;RO=41;SAF=6,6;SAR=1,0;SRF=24;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.380473,0.615822;STB=0.832593,0.5;STBP=0.026,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.107347,0;OID=.,.;OPOS=95392383,95392382;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:54:54:41:43:7,6:11,0:0.203704,0:1,0:6,6:24:17:1,0:10,0:26:17 chr1 95709821 . T C 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6798;QD=57.3827;RBI=0.0684301;REFB=0;REVB=0.0555692;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825977;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr1 95709939 . T G 333.1 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0405686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.035;QD=10.8327;RBI=0.0463253;REFB=-0.0258217;REVB=-0.0223656;RO=77;SAF=24;SAR=18;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073762;STB=0.535194;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0397502;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:77:81:42:42:0.341463:18:24:39:38:18:24:42:39 chr1 97189091 . G A 286.84 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0123578;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7861;QD=18.212;RBI=0.0164047;REFB=-0.0263028;REVB=0.0107887;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104867;STB=0.557238;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.02766;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:32:30:31:0.492063:17:13:18:15:18:13:17:15 chr1 98348885 . G A 1769.99 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0049221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.531;QD=59.9998;RBI=0.0449101;REFB=-0.0774401;REVB=0.0446395;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.503759;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000256048;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:66:51:0:0:66:51:0:1 chr1 99127392 . T C 710.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7177;QD=61.7842;RBI=0.0916951;REFB=0;REVB=0.075587;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305341;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:11:34:0:0:12:34:0:0 chr1 99225627 . G A 1715.17 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.263;QD=60.1814;RBI=0.0418163;REFB=0;REVB=-0.00273711;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102489;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:111:114:1:49:62:0:0:49:65:0:0 chr1 100203648 . C T 412.61 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00805155;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.912;QD=13.3101;RBI=0.00809432;REFB=0.00496558;REVB=-0.000830965;RO=75;SAF=30;SAR=18;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582314;STB=0.529649;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0118076;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:76:48:48:0.387097:18:30:43:32:18:30:44:32 chr1 100203693 . G A 610.84 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.011236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9415;QD=16.6216;RBI=0.0194079;REFB=-0.0120157;REVB=-0.0158246;RO=83;SAF=39;SAR=25;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200768;STB=0.511216;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0187561;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:25:39:49:34:25:39:49:34 chr1 100336361 . C T 641.07 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00624973;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.149;QD=18.7174;RBI=0.0211813;REFB=-0.0118444;REVB=-0.0202383;RO=67;SAF=31;SAR=34;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545214;STB=0.531819;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0113116;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:72:65:65:0.474453:34:31:28:39:34:31:30:42 chr1 100358103 . C T 551.38 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00825358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.625;QD=24.2364;RBI=0.0141723;REFB=-0.0220422;REVB=-0.0115209;RO=39;SAF=30;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402828;STB=0.52839;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0159991;OID=.;OPOS=100358103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:39:40:51:51:0.56044:21:30:21:18:21:30:21:19 chr1 100598866 . GC AT 1212.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148771;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.75;QD=61.3755;RBI=0.0296204;REFB=0;REVB=0.0256133;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.62706e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr1 100614442 . CAA CA,C 75.01 PASS AF=0.789474,0;AO=11,2;DP=20;FAO=15,0;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6,0;FSAR=9,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0974417,-0.0513731;FXX=0.049975;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.57848,12.0217;QD=15.7921;RBI=0.178666,0.0954476;REFB=0.0184949,0.0148561;REVB=0.149756,0.0804428;RO=4;SAF=5,1;SAR=6,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0986657,0.237547;STB=0.52171,0.5;STBP=0.729,1;TYPE=del,del;VARB=0.0293561,0.0655644;OID=.,.;OPOS=100614443,100614443;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474,0:11,2:20:15,0:19:4:6,0:9,0:2:2:12:4:5,1:6,1:1:3 chr1 100672060 . T C 1638.92 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.928;QD=60.1438;RBI=0.0384233;REFB=0;REVB=0.0316954;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31355e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:55:52:0:0:57:52:0:0 chr1 101005855 . T C 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00205161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.877;QD=62.9;RBI=0.00240939;REFB=-0.0537803;REVB=0.00126334;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000161067;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:46:53:0:1:46:53:0:1 chr1 101006577 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8279;QD=63.5789;RBI=0.0419351;REFB=0;REVB=0.0415901;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354117;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr1 101007055 . C T 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.89;QD=58.9592;RBI=0.0286306;REFB=0;REVB=8.83481e-05;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86859e-05;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr1 101203827 . G A 268.54 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0118204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.643;QD=11.6758;RBI=0.0121135;REFB=-0.0072523;REVB=0.00264845;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564484;STB=0.532588;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0158129;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:16:16:27:33:16:16:27:33 chr1 101354333 . T TA,TTA 39.04 PASS AF=0.0178571,0.142857;AO=6,6;DP=59;FAO=1,8;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=0,1;FSAR=1,7;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0731481,0.0816004;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=13.5891,26.1183;QD=2.78858;RBI=0.104032,0.110723;REFB=-0.0153398,-0.0169048;REVB=-0.0739726,-0.0748399;RO=47;SAF=1,0;SAR=5,6;SRF=17;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.273265,-0.579248;STB=0.98739,0.772196;STBP=0.498,0.168;TYPE=ins,ins;VARB=0.0384094,0.101509;OID=.,.;OPOS=101354334,101354334;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0178571,0.142857:6,6:59:1,8:56:47:0,1:1,7:17:30:32:47:1,0:5,6:17:30 chr1 101440878 . TTAAAAAAAG AAAATAAAAG,TAAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG 138.41 PASS AF=0.12963,0.222222,0.240741,0.0740741,0;AO=3,9,10,3,4;DP=67;FAO=7,12,13,4,0;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=7,1,3,4,0;FSAR=0,11,10,0,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0412608,-0.0746925,0.00645251,-0.122436,0.148854;FXX=0.0847314;HRUN=8,8,7,7,7;LEN=5,2,1,2,1;MLLD=200.321,11.4125,7.11067,11.94,6.8807;QD=10.2528;RBI=0.0412938,0.0826975,0.0297184,0.122991,0.149049;REFB=-0.0039767,-0.0960349,-0.163965,-0.0916373,-0.0958675;REVB=-0.00165,0.0354952,0.0290094,0.0116719,-0.00762133;RO=23;SAF=3,1,1,3,0;SAR=0,8,9,0,4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.644655,-0.395364,-0.422563,0.644655,-0.586756;STB=0.998629,0.732835,0.536854,0.997957,0.5;STBP=0.003,0.115,0.783,0.005,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,snp;VARB=0.0668116,0.0466516,0.120931,-0.159728,0.032842;OID=.,.,.,.,.;OPOS=101440878,101440879,101440880,101440886,101440880;OREF=TTAAA,TA,A,AG,A;OALT=AAAAT,-,-,GA,T;OMAPALT=AAAATAAAAG,TAAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:35:67:54:23:18:3,9,10,3,4:7,12,13,4,0:0.12963,0.222222,0.240741,0.0740741,0:0,8,9,0,4:3,1,1,3,0:8:15:0,11,10,0,0:7,1,3,4,0:5:13 chr1 103352451 . A G 450.28 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0223806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5215;QD=19.1609;RBI=0.0389986;REFB=0.000387824;REVB=-0.0319374;RO=49;SAF=15;SAR=30;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246972;STB=0.637619;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00110817;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:30:15:29:20:30:15:29:20 chr1 103354115 . T C 689.46 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0346516;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1266;QD=20.1303;RBI=0.0428135;REFB=0.0208223;REVB=-0.0251449;RO=68;SAF=30;SAR=38;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269407;STB=0.511503;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.015343;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:69:68:68:0.49635:38:30:32:36:38:30:32:37 chr1 103354138 . A G 830.39 PASS AF=0.51875;AO=82;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.011949;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.695;QD=20.7599;RBI=0.0187657;REFB=-0.0147939;REVB=0.0144697;RO=76;SAF=37;SAR=45;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314119;STB=0.510974;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0147853;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:76:77:82:83:0.51875:45:37:37:39:45:38:37:40 chr1 103354428 . A G 604.19 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0176735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.343;QD=23.9283;RBI=0.0205772;REFB=-0.0117114;REVB=-0.0105388;RO=43;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157068;STB=0.585733;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00600144;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:32:26:28:15:32:26:28:15 chr1 103379918 . G A 377.75 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0587842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3271;QD=18.8873;RBI=0.0595218;REFB=-0.0146853;REVB=0.00934165;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137146;STB=0.576319;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0151936;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:17:24:17:22:17:24 chr1 103444679 . T G 1359.18 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0466205;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8456;QD=59.0946;RBI=0.0488086;REFB=-0.0507875;REVB=0.0144505;RO=3;SAF=69;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659397;STB=0.534876;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00103035;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:20:69:0:3:20:69:0:3 chr1 103471456 . CCAT C 1671.57 PASS AF=0.666667;AO=169;DP=378;FAO=204;FDP=306;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=196;FSRF=23;FSRR=79;FWDB=-0.0657306;FXX=0.379303;HRUN=2;LEN=3;MLLD=215.724;QD=21.8506;RBI=0.0657355;REFB=-0.0247328;REVB=0.00080221;RO=2;SAF=53;SAR=116;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176171;STB=0.73414;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0144953;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:169:378:204:306:102:8:196:23:79:99:2:53:116:2:0 chr1 103491440 . C CT,T 31.37 PASS AF=0.24,0;AO=9,4;DP=53;FAO=12,0;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0384463,-0.0228831;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.6939,83.537;QD=2.50964;RBI=0.0428421,0.0235218;REFB=-0.164306,-0.0160114;REVB=0.0189031,-0.00544399;RO=40;SAF=4,2;SAR=5,2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0375665,0.0267856;STB=0.519967,0.5;STBP=0.877,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.18172,0;OID=.,.;OPOS=103491441,103491440;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:53:50:40:38:9,4:12,0:0.24,0:5,2:4,2:19:21:6,0:6,0:18:20 chr1 104076462 . C T 255.37 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00707022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.825;QD=15.4772;RBI=0.0113653;REFB=-0.00117814;REVB=-0.00889849;RO=37;SAF=7;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300444;STB=0.671235;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00238347;OID=.;OPOS=104076462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:22:7:19:18:22:7:19:18 chr1 107600869 . G A 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.009872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.713;QD=15.4081;RBI=0.00992611;REFB=-0.013174;REVB=-0.00103506;RO=55;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338499;STB=0.519116;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0166547;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:19:20:30:25:19:20:30:25 chr1 107950348 . CAAAAAAAAC CAAAAAAAC,CAAAAAAACA 31.73 PASS AF=0.325581,0;AO=13,2;DP=42;FAO=14,0;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.189055,-0.0314359;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.88952,20.1069;QD=2.95189;RBI=0.217401,0.120562;REFB=-0.0691423,-0.035508;REVB=-0.107338,-0.116391;RO=22;SAF=4,2;SAR=9,0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11893,0.539914;STB=0.605115,0.5;STBP=0.324,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0833637,-0.00101805;OID=.,.;OPOS=107950349,107950356;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAAAAAC,CAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581,0:13,2:42:14,0:43:29:8,0:6,0:12:17:32:22:4,2:9,0:9:13 chr1 107979396 . A C 3521.95 PASS AF=0.982833;AO=226;DP=233;FAO=229;FDP=233;FR=.;FRO=4;FSAF=115;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00413098;FXX=0.0210075;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.321;QD=60.4627;RBI=0.0365967;REFB=-0.0195791;REVB=0.0363628;RO=4;SAF=113;SAR=113;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500037;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000121897;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:233:233:4:4:226:229:0.982833:113:113:2:2:114:115:2:2 chr1 108113526 . C G 50.39 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0639835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.769;QD=16.798;RBI=0.0836468;REFB=-0.0197777;REVB=0.0538786;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00920176;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:1:4:5:2:1:4 chr1 108113856 . G A 308.29 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0420435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.326;QD=13.404;RBI=0.0588865;REFB=-0.0194139;REVB=-0.0412306;RO=54;SAF=11;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27329;STB=0.647195;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0306648;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:54:57:34:35:0.380435:23:11:31:23:23:12:33:24 chr1 108113865 . G A 301.9 PASS AF=0.391304;AO=33;DP=90;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0302108;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.908;QD=13.126;RBI=0.0463202;REFB=-0.0108629;REVB=-0.0351122;RO=56;SAF=10;SAR=23;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300354;STB=0.646976;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0218794;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:56:56:33:36:0.391304:23:10:32:24:24:12:32:24 chr1 108115145 . T C 434.51 PASS AF=0.442478;AO=40;DP=103;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.00700386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3131;QD=15.3807;RBI=0.0102485;REFB=-0.00199277;REVB=0.00748185;RO=63;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674766;STB=0.501628;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00555267;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:113:63:63:40:50:0.442478:25:15:20:43:34:16:20:43 chr1 108119007 . G C 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0606453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.327;QD=24.0718;RBI=0.0608632;REFB=-0.0164563;REVB=-0.00514637;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.516104;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0108575;OID=.;OPOS=108119007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:4:3:5:8:4:3 chr1 108138961 . T C 315.85 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00997811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.653;QD=15.0402;RBI=0.0164725;REFB=-0.00686669;REVB=0.0131065;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337777;STB=0.519115;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0116923;OID=.;OPOS=108138961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:19:16:24:25:19:16:24:25 chr1 108247644 . G A 88.64 PASS AF=0.155172;AO=17;DP=115;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.000612826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4978;QD=3.05653;RBI=0.0214393;REFB=-0.00615994;REVB=0.0214306;RO=96;SAF=5;SAR=12;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276104;STB=0.707937;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0320932;OID=.;OPOS=108247644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:115:116:96:98:17:18:0.155172:12:5:49:47:13:5:51:47 chr1 108313258 . C T 323.89 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0129835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1779;QD=12.5784;RBI=0.0151468;REFB=0.00695475;REVB=-0.00780103;RO=62;SAF=20;SAR=19;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559116;STB=0.530922;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0153549;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:64:39:39:0.378641:19:20:35:27:19:20:36:28 chr1 108677854 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 33.71 PASS AF=0.333333,0.111111,0;AO=4,3,2;DP=18;FAO=6,2,0;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3,2,0;FSAR=3,0,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.10192,0.0206432,-0.0789656;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.1592,9.81764,12.2618;QD=7.49094;RBI=0.111061,0.106049,0.106944;REFB=-0.0332725,-0.0843187,-0.0551524;REVB=-0.0441227,-0.104021,-0.0721203;RO=6;SAF=3,2,1;SAR=1,1,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.113038,-0.208152,-0.359974;STB=0.686962,0.99171,0.5;STBP=0.333,0.423,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.12462,0.111417,0;OID=.,.,.;OPOS=108677859,108677855,108677859;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.111111,0:4,3,2:18:6,2,0:18:10:3,2,0:3,0,0:8:2:25:6:3,2,1:1,1,1:5:1 chr1 109010230 . G A 130.6 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.018694;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.572;QD=5.74077;RBI=0.0412863;REFB=-0.00219034;REVB=-0.0368116;RO=70;SAF=11;SAR=9;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133266;STB=0.5877;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0124218;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:70:71:20:20:0.21978:9:11:31:39:9:11:31:40 chr1 109173710 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=22;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.000194856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3564;QD=11.4254;RBI=0.0414087;REFB=0.0255609;REVB=-0.0414082;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079195;STB=0.588152;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.114872;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:37:22:21:0.362069:10:12:15:17:9:12:16:21 chr1 109265029 . G T 1459.15 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000923063;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8419;QD=62.0913;RBI=0.00120197;REFB=-0.0552936;REVB=0.000769867;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000453388;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:42:51:1:0:42:51:1:0 chr1 109268573 . T C 680.97 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0349352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0837;QD=21.7911;RBI=0.0358324;REFB=0.00347078;REVB=-0.00796785;RO=58;SAF=28;SAR=39;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262659;STB=0.514407;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00311433;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:39:28:26:32:39:28:26:32 chr1 109273456 . A G 196.07 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0409776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.99;QD=26.1427;RBI=0.0413479;REFB=-0.0180381;REVB=0.00552118;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948632;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0119094;OID=.;OPOS=109273456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:11:11:17:19:0.633333:10:7:6:5:10:9:6:5 chr1 109289353 . C CG,G 122.95 PASS AF=0.294118,0.647059;AO=2,10;DP=16;FAO=5,11;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3,9;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.09201,0.0125744;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=9.37625,53.7555;QD=28.9304;RBI=0.331636,0.189975;REFB=-0.204555,-0.107117;REVB=0.318617,0.189558;RO=4;SAF=2,8;SAR=0,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,0.200612;STB=0.571154,0.526269;STBP=0.62,0.669;TYPE=ins,snp;VARB=0.313645,-0.0223555;OID=.,.;OPOS=109289354,109289353;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:16:17:4:1:2,10:5,11:0.294118,0.647059:0,2:2,8:2:2:2,2:3,9:1:0 chr1 109325118 . G A 805.48 PASS AF=0.506173;AO=82;DP=162;FAO=82;FDP=162;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0127637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.908;QD=19.8884;RBI=0.0191096;REFB=0.00325758;REVB=-0.014222;RO=80;SAF=34;SAR=48;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100109;STB=0.555069;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00368567;OID=.;OPOS=109325118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:80:80:82:82:0.506173:48:34:42:38:48:34:42:38 chr1 109338861 . G C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0136286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.632;QD=18.0093;RBI=0.0151622;REFB=-0.016303;REVB=-0.00664496;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105298;STB=0.57808;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0203107;OID=.;OPOS=109338861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:36:38:34:35:0.479452:15:19:16:20:15:20:16:22 chr1 109351501 . A G 176.92 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00388724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.409;QD=10.4069;RBI=0.0111616;REFB=-0.00635723;REVB=-0.0104628;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295492;STB=0.505613;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0142545;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:45:23:23:0.338235:15:8:16:27:15:8:16:29 chr1 109363232 . T C 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0127414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9442;QD=7.23132;RBI=0.017414;REFB=-0.00802908;REVB=0.0118703;RO=47;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547986;STB=0.533294;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0264885;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:9:8:20:27:9:8:20:27 chr1 109366286 . C T 565.46 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.044075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0058;QD=27.2509;RBI=0.0532082;REFB=0.0286464;REVB=-0.0298079;RO=32;SAF=13;SAR=38;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024196;STB=0.513193;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0225056;OID=.;OPOS=109366286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:38:13:9:23:38:13:9:23 chr1 109369915 . G T 259.78 PASS AF=0.410959;AO=25;DP=67;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00774208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.838;QD=14.2347;RBI=0.00777832;REFB=-0.00367829;REVB=-0.000749944;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091092;STB=0.600862;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00311879;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:40:43:25:30:0.410959:14:11:21:19:19:11:23:20 chr1 109394593 . A C 535.29 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0112181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.102;QD=24.6112;RBI=0.0112205;REFB=-0.0206744;REVB=0.00022837;RO=36;SAF=19;SAR=30;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448587;STB=0.533967;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0140895;OID=.;OPOS=109394593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:36:37:49:50:0.574713:30:19:12:24:30:20:12:25 chr1 109394609 . T A 466.56 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00798874;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.469;QD=22.4846;RBI=0.0084344;REFB=-0.00987395;REVB=0.00270539;RO=38;SAF=18;SAR=27;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122129;STB=0.566982;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00581121;OID=.;OPOS=109394609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:27:18:10:28:27:18:10:28 chr1 109395105 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.865;QD=58.7804;RBI=0.0380822;REFB=0;REVB=0.0304759;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012064;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr1 109461341 . C T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00274523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.415;QD=23.8244;RBI=0.00806641;REFB=-0.00638632;REVB=0.0075849;RO=28;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564873;STB=0.531019;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00259285;OID=.;OPOS=109461341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:18:21:13:15:18:21:13:15 chr1 109465165 . ACTT A 340.59 PASS AF=0.385321;AO=40;DP=111;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0116906;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.103;QD=12.4987;RBI=0.0121431;REFB=-0.00801666;REVB=-0.00328404;RO=57;SAF=27;SAR=13;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302514;STB=0.546644;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=0.013197;OID=.;OPOS=109465166;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385321:40:111:42:109:67:28:14:40:27:99:57:27:13:37:20 chr1 109466858 . G A 201.54 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.019743;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.537;QD=20.1543;RBI=0.019744;REFB=0.00732795;REVB=0.000195134;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00931109;OID=.;OPOS=109466858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:11:9:9:11:11:9:9:11 chr1 109472773 . G A 960.82 PASS AF=0.592105;AO=90;DP=153;FAO=90;FDP=152;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00875054;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1517;QD=25.2848;RBI=0.0149896;REFB=-0.023789;REVB=0.0121703;RO=62;SAF=38;SAR=52;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271798;STB=0.514747;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0140311;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:62:62:90:90:0.592105:52:38:24:38:52:38:24:38 chr1 109479978 . G T 261.99 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0160453;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.854;QD=18.7134;RBI=0.0175876;REFB=-0.0105507;REVB=-0.00720223;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371853;STB=0.70333;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0125005;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:28:28:28:0.5:22:6:16:11:22:6:16:12 chr1 109486196 . A G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0167116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.415;QD=15.2557;RBI=0.0196354;REFB=-0.0136516;REVB=0.0103087;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863798;STB=0.549458;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0165745;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:6:14:23:7:6:14:23:7 chr1 109656946 . T C 361.19 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0091336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.365;QD=17.6189;RBI=0.0327829;REFB=-0.0270595;REVB=-0.0314848;RO=44;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193789;STB=0.608525;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0252451;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:14:24:19:25:14:24:19:25 chr1 109704618 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.031;QD=50.4124;RBI=0.0229113;REFB=0;REVB=-0.0216591;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12823e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 109730809 . T C 476.9 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00118323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.084;QD=27.6463;RBI=0.0113262;REFB=-0.014322;REVB=0.0112642;RO=25;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367271;STB=0.519991;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00715581;OID=.;OPOS=109730809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:20:24:15:10:20:24:15:10 chr1 109735298 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.287;QD=56.9569;RBI=0.0135463;REFB=0;REVB=0.000333473;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29203e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr1 109735416 . A C 765.66 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.515;QD=56.7158;RBI=0.0700705;REFB=0;REVB=0.0454476;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162794;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:43:54:1:24:19:0:0:34:20:0:0 chr1 109737063 . C T 616.28 PASS AF=0.934783;AO=41;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0149357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.585;QD=53.5894;RBI=0.0708102;REFB=-0.225863;REVB=0.0692171;RO=3;SAF=16;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801866;STB=0.542837;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00557488;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:45:46:3:3:41:43:0.934783:25:16:3:0:27:16:3:0 chr1 109737090 . G A 623.86 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.529;QD=60.8644;RBI=0.00436706;REFB=0;REVB=-0.00128007;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538832;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr1 109737132 . T C 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8607;QD=63.8633;RBI=0.0246681;REFB=0;REVB=0.0241047;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215178;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr1 109737172 . C T 764.31 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.057;QD=63.6928;RBI=0.0715198;REFB=0;REVB=0.0164968;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494697;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:29:19:0:0 chr1 109742485 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.898;QD=57.8845;RBI=0.0585981;REFB=0;REVB=0.0461918;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156938;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 109745618 . T C 1396.26 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508511;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8245;QD=62.7532;RBI=0.0542466;REFB=0;REVB=0.0188906;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018629;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:45:42:0:0:45:44:0:0 chr1 109771063 . T C 1098.46 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.039;QD=60.1894;RBI=0.101542;REFB=0;REVB=0.101067;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148762;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr1 109794252 . T C 937.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0055;QD=58.5653;RBI=0.0311329;REFB=0;REVB=-0.000148982;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016207;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr1 109795608 . T C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5822;QD=43.4761;RBI=0.0135835;REFB=0;REVB=0.00314856;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764957;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 109806834 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.907;QD=23.2183;RBI=0.016128;REFB=-0.0421928;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00966481;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 109807099 . G A 1193.8 PASS AF=0.866667;AO=90;DP=104;FAO=91;FDP=105;FR=.;FRO=14;FSAF=65;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.000310726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.596;QD=45.4781;RBI=0.0131667;REFB=-0.0951968;REVB=0.0131631;RO=14;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205415;STB=0.606036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00197726;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:104:105:14:14:90:91:0.866667:25:65:0:14:26:65:0:14 chr1 109816176 . A C 411.59 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125231;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.604;QD=54.8787;RBI=0.0127069;REFB=0;REVB=0.00215344;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118829;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:19:8:0:0:21:9:0:0 chr1 109818263 . G A 2166.61 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133479;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.121;QD=63.2587;RBI=0.0133948;REFB=0;REVB=0.00111997;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38883e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:73:64:0:0:73:64:0:0 chr1 109825360 . C T 527.0 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.819;QD=56.9725;RBI=0.0446596;REFB=-0.169397;REVB=0.0419646;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00126812;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:23:13:0:0:23:13:0:1 chr1 109836835 . A G 375.84 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.767;QD=55.6802;RBI=0.0249329;REFB=0;REVB=0.00453973;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89361e-05;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr1 109836842 . C G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00771367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6119;QD=7.95448;RBI=0.0681891;REFB=-0.0202671;REVB=-0.0677514;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113905;STB=0.571247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0386549;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:10:9:3:5:10:9 chr1 109838918 . C T 1508.05 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211358;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8368;QD=59.1391;RBI=0.05136;REFB=0;REVB=0.0468095;RO=1;SAF=71;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393372;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:1:0:100:102:1:29:71:1:0:30:72:0:0 chr1 109839433 . A G 2250.73 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122473;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.408;QD=63.4009;RBI=0.0237249;REFB=0;REVB=0.0203193;RO=1;SAF=65;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36684e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:1:0:140:142:1:75:65:1:0:76:66:0:0 chr1 109856306 . G A 515.7 PASS AF=0.35;AO=63;DP=180;FAO=63;FDP=180;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=0.00148487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8196;QD=11.4601;RBI=0.00148825;REFB=-0.0129273;REVB=-0.000100364;RO=113;SAF=37;SAR=26;SRF=69;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02726;STB=0.501638;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0202431;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:113:117:63:63:0.35:26:37:69:44:26:37:69:48 chr1 109856384 . CAAAAAAG CAAAAAGC,CAAAAG 1404.0 PASS AF=0.0105263,0.989474;AO=4,74;DP=93;FAO=1,94;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154134,0.135837;FXX=0.0404;HRUN=6,6;LEN=2,2;MLLD=6.48573,27.98;QD=59.1156;RBI=0.155487,0.135941;REFB=0,0;REVB=-0.0204659,0.00531667;RO=0;SAF=4,26;SAR=0,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.16077e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0610092,0.00327613;OID=.,.;OPOS=109856390,109856385;OREF=AG,AA;OALT=GC,-;OMAPALT=CAAAAAGC,CAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0105263,0.989474:4,74:93:1,94:95:0:1,39:0,55:0:0:3:0:4,26:0,48:0:0 chr1 109884775 . T G 1623.7 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3694;QD=60.1372;RBI=0.0594667;REFB=0;REVB=0.0484091;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458168;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr1 109897103 . A G 1514.35 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0042532;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2452;QD=57.1454;RBI=0.0745999;REFB=-0.0535715;REVB=0.0744785;RO=2;SAF=56;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180527;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00148747;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:106:2:1:102:105:0.990566:46:56:1:1:49:56:1:0 chr1 109952545 . A G 157.82 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0217789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3363;QD=12.1397;RBI=0.0476139;REFB=-0.0404255;REVB=0.042341;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278261;STB=0.507092;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.046812;OID=.;OPOS=109952545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:33:19:19:0.365385:9:10:15:15:9:10:17:16 chr1 110086451 . GG AG,CA,GA 341.73 PASS AF=0.793103,0.103448,0.0344828;AO=22,3,2;DP=29;FAO=23,3,1;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=8,0,1;FSAR=15,3,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104711,0.0109325,0.00927671;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=156.497,147.784,140.872;QD=47.135;RBI=0.0769683,0.0559555,0.0610603;REFB=-0.0557394,-0.000317387,-0.00377091;REVB=0.0762527,0.0548771,0.0603515;RO=2;SAF=7,0,2;SAR=15,3,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0317672,-0.692188,0.639851;STB=0.513296,0.994603,0.986712;STBP=0.78,0.202,0.515;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=-0.00086771,0.0434917,0.0185565;OID=.,.,.;OPOS=110086451,110086451,110086452;OREF=G,GG,G;OALT=A,CA,A;OMAPALT=AG,CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:29:29:2:2:22,3,2:23,3,1:0.793103,0.103448,0.0344828:15,3,0:7,0,2:1:1:15,3,0:8,0,1:1:1 chr1 110087405 . T C 674.02 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0653;QD=58.6106;RBI=0.0715101;REFB=-0.0744164;REVB=0.0556953;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00467819;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:44:45:0.978261:31:13:0:0:31:14:1:0 chr1 110134210 . TA T 700.65 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741264;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.3408;QD=47.5018;RBI=0.082025;REFB=0;REVB=-0.0351195;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00229848;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:61:59:59:0:31:28:0:0:13:0:31:28:0:0 chr1 110151395 . G T 453.47 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=0.00158545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.51;QD=11.9334;RBI=0.0201918;REFB=0.00777727;REVB=-0.0201295;RO=97;SAF=29;SAR=26;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1167;STB=0.566436;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0137264;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:97:97:55:55:0.361842:26:29:41:56:26:29:41:56 chr1 110162918 . T C 1445.04 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105666;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5851;QD=62.8279;RBI=0.0334694;REFB=0;REVB=0.0317577;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342815;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:49:42:0:0:49:43:0:0 chr1 110163879 . G A 1665.49 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0873496;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.218;QD=59.4819;RBI=0.0924536;REFB=-0.0991074;REVB=0.0302936;RO=0;SAF=29;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000310098;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:0:1:110:111:0.991071:81:29:0:0:81:30:1:0 chr1 110168275 . T C,TC 35.47 PASS AF=0.0384615,0.134615;AO=2,15;DP=53;FAO=2,7;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2,2;FSAR=0,5;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-3.46675e-05,-0.175036;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=227.679,9.0082;QD=2.72867;RBI=0.0256012,0.192382;REFB=0.0073324,-0.0958109;REVB=-0.0256012,-0.0798321;RO=35;SAF=2,8;SAR=0,7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.499702,0.187311;STB=0.995589,0.624626;STBP=0.099,0.509;TYPE=snp,ins;VARB=0.0698181,0.103646;OID=.,.;OPOS=110168275,110168276;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:53:52:35:43:2,15:2,7:0.0384615,0.134615:0,7:2,8:13:22:0,5:2,2:18:25 chr1 110170896 . T C 1541.2 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134231;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6002;QD=59.8525;RBI=0.0184539;REFB=0;REVB=0.0126636;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67913e-06;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:63:40:0:0:63:40:0:0 chr1 110201699 . T C 1989.41 PASS AF=0.963768;AO=132;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0308983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6173;QD=57.6641;RBI=0.0514562;REFB=-0.0944279;REVB=-0.0411466;RO=5;SAF=57;SAR=75;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022474;STB=0.501057;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00351268;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:138:138:5:5:132:133:0.963768:75:57:2:3:76:57:2:3 chr1 110201809 . G T 2142.26 PASS AF=1;AO=134;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.369;QD=62.0945;RBI=0.0307684;REFB=0;REVB=-0.0302936;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175105;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:134:138:1:69:65:0:0:69:69:0:0 chr1 110201812 . A G 2107.55 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325541;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.492;QD=61.9869;RBI=0.0436527;REFB=-0.0215297;REVB=0.0290825;RO=1;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070424;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=1.18983e-05;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:1:1:135:135:0.992647:67:68:0:1:67:68:0:1 chr1 110210780 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0152642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.322;QD=13.631;RBI=0.0326703;REFB=-0.0228119;REVB=0.0288851;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.608461;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0270054;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:8:1:2:6:8:1 chr1 110215851 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0123706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.996;QD=24.1265;RBI=0.0681512;REFB=0.00205021;REVB=-0.0670191;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00496677;OID=.;OPOS=110215851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:6:5:9:8:6:5 chr1 110279701 . C T 271.1 PASS AF=0.793103;AO=22;DP=28;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0313194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.061;QD=37.3933;RBI=0.0375851;REFB=-0.0853374;REVB=-0.0207783;RO=6;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682534;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0202904;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:28:29:6:6:22:23:0.793103:7:15:4:2:7:16:4:2 chr1 110282972 . G T 1204.63 PASS AF=0.931818;AO=79;DP=85;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.116128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.803;QD=54.7558;RBI=0.116207;REFB=-0.179364;REVB=0.00427639;RO=1;SAF=21;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220049;STB=0.555542;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00246712;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:85:88:1:6:79:82:0.931818:58:21:1:0:58:24:6:0 chr1 110295772 . T C 740.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.795;QD=56.9502;RBI=0.0809823;REFB=0;REVB=0.08057;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164077;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:22:30:0:0 chr1 110300504 . A G 1606.64 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6414;QD=64.2654;RBI=0.0477684;REFB=0;REVB=0.0226241;RO=0;SAF=77;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20651e-05;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:23:77:0:0:23:77:0:0 chr1 110466466 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4854;QD=61.3339;RBI=0.0639852;REFB=0;REVB=-0.062933;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341584;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr1 110466555 . G A 579.38 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.000569635;FXX=0.0303;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.666;QD=24.1407;RBI=0.00110806;REFB=-0.0292342;REVB=0.000950431;RO=40;SAF=32;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636752;STB=0.531808;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0184319;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:43:53:53:0.552083:21:32:21:19:21:32:23:20 chr1 110466709 . T C 3936.61 PASS AF=0.992;AO=248;DP=250;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0459603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6523;QD=62.9857;RBI=0.0527344;REFB=-0.0106569;REVB=-0.0258566;RO=1;SAF=123;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385967;STB=0.504032;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=5.87137e-05;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:250:250:1:2:248:248:0.992:125:123:1:0:125:123:2:0 chr1 110466810 . C A,G 1964.47 PASS AF=0.932331,0.0526316;AO=122,9;DP=132;FAO=124,7;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=39,2;FSAR=85,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000295461,-0.0145641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.071,157.296;QD=59.0817;RBI=0.0335039,0.0174981;REFB=-0.0589681,-0.091627;REVB=0.0335026,-0.009699;RO=1;SAF=40,1;SAR=82,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00575888,0.0524171;STB=0.503405,0.55539;STBP=0.555,0.587;TYPE=snp,snp;VARB=0.00789308,0.0707735;OID=.,.;OPOS=110466810,110466810;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:132:133:1:2:122,9:124,7:0.932331,0.0526316:82,8:40,1:0:1:85,5:39,2:1:1 chr1 110467745 . A G 1179.42 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011142;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.831;QD=59.7175;RBI=0.0354214;REFB=-0.135832;REVB=-0.0336233;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000335324;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:29:49:0:0:29:49:1:0 chr1 110584378 . G A 666.42 PASS AF=0.467532;AO=70;DP=153;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0239822;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.315;QD=17.3095;RBI=0.023983;REFB=0.000334877;REVB=-0.000190952;RO=81;SAF=30;SAR=40;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456263;STB=0.536073;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.000163512;OID=.;OPOS=110584378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:81:82:70:72:0.467532:40:30:31:50:40:32:31:51 chr1 110742085 . T C 644.83 PASS AF=0.403315;AO=72;DP=180;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.00654831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.954;QD=14.2505;RBI=0.0069011;REFB=0.00464237;REVB=-0.00217829;RO=107;SAF=41;SAR=31;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029546;STB=0.509275;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0070304;OID=.;OPOS=110742085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:107:108:72:73:0.403315:31:41:58:49:32:41:59:49 chr1 110744181 . C T 202.6 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0110319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.825;QD=10.1302;RBI=0.0250213;REFB=-0.00988387;REVB=-0.0224581;RO=49;SAF=21;SAR=5;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119484;STB=0.628796;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00746952;OID=.;OPOS=110744181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:54:26:26:0.325:5:21:36:13:5:21:36:18 chr1 110882444 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00513443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0984;QD=9.56965;RBI=0.0176231;REFB=-0.0240741;REVB=0.0168586;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253064;STB=0.659903;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0160645;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:1:7:11:4:1:7:11:4 chr1 110883917 . A G 212.54 PASS AF=0.36;AO=24;DP=72;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0163597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.618;QD=11.3357;RBI=0.0230781;REFB=-0.016452;REVB=0.0162775;RO=47;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27443;STB=0.635727;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0276108;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:47:48:24:27:0.36:8:16:20:27:10:17:20:28 chr1 110884840 . AG A 546.45 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187623;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.532;QD=33.6275;RBI=0.215078;REFB=-0.0333506;REVB=0.105149;RO=8;SAF=26;SAR=25;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=0.0658999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0158784;OID=.;OPOS=110884841;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:62:65:65:0:29:36:0:0:8:8:26:25:2:6 chr1 110888913 . TTC T,TCC 63.15 PASS AF=0.247059,0;AO=16,10;DP=106;FAO=21,0;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=7,0;FSAR=14,0;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.104471,-0.0540595;FXX=0.0659268;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=13.5859,10.4023;QD=2.97193;RBI=0.107519,0.0635433;REFB=-0.0478537,-0.0199266;REVB=0.0254177,0.0333964;RO=57;SAF=4,9;SAR=12,1;SRF=24;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236944,0.583396;STB=0.546963,0.5;STBP=0.647,1;TYPE=del,snp;VARB=0.129909,0;OID=.,.;OPOS=110888914,110888914;OREF=TC,T;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.247059,0:16,10:106:21,0:85:64:7,0:14,0:25:39:64:57:4,9:12,1:24:33 chr1 110949720 . C T 217.5 PASS AF=0.288462;AO=30;DP=104;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0254707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.911;QD=8.36526;RBI=0.0265642;REFB=-0.0207987;REVB=-0.007543;RO=74;SAF=7;SAR=23;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345544;STB=0.706557;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0288154;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:74:74:30:30:0.288462:23:7:37:37:23:7:37:37 chr1 110998854 . G A 373.19 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00147111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.261;QD=16.2257;RBI=0.00155496;REFB=-0.0215491;REVB=-0.000503715;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683356;STB=0.549975;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0224505;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:52:39:40:0.434783:18:21:24:27:18:22:24:28 chr1 111060669 . T C 1079.18 PASS AF=0.986486;AO=45;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00502527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.283;QD=58.334;RBI=0.033606;REFB=-0.0801416;REVB=0.0332281;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00035241;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:45:73:0.986486:32:13:0:0:33:40:0:1 chr1 111061011 . C A 588.64 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00487465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.867;QD=19.9538;RBI=0.00964761;REFB=-0.0197641;REVB=0.00832552;RO=58;SAF=35;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131145;STB=0.575317;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.021808;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:58:58:59:60:0.508475:24:35:26:32:24:36:26:32 chr1 111061062 . T C 1604.72 PASS AF=0.918699;AO=113;DP=123;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.003842;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=330.756;QD=52.186;RBI=0.00926406;REFB=0.0410375;REVB=-0.00842982;RO=9;SAF=53;SAR=60;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346915;STB=0.522012;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00290908;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:9:10:113:113:0.918699:60:53:2:7:60:53:2:8 chr1 111061653 . A G 629.64 PASS AF=0.410405;AO=71;DP=173;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.0584096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.475;QD=14.5582;RBI=0.0584973;REFB=-0.0151962;REVB=0.00320168;RO=97;SAF=31;SAR=40;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922513;STB=0.560517;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0150497;OID=.;OPOS=111061653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:97:102:71:71:0.410405:40:31:51:46:40:31:55:47 chr1 111441829 . C T 350.76 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0777871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9868;QD=11.8903;RBI=0.120645;REFB=0.0253067;REVB=-0.0922187;RO=72;SAF=18;SAR=25;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120323;STB=0.556412;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0449179;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:72:75:43:43:0.364407:25:18:38:34:25:18:38:37 chr1 111584463 . G GT 264.16 PASS AF=0.447619;AO=45;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0255182;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6908;QD=10.0634;RBI=0.0671165;REFB=0.00484656;REVB=0.0620761;RO=61;SAF=25;SAR=20;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360309;STB=0.539861;STBP=0.48;TYPE=ins;VARB=-0.00810371;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447619:45:106:47:105:58:25:22:35:23:99:61:25:20:36:25 chr1 111584509 . G A 427.72 PASS AF=0.415254;AO=46;DP=115;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.022355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7638;QD=14.4991;RBI=0.0304922;REFB=-0.000487148;REVB=0.020737;RO=69;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518665;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000872168;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:69:69:46:49:0.415254:24:22:33:36:24:25:33:36 chr1 111773568 . G C 919.03 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8042;QD=58.3512;RBI=0.0165837;REFB=0;REVB=0.0164546;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151394;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr1 111783982 . C A 2565.32 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00879534;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.23;QD=61.079;RBI=0.0325833;REFB=-0.115711;REVB=-0.0313738;RO=0;SAF=106;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502347;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000423573;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:168:0:1:166:167:0.994048:60:106:0:0:61:106:1:0 chr1 111783996 . A G 2865.28 PASS AF=1;AO=181;DP=186;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495678;FXX=0.0215042;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.601;QD=62.9733;RBI=0.0269183;REFB=0;REVB=0.026458;RO=0;SAF=112;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.4708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198775;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:186:182:0:0:181:182:1:69:112:0:0:70:112:0:0 chr1 111833488 . C CCT 2218.92 PASS AF=0.950617;AO=145;DP=168;FAO=154;FDP=162;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0112393;FXX=0.0299383;HRUN=2;LEN=2;MLLD=274.026;QD=54.7881;RBI=0.0261382;REFB=-0.0420268;REVB=0.0235984;RO=14;SAF=61;SAR=84;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618075;STB=0.528568;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.000882936;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.950617:145:168:154:162:8:66:88:8:0:17:14:61:84:11:3 chr1 111833517 . G A 2371.06 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281332;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7169;QD=61.1886;RBI=0.0543855;REFB=0;REVB=0.0465436;RO=0;SAF=69;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79758e-05;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:85:69:0:0:86:69:0:0 chr1 111991766 . AGGGGGGGTG AGGGGAGGGT,AGGGGGGTG,AGGGGGTGGGTG,AGGGGTGGGT,AGGGGTGGGTG 151.9 PASS AF=0,0.235294,0.0588235,0.705882,0;AO=2,3,4,2,3;DP=18;FAO=0,4,1,12,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,1,12,0;FSAR=0,3,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732177,0.190194,0.113162,0.118748,0.101909;FXX=0;HRUN=7,7,0,7,0;LEN=5,1,2,5,1;MLLD=126.8,7.12525,128.964,144.384,134.984;QD=35.7403;RBI=0.0752754,0.229885,0.113553,0.119307,0.102502;REFB=-0.072487,-0.0975189,-0.0665202,-0.0761459,-0.0721949;REVB=0.0174802,0.129126,0.00940486,0.0115418,0.0110055;RO=1;SAF=2,0,4,2,3;SAR=0,3,0,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.727144,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,ins,mnp,ins;VARB=0,0.135774,0.106997,-0.00170289,0.0108363;OID=.,.,.,.,.;OPOS=111991771,111991767,111991771,111991771,111991771;OREF=GGGTG,G,-,GGGTG,-;OALT=AGGGT,-,GT,TGGGT,T;OMAPALT=AGGGGAGGGT,AGGGGGGTG,AGGGGGTGGGTG,AGGGGTGGGT,AGGGGTGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.235294,0.0588235,0.705882,0:2,3,4,2,3:18:0,4,1,12,0:17:0:0,1,1,12,0:0,3,0,0,0:0:0:18:1:2,0,4,2,3:0,3,0,0,0:1:0 chr1 112029193 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.000542823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.235;QD=16.5271;RBI=0.0376662;REFB=-0.00858603;REVB=0.0376623;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127101;STB=0.571374;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0103823;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:8:21:15:10:8:21 chr1 112033285 . G C 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0016055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8628;QD=11.5425;RBI=0.0158195;REFB=0.0011522;REVB=-0.0157379;RO=51;SAF=23;SAR=5;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386657;STB=0.72719;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00238667;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:5:23:27:24:5:23:27:24 chr1 112042632 . A G 292.2 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00808564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0248;QD=11.0264;RBI=0.0337282;REFB=-0.0225797;REVB=0.0327447;RO=68;SAF=19;SAR=18;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678042;STB=0.543199;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0453343;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:69:37:37:0.349057:18:19:39:29:18:19:40:29 chr1 112251902 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0110061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.487;QD=14.904;RBI=0.0128291;REFB=-0.0100458;REVB=0.00659181;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251961;STB=0.643951;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.016244;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:7:19:17:17:7:19:17:17 chr1 112269872 . G A 121.03 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00488896;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.721;QD=13.8317;RBI=0.00916837;REFB=-0.00794832;REVB=0.0077561;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231534;STB=0.602361;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0216568;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:21:13:14:0.4:9:4:10:9:9:5:11:10 chr1 112298373 . ATTTTTTG ATTTTCTG,ATTTTTG,ATTTTTGC,ATTTTTGT 537.98 PASS AF=0.444444,0.349206,0.0793651,0.0952381;AO=22,14,4,8;DP=66;FAO=28,22,5,6;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27,20,0,6;FSAR=1,2,5,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0121562,-0.0829653,-0.0442028,-0.118652;FXX=0.0454477;HRUN=6,6,6,6;LEN=1,1,2,2;MLLD=132.043,10.4823,56.3847,10.1428;QD=34.1576;RBI=0.0311325,0.329336,0.157986,0.152741;REFB=-0.0351304,-0.111494,-0.00501857,-0.110445;REVB=0.028661,0.318714,0.151676,0.0961841;RO=4;SAF=21,14,0,8;SAR=1,0,4,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.520005,0.842614,-0.687804,0.808488;STB=0.658391,0.588144,0.996516,0.997033;STBP=0.054,0.127,0.13,0.105;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0188197,0.0793615,0.0179803,0.112129;OID=.,.,.,.;OPOS=112298378,112298374,112298379,112298379;OREF=T,T,TG,TG;OALT=C,-,GC,GT;OMAPALT=ATTTTCTG,ATTTTTG,ATTTTTGC,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.444444,0.349206,0.0793651,0.0952381:22,14,4,8:66:28,22,5,6:63:2:27,20,0,6:1,2,5,0:1:1:99:4:21,14,0,8:1,0,4,0:1:3 chr1 112308953 . T C 92.96 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0522968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5061;QD=9.53435;RBI=0.0588615;REFB=0.00885574;REVB=-0.0270133;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486667;STB=0.529364;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0153263;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:19:8:4:8:19:8 chr1 112308972 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0110911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7837;QD=11.5971;RBI=0.0267581;REFB=-0.00296368;REVB=-0.0243512;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3379;STB=0.709234;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00766899;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:1:11:16:5:1:11:16:5 chr1 112539061 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.269;QD=58.2392;RBI=0.055737;REFB=0;REVB=0.0551223;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253928;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:18:44:0:0:18:44:0:0 chr1 112991698 . T C 660.75 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.885;QD=61.465;RBI=0.0523155;REFB=0;REVB=0.0198066;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616033;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:19:24:0:0 chr1 112999227 . G A 738.54 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3682;QD=56.8105;RBI=0.108308;REFB=0;REVB=-0.0967695;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017326;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:17:34:0:0:17:35:0:0 chr1 113000946 . GGTCA G 503.15 PASS AF=0.886792;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0481883;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=4;MLLD=271.633;QD=37.9733;RBI=0.0485353;REFB=-0.0387673;REVB=0.00579358;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520056;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.00324042;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.886792:46:49:47:53:6:23:24:4:2:15:0:22:24:0:0 chr1 113063125 . A G 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0138652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.515;QD=14.051;RBI=0.0319901;REFB=-0.0190429;REVB=-0.0288292;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186246;STB=0.504308;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.030314;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:60:38:38:0.387755:18:20:31:26:18:20:32:28 chr1 113236681 . C T 482.68 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0119932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.396;QD=16.0893;RBI=0.0206492;REFB=-0.00683706;REVB=0.0168093;RO=67;SAF=34;SAR=19;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475096;STB=0.526589;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00672107;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:19:34:40:27:19:34:40:27 chr1 113237171 . A G 119.42 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.022276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.111;QD=14.4747;RBI=0.0362925;REFB=-0.0219281;REVB=-0.0286517;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0314972;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:18:19:12:14:0.424242:8:4:6:12:8:6:6:13 chr1 113239382 . G A 290.95 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00748476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.046;QD=10.8764;RBI=0.00881946;REFB=-0.00853704;REVB=-0.00466488;RO=69;SAF=19;SAR=18;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257153;STB=0.51922;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0169132;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:70:37:37:0.345794:18:19:37:32:18:19:38:32 chr1 113241052 . T C 252.41 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00565024;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.23;QD=12.78;RBI=0.0114962;REFB=-0.01709;REVB=0.0100118;RO=51;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302111;STB=0.522615;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0348139;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:49:29:30:0.379747:13:16:28:23:13:17:26:23 chr1 113243048 . C T 257.63 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0308271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.027;QD=11.579;RBI=0.0520453;REFB=-0.0190224;REVB=0.0419334;RO=58;SAF=12;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15339;STB=0.596723;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.03908;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:58:58:30:31:0.348315:18:12:31:27:19:12:31:27 chr1 113255389 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.298;QD=59.3221;RBI=0.0160387;REFB=0;REVB=0.0142704;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14172e-06;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:22:46:0:0:22:46:0:0 chr1 113657092 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.546;QD=53.9112;RBI=0.0221128;REFB=0;REVB=0.0215985;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05671e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 114228536 . A T 657.69 PASS AF=0.603604;AO=43;DP=97;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0139123;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.6863;QD=23.7003;RBI=0.0418519;REFB=-0.107214;REVB=0.0394719;RO=26;SAF=20;SAR=23;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110334;STB=0.505654;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0228584;OID=.;OPOS=114228536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:111:26:44:43:67:0.603604:23:20:8:18:39:28:19:25 chr1 114240319 . T TA 121.12 PASS AF=0.353846;AO=21;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0272258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.9868;QD=7.45328;RBI=0.0470071;REFB=-0.00672199;REVB=-0.03832;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504084;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.00859419;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353846:21:65:23:65:42:13:10:24:18:99:42:12:9:24:18 chr1 114301256 . TAA ATA,TA,T 444.61 PASS AF=0.0126582,0.582278,0.221519;AO=7,55,36;DP=168;FAO=2,92,35;FDP=158;FR=.;FRO=29;FSAF=1,64,18;FSAR=1,28,17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0269249,-0.0455333,-0.0230069;FXX=0.0919487;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=14.54,5.73316,9.4812;QD=11.2559;RBI=0.129062,0.170929,0.0886139;REFB=-0.0141289,0.0162068,0.00599583;REVB=-0.126222,-0.164753,-0.0855751;RO=36;SAF=2,50,20;SAR=5,5,16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.350822,0.427328,-0.025352;STB=0.547912,0.539465,0.516985;STBP=0.862,0.123,0.784;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0406871,0.0154717,-0.0069944;OID=.,.,.;OPOS=114301256,114301257,114301257;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:34:168:158:36:29:7,55,36:2,92,35:0.0126582,0.582278,0.221519:5,5,16:2,50,20:21:15:1,28,17:1,64,18:16:13 chr1 114301335 . C T 1551.45 PASS AF=0.585774;AO=139;DP=239;FAO=140;FDP=239;FR=.;FRO=99;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.0188212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.463;QD=25.9657;RBI=0.0243161;REFB=-0.0321295;REVB=0.015396;RO=98;SAF=75;SAR=64;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720116;STB=0.539277;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0222281;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:98:99:139:140:0.585774:64:75:62:36:64:76:63:36 chr1 114354654 . T C 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0449239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8822;QD=12.7747;RBI=0.0800235;REFB=-0.00657188;REVB=-0.0662239;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14509;STB=0.562362;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0148476;OID=.;OPOS=114354654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:10:10:0.416667:1:9:10:2:1:9:12:2 chr1 114354789 . CG C 109.01 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.156803;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.0337;QD=6.05616;RBI=0.194124;REFB=-0.0798845;REVB=-0.114441;RO=40;SAF=4;SAR=24;SRF=24;SRR=16;SSEN=0.321192;SSEP=0;SSSB=-0.533148;STB=0.781045;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.105538;OID=.;OPOS=114354790;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:28:74:30:72:42:5:25:25:17:99:40:4:24:24:16 chr1 114377568 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.123;QD=55.656;RBI=0.0474388;REFB=0;REVB=0.0155597;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263868;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 114401620 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.013735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.142;QD=16.0922;RBI=0.0245923;REFB=-0.0072841;REVB=0.0203992;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253091;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0120411;OID=.;OPOS=114401620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:15:16:19:18:15:16:19:19 chr1 114424601 . C T 464.38 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4675;QD=58.0477;RBI=0.0674387;REFB=0;REVB=-0.00400357;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143176;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 114443899 . G A 454.16 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0217437;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.388;QD=17.4676;RBI=0.0384823;REFB=-0.0118;REVB=-0.0317506;RO=53;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1135;STB=0.563639;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0101217;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:55:49:49:0.471154:20:29:25:28:20:29:26:29 chr1 114448389 . C T 865.13 PASS AF=0.566434;AO=77;DP=140;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.000405657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.288;QD=24.1994;RBI=0.0086977;REFB=0.00348111;REVB=0.00868824;RO=61;SAF=29;SAR=48;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283946;STB=0.521056;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00152658;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:61:62:77:81:0.566434:48:29:25:36:52:29:25:37 chr1 114449662 . T C 838.63 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00328443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.445;QD=23.7909;RBI=0.0128915;REFB=-0.00481039;REVB=0.0124661;RO=63;SAF=34;SAR=44;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123725;STB=0.56757;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00350014;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:63:63:78:78:0.553191:44:34:37:26:44:34:37:26 chr1 114505000 . G A 230.47 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.0224195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7046;QD=8.45748;RBI=0.0388313;REFB=0.0238179;REVB=-0.0317055;RO=74;SAF=16;SAR=16;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226996;STB=0.62378;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0399575;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:77:32:32:0.293578:16:16:51:23:16:16:52:25 chr1 114515717 . G A 39.8 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0109416;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.441;QD=10.6136;RBI=0.0172381;REFB=-0.0378719;REVB=-0.0133203;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0100021;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:8:9:6:6:0.4:2:4:6:2:2:4:7:2 chr1 114632114 . TTAA TA,TTA,TTTA,TTTT 289.74 PASS AF=0.116279,0.593023,0,0;AO=21,23,8,5;DP=125;FAO=10,51,0,0;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=10,18,0,0;FSAR=0,33,0,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.204847,-0.0912162,0.117691,0.0580344;FXX=0.311975;HRUN=6,7,7,7;LEN=2,1,1,2;MLLD=14.4118,9.36388,5.74911,21.5992;QD=13.4763;RBI=0.209186,0.138303,0.133251,0.0669755;REFB=0.0708704,-0.0146951,-0.082648,-0.0421766;REVB=-0.0423835,-0.103958,-0.0624866,-0.0334324;RO=23;SAF=16,0,0,0;SAR=5,23,8,5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.392857,0,0,0;SSSB=0.330939,-0.835841,-0.729471,-0.654945;STB=0.998744,0.544537,0.5,0.5;STBP=0,0.253,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0305351,0.0699701,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=114632115,114632116,114632116,114632116;OREF=TA,A,A,AA;OALT=-,-,T,TT;OMAPALT=TA,TTA,TTTA,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.116279,0.593023,0,0:21,23,8,5:125:10,51,0,0:86:25:10,18,0,0:0,33,0,0:12:13:77:23:16,0,0,0:5,23,8,5:10:13 chr1 114948281 . A G 1226.33 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0312287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.745;QD=57.7097;RBI=0.0327261;REFB=0.000423558;REVB=0.00978584;RO=3;SAF=41;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111305;STB=0.505881;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=1.91211e-05;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:41:41:2:1:41:41:2:1 chr1 115527364 . C T 804.94 PASS AF=0.529801;AO=79;DP=148;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00534344;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.331;QD=21.3229;RBI=0.00580635;REFB=-0.0127643;REVB=-0.00227187;RO=69;SAF=31;SAR=48;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013967;STB=0.510598;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0104541;OID=.;OPOS=115527364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:69:71:79:80:0.529801:48:31:26:43:49:31:26:45 chr1 115576023 . A G 1546.5 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.618;QD=59.4806;RBI=0.014442;REFB=0;REVB=0.0136876;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83847e-05;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:100:104:1:54:46:0:0:57:47:0:0 chr1 115591058 . T C 4254.37 PASS AF=0.992674;AO=245;DP=277;FAO=271;FDP=273;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=120;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.92464e-05;FXX=0.0215046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.576;QD=62.3351;RBI=0.0410081;REFB=0;REVB=0.0410081;RO=0;SAF=116;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522071;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:277:273:0:0:245:271:0.992674:129:116:0:0:151:120:0:0 chr1 116149152 . G A 1989.91 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.535;QD=62.1848;RBI=0.0450408;REFB=0;REVB=0.0384533;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65812e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:68:58:0:0:69:59:0:0 chr1 116234313 . A G 270.6 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0162525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.911;QD=14.4319;RBI=0.0200473;REFB=-0.0125111;REVB=-0.0117368;RO=44;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298532;STB=0.671209;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0214918;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:24:7:21:23:24:7:21:23 chr1 116234505 . A G 216.22 PASS AF=0.337349;AO=25;DP=79;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0219501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.534;QD=10.4202;RBI=0.041433;REFB=-0.0343588;REVB=-0.0351409;RO=53;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045553;STB=0.531892;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0613517;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:53:55:25:28:0.337349:15:10:21:32:16:12:21:34 chr1 116239633 . T G 530.27 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00472889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3527;QD=13.9543;RBI=0.0363816;REFB=-0.0236003;REVB=0.0360729;RO=91;SAF=40;SAR=21;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254978;STB=0.643711;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0327978;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:91:91:61:61:0.401316:21:40:38:53:21:40:38:53 chr1 116382318 . A G 1676.29 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277519;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5706;QD=60.4067;RBI=0.0617561;REFB=0;REVB=-0.0551693;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385893;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:109:111:1:57:52:0:0:58:53:0:0 chr1 116382511 . A T 1002.56 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.786;QD=58.9741;RBI=0.0394072;REFB=0;REVB=-0.0131932;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108347;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 116382778 . T C 1508.11 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9713;QD=63.4992;RBI=0.0579237;REFB=0;REVB=0.0390549;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418211;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr1 116383300 . T C 232.01 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0617382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.247;QD=44.1921;RBI=0.106225;REFB=-0.0839342;REVB=-0.0864412;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00596075;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:19:20:0.952381:9:10:0:0:9:11:0:1 chr1 116384090 . G A 658.61 PASS AF=0.587156;AO=51;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.032309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.998;QD=24.1693;RBI=0.0339627;REFB=-0.00935724;REVB=0.0104686;RO=45;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121629;STB=0.511038;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00953663;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:45:51:64:0.587156:32:19:23:22:33:31:23:22 chr1 116384534 . C T 360.77 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0243818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.451;QD=13.1188;RBI=0.0285824;REFB=-0.00938984;REVB=-0.0149157;RO=65;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449474;STB=0.515657;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0191023;OID=.;OPOS=116384534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:67:43:43:0.390909:22:21:29:36:22:21:31:36 chr1 116384580 . C T 295.72 PASS AF=0.35514;AO=37;DP=106;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0349224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.352;QD=11.055;RBI=0.0400321;REFB=-0.0350506;REVB=0.0195703;RO=69;SAF=11;SAR=26;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101896;STB=0.533833;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0645644;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:69:69:37:38:0.35514:26:11:26:43:26:12:25:44 chr1 116384773 . A G 332.98 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0303831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6716;QD=19.0272;RBI=0.0368851;REFB=-0.00887588;REVB=-0.0209135;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174429;STB=0.59628;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.011246;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:13:22:28:7:13:22:28:7 chr1 116385122 . T C 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0240738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.576;QD=19.0014;RBI=0.0253272;REFB=0.000693056;REVB=0.00786881;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000881799;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:7:10:9:8:7:10 chr1 116385171 . C T 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0149998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.459;QD=27.1511;RBI=0.0416539;REFB=0.0148968;REVB=0.0388594;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810806;STB=0.545388;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0179071;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:3:3:9:5:3:3 chr1 116385288 . C T 150.73 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00667459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.736;QD=12.5608;RBI=0.0145108;REFB=-0.0189658;REVB=0.0128846;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148913;STB=0.587681;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.031798;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:6:11:16:15:6:11:16:15 chr1 116385309 . C A 338.35 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0329614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9974;QD=26.537;RBI=0.0329636;REFB=-0.0185852;REVB=0.000383769;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687738;STB=0.537678;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0118685;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:15:17:12:7:15:17:12:7 chr1 116385467 . A G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00544883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.575;QD=12.9223;RBI=0.00864711;REFB=-0.00922351;REVB=0.00671436;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159446;STB=0.619562;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00894979;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:34:22:22:0.392857:8:14:15:16:8:14:15:19 chr1 116386139 . G A 3711.36 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0841;QD=62.9045;RBI=0.0463055;REFB=0;REVB=0.0431076;RO=0;SAF=112;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213062;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:215:236:0:0:215:236:1:103:112:0:0:121:115:0:0 chr1 116386244 . C T 1743.6 PASS AF=0.547541;AO=167;DP=307;FAO=167;FDP=305;FR=.;FRO=138;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=77;FSRR=61;FWDB=-0.00708042;FXX=0.00651445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.041;QD=22.8669;RBI=0.00828818;REFB=-0.00524644;REVB=-0.00430832;RO=133;SAF=78;SAR=89;SRF=73;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667289;STB=0.541082;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00338608;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:305:133:138:167:167:0.547541:89:78:73:60:89:78:77:61 chr1 116534852 . C T 943.9 PASS AF=0.482759;AO=98;DP=203;FAO=98;FDP=203;FR=.;FRO=105;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0106466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.187;QD=18.599;RBI=0.0261921;REFB=-0.0274333;REVB=0.0239307;RO=102;SAF=42;SAR=56;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102902;STB=0.55931;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0262694;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:102:105:98:98:0.482759:56:42:55:47:56:42:57:48 chr1 116569530 . G C 890.07 PASS AF=0.471204;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.00626526;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6317;QD=18.6402;RBI=0.0217265;REFB=-0.00379963;REVB=0.0208035;RO=98;SAF=40;SAR=50;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014066;STB=0.505881;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00400894;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:98:101:90:90:0.471204:50:40:45:53:50:40:46:55 chr1 116605423 . C T 219.02 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0668186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1557;QD=11.6809;RBI=0.0687137;REFB=-0.00479909;REVB=0.0160263;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709299;STB=0.535725;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00783761;OID=.;OPOS=116605423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:26:27:0.36:11:15:30:17:11:16:31:17 chr1 116610388 . A G 891.73 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226528;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0921;QD=56.6176;RBI=0.0278158;REFB=-0.0979951;REVB=-0.0161422;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000805501;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:1:0:39:23:1:0 chr1 116670774 . A G 124.33 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0127736;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.152;QD=8.72489;RBI=0.0156743;REFB=-0.0112167;REVB=0.00908401;RO=39;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264787;STB=0.651988;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0230963;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:40:17:17:0.298246:12:5:20:19:12:5:20:20 chr1 116769830 . A C 195.57 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0155594;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.545;QD=17.0059;RBI=0.0298938;REFB=0.00262408;REVB=0.0255254;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877436;STB=0.571358;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00304313;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:20:20:0.434783:9:11:11:13:9:11:11:15 chr1 116948712 . G A 472.48 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0325815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.917;QD=26.6188;RBI=0.0334952;REFB=-0.0208728;REVB=0.00776985;RO=25;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107944;STB=0.57167;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0106437;OID=.;OPOS=116948712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:27:44:44:0.619718:23:21:16:9:23:21:18:9 chr1 117102649 . C T 60.99 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0821337;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4612;QD=4.35673;RBI=0.108601;REFB=-0.000915194;REVB=-0.0710502;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397922;STB=0.756281;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00518182;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:56:44:46:10:10:0.178571:3:7:16:28:3:7:17:29 chr1 117113531 . A C 63.9 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0356574;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.914;QD=6.55353;RBI=0.0367219;REFB=-0.0253911;REVB=-0.00877744;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126548;STB=0.581631;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0665471;OID=.;OPOS=117113531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:13:17:6:3:13:17 chr1 117122130 . T C 488.72 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00998971;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.493;QD=15.1542;RBI=0.0110652;REFB=0.00322079;REVB=-0.00475867;RO=63;SAF=32;SAR=22;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367867;STB=0.535198;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00474579;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:63:75:54:54:0.418605:22:32:35:28:22:32:40:35 chr1 117142613 . C T 66.5 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0349409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3764;QD=3.2046;RBI=0.0350963;REFB=-0.00666919;REVB=0.00329864;RO=68;SAF=10;SAR=3;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286324;STB=0.70816;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0463448;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:82:83:68:70:13:13:0.156627:3:10:38:30:3:10:38:32 chr1 117142641 . G A 238.38 PASS AF=0.272;AO=34;DP=126;FAO=34;FDP=125;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.00886432;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.413;QD=7.628;RBI=0.01128;REFB=-0.0100541;REVB=-0.00697577;RO=91;SAF=21;SAR=13;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723736;STB=0.543166;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0367126;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:91:91:34:34:0.272:13:21:51:40:13:21:51:40 chr1 117142700 . C A 377.95 PASS AF=0.276596;AO=52;DP=189;FAO=52;FDP=188;FR=.;FRO=136;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=-0.0156499;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.76;QD=8.04157;RBI=0.0341045;REFB=-0.00841126;REVB=0.0303017;RO=134;SAF=28;SAR=24;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447123;STB=0.520223;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0259192;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:134:136:52:52:0.276596:24:28:77:57:24:28:77:59 chr1 117142736 . A G 332.66 PASS AF=0.279762;AO=46;DP=168;FAO=47;FDP=168;FR=.;FRO=121;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=-0.00893669;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.968;QD=7.92042;RBI=0.0207378;REFB=-0.00405852;REVB=-0.0187134;RO=119;SAF=25;SAR=21;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275713;STB=0.523569;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00878657;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:119:121:46:47:0.279762:21:25:62:57:21:26:63:58 chr1 117142789 . G A 109.11 PASS AF=0.146667;AO=22;DP=151;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=-0.00599242;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.89;QD=2.90961;RBI=0.00603339;REFB=-0.00512143;REVB=0.000701878;RO=128;SAF=8;SAR=14;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202465;STB=0.63624;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0340217;OID=.;OPOS=117142789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:128:128:22:22:0.146667:14:8:67:61:14:8:67:61 chr1 117142855 . C T 358.15 PASS AF=0.378151;AO=44;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0907779;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5569;QD=12.0385;RBI=0.0917256;REFB=-0.0237018;REVB=-0.0131517;RO=53;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212236;STB=0.500945;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0541996;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:53:74:44:45:0.378151:24:20:13:40:25:20:33:41 chr1 117142868 . CA TG 294.74 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0166389;FXX=0.0275204;HRUN=3;LEN=2;MLLD=163.465;QD=11.1224;RBI=0.0215404;REFB=-0.00716766;REVB=0.0136798;RO=68;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179167;STB=0.514803;STBP=0.815;TYPE=mnp;VARB=0.0143254;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:68:69:37:37:0.349057:19:18:32:36:19:18:32:37 chr1 117146504 . G A 62.38 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0146581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.803;QD=2.47056;RBI=0.0169418;REFB=-0.00245206;REVB=0.00849488;RO=88;SAF=9;SAR=4;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214442;STB=0.652755;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0192506;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:88:88:13:13:0.128713:4:9:46:42:4:9:46:42 chr1 117146545 . C A 52.69 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0501154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6389;QD=3.14574;RBI=0.095826;REFB=0.00461211;REVB=0.0816766;RO=57;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486026;STB=0.533674;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0236821;OID=.;OPOS=117146545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:4:6:32:25:4:6:32:25 chr1 117146563 . G A 52.35 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00838692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.653;QD=3.67395;RBI=0.0249538;REFB=-0.0030544;REVB=0.0235022;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288759;STB=0.702571;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0396874;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:2:7:27:21:2:7:27:21 chr1 117146571 . A G 47.32 PASS AF=0.150943;AO=9;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0375802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3958;QD=3.57145;RBI=0.0719877;REFB=-0.0200849;REVB=-0.0613999;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702573;STB=0.502506;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0820372;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:44:45:9:8:0.150943:3:6:27:17:3:5:28:17 chr1 117150928 . C T 323.92 PASS AF=0.5;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.056819;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.885;QD=19.054;RBI=0.0593433;REFB=-0.0289757;REVB=0.0171237;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267036;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:35:34:30:34:0.5:12:18:22:13:13:21:21:13 chr1 117150933 . G A 264.3 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0263551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.342;QD=16.781;RBI=0.0291842;REFB=-0.0196529;REVB=-0.012535;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698511;STB=0.537516;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00979725;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:29:30:0.47619:13:16:20:12:13:17:21:12 chr1 117156418 . G A 105.42 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00204237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.539;QD=7.53009;RBI=0.00652405;REFB=-0.025661;REVB=-0.00619612;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147145;STB=0.533289;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0384044;OID=.;OPOS=117156418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:41:41:14:15:0.267857:7:7:20:21:7:8:20:21 chr1 117156459 . C T 232.49 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0841384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4761;QD=10.449;RBI=0.0892988;REFB=0.00126723;REVB=0.0299166;RO=60;SAF=15;SAR=14;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767811;STB=0.544717;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000139531;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:14:15:35:25:14:15:35:25 chr1 117156490 . T C 281.5 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0119599;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.598;QD=11.1485;RBI=0.021338;REFB=-0.0126635;REVB=-0.0176711;RO=65;SAF=17;SAR=18;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146068;STB=0.57831;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.020191;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:65:66:35:35:0.346535:18:17:40:25:18:17:40:26 chr1 117156584 . TG CA 193.98 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00950134;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.313;QD=8.25446;RBI=0.0500423;REFB=-0.0203732;REVB=-0.0491321;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386864;STB=0.576864;STBP=0.397;TYPE=mnp;VARB=0.0325232;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:68:26:26:0.276596:15:11:34:9:15:11:36:32 chr1 117156600 . T C 101.05 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00186386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.089;QD=4.54173;RBI=0.0145513;REFB=-0.0057604;REVB=-0.0144315;RO=72;SAF=9;SAR=8;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195712;STB=0.512568;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0205196;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:72:72:17:17:0.191011:8:9:37:35:8:9:37:35 chr1 117249156 . T C 339.27 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0110745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.255;QD=20.5619;RBI=0.0172196;REFB=-0.0372845;REVB=0.013186;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127164;STB=0.570511;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0238906;OID=.;OPOS=117249156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:17:14:21:14:17:14 chr1 117487710 . AT GA 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223704;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.075;QD=63.3004;RBI=0.027061;REFB=0;REVB=0.015227;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.84999e-05;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 117529487 . G C 619.0 PASS AF=0.492188;AO=62;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0402959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6438;QD=19.3437;RBI=0.0407091;REFB=-0.00494608;REVB=-0.00578493;RO=64;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115943;STB=0.570912;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00386764;OID=.;OPOS=117529487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:65:62:63:0.492188:34:28:37:27:35:28:38:27 chr1 117552675 . G A 619.44 PASS AF=0.576923;AO=59;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0255433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0668;QD=23.8245;RBI=0.0403907;REFB=-0.0107308;REVB=-0.0312882;RO=43;SAF=21;SAR=38;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107777;STB=0.55467;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00814538;OID=.;OPOS=117552675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:44:59:60:0.576923:38:21:10:33:38:22:11:33 chr1 117554421 . A G 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0066405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.685;QD=14.1675;RBI=0.0135263;REFB=-0.031987;REVB=-0.0117841;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076111;STB=0.558455;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0384982;OID=.;OPOS=117554421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:49:33:33:0.402439:13:20:24:21:13:20:25:24 chr1 117559726 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.357;QD=57.8848;RBI=0.0263754;REFB=0;REVB=0.00996301;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95867e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr1 117602960 . C A 1477.55 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0864667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6689;QD=58.5167;RBI=0.0948703;REFB=-0.151826;REVB=0.039037;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870378;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00206778;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:101:1:1:99:100:0.990099:54:45:0:1:55:45:0:1 chr1 117617705 . A G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0213661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6684;QD=18.9652;RBI=0.0248784;REFB=-0.012123;REVB=-0.0127446;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699397;STB=0.513606;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0132322;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:25:21:22:0.468085:12:9:13:13:12:10:12:13 chr1 117618067 . C T 178.88 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0132979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.669;QD=22.3593;RBI=0.021718;REFB=-0.0120894;REVB=0.0171708;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.507034;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00689819;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:17:18:0.5625:8:9:8:5:8:10:8:6 chr1 117715026 . C T 585.38 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.585;QD=60.0385;RBI=0.00545385;REFB=0;REVB=0.00489089;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114865;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr1 117785931 . G A 153.04 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00394965;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1763;QD=10.9312;RBI=0.00831226;REFB=-0.0170328;REVB=0.00731396;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453538;STB=0.514374;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0146025;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:36:19:20:0.357143:11:8:13:15:11:9:17:19 chr1 117785979 . T C 904.18 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8192;QD=56.5115;RBI=0.0359854;REFB=-0.0448612;REVB=-0.00509319;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00516195;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:1:0:33:30:1:0 chr1 118165973 . C T 853.2 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00413448;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.508;QD=20.6835;RBI=0.015319;REFB=-0.00750977;REVB=-0.0147505;RO=77;SAF=46;SAR=39;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373649;STB=0.504309;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00907881;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:77:80:85:85:0.515152:39:46:42:35:39:46:44:36 chr1 118166096 . C T 824.08 PASS AF=0.578947;AO=73;DP=131;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=60;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0307155;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.145;QD=24.7842;RBI=0.0318241;REFB=-0.0307389;REVB=-0.00832665;RO=58;SAF=57;SAR=16;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200379;STB=0.594184;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0275306;OID=.;OPOS=118166096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:58:56:73:77:0.578947:16:57:34:24:17:60:34:22 chr1 118166750 . A G 328.31 PASS AF=0.64;AO=28;DP=51;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00269161;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8838;QD=26.2645;RBI=0.0189953;REFB=-0.00189355;REVB=-0.0188036;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117933;STB=0.519988;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000320695;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:17:18:28:32:0.64:16:12:7:10:16:16:8:10 chr1 118166853 . C A 170.23 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0193521;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.667;QD=10.6392;RBI=0.0513463;REFB=0.000956368;REVB=-0.0475598;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540207;STB=0.531222;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00303356;OID=.;OPOS=118166853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:21:22:0.34375:11:10:22:20:11:11:23:19 chr1 118166877 . C T 209.38 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00627412;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.155;QD=9.51747;RBI=0.0273127;REFB=-0.00601232;REVB=-0.0265823;RO=59;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114137;STB=0.555514;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00805409;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:59:61:27:27:0.306818:15:12:32:27:15:12:32:29 chr1 118167199 . A G 435.78 PASS AF=0.383459;AO=50;DP=134;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.00957335;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.477;QD=13.1061;RBI=0.0204796;REFB=-0.00830757;REVB=0.0181042;RO=81;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221207;STB=0.613453;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0169723;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:81:82:50:51:0.383459:20:30:32:49:21:30:33:49 chr1 118167653 . C T 171.24 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00507165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.216;QD=9.13276;RBI=0.019475;REFB=-0.0124818;REVB=-0.018803;RO=49;SAF=8;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192062;STB=0.608496;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0201083;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:52:23:23:0.306667:15:8:25:24:15:8:26:26 chr1 118168826 . C T 232.9 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0146894;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.347;QD=23.2896;RBI=0.01772;REFB=-0.0158651;REVB=-0.00991052;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285098;STB=0.659575;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.022615;OID=.;OPOS=118168826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:7:15:6:12:7:15:6:12 chr1 118169650 . A T 207.9 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0180365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4852;QD=13.4131;RBI=0.0215852;REFB=-0.0207527;REVB=0.0118577;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10832;STB=0.562111;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0298027;OID=.;OPOS=118169650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:9:16:20:17:9:16:20:17 chr1 118449215 . G A 135.56 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0198386;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.179;QD=17.4918;RBI=0.025432;REFB=-0.0186186;REVB=0.0159128;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298506;STB=0.529372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.02476;OID=.;OPOS=118449215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:14:15:0.483871:10:4:5:11:11:4:5:11 chr1 118483474 . C G 621.59 PASS AF=0.4375;AO=66;DP=164;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00227901;FXX=0.0243888;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.871;QD=15.5397;RBI=0.00231215;REFB=0.00393261;REVB=0.000390087;RO=90;SAF=37;SAR=29;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108243;STB=0.549041;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00442057;OID=.;OPOS=118483474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:160:90:90:66:70:0.4375:29:37:41:49:32:38:41:49 chr1 118491102 . G A 456.98 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0148808;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.472;QD=17.7467;RBI=0.0149527;REFB=-0.0102031;REVB=0.00146493;RO=54;SAF=25;SAR=24;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603619;STB=0.533531;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0113236;OID=.;OPOS=118491102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:24:25:31:23:24:25:31:23 chr1 118495153 . T G 291.95 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0084007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.838;QD=21.6259;RBI=0.00843368;REFB=-0.00296562;REVB=-0.000745124;RO=24;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510232;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000933074;OID=.;OPOS=118495153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:24:28:30:0.555556:7:21:18:6:7:23:18:6 chr1 118509278 . G A 1034.18 PASS AF=0.644928;AO=87;DP=137;FAO=89;FDP=138;FR=.;FRO=49;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-5.55341e-05;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.155;QD=29.9762;RBI=0.010764;REFB=0.0195287;REVB=-0.0107638;RO=50;SAF=61;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108075;STB=0.550488;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00412836;OID=.;OPOS=118509278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:50:49:87:89:0.644928:26:61:28:22:27:62:28:21 chr1 118509284 . G T 1006.45 PASS AF=0.642336;AO=86;DP=136;FAO=88;FDP=137;FR=.;FRO=49;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00450016;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.496;QD=29.3855;RBI=0.00823612;REFB=-0.0162562;REVB=0.00689799;RO=47;SAF=59;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126176;STB=0.551864;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.011356;OID=.;OPOS=118509284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:47:49:86:88:0.642336:27:59:24:23:28:60:27:22 chr1 118516082 . A T 1082.87 PASS AF=0.497717;AO=109;DP=221;FAO=109;FDP=219;FR=.;FRO=110;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00510372;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.107;QD=19.7785;RBI=0.00636491;REFB=0.0128703;REVB=-0.00380318;RO=110;SAF=53;SAR=56;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206937;STB=0.511366;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0122685;OID=.;OPOS=118516082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:110:110:109:109:0.497717:56:53:51:59:56:53:51:59 chr1 118530796 . C T 317.07 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0055691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.62;QD=11.9648;RBI=0.0280728;REFB=-0.0083806;REVB=-0.0275149;RO=65;SAF=17;SAR=22;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275961;STB=0.645762;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0163347;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:67:39:39:0.367925:22:17:45:20:22:17:45:22 chr1 118537074 . A G 500.16 PASS AF=0.391026;AO=50;DP=147;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00958986;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.806;QD=12.8247;RBI=0.00960152;REFB=-0.011856;REVB=-0.000472984;RO=94;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117749;STB=0.58392;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0186996;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:156:94:95:50:61:0.391026:23:27:41:53:25:36:43:52 chr1 118624123 . C T 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00612749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.165;QD=12.8072;RBI=0.00777752;REFB=-0.00678989;REVB=-0.00478995;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901939;STB=0.551688;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0159621;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:22:25:13:16:22:25 chr1 118629599 . G A 303.34 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00573594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.258;QD=12.3814;RBI=0.00954386;REFB=-0.00496631;REVB=-0.00762787;RO=62;SAF=18;SAR=17;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110473;STB=0.567625;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0085981;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:62:63:35:35:0.357143:17:18:38:24:17:18:39:24 chr1 118644430 . A G 278.53 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=100;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.0123713;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4197;QD=11.2538;RBI=0.0319033;REFB=0.00830342;REVB=-0.029407;RO=62;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681242;STB=0.510465;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0203827;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:62:65:33:34:0.343434:22:11:21:41:22:12:22:43 chr1 118657952 . C T 427.55 PASS AF=0.311111;AO=56;DP=181;FAO=56;FDP=180;FR=.;FRO=124;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.00774593;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.567;QD=9.50116;RBI=0.018146;REFB=-0.0056709;REVB=-0.0164097;RO=124;SAF=31;SAR=25;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158312;STB=0.591664;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0141791;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:124:124:56:56:0.311111:25:31:52:72:25:31:52:72 chr1 118807059 . T C 498.6 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0266029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.106;QD=24.3222;RBI=0.033283;REFB=-0.0407935;REVB=-0.0200011;RO=35;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360214;STB=0.519742;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0355748;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:25:22:18:17:25:22:18:17 chr1 119469188 . G T 499.65 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0173259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.058;QD=27.0079;RBI=0.0184972;REFB=-0.0344046;REVB=-0.00647735;RO=28;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362432;STB=0.519737;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0187874;OID=.;OPOS=119469188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:17:29:19:9:17:29:19:9 chr1 119575818 . C G 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4419;QD=56.9449;RBI=0.0794908;REFB=-0.0590783;REVB=-0.0772682;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00520825;OID=.;OPOS=119575818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:15:21:0:0:15:21:0:1 chr1 120057158 . C T 226.14 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0011438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.256;QD=9.13703;RBI=0.00882228;REFB=-0.00307364;REVB=-0.00874781;RO=70;SAF=15;SAR=14;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353633;STB=0.502091;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0071196;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:70:29:29:0.292929:14:15:36:34:14:15:36:34 chr1 120057246 . C A 601.03 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0159835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6707;QD=58.6367;RBI=0.106282;REFB=0.0920662;REVB=-0.105073;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00538557;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:24:16:1:0:24:16:1:0 chr1 120267505 . C G 512.61 PASS AF=0.519231;AO=51;DP=102;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0257373;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.09;QD=19.7157;RBI=0.0260625;REFB=-0.0100625;REVB=0.00410388;RO=46;SAF=18;SAR=33;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356807;STB=0.515619;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00842833;OID=.;OPOS=120267505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:46:50:51:54:0.519231:33:18:18:28:33:21:21:29 chr1 120267597 . GC G 225.45 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.269365;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.288;QD=20.972;RBI=0.283376;REFB=0.0129114;REVB=-0.0880022;RO=14;SAF=9;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0.298411;SSEP=0;SSSB=-0.0724018;STB=0.555718;STBP=0.334;TYPE=del;VARB=-0.0242848;OID=.;OPOS=120267598;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163:28:44:28:43:15:9:19:7:8:79:14:9:19:6:8 chr1 120285546 . G A 2913.38 PASS AF=0.969072;AO=188;DP=198;FAO=188;FDP=194;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000852874;FXX=0.0251244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.156;QD=60.0698;RBI=0.0103186;REFB=-0.0234228;REVB=0.0102833;RO=5;SAF=96;SAR=92;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142765;STB=0.509988;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000732038;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:198:194:5:6:188:188:0.969072:92:96:4:1:92:96:5:1 chr1 120291724 . G A 916.28 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.192;QD=55.5322;RBI=0.0911736;REFB=-0.129966;REVB=0.0854152;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00164238;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:66:0:1:62:65:0.984848:32:30:0:0:35:30:0:1 chr1 120336785 . C T 612.91 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7715;QD=61.2907;RBI=0.0562772;REFB=0;REVB=0.0125553;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288025;OID=.;OPOS=120336785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 120378678 . C T 894.06 PASS AF=0.586957;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=138;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.000151579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7857;QD=25.9148;RBI=0.013499;REFB=0.0106728;REVB=0.0134982;RO=57;SAF=33;SAR=48;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380207;STB=0.520679;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00868816;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:57:57:81:81:0.586957:48:33:26:31:48:33:26:31 chr1 120384205 . A G 623.44 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0259652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7031;QD=28.0197;RBI=0.0260135;REFB=0.00198772;REVB=0.00158395;RO=33;SAF=30;SAR=25;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206946;STB=0.606023;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00125893;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:33:34:55:55:0.617978:25:30:8:25:25:30:9:25 chr1 120436751 . T C 246.32 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0105216;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.443;QD=23.4587;RBI=0.010544;REFB=-0.0116807;REVB=-0.000687571;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158497;STB=0.588401;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00969585;OID=.;OPOS=120436751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:7:12:10:13:7:12 chr1 120436808 . GTTTTA GTTTA,GTTTT 119.51 PASS AF=0.583333,0;AO=13,5;DP=32;FAO=21,0;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00943073,-0.095906;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.5776,14.2112;QD=13.2794;RBI=0.0762709,1.02256;REFB=-0.130375,0.000413852;REVB=0.0756856,-1.01805;RO=8;SAF=13,0;SAR=0,5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0.220386;SSEP=0.452514,0;SSSB=0,-0.831618;STB=0.584632,0.5;STBP=0.274,1;TYPE=del,del;VARB=0.13914,0.0777087;OID=.,.;OPOS=120436809,120436813;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTA,GTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0:13,5:32:21,0:36:15:16,0:5,0:9:6:52:8:13,0:0,5:8:0 chr1 120437718 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.969;QD=61.6819;RBI=0.0945285;REFB=0;REVB=-0.0939436;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056461;OID=.;OPOS=120437718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 120437884 . A G 423.73 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0641617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9214;QD=33.8981;RBI=0.0647169;REFB=-0.0133743;REVB=-0.00845839;RO=16;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734132;STB=0.539977;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00548589;OID=.;OPOS=120437884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:17:17:6:10:17:17:6:10 chr1 120439109 . G C 509.4 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0100437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.319;QD=23.6932;RBI=0.0250327;REFB=-0.0211581;REVB=-0.0229295;RO=38;SAF=18;SAR=30;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750943;STB=0.541123;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.015318;OID=.;OPOS=120439109;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:30:18:11:27:30:18:11:27 chr1 120455441 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.722;QD=58.6006;RBI=0.0223158;REFB=0;REVB=0.0221514;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44337e-05;OID=.;OPOS=120455441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr1 120457501 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0183318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5441;QD=16.9232;RBI=0.0284212;REFB=-0.00200275;REVB=-0.0217189;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147115;STB=0.582732;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00158412;OID=.;OPOS=120457501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:20:20:22:12:20:20 chr1 120458004 . A T 475.78 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00324996;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.08;QD=19.2233;RBI=0.012897;REFB=-0.0129937;REVB=-0.0124808;RO=45;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501005;STB=0.514919;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00898723;OID=.;OPOS=120458004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:50:48:49:0.494949:25:23:19:26:26:23:22:28 chr1 120458924 . G A 200.89 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00147453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.846;QD=20.6042;RBI=0.0427803;REFB=-0.0385801;REVB=0.0427549;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112613;STB=0.56362;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0235341;OID=.;OPOS=120458924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:10:9:7:13:10:9 chr1 120539331 . C T 1013.41 PASS AF=0.502439;AO=103;DP=205;FAO=103;FDP=205;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.00456505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.9;QD=19.7739;RBI=0.0113264;REFB=-0.0244704;REVB=0.0103657;RO=102;SAF=50;SAR=53;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398246;STB=0.521867;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0243799;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:102:102:103:103:0.502439:53:50:54:48:53:50:54:48 chr1 120611830 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0593767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.319;QD=23.2183;RBI=0.104276;REFB=0.0370271;REVB=0.0857196;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00230374;OID=.;OPOS=120611830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr1 120611876 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0621026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7134;QD=18.771;RBI=0.0758913;REFB=-0.103286;REVB=-0.0436206;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0128909;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chr1 121116688 . A G 368.43 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=128;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0187121;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.032;QD=11.6042;RBI=0.0305358;REFB=-0.0166753;REVB=0.0241308;RO=78;SAF=35;SAR=10;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264711;STB=0.672718;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.029192;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:78:82:45:45:0.354331:10:35:45:33:10:35:45:37 chr1 121116733 . A G 177.39 PASS AF=0.196078;AO=30;DP=153;FAO=30;FDP=153;FR=.;FRO=123;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.0369725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.614;QD=4.63779;RBI=0.0370704;REFB=0.00061112;REVB=0.0026924;RO=123;SAF=19;SAR=11;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959028;STB=0.560558;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00344543;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:123:123:30:30:0.196078:11:19:69:54:11:19:69:54 chr1 144014051 . G A 442.26 PASS AF=0.353741;AO=52;DP=147;FAO=52;FDP=147;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0201748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2618;QD=12.0343;RBI=0.0202102;REFB=-0.00173363;REVB=0.0011968;RO=95;SAF=26;SAR=26;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773667;STB=0.544201;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00315355;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:95:95:52:52:0.353741:26:26:54:41:26:26:54:41 chr1 144014068 . T C 863.79 PASS AF=0.641667;AO=77;DP=120;FAO=77;FDP=120;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0337815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.635;QD=28.793;RBI=0.0410049;REFB=-0.010306;REVB=0.0232424;RO=42;SAF=32;SAR=45;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133413;STB=0.568115;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00485986;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:42:43:77:77:0.641667:45:32:26:16:45:32:26:17 chr1 144534038 . A G 314.52 PASS AF=0.205323;AO=54;DP=261;FAO=54;FDP=263;FR=.;FRO=209;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=119;FSRR=90;FWDB=-0.0277198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.421;QD=4.78358;RBI=0.0340248;REFB=-0.0115795;REVB=-0.0197306;RO=204;SAF=28;SAR=26;SRF=116;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646916;STB=0.540579;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0552924;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:204:209:54:54:0.205323:26:28:116:88:26:28:119:90 chr1 144534045 . T C 2467.3 PASS AF=0.681208;AO=198;DP=291;FAO=203;FDP=298;FR=.;FRO=95;FSAF=119;FSAR=84;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.00513803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.028;QD=33.1182;RBI=0.0287281;REFB=-0.0200982;REVB=0.0282649;RO=91;SAF=117;SAR=81;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151996;STB=0.501074;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00811601;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:298:91:95:198:203:0.681208:81:117:54:37:84:119:56:39 chr1 144534076 . G A 614.79 PASS AF=0.228029;AO=96;DP=442;FAO=96;FDP=421;FR=.;FRO=325;FSAF=67;FSAR=29;FSRF=189;FSRR=136;FWDB=0.0064746;FXX=0.0475102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.715;QD=5.84124;RBI=0.00647535;REFB=-0.000232363;REVB=9.80106e-05;RO=306;SAF=67;SAR=29;SRF=185;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130889;STB=0.598225;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000804392;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:421:306:325:96:96:0.228029:29:67:185:121:29:67:189:136 chr1 144534082 . TC CT,TT 4954.16 PASS AF=0.197248,0.678899;AO=86,270;DP=453;FAO=86,296;FDP=436;FR=.;FRO=54;FSAF=44,188;FSAR=42,108;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00614001,-0.0228819;FXX=0.0375268;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=207.766,46.794;QD=45.451;RBI=0.0229214,0.0233262;REFB=-0.00208446,0.0026227;REVB=-0.0220837,0.00453104;RO=56;SAF=44,181;SAR=42,89;SRF=29;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00453322,0.0548742;STB=0.509808,0.516184;STBP=0.783,0.143;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0150511,-0.00253877;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:453:436:56:54:86,270:86,296:0.197248,0.678899:42,89:44,181:29:27:42,108:44,188:29:25 chr1 144534084 . C G 108.97 PASS AF=0.0960699;AO=39;DP=456;FAO=44;FDP=458;FR=.;FRO=414;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=243;FSRR=171;FWDB=-0.00921321;FXX=0.017167;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.977;QD=0.951705;RBI=0.0264039;REFB=-0.00102757;REVB=-0.0247444;RO=382;SAF=24;SAR=15;SRF=224;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361807;STB=0.538072;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0704884;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:458:382:414:39:44:0.0960699:15:24:224:158:20:24:243:171 chr1 144534092 . G A 4133.89 PASS AF=0.673114;AO=347;DP=522;FAO=348;FDP=517;FR=.;FRO=169;FSAF=196;FSAR=152;FSRF=98;FSRR=71;FWDB=0.00881048;FXX=0.00957836;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.801;QD=31.9837;RBI=0.00887431;REFB=-0.0104698;REVB=-0.00106239;RO=130;SAF=195;SAR=152;SRF=84;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440446;STB=0.505543;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0106535;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:517:130:169:347:348:0.673114:152:195:84:46:152:196:98:71 chr1 144534096 . T C 4188.36 PASS AF=0.655556;AO=351;DP=543;FAO=354;FDP=540;FR=.;FRO=186;FSAF=211;FSAR=143;FSRF=96;FSRR=90;FWDB=0.00303294;FXX=0.00917414;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.554;QD=31.0249;RBI=0.0031724;REFB=-0.00621774;REVB=-0.00093029;RO=166;SAF=211;SAR=140;SRF=95;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179908;STB=0.528269;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00355112;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:543:540:166:186:351:354:0.655556:140:211:95:71:143:211:96:90 chr1 144534141 . A T 493.11 PASS AF=0.153179;AO=105;DP=690;FAO=106;FDP=692;FR=.;FRO=586;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=325;FSRR=261;FWDB=-0.0047862;FXX=0.0028818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.862;QD=2.85037;RBI=0.00881354;REFB=-0.00238729;REVB=-0.00740073;RO=578;SAF=46;SAR=59;SRF=320;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14918;STB=0.60118;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0171741;OID=.;OPOS=144534141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:690:692:578:586:105:106:0.153179:59:46:320:258:60:46:325:261 chr1 144534186 . TCG T 667.66 PASS AF=0.193146;AO=116;DP=656;FAO=124;FDP=642;FR=.;FRO=518;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=261;FSRR=257;FWDB=-0.018738;FXX=0.0168451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.917;QD=4.15988;RBI=0.0234257;REFB=-0.00821642;REVB=-0.0140589;RO=492;SAF=59;SAR=57;SRF=255;SRR=237;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.503392;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.0340874;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193146:116:656:124:642:518:63:61:261:257:99:492:59:57:255:237 chr1 144617251 . A G 392.05 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.015754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8322;QD=20.6341;RBI=0.0309207;REFB=-0.0486451;REVB=-0.0266064;RO=33;SAF=26;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260514;STB=0.637862;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0309942;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:36:40:40:0.526316:14:26:11:22:14:26:13:23 chr1 144618123 . C T 156.73 PASS AF=0.15736;AO=31;DP=196;FAO=31;FDP=197;FR=.;FRO=166;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=104;FWDB=0.00905042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.715;QD=3.18236;RBI=0.0193333;REFB=-0.00945172;REVB=-0.0170841;RO=164;SAF=9;SAR=22;SRF=61;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117433;STB=0.579323;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.056636;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:164:166:31:31:0.15736:22:9:61:103:22:9:62:104 chr1 144618144 . A G 2201.8 PASS AF=0.966443;AO=143;DP=147;FAO=144;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0180593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.47;QD=59.1087;RBI=0.0255601;REFB=-0.128269;REVB=0.018088;RO=3;SAF=56;SAR=87;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238985;STB=0.500146;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00099863;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:147:149:3:5:143:144:0.966443:87:56:1:2:87:57:2:3 chr1 144619346 . G A 461.82 PASS AF=0.394161;AO=45;DP=128;FAO=54;FDP=137;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00509359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.92;QD=13.4838;RBI=0.00881595;REFB=-0.0173698;REVB=0.00719558;RO=73;SAF=27;SAR=18;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102966;STB=0.54065;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0284473;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:137:73:83:45:54:0.394161:18:27:37:36:25:29:39:44 chr1 144619354 . C T 543.69 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.015088;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.091;QD=14.3076;RBI=0.0258218;REFB=-0.0458463;REVB=-0.0209552;RO=88;SAF=31;SAR=31;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356206;STB=0.526307;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0297973;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:88:90:62:62:0.407895:31:31:41:47:31:31:41:49 chr1 144811810 . A G 85.03 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0182794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1215;QD=22.675;RBI=0.0389791;REFB=0.00176274;REVB=0.0344272;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.533267;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=2.44919e-05;OID=.;OPOS=144811810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:15:5:5:9:10:0.666667:5:4:2:3:5:5:2:3 chr1 144811823 . A C 61.18 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0628673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3709;QD=7.64779;RBI=0.0743385;REFB=-0.017488;REVB=0.0396725;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636181;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0613942;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:22:23:9:9:0.28125:4:5:11:11:4:5:11:12 chr1 144811827 . G A 117.4 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0056366;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4907;QD=11.4532;RBI=0.0686184;REFB=-0.0249304;REVB=-0.0683865;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296713;STB=0.653761;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0096468;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:10:17:5:9:11:16 chr1 144811836 . G A 706.69 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00757538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.716;QD=58.8909;RBI=0.0485837;REFB=-0.0200142;REVB=0.0479894;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391372;STB=0.520824;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0014329;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:48:2:2:46:46:0.958333:23:23:2:0:23:23:2:0 chr1 144811924 . T G 2322.43 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186586;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5819;QD=63.1953;RBI=0.0188395;REFB=-0.0270785;REVB=-0.00260404;RO=0;SAF=75;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000333228;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:147:0:1:146:146:0.993197:71:75:0:0:71:75:1:0 chr1 144852390 . C T 181.89 PASS AF=0.243478;AO=28;DP=115;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00125165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.193;QD=6.32671;RBI=0.0191122;REFB=-0.00995067;REVB=-0.0190711;RO=87;SAF=14;SAR=14;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501006;STB=0.530413;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0274444;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:87:87:28:28:0.243478:14:14:40:47:14:14:40:47 chr1 144852450 . G A 46.29 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=138;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=-0.0182419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.149;QD=1.32258;RBI=0.0288557;REFB=-0.00355926;REVB=0.0223581;RO=125;SAF=5;SAR=8;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066628;STB=0.559726;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0600938;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:138:140:125:127:13:13:0.0928571:8:5:55:70:8:5:57:70 chr1 144852476 . TG CA,CG 432.63 PASS AF=0.138889,0.324074;AO=15,33;DP=106;FAO=15,35;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=6,22;FSAR=9,13;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0113716,-0.000510145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=138.954,105.564;QD=16.0232;RBI=0.0507229,0.0535499;REFB=-0.0117105,-0.0114013;REVB=-0.0494318,-0.0535475;RO=57;SAF=6,20;SAR=9,13;SRF=23;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00454349,0.221626;STB=0.502853,0.643429;STBP=0.99,0.034;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0128295,0.0145142;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:108:57:58:15,33:15,35:0.138889,0.324074:9,13:6,20:23:34:9,13:6,22:23:35 chr1 144852518 . C T 60.22 PASS AF=0.137931;AO=11;DP=86;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0176088;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7768;QD=2.76855;RBI=0.017822;REFB=-0.000789313;REVB=-0.00274793;RO=69;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114048;STB=0.543616;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00518398;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:86:87:69:75:11:12:0.137931:6:5:32:37:7:5:35:40 chr1 144852522 . C T 60.55 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00888006;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.3;QD=2.88325;RBI=0.0119843;REFB=-0.00323911;REVB=-0.00804789;RO=72;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694295;STB=0.548112;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0199017;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:7:5:34:38:7:5:34:38 chr1 144854180 . T C 629.05 PASS AF=0.233491;AO=99;DP=424;FAO=99;FDP=424;FR=.;FRO=325;FSAF=69;FSAR=30;FSRF=151;FSRR=174;FWDB=-0.0133197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5275;QD=5.93441;RBI=0.0133827;REFB=-0.00892729;REVB=0.00129709;RO=324;SAF=69;SAR=30;SRF=151;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298179;STB=0.680752;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0275396;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:424:324:325:99:99:0.233491:30:69:151:173:30:69:151:174 chr1 144854528 . A G 57.55 PASS AF=0.097561;AO=15;DP=161;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=93;FWDB=-0.0182324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.846;QD=1.40363;RBI=0.0208096;REFB=-0.00325387;REVB=0.0100308;RO=146;SAF=7;SAR=8;SRF=53;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126151;STB=0.561247;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0228812;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:161:164:146:148:15:16:0.097561:8:7:53:93:9:7:55:93 chr1 144854537 . T C 89.84 PASS AF=0.119565;AO=21;DP=183;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=100;FWDB=-0.00926748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.099;QD=1.95305;RBI=0.0463812;REFB=-0.00437019;REVB=-0.0454459;RO=161;SAF=9;SAR=12;SRF=62;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557173;STB=0.524205;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0340345;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:183:184:161:162:21:22:0.119565:12:9:62:99:13:9:62:100 chr1 144854581 . T C 199.0 PASS AF=0.156489;AO=41;DP=262;FAO=41;FDP=262;FR=.;FRO=221;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=97;FSRR=124;FWDB=0.0365978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6873;QD=3.0381;RBI=0.0404652;REFB=-0.0112012;REVB=-0.0172638;RO=221;SAF=15;SAR=26;SRF=97;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974313;STB=0.564091;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0538912;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:221:221:41:41:0.156489:26:15:97:124:26:15:97:124 chr1 144854594 . G T 219.17 PASS AF=0.163569;AO=44;DP=269;FAO=44;FDP=269;FR=.;FRO=225;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=93;FSRR=132;FWDB=-0.0388613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.025;QD=3.2591;RBI=0.0405785;REFB=-0.010114;REVB=-0.0116794;RO=225;SAF=15;SAR=29;SRF=93;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991174;STB=0.564599;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0540212;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:225:225:44:44:0.163569:29:15:93:132:29:15:93:132 chr1 144854597 . TC CC,CT 459.35 PASS AF=0.306604,0;AO=38,102;DP=255;FAO=65,0;FDP=212;FR=.;FRO=147;FSAF=24,0;FSAR=41,0;FSRF=83;FSRR=64;FWDB=-0.120596,-0.0618225;FXX=0.205985;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.67,122.392;QD=8.66701;RBI=0.121775,0.0744006;REFB=-0.0369197,-0.0110681;REVB=-0.0169031,-0.0413936;RO=111;SAF=14,36;SAR=24,66;SRF=48;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0829371,-0.079954;STB=0.635111,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.121072,0.0594159;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:212:111:147:38,102:65,0:0.306604,0:24,66:14,36:48:63:41,0:24,0:83:64 chr1 144855812 . T C 72.4 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0388221;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.073;QD=4.67074;RBI=0.0396566;REFB=-0.0097912;REVB=-0.00809267;RO=48;SAF=6;SAR=6;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0309004;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:63:62:48:50:12:12:0.193548:6:6:23:25:6:6:25:25 chr1 144865850 . G T 1322.97 PASS AF=0.423077;AO=141;DP=340;FAO=143;FDP=338;FR=.;FRO=195;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=87;FSRR=108;FWDB=-0.0115397;FXX=0.0116956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.094;QD=15.6564;RBI=0.0131092;REFB=-0.00666377;REVB=0.00621988;RO=198;SAF=76;SAR=65;SRF=87;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104087;STB=0.553126;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00946487;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:338:198:195:141:143:0.423077:65:76:87:111:66:77:87:108 chr1 144866643 . G A 683.98 PASS AF=0.45122;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.00468734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.695;QD=16.6825;RBI=0.00985221;REFB=-0.0312085;REVB=0.00866572;RO=87;SAF=34;SAR=40;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336094;STB=0.508303;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0216837;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:87:90:74:74:0.45122:40:34:37:50:40:34:40:50 chr1 144866662 . T C 670.45 PASS AF=0.459459;AO=66;DP=145;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00302227;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.714;QD=18.1203;RBI=0.0258722;REFB=-0.0120638;REVB=-0.025695;RO=78;SAF=34;SAR=32;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896118;STB=0.541654;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0174708;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:78:80:66:68:0.459459:32:34:33:45:33:35:35:45 chr1 144868170 . C T 353.8 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00623669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.589;QD=18.6208;RBI=0.00707461;REFB=-0.0117183;REVB=0.00333973;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356588;STB=0.526002;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0143767;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:19:18:17:21:19:18:17:22 chr1 144871738 . C A 206.45 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.00324413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.882;QD=7.43959;RBI=0.010892;REFB=-0.0128761;REVB=-0.0103977;RO=79;SAF=16;SAR=14;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601543;STB=0.534523;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.047437;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:79:81:30:30:0.27027:14:16:46:33:14:16:47:34 chr1 144871755 . A T 107.9 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00770648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.225;QD=4.64076;RBI=0.0126412;REFB=-0.0035936;REVB=-0.0100205;RO=73;SAF=3;SAR=15;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550591;STB=0.852871;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0365782;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:75:18:18:0.193548:15:3:45:28:15:3:47:28 chr1 144871782 . A G 133.99 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0384457;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.098;QD=6.0904;RBI=0.0384977;REFB=-0.0147407;REVB=-0.00199986;RO=64;SAF=4;SAR=16;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473475;STB=0.7997;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0394416;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:68:20:20:0.227273:16:4:37:27:16:4:40:28 chr1 144873887 . C T 1000.64 PASS AF=0.384868;AO=117;DP=303;FAO=117;FDP=304;FR=.;FRO=187;FSAF=88;FSAR=29;FSRF=144;FSRR=43;FWDB=-0.00375048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3861;QD=13.1663;RBI=0.0258044;REFB=-0.0147767;REVB=-0.0255303;RO=182;SAF=88;SAR=29;SRF=144;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589131;STB=0.515001;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0270269;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:304:182:187:117:117:0.384868:29:88:144:38:29:88:144:43 chr1 144873957 . GCCCCCT GCCCCC,GCCCCT 462.11 PASS AF=0.246479,0.0316901;AO=44,50;DP=285;FAO=70,9;FDP=284;FR=.;FRO=205;FSAF=39,4;FSAR=31,5;FSRF=176;FSRR=29;FWDB=-0.0198589,-0.0381944;FXX=0.0104526;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=56.994,10.1844;QD=6.50863;RBI=0.0198753,0.270815;REFB=-0.0757419,-0.110324;REVB=-0.000806936,-0.268108;RO=144;SAF=29,29;SAR=15,21;SRF=141;SRR=3;SSEN=0,0.461538;SSEP=0,0;SSSB=-0.600563,-0.61524;STB=0.740094,0.868319;STBP=0.002,0.248;TYPE=del,del;VARB=0.0558878,0.122329;OID=.,.;OPOS=144873963,144873958;OREF=T,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246479,0.0316901:44,50:285:70,9:284:205:39,4:31,5:176:29:99:144:29,29:15,21:141:3 chr1 144874760 . T C 790.05 PASS AF=0.5;AO=81;DP=161;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0037241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.263;QD=19.5075;RBI=0.0193679;REFB=-0.0220952;REVB=-0.0190065;RO=80;SAF=44;SAR=37;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391627;STB=0.524764;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0313747;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:80:81:81:81:0.5:37:44:40:40:37:44:40:41 chr1 144874815 . T C 227.35 PASS AF=0.229299;AO=36;DP=157;FAO=36;FDP=157;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=49;FWDB=-0.0156334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.704;QD=5.79224;RBI=0.0232872;REFB=-0.00691235;REVB=-0.0172595;RO=118;SAF=17;SAR=19;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141267;STB=0.593908;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0259285;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:118:121:36:36:0.229299:19:17:69:49:19:17:72:49 chr1 144875979 . G C 285.99 PASS AF=0.251462;AO=43;DP=171;FAO=43;FDP=171;FR=.;FRO=128;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.0109973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.091;QD=6.68978;RBI=0.0154852;REFB=-0.00320299;REVB=-0.0109018;RO=127;SAF=19;SAR=24;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116377;STB=0.566744;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00640073;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:127:128:43:43:0.251462:24:19:68:59:24:19:68:60 chr1 144877176 . C T 535.37 PASS AF=0.289683;AO=73;DP=250;FAO=73;FDP=252;FR=.;FRO=179;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=96;FSRR=83;FWDB=-0.00267397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.166;QD=8.49787;RBI=0.0341616;REFB=0.000166043;REVB=-0.0340568;RO=172;SAF=28;SAR=45;SRF=92;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183325;STB=0.608874;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000630121;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:172:179:73:73:0.289683:45:28:92:80:45:28:96:83 chr1 144879264 . A G 2016.63 PASS AF=0.79397;AO=142;DP=189;FAO=158;FDP=199;FR=.;FRO=41;FSAF=57;FSAR=101;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0185203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.991;QD=40.5354;RBI=0.0420736;REFB=-0.0196481;REVB=0.0377782;RO=36;SAF=53;SAR=89;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494028;STB=0.509809;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00596247;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:199:36:41:142:158:0.79397:89:53:13:23:101:57:13:28 chr1 144879375 . T C 586.19 PASS AF=0.388571;AO=68;DP=175;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.0389754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6111;QD=13.3986;RBI=0.0417803;REFB=-0.00649813;REVB=0.0150504;RO=106;SAF=24;SAR=44;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926064;STB=0.549985;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00957637;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:106:107:68:68:0.388571:44:24:46:60:44:24:46:61 chr1 144882581 . A G 1169.08 PASS AF=0.462406;AO=122;DP=266;FAO=123;FDP=266;FR=.;FRO=143;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.00854256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.26;QD=17.5802;RBI=0.0161873;REFB=-0.0144822;REVB=-0.0137497;RO=143;SAF=59;SAR=63;SRF=76;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467024;STB=0.523457;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0145795;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:143:143:122:123:0.462406:63:59:76:67:63:60:76:67 chr1 144882823 . C T 696.38 PASS AF=0.457317;AO=74;DP=162;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=60;FWDB=-0.00978602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.411;QD=16.9848;RBI=0.0103423;REFB=-0.0193904;REVB=0.00334606;RO=85;SAF=17;SAR=57;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138292;STB=0.559858;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0230887;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:85:89:74:75:0.457317:57:17:29:56:57:18:29:60 chr1 144886197 . A T 521.53 PASS AF=0.362069;AO=63;DP=174;FAO=63;FDP=174;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=-0.0160973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.779;QD=11.9892;RBI=0.0164139;REFB=-0.0148761;REVB=-0.00320834;RO=111;SAF=25;SAR=38;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032416;STB=0.518427;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0248253;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:111:111:63:63:0.362069:38:25:41:70:38:25:41:70 chr1 144892089 . G T 188.98 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0327514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6587;QD=11.2824;RBI=0.0452955;REFB=0.00410232;REVB=-0.0312895;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130586;STB=0.58697;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0116849;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:43:24:24:0.358209:13:11:14:27:13:11:14:29 chr1 144892149 . G A 287.85 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00358109;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.647;QD=13.3884;RBI=0.016755;REFB=-0.00241883;REVB=-0.0163678;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304365;STB=0.636096;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00394401;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:53:33:33:0.383721:15:18:12:36:15:18:17:36 chr1 144909956 . G A 267.79 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0323972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3647;QD=16.2298;RBI=0.0461437;REFB=0.00186882;REVB=-0.0328583;RO=36;SAF=6;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236643;STB=0.634821;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00406952;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:24:6:14:22:24:6:14:22 chr1 144912153 . A G 3593.09 PASS AF=0.991342;AO=227;DP=230;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0016982;FXX=0.01282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.494;QD=62.2181;RBI=0.0306781;REFB=-0.00124012;REVB=0.030631;RO=1;SAF=115;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423577;STB=0.504386;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000104506;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:230:231:1:2:227:229:0.991342:112:115:0:1:113:116:0:2 chr1 144912233 . C T 800.41 PASS AF=0.444444;AO=84;DP=191;FAO=84;FDP=189;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0153712;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.267;QD=16.94;RBI=0.0154463;REFB=-0.000524575;REVB=-0.00152172;RO=105;SAF=28;SAR=56;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112527;STB=0.562722;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000574673;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:105:105:84:84:0.444444:56:28:46:59:56:28:46:59 chr1 144915561 . G A 1578.7 PASS AF=0.508039;AO=157;DP=311;FAO=158;FDP=311;FR=.;FRO=153;FSAF=85;FSAR=73;FSRF=88;FSRR=65;FWDB=-0.00545706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.762;QD=20.3048;RBI=0.00890582;REFB=-0.0144537;REVB=0.00703805;RO=153;SAF=85;SAR=72;SRF=88;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307415;STB=0.518451;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0147639;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:153:153:157:158:0.508039:72:85:88:65:73:85:88:65 chr1 144915623 . AG A,AA 1004.31 PASS AF=0.373832,0.140187;AO=78,31;DP=215;FAO=80,30;FDP=214;FR=.;FRO=104;FSAF=42,15;FSAR=38,15;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.00733838,0.02801;FXX=0.00465095;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.621,127.949;QD=18.7722;RBI=0.0132226,0.028872;REFB=-0.015109,-0.0105427;REVB=-0.0109994,-0.0070024;RO=102;SAF=42,15;SAR=36,16;SRF=54;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00924217,-0.057152;STB=0.502179,0.522373;STBP=0.968,0.792;TYPE=del,snp;VARB=0.011484,0.00528193;OID=.,.;OPOS=144915624,144915624;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373832,0.140187:78,31:215:80,30:214:104:42,15:38,15:55:49:99:102:42,15:36,16:54:48 chr1 144916676 . C T 206.84 PASS AF=0.147157;AO=44;DP=300;FAO=44;FDP=299;FR=.;FRO=255;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=119;FSRR=136;FWDB=-0.0540213;FXX=0.00333322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.344;QD=2.7671;RBI=0.0636482;REFB=-0.00661619;REVB=-0.033657;RO=254;SAF=23;SAR=21;SRF=118;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746568;STB=0.54768;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0347004;OID=.;OPOS=144916676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:254:255:44:44:0.147157:21:23:118:136:21:23:119:136 chr1 144916748 . C G 682.95 PASS AF=0.410811;AO=75;DP=184;FAO=76;FDP=185;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=68;FWDB=0.0197656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2761;QD=14.7664;RBI=0.0205391;REFB=-0.0145971;REVB=0.00558366;RO=109;SAF=27;SAR=48;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183761;STB=0.513323;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0261647;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:109:109:75:76:0.410811:48:27:41:68:49:27:41:68 chr1 144917546 . A G 684.84 PASS AF=0.472603;AO=68;DP=145;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.00828712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6703;QD=18.7626;RBI=0.0145212;REFB=-0.0225729;REVB=-0.0119243;RO=76;SAF=32;SAR=36;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904892;STB=0.556595;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0246927;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:76:77:68:69:0.472603:36:32:43:33:37:32:44:33 chr1 144917827 . CA C 41.5 PASS AF=0.147059;AO=20;DP=139;FAO=20;FDP=136;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.00039309;FXX=0.0215812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.772;QD=1.22068;RBI=0.0138144;REFB=-0.00856474;REVB=-0.0138088;RO=114;SAF=8;SAR=12;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833798;STB=0.51332;STBP=0.905;TYPE=del;VARB=0.048799;OID=.;OPOS=144917828;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:20:139:20:136:116:9:11:54:62:41:114:8:12:53:61 chr1 144917841 . T C 571.73 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.013817;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.675;QD=15.7718;RBI=0.0141877;REFB=-0.0198206;REVB=0.00322206;RO=83;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598491;STB=0.536673;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0322718;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:84:61:61:0.42069:31:30:36:47:31:30:36:48 chr1 144918957 . T A 366.17 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00935254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.87;QD=16.2742;RBI=0.0205593;REFB=-0.00544602;REVB=0.0183089;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111356;STB=0.562469;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00679021;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:21:18:18:33:21:18:18:33 chr1 144921924 . G A 456.15 PASS AF=0.261905;AO=66;DP=251;FAO=66;FDP=252;FR=.;FRO=186;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=113;FSRR=73;FWDB=-0.0192118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9201;QD=7.24053;RBI=0.0243821;REFB=-0.00251114;REVB=0.0150131;RO=179;SAF=42;SAR=24;SRF=110;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288792;STB=0.522703;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0101307;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:179:186:66:66:0.261905:24:42:110:69:24:42:113:73 chr1 144922187 . G A 562.86 PASS AF=0.295019;AO=77;DP=262;FAO=77;FDP=261;FR=.;FRO=184;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=86;FSRR=98;FWDB=-0.0186139;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.625;QD=8.62625;RBI=0.0223118;REFB=-0.0026694;REVB=-0.012302;RO=182;SAF=39;SAR=38;SRF=84;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542882;STB=0.527544;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00498127;OID=.;OPOS=144922187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:182:184:77:77:0.295019:38:39:84:98:38:39:86:98 chr1 144922523 . C T 107.61 PASS AF=0.136364;AO=24;DP=176;FAO=24;FDP=176;FR=.;FRO=152;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=87;FSRR=65;FWDB=-0.0130397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.472;QD=2.44567;RBI=0.0298515;REFB=0.000476106;REVB=-0.0268529;RO=150;SAF=14;SAR=10;SRF=85;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215455;STB=0.509701;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00583987;OID=.;OPOS=144922523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:150:152:24:24:0.136364:10:14:85:65:10:14:87:65 chr1 144922583 . G A 681.54 PASS AF=0.426136;AO=74;DP=174;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.00740854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6749;QD=15.4896;RBI=0.0196561;REFB=-0.0122643;REVB=-0.0182065;RO=95;SAF=41;SAR=33;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811901;STB=0.531799;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0169786;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:95:101:74:75:0.426136:33:41:45:50:33:42:51:50 chr1 144923728 . GT G 395.32 PASS AF=0.292899;AO=96;DP=346;FAO=99;FDP=338;FR=.;FRO=239;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=120;FSRR=119;FWDB=0.0939355;FXX=0.0287348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0076;QD=4.67833;RBI=0.115315;REFB=0.0130623;REVB=-0.0668857;RO=232;SAF=34;SAR=62;SRF=114;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171192;STB=0.584884;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=-0.0257058;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292899:96:346:99:338:239:38:61:120:119:99:232:34:62:114:118 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1479.23 PASS AF=1;AO=94;DP=167;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420314;FXX=0.225788;HRUN=1;LEN=14;MLLD=339.879;QD=61.6344;RBI=0.0424636;REFB=0;REVB=0.00604352;RO=53;SAF=33;SAR=61;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.02083e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:167:96:96:0:35:61:0:0:8:53:33:61:39:14 chr1 144930596 . C A 762.13 PASS AF=0.425;AO=82;DP=201;FAO=85;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=-0.00740536;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.857;QD=15.2426;RBI=0.00927835;REFB=-0.017505;REVB=0.00559004;RO=86;SAF=56;SAR=26;SRF=69;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135829;STB=0.533811;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0290255;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:86:115:82:85:0.425:26:56:69:17:28:57:71:44 chr1 144930940 . T C 370.17 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0381573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7495;QD=14.9564;RBI=0.0382082;REFB=0.0176079;REVB=-0.00197124;RO=58;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180349;STB=0.515144;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0266121;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:59:40:40:0.40404:20:20:28:30:20:20:28:31 chr1 144931330 . C T 503.23 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=168;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=-0.0217248;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.422;QD=12.0535;RBI=0.0413098;REFB=-0.00769428;REVB=0.0351359;RO=104;SAF=37;SAR=24;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000915668;STB=0.501849;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.015676;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:104:106:61:61:0.365269:24:37:63:41:24:37:64:42 chr1 144931392 . G A 526.28 PASS AF=0.372781;AO=63;DP=169;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.0182778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3704;QD=12.4564;RBI=0.0211775;REFB=0.00476863;REVB=-0.0106961;RO=105;SAF=32;SAR=31;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701439;STB=0.542414;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00671196;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:105:106:63:63:0.372781:31:32:60:45:31:32:61:45 chr1 144952220 . C T 69.26 PASS AF=0.135922;AO=9;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=26;FWDB=-0.028734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.551;QD=2.68974;RBI=0.0316833;REFB=-0.00308964;REVB=-0.0133489;RO=80;SAF=6;SAR=3;SRF=58;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813047;STB=0.624472;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0412963;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:80:89:9:14:0.135922:3:6:58:22:6:8:63:26 chr1 144994658 . C A 1263.05 PASS AF=0.586207;AO=118;DP=203;FAO=119;FDP=203;FR=.;FRO=84;FSAF=76;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0142732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.377;QD=24.8877;RBI=0.0324367;REFB=-0.0156142;REVB=0.0291276;RO=85;SAF=76;SAR=42;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841891;STB=0.539899;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0131202;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:85:84:118:119:0.586207:42:76:46:39:43:76:46:38 chr1 145014103 . G C 418.6 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00066219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.28;QD=14.4344;RBI=0.0452776;REFB=-0.0159226;REVB=0.0452727;RO=68;SAF=31;SAR=17;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956127;STB=0.553969;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0250746;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:48:48:0.413793:17:31:38:30:17:31:38:30 chr1 145014263 . C T 399.45 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=118;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0146659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9774;QD=12.6809;RBI=0.0329484;REFB=-0.0385694;REVB=0.0295044;RO=78;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04504;STB=0.501008;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.062359;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:126:78:78:40:48:0.380952:21:19:34:44:27:21:34:44 chr1 145018023 . G T 442.6 PASS AF=0.479167;AO=44;DP=94;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00610936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2433;QD=18.4416;RBI=0.0169524;REFB=-0.0214774;REVB=0.0158133;RO=46;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594198;STB=0.540424;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0763271;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:46:50:44:46:0.479167:23:21:19:27:25:21:19:31 chr1 145038952 . C T 549.17 PASS AF=0.39759;AO=61;DP=161;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00581215;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.306;QD=13.233;RBI=0.00786682;REFB=-0.0100117;REVB=-0.00530148;RO=100;SAF=15;SAR=46;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210948;STB=0.583341;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0188688;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:166:100:100:61:66:0.39759:46:15:41:59:47:19:41:59 chr1 145038954 . G T 54.24 PASS AF=0.0963855;AO=17;DP=154;FAO=16;FDP=166;FR=.;FRO=150;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=94;FWDB=-0.0311648;FXX=0.00598767;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9749;QD=1.30705;RBI=0.0341911;REFB=-0.0048405;REVB=0.0140636;RO=136;SAF=5;SAR=12;SRF=47;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715778;STB=0.629198;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0523405;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:154:166:136:150:17:16:0.0963855:12:5:47:89:12:4:56:94 chr1 145039562 . C T 376.52 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0358318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.047;QD=16.0222;RBI=0.0358894;REFB=-0.0219909;REVB=-0.00203272;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738188;STB=0.541646;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0392229;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:25:15:24:30:25:15:24:30 chr1 145075683 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0086733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.41;QD=15.643;RBI=0.0144933;REFB=-0.038938;REVB=-0.0116117;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210881;STB=0.621498;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0405034;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:13:16:7:13:13:16 chr1 145075854 . G C 201.33 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0269766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.38;QD=20.6491;RBI=0.0286404;REFB=-0.0224135;REVB=-0.00961945;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967875;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0197453;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:7:12:10:9:8:12:10:9 chr1 145103928 . G A 193.14 PASS AF=0.172897;AO=37;DP=211;FAO=37;FDP=214;FR=.;FRO=177;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=77;FSRR=100;FWDB=-0.0382717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.403;QD=3.61014;RBI=0.0447054;REFB=-0.00597643;REVB=-0.0231051;RO=174;SAF=19;SAR=18;SRF=77;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913564;STB=0.564701;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0376426;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:174:177:37:37:0.172897:18:19:77:97:18:19:77:100 chr1 145103947 . T C 416.95 PASS AF=0.278302;AO=59;DP=215;FAO=59;FDP=212;FR=.;FRO=153;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=91;FWDB=-0.0124237;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.815;QD=7.8669;RBI=0.0238664;REFB=-0.00470831;REVB=-0.0203778;RO=145;SAF=30;SAR=29;SRF=59;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123373;STB=0.574321;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00805926;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:212:145:153:59:59:0.278302:29:30:59:86:29:30:62:91 chr1 145109549 . G T 537.9 PASS AF=0.170968;AO=107;DP=621;FAO=106;FDP=620;FR=.;FRO=514;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=278;FSRR=236;FWDB=-0.00674833;FXX=0.00481533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.275;QD=3.47031;RBI=0.00756891;REFB=0.000122458;REVB=0.0034276;RO=506;SAF=59;SAR=48;SRF=271;SRR=235;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207616;STB=0.513183;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000867504;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:621:620:506:514:107:106:0.170968:48:59:271:235:47:59:278:236 chr1 145109583 . C A 2350.54 PASS AF=0.391813;AO=266;DP=683;FAO=268;FDP=684;FR=.;FRO=416;FSAF=145;FSAR=123;FSRF=211;FSRR=205;FWDB=-0.000789002;FXX=0.00581387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.629;QD=13.7458;RBI=0.0739024;REFB=0.00596012;REVB=0.0738982;RO=406;SAF=144;SAR=122;SRF=211;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235059;STB=0.520645;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0105484;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:684:406:416:266:268:0.391813:122:144:211:195:123:145:211:205 chr1 145109661 . G A 560.12 PASS AF=0.195312;AO=99;DP=508;FAO=100;FDP=512;FR=.;FRO=412;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=150;FSRR=262;FWDB=-0.0147492;FXX=0.00389097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.455;QD=4.3759;RBI=0.0151635;REFB=-0.00464699;REVB=0.00352044;RO=405;SAF=39;SAR=60;SRF=144;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530119;STB=0.530472;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0211921;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:512:405:412:99:100:0.195312:60:39:144:261:60:40:150:262 chr1 145112414 . T C 215.97 PASS AF=0.213018;AO=36;DP=169;FAO=36;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=0.0426886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.495;QD=5.11176;RBI=0.0428029;REFB=-0.00529545;REVB=0.00312534;RO=132;SAF=11;SAR=25;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254461;STB=0.660701;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0137688;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:132:133:36:36:0.213018:25:11:66:66:25:11:67:66 chr1 145112420 . C T 276.66 PASS AF=0.248521;AO=42;DP=169;FAO=42;FDP=169;FR=.;FRO=127;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=0.0437608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9171;QD=6.54815;RBI=0.0443091;REFB=-0.00411914;REVB=-0.00694905;RO=124;SAF=23;SAR=19;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119203;STB=0.573837;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.017471;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:124:127:42:42:0.248521:19:23:56:68:19:23:57:70 chr1 145112428 . C T 215.88 PASS AF=0.213018;AO=36;DP=168;FAO=36;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.0222457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1367;QD=5.10967;RBI=0.0245117;REFB=-0.00350516;REVB=-0.0102934;RO=132;SAF=11;SAR=25;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254461;STB=0.660701;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.013233;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:132:133:36:36:0.213018:25:11:66:66:25:11:67:66 chr1 145112468 . A C 81.93 PASS AF=0.121795;AO=19;DP=156;FAO=19;FDP=156;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=0.00904375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.907;QD=2.10088;RBI=0.0177009;REFB=-0.00532226;REVB=-0.0152162;RO=136;SAF=11;SAR=8;SRF=55;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214464;STB=0.646057;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0363786;OID=.;OPOS=145112468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:156:156:136:137:19:19:0.121795:8:11:55:81:8:11:56:81 chr1 145112485 . C T 195.88 PASS AF=0.212329;AO=31;DP=148;FAO=31;FDP=146;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0309729;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6602;QD=5.36654;RBI=0.0395091;REFB=0.00489062;REVB=0.0245285;RO=114;SAF=8;SAR=23;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260982;STB=0.654457;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0259853;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:114:115:31:31:0.212329:23:8:51:63:23:8:50:65 chr1 145115810 . A G 2036.48 PASS AF=0.468468;AO=208;DP=444;FAO=208;FDP=444;FR=.;FRO=236;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=111;FSRR=125;FWDB=0.0124888;FXX=0.00224714;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.543;QD=18.3466;RBI=0.0150935;REFB=-0.0098178;REVB=-0.00847599;RO=236;SAF=110;SAR=98;SRF=111;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564787;STB=0.531087;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0103609;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:444:236:236:208:208:0.468468:98:110:111:125:98:110:111:125 chr1 145115820 . T C 446.46 PASS AF=0.183445;AO=81;DP=445;FAO=82;FDP=447;FR=.;FRO=365;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=184;FSRR=181;FWDB=-0.0183767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.974;QD=3.99516;RBI=0.0210105;REFB=-0.00147638;REVB=0.0101852;RO=364;SAF=43;SAR=38;SRF=183;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365399;STB=0.516569;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0130883;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:447:364:365:81:82:0.183445:38:43:183:181:39:43:184:181 chr1 145116147 . T TA 240.22 PASS AF=0.226087;AO=66;DP=346;FAO=78;FDP=345;FR=.;FRO=267;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=145;FSRR=122;FWDB=0.0755841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.741;QD=2.78513;RBI=0.0962076;REFB=0.0145095;REVB=-0.0595226;RO=265;SAF=28;SAR=38;SRF=145;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157872;STB=0.562845;STBP=0.204;TYPE=ins;VARB=-0.0518363;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226087:66:346:78:345:267:36:42:145:122:99:265:28:38:145:120 chr1 145116192 . TG T 230.99 PASS AF=0.256983;AO=96;DP=360;FAO=92;FDP=358;FR=.;FRO=266;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=139;FSRR=127;FWDB=-0.00452754;FXX=0.0055554;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7821;QD=2.58094;RBI=0.0842908;REFB=0.0102287;REVB=-0.0841691;RO=244;SAF=49;SAR=47;SRF=122;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012785;STB=0.557094;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=-0.0543147;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.256983:96:360:92:358:266:41:51:139:127:99:244:49:47:122:122 chr1 145116310 . TG GT,TT 661.8 PASS AF=0.0486111,0.506944;AO=12,44;DP=130;FAO=7,73;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=1,57;FSAR=6,16;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.036954,0.0234223;FXX=0.0335548;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=26.2497,166.549;QD=18.3834;RBI=0.0440724,0.0234561;REFB=0.0210118,-0.0211944;REVB=-0.0240162,-0.00125884;RO=61;SAF=2,39;SAR=10,5;SRF=31;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.447097,0.513758;STB=0.85264,0.642919;STBP=0.054,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0433042,0.0351383;OID=.,.;OPOS=145116310,145116311;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:130:144:61:64:12,44:7,73:0.0486111,0.506944:10,5:2,39:31:30:6,16:1,57:34:30 chr1 145116319 . G T 225.91 PASS AF=0.286822;AO=20;DP=116;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.0154886;FXX=0.0373106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.097;QD=7.00491;RBI=0.0221417;REFB=-0.0145825;REVB=0.0158227;RO=91;SAF=11;SAR=9;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418284;STB=0.505634;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0260466;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:129:91:92:20:37:0.286822:9:11:53:38:15:22:54:38 chr1 145116326 . TG GT,TT 581.5 PASS AF=0.0534351,0.458015;AO=9,44;DP=120;FAO=7,60;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=4,30;FSAR=3,30;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0317753,0.0126031;FXX=0.036762;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=17.9244,152.89;QD=17.7558;RBI=0.0734978,0.0257233;REFB=-0.0487179,-0.0129757;REVB=0.0662741,0.0224243;RO=36;SAF=8,21;SAR=1,23;SRF=26;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.31914,-0.199349;STB=0.535171,0.556433;STBP=0.854,0.24;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0390874,0.0289049;OID=.,.;OPOS=145116326,145116327;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:120:131:36:64:9,44:7,60:0.0534351,0.458015:1,23:8,21:26:10:3,30:4,30:39:25 chr1 145273302 . A G 533.33 PASS AF=0.3125;AO=70;DP=223;FAO=70;FDP=224;FR=.;FRO=154;FSAF=4;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=152;FWDB=0.0265216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7864;QD=9.52381;RBI=0.0459554;REFB=-0.0178365;REVB=-0.03753;RO=151;SAF=4;SAR=66;SRF=2;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335541;STB=0.687662;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0234126;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:151:154:70:70:0.3125:66:4:2:149:66:4:2:152 chr1 145273345 . T C 696.28 PASS AF=0.301282;AO=93;DP=311;FAO=94;FDP=312;FR=.;FRO=218;FSAF=4;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=217;FWDB=-0.0253464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5657;QD=8.92661;RBI=0.0330601;REFB=0.00153623;REVB=0.0212257;RO=216;SAF=4;SAR=89;SRF=1;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426611;STB=0.731796;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00272444;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:312:216:218:93:94:0.301282:89:4:1:215:90:4:1:217 chr1 145273431 . A G 503.6 PASS AF=0.239264;AO=78;DP=326;FAO=78;FDP=326;FR=.;FRO=248;FSAF=12;FSAR=66;FSRF=38;FSRR=210;FWDB=-0.019751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8006;QD=6.17915;RBI=0.0491563;REFB=-0.00475484;REVB=-0.0450137;RO=246;SAF=12;SAR=66;SRF=36;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185769;STB=0.500907;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0139455;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:246:248:78:78:0.239264:66:12:36:210:66:12:38:210 chr1 145281408 . C T 371.43 PASS AF=0.189655;AO=66;DP=348;FAO=66;FDP=348;FR=.;FRO=282;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=138;FSRR=144;FWDB=-0.0267084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.312;QD=4.26929;RBI=0.026728;REFB=-0.00734352;REVB=-0.00102216;RO=282;SAF=35;SAR=31;SRF=138;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529779;STB=0.533155;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0317368;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:282:282:66:66:0.189655:31:35:138:144:31:35:138:144 chr1 145281543 . C T 673.7 PASS AF=0.308772;AO=88;DP=285;FAO=88;FDP=285;FR=.;FRO=197;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=71;FSRR=126;FWDB=-0.0125921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.41;QD=9.45539;RBI=0.0129274;REFB=-0.0224795;REVB=-0.00292526;RO=197;SAF=39;SAR=49;SRF=71;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101947;STB=0.558726;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0390647;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:197:197:88:88:0.308772:49:39:71:126:49:39:71:126 chr1 145281613 . C A 300.26 PASS AF=0.228571;AO=48;DP=210;FAO=48;FDP=210;FR=.;FRO=162;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=0.0268402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5783;QD=5.71927;RBI=0.0271476;REFB=0.00435536;REVB=0.00407341;RO=162;SAF=15;SAR=33;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237436;STB=0.645;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00905717;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:162:162:48:48:0.228571:33:15:80:82:33:15:80:82 chr1 145281633 . C A 279.55 PASS AF=0.220588;AO=45;DP=204;FAO=45;FDP=204;FR=.;FRO=159;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=79;FSRR=80;FWDB=-0.0497441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.277;QD=5.48133;RBI=0.0507406;REFB=-0.0109434;REVB=-0.0100069;RO=159;SAF=14;SAR=31;SRF=79;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24348;STB=0.649695;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0321554;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:159:159:45:45:0.220588:31:14:79:80:31:14:79:80 chr1 145281656 . A T 219.75 PASS AF=0.219512;AO=36;DP=164;FAO=36;FDP=164;FR=.;FRO=128;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=-0.0323078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0168;QD=5.35964;RBI=0.0386616;REFB=-0.0189504;REVB=-0.021235;RO=127;SAF=11;SAR=25;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285576;STB=0.678594;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0521073;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:127:128:36:36:0.219512:25:11:67:60:25:11:68:60 chr1 145290409 . G A 207.74 PASS AF=0.159851;AO=41;DP=268;FAO=43;FDP=269;FR=.;FRO=226;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=105;FSRR=121;FWDB=-0.0128828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.544;QD=3.0891;RBI=0.0142123;REFB=0.000482497;REVB=-0.00600202;RO=217;SAF=16;SAR=25;SRF=101;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09859;STB=0.579732;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0018626;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:217:226:41:43:0.159851:25:16:101:116:27:16:105:121 chr1 145290498 . T G 152.27 PASS AF=0.151961;AO=31;DP=203;FAO=31;FDP=204;FR=.;FRO=173;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=91;FWDB=0.0338419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.238;QD=2.98567;RBI=0.03398;REFB=-0.00202253;REVB=-0.00306008;RO=171;SAF=8;SAR=23;SRF=82;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296157;STB=0.694034;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0120889;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:171:173:31:31:0.151961:23:8:82:89:23:8:82:91 chr1 145293425 . C A 298.46 PASS AF=0.186207;AO=54;DP=290;FAO=54;FDP=290;FR=.;FRO=236;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=118;FSRR=118;FWDB=0.00274645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.68;QD=4.11662;RBI=0.0106017;REFB=0.000504888;REVB=-0.0102397;RO=235;SAF=25;SAR=29;SRF=117;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451613;STB=0.53016;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0032701;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:235:236:54:54:0.186207:29:25:117:118:29:25:118:118 chr1 145293469 . G C 500.13 PASS AF=0.166113;AO=100;DP=601;FAO=100;FDP=602;FR=.;FRO=502;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=252;FSRR=250;FWDB=-0.00405843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.225;QD=3.3231;RBI=0.0270063;REFB=-0.00306681;REVB=-0.0266996;RO=499;SAF=56;SAR=44;SRF=249;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795141;STB=0.548498;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0256003;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:602:499:502:100:100:0.166113:44:56:249:250:44:56:252:250 chr1 145293490 . G C 432.11 PASS AF=0.143687;AO=99;DP=689;FAO=99;FDP=689;FR=.;FRO=590;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=309;FSRR=281;FWDB=-0.0347704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.483;QD=2.50862;RBI=0.04341;REFB=-0.00813532;REVB=-0.0259895;RO=583;SAF=60;SAR=39;SRF=305;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108618;STB=0.571567;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0511723;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:689:689:583:590:99:99:0.143687:39:60:305:278:39:60:309:281 chr1 145293498 . G C 379.1 PASS AF=0.134615;AO=91;DP=684;FAO=91;FDP=676;FR=.;FRO=585;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=308;FSRR=277;FWDB=-0.00807299;FXX=0.014577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.386;QD=2.24319;RBI=0.0275111;REFB=-0.00404783;REVB=0.0263;RO=559;SAF=53;SAR=38;SRF=297;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666466;STB=0.548932;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0202276;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:684:676:559:585:91:91:0.134615:38:53:297:262:38:53:308:277 chr1 145293510 . C G 460.77 PASS AF=0.150298;AO=100;DP=673;FAO=101;FDP=672;FR=.;FRO=571;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=304;FSRR=267;FWDB=-0.0210105;FXX=0.00296732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3593;QD=2.74267;RBI=0.0216422;REFB=-0.00849069;REVB=0.00519053;RO=566;SAF=58;SAR=42;SRF=300;SRR=266;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654677;STB=0.544574;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0599171;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:673:672:566:571:100:101:0.150298:42:58:300:266:42:59:304:267 chr1 145293515 . A G 1069.98 PASS AF=0.247312;AO=161;DP=651;FAO=161;FDP=651;FR=.;FRO=490;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=279;FSRR=211;FWDB=-0.00409849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.981;QD=6.57436;RBI=0.00982212;REFB=-0.0112848;REVB=-0.00892617;RO=483;SAF=75;SAR=86;SRF=277;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135515;STB=0.577467;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0316922;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:651:651:483:490:161:161:0.247312:86:75:277:206:86:75:279:211 chr1 145293566 . G A 443.92 PASS AF=0.166355;AO=89;DP=535;FAO=89;FDP=535;FR=.;FRO=446;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=264;FSRR=182;FWDB=-0.0159696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.1;QD=3.31899;RBI=0.0160604;REFB=-0.00123801;REVB=0.00170477;RO=446;SAF=38;SAR=51;SRF=264;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212118;STB=0.634948;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00813103;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:535:446:446:89:89:0.166355:51:38:264:182:51:38:264:182 chr1 145296372 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.721;QD=63.872;RBI=0.0394993;REFB=0;REVB=0.0171923;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53727e-05;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr1 145296478 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3376;QD=33.4275;RBI=0.0404652;REFB=0;REVB=-0.0389873;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167723;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 145311083 . A C 2155.81 PASS AF=0.545213;AO=191;DP=363;FAO=205;FDP=376;FR=.;FRO=171;FSAF=152;FSAR=53;FSRF=150;FSRR=21;FWDB=0.0128819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.694;QD=22.9342;RBI=0.0423656;REFB=-0.0170266;REVB=0.0403596;RO=171;SAF=151;SAR=40;SRF=151;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132053;STB=0.587282;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0128342;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:376:171:171:191:205:0.545213:40:151:151:20:53:152:150:21 chr1 145311110 . G C 511.66 PASS AF=0.22372;AO=82;DP=370;FAO=83;FDP=371;FR=.;FRO=288;FSAF=64;FSAR=19;FSRF=233;FSRR=55;FWDB=0.00178719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.111;QD=5.5165;RBI=0.00646447;REFB=-0.00695414;REVB=-0.00621251;RO=284;SAF=63;SAR=19;SRF=229;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722;STB=0.543684;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0189224;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:371:284:288:82:83:0.22372:19:63:229:55:19:64:233:55 chr1 145311828 . C G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.064;QD=58.5812;RBI=0.0141686;REFB=0;REVB=-0.00934003;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89559e-06;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 145368461 . A C 958.99 PASS AF=0.461538;AO=100;DP=216;FAO=102;FDP=221;FR=.;FRO=119;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=0.0024905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.4;QD=17.3573;RBI=0.0073033;REFB=-0.0179868;REVB=0.00686554;RO=115;SAF=49;SAR=51;SRF=70;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114719;STB=0.571339;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0256399;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:221:115:119:100:102:0.461538:51:49:70:45:53:49:73:46 chr1 145368518 . C T 75.72 PASS AF=0.0855263;AO=26;DP=301;FAO=26;FDP=304;FR=.;FRO=278;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=141;FSRR=137;FWDB=-0.0421381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7967;QD=0.99636;RBI=0.0640815;REFB=-0.00439552;REVB=-0.0482787;RO=273;SAF=10;SAR=16;SRF=141;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1547;STB=0.612179;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0325017;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:301:304:273:278:26:26:0.0855263:16:10:141:132:16:10:141:137 chr1 145379376 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0247199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.191;QD=6.52646;RBI=0.0247537;REFB=-0.00347687;REVB=-0.00129301;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308372;STB=0.698348;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00986212;OID=.;OPOS=145379376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:11:9:5:2:11:9 chr1 145397942 . A T 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.872;QD=59.8305;RBI=0.0222897;REFB=0;REVB=-0.00145072;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12737e-05;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr1 145397947 . A G 538.19 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7112;QD=59.7989;RBI=0.00578378;REFB=0;REVB=-0.000684941;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47486e-05;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr1 145399229 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.717;QD=61.3353;RBI=0.0358034;REFB=0;REVB=0.0288024;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122492;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 145442254 . G C 918.07 PASS AF=1;AO=54;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9071;QD=55.6406;RBI=0.0607167;REFB=0;REVB=0.0332246;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00913876;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:54:66:1:31:23:0:0:31:35:0:0 chr1 145532549 . T C 1368.63 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0191701;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.275;QD=60.1597;RBI=0.020015;REFB=0.00460731;REVB=-0.00575403;RO=2;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057562;STB=0.503038;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-3.78218e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:56:33:1:1:56:33:1:1 chr1 145536082 . G A 390.41 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.0121464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.045;QD=16.4385;RBI=0.0136362;REFB=-0.0231675;REVB=-0.00619762;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183878;STB=0.606369;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0396193;OID=.;OPOS=145536082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:18:23:39:14:18:23:40:14 chr1 145542281 . G A 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00286784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.396;QD=28.9124;RBI=0.0106601;REFB=-0.0293795;REVB=0.0102671;RO=15;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903465;STB=0.54996;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.021043;OID=.;OPOS=145542281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:20:6:5:10:20:6:5:10 chr1 145561594 . C T 166.25 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0178942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.38;QD=31.6661;RBI=0.0191602;REFB=-0.019224;REVB=-0.00684901;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069444;STB=0.531876;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00611363;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:21:5:5:15:16:0.761905:5:10:4:1:5:11:4:1 chr1 145562293 . G C 94.21 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0401087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7451;QD=10.4673;RBI=0.0404206;REFB=-0.0463175;REVB=-0.00501161;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470445;STB=0.528254;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0619111;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:13:11:5:7:13:11 chr1 145562881 . T C 784.44 PASS AF=0.645455;AO=71;DP=110;FAO=71;FDP=110;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0209318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.214;QD=28.5251;RBI=0.0209499;REFB=-0.00600518;REVB=0.000871435;RO=39;SAF=33;SAR=38;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360303;STB=0.519478;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00497357;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:39:39:71:71:0.645455:38:33:16:23:38:33:16:23 chr1 145586309 . C T 2274.15 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.268;QD=63.6127;RBI=0.0387158;REFB=0;REVB=0.0384484;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64267e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:78:65:0:0:78:65:0:0 chr1 145586403 . G T 2922.66 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.46078e-05;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.547;QD=63.1926;RBI=0.0200089;REFB=0;REVB=0.0200089;RO=0;SAF=96;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102428;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:183:185:1:87:96:0:0:88:97:0:0 chr1 145588905 . G A 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.012415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2666;QD=7.95262;RBI=0.0485446;REFB=-0.0188837;REVB=0.0469302;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196438;STB=0.587425;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0468709;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:8:8:0.296296:3:5:14:4:3:5:14:5 chr1 146395447 . A G 381.47 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00398822;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.476;QD=12.9313;RBI=0.021069;REFB=-0.0227256;REVB=-0.0206881;RO=72;SAF=30;SAR=15;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817681;STB=0.54319;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0322058;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:73:45:45:0.381356:15:30:43:29:15:30:44:29 chr1 146466080 . C G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1802;QD=60.3757;RBI=0.00673308;REFB=0;REVB=-0.00493619;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3191e-06;OID=.;OPOS=146466080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr1 146551375 . G T 361.75 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00648433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.814;QD=18.7922;RBI=0.0155129;REFB=-0.030837;REVB=-0.0140927;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155605;STB=0.586164;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0210898;OID=.;OPOS=146551375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:28:11:17:21:28:11 chr1 146672906 . C T 1888.51 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192998;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.026;QD=61.9182;RBI=0.0257429;REFB=0;REVB=-0.0170357;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53833e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:56:65:0:0:56:66:0:0 chr1 146714392 . G C,T 690.28 PASS AF=0.5,0.479167;AO=21,23;DP=45;FAO=24,23;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18,12;FSAR=6,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165024,-0.00526557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.926,118.515;QD=57.5233;RBI=0.016615,0.107991;REFB=-0.154322,-0.0995818;REVB=0.00193088,0.107863;RO=0;SAF=18,12;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538428,0.52172;STBP=0.158,0.524;TYPE=snp,snp;VARB=0.028591,0.00361263;OID=.,.;OPOS=146714392,146714392;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:48:0:1:21,23:24,23:0.5,0.479167:3,11:18,12:0:0:6,11:18,12:0:1 chr1 146728162 . T TA 880.81 PASS AF=1;AO=76;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2039;QD=43.4968;RBI=0.0914927;REFB=0;REVB=-0.0810558;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00158827;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:81:81:81:0:45:36:0:0:17:1:44:32:0:1 chr1 146736092 . C T 255.5 PASS AF=0.446154;AO=27;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00875541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.633;QD=15.7232;RBI=0.0146329;REFB=-0.0359142;REVB=-0.0117246;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517379;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0430113;OID=.;OPOS=146736092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:36:27:29:0.446154:12:15:20:16:12:17:20:16 chr1 146736137 . A G 416.5 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0407402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9575;QD=19.6001;RBI=0.0418121;REFB=0.0180223;REVB=-0.00940662;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215236;STB=0.517427;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0183845;OID=.;OPOS=146736137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:22:20:19:23:22:20:19:24 chr1 146740502 . C G 617.52 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00250433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.407;QD=19.1478;RBI=0.0190324;REFB=-0.00415049;REVB=-0.0188669;RO=65;SAF=30;SAR=33;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712668;STB=0.535387;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00508874;OID=.;OPOS=146740502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:65:66:63:63:0.488372:33:30:36:29:33:30:36:30 chr1 146751782 . A C 1556.35 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.009471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.384;QD=58.73;RBI=0.0387329;REFB=-0.0102414;REVB=0.0375571;RO=1;SAF=64;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735807;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000145163;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:41:64:1:0:41:64:1:0 chr1 146767149 . G T 1631.29 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334987;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.422;QD=60.4182;RBI=0.038796;REFB=0;REVB=-0.0195694;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024937;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:58:50:0:0:58:50:0:0 chr1 147091972 . C T 346.5 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0117173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.136;QD=26.6542;RBI=0.0143178;REFB=-0.00407455;REVB=0.00822833;RO=19;SAF=10;SAR=23;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504078;STB=0.527648;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00303239;OID=.;OPOS=147091972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:23:10:7:12:23:10:7:12 chr1 147119273 . G A 433.84 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00187396;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.722;QD=23.1379;RBI=0.00506135;REFB=-0.0071887;REVB=-0.00470165;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120951;STB=0.571396;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00447789;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:33:42:42:0.56:18:24:23:9:18:24:24:9 chr1 147121977 . C T 1789.37 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00846674;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.69;QD=60.1469;RBI=0.0278415;REFB=-0.0733783;REVB=0.0265228;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000371236;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:0:1:118:118:0.991597:63:55:0:0:63:55:0:1 chr1 147124310 . T G 783.92 PASS AF=0.615385;AO=71;DP=113;FAO=72;FDP=117;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0324179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9737;QD=26.8007;RBI=0.0441975;REFB=-0.0434848;REVB=0.0300416;RO=42;SAF=38;SAR=33;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855881;STB=0.519326;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0203393;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:42:45:71:72:0.615385:33:38:23:19:34:38:26:19 chr1 147229299 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0612262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3179;QD=27.5921;RBI=0.0871412;REFB=-0.0349133;REVB=-0.0620075;RO=5;SAF=12;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473786;STB=0.773641;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.009684;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:1:12:2:3:1:12:2:3 chr1 147229652 . CA C 125.85 PASS AF=0.315217;AO=26;DP=93;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=15;FWDB=0.0657454;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5895;QD=5.4717;RBI=0.0915869;REFB=0.00455578;REVB=-0.0637629;RO=57;SAF=26;SAR=0;SRF=45;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.768362;STB=0.678111;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=-0.00757289;OID=.;OPOS=147229653;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315217:26:93:29:92:63:26:3:48:15:99:57:26:0:45:12 chr1 147229673 . G A 48.73 PASS AF=0.16;AO=6;DP=48;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0485203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.58;QD=3.89825;RBI=0.0623525;REFB=-0.0302233;REVB=-0.0391614;RO=42;SAF=6;SAR=0;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633279;STB=0.701599;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.178924;OID=.;OPOS=147229673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:48:50:42:42:6:8:0.16:0:6:22:20:2:6:22:20 chr1 147735828 . C T 728.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7132;QD=57.1089;RBI=0.0612669;REFB=0;REVB=0.0123769;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546976;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr1 147781062 . A G 1380.35 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.02;QD=61.3488;RBI=0.0254168;REFB=-0.0378964;REVB=0.00733019;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00189098;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:89:89:0.988889:49:40:0:0:49:40:0:1 chr1 147806756 . GT AT,G 1205.9 PASS AF=0.546154,0.261538;AO=68,32;DP=129;FAO=71,34;FDP=130;FR=.;FRO=25;FSAF=42,0;FSAR=29,34;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0263341,-0.0219698;FXX=0.00763301;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=95.238,23.562;QD=37.1045;RBI=0.0266646,0.0863052;REFB=-0.0499243,-0.054368;REVB=-0.00418483,-0.083462;RO=25;SAF=41,0;SAR=27,32;SRF=22;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150203,-0.884823;STB=0.579979,0.999631;STBP=0.017,0;TYPE=snp,del;VARB=0.010905,0.0276504;OID=.,.;OPOS=147806756,147806757;OREF=G,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:129:130:25:25:68,32:71,34:0.546154,0.261538:27,32:41,0:22:3:29,34:42,0:22:3 chr1 147806874 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.646;QD=60.0309;RBI=0.0413608;REFB=0;REVB=-0.0129948;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47499e-05;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr1 147806880 . T C 962.54 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175761;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.85;QD=59.2332;RBI=0.0208828;REFB=0;REVB=0.011277;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275488;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr1 147825769 . G A 851.48 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.162;QD=57.7275;RBI=0.00721292;REFB=0;REVB=0.0056044;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60365e-06;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:37:22:0:0 chr1 148009510 . G A 242.86 PASS AF=0.313725;AO=31;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0321272;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.572;QD=9.52383;RBI=0.0339481;REFB=-0.00555288;REVB=-0.010969;RO=68;SAF=13;SAR=18;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14612;STB=0.581657;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0103353;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:70:31:32:0.313725:18:13:37:31:18:14:39:31 chr1 148252111 . C T 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0271292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.041;QD=2.56849;RBI=0.0315201;REFB=-0.00297997;REVB=-0.0160477;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322688;STB=0.753021;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.04344;OID=.;OPOS=148252111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:5:1:18:26:5:1:18:26 chr1 148342488 . T C 443.94 PASS AF=0.257937;AO=65;DP=252;FAO=65;FDP=252;FR=.;FRO=187;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=94;FSRR=93;FWDB=0.0063495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.102;QD=7.04658;RBI=0.0066407;REFB=-0.00532312;REVB=-0.00194496;RO=185;SAF=41;SAR=24;SRF=94;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155784;STB=0.596834;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0132607;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:185:187:65:65:0.257937:24:41:94:91:24:41:94:93 chr1 148760389 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=372.734;QD=37.4885;RBI=0.00654919;REFB=0;REVB=-0.00654919;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49046e-05;OID=.;OPOS=148760389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 149211947 . C G 34.8 PASS AF=0.0918367;AO=8;DP=97;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0241603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1941;QD=1.42023;RBI=0.0267816;REFB=-0.00274815;REVB=-0.0115555;RO=89;SAF=3;SAR=5;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169269;STB=0.575454;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0298548;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:97:98:89:89:8:9:0.0918367:5:3:47:42:5:4:47:42 chr1 149211962 . T C 81.62 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=114;FAO=17;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0220021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.074;QD=2.74348;RBI=0.0273973;REFB=-0.00592492;REVB=-0.0163255;RO=97;SAF=8;SAR=9;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189519;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:114:119:97:102:17:17:0.142857:9:8:46:51:9:8:48:54 chr1 149211967 . G A 110.11 PASS AF=0.164062;AO=22;DP=124;FAO=21;FDP=128;FR=.;FRO=107;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0130928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.047;QD=3.44082;RBI=0.0175073;REFB=-0.00540895;REVB=-0.0116225;RO=100;SAF=11;SAR=11;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381722;STB=0.547097;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.016781;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:100:107:22:21:0.164062:11:11:47:53:10:11:50:57 chr1 149211975 . C A 121.32 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=138;FAO=23;FDP=138;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.00118822;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.461;QD=3.51663;RBI=0.0399656;REFB=-0.00417588;REVB=-0.039948;RO=116;SAF=10;SAR=12;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140383;STB=0.514526;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0208216;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:116:115:22:23:0.166667:12:10:54:62:12:11:53:62 chr1 149211992 . G A 187.03 PASS AF=0.194118;AO=33;DP=171;FAO=33;FDP=170;FR=.;FRO=137;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.0230162;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.165;QD=4.40075;RBI=0.0230501;REFB=-0.00416487;REVB=-0.00125134;RO=135;SAF=18;SAR=15;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629485;STB=0.545427;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0145602;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:135:137:33:33:0.194118:15:18:67:68:15:18:67:70 chr1 149211998 . T G 210.86 PASS AF=0.202247;AO=36;DP=179;FAO=36;FDP=178;FR=.;FRO=142;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.0472203;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1923;QD=4.7385;RBI=0.0579376;REFB=-0.00505516;REVB=-0.0335709;RO=140;SAF=20;SAR=16;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107299;STB=0.561063;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0396169;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:140:142:36:36:0.202247:16:20:66:74:16:20:68:74 chr1 149215180 . T C 472.4 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0180957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.937;QD=26.6141;RBI=0.018114;REFB=-0.00684572;REVB=-0.000813243;RO=27;SAF=30;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695241;STB=0.538002;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00338999;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:14:30:16:11:14:30:16:11 chr1 149224148 . G A 56.85 PASS AF=0.0923913;AO=17;DP=184;FAO=17;FDP=184;FR=.;FRO=167;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=77;FSRR=90;FWDB=-0.00361597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.248;QD=1.23578;RBI=0.00362556;REFB=-0.000614389;REVB=0.00026347;RO=167;SAF=11;SAR=6;SRF=77;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217539;STB=0.666474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00672951;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:184:184:167:167:17:17:0.0923913:6:11:77:90:6:11:77:90 chr1 149286406 . T C 120.61 PASS AF=0.14359;AO=20;DP=190;FAO=28;FDP=195;FR=.;FRO=167;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=104;FWDB=-0.0693703;FXX=0.0200995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7815;QD=2.47398;RBI=0.0863137;REFB=-0.017751;REVB=0.0513598;RO=170;SAF=5;SAR=15;SRF=66;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187933;STB=0.711062;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.141619;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:195:170:167:20:28:0.14359:15:5:66:104:23:5:63:104 chr1 149286469 . C G 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=45;FWDB=-0.0328874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.871;QD=6.61504;RBI=0.033287;REFB=-0.00663113;REVB=0.00514247;RO=51;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238062;STB=0.640751;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0218744;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:13:4:6:45:13:4:6:45 chr1 149287392 . T G 628.01 PASS AF=0.36715;AO=76;DP=207;FAO=76;FDP=207;FR=.;FRO=131;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0218515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=12.1354;RBI=0.039766;REFB=-0.0058211;REVB=-0.0332241;RO=131;SAF=27;SAR=49;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764935;STB=0.543475;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0108389;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:131:131:76:76:0.36715:49:27:55:76:49:27:55:76 chr1 149294658 . G A 1053.57 PASS AF=0.613636;AO=69;DP=132;FAO=81;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0276625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.986;QD=31.9264;RBI=0.0277404;REFB=-0.00846518;REVB=-0.00207745;RO=40;SAF=21;SAR=48;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924868;STB=0.515352;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00700829;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:40:41:69:81:0.613636:48:21:17:23:49:32:18:23 chr1 149294693 . G C 1047.88 PASS AF=0.638298;AO=90;DP=141;FAO=90;FDP=141;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0181317;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.88;QD=29.7271;RBI=0.0196346;REFB=-0.00951626;REVB=-0.00753386;RO=50;SAF=32;SAR=58;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458069;STB=0.529405;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00587433;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:50:51:90:90:0.638298:58:32:21:29:58:32:22:29 chr1 149294742 . C T 235.31 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.000878195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.525;QD=7.29648;RBI=0.0085029;REFB=-0.00969086;REVB=0.00845743;RO=95;SAF=11;SAR=23;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185512;STB=0.511105;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0283629;OID=.;OPOS=149294742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:95:95:34:34:0.263566:23:11:32:63:23:11:32:63 chr1 149294744 . C T 247.04 PASS AF=0.273438;AO=34;DP=127;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=62;FWDB=0.00595921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.992;QD=7.71989;RBI=0.0112514;REFB=-0.00327474;REVB=0.00954369;RO=93;SAF=11;SAR=23;SRF=31;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136482;STB=0.507711;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0131096;OID=.;OPOS=149294744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:93:93:34:35:0.273438:23:11:31:62:23:12:31:62 chr1 149298542 . CA AA,C 71.03 PASS AF=0.238095,0.761905;AO=7,5;DP=39;FAO=10,32;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,13;FSAR=5,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210329,-0.106648;FXX=0.142828;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=148.379,3.44714;QD=6.76464;RBI=0.0219348,0.121658;REFB=-0.0106772,0.188477;REVB=0.00622528,-0.058539;RO=16;SAF=2,2;SAR=5,3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112483,0.0298557;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.131704,0.385344;OID=.,.;OPOS=149298542,149298543;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:39:42:16:0:7,5:10,32:0.238095,0.761905:5,3:2,2:6:10:5,19:5,13:0:0 chr1 149298554 . C A 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0312106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7143;QD=16.6605;RBI=0.0399982;REFB=0.0272187;REVB=-0.025015;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339068;STB=0.519079;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0315618;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:16:16:13:15:16:16 chr1 149298562 . GC AT 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00360527;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.335;QD=15.887;RBI=0.0281102;REFB=0.00151826;REVB=-0.0278781;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25206;STB=0.636279;STBP=0.048;TYPE=mnp;VARB=-0.00158097;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:11:22:17:24:11:22:18:24 chr1 149298603 . G A 485.29 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0297606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.341;QD=18.1416;RBI=0.030288;REFB=-0.0165426;REVB=-0.00562742;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404198;STB=0.52186;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0222064;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:54:55:51:52:0.485981:29:22:21:33:30:22:21:34 chr1 149334339 . G C 1434.09 PASS AF=0.40458;AO=159;DP=394;FAO=159;FDP=393;FR=.;FRO=234;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=97;FSRR=137;FWDB=0.0135564;FXX=0.00506316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.462;QD=14.5963;RBI=0.0135861;REFB=-0.0088403;REVB=-0.000896566;RO=230;SAF=73;SAR=86;SRF=97;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400304;STB=0.526842;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0139006;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:393:230:234:159:159:0.40458:86:73:97:133:86:73:97:137 chr1 149664423 . A G 636.9 PASS AF=0.430303;AO=69;DP=163;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0215483;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.803;QD=15.44;RBI=0.0221747;REFB=0.0128047;REVB=-0.00523352;RO=88;SAF=27;SAR=42;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305065;STB=0.502475;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0148366;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:88:94:69:71:0.430303:42:27:37:51:42:29:38:56 chr1 149676401 . A G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0392291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.005;QD=14.2702;RBI=0.0393808;REFB=-0.0105394;REVB=0.00345298;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298869;STB=0.688946;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.015494;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:23:24:0.421053:18:5:15:17:19:5:16:17 chr1 149680227 . A G 1114.99 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0221868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.183;QD=54.3897;RBI=0.0223007;REFB=-0.0629792;REVB=-0.00225116;RO=5;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629523;STB=0.533325;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000505933;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:82:82:5:5:77:77:0.939024:35:42:0:5:35:42:0:5 chr1 149684085 . T C 52.11 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.058443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3286;QD=6.31689;RBI=0.0584597;REFB=0.00790469;REVB=0.0013946;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415128;STB=0.776955;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.024774;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:7:1:10:15:7:1:10:15 chr1 149684119 . TA T 917.86 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.035;QD=58.2765;RBI=0.0276921;REFB=0;REVB=-0.0160146;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.37915e-06;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:63:63:0:23:40:0:0:5:0:23:37:0:0 chr1 149684166 . G A 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0216312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6922;QD=8.61264;RBI=0.0609166;REFB=-0.0119766;REVB=-0.0569467;RO=47;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157003;STB=0.594494;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0254567;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:15:5:17:30:15:5:17:30 chr1 149684169 . G A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0401157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.252;QD=9.26747;RBI=0.0409484;REFB=-0.00831278;REVB=-0.00821608;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840597;STB=0.549951;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0231662;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:16:30:15:6:16:30 chr1 149684171 . A T 155.22 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00223774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.889;QD=9.26697;RBI=0.0139006;REFB=-0.0391051;REVB=-0.0137193;RO=45;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935383;STB=0.549951;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0313525;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:46:21:21:0.313433:15:6:16:29:15:6:16:30 chr1 149711815 . G A 46.64 PASS AF=0.0792079;AO=16;DP=203;FAO=16;FDP=202;FR=.;FRO=186;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=100;FWDB=-0.010763;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.545;QD=0.92353;RBI=0.0119029;REFB=-0.000608753;REVB=-0.00508314;RO=175;SAF=8;SAR=8;SRF=79;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560107;STB=0.53461;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00844612;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:203:202:175:186:16:16:0.0792079:8:8:79:96:8:8:86:100 chr1 149711845 . C A 48.46 PASS AF=0.0837696;AO=15;DP=191;FAO=16;FDP=191;FR=.;FRO=175;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=98;FWDB=-0.0148506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6877;QD=1.01494;RBI=0.0148507;REFB=-0.00412213;REVB=6.48019e-05;RO=173;SAF=8;SAR=7;SRF=75;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113142;STB=0.554906;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0462537;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:191:191:173:175:15:16:0.0837696:7:8:75:98:8:8:77:98 chr1 149876665 . G A 297.01 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00489279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.535;QD=36.0018;RBI=0.0310613;REFB=-0.0162842;REVB=0.0306735;RO=8;SAF=16;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539891;STB=0.529389;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00490302;OID=.;OPOS=149876665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:9:16:6:2:9:16:6:2 chr1 149908108 . A G 265.77 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00122703;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0625;QD=15.407;RBI=0.0103478;REFB=0.0082623;REVB=0.0102748;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550393;STB=0.509085;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00972526;OID=.;OPOS=149908108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:18:12:15:22:18:12:15:24 chr1 149914683 . G A 236.92 PASS AF=1;AO=8;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.4158;QD=49.8782;RBI=0.129165;REFB=0;REVB=-0.00766775;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125511;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:8:19:1:4:4:0:0:8:11:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 173.78 PASS AF=0.220339,0.169492;AO=12,11;DP=62;FAO=13,10;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7,9;FSAR=6,1;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.050828,-0.0577363;FXX=0.0327815;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=141.621,39.9109;QD=11.7814;RBI=0.0511085,0.0623651;REFB=-0.0465526,-0.0474215;REVB=-0.00534758,-0.0235781;RO=31;SAF=6,10;SAR=6,1;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210724,0.427341;STB=0.638517,0.73821;STBP=0.308,0.183;TYPE=del,snp;VARB=0.125004,0.108274;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339,0.169492:12,11:62:13,10:59:36:7,9:6,1:26:10:87:31:6,10:6,1:21:10 chr1 150199123 . G T 61.13 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.10182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.486;QD=10.632;RBI=0.112857;REFB=-0.037536;REVB=-0.0486759;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0845537;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:22:23:14:14:8:9:0.391304:4:4:7:7:4:5:7:7 chr1 150278741 . G GTC 423.12 PASS AF=0.868421;AO=29;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0126116;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.522;QD=44.5384;RBI=0.013026;REFB=-0.0214146;REVB=-0.00325941;RO=5;SAF=14;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225788;STB=0.519219;STBP=0.561;TYPE=ins;VARB=0.00127041;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868421:29:38:33:38:5:18:15:2:3:27:5:14:15:2:3 chr1 150444507 . A G 33.19 PASS AF=0.15;AO=3;DP=20;FAO=3;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0188783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.624;QD=6.63826;RBI=0.0227352;REFB=0.00578354;REVB=0.0126689;RO=12;SAF=2;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521593;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0535994;OID=.;OPOS=150444507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:20:20:12:14:3:3:0.15:1:2:8:4:1:2:9:5 chr1 150526044 . G C 727.76 PASS AF=0.963636;AO=54;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277701;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7231;QD=52.9278;RBI=0.049712;REFB=-0.130513;REVB=-0.0412323;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00613402;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:55:1:2:54:53:0.963636:29:25:1:0:28:25:1:1 chr1 150526406 . C T 125.33 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0861225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6277;QD=17.9043;RBI=0.0865251;REFB=-0.0457541;REVB=-0.00833795;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535995;STB=0.768875;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0454813;OID=.;OPOS=150526406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:10:3:12:2:10:4:12:2 chr1 150531008 . T C 749.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.85567e-05;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.05;QD=63.8093;RBI=0.0298306;REFB=0;REVB=0.0298306;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107388;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr1 150531049 . CG AC,CA 861.54 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=5,29;DP=60;FAO=2,58;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00022841,-0.00566839;FXX=0.0163908;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=61.0241,83.7045;QD=57.4357;RBI=0.0230481,0.0836018;REFB=0,0;REVB=-0.0230469,0.0834094;RO=0;SAF=1,15;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.113589,-0.000501243;OID=.,.;OPOS=150531049,150531050;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:60:60:0:0:5,29:2,58:0.0333333,0.966667:4,14:1,15:0:0:1,35:1,23:0:0 chr1 150531170 . C T 729.45 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.367;QD=55.0524;RBI=0.0400927;REFB=-0.0901846;REVB=0.00515663;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420076;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:37:16:0:0 chr1 150547747 . G A 191.15 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8219;QD=47.7869;RBI=0.130034;REFB=0;REVB=-0.108699;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153529;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr1 150581109 . T A 41.21 PASS AF=0.9;AO=3;DP=7;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.286207;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=20.7673;QD=16.4834;RBI=0.288772;REFB=-0.0288126;REVB=0.0384022;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729277;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.160009;OID=.;OPOS=150581109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:7:10:4:1:3:9:0.9:3:0:3:1:5:4:0:1 chr1 150597890 . G A 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000685829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.271;QD=59.4242;RBI=0.00161337;REFB=0.0861341;REVB=0.00146035;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000469532;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:0:1:18:24:0:1 chr1 150771703 . T C 1025.81 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.795;QD=59.467;RBI=0.0265361;REFB=0;REVB=-0.00448481;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56192e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr1 150779755 . C T 1889.42 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3207;QD=60.9491;RBI=0.0358582;REFB=0;REVB=-0.00286002;RO=1;SAF=45;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236314;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:1:0:123:124:1:78:45:1:0:78:46:0:0 chr1 150782797 . C T 691.31 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00598873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.935;QD=49.3791;RBI=0.0114413;REFB=0.0170755;REVB=0.00974877;RO=4;SAF=24;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722727;STB=0.538447;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0216475;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:28:24:4:0:28:24:4:0 chr1 150782914 . TAAAAAAAT TAAAAAAT,TAAAAAATA 45.6 PASS AF=0.475,0;AO=13,2;DP=40;FAO=19,0;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0127038,-0.121971;FXX=0.0243843;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.70815,12.7847;QD=4.56022;RBI=0.176015,0.150062;REFB=-0.0745897,-0.0847208;REVB=0.175556,0.0874176;RO=15;SAF=9,1;SAR=4,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.332251,0.173623;STB=0.578864,0.5;STBP=0.374,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0989723,0;OID=.,.;OPOS=150782915,150782921;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAT,TAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475,0:13,2:40:19,0:40:21:11,0:8,0:9:12:47:15:9,1:4,1:5:10 chr1 150782933 . CT CC,C 73.97 PASS AF=0.0930233,0.372093;AO=4,19;DP=43;FAO=4,16;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=2,11;FSAR=2,5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0774043,-0.138732;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=25.6744,7.87905;QD=6.88096;RBI=0.128734,0.23756;REFB=-0.0870617,-0.144439;REVB=0.102864,0.192843;RO=18;SAF=2,14;SAR=2,5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0.585366;SSEP=0,0;SSSB=0.263015,0.399843;STB=0.592147,0.676153;STBP=0.701,0.093;TYPE=snp,del;VARB=0.0381314,0.111603;OID=.,.;OPOS=150782934,150782934;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0930233,0.372093:4,19:43:4,16:43:23:2,11:2,5:9:14:50:18:2,14:2,5:5:13 chr1 150789960 . T A 65.42 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0685707;FXX=0.0333222;HRUN=8;LEN=1;MLLD=36.3992;QD=9.0241;RBI=0.0722536;REFB=0.00301011;REVB=0.0227737;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382071;STB=0.72487;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0616176;OID=.;OPOS=150789960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:30:29:19:19:8:8:0.275862:5:3:2:17:5:3:2:17 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 2053.46 PASS AF=0,0.989418,0;AO=7,59,76;DP=189;FAO=0,187,0;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=0,104,0;FSAR=0,83,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0288792,0.0242166,-0.365942;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=6.08331,15.0733,11.8973;QD=43.4595;RBI=0.0635518,0.0644083,0.368562;REFB=-0.0553253,0.0738368,0.192307;REVB=-0.0566112,-0.0596824,-0.0438637;RO=3;SAF=5,15,62;SAR=2,44,14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0295447,-0.048269,0.0175901;STB=0.5,0.504761,0.5;STBP=1,0.237,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.00117497,-0.00252119;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.989418,0:7,59,76:189:0,187,0:189:2:0,104,0:0,83,0:2:0:5:3:5,15,62:2,44,14:2:1 chr1 150969567 . A G 1041.82 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.807;QD=59.5324;RBI=0.0275976;REFB=0;REVB=0.0248909;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43299e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:43:25:0:0:45:25:0:0 chr1 150969992 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.54;QD=42.1826;RBI=0.0743162;REFB=0;REVB=0.0450726;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766528;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 150970577 . G T 604.97 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0278;QD=57.6164;RBI=0.142358;REFB=-0.0299197;REVB=0.12661;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243698;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:42:0:0:36:42:1:14:22:0:0:17:25:0:0 chr1 150975108 . T C 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0062555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9219;QD=51.4954;RBI=0.0113992;REFB=-0.118462;REVB=0.00952948;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0046265;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:0:1:15:11:0:1 chr1 150995236 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0361466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.966;QD=19.1307;RBI=0.0580114;REFB=-0.00654501;REVB=0.0453735;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000888066;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:4:1:1:0:4:1:2:0 chr1 151006539 . C A 255.75 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0253898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1445;QD=27.6484;RBI=0.127768;REFB=-0.0217025;REVB=0.125219;RO=12;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996308;STB=0.525526;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0128867;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:12:13:23:24:0.648649:8:15:8:4:9:15:9:4 chr1 151019180 . A G 222.96 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0252126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6879;QD=19.3879;RBI=0.0295202;REFB=-0.0144574;REVB=0.0153548;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581448;STB=0.519982;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0174515;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:12:10:9:14:12:10:10:14 chr1 151028132 . A AG 42.93 PASS AF=0.245614;AO=12;DP=58;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0156336;FXX=0.0172384;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.8321;QD=3.01233;RBI=0.0589012;REFB=-0.0166874;REVB=-0.0567886;RO=43;SAF=1;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660057;STB=0.802501;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.160811;OID=.;OPOS=151028133;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245614:12:58:14:57:43:3:11:27:16:42:43:1:11:27:16 chr1 151040435 . G A 571.54 PASS AF=0.684932;AO=49;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00171267;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.045;QD=31.317;RBI=0.00178792;REFB=-0.00173681;REVB=-0.000513245;RO=24;SAF=27;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572869;STB=0.508003;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00107668;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:23:49:50:0.684932:22:27:13:11:23:27:13:10 chr1 151104950 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0162988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.514;QD=25.3155;RBI=0.0339284;REFB=-0.00845281;REVB=0.0297571;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0077246;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:6:7:12:8:6:7 chr1 151105824 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0488101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3981;QD=10.0348;RBI=0.0534936;REFB=0.0294731;REVB=-0.0218892;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463402;STB=0.768534;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.048606;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:7:0:2:3:7:0 chr1 151108137 . T G 191.07 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0645249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0997;QD=13.4087;RBI=0.0729754;REFB=-0.00100134;REVB=-0.0340873;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775083;STB=0.557554;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00110108;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:34:22:23:0.403509:10:12:21:13:11:12:21:13 chr1 151209063 . C T 398.02 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0178323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.832;QD=28.9465;RBI=0.101893;REFB=-0.0242625;REVB=-0.100321;RO=18;SAF=23;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417014;STB=0.522715;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00956634;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:14:23:10:8:14:23:10:8 chr1 151239051 . T C 254.22 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0203991;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.151;QD=27.4831;RBI=0.0204205;REFB=-0.0308012;REVB=0.00093542;RO=15;SAF=5;SAR=18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359891;STB=0.686471;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0264044;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:14:23:23:0.621622:18:5:10:5:18:5:9:5 chr1 151254041 . T C 411.28 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.014296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.704;QD=21.0913;RBI=0.0207482;REFB=-0.0158625;REVB=0.0150371;RO=37;SAF=10;SAR=31;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168629;STB=0.593821;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0148373;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:31:10:15:22:31:10:15:22 chr1 151262329 . C G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00129365;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.674;QD=4.55553;RBI=0.004286;REFB=-0.0118702;REVB=-0.00408611;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203558;STB=0.635989;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0402538;OID=.;OPOS=151262329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:12:18:3:4:12:18 chr1 151288172 . G A 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00733495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.239;QD=19.3794;RBI=0.0203398;REFB=-0.00836375;REVB=0.0189712;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224193;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0068587;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:13:7:12:8:13:7:12:9 chr1 151288391 . A G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.935;QD=58.4166;RBI=0.0404889;REFB=0;REVB=0.0154009;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162244;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr1 151316161 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.335;QD=47.8223;RBI=0.0282854;REFB=0;REVB=0.00746588;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108203;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 151372138 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.835;QD=57.5438;RBI=0.0129956;REFB=0;REVB=-0.012062;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79703e-05;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 151638440 . C T 780.84 PASS AF=0.732558;AO=62;DP=85;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0183279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.603;QD=36.3179;RBI=0.0215509;REFB=-0.0165306;REVB=-0.011337;RO=22;SAF=25;SAR=37;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158637;STB=0.587274;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00616364;OID=.;OPOS=151638440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:22:23:62:63:0.732558:37:25:16:6:37:26:17:6 chr1 151675414 . A G 350.88 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00835797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8965;QD=46.7845;RBI=0.0909216;REFB=-0.0244788;REVB=-0.0905366;RO=3;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132075;STB=0.571374;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0087251;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:9:18:0:3:9:18:0:3 chr1 151683758 . G C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0453793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.428;QD=8.08954;RBI=0.0459744;REFB=0.00254968;REVB=-0.00737311;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268247;STB=0.663998;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00859966;OID=.;OPOS=151683758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:7:15:4:5:7:15 chr1 151686983 . T A 1029.66 PASS AF=0.935897;AO=69;DP=77;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00885868;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7857;QD=52.8033;RBI=0.0286654;REFB=-0.0414518;REVB=-0.0272623;RO=5;SAF=36;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612587;STB=0.532459;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0187808;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:78:5:5:69:73:0.935897:33:36:5:0:37:36:5:0 chr1 151733335 . T G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0318298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4968;QD=11.6338;RBI=0.0441069;REFB=0.00532275;REVB=0.0305333;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0109037;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:10:6:4:6:10:6 chr1 151740666 . T C 1591.67 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371348;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8066;QD=58.9508;RBI=0.037172;REFB=-0.148752;REVB=0.0016621;RO=2;SAF=44;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210806;STB=0.505494;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00658069;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:2:1:106:107:0.990741:62:44:2:0:62:45:1:0 chr1 151746235 . C T 379.57 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=128;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0032644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1721;QD=11.8617;RBI=0.0208013;REFB=-0.0116461;REVB=-0.0205435;RO=82;SAF=30;SAR=16;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657056;STB=0.537657;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0232816;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:82:82:46:46:0.359375:16:30:49:33:16:30:49:33 chr1 151747970 . A G 548.0 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0367695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2198;QD=23.5698;RBI=0.0371687;REFB=-0.0115852;REVB=-0.00543309;RO=41;SAF=34;SAR=17;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114279;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:17:34:27:14:17:34:28:14 chr1 151801951 . G A 525.9 PASS AF=0.586207;AO=40;DP=85;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.056443;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.0241;QD=24.1793;RBI=0.0646425;REFB=-0.0638151;REVB=0.0315093;RO=20;SAF=17;SAR=23;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144886;STB=0.599694;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0262656;OID=.;OPOS=151801951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:20:36:40:51:0.586207:23:17:4:16:23:28:11:25 chr1 151814234 . A G 555.91 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7824;QD=60.0982;RBI=0.0348684;REFB=0;REVB=0.0167998;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131598;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:13:24:0:0 chr1 151820298 . G C 869.87 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3091;QD=57.0407;RBI=0.0148442;REFB=0;REVB=0.011475;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191631;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:31:30:0:0 chr1 151820324 . T C 938.87 PASS AF=1;AO=56;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.465;QD=58.6796;RBI=0.0722936;REFB=0;REVB=0.0678239;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124189;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:56:64:1:28:28:0:0:33:31:0:0 chr1 151825991 . G T 743.52 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=63;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00114326;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.342;QD=47.9691;RBI=0.0415771;REFB=-0.118948;REVB=0.0415614;RO=3;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513483;STB=0.519623;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00270902;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:63:62:3:6:56:56:0.903226:26:30:0:3:26:30:2:4 chr1 151845569 . A G 994.22 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.363;QD=57.6357;RBI=0.0374422;REFB=-0.114155;REVB=0.0246432;RO=1;SAF=60;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724401;STB=0.529403;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0033967;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:6:60:0:1:8:60:0:1 chr1 151845650 . G C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6333;QD=62.98;RBI=0.0218591;REFB=0;REVB=0.0104509;RO=0;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291239;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:8:37:0:0:8:37:0:0 chr1 151862661 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0763;QD=39.2068;RBI=0.0192393;REFB=0;REVB=0.0121807;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171119;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 151867560 . G A 1331.76 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222219;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.416;QD=62.671;RBI=0.0226788;REFB=0;REVB=0.00452904;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127091;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:1:0:84:85:1:43:41:1:0:43:42:0:0 chr1 152079989 . T G 800.87 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.166;QD=56.2012;RBI=0.0325456;REFB=0;REVB=-0.000134671;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62788e-05;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:17:39:0:0:17:40:0:0 chr1 152081921 . G C 1025.96 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7989;QD=59.4758;RBI=0.0470101;REFB=0;REVB=0.0383652;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270529;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr1 152085505 . A C 1679.29 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.504;QD=59.4438;RBI=0.107996;REFB=-0.0449443;REVB=0.105176;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00161014;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:52:60:0:0:52:60:1:0 chr1 152129087 . T C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0114575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.204;QD=54.0129;RBI=0.0421991;REFB=-0.0354104;REVB=0.0406139;RO=2;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.519989;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0021867;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:24:11:0:2:24:11:0:2 chr1 152129094 . A G 479.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.282;QD=58.1031;RBI=0.114674;REFB=0;REVB=0.0429566;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605553;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:24:6:0:0:25:8:0:0 chr1 152129100 . CA TG 73.77 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0322503;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.292;QD=9.22176;RBI=0.0475689;REFB=-0.0406118;REVB=-0.0349674;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104859;STB=0.522683;STBP=0.908;TYPE=mnp;VARB=0.078363;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:18:22:10:10:0.3125:7:3:4:14:7:3:6:16 chr1 152129115 . T C 102.22 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=-0.0138924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.85;QD=7.0495;RBI=0.0416226;REFB=-0.0552458;REVB=0.0392357;RO=42;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195055;STB=0.619754;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0404076;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:13:2:3:39:13:2:3:40 chr1 152185750 . G A 1574.34 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073543;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5873;QD=59.9749;RBI=0.0785992;REFB=0;REVB=0.0277356;RO=1;SAF=75;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055554;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:102:105:1:27:75:1:0:28:77:0:0 chr1 152190835 . G A 106.89 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.000705691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2121;QD=12.2164;RBI=0.0142246;REFB=-0.0126436;REVB=0.0142071;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396655;STB=0.729978;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0128019;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:5:17:5:8:5:17 chr1 152190859 . T C 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00703076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.013;QD=24.3906;RBI=0.0153137;REFB=-0.00300631;REVB=0.0136043;RO=34;SAF=13;SAR=33;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188192;STB=0.603611;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0017571;OID=.;OPOS=152190859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:33:13:17:17:33:13:17:17 chr1 152190945 . C T 751.13 PASS AF=0.421875;AO=80;DP=191;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.000425976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.561;QD=15.6485;RBI=0.0031009;REFB=-0.0245925;REVB=0.0030715;RO=111;SAF=47;SAR=33;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142739;STB=0.582474;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0311757;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:111:111:80:81:0.421875:33:47:50:61:33:48:50:61 chr1 152191442 . CCAGATCCAGAGCCATGTCGGC CC,CCAGATCCAGAGCCATGTCG,CCAGATCCAGAGCCATGTCGC 510.69 PASS AF=0.462687,0,0.253731;AO=30,7,9;DP=70;FAO=31,0,17;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=23,0,17;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.00831518,-0.10509,-0.0538457;FXX=0.0694348;HRUN=1,2,2;LEN=20,2,1;MLLD=621.153,27.4389,21.7063;QD=30.4887;RBI=0.00891348,0.107785,0.110095;REFB=-0.00794949,0.0185939,0.0115854;REVB=-0.00321059,-0.0239518,0.0960283;RO=17;SAF=22,7,9;SAR=8,0,0;SRF=0;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.425641,0.425641;SSSB=0.470663,0.865848,0.869314;STB=0.771261,0.5,0.999444;STBP=0,1,0;TYPE=del,del,del;VARB=0.0194424,0,-0.0738137;OID=.,.,.;OPOS=152191443,152191462,152191461;OREF=CAGATCCAGAGCCATGTCGG,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=CC,CCAGATCCAGAGCCATGTCG,CCAGATCCAGAGCCATGTCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462687,0,0.253731:30,7,9:70:31,0,17:67:19:23,0,17:8,0,0:0:19:99:17:22,7,9:8,0,0:0:17 chr1 152191687 . A G 591.89 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0344249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.396;QD=29.9691;RBI=0.0407534;REFB=-0.0239147;REVB=-0.021812;RO=26;SAF=32;SAR=20;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735241;STB=0.547265;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0138721;OID=.;OPOS=152191687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:27:52:52:0.658228:20:32:13:13:20:32:13:14 chr1 152191696 . G C 639.65 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00501133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.928;QD=31.2026;RBI=0.016766;REFB=-0.0047599;REVB=0.0159996;RO=27;SAF=36;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886351;STB=0.548032;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00206666;OID=.;OPOS=152191696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:27:55:55:0.670732:19:36:14:13:19:36:14:13 chr1 152192555 . T C 300.98 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0116222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.358;QD=14.1638;RBI=0.0210992;REFB=-0.021071;REVB=0.0176097;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154274;STB=0.587578;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0254337;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:15:19:21:30:15:19:21:30 chr1 152192687 . T C 1605.39 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.592;QD=60.0146;RBI=0.0543175;REFB=0;REVB=0.0458602;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08384e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:50:54:0:0:52:55:0:0 chr1 152192978 . T C 1741.48 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.893;QD=60.5731;RBI=0.0689651;REFB=0;REVB=-0.0610342;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.359e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:112:115:1:59:53:0:0:59:56:0:0 chr1 152193052 . A G 1556.08 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9493;QD=59.8492;RBI=0.01628;REFB=0;REVB=-0.0150565;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45189e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr1 152193162 . C T 817.69 PASS AF=0.627119;AO=74;DP=119;FAO=74;FDP=118;FR=.;FRO=44;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00968954;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.024;QD=27.7181;RBI=0.0103131;REFB=-0.0147188;REVB=-0.00353166;RO=43;SAF=43;SAR=31;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157445;STB=0.589286;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00854126;OID=.;OPOS=152193162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:43:44:74:74:0.627119:31:43:15:28:31:43:15:29 chr1 152193547 . G A 1523.42 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.39;QD=58.5929;RBI=0.0244806;REFB=-0.15174;REVB=0.0211202;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939557;STB=0.50495;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000255367;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:53:50:1:0:53:50:1:0 chr1 152193605 . C T 970.23 PASS AF=0.556886;AO=93;DP=161;FAO=93;FDP=167;FR=.;FRO=74;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0271296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3859;QD=23.239;RBI=0.0806716;REFB=-0.00689102;REVB=-0.0759729;RO=68;SAF=56;SAR=37;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926925;STB=0.564236;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00322377;OID=.;OPOS=152193605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:167:68:74:93:93:0.556886:37:56:33:35:37:56:34:40 chr1 152276149 . C T 287.74 PASS AF=0.270833;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=144;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.00847049;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.575;QD=7.99274;RBI=0.0996151;REFB=-0.0271586;REVB=-0.0992544;RO=96;SAF=24;SAR=15;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165659;STB=0.628385;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0490129;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:96:105:39:39:0.270833:15:24:46:50:15:24:46:59 chr1 152276459 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0115244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.709;QD=16.8229;RBI=0.0851504;REFB=-0.00407724;REVB=0.0843669;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.646735;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00317946;OID=.;OPOS=152276459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:5:0:1:6:5:0 chr1 152276659 . TG CC 32.95 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00981615;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.509;QD=5.99001;RBI=0.0359552;REFB=-0.031477;REVB=0.0345893;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123829;STB=0.580369;STBP=0.75;TYPE=mnp;VARB=0.0775637;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:9:7:2:4:9:7 chr1 152276671 . C T 86.81 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00876741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.455;QD=12.8608;RBI=0.0107932;REFB=-0.00937734;REVB=-0.00629486;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0247537;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:9:7:5:6:9:7 chr1 152276699 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0411055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7734;QD=5.01735;RBI=0.0466832;REFB=-0.0172698;REVB=-0.0221282;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851674;STB=0.542251;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0800653;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:3:4:13:13:3:4:14:13 chr1 152276772 . C A 1124.56 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0331212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.416;QD=55.5336;RBI=0.0889152;REFB=-0.0524566;REVB=0.0825161;RO=4;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450054;STB=0.523803;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000635508;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:4:4:77:77:0.950617:40:37:0:4:40:37:0:4 chr1 152276871 . A G 1101.6 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246471;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.812;QD=60.3619;RBI=0.029972;REFB=0;REVB=-0.0170541;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11372e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr1 152276889 . A G 1120.34 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124063;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.901;QD=60.5589;RBI=0.0144463;REFB=0;REVB=0.00740134;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67537e-05;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr1 152277055 . C G 443.62 PASS AF=0.66129;AO=40;DP=61;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0372109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.229;QD=28.6206;RBI=0.0392054;REFB=-0.0145961;REVB=0.0123453;RO=20;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612833;STB=0.53626;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00814006;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:20:21:40:41:0.66129:20:20:12:8:20:21:13:8 chr1 152277168 . A G 1048.98 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.543;QD=59.0977;RBI=0.0775983;REFB=0;REVB=0.0672455;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653356;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:30:38:0:0:31:40:0:0 chr1 152277345 . C T 379.76 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=0.0461731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8177;QD=13.2089;RBI=0.0502749;REFB=-0.00669505;REVB=0.0198898;RO=68;SAF=22;SAR=23;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199567;STB=0.619181;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0138061;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:70:45:45:0.391304:23:22:46:22:23:22:48:22 chr1 152277396 . T C 1231.15 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896412;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7068;QD=61.5574;RBI=0.0233155;REFB=0;REVB=0.0215234;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426517;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr1 152277554 . G A 831.0 PASS AF=0.633333;AO=74;DP=119;FAO=76;FDP=120;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0402011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.025;QD=27.7001;RBI=0.0440695;REFB=-0.0597516;REVB=0.0180553;RO=44;SAF=34;SAR=40;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748339;STB=0.539463;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0287057;OID=.;OPOS=152277554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:44:44:74:76:0.633333:40:34:25:19:41:35:25:19 chr1 152277717 . C A 977.34 PASS AF=1;AO=59;DP=69;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.79;QD=59.2324;RBI=0.0697568;REFB=0;REVB=0.0231611;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365552;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:66:0:0:59:66:1:37:22:0:0:38:28:0:0 chr1 152278555 . T C 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0197712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.472;QD=12.4668;RBI=0.0315144;REFB=-0.0320928;REVB=-0.0245409;RO=33;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190887;STB=0.612122;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0643767;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:4:16:22:11:4:16:22:11 chr1 152278689 . C A 3914.42 PASS AF=1;AO=215;DP=253;FAO=245;FDP=245;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=155;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454216;FXX=0.0120963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.206;QD=63.9089;RBI=0.0861083;REFB=0;REVB=0.0731541;RO=1;SAF=132;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269423;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:253:245:1:0:215:245:1:83:132:0:1:90:155:0:0 chr1 152278762 . A C 35.79 PASS AF=0.0602007;AO=18;DP=298;FAO=18;FDP=299;FR=.;FRO=281;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=153;FSRR=128;FWDB=-0.0109543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.639;QD=0.478776;RBI=0.0250661;REFB=-0.00142673;REVB=-0.0225457;RO=280;SAF=11;SAR=7;SRF=153;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687623;STB=0.563923;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0286423;OID=.;OPOS=152278762;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:298:299:280:281:18:18:0.0602007:7:11:153:127:7:11:153:128 chr1 152278775 . T A 31.16 PASS AF=0.056962;AO=18;DP=316;FAO=18;FDP=316;FR=.;FRO=298;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=164;FSRR=134;FWDB=-0.033803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.904;QD=0.394371;RBI=0.0611763;REFB=-0.00058028;REVB=0.0509892;RO=291;SAF=11;SAR=7;SRF=158;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714039;STB=0.558652;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0490574;OID=.;OPOS=152278775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:316:316:291:298:18:18:0.056962:7:11:158:133:7:11:164:134 chr1 152278788 . G A 30.43 PASS AF=0.0542169;AO=18;DP=332;FAO=18;FDP=332;FR=.;FRO=314;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=176;FSRR=138;FWDB=0.0239399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.545;QD=0.366598;RBI=0.0282536;REFB=-0.00134237;REVB=-0.015005;RO=312;SAF=11;SAR=7;SRF=175;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517021;STB=0.549187;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0312926;OID=.;OPOS=152278788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:332:332:312:314:18:18:0.0542169:7:11:175:137:7:11:176:138 chr1 152278814 . C T 125.8 PASS AF=0.111111;AO=34;DP=306;FAO=34;FDP=306;FR=.;FRO=272;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=159;FSRR=113;FWDB=-0.0604416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.597;QD=1.64443;RBI=0.0611013;REFB=-0.00385352;REVB=-0.00895477;RO=265;SAF=15;SAR=19;SRF=153;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168575;STB=0.625354;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0230578;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:265:272:34:34:0.111111:19:15:153:112:19:15:159:113 chr1 152278856 . T G 155.76 PASS AF=0.155;AO=31;DP=200;FAO=31;FDP=200;FR=.;FRO=169;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=99;FSRR=70;FWDB=-0.0134404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.4;QD=3.11528;RBI=0.0150336;REFB=-0.00746662;REVB=-0.00673542;RO=165;SAF=20;SAR=11;SRF=95;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931843;STB=0.553055;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0391594;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:165:169:31:31:0.155:11:20:95:70:11:20:99:70 chr1 152279019 . G A 55.12 PASS AF=0.0895522;AO=17;DP=193;FAO=18;FDP=201;FR=.;FRO=183;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=97;FSRR=86;FWDB=-0.00637641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.058;QD=1.09693;RBI=0.00698249;REFB=-0.0014437;REVB=0.00284545;RO=175;SAF=6;SAR=11;SRF=90;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188352;STB=0.627397;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0145784;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:193:201:175:183:17:18:0.0895522:11:6:90:85:11:7:97:86 chr1 152279729 . C T 2898.45 PASS AF=0.960784;AO=196;DP=205;FAO=196;FDP=204;FR=.;FRO=8;FSAF=100;FSAR=96;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0468356;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.088;QD=56.8323;RBI=0.0470275;REFB=-0.12803;REVB=0.00424423;RO=3;SAF=100;SAR=96;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449371;STB=0.514319;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00256714;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:205:204:3:8:196:196:0.960784:96:100:2:1:96:100:7:1 chr1 152279841 . G C 1770.32 PASS AF=0.991597;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00361927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.443;QD=59.5064;RBI=0.0678651;REFB=-0.0759067;REVB=0.0677685;RO=2;SAF=65;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023425;STB=0.503816;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000442264;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:119:2:1:114:118:0.991597:49:65:1:1:53:65:1:0 chr1 152279920 . A G 1476.09 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.466;QD=57.3238;RBI=0.0507213;REFB=-0.0631524;REVB=-0.0445933;RO=2;SAF=46;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165389;STB=0.500872;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000222115;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:55:46:1:1:55:46:1:1 chr1 152279964 . C T 864.31 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=159;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00584017;FXX=0.0246898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.292;QD=21.8812;RBI=0.0425924;REFB=-0.00180281;REVB=-0.0421901;RO=62;SAF=43;SAR=42;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580262;STB=0.519441;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00208493;OID=.;OPOS=152279964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:62:73:85:85:0.537975:42:43:36:26:42:43:40:33 chr1 152280032 . T C 3296.53 PASS AF=0.986364;AO=216;DP=221;FAO=217;FDP=220;FR=.;FRO=3;FSAF=119;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0104863;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2835;QD=59.9369;RBI=0.0647515;REFB=-0.191502;REVB=0.0638967;RO=4;SAF=119;SAR=97;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192368;STB=0.507537;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00261547;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:221:220:4:3:216:217:0.986364:97:119:0:4:98:119:0:3 chr1 152280170 . C G 1610.02 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340525;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7619;QD=60.1876;RBI=0.045592;REFB=0;REVB=-0.0303159;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032568;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:67:39:0:0:67:40:0:0 chr1 152280265 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5349;QD=35.5715;RBI=0.108951;REFB=0;REVB=-0.00771862;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403926;OID=.;OPOS=152280265;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 152280471 . C G 40.67 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00302562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8788;QD=1.62666;RBI=0.035162;REFB=-0.00233679;REVB=-0.0350316;RO=87;SAF=4;SAR=6;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177451;STB=0.637526;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0208931;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:87:90:10:10:0.1:6:4:48:39:6:4:50:40 chr1 152280685 . C A 68.93 PASS AF=0.0848057;AO=24;DP=280;FAO=24;FDP=283;FR=.;FRO=259;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=144;FSRR=115;FWDB=-0.0260239;FXX=0.003521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6618;QD=0.974205;RBI=0.044356;REFB=-0.00238247;REVB=-0.0359196;RO=256;SAF=6;SAR=18;SRF=144;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357735;STB=0.77165;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0361977;OID=.;OPOS=152280685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:280:283:256:259:24:24:0.0848057:18:6:144:112:18:6:144:115 chr1 152280687 . CA TG 97.69 PASS AF=0.1;AO=29;DP=290;FAO=29;FDP=290;FR=.;FRO=261;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=146;FSRR=115;FWDB=-0.0247044;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=210.375;QD=1.34739;RBI=0.0387505;REFB=-0.000567056;REVB=-0.0298545;RO=258;SAF=11;SAR=18;SRF=143;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210646;STB=0.658788;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.0111267;OID=.;OPOS=152280687;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:290:290:258:261:29:29:0.1:18:11:143:115:18:11:146:115 chr1 152280691 . A T 117.47 PASS AF=0.109966;AO=32;DP=291;FAO=32;FDP=291;FR=.;FRO=259;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=145;FSRR=114;FWDB=-0.0380001;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.691;QD=1.61476;RBI=0.0469901;REFB=-0.00553196;REVB=-0.0276417;RO=254;SAF=14;SAR=18;SRF=143;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154792;STB=0.607577;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.042229;OID=.;OPOS=152280691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:254:259:32:32:0.109966:18:14:143:111:18:14:145:114 chr1 152280736 . T C 356.4 PASS AF=0.216117;AO=59;DP=272;FAO=59;FDP=273;FR=.;FRO=214;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=129;FSRR=85;FWDB=0.00282271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.936;QD=5.22202;RBI=0.0185097;REFB=-0.00511867;REVB=-0.0182932;RO=212;SAF=27;SAR=32;SRF=127;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.612403;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0183454;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:212:214:59:59:0.216117:32:27:127:85:32:27:129:85 chr1 152280759 . A G 545.99 PASS AF=0.297521;AO=71;DP=240;FAO=72;FDP=242;FR=.;FRO=170;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=105;FSRR=65;FWDB=-0.00495965;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.933;QD=9.02468;RBI=0.00866445;REFB=-0.00656054;REVB=-0.00710455;RO=165;SAF=33;SAR=38;SRF=103;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190634;STB=0.601293;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.013748;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:242:165:170:71:72:0.297521:38:33:103:62:38:34:105:65 chr1 152280782 . A G 3157.51 PASS AF=1;AO=204;DP=208;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946941;FXX=0.0192298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7517;QD=61.9119;RBI=0.0264112;REFB=0;REVB=-0.0246553;RO=0;SAF=116;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283654;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:208:204:0:0:204:204:1:88:116:0:0:88:116:0:0 chr1 152280788 . T G 1648.77 PASS AF=0.701571;AO=134;DP=191;FAO=134;FDP=191;FR=.;FRO=57;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.00107172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.064;QD=34.5292;RBI=0.0159095;REFB=-0.0272566;REVB=0.0158733;RO=52;SAF=73;SAR=61;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578526;STB=0.536907;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0107478;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:52:57:134:134:0.701571:61:73:34:18:61:73:38:19 chr1 152280864 . A G 964.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.656;QD=58.4599;RBI=0.0290884;REFB=0;REVB=0.0233213;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81387e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:28:36:0:0:30:36:0:0 chr1 152280900 . T G 228.39 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000597636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8195;QD=13.8421;RBI=0.0160296;REFB=-0.00419722;REVB=-0.0160184;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173709;STB=0.585222;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00714245;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:15:11:23:16:15:12:23:16 chr1 152281007 . AA GG 409.45 PASS AF=0.281553;AO=57;DP=204;FAO=58;FDP=206;FR=.;FRO=148;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=87;FSRR=61;FWDB=-0.00500239;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=2;MLLD=93.0274;QD=7.95044;RBI=0.0397816;REFB=-0.00933553;REVB=-0.0394658;RO=141;SAF=31;SAR=26;SRF=85;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729072;STB=0.538709;STBP=0.497;TYPE=mnp;VARB=0.0212583;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:141:148:57:58:0.281553:26:31:85:56:27:31:87:61 chr1 152281039 . G A 479.7 PASS AF=0.271255;AO=67;DP=247;FAO=67;FDP=247;FR=.;FRO=180;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=103;FSRR=77;FWDB=-0.0011137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.104;QD=7.76839;RBI=0.0462067;REFB=-0.0100793;REVB=0.0461933;RO=180;SAF=36;SAR=31;SRF=103;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435752;STB=0.525673;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0277833;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:180:180:67:67:0.271255:31:36:103:77:31:36:103:77 chr1 152281228 . C G 362.32 PASS AF=0.308725;AO=46;DP=149;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=36;FWDB=0.0616391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4762;QD=9.72671;RBI=0.0631788;REFB=-0.0136551;REVB=-0.0138629;RO=100;SAF=23;SAR=23;SRF=64;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165892;STB=0.603984;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0306864;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:100:103:46:46:0.308725:23:23:64:36:23:23:67:36 chr1 152281290 . A G 70.42 PASS AF=0.164557;AO=12;DP=78;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0076247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.515;QD=3.56558;RBI=0.0177094;REFB=-0.00981762;REVB=-0.015984;RO=66;SAF=7;SAR=5;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131555;STB=0.560165;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0485261;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:79:66:66:12:13:0.164557:5:7:45:21:5:8:45:21 chr1 152281304 . A C 73.04 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0941714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7648;QD=4.00214;RBI=0.0944003;REFB=-0.00382298;REVB=0.00656909;RO=59;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204596;STB=0.621857;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00725133;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:73:73:59:60:13:13:0.178082:6:7:41:18:6:7:41:19 chr1 152281317 . G T 291.75 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0170812;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.343;QD=16.4365;RBI=0.0172315;REFB=-0.0241501;REVB=0.00227023;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256192;STB=0.527172;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0280874;OID=.;OPOS=152281317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:39:30:32:0.450704:11:19:25:16:13:19:25:14 chr1 152281479 . G T 3464.79 PASS AF=0.991189;AO=222;DP=225;FAO=225;FDP=227;FR=.;FRO=2;FSAF=139;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00931008;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.53;QD=61.0535;RBI=0.0194236;REFB=-0.108493;REVB=0.0170469;RO=0;SAF=136;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62308e-08;STB=0.505747;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00119664;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:225:227:0:2:222:225:0.991189:86:136:0:0:86:139:0:2 chr1 152281523 . A C 307.58 PASS AF=0.218487;AO=50;DP=231;FAO=52;FDP=238;FR=.;FRO=186;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=122;FSRR=64;FWDB=-0.00087089;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4254;QD=5.16944;RBI=0.0363551;REFB=-0.0062414;REVB=-0.0363447;RO=181;SAF=32;SAR=18;SRF=118;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166594;STB=0.501786;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0255523;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:238:181:186:50:52:0.218487:18:32:118:63:18:34:122:64 chr1 152281534 . A T 248.24 PASS AF=0.188841;AO=44;DP=234;FAO=44;FDP=233;FR=.;FRO=189;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=123;FSRR=66;FWDB=-0.00642349;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.933;QD=4.26154;RBI=0.0156418;REFB=0.000600888;REVB=-0.014262;RO=187;SAF=30;SAR=14;SRF=122;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042644;STB=0.528388;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00339392;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:187:189:44:44:0.188841:14:30:122:65:14:30:123:66 chr1 152281690 . C T 1140.29 PASS AF=0.463602;AO=120;DP=260;FAO=121;FDP=261;FR=.;FRO=140;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.0117636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.159;QD=17.4757;RBI=0.0173829;REFB=-0.0202194;REVB=-0.0127978;RO=136;SAF=65;SAR=55;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684592;STB=0.535933;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0279152;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:136:140:120:121:0.463602:55:65:64:72:55:66:67:73 chr1 152281691 . G A 1326.08 PASS AF=0.513514;AO=129;DP=256;FAO=133;FDP=259;FR=.;FRO=126;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=0.0212129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1304;QD=20.48;RBI=0.032634;REFB=-0.0259243;REVB=0.024799;RO=125;SAF=60;SAR=69;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708147;STB=0.532083;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0254329;OID=.;OPOS=152281691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:259:125:126:129:133:0.513514:69:60:68:57:70:63:68:58 chr1 152281745 . G T 1142.78 PASS AF=0.530233;AO=100;DP=199;FAO=114;FDP=215;FR=.;FRO=101;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=0.00503856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.438;QD=21.2611;RBI=0.0157961;REFB=-0.0108793;REVB=0.0149709;RO=97;SAF=66;SAR=34;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606112;STB=0.513836;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0100233;OID=.;OPOS=152281745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:215:97:101:100:114:0.530233:34:66:58:39:42:72:61:40 chr1 152281907 . A G 50.63 PASS AF=0.0864865;AO=16;DP=181;FAO=16;FDP=185;FR=.;FRO=169;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=78;FWDB=-0.1148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2795;QD=1.09465;RBI=0.118942;REFB=-0.00863454;REVB=-0.0311142;RO=157;SAF=11;SAR=5;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184427;STB=0.64142;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.108023;OID=.;OPOS=152281907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:181:185:157:169:16:16:0.0864865:5:11:84:73:5:11:91:78 chr1 152281911 . T C 65.5 PASS AF=0.0989011;AO=18;DP=183;FAO=18;FDP=182;FR=.;FRO=164;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=86;FSRR=78;FWDB=-0.0279241;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.009;QD=1.43956;RBI=0.028507;REFB=-0.0061684;REVB=-0.00573536;RO=160;SAF=12;SAR=6;SRF=86;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159465;STB=0.63143;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.037301;OID=.;OPOS=152281911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:183:182:160:164:18:18:0.0989011:6:12:86:74:6:12:86:78 chr1 152281948 . G A 442.37 PASS AF=0.295918;AO=58;DP=197;FAO=58;FDP=196;FR=.;FRO=138;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=0.00155004;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.483;QD=9.02789;RBI=0.0016244;REFB=-0.0158316;REVB=-0.000485826;RO=136;SAF=24;SAR=34;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781536;STB=0.540922;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0386541;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:136:138:58:58:0.295918:34:24:65:71:34:24:65:73 chr1 152282092 . T C 42.71 PASS AF=0.080402;AO=18;DP=198;FAO=16;FDP=199;FR=.;FRO=183;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=106;FWDB=-0.0618892;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6827;QD=0.858519;RBI=0.0780652;REFB=-0.0113226;REVB=-0.0475804;RO=167;SAF=6;SAR=12;SRF=71;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114924;STB=0.744118;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0504699;OID=.;OPOS=152282092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:198:199:167:183:18:16:0.080402:12:6:71:96:13:3:77:106 chr1 152282101 . T C 58.42 PASS AF=0.0891089;AO=18;DP=200;FAO=18;FDP=202;FR=.;FRO=184;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=107;FWDB=-0.00398617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.659;QD=1.15675;RBI=0.0330374;REFB=-0.00105155;REVB=0.0327961;RO=182;SAF=5;SAR=13;SRF=76;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175936;STB=0.582362;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0346087;OID=.;OPOS=152282101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:200:202:182:184:18:18:0.0891089:13:5:76:106:12:6:77:107 chr1 152282104 . C T 52.22 PASS AF=0.0841584;AO=17;DP=201;FAO=17;FDP=202;FR=.;FRO=185;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=107;FWDB=-0.00566987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.117;QD=1.03402;RBI=0.00699098;REFB=-0.00212888;REVB=-0.0040898;RO=184;SAF=6;SAR=11;SRF=78;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853994;STB=0.566097;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0179289;OID=.;OPOS=152282104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:201:202:184:185:17:17:0.0841584:11:6:78:106:11:6:78:107 chr1 152282111 . T C 58.07 PASS AF=0.08867;AO=18;DP=203;FAO=18;FDP=203;FR=.;FRO=185;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=105;FWDB=-0.0164038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.029;QD=1.14417;RBI=0.0398734;REFB=-0.000688649;REVB=0.0363428;RO=181;SAF=6;SAR=12;SRF=78;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119743;STB=0.595047;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0141425;OID=.;OPOS=152282111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:203:203:181:185:18:18:0.08867:12:6:78:103:12:6:80:105 chr1 152282267 . G A 285.25 PASS AF=0.365591;AO=33;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00117893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.1;QD=12.2689;RBI=0.0250182;REFB=-0.0094731;REVB=0.0249904;RO=55;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57304e-08;STB=0.506376;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0217019;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:59:33:34:0.365591:21:12:20:35:21:13:22:37 chr1 152282311 . C T 211.37 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0295554;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1208;QD=13.8601;RBI=0.121605;REFB=-0.0251318;REVB=-0.117958;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041769;STB=0.530807;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0621753;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:14:11:14:21:14:11:14:22 chr1 152282910 . G C 520.24 PASS AF=0.524272;AO=49;DP=93;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0034335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.779;QD=20.2035;RBI=0.0326043;REFB=-0.0373303;REVB=0.032423;RO=44;SAF=31;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303488;STB=0.616216;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0215004;OID=.;OPOS=152282910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:103:44:49:49:54:0.524272:18:31:12:32:23:31:16:33 chr1 152282917 . G T 437.41 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0308074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.268;QD=16.6633;RBI=0.0308698;REFB=-0.00695213;REVB=0.00196246;RO=57;SAF=16;SAR=32;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227815;STB=0.627397;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0072941;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:32:16:32:25:32:16:32:25 chr1 152282952 . A G 719.03 PASS AF=0.556452;AO=68;DP=122;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.081873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.515;QD=23.1945;RBI=0.0869455;REFB=-0.0079693;REVB=-0.029263;RO=54;SAF=37;SAR=31;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169432;STB=0.584006;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00897431;OID=.;OPOS=152282952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:54:55:68:69:0.556452:31:37:18:36:32:37:19:36 chr1 152283236 . T C 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.292;QD=54.6488;RBI=0.0897974;REFB=-0.0445115;REVB=0.0795177;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00230501;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr1 152283283 . C T 143.71 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00371582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.927;QD=9.91126;RBI=0.11324;REFB=-0.0380892;REVB=-0.113179;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13593;STB=0.595568;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0451802;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:39:19:19:0.327586:8:11:14:17:8:11:17:22 chr1 152283862 . G C 1503.78 PASS AF=0.980952;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0279317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.782;QD=57.2869;RBI=0.0420796;REFB=-0.0233693;REVB=0.0314724;RO=2;SAF=40;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387056;STB=0.502236;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000260974;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:105:2:2:100:103:0.980952:60:40:1:1:63:40:1:1 chr1 152283975 . A G 2261.02 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296823;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.577;QD=63.6907;RBI=0.0575475;REFB=0;REVB=0.0493019;RO=0;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1587e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:66:75:0:0:66:76:0:0 chr1 152284424 . G C 783.38 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0199757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5375;QD=19.8324;RBI=0.0395564;REFB=-0.011149;REVB=0.0341421;RO=78;SAF=45;SAR=35;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102134;STB=0.505617;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0052173;OID=.;OPOS=152284424;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:78:80:80:0.506329:35:45:43:35:35:45:43:35 chr1 152284441 . G A 639.79 PASS AF=0.411429;AO=66;DP=171;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0164304;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.756;QD=14.6237;RBI=0.0234174;REFB=-0.0197364;REVB=0.0166859;RO=103;SAF=41;SAR=25;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653751;STB=0.512192;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0342203;OID=.;OPOS=152284441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:175:103:103:66:72:0.411429:25:41:58:45:30:42:58:45 chr1 152284478 . A G 37.5 PASS AF=0.0700935;AO=15;DP=214;FAO=15;FDP=214;FR=.;FRO=199;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=111;FSRR=88;FWDB=-0.0243841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6053;QD=0.700942;RBI=0.0360937;REFB=-0.00915731;REVB=-0.0266115;RO=197;SAF=10;SAR=5;SRF=110;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122653;STB=0.605718;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0808939;OID=.;OPOS=152284478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:214:214:197:199:15:15:0.0700935:5:10:110:87:5:10:111:88 chr1 152284497 . A G 56.99 PASS AF=0.0848214;AO=19;DP=226;FAO=19;FDP=224;FR=.;FRO=205;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=112;FSRR=93;FWDB=-0.0427284;FXX=0.00884917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4006;QD=1.01774;RBI=0.0589733;REFB=-0.00637825;REVB=-0.0406465;RO=199;SAF=14;SAR=5;SRF=109;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231008;STB=0.685111;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0595076;OID=.;OPOS=152284497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:226:224:199:205:19:19:0.0848214:5:14:109:90:5:14:112:93 chr1 152284505 . C G 34.83 PASS AF=0.0661157;AO=16;DP=243;FAO=16;FDP=242;FR=.;FRO=226;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=130;FSRR=96;FWDB=0.0251366;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.826;QD=0.575752;RBI=0.0601338;REFB=-0.00428988;REVB=-0.054628;RO=224;SAF=10;SAR=6;SRF=129;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547224;STB=0.548326;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0920737;OID=.;OPOS=152284505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:243:242:224:226:16:16:0.0661157:6:10:129:95:6:10:130:96 chr1 152284541 . G A 46.63 PASS AF=0.071161;AO=19;DP=268;FAO=19;FDP=267;FR=.;FRO=248;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=133;FSRR=115;FWDB=-0.0185425;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1323;QD=0.698548;RBI=0.047598;REFB=-0.00109822;REVB=0.0438377;RO=239;SAF=13;SAR=6;SRF=124;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187401;STB=0.642149;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.030006;OID=.;OPOS=152284541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:268:267:239:248:19:19:0.071161:6:13:124:115:6:13:133:115 chr1 152284854 . A G 3633.96 PASS AF=1;AO=224;DP=229;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613253;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.684;QD=62.6545;RBI=0.0337512;REFB=0;REVB=0.0331894;RO=0;SAF=101;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012517;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:232:0:0:224:232:1:123:101:0:0:128:104:0:0 chr1 152285099 . C T 1008.0 PASS AF=1;AO=58;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.15;QD=59.294;RBI=0.0623566;REFB=0;REVB=0.0554031;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156932;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:58:68:1:26:32:0:0:28:40:0:0 chr1 152285181 . G T 400.63 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0369128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.298;QD=42.1719;RBI=0.0412037;REFB=-0.047358;REVB=0.0183081;RO=7;SAF=10;SAR=21;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144583;STB=0.507807;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00985634;OID=.;OPOS=152285181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:21:10:2:5:21:10:2:5 chr1 152285930 . G A 2923.19 PASS AF=0.975;AO=195;DP=201;FAO=195;FDP=200;FR=.;FRO=5;FSAF=105;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00197804;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.183;QD=58.4638;RBI=0.015636;REFB=-0.0736564;REVB=-0.0155104;RO=4;SAF=105;SAR=90;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814843;STB=0.501548;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00166146;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:201:200:4:5:195:195:0.975:90:105:3:1:90:105:3:2 chr1 152286002 . T C 2276.09 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428152;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7219;QD=63.6667;RBI=0.0614946;REFB=0;REVB=0.0441412;RO=0;SAF=87;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94344e-06;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:56:87:0:0:56:87:0:0 chr1 152286032 . C T 608.6 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0383351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.532;QD=16.3382;RBI=0.0430039;REFB=-0.0214365;REVB=-0.0194874;RO=84;SAF=25;SAR=39;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647439;STB=0.54013;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0378583;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:84:85:64:64:0.42953:39:25:38:46:39:25:39:46 chr1 152286367 . C A 1472.83 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0310544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.242;QD=57.1972;RBI=0.0333248;REFB=-0.134002;REVB=0.01209;RO=2;SAF=56;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226325;STB=0.50107;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000468647;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:44:56:1:1:45:56:1:1 chr1 152382828 . G A 321.39 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0269201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.232;QD=20.0869;RBI=0.0274652;REFB=-0.0610885;REVB=0.0054449;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734722;STB=0.556927;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0559499;OID=.;OPOS=152382828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:33:34:0.53125:23:10:11:18:24:10:12:18 chr1 152484129 . G A 266.11 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=55;FWDB=0.00255819;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.509;QD=10.4357;RBI=0.00459654;REFB=-0.0109514;REVB=0.00381887;RO=67;SAF=1;SAR=33;SRF=12;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533319;STB=0.839701;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.024577;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:67:68:34:34:0.333333:33:1:12:55:33:1:13:55 chr1 152487979 . C T 87.22 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0108586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0683;QD=13.4178;RBI=0.0277795;REFB=-0.0455946;REVB=0.0255693;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206621;STB=0.623511;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0804389;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:10:5:2:9:10:5 chr1 152488063 . C T 172.07 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0738529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7749;QD=12.7457;RBI=0.0739746;REFB=-0.00856216;REVB=0.00424172;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179928;STB=0.615279;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0182891;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:10:10:22:11:11:10:22:11 chr1 152488428 . T C 291.47 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0300069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5505;QD=14.5736;RBI=0.0657547;REFB=-0.0111116;REVB=0.0585086;RO=46;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887942;STB=0.558522;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.010063;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:33:33:0.4125:22:11:19:27:22:11:20:27 chr1 152681679 . CC CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT 71.52 PASS AF=0.368421,0.105263;AO=4,2;DP=21;FAO=7,2;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3,2;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0590743,-0.0420202;FXX=0.0951928;HRUN=1,2;LEN=18,2;MLLD=203.949,289.088;QD=15.0578;RBI=0.061962,0.0420285;REFB=-0.0452284,-0.000930084;REVB=0.0186954,-0.000834281;RO=10;SAF=1,2;SAR=3,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.372583,0.542827;STB=0.599717,0.993382;STBP=0.505,0.322;TYPE=ins,mnp;VARB=0.043984,0.0419518;OID=.,.;OPOS=152681681,152681679;OREF=-,CC;OALT=AGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT;OMAPALT=CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:19:10:10:4,2:7,2:0.368421,0.105263:3,0:1,2:6:4:4,0:3,2:6:4 chr1 152732106 . A T 854.65 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371416;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3861;QD=57.9426;RBI=0.0314688;REFB=0;REVB=-0.0312489;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109494;OID=.;OPOS=152732106;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr1 152749091 . C T 152.07 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00374234;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.683;QD=11.2647;RBI=0.0284776;REFB=-0.0223397;REVB=0.0282307;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876776;STB=0.548084;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0414198;OID=.;OPOS=152749091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:35:19:19:0.351852:10:9:13:20:10:9:14:21 chr1 152944594 . C T 666.97 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00375416;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.217;QD=23.8203;RBI=0.0713505;REFB=-0.00657491;REVB=0.0712516;RO=46;SAF=34;SAR=30;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145108;STB=0.5769;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00819817;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:46:48:64:64:0.571429:30:34:33:13:30:34:34:14 chr1 152957887 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00526605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.511;QD=16.1179;RBI=0.00921357;REFB=-0.038072;REVB=0.00756033;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14609;STB=0.585215;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.025457;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:8:5:3:9:8:5 chr1 152958238 . A G 541.71 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00220384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4037;QD=21.4539;RBI=0.0030876;REFB=-0.00687478;REVB=-0.00216249;RO=47;SAF=15;SAR=39;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845498;STB=0.546631;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00590232;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:39:15:17:30:39:15:17:30 chr1 152958267 . T C 417.91 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0178453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5835;QD=19.9006;RBI=0.0517648;REFB=-0.015281;REVB=-0.0485916;RO=42;SAF=8;SAR=34;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12603;STB=0.570434;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0142967;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:34:8:12:30:34:8:12:30 chr1 152975495 . G A 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0280928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.594;QD=19.6929;RBI=0.0285738;REFB=-0.00371264;REVB=-0.0052206;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304565;STB=0.517225;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0026819;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:8:14:14:7:8:14 chr1 152975715 . C T 36.8 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0508413;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.792;QD=8.17712;RBI=0.0510937;REFB=-0.00347398;REVB=0.00507215;RO=12;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00944412;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:12:12:5:6:0.333333:3:2:6:6:3:3:6:6 chr1 152975829 . A G 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0055539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9357;QD=19.1759;RBI=0.0151965;REFB=-0.0195639;REVB=0.0141453;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090647;STB=0.575046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0283049;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:5:8:5:5:5:8:5:6 chr1 152975941 . C G 393.88 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00985242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.217;QD=25.4118;RBI=0.0132782;REFB=-0.0282504;REVB=0.00890177;RO=24;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459477;STB=0.525122;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0188541;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:15:23:16:8:15:23:16:8 chr1 152976108 . C T 443.05 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00404578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.488;QD=35.4442;RBI=0.0644666;REFB=-0.0124676;REVB=0.0643395;RO=15;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318589;STB=0.517311;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00446732;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:16:19:9:6:16:19:9:6 chr1 152976114 . G C 411.68 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00728956;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6914;QD=31.6676;RBI=0.0641476;REFB=-0.0822041;REVB=-0.0637321;RO=15;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105455;STB=0.50572;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00735074;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:18:19:8:7:18:19:8:7 chr1 152976306 . T G 503.74 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00866813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.924;QD=22.3885;RBI=0.0302564;REFB=-0.0266388;REVB=0.0289881;RO=41;SAF=17;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259018;STB=0.513549;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0235654;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:41:42:47:48:0.533333:30:17:16:25:31:17:16:26 chr1 153004848 . T C 79.79 PASS AF=0.44;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0107513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3187;QD=12.7664;RBI=0.0394288;REFB=-0.0200392;REVB=-0.0379347;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354271;STB=0.758894;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0780564;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:25:14:14:8:11:0.44:1:7:9:5:1:10:9:5 chr1 153004853 . C T 35.97 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0418438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.653;QD=6.25542;RBI=0.0534085;REFB=-0.0271343;REVB=-0.0331898;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28974;STB=0.6951;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0566941;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:12:4:3:3:13:4 chr1 153004857 . AC A,CC 91.53 PASS AF=0.65,0.1;AO=8,2;DP=17;FAO=13,2;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8,2;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0188619,0.0092877;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=11.7482,194.033;QD=18.307;RBI=0.209557,0.0560534;REFB=-0.0611831,0.00791663;REVB=0.208707,-0.0552786;RO=5;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=0.0175135,0.589598;STB=0.504498,0.992876;STBP=0.994,0.315;TYPE=del,snp;VARB=0.0566682,-0.0102657;OID=.,.;OPOS=153004858,153004857;OREF=C,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:17:20:5:5:8,2:13,2:0.65,0.1:3,0:5,2:3:2:5,0:8,2:3:2 chr1 153005156 . C T 212.7 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00124513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6389;QD=20.2573;RBI=0.0270554;REFB=0.00705586;REVB=-0.0270267;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227679;STB=0.523895;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00979534;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:10:11:11:9:10:11:12:9 chr1 153029137 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0173721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9387;QD=21.1692;RBI=0.0173721;REFB=-0.0115933;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00568337;OID=.;OPOS=153029137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:0:7:3:0:0:7:3:0 chr1 153314153 . C A 493.89 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0162562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.815;QD=22.9714;RBI=0.0165557;REFB=-0.0262624;REVB=-0.0031349;RO=39;SAF=24;SAR=23;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188326;STB=0.603211;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0264199;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:23:24:11:28:23:24:11:28 chr1 153315579 . A G 390.89 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=0.011478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.819;QD=16.6335;RBI=0.0118888;REFB=-0.00691337;REVB=0.00309832;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=42;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281254;STB=0.648123;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0120584;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:53:41:41:0.43617:19:22:42:10:19:22:42:11 chr1 153320334 . T C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00566303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.443;QD=17.4901;RBI=0.00948903;REFB=-0.00588713;REVB=-0.00761392;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584039;STB=0.5327;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00576235;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:20:10:11:17:20:10 chr1 153320372 . T G 228.23 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0483965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9184;QD=16.5988;RBI=0.0520557;REFB=-0.0238369;REVB=-0.0191722;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114815;STB=0.581136;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0470595;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:25:26:0.472727:11:14:19:9:12:14:20:9 chr1 153391729 . G A 346.94 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0122792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.78;QD=14.6079;RBI=0.0369538;REFB=-0.0171877;REVB=-0.0348541;RO=57;SAF=27;SAR=11;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136242;STB=0.577679;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0209375;OID=.;OPOS=153391729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:11:27:34:23:11:27:34:23 chr1 153391786 . T C 202.12 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00856504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.559;QD=14.1839;RBI=0.0180935;REFB=-0.0252651;REVB=-0.0159379;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108098;STB=0.513584;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0345519;OID=.;OPOS=153391786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:33:22:24:0.421053:9:13:18:13:10:14:20:13 chr1 153412392 . T G 101.59 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0267176;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.817;QD=8.29334;RBI=0.0352388;REFB=-0.00488462;REVB=-0.022977;RO=35;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267056;STB=0.659075;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0129868;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:36:13:13:0.265306:3:10:20:15:3:10:21:15 chr1 153431406 . C G 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.703;QD=63.0491;RBI=0.0628291;REFB=0;REVB=-0.0416265;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91731e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:59:32:0:0:59:32:0:0 chr1 153588279 . G A 347.62 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=76;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00273338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.597;QD=17.601;RBI=0.0509254;REFB=-0.0233196;REVB=0.050852;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240761;STB=0.518153;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0250153;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:40:42:34:37:0.468354:17:17:19:21:19:18:19:23 chr1 153600594 . TACCG ACCCG,TACCC,TACCCG,TACC 311.5 PASS AF=0,0,0.647059,0.0196078;AO=4,7,18,7;DP=51;FAO=0,0,33,1;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0,17,1;FSAR=0,0,16,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.106779,-0.176121,-0.0684624,-0.276279;FXX=0;HRUN=2,3,2,3;LEN=2,1,1,1;MLLD=16.4279,13.1948,17.9782,17.5238;QD=24.4313;RBI=0.168096,0.290957,0.130302,0.438115;REFB=0.00518724,-0.051306,0.00359623,-0.102375;REVB=-0.129825,-0.231598,-0.110867,-0.340021;RO=11;SAF=3,4,7,3;SAR=1,3,11,4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0,0.397849;SSEP=0,0,0,0.27303;SSSB=0.145094,-0.0671836,-0.169342,-0.205271;STB=0.5,0.5,0.504851,0.989094;STBP=1,1,0.967,0.439;TYPE=mnp,snp,ins,del;VARB=0,0,-0.00585787,0.135368;OID=.,.,.,.;OPOS=153600594,153600598,153600596,153600598;OREF=TA,G,-,G;OALT=AC,C,C,-;OMAPALT=ACCCG,TACCC,TACCCG,TACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:51:51:11:17:4,7,18,7:0,0,33,1:0,0,0.647059,0.0196078:1,3,11,4:3,4,7,3:7:4:0,0,16,0:0,0,17,1:9:8 chr1 153604027 . ACCT AC,ACT,ACTT 588.87 PASS AF=0.047619,0.0238095,0.928571;AO=5,8,31;DP=45;FAO=2,1,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,21;FSAR=0,1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.198557,-0.0991049,0.10509;FXX=0.0232504;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=8.38863,21.9168,31.7746;QD=56.083;RBI=0.199169,0.104295,0.115235;REFB=0,0,0;REVB=-0.0156033,0.0324903,0.0472783;RO=0;SAF=5,7,13;SAR=0,1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.78849e-08,5.33668e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0482842,0.0145878,0.00734669;OID=.,.,.;OPOS=153604029,153604028,153604029;OREF=CT,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=AC,ACT,ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.047619,0.0238095,0.928571:5,8,31:45:2,1,39:42:0:2,0,21:0,1,18:0:0:7:0:5,7,13:0,1,18:0:0 chr1 153676713 . C A 1171.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837831;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.16;QD=60.8562;RBI=0.0284888;REFB=0;REVB=0.0272289;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159167;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:24:52:0:0:24:53:0:0 chr1 153743234 . T C 183.54 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0215965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.947;QD=11.8414;RBI=0.0228144;REFB=-0.0235823;REVB=-0.00735451;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155827;STB=0.575608;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0295569;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:11:11:14:25:12:11:14:25 chr1 153747909 . AG A 32.42 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0538493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.0853;QD=3.6017;RBI=0.063375;REFB=-0.034815;REVB=-0.0334162;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0.539522;SSEP=0;SSSB=0.151847;STB=0.527722;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.0315164;OID=.;OPOS=153747910;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:9:36:10:36:26:5:5:14:12:32:24:6:3:13:11 chr1 153906724 . C G 624.6 PASS AF=0.333333;AO=78;DP=234;FAO=78;FDP=234;FR=.;FRO=156;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0139856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.104;QD=10.6769;RBI=0.0554238;REFB=-0.0175089;REVB=-0.0536302;RO=152;SAF=41;SAR=37;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523832;STB=0.529894;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0342876;OID=.;OPOS=153906724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:152:156:78:78:0.333333:37:41:73:79:37:41:75:81 chr1 153907278 . CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC 56.86 PASS AF=0,0.333333,0.111111;AO=2,4,2;DP=19;FAO=0,6,2;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1,2;FSAR=0,5,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0943931,-0.0233384,-0.0142884;FXX=0.0526039;HRUN=2,1,1;LEN=1,9,10;MLLD=19.2069,208.119,214.859;QD=12.635;RBI=0.102371,0.0233969,0.0684551;REFB=-0.140698,-0.0730784,-0.0532232;REVB=-0.0396201,0.0016531,-0.0669473;RO=6;SAF=2,0,2;SAR=0,4,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.719959,-0.65814,0.719959;STB=0.5,0.62453,0.995847;STBP=1,0.527,0.095;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0745102,0.134248;OID=.,.,.;OPOS=153907306,153907279,153907297;OREF=T,CTGCTGCTG,CTGCTGCTGT;OALT=-,-,TTGCTGCTGC;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333,0.111111:2,4,2:19:0,6,2:18:10:0,1,2:0,5,0:3:7:41:6:2,0,2:0,4,0:1:5 chr1 153909069 . G C 225.02 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.054875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0574;QD=20.0017;RBI=0.0559232;REFB=-0.0333016;REVB=-0.0107766;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509425;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0325572;OID=.;OPOS=153909069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:22:22:0.488889:9:13:13:9:9:13:14:9 chr1 153913699 . T G 363.63 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.02595;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.853;QD=23.0873;RBI=0.0320785;REFB=-0.0404378;REVB=0.0188581;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127618;STB=0.512188;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0231849;OID=.;OPOS=153913699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:27:27:35:36:0.571429:15:20:15:12:15:21:15:12 chr1 153913770 . A G 1137.95 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5955;QD=59.1141;RBI=0.0555855;REFB=-0.0264545;REVB=0.0475183;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160305;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0048474;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:1:1:73:76:0.987013:29:44:0:1:31:45:0:1 chr1 153921765 . G T 357.82 PASS AF=0.654545;AO=33;DP=53;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00411874;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.691;QD=26.0233;RBI=0.0041532;REFB=-0.0564537;REVB=0.000533927;RO=20;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240148;STB=0.510198;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0207631;OID=.;OPOS=153921765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:20:19:33:36:0.654545:16:17:11:9:16:20:10:9 chr1 153926078 . T C 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.037285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.589;QD=11.8268;RBI=0.0383895;REFB=-0.00166552;REVB=0.009142;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105067;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00141883;OID=.;OPOS=153926078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:8:10:5:6:8:10 chr1 153932212 . G C 360.06 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0034467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.206;QD=22.8607;RBI=0.00345292;REFB=-0.0266166;REVB=-0.000207197;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211465;STB=0.616556;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0196152;OID=.;OPOS=153932212;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:23:13:17:10:23:13:17:10 chr1 153941514 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00635117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.172;QD=22.3411;RBI=0.0467502;REFB=-0.0274374;REVB=0.0463168;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0224933;OID=.;OPOS=153941514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:10:4:10:8:10:4 chr1 153954254 . A G 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0167746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.342;QD=27.3146;RBI=0.0246113;REFB=-0.0283622;REVB=0.0180092;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474479;STB=0.526291;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0154759;OID=.;OPOS=153954254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:6:6:12:9:6:6 chr1 153994647 . C T 361.67 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00503346;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.946;QD=20.0929;RBI=0.00503538;REFB=-0.0157606;REVB=0.000139234;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494488;STB=0.530439;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00816557;OID=.;OPOS=153994647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:35:37:37:0.513889:16:21:20:12:16:21:22:13 chr1 154089438 . T C 600.1 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00166988;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9895;QD=21.4321;RBI=0.0226328;REFB=0.00517498;REVB=0.0225711;RO=50;SAF=29;SAR=31;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276602;STB=0.501191;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0032729;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:50:52:60:60:0.535714:31:29:24:26:31:29:25:27 chr1 154108387 . G A 1233.87 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704872;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.86;QD=61.6934;RBI=0.0756517;REFB=0;REVB=-0.0274723;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018998;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr1 154125236 . T C 362.7 PASS AF=0.653846;AO=31;DP=49;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00398386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.845;QD=27.9001;RBI=0.0547905;REFB=-0.0222206;REVB=0.0546455;RO=18;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056906;STB=0.5412;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0144189;OID=.;OPOS=154125236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:18:18:31:34:0.653846:9:22:14:4:11:23:14:4 chr1 154172001 . G A 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0180043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.543;QD=21.2877;RBI=0.0180185;REFB=-0.0234574;REVB=0.000715867;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817534;STB=0.54531;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0162082;OID=.;OPOS=154172001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:31:12:14:25:31:12:14:25 chr1 154293675 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00960641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.347;QD=25.3158;RBI=0.0135612;REFB=-0.0127367;REVB=-0.00957206;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823354;STB=0.504583;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0089499;OID=.;OPOS=154293675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:7:6:9:11:7:6 chr1 154295592 . C T 588.54 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0724345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.989;QD=23.3086;RBI=0.0732152;REFB=-0.0261069;REVB=-0.0106637;RO=43;SAF=19;SAR=38;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254584;STB=0.644244;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0160384;OID=.;OPOS=154295592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:44:57:57:0.564356:38:19:28:15:38:19:29:15 chr1 154303976 . T C 437.58 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.000731895;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.082;QD=21.3451;RBI=0.0167537;REFB=-0.0137094;REVB=0.0167377;RO=39;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859104;STB=0.542213;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0168231;OID=.;OPOS=154303976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:24:18:13:26:25:18:13:26 chr1 154310048 . C G 303.59 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0203582;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.341;QD=12.2662;RBI=0.0212955;REFB=-0.00783363;REVB=0.00624842;RO=64;SAF=20;SAR=15;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279944;STB=0.51612;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0153507;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:64:64:35:35:0.353535:15:20:35:29:15:20:35:29 chr1 154313689 . G A 230.61 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0209235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.56;QD=17.7393;RBI=0.0209244;REFB=-0.0328996;REVB=-0.000187768;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160967;STB=0.58133;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0552373;OID=.;OPOS=154313689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:15:10:15:11:15:10:15:12 chr1 154316434 . C T 226.8 PASS AF=0.6;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0151474;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.32;QD=25.9198;RBI=0.0510278;REFB=-0.0513144;REVB=0.0487277;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127962;STB=0.571359;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0174304;OID=.;OPOS=154316434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:14:14:21:21:0.6:7:14:7:7:7:14:7:7 chr1 154317153 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00299139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.43;QD=15.9467;RBI=0.0433164;REFB=-0.0270893;REVB=0.043213;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688709;STB=0.538751;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0435842;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:28:19:17:19:28:19 chr1 154320942 . A G 327.06 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00887256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.607;QD=18.17;RBI=0.0297714;REFB=-0.0212466;REVB=-0.0284185;RO=37;SAF=25;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126278;STB=0.555523;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0263882;OID=.;OPOS=154320942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:9:25:23:14:10:25:23:14 chr1 154426970 . A C 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0319837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.157;QD=32.6791;RBI=0.0319873;REFB=-0.0136383;REVB=0.00048038;RO=12;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131266;STB=0.57165;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00588045;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:13:14:9:3:13:14:9:3 chr1 154437896 . T C 299.45 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000694061;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.543;QD=19.0124;RBI=0.00697313;REFB=-0.00523968;REVB=-0.00693851;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167405;STB=0.508469;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00580518;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:31:31:32:0.507937:16:15:13:15:17:15:14:17 chr1 154438880 . T C 414.8 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.010012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1998;QD=24.7643;RBI=0.0679541;REFB=-0.0216846;REVB=0.0672125;RO=26;SAF=18;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477978;STB=0.532609;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0159585;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:22:18:10:16:22:18:10:17 chr1 154474131 . C G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.591;QD=54.481;RBI=0.0207313;REFB=0.0880775;REVB=0.0125108;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000996741;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:0:1:12:19:0:1 chr1 154516477 . G A 464.83 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00228773;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.61;QD=22.6746;RBI=0.00949802;REFB=-0.00439297;REVB=0.00921839;RO=38;SAF=31;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147389;STB=0.573697;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00442243;OID=.;OPOS=154516477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:37:45:45:0.54878:14:31:20:18:14:31:20:17 chr1 154516571 . T C 592.26 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0036566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.494;QD=57.7814;RBI=0.00665185;REFB=-0.0119936;REVB=-0.00555665;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000207237;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:23:16:0:0:23:17:1:0 chr1 154516578 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00992166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.059;QD=23.8204;RBI=0.0142556;REFB=-0.0094439;REVB=0.0102363;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689408;STB=0.538427;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0114794;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:7:10:11:11:7:10 chr1 154556663 . G A 982.5 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.058197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.716;QD=56.1431;RBI=0.0698225;REFB=-0.0839648;REVB=0.0385782;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000442216;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:0:2:68:68:0.971429:37:31:0:0:37:31:2:0 chr1 154570351 . G C 378.9 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00160393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.68;QD=28.067;RBI=0.00461608;REFB=-0.0058585;REVB=0.00432847;RO=18;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08078;STB=0.539626;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00440318;OID=.;OPOS=154570351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:35:36:0.666667:14:21:13:5:14:22:13:5 chr1 154573967 . T C 629.23 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0508997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.78;QD=57.2028;RBI=0.0515909;REFB=-0.0493796;REVB=-0.00841712;RO=2;SAF=5;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247058;STB=0.513152;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00029274;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:37:5:0:2:37:5:0:2 chr1 154574820 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.946;QD=57.3856;RBI=0.0293471;REFB=0;REVB=0.0163774;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26114e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 154575040 . C T 776.4 PASS AF=0.802632;AO=60;DP=75;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00954058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.699;QD=40.8632;RBI=0.00968531;REFB=-0.156099;REVB=0.0016681;RO=9;SAF=26;SAR=34;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847872;STB=0.583163;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0176109;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:75:76:9:15:60:61:0.802632:34:26:7:2:34:27:13:2 chr1 154600372 . A G 201.08 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.653;QD=47.3117;RBI=0.0703927;REFB=0;REVB=-0.00554587;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150089;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:12:5:0:0 chr1 154744807 . C G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4312;QD=64.1507;RBI=0.0116924;REFB=0;REVB=0.00383858;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.232e-05;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr1 154744852 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0842812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.231;QD=52.6121;RBI=0.0879872;REFB=0;REVB=-0.0252672;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919431;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 154842026 . G A 66.78 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000171734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.284;QD=12.7192;RBI=0.000201376;REFB=-0.0361325;REVB=-0.000105165;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0310121;OID=.;OPOS=154842026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:7:5:5:4:7:5 chr1 154917314 . G A 1566.42 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000251639;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.429;QD=63.9353;RBI=0.0150102;REFB=0;REVB=-0.0150081;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61219e-05;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr1 154919080 . C T 962.18 PASS AF=0.933333;AO=68;DP=73;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00779249;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.8912;QD=51.3164;RBI=0.0561962;REFB=-0.0911903;REVB=0.0556533;RO=5;SAF=40;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555031;STB=0.528728;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000907762;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:73:75:5:5:68:70:0.933333:28:40:5:0:29:41:5:0 chr1 154987526 . C T 472.12 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0652979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3198;QD=55.544;RBI=0.0978412;REFB=-0.126748;REVB=0.0728635;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.511104;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00574374;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:0:1:22:11:0:1 chr1 154988870 . C T 386.76 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00873051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.081;QD=22.1003;RBI=0.0158868;REFB=-0.0261331;REVB=0.0132728;RO=31;SAF=24;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175899;STB=0.587928;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0228845;OID=.;OPOS=154988870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:14:24:13:18:15:24:13:18 chr1 154988957 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.757;QD=56.1911;RBI=0.0294211;REFB=0;REVB=0.00998069;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11579e-05;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr1 155006091 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.197;QD=64.4151;RBI=0.0122107;REFB=0;REVB=-0.00172155;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73777e-06;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 155006999 . C G,T 742.33 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,42;DP=45;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424115,0.0716949;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=124.873,46.0599;QD=61.8606;RBI=0.107151,0.110573;REFB=0,0;REVB=-0.0984007,0.0841794;RO=1;SAF=2,23;SAR=0,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0199732;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138901,0.00156759;OID=.,.;OPOS=155006999,155006999;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:45:48:1:0:2,42:1,47:0.0208333,0.979167:0,19:2,23:1:0:0,20:1,27:0:0 chr1 155019710 . A C 1208.55 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.908;QD=61.1923;RBI=0.0367277;REFB=0;REVB=-0.011434;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3363e-05;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr1 155026942 . A C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.818;QD=60.6017;RBI=0.0429543;REFB=0;REVB=0.0297965;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307894;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr1 155033317 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.115;QD=56.1916;RBI=0.0274196;REFB=0;REVB=-0.00158809;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93096e-05;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 155041385 . C CG,G 123.63 PASS AF=0.5625,0;AO=11,2;DP=47;FAO=18,0;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00672554,0.000667737;FXX=0.272665;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=15.641,178.043;QD=15.4534;RBI=0.196835,0.0416092;REFB=-0.124075,-0.00620789;REVB=-0.19672,-0.0416038;RO=29;SAF=6,0;SAR=5,2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0332049,-0.469434;STB=0.704499,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0526939,0;OID=.,.;OPOS=155041386,155041385;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:32:29:14:11,2:18,0:0.5625,0:5,2:6,0:15:14:10,0:8,0:13:1 chr1 155041387 . AG GA,GG 62.16 PASS AF=0.227273,0;AO=10,4;DP=46;FAO=10,0;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0753783,0.00919171;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=21.5878,174.265;QD=5.65128;RBI=0.119074,0.0323032;REFB=-0.0263835,0.000651647;REVB=0.0921777,-0.0309679;RO=21;SAF=1,3;SAR=9,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.589079,0.220971;STB=0.903317,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0814544,0;OID=.,.;OPOS=155041387,155041387;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:44:21:33:10,4:10,0:0.227273,0:9,1:1,3:12:9:9,0:1,0:21:12 chr1 155059851 . A G 629.36 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.687;QD=57.2143;RBI=0.0526548;REFB=-0.139183;REVB=0.0444286;RO=2;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850201;STB=0.545432;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00127126;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:42:42:0.954545:10:32:0:2:10:32:0:2 chr1 155106697 . G A 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.689;QD=59.4176;RBI=0.0174853;REFB=-0.0242415;REVB=-0.00694354;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=7.48903e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr1 155149718 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.956;QD=59.4327;RBI=0.0326988;REFB=0;REVB=0.0239481;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99286e-06;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr1 155162067 . C G,T 283.34 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,20;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433076,-0.00895969;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.0515,232.193;QD=51.5154;RBI=0.00459962,0.027123;REFB=0,0;REVB=0.00154952,-0.0256004;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0327737,-0.00111893;OID=.,.;OPOS=155162067,155162067;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:2,20:2,20:0.0909091,0.909091:1,7:1,13:0:0:1,7:1,13:0:0 chr1 155178782 . A T 740.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7827;QD=56.9415;RBI=0.0719287;REFB=0;REVB=0.037264;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685464;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr1 155186729 . T C 2371.28 PASS AF=0.981595;AO=154;DP=157;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0351155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6467;QD=58.191;RBI=0.0412802;REFB=0.0035129;REVB=-0.0217015;RO=2;SAF=102;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179413;STB=0.506035;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000421752;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:163:2:3:154:160:0.981595:52:102:0:2:58:102:1:2 chr1 155186742 . G A 2386.82 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.093;QD=63.6485;RBI=0.0918399;REFB=0;REVB=0.0917532;RO=0;SAF=96;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111934;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:150:0:0:143:150:1:47:96:0:0:53:97:0:0 chr1 155230131 . C T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0122205;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.125;QD=8.84562;RBI=0.0160843;REFB=-0.0137103;REVB=-0.0104577;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405938;STB=0.738869;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0235126;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:6:10:10:28:6:10:10:28 chr1 155258752 . G A 171.22 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0136364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.612;QD=12.4523;RBI=0.0138556;REFB=-0.0105339;REVB=-0.00245485;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150683;STB=0.586838;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0223813;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:21:13:11:10:21:13 chr1 155258756 . C T 183.08 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0135079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.575;QD=13.3149;RBI=0.0187937;REFB=0.00492102;REVB=0.0130668;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110906;STB=0.563579;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0034136;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:20:13:11:11:20:13 chr1 155260383 . G T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.00888133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.704;QD=6.25201;RBI=0.010695;REFB=-0.00704842;REVB=-0.00595855;RO=39;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048004;STB=0.503062;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220002;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:9:2:7:32:9:2:7:32 chr1 155294274 . A G 211.09 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747356;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.958;QD=49.6688;RBI=0.0747441;REFB=0;REVB=0.0011311;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877133;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr1 155315935 . GT G 184.52 PASS AF=0.61194;AO=37;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.165316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2398;QD=11.0162;RBI=0.181495;REFB=-0.127641;REVB=-0.0749073;RO=28;SAF=3;SAR=34;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422966;STB=0.583479;STBP=0.154;TYPE=del;VARB=0.10955;OID=.;OPOS=155315936;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.61194:37:67:41:67:26:7:34:8:18:95:28:3:34:10:18 chr1 155408635 . T C 1137.54 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6106;QD=58.3352;RBI=0.129683;REFB=-0.078426;REVB=0.128139;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050781;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:34:44:0:0 chr1 155581311 . T C 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00667355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.86;QD=6.57375;RBI=0.0072986;REFB=-0.0107964;REVB=0.00295522;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221133;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:8:8:3:3:8:8 chr1 155658085 . T C 127.41 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0128546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.035;QD=11.8516;RBI=0.0131762;REFB=-0.0149409;REVB=0.00289349;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339452;STB=0.504848;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0392057;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:6:9:17:10:6:9:17:11 chr1 155735012 . T C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00225561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.042;QD=10.2705;RBI=0.00240843;REFB=-0.0036137;REVB=-0.000844236;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120795;STB=0.572037;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0126672;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:19:16:9:7:19:16 chr1 155735901 . C T 282.98 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00797735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.118;QD=23.1006;RBI=0.014574;REFB=-0.0133715;REVB=0.0121969;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316695;STB=0.627805;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0146946;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:22:23:24:26:0.530612:18:6:13:9:18:8:13:10 chr1 155755097 . G A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.218;QD=63.5791;RBI=0.0122205;REFB=0;REVB=0.00264897;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95596e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 155837865 . G C 650.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8075;QD=61.9711;RBI=0.0483367;REFB=0;REVB=0.0370651;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699878;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr1 155838267 . T C,G 616.37 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=38,3;DP=41;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312449,0.0151508;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.869,90.4083;QD=60.134;RBI=0.0399318,0.0228138;REFB=0,0;REVB=0.0248658,-0.0170565;RO=0;SAF=20,3;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.51048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000274854,0.0746958;OID=.,.;OPOS=155838267,155838267;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:41:0:0:38,3:38,3:0.926829,0.0731707:18,0:20,3:0:0:18,0:20,3:0:0 chr1 155880573 . C G 727.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188837;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.414;QD=57.0429;RBI=0.0363739;REFB=0;REVB=0.0310881;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97659e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:25:26:0:0 chr1 155904177 . T C 1677.13 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364797;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5892;QD=60.4371;RBI=0.0372223;REFB=0;REVB=-0.0073983;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35695e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:50:60:0:0:51:60:0:0 chr1 155912486 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7929;QD=57.2018;RBI=0.0513837;REFB=0;REVB=-0.0308392;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000803584;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr1 156146218 . C T 87.45 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0791283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.183;QD=10.9309;RBI=0.0797297;REFB=-0.014807;REVB=-0.0097745;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22789;STB=0.509417;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0403114;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:15:21:11:11:0.34375:9:2:1:14:9:2:4:17 chr1 156202173 . A G 725.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.014;QD=63.0948;RBI=0.0788328;REFB=0;REVB=0.0719832;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454023;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:22:21:0:0:25:21:0:0 chr1 156206121 . G A 287.48 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0113599;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3872;QD=15.5396;RBI=0.0116485;REFB=-0.0130267;REVB=0.00257671;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139711;STB=0.58468;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0126524;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:15:17:16:25:15:17:16:26 chr1 156215899 . G A 605.58 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.000922868;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6459;QD=18.6332;RBI=0.0138652;REFB=-0.022646;REVB=-0.0138345;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937674;STB=0.521732;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0263965;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:67:68:61:62:0.476923:27:34:38:29:29:33:39:29 chr1 156220056 . T C 125.75 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0420891;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.406;QD=17.345;RBI=0.0535447;REFB=-0.0213082;REVB=-0.0330989;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225385;STB=0.653638;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0239027;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:13:14:0.482759:7:6:10:4:8:6:11:4 chr1 156233189 . C T 236.75 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0200348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.694;QD=26.3054;RBI=0.028844;REFB=-0.027862;REVB=0.0207505;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912911;STB=0.550487;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.009958;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:10:4:9:13:10:4 chr1 156235801 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCG,GAGGGGC 89.28 PASS AF=0.405405,0.0135135,0.0135135;AO=22,7,7;DP=74;FAO=30,1,1;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16,1,0;FSAR=14,0,1;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0296918,-0.0646682,0.0201791;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.43354,53.1934,21.6854;QD=4.8258;RBI=0.0368928,0.0721164,0.0909281;REFB=-0.209382,-0.0198609,-0.0907619;REVB=0.021897,-0.0319187,-0.0886608;RO=34;SAF=10,7,0;SAR=12,0,7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0.311111,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.140211,0.666865,-0.72018;STB=0.508374,0.989066,0.990855;STBP=0.924,0.473,0.276;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.195119,0.0476022,0.0252867;OID=.,.,.;OPOS=156235802,156235806,156235801;OREF=G,GC,AG;OALT=-,CG,GA;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCG,GAGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:74:74:34:42:22,7,7:30,1,1:0.405405,0.0135135,0.0135135:12,0,7:10,7,0:20:14:14,0,1:16,1,0:23:19 chr1 156252385 . T C 482.45 PASS AF=0.616438;AO=43;DP=72;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00153712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.369;QD=26.4356;RBI=0.0030509;REFB=-0.0357192;REVB=0.00263538;RO=28;SAF=32;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149702;STB=0.587046;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0189856;OID=.;OPOS=156252385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:28:28:43:45:0.616438:11:32:16:12:11:34:16:12 chr1 156255456 . G A 154.91 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0487933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3587;QD=32.6129;RBI=0.0517497;REFB=0.00769288;REVB=0.0172408;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127122;STB=0.507033;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000223039;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:2:2:8:7:2:2 chr1 156263940 . T C 704.04 PASS AF=0.638298;AO=61;DP=95;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00601026;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3117;QD=29.9592;RBI=0.0209537;REFB=-0.00614214;REVB=-0.0200733;RO=33;SAF=33;SAR=28;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365047;STB=0.512087;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00318257;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:33:34:61:60:0.638298:28:33:16:17:28:32:17:17 chr1 156264000 . G A 289.12 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0278695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.957;QD=25.6992;RBI=0.0314248;REFB=-0.00549155;REVB=0.0145193;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150091;STB=0.583269;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00221346;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:11:8:16:10:11:8 chr1 156265400 . GCCCCC GCCC,GCCCC,GCCCCA 1342.41 PASS AF=0,0.936652,0.0633484;AO=31,112,9;DP=227;FAO=0,207,14;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=0,90,1;FSAR=0,117,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107772,0.230633,0.265857;FXX=0.0432882;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=8.54676,8.25241,9.30606;QD=24.2971;RBI=0.141131,0.290069,0.281391;REFB=0.00644724,0.00406294,-0.0648761;REVB=-0.0911218,-0.175922,-0.0922009;RO=30;SAF=0,63,1;SAR=31,49,8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0.366667,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.843677,0.0649183,-0.447209;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0183627,-0.103109;OID=.,.,.;OPOS=156265401,156265401,156265405;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=GCCC,GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.936652,0.0633484:31,112,9:227:0,207,14:221:0:0,90,1:0,117,13:0:0:21:30:0,63,1:31,49,8:12:18 chr1 156280969 . G A 230.68 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0243911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4151;QD=38.4469;RBI=0.0614615;REFB=0.0061792;REVB=0.0564144;RO=4;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131238;STB=0.57136;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000391939;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:8:12:4:0:8:12:4:0 chr1 156280971 . G A 240.02 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0410059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4842;QD=43.6399;RBI=0.106757;REFB=0.00743016;REVB=0.0985672;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708106;STB=0.538424;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00357109;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:8:12:2:0:8:12:2:0 chr1 156347131 . G A 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0199503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.677;QD=18.9475;RBI=0.02941;REFB=-0.0293184;REVB=0.0216087;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472824;STB=0.526443;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0248348;OID=.;OPOS=156347131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:10:18:16:11:10:18:16:11 chr1 156351699 . G A 545.56 PASS AF=0.406452;AO=62;DP=152;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.00176041;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.327;QD=14.0789;RBI=0.00671268;REFB=-0.0317396;REVB=0.00647774;RO=85;SAF=29;SAR=33;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272684;STB=0.542873;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0443552;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:85:92:62:63:0.406452:33:29:42:43:34:29:49:43 chr1 156354293 . A G 234.15 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0327418;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.034;QD=10.1805;RBI=0.0327449;REFB=-0.0096453;REVB=-0.00045125;RO=57;SAF=9;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254249;STB=0.630821;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0153802;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:57:63:29:29:0.315217:20:9:30:27:20:9:31:32 chr1 156354367 . A G 185.46 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0161811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6004;QD=12.3638;RBI=0.0162768;REFB=-0.0275358;REVB=0.00176217;RO=37;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.60368;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0427598;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:16:7:17:20:16:7:17:20 chr1 156446903 . T C 106.81 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0260797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.173;QD=11.8675;RBI=0.0298134;REFB=-0.00366331;REVB=-0.014446;RO=22;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309356;STB=0.707231;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0348577;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:2:11:14:8:2:11:14:9 chr1 156450719 . G A 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0179093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.57;QD=16.8852;RBI=0.028494;REFB=-0.0492759;REVB=0.0221623;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940743;STB=0.593102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0464119;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:17:15:15:0.46875:7:8:9:5:7:8:12:5 chr1 156450740 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0114059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.875;QD=14.7017;RBI=0.0321998;REFB=-0.0119411;REVB=0.030112;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0123085;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:9:6:5:7:9:6 chr1 156499969 . T C 1477.86 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.91;QD=62.8875;RBI=0.00837287;REFB=0;REVB=-0.00141322;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201172;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:44:50:0:0 chr1 156518379 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.736;QD=60.6085;RBI=0.00745603;REFB=0;REVB=0.00130893;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82763e-05;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 156526444 . T C 1538.92 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.694;QD=59.1891;RBI=0.0472095;REFB=0;REVB=0.0444123;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16763e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:95:104:0:0:95:104:1:51:44:0:0:58:46:0:0 chr1 156532977 . T C 560.22 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0574946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3587;QD=54.6553;RBI=0.0724995;REFB=0.0464645;REVB=0.044165;RO=1;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.512309;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00808201;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:37:37:0.902439:11:26:0:1:11:26:1:1 chr1 156536221 . G C 1176.57 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301743;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.594;QD=61.1208;RBI=0.013276;REFB=0;REVB=-0.0129285;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486571;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:34:41:0:0:36:41:0:0 chr1 156536251 . T C 1369.88 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613045;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.159;QD=62.2675;RBI=0.0308582;REFB=0;REVB=0.0302431;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120321;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:43:45:0:0 chr1 156556321 . G A 415.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.175;QD=55.3905;RBI=0.0199861;REFB=0;REVB=-0.0199237;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662582;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:9:21:0:0 chr1 156561651 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.841;QD=47.8223;RBI=0.0695887;REFB=0;REVB=0.0675645;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380324;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr1 156563375 . G A 620.06 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.104;QD=59.0529;RBI=0.0372686;REFB=-0.0138212;REVB=0.0332365;RO=1;SAF=34;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013605;STB=0.507243;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=5.18234e-05;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:7:34:1:0:7:34:1:0 chr1 156563726 . A C 2011.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694878;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.753;QD=62.3706;RBI=0.0727406;REFB=0;REVB=-0.0215092;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352492;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:56:73:0:0:56:73:0:0 chr1 156563813 . G A 1139.02 PASS AF=1;AO=67;DP=83;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959553;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.795;QD=60.7477;RBI=0.102571;REFB=0;REVB=0.036242;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304084;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:75:0:0:67:75:1:41:26:0:0:35:40:0:0 chr1 156563852 . C T 929.0 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0366951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0453;QD=55.4628;RBI=0.0375543;REFB=-0.182456;REVB=-0.00798714;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.513885;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00276905;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:2:65:65:0.970149:30:35:1:0:30:35:2:0 chr1 156565049 . A AAC,AC 662.37 PASS AF=1,0;AO=35,5;DP=46;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137168,0.00192464;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=273.813,256.957;QD=61.6159;RBI=0.0445004,0.0447078;REFB=0,0;REVB=0.0423336,0.0446664;RO=4;SAF=16,4;SAR=19,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00824545,0.268008;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000139659,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:35,5:46:43,0:43:0:22,0:21,0:0:0:4:4:16,4:19,1:2:2 chr1 156595447 . G A 985.94 PASS AF=0.921053;AO=71;DP=77;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0163378;FXX=0.0129853;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.474;QD=51.8917;RBI=0.0335915;REFB=-0.0487235;REVB=0.0293507;RO=5;SAF=55;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410748;STB=0.50698;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000281794;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:77:76:5:6:71:70:0.921053:16:55:5:0:16:54:5:1 chr1 156622158 . G A 579.95 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0125432;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0761;QD=21.6802;RBI=0.0768457;REFB=-0.0493654;REVB=0.0758151;RO=48;SAF=16;SAR=42;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271082;STB=0.506081;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.042149;OID=.;OPOS=156622158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:49:58:58:0.542056:42:16:12:36:42:16:13:36 chr1 156627996 . T C 342.63 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00751911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7441;QD=16.1236;RBI=0.00786903;REFB=-0.0318985;REVB=0.00232047;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874112;STB=0.554539;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0403121;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:19:18:27:20:19:18:28:20 chr1 156628493 . GC G 80.28 PASS AF=0.512821;AO=17;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0105479;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.7992;QD=8.23401;RBI=0.0400933;REFB=-0.00722565;REVB=-0.0386809;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0.846154;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.538423;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=0.0300202;OID=.;OPOS=156628494;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:17:37:20:39:19:10:10:8:11:66:17:9:8:8:9 chr1 156639636 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0100013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.282;QD=14.8515;RBI=0.0179275;REFB=-0.0137253;REVB=-0.0148784;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19013;STB=0.608118;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0172578;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:5:24:13:6:5:24 chr1 156639753 . G A 432.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000992831;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.696;QD=57.7114;RBI=0.00755629;REFB=0;REVB=0.00749079;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19443e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:31:30:1:19:12:0:0:19:11:0:0 chr1 156640155 . G GA 97.18 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10815;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.761;QD=38.8702;RBI=0.113318;REFB=0;REVB=-0.033832;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000916011;OID=.;OPOS=156640156;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:10:10:0:9:1:0:0:4:13:2:0:12:1 chr1 156640156 . G A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.037;QD=28.6828;RBI=0.0498864;REFB=0.109814;REVB=0.0463375;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990128;STB=0.555441;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00334845;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:2:0:1:8:2:0 chr1 156640308 . C T 307.66 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0153441;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.043;QD=33.2602;RBI=0.0744699;REFB=0.00372576;REVB=-0.072872;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740899;STB=0.54051;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00452944;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:11:11:26:26:0.702703:13:13:7:4:13:13:7:4 chr1 156640503 . C T 1025.28 PASS AF=0.625;AO=90;DP=148;FAO=95;FDP=152;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=70;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0838443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5469;QD=26.9811;RBI=0.119529;REFB=-0.0263836;REVB=0.0851893;RO=58;SAF=21;SAR=69;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191863;STB=0.578495;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0171977;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:152:58:57:90:95:0.625:69:21:26:32:70:25:25:32 chr1 156640678 . G A 724.07 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0736556;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8316;QD=62.9622;RBI=0.075204;REFB=0;REVB=0.0151824;RO=0;SAF=2;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038916;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:42:2:0:0:44:2:0:0 chr1 156705593 . G C 1641.72 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.134;QD=60.2465;RBI=0.0720093;REFB=0;REVB=0.0268427;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1161e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr1 156713512 . C T 564.92 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0744804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8491;QD=53.8018;RBI=0.0782133;REFB=-0.111275;REVB=-0.0238745;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0202055;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:1:3:39:39:0.928571:19:20:0:1:19:20:1:2 chr1 156752048 . C G 676.42 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9152;QD=60.1262;RBI=0.0682523;REFB=-0.0265729;REVB=0.0489097;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00748981;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr1 156760887 . C A 217.13 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00418974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.992;QD=9.23968;RBI=0.02921;REFB=-0.0123812;REVB=-0.028908;RO=66;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185466;STB=0.608947;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0260158;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:13:15:25:41:13:15:25:41 chr1 156784982 . T C 715.44 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381233;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.923;QD=57.2351;RBI=0.0382933;REFB=0;REVB=0.00360464;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09697e-05;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:44:6:0:0:44:6:0:0 chr1 156785617 . G A 1048.18 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0648481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.797;QD=55.9027;RBI=0.065635;REFB=-0.189207;REVB=0.0101336;RO=3;SAF=37;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136503;STB=0.500183;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00095885;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:75:3:2:72:73:0.973333:35:37:1:2:36:37:1:1 chr1 156846233 . G A 878.03 PASS AF=0.615385;AO=77;DP=128;FAO=80;FDP=130;FR=.;FRO=50;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0544491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.681;QD=27.0162;RBI=0.0558037;REFB=-0.0183644;REVB=0.012221;RO=51;SAF=44;SAR=33;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126143;STB=0.514702;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0101211;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:51:50:77:80:0.615385:33:44:30:21:35:45:30:20 chr1 156877457 . T C 880.58 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0715752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6152;QD=53.3684;RBI=0.0810824;REFB=-0.0281329;REVB=0.0380965;RO=3;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019244;STB=0.505812;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00527747;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:28:35:1:2:29:34:2:1 chr1 156883546 . A G 613.89 PASS AF=0.635294;AO=52;DP=82;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00161152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6737;QD=28.889;RBI=0.00989139;REFB=0.00432449;REVB=-0.00975923;RO=30;SAF=24;SAR=28;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048404;STB=0.53117;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00200646;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:30:31:52:54:0.635294:28:24:16:14:29:25:17:14 chr1 156902259 . G A 353.62 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00335654;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.367;QD=20.8014;RBI=0.0247938;REFB=-0.0430692;REVB=-0.0245656;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169707;STB=0.569994;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0458258;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:32:35:36:0.529412:15:20:11:19:16:20:13:19 chr1 156907081 . T C 150.15 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.010788;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.763;QD=16.232;RBI=0.0362359;REFB=-0.0114685;REVB=0.0345927;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172385;STB=0.59987;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0179023;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:11:10:5:11:11:10 chr1 156907115 . T C 209.9 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00829532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9817;QD=16.463;RBI=0.00871087;REFB=0.00740155;REVB=0.00265837;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306992;STB=0.500894;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0121198;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:8:14:17:11:9:14:17:11 chr1 156939769 . AAG A 36.28 PASS AF=0.206897;AO=8;DP=60;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.0676165;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.9173;QD=2.50179;RBI=0.06832;REFB=-0.0219426;REVB=-0.00977955;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659905;STB=0.890561;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0863626;OID=.;OPOS=156939770;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:8:60:12:58:46:2:10:34:12:36:47:1:7:35:12 chr1 157062696 . G T 161.22 PASS AF=0.375;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.094639;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1417;QD=11.5159;RBI=0.125128;REFB=-0.0158277;REVB=0.0818562;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353351;STB=0.668283;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0307645;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:36:35:20:21:0.375:5:15:16:20:6:15:16:19 chr1 157095470 . A G 1153.55 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.841;QD=60.7133;RBI=0.0218067;REFB=0;REVB=0.0101212;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50736e-05;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:41:35:0:0 chr1 157489516 . T G 357.79 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=64;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0339209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.822;QD=21.6843;RBI=0.0346221;REFB=-0.0118784;REVB=0.00693249;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545196;STB=0.544018;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0121354;OID=.;OPOS=157489516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:29:29:35:37:0.560606:22:13:9:20:22:15:9:20 chr1 157508882 . C T 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9269;QD=57.1713;RBI=0.0629966;REFB=0;REVB=0.0624818;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433698;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr1 157509025 . C T 1327.54 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00505596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.311;QD=59.6645;RBI=0.0112394;REFB=-0.0973234;REVB=-0.010038;RO=2;SAF=46;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201518;STB=0.510636;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000490581;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:2:2:86:87:0.977528:40:46:2:0:41:46:2:0 chr1 157514097 . A G 1343.69 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.213;QD=61.0768;RBI=0.0523579;REFB=0.00770504;REVB=0.00227482;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=5.7831e-05;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:36:51:0:0:36:51:1:0 chr1 157567751 . A G 114.82 PASS AF=0.30303;AO=7;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.016913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.772;QD=13.9181;RBI=0.0318125;REFB=-0.0150634;REVB=-0.0269442;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0901792;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:19:19:7:10:0.30303:2:5:10:9:5:5:10:9 chr1 157668390 . T C 328.1 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0254556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0195;QD=20.5065;RBI=0.0254783;REFB=-0.0141392;REVB=0.00107543;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474194;STB=0.5263;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0156853;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:14:20:16:14:14:20:16:14 chr1 157670290 . C G 609.65 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0286821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1826;QD=25.4019;RBI=0.0290257;REFB=0.00464338;REVB=0.00445299;RO=38;SAF=25;SAR=30;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857216;STB=0.559824;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00698182;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:41:55:55:0.572917:30:25:13:25:30:25:13:28 chr1 157771880 . C T 1074.87 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.64;QD=58.1009;RBI=0.0342324;REFB=-0.0855583;REVB=0.0301385;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129547;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000607568;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:1:1:71:73:0.986486:35:36:1:0:36:37:1:0 chr1 157802979 . C T 300.7 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00482459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.11;QD=14.3189;RBI=0.0204945;REFB=0.00547966;REVB=0.0199185;RO=50;SAF=14;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16402;STB=0.582125;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00772996;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:33:34:0.404762:19:14:29:21:19:15:29:21 chr1 158066834 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.025685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4344;QD=25.8975;RBI=0.0421174;REFB=-0.00708835;REVB=-0.033379;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278396;STB=0.515408;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00250451;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:13:15:12:9:13:15:12:9 chr1 158323253 . T C 309.3 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0121992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2685;QD=21.331;RBI=0.0127896;REFB=-0.0226418;REVB=0.00384126;RO=24;SAF=21;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389122;STB=0.716255;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0221763;OID=.;OPOS=158323253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:24:26:30:32:0.551724:9:21:5:19:10:22:5:21 chr1 158324425 . A G 445.79 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0186685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.097;QD=31.8421;RBI=0.0187338;REFB=-0.00693911;REVB=-0.00156201;RO=16;SAF=11;SAR=29;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101787;STB=0.55529;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00237718;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:29:11:7:9:29:11:7:9 chr1 158368309 . T G 56.79 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0136034;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.192;QD=11.9551;RBI=0.0197129;REFB=0.00164049;REVB=0.0142669;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00147735;OID=.;OPOS=158368309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:6:4:3:5:7:4 chr1 158368541 . A G 356.09 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0293438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.61;QD=24.558;RBI=0.0432783;REFB=-0.00995588;REVB=-0.0318112;RO=23;SAF=20;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160775;STB=0.588185;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00676724;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:15:20:8:15:15:20:8:15 chr1 158368846 . T C 483.57 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00999455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1138;QD=23.5888;RBI=0.0195521;REFB=-0.0172477;REVB=-0.0168045;RO=31;SAF=22;SAR=24;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139908;STB=0.564075;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00983598;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:36:46:46:0.560976:24:22:9:22:24:22:12:24 chr1 158368964 . C T 354.03 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0314847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.923;QD=29.5025;RBI=0.0315197;REFB=-0.0389279;REVB=0.00148456;RO=18;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883566;STB=0.548356;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0208441;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:10:20:14:4:10:20:14:4 chr1 158368974 . A G 404.16 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0289707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7738;QD=32.3328;RBI=0.0426485;REFB=-3.41873e-05;REVB=0.0312985;RO=16;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303174;STB=0.524985;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00121884;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:14:19:10:6:14:19:11:6 chr1 158369064 . A G 242.24 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00453474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.249;QD=29.3626;RBI=0.0256211;REFB=-0.0283441;REVB=0.0252166;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168641;STB=0.593134;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0267397;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:14:8:7:4:14:8:7:4 chr1 158390252 . T G 328.7 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=-0.0526614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.956;QD=13.1479;RBI=0.0536366;REFB=-0.00158261;REVB=0.0101816;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224691;STB=0.627387;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00168928;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:18:19:45:18:18:19:45:18 chr1 158390501 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.574;QD=17.2283;RBI=0.0232863;REFB=-0.0325865;REVB=-0.0232863;RO=6;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299544;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:8:0:0:6:8:0:0:6 chr1 158436299 . T C 188.41 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00372033;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.63;QD=8.97193;RBI=0.0883021;REFB=-0.000729;REVB=0.0882237;RO=59;SAF=16;SAR=9;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588528;STB=0.534926;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00158789;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:59:59:25:25:0.297619:9:16:35:24:9:16:35:24 chr1 158450238 . G A 255.7 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0247564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.198;QD=11.1172;RBI=0.0294903;REFB=-0.0321126;REVB=0.0160249;RO=61;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371045;STB=0.714153;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0394806;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:10:21:21:40:10:21:21:40 chr1 158450314 . A G 61.24 PASS AF=0.25;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0783077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0476;QD=6.8044;RBI=0.0783132;REFB=0.0142141;REVB=-0.000932706;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129911;STB=0.573596;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0364402;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:26:27:9:9:0.25:7:2:8:18:7:2:8:19 chr1 158450382 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0141339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.959;QD=13.7844;RBI=0.024525;REFB=-0.0303878;REVB=-0.0200427;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129261;STB=0.574067;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0483019;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:16:17:9:14:16:17 chr1 158533140 . A G 294.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0337547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6084;QD=17.5625;RBI=0.0784822;REFB=0.00401963;REVB=-0.0708525;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918667;STB=0.551335;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0065692;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:15:17:22:13:15:17:22:13 chr1 158533224 . A G 182.59 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0152002;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4698;QD=11.5927;RBI=0.0153014;REFB=0.0164621;REVB=-0.0017567;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504425;STB=0.522579;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0251417;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:40:23:23:0.365079:10:13:25:16:10:13:24:16 chr1 158549264 . G A 148.34 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.0129681;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.087;QD=10.7881;RBI=0.0162274;REFB=-0.0173924;REVB=-0.00975488;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197968;STB=0.630649;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0333033;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:37:36:19:19:0.345455:12:7:8:29:12:7:7:29 chr1 158549420 . C T 155.89 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.00959932;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.043;QD=9.17019;RBI=0.0369492;REFB=-0.00197434;REVB=-0.0356805;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199754;STB=0.626558;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00793462;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:45:47:21:21:0.308824:12:9:12:33:12:9:12:35 chr1 158549492 . C T 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.000188644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.67;QD=9.22853;RBI=0.00750495;REFB=-0.00820769;REVB=0.00750258;RO=60;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123749;STB=0.507307;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0177653;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:15:11:26:34:15:11:26:34 chr1 158549511 . A G 200.26 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00559429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.479;QD=9.65106;RBI=0.00642696;REFB=0.000922773;REVB=-0.0031638;RO=57;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930306;STB=0.554853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0013954;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:17:9:24:33:17:9:24:33 chr1 158577167 . A T 321.01 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0132558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.487;QD=33.7907;RBI=0.0359727;REFB=-0.0258436;REVB=-0.0334413;RO=11;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287957;STB=0.65772;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0134799;OID=.;OPOS=158577167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:19:8:9:2:19:8:9:2 chr1 158609433 . G C 421.15 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0172098;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.571;QD=17.9215;RBI=0.0202508;REFB=-0.0142351;REVB=0.0106731;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903456;STB=0.555968;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.008487;OID=.;OPOS=158609433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:51:42:43:0.457447:22:20:29:22:23:20:29:22 chr1 158619727 . GA CA,GC 2439.87 PASS AF=0.0306748,0.969325;AO=6,107;DP=164;FAO=5,158;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=1,65;FSAR=4,93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633324,-0.0134465;FXX=0.00609719;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=130.619,163.77;QD=59.8741;RBI=0.063866,0.0183422;REFB=0,0;REVB=0.00823903,0.0124751;RO=0;SAF=1,55;SAR=5,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0136611,0.000540483;OID=.,.;OPOS=158619727,158619728;OREF=G,A;OALT=C,C;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:164:163:0:0:6,107:5,158:0.0306748,0.969325:5,52:1,55:0:0:4,93:1,65:0:0 chr1 158647495 . A T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.833;QD=57.3856;RBI=0.0398723;REFB=0;REVB=-0.0398262;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07216e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 158655036 . G A,C 1518.82 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=88,4;DP=92;FAO=96,3;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976964,0.0889691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.6955,41.8338;QD=61.3664;RBI=0.0978423,0.0910695;REFB=0,0;REVB=0.00534206,0.0194463;RO=0;SAF=27,4;SAR=61,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.16754e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00616933,-0.0528948;OID=.,.;OPOS=158655036,158655036;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:92:99:0:0:88,4:96,3:0.969697,0.030303:61,0:27,4:0:0:62,0:34,3:0:0 chr1 158656281 . T C 1421.22 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00140998;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.208;QD=56.2857;RBI=0.0129071;REFB=-0.0908499;REVB=0.0128299;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520544;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000200109;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:101:0:3:98:98:0.970297:35:63:0:0:35:63:0:3 chr1 158670030 . TTG T,TT 45.07 PASS AF=0,0.363636;AO=6,12;DP=43;FAO=0,16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=0,1;FSAR=0,15;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0909181,-0.0389809;FXX=0.0434688;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=17.9082,10.2848;QD=4.09734;RBI=0.123833,0.062543;REFB=0.0383663,-0.0310803;REVB=-0.0840744,0.0489093;RO=19;SAF=0,2;SAR=6,10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0.3125;SSEP=0,0;SSSB=-0.651918,-0.0762241;STB=0.5,0.702795;STBP=1,0.183;TYPE=del,del;VARB=0.017609,0.0502578;OID=.,.;OPOS=158670031,158670032;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.363636:6,12:43:0,16:44:28:0,1:0,15:5:23:43:19:0,2:6,10:4:15 chr1 158687493 . G A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0108952;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=318.782;QD=26.399;RBI=0.0192066;REFB=0.00444162;REVB=-0.0158174;RO=10;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260071;STB=0.644374;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00207342;OID=.;OPOS=158687493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:7:11:2:8:7:11:2:8 chr1 158735595 . C T 421.66 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0123613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.444;QD=18.1361;RBI=0.0141963;REFB=-0.00709467;REVB=0.00698094;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460837;STB=0.520677;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.011025;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:19:24:25:24:19:24:26:24 chr1 158735691 . T C 384.7 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0259682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1865;QD=15.3881;RBI=0.0311333;REFB=0.00136691;REVB=-0.0171736;RO=58;SAF=24;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519296;STB=0.515734;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00220465;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:58:59:40:41:0.41:16:24:32:26:17:24:33:26 chr1 158735740 . A G 492.34 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0168637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5391;QD=20.0954;RBI=0.0530158;REFB=0.0118784;REVB=-0.0502622;RO=50;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736108;STB=0.540799;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0176839;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:24:24:29:21:24:24:29:21 chr1 158735892 . A G 177.99 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0280382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.986;QD=10.6263;RBI=0.0291523;REFB=0.00586669;REVB=0.00798239;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343051;STB=0.513146;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0107606;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:10:13:23:20:10:13:24:20 chr1 158736215 . G A 932.45 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5209;QD=58.2779;RBI=0.115892;REFB=0;REVB=0.000941184;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970008;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:64:0:0:57:64:1:19:38:0:0:21:43:0:0 chr1 158736445 . C T 410.47 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00942122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.379;QD=15.7873;RBI=0.0181863;REFB=-0.00266544;REVB=0.0155558;RO=58;SAF=31;SAR=14;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956462;STB=0.557938;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00295926;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:58:45:46:0.442308:14:31:35:23:14:32:35:23 chr1 158813819 . A G 1281.75 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.896;QD=59.6161;RBI=0.0286798;REFB=-0.0668462;REVB=0.00285126;RO=1;SAF=51;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186319;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:86:1:0:80:86:1:29:51:1:0:31:55:0:0 chr1 158815788 . C T 272.92 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0381667;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0994;QD=22.2792;RBI=0.0399069;REFB=-0.0410959;REVB=-0.0116561;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232817;STB=0.625502;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0242823;OID=.;OPOS=158815788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:25:26:0.530612:16:9:14:8:17:9:14:9 chr1 158986477 . G C 97.95 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.113825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0274;QD=5.15512;RBI=0.116869;REFB=-0.00277751;REVB=-0.0265001;RO=59;SAF=4;SAR=12;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279461;STB=0.685469;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00619092;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:75:76:59:60:16:16:0.210526:12:4:27:32:12:4:28:32 chr1 158990247 . A G 533.14 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00768698;FXX=0.0285687;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.955;QD=20.9074;RBI=0.017726;REFB=-0.0143068;REVB=0.0159725;RO=47;SAF=16;SAR=38;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347199;STB=0.695388;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166895;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:47:48:54:54:0.529412:38:16:33:14:38:16:34:14 chr1 159002377 . C A 129.59 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0234549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8013;QD=9.59924;RBI=0.038652;REFB=0.00166763;REVB=0.030722;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730832;STB=0.543329;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0031938;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:7:10:24:13:7:10:24:13 chr1 159002389 . T A 158.35 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0114703;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.806;QD=9.74472;RBI=0.0114998;REFB=-0.00135336;REVB=0.0008231;RO=46;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463204;STB=0.505742;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00265866;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:46:44:21:21:0.323077:7:14:29:17:7:14:29:15 chr1 159024668 . A T 101.92 PASS AF=0.351351;AO=10;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0646581;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.885;QD=11.0187;RBI=0.0646986;REFB=-0.0305057;REVB=-0.00228899;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201589;STB=0.627903;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0372846;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:24:10:13:0.351351:5:5:6:13:5:8:10:14 chr1 159169641 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.929;QD=63.5815;RBI=0.0418952;REFB=0;REVB=0.0132256;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106527;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 159409734 . G T 936.68 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290151;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7804;QD=58.5426;RBI=0.0630638;REFB=0;REVB=-0.0559925;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000899146;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr1 159409857 . A G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0250119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.587;QD=15.4091;RBI=0.0275984;REFB=0.00535727;REVB=-0.0116653;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925015;STB=0.552201;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.006143;OID=.;OPOS=159409857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:22:12:12:15:22:12 chr1 159410340 . T A 448.47 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.000470248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.787;QD=18.6863;RBI=0.0231173;REFB=-0.00544183;REVB=-0.0231125;RO=51;SAF=33;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140846;STB=0.57891;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00611325;OID=.;OPOS=159410340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:12:33:31:20:12:33:31:20 chr1 159505101 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00882145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.115;QD=21.5108;RBI=0.0255544;REFB=-0.00857325;REVB=-0.0239835;RO=19;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319183;STB=0.680666;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00975902;OID=.;OPOS=159505101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:5:16:8:11:5:16:8:11 chr1 159505297 . C T 217.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0225934;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9195;QD=11.1473;RBI=0.0333884;REFB=-0.00329731;REVB=-0.024583;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944673;STB=0.554872;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0105499;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:51:51:27:27:0.346154:16:11:25:26:16:11:25:26 chr1 159505657 . A G 142.95 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00817847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.864;QD=14.6619;RBI=0.00887683;REFB=-0.00348078;REVB=0.0034512;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.536866;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00390519;OID=.;OPOS=159505657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:15:16:0.410256:10:5:10:12:10:6:10:13 chr1 159558258 . A G 954.65 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.618;QD=58.7476;RBI=0.0107328;REFB=0;REVB=-0.00184474;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72564e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr1 159776366 . G A 595.61 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00143731;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.642;QD=23.3574;RBI=0.0208006;REFB=-0.0083031;REVB=0.0207509;RO=43;SAF=30;SAR=28;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586657;STB=0.536787;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00529992;OID=.;OPOS=159776366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:28:30:19:24:28:30:19:25 chr1 159778910 . G A 753.05 PASS AF=0.663366;AO=67;DP=101;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0238251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.954;QD=29.8237;RBI=0.0239909;REFB=-0.0180223;REVB=0.00281586;RO=31;SAF=46;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905372;STB=0.569174;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0068524;OID=.;OPOS=159778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:31:34:67:67:0.663366:21:46:17:14:21:46:17:17 chr1 159778983 . T C 1546.53 PASS AF=1;AO=83;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.253;QD=59.4818;RBI=0.0305112;REFB=0;REVB=0.0295758;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407644;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:83:104:1:36:47:0:0:51:53:0:0 chr1 159785370 . T C 237.88 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0276542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1762;QD=11.6037;RBI=0.0305438;REFB=-0.0114525;REVB=0.0129681;RO=51;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134798;STB=0.51938;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0211276;OID=.;OPOS=159785370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:53:29:29:0.353659:15:14:24:27:15:14:24:29 chr1 159785413 . C T 371.6 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00608274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.173;QD=22.8676;RBI=0.0209969;REFB=-0.0276234;REVB=0.0200965;RO=27;SAF=8;SAR=29;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250527;STB=0.633636;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0247024;OID=.;OPOS=159785413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:29:8:13:14:29:8:13:15 chr1 159785425 . A G 819.91 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121886;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.399;QD=55.5874;RBI=0.0165852;REFB=-0.0605371;REVB=0.0112476;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254762;STB=0.512816;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000211432;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:57:58:0.983051:39:18:1:0:39:19:1:0 chr1 159824967 . G C 1606.75 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2343;QD=64.2702;RBI=0.0427172;REFB=0;REVB=0.0425454;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119241;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr1 159850401 . C G 591.07 PASS AF=0.561905;AO=58;DP=104;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0175661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.266;QD=22.5167;RBI=0.0175667;REFB=-0.0172851;REVB=0.000145224;RO=43;SAF=24;SAR=34;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148522;STB=0.516992;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0098393;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:43:46:58:59:0.561905:34:24:17:26:35:24:17:29 chr1 159888665 . C A 307.39 PASS AF=0.448718;AO=32;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0098499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6636;QD=15.7637;RBI=0.0398067;REFB=-0.0220351;REVB=-0.0385688;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369714;STB=0.511365;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0439957;OID=.;OPOS=159888665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:43:43:32:35:0.448718:15:17:23:20:17:18:23:20 chr1 159898076 . C CG,G 32.12 PASS AF=0.134615,0;AO=6,3;DP=52;FAO=7,0;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0228998,-0.0343151;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=45.7312,214.827;QD=2.47049;RBI=0.0827272,0.035969;REFB=-0.00911684,-0.00261896;REVB=-0.0794946,-0.0107814;RO=43;SAF=3,3;SAR=3,0;SRF=9;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.371644,0.665819;STB=0.85975,0.5;STBP=0.136,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.134903,0;OID=.,.;OPOS=159898077,159898076;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:52:52:43:45:6,3:7,0:0.134615,0:3,0:3,3:9:34:2,0:5,0:10:35 chr1 159898100 . A G 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00279226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.335;QD=22.3217;RBI=0.0362839;REFB=0.000446918;REVB=-0.0361763;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356625;STB=0.519732;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00105032;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:17:13:11:12:17:13:11:12 chr1 159923111 . T G 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.33;QD=57.7013;RBI=0.0372846;REFB=0;REVB=-0.00891513;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157047;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 160000435 . A T 190.73 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0075875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2;QD=13.1538;RBI=0.0531181;REFB=-0.0194314;REVB=0.0525734;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204071;STB=0.624892;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0310807;OID=.;OPOS=160000435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:23:23:0.396552:9:14:14:20:9:14:14:21 chr1 160062472 . C T 129.91 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.106722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6178;QD=13.6748;RBI=0.108556;REFB=-0.0417845;REVB=0.0198705;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236042;STB=0.636506;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.112858;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:7:16:7:8:7:16 chr1 160062727 . A G 481.92 PASS AF=0.371622;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=148;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00623644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.158;QD=13.0248;RBI=0.0506023;REFB=0.00244276;REVB=-0.0502166;RO=92;SAF=21;SAR=34;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167808;STB=0.598823;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0044757;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:92:93:55:55:0.371622:34:21:49:43:34:21:50:43 chr1 160094971 . TCCCCCGA TCCCCGAC 62.86 PASS AF=0.295455;AO=5;DP=48;FAO=13;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00638506;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=3;MLLD=33.2685;QD=5.71473;RBI=0.0108187;REFB=-0.0429519;REVB=-0.00873351;RO=27;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393992;STB=0.81389;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.215229;OID=.;OPOS=160094976;OREF=CGA;OALT=GAC;OMAPALT=TCCCCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:5:48:13:44:31:10:3:9:22:62:27:3:2:7:20 chr1 160124875 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.799;QD=55.5195;RBI=0.0285925;REFB=0.149308;REVB=0.00943347;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.533312;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00140909;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:26:7:0:0:26:7:1:0 chr1 160134205 . C T 392.01 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.000383526;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.539;QD=19.1226;RBI=0.0536226;REFB=-0.000613464;REVB=-0.0536212;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1538;STB=0.585324;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000123626;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:42:40:40:0.487805:20:20:14:28:20:20:14:28 chr1 160136350 . G A 1765.72 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3224;QD=60.887;RBI=0.0611891;REFB=0;REVB=0.0600767;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166407;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr1 160141196 . C T 963.71 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7681;QD=58.4066;RBI=0.0365464;REFB=0;REVB=0.024965;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291165;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:63:66:1:31:32:0:0:33:33:0:0 chr1 160396221 . T C 178.87 PASS AF=0.4;AO=15;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0145837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.712;QD=13.0086;RBI=0.0263299;REFB=-0.00865275;REVB=0.0219222;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557257;STB=0.50724;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00945152;OID=.;OPOS=160396221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:15:22:0.4:12:3:7:23:17:5:7:25 chr1 160585554 . C G 502.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.441;QD=59.0835;RBI=0.0284707;REFB=0;REVB=0.0284354;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149885;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr1 160650913 . A G 769.1 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359324;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4218;QD=56.9702;RBI=0.0648573;REFB=0;REVB=0.0539939;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736901;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 160793442 . A G 681.79 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00449978;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3037;QD=30.9905;RBI=0.021239;REFB=-0.0212177;REVB=-0.0207568;RO=30;SAF=34;SAR=24;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126476;STB=0.506847;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00689666;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:30:30:58:58:0.659091:24:34:17:13:24:34:17:13 chr1 160793560 . A G 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0122788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.447;QD=22.008;RBI=0.0131277;REFB=-0.00678629;REVB=-0.00464434;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285071;STB=0.515715;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00517013;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:19:12:16:22:19:12 chr1 160793962 . G C 556.62 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00661378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.139;QD=21.4084;RBI=0.0397107;REFB=-0.0139597;REVB=0.039156;RO=45;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162302;STB=0.506894;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.013152;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:48:56:56:0.538462:30:26:20:25:30:26:23:25 chr1 160851826 . A T 471.21 PASS AF=0.49;AO=46;DP=97;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0126093;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3249;QD=18.8484;RBI=0.036358;REFB=-0.054389;REVB=-0.0341015;RO=51;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050445;STB=0.54177;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.035888;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:51:51:46:49:0.49:21:25:25:26:21:28:25:26 chr1 160851894 . G A 395.14 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0314007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3312;QD=22.9066;RBI=0.0403367;REFB=-0.0298837;REVB=0.0253189;RO=29;SAF=14;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170348;STB=0.503624;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0173154;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:25:14:11:18:25:14:11:19 chr1 160920966 . C T 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0301635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.146;QD=14.6853;RBI=0.0345247;REFB=-0.0141474;REVB=-0.0167964;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12976;STB=0.573664;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0162711;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:12:19:21:22:12:19:21:22 chr1 160971146 . A G 360.42 PASS AF=0.666667;AO=33;DP=50;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0286823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.588;QD=28.2685;RBI=0.0501925;REFB=0.00705264;REVB=-0.0411899;RO=17;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642565;STB=0.539147;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00327377;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:17:17:33:34:0.666667:16:17:7:10:16:18:7:10 chr1 160990875 . TC CA 171.84 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0640994;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.298;QD=13.4775;RBI=0.0755419;REFB=-0.00457112;REVB=0.039973;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20808;STB=0.58478;STBP=0.382;TYPE=mnp;VARB=0.00738645;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:31:20:20:0.392157:13:7:14:11:13:7:15:16 chr1 160990878 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00270311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.279;QD=13.9114;RBI=0.0159786;REFB=-0.0146007;REVB=0.0157483;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109455;STB=0.563028;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0229171;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:15:16:13:8:15:16 chr1 161009091 . G A 65.53 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00751035;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.68;QD=10.9217;RBI=0.00926812;REFB=-0.00161073;REVB=0.00543072;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.520503;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00363812;OID=.;OPOS=161009091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:8:9:0.375:6:2:3:11:7:2:3:12 chr1 161017556 . C T 110.66 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00204767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.686;QD=26.0375;RBI=0.0545817;REFB=-0.0259243;REVB=0.0545432;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263625;STB=0.646834;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00614688;OID=.;OPOS=161017556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:5:0:6:6:5:0 chr1 161019040 . G C 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00706674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.404;QD=15.6518;RBI=0.00707125;REFB=-0.0116391;REVB=-0.000252629;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345274;STB=0.69875;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00668092;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:7:14:5:11:7:14 chr1 161160456 . ATTTT ATTT,ATTTTCA 114.96 PASS AF=0.0181818,0.309091;AO=12,9;DP=58;FAO=1,17;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=0,4;FSAR=1,13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.19223,-0.00951993;FXX=0.0517152;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=8.73787,114.102;QD=8.361;RBI=0.246844,0.0246426;REFB=-0.219937,-0.0594568;REVB=-0.154853,0.0227294;RO=23;SAF=1,2;SAR=11,7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0.319444,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.503103,-0.231342;STB=0.985652,0.532125;STBP=0.497,0.796;TYPE=del,ins;VARB=0.258089,0.163949;OID=.,.;OPOS=161160457,161160461;OREF=T,-;OALT=-,CA;OMAPALT=ATTT,ATTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0181818,0.309091:12,9:58:1,17:55:37:0,4:1,13:10:27:99:23:1,2:11,7:9:14 chr1 161163037 . T C 622.58 PASS AF=1;AO=35;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201178;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.602;QD=50.8231;RBI=0.149434;REFB=0;REVB=0.148074;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029664;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:35:49:1:6:29:0:0:15:34:0:0 chr1 161168004 . C T 444.15 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0508834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.462;QD=23.0728;RBI=0.0569626;REFB=-0.0246382;REVB=0.025605;RO=34;SAF=30;SAR=13;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369438;STB=0.703031;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0271873;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:13:30:8:26:13:30:8:26 chr1 161183516 . C T 287.78 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0145216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.461;QD=10.5608;RBI=0.0163806;REFB=-0.00529965;REVB=-0.00757946;RO=72;SAF=23;SAR=14;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262597;STB=0.651287;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.012066;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:14:23:28:44:14:23:28:44 chr1 161390656 . G A 562.93 PASS AF=0.53271;AO=56;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0269981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6357;QD=21.044;RBI=0.0539186;REFB=-0.00392319;REVB=0.0466724;RO=50;SAF=34;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640702;STB=0.501704;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00258412;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:56:57:0.53271:22:34:30:20:23:34:30:20 chr1 161391870 . G GA 45.81 PASS AF=0.56;AO=9;DP=29;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0172229;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.3113;QD=7.32916;RBI=0.232206;REFB=-0.00198715;REVB=-0.231566;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.55165;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=-0.0241724;OID=.;OPOS=161391871;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:9:29:14:25:11:6:8:6:5:36:14:4:5:9:5 chr1 161410654 . A G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.761;QD=33.4179;RBI=0.0393875;REFB=0;REVB=0.0294717;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101024;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 161479745 . A G 983.0 PASS AF=0.580247;AO=92;DP=163;FAO=94;FDP=162;FR=.;FRO=68;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0136579;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.395;QD=24.2715;RBI=0.0136816;REFB=-0.0237066;REVB=-0.000806089;RO=64;SAF=63;SAR=29;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114815;STB=0.581512;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0144255;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:64:68:92:94:0.580247:29:63:35:29:29:65:35:33 chr1 161487863 . C T 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.262;QD=61.6923;RBI=0.0184237;REFB=0;REVB=-0.0106412;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44352e-06;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr1 161488016 . A AC 521.48 PASS AF=0.933333;AO=5;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0332745;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=91.9969;QD=46.3534;RBI=0.0416057;REFB=-0.029471;REVB=0.0249768;RO=41;SAF=4;SAR=1;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337383;STB=0.50955;STBP=0.732;TYPE=ins;VARB=0.00882819;OID=.;OPOS=161488017;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:5:46:42:45:3:22:20:2:1:15:41:4:1:21:20 chr1 161488017 . T C 503.74 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00882815;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.783;QD=44.7772;RBI=0.016406;REFB=0.000364432;REVB=0.0138283;RO=8;SAF=18;SAR=19;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868972;STB=0.546737;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=1.64409e-05;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:8:8:37:37:0.822222:19:18:6:2:19:18:6:2 chr1 161495040 . C T 685.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.709;QD=62.3556;RBI=0.0378396;REFB=0;REVB=0.0313917;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151477;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr1 161495477 . A T 797.47 PASS AF=0.777778;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0356862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6804;QD=39.3811;RBI=0.0450712;REFB=0.0390244;REVB=0.0275302;RO=18;SAF=34;SAR=29;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663107;STB=0.503551;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0108808;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:18:18:63:63:0.777778:29:34:10:8:29:34:10:8 chr1 161495571 . G T 32.59 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0147391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.536;QD=5.92623;RBI=0.0559257;REFB=-0.0196766;REVB=-0.0539485;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370512;STB=0.545304;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0780727;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:22:22:15:16:6:6:0.272727:3:3:7:8:3:3:7:9 chr1 161495885 . T C 196.87 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104184;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.0504;QD=49.2181;RBI=0.0208712;REFB=0;REVB=-0.0180849;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523255;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 161496134 . C G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.877;QD=37.4872;RBI=0.0201079;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142988;OID=.;OPOS=161496134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr1 161496178 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.167;QD=42.1826;RBI=0.0579878;REFB=0;REVB=-0.0543889;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236023;OID=.;OPOS=161496178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 161500130 . A G 630.96 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5028;QD=60.0911;RBI=0.0489937;REFB=0;REVB=0.0355333;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031369;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:18:24:0:0 chr1 161500973 . CAA CA,CAG 659.48 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=5,37;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0947291,0.0730756;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.8527,44.6612;QD=61.3468;RBI=0.0968615,0.0827381;REFB=0,0;REVB=0.0202127,-0.0388013;RO=0;SAF=4,13;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.132222,0.005201;OID=.,.;OPOS=161500974,161500975;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:5,37:43:1,42:43:0:0,18:1,24:0:0:5:0:4,13:1,24:0:0 chr1 161514542 . A C 1665.57 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000122964;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=352.174;QD=58.441;RBI=0.018663;REFB=-0.12197;REVB=-0.0186626;RO=1;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825711;STB=0.500157;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=6.85522e-05;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:57:55:0:1:57:55:1:1 chr1 161518214 . T C 82.89 PASS AF=0.124183;AO=19;DP=153;FAO=19;FDP=153;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=-0.0457975;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7821;QD=2.16707;RBI=0.0703203;REFB=-0.00605103;REVB=0.0533623;RO=133;SAF=5;SAR=14;SRF=53;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186252;STB=0.637192;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0589574;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:153:153:133:134:19:19:0.124183:14:5:53:80:14:5:54:80 chr1 161518336 . C T 490.25 PASS AF=0.231928;AO=77;DP=331;FAO=77;FDP=332;FR=.;FRO=255;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=129;FSRR=126;FWDB=-0.00408245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.749;QD=5.90657;RBI=0.0219956;REFB=-0.00465142;REVB=-0.0216134;RO=254;SAF=26;SAR=51;SRF=128;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215802;STB=0.632011;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0262631;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:332:254:255:77:77:0.231928:51:26:128:126:51:26:129:126 chr1 161561151 . G A 102.63 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00587536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.893;QD=7.07757;RBI=0.0310686;REFB=-0.00863931;REVB=-0.030508;RO=42;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017277;STB=0.501153;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0234181;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:8:7:19:23:8:7:20:23 chr1 161565408 . T C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0165477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3291;QD=11.8817;RBI=0.0183578;REFB=-0.00351354;REVB=0.00794863;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200468;STB=0.619549;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0132644;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:4:11:16:12:4:11:16:12 chr1 161565479 . G A 222.73 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00194218;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.093;QD=18.5604;RBI=0.0100819;REFB=-0.000377375;REVB=-0.00989307;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150411;STB=0.593796;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000631051;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:6:15:15:11:6:16:15:11 chr1 161565604 . G A 168.43 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0311179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.412;QD=16.0409;RBI=0.0341252;REFB=-0.0146206;REVB=-0.0140072;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137426;STB=0.57886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0156935;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:14:10:10:8:14:10 chr1 161565705 . A G 195.59 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390858;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.857;QD=48.8983;RBI=0.106859;REFB=0;REVB=0.0994538;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119358;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 161565761 . AT A,TA 210.93 PASS AF=1,0;AO=16,2;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628968,-0.0785504;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=23.3347,5.48205;QD=46.8727;RBI=0.0871888,0.177886;REFB=0,0;REVB=-0.0603811,-0.159603;RO=0;SAF=10,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.347639,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00708848,0;OID=.,.;OPOS=161565762,161565761;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16,2:18,0:1,0:6,2:10,0:0:0:8,0:10,0:0:0 chr1 161574654 . G A 658.29 PASS AF=0.52;AO=64;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=48;FWDB=-8.05979e-05;FXX=0.0157468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.349;QD=21.0653;RBI=0.00316893;REFB=-0.00553815;REVB=0.00316791;RO=58;SAF=19;SAR=45;SRF=11;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117551;STB=0.556024;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00476169;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:60:64:65:0.52:45:19:11:47:46:19:12:48 chr1 161591542 . G A 143.93 PASS AF=0.354167;AO=14;DP=44;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0107067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.549;QD=11.9938;RBI=0.0160272;REFB=-0.0239643;REVB=0.0119263;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10584;STB=0.568162;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.052061;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:30:31:14:17:0.354167:10:4:11:19:12:5:12:19 chr1 161591548 . C T 166.69 PASS AF=0.4;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0153514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.486;QD=14.8166;RBI=0.0210983;REFB=-0.0196965;REVB=-0.0144732;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852039;STB=0.548332;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.026021;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:26:27:16:18:0.4:11:5:10:16:12:6:11:16 chr1 161600995 . C T 1217.92 PASS AF=0.987952;AO=75;DP=76;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.252;QD=58.6949;RBI=0.10741;REFB=-0.128267;REVB=0.011368;RO=1;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955959;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000404677;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:83:1:1:75:82:0.987952:49:26:0:1:50:32:0:1 chr1 161643269 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0072439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6548;QD=14.6485;RBI=0.0511226;REFB=-0.0214294;REVB=-0.0506068;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26973;STB=0.656431;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0105811;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:12:7:9:5:12:7 chr1 161680258 . G A 591.35 PASS AF=0.472868;AO=63;DP=131;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0125688;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5866;QD=18.3365;RBI=0.0165653;REFB=-0.0188307;REVB=0.0107905;RO=67;SAF=39;SAR=24;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216189;STB=0.501995;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0199548;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:67:68:63:61:0.472868:24:39:40:27:24:37:41:27 chr1 161681780 . A G 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0155331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6605;QD=21.7418;RBI=0.0419077;REFB=-0.0208202;REVB=-0.0389227;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322042;STB=0.677234;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0134424;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:0:11:10:5:0:11 chr1 161695639 . G T 192.55 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444827;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.233;QD=48.1378;RBI=0.0474794;REFB=0;REVB=0.0166006;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180136;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 161696087 . AT A,AC 73.96 PASS AF=0.25,0.75;AO=2,6;DP=8;FAO=2,6;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400761,0.0374692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.066,254.55;QD=36.9822;RBI=0.0407262,0.0392194;REFB=0,0;REVB=0.00724758,-0.0115855;RO=0;SAF=1,5;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0227843,-0.00781115;OID=.,.;OPOS=161696088,161696088;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:2,6:8:2,6:8:0:1,5:1,1:0:0:9:0:1,5:1,1:0:0 chr1 161697072 . G C 460.04 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0647882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.94;QD=21.1511;RBI=0.0733294;REFB=-0.00714771;REVB=-0.0343465;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499258;STB=0.527595;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0181803;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:21:24:20:22:21:24:20:22 chr1 161697149 . G T 454.86 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0115813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.142;QD=17.8377;RBI=0.0116113;REFB=0.00113312;REVB=0.00083505;RO=53;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363745;STB=0.50202;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.000958386;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:27:22:24:29:27:22:24:29 chr1 161697319 . G A 491.87 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00852096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.327;QD=14.3613;RBI=0.0110314;REFB=0.00231024;REVB=0.00700603;RO=82;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991888;STB=0.505592;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00306299;OID=.;OPOS=161697319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:82:82:55:55:0.40146:26:29:44:38:26:29:44:38 chr1 161705871 . C G 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7695;QD=52.6034;RBI=0.021038;REFB=0;REVB=-0.0209353;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569474;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 161721707 . C T 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00920982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7461;QD=11.6197;RBI=0.0552996;REFB=-0.00359006;REVB=-0.0545273;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156563;STB=0.591149;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00652573;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:16:19:8:12:16:19 chr1 161722204 . C T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0176854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.375;QD=31.4405;RBI=0.0439506;REFB=-0.0257548;REVB=-0.0402353;RO=14;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874183;STB=0.547911;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0111239;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:12:16:6:8:12:16:6:8 chr1 161748056 . C T 63.26 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0562505;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6201;QD=7.66771;RBI=0.178452;REFB=-0.0150239;REVB=-0.169355;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38685;STB=0.76652;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0215455;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:11:13:2:7:10:14 chr1 161753802 . T C 225.08 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000913488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.669;QD=17.6536;RBI=0.00385635;REFB=-0.0194494;REVB=0.0037466;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678974;STB=0.538429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0207924;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:23:24:0.470588:14:9:12:14:15:9:12:15 chr1 161753841 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0136762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.966;QD=17.2457;RBI=0.0292475;REFB=-0.0469666;REVB=0.025853;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.5999;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0590368;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:12:15:15:6:12:15 chr1 161761276 . G C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0312884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.723;QD=10.1041;RBI=0.0322085;REFB=-0.0110295;REVB=0.00764384;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174717;STB=0.602988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0176058;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:13:7:20:20:13:7:20:20 chr1 161761312 . C T 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00693712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8598;QD=9.62314;RBI=0.0225771;REFB=-0.0113274;REVB=-0.0214849;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265836;STB=0.657556;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.023386;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:14:6:22:20:14:6:22:20 chr1 161928327 . A G 462.34 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00317262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.06;QD=18.1308;RBI=0.00925437;REFB=-0.0167391;REVB=-0.00869356;RO=53;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837405;STB=0.551;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0230325;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:53:48:49:0.480392:26:22:29:24:27:22:29:24 chr1 161953400 . G A 760.6 PASS AF=0.677419;AO=63;DP=93;FAO=63;FDP=93;FR=.;FRO=30;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0157482;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.922;QD=32.7138;RBI=0.0177942;REFB=-0.0197319;REVB=0.00828405;RO=29;SAF=38;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924857;STB=0.545122;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00542548;OID=.;OPOS=161953400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:29:30:63:63:0.677419:25:38:13:16:25:38:14:16 chr1 161967681 . A G 364.41 PASS AF=0.550725;AO=35;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0314334;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7052;QD=21.1254;RBI=0.037244;REFB=-0.0187571;REVB=-0.0199763;RO=28;SAF=22;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485021;STB=0.500782;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145942;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:31:35:38:0.550725:13:22:16:12:16:22:18:13 chr1 161993192 . T C 345.04 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.022826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.618;QD=16.6282;RBI=0.0228268;REFB=-0.0324131;REVB=0.000189737;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638747;STB=0.535815;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0506736;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:21:16:17:29:21:16:17:29 chr1 162335256 . C T 1278.89 PASS AF=0.695946;AO=103;DP=150;FAO=103;FDP=148;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=81;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0295952;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1022;QD=34.5646;RBI=0.0296984;REFB=-0.0181901;REVB=-0.00247337;RO=43;SAF=22;SAR=81;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103156;STB=0.559828;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00745317;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:43:45:103:103:0.695946:81:22:15:28:81:22:16:29 chr1 162344069 . G A 831.89 PASS AF=0.537931;AO=78;DP=145;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.000422826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.267;QD=22.9488;RBI=0.0156267;REFB=-0.0331182;REVB=0.015621;RO=67;SAF=37;SAR=41;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275225;STB=0.501506;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0188479;OID=.;OPOS=162344069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:67:67:78:78:0.537931:41:37:32:35:41:37:32:35 chr1 162344102 . C T 531.91 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0017843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.539;QD=15.3068;RBI=0.0187097;REFB=-0.021358;REVB=-0.0186244;RO=81;SAF=22;SAR=36;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703087;STB=0.539521;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0324576;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:81:81:58:58:0.417266:36:22:36:45:36:22:36:45 chr1 162345091 . G A 2350.74 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.738;QD=63.9657;RBI=0.0791465;REFB=0;REVB=0.0634105;RO=0;SAF=88;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192314;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:59:88:0:0:59:88:0:0 chr1 162467014 . C G 275.34 PASS AF=0.277372;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=137;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.024811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.882;QD=8.0391;RBI=0.0258579;REFB=0.001273;REVB=-0.00728346;RO=99;SAF=17;SAR=21;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119232;STB=0.570572;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00802316;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:99:99:38:38:0.277372:21:17:54:45:21:17:54:45 chr1 162467039 . A G 279.48 PASS AF=0.25;AO=42;DP=166;FAO=42;FDP=168;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.00161317;FXX=0.0175428;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.883;QD=6.65432;RBI=0.0113277;REFB=0.00204678;REVB=-0.0112122;RO=124;SAF=19;SAR=23;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993381;STB=0.553485;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00600588;OID=.;OPOS=162467039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:124:126:42:42:0.25:23:19:66:58:23:19:66:60 chr1 162493009 . C T 205.7 PASS AF=0.337662;AO=27;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0494357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.622;QD=10.6856;RBI=0.0495454;REFB=-0.0167608;REVB=-0.00329493;RO=50;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016617;STB=0.519466;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0488195;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:27:26:0.337662:13:14:26:24:13:13:27:24 chr1 162740327 . T C 1432.26 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4677;QD=56.1669;RBI=0.0398204;REFB=0;REVB=0.0387629;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104875;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:100:102:1:60:40:0:0:61:41:0:0 chr1 162765475 . G C 346.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3247;QD=51.3487;RBI=0.0148814;REFB=-0.235205;REVB=-0.00498846;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00693028;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr1 163172574 . G C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0184406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.065;QD=15.643;RBI=0.0280716;REFB=-0.0128777;REVB=0.021165;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986438;STB=0.556467;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0173405;OID=.;OPOS=163172574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:20:9:8:12:20:9 chr1 163297322 . A C 886.28 PASS AF=0.459596;AO=91;DP=197;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=70;FSRR=37;FWDB=0.0270388;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0349;QD=17.9046;RBI=0.0500226;REFB=-0.0264535;REVB=0.0420852;RO=106;SAF=40;SAR=51;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203275;STB=0.614433;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.031244;OID=.;OPOS=163297322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:106:107:91:91:0.459596:51:40:69:37:51:40:70:37 chr1 163309219 . A T 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00635449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.678;QD=19.5285;RBI=0.0076857;REFB=-0.00360355;REVB=0.00432325;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138983;STB=0.577239;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0030911;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:23:16:22:17:23:16:22:17 chr1 163313539 . C T 802.43 PASS AF=0.315152;AO=105;DP=320;FAO=104;FDP=330;FR=.;FRO=226;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=103;FSRR=123;FWDB=-0.0156669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7267;QD=9.7264;RBI=0.0834381;REFB=-0.00820506;REVB=-0.081954;RO=214;SAF=57;SAR=48;SRF=102;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775169;STB=0.563033;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.01595;OID=.;OPOS=163313539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:330:214:226:105:104:0.315152:48:57:102:112:47:57:103:123 chr1 163479278 . G A 1955.19 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820079;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.634;QD=62.0696;RBI=0.0227191;REFB=0;REVB=0.0211873;RO=0;SAF=74;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21749e-05;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:52:74:0:0:52:74:0:0 chr1 163893042 . G A 735.07 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0142301;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9216;QD=23.3354;RBI=0.023076;REFB=-0.00816883;REVB=-0.0181661;RO=54;SAF=41;SAR=29;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056579;STB=0.501636;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00947545;OID=.;OPOS=163893042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:54:56:70:70:0.555556:29:41:32:22:29:41:33:23 chr1 164608825 . G A 1155.18 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.715;QD=60.0093;RBI=0.0266579;REFB=0;REVB=0.00656157;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47006e-05;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:38:36:0:0:39:38:0:0 chr1 165173216 . A G 1157.09 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00291916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.857;QD=59.3382;RBI=0.0661172;REFB=-0.148457;REVB=0.0660527;RO=0;SAF=71;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05079e-08;STB=0.503496;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00218034;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:6:71:0:0:6:71:1:0 chr1 165218792 . G A 1463.51 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000173166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6695;QD=60.9794;RBI=0.0300681;REFB=-0.125472;REVB=0.0300676;RO=2;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178841;STB=0.509257;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00190972;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:2:2:93:94:0.979167:52:41:0:2:53:41:0:2 chr1 165377552 . G A 244.45 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0031077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2261;QD=9.13816;RBI=0.00639271;REFB=-0.000303989;REVB=0.00558649;RO=74;SAF=10;SAR=23;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292902;STB=0.517185;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000740059;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:74:33:33:0.308411:23:10:24:50:23:10:24:50 chr1 165389129 . G A 544.81 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.000127514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.726;QD=18.6259;RBI=0.011276;REFB=-0.0111554;REVB=-0.0112753;RO=59;SAF=35;SAR=22;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682041;STB=0.542789;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0104985;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:60:57:57:0.487179:22:35:32:27:22:35:32:28 chr1 165398115 . T C 553.53 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00689895;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.766;QD=23.8079;RBI=0.017025;REFB=-0.00992756;REVB=-0.0155645;RO=42;SAF=31;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110412;STB=0.560699;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00678312;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:42:51:51:0.548387:20:31:20:22:20:31:20:22 chr1 165601466 . G A 1366.56 PASS AF=0.96;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.003429;FXX=0.0196059;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.124;QD=54.6624;RBI=0.00849179;REFB=-0.00395758;REVB=0.00776869;RO=4;SAF=55;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248996;STB=0.513144;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000196814;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:101:100:4:4:96:96:0.96:41:55:1:3:41:55:1:3 chr1 165630698 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8839;QD=57.2316;RBI=0.0615351;REFB=0;REVB=-0.0227434;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317413;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr1 165652273 . A G 923.42 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2999;QD=56.8256;RBI=0.104524;REFB=-0.122876;REVB=-0.101456;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122662;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00121052;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:25:38:1:0:25:39:1:0 chr1 165737704 . C G 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00189688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.81;QD=59.0439;RBI=0.0183019;REFB=-0.0814808;REVB=0.0182033;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000316288;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:15:26:0:1:15:26:0:1 chr1 166039898 . C G 2735.1 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.884;QD=61.8101;RBI=0.0199274;REFB=-0.0653766;REVB=0.0142287;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=5.79788e-05;OID=.;OPOS=166039898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:0:1:175:176:0.99435:92:83:0:0:93:83:1:0 chr1 166591271 . T C 635.66 PASS AF=0.422619;AO=71;DP=168;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0287172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6978;QD=15.1348;RBI=0.0340101;REFB=0.005893;REVB=0.0182212;RO=97;SAF=21;SAR=50;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178583;STB=0.600377;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00775948;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:97:97:71:71:0.422619:50:21:44:53:50:21:44:53 chr1 166818566 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0169886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.449;QD=12.9138;RBI=0.0172024;REFB=-0.0156971;REVB=0.00270312;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2058;STB=0.61702;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0251654;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:27:10:11:13:27:10 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 277.49 PASS AF=0.354839;AO=29;DP=97;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0116782;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=9;MLLD=284.474;QD=11.935;RBI=0.0212096;REFB=-0.00794662;REVB=0.0177051;RO=63;SAF=11;SAR=18;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188239;STB=0.600853;STBP=0.159;TYPE=ins;VARB=0.0139935;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:29:97:33:93:60:13:20:33:27:99:63:11:18:34:29 chr1 166826655 . C T 177.97 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0301328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.926;QD=14.8306;RBI=0.0316737;REFB=-0.00508956;REVB=-0.00975916;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326955;STB=0.68771;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0133745;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:20:9:12:7:20:9 chr1 166826773 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00399926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.691;QD=12.8731;RBI=0.0128123;REFB=-0.00968277;REVB=-0.0121721;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374753;STB=0.529883;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0177742;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:8:11:19:12:8:11:20:12 chr1 166961944 . A AT,T 64.51 PASS AF=0.411765,0;AO=8,6;DP=36;FAO=14,0;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0311468,-0.00863786;FXX=0.0285633;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.1096,282.863;QD=7.58998;RBI=0.0318738,0.00878577;REFB=-0.0820338,-0.000431889;REVB=0.00676859,-0.00160537;RO=20;SAF=4,4;SAR=4,2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172208,0.0215052;STB=0.547759,0.5;STBP=0.705,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0962402,0;OID=.,.;OPOS=166961945,166961944;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:36:34:20:20:8,6:14,0:0.411765,0:4,2:4,4:13:7:6,0:8,0:13:7 chr1 167095163 . G C 2466.64 PASS AF=0.97076;AO=160;DP=166;FAO=166;FDP=171;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0298392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4199;QD=57.6992;RBI=0.0422627;REFB=-0.0369584;REVB=0.0299292;RO=6;SAF=96;SAR=64;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167596;STB=0.506197;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000806427;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:166:171:6:5:160:166:0.97076:64:96:5:1:67:99:4:1 chr1 167095765 . G A 1522.85 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00118545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.158;QD=58.5711;RBI=0.0357745;REFB=-0.06891;REVB=0.0357548;RO=1;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109066;STB=0.505746;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=2.08341e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:43:60:0:1:43:60:0:1 chr1 167095881 . G A 1547.24 PASS AF=0.981818;AO=104;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0902351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.563;QD=56.2633;RBI=0.093012;REFB=-0.0615682;REVB=0.0225575;RO=1;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077163;STB=0.507811;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00153466;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:1:2:104:108:0.981818:61:43:0:1:63:45:0:2 chr1 167097739 . C A 380.12 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111106;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.505;QD=56.3137;RBI=0.058136;REFB=0;REVB=0.0570645;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332911;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 167408565 . G T 280.26 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0238447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.438;QD=16.7317;RBI=0.0266694;REFB=-0.00590429;REVB=0.0119453;RO=36;SAF=24;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142852;STB=0.586147;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00628976;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:30:31:0.462687:6:24:25:11:6:25:25:11 chr1 167510996 . G A 1008.3 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.933;QD=59.3118;RBI=0.0546444;REFB=0;REVB=0.0190533;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133913;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr1 167684723 . C G 352.12 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0164158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6125;QD=28.7444;RBI=0.0240799;REFB=0.011469;REVB=-0.0176171;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496392;STB=0.50273;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00726599;OID=.;OPOS=167684723;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:14:16:10:9:14:16:10:9 chr1 167817639 . A G 1324.72 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166491;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.912;QD=62.3399;RBI=0.013562;REFB=0;REVB=-0.0134594;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138771;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr1 167825485 . T C 225.75 PASS AF=0.257812;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=128;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00938668;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.191;QD=7.05454;RBI=0.00943325;REFB=-0.0030786;REVB=-0.000936126;RO=86;SAF=15;SAR=18;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835029;STB=0.576225;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0101766;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:86:95:33:33:0.257812:18:15:45:41:18:15:53:42 chr1 167825606 . A G 206.6 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00140043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.32;QD=11.0187;RBI=0.0320384;REFB=-0.00820431;REVB=-0.0320078;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177368;STB=0.597367;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0140591;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:17:9:24:24:17:9:24:25 chr1 167906239 . A C 1411.43 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000388442;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.074;QD=60.7067;RBI=0.000681533;REFB=-0.0459817;REVB=-0.00056;RO=1;SAF=59;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796593;STB=0.508332;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000728906;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:1:2:89:91:0.978495:30:59:1:0:32:59:2:0 chr1 168511284 . T C 210.4 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00412434;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.511;QD=18.2956;RBI=0.0111176;REFB=-0.00329557;REVB=0.0103243;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232204;STB=0.63103;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0050015;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:18:7:11:10:18:7 chr1 168513129 . C T 786.08 PASS AF=0.524476;AO=70;DP=138;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.0137059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.763;QD=21.9882;RBI=0.0162433;REFB=-0.0223746;REVB=0.0087174;RO=68;SAF=39;SAR=31;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123801;STB=0.552149;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0217108;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:68:68:70:75:0.524476:31:39:47:21:31:44:47:21 chr1 168545949 . G A 351.06 PASS AF=0.341085;AO=40;DP=125;FAO=44;FDP=129;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.008045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.003;QD=10.8855;RBI=0.0165197;REFB=-0.013843;REVB=0.0144284;RO=84;SAF=9;SAR=31;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220904;STB=0.644292;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0221806;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:84:85:40:44:0.341085:31:9:32:52:35:9:32:53 chr1 169101935 . C T 1422.73 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=90;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.055;QD=59.9045;RBI=0.0374745;REFB=-0.0159901;REVB=0.0202197;RO=1;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796515;STB=0.504201;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00233808;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:95:1:1:88:94:0.989474:59:29:0:1:59:35:0:1 chr1 169272451 . A T 1767.69 PASS AF=0.96748;AO=118;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0539398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.219;QD=57.4858;RBI=0.0565832;REFB=-0.0215715;REVB=0.0170926;RO=3;SAF=44;SAR=74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312809;STB=0.521273;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=9.22009e-05;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:123:3:4:118:119:0.96748:74:44:3:0:74:45:4:0 chr1 169272453 . G A 1789.81 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0423837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9566;QD=59.1672;RBI=0.0432075;REFB=-0.0614805;REVB=-0.00839688;RO=1;SAF=45;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104366;STB=0.510415;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000226683;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:121:1:2:117:119:0.983471:72:45:1:0:72:47:2:0 chr1 169345868 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5172;QD=60.0302;RBI=0.0501681;REFB=0;REVB=-0.0465331;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144092;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr1 169366516 . G A 3050.21 PASS AF=1;AO=145;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.547;QD=63.8787;RBI=0.0611554;REFB=0;REVB=0.0300224;RO=0;SAF=58;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125877;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:145:191:1:87:58:0:0:98:93:0:0 chr1 169391154 . A G 2142.12 PASS AF=0.958904;AO=140;DP=147;FAO=140;FDP=146;FR=.;FRO=6;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0225582;FXX=0.00680226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.858;QD=58.6882;RBI=0.0225791;REFB=-0.0363412;REVB=-0.000972238;RO=4;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311427;STB=0.510298;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000101834;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:147:146:4:6:140:140:0.958904:59:81:0:4:59:81:2:4 chr1 169435027 . C T 777.14 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122879;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4601;QD=55.51;RBI=0.0271271;REFB=-0.10419;REVB=0.0241844;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00204917;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:1:0:21:34:1:0 chr1 169437392 . A G 389.17 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00236387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.039;QD=15.1132;RBI=0.00592222;REFB=-0.00383513;REVB=0.00543;RO=58;SAF=25;SAR=19;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05208;STB=0.534505;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00533439;OID=.;OPOS=169437392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:19:25:30:28:19:25:30:29 chr1 169510139 . G A 785.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.477;QD=64.1606;RBI=0.0343663;REFB=0;REVB=0.0335157;RO=0;SAF=47;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14015e-05;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:1:47:0:0:1:48:0:0 chr1 169519049 . T C 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.854;QD=54.6348;RBI=0.0220717;REFB=-0.0496436;REVB=0.0185867;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000367697;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:0:1:24:27:0:1 chr1 169519112 . C T 1433.61 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.785;QD=63.016;RBI=0.0295145;REFB=0;REVB=0.0226594;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07188e-05;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:42:49:0:0 chr1 169529826 . C A 2688.06 PASS AF=0.983146;AO=150;DP=178;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0224903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.087;QD=60.4058;RBI=0.0226283;REFB=-0.0824254;REVB=0.00249565;RO=0;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81633e-08;STB=0.502196;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=6.53888e-05;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:178:178:0:3:150:175:0.983146:85:65:0:0:94:81:1:2 chr1 169529973 . C T 2345.98 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=163;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0273202;FXX=0.0122692;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.214;QD=58.2851;RBI=0.0329023;REFB=-0.0442039;REVB=0.0183349;RO=4;SAF=71;SAR=86;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002277;STB=0.501197;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000761158;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:163:161:4:4:157:157:0.975155:86:71:2:2:86:71:2:2 chr1 169562904 . C T 754.91 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.129;QD=56.974;RBI=0.0535413;REFB=0;REVB=0.00662974;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245412;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:23:30:0:0 chr1 169566313 . C T 1527.97 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144274;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.738;QD=59.9203;RBI=0.0175438;REFB=0;REVB=0.00998178;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84137e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:49:52:0:0:49:53:0:0 chr1 169702705 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.58;QD=62.0195;RBI=0.040259;REFB=0;REVB=-0.0401586;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297526;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 169768033 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.317;QD=62.6704;RBI=0.0706346;REFB=0;REVB=0.060696;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729005;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 169768080 . C A 740.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.66;QD=56.9877;RBI=0.0327479;REFB=0;REVB=0.0292794;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89959e-05;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr1 169795276 . A C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0846497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.746;QD=30.7901;RBI=0.0862501;REFB=0.0466035;REVB=0.0165383;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00357838;OID=.;OPOS=169795276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr1 169821135 . C T 664.72 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.638;QD=61.8346;RBI=0.0463692;REFB=0;REVB=-0.00397247;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368359;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr1 169823718 . T C 1357.24 PASS AF=0.928571;AO=91;DP=99;FAO=91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0235404;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.0294;QD=55.3974;RBI=0.0264954;REFB=-0.100975;REVB=0.0121596;RO=6;SAF=38;SAR=53;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101514;STB=0.509711;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00177885;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:99:98:6:7:91:91:0.928571:53:38:2:4:53:38:2:5 chr1 169927228 . T TG 705.91 PASS AF=1;AO=57;DP=63;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9241;QD=47.8585;RBI=0.141007;REFB=0;REVB=0.0857529;RO=5;SAF=44;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00391961;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:63:59:59:0:45:14:0:0:13:5:44:13:4:1 chr1 169951997 . C T 616.67 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00238341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.115;QD=22.2223;RBI=0.00749307;REFB=-0.0136402;REVB=-0.00710391;RO=50;SAF=26;SAR=35;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391176;STB=0.521415;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0119002;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:35:26:19:31:35:26:19:31 chr1 170501385 . A C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.483;QD=60.6099;RBI=0.067853;REFB=0;REVB=0.0463352;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278367;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 170521376 . G A 1493.62 PASS AF=0.97;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00140643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8779;QD=59.7448;RBI=0.0123097;REFB=-0.0690722;REVB=0.012229;RO=2;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175562;STB=0.513272;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00250954;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:100:2:3:95:97:0.97:53:42:0:2:55:42:0:3 chr1 171076935 . C T 312.11 PASS AF=0.282051;AO=44;DP=157;FAO=44;FDP=156;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0250205;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.486;QD=8.00276;RBI=0.0269546;REFB=-0.00307803;REVB=-0.010026;RO=112;SAF=23;SAR=21;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276768;STB=0.516319;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00731391;OID=.;OPOS=171076935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:112:112:44:44:0.282051:21:23:56:56:21:23:56:56 chr1 171083174 . C T 530.83 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0187131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4565;QD=16.719;RBI=0.0244856;REFB=-0.000100468;REVB=-0.0157913;RO=69;SAF=26;SAR=31;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928135;STB=0.555536;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-9.75957e-05;OID=.;OPOS=171083174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:70:57:57:0.448819:31:26:38:31:31:26:39:31 chr1 171112490 . C T 197.43 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00137927;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.919;QD=17.9484;RBI=0.0240547;REFB=-0.0193123;REVB=-0.0240151;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224885;STB=0.514836;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0156147;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:24:20:20:0.454545:13:7:8:15:13:7:9:15 chr1 171168584 . CA GG,TG 1205.77 PASS AF=0.0375,0.9625;AO=3,76;DP=79;FAO=3,77;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,42;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116627,0.0142188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=304.53,349.092;QD=60.2884;RBI=0.0131601,0.0179692;REFB=0,0;REVB=-0.00609664,-0.0109871;RO=0;SAF=2,41;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0481503,-0.00223744;OID=.,.;OPOS=171168584,171168584;OREF=CA,CA;OALT=GG,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:80:0:0:3,76:3,77:0.0375,0.9625:1,35:2,41:0:0:1,35:2,42:0:0 chr1 171174531 . A G 1605.51 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.909;QD=64.2203;RBI=0.0257036;REFB=0;REVB=0.0246216;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80357e-05;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:50:49:0:0:50:50:0:0 chr1 171223134 . G A 726.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6861;QD=63.1372;RBI=0.00659586;REFB=0;REVB=-0.00650939;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67936e-05;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr1 171461787 . G A 539.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.046;QD=59.8925;RBI=0.0550396;REFB=0;REVB=0.0246466;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066637;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:25:10:0:0:25:11:0:0 chr1 171509327 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9701;QD=51.1837;RBI=0.138649;REFB=0;REVB=-0.134441;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00410061;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 171511039 . C G 668.2 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0134355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6425;QD=47.7285;RBI=0.0187384;REFB=-0.169401;REVB=0.0130619;RO=5;SAF=31;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137797;STB=0.500734;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0112839;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:56:56:5:5:51:51:0.910714:20:31:3:2:20:31:3:2 chr1 171514731 . C G 656.71 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043832;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.654;QD=61.0889;RBI=0.00612016;REFB=0;REVB=-0.0042713;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31397e-05;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:38:43:1:22:16:0:0:26:17:0:0 chr1 171526570 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00425759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.109;QD=46.0587;RBI=0.0277569;REFB=-0.086879;REVB=0.0274284;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00132949;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr1 171540480 . C G 520.25 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0257789;FXX=0.0306091;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.764;QD=21.9051;RBI=0.0336396;REFB=-0.0321515;REVB=-0.0216118;RO=34;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450024;STB=0.556722;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0255197;OID=.;OPOS=171540480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:34:46:49:49:0.515789:26:23:18:16:26:23:27:19 chr1 171556165 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.151;QD=57.0008;RBI=0.0332988;REFB=0;REVB=0.0221872;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23505e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 171558516 . C T 942.07 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.778;QD=57.0953;RBI=0.0545774;REFB=-0.114521;REVB=0.050105;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178214;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000417124;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:26:39:0:1:26:39:0:1 chr1 171621525 . C T 386.69 PASS AF=0.64;AO=30;DP=48;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.934;QD=30.9353;RBI=0.0289894;REFB=-0.0514917;REVB=0.0115249;RO=17;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842092;STB=0.53123;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0222374;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:17:18:30:32:0.64:21:9:7:10:22:10:7:11 chr1 171751236 . T C 1485.19 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550121;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5616;QD=59.4075;RBI=0.0580976;REFB=0;REVB=0.0186817;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146688;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:51:48:0:0:51:49:0:0 chr1 171753039 . A G 535.27 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0140014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.298;QD=20.9911;RBI=0.0143301;REFB=-0.0392762;REVB=-0.00305145;RO=45;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134526;STB=0.576979;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0299052;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:48:54:54:0.529412:28:26:29:16:28:26:31:17 chr1 171755170 . G A 446.86 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0297404;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.68;QD=31.9184;RBI=0.0424105;REFB=-0.0442971;REVB=-0.0302351;RO=16;SAF=23;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138421;STB=0.574962;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0229411;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:17:23:5:11:17:23:5:11 chr1 171755182 . G A 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0103656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.931;QD=7.73033;RBI=0.039698;REFB=-0.00856844;REVB=0.0383208;RO=38;SAF=4;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376027;STB=0.736513;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0250837;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:39:14:14:0.264151:10:4:23:15:10:4:24:15 chr1 171763549 . C T 350.1 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.00761731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.99;QD=10.9407;RBI=0.0393479;REFB=-0.0105048;REVB=-0.0386036;RO=82;SAF=25;SAR=19;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628117;STB=0.542441;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0164702;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:82:84:44:44:0.34375:19:25:51:31:19:25:53:31 chr1 171810960 . A G 386.62 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0103609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.566;QD=22.0924;RBI=0.0236505;REFB=-0.0386253;REVB=-0.0212602;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111132;STB=0.551672;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0233532;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:31:39:39:0.557143:22:17:9:21:22:17:10:21 chr1 172356437 . A G 1073.64 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149399;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.373;QD=59.6468;RBI=0.0149757;REFB=0;REVB=0.00103611;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018407;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:23:46:0:0:26:46:0:0 chr1 172378884 . G GT,T 192.69 PASS AF=0.413333,0.00666667;AO=49,10;DP=153;FAO=62,1;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=40,1;FSAR=22,0;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=0.0210308,-0.00801075;FXX=0.00662208;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.27685,277.223;QD=5.13842;RBI=0.16834,0.0252114;REFB=-0.0505857,-0.00158089;REVB=-0.167021,-0.0239049;RO=82;SAF=34,2;SAR=15,8;SRF=59;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0337455,-0.56407;STB=0.500945,0.98736;STBP=0.987,0.49;TYPE=ins,snp;VARB=0.0374503,0.0362553;OID=.,.;OPOS=172378885,172378884;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:82:87:49,10:62,1:0.413333,0.00666667:15,8:34,2:59:23:22,0:40,1:56:31 chr1 172410967 . G A 156.57 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0457485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9611;QD=8.46299;RBI=0.0576546;REFB=-0.00136471;REVB=-0.0350874;RO=51;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748045;STB=0.536127;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00337911;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:52:22:22:0.297297:10:12:31:20:10:12:31:21 chr1 172411496 . A G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.413;QD=37.4812;RBI=0.0680339;REFB=0;REVB=0.0588946;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260722;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 172411768 . T C 388.91 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00264703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6781;QD=21.9107;RBI=0.024854;REFB=-0.0765847;REVB=0.0247127;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253937;STB=0.512623;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0439689;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:31:32:38:39:0.549296:16:22:17:14:16:23:18:14 chr1 172412845 . C A 493.49 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00058809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.87;QD=25.6357;RBI=0.00900502;REFB=-0.0162801;REVB=0.0089858;RO=29;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366466;STB=0.532453;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00820522;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:31:46:46:0.597403:23:23:16:13:23:23:18:13 chr1 172412995 . T C 159.89 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0228724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7757;QD=8.52731;RBI=0.0602843;REFB=0.00417294;REVB=-0.0557768;RO=53;SAF=10;SAR=12;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131659;STB=0.578243;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0124425;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:12:10:30:23:12:10:30:23 chr1 172422209 . C T 1019.9 PASS AF=0.613793;AO=89;DP=144;FAO=89;FDP=145;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0194146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5968;QD=28.1351;RBI=0.0276395;REFB=-0.0266305;REVB=0.0196727;RO=54;SAF=40;SAR=49;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484399;STB=0.53343;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0185761;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:54:56:89:89:0.613793:49:40:28:26:49:40:30:26 chr1 172434812 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0106862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.863;QD=11.4917;RBI=0.0107016;REFB=5.54254e-05;REVB=-0.000575229;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1743;STB=0.602966;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.000191707;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:19:13:9:7:19:13 chr1 172437592 . G A 1610.66 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.472;QD=59.654;RBI=0.0417679;REFB=0;REVB=0.00792334;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149892;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:108:0:0:99:108:1:45:54:0:0:51:57:0:0 chr1 172502479 . T C 570.97 PASS AF=0.352332;AO=68;DP=194;FAO=68;FDP=193;FR=.;FRO=125;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=-0.0140696;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1964;QD=11.8335;RBI=0.0582225;REFB=0.0124132;REVB=-0.0564969;RO=126;SAF=35;SAR=33;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921475;STB=0.555454;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0255188;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:126:125:68:68:0.352332:33:35:75:51:33:35:75:50 chr1 173429995 . G A 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00272441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.292;QD=6.31929;RBI=0.00862976;REFB=-0.00696766;REVB=0.00818842;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100034;STB=0.51218;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0203717;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:49:50:16:16:0.242424:10:6:18:31:10:6:18:32 chr1 173457017 . C T 754.69 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00652568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.843;QD=22.8695;RBI=0.00652677;REFB=-0.0104463;REVB=-0.000119532;RO=60;SAF=36;SAR=36;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152621;STB=0.583311;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00826142;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:60:72:72:0.545455:36:36:41:19:36:36:41:19 chr1 173474429 . T C 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0489105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8691;QD=20.8599;RBI=0.0499174;REFB=-0.00436133;REVB=-0.00997569;RO=43;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428213;STB=0.502369;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00458513;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:27:18:17:26:27:18:17:26 chr1 173516871 . G C 218.1 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0101967;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.086;QD=13.4217;RBI=0.0151584;REFB=-0.0212649;REVB=0.0112162;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348277;STB=0.530782;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0286944;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:39:25:26:0.4:13:12:20:19:14:12:20:19 chr1 173516903 . A G 213.79 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00976275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.214;QD=12.576;RBI=0.011985;REFB=-0.00162555;REVB=0.00695183;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12233;STB=0.547908;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00339059;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:42:25:26:0.382353:15:10:21:20:15:11:21:21 chr1 173755794 . CT C 67.9 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0125727;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.2662;QD=6.31626;RBI=0.0286629;REFB=-0.00252262;REVB=0.0257583;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163526;STB=0.527824;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=-0.00065764;OID=.;OPOS=173755795;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:14:42:16:43:27:7:9:13:14:67:21:4:10:9:12 chr1 173878832 . T C 392.62 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0362607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2075;QD=19.6309;RBI=0.0454411;REFB=-0.0110082;REVB=-0.0273871;RO=39;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948156;STB=0.512947;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0123043;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:40:40:0.5:16:24:23:16:16:24:23:17 chr1 173878862 . T C 339.3 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0076687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.454;QD=20.5637;RBI=0.0108245;REFB=-0.0297868;REVB=-0.0076394;RO=31;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156318;STB=0.500866;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0309588;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:18:17:15:16:18:17:15:16 chr1 173903737 . G A 226.99 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000445904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0248;QD=21.1152;RBI=0.104131;REFB=-0.0162578;REVB=-0.10413;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189113;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00801644;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:11:10:10:12:11:10 chr1 175049379 . G A 481.22 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0706209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.619;QD=53.4689;RBI=0.0714763;REFB=-0.0773026;REVB=-0.011025;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488373;STB=0.5263;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0221737;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:33:34:0.944444:15:18:1:1:16:18:2:0 chr1 175087884 . CA CG,TG 2146.17 PASS AF=0.574468,0.425532;AO=81,65;DP=146;FAO=81,60;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=34,28;FSAR=47,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615208,0.00919385;FXX=0.0342442;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.575,86.5013;QD=60.8843;RBI=0.0064043,0.0343704;REFB=0,0;REVB=-0.00177961,0.0331179;RO=0;SAF=34,30;SAR=47,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.25769e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.018892,-0.0080671;OID=.,.;OPOS=175087885,175087884;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:146:141:0:0:81,65:81,60:0.574468,0.425532:47,35:34,30:0:0:47,32:34,28:0:0 chr1 175097864 . G A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0088659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.149;QD=16.4806;RBI=0.0117313;REFB=-0.0110649;REVB=-0.00768237;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182645;STB=0.615997;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0127722;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:9:9:8:17:9:10:8:17 chr1 175105996 . C T 377.61 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0357552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7939;QD=12.9098;RBI=0.0361399;REFB=-0.00364874;REVB=0.0052595;RO=72;SAF=25;SAR=20;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754151;STB=0.542838;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00600775;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:20:25:35:37:20:25:35:37 chr1 175113578 . T C 2216.93 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.706;QD=62.4486;RBI=0.0240937;REFB=-0.0853706;REVB=0.0136349;RO=1;SAF=74;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638242;STB=0.503355;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000257033;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:67:74:1:0:67:74:1:0 chr1 175129946 . C T 1493.04 PASS AF=1;AO=112;DP=142;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100502;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.146;QD=58.5506;RBI=0.11626;REFB=0;REVB=0.0584442;RO=1;SAF=56;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017427;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:102:1:0:112:102:1:56:56:1:0:42:60:0:0 chr1 175299301 . T C 696.13 PASS AF=0.938776;AO=47;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0204682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3829;QD=56.8266;RBI=0.0209495;REFB=-0.00482013;REVB=-0.0044648;RO=2;SAF=16;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552153;STB=0.545434;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00160706;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:2:3:47:46:0.938776:31:16:2:0:31:15:3:0 chr1 175324651 . A G 1275.1 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016925;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.582;QD=62.2002;RBI=0.00533136;REFB=0;REVB=-0.00505558;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09241e-07;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr1 175348723 . C T 2648.85 PASS AF=0.982955;AO=173;DP=176;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00502649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4777;QD=60.201;RBI=0.0298801;REFB=-0.164869;REVB=-0.0294543;RO=3;SAF=90;SAR=83;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155991;STB=0.508196;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0018602;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:176:3:3:173:173:0.982955:83:90:3:0:83:90:3:0 chr1 175355391 . A G 2351.73 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8991;QD=63.1337;RBI=0.0882733;REFB=0;REVB=0.0773497;RO=0;SAF=75;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438664;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:149:0:0:146:149:1:71:75:0:0:73:76:0:0 chr1 175375469 . C A 1895.72 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000121203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.846;QD=61.6494;RBI=0.0130732;REFB=0;REVB=0.0130727;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05327e-06;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:60:63:0:0:60:63:0:0 chr1 175375683 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=61.5359;RBI=0.0181366;REFB=0;REVB=0.0177238;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19946e-05;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr1 175375802 . T C 1124.82 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00726065;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.844;QD=59.2009;RBI=0.0116591;REFB=-0.115168;REVB=0.00912235;RO=1;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178434;STB=0.509431;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000251171;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:73:75:0.986842:26:47:0:1:26:49:0:1 chr1 176102974 . T C 304.86 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0161868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.664;QD=11.5043;RBI=0.0185179;REFB=-0.00674098;REVB=-0.00899445;RO=68;SAF=14;SAR=24;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134306;STB=0.577236;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0129859;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:24:14:33:35:24:14:33:35 chr1 176103053 . TAC T 458.66 PASS AF=0.614286;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00566518;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.087;QD=26.209;RBI=0.0105201;REFB=-0.0212247;REVB=-0.0088645;RO=27;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804437;STB=0.500711;STBP=0.998;TYPE=del;VARB=0.0129455;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.614286:42:72:43:70:27:16:27:10:17:99:27:16:26:10:17 chr1 176118219 . G A 329.29 PASS AF=0.555556;AO=27;DP=56;FAO=30;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00524133;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.474;QD=24.3916;RBI=0.0078558;REFB=-0.00949506;REVB=-0.00585167;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266619;STB=0.639905;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.014533;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:23:21:27:30:0.555556:18:9:15:8:20:10:14:7 chr1 176129455 . G T 176.32 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0497838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.913;QD=29.3868;RBI=0.073713;REFB=-0.0157433;REVB=-0.0543616;RO=7;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159073;STB=0.588131;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00730578;OID=.;OPOS=176129455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:10:7:5:2:10:7:5:2 chr1 176526147 . G C 619.66 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00479168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1738;QD=23.8331;RBI=0.00634531;REFB=-0.0190396;REVB=0.00415967;RO=40;SAF=20;SAR=40;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14939;STB=0.575317;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0194695;OID=.;OPOS=176526147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:40:44:60:60:0.576923:40:20:21:19:40:20:22:22 chr1 176863836 . G C 365.03 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0575874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8412;QD=52.1477;RBI=0.0609122;REFB=-0.13847;REVB=0.0198493;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00569159;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:10:17:0:0:10:17:0:1 chr1 176863867 . T C 450.89 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053772;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.524;QD=58.1794;RBI=0.0627154;REFB=0;REVB=0.0322767;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564606;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr1 177908852 . C T 1431.67 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.015979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.684;QD=56.1438;RBI=0.0230711;REFB=-0.0117597;REVB=0.0166418;RO=2;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182364;STB=0.504461;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000324126;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:2:3:99:99:0.970588:51:48:0:2:51:48:1:2 chr1 177915474 . A C 1234.77 PASS AF=0.954023;AO=74;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0269154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.606;QD=56.7711;RBI=0.0392002;REFB=-0.0752649;REVB=0.0284994;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505566;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00025337;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:87:87:0:4:74:83:0.954023:24:50:0:0:30:53:3:1 chr1 177929554 . C T 538.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.936;QD=59.8812;RBI=0.0354221;REFB=0;REVB=-0.0107837;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60399e-05;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr1 177929987 . T C 1026.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.977;QD=59.4815;RBI=0.0266358;REFB=0;REVB=-0.025047;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020274;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr1 177930738 . A G 77.39 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0546123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1411;QD=7.3708;RBI=0.0577823;REFB=-0.00569761;REVB=0.0188757;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431764;STB=0.707579;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0179639;OID=.;OPOS=177930738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:41:42:31:31:10:11:0.261905:2:8:14:17:3:8:14:17 chr1 178063756 . C T 1189.37 PASS AF=0.611429;AO=107;DP=175;FAO=107;FDP=175;FR=.;FRO=68;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0118529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3571;QD=27.1856;RBI=0.0353456;REFB=-0.0211201;REVB=-0.0332989;RO=68;SAF=69;SAR=38;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659818;STB=0.535732;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00977864;OID=.;OPOS=178063756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:68:68:107:107:0.611429:38:69:38:30:38:69:38:30 chr1 178514165 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.303;QD=51.9099;RBI=0.0711915;REFB=0;REVB=0.018669;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034707;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 178514560 . A AT 356.35 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5595;QD=38.5243;RBI=0.128828;REFB=-0.0275824;REVB=0.101933;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00319094;OID=.;OPOS=178514561;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:37:37:0:19:18:0:0:5:2:18:17:1:1 chr1 178646884 . C T 308.12 PASS AF=0.350427;AO=37;DP=114;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00135448;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.949;QD=10.534;RBI=0.00905013;REFB=-0.0185682;REVB=0.0089482;RO=76;SAF=21;SAR=16;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108905;STB=0.556734;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0406419;OID=.;OPOS=178646884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:76:76:37:41:0.350427:16:21:36:40:18:23:36:40 chr1 178820159 . C A 1494.91 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051196;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3984;QD=63.613;RBI=0.0663453;REFB=0;REVB=-0.0421979;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454311;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr1 179068851 . A G 211.65 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0701465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0615;QD=27.3097;RBI=0.119354;REFB=-0.0111038;REVB=-0.0965649;RO=11;SAF=16;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3344;STB=0.687292;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00788564;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:4:16:4:7:4:16:4:7 chr1 179072728 . T C 634.4 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0185542;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.853;QD=21.3242;RBI=0.0185545;REFB=0.00612045;REVB=-0.000107526;RO=56;SAF=36;SAR=27;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19701;STB=0.608042;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00442818;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:56:63:63:0.529412:27:36:19:37:27:36:19:37 chr1 179310262 . C T 555.71 PASS AF=0.666667;AO=49;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0167072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2222;QD=29.6377;RBI=0.0405653;REFB=-0.0499069;REVB=-0.036965;RO=24;SAF=25;SAR=24;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314511;STB=0.513335;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.035497;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:25:49:50:0.666667:24:25:11:13:24:26:12:13 chr1 179312752 . C T 294.81 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00702041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.903;QD=12.8176;RBI=0.00702878;REFB=-0.0167855;REVB=0.000342967;RO=57;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800078;STB=0.550991;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.038367;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:58:34:34:0.369565:16:18:26:31:16:18:26:32 chr1 179319541 . C G 341.24 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0224222;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.945;QD=13.5146;RBI=0.0253102;REFB=-0.0170201;REVB=0.011741;RO=59;SAF=21;SAR=19;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126906;STB=0.579751;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0262521;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:59:61:40:40:0.39604:19:21:38:21:19:21:40:21 chr1 179320578 . A G 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.016143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.838;QD=15.7533;RBI=0.0213388;REFB=-0.00897483;REVB=0.0139553;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725022;STB=0.540902;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0134965;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:23:23:15:20:23:23 chr1 179347832 . T C 334.71 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.015311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.215;QD=14.3962;RBI=0.0164074;REFB=0.000222135;REVB=0.00589708;RO=56;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187015;STB=0.606269;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.000204454;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:14:23:25:31:14:23:25:31 chr1 179452275 . G A 256.75 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.032108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0282;QD=10.0685;RBI=0.0441185;REFB=-0.0141147;REVB=-0.0302576;RO=68;SAF=19;SAR=14;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372;STB=0.527125;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0299838;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:69:33:33:0.323529:14:19:37:31:14:19:37:32 chr1 179520151 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.587;QD=61.6953;RBI=0.0118063;REFB=0;REVB=-0.0049185;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42887e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr1 179599927 . CAAAAAAAT CAAAAAAAAT,CAAAAAAT,CAAAAATAG,CAAAAATAT 36.73 PASS AF=0.0416667,0.145833,0.0833333,0;AO=6,8,2,2;DP=52;FAO=2,7,4,0;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=2,1,4,0;FSAR=0,6,0,0;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0446258,0.0336887,-0.0391828,-0.0465893;FXX=0.0769083;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,3,1;MLLD=6.39486,7.99935,222.353,210.894;QD=3.06077;RBI=0.111254,0.121542,0.0401158,0.0487588;REFB=-0.0264146,0.0017989,0.00197839,0.00262949;REVB=0.101911,-0.11678,-0.0086015,-0.0143826;RO=24;SAF=2,1,2,2;SAR=4,7,0,0;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.348019,0.570887,0.570887;STB=0.996771,0.679809,0.998208,0.5;STBP=0.033,0.382,0.004,1;TYPE=ins,del,mnp,snp;VARB=-0.00987953,-0.166705,0.0181567,0;OID=.,.,.,.;OPOS=179599928,179599928,179599933,179599933;OREF=-,A,AAT,A;OALT=A,-,TAG,T;OMAPALT=CAAAAAAAAT,CAAAAAAT,CAAAAATAG,CAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.145833,0.0833333,0:6,8,2,2:52:2,7,4,0:48:35:2,1,4,0:0,6,0,0:10:25:17:24:2,1,2,2:4,7,0,0:8:16 chr1 179604864 . C T 1360.19 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00418946;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.517;QD=59.7886;RBI=0.0268368;REFB=-0.0978527;REVB=0.0265078;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.500619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000604194;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:1:2:88:89:0.978022:41:47:1:0:42:47:1:1 chr1 179609589 . G T 1469.81 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.616;QD=63.2177;RBI=0.0203441;REFB=0;REVB=0.010257;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55691e-05;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:44:45:0:0:44:49:0:0 chr1 179852074 . T C 762.67 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.27;QD=54.4761;RBI=0.0312239;REFB=-0.08433;REVB=-0.0101863;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000564864;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:53:55:0.982143:38:15:0:0:39:16:0:1 chr1 179858444 . G A 1865.7 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169333;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.227;QD=61.676;RBI=0.0556927;REFB=0;REVB=0.053056;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7737e-05;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:120:121:1:57:63:0:0:58:63:0:0 chr1 179876988 . C G 2068.9 PASS AF=0.953333;AO=139;DP=155;FAO=143;FDP=150;FR=.;FRO=7;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0199043;FXX=0.032256;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.935;QD=55.1708;RBI=0.0249038;REFB=0.0328397;REVB=0.0149672;RO=6;SAF=59;SAR=80;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459274;STB=0.520819;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00034307;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:155:150:6:7:139:143:0.953333:80:59:6:0:83:60:6:1 chr1 179887125 . G A 1135.44 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3664;QD=60.5568;RBI=0.0497851;REFB=0;REVB=0.0126055;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118232;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr1 179989742 . G C 182.89 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0340037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0609;QD=43.0319;RBI=0.0379465;REFB=-0.0753246;REVB=0.0168429;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00450076;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr1 180145088 . A G 1843.9 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185539;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2916;QD=61.4633;RBI=0.0234919;REFB=0;REVB=-0.0234185;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114898;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:58:61:0:0:59:61:0:0 chr1 180243524 . A G 641.14 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0160752;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.233;QD=28.4951;RBI=0.0162231;REFB=-0.0424918;REVB=0.00218529;RO=33;SAF=25;SAR=31;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108814;STB=0.553552;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0303175;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:33:34:56:56:0.622222:31:25:20:13:31:25:20:14 chr1 180854067 . A G 989.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.752;QD=59.0944;RBI=0.0351578;REFB=0;REVB=0.034559;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09188e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:30:37:0:0 chr1 180885427 . G GC 222.11 PASS AF=1;AO=8;DP=60;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602783;FXX=0.45755;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.7695;QD=27.7635;RBI=0.0277303;REFB=0;REVB=-0.0270672;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00560327;OID=.;OPOS=180885428;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:60:32:32:0:20:12:0:0:6:52:2:6:20:32 chr1 180885430 . T C 851.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.721;QD=57.7175;RBI=0.0432145;REFB=0;REVB=-0.00437105;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98682e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:38:21:0:0 chr1 180897569 . C T 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00410461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.367;QD=11.4182;RBI=0.00879784;REFB=-0.0158749;REVB=0.00778166;RO=45;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485352;STB=0.515563;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.025409;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:47:26:26:0.356164:15:11:21:24:15:11:21:26 chr1 180905694 . C T 391.5 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.234225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9147;QD=55.9291;RBI=0.239571;REFB=0;REVB=0.0503301;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00502643;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr1 180913597 . A G 923.04 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3125;QD=57.6903;RBI=0.016419;REFB=0;REVB=-0.0149685;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3118e-05;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:1:0:58:64:1:27:31:1:0:28:36:0:0 chr1 180944532 . T TA,TAA 632.61 PASS AF=0,1;AO=10,38;DP=54;FAO=0,52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0926551,-0.0483952;FXX=0.0188644;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=24.2424,37.1594;QD=48.6622;RBI=0.17854,0.0919061;REFB=0,0;REVB=0.152615,0.0781322;RO=2;SAF=3,25;SAR=7,13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220927,-0.0360219;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00153626;OID=.,.;OPOS=180944533,180944533;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,38:54:0,52:52:0:0,31:0,21:0:0:11:2:3,25:7,13:2:0 chr1 180953853 . A G 1413.39 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000134267;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.765;QD=62.8174;RBI=0.0242113;REFB=0;REVB=0.0242109;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50769e-05;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr1 181018236 . A G 1091.86 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123875;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9037;QD=59.8279;RBI=0.0293335;REFB=0;REVB=0.0265896;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359997;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:31:42:0:0 chr1 181024404 . G A 1517.5 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170026;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.277;QD=63.8946;RBI=0.0174551;REFB=0;REVB=0.00394867;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40276e-05;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=57;DP=155;LEN=5;RO=98;SAF=27;SAR=31;SRF=39;SRR=58;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:155:98:57:31:27:39:58 chr1 181768186 . T C 464.75 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0220096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0299;QD=22.1311;RBI=0.0353014;REFB=0.0049979;REVB=-0.0276002;RO=38;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245955;STB=0.50402;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00433447;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:25:20:17:21:25:20:17:22 chr1 182356399 . A G 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.282;QD=63.8863;RBI=0.0869624;REFB=0;REVB=0.0155243;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256837;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr1 182369078 . G A 722.14 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00437156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.047;QD=53.4921;RBI=0.0284916;REFB=-0.0866388;REVB=0.0281542;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000439797;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:26:26:1:0:27:26:1:0 chr1 182369233 . A G 761.71 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00923551;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7696;QD=53.453;RBI=0.0753219;REFB=0.0110303;REVB=0.0747535;RO=2;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587692;STB=0.531238;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00106541;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:15:39:0:2:15:40:0:2 chr1 182496829 . A G 1287.04 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588103;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7791;QD=62.026;RBI=0.06506;REFB=0;REVB=0.0278236;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741173;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr1 182551337 . A C 261.14 PASS AF=0.290323;AO=36;DP=124;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0169352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.136;QD=8.42394;RBI=0.0172623;REFB=-0.00791336;REVB=-0.00334486;RO=87;SAF=19;SAR=17;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289154;STB=0.520709;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.022958;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:87:88:36:36:0.290323:17:19:48:39:17:19:49:39 chr1 182568204 . G C 1526.65 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.712;QD=63.6105;RBI=0.0314107;REFB=0;REVB=0.0197572;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94177e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:45:49:0:0:46:50:0:0 chr1 182569626 . T C,G 932.03 PASS AF=0.953846,0.0461538;AO=61,3;DP=64;FAO=62,3;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30,2;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180466,-0.0195645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.8589,142.524;QD=57.3557;RBI=0.0185839,0.0201456;REFB=0,0;REVB=0.00443617,-0.00480402;RO=0;SAF=30,2;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0196208,0.0936966;OID=.,.;OPOS=182569626,182569626;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:64:65:0:0:61,3:62,3:0.953846,0.0461538:31,1:30,2:0:0:32,1:30,2:0:0 chr1 182778367 . G A 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.267;QD=59.425;RBI=0.013595;REFB=-0.113372;REVB=0.00432421;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00289265;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr1 182794901 . G GT 104.52 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.017473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.415;QD=15.4851;RBI=0.0215144;REFB=0.00192432;REVB=0.0125525;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120721;STB=0.545393;STBP=0.654;TYPE=ins;VARB=0.00459015;OID=.;OPOS=182794902;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:14:27:15:27:12:9:6:6:6:61:12:9:5:6:6 chr1 182798081 . T C 385.52 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0232809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4398;QD=23.3646;RBI=0.0405554;REFB=-0.0175271;REVB=0.0332076;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478419;STB=0.526302;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0134819;OID=.;OPOS=182798081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:13:15:18:20:13:15 chr1 182844020 . C T 333.58 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00615928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.512;QD=24.2601;RBI=0.0304598;REFB=-0.00519128;REVB=-0.0298306;RO=22;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162735;STB=0.589688;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00411084;OID=.;OPOS=182844020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:22:11:12:10:22:11:12:10 chr1 182850727 . T C 1746.8 PASS AF=0.952;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0241235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1685;QD=55.8978;RBI=0.0629044;REFB=0.00437283;REVB=0.0580949;RO=6;SAF=50;SAR=69;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744744;STB=0.503927;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00213048;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:6:6:119:119:0.952:69:50:3:3:69:50:3:3 chr1 182922215 . G T 358.44 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0284748;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.036;QD=30.506;RBI=0.0342449;REFB=-0.0209307;REVB=0.0190237;RO=15;SAF=24;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167916;STB=0.604575;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00926505;OID=.;OPOS=182922215;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:15:17:30:30:0.638298:6:24:9:6:6:24:10:7 chr1 182951356 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00602507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.757;QD=10.0342;RBI=0.0116379;REFB=0.00295332;REVB=-0.00995689;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0037359;OID=.;OPOS=182951356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr1 182951443 . G A 38.9 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.000997795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.486;QD=11.969;RBI=0.00821572;REFB=-0.00280834;REVB=0.0081549;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.624638;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00195915;OID=.;OPOS=182951443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:1:4:6:1:2:4:6:1 chr1 182993025 . C T 2699.37 PASS AF=0.968085;AO=179;DP=188;FAO=182;FDP=188;FR=.;FRO=6;FSAF=116;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00560289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5629;QD=57.4335;RBI=0.04937;REFB=0.0338999;REVB=0.049051;RO=9;SAF=116;SAR=63;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201711;STB=0.501012;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00191039;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:188:188:9:6:179:182:0.968085:63:116:4:5:66:116:4:2 chr1 183072590 . T C 1419.38 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0360149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.044;QD=56.2129;RBI=0.0429559;REFB=-0.0356216;REVB=0.0234124;RO=3;SAF=41;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033442;STB=0.517643;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000777684;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:98:98:0.970297:57:41:3:0:57:41:3:0 chr1 183072701 . C T 272.53 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0195125;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.502;QD=19.4665;RBI=0.0195376;REFB=0.00682811;REVB=-0.000989706;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108943;STB=0.533969;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00692662;OID=.;OPOS=183072701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:27:29:29:0.517857:16:13:10:13:16:13:14:13 chr1 183085755 . A G 2168.77 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352552;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.744;QD=63.3217;RBI=0.0362221;REFB=0;REVB=0.00831311;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125361;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:65:72:0:0:65:72:0:0 chr1 183086757 . A C 1418.75 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195341;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.513;QD=63.0557;RBI=0.0195346;REFB=0;REVB=-0.000151473;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45157e-05;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr1 183093875 . T C 1792.8 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.12967e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.063;QD=60.2622;RBI=0.0201773;REFB=0;REVB=0.0201771;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145818;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:1:0:117:119:1:61:56:1:0:62:57:0:0 chr1 183094547 . T C 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.981;QD=60.9143;RBI=0.0354516;REFB=-0.00535945;REVB=0.0278997;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090249;STB=0.504761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=3.92034e-05;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:34:52:1:0:34:52:1:0 chr1 183105534 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.865;QD=48.7369;RBI=0.0404585;REFB=0;REVB=0.0362083;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230991;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 183105705 . G A 243.43 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.017528;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.283;QD=12.6458;RBI=0.0205354;REFB=-0.0168056;REVB=0.0106993;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370152;STB=0.51525;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.024317;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:48:29:29:0.376623:15:14:22:27:15:14:22:26 chr1 183112041 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.701;QD=59.8558;RBI=0.0255157;REFB=0;REVB=0.0113112;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013719;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr1 183112412 . A G 1019.22 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272345;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.618;QD=59.0854;RBI=0.0368669;REFB=0;REVB=0.0248486;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438803;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:33:34:0:0:35:34:0:0 chr1 183112505 . T C 1271.47 PASS AF=0.920792;AO=92;DP=101;FAO=93;FDP=101;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0311486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.606;QD=50.3551;RBI=0.031156;REFB=-0.123965;REVB=0.000676694;RO=9;SAF=48;SAR=44;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810095;STB=0.537728;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00193451;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:101:101:9:8:92:93:0.920792:44:48:9:0:44:49:8:0 chr1 183112566 . T C 1774.52 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.364;QD=60.6673;RBI=0.0181446;REFB=0;REVB=0.0103603;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1695e-05;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:47:68:0:0:48:69:0:0 chr1 183112764 . A G 631.57 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0137786;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.431;QD=45.9323;RBI=0.021196;REFB=-0.129265;REVB=0.0161065;RO=4;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695521;STB=0.535302;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00195667;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:56:55:4:6:49:49:0.890909:25:24:0:4:25:24:1:5 chr1 183114634 . G A 1288.15 PASS AF=0.988636;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00601123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.319;QD=58.5522;RBI=0.0497265;REFB=-0.191884;REVB=-0.0493619;RO=1;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937926;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00100368;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:88:1:1:83:87:0.988636:50:33:0:1:50:37:0:1 chr1 183155482 . C A 270.71 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00285619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.086;QD=16.9191;RBI=0.00423258;REFB=-0.0193213;REVB=-0.00312361;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101695;STB=0.522565;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0230583;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:34:29:30:0.46875:12:17:19:14:12:18:19:15 chr1 183184616 . C T 362.06 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00757507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.198;QD=23.3587;RBI=0.0205746;REFB=-0.00639952;REVB=0.0191293;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349306;STB=0.51922;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00475804;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:21:15:12:14:21:15:12:14 chr1 183187603 . C T 1239.48 PASS AF=0.494208;AO=124;DP=255;FAO=128;FDP=259;FR=.;FRO=131;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=70;FSRR=61;FWDB=0.0191651;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.63;QD=19.1425;RBI=0.0193561;REFB=-0.0117877;REVB=-0.00271235;RO=128;SAF=58;SAR=66;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658961;STB=0.537137;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0144289;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:259:128:131:124:128:0.494208:66:58:69:59:69:59:70:61 chr1 183191324 . C A 1415.13 PASS AF=0.627551;AO=120;DP=189;FAO=123;FDP=196;FR=.;FRO=73;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00311044;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6029;QD=28.8802;RBI=0.0147128;REFB=-0.0600489;REVB=-0.0143802;RO=69;SAF=68;SAR=52;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407082;STB=0.516317;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0360225;OID=.;OPOS=183191324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:196:69:73:120:123:0.627551:52:68:35:34:52:71:39:34 chr1 183192304 . T G 815.93 PASS AF=0.567164;AO=75;DP=133;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.0188634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.97;QD=24.3562;RBI=0.0190675;REFB=-0.0174969;REVB=-0.00278274;RO=57;SAF=48;SAR=27;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269522;STB=0.638461;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0133091;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:57:58:75:76:0.567164:27:48:17:40:28:48:18:40 chr1 183206573 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00644549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.302;QD=19.9055;RBI=0.0194808;REFB=-0.0126403;REVB=0.0183836;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166476;STB=0.598365;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0164547;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:14:17:20:7:14:17:21:7 chr1 183212548 . T G 133.05 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0713281;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.852;QD=23.1394;RBI=0.0713296;REFB=-0.0104032;REVB=0.000467342;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418936;STB=0.737893;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0140156;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:7:2:11:3:7:2 chr1 183481947 . T C 33.12 PASS AF=0.0925926;AO=4;DP=47;FAO=5;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00896299;FXX=0.0526223;HRUN=20;LEN=1;MLLD=156.625;QD=2.45333;RBI=0.0243047;REFB=0.00229399;REVB=-0.0225917;RO=36;SAF=1;SAR=3;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405539;STB=0.705139;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0277468;OID=.;OPOS=183481947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:47:54:36:47:4:5:0.0925926:3:1:23:13:3:2:30:17 chr1 183481949 . T C 35.39 PASS AF=0.116667;AO=6;DP=58;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00524032;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=152.577;QD=2.3596;RBI=0.014482;REFB=0.00209114;REVB=0.0135006;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188948;STB=0.681552;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0242011;OID=.;OPOS=183481949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:60:50:53:6:7:0.116667:3:3:33:17:4:3:34:19 chr1 183486859 . G A 2109.61 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255409;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.616;QD=62.9734;RBI=0.025957;REFB=0;REVB=0.00462874;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03691e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:134:134:1:82:52:0:0:82:52:0:0 chr1 183523071 . A G 2167.03 PASS AF=0.985816;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0211821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.589;QD=61.4759;RBI=0.0214269;REFB=0.0455255;REVB=0.00322974;RO=2;SAF=58;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222039;STB=0.501096;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000105902;OID=.;OPOS=183523071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:2:2:138:139:0.985816:80:58:1:1:80:59:1:1 chr1 183616926 . T C 2111.65 PASS AF=0.971631;AO=137;DP=143;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=94;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00118256;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.069;QD=59.9049;RBI=0.0332262;REFB=-0.054521;REVB=0.0332052;RO=3;SAF=94;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.506101;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=7.67083e-05;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:141:3:4:137:137:0.971631:43:94:1:2:43:94:2:2 chr1 183617105 . A G 971.87 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00101443;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.478;QD=54.7531;RBI=0.0046108;REFB=0.0481043;REVB=0.00449783;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242219;STB=0.518982;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000241907;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:67:68:0.957746:29:38:2:0:30:38:3:0 chr1 183881213 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.00273368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.603;QD=8.5117;RBI=0.0209875;REFB=0.000184341;REVB=-0.0208087;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389341;STB=0.591676;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.000643026;OID=.;OPOS=183881213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:24:24:9:10:0.294118:1:8:21:3:2:8:21:3 chr1 184020945 . G A 380.81 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0147202;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.654;QD=16.739;RBI=0.0769295;REFB=-0.028441;REVB=0.075508;RO=51;SAF=31;SAR=9;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116896;STB=0.566072;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0353794;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:9:31:35:16:9:31:35:16 chr1 184023529 . A C 684.12 PASS AF=0.364444;AO=82;DP=225;FAO=82;FDP=225;FR=.;FRO=143;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.00506404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.336;QD=12.1622;RBI=0.0258644;REFB=-0.00341741;REVB=0.0253638;RO=141;SAF=47;SAR=35;SRF=62;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148451;STB=0.579663;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00473888;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:141:143:82:82:0.364444:35:47:62:79:35:47:64:79 chr1 184588710 . A C 293.08 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00927004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4895;QD=22.9863;RBI=0.03928;REFB=-0.0472854;REVB=-0.0381705;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405312;STB=0.522433;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0250784;OID=.;OPOS=184588710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:11:11:16:13:11:11 chr1 184660205 . T A 1139.02 PASS AF=0.963415;AO=73;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0141991;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.782;QD=55.5621;RBI=0.0151694;REFB=-0.0958586;REVB=0.00533834;RO=4;SAF=41;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309159;STB=0.507276;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000141948;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:81:82:4:3:73:79:0.963415:32:41:1:3:37:42:1:2 chr1 184660487 . TTA T,TTT 59.38 PASS AF=0.428571,0;AO=5,3;DP=24;FAO=9,0;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.109011,0.16784;FXX=0.0869187;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.4989,16.5828;QD=11.3103;RBI=0.114875,0.197623;REFB=-0.0680472,-0.0217776;REVB=-0.0362337,-0.104328;RO=12;SAF=3,0;SAR=2,3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180994,-0.725474;STB=0.666349,0.5;STBP=0.254,1;TYPE=del,snp;VARB=0.124968,0;OID=.,.;OPOS=184660488,184660489;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:5,3:24:9,0:21:12:5,0:4,0:10:2:59:12:3,0:2,3:9:3 chr1 184662181 . C T 1212.14 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.6;QD=60.6069;RBI=0.0469839;REFB=0;REVB=0.046965;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021927;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:39:35:0:0:44:36:0:0 chr1 184663537 . A C 699.13 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000190363;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.549;QD=60.7939;RBI=0.0645043;REFB=-0.0676246;REVB=0.064504;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00105218;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr1 184663581 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.229;QD=52.6131;RBI=0.0353941;REFB=0;REVB=0.0346811;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367374;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 184675814 . G A 1881.28 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157308;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.706;QD=61.6814;RBI=0.033104;REFB=0;REVB=-0.0330666;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01963e-05;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:55:67:0:0:55:67:0:0 chr1 184677464 . G A 1544.32 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00664422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7062;QD=57.7317;RBI=0.0230105;REFB=-0.0847827;REVB=-0.0220303;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.504504;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00255134;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:107:0:1:103:106:0.990654:54:49:0:0:55:51:0:1 chr1 184706212 . GT G 708.28 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690446;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3751;QD=44.2676;RBI=0.0992328;REFB=0;REVB=-0.0712742;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000892545;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:64:64:64:0:29:35:0:0:13:0:27:34:0:0 chr1 184764067 . C G 240.61 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.00191234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.609;QD=12.1828;RBI=0.00611011;REFB=-0.00321016;REVB=-0.00580314;RO=49;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736418;STB=0.546689;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00541572;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:19:10:14:35:19:10:14:36 chr1 184765072 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00275294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.449;QD=10.0339;RBI=0.0347631;REFB=-0.0142487;REVB=0.0346539;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.023149;OID=.;OPOS=184765072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr1 184777177 . C A 368.67 PASS AF=0.392857;AO=40;DP=110;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0305927;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.272;QD=13.1669;RBI=0.0367895;REFB=-0.0420218;REVB=0.0204342;RO=68;SAF=14;SAR=26;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170485;STB=0.564724;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0590797;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:68:68:40:44:0.392857:26:14:34:34:26:18:35:33 chr1 184787943 . C T 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00431788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.822;QD=29.3738;RBI=0.00810127;REFB=-0.00721155;REVB=-0.00685467;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428742;STB=0.523781;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00239794;OID=.;OPOS=184787943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:6:11:4:3:6:11:4:3 chr1 184853849 . G A 618.82 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00741764;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3794;QD=29.8228;RBI=0.0210802;REFB=-0.0102019;REVB=-0.019732;RO=28;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218286;STB=0.505162;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00901381;OID=.;OPOS=184853849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:28:29:54:54:0.650602:25:29:16:12:25:29:16:13 chr1 184863328 . G A 72.74 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0289234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.637;QD=4.77013;RBI=0.0309192;REFB=0.00150057;REVB=0.0109284;RO=49;SAF=2;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453311;STB=0.798285;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00908906;OID=.;OPOS=184863328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:10:2:25:24:10:2:25:24 chr1 185069561 . A G 377.75 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.022113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.094;QD=26.9824;RBI=0.0407073;REFB=-0.0221943;REVB=0.0341774;RO=20;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208507;STB=0.607086;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0146882;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:20:35:36:0.642857:18:17:16:4:18:18:16:4 chr1 185069843 . T A 304.14 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00748759;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=299.36;QD=17.3794;RBI=0.0136101;REFB=0.003249;REVB=-0.0113654;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131528;STB=0.567526;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00349635;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:21:12:18:18:21:12:18:19 chr1 185135745 . A G 102.67 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0368014;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2971;QD=16.4264;RBI=0.0403922;REFB=-0.0256984;REVB=-0.0166489;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.66637;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0411405;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:3:9:6:7:3:9:6:7 chr1 185137452 . C CCTAAATGATAGA 61.0 PASS AF=0.16;AO=9;DP=77;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00586604;FXX=0.0506265;HRUN=2;LEN=12;MLLD=430.344;QD=3.25318;RBI=0.00654009;REFB=-0.000554699;REVB=-0.00289178;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077926;STB=0.517213;STBP=0.899;TYPE=ins;VARB=0.00213798;OID=.;OPOS=185137453;OREF=-;OALT=CTAAATGATAGA;OMAPALT=CCTAAATGATAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16:9:77:12:75:63:7:5:38:25:60:66:6:3:40:26 chr1 185137461 . A T 350.71 PASS AF=0.448276;AO=41;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0290015;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.412;QD=16.1244;RBI=0.0349185;REFB=-0.0114163;REVB=0.0194478;RO=40;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107601;STB=0.505615;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0142938;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:48:41:39:0.448276:17:24:28:12:15:24:30:18 chr1 185137463 . TT AA 347.58 PASS AF=0.21978;AO=17;DP=90;FAO=20;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00446153;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=62.2786;QD=15.2782;RBI=0.0143458;REFB=-0.0254157;REVB=0.0136344;RO=53;SAF=13;SAR=4;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251424;STB=0.624866;STBP=0.205;TYPE=mnp;VARB=0.139264;OID=.;OPOS=185137463;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:50:17:20:0.21978:4:13:31:22:5:15:30:20 chr1 185143721 . A G 221.17 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0105782;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.546;QD=23.9104;RBI=0.0108169;REFB=-0.0271167;REVB=0.00225969;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228424;STB=0.62652;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00382733;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:13:3:10:11:13:3 chr1 185171869 . A G 724.69 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0209383;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.592;QD=23.7602;RBI=0.0419198;REFB=-0.0102487;REVB=0.0363161;RO=53;SAF=35;SAR=34;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174069;STB=0.50095;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0079878;OID=.;OPOS=185171869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:53:53:69:69:0.565574:34:35:27:26:34:35:27:26 chr1 185240474 . A G 865.3 PASS AF=0.52439;AO=86;DP=165;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0100508;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.91;QD=21.1049;RBI=0.0120935;REFB=-0.0171268;REVB=0.00672567;RO=78;SAF=40;SAR=46;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525621;STB=0.528804;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0138761;OID=.;OPOS=185240474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:78:78:86:86:0.52439:46:40:41:37:46:40:41:37 chr1 185704111 . TGGA TGA,TGAT,TTGA 242.99 PASS AF=0.565789,0,0;AO=14,6,7;DP=71;FAO=43,0,0;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=18,0,0;FSAR=25,0,0;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.19518,-0.0263963,0.181151;FXX=0.0129853;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=13.6115,68.1096,12.2865;QD=12.7887;RBI=0.199026,0.0329445,0.277469;REFB=-0.171134,0.00103844,-0.209128;REVB=0.0389344,-0.0197123,0.210175;RO=37;SAF=0,6,1;SAR=14,0,6;SRF=29;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.838901,0.572917,-0.671157;STB=0.644034,0.5,0.5;STBP=0.011,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.123299,0,0;OID=.,.,.;OPOS=185704112,185704113,185704112;OREF=G,GA,G;OALT=-,AT,T;OMAPALT=TGA,TGAT,TTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565789,0,0:14,6,7:71:43,0,0:76:33:18,0,0:25,0,0:25:8:99:37:0,6,1:14,0,6:29:8 chr1 185984517 . T C 1065.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022673;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.155;QD=60.0061;RBI=0.023417;REFB=0;REVB=-0.00585566;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266338;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr1 186141181 . C G 2121.13 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3445;QD=62.8483;RBI=0.0175005;REFB=0;REVB=0.0168663;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3256e-05;OID=.;OPOS=186141181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:63:72:0:0:63:72:0:0 chr1 186277088 . G C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2083;QD=46.8439;RBI=0.132614;REFB=0;REVB=0.0216503;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00400215;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 186277142 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=7;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00722219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.79;QD=4.46127;RBI=0.0137657;REFB=-0.00264323;REVB=0.011719;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526449;STB=0.783523;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.013903;OID=.;OPOS=186277142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:22:25:7:6:0.193548:2:5:5:17:2:4:7:18 chr1 186277144 . C A 53.63 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0155489;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.026;QD=6.91998;RBI=0.0172677;REFB=-0.0101287;REVB=0.00751017;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455619;STB=0.724685;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0278602;OID=.;OPOS=186277144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:31:23:23:7:8:0.258065:2:5:7:16:3:5:7:16 chr1 186277166 . A G 34.3 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=33;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0025627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.236;QD=3.81126;RBI=0.0119747;REFB=-0.00161124;REVB=-0.0116972;RO=28;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259933;STB=0.559795;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00606481;OID=.;OPOS=186277166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:36:28:30:5:6:0.166667:4:1:11:17:4:2:12:18 chr1 186277168 . C A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00607209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.434;QD=3.33854;RBI=0.00869015;REFB=-0.00519713;REVB=-0.00621679;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167012;STB=0.620278;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0101157;OID=.;OPOS=186277168;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:4:2:16:18:4:2:16:18 chr1 186277362 . TACCCCC CTACCCC,TACCCC,TACCCCA,TCACCCC 41.08 PASS AF=0,0.27027,0.0540541,0.027027;AO=2,8,2,3;DP=36;FAO=0,10,2,1;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=0,3,0,0;FSAR=0,7,2,1;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.115328,-0.172063,-0.0181715,-0.0626341;FXX=0;HRUN=1,5,5,1;LEN=3,1,1,2;MLLD=18.2083,8.78717,21.4085,92.2871;QD=4.44156;RBI=0.116251,0.216991,0.0518037,0.0775422;REFB=-0.0929516,-0.184316,-0.0857279,-0.013437;REVB=-0.0146268,0.13221,0.0485121,-0.045714;RO=20;SAF=0,4,0,0;SAR=2,4,2,3;SRF=3;SRR=17;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.396346,0.419435,-0.396346,-0.487768;STB=0.5,0.581939,0.992015,0.984426;STBP=1,0.589,0.361,0.528;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0,0.195732,-0.0700118,0.113976;OID=.,.,.,.;OPOS=186277362,186277364,186277368,186277363;OREF=TAC,C,C,AC;OALT=CTA,-,A,CA;OMAPALT=CTACCCC,TACCCC,TACCCCA,TCACCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:36:37:20:24:2,8,2,3:0,10,2,1:0,0.27027,0.0540541,0.027027:2,4,2,3:0,4,0,0:3:17:0,7,2,1:0,3,0,0:5:19 chr1 186326757 . TA T 461.84 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.5305;QD=46.1841;RBI=0.11305;REFB=0;REVB=-0.0225339;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00335122;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:40:40:0:14:26:0:0:8:0:12:26:0:0 chr1 186839879 . AAGAGTGC AAGAGTG,AAGTGC 1352.18 PASS AF=0.00564972,0.655367;AO=26,69;DP=179;FAO=1,116;FDP=177;FR=.;FRO=60;FSAF=0,53;FSAR=1,63;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0241696,0.0460646;FXX=0.0111726;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=15.4,225.332;QD=30.5577;RBI=0.366691,0.0473973;REFB=-0.156774,-0.054247;REVB=-0.365893,-0.0111605;RO=33;SAF=5,27;SAR=21,42;SRF=15;SRR=18;SSEN=0.39666,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.318197,-0.0394174;STB=0.986894,0.542745;STBP=0.508,0.128;TYPE=del,del;VARB=0.0465708,0.0239174;OID=.,.;OPOS=186839886,186839880;OREF=C,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AAGAGTG,AAGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00564972,0.655367:26,69:179:1,116:177:60:0,53:1,63:20:40:99:33:5,27:21,42:15:18 chr1 186946722 . T C 1698.47 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201842;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.621;QD=60.6596;RBI=0.0399348;REFB=0;REVB=0.0398838;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132693;OID=.;OPOS=186946722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:45:67:0:0:45:67:0:0 chr1 186946912 . G A 2218.93 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6997;QD=62.0681;RBI=0.0723543;REFB=0;REVB=-0.0690853;RO=1;SAF=62;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23252e-05;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:143:143:1:0:142:143:1:80:62:1:0:80:63:0:0 chr1 187610537 . AC AG,GG 935.37 PASS AF=0.462687,0.537313;AO=30,36;DP=68;FAO=31,36;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=14,15;FSAR=17,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674356,0.00776577;FXX=0.0147037;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=259.673,262.819;QD=55.8429;RBI=0.0158149,0.0133326;REFB=0,0;REVB=0.0143051,0.0108375;RO=0;SAF=13,15;SAR=17,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00709879,-0.00397692;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:68:67:0:0:30,36:31,36:0.462687,0.537313:17,21:13,15:0:0:17,21:14,15:0:0 chr1 187610852 . A C,T 797.77 PASS AF=0.603448,0.396552;AO=31,22;DP=53;FAO=35,23;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19,9;FSAR=16,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888418,0.0162235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.597,151.128;QD=55.0182;RBI=0.0261122,0.0282279;REFB=0,0;REVB=0.0245544,0.0231;RO=0;SAF=17,9;SAR=14,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00275509,0.00583238;OID=.,.;OPOS=187610852,187610852;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:58:0:0:31,22:35,23:0.603448,0.396552:14,13:17,9:0:0:16,14:19,9:0:0 chr1 192781172 . C G 1569.18 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.643;QD=59.7781;RBI=0.0181291;REFB=0;REVB=0.0170852;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53956e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:47:56:0:0:48:57:0:0 chr1 192844886 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.19;QD=51.916;RBI=0.0442978;REFB=0;REVB=-0.00227745;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350726;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 193054154 . G A 258.9 PASS AF=0.307018;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00859058;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.757;QD=9.08432;RBI=0.0265159;REFB=-0.00842634;REVB=-0.0250858;RO=79;SAF=25;SAR=10;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314279;STB=0.684646;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0232101;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:79:79:35:35:0.307018:10:25:36:43:10:25:36:43 chr1 193074651 . T A 449.38 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00390177;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6794;QD=16.9576;RBI=0.00885596;REFB=-0.016654;REVB=-0.00795011;RO=57;SAF=33;SAR=16;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151392;STB=0.584637;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0186982;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:57:57:49:49:0.462264:16:33:30:27:16:33:30:27 chr1 193701055 . G C 209.99 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.111874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.398;QD=9.88186;RBI=0.111937;REFB=-0.0107962;REVB=0.00375812;RO=58;SAF=11;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186944;STB=0.609443;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0163143;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:16:11:33:25:16:11:33:25 chr1 193701480 . G A 283.87 PASS AF=0.274648;AO=39;DP=142;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0185842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.259;QD=7.9963;RBI=0.0185884;REFB=-0.00311887;REVB=0.000393478;RO=103;SAF=16;SAR=23;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333857;STB=0.519812;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.010435;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:103:103:39:39:0.274648:23:16:45:58:23:16:45:58 chr1 193701489 . C T 234.37 PASS AF=0.259542;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=131;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.098394;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3473;QD=7.15634;RBI=0.10651;REFB=-0.0159142;REVB=-0.0407801;RO=94;SAF=13;SAR=21;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552005;STB=0.531129;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0405577;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:94:97:34:34:0.259542:21:13:40:54:21:13:41:56 chr1 194457292 . T C 1419.46 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00838077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.906;QD=61.7159;RBI=0.0321158;REFB=-0.130979;REVB=0.031003;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108962;STB=0.505746;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00032056;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:43:48:0:1:43:48:0:1 chr1 196227526 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.57;QD=60.5458;RBI=0.0161004;REFB=0;REVB=-0.0131168;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50434e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr1 196642233 . G A 152.87 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0213753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7257;QD=10.3638;RBI=0.043976;REFB=-0.00341609;REVB=-0.0384316;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248391;STB=0.640626;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00835969;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:15:5:17:21:15:5:17:22 chr1 196654324 . A C 1408.58 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0389148;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1307;QD=55.2385;RBI=0.0408648;REFB=-0.159;REVB=0.0124726;RO=4;SAF=53;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344563;STB=0.513511;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00726835;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:4:3:98:99:0.970588:45:53:4:0:45:54:3:0 chr1 196659237 . C T 1227.37 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4122;QD=61.3684;RBI=0.0243072;REFB=0;REVB=0.0182435;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125583;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:38:42:0:0 chr1 196682947 . G A 254.48 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0279833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5258;QD=11.0642;RBI=0.0420022;REFB=-0.0103677;REVB=-0.0313229;RO=55;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851878;STB=0.548356;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0163093;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:61:30:31:0.336957:17:13:28:27:17:14:32:29 chr1 196695742 . A G 858.62 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0043331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.252;QD=23.0502;RBI=0.00943342;REFB=-0.0269771;REVB=-0.00837936;RO=69;SAF=44;SAR=36;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000619227;STB=0.500339;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0338053;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:69:80:80:0.536913:36:44:38:31:36:44:38:31 chr1 196709774 . G T 898.27 PASS AF=0.595588;AO=81;DP=136;FAO=81;FDP=136;FR=.;FRO=55;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0419842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9734;QD=26.4197;RBI=0.0757083;REFB=-0.00973007;REVB=-0.0630006;RO=55;SAF=54;SAR=27;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125679;STB=0.568404;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00583551;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:55:55:81:81:0.595588:27:54:28:27:27:54:28:27 chr1 196712586 . C T 160.49 PASS AF=0.165775;AO=31;DP=188;FAO=31;FDP=187;FR=.;FRO=156;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=91;FWDB=0.00802839;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2489;QD=3.43288;RBI=0.0297692;REFB=-0.000235031;REVB=-0.0286662;RO=156;SAF=18;SAR=13;SRF=64;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216041;STB=0.634277;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000528316;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:156:156:31:31:0.165775:13:18:64:92:13:18:65:91 chr1 196757392 . C T 1482.97 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467491;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.819;QD=63.7835;RBI=0.0467596;REFB=0;REVB=-0.000991465;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42614e-05;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:93:93:1:34:59:0:0:34:59:0:0 chr1 196757874 . G A 276.17 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0360281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0031;QD=15.781;RBI=0.0367508;REFB=-0.00911748;REVB=-0.00725235;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599994;STB=0.548356;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0145535;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:39:31:31:0.442857:17:14:19:18:17:14:21:18 chr1 196757881 . G T 287.74 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00452803;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.931;QD=15.9855;RBI=0.00457074;REFB=-0.00689313;REVB=0.00062343;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942202;STB=0.54875;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0090472;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:40:31:32:0.444444:18:13:21:20:18:14:21:19 chr1 196801042 . G T 810.26 PASS AF=0.356364;AO=98;DP=275;FAO=98;FDP=275;FR=.;FRO=177;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=93;FSRR=84;FWDB=0.00269543;FXX=0.00721996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.068;QD=11.7856;RBI=0.010888;REFB=-0.0058971;REVB=-0.010549;RO=177;SAF=45;SAR=53;SRF=93;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075046;STB=0.542613;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0116481;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:177:177:98:98:0.356364:53:45:93:84:53:45:93:84 chr1 196801078 . A T 747.44 PASS AF=0.358566;AO=90;DP=250;FAO=90;FDP=251;FR=.;FRO=161;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=0.018059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.927;QD=11.9114;RBI=0.0185701;REFB=0.00882657;REVB=0.0043269;RO=160;SAF=37;SAR=53;SRF=83;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122138;STB=0.567487;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00746573;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:160:161:90:90:0.358566:53:37:83:77:53:37:83:78 chr1 196874356 . G T 3305.87 PASS AF=0.990826;AO=211;DP=216;FAO=216;FDP=218;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0283055;FXX=0.013574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.813;QD=60.6582;RBI=0.0378813;REFB=-0.117777;REVB=0.0251752;RO=3;SAF=115;SAR=96;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056957;STB=0.50505;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000731467;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:216:218:3:2:211:216:0.990826:96:115:1:2:98:118:0:2 chr1 196876458 . A G 2355.62 PASS AF=0.98125;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00555361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.961;QD=58.8905;RBI=0.0080774;REFB=-0.0393238;REVB=0.0058653;RO=2;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011601;STB=0.502829;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000216554;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:160:2:3:157:157:0.98125:81:76:0:2:81:76:1:2 chr1 196884258 . A T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0375059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.923;QD=6.39527;RBI=0.0492968;REFB=-0.000755348;REVB=-0.031992;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20851;STB=0.631903;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0025684;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:11:18:4:5:11:18 chr1 196920148 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.848;QD=56.9381;RBI=0.0503283;REFB=0;REVB=-0.0498659;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75499e-05;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr1 196977778 . C T 347.71 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00690401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.516;QD=11.4945;RBI=0.0204789;REFB=-0.00577835;REVB=-0.01928;RO=78;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102781;STB=0.558785;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0122437;OID=.;OPOS=196977778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:78:43:43:0.355372:22:21:31:47:22:21:31:47 chr1 197009798 . A G 1482.64 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445434;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3483;QD=62.4268;RBI=0.0478929;REFB=-0.0460246;REVB=-0.0175959;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092068;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00193251;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:1:1:94:94:0.989474:43:51:1:0:43:51:1:0 chr1 197030201 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.116;QD=64.1525;RBI=0.0135944;REFB=0;REVB=0.0106149;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37753e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr1 197031011 . G A 588.01 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0536327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1301;QD=22.6159;RBI=0.0902333;REFB=-0.00679021;REVB=-0.0725643;RO=46;SAF=27;SAR=31;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279157;STB=0.515287;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00332494;OID=.;OPOS=197031011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:31:27:23:23:31:27:23:23 chr1 197031021 . C T 1552.62 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.715;QD=59.1473;RBI=0.0163196;REFB=0;REVB=-0.0162105;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226931;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:54:49:0:0:55:50:0:0 chr1 197070776 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.885;QD=59.836;RBI=0.0226001;REFB=0;REVB=0.0164676;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40461e-06;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 197070815 . T C 496.79 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.773;QD=58.4455;RBI=0.0891252;REFB=0;REVB=0.0800625;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313854;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:21:13:0:0 chr1 197070901 . A G 1121.37 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5308;QD=59.0194;RBI=0.0352132;REFB=-0.102723;REVB=0.0331033;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00162164;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:41:34:0:1:41:34:0:1 chr1 197091537 . A T 746.71 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.671;QD=63.5495;RBI=0.055432;REFB=0;REVB=-0.00564811;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162651;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr1 197112533 . G A 1534.01 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0447556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.741;QD=62.6127;RBI=0.0460204;REFB=0.0426286;REVB=0.0107153;RO=1;SAF=33;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141535;STB=0.507461;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000502881;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:64:33:1:0:64:33:1:0 chr1 197127491 . A C 1628.37 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355148;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7315;QD=59.2133;RBI=0.0369551;REFB=-0.0735158;REVB=0.0102168;RO=1;SAF=55;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855298;STB=0.504504;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00026708;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:54:55:1:0:54:55:1:0 chr1 197128726 . G A 1439.63 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.042483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5154;QD=58.7606;RBI=0.0816472;REFB=-0.19888;REVB=0.0697241;RO=2;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193441;STB=0.509776;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00821734;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:2:4:94:94:0.959184:48:46:0:2:48:46:1:3 chr1 197390368 . A G 2354.72 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02029;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.664;QD=64.074;RBI=0.024509;REFB=0;REVB=-0.0137479;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58623e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:145:147:1:71:74:0:0:71:76:0:0 chr1 197742170 . AC AT,GT 713.55 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261747,-0.00849492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=107.972,83.9538;QD=62.0477;RBI=0.0268136,0.010968;REFB=0,0;REVB=0.00581857,-0.00693786;RO=0;SAF=24,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000186323,0.00366878;OID=.,.;OPOS=197742171,197742170;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:20,0:24,2:0:0:20,0:24,2:0:0 chr1 197872019 . G T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00127407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.788;QD=17.7318;RBI=0.00646932;REFB=-0.0278317;REVB=0.00634262;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360395;STB=0.70564;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0343564;OID=.;OPOS=197872019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:13:6:12:5:13:6 chr1 198505830 . C T 361.36 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0188749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1594;QD=18.2966;RBI=0.0501106;REFB=-0.0142811;REVB=-0.0464199;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105563;STB=0.558851;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0114738;OID=.;OPOS=198505830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:17:21:18:23:17:21:18:23 chr1 199977636 . C A 1691.29 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.595;QD=59.8685;RBI=0.0433169;REFB=0;REVB=0.0150691;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131716;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:107:113:1:59:48:0:0:60:53:0:0 chr1 199977724 . G T 1107.67 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00322629;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2692;QD=58.2982;RBI=0.0275856;REFB=-0.0170129;REVB=-0.0273963;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111269;STB=0.505881;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00222694;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:71:75:0.986842:29:42:1:0:33:42:1:0 chr1 200143281 . C G,T 777.83 PASS AF=0.12,0.88;AO=6,44;DP=50;FAO=6,44;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076742,0.00560436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.706,193.622;QD=62.226;RBI=0.0268307,0.0122037;REFB=0,0;REVB=-0.0257098,-0.0108407;RO=0;SAF=4,21;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0211603,-0.0035759;OID=.,.;OPOS=200143281,200143281;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:50:50:0:0:6,44:6,44:0.12,0.88:2,23:4,21:0:0:2,23:4,21:0:0 chr1 200182799 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00570713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.866;QD=16.7504;RBI=0.0234247;REFB=0.00365145;REVB=0.0227189;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839076;STB=0.541308;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00571952;OID=.;OPOS=200182799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:21:12:17:21:21:12:17:22 chr1 200182834 . A G 1433.98 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2492;QD=63.0323;RBI=0.0567275;REFB=0;REVB=0.000921504;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209828;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr1 200183398 . C A 1551.71 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135088;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.619;QD=59.6812;RBI=0.0017325;REFB=0;REVB=-0.00108474;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197159;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:99:104:1:55:44:0:0:55:49:0:0 chr1 200522566 . G C 632.05 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0126034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.879;QD=24.078;RBI=0.0170587;REFB=-0.0261998;REVB=0.0114957;RO=44;SAF=26;SAR=35;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861404;STB=0.546911;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0175784;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:44:61:61:0.580952:35:26:14:30:35:26:14:30 chr1 200534248 . C T 587.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.774;QD=60.2753;RBI=0.0447978;REFB=0;REVB=-0.035392;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99199e-05;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr1 200558363 . T C 1102.07 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202466;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.952;QD=60.3876;RBI=0.022864;REFB=0;REVB=0.0106227;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7378e-05;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:33:40:0:0 chr1 200618238 . T C 1098.36 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.368;QD=60.1843;RBI=0.0422139;REFB=0;REVB=0.0285471;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70632e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr1 200635550 . T C 267.77 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00168456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.599;QD=18.4666;RBI=0.0859473;REFB=0.00554819;REVB=0.0859308;RO=26;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637808;STB=0.541518;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00461503;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:29:28:29:0.5:7:21:18:8:8:21:19:10 chr1 200635560 . T C 283.72 PASS AF=0.5;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00683234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.941;QD=18.3047;RBI=0.0075325;REFB=-0.0174572;REVB=0.0031714;RO=27;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147177;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:31:29:31:0.5:9:20:21:6:9:22:22:9 chr1 200776641 . C T 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0477215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.216;QD=7.97593;RBI=0.0517493;REFB=-0.0143193;REVB=-0.0200162;RO=48;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953339;STB=0.556762;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0388409;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:13:6:12:36:13:6:12:36 chr1 200843307 . T TCCCG,TCCCGC 162.28 PASS AF=0.882353,0;AO=13,2;DP=18;FAO=15,0;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=2,0;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0205611,-0.0145068;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=280.149,270.142;QD=38.1825;RBI=0.0249023,0.0265166;REFB=-0.0233483,-0.0178322;REVB=-0.0140487,-0.0221965;RO=3;SAF=2,0;SAR=11,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105798,-0.599865;STB=0.581968,0.5;STBP=0.223,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00441843,0;OID=.,.;OPOS=200843308,200843308;OREF=-,-;OALT=CCCG,CCCGC;OMAPALT=TCCCG,TCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353,0:13,2:18:15,0:17:2:2,0:13,0:1:1:10:3:2,0:11,2:1:2 chr1 200880978 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9607;QD=42.1772;RBI=0.148674;REFB=0;REVB=-0.00458363;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.006042;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 200940180 . G A 466.32 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0115898;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.156;QD=19.4298;RBI=0.0230525;REFB=-0.0163129;REVB=-0.0199273;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396568;STB=0.513309;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0240151;OID=.;OPOS=200940180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:46:50:46:46:0.479167:26:20:22:24:26:20:23:27 chr1 200956288 . A G 463.82 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00686981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.11;QD=19.3257;RBI=0.0110889;REFB=-0.0189301;REVB=-0.0087046;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427725;STB=0.522717;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.019726;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:50:45:46:0.479167:20:25:25:24:21:25:25:25 chr1 200957691 . G C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00494282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.626;QD=24.3276;RBI=0.0353538;REFB=-0.00569847;REVB=0.0350066;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00220391;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr1 200959302 . G A 231.48 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0128935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.885;QD=24.366;RBI=0.028561;REFB=-0.0413732;REVB=0.0254851;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210984;STB=0.622534;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0237953;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:11:10:12:4:12:10:12:4 chr1 200969921 . G A 214.53 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00650758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.223;QD=27.6807;RBI=0.0263651;REFB=-0.0529017;REVB=-0.0255494;RO=10;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235293;STB=0.620557;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0400066;OID=.;OPOS=200969921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:31:10:11:20:20:0.645161:16:4:5:5:16:4:5:6 chr1 201009182 . A G 193.1 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0153078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0328;QD=16.4344;RBI=0.0616935;REFB=0.0178338;REVB=-0.0597642;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770416;STB=0.557503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0610801;OID=.;OPOS=201009182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:20:20:0.425532:7:13:15:11:7:13:15:12 chr1 201060865 . G A 343.59 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00435625;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8616;QD=21.4744;RBI=0.00467261;REFB=-0.0274046;REVB=-0.00169008;RO=28;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520392;STB=0.516507;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0286151;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:28:29:35:35:0.546875:12:23:20:8:12:23:20:9 chr1 201112981 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9481;QD=61.3361;RBI=0.0369196;REFB=0;REVB=0.0255379;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773244;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 201115822 . A G 792.91 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=53;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.036293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0764;QD=29.6415;RBI=0.0809051;REFB=-0.0149049;REVB=-0.0723081;RO=36;SAF=53;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843308;STB=0.545653;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00676426;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:36:71:71:0.663551:18:53:23:13:18:53:23:13 chr1 201122947 . T G 808.65 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5745;QD=56.7476;RBI=0.0702007;REFB=0;REVB=0.00416184;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628636;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr1 201166383 . G A 1147.8 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222458;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9166;QD=58.8613;RBI=0.0224883;REFB=0.00665794;REVB=0.00329308;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000102206;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:36:41:1:0:36:41:1:0 chr1 201166435 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.907;QD=59.1423;RBI=0.025134;REFB=0;REVB=-0.0175177;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38231e-06;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr1 201175227 . C A 1754.64 PASS AF=0.983193;AO=118;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0307235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3599;QD=58.9795;RBI=0.0378033;REFB=0.00351512;REVB=0.0220263;RO=1;SAF=71;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664312;STB=0.507041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000110193;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:1:2:118:117:0.983193:47:71:1:0:47:70:2:0 chr1 201175274 . A G 352.13 PASS AF=0.313333;AO=42;DP=146;FAO=47;FDP=150;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.017607;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.177;QD=9.39022;RBI=0.0197393;REFB=-0.0183861;REVB=0.00892372;RO=101;SAF=18;SAR=24;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328025;STB=0.519992;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0388829;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:101:103:42:47:0.313333:24:18:46:55:26:21:49:54 chr1 201175715 . G T 1311.03 PASS AF=0.917526;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0185139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.616;QD=54.0632;RBI=0.0562525;REFB=-0.103982;REVB=0.0531185;RO=8;SAF=42;SAR=47;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238933;STB=0.512645;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00182803;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:97:97:8:8:89:89:0.917526:47:42:5:3:47:42:5:3 chr1 201175822 . C CG,G 34.98 PASS AF=0.173077,0;AO=10,2;DP=56;FAO=9,0;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0143368,-0.0694737;FXX=0.0370302;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=46.5409,45.8958;QD=2.69056;RBI=0.0177464,0.121466;REFB=-0.0279332,-0.0268012;REVB=-0.010459,-0.0996367;RO=43;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212236,-0.387944;STB=0.57517,0.5;STBP=0.675,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.186095,0;OID=.,.;OPOS=201175823,201175822;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:56:52:43:43:10,2:9,0:0.173077,0:7,2:3,0:20:23:6,0:3,0:18:25 chr1 201176018 . A G 192.33 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3301;QD=45.2542;RBI=0.0855574;REFB=0;REVB=-0.048511;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561627;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr1 201176108 . G A 310.55 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0267442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.998;QD=23.4375;RBI=0.0338829;REFB=-0.0365361;REVB=0.0208038;RO=22;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148821;STB=0.582224;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0221201;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:20:11:12:10:20:11:12:10 chr1 201176968 . A G 211.64 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0153607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.41;QD=19.687;RBI=0.0183378;REFB=-0.0347713;REVB=-0.0100161;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125132;STB=0.558567;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0219833;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:9:11:15:7:9:12:15:7 chr1 201177246 . T C 253.56 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.016032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6295;QD=15.3675;RBI=0.0215556;REFB=-0.0189283;REVB=-0.014409;RO=37;SAF=23;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188577;STB=0.607707;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0325458;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:6:23:24:13:6:23:24:13 chr1 201177278 . C T 274.86 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00602677;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6456;QD=14.2785;RBI=0.0255422;REFB=-0.00655572;REVB=-0.024821;RO=43;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814244;STB=0.549227;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0111945;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:45:32:32:0.415584:11:21:25:18:11:21:26:19 chr1 201177538 . G T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00595259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.742;QD=25.2873;RBI=0.0182443;REFB=-0.00450507;REVB=-0.0172459;RO=9;SAF=14;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404644;STB=0.730995;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00314913;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:2:14:4:5:2:14:4:5 chr1 201178758 . G C 70.83 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00139733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.691;QD=7.65772;RBI=0.0016764;REFB=-0.00687016;REVB=-0.000926179;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398134;STB=0.732536;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.070836;OID=.;OPOS=201178758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:9:17:3:7:10:17 chr1 201178819 . G A 66.61 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0259798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.567;QD=8.59504;RBI=0.026581;REFB=-0.0382374;REVB=0.0056213;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271522;STB=0.615156;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.108436;OID=.;OPOS=201178819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:30:31:19:21:9:10:0.322581:3:6:8:11:4:6:9:12 chr1 201181217 . A G 301.3 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0156477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7909;QD=23.1765;RBI=0.097422;REFB=-0.0418051;REVB=0.0961571;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247283;STB=0.530243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.039566;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:22:30:30:0.576923:13:17:12:8:13:17:14:8 chr1 201181223 . A G 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.133;QD=54.6367;RBI=0.0452782;REFB=-0.0956703;REVB=0.0196203;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00162021;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:20:31:0:1:20:31:0:1 chr1 201181920 . G T 231.33 PASS AF=0.595238;AO=13;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.185074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.6683;QD=22.0318;RBI=0.193624;REFB=-0.102273;REVB=0.0569022;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429378;STB=0.78202;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.107587;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:17:13:25:0.595238:2:11:7:8:2:23:9:8 chr1 201183363 . C T 887.89 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=142;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.000283693;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.669;QD=25.1883;RBI=0.00319165;REFB=-0.0215375;REVB=-0.00317902;RO=58;SAF=45;SAR=36;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645347;STB=0.526478;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0173816;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:58:60:81:81:0.574468:36:45:37:21:36:45:37:23 chr1 201183402 . T C 1052.81 PASS AF=0.6;AO=94;DP=164;FAO=99;FDP=165;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00281661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.384;QD=25.5226;RBI=0.00539207;REFB=-0.00115564;REVB=-0.00459795;RO=63;SAF=44;SAR=50;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997122;STB=0.548377;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000645084;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:63:66:94:99:0.6:50:44:38:25:51:48:40:26 chr1 201184195 . T G 170.88 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0306642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.466;QD=9.1136;RBI=0.0314358;REFB=-0.0224872;REVB=-0.0069218;RO=49;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129899;STB=0.592429;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0513113;OID=.;OPOS=201184195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:49:52:23:23:0.306667:11:12:31:18:11:12:34:18 chr1 201184275 . C T 457.96 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00842074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.803;QD=29.0768;RBI=0.00876043;REFB=-0.00993754;REVB=0.00241582;RO=21;SAF=24;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590393;STB=0.532095;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00853857;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:18:24:10:11:18:24:10:11 chr1 201187764 . T C 858.42 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.999;QD=57.2278;RBI=0.0207551;REFB=0;REVB=0.0200864;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196727;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:27:33:0:0 chr1 201195119 . C T 1867.15 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0519473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.676;QD=57.4509;RBI=0.0770375;REFB=-0.0995793;REVB=0.0568881;RO=5;SAF=59;SAR=66;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385742;STB=0.520322;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00471435;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:130:130:5:5:125:125:0.961538:66:59:5:0:66:59:5:0 chr1 201197471 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.024281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.809;QD=17.617;RBI=0.0243004;REFB=-0.0138256;REVB=0.00097113;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160978;STB=0.590094;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0122245;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:6:21:15:9:6:21 chr1 201285759 . A G 1751.91 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00362576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.31;QD=59.8944;RBI=0.0186907;REFB=-0.131497;REVB=0.0183357;RO=1;SAF=59;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798151;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-5.07157e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:57:59:1:0:57:59:1:0 chr1 201299263 . A G 1472.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.977;QD=63.3328;RBI=0.00171195;REFB=0;REVB=-0.000690445;RO=0;SAF=66;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42097e-06;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:27:66:0:0:27:66:0:0 chr1 201331554 . T G 631.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8085;QD=61.6472;RBI=0.0474225;REFB=0;REVB=-0.0413983;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000887304;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:30:10:0:0:31:10:0:0 chr1 201334382 . G A 784.39 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8037;QD=57.0462;RBI=0.0808214;REFB=0;REVB=-0.0772321;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036827;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:14:39:0:0:14:41:0:0 chr1 201341175 . CAGAAG C 1353.49 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0389692;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=5;MLLD=249.31;QD=61.5224;RBI=0.0822299;REFB=-0.114236;REVB=0.0724097;RO=0;SAF=75;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31992e-08;STB=0.503311;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=0.00188756;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988636:86:91:87:88:1:75:12:1:0:3:0:75:11:0:0 chr1 201383643 . A C 457.51 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000719823;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.831;QD=55.4551;RBI=0.0598257;REFB=0.0185215;REVB=0.0598214;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00230247;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:30:32:0.969697:16:14:1:0:18:14:1:0 chr1 201386880 . TGGGGC TGG,TGGG,TGGGC 86.9 PASS AF=0.151515,0.212121,0.121212;AO=4,5,4;DP=36;FAO=5,7,4;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=0,3,0;FSAR=5,4,4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0117272,-0.0491807,0.173334;FXX=0.0294031;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=30.7131,18.7818,12.3519;QD=10.5328;RBI=0.0118872,0.051185,0.177193;REFB=-0.0605108,-0.0937164,-0.0943963;REVB=-0.00194368,0.0141831,-0.0367777;RO=16;SAF=0,2,0;SAR=4,3,4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0.445946,0.445946,0.445946;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.774184,-0.460238,-0.774184;STB=0.998364,0.726721,0.998097;STBP=0.002,0.199,0.004;TYPE=del,del,del;VARB=0.0952854,0.129783,0.05696;OID=.,.,.;OPOS=201386883,201386884,201386881;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.151515,0.212121,0.121212:4,5,4:36:5,7,4:33:17:0,3,0:5,4,4:13:4:28:16:0,2,0:4,3,4:13:3 chr1 201688732 . C T 729.28 PASS AF=0.343396;AO=91;DP=265;FAO=91;FDP=265;FR=.;FRO=174;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=99;FSRR=75;FWDB=-0.00892592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9954;QD=11.008;RBI=0.0371427;REFB=-0.00145185;REVB=-0.0360542;RO=173;SAF=61;SAR=30;SRF=98;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127769;STB=0.571604;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00329788;OID=.;OPOS=201688732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:173:174:91:91:0.343396:30:61:98:75:30:61:99:75 chr1 201777568 . C G 398.73 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00744573;FXX=0.0112347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.85;QD=18.1239;RBI=0.0164466;REFB=-0.0160446;REVB=0.0146647;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775422;STB=0.512189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0170133;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:47:41:41:0.465909:20:21:17:23:20:21:23:24 chr1 201791200 . G A 266.29 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00283646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.41;QD=11.2121;RBI=0.0281986;REFB=0.00631864;REVB=-0.0280555;RO=63;SAF=15;SAR=17;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116995;STB=0.567738;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00792098;OID=.;OPOS=201791200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:17:15:36:27:17:15:36:27 chr1 201851671 . T C 71.69 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=113;FAO=16;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0351771;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.1786;QD=2.51558;RBI=0.0558327;REFB=-0.0244146;REVB=0.0433573;RO=77;SAF=8;SAR=8;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817797;STB=0.508761;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.161452;OID=.;OPOS=201851671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:113:114:77:98:16:16:0.140351:8:8:39:38:8:8:50:48 chr1 201860626 . A G 795.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.221;QD=63.679;RBI=0.15063;REFB=0;REVB=0.0341154;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111696;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:33:17:0:0 chr1 201865763 . A G 726.67 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2707;QD=55.8977;RBI=0.0866595;REFB=0;REVB=-0.00870669;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715178;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr1 201938995 . C T 363.46 PASS AF=0.398148;AO=40;DP=105;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0161226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.439;QD=13.4614;RBI=0.0169883;REFB=-0.0199572;REVB=0.00535392;RO=65;SAF=22;SAR=18;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552832;STB=0.51154;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0297495;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:65:65:40:43:0.398148:18:22:39:26:18:25:39:26 chr1 201952574 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0166794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.52;QD=17.8517;RBI=0.0218675;REFB=0.000172773;REVB=-0.0141415;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034074;STB=0.526301;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000183776;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:17:18:22:18:18:18:22:18 chr1 201970562 . T C 2338.8 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00168386;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.424;QD=63.2109;RBI=0.0163925;REFB=-0.043269;REVB=-0.0163058;RO=1;SAF=77;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613682;STB=0.503225;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.51768e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:1:1:147:147:0.993243:70:77:1:0:70:77:1:0 chr1 201973565 . G A 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.26;QD=63.0512;RBI=0.0248595;REFB=0;REVB=0.0143426;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10776e-05;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr1 201981862 . T C 545.89 PASS AF=1;AO=19;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.326;QD=59.0146;RBI=0.174972;REFB=0;REVB=0.0225015;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171434;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:19:37:1:13:6:0:0:25:12:0:0 chr1 202092360 . G A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0221033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.353;QD=33.9777;RBI=0.0326294;REFB=-0.00905062;REVB=-0.0240025;RO=2;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571312;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00389124;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:6:6:0:2:6:6:0:2 chr1 202092415 . A G 411.56 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.725;QD=56.7672;RBI=0.0345329;REFB=0;REVB=0.0344154;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63998e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr1 202092580 . T C 573.22 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.583;QD=58.7918;RBI=0.0609122;REFB=0;REVB=0.0275724;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61961e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr1 202129826 . T C 2785.87 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458678;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.053;QD=62.6038;RBI=0.0472698;REFB=0;REVB=0.0114272;RO=1;SAF=94;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64548e-05;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:178:1:0:174:178:1:80:94:1:0:82:96:0:0 chr1 202129895 . G A 629.9 PASS AF=0.356164;AO=74;DP=217;FAO=78;FDP=219;FR=.;FRO=141;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=87;FSRR=54;FWDB=0.0104946;FXX=0.039472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.869;QD=11.5051;RBI=0.0110188;REFB=-0.016689;REVB=-0.0033582;RO=139;SAF=53;SAR=21;SRF=87;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118848;STB=0.564574;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0299021;OID=.;OPOS=202129895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:139:141:74:78:0.356164:21:53:87:52:23:55:87:54 chr1 202155543 . A C 2490.86 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.845;QD=61.5026;RBI=0.0737071;REFB=0;REVB=0.0414937;RO=0;SAF=63;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33119e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:150:162:0:0:150:162:1:87:63:0:0:91:71:0:0 chr1 202156135 . C CCTCGCTCCTCGCT 199.97 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=118;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0138713;FXX=0.199982;HRUN=6;LEN=13;MLLD=270.015;QD=9.08946;RBI=0.0226264;REFB=-0.0183504;REVB=-0.0178757;RO=73;SAF=0;SAR=13;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.724722;STB=0.617848;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=0.031647;OID=.;OPOS=202156136;OREF=-;OALT=CTCGCTCCTCGCT;OMAPALT=CCTCGCTCCTCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:13:118:28:88:60:11:17:34:26:99:73:0:13:41:32 chr1 202156628 . A C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.601;QD=57.2373;RBI=0.0188772;REFB=0;REVB=0.0167964;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5647e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr1 202183308 . C T 238.77 PASS AF=0.305556;AO=31;DP=109;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00390695;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.299;QD=8.84348;RBI=0.00398777;REFB=-0.021757;REVB=0.000798823;RO=74;SAF=21;SAR=10;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172572;STB=0.58818;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0476104;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:74:75:31:33:0.305556:10:21:40:34:11:22:41:34 chr1 202200799 . G A 147.08 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00401912;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.59;QD=34.6072;RBI=0.0222398;REFB=0.0182326;REVB=-0.0218736;RO=3;SAF=1;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237257;STB=0.633913;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00366288;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:17:17:3:3:14:14:0.823529:13:1:1:2:13:1:1:2 chr1 202276494 . C T 537.04 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0670606;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.054;QD=18.0517;RBI=0.0690701;REFB=-0.0197965;REVB=0.0165393;RO=62;SAF=37;SAR=20;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126045;STB=0.506985;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0167163;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:62:57:57:0.478992:20:37:41:21:20:37:41:21 chr1 202287206 . T C 583.45 PASS AF=0.533981;AO=37;DP=105;FAO=55;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.001206;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.916;QD=22.6582;RBI=0.00555262;REFB=-0.00877003;REVB=-0.00542007;RO=40;SAF=25;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776968;STB=0.507934;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00778804;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:40:43:37:55:0.533981:12:25:24:16:24:31:25:18 chr1 202287537 . G A 190.47 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00117835;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.137;QD=20.0492;RBI=0.0345663;REFB=-0.00169913;REVB=0.0345462;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143117;STB=0.58111;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00242506;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:10:9:12:7:10:9 chr1 202287813 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00513769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.373;QD=16.4559;RBI=0.019857;REFB=-0.0648258;REVB=0.0191808;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0311371;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr1 202304868 . T C 297.41 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0195056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.701;QD=13.3669;RBI=0.0480821;REFB=-0.0139466;REVB=0.0439479;RO=53;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215949;STB=0.633365;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0260938;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:55:34:34:0.382022:21:13:31:22:21:13:33:22 chr1 202527969 . TC CT 30.09 PASS AF=0.0795455;AO=4;DP=93;FAO=7;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00357527;FXX=0.0537577;HRUN=6;LEN=2;MLLD=32.1291;QD=1.36765;RBI=0.0076979;REFB=-0.0125748;REVB=0.00681727;RO=71;SAF=3;SAR=1;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226343;STB=0.542923;STBP=0.807;TYPE=mnp;VARB=0.0061793;OID=.;OPOS=202527969;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:93:88:71:80:4:7:0.0795455:1:3:36:35:4:3:38:42 chr1 202531741 . C T 978.36 PASS AF=0.562874;AO=88;DP=161;FAO=94;FDP=167;FR=.;FRO=73;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.000898669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.792;QD=23.4336;RBI=0.0192744;REFB=-0.0103392;REVB=0.0192535;RO=73;SAF=59;SAR=29;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074214;STB=0.517889;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00889544;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:167:73:73:88:94:0.562874:29:59:43:30:35:59:43:30 chr1 202565948 . G A 635.59 PASS AF=0.4;AO=69;DP=180;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.0476476;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5945;QD=14.1242;RBI=0.0796225;REFB=-0.0172326;REVB=0.0637922;RO=109;SAF=40;SAR=29;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150904;STB=0.574864;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0270468;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:109:108:69:72:0.4:29:40:48:61:31:41:48:60 chr1 202705455 . G C 1938.09 PASS AF=0.984496;AO=125;DP=127;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.111282;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4632;QD=60.0958;RBI=0.115381;REFB=-0.184413;REVB=0.0304795;RO=2;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013195;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00344725;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:129:2:2:125:127:0.984496:71:54:0:2:71:56:0:2 chr1 202715284 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5777;QD=54.4807;RBI=0.0511507;REFB=-0.0261862;REVB=-0.0470424;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190495;STB=0.510198;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000311226;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:24:7:0:1:24:7:0:1 chr1 202718202 . G A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8503;QD=56.9967;RBI=0.0268301;REFB=0;REVB=-0.025234;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154297;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr1 202733238 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.473;QD=57.6717;RBI=0.0263943;REFB=0;REVB=0.00415159;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81523e-05;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr1 202795262 . G A 89.45 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0577892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.629;QD=15.5563;RBI=0.105144;REFB=-0.036865;REVB=0.0878394;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0349848;OID=.;OPOS=202795262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:5:7:5:6:5:7 chr1 202935911 . T C 385.14 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0646095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.889;QD=20.8182;RBI=0.0646096;REFB=0.00982022;REVB=-9.93517e-05;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378004;STB=0.502091;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00753549;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:18:21:19:16:18:21:19:16 chr1 203008174 . G C 760.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.60017e-07;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.968;QD=56.3244;RBI=0.00710604;REFB=0;REVB=0.00710604;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3357e-05;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:18:32:0:0:20:34:0:0 chr1 203008286 . C G 1089.0 PASS AF=0.95;AO=75;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0876086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.446;QD=54.4502;RBI=0.0926361;REFB=-0.0407784;REVB=0.0301028;RO=5;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597609;STB=0.524993;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00294366;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:80:80:5:4:75:76:0.95:37:38:0:5:38:38:0:4 chr1 203028371 . G T 146.61 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00297038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.063;QD=10.4721;RBI=0.0290223;REFB=-0.00801572;REVB=-0.0288699;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203266;STB=0.618204;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0334796;OID=.;OPOS=203028371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:11:26:10:9:11:26 chr1 203040816 . G C 282.15 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00678244;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.401;QD=9.89993;RBI=0.0255952;REFB=-0.0115973;REVB=-0.0246802;RO=78;SAF=27;SAR=10;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285436;STB=0.662484;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0241547;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:78:77:37:37:0.324561:10:27:39:39:10:27:39:38 chr1 203053768 . T C 2243.44 PASS AF=1;AO=138;DP=145;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112464;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.122;QD=63.1955;RBI=0.0427805;REFB=0;REVB=0.0412758;RO=0;SAF=107;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118592;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:142:0:0:138:142:1:31:107:0:0:35:107:0:0 chr1 203135840 . CTT CT,CTG 2064.41 PASS AF=0.992908,0.0070922;AO=126,9;DP=137;FAO=140,1;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71,1;FSAR=69,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428138,-0.0642432;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.1942,4.15018;QD=58.5648;RBI=0.0721699,0.0688344;REFB=0,0;REVB=0.0580988,-0.0247181;RO=1;SAF=63,8;SAR=63,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00748277,0.28888;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-8.95726e-06,0.0428363;OID=.,.;OPOS=203135841,203135842;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992908,0.0070922:126,9:137:140,1:141:0:71,1:69,0:0:0:6:1:63,8:63,1:0:1 chr1 203140671 . G A 2036.86 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169552;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.496;QD=62.194;RBI=0.0808415;REFB=0;REVB=0.0790435;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112037;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:128:131:1:68:60:0:0:69:62:0:0 chr1 203144833 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.436;QD=48.737;RBI=0.106656;REFB=0;REVB=0.104383;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123196;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:2:15:0:0:2:15:0:0 chr1 203148633 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8501;QD=53.9098;RBI=0.0628995;REFB=0;REVB=-0.0627551;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109509;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 203152801 . T C 357.18 PASS AF=0.553846;AO=34;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00594497;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.636;QD=21.9802;RBI=0.00692042;REFB=-0.013571;REVB=0.00354252;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810794;STB=0.523064;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0106216;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:29:34:36:0.553846:16:18:13:17:18:18:13:16 chr1 203278371 . T C 209.53 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.000443005;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3386;QD=9.86015;RBI=0.00987022;REFB=-0.0102749;REVB=0.00986027;RO=56;SAF=14;SAR=12;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145793;STB=0.569842;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.013111;OID=.;OPOS=203278371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:56:58:26:27:0.317647:12:14:37:19:12:15:38:20 chr1 203309880 . G A 1812.9 PASS AF=0.881944;AO=127;DP=145;FAO=127;FDP=144;FR=.;FRO=17;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0256634;FXX=0.00689608;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.64;QD=50.3583;RBI=0.0269213;REFB=-0.00164173;REVB=-0.00813316;RO=16;SAF=75;SAR=52;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490418;STB=0.521419;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000108512;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:145:144:16:17:127:127:0.881944:52:75:13:3:52:75:13:4 chr1 203309966 . G C 1971.95 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1395;QD=62.1086;RBI=0.104085;REFB=0;REVB=-0.0149312;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229988;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:127:0:0:122:127:1:72:50:0:0:73:54:0:0 chr1 203317161 . AC A,AT 233.84 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=20;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145211,0.0170998;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.51,171.944;QD=49.2303;RBI=0.0547196,0.186522;REFB=0,0;REVB=0.0527577,0.185737;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.53656e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0223928,-0.00660546;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,17:20:2,17:19:0:2,14:0,3:0:0:7:0:2,14:0,3:0:0 chr1 203458278 . C G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0273636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8427;QD=16.2728;RBI=0.0281737;REFB=-0.00484152;REVB=0.00670757;RO=38;SAF=27;SAR=5;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131136;STB=0.570088;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00761733;OID=.;OPOS=203458278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:5:27:29:9:5:27:30:9 chr1 203472112 . T C 426.51 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.016419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.061;QD=22.4477;RBI=0.0168175;REFB=7.01848e-05;REVB=-0.00363945;RO=33;SAF=25;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.582454;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-8.44752e-05;OID=.;OPOS=203472112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:34:41:42:0.552632:16:25:13:20:17:25:14:20 chr1 203652444 . A G 894.19 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00782361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0104;QD=55.027;RBI=0.0320533;REFB=0.0242778;REVB=-0.0310839;RO=2;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023186;STB=0.501228;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00645307;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:34:29:1:1:34:29:1:1 chr1 203667409 . T C 1403.65 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116427;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0424;QD=61.6988;RBI=0.0164257;REFB=-0.0396842;REVB=-0.0115866;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000328942;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:42:48:0:0:42:48:1:0 chr1 203680141 . G A 653.27 PASS AF=0.674699;AO=55;DP=82;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0127358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.771;QD=31.483;RBI=0.0329158;REFB=-0.0195809;REVB=0.0303521;RO=27;SAF=21;SAR=34;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399161;STB=0.523801;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0123401;OID=.;OPOS=203680141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:27:27:55:56:0.674699:34:21:12:15:35:21:12:15 chr1 203712996 . T C 589.57 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0144457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7714;QD=24.0641;RBI=0.0161272;REFB=0.000203503;REVB=0.00717007;RO=42;SAF=36;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827947;STB=0.537299;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-5.9332e-05;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:42:44:54:54:0.55102:18:36:24:18:18:36:26:18 chr1 203713133 . G A 324.02 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00784009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.34;QD=28.8016;RBI=0.0121003;REFB=-0.00431054;REVB=0.00921686;RO=17;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789733;STB=0.538435;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00197337;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:27:28:0.622222:7:20:14:3:7:21:14:3 chr1 203766964 . A G 295.74 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00322229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.74;QD=22.3198;RBI=0.00839496;REFB=-0.0308214;REVB=0.00775191;RO=23;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629713;STB=0.53486;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0269145;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:18:12:11:12:18:12:11:12 chr1 203768328 . T C 449.03 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0320449;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4899;QD=21.1307;RBI=0.0323225;REFB=0.000800391;REVB=0.00422683;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210045;STB=0.517639;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.000300449;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:41:44:44:0.517647:22:22:20:22:22:22:19:22 chr1 203769532 . G A 172.43 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.00895099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.136;QD=19.1584;RBI=0.0121085;REFB=-0.0183319;REVB=0.0081545;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4216;STB=0.735237;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0272045;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:2:16:7:11:2:16 chr1 203787700 . T C 884.07 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.351;QD=57.9718;RBI=0.0297238;REFB=0;REVB=-0.0217338;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68888e-06;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 204110334 . A G 912.61 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125085;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1897;QD=57.0382;RBI=0.105099;REFB=-0.0437817;REVB=0.104352;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023838;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:62:64:1:35:27:0:1:37:27:0:0 chr1 204230581 . G A 1807.36 PASS AF=0.946565;AO=122;DP=129;FAO=124;FDP=131;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0266684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.88;QD=55.1866;RBI=0.031528;REFB=-0.1954;REVB=0.016817;RO=7;SAF=52;SAR=70;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014816;STB=0.508154;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00196278;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:129:131:7:7:122:124:0.946565:70:52:2:5:70:54:2:5 chr1 204237416 . C T 1680.05 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0207755;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.303;QD=57.9329;RBI=0.0232108;REFB=-0.0827306;REVB=0.01035;RO=3;SAF=55;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781237;STB=0.504196;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00184296;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:112:113:0.974138:57:55:1:2:57:56:1:2 chr1 204242838 . A C 1531.86 PASS AF=1;AO=79;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.103;QD=59.4897;RBI=0.0531468;REFB=0;REVB=0.0470997;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127308;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:79:103:1:28:51:0:0:48:55:0:0 chr1 204379617 . T C 1907.14 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00744496;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.196;QD=60.0673;RBI=0.00914543;REFB=-0.0386949;REVB=0.00531144;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069365;STB=0.500698;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=3.40649e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:127:1:2:125:125:0.984252:57:68:1:0:57:68:1:1 chr1 204403659 . A G 737.79 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158017;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2124;QD=56.7533;RBI=0.052111;REFB=0;REVB=-0.0496574;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296489;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:1:0:50:52:1:27:23:1:0:27:25:0:0 chr1 204425028 . G A 1170.22 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.046;QD=59.2517;RBI=0.0707469;REFB=-0.0328371;REVB=0.0647377;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000174804;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:39:39:0:0:39:39:0:1 chr1 204436066 . G A 1003.57 PASS AF=1;AO=60;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.034;QD=59.0334;RBI=0.107128;REFB=0;REVB=0.0490991;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633278;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:60:68:1:26:34:0:0:33:35:0:0 chr1 204438334 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.692;QD=53.2771;RBI=0.0449347;REFB=0;REVB=-0.0388947;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73034e-05;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr1 204438643 . G T 296.21 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.053;QD=49.3675;RBI=0.0249355;REFB=-0.0956984;REVB=0.0170707;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00125965;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:8:15:0:0:8:15:0:1 chr1 204501383 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0393494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.664;QD=20.7383;RBI=0.0403471;REFB=-0.013433;REVB=0.00891706;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34142;STB=0.692099;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00730046;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:12:4:12:6:12:4 chr1 204531567 . C T 161.76 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0187044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.071;QD=23.9644;RBI=0.0310353;REFB=-0.0248846;REVB=0.0247656;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34883;STB=0.695982;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0336661;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:16:17:0.62963:10:6:9:1:11:6:9:1 chr1 204531623 . C T 78.33 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0180739;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.773;QD=13.0549;RBI=0.0208529;REFB=-0.00210365;REVB=0.0104008;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455361;STB=0.771361;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00333165;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:5:9:2:8:5:9 chr1 204587047 . G A 241.51 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0450245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.172;QD=12.5461;RBI=0.0543718;REFB=0.00351138;REVB=0.030481;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721246;STB=0.541339;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00430899;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:14:15:28:20:14:15:28:20 chr1 204587569 . G C 181.28 PASS AF=0.377049;AO=20;DP=59;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.045548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.766;QD=11.8871;RBI=0.0474906;REFB=-0.0132538;REVB=-0.0134438;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113227;STB=0.56888;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0203238;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:38:20:23:0.377049:8:12:19:19:9:14:19:19 chr1 204588140 . G A 82.31 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0198786;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.441;QD=14.315;RBI=0.0429316;REFB=-0.0208047;REVB=-0.0380521;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.617401;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0369765;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:23:9:12:10:10:0.434783:7:3:5:4:7:3:6:6 chr1 204589101 . G A 146.05 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0180818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.007;QD=16.2283;RBI=0.0187314;REFB=-0.0570797;REVB=-0.00489018;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.583232;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0634928;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:20:12:16:0.444444:6:6:8:7:8:8:13:7 chr1 204589623 . G A 245.65 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000780779;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.035;QD=15.3534;RBI=0.0738082;REFB=-0.0119975;REVB=0.0738041;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696095;STB=0.546842;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0164057;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:36:26:28:0.4375:13:13:21:16:14:14:21:15 chr1 204590044 . G A 1671.0 PASS AF=0.982759;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186554;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1456;QD=57.6206;RBI=0.0440627;REFB=-0.119788;REVB=0.0399186;RO=2;SAF=60;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119546;STB=0.500762;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000960545;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:116:2:2:112:114:0.982759:52:60:1:1:52:62:1:1 chr1 204590650 . C CT 243.55 PASS AF=0.385965;AO=43;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=0.0364954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2072;QD=8.54572;RBI=0.0511322;REFB=-0.0133311;REVB=0.0358132;RO=70;SAF=25;SAR=18;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136734;STB=0.571035;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=0.0246216;OID=.;OPOS=204590651;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:43:114:44:114:70:26:18:49:21:99:70:25:18:49:21 chr1 204590878 . G T 284.5 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0393939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5552;QD=13.878;RBI=0.0894475;REFB=-0.00275088;REVB=0.0803055;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176516;STB=0.590857;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00566417;OID=.;OPOS=204590878;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:49:32:33:0.402439:17:15:15:34:18:15:15:34 chr1 204591237 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.74;QD=58.4197;RBI=0.0283286;REFB=0;REVB=0.0237552;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42657e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr1 204966690 . G A 1120.72 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.111;QD=58.9854;RBI=0.0449291;REFB=-0.0299155;REVB=0.0364088;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00018157;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:42:33:0:0:42:33:0:1 chr1 204978533 . A G 337.47 PASS AF=0.393617;AO=34;DP=90;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00503521;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.82;QD=14.3604;RBI=0.00503679;REFB=-0.021855;REVB=-0.000126311;RO=53;SAF=8;SAR=26;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163305;STB=0.525592;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0285815;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:53:57:34:37:0.393617:26:8:19:34:26:11:19:38 chr1 204991770 . C T 854.47 PASS AF=0.590909;AO=77;DP=131;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0390735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0329;QD=25.8929;RBI=0.0566071;REFB=-0.00684469;REVB=-0.0409588;RO=54;SAF=47;SAR=30;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030319;STB=0.514247;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00596085;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:54:54:77:78:0.590909:30:47:35:19:30:48:35:19 chr1 205027737 . G A 2880.38 PASS AF=1;AO=150;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=98;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.524;QD=62.959;RBI=0.065706;REFB=0;REVB=0.0312687;RO=0;SAF=84;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573731;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:150:183:1:66:84:0:0:85:98:0:0 chr1 205031116 . C T 3032.7 PASS AF=0.975845;AO=202;DP=207;FAO=202;FDP=207;FR=.;FRO=5;FSAF=123;FSAR=79;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0486594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5285;QD=58.6029;RBI=0.0513347;REFB=-0.00867581;REVB=0.016356;RO=5;SAF=123;SAR=79;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189645;STB=0.509959;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000651408;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:207:207:5:5:202:202:0.975845:79:123:5:0:79:123:5:0 chr1 205041158 . C T 2332.14 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410084;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.144;QD=63.8942;RBI=0.085061;REFB=0;REVB=0.074523;RO=0;SAF=43;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242937;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:144:146:1:101:43:0:0:103:43:0:0 chr1 205052939 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.498;QD=60.9782;RBI=0.0164243;REFB=0;REVB=0.0141434;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27813e-06;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr1 205053219 . C T 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00928444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.602;QD=57.4355;RBI=0.0193722;REFB=-0.0240503;REVB=0.0170024;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108646;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000160182;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:43:24:0:1:43:24:0:1 chr1 205056844 . T A,TA,TTA 156.46 PASS AF=0,0,0.75;AO=2,3,11;DP=24;FAO=0,0,15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0199621,-0.0141567,-0.0040449;FXX=0.0475964;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=243.009,262.028,276.659;QD=31.2919;RBI=0.0200294,0.0145175,0.00570258;REFB=0.00812562,0.00542144,0.00303185;REVB=0.00164044,0.00321652,0.00401972;RO=8;SAF=2,2,8;SAR=0,1,3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.742825,0.535477,0.43326;STB=0.5,0.5,0.692041;STBP=1,1,0.007;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0,-0.00142036;OID=.,.,.;OPOS=205056844,205056845,205056845;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:25:24:20:8:5:2,3,11:0,0,15:0,0,0.75:0,1,3:2,2,8:1:7:0,0,4:0,0,11:0:5 chr1 205113595 . AGT ATA,CAT 641.75 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=2,40;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144528,0.0237085;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=65.6415,191.668;QD=61.1194;RBI=0.0147593,0.0469456;REFB=0,0;REVB=0.0029919,0.0405191;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.039406,0.000983186;OID=.,.;OPOS=205113596,205113595;OREF=GT,AG;OALT=TA,CA;OMAPALT=ATA,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:2,40:1,41:0.0238095,0.97619:1,16:1,24:0:0:0,17:1,24:0:0 chr1 205130413 . A G 972.35 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.031;QD=58.93;RBI=0.0248838;REFB=0;REVB=-0.0148271;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70383e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr1 205131287 . C T 133.64 PASS AF=0.327273;AO=16;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.019715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.802;QD=9.71934;RBI=0.0274896;REFB=-0.00728541;REVB=0.0191572;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285887;STB=0.582239;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.015603;OID=.;OPOS=205131287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:37:16:18:0.327273:6:10:13:22:8:10:16:21 chr1 205272926 . C T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0168953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.112;QD=11.4389;RBI=0.0222877;REFB=-0.00334482;REVB=0.0145358;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.552509;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0103173;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:10:4:2:7:10:4 chr1 205272983 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0146027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.54;QD=19.0004;RBI=0.0170137;REFB=-0.0199229;REVB=-0.00873088;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166843;STB=0.593992;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0158721;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:13:4:7:10:13:4 chr1 205275421 . A G 940.09 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.647;QD=56.9753;RBI=0.0346378;REFB=-0.155104;REVB=0.0304755;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00104837;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:0:1:35:30:0:1 chr1 205385411 . A G 739.95 PASS AF=0.605263;AO=67;DP=112;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00712721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.292;QD=25.9631;RBI=0.0152197;REFB=-0.0263074;REVB=0.0134478;RO=44;SAF=23;SAR=44;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2189;STB=0.604584;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0123642;OID=.;OPOS=205385411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:44:45:67:69:0.605263:44:23:28:16:44:25:28:17 chr1 205492622 . G A 118.07 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0130749;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.061;QD=6.21439;RBI=0.013139;REFB=-0.0037409;REVB=-0.0012962;RO=58;SAF=12;SAR=6;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032434;STB=0.519978;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0122852;OID=.;OPOS=205492622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:58:58:18:18:0.236842:6:12:40:18:6:12:40:18 chr1 205492756 . A G 203.63 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0178366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.407;QD=14.2895;RBI=0.0281874;REFB=-0.0195114;REVB=-0.0218262;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837261;STB=0.513584;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.017152;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:33:22:24:0.421053:10:12:20:12:10:14:20:13 chr1 205501843 . A G 366.68 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=0.0112119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1216;QD=24.4455;RBI=0.036565;REFB=-0.0390245;REVB=-0.0348036;RO=24;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324907;STB=0.676052;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0213424;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:19:17:1:23:19:17:1:23 chr1 205564196 . T A 47.87 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=26;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00249088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.566;QD=6.83915;RBI=0.0265523;REFB=-0.013324;REVB=-0.0264352;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.606887;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0452178;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:28:19:20:6:8:0.285714:3:3:12:7:4:4:13:7 chr1 205570406 . T A 774.46 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=117;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00473622;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.089;QD=26.9378;RBI=0.0193745;REFB=-0.0139008;REVB=-0.0187867;RO=44;SAF=38;SAR=33;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887964;STB=0.548153;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0135515;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:44:44:71:71:0.617391:33:38:18:26:33:38:18:26 chr1 205738166 . T C 777.57 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.229;QD=63.4752;RBI=0.0437283;REFB=0;REVB=0.018809;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42776e-05;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr1 205779231 . G A 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0269258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.511;QD=8.71562;RBI=0.0392231;REFB=-0.0222206;REVB=-0.028521;RO=44;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198485;STB=0.618918;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0420233;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:6:13:23:21:6:13:23:21 chr1 205811828 . A T 776.2 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=107;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0174913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5268;QD=29.0167;RBI=0.0188074;REFB=0.0120185;REVB=-0.00691175;RO=36;SAF=36;SAR=34;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113909;STB=0.565432;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00687416;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:37:70:70:0.654206:34:36:25:11:34:36:26:11 chr1 205814497 . T C 306.93 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00922611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.072;QD=11.6925;RBI=0.00938545;REFB=-0.0128954;REVB=0.00172206;RO=67;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101878;STB=0.558205;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0185675;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:21:17:24:43:21:17:24:43 chr1 205817018 . T C 68.66 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0245858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.01;QD=5.84325;RBI=0.0331533;REFB=-0.000209976;REVB=0.0222414;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427665;STB=0.778184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00106289;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:8:2:20:17:8:2:20:17 chr1 205819039 . C T 160.3 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0129194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.953;QD=10.342;RBI=0.0340284;REFB=-0.0105049;REVB=0.0314805;RO=41;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528355;STB=0.530836;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0375274;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:7:14:29:12:7:14:29:12 chr1 205819104 . G A 177.51 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=71;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.000430009;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.867;QD=10.2902;RBI=0.00424855;REFB=-0.0039252;REVB=0.00422674;RO=46;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134523;STB=0.590477;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00829603;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:46:46:24:23:0.333333:10:14:32:14:10:13:32:14 chr1 205892303 . T C 700.1 PASS AF=0.635417;AO=59;DP=92;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0208177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.567;QD=29.1709;RBI=0.0872687;REFB=-0.061467;REVB=0.0847493;RO=33;SAF=19;SAR=40;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311033;STB=0.529223;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0263056;OID=.;OPOS=205892303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:33:35:59:61:0.635417:40:19:12:21:41:20:14:21 chr1 206320241 . C T 687.8 PASS AF=0.641304;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0410685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0879;QD=29.9045;RBI=0.0692747;REFB=-0.0324949;REVB=0.0557885;RO=33;SAF=33;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496292;STB=0.526912;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0160036;OID=.;OPOS=206320241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:33:59:59:0.641304:26:33:16:17:26:33:16:17 chr1 206327510 . T C 636.63 PASS AF=0.42515;AO=65;DP=165;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.0200553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.683;QD=15.2486;RBI=0.0280518;REFB=0.0107222;REVB=-0.0196135;RO=70;SAF=27;SAR=38;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669331;STB=0.571117;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0121157;OID=.;OPOS=206327510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:70:96:65:71:0.42515:38:27:34:36:42:29:51:45 chr1 206328803 . T C 283.85 PASS AF=0.353535;AO=29;DP=92;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0256993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7307;QD=11.4687;RBI=0.0502634;REFB=-0.0104224;REVB=0.0431967;RO=63;SAF=9;SAR=20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256933;STB=0.666568;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0304007;OID=.;OPOS=206328803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:99:63:64:29:35:0.353535:20:9:33:30:25:10:34:30 chr1 206516261 . C T 477.51 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00149816;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3638;QD=16.7547;RBI=0.0673602;REFB=-0.0120489;REVB=0.0673436;RO=59;SAF=24;SAR=28;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859773;STB=0.558882;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0297041;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:59:62:52:52:0.45614:28:24:22:37:28:24:22:40 chr1 206566195 . C T 33.15 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=81;FWDB=0.00632778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5093;QD=1.06923;RBI=0.0158591;REFB=0.0003596;REVB=-0.0145421;RO=113;SAF=3;SAR=7;SRF=32;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228974;STB=0.511605;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00899226;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:113:114:10:10:0.0806452:7:3:32:81:7:3:33:81 chr1 206566904 . T C 612.13 PASS AF=0.367876;AO=67;DP=188;FAO=71;FDP=193;FR=.;FRO=122;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.0134594;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.365;QD=12.6865;RBI=0.0212662;REFB=-0.0150859;REVB=-0.0164649;RO=121;SAF=36;SAR=31;SRF=67;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186663;STB=0.517787;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0289893;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:193:121:122:67:71:0.367876:31:36:67:54:34:37:67:55 chr1 206603535 . G A 620.8 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00748212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.293;QD=55.1821;RBI=0.00803803;REFB=-0.00326514;REVB=0.00293731;RO=3;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150284;STB=0.508018;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000174856;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:23:19:1:2:23:19:1:2 chr1 206635570 . C T 1670.73 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00250535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.486;QD=57.6115;RBI=0.0107565;REFB=-0.121708;REVB=-0.0104606;RO=2;SAF=57;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000146096;STB=0.504196;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000350651;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:2:3:113:113:0.974138:56:57:1:1:56:57:2:1 chr1 206647742 . A G 1932.22 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0412732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9652;QD=60.8573;RBI=0.0881457;REFB=0.00968859;REVB=-0.0778858;RO=1;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826332;STB=0.504347;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000980735;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:57:69:0:1:57:69:0:1 chr1 206647787 . T C 500.27 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00157823;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.578;QD=16.9583;RBI=0.0119436;REFB=-0.0125178;REVB=0.0118389;RO=64;SAF=29;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209185;STB=0.511653;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0139159;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:25:29:33:31:25:29:33:31 chr1 206651107 . G A 499.23 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0166013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.264;QD=21.4721;RBI=0.0234751;REFB=-0.0174144;REVB=0.0165974;RO=45;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182661;STB=0.510082;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0194507;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:18:30:29:16:18:30:29:16 chr1 206665052 . C T 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.01802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6587;QD=30.5114;RBI=0.036595;REFB=-0.0235723;REVB=-0.0318508;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914342;STB=0.550219;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00990023;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:17:11:8:7:17:11:8:7 chr1 206665837 . G A 685.8 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0352861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0832;QD=29.4969;RBI=0.0357667;REFB=-0.0169774;REVB=0.00584331;RO=34;SAF=28;SAR=31;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625426;STB=0.533909;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00736586;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:34:34:59:59:0.634409:31:28:13:21:31:28:13:21 chr1 206665896 . C G 201.06 PASS AF=0.313253;AO=25;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0062648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.269;QD=9.68949;RBI=0.00672148;REFB=-0.00975848;REVB=-0.00243528;RO=56;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266478;STB=0.669898;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0188798;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:57:25:26:0.313253:16:9:33:23:17:9:34:23 chr1 206773659 . A G 1295.55 PASS AF=1;AO=34;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.662;QD=61.6928;RBI=0.121534;REFB=0;REVB=0.11911;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984912;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:34:84:1:25:9:0:0:35:49:0:0 chr1 207015957 . T C 450.03 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0287163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4773;QD=14.517;RBI=0.0348593;REFB=0.00679058;REVB=0.0197622;RO=72;SAF=20;SAR=31;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184686;STB=0.607801;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0090295;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:73:51:51:0.41129:31:20:41:31:31:20:42:31 chr1 207107097 . G A 39.3 PASS AF=0.14;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0238329;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.7096;QD=3.1436;RBI=0.057963;REFB=-0.0219584;REVB=0.0528366;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475702;STB=0.835353;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.150849;OID=.;OPOS=207107097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:50:31:43:7:7:0.14:1:6:15:16:1:6:21:22 chr1 207110936 . T C 213.05 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0240343;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.678;QD=12.1745;RBI=0.0273624;REFB=-0.0132504;REVB=-0.0130787;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309332;STB=0.509022;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0153641;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:44:26:26:0.371429:15:11:17:26:15:11:18:26 chr1 207132345 . A G 80.29 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00173658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.27;QD=7.46882;RBI=0.0144059;REFB=-0.0242034;REVB=-0.0143009;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423177;STB=0.536415;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0359264;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:31:32:11:11:0.255814:6:5:13:18:6:5:13:19 chr1 207140440 . C T 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0147488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.283;QD=13.2813;RBI=0.0154065;REFB=-0.0133339;REVB=0.00445358;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00501253;STB=0.50888;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0203657;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:16:15:23:25:16:15:23:26 chr1 207143422 . A G 201.51 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0045866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.228;QD=13.8974;RBI=0.0260556;REFB=-0.00690784;REVB=-0.0256488;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035111;STB=0.506488;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0212123;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:16:8:10:23:16:8:11:23 chr1 207195779 . A G 482.61 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4489;QD=58.4987;RBI=0.125303;REFB=0;REVB=0.0964004;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317649;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 207263829 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.177;QD=60.7161;RBI=0.0159123;REFB=0;REVB=0.0019044;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07599e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr1 207297680 . T C 472.47 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0114589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.85;QD=29.5293;RBI=0.0145118;REFB=0.00264264;REVB=-0.00890423;RO=21;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0073643;STB=0.503998;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.000992387;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:21:22:11:10:21:22:11:10 chr1 207646322 . G A 142.67 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0102352;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7743;QD=9.67284;RBI=0.0111674;REFB=-0.00385106;REVB=-0.00446682;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911162;STB=0.5539;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00578065;OID=.;OPOS=207646322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:40:40:19:19:0.322034:8:11:20:20:8:11:20:20 chr1 207646462 . G A 195.42 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0375796;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7461;QD=10.4221;RBI=0.0380719;REFB=0.00274077;REVB=0.00610299;RO=51;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795731;STB=0.554782;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00556388;OID=.;OPOS=207646462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:51:50:25:25:0.333333:14:11:19:32:14:11:18:32 chr1 207646898 . T C 145.14 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0180726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.829;QD=8.79652;RBI=0.0181592;REFB=-0.00696365;REVB=-0.00177135;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509501;STB=0.530273;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0193985;OID=.;OPOS=207646898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:10:10:21:25:10:10:21:25 chr1 207646923 . G A 295.84 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0150037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.373;QD=11.3783;RBI=0.0167087;REFB=-0.00159181;REVB=0.00735325;RO=66;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589962;STB=0.539004;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00255135;OID=.;OPOS=207646923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:66:67:37:37:0.355769:21:16:32:34:21:16:33:34 chr1 207653395 . C A 1126.23 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.304;QD=60.0656;RBI=0.012348;REFB=0;REVB=0.0121754;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78161e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:27:46:0:0:29:46:0:0 chr1 207679307 . A G 1515.35 PASS AF=0.570248;AO=138;DP=244;FAO=138;FDP=242;FR=.;FRO=104;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.00265708;FXX=0.00819639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.522;QD=25.0471;RBI=0.0219852;REFB=-0.0224197;REVB=0.021824;RO=103;SAF=67;SAR=71;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152425;STB=0.510361;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0161108;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:242:103:104:138:138:0.570248:71:67:52:51:71:67:53:51 chr1 207753621 . A G 392.94 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00637808;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.374;QD=14.6893;RBI=0.0319846;REFB=0.00212418;REVB=0.0313422;RO=62;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127525;STB=0.571634;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00213651;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:62:62:45:45:0.420561:22:23:24:38:22:23:24:38 chr1 207782916 . A T 1493.79 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.844;QD=58.0114;RBI=0.116074;REFB=0;REVB=0.115119;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326884;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:103:0:0:93:103:1:37:56:0:0:46:57:0:0 chr1 207782931 . A G 611.13 PASS AF=0.565657;AO=54;DP=97;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0167462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1446;QD=24.692;RBI=0.0212563;REFB=-0.0192121;REVB=0.0130918;RO=43;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470135;STB=0.517534;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0156692;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:43:43:54:56:0.565657:27:27:24:19:27:29:24:19 chr1 207790088 . C G 798.7 PASS AF=0.471591;AO=82;DP=176;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.0104209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.65;QD=18.1523;RBI=0.0172223;REFB=-0.0157022;REVB=-0.0137118;RO=92;SAF=29;SAR=53;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277161;STB=0.521618;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0167693;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:93:82:83:0.471591:53:29:35:57:54:29:36:57 chr1 207795320 . A G 1138.65 PASS AF=0.541463;AO=109;DP=205;FAO=111;FDP=205;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00432905;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0411;QD=22.2176;RBI=0.0248584;REFB=-0.0133486;REVB=0.0244785;RO=94;SAF=46;SAR=63;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12068;STB=0.564611;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0114623;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:94:94:109:111:0.541463:63:46:53:41:64:47:53:41 chr1 207851554 . C T 305.98 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00775232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1189;QD=27.1981;RBI=0.00789216;REFB=-0.0226561;REVB=-0.00147908;RO=18;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158787;STB=0.588166;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0124189;OID=.;OPOS=207851554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:7:20:10:8:7:20:10:8 chr1 207851611 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.965;QD=63.872;RBI=0.0468756;REFB=0;REVB=0.0239344;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142834;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 207857254 . A G 496.25 PASS AF=0.383562;AO=55;DP=145;FAO=56;FDP=146;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0338946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6859;QD=13.5959;RBI=0.0368273;REFB=-0.0180571;REVB=-0.0144015;RO=89;SAF=22;SAR=33;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140705;STB=0.575931;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0238715;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:89:90:55:56:0.383562:33:22:47:42:33:23:48:42 chr1 207881557 . A G 695.46 PASS AF=0.401042;AO=77;DP=192;FAO=77;FDP=192;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=0.0093514;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.941;QD=14.4888;RBI=0.0139142;REFB=-0.00706428;REVB=-0.0103032;RO=115;SAF=40;SAR=37;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716448;STB=0.540238;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00767535;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:115:115:77:77:0.401042:37:40:52:63:37:40:52:63 chr1 207884105 . C A 366.13 PASS AF=0.348837;AO=44;DP=128;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0686475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8748;QD=11.3527;RBI=0.076281;REFB=0.00451431;REVB=0.0332613;RO=84;SAF=22;SAR=22;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040746;STB=0.516033;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0101442;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:84:84:44:45:0.348837:22:22:39:45:23:22:39:45 chr1 207884107 . G A 355.83 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00665271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.228;QD=11.2962;RBI=0.00758781;REFB=-0.00448931;REVB=0.00364915;RO=81;SAF=22;SAR=22;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348611;STB=0.523799;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0117907;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:82:44:44:0.349206:22:22:38:43:22:22:38:44 chr1 207885881 . C T 346.46 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00540179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.13;QD=12.4851;RBI=0.0132019;REFB=-0.016783;REVB=-0.0120462;RO=68;SAF=30;SAR=12;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278563;STB=0.65566;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0187054;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:69:42:42:0.378378:12:30:32:36:12:30:33:36 chr1 207886150 . C T 596.1 PASS AF=0.385475;AO=69;DP=179;FAO=69;FDP=179;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=-0.00424551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.818;QD=13.3206;RBI=0.00449997;REFB=-0.0174202;REVB=-0.00149179;RO=108;SAF=31;SAR=38;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769099;STB=0.536499;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.025975;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:108:110:69:69:0.385475:38:31:41:67:38:31:43:67 chr1 207888739 . G T 330.14 PASS AF=0.245098;AO=50;DP=208;FAO=50;FDP=204;FR=.;FRO=154;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=95;FWDB=-0.00551025;FXX=0.0239223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.814;QD=6.47326;RBI=0.00861902;REFB=-0.000776651;REVB=-0.00662756;RO=155;SAF=21;SAR=29;SRF=61;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344045;STB=0.528827;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00258103;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:204:155:154:50:50:0.245098:29:21:61:94:29:21:59:95 chr1 207890866 . T C 1013.23 PASS AF=0.6;AO=83;DP=146;FAO=96;FDP=160;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0402266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.906;QD=25.3307;RBI=0.0544766;REFB=-0.0205999;REVB=0.0367359;RO=63;SAF=48;SAR=35;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119058;STB=0.535372;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0139983;OID=.;OPOS=207890866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:160:63:64:83:96:0.6:35:48:27:36:47:49:27:37 chr1 207941190 . AG A,AT 1105.81 PASS AF=0.038961,0.961039;AO=19,56;DP=79;FAO=3,74;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=2,42;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291441,0.0293608;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.552,150.915;QD=57.4448;RBI=0.0453166,0.0341748;REFB=0,0;REVB=-0.0347018,-0.0174889;RO=0;SAF=13,29;SAR=6,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0200394,0.00247375;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.038961,0.961039:19,56:79:3,74:77:0:2,42:1,32:0:0:8:0:13,29:6,27:0:0 chr1 208063067 . G A 320.65 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.051897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7042;QD=27.2895;RBI=0.0747989;REFB=-0.100537;REVB=-0.0538663;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454625;STB=0.525096;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.028475;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:13:15:9:10:13:15:9:10 chr1 208390086 . G C 553.06 PASS AF=0.617284;AO=37;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0137136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.047;QD=27.3117;RBI=0.0203987;REFB=-0.0343566;REVB=0.0151011;RO=30;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467389;STB=0.518511;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0248675;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:31:37:50:0.617284:23:14:13:17:25:25:14:17 chr1 208390376 . AGGGC AGGC,AGGCG 44.36 PASS AF=0.202899,0;AO=15,4;DP=68;FAO=14,0;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.184992,-0.341534;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.0592,60.9038;QD=2.57159;RBI=0.244939,0.345188;REFB=-0.0755019,-0.0159484;REVB=-0.160541,-0.050087;RO=41;SAF=1,4;SAR=14,0;SRF=15;SRR=26;SSEN=0.341176,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540415,0.625186;STB=0.892473,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.155519,0;OID=.,.;OPOS=208390377,208390379;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGC,AGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202899,0:15,4:68:14,0:69:55:1,0:13,0:26:29:45:41:1,4:14,0:15:26 chr1 208391254 . C T 52.42 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0344916;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.775;QD=17.4747;RBI=0.0434867;REFB=0.00426087;REVB=0.0264844;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00154074;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr1 209782343 . A G 1734.53 PASS AF=1;AO=84;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237824;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.689;QD=60.8607;RBI=0.0256197;REFB=0;REVB=-0.00952716;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154327;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:114:0:0:84:114:1:40:44:0:0:47:67:0:0 chr1 209788703 . T C 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0353319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.296;QD=11.5908;RBI=0.0624084;REFB=-0.0147653;REVB=-0.0514438;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866373;STB=0.549961;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0293175;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:11:14:28:16:11:14:28:16 chr1 209791929 . G T 383.21 PASS AF=0.322581;AO=50;DP=155;FAO=50;FDP=155;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00547075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.417;QD=9.88919;RBI=0.0284995;REFB=-0.00887921;REVB=-0.0279695;RO=104;SAF=26;SAR=24;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034592;STB=0.523211;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0168712;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:104:105:50:50:0.322581:24:26:51:53:24:26:51:54 chr1 209797198 . A G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.021744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.492;QD=15.8123;RBI=0.0495686;REFB=-0.012427;REVB=-0.0445448;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136752;STB=0.576879;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0132256;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:17:17:16:28:17:17:16:28 chr1 209797253 . T C 204.94 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0198568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.355;QD=10.6461;RBI=0.0472919;REFB=-0.0226857;REVB=-0.0429212;RO=51;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991807;STB=0.557725;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0434909;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:12:14:23:28:12:14:23:28 chr1 209799205 . A G 211.18 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0935225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6874;QD=12.0673;RBI=0.0964695;REFB=-0.022919;REVB=-0.0236624;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220695;STB=0.627417;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0401336;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:9:17:20:24:9:17:20:24 chr1 209799253 . A G 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0402347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8222;QD=12.9208;RBI=0.0423718;REFB=-0.0228034;REVB=-0.0132868;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267543;STB=0.63624;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0327191;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:34:22:22:0.392857:8:14:12:20:8:14:14:20 chr1 209800230 . C T 602.96 PASS AF=0.393258;AO=69;DP=177;FAO=70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.0173677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.985;QD=13.5497;RBI=0.0199241;REFB=-0.00425677;REVB=-0.00976389;RO=108;SAF=51;SAR=18;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318439;STB=0.67169;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0120053;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:108:108:69:70:0.393258:18:51:50:58:19:51:50:58 chr1 209807815 . T C 145.82 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0249239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9178;QD=7.29122;RBI=0.0368069;REFB=-0.00858245;REVB=-0.0270841;RO=59;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804447;STB=0.548647;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0182912;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:11:10:32:27:11:10:32:27 chr1 209823354 . G A 339.46 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0186299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0313;QD=19.6789;RBI=0.0456006;REFB=-0.0168904;REVB=-0.0416214;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373523;STB=0.687407;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0140516;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:35:36:0.521739:15:20:4:28:16:20:5:28 chr1 209849399 . AG A 791.79 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.336;QD=56.5566;RBI=0.179338;REFB=0;REVB=0.17727;RO=2;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000548542;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:56:56:0:30:26:0:0:4:2:32:22:0:2 chr1 209849406 . T G 883.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.228;QD=57.9478;RBI=0.0660565;REFB=0;REVB=0.0628204;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012239;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:56:61:1:23:33:0:0:25:36:0:0 chr1 209933540 . A G 178.03 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0103852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.806;QD=10.6284;RBI=0.0105813;REFB=-0.0221975;REVB=0.00202772;RO=44;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206733;STB=0.621249;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0369091;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:16:7:21:23:16:7:21:23 chr1 209936466 . A G 81.05 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0413924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2106;QD=5.31496;RBI=0.0459202;REFB=-0.00230561;REVB=0.019883;RO=48;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401391;STB=0.751432;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.01121;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:4:9:17:31:4:9:17:31 chr1 209936673 . C G 143.43 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0293487;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.792;QD=8.31491;RBI=0.0299363;REFB=-0.0065166;REVB=-0.00590197;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214749;STB=0.627552;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0156446;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:49:49:20:20:0.289855:9:11:18:31:9:11:18:31 chr1 209936914 . C T 138.76 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0309768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3563;QD=7.50031;RBI=0.0607255;REFB=-0.021649;REVB=-0.0522304;RO=53;SAF=8;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110365;STB=0.560378;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0633509;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:20:20:0.27027:12:8:26:27:12:8:26:28 chr1 209950760 . C G 3861.05 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110303;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.007;QD=63.8189;RBI=0.0396968;REFB=0;REVB=0.0381335;RO=0;SAF=117;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48892e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:242:0:0:242:242:1:125:117:0:0:125:117:0:0 chr1 210004199 . C G 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.272;QD=60.5429;RBI=0.0300011;REFB=0;REVB=0.00678652;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2054e-05;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr1 210006603 . C T 1696.22 PASS AF=0.95082;AO=101;DP=123;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0240607;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.709;QD=55.6136;RBI=0.0249884;REFB=-0.100323;REVB=0.00674553;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505312;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000697255;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:123:122:0:6:101:116:0.95082:37:64:0:0:51:65:4:2 chr1 210336584 . CTAAT ATAAC,C 657.69 PASS AF=0.116279,0.883721;AO=5,34;DP=41;FAO=5,38;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5,16;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00076291,0.0283307;FXX=0.104145;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=56.1547,197.46;QD=61.1805;RBI=0.000782606,0.0341051;REFB=0,0;REVB=-0.000174474,-0.0189875;RO=0;SAF=5,13;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0421198,0.00170281;OID=.,.;OPOS=210336584,210336585;OREF=CTAAT,TAAT;OALT=ATAAC,-;OMAPALT=ATAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:41:43:0:0:5,34:5,38:0.116279,0.883721:0,21:5,13:0:0:0,22:5,16:0:0 chr1 210337043 . A G 499.64 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.175893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.96;QD=54.0152;RBI=0.178907;REFB=-0.0839685;REVB=0.0327013;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00274777;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:17:18:1:0:17:18:1:1 chr1 210407031 . G T 228.86 PASS AF=0.345679;AO=29;DP=82;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0351216;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.589;QD=11.3019;RBI=0.0415969;REFB=-0.0380651;REVB=-0.0222884;RO=50;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857368;STB=0.527235;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0865037;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:53:29:28:0.345679:20:9:19:31:19:9:19:34 chr1 210577873 . G C 320.15 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.000977137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.977;QD=11.4341;RBI=0.042458;REFB=-0.0130169;REVB=-0.0424468;RO=71;SAF=27;SAR=13;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240724;STB=0.634493;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0180682;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:72:40:40:0.357143:13:27:33:38:13:27:34:38 chr1 211380770 . T C 1480.63 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277902;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.478;QD=63.0057;RBI=0.0398658;REFB=0;REVB=0.028583;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50067e-05;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:87:94:1:38:49:0:0:44:50:0:0 chr1 211447625 . G A 992.81 PASS AF=0.586667;AO=88;DP=150;FAO=88;FDP=150;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.000822642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9107;QD=26.475;RBI=0.0475837;REFB=-0.0100786;REVB=-0.0475766;RO=61;SAF=46;SAR=42;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121796;STB=0.562486;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00743545;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:61:62:88:88:0.586667:42:46:22:39:42:46:23:39 chr1 211487415 . C T 246.85 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0777062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9659;QD=24.6851;RBI=0.0797813;REFB=-0.0515825;REVB=-0.0180781;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20477;STB=0.613637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0139828;OID=.;OPOS=211487415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:5:12:10:13:5:12 chr1 211533306 . G T 546.43 PASS AF=0.595238;AO=47;DP=82;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0260008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.432;QD=26.0206;RBI=0.0282198;REFB=-0.00836971;REVB=0.010969;RO=34;SAF=26;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635348;STB=0.528138;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00537;OID=.;OPOS=211533306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:34:34:47:50:0.595238:21:26:16:18:23:27:16:18 chr1 211565239 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0189662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.506;QD=13.7842;RBI=0.0371739;REFB=0.00110174;REVB=-0.0319715;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144484;STB=0.582618;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00139412;OID=.;OPOS=211565239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:19:14:13:10:19:14 chr1 211836789 . T C 472.15 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.675;QD=55.5471;RBI=0.0351332;REFB=-0.164705;REVB=-0.0271554;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000695925;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:1:0 chr1 211840498 . T C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.038;QD=62.9675;RBI=0.0199687;REFB=0;REVB=0.0100702;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94948e-05;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr1 211846876 . A G 1525.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.795;QD=59.8299;RBI=0.00622944;REFB=0;REVB=0.00597426;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28141e-05;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:44:58:0:0:44:58:0:0 chr1 211922603 . G A 450.84 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0068927;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.51;QD=15.959;RBI=0.0122706;REFB=-0.0160783;REVB=0.0101517;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558409;STB=0.526772;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0214975;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:63:50:50:0.442478:27:23:33:31:27:23:32:31 chr1 212273639 . C T 1320.5 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029811;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.112;QD=61.4184;RBI=0.0299114;REFB=0;REVB=-0.0024484;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39854e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:34:50:0:0:34:52:0:0 chr1 212274413 . A C 428.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.611;QD=57.1655;RBI=0.0464791;REFB=0;REVB=0.0176671;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143405;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 212276276 . A G 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00228302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.035;QD=13.341;RBI=0.00820706;REFB=-0.00228793;REVB=0.00788313;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673583;STB=0.516053;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00229557;OID=.;OPOS=212276276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:13:8:12:19:13:8:13:19 chr1 212515613 . C T 228.24 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0778095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.244;QD=21.7369;RBI=0.0782147;REFB=-0.020659;REVB=-0.0079513;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771309;STB=0.543339;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0132057;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:9:11:14:8:9:11 chr1 212526288 . C T 373.51 PASS AF=0.412371;AO=38;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0015854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.912;QD=15.4025;RBI=0.00520324;REFB=-0.00955249;REVB=-0.00495582;RO=57;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466153;STB=0.509546;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0134044;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:38:40:0.412371:17:21:29:28:19:21:29:28 chr1 212534377 . T A 101.06 PASS AF=0.263158;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00129334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.721;QD=7.09173;RBI=0.0124305;REFB=-0.0201585;REVB=-0.012363;RO=40;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121907;STB=0.578837;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.055076;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:42:14:15:0.263158:4:10:25:15:4:11:27:15 chr1 212560327 . A G 744.23 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1655;QD=62.0192;RBI=0.0679739;REFB=0;REVB=-0.0471577;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157358;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:30:16:0:0:31:17:0:0 chr1 212799039 . G A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0153418;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.237;QD=25.5725;RBI=0.015932;REFB=-0.0123138;REVB=0.00429625;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14022;STB=0.577714;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00829104;OID=.;OPOS=212799039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:6:11:11:13:6:11 chr1 212799163 . C A 310.36 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0184712;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.088;QD=11.0842;RBI=0.0188388;REFB=0.00865011;REVB=0.00370339;RO=73;SAF=13;SAR=26;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173053;STB=0.599947;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0135727;OID=.;OPOS=212799163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:73:73:39:39:0.348214:26:13:35:38:26:13:35:38 chr1 212799870 . A G 1352.62 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.73;QD=62.1894;RBI=0.0474043;REFB=0;REVB=-0.026513;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85396e-05;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:41:46:0:0 chr1 212799949 . C T 525.77 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0149469;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.772;QD=21.4599;RBI=0.0473984;REFB=-0.0154608;REVB=-0.04498;RO=46;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323511;STB=0.519143;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0186434;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:48:50:50:0.510204:29:21:21:25:29:21:22:26 chr1 212900487 . A G 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0166388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.215;QD=20.9874;RBI=0.0190082;REFB=-0.0274633;REVB=0.00919036;RO=29;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371358;STB=0.525973;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0202458;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:24:11:8:21:24:11:8:22 chr1 213009469 . A G 151.13 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0296755;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.155;QD=18.8914;RBI=0.0296935;REFB=-0.00318252;REVB=0.00103384;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148148;STB=0.605143;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00367826;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:16:16:16:0.5:10:6:3:11:10:6:3:13 chr1 213031948 . G C 113.37 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00777795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.6659;QD=9.8582;RBI=0.113111;REFB=-0.0380248;REVB=-0.112844;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115187;STB=0.55484;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0127428;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:23:31:14:15:0.326087:7:7:14:9:8:7:17:14 chr1 213068404 . T C 96.36 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0168329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.145;QD=19.2711;RBI=0.0502508;REFB=0.0253479;REVB=0.0473476;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0177005;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:4:4:6:6:4:4 chr1 214492286 . G A 1362.22 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.060404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.228;QD=61.2235;RBI=0.0702939;REFB=-0.122701;REVB=-0.0359524;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000912995;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:89:0:1:86:88:0.988764:47:39:0:0:47:41:0:1 chr1 214542819 . T C 698.85 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00791804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4295;QD=54.8118;RBI=0.0584774;REFB=-0.0982995;REVB=0.0579388;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0032802;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:1:0:19:31:1:0 chr1 214564340 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.427;QD=56.9372;RBI=0.0206866;REFB=0;REVB=0.0177215;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55925e-05;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 214571251 . A C 410.99 PASS AF=0.6875;AO=29;DP=44;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0508976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.067;QD=34.2494;RBI=0.105323;REFB=-0.0255131;REVB=0.0922078;RO=15;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165745;STB=0.511104;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0156997;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:15:15:29:33:0.6875:9:20:10:5:10:23:10:5 chr1 214779147 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.747;QD=54.5177;RBI=0.0207244;REFB=0;REVB=0.00468682;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83273e-05;OID=.;OPOS=214779147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr1 214781971 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.441;QD=52.613;RBI=0.0614526;REFB=0;REVB=0.0235617;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057432;OID=.;OPOS=214781971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 214811244 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1087;QD=55.098;RBI=0.012781;REFB=0;REVB=-0.00719964;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89184e-05;OID=.;OPOS=214811244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 214814059 . T G 544.14 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545571;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.16;QD=60.4604;RBI=0.0570027;REFB=0;REVB=0.0165175;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520847;OID=.;OPOS=214814059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr1 214816224 . G A 1811.0 PASS AF=0.954198;AO=123;DP=131;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0418905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.12;QD=55.2977;RBI=0.0459708;REFB=-0.109115;REVB=-0.0189342;RO=0;SAF=72;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7235e-08;STB=0.527268;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00125424;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:131:131:0:6:123:125:0.954198:51:72:0:0:52:73:0:6 chr1 214818223 . T A 664.98 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.635;QD=61.8583;RBI=0.0244719;REFB=0;REVB=0.0206571;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20347e-05;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 214826196 . G A 786.47 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000372724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.163;QD=64.2016;RBI=0.0207249;REFB=0;REVB=-0.0207215;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42263e-05;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr1 214830617 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.892;QD=59.4325;RBI=0.0134896;REFB=0;REVB=-0.0130839;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63772e-05;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr1 214837110 . C G 926.86 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.337;QD=57.9288;RBI=0.0430689;REFB=0;REVB=0.0124795;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578857;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:40:23:0:0:40:24:0:0 chr1 215741053 . T G 44.28 PASS AF=0.3125;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00242283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.618;QD=11.07;RBI=0.0310562;REFB=-0.0114704;REVB=-0.0309616;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506476;STB=0.72893;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0153575;OID=.;OPOS=215741053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:16:6:9:4:5:0.3125:2:2:6:0:3:2:7:2 chr1 215754404 . C T 94.59 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0665239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4735;QD=25.2228;RBI=0.0665349;REFB=0.00573507;REVB=-0.00120673;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113004;STB=0.571292;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000217396;OID=.;OPOS=215754404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:10:11:0.733333:7:3:2:2:8:3:2:2 chr1 215793834 . G A 275.58 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00194941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.647;QD=11.0232;RBI=0.0135567;REFB=-0.00613727;REVB=0.0134158;RO=65;SAF=14;SAR=19;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233015;STB=0.623807;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0117344;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:67:33:33:0.33:19:14:41:24:19:14:41:26 chr1 215848062 . C T 474.83 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0185647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1048;QD=17.7506;RBI=0.033627;REFB=-0.0175628;REVB=-0.0280379;RO=54;SAF=35;SAR=16;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209075;STB=0.525866;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0415211;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:54:56:51:51:0.476636:16:35:36:18:16:35:36:20 chr1 215848641 . T C 410.41 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0164258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.242;QD=13.3467;RBI=0.0165523;REFB=-0.0123263;REVB=-0.00204251;RO=75;SAF=22;SAR=26;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15157;STB=0.585708;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0177285;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:75:48:48:0.390244:26:22:45:30:26:22:45:30 chr1 215960167 . T G 1471.41 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.724;QD=61.3087;RBI=0.0142745;REFB=0.0121962;REVB=0.000540384;RO=2;SAF=36;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488306;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-6.91307e-05;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:2:1:94:95:0.989583:58:36:1:1:59:36:1:0 chr1 216172380 . A G,T 829.55 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=52,4;DP=56;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=33,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170861,0.00476234;FXX=0.0483793;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.782,157.678;QD=56.2408;RBI=0.0247699,0.0149916;REFB=0,0;REVB=-0.0179336,-0.0142151;RO=0;SAF=19,0;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.0907e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00193873,-0.0214638;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:56:59:0:0:52,4:54,5:0.915254,0.0847458:33,4:19,0:0:0:33,5:21,0:0:0 chr1 216219781 . A G 564.43 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.010138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.891;QD=15.1525;RBI=0.011658;REFB=-0.0129979;REVB=0.00575585;RO=87;SAF=34;SAR=27;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663325;STB=0.53406;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0201926;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:87:88:61:61:0.409396:27:34:43:44:27:34:44:44 chr1 216258065 . A G 727.1 PASS AF=0.405797;AO=83;DP=207;FAO=84;FDP=207;FR=.;FRO=123;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.0100739;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.85;QD=14.0502;RBI=0.0149215;REFB=-0.00263217;REVB=0.0110076;RO=119;SAF=41;SAR=42;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692178;STB=0.507245;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00500399;OID=.;OPOS=216258065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:123:83:84:0.405797:42:41:58:61:42:42:60:63 chr1 216348764 . C T 977.77 PASS AF=0.614286;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.036542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8712;QD=27.9363;RBI=0.0377923;REFB=0.00772498;REVB=-0.00964056;RO=53;SAF=36;SAR=50;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182568;STB=0.602088;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00408873;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:53:54:86:86:0.614286:50:36:36:17:50:36:37:17 chr1 216501010 . CAT C,CAC 334.02 PASS AF=0.379747,0.0886076;AO=29,7;DP=86;FAO=30,7;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15,4;FSAR=15,3;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0323088,-0.00559443;FXX=0.0365809;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=208.283,74.4556;QD=16.9125;RBI=0.0340053,0.0155844;REFB=-0.0129211,-0.00728706;REVB=-0.0106066,0.0145457;RO=45;SAF=14,4;SAR=15,3;SRF=22;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00652428,0.0984039;STB=0.527759,0.600871;STBP=0.73,0.612;TYPE=del,snp;VARB=0.020681,-0.00831482;OID=.,.;OPOS=216501011,216501012;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379747,0.0886076:29,7:86:30,7:79:42:15,4:15,3:19:23:99:45:14,4:15,3:22:23 chr1 216592003 . T C 1407.73 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672211;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.705;QD=62.5656;RBI=0.00858374;REFB=0;REVB=0.00533796;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29089e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:43:45:0:0:43:47:0:0 chr1 216595306 . C T 1717.58 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220543;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.977;QD=60.7994;RBI=0.00565905;REFB=0;REVB=-0.00521162;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219394;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:44:69:0:0:44:69:0:0 chr1 216678053 . C A 281.63 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.100085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.903;QD=17.0682;RBI=0.100199;REFB=-0.0315864;REVB=-0.00478652;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124587;STB=0.561364;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0323591;OID=.;OPOS=216678053;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:16:15:21:13:16:15:21:14 chr1 216692669 . C T 493.37 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0225538;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.937;QD=25.301;RBI=0.0225652;REFB=-0.00378809;REVB=-0.000716154;RO=32;SAF=22;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101656;STB=0.555532;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00631622;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:32:46:46:0.589744:24:22:11:21:24:22:11:21 chr1 217804325 . G A 1532.27 PASS AF=0.611607;AO=137;DP=223;FAO=137;FDP=224;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=95;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=0.0117034;FXX=0.00444425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.633;QD=27.362;RBI=0.0168577;REFB=-0.0124569;REVB=-0.0121332;RO=86;SAF=42;SAR=95;SRF=28;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158546;STB=0.506936;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00678326;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:86:87:137:137:0.611607:95:42:28:58:95:42:28:59 chr1 217856626 . G A 1072.17 PASS AF=0.616352;AO=98;DP=159;FAO=98;FDP=159;FR=.;FRO=61;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00569965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.506;QD=26.9728;RBI=0.0110972;REFB=-0.0300154;REVB=-0.00952164;RO=61;SAF=52;SAR=46;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120088;STB=0.564915;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0173186;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:61:61:98:98:0.616352:46:52:22:39:46:52:22:39 chr1 217915324 . C T 233.21 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0369336;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.96;QD=18.2907;RBI=0.0570916;REFB=-0.0466524;REVB=-0.0435358;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269927;STB=0.627806;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0486947;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:26:24:25:0.490196:9:15:9:18:10:15:9:17 chr1 217947738 . G A 563.05 PASS AF=0.495798;AO=57;DP=117;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00244019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.19;QD=18.9262;RBI=0.0297358;REFB=-0.0108771;REVB=0.0296355;RO=60;SAF=27;SAR=30;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552143;STB=0.538185;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0116483;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:60:60:57:59:0.495798:30:27:32:28:32:27:32:28 chr1 218614824 . AAT A,AAA 42.38 PASS AF=0.15,0;AO=20,6;DP=132;FAO=18,0;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=0.0201993,-0.013968;FXX=0.0399968;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=20.0049,16.4776;QD=1.41274;RBI=0.0225573,0.076644;REFB=-0.0404743,-0.0139028;REVB=-0.0100409,-0.0753604;RO=87;SAF=10,1;SAR=10,5;SRF=35;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124449,-0.267789;STB=0.74975,0.5;STBP=0.021,1;TYPE=del,snp;VARB=0.17191,0;OID=.,.;OPOS=218614825,218614826;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15,0:20,6:132:18,0:120:102:12,0:6,0:36:66:43:87:10,1:10,5:35:52 chr1 219383860 . GTTTTTG GTTTTG,GTTTTTGC 536.19 PASS AF=0,1;AO=4,10;DP=40;FAO=0,39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438025,0.0950816;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=7.31458,122.128;QD=54.9934;RBI=0.12404,0.102614;REFB=0,0;REVB=0.116048,0.03859;RO=17;SAF=3,0;SAR=1,10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0628903,-0.81806;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.00126804;OID=.,.;OPOS=219383861,219383867;OREF=T,-;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTG,GTTTTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,10:40:0,39:39:0:0,18:0,21:0:0:4:17:3,0:1,10:12:5 chr1 219383867 . T C 362.91 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0181383;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.999;QD=32.2588;RBI=0.0264335;REFB=-0.0997751;REVB=-0.0192285;RO=15;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416329;STB=0.727126;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00231692;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:15:15:30:30:0.666667:9:21:0:15:9:21:0:15 chr1 219383905 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.872;QD=57.5442;RBI=0.00538402;REFB=0;REVB=0.00484905;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53942e-06;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr1 220136115 . A G 1496.53 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6938;QD=63.0116;RBI=0.0177153;REFB=0;REVB=-0.00370854;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41331e-05;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:57:37:0:0:57:38:0:0 chr1 220197625 . G T 800.53 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8036;QD=57.1804;RBI=0.0395241;REFB=0;REVB=0.0382572;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157789;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr1 220231180 . CT C,CG 131.1 PASS AF=0.289855,0;AO=18,3;DP=70;FAO=20,0;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=8,0;FSAR=12,0;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00340572,-0.00286294;FXX=0.0416609;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.425,165.139;QD=7.5999;RBI=0.0493611,0.00759195;REFB=-0.00453569,-0.00399266;REVB=-0.0492435,0.00703145;RO=46;SAF=6,2;SAR=12,1;SRF=33;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.434948,-0.0566875;STB=0.712517,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0216446,0;OID=.,.;OPOS=220231181,220231181;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855,0:18,3:70:20,0:69:49:8,0:12,0:35:14:99:46:6,2:12,1:33:13 chr1 220239448 . T C 139.84 PASS AF=0.432432;AO=13;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0422909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.655;QD=15.1183;RBI=0.0423028;REFB=-0.0154567;REVB=-0.00100499;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.54049;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0206512;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:21:13:16:0.432432:6:7:8:7:8:8:9:12 chr1 220344453 . T C 103.87 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0142433;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1465;QD=15.3879;RBI=0.0144579;REFB=-0.0488729;REVB=-0.00248175;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.636143;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0316049;OID=.;OPOS=220344453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:11:15:11:12:0.444444:7:4:6:5:7:5:10:5 chr1 220578892 . AAACACACACACACACACACACACACACAC AAACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACAC 363.11 PASS AF=0.178571,0.142857,0.428571,0,0.25;AO=3,3,7,3,5;DP=29;FAO=5,4,12,0,7;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,4,1,0,0;FSAR=1,0,11,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105067,0.00500134,0.00514744,0.00177445,-0.0176398;FXX=0.096743;HRUN=1,1,1,3,3;LEN=5,3,2,3,5;MLLD=96.0453,94.2343,98.0601,91.5254,92.461;QD=51.8724;RBI=0.0128583,0.070989,0.0749413,0.0742726,0.0188736;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0074125,0.0708127,0.0747643,0.0742514,0.00671201;RO=0;SAF=3,3,1,0,0;SAR=0,0,6,3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,del;VARB=0.0199335,0.00648614,0.0209039,0,0.0435865;OID=.,.,.,.,.;OPOS=220578917,220578919,220578894,220578893,220578893;OREF=CACAC,CAC,AC,AAC,AACAC;OALT=-,-,-,-,-;OMAPALT=AAACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0.178571,0.142857,0.428571,0,0.25:3,3,7,3,5:29:5,4,12,0,7:28:0:4,4,1,0,0:1,0,11,0,7:0:0:52:0:3,3,1,0,0:0,0,6,3,5:0:0 chr1 220603310 . TGTGA T,TGAGA,TGTGT 104.73 PASS AF=0.6,0.4,0;AO=4,5,6;DP=18;FAO=6,4,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4,0;FSAR=5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335294,0.072696,-0.0343584;FXX=0.0908265;HRUN=1,1,1;LEN=4,1,1;MLLD=60.5924,51.4997,55.4194;QD=41.8922;RBI=0.233204,0.127073,0.0343681;REFB=0,0,0;REVB=0.230781,-0.104225,-0.000816264;RO=3;SAF=0,5,1;SAR=4,0,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.705357,0.762666,-0.146968;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00723224,0.0347325,0;OID=.,.,.;OPOS=220603311,220603312,220603314;OREF=GTGA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TGAGA,TGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4,0:4,5,6:18:6,4,0:10:0:1,4,0:5,0,0:0:0:25:3:0,5,1:4,0,5:1:2 chr1 220603324 . A G 107.04 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0336811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.281;QD=22.5349;RBI=0.0792827;REFB=-0.0672152;REVB=0.0717728;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279986;OID=.;OPOS=220603324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:7:4:3:4:7:5:3:4 chr1 220607685 . G A 786.81 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00194721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0346;QD=55.2144;RBI=0.0109365;REFB=0.0211186;REVB=-0.0107617;RO=1;SAF=39;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119331;STB=0.506327;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00314266;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:15:39:1:0:17:39:1:0 chr1 220773128 . ATTTTTTTTC ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT,ATTTTTTTTCT 154.92 PASS AF=0.853659,0.146341,0;AO=10,3,6;DP=43;FAO=35,6,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24,6,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.716029,0.148572,-0.121696;FXX=0.0238039;HRUN=8,8,0;LEN=1,2,1;MLLD=5.23145,87.5601,88.9452;QD=15.1144;RBI=0.720364,0.151729,0.125399;REFB=0.0299126,0.0420545,0.0416527;REVB=-0.0789138,-0.0307936,-0.0302513;RO=15;SAF=5,3,6;SAR=5,0,0;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.53474,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0939536,-0.00282369,-0.0206515;OID=.,.,.;OPOS=220773129,220773136,220773138;OREF=T,TC,-;OALT=-,CT,T;OMAPALT=ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT,ATTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.853659,0.146341,0:10,3,6:43:35,6,0:41:0:24,6,0:11,0,0:0:0:26:15:5,3,6:5,0,0:15:0 chr1 220789355 . ATTTTTTTA AATTTTTAA,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTTAA 944.46 PASS AF=0.0104167,0.0104167,0.802083,0,0.177083;AO=8,12,24,6,15;DP=110;FAO=1,1,77,0,17;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,31,0,7;FSAR=1,0,46,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495925,0.0799218,0.101369,0.0484464,0.0920331;FXX=0.0588178;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=7,3,2,2,1;MLLD=10.4129,14.3434,16.3234,10.693,7.24489;QD=39.3525;RBI=0.0516963,0.0800074,0.101954,0.0520197,0.0977418;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0145979,-0.00370135,0.0109106,0.0189473,0.0329146;RO=3;SAF=4,6,14,5,5;SAR=4,6,10,1,10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.0790568,0.0596449,0.052221,0.354507,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,snp;VARB=-0.166066,-0.0331297,0.0250245,0,0.0996534;OID=.,.,.,.,.;OPOS=220789356,220789361,220789356,220789361,220789362;OREF=TTTTTTT,TTA,TT,TT,T;OALT=ATTTTTA,-,-,AA,A;OMAPALT=AATTTTTAA,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0.0104167,0.0104167,0.802083,0,0.177083:8,12,24,6,15:110:1,1,77,0,17:96:0:0,1,31,0,7:1,0,46,0,10:0:0:50:3:4,6,14,5,5:4,6,10,1,10:1:2 chr1 220935081 . G A 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.012383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.253;QD=21.7451;RBI=0.0174049;REFB=0.00777133;REVB=-0.0122309;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161987;STB=0.591027;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00583174;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:11:9:14:8:11:9 chr1 220970028 . A C,G 1067.74 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=6,67;DP=73;FAO=6,67;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=6,20;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173025,0.02255;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.945,56.5906;QD=58.5062;RBI=0.0203452,0.0438607;REFB=0,0;REVB=-0.0107029,-0.0376198;RO=0;SAF=6,20;SAR=0,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150198,0.00151903;OID=.,.;OPOS=220970028,220970028;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:73:73:0:0:6,67:6,67:0.0821918,0.917808:0,47:6,20:0:0:0,47:6,20:0:0 chr1 221053545 . T C 207.14 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0106581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.776;QD=19.2683;RBI=0.0156018;REFB=-0.0232783;REVB=-0.011394;RO=21;SAF=0;SAR=20;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.810945;STB=0.79506;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0280446;OID=.;OPOS=221053545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:20:21:0.488372:20:0:5:16:20:1:6:16 chr1 221509332 . G A 701.01 PASS AF=0.625;AO=62;DP=102;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00964453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.817;QD=26.9621;RBI=0.01409;REFB=-0.0323964;REVB=0.0102719;RO=39;SAF=37;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794697;STB=0.531091;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0221624;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:39:39:62:65:0.625:25:37:19:20:28:37:19:20 chr1 221912361 . T C 1234.24 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013417;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.133;QD=61.712;RBI=0.0179266;REFB=0;REVB=0.011889;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70042e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr1 221912808 . T C 1007.68 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0150392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.315;QD=55.2151;RBI=0.0231266;REFB=0.0466306;REVB=0.0175687;RO=2;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325738;STB=0.525416;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000123795;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:28:42:0:2:28:42:0:3 chr1 222649341 . A C 639.02 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9689;QD=62.343;RBI=0.249662;REFB=0;REVB=0.248959;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319402;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:32:41:1:15:17:0:0:24:17:0:0 chr1 222734803 . G C 236.26 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00914508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.118;QD=15.7509;RBI=0.00917676;REFB=-0.00157788;REVB=-0.000761961;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559319;STB=0.531575;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00513023;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:19:14:13:14:19:14 chr1 222798106 . G A 806.27 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544291;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.341;QD=57.5905;RBI=0.00546069;REFB=0;REVB=0.000440341;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.146e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr1 222802006 . A G 1134.63 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0405588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.337;QD=56.7315;RBI=0.0668034;REFB=-0.122915;REVB=0.0530818;RO=2;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175247;STB=0.500945;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00135273;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:2:3:77:77:0.9625:53:24:0:2:53:24:1:2 chr1 222802802 . CT CG,GG 505.09 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=30,3;DP=35;FAO=32,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686869,-0.00882413;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=256.313,233.313;QD=57.7247;RBI=0.0075388,0.00993034;REFB=0,0;REVB=-0.00310719,-0.00455482;RO=0;SAF=18,3;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000372961,0.020051;OID=.,.;OPOS=222802803,222802802;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:35:35:0:0:30,3:32,3:0.914286,0.0857143:12,0:18,3:0:0:13,0:19,3:0:0 chr1 222802926 . CGA AGA,TAG,TGA 336.17 PASS AF=0.0769231,0,0.923077;AO=2,3,14;DP=25;FAO=2,0,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,14;FSAR=0,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163266,-0.16711,-0.0934559;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=15.6408,91.7766,110.943;QD=51.7188;RBI=0.16583,0.167199,0.0945679;REFB=0,0,0;REVB=-0.0290486,-0.0054726,0.0144594;RO=0;SAF=2,3,8;SAR=0,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.213712,0,-0.00113538;OID=.,.,.;OPOS=222802926,222802926,222802926;OREF=C,CGA,C;OALT=A,TAG,T;OMAPALT=AGA,TAG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:6:25:26:0:0:2,3,14:2,0,24:0.0769231,0,0.923077:0,0,6:2,3,8:0:0:0,0,10:2,0,14:0:0 chr1 222823529 . A C,T 1394.04 PASS AF=0.83871,0.16129;AO=75,14;DP=90;FAO=78,15;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41,10;FSAR=37,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012692,-0.00137871;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.3511,180.151;QD=59.9586;RBI=0.0177495,0.0168995;REFB=0,0;REVB=0.0124079,-0.0168431;RO=0;SAF=38,11;SAR=37,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00535728,-0.00253824;OID=.,.;OPOS=222823529,222823529;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:90:93:0:0:75,14:78,15:0.83871,0.16129:37,3:38,11:0:0:37,5:41,10:0:0 chr1 222825403 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.307;QD=60.2307;RBI=0.0266186;REFB=0;REVB=-0.0114613;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317266;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:32:5:0:0:32:5:0:0 chr1 222833601 . T C 1856.27 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020505;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2083;QD=59.8796;RBI=0.020995;REFB=0.0243178;REVB=0.00450946;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000412199;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:120:123:0.991935:64:56:0:0:67:56:0:1 chr1 222838216 . C T 801.6 PASS AF=1;AO=34;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042885;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.605;QD=57.2571;RBI=0.0671158;REFB=0;REVB=0.0516275;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366512;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:34:56:1:24:10:0:0:35:21:0:0 chr1 222886119 . A G 1283.33 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0932661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4149;QD=61.8474;RBI=0.103815;REFB=0;REVB=-0.0455963;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751074;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:30:52:0:0:31:52:0:0 chr1 222919895 . T G 742.96 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0640667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.016;QD=53.0685;RBI=0.0655509;REFB=0.0328617;REVB=0.0138702;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.521731;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000100941;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:32:22:1:0:32:22:2:0 chr1 222923351 . A G 1625.46 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0145;QD=59.1076;RBI=0.0272603;REFB=-0.130653;REVB=-0.00382863;RO=1;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663961;STB=0.503496;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000227171;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:71:38:0:1:71:38:0:1 chr1 223178561 . A C 533.5 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.797;QD=59.2772;RBI=0.0459177;REFB=0;REVB=0.0160459;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073113;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:13:23:0:0 chr1 223283910 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00296466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.409;QD=61.8144;RBI=0.0035868;REFB=-0.0275278;REVB=-0.00201889;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140498;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0014268;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:16:33:1:0:16:33:1:0 chr1 223441950 . T G 630.85 PASS AF=0.412791;AO=71;DP=172;FAO=71;FDP=172;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0274794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.87;QD=14.671;RBI=0.0274825;REFB=-0.00733277;REVB=-0.000410263;RO=101;SAF=33;SAR=38;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307554;STB=0.517237;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0103734;OID=.;OPOS=223441950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:101:101:71:71:0.412791:38:33:44:57:38:33:44:57 chr1 223715248 . GTT GT,GTG 536.15 PASS AF=0.662338,0;AO=44,3;DP=79;FAO=51,0;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=18,0;FSAR=33,0;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0196783,-0.0425966;FXX=0.0253133;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.1715,78.8688;QD=27.8517;RBI=0.0418831,0.0617699;REFB=0.0151724,0.00224248;REVB=-0.0369724,-0.0447331;RO=25;SAF=13,3;SAR=31,0;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0124182,0.672124;STB=0.516885,0.5;STBP=0.743,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0087886,0;OID=.,.;OPOS=223715249,223715250;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662338,0:44,3:79:51,0:77:26:18,0:33,0:8:18:99:25:13,3:31,0:7:18 chr1 223717484 . G A 613.57 PASS AF=0.809524;AO=50;DP=62;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0495782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4144;QD=38.9568;RBI=0.0560104;REFB=-0.00484757;REVB=0.0260608;RO=12;SAF=21;SAR=29;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00123509;STB=0.502856;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0048494;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:63:12:12:50:51:0.809524:29:21:5:7:29:22:5:7 chr1 223718651 . G A 489.56 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00186577;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.958;QD=24.4782;RBI=0.00425074;REFB=-0.0116519;REVB=0.00381938;RO=34;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510312;STB=0.527979;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00945571;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:26:20:17:17:26:20:17:17 chr1 223718670 . G A 417.21 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00244888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.859;QD=25.2854;RBI=0.0112282;REFB=-0.0143789;REVB=-0.0109579;RO=26;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172242;STB=0.509429;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00873697;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:24:16:11:15:24:16:11:15 chr1 223722780 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0031509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.96;QD=22.924;RBI=0.017254;REFB=-0.00588351;REVB=-0.0169639;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106844;STB=0.55042;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0085743;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:19:15:14:10:19:15:14:11 chr1 223810503 . GGA G,GG,GGG 54.88 PASS AF=0.101449,0.188406,0;AO=16,12,4;DP=74;FAO=7,13,0;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=3,10,0;FSAR=4,3,0;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0903473,-0.00227758,0.0850143;FXX=0.028165;HRUN=5,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.7085,7.5511,13.1784;QD=3.18128;RBI=0.200477,0.255086,0.119172;REFB=-0.034572,-0.0934921,-0.0602178;REVB=0.178964,0.255076,0.0835134;RO=35;SAF=11,8,2;SAR=5,4,2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.299319,0.283389,0.0786499;STB=0.553692,0.73261,0.5;STBP=0.795,0.079,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0931751,0.176194,0;OID=.,.,.;OPOS=223810504,223810505,223810505;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.101449,0.188406,0:16,12,4:74:7,13,0:69:49:3,10,0:4,3,0:24:25:22:35:11,8,2:5,4,2:15:20 chr1 223813586 . G T 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173936;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.886;QD=57.0094;RBI=0.0173936;REFB=0;REVB=-1.89419e-05;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00079e-05;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr1 223877789 . T C 1590.52 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1043;QD=58.9083;RBI=0.039586;REFB=-0.0826056;REVB=0.0164243;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999073;STB=0.505262;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000632874;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:59:47:1:0:60:47:1:0 chr1 223900408 . C G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.95;QD=58.0548;RBI=0.0194397;REFB=0;REVB=0.0187563;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37315e-05;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr1 223905532 . G A 77.63 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0184307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.041;QD=13.5005;RBI=0.0302787;REFB=-0.0336837;REVB=-0.0240231;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.509073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0275526;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:8:4:4:6:8:5 chr1 223933079 . C T 413.92 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0110863;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.854;QD=19.2521;RBI=0.0122231;REFB=-0.00333728;REVB=-0.00514765;RO=42;SAF=13;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234137;STB=0.627423;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00457275;OID=.;OPOS=223933079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:44:40:42:0.488372:27:13:24:18:29:13:24:20 chr1 223934720 . G A 439.47 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0101404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.642;QD=21.9737;RBI=0.0418756;REFB=-0.00445313;REVB=-0.0406293;RO=37;SAF=29;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243468;STB=0.513436;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00874577;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:14:29:24:13:14:29:24:13 chr1 223949349 . T C 321.96 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.033104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.885;QD=12.1496;RBI=0.0331281;REFB=-0.0133362;REVB=-0.00126389;RO=66;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359602;STB=0.528288;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0236048;OID=.;OPOS=223949349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:66:66:39:40:0.377358:20:19:30:36:20:20:30:36 chr1 223951841 . T C 563.81 PASS AF=0.53271;AO=55;DP=105;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.00179547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.728;QD=21.077;RBI=0.0229935;REFB=-0.0114844;REVB=0.0229233;RO=48;SAF=36;SAR=19;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718094;STB=0.539555;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0108839;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:48:50:55:57:0.53271:19:36:35:13:19:38:37:13 chr1 223959959 . G A 102.73 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0177979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6704;QD=9.55588;RBI=0.0294351;REFB=-0.0203231;REVB=-0.0234449;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265503;STB=0.66874;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0527536;OID=.;OPOS=223959959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:5:8:11:18:5:8:11:19 chr1 223967953 . C T 111.07 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00884148;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.24;QD=14.3318;RBI=0.0133542;REFB=-0.0122107;REVB=-0.0100081;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439832;STB=0.757173;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.021906;OID=.;OPOS=223967953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:12:6:10:3:12:6 chr1 223980207 . G C 101.61 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0142854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.193;QD=8.648;RBI=0.0149754;REFB=-0.00496784;REVB=0.00449329;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358993;STB=0.718523;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0188662;OID=.;OPOS=223980207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:4:9:13:21:4:9:13:21 chr1 223989966 . C T 151.11 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00192532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6174;QD=8.39503;RBI=0.0262644;REFB=-0.00805559;REVB=-0.0261937;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264663;STB=0.660435;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0149444;OID=.;OPOS=223989966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:10:11:15:35:10:11:15:36 chr1 224492746 . C T 474.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6732;QD=57.5246;RBI=0.0709833;REFB=0;REVB=-0.0633865;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237981;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr1 224495852 . C T 1876.54 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6146;QD=60.5335;RBI=0.0626194;REFB=0;REVB=-0.055118;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420869;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:124:0:0:117:124:1:61:56:0:0:67:57:0:0 chr1 224505570 . T TAA,TAAA 466.36 PASS AF=1,0;AO=32,7;DP=42;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146953,-0.0998739;FXX=0.0238039;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=33.2853,23.0552;QD=45.4982;RBI=0.148026,0.100604;REFB=0,0;REVB=0.0177873,0.0120968;RO=0;SAF=18,6;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00333589,0.0180145;OID=.,.;OPOS=224505571,224505571;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=TAA,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,7:42:41,0:41:0:25,0:16,0:0:0:8:0:18,6:14,1:0:0 chr1 224517842 . C T 784.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8293;QD=64.0573;RBI=0.0719786;REFB=0;REVB=0.0132099;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104631;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 224575373 . G A 1453.43 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.484;QD=63.1924;RBI=0.0543605;REFB=0;REVB=0.0539535;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72114e-05;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr1 225288534 . A C 924.1 PASS AF=0.930556;AO=66;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00158804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.368;QD=51.3389;RBI=0.0170829;REFB=-0.104206;REVB=0.0170089;RO=5;SAF=21;SAR=45;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715684;STB=0.538126;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000918167;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:66:67:0.930556:45:21:4:1:46:21:4:1 chr1 225328432 . G T 101.94 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0153012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0442;QD=7.03041;RBI=0.1119;REFB=-0.0546822;REVB=-0.110849;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135447;STB=0.583222;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.125493;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:9:6:22:21:9:6:22:21 chr1 225490866 . TAA TA,TAT 85.37 PASS AF=0.158163,0.0561224;AO=46,11;DP=199;FAO=31,11;FDP=196;FR=.;FRO=154;FSAF=6,0;FSAR=25,11;FSRF=112;FSRR=42;FWDB=0.0479075,0.00391653;FXX=0.019999;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1177,230.989;QD=1.74219;RBI=0.156348,0.0565428;REFB=-0.0862211,-0.00816533;REVB=-0.148828,-0.0564069;RO=122;SAF=14,0;SAR=32,11;SRF=99;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567895,-0.758215;STB=0.879878,0.999417;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0258118,0.142859;OID=.,.;OPOS=225490867,225490868;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.158163,0.0561224:46,11:199:31,11:196:154:6,0:25,11:112:42:36:122:14,0:32,11:99:23 chr1 225506294 . A G 366.59 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0124568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4635;QD=12.8629;RBI=0.012545;REFB=0.00561225;REVB=-0.00148466;RO=69;SAF=28;SAR=16;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173534;STB=0.594727;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00504497;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:16:28:33:36:16:28:34:36 chr1 225528183 . C A 513.39 PASS AF=0.631579;AO=43;DP=70;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0202071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.513;QD=27.0203;RBI=0.0203733;REFB=-0.0134196;REVB=0.002597;RO=27;SAF=18;SAR=25;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352207;STB=0.50699;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00829163;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:76:27:28:43:48:0.631579:25:18:10:17:30:18:11:17 chr1 225533684 . A G 462.55 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0020856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.329;QD=16.2297;RBI=0.0310159;REFB=0.000347881;REVB=0.0309457;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115064;STB=0.564209;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00062887;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:27:24:37:26:27:24:37:26 chr1 225533731 . T A 370.28 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0142731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.173;QD=14.811;RBI=0.0165046;REFB=-0.00741164;REVB=-0.00828743;RO=58;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141715;STB=0.570814;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0112657;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:60:40:40:0.4:16:24:27:31:16:24:29:31 chr1 225533931 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0847041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5762;QD=17.7309;RBI=0.0862711;REFB=-0.00999303;REVB=0.0163683;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0175081;OID=.;OPOS=225533931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:8:11:7:10:8:11 chr1 225534219 . T C 692.35 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=108;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00529577;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.154;QD=25.8822;RBI=0.0134233;REFB=-0.0158893;REVB=-0.0123345;RO=42;SAF=34;SAR=31;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523731;STB=0.528451;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0115273;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:42:42:65:65:0.607477:31:34:25:17:31:34:25:17 chr1 225534348 . G A 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00880636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.544;QD=16.7848;RBI=0.0168814;REFB=-0.0363437;REVB=-0.0144024;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186836;STB=0.620606;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0335213;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:11:18:13:18:11:18:13:20 chr1 225541899 . C T 299.56 PASS AF=0.325;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0122045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.179;QD=9.98518;RBI=0.0252694;REFB=-0.0149503;REVB=-0.0221267;RO=81;SAF=16;SAR=23;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113823;STB=0.506605;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0287677;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:81:81:39:39:0.325:23:16:34:47:23:16:34:47 chr1 225555512 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0388246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6016;QD=19.3869;RBI=0.055085;REFB=-0.0142539;REVB=0.039077;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180977;STB=0.599947;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0144183;OID=.;OPOS=225555512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:15:20:26:8:15:20:26:8 chr1 225555602 . T G 452.4 PASS AF=0.469388;AO=37;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00407306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.82;QD=18.4652;RBI=0.00679824;REFB=-0.00820984;REVB=0.005443;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359092;STB=0.520399;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0114179;OID=.;OPOS=225555602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:52:37:46:0.469388:16:21:25:22:23:23:28:24 chr1 225565015 . T C 976.93 PASS AF=0.971429;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0058492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9562;QD=55.8246;RBI=0.0300399;REFB=0.00754591;REVB=0.029465;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00311244;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:70:1:2:65:68:0.971429:33:32:1:0:36:32:1:1 chr1 225565073 . C T 338.36 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0111613;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.045;QD=19.6151;RBI=0.0127945;REFB=-0.00593565;REVB=-0.00625497;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016348;STB=0.509086;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00458548;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:13:21:21:14:13:21 chr1 225569241 . T G 1705.28 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=126;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0121346;FXX=0.0317435;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.627;QD=55.9109;RBI=0.0221167;REFB=-0.0632083;REVB=0.0184906;RO=2;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193733;STB=0.521107;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000672698;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:126:122:2:6:116:116:0.95082:48:68:0:2:48:68:1:5 chr1 225580093 . G C 362.32 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0237307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6691;QD=13.2962;RBI=0.028691;REFB=-0.00615102;REVB=0.0161254;RO=66;SAF=17;SAR=26;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018586;STB=0.510529;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.011549;OID=.;OPOS=225580093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:26:17:25:41:26:17:25:41 chr1 225590236 . T A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0142468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.889;QD=12.7914;RBI=0.0147364;REFB=-0.0106311;REVB=-0.0037668;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229769;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0159796;OID=.;OPOS=225590236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:12:11:7:7:12:11 chr1 225600169 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0390454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.847;QD=13.4558;RBI=0.0401644;REFB=-0.00722589;REVB=-0.00941467;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350968;STB=0.704349;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0317199;OID=.;OPOS=225600169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:4:11:4:7:4:11 chr1 225601647 . C T 251.97 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00187741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.315;QD=25.8427;RBI=0.0475059;REFB=-0.0338782;REVB=-0.0474687;RO=15;SAF=20;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194217;STB=0.522369;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0256884;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:22:24:0.615385:2:20:12:3:4:20:12:3 chr1 225607144 . C T 902.36 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.624;QD=58.2166;RBI=0.00766784;REFB=0;REVB=0.00250863;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19577e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr1 225609884 . A G 880.54 PASS AF=0.527273;AO=85;DP=164;FAO=87;FDP=165;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00698312;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.711;QD=21.3465;RBI=0.00875528;REFB=-0.0123104;REVB=-0.00528119;RO=74;SAF=41;SAR=44;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494508;STB=0.52631;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0103541;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:74:78:85:87:0.527273:44:41:40:34:45:42:42:36 chr1 225611661 . C T 1982.77 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.364;QD=61.9614;RBI=0.0366471;REFB=0;REVB=-0.00193603;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34614e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:124:128:1:56:68:0:0:57:71:0:0 chr1 225675003 . A G 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00904007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.341;QD=7.68706;RBI=0.0131113;REFB=-0.0263815;REVB=-0.00949654;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778364;STB=0.538419;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0591745;OID=.;OPOS=225675003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:46:47:18:18:0.276923:9:9:20:26:9:9:21:26 chr1 225682560 . G A 159.14 PASS AF=0.435897;AO=18;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0270683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6526;QD=16.3219;RBI=0.0389814;REFB=-0.0343996;REVB=-0.0280509;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151842;STB=0.524662;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0400214;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:18:17:0.435897:8:10:12:9:7:10:12:10 chr1 225685473 . T C 166.15 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0598144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6792;QD=8.0071;RBI=0.0773483;REFB=-0.00517699;REVB=0.0490408;RO=58;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12036;STB=0.563717;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0165765;OID=.;OPOS=225685473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:60:23:23:0.277108:17:6:20:38:17:6:20:40 chr1 225706943 . C T 188.81 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=20;FWDB=-0.028766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.558;QD=7.33228;RBI=0.03354;REFB=-0.0255578;REVB=-0.0172466;RO=74;SAF=19;SAR=8;SRF=55;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599049;STB=0.530014;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0669094;OID=.;OPOS=225706943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:76:27:27:0.262136:8:19:55:19:8:19:56:20 chr1 226016558 . G C 219.81 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0102136;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.097;QD=11.7232;RBI=0.0209165;REFB=-0.00953607;REVB=-0.0182533;RO=47;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10893;STB=0.571374;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0260728;OID=.;OPOS=226016558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:9:18:27:20:9:18:27:21 chr1 226019633 . T C 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0257554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.54;QD=9.88283;RBI=0.027355;REFB=-0.00533518;REVB=0.00921709;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126849;STB=0.507456;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0112366;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:10:11:23:20:10:11:23:20 chr1 226019653 . G A 305.07 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0244758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.869;QD=29.0541;RBI=0.0263994;REFB=-0.0150502;REVB=-0.00989265;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342387;STB=0.505296;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00794679;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:15:26:27:0.642857:14:12:7:8:14:13:7:8 chr1 226026406 . A G 86.31 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0337956;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.641;QD=15.6928;RBI=0.0486245;REFB=-0.0208767;REVB=-0.03496;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097017;STB=0.627711;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0150809;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:8:11:10:11:0.5:8:2:1:7:8:3:1:10 chr1 226027659 . C T 445.91 PASS AF=0.511628;AO=36;DP=84;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00899965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.83;QD=20.7402;RBI=0.0169847;REFB=-0.00322837;REVB=0.0144043;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112946;STB=0.545865;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00307454;OID=.;OPOS=226027659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:35:42:36:44:0.511628:19:17:21:14:23:21:24:18 chr1 226032229 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0113745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.915;QD=14.65;RBI=0.0293784;REFB=-0.0107048;REVB=-0.0270871;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334398;STB=0.533304;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0160467;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:7:16:20:10:7:16:20:11 chr1 226033030 . G C 316.2 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0085723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7733;QD=31.62;RBI=0.0153715;REFB=0.00378571;REVB=0.0127592;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057661;STB=0.531575;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00172011;OID=.;OPOS=226033030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:14:13:5:8:14:13:5:8 chr1 226034774 . C T 201.72 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00145962;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.331;QD=19.6795;RBI=0.0157847;REFB=-0.0602952;REVB=-0.0157171;RO=21;SAF=18;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257979;STB=0.649305;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0659516;OID=.;OPOS=226034774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:2:18:16:5:2:18:16:5 chr1 226041438 . C T 263.46 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0423789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8114;QD=17.5639;RBI=0.0458958;REFB=-0.0323568;REVB=-0.0176198;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106247;STB=0.566965;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0247064;OID=.;OPOS=226041438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:15:14:18:12:15:14:19:12 chr1 226046974 . T C 764.37 PASS AF=0.630631;AO=50;DP=111;FAO=70;FDP=111;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0151677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.855;QD=27.5448;RBI=0.0174759;REFB=-0.00449982;REVB=-0.00868045;RO=29;SAF=31;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231584;STB=0.582799;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00255424;OID=.;OPOS=226046974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:29:41:50:70:0.630631:19:31:8:21:32:38:13:28 chr1 226055595 . G A 141.32 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.000597234;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6476;QD=13.1462;RBI=0.0676149;REFB=-0.00718881;REVB=-0.0676123;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310571;STB=0.683301;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0455123;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:13:14:4:12:13:14 chr1 226074569 . T G 112.61 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0348209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.006;QD=9.00841;RBI=0.0435315;REFB=-0.0205996;REVB=-0.0261246;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187432;STB=0.60511;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0434443;OID=.;OPOS=226074569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:5:9:17:18:5:9:18:18 chr1 226076669 . C T 308.6 PASS AF=0.6;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0546323;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.432;QD=24.6879;RBI=0.0570246;REFB=-0.0302586;REVB=0.0163435;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177271;OID=.;OPOS=226076669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:19:20:29:30:0.6:18:11:8:11:18:12:8:12 chr1 226474132 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.462;QD=62.4654;RBI=0.0076964;REFB=0;REVB=-0.00482502;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91685e-07;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr1 226555302 . A G 439.65 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0335635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1722;QD=14.655;RBI=0.0419978;REFB=-8.95149e-06;REVB=-0.0252449;RO=69;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164133;STB=0.596116;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000304506;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:70:50:50:0.416667:21:29:29:40:21:29:29:41 chr1 226570840 . T C 303.64 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.017871;FXX=0.0240935;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.854;QD=14.9945;RBI=0.020256;REFB=-0.0080056;REVB=-0.00953595;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878938;STB=0.501457;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0139323;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:41:47:33:34:0.419753:18:15:19:22:18:16:22:25 chr1 226573364 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.931;QD=62.3509;RBI=0.0159377;REFB=0;REVB=-0.00404859;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14551e-05;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 226589833 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0154306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.493;QD=8.69805;RBI=0.0162969;REFB=0.00905178;REVB=0.00524251;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25089;STB=0.651795;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0163316;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:11:3:3:4:11:3 chr1 226589958 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00838742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.511;QD=13.3349;RBI=0.0147063;REFB=-0.00306945;REVB=-0.01208;RO=24;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589552;STB=0.847337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0100994;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:2:13:8:16:2:13:8:16 chr1 226923264 . G A 177.58 PASS AF=0.558824;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.120528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.345;QD=20.8913;RBI=0.144929;REFB=-0.038695;REVB=0.0804812;RO=8;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310525;STB=0.579323;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0397839;OID=.;OPOS=226923264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:8:15:17:19:0.558824:12:5:2:6:14:5:2:13 chr1 226923505 . G T 742.75 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.261;QD=53.0533;RBI=0.0217038;REFB=0.0433336;REVB=0.0190874;RO=2;SAF=19;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010884;STB=0.505778;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00128186;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:35:19:1:1:35:19:1:1 chr1 226923938 . A C 268.76 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0558939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.923;QD=10.3367;RBI=0.0588906;REFB=-0.0110653;REVB=-0.0185467;RO=68;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143772;STB=0.57589;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0254975;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:35:35:0.336538:20:15:21:47:20:15:22:47 chr1 227069677 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.46;QD=59.4356;RBI=0.0284036;REFB=0;REVB=0.00486892;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40362e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr1 227069737 . C T 43.86 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0335203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.61;QD=7.6283;RBI=0.0376187;REFB=-0.00651904;REVB=0.0170752;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267262;STB=0.522323;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0094938;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:23:16:16:6:7:0.304348:2:4:11:5:2:5:11:5 chr1 227071525 . C T 182.77 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000898169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8814;QD=9.74747;RBI=0.0341624;REFB=0.00475059;REVB=-0.0341506;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079491;STB=0.546628;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0144288;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:12:12:29:22:12:12:29:22 chr1 227172290 . C T 702.26 PASS AF=0.633663;AO=63;DP=100;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0106393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7143;QD=27.8122;RBI=0.0150022;REFB=0.0012853;REVB=0.010577;RO=37;SAF=42;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541436;STB=0.531401;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.000395958;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:37:37:63:64:0.633663:21:42:22:15:21:43:22:15 chr1 227174210 . T C 712.83 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0057608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.754;QD=22.2758;RBI=0.0157391;REFB=-0.0132877;REVB=0.0146469;RO=56;SAF=42;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765788;STB=0.531636;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0116603;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:56:59:69:69:0.539062:27:42:29:27:27:42:32:27 chr1 227177731 . A T 685.82 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00140705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.884;QD=21.9462;RBI=0.00140821;REFB=-0.0119703;REVB=-5.72424e-05;RO=58;SAF=24;SAR=43;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502773;STB=0.527599;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00962059;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:43:24:24:34:43:24:24:34 chr1 227178127 . A G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00332215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.543;QD=26.3056;RBI=0.0207413;REFB=-0.018529;REVB=0.0204736;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508858;STB=0.562634;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0103306;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:10:13:21:21:0.617647:13:8:3:7:13:8:3:10 chr1 227178948 . G A 621.59 PASS AF=0.93617;AO=41;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0310535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5914;QD=52.9012;RBI=0.0341954;REFB=-0.0257819;REVB=0.014318;RO=3;SAF=11;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112033;STB=0.555529;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0201643;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:47:3:3:41:44:0.93617:30:11:3:0:32:12:3:0 chr1 227178962 . T C 242.89 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0362696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3214;QD=22.5946;RBI=0.0411881;REFB=0.0204493;REVB=-0.0195185;RO=18;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239415;STB=0.647582;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0208482;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:20:23:23:0.534884:19:4:7:11:19:4:8:12 chr1 227182033 . G A 742.45 PASS AF=1;AO=42;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.021;QD=57.1111;RBI=0.0952681;REFB=0;REVB=0.0927255;RO=0;SAF=37;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414357;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:42:52:1:5:37:0:0:14:38:0:0 chr1 227182575 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.791;QD=56.9533;RBI=0.00576827;REFB=0;REVB=-0.00174977;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25547e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr1 227216662 . T C 842.64 PASS AF=0.864865;AO=65;DP=74;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.013571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3504;QD=45.5479;RBI=0.0278468;REFB=-0.075399;REVB=0.0243161;RO=8;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788168;STB=0.542567;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0162927;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:74:74:8:10:65:64:0.864865:32:33:1:7:31:33:2:8 chr1 227216775 . C T 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141354;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.311;QD=59.1579;RBI=0.0118817;REFB=0;REVB=-0.0117973;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17016e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr1 227221122 . CG AA,CA 305.06 PASS AF=0,0.613636;AO=2,23;DP=44;FAO=0,27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=0,9;FSAR=0,18;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00436909,-0.0168353;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=215.066,112.961;QD=27.7325;RBI=0.00778819,0.0170434;REFB=0.000723077,0.00599777;REVB=-0.00644724,0.00265536;RO=15;SAF=2,7;SAR=0,16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504245,-0.223384;STB=0.5,0.624905;STBP=1,0.036;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00702314;OID=.,.;OPOS=227221122,227221123;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:44:15:17:2,23:0,27:0,0.613636:0,16:2,7:9:6:0,18:0,9:11:6 chr1 227681475 . T C 2843.89 PASS AF=1;AO=174;DP=178;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454845;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7754;QD=60.8319;RBI=0.0957199;REFB=-0.0612127;REVB=0.0842227;RO=1;SAF=76;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255781;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:178:187:1:0:174:187:1:98:76:0:1:100:87:0:0 chr1 227920165 . G A 445.7 PASS AF=0.347826;AO=56;DP=162;FAO=56;FDP=161;FR=.;FRO=105;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00819725;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.403;QD=11.0733;RBI=0.0167812;REFB=-0.0102811;REVB=0.0146429;RO=102;SAF=18;SAR=38;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167365;STB=0.606818;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0238867;OID=.;OPOS=227920165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:102:105:56:56:0.347826:38:18:47:55:38:18:50:55 chr1 227935762 . G A 365.28 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.018178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5501;QD=15.7108;RBI=0.0240381;REFB=-0.00753053;REVB=0.0157286;RO=52;SAF=12;SAR=27;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066507;STB=0.541332;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0102032;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:54:39:39:0.419355:27:12:19:33:27:12:20:34 chr1 228033197 . A G 1161.44 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.261;QD=60.3345;RBI=0.0588792;REFB=0;REVB=0.0583924;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277091;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:73:77:1:48:25:0:0:52:25:0:0 chr1 228113163 . A G 336.25 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00807843;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8809;QD=14.7803;RBI=0.0553355;REFB=-0.0125252;REVB=-0.0547427;RO=52;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156041;STB=0.572448;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0251474;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:54:37:37:0.406593:21:16:15:37:21:16:17:37 chr1 228285945 . CTTTTTTTA CTTTTTTA,CTTTTTTAT 108.82 PASS AF=0.469388,0;AO=17,5;DP=49;FAO=23,0;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.015347,-0.151648;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.66238,17.838;QD=8.88319;RBI=0.263649,0.196342;REFB=-0.0850133,-0.0527242;REVB=0.263202,0.124712;RO=18;SAF=12,5;SAR=5,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150899,0.679095;STB=0.611753,0.5;STBP=0.157,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.122395,0;OID=.,.;OPOS=228285946,228285952;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CTTTTTTA,CTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388,0:17,5:49:23,0:49:26:16,0:7,0:13:13:99:18:12,5:5,0:10:8 chr1 228294567 . C T 779.06 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0016578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.555;QD=22.7462;RBI=0.00578934;REFB=-0.0186427;REVB=-0.0055469;RO=62;SAF=43;SAR=31;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819063;STB=0.541464;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0142842;OID=.;OPOS=228294567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:62:63:74:74:0.540146:31:43:30:32:31:43:31:32 chr1 228347352 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000705029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.122;QD=36.3484;RBI=0.000705029;REFB=-0.0126314;REVB=0;RO=1;SAF=11;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129316;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:0:11:1:0:0:11:1:0 chr1 228352160 . T C 191.06 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.875;QD=44.9548;RBI=0.0675455;REFB=0;REVB=0.0630929;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324177;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:9:6:0:0:10:7:0:0 chr1 228399482 . C G 868.77 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0179779;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.957;QD=51.1041;RBI=0.0221713;REFB=0.161372;REVB=0.0129754;RO=3;SAF=47;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893378;STB=0.505262;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00257839;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:3:5:63:63:0.926471:16:47:2:1:16:47:4:1 chr1 228399766 . T C 393.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.243;QD=56.2299;RBI=0.0439009;REFB=0;REVB=0.0398026;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180725;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr1 228402047 . A G 2902.6 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00342691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3738;QD=62.4215;RBI=0.0489275;REFB=-0.122531;REVB=-0.0488074;RO=1;SAF=109;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630593;STB=0.503268;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000549616;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:1:1:184:185:0.994624:75:109:0:1:76:109:0:1 chr1 228402121 . A G 1941.67 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.746;QD=61.1551;RBI=0.0571075;REFB=0;REVB=0.000165896;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72698e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:124:127:1:53:71:0:0:55:72:0:0 chr1 228412227 . T C 129.77 PASS AF=0.3;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0572435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6418;QD=8.65154;RBI=0.0756926;REFB=-0.0153947;REVB=-0.0495232;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500568;STB=0.549945;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0487117;OID=.;OPOS=228412227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:17:18:0.3:8:9:24:18:9:9:24:18 chr1 228412308 . G A 198.38 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00500075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.14;QD=9.22714;RBI=0.00534257;REFB=-0.00579;REVB=0.00188031;RO=58;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090774;STB=0.554012;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0118095;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:60:26:26:0.302326:11:15:29:29:11:15:30:30 chr1 228431095 . A G 226.6 PASS AF=0.345679;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.00991295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.878;QD=11.1899;RBI=0.030037;REFB=-0.016754;REVB=-0.0283541;RO=52;SAF=20;SAR=7;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431522;STB=0.504129;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0287457;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:53:27:28:0.345679:7:20:40:12:7:21:40:13 chr1 228433217 . A G 183.48 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00555652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.201;QD=11.8373;RBI=0.00684837;REFB=-0.0136401;REVB=-0.00400316;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242414;STB=0.641379;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0231197;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:17:6:18:21:17:6:18:21 chr1 228433346 . C T 260.93 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00216037;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.905;QD=14.1045;RBI=0.00231126;REFB=-0.0189181;REVB=-0.000821402;RO=39;SAF=7;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289267;STB=0.691246;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0277457;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:44:30:30:0.405405:23:7:19:20:23:7:23:21 chr1 228434395 . T C 178.88 PASS AF=0.289157;AO=22;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0181175;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.621;QD=8.6207;RBI=0.0185097;REFB=-0.0207223;REVB=-0.00379007;RO=60;SAF=9;SAR=13;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131013;STB=0.565602;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0394562;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:59:22:24:0.289157:13:9:31:29:14:10:30:29 chr1 228434467 . T C 95.62 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00677707;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.961;QD=5.3873;RBI=0.0146771;REFB=-0.00244482;REVB=0.0130188;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260476;STB=0.659137;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00798209;OID=.;OPOS=228434467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:75:71:47:56:15:15:0.211268:9:6:29:18:9:6:34:22 chr1 228437772 . G A 318.97 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00651769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9951;QD=15.7514;RBI=0.0661742;REFB=-0.0265768;REVB=0.0658524;RO=46;SAF=27;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268631;STB=0.652949;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0364367;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:8:27:25:21:8:27:25:21 chr1 228444565 . T A 728.06 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.895;QD=56.0042;RBI=0.08131;REFB=0;REVB=0.0791304;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408645;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:45:52:1:19:26:0:0:26:26:0:0 chr1 228451826 . C T 102.9 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0501996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0251;QD=9.57234;RBI=0.054734;REFB=-0.0228154;REVB=-0.021813;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191067;STB=0.626141;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0791546;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:8:5:16:13:8:5:17:13 chr1 228452032 . G A 294.03 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0215571;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.476;QD=17.296;RBI=0.0627721;REFB=-0.0138604;REVB=0.0589544;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162552;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:36:32:32:0.470588:16:16:18:17:16:16:18:18 chr1 228456147 . T C 252.36 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.000218243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5377;QD=11.0926;RBI=0.0521406;REFB=-0.0159797;REVB=-0.0521401;RO=60;SAF=18;SAR=13;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227098;STB=0.513149;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0487206;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:13:18:36:24:13:18:36:24 chr1 228461095 . G A 88.09 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0165946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7288;QD=5.59325;RBI=0.0169586;REFB=-0.0160775;REVB=0.00349498;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627553;STB=0.532064;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0630583;OID=.;OPOS=228461095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:48:49:14:14:0.222222:8:6:23:25:8:6:23:26 chr1 228461129 . A G 105.02 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0278987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8218;QD=6.46303;RBI=0.031268;REFB=-0.00928281;REVB=-0.0141193;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093276;STB=0.557696;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0359085;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:10:6:22:27:10:6:22:27 chr1 228464248 . T G 191.91 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0206927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.249;QD=11.8099;RBI=0.021626;REFB=-0.0218637;REVB=-0.00628472;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126174;STB=0.573061;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0359459;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:15:9:20:21:15:9:20:21 chr1 228464276 . T C 181.48 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0194346;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.148;QD=11.3425;RBI=0.0387459;REFB=-0.0169306;REVB=-0.0335192;RO=41;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24737;STB=0.644782;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0386723;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:41:23:23:0.359375:17:6:19:22:17:6:19:22 chr1 228468458 . G A 164.9 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00841367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.085;QD=9.55923;RBI=0.0363981;REFB=-0.00514284;REVB=0.0354123;RO=46;SAF=13;SAR=9;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469301;STB=0.511523;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00721092;OID=.;OPOS=228468458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:47:22:22:0.318841:9:13:27:19:9:13:27:20 chr1 228475848 . G A 501.14 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=-0.00309;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.731;QD=21.5544;RBI=0.0512016;REFB=-0.0128528;REVB=0.0511083;RO=45;SAF=34;SAR=14;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155901;STB=0.585334;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0136991;OID=.;OPOS=228475848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:14:34:38:7:14:34:38:7 chr1 228480282 . A G 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.0344184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.675;QD=15.8611;RBI=0.0344184;REFB=-0.00492224;REVB=-6.08395e-07;RO=49;SAF=25;SAR=13;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138206;STB=0.571001;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00496609;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:51:38:38:0.426966:13:25:38:11:13:25:39:12 chr1 228482010 . C T 696.2 PASS AF=0.449102;AO=72;DP=166;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0108242;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8927;QD=16.6754;RBI=0.0236369;REFB=-0.018006;REVB=0.0210129;RO=84;SAF=32;SAR=40;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392015;STB=0.513842;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0329492;OID=.;OPOS=228482010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:84:92:72:75:0.449102:40:32:34:50:43:32:37:55 chr1 228492044 . G A 184.56 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0160249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7374;QD=18.0057;RBI=0.100361;REFB=-0.0252799;REVB=0.0990737;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323033;STB=0.50276;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0333417;OID=.;OPOS=228492044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:6:12:14:8:7:12:14:8 chr1 228494790 . G A 383.24 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0163387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.023;QD=14.5995;RBI=0.0204318;REFB=-0.0181854;REVB=-0.0122681;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403718;STB=0.517965;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0206847;OID=.;OPOS=228494790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:21:23:29:31:21:23:30:31 chr1 228503677 . A G 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0173207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.027;QD=13.5512;RBI=0.0497774;REFB=-0.0112734;REVB=-0.0466667;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131069;STB=0.575008;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0230975;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:19:16:14:10:19:16 chr1 228504472 . T C 259.41 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0443025;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8296;QD=14.0221;RBI=0.0459266;REFB=-0.0215031;REVB=0.0121052;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133754;STB=0.575819;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0301764;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:29:15:14:16:29:15 chr1 228504670 . C T 207.76 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00649996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.591;QD=17.682;RBI=0.0375843;REFB=-0.0331691;REVB=-0.037018;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362158;STB=0.520588;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0454529;OID=.;OPOS=228504670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:17:9:8:13:17:9 chr1 228505668 . C G 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00602406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.775;QD=11.5759;RBI=0.0155389;REFB=-0.00809117;REVB=0.0143237;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154806;STB=0.589007;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0173174;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:10:13:28:12:10:13:28:12 chr1 228509427 . A G 286.55 PASS AF=0.365591;AO=32;DP=89;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0619484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2573;QD=12.3246;RBI=0.0622726;REFB=-0.0511611;REVB=-0.00634579;RO=57;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550667;STB=0.502537;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0724463;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:57:59:32:34:0.365591:15:17:30:27:16:18:31:28 chr1 228520973 . C G 323.49 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0840448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7423;QD=16.8044;RBI=0.0840668;REFB=-0.0161728;REVB=0.00192536;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15243;STB=0.585318;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0171237;OID=.;OPOS=228520973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:18:17:27:15:18:17:27:15 chr1 228524961 . C A 471.19 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00470743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.227;QD=14.4981;RBI=0.00806904;REFB=-0.0127497;REVB=0.00655359;RO=75;SAF=27;SAR=26;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167692;STB=0.501742;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0179609;OID=.;OPOS=228524961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:77:53:53:0.407692:26:27:37:38:26:27:39:38 chr1 228526665 . T C 730.67 PASS AF=0.333333;AO=93;DP=276;FAO=92;FDP=276;FR=.;FRO=184;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=97;FSRR=87;FWDB=0.0131477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.611;QD=10.5895;RBI=0.0293511;REFB=-0.0215486;REVB=-0.0262416;RO=180;SAF=49;SAR=44;SRF=96;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747355;STB=0.503636;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0432752;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:180:184:93:92:0.333333:44:49:96:84:43:49:97:87 chr1 228528563 . C G 263.67 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00221228;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.899;QD=12.7072;RBI=0.00567628;REFB=-0.00676523;REVB=-0.00522743;RO=53;SAF=19;SAR=12;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105306;STB=0.510995;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0112854;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:52:31:31:0.373494:12:19:32:21:12:19:31:21 chr1 228547901 . C T 602.7 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0166524;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.59;QD=26.2043;RBI=0.0245492;REFB=-0.0158404;REVB=0.0180378;RO=38;SAF=32;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913205;STB=0.5499;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.014113;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:38:38:54:54:0.586957:22:32:18:20:22:32:18:20 chr1 228558891 . CCGGG CCGG,CCGGC,CGG 445.04 PASS AF=1,0,0;AO=27,3,7;DP=43;FAO=42,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139812,-0.0779632,-0.128284;FXX=0.0232504;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=14.4704,6.43586,7.84822;QD=42.3844;RBI=0.142602,0.0884486,0.128652;REFB=-0.0120362,0.00458813,0.0654795;REVB=-0.0280679,0.041772,-0.00973263;RO=2;SAF=9,3,7;SAR=18,0,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0.416667;SSSB=0.0489106,0.74993,0.804017;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00700625,0,0;OID=.,.,.;OPOS=228558893,228558895,228558892;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:27,3,7:43:42,0,0:42:0:21,0,0:21,0,0:0:0:3:2:9,3,7:18,0,0:0:2 chr1 228559994 . C T 920.91 PASS AF=0.727273;AO=72;DP=100;FAO=72;FDP=99;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0300829;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.676;QD=37.2083;RBI=0.0352026;REFB=0.0109434;REVB=-0.0182823;RO=27;SAF=36;SAR=36;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282229;STB=0.515147;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00399759;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:27:27:72:72:0.727273:36:36:15:12:36:36:15:12 chr1 228560034 . C T 700.21 PASS AF=0.725;AO=57;DP=81;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0447201;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.948;QD=35.0106;RBI=0.0451698;REFB=-0.0117693;REVB=0.00635796;RO=21;SAF=29;SAR=28;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00667646;OID=.;OPOS=228560034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:21:22:57:58:0.725:28:29:10:11:29:29:11:11 chr1 228560139 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.076;QD=57.6804;RBI=0.0453515;REFB=0;REVB=-0.0449312;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156831;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr1 228560700 . T C 1557.42 PASS AF=0.550186;AO=147;DP=268;FAO=148;FDP=269;FR=.;FRO=121;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0189672;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0865;QD=23.1586;RBI=0.0605956;REFB=-0.00355155;REVB=-0.0575506;RO=115;SAF=70;SAR=77;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227721;STB=0.507266;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00309736;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:115:121:147:148:0.550186:77:70:58:57:77:71:60:61 chr1 228612838 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.122;QD=61.3363;RBI=0.00383019;REFB=0;REVB=-0.00178993;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02366e-05;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 228699477 . T C 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0449946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6095;QD=19.4395;RBI=0.0475261;REFB=-0.0124033;REVB=-0.0153043;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571282;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00622408;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:14:15:14:17:14:15 chr1 228743499 . C A 2043.54 PASS AF=0.964029;AO=133;DP=139;FAO=134;FDP=139;FR=.;FRO=5;FSAF=94;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.065178;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.601;QD=58.8068;RBI=0.0668685;REFB=-0.0748496;REVB=0.0149403;RO=4;SAF=93;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200026;STB=0.512951;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00541373;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:139:139:4:5:133:134:0.964029:40:93:4:0:40:94:5:0 chr1 228783671 . C T 235.34 PASS AF=0.394366;AO=29;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0351147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9189;QD=13.2583;RBI=0.0395454;REFB=0.0016786;REVB=-0.0181878;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283737;STB=0.649192;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00479533;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:29:28:0.394366:19:10:26:16:18:10:26:17 chr1 229386237 . T A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0060896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.087;QD=11.7808;RBI=0.00774291;REFB=-0.0141046;REVB=0.00478221;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468114;STB=0.509422;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0260225;OID=.;OPOS=229386237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:9:7:13:17:9:7:14:17 chr1 229460246 . A T 362.46 PASS AF=0.308725;AO=45;DP=147;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00972619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.415;QD=9.73057;RBI=0.0281252;REFB=-0.021904;REVB=-0.0263899;RO=102;SAF=21;SAR=24;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397002;STB=0.526766;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.054859;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:102:103:45:46:0.308725:24:21:51:51:25:21:51:52 chr1 229461024 . C T 377.06 PASS AF=0.373984;AO=45;DP=122;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.000946508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.536;QD=12.262;RBI=0.00430753;REFB=0.000886833;REVB=0.00420225;RO=73;SAF=25;SAR=20;SRF=52;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177859;STB=0.601263;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00112145;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:73:77:45:46:0.373984:20:25:52:21:21:25:54:23 chr1 229546425 . C T 317.43 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.00434842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.51;QD=15.4846;RBI=0.0140671;REFB=-0.0143611;REVB=-0.0133781;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28062;STB=0.661348;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015019;OID=.;OPOS=229546425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:19:16:34:12:19:16:35:12 chr1 229663064 . GAGGAA G 244.84 PASS AF=0.952381;AO=16;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0798023;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=5;MLLD=221.915;QD=46.6356;RBI=0.0977302;REFB=-0.0960756;REVB=0.0564162;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.00297842;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:16:21:20:21:1:4:16:1:0:6:0:4:12:0:0 chr1 229730452 . G A 650.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.401;QD=61.9565;RBI=0.0645068;REFB=0;REVB=0.0644119;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463779;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 229738170 . T G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.282;QD=61.5359;RBI=0.0171704;REFB=0;REVB=-0.00890542;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19403e-05;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr1 229738236 . G A 822.45 PASS AF=0.863014;AO=62;DP=71;FAO=63;FDP=73;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00141544;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.499;QD=45.0657;RBI=0.00358836;REFB=-0.0238619;REVB=-0.0032974;RO=8;SAF=26;SAR=36;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376012;STB=0.503999;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.000358144;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:71:73:8:10:62:63:0.863014:36:26:2:6:36:27:4:6 chr1 229772693 . T G 330.96 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.125;QD=50.9172;RBI=0.0729346;REFB=-0.126869;REVB=0.0606448;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00183885;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:26:1:1:23:25:0.961538:17:6:0:1:19:6:0:1 chr1 229790048 . A G 3031.13 PASS AF=0.994819;AO=192;DP=194;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118888;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3166;QD=62.8213;RBI=0.065239;REFB=-0.103339;REVB=-0.0641466;RO=1;SAF=91;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046918;STB=0.502463;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000416073;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:194:193:1:1:192:192:0.994819:101:91:0:1:101:91:0:1 chr1 230384937 . T C 117.49 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00905293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.061;QD=7.57987;RBI=0.0347149;REFB=-0.00743508;REVB=0.0335137;RO=45;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193913;STB=0.618411;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0301828;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:12:5:20:25:12:5:20:25 chr1 230384970 . G A 368.93 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0173262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.579;QD=27.3284;RBI=0.0215129;REFB=-0.0483889;REVB=0.0127517;RO=19;SAF=17;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144412;STB=0.57868;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0192652;OID=.;OPOS=230384970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:18:17:5:14:18:17:5:14 chr1 230415293 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0191032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.8;QD=18.7952;RBI=0.0201056;REFB=0.00509548;REVB=-0.0062693;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426443;STB=0.524208;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.011522;OID=.;OPOS=230415293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:8:19:17:6:8:19 chr1 230417557 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.218;QD=58.5878;RBI=0.0214131;REFB=0;REVB=0.0212378;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44844e-05;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 230417560 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0549;QD=58.5836;RBI=0.0273878;REFB=0;REVB=0.00148231;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389124;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 230461079 . G A 566.35 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0250771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.677;QD=24.6238;RBI=0.0310351;REFB=-0.0149722;REVB=0.0182843;RO=40;SAF=27;SAR=25;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114159;STB=0.562476;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0143611;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:25:27:15:25:25:27:15:25 chr1 230498061 . C T 161.57 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0224037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.174;QD=10.5945;RBI=0.0224299;REFB=-0.00776371;REVB=0.00108426;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794425;STB=0.530776;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0156742;OID=.;OPOS=230498061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:40:21:21:0.344262:12:9:19:19:12:9:19:21 chr1 230498094 . A C 110.71 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0550529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2351;QD=8.35557;RBI=0.0551333;REFB=-0.0172798;REVB=-0.00297628;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17214;STB=0.553774;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0476802;OID=.;OPOS=230498094;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:36:38:14:15:0.283019:5:9:18:18:6:9:20:18 chr1 230829139 . A G 445.14 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00647133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6167;QD=25.8051;RBI=0.0553177;REFB=-0.0684794;REVB=0.0549378;RO=27;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100192;STB=0.554764;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0390006;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:19:23:11:16:19:23:11:16 chr1 230841687 . T C 1332.85 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201161;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.744;QD=61.9931;RBI=0.057614;REFB=0;REVB=-0.0575789;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895515;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:38:48:0:0 chr1 230845794 . A G 445.47 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0111587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.05;QD=23.446;RBI=0.0132506;REFB=-0.0114914;REVB=-0.00714569;RO=33;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088062;STB=0.548284;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00847976;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:19:24:22:11:19:24:22:11 chr1 230898494 . C T 829.99 PASS AF=0.561151;AO=77;DP=137;FAO=78;FDP=139;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0293599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.407;QD=23.8845;RBI=0.0294596;REFB=0.00634966;REVB=0.00242122;RO=58;SAF=35;SAR=42;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223675;STB=0.51333;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00260113;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:58:61:77:78:0.561151:42:35:28:30:42:36:30:31 chr1 230974609 . C T 792.61 PASS AF=0.572519;AO=70;DP=129;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00580177;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.999;QD=24.2017;RBI=0.00580276;REFB=-0.00654398;REVB=0.000107433;RO=59;SAF=48;SAR=22;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396413;STB=0.509405;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00499358;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:59:56:70:75:0.572519:22:48:38:21:24:51:37:19 chr1 231042732 . T A 420.18 PASS AF=0.594203;AO=34;DP=64;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0126783;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.14;QD=24.3582;RBI=0.0380839;REFB=-0.0457169;REVB=0.0359116;RO=28;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961844;STB=0.510374;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0261057;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:28:28:34:41:0.594203:12:22:15:13:18:23:15:13 chr1 231057247 . A T 410.34 PASS AF=0.388889;AO=39;DP=123;FAO=49;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0196841;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2791;QD=13.0266;RBI=0.0255846;REFB=-0.011751;REVB=0.0163435;RO=61;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779187;STB=0.508083;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0214488;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:61:76:39:49:0.388889:22:17:31:30:29:20:32:44 chr1 231161773 . C T 815.29 PASS AF=0.657658;AO=73;DP=111;FAO=73;FDP=111;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00913786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8577;QD=29.3799;RBI=0.0100598;REFB=-0.0426324;REVB=-0.00420713;RO=38;SAF=38;SAR=35;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145957;STB=0.578706;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0253219;OID=.;OPOS=231161773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:38:38:73:73:0.657658:35:38:11:27:35:38:11:27 chr1 231298898 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0996852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.057;QD=17.2298;RBI=0.100338;REFB=-0.0142532;REVB=-0.0114264;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.689206;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0220666;OID=.;OPOS=231298898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:1:5:3:5:1:5 chr1 231339713 . C T 2943.76 PASS AF=0.645244;AO=251;DP=390;FAO=251;FDP=389;FR=.;FRO=138;FSAF=129;FSAR=122;FSRF=85;FSRR=53;FWDB=0.00217179;FXX=0.00256404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.797;QD=30.27;RBI=0.00429373;REFB=-0.00931576;REVB=0.00370398;RO=136;SAF=129;SAR=122;SRF=83;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632872;STB=0.536283;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00626362;OID=.;OPOS=231339713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:389:136:138:251:251:0.645244:122:129:83:53:122:129:85:53 chr1 231401902 . G A 505.31 PASS AF=0.509804;AO=53;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.00784557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.546;QD=19.8159;RBI=0.0239331;REFB=-0.00608006;REVB=-0.0226107;RO=49;SAF=21;SAR=32;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10333;STB=0.564583;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00457558;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:53:52:0.509804:32:21:14:35:31:21:14:36 chr1 231906589 . C T 162.07 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0267412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.252;QD=9.00372;RBI=0.0394946;REFB=-0.0157305;REVB=-0.0290642;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1122;STB=0.572799;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0402651;OID=.;OPOS=231906589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:10:12:22:27:10:12:22:28 chr1 232534957 . T C 141.84 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=49;FWDB=-0.00211937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.731;QD=6.52156;RBI=0.00975779;REFB=-0.0158483;REVB=-0.00952485;RO=63;SAF=4;SAR=17;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139118;STB=0.574802;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0441792;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:66:21:21:0.241379:17:4:17:46:17:4:17:49 chr1 232574921 . T C 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0609397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6977;QD=20.3316;RBI=0.0646134;REFB=0.00108222;REVB=0.0214767;RO=42;SAF=27;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842783;STB=0.504671;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000884673;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:16:27:26:16:16:27:26:16 chr1 232650750 . A G 467.43 PASS AF=0.489583;AO=44;DP=93;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0177865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.638;QD=19.4762;RBI=0.0182696;REFB=-0.0147913;REVB=0.00417383;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553603;STB=0.522079;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0115218;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:49:49:44:47:0.489583:19:25:25:24:21:26:25:24 chr1 232650867 . C T 353.01 PASS AF=0.521127;AO=32;DP=68;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0174705;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.403;QD=19.8878;RBI=0.0337554;REFB=-0.0409001;REVB=-0.0288827;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14164;STB=0.588559;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0353213;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:36:34:32:37:0.521127:13:19:16:20:13:24:16:18 chr1 232940863 . G A 949.23 PASS AF=0.528409;AO=92;DP=174;FAO=93;FDP=176;FR=.;FRO=83;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0105837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.76;QD=21.5733;RBI=0.0107781;REFB=-0.014795;REVB=-0.00203768;RO=82;SAF=62;SAR=30;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289395;STB=0.657194;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0149084;OID=.;OPOS=232940863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:82:83:92:93:0.528409:30:62:28:54:30:63:29:54 chr1 232940953 . T C 703.57 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00845844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.621;QD=22.6957;RBI=0.0172322;REFB=-0.0116581;REVB=0.0150134;RO=56;SAF=41;SAR=27;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173843;STB=0.595165;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00707699;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:27:41:22:34:27:41:22:34 chr1 232941677 . G T 863.38 PASS AF=0.666667;AO=67;DP=109;FAO=82;FDP=123;FR=.;FRO=41;FSAF=63;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00996955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8518;QD=28.0773;RBI=0.149184;REFB=-0.0199813;REVB=0.14885;RO=37;SAF=58;SAR=9;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219;STB=0.527688;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00715557;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:123:37:41:67:82:0.666667:9:58:25:12:19:63:29:12 chr1 232942251 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00192378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.24;QD=18.2482;RBI=0.0316144;REFB=-0.0130407;REVB=-0.0315558;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262554;STB=0.65192;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0128641;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:6:6:3:10:6:6 chr1 232942546 . A G 239.6 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.033789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.127;QD=18.0831;RBI=0.0349235;REFB=0.013043;REVB=0.00882923;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385818;STB=0.510196;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0177153;OID=.;OPOS=232942546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:25:26:0.490566:11:14:14:13:12:14:14:13 chr1 232944569 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00647671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.245;QD=10.4728;RBI=0.00784666;REFB=-0.00541002;REVB=-0.0044297;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178615;STB=0.605261;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0122017;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:13:22:8:9:13:22 chr1 232945039 . G A 146.05 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0252749;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.834;QD=20.1451;RBI=0.0353326;REFB=0.00292105;REVB=-0.0246895;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166822;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00295687;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:11:14:15:15:0.517241:10:5:6:5:10:5:7:7 chr1 232945255 . C G 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0175191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.078;QD=18.8185;RBI=0.0278351;REFB=-0.0427212;REVB=-0.0216304;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159197;STB=0.590762;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0590355;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:7:3:6:6:7:3 chr1 232967889 . T C 755.71 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.51;QD=62.9761;RBI=0.0496323;REFB=0;REVB=0.0293425;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01574e-06;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr1 233514934 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00765873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.149;QD=20.8971;RBI=0.0255787;REFB=-0.0116553;REVB=0.0244052;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00877053;OID=.;OPOS=233514934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr1 233514975 . G T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0145035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.146;QD=22.9152;RBI=0.0282677;REFB=-0.0311245;REVB=-0.0242634;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221916;STB=0.624758;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.024321;OID=.;OPOS=233514975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:4:0:3:6:4:0 chr1 233515071 . C T 421.2 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.035394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.531;QD=33.0354;RBI=0.0675323;REFB=-0.0332223;REVB=0.0575141;RO=14;SAF=20;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056783;STB=0.530769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0129375;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:17:20:6:8:17:20:6:8 chr1 233515102 . T G 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0166587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.462;QD=31.1375;RBI=0.0237941;REFB=-0.0311146;REVB=-0.0169896;RO=16;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212131;STB=0.51162;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0156549;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:16:14:8:8:16:14:8:8 chr1 233785786 . A C 2198.34 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00340936;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.168;QD=63.2616;RBI=0.0169875;REFB=0;REVB=0.0166418;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63461e-06;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:68:70:0:0:68:71:0:0 chr1 234041422 . G C 1445.74 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1566;QD=62.1824;RBI=0.0768162;REFB=0;REVB=0.0760823;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652852;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:93:1:0:91:93:1:40:51:0:1:42:51:0:0 chr1 234442257 . A T 1641.65 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.019;QD=60.244;RBI=0.0154662;REFB=0;REVB=-0.00528395;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17818e-05;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:53:55:0:0:53:56:0:0 chr1 234509259 . G C 786.27 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.673;QD=64.1857;RBI=0.0479492;REFB=0;REVB=0.0416123;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6325e-05;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr1 234529552 . C T 958.69 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.663;QD=57.235;RBI=0.0351038;REFB=-0.0566485;REVB=0.0154251;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.511108;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000286244;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:44:22:1:0:44:22:1:0 chr1 234529570 . G A 784.67 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.947;QD=57.0666;RBI=0.0375294;REFB=0;REVB=-0.0102887;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010975;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:35:20:0:0 chr1 234546245 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.612;QD=56.9381;RBI=0.0264101;REFB=0;REVB=-0.0120837;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111654;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr1 234569192 . T C 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0270235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.459;QD=21.892;RBI=0.029406;REFB=-0.0193461;REVB=0.0115949;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238098;STB=0.51315;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.012854;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:16:12:14:21:16:12 chr1 234582651 . T C 404.95 PASS AF=0.367647;AO=47;DP=133;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00365399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.827;QD=11.9102;RBI=0.00757298;REFB=-0.017571;REVB=0.00663312;RO=81;SAF=19;SAR=28;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457656;STB=0.555567;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.02676;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:81:86:47:50:0.367647:28:19:36:45:31:19:40:46 chr1 234584231 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0341986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6598;QD=6.80717;RBI=0.038964;REFB=-0.00874187;REVB=0.0186722;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47035;STB=0.79577;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0229181;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:17:10:7:2:17:10 chr1 234606998 . A G 375.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.364;QD=55.6319;RBI=0.0533556;REFB=0;REVB=0.0120191;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421795;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 235040004 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0241069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.746;QD=10.81;RBI=0.025477;REFB=-0.012922;REVB=-0.00824228;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878734;STB=0.505149;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0248443;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:13:23:12:7:13:23 chr1 235323590 . AG A 45.41 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.067508;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0692;QD=10.0911;RBI=0.0675551;REFB=-0.0568096;REVB=-0.00252183;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393626;STB=0.699688;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.105308;OID=.;OPOS=235323591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:9:19:10:18:8:6:4:8:0:34:8:5:4:8:0 chr1 235383188 . A G 190.71 PASS AF=0.3125;AO=24;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.00129819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.287;QD=9.53532;RBI=0.00312622;REFB=-0.00801422;REVB=0.00284393;RO=55;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205091;STB=0.631219;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00621336;OID=.;OPOS=235383188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:24:25:0.3125:12:12:18:37:12:13:18:37 chr1 235392546 . T C 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0310763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4806;QD=6.59469;RBI=0.041089;REFB=0.018051;REVB=0.0268806;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352018;STB=0.726737;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0480323;OID=.;OPOS=235392546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:14:14:2:7:14:14 chr1 235652513 . T C 927.4 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0478692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1123;QD=55.367;RBI=0.0704209;REFB=-0.0362134;REVB=0.0516492;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000433733;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00800944;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:65:65:0.970149:33:32:1:1:33:32:1:1 chr1 235705001 . G T 315.62 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00102823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8182;QD=17.5342;RBI=0.0402999;REFB=-0.0216292;REVB=-0.0402868;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744624;STB=0.541642;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0235666;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:22:16:17:17:22:16 chr1 235715523 . A G 1264.42 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4822;QD=61.6789;RBI=0.0236392;REFB=0;REVB=0.0221587;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112415;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr1 236141174 . T C 298.63 PASS AF=0.322314;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=121;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0115931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.014;QD=9.87189;RBI=0.0324748;REFB=-0.00766473;REVB=-0.030335;RO=81;SAF=23;SAR=16;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040702;STB=0.528377;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0167513;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:81:82:39:39:0.322314:16:23:45:36:16:23:45:37 chr1 236144951 . A G 128.9 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0762986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5769;QD=8.45267;RBI=0.0841208;REFB=-0.00673956;REVB=0.0354237;RO=40;SAF=2;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501962;STB=0.828404;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0288657;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:43:18:18:0.295082:16:2:18:22:16:2:21:22 chr1 236175327 . C A 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0244735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.319;QD=15.8126;RBI=0.0247467;REFB=-0.00456318;REVB=0.00366686;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1039;STB=0.564065;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00446031;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:17:17:26:17:17:17:27:17 chr1 236175339 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.351;QD=60.3767;RBI=0.0424249;REFB=0;REVB=0.00259157;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105119;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:31:41:0:0:33:41:0:0 chr1 236187492 . T C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00785514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.33;QD=22.375;RBI=0.0192654;REFB=-0.0232597;REVB=0.0175912;RO=27;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202479;STB=0.612177;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0123613;OID=.;OPOS=236187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:25:10:14:13:25:10:14:13 chr1 236208773 . C T 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000317512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.174;QD=26.7678;RBI=0.00903079;REFB=-0.00370083;REVB=-0.00902521;RO=21;SAF=21;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924993;STB=0.550534;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00197347;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:16:21:9:12:16:21:9:12 chr1 236343441 . T G 253.17 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0162561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.853;QD=19.1069;RBI=0.0180313;REFB=0.000940296;REVB=0.00780156;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560471;STB=0.565797;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00122769;OID=.;OPOS=236343441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:26:27:27:0.509434:17:10:10:13:17:10:13:13 chr1 236381825 . G C 1151.82 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3715;QD=60.6221;RBI=0.0433734;REFB=0;REVB=0.0423102;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203112;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr1 236389999 . C T 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.852;QD=60.2015;RBI=0.0217627;REFB=0;REVB=-0.0110531;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23306e-05;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr1 236557771 . G A 1018.26 PASS AF=0.923077;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00853767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.589;QD=52.2186;RBI=0.0424696;REFB=-0.183467;REVB=0.0416026;RO=6;SAF=21;SAR=51;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359618;STB=0.519079;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00206892;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:78:78:6:6:72:72:0.923077:51:21:3:3:51:21:3:3 chr1 236700792 . C CT,T 43.68 PASS AF=0.171875,0;AO=8,8;DP=62;FAO=11,0;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=3,0;FSAR=8,0;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.12627,0.00517072;FXX=0.0153822;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=15.1811,262.367;QD=2.73029;RBI=0.146761,0.0140033;REFB=-0.053111,-0.00174253;REVB=-0.0747961,-0.0130137;RO=46;SAF=2,1;SAR=6,7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.288882,-0.467739;STB=0.645683,0.5;STBP=0.331,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.11683,0.0496321;OID=.,.;OPOS=236700793,236700792;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:62:64:46:53:8,8:11,0:0.171875,0:6,7:2,1:22:24:8,0:3,0:23:30 chr1 236700807 . T A 283.93 PASS AF=0.432432;AO=29;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0017314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.923;QD=15.3473;RBI=0.0201145;REFB=-0.0212174;REVB=0.0200398;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027833;STB=0.537453;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0230015;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:29:32:0.432432:18:11:17:25:21:11:17:25 chr1 236700823 . T C 379.4 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0128971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.712;QD=19.4565;RBI=0.0214568;REFB=-0.00253981;REVB=-0.0171481;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342305;STB=0.513304;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00257;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:22:16:15:24:23:16:15:24 chr1 236700857 . C T 461.85 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0208493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.974;QD=21.4815;RBI=0.0485399;REFB=-0.0150634;REVB=-0.0438341;RO=41;SAF=18;SAR=27;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878907;STB=0.504852;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0137998;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:27:18:16:25:27:18:16:25 chr1 236702209 . CA TG 447.73 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00383536;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.887;QD=20.1227;RBI=0.00695154;REFB=-0.0110442;REVB=0.00579775;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503964;STB=0.52795;STBP=0.622;TYPE=mnp;VARB=0.0107432;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:45:45:44:44:0.494382:21:23:26:19:21:23:26:19 chr1 236702374 . G A 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0210549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.458;QD=16.2649;RBI=0.0300467;REFB=-0.0028626;REVB=-0.0214359;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104598;STB=0.56518;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00225301;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:15:20:20:23:15:20:20:24 chr1 236706780 . C T 625.42 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0152136;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.511;QD=25.5274;RBI=0.0500111;REFB=-0.00515275;REVB=-0.047641;RO=42;SAF=35;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156913;STB=0.585906;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00304433;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:42:42:56:56:0.571429:21:35:18:24:21:35:18:24 chr1 236706862 . G C 597.75 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0286175;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9481;QD=22.5565;RBI=0.0415685;REFB=-0.0302424;REVB=0.0301492;RO=48;SAF=28;SAR=31;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304831;STB=0.512355;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0237024;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:48:47:59:59:0.556604:31:28:21:27:31:28:21:26 chr1 236711323 . T C 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0284423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.375;QD=19.2535;RBI=0.0297119;REFB=-0.0268527;REVB=-0.00859266;RO=51;SAF=28;SAR=23;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127342;STB=0.570221;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0208006;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:23:28:35:16:23:28:35:16 chr1 236714064 . A C 180.03 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00881995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.768;QD=13.8481;RBI=0.0424675;REFB=-0.0170593;REVB=0.0415416;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113489;STB=0.572945;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0287826;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:11:19:11:10:11:20 chr1 236716959 . C T 1307.23 PASS AF=0.594872;AO=116;DP=195;FAO=116;FDP=195;FR=.;FRO=79;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.00271683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.763;QD=26.8151;RBI=0.00275345;REFB=-0.00510037;REVB=0.000447595;RO=78;SAF=66;SAR=50;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117988;STB=0.566437;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00327793;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:78:79:116:116:0.594872:50:66:32:46:50:66:32:47 chr1 236717926 . T C 331.09 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0192028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2343;QD=18.6531;RBI=0.0203331;REFB=-0.0338656;REVB=-0.00668476;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201808;STB=0.628303;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.030312;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:36:35:35:0.492958:24:11:18:16:24:11:20:16 chr1 236718620 . T C 725.72 PASS AF=0.626168;AO=66;DP=107;FAO=67;FDP=107;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00178181;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0847;QD=27.1298;RBI=0.0105796;REFB=-0.00642042;REVB=0.0104285;RO=41;SAF=37;SAR=29;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13701;STB=0.571726;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00339311;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:40:66:67:0.626168:29:37:15:26:29:38:15:25 chr1 236719135 . T C 534.51 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3361;QD=59.39;RBI=0.0405204;REFB=0;REVB=-0.0330922;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030638;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:8:27:0:0:8:28:0:0 chr1 236721610 . G A 293.6 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00930801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2809;QD=19.9049;RBI=0.0498075;REFB=-0.00176546;REVB=0.0489301;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572157;STB=0.504481;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00271517;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:12:18:15:13:13:18:16:12 chr1 236721660 . T C 623.16 PASS AF=0.586538;AO=58;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0104627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.076;QD=23.9675;RBI=0.0178428;REFB=-0.0206846;REVB=0.0144533;RO=44;SAF=30;SAR=28;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112666;STB=0.546196;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.01713;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:43:58:61:0.586538:28:30:29:15:28:33:28:15 chr1 236721731 . T C 2088.5 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304428;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6169;QD=61.8814;RBI=0.0550091;REFB=-0.127396;REVB=0.0458174;RO=1;SAF=75;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629613;STB=0.503311;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00177008;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:134:134:0.992593:59:75:1:0:59:75:1:0 chr1 236724504 . G A 139.02 PASS AF=0.555556;AO=11;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00562125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.777;QD=20.5959;RBI=0.00789548;REFB=-0.0109717;REVB=0.00554438;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296512;STB=0.58812;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.015481;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:11:15:0.555556:4:7:8:4:8:7:8:4 chr1 236744712 . C A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0464604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.876;QD=15.6258;RBI=0.0505566;REFB=-0.00815842;REVB=-0.0199348;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137074;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0090752;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:15:12:11:8:15:12 chr1 236746443 . C T 452.16 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0150073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.1;QD=22.0566;RBI=0.016136;REFB=-0.0153427;REVB=-0.0059289;RO=38;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758053;STB=0.541839;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0105354;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:27:17:18:20:27:17:18:20 chr1 236748505 . T C 336.77 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.020894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.524;QD=14.8029;RBI=0.0313779;REFB=-0.0172516;REVB=0.0234096;RO=40;SAF=10;SAR=26;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316907;STB=0.74241;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.057037;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:40:54:36:37:0.406593:26:10:24:16:27:10:37:17 chr1 236749649 . T C 472.39 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0305652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8642;QD=26.6135;RBI=0.0309156;REFB=-0.0169123;REVB=-0.00464192;RO=26;SAF=14;SAR=30;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510145;STB=0.538002;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0131192;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:44:44:0.619718:30:14:10:16:30:14:11:16 chr1 236755837 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.313;QD=52.6132;RBI=0.0479216;REFB=0;REVB=0.0255631;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77049e-05;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 236758887 . T C 718.8 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138281;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.778;QD=61.1745;RBI=0.0610915;REFB=-0.100592;REVB=0.0595059;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000501966;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:0:1:23:23:0:1 chr1 236767330 . A G 1503.71 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.15;QD=59.553;RBI=0.0296846;REFB=0;REVB=-0.0104433;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76305e-05;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr1 236882303 . T C 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0248791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.038;QD=58.4191;RBI=0.04047;REFB=-0.0349618;REVB=0.0319195;RO=1;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101688;STB=0.505262;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000539918;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:46:24:0:1:47:25:0:1 chr1 236883421 . C T 1419.43 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00999646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.12;QD=61.7145;RBI=0.0222016;REFB=-0.162486;REVB=-0.0198238;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.507691;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000365557;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:59:32:0:0:59:32:1:0 chr1 236899899 . TC T 167.27 PASS AF=0.460674;AO=43;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0699794;FXX=0.0111099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2852;QD=7.51761;RBI=0.168734;REFB=-0.035543;REVB=-0.153538;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231554;STB=0.529011;STBP=0.598;TYPE=del;VARB=0.0265215;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460674:43:89:41:89:48:20:21:26:22:99:41:23:20:23:18 chr1 236926445 . T C 1151.44 PASS AF=0.940476;AO=78;DP=83;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00943694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.433;QD=54.8304;RBI=0.0278857;REFB=-0.0796341;REVB=0.0262404;RO=5;SAF=38;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128426;STB=0.506328;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0010913;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:84:5:5:78:79:0.940476:40:38:3:2:40:39:3:2 chr1 237048500 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.000874602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.504;QD=15.4095;RBI=0.0449827;REFB=-0.00266979;REVB=0.0449742;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127775;STB=0.572075;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00249557;OID=.;OPOS=237048500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:12:22:14:13:12:22 chr1 237054569 . A G 984.67 PASS AF=0.627737;AO=85;DP=136;FAO=86;FDP=137;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00328418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.911;QD=28.7496;RBI=0.00730428;REFB=0.00857166;REVB=0.00652431;RO=51;SAF=46;SAR=39;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10304;STB=0.552985;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00380443;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:51:51:85:86:0.627737:39:46:20:31:40:46:20:31 chr1 237058744 . C A 509.25 PASS AF=0.504505;AO=48;DP=104;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0935932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.541;QD=18.3515;RBI=0.0959947;REFB=-0.054024;REVB=0.0213375;RO=55;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016552;STB=0.522514;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0600192;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:55:55:48:56:0.504505:27:21:25:30:28:28:25:30 chr1 237058828 . C T 407.71 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.856;QD=56.2364;RBI=0.150845;REFB=0;REVB=-0.00761668;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106821;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:19:8:0:0:19:10:0:0 chr1 237061056 . A C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.257;QD=60.9758;RBI=0.0337266;REFB=0;REVB=0.0263252;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183664;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 237063482 . A G 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0484308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.5161;QD=9.89777;RBI=0.0506841;REFB=-0.00309394;REVB=0.0149445;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263618;STB=0.6614;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00551101;OID=.;OPOS=237063482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:3:11:19:13:3:11:19:13 chr1 237063504 . A G 393.07 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0279701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3244;QD=33.453;RBI=0.0399941;REFB=-0.0257549;REVB=0.0285868;RO=15;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104619;STB=0.55248;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00694295;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:31:32:0.680851:11:20:12:3:11:21:12:3 chr1 237433625 . C T 2572.37 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238695;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.212;QD=61.9847;RBI=0.0300719;REFB=0;REVB=-0.0182911;RO=0;SAF=72;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11687e-06;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:166:0:0:166:166:1:94:72:0:0:94:72:0:0 chr1 237617757 . C T 515.3 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0158454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.72;QD=22.9021;RBI=0.0194278;REFB=-0.0104408;REVB=0.0112411;RO=41;SAF=31;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833846;STB=0.545911;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00975898;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:18:31:22:19:18:31:22:19 chr1 237711797 . A G 1264.66 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5618;QD=61.6909;RBI=0.0781894;REFB=0;REVB=0.0665288;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532316;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr1 237766753 . A G 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0118619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.336;QD=12.2748;RBI=0.0261804;REFB=-0.0172096;REVB=0.023339;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425208;STB=0.524971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0262147;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:12:20:10:7:12:20 chr1 237801770 . T C 1449.18 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.65;QD=57.3932;RBI=0.0378785;REFB=-0.160821;REVB=0.0316243;RO=1;SAF=22;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210685;STB=0.521735;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000986637;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:77:22:1:0:77:22:2:0 chr1 237814783 . C T 740.67 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487042;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6758;QD=56.9749;RBI=0.0989568;REFB=0;REVB=-0.0861415;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153608;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr1 237863718 . T G 881.39 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00765783;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.603;QD=55.9615;RBI=0.0140139;REFB=-0.0392344;REVB=0.0117366;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241918;STB=0.512191;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00242598;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:42:19:1:0:42:20:1:0 chr1 237881770 . C T 2313.44 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127987;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.515;QD=60.0893;RBI=0.0136552;REFB=0.0175239;REVB=-0.00475988;RO=1;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576617;STB=0.50303;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.74064e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:154:1:1:153:153:0.993506:82:71:0:1:82:71:0:1 chr1 237890437 . C T 2298.73 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00246963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.001;QD=60.0976;RBI=0.00976099;REFB=-0.0968103;REVB=0.00944341;RO=0;SAF=79;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75918e-08;STB=0.503401;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000219798;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:0:1:150:152:0.993464:71:79:0:0:73:79:0:1 chr1 237997087 . A G 698.91 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.304;QD=53.762;RBI=0.112412;REFB=-0.0616946;REVB=0.0546859;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021988;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:52:0:0:47:52:1:26:21:0:0:28:24:0:0 chr1 240073131 . ATACT A 361.67 PASS AF=0.475;AO=35;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0226712;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.889;QD=18.0834;RBI=0.0241595;REFB=-0.0132537;REVB=-0.00834845;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512654;STB=0.551154;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=0.0169252;OID=.;OPOS=240073132;OREF=TACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:35:81:38:80:42:20:18:18:24:99:35:18:17:16:19 chr1 240074981 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.000393912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.503;QD=13.4591;RBI=0.0236832;REFB=0.00639612;REVB=0.0236799;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205386;STB=0.618907;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00902357;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:18:8:8:8:18:8 chr1 240076975 . G A 137.65 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0236632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5297;QD=7.24497;RBI=0.0809097;REFB=-0.00931673;REVB=0.077372;RO=55;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453156;STB=0.5351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0286839;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:56:20:20:0.263158:12:8:24:31:12:8:25:31 chr1 240077023 . A G 262.88 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00849128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.144;QD=12.6689;RBI=0.00851668;REFB=-0.00435887;REVB=-0.000657328;RO=52;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745896;STB=0.542694;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00989502;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:17:14:20:32:17:14:20:32 chr1 240497265 . A C 1193.69 PASS AF=0.614943;AO=107;DP=175;FAO=107;FDP=174;FR=.;FRO=67;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0400705;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.974;QD=27.4411;RBI=0.0409401;REFB=0.00763348;REVB=-0.00839322;RO=66;SAF=53;SAR=54;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888262;STB=0.550597;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00275467;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:66:67:107:107:0.614943:54:53:41:25:54:53:42:25 chr1 240653740 . C A 292.36 PASS AF=0.189286;AO=53;DP=281;FAO=53;FDP=280;FR=.;FRO=227;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=120;FSRR=107;FWDB=-0.0278977;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.684;QD=4.17657;RBI=0.0403616;REFB=-0.00790495;REVB=-0.0291681;RO=225;SAF=37;SAR=16;SRF=118;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233305;STB=0.644287;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0373346;OID=.;OPOS=240653740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:225:227:53:53:0.189286:16:37:118:107:16:37:120:107 chr1 241695792 . T C 289.28 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00768353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.198;QD=10.7142;RBI=0.0247367;REFB=-0.0102836;REVB=0.0235131;RO=70;SAF=24;SAR=13;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189108;STB=0.605192;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0233125;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:37:37:0.342593:13:24:34:36:13:24:35:36 chr1 241712134 . C T 1073.53 PASS AF=0.574713;AO=99;DP=174;FAO=100;FDP=174;FR=.;FRO=74;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00399005;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.695;QD=24.6789;RBI=0.00873237;REFB=-0.00973915;REVB=-0.00776749;RO=75;SAF=57;SAR=42;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306372;STB=0.518269;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00625169;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:75:74:99:100:0.574713:42:57:46:29:42:58:46:28 chr1 241798631 . C T 288.66 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00957071;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.155;QD=16.0366;RBI=0.0152692;REFB=-0.00927507;REVB=-0.0118975;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769996;STB=0.543451;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0187931;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:12:20:22:18:12:20:22:18 chr1 242030151 . A G 343.24 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.939;QD=52.8057;RBI=0.0522632;REFB=0;REVB=0.0517564;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186198;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:8:16:0:0:9:17:0:0 chr1 242035382 . C T 342.92 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0329608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.084;QD=16.1373;RBI=0.0375649;REFB=-0.0133103;REVB=-0.0180197;RO=48;SAF=25;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225682;STB=0.627406;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0171672;OID=.;OPOS=242035382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:12:25:22:26:12:25:22:26 chr1 242035388 . AG CC 502.13 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0027318;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.566;QD=24.4942;RBI=0.0208426;REFB=-0.0059022;REVB=0.0206628;RO=35;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140378;STB=0.580162;STBP=0.104;TYPE=mnp;VARB=0.00497047;OID=.;OPOS=242035388;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:35:35:46:47:0.573171:24:22:23:12:25:22:23:12 chr1 242042545 . A G 318.68 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0288958;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.85;QD=31.0907;RBI=0.0295297;REFB=-0.0505995;REVB=0.00608541;RO=16;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19788;STB=0.570842;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0270677;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:14:26:27:0.658537:17:9:10:6:17:10:8:6 chr1 242045275 . C T 2304.21 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0133139;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.106;QD=59.4634;RBI=0.0192225;REFB=-0.104058;REVB=-0.0138653;RO=2;SAF=76;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.02245e-05;STB=0.500042;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000158898;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:155:2:2:153:153:0.987097:77:76:1:1:77:76:1:1 chr1 242053042 . A G 536.18 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.945;QD=54.9928;RBI=0.0587263;REFB=-0.062774;REVB=0.0550493;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00244293;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:17:20:0:0:17:20:1:1 chr1 242222754 . A G 2087.89 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782637;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.563;QD=62.7936;RBI=0.00983511;REFB=0;REVB=0.00595629;RO=0;SAF=78;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79505e-05;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:54:78:0:0:55:78:0:0 chr1 242253024 . T C 146.94 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00785997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.985;QD=9.18403;RBI=0.0119697;REFB=-0.0223442;REVB=0.00902738;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241084;STB=0.64985;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0297273;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:13:7:24:19:13:7:25:19 chr1 243329049 . G A 100.53 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=129;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0128696;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.048;QD=3.11717;RBI=0.0134143;REFB=-0.00498211;REVB=-0.00378354;RO=104;SAF=11;SAR=9;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756119;STB=0.561424;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0304054;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:104:109:20:20:0.155039:9:11:51:53:9:11:52:57 chr1 243329075 . T C 54.81 PASS AF=0.106061;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=132;FR=.;FRO=118;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0335175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0774;QD=1.66094;RBI=0.0676313;REFB=-0.00234404;REVB=-0.0587416;RO=115;SAF=10;SAR=4;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25772;STB=0.695081;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0222072;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:129:132:115:118:14:14:0.106061:4:10:58:57:4:10:59:59 chr1 243329153 . C T 514.61 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0108862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.624;QD=13.0281;RBI=0.0138493;REFB=-0.0167535;REVB=-0.0085612;RO=97;SAF=29;SAR=32;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323066;STB=0.518266;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0259612;OID=.;OPOS=243329153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:97:61:61:0.386076:32:29:49:48:32:29:49:48 chr1 243493907 . A T 451.03 PASS AF=0.379562;AO=51;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=60;FWDB=0.059064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.122;QD=13.1687;RBI=0.0590897;REFB=0.00397298;REVB=-0.00174153;RO=84;SAF=19;SAR=32;SRF=24;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10534;STB=0.54891;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00886743;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:84:85:51:52:0.379562:32:19:24:60:33:19:25:60 chr1 243579112 . G A 685.06 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0650195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2149;QD=58.3028;RBI=0.0650224;REFB=-0.052776;REVB=0.000610554;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.51851;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00801453;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:19:26:1:0:19:26:2:0 chr1 244219563 . A G 1142.58 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00456675;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.604;QD=59.3546;RBI=0.0185517;REFB=-0.0194094;REVB=0.0179809;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.506171;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=5.00236e-06;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:36:40:0:0:36:40:1:0 chr1 244627236 . G A 352.94 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00820929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2817;QD=26.1438;RBI=0.0537629;REFB=0.00688521;REVB=-0.0531324;RO=20;SAF=7;SAR=27;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.658433;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00645059;OID=.;OPOS=244627236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:27:7:11:9:27:7:11:9 chr1 244773783 . AT AC,TC 656.66 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340385,0.0322619;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=160.917,108.035;QD=61.0848;RBI=0.0399056,0.0325269;REFB=0,0;REVB=0.0208288,-0.00414386;RO=0;SAF=23,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00356068,-0.0871421;OID=.,.;OPOS=244773784,244773783;OREF=T,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:18,0:23,2:0:0:18,0:23,2:0:0 chr1 244773803 . T C 657.96 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.866;QD=59.8143;RBI=0.0699837;REFB=-0.173708;REVB=0.0520861;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00215278;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:17:26:0:0:17:26:1:0 chr1 245021488 . G T 343.26 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0119184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.67;QD=10.8971;RBI=0.0404609;REFB=-0.00988316;REVB=-0.0386657;RO=82;SAF=32;SAR=11;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207854;STB=0.617702;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0167585;OID=.;OPOS=245021488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:83:43:43:0.34127:11:32:48:34:11:32:49:34 chr1 245027349 . C T 548.82 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=39;FWDB=0.0696132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1895;QD=23.8617;RBI=0.070475;REFB=-0.0274947;REVB=0.0109876;RO=41;SAF=4;SAR=47;SRF=2;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090909;STB=0.549503;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0362606;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:47:4:2:39:47:4:2:39 chr1 245133623 . T TCCTCC 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0434499;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=221.642;QD=12.0157;RBI=0.0683544;REFB=-0.00492542;REVB=0.0527677;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360263;STB=0.705426;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.00709073;OID=.;OPOS=245133624;OREF=-;OALT=CCTCC;OMAPALT=TCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:6:13:6:13:7:5:1:7:0:38:7:5:1:7:0 chr1 245133662 . G C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0197464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8581;QD=19.1089;RBI=0.136187;REFB=-0.0413931;REVB=0.134747;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331835;STB=0.687155;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0351375;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:6:0:4:5:6:0 chr1 245530600 . G T 271.52 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0221624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.823;QD=20.8859;RBI=0.0315969;REFB=-0.0159325;REVB=0.0225208;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975814;STB=0.588004;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0192966;OID=.;OPOS=245530600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:22:24:26:28:0.538462:16:10:11:11:18:10:13:11 chr1 245583030 . C T 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00245151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.699;QD=2.43208;RBI=0.00419745;REFB=0.000212692;REVB=0.00340714;RO=52;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172894;STB=0.631185;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00167743;OID=.;OPOS=245583030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:5:2:22:30:5:2:22:30 chr1 245703990 . G T 936.46 PASS AF=0.587097;AO=78;DP=142;FAO=91;FDP=155;FR=.;FRO=64;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0257226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.478;QD=24.1666;RBI=0.0269626;REFB=-0.0261256;REVB=0.00808276;RO=63;SAF=45;SAR=33;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626106;STB=0.522593;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0191657;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:155:63:64:78:91:0.587097:33:45:41:22:36:55:42:22 chr1 245851304 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.789;QD=40.7629;RBI=0.0232209;REFB=0;REVB=0.0136968;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87254e-05;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 245861571 . C T 372.01 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0110893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.905;QD=25.6559;RBI=0.0128715;REFB=-0.0156762;REVB=0.00653468;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845093;STB=0.53758;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00874443;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:22:35:36:0.62069:23:12:10:12:23:13:10:12 chr1 246670481 . C G 3983.33 PASS AF=0.988593;AO=259;DP=265;FAO=260;FDP=263;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=158;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0434909;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7102;QD=60.583;RBI=0.0438376;REFB=-0.0623023;REVB=-0.00550244;RO=1;SAF=101;SAR=158;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469668;STB=0.507246;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000799976;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:265:263:1:3:259:260:0.988593:158:101:1:0:158:102:3:0 chr1 246720798 . G A 676.51 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1369;QD=60.1342;RBI=0.0454126;REFB=-0.159076;REVB=-0.034393;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00402846;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:28:16:0:0:28:16:0:1 chr1 246755124 . T C 598.53 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454205;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4329;QD=61.388;RBI=0.0573584;REFB=0;REVB=0.035028;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15058e-05;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 246829616 . T C 2159.62 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.63;QD=63.0545;RBI=0.0231174;REFB=0;REVB=0.00819367;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44789e-05;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:57:79:0:0:58:79:0:0 chr1 246939513 . G A 317.24 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0457616;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9933;QD=12.8178;RBI=0.0586048;REFB=0.00845682;REVB=0.0366114;RO=62;SAF=27;SAR=9;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348661;STB=0.705763;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.012803;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:62:63:36:36:0.363636:9:27:28:34:9:27:28:35 chr1 246942159 . G A 188.01 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0081774;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.344;QD=10.7435;RBI=0.0359905;REFB=-0.00497312;REVB=-0.0350492;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714608;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0101251;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:46:46:24:24:0.342857:11:13:22:24:11:13:22:24 chr1 247150740 . T C 1020.59 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.101679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2485;QD=55.1672;RBI=0.115879;REFB=-0.0840643;REVB=0.0555816;RO=2;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248698;STB=0.519475;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00438683;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:74:2:3:70:71:0.959459:37:33:0:2:37:34:0:3 chr1 247162658 . C T 834.58 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.519;QD=57.5575;RBI=0.0540228;REFB=0;REVB=0.0344689;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124839;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:36:20:0:0:36:22:0:0 chr1 247419509 . T C 595.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226146;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.099;QD=61.104;RBI=0.0321848;REFB=0;REVB=0.0229006;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968716;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr1 247419664 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.126;QD=56.7066;RBI=0.0308352;REFB=0;REVB=-0.0236959;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44102e-05;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 247587531 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.543;QD=58.1421;RBI=0.0432495;REFB=0;REVB=0.0263163;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171175;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 247614386 . T C 304.7 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0103209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.743;QD=17.6639;RBI=0.0438772;REFB=-0.0266911;REVB=0.0426461;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112786;STB=0.570875;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0260147;OID=.;OPOS=247614386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:13:20:17:18:13:20:17:19 chr1 247614407 . G A 331.81 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0299807;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.681;QD=18.4339;RBI=0.0408259;REFB=-0.0292848;REVB=-0.0277112;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12962;STB=0.586542;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0143219;OID=.;OPOS=247614407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:37:35:35:0.486111:14:21:16:19:14:21:16:21 chr1 247614553 . C T 456.18 PASS AF=0.55;AO=42;DP=78;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=-0.000242581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.121;QD=22.8091;RBI=0.0433199;REFB=-0.0108731;REVB=-0.0433193;RO=34;SAF=34;SAR=8;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103366;STB=0.53385;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0088403;OID=.;OPOS=247614553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:34:36:42:44:0.55:8:34:30:4:8:36:31:5 chr1 247614617 . C T 253.94 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0672581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2723;QD=15.3904;RBI=0.0698733;REFB=-0.0161346;REVB=0.0189373;RO=37;SAF=23;SAR=5;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101581;STB=0.563711;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0226209;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:28:29:0.439394:5:23:28:9:5:24:28:9 chr1 247614693 . C T 467.84 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105;QD=56.7078;RBI=0.0359153;REFB=0;REVB=0.0355437;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100586;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr1 247615261 . GA G 378.58 PASS AF=0.343478;AO=78;DP=230;FAO=79;FDP=230;FR=.;FRO=151;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=110;FSRR=41;FWDB=0.0745531;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8379;QD=6.58407;RBI=0.176689;REFB=-0.00839106;REVB=-0.16019;RO=146;SAF=47;SAR=31;SRF=107;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162667;STB=0.586286;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0151117;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343478:78:230:79:230:151:48:31:110:41:99:146:47:31:107:39 chr1 247654993 . T C 353.55 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.030692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6839;QD=23.9696;RBI=0.0575616;REFB=-0.027583;REVB=-0.0486964;RO=24;SAF=22;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129726;STB=0.571387;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0171354;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:13:22:11:13:13:22:11:13 chr1 247655275 . T C 346.77 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0194561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9768;QD=22.3722;RBI=0.0245116;REFB=-0.0165261;REVB=-0.0149091;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129856;STB=0.571389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00731221;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:19:16:8:19:19:16:8:19 chr1 247690320 . C T 1260.4 PASS AF=0.608696;AO=111;DP=183;FAO=112;FDP=184;FR=.;FRO=72;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.000841937;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7166;QD=27.4001;RBI=0.0424378;REFB=-0.0433322;REVB=-0.0424294;RO=71;SAF=57;SAR=54;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549533;STB=0.501554;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0247721;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:71:72:111:112:0.608696:54:57:37:34:54:58:37:35 chr1 247695612 . G A 1345.02 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.862;QD=61.1374;RBI=0.0238273;REFB=-0.155781;REVB=0.00848279;RO=1;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976975;STB=0.505153;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000243009;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:39:48:1:0:39:48:1:0 chr1 247695756 . T C 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476357;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.019;QD=53.3344;RBI=0.0491385;REFB=0;REVB=0.0120595;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303207;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 247752019 . G C 1116.69 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.484;QD=60.3616;RBI=0.0140422;REFB=0;REVB=0.00646705;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79969e-05;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr1 247769592 . C T 118.58 PASS AF=0.267606;AO=16;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.0264868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1655;QD=6.68057;RBI=0.0294344;REFB=-0.0109344;REVB=-0.0128389;RO=49;SAF=9;SAR=7;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169296;STB=0.565009;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0505277;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:52:16:19:0.267606:7:9:34:15:7:12:37:15 chr1 247835950 . T C 746.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6887;QD=63.5472;RBI=0.0164971;REFB=0;REVB=0.0013182;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138532;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 247921100 . T G 416.28 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188752;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.162;QD=57.4183;RBI=0.0315541;REFB=0;REVB=0.0252861;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666998;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr1 247921352 . C T 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.875;QD=63.8635;RBI=0.0857152;REFB=0;REVB=0.0839899;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408865;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 247921716 . AC A,AA 1117.6 PASS AF=0.0133333,0.986667;AO=10,65;DP=75;FAO=1,74;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214433,0.021274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=331.406,343.05;QD=59.6055;RBI=0.0226184,0.0224389;REFB=0,0;REVB=-0.00719581,-0.00713587;RO=0;SAF=5,26;SAR=5,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.10038e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0182006,0.000485122;OID=.,.;OPOS=247921717,247921717;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0133333,0.986667:10,65:75:1,74:75:0:0,31:1,43:0:0:4:0:5,26:5,39:0:0 chr1 247921788 . CA CAGT,CAGTGT,GT 128.92 PASS AF=0.481481,0.0740741,0.037037;AO=3,3,4;DP=28;FAO=13,2,1;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4,0,0;FSAR=9,2,1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.132114,-0.200763,-0.0826448;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,4,2;MLLD=64.2101,65.3574,76.7824;QD=19.0986;RBI=0.191602,0.20272,0.0848068;REFB=-0.109102,-0.0692875,-0.0502211;REVB=0.138769,0.0280968,0.0190271;RO=10;SAF=1,1,1;SAR=2,2,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.280663,-0.280663,-0.372583;STB=0.655383,0.995406,0.991762;STBP=0.116,0.081,0.269;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.138373,0.0769191,0.125339;OID=.,.,.;OPOS=247921790,247921790,247921788;OREF=-,-,CA;OALT=GT,GTGT,GT;OMAPALT=CAGT,CAGTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:27:10:11:3,3,4:13,2,1:0.481481,0.0740741,0.037037:2,2,3:1,1,1:6:4:9,2,1:4,0,0:7:4 chr1 247921888 . C T 494.74 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9845;QD=58.2051;RBI=0.0542117;REFB=0;REVB=-0.0074261;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333165;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:25:9:0:0 chr1 247978319 . A G 1769.95 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00556362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.476;QD=59.9985;RBI=0.0347836;REFB=-0.0467688;REVB=0.0343358;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=8.9102e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:64:53:0:0:64:53:0:1 chr1 247978541 . AAGG A 185.77 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000291875;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=225.816;QD=46.4428;RBI=0.0069771;REFB=0;REVB=-0.00697099;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.41481e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:16:16:0:10:6:0:0:4:0:8:6:0:0 chr1 248004296 . A G 166.44 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0178432;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.441;QD=19.5815;RBI=0.0205282;REFB=-0.00893681;REVB=0.0101502;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249604;STB=0.650019;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0145935;OID=.;OPOS=248004296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:17:17:0.5:8:9:13:3:8:9:14:3 chr1 248004614 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00880041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.552;QD=9.13298;RBI=0.0108753;REFB=-0.00895067;REVB=-0.00638947;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309184;STB=0.6864;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0121999;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:7:15:4:6:7:15 chr1 248004687 . C G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0139195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.749;QD=8.7379;RBI=0.0145515;REFB=-0.0261216;REVB=0.00424204;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905072;STB=0.572359;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0568971;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:9:10:4:5:9:11 chr1 248004775 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00762029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.636;QD=20.4846;RBI=0.0218022;REFB=-0.0150599;REVB=0.0204271;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266895;STB=0.654289;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0194845;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:4:7:12:2:4:7 chr1 248004848 . G C 70.67 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0611958;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6202;QD=14.8771;RBI=0.0611968;REFB=-0.0313001;REVB=-0.0003589;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419704;STB=0.740083;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.033683;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:19:19:9:10:9:9:0.473684:8:1:4:5:8:1:4:6 chr1 248004877 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0148528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.83;QD=11.0923;RBI=0.0457076;REFB=-0.0211625;REVB=0.0432271;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0271953;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:1:5:4:1:1:5 chr1 248004884 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.021;QD=40.7629;RBI=0.0680591;REFB=0;REVB=0.0515832;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114398;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr1 248005213 . G C 123.2 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0198046;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.01;QD=9.12567;RBI=0.0207201;REFB=-0.00286725;REVB=0.0060912;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264837;STB=0.514524;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0106154;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:37:16:17:0.314815:9:7:12:17:10:7:16:21 chr1 248023966 . C T 491.2 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0201879;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.005;QD=24.8709;RBI=0.034285;REFB=-0.00665815;REVB=-0.0277112;RO=33;SAF=22;SAR=24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111503;STB=0.56095;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00289729;OID=.;OPOS=248023966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:24:22:11:22:24:22:11:22 chr1 248028219 . G A 53.25 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00660932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.615;QD=9.6826;RBI=0.0066184;REFB=-0.000903723;REVB=0.000346482;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946031;STB=0.555391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000759265;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:22:12:14:6:7:0.318182:2:4:7:5:2:5:9:5 chr1 248039713 . A G 235.08 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0160229;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5891;QD=14.9259;RBI=0.0288725;REFB=-0.00265484;REVB=0.0240185;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839832;STB=0.547668;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00929754;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:19:17:15:12:19:17 chr1 248059423 . C T 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.865;QD=61.0437;RBI=0.0310266;REFB=0;REVB=0.0291411;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09406e-05;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr1 248059456 . G A 1807.05 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176141;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.845;QD=61.256;RBI=0.0199102;REFB=0;REVB=0.00928209;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209357;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:50:68:0:0:50:68:0:0 chr1 248059476 . A C 2290.19 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195277;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0982;QD=61.0717;RBI=0.0234805;REFB=0;REVB=0.0130384;RO=0;SAF=87;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24905e-05;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:63:87:0:0:63:87:0:0 chr1 248059703 . T A 809.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.206;QD=56.8099;RBI=0.0314379;REFB=0;REVB=0.00190493;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024292;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:37:20:0:0 chr1 248059712 . T C 784.81 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.523;QD=57.0767;RBI=0.0159249;REFB=0;REVB=0.0117067;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81521e-05;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr1 248059856 . T C 1170.92 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0413132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3797;QD=59.2872;RBI=0.0719212;REFB=-0.00885815;REVB=0.0588717;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0017767;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:39:37:1:0:41:37:1:0 chr1 248060029 . A G 364.62 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533655;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.78;QD=56.0957;RBI=0.0571138;REFB=0;REVB=0.02035;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273882;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr1 248060230 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.957;QD=51.9167;RBI=0.0192661;REFB=0;REVB=0.012226;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84938e-06;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 248060246 . TA T 249.16 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.1821;QD=43.3321;RBI=0.290699;REFB=0;REVB=-0.240265;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00383097;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:23:23:0:12:11:0:0:5:0:12:11:0:0 chr1 248060279 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4336;QD=62.3441;RBI=0.0452976;REFB=0;REVB=-0.0370554;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161982;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 248060380 . C G 1128.17 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192026;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4763;QD=60.169;RBI=0.0281325;REFB=0;REVB=0.0205596;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048322;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr1 248084434 . G A 1400.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.171;QD=61.5534;RBI=0.0177546;REFB=-0.0437712;REVB=0.0129835;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000120976;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:43:47:0:0:43:47:1:0 chr1 248084464 . T C 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00828914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.174;QD=10.2903;RBI=0.009672;REFB=-0.00589973;REVB=-0.00498375;RO=48;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741688;STB=0.543441;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00943376;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:9:15:27:21:9:15:27:21 chr1 248084511 . T C 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0166702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.914;QD=26.3108;RBI=0.0259692;REFB=-0.0214997;REVB=-0.0199124;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171383;STB=0.594507;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0157447;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:10:2:8:12:10:2 chr1 248085108 . C T 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.871;QD=61.1846;RBI=0.0671708;REFB=-0.0792287;REVB=0.0449538;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00280964;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:21:26:0:1:21:26:0:1 chr1 248112627 . T C 2094.38 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0233098;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.331;QD=61.1498;RBI=0.0318853;REFB=-0.0816692;REVB=0.0217561;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.507041;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000544361;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:137:0:2:135:135:0.985401:65:70:0:0:65:70:2:0 chr1 248112745 . G T 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.127;QD=57.3813;RBI=0.0159557;REFB=0;REVB=-0.0042219;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7817e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 248112762 . TG CA 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504337;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.908;QD=57.1775;RBI=0.00774482;REFB=0;REVB=-0.00587764;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.02234e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 248112771 . C T 751.83 PASS AF=1;AO=44;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.767;QD=56.7415;RBI=0.075415;REFB=0;REVB=0.0745739;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618065;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:44:53:1:21:23:0:0:29:24:0:0 chr1 248112809 . A G 919.76 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.467;QD=58.3972;RBI=0.00675152;REFB=0;REVB=-0.0054665;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15265e-05;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr1 248112836 . A G 772.15 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521481;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6632;QD=57.1959;RBI=0.066433;REFB=0;REVB=0.0411572;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648988;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 248113026 . T A 651.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.969;QD=62.0877;RBI=0.0246962;REFB=0;REVB=0.0187799;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13994e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:33:8:0:0:34:8:0:0 chr1 248113040 . A G 753.22 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0391157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1417;QD=61.4877;RBI=0.0399794;REFB=-0.00153113;REVB=0.00826528;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000100096;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:47:48:0.979592:37:10:0:0:37:11:0:1 chr1 248129240 . G A 1263.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4138;QD=61.6423;RBI=0.0269413;REFB=0;REVB=0.0034333;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155396;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 248186049 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00890359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.06;QD=14.0792;RBI=0.00938753;REFB=-0.0180379;REVB=-0.00297519;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354515;STB=0.520798;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0198314;OID=.;OPOS=248186049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:3:13:10:2:3:13 chr1 248264018 . C T 2120.33 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.034;QD=62.8246;RBI=0.0439455;REFB=0;REVB=0.0306085;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23786e-06;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:75:60:0:0:75:60:0:0 chr1 248343543 . C T 1428.81 PASS AF=0.672222;AO=121;DP=180;FAO=121;FDP=180;FR=.;FRO=59;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.027346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4526;QD=31.7513;RBI=0.0366024;REFB=-0.0246247;REVB=0.0243297;RO=58;SAF=66;SAR=55;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379985;STB=0.517764;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0127644;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:58:59:121:121:0.672222:55:66:28:30:55:66:29:30 chr1 248343945 . C G 821.3 PASS AF=0.439024;AO=89;DP=204;FAO=90;FDP=205;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.00457288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5813;QD=16.0253;RBI=0.0320485;REFB=-0.0115285;REVB=0.0317206;RO=114;SAF=42;SAR=47;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427436;STB=0.524214;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0150891;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:114:115:89:90:0.439024:47:42:49:65:47:43:50:65 chr1 248343990 . T C 760.47 PASS AF=0.420792;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=202;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=0.0127824;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.269;QD=15.0588;RBI=0.0174097;REFB=-0.0123247;REVB=-0.0118198;RO=114;SAF=41;SAR=44;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813976;STB=0.541925;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0182597;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:114:117:85:85:0.420792:44:41:46:68:44:41:48:69 chr1 248366702 . G A 852.2 PASS AF=0.666667;AO=72;DP=110;FAO=76;FDP=114;FR=.;FRO=38;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.055461;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.514;QD=29.9019;RBI=0.0565673;REFB=-0.0411412;REVB=0.0111327;RO=37;SAF=41;SAR=31;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184703;STB=0.517886;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0151166;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:37:38:72:76:0.666667:31:41:20:17:32:44:20:18 chr1 248366792 . T C 385.23 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00147421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3875;QD=12.6305;RBI=0.0115645;REFB=-0.0116216;REVB=0.0114701;RO=76;SAF=28;SAR=18;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149225;STB=0.584977;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0156243;OID=.;OPOS=248366792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:76:46:46:0.377049:18:28:36:40:18:28:36:40 chr1 248402758 . C T 1348.44 PASS AF=1;AO=70;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.142;QD=61.2925;RBI=0.0174762;REFB=0;REVB=0.0148919;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281247;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:70:88:1:40:30:0:0:45:43:0:0 chr1 248436611 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.664;QD=60.9772;RBI=0.0592789;REFB=0;REVB=0.0567842;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239752;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 248436616 . A G 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.203;QD=61.3238;RBI=0.0788782;REFB=0;REVB=0.078861;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246711;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 248436805 . T G 222.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.18;QD=49.3339;RBI=0.0184986;REFB=0;REVB=0.00551832;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30067e-05;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr1 248436972 . A G 434.31 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=-0.00612904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.848;QD=13.7875;RBI=0.0104022;REFB=-0.00227608;REVB=-0.00840476;RO=76;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236983;STB=0.633158;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00447871;OID=.;OPOS=248436972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:76:50:50:0.396825:23:27:24:52:23:27:24:52 chr1 248457979 . C A 1012.07 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.527;QD=57.8327;RBI=0.0554168;REFB=-0.0197954;REVB=0.0542612;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000940016;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:34:35:0:0:34:35:1:0 chr1 248457993 . C G 248.23 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0131057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9126;QD=11.6814;RBI=0.0144117;REFB=-0.00839389;REVB=0.00599485;RO=53;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221507;STB=0.638688;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0243834;OID=.;OPOS=248457993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:55:30:30:0.352941:11:19:23:30:11:19:23:32 chr1 248458676 . T C 1001.33 PASS AF=0.945946;AO=71;DP=75;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0240787;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.158;QD=54.1258;RBI=0.0403259;REFB=-0.0197093;REVB=0.032348;RO=4;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472133;STB=0.524993;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00163637;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:74:4:4:71:70:0.945946:38:33:0:4:38:32:0:4 chr1 248458689 . A G 1155.35 PASS AF=0.940476;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00639156;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.294;QD=55.0165;RBI=0.00712569;REFB=-0.0323361;REVB=-0.00315016;RO=5;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303675;STB=0.516066;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00182653;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:84:5:5:79:79:0.940476:42:37:1:4:42:37:1:4 chr1 248458717 . C G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.611;QD=59.833;RBI=0.0185453;REFB=0;REVB=-0.00185527;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55983e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr1 248458736 . A G 390.74 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00151799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.687;QD=13.3587;RBI=0.0091864;REFB=-0.00576326;REVB=-0.00906012;RO=70;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10698;STB=0.564578;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0101991;OID=.;OPOS=248458736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:71:46:46:0.393162:21:25:31:39:21:25:31:40 chr1 248458760 . C A 454.62 PASS AF=0.393939;AO=50;DP=131;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.00671574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.295;QD=13.7764;RBI=0.00732501;REFB=-0.00516171;REVB=-0.00292482;RO=80;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095057;STB=0.564435;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0113437;OID=.;OPOS=248458760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:80:80:50:52:0.393939:25:25:33:47:25:27:33:47 chr1 248458875 . CT C 232.18 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00348089;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.411;QD=12.22;RBI=0.00909975;REFB=-0.0145917;REVB=-0.00840767;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170651;STB=0.511873;STBP=0.89;TYPE=del;VARB=0.0215986;OID=.;OPOS=248458876;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:28:77:28:76:48:11:17:18:30:99:45:11:17:17:28 chr1 248487016 . C T 262.09 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00182304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.524;QD=13.2704;RBI=0.0154926;REFB=-0.00039797;REVB=-0.015385;RO=45;SAF=26;SAR=4;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454301;STB=0.787283;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00106913;OID=.;OPOS=248487016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:48:30:31:0.392405:4:26:24:21:4:27:24:24 chr1 248487300 . C T 1316.8 PASS AF=0.52;AO=124;DP=247;FAO=130;FDP=250;FR=.;FRO=120;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=-0.0103214;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.159;QD=21.0688;RBI=0.0207687;REFB=-0.0177605;REVB=0.0180224;RO=120;SAF=67;SAR=57;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140189;STB=0.57404;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0161778;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:120:120:124:130:0.52:57:67:46:74:60:70:46:74 chr1 248487338 . C A 4321.76 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.502;QD=62.862;RBI=0.037099;REFB=0;REVB=0.0349933;RO=0;SAF=139;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18641e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:273:275:1:134:139:0:0:134:141:0:0 chr1 248487638 . A G 2787.05 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208523;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.714;QD=62.6303;RBI=0.0279471;REFB=0;REVB=0.0186071;RO=0;SAF=96;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70349e-06;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:177:178:1:81:96:0:0:82:96:0:0 chr1 248487768 . A G 1211.86 PASS AF=0.987654;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0474426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3734;QD=59.8448;RBI=0.0766283;REFB=0.191476;REVB=-0.0601756;RO=0;SAF=62;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00324926;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:81:80:0.987654:19:62:0:0:18:62:0:1 chr1 248512094 . C T 880.03 PASS AF=0.617188;AO=79;DP=128;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000382333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.307;QD=27.5009;RBI=0.0132294;REFB=-0.0326021;REVB=-0.0132239;RO=46;SAF=47;SAR=32;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360194;STB=0.517321;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0170064;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:46:49:79:79:0.617188:32:47:25:21:32:47:27:22 chr1 248512498 . A G 221.17 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0127441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.421;QD=10.5316;RBI=0.0127973;REFB=-0.00446938;REVB=-0.00116569;RO=56;SAF=17;SAR=10;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618723;STB=0.550967;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00831918;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:56:56:27:28:0.333333:10:17:38:18:11:17:38:18 chr1 248512637 . C T 792.25 PASS AF=0.539568;AO=75;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0115293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.349;QD=22.7987;RBI=0.0116478;REFB=-0.0332096;REVB=-0.00165738;RO=64;SAF=43;SAR=32;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175998;STB=0.509632;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0293939;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:64:75:75:0.539568:32:43:38:26:32:43:38:26 chr1 248512749 . G A 407.31 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00255179;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.726;QD=17.1498;RBI=0.0163916;REFB=-0.0161121;REVB=0.0161918;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145062;STB=0.513072;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0255829;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:52:53:42:42:0.442105:20:22:28:24:20:22:29:24 chr1 248512767 . G T 302.95 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0197292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6851;QD=14.6001;RBI=0.0279713;REFB=-0.0105222;REVB=-0.0198281;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506021;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0184781;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:49:32:34:0.409639:16:16:24:24:17:17:25:24 chr1 248512939 . AC A 266.24 PASS AF=0.555556;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0534864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.733;QD=23.6653;RBI=0.0554757;REFB=-0.0166542;REVB=-0.014723;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928144;STB=0.571374;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0160827;OID=.;OPOS=248512940;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:23:44:25:45:20:10:15:5:15:99:20:8:15:5:15 chr1 248525100 . G A 30.96 PASS AF=0.0705128;AO=11;DP=156;FAO=11;FDP=156;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=83;FSRR=62;FWDB=0.0470959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9312;QD=0.79392;RBI=0.0478178;REFB=-0.000114268;REVB=0.00827736;RO=134;SAF=7;SAR=4;SRF=78;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624486;STB=0.561929;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00534905;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:156:156:134:145:11:11:0.0705128:4:7:78:56:4:7:83:62 chr1 248525135 . G A 36.32 PASS AF=0.0734463;AO=13;DP=177;FAO=13;FDP=177;FR=.;FRO=164;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=91;FSRR=73;FWDB=-0.0608135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.783;QD=0.820886;RBI=0.0650698;REFB=-0.00551938;REVB=-0.0231474;RO=144;SAF=9;SAR=4;SRF=80;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161906;STB=0.633822;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0688699;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:177:177:144:164:13:13:0.0734463:4:9:80:64:4:9:91:73 chr1 248525138 . C T 39.42 PASS AF=0.0752688;AO=14;DP=187;FAO=14;FDP=186;FR=.;FRO=172;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=95;FSRR=77;FWDB=-0.0136077;FXX=0.00534731;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.187;QD=0.847778;RBI=0.0413122;REFB=-0.00225891;REVB=-0.0390068;RO=170;SAF=11;SAR=3;SRF=94;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275365;STB=0.734201;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0234615;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:187:186:170:172:14:14:0.0752688:3:11:94:76:3:11:95:77 chr1 248525638 . CA C,CC 1555.86 PASS AF=1,0;AO=93,4;DP=99;FAO=99,0;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320338,0.00840101;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.737,121.269;QD=62.863;RBI=0.0447388,0.0250751;REFB=0,0;REVB=0.0312313,0.0236259;RO=0;SAF=55,3;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.99896e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000145694,0;OID=.,.;OPOS=248525639,248525639;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:93,4:99:99,0:99:0:58,0:41,0:0:0:8:0:55,3:38,1:0:0 chr1 248550976 . T G 1415.79 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.854;QD=62.9239;RBI=0.0591219;REFB=0;REVB=0.0511894;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131691;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:39:51:0:0 chr1 248569369 . A G 1273.93 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.171;QD=59.9497;RBI=0.0652133;REFB=-0.0508906;REVB=0.0382314;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902111;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00064705;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:85:1:1:82:84:0.988235:52:30:0:1:53:31:0:1 chr1 248616401 . G A 248.44 PASS AF=0.137116;AO=58;DP=423;FAO=58;FDP=423;FR=.;FRO=365;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=185;FSRR=180;FWDB=-0.000242779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.919;QD=2.34933;RBI=0.0059453;REFB=-0.00303241;REVB=0.00594034;RO=357;SAF=23;SAR=35;SRF=178;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13175;STB=0.595468;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0185644;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:423:357:365:58:58:0.137116:35:23:178:179:35:23:185:180 chr1 248616408 . C T 249.98 PASS AF=0.138425;AO=58;DP=420;FAO=58;FDP=419;FR=.;FRO=361;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=186;FSRR=175;FWDB=0.00688778;FXX=0.0023809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5992;QD=2.38643;RBI=0.056342;REFB=-0.00145183;REVB=-0.0559194;RO=358;SAF=23;SAR=35;SRF=185;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154377;STB=0.60227;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0100211;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:419:358:361:58:58:0.138425:35:23:185:173:35:23:186:175 chr1 248637362 . C T 221.46 PASS AF=0.193878;AO=38;DP=196;FAO=38;FDP=196;FR=.;FRO=158;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=0.0123305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2794;QD=4.51953;RBI=0.0187236;REFB=-0.0082745;REVB=-0.01409;RO=154;SAF=30;SAR=8;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330996;STB=0.716755;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0366687;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:154:158:38:38:0.193878:8:30:86:68:8:30:87:71 chr1 248637543 . C T 346.57 PASS AF=0.212454;AO=58;DP=273;FAO=58;FDP=273;FR=.;FRO=215;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=139;FSRR=76;FWDB=-0.0174956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.088;QD=5.07787;RBI=0.0179524;REFB=-0.00992432;REVB=0.00402371;RO=212;SAF=36;SAR=22;SRF=136;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286134;STB=0.521814;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0325991;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:212:215:58:58:0.212454:22:36:136:76:22:36:139:76 chr1 248651929 . T G 42.53 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0659;QD=18.9019;RBI=0.183164;REFB=-0.166029;REVB=0.183164;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0895809;OID=.;OPOS=248651929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr1 248685253 . T C 871.33 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124435;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.876;QD=58.0886;RBI=0.0343363;REFB=0;REVB=0.0343138;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07271e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:18:42:0:0 chr1 248722777 . T A 36.92 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.001185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1701;QD=7.77283;RBI=0.0173093;REFB=-0.00621489;REVB=-0.0172687;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30002;STB=0.689036;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0297007;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:5:8:2:4:5:8 chr1 248737343 . C T 53.78 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0490141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.702;QD=3.84119;RBI=0.0565374;REFB=-0.016764;REVB=-0.0281798;RO=44;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308141;STB=0.693228;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0571883;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:54:56:44:47:9:9:0.160714:7:2:20:24:7:2:20:27 chr1 248737348 . G A 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0154959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2329;QD=3.96497;RBI=0.0205471;REFB=0.00574029;REVB=0.0134929;RO=49;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316584;STB=0.718271;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0266096;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:8:2:21:28:8:2:21:28 chr1 248789504 . T C 561.34 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220804;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.498;QD=60.6851;RBI=0.0272125;REFB=0;REVB=0.0159053;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150024;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr1 248789753 . G C 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.995;QD=59.425;RBI=0.0293472;REFB=-0.0516045;REVB=0.0292697;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0024458;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr1 248790075 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.749;QD=45.7994;RBI=0.0369108;REFB=0;REVB=0.0356091;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709746;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 248790167 . A G 391.24 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5683;QD=55.8917;RBI=0.024784;REFB=0;REVB=0.0236816;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352816;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:11:17:0:0 chr1 248790199 . T C 451.73 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0234351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.546;QD=51.6268;RBI=0.0253507;REFB=0.0120724;REVB=-0.00966721;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582581;STB=0.531231;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=6.32534e-05;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:15:17:0:2:15:18:0:2 chr1 248801592 . C T 598.94 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992113;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.301;QD=61.4299;RBI=0.0187208;REFB=0;REVB=0.0158757;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308822;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 248801602 . T A,TCA 484.53 PASS AF=0,0.975;AO=2,35;DP=40;FAO=0,39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.005184,-0.00322586;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=126.821,134.053;QD=48.4526;RBI=0.0698664,0.060446;REFB=0.0852266,0.0343142;REVB=0.0696738,0.0603598;RO=3;SAF=0,23;SAR=2,12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74993,-0.057205;STB=0.5,0.509799;STBP=1,0.52;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000599206;OID=.,.;OPOS=248801602,248801603;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:40:40:3:1:2,35:0,39:0,0.975:2,12:0,23:3:0:0,14:0,25:1:0 chr1 248801610 . GC AT 547.38 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246068;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.988;QD=60.8205;RBI=0.0470959;REFB=0;REVB=0.0401563;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00119061;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 248801633 . A G 542.26 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571189;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.299;QD=60.2515;RBI=0.0578567;REFB=0;REVB=0.00921049;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95716e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T 114.1 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439201;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=7;MLLD=258.748;QD=41.4913;RBI=0.0451298;REFB=0;REVB=0.0103789;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00118198;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:12:11:11:0:3:8:0:0:4:0:3:7:0:0 chr1 248813280 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.534;QD=58.5878;RBI=0.0344398;REFB=0;REVB=0.00256406;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86477e-05;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr1 248813542 . G A 507.91 PASS AF=0.972222;AO=27;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.709;QD=56.4339;RBI=0.0334933;REFB=-0.0409387;REVB=0.0085891;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00236084;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:27:35:0.972222:14:13:0:0:17:18:1:0 chr1 248813723 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4961;QD=39.2061;RBI=0.0481864;REFB=0;REVB=0.0364825;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306447;OID=.;OPOS=248813723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 248814080 . A C 585.23 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00449873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.511;QD=53.2023;RBI=0.00762512;REFB=-0.0629621;REVB=0.00615662;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223561;STB=0.508924;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00163326;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:2:3:40:41:0.931818:21:19:1:1:22:19:1:2 chr1 248814126 . G A 210.44 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00590029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.978;QD=26.3055;RBI=0.018812;REFB=-0.0216014;REVB=0.0178628;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198661;STB=0.609575;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00601923;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:2:10:11:9:2:10 chr1 248844959 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0129643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.756;QD=14.1698;RBI=0.0129648;REFB=-0.0133037;REVB=0.000108354;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168895;STB=0.595452;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0270779;OID=.;OPOS=248844959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:18:16:16:35:18:16:16:35 chr1 248845097 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0359808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.923;QD=14.0437;RBI=0.0365259;REFB=-0.040028;REVB=-0.00628724;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0111869;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chr1 248845356 . G T 223.03 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=0.0212386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.704;QD=10.4956;RBI=0.0364342;REFB=-0.00526967;REVB=-0.0296037;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271124;STB=0.66282;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0157398;OID=.;OPOS=248845356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:55:57:28:28:0.329412:13:15:42:13:13:15:44:13 chr1 248845411 . G A 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0247107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.715;QD=23.2577;RBI=0.0247199;REFB=-0.0280889;REVB=0.000672513;RO=37;SAF=31;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117181;STB=0.56457;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0176434;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:15:31:20:17:15:31:20:17 chr1 248845458 . C T 571.26 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0049512;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0735;QD=27.8663;RBI=0.00807392;REFB=-0.0232693;REVB=0.0063776;RO=29;SAF=28;SAR=23;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485397;STB=0.512096;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0177637;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:29:31:51:51:0.621951:23:28:18:11:23:28:18:13 chr1 248845471 . T C 1119.85 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808435;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.364;QD=60.5324;RBI=0.0314597;REFB=0;REVB=0.0304032;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99996e-05;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr1 248845499 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.48;QD=58.0587;RBI=0.061237;REFB=0;REVB=0.0448047;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321934;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr1 249105163 . T C 495.81 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0578152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1162;QD=15.0245;RBI=0.0580125;REFB=-0.0182264;REVB=-0.00477986;RO=70;SAF=30;SAR=25;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599615;STB=0.507626;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0187108;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:70:77:55:55:0.416667:25:30:34:36:25:30:41:36 chr1 249141782 . A T 100.03 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0573087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.922;QD=7.40961;RBI=0.0574829;REFB=0.000100824;REVB=-0.00447139;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768793;STB=0.555477;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=3.17449e-05;OID=.;OPOS=249141782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:7:7:17:22:7:7:17:23 chr1 249143522 . C A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00668421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.971;QD=11.8142;RBI=0.0118416;REFB=-0.0208223;REVB=0.00977466;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186781;STB=0.608548;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0380046;OID=.;OPOS=249143522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:19:4:4:9:19:4 chr1 249168107 . G C 205.34 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00407613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0636;QD=12.8338;RBI=0.0305781;REFB=0.00310782;REVB=0.0303052;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1211;STB=0.569564;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00404262;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:19:20:10:15:19:20 chr1 249168436 . G A 410.05 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0259436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.583;QD=15.6208;RBI=0.0303999;REFB=-0.0224263;REVB=-0.0158456;RO=57;SAF=39;SAR=7;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226458;STB=0.635112;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0256569;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:59:46:46:0.438095:7:39:40:17:7:39:41:18 chr1 249168516 . A G 776.57 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2842;QD=54.496;RBI=0.0325935;REFB=-0.0444575;REVB=-0.00791698;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00261383;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:25:29:1:0:26:30:1:0 chr1 249208772 . C T 132.18 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0380505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5812;QD=9.97612;RBI=0.0386467;REFB=-0.0130192;REVB=0.00676206;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240673;STB=0.644724;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.031464;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:15:21:13:4:15:21 chr1 249211096 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00277356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.213;QD=16.1157;RBI=0.00655534;REFB=-0.0201901;REVB=-0.00593968;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422146;STB=0.53843;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0205586;OID=.;OPOS=249211096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:15:9:9:18:15:9:9:20 chr1 249211619 . G A 127.77 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0242568;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.997;QD=17.6231;RBI=0.0308028;REFB=-0.0134191;REVB=0.0189848;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211805;STB=0.62119;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0169437;OID=.;OPOS=249211619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:5:10:6:8:5:10 chr2 224919 . A G 331.28 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0242212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4252;QD=21.3726;RBI=0.0243822;REFB=-0.0315822;REVB=-0.00279737;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136466;STB=0.580599;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.018273;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:16:17:19:9:17:17:19:9 chr2 242793 . G C 112.84 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0007515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5513;QD=17.3604;RBI=0.0324667;REFB=-0.0265393;REVB=-0.032458;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135944;STB=0.578191;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0250892;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:6:7:5:8:6:7 chr2 242800 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0288541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.168;QD=17.4008;RBI=0.0442518;REFB=-0.031022;REVB=0.0335509;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.025063;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:8:5:7:6:8:5 chr2 243504 . C T 162.35 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00415784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.41;QD=19.6782;RBI=0.00981968;REFB=-0.0210222;REVB=-0.00889599;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172443;STB=0.577529;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0273564;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:9:8:4:11:9:8:5:11 chr2 264019 . C A 425.15 PASS AF=0.597222;AO=41;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.106116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.101;QD=23.6195;RBI=0.106388;REFB=-0.0125881;REVB=0.00760484;RO=28;SAF=8;SAR=33;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099153;STB=0.541898;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00910152;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:41:43:0.597222:33:8:8:20:33:10:9:20 chr2 269352 . G A 290.4 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00145764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.499;QD=14.166;RBI=0.00163197;REFB=-0.00619697;REVB=-0.000733894;RO=47;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162563;STB=0.58294;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0120765;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:49:33:33:0.402439:10:23:26:21:10:23:28:21 chr2 272203 . C T 551.71 PASS AF=0.402516;AO=64;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=-0.0165695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7099;QD=13.8795;RBI=0.030872;REFB=-0.00110879;REVB=-0.0260487;RO=95;SAF=17;SAR=47;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104533;STB=0.559105;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00231664;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:95:95:64:64:0.402516:47:17:33:62:47:17:33:62 chr2 277003 . A G 554.59 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0568119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.647;QD=24.9256;RBI=0.0568211;REFB=-0.0119143;REVB=-0.00101768;RO=38;SAF=21;SAR=30;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110868;STB=0.560724;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00811264;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:30:21:21:17:30:21:21:17 chr2 676177 . C G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.544;QD=60.3765;RBI=0.0515997;REFB=0;REVB=0.0143608;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132284;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr2 1079320 . C T 451.72 PASS AF=0.478723;AO=38;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0222968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6513;QD=19.222;RBI=0.0317328;REFB=-0.0167829;REVB=-0.0225793;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613102;STB=0.512086;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0225676;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:49:38:45:0.478723:22:16:17:24:24:21:24:25 chr2 1099076 . TA CT,TC 477.06 PASS AF=0.0430108,0.44086;AO=5,18;DP=98;FAO=4,41;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2,24;FSAR=2,17;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=0.00542051,0.00778134;FXX=0.243883;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=110.584,103.074;QD=20.5189;RBI=0.0803637,0.0824886;REFB=-0.0188829,-0.0221852;REVB=0.0801807,0.0821207;RO=21;SAF=2,12;SAR=3,6;SRF=19;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.596946,-0.286088;STB=0.77177,0.613352;STBP=0.493,0.086;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0405534,0.0233876;OID=.,.;OPOS=1099076,1099077;OREF=TA,A;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:98:93:21:40:5,18:4,41:0.0430108,0.44086:3,6:2,12:19:2:2,17:2,24:32:8 chr2 1099079 . T A 36.32 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=-0.00642601;FXX=0.0731648;HRUN=11;LEN=1;MLLD=169.645;QD=1.27454;RBI=0.0153932;REFB=-0.00211843;REVB=-0.0139877;RO=103;SAF=3;SAR=7;SRF=63;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345289;STB=0.761896;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0144457;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:122:114:103:104:10:10:0.0877193:7:3:63:40:7:3:63:41 chr2 1271230 . A G 1666.32 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.895;QD=60.0475;RBI=0.0269918;REFB=0;REVB=0.0269444;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520522;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:55:54:0:0:55:56:0:0 chr2 1312289 . G T 579.38 PASS AF=0.416107;AO=62;DP=149;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.00615401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.316;QD=15.5537;RBI=0.00644081;REFB=-0.00110585;REVB=-0.00190059;RO=87;SAF=32;SAR=30;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227651;STB=0.512772;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00134511;OID=.;OPOS=1312289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:87:87:62:62:0.416107:30:32:43:44:30:32:43:44 chr2 1320143 . C T 295.02 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0250916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8612;QD=11.2388;RBI=0.0280321;REFB=-0.0175705;REVB=-0.0124982;RO=66;SAF=14;SAR=23;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203763;STB=0.626023;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0319302;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:66:68:37:37:0.352381:23:14:37:29:23:14:39:29 chr2 1460004 . G T 253.84 PASS AF=0.42029;AO=26;DP=66;FAO=29;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0121371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.1663;QD=14.7154;RBI=0.048;REFB=-0.0341826;REVB=-0.0464402;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145973;STB=0.533578;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0311228;OID=.;OPOS=1460004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:27:40:26:29:0.42029:15:11:11:16:15:14:17:23 chr2 1497803 . C T 820.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321175;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.046;QD=57.5793;RBI=0.0305243;REFB=0;REVB=0.0303549;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76447e-05;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr2 1499899 . C T 1287.38 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00976747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.495;QD=60.5825;RBI=0.0103029;REFB=-0.137868;REVB=-0.00327822;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000519981;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:34:50:0:0:34:50:1:0 chr2 1499927 . A C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.179;QD=60.7162;RBI=0.0152081;REFB=0;REVB=0.0111537;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75172e-05;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr2 1520676 . T C 712.59 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5725;QD=63.3415;RBI=0.0277645;REFB=0;REVB=0.0245933;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379632;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:38:45:1:28:10:0:0:28:17:0:0 chr2 1544617 . G A 197.08 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0241948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.66;QD=10.9491;RBI=0.033557;REFB=-0.00984061;REVB=0.0232525;RO=44;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146901;STB=0.588881;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0163538;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:44:47:25:25:0.347222:13:12:27:17:13:12:29:18 chr2 1637648 . T C 91.82 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0080472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.618;QD=9.18186;RBI=0.0151268;REFB=-0.0111864;REVB=0.0128086;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030363;STB=0.518487;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0395316;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:18:10:4:8:18:10 chr2 1647171 . T C 899.19 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325864;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.226;QD=58.0123;RBI=0.0231189;REFB=0;REVB=0.0228881;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229105;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr2 1652822 . T G 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.675;QD=61.26;RBI=0.0231854;REFB=0;REVB=0.010914;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2783e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr2 1664654 . A G 1256.13 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304586;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.603;QD=61.2747;RBI=0.0527664;REFB=0;REVB=0.0526784;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010919;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:33:47:0:0:34:48:0:0 chr2 1795213 . A G 160.09 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.011974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.083;QD=10.3283;RBI=0.0121051;REFB=-0.0114903;REVB=0.00177679;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825806;STB=0.539839;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0241115;OID=.;OPOS=1795213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:10:11:18:22:10:11:19:22 chr2 1795247 . C T 230.64 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00430634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6213;QD=14.415;RBI=0.0396011;REFB=-0.0139141;REVB=-0.0393663;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500632;STB=0.528434;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0356134;OID=.;OPOS=1795247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:16:21:14:13:16:21 chr2 1805489 . A G 239.27 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00197789;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.482;QD=11.3936;RBI=0.0289584;REFB=0.000820156;REVB=0.0288907;RO=55;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297379;STB=0.517229;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00120768;OID=.;OPOS=1805489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:55:55:29:29:0.345238:14:15:27:28:14:15:27:28 chr2 1926437 . G T 520.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.161;QD=59.4308;RBI=0.0264053;REFB=0;REVB=0.0237617;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58328e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr2 3212704 . C A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0126957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.601;QD=16.8984;RBI=0.0518876;REFB=-0.0365753;REVB=0.0503105;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356497;STB=0.650903;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0294546;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:8:0:4:6:8:1 chr2 3392075 . T C 99.62 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0112052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.785;QD=14.7581;RBI=0.0305432;REFB=-0.0276207;REVB=-0.0284135;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.599822;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0318001;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:15:12:12:0.444444:9:3:5:8:9:3:6:9 chr2 3392295 . A G 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0492552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.446;QD=12.941;RBI=0.0557779;REFB=-0.0248915;REVB=-0.0261745;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.669688;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0415332;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:8:17:6:9:8:17 chr2 3392513 . TT CA 139.61 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0102176;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=2;MLLD=167.757;QD=18.0137;RBI=0.0550081;REFB=-0.00714434;REVB=-0.0540508;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836314;STB=0.547763;STBP=0.622;TYPE=mnp;VARB=0.00728849;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:10:6:7:8:10:6 chr2 3425514 . G C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0392434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2212;QD=17.8515;RBI=0.0478498;REFB=-0.00755293;REVB=-0.027378;RO=40;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924759;STB=0.551594;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00528305;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:17:19:25:15:17:19:25:15 chr2 3469463 . G C 1374.64 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.202;QD=62.4834;RBI=0.0292205;REFB=0;REVB=0.021974;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7764e-05;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:46:42:0:0 chr2 3470115 . T C 333.77 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0391405;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4518;QD=26.1778;RBI=0.0428012;REFB=-0.0464777;REVB=-0.0173194;RO=18;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574732;STB=0.511621;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0249795;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:18:19:31:32:0.627451:20:11:5:13:21:11:6:13 chr2 3470124 . G A 391.3 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.000948787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.6816;QD=27.4597;RBI=0.0303887;REFB=-0.0331311;REVB=-0.0303739;RO=17;SAF=14;SAR=23;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526239;STB=0.529637;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0169679;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:17:20:37:37:0.649123:23:14:5:12:23:14:6:14 chr2 3483205 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0244262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.181;QD=19.178;RBI=0.0255025;REFB=-0.0348118;REVB=-0.00733066;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0357688;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr2 3488502 . A G 443.44 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00605741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.929;QD=19.9297;RBI=0.0105706;REFB=-0.0225186;REVB=0.00866291;RO=45;SAF=31;SAR=13;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169803;STB=0.50943;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0263947;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:13:31:31:14:13:31:31:14 chr2 3504687 . A G 405.66 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00828341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.159;QD=17.2619;RBI=0.0218336;REFB=-0.0135872;REVB=0.0202013;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452795;STB=0.502537;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0173915;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:20:22:27:25:20:22:27:25 chr2 3605468 . A G 135.53 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0396852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.238;QD=12.3208;RBI=0.0396948;REFB=-0.0225838;REVB=-0.000869381;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266644;STB=0.667417;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0321826;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:11:5:15:12:11:5:16:12 chr2 3652616 . G C 1427.23 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256682;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.682;QD=62.0536;RBI=0.0490626;REFB=-0.0673027;REVB=0.0418125;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762504;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:92:0:0:90:92:1:36:54:0:0:38:54:0:0 chr2 3653844 . T C 241.4 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.287;QD=50.8218;RBI=0.0631107;REFB=0;REVB=0.0202266;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542784;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:13:19:1:9:4:0:0:9:10:0:0 chr2 3673648 . G A 121.79 PASS AF=0.357143;AO=13;DP=40;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0138268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.226;QD=11.599;RBI=0.0139672;REFB=-0.00200984;REVB=-0.0019758;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273809;STB=0.689375;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00619594;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:27:27:13:15:0.357143:3:10:15:12:3:12:15:12 chr2 3688861 . G A 363.98 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0127593;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.859;QD=26.4714;RBI=0.0397473;REFB=-0.00395021;REVB=0.0376437;RO=20;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349064;STB=0.519073;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00238594;OID=.;OPOS=3688861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:21:14:7:13:21:14:7:13 chr2 3691548 . A G 479.6 PASS AF=0.479592;AO=48;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00113505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3642;QD=19.5755;RBI=0.0356086;REFB=-0.0191454;REVB=-0.0355905;RO=49;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837532;STB=0.540453;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0139129;OID=.;OPOS=3691548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:51:48:47:0.479592:24:24:20:29:24:23:21:30 chr2 3721729 . A G 493.43 PASS AF=0.490741;AO=51;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.060565;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3356;QD=18.275;RBI=0.0671183;REFB=-0.00769374;REVB=0.0289267;RO=55;SAF=36;SAR=15;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281028;STB=0.649065;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0109875;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:51:53:0.490741:15:36:23:32:16:37:23:32 chr2 3729254 . C T 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00115605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.261;QD=27.2652;RBI=0.0011561;REFB=-0.0431225;REVB=9.8743e-06;RO=13;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105714;STB=0.558684;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0181903;OID=.;OPOS=3729254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:15:7:6:7:15:7:6:7 chr2 3749151 . GGAA G 291.15 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0055839;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.115;QD=12.1311;RBI=0.012643;REFB=-0.0101606;REVB=0.0113431;RO=42;SAF=27;SAR=16;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143232;STB=0.512043;STBP=0.865;TYPE=del;VARB=0.0121792;OID=.;OPOS=3749152;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:43:92:44:96:52:27:17:33:19:99:42:27:16:27:15 chr2 3800210 . G A 66.58 PASS AF=0.107595;AO=17;DP=158;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.0154179;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.281;QD=1.68553;RBI=0.0264841;REFB=-0.00332081;REVB=0.0215337;RO=138;SAF=8;SAR=9;SRF=63;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017223;STB=0.514953;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0276261;OID=.;OPOS=3800210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:158:158:138:141:17:17:0.107595:9:8:63:75:9:8:64:77 chr2 3800383 . C T 360.14 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00312594;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6671;QD=18.2349;RBI=0.0823742;REFB=-0.0300159;REVB=-0.0823149;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024182;STB=0.519989;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0264203;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:18:19:20:21:18:20:20:21 chr2 4874699 . AAAC A,AA,AAA,AAAA 316.41 PASS AF=0.88,0,0.04,0.08;AO=8,7,3,5;DP=30;FAO=22,0,1,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,1,2;FSAR=14,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019838,-0.00379011,-0.00532312,-0.00583077;FXX=0;HRUN=3,3,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=162.753,161.965,160.255,156.996;QD=50.6257;RBI=0.0161584,0.0528925,0.0733977,0.0841555;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0160361,-0.0527566,-0.0732045,-0.0839533;RO=3;SAF=4,2,0,2;SAR=4,5,3,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0790568,-0.0295447,-0.664835,0.0436878;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.000393213,-0.0507367,-0.00958186,0.0109222;OID=.,.,.,.;OPOS=4874700,4874701,4874702,4874702;OREF=AAC,AC,C,C;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA,AAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.88,0,0.04,0.08:8,7,3,5:30:22,0,1,2:25:0:8,0,1,2:14,0,0,0:0:0:9:3:4,2,0,2:4,5,3,3:1:2 chr2 5835512 . TGGGGC TGGG,TGGGC 161.14 PASS AF=0.809524,0.047619;AO=5,6;DP=22;FAO=17,1;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=8,1;FSAR=9,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.158972,0.353033;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.3303,12.8206;QD=30.6933;RBI=0.160345,0.466712;REFB=-0.104009,-0.0827873;REVB=0.0209428,-0.305267;RO=6;SAF=5,0;SAR=0,6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.445161,0.445161;SSEP=0,0;SSSB=0.694502,-0.802799;STB=0.529377,0.985111;STBP=0.62,0.519;TYPE=del,del;VARB=0.0241168,0.0987739;OID=.,.;OPOS=5835516,5835513;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524,0.047619:5,6:22:17,1:21:3:8,1:9,0:2:1:11:6:5,0:0,6:5:1 chr2 5835697 . GTTTTTTTTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTTTTTTG 121.14 PASS AF=0.769231,0.192308;AO=4,2;DP=31;FAO=20,5;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18,5;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102846,0.0245579;FXX=0.277701;HRUN=19,19;LEN=3,1;MLLD=4.78461,110.001;QD=18.6363;RBI=0.130341,0.162743;REFB=0.159992,0.0580177;REVB=-0.0800721,-0.160879;RO=5;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5135,0.5;STBP=0.65,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.108158,-0.0668851;OID=.,.;OPOS=5835698,5835715;OREF=TTT,T;OALT=-,G;OMAPALT=GTTTTTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.192308:4,2:31:20,5:26:1:18,5:2,0:1:0:31:5:4,2:0,0:5:0 chr2 6990020 . C T 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.019642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.773;QD=25.1999;RBI=0.0200851;REFB=-0.00866643;REVB=-0.00419579;RO=31;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021907;STB=0.501198;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00554656;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:19:26:18:13:19:26:18:13 chr2 7137067 . A G 384.15 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00250901;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.566;QD=13.5982;RBI=0.0209422;REFB=-0.0125637;REVB=0.0207913;RO=66;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542373;STB=0.529045;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0232757;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:68:45:45:0.39823:25:20:26:40:25:20:27:41 chr2 7154632 . T C 1568.31 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.486;QD=64.0128;RBI=0.0185978;REFB=0;REVB=0.0131878;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47243e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr2 7208422 . T C 177.45 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0133974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.354;QD=14.4858;RBI=0.0222526;REFB=-0.0167788;REVB=0.0177676;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296664;STB=0.668064;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0159126;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:5:25:11:8:5:25 chr2 8870862 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.002;QD=64.1539;RBI=0.0366898;REFB=0;REVB=0.0334704;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55181e-05;OID=.;OPOS=8870862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr2 9491017 . C T 1040.22 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9242;QD=59.4412;RBI=0.0610054;REFB=0;REVB=0.0418513;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41086e-05;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:32:36:0:0:33:37:0:0 chr2 9755405 . G A 373.55 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0261115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1395;QD=23.3469;RBI=0.0345512;REFB=0.0121434;REVB=0.0226269;RO=26;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158124;STB=0.579396;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00928015;OID=.;OPOS=9755405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:22:15:16:10:22:15:16:11 chr2 9983686 . G T 1175.77 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0893132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.319;QD=59.5328;RBI=0.091127;REFB=-0.10039;REVB=-0.0180906;RO=1;SAF=4;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635519;STB=0.503355;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000972611;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:74:4:0:1:74:4:0:1 chr2 9983716 . A C 595.24 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.218;QD=61.0503;RBI=0.0173697;REFB=0;REVB=0.0152478;RO=0;SAF=3;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45809e-06;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:34:3:0:0:36:3:0:0 chr2 10045013 . A AT 405.46 PASS AF=1;AO=18;DP=134;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111733;FXX=0.458612;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.4731;QD=22.5258;RBI=0.112669;REFB=-0.0823173;REVB=0.0144984;RO=105;SAF=14;SAR=4;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00100438;OID=.;OPOS=10045014;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:134:72:72:0:33:39:0:0:4:105:14:4:60:45 chr2 10045014 . C A,T 1918.34 PASS AF=0.195489,0.804511;AO=19,96;DP=122;FAO=26,107;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14,65;FSAR=12,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622982,-0.00169207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.415,76.5536;QD=57.6945;RBI=0.0235327,0.0581395;REFB=0,0;REVB=0.0226931,-0.0581148;RO=0;SAF=14,58;SAR=5,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0303872,-0.0031684;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:122:133:0:0:19,96:26,107:0.195489,0.804511:5,38:14,58:0:0:12,42:14,65:0:0 chr2 10045024 . G A 2121.38 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210003;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.872;QD=62.3935;RBI=0.0643053;REFB=0;REVB=0.0607796;RO=0;SAF=77;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362702;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:133:136:1:56:77:0:0:58:78:0:0 chr2 10050947 . T C 695.95 PASS AF=0.517986;AO=57;DP=127;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0491718;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.22;QD=20.0274;RBI=0.0498276;REFB=-0.0227492;REVB=-0.00805733;RO=59;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811855;STB=0.50934;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0170353;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:139:59:67:57:72:0.517986:33:24:30:29:33:39:35:32 chr2 10050960 . A G 709.1 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0140777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.7518;QD=20.1164;RBI=0.0148318;REFB=-0.00635813;REVB=-0.00466891;RO=64;SAF=40;SAR=30;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354493;STB=0.539866;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00589871;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:64:71:70:70:0.496454:30:40:34:30:30:40:35:36 chr2 10053412 . C T 334.79 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0216954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8235;QD=14.3997;RBI=0.0240193;REFB=0.00516101;REVB=-0.0103072;RO=56;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899366;STB=0.551017;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00701928;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:19:18:32:24:19:18:32:24 chr2 10059770 . G T 126.94 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.016536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5123;QD=12.3845;RBI=0.0207136;REFB=-0.0012415;REVB=0.0124745;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243323;STB=0.617213;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00292603;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:14:15:0.365854:6:8:9:17:7:8:9:17 chr2 10059844 . C T 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00150791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7366;QD=28.0786;RBI=0.045221;REFB=-0.0217656;REVB=-0.0451959;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423884;STB=0.523346;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0225598;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:17:8:4:11:17:8:4:11 chr2 10094992 . A G 186.52 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0455066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.783;QD=16.9566;RBI=0.0465166;REFB=-0.0305938;REVB=-0.00964069;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136701;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0424505;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:24:20:20:0.454545:11:9:6:14:11:9:10:14 chr2 10126330 . G A 176.69 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0249447;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.41;QD=10.7087;RBI=0.0249748;REFB=-0.00345993;REVB=0.00122617;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357849;STB=0.70504;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00725782;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:42:43:22:23:0.348485:7:15:15:27:8:15:14:29 chr2 10188649 . A T 709.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.136;QD=63.0814;RBI=0.0601885;REFB=0;REVB=0.0522184;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162305;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:24:19:0:0:25:20:0:0 chr2 10192851 . G GT,GTTT,T 44.89 PASS AF=0.529412,0,0.235294;AO=4,2,4;DP=17;FAO=9,0,4;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5,0,3;FSAR=4,0,1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.552675,-0.2049,-0.000508926;FXX=0;HRUN=10,10,2;LEN=1,3,1;MLLD=3.55503,7.33122,30.3692;QD=10.5612;RBI=0.581312,0.212675,0.0274111;REFB=-0.298026,-0.112275,-0.245645;REVB=0.180206,0.0569795,0.0274064;RO=5;SAF=3,2,3;SAR=1,0,1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.590845,0.78221,0.590845;STB=0.593016,0.5,0.748747;STBP=0.349,1,0.267;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0319651,0.102028,0.00947762;OID=.,.,.;OPOS=10192852,10192852,10192851;OREF=-,-,G;OALT=T,TTT,T;OMAPALT=GT,GTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:21:17:17:5:4:4,2,4:9,0,4:0.529412,0,0.235294:1,0,1:3,2,3:0:5:4,0,1:5,0,3:1:3 chr2 10262920 . T G 149.74 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0035262;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.626;QD=10.8898;RBI=0.0133026;REFB=-0.0349053;REVB=0.0128267;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104791;STB=0.502944;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.063071;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:36:19:19:0.345455:11:8:14:20:11:8:15:21 chr2 10563236 . G A 42.0 PASS AF=0.6;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0438272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7946;QD=16.7982;RBI=0.0489745;REFB=-0.118359;REVB=-0.0218558;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555356;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0339985;OID=.;OPOS=10563236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:10:10:1:4:5:6:0.6:1:4:1:0:1:5:3:1 chr2 10712278 . C T 1427.46 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0132;QD=62.0637;RBI=0.127531;REFB=0;REVB=0.123535;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134072;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:1:0:90:92:1:39:51:0:1:40:52:0:0 chr2 10784491 . A G 518.54 PASS AF=0.556818;AO=47;DP=86;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.048113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2467;QD=23.5701;RBI=0.0691851;REFB=0.01141;REVB=0.0497164;RO=39;SAF=17;SAR=30;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203132;STB=0.518211;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00890472;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:39:39:47:49:0.556818:30:17:15:24:32:17:15:24 chr2 10808776 . C A,CAA 1333.49 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=5,76;DP=88;FAO=3,84;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047506,0.0254471;FXX=0.0113623;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=45.9592,174.918;QD=61.3097;RBI=0.0475837,0.0468084;REFB=0,0;REVB=-0.00271746,0.039287;RO=1;SAF=4,33;SAR=1,43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277405,0.0108787;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.10392,0.000819859;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:88:87:1:0:5,76:3,84:0.0344828,0.965517:1,43:4,33:0:1:1,46:2,38:0:0 chr2 10908893 . A G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0274355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.619;QD=27.4993;RBI=0.0310215;REFB=0.0111;REVB=-0.0144785;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147618;STB=0.582002;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00886516;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:7:12:4:6:7:12:4:6 chr2 10928906 . T C 399.14 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.533;QD=55.0533;RBI=0.00739791;REFB=0;REVB=0.00699942;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22494e-05;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:1:0:27:29:1:18:9:0:1:20:9:0:0 chr2 10930903 . T C 576.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.847;QD=59.1262;RBI=0.0307551;REFB=0;REVB=0.00507449;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107692;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:21:17:1:0:21:18:0:0 chr2 10933249 . C T 547.78 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0552;QD=57.661;RBI=0.0231771;REFB=-0.143231;REVB=0.0185377;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456005;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:0:37:38:1:20:17:0:1:21:17:0:0 chr2 10942687 . C T 800.3 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3006;QD=57.1645;RBI=0.0204135;REFB=0;REVB=-0.0143139;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271661;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:24:32:0:0 chr2 11053020 . A G 722.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7603;QD=56.6832;RBI=0.02575;REFB=0;REVB=-0.0054274;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152303;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:28:21:0:0:29:22:0:0 chr2 11053740 . C T 390.26 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.00242671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5048;QD=14.454;RBI=0.0262738;REFB=0.00253311;REVB=0.0261615;RO=63;SAF=29;SAR=16;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025328;STB=0.514254;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00331386;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:16:29:42:21:16:29:42:21 chr2 11264830 . G A 1589.82 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8775;QD=59.9933;RBI=0.0830811;REFB=0;REVB=0.0409642;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468799;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr2 11323276 . T C 709.58 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00765779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.553;QD=21.8331;RBI=0.0208723;REFB=-0.03025;REVB=0.0194168;RO=60;SAF=34;SAR=35;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121544;STB=0.562091;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.031012;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:60:61:69:69:0.530769:35:34:21:39:35:34:22:39 chr2 11374200 . C G 706.02 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=180;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.0126505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6421;QD=15.6893;RBI=0.0136766;REFB=0.00503526;REVB=-0.00519745;RO=103;SAF=34;SAR=43;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452983;STB=0.525299;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00370997;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:103:103:77:77:0.427778:43:34:50:53:43:34:50:53 chr2 11696806 . C T 166.41 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0202725;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.536;QD=14.1628;RBI=0.0217775;REFB=-0.00159871;REVB=-0.00795516;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395261;STB=0.507928;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00129769;OID=.;OPOS=11696806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:29:18:18:0.382979:12:6:11:19:12:6:10:19 chr2 11702661 . A C 546.36 PASS AF=0.464;AO=60;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00878782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8407;QD=17.4834;RBI=0.0626904;REFB=0.00153324;REVB=-0.0620714;RO=63;SAF=30;SAR=30;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734591;STB=0.503999;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00235801;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:67:60:58:0.464:30:30:31:32:29:29:34:33 chr2 11706693 . T C 470.82 PASS AF=0.468468;AO=39;DP=113;FAO=52;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0546618;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2566;QD=16.9666;RBI=0.0872622;REFB=-0.000271591;REVB=-0.0680204;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176125;STB=0.527787;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00122477;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:41:59:39:52:0.468468:25:14:14:27:30:22:28:31 chr2 11738091 . T C 748.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7647;QD=63.6737;RBI=0.0611283;REFB=0;REVB=0.0326458;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411806;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:28:17:0:0:29:18:0:0 chr2 11752635 . T C 1549.97 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7428;QD=62.6252;RBI=0.0197033;REFB=-0.126421;REVB=0.0100127;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839512;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00156589;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:56:42:0:1:56:42:0:1 chr2 11758496 . C G 41.27 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0445986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.2968;QD=2.08938;RBI=0.044615;REFB=-0.0346056;REVB=0.00120988;RO=57;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570995;STB=0.882852;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.183338;OID=.;OPOS=11758496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:77:79:57:69:9:9:0.113924:8:1:34:23:8:1:37:32 chr2 11965541 . A G 370.58 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00188705;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5676;QD=13.0026;RBI=0.00246395;REFB=-0.00340217;REVB=-0.00158433;RO=64;SAF=21;SAR=23;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565713;STB=0.53146;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00779648;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:64:70:44:44:0.385965:23:21:34:30:23:21:37:33 chr2 12864766 . C T 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00126959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.624;QD=60.2415;RBI=0.0177987;REFB=0.00790789;REVB=0.0177533;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.505375;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=1.25199e-06;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:46:35:0:1:46:36:0:1 chr2 12877501 . G A,GA 2199.8 PASS AF=0.00680272,0.986395;AO=7,125;DP=148;FAO=1,145;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=1,91;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356744,0.0304607;FXX=0.0067563;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=60.0158,79.6982;QD=59.8586;RBI=0.0398812,0.036633;REFB=-0.0866879,-0.0782314;REVB=0.0178283,0.02035;RO=2;SAF=6,75;SAR=1,50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.422723,0.0186229;STB=0.989913,0.504587;STBP=0.496,0.266;TYPE=snp,ins;VARB=0.000102294,0.00176057;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:148:147:2:1:7,125:1,145:0.00680272,0.986395:1,50:6,75:0:2:0,54:1,91:0:1 chr2 12882822 . ATC A 2945.56 PASS AF=1;AO=176;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141245;FXX=0.0248744;HRUN=1;LEN=2;MLLD=319.313;QD=60.1134;RBI=0.0154533;REFB=0;REVB=0.00626903;RO=0;SAF=66;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.11431e-05;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:176:195:196:196:0:77:119:0:0:17:0:66:110:0:0 chr2 14779829 . A G 201.31 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=54;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0142646;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.807;QD=14.3795;RBI=0.0305859;REFB=0.00080545;REVB=0.0270558;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913326;STB=0.529496;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.000148938;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:32:21:24:0.428571:7:14:23:8:7:17:24:8 chr2 14780038 . T G 618.9 PASS AF=0.492188;AO=60;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0635528;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9566;QD=19.3405;RBI=0.0787442;REFB=0.00436248;REVB=0.0464939;RO=65;SAF=30;SAR=30;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181169;STB=0.608823;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00343366;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:65:65:60:63:0.492188:30:30:20:45:30:33:20:45 chr2 14780131 . A G 210.33 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0109049;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.293;QD=11.8495;RBI=0.0109515;REFB=-0.0068905;REVB=0.00100892;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309318;STB=0.660897;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0159279;OID=.;OPOS=14780131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:25:26:0.366197:9:16:16:29:10:16:16:29 chr2 15533779 . G A 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.063;QD=53.2589;RBI=0.0118437;REFB=0;REVB=-0.00482926;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03465e-05;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 15542337 . C G 389.31 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0160301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0359;QD=24.332;RBI=0.0185958;REFB=0.0216282;REVB=-0.00942537;RO=26;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305588;STB=0.51677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0135796;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:16:22:14:12:16:22:14:12 chr2 15555762 . C G 151.95 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0715357;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.681;QD=10.1299;RBI=0.072378;REFB=-0.00626995;REVB=0.0110099;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11471;STB=0.567499;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0147519;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:40:20:20:0.333333:12:8:20:20:12:8:20:20 chr2 15555832 . A G 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0578864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.737;QD=13.7735;RBI=0.058192;REFB=-0.00870259;REVB=0.0059557;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253741;STB=0.640299;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0157999;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:15:5:14:16:15:5:14:17 chr2 15601441 . C T 1785.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.562;QD=61.0546;RBI=0.0310606;REFB=0;REVB=0.0221014;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93695e-05;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr2 15607842 . T C 394.22 PASS AF=0.42;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0089679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.6058;QD=15.7687;RBI=0.128377;REFB=0.00105768;REVB=0.128063;RO=56;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921661;STB=0.533761;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000713371;OID=.;OPOS=15607842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:56:58:41:42:0.42:19:22:25:31:20:22:27:31 chr2 15613460 . T C 235.75 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0366826;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9035;QD=24.8156;RBI=0.0369983;REFB=-0.00982369;REVB=0.00482297;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876507;STB=0.559944;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00818578;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:16:22:22:0.578947:8:14:9:8:8:14:8:8 chr2 15614404 . T C 1285.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.804;QD=61.2023;RBI=0.0681313;REFB=0;REVB=0.037681;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172469;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:84:0:0:75:84:1:40:35:0:0:43:41:0:0 chr2 15615910 . A G 508.5 PASS AF=0.545455;AO=46;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00917256;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.536;QD=23.1135;RBI=0.0289743;REFB=-0.00944184;REVB=0.0274841;RO=40;SAF=10;SAR=36;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285033;STB=0.63152;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00685714;OID=.;OPOS=15615910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:46:48:0.545455:36:10:20:20:36:12:20:20 chr2 15618339 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.847;QD=58.142;RBI=0.0321818;REFB=0;REVB=0.0304606;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132172;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr2 15674686 . T C 687.2 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00244142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.483;QD=18.8273;RBI=0.0166227;REFB=0.00506891;REVB=0.0164424;RO=77;SAF=21;SAR=48;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298705;STB=0.665802;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00325623;OID=.;OPOS=15674686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:48:21:47:30:48:21:47:30 chr2 15698746 . G C 871.02 PASS AF=0.449761;AO=93;DP=209;FAO=94;FDP=209;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.019415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.429;QD=16.6703;RBI=0.0195747;REFB=0.00622779;REVB=0.00249456;RO=113;SAF=40;SAR=53;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914485;STB=0.552016;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00656851;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:113:115:93:94:0.449761:53:40:59:54:53:41:61:54 chr2 15743344 . T C 768.4 PASS AF=0.513889;AO=73;DP=143;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00760903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.869;QD=21.3445;RBI=0.017606;REFB=-0.00501205;REVB=0.0158769;RO=69;SAF=38;SAR=35;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373736;STB=0.52702;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0040732;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:69:70:73:74:0.513889:35:38:33:36:35:39:33:37 chr2 15747393 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00160627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.272;QD=17.8516;RBI=0.0103129;REFB=-0.00481954;REVB=0.010187;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194616;STB=0.608636;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00822512;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:15:21:15:25:15:21:15:25 chr2 15840623 . A G 906.14 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.163;QD=56.6337;RBI=0.0315751;REFB=-0.107822;REVB=-0.00867063;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000249034;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:31:32:0:0:31:32:0:1 chr2 16090820 . T C 100.64 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0371624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5131;QD=16.1026;RBI=0.084538;REFB=-0.024572;REVB=-0.0759317;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309193;STB=0.677144;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0218244;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:3:10:5:7:3:10 chr2 17304295 . A G 1624.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0431;QD=60.1611;RBI=0.0331982;REFB=0;REVB=-0.0102023;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101104;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:66:42:0:0:66:42:0:0 chr2 17696573 . C T 2473.04 PASS AF=0.970588;AO=164;DP=169;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00468722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.392;QD=58.1892;RBI=0.0186368;REFB=-0.0582091;REVB=-0.0180378;RO=3;SAF=81;SAR=83;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172952;STB=0.514968;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00234886;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:169:170:3:5:164:165:0.970588:83:81:3:0:84:81:5:0 chr2 17698678 . A G 2118.51 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.251;QD=62.7706;RBI=0.00231299;REFB=0;REVB=-0.00207234;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62257e-06;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr2 17942775 . T A 738.24 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.182;QD=56.7878;RBI=0.0822403;REFB=0;REVB=0.0822067;RO=0;SAF=8;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010362;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:43:8:0:0:44:8:0:0 chr2 17947927 . A G 509.68 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0135866;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9235;QD=16.7107;RBI=0.0214717;REFB=-0.0078763;REVB=0.0166264;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602312;STB=0.528691;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00819499;OID=.;OPOS=17947927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:67:55:55:0.45082:25:30:40:26:25:30:40:27 chr2 17954027 . G A 817.31 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6864;QD=57.3549;RBI=0.086628;REFB=0;REVB=-0.0761539;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000862692;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr2 17954421 . C G 1121.47 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665219;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7958;QD=60.6202;RBI=0.0864977;REFB=0;REVB=0.0552874;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671973;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr2 17961321 . A G 369.41 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00390177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.546;QD=16.9845;RBI=0.00821091;REFB=-0.00624101;REVB=0.00722463;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863964;STB=0.548363;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00834331;OID=.;OPOS=17961321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:18:30:21:18:18:30 chr2 17962450 . A G 363.96 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0238943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0636;QD=21.0992;RBI=0.0240339;REFB=-0.00116639;REVB=0.00258646;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18965;STB=0.604596;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00155023;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:22:10:20:17:22:10 chr2 17962518 . C T 560.81 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340572;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.975;QD=60.6277;RBI=0.0577125;REFB=0;REVB=-0.0576119;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144274;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr2 17963098 . T G 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0718738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5879;QD=11.4376;RBI=0.0756916;REFB=-0.00886569;REVB=-0.0237356;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494294;STB=0.549218;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0192345;OID=.;OPOS=17963098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:4:9:15:8:4:9:15:9 chr2 17998025 . A T 321.4 PASS AF=0.448718;AO=32;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00920166;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4536;QD=16.4819;RBI=0.0293431;REFB=-0.0233354;REVB=-0.027863;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148354;STB=0.527071;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.032727;OID=.;OPOS=17998025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:43:32:35:0.448718:17:15:22:13:18:17:23:20 chr2 17998095 . C T 317.11 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00526553;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.587;QD=17.6174;RBI=0.00924817;REFB=-0.0306466;REVB=-0.00760282;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381887;STB=0.521391;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0299476;OID=.;OPOS=17998095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:34:34:0.472222:21:13:16:22:21:13:16:22 chr2 17998331 . T C 260.61 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.014626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.538;QD=18.9532;RBI=0.0329642;REFB=-0.030667;REVB=-0.0295418;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26437;STB=0.666131;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0262686;OID=.;OPOS=17998331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:27:27:28:0.509091:11:16:7:18:11:17:7:20 chr2 18112473 . G A 1855.78 PASS AF=0.99187;AO=115;DP=116;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2598;QD=60.3506;RBI=0.106904;REFB=-0.0659044;REVB=0.105011;RO=1;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714126;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00091641;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:123:1:1:115:122:0.99187:66:49:0:1:73:49:0:1 chr2 18113508 . G A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0228007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.476;QD=12.4667;RBI=0.0240693;REFB=-0.00408628;REVB=-0.00771105;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34539;STB=0.707659;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0091975;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:6:14:12:20:6:14:12:21 chr2 18113623 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.04;QD=51.9116;RBI=0.0398419;REFB=0;REVB=0.0398199;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044867;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 20101487 . G A 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00434148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.685;QD=13.5147;RBI=0.0163558;REFB=-0.0141581;REVB=0.0157691;RO=42;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265929;STB=0.653109;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0229409;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:7:21:22:20:7:21:22:20 chr2 20135283 . T C 1536.62 PASS AF=0.964286;AO=102;DP=106;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0128307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1855;QD=54.8792;RBI=0.0153159;REFB=-0.0250879;REVB=-0.00836351;RO=4;SAF=65;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105828;STB=0.504553;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00632834;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:112:4:4:102:108:0.964286:37:65:2:2:41:67:2:2 chr2 20192931 . G A 594.2 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0471253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9562;QD=19.1678;RBI=0.0480051;REFB=-0.0122702;REVB=0.00914828;RO=63;SAF=35;SAR=26;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147703;STB=0.581614;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0130819;OID=.;OPOS=20192931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:26:35:26:37:26:35:26:37 chr2 20202929 . C T 188.3 PASS AF=0.475;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0186415;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.541;QD=18.8296;RBI=0.0210097;REFB=-0.00142765;REVB=0.00969031;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507035;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00181132;OID=.;OPOS=20202929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:19:21:19:19:0.475:12:7:7:12:12:7:8:13 chr2 20205680 . C T 1157.37 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.495;QD=59.3521;RBI=0.070398;REFB=-0.0824081;REVB=0.0452987;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00187676;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:1:0:38:39:1:0 chr2 20205848 . G A 659.49 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0168262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.072;QD=59.9534;RBI=0.0168673;REFB=-0.150161;REVB=0.001176;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000547511;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:1:0:19:24:1:0 chr2 20403794 . A T 1008.32 PASS AF=1;AO=40;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6482;QD=59.3128;RBI=0.00979472;REFB=0;REVB=0.00933321;RO=0;SAF=38;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5325e-05;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:40:68:1:2:38:0:0:30:38:0:0 chr2 20648053 . C T 418.58 PASS AF=0.615385;AO=39;DP=64;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00401761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.56;QD=25.7587;RBI=0.0185134;REFB=-0.0563727;REVB=0.0180722;RO=25;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12679;STB=0.572705;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0193522;OID=.;OPOS=20648053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:25:25:39:40:0.615385:18:21:9:16:18:22:9:16 chr2 20648211 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.625;QD=39.2061;RBI=0.0316344;REFB=0;REVB=-0.0221918;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689676;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 20680665 . C A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0260626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.65;QD=25.7318;RBI=0.031133;REFB=-0.0219844;REVB=0.0170296;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188894;STB=0.60473;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0154841;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:16:10:12:7:16:10:12:7 chr2 20680693 . G A 275.71 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0557049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4811;QD=25.6473;RBI=0.0664275;REFB=-0.0508891;REVB=0.0361881;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169778;STB=0.594022;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0167474;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:12:6:14:11:12:6 chr2 20798006 . CT C 1356.45 PASS AF=0.577982;AO=125;DP=225;FAO=126;FDP=218;FR=.;FRO=92;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=0.00389698;FXX=0.0311097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1177;QD=24.8891;RBI=0.0250236;REFB=0.000679543;REVB=0.0247183;RO=92;SAF=75;SAR=50;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159804;STB=0.507245;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=-0.000423561;OID=.;OPOS=20798007;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577982:125:225:126:218:92:76:50:57:35:99:92:75:50:57:35 chr2 20817673 . G A 357.04 PASS AF=0.390909;AO=44;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00632806;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.906;QD=12.9834;RBI=0.0154519;REFB=-0.00610977;REVB=0.0140967;RO=64;SAF=33;SAR=11;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157938;STB=0.575798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0076385;OID=.;OPOS=20817673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:67:44:43:0.390909:11:33:40:24:11:32:43:24 chr2 20818454 . T A 151.7 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00187095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.778;QD=12.642;RBI=0.0169102;REFB=-0.000625831;REVB=-0.0168063;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107143;STB=0.545403;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000916086;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:28:31:16:17:0.354167:6:10:20:8:6:11:22:9 chr2 20818458 . G A 190.93 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0191665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.352;QD=15.5858;RBI=0.0278557;REFB=-0.00112695;REVB=0.0202135;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224834;STB=0.62779;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000942812;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:22:7:9:11:22:7 chr2 20818764 . C T 185.92 PASS AF=0.375;AO=17;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00842506;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.078;QD=13.2796;RBI=0.00884114;REFB=-0.0370918;REVB=-0.00268033;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423677;STB=0.744457;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0180817;OID=.;OPOS=20818764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:31:17:21:0.375:12:5:18:7:15:6:22:9 chr2 20823724 . T C,G 281.96 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=18,4;DP=22;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762437,-0.0316583;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.987,142.981;QD=51.2653;RBI=0.0478943,0.0690819;REFB=0,0;REVB=0.0472836,0.0614008;RO=0;SAF=5,0;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0133178,0.0432605;OID=.,.;OPOS=20823724,20823724;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:22:22:0:0:18,4:18,4:0.818182,0.181818:13,4:5,0:0:0:13,4:5,0:0:0 chr2 20824498 . C T 329.39 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.006072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.785;QD=20.9138;RBI=0.0131359;REFB=0.00272904;REVB=0.0116483;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104495;STB=0.512813;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00196808;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:15:19:16:12:15:19:17:12 chr2 20824559 . C T 387.21 PASS AF=0.506494;AO=34;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0487482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.9129;QD=20.1147;RBI=0.0624649;REFB=-0.0872434;REVB=-0.0390573;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325901;STB=0.512189;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0490335;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:37:34:39:0.506494:19:15:13:14:21:18:18:19 chr2 20838222 . C T 353.74 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.115912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9079;QD=16.0792;RBI=0.115954;REFB=-0.0387513;REVB=0.00313472;RO=50;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020175;STB=0.511358;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.053857;OID=.;OPOS=20838222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:19:19:26:24:19:19:26:24 chr2 20838318 . G A 536.08 PASS AF=0.460317;AO=56;DP=123;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00647643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.248;QD=17.0183;RBI=0.0255327;REFB=-0.00128164;REVB=-0.0246976;RO=63;SAF=38;SAR=18;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127153;STB=0.601733;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00139514;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:63:68:56:58:0.460317:18:38:35:28:18:40:35:33 chr2 21225281 . C T 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00900697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.751;QD=20.0946;RBI=0.00910292;REFB=-0.0194863;REVB=0.00131819;RO=40;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121205;STB=0.56724;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0181462;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:17:24:18:22:17:24:18:22 chr2 21231524 . G A 229.66 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00275349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.01;QD=11.9303;RBI=0.0119548;REFB=-0.0168934;REVB=-0.0116334;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142007;STB=0.58134;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0320974;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:16:12:15:34:16:12:15:34 chr2 21232803 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.369;QD=55.0964;RBI=0.00875265;REFB=0;REVB=-0.00862968;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84024e-05;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 21235475 . T C 2083.71 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.966;QD=62.668;RBI=0.043486;REFB=0;REVB=0.0396943;RO=0;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.643e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:65:68:0:0:65:68:0:0 chr2 21237786 . T G 423.66 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0457686;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0671;QD=16.1395;RBI=0.0459099;REFB=-0.00719783;REVB=-0.00359866;RO=57;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742244;STB=0.546097;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00849423;OID=.;OPOS=21237786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:57:58:47:47:0.447619:22:25:26:31:22:25:26:32 chr2 21250914 . G A 794.22 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.721;QD=63.5379;RBI=0.0318411;REFB=0;REVB=0.031743;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437607;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:29:19:0:0:30:20:0:0 chr2 21252534 . G A 305.35 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0190784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9115;QD=17.7015;RBI=0.0226326;REFB=-0.00429701;REVB=0.0121758;RO=35;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200227;STB=0.619925;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00396087;OID=.;OPOS=21252534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:33:33:0.478261:11:22:16:19:11:22:16:20 chr2 21360583 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.346;QD=62.0219;RBI=0.0385166;REFB=0;REVB=0.0272003;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04566e-07;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr2 23865260 . T C 3053.74 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=198;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0321316;FXX=0.0151508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.326;QD=62.6409;RBI=0.0327682;REFB=-0.0530109;REVB=0.00642766;RO=2;SAF=118;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800268;STB=0.504201;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000118658;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:195:2:2:193:193:0.989744:75:118:2:0:75:118:2:0 chr2 23919375 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.348;QD=58.4196;RBI=0.0426166;REFB=0;REVB=0.00842921;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36455e-05;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr2 23926659 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000125005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.626;QD=57.106;RBI=0.0176051;REFB=0;REVB=-0.0176047;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04747e-05;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr2 23973799 . T C 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2694;QD=57.0303;RBI=0.0257555;REFB=0.0659121;REVB=-0.00846689;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00140803;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:1:0:34:31:1:0 chr2 24055058 . G C 490.04 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2904;QD=57.6522;RBI=0.0700598;REFB=0;REVB=-0.0542859;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404514;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:11:23:0:0 chr2 24108652 . T C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=51;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.365;QD=54.8227;RBI=0.0441228;REFB=0.213728;REVB=0.0375802;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00106534;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:51:50:0.980392:23:28:0:0:23:27:1:0 chr2 24369674 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.474;QD=58.5866;RBI=0.0307665;REFB=0;REVB=0.0250936;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66494e-05;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr2 24384424 . T C 620.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6522;QD=60.4892;RBI=0.151469;REFB=0;REVB=0.103115;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348384;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:19:21:1:0:19:22:0:0 chr2 24387178 . G C,GC 346.18 PASS AF=0,1;AO=3,23;DP=27;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522115,0.060337;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.884,26.6961;QD=53.2584;RBI=0.0553993,0.0705106;REFB=0,0;REVB=-0.0185215,0.0364855;RO=1;SAF=3,17;SAR=0,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0264628;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00466079;OID=.,.;OPOS=24387178,24387179;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:27:26:1:0:3,23:0,26:0,1:0,6:3,17:1:0:0,6:0,20:0:0 chr2 24390517 . G A 1491.97 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0234786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.163;QD=54.751;RBI=0.0310379;REFB=-0.173441;REVB=0.0203004;RO=2;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220569;STB=0.512855;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00104153;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:2:4:104:105:0.963303:42:62:0:2:43:62:1:3 chr2 24402127 . C A,CAA 373.6 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,24;DP=29;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770211,-0.00893274;FXX=0.0357015;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=33.2695,217.1;QD=55.3479;RBI=0.0297724,0.0150151;REFB=0,0;REVB=-0.0287589,0.012069;RO=1;SAF=1,8;SAR=1,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0544279;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0837891,0.000625625;OID=.,.;OPOS=24402127,24402128;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:29:27:1:0:2,24:1,26:0.037037,0.962963:1,16:1,8:1:0:1,16:0,10:0:0 chr2 24432835 . T G 314.3 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.015856;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.046;QD=16.9892;RBI=0.0277016;REFB=-0.00558333;REVB=0.0227148;RO=41;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987726;STB=0.561761;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0121283;OID=.;OPOS=24432835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:40:34:34:0.459459:14:20:20:21:14:20:19:21 chr2 24587571 . A G 704.7 PASS AF=1;AO=43;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.396;QD=57.5264;RBI=0.0650672;REFB=-0.0605284;REVB=0.0437348;RO=3;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00478614;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:49:3:0:43:49:1:25:18:0:3:29:20:0:0 chr2 24905927 . G C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5897;QD=61.6784;RBI=0.0730935;REFB=0;REVB=0.015257;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551289;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr2 24974945 . T G 711.43 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00448245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.679;QD=52.6985;RBI=0.0239341;REFB=-0.00604634;REVB=-0.0235106;RO=2;SAF=15;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178097;STB=0.509463;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000158413;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:37:15:1:1:37:15:1:1 chr2 24991569 . C G 478.41 PASS AF=0.575;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0167833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7193;QD=23.9203;RBI=0.0192095;REFB=-0.011978;REVB=-0.00934492;RO=33;SAF=15;SAR=30;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765475;STB=0.529399;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0104044;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:34:45:46:0.575:30:15:14:19:30:16:14:20 chr2 25046090 . T C 39.97 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.010636;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.855;QD=9.40558;RBI=0.0601826;REFB=-0.0172427;REVB=0.0592353;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336785;STB=0.699503;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.032281;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:10:1:2:4:10:1 chr2 25047408 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00341899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.675;QD=12.73;RBI=0.009449;REFB=-0.0121666;REVB=0.00880875;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0224597;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:7:5:4:5:7:5 chr2 25050977 . T C 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00284436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.205;QD=15.699;RBI=0.027873;REFB=-0.0146292;REVB=-0.0277275;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445552;STB=0.759126;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0226532;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:7:12:3:12:7:12 chr2 25062828 . GCCCCCCAG GCCCCCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCCAGC 46.31 PASS AF=0,0,0.15;AO=11,4,11;DP=84;FAO=0,0,12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,10;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.185073,-0.243691,-0.280899;FXX=0.0476134;HRUN=6,6,1;LEN=1,3,1;MLLD=11.4513,23.0003,17.567;QD=2.31572;RBI=0.257133,0.25904,0.280989;REFB=-0.021982,-0.0104568,0.000858902;REVB=-0.178508,-0.0878442,0.00714497;RO=46;SAF=7,2,4;SAR=4,2,7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0.631579,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.195772,0.0226459,-0.144306;STB=0.5,0.5,0.832778;STBP=1,1,0.022;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,0,-0.00215165;OID=.,.,.;OPOS=25062829,25062834,25062837;OREF=C,CAG,-;OALT=-,AGC,C;OMAPALT=GCCCCCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.15:11,4,11:84:0,0,12:80:68:0,0,2:0,0,10:38:30:46:46:7,2,4:4,2,7:22:24 chr2 25064193 . G A 459.67 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0108613;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.724;QD=18.2047;RBI=0.0501591;REFB=-0.0629909;REVB=-0.0489691;RO=33;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196935;STB=0.524989;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0547119;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:33:52:47:48:0.475248:28:19:22:11:29:19:23:29 chr2 25141538 . A G 262.63 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0265389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7513;QD=25.622;RBI=0.0978689;REFB=-0.0177312;REVB=-0.0942019;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179283;STB=0.519491;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0109749;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:13:10:7:10:13:11:7:10 chr2 25181488 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0122688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.492;QD=22.9573;RBI=0.0394942;REFB=-0.00739503;REVB=0.0375403;RO=11;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595972;STB=0.533294;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00237589;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:14:2:1:10:14:2:1:10 chr2 25194741 . G A 998.31 PASS AF=0.492754;AO=100;DP=209;FAO=102;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=0.0390533;FXX=0.014285;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.774;QD=19.2909;RBI=0.0393592;REFB=-0.0453434;REVB=0.00489747;RO=80;SAF=61;SAR=39;SRF=61;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135501;STB=0.506172;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0316453;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:80:104:100:102:0.492754:39:61:61:19:40:62:62:42 chr2 25314186 . T C 234.69 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00407613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.507;QD=15.3893;RBI=0.0912695;REFB=-0.0219956;REVB=-0.0911785;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11893;STB=0.566963;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0381469;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:10:24:16:11:10:24 chr2 25359422 . G A 537.74 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5207;QD=59.7483;RBI=0.0391817;REFB=0;REVB=-0.0369468;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357412;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr2 25360284 . G A 127.05 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0170697;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6413;QD=8.06671;RBI=0.0377468;REFB=-0.0111688;REVB=0.0336667;RO=45;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27191;STB=0.662476;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0183311;OID=.;OPOS=25360284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:7:11:17:28:7:11:17:28 chr2 25377176 . T C 402.19 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309141;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.058;QD=53.6255;RBI=0.0397487;REFB=-0.150696;REVB=0.0249856;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00117077;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:0:1 chr2 25469502 . C T 893.96 PASS AF=0.417021;AO=98;DP=235;FAO=98;FDP=235;FR=.;FRO=137;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.0214277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.616;QD=15.2163;RBI=0.0222591;REFB=-0.0190079;REVB=0.0060264;RO=132;SAF=47;SAR=51;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677212;STB=0.531013;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.025757;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:132:137:98:98:0.417021:51:47:72:60:51:47:73:64 chr2 25536827 . G A 110.36 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00789184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.182;QD=6.13111;RBI=0.0122665;REFB=-0.00262276;REVB=0.00939073;RO=50;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135085;STB=0.607911;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00909005;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:50:55:17:17:0.236111:11:6:23:27:11:6:27:28 chr2 26149968 . C T 527.88 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00133136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.472;QD=57.0685;RBI=0.00353447;REFB=-0.0636215;REVB=-0.00327414;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000464892;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:0:1 chr2 26321526 . T C 451.71 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0163666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.617;QD=51.6236;RBI=0.0169886;REFB=0.00200548;REVB=0.00455471;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345573;STB=0.535692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=6.9538e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:32:33:0.942857:19:13:1:0:20:13:2:0 chr2 26358110 . G C 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8197;QD=39.1917;RBI=0.0205141;REFB=0;REVB=0.0185495;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173483;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 26399214 . G A 1434.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.669;QD=63.0494;RBI=0.0431327;REFB=0;REVB=0.0403893;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11531e-05;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:40:49:0:0:42:49:0:0 chr2 26507076 . A T 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.824;QD=58.5755;RBI=0.0095575;REFB=0;REVB=-0.00949589;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33781e-05;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr2 26534801 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.141;QD=51.9167;RBI=0.0279676;REFB=0;REVB=0.0140931;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170017;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr2 26536694 . C T 707.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8799;QD=62.8806;RBI=0.0111495;REFB=0;REVB=-0.00609516;RO=0;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61501e-05;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:8:37:0:0:8:37:0:0 chr2 26590084 . T G 722.49 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0193827;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7735;QD=21.5667;RBI=0.0296674;REFB=0.0320588;REVB=0.0224603;RO=64;SAF=41;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102683;STB=0.556425;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.017118;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:64:64:70:70:0.522388:29:41:30:34:29:41:30:34 chr2 26607992 . T C 943.27 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0661953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5808;QD=53.9013;RBI=0.0711256;REFB=-0.133437;REVB=-0.02602;RO=3;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112394;STB=0.506197;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00519438;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:66:67:0.957143:35:31:1:2:35:32:1:2 chr2 26612465 . G A 284.55 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00324583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.575;QD=15.3809;RBI=0.0217417;REFB=0.0025439;REVB=-0.021498;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163742;STB=0.59793;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00535405;OID=.;OPOS=26612465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:17:15:26:15:17:15:27:15 chr2 26613056 . C T 1152.13 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.303;QD=60.6383;RBI=0.0451101;REFB=0;REVB=-0.0405934;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225853;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr2 26613329 . A G 585.59 PASS AF=0.580645;AO=53;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0914516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2325;QD=25.1867;RBI=0.0918813;REFB=-0.00821468;REVB=0.00887502;RO=39;SAF=25;SAR=28;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051731;STB=0.513143;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00480171;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:53:54:0.580645:28:25:21:18:28:26:20:19 chr2 26614583 . T TA,TAA 433.42 PASS AF=1,0;AO=44,9;DP=68;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913428,-0.0494809;FXX=0.0454477;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.0015,8.23384;QD=27.5187;RBI=0.166454,0.086546;REFB=-0.00398401,-0.00476714;REVB=-0.139153,-0.071006;RO=11;SAF=20,5;SAR=24,4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0339905,0.00947861;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00419746,-0.0248373;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,9:68:63,0:63:0:32,0:31,0:0:0:8:11:20,5:24,4:6:5 chr2 26647276 . CT C,CG 483.51 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=5,29;DP=35;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130535,0.0182449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.8286,78.5438;QD=56.8835;RBI=0.0293471,0.0841802;REFB=0,0;REVB=0.0293181,0.0821792;RO=0;SAF=4,15;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0797835,0.00880795;OID=.,.;OPOS=26647277,26647277;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:5,29:35:1,33:34:0:0,19:1,14:0:0:5:0:4,15:1,14:0:0 chr2 26653457 . G A 477.11 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0110663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.453;QD=18.0043;RBI=0.0149781;REFB=-0.0163578;REVB=-0.0100937;RO=54;SAF=32;SAR=19;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206533;STB=0.515146;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0156222;OID=.;OPOS=26653457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:55:51:51:0.481132:19:32:35:19:19:32:36:19 chr2 26667130 . A G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00733094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.694;QD=10.6985;RBI=0.0437571;REFB=0.00239439;REVB=0.0431387;RO=32;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640199;STB=0.538409;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00453284;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:4:11:22:10:4:11:22:10 chr2 26667615 . T C 1113.86 PASS AF=0.929412;AO=77;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00519371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.7568;QD=52.4168;RBI=0.0560315;REFB=-0.154988;REVB=0.0557902;RO=3;SAF=56;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540169;STB=0.503596;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00577754;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:85:85:3:6:77:79:0.929412:21:56:2:1:23:56:4:2 chr2 26676322 . A G 901.33 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9218;QD=58.15;RBI=0.0206515;REFB=0;REVB=0.015963;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233493;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr2 26693967 . C T 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0253002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.304;QD=27.6514;RBI=0.0331001;REFB=0.0141725;REVB=0.0213428;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137822;STB=0.57619;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00993653;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:2:7:10:8:2:7 chr2 26699126 . C G 1732.94 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.139;QD=60.2761;RBI=0.0758504;REFB=0;REVB=0.0752154;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157065;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:115:0:0:114:115:1:49:65:0:0:49:66:0:0 chr2 26699855 . G C 758.91 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.863;QD=63.2426;RBI=0.0229455;REFB=0;REVB=-0.00593318;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675172;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:43:48:1:15:28:0:0:15:33:0:0 chr2 26700700 . G A 1381.48 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.129;QD=61.399;RBI=0.0306741;REFB=0.0266207;REVB=0.0261259;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117006;STB=0.506171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-7.52936e-06;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:49:40:1:0:49:40:1:0 chr2 26750769 . G A 234.69 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0197879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5417;QD=20.4076;RBI=0.03277;REFB=-0.03098;REVB=0.0261211;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022833;STB=0.522224;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.048739;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:10:13:13:9:10:13:14:9 chr2 26798893 . A T 121.6 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0473376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.57;QD=15.6909;RBI=0.047346;REFB=-0.00985489;REVB=0.000892678;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.618017;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00838724;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:11:6:8:6:11:6 chr2 26799031 . G A 97.66 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00381689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.732;QD=24.4147;RBI=0.0151521;REFB=-0.0125756;REVB=-0.0146635;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680236;STB=0.606552;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00826746;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:3:5:10:11:0.6875:5:5:1:2:5:6:1:4 chr2 26800422 . G A 224.83 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0154128;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.282;QD=14.989;RBI=0.060264;REFB=-0.023934;REVB=-0.0582597;RO=30;SAF=20;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341426;STB=0.674342;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0238068;OID=.;OPOS=26800422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:30:34:25:26:0.433333:5:20:15:15:6:20:17:17 chr2 26804218 . G A 2325.72 PASS AF=0.981595;AO=151;DP=156;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0426101;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9694;QD=57.0728;RBI=0.0536385;REFB=-0.131367;REVB=0.0325802;RO=3;SAF=70;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485226;STB=0.50217;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00425097;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:163:3:3:151:160:0.981595:81:70:1:2:88:72:1:2 chr2 26804247 . T C 2407.01 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8104;QD=64.1869;RBI=0.0090032;REFB=0;REVB=-0.00260499;RO=0;SAF=61;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56313e-05;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:89:61:0:0:89:61:0:0 chr2 26818090 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00253627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.053;QD=16.4203;RBI=0.039583;REFB=-0.0414706;REVB=-0.0395016;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983855;STB=0.555516;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0446717;OID=.;OPOS=26818090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:19:10:15:19:19:10:15:19 chr2 26951449 . G A 556.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.771;QD=60.1912;RBI=0.0180156;REFB=0;REVB=0.0169151;RO=0;SAF=33;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107084;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:4:33:0:0:4:33:0:0 chr2 27169842 . C A 555.02 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1061;QD=58.4229;RBI=0.185534;REFB=0;REVB=0.00336746;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303989;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:18:20:0:0 chr2 27246285 . C T 1214.32 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.61;QD=60.7162;RBI=0.0531283;REFB=0;REVB=-0.0104194;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69449e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:79:80:1:50:29:0:0:50:30:0:0 chr2 27261329 . A G 438.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.188;QD=56.6328;RBI=0.026177;REFB=0;REVB=0.0237445;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83488e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:16:15:0:0 chr2 27274120 . G C 304.54 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00605995;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.97;QD=17.4025;RBI=0.00816058;REFB=-0.0115629;REVB=0.00546555;RO=38;SAF=8;SAR=24;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339931;STB=0.679339;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0173454;OID=.;OPOS=27274120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:37:32:33:0.471429:24:8:22:16:24:9:22:15 chr2 27290525 . A G 1489.64 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340313;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0407;QD=63.3887;RBI=0.0350848;REFB=0;REVB=-0.00853282;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16103e-05;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr2 27303755 . A G 642.06 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.963;QD=61.1486;RBI=0.0386594;REFB=0;REVB=0.0230027;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06805e-05;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr2 27324036 . G A 351.16 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0114979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.512;QD=46.8215;RBI=0.0612943;REFB=-0.123865;REVB=0.0602063;RO=3;SAF=20;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932201;STB=0.55042;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00100349;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:7:20:1:2:7:20:1:2 chr2 27324724 . G C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.571;QD=55.6492;RBI=0.0179442;REFB=0;REVB=-0.0175103;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97352e-05;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 27324751 . G T 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8518;QD=54.5159;RBI=0.034102;REFB=0;REVB=-0.00568444;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463759;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr2 27351948 . T G 763.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5611;QD=62.3154;RBI=0.0796695;REFB=0;REVB=0.0335987;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364004;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:21:25:0:0:22:27:0:0 chr2 27424636 . G A 290.79 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0764262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3477;QD=14.5394;RBI=0.0768889;REFB=-0.0358923;REVB=0.0084224;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255894;STB=0.664223;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0604026;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:47:33:33:0.4125:23:10:24:20:23:10:27:20 chr2 27428295 . A G 1278.74 PASS AF=0.977778;AO=76;DP=81;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0533699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5325;QD=56.833;RBI=0.063365;REFB=-0.0370621;REVB=0.0341581;RO=3;SAF=31;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436133;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00606042;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:90:3:2:76:88:0.977778:45:31:3:0:45:43:2:0 chr2 27435250 . A G 1448.49 PASS AF=0.989247;AO=87;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.4;QD=62.3008;RBI=0.0911347;REFB=0;REVB=0.0911145;RO=0;SAF=72;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129934;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:0:0:87:92:0.989247:15:72:0:0:17:75:0:0 chr2 27440784 . C CT 364.67 PASS AF=1;AO=10;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213784;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.204;QD=45.5841;RBI=0.0655212;REFB=0;REVB=-0.0619354;RO=22;SAF=0;SAR=10;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.84622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0150255;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:32:32:32:0:19:13:0:0:4:22:0:10:19:3 chr2 27440785 . C T 244.7 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0388896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.049;QD=30.5869;RBI=0.0427415;REFB=-0.0893462;REVB=-0.0177322;RO=10;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561254;STB=0.812182;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00695033;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:32:10:10:22:22:0.6875:3:19:0:10:3:19:0:10 chr2 27460968 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00254661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.599;QD=24.1899;RBI=0.0318954;REFB=-0.0165351;REVB=0.0317936;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157187;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00796382;OID=.;OPOS=27460968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:6:6:1:4:6:6:2:4 chr2 27462076 . C T 213.25 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0128586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.083;QD=22.4471;RBI=0.024909;REFB=-0.0448279;REVB=-0.0213335;RO=9;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220376;STB=0.73276;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0163851;OID=.;OPOS=27462076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:9:17:20:20:0.526316:6:14:3:6:6:14:3:14 chr2 27550967 . A G 198.27 PASS AF=0.4;AO=22;DP=58;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00117866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.546;QD=13.2179;RBI=0.0427683;REFB=-0.016269;REVB=-0.0427521;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185471;STB=0.583268;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0176542;OID=.;OPOS=27550967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:36:36:22:24:0.4:13:9:9:27:15:9:9:27 chr2 27590151 . A G 396.89 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00955213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1623;QD=23.3466;RBI=0.0358632;REFB=-0.00333336;REVB=0.0345677;RO=29;SAF=26;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965018;STB=0.553163;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00251863;OID=.;OPOS=27590151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:13:26:16:13:13:26:16:13 chr2 27599875 . T G 308.29 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0713464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.187;QD=28.0263;RBI=0.0720254;REFB=-0.00973918;REVB=0.00986686;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202527;STB=0.610613;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00768649;OID=.;OPOS=27599875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:2:15:17:10:2:15 chr2 27666324 . A G 404.15 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0595703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.009;QD=19.4769;RBI=0.0595734;REFB=-0.0445916;REVB=-0.000606526;RO=42;SAF=12;SAR=29;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205272;STB=0.614585;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0343794;OID=.;OPOS=27666324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:29:12:21:21:29:12:21:21 chr2 27667297 . A G 194.55 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0312712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4822;QD=17.2931;RBI=0.0586921;REFB=0.0161354;REVB=0.0496676;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293765;STB=0.516762;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0130502;OID=.;OPOS=27667297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:13:12:9:11:13:12 chr2 27676287 . A T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00933566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.18;QD=18.2487;RBI=0.0525169;REFB=-0.0167302;REVB=-0.0516805;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.010706;OID=.;OPOS=27676287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:4:8:7:6:4:8 chr2 27715207 . T A 585.04 PASS AF=0.512821;AO=58;DP=115;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.044174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3428;QD=20.0014;RBI=0.0518814;REFB=-0.03727;REVB=0.0272092;RO=55;SAF=25;SAR=33;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210869;STB=0.519644;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0475945;OID=.;OPOS=27715207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:55:57:58:60:0.512821:33:25:25:30:35:25:26:31 chr2 27730940 . T C 60.87 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0234076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.705;QD=13.5261;RBI=0.0253971;REFB=-0.00182569;REVB=0.00985375;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015121;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:18:18:9:9:8:9:0.5:4:4:5:4:4:5:5:4 chr2 27760302 . A G 60.11 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0168875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.88;QD=2.42856;RBI=0.0767813;REFB=-0.00255355;REVB=-0.0749012;RO=85;SAF=1;SAR=12;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487355;STB=0.861895;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.165553;OID=.;OPOS=27760302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:98:99:85:86:13:13:0.131313:12:1:33:52:12:1:33:53 chr2 27801403 . C G 210.17 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00241494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8838;QD=19.1059;RBI=0.0536063;REFB=-0.0373823;REVB=-0.0535519;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21014;STB=0.618934;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0256868;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:9:14:8:13:9:14 chr2 27801418 . C A 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00517345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.917;QD=20.268;RBI=0.0287377;REFB=-0.00630143;REVB=-0.0282682;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256829;STB=0.645021;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00502357;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:8:13:7:14:8:13 chr2 27801493 . T C 172.87 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0267849;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0223;QD=18.1963;RBI=0.0470262;REFB=-0.00655886;REVB=0.0386527;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292454;STB=0.666481;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0177898;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:7:13:6:12:7:13 chr2 27801759 . A G 75.75 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0101644;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.001;QD=9.77464;RBI=0.0103402;REFB=-0.0140244;REVB=0.00189858;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36319e-08;STB=0.526262;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0323563;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:6:14:7:3:7:14 chr2 27838058 . C A 193.66 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0358334;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.594;QD=12.1038;RBI=0.0388191;REFB=-0.0213962;REVB=-0.0149296;RO=39;SAF=5;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265571;STB=0.649699;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0290993;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:19:5:16:23:19:5:16:24 chr2 27851918 . G A 308.68 PASS AF=0.596154;AO=26;DP=48;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.136507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1532;QD=23.7443;RBI=0.156485;REFB=-0.0359711;REVB=0.0765069;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640485;STB=0.523373;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0377021;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:22:21:26:31:0.596154:11:15:11:11:13:18:11:10 chr2 27873415 . G A 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0204772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.733;QD=20.8908;RBI=0.044319;REFB=-0.0180088;REVB=-0.0393047;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135252;STB=0.556459;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0229951;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:27:32:32:0.542373:17:15:16:9:17:15:16:11 chr2 27887034 . C A 492.26 PASS AF=0.489796;AO=38;DP=96;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0089716;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.645;QD=20.0921;RBI=0.0142741;REFB=0.00160461;REVB=0.0111022;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264832;STB=0.53212;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00189209;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:34:50:38:48:0.489796:18:20:18:16:27:21:25:25 chr2 28635088 . G T 217.63 PASS AF=0.478261;AO=18;DP=42;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0160578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.151;QD=18.9241;RBI=0.0208091;REFB=-0.0148072;REVB=0.0132351;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.526292;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0157417;OID=.;OPOS=28635088;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:24:24:18:22:0.478261:9:9:13:11:9:13:13:11 chr2 28761981 . G C 329.52 PASS AF=0.632653;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00102601;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.04;QD=26.8998;RBI=0.0109586;REFB=-0.0124918;REVB=-0.0109105;RO=18;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109948;STB=0.565674;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00471199;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:30:31:0.632653:11:19:14:4:12:19:14:4 chr2 28814033 . A G 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0582402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1748;QD=16.6181;RBI=0.0688924;REFB=-0.0147277;REVB=0.0368001;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21292;STB=0.606809;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0201957;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:11:12:20:7:11:12:20:8 chr2 28814548 . A T 204.73 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00520382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.933;QD=14.8895;RBI=0.00952809;REFB=-0.00973801;REVB=-0.00798152;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204287;STB=0.624893;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0125558;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:31:23:24:0.436364:15:8:16:13:16:8:17:14 chr2 28824793 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7007;QD=46.8475;RBI=0.0480881;REFB=0;REVB=0.0477509;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118517;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr2 28854958 . C T 669.58 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0139442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8314;QD=18.0967;RBI=0.0241208;REFB=-0.0130793;REVB=-0.0196817;RO=80;SAF=35;SAR=33;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386257;STB=0.521448;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0182918;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:80:68:68:0.459459:33:35:38:42:33:35:38:42 chr2 28865760 . T C 418.63 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0289102;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.955;QD=20.4208;RBI=0.0330308;REFB=-0.0227302;REVB=0.0159761;RO=39;SAF=26;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881675;STB=0.54751;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0310925;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:40:41:42:0.512195:15:26:21:18:16:26:21:19 chr2 29092679 . T C 484.92 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0219109;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.211;QD=53.8796;RBI=0.0232643;REFB=0.0111269;REVB=-0.00781914;RO=2;SAF=8;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10338;STB=0.555521;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00349787;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:2:2:34:34:0.944444:26:8:2:0:26:8:2:0 chr2 29092850 . G T 724.84 PASS AF=0.959184;AO=42;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0130563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.276;QD=59.1707;RBI=0.0375618;REFB=-0.161943;REVB=0.0352196;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52173;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000803506;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:0:2:42:47:0.959184:21:21:0:0:25:22:2:0 chr2 29129418 . A G 319.81 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0442025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0291;QD=18.5396;RBI=0.0508577;REFB=-0.00329166;REVB=-0.0251524;RO=35;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215965;STB=0.620998;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00304999;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:10:24:17:18:10:24:17:18 chr2 29135468 . C G 159.78 PASS AF=0.363636;AO=21;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0276404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.696;QD=11.6207;RBI=0.0297871;REFB=-0.0158964;REVB=0.0111031;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206151;STB=0.641539;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0229535;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:21:20:0.363636:13:8:19:14:13:7:20:15 chr2 29170623 . G T 427.96 PASS AF=0.2891;AO=58;DP=208;FAO=61;FDP=211;FR=.;FRO=150;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=-0.00657019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.186;QD=8.11296;RBI=0.00657116;REFB=-0.0106682;REVB=0.000112555;RO=132;SAF=14;SAR=44;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387221;STB=0.66242;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0344873;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:211:132:150:58:61:0.2891:44:14:73:59:44:17:74:76 chr2 29222070 . G A 258.33 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.032477;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.545;QD=29.5234;RBI=0.0533488;REFB=-0.0366572;REVB=-0.0423242;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221696;STB=0.622117;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.012385;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:35:12:12:23:23:0.657143:9:14:3:9:9:14:3:9 chr2 29226498 . G A 98.83 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0496017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.498;QD=15.204;RBI=0.0561159;REFB=-0.037108;REVB=-0.0262424;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10868;STB=0.529364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.035442;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:3:10:8:4:4:10 chr2 29226512 . A G 65.67 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00132364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.618;QD=11.42;RBI=0.00515294;REFB=-0.0010043;REVB=-0.00498004;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168206;STB=0.599791;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00147206;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:4:10:5:4:4:10 chr2 29240060 . A G 949.86 PASS AF=0.448889;AO=100;DP=223;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.0183947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.316;QD=16.8864;RBI=0.0202788;REFB=-0.0315693;REVB=0.00853614;RO=120;SAF=49;SAR=51;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180474;STB=0.512628;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0359799;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:225:120:124:100:101:0.448889:51:49:61:59:52:49:63:61 chr2 29240673 . G A 632.27 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=57;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.00185673;FXX=0.00640985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.837;QD=16.3166;RBI=0.00605525;REFB=-0.00911005;REVB=0.00576356;RO=78;SAF=12;SAR=57;SRF=19;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106357;STB=0.606688;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0111109;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:78:86:69:69:0.445161:57:12:19:59:57:12:26:60 chr2 29240686 . A C 599.59 PASS AF=0.440559;AO=62;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=57;FWDB=-0.0087889;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.98;QD=16.7719;RBI=0.0118618;REFB=-0.0200703;REVB=-0.00796607;RO=78;SAF=12;SAR=50;SRF=20;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935251;STB=0.564065;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0219428;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:80:62:63:0.440559:50:12:20:58:50:13:23:57 chr2 29240783 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0675639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.825;QD=11.4394;RBI=0.0680157;REFB=0.00376224;REVB=-0.00782639;RO=24;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524533;STB=0.724873;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00510003;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:12:13:0.351351:11:1:10:14:11:2:10:14 chr2 29286509 . T C 584.78 PASS AF=0.602273;AO=52;DP=87;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0319038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6687;QD=26.5811;RBI=0.0323215;REFB=-0.0003348;REVB=-0.00517946;RO=35;SAF=15;SAR=37;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827503;STB=0.549956;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00186366;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:35:35:52:53:0.602273:37:15:7:28:37:16:7:28 chr2 29287926 . C CGCT 153.08 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0064182;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.099;QD=10.3782;RBI=0.0129785;REFB=-0.0462144;REVB=-0.0112804;RO=50;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189698;STB=0.591745;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.0856419;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983:20:71:20:59:39:8:12:21:18:99:50:8:12:28:22 chr2 29294095 . G T 242.84 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0206765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.74;QD=37.3605;RBI=0.0356596;REFB=-0.017812;REVB=-0.0290532;RO=5;SAF=17;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200005;STB=0.61014;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00410974;OID=.;OPOS=29294095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:4:17:2:3:4:17:2:3 chr2 29295016 . A G 160.19 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0012265;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.316;QD=15.6287;RBI=0.00577212;REFB=-0.00706538;REVB=0.0056403;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188981;STB=0.627424;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0088383;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:23:24:17:17:0.414634:13:4:9:14:13:4:10:14 chr2 29295389 . G A 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00287132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9519;QD=23.2333;RBI=0.00817861;REFB=-0.0322453;REVB=0.00765802;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156888;STB=0.588374;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0338696;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:5:13:7:6:5:13:7:6 chr2 29295676 . G A 319.71 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00776546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.648;QD=18.5342;RBI=0.00856971;REFB=-0.033718;REVB=0.00362459;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911528;STB=0.550745;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0342719;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:18:16:13:22:18:16:13:22 chr2 29356669 . A G 1154.5 PASS AF=0.91954;AO=80;DP=87;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0215446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.98;QD=53.0806;RBI=0.0216001;REFB=-0.0477345;REVB=-0.00154715;RO=4;SAF=29;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133373;STB=0.530105;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00288551;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:87:87:4:7:80:80:0.91954:51:29:2:2:51:29:5:2 chr2 29416025 . C CATTG 524.12 PASS AF=0.405405;AO=55;DP=150;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0132004;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.786;QD=14.1654;RBI=0.0145983;REFB=-0.00559012;REVB=-0.00623379;RO=87;SAF=22;SAR=33;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537088;STB=0.504097;STBP=0.931;TYPE=ins;VARB=0.00762192;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:55:150:60:148:88:27:33:39:49:99:87:22:33:39:48 chr2 29416366 . G C 470.27 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0497553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2473;QD=26.1263;RBI=0.0499742;REFB=-0.0267311;REVB=-0.00467236;RO=27;SAF=22;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142208;STB=0.583296;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0138131;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:22:22:8:19:22:22:8:20 chr2 29416481 . T C 426.01 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0432103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0588;QD=22.1306;RBI=0.0461903;REFB=-0.0217766;REVB=0.016322;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035342;STB=0.519471;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0188765;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:21:21:16:19:21:21:16:19 chr2 29416572 . T C 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1678;QD=63.5671;RBI=0.0645446;REFB=0;REVB=0.0630503;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556259;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr2 29430942 . GTC G 150.5 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0135859;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.305;QD=9.86856;RBI=0.0308685;REFB=-0.0132378;REVB=-0.027718;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214158;STB=0.623255;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.0220358;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327869:20:61:20:61:41:12:8:17:24:99:37:12:8:15:22 chr2 29444076 . G T 303.51 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00980885;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.556;QD=25.8304;RBI=0.0110929;REFB=0.000157857;REVB=0.00518057;RO=20;SAF=6;SAR=20;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346942;STB=0.533874;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.000275847;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:26:27:0.574468:20:6:4:16:20:7:4:16 chr2 29444095 . C T 619.35 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.305;QD=58.9855;RBI=0.0260309;REFB=0.0146513;REVB=0.0116143;RO=1;SAF=10;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446131;STB=0.523798;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000357741;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:31:10:1:0:31:10:1:0 chr2 29445458 . G T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0215624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.805;QD=15.2623;RBI=0.036611;REFB=-0.0354352;REVB=0.0295876;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106228;STB=0.598777;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.035899;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:5:8:7:7:5:8:7:9 chr2 29449819 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00186407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.764;QD=17.0892;RBI=0.0120601;REFB=-0.024755;REVB=-0.0119152;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147504;STB=0.508314;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0247991;OID=.;OPOS=29449819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:13:15:13:12:13:15 chr2 29455267 . A G 494.3 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00690786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.505;QD=17.6535;RBI=0.00693336;REFB=-0.0170809;REVB=-0.000594097;RO=58;SAF=25;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583742;STB=0.50152;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0194329;OID=.;OPOS=29455267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:59:53:53:0.473214:28:25:27:31:28:25:28:31 chr2 29543663 . T C 683.14 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0344401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.984;QD=18.3392;RBI=0.0651228;REFB=-0.0117522;REVB=-0.0552707;RO=78;SAF=44;SAR=25;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160566;STB=0.589809;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00867878;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:78:80:69:69:0.463087:25:44:37:41:25:44:38:42 chr2 30143050 . CCG CCC,CC,C 75.15 PASS AF=0,0.154762,0.119048;AO=8,22,10;DP=89;FAO=0,13,10;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=0,3,9;FSAR=0,10,1;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.11849,0.0472426,-0.0743488;FXX=0.0117633;HRUN=6,6,4;LEN=1,1,2;MLLD=16.229,10.366,18.8889;QD=3.57863;RBI=0.267275,0.242061,0.0803302;REFB=-0.0461373,-0.10735,-0.0552218;REVB=-0.239575,-0.237406,-0.0304171;RO=40;SAF=1,5,10;SAR=7,17,0;SRF=24;SRR=16;SSEN=0,0.6,0.367647;SSEP=0,0.54717,0;SSSB=-0.564319,-0.426092,0.705443;STB=0.5,0.749071,0.867348;STBP=1,0.064,0.023;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.156027,0.172353;OID=.,.,.;OPOS=30143052,30143052,30143051;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.154762,0.119048:8,22,10:89:0,13,10:84:61:0,3,9:0,10,1:32:29:36:40:1,5,10:7,17,0:24:16 chr2 30381505 . T C 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2432;QD=58.7724;RBI=0.0666635;REFB=0;REVB=0.0652125;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739605;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr2 30862980 . C T 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.324;QD=60.601;RBI=0.0353098;REFB=0;REVB=-0.0349915;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132722;OID=.;OPOS=30862980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 30863092 . C T 958.38 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474626;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5546;QD=58.9771;RBI=0.0482711;REFB=0;REVB=0.00879742;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490542;OID=.;OPOS=30863092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr2 30863108 . A G 942.72 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0404525;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0002;QD=57.1348;RBI=0.0540149;REFB=0.00237882;REVB=0.0357939;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000212521;OID=.;OPOS=30863108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:38:27:0:1:38:27:0:1 chr2 30863708 . G A 1525.26 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0042296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.402;QD=57.5572;RBI=0.0107627;REFB=-0.150976;REVB=0.00989677;RO=2;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017568;STB=0.509257;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000430037;OID=.;OPOS=30863708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:53:51:0:2:53:51:0:2 chr2 30864773 . TCT CTT,TTC,TTT 61.27 PASS AF=0,0,0.428571;AO=2,2,9;DP=20;FAO=0,0,9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.199349,0.193315,0.0187606;FXX=0;HRUN=11,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=15.1085,12.9423,167.892;QD=11.6707;RBI=0.288977,0.285454,0.0371232;REFB=-0.0378424,0.0479944,-0.00400147;REVB=0.209208,-0.210032,0.0320339;RO=5;SAF=2,0,7;SAR=0,2,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705406,-0.544828,0.38587;STB=0.5,0.5,0.760275;STBP=1,1,0.063;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.00405332;OID=.,.,.;OPOS=30864773,30864774,30864774;OREF=TC,CT,C;OALT=CT,TC,T;OMAPALT=CTT,TTC,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:61:20:21:5:12:2,2,9:0,0,9:0,0,0.428571:0,2,2:2,0,7:1:4:0,0,2:0,0,7:4:8 chr2 30976058 . C T 460.47 PASS AF=0.409449;AO=50;DP=126;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0131951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4985;QD=14.5031;RBI=0.013497;REFB=-0.00103849;REVB=0.00283905;RO=75;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713086;STB=0.506586;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00168484;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:75:50:52:0.409449:23:27:41:34:23:29:41:34 chr2 30980940 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.757;QD=61.6837;RBI=0.0582986;REFB=0;REVB=0.0404657;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205944;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr2 31178818 . C T 199.18 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00840827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.017;QD=15.6218;RBI=0.00858306;REFB=-0.0184978;REVB=-0.00172333;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284972;STB=0.686685;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0174558;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:17:5:13:14:17:5:15:14 chr2 31414807 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.383;QD=56.9564;RBI=0.0286022;REFB=0;REVB=-0.0255109;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182296;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr2 31423443 . G A 2102.63 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.423;QD=60.5074;RBI=0.0201098;REFB=-0.0848729;REVB=0.000145342;RO=2;SAF=55;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273173;STB=0.506097;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000231007;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:2:2:136:137:0.985612:81:55:1:1:81:56:0:2 chr2 31451224 . G C 1775.31 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0183584;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5075;QD=59.1771;RBI=0.0275111;REFB=0.0230589;REVB=0.0204898;RO=1;SAF=49;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959372;STB=0.509802;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000842707;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:1:2:117:118:0.983333:68:49:1:0:68:50:2:0 chr2 31490716 . C G 753.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3245;QD=56.8685;RBI=0.0700667;REFB=0;REVB=-0.00860249;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743014;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr2 31571786 . A G 856.58 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.137;QD=55.2635;RBI=0.0222453;REFB=0;REVB=0.00446412;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300328;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:55:62:1:30:25:0:0:30:32:0:0 chr2 31805706 . G C 126.36 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00533975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.73;QD=12.328;RBI=0.00756283;REFB=-0.0319846;REVB=0.00535569;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787323;STB=0.521144;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0516671;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:24:26:15:15:0.365854:7:8:11:13:7:8:13:13 chr2 32342508 . A T 1284.54 PASS AF=0.457045;AO=133;DP=288;FAO=133;FDP=291;FR=.;FRO=158;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.0587;FXX=0.00342454;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7175;QD=17.657;RBI=0.0608242;REFB=-0.003266;REVB=0.0159342;RO=155;SAF=65;SAR=68;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518237;STB=0.52329;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0037664;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:291:155:158:133:133:0.457045:68:65:84:71:68:65:84:74 chr2 32475109 . G A 275.18 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00466226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.734;QD=13.1036;RBI=0.0113297;REFB=-0.024703;REVB=-0.0103259;RO=52;SAF=12;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257417;STB=0.646968;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0333545;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:20:12:32:20:20:12:32:20 chr2 32476390 . T G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0598402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.497;QD=11.0165;RBI=0.0602162;REFB=-0.0142576;REVB=0.00671849;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119122;STB=0.59776;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0202856;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:28:14:14:0.333333:9:5:12:14:9:5:14:14 chr2 32481795 . T A 209.72 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0292046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.945;QD=14.7173;RBI=0.0309284;REFB=-0.00343707;REVB=-0.010181;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189582;STB=0.615291;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0319766;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:15:9:18:14:16:9:18:14 chr2 32667182 . G C 859.97 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303471;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.746;QD=58.3031;RBI=0.0449199;REFB=0;REVB=0.0331188;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101385;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr2 32690189 . A G 464.8 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0215591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.951;QD=15.1155;RBI=0.0270126;REFB=-0.00689397;REVB=0.0162753;RO=68;SAF=32;SAR=20;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241864;STB=0.505927;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0104175;OID=.;OPOS=32690189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:71:52:52:0.422764:20:32:42:26:20:32:43:28 chr2 32843291 . TTTTA T,TTTTT 297.08 PASS AF=0.230769,0.692308;AO=4,17;DP=27;FAO=6,18;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=2,11;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000249295,-0.00186896;FXX=0.103413;HRUN=4,1;LEN=4,1;MLLD=158.244,170.648;QD=45.7044;RBI=0.0607112,0.0666763;REFB=-0.049433,-0.0594909;REVB=0.0607106,0.0666501;RO=3;SAF=1,11;SAR=3,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281139,0.181817;STB=0.599697,0.56243;STBP=0.534,0.138;TYPE=del,snp;VARB=-0.00712012,0.0152701;OID=.,.;OPOS=32843292,32843295;OREF=TTTA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.692308:4,17:27:6,18:26:2:2,11:4,7:0:2:23:3:1,11:3,6:0:3 chr2 32855615 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8665;QD=63.2817;RBI=0.0281247;REFB=0;REVB=0.0266551;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296734;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 32983480 . G A 1961.46 PASS AF=0.992188;AO=84;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0554958;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.241;QD=61.2956;RBI=0.0560351;REFB=-0.116961;REVB=-0.00775573;RO=0;SAF=20;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.14185e-08;STB=0.503999;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000504514;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:0:1:84:127:0.992188:64:20:0:0:65:62:1:0 chr2 33412077 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00193429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.821;QD=20.274;RBI=0.0192397;REFB=-0.0133081;REVB=0.0191423;RO=24;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161527;STB=0.59198;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0116725;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:19:4:7:17:19:4:7:17 chr2 33447202 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00847994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.972;QD=13.091;RBI=0.0208234;REFB=0.00364108;REVB=-0.0190186;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.583207;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0136704;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:12:8:7:6:12:8 chr2 33488419 . G A 2214.95 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.346;QD=63.2843;RBI=0.0347298;REFB=0;REVB=0.0346588;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72955e-05;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:80:59:0:0:81:59:0:0 chr2 33510916 . G T 1510.79 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.229;QD=63.6122;RBI=0.0879578;REFB=0;REVB=-0.0868681;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043288;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr2 33540248 . G A 1442.99 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00105575;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0285;QD=57.148;RBI=0.032502;REFB=-0.0857367;REVB=-0.0324849;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00127574;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:0:2:99:99:0.980198:54:45:0:0:54:45:0:2 chr2 33557974 . A G 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.42;QD=56.9371;RBI=0.0897722;REFB=0.0486383;REVB=0.079091;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=7.28786e-05;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:0:1:15:21:0:1 chr2 33585796 . T C 1884.45 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236289;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0082;QD=61.2829;RBI=0.0240502;REFB=0;REVB=-0.00448227;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035063;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:121:123:1:65:56:0:0:65:58:0:0 chr2 33752240 . G A 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0733213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.95;QD=32.6791;RBI=0.0734999;REFB=-0.0414337;REVB=0.00512097;RO=12;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160357;STB=0.588166;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0161669;OID=.;OPOS=33752240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:20:7:6:6:20:7:6:6 chr2 33774761 . T C 309.44 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0166361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.648;QD=16.0748;RBI=0.0170336;REFB=-0.00296986;REVB=-0.00365846;RO=43;SAF=9;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310094;STB=0.675567;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00716831;OID=.;OPOS=33774761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:25:9:24:19:25:9:24:19 chr2 33952413 . T C 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0876342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.622;QD=12.9734;RBI=0.0908479;REFB=-0.0355446;REVB=-0.0239496;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0512444;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:6:12:6:6:6:12 chr2 33952456 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.971;QD=52.6132;RBI=0.0452969;REFB=0;REVB=0.0179074;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019446;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 33952621 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00341447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.72;QD=23.8993;RBI=0.0433421;REFB=-0.0197325;REVB=0.0432074;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108515;STB=0.551738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.018148;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:17:10:11:11:17:10:11:12 chr2 36704144 . C T 501.04 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00490431;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.051;QD=15.4165;RBI=0.0478943;REFB=-0.00479539;REVB=-0.0476426;RO=75;SAF=27;SAR=28;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983971;STB=0.555132;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00789087;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:75:75:55:55:0.423077:28:27:44:31:28:27:44:31 chr2 36756288 . T C 1491.5 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.038337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.039;QD=57.3656;RBI=0.038772;REFB=-0.069815;REVB=0.00579112;RO=2;SAF=53;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175656;STB=0.509257;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-8.62938e-05;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:49:53:2:0:49:53:2:0 chr2 36776049 . GT G 197.43 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00624077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4322;QD=11.4449;RBI=0.0345054;REFB=0.0316477;REVB=-0.0339363;RO=30;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130314;STB=0.55822;STBP=0.334;TYPE=del;VARB=-0.00622774;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536232:34:69:37:69:32:23:14:16:16:99:30:21:13:14:16 chr2 36776555 . G T 302.49 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00215746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.991;QD=17.5355;RBI=0.00880512;REFB=-0.000645719;REVB=0.00853671;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414206;STB=0.529394;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000692541;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:32:33:0.478261:20:12:15:21:21:12:15:21 chr2 36781401 . T C 269.24 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0191956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0334;QD=11.8345;RBI=0.0227775;REFB=-0.0158558;REVB=0.0122614;RO=59;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41798;STB=0.740296;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.021025;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:9:23:20:39:9:23:20:39 chr2 36782886 . G A 944.51 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.589;QD=58.1236;RBI=0.0258367;REFB=0;REVB=0.0113847;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96744e-05;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:22:41:0:0:24:41:0:0 chr2 36808732 . T G 713.32 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0798398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.3567;QD=57.0654;RBI=0.0820781;REFB=-0.02189;REVB=-0.0190371;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.529399;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00498221;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:1:3:47:47:0.94:24:23:0:1:24:23:0:3 chr2 36810586 . T C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0143402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.54;QD=21.6116;RBI=0.0153373;REFB=-0.0205451;REVB=0.00543964;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149457;STB=0.584341;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0241955;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:18:6:9:14:18:6:9:14 chr2 37028486 . T C 579.18 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=84;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00606964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3057;QD=27.2554;RBI=0.0104578;REFB=-0.0278916;REVB=0.0085162;RO=32;SAF=21;SAR=31;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174574;STB=0.508194;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0228982;OID=.;OPOS=37028486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:32:33:52:52:0.611765:31:21:13:19:31:21:14:19 chr2 37035934 . A G 286.17 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0241282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9344;QD=18.1693;RBI=0.0330741;REFB=0.0137628;REVB=0.0226214;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136531;STB=0.575847;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0117482;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:19:12:8:24:19:12:8:24 chr2 37035945 . C A 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00527737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.447;QD=19.6663;RBI=0.00862726;REFB=-0.0142105;REVB=0.00682488;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19362;STB=0.596065;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0155117;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:19:15:7:24:19:15:8:24 chr2 37041439 . C T 388.22 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0519969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.654;QD=21.2724;RBI=0.0540726;REFB=-0.00154093;REVB=-0.0148379;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553385;STB=0.525239;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0021713;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:26:13:13:20:26:13:13:21 chr2 37094945 . A G 378.39 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142527;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=121.513;QD=50.452;RBI=0.0150629;REFB=-0.104867;REVB=0.00487369;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.527758;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00235177;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:27:28:0.933333:10:17:0:1:11:17:2:0 chr2 37306343 . G A 2564.0 PASS AF=0.994118;AO=165;DP=166;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00673293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.948;QD=60.3294;RBI=0.00673607;REFB=0.0243907;REVB=0.000205795;RO=0;SAF=93;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1532e-08;STB=0.50259;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00017572;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:170:0:1:165:169:0.994118:72:93:0:0:73:96:1:0 chr2 37317869 . C T 1066.35 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577721;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.535;QD=60.076;RBI=0.0282354;REFB=0;REVB=-0.0276381;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171569;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr2 37406644 . A G 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505326;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.585;QD=58.7974;RBI=0.0587651;REFB=0;REVB=0.0299966;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120512;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr2 37406680 . C G 845.25 PASS AF=1;AO=36;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181532;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.808;QD=56.3499;RBI=0.0309479;REFB=0;REVB=0.0250646;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56425e-05;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:36:60:1:19:17:0:0:33:27:0:0 chr2 37438993 . G A 105.24 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0158366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.88;QD=11.0774;RBI=0.0668302;REFB=-0.0427403;REVB=-0.0649267;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434201;STB=0.755363;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0394064;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:7:18:4:9:7:18 chr2 37456032 . C T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5559;QD=49.5922;RBI=0.0809853;REFB=0;REVB=0.05203;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212341;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr2 37458668 . G A 287.42 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0375858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.477;QD=15.9675;RBI=0.0383516;REFB=-0.00552713;REVB=-0.00762597;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032895;STB=0.52446;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0152102;OID=.;OPOS=37458668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:40:32:32:0.444444:17:15:17:19:17:15:17:23 chr2 37458711 . G A 275.1 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000848223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.107;QD=15.4984;RBI=0.0133538;REFB=-0.0162763;REVB=0.0133268;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149891;STB=0.58485;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0244537;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:11:20:20:20:11:20:20:20 chr2 37477794 . C A 538.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.5;QD=59.8267;RBI=0.0614933;REFB=0;REVB=-0.058765;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211525;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr2 37505105 . T G 435.27 PASS AF=0.366906;AO=51;DP=139;FAO=51;FDP=139;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0102293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4473;QD=12.5256;RBI=0.0191746;REFB=-0.0165271;REVB=-0.0162182;RO=88;SAF=30;SAR=21;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136344;STB=0.577709;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0324795;OID=.;OPOS=37505105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:88:88:51:51:0.366906:21:30:41:47:21:30:41:47 chr2 37506939 . A G 505.87 PASS AF=0.49;AO=47;DP=99;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0186346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.547;QD=20.2349;RBI=0.0274295;REFB=-0.00194365;REVB=0.0201278;RO=51;SAF=23;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924585;STB=0.550102;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00234775;OID=.;OPOS=37506939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:51:47:49:0.49:24:23:30:21:25:24:30:21 chr2 37518045 . G C 457.03 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0275159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.86;QD=23.1408;RBI=0.0333174;REFB=-0.0132574;REVB=-0.0187863;RO=34;SAF=29;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105777;STB=0.514895;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0107015;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:35:44:44:0.556962:15:29:22:12:15:29:22:13 chr2 37558980 . A C 1043.94 PASS AF=0.512195;AO=104;DP=204;FAO=105;FDP=205;FR=.;FRO=100;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=0.0236606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9775;QD=20.3696;RBI=0.0348355;REFB=-0.00224048;REVB=0.0255673;RO=99;SAF=58;SAR=46;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716556;STB=0.534012;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00221262;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:99:100:104:105:0.512195:46:58:63:36:46:59:63:37 chr2 37579937 . C T 254.87 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0135571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.431;QD=10.9621;RBI=0.0358719;REFB=-0.00573178;REVB=-0.0332115;RO=62;SAF=16;SAR=15;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111902;STB=0.564813;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0172573;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:15:16:38:24:15:16:38:24 chr2 37579971 . C T 351.45 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00550758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9536;QD=12.0153;RBI=0.00561222;REFB=-0.0117403;REVB=0.00107869;RO=73;SAF=17;SAR=26;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15414;STB=0.583996;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0153884;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:73:74:43:43:0.367521:26:17:39:34:26:17:39:35 chr2 37872508 . G A 833.25 PASS AF=0.587786;AO=75;DP=132;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0130918;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.476;QD=25.4426;RBI=0.0154718;REFB=0.0077808;REVB=-0.00824498;RO=52;SAF=34;SAR=41;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673094;STB=0.543007;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00824638;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:52:54:75:77:0.587786:41:34:19:33:42:35:19:35 chr2 38179134 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.302;QD=57.177;RBI=0.0447259;REFB=0;REVB=-0.033786;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299317;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr2 38298150 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.313;QD=64.4148;RBI=0.0265138;REFB=0;REVB=0.0146651;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110151;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr2 38298203 . C G 619.7 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151596;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5389;QD=61.9701;RBI=0.0208112;REFB=0;REVB=-0.014258;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016984;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr2 38302390 . G C 223.17 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7208;QD=49.594;RBI=0.118126;REFB=0;REVB=0.10053;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523574;OID=.;OPOS=38302390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:7:10:0:1:8:10:0:0 chr2 38604351 . A G 177.62 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0365452;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7454;QD=12.2494;RBI=0.0912937;REFB=-0.0405125;REVB=-0.0836599;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23587;STB=0.63624;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0636976;OID=.;OPOS=38604351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:8:14:15:21:8:14:15:21 chr2 38916970 . A T 329.26 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0100055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.44;QD=12.4248;RBI=0.0100113;REFB=-0.0142634;REVB=0.000341502;RO=66;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390727;STB=0.522264;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0207309;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:19:21:37:29:19:21:37:29 chr2 39008949 . G A 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.010339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.238;QD=15.0611;RBI=0.0179701;REFB=0.00429343;REVB=-0.0146979;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206585;STB=0.611502;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00440244;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:14:13:9:24:14:13:10:25 chr2 39025555 . G A 380.57 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.019384;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.867;QD=21.7468;RBI=0.0201168;REFB=0.00694987;REVB=0.0053804;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991106;STB=0.554694;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00370407;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:20:18:19:13:20:18:19:13 chr2 39050141 . A C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0208147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.97;QD=5.44295;RBI=0.0213033;REFB=-0.00113945;REVB=-0.0045364;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444608;STB=0.514238;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0203787;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:4:2:7:12:4:2:7:13 chr2 39082344 . T C 806.19 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00771028;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.432;QD=55.5993;RBI=0.0179686;REFB=0.00266542;REVB=-0.0162303;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-7.4099e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr2 39209426 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00554721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.928;QD=11.1041;RBI=0.00965514;REFB=-0.00772893;REVB=-0.00790254;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387836;STB=0.761316;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00817249;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:8:10:7:7:0.411765:4:3:7:1:4:3:9:1 chr2 39477170 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.266;QD=57.2026;RBI=0.0514753;REFB=0;REVB=0.0510614;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124491;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr2 39507417 . T A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.309;QD=59.4342;RBI=0.048851;REFB=0;REVB=0.046654;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247858;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr2 39536608 . A G 159.62 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0484291;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3143;QD=12.5192;RBI=0.0500489;REFB=-0.0127938;REVB=-0.0126302;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657908;STB=0.53842;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0190855;OID=.;OPOS=39536608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:22:10:5:14:22:10 chr2 39583446 . A G 894.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7045;QD=57.6991;RBI=0.0530932;REFB=0;REVB=0.0296164;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177253;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr2 40403104 . A G 231.8 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00542014;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.761;QD=14.4876;RBI=0.00746468;REFB=-0.0121105;REVB=0.00513258;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267745;STB=0.651476;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0169764;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:25:12:16:11:25:12 chr2 42396722 . A C,G 846.49 PASS AF=0.0483871,0.935484;AO=3,57;DP=61;FAO=3,58;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=3,53;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539982,0.0605298;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.354,183.415;QD=54.6121;RBI=0.157763,0.0672651;REFB=0.0876972,0.00277188;REVB=-0.148234,-0.0293384;RO=1;SAF=3,52;SAR=0,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00898612;STB=0.5,0.504671;STBP=1,0.658;TYPE=snp,snp;VARB=0.0428379,0.000445821;OID=.,.;OPOS=42396722,42396722;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:61:62:1:1:3,57:3,58:0.0483871,0.935484:0,5:3,52:1:0:0,5:3,53:1:0 chr2 42396746 . CG GC 34.83 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=0.00464275;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.6671;QD=2.6286;RBI=0.058626;REFB=-0.0179088;REVB=0.0584419;RO=39;SAF=6;SAR=1;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037695;STB=0.516082;STBP=0.997;TYPE=mnp;VARB=0.0787682;OID=.;OPOS=42396746;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:53:53:39:46:7:7:0.132075:1:6:34:5:1:6:39:7 chr2 42510018 . A G 1523.16 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.126706;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2612;QD=58.0253;RBI=0.141279;REFB=0.0216183;REVB=-0.0624937;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.504586;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00141434;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:54:49:0:1:54:50:0:1 chr2 42515388 . A G 1216.14 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396766;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.134;QD=61.5769;RBI=0.00668674;REFB=0;REVB=0.00538239;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191198;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr2 42560975 . A G 698.31 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3235;QD=59.4307;RBI=0.0317659;REFB=-0.0435932;REVB=0.0317235;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00158614;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:0:1:44:46:0.978723:24:20:0:0:26:20:1:0 chr2 42990101 . G C 1087.64 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0086477;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.529;QD=58.7915;RBI=0.0232543;REFB=0.0181382;REVB=0.0215866;RO=1;SAF=27;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171952;STB=0.509088;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00045191;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:46:27:1:0:46:27:1:0 chr2 42990336 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.184;QD=60.9786;RBI=0.0543226;REFB=0;REVB=0.0306611;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131304;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 42990522 . C T 1171.88 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.469;QD=60.8767;RBI=0.0688578;REFB=0;REVB=0.0177191;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277652;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr2 43015704 . T A 171.71 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00343127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2431;QD=11.0783;RBI=0.0176659;REFB=-0.0154568;REVB=0.0173294;RO=40;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295062;STB=0.672733;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.024529;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:16:6:21:19:16:6:21:19 chr2 43015719 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.273;QD=57.1044;RBI=0.00832556;REFB=0;REVB=-0.00570131;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43282e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr2 43015757 . G A 733.42 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.281;QD=61.1186;RBI=0.038325;REFB=-0.125568;REVB=-0.0104951;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000656454;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:26:21:0:0:26:21:0:1 chr2 43458358 . C T 231.63 PASS AF=0.446154;AO=20;DP=59;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0160974;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2171;QD=14.254;RBI=0.0189553;REFB=-0.0184942;REVB=-0.0100087;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229882;STB=0.627819;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0139235;OID=.;OPOS=43458358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:65:36:36:20:29:0.446154:8:12:14:22:11:18:14:22 chr2 43793725 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0038918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.761;QD=10.1693;RBI=0.0416039;REFB=0.00215196;REVB=-0.0414215;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526767;STB=0.803538;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.012708;OID=.;OPOS=43793725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:20:22:11:11:0.333333:8:3:16:4:8:3:17:5 chr2 43797619 . C T 538.93 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00499493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.637;QD=17.8159;RBI=0.00719873;REFB=-0.00889145;REVB=-0.00518386;RO=64;SAF=32;SAR=25;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290325;STB=0.516123;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0101759;OID=.;OPOS=43797619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:25:32:34:30:25:32:34:30 chr2 43801712 . A G 44.7 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0242136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0772;QD=7.7744;RBI=0.0351521;REFB=-0.00974913;REVB=0.0254827;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0283783;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:8:8:3:4:8:8 chr2 43804229 . T C 109.06 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0183267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9485;QD=14.0716;RBI=0.150115;REFB=-0.00853247;REVB=-0.148992;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105266;STB=0.560887;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00801528;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:14:4:4:9:14:4 chr2 44019930 . C T 81.24 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00167335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.089;QD=18.0541;RBI=0.00205255;REFB=-0.0174195;REVB=0.00118865;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317856;STB=0.71747;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00577675;OID=.;OPOS=44019930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:8:2:4:3:8:2:5:3 chr2 44021826 . T A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0117719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.641;QD=14.6859;RBI=0.0129473;REFB=-0.0134292;REVB=0.00539027;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378422;STB=0.521459;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0224947;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:22:21:14:17:22:21 chr2 44036922 . T C 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0493107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.242;QD=16.0649;RBI=0.0506887;REFB=-0.0023852;REVB=-0.0117387;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157858;STB=0.590069;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00511872;OID=.;OPOS=44036922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:7:17:10:8:7:17 chr2 44040401 . G C 259.48 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00189371;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.653;QD=14.0259;RBI=0.0279703;REFB=-0.0108389;REVB=0.0279062;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243505;STB=0.638208;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0109366;OID=.;OPOS=44040401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:16:28:12:18:16:28 chr2 44066174 . T G 1042.73 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0159;QD=58.7452;RBI=0.127826;REFB=0;REVB=0.120602;RO=0;SAF=43;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699869;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:55:71:0:0:54:71:1:11:43:0:0:13:58:0:0 chr2 44071743 . A G 432.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495665;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.831;QD=57.7034;RBI=0.00623143;REFB=0;REVB=0.00377655;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39742e-05;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr2 44101538 . C T 1598.55 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.727;QD=59.759;RBI=0.0225101;REFB=0;REVB=0.00976784;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01132e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:103:107:1:46:57:0:0:47:60:0:0 chr2 44104925 . T C 662.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.935;QD=61.6418;RBI=0.0835676;REFB=0;REVB=0.0468514;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579888;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:15:26:0:0:15:28:0:0 chr2 44201376 . T C 1362.57 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00311743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.696;QD=61.2392;RBI=0.00311829;REFB=-0.0131832;REVB=7.28984e-05;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902668;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=6.3476e-05;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:52:36:0:1:52:36:0:1 chr2 44471409 . T G 1147.07 PASS AF=0.453532;AO=122;DP=269;FAO=122;FDP=269;FR=.;FRO=147;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0357465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1018;QD=17.0567;RBI=0.0445849;REFB=-0.0301475;REVB=-0.0266459;RO=146;SAF=49;SAR=73;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15818;STB=0.585775;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0383751;OID=.;OPOS=44471409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:146:147:122:122:0.453532:73:49:82:64:73:49:82:65 chr2 44502788 . A C 1227.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.39;QD=61.3696;RBI=0.0113894;REFB=0;REVB=0.0110877;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17972e-05;OID=.;OPOS=44502788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr2 44547574 . G A 936.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.218;QD=58.5005;RBI=0.00777556;REFB=0;REVB=0.00768757;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53832e-05;OID=.;OPOS=44547574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr2 45149003 . C T 279.78 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00656054;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.521;QD=18.0504;RBI=0.0189295;REFB=-0.0109726;REVB=0.0177563;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113104;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:31:29:31:0.5:13:16:18:13:13:18:18:13 chr2 45149373 . G T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0953492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1989;QD=9.49163;RBI=0.0973682;REFB=-0.0324597;REVB=-0.0197253;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0485194;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:10:8:4:5:10:8 chr2 45171842 . A G 768.99 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.465;QD=56.9619;RBI=0.0379052;REFB=0;REVB=0.0374585;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45369e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:17:37:0:0 chr2 46313481 . C T 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0266275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.264;QD=16.1371;RBI=0.0286593;REFB=-0.00697732;REVB=0.0105986;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930775;STB=0.546354;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.010517;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:48:37:37:0.435294:20:17:26:21:20:17:26:22 chr2 46707851 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00406476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.162;QD=10.941;RBI=0.00406558;REFB=-0.0324922;REVB=-8.15939e-05;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172518;STB=0.602234;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0435581;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:6:14:6:5:6:14 chr2 46799852 . G T 477.56 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0409009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9668;QD=15.4051;RBI=0.0947658;REFB=-0.012493;REVB=-0.0854849;RO=68;SAF=32;SAR=21;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466242;STB=0.540322;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0143176;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:68:71:53:53:0.427419:21:32:38:30:21:32:38:33 chr2 46839477 . T C 960.74 PASS AF=0.421875;AO=107;DP=257;FAO=108;FDP=256;FR=.;FRO=148;FSAF=25;FSAR=83;FSRF=28;FSRR=120;FWDB=-0.00422121;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5893;QD=15.0116;RBI=0.00754092;REFB=0.00778248;REVB=-0.00624875;RO=148;SAF=25;SAR=82;SRF=28;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674447;STB=0.53567;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0075967;OID=.;OPOS=46839477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:148:148:107:108:0.421875:82:25:28:120:83:25:28:120 chr2 46986416 . A G 300.75 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0166085;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.716;QD=16.2566;RBI=0.0220843;REFB=0.00117451;REVB=0.0145559;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580278;STB=0.557805;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00168163;OID=.;OPOS=46986416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:41:33:33:0.445946:21:12:16:22:21:12:19:22 chr2 46987300 . T G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5704;QD=58.1397;RBI=0.0260983;REFB=0;REVB=0.01589;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681713;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 46987935 . T G 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0104003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.842;QD=22.4803;RBI=0.0106408;REFB=-0.0155313;REVB=0.00224926;RO=31;SAF=11;SAR=28;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233337;STB=0.629144;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0134585;OID=.;OPOS=46987935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:28:11:17:14:28:11:17:14 chr2 46988275 . G A 161.35 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00315872;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.001;QD=17.9273;RBI=0.044292;REFB=-0.0022904;REVB=-0.0441792;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019532;STB=0.526285;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00267834;OID=.;OPOS=46988275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:17:17:0.472222:8:9:11:9:8:9:11:8 chr2 46989869 . T G 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00361386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.476;QD=20.9369;RBI=0.00381423;REFB=-0.0112937;REVB=0.00121998;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120322;STB=0.566597;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0082533;OID=.;OPOS=46989869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:15:19:12:17:15:19:12:17 chr2 47045309 . C T 53.9 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00356795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8325;QD=8.29216;RBI=0.0202805;REFB=-0.00969388;REVB=0.0199642;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121057;STB=0.574292;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0233859;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:13:5:3:5:13:5 chr2 47045321 . A G 67.59 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0286401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.3838;QD=10.3983;RBI=0.0359349;REFB=-0.0560889;REVB=-0.0217039;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.552523;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.113364;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:26:14:16:8:10:0.384615:3:5:8:6:3:7:10:6 chr2 47201796 . TA T,TT 1533.0 PASS AF=0.0454545,0.94697;AO=21,84;DP=131;FAO=6,125;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=2,54;FSAR=4,71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.159468,0.188908;FXX=0.00751823;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=12.8561,19.8718;QD=46.4547;RBI=0.183046,0.189028;REFB=0.0372219,-0.0436985;REVB=-0.0898652,0.00675726;RO=10;SAF=7,35;SAR=14,49;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275353,-0.0779813;STB=0.555378,0.503496;STBP=0.627,0.508;TYPE=del,snp;VARB=-0.076847,0.0292449;OID=.,.;OPOS=47201797,47201797;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.94697:21,84:131:6,125:132:1:2,54:4,71:0:1:11:10:7,35:14,49:8:2 chr2 47251469 . G C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5369;QD=58.2366;RBI=0.055218;REFB=0;REVB=-0.0215117;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000591577;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr2 47274443 . G T 195.55 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.020591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.558;QD=12.6159;RBI=0.0211545;REFB=-0.00667625;REVB=-0.00484999;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428173;STB=0.532231;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00590951;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:12:12:20:17:12:12:21:17 chr2 47278901 . G A 756.01 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00742961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.139;QD=23.0844;RBI=0.0123169;REFB=-0.0332281;REVB=0.00982383;RO=59;SAF=33;SAR=39;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713862;STB=0.538996;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0334907;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:59:72:72:0.549618:39:33:22:37:39:33:22:37 chr2 47301029 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00052129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.458;QD=12.2287;RBI=0.0135451;REFB=-0.00688746;REVB=-0.0135351;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376856;STB=0.522487;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0131184;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:36:21:22:0.37931:12:9:13:20:13:9:16:20 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 136.69 PASS AF=0.06,0.3;AO=5,10;DP=54;FAO=3,15;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=2,11;FSAR=1,4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00552345,-0.0150988;FXX=0.0565931;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=190.987,190.952;QD=10.9352;RBI=0.00677679,0.0151923;REFB=0.00493594,-0.00538546;REVB=0.00392637,-0.00168334;RO=36;SAF=2,8;SAR=3,2;SRF=28;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.439448,0.0405737;STB=0.590358,0.514687;STBP=0.816,0.917;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00927227,0.0111936;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:50:36:32:5,10:3,15:0.06,0.3:3,2:2,8:28:8:1,4:2,11:24:8 chr2 47378611 . T C 272.17 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0206506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3036;QD=17.2806;RBI=0.0432037;REFB=0.00676693;REVB=0.0379488;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161725;STB=0.584212;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00623507;OID=.;OPOS=47378611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:20:10:16:16:20:10:16:17 chr2 47596853 . C CG 57.83 PASS AF=0.291667;AO=15;DP=50;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0447129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.3174;QD=4.81944;RBI=0.106563;REFB=-0.0259467;REVB=-0.0967291;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187311;STB=0.583218;STBP=0.499;TYPE=ins;VARB=0.0264718;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:15:50:14:48:34:7:7:21:13:57:35:7:8:22:13 chr2 47601106 . T C 283.83 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0151572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9337;QD=29.8766;RBI=0.049549;REFB=-0.0135371;REVB=-0.0471737;RO=13;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363425;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.013658;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:13:12:7:6:13:12:7:6 chr2 47604176 . C T 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0474661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8383;QD=8.08718;RBI=0.0569261;REFB=0.00747244;REVB=-0.0314253;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150529;STB=0.592398;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.021395;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:15:7:4:5:15:7 chr2 47739551 . A G 1271.09 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.751;QD=61.2576;RBI=0.0226494;REFB=0;REVB=0.0158831;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21508e-05;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:38:42:0:0:39:44:0:0 chr2 47905390 . C A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0314789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.017;QD=13.0146;RBI=0.0314797;REFB=-0.0025208;REVB=-0.000222458;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350188;STB=0.703868;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00402836;OID=.;OPOS=47905390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:15:5:18:14:15:5:18:14 chr2 48010488 . G A 295.48 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0165776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.683;QD=42.2112;RBI=0.0167471;REFB=-0.0753774;REVB=0.00237668;RO=4;SAF=1;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522877;STB=0.792755;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00156449;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:23:1:3:1:23:1:3:1 chr2 48756682 . C G 553.27 PASS AF=0.443609;AO=57;DP=131;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0480148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6117;QD=16.6396;RBI=0.081793;REFB=-0.0050814;REVB=0.0662168;RO=74;SAF=23;SAR=34;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301234;STB=0.524634;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00769033;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:74:74:57:59:0.443609:34:23:32:42:36:23:32:42 chr2 48808594 . C T 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00523628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.48;QD=23.412;RBI=0.00938404;REFB=-0.0181448;REVB=-0.00778727;RO=25;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00881832;STB=0.504852;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0111667;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:20:15:11:14:20:15:11:14 chr2 48809593 . G T 300.3 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0257357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.12;QD=16.4549;RBI=0.0386388;REFB=-0.0137199;REVB=-0.0288207;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419008;STB=0.531713;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0215999;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:33:33:0.452055:13:20:22:17:13:20:22:18 chr2 48822381 . G A 141.89 PASS AF=0.371429;AO=10;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.010634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.121;QD=16.2163;RBI=0.0117637;REFB=-0.0163444;REVB=-0.00503012;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108084;STB=0.554371;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0356623;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:35:35:18:19:10:13:0.371429:4:6:9:9:5:8:10:9 chr2 48825650 . C G 227.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569212;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1217;QD=50.5734;RBI=0.0412739;REFB=0;REVB=0.0408795;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997248;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr2 48898798 . T A 2088.91 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0176902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3572;QD=60.99;RBI=0.0743823;REFB=-0.000319825;REVB=-0.072248;RO=1;SAF=60;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785658;STB=0.508196;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000383517;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:137:1:2:134:135:0.985401:74:60:1:0:75:60:2:0 chr2 48915281 . G T 89.32 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00908908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.879;QD=15.5339;RBI=0.0229005;REFB=-0.00133081;REVB=0.0210195;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657668;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00436179;OID=.;OPOS=48915281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:4:8:8:3:4:8 chr2 48915871 . A G 224.72 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0135848;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.321;QD=14.4979;RBI=0.023139;REFB=-0.0056137;REVB=0.0187314;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133172;STB=0.576963;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0195433;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:25:26:0.419355:9:16:18:17:9:17:19:17 chr2 48921375 . T C 346.1 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00588752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.716;QD=19.4983;RBI=0.0142064;REFB=-0.0192447;REVB=0.012929;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819927;STB=0.551254;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0259165;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:16:20:22:12:16:20:23:12 chr2 48948856 . A G 190.61 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0123701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7767;QD=15.2488;RBI=0.0271707;REFB=0.0122309;REVB=-0.0241914;RO=28;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384952;STB=0.7431;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0148952;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:4:16:13:15:4:16:13:17 chr2 49003458 . C A,T 543.05 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=3,33;DP=36;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138342,0.0377492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.8156,122.684;QD=58.7081;RBI=0.00148352,0.0377604;REFB=0,0;REVB=-0.000535717,-0.00092165;RO=0;SAF=2,22;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0929399,0.0020421;OID=.,.;OPOS=49003458,49003458;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:37:0:0:3,33:3,34:0.0810811,0.918919:1,11:2,22:0:0:1,12:2,22:0:0 chr2 49189921 . C T 490.97 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00704375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.368;QD=19.2536;RBI=0.0119531;REFB=-0.0227395;REVB=-0.0096572;RO=51;SAF=26;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984474;STB=0.558598;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0254341;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:50:51:0.5:24:26:21:30:24:27:21:30 chr2 49191041 . C T 133.39 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0206645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.746;QD=15.6934;RBI=0.0216155;REFB=-0.00561406;REVB=0.00634088;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202667;STB=0.615856;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00802188;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:5:14:8:7:5:14 chr2 51254901 . G A 389.34 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=9;FWDB=0.0504998;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5443;QD=15.2684;RBI=0.065841;REFB=0.00039489;REVB=0.0422471;RO=57;SAF=34;SAR=9;SRF=49;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114485;STB=0.562304;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00045827;OID=.;OPOS=51254901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:43:44:0.431373:9:34:49:8:10:34:49:9 chr2 53992593 . A T 825.17 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0155506;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.661;QD=21.433;RBI=0.0284756;REFB=-0.0100005;REVB=-0.0238545;RO=72;SAF=57;SAR=25;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238415;STB=0.630963;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00923596;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:72:82:82:0.532468:25:57:31:41:25:57:31:41 chr2 54115904 . A G 976.51 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00800936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.522;QD=57.442;RBI=0.00820733;REFB=-0.101608;REVB=-0.00179174;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000293309;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:37:30:0:0:37:30:1:0 chr2 54120025 . A T 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0024865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.892;QD=60.7481;RBI=0.00652161;REFB=-0.0403941;REVB=-0.00602899;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000125599;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:0:1:48:37:0:1 chr2 54120820 . G A 487.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816831;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7799;QD=59.0413;RBI=0.053711;REFB=0;REVB=-0.0530863;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223031;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr2 54125495 . T C 291.13 PASS AF=0.774194;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00408748;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6396;QD=37.5656;RBI=0.00682159;REFB=-0.0441935;REVB=0.00546138;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.51281;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00234562;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:33:31:0:7:23:24:0.774194:14:9:0:0:15:9:3:4 chr2 54127041 . C T 1872.1 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0347513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9446;QD=58.9637;RBI=0.0395827;REFB=0.0347064;REVB=-0.018951;RO=1;SAF=82;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575945;STB=0.500142;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00833179;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:127:1:3:124:124:0.976378:42:82:1:0:42:82:2:1 chr2 54482964 . C T 535.84 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.021671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.7;QD=54.9577;RBI=0.0218059;REFB=-0.120689;REVB=0.0024218;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00147607;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:0:2:37:37:0.948718:14:23:0:0:14:23:2:0 chr2 54756740 . C T 542.44 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000166259;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.66;QD=60.2709;RBI=0.0111575;REFB=0;REVB=0.0111563;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181519;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr2 54858511 . C T 728.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.874;QD=63.3451;RBI=0.0843043;REFB=0;REVB=0.0483797;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387171;OID=.;OPOS=54858511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr2 54886347 . G A 1447.56 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202434;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3906;QD=62.9374;RBI=0.0663798;REFB=0;REVB=0.0632177;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464367;OID=.;OPOS=54886347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr2 55040426 . A G 1481.4 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.755;QD=61.725;RBI=0.0459703;REFB=-0.0946583;REVB=0.0312464;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.504672;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000742923;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:93:95:0.989583:42:51:1:0:42:53:1:0 chr2 55155551 . C T 219.68 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0126759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.366;QD=14.1728;RBI=0.0127795;REFB=-0.019796;REVB=0.00162399;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063253;STB=0.536054;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.021106;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:16:20:16:10:16:20 chr2 55186394 . A C 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0336479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.91;QD=15.9139;RBI=0.0340184;REFB=0.0132989;REVB=-0.00500679;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155828;STB=0.587094;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0231785;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:34:28:28:0.451613:12:16:13:19:12:16:14:20 chr2 55404794 . G A 397.78 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0183188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.416;QD=18.0808;RBI=0.0329522;REFB=-0.0273085;REVB=-0.0273911;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146109;STB=0.581459;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0210347;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:19:22:18:29:19:22:18:29 chr2 55407754 . C T 951.57 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416748;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.424;QD=58.558;RBI=0.0726812;REFB=0;REVB=0.0595463;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261527;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:21:44:0:0:21:44:0:0 chr2 55449464 . T C 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0122056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.718;QD=17.3897;RBI=0.0122276;REFB=-0.0284518;REVB=-0.000733621;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288605;STB=0.516172;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0309198;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:13:22:24:16:13:22:24:16 chr2 55470115 . C T 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0221035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5393;QD=10.591;RBI=0.0757636;REFB=0.000175664;REVB=-0.0724677;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941638;STB=0.56332;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00188577;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:9:12:19:20:9:12:19:21 chr2 55490819 . G T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0337126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.555;QD=15.1714;RBI=0.0452092;REFB=0.0087201;REVB=0.0301219;RO=24;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223199;STB=0.630974;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.014809;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:3:14:16:8:3:14:16:8 chr2 55516723 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.948;QD=58.419;RBI=0.0220283;REFB=0;REVB=-0.00205206;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48071e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr2 55522422 . A G 1381.43 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.994;QD=61.3968;RBI=0.0271056;REFB=0.0155141;REVB=0.0207144;RO=1;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920269;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=1.91673e-05;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:51:38:0:1:51:38:0:1 chr2 55805440 . T C 734.75 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0459521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1816;QD=61.2289;RBI=0.06499;REFB=-0.122272;REVB=0.0459576;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00306981;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:48:0:1:47:47:0.979167:28:19:0:0:28:19:0:1 chr2 55873592 . G A 218.94 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0101463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.972;QD=23.6693;RBI=0.0135141;REFB=-0.00660715;REVB=0.00892664;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00535796;OID=.;OPOS=55873592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:8:8:10:11:8:8 chr2 56420296 . C T 419.34 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000632682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.726;QD=22.9778;RBI=0.0291798;REFB=-0.0301171;REVB=0.029173;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175371;STB=0.589976;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0343052;OID=.;OPOS=56420296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:32:41:41:0.561644:25:16:19:12:25:16:19:13 chr2 58388696 . A G 289.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.437;QD=52.6462;RBI=0.0483897;REFB=0;REVB=0.0468419;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318375;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr2 60614572 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.743;QD=55.0983;RBI=0.00827376;REFB=0;REVB=0.00653443;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99612e-05;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 60614577 . A G 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.673;QD=55.0816;RBI=0.0329614;REFB=0;REVB=-0.00565638;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200205;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 60686683 . T C 305.05 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0029289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.59;QD=15.0643;RBI=0.00355537;REFB=-0.014923;REVB=-0.0020155;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18785;STB=0.606494;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0274281;OID=.;OPOS=60686683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:22:12:25:22:22:12:25:22 chr2 60687959 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.122;QD=59.8539;RBI=0.0124344;REFB=0;REVB=-0.0119782;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37066e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr2 60867976 . C T 89.97 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00771487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2826;QD=7.49736;RBI=0.0150617;REFB=-0.00598179;REVB=0.0129358;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107024;STB=0.567049;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.021089;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:15:21:8:4:15:21 chr2 61304271 . A G 238.15 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.039307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9921;QD=20.2684;RBI=0.0524974;REFB=-0.00136088;REVB=0.0347985;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573131;STB=0.532197;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00212687;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:7:17:15:8:7:17 chr2 61315632 . ATTTTTGT ATTTTGT,ATTTTGTT,ATTTTTTG,TATTTTGT 377.72 PASS AF=0.881579,0,0,0.0394737;AO=46,3,3,3;DP=82;FAO=67,0,0,3;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=37,0,0,3;FSAR=30,0,0,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.023696,-0.0384944,-0.00777632,0.00787064;FXX=0;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,2,2,2;MLLD=8.50657,14.7072,58.3637,23.3675;QD=19.88;RBI=0.289119,0.0508224,0.0225995,0.147053;REFB=-0.161254,-0.0492521,0.0487652,-0.0758501;REVB=0.288146,0.0331828,-0.0212194,0.146843;RO=23;SAF=31,0,0,3;SAR=15,3,3,0;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.259768,-0.499444,-0.499444,0.689181;STB=0.504336,0.5,0.5,0.99556;STBP=0.811,1,1,0.109;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.128785,0,0,-0.0156342;OID=.,.,.,.;OPOS=61315633,61315637,61315638,61315632;OREF=T,TG,GT,AT;OALT=-,GT,TG,TA;OMAPALT=ATTTTGT,ATTTTGTT,ATTTTTTG,TATTTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:76:23:6:46,3,3,3:67,0,0,3:0.881579,0,0,0.0394737:15,3,3,0:31,0,0,3:6:17:30,0,0,0:37,0,0,3:3:3 chr2 61385100 . G A 221.84 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0260886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3824;QD=18.4864;RBI=0.0423505;REFB=0.042072;REVB=-0.0333609;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105735;STB=0.559792;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0426601;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:9:17:12:10:9:17 chr2 61385105 . G C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00186339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.444;QD=18.9665;RBI=0.0168632;REFB=-0.0166665;REVB=0.0167599;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905328;STB=0.551135;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0160884;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:9:16:12:10:9:16 chr2 61389737 . T G 330.55 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0408746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9528;QD=23.6106;RBI=0.0544312;REFB=0.0145472;REVB=0.0359448;RO=21;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255089;STB=0.535692;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00674074;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:23:33:33:0.589286:20:13:9:12:20:13:11:12 chr2 61415492 . A G 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0062294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.952;QD=13.9473;RBI=0.0386542;REFB=-0.0222487;REVB=0.038149;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107119;STB=0.562091;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0385447;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:17:10:8:9:17:10 chr2 61450454 . A G 308.27 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0302985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1131;QD=15.8088;RBI=0.0308909;REFB=-0.00299194;REVB=-0.00602058;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10702;STB=0.560473;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00511977;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:22:12:20:24:22:12:20:24 chr2 61522123 . T C 834.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4474;QD=57.5313;RBI=0.0597669;REFB=0;REVB=0.0400078;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913321;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr2 61575308 . A G 1122.1 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557245;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.497;QD=59.8452;RBI=0.0611743;REFB=0;REVB=-0.0252404;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241504;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:72:75:1:37:35:0:0:37:38:0:0 chr2 61577435 . T C 311.29 PASS AF=0.56;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000990308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.687;QD=24.9029;RBI=0.0130514;REFB=0.00288929;REVB=0.0130137;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00140729;STB=0.508766;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00125746;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:27:28:0.56:16:11:9:13:16:12:9:13 chr2 62066927 . A G 1239.17 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503703;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1234;QD=61.9583;RBI=0.00949953;REFB=0;REVB=0.00805416;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245047;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr2 62081012 . A C 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.992;QD=63.2737;RBI=0.0264122;REFB=0;REVB=0.014825;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.691e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr2 62450631 . A G 317.16 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0482384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.252;QD=20.4621;RBI=0.108536;REFB=-0.0358387;REVB=0.097227;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19644;STB=0.608632;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0205299;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:18:15:20:9:18:15:20:9 chr2 62450743 . T C 900.63 PASS AF=0.565517;AO=80;DP=142;FAO=82;FDP=145;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00333728;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.465;QD=24.8448;RBI=0.018438;REFB=0.0108371;REVB=0.0181335;RO=61;SAF=42;SAR=38;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651609;STB=0.534419;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00656497;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:61:63:80:82:0.565517:38:42:37:24:39:43:38:25 chr2 62451422 . A G 67.06 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0161225;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.882;QD=11.1772;RBI=0.0195876;REFB=0.00223523;REVB=0.0111239;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31575;STB=0.713775;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00613385;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:14:15:9:9:0.375:7:2:7:7:7:2:8:7 chr2 62718333 . C T 193.23 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00621435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.444;QD=24.1534;RBI=0.0355742;REFB=-0.0109345;REVB=0.0350272;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869583;STB=0.555494;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00679;OID=.;OPOS=62718333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:18:19:0.59375:4:14:9:4:4:15:9:4 chr2 62729674 . T C 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00273561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.289;QD=15.2189;RBI=0.0419065;REFB=-0.0288592;REVB=0.0418171;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211683;STB=0.625921;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0177523;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:12:19:16:24:12:19:16:25 chr2 62733189 . C T 1831.17 PASS AF=0.436123;AO=198;DP=455;FAO=198;FDP=454;FR=.;FRO=256;FSAF=104;FSAR=94;FSRF=127;FSRR=129;FWDB=-0.00932742;FXX=0.00219775;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.915;QD=16.1337;RBI=0.0133545;REFB=-0.0208912;REVB=-0.00955726;RO=253;SAF=104;SAR=94;SRF=126;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276055;STB=0.516455;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0310464;OID=.;OPOS=62733189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:454:253:256:198:198:0.436123:94:104:126:127:94:104:127:129 chr2 62733253 . C T 1082.08 PASS AF=0.453125;AO=116;DP=256;FAO=116;FDP=256;FR=.;FRO=140;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=46;FSRR=94;FWDB=0.0421405;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.807;QD=16.9075;RBI=0.0451845;REFB=-0.0180085;REVB=0.0163039;RO=137;SAF=49;SAR=67;SRF=44;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103671;STB=0.55345;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0206312;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:137:140:116:116:0.453125:67:49:44:93:67:49:46:94 chr2 62738931 . G C 373.63 PASS AF=0.419048;AO=42;DP=103;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00780543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6475;QD=14.2335;RBI=0.0338873;REFB=-0.000133652;REVB=-0.0329761;RO=55;SAF=28;SAR=14;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111668;STB=0.548247;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000207473;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:55:61:42:44:0.419048:14:28:31:24:16:28:34:27 chr2 63849491 . T C 464.2 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0165978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.213;QD=16.432;RBI=0.0166022;REFB=-0.0131866;REVB=-0.000383268;RO=62;SAF=21;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400733;STB=0.522379;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0179589;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:30:21:28:34:30:21:28:34 chr2 64069732 . G A,GA 371.07 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=22,4;DP=28;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586592,-0.00974695;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=41.5351,84.0892;QD=51.1819;RBI=0.0841025,0.0147105;REFB=-0.103113,-0.0208484;REVB=0.0602688,-0.011018;RO=1;SAF=15,0;SAR=7,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0615001,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0192207,-0.0950006;OID=.,.;OPOS=64069732,64069733;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:28:29:1:0:22,4:28,1:0.965517,0.0344828:7,4:15,0:0:1:14,0:14,1:0:0 chr2 64327544 . G T 808.81 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.869;QD=53.9207;RBI=0.0496751;REFB=0.0139079;REVB=-0.0484978;RO=2;SAF=41;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155749;STB=0.508262;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000503878;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:17:41:1:1:17:41:1:1 chr2 64327592 . T C 1043.52 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6146;QD=59.6295;RBI=0.0980165;REFB=0;REVB=0.086337;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282115;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr2 64858885 . C T 631.78 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0154584;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.09;QD=29.0475;RBI=0.0163693;REFB=-0.0125448;REVB=0.00538441;RO=32;SAF=34;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489567;STB=0.502659;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0081094;OID=.;OPOS=64858885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:32:32:55:55:0.632184:21:34:20:12:21:34:20:12 chr2 64861275 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAT,TAAAATT 391.79 PASS AF=0.734375,0,0;AO=18,8,5;DP=62;FAO=47,0,0;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=24,0,0;FSAR=23,0,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.138776,0.255715,0.124992;FXX=0.0588149;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=20.6445,11.195,10.5293;QD=24.487;RBI=0.139671,0.270323,0.163657;REFB=-0.189778,-0.200582,-0.0194797;REVB=0.0157881,-0.0876605,-0.105644;RO=19;SAF=1,6,4;SAR=17,2,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.665309,0.21811,0.292006;STB=0.526235,0.5,0.5;STBP=0.493,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0888009,0.031563,0;OID=.,.,.;OPOS=64861280,64861276,64861280;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734375,0,0:18,8,5:62:47,0,0:64:17:24,0,0:23,0,0:7:10:88:19:1,6,4:17,2,1:11:8 chr2 65044680 . C T 786.63 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.217;QD=55.2022;RBI=0.0153625;REFB=-0.0390351;REVB=0.0044236;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000930675;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:33:23:0:1:33:23:0:1 chr2 65217089 . G C 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.024256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.934;QD=16.8919;RBI=0.0373201;REFB=-0.0220851;REVB=0.0283627;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169847;STB=0.509532;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0242111;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:22:15:19:26:22:15:19:26 chr2 65311555 . C T 235.84 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186124;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.049;QD=49.6499;RBI=0.0281611;REFB=0;REVB=-0.0211336;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852567;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:11:8:0:0 chr2 65495887 . G A 981.42 PASS AF=0.527778;AO=94;DP=180;FAO=95;FDP=180;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0214686;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.477;QD=21.8094;RBI=0.027612;REFB=-0.0169589;REVB=0.0173643;RO=83;SAF=45;SAR=49;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440398;STB=0.526876;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0154275;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:83:85:94:95:0.527778:49:45:44:39:49:46:46:39 chr2 65496018 . C G 387.09 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0215763;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.765;QD=20.6449;RBI=0.0216835;REFB=-0.016016;REVB=-0.00215305;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239423;STB=0.634833;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0145052;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:36:38:39:0.52:22:16:24:10:22:17:26:10 chr2 65496144 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00439661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.718;QD=18.0736;RBI=0.00641601;REFB=0.002814;REVB=0.0046728;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120796;STB=0.55996;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00236258;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:18:12:16:14:18:12:16:15 chr2 65496187 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0318423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.127;QD=17.9403;RBI=0.0331614;REFB=-0.0212401;REVB=-0.00925981;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675074;STB=0.538421;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0152194;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:10:12:9:10:10:12 chr2 65497571 . C A 58.51 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.036907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.582;QD=14.6278;RBI=0.0461896;REFB=0.00769081;REVB=0.0277732;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351206;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0122864;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:7:8:0.5:3:4:1:6:3:5:2:6 chr2 65540905 . C G 264.52 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00695617;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.86;QD=19.594;RBI=0.0126694;REFB=-0.0137521;REVB=-0.0105889;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721968;STB=0.533999;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0111646;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:26:27:28:0.518519:9:18:16:11:9:19:16:10 chr2 65561392 . C T 147.25 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0022842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.765;QD=17.3239;RBI=0.00751272;REFB=-0.0163614;REVB=0.00715705;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184693;STB=0.606161;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0174394;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:9:9:11:5:9:9 chr2 67630980 . G A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0423826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5704;QD=16.4162;RBI=0.0446217;REFB=-0.00699184;REVB=-0.0139576;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314877;STB=0.685403;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0196404;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:6:10:12:2:6:10 chr2 67631831 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000777661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.377;QD=19.1082;RBI=0.00632095;REFB=-0.0266286;REVB=0.00627293;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0116186;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr2 67632125 . C T 234.95 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0107007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9845;QD=13.4256;RBI=0.0166179;REFB=-0.00496497;REVB=-0.0127142;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130488;STB=0.579821;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00711862;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:28:28:0.4:13:15:27:14:13:15:28:14 chr2 68270068 . A G 297.53 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0100933;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.452;QD=10.9183;RBI=0.0219188;REFB=-0.00154018;REVB=-0.0194566;RO=64;SAF=18;SAR=20;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250845;STB=0.612383;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00266924;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:71:38:38:0.348624:20:18:45:19:20:18:46:25 chr2 68273159 . T C 153.78 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0572526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5636;QD=13.9802;RBI=0.0607061;REFB=-0.0262947;REVB=0.0201835;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362042;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.058051;OID=.;OPOS=68273159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:27:15:17:0.386364:4:11:11:16:6:11:11:16 chr2 68385097 . A G 192.49 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0314145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6558;QD=24.837;RBI=0.0465502;REFB=-0.00285835;REVB=0.0343519;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433859;STB=0.744869;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0231047;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:31:10:10:13:13:0.419355:9:4:9:1:9:4:9:1 chr2 68388823 . A G 337.72 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00432569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3324;QD=15.0095;RBI=0.0253966;REFB=-0.00177693;REVB=0.0250255;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593157;STB=0.528635;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00301981;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:22:15:24:28:22:15:24:29 chr2 68407926 . A G 238.14 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0309488;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.871;QD=25.067;RBI=0.0397883;REFB=-0.00743725;REVB=0.0250056;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200143;STB=0.611548;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00582133;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:8:14:6:10:8:14:6:10 chr2 68415767 . G A 232.17 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0385658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.261;QD=14.7406;RBI=0.0410807;REFB=-0.0120893;REVB=0.0141527;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140073;STB=0.563333;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0123391;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:28:27:0.428571:12:16:15:20:12:15:16:20 chr2 68511584 . A G 73.45 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0139721;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.349;QD=8.64144;RBI=0.0235773;REFB=-0.0184257;REVB=-0.0189912;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474515;STB=0.512171;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.038238;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:25:24:10:10:0.294118:4:6:14:11:4:6:14:10 chr2 68607947 . G T 1194.06 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00280553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.287;QD=59.7032;RBI=0.00602023;REFB=-0.0144691;REVB=0.00532655;RO=1;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884956;STB=0.504672;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=4.59995e-05;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:53:26:0:1:53:26:0:1 chr2 68622914 . G A 352.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.845;QD=54.2532;RBI=0.057407;REFB=0;REVB=0.0308194;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290017;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr2 68762392 . A AT,T 32.38 PASS AF=0.292683,0;AO=6,5;DP=38;FAO=12,0;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.224969,-0.0129926;FXX=0.0238039;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=12.4842,290.809;QD=3.15861;RBI=0.28984,0.0274935;REFB=-0.0911937,-0.00152927;REVB=-0.182746,-0.0242298;RO=26;SAF=1,0;SAR=5,5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.516049,-0.702329;STB=0.677126,0.5;STBP=0.178,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.176419,0;OID=.,.;OPOS=68762393,68762392;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:41:26:29:6,5:12,0:0.292683,0:5,5:1,0:16:10:8,0:4,0:17:12 chr2 69002760 . C T 275.57 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00182361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.218;QD=25.6348;RBI=0.0247231;REFB=-0.00885539;REVB=-0.0246557;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984477;STB=0.554413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00974263;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:10:15:13:5:10:15:13:5 chr2 69040500 . G A 1549.11 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.985;QD=63.881;RBI=0.0432359;REFB=0;REVB=0.0430978;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0689e-05;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr2 69049939 . G T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.38;QD=51.9111;RBI=0.0711838;REFB=0;REVB=0.0663377;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588742;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr2 69173570 . C T 633.7 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0298755;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.536;QD=21.1232;RBI=0.0324464;REFB=-0.011399;REVB=-0.0126581;RO=57;SAF=32;SAR=31;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447363;STB=0.524582;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0134204;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:31:32:26:31:31:32:26:31 chr2 69204629 . T C 954.23 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0266839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6314;QD=52.2863;RBI=0.0806197;REFB=-0.123013;REVB=0.0760757;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.520542;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00437853;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:1:5:68:68:0.931507:34:34:1:0:34:34:4:1 chr2 69204671 . A T 1440.1 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322608;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.61;QD=63.3012;RBI=0.0355048;REFB=0;REVB=0.0148267;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119668;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:50:41:0:0 chr2 69300243 . G A 1285.65 PASS AF=0.977011;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.412;QD=59.1102;RBI=0.0389939;REFB=-0.144274;REVB=0.031566;RO=2;SAF=35;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262923;STB=0.513886;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000891479;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:87:2:2:83:85:0.977011:48:35:2:0:50:35:2:0 chr2 69698158 . G A,T 741.2 PASS AF=0.854167,0.145833;AO=40,7;DP=47;FAO=41,7;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16,6;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347991,0.00817198;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.237,61.1519;QD=61.7666;RBI=0.00636951,0.0279472;REFB=0,0;REVB=0.00533488,-0.0267257;RO=0;SAF=16,6;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00303653,0.0090662;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:47:48:0:0:40,7:41,7:0.854167,0.145833:24,1:16,6:0:0:25,1:16,6:0:0 chr2 69709919 . A G 1505.0 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.589;QD=63.3685;RBI=0.0491845;REFB=0;REVB=0.0426959;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95321e-05;OID=.;OPOS=69709919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:95:0:0:86:95:1:56:30:0:0:62:33:0:0 chr2 69741801 . C T 714.63 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.952;QD=62.1419;RBI=0.0323355;REFB=0;REVB=-0.0187765;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620215;OID=.;OPOS=69741801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:22:24:0:0 chr2 69741854 . T G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.526;QD=62.0205;RBI=0.0292004;REFB=0;REVB=0.0204414;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84525e-05;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr2 70015181 . C T 639.36 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.889;QD=59.4752;RBI=0.0402723;REFB=-0.0185346;REVB=0.0113648;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000358119;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:1:1:40:42:0.976744:19:21:0:1:19:23:0:1 chr2 70162534 . T G 465.84 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0746144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3098;QD=25.1808;RBI=0.0790786;REFB=0.0290157;REVB=0.0261937;RO=29;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375792;STB=0.513507;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0174132;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:22:22:16:13:22:22:16:14 chr2 70168022 . G A 301.05 PASS AF=0.55102;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0114643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.104;QD=24.5756;RBI=0.0359387;REFB=-0.0180591;REVB=0.0340611;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.508315;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0100303;OID=.;OPOS=70168022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:25:27:0.55102:13:12:11:11:14:13:11:11 chr2 70182805 . T C 162.12 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00928658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.221;QD=12.0085;RBI=0.0340316;REFB=-0.0140941;REVB=-0.0327401;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096653;STB=0.505612;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0530841;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:19:15:9:11:19:15 chr2 70189331 . GACACACACAC G 41.61 PASS AF=0.5;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.105522;FXX=0.374766;HRUN=1;LEN=10;MLLD=235.467;QD=16.6432;RBI=0.1084;REFB=-0.0147679;REVB=0.0248128;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0287231;OID=.;OPOS=70189332;OREF=ACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:8:5:10:5:3:2:3:2:37:0:3:2:0:0 chr2 70191360 . C T 244.71 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0316756;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.977;QD=22.2466;RBI=0.0332002;REFB=-0.00593616;REVB=-0.0099454;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743672;STB=0.541715;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00480085;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:11:10:9:14:11:10 chr2 70524577 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00730627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.285;QD=17.8274;RBI=0.011178;REFB=-0.0153222;REVB=0.00845963;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273019;STB=0.658254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0130638;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:5:6:3:9:5:6 chr2 70528827 . G A 55.4 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0293701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.359;QD=10.0733;RBI=0.0504312;REFB=-0.0113668;REVB=-0.0409964;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355928;STB=0.670704;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0291411;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:22:12:14:8:8:0.363636:3:5:11:1:3:5:12:2 chr2 70677994 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.181;QD=56.4877;RBI=0.0305723;REFB=-0.0310687;REVB=0.0150707;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000858924;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr2 71004488 . CTTTT CTTT,CTTTC 246.56 PASS AF=0.130435,0.782609;AO=3,18;DP=23;FAO=3,18;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=1,4;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0869775,0.0139607;FXX=0.0416493;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=19.2925,38.1292;QD=42.8798;RBI=0.08929,0.0379354;REFB=-0.170516,-0.157603;REVB=-0.0201896,-0.0352731;RO=1;SAF=1,4;SAR=2,14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0316909;STB=0.665762,0.533298;STBP=0.686,0.632;TYPE=del,snp;VARB=0.0362846,0.0058;OID=.,.;OPOS=71004489,71004492;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.782609:3,18:23:3,18:23:2:1,4:2,14:0:2:17:1:1,4:2,14:0:1 chr2 71004494 . A C,T 314.19 PASS AF=0.25,0.75;AO=5,19;DP=24;FAO=6,18;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=4,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074496,0.0054201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.194,263.63;QD=52.3657;RBI=0.00808832,0.00557695;REFB=0,0;REVB=0.00315029,0.00131333;RO=0;SAF=1,4;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.00629e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0086515,0.00495527;OID=.,.;OPOS=71004494,71004494;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:24:24:0:0:5,19:6,18:0.25,0.75:4,15:1,4:0:0:4,15:2,3:0:0 chr2 71012604 . G A 1877.51 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9354;QD=61.5577;RBI=0.00767634;REFB=0;REVB=-0.00660664;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16044e-05;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:68:54:0:0:68:54:0:0 chr2 71012734 . C G 747.38 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2894;QD=63.6068;RBI=0.01862;REFB=0;REVB=0.00922018;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320529;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:37:9:0:0:38:9:0:0 chr2 71036482 . T C 217.66 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0187457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.869;QD=16.743;RBI=0.0648993;REFB=0.00222874;REVB=0.0621331;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320725;STB=0.510196;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0010431;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:9:15:16:11:9:15:17:11 chr2 71058230 . T A 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0284705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.619;QD=14.8156;RBI=0.032871;REFB=-0.00677741;REVB=0.0164295;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196799;STB=0.611233;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00759068;OID=.;OPOS=71058230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:20:15:31:19:20:15:31:19 chr2 71058306 . T C 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0111228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.238;QD=16.4528;RBI=0.0121683;REFB=-0.00595748;REVB=0.00493482;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164936;STB=0.592537;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00494925;OID=.;OPOS=71058306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:25:15:18:15:25:15 chr2 71058835 . A G 320.25 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0130768;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.112;QD=15.8147;RBI=0.0633498;REFB=0.018385;REVB=-0.0619854;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104917;STB=0.565334;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00948477;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:46:35:35:0.432099:15:20:21:24:15:20:21:25 chr2 71058906 . G T 467.9 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0234036;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.705;QD=19.9108;RBI=0.0377568;REFB=-0.00702894;REVB=-0.0296285;RO=47;SAF=24;SAR=22;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126047;STB=0.564028;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00832367;OID=.;OPOS=71058906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:22:24:18:29:22:24:19:29 chr2 71060037 . A G 347.74 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0209635;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3091;QD=22.4349;RBI=0.0242636;REFB=-0.0487506;REVB=0.012217;RO=27;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659594;STB=0.536403;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0324413;OID=.;OPOS=71060037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:27:35:35:0.564516:14:21:14:13:14:21:14:13 chr2 71061001 . T A 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0121021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.378;QD=24.4533;RBI=0.0126304;REFB=-0.039879;REVB=0.00361458;RO=23;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119029;STB=0.574957;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.02731;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:24:36:36:0.6:13:23:11:12:13:23:11:13 chr2 71061051 . C T 221.2 PASS AF=0.536585;AO=18;DP=37;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0128759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.586;QD=21.5807;RBI=0.0339694;REFB=-0.0160433;REVB=0.0314345;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.533303;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0123172;OID=.;OPOS=71061051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:14:19:18:22:0.536585:8:10:7:7:10:12:9:10 chr2 71062833 . G C,GC 652.43 PASS AF=0,1;AO=3,44;DP=56;FAO=0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127298,0.123108;FXX=0.109071;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.816,21.2764;QD=53.2593;RBI=0.0194409,0.162753;REFB=0,0;REVB=0.0146936,0.106457;RO=8;SAF=3,12;SAR=0,32;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694555,-0.0363086;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00522086,0.00770207;OID=.,.;OPOS=71062833,71062834;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:56:49:8:0:3,44:0,49:0,1:0,32:3,12:3:5:0,34:0,15:0:0 chr2 71160222 . C G 1375.6 PASS AF=0.960396;AO=96;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0361965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5899;QD=54.4791;RBI=0.0499537;REFB=-0.182542;REVB=0.0344266;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958021;STB=0.500613;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00559374;OID=.;OPOS=71160222;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:101:1:4:96:97:0.960396:49:47:0:1:50:47:2:2 chr2 71163086 . T C 559.6 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102783;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2139;QD=60.4972;RBI=0.0653175;REFB=0;REVB=0.0645038;RO=0;SAF=35;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.00013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526295;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:1:35:0:0:1:36:0:0 chr2 71163110 . CT CC,CG 789.94 PASS AF=0.77193,0.22807;AO=35,12;DP=57;FAO=44,13;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30,12;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622357,0.00630628;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.01,134.373;QD=55.4347;RBI=0.0276817,0.0941242;REFB=0,0;REVB=-0.026973,0.0939127;RO=0;SAF=26,12;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000360165,-0.0217675;OID=.,.;OPOS=71163111,71163111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.77193,0.22807:35,12:57:44,13:57:0:30,12:14,1:0:0:71:0:26,12:9,0:0:0 chr2 71170807 . C G,T 263.54 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,18;DP=21;FAO=1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139134,0.258804;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.1627,103.694;QD=50.1981;RBI=0.0305773,0.259092;REFB=0,0;REVB=-0.0272285,0.0122143;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.101879,0.00868847;OID=.,.;OPOS=71170807,71170807;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:21:21:0:0:2,18:1,20:0.047619,0.952381:1,16:1,2:0:0:0,17:1,3:0:0 chr2 71190384 . C G,T 637.26 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000266324,0.0695032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.926,61.5704;QD=60.6918;RBI=0.0217228,0.0907386;REFB=0,0;REVB=-0.0217211,0.0583336;RO=0;SAF=0,30;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.155517,-4.37754e-05;OID=.,.;OPOS=71190384,71190384;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:2,10:0,30:0:0:2,10:0,30:0:0 chr2 71211989 . A G 83.8 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00235197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.101;QD=9.85845;RBI=0.0150335;REFB=-0.0167752;REVB=-0.0148484;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991256;STB=0.560395;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0327847;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:8:15:8:3:8:15 chr2 71305456 . C T 559.76 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.574;QD=58.9222;RBI=0.0304356;REFB=0;REVB=0.00918232;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368325;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:14:21:0:0:14:24:0:0 chr2 71351403 . C A 492.73 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00423897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.163;QD=18.0819;RBI=0.0295369;REFB=-0.0103357;REVB=-0.0292311;RO=56;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665253;STB=0.50775;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00731879;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:56:52:53:0.486239:21:31:33:23:21:32:33:23 chr2 71360282 . G A 271.9 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00596369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4343;QD=20.5204;RBI=0.0423523;REFB=0.00689706;REVB=-0.0419303;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162143;STB=0.595265;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00577874;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:16:12:15:9:17:12:15:9 chr2 71415479 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000901506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1296;QD=51.1788;RBI=0.0687918;REFB=0;REVB=-0.0687859;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133287;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr2 71417065 . G T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.276;QD=58.2373;RBI=0.0138464;REFB=0;REVB=0.0131354;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87001e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr2 71615571 . C T 783.05 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5228;QD=56.949;RBI=0.0630234;REFB=0;REVB=-0.000237825;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269132;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr2 71654175 . G A 1794.6 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137701;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.565;QD=60.834;RBI=0.0318667;REFB=0;REVB=0.0287379;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92661e-05;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:58:59:0:0:59:59:0:0 chr2 71658557 . G A 547.68 PASS AF=0.52;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0554563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.762;QD=21.9073;RBI=0.0560935;REFB=-0.0217883;REVB=-0.0084308;RO=47;SAF=27;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440467;STB=0.519223;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0179093;OID=.;OPOS=71658557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:47:48:52:52:0.52:25:27:22:25:25:27:23:25 chr2 71762232 . C T 317.44 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0285518;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.8949;QD=20.4803;RBI=0.0730003;REFB=-0.063207;REVB=0.0671851;RO=17;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957875;STB=0.55152;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0471039;OID=.;OPOS=71762232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:28:32:33:0.532258:14:18:7:10:14:19:13:15 chr2 71780215 . T C 584.84 PASS AF=0.582418;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.018225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.713;QD=25.7073;RBI=0.0196903;REFB=-0.0262514;REVB=-0.00745349;RO=37;SAF=22;SAR=30;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564598;STB=0.539431;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0178663;OID=.;OPOS=71780215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:38:52:53:0.582418:30:22:13:24:30:23:13:25 chr2 71795152 . A T 685.98 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.00551151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9436;QD=17.5893;RBI=0.0314185;REFB=-0.026658;REVB=-0.0309313;RO=83;SAF=47;SAR=26;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238019;STB=0.631952;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0435728;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:83:83:73:73:0.467949:26:47:33:50:26:47:33:50 chr2 71838597 . C A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0116567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.119;QD=14.8962;RBI=0.012171;REFB=-0.00752254;REVB=-0.00350077;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124347;STB=0.507038;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0118466;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:12:20:28:16:12:20:28:16 chr2 72356449 . G T 230.37 PASS AF=0.46;AO=17;DP=43;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0221028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.666;QD=18.4294;RBI=0.0221028;REFB=-0.0145579;REVB=-5.09122e-05;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037855;STB=0.62059;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0145476;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:50:22:27:17:23:0.46:11:6:7:15:11:12:8:19 chr2 72356627 . T G 245.36 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0211728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.6243;QD=23.9377;RBI=0.0212962;REFB=-0.0160874;REVB=0.00228912;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.580579;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00891556;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:18:23:23:0.560976:14:9:4:13:14:9:4:14 chr2 72356745 . T TG 232.56 PASS AF=0.522388;AO=17;DP=70;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.082233;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3169;QD=13.884;RBI=0.0985642;REFB=-0.0159219;REVB=0.0543381;RO=53;SAF=1;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660466;STB=0.61314;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.0176518;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522388:17:70:35:67:32:10:25:16:16:99:53:1:16:28:25 chr2 72356747 . A G 113.5 PASS AF=0.271429;AO=7;DP=62;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0274172;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=41.2823;QD=6.48545;RBI=0.0415762;REFB=-0.0331732;REVB=0.031255;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611886;STB=0.70771;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0140837;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:70:28:51:7:19:0.271429:4:3:1:27:7:12:17:34 chr2 72371438 . GCCCCCT CGCCCCT,GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC 123.52 PASS AF=0,0.172131,0.0409836,0.139344;AO=9,20,28,21;DP=135;FAO=0,21,5,17;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=0,17,3,5;FSAR=0,4,2,12;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0351154,-0.0496748,-0.0838746,-0.0728478;FXX=0.0827006;HRUN=1,1,5,5;LEN=2,1,1,2;MLLD=58.5623,10.7553,8.5047,14.35;QD=4.04968;RBI=0.107366,0.0870993,0.134712,0.120413;REFB=-0.0286279,-0.12694,-0.173996,-0.159743;REVB=-0.101462,-0.0715451,-0.105416,-0.0958777;RO=49;SAF=0,17,17,8;SAR=9,3,11,13;SRF=20;SRR=29;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.416667,0;SSSB=-0.666439,0.547913,0.21795,-0.0335741;STB=0.5,0.783285,0.622158,0.650978;STBP=1,0.006,0.655,0.174;TYPE=mnp,ins,del,mnp;VARB=0,0.140154,0.177951,0.262073;OID=.,.,.,.;OPOS=72371438,72371445,72371439,72371443;OREF=GC,-,C,CT;OALT=CG,C,-,TC;OMAPALT=CGCCCCT,GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:135:122:49:79:9,20,28,21:0,21,5,17:0,0.172131,0.0409836,0.139344:9,3,11,13:0,17,17,8:20:29:0,4,2,12:0,17,3,5:37:42 chr2 72692272 . A AAG 764.04 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175042;FXX=0.0677851;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.295;QD=55.5666;RBI=0.0469024;REFB=-0.0531074;REVB=0.0435137;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324755;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.000788988;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981818:54:57:54:55:1:28:26:1:0:4:2:28:26:2:0 chr2 73226090 . G A 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00296709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1215;QD=12.9223;RBI=0.0216551;REFB=0.00753053;REVB=-0.0214509;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323102;STB=0.683395;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0113789;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:10:12:8:26:10:12:8:26 chr2 73339708 . G A 318.97 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.030563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.2693;QD=17.7207;RBI=0.0306178;REFB=-0.0109231;REVB=0.00183109;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078158;STB=0.517317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00758453;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:38:34:34:0.472222:15:19:14:16:15:19:20:18 chr2 73475048 . A G 288.52 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0116022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.386;QD=20.9835;RBI=0.0128856;REFB=0.00569076;REVB=-0.00560596;RO=25;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146541;STB=0.580596;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00444179;OID=.;OPOS=73475048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:9:21:21:4:9:21:21:4 chr2 73492614 . A T 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0140703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.414;QD=17.6881;RBI=0.0201042;REFB=-1.26057e-05;REVB=-0.0143599;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134722;STB=0.576541;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=2.02978e-05;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:10:16:10:11:10:16 chr2 73518867 . G A 222.76 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.075916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.858;QD=18.9585;RBI=0.0780132;REFB=-0.033642;REVB=0.0179671;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150844;STB=0.585578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0305787;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:13:12:14:8:13:12 chr2 73675227 . T TCTC 400.39 PASS AF=0.422018;AO=42;DP=117;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.0173381;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.045;QD=14.6931;RBI=0.0173388;REFB=-0.0242132;REVB=-0.000159231;RO=69;SAF=11;SAR=31;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766475;STB=0.529635;STBP=0.65;TYPE=ins;VARB=0.0306668;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422018:42:117:46:109:63:12:34:19:44:99:69:11:31:22:47 chr2 73675844 . C T 94.63 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0514909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.055;QD=10.8151;RBI=0.0584786;REFB=-0.0165399;REVB=-0.0277207;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.569262;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0288113;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:21:23:12:12:0.342857:5:7:11:10:5:7:11:12 chr2 73716810 . G A 205.31 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0247429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7785;QD=12.832;RBI=0.0250053;REFB=-0.0280802;REVB=-0.00361259;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119891;STB=0.509796;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0493778;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:39:25:25:0.390625:15:10:14:22:15:10:15:24 chr2 73717103 . G C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00425035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.922;QD=14.6578;RBI=0.0161371;REFB=-0.0282777;REVB=-0.0155672;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179374;STB=0.603905;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0307143;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:11:6:7:6:11:6 chr2 73828538 . G A 48.91 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.103413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2345;QD=13.9748;RBI=0.125339;REFB=0.0124896;REVB=0.0708214;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0170633;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:7:7:0.5:6:1:2:4:6:1:3:4 chr2 73927931 . A G 265.27 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0119997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.478;QD=15.6039;RBI=0.0120017;REFB=-0.0211251;REVB=0.000219977;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110839;STB=0.568046;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0263614;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:17:13:12:25:17:13:12:26 chr2 73928098 . C G 282.24 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00595914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.525;QD=22.5794;RBI=0.0147907;REFB=-0.0439143;REVB=0.0135371;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196825;STB=0.609043;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0398279;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:5:19:15:11:5:19 chr2 73928366 . G C 167.56 PASS AF=0.529412;AO=15;DP=31;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0416743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1932;QD=19.7125;RBI=0.0464251;REFB=-0.0793723;REVB=0.0204583;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511692;STB=0.557455;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0724209;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:16:16:15:18:0.529412:11:4:5:11:14:4:5:11 chr2 73957124 . A G 274.42 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0202533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.898;QD=19.9578;RBI=0.0298066;REFB=-0.00396079;REVB=0.0218686;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173184;STB=0.596208;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00423259;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:17:9:16:13:17:9 chr2 74007136 . T C 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0392293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.564;QD=16.9225;RBI=0.0437174;REFB=-0.013709;REVB=-0.0192943;RO=32;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244669;STB=0.623572;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0201142;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:10:20:13:19:10:20:15:19 chr2 74135797 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00574488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.667;QD=18.642;RBI=0.010324;REFB=-0.0064158;REVB=0.0085779;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0109379;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:12:12:11:10:12:12 chr2 74135898 . A G 231.11 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00425072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.822;QD=16.5081;RBI=0.00546865;REFB=-0.011498;REVB=0.00344057;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883823;STB=0.549961;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0113624;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:13:17:17:9:13:17 chr2 74140680 . CA AC,CAC 188.76 PASS AF=0,0.454545;AO=4,21;DP=56;FAO=0,25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=0,23;FSAR=0,2;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0776155,-0.0168214;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=44.9023,42.5194;QD=13.728;RBI=0.0776257,0.0175122;REFB=0.0177868,-0.00807422;REVB=-0.00126093,0.00487025;RO=31;SAF=2,21;SAR=2,0;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.245624,0.851972;STB=0.5,0.898671;STBP=1,0;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0410604,0.0452354;OID=.,.;OPOS=74140680,74140682;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:55:31:30:4,21:0,25:0,0.454545:2,0:2,21:9:22:0,2:0,23:8:22 chr2 74185876 . A T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00314082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.631;QD=8.40205;RBI=0.00708066;REFB=-0.0221689;REVB=0.00634594;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262988;STB=0.545355;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0463775;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:19:21:9:9:0.3:4:5:11:8:4:5:13:8 chr2 74334462 . G A 1898.71 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576189;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.419;QD=61.7466;RBI=0.0188814;REFB=0;REVB=-0.0179808;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95192e-05;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:56:65:0:0:56:67:0:0 chr2 74362090 . A G 351.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.384;QD=54.0878;RBI=0.0440402;REFB=0;REVB=-0.0437401;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023763;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 354.22 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0215888;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.826;QD=41.6734;RBI=0.0516651;REFB=-0.0287276;REVB=0.0469383;RO=6;SAF=16;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851765;STB=0.547793;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=0.00428287;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:27:34:28:34:6:16:12:5:1:34:6:16:11:5:1 chr2 74460685 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00328557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.204;QD=16.5265;RBI=0.0111947;REFB=-0.030717;REVB=0.0107017;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136082;STB=0.507686;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0323531;OID=.;OPOS=74460685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:12:17:15:10:12:17 chr2 74593534 . C A 40.09 PASS AF=0.116279;AO=11;DP=86;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.046342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.2521;QD=1.86461;RBI=0.0587201;REFB=-0.0239294;REVB=-0.036062;RO=73;SAF=8;SAR=3;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460218;STB=0.858894;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.167115;OID=.;OPOS=74593534;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:86:86:73:76:11:10:0.116279:3:8:24:49:2:8:26:50 chr2 74641624 . G C 281.72 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0397671;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3637;QD=12.117;RBI=0.0607888;REFB=0.0254415;REVB=-0.0459766;RO=61;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016638;STB=0.516076;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0477863;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:61:60:33:33:0.354839:19:14:25:36:19:14:24:36 chr2 74682512 . C T 257.96 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0294346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.374;QD=16.9155;RBI=0.0393024;REFB=-0.0202659;REVB=0.0260439;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270868;STB=0.65843;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0121238;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:11:18:10:21:11:18:10:22 chr2 74687550 . T C 120.48 PASS AF=0.326087;AO=10;DP=49;FAO=15;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0383749;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.925;QD=10.4763;RBI=0.0383858;REFB=0.00322937;REVB=-0.000918377;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.532121;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0107402;OID=.;OPOS=74687550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:14:31:10:15:0.326087:4:6:4:10:8:7:13:18 chr2 74690039 . G A 932.75 PASS AF=0.484375;AO=93;DP=188;FAO=93;FDP=192;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.00382423;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=222.726;QD=19.4323;RBI=0.0136673;REFB=-0.025362;REVB=-0.0131214;RO=82;SAF=39;SAR=54;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252885;STB=0.610755;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0167359;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:192:82:99:93:93:0.484375:54:39:59:23:54:39:63:36 chr2 74690378 . C T 173.46 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0377025;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6071;QD=18.2591;RBI=0.0377099;REFB=-0.0259978;REVB=-0.000744235;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271402;STB=0.642696;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0179227;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:12:6:13:8:12:6:12:8 chr2 74699778 . C A 239.99 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0091173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.856;QD=18.1125;RBI=0.00962164;REFB=-0.0183324;REVB=-0.00307421;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103358;STB=0.507686;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0180139;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:16:9:10:17:16:10:10:17 chr2 74710491 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00381831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.81;QD=20.563;RBI=0.00616994;REFB=-0.0200058;REVB=0.00484652;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697044;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0177708;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:14:11:13:16:14:11 chr2 74725144 . T C 975.7 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.3633;QD=58.2509;RBI=0.106673;REFB=0;REVB=0.106516;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115521;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:27:36:0:0:30:37:0:0 chr2 74725178 . G A 384.87 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.039201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4758;QD=20.804;RBI=0.0494292;REFB=-0.0206593;REVB=0.0301086;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043003;STB=0.523797;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.018985;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:17:22:18:17:17:22:18:17 chr2 74746322 . A T 281.3 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0166724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.158;QD=21.23;RBI=0.0513915;REFB=-0.0146515;REVB=-0.0486119;RO=23;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209453;STB=0.505297;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0113166;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:24:29:29:0.54717:22:7:6:17:22:7:6:18 chr2 74756150 . A G 35.61 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00417067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.346;QD=11.8695;RBI=0.0776445;REFB=-0.00542902;REVB=-0.0775324;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921285;OID=.;OPOS=74756150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:12:12:5:6:5:6:0.5:2:3:4:1:2:4:4:2 chr2 74756176 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0101747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.668;QD=15.5715;RBI=0.0107072;REFB=0.00170156;REVB=-0.00333467;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336685;STB=0.69432;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00206694;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:9:3:7:4:9:3 chr2 74758666 . G A 553.05 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00719163;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.71;QD=18.1327;RBI=0.0112095;REFB=-0.0149514;REVB=-0.00859845;RO=63;SAF=28;SAR=30;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980016;STB=0.549898;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0160393;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:63:64:58:58:0.47541:30:28:37:26:30:28:37:27 chr2 74763258 . C G 262.04 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-1.56375e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1525;QD=12.478;RBI=0.00950028;REFB=0.004945;REVB=0.00950027;RO=50;SAF=9;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261285;STB=0.635746;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00968866;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:53:31:31:0.369048:22:9:26:24:22:9:26:27 chr2 75124037 . C T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.498;QD=63.0515;RBI=0.0140227;REFB=0;REVB=-0.00280966;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60912e-05;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr2 75185856 . G T 205.31 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00441135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.153;QD=16.4249;RBI=0.0376965;REFB=-0.0140445;REVB=-0.0374375;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225019;STB=0.618934;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0225036;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:8:13:11:17:8:13:12:17 chr2 75744918 . T C 261.62 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=35;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00371277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.373;QD=26.8323;RBI=0.0232479;REFB=-0.00175026;REVB=-0.0229495;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160048;STB=0.589671;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000541391;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:39:12:15:22:24:0.615385:11:11:9:3:12:12:11:4 chr2 79109771 . A G 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0477637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0947;QD=21.1703;RBI=0.052659;REFB=-0.0394657;REVB=0.022172;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0224816;OID=.;OPOS=79109771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:4:4:8:4:4:4 chr2 79254261 . T C 2082.26 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4218;QD=62.6243;RBI=0.0234901;REFB=0;REVB=0.0233844;RO=0;SAF=83;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06804e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:50:83:0:0:50:83:0:0 chr2 79255325 . G C 190.9 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00486272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.993;QD=13.3964;RBI=0.089831;REFB=-0.0165639;REVB=-0.0896993;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148557;STB=0.589534;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0218125;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:23:23:0.403509:7:16:18:14:7:16:19:15 chr2 79312414 . G A 112.9 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0425471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.607;QD=10.502;RBI=0.0590025;REFB=-0.00353504;REVB=-0.0408783;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366798;STB=0.743404;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0114169;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:28:29:13:14:0.325581:10:3:15:13:11:3:16:13 chr2 79350347 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8446;QD=60.6035;RBI=0.00948425;REFB=0;REVB=-0.00396203;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42415e-05;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 79385786 . TG CA 90.52 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=133;FAO=19;FDP=133;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=38;FWDB=-0.00705425;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.195;QD=2.72248;RBI=0.0142375;REFB=0.00290085;REVB=0.0123671;RO=114;SAF=7;SAR=12;SRF=76;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364117;STB=0.739748;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=-0.0133009;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:133:133:114:114:19:19:0.142857:12:7:76:38:12:7:76:38 chr2 79385823 . T G 75.1 PASS AF=0.126866;AO=17;DP=135;FAO=17;FDP=134;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=36;FWDB=-0.015573;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.185;QD=2.24186;RBI=0.0155995;REFB=-0.00258326;REVB=0.000907866;RO=115;SAF=6;SAR=11;SRF=81;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421145;STB=0.772129;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0239196;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:135:134:115:117:17:17:0.126866:11:6:81:34:11:6:81:36 chr2 79385856 . C T 375.32 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.000300151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7894;QD=13.7731;RBI=0.039057;REFB=0.0109879;REVB=-0.0390559;RO=64;SAF=31;SAR=13;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040305;STB=0.519459;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0235556;OID=.;OPOS=79385856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:44:44:0.40367:13:31:43:21:13:31:44:21 chr2 80101321 . T G 1443.02 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1065;QD=62.7399;RBI=0.0446491;REFB=0;REVB=-0.0437914;RO=0;SAF=70;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185478;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:21:70:0:0:22:70:0:0 chr2 80529956 . T C 288.81 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00857188;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.954;QD=16.045;RBI=0.0177253;REFB=-0.0176317;REVB=-0.0155148;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190078;STB=0.607015;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0241831;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:16:24:13:19:16:24 chr2 83042810 . GGAAC G 306.07 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0107593;FXX=0.0531858;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.904;QD=13.7559;RBI=0.0107651;REFB=-0.00394491;REVB=-0.000353207;RO=38;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898674;STB=0.565927;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.00457896;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494382:43:91:44:89:45:16:28:22:23:99:38:16:27:18:20 chr2 83046489 . CC AT 203.72 PASS AF=0.281553;AO=28;DP=104;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0292028;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.659;QD=7.91148;RBI=0.0320783;REFB=-0.0110283;REVB=-0.0132746;RO=72;SAF=14;SAR=14;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840751;STB=0.551067;STBP=0.539;TYPE=mnp;VARB=0.0223105;OID=.;OPOS=83046489;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:72:74:28:29:0.281553:14:14:31:41:14:15:33:41 chr2 84756049 . G A 2063.43 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.972;QD=62.5281;RBI=0.0213192;REFB=0;REVB=0.0138521;RO=0;SAF=75;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17293e-05;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:56:75:0:0:56:76:0:0 chr2 84771480 . G A 1498.13 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5461;QD=63.0793;RBI=0.0689308;REFB=0;REVB=-0.0141109;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246135;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:54:40:0:0:55:40:0:0 chr2 84771567 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.207;QD=60.7154;RBI=0.0245509;REFB=0;REVB=0.0240166;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64294e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr2 84800605 . C A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.539;QD=58.2378;RBI=0.039216;REFB=0;REVB=0.0274981;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06315e-07;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 84897517 . A G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00633863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.646;QD=53.3617;RBI=0.00637048;REFB=-0.0923681;REVB=-0.000636248;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000418232;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:10:19:0:1:10:19:0:1 chr2 85282879 . A G 267.17 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0157151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.265;QD=18.4253;RBI=0.0210884;REFB=-0.0192939;REVB=0.0140626;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109717;STB=0.551936;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0127802;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:28:29:0.5:14:14:18:11:14:15:18:11 chr2 85283329 . CTT C,CCT 191.0 PASS AF=0.394737,0.131579;AO=15,5;DP=38;FAO=15,5;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6,4;FSAR=9,1;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.000138921,0.0605459;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=270.976,37.1175;QD=20.1054;RBI=0.00611173,0.0774992;REFB=-0.00423573,-0.00048789;REVB=-0.00611016,-0.0483769;RO=18;SAF=6,4;SAR=9,1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124769,0.553938;STB=0.571338,0.86032;STBP=0.488,0.136;TYPE=del,snp;VARB=0.0105456,0.0372966;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737,0.131579:15,5:38:15,5:38:18:6,4:9,1:5:13:99:18:6,4:9,1:5:13 chr2 85283395 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00622709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.304;QD=12.4824;RBI=0.0232061;REFB=0.0134359;REVB=-0.022355;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891716;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0334769;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:6:12:7:5:7:12 chr2 85546615 . C T 1224.52 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.845;QD=61.2261;RBI=0.0131971;REFB=0;REVB=0.00312528;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59783e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:31:44:0:0:33:47:0:0 chr2 85549527 . T C 657.54 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.299;QD=59.776;RBI=0.0186838;REFB=-0.0732847;REVB=-0.000354601;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000391452;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:28:15:0:0:28:15:0:1 chr2 85549547 . C T 688.76 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0264833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.529;QD=55.101;RBI=0.0345788;REFB=-0.177482;REVB=0.0222335;RO=3;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494209;STB=0.513508;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00156619;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:3:4:46:46:0.92:27:19:0:3:27:19:1:3 chr2 85553784 . C T 900.45 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6289;QD=58.0933;RBI=0.215989;REFB=0;REVB=0.213244;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250955;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:49:62:1:12:37:0:0:21:41:0:0 chr2 85554080 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.766;QD=45.8068;RBI=0.0107535;REFB=0;REVB=0.0055955;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16417e-05;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 85573033 . G A 885.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9311;QD=58.0439;RBI=0.0759316;REFB=0;REVB=0.0604328;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980723;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:33:28:0:0 chr2 85573049 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00521674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.907;QD=12.0148;RBI=0.00969219;REFB=-0.00307875;REVB=-0.00816849;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543356;STB=0.531567;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00577475;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:17:17:11:9:17:17 chr2 85576619 . ACCCCC ACCCCA,ACCCC 30.6 PASS AF=0.0350877,0.157895;AO=2,18;DP=57;FAO=2,9;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=0,6;FSAR=2,3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0250728,-0.0858172;FXX=0.0338926;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=86.4007,11.3813;QD=2.14769;RBI=0.0281359,0.0881054;REFB=-0.00980371,-0.126395;REVB=-0.0127665,-0.0199491;RO=34;SAF=0,11;SAR=2,7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0.311111;SSSB=-0.466363,0.0601197;STB=0.995248,0.60735;STBP=0.107,0.551;TYPE=snp,del;VARB=0.0984641,0.170197;OID=.,.;OPOS=85576624,85576620;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=ACCCCA,ACCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0350877,0.157895:2,18:57:2,9:57:46:0,6:2,3:25:21:23:34:0,11:2,7:19:15 chr2 85622059 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00503522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.249;QD=10.5419;RBI=0.0110118;REFB=-0.00741005;REVB=-0.00979316;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028677;STB=0.51721;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0199607;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:12:9:5:6:12:9 chr2 85781318 . T G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.459;QD=49.5902;RBI=0.0728722;REFB=0;REVB=0.0728509;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335445;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr2 85894308 . G T 431.56 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00835355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.027;QD=36.7288;RBI=0.00844934;REFB=-0.0268679;REVB=0.0012687;RO=12;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178518;STB=0.607484;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00661448;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:12:13:34:34:0.723404:21:13:9:3:21:13:10:3 chr2 85895338 . T G 773.13 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.969;QD=61.8506;RBI=0.0471;REFB=-0.112178;REVB=0.0348649;RO=1;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119136;STB=0.50617;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000205101;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:1:1:48:49:0.98:39:9:0:1:40:9:0:1 chr2 85924729 . C T 1635.93 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0268049;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.414;QD=58.4261;RBI=0.0270972;REFB=-0.0278909;REVB=-0.00396923;RO=2;SAF=53;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175749;STB=0.509258;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=7.96634e-05;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:57:53:2:0:57:53:2:0 chr2 85925529 . A G 415.09 PASS AF=0.690909;AO=35;DP=54;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.0872051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.104;QD=30.1886;RBI=0.0932593;REFB=-0.0144417;REVB=-0.033054;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.639279;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00152042;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:0:17:35:38:0.690909:15:20:0:0:16:22:17:0 chr2 85925756 . C G 684.91 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00712786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2449;QD=50.7337;RBI=0.0143522;REFB=-0.117304;REVB=0.0124571;RO=2;SAF=34;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344331;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:2:3:51:51:0.944444:17:34:2:0:17:34:2:1 chr2 85925848 . C G 1014.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.15;QD=57.9518;RBI=0.0919889;REFB=0;REVB=0.0305886;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261257;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:70:1:0:67:70:1:32:35:1:0:32:38:0:0 chr2 86259443 . C T 133.2 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00326005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.774;QD=17.1872;RBI=0.0217764;REFB=-0.015926;REVB=-0.021531;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518451;STB=0.580682;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0133612;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:16:14:15:0.483871:8:6:4:7:8:7:5:11 chr2 86272758 . G A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00748919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.956;QD=22.7937;RBI=0.0159498;REFB=0.00478486;REVB=-0.0140822;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145592;STB=0.593142;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00391588;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:9:15:9:11:9:15:9:12 chr2 86315741 . C T 440.73 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000981982;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.666;QD=21.4988;RBI=0.0170025;REFB=0.00183997;REVB=-0.0169741;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430801;STB=0.523798;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00157833;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:18:21:21:22:18:21 chr2 86317037 . G C 424.05 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0163718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.326;QD=18.6397;RBI=0.0163719;REFB=-0.00868501;REVB=-4.48709e-05;RO=46;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324734;STB=0.507436;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0101747;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:48:43:43:0.472527:23:20:23:23:23:20:23:25 chr2 86344237 . A G 210.63 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.02402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.763;QD=19.1482;RBI=0.0243808;REFB=0.0102547;REVB=-0.00417931;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173167;STB=0.598829;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00539213;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:5:16:14:9:5:16:14:9 chr2 86363074 . A G 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0251405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.345;QD=19.587;RBI=0.0357607;REFB=-0.0257234;REVB=-0.025432;RO=46;SAF=31;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562434;STB=0.531309;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0208955;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:13:31:30:16:13:31:30:16 chr2 86364653 . A G 204.53 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0201568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.99;QD=22.7256;RBI=0.0253777;REFB=-0.00543769;REVB=0.0154185;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154021;STB=0.57296;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00498796;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:20:20:0.555556:8:12:6:9:8:12:7:9 chr2 86371883 . T C 52.57 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00183742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.677;QD=7.00927;RBI=0.013286;REFB=-0.00811581;REVB=0.0131583;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370676;STB=0.69958;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0217797;OID=.;OPOS=86371883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:4:4:17:4:4:4:17:5 chr2 86406556 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0142891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.931;QD=18.7119;RBI=0.0149271;REFB=-0.00640708;REVB=0.00431743;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702603;STB=0.539834;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00973303;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:12:7:8:10:12:7 chr2 86433240 . C T 240.41 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00073681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.805;QD=16.2991;RBI=0.0124637;REFB=-0.0124205;REVB=0.0124419;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294248;STB=0.53823;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0104445;OID=.;OPOS=86433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:32:27:27:0.457627:10:17:18:12:10:17:18:14 chr2 86683642 . A G 478.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.394;QD=58.0494;RBI=0.178008;REFB=0;REVB=0.0697588;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408278;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:20:12:1:0:20:13:0:0 chr2 86691250 . G A 3031.73 PASS AF=0.989744;AO=192;DP=198;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0081502;FXX=0.0200995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.312;QD=62.1894;RBI=0.023682;REFB=-0.149303;REVB=0.0222353;RO=3;SAF=87;SAR=105;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354137;STB=0.504717;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00105459;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:198:195:3:2:192:193:0.989744:105:87:1:2:105:88:0:2 chr2 86979093 . G A 1350.9 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0009;QD=62.1106;RBI=0.0437541;REFB=0;REVB=0.043269;RO=1;SAF=52;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473758;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:1:0:84:87:1:32:52:1:0:34:53:0:0 chr2 87015633 . T A,TGA 664.03 PASS AF=0.0196078,0.941176;AO=3,46;DP=51;FAO=1,48;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=0,28;FSAR=1,20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0176173,0.0130726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.3939,240.225;QD=52.0804;RBI=0.0249827,0.029949;REFB=0.0355429,-0.0277173;REVB=0.0177135,0.0269453;RO=2;SAF=2,26;SAR=1,20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272699,-0.0347981;STB=0.993266,0.517234;STBP=0.231,0.322;TYPE=snp,ins;VARB=0.00577381,0.00224361;OID=.,.;OPOS=87015633,87015634;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:8:51:51:2:2:3,46:1,48:0.0196078,0.941176:1,20:2,26:2:0:1,20:0,28:2:0 chr2 87042751 . G A 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00216655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.369;QD=16.4101;RBI=0.0064082;REFB=-0.035536;REVB=0.00603085;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403388;STB=0.729431;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0160374;OID=.;OPOS=87042751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:13:3:9:5:13:3 chr2 87073852 . C T 292.44 PASS AF=0.357895;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0364126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.745;QD=12.3131;RBI=0.037174;REFB=-0.0104132;REVB=-0.00748507;RO=61;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118289;STB=0.557861;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0269388;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:61:61:33:34:0.357895:16:17:25:36:17:17:25:36 chr2 88315954 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=362.474;QD=55.0987;RBI=0.0252691;REFB=0;REVB=0.0166098;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07153e-05;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 88315993 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0492;QD=54.5172;RBI=0.0423147;REFB=0;REVB=0.00407579;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108644;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr2 88387403 . C A 502.12 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183737;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5993;QD=60.8633;RBI=0.0204645;REFB=0;REVB=0.00901127;RO=0;SAF=27;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636021;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:33:0:0:27:33:1:0:27:0:0:5:28:0:0 chr2 88407959 . T C 407.46 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0154073;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4127;QD=19.1745;RBI=0.0154634;REFB=0.00228449;REVB=-0.00131568;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219603;STB=0.599953;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00117634;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:41:44:41:41:0.482353:21:20:30:11:21:20:30:14 chr2 88411605 . A T 467.82 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0410731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7273;QD=20.3401;RBI=0.0436201;REFB=-0.00163706;REVB=0.0146873;RO=45;SAF=27;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843713;STB=0.51116;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00184213;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:19:27:26:19:19:27:26:20 chr2 88472791 . G A 1122.87 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.621;QD=59.0985;RBI=0.0388908;REFB=-0.1456;REVB=0.00688039;RO=1;SAF=54;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868298;STB=0.504586;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000249098;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:1:1:75:75:0.986842:21:54:1:0:21:54:1:0 chr2 88482258 . G A 128.3 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0131712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.504;QD=12.219;RBI=0.0134854;REFB=-0.00689142;REVB=0.00289377;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132733;STB=0.578837;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0108169;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:17:10:4:11:17:10 chr2 88913273 . G C 1118.9 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0132287;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.402;QD=56.6533;RBI=0.0151944;REFB=-0.00124337;REVB=0.00747483;RO=2;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030501;STB=0.510754;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=1.27516e-06;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:79:79:2:3:76:76:0.962025:30:46:0:2:30:46:1:2 chr2 89513004 . A G 454.76 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.035284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0227;QD=19.9896;RBI=0.039601;REFB=-0.0246142;REVB=0.0179798;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826727;STB=0.504585;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0223163;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:27:18:18:28:27:18:18:28 chr2 90121675 . T C 256.63 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.476;QD=51.3257;RBI=0.0585208;REFB=0;REVB=0.0558416;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993318;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:7:10:0:0:10:10:0:0 chr2 90121845 . A G 83.45 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0197695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.18;QD=9.81815;RBI=0.0224381;REFB=-0.00707231;REVB=-0.0106128;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123092;STB=0.574334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0177785;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:10:13:5:6:10:13 chr2 90121849 . A G 94.77 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.023874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.647;QD=10.8307;RBI=0.0241226;REFB=-0.00796449;REVB=0.00345406;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716318;STB=0.542786;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00736793;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:10:13:6:6:10:13 chr2 90121926 . G T 141.81 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0146308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8206;QD=9.61434;RBI=0.0668305;REFB=-0.004257;REVB=0.0652093;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10499;STB=0.568155;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0209593;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:11:8:13:26:11:8:13:27 chr2 90121985 . A G 183.4 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0452079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.651;QD=8.06151;RBI=0.0494775;REFB=0.00372472;REVB=-0.0201064;RO=65;SAF=8;SAR=17;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124533;STB=0.570412;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0131203;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:66:25:25:0.274725:17:8:27:38:17:8:27:39 chr2 90139116 . G A 388.08 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00225584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.342;QD=21.2646;RBI=0.0572965;REFB=-0.0136296;REVB=-0.0572521;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501854;STB=0.521453;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0130378;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:38:39:0.534247:19:19:15:19:20:19:15:19 chr2 95537570 . C G 32.36 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00445548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.088;QD=2.64124;RBI=0.00771958;REFB=-0.0074621;REVB=-0.00630401;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209032;STB=0.657007;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0383668;OID=.;OPOS=95537570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:22:21:4:2:22:21 chr2 95537572 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00215315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.792;QD=8.88632;RBI=0.00321077;REFB=-0.0221251;REVB=-0.0023818;RO=37;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495535;STB=0.7996;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0653537;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:3:12:14:23:3:12:14:23 chr2 95537593 . CA GG 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00609786;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.839;QD=3.1166;RBI=0.0323831;REFB=-0.00253824;REVB=-0.0318038;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.721594;STBP=0.25;TYPE=mnp;VARB=0.021711;OID=.;OPOS=95537593;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:43:44:7:7:0.137255:5:2:24:19:5:2:24:20 chr2 95537605 . G A 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00913596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.352;QD=2.93539;RBI=0.0331642;REFB=0.00182016;REVB=0.031881;RO=45;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341081;STB=0.736185;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0108203;OID=.;OPOS=95537605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:45:46:7:7:0.132075:5:2:26:19:5:2:26:20 chr2 95537622 . A G 163.27 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.037278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5096;QD=12.8053;RBI=0.0711498;REFB=-0.0177008;REVB=-0.0606023;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240059;STB=0.640105;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0437023;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:6:13:15:17:6:13:15:17 chr2 95537633 . G A 32.41 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0295885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.652;QD=2.64535;RBI=0.0344493;REFB=-0.00811416;REVB=-0.0176429;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308941;STB=0.726566;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0536104;OID=.;OPOS=95537633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:26:17:4:2:26:17 chr2 95537649 . A G 31.14 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0768712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.375;QD=2.35054;RBI=0.108282;REFB=-0.0123518;REVB=-0.0762621;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.657698;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0985532;OID=.;OPOS=95537649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:43:47:6:6:0.113208:4:2:20:23:4:2:24:23 chr2 95542363 . C G 190.21 PASS AF=0.304878;AO=24;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0181495;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.631;QD=9.2786;RBI=0.0301992;REFB=-0.0133446;REVB=-0.0241368;RO=57;SAF=8;SAR=16;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345619;STB=0.694191;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0286426;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:24:25:0.304878:16:8:36:21:16:9:37:20 chr2 95542376 . GC GT,TT 225.72 PASS AF=0.0416667,0.28125;AO=4,26;DP=96;FAO=4,27;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=2,9;FSAR=2,18;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00136146,-0.00430151;FXX=0.0103082;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=106.18,220.226;QD=9.40512;RBI=0.0088757,0.00498499;REFB=-0.00813762,-0.0155454;REVB=0.00877066,0.00251934;RO=62;SAF=2,9;SAR=2,17;SRF=40;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145042,-0.346042;STB=0.622612,0.704079;STBP=0.673,0.004;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.024162,0.0460403;OID=.,.;OPOS=95542377,95542376;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:96:96:62:65:4,26:4,27:0.0416667,0.28125:2,17:2,9:40:22:2,18:2,9:41:24 chr2 95542385 . C T 214.98 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0190362;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3716;QD=8.18974;RBI=0.0238741;REFB=0.0055387;REVB=0.0144082;RO=75;SAF=19;SAR=11;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171297;STB=0.601741;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0308975;OID=.;OPOS=95542385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:75:75:30:30:0.285714:11:19:37:38:11:19:37:38 chr2 95542415 . CA CG,TG 234.79 PASS AF=0.201613,0.0887097;AO=24,11;DP=124;FAO=25,11;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=13,1;FSAR=12,10;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0156417,0.00820148;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.011,112.134;QD=7.57398;RBI=0.0156419,0.0199423;REFB=0.00820097,0.00265085;REVB=-6.17103e-05,0.0181778;RO=88;SAF=12,1;SAR=12,10;SRF=53;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129645,-0.58528;STB=0.564454,0.922367;STBP=0.496,0.007;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00471075,-0.0403594;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:88:24,11:25,11:0.201613,0.0887097:12,10:12,1:53:35:12,10:13,1:53:35 chr2 95542419 . G A 261.92 PASS AF=0.290323;AO=35;DP=124;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.029506;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5162;QD=8.44916;RBI=0.0327519;REFB=0.000366087;REVB=0.0142158;RO=87;SAF=13;SAR=22;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25657;STB=0.641266;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00152953;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:87:88:35:36:0.290323:22:13:51:36:22:14:52:36 chr2 95542476 . C T 292.41 PASS AF=0.330435;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.0593407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.174;QD=10.1709;RBI=0.0594229;REFB=-0.0100978;REVB=-0.00312481;RO=77;SAF=16;SAR=22;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216223;STB=0.624823;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0156794;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:77:38:38:0.330435:22:16:47:30:22:16:47:30 chr2 95847040 . TGCG T 449.96 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246903;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.092;QD=58.0592;RBI=0.0219854;REFB=0;REVB=0.0218463;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.1657e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:31:31:0:17:14:0:0:4:0:15:13:0:0 chr2 95847135 . TC T 74.59 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.120371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9688;QD=8.52471;RBI=0.137182;REFB=-0.0583608;REVB=0.0658005;RO=18;SAF=15;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.44;SSSB=0.576404;STB=0.837947;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0798562;OID=.;OPOS=95847136;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:16:35:16:35:19:15:1:11:8:74:18:15:1:10:8 chr2 95848354 . G A 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6564;QD=56.9943;RBI=0.0536538;REFB=0;REVB=-0.0334544;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000848268;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 95947085 . A G 1568.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.223;QD=64.0015;RBI=0.0301211;REFB=0;REVB=0.0260974;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25631e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:52:44:0:0:54:44:0:0 chr2 96195319 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00944988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.741;QD=22.9154;RBI=0.0576581;REFB=0.00991712;REVB=-0.0568784;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236511;STB=0.685824;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0110162;OID=.;OPOS=96195319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:7:2:2:1:7:2:3:1 chr2 96195632 . T C 1615.46 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.656;QD=58.2148;RBI=0.0474203;REFB=-0.0833684;REVB=0.0281988;RO=1;SAF=71;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126548;STB=0.506665;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00225513;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:108:110:0.990991:37:71:0:1:37:73:0:1 chr2 96195730 . C T 355.7 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.110298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4206;QD=22.231;RBI=0.110465;REFB=0.00615783;REVB=-0.00606041;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127699;STB=0.507038;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00407129;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:20:16:12:16:20:16:12:16 chr2 96196322 . A G 387.3 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00889132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.295;QD=19.3652;RBI=0.0089411;REFB=-0.00714832;REVB=-0.000942226;RO=37;SAF=11;SAR=28;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222553;STB=0.625108;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00381185;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:40:39:40:0.5:28:11:19:18:29:11:20:20 chr2 96217197 . C G 155.35 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0179942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.515;QD=7.57788;RBI=0.0211135;REFB=-0.00507191;REVB=-0.0110447;RO=59;SAF=12;SAR=10;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448765;STB=0.521139;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0158582;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:60:22:22:0.268293:10:12:30:29:10:12:31:29 chr2 96217234 . C G 157.25 PASS AF=0.278481;AO=21;DP=77;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0130522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.18;QD=7.96225;RBI=0.0135367;REFB=-0.0177073;REVB=-0.0035889;RO=56;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145661;STB=0.594252;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.043801;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:56:57:21:22:0.278481:13:8:28:28:14:8:28:29 chr2 96517452 . T C 101.81 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00895287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.575;QD=3.91571;RBI=0.00906762;REFB=-0.0043097;REVB=-0.00143801;RO=85;SAF=4;SAR=14;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257699;STB=0.668138;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0197506;OID=.;OPOS=96517452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:85:86:18:18:0.173077:14:4:34:51:14:4:34:52 chr2 96517471 . A G 95.24 PASS AF=0.163636;AO=18;DP=110;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0904443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.302;QD=3.46324;RBI=0.0904647;REFB=-0.00500855;REVB=-0.00192219;RO=91;SAF=6;SAR=12;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702906;STB=0.542997;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00348733;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:110:110:91:92:18:18:0.163636:12:6:35:56:12:6:35:57 chr2 96517474 . G A 86.52 PASS AF=0.153153;AO=17;DP=111;FAO=17;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0309062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.283;QD=3.11774;RBI=0.0318336;REFB=-0.00167545;REVB=-0.00762775;RO=94;SAF=5;SAR=12;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137673;STB=0.593524;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0166898;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:111:111:94:94:17:17:0.153153:12:5:37:57:12:5:37:57 chr2 96517484 . T G 107.08 PASS AF=0.172414;AO=20;DP=116;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0460774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7572;QD=3.69241;RBI=0.089226;REFB=-0.00335375;REVB=0.0764078;RO=96;SAF=8;SAR=12;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823998;STB=0.505371;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0187117;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:96:96:20:20:0.172414:12:8:39:57:12:8:39:57 chr2 96517502 . A C 138.35 PASS AF=0.209091;AO=20;DP=109;FAO=23;FDP=110;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.00731428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.645;QD=5.03084;RBI=0.00788383;REFB=0.000776676;REVB=0.00294214;RO=86;SAF=7;SAR=13;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916288;STB=0.527844;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0124112;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:86:87:20:23:0.209091:13:7:36:50:14:9:37:50 chr2 96517518 . A G 182.77 PASS AF=0.254717;AO=26;DP=104;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0577852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2933;QD=6.89692;RBI=0.0582405;REFB=-0.0059866;REVB=0.00726836;RO=78;SAF=8;SAR=18;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154235;STB=0.577122;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0515519;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:78:79:26:27:0.254717:18:8:33:45:18:9:34:45 chr2 96517882 . G A 263.66 PASS AF=0.236994;AO=41;DP=173;FAO=41;FDP=173;FR=.;FRO=132;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.0314721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.852;QD=6.09618;RBI=0.0325215;REFB=-0.0121044;REVB=0.00819466;RO=129;SAF=16;SAR=25;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960657;STB=0.550381;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0179362;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:129:132:41:41:0.236994:25:16:60:69:25:16:60:72 chr2 96517885 . G A 465.13 PASS AF=0.347305;AO=58;DP=168;FAO=58;FDP=167;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0100978;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.99;QD=11.1409;RBI=0.0219965;REFB=-0.00939411;REVB=-0.0195418;RO=103;SAF=23;SAR=35;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797957;STB=0.553662;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0328004;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:103:109:58:58:0.347305:35:23:48:55:35:23:52:57 chr2 96519500 . C T 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00555331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.052;QD=3.69418;RBI=0.0565811;REFB=0.00419063;REVB=-0.0563079;RO=55;SAF=8;SAR=3;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174538;STB=0.618966;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0176755;OID=.;OPOS=96519500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:3:8:33:22:3:8:33:22 chr2 96519520 . G A 51.5 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00461554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.847;QD=2.36768;RBI=0.0759844;REFB=-0.000928198;REVB=-0.0758441;RO=76;SAF=8;SAR=3;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282505;STB=0.703484;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0135706;OID=.;OPOS=96519520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:3:8:38:38:3:8:38:38 chr2 96519587 . TG CA 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00501484;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=135.19;QD=1.97305;RBI=0.00670036;REFB=0.00108512;REVB=-0.00444367;RO=78;SAF=8;SAR=2;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357896;STB=0.773015;STBP=0.094;TYPE=mnp;VARB=-0.0162565;OID=.;OPOS=96519587;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:78:79:10:10:0.11236:2:8:40:38:2:8:40:39 chr2 96521297 . T C 48.88 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0755221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.519;QD=13.9652;RBI=0.0892814;REFB=0.0309045;REVB=0.0476192;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.017505;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr2 96521455 . A G 34.04 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0270268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.506;QD=1.72345;RBI=0.0366679;REFB=3.12974e-05;REVB=0.0247809;RO=71;SAF=4;SAR=4;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158432;STB=0.61997;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000300793;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:4:4:45:26:4:4:45:26 chr2 96521481 . C T 44.05 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0363408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.935;QD=2.00218;RBI=0.0498981;REFB=-0.00598366;REVB=-0.0341931;RO=76;SAF=6;SAR=4;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260792;STB=0.521084;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.066266;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:76:78:10:10:0.113636:4:6:44:32:4:6:45:33 chr2 96521483 . TG CA 39.69 PASS AF=0.102273;AO=8;DP=89;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.00352123;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.254;QD=1.80408;RBI=0.0204613;REFB=-0.00191614;REVB=-0.020156;RO=78;SAF=4;SAR=4;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103413;STB=0.536003;STBP=0.816;TYPE=mnp;VARB=0.0534241;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:89:88:78:79:8:9:0.102273:4:4:46:32:4:5:47:32 chr2 96521486 . GA AA,AC 66.47 PASS AF=0.105263,0.0421053;AO=10,4;DP=97;FAO=10,4;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=7,2;FSAR=3,2;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0146528,0.04384;FXX=0.0206164;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=224.505,105.486;QD=2.79891;RBI=0.0311681,0.0439711;REFB=-0.00738986,0.0153269;REVB=-0.027509,0.00339309;RO=67;SAF=7,2;SAR=3,2;SRF=36;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20544,-0.0351537;STB=0.604099,0.587809;STBP=0.528,0.663;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0376327,-0.0300072;OID=.,.;OPOS=96521486,96521486;OREF=G,GA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:97:95:67:81:10,4:10,4:0.105263,0.0421053:3,2:7,2:36:31:3,2:7,2:48:33 chr2 96521512 . A C 99.28 PASS AF=0.152672;AO=20;DP=131;FAO=20;FDP=131;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.0216152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9188;QD=3.0314;RBI=0.0385956;REFB=0.00239735;REVB=0.031975;RO=111;SAF=15;SAR=5;SRF=70;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174444;STB=0.618707;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0147804;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:111:111:20:20:0.152672:5:15:70:41:5:15:70:41 chr2 96521548 . G A 82.2 PASS AF=0.119048;AO=20;DP=169;FAO=20;FDP=168;FR=.;FRO=148;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=85;FSRR=63;FWDB=-0.00392268;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.801;QD=1.95721;RBI=0.0101939;REFB=-0.0048732;REVB=-0.00940895;RO=148;SAF=16;SAR=4;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309682;STB=0.726041;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0272158;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:169:168:148:148:20:20:0.119048:4:16:85:63:4:16:85:63 chr2 96521556 . T C 45.53 PASS AF=0.0819672;AO=15;DP=183;FAO=15;FDP=183;FR=.;FRO=168;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=90;FSRR=78;FWDB=-0.0111124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.548;QD=0.995119;RBI=0.0232769;REFB=-0.00261271;REVB=-0.0204531;RO=165;SAF=10;SAR=5;SRF=87;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162728;STB=0.623891;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0237318;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:183:183:165:168:15:15:0.0819672:5:10:87:78:5:10:90:78 chr2 96521607 . GGT CAC 36.92 PASS AF=0.0693069;AO=13;DP=199;FAO=14;FDP=202;FR=.;FRO=188;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=95;FSRR=93;FWDB=0.00229538;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=223.137;QD=0.731043;RBI=0.00469901;REFB=-3.75556e-05;REVB=0.00410023;RO=181;SAF=9;SAR=4;SRF=90;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210031;STB=0.697555;STBP=0.136;TYPE=mnp;VARB=0.00308263;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:199:202:181:188:13:14:0.0693069:4:9:90:91:4:10:95:93 chr2 96523096 . T C 1340.02 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.487;QD=62.3265;RBI=0.0116001;REFB=0;REVB=0.00390774;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24717e-05;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:38:48:0:0 chr2 96525643 . T C 53.72 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00610408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.486;QD=2.65265;RBI=0.00652213;REFB=-0.00367195;REVB=0.00229748;RO=69;SAF=3;SAR=8;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179148;STB=0.622879;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0335124;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:80:81:69:70:11:11:0.135802:8:3:28:41:8:3:28:42 chr2 96525652 . T C 91.85 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00361605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.805;QD=4.12809;RBI=0.0250783;REFB=-0.00724015;REVB=-0.0248163;RO=72;SAF=4;SAR=12;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232813;STB=0.649481;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0391629;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:72:73:16:16:0.179775:12:4:30:42:12:4:30:43 chr2 96525718 . G T 78.31 PASS AF=0.133858;AO=17;DP=127;FAO=17;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0141951;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.305;QD=2.46643;RBI=0.0213584;REFB=-0.00147866;REVB=0.0159587;RO=91;SAF=5;SAR=12;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283698;STB=0.695745;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00827387;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:127:127:91:110:17:17:0.133858:12:5:47:44:12:5:57:53 chr2 96525723 . C T 83.09 PASS AF=0.136364;AO=17;DP=131;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.00195825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.486;QD=2.51775;RBI=0.0121557;REFB=-0.000374744;REVB=-0.0119969;RO=112;SAF=5;SAR=12;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280903;STB=0.71586;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00451126;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:131:132:112:114:17:18:0.136364:12:5:58:54:13:5:60:54 chr2 96525736 . T C 60.18 PASS AF=0.110294;AO=15;DP=136;FAO=15;FDP=136;FR=.;FRO=121;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0114035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.558;QD=1.76991;RBI=0.0207225;REFB=-0.0010457;REVB=-0.0173026;RO=120;SAF=5;SAR=10;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22309;STB=0.659884;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0438877;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:136:136:120:121:15:15:0.110294:10:5:62:58:10:5:62:59 chr2 96525750 . T A 58.13 PASS AF=0.104895;AO=15;DP=143;FAO=15;FDP=143;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=0.0179825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.53;QD=1.6261;RBI=0.0269234;REFB=0.00101057;REVB=-0.0200375;RO=128;SAF=5;SAR=10;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202217;STB=0.65074;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00886092;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:143:143:128:128:15:15:0.104895:10:5:64:64:10:5:64:64 chr2 96525755 . A T 57.9 PASS AF=0.10274;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=-0.0295854;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.306;QD=1.58636;RBI=0.0298506;REFB=-0.00275134;REVB=-0.00397053;RO=127;SAF=5;SAR=10;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215722;STB=0.647949;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0284544;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:147:146:127:131:15:15:0.10274:10:5:65:62:10:5:65:66 chr2 96548068 . C T 1618.89 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0582041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.952;QD=57.8174;RBI=0.0590105;REFB=-0.0243137;REVB=-0.00972253;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077189;STB=0.500985;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=7.11443e-05;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:109:110:0.982143:61:48:0:1:61:49:1:1 chr2 96563206 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.082;QD=50.4134;RBI=0.0617932;REFB=0;REVB=0.0347686;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112788;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 96581940 . G A 450.34 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.047307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.064;QD=16.9939;RBI=0.0478162;REFB=0.00206941;REVB=0.00695946;RO=56;SAF=33;SAR=15;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141026;STB=0.57869;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00417658;OID=.;OPOS=96581940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:48:49:0.462264:15:33:31:25:15:34:32:25 chr2 96583735 . A C 583.19 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0284534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.773;QD=54.2506;RBI=0.0642744;REFB=-0.114821;REVB=0.0576333;RO=2;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492943;STB=0.515215;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00826985;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:2:3:40:40:0.930233:18:22:0:2:18:22:1:2 chr2 96587496 . C T 666.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.422;QD=61.9764;RBI=0.0579243;REFB=0;REVB=0.0337942;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130064;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:30:12:0:0:31:12:0:0 chr2 96593000 . A G 103.79 PASS AF=0.12973;AO=24;DP=185;FAO=24;FDP=185;FR=.;FRO=161;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=-0.0210736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.01;QD=2.24414;RBI=0.0212985;REFB=-0.00759868;REVB=0.00308717;RO=161;SAF=9;SAR=15;SRF=83;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176843;STB=0.622361;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0461394;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:161:161:24:24:0.12973:15:9:83:78:15:9:83:78 chr2 96593016 . C A 170.56 PASS AF=0.162679;AO=34;DP=209;FAO=34;FDP=209;FR=.;FRO=175;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=93;FSRR=82;FWDB=-0.0833079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.037;QD=3.26421;RBI=0.103896;REFB=-0.014767;REVB=-0.0620815;RO=161;SAF=13;SAR=21;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217329;STB=0.624331;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0530516;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:161:175:34:34:0.162679:21:13:89:72:21:13:93:82 chr2 96593025 . C T 200.49 PASS AF=0.175926;AO=36;DP=214;FAO=38;FDP=216;FR=.;FRO=178;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=97;FSRR=81;FWDB=-0.0226033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.732;QD=3.71281;RBI=0.0294427;REFB=-0.00544448;REVB=-0.018867;RO=177;SAF=14;SAR=22;SRF=97;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203354;STB=0.644337;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0398228;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:177:178:36:38:0.175926:22:14:97:80:24:14:97:81 chr2 96593100 . G A 89.8 PASS AF=0.125749;AO=21;DP=166;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=85;FSRR=61;FWDB=-0.0431382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1209;QD=2.1508;RBI=0.0635027;REFB=-0.00125626;REVB=-0.0466014;RO=144;SAF=9;SAR=12;SRF=83;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18334;STB=0.631811;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00573405;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:166:167:144:146:21:21:0.125749:12:9:83:61:12:9:85:61 chr2 96593108 . T G 114.86 PASS AF=0.147239;AO=24;DP=165;FAO=24;FDP=163;FR=.;FRO=139;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=80;FSRR=59;FWDB=0.0316196;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5874;QD=2.81859;RBI=0.0506037;REFB=-0.00849844;REVB=0.0395087;RO=139;SAF=10;SAR=14;SRF=80;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199762;STB=0.633058;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0561673;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:139:139:24:24:0.147239:14:10:80:59:14:10:80:59 chr2 96593118 . T A 114.18 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=-0.0102083;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5819;QD=2.96568;RBI=0.0193301;REFB=0.0079637;REVB=0.0164148;RO=129;SAF=10;SAR=13;SRF=73;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165449;STB=0.609282;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0369016;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:129:131:23:23:0.149351:13:10:73:56:13:10:74:57 chr2 96593174 . A T 35.59 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.0466093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.321;QD=1.22727;RBI=0.0493469;REFB=-0.000793261;REVB=-0.0162077;RO=106;SAF=4;SAR=6;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176523;STB=0.640404;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00393531;OID=.;OPOS=96593174;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:106:106:10:10:0.0862069:6:4:59:47:6:4:59:47 chr2 96594958 . G A 92.46 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0249421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4517;QD=9.24583;RBI=0.0249623;REFB=-0.008402;REVB=0.00100417;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02836;STB=0.517213;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0299271;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:11:17:7:5:11:17 chr2 96594966 . T G 233.36 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0872627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9179;QD=24.5644;RBI=0.121345;REFB=-0.019567;REVB=0.0843201;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945677;STB=0.552584;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0178267;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:6:10:11:11:6:10 chr2 96595032 . A T 288.86 PASS AF=0.694444;AO=23;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.017622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.414;QD=32.0954;RBI=0.0202403;REFB=-0.0295575;REVB=0.00995669;RO=11;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145812;STB=0.563708;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0133188;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:11:11:23:25:0.694444:11:12:3:8:13:12:3:8 chr2 96595037 . TAATC T 51.64 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00652828;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=4;MLLD=204.305;QD=5.90177;RBI=0.0173853;REFB=-0.0275615;REVB=-0.0161131;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24183;STB=0.599808;STBP=0.501;TYPE=del;VARB=0.0679503;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:36:10:35:25:5:5:9:16:51:21:5:5:6:15 chr2 96601240 . G A 114.17 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0152084;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7011;QD=15.2227;RBI=0.0165844;REFB=-0.0148377;REVB=-0.00661422;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133757;STB=0.578814;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0156998;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:4:13:11:2:4:13 chr2 96601345 . T C 204.81 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=49;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00335257;FXX=0.244848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.334;QD=22.1417;RBI=0.0271897;REFB=-0.00693609;REVB=0.0269822;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257931;STB=0.680651;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0115114;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:37:13:18:16:19:0.513514:12:4:7:6:14:5:11:7 chr2 96601364 . C T 247.07 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00859745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.932;QD=24.7074;RBI=0.0369301;REFB=0.0046222;REVB=-0.0359154;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194558;STB=0.613637;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00453445;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:12:10:12:5:13:10:12:5 chr2 96604591 . A G 1637.63 PASS AF=0.553957;AO=152;DP=276;FAO=154;FDP=278;FR=.;FRO=124;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.0214998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.972;QD=23.563;RBI=0.0237214;REFB=-0.0190122;REVB=0.0100232;RO=123;SAF=85;SAR=67;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724269;STB=0.540621;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0127423;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:123:124:152:154:0.553957:67:85:58:65:68:86:58:66 chr2 96604606 . C A 146.36 PASS AF=0.124138;AO=36;DP=290;FAO=36;FDP=290;FR=.;FRO=254;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=132;FSRR=122;FWDB=-0.0323053;FXX=0.00343631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.59;QD=2.01881;RBI=0.0366831;REFB=0.000972065;REVB=-0.0173787;RO=254;SAF=21;SAR=15;SRF=132;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808752;STB=0.556233;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00990781;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:254:254:36:36:0.124138:15:21:132:122:15:21:132:122 chr2 96604632 . A T 1232.18 PASS AF=0.468864;AO=128;DP=273;FAO=128;FDP=273;FR=.;FRO=145;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=80;FSRR=65;FWDB=-0.021511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2584;QD=18.0539;RBI=0.0215615;REFB=-0.0183296;REVB=0.00147453;RO=144;SAF=71;SAR=57;SRF=80;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000843498;STB=0.501592;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0285592;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:144:145:128:128:0.468864:57:71:80:64:57:71:80:65 chr2 96604730 . T C 105.87 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0151617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165;QD=6.61658;RBI=0.0152005;REFB=-0.0103711;REVB=-0.0010853;RO=48;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203855;STB=0.627102;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0350249;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:12:4:19:29:12:4:19:29 chr2 96606944 . C T 142.18 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0151632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3558;QD=14.218;RBI=0.0184271;REFB=0.00510546;REVB=-0.0104706;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196554;STB=0.612549;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0221574;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:5:19:10:6:5:19 chr2 96610399 . C A 117.46 PASS AF=0.193878;AO=19;DP=100;FAO=19;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00419838;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.344;QD=4.79432;RBI=0.00447048;REFB=-0.000890142;REVB=0.00153583;RO=81;SAF=6;SAR=13;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171428;STB=0.618918;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00272279;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:81:79:19:19:0.193878:13:6:36:45:13:6:36:43 chr2 96610410 . T A 98.66 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00784599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.393;QD=4.15421;RBI=0.00800239;REFB=0.00447304;REVB=0.00157438;RO=78;SAF=6;SAR=11;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929227;STB=0.560711;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00616285;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:78:78:17:17:0.178947:11:6:33:45:11:6:33:45 chr2 96610413 . C T 34.75 PASS AF=0.107143;AO=18;DP=94;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.000946152;FXX=0.106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.393;QD=1.65473;RBI=0.00960686;REFB=-0.00689253;REVB=0.00956016;RO=75;SAF=6;SAR=12;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124453;STB=0.693228;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0889084;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:94:84:75:75:18:9:0.107143:12:6:32:43:7:2:31:44 chr2 96610420 . G T 107.42 PASS AF=0.193548;AO=16;DP=91;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0267596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.929;QD=4.62023;RBI=0.0269018;REFB=-9.52684e-05;REVB=0.0027623;RO=74;SAF=4;SAR=12;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219213;STB=0.558073;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000514171;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:74:75:16:18:0.193548:12:4:30:44:12:6:30:45 chr2 96610455 . C A 42.72 PASS AF=0.125;AO=8;DP=71;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00230442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.504;QD=2.37311;RBI=0.00284825;REFB=-0.00379296;REVB=-0.00167396;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205263;STB=0.574088;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0178758;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:71:72:59:63:8:9:0.125:6:2:24:35:6:3:26:37 chr2 96610899 . T C 1279.84 PASS AF=0.6;AO=114;DP=190;FAO=114;FDP=190;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00766892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3269;QD=26.944;RBI=0.0231161;REFB=-0.024281;REVB=-0.021807;RO=75;SAF=40;SAR=74;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168946;STB=0.589314;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0235114;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:75:76:114:114:0.6:74:40:43:32:74:40:43:33 chr2 96610921 . T G 1395.13 PASS AF=0.62069;AO=126;DP=203;FAO=126;FDP=203;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=82;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.0171666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.555;QD=27.4903;RBI=0.0182601;REFB=-0.00494778;REVB=-0.00622406;RO=77;SAF=44;SAR=82;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189121;STB=0.602243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00450175;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:77:77:126:126:0.62069:82:44:47:30:82:44:47:30 chr2 96610923 . C G 64.15 PASS AF=0.0935961;AO=19;DP=203;FAO=19;FDP=203;FR=.;FRO=184;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=101;FWDB=-0.0307472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.642;QD=1.26397;RBI=0.0345327;REFB=-0.0023256;REVB=-0.0157199;RO=184;SAF=8;SAR=11;SRF=83;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361347;STB=0.527646;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0151442;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:203:203:184:184:19:19:0.0935961:11:8:83:101:11:8:83:101 chr2 96616485 . C G 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00453255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.82;QD=2.65215;RBI=0.0681171;REFB=-0.00439968;REVB=0.0679661;RO=70;SAF=2;SAR=9;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458132;STB=0.821246;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0159643;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:9:2:39:31:9:2:39:31 chr2 96616506 . GC CA 58.09 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0665102;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.375;QD=3.27288;RBI=0.0695252;REFB=3.8546e-05;REVB=-0.020252;RO=59;SAF=2;SAR=9;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481707;STB=0.82984;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=-0.00224304;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:59:60:11:11:0.15493:9:2:34:25:9:2:35:25 chr2 96616532 . T G 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0191195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.004;QD=2.79773;RBI=0.0196686;REFB=-0.00165166;REVB=-0.00461505;RO=49;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548681;STB=0.899476;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0256766;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:49:57:9:9:0.136364:8:1:27:22:8:1:34:23 chr2 96617106 . A C 34.97 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.00212742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.063;QD=1.18549;RBI=0.0224994;REFB=-0.00570843;REVB=-0.0223986;RO=107;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371378;STB=0.533831;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0590017;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:118:107:108:10:10:0.0847458:5:5:50:57:5:5:50:58 chr2 96617111 . G A 34.02 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.0490487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.676;QD=1.12463;RBI=0.0564199;REFB=0.00386042;REVB=-0.0278823;RO=108;SAF=5;SAR=5;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844082;STB=0.553613;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0739651;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:121:108:111:10:10:0.0826446:5:5:46:62:5:5:49:62 chr2 96617113 . G A 33.76 PASS AF=0.0819672;AO=10;DP=121;FAO=10;FDP=122;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.0157787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.313;QD=1.10697;RBI=0.0384383;REFB=-0.00104012;REVB=-0.0350505;RO=111;SAF=5;SAR=5;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661509;STB=0.557264;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0200552;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:121:122:111:112:10:10:0.0819672:5:5:49:62:5:5:49:63 chr2 96617125 . T C 31.84 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=127;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=0.013696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3136;QD=0.987233;RBI=0.0148777;REFB=0.00349654;REVB=0.00581075;RO=117;SAF=5;SAR=5;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071601;STB=0.558025;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0434507;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:127:129:117:119:10:10:0.0775194:5:5:51:66:5:5:52:67 chr2 96617132 . T C 30.6 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=134;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.00503359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.709;QD=0.913479;RBI=0.0321995;REFB=-0.00205702;REVB=-0.0318036;RO=124;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890937;STB=0.574481;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0264435;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:134:134:124:124:10:10:0.0746269:5:5:52:72:5:5:52:72 chr2 96617155 . A G 32.8 PASS AF=0.0743243;AO=11;DP=148;FAO=11;FDP=148;FR=.;FRO=137;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=83;FWDB=0.0295763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0875;QD=0.886361;RBI=0.0480836;REFB=-0.00044366;REVB=0.0379114;RO=135;SAF=4;SAR=7;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252657;STB=0.529971;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00614992;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:148:148:135:137:11:11:0.0743243:7:4:52:83:7:4:54:83 chr2 96619688 . T G 80.61 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00597524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.329;QD=7.67748;RBI=0.00612862;REFB=-0.00958276;REVB=0.00136254;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215255;STB=0.599829;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0206443;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:31:31:10:11:0.261905:5:5:21:10:5:6:21:10 chr2 96619734 . C T 62.91 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0353531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0877;QD=5.59199;RBI=0.0381052;REFB=0.00206559;REVB=-0.0142184;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588204;STB=0.895512;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00357667;OID=.;OPOS=96619734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:45:45:35:35:6:6:0.133333:5:1:25:10:5:1:25:10 chr2 96626292 . C T 270.49 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.04;QD=51.5221;RBI=0.0464188;REFB=0;REVB=0.0330925;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303225;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr2 96789787 . T C 888.54 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634222;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.916;QD=58.2647;RBI=0.0512094;REFB=0;REVB=0.0508151;RO=0;SAF=48;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32104e-05;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:13:48:0:0:13:48:0:0 chr2 96795608 . T G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5574;QD=61.6779;RBI=0.0885812;REFB=0;REVB=-0.0542039;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181084;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr2 96795714 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.071;QD=62.6695;RBI=0.04037;REFB=0;REVB=0.0327225;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291898;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr2 96795857 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.603;QD=57.6807;RBI=0.0698758;REFB=0;REVB=0.0500649;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378327;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr2 96809331 . T C 1462.81 PASS AF=0.971154;AO=99;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0139294;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.476;QD=56.262;RBI=0.0201527;REFB=-0.0406534;REVB=0.0145637;RO=2;SAF=67;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756411;STB=0.510582;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00271942;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:2:3:99:101:0.971154:32:67:1:1:34:67:1:2 chr2 96917588 . T G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.607;QD=57.5453;RBI=0.010183;REFB=0;REVB=-0.00253643;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78566e-05;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr2 96944553 . G A 306.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6462;QD=53.2501;RBI=0.0367605;REFB=0;REVB=-0.0307676;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163352;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 96947657 . GCCCC GCCCG,GCCC 172.63 PASS AF=0,0.731707;AO=2,20;DP=41;FAO=0,30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=0,17;FSAR=0,13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00394775,0.103991;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=43.6729,9.47624;QD=16.8422;RBI=0.0182111,0.270736;REFB=-0.0241452,-0.205657;REVB=0.0177781,0.249968;RO=18;SAF=0,11;SAR=2,9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0.345756;SSEP=0,0;SSSB=-0.571416,-0.0523046;STB=0.5,0.530357;STBP=1,0.539;TYPE=snp,del;VARB=0,0.147424;OID=.,.;OPOS=96947661,96947658;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.731707:2,20:41:0,30:41:11:0,17:0,13:5:6:31:18:0,11:2,9:11:7 chr2 97166204 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.079;QD=59.0098;RBI=0.0499358;REFB=0;REVB=-0.0105335;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193878;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 97217273 . AGCCCCCA AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA 238.95 PASS AF=0.491071,0.0446429,0;AO=46,6,7;DP=115;FAO=55,5,0;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=11,5,0;FSAR=44,0,0;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0625881,-0.0432659,0.00858473;FXX=0.0260847;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=9.73059,194.42,15.6051;QD=8.53392;RBI=0.070041,0.0483664,0.0590111;REFB=-0.147899,-0.0110378,-0.0742831;REVB=-0.0314398,-0.0216187,-0.0583834;RO=44;SAF=7,6,2;SAR=39,0,5;SRF=12;SRR=32;SSEN=0.5625,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.176183,0.730767,0.0192955;STB=0.586353,0.998459,0.5;STBP=0.096,0.001,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.14545,0.0985808,0;OID=.,.,.;OPOS=97217275,97217279,97217273;OREF=C,CA,AGC;OALT=-,AC,CAG;OMAPALT=AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:44:52:46,6,7:55,5,0:0.491071,0.0446429,0:39,0,5:7,6,2:12:32:44,0,0:11,5,0:17:35 chr2 97351840 . A G 128.43 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0300995;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.762;QD=11.6751;RBI=0.0304963;REFB=-0.00864228;REVB=-0.00490336;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271395;STB=0.666465;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0154722;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:8:20:7:8:8:21 chr2 97493877 . T C 581.35 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00581369;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7389;QD=24.7381;RBI=0.0122761;REFB=-0.00885457;REVB=0.0108121;RO=40;SAF=19;SAR=34;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761835;STB=0.537363;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00541801;OID=.;OPOS=97493877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:40:41:53:53:0.56383:34:19:18:22:34:19:18:23 chr2 97527011 . C T 333.24 PASS AF=0.545455;AO=32;DP=64;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000536197;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.408;QD=20.1961;RBI=0.0840572;REFB=0.0120575;REVB=0.0840555;RO=28;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139327;STB=0.534864;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00202178;OID=.;OPOS=97527011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:28:30:32:36:0.545455:10:22:15:13:13:23:17:13 chr2 97559759 . G A 553.04 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8067;QD=56.7221;RBI=0.039582;REFB=-0.0744718;REVB=-0.0231407;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00129586;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:0:1:37:38:0.974359:11:26:0:0:11:27:0:1 chr2 97613616 . T C 32.04 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0191561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.953;QD=4.7463;RBI=0.0279527;REFB=-0.00218862;REVB=-0.0203568;RO=21;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250532;STB=0.592295;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00753569;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:27:27:21:21:5:6:0.222222:3:2:13:8:3:3:13:8 chr2 97617140 . T C 84.16 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0330914;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6805;QD=19.8023;RBI=0.0634255;REFB=-0.0946496;REVB=0.0541087;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.562377;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0333143;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:5:6:8:10:0.588235:3:5:2:3:5:5:2:4 chr2 97643663 . T TTCA 93.48 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0213315;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=3;MLLD=199.223;QD=15.5794;RBI=0.02319;REFB=-0.01866;REVB=-0.00909633;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355892;STB=0.666389;STBP=0.195;TYPE=ins;VARB=0.0184623;OID=.;OPOS=97643664;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:11:28:11:24:13:5:6:10:3:93:16:5:6:13:3 chr2 97820417 . T G 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00698283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.378;QD=2.22;RBI=0.0326877;REFB=-0.00236957;REVB=0.0319332;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299861;STB=0.739937;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00736444;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:1:6:36:19:1:6:36:19 chr2 97820430 . CC TA 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0141443;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.9;QD=2.09326;RBI=0.0478407;REFB=-0.00134281;REVB=-0.045702;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320051;STB=0.757764;STBP=0.204;TYPE=mnp;VARB=0.014479;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:1:6:36:21:1:6:36:21 chr2 97820434 . T G 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00956833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.804;QD=2.03401;RBI=0.0100643;REFB=-0.000135071;REVB=-0.00312052;RO=58;SAF=6;SAR=1;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312937;STB=0.753442;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000502958;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:1:6:37:21:1:6:37:21 chr2 97820478 . G A 38.36 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0398348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5035;QD=2.8414;RBI=0.0443324;REFB=-0.00552695;REVB=-0.0194565;RO=47;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419719;STB=0.815581;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0435897;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:1:6:25:22:1:6:25:22 chr2 97820489 . C G 31.26 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0181302;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.305;QD=2.359;RBI=0.0285788;REFB=-0.0175248;REVB=-0.0220917;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332721;STB=0.792053;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0751659;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:43:47:6:6:0.113208:1:5:25:18:1:5:25:22 chr2 97820493 . T C 39.32 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0249865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.475;QD=3.0249;RBI=0.0351904;REFB=-0.00116787;REVB=-0.0247799;RO=45;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421016;STB=0.81383;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0130678;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:1:6:24:21:1:6:24:21 chr2 97827839 . G A 265.42 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00249668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8825;QD=13.2712;RBI=0.00918685;REFB=-5.12684e-05;REVB=-0.00884108;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122414;STB=0.576652;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000101501;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:12:19:24:24:12:19:24:25 chr2 97828982 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0213162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.398;QD=11.9197;RBI=0.0228836;REFB=-0.00502069;REVB=-0.00832346;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00590501;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr2 97830053 . A G 32.68 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00503523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.605;QD=2.78128;RBI=0.0154514;REFB=-0.00887312;REVB=-0.0146079;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13284;STB=0.531809;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0506192;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:36:41:6:6:0.12766:3:3:22:14:3:3:22:19 chr2 97833342 . G A 308.35 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0100563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.412;QD=28.0315;RBI=0.0114895;REFB=-0.00295866;REVB=-0.00555686;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307799;STB=0.516982;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00100197;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:7:10:17:10:7:10 chr2 97833361 . A G 51.62 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0518223;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.37;QD=8.25948;RBI=0.0519468;REFB=-0.0106194;REVB=-0.00359329;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.555401;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0272226;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:25:14:17:7:7:0.28:4:3:4:10:4:3:6:11 chr2 97833466 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0395874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.075;QD=16.5035;RBI=0.0399966;REFB=-0.00806547;REVB=0.00570683;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633213;STB=0.535687;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00940625;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:17:13:13:13:17:13 chr2 97852956 . C T 63.73 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0837148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6205;QD=9.10443;RBI=0.0845683;REFB=-0.026723;REVB=-0.0119845;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819986;STB=0.583135;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0485249;OID=.;OPOS=97852956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:18:19:9:9:0.321429:7:2:5:13:7:2:6:13 chr2 97854867 . G A 345.52 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.036358;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.707;QD=18.9324;RBI=0.038207;REFB=-0.00974115;REVB=-0.0117416;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189901;STB=0.606612;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00904106;OID=.;OPOS=97854867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:37:36:36:0.493151:23:13:20:15:23:13:21:16 chr2 97858649 . G T 32.98 PASS AF=0.139535;AO=7;DP=42;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.024421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3679;QD=3.06815;RBI=0.0270652;REFB=-0.0106515;REVB=-0.0116681;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342425;STB=0.673909;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0473408;OID=.;OPOS=97858649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:43:35:37:7:6:0.139535:3:4:10:25:3:3:11:26 chr2 97858652 . TG CA 30.1 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00750837;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.341;QD=2.86698;RBI=0.0218688;REFB=-0.00993425;REVB=-0.0205395;RO=36;SAF=3;SAR=2;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302819;STB=0.64242;STBP=0.495;TYPE=mnp;VARB=0.0506925;OID=.;OPOS=97858652;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:42:42:36:36:5:6:0.142857:2:3:12:24:3:3:12:24 chr2 97860471 . C T 595.17 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.000970682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.719;QD=20.883;RBI=0.0294543;REFB=-0.00412494;REVB=-0.0294383;RO=54;SAF=29;SAR=31;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046232;STB=0.525415;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00742696;OID=.;OPOS=97860471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:31:29:29:25:31:29:29:25 chr2 97873515 . C T 79.37 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0423852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0418;QD=6.90161;RBI=0.124681;REFB=-0.0081865;REVB=-0.117255;RO=35;SAF=10;SAR=1;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47324;STB=0.813243;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0172278;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:1:10:22:13:1:10:22:13 chr2 97877292 . C A 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0177182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.872;QD=17.7288;RBI=0.0222748;REFB=-0.00770585;REVB=0.0134992;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211913;STB=0.621118;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0134696;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:11:8:11:6:11:8 chr2 97877399 . T C 348.19 PASS AF=0.4;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0271789;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.01;QD=14.6606;RBI=0.0278435;REFB=-0.0167639;REVB=0.00604678;RO=57;SAF=19;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649632;STB=0.536823;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0194261;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:57:57:38:38:0.4:19:19:32:25:19:19:32:25 chr2 97884763 . T C 144.14 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00833926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.804;QD=8.60537;RBI=0.0464606;REFB=-0.0230807;REVB=0.0457061;RO=47;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268726;STB=0.658247;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.038592;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:11:9:32:15:11:9:32:15 chr2 98128172 . C A 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0401376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.617;QD=11.8803;RBI=0.0597008;REFB=0.00111322;REVB=-0.0441945;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189876;STB=0.610964;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00542313;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:28:15:15:0.348837:9:6:15:11:9:6:16:12 chr2 98128194 . GGT CAC 218.45 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00894695;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=3;MLLD=186.653;QD=15.6035;RBI=0.00906178;REFB=0.00752002;REVB=-0.00143805;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205896;STB=0.507457;STBP=0.951;TYPE=mnp;VARB=-0.0117019;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:31:25:25:0.446429:10:15:18:11:10:15:19:12 chr2 98128228 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0177336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.212;QD=8.06786;RBI=0.0336543;REFB=-0.0146035;REVB=-0.028603;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360108;STB=0.716998;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0564978;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:7:5:24:9:7:5:24:9 chr2 98128256 . C T 267.19 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0450124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.632;QD=28.1251;RBI=0.0461385;REFB=-0.0279093;REVB=-0.0101317;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292365;STB=0.504501;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00483456;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:10:14:7:6:10:14:8:6 chr2 98128258 . G C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0258783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.901;QD=29.9651;RBI=0.0276986;REFB=-0.0200414;REVB=0.00987545;RO=13;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394779;STB=0.521722;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0109503;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:10:15:7:6:10:15:7:6 chr2 98128300 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0362099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.392;QD=11.9531;RBI=0.052795;REFB=-0.0179497;REVB=0.0384208;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0260813;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:8:3:5:3:8:3 chr2 98128313 . G A 54.77 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0293578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.755;QD=15.6491;RBI=0.0324551;REFB=-0.00345963;REVB=0.0138365;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363051;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0144024;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:13:14:5:6:7:8:0.571429:2:5:1:4:2:6:2:4 chr2 98158418 . G A 125.62 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0488888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.67;QD=19.3267;RBI=0.0508184;REFB=-0.00874821;REVB=-0.0138706;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387481;STB=0.728565;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0124321;OID=.;OPOS=98158418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:3:10:4:8:3:11:4:8 chr2 98166021 . T C 1252.35 PASS AF=0.311195;AO=163;DP=522;FAO=164;FDP=527;FR=.;FRO=363;FSAF=101;FSAR=63;FSRF=221;FSRR=142;FWDB=0.00738586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.77;QD=9.5055;RBI=0.012362;REFB=-0.0129951;REVB=-0.00991304;RO=357;SAF=100;SAR=63;SRF=220;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346465;STB=0.50511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.029223;OID=.;OPOS=98166021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:527:357:363:163:164:0.311195:63:100:220:137:63:101:221:142 chr2 98167835 . T G 715.56 PASS AF=0.518248;AO=69;DP=135;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0117046;FXX=0.021427;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.811;QD=20.8922;RBI=0.0119129;REFB=-0.0372243;REVB=0.00221809;RO=63;SAF=42;SAR=27;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502769;STB=0.507879;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0245103;OID=.;OPOS=98167835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:63:66:69:71:0.518248:27:42:38:25:28:43:41:25 chr2 98177121 . A G 481.12 PASS AF=0.4;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0101082;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.931;QD=14.2554;RBI=0.0139345;REFB=-0.00758429;REVB=0.00959143;RO=81;SAF=16;SAR=38;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35533;STB=0.700531;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0104614;OID=.;OPOS=98177121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:81:81:54:54:0.4:38:16:51:30:38:16:51:30 chr2 98201558 . GCCT GCCC,GCT 760.27 PASS AF=0.415094,0.358491;AO=34,34;DP=105;FAO=44,38;FDP=106;FR=.;FRO=24;FSAF=17,0;FSAR=27,38;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.00717403,0.0300085;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=259.728,18.6821;QD=28.6892;RBI=0.0079365,0.100368;REFB=-0.0281051,-0.0388068;REVB=0.00339432,0.0957768;RO=27;SAF=16,0;SAR=18,34;SRF=21;SRR=6;SSEN=0,0.438449;SSEP=0,0;SSSB=-0.244348,-0.878805;STB=0.667895,0.999652;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.027366,0.18033;OID=.,.;OPOS=98201561,98201559;OREF=T,C;OALT=C,-;OMAPALT=GCCC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.415094,0.358491:34,34:105:44,38:106:24:17,0:27,38:21:3:99:27:16,0:18,34:21:6 chr2 98206050 . C T 186.83 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=122;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00557895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.253;QD=6.1257;RBI=0.0248579;REFB=0.000776678;REVB=0.0242238;RO=93;SAF=14;SAR=15;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255662;STB=0.51557;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00249371;OID=.;OPOS=98206050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:93:93:29:29:0.237705:15:14:43:50:15:14:43:50 chr2 98206060 . C T 234.05 PASS AF=0.259542;AO=34;DP=131;FAO=34;FDP=131;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0150264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.266;QD=7.14657;RBI=0.0150473;REFB=0.00590255;REVB=-0.000794187;RO=97;SAF=18;SAR=16;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680836;STB=0.540783;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0161941;OID=.;OPOS=98206060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:97:97:34:34:0.259542:16:18:46:51:16:18:46:51 chr2 98274527 . G C 313.11 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.036342;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3327;QD=24.0857;RBI=0.0494338;REFB=-0.0929333;REVB=0.0335106;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708028;STB=0.551871;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0493325;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:21:30:31:0.596154:11:19:12:10:11:20:11:10 chr2 98543946 . G A 654.4 PASS AF=0.431953;AO=70;DP=164;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0310054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1895;QD=15.4886;RBI=0.0414717;REFB=-0.0145757;REVB=-0.0275422;RO=94;SAF=40;SAR=30;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138453;STB=0.57821;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0165072;OID=.;OPOS=98543946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:94:96:70:73:0.431953:30:40:41:53:31:42:42:54 chr2 98709684 . T C 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0271617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0755;QD=19.1721;RBI=0.0385445;REFB=0.017845;REVB=0.0273481;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273066;STB=0.507458;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0121581;OID=.;OPOS=98709684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:32:33:33:0.507692:16:17:14:15:16:17:16:16 chr2 98795792 . C G 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0135019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3815;QD=24.9345;RBI=0.0136608;REFB=-0.0155065;REVB=-0.0020777;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970078;STB=0.505316;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00768127;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:18:19:12:12:18:19:12:12 chr2 98844674 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.996;QD=64.4141;RBI=0.0127254;REFB=0;REVB=0.0109625;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169958;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr2 98853173 . G A 1895.84 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1755;QD=61.6533;RBI=0.0628253;REFB=0;REVB=0.0230826;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169101;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:79:44:0:0:79:44:0:0 chr2 98928494 . G A 550.29 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0131874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4159;QD=52.4084;RBI=0.0294942;REFB=-0.0405705;REVB=0.0263819;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.551697;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0036075;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:42:1:3:38:39:0.928571:12:26:0:1:13:26:0:3 chr2 98994641 . G A 1333.3 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00296239;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.643;QD=61.3009;RBI=0.0297871;REFB=-0.060071;REVB=0.0296394;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01373;STB=0.507245;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00118503;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:34:52:0:1:34:52:0:1 chr2 99149946 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.431;QD=60.1583;RBI=0.0322635;REFB=0.0155476;REVB=0.00431286;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000274639;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr2 99172244 . A G 405.86 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0312;QD=55.9802;RBI=0.0530854;REFB=0;REVB=-0.0321665;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701774;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:25:3:0:0:25:4:0:0 chr2 99193496 . C T 2358.22 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3851;QD=63.308;RBI=0.0602188;REFB=0;REVB=0.0184551;RO=1;SAF=66;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248413;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:149:1:0:148:149:1:82:66:1:0:82:67:0:0 chr2 99219071 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.95;QD=61.3364;RBI=0.0707941;REFB=0;REVB=0.06923;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226136;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:23:16:1:0:23:17:0:0 chr2 99226173 . T A 785.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.508;QD=62.8085;RBI=0.0192067;REFB=0;REVB=0.0174729;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128798;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:21:28:0:1:22:28:0:0 chr2 99279812 . C A 742.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6085;QD=63.2101;RBI=0.034216;REFB=0;REVB=-0.0235655;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25831e-05;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr2 99438345 . C T 313.91 PASS AF=0.455882;AO=21;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.000196176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.649;QD=18.465;RBI=0.00333561;REFB=-0.016456;REVB=0.00332984;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.511668;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0251634;OID=.;OPOS=99438345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:34:21:31:0.455882:15:6:16:19:18:13:15:19 chr2 99804642 . T C 271.88 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0172481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.376;QD=19.4203;RBI=0.0813266;REFB=-0.00812949;REVB=0.0794766;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133476;STB=0.514276;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00865625;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:11:17:16:11:11:18:16:11 chr2 99995804 . T C 257.12 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00773223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.103;QD=16.0698;RBI=0.0132075;REFB=-0.0206992;REVB=0.0107075;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259167;STB=0.645473;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0253882;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:11:24:12:17:11:24 chr2 100019496 . A G 139.47 PASS AF=0.34;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00834712;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.279;QD=11.1574;RBI=0.0205281;REFB=-0.014741;REVB=-0.0187545;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448904;STB=0.721965;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0335742;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:33:16:17:0.34:12:4:21:11:12:5:21:12 chr2 100022420 . A G 369.64 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00280783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.759;QD=22.4027;RBI=0.0115443;REFB=-0.0041742;REVB=0.0111976;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138128;STB=0.576287;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00488682;OID=.;OPOS=100022420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:24:13:15:14:24:13:15:14 chr2 100022564 . A G 111.02 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0707806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.228;QD=15.3127;RBI=0.0713249;REFB=-0.0161676;REVB=-0.00879529;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538404;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0220654;OID=.;OPOS=100022564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:9:3:4:12:9:4:4:12 chr2 100029254 . C T 192.94 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.012739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3334;QD=13.7816;RBI=0.0419027;REFB=-0.0109328;REVB=-0.0399193;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148908;STB=0.592514;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0142917;OID=.;OPOS=100029254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:12:20:11:12:12:21 chr2 100055506 . A G 289.35 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00831812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.283;QD=25.7198;RBI=0.0187382;REFB=-0.0328581;REVB=-0.0167908;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892493;STB=0.54945;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0202953;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:11:8:14:12:11:8 chr2 100058870 . C T 592.73 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00570382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7804;QD=27.2521;RBI=0.0214726;REFB=0.0161756;REVB=-0.0207012;RO=34;SAF=21;SAR=32;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780281;STB=0.54242;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0114862;OID=.;OPOS=100058870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:32:21:10:24:32:21:10:24 chr2 100343557 . C T 575.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.041;QD=60.5786;RBI=0.048522;REFB=0;REVB=0.048292;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158413;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr2 100897573 . G A 949.48 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.095;QD=58.4293;RBI=0.0542293;REFB=0;REVB=0.0143014;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91453e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:38:27:0:0 chr2 100915772 . A G 657.31 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.080874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6263;QD=59.7553;RBI=0.0809354;REFB=0.0181615;REVB=-0.00315309;RO=1;SAF=2;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113207;STB=0.506021;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0052261;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:41:2:0:1:41:2:0:1 chr2 100916306 . A G 964.65 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00620246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.709;QD=55.9218;RBI=0.00875377;REFB=-0.181932;REVB=-0.00617722;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277783;STB=0.514701;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000672097;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:34:33:2:0:34:33:2:0 chr2 100916315 . A G 842.78 PASS AF=0.953125;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0102515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.959;QD=52.6737;RBI=0.0323098;REFB=-0.149555;REVB=0.0306403;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.525415;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00130226;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:61:64:1:3:58:61:0.953125:26:32:0:1:28:33:0:3 chr2 100917109 . C T 2536.82 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.088;QD=60.4004;RBI=0.029444;REFB=-0.144675;REVB=0.0229625;RO=0;SAF=112;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62501e-08;STB=0.502164;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000318112;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:168:168:0:1:164:167:0.994048:52:112:0:0:52:115:1:0 chr2 101010082 . G C 1176.46 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00861752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.138;QD=59.5678;RBI=0.0139299;REFB=-0.161319;REVB=-0.0109445;RO=1;SAF=53;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884847;STB=0.504672;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0002268;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:25:53:1:0:25:53:1:0 chr2 101031561 . G T 1188.44 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00663776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.81;QD=57.2744;RBI=0.0220963;REFB=-0.0318475;REVB=-0.0210757;RO=2;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233086;STB=0.507896;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0066637;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:2:3:80:80:0.963855:36:44:1:1:36:44:1:2 chr2 101086966 . C T 210.22 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0069437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4554;QD=15.5718;RBI=0.06251;REFB=-0.031065;REVB=0.0621232;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105472;STB=0.570698;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0337221;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:30:24:24:0.444444:13:11:9:17:13:11:10:20 chr2 101096960 . C T 1415.25 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.58;QD=62.8998;RBI=0.0661346;REFB=0;REVB=0.0643692;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90208e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:45:45:0:0 chr2 101186088 . C T 474.97 PASS AF=0.452174;AO=53;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.016327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6665;QD=16.5206;RBI=0.042969;REFB=-0.00296922;REVB=0.0397462;RO=61;SAF=17;SAR=36;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775115;STB=0.564154;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00480014;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:63:53:52:0.452174:36:17:24:37:36:16:26:37 chr2 101192883 . G A 76.04 PASS AF=0.129771;AO=17;DP=131;FAO=17;FDP=131;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.0330506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.783;QD=2.3219;RBI=0.0369156;REFB=-0.00600388;REVB=0.0164444;RO=113;SAF=10;SAR=7;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611703;STB=0.546891;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0402008;OID=.;OPOS=101192883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:131:131:113:114:17:17:0.129771:7:10:61:52:7:10:61:53 chr2 101591304 . A G 1347.42 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470235;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4702;QD=61.2463;RBI=0.0516411;REFB=0.0493311;REVB=-0.0213447;RO=1;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145757;STB=0.50769;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000417037;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:87:87:0.988636:32:55:0:1:32:55:0:1 chr2 101594188 . CAT ACT,CACT,CTC 41.35 PASS AF=0.0714286,0.214286,0.0238095;AO=3,8,2;DP=42;FAO=3,9,1;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3,8,1;FSAR=0,1,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0656269,-0.0919692,-0.0392627;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=2,1,2;MLLD=52.4585,48.8657,132.008;QD=3.93764;RBI=0.0656945,0.0927144,0.0421912;REFB=-0.0219399,-0.0262307,-0.0174894;REVB=-0.00297957,-0.0117315,-0.0154446;RO=23;SAF=3,7,2;SAR=0,1,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.5877,0.513871,0.502119;STB=0.996271,0.8383,0.989535;STBP=0.085,0.045,0.453;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.138756,0.175923,0.136161;OID=.,.,.;OPOS=101594188,101594190,101594189;OREF=CA,-,AT;OALT=AC,C,TC;OMAPALT=ACT,CACT,CTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:42:42:23:29:3,8,2:3,9,1:0.0714286,0.214286,0.0238095:0,1,0:3,7,2:11:12:0,1,0:3,8,1:15:14 chr2 101606798 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.102747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8358;QD=21.0153;RBI=0.104084;REFB=-0.0138433;REVB=-0.0166291;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.608559;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0137807;OID=.;OPOS=101606798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:8:5:10:6:8:5 chr2 101609827 . C T 825.14 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=75;FSRR=37;FWDB=-0.00262896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.06;QD=16.4207;RBI=0.00391582;REFB=-0.0101316;REVB=-0.00290211;RO=106;SAF=57;SAR=32;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112139;STB=0.517833;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0152254;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:106:112:89:89:0.442786:32:57:69:37:32:57:75:37 chr2 101611994 . AGG A 70.47 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.107269;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=10.8764;QD=15.66;RBI=0.107276;REFB=-0.167781;REVB=0.00126985;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.812474;STB=0.845442;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.14418;OID=.;OPOS=101611995;OREF=GG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:7:18:12:18:6:1:11:5:1:19:3:0:7:3:0 chr2 101612568 . C T 48.86 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0236279;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.023;QD=11.4962;RBI=0.0426566;REFB=0.00725417;REVB=0.0355148;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425185;STB=0.765078;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0387829;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:5:5:1:6:5:5 chr2 101612615 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00823591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.559;QD=11.2554;RBI=0.034197;REFB=-0.00901417;REVB=-0.0331904;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.617332;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0388745;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:7:5:2:6:7:5 chr2 101624471 . T C 115.0 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0130952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.984;QD=19.1668;RBI=0.0167144;REFB=0.0456725;REVB=0.0103869;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216984;STB=0.529366;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.020115;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:11:13:0.541667:2:9:7:4:4:9:7:4 chr2 101638888 . A G 422.09 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0212426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.984;QD=20.8438;RBI=0.0214447;REFB=-0.00177578;REVB=-0.00293766;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182639;STB=0.510099;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00187347;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:25:17:15:24:25:17:15:24 chr2 101644855 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00554042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.289;QD=19.7024;RBI=0.0103161;REFB=-0.00732923;REVB=0.00870203;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137389;STB=0.577529;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00608253;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:11:5:8:9:11:5 chr2 101644858 . C T 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0684925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.956;QD=17.9527;RBI=0.0722819;REFB=-0.0326824;REVB=-0.0230967;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.588363;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0204048;OID=.;OPOS=101644858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:9:8:5:11:9:8 chr2 101654015 . G A 300.34 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0178121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.794;QD=24.5173;RBI=0.0214677;REFB=-0.00674377;REVB=0.011983;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148691;STB=0.58264;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00592885;OID=.;OPOS=101654015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:13:9:16:11:13:9 chr2 101656726 . T C 837.48 PASS AF=0.480447;AO=88;DP=180;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.00770624;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.079;QD=18.7147;RBI=0.0444791;REFB=-0.0138171;REVB=-0.0438064;RO=86;SAF=43;SAR=45;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102221;STB=0.513963;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0123736;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:86:93:88:86:0.480447:45:43:43:43:43:43:44:49 chr2 101869588 . G T 31.03 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0248531;FXX=0.0666222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.163;QD=8.86554;RBI=0.103605;REFB=-0.0200256;REVB=-0.10058;RO=3;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52165;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0223346;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:14:3:9:4:5:0.357143:0:4:3:0:1:4:7:2 chr2 101898412 . G C 714.08 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.744;QD=62.0938;RBI=0.0387951;REFB=0;REVB=-0.0115191;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109309;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chr2 102019058 . T C 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00340018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.848;QD=21.8934;RBI=0.012735;REFB=-0.0181282;REVB=0.0122727;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210148;STB=0.615333;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0200797;OID=.;OPOS=102019058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:27:9:21:21:27:9 chr2 102038849 . T A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8273;QD=59.5009;RBI=0.071004;REFB=0;REVB=0.0689899;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458847;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr2 102038936 . T G 239.58 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0255652;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.949;QD=13.3098;RBI=0.0260346;REFB=0.00348445;REVB=0.00492151;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21507;STB=0.642755;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00648985;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:36:44:27:28:0.388889:10:17:15:21:10:18:18:26 chr2 102067083 . T C 1338.87 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0431206;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.055;QD=59.5052;RBI=0.044068;REFB=-0.0354549;REVB=0.00908861;RO=3;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035943;STB=0.512497;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000342702;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:3:2:87:88:0.977778:38:49:0:3:39:49:0:2 chr2 102957716 . C T 537.09 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00111188;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.125;QD=16.0325;RBI=0.00170738;REFB=-0.017454;REVB=0.00129571;RO=76;SAF=25;SAR=32;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182214;STB=0.501835;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0224504;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:57:58:0.432836:32:25:32:44:33:25:33:43 chr2 102959796 . A T 780.11 PASS AF=0.503401;AO=54;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=0.00871196;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.28;QD=21.2275;RBI=0.0357159;REFB=-0.00995864;REVB=0.0346371;RO=70;SAF=29;SAR=25;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214066;STB=0.639074;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0106693;OID=.;OPOS=102959796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:71:54:74:0.503401:25:29:52:18:39:35:54:17 chr2 103001402 . C T 352.38 PASS AF=0.612245;AO=28;DP=47;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0217304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.363;QD=28.7654;RBI=0.023574;REFB=-0.0240824;REVB=0.00913928;RO=18;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11146;STB=0.546954;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0131109;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:18:19:28:30:0.612245:16:12:5:13:17:13:6:13 chr2 103149100 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0028693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.837;QD=17.6894;RBI=0.00512271;REFB=-0.0251121;REVB=-0.00424373;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942073;STB=0.553794;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0288979;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:11:15:14:7:11:15 chr2 103334969 . G A 595.47 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=167;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=-0.00590543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3747;QD=14.2626;RBI=0.0271449;REFB=-0.0161013;REVB=0.0264948;RO=95;SAF=39;SAR=29;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169993;STB=0.513641;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.016973;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:95:99:68:68:0.407186:29:39:56:39:29:39:59:40 chr2 103431404 . T C 1716.64 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0642681;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8724;QD=60.2329;RBI=0.0677427;REFB=-0.127231;REVB=0.0214169;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00180186;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:114:0:1:113:113:0.991228:58:55:0:0:58:55:1:0 chr2 104995800 . C T 451.3 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0183327;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.55;QD=15.9751;RBI=0.0187992;REFB=-0.0141331;REVB=-0.00416208;RO=63;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380285;STB=0.502127;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.012304;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:63:50:50:0.442478:24:26:33:30:24:26:33:30 chr2 105665808 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0340528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.253;QD=14.834;RBI=0.0378457;REFB=0.00186743;REVB=-0.0165138;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123128;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00212718;OID=.;OPOS=105665808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:14:16:12:10:14:16 chr2 105705507 . C T 123.79 PASS AF=0.405405;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00438855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0284;QD=13.3824;RBI=0.134769;REFB=-0.0542262;REVB=0.134697;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303876;STB=0.700099;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0818745;OID=.;OPOS=105705507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:22:13:15:0.405405:9:4:13:9:11:4:13:9 chr2 105707766 . G A 451.34 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00840412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6874;QD=19.2058;RBI=0.0216677;REFB=-0.0144367;REVB=0.0199715;RO=48;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127144;STB=0.575425;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0216301;OID=.;OPOS=105707766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:21:24:19:29:21:24:19:30 chr2 105709023 . T A,C 1205.05 PASS AF=0.025,0.975;AO=3,77;DP=80;FAO=2,78;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578846,0.0193836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.4036,109.918;QD=60.2524;RBI=0.0585149,0.0248087;REFB=0,0;REVB=0.00856539,0.0154838;RO=0;SAF=3,37;SAR=0,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.166059,0.000260279;OID=.,.;OPOS=105709023,105709023;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:80:80:0:0:3,77:2,78:0.025,0.975:0,40:3,37:0:0:0,40:2,38:0:0 chr2 105713697 . A G 246.97 PASS AF=0.575;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0410702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6347;QD=24.6966;RBI=0.0417596;REFB=-0.0362841;REVB=-0.007557;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610175;STB=0.53559;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0183375;OID=.;OPOS=105713697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:17:22:23:0.575:15:7:4:12:16:7:4:13 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=40;DP=96;LEN=28;RO=56;SAF=18;SAR=28;SRF=34;SRR=16;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:96:56:40:28:18:34:16 chr2 105915128 . G A 731.78 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0151688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1702;QD=51.3527;RBI=0.0166448;REFB=-0.0263035;REVB=-0.00685235;RO=3;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553369;STB=0.529401;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000470523;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:24:30:0:3:24:30:0:3 chr2 105924510 . A G 972.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000611788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.746;QD=58.9535;RBI=0.126978;REFB=0;REVB=-0.126976;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507712;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 105953938 . G GC 1259.58 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260969;FXX=0.0689576;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.993;QD=62.2015;RBI=0.0376534;REFB=0;REVB=0.0271428;RO=1;SAF=53;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000129782;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:84:81:81:0:53:28:0:0:7:1:53:28:1:0 chr2 106510454 . TGCACACACACACACACACACACTA CACACACACACACACACACACACTA,TGCACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACACTA,TGCACACACACACACACACTA 1267.94 PASS AF=0,0.644444,0.0111111,0.322222,0;AO=5,50,4,18,11;DP=104;FAO=0,58,1,29,0;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=0,22,1,11,0;FSAR=0,36,0,18,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0365629,0.0386679,0.060549,0.0327536,0.0218331;FXX=0.0425487;HRUN=1,1,1,0,1;LEN=2,6,2,2,4;MLLD=80.2508,283.021,53.5597,54.9512,133.748;QD=56.3529;RBI=0.0445756,0.0580689,0.085381,0.0426294,0.0227873;REFB=-0.131369,-0.0938272,-0.117607,-0.10893,-0.0874274;REVB=-0.0254979,0.0433219,0.0601975,0.0272849,-0.00652503;RO=3;SAF=2,21,2,7,3;SAR=3,29,2,11,8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.165639,-0.0268013,-0.115334,-0.0747599,-0.171518;STB=0.5,0.513509,0.993266,0.526298,0.5;STBP=1,0.303,0.226,0.294,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins,del;VARB=0,0.0233079,0.109192,0.115706,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=106510454,106510473,106510477,106510456,106510456;OREF=TG,ACACTA,TA,-,CACA;OALT=CA,-,AC,CA,-;OMAPALT=CACACACACACACACACACACACTA,TGCACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACAC,TGCACACACACACACACACACACACTA,TGCACACACACACACACACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:104:90:3:2:5,50,4,18,11:0,58,1,29,0:0,0.644444,0.0111111,0.322222,0:3,29,2,11,8:2,21,2,7,3:2:1:0,36,0,18,0:0,22,1,11,0:0:2 chr2 106510472 . CACACTA C 50.0 PASS AO=46;DP=164;LEN=6;RO=118;SAF=21;SAR=34;SRF=51;SRR=58;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=106510473;OREF=ACACTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:164:118:46:34:21:51:58 chr2 106710108 . C T 751.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.978;QD=56.6795;RBI=0.0192932;REFB=0;REVB=0.0167053;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85002e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:32:18:0:0:32:21:0:0 chr2 106742139 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.206;QD=46.0588;RBI=0.026863;REFB=-0.137864;REVB=0.00424438;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00325455;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:11:8:0:0:11:8:0:1 chr2 107073469 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3651;QD=33.4285;RBI=0.0715382;REFB=0;REVB=0.0702261;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00615996;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 107073501 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.259;QD=33.4283;RBI=0.0646583;REFB=0;REVB=0.0567406;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100489;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 107084739 . A G 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0101797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.975;QD=14.1003;RBI=0.0217056;REFB=-0.0175557;REVB=0.0191705;RO=61;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522308;STB=0.534505;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0233003;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:19:24:31:30:19:24:31:31 chr2 107107511 . C T 199.43 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00690803;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.226;QD=18.9932;RBI=0.00825278;REFB=-0.00902474;REVB=-0.00451525;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0110579;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:10:12:12:8:10:12 chr2 107107567 . G C 471.94 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7202;QD=55.5225;RBI=0.0556186;REFB=-0.121365;REVB=-0.0506436;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00282141;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr2 108863767 . A C 1429.13 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0264451;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6495;QD=60.814;RBI=0.0452736;REFB=-0.134913;REVB=0.0367472;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119999;STB=0.512497;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00352409;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:1:2:92:92:0.978723:53:39:1:0:53:39:2:0 chr2 108875198 . G A 475.54 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0140545;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.473;QD=16.5405;RBI=0.0140684;REFB=-0.0147169;REVB=0.000625259;RO=63;SAF=30;SAR=22;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104555;STB=0.505832;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0215811;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:22:30:37:26:22:30:37:26 chr2 108875244 . T C 383.26 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00488211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.257;QD=14.6004;RBI=0.0119225;REFB=0.00167527;REVB=0.0108771;RO=61;SAF=26;SAR=17;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851505;STB=0.539258;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00371615;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:61:61:43:44:0.419048:17:26:32:29:18:26:32:29 chr2 108875471 . G T 714.73 PASS AF=0.421622;AO=78;DP=185;FAO=78;FDP=185;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=68;FWDB=-0.0511832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7413;QD=15.4536;RBI=0.0811511;REFB=-0.0114162;REVB=-0.0629745;RO=107;SAF=40;SAR=38;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153268;STB=0.585452;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0145482;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:107:107:78:78:0.421622:38:40:39:68:38:40:39:68 chr2 108877062 . T A 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00541165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.153;QD=19.9562;RBI=0.00803331;REFB=-0.0140502;REVB=-0.005937;RO=51;SAF=26;SAR=28;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269238;STB=0.514846;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0134104;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:28:26:23:28:28:26:23:28 chr2 109099572 . C G 354.92 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198612;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.925;QD=54.6023;RBI=0.0241669;REFB=0;REVB=0.0137685;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966962;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr2 109106381 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.043;QD=59.323;RBI=0.00811667;REFB=0;REVB=0.000416036;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30658e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr2 109371654 . G A 303.0 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0275861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0648;QD=14.6025;RBI=0.0290819;REFB=-0.0149388;REVB=-0.00920693;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528535;STB=0.519844;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0266197;OID=.;OPOS=109371654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:47:49:33:34:0.409639:15:18:28:19:15:19:29:20 chr2 109389463 . G A 764.23 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0052513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1593;QD=49.305;RBI=0.0121919;REFB=0.0160812;REVB=-0.011003;RO=4;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428301;STB=0.528726;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00757009;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:62:4:5:57:57:0.919355:42:15:0:4:41:16:0:5 chr2 109429146 . T A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2836;QD=60.607;RBI=0.045452;REFB=0;REVB=0.0405354;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173973;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 109510937 . G A 1539.86 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1733;QD=59.8002;RBI=0.0151055;REFB=0;REVB=-0.0145526;RO=0;SAF=30;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85993e-05;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:73:30:0:0:73:30:0:0 chr2 109512234 . T C 365.25 PASS AF=0.964286;AO=28;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.468;QD=52.179;RBI=0.0197806;REFB=-0.139777;REVB=0.0101253;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00106369;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:28:27:0.964286:15:13:0:0:14:13:0:1 chr2 109513601 . A G 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.269;QD=61.4656;RBI=0.0278005;REFB=0;REVB=0.0257879;RO=0;SAF=69;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26199e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:52:69:0:0:52:69:0:0 chr2 109513654 . G A 1518.62 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00147149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.246;QD=57.8521;RBI=0.032227;REFB=-0.0997716;REVB=0.0321934;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839826;STB=0.504347;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000218094;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:1:1:103:104:0.990476:47:56:1:0:47:57:1:0 chr2 109526969 . G A 861.89 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.787;QD=54.7231;RBI=0.0438898;REFB=0.0836386;REVB=0.0235616;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000198159;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:60:62:0.984127:31:29:0:1:33:29:0:1 chr2 109527373 . A G 815.07 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0274031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9641;QD=52.5854;RBI=0.0446571;REFB=-0.0999034;REVB=0.0352608;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371819;STB=0.511058;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0207128;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:2:3:59:59:0.951613:26:33:1:1:26:33:1:2 chr2 109745176 . G A 1511.22 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.542;QD=63.6304;RBI=0.0348326;REFB=0;REVB=0.0271247;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37094e-05;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:53:41:0:0:54:41:0:0 chr2 110259686 . CG C 50.76 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0383715;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.3899;QD=9.6678;RBI=0.0486897;REFB=-0.131882;REVB=-0.029972;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414935;STB=0.745326;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.10303;OID=.;OPOS=110259687;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:10:22:11:21:10:3:8:8:2:47:10:3:7:8:2 chr2 110373197 . G A 609.46 PASS AF=0.533898;AO=55;DP=110;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.023507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1339;QD=20.6595;RBI=0.0419454;REFB=-0.0748754;REVB=-0.0347396;RO=55;SAF=18;SAR=37;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32703;STB=0.650446;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0410462;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:118:55:55:55:63:0.533898:37:18:38:17:40:23:38:17 chr2 110373938 . T G 77.23 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0523926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.171;QD=13.4315;RBI=0.0541047;REFB=-0.019045;REVB=0.0135034;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454407;STB=0.754173;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0374797;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:8:2:8:4:8:2:8:5 chr2 110374215 . T C 167.06 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0135342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2997;QD=14.8497;RBI=0.0927743;REFB=0.011441;REVB=0.0917818;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360897;STB=0.718659;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0137582;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:13:4:15:12:14:4:15:12 chr2 110375025 . C T 231.09 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0075306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0157;QD=16.5066;RBI=0.0733402;REFB=-0.00346357;REVB=-0.0729525;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481806;STB=0.5272;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00781936;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:17:13:10:16:17:13 chr2 110827570 . G C 68.3 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0547892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5539;QD=5.69199;RBI=0.0551021;REFB=-0.00907488;REVB=0.0058644;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106446;STB=0.559202;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0495924;OID=.;OPOS=110827570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:6:4:18:19:6:4:18:20 chr2 110855123 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.42;QD=60.9786;RBI=0.0527236;REFB=0;REVB=0.0498304;RO=0;SAF=33;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010339;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:6:33:0:0:6:33:0:0 chr2 110922703 . C T 362.65 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0287797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.576;QD=20.723;RBI=0.0373519;REFB=-0.0237739;REVB=-0.0238094;RO=33;SAF=7;SAR=30;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263248;STB=0.647393;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0362615;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:30:7:14:19:30:7:14:19 chr2 111425237 . G C 367.13 PASS AF=0.412371;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0104913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0461;QD=15.1394;RBI=0.0255101;REFB=-0.0256898;REVB=0.0232529;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401647;STB=0.52434;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0376823;OID=.;OPOS=111425237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:56:57:39:40:0.412371:21:18:28:28:22:18:28:29 chr2 111850515 . C T 607.29 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0121859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.916;QD=51.6843;RBI=0.0185435;REFB=0.0198085;REVB=-0.0139773;RO=5;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851164;STB=0.545433;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00297289;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:5:5:42:42:0.893617:25:17:0:5:25:17:0:5 chr2 111907691 . T C 461.7 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0078229;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2446;QD=17.7576;RBI=0.0184486;REFB=-0.00767038;REVB=-0.0167079;RO=54;SAF=31;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182985;STB=0.601667;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0092894;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:54:54:50:50:0.480769:19:31:23:31:19:31:23:31 chr2 111908262 . G A 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0383578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.446;QD=12.2435;RBI=0.0386494;REFB=-0.0181702;REVB=-0.00473911;RO=59;SAF=10;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222246;STB=0.62851;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0301204;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:23:10:29:30:23:10:29:30 chr2 111908481 . TTGTGTGTG TTGTG,TTGTGTGTT 86.2 PASS AF=0.6,0.0666667;AO=6,2;DP=16;FAO=9,1;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4,0;FSAR=5,1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0166679,0.000480473;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=188.716,84.427;QD=22.9875;RBI=0.0252124,0.0391164;REFB=-0.0475311,-0.0467263;REVB=0.0189168,-0.0391135;RO=4;SAF=2,1;SAR=4,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.42622,-0.532453;STB=0.691926,0.996613;STBP=0.104,0.06;TYPE=del,snp;VARB=0.0217071,0.0213741;OID=.,.;OPOS=111908482,111908489;OREF=TGTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=TTGTG,TTGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0.0666667:6,2:16:9,1:15:5:4,0:5,1:5:0:28:4:2,1:4,1:4:0 chr2 112528649 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0371019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7759;QD=7.76194;RBI=0.0585685;REFB=-0.00813063;REVB=-0.0453179;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249025;STB=0.651755;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0302087;OID=.;OPOS=112528649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:11:2:2:4:11:2 chr2 112605302 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.009;QD=51.9167;RBI=0.0216217;REFB=0;REVB=0.00923804;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6697e-05;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr2 112608423 . C T 71.17 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00425259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.327;QD=7.29935;RBI=0.0255306;REFB=-0.0042894;REVB=-0.025174;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565565;STB=0.851237;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0138948;OID=.;OPOS=112608423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:39:39:28:29:10:10:0.25641:2:8:8:20:2:8:8:21 chr2 112641256 . GA AG 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698732;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=117.928;QD=42.1826;RBI=0.0111068;REFB=0;REVB=-0.00863353;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000409931;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr2 112687947 . G A 149.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00518135;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.985;QD=11.9965;RBI=0.0153607;REFB=-0.00176577;REVB=-0.0144604;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609951;STB=0.535674;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00306555;OID=.;OPOS=112687947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:32:32:18:18:0.36:8:10:16:16:8:10:16:16 chr2 112751928 . G A 290.12 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00173307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.606;QD=16.5785;RBI=0.00680272;REFB=-0.0203837;REVB=0.00657825;RO=38;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254513;STB=0.643153;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0147718;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:11:21:15:23:11:21:15:23 chr2 112754828 . G T 330.39 PASS AF=0.514706;AO=32;DP=66;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00339721;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.165;QD=19.4346;RBI=0.0049741;REFB=-0.00979162;REVB=-0.00363326;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122612;STB=0.531046;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00921089;OID=.;OPOS=112754828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:33:33:32:35:0.514706:18:14:14:19:19:16:13:20 chr2 112755001 . A G 296.42 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0015982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.697;QD=30.4021;RBI=0.00195394;REFB=-0.0268174;REVB=-0.00112413;RO=11;SAF=5;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605777;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135298;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:11:13:25:26:0.666667:20:5:3:8:20:6:3:10 chr2 112765973 . A G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00868638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4688;QD=16.9795;RBI=0.0158886;REFB=-0.0112638;REVB=-0.0133039;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254034;STB=0.643951;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0163963;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:19:7:15:14:19:7:15:14 chr2 112832535 . CAAT C 105.22 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00500552;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=3;MLLD=297.355;QD=5.68741;RBI=0.00633833;REFB=-0.00557915;REVB=0.00388834;RO=50;SAF=15;SAR=7;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290373;STB=0.522264;STBP=0.835;TYPE=del;VARB=0.0149769;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:22:75:22:74:52:15:7:34:18:99:50:15:7:33:17 chr2 112922598 . ACCCCC ACCCCT,CACCCC 101.33 PASS AF=0.333333,0;AO=11,2;DP=42;FAO=14,0;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0299785,-0.00645259;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=76.997,23.0821;QD=9.65045;RBI=0.0357307,0.142116;REFB=-0.0131798,-0.0166602;REVB=-0.0194416,-0.141969;RO=21;SAF=8,0;SAR=3,2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.288232,-0.494107;STB=0.733007,0.5;STBP=0.034,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0363062,0;OID=.,.;OPOS=112922603,112922598;OREF=C,AC;OALT=T,CA;OMAPALT=ACCCCT,CACCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:28:11,2:14,0:0.333333,0:3,2:8,0:10:11:4,0:10,0:10:18 chr2 113289032 . A G 244.22 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0129812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6658;QD=23.2594;RBI=0.0162012;REFB=0.00485507;REVB=-0.00969362;RO=19;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172624;STB=0.597391;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00462078;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:19:4:6:13:19:4:6:13 chr2 113300032 . C T 70.3 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0282214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8042;QD=4.39347;RBI=0.0314009;REFB=0.00535004;REVB=0.0137683;RO=52;SAF=11;SAR=1;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552535;STB=0.875067;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.014462;OID=.;OPOS=113300032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:1:11:28:24:1:11:28:24 chr2 113308516 . T A 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0191947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7172;QD=19.8661;RBI=0.0255377;REFB=0.00995797;REVB=0.0168445;RO=34;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12487;STB=0.569339;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0063534;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:21:15:19:15:21:15:19:15 chr2 113309473 . C T 187.91 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0388571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.715;QD=15.0329;RBI=0.0393466;REFB=-0.00723696;REVB=-0.00618723;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949934;STB=0.51998;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0113587;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:19:20:0.4:9:10:15:14:10:10:16:14 chr2 113332421 . T C 161.42 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.032882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.326;QD=18.9909;RBI=0.0421497;REFB=-0.0132834;REVB=0.0263699;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425701;STB=0.742563;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00726269;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:5:12:4:13:5:12 chr2 113344047 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7261;QD=48.7365;RBI=0.0331041;REFB=0;REVB=-0.0331041;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647433;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:17:0:0:0:17:0:0:0 chr2 113346413 . C G 128.15 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.00887138;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.087;QD=8.26798;RBI=0.014119;REFB=-0.0122663;REVB=-0.0109838;RO=45;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418308;STB=0.740511;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0214733;OID=.;OPOS=113346413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:45:44:18:18:0.290323:11:7:34:11:11:7:33:11 chr2 113404708 . G A 244.07 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00562529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.275;QD=18.7746;RBI=0.0661655;REFB=-0.013754;REVB=0.065926;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170353;STB=0.595236;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0204159;OID=.;OPOS=113404708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:9:17:12:14:9:17 chr2 113479614 . G A 278.94 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0198209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.608;QD=16.4083;RBI=0.0343257;REFB=-0.0385521;REVB=0.0280247;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.513299;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0358946;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:37:31:31:0.455882:16:15:12:20:16:15:17:20 chr2 113482779 . A C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.03;QD=57.2013;RBI=0.00963117;REFB=0;REVB=-0.00824676;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3216e-05;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 113484319 . G A 375.39 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.723;QD=50.0518;RBI=0.0248362;REFB=-0.0982544;REVB=0.0219428;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901772;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00236796;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:2:2:28:28:0.933333:16:12:1:1:16:12:1:1 chr2 113498566 . A G 395.92 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0797005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.502;QD=14.0149;RBI=0.0807425;REFB=-0.00285107;REVB=0.0129298;RO=67;SAF=25;SAR=20;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252587;STB=0.646024;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00910722;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:67:45:46:0.40708:20:25:21:46:20:26:21:46 chr2 113513825 . T C 1499.13 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852124;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9986;QD=59.9654;RBI=0.0356309;REFB=0;REVB=0.0345969;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138575;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:58:41:0:0:59:41:0:0 chr2 113671378 . G T 786.86 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6545;QD=55.2182;RBI=0.0490149;REFB=-0.0198183;REVB=0.0401862;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0100904;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:28:27:1:0:29:27:1:0 chr2 113671410 . A G 766.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1907;QD=63.8421;RBI=0.0733309;REFB=0;REVB=0.00487934;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574085;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 113763575 . A G 1455.68 PASS AF=1;AO=65;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.7;QD=61.2919;RBI=0.072378;REFB=0;REVB=0.0545168;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889805;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:65:95:1:33:32:0:0:54:41:0:0 chr2 113789316 . C T 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.135;QD=57.1689;RBI=0.00831225;REFB=0;REVB=0.00791978;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41541e-05;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr2 113831945 . T C 411.97 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.349;QD=56.8232;RBI=0.0847094;REFB=0;REVB=0.0830219;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594853;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:17:12:0:0 chr2 113832312 . T C 693.46 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00301523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3508;QD=28.3043;RBI=0.0327994;REFB=0.0124347;REVB=-0.0326605;RO=36;SAF=39;SAR=21;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558893;STB=0.537832;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00950909;OID=.;OPOS=113832312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:38:60:60:0.612245:21:39:26:10:21:39:28:10 chr2 113832333 . C A 1498.71 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.219;QD=61.1718;RBI=0.0278274;REFB=-0.00373398;REVB=0.0206728;RO=1;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150477;STB=0.507935;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000544229;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:1:1:94:97:0.989796:31:63:0:1:31:66:0:1 chr2 113875565 . A G 365.86 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0183163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.697;QD=13.6768;RBI=0.0265587;REFB=-0.0146802;REVB=-0.0192322;RO=64;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617518;STB=0.534949;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0209617;OID=.;OPOS=113875565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:19:24:32:32:19:24:32:32 chr2 113875584 . G C 443.38 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0255148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7219;QD=15.0298;RBI=0.0265125;REFB=0.0120987;REVB=0.00720474;RO=68;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0332249;OID=.;OPOS=113875584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:25:25:34:34:25:25:34:34 chr2 113875631 . T C 470.02 PASS AF=0.42623;AO=33;DP=121;FAO=52;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0321456;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.4109;QD=15.4106;RBI=0.206071;REFB=-0.0258425;REVB=-0.203549;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636583;STB=0.546201;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0249969;OID=.;OPOS=113875631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:37:67:33:52:0.42623:13:20:20:17:26:26:28:39 chr2 113877713 . A C 262.88 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0388409;FXX=0.0793525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5109;QD=18.1295;RBI=0.0480704;REFB=-0.0142129;REVB=0.0283223;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099546;STB=0.532972;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00929193;OID=.;OPOS=113877713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:28:30:28:28:0.482759:16:12:9:19:16:12:11:19 chr2 113887207 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0623321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.281;QD=13.3339;RBI=0.0667659;REFB=-0.0106002;REVB=0.0239247;RO=39;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147607;STB=0.508446;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0146027;OID=.;OPOS=113887207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:17:9:14:25:17:9:14:25 chr2 113890304 . T C 477.04 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0018283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.204;QD=18.0016;RBI=0.0271035;REFB=-0.0114352;REVB=-0.0270417;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132137;STB=0.577829;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0186108;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:29:22:31:23:29:22:32:23 chr2 113955074 . G A 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00160549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.098;QD=17.9223;RBI=0.00700984;REFB=-0.0281695;REVB=-0.0068235;RO=46;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117301;STB=0.506552;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0287463;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:17:23:27:19:17:23:27:19 chr2 113956371 . G C 31.34 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000818835;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.39;QD=9.64281;RBI=0.0735525;REFB=-0.020477;REVB=-0.0735479;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332419;STB=0.639379;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0309807;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:8:8:5:5:0.384615:1:4:4:4:1:4:5:3 chr2 113975066 . T G 239.96 PASS AF=0.439394;AO=25;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00798586;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4352;QD=14.5428;RBI=0.0810811;REFB=-0.0390131;REVB=-0.0806869;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274178;STB=0.681928;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0551479;OID=.;OPOS=113975066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:37:25:29:0.439394:9:16:12:21:10:19:12:25 chr2 114220055 . T C 801.95 PASS AF=0.416667;AO=86;DP=212;FAO=90;FDP=216;FR=.;FRO=126;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=0.0220732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.646;QD=14.851;RBI=0.0465424;REFB=-0.0223004;REVB=0.0409752;RO=125;SAF=41;SAR=45;SRF=72;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104652;STB=0.565443;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0386595;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:216:125:126:86:90:0.416667:45:41:72:53:48:42:73:53 chr2 114256840 . C T 89.25 PASS AF=0.578947;AO=8;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0934322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3136;QD=18.7903;RBI=0.100894;REFB=0.00548425;REVB=0.0380786;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.533919;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00711684;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:8:11:0.578947:6:2:3:5:6:5:3:5 chr2 114355167 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00050738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.54;QD=12.0157;RBI=0.105421;REFB=-0.0436108;REVB=-0.10542;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0245256;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:2:4:2:4:2:4:3:4 chr2 114391721 . T C 311.3 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00162899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.029;QD=16.3842;RBI=0.00164556;REFB=-0.00525114;REVB=-0.000232945;RO=41;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348048;STB=0.524267;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00669859;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:23:11:12:29:23:11:12:30 chr2 114392716 . C T 173.96 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0150026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.58;QD=19.3285;RBI=0.0504958;REFB=-0.0147247;REVB=-0.0482157;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.556898;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0187075;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:7:11:9:8:7:11:9:9 chr2 114763169 . C G 339.7 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0374118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.09;QD=13.5879;RBI=0.0463145;REFB=-0.00374799;REVB=-0.0273018;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193212;STB=0.605208;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0067406;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:62:38:38:0.38:15:23:26:35:15:23:27:35 chr2 116099725 . A T 650.43 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3455;QD=57.8161;RBI=0.0431976;REFB=-0.0431529;REVB=-0.0391698;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446492;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00634225;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:2:1:42:44:0.977778:22:20:2:0:22:22:1:0 chr2 116510817 . G C 1121.78 PASS AF=0.476987;AO=111;DP=239;FAO=114;FDP=239;FR=.;FRO=125;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=-0.0109234;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.277;QD=18.7746;RBI=0.0145041;REFB=-0.0218092;REVB=-0.00954198;RO=126;SAF=59;SAR=52;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761131;STB=0.53215;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0233839;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:126:125:111:114:0.476987:52:59:57:69:55:59:57:68 chr2 116525960 . G A 1384.87 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666809;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.571;QD=62.9486;RBI=0.0154125;REFB=0;REVB=0.0138954;RO=0;SAF=60;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41158e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:28:60:0:0:28:60:0:0 chr2 118575157 . CAAG C 67.68 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00452065;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=3;MLLD=216.688;QD=9.66902;RBI=0.00458392;REFB=-0.0176333;REVB=-0.000759026;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.0180663;OID=.;OPOS=118575158;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:28:11:28:17:6:5:8:9:67:14:6:5:7:7 chr2 118575215 . C G 134.27 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00682047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.666;QD=16.2747;RBI=0.00702665;REFB=-0.00225516;REVB=0.00168968;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230948;STB=0.634721;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0019883;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:11:7:3:12:11:7 chr2 118583940 . C T 409.22 PASS AF=0.445545;AO=46;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0118046;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.241;QD=16.2068;RBI=0.0168485;REFB=-0.0148902;REVB=-0.0120217;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405001;STB=0.512236;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0178178;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:56:46:45:0.445545:28:18:19:35:28:17:20:36 chr2 118589808 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.833;QD=45.8068;RBI=0.0677727;REFB=0;REVB=0.0668397;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387201;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr2 118731573 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0330915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.356;QD=20.9025;RBI=0.040505;REFB=-0.0035047;REVB=0.0233583;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518336;STB=0.528684;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0033837;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:17:11:15:18:17:11 chr2 118771566 . C A 962.22 PASS AF=0.40824;AO=110;DP=262;FAO=109;FDP=267;FR=.;FRO=158;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=0.0518622;FXX=0.0037312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7826;QD=14.4153;RBI=0.101486;REFB=-0.0206251;REVB=0.0872336;RO=152;SAF=52;SAR=58;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352313;STB=0.526506;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0293454;OID=.;OPOS=118771566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:267:152:158:110:109:0.40824:58:52:77:75:58:51:81:77 chr2 118774082 . T C 676.67 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.617;QD=60.1482;RBI=0.0283425;REFB=-0.0696741;REVB=0.0142013;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000134112;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:0:1:29:15:0:1 chr2 118774178 . G C 473.64 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0869536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2397;QD=51.204;RBI=0.0936602;REFB=-0.0932215;REVB=0.0348039;RO=3;SAF=15;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847389;STB=0.545428;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00584681;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:19:15:3:0:19:15:3:0 chr2 118866033 . G GA 77.61 PASS AF=0.48;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.045998;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.747;QD=12.418;RBI=0.0545215;REFB=-0.0490549;REVB=-0.0292708;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220022;STB=0.701774;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0531598;OID=.;OPOS=118866034;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:11:34:12:25:13:3:9:8:5:77:22:3:8:10:12 chr2 119604255 . C T 123.85 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.036182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6696;QD=27.5225;RBI=0.0368197;REFB=-0.0650625;REVB=0.00682302;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646167;STB=0.536029;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00856267;OID=.;OPOS=119604255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:18:18:5:5:13:13:0.722222:4:9:4:1:4:9:4:1 chr2 119915249 . T C 547.16 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.000741432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.021;QD=26.0554;RBI=0.0407;REFB=-0.0241045;REVB=-0.0406933;RO=34;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448283;STB=0.524486;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0137702;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:22:28:17:17:22:28:17:17 chr2 119927405 . G C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000162703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.609;QD=7.76211;RBI=0.0122878;REFB=0.00208631;REVB=0.0122867;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373394;STB=0.732613;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00383255;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:9:4:4:2:9:4 chr2 119988565 . G A 519.54 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0116597;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.2;QD=16.3636;RBI=0.0293449;REFB=-0.00835237;REVB=0.0269291;RO=71;SAF=30;SAR=26;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146501;STB=0.508185;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0134411;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:26:30:37:34:26:30:37:34 chr2 120005569 . C T 384.53 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0261474;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.828;QD=17.2822;RBI=0.0262663;REFB=-0.0187749;REVB=-0.00249678;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403068;STB=0.533242;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0209602;OID=.;OPOS=120005569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:51:49:40:40:0.449438:18:22:26:25:18:22:24:25 chr2 120021785 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.003;QD=57.4356;RBI=0.0315957;REFB=-0.0509755;REVB=0.00507083;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000351911;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:28:39:0:0:28:39:0:1 chr2 120060082 . T C 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0427154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3618;QD=12.3177;RBI=0.0622309;REFB=0.00703325;REVB=0.0452557;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485443;STB=0.52793;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0112521;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:12:15:23:22:12:15:23:22 chr2 120078778 . T C 714.08 PASS AF=0.308725;AO=92;DP=298;FAO=92;FDP=298;FR=.;FRO=206;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=90;FSRR=116;FWDB=0.017408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.068;QD=9.5849;RBI=0.0212958;REFB=-0.0127641;REVB=0.0122666;RO=206;SAF=41;SAR=51;SRF=90;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106156;STB=0.506134;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0201024;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:206:206:92:92:0.308725:51:41:90:116:51:41:90:116 chr2 120125029 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.841;QD=50.4134;RBI=0.058478;REFB=0;REVB=0.0564319;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270326;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 120125053 . C G 72.8 PASS AF=0.384615;AO=7;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.013023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.789;QD=11.1996;RBI=0.0674963;REFB=-0.00788719;REVB=0.066228;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241432;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0450138;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:26:17:16:7:10:0.384615:4:3:11:6:7:3:10:6 chr2 120125058 . C T 83.71 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0210338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2503;QD=10.4633;RBI=0.021068;REFB=-0.0113203;REVB=-0.00119954;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42004;STB=0.750938;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0545135;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:14:7:8:3:14:7 chr2 120194651 . A AGTGTGC 684.52 PASS AF=1;AO=46;DP=69;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434625;FXX=0.142832;HRUN=0;LEN=6;MLLD=306.327;QD=57.0436;RBI=0.00779603;REFB=0;REVB=-0.00647211;RO=17;SAF=9;SAR=37;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.51183e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:69:48:48:0:10:38:0:0:4:17:9:37:12:5 chr2 120199140 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.527;QD=56.1897;RBI=0.0422934;REFB=0;REVB=-0.0269085;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78878e-05;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 120303820 . A T 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.028264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.014;QD=20.4045;RBI=0.0291611;REFB=-0.00458435;REVB=-0.00717765;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487629;STB=0.52701;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0111645;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:9:19:20:12:9:19 chr2 120369300 . T C 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.938;QD=54.8217;RBI=0.0209144;REFB=-0.124481;REVB=0.000512673;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000386391;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:30:20:0:0:30:20:0:1 chr2 120388412 . G A 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6029;QD=62.1613;RBI=0.0538501;REFB=0;REVB=-0.0447074;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283038;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr2 120409616 . G T 245.41 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00511881;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.517;QD=12.9161;RBI=0.0089607;REFB=-0.0102591;REVB=0.00735473;RO=48;SAF=6;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380482;STB=0.702692;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0153303;OID=.;OPOS=120409616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:48:47:29:29:0.381579:23:6:25:23:23:6:23:24 chr2 120438523 . A G 1140.03 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.276;QD=59.2222;RBI=0.0148177;REFB=-0.10286;REVB=0.00989169;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104009;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000141716;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:1:0:31:45:1:0 chr2 120438696 . A G 976.45 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4244;QD=57.4381;RBI=0.0609768;REFB=-0.0580228;REVB=-0.0100673;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000783412;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:36:31:0:0:36:31:0:1 chr2 120439230 . C G 906.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.627;QD=57.551;RBI=0.0514422;REFB=0;REVB=0.00573209;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375404;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:23:34:0:0:23:40:0:0 chr2 120439459 . C A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.021;QD=63.5804;RBI=0.0198052;REFB=0;REVB=-0.00945766;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77795e-05;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 120639426 . TAAAAAAT TAAAAAA,TAAAAA,TAAAAAT 40.52 PASS AF=0,0.270833,0;AO=6,7,7;DP=49;FAO=0,13,0;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=0,6,0;FSAR=0,7,0;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.295498,0.114053,-0.0787524;FXX=0.020404;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.29875,16.5413,9.48491;QD=3.37704;RBI=0.312173,0.151264,0.122388;REFB=-0.0659206,-0.044961,-0.0226566;REVB=-0.100664,-0.0993622,-0.0936846;RO=18;SAF=2,0,5;SAR=4,7,2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.311994,-0.766227,0.131357;STB=0.5,0.559015,0.5;STBP=1,0.646,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0119481,0.121368,0;OID=.,.,.;OPOS=120639433,120639432,120639427;OREF=T,AT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAA,TAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.270833,0:6,7,7:49:0,13,0:48:35:0,6,0:0,7,0:19:16:34:18:2,0,5:4,7,2:11:7 chr2 120704166 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.611;QD=62.022;RBI=0.0241346;REFB=0;REVB=-0.0178202;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00935e-06;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr2 120830815 . A G 178.76 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770919;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.185;QD=47.6689;RBI=0.107537;REFB=0;REVB=0.0749737;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151702;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:10:3:0:0:12:3:0:0 chr2 120885310 . G A 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0277832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.392;QD=55.4805;RBI=0.0309589;REFB=-0.041481;REVB=0.0136583;RO=2;SAF=38;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242139;STB=0.512817;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000406737;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:27:38:2:0:27:38:2:0 chr2 120980428 . G C 1036.41 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0416192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6098;QD=53.8395;RBI=0.0504577;REFB=-0.0337196;REVB=0.0285276;RO=2;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242433;STB=0.512192;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0166464;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:77:2:2:73:75:0.974026:38:35:0:2:40:35:0:2 chr2 121106850 . C T 293.33 PASS AF=0.354167;AO=33;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0146304;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.139;QD=12.2221;RBI=0.0166684;REFB=-0.00417353;REVB=-0.0079866;RO=61;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113177;STB=0.57806;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00803318;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:62:33:34:0.354167:14:19:29:32:14:20:29:33 chr2 121726447 . G A 561.97 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.084;QD=57.6374;RBI=0.0860714;REFB=-0.0745942;REVB=0.0441251;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00127829;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:21:16:1:0:22:16:1:0 chr2 121948235 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.954;QD=40.763;RBI=0.0326401;REFB=0;REVB=-0.0309323;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166737;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 121948239 . A C 81.96 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00145978;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=133.627;QD=32.7858;RBI=0.0505103;REFB=-0.101707;REVB=0.0504892;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00231123;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr2 121948262 . A G 95.35 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00226694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.414;QD=34.6735;RBI=0.0409692;REFB=-0.103291;REVB=0.0409065;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00217142;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:7:3:0:0:7:3:1:0 chr2 121980405 . TC T 76.91 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0291922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1551;QD=9.92446;RBI=0.0422905;REFB=-0.0347867;REVB=-0.0305991;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.617473;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.0465632;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:13:31:13:31:18:6:7:12:6:76:18:6:7:12:6 chr2 121989489 . G A 497.99 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0497264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8419;QD=18.1086;RBI=0.0525848;REFB=0.0106884;REVB=0.0171011;RO=56;SAF=24;SAR=28;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064973;STB=0.525903;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00899774;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:57:52:53:0.481818:28:24:22:34:29:24:23:34 chr2 122288507 . G A 511.03 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0231382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.363;QD=15.4859;RBI=0.0275898;REFB=-0.00913353;REVB=-0.0150272;RO=76;SAF=33;SAR=23;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106234;STB=0.559607;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0105012;OID=.;OPOS=122288507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:23:33:37:39:23:33:37:39 chr2 122484976 . G A 307.44 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.019418;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.369;QD=26.1649;RBI=0.0535714;REFB=-0.0236947;REVB=-0.0499283;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994375;STB=0.548138;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0235469;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:18:20:27:27:0.574468:11:16:13:5:11:16:14:6 chr2 124626984 . A G 612.35 PASS AF=0.578947;AO=54;DP=94;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00433896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.792;QD=25.7833;RBI=0.00657773;REFB=-0.00445041;REVB=-0.00494368;RO=37;SAF=24;SAR=30;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11277;STB=0.566383;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00289916;OID=.;OPOS=124626984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:37:40:54:55:0.578947:30:24:11:26:30:25:12:28 chr2 124627061 . AC A,CA 56.25 PASS AF=0.35,0;AO=19,3;DP=61;FAO=21,0;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7,0;FSAR=14,0;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0429728,-0.0243488;FXX=0.0163908;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.16807,20.7227;QD=3.75017;RBI=0.0738484,0.0269046;REFB=-0.140596,-0.0643278;REVB=0.0600576,0.0114454;RO=32;SAF=4,2;SAR=15,1;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.222998,0.291889;STB=0.53655,0.5;STBP=0.692,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.171843,0;OID=.,.;OPOS=124627062,124627061;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:61:60:32:39:19,3:21,0:0.35,0:15,1:4,2:12:20:14,0:7,0:15:24 chr2 125192068 . T C 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0081952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.778;QD=18.5769;RBI=0.0465041;REFB=-0.00164296;REVB=0.0457763;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311941;STB=0.517424;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00212631;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:11:20:19:12:11:20:19:12 chr2 125746817 . A G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0456271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.106;QD=18.7118;RBI=0.055545;REFB=0.0025891;REVB=0.0316768;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134812;STB=0.576835;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00109101;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:10:9:6:12:10:9 chr2 127414217 . AT A 103.06 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0192509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4259;QD=5.35352;RBI=0.0500544;REFB=-0.0245064;REVB=-0.0462044;RO=52;SAF=17;SAR=7;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372751;STB=0.725027;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0481091;OID=.;OPOS=127414218;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324675:24:77:25:77:52:18:7:20:32:99:52:17:7:20:32 chr2 127816695 . C T 102.67 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0395459;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5215;QD=16.4277;RBI=0.0782684;REFB=0.0159382;REVB=0.0675431;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316258;STB=0.679738;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0129528;OID=.;OPOS=127816695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:6:6:11:2:6:6:11:2 chr2 127821207 . G A 493.99 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0146029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.096;QD=22.9762;RBI=0.0146559;REFB=0.000552883;REVB=-0.00124576;RO=37;SAF=15;SAR=32;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250646;STB=0.649681;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000587957;OID=.;OPOS=127821207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:39:47:47:0.546512:32:15:23:14:32:15:25:14 chr2 127826533 . A G 203.53 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0351195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.471;QD=17.6981;RBI=0.0362449;REFB=-0.000562953;REVB=-0.00896195;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126165;STB=0.585695;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00150233;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:25:20:21:0.456522:10:10:8:14:11:10:8:17 chr2 128176040 . A T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00774825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.624;QD=14.2703;RBI=0.0330882;REFB=0.0309844;REVB=-0.0321682;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220274;STB=0.625258;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0332016;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:21:12:14:10:21:12 chr2 128229855 . G T 742.69 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166048;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6093;QD=57.1301;RBI=0.00351456;REFB=0;REVB=0.00309756;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201123;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 128238675 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC,TCTTTTTT 142.05 PASS AF=0.263889,0.166667,0.0138889;AO=22,12,3;DP=72;FAO=19,12,1;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=7,10,1;FSAR=12,2,0;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.107647,0.0772357,0.00816643;FXX=0.0136968;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.92445,19.1847,70.3272;QD=7.89144;RBI=0.114646,0.080696,0.07499;REFB=-0.136822,-0.0883769,-0.0175278;REVB=0.0394423,-0.0233771,-0.074544;RO=29;SAF=6,9,3;SAR=16,3,0;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.16112,0.393415,0.588601;STB=0.504775,0.843192,0.992303;STBP=0.966,0.014,0.269;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.115334,0.104488,0.120687;OID=.,.,.;OPOS=128238676,128238682,128238675;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC,TCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:72:72:29:40:22,12,3:19,12,1:0.263889,0.166667,0.0138889:16,3,0:6,9,3:12:17:12,2,0:7,10,1:15:25 chr2 128345989 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.015968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.868;QD=20.6009;RBI=0.0330332;REFB=-0.0195405;REVB=0.0289174;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.578098;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0135218;OID=.;OPOS=128345989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:14:4:7:13:15:4 chr2 128381717 . G A 708.14 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.00603072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.537;QD=18.5136;RBI=0.0360686;REFB=-0.00613231;REVB=0.0355608;RO=78;SAF=39;SAR=35;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707678;STB=0.535292;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00607532;OID=.;OPOS=128381717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:79:74:74:0.48366:35:39:47:31:35:39:47:32 chr2 128381836 . G A 1085.54 PASS AF=0.460905;AO=108;DP=239;FAO=112;FDP=243;FR=.;FRO=131;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=-0.00399226;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.72;QD=17.869;RBI=0.0141197;REFB=-0.0327205;REVB=0.0135435;RO=131;SAF=59;SAR=49;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109724;STB=0.549291;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0426319;OID=.;OPOS=128381836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:243:131:131:108:112:0.460905:49:59:57:74:53:59:57:74 chr2 128385386 . G A 199.16 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=53;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0379266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.385;QD=13.2775;RBI=0.0379272;REFB=-0.0109502;REVB=0.000214262;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151123;STB=0.639888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.022077;OID=.;OPOS=128385386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:60:33:35:18:25:0.416667:9:9:12:21:9:16:14:21 chr2 128385983 . G A 264.96 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0674188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.28;QD=15.5858;RBI=0.0693013;REFB=-0.00878194;REVB=0.0160426;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10058;STB=0.556848;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0113959;OID=.;OPOS=128385983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:19:19:18:12:19:19 chr2 128393800 . T C 583.43 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0222951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.426;QD=17.6797;RBI=0.0407157;REFB=-0.0105437;REVB=-0.034069;RO=71;SAF=27;SAR=33;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137259;STB=0.570911;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0143752;OID=.;OPOS=128393800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:60:61:0.462121:33:27:42:29:33:28:42:29 chr2 128394758 . T C 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0200301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.769;QD=19.6667;RBI=0.0344191;REFB=-0.00826056;REVB=0.0279905;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106456;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:11:8:8:11:11:8 chr2 128394877 . C T 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00787233;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.384;QD=12.1437;RBI=0.00867397;REFB=-0.00714339;REVB=-0.00364201;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496341;STB=0.789169;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0151675;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:4:15:11:22:4:15:11:22 chr2 128394955 . A G 207.57 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00640881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.134;QD=15.0962;RBI=0.00861673;REFB=-0.00698146;REVB=-0.00575979;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125562;STB=0.581326;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0182647;OID=.;OPOS=128394955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:9:15:15:15:9:15:15:16 chr2 128396037 . C CAACA 261.01 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0271442;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=4;MLLD=207.012;QD=17.1151;RBI=0.0285865;REFB=-0.0298009;REVB=0.00896524;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186436;STB=0.525406;STBP=0.712;TYPE=ins;VARB=0.035127;OID=.;OPOS=128396038;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541:27:64:29:61:32:15:14:15:17:99:36:14:13:18:18 chr2 128400608 . C T 317.25 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00795026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8232;QD=20.4675;RBI=0.0485646;REFB=-0.0664772;REVB=-0.0479094;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178169;STB=0.598368;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0361919;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:17:16:8:21:17:16:8:21 chr2 128401091 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0161925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.671;QD=12.2756;RBI=0.0174074;REFB=-0.00958709;REVB=-0.00638885;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101664;STB=0.559739;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0103281;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:14:18:8:9:14:18 chr2 128409331 . CGGGGGGC CGGGGGCA 103.82 PASS AF=0.545455;AO=7;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.123353;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=2;MLLD=55.6613;QD=18.8771;RBI=0.123486;REFB=-0.0440438;REVB=-0.00572251;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.571317;STBP=0.554;TYPE=mnp;VARB=0.0198144;OID=.;OPOS=128409337;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CGGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:7:23:12:22:10:4:8:2:8:68:8:2:5:0:8 chr2 128460956 . G A 915.52 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.461;QD=58.1283;RBI=0.0398819;REFB=0;REVB=0.00303368;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23271e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:30:31:0:0:31:32:0:0 chr2 128495645 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0547791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.221;QD=12.2129;RBI=0.0557157;REFB=-0.0146265;REVB=-0.0101726;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0243424;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:10:12:7:6:10:12 chr2 128608184 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.278;QD=55.6541;RBI=0.0292276;REFB=0;REVB=-0.00891436;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171735;OID=.;OPOS=128608184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr2 128849114 . T C 719.07 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929306;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.747;QD=56.3974;RBI=0.0934991;REFB=0;REVB=0.0102953;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123034;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:47:51:1:33:14:0:0:34:17:0:0 chr2 128870808 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.624;QD=56.1915;RBI=0.0316649;REFB=0;REVB=-0.00624326;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28941e-05;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:3:25:0:0:3:25:0:0 chr2 128878014 . G A 645.06 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.062571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8892;QD=57.3382;RBI=0.0627858;REFB=-0.157069;REVB=-0.00518834;RO=2;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335232;STB=0.517849;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00979311;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:27:16:0:2:27:16:0:2 chr2 128934400 . T C 206.2 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00661666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.702;QD=17.549;RBI=0.0130531;REFB=-0.0045614;REVB=0.0112518;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.575683;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00416669;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:13:7:12:14:14:7:12:14 chr2 128939817 . G A 438.07 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0270322;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4256;QD=15.6453;RBI=0.0513691;REFB=-0.0334982;REVB=0.0436812;RO=62;SAF=26;SAR=22;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1061;STB=0.557354;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.04575;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:63:48:49:0.4375:22:26:40:22:22:27:41:22 chr2 129023201 . G T 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0351884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.545;QD=1.93787;RBI=0.0364834;REFB=0.00111785;REVB=-0.00963416;RO=79;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827298;STB=0.556447;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0054857;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:79:80:10:10:0.111111:6:4:37:42:6:4:37:43 chr2 129023282 . G C 162.02 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0763895;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3441;QD=10.1265;RBI=0.0790929;REFB=0.0155085;REVB=0.0205019;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160619;STB=0.583673;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0303016;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:28:43:20:21:0.328125:15:5:4:24:15:6:17:26 chr2 129075877 . G T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00862859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.471;QD=9.91493;RBI=0.0102236;REFB=-0.0309524;REVB=-0.00548356;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239435;STB=0.642574;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0429656;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:13:4:4:5:13:4 chr2 129075919 . G A 41.96 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00225261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.019;QD=4.41657;RBI=0.0152782;REFB=-0.00515383;REVB=0.0151112;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203558;STB=0.646659;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0468343;OID=.;OPOS=129075919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:4:3:18:12:4:3:19:12 chr2 129075961 . T C,G 141.2 PASS AF=0.8,0.133333;AO=11,3;DP=15;FAO=12,2;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168612,-0.0508962;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.579,130.407;QD=37.6523;RBI=0.0366729,0.0509285;REFB=-0.131678,-0.0296223;REVB=0.0325668,-0.00181342;RO=0;SAF=3,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533278,0.665164;STBP=0.541,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00297857,0.255071;OID=.,.;OPOS=129075961,129075961;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:15:15:0:1:11,3:12,2:0.8,0.133333:8,0:3,3:0:0:7,1:5,1:0:1 chr2 130738163 . G A 73.0 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00104618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.983;QD=9.73291;RBI=0.0166027;REFB=-0.0120057;REVB=-0.0165697;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172769;STB=0.566536;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0285614;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:30:20:20:9:10:0.333333:5:4:12:8:5:5:12:8 chr2 130738329 . C A 282.66 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00416884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3263;QD=28.9908;RBI=0.110834;REFB=0.0307336;REVB=0.110755;RO=14;SAF=10;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130152;STB=0.571374;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0153309;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:15:10:3:11:15:10:3:11 chr2 130739164 . A G 318.05 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.757;QD=16.7393;RBI=0.0133186;REFB=-0.00781241;REVB=-0.000703636;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121537;STB=0.571388;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00715823;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:39:41:34:35:0.460526:20:14:21:18:20:15:23:18 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 221.07 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=10,4;DP=19;FAO=14,4;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566351,0.067259;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=211.08,352.461;QD=49.126;RBI=0.0697781,0.0718549;REFB=0,0;REVB=0.040761,-0.0252855;RO=0;SAF=4,1;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00765194,-0.0138457;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:10,4:19:14,4:18:0:6,1:8,3:0:0:21:0:4,1:6,3:0:0 chr2 130739542 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00137782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.846;QD=8.69785;RBI=0.0662112;REFB=-0.00176688;REVB=-0.0661969;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885977;STB=0.555391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0055855;OID=.;OPOS=130739542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:9:5:2:5:9:5 chr2 130739646 . TTAAC T 95.7 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0250985;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=4;MLLD=241.244;QD=18.2295;RBI=0.0293213;REFB=-0.0227368;REVB=-0.0151593;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209806;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0093658;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:12:22:12:21:9:6:6:7:2:58:9:6:6:7:2 chr2 130739802 . A G 178.6 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00104857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6001;QD=14.883;RBI=0.0410411;REFB=-0.0223373;REVB=0.0410277;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349957;STB=0.701735;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0175061;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:6:13:10:19:6:13:10:19 chr2 130739891 . T A 311.01 PASS AF=0.492754;AO=29;DP=65;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00317249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.173;QD=18.0296;RBI=0.0138746;REFB=-0.0139069;REVB=-0.0135071;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214585;STB=0.580106;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0111341;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:33:35:29:34:0.492754:18:11:20:13:19:15:21:14 chr2 130740230 . C T 275.67 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.019721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.389;QD=22.9725;RBI=0.0198444;REFB=-0.0195055;REVB=0.00220975;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230085;STB=0.640277;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0203567;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:25:26:0.541667:12:13:5:16:12:14:5:17 chr2 130832531 . A G 179.53 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00326991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.43;QD=15.279;RBI=0.00520583;REFB=-0.0145582;REVB=0.00405073;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15538;STB=0.601259;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0157843;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:7:11:13:15:7:12:13:15 chr2 130866805 . C G 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0173687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.195;QD=22.4804;RBI=0.0209263;REFB=-0.00963493;REVB=0.0116721;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152651;STB=0.5839;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00552466;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:10:21:19:20:10:21 chr2 130897234 . C T 312.58 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0863094;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.713;QD=21.5575;RBI=0.0866927;REFB=-0.011269;REVB=0.00814276;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241446;STB=0.6329;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0154668;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:6:20:15:17:6:20 chr2 130900188 . A G 315.51 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0112148;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.185;QD=19.416;RBI=0.0113287;REFB=-0.00639504;REVB=-0.00160243;RO=32;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191132;STB=0.510632;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00589481;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:32:32:33:33:0.507692:21:12:11:21:21:12:11:21 chr2 130902067 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.02921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.53;QD=19.1776;RBI=0.0350799;REFB=-0.0136019;REVB=0.019426;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139543;STB=0.579497;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0145011;OID=.;OPOS=130902067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:7:4:7:6:7:4 chr2 130902194 . C T 95.55 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0292344;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.572;QD=20.1151;RBI=0.0357054;REFB=0.00935405;REVB=0.0204994;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145526;STB=0.611445;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00363873;OID=.;OPOS=130902194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:7:8:11:11:0.578947:7:4:4:3:7:4:5:3 chr2 130925088 . C T 775.88 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=107;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00102898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.471;QD=29.0047;RBI=0.00527783;REFB=-0.00817352;REVB=0.00517655;RO=37;SAF=42;SAR=28;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359898;STB=0.501945;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0034662;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:37:37:70:70:0.654206:28:42:22:15:28:42:22:15 chr2 130939348 . G A 163.52 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.054521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.486;QD=20.4407;RBI=0.0559024;REFB=-0.0221342;REVB=0.0123507;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101757;STB=0.557553;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.022607;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:8:7:10:7:8:7 chr2 130949411 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.45;QD=46.848;RBI=0.0482671;REFB=0;REVB=0.0325632;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662747;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr2 130949491 . G A 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0361868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0663;QD=14.7399;RBI=0.0362223;REFB=-0.00614024;REVB=0.0016051;RO=41;SAF=6;SAR=24;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066341;STB=0.537789;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00932393;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:24:6:10:31:24:6:10:31 chr2 130951548 . G A 1525.17 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106735;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.782;QD=58.6604;RBI=0.0358463;REFB=-0.103582;REVB=0.0342204;RO=1;SAF=65;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724475;STB=0.503816;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000273307;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:38:65:1:0:38:65:1:0 chr2 130951566 . G A 1529.91 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2675;QD=63.7462;RBI=0.0462949;REFB=0;REVB=0.0461154;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186494;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:32:64:0:0:32:64:0:0 chr2 130951581 . A G 625.91 PASS AF=0.583333;AO=53;DP=94;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0116771;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.153;QD=26.0795;RBI=0.0446466;REFB=-0.0422787;REVB=0.0430925;RO=40;SAF=33;SAR=20;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132481;STB=0.562059;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0238648;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:40:40:53:56:0.583333:20:33:31:9:20:36:31:9 chr2 130951584 . T C 605.31 PASS AF=0.587629;AO=46;DP=91;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0125794;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1259;QD=24.9612;RBI=0.111224;REFB=-0.0490963;REVB=0.11051;RO=39;SAF=37;SAR=9;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449487;STB=0.539669;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.038413;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:97:39:40:46:57:0.587629:9:37:30:9:19:38:30:10 chr2 130951754 . G T 538.69 PASS AF=0.508929;AO=55;DP=110;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0245361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2324;QD=19.2388;RBI=0.0703155;REFB=-0.0102287;REVB=0.0658958;RO=54;SAF=28;SAR=27;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250857;STB=0.509431;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0146594;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:54:55:55:57:0.508929:27:28:29:25:27:30:30:25 chr2 130951949 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0375241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.596;QD=18.829;RBI=0.0410345;REFB=-0.035991;REVB=0.0166065;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218396;STB=0.624866;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0287785;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:10:12:15:5:10:12 chr2 130952718 . G A 41.86 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=158;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0418013;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.221;QD=1.06641;RBI=0.0430817;REFB=-0.00295364;REVB=-0.010425;RO=142;SAF=3;SAR=10;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298998;STB=0.738081;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0315676;OID=.;OPOS=130952718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:158:157:142:144:13:13:0.0828025:10:3:69:73:10:3:69:75 chr2 130952725 . C T 34.18 PASS AF=0.0764331;AO=9;DP=154;FAO=12;FDP=157;FR=.;FRO=145;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=74;FWDB=0.00991824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.584;QD=0.8707;RBI=0.0309111;REFB=-0.00418149;REVB=-0.0292767;RO=144;SAF=4;SAR=5;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491697;STB=0.567656;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0453541;OID=.;OPOS=130952725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:154:157:144:145:9:12:0.0764331:5:4:71:73:7:5:71:74 chr2 131031142 . T G 675.66 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0124754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3572;QD=27.578;RBI=0.025982;REFB=-0.00597903;REVB=0.022791;RO=39;SAF=31;SAR=28;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472641;STB=0.525721;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00524793;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:59:59:0.602041:28:31:23:16:28:31:23:16 chr2 131033040 . C T 2151.51 PASS AF=0.571429;AO=195;DP=341;FAO=196;FDP=343;FR=.;FRO=147;FSAF=114;FSAR=82;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=0.00207163;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.224;QD=25.0905;RBI=0.00747899;REFB=-0.0119831;REVB=-0.00718635;RO=145;SAF=113;SAR=82;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824626;STB=0.545729;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00878346;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:343:145:147:195:196:0.571429:82:113:69:76:82:114:70:77 chr2 131036000 . C T 1156.45 PASS AF=0.64375;AO=103;DP=160;FAO=103;FDP=160;FR=.;FRO=57;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0265278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.876;QD=28.9112;RBI=0.0265401;REFB=-0.0301772;REVB=0.000806667;RO=57;SAF=49;SAR=54;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129802;STB=0.506998;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0161588;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:57:57:103:103:0.64375:54:49:26:31:54:49:26:31 chr2 131037784 . T C 551.61 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00723011;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.676;QD=13.7903;RBI=0.0130479;REFB=-0.00115181;REVB=0.0108615;RO=93;SAF=35;SAR=29;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100228;STB=0.54686;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0011402;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:96:64:64:0.4:29:35:42:51:29:35:45:51 chr2 131037817 . A C 654.88 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.056925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5994;QD=19.4039;RBI=0.0595344;REFB=-0.0127393;REVB=0.0174324;RO=66;SAF=36;SAR=30;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824004;STB=0.534403;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0145425;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:69:66:66:0.488889:30:36:30:36:30:36:33:36 chr2 131037849 . G A 481.97 PASS AF=0.484536;AO=48;DP=100;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0167895;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.849;QD=19.8752;RBI=0.0172634;REFB=0.00247142;REVB=-0.00401706;RO=50;SAF=21;SAR=27;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352229;STB=0.513508;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00160662;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:50:50:48:47:0.484536:27:21:20:30:27:20:20:30 chr2 131094709 . C T 266.81 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.00555356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.982;QD=9.12181;RBI=0.0106456;REFB=-0.000434378;REVB=0.00908218;RO=77;SAF=17;SAR=19;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2215;STB=0.632966;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00106157;OID=.;OPOS=131094709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:77:81:36:36:0.307692:19:17:51:26:19:17:54:27 chr2 131097236 . G A 298.42 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0289291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.999;QD=10.8518;RBI=0.0311157;REFB=-0.0127685;REVB=0.0114582;RO=70;SAF=18;SAR=20;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938282;STB=0.562408;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0252508;OID=.;OPOS=131097236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:70:72:38:38:0.345455:20:18:39:31:20:18:41:31 chr2 131127678 . A G 505.47 PASS AF=0.348315;AO=61;DP=177;FAO=62;FDP=178;FR=.;FRO=116;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=-0.0112589;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.666;QD=11.3589;RBI=0.0179878;REFB=-0.00799212;REVB=-0.0140285;RO=115;SAF=32;SAR=29;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132049;STB=0.509811;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0131584;OID=.;OPOS=131127678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:115:116:61:62:0.348315:29:32:59:56:29:33:60:56 chr2 131128207 . G A 437.89 PASS AF=0.311475;AO=57;DP=183;FAO=57;FDP=183;FR=.;FRO=126;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=80;FWDB=0.0208896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4055;QD=9.57133;RBI=0.0335175;REFB=0.000257321;REVB=0.0262117;RO=126;SAF=21;SAR=36;SRF=46;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426735;STB=0.502474;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-9.54818e-05;OID=.;OPOS=131128207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:126:126:57:57:0.311475:36:21:46:80:36:21:46:80 chr2 131258139 . G A 56.38 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0210337;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1583;QD=2.34898;RBI=0.0974509;REFB=-0.000311949;REVB=-0.0951539;RO=81;SAF=3;SAR=9;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358385;STB=0.764874;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00228275;OID=.;OPOS=131258139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:81:84:12:12:0.125:9:3:44:37:9:3:47:37 chr2 131266530 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.562;QD=53.9108;RBI=0.0791137;REFB=0;REVB=0.0061743;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428357;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr2 131414158 . C A 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0114812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.239;QD=13.7581;RBI=0.0200939;REFB=-0.0150123;REVB=-0.0164909;RO=53;SAF=21;SAR=13;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116542;STB=0.566015;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0209706;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:13:21:38:15:13:21:38:15 chr2 131414176 . C T 290.48 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.063972;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0349;QD=11.6193;RBI=0.117794;REFB=-0.0185983;REVB=-0.0989097;RO=59;SAF=25;SAR=10;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897147;STB=0.584365;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0359796;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:65:35:35:0.35:10:25:38:21:10:25:39:26 chr2 131487673 . A C 581.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.315;QD=59.6016;RBI=0.01338;REFB=0;REVB=0.00587434;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891812;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:9:28:0:0:9:30:0:0 chr2 131520663 . T C 861.58 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030152;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.688;QD=57.4387;RBI=0.019084;REFB=0;REVB=0.0188443;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50481e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:56:60:1:28:28:0:0:29:31:0:0 chr2 131523273 . G T 127.64 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00336124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.479;QD=12.764;RBI=0.0265874;REFB=-0.0153936;REVB=-0.0263741;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177621;STB=0.599867;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0238078;OID=.;OPOS=131523273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:25:14:15:0.375:5:9:11:12:6:9:11:14 chr2 131524745 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00122556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.773;QD=9.60053;RBI=0.00429069;REFB=-0.0135796;REVB=0.00411194;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319775;STB=0.679964;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0268917;OID=.;OPOS=131524745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:11:6:23:13:11:6:23:14 chr2 131672950 . A G 154.12 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0136495;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.133;QD=21.2576;RBI=0.029196;REFB=-0.0364362;REVB=0.0258089;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219838;STB=0.646862;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0268619;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:13:16:16:0.551724:12:4:6:6:12:4:7:6 chr2 131673702 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.017021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.325;QD=12.8607;RBI=0.0171022;REFB=-0.0318248;REVB=0.00166398;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0260897;OID=.;OPOS=131673702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr2 131674285 . A G 308.49 PASS AF=0.365385;AO=37;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.000983217;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.489;QD=11.8649;RBI=0.0179576;REFB=-0.00681046;REVB=-0.0179307;RO=66;SAF=24;SAR=13;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170847;STB=0.603936;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0130226;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:37:38:0.365385:13:24:33:33:13:25:33:33 chr2 131688587 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0159749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.916;QD=16.6269;RBI=0.0201247;REFB=0.00554366;REVB=0.0122396;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00448626;OID=.;OPOS=131688587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:14:13:13:0.481481:8:5:5:7:8:5:7:7 chr2 131688783 . G A 79.94 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0136347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.714;QD=9.99194;RBI=0.0163133;REFB=-0.0187339;REVB=0.00895657;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0287644;OID=.;OPOS=131688783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:31:32:20:21:10:11:0.34375:5:5:9:11:5:6:10:11 chr2 132127298 . G A 112.93 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0145549;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.652;QD=5.13337;RBI=0.0218249;REFB=-0.00519358;REVB=-0.0162628;RO=69;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160228;STB=0.502657;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0180651;OID=.;OPOS=132127298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:69:70:18:18:0.204545:11:7:26:43:11:7:27:43 chr2 132129717 . T G 47.91 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0169643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0904;QD=1.68101;RBI=0.0913939;REFB=-0.00796429;REVB=0.0898056;RO=101;SAF=5;SAR=7;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105613;STB=0.574655;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.080769;OID=.;OPOS=132129717;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:114:114:101:102:12:12:0.105263:7:5:51:50:7:5:51:51 chr2 132129774 . C T 321.69 PASS AF=0.256831;AO=47;DP=183;FAO=47;FDP=183;FR=.;FRO=136;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=-0.0239496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.237;QD=7.03142;RBI=0.0366853;REFB=0.00819294;REVB=-0.0277891;RO=136;SAF=25;SAR=22;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214644;STB=0.512815;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0297441;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:136:136:47:47:0.256831:22:25:70:66:22:25:70:66 chr2 132129810 . A C 537.44 PASS AF=0.351351;AO=65;DP=185;FAO=65;FDP=185;FR=.;FRO=120;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=0.0107049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.498;QD=11.6203;RBI=0.023849;REFB=-0.0184685;REVB=-0.0213115;RO=120;SAF=31;SAR=34;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116847;STB=0.506669;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0407946;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:120:120:65:65:0.351351:34:31:56:64:34:31:56:64 chr2 132129841 . C A 560.68 PASS AF=0.37931;AO=70;DP=174;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.00917702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.738;QD=12.8892;RBI=0.0106162;REFB=-0.0133428;REVB=0.00533729;RO=104;SAF=31;SAR=39;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975014;STB=0.508992;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0149029;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:104:108:70:66:0.37931:39:31:47:57:37:29:49:59 chr2 132129844 . G A 558.73 PASS AF=0.386905;AO=64;DP=170;FAO=65;FDP=168;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0115867;FXX=0.0289001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.029;QD=13.3031;RBI=0.0139359;REFB=-0.0051025;REVB=-0.00774328;RO=96;SAF=27;SAR=37;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282831;STB=0.51589;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00625588;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:96:103:64:65:0.386905:37:27:43:53:37:28:47:56 chr2 132137239 . C T 1536.84 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794775;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.678;QD=59.1093;RBI=0.0424459;REFB=0;REVB=0.0416952;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12275e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:101:104:1:37:64:0:0:38:66:0:0 chr2 132140090 . A C 2037.74 PASS AF=0.964029;AO=134;DP=139;FAO=134;FDP=139;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0289462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9952;QD=58.6399;RBI=0.123951;REFB=-0.220078;REVB=0.120523;RO=4;SAF=83;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358262;STB=0.515875;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00651887;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:139:4:5:134:134:0.964029:51:83:0:4:51:83:1:4 chr2 132140200 . C A 2754.43 PASS AF=0.978142;AO=179;DP=185;FAO=179;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00412273;FXX=0.0108102;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.923;QD=60.2062;RBI=0.0118475;REFB=0.0514759;REVB=0.011107;RO=4;SAF=71;SAR=108;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152996;STB=0.508041;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-6.54384e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:185:183:4:4:179:179:0.978142:108:71:3:1:108:71:3:1 chr2 132141767 . A G,T 781.29 PASS AF=0.964912,0.0175439;AO=53,3;DP=57;FAO=55,1;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=29,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267174,-0.0330448;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=132.646,15.0586;QD=54.8274;RBI=0.035864,0.0636286;REFB=-0.079135,-0.0237605;REVB=0.023925,-0.0543749;RO=1;SAF=24,2;SAR=29,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0192259,-0.163246;STB=0.509431,0.989913;STBP=0.317,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.000126373,0.0189544;OID=.,.;OPOS=132141767,132141767;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:57:1:1:53,3:55,1:0.964912,0.0175439:29,1:24,2:1:0:29,1:26,0:1:0 chr2 132200256 . T C 103.43 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00716551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.576;QD=9.85052;RBI=0.0606075;REFB=-0.0109019;REVB=-0.0601825;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132854;STB=0.56918;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.026766;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:28:29:13:13:0.309524:8:5:14:14:8:5:14:15 chr2 132200307 . G A 207.55 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0052867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.704;QD=15.0944;RBI=0.0248685;REFB=-0.0228004;REVB=0.0243001;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320578;STB=0.503814;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0252478;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:23:24:0.436364:13:10:14:16:13:11:14:17 chr2 132200345 . C T 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00359422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.884;QD=18.3152;RBI=0.0356018;REFB=-0.0512725;REVB=-0.0354199;RO=43;SAF=26;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109704;STB=0.561371;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0475479;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:13:26:24:19:13:26:24:19 chr2 132200529 . A G 201.12 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0833437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3298;QD=16.4175;RBI=0.0846482;REFB=0.0238502;REVB=-0.0148036;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191117;STB=0.614539;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0332748;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:26:28:20:21:0.428571:10:10:8:18:10:11:9:19 chr2 132201288 . A G 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0237961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.257;QD=5.26743;RBI=0.0508792;REFB=-0.000766762;REVB=-0.0449715;RO=39;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377638;STB=0.751598;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0013258;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:51:39:41:10:10:0.196078:2:8:20:19:2:8:21:20 chr2 132201468 . G A 372.34 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.014509;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5298;QD=15.6774;RBI=0.0337069;REFB=0.00293306;REVB=0.0304244;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00256032;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:20:20:27:27:20:20:27:28 chr2 132201582 . A G 368.27 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0183905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5674;QD=19.3824;RBI=0.045119;REFB=-0.0162138;REVB=-0.0412009;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10662;STB=0.565573;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0165348;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:17:21:16:21:17:21:16:22 chr2 132201663 . T C 342.87 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00682633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.25;QD=21.4295;RBI=0.0163102;REFB=-0.0334452;REVB=-0.014813;RO=28;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818039;STB=0.535726;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0239101;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:19:16:10:18:19:16:11:18 chr2 132201718 . T C 311.75 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0103644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.538;QD=25.4491;RBI=0.012279;REFB=0.00483818;REVB=-0.00658425;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156863;STB=0.581337;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00370485;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:27:28:0.571429:15:12:13:7:16:12:13:8 chr2 132201736 . C G 297.88 PASS AF=0.54;AO=29;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00525542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5458;QD=23.8301;RBI=0.0202731;REFB=-0.0108506;REVB=0.0195801;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123359;STB=0.558303;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0104505;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:23:29:27:0.54:15:14:13:7:14:13:14:9 chr2 132201862 . C G 693.74 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0188604;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.491;QD=22.0235;RBI=0.0221551;REFB=-0.00719809;REVB=-0.0116247;RO=58;SAF=36;SAR=32;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247455;STB=0.51356;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00577896;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:58:58:68:68:0.539683:32:36:29:29:32:36:29:29 chr2 132201889 . C A 615.78 PASS AF=0.53913;AO=57;DP=112;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0228939;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1998;QD=21.4185;RBI=0.0357444;REFB=-0.0238463;REVB=0.0274505;RO=51;SAF=30;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195655;STB=0.506905;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0115519;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:51:53:57:62:0.53913:27:30:28:23:29:33:29:24 chr2 132201930 . T C 431.64 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0477553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.271;QD=20.3126;RBI=0.0597829;REFB=0.00452333;REVB=0.0359642;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200612;STB=0.505492;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00317562;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:42:43:43:0.505882:20:23:21:20:20:23:22:20 chr2 132229720 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0287977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.949;QD=11.0866;RBI=0.0315327;REFB=-0.0181125;REVB=-0.0128454;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157906;STB=0.509419;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0299896;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:9:4:8:17:9:4:8:17 chr2 132237927 . C A 38.23 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0980292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9626;QD=2.54845;RBI=0.0985195;REFB=0.0166768;REVB=0.00981659;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617887;STB=0.592985;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0325199;OID=.;OPOS=132237927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:59:60:52:52:7:8:0.133333:3:4:27:25:3:5:27:25 chr2 132248379 . T G 268.18 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00894729;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0263;QD=16.2532;RBI=0.0367456;REFB=-0.0270128;REVB=-0.0356396;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089568;STB=0.556331;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.023398;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:17:13:12:23:17:13:12:24 chr2 132248584 . T C 129.34 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0249834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5258;QD=32.335;RBI=0.0566844;REFB=-0.019529;REVB=-0.0508818;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436406;STB=0.524235;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0121386;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:7:6:1:2:7:6:1:2 chr2 132266142 . G C 503.95 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.00989989;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.104;QD=15.7484;RBI=0.0100436;REFB=-0.0150037;REVB=-0.00169266;RO=73;SAF=28;SAR=27;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166326;STB=0.592782;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0158809;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:73:73:55:55:0.429688:27:28:49:24:27:28:49:24 chr2 132274474 . G A 451.85 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00131639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.83;QD=22.0415;RBI=0.0219114;REFB=-0.0204932;REVB=0.0218718;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252146;STB=0.513898;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0205259;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:21:23:21:17:21:23:21:17 chr2 132275343 . G T 222.27 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0248052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3006;QD=12.5221;RBI=0.0619658;REFB=-0.0237553;REVB=0.0567844;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149664;STB=0.553551;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0182069;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:27:27:0.380282:14:13:25:15:14:13:25:19 chr2 132275396 . T C 334.59 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00572135;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.475;QD=16.3212;RBI=0.0124414;REFB=0.00766966;REVB=-0.0110478;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493391;STB=0.527762;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0110806;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:17:19:22:24:17:19:22:24 chr2 132277686 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.010664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0824;QD=10.8842;RBI=0.0170689;REFB=-0.00145149;REVB=0.0133276;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604518;STB=0.853011;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00408282;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:13:2:7:2:13:2 chr2 132277962 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0641781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9173;QD=9.14864;RBI=0.0690473;REFB=-0.0021222;REVB=-0.0254696;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246569;STB=0.603338;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00165523;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:40:17:18:0.310345:8:9:12:26:9:9:14:26 chr2 132277984 . G A 149.7 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0426336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.886;QD=12.4752;RBI=0.0426979;REFB=-0.00284409;REVB=0.00234218;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263638;STB=0.631814;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00830979;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:31:16:17:0.354167:7:9:10:21:8:9:10:21 chr2 132287819 . CTGGGC CTGGGT,TCTGGC 359.98 PASS AF=0.521739,0;AO=23,3;DP=48;FAO=24,0;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6,0;FSAR=18,0;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0100987,-0.0394478;FXX=0.09802;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=175.423,91.1223;QD=31.3023;RBI=0.023432,0.0615569;REFB=-0.00646783,-0.0226443;REVB=0.0211442,-0.047256;RO=11;SAF=6,0;SAR=17,3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390967,-0.793296;STB=0.728376,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.029358,0;OID=.,.;OPOS=132287824,132287819;OREF=C,CTG;OALT=T,TCT;OMAPALT=CTGGGT,TCTGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:48:46:11:12:23,3:24,0:0.521739,0:17,3:6,0:10:1:18,0:6,0:11:1 chr2 132909843 . T C 624.54 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00783954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.551;QD=18.5048;RBI=0.0129955;REFB=0.000349778;REVB=0.0103646;RO=70;SAF=43;SAR=21;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600627;STB=0.530445;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000303199;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:70:71:64:64:0.474074:21:43:43:27:21:43:44:27 chr2 133010762 . G A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0259453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.865;QD=2.67235;RBI=0.0262437;REFB=-0.00472961;REVB=-0.00394643;RO=49;SAF=6;SAR=1;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307372;STB=0.738925;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0340806;OID=.;OPOS=133010762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:1:6:32:17:1:6:32:17 chr2 133010778 . CG C 32.97 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0340857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.8496;QD=2.19817;RBI=0.0422801;REFB=0.0080058;REVB=-0.0250153;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350284;STB=0.775566;STBP=0.159;TYPE=del;VARB=-0.0820304;OID=.;OPOS=133010779;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116667:7:60:7:60:53:6:1:32:21:32:53:6:1:32:21 chr2 133010783 . A T 34.43 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0160149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.845;QD=2.22152;RBI=0.0235853;REFB=-0.00070389;REVB=-0.0173144;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314814;STB=0.766561;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0114064;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:53:55:7:7:0.112903:1:6:34:19:1:6:34:21 chr2 133010796 . C T 50.13 PASS AF=0.144928;AO=9;DP=68;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.021365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5966;QD=2.906;RBI=0.049;REFB=-0.00661391;REVB=0.0440969;RO=59;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0676301;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:68:69:59:59:9:10:0.144928:4:5:36:23:4:6:36:23 chr2 133010802 . T C 51.16 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0160688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2695;QD=2.9235;RBI=0.0202776;REFB=-0.00405004;REVB=-0.0123682;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300088;STB=0.514763;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0213741;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:70:59:60:10:10:0.142857:4:6:34:25:4:6:35:25 chr2 133010834 . TG CA 69.67 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0388348;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.59;QD=4.28723;RBI=0.0467446;REFB=-0.00126227;REVB=-0.0260177;RO=52;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477761;STB=0.538398;STBP=0.772;TYPE=mnp;VARB=0.00470585;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:66:65:52:53:12:12:0.184615:6:6:24:28:6:6:24:29 chr2 133010838 . G C 69.55 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0277293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.42;QD=4.28002;RBI=0.0309149;REFB=-0.00223778;REVB=0.0136681;RO=53;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351637;STB=0.523039;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0331;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:6:6:25:28:6:6:25:28 chr2 133010847 . CA TG 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0239879;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.989;QD=4.67772;RBI=0.032279;REFB=-0.00306673;REVB=-0.021599;RO=53;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108992;STB=0.507031;STBP=0.977;TYPE=mnp;VARB=0.0152614;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:53:53:13:13:0.19697:7:6:24:29:7:6:24:29 chr2 133011929 . C T 33.5 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0258439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.84;QD=3.43624;RBI=0.0263407;REFB=-0.00769719;REVB=-0.00509166;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2829;STB=0.699355;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0383406;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:14:19:2:4:14:19 chr2 133011933 . G A 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00898997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.913;QD=5.85747;RBI=0.0157545;REFB=-0.000798625;REVB=-0.0129377;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162634;STB=0.614725;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00245529;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:4:5:13:18:4:5:13:19 chr2 133011953 . T C 49.87 PASS AF=0.183673;AO=13;DP=46;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0920676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.992;QD=4.07094;RBI=0.122272;REFB=-0.0181995;REVB=-0.0804606;RO=33;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464827;STB=0.644141;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0240571;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:49:33:40:13:9:0.183673:4:9:9:24:4:5:15:25 chr2 133011994 . T C 47.31 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0202779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.554;QD=2.95705;RBI=0.0314001;REFB=-0.00764656;REVB=-0.0239745;RO=55;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554671;STB=0.538922;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0574968;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:5:4:22:33:5:4:22:33 chr2 133012005 . C T 103.4 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0529096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.514;QD=6.17292;RBI=0.0529108;REFB=-0.00987782;REVB=0.000350478;RO=51;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107318;STB=0.566924;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0352491;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:11:5:20:31:11:5:20:31 chr2 133012007 . T C 45.18 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0342239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.385;QD=2.65775;RBI=0.0417606;REFB=-0.00763198;REVB=-0.0239305;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639348;STB=0.55307;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0478981;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:64:68:55:59:9:9:0.132353:6:3:21:34:6:3:23:36 chr2 133012012 . C A 177.02 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.011012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.518;QD=10.4131;RBI=0.0446603;REFB=-0.0173595;REVB=0.0432814;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140822;STB=0.581867;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0202502;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:12:11:16:29:12:11:16:29 chr2 133012022 . G A 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0183773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.451;QD=3.89353;RBI=0.039208;REFB=-0.00570751;REVB=-0.0346344;RO=52;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525607;STB=0.544827;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.02512;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:64:52:53:11:11:0.171875:7:4:21:31:7:4:22:31 chr2 133012032 . A G 36.38 PASS AF=0.12069;AO=19;DP=56;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0155044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.581;QD=2.50883;RBI=0.0168518;REFB=0.00201196;REVB=-0.00660278;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.772111;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0264103;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:58:32:51:19:7:0.12069:10:9:12:20:6:1:20:31 chr2 133012034 . C G 262.61 PASS AF=0.351852;AO=22;DP=59;FAO=19;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0495609;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.743;QD=19.4524;RBI=0.0702738;REFB=-0.0420845;REVB=0.0498209;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214666;STB=0.516778;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.129574;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:54:26:23:22:19:0.351852:14:8:10:16:11:8:9:14 chr2 133012061 . C T 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00142491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.136;QD=2.50886;RBI=0.0165189;REFB=0.00165708;REVB=-0.0164573;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225543;STB=0.669601;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0306692;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:5:2:24:27:5:2:24:27 chr2 133012078 . C T 34.08 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0130482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1164;QD=2.16406;RBI=0.0240952;REFB=-0.00423308;REVB=-0.0202564;RO=55;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263692;STB=0.707166;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.076239;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:63:55:56:7:7:0.111111:5:2:28:27:5:2:29:27 chr2 133012079 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00197558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.179;QD=13.1191;RBI=0.0196293;REFB=-0.00240764;REVB=0.0195297;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487006;STB=0.527896;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00523329;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:18:20:12:13:18:20 chr2 133012080 . A AC 217.58 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00163145;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2599;QD=14.2673;RBI=0.106932;REFB=0.0362084;REVB=0.10692;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418716;STB=0.539382;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=-0.0295253;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52459:32:63:32:61:29:15:17:16:13:99:31:15:17:16:15 chr2 133012099 . G A 203.2 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00197867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.54;QD=11.953;RBI=0.00571093;REFB=-0.00248776;REVB=-0.0053572;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414623;STB=0.514695;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00497499;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:25:26:0.382353:12:13:22:20:13:13:22:20 chr2 133012111 . T C 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0179318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.327;QD=2.58567;RBI=0.0207215;REFB=-0.00420866;REVB=-0.0103843;RO=60;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277979;STB=0.697686;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0198894;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:6:3:34:26:6:3:34:26 chr2 133012126 . A C 57.94 PASS AF=0.171875;AO=9;DP=62;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0228732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.796;QD=3.62138;RBI=0.0268344;REFB=-0.0023376;REVB=-0.0140322;RO=53;SAF=3;SAR=6;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321387;STB=0.621636;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0342648;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:62:64:53:53:9:11:0.171875:6:3:32:21:6:5:32:21 chr2 133012130 . C T 44.58 PASS AF=0.140625;AO=8;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00355242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.808;QD=2.78649;RBI=0.00783899;REFB=-0.00367037;REVB=-0.00698786;RO=53;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446837;STB=0.744604;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0486597;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:63:64:53:55:8:9:0.140625:6:2:34:19:6:3:35:20 chr2 133012147 . A G 83.15 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00460994;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.469;QD=5.63742;RBI=0.00461525;REFB=0.00478487;REVB=0.000221213;RO=45;SAF=6;SAR=7;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251106;STB=0.662175;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.016893;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:60:59:45:46:13:13:0.220339:7:6:30:15:7:6:31:15 chr2 133012170 . CC AA 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0167313;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=159.643;QD=11.4912;RBI=0.0179858;REFB=-0.00501333;REVB=-0.00659958;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723372;STB=0.542728;STBP=0.706;TYPE=mnp;VARB=0.00986816;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:20:12:7:9:20:12 chr2 133012172 . T C 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00782195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.291;QD=5.70344;RBI=0.0148842;REFB=-0.0096606;REVB=-0.0126632;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162141;STB=0.603967;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0216321;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:24:14:5:5:24:14 chr2 133012182 . C T 111.67 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0258638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0433;QD=9.71;RBI=0.0321779;REFB=-0.027073;REVB=-0.0191437;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192854;STB=0.561206;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0539525;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:32:13:14:0.304348:6:7:21:9:6:8:21:11 chr2 133012250 . T C 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=66;FWDB=-0.00773353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.638;QD=2.23542;RBI=0.0402603;REFB=-0.00779173;REVB=-0.0395106;RO=87;SAF=2;SAR=10;SRF=21;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136946;STB=0.601906;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0865047;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:87:87:12:12:0.121212:10:2:21:66:10:2:21:66 chr2 133012267 . T C 697.65 PASS AF=0.637255;AO=58;DP=96;FAO=65;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0427464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.706;QD=27.3589;RBI=0.0442141;REFB=-0.0221434;REVB=0.0112975;RO=37;SAF=12;SAR=46;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117757;STB=0.56495;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0137809;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:37:37:58:65:0.637255:46:12:12:25:52:13:12:25 chr2 133012274 . T C 697.56 PASS AF=0.619048;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.001648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.922;QD=26.5737;RBI=0.0102559;REFB=-0.0130296;REVB=-0.0101227;RO=40;SAF=13;SAR=52;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10185;STB=0.555537;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0132284;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:40:40:65:65:0.619048:52:13:12:28:52:13:12:28 chr2 133012309 . A G 777.96 PASS AF=0.656566;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0108104;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.321;QD=31.4326;RBI=0.0174959;REFB=-0.014738;REVB=0.0137564;RO=34;SAF=15;SAR=50;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297838;STB=0.516124;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00953138;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:34:34:65:65:0.656566:50:15:9:25:50:15:9:25 chr2 133012354 . G A 104.17 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00275902;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.156;QD=9.69055;RBI=0.00470492;REFB=0.000492619;REVB=-0.00381105;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287759;STB=0.685176;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00529662;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:31:30:13:13:0.302326:10:3:14:17:10:3:14:16 chr2 133012358 . G A 155.41 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0450006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6171;QD=15.162;RBI=0.0551187;REFB=-0.00541282;REVB=-0.0318279;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389944;STB=0.728864;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0105503;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:14:3:12:12:14:3:12:12 chr2 133012361 . CCA CGG 159.19 PASS AF=0.35;AO=11;DP=37;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0107793;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.26;QD=15.9186;RBI=0.0111544;REFB=-0.00768335;REVB=0.00286827;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589914;STB=0.699689;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.0145028;OID=.;OPOS=133012362;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:11:37:14:40:22:3:11:11:11:99:20:1:10:11:9 chr2 133012369 . A G 230.81 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.033673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3347;QD=17.7542;RBI=0.0344263;REFB=0.0337511;REVB=-0.00716267;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309924;STB=0.64567;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0318387;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:27:25:25:0.480769:19:6:13:10:19:6:13:14 chr2 133012401 . G A 286.38 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0056301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.705;QD=15.6918;RBI=0.0305318;REFB=0.00495015;REVB=-0.0300082;RO=41;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173843;STB=0.598334;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0119094;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:21:11:21:20:21:11:21:20 chr2 133012414 . G A 295.82 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00820309;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.082;QD=17.4009;RBI=0.0156976;REFB=-0.00288492;REVB=-0.0133838;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242047;STB=0.629131;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00270407;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:21:11:21:14:21:11:21:15 chr2 133012439 . A AGAAC,C 134.63 PASS AF=0.151515,0.0707071;AO=14,7;DP=100;FAO=15,7;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=14,7;FSAR=1,0;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0154535,-0.0505477;FXX=0.009999;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=240.759,79.6881;QD=5.43942;RBI=0.0158078,0.0546921;REFB=-0.0029439,-0.00337291;REVB=-0.003328,0.0208842;RO=77;SAF=13,7;SAR=1,0;SRF=39;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.583724,0.580055;STB=0.910902,0.998439;STBP=0.001,0.005;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00295629,0.0206779;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:100:99:77:77:14,7:15,7:0.151515,0.0707071:1,0:13,7:39:38:1,0:14,7:39:38 chr2 133012457 . C T 141.79 PASS AF=0.129921;AO=33;DP=255;FAO=33;FDP=254;FR=.;FRO=221;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=127;FSRR=94;FWDB=0.0156926;FXX=0.00392141;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.471;QD=2.23287;RBI=0.0254313;REFB=-0.00608932;REVB=-0.0200123;RO=217;SAF=15;SAR=18;SRF=126;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159229;STB=0.603338;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0236601;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:217:221:33:33:0.129921:18:15:126:91:18:15:127:94 chr2 133012458 . GT AC 2229.9 PASS AF=0.720472;AO=181;DP=256;FAO=183;FDP=254;FR=.;FRO=71;FSAF=105;FSAR=78;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00559846;FXX=0.023076;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.503;QD=35.1166;RBI=0.0159626;REFB=-0.0240534;REVB=0.0149486;RO=71;SAF=105;SAR=76;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166393;STB=0.506978;STBP=0.761;TYPE=mnp;VARB=0.00641727;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:254:71:71:181:183:0.720472:76:105:39:32:78:105:39:32 chr2 133012465 . C T 141.93 PASS AF=0.118812;AO=36;DP=303;FAO=36;FDP=303;FR=.;FRO=267;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=147;FSRR=120;FWDB=0.0210628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.382;QD=1.87368;RBI=0.0271617;REFB=-0.000614399;REVB=-0.0171498;RO=266;SAF=16;SAR=20;SRF=147;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135125;STB=0.592676;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0127616;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:266:267:36:36:0.118812:20:16:147:119:20:16:147:120 chr2 133012504 . A G 3378.22 PASS AF=0.784195;AO=256;DP=328;FAO=258;FDP=329;FR=.;FRO=71;FSAF=145;FSAR=113;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00635214;FXX=0.00604211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.821;QD=41.0726;RBI=0.00689282;REFB=-0.0203321;REVB=-0.00267604;RO=67;SAF=145;SAR=111;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233901;STB=0.508941;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00491486;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:329:67:71:256:258:0.784195:111:145:34:33:113:145:37:34 chr2 133012508 . TG CA,CG 3940.37 PASS AF=0.0925926,0.799383;AO=27,254;DP=326;FAO=30,259;FDP=324;FR=.;FRO=35;FSAF=13,147;FSAR=17,112;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0120782,0.00991311;FXX=0.0211474;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=156.621,185.546;QD=48.6465;RBI=0.0171071,0.0414817;REFB=-0.0129713,-0.0119883;REVB=0.0121148,0.0402798;RO=33;SAF=13,145;SAR=14,109;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120938,-0.00784156;STB=0.589136,0.503937;STBP=0.211,0.741;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00330734,0.00109978;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:326:324:33:35:27,254:30,259:0.0925926,0.799383:14,109:13,145:20:13:17,112:13,147:21:14 chr2 133012516 . T G 3245.02 PASS AF=0.778443;AO=234;DP=306;FAO=260;FDP=334;FR=.;FRO=74;FSAF=151;FSAR=109;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0233253;FXX=0.0059522;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9906;QD=38.8625;RBI=0.0303236;REFB=-0.0402237;REVB=0.0193766;RO=71;SAF=146;SAR=88;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473577;STB=0.518265;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0102522;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:334:71:74:234:260:0.778443:88:146:37:34:109:151:37:37 chr2 133012523 . A G 3692.68 PASS AF=0.808824;AO=274;DP=339;FAO=275;FDP=340;FR=.;FRO=65;FSAF=161;FSAR=114;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0066061;FXX=0.00293247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.271;QD=43.4433;RBI=0.0122151;REFB=-0.0261442;REVB=0.0102747;RO=63;SAF=161;SAR=113;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345647;STB=0.515233;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00324742;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:340:63:65:274:275:0.808824:113:161:31:32:114:161:33:32 chr2 133012541 . C A 54.97 PASS AF=0.0699708;AO=24;DP=343;FAO=24;FDP=343;FR=.;FRO=319;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=191;FSRR=128;FWDB=-0.0145166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.875;QD=0.641095;RBI=0.014535;REFB=0.00581147;REVB=-0.000731287;RO=317;SAF=9;SAR=15;SRF=190;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244972;STB=0.699635;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0166809;OID=.;OPOS=133012541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:343:343:317:319:24:24:0.0699708:15:9:190:127:15:9:191:128 chr2 133012542 . T C 4035.56 PASS AF=0.85044;AO=288;DP=342;FAO=290;FDP=341;FR=.;FRO=51;FSAF=176;FSAR=114;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0152211;FXX=0.00583073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.238;QD=47.3379;RBI=0.0167512;REFB=0.00016176;REVB=-0.00699416;RO=50;SAF=176;SAR=112;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440475;STB=0.521168;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-2.26312e-05;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:341:50:51:288:290:0.85044:112:176:23:27:114:176:24:27 chr2 133012571 . T C 4161.86 PASS AF=0.885196;AO=293;DP=332;FAO=293;FDP=331;FR=.;FRO=38;FSAF=184;FSAR=109;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0107141;FXX=0.00301196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.559;QD=50.2944;RBI=0.012944;REFB=-0.015506;REVB=0.00726326;RO=38;SAF=184;SAR=109;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295826;STB=0.515597;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00215761;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:331:38:38:293:293:0.885196:109:184:19:19:109:184:19:19 chr2 133012612 . T C 1448.38 PASS AF=0.801471;AO=97;DP=145;FAO=109;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.046867;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.12;QD=42.5994;RBI=0.0468673;REFB=-0.0177459;REVB=0.000158582;RO=26;SAF=51;SAR=46;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025505;STB=0.524251;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00651496;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:136:26:25:97:109:0.801471:46:51:12:14:43:66:12:13 chr2 133012634 . C CT,CTT 50.88 PASS AF=0,0.411765;AO=2,4;DP=18;FAO=0,7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0776765,0.0439007;FXX=0.105208;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=29.1351,43.2504;QD=11.9713;RBI=0.0931932,0.052025;REFB=0.0473213,0.0257718;REVB=0.051491,0.0279163;RO=11;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585255,-0.328321;STB=0.5,0.806717;STBP=1,0.08;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0319453,-0.0184269;OID=.,.;OPOS=133012635,133012635;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.411765:2,4:18:0,7:17:10:0,1:0,6:6:4:49:11:0,1:2,3:6:5 chr2 133012642 . TT CC 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00542551;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=318.503;QD=9.11039;RBI=0.0163238;REFB=-0.0103665;REVB=0.0153958;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137746;STB=0.584891;STBP=0.615;TYPE=mnp;VARB=0.0187026;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:8:8:3:5:8:8 chr2 133012655 . A G 575.04 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0171246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.2;QD=34.8507;RBI=0.0204334;REFB=-0.0354815;REVB=0.0111477;RO=17;SAF=14;SAR=35;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102832;STB=0.555532;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00861924;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:49:49:0.742424:35:14:8:9:35:14:8:9 chr2 133012674 . A G 984.53 PASS AF=0.898734;AO=71;DP=79;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0102909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2637;QD=49.8495;RBI=0.0161888;REFB=0.0618579;REVB=-0.012497;RO=7;SAF=22;SAR=49;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506052;STB=0.536268;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00607287;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:7:8:71:71:0.898734:49:22:4:3:49:22:5:3 chr2 133012680 . A G 822.39 PASS AF=0.8;AO=64;DP=80;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0227155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6435;QD=41.1194;RBI=0.0452991;REFB=-0.00304691;REVB=-0.039192;RO=15;SAF=20;SAR=44;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356316;STB=0.528461;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000850552;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:15:16:64:64:0.8:44:20:6:9:44:20:7:9 chr2 133012688 . A G 818.32 PASS AF=0.790123;AO=64;DP=81;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00419486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.96;QD=40.4109;RBI=0.0159954;REFB=-0.00909122;REVB=0.0154356;RO=17;SAF=20;SAR=44;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444509;STB=0.523802;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00332768;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:17:17:64:64:0.790123:44:20:7:10:44:20:7:10 chr2 133012691 . T C 978.82 PASS AF=0.8875;AO=71;DP=80;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00823409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.943;QD=48.9411;RBI=0.0118951;REFB=-0.00690073;REVB=0.00858448;RO=7;SAF=22;SAR=49;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232385;STB=0.53153;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000661921;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:80:80:7:9:71:71:0.8875:49:22:3:4:49:22:5:4 chr2 133012712 . T C 1170.46 PASS AF=0.941176;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0136357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.367;QD=55.0806;RBI=0.0318611;REFB=-0.00898546;REVB=0.0287958;RO=5;SAF=28;SAR=52;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539815;STB=0.528582;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00107949;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:85:85:5:5:80:80:0.941176:52:28:4:1:52:28:4:1 chr2 133012716 . A G 1148.32 PASS AF=0.880435;AO=81;DP=93;FAO=81;FDP=92;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.012741;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.288;QD=49.9268;RBI=0.0148167;REFB=-0.0211526;REVB=-0.00756312;RO=11;SAF=34;SAR=47;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803247;STB=0.504263;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00375094;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:93:92:11:11:81:81:0.880435:47:34:5:6:47:34:5:6 chr2 133012797 . C CCG 310.3 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0164513;FXX=0.233294;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.6248;QD=26.9825;RBI=0.0332981;REFB=-0.0217084;REVB=0.0289503;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.558243;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.0157685;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630435:29:78:29:46:17:16:13:12:5:99:47:16:13:34:13 chr2 133012798 . T C 65.95 PASS AF=0.183333;AO=9;DP=58;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0249744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.989;QD=4.39669;RBI=0.0250256;REFB=-0.0044542;REVB=-0.00159939;RO=44;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358675;STB=0.764761;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0156508;OID=.;OPOS=133012798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:58:60:44:49:9:11:0.183333:6:3:28:16:8:3:30:19 chr2 133012799 . AAACT CTTGC,GTCTT 453.75 PASS AF=0.6,0.04;AO=29,2;DP=54;FAO=30,2;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=16,1;FSAR=14,1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00970331,0.000844204;FXX=0.0908926;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=165.074,105.208;QD=36.3001;RBI=0.0111764,0.0114822;REFB=-0.017973,-0.0191076;REVB=-0.00554593,-0.0114512;RO=10;SAF=16,1;SAR=13,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120139,-0.33927;STB=0.567524,0.748125;STBP=0.166,0.724;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00857608,0.0153994;OID=.,.;OPOS=133012799,133012799;OREF=AAACT,AAAC;OALT=CTTGC,GTCT;OMAPALT=CTTGC,GTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:54:50:10:10:29,2:30,2:0.6,0.04:13,1:16,1:8:2:14,1:16,1:8:2 chr2 133012807 . A G 364.81 PASS AF=0.6;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0254992;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.642;QD=24.3206;RBI=0.0310262;REFB=-0.0134555;REVB=0.0176753;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822777;STB=0.539158;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0104897;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:24:24:35:36:0.6:17:18:15:9:17:19:15:9 chr2 133012832 . TG CA,CG 593.28 PASS AF=0.0595238,0.583333;AO=5,49;DP=84;FAO=5,49;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=4,22;FSAR=1,27;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0275953,-0.0623385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=98.7066,60.7119;QD=28.2515;RBI=0.0394779,0.0640781;REFB=0.00791583,0.00345226;REVB=-0.0282312,-0.0148296;RO=30;SAF=4,22;SAR=1,27;SRF=22;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106634,-0.19629;STB=0.580298,0.606699;STBP=0.826,0.015;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00712061,-0.00366023;OID=.,.;OPOS=133012832,133012832;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:84:30:30:5,49:5,49:0.0595238,0.583333:1,27:4,22:22:8:1,27:4,22:22:8 chr2 133012839 . T C 648.37 PASS AF=0.651163;AO=55;DP=85;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00929511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.037;QD=30.1568;RBI=0.0203173;REFB=-0.00217375;REVB=0.0180663;RO=30;SAF=25;SAR=30;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179943;STB=0.593048;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00120445;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:30:30:55:56:0.651163:30:25:22:8:30:26:22:8 chr2 133012866 . C A 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0209854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.026;QD=1.87047;RBI=0.0209898;REFB=0.00214387;REVB=-0.000429917;RO=82;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435624;STB=0.532544;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.034491;OID=.;OPOS=133012866;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:82:82:10:10:0.108696:5:5:44:38:5:5:44:38 chr2 133012901 . T C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00445026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.273;QD=23.1631;RBI=0.00502579;REFB=0.000722047;REVB=0.00233534;RO=23;SAF=5;SAR=21;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563234;STB=0.813715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000848694;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:21:5:20:3:21:5:20:3 chr2 133012903 . T C 153.83 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0275468;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8924;QD=13.3765;RBI=0.0275503;REFB=0.00961961;REVB=-0.000439194;RO=29;SAF=2;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.689619;STB=0.898843;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0104116;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:15:2:23:6:15:2:23:6 chr2 133012923 . A T 80.96 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0289425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.533;QD=7.89823;RBI=0.0290498;REFB=-0.00356576;REVB=0.00249515;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648627;STB=0.885807;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00712097;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:9:2:24:6:9:2:24:6 chr2 133012930 . A G 69.65 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0213025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.292;QD=7.33197;RBI=0.0334397;REFB=-0.00253371;REVB=0.0257763;RO=27;SAF=1;SAR=8;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741442;STB=0.884373;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0196717;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:36:38:27:28:9:10:0.263158:8:1:23:4:8:2:23:5 chr2 133012945 . T C 52.1 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0464607;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3138;QD=5.95386;RBI=0.0471936;REFB=-0.0242763;REVB=0.00828491;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707898;STB=0.92985;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0230032;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:22:5:7:1:22:5 chr2 133012982 . GT AC 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00362753;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.277;QD=6.25134;RBI=0.00835378;REFB=0.00532136;REVB=0.00752507;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227996;STB=0.642457;STBP=0.518;TYPE=mnp;VARB=-0.00256272;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:14:3:2:4:14:3 chr2 133013144 . A G 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0143845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.628;QD=21.0064;RBI=0.0381304;REFB=-0.0239837;REVB=-0.035313;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267934;STB=0.506079;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0231047;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:14:16:12:12:14:16:13:12 chr2 133013145 . C T 85.7 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0281777;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4845;QD=6.01397;RBI=0.0548428;REFB=-0.00486907;REVB=-0.0470505;RO=40;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466216;STB=0.505426;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0205713;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:40:44:13:13:0.22807:6:7:20:20:6:7:24:20 chr2 133013165 . G T 37.93 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.011024;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.149;QD=2.19884;RBI=0.0143858;REFB=0.000962407;REVB=-0.00924245;RO=55;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297101;STB=0.732739;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0101862;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:69:55:61:8:8:0.115942:2:6:28:27:2:6:30:31 chr2 133013175 . T G 674.07 PASS AF=0.818182;AO=54;DP=66;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0226432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4106;QD=40.8527;RBI=0.0372076;REFB=-0.0482155;REVB=0.0295244;RO=12;SAF=27;SAR=27;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283104;STB=0.515146;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00925499;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:12:12:54:54:0.818182:27:27:5:7:27:27:5:7 chr2 133013183 . A G 356.59 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0206071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.819;QD=19.275;RBI=0.0206071;REFB=-0.00718114;REVB=-2.64688e-05;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109279;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:18:19:19:18:18:19 chr2 133013189 . A G 311.62 PASS AF=0.453333;AO=35;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00216389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7784;QD=16.6198;RBI=0.0363734;REFB=0.0159016;REVB=0.036309;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255893;STB=0.506663;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0179617;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:41:35:34:0.453333:18:17:19:18:17:17:20:21 chr2 133013201 . C G 804.33 PASS AF=0.790123;AO=61;DP=79;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0136958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.008;QD=39.72;RBI=0.0137422;REFB=-0.0174381;REVB=0.00112865;RO=17;SAF=28;SAR=33;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05268;STB=0.525089;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00413791;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:17:17:61:64:0.790123:33:28:10:7:34:30:10:7 chr2 133013224 . A C,T 837.46 PASS AF=0.516854,0.258427;AO=46,22;DP=88;FAO=46,23;FDP=89;FR=.;FRO=20;FSAF=20,13;FSAR=26,10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0183223,-0.00610728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.6453,110.564;QD=37.6386;RBI=0.0238287,0.0117747;REFB=-0.00368674,-0.0399329;REVB=0.0152349,0.010067;RO=18;SAF=20,12;SAR=26,10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0633576,-0.00820253;STB=0.535177,0.507181;STBP=0.384,0.935;TYPE=snp,snp;VARB=0.00193178,-0.00136812;OID=.,.;OPOS=133013224,133013224;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:88:89:18:20:46,22:46,23:0.516854,0.258427:26,10:20,12:10:8:26,10:20,13:11:9 chr2 133013250 . C T 159.62 PASS AF=0.242991;AO=21;DP=102;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0218286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5272;QD=5.96694;RBI=0.0220941;REFB=-0.00624192;REVB=0.0034151;RO=81;SAF=13;SAR=8;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980973;STB=0.525911;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.111793;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:81:81:21:26:0.242991:8:13:44:37:11:15:44:37 chr2 133013260 . TC T 77.13 PASS AF=0.252427;AO=25;DP=105;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0230505;FXX=0.0190458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3894;QD=2.99553;RBI=0.226711;REFB=0.0207766;REVB=0.225536;RO=73;SAF=15;SAR=10;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=0.0655551;STB=0.573114;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=-0.0652203;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252427:25:105:26:103:77:16:10:40:37:77:73:15:10:40:33 chr2 133013266 . T G 173.58 PASS AF=0.247619;AO=25;DP=103;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.00753171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.538;QD=6.61265;RBI=0.00978865;REFB=-0.00150208;REVB=-0.00625227;RO=78;SAF=10;SAR=15;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217442;STB=0.646354;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00134581;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:78:79:25:26:0.247619:15:10:45:33:16:10:46:33 chr2 133013270 . A G 124.46 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00535592;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.674;QD=4.92896;RBI=0.0160516;REFB=-0.0024717;REVB=-0.0151317;RO=80;SAF=8;SAR=12;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23343;STB=0.651017;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00580541;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:80:81:20:20:0.19802:12:8:47:33:12:8:48:33 chr2 133013286 . AG CA 77.69 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00478418;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.101;QD=3.69953;RBI=0.00484007;REFB=-0.00413138;REVB=0.000733405;RO=68;SAF=6;SAR=6;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128768;STB=0.592444;STBP=0.506;TYPE=mnp;VARB=0.0196546;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:84:84:68:69:12:12:0.142857:6:6:41:27:6:6:42:27 chr2 133013318 . A G 281.24 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00479442;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.26;QD=16.3036;RBI=0.00830205;REFB=-0.00361036;REVB=-0.00677772;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923726;STB=0.540205;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00449768;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:11:20:27:10:11:20:27:11 chr2 133013324 . C A 177.24 PASS AF=0.328767;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.0049467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.297;QD=9.712;RBI=0.0102646;REFB=0.0059873;REVB=0.00899405;RO=49;SAF=14;SAR=9;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133604;STB=0.565985;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0160204;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:49:49:23:24:0.328767:9:14:35:14:9:15:35:14 chr2 133013327 . G T 186.98 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0252825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.806;QD=10.6843;RBI=0.0314761;REFB=-0.000881423;REVB=-0.0187494;RO=46;SAF=14;SAR=9;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164058;STB=0.583268;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00192174;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:46:23:24:0.342857:9:14:34:12:9:15:34:12 chr2 133013332 . T C 37.26 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0131187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4888;QD=2.12938;RBI=0.0244702;REFB=-0.0130118;REVB=0.0206565;RO=62;SAF=7;SAR=1;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296126;STB=0.736131;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.102915;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:1:7:43:19:1:7:43:19 chr2 133013343 . T C 40.25 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0170587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.527;QD=2.51557;RBI=0.0211407;REFB=0.00493307;REVB=0.0124871;RO=54;SAF=7;SAR=1;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312365;STB=0.731859;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0557609;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:54:56:8:8:0.125:1:7:37:17:1:7:39:17 chr2 133013351 . G A 130.79 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0131179;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5491;QD=8.71934;RBI=0.0136727;REFB=-0.00397721;REVB=-0.00385538;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124237;STB=0.55838;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00158196;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:6:12:31:10:6:12:31:11 chr2 133013378 . A G 162.24 PASS AF=0.375;AO=17;DP=52;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0140121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.406;QD=11.5886;RBI=0.0168604;REFB=-0.0365543;REVB=0.00937733;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227622;STB=0.562069;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0554924;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:35:35:17:21:0.375:6:11:22:13:6:15:22:13 chr2 133013418 . A G 63.07 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0267829;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.335;QD=6.46835;RBI=0.0348982;REFB=-0.00257423;REVB=-0.0223733;RO=30;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208094;STB=0.636033;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0133421;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:41:39:30:30:9:9:0.230769:2:7:19:11:2:7:19:11 chr2 133013449 . G A 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0117045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.336;QD=8.30488;RBI=0.0221518;REFB=-0.00289185;REVB=0.0188071;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340931;STB=0.719924;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0161714;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:12:6:1:7:12:6 chr2 133013461 . C T 55.75 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00911698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.186;QD=10.6188;RBI=0.0100124;REFB=-0.0223055;REVB=0.0041387;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196049;STB=0.621869;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0310832;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:10:3:1:7:10:3 chr2 133013475 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0193941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2903;QD=11.1031;RBI=0.0194272;REFB=-0.00083866;REVB=-0.00113388;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000531589;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:8:2:1:6:8:2 chr2 133013567 . T C 68.44 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0109117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.945;QD=16.1042;RBI=0.0120241;REFB=-0.00385699;REVB=-0.00505116;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26538;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00402726;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:7:8:8:9:0.529412:3:5:2:5:3:6:3:5 chr2 133013590 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.635;QD=53.9107;RBI=0.0387795;REFB=0;REVB=-0.0109826;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239458;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr2 133013631 . G A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0229266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.481;QD=7.27359;RBI=0.0442537;REFB=0.00108154;REVB=-0.0378518;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0029743;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:21:12:4:7:21:12 chr2 133013644 . G A 92.26 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00960559;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.963;QD=8.02271;RBI=0.0257067;REFB=0.00144274;REVB=-0.0238447;RO=35;SAF=9;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27071;STB=0.658254;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00340322;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:48:46:35:34:12:12:0.26087:3:9:19:16:3:9:19:15 chr2 133013680 . G A 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00381881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7984;QD=21.4064;RBI=0.0307009;REFB=-0.00367125;REVB=-0.0304625;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10172;STB=0.556415;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00999789;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:14:12:11:21:14:12 chr2 133013687 . T C 137.98 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00246937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.072;QD=8.90167;RBI=0.018278;REFB=0.00291096;REVB=0.0181105;RO=43;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210013;STB=0.625532;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0120457;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:6:13:22:21:6:13:22:21 chr2 133013695 . CA CG,TG 345.2 PASS AF=0.290323,0.290323;AO=18,17;DP=63;FAO=18,18;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=8,12;FSAR=10,6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00444684,-0.0156216;FXX=0.0158705;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=103.118,176.61;QD=22.2713;RBI=0.0217282,0.0580405;REFB=-0.00304863,-0.00747433;REVB=-0.0212683,-0.0558987;RO=26;SAF=8,12;SAR=10,5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.096183,0.189509;STB=0.555494,0.580553;STBP=0.589,0.425;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0125281,-0.00626636;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:63:62:26:26:18,17:18,18:0.290323,0.290323:10,5:8,12:14:12:10,6:8,12:14:12 chr2 133013704 . G A 111.23 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0427332;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.974;QD=7.54091;RBI=0.0484699;REFB=-0.0178098;REVB=-0.0228738;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243261;STB=0.663701;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.038538;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:15:16:0.271186:9:6:26:17:10:6:26:17 chr2 133013756 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0273023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7621;QD=9.9935;RBI=0.0337455;REFB=0.00745149;REVB=-0.0198329;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291113;STB=0.67229;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0162968;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:22:14:11:6:22:14 chr2 133014592 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0193116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.42;QD=6.25117;RBI=0.0256222;REFB=-0.0130717;REVB=-0.0168392;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320963;STB=0.721525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0533386;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:10:6:4:2:11:6 chr2 133014602 . GG CG,CT 184.8 PASS AF=0.6,0.12;AO=15,3;DP=25;FAO=15,3;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8,1;FSAR=7,2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00927547,0.0170293;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=88.3491,85.7106;QD=29.5681;RBI=0.0941468,0.0806211;REFB=-0.0506653,-0.0413371;REVB=0.0936887,0.0788021;RO=7;SAF=8,1;SAR=7,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104535,-0.371415;STB=0.558206,0.7485;STBP=0.433,0.402;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0158932,0.00874276;OID=.,.;OPOS=133014602,133014602;OREF=G,GG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:7:7:15,3:15,3:0.6,0.12:7,2:8,1:5:2:7,2:8,1:5:2 chr2 133014612 . A C 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0302656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.648;QD=29.3729;RBI=0.050966;REFB=-0.0554513;REVB=0.0410065;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202028;STB=0.611524;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0250788;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:6:1:9:8:6:1 chr2 133014640 . C T 52.29 PASS AF=0.242424;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0138935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.124;QD=6.33865;RBI=0.013894;REFB=-0.0100482;REVB=0.00011544;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63636;STB=0.821223;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0172977;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:33:23:25:7:8:0.242424:6:1:17:6:6:2:18:7 chr2 133014651 . A AC 164.97 PASS AF=0.722222;AO=22;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0205531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.004;QD=18.3297;RBI=0.0277374;REFB=-0.064193;REVB=-0.0186262;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804989;STB=0.564684;STBP=0.241;TYPE=ins;VARB=0.0368457;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:22:35:26:36:10:15:11:8:2:37:12:14:8:9:3 chr2 133036254 . T C 49.04 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0443814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.13;QD=4.00361;RBI=0.0499056;REFB=-0.00940742;REVB=0.0228224;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20011;STB=0.671228;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0219479;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:49:37:41:8:8:0.163265:5:3:20:17:5:3:24:17 chr2 133036257 . TG CA 40.91 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0252081;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.407;QD=3.33956;RBI=0.0254994;REFB=-0.00699274;REVB=-0.00384325;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351051;STB=0.753502;STBP=0.215;TYPE=mnp;VARB=0.0396195;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:49:41:42:7:7:0.142857:5:2:24:17:5:2:25:17 chr2 133036263 . A G 56.73 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0319926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.956;QD=4.36347;RBI=0.0335078;REFB=-0.000306073;REVB=0.0099623;RO=42;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339658;STB=0.715594;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0010022;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:52:42:43:9:9:0.173077:6:3:26:16:6:3:26:17 chr2 133036280 . A C 49.36 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0283474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3848;QD=4.20111;RBI=0.0322736;REFB=0.00432996;REVB=0.0154276;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40362;STB=0.772537;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0204359;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:6:2:23:16:6:2:23:16 chr2 133036337 . A G 70.53 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0104875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.638;QD=7.0527;RBI=0.0231412;REFB=-0.0132927;REVB=0.0206284;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405279;STB=0.758956;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0361537;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:7:3:19:10:7:3:20:10 chr2 133036343 . C T 61.24 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0397171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7221;QD=6.80463;RBI=0.0723201;REFB=-0.0104878;REVB=0.0604379;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341106;STB=0.713832;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0373202;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:17:10:6:3:17:10 chr2 133036364 . G A 62.93 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0506317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8608;QD=8.68044;RBI=0.0520211;REFB=-0.0152428;REVB=-0.0119425;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489899;STB=0.791135;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.109492;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:16:4:6:3:16:4 chr2 133036394 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00484873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.559;QD=7.46514;RBI=0.0368486;REFB=-0.0231942;REVB=-0.0365282;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418932;STB=0.726721;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.022177;OID=.;OPOS=133036394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:4:3:13:3:4:3:13:4 chr2 133036419 . A C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0242637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1911;QD=5.44243;RBI=0.0915969;REFB=-0.000932245;REVB=-0.0883248;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254478;STB=0.631132;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00682635;OID=.;OPOS=133036419;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:18:20:6:6:0.230769:4:2:10:8:4:2:10:10 chr2 133036530 . A G 33.41 PASS AF=0.193548;AO=4;DP=29;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0330983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187;QD=4.31103;RBI=0.0330998;REFB=-0.00993825;REVB=0.000315862;RO=25;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022636;STB=0.516075;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0359508;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:31:25:25:4:6:0.193548:2:2:13:12:3:3:13:12 chr2 133036571 . C T 35.48 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.025041;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.964;QD=4.73105;RBI=0.0265176;REFB=-0.0146409;REVB=-0.00872544;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0496794;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:30:22:24:6:6:0.2:3:3:11:11:3:3:13:11 chr2 133036619 . CC TG 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0034418;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.555;QD=7.48174;RBI=0.0106453;REFB=-0.00779752;REVB=0.0100735;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282447;STB=0.677058;STBP=0.22;TYPE=mnp;VARB=0.0273979;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:3:7:13:15:3:7:13:15 chr2 133036632 . G A 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0335412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.681;QD=3.89782;RBI=0.0348627;REFB=-0.0022454;REVB=-0.00950781;RO=42;SAF=1;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489035;STB=0.845218;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0225558;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:7:1:21:21:7:1:21:21 chr2 133036650 . T G 288.97 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0137471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7016;QD=16.7519;RBI=0.0148891;REFB=-0.0188152;REVB=0.00571858;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550506;STB=0.530845;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0488934;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:13:24:19:13:13:24 chr2 133036661 . A AT 163.06 PASS AF=0.314286;AO=34;DP=84;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0198533;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.303;QD=9.31769;RBI=0.0289361;REFB=0.00535103;REVB=-0.021051;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934867;STB=0.625966;STBP=0.164;TYPE=ins;VARB=-0.00791439;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:34:84:22:70:48:6:16:21:27:99:50:18:16:22:28 chr2 133036666 . AC A 270.19 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00131057;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5616;QD=12.4223;RBI=0.0394759;REFB=0.0140366;REVB=0.0394542;RO=54;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365139;STB=0.520879;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=-0.0088781;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:33:88:33:87:54:17:16:26:28:99:54:17:16:26:28 chr2 133036669 . G T 277.99 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00394419;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.813;QD=12.3552;RBI=0.0443747;REFB=-0.0133612;REVB=-0.0441991;RO=56;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557593;STB=0.537301;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00883747;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:57:33:33:0.366667:16:17:26:30:16:17:26:31 chr2 133036693 . T G 544.97 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00385259;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.694;QD=22.7073;RBI=0.0203827;REFB=-0.0257873;REVB=0.0200153;RO=45;SAF=25;SAR=26;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389984;STB=0.521464;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00963984;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:45:45:51:51:0.53125:26:25:20:25:26:25:20:25 chr2 133036695 . C A 41.9 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0021416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.439;QD=1.74568;RBI=0.0153657;REFB=-2.14438e-05;REVB=-0.0152157;RO=85;SAF=7;SAR=3;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282997;STB=0.716787;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000359882;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:95:96:85:86:10:10:0.104167:3:7:39:46:3:7:39:47 chr2 133036697 . A G 547.03 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0395852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.989;QD=23.2779;RBI=0.0419989;REFB=-0.0051071;REVB=0.0140327;RO=42;SAF=24;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150351;STB=0.52213;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0055116;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:43:51:51:0.542553:27:24:19:23:26:25:19:24 chr2 133036704 . T C 351.66 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-3.20776e-05;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.574;QD=14.9645;RBI=0.00251142;REFB=-0.00482032;REVB=-0.00251121;RO=56;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890873;STB=0.505048;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00384556;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:20:18:27:29:20:18:27:29 chr2 133036714 . A G 332.81 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.000404077;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9231;QD=14.7914;RBI=0.00997735;REFB=-0.0169649;REVB=0.00996917;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889952;STB=0.50393;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0487084;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:53:53:36:37:0.411111:20:16:24:29:20:17:24:29 chr2 133036716 . G T 322.86 PASS AF=0.395604;AO=37;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0192655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.049;QD=14.1914;RBI=0.049885;REFB=-0.0249498;REVB=-0.0460147;RO=51;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876289;STB=0.517232;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0255883;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:55:37:36:0.395604:20:17:23:28:20:16:26:29 chr2 133036720 . T C 43.31 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.027585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.984;QD=1.90383;RBI=0.0336519;REFB=-0.00299644;REVB=-0.0192747;RO=81;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198;STB=0.646267;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0175373;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:81:81:10:10:0.10989:4:6:35:46:4:6:35:46 chr2 133036742 . T C 253.07 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0153614;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9035;QD=12.4971;RBI=0.0165012;REFB=-0.00707253;REVB=0.00602656;RO=50;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137515;STB=0.572671;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00792037;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:51:30:30:0.37037:13:17:22:28:13:17:23:28 chr2 133036757 . A G 138.06 PASS AF=0.285714;AO=19;DP=69;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0437861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7041;QD=7.88916;RBI=0.044067;REFB=-0.00895844;REVB=0.0049679;RO=49;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373045;STB=0.738888;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0216444;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:49:50:19:20:0.285714:5:14:21:28:5:15:21:29 chr2 133036777 . A G 32.07 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00927208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.96;QD=2.56594;RBI=0.0164498;REFB=-0.00393125;REVB=-0.0135876;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41431;STB=0.820819;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0710798;OID=.;OPOS=133036777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:1:5:21:22:1:5:21:23 chr2 133036787 . C A 50.58 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00646707;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.357;QD=4.3045;RBI=0.0374203;REFB=-0.0040726;REVB=-0.0368573;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742608;STB=0.531835;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.022426;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:49:47:41:39:8:8:0.170213:4:4:18:23:4:4:18:21 chr2 133036797 . A AAGC 32.4 PASS AF=0.153846;AO=5;DP=45;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00519176;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=3;MLLD=223.016;QD=3.32285;RBI=0.00939451;REFB=0.0032784;REVB=0.00782959;RO=39;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21348;STB=0.563893;STBP=0.756;TYPE=ins;VARB=-0.0130961;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:5:45:6:39:33:3:3:14:19:32:39:3:2:16:23 chr2 133037216 . AGGGGGGCA AGGGGCA,AGGGGGCA,AGGGGGCAC 91.8 PASS AF=0.473684,0.210526,0.157895;AO=8,3,2;DP=19;FAO=9,4,3;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6,2,2;FSAR=3,2,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.154668,0.288899,0.118176;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,3;MLLD=15.3002,7.40802,17.6791;QD=19.3259;RBI=0.154724,0.289204,0.154214;REFB=-0.0613066,-0.101253,-0.0500024;REVB=-0.00417395,0.0132765,-0.099078;RO=4;SAF=5,2,2;SAR=3,1,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0.928571,0.928571,0;SSEP=0.622642,0.622642,0;SSSB=0.0749496,0.149914,0.623114;STB=0.5,0.571077,0.5;STBP=1,0.786,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0959266,0.0922541,-0.144497;OID=.,.,.;OPOS=133037217,133037217,133037222;OREF=GG,G,GCA;OALT=-,-,CAC;OMAPALT=AGGGGCA,AGGGGGCA,AGGGGGCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.473684,0.210526,0.157895:8,3,2:19:9,4,3:19:3:6,2,2:3,2,1:2:1:19:4:5,2,2:3,1,0:2:2 chr2 133037226 . T C 133.25 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0367749;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.914;QD=23.174;RBI=0.0379158;REFB=-0.0111292;REVB=0.00923119;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684983;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0115988;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:23:8:9:13:14:0.608696:5:8:5:3:6:8:6:3 chr2 133037311 . C A 362.95 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0155704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0068;QD=39.2379;RBI=0.0278938;REFB=0.00541724;REVB=0.0231436;RO=8;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10109;STB=0.554875;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000984758;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:29:29:0.783784:18:11:5:3:18:11:5:3 chr2 133037397 . C T 268.33 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0558488;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5464;QD=32.5248;RBI=0.0659608;REFB=0.00501397;REVB=0.035096;RO=10;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120362;STB=0.566312;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000385943;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:33:10:10:23:23:0.69697:16:7:5:5:16:7:5:5 chr2 133037489 . A AC 112.18 PASS AF=0.538462;AO=3;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00138229;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=234.581;QD=17.2577;RBI=0.00148579;REFB=-0.0404781;REVB=-0.000544844;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310898;STB=0.70233;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0337965;OID=.;OPOS=133037490;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:3:26:14:26:12:1:13:3:9:97:22:1:2:3:19 chr2 133037512 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=41;FWDB=0.000714495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.123;QD=3.79008;RBI=0.0212982;REFB=-0.00349462;REVB=-0.0212862;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496542;STB=0.796238;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0309908;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:6:2:2:41:6:2:2:41 chr2 133037534 . C G 573.97 PASS AF=0.824561;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=283.931;QD=40.2785;RBI=0.00118603;REFB=-0.00688363;REVB=0.00118603;RO=9;SAF=0;SAR=47;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203991;OID=.;OPOS=133037534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:9:10:47:47:0.824561:47:0:0:9:47:0:0:10 chr2 133037538 . A C 609.21 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.837;QD=44.3058;RBI=0.00426206;REFB=-0.00610725;REVB=0.00426206;RO=5;SAF=0;SAR=48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583218;OID=.;OPOS=133037538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:5:7:48:48:0.872727:48:0:0:5:48:0:0:7 chr2 133037558 . T TTTTAA 693.12 PASS AF=0.9;AO=45;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=247.629;QD=46.2077;RBI=0.00428221;REFB=-0.0255099;REVB=-0.00428221;RO=9;SAF=0;SAR=45;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00237886;OID=.;OPOS=133037559;OREF=-;OALT=TTTAA;OMAPALT=TTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:45:60:54:60:6:0:54:0:6:28:9:0:45:0:9 chr2 133037568 . T C 836.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9647;QD=55.7989;RBI=0.00108491;REFB=-0.0602207;REVB=0.00108491;RO=1;SAF=0;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00620137;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:59:0:0:1:59:0:0:1 chr2 133037582 . G C 546.69 PASS AF=0.866667;AO=40;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.119;QD=48.5947;RBI=0.00518232;REFB=0.0121879;REVB=0.00518232;RO=5;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168151;OID=.;OPOS=133037582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:5:6:40:39:0.866667:40:0:0:5:39:0:0:6 chr2 133037584 . A G 540.05 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8441;QD=51.4333;RBI=0.017057;REFB=-0.0208867;REVB=-0.017057;RO=4;SAF=0;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138022;OID=.;OPOS=133037584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:38:0:0:4:38:0:0:4 chr2 133037592 . CTA C 317.15 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.385;QD=50.7441;RBI=0.019666;REFB=-0.0352148;REVB=0.019666;RO=1;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00163596;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:24:25:24:25:1:0:24:0:1:6:1:0:24:0:1 chr2 133037783 . G T 353.73 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00811217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.852;QD=35.3733;RBI=0.0230779;REFB=-0.0507616;REVB=0.0216051;RO=11;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153333;STB=0.583278;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.02675;OID=.;OPOS=133037783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:14:15:9:2:14:15:9:2 chr2 133037812 . A G 515.7 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523977;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.241;QD=55.7511;RBI=0.0535345;REFB=0;REVB=-0.0109736;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109411;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:37:0:0:34:37:1:16:18:0:0:16:21:0:0 chr2 133038166 . T C 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0123171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.158;QD=8.50938;RBI=0.0721847;REFB=0.00849248;REVB=0.0711261;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623268;STB=0.527341;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0128706;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:7:3:8:15:7:3:8:16 chr2 133038179 . AG CT 70.52 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00267199;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.994;QD=6.5602;RBI=0.0138069;REFB=-0.00552874;REVB=-0.0135459;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139624;STB=0.603844;STBP=0.55;TYPE=mnp;VARB=0.01653;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:43:32:33:10:10:0.232558:7:3:13:19:7:3:14:19 chr2 133038188 . T C 89.1 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0175934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7286;QD=7.4247;RBI=0.0519946;REFB=0.0138419;REVB=-0.0489276;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107024;STB=0.567049;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0459098;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:15:21:8:4:15:21 chr2 133038228 . C T 117.22 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00289431;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.058;QD=7.2133;RBI=0.0198673;REFB=-0.0125154;REVB=-0.0196554;RO=48;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258965;STB=0.658897;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.027867;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:48:48:17:17:0.261538:12:5:24:24:12:5:24:24 chr2 133038234 . C T 114.0 PASS AF=0.257576;AO=16;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0136552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.275;QD=6.90916;RBI=0.0171108;REFB=-0.00646448;REVB=0.0103109;RO=49;SAF=4;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332933;STB=0.666465;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0112202;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:49:49:16:17:0.257576:12:4:25:24:12:5:25:24 chr2 133038264 . G A 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0339234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3769;QD=6.04595;RBI=0.0410555;REFB=-0.00155428;REVB=0.0231248;RO=51;SAF=5;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269933;STB=0.661448;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00598921;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:52:16:16:0.235294:11:5:27:24:11:5:27:25 chr2 133038275 . C T 105.39 PASS AF=0.246154;AO=15;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0185892;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.704;QD=6.4856;RBI=0.0194311;REFB=-0.0014396;REVB=-0.00565767;RO=47;SAF=4;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309797;STB=0.719716;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00611008;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:47:49:15:16:0.246154:11:4:24:23:12:4:26:23 chr2 133038280 . A C 123.35 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.028254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.599;QD=7.83181;RBI=0.0314885;REFB=-0.0250006;REVB=-0.013901;RO=38;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276946;STB=0.66083;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0168293;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:45:17:18:0.285714:13:4:17:21:13:5:22:23 chr2 133038365 . G T 72.44 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0256565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.9831;QD=8.52272;RBI=0.0313415;REFB=-0.0105148;REVB=-0.0180008;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406483;STB=0.542084;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0146774;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:13:10:4:6:13:11 chr2 133038366 . C T 185.23 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0253854;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.202;QD=24.6975;RBI=0.0255968;REFB=-0.00769029;REVB=0.00328296;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00703607;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:30:12:12:18:18:0.6:9:9:6:6:9:9:6:6 chr2 133038378 . A G 95.01 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00731142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.359;QD=13.105;RBI=0.0105158;REFB=-0.00529196;REVB=0.00755809;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00816138;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:29:15:17:10:12:0.413793:5:5:8:7:6:6:9:8 chr2 133038383 . GC AT 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0242226;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.176;QD=16.1192;RBI=0.0243166;REFB=-0.0325274;REVB=0.0021363;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=0.0350109;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:6:7:5:7:6:7 chr2 133038400 . GA G 68.0 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.14437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2171;QD=8.24198;RBI=0.162189;REFB=-0.000520498;REVB=-0.0739088;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.0166414;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:13:33:14:33:19:8:6:10:9:67:16:9:4:8:8 chr2 133038421 . G C 126.17 PASS AF=0.35;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.037177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.589;QD=12.617;RBI=0.0394148;REFB=-0.0280956;REVB=-0.0130918;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.564012;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0380284;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:25:14:14:0.35:7:7:7:9:7:7:15:10 chr2 133038491 . T C 152.61 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0290758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9716;QD=7.01655;RBI=0.0392922;REFB=-0.00342023;REVB=-0.0264288;RO=65;SAF=10;SAR=12;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121518;STB=0.573738;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0128959;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:65:22:22:0.252874:12:10:36:29:12:10:36:29 chr2 133038501 . G A 111.51 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.000486437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.219;QD=5.06855;RBI=0.00280665;REFB=-0.0010933;REVB=0.00276417;RO=66;SAF=9;SAR=9;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568812;STB=0.545404;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00472526;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:66:70:18:18:0.204545:9:9:36:30:9:9:39:31 chr2 133038515 . A G 98.59 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.000168925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.142;QD=4.15112;RBI=0.0416631;REFB=-0.0057203;REVB=0.0416627;RO=78;SAF=8;SAR=9;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150037;STB=0.596941;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0392336;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:78:78:17:17:0.178947:9:8:46:32:9:8:46:32 chr2 133038530 . A G 105.49 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0168031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.384;QD=4.17784;RBI=0.0207686;REFB=-0.00985374;REVB=0.0122061;RO=83;SAF=8;SAR=10;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198183;STB=0.627569;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0386753;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:83:83:18:18:0.178218:10:8:50:33:10:8:50:33 chr2 133038543 . A G 149.93 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=108;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0197367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.949;QD=5.55277;RBI=0.0197521;REFB=-0.00939409;REVB=-0.000780177;RO=82;SAF=12;SAR=12;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107333;STB=0.574014;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0305125;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:82:84:24:24:0.222222:12:12:48:34:12:12:50:34 chr2 133038569 . T C 164.3 PASS AF=0.234234;AO=24;DP=110;FAO=26;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.037531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.402;QD=5.92072;RBI=0.0386202;REFB=-0.0129008;REVB=-0.00910749;RO=64;SAF=12;SAR=12;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289614;STB=0.558514;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0331414;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:64:85:24:26:0.234234:12:12:47:17:13:13:49:36 chr2 133038580 . C T 123.42 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.00335379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.862;QD=4.36875;RBI=0.00379308;REFB=-0.0122046;REVB=0.00177187;RO=91;SAF=8;SAR=14;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273063;STB=0.672289;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.034303;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:91:91:22:22:0.19469:14:8:53:38:14:8:53:38 chr2 133038625 . G A 164.72 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.000488245;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.068;QD=7.66154;RBI=0.0418194;REFB=-0.00754555;REVB=-0.0418166;RO=63;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146143;STB=0.587864;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0246599;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:13:10:35:28:13:10:35:28 chr2 133038681 . T C 60.74 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=81;FWDB=-0.0134897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.469;QD=2.07658;RBI=0.0137753;REFB=-0.000177034;REVB=-0.00279055;RO=103;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380119;STB=0.751868;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00191045;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:117:103:103:14:14:0.119658:7:7:22:81:7:7:22:81 chr2 133038686 . A G 968.68 PASS AF=0.72973;AO=80;DP=115;FAO=81;FDP=111;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=69;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0156753;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.301;QD=34.9073;RBI=0.0250245;REFB=-0.0236865;REVB=0.0195067;RO=30;SAF=11;SAR=69;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334778;STB=0.670303;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00773649;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:30:30:80:81:0.72973:69:11:17:13:69:12:17:13 chr2 133038693 . A T 709.54 PASS AF=0.603604;AO=67;DP=111;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=63;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0049153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.255;QD=25.5691;RBI=0.00495003;REFB=0.00558861;REVB=0.000585344;RO=42;SAF=4;SAR=63;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566763;STB=0.82061;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00215442;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:42:44:67:67:0.603604:63:4:20:22:63:4:21:23 chr2 133038724 . T C 384.67 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0105877;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.652;QD=22.9651;RBI=0.0140828;REFB=-0.0273349;REVB=-0.00928576;RO=24;SAF=2;SAR=35;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639978;STB=0.849306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0266474;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:29:37:38:0.567164:35:2:14:10:36:2:14:15 chr2 133038728 . CT CG,GG 324.03 PASS AF=0.56,0.44;AO=14,11;DP=25;FAO=14,11;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191549,-0.0271518;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=68.4681,77.9376;QD=51.8445;RBI=0.0555107,0.081021;REFB=0,0;REVB=0.0521011,0.076336;RO=0;SAF=7,5;SAR=7,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0167033,0.145231;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:25:25:0:0:14,11:14,11:0.56,0.44:7,6:7,5:0:0:7,6:7,5:0:0 chr2 133038740 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00809432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.504;QD=8.69736;RBI=0.0182633;REFB=-0.00460277;REVB=-0.0163717;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448782;STB=0.785954;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00302715;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:7:7:6:1:7:7 chr2 133038745 . T C 37.96 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0642438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5807;QD=9.49112;RBI=0.0682168;REFB=0.0232189;REVB=0.0229406;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0199291;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:6:4:5:1:6:4 chr2 133039014 . A G 61.2 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00343515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.296;QD=6.99373;RBI=0.0101851;REFB=-0.00592388;REVB=-0.0095883;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468487;STB=0.69952;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.037892;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:26:26:8:9:0.257143:7:1:12:14:7:2:12:14 chr2 133039048 . A G 75.88 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00201153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.729;QD=8.20373;RBI=0.0103727;REFB=-0.0101417;REVB=0.0101758;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136125;STB=0.543306;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.024464;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:36:37:25:25:11:12:0.324324:7:4:12:13:7:5:12:13 chr2 133039061 . A G 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0296073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3095;QD=5.21424;RBI=0.0300516;REFB=0.00803661;REVB=0.0051486;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583456;STB=0.538366;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0106512;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:14:17:4:4:14:17 chr2 133039063 . T C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00605656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.645;QD=5.21408;RBI=0.0156496;REFB=-0.00608769;REVB=-0.0144301;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583456;STB=0.538366;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0388987;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:14:17:4:4:14:17 chr2 133039074 . AT GC 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00251403;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.355;QD=5.37246;RBI=0.0114547;REFB=-0.00624768;REVB=0.0111754;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190186;STB=0.624688;STBP=0.473;TYPE=mnp;VARB=0.0110653;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:14:16:3:5:14:16 chr2 133039082 . CC AT 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=4.56388e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=317.95;QD=3.43667;RBI=0.00611851;REFB=0.00296248;REVB=0.00611834;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2829;STB=0.699355;STBP=0.346;TYPE=mnp;VARB=-0.0159739;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:19:14:4:2:19:14 chr2 133039090 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00622011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.627;QD=11.086;RBI=0.00677733;REFB=0.00402184;REVB=0.00269118;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632438;STB=0.537756;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0119467;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:14:11:5:8:14:11 chr2 133039101 . A G 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0299007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3049;QD=5.214;RBI=0.0314488;REFB=-0.00962153;REVB=-0.00974545;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177073;STB=0.615112;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0391968;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:20:11:4:4:20:11 chr2 133039105 . T C 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0592639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9125;QD=4.41846;RBI=0.0605203;REFB=0.0220866;REVB=0.0122674;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257272;STB=0.671079;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.098655;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:20:11:4:3:20:11 chr2 133039128 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00434856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5801;QD=3.64931;RBI=0.0153843;REFB=0.00181179;REVB=-0.014757;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323276;STB=0.723437;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0169379;OID=.;OPOS=133039128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:19:12:4:2:19:12 chr2 133039132 . T C 41.92 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00864455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.443;QD=4.53194;RBI=0.0163658;REFB=-0.0104296;REVB=0.0138965;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203558;STB=0.635989;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0379977;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:18:12:4:3:18:12 chr2 133039135 . G T 59.59 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=38;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0103742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.471;QD=6.11137;RBI=0.032521;REFB=-0.0138877;REVB=-0.0308219;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726847;STB=0.508651;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0518977;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:38:39:30:30:8:9:0.230769:3:5:17:13:4:5:17:13 chr2 133039137 . A G 60.52 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.127803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8594;QD=6.05182;RBI=0.128226;REFB=0.00286882;REVB=0.0104065;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183724;STB=0.596271;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00305439;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:29:31:9:9:0.225:3:6:15:14:3:6:17:14 chr2 133039143 . C T 81.43 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00752852;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2808;QD=7.23843;RBI=0.00914907;REFB=-0.016678;REVB=-0.00519874;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324043;STB=0.68595;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.029659;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:47:45:36:34:11:11:0.244444:7:4:23:13:7:4:21:13 chr2 133039156 . TG CA,CG 279.53 PASS AF=0.268293,0.365854;AO=11,15;DP=41;FAO=11,15;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=4,11;FSAR=7,4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0111032,-0.00781366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=197.6,159.407;QD=27.2711;RBI=0.0154536,0.0630081;REFB=-0.0105943,-0.0216459;REVB=-0.0107486,-0.0625217;RO=15;SAF=4,11;SAR=7,4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105065,0.255473;STB=0.561929,0.646851;STBP=0.607,0.139;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00931947,0.0103082;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:41:15:15:11,15:11,15:0.268293,0.365854:7,4:4,11:7:8:7,4:4,11:7:8 chr2 133039164 . C T 92.89 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0199076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.976;QD=9.28891;RBI=0.0439514;REFB=-0.0287909;REVB=0.0391843;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255892;STB=0.654226;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0409341;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:18:10:7:5:18:10 chr2 133039166 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.051642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0311;QD=11.0157;RBI=0.112001;REFB=-0.0083286;REVB=-0.0993847;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353682;STB=0.71341;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.019897;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:3:11:14:14:3:11:14:14 chr2 133039171 . C G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00122235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.391;QD=9.85808;RBI=0.0110867;REFB=-0.0139603;REVB=0.0110191;RO=29;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450448;STB=0.788536;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0162578;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:12:13:0.309524:2:10:14:15:2:11:14:15 chr2 133039176 . A G 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00629849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.495;QD=9.58995;RBI=0.0124852;REFB=-0.00801855;REVB=0.01078;RO=29;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44048;STB=0.781941;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0186288;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:2:11:15:14:2:11:15:15 chr2 133039221 . C T 143.98 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0064071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8598;QD=15.1557;RBI=0.0157675;REFB=0.0206916;REVB=-0.014407;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285167;STB=0.663271;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0717984;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:16:6:9:7:16:6 chr2 133281214 . A G 867.27 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0453376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.304;QD=53.3705;RBI=0.0475494;REFB=-0.205404;REVB=0.0143335;RO=3;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173636;STB=0.509206;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00309693;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:3:3:62:62:0.953846:29:33:1:2:29:33:1:2 chr2 133538651 . C T 339.63 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00792651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.912;QD=16.772;RBI=0.0111774;REFB=-0.00587314;REVB=-0.00788069;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110157;STB=0.546641;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00565662;OID=.;OPOS=133538651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:36:37:0.45679:20:16:24:19:20:17:24:20 chr2 133539566 . G A 529.54 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.0149658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.395;QD=13.4914;RBI=0.0160819;REFB=-0.0119897;REVB=-0.00588673;RO=95;SAF=28;SAR=34;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126458;STB=0.571046;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0217696;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:95:95:62:62:0.394904:34:28:32:63:34:28:32:63 chr2 133540634 . G C 428.52 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0773813;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5779;QD=19.2593;RBI=0.0773851;REFB=-0.000255352;REVB=-0.00076752;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413396;STB=0.517233;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000173119;OID=.;OPOS=133540634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:22:21:24:21:22:21:24:22 chr2 133541422 . T A 506.04 PASS AF=0.338798;AO=61;DP=186;FAO=62;FDP=183;FR=.;FRO=121;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.000408072;FXX=0.0265943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.118;QD=11.061;RBI=0.0354721;REFB=-0.00825763;REVB=-0.0354697;RO=118;SAF=38;SAR=23;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134504;STB=0.584585;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0143883;OID=.;OPOS=133541422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:183:118:121:61:62:0.338798:23:38:60:58:23:39:61:60 chr2 133541444 . T C 2677.23 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.881;QD=62.2612;RBI=0.00687345;REFB=0;REVB=0.004547;RO=0;SAF=97;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65736e-07;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:75:97:0:0:75:97:0:0 chr2 133541454 . A G 2369.74 PASS AF=0.987421;AO=156;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00706905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.265;QD=59.6162;RBI=0.0211757;REFB=-0.0527362;REVB=-0.019961;RO=1;SAF=92;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737539;STB=0.501114;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-1.56156e-05;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:1:2:156:157:0.987421:64:92:0:1:65:92:1:1 chr2 133541575 . C T 871.64 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484711;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.923;QD=58.109;RBI=0.0501586;REFB=0;REVB=0.012901;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181768;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr2 133541792 . G C 477.76 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0126869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0314;QD=15.4116;RBI=0.0534781;REFB=-0.0209641;REVB=0.0519514;RO=70;SAF=19;SAR=34;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134152;STB=0.579881;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0286936;OID=.;OPOS=133541792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:71:53:53:0.427419:34:19:34:36:34:19:35:36 chr2 133542014 . T C 1474.41 PASS AF=1;AO=66;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1607;QD=62.7406;RBI=0.1202;REFB=0;REVB=0.108832;RO=0;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691023;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:66:94:1:17:49:0:0:42:52:0:0 chr2 133542545 . G A 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.995;QD=56.1598;RBI=0.0319461;REFB=0;REVB=0.00688422;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190579;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr2 133554288 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1035;QD=60.61;RBI=0.0650501;REFB=0;REVB=-0.00750633;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902184;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 134884700 . G A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.53;QD=63.283;RBI=0.0268323;REFB=0;REVB=-0.00736716;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65829e-05;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr2 135710322 . A G 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6618;QD=61.325;RBI=0.147039;REFB=0;REVB=0.0268218;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025859;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 135711516 . C T 79.18 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131231;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3573;QD=39.5907;RBI=0.131889;REFB=0;REVB=-0.0131605;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475797;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr2 135711657 . G A 428.76 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.183;QD=57.1678;RBI=0.0344988;REFB=0;REVB=0.0215776;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59553e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr2 135740863 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.28;QD=60.9785;RBI=0.0262186;REFB=0;REVB=0.00759137;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10612e-05;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 135744007 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4292;QD=47.8109;RBI=0.0813079;REFB=0;REVB=0.0622396;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362973;OID=.;OPOS=135744007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr2 135744416 . C G 272.03 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4986;QD=51.8156;RBI=0.0226277;REFB=0;REVB=-0.0224621;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073711;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr2 135745545 . C T 507.16 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00501392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2946;QD=56.3511;RBI=0.109755;REFB=-0.0291938;REVB=-0.10964;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00368004;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:1:0:18:17:1:0 chr2 135745722 . A G 254.14 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.474;QD=50.8287;RBI=0.015931;REFB=0;REVB=-0.0129524;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170595;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr2 135893372 . A G 618.53 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.892;QD=58.9071;RBI=0.0330815;REFB=-0.10165;REVB=0.0276237;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00117249;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:27:14:0:0:27:14:1:0 chr2 135911422 . T C 787.63 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2237;QD=55.2723;RBI=0.0531512;REFB=-0.0587906;REVB=0.022977;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.515146;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00159107;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:40:16:0:0:40:16:1:0 chr2 136262011 . A G 315.47 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00798497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.495;QD=22.5339;RBI=0.0286728;REFB=-0.0412325;REVB=-0.0275386;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312109;OID=.;OPOS=136262011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:16:16:12:12:16:16:12:12 chr2 136393658 . A G 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.082;QD=56.9306;RBI=0.0378867;REFB=0;REVB=0.0111026;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146228;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 136396234 . A G 114.71 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0198092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.665;QD=11.7655;RBI=0.0309948;REFB=-0.000698606;REVB=-0.0238385;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33346;STB=0.718031;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0115708;OID=.;OPOS=136396234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:11:25:12:14:0.358974:1:11:8:3:3:11:12:13 chr2 136396300 . T C,G 729.67 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=48,2;DP=51;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355787,0.0345485;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.61,50.8033;QD=56.1286;RBI=0.0390721,0.0351666;REFB=0,0;REVB=0.0161489,0.00656429;RO=0;SAF=14,2;SAR=34,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00578596,0.0273142;OID=.,.;OPOS=136396300,136396300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:52:0:0:48,2:50,2:0.961538,0.0384615:34,0:14,2:0:0:36,0:14,2:0:0 chr2 136407479 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.053;QD=58.9615;RBI=0.0187888;REFB=0;REVB=0.0103445;RO=0;SAF=52;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39534e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:14:52:0:0:14:52:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 62.7 PASS AF=0.241935,0;AO=8,6;DP=64;FAO=15,0;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0586468,-0.046679;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=81.4616,175.924;QD=4.04521;RBI=0.0617261,0.0501356;REFB=-0.00646902,-0.00787826;REVB=-0.0192527,-0.0182935;RO=49;SAF=5,0;SAR=3,6;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187325,-0.609754;STB=0.622055,0.5;STBP=0.294,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.163258,0;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:64:62:49:47:8,6:15,0:0.241935,0:3,6:5,0:23:26:10,0:5,0:23:24 chr2 136511817 . A G 267.31 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0181817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8127;QD=14.2567;RBI=0.0207529;REFB=0.00981188;REVB=0.0100055;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277823;STB=0.663161;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00639467;OID=.;OPOS=136511817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:20:11:27:16:20:11:28:16 chr2 136537941 . C G 152.37 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0175215;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.56;QD=15.6278;RBI=0.0177522;REFB=-0.010443;REVB=0.00285254;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659381;STB=0.521714;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.013932;OID=.;OPOS=136537941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:16:17:0.435897:11:5:7:15:11:6:7:15 chr2 136546110 . A G 246.26 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0414147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.537;QD=20.5219;RBI=0.041419;REFB=-0.0141733;REVB=-0.00059231;RO=23;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13818;STB=0.576855;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0186648;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:23:24:0.5:6:17:14:9:6:18:15:9 chr2 136555659 . T C 683.7 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00299108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.773;QD=52.5919;RBI=0.0217569;REFB=-0.207454;REVB=0.0215503;RO=2;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391845;STB=0.520825;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00324068;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:50:50:0.961538:23:27:0:2:23:27:0:2 chr2 136561557 . G A 369.12 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00642737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.28;QD=17.1684;RBI=0.0149987;REFB=-0.00621392;REVB=-0.0135518;RO=46;SAF=25;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160992;STB=0.601572;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0126429;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:47:38:39:0.453488:13:25:23:23:13:26:23:24 chr2 136575534 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.601;QD=37.4882;RBI=0.0678246;REFB=0;REVB=0.0678246;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102275;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 136590746 . C T 444.32 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0362159;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0914;QD=22.7858;RBI=0.0364267;REFB=-0.00519321;REVB=0.00391322;RO=35;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186564;STB=0.602975;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00578022;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:35:43:43:0.551282:29:14:19:16:29:14:19:16 chr2 136594158 . G A 358.07 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0085796;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.775;QD=19.3552;RBI=0.0170891;REFB=-0.0162482;REVB=-0.0147793;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218604;STB=0.621556;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0166201;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:14:23:14:23:14:23:14:23 chr2 136700927 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00109922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.055;QD=17.0892;RBI=0.0310747;REFB=-0.00264994;REVB=-0.0310552;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362803;STB=0.703982;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00225202;OID=.;OPOS=136700927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:8:17:8:20:8:17:8:20 chr2 136743080 . G C 352.42 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0090607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.78;QD=18.3076;RBI=0.0140128;REFB=-0.0285521;REVB=-0.0106893;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668248;STB=0.530625;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0267056;OID=.;OPOS=136743080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:36:37:0.480519:20:16:15:25:21:16:15:25 chr2 137917922 . T A 369.56 PASS AF=0.443182;AO=36;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0328271;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.406;QD=16.7982;RBI=0.0336451;REFB=-0.0225594;REVB=0.00737387;RO=50;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126857;STB=0.564335;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0396745;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:49:36:39:0.443182:23:13:24:26:25:14:23:26 chr2 137928506 . G A 531.52 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0172917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.865;QD=22.8612;RBI=0.0172982;REFB=-0.00217646;REVB=-0.000473364;RO=42;SAF=14;SAR=36;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533719;STB=0.525537;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.001365;OID=.;OPOS=137928506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:36:14:14:28:36:14:14:29 chr2 138030234 . C T 660.78 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0297666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.184;QD=17.1632;RBI=0.0298353;REFB=-0.0177461;REVB=-0.00202303;RO=82;SAF=36;SAR=35;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112823;STB=0.565358;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0196427;OID=.;OPOS=138030234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:83:71:71:0.461039:35:36:32:50:35:36:32:51 chr2 138237038 . C T 130.96 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0248147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3672;QD=10.2712;RBI=0.055422;REFB=0.0240018;REVB=-0.0495564;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583492;STB=0.538413;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0856409;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:35:16:16:0.313725:10:6:14:19:10:6:15:20 chr2 138375972 . A T 271.98 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0293281;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7859;QD=14.3149;RBI=0.0300596;REFB=-0.00163404;REVB=-0.00659107;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350782;STB=0.523389;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00306835;OID=.;OPOS=138375972;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:30:31:0.407895:15:15:24:21:15:16:25:20 chr2 138420996 . A G 350.06 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.000418111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.949;QD=13.5945;RBI=0.0142647;REFB=-0.0136203;REVB=0.0142586;RO=62;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984655;STB=0.555739;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0215471;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:20:21:26:36:20:21:26:36 chr2 138773229 . G A 247.62 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00249188;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.99;QD=14.1497;RBI=0.0458728;REFB=-0.00160046;REVB=-0.045805;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890435;STB=0.540032;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00296247;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:28:29:0.414286:14:14:24:17:14:15:24:17 chr2 139045855 . C T 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.031785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.491;QD=18.1529;RBI=0.0341427;REFB=-0.00523786;REVB=0.0124676;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236878;STB=0.634023;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00443228;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:17:8:12:9:17:8 chr2 139045929 . C T 180.75 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.0011583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3641;QD=13.9039;RBI=0.00171682;REFB=0.0012273;REVB=-0.00126721;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225125;STB=0.626764;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000866386;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:27:4:6:15:27:4 chr2 139045972 . T C 856.6 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3277;QD=57.1067;RBI=0.0479908;REFB=0;REVB=0.00214848;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215858;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:22:38:0:0 chr2 139045987 . C T 270.59 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0272856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.355;QD=14.4315;RBI=0.0453787;REFB=0.00148922;REVB=-0.0362591;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501578;STB=0.528479;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0023986;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:22:22:14:17:22:22 chr2 139326879 . G C 315.58 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00619302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.992;QD=17.5324;RBI=0.030106;REFB=-0.0258126;REVB=-0.0294621;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122846;STB=0.568556;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0273648;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:16:18:25:13:16:18:25:13 chr2 139621308 . C T 578.35 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0219941;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0179;QD=23.6061;RBI=0.0288766;REFB=-0.00722244;REVB=-0.0187115;RO=44;SAF=25;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461728;STB=0.510979;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00424667;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:44:45:53:53:0.540816:28:25:21:23:27:26:21:24 chr2 139621319 . A ATCT,T 787.09 PASS AF=0.743902,0.0487805;AO=58,5;DP=83;FAO=61,4;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=24,4;FSAR=37,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0234412,-0.0216469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=173.516,76.5686;QD=38.3945;RBI=0.0293831,0.0255881;REFB=-0.0466678,-0.0270764;REVB=0.0177166,-0.0136442;RO=19;SAF=23,4;SAR=35,1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109957,0.235877;STB=0.543633,0.996677;STBP=0.15,0.068;TYPE=ins,snp;VARB=0.0079142,0.0357732;OID=.,.;OPOS=139621320,139621319;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:19:17:58,5:61,4:0.743902,0.0487805:35,1:23,4:12:7:37,0:24,4:10:7 chr2 139621326 . G A 1029.32 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481713;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5273;QD=59.6709;RBI=0.048173;REFB=0;REVB=0.000401332;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026435;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr2 140979107 . C T 470.46 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.00616308;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.252;QD=12.7152;RBI=0.0623501;REFB=-0.0114943;REVB=-0.0620448;RO=86;SAF=31;SAR=23;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341245;STB=0.507177;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.019657;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:94:54:54:0.364865:23:31:52:34:23:31:55:39 chr2 141032088 . C T 575.9 PASS AF=0.442029;AO=60;DP=137;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00631179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.608;QD=16.6927;RBI=0.0162528;REFB=0.000354103;REVB=-0.0149771;RO=76;SAF=35;SAR=25;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580256;STB=0.53287;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000755573;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:76:77:60:61:0.442029:25:35:40:36:25:36:41:36 chr2 141260668 . A G 1104.35 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635561;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6945;QD=60.5122;RBI=0.0689219;REFB=0;REVB=0.0266618;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767624;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr2 141571329 . T C 1233.25 PASS AF=0.987805;AO=76;DP=78;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.64;QD=60.1588;RBI=0.03649;REFB=-0.0426804;REVB=0.0283745;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00138909;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:82:0:1:76:81:0.987805:43:33:0:0:48:33:0:1 chr2 141707868 . G T 929.03 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.030065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.259;QD=20.4181;RBI=0.03249;REFB=-0.0157357;REVB=-0.0123165;RO=90;SAF=43;SAR=49;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207766;STB=0.51141;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0159569;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:90:92:92:0.505495:49:43:40:50:49:43:40:50 chr2 141709419 . T G 180.93 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.030259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1698;QD=12.4782;RBI=0.0340626;REFB=-0.0611959;REVB=-0.0156415;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976283;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.096577;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:15:20:11:12:15:20 chr2 141751592 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.9;QD=61.3756;RBI=0.010855;REFB=0;REVB=0.0103345;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30505e-05;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr2 141816621 . A G 803.05 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226036;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.964;QD=57.3605;RBI=0.0352851;REFB=0;REVB=0.0270946;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42163e-05;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr2 142871296 . C T 461.59 PASS AF=0.412698;AO=51;DP=124;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.019066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.506;QD=14.6537;RBI=0.0202357;REFB=0.000727148;REVB=0.0067802;RO=72;SAF=31;SAR=20;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184686;STB=0.607801;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000722568;OID=.;OPOS=142871296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:72:74:51:52:0.412698:20:31:31:41:20:32:32:42 chr2 143798189 . A G 306.86 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00601452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.513;QD=18.0503;RBI=0.00799816;REFB=-0.014192;REVB=0.00527219;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632461;STB=0.535389;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0116541;OID=.;OPOS=143798189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:12:21:20:15:12:21:20:15 chr2 143849094 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0158;QD=57.8841;RBI=0.0211132;REFB=0;REVB=-0.0143497;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00382e-05;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 144899559 . C A 1181.45 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0533066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8216;QD=58.3432;RBI=0.0536291;REFB=-0.0427207;REVB=0.00587237;RO=2;SAF=27;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337752;STB=0.517853;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000455279;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:52:27:2:0:52:27:2:0 chr2 145145728 . TA T 81.44 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0699327;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.61284;QD=5.92298;RBI=0.083285;REFB=-0.128175;REVB=-0.0452305;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0.368071;SSEP=0;SSSB=-0.0390745;STB=0.526729;STBP=0.699;TYPE=del;VARB=0.105444;OID=.;OPOS=145145729;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909:27:56:27:55:28:12:15:11:17:80:22:11:16:10:12 chr2 148672785 . C T 306.94 PASS AF=0.204819;AO=51;DP=249;FAO=51;FDP=249;FR=.;FRO=198;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=100;FSRR=98;FWDB=-0.0111632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.993;QD=4.93078;RBI=0.0113002;REFB=-0.000798625;REVB=0.00175392;RO=195;SAF=25;SAR=26;SRF=97;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929242;STB=0.511806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00300195;OID=.;OPOS=148672785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:195:198:51:51:0.204819:26:25:97:98:26:25:100:98 chr2 149449185 . G A 306.02 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0131993;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.813;QD=12.7509;RBI=0.0132207;REFB=0.00625178;REVB=0.000751494;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826065;STB=0.54459;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00925214;OID=.;OPOS=149449185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:59:61:35:35:0.364583:15:20:38:21:15:20:39:22 chr2 149791530 . G A 527.06 PASS AF=0.51;AO=45;DP=94;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0163659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.305;QD=21.0822;RBI=0.0224477;REFB=-0.0350376;REVB=0.0153641;RO=49;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345777;STB=0.549707;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0473994;OID=.;OPOS=149791530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:49:49:45:51:0.51:25:20:20:29:25:26:20:29 chr2 150432976 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.418;QD=59.0187;RBI=0.0454089;REFB=0;REVB=0.0420173;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157819;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr2 151219315 . C T 1553.24 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.651;QD=63.3977;RBI=0.0360799;REFB=0;REVB=0.0151092;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122746;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:40:57:0:0:40:58:0:0 chr2 152118271 . G A 883.54 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0172007;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.871;QD=24.3736;RBI=0.0172701;REFB=-0.0384196;REVB=0.00154649;RO=63;SAF=38;SAR=43;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327427;STB=0.514038;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.017769;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:63:64:81:81:0.558621:43:38:27:36:43:38:28:36 chr2 152118275 . A G 852.36 PASS AF=0.551724;AO=79;DP=142;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0560845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7165;QD=23.5135;RBI=0.072124;REFB=-0.00584231;REVB=-0.0453476;RO=63;SAF=37;SAR=42;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032538;STB=0.519912;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00307492;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:63:65:79:80:0.551724:42:37:27:36:42:38:28:37 chr2 152138522 . T C 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0124105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.437;QD=18.4942;RBI=0.0133627;REFB=0.00909366;REVB=0.00495409;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183233;STB=0.601746;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00520657;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:8:22:16:14:8:22 chr2 152139416 . G A 1454.4 PASS AF=0.546512;AO=135;DP=253;FAO=141;FDP=258;FR=.;FRO=117;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=77;FSRR=40;FWDB=0.0185256;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.072;QD=22.5489;RBI=0.0384804;REFB=-0.0196189;REVB=0.0337275;RO=116;SAF=75;SAR=60;SRF=76;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865155;STB=0.54862;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0142078;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:258:116:117:135:141:0.546512:60:75:76:40:63:78:77:40 chr2 152228757 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.000838345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.374;QD=17.542;RBI=0.00825407;REFB=-0.0159251;REVB=-0.00821139;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146539;STB=0.583229;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0188208;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:12:4:6:9:12:4 chr2 152266473 . T C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0027272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=8.92389;RBI=0.0366839;REFB=-0.0141594;REVB=-0.0365824;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313256;STB=0.669922;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0307878;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:43:19:19:0.306452:6:13:15:22:6:13:19:24 chr2 152311570 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.679;QD=62.0212;RBI=0.0438456;REFB=0;REVB=0.0237571;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183878;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr2 152314385 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0221058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.422;QD=14.7347;RBI=0.0288912;REFB=-0.00892246;REVB=-0.0186019;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213934;STB=0.620685;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00838523;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:11:25:13:14:11:25 chr2 152317778 . CA C 39.01 PASS AF=0.22807;AO=41;DP=116;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=-0.0905;FXX=0.0172399;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1261;QD=1.36894;RBI=0.0910519;REFB=-0.116018;REVB=0.0100093;RO=67;SAF=32;SAR=9;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226104;STB=0.605973;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.144272;OID=.;OPOS=152317779;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807:41:116:26:114:88:20:6:58:30:39:67:32:9:41:26 chr2 152320118 . G A 727.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.252;QD=63.27;RBI=0.0140789;REFB=0;REVB=0.0136971;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77977e-05;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 152322095 . A T 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.857;QD=48.7302;RBI=0.0945756;REFB=0;REVB=0.0943768;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333936;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 152331418 . C G 724.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.129;QD=56.8556;RBI=0.0326737;REFB=0;REVB=-0.00658439;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55449e-05;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 152346979 . T C 574.76 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00865094;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.186;QD=28.383;RBI=0.0171187;REFB=-0.0069195;REVB=-0.014772;RO=30;SAF=27;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879374;STB=0.547807;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00521469;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:30:30:51:51:0.62963:24:27:12:18:24:27:12:18 chr2 152352843 . C G 2607.12 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233244;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.769;QD=62.0742;RBI=0.00444308;REFB=0;REVB=-0.00378162;RO=0;SAF=91;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99156e-06;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:168:0:0:169:168:1:78:91:0:0:77:91:0:0 chr2 152387553 . T C 3035.13 PASS AF=1;AO=197;DP=202;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298817;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.776;QD=61.3157;RBI=0.0361357;REFB=-0.060223;REVB=0.0203192;RO=1;SAF=92;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01297e-05;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:198:1:0:197:198:1:105:92:0:1:105:93:0:0 chr2 152417125 . T C 652.48 PASS AF=0.60396;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0265851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.659;QD=25.841;RBI=0.0385711;REFB=-0.0308586;REVB=0.0279458;RO=39;SAF=26;SAR=35;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707776;STB=0.509593;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0195769;OID=.;OPOS=152417125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:39:40:61:61:0.60396:35:26:17:22:35:26:18:22 chr2 152422076 . C G 558.92 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.744;QD=58.8339;RBI=0.0135856;REFB=0;REVB=0.0120295;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166092;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:23:15:0:0 chr2 152422087 . A G 69.69 PASS AF=0.232558;AO=11;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00326404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.007;QD=6.48253;RBI=0.00388876;REFB=-0.00332053;REVB=0.00211389;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258616;STB=0.555441;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00798526;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:11:10:0.232558:7:4:11:21:7:3:12:21 chr2 152476028 . C G 433.47 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00455707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.669;QD=20.6412;RBI=0.0367447;REFB=-0.00522699;REVB=0.036461;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149822;STB=0.582744;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00646566;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:27:14:22:21:27:14 chr2 152490219 . A G 2448.97 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.08;QD=61.2244;RBI=0.0221489;REFB=0;REVB=0.0214172;RO=0;SAF=95;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3622e-05;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:63:95:0:0:64:96:0:0 chr2 152490458 . A G 2368.64 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.32;QD=61.1262;RBI=0.0178907;REFB=0;REVB=0.0171689;RO=0;SAF=80;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07683e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:75:80:0:0:75:80:0:0 chr2 152496526 . A G 296.14 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0730972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7251;QD=12.737;RBI=0.0731777;REFB=-0.0123274;REVB=-0.00343113;RO=58;SAF=25;SAR=9;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297078;STB=0.667247;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0203037;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:58:59:34:34:0.365591:9:25:28:30:9:25:29:30 chr2 152500449 . C G 945.2 PASS AF=0.478469;AO=98;DP=207;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=35;FWDB=0.0517341;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7407;QD=18.0899;RBI=0.0543948;REFB=-0.00117456;REVB=-0.0168041;RO=107;SAF=63;SAR=35;SRF=72;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312822;STB=0.516725;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00175564;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:107:109:98:100:0.478469:35:63:72:35:35:65:74:35 chr2 152521096 . C T 274.85 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0292683;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8638;QD=17.7319;RBI=0.0373408;REFB=-0.0342108;REVB=-0.0231883;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552241;STB=0.514276;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.034272;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:12:20:17:13:13:19 chr2 152527572 . C T 1126.02 PASS AF=0.574586;AO=102;DP=179;FAO=104;FDP=181;FR=.;FRO=77;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0337351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.966;QD=24.8843;RBI=0.0337424;REFB=-0.0152328;REVB=0.000699371;RO=77;SAF=56;SAR=46;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284608;STB=0.505269;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0103144;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:77:77:102:104:0.574586:46:56:42:35:46:58:42:35 chr2 152527608 . C T 699.05 PASS AF=0.457317;AO=74;DP=161;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00778565;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.463;QD=17.05;RBI=0.0211873;REFB=-0.00966442;REVB=-0.0197049;RO=86;SAF=38;SAR=36;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207394;STB=0.501709;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0119289;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:86:89:74:75:0.457317:36:38:46:40:36:39:46:43 chr2 152531077 . A G 415.37 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0219364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.521;QD=19.3193;RBI=0.0225293;REFB=-0.0206726;REVB=-0.00513445;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317645;STB=0.511622;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0198569;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:21:21:23:20:21:21:23:21 chr2 152536498 . T A 962.2 PASS AF=0.522222;AO=93;DP=179;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00923938;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8989;QD=21.3822;RBI=0.025792;REFB=-0.0233417;REVB=0.0240804;RO=86;SAF=49;SAR=44;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377953;STB=0.523251;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0221892;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:86:86:93:94:0.522222:44:49:49:37:45:49:49:37 chr2 152573981 . A G 789.41 PASS AF=0.567164;AO=72;DP=129;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0070947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.312;QD=23.5644;RBI=0.0361718;REFB=-0.0102952;REVB=0.0354692;RO=57;SAF=18;SAR=54;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334233;STB=0.684987;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109004;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:57:58:72:76:0.567164:54:18:36:21:58:18:36:22 chr2 152698480 . C T 666.62 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00103984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.227;QD=19.3222;RBI=0.0118779;REFB=-0.00745865;REVB=-0.0118323;RO=71;SAF=35;SAR=32;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117594;STB=0.50065;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00699422;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:32:35:37:34:32:35:37:34 chr2 152988610 . C CT,T 727.42 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=45,5;DP=57;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0753211,-0.0541232;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.7839,13.3445;QD=51.9587;RBI=0.100775,0.0750335;REFB=0,0;REVB=-0.0669503,-0.0519683;RO=5;SAF=18,3;SAR=27,2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.114091,-0.389209;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00743112,0.0110303;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:57:56:5:0:45,5:55,1:0.982143,0.0178571:27,2:18,3:5:0:29,0:26,1:0:0 chr2 153378459 . T C 1373.82 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.336;QD=62.4463;RBI=0.0564414;REFB=0;REVB=0.000591472;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84841e-05;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:46:39:0:0:47:41:0:0 chr2 153405594 . G A 1190.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.55;QD=61.0395;RBI=0.0143876;REFB=0;REVB=-0.00513515;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44554e-06;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr2 153476066 . G A,GCCA 267.48 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,10;DP=36;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=51.9862,227.116;QD=48.6328;RBI=0.00631007,0.0412792;REFB=0,0;REVB=0.00631007,0.0412792;RO=24;SAF=0,0;SAR=2,10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.439015,-0.744796;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.163859,0.00774157;OID=.,.;OPOS=153476066,153476067;OREF=G,-;OALT=A,CCA;OMAPALT=A,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:36:22:24:0:2,10:1,21:0.0454545,0.954545:2,10:0,0:9:15:1,21:0,0:0:0 chr2 153476072 . T C 48.66 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.766;QD=8.84783;RBI=0.0263213;REFB=-0.026633;REVB=0.0263213;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0987334;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:22:22:14:14:8:8:0.363636:8:0:0:14:8:0:0:14 chr2 153511027 . T C 1529.98 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.084;QD=63.749;RBI=0.0488909;REFB=0;REVB=0.0435179;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127255;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr2 153514492 . C CT,T 55.01 PASS AF=0.236842,0;AO=9,8;DP=80;FAO=18,0;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.263105,-0.0205119;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.72649,256.279;QD=2.89542;RBI=0.263301,0.0206413;REFB=-0.0500925,-0.00158969;REVB=-0.0101396,-0.00230771;RO=57;SAF=4,3;SAR=5,5;SRF=33;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162469,-0.239854;STB=0.565718,0.5;STBP=0.564,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.108224,0;OID=.,.;OPOS=153514493,153514492;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:80:76:57:58:9,8:18,0:0.236842,0:5,5:4,3:33:24:9,0:9,0:34:24 chr2 153577013 . G A 1062.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.641;QD=59.8376;RBI=0.0243252;REFB=0;REVB=0.000603826;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11386e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr2 155265623 . G A,T 898.2 PASS AF=0.921875,0.078125;AO=57,5;DP=62;FAO=59,5;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=37,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325936,-0.0212793;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.539,91.3516;QD=56.1373;RBI=0.0349189,0.0213036;REFB=0,0;REVB=-0.0125295,-0.00101594;RO=0;SAF=20,0;SAR=37,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00159772,0.109914;OID=.,.;OPOS=155265623,155265623;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:62:64:0:0:57,5:59,5:0.921875,0.078125:37,5:20,0:0:0:37,5:22,0:0:0 chr2 155307336 . G C 2348.24 PASS AF=1;AO=151;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109723;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=60.2113;RBI=0.0136403;REFB=0;REVB=0.00810337;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339528;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:151:156:1:90:61:0:0:95:61:0:0 chr2 157189011 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.794;QD=56.7059;RBI=0.0259925;REFB=0;REVB=-0.0113157;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111123;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr2 157257361 . G A 1415.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345612;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.976;QD=62.8904;RBI=0.04735;REFB=0;REVB=-0.0323659;RO=0;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84117e-06;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:63:27:0:0:62:28:0:0 chr2 157257364 . G GT,T 54.12 PASS AF=0.2,0;AO=14,9;DP=84;FAO=16,0;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0904542,0.000509631;FXX=0.0243873;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=10.2004,170.086;QD=2.70609;RBI=0.0915225,0.00990083;REFB=-0.128438,0.00454863;REVB=-0.0139429,0.0098877;RO=60;SAF=5,8;SAR=9,1;SRF=15;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.157418,0.673991;STB=0.590802,0.5;STBP=0.483,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.188922,0;OID=.,.;OPOS=157257365,157257364;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:84:80:60:64:14,9:16,0:0.2,0:9,1:5,8:15:45:9,0:7,0:21:43 chr2 157406249 . G A 1075.42 PASS AF=0.962025;AO=73;DP=77;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0674507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5591;QD=54.4515;RBI=0.0742007;REFB=-0.161948;REVB=0.0309215;RO=4;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449828;STB=0.517642;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00451705;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:77:79:4:3:73:76:0.962025:40:33:0:4:41:35:0:3 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 916.05 PASS AF=0.569231,0.430769;AO=31,21;DP=64;FAO=37,28;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15,18;FSAR=22,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188276,0.0644911;FXX=0.0441112;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=189.241,240.892;QD=56.3724;RBI=0.0192633,0.0647256;REFB=0,0;REVB=0.00407378,-0.0055043;RO=0;SAF=12,13;SAR=19,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.014019,0.00481057;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.569231,0.430769:31,21:64:37,28:65:0:15,18:22,10:0:0:99:0:12,13:19,8:0:0 chr2 158155480 . A G 114.67 PASS AF=0.264706;AO=17;DP=67;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0302118;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.931;QD=6.74538;RBI=0.0481546;REFB=-0.0120834;REVB=-0.0374982;RO=48;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349814;STB=0.729714;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0288154;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:48:50:17:18:0.264706:7:10:14:34:7:11:14:36 chr2 158155576 . G A 516.02 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0119669;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.854;QD=49.1447;RBI=0.0119929;REFB=-0.26079;REVB=-0.000788722;RO=2;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346744;STB=0.543837;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00379171;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:2:5:37:37:0.880952:26:11:0:2:26:11:0:5 chr2 158157361 . C T 3313.55 PASS AF=1;AO=211;DP=219;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131563;FXX=0.044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.174;QD=62.2264;RBI=0.0184725;REFB=-0.00958174;REVB=0.0129671;RO=0;SAF=105;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250418;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:213:0:0:211:213:1:106:105:0:0:108:105:0:0 chr2 158290914 . G C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0141913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.655;QD=12.5628;RBI=0.0152019;REFB=-0.0151036;REVB=0.00545036;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13726;STB=0.578877;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0259308;OID=.;OPOS=158290914;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:22:13:11:11:22:13 chr2 158386938 . C T 1481.72 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.475;QD=63.0521;RBI=0.0234886;REFB=0;REVB=-0.0210519;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65037e-06;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:43:51:0:0 chr2 158626980 . C T 1160.69 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.851;QD=60.2955;RBI=0.0187393;REFB=0;REVB=0.01785;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16121e-05;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:45:29:0:0:48:29:0:0 chr2 158636910 . G A 483.48 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00930312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.666;QD=17.5811;RBI=0.0360024;REFB=-0.0155049;REVB=0.0347796;RO=57;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051148;STB=0.502109;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0117113;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:58:52:52:0.472727:28:24:26:31:28:24:27:31 chr2 159166069 . T C 652.48 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000782459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2815;QD=50.1905;RBI=0.108405;REFB=-0.0571759;REVB=0.108402;RO=2;SAF=2;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176482;STB=0.661887;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00347513;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:52:2:3:48:49:0.942308:46:2:1:1:47:2:2:1 chr2 159537868 . A G 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.039;QD=54.6491;RBI=0.0627452;REFB=-0.0980004;REVB=0.0606068;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000869155;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr2 159663599 . T C 1026.05 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.867;QD=59.4813;RBI=0.00255511;REFB=0;REVB=0.0018629;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10308e-07;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr2 160019863 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.156;QD=62.3483;RBI=0.00716264;REFB=0;REVB=0.00506008;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74733e-08;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr2 160035207 . T C 743.45 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.057675;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.297;QD=53.1033;RBI=0.0668728;REFB=-0.0974306;REVB=0.0338462;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029429;STB=0.515619;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00344017;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:56:2:2:53:54:0.964286:22:31:2:0:23:31:2:0 chr2 160136337 . G A 621.06 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00799135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.268;QD=55.2057;RBI=0.0323394;REFB=-0.0374979;REVB=0.0313365;RO=2;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668789;STB=0.551699;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000716112;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:42:42:0.933333:13:29:0:2:13:29:0:3 chr2 160182302 . C T 262.59 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0201095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.058;QD=26.259;RBI=0.0298157;REFB=-0.0115926;REVB=-0.0220133;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648386;STB=0.517227;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00721938;OID=.;OPOS=160182302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:23:24:0.6:9:14:9:6:10:14:10:6 chr2 160193992 . C T 311.61 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00368616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.616;QD=10.387;RBI=0.0112531;REFB=-0.00170924;REVB=-0.0106322;RO=79;SAF=25;SAR=15;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16765;STB=0.601215;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00329284;OID=.;OPOS=160193992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:80:40:40:0.333333:15:25:38:41:15:25:38:42 chr2 160604452 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.41;QD=62.022;RBI=0.0245451;REFB=0;REVB=0.0232233;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21078e-05;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 160605267 . CT C,CC 1100.29 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=23,51;DP=74;FAO=2,72;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184073,0.0143113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=302.832,311.21;QD=59.4751;RBI=0.0304792,0.0308814;REFB=0,0;REVB=0.0242931,0.0273651;RO=0;SAF=9,33;SAR=14,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.84921e-08,-8.62909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.010138,0.00408529;OID=.,.;OPOS=160605268,160605268;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:23,51:74:2,72:74:0:1,41:1,31:0:0:6:0:9,33:14,18:0:0 chr2 160673526 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9904;QD=58.1385;RBI=0.038333;REFB=0;REVB=-0.0143991;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289632;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr2 160676427 . C A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.302;QD=64.4144;RBI=0.0281132;REFB=0;REVB=0.0144045;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49001e-05;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr2 160710922 . T C 3065.46 PASS AF=0.994845;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000736324;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.435;QD=63.2054;RBI=0.0373978;REFB=-0.048756;REVB=0.0373906;RO=1;SAF=106;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447162;STB=0.502347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000133375;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:194:1:1:193:193:0.994845:87:106:1:0:87:106:1:0 chr2 160729005 . C T 1120.47 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0935331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6835;QD=58.9722;RBI=0.0947271;REFB=-0.018025;REVB=-0.0149929;RO=1;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955959;STB=0.505049;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00052063;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:26:49:1:0:26:49:1:0 chr2 160798634 . G A 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0116451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=383.183;QD=27.6514;RBI=0.0116559;REFB=0.0102371;REVB=0.000502855;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00542272;OID=.;OPOS=160798634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:4:5:10:8:4:5 chr2 160808075 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0101;QD=63.5808;RBI=0.031023;REFB=0;REVB=-0.0140129;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245767;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 160833188 . A G 479.95 PASS AF=0.331492;AO=59;DP=182;FAO=60;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=121;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.00932375;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.006;QD=10.6067;RBI=0.0253429;REFB=-0.0167099;REVB=-0.0235654;RO=97;SAF=28;SAR=31;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117278;STB=0.541446;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0336579;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:97:121:59:60:0.331492:31:28:45:52:31:29:66:55 chr2 160885418 . G C 326.56 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0252971;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.057;QD=16.7468;RBI=0.0257705;REFB=-0.0123739;REVB=0.00491676;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041761;STB=0.517282;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0125464;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:35:35:0.448718:16:19:21:21:16:19:22:21 chr2 160885442 . T C 248.19 PASS AF=0.422535;AO=23;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0699675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4445;QD=13.9827;RBI=0.0785296;REFB=-0.0612606;REVB=-0.0356574;RO=40;SAF=5;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369941;STB=0.56567;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0681247;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:23:30:0.422535:18:5:21:19:18:12:21:20 chr2 160901517 . A G 238.39 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0152584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6575;QD=9.63177;RBI=0.0286255;REFB=0.0120817;REVB=0.0242198;RO=69;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364636;STB=0.521458;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0279308;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:69:30:30:0.30303:17:13:32:37:17:13:32:37 chr2 160983060 . G C 77.84 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0113964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.913;QD=14.8264;RBI=0.0514744;REFB=-0.00411795;REVB=0.050197;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400047;STB=0.75628;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00614144;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:21:10:11:9:10:0.47619:6:3:8:2:7:3:9:2 chr2 160994348 . C T 67.8 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00209946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.208;QD=14.2733;RBI=0.0382547;REFB=-0.00142422;REVB=0.038197;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588969;STB=0.85246;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00165861;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:7:3:8:1:7:3 chr2 161029218 . G A 71.48 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0591218;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.235;QD=6.9734;RBI=0.0617403;REFB=-0.00456336;REVB=-0.0177897;RO=31;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398334;STB=0.74837;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0228296;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:41:31:31:10:10:0.243902:3:7:11:20:3:7:11:20 chr2 161174693 . C T 193.69 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.068499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.375;QD=16.4843;RBI=0.0695012;REFB=-0.013025;REVB=-0.0117604;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578976;STB=0.557503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.022533;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:19:20:0.425532:7:12:15:11:7:13:15:12 chr2 164145582 . C A 178.07 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0154514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.461;QD=25.4385;RBI=0.0266556;REFB=-0.0116702;REVB=-0.0217204;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194206;STB=0.608559;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00995082;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:28:10:10:15:15:0.535714:7:8:8:2:7:8:8:2 chr2 164465716 . G A 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0302792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.526;QD=18.4241;RBI=0.0332053;REFB=0.00887656;REVB=-0.0136294;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238273;STB=0.517982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00665248;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:28:28:28:0.5:13:15:14:12:13:15:16:12 chr2 165353712 . C T 493.2 PASS AF=0.465517;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00919221;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.584;QD=17.007;RBI=0.0449476;REFB=-0.00425639;REVB=-0.0439976;RO=62;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403402;STB=0.517235;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0048815;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:62:53:54:0.465517:26:27:29:33:27:27:29:33 chr2 165424837 . A G 172.07 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00820316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2756;QD=18.1128;RBI=0.0427614;REFB=-0.0217246;REVB=0.0419672;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.552574;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0246164;OID=.;OPOS=165424837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:8:12:9:9:8:12 chr2 165476253 . A T 1076.61 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0315114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1847;QD=53.8304;RBI=0.0396362;REFB=-0.162384;REVB=0.0240429;RO=3;SAF=37;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116367;STB=0.505834;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0098034;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:79:80:3:5:75:75:0.9375:38:37:1:2:38:37:2:3 chr2 165698547 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00995683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.37;QD=22.7215;RBI=0.0147358;REFB=-0.0127847;REVB=0.010863;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165498;STB=0.590854;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0110851;OID=.;OPOS=165698547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:13:18:18:5:13:18:18:5 chr2 165987772 . T G 342.36 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=8;FWDB=0.00810535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.936;QD=13.6943;RBI=0.00882686;REFB=-0.0129038;REVB=-0.00349527;RO=62;SAF=25;SAR=13;SRF=54;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290215;STB=0.661658;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0225421;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:13:25:54:8:13:25:54:8 chr2 165996107 . T A 1311.54 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.152466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3641;QD=60.3005;RBI=0.158213;REFB=-0.0835927;REVB=0.0422554;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108888;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00137834;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:84:86:0.988506:41:43:1:0:42:44:1:0 chr2 166003479 . G A 143.09 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0463753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0508;QD=14.6757;RBI=0.0477119;REFB=-0.0131101;REVB=-0.011214;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041821;STB=0.524241;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0708056;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:12:11:7:9:12:11 chr2 166170127 . T C 2982.6 PASS AF=0.994737;AO=188;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=120;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9168;QD=62.7916;RBI=0.0320053;REFB=-0.100361;REVB=0.00211094;RO=1;SAF=119;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068507;STB=0.503597;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000393076;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:1:1:188:189:0.994737:69:119:0:1:69:120:0:1 chr2 166172151 . GAAAAATG GAAAATAG,GAAAATG,GAAAATGA 30.82 PASS AF=0.0675676,0.0945946,0.0135135;AO=7,10,4;DP=75;FAO=5,7,1;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=5,6,1;FSAR=0,1,0;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0691149,-0.159992,-0.157917;FXX=0.038956;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,3;MLLD=79.1785,11.4618,25.021;QD=1.66607;RBI=0.0706647,0.196835,0.159966;REFB=-0.0235563,-0.0984648,-0.0634549;REVB=0.0147186,0.114659,0.0255254;RO=43;SAF=6,10,4;SAR=1,0,0;SRF=13;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.602162,0.782201,0.65348;STB=0.998126,0.869956,0.99143;STBP=0.005,0.065,0.298;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.157212,0.0640967,0.0700977;OID=.,.,.;OPOS=166172156,166172152,166172156;OREF=AT,A,ATG;OALT=TA,-,TGA;OMAPALT=GAAAATAG,GAAAATG,GAAAATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0675676,0.0945946,0.0135135:7,10,4:75:5,7,1:74:61:5,6,1:0,1,0:26:35:14:43:6,10,4:1,0,0:13:30 chr2 166248047 . G A 1862.5 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904606;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9563;QD=61.5701;RBI=0.0117556;REFB=0;REVB=0.00750756;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73414e-06;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:71:50:0:0:71:50:0:0 chr2 166535918 . C T 1607.72 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2608;QD=58.9989;RBI=0.0308929;REFB=-0.0895007;REVB=0.0277577;RO=1;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111669;STB=0.505881;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000388536;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:42:66:0:1:42:66:0:1 chr2 166605010 . A T 722.83 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665841;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.995;QD=62.855;RBI=0.0712676;REFB=0;REVB=0.0254091;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320404;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:39:46:1:25:14:0:0:25:21:0:0 chr2 166618262 . C T 871.6 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00813454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.99;QD=56.2323;RBI=0.00837513;REFB=-0.0374852;REVB=0.00199302;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-3.54912e-05;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:1:0:31:30:1:0 chr2 166770120 . A G 449.45 PASS AF=0.47;AO=43;DP=95;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00505649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9317;QD=17.9778;RBI=0.0190357;REFB=-0.0270375;REVB=0.0183518;RO=51;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169245;STB=0.587118;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0223504;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:51:53:43:47:0.47:14:29:26:25:15:32:28:25 chr2 166773971 . G A 112.97 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0585464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1578;QD=11.0217;RBI=0.0585611;REFB=-0.00336633;REVB=-0.00130971;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110257;STB=0.565127;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00881062;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:9:18:8:6:9:18 chr2 166788336 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.113;QD=60.3764;RBI=0.0348402;REFB=0;REVB=0.0315651;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20652e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr2 166797646 . C T 472.22 PASS AF=0.49;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0300176;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.394;QD=18.8889;RBI=0.0357559;REFB=-0.0284154;REVB=-0.0194276;RO=51;SAF=18;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620843;STB=0.534468;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0243647;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:51:49:49:0.49:31:18:22:29:31:18:22:29 chr2 166892788 . C T 340.16 PASS AF=0.383178;AO=42;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00021775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.583;QD=12.7164;RBI=0.0138096;REFB=-0.0246767;REVB=-0.0138079;RO=65;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621442;STB=0.550326;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.059931;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:66:42:41:0.383178:25:17:30:35:25:16:31:35 chr2 166897864 . A G 488.3 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0256484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.255;QD=15.3794;RBI=0.0523593;REFB=-0.00747719;REVB=0.045647;RO=73;SAF=18;SAR=36;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185526;STB=0.604356;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00763177;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:36:18:37:36:36:18:37:36 chr2 166898844 . G A 379.5 PASS AF=0.261682;AO=56;DP=214;FAO=56;FDP=214;FR=.;FRO=158;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0143808;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7986;QD=7.09349;RBI=0.0251383;REFB=-0.00339594;REVB=0.0206186;RO=156;SAF=33;SAR=23;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142731;STB=0.580179;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0101197;OID=.;OPOS=166898844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:156:158:56:56:0.261682:23:33:74:82:23:33:76:82 chr2 166903445 . T C 264.47 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00289782;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8874;QD=10.6857;RBI=0.0206815;REFB=0.0065485;REVB=-0.0204775;RO=66;SAF=12;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951968;STB=0.551149;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0243055;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:66:67:32:32:0.323232:20:12:30:36:20:12:30:37 chr2 167055393 . T C 523.2 PASS AF=0.44186;AO=56;DP=127;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.00275465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.15;QD=16.2232;RBI=0.00526144;REFB=-0.0125911;REVB=0.00448271;RO=71;SAF=29;SAR=27;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883586;STB=0.557232;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0186103;OID=.;OPOS=167055393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:71:72:56:57:0.44186:27:29:43:28:28:29:44:28 chr2 167099158 . A G 1414.86 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.257;QD=62.8826;RBI=0.0282413;REFB=0;REVB=0.0153938;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40535e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr2 167138275 . T C 421.05 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00216194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8618;QD=15.8887;RBI=0.0404427;REFB=0.00255561;REVB=0.0403849;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331219;STB=0.513024;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00321131;OID=.;OPOS=167138275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:26:21:24:34:26:21:25:34 chr2 167144974 . A T 330.58 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0396536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7097;QD=12.2438;RBI=0.0520922;REFB=-0.0097004;REVB=-0.0337814;RO=66;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967145;STB=0.500454;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216841;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:67:41:41:0.37963:22:19:30:36:22:19:31:36 chr2 167144995 . T C 485.05 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0372295;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.49;QD=16.304;RBI=0.0396598;REFB=-0.0124978;REVB=0.0136697;RO=66;SAF=26;SAR=27;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358057;STB=0.519992;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0174776;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:27:26:30:36:27:26:30:36 chr2 167145142 . A G 324.8 PASS AF=0.460526;AO=36;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0281268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.356;QD=17.0948;RBI=0.0281291;REFB=-0.0179596;REVB=-0.000356277;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400696;STB=0.545428;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0192456;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:36:35:0.460526:20:16:19:20:20:15:21:20 chr2 167163043 . T C 303.03 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0326846;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.063;QD=16.6044;RBI=0.0610484;REFB=0.0178676;REVB=0.0515619;RO=38;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839076;STB=0.535598;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0174646;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:40:33:33:0.452055:12:21:21:17:12:21:23:17 chr2 167168093 . C T 938.59 PASS AF=0.57047;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00091395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.572;QD=25.1969;RBI=0.0136098;REFB=-0.00762908;REVB=-0.0135791;RO=64;SAF=51;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682304;STB=0.537181;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00756201;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:64:64:85:85:0.57047:34:51:33:31:34:51:33:31 chr2 167279922 . C A 731.12 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0399639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5784;QD=51.3067;RBI=0.0900833;REFB=-0.0735532;REVB=-0.0807334;RO=3;SAF=26;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183527;STB=0.509749;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00848237;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:28:26:2:1:28:26:2:1 chr2 167334085 . G T 2113.85 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.089;QD=61.7183;RBI=0.0229465;REFB=0;REVB=0.00407836;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80992e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:137:0:0:132:137:1:65:67:0:0:67:70:0:0 chr2 168099738 . T C 153.78 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0579808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3237;QD=12.5532;RBI=0.0579812;REFB=-0.0169949;REVB=-0.000219054;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07942;STB=0.522866;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0270487;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:31:17:18:0.367347:7:10:21:11:7:11:20:11 chr2 168100443 . C A 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0168754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.402;QD=17.9411;RBI=0.0185468;REFB=-0.0202223;REVB=0.00769446;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405916;STB=0.523136;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0206808;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:9:13:12:7:9:13 chr2 168101142 . T G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.034944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.108;QD=15.6194;RBI=0.0368636;REFB=-0.0234143;REVB=-0.0117408;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423765;STB=0.712555;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0252864;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:25:18:18:0.418605:13:5:16:6:13:5:16:9 chr2 168102784 . GA G 44.2 PASS AF=0.16129;AO=26;DP=125;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.0105752;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6992;QD=1.42592;RBI=0.119984;REFB=-0.0314323;REVB=-0.119517;RO=97;SAF=2;SAR=24;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496713;STB=0.8855;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0872245;OID=.;OPOS=168102785;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:26:125:20:124:104:1:19:35:69:44:97:2:24:33:64 chr2 168103129 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0125691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.38;QD=16.9312;RBI=0.0620147;REFB=-0.0166706;REVB=-0.0607276;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00821688;OID=.;OPOS=168103129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:8:4:4:8:8:4 chr2 168103701 . A G 88.1 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00280705;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.008;QD=12.5855;RBI=0.018062;REFB=-0.0237147;REVB=-0.0178425;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191932;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0291907;OID=.;OPOS=168103701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:28:17:17:10:11:0.392857:3:7:9:8:4:7:9:8 chr2 168103732 . G T 190.55 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.000724177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.918;QD=21.7775;RBI=0.0398881;REFB=-0.00526109;REVB=0.0398815;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586403;STB=0.516599;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00445662;OID=.;OPOS=168103732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:8:10:9:7:9:10:9:7 chr2 168106144 . T TA 31.51 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0368308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4474;QD=7.00248;RBI=0.060082;REFB=-0.0275586;REVB=0.0474694;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0559797;OID=.;OPOS=168106145;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:18:6:18:12:1:5:8:4:31:12:1:5:8:4 chr2 168108357 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0378884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9868;QD=21.1692;RBI=0.0392616;REFB=-0.0347818;REVB=-0.0102927;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506482;STB=0.799037;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0131501;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:0:3:1:6:0:3 chr2 168115325 . A G 213.05 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0107236;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.057;QD=14.4443;RBI=0.0120998;REFB=-0.00924544;REVB=-0.00560436;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741063;STB=0.549316;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0118707;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:34:25:25:0.423729:16:9:15:20:16:9:15:19 chr2 169707428 . C T 389.16 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.012037;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2064;QD=14.281;RBI=0.0126626;REFB=-0.007159;REVB=-0.00393074;RO=63;SAF=27;SAR=18;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342574;STB=0.503815;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00616012;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:64:45:45:0.412844:18:27:38:25:18:27:38:26 chr2 169707455 . T C 754.86 PASS AF=0.577236;AO=70;DP=122;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0179347;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.396;QD=24.5482;RBI=0.0182107;REFB=-0.0159319;REVB=0.00315872;RO=52;SAF=41;SAR=29;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240057;STB=0.516505;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0169458;OID=.;OPOS=169707455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:52:52:70:71:0.577236:29:41:32:20:30:41:32:20 chr2 169721377 . G A 917.54 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0397491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8379;QD=55.6083;RBI=0.0441416;REFB=-0.16476;REVB=-0.019196;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00128823;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:32:32:0:0:33:32:0:1 chr2 169758024 . A T 478.82 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.00579648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.542;QD=15.5713;RBI=0.0127271;REFB=-0.010881;REVB=-0.0113305;RO=70;SAF=22;SAR=31;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923323;STB=0.551572;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0150017;OID=.;OPOS=169758024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:31:22:23:47:31:22:23:47 chr2 169764120 . A G 440.8 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00869233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8404;QD=22.3189;RBI=0.0507882;REFB=-0.000242112;REVB=0.0500389;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784395;STB=0.54319;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000373306;OID=.;OPOS=169764120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:22:21:21:15:22:21:21:15 chr2 169764176 . G C 403.6 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00454444;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.36;QD=16.6433;RBI=0.00801276;REFB=-0.0129424;REVB=-0.00659942;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104671;STB=0.564046;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0126243;OID=.;OPOS=169764176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:41:42:0.43299:16:25:28:27:16:26:28:27 chr2 169789016 . T C 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.019584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.425;QD=19.5177;RBI=0.0241236;REFB=-0.00759707;REVB=0.014086;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11537;STB=0.564059;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00739343;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:7:19:17:11:7:19 chr2 169826877 . C T 539.38 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587053;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.617;QD=59.931;RBI=0.0602526;REFB=0;REVB=-0.0135671;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355239;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:24:10:0:0:24:12:0:0 chr2 169830328 . A G 1798.98 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516004;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0211;QD=60.9825;RBI=0.0522723;REFB=0;REVB=0.00835443;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856352;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:116:118:1:59:57:0:0:60:58:0:0 chr2 169952233 . T C 440.52 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00784416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.656;QD=19.5786;RBI=0.0233435;REFB=-0.00417567;REVB=0.021986;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183252;STB=0.501018;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0064883;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:21:25:24:20:21:25 chr2 169995159 . C G 808.4 PASS AF=0.547445;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.0102803;FXX=0.021427;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.381;QD=23.6029;RBI=0.0257194;REFB=-0.0285947;REVB=-0.0235754;RO=43;SAF=24;SAR=51;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137522;STB=0.521614;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0220083;OID=.;OPOS=169995159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:43:61:75:75:0.547445:51:24:13:30:51:24:17:44 chr2 169997051 . G A 95.51 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0225405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3846;QD=11.5772;RBI=0.0270056;REFB=-0.0137333;REVB=-0.0148737;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164807;STB=0.597828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0434656;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:12:9:7:5:12:9 chr2 170003432 . T G 561.09 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=149;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00717405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.3055;QD=15.0627;RBI=0.00719903;REFB=-0.0186602;REVB=0.000599105;RO=88;SAF=24;SAR=37;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113919;STB=0.564104;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0269555;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:88:88:61:61:0.409396:37:24:44:44:37:24:44:44 chr2 170010985 . T C 217.14 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=89;FAO=30;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0281499;FXX=0.113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.264;QD=11.1355;RBI=0.0381513;REFB=-0.028194;REVB=-0.0257507;RO=45;SAF=4;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377777;STB=0.536817;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0570591;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:78:45:48:15:30:0.384615:11:4:26:19:12:18:26:22 chr2 170025083 . A G 462.71 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0478949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5011;QD=12.943;RBI=0.0561582;REFB=-0.027954;REVB=0.0293227;RO=89;SAF=35;SAR=19;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255252;STB=0.644898;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0431452;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:89:89:54:54:0.377622:19:35:37:52:19:35:37:52 chr2 170025180 . C T 446.75 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0459027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8036;QD=15.4051;RBI=0.0466551;REFB=-0.000657262;REVB=-0.00834544;RO=66;SAF=33;SAR=17;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154168;STB=0.586684;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000671375;OID=.;OPOS=170025180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:17:33:34:32:17:33:34:32 chr2 170053505 . C T 210.48 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00842654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.609;QD=26.3101;RBI=0.0150827;REFB=0.00316467;REVB=0.0125092;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138909;STB=0.576849;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00170728;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:3:9:11:9:3:9 chr2 170092395 . A G 653.56 PASS AF=0.469388;AO=66;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0324514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0616;QD=17.7838;RBI=0.0391497;REFB=-0.0172029;REVB=0.0218999;RO=78;SAF=44;SAR=22;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683637;STB=0.553649;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0413789;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:66:69:0.469388:22:44:47:31:22:47:46:32 chr2 170099473 . T C 118.71 PASS AF=0.278689;AO=16;DP=60;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0197383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.608;QD=7.78445;RBI=0.0489596;REFB=-0.0174251;REVB=0.0448045;RO=42;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151292;STB=0.624118;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0629339;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:42:44:16:17:0.278689:10:6:21:21:11:6:23:21 chr2 170103336 . T C 365.73 PASS AF=0.304878;AO=49;DP=164;FAO=50;FDP=164;FR=.;FRO=114;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0177813;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.483;QD=8.92025;RBI=0.0219421;REFB=-0.0127504;REVB=0.0128562;RO=115;SAF=26;SAR=23;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073162;STB=0.538221;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0268368;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:115:114:49:50:0.304878:23:26:54:61:24:26:53:61 chr2 170103351 . G T 436.71 PASS AF=0.329412;AO=56;DP=170;FAO=56;FDP=170;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.0124445;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5815;QD=10.2756;RBI=0.01799;REFB=-0.0222954;REVB=0.0129913;RO=113;SAF=31;SAR=25;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108262;STB=0.565149;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.043301;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:113:114:56:56:0.329412:25:31:52:61:25:31:52:62 chr2 170115588 . T C 304.41 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00133392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.264;QD=11.9375;RBI=0.0207093;REFB=0.00442474;REVB=-0.0206663;RO=65;SAF=25;SAR=12;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161827;STB=0.593168;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00768564;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:12:25:35:30:12:25:35:30 chr2 170129528 . G A 1400.0 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6711;QD=61.5384;RBI=0.0162949;REFB=-0.0390045;REVB=-0.00806339;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00279461;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:50:40:0:0:50:40:0:1 chr2 170150671 . G A 184.57 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0417734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4364;QD=19.4284;RBI=0.0473904;REFB=-0.0385897;REVB=0.0223793;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936717;STB=0.553016;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.033765;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:10:9:11:8:10:9 chr2 170175334 . T C 486.97 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00540416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.55;QD=21.4051;RBI=0.012775;REFB=-0.00376583;REVB=-0.0115756;RO=43;SAF=26;SAR=20;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120204;STB=0.575173;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00455036;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:43:44:46:47:0.516484:20:26:30:13:21:26:31:13 chr2 170177382 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0410457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.015;QD=18.154;RBI=0.0414397;REFB=-0.0128514;REVB=-0.00570075;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112262;STB=0.563615;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00994343;OID=.;OPOS=170177382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:16:9:10:11:16:9 chr2 170218847 . C G 303.16 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.426;QD=52.7228;RBI=0.0429687;REFB=0;REVB=0.0233531;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207726;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:7:16:0:0 chr2 170402752 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0413143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.589;QD=10.1727;RBI=0.0689793;REFB=-0.00698543;REVB=0.0552383;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0134553;OID=.;OPOS=170402752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr2 170403030 . T C 533.0 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.019112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.239;QD=23.1739;RBI=0.029144;REFB=-0.0242526;REVB=0.0220023;RO=42;SAF=28;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109106;STB=0.559976;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0164387;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:22:28:18:24:22:28:18:24 chr2 170411693 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0342274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.184;QD=16.1726;RBI=0.0342462;REFB=0.0139778;REVB=0.00113358;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403733;STB=0.755467;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00660321;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:20:16:16:0.444444:13:3:9:6:13:3:12:8 chr2 170441001 . G A 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0312527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.58;QD=19.9754;RBI=0.0341464;REFB=-0.0102608;REVB=0.0137566;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315284;STB=0.67839;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00624188;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:13:7:14:6:13:7 chr2 170493103 . T A 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0225266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.942;QD=7.94634;RBI=0.0225305;REFB=-0.00659432;REVB=0.000414782;RO=49;SAF=6;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280651;STB=0.617147;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0151864;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:51:20:20:0.28169:14:6:26:23:13:7:26:25 chr2 170605981 . C T 1114.15 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8285;QD=60.2241;RBI=0.0348519;REFB=0;REVB=0.0253121;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08275e-05;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr2 170672843 . G A 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3316;QD=58.5697;RBI=0.0489481;REFB=0;REVB=-0.0194945;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379057;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr2 170762566 . A T 253.92 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0506913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5554;QD=15.6255;RBI=0.0506927;REFB=-0.0256199;REVB=-0.000379829;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14076;STB=0.578896;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0324985;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:27:9:11:18:27:9 chr2 170780657 . C T 251.47 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0520224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.963;QD=14.7925;RBI=0.0588779;REFB=-0.000821444;REVB=-0.0275732;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169349;STB=0.60116;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0010804;OID=.;OPOS=170780657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:15:14:12:26:15:14:12:27 chr2 170789504 . C T 151.12 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0545477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0322;QD=12.8609;RBI=0.0870785;REFB=0.0101802;REVB=-0.0678765;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248868;STB=0.644286;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0224501;OID=.;OPOS=170789504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:21:9:9:8:21:9 chr2 170917648 . A G 250.87 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0135487;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1522;QD=23.337;RBI=0.0220671;REFB=-0.00859463;REVB=0.0174181;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745436;STB=0.548978;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0103058;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:23:24:0.55814:10:13:9:10:10:14:9:10 chr2 170938564 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00145203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.408;QD=10.0752;RBI=0.0110656;REFB=-0.00250701;REVB=0.0109699;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226511;STB=0.636048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00609705;OID=.;OPOS=170938564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:10:4:4:4:10:4 chr2 170938659 . G A 223.55 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000728171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2598;QD=26.2999;RBI=0.00423437;REFB=-0.020973;REVB=-0.00417129;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428632;STB=0.523787;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0154086;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:6:7:10:11:6:7 chr2 170976590 . A G,T 480.82 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=29,3;DP=32;FAO=29,5;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635311,0.0795269;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.138,89.768;QD=56.5673;RBI=0.063535,0.0826341;REFB=0,0;REVB=-0.000704953,-0.0224467;RO=0;SAF=3,3;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0020397,0.017575;OID=.,.;OPOS=170976590,170976590;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:32:34:0:0:29,3:29,5:0.852941,0.147059:26,0:3,3:0:0:26,0:3,5:0:0 chr2 171073887 . G A 492.27 PASS AF=0.504762;AO=50;DP=103;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0288565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.426;QD=18.753;RBI=0.028871;REFB=-0.00679428;REVB=-0.000917075;RO=50;SAF=25;SAR=25;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723028;STB=0.543016;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0104942;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:50:52:50:53:0.504762:25:25:29:21:26:27:31:21 chr2 171225841 . A G 264.09 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0218014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9175;QD=10.7792;RBI=0.0339538;REFB=0.00146386;REVB=0.0260299;RO=65;SAF=10;SAR=22;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147542;STB=0.592481;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00255766;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:66:32:32:0.326531:22:10:28:37:22:10:29:37 chr2 171260787 . G A 143.49 PASS AF=0.339623;AO=19;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=-0.0133521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4651;QD=10.8292;RBI=0.0709204;REFB=0.0212392;REVB=-0.0696522;RO=34;SAF=17;SAR=2;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347614;STB=0.505257;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0220648;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:19:18:0.339623:2:17:30:4:2:16:31:4 chr2 171260820 . T C 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=2;FWDB=0.0202308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6256;QD=9.1484;RBI=0.0713497;REFB=0.0125984;REVB=0.0684215;RO=40;SAF=15;SAR=3;SRF=38;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316486;STB=0.679346;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0249599;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:3:15:38:2:3:15:38:2 chr2 171355198 . A G 138.55 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0195119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.749;QD=11.7915;RBI=0.0225021;REFB=-0.010258;REVB=0.0112085;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113567;STB=0.584304;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0141573;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:12:4:10:20:12:4:11:20 chr2 171356274 . G A 695.84 PASS AF=0.513514;AO=67;DP=136;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0213356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.1503;QD=18.8064;RBI=0.0216055;REFB=-0.0714626;REVB=-0.00340398;RO=69;SAF=27;SAR=40;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437491;STB=0.51809;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0727054;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:148:69:72:67:76:0.513514:40:27:31:38:46:30:31:41 chr2 171570151 . C T 546.79 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0350363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.63;QD=28.7786;RBI=0.0350438;REFB=-0.0337517;REVB=-0.000727118;RO=27;SAF=12;SAR=37;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329274;STB=0.679827;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0187265;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:37:12:19:8:37:12:19:8 chr2 171570488 . C G 74.44 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.165;QD=37.2208;RBI=0.0815277;REFB=0;REVB=0.0785449;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926727;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr2 171572940 . G A 244.69 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00246598;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.543;QD=28.7869;RBI=0.0110688;REFB=-0.012311;REVB=-0.0107906;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532078;STB=0.529385;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0100462;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:11:11:5:7:11:11:5:7 chr2 171649402 . C T 525.5 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0281665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0311;QD=26.9488;RBI=0.0416786;REFB=-0.0286268;REVB=-0.0307205;RO=29;SAF=17;SAR=31;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118346;STB=0.559163;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0128954;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:30:48:48:0.615385:31:17:15:14:31:17:15:15 chr2 171786386 . C T 220.8 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0547393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4074;QD=18.0247;RBI=0.0574413;REFB=-0.00850176;REVB=0.0174102;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283124;STB=0.516114;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0122389;OID=.;OPOS=171786386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:8:19:16:6:8:19 chr2 171822466 . C T 385.73 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000770253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.642;QD=48.2163;RBI=0.0362038;REFB=-0.162088;REVB=0.0361956;RO=3;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014477;STB=0.50779;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00241806;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:17:12:1:2:17:12:1:2 chr2 171822576 . C T 479.54 PASS AF=0.546512;AO=44;DP=84;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0386895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5809;QD=22.3042;RBI=0.126005;REFB=-0.00612968;REVB=0.119919;RO=39;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545786;STB=0.54346;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0102388;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:39:39:44:47:0.546512:22:22:17:22:22:25:17:22 chr2 171850329 . T G 510.96 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0162949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.436;QD=21.2899;RBI=0.0385983;REFB=-0.010952;REVB=-0.03499;RO=46;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119704;STB=0.571522;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0133081;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:29:20:25:21:29:20:26:21 chr2 171854232 . TA T 36.19 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.209678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.6473;QD=3.71156;RBI=0.211922;REFB=-0.00987333;REVB=-0.0307591;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56302;STB=0.886719;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=-0.0431347;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:10:39:9:39:30:2:7:25:5:36:28:3:7:23:5 chr2 171916495 . C A 173.58 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0728896;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2866;QD=18.2717;RBI=0.0757302;REFB=0.00981906;REVB=-0.0205468;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142722;STB=0.592487;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00945665;OID=.;OPOS=171916495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:6:12:11:10:6:12:10:10 chr2 172174150 . AA GC 289.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115758;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.129;QD=52.6356;RBI=0.0251174;REFB=0;REVB=0.022291;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.29094e-05;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr2 172180771 . A G 1542.52 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160843;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.245;QD=59.9035;RBI=0.0323592;REFB=0;REVB=0.0280788;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01583e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:43:59:0:0:44:59:0:0 chr2 172216969 . T C 197.88 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0190971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6754;QD=14.6576;RBI=0.0213107;REFB=0.00217685;REVB=-0.00945772;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830272;STB=0.547223;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00747315;OID=.;OPOS=172216969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:11:20:13:10:11:20 chr2 172291616 . C T 837.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067758;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.681;QD=57.738;RBI=0.00679796;REFB=0;REVB=-0.000548482;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24087e-05;OID=.;OPOS=172291616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:59:58:1:24:35:0:0:23:35:0:0 chr2 172309651 . T A 392.19 PASS AF=0.414414;AO=44;DP=109;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00551935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.79;QD=14.1331;RBI=0.0137355;REFB=-0.00610269;REVB=0.0125778;RO=65;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317623;STB=0.502957;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0075824;OID=.;OPOS=172309651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:65:65:44:46:0.414414:25:19:30:35:25:21:30:35 chr2 172329458 . G T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0240526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.917;QD=15.6455;RBI=0.0434762;REFB=-0.0390039;REVB=-0.0362168;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122984;STB=0.570305;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0439241;OID=.;OPOS=172329458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:15:14:8:14:15:14 chr2 172330393 . A G 413.92 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0179428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5538;QD=24.7118;RBI=0.0193893;REFB=-0.00539659;REVB=0.00734852;RO=27;SAF=14;SAR=26;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130046;STB=0.571392;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00417346;OID=.;OPOS=172330393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:26:14:14:13:26:14:14:13 chr2 172378818 . A G 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7801;QD=53.2656;RBI=0.0591828;REFB=0;REVB=-0.0167798;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132372;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr2 172379781 . G A 465.82 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0236011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.538;QD=49.0335;RBI=0.0363245;REFB=-0.0351036;REVB=0.0276127;RO=4;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104651;STB=0.505615;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00434673;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:24:10:1:3:24:10:1:3 chr2 172411273 . G A 428.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1167;QD=57.1812;RBI=0.0494437;REFB=0;REVB=-0.0268968;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052036;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 172709215 . G C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.055;QD=50.4085;RBI=0.0334577;REFB=0;REVB=-0.00491782;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81499e-05;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr2 172725301 . A G 877.12 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.701;QD=57.5162;RBI=0.0256774;REFB=0;REVB=-0.00901082;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05151e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:40:19:0:0:40:21:0:0 chr2 172964638 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.79;QD=49.5992;RBI=0.0165013;REFB=0;REVB=0.00942681;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2183e-05;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr2 172966250 . T C 525.69 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=123;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00512388;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.97;QD=17.2356;RBI=0.0170907;REFB=0.00840899;REVB=0.0163045;RO=66;SAF=29;SAR=26;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041532;STB=0.517851;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0096881;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:66:55:56:0.459016:26:29:32:34:27:29:32:34 chr2 173339808 . G A 487.18 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=8.63439e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.849;QD=15.2245;RBI=0.00350446;REFB=-0.0141437;REVB=-0.0035034;RO=69;SAF=14;SAR=40;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172331;STB=0.615751;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0162528;OID=.;OPOS=173339808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:69:74:54:54:0.421875:40:14:28:41:40:14:32:42 chr2 173352103 . C T 109.96 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0307206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.879;QD=14.6615;RBI=0.0475142;REFB=-0.0255011;REVB=-0.0362469;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107692;STB=0.562406;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.020105;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:11:6:6:7:11:6 chr2 173686663 . G T 256.18 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=-0.0185365;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.851;QD=17.6678;RBI=0.026404;REFB=-0.00710187;REVB=-0.0188034;RO=30;SAF=21;SAR=7;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20899;STB=0.615315;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00647394;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:7:21:27:3:7:21:27:3 chr2 173917425 . G A 1082.42 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00444272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.872;QD=58.509;RBI=0.0243224;REFB=-0.0640922;REVB=-0.0239132;RO=1;SAF=19;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868062;STB=0.504586;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000423186;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:54:19:0:1:54:19:0:1 chr2 174068513 . G C 1133.52 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2615;QD=60.4542;RBI=0.0283217;REFB=0;REVB=-0.00447374;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169727;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr2 174091088 . T C 1289.59 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000988524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7646;QD=60.6864;RBI=0.0109453;REFB=-0.118952;REVB=0.0109006;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289273;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:85:0:0:83:85:1:38:45:0:0:39:46:0:0 chr2 174097106 . A G 245.78 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=68;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0114306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.562;QD=13.6546;RBI=0.0117334;REFB=-0.0171239;REVB=0.00264839;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176632;STB=0.572616;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0244436;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:39:43:27:29:0.402778:17:10:21:18:17:12:23:20 chr2 174103160 . T C 423.01 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00772577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.373;QD=20.8892;RBI=0.014979;REFB=-0.00445773;REVB=-0.0128329;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272479;STB=0.508018;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00701131;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:19:23:22:16:19:23:22:17 chr2 174232845 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0155465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.706;QD=11.2669;RBI=0.0480699;REFB=-0.00653203;REVB=-0.0454865;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146072;STB=0.585022;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0117677;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:21:15:11:9:21:15 chr2 174820750 . T C 358.0 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0190415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.331;QD=19.6163;RBI=0.0304901;REFB=0.00326389;REVB=0.0238132;RO=35;SAF=29;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282791;STB=0.667157;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00343661;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:8:29:18:17:8:29:18:18 chr2 174939982 . GGG GGAGG,GGAG,GGA 148.1 PASS AF=0.1875,0.5,0.1875;AO=4,2,4;DP=17;FAO=3,8,3;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=3,6,3;FSAR=0,2,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257101,0.0262945,0.0259177;FXX=0.0587889;HRUN=0,0,13;LEN=2,1,1;MLLD=263.864,264.468,262.926;QD=37.0245;RBI=0.0329007,0.0464921,0.0558047;REFB=-0.0259499,-0.0278838,-0.0290229;REVB=-0.0205291,-0.0383421,-0.0494211;RO=0;SAF=4,1,4;SAR=0,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.571264,0.5;STBP=1,0.627,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0230005,0.00851306,-0.00239482;OID=.,.,.;OPOS=174939983,174939984,174939984;OREF=-,-,G;OALT=GA,A,A;OMAPALT=GGAGG,GGAG,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1875,0.5,0.1875:4,2,4:17:3,8,3:16:2:3,6,3:0,2,0:2:0:14:0:4,1,4:0,1,0:0:0 chr2 175201299 . C G 2166.51 PASS AF=0.992908;AO=121;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00127399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.494;QD=61.4614;RBI=0.013398;REFB=-0.0512561;REVB=0.0133373;RO=1;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826123;STB=0.503355;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00209237;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:121:140:0.992908:57:64:0:1:74:66:0:1 chr2 175424779 . T G 748.05 PASS AF=0.933333;AO=54;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0352849;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.83;QD=49.8697;RBI=0.0353284;REFB=-0.0324409;REVB=0.00175303;RO=5;SAF=19;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109089;STB=0.543463;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00301228;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:5:4:54:56:0.933333:35:19:5:0:35:21:4:0 chr2 175425476 . G A 823.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.751;QD=56.7726;RBI=0.0288451;REFB=0;REVB=0.0287866;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37105e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:25:31:0:0:26:32:0:0 chr2 175426274 . C G 1090.64 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119139;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5324;QD=59.7611;RBI=0.0300229;REFB=0;REVB=0.0275579;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182712;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:42:29:0:0:42:31:0:0 chr2 175436940 . G A 582.39 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.248;QD=58.2389;RBI=0.0734534;REFB=-0.0277297;REVB=0.0726096;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000459976;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:21:17:1:0:21:18:1:0 chr2 175939604 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00592217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.454;QD=24.0299;RBI=0.0102356;REFB=-0.0048153;REVB=-0.00834837;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248592;STB=0.639163;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00207791;OID=.;OPOS=175939604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:7:2:9:6:7:2 chr2 176866967 . C T 311.66 PASS AF=0.75;AO=25;DP=35;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0946924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2483;QD=34.6283;RBI=0.106351;REFB=-0.0815278;REVB=0.0484134;RO=9;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122447;STB=0.565172;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0272516;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:36:9:9:25:27:0.75:17:8:1:8:18:9:1:8 chr2 176957822 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.372;QD=21.8419;RBI=0.0586617;REFB=0.0293565;REVB=0.0548045;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0192338;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr2 176984194 . A T 284.04 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0100001;FXX=0.210489;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.822;QD=25.2476;RBI=0.0760819;REFB=0.00451354;REVB=-0.0754219;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329235;STB=0.675145;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0127526;OID=.;OPOS=176984194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:46:45:12:12:15:21:0.466667:11:4:8:4:16:5:8:4 chr2 177036754 . T C 129.65 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0861;QD=43.2161;RBI=0.0869811;REFB=0;REVB=-0.0254169;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273882;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr2 178417136 . T C 538.07 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0156747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.272;QD=24.1831;RBI=0.0162577;REFB=-0.00749576;REVB=-0.00431492;RO=39;SAF=17;SAR=33;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391184;STB=0.521473;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00858172;OID=.;OPOS=178417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:33:17:15:24:33:17:15:24 chr2 178417142 . C T 1337.8 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793644;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5358;QD=62.2233;RBI=0.0804913;REFB=0;REVB=-0.013422;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707619;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:57:28:0:0:57:29:0:0 chr2 178417225 . C T 891.97 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.054;QD=57.5464;RBI=0.0743988;REFB=0;REVB=0.0113201;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240145;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:43:18:0:0:44:18:0:0 chr2 178417557 . G A 968.66 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0160343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9022;QD=24.2165;RBI=0.0160905;REFB=-0.00323717;REVB=-0.00134349;RO=68;SAF=40;SAR=52;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301247;STB=0.516376;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00288487;OID=.;OPOS=178417557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:68:68:92:92:0.575:52:40:27:41:52:40:27:41 chr2 178481818 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.233;QD=57.3856;RBI=0.00495913;REFB=0;REVB=0.000216318;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33761e-06;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr2 178482094 . C T 109.99 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139066;FXX=0.166528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.941;QD=43.9953;RBI=0.202729;REFB=0;REVB=0.202252;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102921;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr2 178482737 . G A 324.69 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0243859;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.199;QD=27.6336;RBI=0.0244621;REFB=-0.0177056;REVB=0.00192885;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124409;STB=0.582633;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0214589;OID=.;OPOS=178482737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:18:19:27:28:0.595745:15:12:5:13:15:13:5:14 chr2 178483621 . G A 485.86 PASS AF=0.406015;AO=56;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0935218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2312;QD=14.6122;RBI=0.0937732;REFB=-0.0197524;REVB=0.0068621;RO=68;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852608;STB=0.54451;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0312291;OID=.;OPOS=178483621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:79:56:54:0.406015:32:24:35:33:32:22:38:41 chr2 178491217 . G A 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.233;QD=59.8502;RBI=0.0124758;REFB=0;REVB=0.00804683;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36999e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr2 178493301 . G T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00184117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.137;QD=13.5054;RBI=0.024526;REFB=-0.0108172;REVB=-0.0244568;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0180026;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:9:8:6:6:9:8 chr2 178494173 . G GGGA 509.71 PASS AF=0.36;AO=56;DP=182;FAO=63;FDP=175;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.00594624;FXX=0.016853;HRUN=4;LEN=3;MLLD=289.229;QD=11.6505;RBI=0.0060238;REFB=-0.0102342;REVB=-0.000963517;RO=120;SAF=17;SAR=39;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232972;STB=0.571728;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.017588;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:56:182:63:175:112:23:40:53:59:99:120:17:39:59:61 chr2 178682603 . T C 148.03 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.010209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.152;QD=6.16773;RBI=0.0141187;REFB=0.00136657;REVB=0.00975267;RO=73;SAF=12;SAR=10;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313122;STB=0.503813;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00297556;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:73:74:22:22:0.229167:10:12:40:33:10:12:40:34 chr2 178682655 . A G 172.9 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00797322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.446;QD=7.68453;RBI=0.0109721;REFB=0.000544157;REVB=0.00753749;RO=66;SAF=12;SAR=12;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157812;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:66:24:24:0.266667:12:12:33:33:12:12:33:33 chr2 178936372 . GT G,GG 590.2 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=9,29;DP=38;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498414,0.0583888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.729,245.158;QD=60.5336;RBI=0.0523065,0.0589577;REFB=0,0;REVB=0.0158683,0.00817108;RO=0;SAF=8,10;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0554319,-0.000467376;OID=.,.;OPOS=178936373,178936373;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:9,29:38:1,38:39:0:0,19:1,19:0:0:5:0:8,10:1,19:0:0 chr2 178936614 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.67;QD=52.613;RBI=0.0393618;REFB=0;REVB=0.0276437;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278928;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr2 179203797 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5468;QD=62.0209;RBI=0.0466856;REFB=0;REVB=-0.0448134;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308766;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 179251779 . G A 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.015127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.797;QD=12.8071;RBI=0.0176266;REFB=-0.0155718;REVB=0.0090483;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110563;STB=0.568326;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.022144;OID=.;OPOS=179251779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:13:16:30:16:13:16:31:16 chr2 179260382 . A G 362.53 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0275779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.632;QD=12.1859;RBI=0.0285442;REFB=-0.0006934;REVB=0.00736423;RO=75;SAF=27;SAR=17;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134981;STB=0.577112;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00153768;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:75:75:44:44:0.369748:17:27:37:38:17:27:37:38 chr2 179325816 . G A 290.87 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.047225;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7423;QD=9.94428;RBI=0.0505806;REFB=-0.0020239;REVB=-0.0181161;RO=80;SAF=15;SAR=23;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222853;STB=0.625436;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00392713;OID=.;OPOS=179325816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:80:79:38:38:0.324786:23:15:47:33:23:15:46:33 chr2 179358665 . A G 271.1 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00101563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6723;QD=12.0487;RBI=0.0136551;REFB=-0.00936202;REVB=0.0136173;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250486;STB=0.520154;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0229128;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:32:32:0.355556:17:15:28:29:17:15:29:29 chr2 179367086 . A G 1089.66 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00653216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.639;QD=57.3508;RBI=0.0411572;REFB=-0.101162;REVB=-0.0406355;RO=0;SAF=64;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519935;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00898159;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:74:74:0.973684:10:64:0:0:10:64:1:1 chr2 179395958 . T C 1098.56 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.307;QD=60.1953;RBI=0.035187;REFB=0;REVB=0.0339817;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04392e-05;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr2 179396354 . G A 709.55 PASS AF=0.980769;AO=52;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8629;QD=54.5807;RBI=0.0553866;REFB=0.0178707;REVB=-0.0428074;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00372639;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:52:51:0.980769:29:23:0:0:28:23:0:1 chr2 179397561 . C T 3102.96 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111366;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.486;QD=63.9786;RBI=0.0185715;REFB=0;REVB=0.0148618;RO=0;SAF=110;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69183e-06;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:84:110:0:0:84:110:0:0 chr2 179398823 . G A 243.45 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168665;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.779;QD=51.2525;RBI=0.0461084;REFB=0;REVB=0.0460775;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283851;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 179402589 . A C 629.53 PASS AF=0.39779;AO=66;DP=175;FAO=72;FDP=181;FR=.;FRO=109;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=68;FWDB=0.00578092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.397;QD=13.9122;RBI=0.0226872;REFB=0.000437265;REVB=-0.0219383;RO=106;SAF=40;SAR=26;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255844;STB=0.647981;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000495024;OID=.;OPOS=179402589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:181:106:109:66:72:0.39779:26:40:39:67:27:45:41:68 chr2 179406191 . C T 2456.77 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.154;QD=61.4192;RBI=0.0219614;REFB=0;REVB=0.0111142;RO=0;SAF=78;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45208e-05;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:81:78:0:0:82:78:0:0 chr2 179413110 . G A 479.09 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00979068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.631;QD=53.2319;RBI=0.0101487;REFB=0.0840064;REVB=0.002672;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26565e-05;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:33:34:0.944444:16:17:1:1:17:17:1:1 chr2 179421694 . A G 1305.7 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8805;QD=60.73;RBI=0.0681998;REFB=-0.112377;REVB=0.046678;RO=1;SAF=52;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902401;STB=0.504761;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00119259;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:33:52:1:0:33:52:1:0 chr2 179427186 . A G 2147.29 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146229;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0583;QD=63.1557;RBI=0.0151976;REFB=0;REVB=0.00413969;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11163e-05;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:136:136:1:57:79:0:0:57:79:0:0 chr2 179427536 . T C 1748.65 PASS AF=0.983193;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246793;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.153;QD=58.7783;RBI=0.0740121;REFB=-0.158522;REVB=0.0697763;RO=1;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887576;STB=0.509089;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000426267;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:119:1:2:115:117:0.983193:53:62:0:1:54:63:0:2 chr2 179430997 . G A 1823.02 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.643;QD=61.2778;RBI=0.0200167;REFB=0;REVB=9.72684e-06;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30215e-05;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:54:64:0:0:54:65:0:0 chr2 179436020 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.149;QD=58.0608;RBI=0.0210447;REFB=0;REVB=0.0191807;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85395e-05;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:35:26:0:0 chr2 179444768 . C G 2306.96 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.004;QD=61.1115;RBI=0.0255021;REFB=0;REVB=0.0153596;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77678e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:151:0:0:148:151:1:79:69:0:0:80:71:0:0 chr2 179444939 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2764;QD=52.6126;RBI=0.0682616;REFB=0;REVB=-0.0644789;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122974;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr2 179447848 . T C 2274.21 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.02;QD=63.6142;RBI=0.0184316;REFB=0;REVB=0.00638277;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95832e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:76:66:0:0:76:67:0:0 chr2 179449688 . G C 34.94 PASS AF=0.2;AO=4;DP=28;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.218217;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.8999;QD=4.65884;RBI=0.224609;REFB=-0.0305466;REVB=0.0532018;RO=19;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213651;STB=0.551554;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.150028;OID=.;OPOS=179449688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:28:30:19:23:4:6:0.2:3:1:8:11:3:3:10:13 chr2 179451420 . G A 2357.39 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404255;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7841;QD=64.1465;RBI=0.0503933;REFB=0;REVB=-0.0502309;RO=0;SAF=56;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121981;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:147:147:1:91:56:0:0:91:56:0:0 chr2 179454394 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.198;QD=59.6787;RBI=0.0316797;REFB=0;REVB=0.0303635;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76955e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr2 179455207 . T C 2470.01 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365363;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.879;QD=61.3666;RBI=0.0781166;REFB=0;REVB=0.0690456;RO=1;SAF=83;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154288;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:1:0:158:161:1:75:83:1:0:76:85:0:0 chr2 179457147 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4495;QD=56.7051;RBI=0.0551896;REFB=0;REVB=-0.0391486;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159757;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr2 179458591 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.816;QD=55.0972;RBI=0.0288764;REFB=0;REVB=-0.0208646;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15696e-06;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 179462766 . C T 178.5 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00862511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.577;QD=8.81498;RBI=0.010188;REFB=-0.00802602;REVB=-0.00542235;RO=56;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291262;STB=0.509546;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0164433;OID=.;OPOS=179462766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:57:24:24:0.296296:14:10:22:34:14:10:23:34 chr2 179464527 . T C 1553.14 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.526;QD=58.609;RBI=0.0289006;REFB=0.0412413;REVB=0.0109622;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958601;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00068733;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:49:55:0:1:50:55:0:1 chr2 179490019 . G A 606.75 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00962551;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.109;QD=20.5677;RBI=0.038712;REFB=-0.0119909;REVB=0.0374962;RO=54;SAF=33;SAR=28;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768852;STB=0.544364;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0128965;OID=.;OPOS=179490019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:54:57:61:61:0.516949:28:33:34:20:28:33:36:21 chr2 179543217 . C T 2370.05 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.379;QD=64.0554;RBI=0.0618709;REFB=0;REVB=-0.0517918;RO=1;SAF=65;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255507;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:1:0:147:148:1:82:65:1:0:82:66:0:0 chr2 179558366 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.448;QD=56.9374;RBI=0.0130038;REFB=0;REVB=0.00155255;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12875e-05;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr2 179578730 . G A 2219.76 PASS AF=0.992958;AO=124;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.971;QD=62.5285;RBI=0.0315589;REFB=-0.00901027;REVB=0.018294;RO=0;SAF=74;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000105329;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:124:141:0.992958:50:74:0:0:67:74:0:1 chr2 179579093 . T C 978.39 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.585;QD=58.411;RBI=0.0288634;REFB=0;REVB=0.014412;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265754;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:35:32:0:0 chr2 179579212 . T C 2048.84 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00674195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.563;QD=61.6192;RBI=0.0325012;REFB=0.0424868;REVB=0.0317943;RO=1;SAF=66;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714737;STB=0.503759;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000355782;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:66:66:1:0:66:66:1:0 chr2 179579822 . T A 1694.98 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8868;QD=60.5351;RBI=0.0617092;REFB=0;REVB=0.0400547;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492826;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr2 179582327 . C T 1510.76 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.984;QD=63.6111;RBI=0.0358337;REFB=0;REVB=0.0357601;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85963e-05;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:51:44:0:0 chr2 179582537 . G T 789.63 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027566;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.384;QD=55.4125;RBI=0.0406919;REFB=0.0313885;REVB=-0.0299324;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000432765;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:33:23:0:1:33:23:0:1 chr2 179583496 . T G 1033.42 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.432;QD=58.2208;RBI=0.0230742;REFB=-0.0637647;REVB=0.0224543;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189556;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:34:36:0:1:35:36:0:0 chr2 179585266 . C T 1287.32 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5391;QD=60.5799;RBI=0.0231807;REFB=0.0258;REVB=0.0068067;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938023;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000176972;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:34:50:1:0:34:50:1:0 chr2 179585393 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.851;QD=57.6803;RBI=0.0318797;REFB=0;REVB=0.0309096;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51528e-05;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr2 179587130 . C G 1433.98 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.114;QD=63.0321;RBI=0.0310254;REFB=0;REVB=-0.00887438;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74954e-05;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr2 179600563 . G A 2175.79 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0105842;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.127;QD=60.8612;RBI=0.0131158;REFB=-0.0314946;REVB=-0.0077459;RO=3;SAF=75;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186357;STB=0.509803;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000848804;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:143:3:3:140:140:0.979021:65:75:3:0:65:75:3:0 chr2 179605180 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.707;QD=62.3492;RBI=0.0130497;REFB=0;REVB=0.00313446;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07398e-05;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 179614952 . A G 1989.61 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.397;QD=62.1752;RBI=0.0240669;REFB=0;REVB=0.0155511;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09688e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:59:68:0:0:59:69:0:0 chr2 179615887 . T C 542.85 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972333;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4613;QD=60.3168;RBI=0.114928;REFB=0;REVB=0.0612711;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308941;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:36:0:0:31:36:1:14:17:0:0:17:19:0:0 chr2 179615931 . C G 773.55 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000892236;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.54;QD=57.3001;RBI=0.0221277;REFB=0;REVB=0.0221097;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254547;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr2 179615994 . T C 1129.32 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355755;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.314;QD=58.6658;RBI=0.00744619;REFB=-0.0841856;REVB=-0.00654138;RO=2;SAF=44;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249551;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:2:0:75:77:1:31:44:2:0:31:46:0:0 chr2 179620951 . C T 686.14 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00109202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.713;QD=58.3945;RBI=0.0180356;REFB=-0.0381037;REVB=0.0180025;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0017804;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:2:0:20:25:2:0 chr2 179621477 . C T 2335.12 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319486;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.493;QD=63.9759;RBI=0.0362242;REFB=0;REVB=0.0170729;RO=0;SAF=82;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80802e-05;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:63:82:0:0:64:82:0:0 chr2 179623758 . C T 2008.18 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.302;QD=62.2693;RBI=0.0350567;REFB=0;REVB=0.0035572;RO=0;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81479e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:76:51:0:0:76:53:0:0 chr2 179629363 . T C 1285.53 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.431;QD=60.4953;RBI=0.0332294;REFB=-0.133757;REVB=0.0172109;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631265;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:1:0:83:85:1:42:41:1:0:42:43:0:0 chr2 179629461 . C T 756.45 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016444;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.759;QD=57.0906;RBI=0.0209514;REFB=0;REVB=0.0129829;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104715;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:29:22:0:0:30:23:0:0 chr2 179644035 . G A 1497.93 PASS AF=0.990291;AO=97;DP=98;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.847;QD=58.1722;RBI=0.0414673;REFB=-0.0156928;REVB=0.0206774;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000521922;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:103:0:1:97:102:0.990291:53:44:0:0:55:47:1:0 chr2 179659912 . G A 1358.23 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.924;QD=62.4476;RBI=0.0899055;REFB=0;REVB=0.0870228;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299103;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr2 179702268 . A G 651.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.79;QD=62.0699;RBI=0.0168057;REFB=0;REVB=0.0103098;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79968e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:27:15:0:0 chr2 179839833 . A G 134.2 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0127949;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8678;QD=9.58558;RBI=0.0274047;REFB=-0.0339596;REVB=-0.0242344;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947306;STB=0.573042;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0635;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:38:17:18:0.321429:8:9:17:21:8:10:17:21 chr2 179990353 . C G 465.64 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0151624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3329;QD=19.8144;RBI=0.0333471;REFB=-0.0190651;REVB=-0.0297007;RO=46;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158265;STB=0.59847;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0185537;OID=.;OPOS=179990353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:48:46:46:0.489362:28:18:26:20:28:18:28:20 chr2 180047908 . T C 696.08 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0419559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1148;QD=60.5287;RBI=0.0724182;REFB=-0.179619;REVB=-0.0590262;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00362512;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr2 180308028 . C T 817.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0218;QD=57.4012;RBI=0.0312898;REFB=0;REVB=-0.0185418;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99723e-05;OID=.;OPOS=180308028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr2 180810180 . C T 1135.0 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.113;QD=60.5334;RBI=0.0158925;REFB=0;REVB=0.0142788;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96134e-05;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr2 180810264 . A T 753.61 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.358;QD=61.5189;RBI=0.0429079;REFB=-0.144693;REVB=-0.0381698;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000803045;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:30:18:0:0:30:18:0:1 chr2 180835792 . T A 1265.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.297;QD=61.7081;RBI=0.0459639;REFB=0;REVB=-0.0320374;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68395e-07;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:45:37:0:0 chr2 182374534 . A G 985.81 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0733562;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.218;QD=55.5388;RBI=0.0736805;REFB=-0.0285464;REVB=-0.0069056;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.513885;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00172241;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:69:71:1:2:66:69:0.971831:35:31:0:1:35:34:0:2 chr2 182395345 . G A 1209.07 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.535;QD=61.2185;RBI=0.0078394;REFB=0;REVB=-0.00772841;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8511e-07;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:34:43:0:0:35:44:0:0 chr2 182399097 . T C 671.75 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.022;QD=52.6861;RBI=0.0367134;REFB=-0.133249;REVB=0.0147462;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447542;STB=0.5238;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00252869;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:2:0:29:20:2:0 chr2 182399638 . A G 2227.22 PASS AF=1;AO=138;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346344;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6305;QD=62.7387;RBI=0.0134558;REFB=0;REVB=0.0130024;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165837;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:138:142:1:79:59:0:0:79:63:0:0 chr2 182400905 . T G 2224.82 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0660789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.954;QD=60.9539;RBI=0.0668078;REFB=-0.181729;REVB=0.00984221;RO=3;SAF=69;SAR=74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202223;STB=0.507041;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000579696;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:146:3:2:143:144:0.986301:74:69:3:0:74:70:2:0 chr2 182403851 . G A 1357.32 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.613;QD=62.4057;RBI=0.0316387;REFB=0;REVB=0.0263287;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8584e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:83:87:1:36:47:0:0:37:50:0:0 chr2 182413258 . GA G,GG 780.67 PASS AF=0.1,0.9;AO=5,44;DP=49;FAO=5,45;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305217,0.00460139;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.885,253.851;QD=62.4533;RBI=0.0339999,0.0386187;REFB=0,0;REVB=0.0338626,0.0383436;RO=0;SAF=2,33;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0142485,-0.00186671;OID=.,.;OPOS=182413259,182413259;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:5,44:49:5,45:50:0:3,33:2,12:0:0:18:0:2,33:3,11:0:0 chr2 182521578 . G A 1021.11 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2058;QD=59.1946;RBI=0.0293587;REFB=0;REVB=0.0158604;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103037;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr2 182543455 . T C 960.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121089;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.991;QD=59.0824;RBI=0.0172991;REFB=0;REVB=-0.0123545;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58812e-05;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:18:47:0:0:18:47:0:0 chr2 182763586 . G A 295.24 PASS AF=0.371134;AO=33;DP=102;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.00131099;FXX=0.0490148;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.869;QD=12.1749;RBI=0.00141936;REFB=-0.00992154;REVB=0.000543974;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11501;STB=0.597106;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.022895;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:97:51:61:33:36:0.371134:13:20:36:15:16:20:43:18 chr2 182780126 . G A 186.04 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00415674;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.673;QD=10.3353;RBI=0.0133163;REFB=-0.0129626;REVB=-0.0126509;RO=47;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496879;STB=0.543441;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0287885;OID=.;OPOS=182780126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:48:25:24:0.333333:15:10:19:28:15:9:21:27 chr2 182780307 . G A 321.22 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0138819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.529;QD=16.2641;RBI=0.0206698;REFB=-0.00365587;REVB=-0.0153146;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111055;STB=0.556668;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00641029;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:14:21:21:22:14:21:22:22 chr2 182792984 . T A 267.25 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0214308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4921;QD=18.431;RBI=0.0956507;REFB=-0.032768;REVB=-0.0932189;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778884;STB=0.534418;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0300559;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:14:15:12:16:14:15:13:16 chr2 182913613 . A G 105.74 PASS AF=0.197917;AO=15;DP=92;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0219606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.944;QD=4.40574;RBI=0.0225811;REFB=-0.0112352;REVB=-0.00525717;RO=77;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202544;STB=0.53975;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0586951;OID=.;OPOS=182913613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:77:77:15:19:0.197917:9:6:32:45:12:7:32:45 chr2 182925087 . T TTG 178.17 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0196382;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=2;MLLD=108.842;QD=14.8473;RBI=0.0296109;REFB=-0.0322018;REVB=-0.0221619;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122627;STB=0.519979;STBP=0.833;TYPE=ins;VARB=0.0465534;OID=.;OPOS=182925088;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:19:55:19:48:29:13:6:19:10:99:36:13:6:21:15 chr2 182925120 . T C 92.22 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0123944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.266;QD=8.99669;RBI=0.0179482;REFB=-0.0227183;REVB=0.0129814;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100069;STB=0.561298;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0356423;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:17:12:4:8:17:12 chr2 182926144 . T C 588.44 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00479844;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9553;QD=21.3976;RBI=0.00685533;REFB=0.0102051;REVB=-0.00489596;RO=51;SAF=37;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859359;STB=0.547251;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00903255;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:51:51:59:59:0.536364:22:37:27:24:22:37:27:24 chr2 183007502 . A G 696.51 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0433857;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1955;QD=50.6554;RBI=0.0968188;REFB=-0.0528254;REVB=0.0865538;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391953;STB=0.5306;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00514483;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:56:55:2:3:51:52:0.945455:23:28:0:2:23:29:0:3 chr2 183640125 . G A 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0169559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9505;QD=14.1939;RBI=0.0368378;REFB=-0.00276167;REVB=0.0327035;RO=32;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268176;STB=0.655024;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00442349;OID=.;OPOS=183640125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:18:5:14:18:18:5:14:18 chr2 183738620 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1293;QD=39.2067;RBI=0.0708081;REFB=0;REVB=-0.0696018;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00511572;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 183789649 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.933;QD=62.022;RBI=0.0247967;REFB=0;REVB=0.0108474;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46132e-05;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr2 183799558 . G C 1605.88 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.864;QD=59.4772;RBI=0.0637018;REFB=0;REVB=0.0175219;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023624;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:52:55:1:0:52:56:0:0 chr2 183961650 . A C 1933.6 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.628;QD=61.8752;RBI=0.0368547;REFB=0;REVB=0.0187313;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.183e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr2 183961668 . A G,T 1752.82 PASS AF=0.958333,0.0333333;AO=113,6;DP=120;FAO=115,4;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=60,3;FSAR=55,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159271,-0.040215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.098,94.6723;QD=58.4275;RBI=0.0163964,0.0504677;REFB=0.00645226,-0.00168525;REVB=0.00389497,-0.0304916;RO=1;SAF=58,5;SAR=55,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00811651,-0.0789211;STB=0.504131,0.571096;STBP=0.512,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000557836,0.22455;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:120:120:1:1:113,6:115,4:0.958333,0.0333333:55,1:58,5:1:0:55,1:60,3:1:0 chr2 184814072 . T C 164.59 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0144224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.785;QD=9.54128;RBI=0.0207356;REFB=0.000163508;REVB=0.0148983;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861696;STB=0.550679;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-1.49251e-05;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:11:11:20:27:11:11:20:27 chr2 185469503 . C T 275.15 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.00520994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.401;QD=10.8971;RBI=0.00980703;REFB=-0.0157562;REVB=-0.00830869;RO=67;SAF=16;SAR=18;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195087;STB=0.612393;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0416796;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:18:16:43:24:18:16:43:24 chr2 185800905 . A T 183.41 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00213884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.01;QD=11.8332;RBI=0.010137;REFB=-0.0093035;REVB=0.00990874;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214904;STB=0.512434;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.013624;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:14:9:16:23:14:9:16:23 chr2 185801747 . G A 41.33 PASS AF=0.153846;AO=7;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0108746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.65;QD=3.17917;RBI=0.0148549;REFB=0.000629243;REVB=-0.0101199;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119828;STB=0.530226;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0259374;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:52:52:40:44:7:8:0.153846:5:2:15:25:5:3:18:26 chr2 185801755 . A G 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0142509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.369;QD=3.67735;RBI=0.0234211;REFB=-0.00151686;REVB=-0.0185865;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551493;STB=0.530226;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00826884;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:5:3:18:25:5:3:18:26 chr2 185802211 . C CACA 45.91 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0102239;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.448;QD=8.34669;RBI=0.0108043;REFB=-0.00421162;REVB=0.00349353;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242376;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.00561704;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:23:7:22:15:2:5:8:7:45:14:2:5:7:7 chr2 185802243 . C A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.012608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.009;QD=14.6539;RBI=0.0129385;REFB=0.00488298;REVB=-0.00290559;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00435145;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:4:3:3:5:4:4 chr2 185802363 . A G 232.42 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0355208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.867;QD=12.5633;RBI=0.0363328;REFB=-0.00793662;REVB=-0.00763869;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020255;STB=0.522228;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0116631;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:46:27:28:0.378378:13:14:23:23:13:15:23:23 chr2 186526579 . G A 991.36 PASS AF=0.590604;AO=86;DP=147;FAO=88;FDP=149;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0171411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.918;QD=26.6137;RBI=0.0218313;REFB=-0.00500458;REVB=-0.01352;RO=61;SAF=44;SAR=42;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990318;STB=0.505418;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00285387;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:61:61:86:88:0.590604:42:44:32:29:43:45:32:29 chr2 186625770 . A G 163.99 PASS AF=0.291667;AO=12;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0388644;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=219.429;QD=13.6661;RBI=0.0433082;REFB=-0.0199997;REVB=0.0191091;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461637;STB=0.729432;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0307681;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:26:12:14:0.291667:4:8:3:14:5:9:7:19 chr2 186627943 . T C 467.26 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.00483834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2711;QD=15.4466;RBI=0.0313826;REFB=-0.0138252;REVB=-0.0310074;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203268;STB=0.613401;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0257554;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:25:27:22:47:25:27:22:47 chr2 186654036 . T G 748.42 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=20;FWDB=0.0205785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.753;QD=19.8258;RBI=0.0800201;REFB=-0.0234301;REVB=0.0773288;RO=74;SAF=47;SAR=29;SRF=55;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122891;STB=0.562235;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0224208;OID=.;OPOS=186654036;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:75:76:76:0.503311:29:47:55:19:29:47:55:20 chr2 186654592 . A G 230.46 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0159966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3692;QD=12.1296;RBI=0.0497157;REFB=0.0114833;REVB=0.0470719;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141739;STB=0.58169;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0152252;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:17:11:25:23:17:11:25:23 chr2 186654867 . G C 349.1 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00238672;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9498;QD=14.8554;RBI=0.0027077;REFB=-0.00358099;REVB=-0.00127875;RO=55;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737771;STB=0.547486;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00609026;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:55:56:38:38:0.404255:16:22:28:27:16:22:28:28 chr2 186655657 . G A 574.16 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0513031;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.148;QD=25.8051;RBI=0.051371;REFB=-0.0161202;REVB=0.00263941;RO=36;SAF=19;SAR=33;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146689;STB=0.575295;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0104174;OID=.;OPOS=186655657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:36:37:52:52:0.58427:33:19:20:16:33:19:20:17 chr2 186655726 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.954;QD=56.9368;RBI=0.0680092;REFB=0;REVB=-0.0671304;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530918;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr2 186656657 . C T 337.03 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0310956;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.67;QD=12.7183;RBI=0.0658393;REFB=-0.0168784;REVB=-0.0580334;RO=64;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559156;STB=0.534133;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0150373;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:64:65:40:41:0.386792:23:17:24:40:23:18:25:40 chr2 186657089 . C A 213.78 PASS AF=0.248062;AO=32;DP=129;FAO=32;FDP=129;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00361772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.78;QD=6.62874;RBI=0.0419459;REFB=-0.00127539;REVB=-0.0417896;RO=97;SAF=16;SAR=16;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449167;STB=0.527115;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00363173;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:97:97:32:32:0.248062:16:16:52:45:16:16:52:45 chr2 186658056 . G A 187.64 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00495374;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.608;QD=12.5095;RBI=0.0192235;REFB=0.0013336;REVB=-0.0185743;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197804;STB=0.613637;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00172166;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:23:14:13:10:23:14 chr2 186658565 . G T 234.89 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0443418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.102;QD=15.4027;RBI=0.0493918;REFB=-0.0122127;REVB=-0.0217567;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31799;STB=0.673641;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0190147;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:34:27:27:0.442623:12:15:7:25:12:15:8:26 chr2 186659359 . G T 412.31 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00729264;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.518;QD=18.3251;RBI=0.0366942;REFB=-0.0130299;REVB=-0.0359622;RO=46;SAF=27;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19875;STB=0.622128;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0189198;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:46:48:42:42:0.466667:15:27:20:26:15:27:20:28 chr2 186660931 . C T 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0493472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6137;QD=19.6172;RBI=0.0509313;REFB=0.000326211;REVB=0.0126036;RO=36;SAF=10;SAR=27;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177087;STB=0.59892;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00105316;OID=.;OPOS=186660931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:27:10:16:20:27:10:16:20 chr2 186661673 . A G 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00453869;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.457;QD=16.7895;RBI=0.0100647;REFB=-0.0101801;REVB=0.00898328;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.571343;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0117484;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:10:11:11:6:10:11 chr2 186664473 . T C 544.01 PASS AF=0.338462;AO=66;DP=195;FAO=66;FDP=195;FR=.;FRO=129;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=0.00671457;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.48;QD=11.1592;RBI=0.00678294;REFB=-0.00379882;REVB=-0.000960621;RO=128;SAF=29;SAR=37;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250802;STB=0.517193;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00696313;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:128:129:66:66:0.338462:37:29:59:69:37:29:60:69 chr2 186664963 . C A 118.4 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0118786;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.071;QD=12.1436;RBI=0.0158406;REFB=0.00309848;REVB=-0.0104796;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289337;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00737219;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:13:14:0.358974:8:5:9:16:9:5:9:16 chr2 186665432 . G A 279.52 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.039068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8771;QD=14.3344;RBI=0.107033;REFB=0.00833249;REVB=0.0996485;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794425;STB=0.507038;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00698672;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:45:21:33:0.423077:9:12:19:19:18:15:21:24 chr2 186665824 . A G 105.52 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000131928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.782;QD=10.8229;RBI=0.0034232;REFB=-0.00428495;REVB=-0.00342066;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378237;STB=0.740357;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00690602;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:26:26:12:13:0.333333:9:3:15:11:10:3:15:11 chr2 186667121 . T C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00263708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.367;QD=25.2544;RBI=0.0218678;REFB=-0.0171485;REVB=-0.0217082;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085039;STB=0.547274;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0111588;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:8:3:7:11:8:3 chr2 186668935 . A G 300.07 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0775697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9164;QD=16.2201;RBI=0.0776933;REFB=-0.00320937;REVB=-0.00438012;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162004;STB=0.576875;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00706547;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:41:32:33:0.445946:22:10:19:22:22:11:19:22 chr2 186670104 . A C 1546.62 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0264468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3292;QD=56.7567;RBI=0.0440412;REFB=0.0277269;REVB=0.0352164;RO=2;SAF=59;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201441;STB=0.50307;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.000164785;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:2:3:106:106:0.972477:47:59:1:1:47:59:2:1 chr2 186670780 . T A 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0057649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.457;QD=4.99984;RBI=0.00642879;REFB=-0.0109487;REVB=-0.00284522;RO=38;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807291;STB=0.553724;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.034945;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:3:6:23:15:3:6:23:15 chr2 186670979 . T A,C 442.32 PASS AF=0.0606061,0.909091;AO=2,29;DP=33;FAO=2,30;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=1,12;FSAR=1,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0436741,0.0121498;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.4103,141.291;QD=53.6145;RBI=0.0911783,0.0262476;REFB=-0.0791776,-0.155562;REVB=-0.0800379,0.0232662;RO=1;SAF=1,11;SAR=1,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0404624;STB=0.665164,0.519987;STBP=0.662,0.303;TYPE=snp,snp;VARB=0.092962,0.00263223;OID=.,.;OPOS=186670979,186670979;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:1:1:2,29:2,30:0.0606061,0.909091:1,18:1,11:1:0:1,18:1,12:1:0 chr2 186671357 . G A 264.77 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00708329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.331;QD=10.9183;RBI=0.0229604;REFB=-5.16439e-06;REVB=-0.0218404;RO=63;SAF=19;SAR=13;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493944;STB=0.536876;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-6.87812e-05;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:63:65:32:32:0.329897:13:19:40:23:13:19:42:23 chr2 186671912 . G A 513.49 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=146;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00826747;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.443;QD=14.1653;RBI=0.0146687;REFB=-0.0140554;REVB=0.0121169;RO=86;SAF=31;SAR=26;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120697;STB=0.560896;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.022497;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:86:88:57:57:0.393103:26:31:37:49:26:31:39:49 chr2 186672897 . A G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0498552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.53;QD=18.7665;RBI=0.0676086;REFB=0.0149619;REVB=0.045666;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0145139;OID=.;OPOS=186672897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr2 186678633 . C T 428.28 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0138129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9812;QD=30.5911;RBI=0.0169828;REFB=0.00796261;REVB=-0.00988025;RO=17;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508816;STB=0.502761;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00371897;OID=.;OPOS=186678633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:18:21:9:8:18:21:9:8 chr2 186697876 . A G 1361.96 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8115;QD=61.2118;RBI=0.0589954;REFB=-0.0613447;REVB=0.021658;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000573508;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:0:1:87:88:0.988764:43:44:0:0:43:45:1:0 chr2 187365374 . A G 288.08 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0115825;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.639;QD=20.5768;RBI=0.013821;REFB=-0.0070793;REVB=-0.00754095;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872737;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00977575;OID=.;OPOS=187365374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:24:26:30:30:0.535714:17:13:13:11:17:13:15:11 chr2 187487160 . G A 1781.62 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.112;QD=60.9101;RBI=0.0415842;REFB=0;REVB=0.00251067;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19005e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr2 187532417 . G A 1752.52 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269499;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4429;QD=60.9573;RBI=0.0273076;REFB=0;REVB=0.00440511;RO=0;SAF=98;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56855e-05;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:17:98:0:0:17:98:0:0 chr2 187558960 . G A 155.79 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0543582;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.274;QD=31.1573;RBI=0.0842609;REFB=0.0247386;REVB=0.0643824;RO=5;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127659;STB=0.571326;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00414889;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:20:5:5:15:15:0.75:3:12:3:2:3:12:3:2 chr2 187559047 . G A,GCAA 818.25 PASS AF=0.445783,0.361446;AO=39,21;DP=94;FAO=37,30;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=22,23;FSAR=15,7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00318396,0.0144158;FXX=0.0568117;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=96.2636,130.879;QD=39.4338;RBI=0.0397997,0.0185462;REFB=-0.0162942,-0.0359629;REVB=0.0396721,0.0116683;RO=32;SAF=25,15;SAR=14,6;SRF=23;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0706779,-0.00574707;STB=0.529396,0.536939;STBP=0.542,0.541;TYPE=snp,ins;VARB=0.0274272,0.0350197;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:94:83:32:16:39,21:37,30:0.445783,0.361446:14,6:25,15:23:9:15,7:22,23:11:5 chr2 187987519 . C T 347.81 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0481075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9445;QD=17.3904;RBI=0.0614372;REFB=-0.00757725;REVB=0.0382126;RO=43;SAF=12;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210692;STB=0.618309;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00816895;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:25:12:23:20:25:12:23:20 chr2 188208120 . A G 480.93 PASS AF=0.359756;AO=59;DP=167;FAO=59;FDP=164;FR=.;FRO=105;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.0392173;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3219;QD=11.73;RBI=0.064396;REFB=-0.0144164;REVB=0.051077;RO=105;SAF=22;SAR=37;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872885;STB=0.549843;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0312244;OID=.;OPOS=188208120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:105:105:59:59:0.359756:37:22:47:58:37:22:47:58 chr2 188250301 . T A 1915.01 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361827;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.736;QD=61.7746;RBI=0.0186387;REFB=0;REVB=0.0182842;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70547e-05;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:63:60:0:0:63:61:0:0 chr2 188343497 . T C 503.62 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.000613081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.732;QD=18.6524;RBI=0.00274076;REFB=-0.00517972;REVB=0.00267131;RO=54;SAF=24;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600362;STB=0.537963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00588308;OID=.;OPOS=188343497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:53:53:0.490741:29:24:28:26:29:24:29:26 chr2 189141565 . T C 352.75 PASS AF=0.62963;AO=32;DP=52;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0298956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.981;QD=26.1299;RBI=0.0327714;REFB=-0.0453919;REVB=0.0134247;RO=20;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908811;STB=0.557569;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.022324;OID=.;OPOS=189141565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:20:20:32:34:0.62963:20:12:10:10:22:12:10:10 chr2 189460553 . T C 1573.24 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00503926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4896;QD=58.8129;RBI=0.00754273;REFB=-0.0560669;REVB=-0.00561237;RO=1;SAF=46;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102054;STB=0.505375;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-7.45133e-05;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:60:46:1:0:60:46:1:0 chr2 189862048 . G C 356.68 PASS AF=0.377193;AO=44;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0750991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6766;QD=12.5152;RBI=0.0758537;REFB=-0.0206277;REVB=0.0106723;RO=68;SAF=24;SAR=20;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144569;STB=0.526737;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0185838;OID=.;OPOS=189862048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:71:44:43:0.377193:20:24:38:30:20:23:41:30 chr2 189862097 . G A 158.87 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0709207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5811;QD=8.47288;RBI=0.0785654;REFB=-0.0136215;REVB=-0.0338048;RO=51;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577221;STB=0.533303;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0304359;OID=.;OPOS=189862097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:51:53:22:22:0.293333:11:11:28:23:11:11:29:24 chr2 189864582 . T C 1590.25 PASS AF=1;AO=96;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5138;QD=57.8272;RBI=0.0744752;REFB=0;REVB=0.0744624;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043448;OID=.;OPOS=189864582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:1:0:96:110:1:53:43:1:0:65:45:0:0 chr2 189875421 . T G 1227.21 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.9;QD=61.3603;RBI=0.0531545;REFB=0;REVB=0.0530632;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85609e-05;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr2 189897631 . C T 1382.35 PASS AF=1;AO=45;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.1272;QD=60.7626;RBI=0.231636;REFB=0;REVB=-0.00310323;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425597;OID=.;OPOS=189897631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:45:91:1:30:15:0:0:45:46:0:0 chr2 189907937 . A G 1453.21 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4887;QD=63.183;RBI=0.0359163;REFB=0;REVB=0.000625944;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127566;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr2 189932831 . T C 1438.56 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023509;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.194;QD=63.2332;RBI=0.0236998;REFB=0;REVB=0.00300091;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44488e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr2 189962098 . T C 2320.84 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00774586;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6763;QD=59.5087;RBI=0.0273884;REFB=-0.155969;REVB=0.0262703;RO=2;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121945;STB=0.506409;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00110876;OID=.;OPOS=189962098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:156:2:2:154:154:0.987179:77:77:0:2:77:77:0:2 chr2 189974958 . G T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6331;QD=51.9151;RBI=0.13031;REFB=0;REVB=-0.0212329;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00416617;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 189997838 . G A 176.03 PASS AF=0.44898;AO=16;DP=44;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0537484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.77;QD=14.3699;RBI=0.0876421;REFB=-0.0253458;REVB=0.0692261;RO=25;SAF=16;SAR=0;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.774346;STB=0.524399;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0689851;OID=.;OPOS=189997838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:49:25:27:16:22:0.44898:0:16:20:5:5:17:20:7 chr2 190323530 . A G 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00277834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.9;QD=17.4294;RBI=0.00642614;REFB=-0.000120199;REVB=0.00579449;RO=53;SAF=27;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157059;STB=0.588077;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000177221;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:16:27:25:28:16:27:25:28 chr2 190445194 . G C 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0314822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.459;QD=21.8059;RBI=0.0321803;REFB=-0.0295114;REVB=0.00666653;RO=40;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863996;STB=0.54756;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0195364;OID=.;OPOS=190445194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:19:26:27:13:19:26:27:13 chr2 190445284 . C G 347.42 PASS AF=0.625;AO=26;DP=46;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.012458;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.918;QD=28.9519;RBI=0.0273832;REFB=-0.0375917;REVB=0.0243852;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962419;STB=0.550529;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0257713;OID=.;OPOS=190445284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:18:18:26:30:0.625:12:14:12:6:14:16:12:6 chr2 190531426 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.433;QD=59.9373;RBI=0.0191824;REFB=0;REVB=-0.00431826;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07001e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:49:51:0:0:49:52:0:0 chr2 190531615 . T C 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00356458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.939;QD=23.4418;RBI=0.0220858;REFB=0.00274934;REVB=0.0217962;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104627;STB=0.557679;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00246345;OID=.;OPOS=190531615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:17:14:13:9:17:14:13:9 chr2 190595258 . G T 1434.22 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0838323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7067;QD=63.0428;RBI=0.0864122;REFB=0;REVB=0.0209572;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392803;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr2 190602513 . T C 853.7 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216349;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.5376;QD=55.9806;RBI=0.0257989;REFB=-0.033328;REVB=-0.014054;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000495845;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:20:40:0:0:20:40:1:0 chr2 190617643 . A G,T 1227.29 PASS AF=0.890244,0.109756;AO=68,13;DP=81;FAO=73,9;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=32,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110353,-0.056248;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.26,41.6988;QD=59.8676;RBI=0.0219378,0.0625248;REFB=0,0;REVB=0.0219101,-0.0273041;RO=0;SAF=36,4;SAR=32,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.49594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000818274,0.142309;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:81:82:0:0:68,13:73,9:0.890244,0.109756:32,9:36,4:0:0:32,9:41,0:0:0 chr2 190618249 . T A 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.419;QD=61.3292;RBI=0.0121432;REFB=0;REVB=-0.000754393;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38523e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 190636411 . C G 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0119748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.726;QD=13.9648;RBI=0.0209304;REFB=-0.0171475;REVB=0.0171665;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823579;STB=0.54693;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0261688;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:23:21:12:18:23:21 chr2 190788123 . G T 629.03 PASS AF=0.575472;AO=60;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0096258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.107;QD=23.737;RBI=0.0128191;REFB=-0.0229861;REVB=-0.00846603;RO=45;SAF=20;SAR=40;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194536;STB=0.50529;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0146096;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:60:61:0.575472:40:20:16:29:40:21:16:29 chr2 190788844 . T TC 353.87 PASS AF=1;AO=14;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130789;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.3281;QD=52.4245;RBI=0.121484;REFB=0;REVB=0.120778;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00127569;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:29:27:27:0:17:10:0:0:4:14:11:3:6:8 chr2 190788845 . G C 122.28 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0314128;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.9504;QD=16.8663;RBI=0.089168;REFB=-0.0155745;REVB=0.0834516;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326879;STB=0.685472;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0104012;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:12:3:8:6:12:3 chr2 190815211 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.21;QD=58.7811;RBI=0.042902;REFB=0;REVB=0.000232059;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65194e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr2 191064753 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0025566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.92;QD=20.2672;RBI=0.00424778;REFB=0.00034974;REVB=0.00339226;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015501;STB=0.527247;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.000617623;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:14:6:6:15:14:7:6:15 chr2 191065236 . TTTTG T 170.98 PASS AF=0.411765;AO=26;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0117774;FXX=0.0422476;HRUN=5;LEN=4;MLLD=278.767;QD=10.0576;RBI=0.0118843;REFB=0.00204966;REVB=0.00159096;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220779;STB=0.564808;STBP=0.407;TYPE=del;VARB=-0.00243316;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:26:67:28:68:40:15:13:17:23:99:34:15:11:12:22 chr2 191065595 . G T 176.4 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00223725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.808;QD=20.7533;RBI=0.0297606;REFB=-0.029033;REVB=-0.0296764;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161541;STB=0.545406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0328522;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:13:16:18:18:0.529412:12:6:2:11:12:6:4:12 chr2 191065782 . A AGAT 216.22 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0055362;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.058;QD=26.2086;RBI=0.0108166;REFB=-0.00473409;REVB=0.00929245;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170103;STB=0.594502;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=0.0027309;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606061:20:35:20:33:13:9:11:9:4:99:13:9:11:9:4 chr2 191066683 . C T 422.96 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0112787;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.863;QD=16.751;RBI=0.0204904;REFB=0.00021348;REVB=-0.0171069;RO=55;SAF=27;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770232;STB=0.543051;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.000282955;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:55:55:46:46:0.455446:19:27:28:27:19:27:28:27 chr2 191066769 . C T 320.22 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9275;QD=53.3692;RBI=0.0458502;REFB=0;REVB=0.035694;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223745;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:19:24:1:9:10:0:0:10:14:0:0 chr2 191066913 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00736071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.087;QD=17.6441;RBI=0.00795548;REFB=-0.0497259;REVB=0.0030182;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.676989;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0262351;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:3:4:2:7:3:4 chr2 191066970 . C T 121.96 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0750952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7353;QD=15.2448;RBI=0.0768961;REFB=-0.00469377;REVB=-0.0165447;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374308;STB=0.731318;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00487753;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:2:11:10:8:2:12:10:8 chr2 191067233 . T C 370.96 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00726599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.446;QD=20.052;RBI=0.0235387;REFB=-0.0124693;REVB=0.0223892;RO=36;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949043;STB=0.552721;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0127677;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:24:14:17:19:24:14:17:19 chr2 191067766 . T TTC 227.86 PASS AF=0.5;AO=18;DP=49;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0374044;FXX=0.061212;HRUN=3;LEN=2;MLLD=135.235;QD=19.8137;RBI=0.0385385;REFB=-0.0256344;REVB=0.00928068;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279123;STB=0.60779;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.0182172;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:49:23:46:23:11:12:16:7:99:28:8:10:20:8 chr2 191068061 . A T 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00302157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2685;QD=26.4907;RBI=0.00948017;REFB=-0.0357438;REVB=-0.00898575;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224669;STB=0.624856;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0178683;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:7:2:10:7:7:2 chr2 191161622 . T C 248.23 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0204119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3932;QD=9.45644;RBI=0.0291877;REFB=-0.00110339;REVB=0.0208633;RO=71;SAF=19;SAR=14;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360193;STB=0.515124;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00289368;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:72:33:33:0.314286:14:19:43:28:14:19:43:29 chr2 191184475 . A G 476.88 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00259473;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.297;QD=21.9253;RBI=0.00380666;REFB=-0.0255707;REVB=0.00278532;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672173;STB=0.534477;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0214222;OID=.;OPOS=191184475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:41:46:46:0.528736:29:17:17:21:29:17:18:23 chr2 191224981 . G T 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00871453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6961;QD=23.3185;RBI=0.0129394;REFB=0.0141153;REVB=-0.00956479;RO=38;SAF=16;SAR=31;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158552;STB=0.58733;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0127821;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:31:16:20:18:31:16:20:18 chr2 191231458 . G A 635.62 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0152758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9154;QD=21.7306;RBI=0.016051;REFB=-0.0145023;REVB=0.00492789;RO=53;SAF=21;SAR=42;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123533;STB=0.564396;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0223948;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:54:63:63:0.538462:42:21:25:28:42:21:25:29 chr2 191231503 . G A 785.72 PASS AF=0.556391;AO=74;DP=133;FAO=74;FDP=133;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00336433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7088;QD=23.6307;RBI=0.0215678;REFB=-0.0144896;REVB=-0.0213038;RO=59;SAF=28;SAR=46;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108879;STB=0.559547;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00999051;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:59:59:74:74:0.556391:46:28:30:29:46:28:30:29 chr2 191235901 . A C 1245.89 PASS AF=0.988235;AO=78;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4505;QD=58.6303;RBI=0.0676272;REFB=-0.0142603;REVB=0.0663959;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00168076;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:85:0:1:78:84:0.988235:30:48:0:0:36:48:1:0 chr2 191366579 . T G 273.67 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00716441;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.175;QD=9.86196;RBI=0.00725965;REFB=-0.00508854;REVB=0.00117202;RO=75;SAF=14;SAR=22;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138631;STB=0.580665;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00921623;OID=.;OPOS=191366579;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:75:75:36:36:0.324324:22:14:38:37:22:14:38:37 chr2 191366707 . A G 1055.1 PASS AF=0.531915;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=188;FR=.;FRO=88;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0190045;FXX=0.0208322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3826;QD=22.449;RBI=0.0194662;REFB=-0.00661646;REVB=-0.00421435;RO=84;SAF=50;SAR=50;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029869;STB=0.510636;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00644376;OID=.;OPOS=191366707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:188:84:88:100:100:0.531915:50:50:45:39:50:50:46:42 chr2 191379268 . G A 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.116621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1573;QD=18.6344;RBI=0.120529;REFB=-0.0129115;REVB=-0.0304401;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213749;STB=0.631;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00399429;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:7:9:12:3:7:9:13:3 chr2 191402654 . A G 78.07 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00881187;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8492;QD=10.7681;RBI=0.145169;REFB=0.00704198;REVB=-0.144901;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591068;STB=0.849384;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0231164;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:31:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:15:4:8:2:15:4 chr2 191402685 . A C 374.36 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0279552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5636;QD=21.3922;RBI=0.0475095;REFB=0.0267807;REVB=-0.0384143;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725602;STB=0.539979;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0213935;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:15:23:22:10:15:23:22:10 chr2 191402698 . A C 372.09 PASS AF=0.542857;AO=22;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0725953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.737;QD=21.262;RBI=0.0749839;REFB=-0.0335721;REVB=-0.0187749;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317937;STB=0.524629;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.026506;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:32:22:38:0.542857:15:7:19:11:15:23:21:11 chr2 191402702 . T C 368.6 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00800636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6616;QD=19.4001;RBI=0.0360984;REFB=0.00165232;REVB=-0.0351994;RO=38;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050174;STB=0.527845;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00307709;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:15:23:25:13:15:23:25:13 chr2 191402710 . T C 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00688889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.409;QD=19.5285;RBI=0.0225284;REFB=-0.0159725;REVB=0.0214493;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245343;STB=0.51362;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0197419;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:15:24:25:14:15:24:25:14 chr2 191402712 . TA CG 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00832198;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=124.941;QD=18.6057;RBI=0.0357249;REFB=0.00903608;REVB=0.0347421;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424528;STB=0.528441;STBP=0.637;TYPE=mnp;VARB=-0.0110599;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:15:24:27:14:15:24:28:14 chr2 191402748 . A T 346.55 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00490683;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.328;QD=16.7012;RBI=0.0049164;REFB=-0.00682287;REVB=-0.000306636;RO=46;SAF=23;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557685;STB=0.531255;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00978049;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:14:23:31:15:14:23:31:15 chr2 191402761 . G A 221.21 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0411025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.597;QD=12.2897;RBI=0.0438932;REFB=0.00774888;REVB=-0.0154012;RO=45;SAF=22;SAR=4;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310575;STB=0.68846;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00665434;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:45:26:27:0.375:4:22:29:16:4:23:29:16 chr2 191828203 . ACC TCA 147.51 PASS AF=0.226667;AO=15;DP=74;FAO=17;FDP=75;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=51;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00136555;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=135.254;QD=7.86718;RBI=0.023396;REFB=-0.0181002;REVB=-0.0233561;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110778;STB=0.515929;STBP=0.897;TYPE=mnp;VARB=0.0431581;OID=.;OPOS=191828203;OREF=ACC;OALT=TCA;OMAPALT=TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:51:15:17:0.226667:10:5:16:22:11:6:19:32 chr2 191828377 . TCCCCT TCCC,TCCCT,TCCCTA,TCCTAT 115.42 PASS AF=0,0.4,0,0;AO=8,8,2,3;DP=50;FAO=0,18,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=0,15,0,0;FSAR=0,3,0,0;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.35084,-0.246779,-0.168047,-0.14318;FXX=0.09998;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,2,2;MLLD=23.2319,14.3432,207.181,201.38;QD=10.2598;RBI=0.351828,0.267322,0.168051,0.143191;REFB=0.00908186,-0.0310417,0.00171288,-4.17865e-05;REVB=0.0263437,0.102767,0.00118664,0.00179933;RO=25;SAF=8,6,2,3;SAR=0,2,0,0;SRF=2;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.852529,0.691873,0.771278,0.803913;STB=0.5,0.881993,0.5,0.5;STBP=1,0,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0269205,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=191828381,191828378,191828381,191828380;OREF=CT,C,CT,CC;OALT=-,-,TA,TA;OMAPALT=TCCC,TCCCT,TCCCTA,TCCTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4,0,0:8,8,2,3:50:0,18,0,0:45:27:0,15,0,0:0,3,0,0:3:24:99:25:8,6,2,3:0,2,0,0:2:23 chr2 191841753 . T TA 103.54 PASS AF=0.563636;AO=7;DP=57;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0816859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.8052;QD=7.53036;RBI=0.13741;REFB=-0.0627689;REVB=-0.110494;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206785;STB=0.566459;STBP=0.268;TYPE=ins;VARB=0.0419157;OID=.;OPOS=191841754;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.563636:7:57:31:55:24:11:20:12:12:67:48:4:3:19:29 chr2 191874667 . A G 555.32 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.013852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.581;QD=27.7659;RBI=0.0142729;REFB=-0.0383653;REVB=0.00344059;RO=30;SAF=36;SAR=14;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407055;STB=0.522115;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0198228;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:14:36:23:7:14:36:23:7 chr2 192160839 . A T 1840.87 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.33;QD=61.3623;RBI=0.0584294;REFB=0;REVB=0.0044003;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89185e-05;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:63:57:0:0:63:57:0:0 chr2 192160875 . C T 1789.34 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199061;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.72;QD=59.6446;RBI=0.0201633;REFB=-0.0495263;REVB=0.00321037;RO=1;SAF=51;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922126;STB=0.504854;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=7.20898e-05;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:117:119:0.991667:66:51:1:0:68:51:1:0 chr2 192250726 . G A 990.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.709;QD=59.1372;RBI=0.0615778;REFB=0;REVB=0.0299289;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88092e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:44:22:0:0:44:23:0:0 chr2 192279327 . T C 1097.02 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141872;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.657;QD=57.7381;RBI=0.0438098;REFB=-0.0443829;REVB=0.041449;RO=2;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000345377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121234;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:73:74:0.973684:36:37:1:1:37:37:1:1 chr2 192699639 . A AG 370.02 PASS AF=0.402439;AO=65;DP=170;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.0985799;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.5351;QD=9.02475;RBI=0.12351;REFB=-0.0105615;REVB=0.0744094;RO=104;SAF=24;SAR=41;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104304;STB=0.555942;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.0209939;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402439:65:170:66:164:98:25:41:46:52:99:104:24:41:48:56 chr2 192701393 . A G 523.18 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=138;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00834214;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120;QD=15.3877;RBI=0.0259039;REFB=-0.0243375;REVB=-0.0245239;RO=79;SAF=31;SAR=26;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025865;STB=0.514518;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0345973;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:79:79:57:57:0.419118:26:31:41:38:26:31:41:38 chr2 195523202 . C T 342.84 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0294961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.848;QD=21.4272;RBI=0.0303127;REFB=-0.00857062;REVB=-0.00698867;RO=29;SAF=9;SAR=26;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153213;STB=0.585157;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00816599;OID=.;OPOS=195523202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:26:9:12:17:26:9:12:17 chr2 196602089 . T TATCA 307.65 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0207048;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=4;MLLD=153.683;QD=15.1928;RBI=0.0213768;REFB=-0.0122432;REVB=0.00531778;RO=51;SAF=25;SAR=9;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335804;STB=0.67871;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.0382423;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419753:34:87:34:81:47:25:9:21:26:99:51:25:9:22:29 chr2 196602132 . GTGAT G 318.33 PASS AF=0.523077;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00348526;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.863;QD=19.5897;RBI=0.0145845;REFB=-0.0207481;REVB=0.0141619;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132136;STB=0.596357;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.0177992;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523077:30:66:34:65:31:19:15:11:20:99:31:15:15:11:20 chr2 196640666 . G C 630.04 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.000942551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.857;QD=19.2379;RBI=0.00885442;REFB=-0.00618914;REVB=-0.00880411;RO=67;SAF=23;SAR=41;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862488;STB=0.547754;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0057507;OID=.;OPOS=196640666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:67:64:64:0.48855:41:23:30:37:41:23:30:37 chr2 196673533 . A G 691.72 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8296;QD=58.8696;RBI=0.231099;REFB=0;REVB=0.22911;RO=3;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135913;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:3:0:44:47:1:13:31:0:3:16:31:0:0 chr2 196726471 . G A 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00252343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.532;QD=8.67193;RBI=0.00691737;REFB=-0.00987616;REVB=-0.00644068;RO=57;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178035;STB=0.597483;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0297896;OID=.;OPOS=196726471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:58:24:24:0.292683:12:12:20:37:12:12:21:37 chr2 196756526 . C T 429.07 PASS AF=0.474747;AO=45;DP=94;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0147985;FXX=0.0294089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.956;QD=17.336;RBI=0.0171194;REFB=-0.0215511;REVB=-0.00860688;RO=48;SAF=16;SAR=29;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13943;STB=0.583006;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0295724;OID=.;OPOS=196756526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:48:52:45:47:0.474747:29:16:24:24:29:18:28:24 chr2 196791275 . TT CG,TG 908.23 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=4,57;DP=62;FAO=4,60;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193122,0.0201273;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=13.3056,53.1656;QD=56.7647;RBI=0.0217744,0.023869;REFB=0,0;REVB=0.010058,0.0128305;RO=0;SAF=2,24;SAR=2,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.25003e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0327862,0.0046856;OID=.,.;OPOS=196791275,196791276;OREF=TT,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:62:64:0:0:4,57:4,60:0.0625,0.9375:2,33:2,24:0:0:2,33:2,27:0:0 chr2 196851911 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.361;QD=63.8666;RBI=0.0171961;REFB=0;REVB=-0.00967386;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38989e-05;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr2 196866420 . C T 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.756;QD=63.5238;RBI=0.0101392;REFB=0;REVB=0.00535367;RO=0;SAF=83;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74241e-06;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:59:83:0:0:59:83:0:0 chr2 196915989 . GAA GA,GAG 1268.55 PASS AF=0.0430108,0.956989;AO=21,62;DP=97;FAO=4,89;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=3,35;FSAR=1,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307706,0.106682;FXX=0.0412329;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.4991,27.4953;QD=54.5611;RBI=0.0376586,0.108825;REFB=0,0;REVB=-0.0217103,-0.0214894;RO=0;SAF=12,18;SAR=9,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.25982e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0365848,0.0223487;OID=.,.;OPOS=196915990,196915991;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0430108,0.956989:21,62:97:4,89:93:0:3,35:1,54:0:0:10:0:12,18:9,44:0:0 chr2 197004439 . A G 2115.96 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0452993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.963;QD=60.4561;RBI=0.0480089;REFB=0.0314093;REVB=0.0159005;RO=2;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132019;STB=0.510343;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-5.95371e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:2:3:137:137:0.978571:71:66:0:2:71:66:0:3 chr2 197021276 . T C 1283.73 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.783;QD=61.8665;RBI=0.0694189;REFB=0;REVB=-0.00293737;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41607e-05;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:79:83:1:42:37:0:0:42:41:0:0 chr2 197021372 . T A 724.09 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00844272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.354;QD=59.1093;RBI=0.0159783;REFB=0.0580588;REVB=0.0135657;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159432;STB=0.505039;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000186524;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:29:18:0:1:29:18:1:1 chr2 197065221 . A G 1533.91 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00305379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.578;QD=56.8114;RBI=0.0443342;REFB=-0.0828857;REVB=0.0442289;RO=2;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166453;STB=0.500703;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000676014;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:105:106:0.981481:56:49:0:2:57:49:1:1 chr2 197118729 . C T 768.07 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.1;QD=64.0062;RBI=0.0220257;REFB=0;REVB=-0.0216419;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70332e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:28:17:0:0:28:20:0:0 chr2 197154234 . A G 612.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.64;QD=61.259;RBI=0.0669113;REFB=0;REVB=0.0241486;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131556;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 197184321 . C T 294.46 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00703844;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.33;QD=17.3209;RBI=0.0197646;REFB=0.00642341;REVB=-0.0184689;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139236;STB=0.507808;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00842689;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:14:22:20:12:14:22 chr2 197504545 . C G 164.41 PASS AF=0.294872;AO=24;DP=76;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.0326369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.227;QD=8.43106;RBI=0.0355553;REFB=-0.0302687;REVB=-0.0141072;RO=48;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282809;STB=0.526859;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0999587;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:48:55:24:23:0.294872:17:7:15:33:16:7:15:40 chr2 197832187 . AAAAAGAAAAGAAA AAAAAGAAA,AAAAAGAAAAGAAG 187.1 PASS AF=0.381818,0.0363636;AO=16,2;DP=50;FAO=21,2;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12,0;FSAR=9,2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00288513,-0.0158022;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=5,1;MLLD=211.439,176.548;QD=13.6074;RBI=0.00344042,0.0173809;REFB=-0.00389967,-0.009993;REVB=-0.00187417,-0.00723776;RO=26;SAF=11,0;SAR=5,2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.16909,-0.493968;STB=0.543437,0.994752;STBP=0.637,0.174;TYPE=del,snp;VARB=0.00534104,0.0343674;OID=.,.;OPOS=197832188,197832200;OREF=AAAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=AAAAAGAAA,AAAAAGAAAAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818,0.0363636:16,2:50:21,2:55:32:12,0:9,2:16:16:99:26:11,0:5,2:14:12 chr2 197890001 . C T 177.91 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00993267;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.906;QD=22.9558;RBI=0.0268588;REFB=0.0399269;REVB=-0.0249547;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304602;STB=0.637504;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00669183;OID=.;OPOS=197890001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:36:31:13:11:16:16:0.516129:5:11:4:9:5:11:4:7 chr2 198001319 . A G 422.21 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0722243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1109;QD=20.8501;RBI=0.072312;REFB=-0.0116252;REVB=-0.00356176;RO=39;SAF=30;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12435;STB=0.569071;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0179568;OID=.;OPOS=198001319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:12:30:23:16:12:30:23:16 chr2 198257795 . T C 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00115945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0861;QD=10.6977;RBI=0.033428;REFB=0.00121194;REVB=0.0334079;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143159;STB=0.584906;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00322919;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:11:21:8:7:11:21 chr2 198265526 . A G 318.64 PASS AF=0.387755;AO=37;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00325324;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.246;QD=13.0056;RBI=0.00638985;REFB=-0.0184398;REVB=0.00549969;RO=54;SAF=23;SAR=14;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116531;STB=0.520537;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0269485;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:60:37:38:0.387755:14:23:33:21:14:24:36:24 chr2 198283305 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0209996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.492;QD=13.0888;RBI=0.0292454;REFB=-0.0072953;REVB=-0.0203545;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156256;STB=0.5916;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0154442;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:13:14:6:10:13:14 chr2 198362018 . T C 109.95 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00379561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.016;QD=14.6605;RBI=0.00947631;REFB=-0.00306915;REVB=-0.00868297;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00351867;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:8:8:8:5:9:8 chr2 198498557 . C A 616.63 PASS AF=0.559633;AO=59;DP=108;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0258639;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0364;QD=22.6288;RBI=0.0269169;REFB=-0.00742032;REVB=0.00745499;RO=48;SAF=30;SAR=29;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956744;STB=0.55152;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00333937;OID=.;OPOS=198498557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:48:48:59:61:0.559633:29:30:30:18:30:31:30:18 chr2 198508951 . G A 459.6 PASS AF=0.46;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00296469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1173;QD=18.3841;RBI=0.0203252;REFB=-0.00572093;REVB=0.0201078;RO=54;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140302;STB=0.571398;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0136062;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:54:45:46:0.46:21:24:21:33:22:24:21:33 chr2 198572076 . A ATTC,C 187.71 PASS AF=0.695652,0.0869565;AO=14,2;DP=23;FAO=16,2;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10,2;FSAR=6,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0467881,-0.0660418;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=136.839,46.0377;QD=32.6445;RBI=0.0469338,0.0675031;REFB=-0.0629386,-0.0196422;REVB=0.00369551,0.0139696;RO=5;SAF=9,2;SAR=5,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119729,0.64233;STB=0.555485,0.994301;STBP=0.393,0.168;TYPE=ins,snp;VARB=0.0159865,0.0329071;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:23:23:5:5:14,2:16,2:0.695652,0.0869565:5,0:9,2:2:3:6,0:10,2:2:3 chr2 198572461 . C T 454.39 PASS AF=0.350427;AO=31;DP=119;FAO=41;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.010855;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.852;QD=15.5348;RBI=0.0113918;REFB=-0.0248302;REVB=0.00345569;RO=65;SAF=27;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553871;STB=0.632549;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0336632;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:65:65:31:41:0.350427:4:27:29:36:14:27:29:36 chr2 198950029 . A G 179.85 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0104214;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.052;QD=14.9873;RBI=0.0170678;REFB=-0.00988585;REVB=-0.0135168;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14917;STB=0.586604;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0265642;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:13:16:13:6:13:16 chr2 200136583 . T A 1035.99 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520966;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.134;QD=58.3658;RBI=0.0540139;REFB=-0.143198;REVB=0.0142634;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00108423;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:35:35:0:0:35:35:0:1 chr2 200792881 . C T 570.01 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00974659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.058;QD=22.8005;RBI=0.0266933;REFB=-0.00301547;REVB=-0.0248503;RO=47;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856793;STB=0.547152;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00358597;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:29:24:26:21:29:24:26:21 chr2 200873160 . G A 98.57 PASS AF=0.313725;AO=2;DP=37;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0947998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.642;QD=7.73115;RBI=0.0994708;REFB=-0.0268914;REVB=0.0301238;RO=33;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551015;STB=0.72786;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.101302;OID=.;OPOS=200873160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:37:51:33:35:2:16:0.313725:0:2:10:23:5:11:12:23 chr2 201343194 . GA AG,G 30.96 PASS AF=0.0288462,0.153846;AO=4,39;DP=108;FAO=3,16;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=0,8;FSAR=3,8;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0189917,-0.125169;FXX=0.0458673;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=111.887,7.59471;QD=1.19067;RBI=0.0453986,0.135872;REFB=-0.0153012,-0.165612;REVB=-0.0412353,-0.0528555;RO=55;SAF=0,20;SAR=4,19;SRF=32;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0.439394;SSSB=-0.556454,-0.0716978;STB=0.996985,0.554388;STBP=0.043,0.657;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0156831,0.179607;OID=.,.;OPOS=201343194,201343195;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:108:104:55:85:4,39:3,16:0.0288462,0.153846:4,19:0,20:32:23:3,8:0,8:48:37 chr2 201344434 . A G 95.83 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00808862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2596;QD=11.9782;RBI=0.0311987;REFB=-0.021669;REVB=0.0301319;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258606;STB=0.642602;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0625279;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:19:20:12:12:0.375:3:9:10:9:3:9:11:9 chr2 201344491 . G A 139.81 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0345684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9772;QD=10.356;RBI=0.0368927;REFB=-0.00835176;REVB=-0.0128879;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627857;STB=0.536996;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0148462;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:9:9:16:20:9:9:16:20 chr2 201344732 . C T 239.4 PASS AF=0.326087;AO=29;DP=91;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0304921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.551;QD=10.4085;RBI=0.0312838;REFB=-0.0105838;REVB=-0.00699322;RO=62;SAF=11;SAR=18;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869869;STB=0.559627;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0196451;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:62:29:30:0.326087:18:11:28:34:19:11:28:34 chr2 201354935 . C G 357.96 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00415829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.749;QD=17.0455;RBI=0.00418485;REFB=-0.0357783;REVB=0.000470735;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177327;STB=0.599204;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0361538;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:21:17:29:17:21:17:29:17 chr2 201437328 . C A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5543;QD=63.8696;RBI=0.04113;REFB=0;REVB=0.0332903;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03174e-05;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:13:35:0:0:13:35:0:0 chr2 201437334 . T C 744.06 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.283;QD=63.3242;RBI=0.038411;REFB=0;REVB=0.0319341;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85665e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:43:47:1:10:33:0:0:12:35:0:0 chr2 202006096 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=15;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00275764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.824;QD=14.1389;RBI=0.0350412;REFB=-0.0245599;REVB=0.0349325;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.517217;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0377556;OID=.;OPOS=202006096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:15:14:0.411765:7:8:12:7:6:8:12:8 chr2 202025621 . A G 60.79 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0359675;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.764;QD=15.1986;RBI=0.0453997;REFB=-0.00255514;REVB=-0.0277032;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00161474;OID=.;OPOS=202025621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr2 202050677 . A G 227.99 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0189911;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.085;QD=13.6113;RBI=0.0215488;REFB=0.00854497;REVB=0.0101829;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111861;STB=0.557781;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.012958;OID=.;OPOS=202050677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:40:27:27:0.402985:15:12:14:27:15:12:14:26 chr2 202082459 . T A 228.11 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.125772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3694;QD=13.825;RBI=0.128483;REFB=-0.010912;REVB=-0.0262582;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589723;STB=0.533607;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0182395;OID=.;OPOS=202082459;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:14:13:21:18:14:13:21:18 chr2 202122995 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00512998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.867;QD=14.3999;RBI=0.0109615;REFB=-0.00608995;REVB=0.00968697;RO=34;SAF=18;SAR=7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193959;STB=0.511027;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00883616;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:7:18:25:9:7:18:25:9 chr2 202215492 . C G 209.67 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0666186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.516;QD=18.637;RBI=0.0673958;REFB=0.00323488;REVB=0.0102059;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152592;STB=0.508662;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00532591;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:16:5:6:18:16:5:6:18 chr2 202245244 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.739;QD=60.5472;RBI=0.0177338;REFB=0;REVB=-0.014208;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2186e-05;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:43:32:0:0 chr2 202260049 . G A 647.06 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.262;QD=61.6243;RBI=0.00424354;REFB=0;REVB=0.00315721;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26668e-06;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:15:27:0:0 chr2 202264156 . C T 1737.73 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00818287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.848;QD=58.9061;RBI=0.0139015;REFB=0.0425749;REVB=-0.011238;RO=2;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139641;STB=0.507352;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000208483;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:67:49:0:2:67:49:0:2 chr2 202337730 . A G 1887.27 PASS AF=0.992;AO=121;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.805;QD=60.3926;RBI=0.0453105;REFB=-0.0778782;REVB=0.0404636;RO=1;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772408;STB=0.503936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00183084;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:121:124:0.992:61:60:0:1:63:61:0:1 chr2 202342402 . G T 1535.76 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254217;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.399;QD=63.9901;RBI=0.0386199;REFB=0;REVB=0.0290728;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44659e-05;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr2 202352462 . C T 646.6 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0225102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.183;QD=16.7947;RBI=0.0227379;REFB=-0.0176131;REVB=-0.00321013;RO=84;SAF=35;SAR=35;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467424;STB=0.525967;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0204441;OID=.;OPOS=202352462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:35:35:38:46:35:35:38:46 chr2 202357949 . A C 538.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4419;QD=59.7894;RBI=0.0376883;REFB=0;REVB=0.0373649;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689361;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr2 202469361 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.853;QD=59.8394;RBI=0.0722436;REFB=0;REVB=0.00494054;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9555e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr2 202508115 . A C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.865;QD=13.4856;RBI=0.00127586;REFB=0.000613929;REVB=0.00127586;RO=10;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110379;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:9:0:0:10:9:0:0:11 chr2 202512449 . C T 457.8 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00661152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.408;QD=17.7785;RBI=0.00926477;REFB=-0.00674043;REVB=0.00649028;RO=53;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063012;STB=0.540745;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00712114;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:30:19:24:29:30:19:25:29 chr2 202528830 . A AT 200.55 PASS AF=0.435583;AO=61;DP=165;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0619786;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.12651;QD=4.92151;RBI=0.206426;REFB=-0.0392044;REVB=0.196902;RO=90;SAF=33;SAR=28;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199581;STB=0.518059;STBP=0.683;TYPE=ins;VARB=0.0470793;OID=.;OPOS=202528831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435583:61:165:71:163:92:37:34:45:47:99:90:33:28:47:43 chr2 202557702 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.086;QD=62.9816;RBI=0.0284103;REFB=0;REVB=0.0156273;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025288;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr2 202575821 . G A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8062;QD=59.4299;RBI=0.0523857;REFB=0;REVB=-0.0159354;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000859061;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr2 202593280 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.674;QD=53.9323;RBI=0.033597;REFB=-0.0531902;REVB=0.0133024;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00412571;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr2 202625615 . C T 1662.27 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000531905;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.286;QD=60.4463;RBI=0.014067;REFB=0;REVB=-0.0140569;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53854e-06;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr2 202741247 . G C 416.09 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00892116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.059;QD=16.159;RBI=0.0372489;REFB=-0.0187807;REVB=-0.0361648;RO=57;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202491;STB=0.613262;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0350749;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:18:28:23:34:18:28:23:34 chr2 202741256 . A T 1433.9 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8464;QD=63.0286;RBI=0.0334397;REFB=0;REVB=-0.0281588;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25648e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr2 202741269 . G A 1419.36 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157542;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.871;QD=63.0828;RBI=0.0410763;REFB=0;REVB=0.0379351;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114433;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr2 202899953 . CCG CCC,CC,C 31.18 PASS AF=0,0.0454545,0.227273;AO=2,4,3;DP=25;FAO=0,1,5;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,2;FSAR=0,1,3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.136769,0.357543,0.196474;FXX=0.0434594;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=14.9998,9.9218,19.8894;QD=5.66945;RBI=0.316615,0.511966,0.246296;REFB=-0.0554914,-0.0759176,-0.0223237;REVB=-0.285551,-0.366432,-0.148525;RO=11;SAF=0,0,1;SAR=2,4,2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.466667;SSSB=-0.767034,-0.808729,-0.604151;STB=0.5,0.994159,0.749167;STBP=1,0.138,0.281;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0422066,0.0132399;OID=.,.,.;OPOS=202899955,202899955,202899954;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0454545,0.227273:2,4,3:25:0,1,5:22:16:0,0,2:0,1,3:12:4:26:11:0,0,1:2,4,2:10:1 chr2 203058169 . CA C,CG 137.83 PASS AF=0.6,0;AO=28,3;DP=55;FAO=33,0;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12,0;FSAR=21,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0863431,0.0060342;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.17565,31.7261;QD=10.024;RBI=0.166399,0.00772336;REFB=-0.151562,-0.013082;REVB=0.142244,-0.00482066;RO=23;SAF=10,0;SAR=18,3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173418,-0.605533;STB=0.557058,0.5;STBP=0.293,1;TYPE=del,snp;VARB=0.151021,-0.0161291;OID=.,.;OPOS=203058170,203058170;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:28,3:55:33,0:55:22:12,0:21,0:11:11:91:23:10,0:18,3:13:10 chr2 203424770 . AC A 41.24 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.184583;FXX=0.0768935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.42853;QD=6.87338;RBI=0.192926;REFB=-0.0901076;REVB=-0.056122;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.414179;SSSB=0.216798;STB=0.666389;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0489704;OID=.;OPOS=203424771;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:26:11:24:13:6:5:3:10:41:11:4:6:2:9 chr2 203640713 . T C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00379287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.465;QD=21.9704;RBI=0.0201963;REFB=-0.0169285;REVB=0.019837;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207215;STB=0.615888;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0113475;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:5:12:9:11:5:12 chr2 204062061 . A G 1880.58 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00064175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.122;QD=60.664;RBI=0.0197636;REFB=0.062122;REVB=0.0197532;RO=0;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-4.1635e-05;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:124:0:1:121:123:0.991935:72:49:0:0:74:49:1:0 chr2 204090887 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.148;QD=57.1775;RBI=0.0174494;REFB=0;REVB=-0.00322998;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65831e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr2 204116690 . C T 744.1 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.581;QD=54.1166;RBI=0.0275066;REFB=0.0271231;REVB=-0.0238843;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00130226;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:52:54:0.981818:26:26:1:0:26:28:1:0 chr2 204206977 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.987;QD=58.5874;RBI=0.0389637;REFB=0;REVB=-0.0297128;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05006e-05;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr2 204298783 . A C 677.44 PASS AF=0.7125;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=80;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0240782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9798;QD=33.8719;RBI=0.0605597;REFB=-0.0403597;REVB=0.0555672;RO=23;SAF=27;SAR=30;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719317;STB=0.538751;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0204046;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:23:23:57:57:0.7125:30:27:14:9:30:27:14:9 chr2 204298785 . A C 145.27 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0441716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2701;QD=7.26362;RBI=0.0443053;REFB=-0.0424202;REVB=-0.00343862;RO=57;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15639;STB=0.607083;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.104662;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:59:21:21:0.2625:8:13:28:29:8:13:28:31 chr2 204298787 . A C 117.66 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0434595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5615;QD=6.27539;RBI=0.0446584;REFB=-0.0240651;REVB=-0.0102783;RO=57;SAF=8;SAR=10;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793201;STB=0.548907;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0773752;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:10:8:29:28:10:8:29:28 chr2 204299540 . A G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00377485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.05;QD=12.7849;RBI=0.0254316;REFB=-0.0185167;REVB=-0.0251499;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181323;STB=0.603501;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0265392;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:28:15:14:13:28:15 chr2 204305093 . T C 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0676538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3423;QD=18.764;RBI=0.0790254;REFB=-0.0295179;REVB=-0.0408407;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0496707;OID=.;OPOS=204305093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr2 204322298 . T C 75.58 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0553893;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.7783;QD=8.63793;RBI=0.0778301;REFB=0.0124263;REVB=-0.0546768;RO=19;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173399;STB=0.571289;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0477081;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:35:19:25:5:10:0.285714:4:1:6:13:5:5:10:15 chr2 204732714 . A G 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0401736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.841;QD=14.531;RBI=0.0470162;REFB=-0.0212716;REVB=-0.0244254;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473255;STB=0.508259;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0276306;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:40:29:29:0.42029:17:12:14:24:17:12:16:24 chr2 205829991 . C T 1131.89 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150418;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.313;QD=58.0457;RBI=0.0206237;REFB=-0.0743133;REVB=0.0141096;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.512192;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000620346;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:78:1:2:76:76:0.974359:36:40:1:0:36:40:2:0 chr2 205912403 . T C 1259.29 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.771;QD=61.429;RBI=0.00871822;REFB=0;REVB=0.00287097;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219907;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:41:41:0:0 chr2 205969220 . G A 474.69 PASS AF=0.608108;AO=38;DP=67;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0279806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.931;QD=25.6589;RBI=0.0279847;REFB=-0.0129568;REVB=0.000478227;RO=29;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149446;STB=0.570193;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00823909;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:29:29:38:45:0.608108:19:19:9:20:23:22:9:20 chr2 205986321 . A G 123.2 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0169235;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.167;QD=8.64585;RBI=0.0308328;REFB=-0.0171814;REVB=-0.0257732;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101532;STB=0.571343;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.034744;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:40:17:17:0.298246:6:11:22:17:6:11:22:18 chr2 206218963 . G A 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0219735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.764;QD=11.6223;RBI=0.02399;REFB=-0.00407049;REVB=0.00962734;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151335;STB=0.588152;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00737898;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:15:7:17:21:15:7:17:21 chr2 206219012 . TA CC 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00947912;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.137;QD=12.8691;RBI=0.0140444;REFB=-0.0255795;REVB=-0.0103629;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0281919;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:14:7:11:22:14:7:11:22 chr2 206581033 . G A 2032.97 PASS AF=0.992593;AO=129;DP=133;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226737;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4825;QD=60.2361;RBI=0.025454;REFB=-0.0818086;REVB=-0.0115677;RO=1;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714636;STB=0.503703;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00605511;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:133:135:1:1:129:134:0.992593:66:63:0:1:67:67:1:0 chr2 206592695 . T C 3086.05 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771363;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.894;QD=61.7209;RBI=0.0253454;REFB=0;REVB=0.024143;RO=0;SAF=93;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69724e-05;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:200:0:0:200:200:1:107:93:0:0:107:93:0:0 chr2 206608039 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.201;QD=58.0595;RBI=0.0350617;REFB=0;REVB=-0.0135875;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185918;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:39:22:0:0 chr2 206863874 . C T 498.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3872;QD=58.61;RBI=0.0468146;REFB=0;REVB=-0.040931;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002083;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:27:6:0:0:27:7:0:0 chr2 206921451 . G A 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000227287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.628;QD=56.0067;RBI=0.00560637;REFB=-0.0485034;REVB=-0.00560176;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=7.82661e-05;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:27:33:0:0:27:33:0:1 chr2 207086148 . T C 348.3 PASS AF=0.480519;AO=35;DP=75;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0399197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.306;QD=18.0937;RBI=0.0485277;REFB=-0.0315068;REVB=0.0275926;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12049;STB=0.562865;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0343733;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:40:35:37:0.480519:21:14:21:19:22:15:21:19 chr2 207459467 . C T 1487.49 PASS AF=0.545802;AO=143;DP=262;FAO=143;FDP=262;FR=.;FRO=119;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-0.00343726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.712;QD=22.7097;RBI=0.0157355;REFB=-0.0197423;REVB=0.0153555;RO=119;SAF=77;SAR=66;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706351;STB=0.538456;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0172674;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:119:119:143:143:0.545802:66:77:54:65:66:77:54:65 chr2 207472683 . C A,CTA 2582.58 PASS AF=0.040201,0.889447;AO=8,173;DP=203;FAO=8,177;FDP=199;FR=.;FRO=14;FSAF=4,109;FSAR=4,68;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.000211817,0.0068006;FXX=0.0245086;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=108.774,224.591;QD=51.9112;RBI=0.00412906,0.0431266;REFB=-0.041506,-0.0285266;REVB=0.00412363,0.042587;RO=14;SAF=4,106;SAR=4,67;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386884,-0.0369274;STB=0.726821,0.518853;STBP=0.157,0.081;TYPE=snp,ins;VARB=0.0208422,0.00231102;OID=.,.;OPOS=207472683,207472684;OREF=C,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:203:199:14:14:8,173:8,177:0.040201,0.889447:4,67:4,106:12:2:4,68:4,109:12:2 chr2 207527840 . G T 162.22 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0215542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.13;QD=9.01203;RBI=0.0231656;REFB=-0.00908152;REVB=0.00848906;RO=49;SAF=11;SAR=11;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204156;STB=0.611015;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.022252;OID=.;OPOS=207527840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:50:22:22:0.305556:11:11:33:16:11:11:33:17 chr2 207619779 . A G 76.06 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0209974;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.605;QD=10.8651;RBI=0.0522827;REFB=-0.0104234;REVB=-0.0478809;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522173;STB=0.545366;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.018782;OID=.;OPOS=207619779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:17:18:10:10:0.357143:4:6:11:6:4:6:12:6 chr2 207621759 . A G 1144.69 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0155411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0084;QD=57.9589;RBI=0.017949;REFB=-0.124669;REVB=0.00897998;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104021;STB=0.510867;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00365808;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:45:32:0:1:45:32:0:2 chr2 207631461 . G A 303.41 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00727651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.292;QD=10.4624;RBI=0.012746;REFB=-0.018394;REVB=-0.0104648;RO=77;SAF=18;SAR=21;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808505;STB=0.504671;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0313712;OID=.;OPOS=207631461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:77:39:39:0.336207:21:18:35:42:21:18:35:42 chr2 207653653 . G A 433.5 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0173348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.537;QD=20.6428;RBI=0.0178786;REFB=-0.0277976;REVB=-0.0043759;RO=39;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376726;STB=0.534292;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0250235;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:39:41:43:43:0.511905:25:18:18:21:25:18:20:21 chr2 207820276 . G A 342.67 PASS AF=0.435294;AO=34;DP=82;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0227684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.144;QD=16.1256;RBI=0.0231004;REFB=0.00916803;REVB=-0.00390271;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461373;STB=0.557864;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.012411;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:47:48:34:37:0.435294:21:13:16:31:21:16:16:32 chr2 207824384 . T G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0116385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.245;QD=12.4666;RBI=0.0173013;REFB=0.00243466;REVB=0.0128016;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278643;STB=0.524204;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0105312;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:33:20:20:0.377358:6:14:21:10:6:14:22:11 chr2 207825656 . A T 242.46 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0580933;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.266;QD=12.4339;RBI=0.0616796;REFB=-0.00680895;REVB=-0.0207254;RO=50;SAF=23;SAR=6;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261815;STB=0.643787;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0136461;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:50:49:29:29:0.371795:6:23:30:20:6:23:30:19 chr2 207833983 . A G 688.7 PASS AF=0.413043;AO=76;DP=185;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.000216137;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7848;QD=14.9717;RBI=0.00178961;REFB=-0.0145777;REVB=-0.00177651;RO=105;SAF=37;SAR=39;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481756;STB=0.524007;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0178008;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:105:108:76:76:0.413043:39:37:56:49:39:37:57:51 chr2 207945785 . A G 87.33 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0102667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5426;QD=9.70296;RBI=0.110888;REFB=-0.0494591;REVB=-0.110412;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0809097;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:35:36:21:24:13:12:0.333333:5:8:14:7:4:8:16:8 chr2 207988613 . C T 1527.69 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0208037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.5111;QD=56.5809;RBI=0.0211698;REFB=-0.0353339;REVB=0.00391987;RO=2;SAF=70;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263416;STB=0.520544;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000185425;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:2:3:105:105:0.972222:35:70:0:2:35:70:0:3 chr2 207998800 . C T 253.64 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00111326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7745;QD=21.1365;RBI=0.0122705;REFB=-0.00493855;REVB=0.0122199;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978352;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00636697;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:24:23:24:0.5:11:12:9:13:11:13:11:13 chr2 208477852 . G A 1489.93 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000773426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.575;QD=63.4015;RBI=0.0157545;REFB=0;REVB=0.0157355;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36539e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr2 208477956 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000636347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.67;QD=62.4654;RBI=0.0244284;REFB=0;REVB=0.0244201;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70305e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr2 208938866 . GC CA,TC 734.45 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,44;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230944,0.0242019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=124.104,171.528;QD=62.5063;RBI=0.0275854,0.0591299;REFB=0,0;REVB=0.0150865,0.0539501;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.152283,-0.00171503;OID=.,.;OPOS=208938866,208938866;OREF=GC,G;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:2,44:1,46:0.0212766,0.978723:2,22:0,22:0:0:1,23:0,23:0:0 chr2 208986637 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.493;QD=59.8394;RBI=0.05777;REFB=0;REVB=0.0358014;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220656;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr2 208989037 . A G 1377.16 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.854;QD=62.5982;RBI=0.0656152;REFB=0;REVB=-0.022078;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025971;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr2 209007559 . T G 1230.83 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661021;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.375;QD=61.5413;RBI=0.0704166;REFB=0;REVB=-0.0242696;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549658;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:55:25:0:0:55:25:0:0 chr2 209010558 . A G 357.28 PASS AF=0.636364;AO=32;DP=52;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00791914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.856;QD=25.9842;RBI=0.0229316;REFB=-0.023665;REVB=0.0215209;RO=17;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933139;STB=0.513;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0135528;OID=.;OPOS=209010558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:17:20:32:35:0.636364:16:16:11:6:17:18:11:9 chr2 209030050 . T A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00679005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6797;QD=17.7314;RBI=0.0465728;REFB=-0.00953788;REVB=0.0460752;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0208334;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:6:11:9:9:6:11:9:10 chr2 209033138 . C T 548.52 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0797029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.157;QD=19.0791;RBI=0.0892997;REFB=-0.0282034;REVB=-0.0402728;RO=58;SAF=34;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13203;STB=0.584747;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.028841;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:56:57:0.495652:22:34:27:31:22:35:26:32 chr2 209033173 . A G 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0398386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.646;QD=16.9852;RBI=0.0399054;REFB=-0.0202238;REVB=-0.00230772;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110157;STB=0.561763;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.022558;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:19:24:16:20:19:24 chr2 209036712 . T C 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00353193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.895;QD=7.23157;RBI=0.00363497;REFB=-0.002819;REVB=0.000859355;RO=46;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191428;STB=0.621681;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00716624;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:47:17:17:0.265625:9:8:29:17:9:8:30:17 chr2 209036778 . A G 923.09 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.505;QD=56.8053;RBI=0.0765948;REFB=-0.0781428;REVB=0.0677459;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00452908;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:1:0:29:35:1:0 chr2 209184980 . G A,T 674.79 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=39,2;DP=41;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215423,-0.00818546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.904,129.14;QD=61.3441;RBI=0.0265815,0.00990223;REFB=0,0;REVB=0.026494,0.00557246;RO=0;SAF=27,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00156948,0.0332811;OID=.,.;OPOS=209184980,209184980;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:44:0:0:39,2:43,1:0.977273,0.0227273:12,0:27,2:0:0:15,0:28,1:0:0 chr2 209184999 . C T 696.77 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9108;QD=61.9346;RBI=0.0868989;REFB=0;REVB=-0.00364246;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100386;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:15:28:0:0:17:28:0:0 chr2 209190330 . T C 1077.73 PASS AF=0.833333;AO=79;DP=96;FAO=80;FDP=96;FR=.;FRO=16;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0852869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8448;QD=44.9054;RBI=0.0853718;REFB=-0.118012;REVB=0.00380679;RO=16;SAF=44;SAR=35;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380995;STB=0.521047;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0604431;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:96:96:16:16:79:80:0.833333:35:44:7:9:35:45:7:9 chr2 209190519 . A T 772.55 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00135698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.558;QD=61.8037;RBI=0.0205417;REFB=-0.0101195;REVB=0.0204969;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=3.26669e-05;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:1:0:23:26:1:0 chr2 209190528 . C G 683.99 PASS AF=0.980769;AO=47;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153495;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8349;QD=52.6142;RBI=0.0154712;REFB=-0.0693351;REVB=0.00193683;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00367586;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:0:1:47:51:0.980769:23:24:0:0:25:26:1:0 chr2 209191082 . C A 357.77 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1048;QD=55.0417;RBI=0.0203064;REFB=0;REVB=-0.0192854;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307207;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr2 209191099 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1246;QD=51.9133;RBI=0.0978492;REFB=0;REVB=0.0852452;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382322;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr2 209209827 . G A 603.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.389;QD=60.3544;RBI=0.0395713;REFB=0;REVB=0.0152741;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585894;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:17:23:0:0 chr2 209212707 . G A 1599.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061775;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2665;QD=59.8088;RBI=0.00617886;REFB=0;REVB=-0.000129721;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744678;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:39:67:0:0:40:67:0:0 chr2 209214770 . A G 793.42 PASS AF=0.907692;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0124657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.025;QD=48.8256;RBI=0.0635981;REFB=-0.0438811;REVB=0.0623644;RO=2;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362473;STB=0.510071;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00342422;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:65:2:6:58:59:0.907692:25:33:0:2:26:33:4:2 chr2 209215586 . A G 1397.41 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0376648;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1791;QD=59.4642;RBI=0.0448093;REFB=-0.0549586;REVB=0.0242741;RO=3;SAF=48;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844454;STB=0.504457;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0113883;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:94:3:3:91:91:0.968085:43:48:2:1:43:48:2:1 chr2 209220157 . G T 2178.39 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.944;QD=63.1418;RBI=0.0200816;REFB=0;REVB=-0.00135982;RO=0;SAF=53;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7296e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:85:53:0:0:85:53:0:0 chr2 209220238 . G C 2303.3 PASS AF=0.987097;AO=145;DP=148;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.114333;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3865;QD=59.4399;RBI=0.133486;REFB=-0.0859645;REVB=0.0688941;RO=2;SAF=44;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599917;STB=0.502916;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00186074;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:155:2:2:145:153:0.987097:101:44:1:1:106:47:1:1 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 1024.06 PASS AF=0.90411,0.0958904;AO=62,7;DP=72;FAO=66,7;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22,6;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137098,0.0388153;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.0378,8.17769;QD=56.1127;RBI=0.0232488,0.0426126;REFB=0,0;REVB=-0.0187762,-0.0175844;RO=0;SAF=20,6;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00538108,0.0436548;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90411,0.0958904:62,7:72:66,7:73:0:22,6:44,1:0:0:21:0:20,6:42,1:0:0 chr2 209358027 . C T 1534.0 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.092;QD=62.6124;RBI=0.0434235;REFB=-0.0505409;REVB=0.00302929;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886434;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000739398;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:53:43:0:1:53:44:0:1 chr2 210586685 . T C 2106.21 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.159;QD=62.4061;RBI=0.0389199;REFB=0;REVB=0.013495;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56693e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:132:135:1:66:66:0:0:67:68:0:0 chr2 210685100 . G A 357.23 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00900227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9314;QD=12.7582;RBI=0.0162071;REFB=-0.0173453;REVB=0.0134769;RO=68;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281666;STB=0.654683;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0249139;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:69:43:43:0.383929:17:26:23:45:17:26:24:45 chr2 210843383 . G A 584.09 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00220378;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.735;QD=27.8137;RBI=0.00220378;REFB=-0.0115444;REVB=7.26053e-07;RO=32;SAF=17;SAR=35;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376343;STB=0.520505;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00862652;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:32:32:52:52:0.619048:35:17:12:20:35:17:12:20 chr2 210887687 . T A 34.11 PASS AF=0.0909091;AO=5;DP=67;FAO=6;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0148278;FXX=0.0149231;HRUN=8;LEN=1;MLLD=31.6786;QD=2.06736;RBI=0.0181386;REFB=-0.0388137;REVB=0.0104473;RO=36;SAF=1;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30378;STB=0.528638;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.123176;OID=.;OPOS=210887687;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:67:66:36:58:5:6:0.0909091:4:1:16:20:4:2:21:37 chr2 211098113 . C T 1565.72 PASS AF=1;AO=84;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229103;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.764;QD=59.0838;RBI=0.0878233;REFB=0;REVB=-0.0847823;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70712e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:84:106:1:35:49:0:0:45:61:0:0 chr2 211296239 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0310612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.065;QD=11.2612;RBI=0.0565139;REFB=-0.00575287;REVB=-0.0472125;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11177;STB=0.566284;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00961955;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:13:17:7:8:13:17 chr2 211421452 . A ATCT,T 312.6 PASS AF=0.345794,0.0373832;AO=33,4;DP=108;FAO=37,4;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=27,1;FSAR=10,3;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00209018,0.00290497;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=245.1,109.434;QD=11.6861;RBI=0.0140983,0.03789;REFB=-0.00248805,-0.00129755;REVB=-0.0139425,0.0377785;RO=66;SAF=24,1;SAR=9,3;SRF=31;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.309829,-0.212819;STB=0.67678,0.7153;STBP=0.011,0.435;TYPE=ins,snp;VARB=0.00501917,0.025598;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:66:66:33,4:37,4:0.345794,0.0373832:9,3:24,1:31:35:10,3:27,1:31:35 chr2 211456637 . A G 3696.33 PASS AF=0.987448;AO=236;DP=239;FAO=236;FDP=239;FR=.;FRO=3;FSAF=128;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0180996;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4846;QD=61.8632;RBI=0.0211575;REFB=-0.131625;REVB=-0.0109566;RO=3;SAF=128;SAR=108;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503407;STB=0.502641;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00218374;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:239:239:3:3:236:236:0.987448:108:128:1:2:108:128:1:2 chr2 211456639 . C T 3646.15 PASS AF=0.983193;AO=233;DP=238;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0179481;FXX=0.00418393;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.279;QD=61.2798;RBI=0.0256574;REFB=-0.039826;REVB=-0.0183348;RO=3;SAF=126;SAR=107;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112097;STB=0.503578;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000209809;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:238:238:3:4:233:234:0.983193:107:126:3:0:108:126:3:1 chr2 211481257 . C G 785.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7952;QD=64.127;RBI=0.0651753;REFB=0;REVB=0.0531728;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130367;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:26:21:0:0:28:21:0:0 chr2 211540507 . C A 575.22 PASS AF=0.595506;AO=45;DP=81;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.040104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4371;QD=25.8525;RBI=0.0773621;REFB=-0.0491126;REVB=0.0661556;RO=36;SAF=11;SAR=34;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193589;STB=0.557556;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0183445;OID=.;OPOS=211540507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:89:36:36:45:53:0.595506:34:11:16:20:35:18:17:19 chr2 212251864 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00804355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.748;QD=25.4656;RBI=0.0161347;REFB=-0.0926159;REVB=0.0139867;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.615147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0167555;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:3:0:4:5:3:0 chr2 213864650 . C T 576.45 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0252476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0813;QD=26.8117;RBI=0.0450707;REFB=-0.0280019;REVB=-0.0373353;RO=34;SAF=32;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128917;STB=0.570356;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0125869;OID=.;OPOS=213864650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:20:32:15:19:20:32:15:19 chr2 213864908 . T TA,TAA 469.33 PASS AF=1,0;AO=62,18;DP=113;FAO=97,0;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.265832,-0.133428;FXX=0.0490148;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.28529,7.85816;QD=19.3537;RBI=0.266326,0.133687;REFB=0.0713892,0.111566;REVB=0.0162062,0.00832231;RO=24;SAF=27,12;SAR=35,6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0771266,0.0896612;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00295994,-0.139032;OID=.,.;OPOS=213864909,213864909;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:62,18:113:97,0:97:0:47,0:50,0:0:0:7:24:27,12:35,6:14:10 chr2 213866714 . G A 1401.25 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210475;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.461;QD=60.9237;RBI=0.0212994;REFB=-0.12207;REVB=0.0032662;RO=2;SAF=40;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231645;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000454876;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:2:1:90:91:0.98913:50:40:1:1:50:41:0:1 chr2 213886454 . A T 1500.51 PASS AF=0.929825;AO=107;DP=115;FAO=106;FDP=114;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00777951;FXX=0.0086949;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.42;QD=52.6496;RBI=0.0303406;REFB=-0.156692;REVB=0.0293263;RO=6;SAF=56;SAR=51;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358983;STB=0.527616;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000925263;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:115:114:6:8:107:106:0.929825:51:56:1:5:51:55:1:7 chr2 214012405 . AA AC,CA 1198.77 PASS AF=0.413043,0.543478;AO=10,42;DP=89;FAO=38,50;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=31,17;FSAR=7,33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0170156,0.0133268;FXX=0.0107515;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=145.02,103.304;QD=52.1202;RBI=0.0316051,0.0431415;REFB=-0.0107906,0.00914493;REVB=0.0266336,0.0410316;RO=1;SAF=10,14;SAR=0,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0323448;STB=0.547033,0.513088;STBP=0.153,0.572;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00241145,0.00860028;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:89:92:1:4:10,42:38,50:0.413043,0.543478:0,28:10,14:1:0:7,33:31,17:2:2 chr2 214637044 . A G 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0340511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.46;QD=23.3999;RBI=0.0363126;REFB=-0.00496141;REVB=-0.0126148;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379258;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00107043;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:2:1:7:1:2:1 chr2 214727221 . A C 244.02 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=117;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00614698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7013;QD=8.27169;RBI=0.0456748;REFB=-0.00661397;REVB=-0.0452592;RO=75;SAF=24;SAR=10;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202125;STB=0.646162;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0180034;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:75:84:34:34:0.288136:10:24:41:34:10:24:43:41 chr2 214794743 . A C 741.69 PASS AF=0.635514;AO=68;DP=107;FAO=68;FDP=107;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0165216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.858;QD=27.7266;RBI=0.0179585;REFB=-0.0158012;REVB=-0.00703878;RO=39;SAF=44;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956993;STB=0.55191;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00787587;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:39:39:68:68:0.635514:24:44:20:19:24:44:20:19 chr2 215102929 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.567;QD=59.4356;RBI=0.0181293;REFB=0;REVB=0.00809899;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92267e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 215632256 . A G 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7989;QD=60.2541;RBI=0.0162873;REFB=0;REVB=-0.0153967;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80364e-05;OID=.;OPOS=215632256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr2 215645545 . C G 287.16 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0138586;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8653;QD=18.2324;RBI=0.018941;REFB=0.0249317;REVB=-0.0129112;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.622973;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0373271;OID=.;OPOS=215645545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:32:31:31:0.492063:20:11:19:14:20:11:19:13 chr2 215796568 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0135651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.364;QD=17.4545;RBI=0.0224041;REFB=-0.0128908;REVB=0.0178307;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191183;STB=0.617195;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0103427;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:18:9:15:13:18:9:16:13 chr2 215798886 . G A 330.34 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00266242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.673;QD=20.0205;RBI=0.0315406;REFB=-0.00711241;REVB=-0.031428;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900059;STB=0.540349;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00365212;OID=.;OPOS=215798886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:13:21:16:15:14:21:16:15 chr2 215865575 . T C 363.99 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.024891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4019;QD=13.481;RBI=0.0465492;REFB=-0.000821417;REVB=0.0393353;RO=65;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823316;STB=0.502369;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00129637;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:65:65:42:43:0.398148:21:21:32:33:22:21:32:33 chr2 215876166 . A T 698.66 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.531;QD=54.7971;RBI=0.0317087;REFB=0.200922;REVB=-0.0257172;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00459434;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:24:25:0:1:25:25:0:1 chr2 215901774 . C T 439.12 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0173559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3779;QD=22.8112;RBI=0.0297;REFB=-0.0179946;REVB=0.0241011;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662089;STB=0.533883;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0129461;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:34:42:43:0.558442:22:20:13:20:22:21:14:20 chr2 215940242 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00333082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.761;QD=13.7841;RBI=0.017742;REFB=-0.0157348;REVB=-0.0174266;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.62547;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0213261;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:13:20:9:14:13:20 chr2 216190020 . C G 324.62 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0100668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.572;QD=14.5898;RBI=0.0165641;REFB=-0.025038;REVB=-0.0131541;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273054;STB=0.527623;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0289108;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:53:36:36:0.404494:16:20:27:24:16:20:27:26 chr2 216211571 . T A 321.11 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00960458;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.984;QD=19.1708;RBI=0.0122987;REFB=-0.0253289;REVB=-0.00768187;RO=33;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544812;STB=0.536607;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.026907;OID=.;OPOS=216211571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:15:18:16:17:15:19:16:17 chr2 216212339 . T C 359.42 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0318749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6556;QD=14.9758;RBI=0.0338067;REFB=-0.0104176;REVB=-0.0112642;RO=56;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213171;STB=0.614597;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0264952;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:17:22:20:36:17:22:21:36 chr2 216229692 . A G 188.85 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0609548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.631;QD=11.6215;RBI=0.0613716;REFB=-0.0247717;REVB=-0.00714009;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164253;STB=0.523058;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0368645;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:12:11:19:22:12:12:19:22 chr2 216235089 . C T 1305.74 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261353;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.864;QD=62.178;RBI=0.0510486;REFB=0;REVB=-0.0509816;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644362;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr2 216242917 . T A 522.74 PASS AF=0.6;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0253182;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6204;QD=26.1371;RBI=0.0612174;REFB=-0.03538;REVB=0.0557365;RO=30;SAF=25;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703154;STB=0.541649;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0146796;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:32:47:48:0.6:22:25:13:17:22:26:14:18 chr2 216249587 . C T 1245.94 PASS AF=0.987952;AO=76;DP=77;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.85;QD=60.0452;RBI=0.10135;REFB=-0.190307;REVB=0.0959027;RO=0;SAF=64;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38322e-08;STB=0.514282;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000701674;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:83:0:1:76:82:0.987952:12:64:0:0:17:65:0:1 chr2 216272900 . T G 721.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.832;QD=56.5606;RBI=0.0410435;REFB=0;REVB=0.0405119;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00696e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:20:28:0:0:22:29:0:0 chr2 216272907 . A T 662.01 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301001;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.758;QD=52.9606;RBI=0.0434475;REFB=0;REVB=0.0313316;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211153;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:44:50:1:22:22:0:0:24:26:0:0 chr2 216272908 . G T 31.52 PASS AF=0.115385;AO=5;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0325613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.7362;QD=2.42457;RBI=0.038732;REFB=-0.00754908;REVB=-0.0209745;RO=46;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360215;STB=0.82127;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00479368;OID=.;OPOS=216272908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:52:46:46:5:6:0.115385:1:4:22:24:1:5:22:24 chr2 216300482 . T A 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00359515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9698;QD=22.7922;RBI=0.00451969;REFB=-0.0133906;REVB=0.00273907;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122383;STB=0.55551;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0162187;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:13:7:12:12:13:8 chr2 217012901 . A G 687.76 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00367547;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.2131;QD=49.1258;RBI=0.0191266;REFB=-0.0713233;REVB=0.0187701;RO=4;SAF=26;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210107;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:26:26:2:2:26:26:2:2 chr2 217148417 . C A 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00189603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.877;QD=11.0851;RBI=0.0185751;REFB=-0.015068;REVB=-0.0184781;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235158;STB=0.639788;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0314706;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:15:10:8:5:15:10 chr2 217364539 . C T 2226.95 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2979;QD=61.8598;RBI=0.0248325;REFB=0.00288911;REVB=-0.0141092;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=2.29129e-05;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:144:144:0:1:142:143:0.993056:70:72:0:0:70:73:1:0 chr2 217541582 . T C 1599.16 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751506;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.967;QD=59.7818;RBI=0.0116025;REFB=0;REVB=-0.00883981;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371957;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:107:0:0:106:107:1:52:54:0:0:52:55:0:0 chr2 218604247 . A C 718.5 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128072;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.89;QD=61.1488;RBI=0.129679;REFB=-0.00977191;REVB=0.0203521;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000801564;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:29:17:0:1:29:17:0:1 chr2 218664633 . T G 702.42 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0228967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.074;QD=19.2445;RBI=0.0261828;REFB=-0.00514471;REVB=0.0126998;RO=76;SAF=35;SAR=35;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111588;STB=0.561626;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00813822;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:76:70:70:0.479452:35:35:47:29:35:35:47:29 chr2 218674697 . C T 244.88 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0199807;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.982;QD=17.4914;RBI=0.0242664;REFB=-0.0133563;REVB=0.0137705;RO=29;SAF=4;SAR=23;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27487;STB=0.657008;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0126331;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:23:4:10:19:23:4:10:19 chr2 218682474 . A G 401.77 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=78;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.022302;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.678;QD=21.1458;RBI=0.0238265;REFB=-0.0412622;REVB=0.00838596;RO=31;SAF=21;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523077;STB=0.533583;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0295938;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:31:36:29:40:0.526316:8:21:21:10:11:29:24:12 chr2 218682620 . C T 440.04 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0682613;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9086;QD=27.5026;RBI=0.0684922;REFB=-0.0419533;REVB=-0.00561969;RO=22;SAF=25;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101886;STB=0.548565;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0141051;OID=.;OPOS=218682620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:22:23:41:41:0.640625:16:25:10:12:16:25:11:12 chr2 218682771 . A G 201.99 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00281996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.157;QD=21.2621;RBI=0.0465825;REFB=-0.00395991;REVB=-0.0464971;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248193;STB=0.653687;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00353281;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:14:6:10:7:14:6:11:7 chr2 218683257 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0155709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.486;QD=16.6272;RBI=0.0383535;REFB=-0.0213849;REVB=0.0350505;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0187441;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:8:6:5:8:8:6 chr2 218695102 . G A 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0369291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=19.9733;RBI=0.0369505;REFB=-0.00267028;REVB=-0.00125696;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249724;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr2 218706857 . T C 573.12 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0213509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.903;QD=19.4278;RBI=0.0222649;REFB=-0.021501;REVB=-0.00631355;RO=59;SAF=40;SAR=19;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14839;STB=0.582195;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0200243;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:59:59:0.5:19:40:31:28:19:40:31:28 chr2 218712306 . C T 210.58 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.00883485;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9745;QD=17.9218;RBI=0.0560884;REFB=0.0253768;REVB=-0.0553882;RO=26;SAF=20;SAR=1;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519589;STB=0.529385;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0322987;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:1:20:25:1:1:20:25:1 chr2 218712606 . G A 324.51 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0166764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.347;QD=19.6673;RBI=0.0169935;REFB=-0.03026;REVB=-0.00326771;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354757;STB=0.532768;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0278999;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:32:34:34:0.515152:15:19:18:12:15:19:20:12 chr2 218712726 . A G 273.48 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0514196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0371;QD=19.8896;RBI=0.0974986;REFB=-0.0128499;REVB=-0.0828372;RO=25;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331701;STB=0.540954;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0130499;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:28:29:0.527273:7:21:18:7:7:22:18:8 chr2 218712918 . C T 149.95 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494656;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9344;QD=46.1385;RBI=0.10304;REFB=0;REVB=0.102921;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044635;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr2 218712936 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00501385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.693;QD=14.0438;RBI=0.0369563;REFB=-0.0434552;REVB=-0.0366146;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0425332;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:4:0:3:2:4:0 chr2 218713282 . G A 236.62 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0386799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.134;QD=16.0422;RBI=0.0410519;REFB=-0.0104799;REVB=0.0137523;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195072;STB=0.61683;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0402403;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:11:15:12:20:11:16:12:20 chr2 218999932 . AC GT 357.07 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0108562;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.65;QD=13.6025;RBI=0.0215362;REFB=-0.00254021;REVB=-0.0185997;RO=61;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163754;STB=0.509532;STBP=0.892;TYPE=mnp;VARB=0.00363297;OID=.;OPOS=218999932;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:63:42:42:0.4:20:22:31:30:20:22:32:31 chr2 219000310 . C T 615.67 PASS AF=0.554545;AO=54;DP=103;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0302279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.736;QD=22.3879;RBI=0.0415882;REFB=-0.0623767;REVB=0.0285631;RO=49;SAF=34;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160152;STB=0.505062;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0488448;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:110:49:49:54:61:0.554545:20:34:30:19:23:38:30:19 chr2 219000734 . T C 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.0850547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0423;QD=14.1926;RBI=0.0851318;REFB=0.00708106;REVB=-0.00362226;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271937;STB=0.6733;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0101654;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:22:15:15:0.405405:12:3:1:18:12:3:1:21 chr2 219103509 . T A 395.24 PASS AF=0.493976;AO=39;DP=81;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00580314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.51;QD=19.0475;RBI=0.023578;REFB=-0.00893189;REVB=-0.0228527;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136896;STB=0.518993;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00947272;OID=.;OPOS=219103509;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:42:42:39:41:0.493976:18:21:22:20:18:23:22:20 chr2 219110555 . A G 245.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0484693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8424;QD=23.9615;RBI=0.0531303;REFB=0.0101694;REVB=-0.0217615;RO=18;SAF=21;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564434;STB=0.531617;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0106961;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:2:21:16:2:2:21:16:2 chr2 219110625 . G A 153.77 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.0155165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.455;QD=14.3043;RBI=0.0650549;REFB=-0.00504273;REVB=0.0631773;RO=24;SAF=14;SAR=2;SRF=24;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421371;STB=0.676152;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0069779;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:26:16:17:0.395349:2:14:24:0:3:14:25:1 chr2 219128506 . C T 3657.51 PASS AF=0.975207;AO=233;DP=243;FAO=236;FDP=242;FR=.;FRO=6;FSAF=113;FSAR=123;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000611499;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.131;QD=60.4548;RBI=0.0144177;REFB=-0.0960184;REVB=0.0144047;RO=6;SAF=111;SAR=122;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017089;STB=0.508798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000376498;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:243:242:6:6:233:236:0.975207:122:111:5:1:123:113:5:1 chr2 219140288 . G C 631.18 PASS AF=0.567568;AO=61;DP=105;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0428923;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9631;QD=22.7454;RBI=0.0510636;REFB=-0.0119818;REVB=-0.0277081;RO=44;SAF=27;SAR=34;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800471;STB=0.514507;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00791963;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:44:48:61:63:0.567568:34:27:15:29:36:27:19:29 chr2 219143229 . G A 210.07 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0055429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.448;QD=15.5609;RBI=0.104814;REFB=-0.00498131;REVB=-0.104667;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136311;STB=0.55551;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00593513;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:30:24:24:0.444444:12:12:18:10:12:12:18:12 chr2 219144089 . G A 61.76 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00842605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.666;QD=7.26598;RBI=0.0192303;REFB=-0.00816622;REVB=-0.017286;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987255;STB=0.511087;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0269526;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:23:25:9:9:0.264706:6:3:6:17:6:3:8:17 chr2 219144815 . T C 1373.58 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.865;QD=62.4356;RBI=0.0259118;REFB=0;REVB=0.0242791;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77511e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:52:34:0:0:52:36:0:0 chr2 219146803 . G A 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.373;QD=26.0229;RBI=0.0417406;REFB=0.000187599;REVB=0.0125959;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000704361;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr2 219231807 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.29;QD=58.5875;RBI=0.0177684;REFB=0;REVB=0.0169794;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51724e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:27:33:1:10:17:0:0:11:22:0:0 chr2 219254622 . A G 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.179;QD=61.375;RBI=0.0397473;REFB=0;REVB=0.0300059;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144421;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr2 219265094 . T C 519.13 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7442;QD=59.3295;RBI=0.0496074;REFB=0;REVB=-0.000308042;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087647;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr2 219267781 . C T 75.99 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0124412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4242;QD=12.1587;RBI=0.0493734;REFB=-0.00217005;REVB=-0.0477803;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168865;STB=0.523317;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00335272;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:14:15:10:10:0.4:3:7:10:4:3:7:10:5 chr2 219269391 . TGGGGGGC TCGGGGGC,TGGGGG,TGGGGGC 154.06 PASS AF=0,0,0.789474;AO=2,6,15;DP=38;FAO=0,0,30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,16;FSAR=0,0,14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0595093,-0.0830563,0.0668539;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=33.7781,12.5384,9.25425;QD=16.2173;RBI=0.0596062,0.0844034,0.259035;REFB=0.0186504,0.0561445,0.0160738;REVB=-0.00339818,0.0150193,0.250259;RO=11;SAF=2,3,9;SAR=0,3,6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.526316,0.526316;SSSB=0.585255,0.0469701,0.110469;STB=0.5,0.5,0.519422;STBP=1,1,0.648;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.103159;OID=.,.,.;OPOS=219269392,219269397,219269392;OREF=G,GC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=TCGGGGGC,TGGGGG,TGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.789474:2,6,15:38:0,0,30:38:8:0,0,16:0,0,14:5:3:27:11:2,3,9:0,3,6:5:6 chr2 219294014 . A T 222.65 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00803102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7166;QD=19.3609;RBI=0.033477;REFB=-0.0167132;REVB=-0.0324995;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092644;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0114644;OID=.;OPOS=219294014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:23:24:21:22:0.478261:8:13:12:11:8:14:12:12 chr2 219319657 . A G 851.05 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.014;QD=57.6984;RBI=0.0187978;REFB=0;REVB=-0.000713476;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58072e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:25:34:0:0 chr2 219492924 . T C 771.78 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196486;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3433;QD=57.1689;RBI=0.0428847;REFB=0;REVB=0.0381187;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126236;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr2 219508260 . C G 116.31 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00643868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4774;QD=11.6308;RBI=0.0770546;REFB=-0.00658749;REVB=-0.0767851;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20259;STB=0.619551;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0193859;OID=.;OPOS=219508260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:16:10:8:6:16:10 chr2 219508988 . T C 1013.15 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.3;QD=57.8943;RBI=0.0617457;REFB=0.00704839;REVB=0.00289682;RO=1;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974522;STB=0.505153;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=2.64784e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:1:1:67:69:0.985714:48:19:0:1:48:21:0:1 chr2 219509618 . C A 576.28 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8386;QD=56.2221;RBI=0.0631296;REFB=-0.0202554;REVB=0.0572959;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.518509;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000912617;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:37:40:0.97561:24:13:1:0:27:13:1:0 chr2 219617619 . G A 510.91 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.011558;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.929;QD=16.0918;RBI=0.0145028;REFB=-0.00663944;REVB=-0.00876038;RO=70;SAF=19;SAR=37;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806191;STB=0.541944;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0104749;OID=.;OPOS=219617619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:70:71:56:56:0.440945:37:19:29:41:37:19:29:42 chr2 219692696 . G C 331.36 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.031722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7076;QD=12.6231;RBI=0.0334466;REFB=-0.0337477;REVB=-0.0106015;RO=64;SAF=10;SAR=30;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648052;STB=0.533725;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0220129;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:30:10:19:45:30:10:19:46 chr2 219746996 . T C,TC 46.65 PASS AF=0.02,0.18;AO=2,9;DP=50;FAO=1,9;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=0,3;FSAR=1,6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0432239,-0.0327997;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=159.345,130.206;QD=3.73228;RBI=0.044674,0.0385155;REFB=-0.00736306,-0.008679;REVB=-0.0112898,-0.0201896;RO=39;SAF=1,2;SAR=1,7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0528437,-0.417427;STB=0.990887,0.675288;STBP=0.281,0.275;TYPE=snp,ins;VARB=0.114877,0.183342;OID=.,.;OPOS=219746996,219746997;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:50:50:39:40:2,9:1,9:0.02,0.18:1,7:1,2:22:17:1,6:0,3:22:18 chr2 219846749 . G A 1143.14 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00568193;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.392;QD=59.384;RBI=0.0578484;REFB=-0.0446236;REVB=0.0575687;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00146914;OID=.;OPOS=219846749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:75:76:0.987013:31:44:0:0:31:45:1:0 chr2 219874743 . C T 186.23 PASS AF=0.211268;AO=30;DP=142;FAO=30;FDP=142;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0241389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.291;QD=5.24577;RBI=0.0245036;REFB=-0.00509102;REVB=0.004212;RO=110;SAF=17;SAR=13;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118935;STB=0.580396;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0204378;OID=.;OPOS=219874743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:110:112:30:30:0.211268:13:17:52:58:13:17:52:60 chr2 219878756 . G A 315.14 PASS AF=0.448718;AO=31;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00639585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4996;QD=16.1612;RBI=0.10593;REFB=-0.00181141;REVB=0.105736;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044585;STB=0.52744;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00555364;OID=.;OPOS=219878756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:43:43:31:35:0.448718:20:11:17:26:22:13:18:25 chr2 219884263 . G A 739.51 PASS AF=0.451977;AO=76;DP=169;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0235143;FXX=0.00561766;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4806;QD=16.7121;RBI=0.0390705;REFB=-0.0394705;REVB=0.0312023;RO=92;SAF=37;SAR=39;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557807;STB=0.534681;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0465338;OID=.;OPOS=219884263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:177:92:97:76:80:0.451977:39:37:50:42:43:37:51:46 chr2 219896028 . C CG,G 91.64 PASS AF=0.239437,0.056338;AO=21,10;DP=77;FAO=17,4;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=13,2;FSAR=4,2;FSRF=40;FSRR=10;FWDB=-0.113876,-0.0727296;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=28.0345,37.5129;QD=5.16269;RBI=0.147037,0.136944;REFB=-0.0321771,-0.0255351;REVB=-0.0930168,-0.116034;RO=43;SAF=19,4;SAR=2,6;SRF=35;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.227365,-0.499859;STB=0.538028,0.776819;STBP=0.789,0.476;TYPE=ins,snp;VARB=0.153529,0.221389;OID=.,.;OPOS=219896029,219896028;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:77:71:43:50:21,10:17,4:0.239437,0.056338:2,6:19,4:35:8:4,2:13,2:40:10 chr2 219920037 . A G 792.93 PASS AF=0.482955;AO=79;DP=170;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00686399;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.666;QD=18.0211;RBI=0.0118464;REFB=-0.0218807;REVB=0.00965525;RO=90;SAF=23;SAR=56;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20721;STB=0.599743;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0184067;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:176:90:91:79:85:0.482955:56:23:44:46:59:26:44:47 chr2 219940484 . C T 1245.19 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00157729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.033;QD=57.916;RBI=0.0276129;REFB=-0.114145;REVB=-0.0275678;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675322;STB=0.503567;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00140475;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:3:3:83:83:0.965116:47:36:1:2:47:36:1:2 chr2 219967380 . T C 536.75 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0273685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2202;QD=55.051;RBI=0.0273811;REFB=-0.105245;REVB=0.000829307;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003913;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00616024;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:1:1:20:17:1:1 chr2 220037393 . A G 358.78 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.957;QD=55.1964;RBI=0.0564593;REFB=0;REVB=0.00104011;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143699;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr2 220045454 . G A 732.09 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00294471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8316;QD=18.1885;RBI=0.0185251;REFB=-0.000212873;REVB=0.0182896;RO=84;SAF=29;SAR=48;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318444;STB=0.517583;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000352241;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:84:84:77:77:0.478261:48:29:29:55:48:29:29:55 chr2 220072766 . G T 715.99 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.187264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1425;QD=59.666;RBI=0.189001;REFB=0.0321642;REVB=0.0255613;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010919;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00782541;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:29:17:1:1:29:18:0:1 chr2 220083279 . C T 1037.29 PASS AF=0.924051;AO=72;DP=80;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0266653;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.674;QD=52.5212;RBI=0.0373097;REFB=-0.0689995;REVB=0.0260956;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145499;STB=0.521056;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00620278;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:80:79:1:6:72:73:0.924051:40:32:1:0:41:32:1:5 chr2 220084902 . G A 882.6 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0345937;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.255;QD=54.3136;RBI=0.041232;REFB=0.0733438;REVB=0.0224355;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000214825;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:62:63:0.969231:33:29:0:1:33:30:1:1 chr2 220085845 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3708;QD=50.41;RBI=0.0393674;REFB=0;REVB=-0.036141;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607436;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr2 220100787 . C T 171.19 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0400807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.274;QD=12.45;RBI=0.046176;REFB=-0.0102683;REVB=0.0229296;RO=34;SAF=5;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364487;STB=0.712217;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0147054;OID=.;OPOS=220100787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:16:5:19:15:16:5:19:15 chr2 220113242 . T G 4620.24 PASS AF=1;AO=298;DP=306;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000919745;FXX=0.0261429;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.666;QD=62.0167;RBI=0.0226708;REFB=-0.0800368;REVB=0.0226521;RO=0;SAF=153;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84143e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:306:298:0:0:298:298:1:145:153:0:0:145:153:0:0 chr2 220116338 . A G 339.73 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0233199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.351;QD=15.4422;RBI=0.0233909;REFB=-0.0224501;REVB=0.00182121;RO=51;SAF=24;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128039;STB=0.572494;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0237183;OID=.;OPOS=220116338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:13:24:27:24:13:24:27:24 chr2 220118531 . G C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2455;QD=55.5195;RBI=0.110827;REFB=-0.0326618;REVB=0.00400446;RO=1;SAF=27;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169738;STB=0.509085;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00138968;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:31:33:0.970588:4:27:1:0:6:27:1:0 chr2 220136155 . T C 1477.19 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00329763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.555;QD=62.1974;RBI=0.00974238;REFB=-0.0285525;REVB=0.00916732;RO=1;SAF=59;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796875;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000337897;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:34:59:1:0:35:59:1:0 chr2 220136351 . G A 893.69 PASS AF=0.640625;AO=69;DP=116;FAO=82;FDP=128;FR=.;FRO=46;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0472791;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.082;QD=27.9278;RBI=0.0529844;REFB=-0.073088;REVB=-0.0239173;RO=46;SAF=35;SAR=34;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123059;STB=0.529255;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0415327;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:128:46:46:69:82:0.640625:34:35:31:15:35:47:30:16 chr2 220136371 . T C 1953.64 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521429;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.843;QD=62.0203;RBI=0.054127;REFB=0;REVB=0.0145209;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001059;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:49:77:0:0:49:77:0:0 chr2 220166378 . G T 285.44 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0891153;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3806;QD=20.3883;RBI=0.0896105;REFB=-0.00315302;REVB=0.00940818;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10397;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00472709;OID=.;OPOS=220166378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:13:17:11:14:13:17:11:15 chr2 220250147 . A G 661.97 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.053;QD=61.5788;RBI=0.0243019;REFB=0;REVB=-0.0220516;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55312e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr2 220283259 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0957561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.74;QD=49.593;RBI=0.100146;REFB=0;REVB=-0.0293253;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230178;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr2 220283277 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.98;QD=52.613;RBI=0.0568645;REFB=0;REVB=0.0546997;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689367;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 220315970 . G A 922.39 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465767;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.604;QD=58.5641;RBI=0.048913;REFB=0;REVB=0.0149364;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116338;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:44:18:0:0:44:19:0:0 chr2 220330804 . T C 317.01 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.918;QD=52.8354;RBI=0.0758856;REFB=0;REVB=0.0165257;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332093;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:20:3:0:0:20:4:0:0 chr2 220333950 . T C 1351.42 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.858;QD=62.1345;RBI=0.0298043;REFB=0;REVB=0.018428;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9523e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:48:36:0:0:50:37:0:0 chr2 220353532 . C A 223.9 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0729434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.753;QD=19.0555;RBI=0.0756751;REFB=0.00946922;REVB=-0.0201489;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178422;STB=0.601672;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00965212;OID=.;OPOS=220353532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:6:16:14:11:6:16:14:11 chr2 220362899 . C G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0265;QD=52.6103;RBI=0.153806;REFB=0;REVB=0.0173302;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463127;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr2 220379560 . C G 773.26 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0241363;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.749;QD=50.7053;RBI=0.0241958;REFB=-0.0400906;REVB=-0.00169613;RO=3;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463215;STB=0.532247;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00117567;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:61:3:4:57:57:0.934426:29:28:0:3:29:28:0:4 chr2 220399951 . A G 399.18 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0121014;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6501;QD=18.5665;RBI=0.0324463;REFB=0.000615239;REVB=-0.0301051;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390114;STB=0.521729;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00119311;OID=.;OPOS=220399951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:45:41:41:0.476744:19:22:26:19:19:22:26:19 chr2 220402665 . C A 135.96 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0136206;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.497;QD=16.4793;RBI=0.0278466;REFB=0.00200191;REVB=0.0242881;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119124;OID=.;OPOS=220402665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:11:6:5:10:12:6 chr2 220402671 . G T 127.57 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00235416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.688;QD=15.9459;RBI=0.0216542;REFB=-0.0129363;REVB=-0.0215259;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297627;STB=0.610008;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0132963;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:2:12:11:6:3:12:11:6 chr2 220402680 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0319435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0279;QD=16.2717;RBI=0.0506693;REFB=-0.0563663;REVB=-0.0393318;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189379;STB=0.599854;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0150569;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:3:12:11:6:3:12:12:6 chr2 220404381 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.772;QD=57.6796;RBI=0.0443763;REFB=0;REVB=-0.00571763;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021801;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr2 220404648 . C T 523.06 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0238731;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1391;QD=18.5153;RBI=0.0256813;REFB=-0.00975457;REVB=-0.00946591;RO=55;SAF=37;SAR=18;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547507;STB=0.539267;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0140705;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:55:58:55:55:0.486726:18:37:34:21:18:37:35:23 chr2 220404726 . G A 365.79 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00632265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.533;QD=21.5169;RBI=0.023555;REFB=-0.0296124;REVB=0.0226906;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134204;STB=0.557463;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0242564;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:31:37:37:0.544118:18:19:10:19:18:19:12:19 chr2 220405230 . G A 523.46 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0203951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.723;QD=18.695;RBI=0.0219683;REFB=-0.00916186;REVB=0.00816354;RO=57;SAF=27;SAR=28;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164192;STB=0.509088;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00904882;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:28:27:29:28:28:27:29:28 chr2 220405321 . T C 1768.11 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.031;QD=60.4484;RBI=0.0307046;REFB=0;REVB=-0.0174511;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04445e-07;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:115:117:1:52:63:0:0:53:64:0:0 chr2 220406721 . CT CC,TG 266.64 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224815,-0.0371613;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=100.843,90.9682;QD=50.789;RBI=0.0334245,0.0471558;REFB=0,0;REVB=-0.0247341,-0.0290295;RO=0;SAF=8,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00102466,-0.0235857;OID=.,.;OPOS=220406722,220406721;OREF=T,CT;OALT=C,TG;OMAPALT=CC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:11,2:8,0:0:0:11,2:8,0:0:0 chr2 220412256 . T C 594.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4293;QD=60.9434;RBI=0.0877473;REFB=0;REVB=0.0402996;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569107;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr2 220414016 . C T 340.31 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00618051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.582;QD=48.6162;RBI=0.0248141;REFB=-0.123434;REVB=0.0240321;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.526295;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00173067;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:26:26:0.928571:20:6:0:0:20:6:1:1 chr2 220414019 . T C 100.88 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0385534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1756;QD=14.9458;RBI=0.0508541;REFB=-0.0991848;REVB=0.0331629;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103812;STB=0.559354;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0593055;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:3:11:9:4:3:11 chr2 220414849 . AT A 40.58 PASS AF=0.14;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.10274;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.333;QD=3.24654;RBI=0.10935;REFB=-0.0279063;REVB=-0.037442;RO=45;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457178;STB=0.824001;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.217478;OID=.;OPOS=220414850;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:7:61:7:50:43:6:1:22:21:40:45:6:1:22:23 chr2 220415595 . GGA G 49.35 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=26;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0208475;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=247.38;QD=7.0497;RBI=0.0251996;REFB=-0.0141389;REVB=0.0141563;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597519;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=0.0321236;OID=.;OPOS=220415596;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:7:26:9:28:19:3:6:12:7:49:7:1:6:6:1 chr2 220417266 . C T 129.9 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0842266;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1848;QD=20.7833;RBI=0.105466;REFB=0.0219438;REVB=0.0634742;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0126008;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:6:8:5:6:6:8:5:6 chr2 220419236 . T C 1845.63 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.282;QD=61.0126;RBI=0.0558453;REFB=0;REVB=0.0523243;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150555;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:52:68:0:0:53:68:0:0 chr2 220419339 . T C 2325.43 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.514;QD=60.0111;RBI=0.0289914;REFB=0.00771239;REVB=-0.0234021;RO=0;SAF=65;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-6.4939e-06;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:0:1:152:154:0.993548:87:65:0:0:89:65:0:1 chr2 220420956 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.152;QD=53.9087;RBI=0.0233055;REFB=0;REVB=0.0160709;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21038e-06;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 220421417 . C G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.57;QD=57.102;RBI=0.0141538;REFB=0;REVB=0.0027502;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86238e-05;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr2 220422774 . A G 1153.67 PASS AF=0.553922;AO=92;DP=183;FAO=113;FDP=204;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0152716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.444;QD=22.6209;RBI=0.026687;REFB=-0.0235631;REVB=0.0218855;RO=82;SAF=54;SAR=38;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122071;STB=0.50173;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0178544;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:204:82:91:92:113:0.553922:38:54:47:35:48:65:52:39 chr2 220430203 . C T 341.8 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00937252;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8359;QD=15.715;RBI=0.091376;REFB=-0.00535416;REVB=0.090894;RO=51;SAF=29;SAR=8;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157726;STB=0.579954;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00483198;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:50:37:37:0.425287:8:29:34:17:8:29:34:16 chr2 220435034 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0147947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.139;QD=22.724;RBI=0.0182394;REFB=-0.000941067;REVB=0.0106674;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.541136;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000620923;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:5:11:12:8:5:11 chr2 220435375 . G A 38.4 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0480585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.469;QD=10.2398;RBI=0.132811;REFB=-0.0339678;REVB=0.123811;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0930561;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:1:4:6:3:2:4:6:3 chr2 220462640 . G T 1414.42 PASS AF=0.94898;AO=93;DP=98;FAO=93;FDP=98;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00444353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.539;QD=57.7314;RBI=0.0242157;REFB=-0.0501097;REVB=0.0238046;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193425;STB=0.504284;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00118632;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:98:98:2:5:93:93:0.94898:45:48:2:0:45:48:3:2 chr2 220466199 . G T 1114.9 PASS AF=1;AO=60;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630637;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.623;QD=60.2649;RBI=0.0636324;REFB=0;REVB=-0.00848828;RO=2;SAF=43;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378112;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:2:0:60:74:1:17:43:2:0:18:56:0:0 chr2 220466200 . C T 69.97 PASS AF=0.171053;AO=12;DP=75;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=-0.00772629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5113;QD=3.68245;RBI=0.0482632;REFB=-0.0425643;REVB=-0.0476407;RO=63;SAF=11;SAR=1;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397793;STB=0.662362;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0242589;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:75:76:63:63:12:13:0.171053:1:11:45:18:2:11:45:18 chr2 220471116 . C A,G 713.55 PASS AF=0.0377358,0.943396;AO=2,50;DP=53;FAO=2,50;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279264,0.0267448;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=166.647,206.655;QD=53.853;RBI=0.0280689,0.0267501;REFB=-0.235946,-0.063407;REVB=0.00282492,-0.000535799;RO=0;SAF=0,21;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.20481e-08;STB=0.5,0.508471;STBP=1,0.526;TYPE=snp,snp;VARB=0.0344911,-0.00150543;OID=.,.;OPOS=220471116,220471116;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:1:2,50:2,50:0.0377358,0.943396:2,29:0,21:0:0:2,29:0,21:0:1 chr2 220473355 . G A 327.93 PASS AF=0.423529;AO=37;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0399809;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.348;QD=15.4319;RBI=0.0443611;REFB=-0.022203;REVB=-0.0192207;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334675;STB=0.505879;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0624551;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:49:37:36:0.423529:19:18:24:25:18:18:24:25 chr2 220476443 . C T 1058.48 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069413;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.685;QD=60.4846;RBI=0.0730422;REFB=0;REVB=0.0227376;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182358;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:70:0:0:61:70:1:37:24:0:0:37:33:0:0 chr2 220479312 . T C 761.89 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.439;QD=63.4905;RBI=0.0343921;REFB=0;REVB=0.0301911;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389004;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:21:19:0:0:28:20:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 446.02 PASS AF=1,0;AO=9,19;DP=29;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950165,-0.0187526;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.891,246.257;QD=57.5515;RBI=0.0129843,0.0200101;REFB=0,0;REVB=0.00884928,0.00698151;RO=0;SAF=5,16;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000382628,-0.000377357;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,19:29:31,0:31:0:21,0:10,0:0:0:4:0:5,16:4,3:0:0 chr2 220500423 . A G 2030.46 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014315;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9251;QD=62.4757;RBI=0.014964;REFB=0;REVB=0.00435924;RO=1;SAF=83;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31211e-05;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:1:0:130:130:1:47:83:1:0:46:84:0:0 chr2 220500426 . A G 1995.15 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384451;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.892;QD=62.3484;RBI=0.0596376;REFB=0;REVB=-0.0595136;RO=0;SAF=82;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67392e-05;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:125:128:1:43:82:0:0:44:84:0:0 chr2 220502367 . A C 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207146;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.359;QD=63.8845;RBI=0.0217133;REFB=0;REVB=0.00650926;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06355e-05;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr2 220505265 . T C,G 1103.64 PASS AF=0.960526,0.0263158;AO=72,3;DP=76;FAO=73,2;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34,2;FSAR=39,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275545,0.0172109;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=211.003,161.901;QD=58.0863;RBI=0.0316356,0.0200275;REFB=-0.0379254,-0.037211;REVB=0.0155421,0.0102414;RO=1;SAF=34,2;SAR=38,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0137071,-0.163246;STB=0.507244,0.5;STBP=0.32,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00074264,0.0031141;OID=.,.;OPOS=220505265,220505265;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:76:76:1:1:72,3:73,2:0.960526,0.0263158:38,1:34,2:1:0:39,0:34,2:1:0 chr2 220771223 . C T 682.36 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.000486313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.091;QD=19.9229;RBI=0.00710831;REFB=-0.00209461;REVB=0.00709165;RO=68;SAF=36;SAR=32;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807996;STB=0.547647;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000988405;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:69:68:68:0.49635:32:36:42:26:32:36:43:26 chr2 220771290 . G A 687.91 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00724645;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.095;QD=18.5922;RBI=0.00725949;REFB=-0.00468116;REVB=-0.000434892;RO=75;SAF=32;SAR=37;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102864;STB=0.549634;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00588829;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:75:79:69:69:0.466216:37:32:43:32:37:32:44:35 chr2 223161889 . A G 843.06 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00702774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0971;QD=55.2825;RBI=0.0266474;REFB=0.0288895;REVB=-0.025704;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0070931;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:61:1:1:59:60:0.983607:33:26:0:1:33:27:0:1 chr2 223169150 . G T 196.22 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0129789;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.236;QD=12.4586;RBI=0.0286738;REFB=-0.0208663;REVB=0.0255682;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689037;STB=0.53965;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0154986;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:17:22:12:12:17:22 chr2 223423362 . A G 1050.5 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0700826;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.222;QD=56.7839;RBI=0.0846558;REFB=-0.000340298;REVB=0.0474872;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255447;STB=0.51351;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000426454;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:71:72:0.972973:35:36:2:0:36:36:2:0 chr2 223436607 . C T 994.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363858;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8174;QD=59.3521;RBI=0.00384808;REFB=0;REVB=-0.00125237;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301957;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 223785740 . A G,T 778.14 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=53,2;DP=55;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113914,-0.0862672;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.903,74.2282;QD=56.5923;RBI=0.0229305,0.0863654;REFB=0,0;REVB=0.0199009,0.0041189;RO=0;SAF=22,1;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.76368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000314735,0.108769;OID=.,.;OPOS=223785740,223785740;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:0:53,2:54,1:0.981818,0.0181818:31,1:22,1:0:0:31,1:23,0:0:0 chr2 223807380 . C A 2197.26 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00195649;FXX=0.0277759;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.996;QD=62.7788;RBI=0.00204237;REFB=-0.0671719;REVB=-0.000586021;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.503875;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=2.98783e-05;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:140:0:1:139:139:0.992857:64:75:0:0:64:75:0:1 chr2 223917629 . C T 409.65 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0193615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9506;QD=34.1377;RBI=0.0410009;REFB=-0.00907823;REVB=0.0361415;RO=15;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700129;STB=0.503814;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00364181;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:15:18:8:7:15:18:8:7 chr2 223917812 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.696;QD=59.8317;RBI=0.0426983;REFB=0;REVB=0.0267383;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41216e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr2 223917983 . T G 279.27 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0179542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.86;QD=21.9035;RBI=0.0320816;REFB=-0.0249688;REVB=-0.0265872;RO=22;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377415;STB=0.513504;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0177551;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:9:19:14:8:9:19:15:8 chr2 223918078 . GCC GC,GCG 387.38 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,25;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872957,0.0885154;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.6719,48.3806;QD=55.3396;RBI=0.0888421,0.114716;REFB=0,0;REVB=0.0884122,0.0729712;RO=0;SAF=3,19;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.131646,0.00905227;OID=.,.;OPOS=223918079,223918080;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:3,25:28:1,27:28:0:1,21:0,6:0:0:5:0:3,19:0,6:0:0 chr2 223918363 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.4049;QD=57.6792;RBI=0.0588839;REFB=0;REVB=0.0323992;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462286;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr2 224620181 . G T 330.59 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.21;QD=50.8599;RBI=0.0258285;REFB=-0.105611;REVB=-0.0167411;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000552108;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:17:8:0:0:17:8:0:1 chr2 224866387 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.743;QD=53.911;RBI=0.0694241;REFB=0;REVB=0.0585372;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963506;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 224866576 . C A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.793;QD=62.7621;RBI=0.0577281;REFB=0;REVB=0.0179025;RO=0;SAF=25;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90544e-05;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:64:25:0:0:64:25:0:0 chr2 225244888 . A G 379.41 PASS AF=0.688889;AO=30;DP=44;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0267402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.962;QD=33.7255;RBI=0.0267466;REFB=0.00617522;REVB=0.000583869;RO=14;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060893;STB=0.524675;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0059888;OID=.;OPOS=225244888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:14:30:31:0.688889:20:10:6:8:20:11:6:8 chr2 225244923 . A G 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0452146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6563;QD=36.0058;RBI=0.0590634;REFB=0.0462512;REVB=0.0380016;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116014;STB=0.506324;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0136529;OID=.;OPOS=225244923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:15:10:3:5:15:10:3:5 chr2 225338022 . G A 388.94 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00270401;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.411;QD=18.5209;RBI=0.0333608;REFB=-0.0323363;REVB=-0.033251;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164271;STB=0.585064;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0337689;OID=.;OPOS=225338022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:44:40:40:0.47619:18:22:16:27:18:22:17:27 chr2 225346646 . T C 177.05 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0161226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.007;QD=12.2103;RBI=0.0162695;REFB=-0.0287601;REVB=-0.00218155;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069001;STB=0.539899;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0497103;OID=.;OPOS=225346646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:9:13:19:17:9:13:19:17 chr2 225362478 . C T 195.21 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0266469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.332;QD=14.1969;RBI=0.0274124;REFB=0.0037353;REVB=0.00643273;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313292;STB=0.692146;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00261759;OID=.;OPOS=225362478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:21:23:0.418182:13:8:22:10:15:8:22:10 chr2 225630233 . C T 628.95 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0332812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5597;QD=57.1768;RBI=0.0859909;REFB=0.00523325;REVB=-0.0792893;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620919;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0025835;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:24:18:1:1:24:18:1:1 chr2 225630435 . C T 1968.11 PASS AF=0.956522;AO=129;DP=135;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00188785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.522;QD=57.0466;RBI=0.00285142;REFB=-0.115078;REVB=0.00213697;RO=6;SAF=74;SAR=55;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206487;STB=0.510373;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0016792;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:135:138:6:6:129:132:0.956522:55:74:2:4:57:75:2:4 chr2 225706613 . C T 205.67 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00615033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5428;QD=13.0586;RBI=0.00790813;REFB=-0.0220802;REVB=-0.00497111;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901816;STB=0.571374;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0458465;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:38:24:25:0.396825:9:15:26:11:10:15:27:11 chr2 225798838 . T C 937.75 PASS AF=0.522727;AO=92;DP=176;FAO=92;FDP=176;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0329328;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8851;QD=21.3125;RBI=0.0458195;REFB=-0.0210042;REVB=0.0318568;RO=78;SAF=50;SAR=42;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366511;STB=0.526506;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0176729;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:78:84:92:92:0.522727:42:50:39:39:42:50:41:43 chr2 225811581 . T A 608.15 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0143467;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1763;QD=20.9708;RBI=0.0230999;REFB=-0.0238514;REVB=0.0181047;RO=54;SAF=34;SAR=27;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468394;STB=0.529402;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0226504;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:55:61:61:0.525862:27:34:33:21:27:34:34:21 chr2 226273689 . T C 2734.44 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.402;QD=62.5015;RBI=0.0262363;REFB=0;REVB=0.0246033;RO=0;SAF=100;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55917e-05;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:74:100:0:0:75:100:0:0 chr2 226447735 . C T 264.86 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0395486;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0328;QD=12.9201;RBI=0.0537025;REFB=-0.0111969;REVB=-0.03633;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034568;STB=0.525124;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0295278;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:51:31:31:0.378049:14:17:29:21:14:17:30:21 chr2 226491769 . GA G,GC 838.94 PASS AF=1,0;AO=9,58;DP=68;FAO=68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599593,-0.179784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.8863,18.2464;QD=49.3491;RBI=0.0316038,0.54726;REFB=0,0;REVB=-0.0310298,-0.516886;RO=0;SAF=9,28;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00035087,0;OID=.,.;OPOS=226491770,226491770;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,58:68:68,0:68:0:38,0:30,0:0:0:5:0:9,28:0,30:0:0 chr2 227661395 . TTGCTGC T 105.43 PASS AF=0.375;AO=22;DP=43;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0255518;FXX=0.0943218;HRUN=2;LEN=6;MLLD=290.296;QD=8.7857;RBI=0.0259976;REFB=-0.021223;REVB=0.0047935;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441354;STB=0.565141;STBP=0.569;TYPE=del;VARB=0.041243;OID=.;OPOS=227661396;OREF=TGCTGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:22:43:18:48:30:4:14:9:21:99:15:7:15:4:11 chr2 227807202 . G T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0127562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.086;QD=18.2485;RBI=0.0295555;REFB=-0.0350812;REVB=-0.026661;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123714;STB=0.570367;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0187489;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:3:9:8:5:3:9 chr2 227872182 . G A 264.03 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.014902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2008;QD=22.0023;RBI=0.0202882;REFB=-0.0206332;REVB=-0.0137673;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10094;STB=0.563708;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.010225;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:20:23:23:25:0.520833:11:12:8:12:13:12:8:15 chr2 227872995 . T C 1102.54 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180019;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.22;QD=60.4131;RBI=0.0185373;REFB=0;REVB=-0.00442312;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44971e-05;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr2 227886773 . A G 553.71 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=83;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.000245926;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.79;QD=24.3389;RBI=0.00912865;REFB=-0.0215853;REVB=0.00912533;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488396;STB=0.530324;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0133598;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:91:35:39:43:52:0.571429:22:21:15:20:27:25:16:23 chr2 227892619 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00352493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.9;QD=16.4806;RBI=0.00417549;REFB=-0.00912738;REVB=0.0022382;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359872;STB=0.692648;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0113885;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:12:7:18:6:12:7:18:7 chr2 227892720 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00571577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.566;QD=18.6447;RBI=0.00863442;REFB=0.00136975;REVB=0.00647172;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277455;STB=0.646828;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00106925;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:14:14:0.518519:11:3:6:6:11:3:6:7 chr2 227896886 . C T 1015.22 PASS AF=0.512315;AO=96;DP=195;FAO=104;FDP=203;FR=.;FRO=99;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=-0.00432727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.45;QD=20.0043;RBI=0.00442837;REFB=-0.0052887;REVB=-0.000940837;RO=96;SAF=53;SAR=43;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206288;STB=0.594605;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0053607;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:203:96:99:96:104:0.512315:43:53:31:65:49:55:33:66 chr2 227896976 . C T 649.91 PASS AF=0.431138;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0167772;FXX=0.00595203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.1643;QD=15.5667;RBI=0.0179036;REFB=0.00203917;REVB=-0.00625037;RO=88;SAF=27;SAR=45;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932547;STB=0.546009;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00244718;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:167:88:95:72:72:0.431138:45:27:41:47:45:27:43:52 chr2 227915832 . G A 210.15 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.006935;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.234;QD=13.3427;RBI=0.00801172;REFB=-0.0153978;REVB=0.00401166;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623551;STB=0.535686;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0287053;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:22:16:12:13:22:16 chr2 227954599 . G A 157.97 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.035479;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.527;QD=9.72092;RBI=0.0359001;REFB=-0.00242471;REVB=0.00548264;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932422;STB=0.561243;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00512742;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:44:21:21:0.323077:11:10:17:26:11:10:17:27 chr2 228111435 . T C,G 1499.58 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=98,4;DP=102;FAO=98,4;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47,2;FSAR=51,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136134,-3.70823e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.053,106.585;QD=58.8071;RBI=0.0348664,0.0298797;REFB=0,0;REVB=-0.0348398,-0.0298797;RO=0;SAF=47,2;SAR=51,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00133215,0.0412379;OID=.,.;OPOS=228111435,228111435;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:102:102:0:0:98,4:98,4:0.960784,0.0392157:51,2:47,2:0:0:51,2:47,2:0:0 chr2 228111600 . G T 690.26 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.030789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.49;QD=54.1381;RBI=0.0578141;REFB=0.0468944;REVB=0.0489337;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000960798;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:24:25:0:1:24:26:0:1 chr2 228113175 . A G 1113.69 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2781;QD=60.1995;RBI=0.0364633;REFB=0;REVB=0.0151052;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144473;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr2 228128540 . C T 4285.5 PASS AF=0.962712;AO=281;DP=295;FAO=284;FDP=295;FR=.;FRO=11;FSAF=164;FSAR=120;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00962495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9325;QD=58.1085;RBI=0.0463667;REFB=-0.053533;REVB=-0.0453567;RO=7;SAF=161;SAR=120;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682549;STB=0.502252;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0051247;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:295:295:7:11:281:284:0.962712:120:161:3:4:120:164:7:4 chr2 228135631 . C T 859.68 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.576;QD=54.583;RBI=0.0211312;REFB=0.0141904;REVB=0.00209998;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336837;STB=0.517851;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=2.9209e-05;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:2:0:34:27:2:0 chr2 228177479 . C T 1407.13 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.3;QD=62.5391;RBI=0.0529085;REFB=0;REVB=0.0115102;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94657e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:43:46:0:0:44:46:0:0 chr2 228177825 . C G 886.85 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.946;QD=56.3076;RBI=0.0672069;REFB=0;REVB=0.0667942;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118692;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:23:38:0:0:25:38:0:0 chr2 228179238 . G A 2398.33 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6468;QD=63.9556;RBI=0.0484336;REFB=0;REVB=-0.0480778;RO=0;SAF=52;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188983;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:97:52:0:0:97:53:0:0 chr2 228197238 . G A 738.03 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0363055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2735;QD=22.3646;RBI=0.0582344;REFB=-0.0243353;REVB=-0.0455319;RO=60;SAF=23;SAR=48;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198676;STB=0.60592;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0127106;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:61:71:71:0.537879:48:23:33:27:48:23:33:28 chr2 228243905 . G A 85.29 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0272773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4488;QD=11.3725;RBI=0.0274969;REFB=0.00726163;REVB=0.00346861;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232226;STB=0.639731;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0110349;OID=.;OPOS=228243905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:9:10:8:3:9:10 chr2 228416675 . C T 178.72 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0191136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.986;QD=31.0818;RBI=0.0194357;REFB=-0.0286997;REVB=0.00352417;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220213;STB=0.512181;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00636803;OID=.;OPOS=228416675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:5:12:4:2:5:12:4:2 chr2 228416712 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.174;QD=57.2018;RBI=0.040122;REFB=0;REVB=0.024623;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355165;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr2 228476140 . C T 206.2 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00553842;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6972;QD=12.8874;RBI=0.0224725;REFB=-0.00743997;REVB=0.0217794;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321898;STB=0.518457;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0141876;OID=.;OPOS=228476140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:25:25:0.390625:11:14:23:16:11:14:23:16 chr2 228476253 . C G 1044.1 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8427;QD=59.6626;RBI=0.0648264;REFB=0;REVB=-0.0398963;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000792715;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr2 228627806 . G A 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0260083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.687;QD=17.9536;RBI=0.0309205;REFB=-0.0102354;REVB=-0.0167225;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227667;STB=0.626194;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0130919;OID=.;OPOS=228627806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:23:5:11:16:23:5 chr2 228758631 . C T 281.1 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00115448;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.265;QD=19.0576;RBI=0.047609;REFB=-0.0179823;REVB=-0.047595;RO=28;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239251;STB=0.641076;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0103978;OID=.;OPOS=228758631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:11:19:10:18:11:19:10:19 chr2 228776996 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.58;QD=49.5992;RBI=0.0069041;REFB=0;REVB=0.00651194;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74592e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 228855866 . G C 315.29 PASS AF=0.540984;AO=30;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0276637;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.9577;QD=20.675;RBI=0.0352446;REFB=0.00457303;REVB=0.0218381;RO=19;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280496;STB=0.653117;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00333125;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:28:30:33:0.540984:15:15:17:2:17:16:23:5 chr2 228882970 . T C 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0125378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.077;QD=15.7823;RBI=0.0484225;REFB=-0.00855437;REVB=0.0467712;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372992;STB=0.713372;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0119995;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:13:4:9:5:13:4 chr2 228883721 . T C 70.18 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00758023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.086;QD=6.84726;RBI=0.019993;REFB=-0.00938668;REVB=0.0185002;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143373;STB=0.589306;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0201479;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:22:9:4:6:22:9 chr2 230045542 . C G 747.35 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=59;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0558561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5194;QD=18.5678;RBI=0.0583096;REFB=0.0095086;REVB=-0.0167363;RO=83;SAF=59;SAR=19;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244871;STB=0.63614;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.008286;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:83:78:78:0.484472:19:59:44:39:19:59:44:39 chr2 230045545 . T C 749.27 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=59;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00943571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.996;QD=18.7318;RBI=0.0209824;REFB=-0.0251592;REVB=-0.0187411;RO=82;SAF=59;SAR=19;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249067;STB=0.638395;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0120314;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:82:82:78:78:0.4875:19:59:43:39:19:59:43:39 chr2 230045554 . G C 827.44 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=159;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=65;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00770915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.714;QD=20.816;RBI=0.0183062;REFB=-0.0130025;REVB=-0.0166038;RO=76;SAF=65;SAR=18;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32654;STB=0.68052;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0112247;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:76:76:83:83:0.522013:18:65:35:41:18:65:35:41 chr2 230045564 . T C 884.84 PASS AF=0.554839;AO=86;DP=155;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=68;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0410716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.591;QD=22.8346;RBI=0.0433981;REFB=-0.0111037;REVB=0.0140186;RO=68;SAF=68;SAR=18;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365919;STB=0.698904;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0223231;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:68:69:86:86:0.554839:18:68:27:41:18:68:28:41 chr2 230045568 . T C 917.47 PASS AF=0.567742;AO=88;DP=156;FAO=88;FDP=155;FR=.;FRO=67;FSAF=69;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0119404;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.193;QD=23.6766;RBI=0.0278144;REFB=-0.0101708;REVB=-0.0251211;RO=68;SAF=69;SAR=19;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353698;STB=0.690538;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110551;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:68:67:88:88:0.567742:19:69:27:41:19:69:27:40 chr2 230045615 . G A 1000.65 PASS AF=0.661538;AO=84;DP=129;FAO=86;FDP=130;FR=.;FRO=44;FSAF=70;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.000534464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.834;QD=30.7892;RBI=0.00223624;REFB=0.0109643;REVB=0.00217143;RO=44;SAF=68;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349222;STB=0.691153;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00529853;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:44:44:84:86:0.661538:16:68:16:28:16:70:16:28 chr2 230135711 . G C,GC 2446.21 PASS AF=0,1;AO=25,116;DP=195;FAO=0,177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66;FSAR=0,111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0945441,-0.225576;FXX=0.0220982;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.4367,21.7411;QD=55.2815;RBI=0.12649,0.249334;REFB=0,0;REVB=0.0840306,0.106221;RO=40;SAF=12,36;SAR=13,80;SRF=22;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0747949,-0.127169;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00192077;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:14:195:177:40:0:25,116:0,177:0,1:13,80:12,36:22:18:0,111:0,66:0:0 chr2 230841074 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.764;QD=51.9165;RBI=0.0304066;REFB=0;REVB=-0.0303415;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020735;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 231050715 . A G 1476.44 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1941;QD=62.1661;RBI=0.0363381;REFB=-0.00416182;REVB=0.000604361;RO=1;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129867;STB=0.506665;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000342675;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:36:57:0:1:37:57:0:1 chr2 231072709 . C T 949.82 PASS AF=0.896104;AO=69;DP=76;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00294838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4631;QD=49.3411;RBI=0.0389334;REFB=-0.0137128;REVB=-0.0388216;RO=6;SAF=31;SAR=38;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581385;STB=0.544277;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0195504;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:77:6:8:69:69:0.896104:38:31:5:1:38:31:7:1 chr2 231077725 . A G 392.92 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9873;QD=56.132;RBI=0.0112488;REFB=0;REVB=0.00553737;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301535;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr2 231149108 . G A 1300.4 PASS AF=1;AO=50;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465117;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4693;QD=61.9239;RBI=0.1604;REFB=0;REVB=0.160333;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169539;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:50:84:1:20:30:0:0:45:39:0:0 chr2 231256812 . A G 800.37 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=130;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00703512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.664;QD=23.8916;RBI=0.105577;REFB=-0.0286103;REVB=-0.105342;RO=55;SAF=38;SAR=37;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404618;STB=0.536479;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0170856;OID=.;OPOS=231256812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:55:59:75:75:0.559701:37:38:25:30:37:38:25:34 chr2 231331896 . G A 362.86 PASS AF=0.475;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.00420776;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.24;QD=18.1427;RBI=0.0222179;REFB=-0.0284951;REVB=-0.0218158;RO=42;SAF=33;SAR=4;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245342;STB=0.643154;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0153397;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:37:38:0.475:4:33:32:10:4:34:32:10 chr2 231406680 . T C 217.18 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00752836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.243;QD=11.2819;RBI=0.00753268;REFB=-0.0181805;REVB=-0.000255179;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193537;STB=0.612527;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0275264;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:9:18:25:25:9:18:25:25 chr2 231451851 . A G 296.31 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.49;QD=49.3851;RBI=0.0226318;REFB=-0.0976129;REVB=0.00710838;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00140027;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chr2 231738168 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=24;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00155485;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=252.202;QD=19.8257;RBI=0.00647399;REFB=-0.0179041;REVB=0.00628451;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815304;STB=0.516117;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0169096;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:25:24:27:0.519231:10:14:8:6:11:16:14:11 chr2 231738263 . C T 193.97 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00407658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8851;QD=12.3154;RBI=0.034721;REFB=-0.00681768;REVB=0.0344808;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32607;STB=0.687346;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.01273;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:8:16:14:25:8:16:14:25 chr2 231738269 . G A 165.36 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00823577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.302;QD=11.4044;RBI=0.0483174;REFB=-0.00944152;REVB=0.0476103;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315081;STB=0.68187;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.011427;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:12:25:8:13:12:25 chr2 231774844 . G A 715.98 PASS AF=0.643564;AO=64;DP=100;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0144751;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.882;QD=28.3556;RBI=0.0160653;REFB=-0.0210626;REVB=0.0069689;RO=35;SAF=25;SAR=39;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830488;STB=0.552574;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0133415;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:35:36:64:65:0.643564:39:25:18:17:40:25:19:17 chr2 231775094 . C A 67.54 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0289812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5043;QD=13.5075;RBI=0.0777824;REFB=-0.0422605;REVB=-0.0721817;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0406135;OID=.;OPOS=231775094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:11:11:8:9:0.45:3:5:5:6:3:6:5:6 chr2 231775297 . T G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0139212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.297;QD=23.7581;RBI=0.0169421;REFB=0.00166044;REVB=-0.0096557;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133033;STB=0.574266;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00112444;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:11:11:9:17:11:11 chr2 231861044 . C T 60.84 PASS AF=0.225;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00440374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.817;QD=6.08391;RBI=0.0526419;REFB=-0.0498493;REVB=-0.0524573;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282325;STB=0.75145;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0845717;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:40:28:31:9:9:0.225:1:8:21:7:1:8:21:10 chr2 231865090 . T C 3073.21 PASS AF=0.994872;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0622861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3636;QD=63.0402;RBI=0.0848036;REFB=0.0590794;REVB=-0.0575508;RO=1;SAF=87;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447162;STB=0.502347;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00185127;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:195:1:1:193:194:0.994872:106:87:0:1:106:88:0:1 chr2 232035429 . G A 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2527;QD=58.1165;RBI=0.0329364;REFB=0;REVB=-0.0121917;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363152;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr2 232087474 . AT GA 576.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637643;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.97;QD=50.1029;RBI=0.139347;REFB=0;REVB=0.123902;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000808092;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:17:29:0:0 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 1281.12 PASS AF=0,0.015873,0.984127;AO=11,14,68;DP=143;FAO=0,2,124;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,57;FSAR=0,2,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645936,-0.175912,0.0719179;FXX=0.0454511;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=6.19544,6.02448,12.9449;QD=40.6704;RBI=0.0792248,0.196914,0.109801;REFB=0,0,0;REVB=-0.045872,-0.0884885,-0.0829704;RO=0;SAF=6,7,26;SAR=5,7,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.133768,-0.00862165;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:143:126:0:0:11,14,68:0,2,124:0,0.015873,0.984127:5,7,42:6,7,26:0:0:0,2,67:0,0,57:0:0 chr2 232227412 . C T 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0365275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.811;QD=4.78658;RBI=0.0424308;REFB=-0.0070309;REVB=-0.0215897;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25161;STB=0.670598;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0151029;OID=.;OPOS=232227412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:15:19:6:2:15:19 chr2 232325414 . TTCA T 104.51 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0148343;FXX=0.0856898;HRUN=2;LEN=3;MLLD=205.452;QD=13.0633;RBI=0.0148355;REFB=-0.0595589;REVB=0.000187738;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=del;VARB=0.0659093;OID=.;OPOS=232325415;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:15:33:15:32:17:7:8:8:9:99:15:7:8:6:9 chr2 232326417 . C T 325.21 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0291518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2646;QD=15.3039;RBI=0.0336244;REFB=-0.0439302;REVB=0.0167563;RO=48;SAF=26;SAR=10;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880693;STB=0.509026;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.074547;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:10:26:35:13:10:26:36:13 chr2 232378231 . T C 307.89 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00346268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6547;QD=20.8739;RBI=0.0182152;REFB=-0.0131323;REVB=0.0178831;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567963;STB=0.531434;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0133263;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:14:18:17:10:14:18:17:10 chr2 232457894 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0242103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.303;QD=13.5802;RBI=0.0466263;REFB=-0.00984785;REVB=-0.0398481;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613818;STB=0.54994;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0267244;OID=.;OPOS=232457894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:11:16:11:6:12:16 chr2 232458443 . T C 721.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.805;QD=62.7423;RBI=0.0176838;REFB=0;REVB=-0.0137988;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44895e-06;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr2 232575297 . T G 580.32 PASS AF=0.421769;AO=62;DP=147;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0142565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2236;QD=15.7911;RBI=0.0165384;REFB=-0.021441;REVB=0.00838267;RO=85;SAF=34;SAR=28;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474556;STB=0.502659;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0286526;OID=.;OPOS=232575297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:85:85:62:62:0.421769:28:34:47:38:28:34:47:38 chr2 232672932 . C T 729.84 PASS AF=1;AO=19;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.157;QD=62.1143;RBI=0.0069441;REFB=0;REVB=0.00126638;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235752;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:19:47:1:13:6:0:0:22:25:0:0 chr2 233243981 . A T 669.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.03;QD=62.3203;RBI=0.0263613;REFB=0;REVB=0.0177823;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121725;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr2 233244586 . C G 628.86 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0448294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6907;QD=57.1687;RBI=0.0448381;REFB=0.0180025;REVB=0.000880831;RO=2;SAF=30;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221354;STB=0.511805;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00322521;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:12:30:1:1:12:30:1:1 chr2 233245141 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.805;QD=35.5759;RBI=0.0310207;REFB=0;REVB=0.0282973;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242924;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 233349588 . G A 937.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.669;QD=58.5715;RBI=0.0131945;REFB=0;REVB=0.0124644;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55476e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr2 233385396 . G A 2348.89 PASS AF=0.993631;AO=154;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0529888;FXX=0.0248432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1163;QD=59.8443;RBI=0.0653113;REFB=-0.0903428;REVB=0.0381806;RO=1;SAF=60;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786231;STB=0.503999;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00234083;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:157:1:1:154:156:0.993631:94:60:1:0:94:62:1:0 chr2 233390937 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.839;QD=55.0982;RBI=0.0300672;REFB=0;REVB=0.0281522;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53981e-05;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 233413771 . C T 545.3 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0330829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9795;QD=57.3999;RBI=0.0357682;REFB=-0.134671;REVB=-0.0135973;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00222312;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr2 233414341 . C T 704.38 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0272032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9987;QD=58.6984;RBI=0.0396452;REFB=-0.00805982;REVB=0.0288397;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.512755;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00403591;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:0:2:46:46:0.958333:12:34:0:0:12:34:1:1 chr2 233470843 . G A 225.9 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0288381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1817;QD=20.5368;RBI=0.0321895;REFB=-0.0160572;REVB=-0.0143012;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0190406;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:12:10:11:11:12:10 chr2 233498669 . G T 250.16 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=-0.019555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.965;QD=10.0065;RBI=0.0207035;REFB=-0.0109263;REVB=0.00679958;RO=69;SAF=15;SAR=16;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249896;STB=0.644827;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.021416;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:69:31:31:0.31:16:15:48:21:16:15:48:21 chr2 233514636 . G T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00637448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.231;QD=8.68722;RBI=0.00637637;REFB=-0.0220784;REVB=-0.000154974;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104094;STB=0.562426;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0510444;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:20:20:10:7:20:20 chr2 233514638 . G C 132.22 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0174023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.761;QD=9.11857;RBI=0.018406;REFB=-0.0215989;REVB=0.00599505;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936946;STB=0.538419;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0379381;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:40:18:18:0.310345:10:8:20:18:10:8:20:20 chr2 233537125 . A G 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00401265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.178;QD=21.9993;RBI=0.00470903;REFB=-0.019927;REVB=0.00246446;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343706;STB=0.519071;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0168436;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:20:9:8:15:20:9:8:15 chr2 233599904 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.714;QD=52.6132;RBI=0.0155112;REFB=0;REVB=0.00315277;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46929e-05;OID=.;OPOS=233599904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr2 233633460 . G A 758.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374052;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.454;QD=57.2147;RBI=0.0417776;REFB=0;REVB=0.0186071;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141487;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 233723181 . AG A,AA,AT 772.73 PASS AF=0.02,0.98,0;AO=7,40,3;DP=50;FAO=1,49,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302305,0.00425753,-0.0327154;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=70.9266,86.6973,58.8996;QD=61.8185;RBI=0.0553936,0.0565981,0.0604504;REFB=0,0,0;REVB=0.0553111,0.0564377,0.0508326;RO=0;SAF=2,30,2;SAR=5,10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0191486,0.00183251,0.0560936;OID=.,.,.;OPOS=233723182,233723182,233723182;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98,0:7,40,3:50:1,49,0:50:0:1,33,0:0,16,0:0:0:5:0:2,30,2:5,10,1:0:0 chr2 233757697 . A G 1198.11 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366819;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.94;QD=59.9056;RBI=0.0382565;REFB=-0.106602;REVB=-0.010863;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141287;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000453095;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:46:33:1:0:46:33:1:0 chr2 233785015 . G A 378.63 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00534478;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.319;QD=32.9242;RBI=0.0295657;REFB=-0.00468872;REVB=-0.0290786;RO=15;SAF=22;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162156;STB=0.588916;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00139755;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:9:22:7:8:9:22:7:8 chr2 233834975 . A G 340.72 PASS AF=0.328244;AO=43;DP=131;FAO=43;FDP=131;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=0.00616446;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.798;QD=10.4037;RBI=0.0339373;REFB=-0.0106939;REVB=-0.0333727;RO=87;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218556;STB=0.628535;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0216512;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:87:88:43:43:0.328244:20:23:30:57:20:23:30:58 chr2 234054873 . G A 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0137939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.597;QD=13.8294;RBI=0.0365327;REFB=0.00272493;REVB=-0.0338285;RO=38;SAF=21;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347723;STB=0.6945;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0084869;OID=.;OPOS=234054873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:6:21:18:20:6:21:19:20 chr2 234055004 . T C 353.52 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00726865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.608;QD=23.9671;RBI=0.0319177;REFB=-0.0277356;REVB=0.0310791;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832209;STB=0.539978;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0177472;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:34:35:0.59322:15:19:16:8:15:20:16:8 chr2 234066969 . C G 360.77 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00244554;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7841;QD=20.0429;RBI=0.0497019;REFB=-0.00874244;REVB=-0.0496417;RO=34;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290628;STB=0.525533;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00794178;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:13:24:21:13:13:24:21:14 chr2 234113057 . G A 197.45 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00148901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.226;QD=26.3271;RBI=0.00888499;REFB=-0.0734565;REVB=-0.00875934;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134459;STB=0.512532;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0230051;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:10:11:19:19:0.633333:8:11:6:4:8:11:6:5 chr2 234183368 . A G 537.39 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00646234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.536;QD=16.0415;RBI=0.0120254;REFB=-0.0111238;REVB=0.0101415;RO=75;SAF=28;SAR=30;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912005;STB=0.554396;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.015656;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:76:58:58:0.432836:30:28:43:32:30:28:44:32 chr2 234184417 . G A 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.019683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.41;QD=17.6713;RBI=0.0196833;REFB=-0.00611252;REVB=0.000104696;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270479;STB=0.515141;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00644567;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:14:18:16:14:14:18 chr2 234227523 . A G 483.67 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0120453;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.902;QD=20.8032;RBI=0.0172047;REFB=-0.0142972;REVB=-0.0122847;RO=42;SAF=16;SAR=31;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531926;STB=0.507933;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0120126;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:46:47:47:0.505376:31:16:12:30:31:16:15:31 chr2 234235820 . C T 76.64 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0372619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.601;QD=12.7731;RBI=0.0375087;REFB=-0.015676;REVB=0.00429541;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139625;STB=0.58316;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0448896;OID=.;OPOS=234235820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:6:8:7:3:6:8 chr2 234449316 . G A 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7151;QD=58.7755;RBI=0.0404985;REFB=0;REVB=-0.017991;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68509e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 234469664 . T C 1302.06 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0516;QD=62.003;RBI=0.0183712;REFB=0;REVB=-0.000411849;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91669e-05;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr2 234526871 . C G 457.52 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0205479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.7;QD=20.5628;RBI=0.023667;REFB=-0.0115415;REVB=0.0117434;RO=44;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518473;STB=0.528688;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0148921;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:21:24:26:18:21:24:26:18 chr2 234590616 . C A 301.06 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0352322;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.093;QD=14.0028;RBI=0.0357886;REFB=-0.0123121;REVB=-0.00628571;RO=52;SAF=11;SAR=23;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135658;STB=0.577501;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0186654;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:23:11:23:29:23:11:23:29 chr2 234590970 . T G 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00583482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.58;QD=14.3847;RBI=0.0181513;REFB=-0.00817936;REVB=0.0171879;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988936;STB=0.505615;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0089179;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:16:18:26:24:16:18:26:24 chr2 234590974 . CG AA,CA 280.65 PASS AF=0.357143,0.047619;AO=30,4;DP=84;FAO=30,4;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16,2;FSAR=14,2;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00847487,0.00740401;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=177.234,137.235;QD=13.3643;RBI=0.00881444,0.0158987;REFB=-0.0151438,-0.0177274;REVB=-0.002423,0.0140694;RO=49;SAF=16,2;SAR=14,2;SRF=26;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00295626,-0.0314558;STB=0.508356,0.518426;STBP=0.908,0.9;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0173902,0.0217673;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:30,4:30,4:0.357143,0.047619:14,2:16,2:26:23:14,2:16,2:26:24 chr2 234591205 . T C 426.76 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0193022;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.574;QD=13.5478;RBI=0.051476;REFB=-0.0162347;REVB=0.0477201;RO=74;SAF=20;SAR=29;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127354;STB=0.560775;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.02834;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:77:49:49:0.388889:29:20:39:35:29:20:39:38 chr2 234601669 . T G 495.0 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000600269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.53;QD=20.6248;RBI=0.0101644;REFB=-0.00947012;REVB=-0.0101467;RO=48;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565087;STB=0.531291;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00548685;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:26:22:25:23:26:22:25:23 chr2 234601965 . A G 132.64 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0143721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9689;QD=15.6046;RBI=0.0965761;REFB=-0.0225107;REVB=0.0955007;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247318;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0265387;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:13:15:0.441176:8:5:12:7:10:5:12:7 chr2 234602191 . A G 264.73 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0398138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.596;QD=13.2366;RBI=0.0405548;REFB=-0.0109133;REVB=0.00771709;RO=49;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904872;STB=0.551965;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0168929;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:23:8:16:33:23:8:16:33 chr2 234602202 . A C 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00725887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.867;QD=12.346;RBI=0.0131119;REFB=-0.0147171;REVB=0.0109193;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702021;STB=0.540511;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0189413;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:20:8:16:31:20:8:16:31 chr2 234622429 . T C 709.5 PASS AF=0.398058;AO=81;DP=205;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.00511789;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.508;QD=13.7767;RBI=0.00723775;REFB=-0.0211938;REVB=-0.00511783;RO=122;SAF=47;SAR=34;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1385;STB=0.57589;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0288743;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:122:124:81:82:0.398058:34:47:55:67:34:48:57:67 chr2 234627937 . T C 2228.57 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962288;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3212;QD=57.8849;RBI=0.106873;REFB=-0.0456337;REVB=0.0464948;RO=1;SAF=67;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149764;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:143:154:1:0:139:154:1:72:67:1:0:74:80:0:0 chr2 234627938 . G C 46.5 PASS AF=0.0869565;AO=14;DP=161;FAO=14;FDP=161;FR=.;FRO=147;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=-0.0179439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.1992;QD=1.15516;RBI=0.0346375;REFB=-0.00525901;REVB=0.0296272;RO=147;SAF=12;SAR=2;SRF=68;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454425;STB=0.858148;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00657257;OID=.;OPOS=234627938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:161:161:147:147:14:14:0.0869565:2:12:68:79:2:12:68:79 chr2 234637803 . T C 127.34 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0304519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8558;QD=9.26134;RBI=0.033292;REFB=-0.00974909;REVB=0.0134552;RO=38;SAF=15;SAR=2;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384614;STB=0.737365;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0305682;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:2:15:25:13:2:15:25:13 chr2 234637853 . G A 350.72 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00292245;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.821;QD=20.3314;RBI=0.0255726;REFB=-0.0275747;REVB=0.025405;RO=34;SAF=9;SAR=27;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321564;STB=0.671898;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0253486;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:33:36:36:0.521739:27:9:20:14:27:9:19:14 chr2 234637912 . T C 327.56 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0218495;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.526;QD=20.1577;RBI=0.0228653;REFB=-0.00501186;REVB=0.00673925;RO=32;SAF=7;SAR=27;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129172;STB=0.57731;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00527334;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:31:34:34:0.523077:27:7:10:22:27:7:10:21 chr2 234638249 . A G 720.45 PASS AF=0.388889;AO=84;DP=216;FAO=84;FDP=216;FR=.;FRO=132;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=68;FWDB=0.00621524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.013;QD=13.3417;RBI=0.0154559;REFB=-0.00904293;REVB=-0.0141512;RO=132;SAF=41;SAR=43;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352458;STB=0.501985;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0133328;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:132:132:84:84:0.388889:43:41:64:68:43:41:64:68 chr2 234652347 . C G 336.12 PASS AF=0.397849;AO=38;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0106153;FXX=0.0106372;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.185;QD=14.4568;RBI=0.0139051;REFB=-0.0214048;REVB=-0.00898146;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124726;STB=0.537087;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0287054;OID=.;OPOS=234652347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:56:38:37:0.397849:23:15:15:38:23:14:18:38 chr2 234676588 . T C 483.29 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00448102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.249;QD=18.7686;RBI=0.013138;REFB=-0.0120005;REVB=0.0123502;RO=52;SAF=12;SAR=38;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123504;STB=0.571818;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0147047;OID=.;OPOS=234676588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:52:50:51:0.495146:38:12:18:34:39:12:18:34 chr2 234688036 . C A 1054.01 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054162;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5372;QD=60.2289;RBI=0.0802181;REFB=0;REVB=-0.0800351;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111815;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr2 234704607 . C T 147.47 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0404869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.073;QD=26.812;RBI=0.0859519;REFB=-0.0433255;REVB=0.0758192;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016877;STB=0.509421;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0283413;OID=.;OPOS=234704607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:3:4:9:6:3:4 chr2 234704690 . T C 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.943;QD=52.5942;RBI=0.0482467;REFB=0;REVB=0.0198899;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269464;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 234708428 . G A 307.14 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0114147;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0694;QD=20.4763;RBI=0.0153762;REFB=-0.00571206;REVB=0.0103021;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206636;STB=0.521263;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00707436;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:28:32:32:0.533333:14:18:17:12:14:18:17:11 chr2 234725502 . T C 1096.77 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00957068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3269;QD=58.4946;RBI=0.0439034;REFB=-0.0748201;REVB=0.0428475;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00171886;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:73:74:0.986667:37:36:0:0:38:36:0:1 chr2 234727333 . C G 282.51 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=78;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0302457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.458;QD=13.9511;RBI=0.0387317;REFB=-0.0234637;REVB=0.0241938;RO=47;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207422;STB=0.595344;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0257364;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:47:48:31:33:0.407407:10:21:23:24:12:21:23:25 chr2 234727986 . C T 251.58 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00146759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3946;QD=17.0559;RBI=0.101181;REFB=-0.019439;REVB=-0.101171;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10034;STB=0.55655;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0180603;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:9:19:18:13:9:19:18:13 chr2 234728078 . T C 1386.45 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00312332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.637;QD=60.2805;RBI=0.0178972;REFB=-0.0448692;REVB=-0.0176225;RO=2;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201594;STB=0.510636;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00832035;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:46:44:0:2:46:44:0:2 chr2 234749269 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.818;QD=39.2068;RBI=0.0155645;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110808;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr2 234749354 . G A 218.66 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00989595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0882;QD=39.7572;RBI=0.0459891;REFB=-0.0163375;REVB=0.0449118;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505478;STB=0.50276;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0275719;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:6:13:2:1:6:13:2:1 chr2 234749780 . G C 450.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221765;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3451;QD=58.1688;RBI=0.0231538;REFB=0;REVB=0.00665605;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135944;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr2 234749871 . C T 172.92 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0308002;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.686;QD=25.6178;RBI=0.0325181;REFB=0.000378922;REVB=-0.0104296;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189933;STB=0.605937;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00239284;OID=.;OPOS=234749871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:3:7:7:10:3:7 chr2 234750831 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.394;QD=60.9785;RBI=0.0153606;REFB=0;REVB=0.0152003;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93742e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr2 234854547 . A T 541.62 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000473088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4081;QD=24.9022;RBI=0.0226132;REFB=0.00565529;REVB=0.0226082;RO=37;SAF=28;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152995;STB=0.508377;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00355053;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:22:28:20:17:22:28:20:17 chr2 234856212 . C T 309.79 PASS AF=0.368932;AO=37;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0189945;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.436;QD=12.0308;RBI=0.0193825;REFB=-0.00442146;REVB=-0.00385881;RO=63;SAF=27;SAR=10;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178604;STB=0.579087;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0140519;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:65:37:38:0.368932:10:27:37:26:11:27:39:26 chr2 234863788 . G A 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.957;QD=56.9534;RBI=0.032008;REFB=0;REVB=0.0199903;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178073;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr2 234967539 . T A 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.948;QD=61.0456;RBI=0.00829431;REFB=0;REVB=-0.00665771;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15638e-06;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr2 235402279 . T C 296.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00111254;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.054;QD=20.4655;RBI=0.00863231;REFB=-0.0260627;REVB=0.00856032;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111368;STB=0.562003;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0255002;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:10:21:15:12:10:21:15:12 chr2 235949877 . T C 292.69 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0174669;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.778;QD=19.5127;RBI=0.0367813;REFB=-0.000914266;REVB=0.0323693;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780386;STB=0.533959;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000644277;OID=.;OPOS=235949877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:15:16:17:11:15:16:17:12 chr2 235949920 . A G 470.27 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00310347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.892;QD=26.1259;RBI=0.0202808;REFB=-0.0134846;REVB=0.0200419;RO=28;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186804;STB=0.510199;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00816538;OID=.;OPOS=235949920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:20:24:16:12:20:24:16:12 chr2 235950002 . G A 277.57 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0258496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.69;QD=20.5611;RBI=0.0421858;REFB=-0.0222236;REVB=-0.0333382;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219412;STB=0.622375;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0118384;OID=.;OPOS=235950002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:11:14:9:20:11:14 chr2 235950187 . T C 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.62;QD=62.5737;RBI=0.0253962;REFB=0;REVB=0.019954;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90443e-06;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr2 235950284 . A C 1087.62 PASS AF=0.528205;AO=103;DP=196;FAO=103;FDP=195;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00927227;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.864;QD=22.3101;RBI=0.010153;REFB=-0.0034797;REVB=-0.00413628;RO=92;SAF=33;SAR=70;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983117;STB=0.553896;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00331212;OID=.;OPOS=235950284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:92:92:103:103:0.528205:70:33:39:53:70:33:39:53 chr2 235951819 . A G 1295.7 PASS AF=0.989362;AO=78;DP=85;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6749;QD=55.1363;RBI=0.0545487;REFB=0.0570203;REVB=0.0416247;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.504672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00279559;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:94:0:1:78:93:0.989362:32:46:0:0:40:53:1:0 chr2 235964133 . C T 611.72 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=51;FWDB=0.0281725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.059;QD=20.0563;RBI=0.0287963;REFB=-0.0266311;REVB=0.00596115;RO=58;SAF=23;SAR=39;SRF=9;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217598;STB=0.623835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0338816;OID=.;OPOS=235964133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:60:62:62:0.508197:39:23:9:49:39:23:9:51 chr2 236433161 . G A 185.51 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0114187;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.493;QD=17.2568;RBI=0.0374727;REFB=-0.016126;REVB=0.0356906;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460803;STB=0.51469;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.025784;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:9:10:11:12:9:10:12:12 chr2 236649671 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 88.68 PASS AF=0.177083,0.177083;AO=15,23;DP=97;FAO=17,17;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=6,4;FSAR=11,13;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0621646,0.252657;FXX=0.0769157;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.735,7.1894;QD=3.69485;RBI=0.202306,0.504438;REFB=-0.0523555,-0.12256;REVB=-0.192519,-0.436603;RO=23;SAF=9,0;SAR=6,23;SRF=16;SRR=7;SSEN=0.416667,0.416667;SSEP=0,0;SSSB=-0.106439,-0.859353;STB=0.567993,0.677086;STBP=0.563,0.106;TYPE=del,del;VARB=-0.0156369,0.0223505;OID=.,.;OPOS=236649676,236649672;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177083,0.177083:15,23:97:17,17:96:62:6,4:11,13:27:35:37:23:9,0:6,23:16:7 chr2 236691982 . A G 1589.81 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9464;QD=59.9928;RBI=0.0268271;REFB=0;REVB=0.0222121;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151025;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr2 236708166 . C T 883.16 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.076;QD=57.9122;RBI=0.0152644;REFB=0;REVB=0.0147541;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95267e-05;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 236761396 . C T 941.59 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.677;QD=57.0658;RBI=0.0114122;REFB=-0.0432729;REVB=-0.00352523;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000276407;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:37:28:0:0:37:28:1:0 chr2 236957822 . G A 1515.7 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1074;QD=62.5031;RBI=0.0264332;REFB=-0.0988074;REVB=0.00405752;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704714;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:97:0:0:95:97:1:49:46:0:0:50:47:0:0 chr2 237032607 . T G 400.0 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0285712;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.713;QD=15.3848;RBI=0.0712938;REFB=-0.0127223;REVB=-0.0653184;RO=59;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660206;STB=0.537029;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0195191;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:59:59:45:45:0.432692:22:23:34:25:22:23:34:25 chr2 237032703 . T C 325.5 PASS AF=0.362832;AO=37;DP=112;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00910717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.519;QD=11.522;RBI=0.00913526;REFB=-0.0122403;REVB=0.000715889;RO=71;SAF=19;SAR=18;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408467;STB=0.534265;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0149909;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:71:72:37:41:0.362832:18:19:39:32:21:20:39:33 chr2 237076096 . C G 60.19 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0410995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.044;QD=17.197;RBI=0.0593101;REFB=-0.0220153;REVB=0.0427611;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0174712;OID=.;OPOS=237076096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:4:3:4:2:4:4:4:2 chr2 237103548 . G A 291.47 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0193776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.769;QD=14.3936;RBI=0.0224247;REFB=-0.00174042;REVB=-0.011286;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260633;STB=0.635074;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00353443;OID=.;OPOS=237103548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:32:33:0.407407:12:20:18:30:13:20:18:30 chr2 237103623 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0310247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.08;QD=16.5359;RBI=0.0318594;REFB=-0.018513;REVB=0.00724494;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638092;STB=0.536545;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.027095;OID=.;OPOS=237103623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:10:13:9:9:10:13 chr2 237103697 . G T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0757131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.72;QD=14.6525;RBI=0.0757695;REFB=-0.0223527;REVB=-0.00292335;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0182151;OID=.;OPOS=237103697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr2 237149941 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00267949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.991;QD=21.7376;RBI=0.0145687;REFB=-0.017568;REVB=0.0143202;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024477;STB=0.513507;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0160047;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:20:20:18:16:20:20:18:16 chr2 237150166 . A C 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.673;QD=59.8528;RBI=0.0604249;REFB=0;REVB=0.00952501;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148018;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr2 237923852 . G A 194.57 PASS AF=0.342466;AO=17;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0105828;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.216;QD=10.6611;RBI=0.0121325;REFB=-0.0119404;REVB=0.0059332;RO=49;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146654;STB=0.555634;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0283387;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:49:48:17:25:0.342466:9:8:29:20:12:13:29:19 chr2 238233410 . C G 1405.67 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0503301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4572;QD=60.4589;RBI=0.0545144;REFB=-0.100244;REVB=0.0209451;RO=2;SAF=46;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201612;STB=0.510636;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0010234;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:45:46:2:0:45:46:2:0 chr2 238243292 . G A 574.82 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=0.000953042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.249;QD=19.652;RBI=0.016771;REFB=-0.0157164;REVB=0.0167439;RO=57;SAF=37;SAR=22;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126097;STB=0.56246;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0160143;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:58:59:59:0.504274:22:37:43:14:22:37:43:15 chr2 238243464 . C G 739.18 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1874;QD=56.8596;RBI=0.0371948;REFB=0;REVB=-0.0308339;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124877;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:27:24:0:1:28:24:0:0 chr2 238244963 . A G 348.82 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00536799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.135;QD=15.003;RBI=0.0149105;REFB=-0.0122039;REVB=-0.0139107;RO=55;SAF=26;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972734;STB=0.555246;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0203012;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:12:26:33:22:12:26:33:22 chr2 238249630 . C T 131.51 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0332207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.105;QD=14.6124;RBI=0.0499419;REFB=-0.02919;REVB=-0.0372905;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247256;STB=0.642158;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.043322;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:6:15:7:8:6:15 chr2 238253065 . C T 434.75 PASS AF=0.403226;AO=49;DP=123;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.014069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.182;QD=14.0241;RBI=0.0179271;REFB=-0.0130285;REVB=0.0111107;RO=74;SAF=35;SAR=14;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271621;STB=0.657412;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0182814;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:74:74:49:50:0.403226:14:35:35:39:14:36:35:39 chr2 238258814 . C G 1128.14 PASS AF=0.879121;AO=80;DP=92;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0045369;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.081;QD=49.5885;RBI=0.0161329;REFB=-0.190502;REVB=0.0154818;RO=11;SAF=38;SAR=42;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780194;STB=0.541405;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00161854;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:92:91:11:11:80:80:0.879121:42:38:9:2:42:38:9:2 chr2 238275533 . A AC 38.74 PASS AF=0.123077;AO=17;DP=134;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.0306217;FXX=0.00763301;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.5028;QD=1.19196;RBI=0.0553501;REFB=-0.00770477;REVB=-0.046108;RO=108;SAF=10;SAR=7;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178388;STB=0.825773;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.149186;OID=.;OPOS=238275534;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123077:17:134:16:130:114:13:3:49:65:38:108:10:7:48:60 chr2 238434249 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0220634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6392;QD=14.8512;RBI=0.0459157;REFB=0.0360147;REVB=0.0402674;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154777;STB=0.599025;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0310927;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:19:19:0.395833:8:11:12:16:8:11:12:17 chr2 238443226 . A G 310.25 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0172831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.484;QD=21.3966;RBI=0.0277721;REFB=-0.0205832;REVB=-0.0217389;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14347;STB=0.57935;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0133288;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:16:10:18:14:16:10 chr2 238449007 . T C 161.65 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00390104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.073;QD=10.6002;RBI=0.00603079;REFB=-0.0341623;REVB=-0.00459917;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126046;STB=0.56448;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0474466;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:11:10:23:16:11:10:23:17 chr2 238449023 . T C 173.33 PASS AF=0.328571;AO=21;DP=72;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00214255;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.806;QD=9.90465;RBI=0.0120967;REFB=-0.0323078;REVB=-0.0119054;RO=47;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15311;STB=0.551078;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0487543;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:47:47:21:23:0.328571:13:8:24:23:13:10:24:23 chr2 238449107 . A G 131.98 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0137325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4852;QD=7.65074;RBI=0.0455328;REFB=-0.0230989;REVB=-0.0434126;RO=50;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142505;STB=0.585907;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.057139;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:8:11:23:27:8:11:23:27 chr2 238483729 . A G 249.65 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0184236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.132;QD=26.279;RBI=0.0750566;REFB=-0.0434575;REVB=-0.0727603;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594986;STB=0.550078;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0327293;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:8:15:8:6:8:15:8:7 chr2 238643907 . G A 188.06 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000718674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.997;QD=14.1929;RBI=0.0215806;REFB=-0.0316909;REVB=0.0215686;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0490731;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:15:16:12:10:15:16 chr2 238668802 . A G 288.05 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00378173;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.905;QD=10.5705;RBI=0.0234534;REFB=-0.00237032;REVB=0.0231465;RO=71;SAF=27;SAR=10;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301907;STB=0.679857;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00344622;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:72:37:37:0.33945:10:27:34:37:10:27:34:38 chr2 238671328 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00714675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.247;QD=15.6999;RBI=0.0378743;REFB=-0.0399205;REVB=0.0371939;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143553;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0494501;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:14:5:6:9:14:5 chr2 238672703 . C G 37.27 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0258873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.369;QD=7.84536;RBI=0.0311115;REFB=-0.0078722;REVB=-0.017256;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433121;STB=0.773411;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.027229;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:19:11:13:5:6:0.315789:2:3:2:9:2:4:3:10 chr2 238733016 . G A 168.56 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0255393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2288;QD=14.9829;RBI=0.0257619;REFB=0.0268383;REVB=0.00337879;RO=26;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19376;STB=0.565152;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0596443;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:15:3:2:24:15:3:3:24 chr2 238991733 . C A 309.65 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.00277766;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.271;QD=15.8796;RBI=0.0196399;REFB=-0.0139249;REVB=0.0194425;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255195;STB=0.642779;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0156647;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:16:18:12:32:16:18:12:32 chr2 238991796 . C T 543.45 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0308936;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.8;QD=22.4104;RBI=0.0344778;REFB=-0.00428405;REVB=-0.0153069;RO=44;SAF=22;SAR=29;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171452;STB=0.593701;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00488831;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:46:51:51:0.525773:29:22:28:16:29:22:29:17 chr2 239006879 . C T 269.69 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00781125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.252;QD=19.6135;RBI=0.0165639;REFB=-0.0282896;REVB=-0.0146064;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238273;STB=0.510043;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0143876;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:15:13:12:14:15:14:12:14 chr2 239010719 . T C 460.55 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0122556;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.932;QD=17.2167;RBI=0.0135573;REFB=-0.0178124;REVB=-0.00579666;RO=58;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13624;STB=0.584513;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0232417;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:57:49:50:0.46729:21:28:25:33:21:29:24:33 chr2 239016539 . C G 1031.55 PASS AF=0.608108;AO=90;DP=148;FAO=90;FDP=148;FR=.;FRO=58;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0236109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9618;QD=27.8797;RBI=0.0241013;REFB=-0.00238048;REVB=0.00483709;RO=57;SAF=58;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102405;STB=0.55272;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0011845;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:57:58:90:90:0.608108:32:58:29:28:32:58:30:28 chr2 239025630 . T C 448.92 PASS AF=0.386207;AO=46;DP=136;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0105613;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1917;QD=12.384;RBI=0.0122042;REFB=-0.00093572;REVB=-0.00611557;RO=81;SAF=16;SAR=30;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124803;STB=0.530074;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0272356;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:145:81:89:46:56:0.386207:30:16:29:52:30:26:37:52 chr2 239025645 . C T 441.05 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.00222888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0827;QD=14.8251;RBI=0.0189654;REFB=-0.0151865;REVB=-0.018834;RO=69;SAF=25;SAR=25;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112296;STB=0.563;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0309584;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:25:25:27:42:25:25:27:42 chr2 239036270 . C T 73.07 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0307522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.622;QD=9.13414;RBI=0.0324023;REFB=-0.0295605;REVB=-0.0102085;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430323;STB=0.549897;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0617658;OID=.;OPOS=239036270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:10:10:0.3125:7:3:7:14:7:3:8:14 chr2 239038912 . T C 1491.7 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.103338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7573;QD=57.3731;RBI=0.15424;REFB=0.034665;REVB=-0.114504;RO=2;SAF=37;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540624;STB=0.50285;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00450888;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:65:37:1:1:65:37:1:1 chr2 239039024 . CGG CCG,C,CG 176.39 PASS AF=0.0212766,0.0638298,0.595745;AO=4,5,18;DP=45;FAO=1,3,28;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=1,3,23;FSAR=0,0,5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00861439,-0.057395,-0.111818;FXX=0.040808;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=16.5473,20.9576,13.9119;QD=15.0121;RBI=0.0433962,0.070502,0.13579;REFB=-0.0134453,-0.0134064,-0.0255638;REVB=0.0425326,-0.0409432,-0.0770443;RO=15;SAF=2,5,17;SAR=2,0,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.113234,0.731697,0.653832;STB=0.991368,0.996678,0.689354;STBP=0.262,0.082,0.005;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0777104,0.0150233,-0.0336225;OID=.,.,.;OPOS=239039025,239039025,239039025;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCG,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0212766,0.0638298,0.595745:4,5,18:45:1,3,28:47:15:1,3,23:0,0,5:6:9:99:15:2,5,17:2,0,1:6:9 chr2 239039057 . A G 1479.82 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8435;QD=61.0235;RBI=0.0273385;REFB=-0.0475591;REVB=-0.0174657;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.502145;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00162679;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:94:95:0.979381:57:37:0:0:57:38:1:1 chr2 239039075 . G T 1788.0 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.039;QD=60.1007;RBI=0.0365257;REFB=-0.0982582;REVB=0.0244725;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000418888;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:65:53:0:0:65:53:1:0 chr2 239039637 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.405;QD=35.5759;RBI=0.0341824;REFB=0;REVB=-0.0101993;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154905;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr2 239039840 . CA C,CG 478.24 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=7,27;DP=34;FAO=6,28;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6,18;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376393,0.0627745;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.5527,86.9503;QD=56.2639;RBI=0.106311,0.119722;REFB=0,0;REVB=0.0994251,0.101944;RO=0;SAF=7,17;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00261912,0.00625688;OID=.,.;OPOS=239039841,239039841;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529:7,27:34:6,28:34:0:6,18:0,10:0:0:27:0:7,17:0,10:0:0 chr2 239039893 . T TC 679.89 PASS AF=1;AO=15;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211551;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=7.14922;QD=23.047;RBI=0.265118;REFB=0;REVB=-0.264273;RO=103;SAF=6;SAR=9;SRF=63;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00255915;OID=.;OPOS=239039894;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:121:118:118:0:69:49:0:0:19:103:6:9:63:40 chr2 239039896 . G C 1644.53 PASS AF=0.95;AO=112;DP=119;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.018889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3695;QD=54.8175;RBI=0.0741519;REFB=-0.0491056;REVB=-0.0717057;RO=7;SAF=63;SAR=49;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498855;STB=0.522055;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00189795;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:119:120:7:6:112:114:0.95:49:63:7:0:49:65:6:0 chr2 239040187 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.733;QD=55.0978;RBI=0.0493744;REFB=0;REVB=0.036298;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37418e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:19:26:1:15:4:0:0:16:10:0:0 chr2 239049540 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0404923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8975;QD=22.7948;RBI=0.0522024;REFB=-0.0249784;REVB=0.0329465;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149847;STB=0.508373;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0121464;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:11:10:11:13:11:10 chr2 239050033 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5251;QD=46.8472;RBI=0.146473;REFB=0;REVB=0.0545354;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582127;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr2 239051550 . T C 2369.85 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0572187;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4285;QD=60.3784;RBI=0.0587557;REFB=-0.14187;REVB=0.0133513;RO=0;SAF=50;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01816e-08;STB=0.502347;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00051888;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:155:156:0.993631:105:50:0:0:106:50:0:1 chr2 239051575 . G A 892.93 PASS AF=0.557823;AO=80;DP=145;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0143383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.277;QD=24.2974;RBI=0.0158244;REFB=-0.00920037;REVB=-0.00669532;RO=64;SAF=21;SAR=59;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963879;STB=0.553731;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00772897;OID=.;OPOS=239051575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:64:65:80:82:0.557823:59:21:23:41:61:21:23:42 chr2 239059484 . T C 1157.35 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960539;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.209;QD=60.9133;RBI=0.0328806;REFB=0;REVB=0.0314463;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5963e-05;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:41:35:0:0 chr2 239071415 . G C 57.04 PASS AF=0.112782;AO=16;DP=131;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=83;FWDB=-0.0262488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.017;QD=1.71551;RBI=0.0437977;REFB=-0.00846327;REVB=-0.0350605;RO=115;SAF=15;SAR=1;SRF=32;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.707271;STB=0.919638;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.103161;OID=.;OPOS=239071415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:131:133:115:118:16:15:0.112782:1:15:32:83:2:13:35:83 chr2 239075935 . A G 493.69 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7957;QD=54.8542;RBI=0.0606383;REFB=-0.0185939;REVB=-0.0362374;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00200575;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:2:1:34:35:0.972222:17:17:1:1:17:18:0:1 chr2 239229372 . C A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0125177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.099;QD=22.9154;RBI=0.0293385;REFB=-0.0399011;REVB=-0.026534;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372544;STB=0.749422;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0553989;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:2:7:0:3:2:7:0:4 chr2 239237953 . G T 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0550397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.589;QD=20.3152;RBI=0.126492;REFB=-0.0132622;REVB=0.11389;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787433;STB=0.544333;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0171375;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:6:12:11:8:6:12 chr2 239353001 . C T 794.26 PASS AF=0.578125;AO=73;DP=127;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0204617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.747;QD=24.8206;RBI=0.0214473;REFB=-0.0267611;REVB=-0.00642721;RO=54;SAF=40;SAR=33;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951104;STB=0.554039;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0197715;OID=.;OPOS=239353001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:54:54:73:74:0.578125:33:40:23:31:33:41:23:31 chr2 239972369 . C T 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00976132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.303;QD=19.9069;RBI=0.0148265;REFB=-0.013777;REVB=0.0111598;RO=38;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172566;STB=0.586226;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0145127;OID=.;OPOS=239972369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:42:42:42:0.5:27:15:21:17:27:15:22:20 chr2 239972883 . C T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00151053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.844;QD=19.6923;RBI=0.00251624;REFB=0.0128225;REVB=0.00201241;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352026;STB=0.695512;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00851671;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:20:5:16:10:20:5 chr2 240003870 . G A 1188.94 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0126867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.778;QD=55.2995;RBI=0.0645917;REFB=-0.0935753;REVB=0.0633335;RO=5;SAF=48;SAR=33;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237154;STB=0.512542;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000590857;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:5:5:81:81:0.94186:33:48:4:1:33:48:4:1 chr2 240323905 . T TG 840.62 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9954;QD=48.0355;RBI=0.0934133;REFB=0;REVB=-0.0661947;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00222598;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:70:70:0:38:32:0:0:15:1:36:31:1:0 chr2 240500173 . T C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0151546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.788;QD=13.7411;RBI=0.0216081;REFB=-0.000108809;REVB=-0.0154028;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2472;STB=0.613626;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000193836;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:43:29:29:0.402778:14:15:11:29:14:15:14:29 chr2 240500413 . A G 432.34 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00892783;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.57;QD=15.7215;RBI=0.0167249;REFB=-0.0126509;REVB=-0.0141428;RO=62;SAF=23;SAR=25;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150242;STB=0.58399;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0175607;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:62:62:48:48:0.436364:25:23:39:23:25:23:39:23 chr2 240500437 . C T 491.81 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00951482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.971;QD=18.5588;RBI=0.0263014;REFB=-0.0153668;REVB=-0.0245201;RO=54;SAF=32;SAR=20;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138866;STB=0.507689;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0190849;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:20:32:34:20:20:32:34:20 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA 148.34 PASS AF=0,0.457447,0;AO=16,31,4;DP=98;FAO=0,43,0;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=0,23,0;FSAR=0,20,0;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.186109,-0.139173,0.0578625;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.8864,9.175,11.7245;QD=6.31218;RBI=0.227205,0.168935,0.0657154;REFB=-0.00473178,-0.0873706,-0.0819862;REVB=-0.130327,-0.0957599,0.0311518;RO=30;SAF=8,14,2;SAR=8,17,2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.042866,0;STB=0.5,0.513641,0.5;STBP=1,0.818,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.124158,0.0706169,0;OID=.,.,.;OPOS=240900612,240900608,240900612;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.457447,0:16,31,4:98:0,43,0:94:51:0,23,0:0,20,0:26:25:99:30:8,14,2:8,17,2:15:15 chr2 240923050 . C T 1072.03 PASS AF=0.486607;AO=108;DP=224;FAO=109;FDP=224;FR=.;FRO=115;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.0200374;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.99;QD=19.1435;RBI=0.0201342;REFB=-0.0150651;REVB=-0.0019727;RO=114;SAF=63;SAR=45;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125926;STB=0.511567;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0125082;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:114:115:108:109:0.486607:45:63:65:49:45:64:65:50 chr2 240946766 . T C 382.21 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0159414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.839;QD=19.8553;RBI=0.0190943;REFB=0.00674758;REVB=0.0105101;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221134;STB=0.622832;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00729437;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:25:14:23:15:25:14:23:15 chr2 240961728 . T C 489.77 PASS AF=0.6375;AO=33;DP=81;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0121216;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.459;QD=24.4887;RBI=0.0702314;REFB=-0.0133585;REVB=0.0691774;RO=28;SAF=23;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177372;STB=0.51693;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0155897;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:28:29:33:51:0.6375:10:23:14:14:27:24:15:14 chr2 240981262 . A C 786.93 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.759;QD=55.223;RBI=0.0518283;REFB=-0.0948339;REVB=0.0477438;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000490938;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:25:30:1:0:26:30:1:0 chr2 240981375 . T A 1065.97 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00679628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.435;QD=57.6202;RBI=0.0594059;REFB=0.0972818;REVB=0.0590159;RO=1;SAF=22;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210027;STB=0.510635;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000145016;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:74:1:1:70:73:0.986486:48:22:1:0:50:23:1:0 chr2 240982271 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0237493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.688;QD=12.3964;RBI=0.0868366;REFB=-0.0390736;REVB=0.0835258;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331615;STB=0.691764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0110998;OID=.;OPOS=240982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:5:0:1:4:5:0 chr2 240982312 . G A 137.05 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00243268;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.032;QD=17.6835;RBI=0.00367605;REFB=-0.0178828;REVB=-0.00275599;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132182;STB=0.583229;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0238804;OID=.;OPOS=240982312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:10:16:14:15:0.483871:5:9:8:2:6:9:12:4 chr2 240984789 . C T 165.39 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0102726;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.909;QD=9.58784;RBI=0.0105568;REFB=-0.00548515;REVB=-0.00243306;RO=47;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172223;STB=0.602311;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00986765;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:16:6:19:28:16:6:19:28 chr2 240985160 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.373;QD=33.4285;RBI=0.0900143;REFB=0;REVB=0.0823983;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128965;OID=.;OPOS=240985160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 240985347 . G A 625.73 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0147813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.592;QD=52.1445;RBI=0.0181297;REFB=-0.0597849;REVB=-0.0104976;RO=4;SAF=12;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13335;STB=0.586165;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00345514;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:48:4:5:43:43:0.895833:31:12:4:0:31:12:5:0 chr2 241066058 . A G 507.88 PASS AF=0.52809;AO=32;DP=93;FAO=47;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0386123;FXX=0.0219756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.244;QD=22.8259;RBI=0.0412195;REFB=-0.0789039;REVB=0.0144269;RO=18;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257253;STB=0.544965;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0502064;OID=.;OPOS=241066058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:89:18:42:32:47:0.52809:16:16:2:16:16:31:24:18 chr2 241066280 . C T 163.78 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0278669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5488;QD=13.9386;RBI=0.030235;REFB=-0.0170075;REVB=0.0117301;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549201;STB=0.53188;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0388258;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:16:13:9:9:16:13 chr2 241390100 . G T 33.51 PASS AF=0.0737705;AO=8;DP=121;FAO=9;FDP=122;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=113;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.0285686;FXX=0.0317435;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.9063;QD=1.09877;RBI=0.111666;REFB=-0.0015757;REVB=0.10795;RO=61;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291454;STB=0.506431;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0177421;OID=.;OPOS=241390100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:121:122:61:113:8:9:0.0737705:4:4:32:29:5:4:51:62 chr2 241404317 . C T 1122.39 PASS AF=0.951807;AO=77;DP=84;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0074887;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8659;QD=54.0911;RBI=0.00831286;REFB=-0.138134;REVB=-0.00360875;RO=4;SAF=38;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239334;STB=0.500305;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00550899;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:84:83:4:4:77:79:0.951807:39:38:3:1:39:40:2:2 chr2 241404499 . C T 1860.09 PASS AF=0.954198;AO=124;DP=131;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0258365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.671;QD=56.7967;RBI=0.0774073;REFB=-0.146286;REVB=0.0729682;RO=6;SAF=92;SAR=32;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811566;STB=0.54166;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00248319;OID=.;OPOS=241404499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:131:131:6:6:124:125:0.954198:32:92:0:6:33:92:0:6 chr2 241405528 . A G 1822.66 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.858;QD=60.7554;RBI=0.00928769;REFB=0;REVB=-0.000663816;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002956;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:59:58:0:0:61:59:0:0 chr2 241463453 . C A 112.99 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00398191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.721;QD=10.2714;RBI=0.0170357;REFB=-0.00762782;REVB=-0.0165638;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4298;STB=0.769605;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0140541;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:30:13:14:0.318182:3:10:12:18:3:11:12:18 chr2 241492255 . G T 905.4 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118426;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.739;QD=57.4858;RBI=0.0290293;REFB=0;REVB=-0.0265039;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926933;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:21:40:0:0:21:42:0:0 chr2 241513695 . G A 1021.76 PASS AF=0.532609;AO=98;DP=184;FAO=98;FDP=184;FR=.;FRO=86;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00934901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.859;QD=22.2123;RBI=0.0111074;REFB=-0.0154478;REVB=-0.00599756;RO=86;SAF=65;SAR=33;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147589;STB=0.580886;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0118514;OID=.;OPOS=241513695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:86:86:98:98:0.532609:33:65:43:43:33:65:43:43 chr2 241517314 . G A 686.72 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0215303;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8457;QD=16.852;RBI=0.0373197;REFB=-0.0117134;REVB=0.0304829;RO=88;SAF=40;SAR=34;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272956;STB=0.517906;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0110582;OID=.;OPOS=241517314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:89:74:74:0.453988:34:40:50:38:34:40:51:38 chr2 241531479 . A G 1513.67 PASS AF=0.459302;AO=150;DP=336;FAO=158;FDP=344;FR=.;FRO=186;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=94;FSRR=92;FWDB=0.00268403;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.125;QD=17.6008;RBI=0.015972;REFB=-0.0333703;REVB=0.0157448;RO=182;SAF=82;SAR=68;SRF=92;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409869;STB=0.510796;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0334569;OID=.;OPOS=241531479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:344:182:186:150:158:0.459302:68:82:92:90:75:83:94:92 chr2 241536126 . A G 129.01 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0095277;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1345;QD=12.0012;RBI=0.0618033;REFB=0.00339712;REVB=-0.0610645;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781561;STB=0.504848;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00241508;OID=.;OPOS=241536126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:28:15:15:0.348837:6:9:11:10:6:9:17:11 chr2 241538061 . T C 278.4 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0942522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6794;QD=18.8744;RBI=0.094275;REFB=0.00230946;REVB=-0.0020738;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783065;STB=0.542345;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00686167;OID=.;OPOS=241538061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:29:28:30:0.508475:14:14:17:12:15:15:17:12 chr2 241538074 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.991;QD=58.5998;RBI=0.0242217;REFB=0;REVB=-0.0232355;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58963e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr2 241558397 . G A 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0315818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.401;QD=17.3776;RBI=0.03164;REFB=-0.00387373;REVB=0.00191852;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022056;STB=0.506325;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00441733;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:37:33:33:0.471429:20:13:15:21:20:13:15:22 chr2 241570107 . C T 126.85 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0129222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.589;QD=19.5153;RBI=0.0318067;REFB=-0.0260548;REVB=0.0290634;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228296;STB=0.644963;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0358624;OID=.;OPOS=241570107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:8:6:8:3:8:6:9:3 chr2 241570249 . A C 335.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.025;QD=53.662;RBI=0.016065;REFB=0;REVB=-0.0152959;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53497e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr2 241570391 . A G 612.63 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.798;QD=61.2632;RBI=0.0268434;REFB=0;REVB=0.0230131;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66815e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr2 241621799 . GC G,GT 71.55 PASS AF=0.344828,0.0344828;AO=10,2;DP=30;FAO=10,1;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3,0;FSAR=7,1;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0313861,0.000230791;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.2721,47.0321;QD=9.86945;RBI=0.080888,0.0256023;REFB=-0.0360166,-0.018534;REVB=-0.0745505,0.0256012;RO=17;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.16979,-0.423265;STB=0.610917,0.983583;STBP=0.539,0.536;TYPE=del,snp;VARB=0.063052,-0.0377735;OID=.,.;OPOS=241621800,241621800;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828,0.0344828:10,2:30:10,1:29:18:3,0:7,1:3:15:65:17:3,0:7,2:3:14 chr2 241622187 . C T 1444.74 PASS AF=0.830769;AO=107;DP=133;FAO=108;FDP=130;FR=.;FRO=22;FSAF=80;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0075616;FXX=0.0225547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.764;QD=44.4536;RBI=0.0263263;REFB=-0.0429627;REVB=0.025217;RO=22;SAF=80;SAR=27;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995721;STB=0.550449;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.013229;OID=.;OPOS=241622187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:22:22:107:108:0.830769:27:80:11:11:28:80:11:11 chr2 241622195 . T C 51.34 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=91;FSRR=39;FWDB=-0.0347367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.367;QD=1.42608;RBI=0.0375947;REFB=-0.0121473;REVB=-0.0143778;RO=127;SAF=7;SAR=7;SRF=89;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249698;STB=0.680332;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0585406;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:143:144:127:130:14:14:0.0972222:7:7:89:38:7:7:91:39 chr2 241622209 . T C 2368.34 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9093;QD=61.1185;RBI=0.0222504;REFB=0;REVB=0.0192803;RO=0;SAF=103;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72276e-05;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:52:103:0:0:52:103:0:0 chr2 241627836 . G C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00167807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.274;QD=16.5359;RBI=0.0151664;REFB=-0.0147153;REVB=-0.0150733;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330109;STB=0.677224;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0137293;OID=.;OPOS=241627836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:12:6:15:7:12:6:15:8 chr2 241627928 . A G 612.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.681;QD=61.2699;RBI=0.0115123;REFB=0;REVB=0.000263411;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4064e-05;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:20:20:0:0 chr2 241631476 . C G 255.22 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4768;QD=51.0441;RBI=0.0448653;REFB=0;REVB=-0.0280939;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200405;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr2 241696843 . C A 34.16 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.0753519;FXX=0.0588178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.829;QD=1.42333;RBI=0.0755717;REFB=-0.0118293;REVB=-0.00575918;RO=84;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759823;STB=0.561194;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.192774;OID=.;OPOS=241696843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:95:96:84:86:10:10:0.104167:7:3:30:54:7:3:31:55 chr2 241706757 . T C 162.22 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0199059;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5787;QD=18.5397;RBI=0.0609293;REFB=-0.0320651;REVB=0.0575859;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166843;STB=0.572872;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0204509;OID=.;OPOS=241706757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:7:10:13:4:7:10:13:5 chr2 241808759 . T TG 31.68 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.018951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.267;QD=4.694;RBI=0.0583599;REFB=-0.0977456;REVB=0.0551973;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=ins;VARB=0.163943;OID=.;OPOS=241808760;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:29:9:27:18:3:6:8:10:31:21:3:5:8:13 chr2 241816545 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3022;QD=57.7122;RBI=0.012052;REFB=0;REVB=0.00670062;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134656;OID=.;OPOS=241816545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr2 241828012 . T C 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.692;QD=60.5098;RBI=0.0496911;REFB=-0.135745;REVB=0.0290081;RO=1;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013242;STB=0.507039;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00578159;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:35:10:0:1:35:10:0:1 chr2 241828034 . A G 444.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.282;QD=57.3919;RBI=0.0891361;REFB=0;REVB=0.00977387;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334167;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:25:5:0:0:25:6:0:0 chr2 241830969 . G A 1247.02 PASS AF=1;AO=78;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5068;QD=57.3345;RBI=0.293358;REFB=-0.0641044;REVB=0.292142;RO=3;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025668;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:87:3:0:78:87:1:31:47:0:3:40:47:0:0 chr2 241831005 . C T 2761.74 PASS AF=0.983696;AO=177;DP=181;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0388745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9027;QD=60.0379;RBI=0.0538809;REFB=-0.0468834;REVB=0.0373085;RO=3;SAF=99;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179534;STB=0.509201;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00138524;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:181:184:3:3:177:181:0.983696:78:99:0:3:80:101:0:3 chr2 241831296 . C G 653.17 PASS AF=0.962264;AO=48;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.128935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.5455;QD=49.2955;RBI=0.130468;REFB=-0.210246;REVB=0.0199449;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276016;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0130186;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:53:53:4:2:48:51:0.962264:21:27:3:1:22:29:1:1 chr2 241834944 . T C 1479.9 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115288;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.007;QD=62.3115;RBI=0.0120631;REFB=0.0910284;REVB=-0.00355045;RO=1;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011424;STB=0.506023;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000844269;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:41:53:0:1:41:53:0:1 chr2 241835379 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0895214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.137;QD=58.5847;RBI=0.111463;REFB=0;REVB=0.0664069;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140207;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr2 241835399 . GA G,GAG 92.03 PASS AF=0,0.52;AO=4,8;DP=27;FAO=0,13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=0,9;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0032852,0.19811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.551,17.0338;QD=14.7253;RBI=0.0203885,0.228674;REFB=0.00294621,-0.0594103;REVB=-0.0201221,0.114211;RO=15;SAF=3,5;SAR=1,3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.506051,0.368003;STB=0.5,0.771056;STBP=1,0.011;TYPE=del,ins;VARB=0,0.118193;OID=.,.;OPOS=241835400,241835401;OREF=A,-;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.52:4,8:27:0,13:25:12:0,9:0,4:1:11:70:15:3,5:1,3:4:11 chr2 241865156 . T C 3068.51 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.067;QD=61.0648;RBI=0.00740626;REFB=0;REVB=-0.00270797;RO=0;SAF=114;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165167;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:201:0:0:197:201:1:83:114:0:0:87:114:0:0 chr2 241869664 . G A 573.08 PASS AF=0.351485;AO=69;DP=200;FAO=71;FDP=202;FR=.;FRO=131;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=0.0472529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3186;QD=11.3481;RBI=0.0843046;REFB=-0.00667916;REVB=0.0698171;RO=130;SAF=32;SAR=37;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380639;STB=0.51525;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.018855;OID=.;OPOS=241869664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:130:131:69:71:0.351485:37:32:56:74:39:32:56:75 chr2 241872597 . A G 1852.15 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151208;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.449;QD=61.7382;RBI=0.0524826;REFB=0;REVB=0.0524608;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111866;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:120:120:1:50:70:0:0:50:70:0:0 chr2 241898824 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000145235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.571;QD=57.7124;RBI=0.0179588;REFB=0;REVB=0.0179582;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85418e-05;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr2 241904000 . A AC 1654.31 PASS AF=0.991803;AO=29;DP=127;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472305;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.3561;QD=54.2397;RBI=0.0512733;REFB=-0.0221526;REVB=-0.0199557;RO=90;SAF=13;SAR=16;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255558;STB=0.503401;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=-3.76644e-05;OID=.;OPOS=241904001;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991803:29:127:121:122:1:73:48:1:0:6:90:13:16:59:31 chr2 241904001 . G C 1098.63 PASS AF=0.725806;AO=90;DP=123;FAO=90;FDP=124;FR=.;FRO=34;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0105782;FXX=0.0387567;HRUN=7;LEN=1;MLLD=54.5239;QD=35.4398;RBI=0.0281982;REFB=-0.0698158;REVB=-0.0261388;RO=33;SAF=59;SAR=31;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122829;STB=0.562533;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00953897;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:33:34:90:90:0.725806:31:59:14:19:31:59:15:19 chr2 241922430 . T C 558.82 PASS AF=0.5;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0151528;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.43;QD=19.2696;RBI=0.0363013;REFB=-0.0350593;REVB=-0.0329875;RO=54;SAF=29;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404021;STB=0.53443;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0332361;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:58:57:58:0.5:28:29:25:29:28:30:26:32 chr2 241929228 . A G 1620.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.156;QD=60.0317;RBI=0.0308094;REFB=0;REVB=0.0269317;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90133e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:52:54:0:0:52:56:0:0 chr2 241979550 . T C 958.03 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296828;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.886;QD=58.9558;RBI=0.0318591;REFB=0;REVB=0.0115729;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47451e-05;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr2 241991875 . G A 708.18 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0515104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.359;QD=59.0146;RBI=0.051513;REFB=-0.214879;REVB=-0.000511288;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170841;STB=0.517234;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00309704;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:2:44:46:0.958333:17:27:1:0:18:28:2:0 chr2 242003487 . C T 2790.61 PASS AF=1;AO=169;DP=173;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115037;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9679;QD=60.0132;RBI=0.131102;REFB=0;REVB=0.0628822;RO=0;SAF=76;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509731;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:186:0:0:169:186:1:93:76:0:0:99:87:0:0 chr2 242003488 . G T 43.9 PASS AF=0.0789474;AO=14;DP=189;FAO=15;FDP=190;FR=.;FRO=175;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=96;FWDB=-0.0020316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2833;QD=0.924304;RBI=0.00602139;REFB=-0.0174005;REVB=-0.0056683;RO=175;SAF=8;SAR=6;SRF=79;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132337;STB=0.634679;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0202488;OID=.;OPOS=242003488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:189:190:175:175:14:15:0.0789474:6:8:79:96:6:9:79:96 chr2 242004866 . A G 1181.57 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.994;QD=60.5936;RBI=0.013732;REFB=0;REVB=0.0127467;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66759e-05;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:47:31:0:0 chr2 242011084 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.514;QD=44.6897;RBI=0.0545675;REFB=0;REVB=0.010962;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708227;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr2 242021742 . G T 1939.26 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0559474;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6569;QD=61.0791;RBI=0.0560966;REFB=0.0458299;REVB=-0.00408845;RO=1;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637804;STB=0.503355;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000384896;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:125:126:0.992126:74:51:0:1:74:52:0:1 chr2 242029426 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.072;QD=58.5994;RBI=0.0110397;REFB=0;REVB=0.00698301;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89551e-06;OID=.;OPOS=242029426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr2 242036797 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.985;QD=57.1061;RBI=0.0303232;REFB=0;REVB=0.00914533;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63512e-05;OID=.;OPOS=242036797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr2 242046785 . A C 588.21 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.364;QD=60.3288;RBI=0.0178426;REFB=0;REVB=0.0170118;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43789e-05;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:16:23:0:0 chr2 242051777 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.906;QD=57.7123;RBI=0.0215987;REFB=0;REVB=0.0190434;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61787e-05;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr2 242054403 . G A 1677.45 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=118;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0224822;FXX=0.0338954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.487;QD=58.8581;RBI=0.0253573;REFB=-0.0774725;REVB=0.0117277;RO=2;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186089;STB=0.509802;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000933398;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:114:2:2:111:112:0.982456:50:61:0:2:50:62:0:2 chr2 242062162 . C T 392.84 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.791;QD=56.1193;RBI=0.0491846;REFB=0;REVB=0.0485332;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858815;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr2 242077496 . C T 889.2 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128748;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.02;QD=58.3079;RBI=0.0224895;REFB=0;REVB=0.0184396;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266624;OID=.;OPOS=242077496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 242079007 . A G 701.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.265;QD=62.3908;RBI=0.0197739;REFB=0;REVB=-0.0165949;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01429e-05;OID=.;OPOS=242079007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:29:16:0:0 chr2 242082262 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.333;QD=59.8392;RBI=0.0271583;REFB=0;REVB=0.0180856;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123904;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr2 242122391 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000626864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.409;QD=56.9382;RBI=0.0233997;REFB=0;REVB=-0.0233913;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51749e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr2 242203916 . A C 1707.72 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077023;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.932;QD=59.9199;RBI=0.00867581;REFB=0;REVB=0.00399304;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84925e-05;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:112:114:1:47:65:0:0:49:65:0:0 chr2 242275389 . GA G,GT 32.93 PASS AF=0.22807,0.0175439;AO=19,4;DP=57;FAO=13,1;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=11,1;FSAR=2,0;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0501072,-0.0530052;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.24542,89.8621;QD=2.31092;RBI=0.10541,0.0612989;REFB=-0.173882,-0.021409;REVB=-0.0927388,-0.0307895;RO=30;SAF=12,4;SAR=7,0;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243515,0.645896;STB=0.826064,0.991059;STBP=0.01,0.283;TYPE=del,snp;VARB=0.148164,0.0978441;OID=.,.;OPOS=242275390,242275390;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807,0.0175439:19,4:57:13,1:57:43:11,1:2,0:19:24:29:30:12,4:7,0:12:18 chr2 242350466 . A G 390.76 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0144403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.007;QD=32.5632;RBI=0.0282118;REFB=-0.046891;REVB=0.024236;RO=16;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964449;STB=0.552599;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.014205;OID=.;OPOS=242350466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:15:17:11:5:15:17:11:5 chr2 242572846 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.583;QD=57.1018;RBI=0.0369168;REFB=0;REVB=0.0311256;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142953;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr2 242573211 . T C 457.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.948;QD=57.2225;RBI=0.0452262;REFB=0;REVB=-0.000498144;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469346;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr2 242598667 . G A 238.15 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0121991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8297;QD=20.2679;RBI=0.0554186;REFB=-0.0183261;REVB=0.0540593;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303112;STB=0.667852;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0249532;OID=.;OPOS=242598667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:3:21:13:10:3:21 chr2 242610773 . T A 1881.43 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434216;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.342;QD=61.6861;RBI=0.0710635;REFB=0;REVB=0.0562546;RO=0;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183033;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:49:73:0:0:49:73:0:0 chr2 242680430 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0172029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.273;QD=13.58;RBI=0.0174202;REFB=-0.0157142;REVB=-0.00274304;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474575;STB=0.51074;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0212701;OID=.;OPOS=242680430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:7:10:16:11:7:10:16:12 chr2 242688292 . C T 196.63 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00651958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8659;QD=18.2907;RBI=0.0134234;REFB=-0.0207424;REVB=0.0117338;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420163;STB=0.523905;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0184032;OID=.;OPOS=242688292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:9:14:13:7:9:14 chr2 242688366 . C T 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0695228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6662;QD=12.0483;RBI=0.0834265;REFB=-0.0159111;REVB=0.0461147;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666262;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.019837;OID=.;OPOS=242688366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:6:7:7:2:6:7 chr2 242690675 . G A 165.66 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0256537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.632;QD=11.4248;RBI=0.0408682;REFB=0.00550677;REVB=0.0318134;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420476;STB=0.727941;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00346827;OID=.;OPOS=242690675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:37:21:21:0.362069:15:6:24:11:15:6:24:13 chr2 242757411 . C T 398.9 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0558971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.639;QD=26.5932;RBI=0.0595336;REFB=-0.0300184;REVB=0.0204882;RO=22;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066035;STB=0.536072;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0198813;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:21:17:12:10:21:17:12:10 chr2 242758203 . T C 219.95 PASS AF=0.320988;AO=18;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00477442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.02;QD=10.8619;RBI=0.0107132;REFB=-0.0175403;REVB=0.00959046;RO=52;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357563;STB=0.596351;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0353071;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:18:26:0.320988:7:11:16:36:14:12:17:36 chr2 242758326 . G A 184.29 PASS AF=0.444444;AO=17;DP=50;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.112285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.128;QD=13.6513;RBI=0.112317;REFB=-0.019267;REVB=0.00270305;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149134;STB=0.518503;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0217936;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:30:17:24:0.444444:12:5:11:15:12:12:14:16 chr2 242793208 . G A 754.69 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.000125291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.498;QD=22.8694;RBI=0.00385635;REFB=-0.00390444;REVB=0.00385431;RO=60;SAF=51;SAR=21;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569836;STB=0.531241;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00342813;OID=.;OPOS=242793208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:60:72:72:0.545455:21:51:39:21:21:51:39:21 chr2 242793273 . A G 448.97 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=0.00317415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.488;QD=14.3671;RBI=0.013796;REFB=-0.0177268;REVB=-0.0134259;RO=74;SAF=25;SAR=26;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237999;STB=0.633108;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0271925;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:26:25:53:21:26:25:53:21 chr2 242793433 . G A 138.62 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000770895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7401;QD=12.054;RBI=0.0448419;REFB=-0.00960947;REVB=-0.0448353;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196835;STB=0.628405;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.015841;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:5:11:15:14:5:11:15:15 chr2 242813124 . T C 676.41 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2385;QD=60.1254;RBI=0.0408095;REFB=-0.161601;REVB=0.0346408;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00851892;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:0:1:15:29:0:1 chr2 242814283 . C T 162.83 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0581468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1873;QD=13.0262;RBI=0.0596305;REFB=-0.0140916;REVB=0.0132193;RO=32;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367169;STB=0.716815;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0270823;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:4:14:15:17:4:14:15:17 chr2 242814360 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0561328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0474;QD=10.3657;RBI=0.0691192;REFB=-0.0460863;REVB=-0.0403308;RO=39;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291709;STB=0.672713;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0581055;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:5:15:20:19:5:15:20:19 chr2 242814463 . A T 279.24 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0212688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.892;QD=12.55;RBI=0.0216897;REFB=-0.0155544;REVB=-0.00425219;RO=56;SAF=21;SAR=12;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050943;STB=0.529131;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0315962;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:12:21:38:18:12:21:38:18 chr2 242814639 . T C 117.64 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0581403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.848;QD=14.2592;RBI=0.0581551;REFB=-0.0123034;REVB=0.00131441;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311698;STB=0.571317;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0144293;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:12:1:4:15:12:2:4:15 chr2 242815059 . C T 1747.43 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561121;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.845;QD=61.3133;RBI=0.0122121;REFB=0;REVB=0.0108466;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898689;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:113:114:1:61:52:0:0:61:53:0:0 chr2 242839347 . C T 222.37 PASS AF=0.325581;AO=30;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.092339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7989;QD=10.3428;RBI=0.0950648;REFB=-0.0388661;REVB=0.0226013;RO=55;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341911;STB=0.513504;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0603334;OID=.;OPOS=242839347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:58:30:28:0.325581:16:14:24:31:16:12:26:32 chr2 242839363 . G C 267.62 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0362513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9974;QD=11.5106;RBI=0.0477534;REFB=-0.0044939;REVB=0.0310844;RO=61;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650809;STB=0.537611;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00906487;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:16:16:27:34:16:16:27:34 chr3 361508 . C T 112.43 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.110825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.067;QD=6.61358;RBI=0.114785;REFB=-0.011264;REVB=-0.0298924;RO=50;SAF=4;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278617;STB=0.681324;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.035284;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:13:4:22:28:13:4:23:28 chr3 391100 . A G 1720.5 PASS AF=0.959016;AO=116;DP=122;FAO=117;FDP=122;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0218844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.787;QD=56.41;RBI=0.0328557;REFB=-0.0849247;REVB=0.0245065;RO=5;SAF=50;SAR=66;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134724;STB=0.506825;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000257404;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:122:122:5:5:116:117:0.959016:66:50:3:2:66:51:3:2 chr3 439963 . A G 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9671;QD=61.2107;RBI=0.00912209;REFB=0;REVB=-0.00838825;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31041e-05;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr3 440028 . T C 834.77 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.748;QD=57.5707;RBI=0.0270275;REFB=0;REVB=0.0264837;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74741e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr3 450391 . T C 765.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.836;QD=63.7812;RBI=0.0242064;REFB=0;REVB=0.0024093;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81819e-05;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr3 450534 . T C 1233.79 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0423245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1035;QD=56.7258;RBI=0.0434175;REFB=-0.0733349;REVB=0.00968069;RO=3;SAF=43;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982618;STB=0.500832;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0167931;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:3:4:83:83:0.954023:40:43:2:1:40:43:2:2 chr3 1107455 . T C 1119.84 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127213;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.904;QD=60.5317;RBI=0.023622;REFB=0;REVB=0.0199039;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17619e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:35:39:0:0 chr3 1262474 . T C 297.38 PASS AF=0.28777;AO=40;DP=139;FAO=40;FDP=139;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0586802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.985;QD=8.55775;RBI=0.0588172;REFB=0.000742648;REVB=-0.00401319;RO=99;SAF=20;SAR=20;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427539;STB=0.525167;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00138516;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:99:99:40:40:0.28777:20:20:53:46:20:20:53:46 chr3 1363508 . C T 142.42 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0382949;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2731;QD=6.47356;RBI=0.047719;REFB=-0.00460464;REVB=-0.0284711;RO=65;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181504;STB=0.510305;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0216428;OID=.;OPOS=1363508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:65:67:21:21:0.238636:11:10:30:35:11:10:31:36 chr3 1424718 . G A 989.96 PASS AF=0.669291;AO=85;DP=127;FAO=85;FDP=127;FR=.;FRO=42;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0156431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.533;QD=31.1798;RBI=0.0165567;REFB=0.0093299;REVB=0.00542383;RO=41;SAF=42;SAR=43;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776391;STB=0.537454;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00525782;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:41:42:85:85:0.669291:43:42:15:26:43:42:16:26 chr3 1424850 . T G 278.41 PASS AF=0.288889;AO=33;DP=129;FAO=39;FDP=135;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00342366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.139;QD=8.24908;RBI=0.0275984;REFB=-0.00728487;REVB=-0.0273852;RO=92;SAF=19;SAR=14;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936719;STB=0.557064;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0192011;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:92:96:33:39:0.288889:14:19:46:46:16:23:49:47 chr3 3030128 . T C 227.99 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=110;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0253921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.794;QD=8.21573;RBI=0.0254091;REFB=-0.0188072;REVB=-0.000929758;RO=77;SAF=14;SAR=18;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828425;STB=0.558025;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0455763;OID=.;OPOS=3030128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:77:79:32:32:0.288288:18:14:39:38:18:14:41:38 chr3 3067850 . A G 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.296;QD=59.9946;RBI=0.00999802;REFB=0;REVB=0.0088376;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69097e-05;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr3 3067853 . G A 190.86 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00630969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0352;QD=7.20225;RBI=0.00634587;REFB=-0.00690598;REVB=0.000676648;RO=78;SAF=15;SAR=13;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123911;STB=0.507437;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.021775;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:13:15:41:37:13:15:41:37 chr3 3076401 . C T 83.5 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0265524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.778;QD=6.30157;RBI=0.0280974;REFB=-0.00651587;REVB=0.00918866;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104599;STB=0.56593;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0220178;OID=.;OPOS=3076401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:17:24:6:6:17:24 chr3 3076443 . A G 772.23 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133683;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.377;QD=64.3529;RBI=0.013723;REFB=0;REVB=-0.00309995;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271736;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr3 3081750 . A T 1295.17 PASS AF=0.700637;AO=110;DP=158;FAO=110;FDP=157;FR=.;FRO=47;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=-0.00214522;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5688;QD=32.998;RBI=0.0210702;REFB=-0.00519425;REVB=-0.0209607;RO=47;SAF=57;SAR=53;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139542;STB=0.574663;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0031046;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:47:47:110:110:0.700637:53:57:36:11:53:57:36:11 chr3 3081825 . T C 2312.58 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.097;QD=62.5021;RBI=0.0488102;REFB=-0.0590739;REVB=0.0408141;RO=2;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069293;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:147:148:2:0:145:148:1:69:76:0:2:72:76:0:0 chr3 3098041 . G C 598.82 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00195773;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.601;QD=28.1796;RBI=0.0310591;REFB=-0.0106931;REVB=-0.0309974;RO=32;SAF=25;SAR=28;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191407;STB=0.603835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00389388;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:28:25:24:8:28:25:24:8 chr3 3115478 . T C 469.28 PASS AF=0.724138;AO=41;DP=57;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0447223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.453;QD=32.3641;RBI=0.0452233;REFB=-0.0180082;REVB=0.00671292;RO=16;SAF=23;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966231;STB=0.554429;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00920877;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:16:41:42:0.724138:18:23:6:10:18:24:6:10 chr3 3139957 . T C 769.74 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.767;QD=57.0181;RBI=0.0208742;REFB=0;REVB=0.0193145;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89521e-05;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr3 3170791 . CC CT,GT 767.87 PASS AF=0.303571,0.696429;AO=16,39;DP=56;FAO=17,39;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=7,24;FSAR=10,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393143,-0.0553641;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=87.0809,91.0236;QD=54.8479;RBI=0.0462063,0.056494;REFB=0,0;REVB=-0.0242777,-0.0112425;RO=0;SAF=6,24;SAR=10,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00831683,-0.00129915;OID=.,.;OPOS=3170792,3170791;OREF=C,CC;OALT=T,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:56:56:0:0:16,39:17,39:0.303571,0.696429:10,15:6,24:0:0:10,15:7,24:0:0 chr3 3189279 . A G 888.97 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00917808;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.559;QD=51.5347;RBI=0.00929868;REFB=-0.123217;REVB=0.00149277;RO=5;SAF=28;SAR=36;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224662;STB=0.511923;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00074714;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:69:69:5:5:64:64:0.927536:36:28:3:2:36:28:3:2 chr3 3197918 . A G 859.56 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0652972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.202;QD=54.5754;RBI=0.0696629;REFB=0.0249033;REVB=0.0242732;RO=2;SAF=29;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314423;STB=0.516661;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000666274;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:32:29:2:0:32:29:2:0 chr3 3886580 . A G 894.32 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01059;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.962;QD=56.782;RBI=0.0222804;REFB=-0.185198;REVB=0.0196027;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000161215;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:1:0:30:32:1:0 chr3 3886721 . C A 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0527677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.781;QD=16.1969;RBI=0.0544564;REFB=-0.0246891;REVB=0.0134563;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00717084;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr3 3886847 . G C 32.18 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0417995;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6687;QD=2.4751;RBI=0.0422914;REFB=-0.00691031;REVB=0.00643166;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144252;STB=0.615021;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0377885;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:52:52:45:46:6:6:0.115385:3:3:28:17:3:3:29:17 chr3 3886919 . C T 141.84 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0152106;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.074;QD=5.56225;RBI=0.042704;REFB=-0.00472519;REVB=-0.0399032;RO=79;SAF=14;SAR=8;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16599;STB=0.608596;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0184345;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:80:22:22:0.215686:8:14:40:39:8:14:40:40 chr3 3887093 . A G 814.35 PASS AF=0.780488;AO=64;DP=82;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.018868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.536;QD=39.7244;RBI=0.0294333;REFB=-0.0239155;REVB=0.0225902;RO=18;SAF=24;SAR=40;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060631;STB=0.503246;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00572971;OID=.;OPOS=3887093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:18:18:64:64:0.780488:40:24:7:11:40:24:7:11 chr3 3889222 . G T 223.16 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.538;QD=49.5902;RBI=0.00888329;REFB=0;REVB=0.00455673;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86053e-05;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr3 4046861 . A G 556.09 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00806865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8528;QD=33.7022;RBI=0.0231418;REFB=-0.0401676;REVB=0.0216896;RO=18;SAF=33;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121873;STB=0.506576;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.014759;OID=.;OPOS=4046861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:15:33:12:6:15:33:12:6 chr3 4403837 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.151;QD=58.1386;RBI=0.0271043;REFB=0;REVB=0.0226289;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04525e-05;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 4738837 . A G 94.92 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0257926;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.1084;QD=5.75255;RBI=0.0377278;REFB=0.00115343;REVB=0.0275341;RO=49;SAF=2;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528075;STB=0.843668;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00309313;OID=.;OPOS=4738837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:66:49:51:15:15:0.227273:13:2:26:23:13:2:28:23 chr3 4817057 . T C 1071.07 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244938;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.654;QD=60.3422;RBI=0.0352267;REFB=0;REVB=0.0253174;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88172e-05;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr3 4856180 . T C 1011.6 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0849755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3135;QD=56.9917;RBI=0.0874797;REFB=-0.0739426;REVB=0.0207812;RO=2;SAF=23;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00948345;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00408019;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:2:1:67:70:0.985915:44:23:1:1:44:26:0:1 chr3 4856234 . G A 576.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.839;QD=60.6571;RBI=0.0147861;REFB=0;REVB=0.00796606;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35919e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:28:8:0:0:28:10:0:0 chr3 5024771 . T C 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0183929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.959;QD=3.73352;RBI=0.0255335;REFB=-0.0118437;REVB=-0.0177105;RO=37;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699842;STB=0.548879;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0275953;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:4:3:18:19:4:3:18:19 chr3 5025645 . G C 30.58 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.008837;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=276.917;QD=1.34397;RBI=0.0179725;REFB=-0.00129042;REVB=-0.0156499;RO=83;SAF=3;SAR=5;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252527;STB=0.698744;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.020208;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:83:83:8:8:0.0879121:5:3:50:33:5:3:50:33 chr3 5025650 . G T 36.91 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0144646;FXX=0.0215031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=172.747;QD=1.62228;RBI=0.0176056;REFB=-2.41854e-05;REVB=-0.0100366;RO=81;SAF=4;SAR=5;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201367;STB=0.645627;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000244324;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:91:81:82:9:9:0.0989011:5:4:50:31:5:4:50:32 chr3 5025654 . G A 35.89 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0185416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1186;QD=1.52739;RBI=0.0256007;REFB=-0.00180407;REVB=-0.0176523;RO=85;SAF=4;SAR=5;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165756;STB=0.627634;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0267087;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:5:4:50:35:5:4:50:35 chr3 5241309 . C A 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0275757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.612;QD=7.08115;RBI=0.0285942;REFB=-0.00754315;REVB=0.00756369;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054508;STB=0.516107;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0205391;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:43:15:15:0.258621:8:7:21:20:8:7:21:22 chr3 6903297 . C T 197.48 PASS AF=0.18;AO=35;DP=202;FAO=36;FDP=200;FR=.;FRO=164;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=94;FWDB=0.0366818;FXX=0.0243891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6128;QD=3.94966;RBI=0.0371332;REFB=-0.00213205;REVB=-0.00577258;RO=162;SAF=15;SAR=20;SRF=69;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347477;STB=0.514665;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0127334;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:162:164:35:36:0.18:20:15:69:93:20:16:70:94 chr3 7494417 . A T 150.56 PASS AF=0.25;AO=21;DP=85;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00388006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.698;QD=6.84344;RBI=0.00768512;REFB=-0.00714184;REVB=-0.00663372;RO=64;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183082;STB=0.590829;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0232156;OID=.;OPOS=7494417;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:64:66:21:22:0.25:10:11:24:40:11:11:25:41 chr3 8406253 . G A 317.14 PASS AF=0.285714;AO=44;DP=143;FAO=44;FDP=154;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0232009;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.6977;QD=8.23728;RBI=0.0294847;REFB=-0.0110896;REVB=-0.0181951;RO=99;SAF=21;SAR=23;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039159;STB=0.509747;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0192049;OID=.;OPOS=8406253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:154:99:110:44:44:0.285714:23:21:44:55:23:21:54:56 chr3 8556671 . T G 194.91 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.00474026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.819;QD=6.96122;RBI=0.0145393;REFB=-9.94004e-05;REVB=-0.0137449;RO=83;SAF=16;SAR=13;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791042;STB=0.547422;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000320123;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:13:16:51:32:13:16:51:32 chr3 8675539 . G A 198.82 PASS AF=0.226277;AO=31;DP=135;FAO=31;FDP=137;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0471805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8323;QD=5.80505;RBI=0.062929;REFB=-0.0155189;REVB=-0.041642;RO=104;SAF=18;SAR=13;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900516;STB=0.548279;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0508906;OID=.;OPOS=8675539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:104:106:31:31:0.226277:13:18:53:51:13:18:55:51 chr3 8676204 . A G 1509.72 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.492;QD=63.5673;RBI=0.0449785;REFB=0;REVB=0.0342305;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131925;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:49:44:0:0:50:45:0:0 chr3 8701430 . T C 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0305791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.121;QD=9.49108;RBI=0.0439971;REFB=-0.0208564;REVB=-0.0316332;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0366996;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:8:10:4:5:8:10 chr3 8809222 . C T 4041.19 PASS AF=1;AO=259;DP=262;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450546;FXX=0.0151509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.457;QD=62.1721;RBI=0.0914467;REFB=0;REVB=0.0795775;RO=0;SAF=160;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90907e-05;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:260:0:0:259:260:1:99:160:0:0:100:160:0:0 chr3 8809703 . G A 112.55 PASS AF=0.184211;AO=20;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0110226;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.201;QD=3.94908;RBI=0.0257696;REFB=-0.0113872;REVB=-0.0232932;RO=89;SAF=9;SAR=11;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563848;STB=0.523787;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0442498;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:93:20:21:0.184211:11:9:44:45:11:10:47:46 chr3 8955389 . C T 535.89 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.124;QD=56.4097;RBI=0.0158553;REFB=-0.0985024;REVB=-0.0103792;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191068;STB=0.509799;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000529899;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:38:1:1:36:37:0.973684:12:24:1:0:12:25:1:0 chr3 8973271 . G T 174.02 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.258;QD=46.406;RBI=0.0399192;REFB=0;REVB=0.0328491;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238012;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr3 8973283 . C G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4203;QD=46.8439;RBI=0.0101652;REFB=0;REVB=0.00390506;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524138;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 9005078 . C T 2749.75 PASS AF=0.978142;AO=179;DP=183;FAO=179;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0269384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.207;QD=60.1038;RBI=0.032892;REFB=-0.0390716;REVB=0.0188735;RO=3;SAF=73;SAR=106;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242037;STB=0.503575;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000290016;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:183:183:3:4:179:179:0.978142:106:73:1:2:106:73:1:3 chr3 9024017 . A G 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00174751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.148;QD=46.0563;RBI=0.00822319;REFB=0.0524842;REVB=-0.00803536;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000903594;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:11:8:0:0:11:8:0:1 chr3 9024146 . C A,T 1036.94 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=66,5;DP=71;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36,5;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503495,-0.0245276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.4693,125.47;QD=58.4191;RBI=0.0610857,0.0334984;REFB=0,0;REVB=0.0345889,-0.0228153;RO=0;SAF=36,5;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000961167,0.169311;OID=.,.;OPOS=9024146,9024146;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:71:71:0:0:66,5:66,5:0.929577,0.0704225:30,0:36,5:0:0:30,0:36,5:0:0 chr3 9091151 . C G 75.59 PASS AF=0.244444;AO=8;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00199585;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.691;QD=6.71927;RBI=0.033719;REFB=-0.00818165;REVB=-0.0336599;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148472;STB=0.625786;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0329032;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:45:45:24:34:8:11:0.244444:3:5:12:12:4:7:16:18 chr3 9122948 . A G 1109.67 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.073;QD=59.9824;RBI=0.0499227;REFB=0;REVB=0.0330726;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132225;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:71:74:1:33:38:0:0:34:40:0:0 chr3 9406836 . T C 1337.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7319;QD=62.2151;RBI=0.00297489;REFB=0;REVB=-0.00199893;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06324e-06;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr3 9422210 . T C 1231.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117774;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7558;QD=61.5971;RBI=0.016567;REFB=0;REVB=-0.0116516;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294546;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:47:32:0:0:48:32:0:0 chr3 9425911 . G A 746.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.277;QD=63.548;RBI=0.0207934;REFB=0;REVB=0.0101576;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1597e-05;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr3 9540366 . C G 868.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.102;QD=57.883;RBI=0.0268689;REFB=0;REVB=0.0171497;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68995e-05;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:30:28:0:0:32:28:0:0 chr3 9870777 . A C 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00213074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.274;QD=29.4447;RBI=0.00377258;REFB=-0.0118353;REVB=0.00311325;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153005;STB=0.583622;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00778177;OID=.;OPOS=9870777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:18:13:4:15:18:13:4:15 chr3 9908749 . G C 1008.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5123;QD=59.3124;RBI=0.0611817;REFB=0;REVB=0.0556584;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272907;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr3 9934605 . T C 447.82 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.615;QD=57.7828;RBI=0.0731139;REFB=0;REVB=0.0730498;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211181;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:14:17:0:0 chr3 9970031 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.002;QD=33.4285;RBI=0.0641376;REFB=0;REVB=0.0315498;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040289;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr3 9976159 . A C,G 829.15 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=5,53;DP=60;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691272,-0.0243341;FXX=0.0333278;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=22.3999,84.4775;QD=57.1825;RBI=0.0933655,0.0250215;REFB=0,0;REVB=-0.0627578,-0.00582482;RO=0;SAF=0,25;SAR=5,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.145214,0.00598757;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:60:58:0:0:5,53:3,55:0.0517241,0.948276:5,28:0,25:0:0:3,30:0,25:0:0 chr3 9991388 . G C 1380.78 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0001;QD=61.3681;RBI=0.0402359;REFB=-0.00954863;REVB=-0.0178448;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000145246;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:45:44:1:0:45:44:1:0 chr3 10050110 . C T 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0522978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.726;QD=3.54644;RBI=0.0586904;REFB=-0.00834644;REVB=-0.0266364;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277864;STB=0.676898;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0423497;OID=.;OPOS=10050110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:37:39:7:7:0.152174:5:2:19:18:5:2:19:20 chr3 10070336 . G C 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00220728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.428;QD=26.0487;RBI=0.0439696;REFB=-0.0208005;REVB=0.0439142;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212555;STB=0.620474;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0116721;OID=.;OPOS=10070336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:9:3:3:2:9:3:3:2 chr3 10088266 . G T 41.04 PASS AF=0.113924;AO=8;DP=78;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0126032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.72;QD=2.07781;RBI=0.012755;REFB=0.000256495;REVB=0.00196194;RO=68;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237493;STB=0.714659;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00247138;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:78:79:68:70:8:9:0.113924:6:2:30:38:7:2:31:39 chr3 10088299 . C T 49.0 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0156899;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.317;QD=2.61315;RBI=0.0207173;REFB=-0.0165339;REVB=0.0135291;RO=65;SAF=2;SAR=8;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278998;STB=0.703952;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0456517;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:75:65:65:10:10:0.133333:8:2:26:39:8:2:26:39 chr3 10088308 . T C 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0173865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.55;QD=2.99606;RBI=0.0217461;REFB=-0.00843669;REVB=-0.0130614;RO=63;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327084;STB=0.727861;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0545905;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:63:64:11:11:0.146667:9:2:26:37:9:2:26:38 chr3 10088343 . A G 53.98 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0102844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3524;QD=3.32207;RBI=0.0129853;REFB=-0.000920544;REVB=-0.00792767;RO=55;SAF=2;SAR=8;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34092;STB=0.739208;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0125352;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:55:55:10:10:0.153846:8:2:25:30:8:2:25:30 chr3 10089723 . G A 102.66 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00309076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.436;QD=7.07985;RBI=0.00491335;REFB=-0.00260432;REVB=-0.00381946;RO=43;SAF=1;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621167;STB=0.894721;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00592712;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:14:1:21:22:14:1:21:22 chr3 10089738 . A G 78.14 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.060673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6195;QD=6.25089;RBI=0.0623735;REFB=-0.00611529;REVB=-0.0144652;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55979;STB=0.868794;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0248271;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:10:1:19:20:10:1:19:20 chr3 10142949 . C T 514.24 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00751257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.334;QD=33.1768;RBI=0.00771357;REFB=-0.0266341;REVB=0.00174942;RO=17;SAF=20;SAR=25;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473186;STB=0.525536;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00901277;OID=.;OPOS=10142949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:45:45:0.725806:25:20:6:11:25:20:6:11 chr3 10276163 . T A 1205.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.424;QD=61.0354;RBI=0.0172566;REFB=0;REVB=0.00555708;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93073e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:45:31:0:0:46:33:0:0 chr3 10290952 . G A 457.98 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0222518;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1453;QD=39.8244;RBI=0.0862374;REFB=-0.0273348;REVB=0.0833171;RO=11;SAF=26;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236645;STB=0.628655;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00564575;OID=.;OPOS=10290952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:11:11:35:35:0.76087:9:26:3:8:9:26:3:8 chr3 10302056 . A G 184.22 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0621144;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.681;QD=25.4099;RBI=0.0828681;REFB=-0.0437474;REVB=0.0548537;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189933;STB=0.615262;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0324169;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:29:10:10:17:19:0.655172:10:7:7:3:12:7:7:3 chr3 10302172 . G A 380.05 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609809;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.926;QD=56.3044;RBI=0.062172;REFB=0;REVB=0.0121113;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24762e-05;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr3 10311918 . C T 728.71 PASS AF=0.722892;AO=59;DP=81;FAO=60;FDP=83;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0334586;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4761;QD=35.1183;RBI=0.0411961;REFB=-0.0378421;REVB=0.0240341;RO=22;SAF=21;SAR=38;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21399;STB=0.616344;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.014706;OID=.;OPOS=10311918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:22:23:59:60:0.722892:38:21:17:5:38:22:18:5 chr3 10311939 . C T 178.52 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00692401;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.101;QD=8.70851;RBI=0.00982387;REFB=-0.00512242;REVB=-0.00696896;RO=58;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26165;STB=0.655607;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0127073;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:58:58:24:24:0.292683:8:16:26:32:8:16:26:32 chr3 10312507 . A G 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.000466942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.571;QD=2.87552;RBI=0.0415819;REFB=0.0015912;REVB=-0.0415793;RO=56;SAF=8;SAR=1;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463946;STB=0.841242;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00697375;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:1:8:31:25:1:8:31:25 chr3 10334516 . C T 273.13 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00296858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8343;QD=31.2145;RBI=0.036699;REFB=-0.0125868;REVB=-0.0365787;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746785;STB=0.541028;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00863326;OID=.;OPOS=10334516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:14:10:6:5:14:10:6:5 chr3 10353626 . C T 685.42 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=79;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00129485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.968;QD=34.7049;RBI=0.0168073;REFB=-0.0215524;REVB=0.0167574;RO=21;SAF=22;SAR=35;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02798;STB=0.520088;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00727441;OID=.;OPOS=10353626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:21:22:57:57:0.721519:35:22:7:14:35:22:7:15 chr3 10379923 . C T 1617.92 PASS AF=0.702128;AO=132;DP=188;FAO=132;FDP=188;FR=.;FRO=56;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0102074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.599;QD=34.4237;RBI=0.0285667;REFB=-0.0500295;REVB=0.0266809;RO=54;SAF=65;SAR=67;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014157;STB=0.512891;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0212672;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:54:56:132:132:0.702128:67:65:28:26:67:65:30:26 chr3 10413526 . G A 289.43 PASS AF=0.257485;AO=43;DP=167;FAO=43;FDP=167;FR=.;FRO=124;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=49;FWDB=-0.0225105;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.477;QD=6.93243;RBI=0.0362736;REFB=-0.0115973;REVB=0.0284439;RO=121;SAF=24;SAR=19;SRF=73;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057225;STB=0.535424;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.034581;OID=.;OPOS=10413526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:121:124:43:43:0.257485:19:24:73:48:19:24:75:49 chr3 10420087 . T C 85.04 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0227791;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.735;QD=5.00247;RBI=0.0311055;REFB=-0.00967705;REVB=-0.0211817;RO=54;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460525;STB=0.52937;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0518431;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:68:68:54:54:14:14:0.205882:7:7:25:29:7:7:25:29 chr3 10885920 . T C 1899.95 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133897;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.982;QD=61.7869;RBI=0.0185383;REFB=0;REVB=0.0128212;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1246e-05;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:56:67:0:0:56:67:0:0 chr3 10975849 . C T 232.38 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00461032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.61;QD=12.5611;RBI=0.00819308;REFB=-0.00208375;REVB=0.00677285;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085557;STB=0.549098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00368958;OID=.;OPOS=10975849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:15:13:25:21:15:13:25:21 chr3 11302933 . A G 464.15 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=58.0184;RBI=0.083108;REFB=0;REVB=0.0808436;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366927;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr3 11303874 . T C 1245.57 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.286;QD=61.5098;RBI=0.0230873;REFB=0;REVB=0.0225264;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12672e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr3 11372894 . C T 226.67 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0326261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.918;QD=9.06681;RBI=0.0407388;REFB=-0.0233289;REVB=-0.0243965;RO=70;SAF=8;SAR=21;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14993;STB=0.585595;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0534986;OID=.;OPOS=11372894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:71:29:29:0.29:21:8:27:43:21:8:27:44 chr3 11596348 . C T 293.49 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00839384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.955;QD=19.8975;RBI=0.0235799;REFB=-0.0183104;REVB=0.0220353;RO=24;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306061;STB=0.699122;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0142589;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:28:31:31:0.525424:21:10:17:7:21:10:21:7 chr3 11643465 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.002;QD=62.3492;RBI=0.031758;REFB=0;REVB=0.030105;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24215e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 11848968 . AG A,GA 33.83 PASS AF=0.108696,0.0652174;AO=12,3;DP=46;FAO=5,3;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1,0;FSAR=4,3;FSRF=1;FSRR=37;FWDB=0.0380852,0.00805586;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.9149,24.6587;QD=2.9419;RBI=0.049723,0.0107636;REFB=-0.0510064,-0.0343009;REVB=-0.031967,0.00713852;RO=29;SAF=1,0;SAR=11,3;SRF=1;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.23909,-0.409042;STB=0.836205,0.993423;STBP=0.887,0.519;TYPE=del,mnp;VARB=0.026979,0.0731666;OID=.,.;OPOS=11848969,11848968;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:46:46:29:38:12,3:5,3:0.108696,0.0652174:11,3:1,0:1:28:4,3:1,0:1:37 chr3 11886451 . G A 134.99 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0320216;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.665;QD=10.3841;RBI=0.0391516;REFB=-0.00420004;REVB=-0.0225269;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357669;STB=0.513497;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00868506;OID=.;OPOS=11886451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:6:11:21:13:6:11:22:13 chr3 11887991 . C G 147.57 PASS AF=0.244444;AO=21;DP=89;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.027721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.385;QD=6.5586;RBI=0.0295813;REFB=-0.0107993;REVB=-0.0103245;RO=67;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538749;STB=0.524822;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0285764;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:67:68:21:22:0.244444:12:9:29:38:13:9:30:38 chr3 11994493 . C T 225.29 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.029213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.534;QD=42.9132;RBI=0.0486097;REFB=-0.0242966;REVB=0.0388523;RO=2;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300596;STB=0.666454;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000737755;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:21:21:2:2:19:19:0.904762:2:17:0:2:2:17:0:2 chr3 12046076 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.449;QD=43.4834;RBI=0.0434394;REFB=0;REVB=-0.00659857;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559244;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr3 12225145 . T C 283.84 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.038036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.189;QD=29.1114;RBI=0.0430661;REFB=-0.029395;REVB=0.0201978;RO=10;SAF=3;SAR=21;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849562;STB=0.687319;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0225376;OID=.;OPOS=12225145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:10:14:24:25:0.641026:21:3:2:8:22:3:6:8 chr3 12229015 . A G 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=44;FWDB=-0.0844633;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2334;QD=3.2285;RBI=0.0851229;REFB=-0.0123762;REVB=-0.0105766;RO=45;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116014;STB=0.592826;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0487233;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:45:48:8:8:0.142857:7:1:4:41:7:1:4:44 chr3 12232074 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.342;QD=60.9786;RBI=0.0399743;REFB=0;REVB=0.0270891;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95874e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr3 12475557 . C T 439.09 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0420233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.196;QD=50.1813;RBI=0.0507527;REFB=-0.0427564;REVB=0.0284583;RO=3;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385963;STB=0.500989;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00564216;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:35:3:3:31:32:0.914286:20:11:1:2:21:11:1:2 chr3 12857485 . G C 1611.91 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.54;QD=58.0868;RBI=0.0274803;REFB=0;REVB=0.0183767;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17643e-05;OID=.;OPOS=12857485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:106:111:1:49:57:0:0:50:61:0:0 chr3 12940868 . GC CG 41.85 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0244772;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=35.0852;QD=4.08308;RBI=0.0346186;REFB=-0.0526943;REVB=-0.0244808;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298292;STB=0.78547;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.0782611;OID=.;OPOS=12940868;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:41:22:32:9:9:0.219512:2:7:12:10:2:7:13:19 chr3 13358204 . G A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0321332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3994;QD=4.46122;RBI=0.0557759;REFB=-0.010667;REVB=0.0455896;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424775;STB=0.741318;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0382178;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:20:4:3:3:20:5 chr3 13361287 . C T 1377.04 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0139787;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.19;QD=54.0015;RBI=0.0472196;REFB=-0.127122;REVB=0.0451031;RO=4;SAF=61;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300856;STB=0.509026;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000596553;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:102:4:5:97:97:0.95098:36:61:4:0:36:61:4:1 chr3 13361391 . A G 1587.07 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.084;QD=59.8895;RBI=0.0359756;REFB=0;REVB=0.0263728;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27134e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:47:57:0:0:48:58:0:0 chr3 13364876 . G T 859.8 PASS AF=0.939394;AO=59;DP=63;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.048965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9771;QD=52.1089;RBI=0.177047;REFB=-0.129004;REVB=0.170141;RO=4;SAF=30;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588599;STB=0.53124;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0126738;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:66:4:4:59:62:0.939394:29:30:4:0:32:30:4:0 chr3 13367406 . C T 2109.03 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343511;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.157;QD=62.0302;RBI=0.0456552;REFB=-0.0312835;REVB=0.0300733;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.504132;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=5.00703e-05;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:0:1:135:135:0.992647:75:60:0:0:75:60:1:0 chr3 13383540 . A G 621.77 PASS AF=0.836066;AO=50;DP=60;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0036364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.063;QD=40.7715;RBI=0.0132445;REFB=0.0139739;REVB=0.0127355;RO=10;SAF=29;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386188;STB=0.519031;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00450623;OID=.;OPOS=13383540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:61:10:10:50:51:0.836066:21:29:7:3:21:30:7:3 chr3 13395579 . C A 532.44 PASS AF=0.75;AO=44;DP=65;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0123689;FXX=0.0908953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2006;QD=35.4961;RBI=0.0130855;REFB=-0.0323633;REVB=-0.00427101;RO=14;SAF=29;SAR=15;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141438;STB=0.562788;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00605193;OID=.;OPOS=13395579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:60:14:15:44:45:0.75:15:29:13:1:16:29:13:2 chr3 13407556 . T C 694.16 PASS AF=0.690476;AO=56;DP=82;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000511538;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.04;QD=33.055;RBI=0.0213329;REFB=-0.0200588;REVB=0.0213268;RO=26;SAF=19;SAR=37;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293328;STB=0.519754;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00737719;OID=.;OPOS=13407556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:26:26:56:58:0.690476:37:19:10:16:39:19:10:16 chr3 13417817 . C T 269.84 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0160111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.085;QD=9.46792;RBI=0.0168809;REFB=-0.0152335;REVB=-0.00534896;RO=78;SAF=16;SAR=20;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803472;STB=0.546849;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0227125;OID=.;OPOS=13417817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:78:36:36:0.315789:20:16:40:38:20:16:40:38 chr3 13545697 . C T 336.06 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0553802;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.601;QD=28.0051;RBI=0.055402;REFB=-0.0109342;REVB=0.00155246;RO=11;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171089;STB=0.520953;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00165136;OID=.;OPOS=13545697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:11:18:28:28:0.583333:17:11:1:10:17:11:8:10 chr3 13612534 . GGC G,GG,GGG 45.88 PASS AF=0.166667,0.166667,0.0333333;AO=4,4,4;DP=30;FAO=5,5,1;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1,3,0;FSAR=4,2,1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.207922,-0.233128,-0.0528156;FXX=0;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=16.0651,8.98934,13.3694;QD=6.11712;RBI=0.218171,0.311855,0.265097;REFB=-0.0395718,-0.0592211,-0.0172368;REVB=-0.0660858,0.207135,0.259782;RO=13;SAF=1,2,0;SAR=3,2,4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0.375,0.494118,0;SSEP=0,0.764706,0;SSSB=-0.0795218,0.21835,-0.632523;STB=0.665927,0.676752,0.987286;STBP=0.528,0.445,0.495;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0679724,0.0445967,0.0444684;OID=.,.,.;OPOS=13612535,13612536,13612536;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.166667,0.0333333:4,4,4:30:5,5,1:30:19:1,3,0:4,2,1:7:12:22:13:1,2,0:3,2,4:4:9 chr3 13670536 . A G 612.9 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.175069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.4254;QD=57.0135;RBI=0.17585;REFB=-0.139851;REVB=0.0165601;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.510633;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00860652;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:0:1:39:42:0.976744:19:20:0:0:19:23:1:0 chr3 13670776 . T C 462.92 PASS AF=0.970588;AO=14;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00937597;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.861;QD=54.4614;RBI=0.0482594;REFB=-0.13571;REVB=0.0473398;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00443075;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:14:33:0.970588:7:7:0:0:10:23:0:1 chr3 13679203 . G A 1111.66 PASS AF=0.987179;AO=71;DP=73;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106387;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.868;QD=57.0084;RBI=0.0433304;REFB=-0.102566;REVB=0.042004;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0014923;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:78:0:1:71:77:0.987179:41:30:0:0:41:36:0:1 chr3 13679335 . C T 954.35 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0660571;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.534;QD=55.3245;RBI=0.0717191;REFB=-0.171336;REVB=0.02793;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00151648;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:1:2:65:67:0.971014:37:28:1:0:38:29:2:0 chr3 13689452 . C T 384.1 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0190551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3791;QD=35.7299;RBI=0.0327852;REFB=0.00298486;REVB=0.0266791;RO=12;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599186;STB=0.532534;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000836508;OID=.;OPOS=13689452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:11:20:9:3:11:20:9:3 chr3 13896140 . A G 938.12 PASS AF=0.707965;AO=79;DP=112;FAO=80;FDP=113;FR=.;FRO=33;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00584597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.128;QD=33.2079;RBI=0.00626149;REFB=-0.043953;REVB=-0.00224296;RO=32;SAF=38;SAR=41;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12501;STB=0.559557;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0136624;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:32:33:79:80:0.707965:41:38:8:24:42:38:9:24 chr3 13896284 . C T 1050.91 PASS AF=0.674242;AO=89;DP=132;FAO=89;FDP=132;FR=.;FRO=43;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0207632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.811;QD=31.8457;RBI=0.0263163;REFB=-0.0134216;REVB=0.016169;RO=43;SAF=50;SAR=39;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120648;STB=0.506492;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00662433;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:43:43:89:89:0.674242:39:50:25:18:39:50:25:18 chr3 14106499 . G A 365.52 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0111031;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.444;QD=26.5831;RBI=0.0131484;REFB=-0.0101108;REVB=0.00704279;RO=20;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145029;STB=0.507932;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0064524;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:20:15:9:11:20:15:9:11 chr3 14123156 . T C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0128523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.183;QD=16.7549;RBI=0.0196457;REFB=-0.016353;REVB=0.0148584;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553477;STB=0.531224;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0155715;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:19:9:9:15:19:9 chr3 14174427 . A T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00935713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.342;QD=31.4405;RBI=0.0102489;REFB=-0.0154831;REVB=-0.00418142;RO=14;SAF=8;SAR=20;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1742;STB=0.594534;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00516444;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:20:8:1:13:20:8:1:13 chr3 14175262 . T C 861.8 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.708;QD=57.4531;RBI=0.0263457;REFB=0;REVB=0.023015;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19826e-05;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAACA,AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA 338.48 PASS AF=0,0,0.8,0;AO=4,4,11,6;DP=40;FAO=0,0,28,0;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,16,0;FSAR=0,0,12,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00124154,0.000406535,0.00154411,0.00223725;FXX=0.124969;HRUN=1,4,4,4;LEN=4,6,5,4;MLLD=227.492,229.436,234.819,232.108;QD=38.6835;RBI=0.0281394,0.0353751,0.0334274,0.0285942;REFB=-0.0665032,-0.0676382,-0.065522,-0.0619803;REVB=0.028112,0.0353727,0.0333917,0.0285066;RO=5;SAF=3,4,9,0;SAR=1,0,2,6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.15474,0.700982,0.174375,-0.773282;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0454749,0.00344332,0.0128204,-0.0267263;OID=.,.,.,.;OPOS=14184058,14184062,14184057,14184063;OREF=AAAC,AAAACA,AAAAC,AAAC;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=AAAAAACA,AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.8,0:4,4,11,6:40:0,0,28,0:35:7:0,0,16,0:0,0,12,0:4:3:40:5:3,4,9,0:1,0,2,6:3:2 chr3 14187449 . G T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.277;QD=60.031;RBI=0.0298362;REFB=0;REVB=0.0194064;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21684e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr3 14197987 . A T 465.91 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.221;QD=58.2392;RBI=0.0600828;REFB=0;REVB=0.0526822;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148218;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:15:17:0:0 chr3 14199887 . G A 275.65 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0239672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8946;QD=32.4295;RBI=0.0957411;REFB=-0.00225683;REVB=-0.0926927;RO=10;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043459;STB=0.52379;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0008296;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:9:15:7:3:9:15:7:3 chr3 14220023 . G C 249.0 PASS AF=0.326316;AO=30;DP=93;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0218853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.476;QD=10.4841;RBI=0.0557724;REFB=-0.0256557;REVB=-0.0512991;RO=59;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27454;STB=0.645481;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0647468;OID=.;OPOS=14220023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:59:64:30:31:0.326316:13:17:19:40:14:17:21:43 chr3 14436184 . GT G 100.3 PASS AF=0.25;AO=13;DP=59;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0192022;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.241;QD=6.68663;RBI=0.031683;REFB=-0.00909185;REVB=0.025201;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365403;STB=0.695398;STBP=0.099;TYPE=del;VARB=0.0277694;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:59:15:60:45:10:5:18:27:99:44:9:4:17:27 chr3 14526667 . C CGTGT,T 233.55 PASS AF=0.333333,0.4;AO=9,13;DP=38;FAO=10,12;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=6,8;FSAR=4,4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0552822,-0.119631;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=125.787,65.1395;QD=31.1403;RBI=0.0565076,0.123787;REFB=-0.0698161,-0.119285;REVB=-0.0117044,0.0318057;RO=16;SAF=6,9;SAR=3,4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18252,0.194659;STB=0.511605,0.518487;STBP=0.964,0.861;TYPE=ins,snp;VARB=0.0964318,0.0986533;OID=.,.;OPOS=14526668,14526667;OREF=-,C;OALT=GTGT,T;OMAPALT=CGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:38:30:16:8:9,13:10,12:0.333333,0.4:3,4:6,9:8:8:4,4:6,8:5:3 chr3 14551444 . A G 85.25 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0417902;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.118;QD=4.05948;RBI=0.0498291;REFB=-0.00332094;REVB=-0.0271388;RO=69;SAF=7;SAR=8;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327976;STB=0.521434;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0178817;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:85:84:69:69:15:15:0.178571:8:7:34:35:8:7:34:35 chr3 14552958 . T C 263.52 PASS AF=0.727273;AO=21;DP=30;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0266263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.709;QD=31.9422;RBI=0.0291083;REFB=0.00656729;REVB=0.0117614;RO=8;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316837;STB=0.519983;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000745849;OID=.;OPOS=14552958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:33:8:9:21:24:0.727273:13:8:3:5:15:9:4:5 chr3 14555216 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0103107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8165;QD=9.99308;RBI=0.0390775;REFB=0.0040449;REVB=-0.0376927;RO=32;SAF=15;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518862;STB=0.806941;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0151764;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:36:17:17:0.320755:2:15:16:16:2:15:19:17 chr3 14555811 . A G 41.9 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0323772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.005;QD=8.82056;RBI=0.03859;REFB=-0.0672442;REVB=-0.0209977;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.102218;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:18:19:12:12:6:7:0.368421:5:1:5:7:6:1:5:7 chr3 14561627 . A AG 524.62 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.7694;QD=37.4729;RBI=0.236589;REFB=0;REVB=9.76068e-07;RO=8;SAF=15;SAR=32;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00569484;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:57:56:56:0:21:35:0:0:11:8:15:32:6:2 chr3 14563258 . A G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00617866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7273;QD=2.99304;RBI=0.0136423;REFB=-0.0021642;REVB=-0.0121629;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284331;STB=0.705223;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0153916;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:4:2:22:16:4:2:22:16 chr3 14712473 . G A 171.64 PASS AF=0.245283;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0178199;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.425;QD=6.47689;RBI=0.0193512;REFB=0.00125885;REVB=0.00754461;RO=74;SAF=9;SAR=17;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285456;STB=0.670602;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00504955;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:74:80:26:26:0.245283:17:9:43:31:17:9:46:34 chr3 14724345 . G A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0113538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.532;QD=6.50635;RBI=0.0421444;REFB=-0.0025997;REVB=-0.0405862;RO=46;SAF=7;SAR=8;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198769;STB=0.621875;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00897273;OID=.;OPOS=14724345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:8:7:29:17:8:7:29:17 chr3 14724413 . G A 121.18 PASS AF=0.22619;AO=18;DP=83;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.00199825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.588;QD=5.77054;RBI=0.0441765;REFB=-0.00286048;REVB=0.0441313;RO=65;SAF=8;SAR=10;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345335;STB=0.722617;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00742321;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:65:65:18:19:0.22619:10:8:47:18:11:8:47:18 chr3 14755572 . A G 79.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00503288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.02;QD=4.20586;RBI=0.00769716;REFB=-0.00541788;REVB=-0.00582377;RO=62;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163083;STB=0.605119;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0153109;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:7:7:39:23:7:7:39:23 chr3 14755617 . C G 97.61 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0107013;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2608;QD=5.07066;RBI=0.0173736;REFB=-0.00560709;REVB=-0.0136867;RO=61;SAF=8;SAR=8;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717521;STB=0.545398;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0150043;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:78:77:61:61:16:16:0.207792:8:8:34:27:8:8:34:27 chr3 14768534 . A G 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0475287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.551;QD=42.2069;RBI=0.0519221;REFB=-0.0179511;REVB=0.0209029;RO=4;SAF=16;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249202;STB=0.513502;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00481282;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:8:16:3:1:8:16:3:1 chr3 14939479 . G T 775.85 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8587;QD=62.0679;RBI=0.115431;REFB=0;REVB=0.0319359;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475576;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:20:26:0:0:22:28:0:0 chr3 15084880 . TA T 274.03 PASS AF=0.8;AO=38;DP=67;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.19099;FXX=0.0410903;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0197;QD=15.6587;RBI=0.191424;REFB=-0.149156;REVB=0.012884;RO=23;SAF=7;SAR=31;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438084;STB=0.551237;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.111074;OID=.;OPOS=15084881;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:38:67:56:70:14:22:34:9:5:27:23:7:31:17:6 chr3 15094956 . A AC,C 30.56 PASS AF=0.114583,0;AO=10,4;DP=96;FAO=11,0;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0356551,-0.0173016;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=104.593,185.538;QD=1.27323;RBI=0.0368125,0.0224481;REFB=-0.00555031,-0.00812186;REVB=0.00915858,-0.0143028;RO=81;SAF=2,0;SAR=8,4;SRF=52;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.49501,-0.524364;STB=0.927141,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.1544,0;OID=.,.;OPOS=15094957,15094956;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:96:96:81:85:10,4:11,0:0.114583,0:8,4:2,0:52:29:10,0:1,0:53:32 chr3 15114873 . G A 275.26 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00432336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2726;QD=29.7573;RBI=0.0047554;REFB=-0.00725277;REVB=-0.00198051;RO=12;SAF=21;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149855;STB=0.586589;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00499471;OID=.;OPOS=15114873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:37:12:12:24:25:0.675676:3:21:9:3:3:22:9:3 chr3 15216429 . C T 272.61 PASS AF=0.298387;AO=37;DP=124;FAO=37;FDP=124;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0099313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5777;QD=8.79397;RBI=0.0194295;REFB=0.00418377;REVB=0.0166996;RO=86;SAF=24;SAR=13;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707449;STB=0.546697;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0132377;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:86:87:37:37:0.298387:13:24:51:35:13:24:51:36 chr3 15216703 . A T 202.87 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0223969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.235;QD=12.2954;RBI=0.0226871;REFB=0.00170377;REVB=0.00361665;RO=41;SAF=5;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258641;STB=0.651029;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00222028;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:20:5:16:25:20:5:16:25 chr3 15296922 . C T 54.46 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00998135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.492;QD=9.07742;RBI=0.0303359;REFB=-0.0271342;REVB=0.0286468;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266321;STB=0.662868;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0498226;OID=.;OPOS=15296922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:10:6:5:3:10:6 chr3 15483713 . AGGGT AGGT,AGGTG,AGGTGT 432.18 PASS AF=0.77551,0,0.22449;AO=12,3,9;DP=81;FAO=38,0,11;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,0;FSAR=23,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.79827,0.43007,0.0195709;FXX=0.140326;HRUN=3,3,0;LEN=1,2,1;MLLD=10.7128,7.56005,86.4037;QD=35.2796;RBI=0.835548,0.430081,0.0392648;REFB=0,0,0;REVB=0.246791,0.00309589,0.0340398;RO=43;SAF=1,0,1;SAR=11,3,8;SRF=33;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.734375,-0.647779,-0.696972;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0126668,0,0.126563;OID=.,.,.;OPOS=15483714,15483716,15483716;OREF=G,GT,-;OALT=-,TG,T;OMAPALT=AGGT,AGGTG,AGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.77551,0,0.22449:12,3,9:81:38,0,11:49:0:15,0,0:23,0,11:0:0:63:43:1,0,1:11,3,8:33:10 chr3 15492150 . C T 536.85 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0025999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3187;QD=40.5167;RBI=0.0289036;REFB=0.0682774;REVB=0.0287864;RO=9;SAF=19;SAR=25;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109777;STB=0.558873;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0104429;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:25:19:7:2:25:19:7:2 chr3 15492786 . T A 478.42 PASS AF=0.773585;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00908318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.438;QD=36.1074;RBI=0.0345683;REFB=0.0189275;REVB=-0.0333536;RO=11;SAF=21;SAR=20;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488771;STB=0.535038;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00850171;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:11:12:41:41:0.773585:20:21:7:4:20:21:8:4 chr3 15492807 . G A 486.02 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0242696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1739;QD=39.6751;RBI=0.0929209;REFB=-0.0467704;REVB=0.0896954;RO=12;SAF=20;SAR=17;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561763;STB=0.53037;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.01578;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:12:12:37:37:0.755102:17:20:5:7:17:20:5:7 chr3 15509327 . C G 898.92 PASS AF=0.742574;AO=75;DP=101;FAO=75;FDP=101;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0131668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.958;QD=35.6006;RBI=0.027025;REFB=-0.0226304;REVB=0.0236006;RO=25;SAF=39;SAR=36;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562475;STB=0.524636;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00797486;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:25:26:75:75:0.742574:36:39:16:9:36:39:16:10 chr3 15515695 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00622399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.004;QD=22.9566;RBI=0.0568368;REFB=0.000375655;REVB=-0.056495;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.558063;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000968178;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:4:12:6:4:4:12:7:4 chr3 15516481 . T C 405.29 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0541287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9556;QD=25.331;RBI=0.0577305;REFB=-0.00958266;REVB=0.0200722;RO=25;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252174;STB=0.638226;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00496901;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:26:13:17:8:26:13:17:8 chr3 15548131 . A G 300.41 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0117949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.073;QD=30.8108;RBI=0.0123999;REFB=0.00668431;REVB=-0.00382593;RO=13;SAF=18;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244754;STB=0.634747;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0056079;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:8:18:4:9:8:18:4:9 chr3 15548227 . G A 835.5 PASS AF=0.792683;AO=65;DP=82;FAO=65;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0112428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.62;QD=40.7559;RBI=0.0143994;REFB=-0.015941;REVB=-0.0089968;RO=17;SAF=33;SAR=32;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312443;STB=0.516705;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0044194;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:17:17:65:65:0.792683:32:33:10:7:32:33:10:7 chr3 15613279 . T G 150.65 PASS AF=0.736842;AO=8;DP=30;FAO=14;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0973492;FXX=0.239904;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4927;QD=31.7157;RBI=0.192234;REFB=0.114386;REVB=-0.165763;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246937;STB=0.588113;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.207804;OID=.;OPOS=15613279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:19:6:3:8:14:0.736842:4:4:1:5:7:7:0:3 chr3 15643043 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.212;QD=60.6074;RBI=0.0764339;REFB=0;REVB=0.0566351;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395599;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr3 15643175 . G A 368.66 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00230351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.768;QD=26.3325;RBI=0.0170427;REFB=-0.0506524;REVB=0.0168863;RO=18;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100651;STB=0.502007;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0350022;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:18:20:35:36:0.642857:15:20:10:8:16:20:11:9 chr3 15686776 . T C 1528.84 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00247183;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3292;QD=58.8017;RBI=0.00250125;REFB=-0.0593811;REVB=-0.000382454;RO=1;SAF=37;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126505;STB=0.506665;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-4.82088e-05;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:104:1:1:103:103:0.990385:66:37:1:0:66:37:1:0 chr3 15710011 . T C 375.42 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.231;QD=55.6181;RBI=0.0380571;REFB=0;REVB=0.0361543;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107481;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr3 16261420 . C T 346.02 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0120961;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.546;QD=31.4559;RBI=0.0121105;REFB=-0.0214821;REVB=0.000590482;RO=14;SAF=21;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107288;STB=0.575814;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.010718;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:15:29:29:0.659091:8:21:8:6:8:21:8:7 chr3 16358584 . T C 1531.81 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.112;QD=63.8253;RBI=0.0397491;REFB=0;REVB=0.0294666;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81043e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:92:96:1:35:57:0:0:38:58:0:0 chr3 16364919 . A C 1237.29 PASS AF=0.954023;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00539155;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.855;QD=56.8867;RBI=0.0426733;REFB=-0.0785303;REVB=0.0423313;RO=3;SAF=58;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313184;STB=0.526487;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00562608;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:87:3:4:81:83:0.954023:23:58:1:2:23:60:1:3 chr3 16638493 . A AT 34.91 PASS AF=0.12987;AO=9;DP=80;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=-0.022135;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.8431;QD=1.81343;RBI=0.0321315;REFB=-0.00248598;REVB=0.0232911;RO=71;SAF=6;SAR=3;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052023;STB=0.624777;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=0.0883811;OID=.;OPOS=16638494;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12987:9:80:10:77:67:6:4:49:18:34:71:6:3:50:21 chr3 16646745 . C G 501.13 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7676;QD=58.9562;RBI=0.0271113;REFB=0;REVB=-0.0165176;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58891e-05;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:9:25:0:0 chr3 17053001 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00930232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.017;QD=11.8818;RBI=0.0293704;REFB=0.00141508;REVB=-0.0278583;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324758;STB=0.519205;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00319204;OID=.;OPOS=17053001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:16:12:6:9:16:12 chr3 17053499 . A G 154.37 PASS AF=0.305556;AO=20;DP=66;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.022113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3458;QD=8.57618;RBI=0.0561056;REFB=-0.0155702;REVB=-0.0515641;RO=46;SAF=15;SAR=5;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110053;STB=0.599262;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0330423;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:72:46:50:20:22:0.305556:5:15:31:15:5:17:33:17 chr3 17741409 . C G 1160.42 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897844;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2587;QD=60.2815;RBI=0.03469;REFB=0;REVB=0.033508;RO=0;SAF=51;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119107;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:23:51:0:0:24:53:0:0 chr3 18055231 . A C 1008.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.596;QD=59.3075;RBI=0.0464297;REFB=0;REVB=0.0271492;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158594;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr3 18427924 . G T 2051.98 PASS AF=0.9125;AO=146;DP=160;FAO=146;FDP=160;FR=.;FRO=14;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00728212;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.207;QD=51.2995;RBI=0.0348294;REFB=0.0404845;REVB=0.0340597;RO=9;SAF=65;SAR=81;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491971;STB=0.51115;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00100987;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:160:160:9:14:146:146:0.9125:81:65:8:1:81:65:8:6 chr3 19959756 . G A 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0030529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.751;QD=6.4661;RBI=0.0173749;REFB=0.00470072;REVB=0.0171046;RO=49;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126979;STB=0.578845;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00991003;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:11:5:20:29:11:5:20:29 chr3 19961330 . C T 58.09 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0215211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.544;QD=3.27295;RBI=0.0270759;REFB=-0.00543789;REVB=0.0164301;RO=60;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767579;STB=0.552335;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0335839;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:6:5:31:29:6:5:31:29 chr3 19962044 . G A 47.99 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0378204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8315;QD=1.93912;RBI=0.0571699;REFB=-0.00586751;REVB=-0.0428721;RO=87;SAF=6;SAR=5;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339793;STB=0.520258;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0530236;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:99:99:87:88:11:11:0.111111:5:6:45:42:5:6:46:42 chr3 19975215 . C A 31.51 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0336407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.801;QD=2.42353;RBI=0.0343162;REFB=-0.00531535;REVB=-0.00677564;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530354;STB=0.557503;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0398942;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:52:44:46:6:6:0.115385:3:3:20:24:3:3:20:26 chr3 19992432 . G T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00773589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.266;QD=8.84562;RBI=0.00780067;REFB=-0.00669734;REVB=-0.00100323;RO=38;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254343;STB=0.651405;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0166785;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:7:9:13:25:7:9:13:25 chr3 20053581 . C T 149.69 PASS AF=0.34;AO=18;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00920736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0964;QD=11.9754;RBI=0.0244302;REFB=0.0347259;REVB=-0.0226287;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598383;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0310392;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:33:18:17:0.34:8:10:15:15:8:9:17:16 chr3 20113830 . G A 549.94 PASS AF=0.716418;AO=47;DP=66;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0182737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8483;QD=32.8321;RBI=0.0224724;REFB=-0.0521564;REVB=0.0130799;RO=19;SAF=24;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196834;STB=0.50746;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0202973;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:19:19:47:48:0.716418:23:24:9:10:24:24:9:10 chr3 20216519 . T A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0273893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.314;QD=10.7152;RBI=0.0275482;REFB=-0.000632463;REVB=-0.00295516;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136678;STB=0.581282;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00116043;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:11:18:7:7:11:18 chr3 20310556 . C T 514.43 PASS AF=0.823529;AO=42;DP=51;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0186904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.883;QD=40.347;RBI=0.0190233;REFB=-0.0191792;REVB=-0.00354333;RO=9;SAF=11;SAR=31;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116912;STB=0.562965;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0025994;OID=.;OPOS=20310556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:9:9:42:42:0.823529:31:11:5:4:31:11:5:4 chr3 21462754 . A G 1453.46 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.363;QD=63.1939;RBI=0.0422504;REFB=0;REVB=0.0392136;RO=0;SAF=66;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91001e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:25:66:0:0:26:66:0:0 chr3 21462787 . G A 1366.45 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0223292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6012;QD=58.147;RBI=0.0501161;REFB=-0.197366;REVB=0.0448668;RO=2;SAF=64;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350639;STB=0.535706;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00416156;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:94:94:2:4:90:90:0.957447:26:64:0:2:26:64:0:4 chr3 21462880 . A G 517.21 PASS AF=0.762712;AO=42;DP=57;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0130878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.078;QD=35.0648;RBI=0.0291924;REFB=-0.0489272;REVB=0.0260942;RO=14;SAF=25;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787395;STB=0.547709;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.011535;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:57:59:14:14:42:45:0.762712:17:25:6:8:17:28:6:8 chr3 23312442 . C G 473.12 PASS AF=0.759259;AO=40;DP=53;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0174241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0897;QD=35.0462;RBI=0.022909;REFB=-0.00781141;REVB=0.0148737;RO=13;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147741;STB=0.575722;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00335004;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:53:54:13:13:40:41:0.759259:21:19:2:11:22:19:2:11 chr3 23683081 . C T 834.84 PASS AF=0.688679;AO=73;DP=107;FAO=73;FDP=106;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0056456;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.895;QD=31.5035;RBI=0.00737159;REFB=-0.0104608;REVB=0.00474001;RO=33;SAF=31;SAR=42;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176245;STB=0.509491;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00526068;OID=.;OPOS=23683081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:33:33:73:73:0.688679:42:31:15:18:42:31:15:18 chr3 23934490 . T C 556.77 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00885327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6556;QD=30.9316;RBI=0.0433879;REFB=0.0192725;REVB=0.042475;RO=23;SAF=30;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814892;STB=0.54416;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00437284;OID=.;OPOS=23934490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:19:30:11:12:19:30:11:12 chr3 24006477 . T A 695.81 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6836;QD=60.5048;RBI=0.0231802;REFB=-0.0524639;REVB=0.0131938;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0110059;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:1:0:23:22:1:0 chr3 24159890 . GAAAAAAAT GAAAAAAT,GAAAAAATA,GAGAAAAAT 57.94 PASS AF=0.301887,0.0188679,0.0566038;AO=12,2,2;DP=53;FAO=16,1,3;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=4,1,0;FSAR=12,0,3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.146392,0.0362738,0.0131901;FXX=0.0185151;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.85865,20.6692,194.548;QD=4.37284;RBI=0.172439,0.0380703,0.015136;REFB=-0.0675408,-0.0347058,-0.00242655;REVB=0.0911289,0.0115569,-0.00742429;RO=24;SAF=3,2,0;SAR=9,0,2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.212154,0.525765,-0.453997;STB=0.654965,0.990745,0.996134;STBP=0.151,0.282,0.08;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0900921,0.0424451,0.0256259;OID=.,.,.;OPOS=24159891,24159897,24159892;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,G;OMAPALT=GAAAAAAT,GAAAAAATA,GAGAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887,0.0188679,0.0566038:12,2,2:53:16,1,3:53:33:4,1,0:12,0,3:15:18:45:24:3,2,0:9,0,2:10:14 chr3 24184995 . G A 370.06 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0181874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7165;QD=30.209;RBI=0.0581168;REFB=0.0322786;REVB=0.0551977;RO=18;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325766;STB=0.517869;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0177252;OID=.;OPOS=24184995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:14:17:9:9:14:17:9:9 chr3 25061808 . C G 692.24 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0340271;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2193;QD=32.9637;RBI=0.0360348;REFB=-0.0196251;REVB=0.0118602;RO=26;SAF=34;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547957;STB=0.502958;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00713434;OID=.;OPOS=25061808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:26:26:58:58:0.690476:24:34:15:11:24:34:15:11 chr3 25393837 . T C 537.96 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.477;QD=59.7736;RBI=0.00878871;REFB=0;REVB=-0.00467032;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24401e-05;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:28:7:0:0:29:7:0:0 chr3 25638899 . AGTT A 60.44 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=45;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0116734;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.502;QD=5.49474;RBI=0.0615167;REFB=-0.00315213;REVB=0.0603989;RO=36;SAF=0;SAR=5;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.762873;STB=0.939629;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0382209;OID=.;OPOS=25638900;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:5:45:10:44:34:1:9:27:7:60:36:0:5:29:7 chr3 25638913 . AAT A,AAA 90.2 PASS AF=0.695652,0;AO=4,12;DP=38;FAO=16,0;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0493301,0.431551;FXX=0.148093;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=13.8877,7.84254;QD=15.6862;RBI=0.106112,0.435778;REFB=-0.026751,-0.0672915;REVB=0.0939482,-0.0605554;RO=17;SAF=0,0;SAR=4,12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.636236,-0.79051;STB=0.565137,0.5;STBP=0.385,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0230776,0.00515142;OID=.,.;OPOS=25638914,25638915;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652,0:4,12:38:16,0:23:7:8,0:8,0:2:5:41:17:0,0:4,12:7:10 chr3 25646268 . G A 293.07 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00536371;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.48;QD=19.218;RBI=0.0155415;REFB=-0.00195678;REVB=-0.0145866;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163053;STB=0.509085;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00205667;OID=.;OPOS=25646268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:13:17:17:14:13:17 chr3 25679738 . T C 472.38 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0154372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.686;QD=29.5234;RBI=0.0279649;REFB=-0.0136436;REVB=0.023318;RO=21;SAF=21;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214074;STB=0.511622;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00493072;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:22:21:11:10:22:21:11:10 chr3 27204052 . G A 1247.3 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797862;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1618;QD=61.5951;RBI=0.0384386;REFB=0;REVB=0.0376014;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06093e-05;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:80:81:1:55:25:0:0:55:26:0:0 chr3 27243045 . G C 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.763;QD=59.8319;RBI=0.0142097;REFB=0;REVB=0.0104674;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53627e-05;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr3 27296796 . C G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1708;QD=56.7035;RBI=0.0388909;REFB=0;REVB=0.0296978;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92635e-05;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr3 27296822 . A T 274.89 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.344;QD=52.3594;RBI=0.0587639;REFB=0;REVB=0.0497586;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412662;OID=.;OPOS=27296822;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:16:21:1:8:8:0:0:13:8:0:0 chr3 27297816 . G C 813.21 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0340605;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.638;QD=54.2142;RBI=0.0340655;REFB=-0.00216326;REVB=0.000581288;RO=2;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.515146;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000769285;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:32:26:0:2:32:26:0:2 chr3 27307155 . C T 804.34 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.539;QD=64.3471;RBI=0.0163853;REFB=0;REVB=-0.0107878;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012778;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr3 27326097 . G T 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.17;QD=54.6363;RBI=0.0259062;REFB=-0.0776546;REVB=0.014214;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00249558;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:20:31:1:0:20:31:1:0 chr3 27326451 . A G 400.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.332;QD=53.3558;RBI=0.0676771;REFB=-0.0174597;REVB=0.0589614;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000644897;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:9:20:0:0:9:20:1:0 chr3 27332820 . A G 546.87 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0262763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.691;QD=53.3535;RBI=0.0523248;REFB=-0.110093;REVB=0.0452487;RO=3;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510587;STB=0.527259;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00423119;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:26:12:0:3:26:12:0:3 chr3 27424718 . A G 2178.53 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032349;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.091;QD=63.1457;RBI=0.0324553;REFB=0;REVB=-0.00262411;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058511;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:78:59:0:0:78:60:0:0 chr3 28520417 . T A 1894.63 PASS AF=0.992;AO=121;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.454;QD=60.6282;RBI=0.0158654;REFB=-0.056801;REVB=0.00946896;RO=1;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664428;STB=0.503496;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0001397;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:121:124:0.992:71:50:0:1:71:53:0:1 chr3 28533658 . G A 151.51 PASS AF=0.75;AO=13;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00434501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.328;QD=30.3014;RBI=0.00621066;REFB=-0.00926781;REVB=-0.00443771;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196536;STB=0.59988;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00513273;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:13:15:0.75:4:9:5:0:5:10:5:0 chr3 30713842 . C T 1352.59 PASS AF=0.732026;AO=112;DP=154;FAO=112;FDP=153;FR=.;FRO=41;FSAF=71;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0122204;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.165;QD=35.3619;RBI=0.0127491;REFB=-0.0189628;REVB=0.00363331;RO=41;SAF=71;SAR=41;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673352;STB=0.535941;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00825141;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:41:41:112:112:0.732026:41:71:31:10:41:71:31:10 chr3 31270258 . T C 547.1 PASS AF=0.734375;AO=47;DP=64;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0285276;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.939;QD=34.194;RBI=0.0368714;REFB=-0.02603;REVB=0.0233598;RO=17;SAF=15;SAR=32;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119997;STB=0.564426;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.010237;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:17:17:47:47:0.734375:32:15:2:15:32:15:2:15 chr3 31705649 . C T 364.3 PASS AF=0.310811;AO=46;DP=148;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=-0.00460977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.809;QD=9.846;RBI=0.0233997;REFB=-0.00620759;REVB=0.0229411;RO=100;SAF=30;SAR=16;SRF=32;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377873;STB=0.716607;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0237272;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:100:102:46:46:0.310811:16:30:32:68:16:30:33:69 chr3 31712393 . C T 1497.58 PASS AF=1;AO=67;DP=110;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037891;FXX=0.0727207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.564;QD=58.7287;RBI=0.0278801;REFB=0;REVB=0.0276214;RO=1;SAF=54;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4527e-05;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:102:1:0:67:102:1:13:54:1:0:47:55:0:0 chr3 31725316 . G A 1298.92 PASS AF=0.741007;AO=103;DP=139;FAO=103;FDP=139;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00886703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4345;QD=37.3791;RBI=0.019055;REFB=-0.050038;REVB=0.0168663;RO=35;SAF=42;SAR=61;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179207;STB=0.50507;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0237755;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:35:36:103:103:0.741007:61:42:13:22:61:42:14:22 chr3 31789582 . T C 881.87 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6383;QD=57.8277;RBI=0.0628369;REFB=0;REVB=0.0552155;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242462;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr3 31839242 . T C 766.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.273;QD=63.867;RBI=0.0287091;REFB=0;REVB=-0.00806496;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08851e-05;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr3 32031962 . A G 428.06 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5952;QD=57.0752;RBI=0.0230899;REFB=0;REVB=0.0126742;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274091;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr3 32208621 . T C 765.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.554;QD=63.8075;RBI=0.0105461;REFB=0;REVB=0.00929638;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03565e-05;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr3 32209927 . A G 1419.72 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272753;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.831;QD=63.0988;RBI=0.0277762;REFB=0;REVB=0.00525108;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289048;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr3 32214179 . A T 794.32 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2381;QD=63.5456;RBI=0.0361657;REFB=0;REVB=-0.0130256;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110052;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:43:50:1:19:24:0:0:24:26:0:0 chr3 32214212 . A C 788.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344801;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.176;QD=64.3907;RBI=0.0360338;REFB=0;REVB=-0.0104669;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94421e-05;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr3 32524707 . T C 325.46 PASS AF=0.627451;AO=21;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0153513;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=160.401;QD=25.526;RBI=0.0202654;REFB=-0.0302934;REVB=0.0132297;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777624;STB=0.510115;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.023211;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:10:19:21:32:0.627451:12:9:3:7:21:11:7:12 chr3 32815231 . A T 336.95 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.219;QD=53.9113;RBI=0.0604773;REFB=0;REVB=0.00703979;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721416;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:13:6:0:0:14:11:0:0 chr3 32927509 . G T 710.53 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0553687;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.407;QD=54.656;RBI=0.0736132;REFB=-0.0744544;REVB=0.0485099;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000751515;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:0:1:19:32:0:1 chr3 33055721 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.921;QD=59.5008;RBI=0.02853;REFB=0;REVB=0.0226386;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6337e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr3 33118631 . G A 201.12 PASS AF=0.25641;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.0304472;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.802;QD=6.87603;RBI=0.0414958;REFB=-0.0128363;REVB=0.0281934;RO=84;SAF=27;SAR=3;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491558;STB=0.806045;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0356455;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:84:87:30:30:0.25641:3:27:51:33:3:27:53:34 chr3 33138544 . A G 1749.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.303;QD=60.8489;RBI=0.0821615;REFB=0;REVB=0.0402436;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22681e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:47:68:0:0:47:68:0:0 chr3 33138549 . G A 959.33 PASS AF=0.741071;AO=79;DP=106;FAO=83;FDP=112;FR=.;FRO=29;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00638162;FXX=0.0260847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7243;QD=34.2619;RBI=0.00899538;REFB=-0.0908798;REVB=0.00633969;RO=26;SAF=43;SAR=36;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16155;STB=0.566154;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0347206;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:112:26:29:79:83:0.741071:36:43:23:3:38:45:23:6 chr3 33144640 . C A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0207323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.097;QD=10.3782;RBI=0.024393;REFB=0.000708241;REVB=0.0128527;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18252;STB=0.610858;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00189227;OID=.;OPOS=33144640;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:8:8:3:6:8:8 chr3 33161898 . C T 71.28 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00584906;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.048;QD=3.70261;RBI=0.043181;REFB=-0.0004443;REVB=-0.042783;RO=64;SAF=7;SAR=6;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868805;STB=0.55768;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00130619;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:78:77:64:64:13:13:0.168831:6:7:30:34:6:7:30:34 chr3 33174156 . T G 444.42 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0248027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.586;QD=46.7807;RBI=0.0264003;REFB=0.0111832;REVB=0.00904451;RO=5;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357317;STB=0.519219;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00209026;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:33:33:0.868421:18:15:3:2:18:15:3:2 chr3 33174168 . G A 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0078304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.865;QD=40.1599;RBI=0.0145146;REFB=-0.0486925;REVB=0.0122212;RO=4;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887564;STB=0.566418;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00817249;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:4:5:24:24:0.827586:14:10:3:1:14:10:4:1 chr3 33194990 . C A 103.81 PASS AF=0.27451;AO=11;DP=52;FAO=14;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0396193;FXX=0.0377287;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.9565;QD=8.14231;RBI=0.0409295;REFB=-0.00393476;REVB=-0.0102732;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835981;STB=0.597338;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0321264;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:37:11:14:0.27451:3:8:18:9:4:10:22:15 chr3 33255592 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.259;QD=47.822;RBI=0.0443553;REFB=0;REVB=-0.0255755;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31554e-05;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 33431736 . C T 34.59 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.134951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3599;QD=4.46359;RBI=0.141095;REFB=-0.00543065;REVB=-0.0411802;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304345;STB=0.732452;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0121191;OID=.;OPOS=33431736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:24:25:6:6:0.193548:5:1:9:15:5:1:10:15 chr3 33434831 . G A 200.02 PASS AF=0.254237;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0101346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.395;QD=6.78032;RBI=0.0437358;REFB=-0.00610348;REVB=-0.0425453;RO=86;SAF=17;SAR=13;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682669;STB=0.541497;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0163156;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:86:88:30:30:0.254237:13:17:44:42:13:17:45:43 chr3 33458266 . T C 59.26 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0122821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.797;QD=4.08666;RBI=0.0148986;REFB=-0.00838632;REVB=-0.00843321;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222995;STB=0.648361;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0230686;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:6:4:28:20:6:4:28:20 chr3 33533554 . C T 329.03 PASS AF=0.818182;AO=26;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000431552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.331;QD=39.8823;RBI=0.0252939;REFB=-0.00426065;REVB=-0.0252902;RO=6;SAF=22;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844339;STB=0.505614;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00122542;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:26:27:0.818182:4:22:5:1:5:22:5:1 chr3 33539893 . A G 344.16 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0221907;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.868;QD=43.0206;RBI=0.0229301;REFB=-0.0242978;REVB=0.00577604;RO=5;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451957;STB=0.524457;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00414541;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:33:32:5:5:27:27:0.84375:15:12:3:2:15:12:3:2 chr3 33877626 . G A 1048.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375645;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.549;QD=59.9228;RBI=0.0377802;REFB=0;REVB=0.00403133;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06728e-05;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr3 33877726 . C T 49.71 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0208428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.254;QD=4.41852;RBI=0.0264267;REFB=-0.000643969;REVB=0.0162464;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104994;STB=0.571247;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00216303;OID=.;OPOS=33877726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:5:3:17:20:5:3:17:20 chr3 33893987 . A G 154.61 PASS AF=0.789474;AO=13;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0139277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.916;QD=32.5486;RBI=0.0208308;REFB=-0.0146046;REVB=-0.01549;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.590796;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0073258;OID=.;OPOS=33893987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:13:15:0.789474:8:5:0:4:9:6:0:4 chr3 33895391 . A G 2120.26 PASS AF=0.972222;AO=129;DP=141;FAO=140;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00273045;FXX=0.0136977;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.7504;QD=58.8962;RBI=0.0479897;REFB=-0.110362;REVB=0.0479119;RO=5;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341479;STB=0.514082;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00048069;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:141:144:5:4:129:140:0.972222:67:62:0:5:69:71:0:4 chr3 33905566 . C T 170.03 PASS AF=0.292683;AO=23;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00164605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.462;QD=8.29395;RBI=0.0327508;REFB=-0.010835;REVB=0.0327094;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141315;STB=0.569302;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0363031;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:23:24:0.292683:11:12:37:21:11:13:37:21 chr3 33907945 . A G 712.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026735;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.919;QD=63.3613;RBI=0.0293318;REFB=0;REVB=0.0120663;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33561e-05;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 35763304 . T C 651.71 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00709824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.342;QD=42.0461;RBI=0.00713382;REFB=-0.0148432;REVB=0.000711628;RO=10;SAF=21;SAR=31;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327565;STB=0.517503;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00242112;OID=.;OPOS=35763304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:10:10:52:52:0.83871:31:21:3:7:31:21:3:7 chr3 36897812 . T C 41.82 PASS AF=0.230769;AO=4;DP=15;FAO=3;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0337075;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.28;QD=12.8673;RBI=0.0404603;REFB=-0.0147891;REVB=0.0223796;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32623e-08;STB=0.538213;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0114475;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:13:8:7:4:3:0.230769:3:1:2:6:2:1:2:5 chr3 36940741 . G T 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0090184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.176;QD=36.8585;RBI=0.0165555;REFB=-0.0200298;REVB=-0.0138836;RO=8;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054001;STB=0.529389;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00801669;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:13:13:5:3:13:13:5:3 chr3 37163039 . G A 1005.95 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.721;QD=59.1735;RBI=0.0240854;REFB=0;REVB=0.0236334;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54178e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:37:29:0:0:39:29:0:0 chr3 37368960 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0355336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5754;QD=21.2674;RBI=0.0572663;REFB=0.00466283;REVB=-0.0449088;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289578;STB=0.663832;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00675279;OID=.;OPOS=37368960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:9:5:12:5:9:5 chr3 37670876 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0641464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9659;QD=17.2293;RBI=0.06972;REFB=-0.0531528;REVB=0.0273151;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.655787;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0256445;OID=.;OPOS=37670876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:7:8:0.571429:6:1:2:4:7:1:2:4 chr3 37778479 . G A 33.24 PASS AF=0.129032;AO=4;DP=65;FAO=8;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.22385;FXX=0.0461467;HRUN=8;LEN=1;MLLD=19.3901;QD=2.14425;RBI=0.235691;REFB=0.0113965;REVB=-0.0737648;RO=27;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531067;STB=0.596542;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0226699;OID=.;OPOS=37778479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:65:62:27:54:4:8:0.129032:4:0:6:21:4:4:21:33 chr3 38035429 . A C 386.23 PASS AF=0.738095;AO=30;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0560229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5266;QD=36.7837;RBI=0.0624865;REFB=-9.26951e-05;REVB=-0.0276767;RO=11;SAF=15;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672509;STB=0.539852;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00147546;OID=.;OPOS=38035429;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:30:31:0.738095:15:15:4:7:15:16:4:7 chr3 38052725 . C T 927.6 PASS AF=0.754902;AO=77;DP=102;FAO=77;FDP=102;FR=.;FRO=25;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0352961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4735;QD=36.3766;RBI=0.035375;REFB=-0.0390401;REVB=-0.00236178;RO=25;SAF=52;SAR=25;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785617;STB=0.542113;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0110704;OID=.;OPOS=38052725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:25:25:77:77:0.754902:25:52:13:12:25:52:13:12 chr3 38296817 . G A 958.66 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.954;QD=57.2336;RBI=0.0285194;REFB=-0.00301722;REVB=0.0199021;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125996;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000179911;OID=.;OPOS=38296817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:0:1:37:29:0:1 chr3 38347633 . G A 124.27 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0191552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7761;QD=9.94166;RBI=0.0344806;REFB=0.000442965;REVB=0.0286703;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022191;STB=0.513351;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000467749;OID=.;OPOS=38347633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:7:8:18:17:7:8:18:17 chr3 38347851 . A G 164.53 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0629731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5281;QD=9.53809;RBI=0.0633111;REFB=-0.0017516;REVB=-0.00653292;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261377;STB=0.505314;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00143012;OID=.;OPOS=38347851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:44:47:22:22:0.318841:12:10:19:25:12:10:21:26 chr3 38350479 . T C 1091.93 PASS AF=0.630573;AO=98;DP=157;FAO=99;FDP=157;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00755386;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.265;QD=27.8198;RBI=0.0125439;REFB=-0.0043593;REVB=-0.0100145;RO=57;SAF=40;SAR=58;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407214;STB=0.516195;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00244898;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:57:58:98:99:0.630573:58:40:20:37:59:40:21:37 chr3 38350519 . G A 1118.86 PASS AF=0.647436;AO=95;DP=150;FAO=101;FDP=156;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.105853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.031;QD=28.6888;RBI=0.106143;REFB=-0.0276076;REVB=0.00783398;RO=55;SAF=35;SAR=60;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974135;STB=0.508844;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0137708;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:156:55:55:95:101:0.647436:60:35:21:34:60:41:21:34 chr3 38350543 . A G 1126.58 PASS AF=0.650685;AO=94;DP=145;FAO=95;FDP=146;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0131124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.99;QD=30.8652;RBI=0.0297169;REFB=-0.000910865;REVB=-0.0266675;RO=51;SAF=45;SAR=49;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567229;STB=0.532247;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000600509;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:51:51:94:95:0.650685:49:45:20:31:49:46:20:31 chr3 38355225 . G A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0137638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6903;QD=7.3492;RBI=0.0201211;REFB=-0.00725345;REVB=-0.014677;RO=39;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667326;STB=0.916769;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0274463;OID=.;OPOS=38355225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:1:12:15:24:1:12:15:24 chr3 38357817 . C T 121.08 PASS AF=0.218391;AO=18;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0299629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.01;QD=5.56673;RBI=0.0315025;REFB=-0.0071208;REVB=-0.00972793;RO=59;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104797;STB=0.537111;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0476272;OID=.;OPOS=38357817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:68:18:19:0.218391:9:9:30:29:9:10:39:29 chr3 38401839 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.5;QD=60.1582;RBI=0.0536941;REFB=-0.0722088;REVB=0.0493594;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000613791;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr3 38404472 . C A 116.93 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00637588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.111;QD=4.82177;RBI=0.0164187;REFB=-0.0129532;REVB=-0.0151301;RO=77;SAF=13;SAR=6;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135235;STB=0.582457;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0620151;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:78:19:19:0.195876:6:13:45:32:6:13:46:32 chr3 38406773 . G T 394.69 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.182;QD=56.3839;RBI=0.103683;REFB=0;REVB=0.0557447;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063487;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:15:10:0:0:17:11:0:0 chr3 38408361 . G A 1120.74 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00962935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.766;QD=58.9862;RBI=0.0392653;REFB=0.0429243;REVB=0.0380663;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=9.91537e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:0:1:37:38:0:1 chr3 38442490 . G A 195.44 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0403714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.731;QD=10.5643;RBI=0.0405878;REFB=-0.00841779;REVB=0.00418604;RO=47;SAF=6;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240749;STB=0.658279;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0151758;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:47:49:25:25:0.337838:19:6:20:27:19:6:22:27 chr3 38519424 . A G 242.97 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0350211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.263;QD=8.99894;RBI=0.0380707;REFB=-0.0178473;REVB=-0.0149298;RO=75;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173983;STB=0.510198;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0352107;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:18:15:33:42:18:15:33:42 chr3 38519699 . CGG C,CG,GCG 152.0 PASS AF=0.0666667,0.666667,0;AO=3,10,3;DP=29;FAO=2,20,0;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3,0;FSAR=2,17,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0980679,0.171478,0.00126354;FXX=0.0624805;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=16.2705,12.3101,78.0002;QD=20.266;RBI=0.143946,0.269907,0.169052;REFB=0.00275977,0.00655588,-0.00324414;REVB=-0.105372,-0.208435,-0.169047;RO=7;SAF=0,1,0;SAR=3,9,3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.722194,-0.559911,-0.722194;STB=0.99502,0.693651,0.5;STBP=0.184,0.015,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0903628,-0.0233474,0.0536253;OID=.,.,.;OPOS=38519700,38519700,38519699;OREF=GG,G,CG;OALT=-,-,GC;OMAPALT=C,CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:29:30:7:8:3,10,3:2,20,0:0.0666667,0.666667,0:3,9,3:0,1,0:5:2:2,17,0:0,3,0:5:3 chr3 38524742 . C T 199.7 PASS AF=0.227941;AO=31;DP=135;FAO=31;FDP=136;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0164585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.556;QD=5.87345;RBI=0.0333043;REFB=-0.0113772;REVB=-0.0289533;RO=100;SAF=11;SAR=20;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220715;STB=0.63831;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0421065;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:100:105:31:31:0.227941:20:11:53:47:20:11:56:49 chr3 38525567 . T C 110.13 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=0.0174668;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7483;QD=4.84091;RBI=0.0247137;REFB=-0.00735396;REVB=0.0174836;RO=72;SAF=13;SAR=5;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625673;STB=0.536041;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0163072;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:72:73:18:18:0.197802:5:13:49:23:5:13:50:23 chr3 38529818 . C T 107.3 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0117397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.633;QD=7.80392;RBI=0.0160605;REFB=-0.0112202;REVB=-0.0109598;RO=40;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991118;STB=0.560306;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0225794;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:7:8:18:22:7:8:18:22 chr3 38529825 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.043375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.538;QD=7.12411;RBI=0.0484482;REFB=0.00486235;REVB=-0.0215831;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130055;STB=0.580196;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0227262;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:6:8:19:22:6:8:19:22 chr3 38532511 . G A 82.03 PASS AF=0.149533;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0852331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.067;QD=3.06669;RBI=0.086823;REFB=-0.0029883;REVB=-0.0165395;RO=91;SAF=5;SAR=11;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127247;STB=0.586927;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0200495;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:107:91:91:16:16:0.149533:11:5:37:54:11:5:37:54 chr3 38589665 . T TTCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTC 222.45 PASS AF=0.685714;AO=5;DP=39;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0764948;FXX=0;HRUN=2;LEN=23;MLLD=440.625;QD=25.4233;RBI=0.081225;REFB=0.015027;REVB=-0.027314;RO=33;SAF=1;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451864;STB=0.679097;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=-0.0151454;OID=.;OPOS=38589666;OREF=-;OALT=TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTC;OMAPALT=TTCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685714:5:39:24:35:11:8:16:10:1:85:33:1:4:20:13 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 167.39 PASS AF=0.236842,0.236842;AO=6,10;DP=41;FAO=9,9;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=2,5;FSAR=7,4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0195716,-0.0184203;FXX=0.0256345;HRUN=3,3;LEN=24,25;MLLD=438.858,439.491;QD=17.6203;RBI=0.0369017,0.0382102;REFB=-0.0220951,-0.022294;REVB=-0.031284,-0.033477;RO=22;SAF=1,4;SAR=5,6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496966,-0.212501;STB=0.739278,0.503867;STBP=0.109,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00546338,0.038005;OID=.,.;OPOS=38589667,38589667;OREF=-,-;OALT=CCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.236842,0.236842:6,10:41:9,9:38:20:2,5:7,4:11:9:53:22:1,4:5,6:13:9 chr3 38592406 . A G 1035.72 PASS AF=0.692913;AO=87;DP=127;FAO=88;FDP=127;FR=.;FRO=39;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0788723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7214;QD=32.621;RBI=0.0840947;REFB=-0.0598155;REVB=-0.0291734;RO=40;SAF=45;SAR=42;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.504843;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0205553;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:40:39:87:88:0.692913:42:45:22:18:42:46:21:18 chr3 38622467 . T C 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3104;QD=58.0547;RBI=0.0674454;REFB=0;REVB=0.0577348;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916173;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr3 38674712 . T C 2195.97 PASS AF=0.69434;AO=182;DP=265;FAO=184;FDP=265;FR=.;FRO=81;FSAF=106;FSAR=78;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0169127;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.75;QD=33.1467;RBI=0.0187191;REFB=-0.0405107;REVB=0.00802271;RO=81;SAF=106;SAR=76;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129691;STB=0.566838;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.02307;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:81:81:182:184:0.69434:76:106:29:52:78:106:29:52 chr3 38739574 . T C 1858.8 PASS AF=0.991935;AO=119;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109739;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8513;QD=59.9614;RBI=0.0858069;REFB=-0.0187067;REVB=0.0851023;RO=2;SAF=69;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186173;STB=0.504672;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000324138;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:124:2:1:119:123:0.991935:50:69:0:2:53:70:0:1 chr3 38739845 . A G 169.09 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0368158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.5;QD=13.0071;RBI=0.0368212;REFB=-0.00987171;REVB=-0.000628174;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664749;STB=0.538423;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0171193;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:14:18:10:10:14:18 chr3 38763863 . G C 1586.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8858;QD=63.4711;RBI=0.0298256;REFB=0;REVB=0.0168194;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05721e-05;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:42:57:0:0:42:58:0:0 chr3 38764998 . A G 788.03 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.409;QD=57.3114;RBI=0.105614;REFB=0;REVB=0.0256855;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468076;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:44:55:1:25:19:0:0:26:29:0:0 chr3 38766675 . A G 743.77 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.963;QD=63.2995;RBI=0.0445067;REFB=0;REVB=0.00415493;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277045;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:25:17:0:0:25:22:0:0 chr3 38768247 . G A,C 1041.97 PASS AF=0.959459,0.027027;AO=70,3;DP=74;FAO=71,2;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35,0;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301956,0.0714037;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=142.193,12.962;QD=56.3227;RBI=0.0374743,0.0815221;REFB=-0.167973,-0.0145634;REVB=0.0221935,-0.0393366;RO=0;SAF=35,0;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506847,0.5;STBP=0.515,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000323013,0.238638;OID=.,.;OPOS=38768247,38768247;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:74:74:0:1:70,3:71,2:0.959459,0.027027:35,3:35,0:0:0:36,2:35,0:0:1 chr3 38768300 . T C 1266.89 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274075;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.026;QD=61.7995;RBI=0.028577;REFB=0;REVB=0.00809169;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83668e-05;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:39:41:0:0:41:41:0:0 chr3 38793989 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.496;QD=55.0979;RBI=0.0918275;REFB=0;REVB=0.0146315;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546004;OID=.;OPOS=38793989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr3 38798171 . C T 1450.24 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.656;QD=63.054;RBI=0.0709279;REFB=0;REVB=0.0528828;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112788;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:44:46:0:0:44:48:0:0 chr3 38802251 . A G 612.38 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0486292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5591;QD=53.25;RBI=0.0571781;REFB=-0.0931261;REVB=-0.0300754;RO=3;SAF=20;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653553;STB=0.545433;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0355851;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:22:20:3:0:22:20:4:0 chr3 38945560 . A G 642.22 PASS AF=0.679012;AO=55;DP=81;FAO=55;FDP=81;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00812134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.219;QD=31.7146;RBI=0.033633;REFB=-0.0208735;REVB=-0.0326378;RO=25;SAF=30;SAR=25;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084112;STB=0.539312;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0052964;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:26:55:55:0.679012:25:30:10:15:25:30:11:15 chr3 39077433 . T C 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0112001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.716;QD=2.43216;RBI=0.0168819;REFB=-0.00381227;REVB=0.0126316;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617887;STB=0.546209;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0210989;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:4:3:25:27:4:3:25:27 chr3 39077530 . T C 162.34 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0223578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4544;QD=7.29612;RBI=0.0224713;REFB=0.00824349;REVB=0.00225564;RO=66;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636676;STB=0.538503;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.02305;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:66:23:23:0.258427:11:12:31:35:11:12:31:35 chr3 39111140 . C A 99.77 PASS AF=0.162602;AO=19;DP=120;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.00671445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.498;QD=3.24468;RBI=0.0411232;REFB=-0.00267804;REVB=-0.0405713;RO=101;SAF=13;SAR=6;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13549;STB=0.614994;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0292902;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:101:103:19:20:0.162602:6:13:59:42:6:14:59:44 chr3 39138082 . C T 34.1 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0467613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4475;QD=4.01132;RBI=0.0555876;REFB=-0.00674008;REVB=0.030056;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042411;STB=0.529314;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0279002;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:15:13:3:3:15:13 chr3 39180099 . T C 1184.62 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492424;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6807;QD=59.9806;RBI=0.050532;REFB=0;REVB=-0.0113436;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02395e-05;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:79:1:0:78:79:1:33:45:0:1:34:45:0:0 chr3 39180263 . G A 750.26 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9041;QD=61.246;RBI=0.0483674;REFB=-0.0766397;REVB=0.0319905;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00312743;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr3 39184959 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.398;QD=57.1775;RBI=0.0630929;REFB=0;REVB=-0.0605444;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001371;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 39185077 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.929;QD=52.6123;RBI=0.0627708;REFB=0;REVB=0.0220731;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420442;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr3 39185248 . A G 448.42 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9245;QD=54.3542;RBI=0.0306531;REFB=0.000465709;REVB=-0.0115216;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.511104;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000800282;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:33:0:1:29:32:0.969697:8:21:0:0:10:22:1:0 chr3 39186728 . C T 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.951;QD=59.9242;RBI=0.0669198;REFB=0;REVB=0.0452378;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4886e-05;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:64:41:0:0:64:41:0:0 chr3 39229900 . T C 1300.36 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.529;QD=61.9217;RBI=0.028493;REFB=0;REVB=0.0270029;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45573e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:36:46:0:0:37:47:0:0 chr3 39431081 . G A 328.8 PASS AF=0.771429;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00504482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.137;QD=37.5768;RBI=0.00526838;REFB=-0.0327372;REVB=-0.00151842;RO=7;SAF=16;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131187;STB=0.588678;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0260243;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:7:8:26:27:0.771429:10:16:2:5:10:17:2:6 chr3 39449137 . T C 43.59 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0015121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.397;QD=6.01287;RBI=0.0220712;REFB=-0.00345436;REVB=-0.0220193;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180464;STB=0.604083;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0135119;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:21:22:7:7:0.241379:5:2:9:12:5:2:9:13 chr3 39541550 . A G 104.26 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0375915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3298;QD=6.31888;RBI=0.0382028;REFB=-0.0090464;REVB=0.00680711;RO=50;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106206;STB=0.506571;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0289767;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:11:5:16:34:11:5:16:34 chr3 40231882 . AC A,AT 1424.59 PASS AF=0.127451,0.872549;AO=20,82;DP=102;FAO=13,89;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=3,37;FSAR=10,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298707,0.0622873;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.5281,61.9045;QD=55.8662;RBI=0.0398461,0.0769011;REFB=0,0;REVB=0.0263714,0.0451007;RO=0;SAF=5,35;SAR=15,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.16565e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00387038,0.00120252;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.127451,0.872549:20,82:102:13,89:102:0:3,37:10,52:0:0:50:0:5,35:15,47:0:0 chr3 40286017 . T C 1956.58 PASS AF=1;AO=114;DP=132;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129929;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8133;QD=62.1135;RBI=0.131555;REFB=0;REVB=0.0206221;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343474;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:126:0:0:114:126:1:56:58:0:0:51:75:0:0 chr3 40286018 . G C 57.43 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.0934595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8777;QD=1.79473;RBI=0.114605;REFB=-0.0594067;REVB=-0.0663294;RO=113;SAF=13;SAR=1;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525699;STB=0.90118;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0779749;OID=.;OPOS=40286018;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:127:128:113:114:14:14:0.109375:1:13:61:52:1:13:62:52 chr3 40351484 . C T 688.98 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6396;QD=62.6349;RBI=0.125707;REFB=0;REVB=-0.0126925;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972766;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr3 40435890 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7661;QD=51.1789;RBI=0.200826;REFB=0;REVB=-0.0174668;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00569079;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 40468896 . C T 158.47 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.046592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.472;QD=8.23208;RBI=0.0473742;REFB=-0.007547;REVB=-0.00857317;RO=55;SAF=12;SAR=10;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111364;STB=0.566207;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0213518;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:10:12:35:20:10:12:35:20 chr3 40498845 . C T 335.58 PASS AF=0.690476;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0381296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.543;QD=31.9598;RBI=0.0464938;REFB=-0.00341515;REVB=0.0266045;RO=13;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194295;STB=0.504143;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00361299;OID=.;OPOS=40498845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:13:28:29:0.690476:16:12:6:7:16:13:6:7 chr3 40499182 . C T 497.7 PASS AF=0.725806;AO=43;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0159268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7759;QD=32.1097;RBI=0.0558305;REFB=-0.00143055;REVB=0.0535106;RO=16;SAF=17;SAR=26;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107052;STB=0.509859;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00263521;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:17:43:45:0.725806:26:17:6:10:28:17:7:10 chr3 40519429 . T C 544.76 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.5398;QD=57.343;RBI=0.0284663;REFB=0.0159535;REVB=-0.0147337;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00123712;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:1:0:24:13:1:0 chr3 40559078 . G C 715.08 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7205;QD=62.1807;RBI=0.0273997;REFB=0;REVB=0.0137847;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860267;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:15:30:0:0:15:31:0:0 chr3 41831279 . C G 459.66 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0052385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.408;QD=32.2567;RBI=0.0070711;REFB=-0.00771528;REVB=0.00474958;RO=16;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128586;STB=0.569565;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00309779;OID=.;OPOS=41831279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:23:18:11:5:23:18:11:5 chr3 41841716 . A C 76.89 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0129816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6398;QD=5.39554;RBI=0.0130158;REFB=-0.00109737;REVB=0.000944013;RO=45;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208346;STB=0.631375;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000981954;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:45:45:12:12:0.210526:6:6:30:15:6:6:30:15 chr3 41910571 . T C 106.13 PASS AF=0.288889;AO=7;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0406617;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4816;QD=9.43361;RBI=0.0454872;REFB=-0.0198052;REVB=-0.0203888;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478889;STB=0.806012;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0533888;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:32:7:13:0.288889:3:4:4:20:3:10:10:22 chr3 41925398 . C T 1357.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.281;QD=62.4341;RBI=0.0126198;REFB=0;REVB=0.0100443;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6546e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:61:24:0:0:62:25:0:0 chr3 41925423 . T C 1246.0 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8525;QD=61.531;RBI=0.0411086;REFB=0;REVB=0.00954048;RO=0;SAF=21;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204588;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:59:21:0:0:59:22:0:0 chr3 41937000 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.346;QD=58.2388;RBI=0.0181912;REFB=0;REVB=-0.00223016;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48965e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr3 41957466 . T G 631.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.342;QD=61.6457;RBI=0.0687701;REFB=0;REVB=0.0650428;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245702;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr3 41960006 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.044;QD=56.1914;RBI=0.0637351;REFB=0;REVB=0.0635215;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305081;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr3 41996136 . T C 888.64 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.218;QD=56.4213;RBI=0.0391114;REFB=-0.0198716;REVB=0.0306246;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.505745;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000101976;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:19:43:0:0:19:43:1:0 chr3 42236415 . A G 507.28 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0631686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9065;QD=41.4107;RBI=0.0878517;REFB=-0.0120533;REVB=-0.0610546;RO=11;SAF=9;SAR=29;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116445;STB=0.563072;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00156233;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:29:9:5:6:29:9:5:6 chr3 42244321 . G A 1112.45 PASS AF=0.775862;AO=88;DP=115;FAO=90;FDP=116;FR=.;FRO=26;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0171092;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.858;QD=38.3605;RBI=0.0325243;REFB=-0.0547238;REVB=0.0276605;RO=24;SAF=39;SAR=49;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449604;STB=0.52482;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0102756;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:24:26:88:90:0.775862:49:39:8:16:49:41:9:17 chr3 42304784 . A G 897.62 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7592;QD=57.9107;RBI=0.121628;REFB=0;REVB=-0.0953147;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303035;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr3 42438754 . T C 581.07 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0187585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3821;QD=22.7869;RBI=0.0371773;REFB=-0.0345741;REVB=-0.0320978;RO=45;SAF=28;SAR=29;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377251;STB=0.520654;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0266606;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:29:28:20:25:29:28:20:25 chr3 42448471 . G A 567.47 PASS AF=0.414966;AO=57;DP=143;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.00899044;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.535;QD=15.4413;RBI=0.0133897;REFB=-0.0164747;REVB=0.00992256;RO=81;SAF=22;SAR=35;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275553;STB=0.635359;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0309835;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:81:86:57:61:0.414966:35:22:53:28:37:24:54:32 chr3 42610374 . A G 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0109481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.669;QD=33.9516;RBI=0.0124276;REFB=-0.0239618;REVB=-0.00588089;RO=13;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539564;STB=0.529392;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0102296;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:12:18:9:4:12:18:9:4 chr3 42636141 . G A 96.1 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.100552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5591;QD=22.6109;RBI=0.113079;REFB=-0.00159143;REVB=-0.0517325;RO=4;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518926;STB=0.509075;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00236116;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:17:4:6:11:11:0.647059:9:2:1:3:9:2:1:5 chr3 42679497 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0955456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.656;QD=16.4169;RBI=0.0956187;REFB=-0.00572656;REVB=-0.00373969;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09589;STB=0.555473;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00707816;OID=.;OPOS=42679497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:6:10:10:4:6:10 chr3 42679777 . T G 456.42 PASS AF=0.745455;AO=40;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00633366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.386;QD=33.1943;RBI=0.0104795;REFB=-0.0304606;REVB=0.00834887;RO=14;SAF=20;SAR=20;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685296;STB=0.539396;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0103487;OID=.;OPOS=42679777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:55:55:14:14:40:41:0.745455:20:20:9:5:21:20:9:5 chr3 42700630 . A G 751.81 PASS AF=0.653846;AO=66;DP=103;FAO=68;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0321495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.046;QD=28.9158;RBI=0.0335519;REFB=-0.0161558;REVB=-0.009599;RO=36;SAF=41;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082074;STB=0.536638;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.012906;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:36:36:66:68:0.653846:25:41:18:18:27:41:18:18 chr3 42700717 . A G 389.73 PASS AF=0.756098;AO=30;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0372584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0332;QD=38.0225;RBI=0.0429062;REFB=-0.0896806;REVB=-0.021278;RO=11;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388991;STB=0.536254;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0267668;OID=.;OPOS=42700717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:11:10:30:31:0.756098:16:14:6:5:17:14:6:4 chr3 42707954 . GTCCCCCCCT GTCCCCCCTC 62.98 PASS AF=0.209302;AO=2;DP=50;FAO=9;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0666194;FXX=0.203666;HRUN=7;LEN=2;MLLD=12.5387;QD=5.85829;RBI=0.0727317;REFB=-0.0641848;REVB=0.029185;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437459;STB=0.615169;STBP=0.576;TYPE=mnp;VARB=0.0823947;OID=.;OPOS=42707962;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GTCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:2:50:9:43:24:2:7:3:21:39:14:0:2:2:12 chr3 42728144 . A G 867.43 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.974;QD=57.8284;RBI=0.0210382;REFB=0;REVB=-0.0052073;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136722;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:56:60:1:15:41:0:0:17:43:0:0 chr3 42729726 . C T 343.12 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0374098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.135;QD=10.8925;RBI=0.0375956;REFB=-0.0103862;REVB=-0.00373304;RO=83;SAF=23;SAR=20;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641663;STB=0.536896;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0214825;OID=.;OPOS=42729726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:83:43:43:0.34127:20:23:49:34:20:23:49:34 chr3 42733468 . T C 66.43 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.10565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.072;QD=3.79608;RBI=0.10567;REFB=-0.0146367;REVB=0.00203718;RO=57;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199789;STB=0.637628;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0515724;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:57:58:12:12:0.171429:7:5:33:24:7:5:34:24 chr3 42735150 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0122877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.924;QD=8.81114;RBI=0.014371;REFB=-0.0118304;REVB=-0.0074524;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0238323;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr3 42826168 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.166;QD=39.2063;RBI=0.0108847;REFB=0;REVB=-0.00435837;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12295e-05;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 42907112 . A C 59.62 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000171898;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.763;QD=6.11454;RBI=0.012572;REFB=-0.00797564;REVB=-0.0125708;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459428;STB=0.816687;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0288515;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:39:31:30:8:9:0.230769:1:7:17:14:1:8:17:13 chr3 42917047 . A G 1504.35 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.848;QD=63.341;RBI=0.0409123;REFB=0;REVB=0.0408812;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.538e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:61:34:0:0 chr3 42956273 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.564;QD=46.8477;RBI=0.0569458;REFB=0;REVB=0.0360334;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961398;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr3 42959025 . A G 62.97 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0135269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9558;QD=8.39573;RBI=0.0137626;REFB=0.000309332;REVB=0.00253618;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364049;STB=0.727463;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000470426;OID=.;OPOS=42959025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:10:11:2:7:10:11 chr3 43073761 . G A 116.31 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0237978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3027;QD=11.0767;RBI=0.0647116;REFB=-0.00892151;REVB=0.0601769;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121094;STB=0.595107;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0226011;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:28:28:13:14:0.333333:6:7:18:10:7:7:18:10 chr3 43073877 . G C,GC 53.89 PASS AF=0.0166667,0.25;AO=3,16;DP=63;FAO=1,15;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=1,9;FSAR=0,6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0145513,0.0899157;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=35.0408,12.1484;QD=3.5929;RBI=0.0469561,0.0968848;REFB=-0.0537251,-0.111747;REVB=-0.0446445,-0.0360809;RO=44;SAF=3,9;SAR=0,7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.436818,-0.0918536;STB=0.98784,0.510624;STBP=0.498,0.939;TYPE=snp,ins;VARB=0.118091,0.196206;OID=.,.;OPOS=43073877,43073878;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:63:60:44:44:3,16:1,15:0.0166667,0.25:0,7:3,9:28:16:0,6:1,9:27:17 chr3 43074430 . A G 87.23 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00281259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.472;QD=12.9223;RBI=0.0122665;REFB=-0.0202738;REVB=-0.0119397;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015192;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.032675;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:27:16:16:10:11:0.407407:7:3:5:11:7:4:5:11 chr3 43074434 . C T 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0452989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6881;QD=12.8665;RBI=0.0567571;REFB=0.0414198;REVB=0.0341961;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0209539;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:5:11:7:4:5:11 chr3 43074871 . A G 2602.68 PASS AF=0.994152;AO=143;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592998;FXX=0.0284075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.456;QD=60.8813;RBI=0.0073442;REFB=0;REVB=-0.00433273;RO=0;SAF=96;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14982e-05;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:171:0:0:143:170:0.994152:47:96:0:0:66:104:0:0 chr3 43095101 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00746784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.833;QD=10.1418;RBI=0.00795306;REFB=-0.00119168;REVB=-0.00273543;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216169;STB=0.627828;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00179494;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:19:6:5:7:19:6 chr3 43095245 . A G 327.54 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0046367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.002;QD=30.4688;RBI=0.0074747;REFB=-0.0390584;REVB=0.00586278;RO=15;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656931;STB=0.540606;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0205979;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:15:27:28:0.651163:10:17:8:7:10:18:8:7 chr3 43097710 . A G 75.16 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=6;FWDB=-0.0119478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.627;QD=3.45564;RBI=0.0375046;REFB=-0.00425983;REVB=-0.0355506;RO=73;SAF=11;SAR=3;SRF=67;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329362;STB=0.702506;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0204376;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:87:87:73:73:14:14:0.16092:3:11:67:6:3:11:67:6 chr3 43121559 . C T 120.26 PASS AF=0.283333;AO=16;DP=62;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00928026;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.794;QD=8.01761;RBI=0.00929011;REFB=0.00330096;REVB=-0.00042752;RO=42;SAF=4;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239098;STB=0.598577;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0095532;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:42:43:16:17:0.283333:12:4:18:24:12:5:18:25 chr3 43121694 . A AC 83.93 PASS AF=0.228395;AO=34;DP=163;FAO=37;FDP=162;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=86;FWDB=-0.0473047;FXX=0.00613459;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.8177;QD=2.07245;RBI=0.0479254;REFB=-0.0146569;REVB=-0.00768856;RO=123;SAF=2;SAR=32;SRF=39;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533106;STB=0.748647;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.15163;OID=.;OPOS=43121695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228395:34:163:37:162:125:4:33:39:86:83:123:2:32:39:84 chr3 43122966 . G A 121.54 PASS AF=0.26087;AO=19;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.101281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9209;QD=7.04578;RBI=0.105505;REFB=-0.00858965;REVB=-0.0295537;RO=49;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948769;STB=0.596218;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0270101;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:51:19:18:0.26087:6:13:30:19:5:13:31:20 chr3 43390387 . C CT 291.83 PASS AF=0.761905;AO=34;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0163941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.0779;QD=18.5289;RBI=0.278253;REFB=-0.0269613;REVB=-0.27777;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147546;STB=0.549733;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.0155208;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:34:63:48:63:15:29:19:12:3:35:21:21:13:17:4 chr3 43414318 . A G 1995.26 PASS AF=0.992308;AO=125;DP=126;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.155;QD=61.3927;RBI=0.0540142;REFB=-0.0727707;REVB=0.0130533;RO=1;SAF=46;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102166;STB=0.50495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000514924;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:130:1:1:125:129:0.992308:79:46:1:0:79:50:1:0 chr3 43602803 . C T 409.63 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0101086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.332;QD=34.1358;RBI=0.0129617;REFB=-0.0157009;REVB=-0.00811316;RO=15;SAF=14;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142604;STB=0.507767;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0148166;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:19:14:6:9:19:14:6:9 chr3 43607136 . T C 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0148924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.002;QD=32.119;RBI=0.0149565;REFB=-0.0271287;REVB=-0.00138346;RO=11;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219665;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01095;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:9:16:7:4:9:16:7:4 chr3 44283672 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.041183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3332;QD=26.0268;RBI=0.0485073;REFB=-0.047433;REVB=-0.0256304;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00518214;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:1:5:0:0:1:5:1:0 chr3 44283808 . C A,G 770.51 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=52,3;DP=55;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307775,0.0231588;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=266.99,28.6147;QD=56.0372;RBI=0.053163,0.0288398;REFB=0,0;REVB=0.043348,0.0171874;RO=0;SAF=20,2;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.00761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000329659,0.0873282;OID=.,.;OPOS=44283808,44283808;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:55:0:0:52,3:52,3:0.945455,0.0545455:32,1:20,2:0:0:32,1:20,2:0:0 chr3 44284584 . G A 1120.32 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167468;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.311;QD=60.5576;RBI=0.0167579;REFB=0;REVB=-0.000611065;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43282e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr3 44540790 . TTTC T,TT,TTTT 771.17 PASS AF=0,0.965517,0.0172414;AO=7,46,5;DP=63;FAO=0,56,1;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22,1;FSAR=0,34,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00520853,-0.00272154,0.0024744;FXX=0.0169463;HRUN=5,5,1;LEN=3,2,1;MLLD=282.59,293.322,275.73;QD=53.1839;RBI=0.00526351,0.00290678,0.00279207;REFB=0.10506,0.113985,0.0849893;REVB=0.000758766,0.00102108,0.00129346;RO=0;SAF=4,17,1;SAR=3,29,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.511107,0.5;STBP=1,0.287,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0217897,-0.000230053,-0.00362959;OID=.,.,.;OPOS=44540791,44540792,44540793;OREF=TTC,TC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.965517,0.0172414:7,46,5:63:0,56,1:58:1:0,22,1:0,34,0:1:0:4:0:4,17,1:3,29,4:0:0 chr3 44612050 . C T 540.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.335;QD=58.4713;RBI=0.0948455;REFB=0;REVB=0.00675365;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284366;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:21:14:0:0:21:16:0:0 chr3 44640272 . T C 606.24 PASS AF=0.75;AO=51;DP=68;FAO=51;FDP=68;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00655393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.483;QD=35.6612;RBI=0.0276822;REFB=-0.0282146;REVB=0.0268952;RO=17;SAF=31;SAR=20;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174092;STB=0.593695;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00888074;OID=.;OPOS=44640272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:17:17:51:51:0.75:20:31:4:13:20:31:4:13 chr3 44692564 . C G 1030.05 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452072;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3127;QD=59.7132;RBI=0.0585862;REFB=0;REVB=0.0372645;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99579e-05;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:33:36:0:0 chr3 44692593 . GC CG,G 71.59 PASS AF=0.0377358,0.264151;AO=3,19;DP=53;FAO=2,14;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=1,11;FSAR=1,3;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0453262,-0.116915;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=92.0997,12.2805;QD=5.40291;RBI=0.0504108,0.126093;REFB=-0.0130246,-0.0840578;REVB=-0.0220633,-0.0472273;RO=30;SAF=1,12;SAR=2,7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0.354167;SSEP=0,0;SSSB=0.0400916,0.340185;STB=0.716194,0.839268;STBP=0.71,0.007;TYPE=mnp,del;VARB=0.114626,0.127391;OID=.,.;OPOS=44692593,44692594;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:53:53:30:37:3,19:2,14:0.0377358,0.264151:2,7:1,12:9:21:1,3:1,11:10:27 chr3 44763037 . A C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.473;QD=47.8137;RBI=0.05958;REFB=0.0400646;REVB=0.0413898;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-9.10939e-05;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr3 44775962 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.981;QD=61.3308;RBI=0.0252898;REFB=0;REVB=0.0149521;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187718;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr3 44777795 . CT TC 284.92 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00322158;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=2;MLLD=155.418;QD=43.8334;RBI=0.046619;REFB=-0.143992;REVB=0.0465075;RO=3;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955253;STB=0.55168;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.003698;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:27:26:3:3:23:23:0.884615:10:13:3:0:10:13:3:0 chr3 44869026 . A T 2278.81 PASS AF=0.9875;AO=153;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0143255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8561;QD=56.9704;RBI=0.126704;REFB=-0.0956636;REVB=0.125891;RO=6;SAF=73;SAR=80;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223329;STB=0.500477;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00355988;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:6:2:153:158:0.9875:80:73:1:5:85:73:1:1 chr3 44884647 . C A 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.251;QD=59.141;RBI=0.0292156;REFB=0;REVB=0.0234921;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77333e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr3 44929287 . G C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0357;QD=57.6725;RBI=0.030493;REFB=0;REVB=0.0275448;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128389;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr3 44943069 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.822;QD=55.656;RBI=0.0341346;REFB=0;REVB=0.00812393;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86425e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:10:17:0:0 chr3 44943389 . G A 508.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124044;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.254;QD=59.7709;RBI=0.0836226;REFB=0;REVB=0.0826974;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043618;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr3 44948479 . C T 695.92 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.395;QD=60.5148;RBI=0.0320423;REFB=0.0102861;REVB=0.0267026;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=1.35519e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr3 44948590 . G A 1116.4 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.696;QD=60.3462;RBI=0.0286986;REFB=0;REVB=-0.001375;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99418e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr3 44955140 . A G 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0021243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.736;QD=11.37;RBI=0.00925323;REFB=-0.00483762;REVB=0.00900609;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224017;STB=0.629114;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00907016;OID=.;OPOS=44955140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:29:16:14:11:29:16 chr3 45052775 . G C 1832.25 PASS AF=1;AO=104;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837923;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.159;QD=61.5884;RBI=0.035338;REFB=0;REVB=0.0343302;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103616;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:104:119:1:52:52:0:0:67:52:0:0 chr3 45077123 . G A 866.97 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0428169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.251;QD=53.352;RBI=0.0461191;REFB=-0.0850765;REVB=0.0171373;RO=3;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724137;STB=0.538449;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000490477;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:18:44:0:3:18:44:0:3 chr3 45127515 . T C 1040.83 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5354;QD=59.4761;RBI=0.0930742;REFB=0;REVB=0.0593296;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101239;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:44:25:0:0:44:26:0:0 chr3 45134822 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.794;QD=58.2394;RBI=0.00796422;REFB=0;REVB=0.00574506;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36059e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr3 45527218 . T C 1269.93 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117996;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.704;QD=61.9478;RBI=0.018932;REFB=0;REVB=0.0148051;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445846;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr3 45533224 . G A 1043.92 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540005;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.047;QD=59.6525;RBI=0.0201773;REFB=0;REVB=0.0194413;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373036;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:34:34:0:0:35:35:0:0 chr3 45559519 . T C 1172.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.536;QD=60.8945;RBI=0.0361304;REFB=0;REVB=0.0352738;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71159e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:43:32:0:0:43:34:0:0 chr3 45565554 . A G 1751.63 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0525225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.677;QD=59.8847;RBI=0.0584475;REFB=-0.0203198;REVB=-0.0256417;RO=1;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620844;STB=0.503267;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000450678;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:76:40:0:1:76:40:0:1 chr3 45637253 . C T 462.81 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00182705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.565;QD=52.8926;RBI=0.0118437;REFB=0.119648;REVB=0.011702;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05184;STB=0.527761;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000819495;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:2:0:16:17:2:0 chr3 45637439 . T C 3185.89 PASS AF=1;AO=165;DP=193;FAO=198;FDP=198;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=98;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049824;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.855;QD=64.3613;RBI=0.0811967;REFB=0;REVB=0.064113;RO=0;SAF=94;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54772e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:198:0:0:165:198:1:71:94:0:0:100:98:0:0 chr3 45785869 . T C 884.16 PASS AF=0.758242;AO=67;DP=91;FAO=69;FDP=91;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00897938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.933;QD=38.8642;RBI=0.0196043;REFB=0.0170641;REVB=0.017427;RO=22;SAF=32;SAR=35;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730835;STB=0.538157;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00376275;OID=.;OPOS=45785869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:22:22:67:69:0.758242:35:32:14:8:36:33:14:8 chr3 45817346 . G A 314.17 PASS AF=0.62;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0111268;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.371;QD=25.1334;RBI=0.0199814;REFB=-0.014186;REVB=0.0165968;RO=17;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087057;STB=0.54115;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00599261;OID=.;OPOS=45817346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:17:19:30:31:0.62:12:18:8:9:13:18:9:10 chr3 45817418 . A G 1193.72 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422077;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.78;QD=61.2166;RBI=0.0422569;REFB=0;REVB=0.00203771;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156936;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr3 45957055 . G A 155.64 PASS AF=0.23;AO=22;DP=99;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00391502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.685;QD=6.22562;RBI=0.00511005;REFB=0.00329432;REVB=0.00328408;RO=76;SAF=10;SAR=12;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405527;STB=0.511739;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0101089;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:76:77:22:23:0.23:12:10:37:39:12:11:38:39 chr3 45959515 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.699;QD=62.6708;RBI=0.0221243;REFB=0;REVB=0.00818701;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155641;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 45959583 . C T 291.61 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0562501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6733;QD=11.0041;RBI=0.0624796;REFB=-0.0262095;REVB=0.0271962;RO=64;SAF=11;SAR=26;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134421;STB=0.598485;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0478007;OID=.;OPOS=45959583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:64:69:37:37:0.349057:26:11:26:38:26:11:30:39 chr3 45959759 . T C 147.46 PASS AF=0.235294;AO=10;DP=88;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00782991;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.875;QD=5.78287;RBI=0.0102872;REFB=-0.0194129;REVB=-0.00667231;RO=76;SAF=3;SAR=7;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229067;STB=0.561024;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0664127;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:102:76:78:10:24:0.235294:7:3:37:39:11:13:36:42 chr3 45989044 . T G 727.67 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.892;QD=63.2753;RBI=0.0400792;REFB=0;REVB=0.0356731;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92995e-05;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr3 45996761 . G A 1745.62 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.24;QD=60.7172;RBI=0.0114516;REFB=0;REVB=0.0111456;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36518e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:55:57:0:0:58:57:0:0 chr3 46007823 . G T 469.01 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.121656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.935;QD=24.6847;RBI=0.135099;REFB=-0.0886316;REVB=0.058751;RO=27;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644148;STB=0.541649;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0554458;OID=.;OPOS=46007823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:27:28:48:48:0.631579:22:26:12:15:22:26:12:16 chr3 46007825 . T C 529.33 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.01388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.609;QD=27.8597;RBI=0.0147589;REFB=-0.0313277;REVB=0.00501698;RO=27;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644148;STB=0.541649;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00657009;OID=.;OPOS=46007825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:28:48:48:0.631579:22:26:12:15:22:26:12:16 chr3 46008087 . G A 443.15 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0195951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.05;QD=36.1755;RBI=0.0578916;REFB=-0.024003;REVB=-0.0544745;RO=14;SAF=17;SAR=18;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678644;STB=0.536821;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00947725;OID=.;OPOS=46008087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:18:17:5:9:18:17:5:9 chr3 46008790 . G A 215.21 PASS AF=0.253968;AO=32;DP=126;FAO=32;FDP=126;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00845972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0498;QD=6.83218;RBI=0.00902507;REFB=-0.0067768;REVB=-0.00314405;RO=94;SAF=11;SAR=21;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210351;STB=0.626944;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0215708;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:94:94:32:32:0.253968:21:11:48:46:21:11:48:46 chr3 46009487 . G A 365.95 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00444082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.329;QD=21.5265;RBI=0.0762672;REFB=-0.0208877;REVB=0.0761379;RO=31;SAF=27;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143746;STB=0.579787;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00866428;OID=.;OPOS=46009487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:10:27:18:13:10:27:18:13 chr3 46009864 . C G 1343.31 PASS AF=0.967391;AO=84;DP=87;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0738154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8211;QD=58.4049;RBI=0.0803792;REFB=-0.14387;REVB=0.0318135;RO=3;SAF=38;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140922;STB=0.506365;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00731141;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:92:3:3:84:89:0.967391:46:38:2:1:47:42:2:1 chr3 46010007 . T C 1153.95 PASS AF=0.744;AO=93;DP=123;FAO=93;FDP=125;FR=.;FRO=32;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0143973;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1059;QD=36.9264;RBI=0.0157806;REFB=-0.0910571;REVB=-0.0064609;RO=30;SAF=44;SAR=49;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182302;STB=0.501121;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0291083;OID=.;OPOS=46010007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:30:32:93:93:0.744:49:44:13:17:49:44:15:17 chr3 46010077 . C T 1192.77 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0411833;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.963;QD=57.4828;RBI=0.0412042;REFB=0.00513428;REVB=0.0013114;RO=3;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559001;STB=0.502954;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.000111491;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:83:3:3:80:80:0.963855:47:33:1:2:47:33:1:2 chr3 46021218 . G T 924.13 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238405;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.27;QD=58.6752;RBI=0.0285129;REFB=0;REVB=0.0156402;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41126e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr3 46063329 . T C 169.75 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0171326;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6825;QD=30.8627;RBI=0.0495238;REFB=-0.0265775;REVB=-0.0464659;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113101;STB=0.562425;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0157935;OID=.;OPOS=46063329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:24:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:5:1:6:10:5:1 chr3 46399798 . T C 231.97 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0123916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.075;QD=10.9161;RBI=0.0133442;REFB=-0.0052348;REVB=-0.00495138;RO=56;SAF=17;SAR=11;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104122;STB=0.545647;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.010768;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:56:56:28:29:0.341176:11:17:29:27:12:17:29:27 chr3 46415924 . A G 196.39 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0116592;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.941;QD=10.474;RBI=0.0122568;REFB=-0.00308537;REVB=0.00378043;RO=50;SAF=17;SAR=8;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169516;STB=0.599463;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0105111;OID=.;OPOS=46415924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:50:50:25:25:0.333333:8:17:27:23:8:17:27:23 chr3 46416470 . G T 365.9 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=0.0687889;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4607;QD=16.0837;RBI=0.0970124;REFB=0.00347511;REVB=0.0684068;RO=54;SAF=20;SAR=18;SRF=43;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289707;STB=0.681195;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00232903;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:52:38:39:0.428571:18:20:43:11:19:20:43:9 chr3 46417312 . G T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0084605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.724;QD=26.3058;RBI=0.00847624;REFB=-0.0336585;REVB=-0.00051628;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111381;STB=0.5619;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0270964;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:8:13:6:7:8:13:6:7 chr3 46449978 . A C 266.41 PASS AF=0.321101;AO=33;DP=113;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0265034;FXX=0.0603396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.647;QD=9.77653;RBI=0.0276157;REFB=-0.00914301;REVB=-0.0077586;RO=71;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228744;STB=0.613074;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0229647;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:109:71:74:33:35:0.321101:13:20:29:42:14:21:32:42 chr3 46450070 . T A 350.06 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0204051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.289;QD=15.3874;RBI=0.0257925;REFB=-0.0273616;REVB=0.015776;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199206;STB=0.611593;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0384126;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:53:37:38:0.417582:17:20:18:34:17:21:19:34 chr3 46480958 . C G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.033;QD=59.5007;RBI=0.0529719;REFB=0;REVB=-0.0415421;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3821e-05;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr3 46501284 . C CCTT 1038.58 PASS AF=1;AO=64;DP=90;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118184;FXX=0.0675584;HRUN=2;LEN=3;MLLD=247.802;QD=60.2076;RBI=0.0257743;REFB=0;REVB=0.0229051;RO=22;SAF=32;SAR=32;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.09504e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:90:69:69:0:33:36:0:0:6:22:32:32:12:10 chr3 46654132 . G A 1511.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.753;QD=59.8599;RBI=0.04756;REFB=0;REVB=0.0457512;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48919e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:44:54:0:0:45:56:0:0 chr3 46658737 . A G 1400.51 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365124;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9882;QD=62.9441;RBI=0.122231;REFB=0;REVB=0.11665;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107387;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr3 46713457 . C G 167.78 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0925677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9079;QD=8.38883;RBI=0.0934933;REFB=0.0296399;REVB=0.0131233;RO=53;SAF=11;SAR=12;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147379;STB=0.608324;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0467174;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:57:23:23:0.2875:12:11:32:21:12:11:36:21 chr3 46722692 . G T 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.155;QD=60.6043;RBI=0.0349335;REFB=0;REVB=0.028296;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303041;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr3 46729757 . C G 1232.4 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00253968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7207;QD=57.9951;RBI=0.0434741;REFB=-0.125186;REVB=0.0433998;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511902;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00351339;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:85:0:2:82:83:0.976471:41:41:0:0:41:42:0:2 chr3 46755937 . C T 668.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496693;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.748;QD=62.1739;RBI=0.0591886;REFB=0;REVB=0.0321907;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381334;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 46759010 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.069;QD=39.2068;RBI=0.0460571;REFB=0;REVB=0.0439446;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420324;OID=.;OPOS=46759010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr3 46783959 . T C 1116.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.634;QD=60.3626;RBI=0.0323898;REFB=0;REVB=0.0165444;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67617e-05;OID=.;OPOS=46783959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr3 46784467 . G A 218.91 PASS AF=0.84;AO=14;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0130153;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.711;QD=35.0248;RBI=0.0299459;REFB=-0.0126617;REVB=0.0269695;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.576852;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00124246;OID=.;OPOS=46784467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:24:25:0:4:14:21:0.84:6:8:0:0:10:11:4:0 chr3 46785355 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.664;QD=55.6552;RBI=0.10869;REFB=0;REVB=-0.108613;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500561;OID=.;OPOS=46785355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr3 46904812 . G A 53.96 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0342616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.48;QD=8.30083;RBI=0.0371476;REFB=-0.0352891;REVB=-0.0143557;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255285;STB=0.613332;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0647215;OID=.;OPOS=46904812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:15:18:8:8:0.307692:2:6:8:7:2:6:11:7 chr3 47018214 . T C 1489.0 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.875;QD=63.3619;RBI=0.055735;REFB=0;REVB=-0.0010422;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04145e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:60:34:0:0:60:34:0:0 chr3 47033993 . AGGGGGA AGGGGA,AGGGGAG,GAGGGGA 1134.38 PASS AF=0.931973,0,0.0612245;AO=40,6,18;DP=146;FAO=137,0,9;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=89,0,0;FSAR=48,0,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.623235,0.0610196,0.223628;FXX=0.0264883;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.5288,122.718,11.1784;QD=30.8675;RBI=0.663442,0.0627857,0.256652;REFB=0.00456689,0.000626466,0.0189034;REVB=0.22745,0.0147869,0.125941;RO=64;SAF=20,6,1;SAR=20,0,17;SRF=52;SRR=12;SSEN=0.315789,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.34402,0.475901,-0.7927;STB=0.505154,0.5,0.5;STBP=0.287,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0656483,0,-0.229849;OID=.,.,.;OPOS=47033994,47033998,47033993;OREF=G,GA,AG;OALT=-,AG,GA;OMAPALT=AGGGGA,AGGGGAG,GAGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:18:146:147:64:1:40,6,18:137,0,9:0.931973,0,0.0612245:20,0,17:20,6,1:52:12:48,0,9:89,0,0:0:1 chr3 47036756 . C G 307.44 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.045868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7644;QD=27.9489;RBI=0.059389;REFB=0.013035;REVB=-0.0377251;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207471;STB=0.614273;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0179178;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:16:11:12:5:16:11:12:5 chr3 47043538 . C T 152.48 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0135058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.381;QD=5.30351;RBI=0.0208665;REFB=0.0045522;REVB=0.0159061;RO=89;SAF=12;SAR=13;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396755;STB=0.501741;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0178231;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:89:90:25:25:0.217391:13:12:43:46:13:12:43:47 chr3 47043622 . G A 462.51 PASS AF=0.711864;AO=35;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0599368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.773;QD=31.3563;RBI=0.0642847;REFB=-0.0428551;REVB=0.0232402;RO=17;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434741;STB=0.505286;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0165312;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:35:42:0.711864:19:16:9:8:19:23:9:8 chr3 47045739 . C G 34.56 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0335537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0538;QD=4.45945;RBI=0.0348139;REFB=0.013266;REVB=0.00928195;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392085;STB=0.512155;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0252118;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:23:25:6:6:0.193548:4:2:7:16:4:2:8:17 chr3 47125385 . G A 124.9 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=8;FWDB=-0.0299709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.486;QD=6.24473;RBI=0.0418271;REFB=-0.00753493;REVB=-0.0291762;RO=61;SAF=16;SAR=3;SRF=53;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663337;STB=0.54043;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0304719;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:61:19:19:0.2375:3:16:53:8:3:16:53:8 chr3 47161214 . T C 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0443282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.392;QD=6.25097;RBI=0.0444788;REFB=-0.0094242;REVB=-0.00365789;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338286;STB=0.726411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0412813;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:10:7:1:5:10:7 chr3 47282303 . G A 90.99 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0127024;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.62;QD=7.74407;RBI=0.0188954;REFB=-0.00724664;REVB=-0.0139888;RO=35;SAF=11;SAR=1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469528;STB=0.807255;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.037107;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:47:35:35:12:12:0.255319:1:11:23:12:1:11:23:12 chr3 47322496 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0115204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3184;QD=9.67056;RBI=0.087526;REFB=0.00544311;REVB=0.0867645;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207448;STB=0.576834;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00893072;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:17:16:0.307692:11:6:7:28:11:5:8:28 chr3 47371439 . AGGC AAGC,AG,AGC 251.22 PASS AF=0,0.137931,0.758621;AO=2,9,13;DP=29;FAO=0,4,22;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=0,4,19;FSAR=0,0,3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0236532,0.00643611,0.0243815;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=8.62345,125.585,15.7213;QD=34.6504;RBI=0.241972,0.0805564,0.265031;REFB=0.0183586,-0.0103932,-0.0500694;REVB=0.240813,0.0802989,0.263907;RO=4;SAF=2,9,11;SAR=0,0,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.687939,0.81634,0.345498;STB=0.5,0.996413,0.612786;STBP=1,0.067,0.044;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0800902,0.0406026;OID=.,.,.;OPOS=47371440,47371441,47371440;OREF=G,GC,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAGC,AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.137931,0.758621:2,9,13:29:0,4,22:29:3:0,4,19:0,0,3:1:2:13:4:2,9,11:0,0,2:1:3 chr3 47385585 . C A 116.8 PASS AF=0.303571;AO=12;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0674228;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.5744;QD=8.34302;RBI=0.192263;REFB=-0.00464841;REVB=0.180053;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194556;STB=0.570741;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00974432;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:39:12:17:0.303571:4:8:13:13:7:10:19:20 chr3 47386059 . TG CC 460.07 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175839;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=54.8186;QD=55.7663;RBI=0.231847;REFB=0;REVB=0.151109;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00541572;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:4:33:1:3:1:0:0:16:17:0:0 chr3 47449058 . T C 159.16 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.773;QD=45.4744;RBI=0.028289;REFB=0;REVB=0.00917558;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155419;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chr3 47452087 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2204;QD=39.2024;RBI=0.105812;REFB=0;REVB=-0.0581089;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887673;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr3 47452786 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0327688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.029;QD=6.26144;RBI=0.0395697;REFB=-0.0156055;REVB=-0.0221803;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218582;STB=0.639616;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0389698;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:8:13:3:4:8:13 chr3 47454398 . CG AC,C,CA 157.18 PASS AF=0.357143,0,0.642857;AO=5,3,5;DP=13;FAO=5,0,9;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,2;FSAR=1,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114154,0.0147352,0.0174766;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=80.0176,102.838,41.9505;QD=44.9098;RBI=0.134233,0.0522535,0.0747336;REFB=0,0,0;REVB=0.133747,0.0501329,0.0726614;RO=0;SAF=4,0,2;SAR=1,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.00717257,0,0.0291259;OID=.,.,.;OPOS=47454398,47454399,47454399;OREF=CG,G,G;OALT=AC,-,A;OMAPALT=AC,C,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:29:13:14:0:0:5,3,5:5,0,9:0.357143,0,0.642857:1,3,3:4,0,2:0:0:1,0,7:4,0,2:0:0 chr3 47459679 . C T 177.23 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00818929;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.807;QD=10.2739;RBI=0.0170758;REFB=-0.00659997;REVB=0.014984;RO=46;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740454;STB=0.52969;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0141493;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:22:23:0.333333:10:12:28:18:10:13:28:18 chr3 47462200 . T C 581.23 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.819;QD=58.1232;RBI=0.0269484;REFB=-0.0853422;REVB=-0.0212758;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000600208;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:40:1:1:37:39:0.975:17:20:0:1:19:20:0:1 chr3 47539702 . T C 203.1 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0214324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.088;QD=21.9568;RBI=0.043731;REFB=-0.0286665;REVB=0.038119;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104312;STB=0.558679;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0387455;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:9:8:7:13:9:8 chr3 47539751 . T C 1029.96 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.748;QD=56.4363;RBI=0.013225;REFB=-0.0892296;REVB=-0.00461676;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025541;STB=0.51351;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00207251;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:2:2:70:71:0.972603:34:36:2:0:35:36:2:0 chr3 47618953 . C A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0372249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.72;QD=23.2632;RBI=0.038874;REFB=-0.0232436;REVB=-0.0112025;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389085;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0295892;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:10:9:12:11:10:9 chr3 47645933 . A T 391.03 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0184369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1078;QD=19.3099;RBI=0.0765284;REFB=-0.0014287;REVB=-0.0742744;RO=40;SAF=12;SAR=28;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30079;STB=0.662321;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000218227;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:41:40:40:0.493827:28:12:25:15:28:12:25:16 chr3 47888136 . C T 429.09 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0182535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.173;QD=35.7572;RBI=0.0183247;REFB=-0.03647;REVB=0.00161373;RO=14;SAF=12;SAR=22;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400233;STB=0.521726;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00894;OID=.;OPOS=47888136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:22:12:4:10:22:12:4:10 chr3 47953405 . A C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0160125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.449;QD=6.01599;RBI=0.0335726;REFB=-1.1205e-05;REVB=-0.029508;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103929;STB=0.567979;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.000228092;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:14:8:2:5:14:8 chr3 47953733 . C A 125.38 PASS AF=0.276923;AO=17;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00727656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.28;QD=7.71588;RBI=0.00761421;REFB=-0.0111741;REVB=0.00224231;RO=47;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647115;STB=0.55369;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0292564;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:17:18:0.276923:5:12:31:16:5:13:31:16 chr3 47956424 . C T 93.35 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0115545;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.728;QD=6.43769;RBI=0.0285856;REFB=0.0107406;REVB=0.0261463;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858169;STB=0.50534;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0429726;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:16:28:9:5:16:28 chr3 47958037 . G T 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0315508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.679;QD=6.30258;RBI=0.0357924;REFB=-0.0156834;REVB=-0.0169011;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436912;STB=0.527731;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.052712;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:4:8:26:15:4:8:26:15 chr3 48229380 . G A 541.64 PASS AF=0.561798;AO=46;DP=78;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0099846;FXX=0.0219756;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.717;QD=24.3432;RBI=0.0281298;REFB=-0.0280183;REVB=0.0262982;RO=13;SAF=19;SAR=27;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012038;STB=0.571136;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0145497;OID=.;OPOS=48229380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:89:13:39:46:50:0.561798:27:19:5:8:31:19:21:18 chr3 48299439 . T C 276.83 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0119614;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8129;QD=11.185;RBI=0.0142256;REFB=-0.00999253;REVB=0.00770019;RO=65;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608999;STB=0.540417;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0205625;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:65:66:33:33:0.333333:18:15:33:32:18:15:34:32 chr3 48310242 . A C 124.17 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00731382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.685;QD=27.5922;RBI=0.010902;REFB=-0.0331028;REVB=0.00808459;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166735;STB=0.59308;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00491131;OID=.;OPOS=48310242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:1:4:6:7:1:4 chr3 48419897 . C T 313.27 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0131043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9434;QD=17.4036;RBI=0.0131093;REFB=-0.00414053;REVB=0.000364564;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213609;STB=0.601567;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00916446;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:38:33:34:0.472222:20:13:23:14:20:14:23:15 chr3 48421387 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00540178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.728;QD=16.6265;RBI=0.0778036;REFB=0.0240054;REVB=0.0776158;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00469093;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:7:7:6:7:7:7 chr3 48422235 . T A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0211801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.32;QD=7.03203;RBI=0.0253367;REFB=-0.0176894;REVB=-0.0139051;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110244;STB=0.569466;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0422373;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:14:12:5:4:14:12 chr3 48465077 . GC G 34.73 PASS AF=0.178082;AO=11;DP=74;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.0132935;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8995;QD=1.90321;RBI=0.0137378;REFB=-0.0132346;REVB=-0.00346527;RO=57;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496147;STB=0.897868;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0595051;OID=.;OPOS=48465078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178082:11:74:13:73:60:11:2:17:43:34:57:8:3:17:40 chr3 48474249 . A G 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00581089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5825;QD=8.2306;RBI=0.00620023;REFB=0.016315;REVB=0.0021625;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174193;STB=0.608469;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0157089;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:11:14:7:3:11:14 chr3 48476431 . C G 2224.59 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0401908;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.661;QD=59.3223;RBI=0.0487684;REFB=-0.0856888;REVB=0.0276235;RO=2;SAF=59;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106856;STB=0.505555;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0003626;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:150:2:2:147:148:0.986667:88:59:0:2:89:59:0:2 chr3 48508585 . C T 59.31 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0269245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.213;QD=6.08335;RBI=0.0367453;REFB=-0.0197906;REVB=0.0250058;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184903;STB=0.617723;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0779859;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:18:12:5:4:18:12 chr3 48599944 . C A 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.013558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.157;QD=3.93889;RBI=0.0184953;REFB=-0.00675562;REVB=0.01258;RO=35;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493458;STB=0.844054;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.022082;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:6:1:19:16:6:1:19:16 chr3 48610466 . C A 524.96 PASS AF=0.8;AO=42;DP=53;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.029325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.092;QD=38.1787;RBI=0.0295218;REFB=-0.0230184;REVB=-0.00340325;RO=10;SAF=15;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917946;STB=0.544215;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00577335;OID=.;OPOS=48610466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:53:55:10:11:42:44:0.8:27:15:6:4:29:15:6:5 chr3 48610925 . T C 157.55 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.035535;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.152;QD=10.0033;RBI=0.0413167;REFB=-0.0206682;REVB=-0.0210792;RO=39;SAF=17;SAR=4;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180851;STB=0.663888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0514326;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:42:21:21:0.333333:4:17:27:12:4:17:26:16 chr3 48615728 . G A 179.44 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0365937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9344;QD=13.2915;RBI=0.0717412;REFB=-0.00925049;REVB=0.0617066;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715477;STB=0.55056;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0199944;OID=.;OPOS=48615728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:15:6:11:21:16:6:11:21 chr3 48625266 . T C 61.29 PASS AF=0.25;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.135423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.665;QD=6.81019;RBI=0.137846;REFB=-0.00295338;REVB=-0.0257319;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476015;STB=0.79577;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00459543;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:25:27:9:9:0.25:7:2:16:9:7:2:17:10 chr3 48638807 . G C 204.16 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0299876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8619;QD=10.4699;RBI=0.0355765;REFB=0.014761;REVB=0.0191424;RO=52;SAF=13;SAR=13;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879876;STB=0.551243;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0228129;OID=.;OPOS=48638807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:13:13:30:22:13:13:30:22 chr3 48669447 . C T 129.38 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00125162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.756;QD=12.9378;RBI=0.00296738;REFB=-0.016812;REVB=-0.0026905;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0258244;OID=.;OPOS=48669447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:11:3:4:20:12:3:5:20 chr3 48681053 . C T 167.38 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0670636;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4481;QD=8.58338;RBI=0.0783576;REFB=-0.0133172;REVB=-0.0405263;RO=46;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248392;STB=0.60405;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0320844;OID=.;OPOS=48681053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:46:55:23:23:0.294872:8:15:20:26:8:15:28:27 chr3 48691316 . T C 365.46 PASS AF=0.326241;AO=42;DP=137;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0210827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9629;QD=10.3675;RBI=0.0267967;REFB=-0.0376121;REVB=0.0165404;RO=94;SAF=18;SAR=24;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085122;STB=0.518191;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0790506;OID=.;OPOS=48691316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:94:95:42:46:0.326241:24:18:47:47:24:22:48:47 chr3 48694147 . G A 96.03 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0455028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6677;QD=22.595;RBI=0.111305;REFB=-0.0193817;REVB=0.101579;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.608495;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0137313;OID=.;OPOS=48694147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:17:5:6:11:11:0.647059:4:7:2:3:4:7:2:4 chr3 48697654 . C G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0997777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.31;QD=11.2147;RBI=0.0999063;REFB=-0.00731886;REVB=-0.00506738;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881381;STB=0.569528;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.012188;OID=.;OPOS=48697654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:12:4:10:22:12:4:11:22 chr3 48699519 . C T 286.15 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00487179;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.151;QD=15.2612;RBI=0.0133454;REFB=-0.00643756;REVB=0.0124244;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047492;STB=0.520981;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00937844;OID=.;OPOS=48699519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:43:32:32:0.426667:19:13:19:23:19:13:19:24 chr3 48727112 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.326;QD=64.1523;RBI=0.0371575;REFB=0;REVB=0.0274641;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247678;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr3 48731961 . A G 204.23 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.927;QD=48.0536;RBI=0.0958427;REFB=0;REVB=0.0182862;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001439;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:11:6:0:0 chr3 48986546 . CATTTATTT C 87.34 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0201918;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=8;MLLD=226.338;QD=20.5501;RBI=0.0343262;REFB=-0.00868014;REVB=0.0277593;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.736328;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.00824992;OID=.;OPOS=48986547;OREF=ATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:9:12:10:17:7:2:8:5:2:50:0:1:8:0:0 chr3 48995487 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.491;QD=51.184;RBI=0.0147906;REFB=0;REVB=-0.00360758;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011455;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr3 49017800 . TA T 30.99 PASS AF=0.244898;AO=15;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.000696734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5697;QD=2.53003;RBI=0.114929;REFB=-0.0605604;REVB=-0.114927;RO=32;SAF=2;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60355;STB=0.838369;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0988594;OID=.;OPOS=49017801;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898:15:48:12:49:37:2:10:23:14:30:32:2:13:21:11 chr3 49053219 . A G,T 795.65 PASS AF=0.966102,0.0338983;AO=52,2;DP=55;FAO=57,2;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240324,0.0040825;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.579,125.99;QD=53.9424;RBI=0.0328278,0.0226204;REFB=0,0;REVB=-0.0327397,-0.022249;RO=0;SAF=31,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00042227,0.0199134;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:55:59:0:0:52,2:57,2:0.966102,0.0338983:21,0:31,2:0:0:21,0:36,2:0:0 chr3 49054692 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.294;QD=62.3507;RBI=0.0316223;REFB=0;REVB=0.0314603;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112373;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 49137238 . G A 70.91 PASS AF=0.14;AO=14;DP=101;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=65;FWDB=0.00896783;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3634;QD=2.83646;RBI=0.0484373;REFB=-0.00423935;REVB=0.0475999;RO=87;SAF=2;SAR=12;SRF=21;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192329;STB=0.641627;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0235045;OID=.;OPOS=49137238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:101:100:87:86:14:14:0.14:12:2:21:66:12:2:21:65 chr3 49200627 . A G 145.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.629;QD=44.7292;RBI=0.0623559;REFB=0;REVB=0.0391358;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109411;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr3 49200692 . T A 300.19 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226267;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2386;QD=50.0311;RBI=0.117491;REFB=-0.113372;REVB=0.115292;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0182795;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:4:19:0:0:4:19:1:0 chr3 49298139 . G A 711.2 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9689;QD=59.2664;RBI=0.0527127;REFB=-0.110427;REVB=0.0323152;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00585826;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:48:1:0:43:48:1:19:24:1:0:20:28:0:0 chr3 49298205 . T C 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.67;QD=64.4084;RBI=0.108356;REFB=0;REVB=0.0373218;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213573;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr3 49548008 . C G 462.67 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0355;QD=56.0818;RBI=0.0287584;REFB=0;REVB=-0.0219263;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323133;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:11:14:0:0:15:18:0:0 chr3 49570882 . T C 1477.55 PASS AF=0.990099;AO=96;DP=97;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.85;QD=58.5167;RBI=0.0322504;REFB=-0.0397198;REVB=0.026599;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939059;STB=0.504586;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000875551;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:101:1:1:96:100:0.990099:46:50:1:0:46:54:1:0 chr3 49690199 . G A,C 1659.98 PASS AF=0.904348,0.0869565;AO=104,9;DP=115;FAO=104,10;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58,10;FSAR=46,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558032,0.0575508;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.269,11.5932;QD=57.7385;RBI=0.058987,0.0633144;REFB=-0.0531722,-0.0524523;REVB=0.0191175,0.0263936;RO=1;SAF=58,9;SAR=46,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00811183,0;STB=0.504273,0.5;STBP=0.487,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000354841,0.162741;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:115:115:1:1:104,9:104,10:0.904348,0.0869565:46,0:58,9:1:0:46,0:58,10:1:0 chr3 49701298 . G A 1346.5 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231201;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1593;QD=61.2046;RBI=0.0233316;REFB=0.045576;REVB=0.00313486;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00021155;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:41:45:1:0:42:45:1:0 chr3 49708769 . T C 174.36 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0179933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7605;QD=8.01641;RBI=0.035783;REFB=-0.0142035;REVB=0.0309299;RO=62;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196091;STB=0.620595;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0506648;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:24:24:0.275862:12:12:21:41:12:12:21:42 chr3 49708803 . TCAAA T 550.0 PASS AF=0.734375;AO=43;DP=70;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00750846;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.241;QD=34.375;RBI=0.00788335;REFB=-0.00126503;REVB=0.00240213;RO=16;SAF=17;SAR=26;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219998;STB=0.508055;STBP=0.833;TYPE=del;VARB=0.000275016;OID=.;OPOS=49708804;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734375:43:70:47:64:17:18:29:7:10:99:16:17:26:7:9 chr3 49708857 . C T 533.7 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000744066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8672;QD=31.8625;RBI=0.0167552;REFB=-0.00839499;REVB=-0.0167386;RO=20;SAF=18;SAR=29;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991012;STB=0.50536;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00215363;OID=.;OPOS=49708857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:29:18:8:12:29:18:8:12 chr3 49723784 . C A 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0078221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.732;QD=33.9764;RBI=0.0825108;REFB=-0.0857347;REVB=0.0821392;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149612;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00212609;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:0:2:5:7:0:2 chr3 49724808 . T C 1994.3 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00464922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4998;QD=60.4333;RBI=0.025764;REFB=-0.0308245;REVB=-0.025341;RO=2;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133831;STB=0.506943;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00023555;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:2:2:129:130:0.984848:70:59:0:2:71:59:0:2 chr3 49736172 . C A 231.05 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00499734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.978;QD=30.8069;RBI=0.0186502;REFB=-0.00178781;REVB=-0.0179682;RO=9;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312499;STB=0.517225;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000571697;OID=.;OPOS=49736172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:15:6:3:6:15:6:3:6 chr3 49738945 . C T 837.35 PASS AF=0.758621;AO=65;DP=86;FAO=66;FDP=87;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0147101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7384;QD=38.499;RBI=0.0970187;REFB=0.0115104;REVB=0.0958971;RO=21;SAF=44;SAR=21;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291756;OID=.;OPOS=49738945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:21:21:65:66:0.758621:21:44:14:7:22:44:14:7 chr3 49739507 . G C 255.84 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.629;QD=51.1688;RBI=0.087571;REFB=0;REVB=-0.0531193;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298573;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:12:6:0:0:13:7:0:0 chr3 49751585 . C T 168.25 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0267384;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.686;QD=22.4339;RBI=0.058278;REFB=0.0346463;REVB=-0.051782;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386739;STB=0.521714;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0274695;OID=.;OPOS=49751585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:4:9:11:6:4:9 chr3 49758764 . A G 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0112013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.296;QD=31.7348;RBI=0.016297;REFB=0.0314827;REVB=0.0118375;RO=5;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129281;STB=0.571341;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00543065;OID=.;OPOS=49758764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:8:8:4:1:8:8:4:1 chr3 49760039 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.91;QD=60.2284;RBI=0.00627104;REFB=0;REVB=-0.00217581;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89995e-05;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr3 49829326 . G A 288.87 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=37;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0556109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2983;QD=30.4077;RBI=0.0559692;REFB=-0.0633908;REVB=0.00632288;RO=12;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805066;STB=0.507766;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0460388;OID=.;OPOS=49829326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:37:38:12:12:25:26:0.684211:6:19:9:3:7:19:9:3 chr3 49836707 . G A 423.47 PASS AF=0.75;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00683935;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.394;QD=38.4969;RBI=0.0297087;REFB=-0.00119508;REVB=0.0289107;RO=11;SAF=12;SAR=21;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933081;STB=0.550429;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000422805;OID=.;OPOS=49836707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:11:11:33:33:0.75:21:12:2:9:21:12:2:9 chr3 49898273 . A G 223.43 PASS AF=0.65625;AO=19;DP=30;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0253791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.085;QD=27.9292;RBI=0.032544;REFB=-0.0458983;REVB=0.0203718;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828023;STB=0.523787;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0296474;OID=.;OPOS=49898273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:32:11:11:19:21:0.65625:8:11:5:6:10:11:5:6 chr3 49924940 . T C 563.05 PASS AF=0.82;AO=40;DP=49;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0229328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.305;QD=45.0441;RBI=0.0230645;REFB=-0.0255452;REVB=0.00246106;RO=9;SAF=22;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404398;STB=0.523611;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00505616;OID=.;OPOS=49924940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:50:9:9:40:41:0.82:18:22:6:3:19:22:6:3 chr3 49928691 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.124;QD=47.8205;RBI=0.0445968;REFB=0;REVB=0.0188689;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102691;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr3 49936102 . T C 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00189304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.858;QD=9.75656;RBI=0.0178234;REFB=0.000349919;REVB=-0.0177225;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00111051;OID=.;OPOS=49936102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:4:3:5:6:4:3:5:7 chr3 49946812 . G A 728.64 PASS AF=0.776316;AO=59;DP=76;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0040823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7874;QD=38.3494;RBI=0.0248555;REFB=-0.0368561;REVB=0.0245179;RO=17;SAF=30;SAR=29;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158074;STB=0.508472;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00915243;OID=.;OPOS=49946812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:17:17:59:59:0.776316:29:30:8:9:29:30:8:9 chr3 50103764 . TC T 108.11 PASS AF=0.741935;AO=15;DP=34;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.139453;FXX=0.0882094;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.53163;QD=13.9502;RBI=0.215232;REFB=-0.0885432;REVB=0.163945;RO=11;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.420667;STB=0.575154;STBP=0.194;TYPE=del;VARB=0.0843186;OID=.;OPOS=50103765;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:15:34:23:31:8:15:8:3:5:26:11:13:2:5:6 chr3 50114515 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.924;QD=60.2289;RBI=0.0625456;REFB=0;REVB=-0.0556341;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139547;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr3 50144951 . T C 625.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0945974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.2285;QD=61.0614;RBI=0.0967532;REFB=0;REVB=0.0203107;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112283;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:33:8:0:0:33:8:0:0 chr3 50153356 . T C 954.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9372;QD=58.7109;RBI=0.0273546;REFB=0;REVB=0.0199334;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160176;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr3 50197092 . C T 535.91 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.00999438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2557;QD=20.2229;RBI=0.0560827;REFB=0.011087;REVB=0.055185;RO=51;SAF=21;SAR=34;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26265;STB=0.644498;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00586233;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:34:21:35:16:34:21:35:16 chr3 50222926 . T A 693.2 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073812;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.319;QD=63.0184;RBI=0.0634434;REFB=0;REVB=0.0630125;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94984e-06;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr3 50225631 . TAAAAT TAAAT,TAAATA 111.6 PASS AF=0.454545,0;AO=11,2;DP=33;FAO=15,0;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6,0;FSAR=9,0;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0915787,-0.0426154;FXX=0.0833102;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.293,18.6234;QD=13.5269;RBI=0.094595,0.0497491;REFB=-0.02953,-0.0027411;REVB=-0.0236969,0.025669;RO=18;SAF=4,2;SAR=7,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201747,0.499987;STB=0.585251,0.5;STBP=0.407,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0712184,0;OID=.,.;OPOS=50225632,50225635;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAT,TAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0:11,2:33:15,0:33:18:6,0:9,0:10:8:99:18:4,2:7,0:10:8 chr3 50230539 . A C 94.67 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0124751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4235;QD=10.8192;RBI=0.076995;REFB=-0.0158822;REVB=-0.0759776;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256455;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0331731;OID=.;OPOS=50230539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:10:13:4:8:10:13 chr3 50251833 . A AG 469.5 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121575;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.2447;QD=37.5601;RBI=0.146068;REFB=0;REVB=0.0809653;RO=4;SAF=21;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00494117;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:50:50:50:0:22:28:0:0:10:4:21:25:2:2 chr3 50326020 . G A 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0226723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.649;QD=12.7896;RBI=0.0237699;REFB=-0.00997856;REVB=0.00713992;RO=45;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215463;STB=0.623673;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0164758;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:10:18:20:25:10:18:20:25 chr3 50327429 . A G 127.38 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0301632;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.096;QD=18.1972;RBI=0.120041;REFB=-0.0229709;REVB=-0.11619;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0200033;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:8:6:8:6:8:6 chr3 50329826 . A G 132.69 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0202436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.695;QD=15.164;RBI=0.0366124;REFB=-0.0424411;REVB=0.0305068;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339089;STB=0.692071;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0513002;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:20:12:15:0.428571:8:4:11:5:9:6:15:5 chr3 50336661 . T C 87.13 PASS AF=0.3;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00182463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.284;QD=8.71349;RBI=0.0109791;REFB=-0.0283229;REVB=0.0108264;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03129;STB=0.558725;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0473043;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:40:40:27:28:11:12:0.3:6:5:13:14:7:5:14:14 chr3 50355730 . T G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0133384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.067;QD=8.62785;RBI=0.0150165;REFB=0.00272668;REVB=0.00689788;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116427;STB=0.5713;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00443996;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:12:15:5:6:12:15 chr3 50357869 . A C 45.86 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0331245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.523;QD=3.33559;RBI=0.0820254;REFB=-0.0028245;REVB=-0.0750396;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182481;STB=0.631227;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0197679;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:2:6:29:18:2:6:29:18 chr3 50401841 . G A 96.76 PASS AF=0.229508;AO=13;DP=62;FAO=14;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.116577;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.6365;QD=6.34516;RBI=0.11671;REFB=-0.0171478;REVB=-0.00555574;RO=33;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360964;STB=0.646828;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0367211;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:62:61:33:46:13:14:0.229508:11:2:13:20:11:3:17:29 chr3 50457227 . G A 217.72 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00656241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.883;QD=9.36409;RBI=0.0728202;REFB=0.000734325;REVB=0.0725239;RO=65;SAF=10;SAR=18;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250611;STB=0.647674;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00169489;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:65:28:28:0.301075:18:10:37:28:18:10:37:28 chr3 50597092 . G A 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.927;QD=58.5791;RBI=0.0685755;REFB=0;REVB=0.0682656;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539558;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 50609624 . T G 549.14 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0101977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9055;QD=44.828;RBI=0.0395828;REFB=-0.0314186;REVB=-0.0382466;RO=8;SAF=16;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809409;STB=0.50847;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00682188;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:8:9:40:40:0.816327:24:16:3:5:24:16:4:5 chr3 50645158 . A G 91.59 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0517319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4995;QD=8.52036;RBI=0.0888784;REFB=-0.00974843;REVB=-0.0722715;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100127;STB=0.558044;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0160627;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:29:31:12:12:0.27907:6:6:17:12:6:6:18:13 chr3 50645413 . G A 148.23 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00277382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.132;QD=7.80178;RBI=0.00281161;REFB=-0.0060146;REVB=0.000459412;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417752;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0170319;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:11:10:26:29:11:10:26:29 chr3 50647888 . T G 382.62 PASS AF=0.335714;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.0163054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.764;QD=10.932;RBI=0.0168211;REFB=-0.0141276;REVB=-0.0041332;RO=93;SAF=16;SAR=31;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468805;STB=0.502702;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0275523;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:93:93:47:47:0.335714:31:16:32:61:31:16:32:61 chr3 51273773 . T C 1267.97 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053432;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.58;QD=61.8521;RBI=0.053472;REFB=0;REVB=-0.00206819;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51734e-05;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr3 51430657 . A C 82.07 PASS AF=0.23913;AO=12;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.000998311;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.521;QD=7.13675;RBI=0.00828667;REFB=-0.0051262;REVB=-0.00822631;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565258;STB=0.506371;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0133456;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:47:46:35:35:12:11:0.23913:7:5:13:22:7:4:13:22 chr3 51431673 . T TTG 30.74 PASS AF=0.137255;AO=8;DP=57;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0866311;FXX=0.0377287;HRUN=4;LEN=2;MLLD=18.2678;QD=2.41122;RBI=0.151662;REFB=-0.0185932;REVB=0.124484;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527393;STB=0.766489;STBP=0.18;TYPE=ins;VARB=0.0492476;OID=.;OPOS=51431674;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137255:8:57:7:51:44:2:5:27:17:30:46:4:4:25:21 chr3 51431981 . C CTTAT 78.19 PASS AF=0.234043;AO=8;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0129843;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=270.382;QD=6.65418;RBI=0.0219134;REFB=-0.00551785;REVB=-0.0176523;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164557;STB=0.522348;STBP=0.918;TYPE=ins;VARB=0.0188646;OID=.;OPOS=51431982;OREF=-;OALT=TTAT;OMAPALT=CTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043:8:47:11:47:36:8:3:27:9:78:35:5:3:26:9 chr3 51432847 . C T 105.7 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00537019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.982;QD=5.352;RBI=0.0260186;REFB=-0.00787125;REVB=-0.0254583;RO=61;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765723;STB=0.540493;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0253332;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:62:17:17:0.21519:9:8:25:36:9:8:26:36 chr3 51432895 . T C 837.2 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023834;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.436;QD=57.7379;RBI=0.0238479;REFB=0;REVB=0.000813795;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309569;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr3 51434215 . A C 312.23 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00253863;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.009;QD=29.0451;RBI=0.00499731;REFB=-0.0138472;REVB=0.00430448;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180825;STB=0.599244;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00661502;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:14:13:12:4:14:13:12:4 chr3 51728573 . G A 386.99 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0254105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.754;QD=36.856;RBI=0.0255637;REFB=-0.00482562;REVB=0.00279422;RO=11;SAF=27;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539269;STB=0.529392;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00127026;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:4:27:9:2:4:27:9:2 chr3 51737965 . G A 136.63 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.00162615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.182;QD=5.57661;RBI=0.0238041;REFB=-0.00797959;REVB=-0.0237485;RO=77;SAF=15;SAR=6;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178719;STB=0.61279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0514812;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:77:77:21:21:0.214286:6:15:45:32:6:15:45:32 chr3 51911118 . C T 73.75 PASS AF=0.692308;AO=7;DP=11;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.001195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.922;QD=22.6932;RBI=0.0591535;REFB=0.000165689;REVB=0.0591414;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.63128;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00023556;OID=.;OPOS=51911118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:13:4:4:7:9:0.692308:4:3:3:1:6:3:3:1 chr3 51978220 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.664;QD=48.7366;RBI=0.0789895;REFB=0;REVB=-0.078909;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308354;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr3 52097310 . C T 617.55 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0108607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.912;QD=26.8499;RBI=0.0146129;REFB=-0.00854045;REVB=0.00977669;RO=37;SAF=29;SAR=26;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698634;STB=0.538083;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00530604;OID=.;OPOS=52097310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:37:55:55:0.597826:26:29:16:21:26:29:16:21 chr3 52430698 . A G 796.62 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03448;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.801;QD=55.9031;RBI=0.036853;REFB=-0.0434905;REVB=0.0130103;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000588349;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr3 52453893 . C T 892.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.734;QD=57.5577;RBI=0.0598158;REFB=0;REVB=0.0483594;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112226;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:29:29:0:0:30:32:0:0 chr3 52477080 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.562;QD=60.9782;RBI=0.0349825;REFB=0;REVB=-0.0316629;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34854e-05;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 52492707 . T C 939.07 PASS AF=1;AO=50;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423303;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.939;QD=58.6916;RBI=0.0430637;REFB=0;REVB=0.00791358;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6668e-05;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:50:64:1:33:17:0:0:38:26:0:0 chr3 52510592 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0809666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.674;QD=60.9772;RBI=0.0909957;REFB=0;REVB=0.0415287;RO=0;SAF=4;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230516;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:35:4:0:0:35:4:0:0 chr3 52523405 . C T 258.02 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.138884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6073;QD=44.8735;RBI=0.177031;REFB=-0.217167;REVB=0.109778;RO=2;SAF=17;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512216;STB=0.526292;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0320537;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:2:20:21:0.913043:3:17:2:0:3:18:2:0 chr3 52537419 . A G 259.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0121021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.312;QD=24.1044;RBI=0.0216739;REFB=-0.020332;REVB=-0.0179804;RO=17;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102951;STB=0.589943;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0105782;OID=.;OPOS=52537419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:7:17:10:7:7:17:10:9 chr3 52540773 . T C 709.3 PASS AF=0.616162;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.030549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.409;QD=28.6587;RBI=0.0319089;REFB=-0.0122573;REVB=-0.00921631;RO=38;SAF=37;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151112;STB=0.582162;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0105555;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:38:61:61:0.616162:24:37:15:23:24:37:15:23 chr3 52544470 . A G 755.75 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256952;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.571;QD=57.0379;RBI=0.00363429;REFB=0;REVB=0.00257014;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43158e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr3 52548818 . C T 1830.08 PASS AF=0.817647;AO=135;DP=168;FAO=139;FDP=170;FR=.;FRO=31;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0569094;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.8;QD=43.0607;RBI=0.0596066;REFB=-0.0444667;REVB=0.0177277;RO=31;SAF=67;SAR=68;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296621;STB=0.512749;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00933604;OID=.;OPOS=52548818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:31:31:135:139:0.817647:68:67:18:13:68:71:18:13 chr3 52554304 . G C 669.99 PASS AF=0.84127;AO=53;DP=63;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0381842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6298;QD=42.5389;RBI=0.0666291;REFB=-0.199776;REVB=-0.0546023;RO=8;SAF=23;SAR=30;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164744;STB=0.510634;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0325763;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:63:63:8:10:53:53:0.84127:30:23:4:4:30:23:5:5 chr3 52556864 . C T 87.28 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0531402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3563;QD=13.4277;RBI=0.067067;REFB=-0.0224429;REVB=0.0409158;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073535;STB=0.55546;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0290813;OID=.;OPOS=52556864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:3:11:8:3:3:12 chr3 52556890 . A G 185.3 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0632644;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9548;QD=17.6478;RBI=0.164099;REFB=-0.0148325;REVB=-0.151413;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101074;STB=0.57136;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.008178;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:23:19:19:0.452381:15:4:3:18:15:4:3:20 chr3 52557038 . C T 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0133079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5732;QD=6.43989;RBI=0.040843;REFB=-0.0105414;REVB=0.0386141;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224851;STB=0.637749;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0351832;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:7:7:14:30:7:7:14:30 chr3 52557069 . C T 91.05 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0190716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.373;QD=8.27727;RBI=0.0212814;REFB=-0.0168934;REVB=-0.00944317;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206716;STB=0.626659;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0572115;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:13:19:5:7:13:19 chr3 52558008 . T C 156.88 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.019106;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.261;QD=14.5936;RBI=0.0192168;REFB=-0.0176163;REVB=0.00206062;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342268;STB=0.700347;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0205245;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:12:14:4:13:12:14 chr3 52558133 . T C 181.07 PASS AF=0.241379;AO=27;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00128925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.816;QD=6.24379;RBI=0.00412273;REFB=-0.00406416;REVB=0.00391596;RO=88;SAF=17;SAR=10;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122709;STB=0.585397;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0101147;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:27:28:0.241379:10:17:47:41:10:18:47:41 chr3 52584787 . T C 78.49 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.00888942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.393;QD=4.90575;RBI=0.0156762;REFB=0.000560714;REVB=0.0129121;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880827;STB=0.578833;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00238844;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:47:51:13:13:0.203125:5:8:32:15:5:8:36:15 chr3 52610651 . T A 134.67 PASS AF=0.32;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00149065;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2179;QD=10.7736;RBI=0.00159793;REFB=-0.0222704;REVB=-0.000575633;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225006;STB=0.647529;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0459626;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:16:16:0.32:12:4:14:19:12:4:15:19 chr3 52643307 . A G 72.88 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00646555;FXX=0.0266631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.834;QD=3.99338;RBI=0.0100483;REFB=-0.00316562;REVB=-0.00769184;RO=56;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114282;STB=0.585644;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0148726;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:69:73:56:60:13:13:0.178082:6:7:25:31:6:7:26:34 chr3 52643685 . T C 98.42 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00902915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.09;QD=7.71919;RBI=0.00911884;REFB=-0.00325955;REVB=-0.00127579;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466829;STB=0.55094;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0135871;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:50:51:38:38:12:13:0.254902:8:4:14:24:9:4:14:24 chr3 52643904 . C T 115.34 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0941529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7646;QD=8.23879;RBI=0.0946529;REFB=-0.0106502;REVB=0.00971575;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015044;STB=0.50908;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0182605;OID=.;OPOS=52643904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:9:7:17:23:9:7:17:23 chr3 52720080 . A C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0185639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.154;QD=9.56965;RBI=0.0352827;REFB=-0.0148429;REVB=-0.0300042;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19274;STB=0.629345;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0251096;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:11:3:3:5:12:3 chr3 52721305 . G A 319.5 PASS AF=0.385417;AO=35;DP=90;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0332452;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.6285;QD=13.3123;RBI=0.0340347;REFB=0.0094737;REVB=-0.0072882;RO=55;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113819;STB=0.540519;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.017597;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:96:55:59:35:37:0.385417:16:19:24:31:17:20:28:31 chr3 52727257 . G A 240.9 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=-0.01556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.01;QD=9.54074;RBI=0.0161523;REFB=0.00125218;REVB=0.00433385;RO=69;SAF=20;SAR=11;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106583;STB=0.553923;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00497593;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:70:31:31:0.306931:11:20:50:19:11:20:50:20 chr3 52728804 . C T 156.14 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0164512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.337;QD=9.46319;RBI=0.0210548;REFB=-0.00487909;REVB=-0.01314;RO=45;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14831;STB=0.588147;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0137515;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:15:6:18:27:15:6:18:27 chr3 52740182 . C G 101.32 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0415975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.2446;QD=6.86902;RBI=0.0416975;REFB=6.67708e-05;REVB=0.00288588;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172819;STB=0.510624;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.000302184;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:6:9:27:17:6:9:27:17 chr3 52745087 . T C 467.12 PASS AF=0.833333;AO=34;DP=41;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0229031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.898;QD=44.4878;RBI=0.0281731;REFB=0.00180801;REVB=0.0164064;RO=7;SAF=20;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516572;STB=0.524124;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000208949;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:42:7:7:34:35:0.833333:14:20:3:4:15:20:3:4 chr3 52800284 . T C 189.64 PASS AF=0.245763;AO=28;DP=118;FAO=29;FDP=118;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0283058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.752;QD=6.42851;RBI=0.0293247;REFB=-0.0108374;REVB=-0.00766265;RO=84;SAF=14;SAR=14;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133327;STB=0.567855;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0425628;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:89:28:29:0.245763:14:14:33:51:15:14:35:54 chr3 52802402 . A C 77.44 PASS AF=0.213115;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0152215;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.735;QD=5.07833;RBI=0.0178841;REFB=-0.0191959;REVB=-0.00938879;RO=46;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259494;STB=0.668056;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0590704;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:61:61:46:48:12:13:0.213115:5:7:17:29:5:8:19:29 chr3 52820981 . A T 303.26 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0408703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3738;QD=19.8861;RBI=0.0409502;REFB=-0.0191539;REVB=-0.00255713;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147463;STB=0.508192;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0263599;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:14:15:16:16:14:15 chr3 52821011 . A G 354.77 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00180701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.63;QD=19.1767;RBI=0.0115376;REFB=-0.0326368;REVB=-0.0113953;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508107;STB=0.538779;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0254979;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:36:36:38:0.513514:21:15:17:19:23:15:17:19 chr3 52821177 . A C 476.52 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00481443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.756;QD=18.6869;RBI=0.00797166;REFB=-0.00785188;REVB=-0.00635363;RO=51;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628437;STB=0.53953;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0146591;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:52:50:50:0.490196:24:26:23:28:24:26:23:29 chr3 52821991 . CCT C,CC,CCC 383.88 PASS AF=0.0327869,0.508197,0.0983607;AO=7,20,14;DP=63;FAO=2,31,6;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=1,11,2;FSAR=1,20,4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0111513,0.00298509,-0.00211001;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=275.837,279.268,278.688;QD=25.1727;RBI=0.0209531,0.0159228,0.0139086;REFB=-0.0295465,-0.0240426,-0.01937;REVB=-0.0177392,-0.0156404,-0.0137476;RO=21;SAF=4,4,8;SAR=3,16,6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0.414179,0,0;SSSB=0.110511,-0.304497,0.0980542;STB=0.5,0.563339,0.633691;STBP=1,0.319,0.487;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0158769,0.0141165,-0.00571105;OID=.,.,.;OPOS=52821992,52821993,52821993;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0327869,0.508197,0.0983607:7,20,14:63:2,31,6:61:22:1,11,2:1,20,4:11:11:99:21:4,4,8:3,16,6:10:11 chr3 52825585 . T C 265.01 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00239079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.353;QD=14.1339;RBI=0.0118338;REFB=-0.0180969;REVB=-0.0115898;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110378;STB=0.562567;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0275523;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:16:15:26:18:16:15:26:18 chr3 52831916 . C T 303.17 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00886253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.16;QD=14.6104;RBI=0.00939893;REFB=0.00374495;REVB=-0.00312975;RO=47;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931384;STB=0.540901;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00370154;OID=.;OPOS=52831916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:49:34:34:0.409639:19:15:25:22:19:15:25:24 chr3 52833805 . C A 1572.46 PASS AF=0.99;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00353995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.207;QD=62.8986;RBI=0.0283345;REFB=-0.00453689;REVB=0.0281125;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.504504;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000136078;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:0:1:98:99:0.99:43:55:0:0:44:55:1:0 chr3 52841772 . G A 613.74 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.00351186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.41;QD=15.154;RBI=0.0241894;REFB=-0.00647206;REVB=0.0239331;RO=93;SAF=33;SAR=36;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718879;STB=0.540181;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0109623;OID=.;OPOS=52841772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:93:93:69:69:0.425926:36:33:51:42:36:33:51:42 chr3 52852538 . G T 320.84 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0508637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2113;QD=16.2449;RBI=0.0871239;REFB=-0.0222566;REVB=0.0707352;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164631;STB=0.592104;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0319414;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:16:19:31:13:16:19:31:13 chr3 52853747 . C G 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.017025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.065;QD=12.923;RBI=0.0187801;REFB=-0.0155652;REVB=0.00792741;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20676;STB=0.652596;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0196777;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:34:22:22:0.392857:14:8:17:13:14:8:21:13 chr3 52860816 . C T 139.72 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00262676;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.331;QD=12.1491;RBI=0.0226504;REFB=-0.0129637;REVB=0.0224975;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33632;STB=0.630283;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0344664;OID=.;OPOS=52860816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:30:15:16:0.347826:9:6:20:8:8:8:21:9 chr3 52860936 . C T 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0116209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.091;QD=19.0225;RBI=0.0260268;REFB=-0.00324177;REVB=0.0232884;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230844;STB=0.628498;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00190991;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:22:13:22:13:22:13:22:13 chr3 52861211 . A T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0663805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0006;QD=12.4819;RBI=0.0667001;REFB=-0.00967237;REVB=0.00652173;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147809;STB=0.588079;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0144945;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:12:7:3:9:12:7 chr3 52864584 . A G 231.06 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0179065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.505;QD=18.4848;RBI=0.0181242;REFB=-0.0143525;REVB=-0.0028006;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187297;STB=0.589395;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.013354;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:27:22:23:0.46:14:8:14:11:14:9:15:12 chr3 52867715 . G C 2312.18 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.469;QD=63.7844;RBI=0.046903;REFB=0;REVB=0.0468748;RO=0;SAF=91;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47064e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:53:91:0:0:54:91:0:0 chr3 52870618 . T A 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0144057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.968;QD=21.4825;RBI=0.0177864;REFB=-0.0197192;REVB=-0.0104322;RO=40;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108264;STB=0.554478;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0182577;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:18:27:19:21:18:27:20:21 chr3 52874288 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0209585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.647;QD=12.9748;RBI=0.03059;REFB=-0.00852364;REVB=-0.022282;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0150563;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:10:8:6:6:10:8 chr3 52874296 . G A 96.89 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0675194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.495;QD=12.9186;RBI=0.0831462;REFB=0.0277092;REVB=-0.0485223;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0381499;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:10:8:6:6:10:8 chr3 52874446 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0250803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3736;QD=18.3;RBI=0.0679698;REFB=-0.0201053;REVB=0.0631734;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420163;STB=0.523905;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0244903;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:14:9:7:13:14:9 chr3 53125922 . T C 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7257;QD=60.9623;RBI=0.0265438;REFB=0;REVB=-0.0262967;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240718;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 53215875 . A C 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.287;QD=62.162;RBI=0.0235276;REFB=0;REVB=0.0216819;RO=0;SAF=21;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14518e-05;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:63:21:0:0:63:22:0:0 chr3 53222761 . C T 1188.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.26;QD=60.9726;RBI=0.0143701;REFB=0;REVB=0.0120707;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37556e-05;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr3 53223927 . C G 1430.24 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6282;QD=60.8612;RBI=0.0324677;REFB=-0.132234;REVB=0.0236774;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335459;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:94:1:0:92:94:1:43:49:0:1:45:49:0:0 chr3 53224002 . T C 1476.14 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4931;QD=62.8146;RBI=0.032588;REFB=0;REVB=0.0298008;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942972;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:45:47:0:0:45:49:0:0 chr3 53321631 . A C 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.000468791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.459;QD=15.6164;RBI=0.00543583;REFB=-0.000766445;REVB=0.00541557;RO=54;SAF=17;SAR=22;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104144;STB=0.558777;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00103868;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:22:17:29:25:22:17:29:25 chr3 53324819 . ATGGCAC A 427.49 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0074943;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=6;MLLD=321.457;QD=50.2924;RBI=0.00829217;REFB=0.0295031;REVB=0.00354903;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534862;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=-0.00410359;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:30:34:31:34:3:11:20:0:3:14:0:11:19:0:0 chr3 53700550 . T C 907.1 PASS AF=0.747368;AO=70;DP=94;FAO=71;FDP=95;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00684102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.163;QD=38.1938;RBI=0.0389264;REFB=-0.023013;REVB=0.0383205;RO=23;SAF=32;SAR=38;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104045;STB=0.508696;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0080738;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:23:24:70:71:0.747368:38:32:10:13:39:32:10:14 chr3 53766026 . T C 786.7 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9955;QD=55.207;RBI=0.031619;REFB=-0.100699;REVB=0.0293632;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00201792;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:27:28:0:0:28:28:0:1 chr3 53845340 . G A 587.71 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0707805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4174;QD=29.0225;RBI=0.075801;REFB=-0.0254007;REVB=0.0271279;RO=29;SAF=27;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092053;STB=0.549957;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0229734;OID=.;OPOS=53845340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:52:52:0.641975:25:27:11:18:25:27:11:18 chr3 53856653 . C T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.826;QD=56.2116;RBI=0.0455003;REFB=0.0635572;REVB=0.0157226;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000386322;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:1:0:38:23:1:0 chr3 53857803 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.483;QD=60.2303;RBI=0.107496;REFB=0;REVB=0.0205978;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324002;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr3 53882663 . G A 772.38 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00817119;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2522;QD=52.3647;RBI=0.00872951;REFB=-0.123819;REVB=0.00307181;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51136;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00218359;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:0:2:56:57:0.966102:14:42:0:0:14:43:2:0 chr3 53883722 . C G 69.72 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=127;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=0.00443412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.587;QD=2.19601;RBI=0.0244429;REFB=-0.00483534;REVB=0.0240373;RO=108;SAF=4;SAR=12;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1713;STB=0.629963;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0412013;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:127:127:108:111:16:16:0.125984:12:4:40:68:12:4:42:69 chr3 53886912 . C T 137.66 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00661225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.612;QD=7.24499;RBI=0.0166149;REFB=-0.0026713;REVB=0.0152425;RO=56;SAF=6;SAR=14;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42121;STB=0.752264;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00538877;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:14:6:37:19:14:6:37:19 chr3 53899276 . C T 449.04 PASS AF=0.764706;AO=37;DP=49;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0169987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.739;QD=35.2191;RBI=0.0252395;REFB=0.0033145;REVB=0.0186568;RO=12;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168132;STB=0.586783;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00030598;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:51:12:12:37:39:0.764706:20:17:10:2:21:18:10:2 chr3 53905308 . T C 1358.82 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00807199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0766;QD=59.079;RBI=0.0457901;REFB=-0.228331;REVB=0.045073;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.511361;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00302522;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:89:90:0.978261:42:47:0:1:43:47:0:2 chr3 53906513 . G A 1564.36 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.852;QD=63.8516;RBI=0.0343367;REFB=0;REVB=-0.0335149;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22603e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:66:30:0:0:66:32:0:0 chr3 53916130 . A G 62.05 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=-0.0389794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.455;QD=5.06553;RBI=0.0405751;REFB=-0.000443713;REVB=0.0112671;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452144;STB=0.773239;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00134154;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:49:49:38:39:10:10:0.204082:6:4:4:34:6:4:4:35 chr3 53925775 . C T 445.69 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00747679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.237;QD=31.8351;RBI=0.0617677;REFB=-0.0280074;REVB=0.0613135;RO=16;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142393;STB=0.576886;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0115522;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:18:22:13:3:18:22:13:3 chr3 53925849 . C T 366.01 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0667733;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.199;QD=28.7066;RBI=0.0668782;REFB=-0.0339093;REVB=-0.00374497;RO=17;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361433;STB=0.51971;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0155099;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:17:17:34:34:0.666667:16:18:10:7:16:18:10:7 chr3 54354510 . T C 719.27 PASS AF=0.689655;AO=60;DP=87;FAO=60;FDP=87;FR=.;FRO=27;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0186399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3863;QD=33.0698;RBI=0.0336719;REFB=-0.00806212;REVB=0.028042;RO=27;SAF=38;SAR=22;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441641;STB=0.523802;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00348828;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:27:27:60:60:0.689655:22:38:19:8:22:38:19:8 chr3 54604014 . G C 177.77 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0185129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.241;QD=8.67165;RBI=0.0389032;REFB=0.0151331;REVB=0.0342159;RO=58;SAF=11;SAR=13;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700874;STB=0.541632;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0203885;OID=.;OPOS=54604014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:13:11:30:28:13:11:30:28 chr3 54798258 . G A 415.67 PASS AF=0.368421;AO=45;DP=130;FAO=49;FDP=133;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0213216;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.792;QD=12.5012;RBI=0.0213495;REFB=-0.00801857;REVB=-0.0010915;RO=82;SAF=21;SAR=24;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923032;STB=0.531189;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0124736;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:82:84:45:49:0.368421:24:21:45:37:24:25:47:37 chr3 54961949 . C T 931.83 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0231078;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0844;QD=55.6314;RBI=0.0280863;REFB=-0.0556865;REVB=0.0159647;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.514701;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0148614;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:32:33:1:0:32:33:2:0 chr3 55501002 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.765;QD=59.8393;RBI=0.0345013;REFB=0;REVB=0.0150586;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149242;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr3 56106226 . C T 706.75 PASS AF=0.962963;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0304605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9778;QD=52.3515;RBI=0.0466516;REFB=-0.0765494;REVB=-0.0353346;RO=2;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593352;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00339335;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:54:2:2:50:52:0.962963:21:29:1:1:21:31:1:1 chr3 56219210 . T C 777.9 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=108;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0364081;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2018;QD=29.0805;RBI=0.0514878;REFB=-0.0197767;REVB=0.0364067;RO=36;SAF=24;SAR=46;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105499;STB=0.562873;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00856949;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:36:37:70:70:0.654206:46:24:18:18:46:24:19:18 chr3 56591298 . T A 70.18 PASS AF=0.133333;AO=11;DP=80;FAO=10;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00222379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.819;QD=3.7429;RBI=0.0614694;REFB=-0.000522244;REVB=-0.0614291;RO=59;SAF=9;SAR=2;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246196;STB=0.793392;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0123763;OID=.;OPOS=56591298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:80:75:59:60:11:10:0.133333:2:9:39:20:1:9:40:20 chr3 56597954 . C T 150.62 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00133782;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.389;QD=18.2565;RBI=0.0139351;REFB=-0.00843553;REVB=-0.0138708;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229204;STB=0.61832;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00962737;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:16:16:0.484848:5:11:7:9:5:11:8:9 chr3 56627048 . A G 3062.69 PASS AF=0.989796;AO=193;DP=195;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00121434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.535;QD=62.504;RBI=0.0255478;REFB=-0.00519039;REVB=0.0255189;RO=2;SAF=82;SAR=111;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850265;STB=0.504424;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=2.21062e-05;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:196:2:2:193:194:0.989796:111:82:0:2:112:82:0:2 chr3 56627598 . A G 1434.41 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.662;QD=63.0508;RBI=0.0792344;REFB=0;REVB=0.0168251;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216033;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:85:91:1:49:36:0:0:50:41:0:0 chr3 56650051 . A ACTT 1063.46 PASS AF=0.925;AO=74;DP=83;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0386733;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.831;QD=53.1728;RBI=0.0426566;REFB=-0.0672617;REVB=0.0179989;RO=7;SAF=50;SAR=24;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192332;STB=0.51487;STBP=0.378;TYPE=ins;VARB=0.00485183;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925:74:83:74:80:6:50:24:3:3:22:7:50:24:4:3 chr3 56653424 . A T 96.05 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00131168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.235;QD=6.86082;RBI=0.0151215;REFB=-0.00394511;REVB=0.0150645;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204239;STB=0.624833;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0104725;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:7:7:28:14:7:7:28:14 chr3 56653427 . T C 105.6 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0145558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.853;QD=7.54247;RBI=0.0519392;REFB=0.00879448;REVB=0.0498579;RO=40;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142369;STB=0.593102;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0299726;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:7:8:26:14:7:8:27:14 chr3 56667480 . C T 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0500356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3462;QD=15.8355;RBI=0.0714205;REFB=-0.0541416;REVB=0.050964;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368153;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0208863;OID=.;OPOS=56667480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:2:5:6:2:2:5 chr3 56667682 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7215;QD=61.6815;RBI=0.0335268;REFB=0;REVB=0.030585;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665922;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr3 56703746 . A C 142.67 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0169617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.452;QD=22.8277;RBI=0.0171955;REFB=-0.0236437;REVB=0.00282599;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726419;STB=0.540928;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00724921;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:5:5:6:9:5:5 chr3 56716922 . T G 378.33 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1615;QD=52.1828;RBI=0.0799936;REFB=0.0455011;REVB=-0.0789848;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216358;STB=0.511103;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00181301;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:6:21:1:0:6:22:1:0 chr3 56763316 . G A 332.87 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00136509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.93;QD=39.1609;RBI=0.00526552;REFB=-0.00189431;REVB=-0.0050855;RO=7;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114067;STB=0.555514;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000472037;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:26:27:0.794118:15:11:5:2:15:12:5:2 chr3 56763328 . T C 333.06 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.102578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8949;QD=39.1832;RBI=0.102578;REFB=-0.0416668;REVB=9.09374e-05;RO=7;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880929;STB=0.547791;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00837813;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:14:13:5:2:14:13:5:2 chr3 56771251 . A C 1199.87 PASS AF=0.7;AO=98;DP=140;FAO=98;FDP=140;FR=.;FRO=42;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0084;QD=34.282;RBI=0.0200359;REFB=-0.0134193;REVB=0.00572679;RO=42;SAF=43;SAR=55;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211726;STB=0.511361;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0079641;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:42:42:98:98:0.7:55:43:20:22:55:43:20:22 chr3 56835761 . G A 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0118302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.379;QD=7.32355;RBI=0.0298337;REFB=-0.00737627;REVB=0.0273879;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165048;STB=0.59988;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0207648;OID=.;OPOS=56835761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:8:8:28:16:8:8:28:16 chr3 57109095 . T C 712.41 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103124;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.705;QD=63.3255;RBI=0.0218271;REFB=0;REVB=-0.0192374;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03565e-06;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr3 57132200 . A G 902.12 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7125;QD=58.2012;RBI=0.0191993;REFB=0;REVB=-0.0176762;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12508e-05;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:34:27:1:0:34:28:0:0 chr3 57136585 . C T 3804.85 PASS AF=0.992;AO=243;DP=249;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0287065;FXX=0.0196071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4605;QD=60.8776;RBI=0.0494609;REFB=-0.114124;REVB=0.0402779;RO=0;SAF=125;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75089e-08;STB=0.504132;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00129865;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:249:250:0:2:243:248:0.992:118:125:0:0:120:128:0:2 chr3 57139972 . A G 1135.1 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5814;QD=60.5387;RBI=0.105343;REFB=0;REVB=-0.100829;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639822;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr3 57176505 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.57;QD=62.9829;RBI=0.0136965;REFB=0;REVB=0.0110072;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55154e-05;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr3 57323170 . A G 678.02 PASS AF=1;AO=44;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.133;QD=56.5018;RBI=0.187556;REFB=-0.0571305;REVB=0.00652643;RO=4;SAF=19;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190462;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:4:0:44:48:1:25:19:4:0:25:23:0:0 chr3 57335876 . C T 1971.94 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.525;QD=61.1455;RBI=0.0319321;REFB=-0.0948288;REVB=0.0241492;RO=1;SAF=57;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826369;STB=0.504273;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=5.85676e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:127:128:0.992248:70:57:1:0:70:58:1:0 chr3 57386148 . C G 448.79 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0131529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5391;QD=37.3989;RBI=0.0376579;REFB=0.0229255;REVB=-0.0352862;RO=12;SAF=20;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461693;STB=0.512188;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00976742;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:12:13:35:35:0.729167:15:20:8:4:15:20:8:5 chr3 57388114 . C T 695.98 PASS AF=0.716049;AO=58;DP=82;FAO=58;FDP=81;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0372206;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.027;QD=34.3692;RBI=0.0379298;REFB=-0.0526842;REVB=-0.0073005;RO=23;SAF=32;SAR=26;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846578;STB=0.545594;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0135306;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:23:23:58:58:0.716049:26:32:9:14:26:32:9:14 chr3 57414071 . G A 1268.64 PASS AF=0.622222;AO=112;DP=181;FAO=112;FDP=180;FR=.;FRO=68;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0648075;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.995;QD=28.192;RBI=0.0690582;REFB=-0.0296305;REVB=-0.0238542;RO=66;SAF=60;SAR=52;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277133;STB=0.508784;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0166885;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:66:68:112:112:0.622222:52:60:38:28:52:60:38:30 chr3 57414434 . A G 509.81 PASS AF=0.77551;AO=39;DP=50;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0551292;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.198;QD=41.6169;RBI=0.0599035;REFB=-0.00223492;REVB=0.023435;RO=11;SAF=21;SAR=18;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287013;STB=0.501628;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0010966;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:50:49:11:11:39:38:0.77551:18:21:6:5:17:21:6:5 chr3 57419497 . C T 370.79 PASS AF=0.673913;AO=28;DP=44;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0943524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2271;QD=32.2422;RBI=0.0984949;REFB=0.0187888;REVB=-0.0282642;RO=16;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114294;STB=0.526743;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00765601;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:16:15:28:31:0.673913:17:11:9:7:17:14:8:7 chr3 57430988 . G A 469.58 PASS AF=0.813953;AO=34;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0186442;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.154;QD=43.6821;RBI=0.021024;REFB=0.00680456;REVB=-0.00971613;RO=8;SAF=7;SAR=27;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449908;STB=0.52814;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00175937;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:34:35:0.813953:27:7:1:7:27:8:1:7 chr3 57431985 . G A 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0491697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.556;QD=31.2247;RBI=0.0510822;REFB=0.00221611;REVB=0.0138465;RO=8;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118212;STB=0.565151;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000602308;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:12:8:5:3:12:8:5:3 chr3 57457235 . C T 109.48 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0334761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2604;QD=8.10971;RBI=0.0379739;REFB=0.00395282;REVB=-0.0179266;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129075;STB=0.578839;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0137093;OID=.;OPOS=57457235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:5:10:22:17:5:10:22:17 chr3 57475351 . T G 431.13 PASS AF=0.804878;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0241697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.447;QD=42.0619;RBI=0.0305151;REFB=0.0313774;REVB=0.0186278;RO=8;SAF=19;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356611;STB=0.515051;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00507848;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:41:8:8:32:33:0.804878:13:19:4:4:14:19:4:4 chr3 57479493 . C T 258.73 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0746339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0116;QD=38.3301;RBI=0.0799844;REFB=0.0189666;REVB=-0.0287625;RO=5;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319393;STB=0.501741;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0023801;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:13:9:2:3:13:9:2:3 chr3 57542173 . C T 847.82 PASS AF=0.708333;AO=66;DP=93;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0161008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6029;QD=35.326;RBI=0.0323761;REFB=-0.0328041;REVB=-0.0280887;RO=25;SAF=49;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137429;STB=0.585768;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0128228;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:25:28:66:68:0.708333:17:49:13:12:19:49:13:15 chr3 57563120 . GA G 35.52 PASS AF=0.272727;AO=17;DP=64;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.196041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.46562;QD=2.15294;RBI=0.254613;REFB=-0.0502836;REVB=0.162467;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117703;STB=0.540495;STBP=0.732;TYPE=del;VARB=0.0354573;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:17:64:18:66:48:8:10:24:24:35:37:10:7:18:19 chr3 57611237 . A G 134.71 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0133421;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5969;QD=25.6595;RBI=0.0756761;REFB=-0.00118155;REVB=0.0744907;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127659;STB=0.59446;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00138844;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:6:7:14:14:0.666667:6:8:2:4:6:8:2:5 chr3 57882601 . C T 529.04 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00411689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.584;QD=30.6688;RBI=0.00611842;REFB=-0.00374118;REVB=-0.00452617;RO=22;SAF=27;SAR=20;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121975;STB=0.565889;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00235823;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:22:47:47:0.681159:20:27:17:5:20:27:17:5 chr3 58081888 . T C 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0476947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.172;QD=33.6869;RBI=0.0494075;REFB=-0.0213429;REVB=0.0128962;RO=14;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1088;STB=0.559332;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00987026;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:17:14:9:5:17:14:9:5 chr3 58109162 . G A 238.64 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0723194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8445;QD=35.3549;RBI=0.0753145;REFB=-0.0793588;REVB=-0.0210279;RO=6;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454557;STB=0.512808;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0246202;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:27:6:6:20:21:0.777778:15:5:2:4:15:6:2:4 chr3 58112440 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000515852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2884;QD=57.2354;RBI=0.00428641;REFB=0;REVB=0.00425525;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52195e-05;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr3 58112488 . C T 226.9 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0912179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.527;QD=28.3619;RBI=0.0920085;REFB=-0.0169826;REVB=0.0120356;RO=6;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689672;STB=0.54541;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0040947;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:32:6:11:20:21:0.65625:14:6:1:5:14:7:5:6 chr3 58118555 . G A 693.78 PASS AF=0.788732;AO=55;DP=71;FAO=56;FDP=71;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0310665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9572;QD=39.086;RBI=0.0561495;REFB=-0.0367383;REVB=0.0467722;RO=14;SAF=15;SAR=40;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716348;STB=0.545007;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00979878;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:14:15:55:56:0.788732:40:15:6:8:40:16:7:8 chr3 58154327 . C T 1199.03 PASS AF=0.884211;AO=84;DP=95;FAO=84;FDP=95;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0235466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.603;QD=50.4853;RBI=0.0244349;REFB=0.0137932;REVB=0.00652857;RO=11;SAF=43;SAR=41;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732793;STB=0.503887;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00142076;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:95:95:11:11:84:84:0.884211:41:43:6:5:41:43:6:5 chr3 58179028 . T C 280.04 PASS AF=0.884615;AO=21;DP=25;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0718751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5639;QD=43.0827;RBI=0.0721903;REFB=-0.112534;REVB=0.00673865;RO=3;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224139;STB=0.511935;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.010029;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:26:3:3:21:23:0.884615:12:9:1:2:13:10:1:2 chr3 58191266 . C T 353.75 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0437528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.314;QD=35.3745;RBI=0.0442589;REFB=0.0372469;REVB=-0.00667394;RO=11;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211039;STB=0.511496;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00663837;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:17:12:5:6:17:12:5:6 chr3 58280206 . TTA T,TTT 46.48 PASS AF=0.529412,0;AO=8,2;DP=21;FAO=9,0;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.152772,-0.0311128;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.453,15.2027;QD=10.9358;RBI=0.243473,0.0523332;REFB=-0.109475,0.0236385;REVB=-0.189578,0.0420804;RO=7;SAF=0,0;SAR=8,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.778926,-0.577625;STB=0.518476,0.5;STBP=0.988,1;TYPE=del,snp;VARB=0.112207,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280208;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412,0:8,2:21:9,0:17:8:2,0:7,0:2:6:46:7:0,0:8,2:3:4 chr3 58305033 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.27;QD=60.2306;RBI=0.0145473;REFB=0;REVB=-0.0134688;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49014e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr3 58305079 . T C 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317115;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.584;QD=57.5644;RBI=0.0288452;REFB=0;REVB=0.0286704;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1229e-05;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr3 58305199 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0393848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.879;QD=10.8097;RBI=0.0398054;REFB=-0.000525657;REVB=0.00577105;RO=36;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333532;STB=0.698219;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00143827;OID=.;OPOS=58305199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:4:15:19:17:4:15:19:17 chr3 58305235 . G T 326.61 PASS AF=0.7;AO=25;DP=37;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00331125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.088;QD=32.6607;RBI=0.0397202;REFB=0.00690228;REVB=-0.0395819;RO=10;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625578;STB=0.535689;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00312677;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:40:10:12:25:28:0.7:13:12:6:4:15:13:7:5 chr3 58416537 . CT C,CC 550.99 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=6,31;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355402,0.0270874;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.733,278.78;QD=59.5661;RBI=0.0592583,0.0504712;REFB=0,0;REVB=0.0474177,0.0425866;RO=0;SAF=3,16;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0144084,0.00139471;OID=.,.;OPOS=58416538,58416538;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:6,31:37:1,36:37:0:1,18:0,18:0:0:4:0:3,16:3,15:0:0 chr3 58484521 . T C 391.97 PASS AF=0.317073;AO=52;DP=165;FAO=52;FDP=164;FR=.;FRO=112;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.0417245;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3803;QD=9.56026;RBI=0.0503589;REFB=-0.0127663;REVB=0.0281973;RO=113;SAF=22;SAR=30;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654481;STB=0.534682;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0300736;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:113:112:52:52:0.317073:30:22:54:59:30:22:53:59 chr3 58520306 . G C 781.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618866;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0735;QD=55.8498;RBI=0.0171952;REFB=0;REVB=-0.016043;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00459963;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:26:27:0:0:26:30:0:0 chr3 58574944 . C T 100.23 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0552932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.051;QD=4.40555;RBI=0.0616844;REFB=-0.00630146;REVB=-0.0273427;RO=73;SAF=6;SAR=11;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307594;STB=0.690739;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0115844;OID=.;OPOS=58574944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:74:17:17:0.186813:11:6:44:29:11:6:44:30 chr3 58639465 . T G 115.95 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0531368;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5239;QD=10.083;RBI=0.0548673;REFB=-0.00823768;REVB=-0.0136711;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202992;STB=0.622464;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0284987;OID=.;OPOS=58639465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:15:17:5:9:15:17 chr3 58834824 . A G 42.62 PASS AF=0.2;AO=6;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.144401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6711;QD=4.87092;RBI=0.183826;REFB=-0.020766;REVB=-0.113756;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171939;STB=0.624625;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.058892;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:21:28:6:7:0.2:2:4:11:10:2:5:16:12 chr3 58834890 . C T 65.13 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0192707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.455;QD=4.13502;RBI=0.0293752;REFB=-0.00598741;REVB=-0.0221708;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558531;STB=0.553217;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0138031;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:42:52:11:11:0.174603:5:6:21:21:5:6:25:27 chr3 59908126 . A G 330.12 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0183533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.496;QD=31.44;RBI=0.0188392;REFB=-0.0297255;REVB=0.00425097;RO=14;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130288;STB=0.571378;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00990229;OID=.;OPOS=59908126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:16:12:9:5:16:12:9:5 chr3 60519224 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1265;QD=53.2766;RBI=0.0374317;REFB=0;REVB=0.0372278;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852339;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr3 62142878 . G A 157.26 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0239498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.203;QD=6.35402;RBI=0.024581;REFB=-0.00172711;REVB=-0.00553446;RO=76;SAF=8;SAR=15;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284858;STB=0.674591;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00506365;OID=.;OPOS=62142878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:76:76:23:23:0.232323:15:8:44:32:15:8:44:32 chr3 62229553 . C T 836.9 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0337538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.792;QD=55.7931;RBI=0.0342029;REFB=0.0939635;REVB=0.00552467;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00248518;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:0:1:27:32:0:1 chr3 62384314 . A G 716.46 PASS AF=1;AO=27;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187679;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.554;QD=62.3006;RBI=0.0530567;REFB=0;REVB=0.0496264;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103606;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:27:46:1:16:11:0:0:25:21:0:0 chr3 62384315 . T G 103.03 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0242214;FXX=0.0212721;HRUN=8;LEN=1;MLLD=79.6387;QD=8.95941;RBI=0.0706458;REFB=-0.00646541;REVB=0.0663638;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13356;STB=0.581272;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0797236;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:14:19:6:7:14:19 chr3 62431415 . T C 267.98 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0339061;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.979;QD=20.6135;RBI=0.0339176;REFB=-0.00518098;REVB=-0.000883126;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441785;STB=0.568811;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00260023;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:24:28:28:0.538462:18:10:9:13:19:9:11:13 chr3 62518614 . G A 1270.98 PASS AF=0.44898;AO=132;DP=296;FAO=132;FDP=294;FR=.;FRO=162;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=91;FSRR=71;FWDB=0.0011059;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7855;QD=17.2923;RBI=0.0350499;REFB=-0.00900189;REVB=0.0350325;RO=159;SAF=69;SAR=63;SRF=89;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367202;STB=0.521574;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0110504;OID=.;OPOS=62518614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:294:159:162:132:132:0.44898:63:69:89:70:63:69:91:71 chr3 62556622 . A G 285.97 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0110131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.535;QD=21.9974;RBI=0.0124626;REFB=-0.015903;REVB=0.00583333;RO=23;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548739;STB=0.530366;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0143941;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:12:17:15:8:12:17:15:8 chr3 63981827 . AGGGGC ACGGGC,AGGGC,AGGGG 74.47 PASS AF=0.195122,0,0.804878;AO=3,5,5;DP=45;FAO=8,0,33;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,23;FSAR=8,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603147,-0.234311,-0.768577;FXX=0.0888691;HRUN=4,4,7;LEN=1,1,1;MLLD=77.1128,9.46158,3.4274;QD=7.26546;RBI=0.126852,0.587395,0.777129;REFB=0.00344277,-0.116134,0.122663;REVB=-0.111595,-0.538638,0.114973;RO=3;SAF=0,0,4;SAR=3,5,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0.509542,0;SSEP=0,0.333333,0;SSSB=-0.767807,-0.794084,-0.23409;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0438414,0.017597,-0.0525028;OID=.,.,.;OPOS=63981828,63981828,63981832;OREF=G,G,C;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACGGGC,AGGGC,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.195122,0,0.804878:3,5,5:45:8,0,33:41:0:0,0,23:8,0,10:0:0:38:3:0,0,4:3,5,1:3:0 chr3 63982082 . G A 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890259;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.322;QD=60.6305;RBI=0.0269916;REFB=0;REVB=-0.0254812;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155962;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr3 64009508 . T C 820.5 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0623011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0818;QD=55.6269;RBI=0.0623264;REFB=-0.147894;REVB=0.00177493;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00343175;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:59:58:0.983051:26:33:0:0:25:33:0:1 chr3 64133350 . A G 202.71 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.001;QD=47.6957;RBI=0.0493457;REFB=0;REVB=-0.0100687;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104496;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr3 64142859 . C T 173.57 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0308388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.706;QD=9.64252;RBI=0.0418324;REFB=-0.0179704;REVB=0.0282651;RO=48;SAF=10;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2163;STB=0.618947;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0365825;OID=.;OPOS=64142859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:23:23:0.319444:13:10:30:18:13:10:30:19 chr3 64502189 . G A 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0020194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.741;QD=7.81068;RBI=0.0222782;REFB=-0.0011495;REVB=-0.0221865;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543601;STB=0.532676;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00263448;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:10:9:21:28:10:9:21:28 chr3 66354911 . G C 100.0 PASS AF=0.182796;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0251414;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7815;QD=4.30118;RBI=0.0306122;REFB=-0.00322545;REVB=0.0174648;RO=75;SAF=3;SAR=14;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320431;STB=0.719335;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0137164;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:75:76:17:17:0.182796:14:3:29:46:14:3:30:46 chr3 66374361 . G C 92.63 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0176003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6334;QD=9.26296;RBI=0.0507594;REFB=0.0238593;REVB=0.0476104;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20909;STB=0.624812;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0539351;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:7:21:7:5:7:21 chr3 66419956 . C T 116.66 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00144939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.79;QD=6.06;RBI=0.0146967;REFB=-0.00757875;REVB=-0.0146251;RO=57;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108034;STB=0.519459;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0174947;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:57:59:18:18:0.233766:9:9:29:28:9:9:31:28 chr3 66433676 . A G 1227.36 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2371;QD=61.3679;RBI=0.119038;REFB=0;REVB=-0.10292;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130478;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:41:38:1:0:41:39:0:0 chr3 66434643 . T C,G 1318.74 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=83,4;DP=87;FAO=84,3;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=64,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646998,0.00444762;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.979,94.9401;QD=60.6319;RBI=0.0407967,0.0458817;REFB=0,0;REVB=0.0402803,-0.0456657;RO=0;SAF=20,1;SAR=63,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000638305,0.0768612;OID=.,.;OPOS=66434643,66434643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:87:87:0:0:83,4:84,3:0.965517,0.0344828:63,3:20,1:0:0:64,2:20,1:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC,GG 1134.84 PASS AF=0.325,0.675,0;AO=20,54,4;DP=79;FAO=26,54,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33,0;FSAR=25,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505323,0.0474867,-0.0033841;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=58.318,67.6504,40.5218;QD=56.742;RBI=0.0540341,0.0488188,0.0129476;REFB=0,0,0;REVB=0.0191355,0.0113262,-0.0124975;RO=0;SAF=0,33,0;SAR=20,21,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.70667e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00382185,-0.00338264,0.0179292;OID=.,.,.;OPOS=67048762,67048762,67048762;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.325,0.675,0:20,54,4:79:26,54,0:80:0:1,33,0:25,21,0:0:0:99:0:0,33,0:20,21,4:0:0 chr3 67411103 . C T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.021684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.996;QD=5.26446;RBI=0.0303363;REFB=-0.00562444;REVB=-0.0212154;RO=55;SAF=7;SAR=8;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301457;STB=0.519059;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0262888;OID=.;OPOS=67411103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:8:7:27:28:8:7:27:28 chr3 67411166 . A G 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00863853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.1;QD=6.24845;RBI=0.0212703;REFB=-0.00409431;REVB=-0.0194371;RO=44;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00403392;STB=0.512298;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0127285;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:58:59:44:45:14:14:0.237288:8:6:19:25:8:6:20:25 chr3 69024687 . C CT,CTT,CTTT 58.69 PASS AF=0,0.444444,0;AO=4,7,3;DP=27;FAO=0,12,0;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=0,4,0;FSAR=0,8,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.156153,-0.0837699,-0.0582913;FXX=0.0357015;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=9.1338,15.2793,17.7661;QD=8.69451;RBI=0.339439,0.186008,0.126705;REFB=-0.0705934,-0.0385031,-0.0270077;REVB=-0.301389,-0.166077,-0.1125;RO=12;SAF=2,3,1;SAR=2,4,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.185955,-0.240999,-0.350702;STB=0.5,0.682626,0.5;STBP=1,0.113,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.0146241,-0.0112067,0.0767265;OID=.,.,.;OPOS=69024688,69024688,69024688;OREF=-,-,-;OALT=T,TT,TTT;OMAPALT=CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.444444,0:4,7,3:27:0,12,0:27:15:0,4,0:0,8,0:10:5:41:12:2,3,1:2,4,2:8:4 chr3 69031963 . T C 461.71 PASS AF=0.666667;AO=41;DP=64;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.057404;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3482;QD=29.3146;RBI=0.0805223;REFB=-0.0437995;REVB=0.0564678;RO=21;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173845;STB=0.596286;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0234538;OID=.;OPOS=69031963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:21:21:41:42:0.666667:19:22:17:4:20:22:17:4 chr3 69036678 . G C 113.77 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0424037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9642;QD=9.89325;RBI=0.0442565;REFB=-0.00972381;REVB=-0.0126713;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268019;STB=0.528261;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.019881;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:8:6:14:17:8:6:15:17 chr3 69054341 . T C 636.91 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.084;QD=62.1378;RBI=0.128085;REFB=0;REVB=0.0339409;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519253;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:19:13:0:0:22:19:0:0 chr3 69091716 . T C 486.43 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00658769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.643;QD=39.7083;RBI=0.00721725;REFB=-0.00539969;REVB=0.00294806;RO=11;SAF=15;SAR=22;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994731;STB=0.544408;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00396992;OID=.;OPOS=69091716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:11:12:37:37:0.755102:22:15:7:4:22:15:7:5 chr3 69096614 . G A 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.25;QD=59.4244;RBI=0.0666134;REFB=0.00175168;REVB=-0.0652382;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000331105;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:1:0:22:20:1:0 chr3 69151152 . C A 1767.52 PASS AF=0.701422;AO=148;DP=212;FAO=148;FDP=211;FR=.;FRO=63;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0593515;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5842;QD=33.5076;RBI=0.0595065;REFB=-0.0019824;REVB=0.00429256;RO=63;SAF=69;SAR=79;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144707;STB=0.507744;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000927445;OID=.;OPOS=69151152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:63:63:148:148:0.701422:79:69:31:32:79:69:31:32 chr3 69154386 . T A 460.16 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000337523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=334.835;QD=26.6757;RBI=0.0185174;REFB=-0.013376;REVB=-0.0185144;RO=26;SAF=25;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136142;STB=0.57429;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00590406;OID=.;OPOS=69154386;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:18:25:10:16:18:25:10:16 chr3 69158231 . T C 665.71 PASS AF=0.818182;AO=53;DP=65;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0315965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.884;QD=40.3463;RBI=0.03203;REFB=-0.0665585;REVB=0.00525138;RO=11;SAF=20;SAR=33;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565614;STB=0.536572;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0142356;OID=.;OPOS=69158231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:66:11:12:53:54:0.818182:33:20:6:5:33:21:7:5 chr3 69168864 . C T 772.49 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=84;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00474477;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.213;QD=37.2285;RBI=0.0359498;REFB=-0.0081413;REVB=-0.0356353;RO=22;SAF=30;SAR=32;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140434;STB=0.570078;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00528625;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:22:21:62:62:0.746988:32:30:17:5:32:30:16:5 chr3 69230801 . G A 49.72 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0360496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.232;QD=4.41937;RBI=0.0373916;REFB=-0.00163953;REVB=0.00992761;RO=37;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574133;STB=0.538369;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0149005;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:2:6:29:8:2:6:29:8 chr3 69245454 . T C 991.5 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00687525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.694;QD=57.4786;RBI=0.0106029;REFB=-0.0579643;REVB=-0.00807173;RO=1;SAF=44;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106206;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00444772;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:23:44:1:0:24:44:1:0 chr3 69246152 . A G 78.26 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00437434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2732;QD=6.52206;RBI=0.0615996;REFB=-0.00793211;REVB=0.0614441;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183541;STB=0.616644;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0597095;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:19:18:7:4:19:18 chr3 69299233 . C G 73.21 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0200816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0064;QD=5.04914;RBI=0.0485524;REFB=-0.00758042;REVB=-0.0442049;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108941;STB=0.575637;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0272247;OID=.;OPOS=69299233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:58:58:45:46:12:12:0.206897:5:7:30:15:5:7:31:15 chr3 71876449 . A G 35.73 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.002819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.989;QD=5.9552;RBI=0.0103584;REFB=-0.000194857;REVB=0.00996738;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443236;STB=0.807742;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00225564;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:1:5:8:9:1:5:8:10 chr3 72424471 . A G 598.83 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5518;QD=61.4186;RBI=0.211489;REFB=0;REVB=0.0775912;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439236;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:12:20:0:0:12:27:0:0 chr3 72426901 . A G 5556.27 PASS AF=1;AO=348;DP=350;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112051;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.579;QD=63.6821;RBI=0.127292;REFB=0;REVB=0.0603986;RO=1;SAF=153;SAR=195;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235632;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:350:349:1:0:348:349:1:195:153:0:1:196:153:0:0 chr3 72495777 . C G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0516;QD=56.9327;RBI=0.0579065;REFB=0;REVB=-0.0240242;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835046;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr3 72495945 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.068;QD=50.4131;RBI=0.0328751;REFB=0;REVB=0.0320666;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19723e-05;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr3 73024350 . C A 1347.09 PASS AF=0.787879;AO=104;DP=132;FAO=104;FDP=132;FR=.;FRO=28;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0244266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4127;QD=40.8208;RBI=0.0480755;REFB=-0.0357186;REVB=-0.0414077;RO=28;SAF=57;SAR=47;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382513;STB=0.520368;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0112319;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:28:28:104:104:0.787879:47:57:18:10:47:57:18:10 chr3 73433369 . G A 52.86 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0455331;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1481;QD=6.04161;RBI=0.0551757;REFB=-0.0195247;REVB=0.0311624;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129007;STB=0.583729;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0654529;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:35:27:27:8:8:0.228571:5:3:13:14:5:3:13:14 chr3 73433494 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00299513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.181;QD=5.44355;RBI=0.00552308;REFB=-0.00546884;REVB=0.00464043;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19752;STB=0.631132;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0116533;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:10:10:2:4:10:10 chr3 73453325 . C T 144.01 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=11;FWDB=0.00544887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.122;QD=6.94037;RBI=0.00591517;REFB=-0.00321335;REVB=0.00230197;RO=61;SAF=18;SAR=3;SRF=50;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855127;STB=0.54897;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0100136;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:61:62:21:21:0.253012:3:18:50:11:3:18:51:11 chr3 73482779 . C A 385.31 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00842223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.732;QD=26.1228;RBI=0.0162372;REFB=-0.0104846;REVB=0.0138821;RO=21;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877178;STB=0.538863;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00860718;OID=.;OPOS=73482779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:22:37:37:0.627119:19:18:13:8:19:18:13:9 chr3 73482783 . G A 412.74 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000464492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.08;QD=27.0647;RBI=0.0103944;REFB=-0.00364008;REVB=0.010384;RO=22;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853836;STB=0.546576;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00106383;OID=.;OPOS=73482783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:21:18:13:9:21:18:13:9 chr3 74349062 . T C 810.17 PASS AF=0.68932;AO=71;DP=102;FAO=71;FDP=103;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00531936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.276;QD=31.4628;RBI=0.0107921;REFB=-0.0059167;REVB=0.00939013;RO=31;SAF=26;SAR=45;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320067;STB=0.513304;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0025503;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:31:32:71:71:0.68932:45:26:13:18:45:26:13:19 chr3 74413676 . T C 78.35 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0334737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.175;QD=5.59658;RBI=0.0389982;REFB=-0.0226069;REVB=0.0200091;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169259;STB=0.606973;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0468204;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:6:6:16:28:6:6:16:28 chr3 75232044 . C T 695.3 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221063;FXX=0.040808;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.438;QD=59.1744;RBI=0.022663;REFB=-0.113047;REVB=0.00499248;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00185478;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:1:1:20:25:1:1 chr3 75679930 . A C 54.93 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00865256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.052;QD=2.81675;RBI=0.0104364;REFB=-0.00596894;REVB=0.0058354;RO=65;SAF=8;SAR=3;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343688;STB=0.746715;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0313064;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:76:78:65:67:11:11:0.141026:3:8:29:36:3:8:29:38 chr3 75679937 . G A 67.13 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00850036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.113;QD=3.12231;RBI=0.0580844;REFB=-0.000595724;REVB=-0.0574591;RO=70;SAF=2;SAR=11;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506134;STB=0.839469;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00601014;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:84:86:70:73:13:13:0.151163:11:2:39:31:11:2:40:33 chr3 75679938 . T C 65.87 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00473134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.396;QD=2.92753;RBI=0.0377512;REFB=-0.00346647;REVB=-0.0374536;RO=73;SAF=10;SAR=3;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395069;STB=0.776606;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0353006;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:88:90:73:77:13:13:0.144444:3:10:33:40:3:10:34:43 chr3 75679945 . C G 149.28 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00223451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.449;QD=6.42045;RBI=0.0069682;REFB=-0.00805081;REVB=0.00660021;RO=71;SAF=12;SAR=10;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117313;STB=0.57192;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0242534;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:10:12:32:39:10:12:32:39 chr3 75679958 . C T 82.63 PASS AF=0.154639;AO=14;DP=97;FAO=15;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0145472;FXX=0.0202;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.44;QD=3.40743;RBI=0.0310648;REFB=-0.00703921;REVB=-0.0274482;RO=59;SAF=2;SAR=12;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619804;STB=0.853796;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0379517;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:97:97:59:82:14:15:0.154639:12:2:40:19:13:2:44:38 chr3 75679965 . C A 53.88 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0197038;FXX=0.0282992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.056;QD=2.09249;RBI=0.0377113;REFB=-0.0013213;REVB=-0.0321543;RO=91;SAF=9;SAR=3;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402918;STB=0.787568;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0231315;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:106:103:91:91:12:12:0.116505:3:9:37:54:3:9:37:54 chr3 75679973 . A G 81.17 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0377065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.708;QD=3.00632;RBI=0.0384595;REFB=-0.0125856;REVB=-0.00757283;RO=91;SAF=2;SAR=14;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499444;STB=0.843122;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0532788;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:91:92:16:16:0.148148:14:2:45:46:14:2:45:47 chr3 75679975 . C T 72.71 PASS AF=0.137615;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0251196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.975;QD=2.6683;RBI=0.0287084;REFB=-0.0025858;REVB=-0.0138989;RO=94;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330934;STB=0.724865;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0129341;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:94:94:15:15:0.137615:5:10:37:57:5:10:37:57 chr3 75679988 . A G 71.99 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.052725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8229;QD=2.61767;RBI=0.0543752;REFB=0.00768248;REVB=-0.013294;RO=94;SAF=10;SAR=5;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342853;STB=0.72804;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0477352;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:110:110:94:95:15:15:0.136364:5:10:36:58:5:10:37:58 chr3 75679997 . C T 70.57 PASS AF=0.133929;AO=15;DP=112;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.0258671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1247;QD=2.52048;RBI=0.0646386;REFB=0.00661265;REVB=0.0592372;RO=97;SAF=10;SAR=5;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355345;STB=0.741279;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0420421;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:112:112:97:97:15:15:0.133929:5:10:36:61:5:10:36:61 chr3 75680006 . T C 144.74 PASS AF=0.212389;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.0104835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.941;QD=5.12345;RBI=0.0190548;REFB=-0.00634193;REVB=-0.0159117;RO=86;SAF=11;SAR=13;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807881;STB=0.552017;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0224354;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:86:89:24:24:0.212389:13:11:34:52:13:11:35:54 chr3 75680010 . T C 77.41 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=113;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0224592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9774;QD=2.7402;RBI=0.0253044;REFB=-0.00719053;REVB=-0.0116575;RO=97;SAF=2;SAR=14;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462564;STB=0.827304;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0495106;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:113:113:97:97:16:16:0.141593:14:2:44:53:14:2:44:53 chr3 75713566 . T C 61.84 PASS AF=0.100592;AO=17;DP=168;FAO=17;FDP=169;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=63;FWDB=-0.0241778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.941;QD=1.46361;RBI=0.0312681;REFB=-0.00538335;REVB=-0.0198274;RO=151;SAF=8;SAR=9;SRF=88;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134854;STB=0.602368;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0534562;OID=.;OPOS=75713566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:168:169:151:152:17:17:0.100592:9:8:88:63:9:8:89:63 chr3 75713654 . G A 39.31 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0106099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9827;QD=1.49766;RBI=0.0193537;REFB=-0.00616482;REVB=0.0161863;RO=95;SAF=6;SAR=4;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134279;STB=0.604354;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0622227;OID=.;OPOS=75713654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:105:95:95:10:10:0.0952381:4:6:46:49:4:6:46:49 chr3 75713669 . G A 36.44 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.076197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3129;QD=1.58438;RBI=0.0784195;REFB=-0.00428366;REVB=-0.0185374;RO=83;SAF=6;SAR=3;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175171;STB=0.636728;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0313162;OID=.;OPOS=75713669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:83:83:9:9:0.0978261:3:6:43:40:3:6:43:40 chr3 75714298 . A G 679.52 PASS AF=0.485714;AO=67;DP=139;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00288385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.637;QD=19.4147;RBI=0.00301941;REFB=-0.00299637;REVB=-0.000894584;RO=71;SAF=45;SAR=22;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274881;STB=0.657376;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00247723;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:71:72:67:68:0.485714:22:45:27:44:22:46:27:45 chr3 75714311 . G A 68.03 PASS AF=0.107595;AO=19;DP=157;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=0.0182249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9208;QD=1.72226;RBI=0.022535;REFB=-0.00317992;REVB=-0.0132544;RO=132;SAF=16;SAR=3;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418933;STB=0.926602;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00441748;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:157:158:132:141:19:17:0.107595:3:16:70:62:1:16:72:69 chr3 75714337 . T G 963.11 PASS AF=0.537572;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=173;FR=.;FRO=80;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0196972;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.599;QD=22.2684;RBI=0.0232443;REFB=-0.0077128;REVB=0.0123417;RO=78;SAF=64;SAR=29;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222282;STB=0.628079;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00750462;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:78:80:93:93:0.537572:29:64:34:44:29:64:34:46 chr3 75714345 . G T 322.84 PASS AF=0.259669;AO=47;DP=181;FAO=47;FDP=181;FR=.;FRO=134;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=-0.00759654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.642;QD=7.13451;RBI=0.0386374;REFB=-0.0109077;REVB=-0.0378832;RO=131;SAF=30;SAR=17;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123401;STB=0.566425;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0212321;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:131:134:47:47:0.259669:17:30:71:60:17:30:74:60 chr3 75714702 . A G 643.48 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000406331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.24;QD=29.2492;RBI=0.0116499;REFB=-0.0111589;REVB=0.0116428;RO=32;SAF=34;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115771;STB=0.562891;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00448565;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:56:56:0.636364:22:34:14:18:22:34:14:18 chr3 75714809 . C T 71.13 PASS AF=0.103093;AO=18;DP=197;FAO=20;FDP=194;FR=.;FRO=174;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=94;FSRR=80;FWDB=-0.000565596;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.654;QD=1.46664;RBI=0.0121658;REFB=-0.00320891;REVB=-0.0121526;RO=95;SAF=10;SAR=8;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238446;STB=0.508827;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0441936;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:197:194:95:174:18:20:0.103093:8:10:51:44:9:11:94:80 chr3 75714819 . G A 87.82 PASS AF=0.107143;AO=24;DP=223;FAO=24;FDP=224;FR=.;FRO=200;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=109;FSRR=91;FWDB=-0.014027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.15;QD=1.56819;RBI=0.0496302;REFB=-0.00652727;REVB=-0.0476067;RO=198;SAF=11;SAR=13;SRF=107;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100405;STB=0.57686;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0472303;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:223:224:198:200:24:24:0.107143:13:11:107:91:13:11:109:91 chr3 75714825 . G A 767.85 PASS AF=0.409524;AO=85;DP=207;FAO=86;FDP=210;FR=.;FRO=124;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=0.0166698;FXX=0.0789439;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3787;QD=14.6257;RBI=0.0172114;REFB=-0.0192679;REVB=-0.00428377;RO=122;SAF=47;SAR=38;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213866;STB=0.508475;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0197116;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:210:122:124:85:86:0.409524:38:47:65:57:39:47:66:58 chr3 75714831 . G A 203.57 PASS AF=0.161943;AO=40;DP=235;FAO=40;FDP=247;FR=.;FRO=207;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=110;FSRR=97;FWDB=-0.0305422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.838;QD=3.29667;RBI=0.0313376;REFB=-0.00841719;REVB=-0.00701532;RO=195;SAF=17;SAR=23;SRF=101;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119747;STB=0.588748;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0475632;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:247:195:207:40:40:0.161943:23:17:101:94:23:17:110:97 chr3 75714835 . C T 218.51 PASS AF=0.166667;AO=42;DP=252;FAO=42;FDP=252;FR=.;FRO=210;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=114;FSRR=96;FWDB=-0.00591297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.006;QD=3.46847;RBI=0.0199082;REFB=-0.0074092;REVB=-0.0190098;RO=210;SAF=17;SAR=25;SRF=114;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177132;STB=0.614162;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0400689;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:210:210:42:42:0.166667:25:17:114:96:25:17:114:96 chr3 75714840 . A G 1374.77 PASS AF=0.521073;AO=136;DP=258;FAO=136;FDP=261;FR=.;FRO=125;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=0.0257056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4045;QD=21.0692;RBI=0.0270329;REFB=-0.00721935;REVB=-0.00836675;RO=122;SAF=70;SAR=66;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856832;STB=0.504824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00827078;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:261:122:125:136:136:0.521073:66:70:64:58:65:71:64:61 chr3 75714843 . T A 827.67 PASS AF=0.36803;AO=97;DP=269;FAO=99;FDP=269;FR=.;FRO=170;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=85;FSRR=85;FWDB=-0.0139175;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1743;QD=12.3074;RBI=0.0139829;REFB=-0.0102688;REVB=0.00135048;RO=169;SAF=54;SAR=43;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060555;STB=0.535263;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.016064;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:169:170:97:99:0.36803:43:54:85:84:44:55:85:85 chr3 75714853 . G A 935.9 PASS AF=0.365772;AO=108;DP=298;FAO=109;FDP=298;FR=.;FRO=189;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=0.00755372;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6183;QD=12.5624;RBI=0.00803826;REFB=-0.0191417;REVB=-0.00274862;RO=187;SAF=57;SAR=51;SRF=95;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221666;STB=0.506166;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0391414;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:187:189:108:109:0.365772:51:57:95:92:52:57:97:92 chr3 75714898 . G A 580.65 PASS AF=0.266458;AO=82;DP=310;FAO=85;FDP=319;FR=.;FRO=234;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=116;FSRR=118;FWDB=-0.0366136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8364;QD=7.28089;RBI=0.077939;REFB=-0.0109201;REVB=0.0688036;RO=228;SAF=45;SAR=37;SRF=111;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771314;STB=0.524717;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0320159;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:319:228:234:82:85:0.266458:37:45:111:117:40:45:116:118 chr3 75714917 . G A 631.32 PASS AF=0.306569;AO=81;DP=273;FAO=84;FDP=274;FR=.,HEALED;FRO=190;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=103;FSRR=87;FWDB=-0.0200906;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.927;QD=9.21634;RBI=0.0223995;REFB=-0.0102999;REVB=-0.00990482;RO=132;SAF=41;SAR=40;SRF=89;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185891;STB=0.52919;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0257422;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:274:132:190:81:84:0.306569:40:41:89:43:42:42:103:87 chr3 75714929 . G A 595.28 PASS AF=0.305344;AO=80;DP=262;FAO=80;FDP=262;FR=.;FRO=182;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=95;FSRR=87;FWDB=-0.0501842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2916;QD=9.08825;RBI=0.0607883;REFB=-0.026287;REVB=-0.034304;RO=182;SAF=40;SAR=40;SRF=95;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026346;STB=0.515263;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0435138;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:182:182:80:80:0.305344:40:40:95:87:40:40:95:87 chr3 75714950 . C A 515.35 PASS AF=0.292373;AO=69;DP=236;FAO=69;FDP=236;FR=.;FRO=167;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=86;FSRR=81;FWDB=0.021303;FXX=0.0125518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.692;QD=8.73476;RBI=0.0241248;REFB=-0.0162168;REVB=-0.011322;RO=163;SAF=34;SAR=35;SRF=83;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198428;STB=0.515713;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0277953;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:163:167:69:69:0.292373:35:34:83:80:35:34:86:81 chr3 75714976 . C T 512.5 PASS AF=0.335079;AO=62;DP=190;FAO=64;FDP=191;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=0.0599519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.652;QD=10.7329;RBI=0.0616519;REFB=-0.00692687;REVB=0.0143777;RO=126;SAF=41;SAR=21;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296985;STB=0.674125;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0146231;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:126:127:62:64:0.335079:21:41:51:75:21:43:52:75 chr3 75714980 . C A 313.9 PASS AF=0.256983;AO=46;DP=180;FAO=46;FDP=179;FR=.;FRO=133;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=0.0216365;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.297;QD=7.01448;RBI=0.0481687;REFB=-0.00340053;REVB=0.0430358;RO=126;SAF=21;SAR=25;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732118;STB=0.55176;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00452541;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:126:133:46:46:0.256983:25:21:65:61:25:21:70:63 chr3 75715118 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0025815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.863;QD=10.4746;RBI=0.00725445;REFB=-0.0201701;REVB=-0.0067796;RO=35;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324734;STB=0.692858;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0371937;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:37:19:19:0.339286:5:14:16:19:5:14:17:20 chr3 75715124 . C T 121.82 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0222297;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8317;QD=8.54841;RBI=0.0346342;REFB=-0.0324559;REVB=-0.0265588;RO=40;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256988;STB=0.683324;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0705051;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:40:16:17:0.298246:5:11:19:21:5:12:18:22 chr3 75715173 . CT TG 129.07 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0092346;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.862;QD=6.61887;RBI=0.0174322;REFB=-0.0151173;REVB=-0.0147853;RO=58;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20665;STB=0.629504;STBP=0.239;TYPE=mnp;VARB=0.0357282;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:58:59:19:19:0.24359:10:9:18:40:10:9:18:41 chr3 75715181 . G A 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.00546299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.089;QD=7.45981;RBI=0.00668249;REFB=-0.0205159;REVB=-0.00384855;RO=61;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282384;STB=0.667954;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0495102;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:10:12:19:42:10:12:19:42 chr3 75779719 . T C 113.63 PASS AF=0.233766;AO=17;DP=75;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.000625525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.623;QD=5.90265;RBI=0.0759658;REFB=-0.00450431;REVB=0.0759633;RO=58;SAF=13;SAR=4;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209677;STB=0.583929;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0344165;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:58:59:17:18:0.233766:4:13:36:22:5:13:37:22 chr3 75779724 . T C 378.63 PASS AF=0.513158;AO=36;DP=74;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.031836;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.51;QD=19.9276;RBI=0.0494472;REFB=-0.0155867;REVB=0.0378351;RO=37;SAF=25;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101909;STB=0.538441;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0318631;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:37:37:36:39:0.513158:11:25:22:15:13:26:22:15 chr3 75779727 . A G 409.49 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0892909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5396;QD=20.7337;RBI=0.0905959;REFB=0.0192655;REVB=0.0153214;RO=38;SAF=28;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753413;STB=0.54179;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0116933;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:13:28:23:15:13:28:23:15 chr3 75779742 . G A 132.9 PASS AF=0.238095;AO=19;DP=83;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.00192795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.497;QD=6.32874;RBI=0.0197985;REFB=0.00194993;REVB=-0.0197044;RO=63;SAF=14;SAR=5;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16765;STB=0.577047;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0183038;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:63:64:19:20:0.238095:5:14:39:24:6:14:39:25 chr3 75779762 . G T 153.4 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0662127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5354;QD=7.21893;RBI=0.0747662;REFB=-0.0322743;REVB=0.0347256;RO=62;SAF=15;SAR=7;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133023;STB=0.57618;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0640892;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:63:22:22:0.258824:7:15:36:26:7:15:37:26 chr3 75779769 . C G 436.68 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.011092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.838;QD=21.3014;RBI=0.015824;REFB=-0.0337401;REVB=0.0112857;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227074;STB=0.507389;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0187714;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:39:43:43:0.52439:17:26:22:16:17:26:23:16 chr3 75779777 . TA T 252.52 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.107065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0433;QD=13.1178;RBI=0.124864;REFB=0.0511517;REVB=0.064251;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0440103;STB=0.511177;STBP=0.842;TYPE=del;VARB=-0.0210042;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:41:77:42:77:35:25:17:20:15:99:32:24:17:17:15 chr3 75781222 . C T 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00719764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3799;QD=21.6757;RBI=0.0663909;REFB=-0.000155113;REVB=0.0659996;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021002;STB=0.51159;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000856171;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:24:23:20:23:24:23:20:23 chr3 75781243 . T C 111.93 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0142701;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4769;QD=5.14633;RBI=0.0146723;REFB=0.00212214;REVB=-0.00341163;RO=69;SAF=10;SAR=8;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968513;STB=0.561157;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00894244;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:69:69:18:18:0.206897:8:10:33:36:8:10:33:36 chr3 75781257 . T G 220.42 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00864169;FXX=0.226164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1207;QD=13.5645;RBI=0.0170837;REFB=0.00282276;REVB=0.0147369;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108527;STB=0.56245;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00427061;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:20:20:15:10:20:20 chr3 75781263 . T C 449.08 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00526823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0913;QD=21.3847;RBI=0.0166175;REFB=0.0137556;REVB=-0.0157603;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196056;STB=0.510829;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0100952;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:23:21:20:20:23:21:20:20 chr3 75781272 . C A 135.94 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0247884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7328;QD=6.97131;RBI=0.0833762;REFB=0.00105985;REVB=-0.0796061;RO=58;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146132;STB=0.589242;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00592263;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:13:7:27:31:13:7:27:31 chr3 75786042 . G A 864.16 PASS AF=0.384615;AO=57;DP=152;FAO=60;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00346026;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.558;QD=22.1579;RBI=0.00496931;REFB=-0.0139221;REVB=-0.0035666;RO=66;SAF=31;SAR=26;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311198;STB=0.512654;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0137092;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:66:68:57:60:0.384615:26:31:38:28:27:33:39:29 chr3 75786059 . CA TA,TG 1170.99 PASS AF=0.188172,0.413978;AO=35,76;DP=186;FAO=35,77;FDP=186;FR=.;FRO=74;FSAF=22,42;FSAR=13,35;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.005672,0.00457771;FXX=0.00534731;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.519,195.966;QD=25.1825;RBI=0.00864837,0.00867456;REFB=-0.0131532,-0.0186052;REVB=0.00652861,-0.00736835;RO=73;SAF=22,41;SAR=13,35;SRF=43;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0483912,-0.0446342;STB=0.524376,0.524384;STBP=0.766,0.554;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00643854,0.0210843;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:186:186:73:74:35,76:35,77:0.188172,0.413978:13,35:22,41:43:30:13,35:22,42:44:30 chr3 75786071 . C A 239.92 PASS AF=0.198113;AO=41;DP=212;FAO=42;FDP=212;FR=.;FRO=170;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=76;FWDB=-0.00452188;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.521;QD=4.52686;RBI=0.0156846;REFB=-0.00478317;REVB=-0.0150186;RO=170;SAF=25;SAR=16;SRF=94;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749388;STB=0.554705;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0235662;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:170:170:41:42:0.198113:16:25:94:76:16:26:94:76 chr3 75786079 . CG CA,TA 1507.81 PASS AF=0.438914,0.199095;AO=96,45;DP=223;FAO=97,44;FDP=221;FR=.;FRO=80;FSAF=50,29;FSAR=47,15;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00115668,-0.0143205;FXX=0.00896821;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=155.74,120.992;QD=27.2906;RBI=0.0098651,0.0198411;REFB=-0.00737971,-0.00297023;REVB=0.00979706,-0.0137328;RO=80;SAF=50,29;SAR=46,16;SRF=45;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0348164,0.0965541;STB=0.521303,0.566375;STBP=0.56,0.295;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00683068,0.000108406;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:80:80:96,45:97,44:0.438914,0.199095:46,16:50,29:45:35:47,15:50,29:45:35 chr3 75786132 . T C 494.27 PASS AF=0.276423;AO=68;DP=246;FAO=68;FDP=246;FR=.;FRO=178;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=91;FSRR=87;FWDB=-0.0114386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.965;QD=8.03691;RBI=0.0205148;REFB=-0.0040952;REVB=-0.0170298;RO=174;SAF=41;SAR=27;SRF=87;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127466;STB=0.567351;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.012361;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:174:178:68:68:0.276423:27:41:87:87:27:41:91:87 chr3 75786163 . C T 417.2 PASS AF=0.283654;AO=60;DP=206;FAO=59;FDP=208;FR=.;FRO=149;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=-0.00934419;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2599;QD=8.02302;RBI=0.0293749;REFB=-0.00420151;REVB=-0.027849;RO=145;SAF=37;SAR=23;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16353;STB=0.613489;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0137639;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:145:149:60:59:0.283654:23:37:70:75:22:37:70:79 chr3 75786211 . A G 485.09 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=151;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0436157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2044;QD=12.85;RBI=0.0548357;REFB=-0.00530053;REVB=-0.0332359;RO=93;SAF=35;SAR=22;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256616;STB=0.647949;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0138439;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:93:94:57:57:0.377483:22:35:35:58:22:35:35:59 chr3 75786225 . G A 332.79 PASS AF=0.292035;AO=27;DP=114;FAO=33;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0235609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2231;QD=11.7801;RBI=0.0237382;REFB=-0.00273539;REVB=-0.00289556;RO=68;SAF=10;SAR=17;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226202;STB=0.653501;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.104391;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:68:70:27:33:0.292035:17:10:38:30:22:11:39:31 chr3 75786243 . C T 304.38 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00776011;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.804;QD=12.4237;RBI=0.0727607;REFB=-0.0113296;REVB=-0.0723457;RO=63;SAF=23;SAR=12;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223819;STB=0.628938;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0167653;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:63:63:35:35:0.357143:12:23:29:34:12:23:29:34 chr3 75786245 . T A 305.65 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00149724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.622;QD=12.8696;RBI=0.00277287;REFB=0.000980234;REVB=-0.0023339;RO=60;SAF=23;SAR=12;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231635;STB=0.63295;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0017414;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:12:23:27:33:12:23:27:33 chr3 75786252 . G T 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0113774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.337;QD=11.3566;RBI=0.0126238;REFB=-0.00496651;REVB=-0.00546943;RO=52;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269311;STB=0.65625;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00893969;OID=.;OPOS=75786252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:9:19:23:29:9:19:23:29 chr3 75786256 . T A 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0146689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.485;QD=10.5629;RBI=0.014669;REFB=-0.00325855;REVB=4.81225e-05;RO=48;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211711;STB=0.618084;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00486761;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:8:17:24:24:8:17:25:24 chr3 75786261 . C T 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0189327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.847;QD=9.88296;RBI=0.021218;REFB=-0.0131528;REVB=0.00957894;RO=43;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374334;STB=0.716927;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0104202;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:13:8:31:12:13:8:31:12 chr3 75786278 . A C 369.29 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0190691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.52;QD=27.3551;RBI=0.0198633;REFB=-0.0257564;REVB=0.00556049;RO=19;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467795;STB=0.521179;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0123984;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:19:34:35:0.648148:13:21:13:6:13:22:13:6 chr3 75786288 . A G 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.00467123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.896;QD=6.45751;RBI=0.0118542;REFB=-0.000943209;REVB=0.010895;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414982;STB=0.751631;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00399313;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:8:5:31:11:8:5:31:11 chr3 75786298 . T C 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.0180322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3292;QD=5.25869;RBI=0.0227015;REFB=-0.00185885;REVB=0.0137912;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539672;STB=0.830639;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0104063;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:6:3:29:7:6:3:29:7 chr3 75786302 . G A 152.13 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00785632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.232;QD=13.2287;RBI=0.00904814;REFB=-0.0154696;REVB=0.00448855;RO=29;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104275;STB=0.561386;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0291999;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:4:13:20:9:4:13:20:9 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 83.97 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00825588;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=315.839;QD=9.59702;RBI=0.020485;REFB=0.00461683;REVB=0.0187477;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248786;STB=0.615966;STBP=0.344;TYPE=del;VARB=-0.00635175;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:35:14:35:21:9:5:17:4:83:18:8:5:15:3 chr3 75786354 . G A 34.17 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=56;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0171577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7507;QD=2.39761;RBI=0.0441655;REFB=-0.0187851;REVB=-0.0406965;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401392;STB=0.711011;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.111325;OID=.;OPOS=75786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:57:49:50:6:7:0.122807:4:2:34:15:4:3:34:16 chr3 75786379 . T C 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.00685346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.481;QD=8.71547;RBI=0.00750963;REFB=-0.00611991;REVB=0.00306995;RO=42;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139865;STB=0.574553;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0276864;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:44:19:19:0.301587:7:12:31:11:7:12:32:12 chr3 75786381 . T C 474.25 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00176498;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9861;QD=29.6408;RBI=0.0456836;REFB=-0.00244029;REVB=0.0456495;RO=21;SAF=32;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939943;STB=0.551199;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.002119;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:21:21:43:43:0.671875:11:32:13:8:11:32:13:8 chr3 75786385 . C G 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.00522802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.618;QD=6.46597;RBI=0.0137268;REFB=0.00160482;REVB=0.0126922;RO=47;SAF=9;SAR=7;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237715;STB=0.636211;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0577895;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:49:16:16:0.246154:7:9:35:12:7:9:36:13 chr3 75786417 . T C 151.78 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00219475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0182;QD=6.97836;RBI=0.0293156;REFB=-0.00470674;REVB=-0.0292333;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119865;STB=0.564975;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0120511;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:65:22:22:0.252874:10:12:41:23:10:12:41:24 chr3 75786423 . T TTC 40.66 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0163375;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=2;MLLD=250.605;QD=1.98355;RBI=0.0221918;REFB=-0.00760206;REVB=-0.0150188;RO=80;SAF=4;SAR=5;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181251;STB=0.614725;STBP=0.47;TYPE=ins;VARB=0.0536992;OID=.;OPOS=75786424;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109756:9:90:9:82:73:4:5:42:31:40:80:4:5:48:32 chr3 75786438 . G A 141.74 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0156569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.099;QD=6.51694;RBI=0.0344546;REFB=0.00042978;REVB=-0.0306917;RO=65;SAF=9;SAR=12;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153853;STB=0.599255;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00161447;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:66:21:21:0.241379:12:9:36:29:12:9:37:29 chr3 75786440 . C T 134.21 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0119335;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0113;QD=6.10055;RBI=0.0281551;REFB=-0.00576898;REVB=-0.0255009;RO=64;SAF=8;SAR=12;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218109;STB=0.621501;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0176649;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:64:68:20:20:0.227273:12:8:37:27:12:8:38:30 chr3 75786450 . G A 133.1 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0101642;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.356;QD=5.98181;RBI=0.0127327;REFB=-0.0128064;REVB=-0.00766878;RO=69;SAF=9;SAR=11;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160848;STB=0.599458;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0258458;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:69:69:20:20:0.224719:11:9:40:29:11:9:40:29 chr3 75786453 . C T 127.18 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=92;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0141651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.066;QD=5.52948;RBI=0.0144136;REFB=-0.0334947;REVB=-0.00266501;RO=71;SAF=9;SAR=11;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19327;STB=0.613624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.054436;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:71:72:20:20:0.217391:11:9:43:28:11:9:43:29 chr3 75786500 . AT GA,GT 133.88 PASS AF=0.0510204,0.173469;AO=5,17;DP=98;FAO=5,17;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=3,10;FSAR=2,7;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00824682,-0.0140845;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=255.729,198.978;QD=5.46442;RBI=0.0202751,0.0173395;REFB=-0.00244317,-0.000566613;REVB=-0.0185222,-0.0101136;RO=75;SAF=3,10;SAR=2,7;SRF=42;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0405404,0.0363733;STB=0.545272,0.529681;STBP=0.946,0.798;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00743061,0.0100955;OID=.,.;OPOS=75786500,75786500;OREF=AT,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:98:98:75:76:5,17:5,17:0.0510204,0.173469:2,7:3,10:42:33:2,7:3,10:42:34 chr3 75786506 . T C 80.29 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.00544162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.124;QD=3.34556;RBI=0.0169717;REFB=-0.00621604;REVB=-0.0160757;RO=76;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749477;STB=0.550496;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0167273;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:91:96:76:81:15:15:0.15625:7:8:45:31:7:8:48:33 chr3 75786515 . G A 263.45 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00190256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.088;QD=10.6444;RBI=0.0162433;REFB=-0.00320879;REVB=-0.0161315;RO=67;SAF=21;SAR=11;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557134;STB=0.532536;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0101486;OID=.;OPOS=75786515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:11:21:41:26:11:21:41:26 chr3 75786518 . A C 61.45 PASS AF=0.126214;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=-0.0128296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4576;QD=2.38637;RBI=0.0167038;REFB=0.000774273;REVB=-0.0106967;RO=89;SAF=9;SAR=4;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858897;STB=0.557697;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00714565;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:89:90:13:13:0.126214:4:9:56:33:4:9:57:33 chr3 75786521 . G A 83.88 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.00152889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.333;QD=3.19549;RBI=0.0312252;REFB=-0.0014297;REVB=-0.0311878;RO=89;SAF=12;SAR=4;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160452;STB=0.610022;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00690948;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:105:105:89:89:16:16:0.152381:4:12:57:32:4:12:57:32 chr3 75786533 . T G 123.47 PASS AF=0.196262;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.0131492;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.713;QD=4.6156;RBI=0.0232357;REFB=-0.0113084;REVB=0.0191571;RO=87;SAF=15;SAR=6;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117938;STB=0.579189;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.027564;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:87:86:21:21:0.196262:6:15:55:32:6:15:54:32 chr3 75786555 . C CTG 322.58 PASS AF=0.387755;AO=35;DP=105;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00227852;FXX=0.0576868;HRUN=0;LEN=2;MLLD=240.104;QD=13.1667;RBI=0.0164185;REFB=0.00476129;REVB=0.0162597;RO=63;SAF=28;SAR=7;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291391;STB=0.620554;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=-0.00293609;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:35:105:38:98:60:29:9:36:24:99:63:28:7:37:26 chr3 75786572 . T C 113.61 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=109;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.0132057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.773;QD=4.16924;RBI=0.0160616;REFB=-0.00436334;REVB=0.00914242;RO=84;SAF=9;SAR=11;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152764;STB=0.617081;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.016914;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:84:89:20:20:0.183486:11:9:48:36:11:9:53:36 chr3 75786597 . C T 197.96 PASS AF=0.266667;AO=27;DP=108;FAO=28;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00280407;FXX=0.0277752;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.78;QD=7.54125;RBI=0.0541823;REFB=-0.0132415;REVB=-0.0541097;RO=55;SAF=16;SAR=11;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882904;STB=0.546437;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0332655;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:55:77:27:28:0.266667:11:16:33:22:11:17:42:35 chr3 75786607 . C T 198.79 PASS AF=0.25;AO=30;DP=119;FAO=30;FDP=120;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.035905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.02;QD=6.62628;RBI=0.0412324;REFB=-0.00441358;REVB=-0.0202718;RO=88;SAF=19;SAR=11;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126366;STB=0.585558;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0085279;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:88:90:30:30:0.25:11:19:47:41:11:19:47:43 chr3 75786610 . T G 210.11 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0150121;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4903;QD=7.06247;RBI=0.0154496;REFB=0.00779513;REVB=0.00365086;RO=88;SAF=19;SAR=12;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113202;STB=0.568062;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0219908;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:88:88:31:31:0.260504:12:19:46:42:12:19:46:42 chr3 75786618 . CT AC,CC 204.12 PASS AF=0.0940171,0.179487;AO=11,21;DP=117;FAO=11,21;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=7,13;FSAR=4,8;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00386892,0.00127775;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=194.724,147.351;QD=6.9786;RBI=0.0192507,0.0238736;REFB=-0.00584368,-0.0042684;REVB=-0.018858,0.0238394;RO=84;SAF=7,13;SAR=4,8;SRF=44;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137874,0.122532;STB=0.60674,0.58272;STBP=0.507,0.404;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0216516,0.0100768;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:117:117:84:85:11,21:11,21:0.0940171,0.179487:4,8:7,13:44:40:4,8:7,13:44:41 chr3 75786623 . G T 242.87 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00838099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.54;QD=8.23275;RBI=0.0269254;REFB=-0.0064529;REVB=-0.0255878;RO=83;SAF=17;SAR=17;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652285;STB=0.542348;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0172101;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:83:84:34:34:0.288136:17:17:46:37:17:17:47:37 chr3 75786628 . G C 453.58 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.000143153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.057;QD=14.9942;RBI=0.0150014;REFB=-0.0097501;REVB=0.0150008;RO=69;SAF=25;SAR=26;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619514;STB=0.538671;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00850754;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:26:25:38:31:26:25:39:31 chr3 75786670 . G A 303.46 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=130;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.00898743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.656;QD=9.33723;RBI=0.0112554;REFB=-0.00877044;REVB=-0.00677579;RO=89;SAF=19;SAR=21;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102397;STB=0.563187;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0111835;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:89:90:40:40:0.307692:21:19:50:39:21:19:51:39 chr3 75786681 . G A 759.79 PASS AF=0.55814;AO=71;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0147586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.126;QD=23.5595;RBI=0.015078;REFB=-0.0105455;REVB=0.00308729;RO=57;SAF=34;SAR=37;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813811;STB=0.547043;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00695628;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:57:57:71:72:0.55814:37:34:33:24:38:34:33:24 chr3 75786737 . A T 191.81 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00386911;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.458;QD=9.24398;RBI=0.00420679;REFB=-0.000373346;REVB=0.00165139;RO=56;SAF=10;SAR=15;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139053;STB=0.594127;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00221881;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:83:56:58:25:25:0.301205:15:10:29:27:15:10:31:27 chr3 75786740 . CA CG,GG 516.22 PASS AF=0.296703,0.263736;AO=27,23;DP=90;FAO=27,24;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=11,12;FSAR=16,12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0176071,0.00282026;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=136.19,141.941;QD=22.6909;RBI=0.0184775,0.013826;REFB=0.0162942,0.00169691;REVB=0.00560425,0.0135353;RO=40;SAF=11,12;SAR=16,11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174719,-0.0586769;STB=0.599706,0.546836;STBP=0.191,0.575;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00770587,0.00774199;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:27,23:27,24:0.296703,0.263736:16,11:11,12:23:17:16,12:11,12:23:17 chr3 75786753 . C T 329.83 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00639291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.708;QD=15.7059;RBI=0.00641205;REFB=0.000421663;REVB=0.000494982;RO=47;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175388;STB=0.593697;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000539925;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:13:23:22:25:13:23:23:25 chr3 75786754 . G T 130.91 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00457351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.836;QD=6.30895;RBI=0.0151876;REFB=0.00140373;REVB=-0.0144826;RO=63;SAF=11;SAR=9;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128486;STB=0.50789;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00465748;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:63:63:20:20:0.240964:9:11:34:29:9:11:34:29 chr3 75786759 . T C 449.1 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00806889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.189;QD=21.3855;RBI=0.00980863;REFB=-0.0145845;REVB=-0.00557694;RO=38;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852761;STB=0.558226;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0124894;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:44:44:0.52381:23:21:22:16:23:21:24:16 chr3 75786764 . C CT 63.89 PASS AF=0.211765;AO=17;DP=86;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0589723;FXX=0.0116266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.714;QD=3.00639;RBI=0.0589727;REFB=0.00146804;REVB=-0.000214222;RO=65;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307798;STB=0.541131;STBP=0.705;TYPE=ins;VARB=-0.0173717;OID=.;OPOS=75786765;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211765:17:86:18:85:67:9:9:37:30:63:65:9:8:36:29 chr3 75786773 . T A 153.64 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0236497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.951;QD=7.23016;RBI=0.0245781;REFB=-0.00699578;REVB=0.00669122;RO=63;SAF=7;SAR=15;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359406;STB=0.716321;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0485924;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:15:7:39:24:15:7:39:24 chr3 75786784 . T C 106.22 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0130636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.264;QD=5.44717;RBI=0.0228481;REFB=-0.0103855;REVB=-0.0187451;RO=61;SAF=11;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959231;STB=0.560437;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0398088;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:6:11:35:26:6:11:35:26 chr3 75786802 . G A 107.39 PASS AF=0.236111;AO=16;DP=71;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.00126467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.097;QD=5.96581;RBI=0.0237282;REFB=0.000435386;REVB=0.0236945;RO=55;SAF=8;SAR=8;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264311;STB=0.678785;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00202213;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:55:55:16:17:0.236111:8:8:39:16:9:8:39:16 chr3 75786827 . A T 553.64 PASS AF=0.694444;AO=46;DP=68;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0037878;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.88;QD=30.7576;RBI=0.019079;REFB=-0.0373054;REVB=0.0186993;RO=21;SAF=23;SAR=23;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124127;STB=0.569417;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0134386;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:21:22:46:50:0.694444:23:23:15:6:25:25:16:6 chr3 75786832 . C T 460.31 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00641677;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.174;QD=23.3066;RBI=0.00958265;REFB=-0.029527;REVB=-0.00711703;RO=35;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116819;STB=0.564191;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0134582;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:35:44:44:0.556962:24:20:21:14:24:20:21:14 chr3 75786845 . T C 707.02 PASS AF=0.670455;AO=43;DP=90;FAO=59;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0117191;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.488;QD=32.1371;RBI=0.0560561;REFB=-0.03889;REVB=0.0548174;RO=29;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13177;STB=0.599269;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0174005;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:29:29:43:59:0.670455:21:22:20:9:36:23:20:9 chr3 75786854 . A T 143.89 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0136396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.222;QD=5.04892;RBI=0.0262127;REFB=-0.00574636;REVB=-0.0223846;RO=90;SAF=14;SAR=10;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174339;STB=0.608606;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0207006;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:90:90:24:24:0.210526:10:14:40:50:10:14:40:50 chr3 75786866 . G T 556.58 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00346086;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.368;QD=16.8661;RBI=0.00362699;REFB=-0.0399338;REVB=0.00108512;RO=72;SAF=19;SAR=40;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288617;STB=0.664533;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0351109;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:72:73:59:59:0.44697:40:19:44:28:40:19:45:28 chr3 75786892 . A C 707.36 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.00903547;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.055;QD=17.9079;RBI=0.00944328;REFB=-0.00809095;REVB=-0.00274515;RO=76;SAF=28;SAR=47;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178235;STB=0.596543;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0155014;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:76:83:75:75:0.474684:47:28:43:33:47:28:46:37 chr3 75786899 . T C 748.13 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.103665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5264;QD=18.5871;RBI=0.104238;REFB=-0.00741221;REVB=0.0109078;RO=79;SAF=30;SAR=48;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136733;STB=0.582503;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00582426;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:79:83:78:78:0.484472:48:30:42:37:48:30:45:38 chr3 75786916 . C A 941.33 PASS AF=0.525714;AO=93;DP=176;FAO=92;FDP=175;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.00158193;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.078;QD=21.5161;RBI=0.00689641;REFB=-0.0127091;REVB=0.00671253;RO=80;SAF=37;SAR=56;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883116;STB=0.549989;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0114745;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:80:83:93:92:0.525714:56:37:40:40:56:36:41:42 chr3 75786919 . A T 893.23 PASS AF=0.505682;AO=91;DP=175;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0114734;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.359;QD=20.3008;RBI=0.0114866;REFB=-0.00660549;REVB=0.000550636;RO=79;SAF=36;SAR=55;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745131;STB=0.56283;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0100305;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:79:87:91:89:0.505682:55:36:38:41:55:34:44:43 chr3 75786921 . G A 119.18 PASS AF=0.139785;AO=25;DP=185;FAO=26;FDP=186;FR=.;FRO=160;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=70;FSRR=90;FWDB=-0.0172081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.872;QD=2.56294;RBI=0.0238176;REFB=-0.00229756;REVB=-0.0164669;RO=160;SAF=10;SAR=15;SRF=70;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485758;STB=0.512648;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0107336;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:160:160:25:26:0.139785:15:10:70:90:15:11:70:90 chr3 75786942 . C A 208.81 PASS AF=0.18408;AO=36;DP=202;FAO=37;FDP=201;FR=.;FRO=164;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=104;FWDB=-0.0088033;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4553;QD=4.15545;RBI=0.00882238;REFB=-0.00762553;REVB=-0.000579913;RO=163;SAF=22;SAR=14;SRF=60;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305148;STB=0.680262;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0255155;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:163:164:36:37:0.18408:14:22:60:103:15:22:60:104 chr3 75786965 . C T 404.49 PASS AF=0.279412;AO=56;DP=203;FAO=57;FDP=204;FR=.;FRO=147;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=94;FWDB=0.00193126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0531;QD=7.93112;RBI=0.0230328;REFB=-0.00900384;REVB=-0.0229517;RO=147;SAF=19;SAR=37;SRF=53;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.507609;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0189321;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:147:147:56:57:0.279412:37:19:53:94:37:20:53:94 chr3 75786991 . C T 399.94 PASS AF=0.276699;AO=56;DP=205;FAO=57;FDP=206;FR=.;FRO=149;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=95;FWDB=-0.048664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.959;QD=7.76585;RBI=0.0497902;REFB=-0.0101035;REVB=-0.01053;RO=147;SAF=16;SAR=40;SRF=54;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114882;STB=0.553048;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0281254;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:147:149:56:57:0.276699:40:16:54:93:40:17:54:95 chr3 75786993 . T A 69.85 PASS AF=0.097561;AO=20;DP=205;FAO=20;FDP=205;FR=.;FRO=185;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=65;FSRR=120;FWDB=-0.0434028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7432;QD=1.36297;RBI=0.0490808;REFB=-0.000178878;REVB=0.0229156;RO=185;SAF=6;SAR=14;SRF=65;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693698;STB=0.552782;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000848073;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:205:205:185:185:20:20:0.097561:14:6:65:120:14:6:65:120 chr3 75787015 . C T 841.89 PASS AF=0.483146;AO=86;DP=178;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.00648879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.088;QD=18.9189;RBI=0.0102559;REFB=-0.00263217;REVB=0.00794223;RO=91;SAF=30;SAR=56;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580222;STB=0.529787;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0022712;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:91:92:86:86:0.483146:56:30:37:54:56:30:37:55 chr3 75787032 . T C 256.07 PASS AF=0.246835;AO=39;DP=158;FAO=39;FDP=158;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.00356447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.239;QD=6.48268;RBI=0.0157458;REFB=-0.00230428;REVB=0.0153371;RO=119;SAF=13;SAR=26;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147442;STB=0.589239;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0123674;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:119:119:39:39:0.246835:26:13:53:66:26:13:53:66 chr3 75787043 . G A 826.97 PASS AF=0.52349;AO=103;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00703203;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0606;QD=22.2005;RBI=0.0224093;REFB=-0.00160909;REVB=-0.0212774;RO=45;SAF=38;SAR=65;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843573;STB=0.506031;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00245503;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:45:71:103:78:0.52349:65:38:23:22:46:32:30:41 chr3 75787047 . G GACTTATA 236.97 PASS AF=0.241379;AO=32;DP=153;FAO=35;FDP=145;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.021298;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=7;MLLD=288.142;QD=6.53716;RBI=0.0224097;REFB=-0.00693279;REVB=-0.00697066;RO=115;SAF=6;SAR=26;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405737;STB=0.732775;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0198789;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:32:153:35:145:110:7:28:52:58:99:115:6:26:55:60 chr3 75787057 . G A 788.03 PASS AF=0.595238;AO=66;DP=118;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=59;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0175136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.432;QD=25.0168;RBI=0.0284854;REFB=-0.0109244;REVB=0.0224653;RO=50;SAF=16;SAR=50;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205311;STB=0.623035;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0239166;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:126:50:51:66:75:0.595238:50:16:23:27:59:16:23:28 chr3 75787081 . A T 150.61 PASS AF=0.224299;AO=23;DP=105;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0269702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.159;QD=5.63026;RBI=0.0296468;REFB=-0.0122436;REVB=-0.0123103;RO=81;SAF=7;SAR=16;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17204;STB=0.582711;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0403976;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:81:83:23:24:0.224299:16:7:35:46:16:8:36:47 chr3 75787098 . CCT C,CGT 170.3 PASS AF=0.237624,0.019802;AO=20,4;DP=102;FAO=24,2;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=8,0;FSAR=16,2;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00631521,0.0281752;FXX=0.00980296;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=201.954,43.8248;QD=6.74437;RBI=0.0277753,0.0396366;REFB=-0.00494764,-0.0300388;REVB=-0.0270479,-0.0278786;RO=76;SAF=5,2;SAR=15,2;SRF=38;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.328807,0;STB=0.624893,0.994854;STBP=0.17,0.194;TYPE=del,snp;VARB=0.0149158,0.04136;OID=.,.;OPOS=75787099,75787099;OREF=CT,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237624,0.019802:20,4:102:24,2:101:75:8,0:16,2:37:38:99:76:5,2:15,2:38:38 chr3 75787116 . T G 114.96 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0105147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.294;QD=4.55278;RBI=0.0323887;REFB=-0.00528893;REVB=0.0306345;RO=81;SAF=7;SAR=12;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16058;STB=0.608121;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0241904;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:82:19:19:0.188119:12:7:40:41:12:7:41:41 chr3 75787127 . G T 115.68 PASS AF=0.19;AO=19;DP=100;FAO=19;FDP=100;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0274349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4382;QD=4.62706;RBI=0.0354768;REFB=-0.00383274;REVB=-0.0224929;RO=80;SAF=7;SAR=12;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183159;STB=0.622093;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0162895;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:81:19:19:0.19:12:7:41:39:12:7:42:39 chr3 75787145 . T C 151.79 PASS AF=0.22549;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=102;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0086131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.367;QD=5.9527;RBI=0.00897141;REFB=-0.00193011;REVB=-0.00251011;RO=78;SAF=10;SAR=13;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113525;STB=0.574765;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00744522;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:78:79:23:23:0.22549:13:10:41:37:13:10:42:37 chr3 75787159 . C T 181.48 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0370733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.302;QD=7.72242;RBI=0.0415579;REFB=-0.00289749;REVB=-0.0187785;RO=69;SAF=10;SAR=15;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200212;STB=0.620158;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00892745;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:15:10:39:30:15:10:39:30 chr3 75787169 . G A 180.56 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.013812;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.742;QD=7.36992;RBI=0.014222;REFB=-0.00433834;REVB=0.00339055;RO=73;SAF=13;SAR=12;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345222;STB=0.520868;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0111879;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:73:73:25:25:0.255102:12:13:40:33:12:13:40:33 chr3 75787186 . C T 166.79 PASS AF=0.236364;AO=26;DP=110;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00503877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8229;QD=6.06504;RBI=0.0207073;REFB=-0.00274143;REVB=-0.0200849;RO=84;SAF=14;SAR=12;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567473;STB=0.534627;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00294727;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:84:26:26:0.236364:12:14:49:35:12:14:49:35 chr3 75787224 . C T 67.28 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0387105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0654;QD=3.12925;RBI=0.0527021;REFB=0.0067447;REVB=-0.0357633;RO=72;SAF=11;SAR=2;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433172;STB=0.80543;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0132924;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:86:72:73:13:13:0.151163:2:11:38:34:2:11:38:35 chr3 75787240 . A G 51.41 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0252698;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.16;QD=2.93769;RBI=0.0257977;REFB=-0.00343608;REVB=0.00519216;RO=58;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431783;STB=0.790107;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0207433;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:70:58:60:10:10:0.142857:2:8:26:32:2:8:28:32 chr3 75787372 . A T 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00307894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.573;QD=11.8128;RBI=0.00342217;REFB=-0.00261423;REVB=-0.00149378;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190337;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00498307;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:7:6:6:15:7:6:8:15 chr3 75787382 . T C 172.37 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0403008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.101;QD=18.6347;RBI=0.040441;REFB=-0.0193274;REVB=0.00336335;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0193819;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:18:18:0.486486:12:6:9:8:12:6:11:8 chr3 75787405 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0316721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.785;QD=11.992;RBI=0.0421241;REFB=-0.0187837;REVB=-0.0277726;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181006;STB=0.584323;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.034739;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:33:18:18:0.352941:8:10:12:19:8:10:14:19 chr3 75787416 . C T 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0131029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5462;QD=4.85885;RBI=0.099806;REFB=-0.000129537;REVB=-0.0989422;RO=55;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566094;STB=0.53618;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00147133;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:7:7:25:30:7:7:25:30 chr3 75787424 . C G 179.31 PASS AF=0.315789;AO=23;DP=75;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0105827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.636;QD=9.43722;RBI=0.0169454;REFB=0.00157683;REVB=0.0132345;RO=51;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331244;STB=0.666528;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00930362;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:51:52:23:24:0.315789:7:16:21:30:8:16:22:30 chr3 75787427 . T C 173.89 PASS AF=0.311688;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0019687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.391;QD=9.03345;RBI=0.00996055;REFB=0.011021;REVB=0.00976405;RO=51;SAF=15;SAR=8;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236428;STB=0.660735;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0171458;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:51:53:23:24:0.311688:8:15:23:28:8:16:23:30 chr3 75787464 . C T 316.56 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00117059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7592;QD=12.414;RBI=0.0104379;REFB=-0.00128128;REVB=0.0103721;RO=63;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254691;STB=0.649565;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00178757;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:14:24:25:38:14:24:25:39 chr3 75787476 . C T 58.55 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.00963524;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.639;QD=2.16841;RBI=0.0443776;REFB=-0.00278138;REVB=-0.043319;RO=96;SAF=9;SAR=4;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294781;STB=0.707551;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0129068;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:108:96:95:13:13:0.12037:4:9:43:53:4:9:43:52 chr3 75787486 . C T 351.81 PASS AF=0.37069;AO=37;DP=110;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00130122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.947;QD=12.1313;RBI=0.00708763;REFB=-0.0117734;REVB=0.00696716;RO=73;SAF=25;SAR=12;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289544;STB=0.612812;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0197706;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:73:73:37:43:0.37069:12:25:31:42:17:26:31:42 chr3 75787516 . C G 520.14 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-1.98767e-05;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.662;QD=14.7557;RBI=0.0150284;REFB=-0.00830399;REVB=-0.0150284;RO=77;SAF=35;SAR=22;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190694;STB=0.624028;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0144425;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:77:84:57:57:0.404255:22:35:33:44:22:35:34:50 chr3 75787519 . CT AG 543.95 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.012958;FXX=0.00694396;HRUN=4;LEN=2;MLLD=125.749;QD=15.2153;RBI=0.0300255;REFB=0.0100934;REVB=0.0270855;RO=83;SAF=36;SAR=23;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196166;STB=0.613453;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=-0.0117991;OID=.;OPOS=75787519;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:83:84:59:59:0.412587:23:36:35:48:23:36:35:49 chr3 75787637 . C T 744.77 PASS AF=0.517986;AO=71;DP=137;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00435833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.021;QD=21.4322;RBI=0.00937165;REFB=-0.0305219;REVB=-0.00829655;RO=64;SAF=35;SAR=36;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046546;STB=0.525173;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0280501;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:64:67:71:72:0.517986:36:35:35:29:36:36:37:30 chr3 75787645 . GAAAAG GAA,GAAG 431.91 PASS AF=0,0.520325;AO=15,41;DP=127;FAO=0,64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=0,30;FSAR=0,34;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0709509,-0.0769674;FXX=0.0390594;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=55.2526,34.7377;QD=14.0457;RBI=0.073757,0.0780459;REFB=0.010664,0.0238651;REVB=-0.0201511,-0.0129304;RO=48;SAF=3,19;SAR=12,22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.354563,0.00492919;STB=0.5,0.52719;STBP=1,0.542;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0210706;OID=.,.;OPOS=75787648,75787646;OREF=AAG,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.520325:15,41:127:0,64:123:59:0,30:0,34:31:28:99:48:3,19:12,22:22:26 chr3 75787679 . T C 822.52 PASS AF=0.546099;AO=77;DP=141;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00220449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.108;QD=23.3338;RBI=0.00998313;REFB=-0.0216954;REVB=0.00973669;RO=62;SAF=42;SAR=35;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108514;STB=0.506492;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0169751;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:64:77:77:0.546099:35:42:33:29:35:42:34:30 chr3 75787688 . T A 801.49 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00301096;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4691;QD=21.9585;RBI=0.0674432;REFB=-0.0214399;REVB=0.0673759;RO=67;SAF=42;SAR=34;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132186;STB=0.518514;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0130719;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:67:70:76:76:0.520548:34:42:36:31:34:42:36:34 chr3 75787702 . C G 947.84 PASS AF=0.561728;AO=91;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0227693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6687;QD=23.4034;RBI=0.0464663;REFB=-0.0242856;REVB=-0.0405052;RO=68;SAF=44;SAR=47;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475991;STB=0.534952;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0187348;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:68:71:91:91:0.561728:47:44:37:31:47:44:40:31 chr3 75787726 . G A 2519.88 PASS AF=0.954802;AO=168;DP=177;FAO=169;FDP=177;FR=.;FRO=8;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00811001;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.852;QD=56.9465;RBI=0.00878645;REFB=0.0159284;REVB=-0.00338075;RO=8;SAF=96;SAR=72;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282169;STB=0.514586;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0010666;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:177:177:8:8:168:169:0.954802:72:96:2:6:73:96:2:6 chr3 75787732 . A C 805.86 PASS AF=0.454054;AO=84;DP=184;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=0.00835147;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.133;QD=17.4241;RBI=0.0083541;REFB=0.0061325;REVB=0.000209674;RO=97;SAF=39;SAR=45;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148504;STB=0.581109;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00369189;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:97:101:84:84:0.454054:45:39:60:37:45:39:62:39 chr3 75787739 . A T 3004.27 PASS AF=0.994819;AO=157;DP=194;FAO=192;FDP=193;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00750784;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.566;QD=62.2646;RBI=0.0371359;REFB=-0.0919663;REVB=0.0363691;RO=2;SAF=88;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010689;STB=0.502439;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000382679;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:194:193:2:1:157:192:0.994819:69:88:2:0:90:102:1:0 chr3 75787770 . C T 162.52 PASS AF=0.145228;AO=35;DP=241;FAO=35;FDP=241;FR=.;FRO=206;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=112;FSRR=94;FWDB=-0.0245491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.364;QD=2.69742;RBI=0.0330646;REFB=-0.00709227;REVB=-0.0221497;RO=206;SAF=19;SAR=16;SRF=112;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107262;STB=0.500716;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0456475;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:206:206:35:35:0.145228:16:19:112:94:16:19:112:94 chr3 75787794 . A G 1923.53 PASS AF=0.65748;AO=167;DP=254;FAO=167;FDP=254;FR=.;FRO=87;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.0210643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.448;QD=30.2918;RBI=0.0306379;REFB=-0.0450911;REVB=0.0222479;RO=87;SAF=86;SAR=81;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067671;STB=0.536318;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.022278;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:87:87:167:167:0.65748:81:86:54:33:81:86:54:33 chr3 75787801 . TG CA 145.74 PASS AF=0.131274;AO=34;DP=260;FAO=34;FDP=259;FR=.;FRO=225;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=125;FSRR=100;FWDB=0.0151091;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.426;QD=2.25085;RBI=0.017651;REFB=-0.0022775;REVB=0.00912527;RO=224;SAF=13;SAR=21;SRF=124;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215094;STB=0.648092;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.0139059;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:224:225:34:34:0.131274:21:13:124:100:21:13:125:100 chr3 75787809 . T C 165.1 PASS AF=0.140152;AO=37;DP=265;FAO=37;FDP=264;FR=.;FRO=227;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=126;FSRR=101;FWDB=0.00647232;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.116;QD=2.50152;RBI=0.00798721;REFB=-0.00323813;REVB=-0.00468024;RO=226;SAF=15;SAR=22;SRF=125;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18718;STB=0.626979;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0335497;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:226:227:37:37:0.140152:22:15:125:101:22:15:126:101 chr3 75787829 . C G 265.57 PASS AF=0.177305;AO=50;DP=280;FAO=50;FDP=282;FR=.;FRO=232;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=128;FSRR=104;FWDB=0.00687987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.51;QD=3.76691;RBI=0.00694771;REFB=-0.0051412;REVB=-0.000968476;RO=230;SAF=23;SAR=27;SRF=126;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113166;STB=0.575006;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0166773;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:230:232:50:50:0.177305:27:23:126:104:27:23:128:104 chr3 75787869 . CA TG 1659.42 PASS AF=0.610879;AO=146;DP=240;FAO=146;FDP=239;FR=.;FRO=93;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0212415;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.622;QD=27.7728;RBI=0.038085;REFB=-0.0214128;REVB=-0.0316111;RO=93;SAF=63;SAR=83;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692969;STB=0.537429;STBP=0.148;TYPE=mnp;VARB=0.00919679;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:93:93:146:146:0.610879:83:63:49:44:83:63:49:44 chr3 75787876 . G T 1641.27 PASS AF=0.611814;AO=145;DP=237;FAO=145;FDP=237;FR=.;FRO=92;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00374453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.328;QD=27.7007;RBI=0.008485;REFB=-0.0265929;REVB=0.00761405;RO=91;SAF=63;SAR=82;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590795;STB=0.529929;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0142609;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:91:92:145:145:0.611814:82:63:47:44:82:63:47:45 chr3 75787880 . A G 848.67 PASS AF=0.39916;AO=94;DP=234;FAO=95;FDP=238;FR=.;FRO=143;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=-0.0272031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1852;QD=14.2633;RBI=0.0450487;REFB=-0.00894144;REVB=-0.0359079;RO=139;SAF=45;SAR=49;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118365;STB=0.513645;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0148239;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:238:139:143:94:95:0.39916:49:45:65:74:49:46:66:77 chr3 75787897 . T C 318.25 PASS AF=0.225664;AO=51;DP=225;FAO=51;FDP=226;FR=.;FRO=175;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=86;FSRR=89;FWDB=-0.00185987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.756;QD=5.63266;RBI=0.0123468;REFB=-0.00446096;REVB=0.0122059;RO=171;SAF=20;SAR=31;SRF=85;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134509;STB=0.57788;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.016846;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:171:175:51:51:0.225664:31:20:85:86:31:20:86:89 chr3 75787927 . A G 1506.96 PASS AF=0.670157;AO=120;DP=184;FAO=128;FDP=191;FR=.;FRO=63;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-5.91673e-05;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.203;QD=31.5594;RBI=0.00542532;REFB=-0.00528485;REVB=0.00542499;RO=62;SAF=54;SAR=66;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929647;STB=0.508055;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00200971;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:191:62:63:120:128:0.670157:66:54:27:35:68:60:28:35 chr3 75787949 . C T 1173.32 PASS AF=0.653333;AO=95;DP=148;FAO=98;FDP=150;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0327891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.171;QD=31.2885;RBI=0.0333595;REFB=-0.0336326;REVB=-0.00614259;RO=52;SAF=43;SAR=52;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185803;STB=0.503958;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0143977;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:52:52:95:98:0.653333:52:43:25:27:52:46:25:27 chr3 75787961 . A G 293.81 PASS AF=0.307087;AO=39;DP=127;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00894162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.522;QD=9.25372;RBI=0.0125881;REFB=-0.0159561;REVB=-0.00886048;RO=84;SAF=13;SAR=26;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201958;STB=0.634338;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0215102;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:84:88:39:39:0.307087:26:13:42:42:26:13:46:42 chr3 75787962 . G C 320.19 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0170005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.671;QD=10.3286;RBI=0.0171727;REFB=-0.00396155;REVB=-0.00242582;RO=81;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229913;STB=0.631516;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0232405;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:83:41:41:0.330645:17:24:31:50:17:24:32:51 chr3 75787996 . C T 212.47 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00171437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7261;QD=10.2394;RBI=0.0152327;REFB=0.00935039;REVB=0.0151359;RO=56;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330971;STB=0.692774;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0187069;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:9:18:21:35:9:18:21:35 chr3 75788010 . A C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.225;QD=60.3767;RBI=0.0362342;REFB=0;REVB=0.0028829;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32755e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr3 75788023 . C T 499.63 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00417509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8773;QD=27.0068;RBI=0.0739837;REFB=0.00413511;REVB=-0.0738658;RO=28;SAF=28;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151428;STB=0.582603;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00289538;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:18:28:11:17:18:28:11:17 chr3 75788028 . G C 112.32 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00914323;FXX=0.17331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.182;QD=7.24647;RBI=0.0101888;REFB=0.00114231;REVB=0.00449579;RO=45;SAF=5;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318325;STB=0.700947;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0177594;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:62:45:46:16:16:0.258065:11:5:26:19:11:5:27:19 chr3 75788068 . A C 132.44 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0189589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.396;QD=6.23268;RBI=0.029361;REFB=-0.00993943;REVB=0.0224194;RO=64;SAF=11;SAR=9;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551756;STB=0.538884;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0265189;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:65:20:20:0.235294:9:11:38:26:9:11:39:26 chr3 75788076 . A C 743.93 PASS AF=0.673913;AO=61;DP=91;FAO=62;FDP=92;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0279776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7133;QD=32.3448;RBI=0.0674694;REFB=0.0164998;REVB=0.0613952;RO=29;SAF=40;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109846;STB=0.550169;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00364048;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:29:30:61:62:0.673913:21:40:14:15:22:40:15:15 chr3 75788088 . C T 127.96 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0493724;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2561;QD=5.01806;RBI=0.0698087;REFB=-0.012075;REVB=-0.049352;RO=81;SAF=11;SAR=10;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135855;STB=0.594815;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0485021;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:81:81:21:21:0.205882:10:11:51:30:10:11:52:29 chr3 75788115 . G A 829.86 PASS AF=0.654867;AO=71;DP=111;FAO=74;FDP=113;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0100327;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6351;QD=29.3755;RBI=0.0275909;REFB=-0.00961356;REVB=0.0257023;RO=39;SAF=42;SAR=29;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357321;STB=0.519935;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0108118;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:39:39:71:74:0.654867:29:42:21:18:30:44:21:18 chr3 75788130 . C A 327.68 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=130;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00239284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.541;QD=10.0826;RBI=0.0150862;REFB=-0.000816841;REVB=-0.0148952;RO=88;SAF=24;SAR=18;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173497;STB=0.510062;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00167844;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:88:42:42:0.323077:18:24:49:39:18:24:49:39 chr3 75788152 . T G 586.38 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=153;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0116025;FXX=0.305175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.159;QD=21.9207;RBI=0.0220166;REFB=-0.00468084;REVB=0.0187113;RO=49;SAF=35;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899721;STB=0.545377;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0032135;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:107:49:50:57:57:0.53271:22:35:25:24:22:35:26:24 chr3 75788158 . G C 394.64 PASS AF=0.319018;AO=52;DP=163;FAO=52;FDP=163;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=0.00950555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.206;QD=9.68431;RBI=0.0141506;REFB=-0.00888346;REVB=-0.0104826;RO=107;SAF=27;SAR=25;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926718;STB=0.563975;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0158045;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:107:111:52:52:0.319018:25:27:64:43:25:27:68:43 chr3 75788199 . T C 468.64 PASS AF=0.3125;AO=60;DP=192;FAO=60;FDP=192;FR=.;FRO=132;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=75;FSRR=57;FWDB=0.00544412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.802;QD=9.76331;RBI=0.0663941;REFB=-0.0119505;REVB=0.0661705;RO=131;SAF=36;SAR=24;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336062;STB=0.522573;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0269582;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:131:132:60:60:0.3125:24:36:75:56:24:36:75:57 chr3 75788226 . CA AG,GG 1217.04 PASS AF=0.310734,0.327684;AO=55,58;DP=179;FAO=55,58;FDP=177;FR=.;FRO=64;FSAF=30,35;FSAR=25,23;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.000774094,-0.0012543;FXX=0.0166657;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=227.383,224.638;QD=27.5037;RBI=0.0050696,0.00538301;REFB=-0.0127865,-0.0112866;REVB=-0.00501015,-0.00523484;RO=64;SAF=30,35;SAR=25,23;SRF=33;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0289736,0.0849658;STB=0.516123,0.547175;STBP=0.766,0.38;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00942727,0.00391765;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:179:177:64:64:55,58:55,58:0.310734,0.327684:25,23:30,35:33:31:25,23:30,35:33:31 chr3 75788230 . C T 52.58 PASS AF=0.0893855;AO=16;DP=179;FAO=16;FDP=179;FR=.;FRO=163;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=-0.0387268;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.695;QD=1.17488;RBI=0.0390114;REFB=0.00121496;REVB=-0.00470393;RO=162;SAF=11;SAR=5;SRF=91;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15363;STB=0.624011;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0127004;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:179:179:162:163:16:16:0.0893855:5:11:91:71:5:11:91:72 chr3 75788245 . C T 355.8 PASS AF=0.293413;AO=49;DP=167;FAO=49;FDP=167;FR=.;FRO=118;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.0284695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.198;QD=8.52221;RBI=0.0333159;REFB=-0.0101222;REVB=-0.0173042;RO=118;SAF=30;SAR=19;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865652;STB=0.550784;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0306512;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:118:118:49:49:0.293413:19:30:64:54:19:30:64:54 chr3 75788258 . C A 937.22 PASS AF=0.582781;AO=88;DP=151;FAO=88;FDP=151;FR=.;FRO=63;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00653741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.704;QD=24.8269;RBI=0.00658776;REFB=-0.0140672;REVB=-0.000812927;RO=63;SAF=53;SAR=35;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986851;STB=0.553683;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00937392;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:63:63:88:88:0.582781:35:53:30:33:35:53:30:33 chr3 75788273 . G T 35.8 PASS AF=0.0814815;AO=11;DP=133;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0197635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.458;QD=1.06084;RBI=0.0214938;REFB=-0.000217203;REVB=-0.00844891;RO=117;SAF=9;SAR=2;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389687;STB=0.801663;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00333038;OID=.;OPOS=75788273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:133:135:117:124:11:11:0.0814815:2:9:56:61:2:9:62:62 chr3 75788281 . T C 666.42 PASS AF=0.550847;AO=64;DP=117;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.000380449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.427;QD=22.5904;RBI=0.00504554;REFB=0.000163627;REVB=0.00503117;RO=53;SAF=36;SAR=28;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599003;STB=0.535656;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000179532;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:53:53:64:65:0.550847:28:36:26:27:28:37:26:27 chr3 75788291 . AT AA,GA 492.6 PASS AF=0.294118,0.22549;AO=29,23;DP=102;FAO=30,23;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=18,11;FSAR=12,12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0263608,0.00861272;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=106.195,212.529;QD=19.3178;RBI=0.0263803,0.0180327;REFB=0.00153629,0.00237917;REVB=-0.00101478,-0.0158429;RO=49;SAF=18,11;SAR=11,12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123526,-0.0369292;STB=0.556663,0.52172;STBP=0.469,0.82;TYPE=snp,mnp;VARB=0.009191,-0.00919752;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:29,23:30,23:0.294118,0.22549:11,12:18,11:25:24:12,12:18,11:25:24 chr3 75788314 . T C 188.0 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00823076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.976;QD=8.95256;RBI=0.0196481;REFB=-0.0144587;REVB=-0.017841;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613944;STB=0.536369;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0354251;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:11:14:30:29:11:14:30:29 chr3 75788316 . C T 87.13 PASS AF=0.189873;AO=14;DP=78;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00322187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5979;QD=4.41144;RBI=0.0316692;REFB=-0.0185568;REVB=0.0315048;RO=64;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311621;STB=0.511021;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0839323;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:79:64:64:14:15:0.189873:6:8:35:29:7:8:35:29 chr3 75788366 . C A 40.85 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0109098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.03;QD=6.05161;RBI=0.0125757;REFB=-0.00921108;REVB=-0.00625488;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355789;STB=0.659364;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0140458;OID=.;OPOS=75788366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:26:27:20:20:6:7:0.259259:2:4:7:13:3:4:7:13 chr3 75790444 . G A 406.96 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=0.00927748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.406;QD=14.1552;RBI=0.020401;REFB=-0.0171898;REVB=-0.0181695;RO=65;SAF=16;SAR=31;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565137;STB=0.53108;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0202927;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:65:68:47:47:0.408696:31:16:19:46:31:16:20:48 chr3 75790446 . GG TA 164.26 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=66;FWDB=-0.030535;FXX=0.0172399;HRUN=4;LEN=2;MLLD=298.257;QD=5.76336;RBI=0.0346273;REFB=-0.0103129;REVB=-0.0163298;RO=86;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407792;STB=0.739283;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0388893;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:86:88:26:26:0.22807:11:15:21:65:11:15:22:66 chr3 75790466 . G T 171.65 PASS AF=0.227642;AO=27;DP=122;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=70;FWDB=-0.0604187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.063;QD=5.58203;RBI=0.0605618;REFB=-0.00329506;REVB=-0.0041611;RO=95;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244365;STB=0.659601;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0172029;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:95:95:27:28:0.227642:15:12:25:70:15:13:25:70 chr3 75790479 . C T 330.85 PASS AF=0.333333;AO=42;DP=126;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0149523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.755;QD=10.5032;RBI=0.0157222;REFB=-0.000967068;REVB=-0.00485992;RO=83;SAF=7;SAR=35;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355736;STB=0.714169;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00238382;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:84:42:42:0.333333:35:7:34:49:35:7:35:49 chr3 75790513 . T C 1700.29 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220744;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.415;QD=59.6593;RBI=0.0232843;REFB=0.0392856;REVB=0.0074082;RO=1;SAF=35;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133714;STB=0.507041;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000264059;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:113:113:0.991228:78:35:1:0:78:35:1:0 chr3 75790822 . A G 288.97 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.117098;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.609;QD=44.4573;RBI=0.117558;REFB=-0.165518;REVB=-0.0103827;RO=3;SAF=18;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711625;STB=0.53843;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0123978;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:26:26:3:3:23:23:0.884615:5:18:3:0:5:18:3:0 chr3 75986663 . C A 2153.24 PASS AF=0.522613;AO=190;DP=383;FAO=208;FDP=398;FR=.;FRO=190;FSAF=99;FSAR=109;FSRF=102;FSRR=88;FWDB=0.00856206;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.087;QD=21.6406;RBI=0.0301029;REFB=-0.0257623;REVB=0.0288596;RO=189;SAF=93;SAR=97;SRF=101;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040896;STB=0.529047;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0223374;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:398:189:190:190:208:0.522613:97:93:101:88:109:99:102:88 chr3 75986686 . A G 2234.95 PASS AF=0.512881;AO=216;DP=426;FAO=219;FDP=427;FR=.;FRO=208;FSAF=103;FSAR=116;FSRF=112;FSRR=96;FWDB=0.0157633;FXX=0.0046619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0674;QD=20.9363;RBI=0.0246547;REFB=-0.0229006;REVB=-0.0189571;RO=207;SAF=101;SAR=115;SRF=112;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657718;STB=0.533176;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0215663;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:427:207:208:216:219:0.512881:115:101:112:95:116:103:112:96 chr3 75986695 . G A 355.97 PASS AF=0.161798;AO=72;DP=434;FAO=72;FDP=445;FR=.;FRO=373;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=184;FSRR=189;FWDB=-0.0101813;FXX=0.0022421;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.725;QD=3.19974;RBI=0.0127423;REFB=-0.00500511;REVB=-0.00766209;RO=362;SAF=38;SAR=34;SRF=175;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575184;STB=0.52889;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0271312;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:445:362:373:72:72:0.161798:34:38:175:187:34:38:184:189 chr3 75986717 . G A 92.6 PASS AF=0.0803571;AO=35;DP=448;FAO=36;FDP=448;FR=.;FRO=412;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=199;FSRR=213;FWDB=-0.00639662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.163;QD=0.826746;RBI=0.0128675;REFB=-0.0026657;REVB=-0.0111649;RO=405;SAF=15;SAR=20;SRF=195;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613667;STB=0.535605;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0525152;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:448:448:405:412:35:36:0.0803571:20:15:195:210:20:16:199:213 chr3 75986719 . G C 2082.54 PASS AF=0.483945;AO=208;DP=435;FAO=211;FDP=436;FR=.;FRO=225;FSAF=89;FSAR=122;FSRF=120;FSRR=105;FWDB=0.0114126;FXX=0.022421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6663;QD=19.1058;RBI=0.046551;REFB=-0.0177321;REVB=0.0451304;RO=208;SAF=88;SAR=120;SRF=114;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114642;STB=0.557925;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0128756;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:436:208:225:208:211:0.483945:120:88:114:94:122:89:120:105 chr3 78647116 . A G 34.35 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0333013;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=218.119;QD=4.29372;RBI=0.0338657;REFB=-0.000970619;REVB=-0.00615727;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134621;STB=0.5997;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00227824;OID=.;OPOS=78647116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:4:2:6:19:4:2:6:20 chr3 80677187 . T C 641.03 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.58717e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.726;QD=61.0505;RBI=0.0233973;REFB=0;REVB=-0.0233972;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165006;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:22:17:0:0:22:20:0:0 chr3 81643167 . T C 1021.39 PASS AF=0.901235;AO=72;DP=80;FAO=73;FDP=81;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0306875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.598;QD=50.4388;RBI=0.0329682;REFB=-0.00337758;REVB=0.0120489;RO=8;SAF=18;SAR=54;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144417;STB=0.573274;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=9.95855e-05;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:81:8:8:72:73:0.901235:54:18:7:1:54:19:7:1 chr3 81698130 . T C 427.55 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00361988;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.099;QD=27.1457;RBI=0.00914555;REFB=-0.00636423;REVB=0.00839866;RO=21;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468709;STB=0.542109;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00329492;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:21:23:40:40:0.634921:22:18:11:10:22:18:13:10 chr3 81810702 . A AG 386.06 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.7259;QD=36.7674;RBI=0.0446419;REFB=-0.0211233;REVB=0.0190229;RO=6;SAF=17;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00626297;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:44:42:42:0:19:23:0:0:6:6:17:18:3:3 chr3 81810725 . C T 166.95 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0230001;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.165;QD=30.3539;RBI=0.0242644;REFB=-0.0524899;REVB=0.00773032;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0179595;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:4:2:6:10:4:2 chr3 86411485 . A G 54.36 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0375828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0874;QD=4.18124;RBI=0.0531449;REFB=-0.0147776;REVB=-0.0375754;RO=43;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122008;STB=0.581325;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0643525;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:52:52:43:43:9:9:0.173077:4:5:28:15:4:5:28:15 chr3 86411527 . G A 310.78 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0222978;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2371;QD=41.4369;RBI=0.0225318;REFB=-0.0344974;REVB=-0.00323827;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159091;STB=0.553149;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00464178;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:30:5:5:25:25:0.833333:13:12:5:0:13:12:4:1 chr3 86995839 . T TC 270.42 PASS AF=0.772727;AO=32;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.048563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.365;QD=24.5833;RBI=0.0966497;REFB=-0.0840668;REVB=0.0835631;RO=11;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150234;STB=0.562126;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.0419233;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:32:44:34:44:10:16:18:2:8:37:11:16:16:2:9 chr3 87276699 . C T 570.79 PASS AF=0.774194;AO=48;DP=62;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00378303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.061;QD=36.8253;RBI=0.0180817;REFB=-0.00988175;REVB=-0.0176815;RO=14;SAF=21;SAR=27;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566827;STB=0.530475;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00295913;OID=.;OPOS=87276699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:14:14:48:48:0.774194:27:21:8:6:27:21:8:6 chr3 87289879 . G C 111.88 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.00770257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.671;QD=4.0683;RBI=0.0152244;REFB=-0.00668229;REVB=-0.0131321;RO=88;SAF=11;SAR=9;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220254;STB=0.638261;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0247487;OID=.;OPOS=87289879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:88:90:20:20:0.181818:9:11:33:55:9:11:34:56 chr3 87295049 . T C 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.375;QD=57.8789;RBI=0.036205;REFB=0;REVB=0.035704;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161733;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr3 87299075 . A C 524.23 PASS AF=0.826923;AO=42;DP=51;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0538722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5807;QD=40.325;RBI=0.10083;REFB=0.0401425;REVB=0.0852314;RO=9;SAF=22;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260998;STB=0.515688;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00632767;OID=.;OPOS=87299075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:52:9:9:42:43:0.826923:20:22:4:5:20:23:4:5 chr3 87304561 . G A 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00407144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.029;QD=6.99356;RBI=0.00741825;REFB=0.000207394;REVB=-0.00620111;RO=56;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103915;STB=0.57518;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000551164;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:58:20:20:0.25641:11:9:30:26:11:9:32:26 chr3 87791778 . C T 110.35 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0355193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3593;QD=6.21711;RBI=0.0580063;REFB=-0.00713423;REVB=-0.0458597;RO=54;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588907;STB=0.536381;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0195906;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:9:8:28:26:9:8:28:26 chr3 88041023 . A C 136.25 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00844393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.445;QD=8.51559;RBI=0.0567211;REFB=-0.00453717;REVB=0.0560891;RO=44;SAF=18;SAR=1;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602211;STB=0.87515;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00448048;OID=.;OPOS=88041023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:1:18:27:17:1:18:28:17 chr3 88041055 . G T 132.47 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00438521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7482;QD=5.19506;RBI=0.00686944;REFB=-0.00845396;REVB=-0.00528764;RO=80;SAF=13;SAR=8;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252159;STB=0.5118;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0373415;OID=.;OPOS=88041055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:80:81:21:21:0.205882:8:13:48:32:8:13:49:32 chr3 88041650 . G A 280.22 PASS AF=0.262821;AO=41;DP=156;FAO=41;FDP=156;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=47;FWDB=-0.0149255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.654;QD=7.18517;RBI=0.0238016;REFB=-0.0103381;REVB=-0.0185403;RO=111;SAF=16;SAR=25;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247769;STB=0.645687;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0307131;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:115:41:41:0.262821:25:16:66:45:25:16:68:47 chr3 88101694 . G T 1254.86 PASS AF=0.689189;AO=102;DP=148;FAO=102;FDP=148;FR=.;FRO=46;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00531221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3849;QD=33.9151;RBI=0.025954;REFB=0.00769651;REVB=-0.0254046;RO=46;SAF=47;SAR=55;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00248309;STB=0.501333;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00659089;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:46:46:102:102:0.689189:55:47:21:25:55:47:21:25 chr3 88105264 . A C 937.04 PASS AF=0.587413;AO=84;DP=143;FAO=84;FDP=143;FR=.;FRO=59;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0196431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.216;QD=26.211;RBI=0.0199786;REFB=-0.00359605;REVB=-0.00364601;RO=56;SAF=51;SAR=33;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409637;STB=0.527671;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00334238;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:56:59:84:84:0.587413:33:51:31:25:33:51:32:27 chr3 88105818 . T C 196.57 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00610148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5481;QD=18.286;RBI=0.00802186;REFB=-0.0242631;REVB=-0.0052079;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140524;STB=0.580227;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0377975;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:10:13:14:6:10:13 chr3 88105879 . TACTTC T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0196926;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=299.959;QD=17.8403;RBI=0.0211924;REFB=-0.0281508;REVB=0.00783061;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.639808;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.0326712;OID=.;OPOS=88105880;OREF=ACTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:28:14:28:14:8:6:4:10:99:14:8:6:4:10 chr3 88189341 . T C 584.68 PASS AF=0.68;AO=51;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.067738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0406;QD=31.1828;RBI=0.075116;REFB=-0.0277373;REVB=0.0324651;RO=23;SAF=26;SAR=25;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043091;STB=0.51646;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0120587;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:23:24:51:51:0.68:25:26:10:13:25:26:11:13 chr3 88190768 . C A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.841;QD=59.6778;RBI=0.0117805;REFB=0;REVB=0.0106476;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62752e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr3 88190809 . C T 1398.04 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.41;QD=62.8334;RBI=0.035517;REFB=0;REVB=-0.00490918;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25388e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:48:39:0:0:50:39:0:0 chr3 88191143 . AA AG,GT 662.91 PASS AF=0.914894,0.0638298;AO=19,4;DP=47;FAO=43,3;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30,3;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0822189,-0.0866196;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=79.9726,71.0145;QD=56.4182;RBI=0.0960845,0.0927581;REFB=0.0216977,0.0575673;REVB=0.049722,0.0331829;RO=0;SAF=9,4;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33753e-08,0;STB=0.508193,0.5;STBP=0.592,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0189829,0.114425;OID=.,.;OPOS=88191144,88191143;OREF=A,AA;OALT=G,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:1:19,4:43,3:0.914894,0.0638298:10,0:9,4:0:0:13,0:30,3:1:0 chr3 88191170 . TGGGGAG TGGGAG,TGGGGA 219.33 PASS AF=0.72,0;AO=8,6;DP=51;FAO=36,0;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=23,0;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0267691,-0.319347;FXX=0.019604;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=11.2054,5.82472;QD=17.5464;RBI=0.140782,1.02797;REFB=-0.0319279,0.124137;REVB=-0.138213,-0.977105;RO=5;SAF=7,3;SAR=1,3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0.833333;SSEP=0,0.65;SSSB=-0.233315,-0.391876;STB=0.545654,0.5;STBP=0.373,1;TYPE=del,del;VARB=0.0281132,0.0310298;OID=.,.;OPOS=88191171,88191176;OREF=G,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGAG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72,0:8,6:51:36,0:50:14:23,0:13,0:11:3:26:5:7,3:1,3:5:0 chr3 88192423 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0194688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.838;QD=23.0875;RBI=0.0198507;REFB=-0.0435792;REVB=0.00387469;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265793;STB=0.514838;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0329255;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:12:6:8:14:12:6 chr3 88192484 . T C 867.44 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428128;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0517;QD=57.829;RBI=0.120112;REFB=0;REVB=0.112223;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854493;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr3 88199298 . T C 289.03 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0271407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.103;QD=32.1146;RBI=0.0318988;REFB=-0.0529561;REVB=-0.0167607;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116468;STB=0.563708;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0219884;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:12:13:8:3:12:13:8:3 chr3 89521693 . T C 341.45 PASS AF=0.355372;AO=42;DP=122;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00547149;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.193;QD=11.2874;RBI=0.00960261;REFB=-0.00472913;REVB=-0.00789132;RO=75;SAF=27;SAR=15;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200185;STB=0.600421;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00904667;OID=.;OPOS=89521693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:75:78:42:43:0.355372:15:27:35:40:16:27:37:41 chr3 89521725 . T C 320.07 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00490925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.143;QD=11.4312;RBI=0.00693601;REFB=-0.00514607;REVB=0.00489974;RO=72;SAF=27;SAR=13;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204258;STB=0.617586;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0187343;OID=.;OPOS=89521725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:72:40:40:0.357143:13:27:36:36:13:27:36:36 chr3 89530956 . G A 288.31 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0227171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.323;QD=13.729;RBI=0.048161;REFB=-0.0199721;REVB=-0.0424666;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114097;STB=0.55961;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0373626;OID=.;OPOS=89530956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:20:13:25:25:20:13:25:26 chr3 93768268 . C G 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0324264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2309;QD=19.3424;RBI=0.0456775;REFB=-0.0283553;REVB=-0.0321709;RO=18;SAF=16;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11052;STB=0.563303;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.025118;OID=.;OPOS=93768268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:2:16:15:3:2:16:15:3 chr3 93779860 . C T 144.58 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0343175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0074;QD=7.05278;RBI=0.0347403;REFB=-0.00511994;REVB=0.00540337;RO=61;SAF=12;SAR=9;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117482;STB=0.571361;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0187099;OID=.;OPOS=93779860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:61:21:21:0.256098:9:12:29:32:9:12:29:32 chr3 97365038 . G A 948.65 PASS AF=0.613139;AO=84;DP=137;FAO=84;FDP=137;FR=.;FRO=53;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00839144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.575;QD=27.6978;RBI=0.0196215;REFB=-0.0155326;REVB=0.0177367;RO=53;SAF=46;SAR=38;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134437;STB=0.572795;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00708204;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:53:53:84:84:0.613139:38:46:19:34:38:46:19:34 chr3 97365074 . A G 858.47 PASS AF=0.59542;AO=78;DP=132;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0287137;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2897;QD=26.2129;RBI=0.0295503;REFB=-0.014014;REVB=-0.00698162;RO=53;SAF=45;SAR=33;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148424;STB=0.580625;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.016463;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:53:53:78:78:0.59542:33:45:20:33:33:45:20:33 chr3 97593380 . G A 404.15 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0235486;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.447;QD=24.4937;RBI=0.0266719;REFB=-0.0270176;REVB=0.0125241;RO=27;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124016;STB=0.568146;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0143518;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:27:27:39:39:0.590909:25:14:14:13:25:14:14:13 chr3 97660106 . A C 271.18 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.058218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.484;QD=23.5812;RBI=0.0607536;REFB=-0.0208296;REVB=-0.0173687;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244655;STB=0.640916;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0309214;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:24:25:0.543478:10:14:6:15:10:15:6:15 chr3 97664725 . C T 611.16 PASS AF=0.776119;AO=49;DP=64;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0573009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.005;QD=36.4872;RBI=0.0579177;REFB=-0.027573;REVB=0.0084299;RO=15;SAF=31;SAR=18;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804043;STB=0.540782;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00614651;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:64:67:15:15:49:52:0.776119:18:31:12:3:19:33:12:3 chr3 97673268 . A C 1527.03 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831685;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.111;QD=59.8836;RBI=0.0111255;REFB=0;REVB=0.00738957;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82257e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr3 97673296 . G A 80.36 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0201559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9555;QD=3.34813;RBI=0.020179;REFB=-0.00196763;REVB=-0.000963645;RO=78;SAF=4;SAR=11;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133749;STB=0.611924;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0158552;OID=.;OPOS=97673296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:78:81:15:15:0.15625:11:4:28:50:11:4:31:50 chr3 97726747 . T A 1419.77 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.473;QD=61.7293;RBI=0.0345206;REFB=-0.0456551;REVB=0.0316525;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957528;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-9.92273e-06;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:90:91:0.98913:41:49:1:0:42:49:1:0 chr3 97806616 . G A 732.98 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1566;QD=56.3828;RBI=0.0311561;REFB=0;REVB=-0.0254755;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40469e-05;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr3 97851998 . A C 234.9 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.04529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0006;QD=10.9257;RBI=0.0555241;REFB=-0.00380905;REVB=-0.0321206;RO=57;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167723;STB=0.597377;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00861841;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:17:12:32:25:17:12:32:25 chr3 97852058 . A G 31.41 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-2.70337e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.89;QD=1.82074;RBI=0.00950885;REFB=0.00112545;REVB=0.00950881;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331103;STB=0.753281;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00683289;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:5:2:36:26:5:2:36:26 chr3 97852066 . T C 31.27 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00194757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.748;QD=1.81261;RBI=0.0250387;REFB=-0.00438904;REVB=-0.0249628;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347336;STB=0.764003;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0508035;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:5:2:37:25:5:2:37:25 chr3 97852083 . C T 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.061445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.268;QD=7.98502;RBI=0.0620869;REFB=-0.00146032;REVB=-0.00890531;RO=43;SAF=4;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438395;STB=0.764395;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00525495;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:13:4:26:17:13:4:26:17 chr3 97852229 . T A 45.5 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0222778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.522;QD=2.71631;RBI=0.0230155;REFB=-0.00114065;REVB=-0.00578047;RO=58;SAF=8;SAR=1;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341191;STB=0.759293;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0102199;OID=.;OPOS=97852229;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:58:58:9:9:0.134328:1:8:40:18:1:8:40:18 chr3 97868419 . G A 334.88 PASS AF=0.284848;AO=47;DP=163;FAO=47;FDP=165;FR=.;FRO=118;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0059503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.735;QD=8.11836;RBI=0.0847991;REFB=0.00439376;REVB=-0.0845901;RO=116;SAF=27;SAR=20;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192859;STB=0.606697;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00878585;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:116:118:47:47:0.284848:20:27:48:68:20:27:50:68 chr3 97868616 . C T 76.76 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0305541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5538;QD=2.69328;RBI=0.0353645;REFB=0.00748861;REVB=-0.0178072;RO=97;SAF=11;SAR=5;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184152;STB=0.632013;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0468976;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:97:98:16:16:0.140351:5:11:53:44:5:11:53:45 chr3 97868795 . A G 176.05 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0287854;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.972;QD=13.2866;RBI=0.0290682;REFB=-0.0145559;REVB=0.00404478;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753835;STB=0.543437;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0259991;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:16:16:9:12:16:16 chr3 97868970 . T A 298.51 PASS AF=0.272152;AO=42;DP=157;FAO=43;FDP=158;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.0476884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0478;QD=7.55723;RBI=0.0525768;REFB=-0.00886443;REVB=-0.022139;RO=115;SAF=25;SAR=17;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379985;STB=0.512043;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0170785;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:115:115:42:43:0.272152:17:25:65:50:18:25:65:50 chr3 97887865 . G A 255.84 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0498377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.497;QD=9.56413;RBI=0.0504368;REFB=-0.00173341;REVB=-0.00775061;RO=71;SAF=21;SAR=13;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114722;STB=0.558539;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00356896;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:71:73:34:34:0.317757:13:21:37:34:13:21:39:34 chr3 97887985 . T A 84.25 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0144281;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.163;QD=5.81036;RBI=0.0201823;REFB=-0.00337851;REVB=0.0141122;RO=45;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11501;STB=0.572449;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0140128;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:59:58:45:45:13:13:0.224138:6:7:20:25:6:7:20:25 chr3 97888042 . A T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00736338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.062;QD=4.99987;RBI=0.0109497;REFB=-0.0082492;REVB=-0.0081041;RO=37;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341336;STB=0.729254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0233124;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:3:6:14:23:3:6:14:24 chr3 97888197 . C T 77.94 PASS AF=0.22;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0176668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.716;QD=6.23509;RBI=0.049477;REFB=-0.0133316;REVB=-0.0462153;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824745;STB=0.565099;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0507066;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:37:39:10:11:0.22:5:5:21:16:6:5:21:18 chr3 97888337 . C T 99.91 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00777178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.363;QD=7.40066;RBI=0.0120944;REFB=-0.00894648;REVB=-0.00926684;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353023;STB=0.533849;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0274194;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:9:5:15:24:9:5:16:24 chr3 97957349 . G A 87.83 PASS AF=0.173913;AO=10;DP=86;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0136488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.525;QD=3.81867;RBI=0.0168299;REFB=-0.0094601;REVB=-0.00984671;RO=76;SAF=4;SAR=6;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21245;STB=0.664693;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.044469;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:86:92:76:76:10:16:0.173913:6:4:44:32:10:6:44:32 chr3 97983257 . C G 1590.87 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00692179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.559;QD=58.9209;RBI=0.0131018;REFB=-0.132684;REVB=-0.0111241;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.503875;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000548048;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:106:107:0.990741:42:64:0:0:43:64:1:0 chr3 97983374 . A G 274.9 PASS AF=0.285714;AO=36;DP=131;FAO=38;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.00609717;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.006;QD=8.26756;RBI=0.0111715;REFB=-0.00385304;REVB=-0.0093609;RO=92;SAF=14;SAR=22;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250188;STB=0.655657;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.011608;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:92:95:36:38:0.285714:22:14:55:37:24:14:56:39 chr3 97983391 . C G,T 2124.08 PASS AF=0.321429,0.678571;AO=45,94;DP=139;FAO=45,95;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=16,54;FSAR=29,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529076,-0.0056952;FXX=0.0070917;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.965,212.137;QD=60.688;RBI=0.0136315,0.00650225;REFB=0,0;REVB=0.0125628,0.0031375;RO=0;SAF=16,53;SAR=29,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.49331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00923394,0.00331734;OID=.,.;OPOS=97983391,97983391;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:139:140:0:0:45,94:45,95:0.321429,0.678571:29,41:16,53:0:0:29,41:16,54:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 223.18 PASS AF=0.448718;AO=31;DP=85;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00410816;FXX=0.133319;HRUN=2;LEN=9;MLLD=270.926;QD=11.4453;RBI=0.0054714;REFB=0.0035685;REVB=-0.00361376;RO=38;SAF=6;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227382;STB=0.614124;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=-0.00404182;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448718:31:85:35:78:43:8:27:17:26:99:38:6:25:14:24 chr3 97983561 . G C 1062.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.05;QD=59.8522;RBI=0.0244599;REFB=0;REVB=-0.000901658;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32294e-05;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr3 97983711 . T C 794.15 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.078;QD=55.7295;RBI=0.0280227;REFB=0;REVB=0.0161696;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651501;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:22:32:0:0:22:35:0:0 chr3 97983942 . A G 1731.58 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110593;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.633;QD=59.7096;RBI=0.0264258;REFB=0;REVB=0.0240003;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363919;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:116:0:0:113:116:1:51:62:0:0:53:63:0:0 chr3 97983981 . G A 896.95 PASS AF=0.678261;AO=78;DP=115;FAO=78;FDP=115;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0225015;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8073;QD=31.1983;RBI=0.0437445;REFB=-0.00425291;REVB=-0.0375135;RO=37;SAF=40;SAR=38;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489503;STB=0.526356;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00268447;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:37:37:78:78:0.678261:38:40:22:15:38:40:22:15 chr3 98002587 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00311744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.964;QD=10.1407;RBI=0.0107969;REFB=-0.00251749;REVB=0.010337;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00638274;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:13:15:7:6:13:15 chr3 98073313 . A G 84.54 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0168176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.664;QD=3.97829;RBI=0.0169507;REFB=-0.0030332;REVB=-0.00211993;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698719;STB=0.543524;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0164642;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:68:70:15:15:0.176471:7:8:40:28:7:8:41:29 chr3 98217154 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0352304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.26;QD=13.7271;RBI=0.040144;REFB=-0.0193792;REVB=-0.0192448;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106491;STB=0.560736;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0269386;OID=.;OPOS=98217154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:21:15:13:12:21:15 chr3 98217178 . T A 138.2 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0051126;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.414;QD=10.8395;RBI=0.00545301;REFB=-0.0287175;REVB=-0.00189648;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368257;STB=0.521714;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0478655;OID=.;OPOS=98217178;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:23:11:6:11:23:11 chr3 98250986 . C T 556.61 PASS AF=0.680556;AO=48;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0234149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5977;QD=30.9227;RBI=0.0333222;REFB=0.0262813;REVB=-0.0237089;RO=23;SAF=23;SAR=25;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105307;STB=0.553243;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0121428;OID=.;OPOS=98250986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:48:49:0.680556:25:23:7:16:26:23:7:16 chr3 98304467 . T C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0251716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.208;QD=3.64932;RBI=0.0279924;REFB=-0.00542077;REVB=-0.0122461;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323276;STB=0.723437;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0320001;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:12:19:2:4:12:19 chr3 98451814 . C A 128.23 PASS AF=0.7;AO=11;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.118298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1891;QD=25.6468;RBI=0.143119;REFB=-0.067088;REVB=0.0805511;RO=6;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123875;STB=0.514265;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0251016;OID=.;OPOS=98451814;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:11:14:0.7:1:10:5:1:2:12:5:1 chr3 98540982 . A G 714.72 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515859;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.606;QD=57.1775;RBI=0.0566559;REFB=0;REVB=0.0234263;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766176;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr3 98541012 . G A 800.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.91;QD=57.1513;RBI=0.0322807;REFB=0;REVB=-0.00705454;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5015e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:35:21:0:0 chr3 98541116 . G A 801.62 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00813942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0821;QD=55.2843;RBI=0.00982824;REFB=-0.174138;REVB=-0.00550855;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00428832;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr3 99643176 . C T 153.8 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00052592;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.9;QD=6.99098;RBI=0.0109145;REFB=0.00180646;REVB=-0.0109019;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175146;STB=0.511424;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0041302;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:66:22:22:0.25:10:12:34:30:10:12:35:31 chr3 99860401 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0592139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5732;QD=8.37005;RBI=0.0635282;REFB=-0.000770224;REVB=0.0230118;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.599815;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000845752;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:14:14:4:7:14:14 chr3 100071249 . G A 92.06 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0153741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.043;QD=5.2603;RBI=0.0179036;REFB=-0.00987398;REVB=-0.00917476;RO=54;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984317;STB=0.571331;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0262787;OID=.;OPOS=100071249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:54:55:15:15:0.214286:5:10:32:22:5:10:32:23 chr3 100084203 . C G 404.59 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0144292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.573;QD=27.9024;RBI=0.0170278;REFB=-0.00563017;REVB=-0.00904127;RO=19;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322406;STB=0.509086;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00225409;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:20:38:38:0.655172:20:18:10:9:20:18:10:10 chr3 100084432 . G A 165.29 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0331102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.494;QD=6.54617;RBI=0.040435;REFB=-0.0147974;REVB=-0.02321;RO=75;SAF=18;SAR=6;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290791;STB=0.671978;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0371318;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:77:24:24:0.237624:6:18:40:35:6:18:42:35 chr3 100119548 . T C 100.44 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0136083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2687;QD=8.19894;RBI=0.0291771;REFB=-0.0131874;REVB=-0.0258093;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166201;STB=0.503306;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0547952;OID=.;OPOS=100119548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:36:13:13:0.265306:5:8:22:13:5:8:22:14 chr3 100170628 . A G 41.47 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0329869;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0892;QD=3.68657;RBI=0.0832417;REFB=0.0150838;REVB=0.0764267;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087614;STB=0.552485;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0672365;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:45:39:38:7:7:0.155556:4:3:14:25:4:3:14:24 chr3 100170634 . T C 41.46 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.046093;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7563;QD=3.68509;RBI=0.0480319;REFB=-0.0100415;REVB=-0.0135094;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754437;STB=0.552485;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0533732;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:45:38:38:7:7:0.155556:4:3:14:24:4:3:14:24 chr3 100174722 . G A 356.6 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00999531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.196;QD=36.5741;RBI=0.0167693;REFB=-0.054387;REVB=0.0134649;RO=10;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559032;STB=0.530366;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0154545;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:17:12:3:7:17:12:3:7 chr3 100374740 . T C 1025.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.147;QD=59.4715;RBI=0.0523045;REFB=0;REVB=0.00417387;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312762;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:36:33:0:0 chr3 100467018 . T C 130.65 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.007;QD=43.5511;RBI=0.0534614;REFB=0;REVB=0.0534515;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297935;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:2:9:0:0:3:9:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 114.66 PASS AF=0.253731;AO=15;DP=70;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00516932;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.055;QD=6.8454;RBI=0.00553293;REFB=-0.0115146;REVB=-0.00197269;RO=51;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143763;STB=0.583535;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.0322193;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253731:15:70:17:67:50:9:8:32:18:99:51:8:7:33:18 chr3 100473505 . C T 768.71 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0156825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.619;QD=37.0463;RBI=0.0157123;REFB=-0.00654144;REVB=0.000967604;RO=21;SAF=39;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983249;STB=0.552838;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00243103;OID=.;OPOS=100473505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:21:62:62:0.746988:23:39:9:12:23:39:9:12 chr3 100558404 . T C 1013.79 PASS AF=0.688;AO=86;DP=124;FAO=86;FDP=125;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-5.24181e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.004;QD=32.4413;RBI=0.00764946;REFB=-0.0605473;REVB=0.00764928;RO=38;SAF=37;SAR=49;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987602;STB=0.547768;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.02371;OID=.;OPOS=100558404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:38:39:86:86:0.688:49:37:10:28:49:37:11:28 chr3 100558416 . T C 284.09 PASS AF=0.301587;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=126;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.00101658;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.863;QD=9.01887;RBI=0.0100651;REFB=-0.0126604;REVB=-0.0100136;RO=86;SAF=11;SAR=27;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183153;STB=0.609617;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0379216;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:86:88:38:38:0.301587:27:11:37:49:27:11:38:50 chr3 100560860 . G A 870.75 PASS AF=0.726316;AO=69;DP=95;FAO=69;FDP=95;FR=.;FRO=26;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0314579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6333;QD=36.6629;RBI=0.0647261;REFB=-0.0485231;REVB=-0.0565674;RO=25;SAF=50;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511584;STB=0.536232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0140956;OID=.;OPOS=100560860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:25:26:69:69:0.726316:19:50:16:9:19:50:16:10 chr3 100581767 . C T 589.48 PASS AF=0.746269;AO=49;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0207096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9375;QD=35.1931;RBI=0.0433908;REFB=0.000970926;REVB=-0.0381297;RO=17;SAF=26;SAR=23;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287451;STB=0.51254;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000898823;OID=.;OPOS=100581767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:17:17:49:50:0.746269:23:26:8:9:24:26:8:9 chr3 100617680 . C T 1589.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.685;QD=59.9956;RBI=0.0231742;REFB=0;REVB=0.0041397;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85679e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:50:55:0:0:51:55:0:0 chr3 100712249 . T C 555.59 PASS AF=0.735294;AO=44;DP=69;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0234703;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8332;QD=32.6817;RBI=0.0375796;REFB=0.0195203;REVB=0.0293492;RO=15;SAF=20;SAR=24;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901691;STB=0.5294;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000576763;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:15:18:44:50:0.735294:24:20:4:11:25:25:7:11 chr3 100949842 . G A 1134.17 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0028405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2787;QD=56.7087;RBI=0.0370957;REFB=-0.0642411;REVB=-0.0369868;RO=2;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000311094;STB=0.506007;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00739656;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:2:3:77:77:0.9625:38:39:1:1:38:39:2:1 chr3 100963154 . G A 1517.57 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139822;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.08;QD=63.8975;RBI=0.00878783;REFB=0;REVB=0.00867589;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52571e-05;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:62:33:0:0:62:33:0:0 chr3 101043906 . G A 1188.64 PASS AF=0.963855;AO=81;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0433853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7126;QD=57.2837;RBI=0.0459703;REFB=-0.00378962;REVB=-0.0151983;RO=2;SAF=39;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00084581;STB=0.506939;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000405828;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:2:3:81:80:0.963855:42:39:1:1:42:38:2:1 chr3 101044310 . TTA T,TTT 112.28 PASS AF=0.303797,0;AO=18,17;DP=105;FAO=24,0;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=15,0;FSAR=9,0;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.101558,0.0137113;FXX=0.0246883;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=17.9219,13.9505;QD=5.68528;RBI=0.103239,0.019574;REFB=-0.0766774,-0.0178985;REVB=-0.0185555,-0.0139693;RO=59;SAF=9,0;SAR=9,17;SRF=42;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.267426,-0.816793;STB=0.522166,0.5;STBP=0.864,1;TYPE=del,snp;VARB=0.177057,0;OID=.,.;OPOS=101044311,101044312;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303797,0:18,17:105:24,0:79:55:15,0:9,0:36:19:99:59:9,0:9,17:42:17 chr3 101080694 . T C 725.61 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.756;QD=54.7629;RBI=0.0273171;REFB=-0.155031;REVB=0.00822403;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241422;STB=0.512816;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00089064;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:33:19:1:0:33:19:1:0 chr3 101085413 . G A 1021.35 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015552;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.907;QD=56.7415;RBI=0.0164512;REFB=-0.0605803;REVB=-0.00536444;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262494;STB=0.513885;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000228856;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:35:35:0:2:35:35:0:2 chr3 101219889 . G C 536.2 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.595;QD=54.9951;RBI=0.0817998;REFB=0.119014;REVB=0.0804683;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003913;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000470097;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:17:20:1:1:17:20:1:1 chr3 101221069 . T C 709.72 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0524243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7371;QD=52.5722;RBI=0.0852999;REFB=0.0870349;REVB=-0.0672886;RO=2;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136353;STB=0.507244;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0297632;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:35:17:1:1:35:17:1:1 chr3 101231921 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.051;QD=61.3756;RBI=0.0280645;REFB=0;REVB=0.0267684;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11639e-05;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr3 101334753 . C A 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00182735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.976;QD=35.4817;RBI=0.0123403;REFB=0.00174306;REVB=0.0122042;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967792;STB=0.505295;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000792085;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:10:11:3:3:10:11:3:3 chr3 101484335 . G A 1553.56 PASS AF=0.981818;AO=102;DP=105;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0363881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4908;QD=56.4931;RBI=0.0966115;REFB=-0.136981;REVB=-0.0894969;RO=3;SAF=43;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135814;STB=0.500849;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00478391;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:110:3:2:102:108:0.981818:59:43:2:1:59:49:1:1 chr3 101571550 . A G 746.19 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.21;QD=63.5057;RBI=0.0552801;REFB=0;REVB=0.0551869;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200298;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr3 101576028 . GT CC,GTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 141.93 PASS AF=0.125,0.541667;AO=3,12;DP=26;FAO=3,13;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=2,4;FSAR=1,9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00948763,-0.00122947;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,23;MLLD=193.923,476.392;QD=23.6556;RBI=0.0210037,0.00488818;REFB=-0.00958146,-0.0138298;REVB=0.0187387,0.00473104;RO=11;SAF=2,3;SAR=1,9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0774686,-0.404385;STB=0.570983,0.671373;STBP=0.856,0.058;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00112814,-0.000792651;OID=.,.;OPOS=101576028,101576030;OREF=GT,-;OALT=CC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=CC,GTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:26:24:11:8:3,12:3,13:0.125,0.541667:1,9:2,3:8:3:1,9:2,4:6:2 chr3 101576175 . T C 1647.85 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379246;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4439;QD=59.9218;RBI=0.0379321;REFB=0;REVB=0.000756633;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371748;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr3 103879569 . G A 5523.97 PASS AF=1;AO=332;DP=333;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.007;QD=63.8609;RBI=0.0613794;REFB=0;REVB=-0.00291299;RO=0;SAF=156;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76229e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:333:346:0:0:332:346:1:176:156:0:0:178:168:0:0 chr3 103879597 . AAT A,AA,AAA 2601.83 PASS AF=0,1,0;AO=26,38,59;DP=172;FAO=0,173,0;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=0,81,0;FSAR=0,92,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105481,0.105804,0.103214;FXX=0.0546418;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=184.675,186.938,184.719;QD=60.1578;RBI=0.105505,0.107454,0.107004;REFB=0,0,0;REVB=-0.00220802,-0.0187563,-0.0282281;RO=40;SAF=14,5,12;SAR=12,33,47;SRF=37;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.441666,-0.695195,-0.53792;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00079211,0;OID=.,.,.;OPOS=103879598,103879599,103879599;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:26,38,59:172:0,173,0:173:0:0,81,0:0,92,0:0:0:14:40:14,5,12:12,33,47:37:3 chr3 105260596 . T C 960.44 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239509;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.712;QD=59.104;RBI=0.0243058;REFB=0;REVB=-0.00413798;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21316e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:49:16:0:0:49:16:0:0 chr3 105266274 . T C 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0150452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.403;QD=7.86301;RBI=0.0150582;REFB=-0.00814402;REVB=-0.000623932;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331547;STB=0.703897;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0363449;OID=.;OPOS=105266274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:8:4:21:13:8:4:21:13 chr3 105294502 . G A 707.35 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0307662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.882;QD=28.294;RBI=0.0308864;REFB=-0.000555804;REVB=-0.00272305;RO=39;SAF=38;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137338;STB=0.574765;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000442416;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:23:38:17:22:23:38:17:22 chr3 105421034 . C T 1037.41 PASS AF=0.701613;AO=87;DP=125;FAO=87;FDP=124;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0263865;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.316;QD=33.4647;RBI=0.0282116;REFB=-0.0186459;REVB=0.00998221;RO=38;SAF=40;SAR=47;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526335;STB=0.524158;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00790189;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:38:37:87:87:0.701613:47:40:21:17:47:40:20:17 chr3 105422844 . C T 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.473;QD=58.4045;RBI=0.0658475;REFB=0;REVB=-0.0648306;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253778;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr3 106617500 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.977;QD=63.2858;RBI=0.0398662;REFB=0;REVB=0.00518259;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96274e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr3 107096547 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.009;QD=60.2306;RBI=0.00772605;REFB=0;REVB=0.00760759;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05746e-05;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr3 107646728 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.52;QD=61.3364;RBI=0.0361433;REFB=0;REVB=0.0284315;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88487e-05;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 107646807 . G T 776.82 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0436896;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.981;QD=53.5734;RBI=0.0436925;REFB=-0.0834861;REVB=0.000503445;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000609764;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:56:56:0.965517:27:29:2:0:27:29:2:0 chr3 107646895 . T C 963.98 PASS AF=0.888889;AO=73;DP=80;FAO=72;FDP=81;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00210194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6232;QD=47.6039;RBI=0.0683097;REFB=0.0109676;REVB=-0.0682773;RO=7;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778145;STB=0.542575;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0019793;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:81:7:9:73:72:0.888889:29:44:1:6:29:43:2:7 chr3 107765249 . T C 136.99 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00511219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.194;QD=7.11643;RBI=0.054059;REFB=0.004415;REVB=-0.0538167;RO=57;SAF=8;SAR=12;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256418;STB=0.654673;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0199741;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:12:8:35:22:12:8:35:22 chr3 107765392 . G A 50.21 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0303828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5539;QD=4.78176;RBI=0.0304653;REFB=-0.00419414;REVB=0.0022407;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550114;STB=0.52375;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0256943;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:4:4:15:18:4:4:16:18 chr3 108072425 . C T 340.26 PASS AF=0.27907;AO=48;DP=172;FAO=48;FDP=172;FR=.;FRO=124;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.00030177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.868;QD=7.91299;RBI=0.0753964;REFB=-0.00229753;REVB=-0.0753958;RO=123;SAF=25;SAR=23;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192768;STB=0.514086;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00554177;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:123:124:48:48:0.27907:23:25:66:57:23:25:67:57 chr3 108072524 . G A 222.09 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=117;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0208716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.945;QD=7.59279;RBI=0.0324289;REFB=-0.00466368;REVB=-0.0248196;RO=85;SAF=14;SAR=18;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168254;STB=0.599938;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0117659;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:85:85:32:32:0.273504:18:14:49:36:18:14:49:36 chr3 108188993 . G A 60.51 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=55;FWDB=-0.00670726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.851;QD=2.91635;RBI=0.0560938;REFB=-0.0158187;REVB=-0.0556914;RO=70;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458559;STB=0.784692;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0317977;OID=.;OPOS=108188993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:70:71:12:12:0.144578:5:7:15:55:5:7:16:55 chr3 108298260 . C T 434.69 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0019396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.303;QD=37.7996;RBI=0.0112859;REFB=-0.000157745;REVB=0.011118;RO=12;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83603e-05;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:17:17:6:6:17:17:6:6 chr3 108403086 . T C 1434.75 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.597;QD=62.3804;RBI=0.0286468;REFB=0;REVB=0.012434;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56831e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:92:0:0:84:92:1:46:38:0:0:50:42:0:0 chr3 108557820 . T C 318.59 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0049628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.041;QD=32.6764;RBI=0.014447;REFB=-0.0184586;REVB=-0.0135678;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112439;STB=0.561359;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00808217;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:15:12:3:9:15:12:3:9 chr3 108703587 . C T 954.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6265;QD=58.7377;RBI=0.0144807;REFB=0;REVB=-0.0126698;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116439;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr3 108754238 . A T 1263.98 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.945;QD=61.6575;RBI=0.00226214;REFB=0;REVB=-0.00140707;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59764e-07;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:29:53:0:0:29:53:0:0 chr3 108867128 . A G 1188.06 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4391;QD=60.9263;RBI=0.0155418;REFB=0;REVB=-0.00687091;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81648e-05;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr3 109047928 . C T 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00962872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.424;QD=37.4167;RBI=0.0190859;REFB=-0.0231173;REVB=0.016479;RO=4;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255889;STB=0.514004;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00454781;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:8:11:2:2:8:11:2:2 chr3 109052732 . T C 125.47 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00177231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.074;QD=6.3529;RBI=0.0189221;REFB=-0.00334729;REVB=-0.0188389;RO=60;SAF=14;SAR=5;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231033;STB=0.643756;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0102739;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:5:14:34:26:5:14:34:26 chr3 109178707 . C G 323.72 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0137875;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.4;QD=34.0752;RBI=0.016249;REFB=-0.0138124;REVB=0.0085986;RO=11;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537951;STB=0.52939;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00379551;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:11:11:27:27:0.710526:12:15:5:6:12:15:5:6 chr3 109178758 . C T 446.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.194;QD=57.6316;RBI=0.0287781;REFB=0;REVB=-0.0126539;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205744;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 109321666 . TG T,TT 160.93 PASS AF=0.681818,0.0454545;AO=14,2;DP=22;FAO=15,1;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=4,1;FSAR=11,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.022782,0.0152866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.281,157.513;QD=29.2592;RBI=0.0238031,0.016928;REFB=-0.000573597,-4.47744e-05;REVB=0.0068967,0.00727158;RO=6;SAF=4,1;SAR=10,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0307691,0.168213;STB=0.523777,0.9915;STBP=0.815,0.254;TYPE=del,snp;VARB=0.000317378,-0.0404126;OID=.,.;OPOS=109321667,109321667;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818,0.0454545:14,2:22:15,1:22:6:4,1:11,0:2:4:37:6:4,1:10,1:2:4 chr3 110611137 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4037;QD=56.1885;RBI=0.0687442;REFB=0;REVB=-0.0324403;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301875;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 110611201 . C T 164.71 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0417376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9042;QD=21.2522;RBI=0.0531138;REFB=-0.0225149;REVB=-0.032849;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106731;STB=0.559932;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0091874;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:4:10:10:7:4:10 chr3 110790879 . G A 204.79 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0042587;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3873;QD=37.2339;RBI=0.134732;REFB=0.0088173;REVB=0.134664;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383221;STB=0.521029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.000198308;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:2:2:11:7:2:2 chr3 110793050 . G A 103.26 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00614765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.04;QD=4.91693;RBI=0.0307885;REFB=-0.00189148;REVB=0.0301685;RO=67;SAF=9;SAR=8;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835257;STB=0.55301;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00479503;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:8:9:31:36:8:9:31:36 chr3 110912182 . G A 204.66 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0125693;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.838;QD=8.35355;RBI=0.0175826;REFB=-0.0116558;REVB=-0.0122948;RO=71;SAF=12;SAR=15;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126686;STB=0.575565;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0395382;OID=.;OPOS=110912182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:71:27:27:0.27551:15:12:39:32:15:12:39:32 chr3 111298145 . A G 116.39 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0296655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7907;QD=7.38985;RBI=0.0380096;REFB=-0.0108857;REVB=-0.0237632;RO=45;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316387;STB=0.699012;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0387606;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:12:5:25:20:12:5:26:20 chr3 111313457 . T C 117.16 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.0471027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2016;QD=6.24848;RBI=0.04712;REFB=-0.00883263;REVB=0.00127596;RO=57;SAF=12;SAR=6;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0407434;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:57:18:18:0.24:6:12:38:19:6:12:38:19 chr3 111356082 . CG C,CC 1697.02 PASS AF=0.0330579,0.966942;AO=38,81;DP=121;FAO=4,117;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=0,61;FSAR=4,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266957,0.0602605;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.4943,58.6899;QD=56.0998;RBI=0.0269735,0.0643138;REFB=0,0;REVB=0.00386094,0.0224707;RO=0;SAF=15,45;SAR=23,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.42691e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.105458,0.0283205;OID=.,.;OPOS=111356083,111356083;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0330579,0.966942:38,81:121:4,117:121:0:0,61:4,56:0:0:4:0:15,45:23,36:0:0 chr3 111604541 . G C 632.37 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00987073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.568;QD=53.8184;RBI=0.0176385;REFB=0.0644115;REVB=-0.014618;RO=4;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891471;STB=0.547597;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00191965;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:24:19:4:0:24:19:4:0 chr3 111677526 . G A 79.92 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0117406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.824;QD=4.20626;RBI=0.012991;REFB=-0.00626151;REVB=0.00556092;RO=60;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316179;STB=0.711947;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0199993;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:74:76:60:62:14:14:0.184211:5:9:23:37:5:9:23:39 chr3 111694438 . T C 1533.02 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302771;FXX=0.0818107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.556;QD=60.7137;RBI=0.0449773;REFB=0;REVB=0.0332603;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572972;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr3 111732608 . G A 259.74 PASS AF=0.309735;AO=34;DP=112;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.00552876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.737;QD=9.19428;RBI=0.025308;REFB=-0.00208324;REVB=-0.0246967;RO=77;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128724;STB=0.559925;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00880951;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:77:78:34:35:0.309735:18:16:28:49:19:16:29:49 chr3 111760771 . A G 1090.51 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00552287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.557;QD=57.3951;RBI=0.00571249;REFB=0.0490009;REVB=0.0014596;RO=2;SAF=45;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563626;STB=0.50298;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.000236614;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:29:45:1:1:29:45:1:1 chr3 111760773 . C T 462.34 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0112053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5345;QD=24.3339;RBI=0.0146263;REFB=0.00335357;REVB=0.00940054;RO=32;SAF=28;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989935;STB=0.557665;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00180119;OID=.;OPOS=111760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:43:44:0.578947:15:28:17:15:15:29:17:15 chr3 111765834 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.375;QD=58.1421;RBI=0.0120046;REFB=0;REVB=-0.00572244;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97319e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 111799845 . A T 3668.97 PASS AF=1;AO=233;DP=235;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704217;FXX=0.00851028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6366;QD=62.9867;RBI=0.075703;REFB=-0.0629078;REVB=-0.0277798;RO=0;SAF=110;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67287e-05;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:233:0:0:233:233:1:123:110:0:0:123:110:0:0 chr3 111828384 . G GT 385.0 PASS AF=0.674157;AO=52;DP=95;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.05264;FXX=0.0430061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5309;QD=17.3031;RBI=0.0963512;REFB=-0.0403395;REVB=-0.0807007;RO=39;SAF=19;SAR=33;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995985;STB=0.522141;STBP=0.585;TYPE=ins;VARB=0.0125887;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674157:52:95:60:89:29:23:37:13:16:99:39:19:33:19:20 chr3 111828423 . G A 1116.06 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0242645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.84;QD=56.5092;RBI=0.0247859;REFB=-0.0181782;REVB=0.00505727;RO=2;SAF=25;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363499;STB=0.528294;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=3.2043e-05;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:79:2:3:75:76:0.962025:50:25:2:0:51:25:3:0 chr3 111898387 . A G 723.39 PASS AF=0.674157;AO=59;DP=87;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00125497;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.645;QD=32.5119;RBI=0.0160223;REFB=-0.00322503;REVB=0.0159731;RO=28;SAF=35;SAR=24;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308345;STB=0.524264;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00137624;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:28:29:59:60:0.674157:24:35:18:10:25:35:19:10 chr3 111918215 . CA CG,TG 828.73 PASS AF=0.683333,0.266667;AO=41,16;DP=62;FAO=41,16;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21,8;FSAR=20,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399962,-0.00291526;FXX=0.0322529;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=115.33,191.485;QD=55.2485;RBI=0.0637509,0.00317786;REFB=0,0;REVB=-0.0636253,0.00126493;RO=0;SAF=21,8;SAR=20,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-5.70864e-05,0.0104182;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:60:0:0:41,16:41,16:0.683333,0.266667:20,8:21,8:0:0:20,8:21,8:0:0 chr3 111921116 . C A 304.63 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0136715;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3743;QD=10.5957;RBI=0.0137287;REFB=-0.0149071;REVB=0.00125152;RO=74;SAF=20;SAR=19;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000788032;STB=0.525833;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0401197;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:76:39:39:0.33913:19:20:38:36:20:19:40:36 chr3 111921225 . G T 677.53 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.887;QD=61.5935;RBI=0.0237981;REFB=0;REVB=0.0196596;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26891e-06;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:21:19:0:0:22:22:0:0 chr3 111923123 . G A 1084.38 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.454;QD=59.4182;RBI=0.0110811;REFB=0;REVB=0.00530171;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16113e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr3 111962851 . T C 159.47 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00817803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.908;QD=5.9061;RBI=0.0212996;REFB=-0.000822566;REVB=-0.019667;RO=81;SAF=12;SAR=13;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633845;STB=0.538431;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00261907;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:81:83:25:25:0.231481:13:12:43:38:13:12:44:39 chr3 111981849 . C T 84.45 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.023756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.819;QD=4.96745;RBI=0.0705993;REFB=-0.0110545;REVB=0.0664825;RO=54;SAF=10;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274843;STB=0.676595;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0446233;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:4:10:27:27:4:10:27:27 chr3 111981878 . T C 64.61 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0275687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.407;QD=4.23699;RBI=0.0283246;REFB=-0.00481268;REVB=-0.00650009;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122512;STB=0.581388;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0472506;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:4:7:27:23:4:7:27:23 chr3 111985107 . T C 281.43 PASS AF=0.220096;AO=46;DP=209;FAO=46;FDP=209;FR=.;FRO=163;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=104;FWDB=0.0144849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.875;QD=5.38628;RBI=0.0197343;REFB=-0.00275723;REVB=0.0134026;RO=163;SAF=26;SAR=20;SRF=59;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255498;STB=0.654689;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00533949;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:163:163:46:46:0.220096:20:26:59:104:20:26:59:104 chr3 111996554 . T C 192.77 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00536507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.898;QD=13.7695;RBI=0.0339461;REFB=-0.0407161;REVB=0.0335194;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232224;STB=0.645044;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0333679;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:12:11:22:9:12:11:24:9 chr3 112005609 . GAAAAAAAACT GAAAAAAACT,GAAAAAAACTA,TAAAAAAAACT 33.04 PASS AF=0.327273,0,0;AO=21,2,2;DP=56;FAO=18,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0910759,0.013152,-0.0255369;FXX=0.0350816;HRUN=8,8,1;LEN=1,3,1;MLLD=6.84844,29.6261,55.5462;QD=2.40299;RBI=0.168633,0.0155559,0.0694933;REFB=-0.128049,-0.0623814,-0.0243704;REVB=-0.141923,-0.00830724,-0.0646311;RO=23;SAF=7,2,1;SAR=14,0,1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.294196,0.435414,-0.149041;STB=0.617403,0.5,0.5;STBP=0.235,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.102282,0,0.0730595;OID=.,.,.;OPOS=112005610,112005617,112005609;OREF=A,ACT,G;OALT=-,CTA,T;OMAPALT=GAAAAAAACT,GAAAAAAACTA,TAAAAAAAACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:55:23:37:21,2,2:18,0,0:0.327273,0,0:14,0,1:7,2,1:15:8:10,0,0:8,0,0:23:14 chr3 112052103 . G T 52.11 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.036416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.795;QD=18.9489;RBI=0.111954;REFB=-0.0320137;REVB=0.105866;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.571204;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00953345;OID=.;OPOS=112052103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:11:11:3:4:7:7:0.636364:1:6:2:1:1:6:3:1 chr3 112059768 . C G 69.65 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0351716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.66;QD=6.47861;RBI=0.0367663;REFB=-0.00905737;REVB=-0.0107107;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076195;STB=0.504845;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0272845;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:6:4:13:20:6:4:13:20 chr3 112063850 . C A 469.42 PASS AF=0.619718;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0216898;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3415;QD=26.4464;RBI=0.0426969;REFB=0.00336572;REVB=-0.0367774;RO=27;SAF=16;SAR=27;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13323;STB=0.575562;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00241003;OID=.;OPOS=112063850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:43:44:0.619718:27:16:15:12:28:16:15:12 chr3 112066562 . G A 321.43 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0208516;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.408;QD=13.5339;RBI=0.0272357;REFB=-0.0112675;REVB=0.0175213;RO=58;SAF=11;SAR=25;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274398;STB=0.652615;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0230402;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:25:11:32:26:25:11:32:27 chr3 112081560 . T TTA 894.58 PASS AF=0.819277;AO=61;DP=103;FAO=68;FDP=83;FR=.;FRO=15;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0447799;FXX=0.0348797;HRUN=3;LEN=2;MLLD=192.118;QD=43.1123;RBI=0.0874861;REFB=-0.130521;REVB=0.0751571;RO=33;SAF=35;SAR=26;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214734;STB=0.527318;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.0190485;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.819277:61:103:68:83:15:40:28:11:4:86:33:35:26:20:13 chr3 112184772 . A G 423.87 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0302615;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.77;QD=31.9898;RBI=0.0311937;REFB=-0.0237992;REVB=0.00756881;RO=14;SAF=22;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399573;STB=0.513178;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0127102;OID=.;OPOS=112184772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:14:15:38:38:0.716981:16:22:7:7:16:22:8:7 chr3 112185025 . G A 75.16 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0179989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.771;QD=3.45557;RBI=0.0180043;REFB=-0.00401177;REVB=-0.000444794;RO=72;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348062;STB=0.517217;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0238405;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:87:72:73:14:14:0.16092:7:7:34:38:7:7:35:38 chr3 112190137 . G A,T 934.27 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,61;DP=65;FAO=3,63;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141481,0.00791537;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.4376,134.748;QD=56.6222;RBI=0.0724211,0.0573204;REFB=0,0;REVB=0.0710257,0.0567712;RO=1;SAF=2,26;SAR=1,35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0132969;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.173222,-0.000303224;OID=.,.;OPOS=112190137,112190137;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:66:1:0:3,61:3,63:0.0454545,0.954545:1,35:2,26:0:1:1,37:2,26:0:0 chr3 112256630 . A G 489.35 PASS AF=0.770833;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0226885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.612;QD=40.779;RBI=0.0398469;REFB=-0.0486415;REVB=0.0327568;RO=11;SAF=20;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355803;STB=0.51612;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0125014;OID=.;OPOS=112256630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:48:11:11:36:37:0.770833:16:20:7:4:16:21:7:4 chr3 112299732 . A G 448.65 PASS AF=0.693878;AO=31;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0453297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8493;QD=36.6241;RBI=0.0523702;REFB=0.0440093;REVB=-0.026227;RO=12;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509614;STB=0.527096;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0181513;OID=.;OPOS=112299732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:12:13:31:34:0.693878:15:16:5:7:15:19:6:7 chr3 112935138 . C G 944.93 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208957;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.919;QD=59.0583;RBI=0.0209421;REFB=0;REVB=0.00139333;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284581;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr3 112969715 . G A 424.38 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00406564;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.599;QD=32.029;RBI=0.0255319;REFB=-0.01046;REVB=0.0252061;RO=14;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971765;STB=0.56191;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00306798;OID=.;OPOS=112969715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:14:15:38:38:0.716981:21:17:9:5:21:17:10:5 chr3 112991492 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0131429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.185;QD=28.7633;RBI=0.0141492;REFB=0.00109321;REVB=0.00524057;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176143;STB=0.597597;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000407089;OID=.;OPOS=112991492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:12:7:6:3:12:7:6:3 chr3 112993367 . G A 280.31 PASS AF=0.285714;AO=38;DP=135;FAO=38;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=0.0256278;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.255;QD=8.43028;RBI=0.0264891;REFB=-0.0072122;REVB=-0.00669991;RO=92;SAF=25;SAR=13;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315567;STB=0.694078;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0233928;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:92:95:38:38:0.285714:13:25:36:56:13:25:36:59 chr3 112997554 . A G 834.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7155;QD=57.5311;RBI=0.0764627;REFB=0;REVB=-0.0458867;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110464;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr3 112998265 . A G 811.82 PASS AF=0.71;AO=70;DP=100;FAO=71;FDP=100;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0147851;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.056;QD=32.4726;RBI=0.0151109;REFB=-0.00916171;REVB=0.00312117;RO=26;SAF=22;SAR=48;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619887;STB=0.550683;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00312654;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:26:29:70:71:0.71:48:22:11:15:48:23:14:15 chr3 112998268 . G A 194.63 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.00691559;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.711;QD=7.70822;RBI=0.0123131;REFB=-0.00354472;REVB=-0.0101875;RO=73;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172281;STB=0.606143;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0203343;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:73:74:27:27:0.267327:14:13:25:48:14:13:25:49 chr3 113003262 . C T 484.79 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0088878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.279;QD=21.0779;RBI=0.0143936;REFB=-0.0303893;REVB=-0.0113217;RO=45;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128849;STB=0.563907;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0260771;OID=.;OPOS=113003262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:46:47:0.51087:28:18:24:21:28:19:24:21 chr3 113004240 . C T 552.17 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0338958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.705;QD=38.7489;RBI=0.0390025;REFB=-0.0137058;REVB=0.0192943;RO=11;SAF=15;SAR=31;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604341;STB=0.532373;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00455068;OID=.;OPOS=113004240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:31:15:2:9:31:15:2:9 chr3 113010466 . T C 1796.38 PASS AF=0.719807;AO=148;DP=206;FAO=149;FDP=207;FR=.;FRO=58;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00263376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.052;QD=34.7126;RBI=0.0163657;REFB=-0.0235777;REVB=0.0161523;RO=58;SAF=72;SAR=76;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071234;STB=0.504704;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00905699;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:58:58:148:149:0.719807:76:72:29:29:77:72:29:29 chr3 113022870 . T C 1587.58 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.964;QD=64.1446;RBI=0.00494401;REFB=0;REVB=-0.00403678;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57504e-06;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:40:59:0:0:40:59:0:0 chr3 113046607 . T C 448.67 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00084724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.391;QD=37.3895;RBI=0.00975323;REFB=-0.011852;REVB=0.00971636;RO=13;SAF=19;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789928;STB=0.542833;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0060417;OID=.;OPOS=113046607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:16:19:5:8:16:19:5:8 chr3 113046640 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00940858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.113;QD=5.90477;RBI=0.0606256;REFB=-0.00783044;REVB=-0.059891;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404796;STB=0.526249;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0258535;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:16:11:3:5:16:11 chr3 113049270 . T G 413.92 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0312036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6165;QD=25.0863;RBI=0.0327088;REFB=-0.0190497;REVB=0.00980802;RO=26;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041224;STB=0.528674;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0543562;OID=.;OPOS=113049270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:26:39:40:0.606061:25:14:8:18:25:15:8:18 chr3 113098217 . G A 603.09 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00764531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.231;QD=29.419;RBI=0.0103879;REFB=-0.00765535;REVB=0.00703267;RO=29;SAF=37;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326882;STB=0.517754;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00466146;OID=.;OPOS=113098217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:16:37:19:10:16:37:19:10 chr3 113127991 . C A 683.92 PASS AF=0.808824;AO=54;DP=67;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000833758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.799;QD=40.2306;RBI=0.0153572;REFB=0.00518204;REVB=0.0153346;RO=13;SAF=26;SAR=28;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072362;STB=0.502145;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000478196;OID=.;OPOS=113127991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:67:68:13:13:54:55:0.808824:28:26:6:7:29:26:6:7 chr3 113146130 . TG CA 763.74 PASS AF=0.810811;AO=59;DP=74;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0154286;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=301.532;QD=41.2833;RBI=0.0269939;REFB=-0.0398025;REVB=0.0221501;RO=14;SAF=21;SAR=38;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028138;STB=0.516171;STBP=0.598;TYPE=mnp;VARB=0.00899457;OID=.;OPOS=113146130;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:14:14:59:60:0.810811:38:21:6:8:39:21:6:8 chr3 113164105 . A AG 117.91 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=7.42426;QD=23.5826;RBI=0.238307;REFB=-0.0384068;REVB=0.197059;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0285539;OID=.;OPOS=113164106;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:20:20:0:9:11:0:0:3:18:1:1:8:10 chr3 113164109 . A G 247.52 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2479;QD=47.147;RBI=0.254377;REFB=0;REVB=0.232342;RO=2;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118957;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:2:0:18:21:1:9:9:0:2:12:9:0:0 chr3 113169205 . C T 555.48 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00588201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.905;QD=36.425;RBI=0.0144111;REFB=-0.00653806;REVB=-0.013156;RO=14;SAF=26;SAR=21;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534278;STB=0.528739;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00164185;OID=.;OPOS=113169205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:14:14:47:47:0.770492:21:26:6:8:21:26:6:8 chr3 113176122 . G A 923.39 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00744848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.439;QD=56.8242;RBI=0.00930585;REFB=-0.0585703;REVB=-0.00557844;RO=1;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219567;STB=0.511624;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00028409;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:21:43:0:1:21:43:0:1 chr3 113187675 . G C 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0380452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8705;QD=21.745;RBI=0.0498277;REFB=-0.0178445;REVB=0.032177;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469145;STB=0.526292;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0155513;OID=.;OPOS=113187675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:12:8:10:12:12:8 chr3 113222036 . G A 1578.31 PASS AF=0.981818;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.899;QD=57.393;RBI=0.0279605;REFB=0.0891638;REVB=0.0238513;RO=2;SAF=51;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000663984;STB=0.500168;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000277388;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:110:2:2:106:108:0.981818:55:51:1:1:55:53:1:1 chr3 113222054 . G A 809.04 PASS AF=0.680412;AO=66;DP=97;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00183955;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.438;QD=33.3623;RBI=0.00688485;REFB=0.00532603;REVB=-0.00663454;RO=31;SAF=28;SAR=38;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112244;STB=0.560559;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00328776;OID=.;OPOS=113222054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:31:31:66:66:0.680412:38:28:19:12:38:28:19:12 chr3 113233481 . T G 118.58 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0302955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8177;QD=22.5871;RBI=0.0318637;REFB=-0.0116122;REVB=0.00987292;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275661;STB=0.654455;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0392333;OID=.;OPOS=113233481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:1:7:6:7:1:7 chr3 113252042 . C T 613.57 PASS AF=0.784615;AO=50;DP=64;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0239876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.634;QD=37.7578;RBI=0.0286098;REFB=-0.0245963;REVB=0.0155921;RO=14;SAF=19;SAR=31;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105546;STB=0.557695;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00965787;OID=.;OPOS=113252042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:64:65:14:14:50:51:0.784615:31:19:2:12:31:20:2:12 chr3 113285276 . G A 992.84 PASS AF=0.7;AO=84;DP=120;FAO=84;FDP=120;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0272377;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.688;QD=33.0945;RBI=0.0302685;REFB=-0.0201398;REVB=0.0132019;RO=36;SAF=44;SAR=40;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906548;STB=0.548682;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0109244;OID=.;OPOS=113285276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:36:36:84:84:0.7:40:44:13:23:40:44:13:23 chr3 113351719 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0320686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.79;QD=19.9285;RBI=0.0368969;REFB=0.0158358;REVB=-0.0182481;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.52377;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00974504;OID=.;OPOS=113351719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:5:4:6:6:5:4 chr3 113373930 . A G 1083.07 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584707;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1907;QD=60.1704;RBI=0.0598337;REFB=0;REVB=-0.0126986;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332468;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr3 113377361 . A G 555.25 PASS AF=0.7;AO=48;DP=71;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0012579;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.896;QD=31.7283;RBI=0.0298176;REFB=-0.0167942;REVB=0.0297911;RO=21;SAF=29;SAR=19;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06581;STB=0.532697;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00798019;OID=.;OPOS=113377361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:21:21:48:49:0.7:19:29:15:6:19:30:15:6 chr3 113379865 . G C 214.15 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0293418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8666;QD=28.5537;RBI=0.0345251;REFB=0.0123487;REVB=-0.0181945;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00606729;OID=.;OPOS=113379865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:9:10:20:20:0.666667:10:10:5:4:10:10:5:5 chr3 113557787 . AGCC A 88.32 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782934;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.529;QD=39.2531;RBI=0.0783433;REFB=0;REVB=0.00279414;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000448753;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:9:9:0:1:8:0:0:4:0:1:7:0:0 chr3 113594377 . A G 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00430448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.454;QD=4.65368;RBI=0.0158744;REFB=-0.00719288;REVB=-0.0152797;RO=46;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402916;STB=0.76601;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.023829;OID=.;OPOS=113594377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:46:47:11:11:0.189655:3:8:18:28:3:8:18:29 chr3 113655207 . C T 120.22 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0324268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2464;QD=6.77277;RBI=0.0366311;REFB=-0.00381778;REVB=0.0170392;RO=53;SAF=8;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124854;STB=0.57624;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0113744;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:10:8:29:24:10:8:29:24 chr3 113673125 . A G 923.16 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8855;QD=56.8098;RBI=0.0622407;REFB=-0.0192539;REVB=-0.0594476;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00103775;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:34:30:1:0:34:30:1:0 chr3 113679589 . C A 407.75 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0139119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.008;QD=25.8887;RBI=0.0148751;REFB=-0.0115075;REVB=-0.00526568;RO=24;SAF=28;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008232;STB=0.504502;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0073216;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:11:28:17:7:11:28:17:7 chr3 113720517 . T A 552.91 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0322847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.865;QD=33.0097;RBI=0.0324462;REFB=-0.017073;REVB=0.00323309;RO=19;SAF=27;SAR=21;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370479;STB=0.519992;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00591594;OID=.;OPOS=113720517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:48:48:0.716418:21:27:12:7:21:27:12:7 chr3 113785149 . ATATGT A 172.32 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00946387;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=263.332;QD=26.5112;RBI=0.0101305;REFB=-0.0295229;REVB=0.00361411;RO=8;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206534;STB=0.637512;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=0.0109056;OID=.;OPOS=113785150;OREF=TATGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:17:26:17:26:9:5:12:6:3:63:8:5:12:5:3 chr3 113801826 . C T 69.9 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0247517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8838;QD=6.65677;RBI=0.0249853;REFB=0.00772834;REVB=-0.00340869;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336366;STB=0.708714;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0577996;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:10:22:4:6:10:22 chr3 113858350 . C T 1376.79 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5748;QD=61.8782;RBI=0.0116615;REFB=0;REVB=0.00891385;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154916;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:56:31:0:0:56:33:0:0 chr3 113890815 . C T 197.09 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00634598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.353;QD=7.16701;RBI=0.0169959;REFB=0.00152822;REVB=-0.0157667;RO=80;SAF=13;SAR=16;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133629;STB=0.502852;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0039145;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:81:29:29:0.263636:16:13:35:45:16:13:36:45 chr3 113955164 . T C,G 576.24 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=2,36;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015447,-0.000308765;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.557,230.422;QD=60.6563;RBI=0.0190467,0.0080049;REFB=0,0;REVB=0.011143,0.00799894;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0517238,-0.000102368;OID=.,.;OPOS=113955164,113955164;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:38:38:0:0:2,36:1,37:0.0263158,0.973684:0,24:2,12:0:0:1,24:0,13:0:0 chr3 113955187 . A C 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00432796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.807;QD=7.73067;RBI=0.00870707;REFB=-0.000495876;REVB=-0.00755526;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353023;STB=0.521708;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00115682;OID=.;OPOS=113955187;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:9:5:15:24:9:5:15:24 chr3 113955265 . G A 1313.9 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343019;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.157;QD=62.5667;RBI=0.0348436;REFB=0;REVB=0.00612027;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69378e-05;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:55:29:0:0:55:29:0:0 chr3 113955320 . C T 1180.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742173;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2782;QD=59.7946;RBI=0.0819074;REFB=0;REVB=0.0346499;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00480864;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:42:35:0:0:44:35:0:0 chr3 113955820 . G C 727.95 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00338731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.299;QD=34.6644;RBI=0.00338893;REFB=-0.0113816;REVB=-0.00010495;RO=24;SAF=33;SAR=27;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403833;STB=0.521732;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00429594;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:24:24:60:60:0.714286:27:33:15:9:27:33:15:9 chr3 115382655 . C T 1197.25 PASS AF=0.675325;AO=104;DP=152;FAO=104;FDP=154;FR=.;FRO=50;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.00951273;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.241;QD=31.0973;RBI=0.0155469;REFB=4.20283e-05;REVB=0.0122969;RO=48;SAF=49;SAR=55;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175155;STB=0.586687;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-1.84648e-05;OID=.;OPOS=115382655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:48:50:104:104:0.675325:55:49:37:11:55:49:37:13 chr3 115395321 . G A 668.26 PASS AF=0.785714;AO=52;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0307546;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.043;QD=38.1864;RBI=0.0383033;REFB=-0.0510961;REVB=0.022832;RO=15;SAF=33;SAR=19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144709;STB=0.511058;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.015373;OID=.;OPOS=115395321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:70:70:15:15:52:55:0.785714:19:33:10:5:21:34:10:5 chr3 115571364 . C T 252.05 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.00917886;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.249;QD=9.0829;RBI=0.0158867;REFB=-0.00221065;REVB=-0.0129667;RO=77;SAF=21;SAR=13;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236263;STB=0.513826;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00444647;OID=.;OPOS=115571364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:77:77:34:34:0.306306:13:21:49:28:13:21:49:28 chr3 116301660 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0417444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.614;QD=21.1692;RBI=0.0563015;REFB=-0.0982698;REVB=0.0377792;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0393899;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr3 116683964 . G C 5660.97 PASS AF=0.98645;AO=364;DP=371;FAO=364;FDP=369;FR=.;FRO=5;FSAF=162;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0233395;FXX=0.0107236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.361;QD=61.3655;RBI=0.0348715;REFB=-0.0210729;REVB=0.0259092;RO=5;SAF=162;SAR=202;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011662;STB=0.506112;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000419661;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:371:369:5:5:364:364:0.98645:202:162:0:5:202:162:0:5 chr3 118381320 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.545;QD=52.6123;RBI=0.0278722;REFB=0;REVB=0.0174769;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111603;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 118621664 . C A 894.3 PASS AF=0.592593;AO=81;DP=139;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=67;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0182388;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.175;QD=26.4976;RBI=0.0213202;REFB=-0.0252272;REVB=0.0110408;RO=53;SAF=13;SAR=68;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126248;STB=0.563008;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0146668;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:135:53:55:81:80:0.592593:68:13:14:39:67:13:14:41 chr3 118649060 . G T 1135.11 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.854;QD=60.5392;RBI=0.0430409;REFB=0;REVB=0.0355291;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03903e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr3 118865801 . C T 284.66 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0358705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.165;QD=29.9642;RBI=0.0447269;REFB=-0.0296767;REVB=0.0267172;RO=12;SAF=7;SAR=18;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222199;STB=0.52126;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00718635;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:13:25:25:0.657895:18:7:3:9:18:7:3:10 chr3 118866376 . C T 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0159224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.459;QD=8.74353;RBI=0.0570643;REFB=-0.0244118;REVB=0.054798;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140543;STB=0.595085;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0451097;OID=.;OPOS=118866376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:29:30:12:12:0.285714:6:6:11:18:6:6:11:19 chr3 118867047 . C G 220.13 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00788064;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.077;QD=16.0092;RBI=0.00859154;REFB=-0.0202699;REVB=0.00342199;RO=30;SAF=18;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231053;STB=0.631468;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0206145;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:7:18:15:15:7:18:15:15 chr3 118905584 . C T 332.56 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00343415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.813;QD=10.7278;RBI=0.0105535;REFB=0.000856018;REVB=-0.00997917;RO=81;SAF=17;SAR=25;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412112;STB=0.51845;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00169343;OID=.;OPOS=118905584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:82:42:42:0.33871:25:17:30:51:25:17:31:51 chr3 118909159 . A G 659.9 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.792;QD=59.9911;RBI=0.0336032;REFB=-0.171754;REVB=-0.00966546;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00396825;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:1:0:18:25:1:0 chr3 118909892 . A G 150.86 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00130654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9747;QD=12.5716;RBI=0.0491751;REFB=-0.0155154;REVB=0.0491577;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120587;STB=0.570649;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0345231;OID=.;OPOS=118909892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:18:13:9:8:18:13 chr3 118945796 . G C 1199.87 PASS AF=0.7;AO=98;DP=140;FAO=98;FDP=140;FR=.;FRO=42;FSAF=72;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00839997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.078;QD=34.2821;RBI=0.0165066;REFB=-0.0132835;REVB=0.0142095;RO=42;SAF=72;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210492;STB=0.613407;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0043503;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:42:42:98:98:0.7:26:72:17:25:26:72:17:25 chr3 119118104 . A G 641.57 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1466;QD=59.6812;RBI=0.100017;REFB=-0.111405;REVB=0.0854413;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154262;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr3 119128398 . G A 516.81 PASS AF=0.691176;AO=45;DP=64;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00144012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.76;QD=30.4005;RBI=0.00623087;REFB=-0.0424232;REVB=0.00606216;RO=19;SAF=15;SAR=30;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838351;STB=0.552609;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0193759;OID=.;OPOS=119128398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:19:21:45:47:0.691176:30:15:9:10:30:17:11:10 chr3 119133183 . G A 407.69 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0108715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.489;QD=28.6099;RBI=0.0206162;REFB=-0.0301383;REVB=0.0175168;RO=19;SAF=19;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483297;STB=0.526302;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0152801;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:19:19:8:11:19:19:8:11 chr3 119150836 . C T 1105.65 PASS AF=0.678832;AO=92;DP=136;FAO=93;FDP=137;FR=.;FRO=44;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0444099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.585;QD=32.2818;RBI=0.0454506;REFB=-0.014089;REVB=-0.00967054;RO=44;SAF=48;SAR=44;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948686;STB=0.548862;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0108165;OID=.;OPOS=119150836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:44:44:92:93:0.678832:44:48:16:28:45:48:16:28 chr3 119197285 . A G 588.55 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00899615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8994;QD=26.4519;RBI=0.01249;REFB=0.0112822;REVB=0.00866431;RO=35;SAF=26;SAR=27;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871487;STB=0.552467;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00426841;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:36:53:53:0.595506:27:26:13:22:27:26:13:23 chr3 119222456 . G C 850.91 PASS AF=0.58209;AO=78;DP=134;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0129009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.316;QD=25.4002;RBI=0.0207682;REFB=-0.0195472;REVB=0.0162753;RO=55;SAF=38;SAR=40;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248448;STB=0.517052;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0137159;OID=.;OPOS=119222456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:55:56:78:78:0.58209:40:38:25:30:40:38:25:31 chr3 119248301 . G A 2183.57 PASS AF=0.62963;AO=186;DP=298;FAO=187;FDP=297;FR=.;FRO=110;FSAF=95;FSAR=92;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.026031;FXX=0.00999967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3175;QD=29.4083;RBI=0.0455618;REFB=0.00857464;REVB=-0.0373934;RO=109;SAF=95;SAR=91;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029418;STB=0.513068;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00657979;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:109:110:186:187:0.62963:91:95:51:58:92:95:52:58 chr3 119248320 . AAA AGA,TAG 1631.37 PASS AF=0.606061,0;AO=71,17;DP=246;FAO=160,0;FDP=264;FR=.;FRO=104;FSAF=87,0;FSAR=73,0;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00284848,-0.00195132;FXX=0.0294107;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=282.364,260.008;QD=24.7178;RBI=0.0474955,0.0539081;REFB=-0.00981856,-0.00764338;REVB=-0.04741,-0.0538728;RO=48;SAF=60,3;SAR=11,14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.368334,-0.41286;STB=0.536218,0.5;STBP=0.147,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00544477,0;OID=.,.;OPOS=119248321,119248320;OREF=A,AAA;OALT=G,TAG;OMAPALT=AGA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:264:48:104:71,17:160,0:0.606061,0:11,14:60,3:23:25:73,0:87,0:47:57 chr3 119263680 . C T 209.52 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0120411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4075;QD=18.6241;RBI=0.0180285;REFB=-0.00674924;REVB=0.0134178;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114428;STB=0.506487;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0135293;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:14:10:9:12:14:10 chr3 119305379 . T A 1522.72 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.066;QD=58.566;RBI=0.052481;REFB=-0.10417;REVB=-0.0457396;RO=1;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978283;STB=0.505154;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000432708;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:48:55:0:1:48:55:0:1 chr3 119338956 . A G 195.8 PASS AF=0.241935;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=124;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0147174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.85;QD=6.31611;RBI=0.0160826;REFB=-0.00367366;REVB=-0.00648439;RO=93;SAF=11;SAR=19;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213432;STB=0.633244;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0135167;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:93:94:30:30:0.241935:19:11:50:43:19:11:51:43 chr3 119361412 . T C 81.78 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0317282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.051;QD=3.55572;RBI=0.0377906;REFB=-0.00284508;REVB=-0.0205292;RO=77;SAF=7;SAR=8;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318007;STB=0.52114;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.01778;OID=.;OPOS=119361412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:92:77:77:15:15:0.163043:8:7:34:43:8:7:34:43 chr3 119367390 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.726;QD=59.6789;RBI=0.0322395;REFB=0;REVB=0.029538;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47748e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:43:27:0:0 chr3 119378872 . G A 349.24 PASS AF=0.278409;AO=50;DP=176;FAO=49;FDP=176;FR=.;FRO=127;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=-0.0113442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2889;QD=7.93721;RBI=0.0140047;REFB=-0.00385128;REVB=-0.0082122;RO=125;SAF=23;SAR=27;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541666;STB=0.543629;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00965828;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:125:127:50:49:0.278409:27:23:52:73:26:23:52:75 chr3 119379186 . C T 102.77 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00325304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8662;QD=9.34292;RBI=0.0074968;REFB=-0.00252624;REVB=-0.00675424;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178226;STB=0.608848;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00528907;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:17:14:4:9:17:14 chr3 119395662 . C G 1237.7 PASS AF=0.641176;AO=108;DP=170;FAO=109;FDP=170;FR=.;FRO=61;FSAF=73;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0200166;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.946;QD=29.1225;RBI=0.024743;REFB=0.00405453;REVB=0.0145449;RO=60;SAF=72;SAR=36;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724717;STB=0.544188;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00216273;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:60:61:108:109:0.641176:36:72:34:26:36:73:34:27 chr3 119426307 . T C 559.4 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.276;QD=60.4757;RBI=0.105275;REFB=0;REVB=0.10168;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136185;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:15:18:0:0:18:19:0:0 chr3 119434527 . G C 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.145;QD=61.4671;RBI=0.0259596;REFB=0;REVB=-0.000795761;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33065e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:59:62:0:0:59:62:0:0 chr3 119533910 . T C 1208.59 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3755;QD=61.1945;RBI=0.0280121;REFB=0;REVB=0.0277896;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88077e-05;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr3 119886548 . G C 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1518;QD=57.7093;RBI=0.0557768;REFB=0;REVB=0.0295874;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252566;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr3 119886776 . T A 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.246;QD=62.3197;RBI=0.0403118;REFB=-0.0334888;REVB=0.0345918;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000488605;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:50:45:1:0:50:45:1:0 chr3 120049048 . G A 156.67 PASS AF=0.576923;AO=12;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0394257;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.23;QD=24.1037;RBI=0.0434275;REFB=-0.0083655;REVB=0.0182088;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240072;STB=0.586099;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0191746;OID=.;OPOS=120049048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:26:10:10:12:15:0.576923:6:6:8:2:6:9:8:2 chr3 120068022 . C G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0470033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.432;QD=16.8982;RBI=0.0474418;REFB=-0.0130347;REVB=-0.00643541;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0194879;OID=.;OPOS=120068022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr3 121137976 . C T 1174.52 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.096;QD=60.2319;RBI=0.0127851;REFB=0;REVB=0.00966081;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371142;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:40:35:0:0:42:36:0:0 chr3 121138015 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8535;QD=59.5001;RBI=0.0209194;REFB=0;REVB=-0.0105833;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6663e-05;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr3 121143384 . C CT 202.37 PASS AF=0.262376;AO=50;DP=204;FAO=53;FDP=202;FR=.;FRO=149;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=0.0600249;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6652;QD=4.00741;RBI=0.0613318;REFB=0.00963602;REVB=0.0125934;RO=153;SAF=20;SAR=30;SRF=71;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819563;STB=0.555386;STBP=0.34;TYPE=ins;VARB=-0.0288578;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262376:50:204:53:202:149:21:32:70:79:99:153:20:30:71:82 chr3 121151784 . G A 453.71 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00787538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.425;QD=25.2063;RBI=0.0232641;REFB=-0.00901938;REVB=-0.0218905;RO=29;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183378;STB=0.599955;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0100823;OID=.;OPOS=121151784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:21:22:22:7:21:22:22:7 chr3 121154974 . T C 1726.21 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0296584;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.018;QD=59.0158;RBI=0.0300822;REFB=-0.0553605;REVB=-0.00503163;RO=2;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172607;STB=0.509089;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000307185;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:117:2:2:115:115:0.982906:54:61:0:2:54:61:0:2 chr3 121208176 . T C 871.82 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0853;QD=57.1683;RBI=0.0629672;REFB=0;REVB=0.0567986;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149752;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:25:36:0:0 chr3 121208833 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.828;QD=64.4152;RBI=0.0227501;REFB=0;REVB=-0.0226682;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28412e-05;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr3 121238749 . G A 1188.65 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.239;QD=60.9563;RBI=0.0948649;REFB=0;REVB=-0.0946224;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331577;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr3 121263720 . C A,T 1173.27 PASS AF=0.891566,0.0843373;AO=72,8;DP=81;FAO=74,7;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=41,1;FSAR=33,6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00992139,-0.0219235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.8859,191.07;QD=56.5432;RBI=0.0357257,0.0301847;REFB=-0.149031,-0.0357875;REVB=0.0343204,-0.0207479;RO=0;SAF=40,1;SAR=32,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.05346e-08,-4.78849e-08;STB=0.501438,0.631145;STBP=0.873,0.339;TYPE=snp,snp;VARB=0.000836782,0.112372;OID=.,.;OPOS=121263720,121263720;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:81:83:0:2:72,8:74,7:0.891566,0.0843373:32,7:40,1:0:0:33,6:41,1:1:1 chr3 121304887 . C T 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0101114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0243;QD=26.8473;RBI=0.0175198;REFB=-0.0362803;REVB=0.0143074;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220719;STB=0.622598;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0185059;OID=.;OPOS=121304887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:7:8:1:6:7:8:1:6 chr3 121305294 . T C 125.81 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0206728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.403;QD=18.638;RBI=0.0222149;REFB=-0.03627;REVB=-0.00813238;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0262295;OID=.;OPOS=121305294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:4:9:8:6:4:9 chr3 121340536 . T C 2086.8 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534002;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8375;QD=62.761;RBI=0.0621387;REFB=0;REVB=-0.0317749;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248058;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr3 121350966 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.26;QD=50.413;RBI=0.0673626;REFB=0;REVB=0.045814;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111806;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr3 121353254 . T C 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0219011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.435;QD=12.8629;RBI=0.0221539;REFB=-0.0048724;REVB=0.00333738;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000631022;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:1:7:5:2:1:7 chr3 121354583 . G A 159.78 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0121956;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.9;QD=6.79917;RBI=0.0140096;REFB=-0.00178216;REVB=0.0068946;RO=71;SAF=13;SAR=10;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333591;STB=0.520323;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00533397;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:10:13:42:29:10:13:42:29 chr3 121373058 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0350023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1582;QD=15.1969;RBI=0.0384311;REFB=0.00950365;REVB=0.0158679;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150849;STB=0.601626;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0145221;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:10:7:8:6:11:7 chr3 121373111 . T C 131.32 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0274422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.406;QD=14.1971;RBI=0.0277804;REFB=-0.00497689;REVB=0.00432208;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186732;STB=0.589629;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00688472;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:8:7:6:15:8:7:7:15 chr3 121374361 . G A 117.24 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.044981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8388;QD=11.4383;RBI=0.0450284;REFB=0.014089;REVB=-0.00206699;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256505;STB=0.633968;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0221777;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:7:7:7:19:7:7:8:19 chr3 121413175 . T C 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0142635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.738;QD=19.6903;RBI=0.0811704;REFB=-0.000193839;REVB=0.0799073;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15811;STB=0.58817;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00161774;OID=.;OPOS=121413175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:17:8:13:13:17:8 chr3 121414061 . C T 179.1 PASS AF=0.3;AO=23;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0235011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.448;QD=8.95503;RBI=0.0235278;REFB=-0.00929854;REVB=-0.0011208;RO=56;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193853;STB=0.513234;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0211637;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:23:24:0.3:14:9:22:34:15:9:22:34 chr3 121415720 . T C 192.84 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00183786;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.189;QD=9.7641;RBI=0.0179111;REFB=-0.0101339;REVB=0.0178166;RO=53;SAF=11;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166556;STB=0.603125;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0276792;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:53:54:25:25:0.316456:14:11:31:22:14:11:32:22 chr3 121417013 . C A 207.25 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00687439;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9201;QD=22.4053;RBI=0.0610979;REFB=-0.0202204;REVB=0.06071;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.560378;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0294931;OID=.;OPOS=121417013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:16:17:20:20:0.540541:12:8:8:8:12:8:9:8 chr3 121488995 . C G 354.04 PASS AF=0.638298;AO=28;DP=45;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0413886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9538;QD=30.1307;RBI=0.0475391;REFB=-0.0340798;REVB=0.0233869;RO=17;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185874;STB=0.609043;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0360767;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:17:17:28:30:0.638298:20:8:9:8:22:8:9:8 chr3 121500699 . C T 405.42 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0325127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5721;QD=25.3388;RBI=0.0433822;REFB=-0.00559641;REVB=-0.0287217;RO=24;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869839;STB=0.55356;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0011485;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:25:39:39:0.609375:16:23:17:7:16:23:18:7 chr3 121526204 . G A 325.75 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00647747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7854;QD=36.1938;RBI=0.0526258;REFB=-0.0513195;REVB=-0.0522256;RO=9;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354706;STB=0.519299;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0153816;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:16:11:3:6:16:11:3:6 chr3 121563355 . T C 259.84 PASS AF=0.309735;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0553867;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5767;QD=9.19788;RBI=0.0557579;REFB=0.00459396;REVB=0.00642327;RO=77;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451204;STB=0.529834;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00907128;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:78:35:35:0.309735:21:14:28:49:21:14:28:50 chr3 121641693 . G A 202.97 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0289514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.945;QD=12.3012;RBI=0.0321271;REFB=-0.0203309;REVB=-0.0139271;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895629;STB=0.551682;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0265177;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:16:9:18:23:16:9:18:23 chr3 121642048 . A T 261.25 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00503786;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0432;QD=12.0117;RBI=0.0895797;REFB=0.000254379;REVB=-0.0894379;RO=56;SAF=8;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29226;STB=0.669787;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00437869;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:23:8:28:28:23:8:28:28 chr3 121643170 . A T 87.4 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0130619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.571;QD=5.46264;RBI=0.0144753;REFB=-0.00125225;REVB=-0.00623863;RO=50;SAF=10;SAR=4;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213129;STB=0.513494;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00296927;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:4:10:35:15:4:10:35:15 chr3 121643804 . C T 152.57 PASS AF=0.206349;AO=25;DP=126;FAO=26;FDP=126;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.0349184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6375;QD=4.84341;RBI=0.0361294;REFB=0.0100459;REVB=-0.00927558;RO=85;SAF=10;SAR=15;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274892;STB=0.644897;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0356861;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:100:25:26:0.206349:15:10:53:32:16:10:57:43 chr3 121646641 . A G 159.27 PASS AF=0.289474;AO=23;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00497163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.771;QD=8.38278;RBI=0.0307575;REFB=-0.0022346;REVB=-0.030353;RO=53;SAF=11;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125223;STB=0.552584;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00646811;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:23:22:0.289474:12:11:31:22:11:11:31:23 chr3 121647286 . C T 274.58 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0206698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.818;QD=9.98478;RBI=0.0283582;REFB=-0.00874895;REVB=0.0194152;RO=74;SAF=17;SAR=19;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000872278;STB=0.500506;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01724;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:19:17:35:39:19:17:35:39 chr3 121648168 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.000509908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.446;QD=7.67879;RBI=0.0283941;REFB=-0.0108362;REVB=-0.0283895;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379137;STB=0.727691;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0308462;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:24:7:6:5:24:7 chr3 121712051 . A C 610.44 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135202;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3527;QD=61.0435;RBI=0.0590552;REFB=0;REVB=0.0574867;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088263;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:1:0:38:40:1:12:26:1:0:14:26:0:0 chr3 121825197 . G A 1736.4 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255143;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.699;QD=60.9263;RBI=0.0299115;REFB=0;REVB=-0.0156115;RO=0;SAF=46;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348425;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:114:114:1:68:46:0:0:68:46:0:0 chr3 121836966 . TGA T 438.4 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506027;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.549;QD=56.5673;RBI=0.0804426;REFB=0;REVB=0.062533;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000353405;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:31:31:31:0:13:18:0:0:4:0:12:11:0:0 chr3 121838319 . G A 357.73 PASS AF=0.314685;AO=44;DP=143;FAO=45;FDP=143;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.00785714;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.057;QD=10.0065;RBI=0.0093443;REFB=-0.0102475;REVB=-0.0050578;RO=92;SAF=23;SAR=21;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498727;STB=0.526304;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0241799;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:92:98:44:45:0.314685:21:23:52:40:21:24:56:42 chr3 121838791 . T C 184.6 PASS AF=0.223077;AO=29;DP=123;FAO=29;FDP=130;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0047276;FXX=0.0151504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.965;QD=5.68003;RBI=0.00712649;REFB=-0.00647505;REVB=0.0053326;RO=92;SAF=10;SAR=19;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197717;STB=0.633922;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0166297;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:130:92:101:29:29:0.223077:19:10:46:46:19:10:52:49 chr3 121838792 . TTG TCT,T 1302.76 PASS AF=0,0.936842;AO=8,109;DP=129;FAO=0,89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=0,44;FSAR=0,45;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0149528,0.0396439;FXX=0.274788;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=57.2799,165.646;QD=54.8531;RBI=0.0251703,0.0397323;REFB=-0.000404886,0.0167408;REVB=-0.0202474,-0.00265037;RO=0;SAF=7,51;SAR=1,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.363636;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.510173;STBP=1,0.477;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00153008;OID=.,.;OPOS=121838793,121838793;OREF=TG,TG;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.936842:8,109:129:0,89:95:6:0,44:0,45:2:4:19:0:7,51:1,58:0:0 chr3 121839256 . G A 89.37 PASS AF=0.647059;AO=7;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0100849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.422;QD=21.0272;RBI=0.0151091;REFB=-0.0477684;REVB=0.0112508;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.54921;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0230142;OID=.;OPOS=121839256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:17:3:6:7:11:0.647059:4:3:0:3:8:3:1:5 chr3 122003045 . G C 1580.57 PASS AF=1;AO=83;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116589;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.08;QD=63.8616;RBI=0.0366056;REFB=0;REVB=0.0346993;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786353;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:83:99:1:34:49:0:0:48:51:0:0 chr3 122003769 . A G 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0196966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.523;QD=25.2445;RBI=0.0211883;REFB=-0.0249644;REVB=-0.00780945;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274591;STB=0.666555;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0265106;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:22:28:28:0.56:12:16:4:16:12:16:4:18 chr3 122003832 . G C 1146.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5338;QD=60.3173;RBI=0.0611254;REFB=0;REVB=-0.04495;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791724;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:42:34:0:0 chr3 122056432 . C T 211.14 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00276922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.729;QD=12.0652;RBI=0.00631019;REFB=-0.00937201;REVB=0.00567008;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121643;OID=.;OPOS=122056432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:44:26:26:0.371429:13:13:21:22:13:13:22:22 chr3 122186188 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.078;QD=63.8696;RBI=0.0395046;REFB=0;REVB=0.0393975;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182016;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr3 122290579 . C T 758.91 PASS AF=0.633028;AO=69;DP=113;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00266908;FXX=0.0353951;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.281;QD=27.8499;RBI=0.0160049;REFB=0.00988364;REVB=0.0157807;RO=37;SAF=28;SAR=41;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177554;STB=0.526064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00957928;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:109:37:40:69:69:0.633028:41:28:16:21:41:28:19:21 chr3 122296638 . G A 545.45 PASS AF=0.294118;AO=75;DP=255;FAO=75;FDP=255;FR=.;FRO=180;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=88;FSRR=92;FWDB=0.0286056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7211;QD=8.55607;RBI=0.0292998;REFB=-0.0155722;REVB=0.00634028;RO=179;SAF=34;SAR=41;SRF=88;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464819;STB=0.525193;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0481394;OID=.;OPOS=122296638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:179:180:75:75:0.294118:41:34:88:91:41:34:88:92 chr3 122354792 . G A 381.63 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=141;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.00545126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.773;QD=10.8263;RBI=0.0105267;REFB=0.00111688;REVB=-0.00900531;RO=94;SAF=26;SAR=21;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739161;STB=0.542632;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00235246;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:94:47:47:0.333333:21:26:46:48:21:26:46:48 chr3 122437321 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.336;QD=59.8553;RBI=0.0510614;REFB=0;REVB=0.0506867;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229909;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr3 122496747 . T C 761.84 PASS AF=0.712644;AO=61;DP=86;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0716892;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=35.0269;RBI=0.0721169;REFB=-0.0163015;REVB=-0.00784175;RO=25;SAF=31;SAR=30;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152164;STB=0.505745;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00614824;OID=.;OPOS=122496747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:25:25:61:62:0.712644:30:31:12:13:31:31:12:13 chr3 122630323 . T G 510.2 PASS AF=0.61039;AO=46;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0128381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.014;QD=26.504;RBI=0.028281;REFB=-0.0084222;REVB=0.0251992;RO=30;SAF=18;SAR=28;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658338;STB=0.50699;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00847286;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:46:47:0.61039:28:18:12:18:29:18:12:18 chr3 122630346 . T C 346.8 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00421396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6395;QD=22.3744;RBI=0.0383113;REFB=0.0285095;REVB=-0.0380788;RO=27;SAF=6;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256137;STB=0.620614;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0245022;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:28:6:11:16:28:7:11:16 chr3 122642590 . G A 213.51 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0181629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.794;QD=17.4293;RBI=0.0250649;REFB=-0.0332844;REVB=-0.0172731;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976478;STB=0.543821;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0404;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:9:12:18:9:9:13:18:9 chr3 122680141 . A G 112.14 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0586054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.675;QD=8.46357;RBI=0.0620856;REFB=-0.0108895;REVB=-0.0204944;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233498;STB=0.523898;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0361139;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:8:7:18:19:8:7:19:19 chr3 122694930 . C T 421.64 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0172618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9619;QD=21.0822;RBI=0.0178658;REFB=-0.0231598;REVB=0.00460609;RO=38;SAF=10;SAR=32;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114351;STB=0.563521;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0269554;OID=.;OPOS=122694930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:32:10:13:25:32:10:13:25 chr3 122843110 . G T 1622.59 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01295;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.999;QD=59.0031;RBI=0.0209541;REFB=-0.0909698;REVB=0.0164733;RO=0;SAF=40;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000168348;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:0:1:106:109:0.990909:66:40:0:0:66:43:0:1 chr3 122864436 . G A 632.37 PASS AF=0.647059;AO=55;DP=85;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0270987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.871;QD=29.7584;RBI=0.027501;REFB=-0.0270794;REVB=-0.00468709;RO=30;SAF=25;SAR=30;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125067;STB=0.567662;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00887458;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:30:55:55:0.647059:30:25:8:22:30:25:8:22 chr3 122991021 . A T 281.57 PASS AF=0.362637;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0176102;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.689;QD=12.3766;RBI=0.0205088;REFB=-0.0170469;REVB=-0.0105115;RO=59;SAF=20;SAR=12;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573131;STB=0.533877;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.027846;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:58:32:33:0.362637:12:20:34:25:12:21:34:24 chr3 122991038 . C T 1461.14 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000743675;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.969;QD=62.1762;RBI=0.0270526;REFB=-0.0801313;REVB=0.0270423;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=8.38245e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:1:93:93:0.989362:42:51:0:0:42:51:0:1 chr3 123357037 . A G 279.21 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0320168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.267;QD=11.7563;RBI=0.0320897;REFB=0.00531237;REVB=-0.0021612;RO=62;SAF=6;SAR=27;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279286;STB=0.66401;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00690911;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:27:6:23:39:27:6:23:39 chr3 123411589 . G A 407.15 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0253187;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.731;QD=30.7281;RBI=0.0294452;REFB=-0.0229037;REVB=0.0150327;RO=15;SAF=4;SAR=33;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113507;STB=0.594537;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00992053;OID=.;OPOS=123411589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:16:37:37:0.698113:33:4:3:12:33:4:4:12 chr3 123418913 . G A 806.37 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00407697;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.225;QD=55.6118;RBI=0.00428533;REFB=-0.0819497;REVB=-0.00132;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000286268;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:0:1:25:32:0:1 chr3 123419116 . GTTC G 80.86 PASS AF=0.20339;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=118;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0200002;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.591;QD=2.74102;RBI=0.0325071;REFB=-0.0118789;REVB=-0.0256262;RO=84;SAF=12;SAR=12;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044887;STB=0.53387;STBP=0.717;TYPE=del;VARB=0.0448506;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20339:24:120:24:118:94:12:12:43:51:80:84:12:12:39:45 chr3 123419288 . C T 118.8 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0136829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.998;QD=9.31725;RBI=0.0156027;REFB=-0.0162825;REVB=-0.0074982;RO=36;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542339;STB=0.547301;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.042828;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:36:14:15:0.294118:12:2:6:30:13:2:6:30 chr3 123419573 . G T 394.31 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.0363267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2543;QD=13.8355;RBI=0.0562202;REFB=-0.00131555;REVB=-0.0429078;RO=67;SAF=22;SAR=24;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202408;STB=0.608584;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000831291;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:68:46:46:0.403509:24:22:45:22:24:22:45:23 chr3 123419733 . A G 194.94 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0194784;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0507;QD=8.56894;RBI=0.0202093;REFB=-0.0247728;REVB=0.00538575;RO=64;SAF=11;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316658;STB=0.50549;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0541096;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:65:24:26:0.285714:13:11:31:33:13:13:32:33 chr3 123451773 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.98;QD=58.2396;RBI=0.0486967;REFB=0;REVB=0.0390031;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129546;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr3 123452838 . G A 1423.27 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0213984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.255;QD=58.6915;RBI=0.0270031;REFB=-0.187154;REVB=0.0164704;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511905;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000619289;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:97:97:0:4:93:93:0.958763:50:43:0:0:50:43:3:1 chr3 123457893 . G A 69.23 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0474593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9427;QD=6.92313;RBI=0.0477651;REFB=-0.00293473;REVB=0.00539584;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129959;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:40:29:30:10:10:0.25:7:3:8:21:7:3:9:21 chr3 123634046 . G A 1485.63 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469083;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2616;QD=59.4252;RBI=0.0133822;REFB=0;REVB=0.0125331;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397068;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:100:0:0:100:100:1:44:56:0:0:44:56:0:0 chr3 123699299 . G A 1327.0 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4844;QD=58.9778;RBI=0.035787;REFB=-0.194983;REVB=0.0272647;RO=2;SAF=21;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141424;STB=0.507351;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00544507;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:87:88:0.977778:66:21:0:2:67:21:0:2 chr3 123988039 . T C 581.78 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00681897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.011;QD=21.954;RBI=0.0210481;REFB=-0.00561309;REVB=0.0199129;RO=48;SAF=32;SAR=26;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772357;STB=0.542358;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00489323;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:26:32:22:26:26:32:22:26 chr3 124044949 . C T 1865.96 PASS AF=1;AO=108;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742368;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.231;QD=59.2368;RBI=0.0760531;REFB=0;REVB=0.0165217;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547047;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:126:0:0:108:126:1:53:55:0:0:53:73:0:0 chr3 124196094 . A T 1274.19 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.89;QD=59.9619;RBI=0.0478613;REFB=-0.0259271;REVB=0.0464892;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000152284;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:0:1:83:84:0.988235:38:45:0:0:39:45:0:1 chr3 124351316 . G A,C 1023.05 PASS AF=0.932432,0.0405405;AO=67,3;DP=72;FAO=69,3;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=49,2;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00124224,-0.0496297;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=92.7085,41.3996;QD=55.3002;RBI=0.00624794,0.0616885;REFB=-0.0181686,0.0462406;REVB=-0.0061232,-0.0366383;RO=2;SAF=49,2;SAR=18,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0496463,0.39997;STB=0.523803,0.74849;STBP=0.063,0.313;TYPE=snp,snp;VARB=0.00233511,0.0742047;OID=.,.;OPOS=124351316,124351316;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:74:2:2:67,3:69,3:0.932432,0.0405405:18,1:49,2:0:2:20,1:49,2:0:2 chr3 124351424 . T C 1331.14 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00171837;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.874;QD=57.8759;RBI=0.0370586;REFB=-0.0787746;REVB=0.0370187;RO=4;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485145;STB=0.525635;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00399784;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:92:4:4:88:88:0.956522:37:51:0:4:37:51:0:4 chr3 124376653 . G A 1119.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183637;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.374;QD=60.5281;RBI=0.0206009;REFB=0;REVB=0.00933651;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10358e-05;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr3 124379748 . G C 154.21 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0139662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.817;QD=7.34311;RBI=0.0391286;REFB=-0.00501576;REVB=-0.0365512;RO=60;SAF=13;SAR=9;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911651;STB=0.567624;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0146127;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:60:62:22:22:0.261905:9:13:31:29:9:13:31:31 chr3 124379817 . T C 254.04 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=120;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0157672;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7001;QD=8.53931;RBI=0.0434954;REFB=-0.00398846;REVB=0.040537;RO=82;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514085;STB=0.520377;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00966553;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:82:84:35:35:0.294118:19:16:34:48:19:16:36:48 chr3 124412634 . G T 746.54 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.23;QD=63.5349;RBI=0.0103403;REFB=0;REVB=0.0102166;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43868e-06;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr3 124451284 . T C 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0122208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.927;QD=3.93901;RBI=0.0200172;REFB=0.000516061;REVB=-0.0158537;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11967;STB=0.585096;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00253689;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:1:6:28:7:1:6:28:7 chr3 124646442 . T C 783.27 PASS AF=0.584;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0476143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.194;QD=25.0647;RBI=0.0586358;REFB=-0.0183849;REVB=-0.0342205;RO=51;SAF=33;SAR=40;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308433;STB=0.512192;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00999654;OID=.;OPOS=124646442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:51:52:73:73:0.584:40:33:21:30:40:33:22:30 chr3 124646703 . GGA AAG,GGAAAG 613.12 PASS AF=0,1;AO=3,22;DP=46;FAO=0,39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173166,0.0207186;FXX=0.0487686;HRUN=3,3;LEN=3,3;MLLD=172.155,227.675;QD=62.8845;RBI=0.0686805,0.10603;REFB=0,0;REVB=0.0664616,0.103986;RO=7;SAF=0,9;SAR=3,13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.722194,-0.135308;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00186478;OID=.,.;OPOS=124646703,124646706;OREF=GGA,-;OALT=AAG,AAG;OMAPALT=AAG,GGAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:46:39:7:0:3,22:0,39:0,1:3,13:0,9:5:2:0,30:0,9:0:0 chr3 124688787 . A AT 68.33 PASS AF=0.571429;AO=3;DP=23;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0440612;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.6695;QD=13.0161;RBI=0.077113;REFB=-0.00241669;REVB=0.0632853;RO=20;SAF=3;SAR=0;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543452;STB=0.545376;STBP=0.712;TYPE=ins;VARB=0.0150796;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:3:23:12:21:9:9:3:6:3:40:20:3:0:13:7 chr3 124692689 . C T 960.97 PASS AF=0.719298;AO=78;DP=115;FAO=82;FDP=114;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00420413;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2232;QD=33.7182;RBI=0.0309128;REFB=-0.0169892;REVB=-0.0306256;RO=30;SAF=32;SAR=46;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123108;STB=0.50845;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00589674;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:30:32:78:82:0.719298:46:32:13:17:46:36:15:17 chr3 124728626 . A G 208.97 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=24;FWDB=0.00261703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9344;QD=7.8855;RBI=0.030315;REFB=-0.00131;REVB=0.0302018;RO=75;SAF=16;SAR=14;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198713;STB=0.610187;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0080882;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:76:30:30:0.283019:14:16:52:23:14:16:52:24 chr3 124731485 . C G 1105.33 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175576;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.941;QD=60.5661;RBI=0.0292021;REFB=0;REVB=0.0233344;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108367;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr3 124732618 . A G 615.86 PASS AF=0.953488;AO=42;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105019;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.534;QD=57.2896;RBI=0.0135371;REFB=-0.0839824;REVB=0.0085418;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.524988;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0006026;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:43:1:2:42:41:0.953488:19:23:0:1:19:22:0:2 chr3 124733649 . T G 1758.6 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.419;QD=60.6413;RBI=0.0338365;REFB=0;REVB=0.0307015;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34246e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:112:116:1:51:61:0:0:52:64:0:0 chr3 124738107 . C T 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.937;QD=62.6114;RBI=0.0183397;REFB=0;REVB=-0.0160117;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18884e-05;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr3 124739892 . G A 1774.24 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.801;QD=59.1412;RBI=0.0400402;REFB=-0.0418953;REVB=0.0281899;RO=2;SAF=57;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000537026;STB=0.500283;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000461096;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:61:57:1:1:61:57:1:1 chr3 124746049 . A G 932.94 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.805;QD=55.6982;RBI=0.0342928;REFB=0.123322;REVB=-0.0276923;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000423081;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:63:66:0.985075:33:30:1:0:33:33:1:0 chr3 124746182 . C A 1706.86 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375915;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.129;QD=60.9593;RBI=0.0437841;REFB=0;REVB=0.0224484;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66039e-05;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:46:65:0:0:47:65:0:0 chr3 124746347 . T C 1008.33 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.957;QD=59.3134;RBI=0.0292843;REFB=0;REVB=0.0130024;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14324e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:40:28:0:0 chr3 124748226 . G A 871.39 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00177245;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.933;QD=55.3261;RBI=0.00490495;REFB=-0.100823;REVB=0.00457351;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209573;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00143015;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:1:1:58:62:0.984127:36:22:1:0:36:26:1:0 chr3 124802881 . A G 1162.94 PASS AF=1;AO=67;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.961;QD=60.4125;RBI=0.0248999;REFB=0;REVB=0.0216129;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138529;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:67:77:1:39:28:0:0:46:31:0:0 chr3 124802888 . C T 182.72 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00358735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.535;QD=9.74482;RBI=0.0114;REFB=0.00447703;REVB=0.0108208;RO=50;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682099;STB=0.545622;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00827306;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:51:24:24:0.32:13:11:20:30:13:11:20:31 chr3 124837684 . T C 1967.75 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366065;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.591;QD=61.9765;RBI=0.0366213;REFB=0;REVB=0.00103982;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3506e-06;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:125:127:1:64:61:0:0:65:62:0:0 chr3 124839470 . G A 1876.45 PASS AF=0.922581;AO=129;DP=144;FAO=143;FDP=155;FR=.;FRO=12;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0148806;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.895;QD=48.4244;RBI=0.0288286;REFB=-0.0735125;REVB=0.0246912;RO=7;SAF=63;SAR=66;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058433;STB=0.512634;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00091765;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:144:155:7:12:129:143:0.922581:66:63:3:4:72:71:4:8 chr3 124951821 . C G,T 736.63 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,50;DP=52;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174378,-0.00355066;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.985,227.881;QD=55.5949;RBI=0.0191918,0.00389252;REFB=0,0;REVB=-0.00801568,0.00159515;RO=0;SAF=0,26;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0326563,-0.000117845;OID=.,.;OPOS=124951821,124951821;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:53:0:0:2,50:2,51:0.0377358,0.962264:2,24:0,26:0:0:2,24:0,27:0:0 chr3 124996622 . G A 278.38 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00989064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.386;QD=16.1382;RBI=0.0106841;REFB=-0.0161458;REVB=-0.00404054;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784954;STB=0.504422;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0149131;OID=.;OPOS=124996622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:19:12:15:23:19:12:15:23 chr3 125235852 . A ATTTAT 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00442408;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=275.469;QD=9.73958;RBI=0.0106888;REFB=-0.0143537;REVB=0.00973023;RO=48;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200632;STB=0.632777;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.0261921;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:22:70:22:68:46:13:9:18:28:99:48:13:9:20:28 chr3 125249313 . G T 641.76 PASS AF=0.496183;AO=64;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0113384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7882;QD=19.5956;RBI=0.0116866;REFB=-0.00674727;REVB=-0.00283169;RO=66;SAF=33;SAR=31;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125488;STB=0.572342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00602421;OID=.;OPOS=125249313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:64:65:0.496183:31:33:25:41:31:34:25:41 chr3 125653291 . A G 35.17 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0281947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.307;QD=5.20979;RBI=0.0521586;REFB=-0.00700526;REVB=-0.0438814;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835743;STB=0.555373;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0234759;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:9:12:3:3:9:12 chr3 125692141 . G A 317.75 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0135756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.647;QD=11.1492;RBI=0.0142624;REFB=-0.0209203;REVB=0.00437282;RO=74;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916749;STB=0.552606;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0367112;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:74:40:40:0.350877:20:20:31:43:20:20:31:43 chr3 125725268 . TAACA T 225.27 PASS AF=0.439024;AO=30;DP=89;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00411519;FXX=0.0786428;HRUN=2;LEN=4;MLLD=250.982;QD=10.9888;RBI=0.00485714;REFB=-0.000940228;REVB=0.00258014;RO=39;SAF=27;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447652;STB=0.657843;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.000988566;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:30:89:36:82:46:29:7:27:19:99:39:27:3:24:15 chr3 125726048 . G C 386.56 PASS AF=0.465909;AO=34;DP=81;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00406294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.613;QD=17.5707;RBI=0.0193554;REFB=-0.0286415;REVB=0.0189241;RO=47;SAF=10;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236473;STB=0.565578;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0245176;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:88:47:47:34:41:0.465909:24:10:24:23:25:16:24:23 chr3 125769757 . C T 640.88 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0257559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.754;QD=26.1584;RBI=0.0258656;REFB=-0.0197475;REVB=-0.00237902;RO=41;SAF=25;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380629;STB=0.520788;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0144666;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:32:25:20:21:32:25:20:21 chr3 125775228 . T C 1368.48 PASS AF=1;AO=57;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107424;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.028;QD=62.9188;RBI=0.115776;REFB=0;REVB=0.115277;RO=0;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107905;OID=.;OPOS=125775228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:57:87:1:13:44:0:0:43:44:0:0 chr3 125786879 . T C 739.85 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594496;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5074;QD=56.9119;RBI=0.0717306;REFB=0;REVB=-0.0401375;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991762;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr3 125826059 . T C 535.79 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0238367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.075;QD=15.7584;RBI=0.0344279;REFB=0.0200582;REVB=0.0248414;RO=77;SAF=24;SAR=34;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261777;STB=0.6421;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0271623;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:77:78:58:58:0.426471:34:24:52:25:34:24:52:26 chr3 126137558 . C T 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0401338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6102;QD=22.5818;RBI=0.0403057;REFB=-0.0220115;REVB=-0.00371787;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172453;STB=0.596257;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0289955;OID=.;OPOS=126137558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:15:9:15:11:15:9 chr3 126138889 . G T 1046.87 PASS AF=0.615385;AO=96;DP=156;FAO=96;FDP=156;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=67;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.000449603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.648;QD=26.8427;RBI=0.0107832;REFB=0.00153755;REVB=0.0107738;RO=60;SAF=29;SAR=67;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130541;STB=0.570837;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000782794;OID=.;OPOS=126138889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:60:60:96:96:0.615385:67:29:28:32:67:29:28:32 chr3 126169230 . C T 1319.36 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0229285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.133;QD=58.6382;RBI=0.0233273;REFB=-0.0709684;REVB=0.00429486;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.522383;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000590927;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:0:3:87:87:0.966667:32:55:0:0:32:55:0:3 chr3 126169472 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.387;QD=51.9155;RBI=0.0752195;REFB=0;REVB=0.0208329;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321987;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr3 126178648 . G C 254.34 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0453531;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9638;QD=21.1951;RBI=0.0628347;REFB=-0.000392202;REVB=-0.0434891;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201893;STB=0.613969;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000342487;OID=.;OPOS=126178648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:7:17:12:12:7:17:12:12 chr3 126194076 . T C 870.2 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489684;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.288;QD=58.0135;RBI=0.05492;REFB=0;REVB=0.0248656;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90504e-05;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:37:23:0:0 chr3 126202257 . G A 1481.93 PASS AF=0.383073;AO=172;DP=448;FAO=172;FDP=449;FR=.;FRO=277;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=138;FSRR=139;FWDB=-0.0199694;FXX=0.00663702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.61;QD=13.2021;RBI=0.0227018;REFB=-0.0281663;REVB=0.0107981;RO=270;SAF=97;SAR=75;SRF=132;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821164;STB=0.540808;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.041063;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:449:270:277:172:172:0.383073:75:97:132:138:75:97:138:139 chr3 126218211 . G A 618.97 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0232581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.724;QD=20.982;RBI=0.029612;REFB=-0.000449377;REVB=0.0183285;RO=56;SAF=39;SAR=23;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683394;STB=0.53761;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00053325;OID=.;OPOS=126218211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:23:39:31:25:23:39:31:25 chr3 126219627 . G A 570.98 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0117616;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5824;QD=20.576;RBI=0.0546296;REFB=0.00166398;REVB=0.0533485;RO=53;SAF=31;SAR=27;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15184;STB=0.583434;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00101824;OID=.;OPOS=126219627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:53:53:58:58:0.522523:27:31:19:34:27:31:19:34 chr3 126270923 . G C 267.43 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0333186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4347;QD=21.8311;RBI=0.0351882;REFB=-0.00730426;REVB=-0.0113175;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553909;STB=0.549878;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00838653;OID=.;OPOS=126270923;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:24:24:25:0.510204:13:11:12:11:14:11:13:11 chr3 126329910 . A G 307.48 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0141307;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.552;QD=33.2405;RBI=0.0242861;REFB=-0.0214321;REVB=0.0197518;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123609;STB=0.567517;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.011366;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:11:11:26:26:0.702703:13:13:8:3:13:13:8:3 chr3 126385067 . C T 492.98 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.00804736;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5078;QD=20.9779;RBI=0.029283;REFB=-0.00207703;REVB=0.0281556;RO=46;SAF=22;SAR=26;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208133;STB=0.62495;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0032918;OID=.;OPOS=126385067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:46:48:48:0.510638:26:22:32:14:26:22:33:13 chr3 126385070 . G A 506.76 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0022477;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.799;QD=22.2749;RBI=0.0461025;REFB=-0.00205897;REVB=0.0460477;RO=41;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186438;STB=0.601047;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00286323;OID=.;OPOS=126385070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:43:48:48:0.527473:26:22:28:13:26:22:29:14 chr3 126451937 . G T 336.95 PASS AF=0.413043;AO=36;DP=89;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0198471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.262;QD=14.6498;RBI=0.0207562;REFB=-0.0186127;REVB=-0.00607584;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785197;STB=0.531018;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.031221;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:53:54:36:38:0.413043:15:21:27:26:17:21:27:27 chr3 126708453 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0186352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.1;QD=17.9409;RBI=0.0281614;REFB=-0.0145105;REVB=-0.0211139;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.566939;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0192062;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:12:10:11:8:12:10 chr3 126723549 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0193727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.233;QD=20.1562;RBI=0.0193895;REFB=-0.0168468;REVB=0.000805061;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847192;STB=0.547136;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.012059;OID=.;OPOS=126723549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:10:15:14:14:10:15 chr3 126726705 . A G 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0179629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.079;QD=6.14841;RBI=0.0191271;REFB=-0.00819291;REVB=-0.00657105;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205752;STB=0.631321;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0253978;OID=.;OPOS=126726705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:4:6:15:20:4:6:15:20 chr3 126735453 . C T 507.96 PASS AF=0.414815;AO=55;DP=134;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0464872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.957;QD=15.0505;RBI=0.0498418;REFB=-0.0219795;REVB=-0.0179761;RO=78;SAF=29;SAR=26;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117126;STB=0.502392;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.035394;OID=.;OPOS=126735453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:78:79:55:56:0.414815:26:29:42:36:26:30:42:37 chr3 126737268 . C A 1051.65 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.612;QD=59.2479;RBI=0.0576625;REFB=0;REVB=0.042128;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298972;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:33:38:0:0 chr3 126746690 . A G 336.01 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=87;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00817079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.201;QD=15.1016;RBI=0.0213154;REFB=-0.0112556;REVB=0.0196872;RO=49;SAF=12;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218972;STB=0.594776;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0126367;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:49:52:35:37:0.41573:23:12:27:22:23:14:28:24 chr3 126746731 . T G 101.99 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0195608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2381;QD=7.69743;RBI=0.0403724;REFB=0.00452817;REVB=-0.0353173;RO=32;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19142;STB=0.62112;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0381554;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:39:14:14:0.264151:4:10:18:14:4:10:22:17 chr3 126753653 . G A 92.33 PASS AF=0.245283;AO=14;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.079601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.303;QD=6.96833;RBI=0.0797299;REFB=-0.00874642;REVB=-0.00453195;RO=37;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236396;STB=0.810974;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0272878;OID=.;OPOS=126753653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:37:40:14:13:0.245283:12:2:10:27:12:1:13:27 chr3 126916371 . T C 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0595512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2404;QD=51.8337;RBI=0.0615691;REFB=0.0301592;REVB=-0.0156337;RO=2;SAF=2;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305178;STB=0.666531;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00331693;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:29:2:2:0:29:2:2:0 chr3 126916433 . T TTTC 331.42 PASS AF=1;AO=20;DP=30;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014982;FXX=0.199933;HRUN=3;LEN=3;MLLD=240.704;QD=55.2362;RBI=0.0267157;REFB=0;REVB=0.0221195;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.81712e-05;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:30:24:24:0:16:8:0:0:3:9:13:7:4:5 chr3 127323592 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0233698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.594;QD=8.69154;RBI=0.0306216;REFB=-0.0112035;REVB=-0.0197873;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.585139;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0397043;OID=.;OPOS=127323592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:6:2:5:11:6:2:6:11 chr3 127323830 . C T 739.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2984;QD=55.7832;RBI=0.0924548;REFB=0;REVB=0.0780251;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182672;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr3 127379270 . C T 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00636496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.468;QD=24.8628;RBI=0.0137492;REFB=-0.0299325;REVB=0.0121872;RO=25;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457201;STB=0.52503;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0193693;OID=.;OPOS=127379270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:16:22:16:9:16:22:16:9 chr3 127409941 . T C 1494.92 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116202;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.749;QD=63.6136;RBI=0.0199594;REFB=0;REVB=0.016228;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27715e-05;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr3 127410915 . C T 955.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.677;QD=58.7731;RBI=0.0163607;REFB=0;REVB=0.00695412;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41684e-05;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:31:34:0:0 chr3 127434580 . G A 573.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000131908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0637;QD=60.3854;RBI=0.0505436;REFB=0;REVB=0.0505434;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066074;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr3 127641968 . C A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00390273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.698;QD=11.831;RBI=0.00392141;REFB=-0.0114382;REVB=-0.000382298;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.506318;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0202233;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:8:10:6:5:8:10 chr3 127642814 . G C 380.38 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.021671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3209;QD=11.9805;RBI=0.0420526;REFB=-0.0147745;REVB=-0.0360387;RO=81;SAF=19;SAR=27;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131948;STB=0.575423;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0215747;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:27:19:43:38:27:19:43:38 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 135.15 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=138;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.000662865;FXX=0.0225547;HRUN=0;LEN=7;MLLD=333.779;QD=4.15841;RBI=0.00490507;REFB=-0.00113417;REVB=-0.00486007;RO=113;SAF=10;SAR=14;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123328;STB=0.553064;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.00503979;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184615:24:138:24:130:106:10:14:51:55:99:113:10:14:58:55 chr3 127682477 . AC GT 135.37 PASS AF=0.183206;AO=24;DP=136;FAO=24;FDP=131;FR=.;FRO=107;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.0152832;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.25;QD=4.13355;RBI=0.0357626;REFB=-0.00759129;REVB=-0.0323325;RO=107;SAF=12;SAR=12;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178643;STB=0.511441;STBP=0.904;TYPE=mnp;VARB=0.023669;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:131:107:107:24:24:0.183206:12:12:52:55:12:12:52:55 chr3 127983495 . T C 762.89 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241068;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.882;QD=56.5105;RBI=0.052398;REFB=0;REVB=0.0465233;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255939;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:49:54:1:28:21:0:0:31:23:0:0 chr3 128181777 . A G 408.9 PASS AF=0.554054;AO=39;DP=71;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0238874;FXX=0.0263123;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.1639;QD=22.1025;RBI=0.0274053;REFB=-0.0152803;REVB=-0.0134328;RO=32;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969779;STB=0.557028;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0100769;OID=.;OPOS=128181777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:32:33:39:41:0.554054:15:24:16:16:16:25:16:17 chr3 128182378 . G A 207.24 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00232545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.088;QD=24.3812;RBI=0.0349525;REFB=0.00690617;REVB=0.034875;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527047;STB=0.529382;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00573829;OID=.;OPOS=128182378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:6:8:10:10:6:8 chr3 128199662 . G A 471.35 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0562859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.544;QD=18.3047;RBI=0.0664815;REFB=-0.00984153;REVB=0.0353792;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807717;STB=0.544802;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0136605;OID=.;OPOS=128199662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:27:23:29:24:27:23:29:24 chr3 128205860 . G C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.808;QD=25.4651;RBI=0.0355846;REFB=0.049274;REVB=-0.0355846;RO=3;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0497971;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:9:0:0:3:9:0:0:3 chr3 128292213 . A G 2511.21 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.673;QD=61.6247;RBI=0.0394262;REFB=0;REVB=0.0384319;RO=0;SAF=98;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.62803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41752e-05;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:65:98:0:0:65:98:0:0 chr3 128292844 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4113;QD=45.8058;RBI=0.0711649;REFB=0;REVB=0.0670636;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126329;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr3 128292858 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.566;QD=47.8224;RBI=0.0955637;REFB=0;REVB=0.0916124;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440599;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr3 128356852 . C T 1106.26 PASS AF=0.987013;AO=72;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187591;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4463;QD=57.468;RBI=0.0202419;REFB=-0.0885526;REVB=-0.00760455;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00616166;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:77:0:1:72:76:0.987013:46:26:0:0:50:26:0:1 chr3 128392630 . G C 418.24 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.365;QD=55.7648;RBI=0.0230887;REFB=0;REVB=-0.0214253;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54693e-05;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr3 128622934 . A C 431.0 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0035326;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.035;QD=25.353;RBI=0.0082497;REFB=-0.0116506;REVB=-0.00745509;RO=27;SAF=28;SAR=13;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049459;STB=0.527014;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00708937;OID=.;OPOS=128622934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:27:27:41:41:0.602941:13:28:20:7:13:28:20:7 chr3 128781048 . G A 33.53 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0692819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=19.1608;RBI=0.0963141;REFB=-0.0636493;REVB=0.0669061;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0107335;OID=.;OPOS=128781048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:2:3:0:1:2:3:1:1 chr3 128890350 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.504;QD=57.2003;RBI=0.0756577;REFB=0;REVB=-0.0734856;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000805901;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr3 129130197 . T C 164.69 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00607754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.784;QD=21.2498;RBI=0.0113547;REFB=0.00798422;REVB=-0.00959132;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589001;STB=0.533293;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00605771;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:5:9:12:5:5:9 chr3 129134242 . G A 544.0 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0863086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.103;QD=25.3021;RBI=0.0863732;REFB=-0.00485492;REVB=-0.00333954;RO=36;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050712;STB=0.522266;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0048512;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:36:36:49:50:0.581395:29:20:17:19:29:21:17:19 chr3 129137127 . G A 393.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00107798;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.001;QD=24.9898;RBI=0.00462446;REFB=-0.0247621;REVB=0.00449706;RO=25;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335499;STB=0.518385;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0116322;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:20:18:13:12:20:18:13:12 chr3 129140499 . T C 443.08 PASS AF=0.72549;AO=32;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0049447;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.693;QD=34.7512;RBI=0.0261064;REFB=0.0042545;REVB=0.0256339;RO=12;SAF=27;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083223;STB=0.506326;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00129773;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:51:51:12:12:32:37:0.72549:5:27:9:3:10:27:9:3 chr3 129152089 . G A 616.47 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0450785;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.576;QD=23.4847;RBI=0.045328;REFB=0.00287549;REVB=-0.00474899;RO=44;SAF=33;SAR=27;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565433;STB=0.526307;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00324028;OID=.;OPOS=129152089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:44:45:60:60:0.571429:27:33:21:23:27:33:22:23 chr3 129155670 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.000708128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.673;QD=26.3384;RBI=0.0489778;REFB=0.0130594;REVB=-0.0489727;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251035;STB=0.637941;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.013221;OID=.;OPOS=129155670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:13:2:11:12:13:2 chr3 129210977 . G C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00903916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.573;QD=16.9316;RBI=0.0117221;REFB=-0.0164839;REVB=0.00746339;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0132656;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:7:5:6:5:7:5:7:5 chr3 129214302 . G A 670.28 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0173956;FXX=0.0153834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.632;QD=20.9462;RBI=0.0307482;REFB=-0.0371334;REVB=0.0253544;RO=60;SAF=37;SAR=29;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138691;STB=0.568269;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0356706;OID=.;OPOS=129214302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:60:62:66:66:0.515625:29:37:24:36:29:37:26:36 chr3 129268116 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCC,GCCCCCA 71.1 PASS AF=0,0.314286,0.0857143;AO=3,15,6;DP=70;FAO=0,22,6;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=0,13,5;FSAR=0,9,1;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0255765,-0.00296858,0.0527072;FXX=0.0140825;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=34.4881,6.81907,22.0054;QD=4.06287;RBI=0.0573353,0.148102,0.112167;REFB=-0.0270438,-0.159546,-0.0810885;REVB=0.0513145,0.148072,0.0990123;RO=35;SAF=2,10,5;SAR=1,5,1;SRF=9;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.714286,0;SSSB=0.412155,0.450418,0.611246;STB=0.5,0.664223,0.883072;STBP=1,0.07,0.11;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.164736,0.128153;OID=.,.,.;OPOS=129268116,129268117,129268122;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,A;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCC,GCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:70:70:35:42:3,15,6:0,22,6:0,0.314286,0.0857143:1,5,1:2,10,5:9:26:0,9,1:0,13,5:14:28 chr3 129279597 . C G,T 468.16 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=3,29;DP=32;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044308,0.042793;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.2264,95.6137;QD=56.746;RBI=0.0853786,0.07462;REFB=0,0;REVB=0.0729816,0.0611302;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.216174,-0.00110271;OID=.,.;OPOS=129279597,129279597;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:33:0:0:3,29:2,31:0.0606061,0.939394:1,17:2,12:0:0:1,17:1,14:0:0 chr3 129281980 . C T 936.15 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000158302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5566;QD=58.5095;RBI=0.000324722;REFB=0;REVB=-0.000283523;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52814e-06;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:32:32:0:0 chr3 129286413 . G C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0417719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4275;QD=15.626;RBI=0.0418893;REFB=0.00977334;REVB=0.00313414;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2233;STB=0.627764;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.022762;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:7:16:8:9:7:16 chr3 129286635 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00508088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.01;QD=10.6346;RBI=0.0145946;REFB=-0.00393349;REVB=-0.0136816;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00677362;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr3 129291751 . T C 249.29 PASS AF=0.408451;AO=30;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0425138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0541;QD=14.0445;RBI=0.0505496;REFB=-0.0121008;REVB=-0.0273468;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224422;STB=0.609141;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0166976;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:30:29:0.408451:10:20:18:22:10:19:20:22 chr3 129293183 . T C 1324.78 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.152;QD=60.9096;RBI=0.0523338;REFB=0;REVB=-0.0493517;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050353;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:83:87:1:40:43:0:0:43:44:0:0 chr3 129293256 . T C 347.7 PASS AF=0.323529;AO=44;DP=135;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0347335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4473;QD=10.2263;RBI=0.0550915;REFB=-0.0162459;REVB=-0.0427628;RO=90;SAF=30;SAR=14;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207465;STB=0.614353;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0318619;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:90:92:44:44:0.323529:14:30:46:44:14:30:48:44 chr3 129367024 . T A 1160.55 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0764176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.6;QD=58.0273;RBI=0.0765416;REFB=-0.177487;REVB=-0.00435393;RO=1;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937273;STB=0.503821;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000813407;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:80:1:2:77:78:0.975:50:27:0:1:50:28:1:1 chr3 129538635 . A G 716.49 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0188873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.715;QD=51.1777;RBI=0.0325418;REFB=-0.0542244;REVB=0.0264998;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.511529;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00216364;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:53:53:0.946429:29:24:2:0:29:24:2:1 chr3 129546729 . T C 837.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275675;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.419;QD=57.7445;RBI=0.0298073;REFB=0;REVB=-0.0113363;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69301e-05;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr3 129694681 . C G 786.02 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=104;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0180134;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.629;QD=30.2317;RBI=0.0360068;REFB=-0.0248141;REVB=0.031177;RO=34;SAF=30;SAR=40;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438665;STB=0.52367;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.010822;OID=.;OPOS=129694681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:34:34:70:70:0.673077:40:30:17:17:40:30:17:17 chr3 129695954 . T C 768.77 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281495;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6491;QD=56.9462;RBI=0.0519115;REFB=0;REVB=-0.0436166;RO=0;SAF=35;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363847;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:43:54:1:8:35:0:0:19:35:0:0 chr3 129696041 . A G 1091.26 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.628;QD=58.2006;RBI=0.0278587;REFB=0.202653;REVB=0.0177291;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000277481;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:1:0 chr3 129800888 . G A 62.74 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00335514;FXX=0.0531858;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.151;QD=2.81991;RBI=0.0102985;REFB=0.000197037;REVB=0.00973667;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178613;STB=0.599463;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00562129;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:94:89:57:77:12:12:0.134831:5:7:25:32:5:7:36:41 chr3 129800895 . G A 71.34 PASS AF=0.141414;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=99;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00311929;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.341;QD=2.8823;RBI=0.00970631;REFB=-0.00273954;REVB=-0.00919143;RO=85;SAF=7;SAR=7;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366396;STB=0.525217;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0275203;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:100:99:85:85:14:14:0.141414:7:7:40:45:7:7:40:45 chr3 130098349 . G A 1952.54 PASS AF=0.984733;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0247757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.403;QD=59.6197;RBI=0.0264628;REFB=-0.0190116;REVB=-0.00929747;RO=3;SAF=64;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725017;STB=0.507691;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00301143;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:131:3:2:128:129:0.984733:64:64:1:2:64:65:0:2 chr3 130103709 . G A 1156.93 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9597;QD=59.3298;RBI=0.0421358;REFB=-0.0666385;REVB=-0.0333183;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0018423;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:30:47:0:0:30:47:0:1 chr3 130103723 . G A 1111.79 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.369;QD=60.0968;RBI=0.0300962;REFB=0;REVB=-0.0113409;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35728e-05;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:27:46:0:0:27:47:0:0 chr3 130104062 . T C 1810.5 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00234019;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.853;QD=59.3605;RBI=0.00243912;REFB=0.0347338;REVB=0.000687626;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508332;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000370073;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:122:0:2:119:120:0.983607:60:59:0:0:61:59:2:0 chr3 130104206 . A G 1423.55 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104359;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8184;QD=59.939;RBI=0.0236985;REFB=-0.160417;REVB=0.021277;RO=1;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108981;STB=0.505617;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00495634;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:43:50:0:1:44:50:0:1 chr3 130110550 . A G 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.88;QD=61.3276;RBI=0.00813074;REFB=0;REVB=0.00279612;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18451e-05;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr3 130114082 . C G 1996.2 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113081;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.644;QD=62.3814;RBI=0.0143278;REFB=0;REVB=-0.0142831;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34316e-05;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:70:58:0:0:70:58:0:0 chr3 130162395 . A G 302.21 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0257431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8901;QD=18.3159;RBI=0.0530057;REFB=-0.0020647;REVB=-0.0463346;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889375;STB=0.548548;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000191654;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:32:33:32:33:0.5:13:19:22:10:13:20:23:10 chr3 130174334 . G A 1052.5 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207677;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.67;QD=58.472;RBI=0.0208151;REFB=0.0260489;REVB=0.00140399;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0013056;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chr3 130174416 . G A 639.55 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=103;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0086436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.586;QD=24.8367;RBI=0.0110105;REFB=-0.00561961;REVB=0.00682056;RO=42;SAF=28;SAR=33;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229837;STB=0.51252;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00500739;OID=.;OPOS=130174416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:42:61:61:0.592233:33:28:18:24:33:28:18:24 chr3 130187817 . T C 452.12 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0153536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.572;QD=14.8237;RBI=0.0160421;REFB=-0.00155733;REVB=0.00464929;RO=70;SAF=31;SAR=20;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184865;STB=0.599961;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00309251;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:20:31:30:40:20:31:31:40 chr3 130190630 . G A 242.9 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=14;FWDB=-0.0259641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5309;QD=10.561;RBI=0.0354741;REFB=-0.0153851;REVB=-0.0241719;RO=62;SAF=24;SAR=6;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044932;STB=0.526298;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0234877;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:6:24:48:14:6:24:48:14 chr3 130285929 . C T 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.0162515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5682;QD=11.2954;RBI=0.0656686;REFB=-0.0151405;REVB=-0.0636259;RO=34;SAF=15;SAR=3;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192884;STB=0.511351;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0141806;OID=.;OPOS=130285929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:3:15:28:6:3:15:28:6 chr3 130311398 . C T 568.87 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.000947214;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.397;QD=21.4668;RBI=0.0132727;REFB=-0.0121145;REVB=0.0132389;RO=41;SAF=17;SAR=40;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101422;STB=0.526306;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00942632;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:41:49:57:57:0.537736:40:17:17:24:40:17:17:32 chr3 130437265 . G C 663.63 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0310167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.031;QD=23.9145;RBI=0.0366844;REFB=-0.0219581;REVB=-0.0195884;RO=46;SAF=34;SAR=30;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094191;STB=0.509335;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0229963;OID=.;OPOS=130437265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:47:64:64:0.576577:30:34:25:21:30:34:26:21 chr3 130852185 . TG CA,CG 543.39 PASS AF=0.526316,0.473684;AO=20,17;DP=38;FAO=20,18;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=18,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154752,0.0868151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=235.765,160.907;QD=57.1993;RBI=0.0186359,0.0883621;REFB=0,0;REVB=0.0103834,0.016462;RO=0;SAF=2,9;SAR=18,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.19193e-08,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00272892,-0.00168003;OID=.,.;OPOS=130852185,130852185;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:38:38:0:0:20,17:20,18:0.526316,0.473684:18,8:2,9:0:0:18,9:2,9:0:0 chr3 130947435 . A T 212.58 PASS AF=0.280374;AO=28;DP=101;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0175185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.242;QD=7.94684;RBI=0.0638538;REFB=-0.0368063;REVB=-0.0614037;RO=73;SAF=17;SAR=11;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399236;STB=0.515467;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0843098;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:73:77:28:30:0.280374:11:17:42:31:13:17:42:35 chr3 131136797 . T C 1434.02 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.044;QD=63.0339;RBI=0.0385792;REFB=0;REVB=0.025714;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26747e-05;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:53:37:0:0:53:38:0:0 chr3 131624120 . C G 239.13 PASS AF=0.278689;AO=35;DP=118;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0322037;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9951;QD=7.84047;RBI=0.0400883;REFB=-0.0131546;REVB=-0.0238746;RO=80;SAF=15;SAR=20;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114537;STB=0.564164;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0378839;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:80:88:35:34:0.278689:20:15:42:38:20:14:44:44 chr3 131947937 . A G 240.95 PASS AF=0.315789;AO=29;DP=94;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0192816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8633;QD=10.1454;RBI=0.0215818;REFB=-0.000593021;REVB=-0.00969514;RO=63;SAF=16;SAR=13;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119274;STB=0.578297;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00105311;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:63:65:29:30:0.315789:13:16:41:22:14:16:42:23 chr3 131950716 . G GC 37.84 PASS AF=0.275862;AO=10;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.221278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.3343;QD=5.21885;RBI=0.222641;REFB=-0.0623992;REVB=0.0246002;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679608;STB=0.689572;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.120837;OID=.;OPOS=131950717;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:10:30:8:29:21:1:7:6:15:37:20:3:7:5:15 chr3 132051116 . T C 510.14 PASS AF=0.393103;AO=56;DP=145;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.0146083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.424;QD=14.0728;RBI=0.0153041;REFB=-0.00437504;REVB=-0.00456204;RO=88;SAF=34;SAR=22;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224489;STB=0.619474;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0104942;OID=.;OPOS=132051116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:88:88:56:57:0.393103:22:34:35:53:23:34:35:53 chr3 132218623 . G T 2011.58 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914918;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.72;QD=62.3747;RBI=0.0204629;REFB=0;REVB=0.0183037;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0746e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr3 132360883 . C T 1513.24 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000314343;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.156;QD=63.7155;RBI=0.00372085;REFB=0;REVB=0.00370755;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01973e-06;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr3 132401600 . C T 234.87 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0404349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1528;QD=15.4014;RBI=0.040638;REFB=-0.0196094;REVB=0.00405842;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113241;STB=0.579652;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0334057;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:34:27:27:0.442623:12:15:14:18:12:15:14:20 chr3 132436901 . AT AA,A 211.99 PASS AF=0,1;AO=7,20;DP=32;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591221,-0.0212533;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=14.0775,8.66079;QD=26.4991;RBI=0.307127,0.10854;REFB=0.0408679,-0.0204584;REVB=-0.301383,-0.106439;RO=2;SAF=0,15;SAR=7,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782089,0.0539403;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00161854;OID=.,.;OPOS=132436902,132436902;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:7,20:32:0,32:32:0:0,17:0,15:0:0:3:2:0,15:7,5:1:1 chr3 132436967 . A G 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0055901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.776;QD=18.2988;RBI=0.00945056;REFB=-0.0109085;REVB=-0.00761996;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166923;STB=0.595083;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.037447;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:11:12:7:13:11:12 chr3 133114893 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.11755e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.42;QD=62.9819;RBI=0.0303283;REFB=0;REVB=0.0303281;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22763e-05;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr3 133167363 . G A 303.27 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0161986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3991;QD=25.8103;RBI=0.0274179;REFB=-0.0296604;REVB=-0.0221212;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181755;STB=0.585306;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0199292;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:20:27:27:0.574468:12:15:15:4:12:15:15:5 chr3 133342218 . C T 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.624;QD=60.255;RBI=0.032436;REFB=0;REVB=-0.00118473;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9678e-05;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:40:69:0:0:40:69:0:0 chr3 133465283 . A G 1126.77 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0631121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4419;QD=57.783;RBI=0.0826253;REFB=0.000423895;REVB=-0.0533274;RO=2;SAF=43;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215001;STB=0.511361;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000979439;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:33:43:2:0:33:43:2:0 chr3 133474225 . C T 842.88 PASS AF=0.568345;AO=75;DP=136;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00118947;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.849;QD=24.2556;RBI=0.00759354;REFB=-0.0242058;REVB=0.0074998;RO=57;SAF=40;SAR=35;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504371;STB=0.517028;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0185415;OID=.;OPOS=133474225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:57:60:75:79:0.568345:35:40:34:23:36:43:35:25 chr3 133475722 . C T 655.77 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0250581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7897;QD=27.042;RBI=0.0347877;REFB=-0.0263839;REVB=0.0241303;RO=38;SAF=28;SAR=30;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125401;STB=0.501779;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0343631;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:38:39:58:58:0.597938:30:28:19:19:30:28:19:20 chr3 133485133 . A G 982.27 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078579;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6706;QD=58.643;RBI=0.0383477;REFB=0;REVB=0.037534;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127867;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:28:39:0:0 chr3 133494354 . C T 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0323924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0417;QD=8.32873;RBI=0.0603709;REFB=-0.013668;REVB=-0.0509449;RO=45;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236959;STB=0.649838;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0352896;OID=.;OPOS=133494354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:46:19:19:0.292308:13:6:23:22:13:6:24:22 chr3 133547245 . G A 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.006198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4307;QD=18.3425;RBI=0.00718153;REFB=-0.00776257;REVB=-0.00362756;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0149537;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:9:9:10:7:9:9 chr3 133547692 . G A 727.48 PASS AF=0.546875;AO=68;DP=127;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0457467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.653;QD=22.7337;RBI=0.053659;REFB=-0.0243396;REVB=0.0280452;RO=58;SAF=37;SAR=31;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948524;STB=0.550587;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0247435;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:58:58:68:70:0.546875:31:37:25:33:32:38:25:33 chr3 133698349 . C T 1419.51 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00683859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.159;QD=61.7177;RBI=0.0257012;REFB=-0.0557257;REVB=0.0247747;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000112533;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:55:36:0:0:55:36:0:1 chr3 134074727 . ATTT ATTA,ATT 590.48 PASS AF=0.46789,0.311927;AO=40,29;DP=114;FAO=51,34;FDP=109;FR=.;FRO=24;FSAF=22,12;FSAR=29,22;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00544525,0.00802281;FXX=0.0521694;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=249.892,5.04103;QD=21.6689;RBI=0.0145189,0.0247143;REFB=-0.0163153,-0.10668;REVB=-0.0134592,-0.0233758;RO=18;SAF=18,10;SAR=22,19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.100696,0.0526403;STB=0.574197,0.568091;STBP=0.076,0.282;TYPE=snp,del;VARB=0.00685975,0.112767;OID=.,.;OPOS=134074730,134074728;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.46789,0.311927:40,29:114:51,34:109:24:22,12:29,22:5:19:99:18:18,10:22,19:5:13 chr3 134075522 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.065;QD=61.4671;RBI=0.0204396;REFB=0;REVB=-0.0101921;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8472e-06;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr3 134077470 . C G 2353.39 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000763908;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.619;QD=60.3433;RBI=0.0126749;REFB=-0.0817575;REVB=0.0126518;RO=1;SAF=72;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065614;STB=0.503401;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=3.48669e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:156:1:1:154:155:0.99359:82:72:1:0:82:73:1:0 chr3 134278270 . C T 90.35 PASS AF=0.255319;AO=11;DP=46;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0109584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.072;QD=7.68899;RBI=0.0116866;REFB=-0.0161347;REVB=0.00406066;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15969;STB=0.633929;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0337205;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:47:34:35:11:12:0.255319:6:5:20:14:7:5:21:14 chr3 134280395 . T A 1025.52 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.697;QD=59.4507;RBI=0.0114345;REFB=0;REVB=-0.00515391;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64902e-06;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr3 134322163 . C A 370.32 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=80;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00326639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.07;QD=18.0645;RBI=0.0129324;REFB=-0.0148184;REVB=-0.0125131;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612098;STB=0.539942;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0153441;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:42:43:37:39:0.47561:20:17:22:20:22:17:22:21 chr3 134322742 . A G 199.83 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0122758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9591;QD=13.5477;RBI=0.0122858;REFB=0.000870305;REVB=0.00049627;RO=35;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216038;STB=0.625114;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00104281;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:19:5:13:22:19:5:13:22 chr3 134322814 . G C 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0170511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.319;QD=19.519;RBI=0.0248878;REFB=0.00204188;REVB=0.0181291;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255966;STB=0.642755;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00129035;OID=.;OPOS=134322814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:9:17:10:18:9:17 chr3 134323156 . A G 1456.07 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008036;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9291;QD=63.3074;RBI=0.0584909;REFB=0;REVB=-0.0579362;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299101;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr3 134499419 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4906;QD=57.3856;RBI=0.0616198;REFB=0;REVB=-0.0504551;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676632;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr3 134898742 . C T 669.33 PASS AF=0.461538;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0251063;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.491;QD=17.1622;RBI=0.0273879;REFB=-0.0173073;REVB=0.0109441;RO=83;SAF=35;SAR=37;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075977;STB=0.507479;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0246996;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:83:84:72:72:0.461538:37:35:41:42:37:35:42:42 chr3 136573440 . A G 621.32 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0646576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4669;QD=27.6142;RBI=0.06564;REFB=-0.0177968;REVB=-0.0113139;RO=34;SAF=21;SAR=34;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648456;STB=0.541931;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0105444;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:35:55:55:0.611111:34:21:16:18:34:21:17:18 chr3 136574501 . A G 761.31 PASS AF=0.596639;AO=71;DP=119;FAO=71;FDP=119;FR=.;FRO=48;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0668846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6675;QD=25.5904;RBI=0.0669509;REFB=-0.0337988;REVB=0.00297902;RO=47;SAF=48;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193519;STB=0.601927;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0168261;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:47:48:71:71:0.596639:23:48:20:27:23:48:21:27 chr3 136574578 . T TTAA 316.93 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00642553;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=234.999;QD=20.1224;RBI=0.0155465;REFB=-0.0218663;REVB=0.0141565;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113733;STB=0.591663;STBP=0.153;TYPE=ins;VARB=0.0210511;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:32:71:33:63:30:15:18:8:22:99:37:15:17:13:24 chr3 136649463 . C T 272.13 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0107011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.49;QD=20.9332;RBI=0.0213533;REFB=-0.0510303;REVB=0.0184784;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338701;STB=0.51204;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0271501;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:17:10:8:16:18:10:8:16 chr3 136667405 . T C 271.01 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0551317;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1881;QD=9.67887;RBI=0.0621743;REFB=-0.0182596;REVB=0.0287427;RO=77;SAF=21;SAR=15;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169894;STB=0.506132;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0352163;OID=.;OPOS=136667405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:77:76:36:36:0.321429:15:21:46:31:15:21:45:31 chr3 137743508 . A T 389.73 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0189837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.133;QD=13.2112;RBI=0.0303991;REFB=-0.0182777;REVB=-0.0237428;RO=71;SAF=17;SAR=29;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223084;STB=0.622448;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0313591;OID=.;OPOS=137743508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:71:72:46:46:0.389831:29:17:41:30:29:17:41:31 chr3 137749839 . A G 135.0 PASS AF=0.294118;AO=16;DP=64;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0129243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.702;QD=7.94138;RBI=0.024908;REFB=-0.0103287;REVB=-0.0212925;RO=48;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025369;STB=0.556829;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0391685;OID=.;OPOS=137749839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:48:48:16:20:0.294118:8:8:25:23:8:12:25:23 chr3 137787047 . C T 233.83 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0293273;FXX=0.0833218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.927;QD=14.1714;RBI=0.0372164;REFB=-0.00455984;REVB=0.0229121;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329055;STB=0.684309;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0168173;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:37:39:27:27:0.409091:10:17:11:26:10:17:12:27 chr3 137787192 . T C 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00925779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3646;QD=18.7936;RBI=0.0205983;REFB=-0.0170291;REVB=-0.0184007;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200127;STB=0.62059;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0296097;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:11:12:8:18:11:12:8:19 chr3 137787963 . T G 596.58 PASS AF=0.354067;AO=71;DP=206;FAO=74;FDP=209;FR=.;FRO=135;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=79;FSRR=56;FWDB=0.000157182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.055;QD=11.4178;RBI=0.000832434;REFB=-0.00112076;REVB=0.00081746;RO=134;SAF=34;SAR=37;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126302;STB=0.580657;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00185145;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:134:135:71:74:0.354067:37:34:79:55:40:34:79:56 chr3 137843106 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0210382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.376;QD=11.4396;RBI=0.0245585;REFB=-0.00139583;REVB=-0.0126693;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262028;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:13:11:6:7:13:11 chr3 137843476 . G T 293.16 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0281142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.402;QD=15.0341;RBI=0.028609;REFB=0.00559446;REVB=-0.0052979;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108016;STB=0.568678;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00913913;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:45:32:33:0.423077:13:19:21:22:13:20:22:23 chr3 137850003 . A G 90.16 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.054063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.741;QD=7.6728;RBI=0.0635048;REFB=-0.015456;REVB=-0.0333174;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492577;STB=0.530634;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0393663;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:5:7:19:16:5:7:19:16 chr3 137880743 . G A 141.17 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0374696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.625;QD=13.4444;RBI=0.0739583;REFB=-0.0418148;REVB=-0.0637641;RO=26;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382903;STB=0.726958;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0507789;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:3:13:13:13:3:13:13:13 chr3 137881265 . T A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.011129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.449;QD=16.417;RBI=0.0252917;REFB=-0.0200933;REVB=-0.0227116;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37168;STB=0.713979;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0272278;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:5:11:4:10:5:11 chr3 137964263 . T G 488.09 PASS AF=0.398374;AO=38;DP=132;FAO=49;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00561261;FXX=0.0681767;HRUN=9;LEN=1;MLLD=199.538;QD=15.8728;RBI=0.00966498;REFB=-0.00606976;REVB=0.00786832;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609432;STB=0.535004;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00196182;OID=.;OPOS=137964263;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:123:33:64:38:49:0.398374:17:21:18:15:23:26:30:34 chr3 138033181 . C T 104.23 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0197615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7272;QD=10.423;RBI=0.035594;REFB=-0.0232966;REVB=-0.0296043;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190822;STB=0.615921;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0367457;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:3:10:17:10:3:10:17:10 chr3 138187568 . C T 3586.05 PASS AF=0.970833;AO=233;DP=240;FAO=233;FDP=240;FR=.;FRO=7;FSAF=128;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00447412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.014;QD=59.7675;RBI=0.00733793;REFB=-0.152045;REVB=0.00581614;RO=7;SAF=128;SAR=105;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147625;STB=0.507753;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0014679;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:240:240:7:7:233:233:0.970833:105:128:2:5:105:128:2:5 chr3 138191232 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0279303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.649;QD=24.0732;RBI=0.0320085;REFB=-0.0426072;REVB=-0.0156345;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333331;STB=0.689341;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0163576;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:2:5:3:10:2:5 chr3 138289163 . T C 962.32 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266494;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5106;QD=59.2197;RBI=0.0802378;REFB=0;REVB=0.0756829;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898043;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr3 138289221 . C T 1561.94 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8421;QD=63.1089;RBI=0.0267135;REFB=0;REVB=0.00139061;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472675;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr3 138329862 . G A 986.02 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00733268;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.079;QD=56.344;RBI=0.0212059;REFB=-0.104587;REVB=0.0198978;RO=2;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866492;STB=0.504586;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000827329;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:2:2:68:68:0.971429:44:24:1:1:44:24:1:1 chr3 138665815 . C T 280.77 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0907856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5283;QD=28.0767;RBI=0.0981805;REFB=0.0297262;REVB=0.0373814;RO=15;SAF=2;SAR=23;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369461;STB=0.709038;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0145005;OID=.;OPOS=138665815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:23:2:5:10:23:2:5:10 chr3 138668582 . T C 201.46 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000302079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.685;QD=13.8937;RBI=0.0186733;REFB=-0.0071463;REVB=0.0186709;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120938;STB=0.568909;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00946334;OID=.;OPOS=138668582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:21:13:12:12:21:13 chr3 138668692 . T C 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00945606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.189;QD=11.0014;RBI=0.0192512;REFB=-0.0151607;REVB=0.0167688;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248904;STB=0.630047;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0177325;OID=.;OPOS=138668692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:54:28:28:0.341463:12:16:18:34:12:16:20:34 chr3 138669222 . A G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0324724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.866;QD=2.91602;RBI=0.0325253;REFB=0.00582437;REVB=0.00185288;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353256;STB=0.768239;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0560839;OID=.;OPOS=138669222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:1:5:22:17:1:5:22:17 chr3 138762707 . C G 1566.63 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2553;QD=59.681;RBI=0.0608415;REFB=0;REVB=0.060481;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124003;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:44:58:0:0:47:58:0:0 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGGCTG 1465.6 PASS AF=0,0.980769,0.0192308;AO=18,57,11;DP=108;FAO=0,102,2;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,59,2;FSAR=0,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272431,0.0241088,0.0165211;FXX=0.0458673;HRUN=1,1,1;LEN=4,3,2;MLLD=225.148,235.461,216.25;QD=56.3693;RBI=0.058839,0.075513,0.0620133;REFB=0,0,0;REVB=0.0521521,0.071561,0.0597721;RO=0;SAF=11,33,11;SAR=7,24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.25003e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00329933,0.000463749,0.00395111;OID=.,.,.;OPOS=138763635,138763628,138763633;OREF=GCTG,TGC,CT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG,GTGCTGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.980769,0.0192308:18,57,11:108:0,102,2:104:0:0,59,2:0,43,0:0:0:4:0:11,33,11:7,24,0:0:0 chr3 139102120 . C A 1192.42 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503654;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.773;QD=61.1495;RBI=0.00535552;REFB=0;REVB=0.00182068;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220654;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:37:41:0:0 chr3 139303248 . G A 521.61 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860125;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.393;QD=59.612;RBI=0.0379316;REFB=0;REVB=0.0369435;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375607;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr3 139328739 . C T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2976;QD=56.1832;RBI=0.0958475;REFB=0;REVB=0.0688251;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301177;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr3 140167536 . A G 331.29 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0035002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.275;QD=13.6615;RBI=0.0194627;REFB=-0.0121888;REVB=-0.0191454;RO=60;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15095;STB=0.592645;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0218994;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:60:36:37:0.381443:16:20:25:35:16:21:25:35 chr3 140178485 . G A 285.61 PASS AF=0.392857;AO=31;DP=82;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.013003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.569;QD=13.6005;RBI=0.015848;REFB=-0.00676097;REVB=-0.00905985;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918454;STB=0.532542;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.008884;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:51:51:31:33:0.392857:16:15:29:22:16:17:29:22 chr3 140281723 . C T 365.84 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00971663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.534;QD=12.6153;RBI=0.00974048;REFB=-0.0130617;REVB=0.000681142;RO=72;SAF=28;SAR=16;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133264;STB=0.507585;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0203019;OID=.;OPOS=140281723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:16:28:45:27:16:28:45:27 chr3 140282861 . C T 577.85 PASS AF=0.401198;AO=66;DP=165;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=32;FWDB=-0.000423189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.831;QD=13.8406;RBI=0.00587879;REFB=-0.0111781;REVB=0.00586354;RO=97;SAF=54;SAR=12;SRF=67;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192773;STB=0.605045;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0197116;OID=.;OPOS=140282861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:97:100:66:67:0.401198:12:54:67:30:13:54:68:32 chr3 140285504 . T C 103.5 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0085007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.362;QD=6.17934;RBI=0.0383665;REFB=0.00589233;REVB=0.0374129;RO=51;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412587;STB=0.755239;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.031082;OID=.;OPOS=140285504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:4:12:21:30:4:12:21:30 chr3 140401693 . A G 710.1 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0817614;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8316;QD=63.1201;RBI=0.0993637;REFB=0;REVB=-0.0564644;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200098;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:1:0:45:45:1:19:26:0:1:19:26:0:0 chr3 140406947 . G A 478.83 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00576795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.331;QD=25.2015;RBI=0.00822746;REFB=-0.0398725;REVB=0.00586701;RO=30;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823804;STB=0.510381;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0163939;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:31:45:45:0.592105:20:25:17:13:20:25:18:13 chr3 140407260 . C A 265.13 PASS AF=0.741935;AO=22;DP=30;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.118251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.712;QD=34.2097;RBI=0.119786;REFB=-0.0127449;REVB=0.0191119;RO=8;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160457;STB=0.58689;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0056907;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:8:8:22:23:0.741935:19:3:0:8:19:4:0:8 chr3 140979087 . C T 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0196944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0502;QD=10.2392;RBI=0.0247077;REFB=-0.0152108;REVB=0.0149199;RO=19;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619382;STB=0.87888;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0279833;OID=.;OPOS=140979087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:1:9:7:12:1:9:7:12 chr3 140997320 . C T 465.58 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00901876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.387;QD=17.7362;RBI=0.00991924;REFB=-0.019195;REVB=0.00412957;RO=55;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022468;STB=0.512481;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0188242;OID=.;OPOS=140997320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:23:27:31:24:23:27:31:24 chr3 141161266 . C T 122.22 PASS AF=0.167883;AO=23;DP=137;FAO=23;FDP=137;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.00511493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.257;QD=3.56847;RBI=0.00604302;REFB=-0.00638898;REVB=-0.00321802;RO=114;SAF=10;SAR=13;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722023;STB=0.547153;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0358677;OID=.;OPOS=141161266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:114:114:23:23:0.167883:13:10:56:58:13:10:56:58 chr3 141162128 . C G 127.82 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0060924;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.746;QD=17.6302;RBI=0.00891936;REFB=-0.0214017;REVB=0.00651441;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150546;STB=0.586087;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0278736;OID=.;OPOS=141162128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:5:10:7:7:5:10 chr3 141162185 . T G 50.47 PASS AF=0.5;AO=5;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0109603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.2;QD=14.4188;RBI=0.0212544;REFB=-0.0392197;REVB=-0.0182105;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0309575;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:14:14:4:7:5:7:0.5:3:2:1:3:5:2:1:6 chr3 141326602 . T C 338.95 PASS AF=0.358974;AO=41;DP=116;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0107363;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.814;QD=11.5881;RBI=0.0108066;REFB=-0.000121574;REVB=0.00123003;RO=73;SAF=13;SAR=28;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291884;STB=0.662779;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=6.66341e-05;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:73:75:41:42:0.358974:28:13:42:31:28:14:44:31 chr3 141327474 . G A 155.4 PASS AF=0.375;AO=16;DP=46;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0319948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6826;QD=12.9496;RBI=0.033813;REFB=-0.0324041;REVB=0.0109384;RO=30;SAF=2;SAR=14;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308473;STB=0.624844;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0453556;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:30:30:16:18:0.375:14:2:9:21:15:3:9:21 chr3 141331222 . G A 747.64 PASS AF=0.410628;AO=85;DP=207;FAO=85;FDP=207;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=82;FWDB=-0.0262905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.677;QD=14.4472;RBI=0.0263157;REFB=-0.00419569;REVB=-0.00115166;RO=121;SAF=47;SAR=38;SRF=40;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230486;STB=0.63042;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00843929;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:121:122:85:85:0.410628:38:47:40:81:38:47:40:82 chr3 141923505 . AC AT,TA 683.7 PASS AF=0.96,0.04;AO=43,2;DP=51;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252511,-0.0286936;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=127.123,103.262;QD=54.6962;RBI=0.0252702,0.0287257;REFB=0,0;REVB=0.000982666,-0.00135779;RO=0;SAF=14,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.13233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-5.28394e-05,0.0425701;OID=.,.;OPOS=141923506,141923505;OREF=C,AC;OALT=T,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:50:0:0:43,2:48,2:0.96,0.04:29,0:14,2:0:0:32,1:16,1:0:0 chr3 141932356 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.867;QD=60.031;RBI=0.0189856;REFB=0;REVB=-0.0183771;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04444e-05;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr3 142078759 . C T 149.48 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00741679;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7147;QD=11.2818;RBI=0.0171509;REFB=-0.00728916;REVB=-0.0154643;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745745;STB=0.52938;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0116972;OID=.;OPOS=142078759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:18:19:0.358491:11:7:15:18:12:7:14:20 chr3 142123841 . C T 351.04 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0171822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7427;QD=13.0016;RBI=0.021521;REFB=-0.00533409;REVB=-0.0129586;RO=65;SAF=26;SAR=16;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555986;STB=0.527662;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00720853;OID=.;OPOS=142123841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:66:42:42:0.388889:16:26:37:28:16:26:38:28 chr3 142139172 . T C 508.65 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0127843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.793;QD=56.5166;RBI=0.0131781;REFB=-0.136291;REVB=-0.0031976;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000382333;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:18:16:1:0:19:16:1:0 chr3 142168331 . C T 1311.67 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0150622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5493;QD=59.6214;RBI=0.0365727;REFB=-0.0221445;REVB=0.033327;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.50053;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00679344;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:1:2:86:86:0.977273:45:41:0:1:45:41:1:1 chr3 142178144 . C T 427.17 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00634881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.68;QD=14.2389;RBI=0.0239969;REFB=-0.0125441;REVB=-0.0231418;RO=71;SAF=17;SAR=32;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230263;STB=0.629998;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0173817;OID=.;OPOS=142178144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:32:17:40:31:32:17:40:31 chr3 142222284 . A G 642.03 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0155971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.756;QD=22.5274;RBI=0.0348472;REFB=-0.0141788;REVB=0.0311618;RO=50;SAF=26;SAR=37;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106142;STB=0.500431;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835281;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:37:26:20:30:37:26:21:30 chr3 142277536 . A G 1104.69 PASS AF=0.65493;AO=92;DP=142;FAO=93;FDP=142;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0562988;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.34;QD=31.118;RBI=0.056638;REFB=-0.0294918;REVB=-0.00618973;RO=48;SAF=40;SAR=52;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285984;STB=0.517053;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0154891;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:48:49:92:93:0.65493:52:40:23:25:52:41:24:25 chr3 142277575 . A T 1647.76 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.166;QD=59.9186;RBI=0.0371896;REFB=0;REVB=0.026999;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7849e-05;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:64:45:0:0:64:46:0:0 chr3 142281612 . A G 692.51 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500487;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.212;QD=62.9556;RBI=0.0140905;REFB=0;REVB=0.0131716;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89598e-05;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:9:35:0:0:9:35:0:0 chr3 142392596 . T TC 531.91 PASS AF=1;AO=48;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.4971;QD=38.6844;RBI=0.147415;REFB=0;REVB=-0.141796;RO=6;SAF=23;SAR=25;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00396139;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:58:55:55:0:26:29:0:0:11:6:23:25:5:1 chr3 142408606 . G A 1323.82 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090565;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.855;QD=62.2973;RBI=0.0214704;REFB=0;REVB=0.0194668;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36756e-05;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:39:43:0:0:39:46:0:0 chr3 142503605 . G A 487.04 PASS AF=0.344633;AO=60;DP=174;FAO=61;FDP=177;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=79;FWDB=-0.0138182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.077;QD=11.0064;RBI=0.0150741;REFB=-0.00877107;REVB=-0.00602371;RO=114;SAF=29;SAR=31;SRF=37;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184286;STB=0.603794;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0202854;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:114:116:60:61:0.344633:31:29:37:77:32:29:37:79 chr3 142523349 . G A 352.76 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=112;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0202219;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.311;QD=12.712;RBI=0.0279253;REFB=-0.00982343;REVB=-0.0192587;RO=67;SAF=8;SAR=34;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337448;STB=0.671644;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0173245;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:67:68:42:43:0.387387:34:8:30:37:34:9:30:38 chr3 142524858 . G A 348.29 PASS AF=0.28;AO=50;DP=176;FAO=49;FDP=175;FR=.;FRO=126;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=-0.0169104;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0337;QD=7.96101;RBI=0.0429139;REFB=-0.0176651;REVB=-0.0394417;RO=126;SAF=25;SAR=25;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106509;STB=0.575685;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0426801;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:126:126:50:49:0.28:25:25:74:52:25:24:75:51 chr3 142670616 . A G 519.13 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0159292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.15;QD=25.6359;RBI=0.0163578;REFB=-0.00294119;REVB=0.00371995;RO=30;SAF=22;SAR=26;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138226;STB=0.564372;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00233129;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:33:48:48:0.592593:26:22:8:22:26:22:10:23 chr3 142681090 . T G 564.28 PASS AF=0.55914;AO=50;DP=91;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0276136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9682;QD=24.27;RBI=0.0338463;REFB=0.015936;REVB=-0.0195718;RO=41;SAF=23;SAR=27;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057907;STB=0.540076;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0123516;OID=.;OPOS=142681090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:41:41:50:52:0.55914:27:23:16:25:27:25:16:25 chr3 142681642 . G A 272.91 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00558787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.737;QD=9.83471;RBI=0.0505436;REFB=-0.00977782;REVB=0.0502337;RO=68;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256227;STB=0.667395;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0171272;OID=.;OPOS=142681642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:75:36:36:0.324324:13:23:28:40:13:23:29:46 chr3 142775360 . TTA T,TTT 36.88 PASS AF=0.2,0;AO=5,2;DP=35;FAO=6,0;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.236568,0.0404801;FXX=0.0908816;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=19.5391,13.9306;QD=4.91743;RBI=0.265218,0.180495;REFB=0.0336947,0.0057863;REVB=0.1199,-0.175898;RO=20;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.491525,0;SSSB=0.455594,-0.471211;STB=0.84995,0.5;STBP=0.082,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0884932,0;OID=.,.;OPOS=142775361,142775362;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0:5,2:35:6,0:30:24:5,0:1,0:9:15:37:20:4,0:1,2:8:12 chr3 143293012 . A G 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0124682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3392;QD=7.7465;RBI=0.0274397;REFB=0.0038782;REVB=-0.0244435;RO=42;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179654;STB=0.510903;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0119933;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:9:7:19:23:9:7:19:23 chr3 145782812 . T C 176.34 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00310131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1864;QD=17.2038;RBI=0.0207076;REFB=-7.04131e-05;REVB=-0.0204741;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141531;STB=0.580917;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-9.40302e-05;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:12:10:6:13:12:10 chr3 145803138 . T C 53.07 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0817368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5421;QD=7.31953;RBI=0.0894337;REFB=-0.0109947;REVB=0.0362972;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.504576;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383824;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:8:13:5:3:8:13 chr3 145803142 . T A 53.34 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0130663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.685;QD=7.61994;RBI=0.0248756;REFB=-0.00768463;REVB=-0.0211677;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299924;STB=0.51882;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0230649;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:8:12:5:3:8:12 chr3 145912177 . T G 221.8 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.120371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4411;QD=10.1977;RBI=0.12125;REFB=0.0156896;REVB=0.0145767;RO=58;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133356;STB=0.574412;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0303912;OID=.;OPOS=145912177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:59:28:28:0.321839:21:7:20:38:21:7:20:39 chr3 145917761 . T C 900.81 PASS AF=0.486631;AO=90;DP=186;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.000931325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.987;QD=19.2686;RBI=0.0164017;REFB=-0.00129678;REVB=0.0163752;RO=96;SAF=40;SAR=50;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229608;STB=0.509416;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00157127;OID=.;OPOS=145917761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:96:96:90:91:0.486631:50:40:45:51:50:41:45:51 chr3 145938619 . T C 558.45 PASS AF=0.586207;AO=49;DP=85;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0115963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.43;QD=25.6759;RBI=0.0143241;REFB=-0.0140937;REVB=0.0084086;RO=34;SAF=29;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701546;STB=0.557377;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0106824;OID=.;OPOS=145938619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:34:36:49:51:0.586207:20:29:17:17:20:31:17:19 chr3 146177815 . C T 772.4 PASS AF=0.557252;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0168859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4785;QD=23.5846;RBI=0.0750252;REFB=0.00672617;REVB=-0.0731002;RO=58;SAF=36;SAR=37;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503994;STB=0.52752;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00562896;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:58:73:73:0.557252:37:36:25:33:37:36:25:33 chr3 146243369 . G T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0291956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.273;QD=14.1699;RBI=0.0384829;REFB=-0.0124473;REVB=0.0250709;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0141463;OID=.;OPOS=146243369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:7:5:6:4:7:5 chr3 146289323 . T C 370.55 PASS AF=0.632653;AO=29;DP=47;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0577407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2485;QD=30.2487;RBI=0.071837;REFB=0.00545106;REVB=0.0427383;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012002;STB=0.505925;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00257848;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:18:18:29:31:0.632653:14:15:9:9:16:15:9:9 chr3 148459395 . C T 708.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000124553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0483;QD=62.9549;RBI=0.0297832;REFB=0;REVB=-0.0297829;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413717;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr3 148460467 . C A 2187.34 PASS AF=0.965986;AO=142;DP=147;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0121004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.705;QD=59.5196;RBI=0.0340193;REFB=-0.0339703;REVB=0.0317945;RO=5;SAF=80;SAR=62;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107132;STB=0.505639;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000956087;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:147:147:5:5:142:142:0.965986:62:80:2:3:62:80:2:3 chr3 148597612 . C T 1207.19 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842252;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8417;QD=61.1237;RBI=0.0342492;REFB=0;REVB=-0.0331974;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162784;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:35:42:0:0:36:43:0:0 chr3 148727133 . G A 204.75 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.009287;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.708;QD=16.7142;RBI=0.011664;REFB=-0.00790008;REVB=0.00705693;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915131;STB=0.546832;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0149292;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:24:27:22:22:0.44898:14:8:11:13:14:8:12:15 chr3 148759325 . T C 113.93 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0279431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7041;QD=7.12031;RBI=0.0772661;REFB=-0.00410702;REVB=-0.0720364;RO=47;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150387;STB=0.591136;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0109657;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:8:9:19:28:8:9:19:28 chr3 148786108 . C T 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0116609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.674;QD=12.6705;RBI=0.0176503;REFB=0.000853221;REVB=-0.0132499;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120924;STB=0.560581;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00185256;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:13:18:35:16:13:18:35:17 chr3 148872987 . G A 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0341;QD=60.9644;RBI=0.0232824;REFB=0;REVB=0.0215419;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206885;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 148881673 . C T 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0248168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.46;QD=24.1568;RBI=0.025053;REFB=-0.0105704;REVB=-0.00343214;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110529;STB=0.551965;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00976399;OID=.;OPOS=148881673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:12:18:9:11:12:18:10:11 chr3 148916215 . G A 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0333172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.728;QD=22.7175;RBI=0.0342041;REFB=-0.0316706;REVB=-0.00773843;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199696;STB=0.610428;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0315338;OID=.;OPOS=148916215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:11:20:9:14:11:20:9:14 chr3 148916235 . T A 696.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106262;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0738;QD=54.6497;RBI=0.0120617;REFB=0.107222;REVB=0.00570702;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00420172;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:0:1:50:50:0.980392:24:26:0:0:24:26:1:0 chr3 149093238 . A G 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.279;QD=58.96;RBI=0.0246058;REFB=0;REVB=0.0245852;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48011e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr3 149193684 . T C 371.61 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.012701;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.849;QD=13.039;RBI=0.019783;REFB=-0.0094872;REVB=0.0151675;RO=68;SAF=28;SAR=16;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165447;STB=0.594727;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0180948;OID=.;OPOS=149193684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:70:44:44:0.385965:16:28:33:35:16:28:34:36 chr3 149216629 . C T 1200.65 PASS AF=0.606742;AO=108;DP=178;FAO=108;FDP=178;FR=.;FRO=70;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0136088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.887;QD=26.9809;RBI=0.0144879;REFB=-0.0225984;REVB=-0.00496993;RO=68;SAF=53;SAR=55;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486141;STB=0.526092;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0128731;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:68:70:108:108:0.606742:55:53:38:30:55:53:39:31 chr3 149220517 . C T 696.19 PASS AF=0.707317;AO=57;DP=81;FAO=58;FDP=82;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0402751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4648;QD=33.9603;RBI=0.0415401;REFB=0.0270035;REVB=-0.0101733;RO=23;SAF=25;SAR=32;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113924;STB=0.556942;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0121762;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:23:24:57:58:0.707317:32:25:15:8:33:25:15:9 chr3 149459341 . A G 2142.18 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178276;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.643;QD=62.5455;RBI=0.0178606;REFB=0;REVB=0.00108538;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52416e-05;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:135:137:1:64:71:0:0:64:73:0:0 chr3 149459413 . C T 2302.16 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00994167;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.52;QD=60.1871;RBI=0.0203808;REFB=-0.0706988;REVB=0.0177915;RO=1;SAF=82;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684394;STB=0.503597;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=5.43867e-05;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:151:152:0.993464:69:82:0:1:69:83:0:1 chr3 149469159 . C G 943.56 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0152816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3388;QD=55.5034;RBI=0.0672661;REFB=-0.120289;REVB=0.0655072;RO=2;SAF=38;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242139;STB=0.512496;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00471554;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:65:66:0.970588:27:38:2:0:27:39:2:0 chr3 149479301 . C T 2011.85 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.822;QD=61.4307;RBI=0.0234978;REFB=-0.112232;REVB=-0.0162764;RO=1;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067414;STB=0.503546;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00034588;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:131:1:1:130:130:0.992366:70:60:0:1:70:60:0:1 chr3 149488442 . A G 187.35 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00680069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.417;QD=8.81645;RBI=0.00876443;REFB=-0.00640789;REVB=-0.00552865;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282955;STB=0.516765;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00870607;OID=.;OPOS=149488442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:60:25:25:0.294118:14:11:25:35:14:11:25:35 chr3 149678534 . C T 361.87 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-9.12541e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.079;QD=20.3873;RBI=0.00508372;REFB=0.0224052;REVB=0.0050829;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210922;STB=0.616481;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0247656;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:24:10:20:17:24:10 chr3 150177359 . GTTTTTTTTTTTTTG GTTGTTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTGTC,GTTTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTTTTG 40.51 PASS AF=0.176471,0,0.588235,0.0588235;AO=2,2,3,2;DP=19;FAO=3,0,10,1;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=3,0,8,1;FSAR=0,0,2,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00226154,0.00304399,-0.0501322,0.0257977;FXX=0.149925;HRUN=0,13,13,13;LEN=1,3,1,1;MLLD=288.342,170.148,3.78532,3.09537;QD=9.53286;RBI=0.0761365,0.12599,1.41133,1.41067;REFB=-0.00537526,-0.0149028,-0.028278,0.00689948;REVB=-0.0761029,-0.125953,-1.41044,1.41044;RO=5;SAF=2,2,3,2;SAR=0,0,0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.578805,0.5;STBP=1,1,0.591,1;TYPE=ins,mnp,del,ins;VARB=0.0115611,0,-0.125684,0.00145853;OID=.,.,.,.;OPOS=150177362,150177371,150177360,150177360;OREF=-,TTG,T,-;OALT=G,GTC,-,T;OMAPALT=GTTGTTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTGTC,GTTTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.176471,0,0.588235,0.0588235:2,2,3,2:19:3,0,10,1:17:3:3,0,8,1:0,0,2,0:3:0:21:5:2,2,3,2:0,0,0,0:5:0 chr3 150280445 . C G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00877558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8173;QD=16.0641;RBI=0.0102798;REFB=0.00296253;REVB=-0.00535387;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258443;STB=0.652062;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00381254;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:15:11:21:9:15:11:22:9 chr3 150347833 . G A 203.19 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0046897;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.416;QD=20.8404;RBI=0.0219276;REFB=-0.0298943;REVB=-0.0214202;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248193;STB=0.618661;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0157665;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:19:20:20:0.512821:6:14:7:10:6:14:9:10 chr3 150403749 . T C 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0273955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8807;QD=8.46387;RBI=0.0278721;REFB=-0.00120634;REVB=0.00513244;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231704;STB=0.640835;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00537199;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:5:10:18:20:5:10:18:20 chr3 150690439 . T A 112.35 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0078997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.791;QD=7.74808;RBI=0.0156254;REFB=-0.00994867;REVB=-0.0134813;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493295;STB=0.522699;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0268372;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:41:42:16:16:0.275862:6:10:24:17:6:10:25:17 chr3 150917000 . T G 545.99 PASS AF=0.595238;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00576556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.064;QD=25.9993;RBI=0.00864139;REFB=-0.0427638;REVB=0.00643676;RO=34;SAF=30;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188487;STB=0.513549;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0218615;OID=.;OPOS=150917000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:34:34:49:50:0.595238:19:30:20:14:19:31:20:14 chr3 151011969 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00634175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.35;QD=18.1184;RBI=0.0165169;REFB=-0.0248122;REVB=-0.0152509;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.592487;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0179925;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:10:10:12:6:10:10 chr3 151012497 . T C 1770.04 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7526;QD=59.497;RBI=0.0360799;REFB=-0.122514;REVB=0.0243967;RO=2;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660337;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:119:2:0:116:119:1:60:56:0:2:63:56:0:0 chr3 151046308 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.305;QD=62.0213;RBI=0.0102378;REFB=0;REVB=0.00751509;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07959e-06;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:36:6:0:0:36:6:0:0 chr3 151056598 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.399;QD=40.7629;RBI=0.027529;REFB=0;REVB=0.000512224;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292173;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 151056616 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0213519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.274;QD=21.8421;RBI=0.0217036;REFB=-0.0391611;REVB=-0.00389119;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0135238;OID=.;OPOS=151056616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr3 151082923 . T C 434.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00739933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.822;QD=18.2936;RBI=0.0300602;REFB=-0.00631691;REVB=0.0291353;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146613;STB=0.581712;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0053041;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:20:24:20:31:20:24:20:31 chr3 151112568 . G A 590.42 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0129616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.352;QD=29.5211;RBI=0.0409932;REFB=-0.0109235;REVB=-0.0388901;RO=28;SAF=24;SAR=28;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139282;STB=0.575497;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00731453;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:28:24:19:9:28:24:19:9 chr3 151131077 . C T 334.34 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0288039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1639;QD=14.5366;RBI=0.0673782;REFB=-0.014468;REVB=0.0609111;RO=55;SAF=4;SAR=32;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495817;STB=0.791372;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.025651;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:55:36:37:0.402174:32:4:25:30:33:4:25:30 chr3 151143447 . G T 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8686;QD=56.9473;RBI=0.0226066;REFB=0;REVB=-0.0132104;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159076;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr3 151150968 . T G 236.24 PASS AF=0.358974;AO=20;DP=75;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.000306105;FXX=0.0823433;HRUN=13;LEN=1;MLLD=99.4685;QD=12.1149;RBI=0.00952918;REFB=-0.0154532;REVB=-0.00952426;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.569782;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00189952;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:0:50:20:28:0.358974:12:8:0:0:17:11:25:25 chr3 151154666 . T C 1294.11 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0062475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.628;QD=57.5159;RBI=0.00886165;REFB=-0.0964152;REVB=-0.00628471;RO=3;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180311;STB=0.521122;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0009376;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:90:90:3:3:86:87:0.966667:34:52:1:2:34:53:0:3 chr3 151155620 . G A 1447.71 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8483;QD=62.2672;RBI=0.0363521;REFB=0;REVB=-0.0115981;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254535;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:45:44:0:0:45:48:0:0 chr3 151165678 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.449;QD=51.9167;RBI=0.010275;REFB=0;REVB=0.00851084;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61055e-05;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr3 151166422 . C T 766.77 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.268;QD=56.7979;RBI=0.0406656;REFB=0;REVB=0.0157204;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90532e-05;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:16:36:0:0:16:38:0:0 chr3 151171439 . A C 1201.98 PASS AF=0.881818;AO=87;DP=100;FAO=97;FDP=110;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00639259;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.171;QD=43.7085;RBI=0.0413518;REFB=-0.0426001;REVB=0.0408547;RO=10;SAF=47;SAR=40;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313704;STB=0.508843;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00268087;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:100:110:10:13:87:97:0.881818:40:47:7:3:45:52:6:7 chr3 151171440 . A C 48.03 PASS AF=0.108108;AO=11;DP=110;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0357301;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.252;QD=1.73072;RBI=0.0487952;REFB=-0.00399546;REVB=0.0332316;RO=99;SAF=4;SAR=7;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212272;STB=0.686085;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0104612;OID=.;OPOS=151171440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:110:111:99:99:11:12:0.108108:7:4:54:45:8:4:54:45 chr3 151171542 . A G 776.35 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.479;QD=56.462;RBI=0.0307629;REFB=0;REVB=0.0128334;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017404;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:34:21:0:0 chr3 151176434 . C T 237.95 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0988819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.093;QD=16.1325;RBI=0.0989514;REFB=-0.00441983;REVB=0.00370845;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365231;STB=0.520624;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00592458;OID=.;OPOS=151176434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:13:19:17:10:13:19 chr3 151283691 . C A 1308.62 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.901;QD=61.5823;RBI=0.0422106;REFB=0;REVB=0.00685042;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186039;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:48:35:0:0:48:37:0:0 chr3 151463421 . G T 708.97 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=4.58639e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.177;QD=25.0962;RBI=0.0212281;REFB=-0.00948487;REVB=0.021228;RO=45;SAF=29;SAR=38;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.554067;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00380432;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:46:67:67:0.59292:38:29:25:20:38:29:26:20 chr3 151463423 . G A 381.3 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00470789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.564;QD=13.379;RBI=0.0288887;REFB=0.00131781;REVB=-0.0285025;RO=69;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167448;STB=0.594762;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00209753;OID=.;OPOS=151463423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:19:26:29:40:19:26:29:40 chr3 151545601 . G A 1190.01 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.749;QD=61.0263;RBI=0.0230634;REFB=0;REVB=-0.0175112;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18896e-05;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr3 152058493 . G A 154.73 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0108605;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.171;QD=12.3785;RBI=0.0342891;REFB=-0.0150315;REVB=-0.0325237;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162183;STB=0.59461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0168085;OID=.;OPOS=152058493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:19:13:10:8:19:13 chr3 152180928 . CTTTT CTTTC,C,CT,CTT,TCTTT 230.99 PASS AF=0.130435,0.326087,0.173913,0.26087,0.0652174;AO=2,8,6,5,4;DP=40;FAO=6,15,8,12,3;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=2,5,2,11,2;FSAR=4,10,6,1,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0308088,0.188356,0.250824,0.373037,-0.00170551;FXX=0;HRUN=15,15,15,15,1;LEN=1,4,3,2,2;MLLD=167.297,8.39722,7.0178,4.96891,14.0907;QD=20.0863;RBI=0.0816015,0.214109,0.286274,0.42589,0.155737;REFB=-0.0199683,-0.0765225,-0.114899,-0.161899,-0.000181634;REVB=-0.075562,-0.101807,-0.137986,-0.20549,-0.155728;RO=4;SAF=0,2,2,2,4;SAR=2,6,4,3,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.687939,-0.31147,-0.279564,-0.251123,0.687804;STB=0.545299,0.52171,0.562335,0.646759,0.570936;STBP=0.788,0.785,0.572,0.152,0.906;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=-0.0136781,0.0901507,0.144428,0.156331,-0.6573;OID=.,.,.,.,.;OPOS=152180932,152180929,152180929,152180929,152180928;OREF=T,TTTT,TTT,TT,CT;OALT=C,-,-,-,TC;OMAPALT=CTTTC,C,CT,CTT,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:40:46:4:2:2,8,6,5,4:6,15,8,12,3:0.130435,0.326087,0.173913,0.26087,0.0652174:2,6,4,3,0:0,2,2,2,4:3:1:4,10,6,1,1:2,5,2,11,2:1:1 chr3 152554357 . A G 877.15 PASS AF=0.543624;AO=81;DP=149;FAO=81;FDP=149;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.00179122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.846;QD=23.5476;RBI=0.00179427;REFB=-0.00875888;REVB=-0.000104606;RO=67;SAF=35;SAR=46;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.597281;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00742017;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:67:68:81:81:0.543624:46:35:43:24:46:35:44:24 chr3 152881453 . CTTTTTT C,TCTTTTT 178.26 PASS AF=0.346154,0.653846;AO=5,2;DP=36;FAO=9,17;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,17;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146508,-0.146969;FXX=0.365764;HRUN=21,1;LEN=6,2;MLLD=8.62559,11.8205;QD=27.4247;RBI=0.146508,0.146969;REFB=0,0;REVB=-2.40067e-09,3.06394e-10;RO=1;SAF=5,2;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.166379,-0.445963;OID=.,.;OPOS=152881454,152881453;OREF=TTTTTT,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:36:26:1:0:5,2:9,17:0.346154,0.653846:0,0:5,2:1:0:0,0:9,17:0:0 chr3 152883036 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.025943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.729;QD=10.1857;RBI=0.0284654;REFB=-0.0103672;REVB=-0.0117149;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115212;STB=0.590043;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0195373;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:34:15:15:0.306122:9:6:16:16:9:6:18:16 chr3 152885599 . A T 222.35 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.017981;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.986;QD=18.1507;RBI=0.0204388;REFB=-0.0221964;REVB=-0.0097174;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609466;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0285408;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:27:22:22:0.44898:12:10:12:11:12:10:12:15 chr3 153725166 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.264;QD=59.9375;RBI=0.0201212;REFB=0;REVB=-0.0166723;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14167e-05;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:45:56:0:0:45:56:0:0 chr3 153725172 . C G,T 1533.57 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=4,100;DP=104;FAO=2,102;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184487,-0.00854881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.1087,59.3287;QD=58.9835;RBI=0.0583089,0.0392743;REFB=0,0;REVB=-0.0553134,-0.0383326;RO=0;SAF=1,56;SAR=3,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-4.24719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.034707,0.00082049;OID=.,.;OPOS=153725172,153725172;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:104:104:0:0:4,100:2,102:0.0192308,0.980769:3,44:1,56:0:0:1,46:1,56:0:0 chr3 153725251 . T C 2007.88 PASS AF=0.992481;AO=125;DP=128;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3977;QD=60.3874;RBI=0.0249862;REFB=-0.0463207;REVB=0.0203496;RO=2;SAF=62;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150784;STB=0.503759;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00303376;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:133:2:1:125:132:0.992481:63:62:2:0:66:66:1:0 chr3 153839866 . G C 2583.83 PASS AF=0.961111;AO=172;DP=180;FAO=173;FDP=180;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.027841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.384;QD=57.4185;RBI=0.0279378;REFB=-0.0193052;REVB=0.00232333;RO=7;SAF=74;SAR=98;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106877;STB=0.505697;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000206566;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:180:180:7:7:172:173:0.961111:98:74:4:3:99:74:4:3 chr3 153839959 . CT CC,TC 662.86 PASS AF=0.369565,0.630435;AO=15,28;DP=46;FAO=17,29;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=14,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425856,0.0257451;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=143.388,46.7014;QD=57.6403;RBI=0.0472521,0.0469792;REFB=0.0304252,-0.0495235;REVB=-0.020475,-0.0392968;RO=0;SAF=2,7;SAR=13,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0251993,-0.000217864;OID=.,.;OPOS=153839960,153839959;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:46:46:0:0:15,28:17,29:0.369565,0.630435:13,21:2,7:0:0:14,21:3,8:0:0 chr3 153840389 . T C 557.45 PASS AF=0.393939;AO=65;DP=165;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=-0.0127791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.658;QD=13.5138;RBI=0.0130519;REFB=-0.00565802;REVB=0.00265448;RO=99;SAF=37;SAR=28;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293388;STB=0.519107;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00901414;OID=.;OPOS=153840389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:99:100:65:65:0.393939:28:37:59:40:28:37:60:40 chr3 154018824 . GCTTCTTTTT G 45.24 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0115471;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=9;MLLD=276.124;QD=5.48325;RBI=0.0146382;REFB=-0.00676546;REVB=0.00899678;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214682;STB=0.585962;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.0206427;OID=.;OPOS=154018825;OREF=CTTCTTTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:7:34:7:33:26:3:4:14:12:45:16:3:4:10:6 chr3 154018887 . G C 95.49 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000299536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.017;QD=7.34517;RBI=0.00640959;REFB=-0.00516803;REVB=0.00640259;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119603;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:7:6:18:21:7:6:18:21 chr3 154886278 . T C 1491.54 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2594;QD=57.367;RBI=0.0469164;REFB=-0.0684237;REVB=0.0309361;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.503338;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00397148;OID=.;OPOS=154886278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:0:2:102:102:0.980769:67:35:0:0:67:35:1:1 chr3 155241740 . A G 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00091311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.805;QD=21.8828;RBI=0.0197632;REFB=-0.00627819;REVB=-0.0197421;RO=27;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108506;STB=0.560045;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00391013;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:12:22:14:13:12:22:14:13 chr3 155314034 . A G 405.07 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00121734;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.9;QD=16.5336;RBI=0.01392;REFB=-0.0194817;REVB=0.0138666;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813426;STB=0.545434;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0271195;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:52:54:44:44:0.44898:24:20:28:24:24:20:29:25 chr3 155481609 . G A 151.5 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0125782;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3484;QD=12.367;RBI=0.0388724;REFB=-0.0024195;REVB=-0.0367812;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101664;STB=0.559739;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00329177;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:18:14:9:8:18:14 chr3 155485302 . C T 670.65 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.594;QD=62.386;RBI=0.0555712;REFB=0;REVB=0.0101445;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281833;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr3 155571275 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.022563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3781;QD=22.7945;RBI=0.022574;REFB=0.00400674;REVB=-0.000704167;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168354;STB=0.594018;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0022648;OID=.;OPOS=155571275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:13:8:14:10:13:8 chr3 155632314 . A G 466.92 PASS AF=0.7;AO=41;DP=59;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.015378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.22;QD=31.1279;RBI=0.0169893;REFB=-0.0223461;REVB=0.00722186;RO=18;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046934;STB=0.51999;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0120277;OID=.;OPOS=155632314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:18:18:41:42:0.7:26:15:8:10:26:16:8:10 chr3 156544584 . C T 973.42 PASS AF=0.594771;AO=91;DP=153;FAO=91;FDP=153;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00149775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.977;QD=25.4489;RBI=0.0198464;REFB=-0.0115376;REVB=0.0197898;RO=62;SAF=42;SAR=49;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562151;STB=0.530481;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00770344;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:62:62:91:91:0.594771:49:42:24:38:49:42:24:38 chr3 156570703 . A G 394.31 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.00676229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0859;QD=12.5179;RBI=0.0276197;REFB=0.0106689;REVB=0.0267791;RO=79;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520738;STB=0.529604;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0222923;OID=.;OPOS=156570703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:79:47:47:0.373016:27:20:30:49:27:20:30:49 chr3 156866369 . A G 83.11 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.064159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.653;QD=10.3892;RBI=0.0718377;REFB=-0.0101157;REVB=0.0323153;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122057;STB=0.582623;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0213435;OID=.;OPOS=156866369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:32:20:21:10:11:0.34375:7:3:8:12:8:3:8:13 chr3 157131788 . A C 718.71 PASS AF=0.47205;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0028782;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.636;QD=17.8561;RBI=0.0182478;REFB=-0.00592004;REVB=0.0180194;RO=85;SAF=39;SAR=37;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293776;STB=0.516257;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00554652;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:85:85:76:76:0.47205:37:39:41:44:37:39:41:44 chr3 157155314 . C A 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.419;QD=62.9038;RBI=0.0120123;REFB=0;REVB=0.0112769;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65482e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr3 157161198 . A AT,T 751.5 PASS AF=0.6875,0.3125;AO=25,19;DP=51;FAO=33,15;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=19,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197309,0.0427765;FXX=0.020404;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=88.577,86.9751;QD=62.6246;RBI=0.00525737,0.0428508;REFB=0,0;REVB=0.00487308,0.00252106;RO=1;SAF=11,3;SAR=14,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0403161,-0.130434;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000768095,0.0369155;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:51:48:1:0:25,19:33,15:0.6875,0.3125:14,16:11,3:1:0:19,11:14,4:0:0 chr3 157161291 . A G 71.7 PASS AF=0.243902;AO=11;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0328417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1094;QD=6.99552;RBI=0.032942;REFB=0.000654615;REVB=0.00256805;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392224;STB=0.56238;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00419021;OID=.;OPOS=157161291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:41:30:31:11:10:0.243902:7:4:10:20:6:4:10:21 chr3 157815088 . G A 2166.56 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=142;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00133212;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.378;QD=62.3471;RBI=0.0436592;REFB=-0.021451;REVB=0.0436388;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646821;STB=0.503355;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-5.47747e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:139:1:1:137:138:0.992806:73:64:0:1:74:64:0:1 chr3 157815217 . A T 180.18 PASS AF=0.403846;AO=22;DP=48;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.174058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.1229;QD=13.8598;RBI=0.175075;REFB=-0.0291661;REVB=-0.0188455;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110302;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0312047;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:26:31:22:21:0.403846:11:11:10:16:11:10:15:16 chr3 158320597 . T C 380.66 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00922246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0933;QD=16.9182;RBI=0.00959655;REFB=-0.00263301;REVB=0.0026533;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112598;STB=0.555528;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0024214;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:39:40:0.444444:19:20:20:30:20:20:20:30 chr3 158320703 . C A 391.88 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00365811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.384;QD=16.8552;RBI=0.0185238;REFB=-9.15727e-05;REVB=-0.018159;RO=52;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602028;STB=0.533835;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=7.75532e-05;OID=.;OPOS=158320703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:26:15:22:30:26:15:22:30 chr3 158362441 . T C 590.27 PASS AF=0.330472;AO=72;DP=230;FAO=77;FDP=233;FR=.;FRO=156;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0171681;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3259;QD=10.1334;RBI=0.0266204;REFB=-0.0127621;REVB=-0.0203445;RO=151;SAF=35;SAR=37;SRF=74;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046517;STB=0.525899;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0398248;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:151:156:72:77:0.330472:37:35:74:77:37:40:75:81 chr3 158366900 . G A 310.48 PASS AF=0.301471;AO=41;DP=136;FAO=41;FDP=136;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.032624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.41;QD=9.13188;RBI=0.0331884;REFB=-0.00578537;REVB=-0.00609467;RO=92;SAF=25;SAR=16;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131841;STB=0.581355;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0151087;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:92:95:41:41:0.301471:16:25:46:46:16:25:47:48 chr3 158388780 . T C 136.66 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=100;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0196556;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.574;QD=5.52149;RBI=0.0200688;REFB=-0.0039854;REVB=0.00405165;RO=76;SAF=5;SAR=16;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303312;STB=0.684304;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00913674;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:76:78:21:21:0.212121:16:5:35:41:16:5:35:43 chr3 158952312 . G A 269.25 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0399343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.089;QD=11.835;RBI=0.0406575;REFB=-0.00445101;REVB=-0.00763447;RO=59;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446417;STB=0.525757;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0145276;OID=.;OPOS=158952312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:17:15:30:29:17:15:30:29 chr3 158952315 . C A 1327.4 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.029;QD=61.0301;RBI=0.00877982;REFB=-0.149383;REVB=0.00645016;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196475;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:1:0:86:87:1:44:42:0:1:45:42:0:0 chr3 159744438 . C T 258.48 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0388527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.444;QD=24.6171;RBI=0.0413249;REFB=-0.0349656;REVB=-0.0140789;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127116;STB=0.56245;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0276775;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:18:24:24:0.571429:14:10:4:12:14:10:5:13 chr3 159744440 . C T 260.18 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.040576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.029;QD=24.7789;RBI=0.041608;REFB=-0.0185721;REVB=0.00920971;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112762;STB=0.56245;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0192969;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:5:13:14:10:5:13 chr3 159744574 . GC G 175.1 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00511957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.735;QD=20.0119;RBI=0.0255153;REFB=-0.0268146;REVB=0.0249964;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734303;STB=0.541619;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.0271525;OID=.;OPOS=159744575;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:18:35:18:35:17:6:12:7:10:99:17:6:12:7:10 chr3 159997061 . T A 360.25 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.00218736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.578;QD=10.5956;RBI=0.0344778;REFB=-0.00639451;REVB=-0.0344083;RO=87;SAF=16;SAR=29;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27515;STB=0.64438;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0149546;OID=.;OPOS=159997061;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:87:91:45:45:0.330882:29:16:52:35:29:16:52:39 chr3 160151993 . C T 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.033233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.508;QD=6.54476;RBI=0.0359209;REFB=0.00145568;REVB=-0.0136338;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422805;STB=0.760324;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0124661;OID=.;OPOS=160151993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:18:6:5:3:18:6 chr3 160156318 . A G 206.26 PASS AF=0.356164;AO=24;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0168168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.277;QD=11.302;RBI=0.0170316;REFB=-0.0209291;REVB=-0.00269603;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120028;STB=0.596785;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0312354;OID=.;OPOS=160156318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:24:26:0.356164:13:11:26:20:15:11:27:20 chr3 160414759 . G A 323.87 PASS AF=0.288462;AO=45;DP=151;FAO=45;FDP=156;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.00661533;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.875;QD=8.30447;RBI=0.0422117;REFB=-0.00656661;REVB=-0.0416901;RO=106;SAF=27;SAR=18;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121226;STB=0.581359;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0142005;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:156:106:111:45:45:0.288462:18:27:53:53:18:27:54:57 chr3 160967354 . G A 1352.0 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000502557;FXX=0.0543419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8292;QD=62.1608;RBI=0.0180847;REFB=0;REVB=-0.0180777;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507008;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:85:87:1:48:37:0:0:49:38:0:0 chr3 164714532 . C T 1281.4 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.213;QD=61.7542;RBI=0.0176341;REFB=0;REVB=0.0175998;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85368e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:33:49:0:0:33:50:0:0 chr3 164764719 . C A 2604.77 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6218;QD=61.2887;RBI=0.0573019;REFB=-0.046686;REVB=-0.00972709;RO=1;SAF=98;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665605;STB=0.503496;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000229256;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:71:98:0:1:71:98:0:1 chr3 164773057 . G A 1158.65 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166538;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.931;QD=60.9818;RBI=0.0218586;REFB=0;REVB=0.0141581;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238483;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr3 164783165 . T C 1267.81 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00529188;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.529;QD=58.968;RBI=0.0296649;REFB=-0.0962569;REVB=0.0291891;RO=2;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201477;STB=0.510636;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00212192;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:86:2:2:84:84:0.976744:46:38:0:2:46:38:0:2 chr3 164840538 . AG GA 31.56 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0372335;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=66.5893;QD=3.82532;RBI=0.0613897;REFB=-0.0113716;REVB=-0.0488095;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59684;STB=0.848539;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.124161;OID=.;OPOS=164840538;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:33:33:22:26:7:7:0.212121:1:6:7:15:1:6:11:15 chr3 164906764 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00243246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.003;QD=14.6579;RBI=0.0196259;REFB=0.00131348;REVB=-0.0194745;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482756;STB=0.785224;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00220698;OID=.;OPOS=164906764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:7:10:2:11:7:10 chr3 164906806 . T C 199.36 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0644122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1043;QD=19.9359;RBI=0.0736814;REFB=-0.0259159;REVB=-0.0357774;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.5999;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0220653;OID=.;OPOS=164906806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:12:8:12:8:12:8 chr3 165951073 . C A 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0363484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.824;QD=13.2638;RBI=0.0418335;REFB=0.0107125;REVB=-0.0207082;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392233;STB=0.522433;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0180557;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:20:23:16:12:20:23 chr3 166900401 . C G 304.87 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.278;QD=53.0205;RBI=0.0453473;REFB=0;REVB=0.043727;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562244;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr3 166966436 . C T 2805.32 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=182;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0284547;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.142;QD=61.6554;RBI=0.0294347;REFB=-0.034123;REVB=0.00753223;RO=2;SAF=115;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820702;STB=0.50431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000552823;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:182:2:2:179:180:0.989011:64:115:2:0:65:115:2:0 chr3 167000256 . G C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.44;QD=60.6026;RBI=0.0207895;REFB=0;REVB=0.0114246;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81309e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 167051726 . A G 823.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6131;QD=54.8796;RBI=0.0377868;REFB=0;REVB=0.036458;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249639;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:54:60:1:35:19:0:0:41:19:0:0 chr3 167077691 . T A 989.54 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.885;QD=59.0768;RBI=0.0375771;REFB=0;REVB=0.0090954;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10368e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr3 167159976 . A AG 195.39 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167663;FXX=0.119952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.7365;QD=35.5252;RBI=0.167926;REFB=0;REVB=-0.00939409;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00944472;OID=.;OPOS=167159977;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:22:22:0:14:8:0:0:4:23:2:1:15:8 chr3 167159980 . A G 209.26 PASS AF=0.88;AO=9;DP=19;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.032685;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=49.1801;QD=33.4808;RBI=0.104737;REFB=-0.108683;REVB=0.0995066;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.503933;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00609289;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:19:25:2:3:9:22:0.88:5:4:2:0:8:14:2:1 chr3 167164187 . A G 1415.07 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.688;QD=62.201;RBI=0.0664398;REFB=0;REVB=0.0457801;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140949;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:91:0:0:85:91:1:45:40:0:0:48:43:0:0 chr3 167167186 . T A 936.77 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.727;QD=58.5481;RBI=0.0215038;REFB=0;REVB=0.0184964;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6827e-05;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr3 167184878 . T C 1360.89 PASS AF=0.988506;AO=38;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.173115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.019;QD=62.5695;RBI=0.183375;REFB=-0.093646;REVB=0.060479;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.509432;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00333918;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:38:86:0.988506:23:15:0:1:26:60:0:1 chr3 167217960 . C T 1299.52 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00642812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3945;QD=58.4054;RBI=0.0200203;REFB=0.0251002;REVB=-0.0189602;RO=3;SAF=50;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275779;STB=0.51456;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00385179;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:36:50:3:0:36:50:3:0 chr3 167217964 . A G 1471.98 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.322;QD=63.3109;RBI=0.00284882;REFB=0;REVB=0.00199748;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23981e-08;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:36:56:0:0:37:56:0:0 chr3 167320010 . T C 336.57 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0316126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.681;QD=17.26;RBI=0.0404083;REFB=-0.0251596;REVB=-0.0251689;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284292;STB=0.658689;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0434854;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:22:14:29:13:22:14:29:13 chr3 168538993 . A G 1668.19 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.411;QD=60.115;RBI=0.0605905;REFB=0;REVB=0.0425817;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02465e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:111:0:0:100:111:1:45:55:0:0:46:65:0:0 chr3 168546914 . C T 1297.46 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.020421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.416;QD=58.3126;RBI=0.026733;REFB=-0.104158;REVB=0.0172521;RO=1;SAF=32;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145728;STB=0.501797;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.000963322;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:1:3:85:86:0.966292:53:32:1:0:53:33:1:2 chr3 169098992 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00643948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.18;QD=25.3616;RBI=0.0155;REFB=-0.0416554;REVB=0.0140991;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245929;STB=0.638513;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0205139;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:4:11:3:5:4:11:3:5 chr3 169482805 . CAA CA,C 122.92 PASS AF=0.05,0.475;AO=7,8;DP=39;FAO=2,19;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=2,18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.29232,0.167265;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.4433,19.7654;QD=12.292;RBI=0.300778,0.171114;REFB=-0.0480115,-0.0243526;REVB=-0.0708268,-0.0360904;RO=15;SAF=1,0;SAR=6,8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.380435,0.380435;SSSB=-0.214427,-0.727743;STB=0.992461,0.771036;STBP=0.349,0.04;TYPE=del,del;VARB=-0.0308759,0.0408365;OID=.,.;OPOS=169482806,169482806;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.475:7,8:39:2,19:40:19:0,1:2,18:5:14:92:15:1,0:6,8:4:11 chr3 169485639 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00196916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.349;QD=57.2344;RBI=0.0112606;REFB=-0.012468;REVB=-0.0110871;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000536291;OID=.;OPOS=169485639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:26:40:0:0:26:40:0:1 chr3 169490099 . A T 577.2 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00648638;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.312;QD=45.2705;RBI=0.00659498;REFB=0.0166021;REVB=-0.00119193;RO=4;SAF=31;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332299;STB=0.525412;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.000989158;OID=.;OPOS=169490099;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:51:4:6:45:45:0.882353:14:31:2:2:14:31:3:3 chr3 169513320 . A T 1035.36 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9924;QD=58.3304;RBI=0.09249;REFB=-0.0812718;REVB=0.089442;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455139;OID=.;OPOS=169513320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr3 169518455 . T C 1199.27 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.278;QD=60.7223;RBI=0.111148;REFB=0;REVB=0.0991316;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695205;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:27:50:0:0:28:51:0:0 chr3 169539812 . C G 308.9 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00255273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3868;QD=13.5782;RBI=0.0331534;REFB=0.0134267;REVB=0.033055;RO=56;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247211;STB=0.641807;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0194777;OID=.;OPOS=169539812;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:10:25:28:28:10:25:28:28 chr3 169540397 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7815;QD=35.5757;RBI=0.0454601;REFB=0;REVB=0.0396555;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147339;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr3 169558025 . C T 720.13 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0486458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.9691;QD=58.7863;RBI=0.0486463;REFB=-0.153591;REVB=-0.000222558;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526304;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00377376;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:0:2:47:47:0.959184:29:18:0:0:29:18:2:0 chr3 169572621 . G T 524.27 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00327936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.674;QD=17.3311;RBI=0.024876;REFB=-0.00968569;REVB=0.0246589;RO=65;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121084;STB=0.567352;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0131424;OID=.;OPOS=169572621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:32:24:36:29:32:24:36:29 chr3 169643955 . C T 209.42 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0188223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.107;QD=13.7327;RBI=0.076265;REFB=-0.0139608;REVB=-0.0739058;RO=35;SAF=21;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330739;STB=0.703516;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0208537;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:4:21:21:14:4:21:21:15 chr3 169644710 . G C 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0454064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.799;QD=12.0181;RBI=0.0531771;REFB=-0.00645452;REVB=0.0276779;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933857;STB=0.555473;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0149998;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:16:9:4:10:16:9 chr3 169654216 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0122381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.322;QD=11.2611;RBI=0.0139859;REFB=-0.00547796;REVB=-0.00677006;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412582;STB=0.524557;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00632854;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:11:19:10:5:11:19 chr3 169713483 . C T 403.65 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.014185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7389;QD=14.9498;RBI=0.0166237;REFB=-0.00422462;REVB=-0.00866785;RO=60;SAF=19;SAR=27;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138547;STB=0.577914;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00489609;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:60:62:46:46:0.425926:27:19:33:27:27:19:34:28 chr3 169802930 . G A,T 1114.6 PASS AF=0.0133333,0.986667;AO=4,70;DP=74;FAO=1,74;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497685,-0.0157144;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.368,145.009;QD=59.4452;RBI=0.00549234,0.0179312;REFB=0,0;REVB=-0.00232309,0.00863631;RO=0;SAF=0,28;SAR=4,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.40816e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0230838,0.000158026;OID=.,.;OPOS=169802930,169802930;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:74:75:0:0:4,70:1,74:0.0133333,0.986667:4,42:0,28:0:0:1,46:0,28:0:0 chr3 169894680 . G A 1262.94 PASS AF=0.934783;AO=85;DP=93;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00484159;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.55;QD=54.9105;RBI=0.00902325;REFB=-0.0165011;REVB=-0.00761433;RO=6;SAF=67;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108006;STB=0.554469;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000905542;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:93:92:6:6:85:86:0.934783:18:67:1:5:19:67:1:5 chr3 169962666 . TAAA AACT,CAAT,TAA,TA,TAAC,TACA 499.16 PASS AF=0,0,0.528302,0.0188679,0.433962,0.0188679;AO=4,2,17,6,6,2;DP=52;FAO=0,0,28,1,23,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,23,1,0,0;FSAR=0,0,5,0,23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241949,-0.0134427,-0.00800563,-0.00473422,-0.0349701,-0.0238714;FXX=0;HRUN=1,1,6,6,6,6;LEN=4,4,1,2,1,1;MLLD=83.4335,72.1896,9.67498,11.3519,88.1385,88.0682;QD=37.6728;RBI=0.0257427,0.0160314,0.0111194,0.006152,0.0913346,0.140563;REFB=-0.0496292,-0.0469087,-0.0284031,-0.0408567,-0.0173375,-0.0138368;REVB=0.0087917,0.00873497,-0.00771697,-0.00392864,0.0843747,0.138521;RO=2;SAF=0,0,15,1,0,0;SAR=4,2,2,5,6,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.725637,-0.639851,0.152626,-0.209294,-0.767694,-0.639851;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,del,snp,snp;VARB=0,0,-0.00260041,-0.0694491,0.0777553,0.0354663;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=169962666,169962666,169962667,169962667,169962669,169962668;OREF=TAAA,TAAA,A,AA,A,A;OALT=AACT,CAAT,-,-,C,C;OMAPALT=AACT,CAAT,TAA,TA,TAAC,TACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:99:52:53:2:0:4,2,17,6,6,2:0,0,28,1,23,1:0,0,0.528302,0.0188679,0.433962,0.0188679:4,2,2,5,6,2:0,0,15,1,0,0:1:1:0,0,5,0,23,1:0,0,23,1,0,0:0:0 chr3 170078232 . C A,T 1494.67 PASS AF=0.0520833,0.947917;AO=4,91;DP=95;FAO=5,91;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=4,48;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262998,-0.00257781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.169,156.454;QD=62.2781;RBI=0.0141829,0.0128999;REFB=0,0;REVB=-0.0139369,-0.0126397;RO=0;SAF=3,48;SAR=1,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0639902,-0.0033395;OID=.,.;OPOS=170078232,170078232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:95:96:0:0:4,91:5,91:0.0520833,0.947917:1,43:3,48:0:0:1,43:4,48:0:0 chr3 170198181 . A C 286.59 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00215087;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.707;QD=30.9824;RBI=0.0252369;REFB=-0.00874331;REVB=0.0251451;RO=11;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167719;STB=0.610077;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00241993;OID=.;OPOS=170198181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:11:12:25:25:0.675676:7:18:5:6:7:18:5:7 chr3 170715830 . G A 810.46 PASS AF=0.697917;AO=62;DP=92;FAO=67;FDP=96;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00262578;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.045;QD=33.769;RBI=0.0168115;REFB=0.00581665;REVB=0.0166052;RO=30;SAF=35;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393713;STB=0.516527;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.000701015;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:30:29:62:67:0.697917:27:35:15:15:31:36:14:15 chr3 170825905 . C G 2887.64 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393832;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.096;QD=63.1177;RBI=0.0469412;REFB=0;REVB=0.0255428;RO=0;SAF=79;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19137e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:104:79:0:0:104:79:0:0 chr3 170825920 . G A 159.9 PASS AF=0.17033;AO=31;DP=182;FAO=31;FDP=182;FR=.;FRO=151;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=94;FWDB=0.0663521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.754;QD=3.51427;RBI=0.0944036;REFB=-0.0107809;REVB=0.0671524;RO=149;SAF=9;SAR=22;SRF=57;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131872;STB=0.581676;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0541415;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:149:151:31:31:0.17033:22:9:57:92:22:9:57:94 chr3 170893070 . G A 98.21 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=10;FWDB=-0.00268682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.699;QD=4.13517;RBI=0.0575312;REFB=-0.00173329;REVB=-0.0574685;RO=73;SAF=15;SAR=2;SRF=64;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167607;STB=0.520207;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0106938;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:73:78:17:17:0.178947:2:15:64:9:2:15:68:10 chr3 170946002 . A G 163.89 PASS AF=0.212598;AO=27;DP=127;FAO=27;FDP=127;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0286005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.78;QD=5.16202;RBI=0.0291479;REFB=-0.0043145;REVB=0.00562234;RO=95;SAF=13;SAR=14;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498718;STB=0.516947;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0141396;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:100:27:27:0.212598:14:13:42:53:14:13:46:54 chr3 171065030 . AG AC,CA 667.98 PASS AF=0.903846,0.0769231;AO=41,5;DP=53;FAO=47,4;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=10,1;FSAR=37,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0942771,0.0555406;FXX=0.0370302;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=150.896,131.961;QD=51.3834;RBI=0.0944923,0.0558264;REFB=0.0377714,-0.0319351;REVB=0.00637378,0.00564171;RO=1;SAF=9,1;SAR=32,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0492942,-0.277405;STB=0.523799,0.665771;STBP=0.119,0.27;TYPE=snp,mnp;VARB=2.25714e-05,0.025651;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:53:52:1:1:41,5:47,4:0.903846,0.0769231:32,4:9,1:1:0:37,3:10,1:1:0 chr3 171338237 . T G 84.13 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0396155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4269;QD=3.91308;RBI=0.0396339;REFB=0.000519177;REVB=0.00120971;RO=71;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110177;STB=0.507237;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00209695;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:9:6:29:42:9:6:29:42 chr3 171395468 . A G 287.84 PASS AF=0.236559;AO=44;DP=185;FAO=44;FDP=186;FR=.;FRO=142;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=86;FWDB=-0.00673624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0545;QD=6.19002;RBI=0.012883;REFB=-0.00377915;REVB=-0.0109815;RO=133;SAF=13;SAR=31;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133092;STB=0.584386;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0124458;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:133:142:44:44:0.236559:31:13:52:81:31:13:56:86 chr3 171404478 . C A 161.08 PASS AF=0.178571;AO=30;DP=167;FAO=30;FDP=168;FR=.;FRO=138;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=-0.0265304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.556;QD=3.8352;RBI=0.0272582;REFB=-0.00158962;REVB=-0.00625659;RO=136;SAF=12;SAR=18;SRF=77;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210788;STB=0.633715;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00548111;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:136:138:30:30:0.178571:18:12:77:59:18:12:78:60 chr3 171510238 . C T 3278.32 PASS AF=1;AO=212;DP=215;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539109;FXX=0.0139528;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.149;QD=61.8552;RBI=0.00846514;REFB=-0.0509059;REVB=0.00652646;RO=1;SAF=126;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88683e-07;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:212:1:0:212:212:1:86:126:0:1:86:126:0:0 chr3 171510841 . C T 2346.27 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175739;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.148;QD=63.8441;RBI=0.0215953;REFB=0;REVB=0.0125504;RO=0;SAF=82;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169206;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:145:147:1:63:82:0:0:64:83:0:0 chr3 171510898 . A G 2063.25 PASS AF=0.977444;AO=127;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130802;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.443;QD=62.0526;RBI=0.0157557;REFB=0;REVB=0.00878359;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195891;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:133:133:0:0:127:130:0.977444:63:64:0:0:63:67:0:0 chr3 171511020 . T G 1264.66 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9128;QD=61.6906;RBI=0.0335198;REFB=0;REVB=0.0204338;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10304e-05;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr3 171511139 . C T 1019.66 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.899;QD=57.4457;RBI=0.0934695;REFB=0;REVB=0.0908363;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052945;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:65:71:1:24:41:0:0:28:43:0:0 chr3 171511355 . G A 3231.84 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167003;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.766;QD=61.8534;RBI=0.0207101;REFB=0;REVB=-0.0122478;RO=0;SAF=99;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82331e-06;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:208:209:1:109:99:0:0:109:100:0:0 chr3 171844787 . A T 1161.7 PASS AF=0.736434;AO=90;DP=125;FAO=95;FDP=129;FR=.;FRO=34;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0157163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.084;QD=36.0217;RBI=0.0429695;REFB=-0.0537878;REVB=0.0399922;RO=33;SAF=42;SAR=48;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067457;STB=0.537197;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0219011;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:33:34:90:95:0.736434:48:42:11:22:51:44:11:23 chr3 171969077 . C G 138.96 PASS AF=0.198347;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=121;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.0115095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0402;QD=4.59365;RBI=0.0200394;REFB=-0.00303363;REVB=-0.0164046;RO=96;SAF=9;SAR=15;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260373;STB=0.6591;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00714885;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:96:97:24:24:0.198347:15:9:56:40:15:9:56:41 chr3 172046861 . T C 2159.63 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9779;QD=63.055;RBI=0.0370052;REFB=0;REVB=0.00574656;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94151e-05;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:73:64:0:0:73:64:0:0 chr3 172115465 . TT AA,TA 140.46 PASS AF=0.3,0.65;AO=6,7;DP=15;FAO=6,13;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=1,6;FSAR=5,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0968178,0.172706;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=17.1157,14.4105;QD=28.0927;RBI=0.100104,0.181529;REFB=-0.109615,-0.157419;REVB=0.0254402,0.0559066;RO=2;SAF=1,0;SAR=5,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209294,-0.782089;STB=0.54531,0.533282;STBP=0.659,0.534;TYPE=mnp,snp;VARB=0.113919,-0.0512929;OID=.,.;OPOS=172115465,172115466;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:15:20:2:1:6,7:6,13:0.3,0.65:5,7:1,0:1:1:5,7:1,6:0:1 chr3 172165727 . C T 904.41 PASS AF=0.839506;AO=68;DP=81;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00596614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.116;QD=44.6622;RBI=0.0215471;REFB=-0.0167265;REVB=0.0207046;RO=12;SAF=35;SAR=33;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510403;STB=0.520865;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00233376;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:12:13:68:68:0.839506:33:35:4:8:33:35:5:8 chr3 172166033 . G A 648.07 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=81;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0100793;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9831;QD=32.4034;RBI=0.0140753;REFB=-0.0173206;REVB=0.00982458;RO=23;SAF=31;SAR=24;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000878369;STB=0.511581;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00912736;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:23:25:55:55:0.6875:24:31:13:10:24:31:15:10 chr3 172224303 . A G 960.21 PASS AF=0.938272;AO=56;DP=74;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00452789;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=132.796;QD=47.4178;RBI=0.0210753;REFB=-0.0572725;REVB=0.0205831;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521011;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000730645;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:74:81:0:5:56:76:0.938272:31:25:0:0:41:35:4:1 chr3 172232780 . G T 182.15 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0102599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.455;QD=6.87375;RBI=0.0148535;REFB=-0.00201715;REVB=-0.0107406;RO=79;SAF=15;SAR=12;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049592;STB=0.529893;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00612566;OID=.;OPOS=172232780;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:79:79:27:27:0.254717:12:15:47:32:12:15:47:32 chr3 172348906 . A ACCTC 136.43 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=0.00323552;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=4;MLLD=346.497;QD=8.52663;RBI=0.0274312;REFB=-0.00421959;REVB=-0.0272397;RO=48;SAF=16;SAR=2;SRF=41;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945954;STB=0.581653;STBP=0.588;TYPE=ins;VARB=0.00807726;OID=.;OPOS=172348907;OREF=-;OALT=CCTC;OMAPALT=ACCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296875:18:67:19:64:45:17:2:38:7:99:48:16:2:41:7 chr3 172428782 . T C 1148.09 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.424;QD=60.4256;RBI=0.0385469;REFB=0;REVB=0.00774678;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63122e-05;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:71:76:1:44:27:0:0:48:28:0:0 chr3 172480766 . T G 179.58 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0405276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.845;QD=11.4016;RBI=0.0414181;REFB=-0.0022789;REVB=-0.00854203;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027703;STB=0.529629;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00554913;OID=.;OPOS=172480766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:40:22:23:0.365079:11:11:19:21:11:12:19:21 chr3 172489076 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.024;QD=58.4176;RBI=0.0575891;REFB=0;REVB=-0.0574859;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133002;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr3 172514294 . G A 946.82 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7556;QD=57.383;RBI=0.0877791;REFB=0;REVB=0.0646355;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130644;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:63:66:1:30:33:0:0:31:35:0:0 chr3 172835082 . C T 231.96 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00170304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.286;QD=14.7275;RBI=0.00448532;REFB=-0.00586683;REVB=-0.00414943;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839832;STB=0.547668;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00862929;OID=.;OPOS=172835082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:17:19:12:15:17:19 chr3 172835125 . T C 893.98 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.093;QD=55.0139;RBI=0.0472608;REFB=-0.0593664;REVB=0.0382753;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000460997;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000696865;OID=.;OPOS=172835125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:32:31:1:1:32:31:1:1 chr3 172835290 . C T 1472.08 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.313;QD=58.3002;RBI=0.00637043;REFB=-0.0435001;REVB=0.00618748;RO=1;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092091;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000769274;OID=.;OPOS=172835290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:1:1:97:100:0.990099:51:46:0:1:53:47:0:1 chr3 174581888 . T C 727.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.884;QD=57.0865;RBI=0.0203411;REFB=0;REVB=0.00797309;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39575e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr3 174814738 . G A 1305.18 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000502148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.469;QD=60.7061;RBI=0.0269121;REFB=-0.101597;REVB=-0.0269074;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00128986;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:36:49:1:0:36:49:1:0 chr3 174814920 . A G 1234.64 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00524054;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.817;QD=60.2261;RBI=0.0127304;REFB=-0.0104297;REVB=0.0116017;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133364;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=3.82006e-05;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:46:35:1:0:46:35:1:0 chr3 174951756 . T C 656.15 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198831;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.974;QD=62.4904;RBI=0.0208277;REFB=0;REVB=0.00620115;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526169;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr3 175087408 . C T 304.38 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0671498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3623;QD=15.0313;RBI=0.0967004;REFB=-0.017489;REVB=-0.0695836;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204443;STB=0.504502;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0238968;OID=.;OPOS=175087408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:46:47:33:34:0.419753:20:13:19:27:20:14:19:28 chr3 175165079 . C T 397.18 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0197294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.896;QD=46.7264;RBI=0.0249691;REFB=-0.213915;REVB=-0.0153038;RO=3;SAF=16;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797251;STB=0.525675;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00542951;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:3:4:30:30:0.882353:14:16:3:0:14:16:3:1 chr3 175189447 . G A 149.52 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00278574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.329;QD=11.9616;RBI=0.0277873;REFB=-0.00297677;REVB=-0.0276474;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188739;STB=0.529377;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00544033;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:33:16:17:0.34:8:8:14:15:8:9:16:17 chr3 175327309 . G A 2491.27 PASS AF=0.993939;AO=160;DP=162;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0188;QD=60.3943;RBI=0.0284906;REFB=-0.102776;REVB=-0.0241955;RO=0;SAF=72;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33094e-08;STB=0.503311;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000456284;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:165:0:1:160:164:0.993939:88:72:0:0:89:75:1:0 chr3 175345143 . C G 1286.6 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750472;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.074;QD=62.0046;RBI=0.0210905;REFB=0;REVB=0.0197101;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21421e-05;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr3 175473047 . T C 1822.02 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8887;QD=61.2442;RBI=0.0103537;REFB=0;REVB=0.00812238;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69101e-06;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:65:54:0:0 chr3 175521509 . A G 579.14 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.000646308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.734;QD=21.6501;RBI=0.000799402;REFB=-0.0187427;REVB=-0.000470456;RO=49;SAF=19;SAR=39;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920655;STB=0.550635;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.01193;OID=.;OPOS=175521509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:39:19:21:28:39:19:21:28 chr3 175521611 . A G 1074.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.119;QD=59.6748;RBI=0.0423065;REFB=0;REVB=-0.00907853;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88042e-05;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:44:21:0:0:44:28:0:0 chr3 176838514 . C G 647.84 PASS AF=1;AO=26;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104277;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.615;QD=61.699;RBI=0.106903;REFB=0;REVB=0.0235486;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331027;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:26:42:1:15:11:0:0:23:19:0:0 chr3 178742690 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.744;QD=63.2851;RBI=0.034062;REFB=0;REVB=0.0329644;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116456;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr3 178815528 . G A 1941.01 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.981;QD=60.6564;RBI=0.0523368;REFB=0;REVB=0.0497574;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596129;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:124:128:1:65:59:0:0:67:61:0:0 chr3 178941879 . A G 412.65 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0352053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0839;QD=18.7569;RBI=0.0717342;REFB=-0.00223911;REVB=-0.062501;RO=46;SAF=28;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123651;STB=0.569072;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00164734;OID=.;OPOS=178941879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:14:28:25:21:14:28:25:21 chr3 178952435 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTA,TCTTTTTTA 213.79 PASS AF=0.183908,0.390805,0;AO=18,19,4;DP=97;FAO=16,34,0;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=8,22,0;FSAR=8,12,0;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=-0.167188,-0.218904,-0.0844744;FXX=0.0543419;HRUN=7,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=14.1139,8.37148,26.6843;QD=9.8296;RBI=0.167409,0.25825,0.0950024;REFB=-0.0900588,-0.177249,-0.0110325;REVB=0.00859829,0.137019,-0.0434687;RO=30;SAF=10,16,3;SAR=8,3,1;SRF=3;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.481918,0.696458,0.690105;STB=0.773345,0.760237,0.5;STBP=0.049,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.10318,0.186662,0;OID=.,.,.;OPOS=178952442,178952436,178952435;OREF=TA,T,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA,TCTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:97:87:30:37:18,19,4:16,34,0:0.183908,0.390805,0:8,3,1:10,16,3:3:27:8,12,0:8,22,0:4:33 chr3 178976777 . C T 219.06 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00722032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4257;QD=39.829;RBI=0.0331316;REFB=-0.0471937;REVB=0.0323353;RO=2;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.5664;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0255393;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:19:19:0.863636:14:5:2:0:14:5:2:1 chr3 179096508 . C G 892.94 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=71;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0191375;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8258;QD=51.7645;RBI=0.0262874;REFB=-0.0204302;REVB=0.0180218;RO=4;SAF=31;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000893327;STB=0.507244;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00329507;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:69:4:5:63:64:0.927536:32:31:2:2:32:32:2:3 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 204.7 PASS AF=0.452381,0.047619;AO=17,2;DP=41;FAO=19,2;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13,0;FSAR=6,2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00510758,0.0211669;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=259.177,63.847;QD=19.4951;RBI=0.0205057,0.032454;REFB=-0.0215734,-0.00652985;REVB=0.0198594,-0.0246013;RO=20;SAF=11,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190132,-0.489708;STB=0.639193,0.993969;STBP=0.118,0.19;TYPE=del,mnp;VARB=0.0145825,0.0824013;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381,0.047619:17,2:41:19,2:42:21:13,0:6,2:9:12:99:20:11,0:6,2:9:11 chr3 179118998 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.317;QD=58.5999;RBI=0.0168871;REFB=0;REVB=-0.0148547;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40211e-05;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr3 179298999 . C T 2146.53 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417344;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.799;QD=63.1333;RBI=0.065434;REFB=0;REVB=-0.0653008;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106726;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:136:0:0:135:136:1:63:72:0:0:64:72:0:0 chr3 182631792 . C A 763.46 PASS AF=0.596639;AO=71;DP=119;FAO=71;FDP=119;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0319906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6281;QD=25.6624;RBI=0.0325152;REFB=-0.0255325;REVB=-0.00581718;RO=48;SAF=32;SAR=39;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025571;STB=0.513898;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0141436;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:48:48:71:71:0.596639:39:32:20:28:39:32:20:28 chr3 182681740 . C T 117.51 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0368141;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.438;QD=6.18487;RBI=0.0369128;REFB=-0.000281043;REVB=-0.00269777;RO=58;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240391;STB=0.647828;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00240098;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:58:58:18:18:0.236842:7:11:24:34:7:11:24:34 chr3 182790249 . G A 1469.29 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.458;QD=63.1952;RBI=0.0169333;REFB=0;REVB=-0.000252845;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01264e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:55:34:0:0:57:36:0:0 chr3 182853670 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0123942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.854;QD=10.1851;RBI=0.0149992;REFB=-0.00678626;REVB=0.00844744;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139853;STB=0.583674;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0213773;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:20:14:8:7:20:14 chr3 182871962 . C T 710.18 PASS AF=0.40625;AO=78;DP=192;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=76;FWDB=-0.0469281;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.057;QD=14.7955;RBI=0.0473382;REFB=-0.00992153;REVB=-0.00621739;RO=110;SAF=25;SAR=53;SRF=37;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188517;STB=0.508681;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.010735;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:110:114:78:78:0.40625:53:25:37:73:53:25:38:76 chr3 182925403 . GT G,GC 962.12 PASS AF=0.0597015,0.940299;AO=9,56;DP=67;FAO=4,63;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=4,41;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193172,0.0137208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.918,75.8641;QD=57.4399;RBI=0.0263207,0.0572256;REFB=0,0;REVB=0.017878,0.0555564;RO=0;SAF=7,38;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76069e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0555566,0.00487642;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0597015,0.940299:9,56:67:4,63:67:0:4,41:0,22:0:0:9:0:7,38:2,18:0:0 chr3 183027542 . T G 290.07 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0279314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.692;QD=26.3701;RBI=0.0329641;REFB=0.0188505;REVB=0.0175062;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150997;STB=0.515777;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0181868;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:18:25:26:0.590909:13:12:9:9:14:12:9:9 chr3 183107570 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00868356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.512;QD=20.2458;RBI=0.0689247;REFB=-0.0343084;REVB=-0.0683755;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265419;STB=0.521727;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0337493;OID=.;OPOS=183107570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:18:18:17:15:18:18:18:15 chr3 183211906 . A G 1291.09 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664639;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.154;QD=62.2214;RBI=0.0107344;REFB=0;REVB=-0.00842934;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115798;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr3 183226072 . G A 291.65 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0107488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.32;QD=19.4432;RBI=0.0107659;REFB=-0.0103491;REVB=0.000606599;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332681;STB=0.518507;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00936864;OID=.;OPOS=183226072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:17:12:14:17:17:12 chr3 183226186 . C T 294.52 PASS AF=0.757576;AO=23;DP=31;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00940334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.789;QD=35.6995;RBI=0.0306168;REFB=-0.0123578;REVB=0.029137;RO=8;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152373;STB=0.58673;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00507232;OID=.;OPOS=183226186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:33:8:8:23:25:0.757576:10:13:7:1:12:13:7:1 chr3 183226213 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00553147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.252;QD=25.711;RBI=0.0257003;REFB=-0.0742511;REVB=0.025098;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169984;STB=0.594902;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0171857;OID=.;OPOS=183226213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:5:1:6:7:5:1 chr3 183368216 . A T 276.79 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0212374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.296;QD=11.6543;RBI=0.025651;REFB=-0.00726272;REVB=0.0143857;RO=61;SAF=17;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291161;STB=0.521726;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0146516;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:61:62:33:33:0.347368:16:17:33:28:16:17:34:28 chr3 183368891 . C T 234.04 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0239993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2781;QD=10.7606;RBI=0.0366543;REFB=-0.0134949;REVB=-0.0277051;RO=58;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140689;STB=0.581996;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0225968;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:18:11:29:29:18:11:29:29 chr3 183432983 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00730018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.808;QD=14.904;RBI=0.0253387;REFB=-0.0139327;REVB=-0.0242643;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384718;STB=0.521834;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0168042;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:17:17:12:14:17:17 chr3 183476685 . G A 735.11 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0494482;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.955;QD=51.5868;RBI=0.0504228;REFB=0.0184556;REVB=-0.00986546;RO=3;SAF=16;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438931;STB=0.502332;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00281748;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:3:3:54:54:0.947368:38:16:1:2:38:16:1:2 chr3 183521133 . A G 1157.17 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0581182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.996;QD=59.342;RBI=0.0596245;REFB=0.027763;REVB=-0.0133178;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00168279;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:0:1:42:35:0:1 chr3 183524193 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.9867;QD=60.2254;RBI=0.0103457;REFB=0;REVB=0.00979888;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74873e-05;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr3 183533964 . T C 306.04 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2749;QD=53.2251;RBI=0.0497505;REFB=0;REVB=-0.0283035;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148939;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr3 183558402 . C G 1904.13 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9828;QD=61.4236;RBI=0.0226348;REFB=0;REVB=-0.00553017;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131237;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:57:65:0:0:58:66:0:0 chr3 183560195 . A G 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.92;QD=59.1389;RBI=0.0561321;REFB=0;REVB=0.0154983;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111009;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr3 183685534 . A G 396.97 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0380007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6328;QD=23.3511;RBI=0.0459168;REFB=-0.0311505;REVB=0.0257741;RO=29;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030269;STB=0.516645;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0404528;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:16:23:16:13:16:23:16:13 chr3 183696402 . A G 498.59 PASS AF=0.532609;AO=41;DP=84;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0440451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.912;QD=21.6777;RBI=0.0450705;REFB=0.00291696;REVB=0.00955944;RO=38;SAF=23;SAR=18;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298735;STB=0.65257;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00394932;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:92:38:43:41:49:0.532609:18:23:8:30:18:31:13:30 chr3 183699516 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00750523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.569;QD=13.4417;RBI=0.0164731;REFB=-0.00861221;REVB=-0.014664;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301146;STB=0.680449;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0162213;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:7:6:2:8:7:6 chr3 183754278 . C G 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00141587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.218;QD=12.5664;RBI=0.0074298;REFB=-0.0097328;REVB=-0.00729364;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504196;STB=0.537099;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0155157;OID=.;OPOS=183754278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:14:11:19:20:14:11:20:20 chr3 183754294 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.542;QD=57.1058;RBI=0.00907054;REFB=0;REVB=-0.00186398;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33815e-05;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr3 183755822 . GC AC,AT 873.71 PASS AF=0.934426,0.0655738;AO=57,4;DP=63;FAO=57,4;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25,4;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000914181,-0.0118597;FXX=0.031741;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.9015,83.6077;QD=57.2922;RBI=0.0580164,0.0776989;REFB=0,0;REVB=0.0580092,0.0767884;RO=0;SAF=25,4;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000184528,0.0342729;OID=.,.;OPOS=183755822,183755822;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:63:61:0:0:57,4:57,4:0.934426,0.0655738:32,0:25,4:0:0:32,0:25,4:0:0 chr3 183756702 . G A 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.599;QD=57.383;RBI=0.0462175;REFB=0;REVB=0.0353288;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167066;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr3 183756742 . C T 740.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.757;QD=56.9819;RBI=0.0430939;REFB=0;REVB=-0.00526543;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147949;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr3 183774762 . C A 1544.69 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1128;QD=58.2901;RBI=0.0571603;REFB=-0.115849;REVB=0.0213638;RO=1;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870688;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00221772;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:54:50:0:1:54:51:0:1 chr3 183778010 . G C 1077.06 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00322817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.073;QD=57.4433;RBI=0.0312759;REFB=-0.136634;REVB=0.0311088;RO=2;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243926;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000474138;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:2:1:73:74:0.986667:33:40:1:1:34:40:1:0 chr3 183818416 . G A 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.019343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.351;QD=28.0206;RBI=0.0345678;REFB=0.00118797;REVB=-0.0286492;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087583;STB=0.548139;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00133134;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:11:17:13:5:11:17:13:5 chr3 183861243 . A G 253.1 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00925812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.047;QD=19.1021;RBI=0.0298534;REFB=-0.0102424;REVB=0.0283816;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131805;STB=0.572014;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0114919;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:26:27:0.509434:11:15:18:7:11:16:19:7 chr3 183863084 . AAG A 101.5 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0389066;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=273.679;QD=12.6876;RBI=0.0390916;REFB=-0.0183053;REVB=-0.00379787;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0.0192974;STB=0.543426;STBP=0.734;TYPE=del;VARB=0.0185336;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:28:16:32:16:4:12:3:13:99:14:2:11:2:12 chr3 183900680 . G C 382.7 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0270428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6902;QD=25.5136;RBI=0.0655754;REFB=-0.0311153;REVB=0.0597396;RO=23;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163686;STB=0.589694;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.018751;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:23:14:14:9:23:14:14:9 chr3 183900729 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00765426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.047;QD=29.8322;RBI=0.00822699;REFB=-0.00948301;REVB=-0.0030159;RO=14;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035778;STB=0.501967;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00585376;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:15:11:6:8:15:11:6:8 chr3 183904049 . A G 178.14 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.087206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8768;QD=14.845;RBI=0.0957334;REFB=-0.00990777;REVB=-0.0394968;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.516761;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0107724;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:13:16:11:8:13:16 chr3 183906759 . G A 341.54 PASS AF=0.622642;AO=32;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0210222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.567;QD=25.7767;RBI=0.021087;REFB=-0.022545;REVB=-0.00165211;RO=20;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316971;STB=0.67396;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00491106;OID=.;OPOS=183906759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:20:32:33:0.622642:18:14:18:2:19:14:18:2 chr3 183907032 . G C 694.27 PASS AF=0.468354;AO=71;DP=160;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.00334161;FXX=0.076019;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.227;QD=17.5765;RBI=0.00366322;REFB=0.000745247;REVB=0.00150095;RO=71;SAF=37;SAR=34;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765459;STB=0.571798;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000671717;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:71:84:71:74:0.468354:34:37:31:40:34:40:34:50 chr3 183951133 . GCC GC,GCT 141.52 PASS AF=0.375,0.625;AO=4,10;DP=16;FAO=6,10;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260857,0.0164832;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.29008,217.065;QD=35.3797;RBI=0.327882,0.021261;REFB=-0.065034,-0.025182;REVB=0.326842,-0.0134289;RO=2;SAF=1,8;SAR=3,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210252,0.292303;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.172206,0.00185704;OID=.,.;OPOS=183951134,183951135;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.625:4,10:16:6,10:16:0:1,8:5,2:0:0:33:2:1,8:3,2:0:2 chr3 183951431 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00848939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.708;QD=20.4858;RBI=0.0238186;REFB=-0.033229;REVB=0.0222544;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126338;STB=0.57133;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0245203;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:3:8:8:6:3:8 chr3 183953972 . G A 322.24 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0429337;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0424;QD=24.32;RBI=0.0861351;REFB=0.0179255;REVB=0.0746723;RO=19;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245795;STB=0.541845;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00940643;OID=.;OPOS=183953972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:19:21:31:32:0.603774:12:19:11:8:12:20:11:10 chr3 183955109 . C T 326.07 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0250204;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.896;QD=17.3903;RBI=0.0259362;REFB=-0.00401287;REVB=0.00683136;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149751;STB=0.560756;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00501288;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:40:35:35:0.466667:17:18:13:24:17:18:16:24 chr3 183975365 . C T 698.78 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.919;QD=62.1136;RBI=0.0821798;REFB=0;REVB=0.0765182;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294697;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:15:30:0:0 chr3 183976108 . T C 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.189;QD=59.674;RBI=0.110885;REFB=0;REVB=-0.107349;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280015;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr3 184010230 . C T 351.74 PASS AF=0.375;AO=37;DP=113;FAO=42;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.00818171;FXX=0.0175423;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.344;QD=12.562;RBI=0.0146982;REFB=-0.0224099;REVB=-0.0122105;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168966;STB=0.617294;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0396008;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:37:69:37:42:0.375:21:16:23:14:22:20:46:23 chr3 184037533 . A G 706.64 PASS AF=1;AO=32;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9326;QD=58.8869;RBI=0.0572905;REFB=0;REVB=0.0570683;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147288;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:32:48:1:15:17:0:0:26:22:0:0 chr3 184039666 . A C,G 460.51 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,28;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935009,-0.000514721;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=40.2542,77.62;QD=57.564;RBI=0.0154557,0.0672446;REFB=0,0;REVB=-0.0123067,0.0672426;RO=0;SAF=1,11;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0395865,-0.00561346;OID=.,.;OPOS=184039666,184039666;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:32:0:0:4,28:1,31:0.03125,0.96875:3,17:1,11:0:0:0,20:1,11:0:0 chr3 184046470 . C T 413.81 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00316308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.288;QD=13.7936;RBI=0.0133542;REFB=-0.00425864;REVB=-0.0129742;RO=71;SAF=23;SAR=25;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152269;STB=0.504174;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00725883;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:72:48:48:0.4:25:23:33:38:25:23:34:38 chr3 184063382 . C T 192.06 PASS AF=0.329412;AO=17;DP=75;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0077069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2772;QD=9.03821;RBI=0.00808539;REFB=-0.0205844;REVB=-0.00244484;RO=55;SAF=3;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52185;STB=0.718908;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0248043;OID=.;OPOS=184063382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:85:55:57:17:28:0.329412:14:3:33:22:20:8:35:22 chr3 184090809 . C CG,G 99.35 PASS AF=0.1875,0.0178571;AO=19,8;DP=111;FAO=21,2;FDP=112;FR=.;FRO=89;FSAF=2,2;FSAR=19,0;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0948944,-0.0768007;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=30.906,40.3762;QD=3.54827;RBI=0.0949113,0.109256;REFB=-0.00484833,0.011894;REVB=-0.0017903,-0.077708;RO=84;SAF=7,0;SAR=12,8;SRF=52;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309373,-0.64824;STB=0.916226,0.993594;STBP=0,0.232;TYPE=ins,snp;VARB=0.015478,0.0516088;OID=.,.;OPOS=184090810,184090809;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:111:112:84:89:19,8:21,2:0.1875,0.0178571:12,8:7,0:52:32:19,0:2,2:57:32 chr3 184102396 . C T 432.41 PASS AF=0.380597;AO=43;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0123146;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.316;QD=12.9077;RBI=0.0216161;REFB=0.00623286;REVB=-0.0177653;RO=70;SAF=22;SAR=21;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126576;STB=0.51838;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0129422;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:83:43:51:0.380597:21:22:35:35:28:23:35:48 chr3 184103903 . A C 149.58 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.00792979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.534;QD=9.80863;RBI=0.00995153;REFB=-0.00621808;REVB=-0.00601261;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420792;STB=0.729668;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0231842;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:9:11:7:33:9:11:8:33 chr3 184289152 . A G 571.59 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=131;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.000697239;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.583;QD=17.3208;RBI=0.0281347;REFB=-0.0158597;REVB=-0.028126;RO=69;SAF=35;SAR=25;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035848;STB=0.50077;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0180062;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:69:71:60:61:0.462121:25:35:40:29:25:36:42:29 chr3 184293688 . T TC 36.85 PASS AF=0.152542;AO=13;DP=61;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0143416;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.168;QD=2.49863;RBI=0.0182936;REFB=-0.00175717;REVB=-0.0113567;RO=48;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475232;STB=0.688478;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=0.113796;OID=.;OPOS=184293689;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152542:13:61:9:59:50:6:3:22:28:36:48:6:7:24:24 chr3 184550501 . A G 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4562;QD=58.5872;RBI=0.0185139;REFB=0;REVB=-0.0010802;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1465e-05;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr3 184573555 . C T 690.95 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1284;QD=60.0828;RBI=0.032474;REFB=-0.105156;REVB=-0.0244593;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00113555;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:24:21:0:0:24:21:0:1 chr3 184647413 . T C 1106.93 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000134288;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.169;QD=60.6535;RBI=0.00968394;REFB=0;REVB=-0.00968301;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76067e-05;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr3 184700356 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.652;QD=39.2068;RBI=0.0532742;REFB=0;REVB=0.0474911;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596554;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 184700426 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5426;QD=51.1842;RBI=0.0528696;REFB=0;REVB=-0.0525539;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128942;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 184795895 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.067;QD=56.9569;RBI=0.0390366;REFB=0;REVB=0.033899;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47776e-05;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr3 184798067 . T C 1011.68 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127509;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.257;QD=59.5109;RBI=0.0393586;REFB=0;REVB=0.0372359;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19111e-05;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr3 184910133 . G T 478.87 PASS AF=0.716667;AO=42;DP=59;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0131726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.693;QD=31.9246;RBI=0.0259887;REFB=-0.021174;REVB=-0.022403;RO=16;SAF=34;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941071;STB=0.54751;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00715032;OID=.;OPOS=184910133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:16:17:42:43:0.716667:8:34:11:5:8:35:12:5 chr3 184911151 . T C 775.99 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00601106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.059;QD=22.3305;RBI=0.00626297;REFB=-0.00674818;REVB=0.00175839;RO=61;SAF=27;SAR=47;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678198;STB=0.525133;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00459822;OID=.;OPOS=184911151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:61:65:74:74:0.532374:47:27:27:34:47:27:27:38 chr3 185046975 . T C 1593.66 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.921;QD=59.0245;RBI=0.0228071;REFB=-0.0902009;REVB=0.0223617;RO=0;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016157;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:108:0:0:107:108:1:43:64:0:0:44:64:0:0 chr3 185146702 . C T 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0155057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.534;QD=12.2152;RBI=0.0164615;REFB=-0.00568677;REVB=-0.00552759;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374714;STB=0.707426;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0219795;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:5:10:8:18:5:10:9:18 chr3 185181358 . GA AG,G,GT 51.69 PASS AF=0.039604,0.19802,0.00990099;AO=4,31,6;DP=102;FAO=4,20,1;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=4,12,1;FSAR=0,8,0;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00227172,-0.0291384,-0.0288248;FXX=0.00980296;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=97.1179,7.9024,43.9054;QD=2.04719;RBI=0.00671925,0.0468409,0.0356964;REFB=-0.0164012,-0.128652,-0.022423;REVB=-0.00632357,0.0366746,-0.0210563;RO=51;SAF=4,17,4;SAR=0,14,2;SRF=27;SRR=24;SSEN=0,0.335731,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.518132,0.020733,0.160352;STB=0.997324,0.56955,0.989813;STBP=0.036,0.501,0.493;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.00827215,0.150456,0.0943466;OID=.,.,.;OPOS=185181358,185181359,185181359;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,T;OMAPALT=AG,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:102:101:51:76:4,31,6:4,20,1:0.039604,0.19802,0.00990099:0,14,2:4,17,4:27:24:0,8,0:4,12,1:39:37 chr3 185226396 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0132262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.574;QD=19.9672;RBI=0.015814;REFB=-0.00464415;REVB=0.0086688;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13887;STB=0.577305;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00341105;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:15:11:17:12:15:11 chr3 185229464 . T C 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0121207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.238;QD=17.4889;RBI=0.0135494;REFB=-0.0190993;REVB=-0.00605605;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254663;STB=0.514276;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0233783;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:17:11:11:19:17:11:11:19 chr3 185434443 . G A 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00986423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.911;QD=17.6937;RBI=0.0102512;REFB=-0.00836832;REVB=-0.00279011;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496487;STB=0.527762;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0103035;OID=.;OPOS=185434443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:18:21:17:18:18:21 chr3 185866733 . T C 673.93 PASS AF=0.51145;AO=66;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0433008;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.824;QD=20.578;RBI=0.043718;REFB=-0.00828663;REVB=-0.00602563;RO=64;SAF=31;SAR=35;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430336;STB=0.520104;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00620519;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:64:66:67:0.51145:35:31:27:37:36:31:27:37 chr3 185867550 . G C 167.52 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291667;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.737;QD=41.8792;RBI=0.0319255;REFB=-0.0749971;REVB=0.0129823;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338159;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000633304;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:13:2:0:1:13:2:0:1 chr3 185990096 . C T 311.26 PASS AF=0.4375;AO=29;DP=74;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00552656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.293;QD=15.5628;RBI=0.0153508;REFB=-0.0202009;REVB=0.0143214;RO=45;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205122;STB=0.629137;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0329814;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:45:45:29:35:0.4375:10:19:21:24:11:24:21:24 chr3 186006566 . T C 280.81 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.00338046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.702;QD=14.4004;RBI=0.0847292;REFB=-0.00558614;REVB=-0.0846617;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912862;STB=0.556033;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00771847;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:11:21:33:12:11:21:34:12 chr3 186006618 . G C 1118.57 PASS AF=0.986842;AO=58;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210324;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.449;QD=58.8721;RBI=0.0238933;REFB=-0.0198183;REVB=-0.011337;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=8.51089e-05;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:58:75:0.986842:22:36:0:0:28:47:0:1 chr3 186015283 . A G 252.77 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0186179;FXX=0.0119033;HRUN=8;LEN=1;MLLD=304.648;QD=12.1817;RBI=0.0193443;REFB=-0.0020161;REVB=0.00525128;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279454;STB=0.70407;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000783196;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:34:53:28:29:0.349398:20:8:19:15:21:8:31:22 chr3 186337713 . T C 538.0 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.543;QD=59.7772;RBI=0.124202;REFB=0;REVB=0.0292058;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011196;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr3 186338382 . G C 792.73 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.551;QD=56.6234;RBI=0.0116575;REFB=0;REVB=0.0109353;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83681e-05;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:22:34:0:0 chr3 186338425 . A C 737.37 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.685;QD=54.62;RBI=0.0332386;REFB=-6.1741e-05;REVB=-0.00473141;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=2.55802e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:0:1:52:53:0.981481:31:21:0:0:30:23:0:1 chr3 186370333 . G T 189.96 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0202021;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1963;QD=11.012;RBI=0.0214371;REFB=-0.00264282;REVB=-0.00717093;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716952;STB=0.548813;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00834024;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:13:11:23:21:13:11:24:21 chr3 186390627 . C T 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0330786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.347;QD=10.2646;RBI=0.0369549;REFB=-0.0174674;REVB=0.0164765;RO=67;SAF=14;SAR=17;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117244;STB=0.568481;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0377334;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:17:14:37:30:17:14:37:30 chr3 186395113 . A G 82.59 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0193642;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2488;QD=7.86601;RBI=0.0316762;REFB=0.00376921;REVB=0.0250681;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154092;STB=0.596829;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0139414;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:43:42:31:31:11:11:0.261905:3:8:19:12:3:8:19:12 chr3 186395180 . T C 539.42 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0573023;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4322;QD=56.7806;RBI=0.057327;REFB=-0.00861017;REVB=-0.00168191;RO=1;SAF=28;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164193;STB=0.508192;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00300062;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:35:37:0.973684:7:28:1:0:7:30:1:0 chr3 186395278 . AC A 30.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.248595;FXX=0.0832986;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.3773;QD=5.61057;RBI=0.271145;REFB=-0.0883348;REVB=0.108258;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.318538;SSSB=0.583505;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.0235564;OID=.;OPOS=186395279;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:23:11:22:11:7:4:4:7:30:11:6:1:3:8 chr3 186395286 . G C 37.99 PASS AF=0.275862;AO=9;DP=27;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0419885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9089;QD=5.2401;RBI=0.0526559;REFB=-0.0229733;REVB=-0.0317745;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620281;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.252438;OID=.;OPOS=186395286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:27:29:18:21:9:8:0.275862:5:4:7:11:4:4:8:13 chr3 186395572 . A T 109.28 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0153577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5553;QD=14.1007;RBI=0.0546367;REFB=-0.0291684;REVB=0.0524339;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.586817;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0369164;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:9:4:8:9:9:4:8:10 chr3 186435370 . G A 650.53 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000623449;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.497;QD=24.7821;RBI=0.0142568;REFB=-0.0300625;REVB=0.0142432;RO=43;SAF=28;SAR=34;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025109;STB=0.513677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.022239;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:43:62:62:0.590476:34:28:18:25:34:28:18:25 chr3 186489724 . T C 613.78 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.132643;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7974;QD=57.096;RBI=0.137464;REFB=-0.154414;REVB=0.0360857;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446131;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0154106;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:43:2:1:40:42:0.976744:20:20:2:0:21:21:1:0 chr3 186504148 . T C 841.31 PASS AF=0.583333;AO=74;DP=131;FAO=77;FDP=132;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0121898;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.374;QD=25.4941;RBI=0.0572447;REFB=0.00701129;REVB=-0.0559317;RO=53;SAF=38;SAR=36;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609178;STB=0.532459;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00422665;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:53:55:74:77:0.583333:36:38:23:30:36:41:25:30 chr3 186570892 . T G 1077.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482449;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.289;QD=59.8507;RBI=0.01682;REFB=0;REVB=0.0161132;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17626e-05;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:28:42:0:0:27:45:0:0 chr3 186936376 . A AAT,AT 222.09 PASS AF=0.55,0;AO=12,8;DP=76;FAO=22,0;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=19,0;FSAR=3,0;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00984467,-0.00547691;FXX=0.0243843;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=102.535,98.5715;QD=22.2085;RBI=0.0247219,0.0160587;REFB=-0.111902,-0.104339;REVB=0.0226772,0.0150958;RO=55;SAF=11,6;SAR=1,2;SRF=30;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.545034,0.259253;STB=0.573203,0.5;STBP=0.462,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.105973,0.042672;OID=.,.;OPOS=186936377,186936377;OREF=-,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55,0:12,8:76:22,0:40:18:19,0:3,0:14:4:99:55:11,6:1,2:30:25 chr3 186937568 . A G 1144.58 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011663;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.351;QD=61.0443;RBI=0.037709;REFB=0;REVB=0.0358601;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124957;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr3 186954285 . A G 765.81 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9425;QD=54.701;RBI=0.0710027;REFB=-0.0744165;REVB=0.0701267;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000732007;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:23:30:1:0:23:32:1:0 chr3 187088812 . C T 1480.25 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.426;QD=58.6237;RBI=0.0107689;REFB=-0.12441;REVB=0.000625947;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824985;STB=0.504347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000434134;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:57:42:0:1:57:43:0:1 chr3 187088903 . C A 742.42 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843325;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9216;QD=57.1089;RBI=0.019837;REFB=0;REVB=0.0179552;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237259;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr3 187088926 . G A 726.84 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582142;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.719;QD=57.0074;RBI=0.0185797;REFB=0;REVB=0.0176442;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4788e-06;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr3 187089031 . C A 579.98 PASS AF=0.704225;AO=49;DP=71;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00239723;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.8;QD=32.6751;RBI=0.0173782;REFB=-0.0418271;REVB=0.0172121;RO=21;SAF=20;SAR=29;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169852;STB=0.593183;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0205704;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:21:49:50:0.704225:29:20:15:6:30:20:15:6 chr3 187416634 . C A 425.74 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0613968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.916;QD=18.9218;RBI=0.0685923;REFB=0.0220837;REVB=0.0305831;RO=46;SAF=21;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122586;STB=0.555185;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0218945;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:42:43:0.477778:21:21:29:17:21:22:29:18 chr3 187416719 . T C,G 1025.43 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=67,3;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144369,0.0146037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.862,125.564;QD=58.5962;RBI=0.0161541,0.0146178;REFB=0,0;REVB=-0.00724794,0.000640573;RO=0;SAF=35,1;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.62221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00078666,0.0367883;OID=.,.;OPOS=187416719,187416719;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:70:70:0:0:67,3:67,3:0.957143,0.0428571:32,2:35,1:0:0:32,2:35,1:0:0 chr3 187447032 . G A 617.34 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0601401;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.908;QD=53.6814;RBI=0.0701414;REFB=-0.190143;REVB=0.0360969;RO=2;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132029;STB=0.513416;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00611547;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:46:2:4:42:42:0.913043:15:27:1:1:15:27:2:2 chr3 187897059 . G A,C 782.22 PASS AF=0.910714,0.0892857;AO=51,5;DP=56;FAO=51,5;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17,5;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628992,0.0124371;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1454,185.139;QD=55.8729;RBI=0.0641849,0.0264734;REFB=0,0;REVB=-0.0127827,-0.0233701;RO=0;SAF=17,5;SAR=34,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00359074,0.0653199;OID=.,.;OPOS=187897059,187897059;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:56:56:0:0:51,5:51,5:0.910714,0.0892857:34,0:17,5:0:0:34,0:17,5:0:0 chr3 187897424 . A C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00129535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.367;QD=56.4863;RBI=0.0160051;REFB=0.00195924;REVB=-0.0159526;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-4.3363e-05;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr3 187897614 . C G 459.16 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0203089;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.1;QD=51.0178;RBI=0.0217399;REFB=-0.0183005;REVB=0.00775691;RO=2;SAF=24;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373616;STB=0.506325;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00257214;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:37:36:2:3:33:33:0.916667:9:24:2:0:9:24:2:1 chr3 187897954 . T A 1487.24 PASS AF=0.930435;AO=108;DP=114;FAO=107;FDP=115;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0690428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1279;QD=51.7301;RBI=0.101994;REFB=-0.180872;REVB=0.0750725;RO=3;SAF=60;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231391;STB=0.522854;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0125537;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:114:115:3:8:108:107:0.930435:48:60:3:0:48:59:7:1 chr3 187898593 . G A 468.04 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249237;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.13;QD=58.5055;RBI=0.0270712;REFB=0;REVB=0.0105669;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78007e-05;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr3 188327461 . C T 425.92 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00185251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.157;QD=21.5658;RBI=0.00216759;REFB=-0.00875923;REVB=0.00112546;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786699;STB=0.507856;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00687029;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:37:42:42:0.531646:22:20:17:18:22:20:17:20 chr3 188464248 . G GT 1125.93 PASS AF=1;AO=92;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.8452;QD=45.4922;RBI=0.109704;REFB=0;REVB=-0.0291141;RO=7;SAF=58;SAR=34;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00213995;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:100:99:99:0:64:35:0:0:21:7:58:34:6:1 chr3 188592654 . T C 402.58 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0517386;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.936;QD=16.1033;RBI=0.0517429;REFB=-0.00167105;REVB=-0.000666641;RO=56;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979534;STB=0.505492;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00389402;OID=.;OPOS=188592654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:20:24:30:26:20:24:30:26 chr3 188868715 . A C 2232.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.828;QD=63.3432;RBI=0.0165587;REFB=0;REVB=0.0117651;RO=0;SAF=58;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4347e-05;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:82:58:0:0:83:58:0:0 chr3 188868753 . A G 2050.54 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.251;QD=61.6705;RBI=0.0179808;REFB=-0.0909127;REVB=-0.00707328;RO=0;SAF=53;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.02569e-08;STB=0.503144;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-4.91782e-05;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:133:0:1:132:132:0.992481:79:53:0:0:79:53:0:1 chr3 189033292 . C G 493.8 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=0.0202609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.257;QD=14.6313;RBI=0.020477;REFB=-0.0329106;REVB=-0.00296697;RO=79;SAF=29;SAR=26;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18048;STB=0.603789;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0318501;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:80:55:55:0.407407:26:29:55:24:26:29:56:24 chr3 189615080 . A G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00651501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7544;QD=14.6527;RBI=0.0181591;REFB=0.00761507;REVB=0.0169502;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.624707;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0087616;OID=.;OPOS=189615080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:2:6:4:4:2:6 chr3 189713205 . T C 295.6 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.059877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.146;QD=17.9152;RBI=0.0611991;REFB=-0.0448514;REVB=0.0126524;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541877;STB=0.530284;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0466919;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:15:19:16:16:15:19 chr3 190023552 . T C 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00359436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.461;QD=12.7276;RBI=0.00649959;REFB=-0.0116231;REVB=-0.00541527;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114452;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:8:4:3:6:8:4 chr3 190024457 . A G 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0133259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.974;QD=16.0051;RBI=0.0295291;REFB=-0.00718752;REVB=0.0263513;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226144;STB=0.521489;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00769202;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:23:12:16:28:23:12:17:28 chr3 190333162 . TG T,TT 1332.66 PASS AF=1,0;AO=77,10;DP=87;FAO=87,0;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018581,0.000297112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=340.101,323.031;QD=61.2716;RBI=0.00191857,0.00060241;REFB=0,0;REVB=0.000477865,0.000524045;RO=0;SAF=42,4;SAR=35,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=7.38576e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:77,10:87:87,0:87:0:46,0:41,0:0:0:7:0:42,4:35,6:0:0 chr3 190578566 . A G 1632.11 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197291;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.433;QD=60.4486;RBI=0.0546683;REFB=0;REVB=0.0509842;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112751;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr3 191047532 . A G 1952.81 PASS AF=0.992188;AO=123;DP=125;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433675;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.58;QD=61.0253;RBI=0.0886612;REFB=-0.0970531;REVB=0.077331;RO=2;SAF=63;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000370849;STB=0.503936;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00200219;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:128:2:1:123:127:0.992188:60:63:1:1:63:64:0:1 chr3 191074873 . C G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.512;QD=63.2867;RBI=0.046465;REFB=0;REVB=0.025077;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58643e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 191097966 . T C 1213.26 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702891;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.558;QD=60.663;RBI=0.0776096;REFB=0;REVB=0.0772907;RO=0;SAF=62;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163747;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:79:80:1:17:62:0:0:18:62:0:0 chr3 191100561 . C A 1113.48 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8747;QD=58.6041;RBI=0.0480874;REFB=-0.108986;REVB=-0.0466668;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155053;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000471082;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:73:75:0.986842:30:43:0:1:30:45:0:1 chr3 191810914 . TA CG 738.74 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215167;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.48;QD=56.826;RBI=0.02884;REFB=0;REVB=-0.0192035;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000276161;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr3 192078494 . T C 92.37 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=161;FAO=18;FDP=159;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=124;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=82;FWDB=0.0843198;FXX=0.0124216;HRUN=10;LEN=1;MLLD=24.7123;QD=2.32366;RBI=0.0860928;REFB=-0.0153737;REVB=-0.0173823;RO=61;SAF=14;SAR=4;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484019;STB=0.881383;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.036187;OID=.;OPOS=192078494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:161:159:61:124:18:18:0.113208:4:14:23:38:3:15:42:82 chr3 192447403 . G A 304.1 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00346595;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.846;QD=17.1321;RBI=0.0151484;REFB=-0.0102044;REVB=-0.0147466;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181646;STB=0.607531;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0127444;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:15:18:13:24:15:18:13:25 chr3 192447418 . A G 290.73 PASS AF=0.445946;AO=28;DP=70;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00477738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.214;QD=15.7152;RBI=0.0231729;REFB=-0.00961788;REVB=0.0226751;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226866;STB=0.614818;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.014603;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:36:41:28:33:0.445946:13:15:11:25:14:19:15:26 chr3 192515557 . G A 952.87 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153887;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.582;QD=58.6382;RBI=0.0504966;REFB=0;REVB=-0.0480947;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155443;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:25:40:0:0 chr3 192994543 . A G 475.5 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0232567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2551;QD=19.2121;RBI=0.0521575;REFB=-0.0108994;REVB=0.0466854;RO=51;SAF=27;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321372;STB=0.511684;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0110991;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:20:27:31:20:20:27:31:21 chr3 193031926 . C T 236.81 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0590438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1676;QD=18.5732;RBI=0.0716245;REFB=-0.016682;REVB=-0.0405451;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0152531;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:25:25:0.490196:13:12:12:13:13:12:13:13 chr3 193036783 . G A 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00191651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4894;QD=21.0053;RBI=0.0096748;REFB=-0.0811563;REVB=-0.00948308;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212108;STB=0.511933;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0329815;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:12:5:6:13:12:5 chr3 193036794 . G C 539.85 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.708;QD=59.9836;RBI=0.0594186;REFB=0;REVB=0.0522525;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027171;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:10:23:0:0:11:25:0:0 chr3 193042776 . T C 776.0 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.212;QD=63.3467;RBI=0.0412854;REFB=0;REVB=0.0073165;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108236;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:26:19:0:0:29:20:0:0 chr3 193080344 . C T 1259.58 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000486042;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.06;QD=60.7028;RBI=0.0128157;REFB=0.0145645;REVB=-0.0128065;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-3.28205e-05;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:83:1:1:82:82:0.987952:38:44:0:1:38:44:0:1 chr3 193081122 . G T 1733.4 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000868304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0869;QD=59.7725;RBI=0.0204033;REFB=-0.0620574;REVB=-0.0203848;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-5.52578e-05;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:48:67:0:0:48:67:0:1 chr3 193180592 . G A 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0121515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.949;QD=22.375;RBI=0.0127901;REFB=6.39238e-06;REVB=-0.00399094;RO=27;SAF=25;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286246;STB=0.658442;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-5.32529e-05;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:10:25:10:17:10:25:10:17 chr3 193183817 . A G 119.14 PASS AF=0.319149;AO=13;DP=44;FAO=15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0572811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.867;QD=10.1394;RBI=0.0623212;REFB=-0.00686158;REVB=-0.0245522;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103286;STB=0.712559;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0245639;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:23:32:13:15:0.319149:3:10:16:7:3:12:17:15 chr3 193209178 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8596;QD=62.015;RBI=0.0193165;REFB=0;REVB=-0.0181743;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170212;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr3 193210768 . A G 1343.61 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.936;QD=61.0733;RBI=0.0187061;REFB=-0.11787;REVB=0.010342;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119943;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000702986;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:48:39:1:0:48:39:1:0 chr3 193355074 . T C 1556.67 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485175;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.232;QD=64.1926;RBI=0.0165976;REFB=0;REVB=0.0158726;RO=0;SAF=23;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1561e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92986e-06;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:95:97:1:72:23:0:0:73:24:0:0 chr3 193385059 . G A 676.42 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000858772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.541;QD=20.654;RBI=0.00643192;REFB=-0.0157235;REVB=-0.00637433;RO=63;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678204;STB=0.541095;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0150523;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:64:67:67:0.51145:36:31:34:29:36:31:35:29 chr3 193863706 . A G 134.17 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00197915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9995;QD=16.2634;RBI=0.0222134;REFB=-0.0160533;REVB=-0.022125;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0226346;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:11:7:7:8:11:7 chr3 194061826 . C T 247.02 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0641808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1304;QD=17.9653;RBI=0.0679669;REFB=-0.0448727;REVB=0.0223677;RO=25;SAF=6;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330512;STB=0.666532;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0182252;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:28:27:27:0.490909:21:6:14:11:21:6:14:14 chr3 194061906 . T C 815.34 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9919;QD=57.2166;RBI=0.0164117;REFB=0;REVB=-0.0104019;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146723;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr3 194063300 . T C,G 1436.4 PASS AF=0.924731,0.0752688;AO=86,7;DP=93;FAO=86,7;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=35,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205849,-0.0148101;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.8022,189.035;QD=61.7806;RBI=0.0204012,0.0165069;REFB=0,0;REVB=0.0202971,-0.00728951;RO=0;SAF=51,0;SAR=35,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0037317,0.169654;OID=.,.;OPOS=194063300,194063300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:93:93:0:0:86,7:86,7:0.924731,0.0752688:35,7:51,0:0:0:35,7:51,0:0:0 chr3 194079603 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.064562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0286;QD=21.0125;RBI=0.0648656;REFB=-0.0124241;REVB=0.00626785;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214872;STB=0.620547;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00798108;OID=.;OPOS=194079603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:10:3:8:8:10:3 chr3 194080125 . C T 221.64 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0913088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9093;QD=25.3306;RBI=0.0920031;REFB=-0.0301124;REVB=-0.011281;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955196;STB=0.571359;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0468983;OID=.;OPOS=194080125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:7:14:7:6:7:14:7:7 chr3 194118874 . T C 632.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.952;QD=60.2027;RBI=0.0254797;REFB=0;REVB=0.0246324;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102219;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:28:14:0:0 chr3 194124421 . A G 1176.6 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.508;QD=59.5747;RBI=0.0159805;REFB=-0.0615454;REVB=0.00531798;RO=1;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137161;STB=0.507245;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=9.50741e-06;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:34:43:0:1:34:44:0:1 chr3 194313832 . T C 419.14 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075337;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.612;QD=57.8124;RBI=0.00821669;REFB=0;REVB=-0.00327985;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66351e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr3 194337901 . T C 803.91 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812253;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.023;QD=57.4224;RBI=0.0110142;REFB=0;REVB=-0.00743891;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49281e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr3 194338423 . C G,T 775.39 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,52;DP=54;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00081767,0.0176618;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.791,131.202;QD=56.3918;RBI=0.0197147,0.0195284;REFB=0,0;REVB=-0.0196977,0.00833174;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.93989e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0773526,0.00186993;OID=.,.;OPOS=194338423,194338423;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:55:0:0:2,52:1,54:0.0181818,0.981818:0,31:2,21:0:0:0,32:1,22:0:0 chr3 194349178 . C T 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.103;QD=61.5328;RBI=0.0792637;REFB=0;REVB=0.0321265;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259672;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr3 194373832 . TG CA 2361.05 PASS AF=1;AO=153;DP=159;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385865;FXX=0.0314446;HRUN=2;LEN=2;MLLD=326.615;QD=61.3259;RBI=0.0415889;REFB=0;REVB=0.0155151;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.39136e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:154:0:0:153:154:1:71:82:0:0:72:82:0:0 chr3 194387300 . C T 174.75 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0258733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.906;QD=19.9709;RBI=0.0283345;REFB=-0.0291804;REVB=0.0115505;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212378;STB=0.628438;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0332903;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:9:8:4:13:9:9:4:13 chr3 194842785 . C G 244.46 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00731689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9549;QD=15.521;RBI=0.0368545;REFB=0.00695314;REVB=-0.0361209;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202903;STB=0.614608;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00712735;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:17:11:21:14:17:11:21:14 chr3 194842877 . A G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0102232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.225;QD=17.2231;RBI=0.0133252;REFB=-0.0214951;REVB=-0.00854685;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469667;STB=0.526299;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.023065;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:14:22:18:14:14:22 chr3 194842911 . A G 257.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0200348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.283;QD=18.4087;RBI=0.0202113;REFB=0.00119447;REVB=0.0026652;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101948;STB=0.554226;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000771135;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:27:28:0.5:15:12:9:18:15:13:10:18 chr3 195076877 . C G 879.02 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0517069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.504;QD=53.2736;RBI=0.0564594;REFB=-0.0354486;REVB=0.0226728;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00213473;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:0:2:63:64:0.969697:30:33:0:0:30:34:0:2 chr3 195242526 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.31;QD=55.0982;RBI=0.0679979;REFB=0;REVB=0.000399106;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211423;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr3 195345828 . AG GA 509.69 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268718;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.124;QD=59.9639;RBI=0.0268918;REFB=0;REVB=-0.00103651;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000137055;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr3 195345953 . C T 320.98 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.117749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2417;QD=33.7874;RBI=0.120457;REFB=-0.0140079;REVB=0.0253991;RO=11;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247508;STB=0.634057;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00530627;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:12:15:11:0:12:15:11:0 chr3 195346477 . C T 307.69 PASS AF=0.416667;AO=33;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00241198;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9022;QD=14.652;RBI=0.0572831;REFB=-0.0218597;REVB=0.0572323;RO=50;SAF=10;SAR=23;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179717;STB=0.617907;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.026569;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:49:33:35:0.416667:23:10:23:27:25:10:23:26 chr3 195391050 . A T 227.44 PASS AF=0.178723;AO=43;DP=238;FAO=42;FDP=235;FR=.;FRO=193;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=107;FSRR=86;FWDB=-0.0146292;FXX=0.0167357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.764;QD=3.87127;RBI=0.0146531;REFB=-0.00477431;REVB=-0.000836858;RO=191;SAF=27;SAR=16;SRF=106;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970774;STB=0.575644;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0285728;OID=.;OPOS=195391050;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:235:191:193:43:42:0.178723:16:27:106:85:15:27:107:86 chr3 195399505 . C T 69.83 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0237943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.387;QD=2.73837;RBI=0.0518697;REFB=-0.00429114;REVB=0.0460901;RO=87;SAF=7;SAR=7;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714423;STB=0.50979;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0222364;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:87:88:14:14:0.137255:7:7:43:44:7:7:43:45 chr3 195400848 . G A 36.27 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=75;FWDB=0.00714332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.243;QD=1.27246;RBI=0.0173046;REFB=-0.000180677;REVB=0.0157614;RO=104;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268663;STB=0.701417;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00575807;OID=.;OPOS=195400848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:114:104:104:10:10:0.0877193:5:5:29:75:5:5:29:75 chr3 195404649 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3293;QD=49.5989;RBI=0.0415056;REFB=0;REVB=-0.0135123;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781334;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr3 195447886 . G C 888.73 PASS AF=0.459596;AO=91;DP=198;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.0428704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.216;QD=17.9542;RBI=0.0430304;REFB=-0.0314709;REVB=0.00370728;RO=107;SAF=51;SAR=40;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273444;STB=0.515148;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.030501;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:107:107:91:91:0.459596:40:51:57:50:40:51:57:50 chr3 195451880 . AG GA 554.05 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639816;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.267;QD=59.8977;RBI=0.0209594;REFB=0;REVB=-0.019959;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00104236;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr3 195452770 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00801714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.304;QD=23.2627;RBI=0.025364;REFB=-0.0260979;REVB=-0.0240636;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265945;STB=0.646943;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0163816;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:3:16:12:11:3:16 chr3 195452799 . C T 260.48 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0368052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0443;QD=18.9442;RBI=0.0504177;REFB=0.00112729;REVB=0.0344576;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166499;STB=0.581761;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00034766;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:14:14:8:18:14:14:9:18 chr3 195452951 . G C 1066.91 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3909;QD=59.2726;RBI=0.0812251;REFB=0;REVB=-0.0801873;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123756;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:69:72:1:32:37:0:0:33:39:0:0 chr3 195452987 . G A 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0551545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.134;QD=12.2346;RBI=0.0554139;REFB=-0.00686044;REVB=-0.00535611;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177999;STB=0.602187;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0152466;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:17:13:31:21:17:13:31:21 chr3 195452991 . C T 245.83 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0502316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.746;QD=11.4337;RBI=0.131629;REFB=-0.0017204;REVB=0.121668;RO=56;SAF=13;SAR=16;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238357;STB=0.644824;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00773584;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:56:29:30:0.348837:16:13:37:19:17:13:37:19 chr3 195453014 . G A 178.58 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0203579;FXX=0.0312467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.704;QD=7.68066;RBI=0.0244384;REFB=-0.0111823;REVB=-0.01352;RO=61;SAF=10;SAR=14;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168253;STB=0.609146;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0288977;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:93:61:69:24:24:0.258065:14:10:34:27:14:10:39:30 chr3 195453064 . T G 1151.71 PASS AF=0.940476;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0185179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6196;QD=54.8435;RBI=0.0300241;REFB=0.0125937;REVB=-0.0236333;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.532459;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00807628;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:84:0:5:79:79:0.940476:43:36:0:0:43:36:5:0 chr3 195453243 . C T 253.0 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0191423;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.843;QD=9.28445;RBI=0.0272314;REFB=-0.0152535;REVB=0.019368;RO=74;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158966;STB=0.595784;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0344043;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:74:75:34:34:0.311927:18:16:25:49:18:16:25:50 chr3 195453257 . G A 228.38 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0104348;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8396;QD=9.41763;RBI=0.0104535;REFB=0.0029438;REVB=-0.000625285;RO=67;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852885;STB=0.542344;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00831891;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:67:68:29:29:0.298969:18:11:21:46:18:11:22:46 chr3 195453406 . G C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0200538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.465;QD=9.56945;RBI=0.0200557;REFB=-0.0107781;REVB=-0.000280794;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328342;STB=0.695237;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0172735;OID=.;OPOS=195453406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:3:12:4:4:3:12 chr3 195453412 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00634578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.114;QD=10.3903;RBI=0.0355012;REFB=-0.0157725;REVB=0.0349295;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0364059;OID=.;OPOS=195453412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:3:8:3:4:3:8 chr3 195456561 . C G 182.85 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0126063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.851;QD=11.7967;RBI=0.0133236;REFB=-0.00724952;REVB=-0.0043127;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120052;STB=0.590687;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.011757;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:39:23:23:0.370968:7:16:22:15:7:16:22:17 chr3 195477791 . G A 1435.56 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.551;QD=63.1015;RBI=0.0337349;REFB=0;REVB=0.0181586;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07908e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:91:0:0:85:91:1:42:43:0:0:43:48:0:0 chr3 195479256 . T C 446.57 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2136;QD=57.6223;RBI=0.137075;REFB=0;REVB=0.0654634;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108636;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr3 195489009 . C A 2351.76 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.314;QD=61.0848;RBI=0.0535261;REFB=0;REVB=0.0509869;RO=0;SAF=88;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56844e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:66:88:0:0:66:88:0:0 chr3 195489067 . C G 2867.75 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2289;QD=62.3423;RBI=0.0610789;REFB=-0.0687084;REVB=-0.0555789;RO=0;SAF=86;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06882e-08;STB=0.50289;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=5.63787e-05;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:184:0:1:183:183:0.994565:97:86:0:0:97:86:1:0 chr3 195495916 . G C 852.54 PASS AF=0.835443;AO=65;DP=79;FAO=66;FDP=79;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0363064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.16;QD=43.1667;RBI=0.0368397;REFB=-0.0833822;REVB=0.00624591;RO=10;SAF=37;SAR=28;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594819;STB=0.546165;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00291979;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:79:79:10:13:65:66:0.835443:28:37:8:2:28:38:11:2 chr3 195495917 . T C 47.22 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.125102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3346;QD=2.39076;RBI=0.139741;REFB=-0.0187943;REVB=-0.0622651;RO=69;SAF=8;SAR=2;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283037;STB=0.709597;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0349265;OID=.;OPOS=195495917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:2:8:41:28:2:8:41:28 chr3 195497174 . C G 1343.83 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0685186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7147;QD=59.0695;RBI=0.0690509;REFB=-0.139121;REVB=0.00855749;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.512497;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00235432;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:88:89:0.978022:50:38:0:0:50:39:2:0 chr3 195497743 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.993;QD=57.2017;RBI=0.0392166;REFB=0;REVB=0.0284371;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103591;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr3 195501148 . G GT 665.59 PASS AF=0.982456;AO=6;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.16408;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.2759;QD=46.7084;RBI=0.167949;REFB=-0.0297254;REVB=0.0358404;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471696;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.00505896;OID=.;OPOS=195501149;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982456:6:58:56:57:1:31:25:1:0:4:49:1:5:29:20 chr3 195501149 . C T 633.9 PASS AF=0.877193;AO=46;DP=54;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.10296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9308;QD=44.4841;RBI=0.102966;REFB=-0.110375;REVB=-0.00110029;RO=6;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864715;STB=0.539552;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0132589;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:57:6:7:46:50:0.877193:20:26:1:5:20:30:2:5 chr3 195505664 . G A 418.01 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00941938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.454;QD=53.9363;RBI=0.0191132;REFB=-0.146726;REVB=-0.0166309;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00110839;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr3 195505788 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.74;QD=37.4873;RBI=0.0759106;REFB=0;REVB=0.0479242;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152771;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr3 195510827 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.02167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.033;QD=14.0437;RBI=0.0452619;REFB=-0.0618238;REVB=-0.0397372;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0565001;OID=.;OPOS=195510827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:4:5:0.555556:2:2:2:2:2:3:2:2 chr3 195515594 . C G 1348.38 PASS AF=0.988889;AO=84;DP=85;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00679528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.687;QD=59.9281;RBI=0.063725;REFB=0.0979094;REVB=0.0633616;RO=1;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166145;STB=0.508473;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00020868;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:90:1:1:84:89:0.988889:28:56:0:1:29:60:0:1 chr3 195515617 . G C 1446.5 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0419231;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5965;QD=60.9053;RBI=0.120485;REFB=-0.0942599;REVB=0.112956;RO=1;SAF=63;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746704;STB=0.507811;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00788641;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:1:2:93:93:0.978947:30:63:1:0:30:63:2:0 chr3 195516630 . G T 1036.1 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.919;QD=56.7724;RBI=0.0257717;REFB=0.0483534;REVB=0.0136242;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503939;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00107267;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:0:2:71:71:0.972603:45:26:0:0:45:26:1:1 chr3 195516878 . T C 290.45 PASS AF=1;AO=13;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.89;QD=52.8082;RBI=0.193708;REFB=0;REVB=0.0871407;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242701;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:13:22:1:8:5:0:0:15:7:0:0 chr3 195517258 . G A 740.91 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178324;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.787;QD=56.9929;RBI=0.0165767;REFB=0;REVB=0.0164805;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042687;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:50:52:1:20:30:0:0:21:31:0:0 chr3 195517321 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.819;QD=59.4341;RBI=0.0203937;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=35;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155088;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:0:35:0:0:0:35:0:0 chr3 195517553 . A C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.167;QD=54.5137;RBI=0.0660163;REFB=0;REVB=0.0650847;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532691;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 858.68 PASS AF=0.13913,0.53913;AO=15,62;DP=118;FAO=16,62;FDP=115;FR=.;FRO=37;FSAF=15,19;FSAR=1,43;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0226369,-0.00340613;FXX=0.0254216;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=86.4467,381.513;QD=29.8671;RBI=0.0274437,0.00375849;REFB=0.0411025,-0.0173986;REVB=0.0155154,0.00158887;RO=38;SAF=14,19;SAR=1,43;SRF=26;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.498328,-0.274253;STB=0.813951,0.653445;STBP=0.033,0;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0130277,0.00611623;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:118:115:38:37:15,62:16,62:0.13913,0.53913:1,43:14,19:26:12:1,43:15,19:26:11 chr3 195518330 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.58;QD=42.1808;RBI=0.0242453;REFB=0;REVB=0.00307149;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275741;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr3 195606019 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.034682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.053;QD=16.9309;RBI=0.0452514;REFB=-0.0282666;REVB=0.0290664;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666389;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0216231;OID=.;OPOS=195606019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:4:8:4:8:4:8 chr3 195615376 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.107335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.955;QD=15.6989;RBI=0.107602;REFB=-0.0138805;REVB=0.00757047;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067199;STB=0.512179;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0167702;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:9:5:8:11:9:6:8:11 chr3 195668443 . GA G,GG 52.94 PASS AF=0.175,0.05;AO=4,3;DP=38;FAO=7,2;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5,1;FSAR=2,1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0268273,-0.0216548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.041,265.609;QD=5.29367;RBI=0.0271762,0.0221497;REFB=-0.015304,-0.0127665;REVB=0.00434083,0.00465626;RO=31;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13474,0.0243358;STB=0.565024,0.63511;STBP=0.728,0.729;TYPE=del,snp;VARB=0.0651292,0.0178458;OID=.,.;OPOS=195668444,195668444;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.05:4,3:38:7,2:40:31:5,1:2,1:20:11:33:31:3,2:1,1:20:11 chr3 195668478 . A G 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0392079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6637;QD=19.9911;RBI=0.0786453;REFB=0.0152869;REVB=-0.068175;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369862;STB=0.718167;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0469584;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:6:16:7:15:6:16:7:16 chr3 195692311 . T C 59.15 PASS AF=0.08867;AO=18;DP=203;FAO=18;FDP=203;FR=.;FRO=185;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=0.00174531;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.769;QD=1.1656;RBI=0.0496501;REFB=0.000398166;REVB=-0.0496194;RO=177;SAF=10;SAR=8;SRF=95;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022401;STB=0.528602;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00485576;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:203:203:177:185:18:18:0.08867:8:10:95:82:8:10:97:88 chr3 195692347 . G A 180.41 PASS AF=0.154167;AO=37;DP=240;FAO=37;FDP=240;FR=.;FRO=203;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=102;FSRR=101;FWDB=-0.012915;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.162;QD=3.00685;RBI=0.0144408;REFB=-0.00300477;REVB=0.0064605;RO=203;SAF=18;SAR=19;SRF=102;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205215;STB=0.513506;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0136342;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:203:203:37:37:0.154167:19:18:102:101:19:18:102:101 chr3 195701278 . C T 121.04 PASS AF=0.164286;AO=23;DP=140;FAO=23;FDP=140;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=41;FWDB=0.044457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.337;QD=3.45835;RBI=0.0444888;REFB=-0.00224375;REVB=-0.00168069;RO=116;SAF=12;SAR=11;SRF=75;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162806;STB=0.607952;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0279555;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:116:117:23:23:0.164286:11:12:75:41:11:12:76:41 chr3 195701285 . G T 134.62 PASS AF=0.165563;AO=25;DP=151;FAO=25;FDP=151;FR=.;FRO=126;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=43;FWDB=0.0137787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.249;QD=3.5661;RBI=0.0173455;REFB=0.00300263;REVB=-0.0105363;RO=125;SAF=13;SAR=12;SRF=82;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178056;STB=0.616945;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0137222;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:125:126:25:25:0.165563:12:13:82:43:12:13:83:43 chr3 195701304 . C T 177.05 PASS AF=0.187135;AO=31;DP=169;FAO=32;FDP=171;FR=.;FRO=139;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=88;FSRR=51;FWDB=0.0171691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.92;QD=4.14142;RBI=0.0197437;REFB=-0.000617173;REVB=0.00974876;RO=138;SAF=17;SAR=14;SRF=88;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118122;STB=0.583932;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00769806;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:138:139:31:32:0.187135:14:17:88:50:15:17:88:51 chr3 195701310 . C CAA 92.63 PASS AF=0.187135;AO=31;DP=173;FAO=32;FDP=171;FR=.;FRO=139;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=88;FSRR=51;FWDB=0.024709;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.307;QD=2.16667;RBI=0.0269633;REFB=0.0012596;REVB=0.0107928;RO=142;SAF=17;SAR=14;SRF=88;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939388;STB=0.583932;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=-0.00454495;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.187135:31:173:32:171:139:17:15:88:51:92:142:17:14:88:54 chr3 195701331 . G A 242.67 PASS AF=0.207254;AO=41;DP=193;FAO=40;FDP=193;FR=.;FRO=153;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=64;FWDB=-0.0159152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.414;QD=5.02937;RBI=0.0624212;REFB=-0.000647524;REVB=0.0603582;RO=151;SAF=21;SAR=20;SRF=87;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820539;STB=0.564735;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.004832;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:151:153:41:40:0.207254:20:21:87:64:20:20:89:64 chr3 195701388 . GC AA 476.21 PASS AF=0.35119;AO=59;DP=168;FAO=59;FDP=168;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-3.31447e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.143;QD=11.3382;RBI=0.000615244;REFB=-0.00553953;REVB=-0.000614351;RO=104;SAF=33;SAR=26;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560105;STB=0.517826;STBP=0.751;TYPE=mnp;VARB=0.0102736;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:104:109:59:59:0.35119:26:33:53:51:26:33:58:51 chr3 195703962 . G A 70.38 PASS AF=0.75;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0290314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.42;QD=23.46;RBI=0.0332593;REFB=-0.0302947;REVB=-0.0162284;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185456;OID=.;OPOS=195703962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:8:9:0.75:3:5:2:1:3:6:2:1 chr3 195710989 . G A 413.42 PASS AF=0.445545;AO=37;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0178333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.319;QD=16.3731;RBI=0.0183566;REFB=-0.00889148;REVB=-0.00435181;RO=42;SAF=9;SAR=28;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667252;STB=0.512236;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0433002;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:56:37:45:0.445545:28:9:10:32:28:17:20:36 chr3 195710993 . A G 449.29 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0044378;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.4;QD=16.9542;RBI=0.0220013;REFB=-0.021895;REVB=-0.021549;RO=56;SAF=19;SAR=30;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051373;STB=0.501014;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0165085;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:49:49:0.462264:30:19:22:34:30:19:22:35 chr3 195711016 . G A 607.23 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=1.35445e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5624;QD=17.7293;RBI=0.00513634;REFB=-0.0112424;REVB=0.00513634;RO=74;SAF=21;SAR=42;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170167;STB=0.594841;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.014481;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:63:63:0.459854:42:21:37:37:42:21:37:37 chr3 195925458 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.406;QD=43.4861;RBI=0.0914131;REFB=0;REVB=0.00312913;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138547;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr3 195938177 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.845;QD=59.014;RBI=0.0673896;REFB=0;REVB=-0.0232608;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011642;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 195941216 . C G 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.135;QD=62.1619;RBI=0.0383914;REFB=0;REVB=0.0341152;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71764e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr3 195955762 . G A 1905.98 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176756;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.6;QD=61.983;RBI=0.0178404;REFB=0;REVB=-0.00241896;RO=0;SAF=80;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2886e-06;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:123:0:0:123:123:1:43:80:0:0:43:80:0:0 chr3 195956827 . T C 837.0 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4725;QD=55.8002;RBI=0.0470721;REFB=0.0201858;REVB=-0.0311354;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00364288;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:26:32:0:1:27:32:0:1 chr3 196054439 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.639;QD=51.1846;RBI=0.0184729;REFB=0;REVB=-0.0147748;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08268e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr3 196120601 . G A 288.81 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0157489;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5709;QD=24.5796;RBI=0.123305;REFB=-0.0293213;REVB=-0.122295;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542855;STB=0.51484;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0175878;OID=.;OPOS=196120601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:21:26:26:0.553191:14:12:7:11:14:12:9:12 chr3 196199204 . G T 191.96 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0285515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1316;QD=11.8128;RBI=0.0868935;REFB=-0.00495711;REVB=-0.0820688;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957342;STB=0.555508;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00557809;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:8:16:24:17:8:16:24:17 chr3 196294104 . C G 797.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.555;QD=63.7669;RBI=0.0230117;REFB=0;REVB=0.00465591;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366832;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:29:18:0:0:30:20:0:0 chr3 196386964 . C G 1066.08 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.278;QD=58.4153;RBI=0.0321784;REFB=-0.110149;REVB=0.021835;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.505881;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000478705;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:30:41:1:0:30:42:1:0 chr3 196435534 . T C 190.91 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0352757;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.892;QD=14.6855;RBI=0.0356834;REFB=-0.0107043;REVB=0.00537828;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092918;STB=0.553143;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0149058;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:15:15:13:9:15:15 chr3 196438826 . G T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0043393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4451;QD=12.868;RBI=0.00485449;REFB=-0.0158991;REVB=0.00217636;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37343;STB=0.717584;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0271823;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:12:4:7:4:12:4 chr3 196443803 . T C 2032.18 PASS AF=0.484848;AO=196;DP=417;FAO=208;FDP=429;FR=.;FRO=221;FSAF=114;FSAR=94;FSRF=105;FSRR=116;FWDB=0.0680333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4589;QD=18.948;RBI=0.0818578;REFB=-0.0220719;REVB=0.0455211;RO=221;SAF=108;SAR=88;SRF=105;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732332;STB=0.53766;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0321776;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:429:221:221:196:208:0.484848:88:108:105:116:94:114:105:116 chr3 196448103 . C T 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.015119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.938;QD=17.5395;RBI=0.0351334;REFB=-0.000133413;REVB=0.0317139;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236024;STB=0.513496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.000441272;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:10:6:6:9:10:6 chr3 196529978 . C T 54.98 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00518351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7645;QD=4.07261;RBI=0.0256323;REFB=0.0122076;REVB=-0.0251027;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162271;STB=0.609518;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0583723;OID=.;OPOS=196529978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:54:45:45:9:9:0.166667:5:4:26:19:5:4:26:19 chr3 196529982 . A G 39.02 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0409635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.597;QD=2.89047;RBI=0.054745;REFB=0.00149417;REVB=0.0363182;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753203;STB=0.516083;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00222599;OID=.;OPOS=196529982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:54:54:46:47:7:7:0.12963:3:4:26:20:3:4:26:21 chr3 196530013 . A G 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0263594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.442;QD=2.42296;RBI=0.0383472;REFB=-0.00569028;REVB=-0.0278512;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106766;STB=0.595846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0376568;OID=.;OPOS=196530013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:44:46:6:6:0.115385:3:3:26:18:3:3:28:18 chr3 196613075 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00487513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.72;QD=19.5231;RBI=0.0159356;REFB=-0.00139598;REVB=-0.0151715;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250716;STB=0.642653;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00172045;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:8:4:9:5:8:4 chr3 196660820 . C T 395.22 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00749958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.527;QD=22.9114;RBI=0.0150634;REFB=-0.00759294;REVB=0.0130637;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324532;STB=0.523443;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00550918;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:30:38:39:0.565217:20:18:13:17:20:19:13:17 chr3 196674259 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0553341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.223;QD=13.0906;RBI=0.0620575;REFB=-0.000549451;REVB=0.0280939;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00276905;OID=.;OPOS=196674259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:11:9:7:6:11:9 chr3 196674749 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9017;QD=62.6677;RBI=0.111621;REFB=0;REVB=0.094457;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106938;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr3 196674879 . A G 310.63 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0251491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0043;QD=16.3489;RBI=0.0443676;REFB=0.00309485;REVB=-0.0365513;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104543;STB=0.558789;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00496624;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:15:19:19:23:15:19:19:23 chr3 196674916 . A C 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0212886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.105;QD=15.0171;RBI=0.0277031;REFB=-0.016194;REVB=-0.0177273;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117691;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.012005;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:18:22:13:17:18:22 chr3 196674972 . CT CC,TC 722.72 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,41;DP=46;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262923,-0.0229965;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=135.78,211.968;QD=60.2266;RBI=0.0482832,0.0329481;REFB=0,0;REVB=0.0404966,0.0235953;RO=0;SAF=1,26;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0529926,-0.00338091;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:46:48:0:0:2,41:3,45:0.0625,0.9375:1,15:1,26:0:0:1,19:2,26:0:0 chr3 196742290 . T C 474.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00882465;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.04;QD=18.6089;RBI=0.0167944;REFB=-0.00370351;REVB=-0.0142891;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239202;STB=0.626977;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00713312;OID=.;OPOS=196742290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:52:50:50:0.490196:21:29:16:35:21:29:17:35 chr3 196743130 . T C 192.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00902973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.429;QD=16.0272;RBI=0.0276753;REFB=-0.00757272;REVB=-0.0261607;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725981;STB=0.541625;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0126512;OID=.;OPOS=196743130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:12:16:10:10:12:16 chr3 196746629 . T C 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0305855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0912;QD=21.288;RBI=0.0338654;REFB=-0.0126097;REVB=-0.0145395;RO=38;SAF=18;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700925;STB=0.545329;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00992162;OID=.;OPOS=196746629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:39:43:43:0.52439:25:18:19:19:25:18:20:19 chr3 196751187 . G A 308.72 PASS AF=0.6;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000976738;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6732;QD=24.6979;RBI=0.00238443;REFB=-0.017253;REVB=0.0021752;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.559961;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0174104;OID=.;OPOS=196751187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:20:20:30:30:0.6:15:15:7:13:15:15:7:13 chr3 196770355 . TAAGG T 395.24 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=0.000932582;FXX=0.031054;HRUN=2;LEN=4;MLLD=181.77;QD=10.1344;RBI=0.000944954;REFB=-0.0165755;REVB=0.000152414;RO=94;SAF=29;SAR=36;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334317;STB=0.536594;STBP=0.464;TYPE=del;VARB=0.0215133;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:65:166:65:156:91:29:36:35:56:99:94:29:36:39:55 chr3 196771245 . G A 193.84 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0389637;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.12;QD=15.8235;RBI=0.0390505;REFB=-0.00624179;REVB=-0.00260318;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103135;STB=0.549949;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0105312;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:14:14:12:8:14:15 chr3 197020780 . G A,GA 126.29 PASS AF=0.102041,0.27551;AO=11,27;DP=126;FAO=10,27;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=5,16;FSAR=5,11;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0117463,0.0524028;FXX=0.092584;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=260.504,7.81942;QD=5.15483;RBI=0.0398387,0.0957204;REFB=0.0028492,-0.122708;REVB=-0.0380676,-0.0801021;RO=83;SAF=5,17;SAR=6,10;SRF=49;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163669,0.0513141;STB=0.633555,0.546066;STBP=0.429,0.603;TYPE=snp,ins;VARB=0.010622,0.0435049;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:126:98:83:61:11,27:10,27:0.102041,0.27551:6,10:5,17:49:34:5,11:5,16:40:21 chr3 197401615 . C T 513.4 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00555134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.872;QD=24.4478;RBI=0.0366375;REFB=-0.0191415;REVB=-0.0362145;RO=33;SAF=24;SAR=23;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179184;STB=0.5952;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0176499;OID=.;OPOS=197401615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:33:36:47:48:0.571429:23:24:9:24:24:24:10:26 chr3 197401952 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0130529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.292;QD=14.7986;RBI=0.0131924;REFB=-0.00357174;REVB=0.00191315;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218381;STB=0.626645;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00421225;OID=.;OPOS=197401952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:4:9:5:6:4:9 chr3 197427557 . A G 192.19 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0219637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.619;QD=14.7838;RBI=0.0438953;REFB=-0.00155937;REVB=-0.0380052;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744285;STB=0.552277;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00254213;OID=.;OPOS=197427557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:7:14:18:12:7:15:18:12 chr3 197432029 . C A 542.33 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00700019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.948;QD=27.812;RBI=0.00898732;REFB=0.0128498;REVB=0.00563642;RO=29;SAF=22;SAR=27;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937153;STB=0.551;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0104564;OID=.;OPOS=197432029;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:27:22:17:12:27:22:17:12 chr3 197432036 . C T 460.04 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0216632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.721;QD=26.6687;RBI=0.0217697;REFB=-0.00566924;REVB=0.00214993;RO=26;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114086;STB=0.562177;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00247491;OID=.;OPOS=197432036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:22:21:17:9:22:21:17:9 chr3 197495334 . G A 790.96 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162047;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9167;QD=64.5685;RBI=0.0162221;REFB=0;REVB=0.000749261;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559351;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr3 197541836 . T C 31.37 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0107866;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.22;QD=1.47642;RBI=0.0180399;REFB=-0.0002142;REVB=-0.0144599;RO=76;SAF=7;SAR=1;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405846;STB=0.829587;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0112782;OID=.;OPOS=197541836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:85:76:77:8:8:0.0941176:1:7:42:34:1:7:43:34 chr3 197659160 . C G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0186357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.514;QD=13.0148;RBI=0.0186369;REFB=-0.00122284;REVB=0.000207055;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267483;STB=0.653987;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00142241;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:11:21:8:12:11:21 chr3 197665599 . G T 291.38 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00999236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.88;QD=16.8914;RBI=0.0310456;REFB=-0.0189939;REVB=-0.0293936;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101598;STB=0.562579;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.01492;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:18:14:12:24:18:14:12:25 chr3 197701913 . G T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0781678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1776;QD=14.6576;RBI=0.0944367;REFB=0.00470935;REVB=-0.0529914;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482756;STB=0.785224;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0119353;OID=.;OPOS=197701913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:7:10:2:11:7:10 chr3 197712759 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0223128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.389;QD=17.9402;RBI=0.0317817;REFB=0.00743999;REVB=0.0226322;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104821;STB=0.559524;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0188989;OID=.;OPOS=197712759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:8:14:10:9:8:14 chr3 197846850 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4982;QD=50.4131;RBI=0.0423552;REFB=0;REVB=-0.0406602;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000861495;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 53428 . G A 802.09 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0585561;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.069;QD=54.3792;RBI=0.0759568;REFB=-0.197231;REVB=0.0483799;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00129343;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:31:26:0:1:32:26:0:1 chr4 85995 . C CA,CAA 246.37 PASS AF=1,0;AO=19,4;DP=24;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102673,-0.00527723;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=22.121,7.4313;QD=42.8472;RBI=0.207319,0.110599;REFB=0,0;REVB=-0.207064,-0.110473;RO=1;SAF=8,0;SAR=11,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0540538,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.010919,0;OID=.,.;OPOS=85996,85996;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,4:24:23,0:23:0:8,0:15,0:0:0:5:1:8,0:11,4:1:0 chr4 86022 . CAG ATA 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026832;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.957;QD=42.1826;RBI=0.0385377;REFB=0;REVB=0.0276623;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000542657;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr4 86040 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3573;QD=37.488;RBI=0.1577;REFB=0;REVB=-0.0470684;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00434634;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 86042 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.994;QD=37.4883;RBI=0.0088109;REFB=0;REVB=0.00641232;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234887;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 86044 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.151;QD=37.4884;RBI=0.0125225;REFB=0;REVB=0.0100056;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470641;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 86738 . A G 409.99 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.758;QD=56.5499;RBI=0.0632669;REFB=0;REVB=0.0565923;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164104;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:9:20:0:0 chr4 87277 . G C 584.25 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0196474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2667;QD=54.3488;RBI=0.0336396;REFB=-0.017421;REVB=-0.0273057;RO=3;SAF=31;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786371;STB=0.542108;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00626616;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:3:3:40:40:0.930233:9:31:1:2:9:31:1:2 chr4 87313 . G GA 611.92 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385665;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9815;QD=47.0711;RBI=0.0697116;REFB=0;REVB=0.0580718;RO=3;SAF=36;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000281225;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:52:52:0:38:14:0:0:11:3:36:13:2:1 chr4 436300 . TGGGG TGGG,TGGGT 81.8 PASS AF=0.352941,0;AO=14,2;DP=49;FAO=18,0;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=17,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0120197,-0.0454095;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.6742,26.5256;QD=6.41591;RBI=0.0121083,0.063465;REFB=0.0124527,0.0247904;REVB=-0.00146272,-0.0443372;RO=30;SAF=1,1;SAR=13,1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.572862,0.0595001;STB=0.875741,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0234565,0.076444;OID=.,.;OPOS=436301,436304;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0:14,2:49:18,0:51:33:1,0:17,0:14:19:80:30:1,1:13,1:13:17 chr4 648643 . G A 339.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.704;QD=54.2447;RBI=0.0431215;REFB=0;REVB=0.0207441;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331004;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:19:6:0:0 chr4 663907 . CA CG,TG 1216.84 PASS AF=0.390244,0.609756;AO=32,50;DP=82;FAO=32,50;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=13,35;FSAR=19,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222002,-0.00990986;FXX=0.0238067;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=130.962,89.4186;QD=59.3581;RBI=0.00299791,0.0211504;REFB=0,0;REVB=0.00201469,0.0186851;RO=0;SAF=13,35;SAR=19,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.87758e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0318193,0.0014061;OID=.,.;OPOS=663908,663907;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:0:0:32,50:32,50:0.390244,0.609756:19,15:13,35:0:0:19,15:13,35:0:0 chr4 677103 . G A 1071.05 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1606;QD=59.5025;RBI=0.0324149;REFB=0;REVB=0.0284071;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031015;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:22:48:0:0:23:49:0:0 chr4 761850 . T C 353.63 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00266171;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.126;QD=18.3703;RBI=0.048013;REFB=-0.00433764;REVB=0.0479391;RO=40;SAF=26;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248596;STB=0.639266;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00383934;OID=.;OPOS=761850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:40:37:37:0.480519:11:26:18:22:11:26:18:22 chr4 762963 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.453;QD=39.2068;RBI=0.0177907;REFB=0;REVB=-0.0177907;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77229e-05;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:9:0:0:0 chr4 780286 . C G 194.72 PASS AF=0.28125;AO=23;DP=94;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0176918;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.301;QD=8.11317;RBI=0.0217918;REFB=-0.02075;REVB=-0.0127233;RO=70;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286855;STB=0.641836;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0430018;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:70:69:23:27:0.28125:9:14:26:44:11:16:27:42 chr4 843695 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.725;QD=57.1058;RBI=0.0112399;REFB=0;REVB=0.00360646;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77113e-05;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr4 858941 . T C 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5689;QD=57.1844;RBI=0.0953218;REFB=0;REVB=0.0943661;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011144;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 860175 . C CG 37.25 PASS AF=0.157895;AO=10;DP=58;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0221519;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.4735;QD=2.61418;RBI=0.132377;REFB=-0.00203203;REVB=-0.130511;RO=47;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212477;STB=0.598241;STBP=0.56;TYPE=ins;VARB=0.054945;OID=.;OPOS=860176;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:10:58:9:57:48:4:5:27:21:37:47:4:6:27:20 chr4 860191 . C CG 218.73 PASS AF=1;AO=6;DP=51;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883079;FXX=0.359928;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.6242;QD=27.3406;RBI=0.0894884;REFB=0;REVB=-0.0144877;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00404588;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:51:32:32:0:5:27:0:0:4:41:2:4:20:21 chr4 860192 . AC CG,GC 766.12 PASS AF=0.08,0.92;AO=4,43;DP=50;FAO=4,46;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047643,-0.00744219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=70.7453,78.9939;QD=61.2894;RBI=0.0561309,0.0357767;REFB=0,0;REVB=-0.0296786,0.0349941;RO=0;SAF=1,20;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.231812,2.54611e-05;OID=.,.;OPOS=860192,860192;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:4,43:4,46:0.08,0.92:3,23:1,20:0:0:3,24:1,22:0:0 chr4 882643 . G A 279.07 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.000839752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.974;QD=10.4324;RBI=0.0259434;REFB=-0.00883347;REVB=0.0259298;RO=71;SAF=25;SAR=11;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226081;STB=0.631445;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0162627;OID=.;OPOS=882643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:11:25:36:35:11:25:36:35 chr4 946226 . T C 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.054575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2907;QD=9.44346;RBI=0.0690307;REFB=-0.0411991;REVB=0.0422706;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426681;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0270666;OID=.;OPOS=946226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:5:1:5:4:5:1:5:5 chr4 951947 . T C 131.28 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0445807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.357;QD=8.9004;RBI=0.0447565;REFB=-0.0124163;REVB=-0.00396376;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165897;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0454146;OID=.;OPOS=951947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:7:11:25:16:7:11:25:16 chr4 960331 . C G 158.25 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0770091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.259;QD=12.1731;RBI=0.082436;REFB=0.0019356;REVB=-0.0294159;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259745;STB=0.61361;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00231949;OID=.;OPOS=960331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:18:19:0.365385:13:5:16:16:13:6:16:17 chr4 961373 . G A 1656.64 PASS AF=0.64574;AO=144;DP=220;FAO=144;FDP=223;FR=.;FRO=79;FSAF=90;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.0115672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.853;QD=29.7156;RBI=0.0263649;REFB=-0.0191852;REVB=0.0236919;RO=76;SAF=90;SAR=54;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226963;STB=0.517489;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0131;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:76:79:144:144:0.64574:54:90:50:26:54:90:53:26 chr4 962665 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 236.75 PASS AF=0.345679,0.17284,0;AO=15,15,5;DP=90;FAO=28,14,0;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=7,14,0;FSAR=21,0,0;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.115699,0.0794892,-0.0242365;FXX=0.0689576;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.3558,10.0025,10.9541;QD=11.6914;RBI=0.133843,0.278051,0.311363;REFB=-0.00257172,-0.0537566,-0.0567888;REVB=-0.067288,0.266447,0.310419;RO=30;SAF=6,15,5;SAR=9,0,0;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.292433,0.772497,0.595582;STB=0.732655,0.998949,0.5;STBP=0.005,0,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0540701,0.0666837,0;OID=.,.,.;OPOS=962670,962666,962670;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345679,0.17284,0:15,15,5:90:28,14,0:81:39:7,14,0:21,0,0:25:14:99:30:6,15,5:9,0,0:20:10 chr4 982852 . G A 1276.1 PASS AF=0.525641;AO=123;DP=233;FAO=123;FDP=234;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=0.00973132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.8;QD=21.8137;RBI=0.0238906;REFB=-0.0179441;REVB=0.0218188;RO=110;SAF=47;SAR=76;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000270521;STB=0.502645;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0154486;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:110:111:123:123:0.525641:76:47:42:68:76:47:43:68 chr4 983060 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.999;QD=62.0082;RBI=0.0467929;REFB=0;REVB=0.0467476;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125022;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr4 983809 . C T 424.8 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0119674;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3993;QD=20.722;RBI=0.0240735;REFB=-0.0363605;REVB=0.0208882;RO=38;SAF=26;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125087;STB=0.506349;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0474725;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:42:43:0.52439:16:26:23:15:16:27:24:15 chr4 985727 . A G 1593.42 PASS AF=0.990741;AO=100;DP=101;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.493;QD=59.0157;RBI=0.0407938;REFB=-0.0146496;REVB=0.0373142;RO=1;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109042;STB=0.505746;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=6.27417e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:108:1:1:100:107:0.990741:43:57:0:1:43:64:0:1 chr4 1006333 . G A 71.6 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.103523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.36;QD=19.094;RBI=0.10657;REFB=-0.00543143;REVB=-0.0252986;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0113283;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:2:4:5:4:2:4 chr4 1018705 . C A 280.89 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0907099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8092;QD=17.0235;RBI=0.0942907;REFB=-0.0300106;REVB=-0.025738;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041025;STB=0.546312;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0492499;OID=.;OPOS=1018705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:15:15:16:19:15:16:15:20 chr4 1164277 . C G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.23;QD=60.974;RBI=0.0388321;REFB=0;REVB=-0.0121241;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140579;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr4 1164552 . A G 775.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.162;QD=63.3165;RBI=0.0495761;REFB=0;REVB=0.0405781;RO=0;SAF=38;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277258;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:9:38:0:0:9:40:0:0 chr4 1165130 . GC TC,TT 775.62 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02883,0.0407906;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=141.832,162.183;QD=56.4084;RBI=0.0479302,0.0430547;REFB=0,0;REVB=0.0382901,0.013778;RO=0;SAF=35,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000839666,-0.011505;OID=.,.;OPOS=1165130,1165130;OREF=G,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:18,2:35,0:0:0:18,2:35,0:0:0 chr4 1165741 . A G 1426.12 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.134;QD=62.6864;RBI=0.0311708;REFB=0;REVB=0.0308777;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48644e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr4 1194594 . A T 281.67 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00012902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.782;QD=17.0709;RBI=0.00451445;REFB=-0.0201752;REVB=-0.0045126;RO=35;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388097;STB=0.521725;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0183237;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:22:9:9:26:22:9:9:26 chr4 1194630 . T C 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.772;QD=57.1693;RBI=0.0274515;REFB=0;REVB=0.0194061;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11143e-05;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr4 1215585 . T C 265.33 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000738897;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8458;QD=17.6887;RBI=0.0335825;REFB=-0.0282754;REVB=0.0335744;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081737;STB=0.566965;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0319504;OID=.;OPOS=1215585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:31:27:29:0.483333:12:15:10:12:14:15:12:19 chr4 1244416 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.238;QD=62.9081;RBI=0.00796456;REFB=0;REVB=-0.00738405;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31448e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr4 1244879 . A G 258.29 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=6.41208e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.619;QD=13.9615;RBI=0.0260042;REFB=-0.016104;REVB=-0.0260041;RO=42;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116553;STB=0.568178;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0357783;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:42:44:30:30:0.405405:11:19:22:20:11:19:23:21 chr4 1330759 . T C 69.59 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0495652;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6341;QD=10.3096;RBI=0.0684402;REFB=-0.0430226;REVB=0.0471948;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198652;STB=0.595515;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0641989;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:27:16:18:9:9:0.333333:2:7:10:6:2:7:12:6 chr4 1343405 . T C 380.45 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=-0.0134274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5759;QD=11.9828;RBI=0.0142175;REFB=-0.0120868;REVB=0.00467364;RO=80;SAF=16;SAR=30;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365979;STB=0.71044;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0119941;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:81:46:46:0.362205:30:16:55:25:30:16:56:25 chr4 1374695 . C A 181.29 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0116698;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.269;QD=9.17932;RBI=0.0116709;REFB=0.000346956;REVB=-0.000160882;RO=50;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115442;STB=0.59486;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000771696;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:50:55:24:24:0.303797:12:12:20:30:12:12:20:35 chr4 1374774 . C T 157.12 PASS AF=0.365385;AO=14;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0160316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1293;QD=12.0864;RBI=0.0461244;REFB=-0.00930912;REVB=-0.0432487;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1074;STB=0.526288;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0304499;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:33:14:19:0.365385:5:9:16:13:9:10:16:17 chr4 1377615 . A G 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0223595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.48;QD=12.6187;RBI=0.02426;REFB=-0.0161696;REVB=0.00941289;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268481;STB=0.65956;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0184644;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:14:10:25:12:14:10:26:12 chr4 1619865 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0196223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4652;QD=12.1432;RBI=0.0223471;REFB=-0.00795366;REVB=0.0106938;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194363;STB=0.613376;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0118208;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:18:15:12:7:18:15 chr4 1657288 . G C 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0481738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1667;QD=25.3398;RBI=0.0497686;REFB=0.00685;REVB=0.0124982;RO=20;SAF=24;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27325;STB=0.651477;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00255413;OID=.;OPOS=1657288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:7:24:9:11:7:24:9:11 chr4 1659128 . T C 211.14 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0762743;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.542;QD=25.5923;RBI=0.077575;REFB=-0.0291621;REVB=0.014146;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840629;STB=0.546878;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0121502;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:7:6:7:13:7:6 chr4 1685211 . T C 754.46 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.416;QD=56.9402;RBI=0.0236138;REFB=0;REVB=0.0235571;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79155e-05;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:34:19:0:0 chr4 1701317 . G A 134.61 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0352604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.731;QD=6.6475;RBI=0.0577138;REFB=-0.00922654;REVB=-0.0456901;RO=61;SAF=10;SAR=10;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302541;STB=0.5185;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0312052;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:10:10:32:29:10:10:32:29 chr4 1719294 . T C 128.02 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0242216;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.554;QD=18.9653;RBI=0.03161;REFB=0.00863343;REVB=-0.0203103;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10776;STB=0.56195;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00706687;OID=.;OPOS=1719294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:3:11:9:4:3:11:9:4 chr4 1737502 . C T 325.69 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00838207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0087;QD=17.1415;RBI=0.0139359;REFB=-0.000944736;REVB=0.0111333;RO=42;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186744;STB=0.616133;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000152358;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:41:34:35:0.460526:21:13:24:18:22:13:24:17 chr4 1739518 . CGCCATCCCT C 38.52 PASS AF=0.12963;AO=10;DP=53;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0517048;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=9;MLLD=297.942;QD=2.85365;RBI=0.0523409;REFB=-0.0040313;REVB=-0.00813531;RO=28;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467727;STB=0.815581;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=0.0235002;OID=.;OPOS=1739519;OREF=GCCATCCCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12963:10:53:7:54:47:1:6:22:25:38:28:1:9:11:17 chr4 1739592 . A G 115.34 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0506965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.711;QD=8.23888;RBI=0.110157;REFB=-0.00842428;REVB=-0.0977981;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277777;STB=0.681612;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0279445;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:40:40:15:16:0.285714:8:7:28:12:9:7:28:12 chr4 1807894 . G A 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7405;QD=61.6696;RBI=0.103492;REFB=0;REVB=0.022653;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171591;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1572.55 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=74,12;DP=114;FAO=102,4;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=81,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941232,-0.019012;FXX=0.116657;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=77.5624,63.1682;QD=59.3414;RBI=0.111629,0.0500385;REFB=0,0;REVB=0.0600157,-0.046286;RO=0;SAF=15,2;SAR=59,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.86739e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00866234,0.0983953;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:114:106:0:0:74,12:102,4:0.962264,0.0377358:59,10:15,2:0:0:81,2:21,2:0:0 chr4 1815990 . G A 327.48 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386092;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.218;QD=54.5807;RBI=0.0295469;REFB=0;REVB=0.0292935;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64295e-06;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr4 1818594 . C T 1896.0 PASS AF=0.992063;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.234;QD=60.1904;RBI=0.0385787;REFB=0.01992;REVB=0.0344467;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=8.59811e-06;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:126:0:1:120:125:0.992063:74:46:0:0:77:48:0:1 chr4 1954945 . A G 1840.92 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.348;QD=61.3641;RBI=0.0114596;REFB=0;REVB=0.00745226;RO=0;SAF=74;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56583e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:45:74:0:0:46:74:0:0 chr4 1988188 . C CCT,T 153.02 PASS AF=1,0;AO=10,3;DP=17;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903758,0.0829926;FXX=0.187383;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=105.804,79.9137;QD=47.0822;RBI=0.0921757,0.0874552;REFB=0,0;REVB=0.0181265,0.0275797;RO=2;SAF=1,0;SAR=9,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.43181,-0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000378157,0;OID=.,.;OPOS=1988189,1988188;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:13:2:0:10,3:13,0:1,0:9,3:1,0:2:0:11,0:2,0:0:0 chr4 1988193 . T C 168.19 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.79;QD=42.0465;RBI=0.0315949;REFB=-0.25378;REVB=-0.00290966;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00268526;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:16:0:1:15:15:0.9375:13:2:0:0:13:2:0:1 chr4 2160894 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00172815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.826;QD=54.8829;RBI=0.00947333;REFB=0.00355027;REVB=-0.00931437;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-1.52888e-05;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr4 2175733 . A G 2029.99 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209607;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.164;QD=62.4612;RBI=0.0233713;REFB=0;REVB=-0.0103376;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97309e-06;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:59:70:0:0:60:70:0:0 chr4 2176454 . G A 610.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.911;QD=61.0264;RBI=0.0446077;REFB=0;REVB=-0.0431904;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93738e-05;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr4 2181080 . T C 645.51 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149808;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.235;QD=61.4769;RBI=0.0271674;REFB=0;REVB=0.0226637;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211816;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr4 2194946 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.315;QD=62.9829;RBI=0.0136566;REFB=0;REVB=0.0123901;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85971e-05;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr4 2194953 . G A 731.47 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7808;QD=62.2524;RBI=0.0234214;REFB=0;REVB=-0.0204187;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79841e-05;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr4 2195024 . T G 824.71 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0316223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.611;QD=54.0791;RBI=0.0395161;REFB=-0.194971;REVB=0.0236971;RO=2;SAF=26;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349148;STB=0.518512;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000804769;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:2:2:59:59:0.967213:33:26:2:0:33:26:2:0 chr4 2252174 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1257;QD=42.1826;RBI=0.0551615;REFB=0;REVB=0.0482332;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385673;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr4 2252201 . C T 69.34 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0551217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.431;QD=30.8184;RBI=0.0598887;REFB=-0.155215;REVB=-0.0234148;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00377505;OID=.;OPOS=2252201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr4 2257020 . C CG,G 87.46 PASS AF=0.261905,0.0119048;AO=25,4;DP=85;FAO=22,1;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=11,0;FSAR=11,1;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0945223,-0.0987521;FXX=0.0117633;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=51.4249,84.903;QD=4.16454;RBI=0.120546,0.122096;REFB=-0.0118912,-0.012336;REVB=-0.0748117,-0.0718018;RO=55;SAF=16,2;SAR=9,2;SRF=24;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237736,0.0638339;STB=0.518056,0.990497;STBP=0.867,0.289;TYPE=ins,snp;VARB=0.163485,0.20706;OID=.,.;OPOS=2257021,2257020;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:85:84:55:61:25,4:22,1:0.261905,0.0119048:9,2:16,2:24:31:11,1:11,0:32:29 chr4 2257022 . C CG 36.64 PASS AF=0.2;AO=23;DP=98;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0653007;FXX=0.0206164;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.7664;QD=1.54265;RBI=0.0935226;REFB=-0.0120506;REVB=-0.06695;RO=71;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359336;STB=0.786403;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.192151;OID=.;OPOS=2257023;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:23:98:19:95:76:14:5:27:49:36:71:15:8:25:46 chr4 2306053 . A G 329.62 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0136627;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.619;QD=31.3924;RBI=0.0289149;REFB=-0.0105913;REVB=-0.0254834;RO=14;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941697;STB=0.555514;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00361043;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:27:28:0.666667:8:19:8:6:8:20:8:6 chr4 2341194 . T C 689.78 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.00201173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.33;QD=16.2302;RBI=0.00947723;REFB=0.00458688;REVB=0.00926126;RO=95;SAF=40;SAR=35;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078355;STB=0.54357;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00716785;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:95:95:75:75:0.441176:35:40:58:37:35:40:58:37 chr4 2451694 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.496;QD=60.9777;RBI=0.0217742;REFB=0;REVB=0.0211681;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10011e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr4 2460571 . C T 204.91 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0832912;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8447;QD=14.6367;RBI=0.0838894;REFB=-0.0288779;REVB=0.0100004;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433966;STB=0.524671;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0377107;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:12:20:14:10:12:20 chr4 2461888 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.587;QD=58.0609;RBI=0.0718791;REFB=0;REVB=0.0717908;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229687;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr4 2743999 . A G 1578.03 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.504;QD=59.5484;RBI=0.0350049;REFB=0;REVB=-0.00956808;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65162e-05;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:56:49:0:0:57:49:0:0 chr4 2746481 . C T 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0193124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.723;QD=29.374;RBI=0.0619899;REFB=-0.050834;REVB=0.0589048;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222069;STB=0.512301;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0200474;OID=.;OPOS=2746481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:3:4:9:8:3:4 chr4 2822467 . G T 575.74 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=84;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0824199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.608;QD=26.7785;RBI=0.0858389;REFB=-0.0445234;REVB=0.0239849;RO=33;SAF=20;SAR=31;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216673;STB=0.500945;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0296114;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:33:34:51:52:0.604651:31:20:12:21:32:20:13:21 chr4 2826400 . T C 1246.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2882;QD=61.5312;RBI=0.0688219;REFB=0;REVB=-0.0434488;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546636;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr4 2826472 . G T 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00647938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.688;QD=6.85054;RBI=0.0119937;REFB=0.0019388;REVB=0.0100929;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585417;STB=0.564227;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00467957;OID=.;OPOS=2826472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:29:31:10:10:0.243902:6:4:13:16:6:4:15:16 chr4 2826912 . C G 198.94 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0192565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.397;QD=11.3682;RBI=0.0338843;REFB=-0.0242203;REVB=-0.0278806;RO=44;SAF=7;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282041;STB=0.671338;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.030061;OID=.;OPOS=2826912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:18:7:23:21:18:7:24:21 chr4 2828771 . T G 211.85 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0168205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2189;QD=17.6545;RBI=0.0294935;REFB=-0.0350299;REVB=0.0242269;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226935;STB=0.603572;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0399173;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:26:20:22:0.458333:11:9:6:20:13:9:6:20 chr4 2829409 . G A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00570873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.949;QD=14.6538;RBI=0.0337212;REFB=-0.00706223;REVB=0.0332344;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00856357;OID=.;OPOS=2829409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr4 2831383 . T G 157.49 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0120053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.926;QD=26.2489;RBI=0.01263;REFB=-0.0145294;REVB=0.00392295;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133274;STB=0.524661;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00551632;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:8:8:15:16:0.666667:4:11:6:2:5:11:6:2 chr4 2906707 . G T 456.2 PASS AF=0.505618;AO=40;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0112766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.907;QD=20.5031;RBI=0.02814;REFB=-0.0338436;REVB=-0.0257818;RO=32;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524493;STB=0.538905;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0347949;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:44:40:45:0.505618:16:24:19:13:21:24:20:24 chr4 2916762 . C G 706.05 PASS AF=0.577586;AO=68;DP=117;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0102153;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.469;QD=24.3466;RBI=0.0793601;REFB=-0.0430559;REVB=-0.0786998;RO=48;SAF=27;SAR=41;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318339;STB=0.511179;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0321995;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:48:49:68:67:0.577586:41:27:21:27:40:27:21:28 chr4 2928413 . T C 307.01 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0768219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.667;QD=11.6955;RBI=0.0799609;REFB=-0.007012;REVB=0.0221844;RO=66;SAF=14;SAR=24;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337508;STB=0.695555;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00736456;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:67:38:38:0.361905:24:14:45:21:24:14:46:21 chr4 2941266 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00147895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.767;QD=11.7416;RBI=0.0105908;REFB=-0.00481184;REVB=0.010487;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273799;STB=0.658671;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00484827;OID=.;OPOS=2941266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:36:21:21:0.368421:7:14:14:20:7:14:15:21 chr4 2943361 . T C 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0207068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1219;QD=14.0456;RBI=0.0274774;REFB=0.0084127;REVB=-0.018062;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331006;STB=0.51921;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0496196;OID=.;OPOS=2943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:17:12:8:10:17:12 chr4 2951804 . A G 597.53 PASS AF=0.389831;AO=68;DP=176;FAO=69;FDP=177;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.00112949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6378;QD=13.5035;RBI=0.0420659;REFB=-0.012934;REVB=-0.0420507;RO=107;SAF=31;SAR=37;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801454;STB=0.546225;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0200917;OID=.;OPOS=2951804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:107:108:68:69:0.389831:37:31:41:66:37:32:42:66 chr4 2966987 . C T 172.26 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=111;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00514837;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.574;QD=6.26389;RBI=0.0492232;REFB=-0.00544169;REVB=0.0489532;RO=76;SAF=8;SAR=19;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288927;STB=0.66421;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0244627;OID=.;OPOS=2966987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:76:83:27:27:0.245455:19:8:40:36:19:8:42:41 chr4 2967210 . C T 298.13 PASS AF=0.395349;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0505328;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.636;QD=13.8667;RBI=0.0508967;REFB=-0.0226575;REVB=-0.00607586;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154216;STB=0.566436;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0253726;OID=.;OPOS=2967210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:52:32:34:0.395349:14:18:37:16:14:20:36:16 chr4 3006043 . C T 207.47 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0105439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8283;QD=11.2143;RBI=0.0110436;REFB=0.00312463;REVB=0.00328448;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226741;STB=0.621534;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0336741;OID=.;OPOS=3006043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:13:13:33:14:13:13:33:15 chr4 3039150 . T C 168.82 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0321816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.502;QD=9.51114;RBI=0.0323803;REFB=0.00194862;REVB=-0.00358143;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615026;STB=0.527651;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00332421;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:48:22:23:0.323944:11:11:21:26:12:11:21:27 chr4 3045837 . G C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0266895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6335;QD=7.96539;RBI=0.0306651;REFB=0.0269733;REVB=0.0151004;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896548;STB=0.555446;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0564404;OID=.;OPOS=3045837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:11:15:5:5:11:15 chr4 3129063 . A G 318.83 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00641227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4691;QD=26.5691;RBI=0.0423133;REFB=-0.0387399;REVB=-0.0418247;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15732;STB=0.587024;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0378609;OID=.;OPOS=3129063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:12:8:17:11:12:8 chr4 3162056 . C T 403.69 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0113584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3374;QD=22.12;RBI=0.0297027;REFB=0.0358042;REVB=-0.0274452;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287528;STB=0.515854;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0304732;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:22:18:16:17:22:18:16:17 chr4 3213832 . G A 482.58 PASS AF=0.605263;AO=43;DP=73;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0196942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.459;QD=25.3988;RBI=0.0205642;REFB=-0.022704;REVB=-0.00591803;RO=30;SAF=20;SAR=23;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747003;STB=0.552609;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0116818;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:30:30:43:46:0.605263:23:20:11:19:23:23:11:19 chr4 3215835 . T C 343.27 PASS AF=0.469136;AO=31;DP=74;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0299369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.92;QD=16.9518;RBI=0.0299536;REFB=-0.0457508;REVB=-0.00100147;RO=43;SAF=7;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237727;STB=0.528183;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0448544;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:43:43:31:38:0.469136:24:7:18:25:24:14:18:25 chr4 3219613 . A C 2407.61 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623414;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.003;QD=60.5688;RBI=0.0537131;REFB=-0.0265776;REVB=0.0533501;RO=1;SAF=98;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483055;STB=0.502538;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00021793;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:60:98:1:0:60:98:1:0 chr4 3227419 . A G 881.35 PASS AF=0.603053;AO=79;DP=133;FAO=79;FDP=131;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0146815;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.403;QD=26.9113;RBI=0.020096;REFB=-0.037778;REVB=-0.0137224;RO=52;SAF=30;SAR=49;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479096;STB=0.526021;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0177561;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:52:52:79:79:0.603053:49:30:23:29:49:30:23:29 chr4 3234980 . G A 618.08 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0221215;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.919;QD=20.7759;RBI=0.0236951;REFB=-0.014769;REVB=0.00849098;RO=55;SAF=24;SAR=38;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115963;STB=0.500571;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012175;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:57:62:62:0.521008:38:24:22:33:38:24:22:35 chr4 3257593 . C T 280.57 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00341362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.361;QD=28.0567;RBI=0.0421051;REFB=-0.0441964;REVB=0.0419665;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291878;STB=0.516116;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0271948;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:16:9:6:9:16:9:6:9 chr4 3263138 . G A 496.47 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00669979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.317;QD=20.9041;RBI=0.0237096;REFB=-0.0235971;REVB=0.0227433;RO=46;SAF=16;SAR=32;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155932;STB=0.592553;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0279756;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:47:48:48:0.505263:32:16:23:23:32:16:24:23 chr4 3318413 . A G 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00108367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.386;QD=3.55392;RBI=0.0171896;REFB=-0.00583031;REVB=0.0171555;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171466;STB=0.521188;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0463596;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:5:4:22:26:5:4:23:26 chr4 3319271 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=0.00390878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.44;QD=15.9141;RBI=0.00404393;REFB=-0.0167287;REVB=-0.00103672;RO=36;SAF=25;SAR=5;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504576;STB=0.504502;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0190056;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:30:30:0.447761:5:25:31:5:5:25:31:6 chr4 3319716 . T A 232.46 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00914529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.126;QD=12.5654;RBI=0.0190713;REFB=-0.00786113;REVB=-0.0167355;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168181;STB=0.604667;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0110645;OID=.;OPOS=3319716;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:46:27:28:0.378378:17:10:24:22:18:10:24:22 chr4 3417845 . G C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.704;QD=56.0116;RBI=0.0197612;REFB=-0.0405752;REVB=0.00372339;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0014478;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:34:34:0.971429:23:11:0:0:23:11:1:0 chr4 3446132 . C G 659.62 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.119;QD=61.36;RBI=0.0380765;REFB=0;REVB=0.02544;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174309;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:32:43:1:17:15:0:0:22:21:0:0 chr4 3449218 . G GC 38.63 PASS AF=0.338983;AO=18;DP=61;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0160495;FXX=0.0483793;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.01276;QD=2.61882;RBI=0.159479;REFB=-0.0931532;REVB=0.158669;RO=37;SAF=15;SAR=3;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251798;STB=0.568349;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.0862067;OID=.;OPOS=3449219;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983:18:61:20:59:39:15:5:26:13:38:37:15:3:25:12 chr4 3475252 . T C 3805.55 PASS AF=0.98062;AO=250;DP=258;FAO=253;FDP=258;FR=.;FRO=5;FSAF=144;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0216046;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2636;QD=59.0008;RBI=0.0225704;REFB=0.00337601;REVB=-0.00653195;RO=3;SAF=142;SAR=108;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130542;STB=0.507279;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000708624;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:258:258:3:5:250:253:0.98062:108:142:0:3:109:144:1:4 chr4 3514695 . A G 2186.5 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0288009;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7846;QD=61.5916;RBI=0.0308718;REFB=0.0280227;REVB=-0.0111166;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.507245;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.000391071;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:0:2:139:140:0.985915:67:72:0:0:68:72:0:2 chr4 3589689 . C A 285.49 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=62;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0317538;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.145;QD=17.5684;RBI=0.040727;REFB=-0.0383661;REVB=0.0255026;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101912;STB=0.554421;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0386398;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:33:34:28:31:0.476923:14:14:20:13:16:15:20:14 chr4 3589719 . CA C 183.86 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.076766;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8252;QD=12.056;RBI=0.11056;REFB=-0.0467814;REVB=-0.0795649;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157278;STB=0.575876;STBP=0.292;TYPE=del;VARB=0.0443831;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47541:28:62:29:61:32:13:16:19:13:99:30:12:16:18:12 chr4 3590683 . T G 562.19 PASS AF=0.537736;AO=56;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0166848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.963;QD=21.2146;RBI=0.0167519;REFB=-0.00395245;REVB=0.00149762;RO=48;SAF=25;SAR=31;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452674;STB=0.533322;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00360633;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:49:56:57:0.537736:31:25:24:24:32:25:25:24 chr4 3590711 . G T 497.81 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00523373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4326;QD=19.7153;RBI=0.0268161;REFB=-0.0319597;REVB=-0.0263005;RO=50;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798539;STB=0.544158;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0298469;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:29:22:26:24:29:22:26:24 chr4 3590730 . G A 463.54 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0107935;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5815;QD=18.92;RBI=0.0111907;REFB=-0.0180289;REVB=-0.00295514;RO=52;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598104;STB=0.533319;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0154555;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:52:46:46:0.469388:25:21:27:25:25:21:27:25 chr4 3590817 . T C 294.55 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00312731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.895;QD=15.1051;RBI=0.0492405;REFB=-0.0384982;REVB=-0.0491411;RO=42;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407488;STB=0.522374;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.059166;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:42:45:32:33:0.423077:11:21:26:16:12:21:27:18 chr4 3590822 . AGACAC AG,AGAC,GCACAG 581.7 PASS AF=0.365385,0.461538,0.115385;AO=15,19,3;DP=60;FAO=19,24,6;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=15,16,3;FSAR=4,8,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0122635,0.0844648,0.000827098;FXX=0.147517;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,6;MLLD=88.2653,47.5181,76.1722;QD=44.7461;RBI=0.0346803,0.0987681,0.0310905;REFB=-0.0732487,-0.111819,-0.0520565;REVB=0.0324396,0.0511941,0.0310795;RO=2;SAF=13,13,3;SAR=2,6,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.147635,0.0366475,0.692188;STB=0.524449,0.5,0.555372;STBP=0.705,1,0.703;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.076415,0.0625507,0.11076;OID=.,.,.;OPOS=3590824,3590824,3590822;OREF=ACAC,AC,AGACAC;OALT=-,-,GCACAG;OMAPALT=AG,AGAC,GCACAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:60:52:2:3:15,19,3:19,24,6:0.365385,0.461538,0.115385:2,6,0:13,13,3:1:1:4,8,3:15,16,3:2:1 chr4 3590878 . C T 820.67 PASS AF=0.537931;AO=76;DP=145;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.00530826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.898;QD=22.6392;RBI=0.129288;REFB=-0.0398932;REVB=0.129179;RO=69;SAF=39;SAR=37;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958663;STB=0.565501;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0345417;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:69:67:76:78:0.537931:37:39:43:26:39:39:43:24 chr4 3590911 . A C 1102.16 PASS AF=0.524038;AO=109;DP=209;FAO=109;FDP=208;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.0067455;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5104;QD=21.1953;RBI=0.0325859;REFB=-0.0127612;REVB=0.0318801;RO=99;SAF=49;SAR=60;SRF=60;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135586;STB=0.574124;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0136673;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:99:99:109:109:0.524038:60:49:60:39:60:49:60:39 chr4 3591015 . A C 1233.75 PASS AF=0.42236;AO=136;DP=326;FAO=136;FDP=322;FR=.;FRO=186;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=88;FSRR=98;FWDB=-0.0534099;FXX=0.0122696;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6001;QD=15.3261;RBI=0.053816;REFB=-0.0127057;REVB=-0.00659875;RO=175;SAF=61;SAR=75;SRF=85;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379303;STB=0.514311;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0164084;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:322:175:186:136:136:0.42236:75:61:85:90:75:61:88:98 chr4 3591049 . C T 1002.53 PASS AF=0.39404;AO=113;DP=283;FAO=119;FDP=302;FR=.;FRO=183;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=109;FWDB=0.0160433;FXX=0.00330022;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.2091;QD=13.2786;RBI=0.0577215;REFB=-0.0253022;REVB=0.0554471;RO=168;SAF=53;SAR=60;SRF=68;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692664;STB=0.525283;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0222026;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:302:168:183:113:119:0.39404:60:53:68:100:66:53:74:109 chr4 3591069 . C T 1160.56 PASS AF=0.431507;AO=122;DP=287;FAO=126;FDP=292;FR=.;FRO=166;FSAF=47;FSAR=79;FSRF=74;FSRR=92;FWDB=-0.0154676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.16;QD=15.8981;RBI=0.0235075;REFB=-0.00856173;REVB=-0.0177019;RO=157;SAF=45;SAR=77;SRF=68;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684395;STB=0.543242;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0120677;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:292:157:166:122:126:0.431507:77:45:68:89:79:47:74:92 chr4 3768741 . C G 409.74 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00244086;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.936;QD=33.4477;RBI=0.00847112;REFB=-0.0165554;REVB=0.00811185;RO=16;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464294;STB=0.525325;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00718485;OID=.;OPOS=3768741;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:16:16:33:33:0.673469:17:16:9:7:17:16:9:7 chr4 4199634 . A T 536.85 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0232562;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.771;QD=23.5977;RBI=0.023363;REFB=0.00349425;REVB=0.00223113;RO=41;SAF=25;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110142;STB=0.560416;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00284593;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:41:50:50:0.549451:25:25:15:26:25:25:15:26 chr4 4204299 . T C 293.67 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0160143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.612;QD=20.6083;RBI=0.0202765;REFB=-0.0128959;REVB=-0.012437;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291155;STB=0.507357;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.011014;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:15:16:12:13:15:16:13:13 chr4 4237511 . C T 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0016797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.855;QD=2.14543;RBI=0.0167422;REFB=-0.00354382;REVB=-0.0166577;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127098;STB=0.599658;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0300194;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:28:22:2:4:28:22 chr4 4239587 . G T 307.66 PASS AF=0.315385;AO=40;DP=130;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-7.17568e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1911;QD=9.46637;RBI=0.00517256;REFB=0.00179205;REVB=0.00517206;RO=88;SAF=25;SAR=15;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277052;STB=0.662159;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00414704;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:89:40:41:0.315385:15:25:34:54:15:26:35:54 chr4 4239589 . C T 37.38 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=129;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.00197227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.833;QD=1.15899;RBI=0.0424362;REFB=5.44191e-05;REVB=-0.0423903;RO=118;SAF=6;SAR=5;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090153;STB=0.5721;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00106912;OID=.;OPOS=4239589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:129:118:118:11:11:0.0852713:5:6:55:63:5:6:55:63 chr4 4249297 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.781;QD=63.8713;RBI=0.0372365;REFB=0;REVB=0.00384608;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013462;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr4 4249300 . T C 704.4 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00530933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0524;QD=58.7002;RBI=0.00789499;REFB=-0.0111863;REVB=0.0058431;RO=2;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408345;STB=0.52173;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00159031;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:24:22:2:0:24:22:2:0 chr4 4249909 . C T 449.25 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6058;QD=52.8526;RBI=0.0501865;REFB=-0.134708;REVB=0.0404183;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0166285;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:34:1:1:32:33:0.970588:17:15:0:1:18:15:0:1 chr4 4276132 . T C 781.61 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.267;QD=62.5288;RBI=0.0935623;REFB=0;REVB=0.0468377;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631002;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:1:0:49:50:1:29:20:1:0:29:21:0:0 chr4 4304337 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00371241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.866;QD=26.0262;RBI=0.0289893;REFB=-0.082212;REVB=-0.0287506;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0212019;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr4 4304605 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00824631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.023;QD=22.7237;RBI=0.0100565;REFB=-0.014518;REVB=-0.005756;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255391;STB=0.52775;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0132963;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:20:20:0.555556:10:10:8:7:10:10:9:7 chr4 4322570 . G A 472.28 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0123973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3604;QD=26.6071;RBI=0.0159845;REFB=-0.00292314;REVB=-0.0100902;RO=27;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112211;STB=0.561229;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00377034;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:25:19:16:11:25:19:16:11 chr4 4322665 . T C 744.04 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=85;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0127044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.628;QD=35.0137;RBI=0.0151473;REFB=-0.0187076;REVB=0.00824861;RO=22;SAF=25;SAR=36;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226803;STB=0.514077;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0100681;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:22:24:61:61:0.717647:36:25:10:12:36:25:11:13 chr4 4322770 . T C 493.9 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00438182;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.653;QD=34.0623;RBI=0.00782588;REFB=-0.0207124;REVB=0.00648413;RO=14;SAF=22;SAR=21;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529645;STB=0.505615;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00860862;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:14:15:43:43:0.741379:21:22:7:7:21:22:8:7 chr4 5021149 . G A 39.02 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0973631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.2566;QD=12.0051;RBI=0.10118;REFB=-0.0038214;REVB=0.0275298;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00731486;OID=.;OPOS=5021149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr4 5448429 . A G 689.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.303;QD=62.7188;RBI=0.0222076;REFB=0;REVB=-0.0191302;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26726e-05;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:31:12:0:0:31:13:0:0 chr4 5570221 . G A 1218.32 PASS AF=0.664596;AO=106;DP=161;FAO=107;FDP=161;FR=.;FRO=54;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0081613;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.397;QD=30.2688;RBI=0.0264251;REFB=-0.0276915;REVB=0.0251332;RO=54;SAF=68;SAR=38;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128876;STB=0.570373;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0120127;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:54:54:106:107:0.664596:38:68:24:30:38:69:24:30 chr4 5570315 . G A 771.61 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=115;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=55;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.0149693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.182;QD=26.8384;RBI=0.0201553;REFB=0.00237291;REVB=0.0134965;RO=40;SAF=55;SAR=16;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495383;STB=0.537805;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00213435;OID=.;OPOS=5570315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:40:44:71:71:0.617391:16:55:33:7:16:55:37:7 chr4 5620310 . G A 287.8 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0115177;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.251;QD=13.386;RBI=0.0149473;REFB=-0.00711234;REVB=-0.00952695;RO=52;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130605;STB=0.579784;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00964357;OID=.;OPOS=5620310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:53:33:33:0.383721:18:15:30:22:18:15:31:22 chr4 5624530 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0175995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.794;QD=12.3389;RBI=0.0176008;REFB=-0.00669255;REVB=-0.00021719;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283079;STB=0.50724;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00958037;OID=.;OPOS=5624530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:7:17:27:11:7:17:28:11 chr4 5624670 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.586;QD=47.8223;RBI=0.0811713;REFB=0;REVB=-0.0149939;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130036;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr4 5627493 . G T 348.74 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0308834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0532;QD=14.9994;RBI=0.0901794;REFB=-0.00638984;REVB=-0.0847263;RO=53;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112442;STB=0.566589;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00742824;OID=.;OPOS=5627493;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:55:38:38:0.408602:12:26:31:22:12:26:32:23 chr4 5721021 . A C 658.6 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0402781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.782;QD=26.8814;RBI=0.0452112;REFB=-0.00811129;REVB=0.0205362;RO=40;SAF=26;SAR=32;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176461;STB=0.509619;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00380908;OID=.;OPOS=5721021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:40:58:58:0.591837:32:26:17:23:32:26:17:23 chr4 5743509 . C T 1413.73 PASS AF=0.98913;AO=92;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189217;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.322;QD=61.4664;RBI=0.0262362;REFB=0.0673102;REVB=0.0181744;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-9.61085e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:92:91:0.98913:51:41:0:0:49:42:0:1 chr4 5743512 . T C 1440.98 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428289;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.001;QD=63.3396;RBI=0.0519733;REFB=0;REVB=0.0294434;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140778;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:50:41:0:0 chr4 5749904 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00691212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3233;QD=9.84402;RBI=0.0149109;REFB=0.00490457;REVB=-0.013212;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21739;STB=0.63132;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0240445;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:8:12:4:6:8:12 chr4 5749961 . G C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0344357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3704;QD=7.12544;RBI=0.047397;REFB=-0.00487567;REVB=0.0325678;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131357;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0146764;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:7:11:5:2:7:11 chr4 5750003 . A G 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0312533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8931;QD=32.7569;RBI=0.0388421;REFB=0.0144064;REVB=-0.0230638;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102149;STB=0.505612;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00723278;OID=.;OPOS=5750003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:11:9:3:4:11:9:3:4 chr4 5754579 . C T 267.81 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.017696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.931;QD=16.2311;RBI=0.071283;REFB=-0.0144691;REVB=0.0690516;RO=36;SAF=26;SAR=4;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200181;STB=0.614458;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0237074;OID=.;OPOS=5754579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:4:26:27:9:4:26:27:9 chr4 5755542 . C A 1535.44 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.827;QD=59.6287;RBI=0.0309729;REFB=0;REVB=0.0245134;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24064e-05;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:43:58:0:0:45:58:0:0 chr4 5785442 . G A 663.46 PASS AF=0.7;AO=56;DP=79;FAO=56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0233918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.822;QD=33.1728;RBI=0.0234286;REFB=-0.0170507;REVB=-0.00131272;RO=23;SAF=31;SAR=25;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409273;STB=0.528715;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00888542;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:23:24:56:56:0.7:25:31:11:12:25:31:11:13 chr4 5838513 . C G 1791.89 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0689318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2543;QD=59.236;RBI=0.0696388;REFB=0.0654151;REVB=0.00989771;RO=2;SAF=68;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228818;STB=0.501205;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00070072;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:51:68:1:1:51:68:1:1 chr4 5975538 . G A 587.6 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0231613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.491;QD=31.762;RBI=0.0282584;REFB=-0.0115388;REVB=0.0161893;RO=23;SAF=18;SAR=33;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076799;STB=0.541579;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00701922;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:23:23:51:51:0.689189:33:18:11:12:33:18:11:12 chr4 5990110 . C A 728.5 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0122113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.224;QD=22.7657;RBI=0.0122151;REFB=-0.0083378;REVB=0.000307159;RO=57;SAF=28;SAR=42;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424116;STB=0.518028;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00849906;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:57:58:70:70:0.546875:42:28:20:37:42:28:21:37 chr4 5990339 . G A 1500.17 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.606;QD=58.2591;RBI=0.01517;REFB=0;REVB=0.00868959;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122778;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:103:0:0:98:103:1:48:50:0:0:52:51:0:0 chr4 5990551 . G A 167.35 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0168751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5903;QD=23.0826;RBI=0.0449149;REFB=0.00139224;REVB=-0.0416242;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228251;STB=0.628663;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00304122;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:7:5:12:5:7:5 chr4 5990599 . T C 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.734;QD=47.8116;RBI=0.0490869;REFB=-0.0843879;REVB=-0.0216989;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00293674;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:11:10:0:0:11:10:0:1 chr4 5990791 . A G 1236.71 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743866;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.104;QD=61.0723;RBI=0.0316871;REFB=0;REVB=0.0308016;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027431;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:36:43:0:0:38:43:0:0 chr4 5990863 . TG GT 52.37 PASS AF=0.144444;AO=17;DP=92;FAO=13;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.212672;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=21.9992;QD=2.32772;RBI=0.216558;REFB=-0.0213659;REVB=0.0408409;RO=58;SAF=5;SAR=12;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224227;STB=0.928525;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.130258;OID=.;OPOS=5990863;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:92:90:58:77:17:13:0.144444:12:5:27:31:12:1:46:31 chr4 5991384 . T C 650.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9387;QD=61.9774;RBI=0.0649311;REFB=0;REVB=-0.0357478;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015826;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr4 5991476 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.821;QD=50.4063;RBI=0.0212158;REFB=0;REVB=0.00603628;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113399;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr4 6293696 . C G 3970.13 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563469;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.945;QD=64.0344;RBI=0.0569679;REFB=0;REVB=0.00838854;RO=0;SAF=135;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78704e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:248:0:0:247:248:1:112:135:0:0:113:135:0:0 chr4 6302519 . G A 580.1 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582036;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2025;QD=61.0635;RBI=0.00758094;REFB=0;REVB=0.00485737;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422901;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 6302707 . C T 556.66 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.666;QD=60.1797;RBI=0.0306864;REFB=0;REVB=0.025754;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121267;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr4 6303022 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.29;QD=58.6004;RBI=0.00995124;REFB=0;REVB=-0.00939651;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20162e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr4 6303955 . G A 769.77 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.575;QD=57.02;RBI=0.0148481;REFB=0;REVB=0.0103149;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70447e-05;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr4 6304087 . A G 1123.93 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101931;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.859;QD=59.1543;RBI=0.0772677;REFB=0;REVB=-0.0765924;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161846;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:1:0:74:76:1:30:44:0:1:32:44:0:0 chr4 6304242 . T C 718.34 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0939;QD=53.2106;RBI=0.0376984;REFB=-0.065639;REVB=-0.0278893;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00181697;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:54:1:1:52:53:0.981481:22:30:0:1:23:30:0:1 chr4 6304286 . C T 906.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396186;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.793;QD=58.4651;RBI=0.0428297;REFB=0;REVB=0.0162712;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183562;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:21:40:0:0:21:41:0:0 chr4 6304344 . G A 1542.67 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143975;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.331;QD=58.7683;RBI=0.0306469;REFB=-0.0988623;REVB=0.0270544;RO=0;SAF=68;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39991e-08;STB=0.506848;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000103716;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:0:1:103:104:0.990476:35:68:0:0:36:68:0:1 chr4 6322293 . G A 318.59 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0142812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.222;QD=23.1703;RBI=0.0142875;REFB=-0.011623;REVB=0.000425284;RO=22;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367198;STB=0.512302;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00766934;OID=.;OPOS=6322293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:19:13:10:12:19:13:10:13 chr4 6325086 . G A 1677.81 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.856;QD=59.3914;RBI=0.0657274;REFB=-0.117408;REVB=0.0455962;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00099528;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:0:1:111:112:0.99115:53:58:0:0:54:58:0:1 chr4 6415618 . G A 252.65 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00477397;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.636;QD=21.9696;RBI=0.0246596;REFB=-0.0257157;REVB=0.024193;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424814;STB=0.543442;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0222544;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:22:23:24:0.521739:12:11:9:12:12:12:9:13 chr4 6536979 . G A 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00970817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.748;QD=10.3799;RBI=0.00977193;REFB=-0.0122542;REVB=-0.00111456;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316134;STB=0.518651;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0255972;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:17:19:10:8:17:19 chr4 6594947 . A C 1637.35 PASS AF=1;AO=88;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8529;QD=59.0036;RBI=0.0265815;REFB=0;REVB=-0.0237579;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501307;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:88:111:1:56:32:0:0:66:45:0:0 chr4 6600012 . A G 3126.81 PASS AF=0.994975;AO=191;DP=197;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0542595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.046;QD=62.8505;RBI=0.0615129;REFB=-0.0498145;REVB=0.0289784;RO=0;SAF=68;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05808e-08;STB=0.501976;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000153418;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:199:0:1:191:198:0.994975:123:68:0:0:126:72:0:1 chr4 6606864 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.968;QD=60.2288;RBI=0.0158464;REFB=0;REVB=0.0154252;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2711e-05;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr4 6619165 . A G 572.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.916;QD=60.2881;RBI=0.0569152;REFB=0;REVB=0.0124027;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347566;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr4 6619204 . G A 728.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9551;QD=63.3171;RBI=0.0382661;REFB=0;REVB=0.0382229;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303779;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:29:15:0:0:31:15:0:0 chr4 6698667 . T A,C 732.41 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,50;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526312,-0.0134264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.4248,141.552;QD=55.2766;RBI=0.0268831,0.0187503;REFB=0,0;REVB=-0.0263629,0.0130884;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141007,-0.000956327;OID=.,.;OPOS=6698667,6698667;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:53:53:0:0:3,50:3,50:0.0566038,0.943396:3,34:0,16:0:0:3,34:0,16:0:0 chr4 6698706 . A C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000429221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1005;QD=57.3852;RBI=0.042626;REFB=0;REVB=-0.0426238;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313784;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr4 6718775 . G T 340.4 PASS AF=0.625;AO=25;DP=43;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0180964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.72;QD=28.3667;RBI=0.0394942;REFB=-0.00269946;REVB=0.0351043;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233038;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:48:18:18:25:30:0.625:11:14:9:9:15:15:9:9 chr4 6719092 . TAGTC T 58.76 PASS AF=0.18;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0121194;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.854;QD=4.70067;RBI=0.021442;REFB=-0.00246367;REVB=-0.0176884;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874767;STB=0.550609;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.0105971;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.18:9:52:9:50:41:3:6:16:25:58:40:3:6:16:24 chr4 6884329 . T C 604.55 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000467675;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.461;QD=40.9862;RBI=0.0246577;REFB=-0.000452757;REVB=0.0246532;RO=10;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729156;STB=0.53903;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=3.76475e-05;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:10:10:49:49:0.830508:23:26:3:7:23:26:3:7 chr4 7044600 . G A 666.88 PASS AF=0.609524;AO=58;DP=95;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0545603;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8358;QD=25.4051;RBI=0.059759;REFB=-0.065668;REVB=0.0243785;RO=36;SAF=37;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101767;STB=0.569694;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0589607;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:105:36:41:58:64:0.609524:21:37:18:18:22:42:20:21 chr4 7057106 . G C 820.07 PASS AF=0.983051;AO=51;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.646;QD=55.5977;RBI=0.0562474;REFB=-0.0768001;REVB=-0.000779182;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000286154;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:51:58:0.983051:29:22:0:0:31:27:0:1 chr4 7114091 . C T 147.17 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00357198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.893;QD=17.3141;RBI=0.013717;REFB=-0.00459348;REVB=-0.0132438;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307288;STB=0.677184;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00375825;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:10:8:12:4:10:8 chr4 7325840 . G T 1434.87 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0650492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.846;QD=56.2695;RBI=0.0676456;REFB=-0.0661654;REVB=0.0185614;RO=2;SAF=54;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172427;STB=0.508927;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00186725;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:102:2:2:99:100:0.980392:45:54:2:0:45:55:2:0 chr4 7435379 . A G 1528.84 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2681;QD=63.7019;RBI=0.0666943;REFB=0;REVB=-0.0624497;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053875;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:63:33:0:0:63:33:0:0 chr4 7436486 . C A 872.75 PASS AF=0.508772;AO=82;DP=168;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0669976;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.784;QD=20.4153;RBI=0.0670232;REFB=-0.0208976;REVB=-0.00185451;RO=84;SAF=50;SAR=32;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812079;STB=0.54932;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0228438;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:84:84:82:87:0.508772:32:50:44:40:33:54:44:40 chr4 7655855 . C T 1819.44 PASS AF=0.939394;AO=124;DP=132;FAO=124;FDP=132;FR=.;FRO=8;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0570131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6293;QD=55.1344;RBI=0.0864612;REFB=-0.0125516;REVB=0.0650004;RO=8;SAF=65;SAR=59;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315264;STB=0.516627;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0013393;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:132:132:8:8:124:124:0.939394:59:65:2:6:59:65:2:6 chr4 7714490 . T C 1435.17 PASS AF=0.959184;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0185718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5849;QD=58.5782;RBI=0.0246019;REFB=0.00982648;REVB=-0.0161351;RO=4;SAF=35;SAR=57;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306748;STB=0.515729;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=6.63141e-05;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:96:98:4:4:92:94:0.959184:57:35:3:1:58:36:3:1 chr4 7716910 . C T 460.78 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0177701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6054;QD=29.7279;RBI=0.043257;REFB=-0.0392799;REVB=0.0394384;RO=19;SAF=20;SAR=22;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890304;STB=0.555869;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0269866;OID=.;OPOS=7716910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:20:42:42:0.677419:22:20:12:7:22:20:13:7 chr4 7716932 . T C 825.95 PASS AF=1;AO=55;DP=63;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042446;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.72;QD=56.9619;RBI=0.0427249;REFB=0;REVB=0.0425135;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160202;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:58:0:0:55:58:1:29:26:0:0:30:28:0:0 chr4 7761211 . C T 345.7 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00736733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.019;QD=17.0718;RBI=0.00736742;REFB=-0.00805466;REVB=3.62589e-05;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.558851;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0101646;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:36:37:0.45679:19:17:25:18:20:17:25:19 chr4 7761286 . T C 402.07 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0242896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.364;QD=21.7334;RBI=0.0250564;REFB=0.0154059;REVB=-0.00615116;RO=34;SAF=12;SAR=27;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199759;STB=0.613976;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0194434;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:39:40:0.540541:27:12:18:16:28:12:18:16 chr4 7765495 . G T 786.11 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00429519;FXX=0.021427;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.201;QD=22.9521;RBI=0.0112178;REFB=-0.0188707;REVB=0.0103629;RO=63;SAF=34;SAR=40;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806566;STB=0.544152;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0157197;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:63:63:74:74:0.540146:40:34:35:28:40:34:35:28 chr4 7770723 . G T 1182.88 PASS AF=0.619883;AO=106;DP=172;FAO=106;FDP=171;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0810924;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.016;QD=27.6698;RBI=0.0822461;REFB=-0.0243803;REVB=0.0137276;RO=63;SAF=36;SAR=70;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167632;STB=0.585757;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0111246;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:63:65:106:106:0.619883:70:36:36:27:70:36:36:29 chr4 7774610 . C T 858.3 PASS AF=0.514793;AO=86;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0524834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2523;QD=20.3149;RBI=0.0587538;REFB=-0.0225002;REVB=0.0264103;RO=82;SAF=39;SAR=47;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631494;STB=0.525492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0220324;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:82:82:86:87:0.514793:47:39:43:39:47:40:42:40 chr4 7783163 . G A 661.15 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00413324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.92;QD=24.9491;RBI=0.0174049;REFB=-0.0354997;REVB=0.0169071;RO=43;SAF=41;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144597;STB=0.578889;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0293024;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:43:63:63:0.59434:22:41:20:23:22:41:20:23 chr4 7783172 . G A 333.88 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0316611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5198;QD=12.0317;RBI=0.04193;REFB=-0.0110704;REVB=0.02749;RO=70;SAF=19;SAR=22;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165539;STB=0.59429;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0119739;OID=.;OPOS=7783172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:22:19:43:27:22:19:43:27 chr4 7783286 . G A 676.82 PASS AF=0.608247;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00703386;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.881;QD=27.9099;RBI=0.00711588;REFB=-0.000826174;REVB=0.00107726;RO=35;SAF=34;SAR=24;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110133;STB=0.578181;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000323244;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:35:38:58:59:0.608247:24:34:15:20:24:35:15:23 chr4 7941901 . A C 754.04 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.294;QD=54.8393;RBI=0.0471783;REFB=-0.0536263;REVB=0.036007;RO=1;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324675;STB=0.517235;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000556856;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:14:40:0:1:14:40:0:1 chr4 8031471 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.676;QD=60.5467;RBI=0.010718;REFB=0;REVB=-0.0104749;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08124e-05;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr4 8062689 . TG CA 767.94 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946792;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=2;MLLD=206.361;QD=63.9954;RBI=0.0152675;REFB=0;REVB=-0.0119773;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.27231e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr4 8228731 . T C 2400.24 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.086;QD=64.0064;RBI=0.0829721;REFB=0;REVB=0.00791541;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113786;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:150:0:0:146:150:1:82:64:0:0:82:68:0:0 chr4 8228894 . T C 1441.22 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960028;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.961;QD=63.3504;RBI=0.0122078;REFB=0;REVB=0.00754096;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17818e-06;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr4 8228948 . T C 398.71 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0585532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4075;QD=16.1096;RBI=0.0591704;REFB=0.0103395;REVB=-0.00852369;RO=56;SAF=15;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194713;STB=0.604601;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0149922;OID=.;OPOS=8228948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:57:41:42:0.424242:26:15:31:25:26:16:32:25 chr4 8229218 . A G 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.63;QD=59.8327;RBI=0.0182688;REFB=0;REVB=-0.00887958;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24952e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr4 8229326 . T C 341.58 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.906;QD=54.652;RBI=0.0292604;REFB=0;REVB=-0.0213547;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70961e-06;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:17:5:0:0:17:8:0:0 chr4 8229713 . A G 85.94 PASS AF=0.9;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.733;QD=34.3749;RBI=0.0297877;REFB=0.0598937;REVB=0.0297877;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710866;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:10:1:1:9:9:0.9:9:0:0:1:9:0:0:1 chr4 8229774 . C T 108.78 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0062441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3388;QD=36.2583;RBI=0.00771433;REFB=-0.108085;REVB=0.00453012;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0146466;OID=.;OPOS=8229774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:7:4:0:0:7:4:0:1 chr4 8230070 . T C 380.8 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290698;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.301;QD=56.4145;RBI=0.03017;REFB=0;REVB=-0.00807326;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326294;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr4 8230235 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.22;QD=37.4884;RBI=0.0153407;REFB=0;REVB=0.000352725;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268991;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr4 8238151 . C T 767.22 PASS AF=0.380342;AO=88;DP=233;FAO=89;FDP=234;FR=.;FRO=145;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=71;FWDB=0.00362935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.045;QD=13.1149;RBI=0.0125642;REFB=-0.0088464;REVB=0.0120286;RO=143;SAF=47;SAR=41;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259559;STB=0.518015;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0118261;OID=.;OPOS=8238151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:143:145:88:89:0.380342:41:47:73:70:41:48:74:71 chr4 8242466 . A G 3134.66 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.627;QD=59.9935;RBI=0.0351662;REFB=0;REVB=0.0201542;RO=0;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319837;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:209:0:0:197:209:1:93:104:0:0:103:106:0:0 chr4 8375342 . G A 977.76 PASS AF=0.614286;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0090655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.692;QD=27.936;RBI=0.0188338;REFB=-0.00920677;REVB=0.0165084;RO=54;SAF=33;SAR=53;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125127;STB=0.567841;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00589875;OID=.;OPOS=8375342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:54:54:86:86:0.614286:53:33:30:24:53:33:30:24 chr4 8394836 . G C 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00158709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.856;QD=18.9412;RBI=0.00466996;REFB=0.000798441;REVB=-0.004392;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392366;STB=0.521856;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00108556;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:15:22:21:17:15:22:21:17 chr4 8454639 . A G 511.41 PASS AF=0.585366;AO=44;DP=78;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0128648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.821;QD=24.9469;RBI=0.0205796;REFB=-0.0233151;REVB=-0.0160629;RO=34;SAF=16;SAR=28;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890719;STB=0.531957;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0155771;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:34:34:44:48:0.585366:28:16:16:18:29:19:16:18 chr4 8594574 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9519;QD=37.4807;RBI=0.124374;REFB=0;REVB=0.1144;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235824;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr4 8601298 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0262227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2527;QD=14.3997;RBI=0.040674;REFB=0.00127967;REVB=-0.0310925;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231853;STB=0.632046;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00323843;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:9:16:14:20:9:16:14:20 chr4 8602884 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4917;QD=60.9764;RBI=0.0214944;REFB=0;REVB=0.00589986;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135236;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr4 8602935 . A G 715.22 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204268;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.099;QD=57.2172;RBI=0.0285444;REFB=0;REVB=-0.0199381;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37419e-06;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr4 8605818 . C T 443.41 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.065118;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5971;QD=16.2718;RBI=0.0654104;REFB=-0.0131176;REVB=0.00617826;RO=59;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752736;STB=0.551381;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0152162;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:59:60:48:49:0.449541:24:24:25:34:24:25:25:35 chr4 8613786 . C T 280.85 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0198907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.646;QD=10.5981;RBI=0.0232849;REFB=-0.0108167;REVB=0.0121058;RO=68;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315114;STB=0.527762;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0275391;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:70:36:36:0.339623:19:17:34:34:19:17:36:34 chr4 8613867 . G A 112.33 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0183777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.223;QD=8.64096;RBI=0.0201691;REFB=-0.00399064;REVB=0.00830993;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326674;STB=0.650492;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00771929;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:37:37:14:15:0.288462:11:3:17:20:11:4:17:20 chr4 8616096 . T C 1046.27 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182093;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.804;QD=58.1262;RBI=0.0549606;REFB=-0.0578948;REVB=-0.0518565;RO=1;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111269;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000323241;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:42:29:0:1:42:29:0:1 chr4 8616179 . T C 1472.35 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3092;QD=63.3269;RBI=0.0429431;REFB=0;REVB=0.0106461;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167379;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:58:34:0:0:59:34:0:0 chr4 8620153 . C T 251.18 PASS AF=0.6;AO=22;DP=38;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.011248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.949;QD=25.1176;RBI=0.0124957;REFB=-0.0169701;REVB=0.00544299;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130074;STB=0.508396;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.022387;OID=.;OPOS=8620153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:16:22:24:0.6:10:12:9:7:11:13:9:7 chr4 8621172 . G A 229.0 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0056324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.785;QD=11.8962;RBI=0.00579954;REFB=-0.015071;REVB=0.00138228;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626296;STB=0.536057;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0177369;OID=.;OPOS=8621172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:13:15:29:20:13:15:29:20 chr4 8621194 . A G 941.38 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659675;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7805;QD=58.8364;RBI=0.0688729;REFB=0;REVB=0.0197931;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09058e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr4 8951816 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.995;QD=44.6898;RBI=0.0282107;REFB=0;REVB=0.0170566;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150897;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr4 9388888 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.722;QD=46.848;RBI=0.0536281;REFB=0;REVB=0.0181143;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214917;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr4 9390660 . A G 151.29 PASS AF=0.933333;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0640198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.206;QD=40.3428;RBI=0.0885094;REFB=-0.0137186;REVB=0.0611178;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00291646;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:11:14:0.933333:7:4:0:1:8:6:0:1 chr4 9557815 . TAGAAGG T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410044;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=351.549;QD=37.4885;RBI=0.0532451;REFB=0;REVB=0.053087;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0002854;OID=.;OPOS=9557816;OREF=AGAAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:5:3:0:0:4:0:5:3:0:0 chr4 9784631 . C T 1103.1 PASS AF=0.916667;AO=77;DP=84;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0262448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.575;QD=52.5287;RBI=0.0269914;REFB=-0.0831581;REVB=0.00630426;RO=3;SAF=47;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419923;STB=0.509136;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00156415;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:3:7:77:77:0.916667:30:47:2:1:30:47:5:2 chr4 9785134 . T C 720.59 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.048;QD=56.5167;RBI=0.0727565;REFB=0;REVB=0.0690084;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289618;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr4 9785265 . G T 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.985;QD=59.4347;RBI=0.0143256;REFB=0;REVB=0.0127843;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98049e-05;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:27:8:0:0 chr4 9909923 . G A 436.5 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.994;QD=54.563;RBI=0.0192711;REFB=-0.151988;REVB=0.0120149;RO=1;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183034;STB=0.509798;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00187893;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:25:6:0:1:25:6:0:1 chr4 9922130 . C T 941.33 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071807;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7033;QD=58.8334;RBI=0.0728728;REFB=0;REVB=0.0124177;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616856;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr4 9982330 . A G 501.51 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.084;QD=59.0015;RBI=0.0508552;REFB=0;REVB=-0.0506923;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034824;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr4 9987324 . G A 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.466;QD=63.2786;RBI=0.0483626;REFB=0;REVB=-0.0277918;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30336e-05;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr4 9998493 . A G 2321.08 PASS AF=0.981013;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0165529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.346;QD=58.7615;RBI=0.0293564;REFB=-0.0703268;REVB=0.0242446;RO=3;SAF=77;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613502;STB=0.503225;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000200688;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:158:3:3:155:155:0.981013:78:77:2:1:78:77:2:1 chr4 10080306 . GC G 72.85 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.110326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.5253;QD=8.32554;RBI=0.118011;REFB=-0.0244355;REVB=0.0418895;RO=20;SAF=1;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0.32026;SSEP=0;SSSB=-0.634622;STB=0.878954;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0468118;OID=.;OPOS=10080307;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:15:35:15:35:20:1:14:11:9:72:20:1:14:11:9 chr4 10090178 . T C 1326.66 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124529;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.57;QD=61.7051;RBI=0.0126845;REFB=0;REVB=-0.00241266;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0703e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:32:52:0:0:33:53:0:0 chr4 10099340 . T C 1818.84 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0161759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.887;QD=59.1491;RBI=0.0292505;REFB=-0.0422359;REVB=0.0243707;RO=2;SAF=59;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000259598;STB=0.500067;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000586151;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:120:121:0.98374:61:59:1:1:61:60:1:1 chr4 10442602 . C CTACTT,T 751.01 PASS AF=0.859649,0.122807;AO=47,7;DP=57;FAO=49,7;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30,7;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00119305,0.00987324;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=106.652,181.222;QD=52.7025;RBI=0.0576932,0.024477;REFB=0.0332355,-0.00994931;REVB=0.0576808,0.0223974;RO=1;SAF=28,7;SAR=19,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.024107,0.794046;STB=0.512815,0.997454;STBP=0.315,0.048;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00349115,0.00186095;OID=.,.;OPOS=10442603,10442602;OREF=-,C;OALT=TACTT,T;OMAPALT=CTACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:57:57:1:1:47,7:49,7:0.859649,0.122807:19,0:28,7:0:1:19,0:30,7:0:1 chr4 10446385 . C T 1189.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000908921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.409;QD=60.9984;RBI=0.0102852;REFB=0;REVB=0.010245;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21527e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:30:48:0:0 chr4 10447168 . C G 3403.4 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.213;QD=62.4477;RBI=0.0311657;REFB=0;REVB=0.0309733;RO=0;SAF=154;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23973e-05;OID=.;OPOS=10447168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:218:218:1:64:154:0:0:64:154:0:0 chr4 10502937 . T G 954.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4833;QD=58.7637;RBI=0.0429295;REFB=0;REVB=0.00319477;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240175;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:20:45:0:0:20:45:0:0 chr4 10669522 . A C 1939.84 PASS AF=0.992126;AO=94;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337278;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.88;QD=61.0974;RBI=0.0444735;REFB=-0.0674065;REVB=0.0289884;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=5.69737e-05;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:127:0:1:94:126:0.992126:56:38:0:0:73:53:0:1 chr4 11401012 . A G 246.75 PASS AF=0.408451;AO=23;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0849937;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.065;QD=13.9011;RBI=0.0851294;REFB=-0.0164193;REVB=0.00480566;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369721;STB=0.551587;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0220172;OID=.;OPOS=11401012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:26:42:23:29:0.408451:16:7:8:18:17:12:21:21 chr4 11401087 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0209805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.364;QD=19.1802;RBI=0.0233959;REFB=-0.015488;REVB=0.0103531;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370387;STB=0.726372;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0132234;OID=.;OPOS=11401087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:9:4:8:2:9:4:9:2 chr4 13545792 . G C,T 715.62 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=4,42;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141241,0.025617;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.23,116.047;QD=62.2282;RBI=0.0159767,0.0783443;REFB=0,0;REVB=-0.00746771,0.0740378;RO=0;SAF=2,24;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0371919,-0.00641665;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:0:0:4,42:3,43:0.0652174,0.934783:2,18:2,24:0:0:1,19:2,24:0:0 chr4 13548796 . T G 804.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8504;QD=64.3976;RBI=0.0295099;REFB=0;REVB=0.0273685;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81653e-05;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr4 13606576 . A T 1821.51 PASS AF=0.865772;AO=130;DP=147;FAO=129;FDP=149;FR=.;FRO=20;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0104476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6889;QD=48.8997;RBI=0.0369801;REFB=0.00529412;REVB=-0.0354736;RO=14;SAF=73;SAR=57;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286549;STB=0.504664;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0070033;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:147:149:14:20:130:129:0.865772:57:73:10:4:56:73:12:8 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 496.5 PASS AF=0.509804;AO=48;DP=103;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0164441;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=9;MLLD=254.486;QD=19.4705;RBI=0.0210367;REFB=-0.0403449;REVB=-0.01312;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187737;STB=0.61619;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0245394;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:48:103:52:102:50:19:33:30:20:99:50:19:29:30:20 chr4 15095629 . G A 182.62 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.0395847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.329;QD=6.89121;RBI=0.0407255;REFB=-0.00967049;REVB=-0.00957176;RO=79;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441283;STB=0.762823;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0169331;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:79:79:27:27:0.254717:8:19:26:53:8:19:26:53 chr4 15516389 . C T 721.53 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0196594;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0808;QD=18.8636;RBI=0.0223431;REFB=0.0110115;REVB=-0.0106172;RO=78;SAF=27;SAR=48;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225996;STB=0.624769;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0178846;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:78:78:75:75:0.490196:48:27:47:31:48:27:47:31 chr4 15518357 . A C 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0620318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.139;QD=12.9211;RBI=0.0620321;REFB=-0.00169094;REVB=-0.000164894;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187132;STB=0.60705;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00305316;OID=.;OPOS=15518357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:11:23:11:11:11:23 chr4 15689928 . G A 277.39 PASS AF=0.52;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0188712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.368;QD=22.1912;RBI=0.0934749;REFB=-0.0428823;REVB=-0.0915502;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172907;STB=0.583011;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0263503;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:22:24:24:26:0.52:14:10:5:17:14:12:7:17 chr4 15690233 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.396;QD=48.7373;RBI=0.0316343;REFB=0;REVB=0.0274453;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118969;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr4 15818391 . G A 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0141603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.967;QD=8.74391;RBI=0.0305045;REFB=-0.00552659;REVB=-0.0270187;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136043;STB=0.583194;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0162233;OID=.;OPOS=15818391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:14:16:5:7:14:16 chr4 15937731 . T C 1400.79 PASS AF=0.971698;AO=90;DP=96;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0759762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.2022;QD=52.86;RBI=0.09967;REFB=0.000525898;REVB=0.0645114;RO=5;SAF=36;SAR=54;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411188;STB=0.517238;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0091286;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:106:5:3:90:103:0.971698:54:36:4:1:61:42:3:0 chr4 15964485 . G A 461.58 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.426;QD=54.3033;RBI=0.0287702;REFB=-0.0858289;REVB=0.010745;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.511104;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000986584;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:21:11:0:1:22:11:0:1 chr4 15964573 . A G 752.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.443;QD=56.7637;RBI=0.0579162;REFB=0;REVB=-0.054108;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151196;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr4 16020080 . T G 576.38 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.000501822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.401;QD=19.8753;RBI=0.00665811;REFB=-0.022416;REVB=-0.00663917;RO=56;SAF=26;SAR=33;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369649;STB=0.525036;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0199227;OID=.;OPOS=16020080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:56:57:59:59:0.508621:33:26:27:29:33:26:28:29 chr4 16164193 . T TTA 1665.85 PASS AF=0.991071;AO=99;DP=125;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188361;FXX=0.0666611;HRUN=3;LEN=2;MLLD=321.332;QD=59.4945;RBI=0.0194161;REFB=-0.00719529;REVB=-0.00471036;RO=15;SAF=45;SAR=54;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692814;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=ins;VARB=-0.000213803;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991071:99:125:111:112:1:50:61:0:1:5:15:45:54:11:4 chr4 16198378 . A G 715.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.654;QD=62.2574;RBI=0.0513806;REFB=0;REVB=0.0301251;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121395;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:24:20:0:0:25:21:0:0 chr4 17488286 . T G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00772199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.502;QD=11.016;RBI=0.0108687;REFB=-0.0121273;REVB=0.00764855;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178774;STB=0.5;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0295247;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:6:8:15:12:6:8:16:12 chr4 17517099 . A G 434.46 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0564838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.541;QD=54.3075;RBI=0.062872;REFB=-0.149086;REVB=-0.0276128;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00279659;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:0:1:16:15:0:1 chr4 17524570 . C G 268.72 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.011142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.977;QD=22.3933;RBI=0.0113769;REFB=-0.0450081;REVB=-0.00230011;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982537;STB=0.563708;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0469089;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:12:13:14:8:12:13:15:8 chr4 17586703 . T C 161.36 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00607438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.117;QD=8.8414;RBI=0.0271773;REFB=-0.00380718;REVB=-0.0264898;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449866;STB=0.526634;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00710319;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:13:9:19:32:13:9:19:32 chr4 17627294 . A G 99.81 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00784622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.294;QD=7.98487;RBI=0.0164409;REFB=-0.00493482;REVB=0.0144479;RO=37;SAF=12;SAR=1;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472089;STB=0.807676;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0156829;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:1:12:25:12:1:12:25:12 chr4 17627332 . T C 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0113668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.444;QD=6.66171;RBI=0.0192572;REFB=-0.00180091;REVB=-0.0155447;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218533;STB=0.641661;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00764037;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:2:8:21:11:2:8:21:11 chr4 17634213 . A G 1422.8 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.8041;QD=61.861;RBI=0.123925;REFB=0;REVB=0.122161;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028514;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:92:0:0:83:92:1:33:50:0:0:42:50:0:0 chr4 17660082 . C T 371.41 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0455961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0089;QD=20.0763;RBI=0.0491672;REFB=-0.0105989;REVB=-0.0183957;RO=36;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169618;STB=0.594303;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.010753;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:13:25:17:19:13:25:17:19 chr4 17694943 . A G 706.3 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7246;QD=54.3307;RBI=0.0771228;REFB=-0.0743553;REVB=0.0332661;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00312541;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:48:51:0.980769:31:17:1:0:32:19:1:0 chr4 17711076 . T C 549.64 PASS AF=0.34;AO=65;DP=202;FAO=68;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=132;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.0682774;FXX=0.0099005;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.075;QD=10.9929;RBI=0.0690198;REFB=-0.0170397;REVB=-0.0100957;RO=106;SAF=30;SAR=35;SRF=36;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136446;STB=0.520704;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0322243;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:106:132:65:68:0.34:35:30:36:70:36:32:58:74 chr4 17818885 . T C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.437;QD=59.6773;RBI=0.0498902;REFB=0;REVB=0.0477351;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123955;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr4 20520993 . T C 770.06 PASS AF=0.953125;AO=55;DP=63;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00648621;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8621;QD=48.1287;RBI=0.0575812;REFB=-0.122642;REVB=0.0572147;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.516558;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00551334;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:63:64:1:3:55:61:0.953125:34:21:0:1:40:21:2:1 chr4 20530693 . G A 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0361863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.682;QD=20.268;RBI=0.0404088;REFB=-0.0163363;REVB=-0.0179839;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289559;STB=0.662107;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.024348;OID=.;OPOS=20530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:5:16:9:12:5:16 chr4 20544184 . C T 3120.94 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9497;QD=60.8965;RBI=0.00413365;REFB=0;REVB=0.000803215;RO=0;SAF=94;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38284e-05;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:203:205:1:109:94:0:0:109:96:0:0 chr4 20733708 . C CA 166.16 PASS AF=0.72;AO=25;DP=53;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0781289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.39332;QD=13.2925;RBI=0.165728;REFB=0.0320783;REVB=-0.146156;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071103;STB=0.562467;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=0.0285017;OID=.;OPOS=20733709;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:25:53:36:50:14:12:24:2:12:32:20:8:17:8:12 chr4 20751278 . A G 463.85 PASS AF=0.688525;AO=39;DP=58;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00532592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.039;QD=30.4161;RBI=0.0101483;REFB=-0.0234161;REVB=0.00863848;RO=19;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133471;STB=0.571839;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0093468;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:19:19:39:42:0.688525:21:18:13:6:23:19:13:6 chr4 20852166 . A G 271.97 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0126841;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.031;QD=12.2233;RBI=0.0148964;REFB=-0.00521878;REVB=0.00781136;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102774;STB=0.559096;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0100393;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:57:57:32:32:0.359551:17:15:32:25:17:15:32:25 chr4 20852244 . A G 250.23 PASS AF=0.384615;AO=26;DP=74;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0529254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.425;QD=12.8323;RBI=0.0538255;REFB=-0.0087336;REVB=0.00980265;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985068;STB=0.544012;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0129593;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:43:48:26:30:0.384615:12:14:27:16:14:16:29:19 chr4 21950259 . A G 3730.02 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.821;QD=62.1669;RBI=0.00933426;REFB=-0.0506092;REVB=0.00435236;RO=0;SAF=94;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194374;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:230:240:0:0:229:240:1:135:94:0:0:139:101:0:0 chr4 22416195 . C G 870.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621921;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7191;QD=58.0658;RBI=0.135656;REFB=0;REVB=0.12056;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077573;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr4 22439914 . A C 1974.5 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141154;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.924;QD=62.189;RBI=0.037873;REFB=0;REVB=0.0351442;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230078;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:68:59:0:0:68:59:0:0 chr4 22444692 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.987;QD=35.5759;RBI=0.0368147;REFB=0;REVB=0.0187278;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195437;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 22457478 . C T 1855.93 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00492388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7162;QD=58.9185;RBI=0.0146043;REFB=0.0236589;REVB=-0.0137492;RO=1;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714433;STB=0.507352;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000249204;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:123:124:0.984127:66:57:0:1:67:57:0:2 chr4 22820504 . A T 1806.48 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0459374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.703;QD=60.2158;RBI=0.0460776;REFB=-0.0686488;REVB=-0.00359233;RO=1;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747975;STB=0.503936;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000193749;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:118:119:0.991667:63:55:0:1:63:56:0:1 chr4 23795064 . C T 94.21 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0924993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.397;QD=10.4682;RBI=0.0931771;REFB=-2.27777e-05;REVB=0.0112184;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304537;STB=0.687142;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00158197;OID=.;OPOS=23795064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:9:15:10:2:9:15 chr4 23814707 . G A 373.94 PASS AF=0.254545;AO=56;DP=220;FAO=56;FDP=220;FR=.;FRO=164;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=-0.0339807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.863;QD=6.79896;RBI=0.0341985;REFB=-0.014737;REVB=0.00385295;RO=161;SAF=30;SAR=26;SRF=73;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102286;STB=0.558232;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0426644;OID=.;OPOS=23814707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:161:164:56:56:0.254545:26:30:73:88:26:30:75:89 chr4 23815522 . C T 498.89 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0173182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.613;QD=16.9117;RBI=0.0191934;REFB=-0.0185484;REVB=0.00827452;RO=61;SAF=20;SAR=33;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974784;STB=0.544643;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0190394;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:64:53:54:0.457627:33:20:29:32:33:21:30:34 chr4 23815662 . C T 527.31 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00620199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.585;QD=27.3926;RBI=0.0246612;REFB=-0.0243378;REVB=-0.0238686;RO=29;SAF=19;SAR=29;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627472;STB=0.534123;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0137156;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:29:19:9:20:29:19:9:20 chr4 23815924 . T C 2210.42 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.432;QD=61.8299;RBI=0.0229927;REFB=0.0973073;REVB=0.0118943;RO=1;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629761;STB=0.503267;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.93097e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:143:1:1:140:142:0.993007:75:65:0:1:76:66:0:1 chr4 24534687 . T C 369.28 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00259679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.51;QD=16.9782;RBI=0.00268348;REFB=-0.00577719;REVB=0.000676595;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511396;STB=0.53002;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0176218;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:37:39:0.448276:19:18:20:26:19:20:22:26 chr4 24801315 . G A 75.89 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0131014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.949;QD=12.6483;RBI=0.0261275;REFB=-0.0328844;REVB=0.0226053;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306446;STB=0.663456;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0348511;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:24:13:14:10:10:0.416667:7:3:8:5:7:3:8:6 chr4 24801949 . C T 448.95 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0571385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5849;QD=48.5351;RBI=0.0832171;REFB=-0.19911;REVB=0.0605003;RO=3;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438735;STB=0.511938;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0194948;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:37:37:3:4:33:33:0.891892:13:20:1:2:13:20:2:2 chr4 24801976 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.671;QD=58.6006;RBI=0.0372388;REFB=0;REVB=0.0371101;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19249e-05;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr4 24802323 . G C 708.25 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0220518;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.603;QD=59.0207;RBI=0.0331569;REFB=-0.0554514;REVB=0.0247608;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.518511;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000360311;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:1:2:46:46:0.958333:26:20:0:1:26:20:0:2 chr4 25001439 . T C 2344.29 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=154;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0050877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0078;QD=60.1099;RBI=0.00652729;REFB=-0.0456177;REVB=-0.0040891;RO=1;SAF=90;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749085;STB=0.503816;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00185327;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:156:1:1:153:155:0.99359:63:90:0:1:65:90:0:1 chr4 25005193 . G A 1597.67 PASS AF=1;AO=104;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103603;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.845;QD=60.2893;RBI=0.0231136;REFB=0;REVB=-0.0230904;RO=0;SAF=72;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85356e-06;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:104:106:1:32:72:0:0:33:73:0:0 chr4 25005492 . T G 357.97 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0101925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.419;QD=17.046;RBI=0.0136743;REFB=0.000517152;REVB=0.00911585;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296091;STB=0.523797;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000615087;OID=.;OPOS=25005492;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:37:38:0.452381:18:19:25:21:19:19:25:21 chr4 25253995 . C T 216.78 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00146494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.695;QD=9.12745;RBI=0.0465861;REFB=-0.0076984;REVB=-0.0465631;RO=66;SAF=12;SAR=16;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208622;STB=0.617129;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0173635;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:66:67:28:28:0.294737:16:12:40:26:16:12:40:27 chr4 25363901 . T A 481.54 PASS AF=0.371622;AO=54;DP=148;FAO=55;FDP=148;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0201209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5922;QD=13.0146;RBI=0.0434467;REFB=0.00108442;REVB=0.0385067;RO=91;SAF=20;SAR=34;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797925;STB=0.557819;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00124049;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:93:54:55:0.371622:34:20:40:51:35:20:42:51 chr4 25419283 . T C 513.27 PASS AF=0.407143;AO=56;DP=144;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.00414525;FXX=0.0277759;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.413;QD=14.6648;RBI=0.0117434;REFB=-0.00832384;REVB=0.0109875;RO=81;SAF=30;SAR=26;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868781;STB=0.545439;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0102547;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:140:81:83:56:57:0.407143:26:30:50:31:27:30:50:33 chr4 25419908 . G T 411.69 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0116098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.978;QD=13.498;RBI=0.0168472;REFB=-0.0282569;REVB=-0.0122082;RO=74;SAF=24;SAR=24;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144759;STB=0.508193;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0408733;OID=.;OPOS=25419908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:48:48:0.393443:24:24:36:38:24:24:36:38 chr4 25678199 . A C,G 730.19 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,44;DP=46;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199904,0.00856071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.6407,101.496;QD=62.144;RBI=0.0334983,0.0183907;REFB=0,0;REVB=0.0268796,0.0162768;RO=0;SAF=2,28;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0893437,-0.000269069;OID=.,.;OPOS=25678199,25678199;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:47:0:0:2,44:2,45:0.0425532,0.957447:0,16:2,28:0:0:0,16:2,29:0:0 chr4 25749303 . C A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0088995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.521;QD=17.9408;RBI=0.0197968;REFB=-0.00228533;REVB=-0.0176837;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284287;STB=0.659537;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00220647;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:4:18:10:9:4:18 chr4 25915648 . G A 445.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.199;QD=57.5419;RBI=0.0522713;REFB=0;REVB=0.0297151;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259699;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:14:15:0:0:15:16:0:0 chr4 26274274 . T A 221.17 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00323613;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9136;QD=9.94032;RBI=0.0329817;REFB=0.00348485;REVB=-0.0328226;RO=61;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191804;STB=0.61241;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00733489;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:11:17:27:34:11:17:27:34 chr4 26417136 . T C 932.88 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451204;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2734;QD=56.5379;RBI=0.0491566;REFB=-0.0783029;REVB=0.019507;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557937;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:66:0:0:63:66:1:39:24:0:0:39:27:0:0 chr4 26673761 . T A 2037.09 PASS AF=0.772093;AO=131;DP=213;FAO=166;FDP=215;FR=.;FRO=49;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00516691;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=35.9603;QD=37.8993;RBI=0.00521226;REFB=-0.0260752;REVB=-0.000686128;RO=14;SAF=60;SAR=71;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729884;STB=0.525958;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0133311;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:14:49:131:166:0.772093:71:60:12:2:90:76:28:21 chr4 26673787 . A G 3998.51 PASS AF=0.963504;AO=264;DP=276;FAO=264;FDP=274;FR=.;FRO=10;FSAF=108;FSAR=156;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0558083;FXX=0.00724611;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.63;QD=58.3724;RBI=0.0568477;REFB=-0.121059;REVB=0.0108214;RO=3;SAF=108;SAR=156;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569954;STB=0.518403;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000422823;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:276:274:3:10:264:264:0.963504:156:108:2:1:156:108:9:1 chr4 27004011 . G A 979.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3468;QD=57.5968;RBI=0.0349927;REFB=-0.0640403;REVB=-0.00944113;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193997;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:0:67:68:1:32:35:0:1:33:35:0:0 chr4 28712912 . C G 885.15 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6134;QD=58.0428;RBI=0.03875;REFB=0;REVB=-0.0270523;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538001;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr4 28712968 . A G 1305.8 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0589;QD=60.7348;RBI=0.0183425;REFB=0.0405763;REVB=-0.0169524;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000335575;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:37:48:0:1:37:48:0:1 chr4 30724579 . GCCCCA GCCCA,GCCCAC,GTCTCA 1193.51 PASS AF=0.887755,0,0.112245;AO=73,6,11;DP=102;FAO=87,0,11;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=85,0,0;FSAR=2,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100806,-0.114464,-0.0682214;FXX=0.048539;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=17.4647,68.4937,94.0192;QD=48.7148;RBI=0.384864,0.130136,0.124551;REFB=0,0,0;REVB=0.371427,0.0619158,0.104206;RO=6;SAF=71,6,0;SAR=2,0,11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0383201,0,-0.848351;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00558652,0,0.0324582;OID=.,.,.;OPOS=30724580,30724583,30724580;OREF=C,CA,CCC;OALT=-,AC,TCT;OMAPALT=GCCCA,GCCCAC,GTCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.887755,0,0.112245:73,6,11:102:87,0,11:98:0:85,0,0:2,0,11:0:0:48:6:71,6,0:2,0,11:6:0 chr4 31146018 . A G 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029882;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.213;QD=62.3659;RBI=0.0461914;REFB=0;REVB=0.0460947;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246702;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr4 31147272 . A C 1638.92 PASS AF=0.94958;AO=113;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00466713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.754;QD=55.0897;RBI=0.022408;REFB=-0.00598682;REVB=0.0219166;RO=6;SAF=61;SAR=52;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444419;STB=0.523433;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000137727;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:119:6:6:113:113:0.94958:52:61:6:0:52:61:6:0 chr4 34967868 . G T 341.81 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0151892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6335;QD=21.0344;RBI=0.0524483;REFB=-0.0110909;REVB=-0.0502008;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152396;STB=0.589879;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00677467;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:30:35:35:0.538462:19:16:8:21:19:16:8:22 chr4 36069805 . G A 1078.63 PASS AF=0.664234;AO=91;DP=138;FAO=91;FDP=137;FR=.;FRO=46;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0281033;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.334;QD=31.4929;RBI=0.0289897;REFB=-0.0283767;REVB=-0.00711361;RO=46;SAF=44;SAR=47;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102813;STB=0.505537;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0149079;OID=.;OPOS=36069805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:46:46:91:91:0.664234:47:44:23:23:47:44:23:23 chr4 36081878 . C T 1620.89 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589699;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.979;QD=60.0329;RBI=0.0589769;REFB=0;REVB=0.000902685;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59304e-05;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:51:55:0:0:52:56:0:0 chr4 36258197 . T C 4015.16 PASS AF=0.98155;AO=262;DP=270;FAO=266;FDP=271;FR=.;FRO=5;FSAF=148;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0223819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4328;QD=59.2643;RBI=0.0453085;REFB=-0.0204037;REVB=0.0393943;RO=5;SAF=147;SAR=115;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202719;STB=0.50665;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000507105;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:270:271:5:5:262:266:0.98155:115:147:0:5:118:148:1:4 chr4 36292018 . T A 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6658;QD=57.1026;RBI=0.0036692;REFB=0;REVB=0.00161161;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3857e-05;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr4 36310049 . C T 931.65 PASS AF=0.555556;AO=90;DP=162;FAO=90;FDP=162;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.000114642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.499;QD=23.0038;RBI=0.00185569;REFB=0.0114209;REVB=0.00185215;RO=70;SAF=36;SAR=54;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058924;STB=0.539232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00824963;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:70:72:90:90:0.555556:54:36:33:37:54:36:35:37 chr4 36317965 . T C 961.66 PASS AF=0.572327;AO=90;DP=160;FAO=91;FDP=159;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0200808;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.827;QD=24.1927;RBI=0.0201203;REFB=-0.016955;REVB=-0.00126061;RO=67;SAF=41;SAR=49;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174032;STB=0.50389;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0132203;OID=.;OPOS=36317965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:67:68:90:91:0.572327:49:41:32:35:49:42:32:36 chr4 37327583 . A C 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.926;QD=61.3245;RBI=0.062733;REFB=0;REVB=0.0612145;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158711;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr4 37593173 . G A 309.38 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0111977;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.488;QD=15.4688;RBI=0.0156815;REFB=-0.00570739;REVB=-0.0109782;RO=46;SAF=11;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22193;STB=0.611963;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00900587;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:33:34:0.425:22:11:25:21:22:12:25:21 chr4 37612486 . T A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.428;QD=58.5984;RBI=0.0311703;REFB=0;REVB=0.0298097;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53499e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr4 37612526 . G A 212.67 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0689517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1903;QD=11.1933;RBI=0.0732218;REFB=0.00368211;REVB=-0.0246394;RO=49;SAF=15;SAR=11;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138962;STB=0.59208;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00883341;OID=.;OPOS=37612526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:26:27:0.355263:11:15:34:15:12:15:34:15 chr4 37836302 . T C 955.38 PASS AF=0.550296;AO=92;DP=167;FAO=93;FDP=169;FR=.;FRO=76;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00939543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.4921;QD=22.6126;RBI=0.0108196;REFB=-0.000307156;REVB=0.00536566;RO=75;SAF=53;SAR=39;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134056;STB=0.566975;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000814237;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:75:76:92:93:0.550296:39:53:31:44:40:53:32:44 chr4 37851856 . A C 635.0 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00209897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.308;QD=27.6086;RBI=0.00606062;REFB=-0.00662692;REVB=-0.00568555;RO=36;SAF=23;SAR=33;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441385;STB=0.502403;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00450962;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:36:56:56:0.608696:33:23:15:21:33:23:15:21 chr4 37903756 . T C 345.1 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0103339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2661;QD=20.9149;RBI=0.0427019;REFB=-0.0326289;REVB=-0.0414326;RO=24;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294908;STB=0.553541;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0280178;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:30:28:36:0.545455:8:20:9:15:15:21:14:16 chr4 37962186 . G C 679.59 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00789753;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1484;QD=60.408;RBI=0.0213081;REFB=-0.00397379;REVB=0.0197906;RO=1;SAF=36;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551391;STB=0.529398;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000274656;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:8:36:0:1:8:36:0:1 chr4 38016395 . T G 613.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.383;QD=61.3795;RBI=0.0438632;REFB=0;REVB=0.0292422;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64818e-05;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr4 38023302 . C G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0248007;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.913;QD=12.8732;RBI=0.024978;REFB=-0.0172956;REVB=-0.00297015;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.555497;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0272364;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:10:9:16:14:10:9:18:14 chr4 38139024 . C T 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0165936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.699;QD=12.4667;RBI=0.0470506;REFB=-0.0173799;REVB=0.0440274;RO=33;SAF=16;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673785;STB=0.539285;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0304892;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:4:16:25:8:4:16:25:8 chr4 38258908 . G T 862.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9653;QD=57.488;RBI=0.0517093;REFB=0;REVB=0.0303711;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111677;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:20:38:0:0:20:40:0:0 chr4 38259004 . C CG,G 482.13 PASS AF=1,0;AO=6,4;DP=44;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359094,-0.00395155;FXX=0.0540395;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=97.3228,94.1618;QD=55.1;RBI=0.0179418,0.0409827;REFB=0,0;REVB=-0.0175788,-0.0407917;RO=31;SAF=5,0;SAR=1,4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404516,-0.607875;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00156869,0;OID=.,.;OPOS=38259005,38259004;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:35:31:0:6,4:35,0:1,0:1,4:5,0:16:15:17,0:18,0:0:0 chr4 38259005 . T G 401.15 PASS AF=0.767442;AO=31;DP=41;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0104703;FXX=0.0227221;HRUN=8;LEN=1;MLLD=78.8461;QD=37.3164;RBI=0.0142119;REFB=0.0418655;REVB=0.00960994;RO=10;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725268;STB=0.503524;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.000369725;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:41:43:10:10:31:33:0.767442:15:16:5:5:17:16:5:5 chr4 38259310 . T C 410.92 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5069;QD=54.7889;RBI=0.10285;REFB=0;REVB=0.0570981;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565789;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:9:20:0:1:10:20:0:0 chr4 38628725 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4178;QD=60.6047;RBI=0.0508335;REFB=0;REVB=0.0310194;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973042;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr4 38690459 . TAAAAAAA TAAAAAAC,TAAAAAA,TCAAAAAA 53.64 PASS AF=0.0447761,0.208955,0.0447761;AO=3,19,3;DP=70;FAO=3,14,3;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=3,9,3;FSAR=0,5,0;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0554385,-0.232647,-0.048196;FXX=0.042851;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=113.333,8.1578,112.2;QD=3.20224;RBI=0.0569482,0.266104,0.0482755;REFB=-0.0116272,-0.117912,-0.0210721;REVB=0.0130259,0.129178,-0.00277014;RO=31;SAF=3,13,3;SAR=0,6,0;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.627383,0.376815,0.627383;STB=0.996553,0.619779,0.996553;STBP=0.075,0.367,0.075;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.129517,0.0517799,0.182269;OID=.,.,.;OPOS=38690466,38690460,38690460;OREF=A,A,A;OALT=C,-,C;OMAPALT=TAAAAAAC,TAAAAAA,TCAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0447761,0.208955,0.0447761:3,19,3:70:3,14,3:67:47:3,9,3:0,5,0:23:24:31:31:3,13,3:0,6,0:10:21 chr4 38702437 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=59.5014;RBI=0.0144592;REFB=0;REVB=0.00962662;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03626e-06;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr4 38776070 . C T 158.76 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0169945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2659;QD=10.0799;RBI=0.0651698;REFB=0.0088343;REVB=-0.062915;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109531;STB=0.5479;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.028488;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:20:21:0.333333:10:10:17:25:11:10:17:25 chr4 38798648 . C A 667.71 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.806;QD=59.3516;RBI=0.0241402;REFB=0.126561;REVB=-0.0188028;RO=1;SAF=39;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118935;STB=0.50617;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00142471;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:4:39:1:0:4:40:1:0 chr4 38798935 . C T 141.15 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0846851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4893;QD=21.7153;RBI=0.0852998;REFB=-0.0228318;REVB=0.0102215;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0151409;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:7:4:5:10:7:4 chr4 38799710 . T C 159.97 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0332164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6274;QD=18.8197;RBI=0.0333894;REFB=-0.0133003;REVB=-0.00339408;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.597581;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0111016;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:9:8:5:12:9:8 chr4 38829320 . C A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.013655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.607;QD=10.1679;RBI=0.0645475;REFB=0.00337761;REVB=-0.0630866;RO=38;SAF=14;SAR=5;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171086;STB=0.598867;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00907379;OID=.;OPOS=38829320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:5:14:32:6:5:14:32:6 chr4 38830350 . A G 769.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9671;QD=56.9936;RBI=0.107667;REFB=0;REVB=0.00251811;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128623;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr4 38907187 . C T 1033.59 PASS AF=0.654412;AO=87;DP=135;FAO=89;FDP=136;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00498086;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.447;QD=30.3996;RBI=0.0419048;REFB=-0.0152302;REVB=-0.0416077;RO=46;SAF=40;SAR=47;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101334;STB=0.557109;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0065552;OID=.;OPOS=38907187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:46:47:87:89:0.654412:47:40:14:32:48:41:14:33 chr4 38933869 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00105136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.407;QD=19.4074;RBI=0.0660554;REFB=0.000699873;REVB=-0.066047;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368864;STB=0.513504;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00183336;OID=.;OPOS=38933869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:11:19:16:11:11:19:17:11 chr4 38937372 . T C 565.2 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00804401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9692;QD=53.8287;RBI=0.0583857;REFB=-0.152892;REVB=0.0578289;RO=3;SAF=24;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725066;STB=0.503874;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.010552;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:15:24:2:1:15:24:2:1 chr4 38995374 . T C 1641.21 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.48;QD=60.2278;RBI=0.0429597;REFB=0;REVB=0.0285074;RO=0;SAF=70;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78889e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:37:70:0:0:38:71:0:0 chr4 39000305 . A G 131.0 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0183771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.766;QD=8.45129;RBI=0.0187463;REFB=-0.0076763;REVB=-0.0037021;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15126;STB=0.621727;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0242953;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:18:19:0.306452:9:9:16:27:9:10:15:28 chr4 39064162 . A C 577.98 PASS AF=0.513274;AO=56;DP=117;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=-0.00328885;FXX=0.0737644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0797;QD=20.4594;RBI=0.0353568;REFB=-0.000237493;REVB=0.0352035;RO=48;SAF=37;SAR=19;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107539;STB=0.571204;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00312241;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:113:48:55:56:58:0.513274:19:37:37:11:20:38:43:12 chr4 39094738 . G A 313.46 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0151716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.545;QD=17.1757;RBI=0.0341983;REFB=-0.0196882;REVB=-0.0306487;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332571;STB=0.518628;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0190725;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:17:22:18:16:17:22 chr4 39207318 . A G 248.16 PASS AF=0.329787;AO=30;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0347635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9619;QD=10.5598;RBI=0.039255;REFB=-0.00871243;REVB=-0.0182334;RO=62;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246053;STB=0.645068;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0280707;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:63:30:31:0.329787:11:19:26:36:11:20:27:36 chr4 39216221 . C T 600.99 PASS AF=0.392045;AO=69;DP=178;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.0295105;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.655;QD=13.6589;RBI=0.0636151;REFB=-0.00934804;REVB=-0.0563561;RO=106;SAF=37;SAR=32;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01873;STB=0.507853;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0137544;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:106:107:69:69:0.392045:32:37:55:51:32:37:56:51 chr4 39299266 . A G 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.827;QD=58.5723;RBI=0.060328;REFB=0;REVB=0.0503132;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120037;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr4 39303925 . A G 602.15 PASS AF=0.545455;AO=58;DP=108;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0297605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.508;QD=21.8962;RBI=0.0298784;REFB=-0.023665;REVB=0.00265238;RO=50;SAF=34;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398124;STB=0.52808;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.021966;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:50:50:58:60:0.545455:24:34:27:23:24:36:27:23 chr4 39448542 . C G 97.86 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00568631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.523;QD=13.4986;RBI=0.0447229;REFB=-0.0215031;REVB=-0.0443599;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207284;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0531911;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:12:5:6:6:12:5 chr4 39450229 . C A 318.48 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0142649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.321;QD=32.6649;RBI=0.0269584;REFB=-0.0616019;REVB=0.0228751;RO=11;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959111;STB=0.542824;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0284568;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:11:12:27:27:0.692308:19:8:5:6:19:8:5:7 chr4 39458051 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0149861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.841;QD=19.0577;RBI=0.037801;REFB=-0.0213342;REVB=0.0347035;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266896;STB=0.515136;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0126886;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:11:9:8:11:11:9 chr4 39459724 . T C 561.29 PASS AF=0.593023;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.023765;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.655;QD=26.1064;RBI=0.0243181;REFB=-0.00489493;REVB=0.0051572;RO=30;SAF=23;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185185;STB=0.514228;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00524661;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:30:35:50:51:0.593023:27:23:13:17:28:23:17:18 chr4 39460490 . C G 538.1 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00173418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.275;QD=26.9052;RBI=0.00864175;REFB=-0.0233817;REVB=0.00846596;RO=30;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062726;STB=0.527327;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0105126;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:31:49:49:0.6125:24:25:18:12:24:25:18:13 chr4 39472842 . T A 182.95 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.004649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.312;QD=25.2344;RBI=0.0562914;REFB=0.00444146;REVB=0.0560991;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694283;STB=0.503872;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00195915;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:6:5:8:10:6:5 chr4 39501086 . G A 272.89 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0375444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8936;QD=24.8078;RBI=0.0385264;REFB=-0.0313377;REVB=0.00864297;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581605;STB=0.542616;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0285961;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:19:25:25:0.568182:12:13:7:9:12:13:8:11 chr4 39510264 . A G 837.13 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734293;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.783;QD=57.7332;RBI=0.073742;REFB=0;REVB=0.00678441;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr4 39515736 . A G 669.34 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9663;QD=62.2643;RBI=0.0705391;REFB=0;REVB=0.0669638;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726774;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr4 39515806 . TAAAAAGA T 65.2 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00789895;FXX=0.0731529;HRUN=5;LEN=7;MLLD=216.466;QD=6.86322;RBI=0.0224686;REFB=-0.010035;REVB=0.0210343;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494734;STB=0.783797;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0195408;OID=.;OPOS=39515807;OREF=AAAAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:11:40:12:38:26:2:10:14:12:65:19:2:9:12:7 chr4 39921942 . A G 374.48 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.197;QD=55.4778;RBI=0.0264155;REFB=0;REVB=0.0122783;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192787;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr4 40045602 . G A 60.56 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0441416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.052;QD=5.768;RBI=0.0446582;REFB=0.00433076;REVB=0.0067733;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735039;STB=0.527213;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0135896;OID=.;OPOS=40045602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:42:32:33:9:9:0.214286:6:3:9:23:6:3:10:23 chr4 40121562 . G A 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.744;QD=58.058;RBI=0.0623829;REFB=0;REVB=-0.0566196;RO=0;SAF=47;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31871e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:14:47:0:0:14:47:0:0 chr4 40337566 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0101828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.581;QD=21.4067;RBI=0.0106184;REFB=-0.0217187;REVB=0.00301012;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140741;STB=0.50779;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0179389;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:13:19:15:11:13:19:15:11 chr4 40337908 . T C 495.99 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00186494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.893;QD=19.6433;RBI=0.00776121;REFB=-0.0128799;REVB=-0.00753382;RO=50;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739645;STB=0.544711;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0097576;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:50:51:0.50495:30:20:24:26:31:20:24:26 chr4 40356422 . A G 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0329897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.976;QD=55.4631;RBI=0.0336077;REFB=-0.0289886;REVB=-0.00641511;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246896;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00418478;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:18:20:1:1:18:20:1:1 chr4 40438576 . A G 1741.89 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022346;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5406;QD=60.5876;RBI=0.0225524;REFB=0;REVB=0.00304361;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308962;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:115:0:0:110:115:1:55:55:0:0:55:60:0:0 chr4 40440215 . T C 1120.7 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.959;QD=58.9842;RBI=0.0198928;REFB=-0.1344;REVB=0.0114608;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114011;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0004928;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:1:0:34:41:1:0 chr4 40778146 . C T 690.95 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.011258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.998;QD=22.654;RBI=0.0124824;REFB=-0.0230474;REVB=0.00539139;RO=55;SAF=28;SAR=39;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045984;STB=0.525179;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0206107;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:55:67:67:0.54918:39:28:26:29:39:28:26:29 chr4 40778162 . T G 594.73 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0243752;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.177;QD=20.6863;RBI=0.0249376;REFB=-0.0228465;REVB=-0.00526631;RO=54;SAF=27;SAR=33;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273016;STB=0.519678;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0232541;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:54:55:60:60:0.521739:33:27:26:28:33:27:27:28 chr4 40810434 . G A,GA 88.84 PASS AF=0.0350877,0.438596;AO=8,15;DP=63;FAO=2,25;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=2,17;FSAR=0,8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0150553,-0.020855;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=231.85,7.30428;QD=6.23452;RBI=0.0199851,0.184076;REFB=-0.00497491,-0.135163;REVB=0.0131432,0.182891;RO=38;SAF=7,11;SAR=1,4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451113,0.233903;STB=0.99412,0.567512;STBP=0.183,0.404;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00134013,0.151868;OID=.,.;OPOS=40810434,40810435;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:63:57:38:30:8,15:2,25:0.0350877,0.438596:1,4:7,11:21:17:0,8:2,17:17:13 chr4 40810747 . A G 754.46 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00761456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.705;QD=61.5883;RBI=0.0104134;REFB=-0.0890539;REVB=0.00710336;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000788032;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:1:1:46:48:0.979592:19:27:1:0:19:29:1:0 chr4 41015823 . G T 314.74 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.00803904;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.819;QD=14.3064;RBI=0.0132575;REFB=-0.0116621;REVB=-0.0105421;RO=53;SAF=7;SAR=28;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709061;STB=0.540516;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0154696;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:28:7:13:40:28:7:13:40 chr4 41015899 . C T 1228.66 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00463732;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.018;QD=59.9347;RBI=0.00965609;REFB=-0.0912416;REVB=0.00846968;RO=1;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086862;STB=0.504424;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000533282;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:82:1:1:78:81:0.987805:54:24:0:1:56:25:0:1 chr4 41016484 . T C 144.5 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0135544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.055;QD=19.9307;RBI=0.023831;REFB=-0.0267865;REVB=0.0196008;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303948;STB=0.673226;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0116658;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:10:13:13:15:0.517241:4:9:3:7:4:11:5:8 chr4 41258970 . A G 582.04 PASS AF=0.563107;AO=57;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0315086;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.925;QD=22.6034;RBI=0.0324586;REFB=-0.0155846;REVB=0.00779563;RO=41;SAF=36;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570878;STB=0.548131;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0188431;OID=.;OPOS=41258970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:45:57:58:0.563107:21:36:23:18:21:37:24:21 chr4 41258978 . C T 626.89 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00835422;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.82;QD=21.8047;RBI=0.0127203;REFB=-0.00159969;REVB=-0.00959229;RO=51;SAF=41;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115987;STB=0.565496;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00118322;OID=.;OPOS=41258978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:51:53:62:62:0.53913:21:41:27:24:21:41:28:25 chr4 41259633 . C A 74.0 PASS AF=0.229167;AO=10;DP=47;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0318143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6591;QD=6.16671;RBI=0.0705487;REFB=-0.00418168;REVB=0.062968;RO=37;SAF=9;SAR=1;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453966;STB=0.67129;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0236592;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:47:48:37:37:10:11:0.229167:1:9:23:14:2:9:24:13 chr4 41526503 . C T 437.33 PASS AF=0.372263;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=0.00188102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.108;QD=12.7687;RBI=0.0208109;REFB=-0.00553375;REVB=-0.0207257;RO=86;SAF=33;SAR=18;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311034;STB=0.676428;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00982694;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:86:86:51:51:0.372263:18:33:31:55:18:33:31:55 chr4 41673554 . C CT,T 53.86 PASS AF=0.166667,0;AO=26,13;DP=143;FAO=24,0;FDP=144;FR=.;FRO=120;FSAF=7,0;FSAR=17,0;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=-0.0464256,0.000712804;FXX=0.0136977;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.37895,201.787;QD=1.49605;RBI=0.113927,0.00578624;REFB=-0.0721793,0.00147459;REVB=-0.104039,-0.00574216;RO=94;SAF=9,2;SAR=17,11;SRF=48;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210341,-0.451168;STB=0.678632,0.5;STBP=0.055,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0869629,0.0764634;OID=.,.;OPOS=41673555,41673554;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:143:144:94:120:26,13:24,0:0.166667,0:17,11:9,2:48:46:17,0:7,0:60:60 chr4 41746857 . AGGGGGA AGGGG,AGGGGA 45.51 PASS AF=0.12,0.2;AO=9,14;DP=53;FAO=6,10;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=2,2;FSAR=4,8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.199662,-0.0766318;FXX=0.019604;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=15.4818,9.98251;QD=3.64072;RBI=0.228362,0.0828984;REFB=-0.0420127,-0.124442;REVB=0.110834,-0.0316184;RO=23;SAF=5,2;SAR=4,12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0.37037,0.37037;SSEP=0,0;SSSB=0.18761,-0.36007;STB=0.5453,0.673771;STBP=0.851,0.262;TYPE=del,del;VARB=0.0257368,0.141112;OID=.,.;OPOS=41746862,41746858;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.2:9,14:53:6,10:50:34:2,2:4,8:13:21:17:23:5,2:4,12:9:14 chr4 41984118 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.711;QD=64.4139;RBI=0.0287112;REFB=0;REVB=-0.00680471;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20127e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:39:11:0:0:39:11:0:0 chr4 41985101 . A G 3915.99 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.87;QD=63.9346;RBI=0.0585534;REFB=0;REVB=0.0283789;RO=0;SAF=108;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99938e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:245:0:0:244:245:1:136:108:0:0:136:109:0:0 chr4 41985478 . A G 754.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.883;QD=56.9599;RBI=0.0503417;REFB=0;REVB=0.0448903;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129004;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr4 41985689 . C T 1061.11 PASS AF=1;AO=55;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8547;QD=58.9504;RBI=0.227413;REFB=0;REVB=-0.0799539;RO=0;SAF=10;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240827;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:55:72:1:45:10:0:0:46:26:0:0 chr4 41986857 . A G 1654.17 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7856;QD=59.6096;RBI=0.0496403;REFB=0;REVB=0.0441466;RO=1;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303271;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:1:0:109:111:1:64:45:0:1:65:46:0:0 chr4 41987892 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.323;QD=60.3767;RBI=0.0238825;REFB=0;REVB=0.0230923;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55857e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 531.98 PASS AF=0,1;AO=4,29;DP=36;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217172,0.0144512;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=162.481,166.498;QD=59.1083;RBI=0.0162077,0.0145931;REFB=0,0;REVB=-0.0160616,0.00203033;RO=0;SAF=2,11;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,6.1648e-05;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,29:36:0,36:36:0:0,14:0,22:0:0:4:0:2,11:2,18:0:0 chr4 41992677 . C G 4070.99 PASS AF=0.98524;AO=265;DP=271;FAO=267;FDP=271;FR=.;FRO=4;FSAF=134;FSAR=133;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0363599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5124;QD=60.0884;RBI=0.0650143;REFB=-0.197768;REVB=0.0538963;RO=2;SAF=133;SAR=132;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.6916e-05;STB=0.503717;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00219973;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:271:271:2:4:265:267:0.98524:132:133:1:1:133:134:1:3 chr4 42003671 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.354;QD=56.9553;RBI=0.0200013;REFB=0;REVB=0.0094215;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31901e-06;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr4 42020142 . A G 1803.65 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2802;QD=61.1406;RBI=0.0167528;REFB=0;REVB=0.0167;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0413e-05;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chr4 42022464 . C A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.307;QD=56.9374;RBI=0.0417843;REFB=0;REVB=0.00138542;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143314;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr4 42400112 . G T 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.000763655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9288;QD=11.8414;RBI=0.0206031;REFB=-0.0312778;REVB=0.0205889;RO=37;SAF=18;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273398;STB=0.664273;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0420986;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:39:23:23:0.370968:5:18:21:16:5:18:22:17 chr4 42414273 . A G 105.22 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00165012;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.312;QD=6.09991;RBI=0.0486588;REFB=0.00539185;REVB=0.0486308;RO=49;SAF=9;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624733;STB=0.517538;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0110174;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:49:53:16:16:0.231884:7:9:30:19:7:9:31:22 chr4 44626641 . A G 723.87 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0251737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.352;QD=54.6319;RBI=0.0383675;REFB=-0.0612189;REVB=0.0289543;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.51428;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00466854;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:17:35:0:1:17:35:0:1 chr4 44652030 . C T 2548.4 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110172;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.63;QD=61.7795;RBI=0.0514558;REFB=0;REVB=-0.0502625;RO=0;SAF=86;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18505e-05;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:79:86:0:0:79:86:0:0 chr4 44704757 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.723;QD=57.0001;RBI=0.0524959;REFB=0;REVB=-0.0218146;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62364e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr4 44704938 . T A 253.54 PASS AF=0.329897;AO=25;DP=91;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00541619;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.763;QD=10.4554;RBI=0.0225707;REFB=-0.0167226;REVB=0.0219112;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645593;STB=0.515102;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0391434;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:97:61:65:25:32:0.329897:12:13:35:26:14:18:38:27 chr4 46314593 . T C 799.05 PASS AF=0.645455;AO=65;DP=112;FAO=71;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00779188;FXX=0.0178555;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.833;QD=29.0564;RBI=0.013078;REFB=-0.0238445;REVB=-0.0105034;RO=21;SAF=28;SAR=37;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210159;STB=0.526564;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00969136;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:21:35:65:71:0.645455:37:28:10:11:39:32:13:22 chr4 46334702 . A G 282.9 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0316497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.908;QD=17.4092;RBI=0.0374221;REFB=-0.00986078;REVB=-0.0199678;RO=34;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225398;STB=0.627185;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.014661;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:8:23:18:16:8:23:18:16 chr4 46995366 . G T 260.1 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0028702;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.461;QD=11.8227;RBI=0.00677467;REFB=-0.0240002;REVB=-0.00613663;RO=56;SAF=18;SAR=13;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308212;STB=0.512735;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.059321;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:57:31:31:0.352273:13:18:31:25:13:18:32:25 chr4 47034626 . C G 393.14 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00462143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.399;QD=19.6572;RBI=0.0159702;REFB=-0.0352089;REVB=0.0152869;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203658;STB=0.613151;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0310264;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:15:25:16:24:15:25:16:24 chr4 47322190 . T C 696.65 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00318031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9961;QD=52.5772;RBI=0.00551587;REFB=-0.0563669;REVB=-0.00450672;RO=2;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313711;STB=0.51666;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00330182;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:29:22:0:2:29:22:0:2 chr4 47514685 . C T 931.23 PASS AF=0.883117;AO=68;DP=78;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00177857;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.03;QD=48.3754;RBI=0.00530637;REFB=-0.129126;REVB=0.00499943;RO=3;SAF=17;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763899;STB=0.512817;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00350338;OID=.;OPOS=47514685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:78:77:3:9:68:68:0.883117:51:17:3:0:51:17:3:6 chr4 47538044 . G A 105.06 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00669058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2909;QD=6.46515;RBI=0.0146651;REFB=-0.00882986;REVB=-0.01305;RO=49;SAF=5;SAR=11;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336461;STB=0.706741;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0269294;OID=.;OPOS=47538044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:11:5:29:20:11:5:29:20 chr4 47560015 . A G 275.11 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0206119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.779;QD=15.4994;RBI=0.0229634;REFB=-0.0114201;REVB=-0.0101225;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588454;STB=0.541375;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0182004;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:30:31:0.43662:16:14:21:19:17:14:21:19 chr4 47560163 . C A 1755.72 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00989563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.794;QD=59.0158;RBI=0.0151751;REFB=0.0843744;REVB=-0.0115048;RO=2;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186153;STB=0.509802;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000441529;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:50:67:0:2:50:67:0:2 chr4 47589203 . G A 300.97 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00928586;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.208;QD=10.1167;RBI=0.0119542;REFB=-0.00363859;REVB=-0.00752836;RO=78;SAF=13;SAR=26;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140841;STB=0.583289;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00661916;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:78:80:39:39:0.327731:26:13:35:43:26:13:36:44 chr4 47667064 . T C 746.99 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8584;QD=60.9787;RBI=0.116476;REFB=-0.0575816;REVB=0.115234;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00167823;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:47:48:0.979592:16:31:0:0:17:31:0:1 chr4 47839929 . C T 868.2 PASS AF=0.652542;AO=76;DP=118;FAO=77;FDP=118;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00238513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.568;QD=29.4305;RBI=0.0378154;REFB=-0.0167862;REVB=0.0377402;RO=41;SAF=39;SAR=37;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000624805;STB=0.501981;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0108706;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:41:41:76:77:0.652542:37:39:21:20:38:39:21:20 chr4 47887536 . T C 628.19 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0162427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.597;QD=23.7051;RBI=0.0165323;REFB=-0.0162723;REVB=0.00308073;RO=44;SAF=28;SAR=33;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387426;STB=0.52532;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.010003;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:45:61:61:0.575472:33:28:18:26:33:28:18:27 chr4 47887991 . G A 935.92 PASS AF=0.541667;AO=91;DP=168;FAO=91;FDP=168;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0323373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.17;QD=22.2838;RBI=0.0400158;REFB=-0.0215295;REVB=-0.0235705;RO=77;SAF=51;SAR=40;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456273;STB=0.524935;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0149686;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:77:77:91:91:0.541667:40:51:39:38:40:51:39:38 chr4 47936972 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.000606116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.677;QD=13.4859;RBI=0.0205854;REFB=-0.00829187;REVB=0.0205764;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00739579;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr4 47945455 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.111;QD=42.1826;RBI=0.046641;REFB=0;REVB=-0.0161931;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521934;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr4 48069696 . G C 261.62 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0258896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2619;QD=17.1556;RBI=0.0474145;REFB=0.0129301;REVB=0.0397224;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229465;STB=0.640704;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0158495;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:32:28:29:0.47541:16:12:21:10:17:12:22:10 chr4 48069725 . G A 267.29 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00819757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.407;QD=21.8198;RBI=0.0489892;REFB=-0.00926348;REVB=0.0482985;RO=24;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346364;STB=0.694471;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0117531;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:18:7:16:8:18:7:16:8 chr4 48111418 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0039019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.294;QD=17.5011;RBI=0.02679;REFB=-0.0145382;REVB=-0.0265043;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254653;STB=0.501432;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0183637;OID=.;OPOS=48111418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:15:13:12:14:15:13 chr4 48115264 . C T 543.34 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0240372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.319;QD=25.2714;RBI=0.0668632;REFB=-0.0200895;REVB=-0.0623932;RO=36;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195679;STB=0.607167;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0157607;OID=.;OPOS=48115264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:32:18:22:14:32:18:22:14 chr4 48147309 . T C 167.92 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0173201;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.494;QD=11.7836;RBI=0.0337836;REFB=0.000984233;REVB=-0.029006;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320794;STB=0.695485;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00208224;OID=.;OPOS=48147309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:36:21:21:0.368421:9:12:9:25:9:12:9:27 chr4 48170669 . A G 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341383;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.602;QD=57.2354;RBI=0.0137361;REFB=0;REVB=-0.0133052;RO=1;SAF=25;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70801e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:29:29:1:4:25:1:0:4:25:0:0 chr4 48172266 . G A 157.19 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00751973;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.706;QD=9.38442;RBI=0.0755992;REFB=-0.0146477;REVB=-0.0752243;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701901;STB=0.53445;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0209518;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:45:46:21:21:0.313433:12:9:22:23:12:9:22:24 chr4 48426066 . A T 173.5 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0142272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2456;QD=11.1937;RBI=0.0175369;REFB=-0.00649655;REVB=0.0102532;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207359;STB=0.51927;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00876118;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:12:10:17:22:12:10:17:23 chr4 48542570 . T G 553.2 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0220587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.818;QD=18.2877;RBI=0.0255632;REFB=-0.0221031;REVB=0.0129186;RO=61;SAF=22;SAR=35;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116575;STB=0.56727;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0242555;OID=.;OPOS=48542570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:61:63:57:58:0.479339:35:22:31:30:35:23:33:30 chr4 48588742 . C T 675.49 PASS AF=0.912281;AO=50;DP=58;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00844103;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.848;QD=47.4027;RBI=0.0111675;REFB=0.00219273;REVB=0.00731178;RO=5;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268627;STB=0.51428;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.000170462;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:58:57:5:5:50:52:0.912281:33:17:1:4:34:18:1:4 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 1031.9 PASS AF=0.267606,0.43662,0.295775;AO=15,18,33;DP=66;FAO=19,31,21;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=7,13,4;FSAR=12,18,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590695,0.0677416,0.0726712;FXX=0.0273935;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=264.241,266.092,263.842;QD=58.1351;RBI=0.0609209,0.0695891,0.0745234;REFB=0,0,0;REVB=-0.0149046,-0.0159288,-0.0165114;RO=0;SAF=6,6,7;SAR=9,12,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.44409e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00786671,-0.00539936,0.0124633;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.267606,0.43662,0.295775:15,18,33:66:19,31,21:71:0:7,13,4:12,18,17:0:0:20:0:6,6,7:9,12,26:0:0 chr4 48988450 . C A 523.16 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.011046;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2226;QD=21.3535;RBI=0.0427853;REFB=-0.0512924;REVB=-0.0413348;RO=43;SAF=32;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092911;STB=0.571399;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0405609;OID=.;OPOS=48988450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:43:48:50:50:0.510204:18:32:23:20:18:32:24:24 chr4 49063872 . C A 238.93 PASS AF=0.340659;AO=27;DP=87;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00553875;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.609;QD=10.5025;RBI=0.00554951;REFB=-0.0123751;REVB=0.000345284;RO=60;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247846;STB=0.6071;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0167616;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:60:60:27:31:0.340659:10:17:25:35:13:18:25:35 chr4 49550937 . A T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.013303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.728;QD=5.9578;RBI=0.018841;REFB=-0.00752962;REVB=-0.0133422;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261347;STB=0.666173;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0245651;OID=.;OPOS=49550937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:13:5:3:3:13:5 chr4 52714354 . A ATTTC 315.72 PASS AF=0.53125;AO=27;DP=67;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00521489;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=261.556;QD=19.7324;RBI=0.0138643;REFB=-0.00408404;REVB=-0.0128461;RO=35;SAF=22;SAR=5;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146752;STB=0.60142;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=0.00321028;OID=.;OPOS=52714355;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:27:67:34:64:30:27:7:19:11:99:35:22:5:25:10 chr4 52752812 . A T 690.6 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00654297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.197;QD=20.9271;RBI=0.01603;REFB=-0.0126498;REVB=0.0146338;RO=63;SAF=25;SAR=43;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563036;STB=0.527848;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0144401;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:64:68:68:0.515152:43:25:27:36:43:25:27:37 chr4 52889602 . T A 105.52 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0474187;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.324;QD=28.1397;RBI=0.0551696;REFB=-0.022466;REVB=0.0281984;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00454709;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:16:15:3:3:10:10:0.666667:7:3:2:1:7:3:2:1 chr4 52938243 . T C 223.23 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.011367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7758;QD=16.5354;RBI=0.0234321;REFB=-0.00465108;REVB=-0.0204903;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632598;STB=0.535686;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00900817;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:12:17:13:12:12:17 chr4 53361058 . G C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0455322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7527;QD=25.4671;RBI=0.0897959;REFB=0.0172548;REVB=-0.0773958;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157021;STB=0.588061;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0139138;OID=.;OPOS=53361058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:3:0:2:7:3:0 chr4 53652758 . A T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0291509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.321;QD=27.154;RBI=0.0291979;REFB=0.0118794;REVB=0.00165502;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147485;STB=0.581978;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00537215;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:1:5:8:6:1:5 chr4 53729429 . G A 247.78 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0016763;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.261;QD=18.0206;RBI=0.0324076;REFB=-0.0172673;REVB=0.0323643;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528073;STB=0.529633;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0154923;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:15:13:11:16:15:13 chr4 53732943 . T A 209.44 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0106671;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.497;QD=17.8243;RBI=0.0106679;REFB=0.00115042;REVB=-0.000133687;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.586121;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00192115;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:26:21:21:0.446809:15:6:12:15:15:6:11:15 chr4 54011603 . C T 860.52 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0253111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.699;QD=18.6057;RBI=0.0283011;REFB=-0.0035792;REVB=-0.012661;RO=97;SAF=45;SAR=43;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389409;STB=0.502151;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00708821;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:97:97:88:88:0.475676:43:45:50:47:43:45:50:47 chr4 54232110 . G A 301.42 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0184886;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.794;QD=20.7878;RBI=0.023337;REFB=-0.0200036;REVB=-0.0142403;RO=14;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280934;STB=0.597928;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00911829;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:14:24:29:30:0.517241:13:16:14:0:14:16:18:6 chr4 54352468 . GC G 245.58 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.0813;QD=40.9303;RBI=0.0106371;REFB=0;REVB=-0.00207267;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.85507e-05;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:24:24:24:0:13:11:0:0:5:0:13:11:0:0 chr4 54966667 . C T 876.49 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0732971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.81;QD=47.3776;RBI=0.0733045;REFB=-0.211514;REVB=0.00103924;RO=5;SAF=21;SAR=44;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713246;STB=0.574492;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00732429;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:74:5:9:65:65:0.878378:44:21:4:1:44:21:8:1 chr4 54966830 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.901;QD=47.8224;RBI=0.0223709;REFB=0;REVB=-0.0125319;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126436;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 55141055 . A G 1713.17 PASS AF=1;AO=91;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.831;QD=60.6431;RBI=0.0244664;REFB=0;REVB=0.0176741;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31129e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:91:113:1:45:46:0:0:57:56:0:0 chr4 55161391 . T C 2027.19 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.873;QD=62.3751;RBI=0.024194;REFB=0;REVB=0.0241536;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36303e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:70:59:0:0:71:59:0:0 chr4 55161517 . A G 3018.0 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.103;QD=63.5368;RBI=0.016867;REFB=0;REVB=0.0167975;RO=0;SAF=75;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47285e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:115:75:0:0:115:75:0:0 chr4 55589808 . A G 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0358736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.599;QD=16.077;RBI=0.0378355;REFB=-0.0139233;REVB=-0.0120254;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173642;STB=0.597347;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0218573;OID=.;OPOS=55589808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:14:29:17:17:14:29 chr4 55599436 . T C 792.39 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125316;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.7338;QD=56.5993;RBI=0.0346395;REFB=0;REVB=-0.0322933;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239067;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr4 55946081 . A G 1938.39 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600485;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.119;QD=62.0285;RBI=0.0433203;REFB=0;REVB=0.0429021;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67494e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:55:68:0:0:56:69:0:0 chr4 55972974 . T A 694.11 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.973;QD=59.0728;RBI=0.0618631;REFB=-0.0772644;REVB=0.0580353;RO=2;SAF=38;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503305;STB=0.506491;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00402;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:2:1:45:46:0.978723:7:38:1:1:8:38:1:0 chr4 56291620 . CAA C 1625.06 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00055799;FXX=0.0704176;HRUN=2;LEN=2;MLLD=92.2584;QD=49.2442;RBI=0.0199335;REFB=0;REVB=-0.0199257;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00212802;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:130:133:132:132:0:73:59:0:0:29:0:73:57:0:0 chr4 56300685 . C T 868.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000845356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.361;QD=57.8744;RBI=0.00191984;REFB=0;REVB=0.0017237;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48137e-06;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr4 56301049 . G GA 923.41 PASS AF=1;AO=80;DP=102;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540573;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.9467;QD=40.1484;RBI=0.0546099;REFB=0;REVB=-0.00774924;RO=20;SAF=52;SAR=28;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000551874;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:102:92:92:0:57:35:0:0:19:20:52:28:9:11 chr4 56306111 . G A 1767.35 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6155;QD=60.9432;RBI=0.00735705;REFB=0;REVB=0.00214478;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4063e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr4 56309992 . A G 825.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061269;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.498;QD=57.9472;RBI=0.0613352;REFB=0;REVB=-0.00285017;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056983;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr4 56318462 . G A 687.58 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00856882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4505;QD=55.0067;RBI=0.0134448;REFB=-0.0253525;REVB=-0.0103604;RO=4;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124658;STB=0.566636;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0224569;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:13:33:0:4:13:33:0:4 chr4 56367796 . T G 633.66 PASS AF=1;AO=25;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.401;QD=61.82;RBI=0.0951704;REFB=0;REVB=0.0712574;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720929;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:25:41:1:14:11:0:0:21:20:0:0 chr4 56756531 . T C 875.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.152;QD=57.3872;RBI=0.0631119;REFB=0;REVB=0.00984433;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268904;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:34:25:0:0:34:27:0:0 chr4 56771089 . G A 1026.12 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.736;QD=57.0069;RBI=0.045591;REFB=-0.124545;REVB=0.0255182;RO=1;SAF=26;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178357;STB=0.509088;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000532362;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:44:26:1:0:44:27:1:0 chr4 57154737 . T C 244.85 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0185585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.29;QD=15.5457;RBI=0.025033;REFB=-0.0160015;REVB=0.0167998;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744214;STB=0.542138;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0324086;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:20:15:10:18:20:15 chr4 57180563 . G C 409.21 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.984;QD=52.8016;RBI=0.0570006;REFB=-0.0261922;REVB=0.0349252;RO=1;SAF=5;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843371;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000554712;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:24:5:1:0:25:5:1:0 chr4 57181629 . C T 1394.05 PASS AF=0.826772;AO=104;DP=128;FAO=105;FDP=127;FR=.;FRO=22;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0112842;FXX=0.0155027;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.224;QD=43.9072;RBI=0.0538521;REFB=-0.0488766;REVB=0.0526566;RO=20;SAF=40;SAR=64;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601669;STB=0.528601;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00200363;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:20:22:104:105:0.826772:64:40:4:16:65:40:5:17 chr4 57181632 . G C 2007.47 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.317;QD=61.7683;RBI=0.14599;REFB=0;REVB=0.0940692;RO=0;SAF=46;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45793e-05;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:82:46:0:0:84:46:0:0 chr4 57181995 . C T 1424.62 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204854;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2793;QD=58.7473;RBI=0.0365208;REFB=-0.0495762;REVB=0.0302344;RO=1;SAF=23;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645303;STB=0.503401;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00377815;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:97:1:1:96:96:0.989691:73:23:0:1:73:23:0:1 chr4 57182647 . G A 1018.54 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0218291;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.976;QD=54.3223;RBI=0.0412799;REFB=-0.0459891;REVB=0.0350359;RO=4;SAF=36;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496913;STB=0.526308;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000345742;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:75:4:4:71:71:0.946667:35:36:4:0:35:36:4:0 chr4 57182758 . C T 1719.0 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672606;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.924;QD=60.8496;RBI=0.0896973;REFB=0;REVB=0.0593432;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139626;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:109:113:1:57:52:0:0:57:56:0:0 chr4 57197400 . CTTT C,CT,CTT,TCTT 783.91 PASS AF=0,0.908,0,0.092;AO=41,43,33,9;DP=254;FAO=0,227,0,23;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=0,137,0,1;FSAR=0,90,0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149334,0.218636,0.454254,0.0570604;FXX=0.128915;HRUN=13,13,13,1;LEN=3,2,1,2;MLLD=6.55531,5.30312,3.00355,34.5147;QD=12.5426;RBI=0.43679,0.611918,1.3759,0.224472;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.410469,-0.571526,-1.29875,-0.217099;RO=27;SAF=12,30,32,9;SAR=29,13,1,0;SRF=23;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.401077,-0.137518,0.424493,0.67629;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,-0.031446,0,-0.211018;OID=.,.,.,.;OPOS=57197401,57197401,57197401,57197400;OREF=TTT,TT,T,CT;OALT=-,-,-,TC;OMAPALT=C,CT,CTT,TCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:52:254:250:27:0:41,43,33,9:0,227,0,23:0,0.908,0,0.092:29,13,1,0:12,30,32,9:23:4:0,90,0,22:0,137,0,1:0:0 chr4 57516896 . G A 570.52 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0186244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.182;QD=28.174;RBI=0.0246642;REFB=-0.0036255;REVB=-0.0161696;RO=30;SAF=29;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136025;STB=0.50074;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00281199;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:30:51:51:0.62963:22:29:17:13:22:29:17:13 chr4 57660802 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5471;QD=42.1826;RBI=0.0251307;REFB=0;REVB=0.00838566;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000787655;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr4 57797414 . C T 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0660062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3358;QD=13.6291;RBI=0.0724089;REFB=0.0289896;REVB=0.0297695;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0295145;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:5:4:5:3:5:4 chr4 57798189 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0193276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.956;QD=12.1818;RBI=0.0259299;REFB=-0.0323377;REVB=0.017286;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306545;STB=0.682555;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.034206;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:9:6:7:3:9:6 chr4 57876955 . G A 362.34 PASS AF=0.304348;AO=48;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0251284;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.35;QD=9.00222;RBI=0.0278831;REFB=-0.00921119;REVB=0.0120844;RO=112;SAF=25;SAR=23;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393891;STB=0.530206;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0245502;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:112:112:48:49:0.304348:23:25:62:50:24:25:62:50 chr4 57881715 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00290688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.373;QD=17.2246;RBI=0.0195998;REFB=0.00445356;REVB=-0.019383;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048449;STB=0.527167;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00532999;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:18:21:20:14:18:21 chr4 57889677 . C T 334.9 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0533867;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.981;QD=21.9609;RBI=0.0551992;REFB=-0.0247832;REVB=0.0140287;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681003;STB=0.528139;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.018045;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:27:34:34:0.557377:18:16:10:16:18:16:11:16 chr4 62598689 . C T 1513.86 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859026;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.027;QD=63.7414;RBI=0.0171969;REFB=0;REVB=-0.0148976;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52869e-05;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:32:62:0:0:33:62:0:0 chr4 62800728 . T C 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2401;QD=58.4166;RBI=0.027499;REFB=0;REVB=0.0223227;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23096e-05;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr4 62845388 . G C 1576.17 PASS AF=0.917355;AO=111;DP=124;FAO=111;FDP=121;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0217603;FXX=0.0241916;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.625;QD=52.1048;RBI=0.0220945;REFB=0.00282797;REVB=-0.00382836;RO=9;SAF=52;SAR=59;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281983;STB=0.519161;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-6.02402e-05;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:121:9:10:111:111:0.917355:59:52:6:3:59:52:7:3 chr4 62845490 . A G 888.56 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601252;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.425;QD=58.2662;RBI=0.010276;REFB=0;REVB=-0.00833346;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0735e-07;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr4 65473363 . G GAGA 660.37 PASS AF=0.367442;AO=78;DP=225;FAO=79;FDP=215;FR=.;FRO=136;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=-0.0116832;FXX=0.0315301;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.518;QD=12.2859;RBI=0.0323347;REFB=-0.0139982;REVB=0.0301502;RO=142;SAF=26;SAR=52;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21894;STB=0.61285;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.0218496;OID=.;OPOS=65473364;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367442:78:225:79:215:136:27:52:70:66:99:142:26:52:74:68 chr4 65473430 . T C 475.41 PASS AF=0.37931;AO=54;DP=145;FAO=55;FDP=145;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0025837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.522;QD=13.1146;RBI=0.00273895;REFB=-0.0033564;REVB=0.000909027;RO=90;SAF=16;SAR=38;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21435;STB=0.605252;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00549888;OID=.;OPOS=65473430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:90:90:54:55:0.37931:38:16:43:47:38:17:42:48 chr4 65476646 . A ATAATC 366.0 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.000252539;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=5;MLLD=281.704;QD=12.3026;RBI=0.0187461;REFB=-0.00845546;REVB=-0.0187444;RO=75;SAF=21;SAR=23;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265354;STB=0.515133;STBP=0.828;TYPE=ins;VARB=0.0140504;OID=.;OPOS=65476647;OREF=-;OALT=TAATC;OMAPALT=ATAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369748:44:121:44:119:75:21:23:34:41:99:75:21:23:34:41 chr4 65477013 . A C 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0205573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2157;QD=18.3423;RBI=0.0638696;REFB=-0.0223332;REVB=0.0604708;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302852;STB=0.668951;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.028482;OID=.;OPOS=65477013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:2:16:10:7:2:16 chr4 66197804 . C T 671.18 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00447112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.888;QD=50.6549;RBI=0.0197927;REFB=-0.19329;REVB=0.0192811;RO=3;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599681;STB=0.531902;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00153387;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:22:28:0:3:22:28:0:3 chr4 67142620 . G A 271.43 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00510081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9286;QD=23.6024;RBI=0.0139288;REFB=-0.0290014;REVB=0.0129612;RO=19;SAF=5;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309852;STB=0.700853;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0171724;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:21:25:25:0.543478:20:5:10:9:20:5:12:9 chr4 68374597 . C T 1343.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512451;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9176;QD=62.4798;RBI=0.0372259;REFB=0;REVB=-0.0368715;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193797;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr4 68376708 . T C 623.17 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254556;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.296;QD=59.3494;RBI=0.0310332;REFB=-0.137137;REVB=0.0177503;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00116948;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:1:0:25:16:1:0 chr4 68380215 . G A 1447.99 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2108;QD=60.9682;RBI=0.103694;REFB=0;REVB=0.0959593;RO=2;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014563;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:95:2:0:87:95:1:42:45:1:1:48:47:0:0 chr4 68384008 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.907;QD=61.6832;RBI=0.035688;REFB=0;REVB=0.0340152;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39991e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr4 68484094 . G A 277.4 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0320958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.196;QD=18.4931;RBI=0.0381464;REFB=-0.0251649;REVB=-0.0206158;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0270536;OID=.;OPOS=68484094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:15:15:15:14:15:15:15:15 chr4 68497597 . C A 96.83 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00199303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.493;QD=12.4948;RBI=0.0900295;REFB=-0.0202055;REVB=-0.0900074;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205969;STB=0.622014;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0254038;OID=.;OPOS=68497597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:9:10:4:8:9:10 chr4 68500171 . A G 622.5 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0168438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.39;QD=21.4654;RBI=0.0216192;REFB=-0.000692538;REVB=0.0135528;RO=54;SAF=38;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665878;STB=0.536587;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000702224;OID=.;OPOS=68500171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:24:38:29:25:24:38:29:25 chr4 68534392 . C T 338.94 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0345587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.974;QD=17.8392;RBI=0.0373718;REFB=-0.0291784;REVB=-0.014225;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104038;STB=0.550871;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0370309;OID=.;OPOS=68534392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:19:16:14:26:20:16:14:26 chr4 68562365 . A G 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0230828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.741;QD=35.7564;RBI=0.0252037;REFB=-0.0253862;REVB=0.0101199;RO=14;SAF=16;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226506;STB=0.512308;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00945944;OID=.;OPOS=68562365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:18:16:6:8:18:16:6:8 chr4 68567025 . T G 168.55 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00215445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.433;QD=17.2873;RBI=0.00228093;REFB=-0.0275893;REVB=0.000749;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407305;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0345257;OID=.;OPOS=68567025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:12:9:9:9:12:9 chr4 68780399 . A G 3146.97 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482774;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4976;QD=63.8979;RBI=0.0827843;REFB=0;REVB=0.0672497;RO=0;SAF=80;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197153;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:197:0:0:192:197:1:112:80:0:0:113:84:0:0 chr4 68784774 . T C 1490.37 PASS AF=1;AO=91;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017471;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.985;QD=63.4199;RBI=0.0185632;REFB=0;REVB=-0.00627357;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14759e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:91:94:1:37:54:0:0:37:57:0:0 chr4 68812283 . C A,T 600.97 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192107,-0.0118942;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.6738,159.744;QD=60.0967;RBI=0.0510252,0.0288005;REFB=0,0;REVB=-0.0472708,0.0262297;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.049668,0.00136929;OID=.,.;OPOS=68812283,68812283;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:1,28:1,10:0:0:1,28:1,10:0:0 chr4 68995529 . C T 434.27 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0218662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4436;QD=18.2852;RBI=0.0229176;REFB=-0.00333746;REVB=0.00686186;RO=51;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166647;STB=0.509306;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00268416;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:30:14:17:34:30:14:17:34 chr4 69078113 . T C 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00571773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.293;QD=60.5058;RBI=0.00764671;REFB=0.0483019;REVB=0.00507737;RO=1;SAF=32;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144632;STB=0.507689;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00275084;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:13:32:1:0:13:32:1:0 chr4 69094507 . T A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.324;QD=57.884;RBI=0.0215806;REFB=0;REVB=0.00995243;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7841e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr4 69094575 . T G 736.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.585;QD=56.6789;RBI=0.0338707;REFB=0;REVB=0.0116141;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145375;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr4 69095197 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7652;QD=60.6079;RBI=0.0791181;REFB=0;REVB=0.0509994;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137852;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr4 69203551 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.147;QD=57.1775;RBI=0.0285143;REFB=0;REVB=0.0276234;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87554e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr4 69340500 . A G 436.8 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0211236;FXX=0.0272702;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.93;QD=16.3289;RBI=0.0219476;REFB=-0.0161046;REVB=-0.00595762;RO=56;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563552;STB=0.549529;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0162785;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:56:59:47:48:0.448598:25:22:23:33:25:23:23:36 chr4 69343287 . A G 515.34 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0262635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.836;QD=22.1653;RBI=0.0354519;REFB=0.00192472;REVB=0.0238131;RO=44;SAF=23;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263156;STB=0.514506;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00151004;OID=.;OPOS=69343287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:26:23:22:22:26:23:22:22 chr4 69416556 . T C 727.65 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00633763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.786;QD=52.9203;RBI=0.0265113;REFB=-0.00728545;REVB=0.0257426;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029429;STB=0.515619;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000676239;OID=.;OPOS=69416556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:22:31:2:0:22:31:2:0 chr4 69433714 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.422;QD=44.6897;RBI=0.0801082;REFB=0;REVB=0.0225456;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104837;OID=.;OPOS=69433714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr4 69512847 . T G 342.23 PASS AF=0.365217;AO=40;DP=113;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00526348;FXX=0.00861995;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.925;QD=11.9038;RBI=0.0294749;REFB=-0.0111695;REVB=-0.0290011;RO=51;SAF=36;SAR=4;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473431;STB=0.792493;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134408;OID=.;OPOS=69512847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:51:73:40:42:0.365217:4:36:30:21:4:38:44:29 chr4 69536084 . A C 209.2 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0144569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.742;QD=11.6223;RBI=0.0151257;REFB=-0.0116754;REVB=0.00444802;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185462;STB=0.510721;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0386664;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:14:12:22:24:14:12:22:24 chr4 69682366 . TA T 51.5 PASS AF=0.653846;AO=12;DP=24;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0564643;FXX=0.0370233;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.09876;QD=7.9223;RBI=0.0913503;REFB=-0.205848;REVB=-0.0718099;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.387097;SSSB=0.0801908;STB=0.505488;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.168502;OID=.;OPOS=69682367;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:12:24:17:26:9:2:15:1:8:27:9:2:10:1:8 chr4 69687987 . C A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00964622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.229;QD=55.4103;RBI=0.00997641;REFB=-0.0390755;REVB=-0.00254542;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000670685;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr4 69795626 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2086;QD=57.3846;RBI=0.0283438;REFB=0;REVB=-0.0155719;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69867e-05;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr4 69964337 . AT TC 320.84 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.027606;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.905;QD=23.334;RBI=0.028918;REFB=-0.0299941;REVB=0.00861158;RO=23;SAF=25;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514756;STB=0.528285;STBP=0.709;TYPE=mnp;VARB=0.0215882;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:23:23:32:32:0.581818:7:25:19:4:7:25:19:4 chr4 69972949 . C G 1046.8 PASS AF=0.598765;AO=97;DP=162;FAO=97;FDP=162;FR=.;FRO=65;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00711129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.56;QD=25.847;RBI=0.0141417;REFB=-0.0228112;REVB=0.0122236;RO=63;SAF=58;SAR=39;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078634;STB=0.537099;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0146183;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:63:65:97:97:0.598765:39:58:31:32:39:58:33:32 chr4 70079838 . T C 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0142571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6006;QD=16.1123;RBI=0.0172702;REFB=-0.00308065;REVB=-0.00974659;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236853;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00614054;OID=.;OPOS=70079838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:14:15:13:11:14:15 chr4 70146230 . G A 203.99 PASS AF=0.412698;AO=23;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.014587;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6962;QD=12.9518;RBI=0.0369542;REFB=-0.0103207;REVB=0.0339534;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960451;STB=0.505614;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00901447;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:23:26:0.412698:8:15:21:16:11:15:21:16 chr4 70146704 . G A 624.68 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0169712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.254;QD=18.509;RBI=0.0263602;REFB=-0.0146997;REVB=-0.0201703;RO=70;SAF=33;SAR=31;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107194;STB=0.562437;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0138713;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:71:64:64:0.474074:31:33:44:26:31:33:45:26 chr4 70156313 . T A 315.6 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00921399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9364;QD=15.0286;RBI=0.0576501;REFB=-0.0162362;REVB=-0.056909;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836281;STB=0.509531;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0275185;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:44:49:35:35:0.416667:18:17:21:23:18:17:23:26 chr4 70156392 . A G 278.75 PASS AF=0.354167;AO=29;DP=92;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0211033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.399;QD=11.6147;RBI=0.0248552;REFB=-0.0200144;REVB=0.0131312;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775665;STB=0.550093;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0374109;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:60:62:29:34:0.354167:15:14:33:27:18:16:34:28 chr4 70160277 . T G 115.51 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0142265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.439;QD=20.0886;RBI=0.0152113;REFB=-0.0545356;REVB=0.00538438;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309496;STB=0.675067;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0168013;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:2:8:5:8:2:8 chr4 70160309 . C G 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0235297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.251;QD=24.7086;RBI=0.0276153;REFB=-0.0187867;REVB=-0.0144554;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390491;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.015385;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:8:9:11:12:8:9 chr4 70296603 . A G 168.42 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5023;QD=44.9129;RBI=0.119005;REFB=0;REVB=-0.0782227;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0080837;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:5:10:0:0 chr4 70296662 . C T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00525241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.055;QD=31.2365;RBI=0.0125785;REFB=0.00748328;REVB=0.0114294;RO=11;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235714;STB=0.627815;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00213281;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:8:16:11:0:8:16:11:0 chr4 70355211 . T C 1080.37 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.847;QD=60.0204;RBI=0.00877507;REFB=0;REVB=0.00191137;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39228e-05;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr4 70391429 . G A 132.39 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.135512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.054;QD=9.99136;RBI=0.136193;REFB=-0.00415951;REVB=-0.0136085;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101744;STB=0.560466;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00951765;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:7:10:18:18:7:10:18:18 chr4 70391454 . G A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0113834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5793;QD=11.7802;RBI=0.0119152;REFB=-0.0197238;REVB=-0.00351989;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194187;STB=0.614829;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.016019;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:14:17:6:10:14:17 chr4 70462042 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0156616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.529;QD=16.9233;RBI=0.0243011;REFB=-0.0195625;REVB=-0.0185811;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028365;STB=0.515914;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0223006;OID=.;OPOS=70462042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:20:20:18:16:20:20 chr4 70513139 . C T 715.33 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0371;QD=59.611;RBI=0.0304695;REFB=-0.00492604;REVB=-0.0228386;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000689595;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:46:47:0.979167:22:24:0:0:23:24:1:0 chr4 70800377 . A G 152.82 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0659412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8264;QD=13.584;RBI=0.0749839;REFB=-0.0357883;REVB=0.0356979;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944675;STB=0.54994;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0335356;OID=.;OPOS=70800377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:25:28:17:17:0.377778:6:11:14:11:6:11:16:12 chr4 70821025 . A G 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0105714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2278;QD=14.3992;RBI=0.0452663;REFB=-0.0113226;REVB=0.0440146;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.599919;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0171396;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:9:16:16:18:9:16:16:18 chr4 70898907 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00352025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.582;QD=18.1942;RBI=0.0151598;REFB=-0.0145152;REVB=0.0147454;RO=34;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0141307;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:36:34:34:0.485714:16:18:18:16:16:18:20:16 chr4 70898953 . C T 290.75 PASS AF=0.52381;AO=29;DP=59;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0197676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3201;QD=18.46;RBI=0.0688094;REFB=-0.00757337;REVB=-0.0659088;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595766;STB=0.521726;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00696348;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:27:30:29:33:0.52381:17:12:13:14:18:15:15:15 chr4 70944452 . G A 2250.15 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391744;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.835;QD=61.2285;RBI=0.00978057;REFB=0;REVB=0.00896176;RO=0;SAF=68;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11543e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:147:0:0:147:147:1:79:68:0:0:79:68:0:0 chr4 71062256 . C T 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.014903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.395;QD=18.2367;RBI=0.087511;REFB=-0.0179816;REVB=-0.0862327;RO=48;SAF=7;SAR=35;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12835;STB=0.572252;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0299165;OID=.;OPOS=71062256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:35:7:12:36:35:7:12:36 chr4 71062308 . C A 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=53;FWDB=-0.0478509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.873;QD=13.592;RBI=0.0481069;REFB=-0.00751714;REVB=-0.00495705;RO=66;SAF=5;SAR=39;SRF=13;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180999;STB=0.604077;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.010705;OID=.;OPOS=71062308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:39:5:13:53:39:5:13:53 chr4 71062426 . C T 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-2.81701e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.461;QD=12.5921;RBI=0.0151755;REFB=-0.00693635;REVB=-0.0151755;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018934;STB=0.510872;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0126756;OID=.;OPOS=71062426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:18:11:19:29:18:11:19:29 chr4 71068489 . T C 108.54 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0123073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.034;QD=13.5675;RBI=0.0465004;REFB=-0.0208822;REVB=-0.0448421;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927383;STB=0.554371;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0241825;OID=.;OPOS=71068489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:10:9:5:8:10:9 chr4 71114956 . G T 124.68 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0458915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4176;QD=17.811;RBI=0.0463405;REFB=-0.0149289;REVB=-0.00643512;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250716;STB=0.609216;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0302764;OID=.;OPOS=71114956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:14:14:14:0.5:5:9:4:8:5:9:6:8 chr4 71201388 . C T 704.54 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4811;QD=61.2647;RBI=0.0131932;REFB=0;REVB=-0.00981519;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749833;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:13:32:0:0:13:33:0:0 chr4 71201943 . A G 332.16 PASS AF=0.6;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00747869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.795;QD=24.1571;RBI=0.0143448;REFB=-0.014449;REVB=0.012241;RO=21;SAF=10;SAR=22;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173248;STB=0.513505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00719485;OID=.;OPOS=71201943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:21:22:32:33:0.6:22:10:7:14:22:11:8:14 chr4 71232388 . G A 387.83 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0137013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.09;QD=18.4682;RBI=0.0151632;REFB=-0.0135198;REVB=0.00649587;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952122;STB=0.548468;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0141365;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:13:27:25:18:13:27:26:18 chr4 71232430 . T C 889.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.507;QD=57.4172;RBI=0.0507692;REFB=0;REVB=-0.0479749;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384846;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:30:32:0:0 chr4 71255767 . A G 224.8 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.000791742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.837;QD=13.032;RBI=0.0299426;REFB=-0.000197106;REVB=0.0299321;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159242;STB=0.5903;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000463173;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:17:10:10:32:17:10:10:32 chr4 71339723 . G A 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0240955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2378;QD=16.0419;RBI=0.0548855;REFB=-0.0155953;REVB=-0.0493135;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.583241;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0211549;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:16:10:5:14:16:10 chr4 71339728 . C T 179.5 PASS AF=0.422222;AO=20;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00310187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4429;QD=15.9555;RBI=0.0534805;REFB=-0.0120265;REVB=-0.0533904;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671446;STB=0.583241;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.022912;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:20:19:0.422222:6:14:16:9:5:14:16:10 chr4 71346701 . C G 41.76 PASS AF=0.384615;AO=3;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0868998;FXX=0.0713776;HRUN=7;LEN=1;MLLD=207.607;QD=12.8494;RBI=0.08729;REFB=0.016497;REVB=0.0082442;RO=5;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.713717;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0021625;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:14:13:5:6:3:5:0.384615:3:0:0:5:4:1:0:6 chr4 71384488 . C T 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0213534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.673;QD=15.1115;RBI=0.0215793;REFB=-0.019165;REVB=-0.00311456;RO=38;SAF=21;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192528;STB=0.609676;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0282069;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:8:21:21:17:8:21:21:17 chr4 71467593 . A C 85.63 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0530746;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.751;QD=10.7035;RBI=0.0536195;REFB=0.00354249;REVB=0.00762455;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0123591;OID=.;OPOS=71467593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:22:21:11:11:0.34375:6:5:9:13:6:5:9:12 chr4 71468345 . CAGG C 283.53 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00637513;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.826;QD=13.6642;RBI=0.0135251;REFB=-0.00288995;REVB=-0.0119284;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541581;STB=0.52707;STBP=0.713;TYPE=del;VARB=0.00400841;OID=.;OPOS=71468346;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39759:32:84:33:83:50:17:16:28:22:99:49:16:16:27:22 chr4 71469604 . C T 313.32 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0292518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.625;QD=16.936;RBI=0.0296707;REFB=-0.00827129;REVB=0.00496832;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273537;STB=0.646972;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00499718;OID=.;OPOS=71469604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:22:12:25:14:22:12:25:15 chr4 71657772 . G A 755.29 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141134;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.358;QD=62.9406;RBI=0.0305669;REFB=0;REVB=0.0271136;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305314;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr4 71704964 . AC A,AT 354.23 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=5,21;DP=26;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903662,0.101329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.243,116.388;QD=54.4975;RBI=0.0961188,0.135728;REFB=0,0;REVB=0.0327531,0.0903023;RO=0;SAF=4,14;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0182433,-0.00349731;OID=.,.;OPOS=71704965,71704965;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.884615:5,21:26:3,23:26:0:3,15:0,8:0:0:14:0:4,14:1,7:0:0 chr4 71849697 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.227;QD=62.3506;RBI=0.0169354;REFB=0;REVB=0.014548;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94358e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr4 71849888 . G T 801.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.354;QD=57.2452;RBI=0.0421918;REFB=0;REVB=0.0373374;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93927e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:31:25:0:0 chr4 71888176 . C T 232.02 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0400029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5122;QD=14.7311;RBI=0.0440175;REFB=0.0102461;REVB=0.0183659;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134019;STB=0.58176;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0137778;OID=.;OPOS=71888176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:15:12:11:24:15:12:11:25 chr4 72425863 . C T 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.467;QD=57.3916;RBI=0.0424583;REFB=-0.0884186;REVB=0.00826749;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000983409;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:0:1 chr4 72433545 . A C 1079.64 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0380017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.569;QD=56.0853;RBI=0.0398024;REFB=0.0127379;REVB=0.0118366;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.517237;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-4.99418e-05;OID=.;OPOS=72433545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:1:3:74:74:0.961039:32:42:1:0:32:42:3:0 chr4 72433614 . G C 322.79 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00443721;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.696;QD=16.3438;RBI=0.0309661;REFB=-0.0146885;REVB=-0.0306465;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200251;STB=0.511266;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0147701;OID=.;OPOS=72433614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:16:19:23:21:16:19:23:21 chr4 72434406 . G C 1399.72 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452538;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4023;QD=62.9087;RBI=0.045738;REFB=0;REVB=-0.00663775;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47525e-05;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:53:35:0:0:54:35:0:0 chr4 72436804 . G A 1804.07 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000502915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.243;QD=61.1549;RBI=0.0205489;REFB=0;REVB=0.0205427;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13642e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:55:63:0:0:55:63:0:0 chr4 72618296 . T C 1785.75 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.047;QD=61.0513;RBI=0.0217346;REFB=0;REVB=0.0208925;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46431e-05;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:49:68:0:0:49:68:0:0 chr4 72618334 . A C 506.13 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0265145;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.293;QD=16.1963;RBI=0.0266626;REFB=-0.0129572;REVB=-0.00280642;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529629;STB=0.506606;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0157354;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:55:55:0.44:25:30:38:31:25:30:39:31 chr4 72620812 . T A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00987457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.356;QD=10.4724;RBI=0.0301789;REFB=0.00873965;REVB=0.0285177;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304537;STB=0.687142;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0237466;OID=.;OPOS=72620812;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:9:15:10:2:9:15 chr4 72649774 . G A 213.75 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0548109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1566;QD=14.7413;RBI=0.0548692;REFB=-0.029012;REVB=-0.00252941;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485689;STB=0.50276;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0347328;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:17:16:12:13:17:16 chr4 73414286 . C T 1047.41 PASS AF=1;AO=64;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.536;QD=59.8518;RBI=0.0558522;REFB=0;REVB=0.055683;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159512;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:64:70:1:31:33:0:0:34:36:0:0 chr4 73433122 . GA G 169.86 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.113601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.303;QD=16.5718;RBI=0.135882;REFB=0.0169883;REVB=-0.0745582;RO=15;SAF=20;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361282;STB=0.646919;STBP=0.059;TYPE=del;VARB=-0.00516902;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:23:41:24:41:17:20:4:10:7:77:15:20:3:8:7 chr4 73991006 . T C 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739639;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.77;QD=58.4377;RBI=0.0133189;REFB=0;REVB=0.0110764;RO=0;SAF=9;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05236e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:53:9:0:0:53:9:0:0 chr4 74285239 . C T 136.93 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0172019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.506;QD=18.2575;RBI=0.0374828;REFB=-0.024704;REVB=-0.0333025;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0296492;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:9:6:9:6:9:6 chr4 74302071 . T A 305.38 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00292224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.061;QD=15.0806;RBI=0.0107257;REFB=-0.0134548;REVB=0.01032;RO=47;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301225;STB=0.67465;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0130353;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:47:33:34:0.419753:12:21:16:31:12:22:16:31 chr4 74302870 . T C 605.67 PASS AF=0.584158;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00574653;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8798;QD=23.9869;RBI=0.0160761;REFB=-0.0229881;REVB=0.0150139;RO=41;SAF=34;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196535;STB=0.509352;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.015453;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:41:42:58:59:0.584158:24:34:23:18:24:35:24:18 chr4 74318330 . A G 685.39 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.999;QD=50.7695;RBI=0.0547726;REFB=-0.174179;REVB=0.0328876;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336073;STB=0.507656;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00299785;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:2:3:51:51:0.944444:27:24:0:2:27:24:1:2 chr4 74347503 . TA T 314.0 PASS AF=0.854545;AO=37;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0614688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9715;QD=22.8361;RBI=0.0870325;REFB=-0.0975435;REVB=-0.0616136;RO=14;SAF=18;SAR=19;SRF=4;SRR=10;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.102164;STB=0.511036;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=0.0474409;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854545:37:55:47:55:8:20:27:4:4:17:14:18:19:4:10 chr4 74447510 . A C 1849.3 PASS AF=0.933333;AO=125;DP=136;FAO=126;FDP=135;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00511464;FXX=0.0073524;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.067;QD=54.794;RBI=0.0109225;REFB=-0.0508428;REVB=-0.009651;RO=9;SAF=52;SAR=73;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108507;STB=0.505467;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000563628;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:136:135:9:9:125:126:0.933333:73:52:3:6:74:52:3:6 chr4 74714098 . G A 846.98 PASS AF=0.537415;AO=77;DP=147;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0397045;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.908;QD=23.047;RBI=0.0397046;REFB=-0.0188305;REVB=4.73862e-05;RO=67;SAF=45;SAR=32;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279753;STB=0.524923;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0195243;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:68:77:79:0.537415:32:45:37:30:33:46:36:32 chr4 74863997 . T C 909.02 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0227439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6591;QD=54.2698;RBI=0.100038;REFB=-0.0667581;REVB=0.0974179;RO=3;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398589;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00378968;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:67:3:2:63:65:0.970149:34:29:0:3:36:29:0:2 chr4 75023609 . T C 706.88 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.512;QD=62.834;RBI=0.0198808;REFB=0;REVB=-0.0111255;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180058;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 75023709 . C T 1041.64 PASS AF=0.9375;AO=71;DP=76;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0256781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.753;QD=52.0818;RBI=0.0333846;REFB=-0.115828;REVB=0.0213346;RO=4;SAF=27;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390803;STB=0.51295;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00225028;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:80:4:5:71:75:0.9375:44:27:3:1:45:30:3:2 chr4 75046465 . C G,T 666.86 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=42,2;DP=44;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107885,-0.01563;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.4061,220.187;QD=62.0336;RBI=0.0718082,0.0253639;REFB=0,0;REVB=0.0709931,-0.0199757;RO=0;SAF=30,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52854e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00438217,0.0972649;OID=.,.;OPOS=75046465,75046465;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:43:0:0:42,2:42,1:0.976744,0.0232558:12,2:30,0:0:0:13,1:29,0:0:0 chr4 75248434 . A G 396.57 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0225445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.622;QD=17.8233;RBI=0.0251797;REFB=-0.0156172;REVB=-0.0112144;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265824;STB=0.514867;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0152116;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:28:20:16:25:28:20 chr4 75254282 . G A 538.94 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00717195;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.154;QD=17.6702;RBI=0.0139569;REFB=-0.00353844;REVB=-0.0119732;RO=65;SAF=27;SAR=30;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265118;STB=0.514726;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00362519;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:30:27:29:36:30:27:29:36 chr4 75485872 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0344682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.09;QD=14.654;RBI=0.0450923;REFB=-0.00755179;REVB=-0.0290734;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00516059;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr4 76720885 . T C 867.68 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0057662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.759;QD=53.3957;RBI=0.00674585;REFB=-0.0391398;REVB=-0.00350107;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190992;STB=0.506232;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000610336;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:2:3:62:62:0.953846:33:29:1:1:33:29:1:2 chr4 76722353 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5327;QD=51.9166;RBI=0.0970469;REFB=0;REVB=-0.0924114;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181283;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr4 76787673 . T C 902.74 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8379;QD=58.2415;RBI=0.0770296;REFB=0;REVB=0.0672827;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283479;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:36:26:0:0 chr4 76793228 . A G 952.42 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.525;QD=56.861;RBI=0.0884556;REFB=0.0905878;REVB=-0.0870266;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00119757;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:67:1:1:63:66:0.985075:35:28:0:1:36:30:0:1 chr4 76794345 . T G 1477.15 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00650183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=57.3652;RBI=0.012543;REFB=-0.102653;REVB=0.0107263;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000498195;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:103:0:2:99:101:0.980583:46:53:0:0:46:55:2:0 chr4 76805902 . C T 1147.82 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563267;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.912;QD=60.4113;RBI=0.0571939;REFB=0;REVB=-0.00992157;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179812;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:39:35:0:0:40:36:0:0 chr4 76807218 . C G 521.4 PASS AF=0.75;AO=45;DP=60;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0509395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1096;QD=34.7599;RBI=0.0760947;REFB=-0.000132575;REVB=-0.0565293;RO=14;SAF=6;SAR=39;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18092;STB=0.593315;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00145277;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:14:15:45:45:0.75:39:6:5:9:39:6:5:10 chr4 76807249 . C G 463.77 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00302443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9455;QD=30.4112;RBI=0.0169233;REFB=0.0273631;REVB=-0.0166509;RO=19;SAF=4;SAR=38;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319427;STB=0.676272;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0106451;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:38:4:7:12:38:4:7:12 chr4 76807252 . C A 403.84 PASS AF=0.655172;AO=39;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.011735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2822;QD=27.851;RBI=0.0153706;REFB=-0.0332983;REVB=-0.00992706;RO=19;SAF=4;SAR=35;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310585;STB=0.665375;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0176001;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:20:39:38:0.655172:35:4:7:12:34:4:7:13 chr4 76807270 . C T 391.03 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0161075;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.042;QD=26.5102;RBI=0.0276646;REFB=-0.0424245;REVB=0.0224917;RO=22;SAF=3;SAR=33;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4642;STB=0.71948;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0201894;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:22:22:36:37:0.627119:33:3:10:12:33:4:10:12 chr4 76807288 . A G 410.1 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0830624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.867;QD=26.4583;RBI=0.0834171;REFB=-0.0469071;REVB=0.00768455;RO=23;SAF=4;SAR=35;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423712;STB=0.736174;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0174453;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:35:4:11:12:35:4:11:12 chr4 76807302 . A G 407.67 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0394725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4967;QD=25.884;RBI=0.0513861;REFB=0.0249008;REVB=-0.0329006;RO=24;SAF=4;SAR=35;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445221;STB=0.748504;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.040673;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:35:4:12:12:35:4:12:12 chr4 76807304 . A G 405.69 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00276282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.452;QD=25.3553;RBI=0.0112988;REFB=0.00860837;REVB=-0.0109558;RO=25;SAF=4;SAR=35;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46477;STB=0.759732;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00410826;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:35:4:13:12:35:4:13:12 chr4 76807313 . C A 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0311144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.16;QD=22.8647;RBI=0.0311255;REFB=-0.0103266;REVB=-0.000831633;RO=26;SAF=2;SAR=34;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661187;STB=0.879834;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00182181;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:34:2:16:10:34:2:17:10 chr4 76807325 . T A 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0472439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.102;QD=20.769;RBI=0.0476761;REFB=-0.0144566;REVB=0.00640483;RO=24;SAF=4;SAR=23;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455876;STB=0.758021;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00942316;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:23:4:14:10:23:4:14:10 chr4 76807334 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=10;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0468151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.146;QD=14.3347;RBI=0.0560384;REFB=-9.94896e-05;REVB=0.0308001;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228014;STB=0.738346;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=6.01666e-05;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:10:17:0.395349:6:4:15:10:13:4:16:10 chr4 76809386 . A G 1576.11 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246882;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0743;QD=64.3309;RBI=0.0290937;REFB=0;REVB=0.0153927;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456464;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr4 76836137 . A G 217.02 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0609232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0839;QD=18.0853;RBI=0.0659295;REFB=-0.00230588;REVB=0.0252005;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08007;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00631757;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:14:12:12:10:14:12 chr4 76838929 . TAAAAAAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGAAAAG,TAAAAAAAAAAGAAAAAG,TAAAAAAAAAAGAAAAGA 264.4 PASS AF=0.266667,0.533333,0.1,0.1;AO=4,6,2,3;DP=34;FAO=8,16,3,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7,3,2;FSAR=6,9,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497958,-0.0195069,-0.0207314,-0.0173227;FXX=0.117612;HRUN=16,16,16,16;LEN=4,1,1,7;MLLD=8.75072,216.087,208.356,214.412;QD=35.2536;RBI=0.0506875,0.0201395,0.0214361,0.0179111;REFB=-0.572891,-0.128055,-0.140806,-0.137393;REVB=0.00946557,0.00500825,0.00545097,0.00455324;RO=0;SAF=2,2,2,2;SAR=2,4,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=0.216881,-0.00147757,0.0828725,0.00848291;OID=.,.,.,.;OPOS=76838930,76838941,76838940,76838940;OREF=AAAA,A,A,AAAAAAG;OALT=-,G,G,GAAAAGA;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGAAAAG,TAAAAAAAAAAGAAAAAG,TAAAAAAAAAAGAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.266667,0.533333,0.1,0.1:4,6,2,3:34:8,16,3,3:30:0:2,7,3,2:6,9,0,1:0:0:37:0:2,2,2,2:2,4,0,1:0:0 chr4 76857309 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0121146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9027;QD=16.7275;RBI=0.0254115;REFB=0.0260366;REVB=-0.0223378;RO=19;SAF=14;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296927;STB=0.674439;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0321951;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:2:14:13:6:2:14:13:6 chr4 76878688 . G A 223.86 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00651342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.073;QD=19.4659;RBI=0.0281371;REFB=-0.0278229;REVB=-0.0273728;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0285554;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:21:22:0.478261:8:13:12:12:8:14:12:12 chr4 76942943 . C G 1320.67 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3872;QD=62.1492;RBI=0.0393076;REFB=0;REVB=-0.00643026;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294593;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr4 76943137 . G C 1552.4 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0718248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1322;QD=62.7231;RBI=0.0721244;REFB=-0.0917436;REVB=0.00656781;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886572;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0012969;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:53:45:0:1:53:45:0:1 chr4 76955914 . T C 742.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.753;QD=61.8501;RBI=0.0657823;REFB=0;REVB=0.0454929;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127476;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:48:0:0:42:48:1:23:19:0:0:26:22:0:0 chr4 76956188 . T C 759.08 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0042308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.478;QD=53.2685;RBI=0.015639;REFB=-0.13354;REVB=0.0150558;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.526306;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000503772;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:18:37:0:0:18:37:0:2 chr4 77021433 . C T 249.08 PASS AF=0.621622;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00301155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.68;QD=26.9279;RBI=0.00548369;REFB=-0.0135157;REVB=0.00458273;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390861;STB=0.514693;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0084531;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:13:14:21:23:0.621622:14:7:5:8:14:9:6:8 chr4 77033590 . C T 366.8 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0233302;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.384;QD=13.8416;RBI=0.0255086;REFB=-0.0337004;REVB=-0.0103145;RO=60;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143809;STB=0.582695;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0570299;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:60:63:42:43:0.40566:26:16:31:29:27:16:32:31 chr4 77055474 . A G 564.9 PASS AF=0.554455;AO=53;DP=100;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0197012;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.022;QD=22.3723;RBI=0.0214988;REFB=-0.00184686;REVB=-0.00860585;RO=45;SAF=18;SAR=35;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114256;STB=0.575317;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0034626;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:45:45:53:56:0.554455:35:18:10:35:35:21:10:35 chr4 77057501 . A G 454.15 PASS AF=0.393939;AO=51;DP=131;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00901424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.461;QD=13.762;RBI=0.0259748;REFB=-0.00648674;REVB=0.0243605;RO=80;SAF=26;SAR=25;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290833;STB=0.507573;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.010939;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:80:80:51:52:0.393939:25:26:41:39:26:26:41:39 chr4 77065318 . C CTGT,T 512.28 PASS AF=0.347222,0.0625;AO=49,10;DP=147;FAO=50,9;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=31,6;FSAR=19,3;FSRF=59;FSRR=26;FWDB=0.0123178,-0.0226193;FXX=0.0136977;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=136.238,198.732;QD=14.2299;RBI=0.0125146,0.0251881;REFB=-0.0100415,-0.0101733;REVB=0.00221078,-0.011082;RO=86;SAF=30,7;SAR=19,3;SRF=60;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103534,0.00326014;STB=0.550705,0.528394;STBP=0.399,0.864;TYPE=ins,snp;VARB=0.014132,0.0403182;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:144:86:85:49,10:50,9:0.347222,0.0625:19,3:30,7:60:26:19,3:31,6:59:26 chr4 77065580 . T C 540.31 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00983154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.201;QD=18.0102;RBI=0.0135135;REFB=-0.00882163;REVB=-0.00927127;RO=63;SAF=33;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112767;STB=0.562588;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0118527;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:24:33:29:34:24:33:29:34 chr4 77105911 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00437064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.186;QD=13.2053;RBI=0.0462616;REFB=-0.0167927;REVB=0.0460546;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0148216;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr4 77192868 . G A 671.91 PASS AF=0.960784;AO=50;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0526256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5086;QD=52.6985;RBI=0.0532892;REFB=-0.069026;REVB=-0.0083833;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.50202;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0155272;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:50:49:0.960784:22:28:0:1:22:27:1:1 chr4 77201487 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.291;QD=61.6816;RBI=0.0608464;REFB=0;REVB=-0.026798;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115313;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr4 77637502 . A C 449.18 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00580954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=17.4437;RBI=0.0382147;REFB=-0.0103038;REVB=0.0377705;RO=54;SAF=35;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257296;STB=0.632473;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0181581;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:48:49:0.475728:13:35:26:28:14:35:26:28 chr4 77660162 . G C 212.89 PASS AF=0.38806;AO=27;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0755855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0885;QD=12.7098;RBI=0.0896026;REFB=-0.0462878;REVB=-0.0481193;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456055;STB=0.509957;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0730397;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:27:26:0.38806:11:16:22:18:11:15:23:18 chr4 77660731 . C G 553.05 PASS AF=0.53;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00265026;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.166;QD=22.1221;RBI=0.022484;REFB=-0.0268985;REVB=0.0223272;RO=33;SAF=21;SAR=31;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171068;STB=0.548121;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0126816;OID=.;OPOS=77660731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:33:41:52:53:0.53:31:21:6:27:32:21:12:29 chr4 77662248 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.532;QD=26.0262;RBI=0.0530392;REFB=-0.120177;REVB=-0.018864;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0480664;OID=.;OPOS=77662248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr4 77675505 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000266491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.305;QD=17.588;RBI=0.0302169;REFB=-0.0325983;REVB=-0.0302157;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964222;STB=0.50549;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0353434;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:15:13:10:12:15:13 chr4 77816130 . TA AT,T 149.55 PASS AF=0.0235294,0.341176;AO=5,22;DP=85;FAO=2,29;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=0,14;FSAR=2,15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.109898,0.261885;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=25.5259,15.4622;QD=7.0374;RBI=0.111969,0.261885;REFB=-0.00292463,-0.0200815;REVB=-0.0214377,0.000247528;RO=49;SAF=1,9;SAR=4,13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.234747,0.0259072;STB=0.994344,0.524983;STBP=0.186,0.739;TYPE=mnp,del;VARB=0.0985144,0.0448305;OID=.,.;OPOS=77816130,77816131;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:85:85:49:54:5,22:2,29:0.0235294,0.341176:4,13:1,9:19:30:2,15:0,14:24:30 chr4 78638730 . T C 1107.75 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0371316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9123;QD=57.5454;RBI=0.11287;REFB=-0.134555;REVB=0.106588;RO=2;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378009;STB=0.519995;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00298307;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:24:51:0:2:24:51:0:2 chr4 78669454 . A G 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.182;QD=59.4473;RBI=0.0174746;REFB=-0.0105417;REVB=0.0021546;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000271115;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:21:27:0:0:21:27:2:0 chr4 78740132 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7683;QD=39.2066;RBI=0.0970575;REFB=0;REVB=-0.0355008;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00761766;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 78987157 . A G 1460.31 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.444;QD=62.809;RBI=0.047534;REFB=0;REVB=0.0229099;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36085e-05;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:50:41:0:0:51:42:0:0 chr4 78989672 . G C 324.29 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0305118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.916;QD=11.9006;RBI=0.0316913;REFB=-0.00898301;REVB=0.00856541;RO=69;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182524;STB=0.604343;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0177435;OID=.;OPOS=78989672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:69:40:40:0.366972:16:24:30:39:16:24:30:39 chr4 78989716 . T C 283.7 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0345119;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.719;QD=12.3347;RBI=0.0382404;REFB=-0.0121508;REVB=-0.0164698;RO=59;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125815;STB=0.572143;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0207329;OID=.;OPOS=78989716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:59:59:33:33:0.358696:17:16:22:37:17:16:22:37 chr4 79186047 . G A 359.25 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0467261;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0668;QD=19.419;RBI=0.0469961;REFB=-0.00104614;REVB=-0.00503073;RO=36;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165749;STB=0.586806;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00179883;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:37:37:37:0.5:12:25:18:18:12:25:19:18 chr4 79186171 . G A 771.66 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114459;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.044;QD=57.1596;RBI=0.0345775;REFB=0;REVB=0.0326281;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38453e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr4 79205699 . T A 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00344939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.99;QD=16.4182;RBI=0.0119948;REFB=-0.0251177;REVB=-0.0114881;RO=57;SAF=14;SAR=34;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141552;STB=0.585652;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0332351;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:34:14:24:33:34:14:25:33 chr4 79238649 . T C 769.52 PASS AF=0.513699;AO=73;DP=145;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0344487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.777;QD=21.0827;RBI=0.0367755;REFB=-0.00389669;REVB=0.0128733;RO=70;SAF=28;SAR=45;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144173;STB=0.573589;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00183145;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:70:71:73:75:0.513699:45:28:38:32:46:29:38:33 chr4 79240063 . A G 353.69 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.028684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9235;QD=18.6154;RBI=0.0617281;REFB=0.00853357;REVB=-0.0546588;RO=39;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190901;STB=0.510633;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0121485;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:14:23:25:14:14:23:25:14 chr4 79284694 . C T 359.5 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0172572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.969;QD=19.9725;RBI=0.0222026;REFB=-0.00311635;REVB=0.0139693;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527034;STB=0.529217;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00369298;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:20:17:14:21:20:17:14:21 chr4 79285091 . G A 316.99 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00131017;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.65;QD=17.6103;RBI=0.0156439;REFB=-0.00563357;REVB=-0.0155889;RO=38;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292738;STB=0.664791;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00527776;OID=.;OPOS=79285091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:34:34:0.472222:9:25:17:21:9:25:17:21 chr4 79300993 . G A 486.02 PASS AF=0.429907;AO=42;DP=105;FAO=46;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0166293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6319;QD=18.1688;RBI=0.100393;REFB=0.0542102;REVB=0.099006;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106146;STB=0.510634;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00152832;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:35:48:42:46:0.429907:21:21:22:13:23:23:23:25 chr4 79367882 . G T 393.14 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00496023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.345;QD=17.093;RBI=0.0204373;REFB=-0.00907429;REVB=-0.0198262;RO=50;SAF=24;SAR=17;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118912;STB=0.570437;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0133878;OID=.;OPOS=79367882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:51:41:41:0.445652:17:24:35:15:17:24:36:15 chr4 79372930 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.088;QD=57.1062;RBI=0.0193826;REFB=0;REVB=-0.0176762;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09117e-05;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr4 79385719 . G A 1705.25 PASS AF=0.958678;AO=116;DP=121;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00866655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.249;QD=56.3718;RBI=0.0177369;REFB=-0.215181;REVB=0.0154755;RO=5;SAF=50;SAR=66;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00248055;STB=0.501308;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00117892;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:121:121:5:5:116:116:0.958678:66:50:2:3:66:50:2:3 chr4 79387464 . A G 1159.76 PASS AF=0.97561;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00756083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7379;QD=56.5736;RBI=0.00994248;REFB=-0.0511956;REVB=-0.00645653;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192627;STB=0.500611;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00478671;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:82:2:2:76:80:0.97561:41:35:1:1:42:38:1:1 chr4 79400868 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.314;QD=57.5452;RBI=0.0173698;REFB=0;REVB=-0.00420176;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39508e-05;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr4 79845007 . C A 188.7 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00474982;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.701;QD=19.8634;RBI=0.018953;REFB=-0.0181283;REVB=0.0183482;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233619;STB=0.633648;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0158333;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:4:15:11:8:4:15:11:8 chr4 80329343 . T C 203.72 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0792492;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.436;QD=14.2958;RBI=0.0794234;REFB=-0.0197317;REVB=0.00525743;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820253;STB=0.625258;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0186049;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:18:33:22:24:0.421053:12:10:8:10:14:10:21:12 chr4 80827062 . T C 1656.92 PASS AF=0.934959;AO=115;DP=123;FAO=115;FDP=123;FR=.;FRO=8;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0107676;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.79;QD=53.8836;RBI=0.0115061;REFB=-0.0413374;REVB=0.00405573;RO=8;SAF=64;SAR=51;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380782;STB=0.520099;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000424337;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:123:123:8:8:115:115:0.934959:51:64:2:6:51:64:2:6 chr4 80828555 . G A 299.06 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00693903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.129;QD=16.1654;RBI=0.0185582;REFB=-0.0146304;REVB=-0.0172122;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691267;STB=0.535633;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0175952;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:41:32:33:0.445946:13:19:21:19:14:19:21:20 chr4 80905989 . GC G,GG 405.57 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=10,17;DP=27;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754648,0.0688645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.204,225.583;QD=55.9405;RBI=0.0768695,0.0707691;REFB=0,0;REVB=0.0146278,0.0163075;RO=0;SAF=9,15;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0141451,0.00951551;OID=.,.;OPOS=80905990,80905990;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.931034:10,17:27:2,27:29:0:2,24:0,3:0:0:10:0:9,15:1,2:0:0 chr4 80977078 . T G 1249.35 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408676;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9137;QD=61.6962;RBI=0.0583193;REFB=0;REVB=0.0416051;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334076;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr4 81124596 . G C 1047.98 PASS AF=0.55618;AO=98;DP=178;FAO=99;FDP=178;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0425907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0617;QD=23.5501;RBI=0.0550711;REFB=-0.00343647;REVB=0.0349121;RO=80;SAF=48;SAR=50;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290013;STB=0.510665;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00362607;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:80:79:98:99:0.55618:50:48:42:38:50:49:41:38 chr4 81207963 . A G 202.77 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0120753;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.892;QD=20.797;RBI=0.0734637;REFB=-0.0269524;REVB=-0.0724645;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965613;STB=0.554089;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0279274;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:15:4:6:14:15:4 chr4 81529518 . T C 1148.22 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304578;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.265;QD=60.4328;RBI=0.0822483;REFB=0;REVB=0.076401;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189941;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:35:41:0:0 chr4 81967188 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.65;QD=55.3392;RBI=0.0516374;REFB=0;REVB=-0.00520479;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244022;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:48:54:1:28:20:0:0:29:25:0:0 chr4 81974809 . T C 954.66 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0435765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.611;QD=54.5518;RBI=0.0581957;REFB=-0.175278;REVB=0.0385724;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022494;STB=0.517642;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00164667;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:41:26:0:2:41:26:0:3 chr4 81975088 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.998;QD=55.0985;RBI=0.0468167;REFB=0;REVB=-0.00227083;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401835;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr4 81977668 . T A 35.74 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0168226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.9495;QD=2.91776;RBI=0.0598788;REFB=-0.00318881;REVB=-0.0574672;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503848;STB=0.832224;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.157129;OID=.;OPOS=81977668;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:33:42:6:6:0.122449:5:1:20:13:5:1:23:19 chr4 81977730 . A T 1428.64 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.856;QD=60.7933;RBI=0.0294394;REFB=-0.151333;REVB=0.00153409;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000967768;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:0:1:92:93:0.989362:56:36:0:0:57:36:0:1 chr4 82092870 . A G 923.5 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911131;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.764;QD=58.6346;RBI=0.0295438;REFB=0;REVB=-0.0281037;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81661e-05;OID=.;OPOS=82092870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr4 83274634 . C T 370.04 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0607447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1385;QD=19.7357;RBI=0.063105;REFB=-0.00795643;REVB=-0.0170973;RO=35;SAF=10;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193101;STB=0.597647;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00696383;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:28:10:16:19:28:10:16:21 chr4 83406520 . A G 209.53 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0584252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2673;QD=20.9527;RBI=0.0588856;REFB=0.0145887;REVB=-0.00734963;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.595654;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0147913;OID=.;OPOS=83406520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:21:21:0.525:9:12:6:12:9:12:7:12 chr4 83551007 . G A 249.55 PASS AF=0.482759;AO=25;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0323566;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.517;QD=17.2103;RBI=0.033704;REFB=-0.0104563;REVB=-0.00943443;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276792;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0127534;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:30:25:28:0.482759:15:10:12:16:16:12:13:17 chr4 83551119 . T C 154.72 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0937458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.059;QD=14.7354;RBI=0.0967591;REFB=-0.0273462;REVB=0.0239591;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203238;STB=0.618896;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0239565;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:13:4:10:15:13:4:10:15 chr4 83582211 . C G 211.26 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0157669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.398;QD=22.8387;RBI=0.0295313;REFB=-0.0265471;REVB=-0.02497;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249843;STB=0.643638;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0297463;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:20:21:0.567568:10:10:13:3:11:10:13:3 chr4 83788344 . A T 850.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.883;QD=57.6454;RBI=0.0449748;REFB=0;REVB=0.0347579;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120737;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:22:37:0:0 chr4 83792555 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7038;QD=49.5991;RBI=0.0612907;REFB=0;REVB=-0.0501891;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00271982;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr4 83795806 . T C 718.1 PASS AF=0.981132;AO=40;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0553522;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.6269;QD=54.1963;RBI=0.12685;REFB=-0.127839;REVB=-0.114136;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.012509;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:40:52:0.981132:15:25:0:0:27:25:1:0 chr4 83838217 . G A 1633.37 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391798;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.659;QD=60.4952;RBI=0.00638249;REFB=0;REVB=-0.00503842;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153202;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr4 83838262 . G T 1996.46 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.363;QD=61.9057;RBI=0.0423441;REFB=0;REVB=0.0349825;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74193e-05;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:129:0:0:122:129:1:56:66:0:0:60:69:0:0 chr4 83839799 . A G 940.93 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.566;QD=57.0261;RBI=0.0334518;REFB=-0.037022;REVB=-0.0239663;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000321025;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:36:29:0:1:36:29:0:1 chr4 83900043 . A G 1138.99 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942216;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.287;QD=60.7459;RBI=0.0117507;REFB=0;REVB=-0.00702158;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234687;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:42:33:0:0 chr4 84191031 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.353;QD=53.9109;RBI=0.0643313;REFB=0;REVB=0.0526616;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622383;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr4 84230619 . T C 229.16 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0859774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8597;QD=45.8315;RBI=0.0880419;REFB=-0.03023;REVB=0.0189543;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00556657;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr4 84364751 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.592;QD=63.2856;RBI=0.0214244;REFB=0;REVB=0.0189168;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83486e-05;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr4 84370091 . A G 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.358;QD=61.3215;RBI=0.0256939;REFB=0;REVB=-0.00129462;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79254e-05;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr4 84374349 . GAAAAAAAT GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT 61.68 PASS AF=0.428571,0,0;AO=3,5,3;DP=25;FAO=9,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.070268,0.034424,-0.0358455;FXX=0.0869187;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=20.995,9.80931,11.0802;QD=11.7488;RBI=0.0830711,0.0363524,0.0466057;REFB=-0.0268468,-0.0594881,-0.0295151;REVB=-0.0443082,-0.0116826,0.0297857;RO=7;SAF=3,5,3;SAR=0,0,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.590815,0.683376,0.590815;STB=0.571253,0.5,0.5;STBP=0.76,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0208255,0,0.0500147;OID=.,.,.;OPOS=84374356,84374350,84374356;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0,0:3,5,3:25:9,0,0:21:12:8,0,0:1,0,0:10:2:60:7:3,5,3:0,0,0:6:1 chr4 84374480 . C T 1394.56 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9242;QD=62.6768;RBI=0.0584072;REFB=0;REVB=0.0557511;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150905;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr4 84376743 . A T 769.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.705;QD=56.9957;RBI=0.0802929;REFB=0;REVB=-0.0112143;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241468;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr4 84380955 . G T 769.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.713;QD=56.9829;RBI=0.0342003;REFB=0;REVB=0.0338108;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50853e-05;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:28:24:0:0:29:25:0:0 chr4 84382552 . A T 1037.78 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.268;QD=58.4665;RBI=0.0186166;REFB=0;REVB=0.00541826;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4759e-05;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:35:36:0:0 chr4 84383810 . C T 1204.81 PASS AF=0.987654;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.003;QD=59.4969;RBI=0.0281473;REFB=-0.0201617;REVB=0.021454;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114041;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.04133e-05;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:81:1:1:77:80:0.987654:41:36:0:1:42:38:0:1 chr4 85762385 . T C 643.42 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0161228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.736;QD=16.6043;RBI=0.016589;REFB=-0.0230124;REVB=0.0039049;RO=85;SAF=35;SAR=35;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290038;STB=0.516124;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0260232;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:85:70:70:0.451613:35:35:45:40:35:35:45:40 chr4 86021740 . TC T,TT 839.44 PASS AF=0.0338983,0.966102;AO=8,51;DP=59;FAO=2,57;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027843,0.024661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.213,275.69;QD=56.9111;RBI=0.028175,0.025558;REFB=0,0;REVB=0.00431214,0.00671163;RO=0;SAF=2,31;SAR=6,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,4.13361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00143801,0.00170936;OID=.,.;OPOS=86021741,86021741;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0338983,0.966102:8,51:59:2,57:59:0:0,33:2,24:0:0:5:0:2,31:6,20:0:0 chr4 86021765 . C T 917.2 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0655576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9397;QD=54.7583;RBI=0.065652;REFB=-0.160035;REVB=0.00351933;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248459;STB=0.512817;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0053952;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:27:37:2:0:27:38:2:0 chr4 86021800 . A T 375.52 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0511863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8113;QD=17.2653;RBI=0.0529434;REFB=-0.0101922;REVB=0.0135264;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354429;STB=0.513381;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0165701;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:39:40:0.45977:18:21:27:20:18:22:27:20 chr4 86021967 . C T 948.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.95;QD=58.3493;RBI=0.0271084;REFB=0;REVB=0.0264242;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44149e-05;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr4 86021976 . T A 108.46 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00279746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.543;QD=7.74714;RBI=0.00283395;REFB=-0.00149978;REVB=-0.000453315;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214953;STB=0.689431;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0066239;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:40:16:16:0.285714:10:6:14:10:10:6:26:14 chr4 86915848 . T C 326.72 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000455197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4601;QD=20.4203;RBI=0.016518;REFB=-0.00574146;REVB=0.0165117;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127044;STB=0.575824;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00308479;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:33:34:0.53125:16:17:11:19:16:18:11:19 chr4 86915923 . G A 246.24 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00896372;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.024;QD=23.4517;RBI=0.0725545;REFB=-0.00807913;REVB=-0.0719987;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040151;STB=0.522369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0067212;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:7:16:14:5:7:16:14:5 chr4 86922187 . A T 243.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00276659;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.079;QD=14.9834;RBI=0.00311411;REFB=0.00283004;REVB=-0.00142957;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463095;STB=0.517844;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00306739;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:37:28:28:0.430769:16:12:18:20:16:12:17:20 chr4 86937714 . TC T,TT 40.63 PASS AF=0.166667,0.05;AO=8,5;DP=62;FAO=10,3;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=6,1;FSAR=4,2;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0668049,-0.0500859;FXX=0.0476115;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1326,22.221;QD=2.70848;RBI=0.0676713,0.0625121;REFB=-0.078879,-0.0439337;REVB=0.0107939,0.0374053;RO=39;SAF=3,1;SAR=5,4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0123901,-0.24179;STB=0.704327,0.507413;STBP=0.184,0.952;TYPE=del,snp;VARB=0.121048,0.0574637;OID=.,.;OPOS=86937715,86937715;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.05:8,5:62:10,3:60:47:6,1:4,2:16:31:27:39:3,1:5,4:15:24 chr4 86950387 . A T 353.78 PASS AF=0.463415;AO=35;DP=79;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00131724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.428;QD=17.2576;RBI=0.00573442;REFB=-0.0139717;REVB=0.00558107;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104598;STB=0.512189;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0192174;OID=.;OPOS=86950387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:43:44:35:38:0.463415:15:20:20:23:19:19:21:23 chr4 87024409 . T C 538.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.776;QD=59.8167;RBI=0.0592953;REFB=0;REVB=0.0326098;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286344;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 87684031 . A G 844.77 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0628;QD=57.2727;RBI=0.0198629;REFB=0;REVB=0.016542;RO=0;SAF=48;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04119e-05;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:10:48:0:0:10:49:0:0 chr4 87809020 . C G,T 718.06 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060296,-0.0273546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.7137,47.1418;QD=56.3188;RBI=0.0681916,0.0286372;REFB=0,0;REVB=0.0318509,-0.00847441;RO=0;SAF=27,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00629514,-0.0047258;OID=.,.;OPOS=87809020,87809020;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:22,1:27,1:0:0:22,1:27,1:0:0 chr4 87809387 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.857;QD=62.6709;RBI=0.0386054;REFB=0;REVB=-0.027976;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31324e-06;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr4 87968220 . C G 254.02 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0381283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.294;QD=21.6185;RBI=0.0441906;REFB=-0.0101857;REVB=-0.0223392;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546921;STB=0.5307;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00561871;OID=.;OPOS=87968220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:13:10:9:15:13:10 chr4 88056925 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.862;QD=52.6129;RBI=0.0520898;REFB=0;REVB=-0.0517838;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023596;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr4 88058340 . C G 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5577;QD=57.6671;RBI=0.0997513;REFB=0;REVB=-0.00324823;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187947;OID=.;OPOS=88058340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 103.16 PASS AF=0,1;AO=3,3;DP=9;FAO=0,10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828503,0.119915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=105.817,152.403;QD=41.2638;RBI=0.103384,0.156263;REFB=0,0;REVB=-0.0618386,0.100193;RO=0;SAF=3,0;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00245672;OID=.,.;OPOS=88059673,88059643;OREF=GTC,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,3:9:0,10:10:0:0,5:0,5:0:0:4:0:3,0:0,3:0:0 chr4 88258483 . T C 877.04 PASS AF=0.927536;AO=55;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.049461;FXX=0.0142837;HRUN=6;LEN=1;MLLD=79.0089;QD=50.8431;RBI=0.0498572;REFB=-0.00329548;REVB=-0.0062735;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514468;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000472927;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:70:69:0:5:55:64:0.927536:24:31:0:0:26:38:2:3 chr4 88333389 . G A 371.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2543;QD=55.0524;RBI=0.0121314;REFB=0;REVB=0.00414009;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340629;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr4 88333400 . A T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.268;QD=54.5158;RBI=0.0955181;REFB=0;REVB=0.0954731;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430898;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr4 88401616 . A G 1522.48 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516717;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.961;QD=63.4365;RBI=0.0562459;REFB=0;REVB=0.0222179;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012998;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:50:44:0:0:51:45:0:0 chr4 88416223 . A G 1510.63 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1887;QD=59.2402;RBI=0.042043;REFB=0;REVB=0.0183347;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106831;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:96:102:1:49:47:0:0:50:52:0:0 chr4 88583135 . A T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000382417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.512;QD=20.6006;RBI=0.0361652;REFB=-0.0327123;REVB=0.0361631;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155274;STB=0.587541;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0318372;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:11:8:12:8:11:8 chr4 88584148 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0611586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9052;QD=15.1659;RBI=0.061299;REFB=-0.00155795;REVB=0.00414646;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105827;STB=0.560897;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0047637;OID=.;OPOS=88584148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:6:14:9:6:6:14 chr4 88584160 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0274087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.471;QD=13.7531;RBI=0.0292231;REFB=-0.0135256;REVB=-0.0101366;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106439;STB=0.561719;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0177757;OID=.;OPOS=88584160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:7:16:9:6:7:16 chr4 88732531 . T C 263.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.601;QD=50.271;RBI=0.074085;REFB=0;REVB=0.0732059;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337321;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:11:10:0:0 chr4 88732746 . A G 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.88;QD=62.662;RBI=0.0691764;REFB=0;REVB=0.0533372;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300167;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr4 88732874 . A G 836.48 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114555;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.092;QD=56.7102;RBI=0.0173941;REFB=-0.12951;REVB=-0.0130892;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110481;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:59:0:0:56:59:1:29:27:0:0:31:28:0:0 chr4 88898941 . C T 401.71 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0284925;FXX=0.0540468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0849;QD=22.9549;RBI=0.0350924;REFB=-0.0184148;REVB=-0.0204854;RO=31;SAF=24;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209364;STB=0.615325;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00925558;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:31:31:39:39:0.557143:15:24:11:20:15:24:11:20 chr4 88902692 . T C 786.81 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.605;QD=64.2291;RBI=0.0614627;REFB=0;REVB=0.0603861;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260202;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:24:25:0:0 chr4 88903853 . C T 1237.19 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0274475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.351;QD=56.8824;RBI=0.0317681;REFB=-0.0677488;REVB=0.0159953;RO=4;SAF=23;SAR=60;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029464;STB=0.501557;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00331337;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:87:87:4:4:83:83:0.954023:60:23:1:3:60:23:1:3 chr4 88921446 . G C 1365.07 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252595;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1355;QD=61.3514;RBI=0.0387764;REFB=-0.0595715;REVB=0.0294205;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00772747;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:45:43:0:1:45:43:0:1 chr4 88921512 . G A 1139.12 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0046182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.802;QD=59.1753;RBI=0.0149502;REFB=0.0733709;REVB=-0.014219;RO=1;SAF=29;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160369;STB=0.508472;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000258485;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:47:29:1:0:47:29:1:0 chr4 89052323 . G T 386.68 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0111053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.062;QD=18.1966;RBI=0.0150304;REFB=0.00171911;REVB=-0.0101284;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173676;STB=0.601813;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00226024;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:22:18:28:16:22:18:29:16 chr4 89061114 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00460199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.161;QD=16.0642;RBI=0.0143299;REFB=0.00336765;REVB=-0.0135708;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834687;STB=0.547134;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00284322;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:14:17:12:14:14:17 chr4 89182518 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.131;QD=51.9153;RBI=0.0902848;REFB=0;REVB=0.0472306;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr4 89251403 . G A 764.12 PASS AF=0.473373;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.02595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=18.0856;RBI=0.0281604;REFB=-0.017944;REVB=-0.0109364;RO=88;SAF=38;SAR=42;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452212;STB=0.527943;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0214022;OID=.;OPOS=89251403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:88:89:80:80:0.473373:42:38:46:42:42:38:47:42 chr4 89319296 . T C 104.53 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0463264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8677;QD=19.9099;RBI=0.131623;REFB=-0.0527349;REVB=0.123201;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209806;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0462987;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:7:2:6:6:7:2 chr4 89397091 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.378;QD=59.6776;RBI=0.0064855;REFB=0;REVB=0.00514147;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6901e-05;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr4 89415394 . CTT CT,CTC 1350.95 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=12,77;DP=90;FAO=10,80;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=10,35;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550355,0.0567152;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.6744,43.6238;QD=60.0421;RBI=0.0610085,0.0594415;REFB=0,0;REVB=-0.0263272,0.0177956;RO=0;SAF=10,35;SAR=2,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0616699,-0.0059167;OID=.,.;OPOS=89415395,89415396;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:12,77:90:10,80:90:0:10,35:0,45:0:0:32:0:10,35:2,42:0:0 chr4 89577214 . A T 1451.84 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.039606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.416;QD=59.8696;RBI=0.0412413;REFB=-0.0385074;REVB=0.0114982;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538496;STB=0.501291;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000822533;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:2:3:94:94:0.969072:59:35:1:1:59:35:1:2 chr4 89607905 . A G 1283.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5337;QD=61.8392;RBI=0.0387607;REFB=0;REVB=0.0351038;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32505e-05;OID=.;OPOS=89607905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr4 89618837 . T C 428.16 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.829;QD=57.0876;RBI=0.0168875;REFB=0;REVB=-0.00233382;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70957e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 89619276 . A G 941.04 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272505;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.453;QD=58.815;RBI=0.0351934;REFB=0;REVB=0.0222707;RO=0;SAF=5;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8919e-05;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:58:5:0:0:58:6:0:0 chr4 89625427 . G C 734.73 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0205216;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.359;QD=51.5599;RBI=0.0256458;REFB=-0.0352617;REVB=0.0153809;RO=3;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357656;STB=0.51898;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000625411;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:3:3:54:54:0.947368:38:16:0:3:38:16:0:3 chr4 89647797 . AAACA AAAAA,AAAAT,AAA,AA 495.62 PASS AF=0,0,0.942857,0.0571429;AO=9,2,16,9;DP=42;FAO=0,0,33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19,1;FSAR=0,0,14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127321,-0.0173841,-0.00755321,-0.004437;FXX=0.0789266;HRUN=1,1,1,7;LEN=1,2,2,3;MLLD=222.895,78.6137,234.892,229.931;QD=56.6423;RBI=0.0200226,0.0205615,0.0186492,0.0180658;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0154531,0.0109803,0.0170512,0.0175125;RO=0;SAF=5,2,11,1;SAR=4,0,5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,del,del;VARB=0,0,0.010653,0.00472535;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799,89647798;OREF=C,CA,AC,AAC;OALT=A,AT,-,-;OMAPALT=AAAAA,AAAAT,AAA,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.942857,0.0571429:9,2,16,9:42:0,0,33,2:35:0:0,0,19,1:0,0,14,1:0:0:8:0:5,2,11,1:4,0,5,8:0:0 chr4 89648695 . TA T,TT 60.77 PASS AF=0.458333,0.0416667;AO=7,2;DP=24;FAO=11,1;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0;FSAR=10,1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0879854,0.232629;FXX=0.039984;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=11.5438,14.0004;QD=10.1289;RBI=0.196862,0.241308;REFB=-0.0849639,-0.0880544;REVB=0.176105,0.0641377;RO=11;SAF=0,0;SAR=7,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74148,-0.523246;STB=0.734751,0.98645;STBP=0.127,0.516;TYPE=del,snp;VARB=0.122057,-0.00882989;OID=.,.;OPOS=89648696,89648696;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333,0.0416667:7,2:24:11,1:24:12:1,0:10,1:4:8:52:11:0,0:7,2:4:7 chr4 89653257 . G A 1897.56 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.164;QD=60.7218;RBI=0.0182968;REFB=-0.0932471;REVB=-0.0124992;RO=1;SAF=58;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812089;STB=0.504201;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-6.66874e-05;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:1:1:123:124:0.992:65:58:1:0:65:59:1:0 chr4 89668859 . C T 1751.01 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308492;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6538;QD=60.9046;RBI=0.0481243;REFB=0;REVB=-0.0369361;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021373;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr4 89670155 . C T 1305.29 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110106;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.1;QD=62.1569;RBI=0.0111593;REFB=0;REVB=-0.00181538;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33715e-06;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr4 90168415 . A T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.897;QD=10.473;RBI=0.00892449;REFB=-0.00276302;REVB=0.00472669;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525166;STB=0.531141;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00581284;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:19:16:7:10:19:16 chr4 90168572 . C T 310.18 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0105913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4294;QD=14.0991;RBI=0.0391816;REFB=-0.0278724;REVB=-0.037723;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828065;STB=0.531537;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.036583;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:50:53:34:35:0.397727:15:19:24:26:16:19:26:27 chr4 90169925 . A G 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.000555866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.769;QD=17.0321;RBI=0.00555661;REFB=-0.0149032;REVB=-0.00552874;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257126;STB=0.51469;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0210499;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:8:14:11:7:8:14 chr4 90874879 . T C 118.09 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0616356;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.704;QD=11.8087;RBI=0.061947;REFB=-0.00512979;REVB=0.00620377;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844256;STB=0.549929;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0113324;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:11:15:7:7:11:15 chr4 91291407 . C T 436.4 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00472439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.233;QD=15.4476;RBI=0.0121861;REFB=-0.0170611;REVB=0.0112331;RO=64;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324152;STB=0.518161;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0207546;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:26:23:28:36:26:23:28:36 chr4 91584992 . A G 529.87 PASS AF=0.408451;AO=57;DP=142;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00120626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3244;QD=14.9258;RBI=0.00729764;REFB=-0.007069;REVB=-0.00719725;RO=84;SAF=33;SAR=24;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717276;STB=0.544588;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00556719;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:84:57:58:0.408451:24:33:43:41:24:34:43:41 chr4 91585003 . T C 845.39 PASS AF=0.569343;AO=78;DP=137;FAO=78;FDP=137;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.049423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.29;QD=24.683;RBI=0.0561716;REFB=-0.0277451;REVB=0.0266948;RO=59;SAF=37;SAR=41;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803799;STB=0.543796;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0110976;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:59:59:78:78:0.569343:41:37:34:25:41:37:34:25 chr4 91585060 . A T 290.85 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00591433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.84;QD=11.9938;RBI=0.013744;REFB=-0.0198844;REVB=0.0124064;RO=63;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037662;STB=0.521726;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.040689;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:20:14:28:35:20:14:28:35 chr4 91648353 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0201498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.333;QD=11.9536;RBI=0.0233042;REFB=0.00705987;REVB=-0.0117078;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0074251;OID=.;OPOS=91648353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr4 92240278 . A T 561.61 PASS AF=0.461538;AO=40;DP=145;FAO=66;FDP=143;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=77;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.031035;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3733;QD=15.7093;RBI=0.164262;REFB=-0.00303228;REVB=0.161303;RO=47;SAF=22;SAR=18;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129941;STB=0.564029;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0128546;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:47:77:40:66:0.461538:18:22:32:15:37:29:43:34 chr4 92240802 . C T 353.21 PASS AF=0.405941;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0113079;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7339;QD=13.9884;RBI=0.022566;REFB=-0.0412933;REVB=-0.0195283;RO=57;SAF=27;SAR=13;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503162;STB=0.516464;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0313488;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:60:40:41:0.405941:13:27:36:21:14:27:38:22 chr4 92246344 . G A 488.14 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00663572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.614;QD=16.8323;RBI=0.00721788;REFB=-0.0306142;REVB=0.0028399;RO=63;SAF=20;SAR=33;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681572;STB=0.538029;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0398223;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:33:20:28:35:33:20:28:35 chr4 93218684 . TA AT,T 132.9 PASS AF=0.0895522,0.343284;AO=9,16;DP=64;FAO=6,23;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=0,3;FSAR=6,20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0373711,0.199983;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=108.923,11.6455;QD=7.93452;RBI=0.0819206,0.263511;REFB=0.000905891,-0.0371005;REVB=-0.0728998,-0.171594;RO=33;SAF=0,3;SAR=9,13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.760783,-0.490223;STB=0.998412,0.831683;STBP=0.006,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.114243,0.027082;OID=.,.;OPOS=93218684,93218685;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:64:67:33:38:9,16:6,23:0.0895522,0.343284:9,13:0,3:20:13:6,20:0,3:23:15 chr4 94316763 . T G 541.16 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00397628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2506;QD=24.8809;RBI=0.0181844;REFB=0.0145295;REVB=0.0177444;RO=36;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109652;STB=0.56563;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0112194;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:36:37:50:50:0.574713:28:22:21:15:28:22:22:15 chr4 95134165 . C G 789.8 PASS AF=1;AO=30;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8828;QD=52.6531;RBI=0.107878;REFB=0;REVB=0.107428;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951297;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:30:60:1:13:17:0:0:24:36:0:0 chr4 95169682 . G T 988.19 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0294819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6776;QD=54.8994;RBI=0.0485374;REFB=-0.115492;REVB=0.0385576;RO=2;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022501;STB=0.517642;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0192766;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:41:28:0:2:41:28:0:3 chr4 95170839 . G A 1556.93 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.56;QD=63.5483;RBI=0.0342114;REFB=0;REVB=0.0240196;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06525e-06;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:35:62:0:0:35:63:0:0 chr4 95173779 . T C 1171.55 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8718;QD=60.8596;RBI=0.0335643;REFB=0;REVB=0.0303443;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275795;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr4 95174412 . T G 370.21 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0143379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5594;QD=19.7446;RBI=0.0535815;REFB=0.00425066;REVB=0.0516276;RO=37;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11941;STB=0.566005;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00383876;OID=.;OPOS=95174412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:15:23:27:10:15:23:27:10 chr4 95186055 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00782789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.908;QD=20.9025;RBI=0.0161522;REFB=-0.00599317;REVB=-0.0141287;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812778;STB=0.504502;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00503859;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:15:13:15:18:15:13 chr4 95197520 . C T 1522.66 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.024451;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.358;QD=62.7901;RBI=0.0247842;REFB=0.015094;REVB=-0.00405046;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106552;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0007925;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:51:44:1:0:51:45:1:0 chr4 95211610 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.264;QD=58.1407;RBI=0.0478683;REFB=0;REVB=-0.00666692;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128088;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr4 95503902 . T C 584.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0207;QD=59.9079;RBI=0.0437967;REFB=0;REVB=0.0226068;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141148;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:26:11:0:0:28:11:0:0 chr4 95531417 . A G 1118.93 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400448;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.423;QD=60.4829;RBI=0.0404086;REFB=0;REVB=0.00540989;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29202e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:34:40:0:0 chr4 95539267 . G A 868.47 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.96;QD=57.8983;RBI=0.0369257;REFB=0;REVB=0.0192069;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115758;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:33:25:0:0:34:26:0:0 chr4 95561459 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0100261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.091;QD=16.561;RBI=0.0321471;REFB=-0.0216807;REVB=0.0305436;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980875;STB=0.531622;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0214286;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:31:26:27:0.465517:18:8:12:18:18:9:12:19 chr4 95578588 . G A 1872.18 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613632;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.485;QD=61.3828;RBI=0.0147475;REFB=0;REVB=0.0134102;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117145;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:55:66:0:0:55:67:0:0 chr4 95587587 . T C 546.49 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0257323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5178;QD=23.2547;RBI=0.0406418;REFB=0.00872335;REVB=-0.031458;RO=42;SAF=25;SAR=26;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189291;STB=0.607671;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00770548;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:43:51:51:0.542553:26:25:11:31:26:25:11:32 chr4 95588075 . G A 447.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0310723;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9857;QD=20.3355;RBI=0.0506681;REFB=0.00926615;REVB=-0.040022;RO=43;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311175;STB=0.522717;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0094779;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:43:44:44:44:0.5:22:22:23:20:22:22:24:20 chr4 95588158 . C G 316.12 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0039517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.932;QD=20.0709;RBI=0.00846808;REFB=-0.0170847;REVB=0.00748949;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217468;STB=0.510198;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0153217;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:30:33:33:0.52381:18:15:12:16:18:15:13:17 chr4 96106322 . A G 550.14 PASS AF=0.433824;AO=58;DP=135;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0144362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.309;QD=16.1806;RBI=0.0167597;REFB=-0.00743116;REVB=0.00851379;RO=75;SAF=27;SAR=31;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942731;STB=0.563359;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0118845;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:75:77:58:59:0.433824:31:27:28:47:31:28:28:49 chr4 96123981 . C T 314.85 PASS AF=0.532258;AO=31;DP=60;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0196457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.59;QD=20.3126;RBI=0.0303568;REFB=-0.0287865;REVB=-0.0231426;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025641;STB=0.502957;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0333711;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:29:31:33:0.532258:18:13:13:16:18:15:13:16 chr4 96127869 . T G 238.74 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00764024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.519;QD=14.0436;RBI=0.0440016;REFB=-0.0123418;REVB=-0.0433332;RO=38;SAF=22;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189167;STB=0.60518;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0156389;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:40:27:28:0.411765:5:22:26:12:5:23:28:12 chr4 96169733 . G T 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0162602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4632;QD=17.7521;RBI=0.0619938;REFB=-0.00770532;REVB=-0.0598234;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547608;STB=0.540925;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00863227;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:14:11:13:13:14:11:14:13 chr4 96256616 . A G 398.58 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0244116;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2035;QD=23.4456;RBI=0.0280649;REFB=-0.0369949;REVB=0.013846;RO=29;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254437;STB=0.639131;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0298895;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:21:18:23:6:21:18:23:6 chr4 96256673 . G A 1103.87 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.29;QD=59.6687;RBI=0.00869128;REFB=0;REVB=-0.00759679;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183581;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr4 97270159 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000228974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.859;QD=59.8393;RBI=0.00872251;REFB=0;REVB=-0.0087195;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72458e-05;OID=.;OPOS=97270159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr4 99218039 . A C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0160018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.204;QD=15.101;RBI=0.0242126;REFB=-0.0141479;REVB=0.0181711;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.581326;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0171602;OID=.;OPOS=99218039;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:15:16:9:15:15:16 chr4 99218108 . G GA 99.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0152534;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.268;QD=6.64207;RBI=0.0318799;REFB=-0.0112059;REVB=0.0279939;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140947;STB=0.583694;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=0.0294467;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316667:19:60:19:60:41:12:7:21:20:99:41:12:7:21:20 chr4 99802070 . A C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00697052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.094;QD=20.4858;RBI=0.0160292;REFB=-0.0102064;REVB=-0.0144342;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231617;STB=0.632885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0103923;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:6:5:3:11:6:5 chr4 99850126 . A G 117.95 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0116029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4855;QD=11.5076;RBI=0.0258782;REFB=-0.00789392;REVB=-0.0231313;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480146;STB=0.742445;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0173505;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:26:14:15:0.365854:10:4:17:5:11:4:17:9 chr4 99952710 . A G 398.4 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00279087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.221;QD=13.0623;RBI=0.00340711;REFB=-0.00387553;REVB=0.00195435;RO=75;SAF=27;SAR=20;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741021;STB=0.542074;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00531217;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:75:47:47:0.385246:20:27:38:37:20:27:38:37 chr4 100045574 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.681;QD=48.6258;RBI=0.0520961;REFB=0.000883134;REVB=0.030873;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000348117;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:1:0:11:11:1:0 chr4 100045616 . C T 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00133525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.459;QD=52.152;RBI=0.0015629;REFB=0.0984589;REVB=0.00081227;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00343356;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:14:13:0:0:14:13:0:1 chr4 100045647 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.1;QD=53.2762;RBI=0.042797;REFB=0;REVB=0.0293916;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362549;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr4 100048414 . T C 877.97 PASS AF=1;AO=49;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980617;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.106;QD=56.6431;RBI=0.0402206;REFB=0;REVB=0.0390069;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366273;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:49:62:1:26:23:0:0:31:31:0:0 chr4 100052733 . C A 615.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.213;QD=58.6313;RBI=0.0106099;REFB=0;REVB=0.0102881;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010527;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:16:22:0:0:19:23:0:0 chr4 100062819 . A G 785.05 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.418;QD=57.0948;RBI=0.0496667;REFB=0;REVB=0.0427184;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111926;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:28:25:0:0:29:26:0:0 chr4 100064247 . G T 1266.1 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4413;QD=59.5812;RBI=0.0767013;REFB=-0.0817184;REVB=-0.021943;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248472;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:1:0:82:85:1:41:41:1:0:41:44:0:0 chr4 100064305 . C G 1297.23 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153103;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.884;QD=62.5173;RBI=0.0133369;REFB=0;REVB=0.0132487;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209702;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr4 100140306 . A T 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.663;QD=62.0017;RBI=0.0285372;REFB=0;REVB=0.0275979;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015203;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr4 100235053 . A G 1919.11 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0263677;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1181;QD=59.5072;RBI=0.0417469;REFB=0.0307689;REVB=-0.0323659;RO=3;SAF=58;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916499;STB=0.504825;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00115925;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:129:3:3:126:126:0.976744:68:58:2:1:68:58:2:1 chr4 100266133 . T C 709.4 PASS AF=0.469136;AO=72;DP=158;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.00227801;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.741;QD=17.5159;RBI=0.00991711;REFB=-0.0367082;REVB=0.00965193;RO=85;SAF=42;SAR=30;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406561;STB=0.519812;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.041222;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:85:86:72:76:0.469136:30:42:53:32:31:45:54:32 chr4 100268190 . A C 2741.24 PASS AF=0.994382;AO=175;DP=176;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0443967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9721;QD=61.6008;RBI=0.0459334;REFB=0.00316785;REVB=-0.0117818;RO=1;SAF=82;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576979;STB=0.502958;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000447825;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:178:1:1:175:177:0.994382:93:82:1:0:93:84:1:0 chr4 100341861 . C T 537.14 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0284906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3531;QD=21.7026;RBI=0.0429642;REFB=-0.0305904;REVB=-0.0321591;RO=42;SAF=19;SAR=31;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161273;STB=0.573961;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0323605;OID=.;OPOS=100341861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:99:42:48:50:51:0.515152:31:19:24:18:32:19:25:23 chr4 100443720 . G A 403.82 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0144139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.507;QD=19.4612;RBI=0.0512312;REFB=-0.00207965;REVB=-0.0491618;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826436;STB=0.545993;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00126486;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:15:26:23:19:15:26:23:19 chr4 100443782 . T C 1159.97 PASS AF=1;AO=54;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.559;QD=60.2583;RBI=0.0618853;REFB=0;REVB=0.0289822;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217657;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:54:77:1:22:32:0:0:31:46:0:0 chr4 100443784 . C G 362.42 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0304939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.893;QD=18.3504;RBI=0.030494;REFB=-0.00944342;REVB=-9.25132e-05;RO=38;SAF=28;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214882;STB=0.643836;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0134239;OID=.;OPOS=100443784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:41:38:38:0.481013:10:28:20:18:10:28:20:21 chr4 100443800 . G A 362.42 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00876708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.182;QD=20.7098;RBI=0.0115268;REFB=0.0101059;REVB=0.00748372;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948651;STB=0.552562;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0125963;OID=.;OPOS=100443800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:15:22:16:17:15:22:16:17 chr4 100443853 . A G 219.8 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.110947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8773;QD=17.5838;RBI=0.110964;REFB=0.0257908;REVB=-0.00193198;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.555506;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0291795;OID=.;OPOS=100443853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:18:10:10:12:18:10 chr4 100457117 . A ACAGT 802.91 PASS AF=0.921875;AO=58;DP=66;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00363085;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.14;QD=50.1819;RBI=0.0174529;REFB=-0.0118166;REVB=0.0170711;RO=5;SAF=36;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346584;STB=0.518782;STBP=0.344;TYPE=ins;VARB=0.00116405;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921875:58:66:59:64:5:37:22:2:3:21:5:36:22:2:3 chr4 100485255 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00908512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.188;QD=14.7976;RBI=0.018494;REFB=-0.0135275;REVB=0.0161087;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0154255;OID=.;OPOS=100485255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:9:4:4:7:9:4 chr4 100504575 . G C 435.46 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.035287;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4956;QD=25.9977;RBI=0.039615;REFB=-0.0248997;REVB=0.0180051;RO=26;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709163;STB=0.53878;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0148962;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:18:23:12:14:18:23:12:14 chr4 100504664 . T C 289.95 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00234318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1683;QD=11.8348;RBI=0.0292502;REFB=0.00528964;REVB=0.0291562;RO=60;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05889;STB=0.537431;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0264405;OID=.;OPOS=100504664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:64:34:34:0.346939:21:13:26:34:21:13:28:36 chr4 100510859 . T C 263.07 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0592069;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.581;QD=16.9722;RBI=0.0597482;REFB=-0.00813011;REVB=-0.00802449;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634834;STB=0.53569;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00970888;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:16:17:13:16:16:17 chr4 100510903 . A G 257.66 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0209254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5348;QD=19.8203;RBI=0.0220356;REFB=0.00251212;REVB=-0.00690614;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167146;STB=0.593152;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00140901;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:12:15:9:16:12:15:9:16 chr4 100512412 . T C 438.59 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0171295;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.156;QD=21.1367;RBI=0.0172401;REFB=-0.0183567;REVB=0.00194905;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720146;STB=0.549021;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0164895;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:38:40:43:43:0.518072:26:17:12:26:26:17:12:28 chr4 100516022 . C G 337.76 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00550799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.36;QD=15.0114;RBI=0.00567351;REFB=0.00178154;REVB=0.00136042;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195924;STB=0.610624;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0032022;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:21:16:33:20:21:16:33:20 chr4 100575398 . C T 392.12 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0145751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.43;QD=15.3772;RBI=0.0210845;REFB=-0.0174694;REVB=0.0152355;RO=58;SAF=22;SAR=22;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139959;STB=0.578397;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0237166;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:22:22:37:21:22:22:37:21 chr4 100575483 . G T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.079402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3674;QD=15.7815;RBI=0.0794302;REFB=-0.0077589;REVB=0.00211494;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577269;STB=0.532843;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0119865;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:13:16:14:9:13:16 chr4 100805207 . C A 1513.2 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.878;QD=59.9288;RBI=0.00895269;REFB=0;REVB=2.51951e-05;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47649e-06;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr4 101368661 . A G 114.26 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0199608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.527;QD=10.1568;RBI=0.030331;REFB=-0.0188977;REVB=-0.0228371;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108006;STB=0.506484;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0372504;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:13:18:8:6:13:18 chr4 101401161 . TAAC T 452.34 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0167997;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.401;QD=13.1112;RBI=0.0182863;REFB=-0.00607935;REVB=-0.00722205;RO=62;SAF=36;SAR=30;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169512;STB=0.505801;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.00721484;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485507:66:138:67:138:71:37:30:40:31:99:62:36:30:35:27 chr4 102251501 . T C 1809.6 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282803;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9251;QD=61.3423;RBI=0.0621473;REFB=0;REVB=0.05534;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0456e-05;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:119:118:1:52:67:0:0:51:67:0:0 chr4 102751276 . C T 1558.49 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113787;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.794;QD=59.3711;RBI=0.0123818;REFB=0;REVB=-0.00488193;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92235e-05;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:42:61:0:0:43:62:0:0 chr4 102816467 . C G 1821.71 PASS AF=0.991667;AO=120;DP=123;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125548;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.772;QD=60.7238;RBI=0.0364069;REFB=-0.00659942;REVB=0.0341736;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=5.67535e-05;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:120:0:1:120:119:0.991667:59:61:0:0:58:61:0:1 chr4 102965043 . T C 1112.81 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.912;QD=60.1518;RBI=0.0255498;REFB=0;REVB=0.0139327;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186291;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:38:34:0:0:38:36:0:0 chr4 103514658 . T C 1047.61 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834363;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.048;QD=59.8634;RBI=0.0124938;REFB=0;REVB=-0.00929944;RO=0;SAF=56;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87142e-06;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:14:56:0:0:14:56:0:0 chr4 103611845 . C T 412.16 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0087446;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0491;QD=26.5908;RBI=0.0177431;REFB=-0.0116581;REVB=-0.0154385;RO=23;SAF=32;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24147;STB=0.633218;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00904977;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:23:23:39:39:0.629032:7:32:13:10:7:32:13:10 chr4 103808862 . T C 114.94 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00252315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.138;QD=10.2166;RBI=0.0325797;REFB=-0.0130224;REVB=-0.0324818;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330135;STB=0.666444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0240011;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:31:13:14:0.311111:5:8:10:21:6:8:10:21 chr4 103866480 . G A 108.01 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0259286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.986;QD=13.0915;RBI=0.0282634;REFB=0.0107095;REVB=-0.0112485;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123637;STB=0.523328;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00658771;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:7:6:9:10:7:6:10:10 chr4 103911069 . C A,T 283.43 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=20,2;DP=22;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452087,-0.0100239;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.692,22.1479;QD=51.5322;RBI=0.0493553,0.0287171;REFB=0,0;REVB=-0.0198021,-0.0269108;RO=0;SAF=9,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0024629,0.0702616;OID=.,.;OPOS=103911069,103911069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:20,2:20,2:0.909091,0.0909091:11,0:9,2:0:0:11,0:9,2:0:0 chr4 104067223 . C CT,T 31.4 PASS AF=0.1,0;AO=11,4;DP=103;FAO=10,0;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0325545,-0.0182756;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=161.917,123.558;QD=1.2559;RBI=0.0334425,0.0232458;REFB=-0.00204795,-0.00975953;REVB=-0.00765549,0.0143656;RO=86;SAF=11,1;SAR=0,3;SRF=42;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658497,-0.207013;STB=0.77254,0.5;STBP=0.11,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.148785,0;OID=.,.;OPOS=104067224,104067223;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:103:100:86:90:11,4:10,0:0.1,0:0,3:11,1:42:44:2,0:8,0:46:44 chr4 106155185 . C G 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0258326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4329;QD=18.4378;RBI=0.0288446;REFB=-0.0217565;REVB=0.0128332;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284246;STB=0.659228;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0136663;OID=.;OPOS=106155185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:20:9:18:11:20:9:18:11 chr4 106155751 . G A 287.97 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0186925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.385;QD=18.5787;RBI=0.0462517;REFB=-0.0124594;REVB=0.0423061;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891329;STB=0.549807;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0121282;OID=.;OPOS=106155751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:16:15:12:19:16:15 chr4 106158216 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00632413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.947;QD=19.3437;RBI=0.0115481;REFB=0.0012641;REVB=-0.00966256;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166538;STB=0.594959;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00130101;OID=.;OPOS=106158216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:8:10:13:5:8:10 chr4 106159644 . T A 439.22 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.905;QD=53.2391;RBI=0.0280232;REFB=-0.18144;REVB=-0.00583966;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000577267;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:31:32:0.969697:16:15:0:0:16:16:1:0 chr4 106160243 . TG GT 41.01 PASS AF=0.135593;AO=7;DP=70;FAO=8;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0867741;FXX=0.0166639;HRUN=12;LEN=2;MLLD=19.7073;QD=2.78021;RBI=0.086924;REFB=-0.106781;REVB=-0.00510259;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348;STB=0.786139;STBP=0.152;TYPE=mnp;VARB=0.0615717;OID=.;OPOS=106160243;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:70:59:42:47:7:8:0.135593:6:1:16:26:7:1:18:29 chr4 106190862 . T C 410.23 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00804482;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.721;QD=20.5113;RBI=0.0290508;REFB=-0.0287302;REVB=-0.0279147;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103544;STB=0.500919;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253655;OID=.;OPOS=106190862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:40:41:0.5125:22:18:18:21:22:19:18:21 chr4 106317429 . C G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0329499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.425;QD=12.6374;RBI=0.0447233;REFB=-0.00238296;REVB=0.0302404;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188234;STB=0.611472;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00677252;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:11:10:4:9:11:10 chr4 106474096 . T C 721.86 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.638;QD=56.6165;RBI=0.00249496;REFB=0;REVB=0.00218378;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50692e-06;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr4 106566411 . C A 783.07 PASS AF=0.435185;AO=81;DP=212;FAO=94;FDP=216;FR=.;FRO=122;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.0136212;FXX=0.00917389;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5593;QD=14.5013;RBI=0.017074;REFB=-0.0512224;REVB=0.0102949;RO=95;SAF=51;SAR=30;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836589;STB=0.517739;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0593259;OID=.;OPOS=106566411;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:216:95:122:81:94:0.435185:30:51:52:43:41:53:65:57 chr4 106861322 . A T 450.31 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00970949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.092;QD=16.0825;RBI=0.0113487;REFB=-0.00497287;REVB=-0.00587523;RO=62;SAF=27;SAR=23;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071551;STB=0.539984;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00631881;OID=.;OPOS=106861322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:23:27:29:33:23:27:29:33 chr4 106861730 . A G 999.09 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246316;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.072;QD=58.7699;RBI=0.0247182;REFB=0;REVB=0.002068;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367413;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:65:68:1:46:19:0:0:46:22:0:0 chr4 107168431 . G C 855.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360272;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6241;QD=57.9812;RBI=0.0415344;REFB=0;REVB=0.0206677;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880108;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr4 107249244 . C G 272.79 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0104216;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.019;QD=14.7452;RBI=0.0151274;REFB=-0.01812;REVB=-0.0109649;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192478;STB=0.51091;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0241468;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:20:23:16:15:20:23 chr4 107288449 . G A 564.22 PASS AF=0.607143;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0374252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.872;QD=26.8676;RBI=0.038025;REFB=-0.017959;REVB=-0.00672763;RO=33;SAF=28;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990229;STB=0.556886;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0105065;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:33:33:50:51:0.607143:22:28:14:19:22:29:14:19 chr4 108641300 . T C 853.21 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2021;QD=55.9481;RBI=0.0771958;REFB=0.028664;REVB=-0.0734456;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000424682;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr4 108931039 . T C 1176.39 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0857821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8093;QD=58.8195;RBI=0.0906677;REFB=-0.0971038;REVB=0.0293609;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145578;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00922424;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:80:1:1:76:79:0.9875:44:32:1:0:44:35:1:0 chr4 109461985 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000866359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.844;QD=15.9155;RBI=0.0230705;REFB=-0.00960278;REVB=-0.0230542;RO=34;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139083;STB=0.578888;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0125104;OID=.;OPOS=109461985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:8:20:20:14:8:20:20:14 chr4 109478108 . C G 259.53 PASS AF=0.55814;AO=25;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00591478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1664;QD=24.1427;RBI=0.0857095;REFB=-0.0458157;REVB=-0.0855052;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210518;STB=0.638671;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0311275;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:25:24:0.55814:11:14:5:13:10:14:5:14 chr4 109735133 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.025;QD=62.3487;RBI=0.0682578;REFB=0;REVB=0.0623626;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326244;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr4 109769899 . C T 1139.77 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029756;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4441;QD=60.7877;RBI=0.0204087;REFB=0;REVB=0.0201906;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872689;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr4 109895718 . GAA GA,G 76.07 PASS AF=0.542857,0;AO=15,5;DP=35;FAO=19,0;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.14158,-0.073155;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.49035,13.7438;QD=8.69373;RBI=0.141893,0.0731917;REFB=-0.00203219,-0.0012208;REVB=0.0094128,0.00231694;RO=13;SAF=6,3;SAR=9,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175965,-0.0177233;STB=0.592717,0.5;STBP=0.256,1;TYPE=del,del;VARB=0.00716631,0;OID=.,.;OPOS=109895719,109895719;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857,0:15,5:35:19,0:35:16:8,0:11,0:10:6:42:13:6,3:9,2:8:5 chr4 109969337 . G T 633.41 PASS AF=0.787879;AO=51;DP=65;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0292456;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.173;QD=38.3883;RBI=0.029269;REFB=-0.0110388;REVB=0.00117061;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.575727;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0015086;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:66:0:14:51:52:0.787879:13:38:0:0:14:38:6:8 chr4 110581363 . T A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5745;QD=62.9801;RBI=0.00820787;REFB=0;REVB=-0.00808271;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132008;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 110661937 . G A 446.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7343;QD=57.6558;RBI=0.0344039;REFB=0;REVB=-0.0342997;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214413;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr4 110678925 . T C 271.14 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4179;QD=51.6448;RBI=0.0611432;REFB=0;REVB=0.0226951;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020263;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:17:3:0:0:18:3:0:0 chr4 110681505 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0322301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.895;QD=21.51;RBI=0.0323488;REFB=-0.000241691;REVB=0.00276825;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719337;STB=0.540495;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00038382;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:7:8:8:10:7:8 chr4 110737389 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.000520319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.669;QD=15.1657;RBI=0.0248198;REFB=-0.0027494;REVB=-0.0248143;RO=30;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134902;STB=0.575857;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00415185;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:18:5:4:26:18:5:4:26 chr4 110901198 . G A 376.23 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0106642;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.841;QD=15.0494;RBI=0.0153675;REFB=-0.015922;REVB=-0.011065;RO=57;SAF=14;SAR=28;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503758;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0215253;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:58:42:42:0.42:28:14:19:38:28:14:19:39 chr4 110914427 . A T 1186.74 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1451;QD=60.088;RBI=0.0456244;REFB=0;REVB=0.0454337;RO=0;SAF=56;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124155;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:21:56:0:0:23:56:0:0 chr4 110971030 . G T 278.41 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0108829;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9527;QD=15.6848;RBI=0.0328555;REFB=-0.029662;REVB=-0.0310007;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19071;STB=0.619331;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0393975;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:35:40:31:31:0.43662:10:21:17:18:10:21:19:21 chr4 111398208 . A G 733.47 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.148;QD=62.4227;RBI=0.0313128;REFB=0;REVB=0.0303215;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967593;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:31:16:0:0 chr4 111409705 . T C 1119.74 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222675;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.4;QD=60.5263;RBI=0.0323718;REFB=0;REVB=-0.0234966;RO=0;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55147e-06;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:17:57:0:0:17:57:0:0 chr4 111542124 . G A 838.69 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0133203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.873;QD=22.3649;RBI=0.0175751;REFB=-0.0273224;REVB=0.0114653;RO=70;SAF=42;SAR=37;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219829;STB=0.515107;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0214426;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:70:71:79:79:0.526667:37:42:39:31:37:42:40:31 chr4 111542154 . G A 904.45 PASS AF=0.569536;AO=86;DP=151;FAO=86;FDP=151;FR=.;FRO=65;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0154632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.201;QD=23.959;RBI=0.016426;REFB=-0.0225409;REVB=-0.00554087;RO=65;SAF=54;SAR=32;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242232;STB=0.501319;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0130029;OID=.;OPOS=111542154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:65:65:86:86:0.569536:32:54:41:24:32:54:41:24 chr4 112252643 . G T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.425;QD=53.9068;RBI=0.0341801;REFB=0;REVB=-0.0308417;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396275;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr4 113108802 . C CTAA 466.68 PASS AF=0.451327;AO=48;DP=115;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0022031;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.646;QD=16.5197;RBI=0.00251512;REFB=-0.0155841;REVB=0.00121332;RO=62;SAF=21;SAR=27;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143372;STB=0.562108;STBP=0.263;TYPE=ins;VARB=0.0164973;OID=.;OPOS=113108803;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451327:48:115:51:113:62:23:28:35:27:99:62:21:27:36:26 chr4 113178894 . ATTTGT A,ATTTG,TTTTGT 102.44 PASS AF=0.215385,0.0461538,0;AO=10,7,4;DP=63;FAO=14,3,0;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=8,3,0;FSAR=6,0,0;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0147364,-0.0312922,-0.0361532;FXX=0;HRUN=3,4,2;LEN=5,1,1;MLLD=210.246,15.7581,39.4451;QD=6.30405;RBI=0.0402569,0.0500604,0.155229;REFB=-0.00818457,-0.0545112,-0.0697639;REVB=0.0374627,-0.0390749,-0.15096;RO=36;SAF=7,6,0;SAR=3,1,4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.28058,0.480713,-0.571424;STB=0.6333,0.997137,0.5;STBP=0.288,0.05,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0438489,0.111736,0.0725584;OID=.,.,.;OPOS=113178895,113178899,113178894;OREF=TTTGT,T,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,ATTTG,TTTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:63:65:36:48:10,7,4:14,3,0:0.215385,0.0461538,0:3,1,4:7,6,0:17:19:6,0,0:8,3,0:19:29 chr4 113198805 . G C 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0268788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.712;QD=12.9136;RBI=0.0392421;REFB=-0.019353;REVB=-0.0285915;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349354;STB=0.698014;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0246988;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:9:28:10:14:9:28 chr4 113198889 . AC TT 207.91 PASS AF=0.453125;AO=25;DP=60;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.102683;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.227;QD=12.9944;RBI=0.122376;REFB=-0.084753;REVB=0.0665748;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211437;STB=0.64958;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.110581;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:32:35:25:29:0.453125:11:14:11:21:11:18:12:23 chr4 113199075 . A G 574.69 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0543299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0522;QD=23.6983;RBI=0.0569334;REFB=-0.00222313;REVB=-0.01702;RO=44;SAF=42;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347611;STB=0.692545;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00253668;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:11:42:19:25:11:42:19:25 chr4 113344925 . C T 682.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.385;QD=62.0669;RBI=0.0190511;REFB=0;REVB=0.00599619;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0489e-05;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:25:16:0:0:27:17:0:0 chr4 113352397 . G A 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00717847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.991;QD=55.464;RBI=0.0125543;REFB=0.0492807;REVB=-0.0102996;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000619161;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:28:10:0:0:28:10:0:2 chr4 113352628 . A G 259.9 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354943;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.651;QD=51.9791;RBI=0.0545152;REFB=0;REVB=0.0413771;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108879;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr4 113352899 . G A 884.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138202;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.16;QD=56.136;RBI=0.0178288;REFB=0;REVB=-0.0112636;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892305;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:63:0:0:60:63:1:29:31:0:0:29:34:0:0 chr4 113353285 . T C 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.653;QD=61.6691;RBI=0.00613477;REFB=0;REVB=0.0025764;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0288e-05;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr4 113359703 . A G 1486.15 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.422;QD=62.5747;RBI=0.0631723;REFB=0;REVB=0.0604878;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109886;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:39:54:0:0:41:54:0:0 chr4 113362622 . C G 979.7 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107094;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7014;QD=59.3758;RBI=0.0107146;REFB=0;REVB=0.000335314;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12175e-05;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr4 113436044 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.692;QD=39.2067;RBI=0.0217807;REFB=0;REVB=-0.0152184;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15459e-06;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 113565835 . G A 630.67 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.521;QD=60.0637;RBI=0.0141674;REFB=0;REVB=0.00477738;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138226;OID=.;OPOS=113565835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:28:14:0:0 chr4 113568544 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.476;QD=42.1821;RBI=0.0258104;REFB=0;REVB=0.0130814;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72092e-05;OID=.;OPOS=113568544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr4 114309839 . C T 509.1 PASS AF=0.358382;AO=61;DP=173;FAO=62;FDP=173;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.00971769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.415;QD=11.771;RBI=0.0129529;REFB=-0.00533739;REVB=-0.00856413;RO=111;SAF=34;SAR=27;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135396;STB=0.506594;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00759303;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:111:111:61:62:0.358382:27:34:62:49:28:34:62:49 chr4 114823316 . A C 203.27 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0260956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1983;QD=14.2645;RBI=0.0473393;REFB=0.00481381;REVB=0.0394971;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162359;STB=0.604109;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00772826;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:7:17:18:14:7:17:18:15 chr4 115544714 . A G 1451.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.689;QD=63.1126;RBI=0.0153966;REFB=0;REVB=-0.00081982;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65456e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:43:47:0:0:45:47:0:0 chr4 115589302 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000654055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3724;QD=63.1951;RBI=0.0468633;REFB=0;REVB=0.0468587;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147815;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr4 117220010 . G A 766.06 PASS AF=0.510345;AO=73;DP=146;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.00419587;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.302;QD=21.1328;RBI=0.025649;REFB=-0.0156167;REVB=-0.0253035;RO=71;SAF=34;SAR=39;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124818;STB=0.571198;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0184156;OID=.;OPOS=117220010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:71:71:73:74:0.510345:39:34:43:28:40:34:43:28 chr4 117760488 . G A 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00329464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.064;QD=16.0925;RBI=0.00832997;REFB=-0.0027078;REVB=-0.00765073;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205377;STB=0.615453;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00277382;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:13:18:14:24:13:18:14:24 chr4 119161795 . G A 430.44 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0158485;FXX=0.0249969;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.871;QD=22.0739;RBI=0.0248003;REFB=-0.0121298;REVB=-0.0190757;RO=33;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10725;STB=0.581709;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00844693;OID=.;OPOS=119161795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:36:42:42:0.538462:27:15:16:17:27:15:19:17 chr4 119203184 . G A 305.91 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0102243;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3655;QD=17.4806;RBI=0.0115901;REFB=-0.0208192;REVB=-0.00545839;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873092;STB=0.5263;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0236799;OID=.;OPOS=119203184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:37:32:33:0.471429:17:15:14:23:18:15:15:22 chr4 119273712 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0250656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1012;QD=10.39;RBI=0.0250656;REFB=0.01764;REVB=0;RO=11;SAF=7;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0192746;OID=.;OPOS=119273712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:0:7:11:0:0:7:11:0 chr4 119610606 . A G 284.86 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.000375877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.068;QD=12.9479;RBI=0.00901585;REFB=-0.0255941;REVB=-0.00900801;RO=55;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123311;STB=0.570772;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0517716;OID=.;OPOS=119610606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:21:12:26:29:21:12:26:29 chr4 119652606 . G T 544.97 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0023066;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.648;QD=22.7069;RBI=0.00357709;REFB=-0.00568122;REVB=0.00273407;RO=45;SAF=14;SAR=37;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607979;STB=0.533552;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00486606;OID=.;OPOS=119652606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:37:14:15:30:37:14:15:30 chr4 119736796 . A C 552.0 PASS AF=0.433824;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.00927468;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8764;QD=16.2352;RBI=0.0104977;REFB=-0.0141264;REVB=0.00491752;RO=76;SAF=24;SAR=34;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619844;STB=0.533322;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00964137;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:76:77:58:59:0.433824:34:24:27:49:35:24:27:50 chr4 119947961 . AAAG A 146.43 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00119764;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=3;MLLD=171.164;QD=9.15196;RBI=0.0252047;REFB=-0.00420122;REVB=-0.0251763;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728533;STB=0.517794;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.00638679;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:25:65:25:64:39:16:9:26:13:99:37:16:9:26:11 chr4 119947985 . G C 255.6 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0106421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7584;QD=15.7294;RBI=0.0244255;REFB=0.00974846;REVB=0.0219853;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261186;STB=0.645832;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00804296;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:28:8:14:15:28:8 chr4 119951647 . A G 166.62 PASS AF=0.418605;AO=15;DP=40;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0400714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.802;QD=15.4999;RBI=0.0422623;REFB=-0.0176117;REVB=0.0134306;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187601;STB=0.56357;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0246466;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:25:25:15:18:0.418605:6:9:19:6:6:12:19:6 chr4 120085448 . A G 547.97 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00868865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.748;QD=23.5684;RBI=0.0535024;REFB=-0.0296002;REVB=0.0527922;RO=42;SAF=28;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501071;STB=0.523347;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0301478;OID=.;OPOS=120085448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:42:50:51:0.548387:22:28:26:16:22:29:26:16 chr4 120133549 . T G 307.91 PASS AF=0.588235;AO=31;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0576355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0496;QD=24.1495;RBI=0.0639506;REFB=-0.00883111;REVB=0.0277096;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129117;STB=0.556974;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00814778;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:31:30:0.588235:18:13:12:8:17:13:12:9 chr4 120158685 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.939;QD=57.6807;RBI=0.00539156;REFB=0;REVB=0.00513183;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12616e-06;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr4 120181724 . A G 612.74 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=51;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00540764;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.886;QD=21.4996;RBI=0.00588585;REFB=-0.00367131;REVB=-0.00232392;RO=53;SAF=50;SAR=10;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178557;STB=0.601051;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00237687;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:53:53:60:61:0.535088:10:50:37:16:10:51:37:16 chr4 120214030 . T G 340.57 PASS AF=0.596491;AO=32;DP=54;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0654206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8607;QD=23.8996;RBI=0.0715706;REFB=-0.0415419;REVB=-0.0290257;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127826;STB=0.503104;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0266138;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:22:23:32:34:0.596491:18:14:10:12:18:16:11:12 chr4 120215314 . A G 333.66 PASS AF=0.358974;AO=37;DP=111;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00620265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.305;QD=11.4072;RBI=0.0200248;REFB=-0.00843132;REVB=0.01904;RO=68;SAF=24;SAR=13;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156038;STB=0.557593;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0125015;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:68:75:37:42:0.358974:13:24:35:33:17:25:38:37 chr4 120239831 . A G 127.63 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0154655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.659;QD=11.8729;RBI=0.0161227;REFB=-0.010775;REVB=0.00455634;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190077;STB=0.612749;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0239577;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:14:14:10:5:14:14 chr4 120239878 . G A 124.24 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0304499;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.647;QD=9.55689;RBI=0.0316974;REFB=-0.018055;REVB=-0.00880517;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312909;STB=0.687252;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0397795;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:36:17:16:0.307692:13:4:17:18:12:4:18:18 chr4 120240238 . T C 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00878188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.107;QD=23.1628;RBI=0.011303;REFB=-0.023321;REVB=0.00711599;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189249;STB=0.605597;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.018016;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:14:9:16:10:14:9 chr4 120241849 . A G 471.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000589036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.607;QD=57.0974;RBI=0.030331;REFB=0;REVB=0.0303253;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776642;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:21:12:0:0 chr4 120241902 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.822;QD=56.9359;RBI=0.0204485;REFB=0;REVB=0.00469748;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29277e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr4 120325630 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.028919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.846;QD=17.542;RBI=0.0302652;REFB=0.0115523;REVB=-0.00892626;RO=16;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331681;STB=0.681654;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0160727;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:14:1:0:16:14:1:0:16 chr4 120325732 . C A 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.0216574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.023;QD=14.7407;RBI=0.0248317;REFB=-0.0262528;REVB=-0.0121478;RO=41;SAF=6;SAR=24;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303248;STB=0.51723;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0312638;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:24:6:9:32:24:6:9:32 chr4 120330155 . C T 47.79 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.11441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1428;QD=3.6758;RBI=0.122009;REFB=0.00329621;REVB=-0.0423878;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425076;STB=0.790231;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0326487;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:6:2:27:17:6:2:27:17 chr4 120330539 . G A 55.46 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00844832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1865;QD=10.0832;RBI=0.00917128;REFB=-0.0474287;REVB=0.00356909;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0820363;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:6:7:5:3:6:8 chr4 120423729 . T C 162.18 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0214566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.754;QD=9.01013;RBI=0.0410679;REFB=-0.00684874;REVB=0.0350169;RO=49;SAF=3;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551846;STB=0.826923;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0357989;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:50:22:22:0.305556:19:3:28:21:19:3:28:22 chr4 120474859 . A G 439.42 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0287154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.586;QD=19.315;RBI=0.0329633;REFB=-0.0036488;REVB=-0.0161866;RO=46;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153537;STB=0.591794;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00201545;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:29:15:23:23:29:15:24:23 chr4 120528327 . G A 486.99 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754287;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.745;QD=59.0285;RBI=0.00787907;REFB=0;REVB=0.00227704;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80869e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr4 121738049 . T C 311.96 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00264992;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9422;QD=24.9565;RBI=0.0114536;REFB=-0.0279205;REVB=0.0111428;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110529;STB=0.560935;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0129018;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:30:30:0.6:12:18:9:11:12:18:9:11 chr4 121957051 . C T 710.93 PASS AF=0.412698;AO=78;DP=189;FAO=78;FDP=189;FR=.;FRO=111;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.0464041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.179;QD=15.0462;RBI=0.0512307;REFB=-0.017348;REVB=-0.0217082;RO=111;SAF=36;SAR=42;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00730193;STB=0.504091;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0282995;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:111:111:78:78:0.412698:42:36:52:59:42:36:52:59 chr4 121957559 . G A 587.53 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00891463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4328;QD=19.9162;RBI=0.0105763;REFB=-0.0129425;REVB=0.00569097;RO=58;SAF=37;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106804;STB=0.558957;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0286142;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:23:37:29:29:23:37:29:29 chr4 121957734 . T C 1234.09 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166604;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.878;QD=61.7046;RBI=0.0200428;REFB=0;REVB=0.011142;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69334e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:79:80:1:29:50:0:0:30:50:0:0 chr4 121958691 . T C 297.36 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0238289;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.684;QD=19.4989;RBI=0.0276915;REFB=-0.0309904;REVB=0.0141069;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118517;STB=0.556926;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0377281;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:61:29:30:31:31:0.508197:15:16:11:18:15:16:12:18 chr4 121966807 . C T 198.15 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000105827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.482;QD=11.4867;RBI=0.00238228;REFB=-0.0033387;REVB=-0.00237992;RO=43;SAF=18;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240678;STB=0.642637;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00596619;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:44:24:25:0.362319:6:18:24:19:6:19:25:19 chr4 122137662 . T G 220.55 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000247707;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6553;QD=20.0498;RBI=0.00868341;REFB=0.00118806;REVB=-0.00867988;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.524207;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=1.77504e-05;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:22:21:22:0.5:13:8:9:11:14:8:9:13 chr4 122257950 . A G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00371596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.987;QD=9.33502;RBI=0.00498944;REFB=-0.00701599;REVB=0.00332959;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.560882;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0147758;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:17:14:7:6:17:14 chr4 122617716 . TGG GTG,TGC 215.17 PASS AF=0,0.4375;AO=2,16;DP=48;FAO=0,21;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=0,10;FSAR=0,11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0671022,0.0225357;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=20.0532,173.335;QD=17.9309;RBI=0.1943,0.0357243;REFB=-0.085095,-0.0476348;REVB=-0.182345,-0.0277194;RO=10;SAF=0,6;SAR=2,10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.463326,0.215692;STB=0.5,0.653023;STBP=1,0.071;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0279558;OID=.,.;OPOS=122617716,122617718;OREF=TG,G;OALT=GT,C;OMAPALT=GTG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:10:22:2,16:0,21:0,0.4375:2,10:0,6:1:9:0,11:0,10:4:18 chr4 122617745 . G A 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0105149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.281;QD=16.442;RBI=0.0182519;REFB=-0.0252879;REVB=-0.0149188;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15326;STB=0.587074;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0308524;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:7:20:12:8:7:20 chr4 122683007 . G A 392.7 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.019149;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.366;QD=15.4002;RBI=0.0348832;REFB=0.00633453;REVB=-0.0291574;RO=57;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866495;STB=0.544777;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00872376;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:44:44:0.431373:29:15:24:33:29:15:24:34 chr4 122687491 . G C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00647073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.479;QD=17.2645;RBI=0.092336;REFB=0.00860178;REVB=-0.092109;RO=41;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135528;STB=0.504502;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0115562;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:14:22:25:16:14:22:26:16 chr4 122742217 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.92;QD=61.5348;RBI=0.10394;REFB=0;REVB=0.0567923;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049832;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr4 122800889 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0158159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.359;QD=16.4805;RBI=0.018669;REFB=0.00505186;REVB=-0.0099191;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00823135;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:13:12:8:11:13:12 chr4 123008808 . C T 264.6 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00767551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.507;QD=16.8001;RBI=0.0110535;REFB=-0.0118322;REVB=-0.00795401;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111424;STB=0.501709;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0151899;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:29:30:0.47619:10:19:21:11:11:19:21:12 chr4 123145751 . T A 322.41 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00415287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.296;QD=16.534;RBI=0.0226062;REFB=-0.0111718;REVB=-0.0222215;RO=42;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233313;STB=0.636287;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0154594;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:35:35:0.448718:14:21:15:27:14:21:15:28 chr4 123192383 . T C 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0103018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.454;QD=11.5707;RBI=0.0522192;REFB=0.00530376;REVB=0.051193;RO=42;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24287;STB=0.641386;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0169876;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:17:7:21:21:17:7:21:21 chr4 123229132 . C T 463.13 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00310724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.616;QD=17.4766;RBI=0.00652687;REFB=-0.013033;REVB=-0.00573978;RO=56;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428499;STB=0.5238;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0122671;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:30:20:20:36:30:20:20:36 chr4 123254828 . CAAAAAAG CAAAA,CAAAAAG 223.59 PASS AF=0.402299,0.0229885;AO=24,11;DP=81;FAO=35,2;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17,1;FSAR=18,1;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00609342,-0.220237;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=3,1;MLLD=234.264,9.19843;QD=10.28;RBI=0.00761674,0.239607;REFB=-0.021234,-0.0652845;REVB=-0.00457001,0.0943772;RO=28;SAF=10,6;SAR=14,5;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309745,-0.252429;STB=0.625183,0.690681;STBP=0.074,0.691;TYPE=del,del;VARB=0.0221101,0.0340423;OID=.,.;OPOS=123254833,123254829;OREF=AAG,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAA,CAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402299,0.0229885:24,11:81:35,2:87:50:17,1:18,1:35:15:99:28:10,6:14,5:21:7 chr4 123536963 . G A 1651.96 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.662;QD=60.0714;RBI=0.0420252;REFB=0;REVB=0.0260149;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117967;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:110:0:0:103:110:1:44:59:0:0:48:62:0:0 chr4 123664204 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.622;QD=46.8475;RBI=0.0138841;REFB=0;REVB=-0.0135068;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247899;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 123664445 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0208;QD=53.9105;RBI=0.0116534;REFB=0;REVB=-0.0066875;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407292;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr4 123665428 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.447;QD=35.5759;RBI=0.0768679;REFB=0;REVB=-0.0635131;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683787;OID=.;OPOS=123665428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 123665991 . C G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.301;QD=58.0596;RBI=0.0501672;REFB=0;REVB=-0.000268162;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104719;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr4 123814308 . C T 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0185838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.667;QD=22.9023;RBI=0.0237318;REFB=0.00246474;REVB=0.0147594;RO=38;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079009;STB=0.543459;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00227191;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:21:25:17:21:21:25:17:21 chr4 123838758 . A G 1573.13 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.303;QD=57.2046;RBI=0.0488234;REFB=-0.0844535;REVB=0.0402518;RO=1;SAF=42;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495535;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:110:1:0:105:110:1:63:42:1:0:64:46:0:0 chr4 123949556 . G A 428.89 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.932;QD=57.1852;RBI=0.0140364;REFB=0;REVB=-0.00414901;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151466;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:18:10:0:0:18:12:0:0 chr4 124323738 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0101252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.785;QD=7.32771;RBI=0.014758;REFB=0.0056157;REVB=0.0107368;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19361;STB=0.620405;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0129586;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:14:7:4:4:14:7 chr4 124324242 . CCTT C 123.61 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00211294;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=3;MLLD=282.087;QD=11.4988;RBI=0.0262867;REFB=-0.0226591;REVB=-0.0262017;RO=23;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158021;STB=0.592;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.0337094;OID=.;OPOS=124324243;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:18:44:19:43:24:15:4:16:8:99:23:14:4:15:8 chr4 126329789 . T C 1466.81 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000187413;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.842;QD=57.5221;RBI=0.0225248;REFB=-0.00144758;REVB=0.022524;RO=2;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166395;STB=0.50877;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=4.06818e-06;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:102:2:2:100:100:0.980392:56:44:0:2:56:44:0:2 chr4 126336703 . T C 347.28 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00653888;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.73;QD=16.9405;RBI=0.00822854;REFB=-0.00310634;REVB=0.00499519;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195148;STB=0.598345;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00349301;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:36:37:0.45122:13:23:20:25:14:23:20:25 chr4 126369872 . G C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.396;QD=60.8829;RBI=0.020103;REFB=0;REVB=0.00722363;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15961e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr4 126370220 . C T 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0089003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.903;QD=16.5365;RBI=0.00891139;REFB=-0.00484985;REVB=0.000444496;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333225;STB=0.519104;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00615507;OID=.;OPOS=126370220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:11:12:10:8:11:12 chr4 126372742 . G A 322.91 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.449;QD=53.8192;RBI=0.0135135;REFB=0;REVB=0.00275798;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95484e-05;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 126373789 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.725;QD=61.375;RBI=0.00683098;REFB=0;REVB=0.0027822;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63426e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr4 126412575 . A G 865.43 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5571;QD=57.6951;RBI=0.0220772;REFB=0;REVB=0.0192828;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286821;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr4 128665946 . G T 34.41 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0402122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.733;QD=4.30069;RBI=0.0405604;REFB=0.00299428;REVB=0.00530349;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277816;STB=0.531146;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0113364;OID=.;OPOS=128665946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:21:26:6:6:0.1875:3:3:11:10:3:3:14:12 chr4 128689936 . A G 349.97 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.014311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.704;QD=27.9975;RBI=0.0188394;REFB=-0.00349613;REVB=0.0122522;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218889;STB=0.619925;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00100206;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:15:15:16:4:15:15:16:4 chr4 128723042 . T C 1087.35 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571671;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0854;QD=58.7756;RBI=0.0830173;REFB=-0.0410203;REVB=0.0601979;RO=1;SAF=54;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868062;STB=0.504586;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00541512;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:19:54:1:0:19:54:1:0 chr4 128807219 . T A 470.09 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279444;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.09;QD=58.7613;RBI=0.0301604;REFB=0;REVB=0.0300307;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91743e-05;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr4 128814492 . G A 313.65 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00477145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3648;QD=17.1862;RBI=0.00488737;REFB=0.00225506;REVB=0.00105813;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319116;STB=0.511539;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00266241;OID=.;OPOS=128814492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:33:34:0.465753:21:12:13:26:22:12:13:26 chr4 128814964 . G T 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3338;QD=63.5705;RBI=0.0430656;REFB=0;REVB=-0.0141224;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307804;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr4 128842761 . G A 415.1 PASS AF=0.421053;AO=46;DP=112;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00864992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.373;QD=14.565;RBI=0.0155069;REFB=-0.0146238;REVB=-0.0128702;RO=66;SAF=26;SAR=20;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766106;STB=0.531902;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0210168;OID=.;OPOS=128842761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:66:66:46:48:0.421053:20:26:42:24:20:28:42:24 chr4 128949799 . C T 81.25 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0539313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8088;QD=8.12506;RBI=0.0579505;REFB=-0.00262551;REVB=-0.0212057;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153479;STB=0.594426;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00636085;OID=.;OPOS=128949799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:17:12:6:5:17:12 chr4 128949929 . C A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0273116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.674;QD=7.89734;RBI=0.0318799;REFB=-0.00398674;REVB=-0.016444;RO=28;SAF=1;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613737;STB=0.895465;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00986665;OID=.;OPOS=128949929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:28:30:11:11:0.268293:10:1:16:12:10:1:18:12 chr4 129012181 . G A 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00673888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.515;QD=55.4094;RBI=0.012712;REFB=-0.0388516;REVB=-0.0107787;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-3.2994e-06;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr4 129012638 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4835;QD=59.017;RBI=0.0355603;REFB=0;REVB=-0.0191953;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163451;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr4 129029009 . G GA 234.87 PASS AF=1;AO=23;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137316;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.34537;QD=21.848;RBI=0.14019;REFB=0.0235903;REVB=-0.0282391;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.014751;OID=.;OPOS=129029010;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:43:43:43:0:24:19:0:0:3:13:13:10:6:7 chr4 129043204 . C G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.136;QD=59.6781;RBI=0.0837981;REFB=0;REVB=0.0252942;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131655;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr4 129043286 . C T 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.55238e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.429;QD=58.773;RBI=0.0269239;REFB=0;REVB=0.0269239;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100728;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr4 129043614 . G T 109.55 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412761;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.731;QD=43.8218;RBI=0.0498374;REFB=0;REVB=0.0279294;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0266647;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:10:2:0:8:10:1:4:4:1:1:4:6:0:0 chr4 129043617 . T G 32.27 PASS AF=0.384615;AO=3;DP=15;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00047146;FXX=0.0713776;HRUN=9;LEN=1;MLLD=138.003;QD=9.93024;RBI=0.00407325;REFB=-0.00190015;REVB=-0.00404587;RO=10;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649379;STB=0.635829;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00364351;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:13:10:8:3:5:0.384615:0:3:5:5:2:3:3:5 chr4 129100643 . G A 1343.26 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.166;QD=61.0574;RBI=0.0166325;REFB=-0.0322019;REVB=0.0038305;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000839396;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:41:46:1:0:41:46:1:0 chr4 129143534 . A G 188.77 PASS AF=0.475;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0262304;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.679;QD=18.877;RBI=0.0394503;REFB=0.00432266;REVB=0.0294667;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058524;STB=0.533298;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00344464;OID=.;OPOS=129143534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:21:21:19:19:0.475:12:7:9:12:12:7:9:12 chr4 129191716 . TA T 311.16 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0269187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.2625;QD=16.8196;RBI=0.0691656;REFB=0.0339985;REVB=-0.0637124;RO=25;SAF=20;SAR=27;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610958;STB=0.534328;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=-0.0105548;OID=.;OPOS=129191717;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.635135:47:74:47:74:27:20:27:14:13:99:25:20:27:13:12 chr4 129208649 . C T 446.83 PASS AF=0.558442;AO=34;DP=79;FAO=43;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.015663;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.537;QD=23.212;RBI=0.0198989;REFB=0.001513;REVB=0.0122734;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143237;STB=0.592528;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000187196;OID=.;OPOS=129208649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:35:34:34:43:0.558442:17:17:12:23:20:23:11:23 chr4 129677184 . C A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0529446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.032;QD=22.9824;RBI=0.0555259;REFB=-0.00999977;REVB=-0.016733;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241571;STB=0.635573;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00642528;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:12:10:18:7:12:10 chr4 129677239 . T C 710.87 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.916;QD=63.1886;RBI=0.1007;REFB=0;REVB=0.0173355;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642858;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:28:11:0:0:28:17:0:0 chr4 129867280 . T A 1084.5 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0513149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.885;QD=58.6218;RBI=0.0686567;REFB=-0.143841;REVB=0.0456128;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000887482;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:43:30:0:1:43:30:0:1 chr4 129924977 . C A 1101.79 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8598;QD=58.7624;RBI=0.0367335;REFB=0.00994686;REVB=-0.0294212;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000464948;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:42:32:1:0:42:32:1:0 chr4 130030652 . A G 884.34 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0558895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.634;QD=53.5964;RBI=0.0577925;REFB=-0.0541688;REVB=0.0147085;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262196;STB=0.520541;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00380887;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:2:3:63:63:0.954545:35:28:0:2:35:28:0:3 chr4 133367588 . T C 1433.61 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1318;QD=63.0157;RBI=0.0316651;REFB=0;REVB=0.00270204;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92904e-05;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr4 134073158 . G T 229.2 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=125;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00905152;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.578;QD=7.39341;RBI=0.0200732;REFB=-0.0118663;REVB=-0.0179165;RO=91;SAF=22;SAR=11;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278828;STB=0.666566;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0276429;OID=.;OPOS=134073158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:91:91:33:33:0.266129:11:22:40:51:11:22:40:51 chr4 134082967 . T C 2698.12 PASS AF=0.475694;AO=265;DP=584;FAO=274;FDP=576;FR=.;FRO=302;FSAF=123;FSAR=151;FSRF=122;FSRR=180;FWDB=-0.00723399;FXX=0.0335565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.563;QD=18.7369;RBI=0.0620371;REFB=0.00328672;REVB=0.0616139;RO=283;SAF=116;SAR=149;SRF=112;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403879;STB=0.523921;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00310253;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:584:576:283:302:265:274:0.475694:149:116:112:171:151:123:122:180 chr4 134710268 . G A 371.52 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0139655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.077;QD=20.082;RBI=0.0140267;REFB=-0.00476468;REVB=-0.00130856;RO=36;SAF=26;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331987;STB=0.684114;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00879264;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:12:26:11:25:12:26:11:25 chr4 135121066 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.875;QD=57.3858;RBI=0.0160791;REFB=0;REVB=-0.00158506;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62113e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr4 135121368 . G T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.974;QD=62.3483;RBI=0.0322877;REFB=0;REVB=0.0297377;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76647e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr4 135121601 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.48;QD=60.2306;RBI=0.0304231;REFB=0;REVB=0.0166906;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30676e-05;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr4 138449683 . A G 406.73 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00466249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.855;QD=20.0854;RBI=0.0286704;REFB=-0.0245849;REVB=0.0282887;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05467;STB=0.530325;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.024605;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:20:20:23:18:20:20 chr4 139086246 . A G 230.69 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0166865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.672;QD=17.745;RBI=0.0211212;REFB=-0.0109677;REVB=0.0129486;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877207;STB=0.558236;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0125011;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:25:25:0.480769:12:13:11:15:12:13:11:16 chr4 139092719 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0535649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1433;QD=13.4588;RBI=0.0635925;REFB=0.0137342;REVB=0.0342754;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0151197;OID=.;OPOS=139092719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:13:13:8:8:13:13 chr4 139100372 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.136;QD=62.9829;RBI=0.0296797;REFB=0;REVB=0.0159112;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76459e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 139135799 . T A,C 5277.67 PASS AF=0.0326409,0.967359;AO=14,321;DP=340;FAO=11,326;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=3,132;FSAR=8,194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493577,0.04634;FXX=0.0203482;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.577,115.329;QD=62.643;RBI=0.00580569,0.0471949;REFB=0,0;REVB=-0.00305683,-0.00894217;RO=0;SAF=4,130;SAR=10,191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0278412,0.000309004;OID=.,.;OPOS=139135799,139135799;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:340:337:0:0:14,321:11,326:0.0326409,0.967359:10,191:4,130:0:0:8,194:3,132:0:0 chr4 140005294 . A G 1037.89 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450904;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0775;QD=59.3078;RBI=0.108414;REFB=0;REVB=-0.0985922;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005498;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr4 140417671 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.663;QD=57.0007;RBI=0.0414442;REFB=0;REVB=-0.00413809;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26269e-05;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr4 140606425 . G A 191.63 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0152363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.359;QD=11.7927;RBI=0.0400386;REFB=0.0104408;REVB=0.0370262;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212591;STB=0.51228;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0165496;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:18:23:13:11:18:23 chr4 140606447 . G T 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00939585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.07;QD=12.0698;RBI=0.0136907;REFB=0.000959342;REVB=0.00995754;RO=44;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495662;STB=0.528549;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00152719;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:13:13:20:24:13:13:20:24 chr4 140640703 . G T 265.12 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0176081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.766;QD=20.794;RBI=0.0213012;REFB=-0.0301781;REVB=0.0119873;RO=16;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173339;STB=0.601951;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0157659;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:24:25:27:0.529412:14:11:11:5:16:11:15:9 chr4 140640766 . G A 200.59 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0366209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4472;QD=20.5736;RBI=0.0431727;REFB=0.00277515;REVB=-0.0228646;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.589657;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00226882;OID=.;OPOS=140640766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:13:6:10:10:13:6 chr4 141295264 . G A 243.29 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0341827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.223;QD=22.6316;RBI=0.0350625;REFB=-0.0307197;REVB=0.00780515;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177488;STB=0.599113;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.016699;OID=.;OPOS=141295264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:13:7:13:10:13:7 chr4 141542348 . C T 50.03 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=10;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0458166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.477;QD=16.6774;RBI=0.0458386;REFB=0.00495265;REVB=0.00141778;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00407989;OID=.;OPOS=141542348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:12:5:5:5:7:0.583333:2:3:1:4:2:5:1:4 chr4 141543997 . G A 471.55 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0100895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.047;QD=20.9579;RBI=0.0337053;REFB=-0.0204372;REVB=-0.0321597;RO=44;SAF=16;SAR=30;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199749;STB=0.610676;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0341044;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:30:16:25:19:30:16:25:19 chr4 141600320 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0276029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8166;QD=12.8687;RBI=0.0276084;REFB=-0.0279356;REVB=-0.000551628;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0307005;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr4 141789196 . C A 515.11 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00229085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.608;QD=20.0044;RBI=0.0278632;REFB=-0.0301542;REVB=0.0277688;RO=50;SAF=23;SAR=29;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515304;STB=0.532335;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0272637;OID=.;OPOS=141789196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:50:50:52:53:0.514563:29:23:25:25:30:23:25:25 chr4 141974816 . A C 239.22 PASS AF=0.510638;AO=12;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00542723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.16;QD=20.3592;RBI=0.0993087;REFB=-0.014928;REVB=0.0991603;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508012;STB=0.561355;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0250844;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:12:24:0.510638:3:9:6:17:15:9:6:17 chr4 142640637 . A G 644.46 PASS AF=0.571429;AO=45;DP=100;FAO=56;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.003239;FXX=0.019998;HRUN=8;LEN=1;MLLD=226.316;QD=26.3043;RBI=0.00335156;REFB=-0.0217835;REVB=0.000861318;RO=28;SAF=15;SAR=30;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731552;STB=0.505778;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00861227;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:28:36:45:56:0.571429:30:15:12:16:35:21:14:22 chr4 142654084 . C A 446.7 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0112078;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.274;QD=18.2327;RBI=0.0126693;REFB=-0.000524835;REVB=-0.00590739;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05277;STB=0.512955;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000516789;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:49:53:44:45:0.459184:24:20:25:24:24:21:26:27 chr4 143043340 . A G 306.55 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00719943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.21;QD=21.1414;RBI=0.018773;REFB=-0.00455017;REVB=0.0173377;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253516;STB=0.51403;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00373283;OID=.;OPOS=143043340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:17:15:13:13:17:15:13:13 chr4 143043397 . G A 165.6 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0852154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8165;QD=14.4004;RBI=0.0885926;REFB=-0.0112206;REVB=-0.0242278;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112677;STB=0.565146;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0157254;OID=.;OPOS=143043397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:17:11:9:9:17:11 chr4 144135718 . G A 292.83 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00982264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1916;QD=19.8531;RBI=0.0122935;REFB=0.00462348;REVB=0.00739221;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140238;STB=0.594655;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00386259;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:28:30:31:0.525424:14:16:20:9:15:16:20:8 chr4 144442611 . T C 55.37 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.064322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.692;QD=10.0675;RBI=0.0678704;REFB=-0.0137;REVB=-0.0216581;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176141;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:13:14:8:8:0.363636:4:4:6:7:4:4:7:7 chr4 144442735 . C T 482.5 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5709;QD=58.4843;RBI=0.0820233;REFB=0;REVB=0.0758337;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861087;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:30:33:1:17:13:0:0:20:13:0:0 chr4 144467104 . T C 1029.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192304;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.345;QD=59.688;RBI=0.022518;REFB=0;REVB=-0.0117154;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2576e-06;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr4 144618610 . G C 1448.24 PASS AF=0.989362;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.02;QD=61.6271;RBI=0.0469968;REFB=-0.031472;REVB=-0.0315526;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000411213;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:94:93:0.989362:53:41:0:0:53:40:1:0 chr4 144799840 . G A 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000829851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.268;QD=12.5674;RBI=0.00999437;REFB=-0.00239104;REVB=-0.00995986;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30187;STB=0.677185;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00676281;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:16:10:10:5:16:10 chr4 144801662 . C A,T 1014.29 PASS AF=0.0694444,0.916667;AO=6,64;DP=71;FAO=5,66;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33;FSAR=5,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170246,0.0110759;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=88.6828,43.6115;QD=56.3496;RBI=0.0706462,0.0132585;REFB=0.0800134,-0.0189105;REVB=-0.0685642,-0.00728781;RO=1;SAF=0,33;SAR=6,31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782178,-0.0140981;STB=0.996613,0.50746;STBP=0.075,0.503;TYPE=snp,snp;VARB=0.0636241,0.00522758;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:71:72:1:1:6,64:5,66:0.0694444,0.916667:6,31:0,33:1:0:5,33:0,33:1:0 chr4 144918712 . C G 306.61 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0134906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1935;QD=22.7116;RBI=0.0134908;REFB=-0.0500761;REVB=-6.46938e-05;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291936;STB=0.516119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0290784;OID=.;OPOS=144918712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:11:12:15:16:11:12 chr4 145041686 . A G 754.49 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3681;QD=61.5913;RBI=0.0365616;REFB=-0.15415;REVB=0.032703;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00441323;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chr4 145041741 . T G 466.07 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.386;QD=58.2586;RBI=0.0548877;REFB=0;REVB=0.000670578;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304336;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:16:16:0:0 chr4 146054799 . G C 491.76 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00976115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6616;QD=18.5571;RBI=0.00992532;REFB=-0.035256;REVB=0.00179777;RO=53;SAF=30;SAR=22;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430403;STB=0.51793;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0325318;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:54:52:52:0.490566:22:30:33:20:22:30:33:21 chr4 146480094 . T C 131.49 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0340748;FXX=0.040808;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.315;QD=11.1909;RBI=0.034555;REFB=-0.0122379;REVB=-0.00574079;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219896;STB=0.585803;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0184202;OID=.;OPOS=146480094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:27:32:14:15:0.319149:8:6:17:10:8:7:19:13 chr4 146682333 . G A 195.26 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0118505;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.518;QD=13.9474;RBI=0.0120978;REFB=-0.021394;REVB=-0.00243383;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285351;STB=0.680156;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0348019;OID=.;OPOS=146682333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:33:23:23:0.410714:16:7:18:13:16:7:20:13 chr4 146684286 . G A,GA 31.15 PASS AF=0,0.470588;AO=3,4;DP=17;FAO=0,8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0106622,0.128744;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=216.214,10.3624;QD=7.33057;RBI=0.0222132,0.155653;REFB=0.00310474,-0.128411;REVB=-0.019487,-0.0874814;RO=10;SAF=1,3;SAR=2,1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.37802,0.067076;STB=0.5,0.523751;STBP=1,0.833;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.161199;OID=.,.;OPOS=146684286,146684287;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:17:17:10:9:3,4:0,8:0,0.470588:2,1:1,3:7:3:0,3:0,5:6:3 chr4 147788709 . C T 3170.47 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264116;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.358;QD=61.8629;RBI=0.0164098;REFB=0;REVB=0.0161959;RO=0;SAF=91;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11724e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40637e-05;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:113:91:0:0:114:91:0:0 chr4 147824864 . G A 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6708;QD=56.9978;RBI=0.0518677;REFB=0;REVB=-0.0465409;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570667;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr4 148461037 . T C 689.82 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0244019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1648;QD=19.2958;RBI=0.0631835;REFB=-2.08112e-05;REVB=0.0582812;RO=74;SAF=30;SAR=39;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741171;STB=0.540992;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000613993;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:69:69:0.482517:39:30:38:36:39:30:38:36 chr4 148461073 . G A 473.85 PASS AF=0.45614;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0148108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.868;QD=16.6264;RBI=0.0148586;REFB=-0.00844242;REVB=-0.00119044;RO=61;SAF=23;SAR=28;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400545;STB=0.531556;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0099921;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:61:62:51:52:0.45614:28:23:30:31:29:23:31:31 chr4 148559848 . A G 245.22 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.115894;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8491;QD=17.5157;RBI=0.115894;REFB=-0.0170902;REVB=-0.000291264;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177389;STB=0.599924;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.02017;OID=.;OPOS=148559848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:15:14:18:9:15:14 chr4 149000023 . TC T,TT 733.4 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=15,32;DP=47;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163977,0.0177155;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.564,209.32;QD=62.4168;RBI=0.0165557,0.0179025;REFB=0,0;REVB=-0.00228146,-0.00258078;RO=0;SAF=11,9;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33019e-08,3.02243e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0273823,0.0114312;OID=.,.;OPOS=149000024,149000024;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0638298,0.93617:15,32:47:3,44:47:0:1,19:2,25:0:0:9:0:11,9:4,23:0:0 chr4 149002016 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA 329.51 PASS AF=1,0,0;AO=30,2,8;DP=54;FAO=55,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=42,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937552,-0.037249,-0.0168534;FXX=0.017854;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.48811,10.8083,12.1886;QD=23.9644;RBI=0.157296,0.0528947,0.0172373;REFB=0.0183138,0.0268741,0.0429887;REVB=0.126302,0.0375548,-0.0036176;RO=9;SAF=7,2,2;SAR=23,0,6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0066301,0.694553,0.0337293;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00861078,0,-0.0462911;OID=.,.,.;OPOS=149002017,149002023,149002016;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:55:9:0:30,2,8:55,0,0:1,0,0:23,0,6:7,2,2:2:7:42,0,0:13,0,0:0:0 chr4 149002027 . AT A,TT 43.31 PASS AF=0.302326,0;AO=13,3;DP=46;FAO=13,0;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.274428,0.00480844;FXX=0.0652032;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=9.74237,222.884;QD=4.02904;RBI=0.275286,0.0056859;REFB=0.00680893,-0.00103689;REVB=0.0217155,-0.00303452;RO=22;SAF=2,1;SAR=11,2;SRF=6;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.198443,0.0780926;STB=0.653781,0.5;STBP=0.244,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0014541,0;OID=.,.;OPOS=149002028,149002027;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:46:43:22:30:13,3:13,0:0.302326,0:11,2:2,1:6:16:11,0:2,0:9:21 chr4 149356516 . A G 1555.75 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108268;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.464;QD=64.1545;RBI=0.0138338;REFB=0;REVB=-0.00861127;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78863e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:48:47:0:0:50:47:0:0 chr4 149357475 . C T 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00845465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9163;QD=48.6243;RBI=0.0648596;REFB=-0.0901997;REVB=0.0643062;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00424646;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:17:5:0:0:17:5:0:1 chr4 149358014 . G C 303.47 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.53;QD=52.7775;RBI=0.0258188;REFB=0;REVB=0.0189706;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157842;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr4 150769133 . G A 420.6 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00583443;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.06;QD=17.8977;RBI=0.00914721;REFB=-0.00365602;REVB=-0.00704491;RO=50;SAF=31;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250916;STB=0.646798;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00433665;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:12:31:24:26:12:31:24:27 chr4 151199080 . G A 465.13 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000112479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.562;QD=22.6891;RBI=0.0105834;REFB=-0.0130963;REVB=0.0105828;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300587;STB=0.521163;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0116129;OID=.;OPOS=151199080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:37:44:45:0.54878:23:21:19:18:24:21:19:18 chr4 151207127 . C T 133.85 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0802045;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.784;QD=13.7277;RBI=0.0863157;REFB=-0.00270557;REVB=0.0319004;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165628;STB=0.596484;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00565926;OID=.;OPOS=151207127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:15:9:8:7:15:9 chr4 151505322 . T A 155.54 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0391547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.361;QD=15.175;RBI=0.0530426;REFB=-0.00150644;REVB=-0.035783;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173098;STB=0.599883;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000465588;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:14:10:10:7:14:10 chr4 151719263 . A G 266.11 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00255621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.399;QD=21.2885;RBI=0.00390196;REFB=-0.0157518;REVB=0.00294806;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071161;STB=0.539904;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0236491;OID=.;OPOS=151719263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:11:14:12:13:11:14 chr4 152041502 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.429;QD=59.0186;RBI=0.0308859;REFB=0;REVB=-0.0292961;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107232;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr4 152065197 . C T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0556819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.602;QD=10.0236;RBI=0.0556917;REFB=-0.0130261;REVB=-0.00104624;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309734;STB=0.683999;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0321423;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:13:5:20:17:13:5:20:17 chr4 152070633 . T A 366.47 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=105;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0293986;FXX=0.0430997;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.773;QD=13.206;RBI=0.029551;REFB=-0.00999687;REVB=0.00299717;RO=63;SAF=24;SAR=18;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518763;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0163496;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:63:68:42:43:0.387387:18:24:36:27:19:24:40:28 chr4 152201053 . G A 437.41 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0142412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.802;QD=24.3005;RBI=0.0151387;REFB=-0.00579946;REVB=0.00513504;RO=30;SAF=26;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118737;STB=0.565186;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00473902;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:16:26:14:16:16:26:14:16 chr4 152212486 . C T 235.35 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0159992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0007;QD=17.4336;RBI=0.0834651;REFB=-0.0444071;REVB=-0.0819173;RO=27;SAF=22;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205102;STB=0.611015;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0884152;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:4:22:19:8:4:22:20:8 chr4 152212603 . T G 328.6 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0549182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5242;QD=18.0054;RBI=0.0764798;REFB=0.00211896;REVB=0.0532273;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655754;STB=0.523796;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00271965;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:38:35:35:0.479452:20:15:18:18:20:15:18:20 chr4 152624972 . A G 2100.24 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8657;QD=61.7718;RBI=0.0418645;REFB=-0.135805;REVB=0.0352797;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00154737;OID=.;OPOS=152624972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:136:0:1:135:135:0.992647:76:59:0:0:76:59:0:1 chr4 152682046 . G T 1489.52 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0724494;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2035;QD=57.8452;RBI=0.0726458;REFB=-0.063181;REVB=-0.00533821;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00422321;OID=.;OPOS=152682046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:0:1:100:102:0.990291:40:60:0:0:42:60:1:0 chr4 153562136 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.016178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.457;QD=22.6;RBI=0.0191568;REFB=-0.0203907;REVB=-0.0102595;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206153;STB=0.614315;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.013693;OID=.;OPOS=153562136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:4:16:13:10:4:16 chr4 153690842 . T C 976.07 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305913;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8965;QD=59.156;RBI=0.0183742;REFB=0;REVB=0.0181177;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104816;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr4 153896358 . C T 765.5 PASS AF=0.429319;AO=82;DP=191;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0161669;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.064;QD=16.0314;RBI=0.0177069;REFB=-0.0052802;REVB=0.00722262;RO=106;SAF=36;SAR=46;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149265;STB=0.500777;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0066267;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:106:109:82:82:0.429319:46:36:45:61:46:36:48:61 chr4 153897770 . G A 263.97 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00567264;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.963;QD=17.5982;RBI=0.00573964;REFB=-0.0261689;REVB=-0.000874423;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993657;STB=0.55578;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0314456;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:11:18:16:15:11:18:16:15 chr4 153898178 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.555;QD=43.4856;RBI=0.0642788;REFB=0;REVB=0.0641948;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304044;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr4 154216710 . G A 174.83 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.012188;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.046;QD=26.8966;RBI=0.0410407;REFB=-0.0493938;REVB=-0.0391892;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27282;STB=0.637512;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0417689;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:26:10:9:16:17:0.653846:5:11:3:7:5:12:3:6 chr4 154276856 . A G 602.83 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0923783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.4612;QD=19.1373;RBI=0.103838;REFB=-0.0649409;REVB=0.0474189;RO=61;SAF=28;SAR=34;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363232;STB=0.524683;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0467673;OID=.;OPOS=154276856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:64:62:62:0.492063:34:28:30:31:34:28:32:32 chr4 154303033 . A G 349.61 PASS AF=0.452381;AO=35;DP=81;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0183365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.745;QD=16.6481;RBI=0.0183431;REFB=-0.00910154;REVB=0.000493538;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141413;STB=0.502511;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0107346;OID=.;OPOS=154303033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:44:46:35:38:0.452381:17:18:22:22:18:20:24:22 chr4 154387597 . G C 109.11 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0825851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3706;QD=36.3709;RBI=0.0842611;REFB=-0.103213;REVB=-0.0167223;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00533189;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr4 154478222 . C T 148.3 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0640711;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6147;QD=10.7852;RBI=0.0669963;REFB=-0.0204954;REVB=-0.0195808;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214548;STB=0.626369;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0354612;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:6:13:18:18:6:13:18:18 chr4 154479430 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0275131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.705;QD=11.6341;RBI=0.0277234;REFB=0.0159973;REVB=-0.00340808;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.014867;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:5:11:4:6:5:11 chr4 154513627 . A G 368.71 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0088285;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.295;QD=18.2079;RBI=0.0118257;REFB=-0.00954189;REVB=0.00786791;RO=41;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101838;STB=0.559508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0095611;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:42:37:39:0.481481:15:22:20:21:16:23:20:22 chr4 154513722 . C T 502.02 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.015797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.663;QD=22.0668;RBI=0.0422912;REFB=0.00386401;REVB=-0.0392301;RO=43;SAF=29;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179281;STB=0.598857;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00566311;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:19:29:17:26:19:29:17:26 chr4 154514965 . T C 224.94 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00153723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.37;QD=15.2503;RBI=0.0476862;REFB=-0.0200926;REVB=0.0476615;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204627;STB=0.62317;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0174505;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:17:8:17:16:18:8:17:16 chr4 154525458 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00622301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.312;QD=10.8237;RBI=0.00773929;REFB=-0.00901351;REVB=0.00460118;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42436;STB=0.749625;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.01227;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:6:17:4:8:6:17 chr4 154624656 . T C 198.97 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000280909;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.978;QD=14.7382;RBI=0.0536342;REFB=0.00722552;REVB=0.0536334;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135064;STB=0.576857;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0063843;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:12:19:11:12:12:19 chr4 154625409 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00428276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.475;QD=24.929;RBI=0.0047642;REFB=0.0314036;REVB=-0.002087;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298626;STB=0.508311;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0139291;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:13:11:8:11:14:11:8:11 chr4 154631543 . A T 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0167587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.902;QD=17.0633;RBI=0.0449345;REFB=-0.00750137;REVB=-0.0416924;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565116;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0156257;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:12:19:17:11:12:19 chr4 154709856 . A C,G 554.1 PASS AF=0.784314,0.0980392;AO=41,10;DP=51;FAO=40,5;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=14,4;FSAR=26,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0152816,-0.0342519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.901,122.574;QD=43.4591;RBI=0.0181127,0.036498;REFB=-0.00743826,-0.075695;REVB=0.00972325,0.0126061;RO=0;SAF=14,7;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521216,0.694785;STBP=0.507,0.342;TYPE=snp,snp;VARB=0.00101797,0.0587813;OID=.,.;OPOS=154709856,154709856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:51:51:0:6:41,10:40,5:0.784314,0.0980392:27,3:14,7:0:0:26,1:14,4:3:3 chr4 155156207 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.998;QD=57.0008;RBI=0.0118738;REFB=0;REVB=0.00819093;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93629e-07;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr4 155219318 . C T 156.68 PASS AF=0.395349;AO=11;DP=45;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00727507;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8977;QD=14.5746;RBI=0.0120022;REFB=-0.0130383;REVB=-0.00954606;RO=21;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156485;STB=0.664587;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0064263;OID=.;OPOS=155219318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:21:25:11:17:0.395349:2:9:17:4:8:9:20:5 chr4 155219361 . A G 145.59 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0366766;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9071;QD=15.325;RBI=0.0381698;REFB=-0.00723406;REVB=-0.0105716;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630239;STB=0.52731;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00497323;OID=.;OPOS=155219361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:22:16:16:0.421053:5:11:17:6:5:11:16:6 chr4 155219662 . G C 418.41 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00441023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8232;QD=20.4104;RBI=0.00724785;REFB=-0.0154124;REVB=0.00575163;RO=40;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176924;STB=0.598242;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0142993;OID=.;OPOS=155219662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:28:14:21:19:28:14:21:19 chr4 155243573 . C T 1355.06 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510011;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2329;QD=62.3017;RBI=0.0315495;REFB=0;REVB=-0.0311346;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591958;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:54:32:0:0:55:32:0:0 chr4 155243604 . T C 1175.29 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133226;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6022;QD=61.0538;RBI=0.0160863;REFB=0;REVB=0.00901546;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111538;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:49:28:0:0:49:28:0:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTGT 518.85 PASS AF=0,1,0;AO=8,14,4;DP=36;FAO=0,37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022039,0.0246711,0.0213618;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=5,4,3;MLLD=170.989,178.854,166.218;QD=56.0913;RBI=0.0223025,0.024681,0.0246328;REFB=0,0,0;REVB=0.00341835,0.00069985,-0.0122658;RO=0;SAF=8,8,1;SAR=0,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0205175,0.000796824,0;OID=.,.,.;OPOS=155244422,155244402,155244415;OREF=TTTGT,TTTG,TTG;OALT=-,-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT,TTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:8,14,4:36:0,37,0:37:0:0,25,0:0,12,0:0:0:4:0:8,8,1:0,6,3:0:0 chr4 155244475 . G T 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0356593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.571;QD=51.8353;RBI=0.0388434;REFB=0.00325111;REVB=0.0154019;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000246462;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:14:17:1:0:14:17:1:1 chr4 155256205 . G A 720.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.667;QD=55.4207;RBI=0.0522132;REFB=0;REVB=0.0486248;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149902;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:26:23:0:0:28:24:0:0 chr4 155287535 . T C 784.94 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.796;QD=57.0865;RBI=0.0247378;REFB=0;REVB=0.0189241;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12689e-05;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr4 155295076 . A G 226.14 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.000400092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7411;QD=17.0671;RBI=0.0149659;REFB=-0.00596872;REVB=0.0149606;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25311;STB=0.641904;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0365897;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:20:8:14:11:20:8 chr4 155312411 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=7.66193e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.191;QD=11.0864;RBI=0.019124;REFB=-0.00857379;REVB=0.0191239;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305393;STB=0.677591;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0187863;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:20:5:6:7:20:5 chr4 155407680 . A G 186.09 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0110243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3189;QD=19.5881;RBI=0.0111369;REFB=-0.0194641;REVB=0.0015796;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0307335;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:7:12:11:8:7:12 chr4 155410822 . G A 430.54 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=120;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00742889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.4;QD=14.2327;RBI=0.0132099;REFB=-0.0151721;REVB=0.0109231;RO=69;SAF=32;SAR=17;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.569137;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0247582;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:71:49:50:0.413223:17:32:39:30:17:33:39:32 chr4 155411065 . T C 600.84 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0168459;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.071;QD=18.3463;RBI=0.0180122;REFB=-0.011115;REVB=-0.00637615;RO=69;SAF=36;SAR=26;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218599;STB=0.620953;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0152225;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:69:69:62:62:0.473282:26:36:24:45:26:36:24:45 chr4 155411104 . A C 2105.23 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00847609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8282;QD=61.9186;RBI=0.033805;REFB=0.00912733;REVB=-0.0327251;RO=0;SAF=74;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000169459;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:61:74:0:0:61:74:1:0 chr4 155411320 . C T 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0207358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8504;QD=22.437;RBI=0.0323934;REFB=0.00184197;REVB=0.0248869;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823322;STB=0.545427;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.000813065;OID=.;OPOS=155411320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:18:15:14:11:18:15:14:11 chr4 155411939 . A C 941.03 PASS AF=0.528409;AO=91;DP=174;FAO=93;FDP=176;FR=.;FRO=83;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.0332462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3508;QD=21.387;RBI=0.0461517;REFB=-0.0404053;REVB=-0.0320105;RO=80;SAF=49;SAR=42;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640768;STB=0.547348;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0421997;OID=.;OPOS=155411939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:80:83:91:93:0.528409:42:49:49:31:44:49:52:31 chr4 155412430 . G A 241.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00822205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.155;QD=12.3847;RBI=0.0103979;REFB=-0.0177638;REVB=0.00636511;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044533;STB=0.51336;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0301153;OID=.;OPOS=155412430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:47:49:29:29:0.371795:13:16:24:23:13:16:26:23 chr4 155412464 . C T 218.88 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0518066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1122;QD=11.6734;RBI=0.0534997;REFB=-0.00990512;REVB=0.0133526;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155344;STB=0.508975;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0238124;OID=.;OPOS=155412464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:12:15:26:22:12:15:26:22 chr4 155507590 . T C 157.77 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00453168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9576;QD=16.6076;RBI=0.0332926;REFB=-0.0804756;REVB=0.0329827;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190132;STB=0.597327;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0444708;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:11:6:11:9:11:6:11:10 chr4 155671626 . T G 164.23 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.012513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.004;QD=17.7544;RBI=0.0583439;REFB=-0.0118803;REVB=0.0569863;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34437;STB=0.70562;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00970245;OID=.;OPOS=155671626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:3:14:10:9:3:15:10:9 chr4 155720274 . T C 370.3 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0104247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.852;QD=36.1272;RBI=0.0105541;REFB=0.0291585;REVB=0.00164738;RO=11;SAF=20;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166957;STB=0.509085;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00967838;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:10:20:7:4:10:20:7:4 chr4 156135676 . C T 412.9 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.000880015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6119;QD=15.8806;RBI=0.023749;REFB=-0.00450541;REVB=0.0237327;RO=58;SAF=29;SAR=16;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216962;STB=0.612282;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00723324;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:58:45:46:0.442308:16:29:25:33:17:29:25:33 chr4 156136027 . C T 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00288863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.503;QD=14.6208;RBI=0.0751311;REFB=0.00043977;REVB=0.0750755;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028375;STB=0.506325;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.000212864;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:13:20:28:18:13:20:28:19 chr4 156273768 . T C 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0181264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.102;QD=25.8143;RBI=0.0298429;REFB=-0.00180481;REVB=0.0237072;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174529;STB=0.596941;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00125089;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:9:18:9:11:9:18:9:11 chr4 156276289 . C T 164.99 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0117626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7854;QD=11.3789;RBI=0.0235461;REFB=-0.00654383;REVB=-0.0203976;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409203;STB=0.523787;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0150785;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:18:19:10:11:18:19 chr4 156276317 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0372495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9707;QD=15.626;RBI=0.0374218;REFB=-0.000440103;REVB=-0.00358696;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796412;STB=0.504582;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000205258;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:13:14:10:9:13:14 chr4 156289900 . C T 230.65 PASS AF=0.3625;AO=24;DP=74;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.013664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.67;QD=11.5325;RBI=0.0144652;REFB=-0.00878874;REVB=0.00474739;RO=46;SAF=4;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416299;STB=0.688013;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0225542;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:46:51:24:29:0.3625:20:4:22:24:22:7:26:25 chr4 156289917 . G A 157.49 PASS AF=0.208333;AO=14;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0208294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9198;QD=8.74944;RBI=0.0337608;REFB=0.000386698;REVB=0.0265693;RO=47;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165615;STB=0.630257;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00679506;OID=.;OPOS=156289917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:47:48:14:15:0.208333:9:5:23:24:10:5:24:24 chr4 156380807 . T G 450.77 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0100976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.49;QD=13.1611;RBI=0.0162122;REFB=-0.010044;REVB=-0.0126836;RO=84;SAF=29;SAR=23;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501734;STB=0.525026;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0172064;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:84:85:52:52:0.379562:23:29:43:41:23:29:44:41 chr4 156382738 . A C 315.85 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0678359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5178;QD=17.5471;RBI=0.0727726;REFB=0.0149872;REVB=0.0263466;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495919;STB=0.527761;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00972579;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:38:33:34:0.472222:17:16:16:21:17:17:17:21 chr4 156632391 . A G 770.7 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165344;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=312.497;QD=55.0498;RBI=0.0213279;REFB=-0.0470385;REVB=0.013472;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=7.59651e-05;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:0:1:22:33:0:1 chr4 156634345 . A C 504.84 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0167868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.321;QD=16.1549;RBI=0.0228557;REFB=-0.00570397;REVB=-0.0155109;RO=70;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817676;STB=0.545601;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00790401;OID=.;OPOS=156634345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:31:24:25:45:31:24:25:45 chr4 156706482 . G A 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0209227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.988;QD=21.7431;RBI=0.0327382;REFB=-0.0094431;REVB=-0.02518;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133499;STB=0.562433;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0117293;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:12:7:8:7:12:7:8:8 chr4 156787340 . G A 839.72 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012592;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.154;QD=57.9116;RBI=0.0205416;REFB=0;REVB=-0.0162296;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35284e-05;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:44:14:0:0:44:14:0:0 chr4 156847230 . A G 403.37 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171886;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=34.272;QD=52.0483;RBI=0.0172087;REFB=0;REVB=0.000831253;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262733;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:29:31:1:18:11:1:0:18:13:0:0 chr4 156847236 . AAG AAA,AA,A 314.31 PASS AF=0,0,1;AO=4,19,5;DP=29;FAO=0,0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538615,0.0357581,-0.00822278;FXX=0;HRUN=2,2,8;LEN=1,1,2;MLLD=3.9053,9.14594,16.7389;QD=43.3536;RBI=0.0596786,0.104985,0.0832175;REFB=0,0,0;REVB=-0.0256998,-0.0987077,-0.0828102;RO=0;SAF=3,5,3;SAR=1,14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0502902,0.00769163;OID=.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847237;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:4,19,5:29:0,0,29:29:0:0,0,12:0,0,17:0:0:3:0:3,5,3:1,14,2:0:0 chr4 157684248 . T C 196.13 PASS AF=0.393443;AO=19;DP=58;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0249224;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.713;QD=12.8612;RBI=0.0403598;REFB=-0.00784875;REVB=0.0317457;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125813;STB=0.639237;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.010361;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:38:37:19:24:0.393443:8:11:26:12:12:12:27:10 chr4 158043559 . C T 262.66 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.0196267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9731;QD=8.61188;RBI=0.0243576;REFB=-0.0137885;REVB=-0.0144253;RO=84;SAF=15;SAR=21;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196994;STB=0.622575;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0199409;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:84:86:36:36:0.295082:21:15:49:35:21:15:51:35 chr4 158065038 . T C 1260.31 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.866;QD=60.7377;RBI=0.0682923;REFB=0;REVB=0.0135774;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106444;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:77:83:1:29:48:0:0:32:51:0:0 chr4 158073913 . T C 583.57 PASS AF=0.458647;AO=59;DP=134;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0117544;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.721;QD=17.5508;RBI=0.0134804;REFB=-0.0216359;REVB=0.00659954;RO=72;SAF=23;SAR=36;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417396;STB=0.511541;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0231817;OID=.;OPOS=158073913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:72:72:59:61:0.458647:36:23:31:41:36:25:31:41 chr4 158092040 . G A 320.8 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0108216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.881;QD=16.6648;RBI=0.0129843;REFB=-0.0312994;REVB=0.00717539;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139048;STB=0.559552;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0293084;OID=.;OPOS=158092040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:42:33:35:0.454545:18:15:25:17:18:17:25:17 chr4 158238830 . T C 1174.78 PASS AF=0.437063;AO=125;DP=284;FAO=125;FDP=286;FR=.;FRO=161;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=87;FSRR=74;FWDB=0.0219082;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.007;QD=16.4305;RBI=0.021999;REFB=-0.0141046;REVB=0.00199685;RO=155;SAF=67;SAR=58;SRF=82;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699194;STB=0.502475;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.016368;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:286:155:161:125:125:0.437063:58:67:82:73:58:67:87:74 chr4 159076826 . C T 1599.18 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0406617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.465;QD=57.1136;RBI=0.0407185;REFB=-0.173383;REVB=0.00215016;RO=1;SAF=37;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065481;STB=0.510202;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00076812;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:1:3:109:109:0.973214:72:37:0:1:72:37:0:3 chr4 159092633 . A G 1338.14 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.845;QD=61.5236;RBI=0.0294434;REFB=0;REVB=-0.027019;RO=0;SAF=57;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55303e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:27:57:0:0:27:60:0:0 chr4 159601676 . C T 565.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.178;QD=59.5273;RBI=0.0268911;REFB=0;REVB=-0.0248654;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705093;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:8:29:0:0:9:29:0:0 chr4 159631761 . A AC 262.28 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0550954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0342;QD=12.7942;RBI=0.112596;REFB=0.00902525;REVB=0.0981951;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119262;STB=0.512814;STBP=0.822;TYPE=ins;VARB=-0.00583345;OID=.;OPOS=159631762;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:39:81:40:82:42:21:19:21:21:99:42:20:19:21:21 chr4 159826773 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=354.421;QD=57.2026;RBI=0.0243995;REFB=0;REVB=0.0131081;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55112e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr4 159881479 . T C 216.5 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00786813;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6436;QD=17.3199;RBI=0.0581806;REFB=-0.0197651;REVB=-0.0576461;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19179;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0222915;OID=.;OPOS=159881479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:16:11:14:9:16:11 chr4 159894250 . C T 772.73 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00566386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.747;QD=61.8184;RBI=0.0200342;REFB=-0.145396;REVB=0.0192169;RO=1;SAF=36;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012896;STB=0.506847;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000438304;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:13:36:1:0:13:36:1:0 chr4 159894277 . T C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0143848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.118;QD=13.5516;RBI=0.0150877;REFB=-0.0221448;REVB=0.00455126;RO=34;SAF=20;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386237;STB=0.719216;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0204371;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:4:20:18:16:4:20:19:16 chr4 159894305 . T C 969.37 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529389;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.995;QD=57.8729;RBI=0.0250011;REFB=-0.0564119;REVB=0.0244342;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125592;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:67:0:0:66:67:1:22:44:0:0:23:44:0:0 chr4 159894391 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0246124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.209;QD=18.4267;RBI=0.0248056;REFB=0.00169643;REVB=0.00308978;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319021;STB=0.678444;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00114623;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:19:9:19:9:19:9:19:9 chr4 160428588 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.698;QD=63.871;RBI=0.00765601;REFB=0;REVB=0.00377798;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24319e-05;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr4 162307312 . C A 659.04 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00717195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.005;QD=21.608;RBI=0.016878;REFB=-0.00508767;REVB=-0.0152785;RO=57;SAF=31;SAR=34;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420405;STB=0.52307;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0056327;OID=.;OPOS=162307312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:57:65:65:0.532787:34:31:30:27:34:31:30:27 chr4 164048199 . G C 408.49 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00135397;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9374;QD=15.2705;RBI=0.00475419;REFB=-0.0131959;REVB=0.00455732;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566238;STB=0.529783;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0137196;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:60:61:45:46:0.429907:23:22:26:34:24:22:26:35 chr4 164085425 . T C 559.06 PASS AF=0.39521;AO=64;DP=165;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.00187047;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.03;QD=13.3906;RBI=0.0127487;REFB=-0.0177558;REVB=0.0126108;RO=100;SAF=22;SAR=42;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110385;STB=0.551984;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0356599;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:100:101:64:66:0.39521:42:22:44:56:42:24:45:56 chr4 164272418 . AGGGG AGGGC,AGGG 58.46 PASS AF=0.0444444,0.288889;AO=2,17;DP=45;FAO=2,13;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=0,10;FSAR=2,3;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00987723,-0.0770259;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=112.341,10.3508;QD=5.19674;RBI=0.0398558,0.0928643;REFB=-0.0109635,-0.103604;REVB=-0.0386125,-0.0518729;RO=23;SAF=0,13;SAR=2,4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0.464286;SSEP=0,0;SSSB=-0.39596,0.522393;STB=0.992589,0.821924;STBP=0.338,0.021;TYPE=snp,del;VARB=0.171879,0.153698;OID=.,.;OPOS=164272422,164272419;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGC,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0444444,0.288889:2,17:45:2,13:45:30:0,10:2,3:8:22:53:23:0,13:2,4:5:18 chr4 164272703 . G A 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0167499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.579;QD=9.2366;RBI=0.0369026;REFB=-0.0169744;REVB=-0.0328822;RO=55;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850824;STB=0.504395;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.029577;OID=.;OPOS=164272703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:57:25:25:0.304878:13:12:26:29:13:12:27:30 chr4 164393117 . T A 154.51 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0253164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4767;QD=14.7152;RBI=0.0706279;REFB=-0.00773198;REVB=-0.0659347;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133963;STB=0.576838;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00402145;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:6:11:19:6:6:11:19:6 chr4 164415930 . C T 463.17 PASS AF=0.485149;AO=47;DP=99;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0317371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.71;QD=18.3433;RBI=0.0319309;REFB=-0.0276334;REVB=-0.00351299;RO=51;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147708;STB=0.574598;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.022482;OID=.;OPOS=164415930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:51:52:47:49:0.485149:26:21:15:36:27:22:16:36 chr4 164433954 . T C 240.51 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0128629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6359;QD=21.3783;RBI=0.014391;REFB=0.00143573;REVB=0.00645342;RO=22;SAF=20;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437143;STB=0.750411;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00272928;OID=.;OPOS=164433954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:3:20:11:11:3:20:11:11 chr4 164533702 . T C 286.82 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.01427;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9157;QD=13.187;RBI=0.0489901;REFB=0.000867448;REVB=0.0468658;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10929;STB=0.562462;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00113463;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:54:33:33:0.37931:18:15:30:24:18:15:30:24 chr4 165878335 . A G 769.4 PASS AF=1;AO=39;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2098;QD=56.9928;RBI=0.0499501;REFB=0;REVB=-0.0265468;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532371;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:39:54:1:19:20:0:0:34:20:0:0 chr4 166000194 . CA C,CG 502.67 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=6,27;DP=34;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=4,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160241,0.0132296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.024,178.297;QD=57.4475;RBI=0.0210669,0.0359433;REFB=0,0;REVB=0.0136764,0.0334201;RO=0;SAF=0,20;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000421554,0.0011607;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114286,0.885714:6,27:34:4,31:35:0:0,20:4,11:0:0:11:0:0,20:6,7:0:0 chr4 166000263 . C T 183.52 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0185984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5683;QD=11.84;RBI=0.0875013;REFB=-0.0216857;REVB=-0.0855019;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242414;STB=0.641379;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0318869;OID=.;OPOS=166000263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:17:6:18:21:17:6:18:21 chr4 166173788 . G A 238.54 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000243283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.025;QD=16.7399;RBI=0.00345877;REFB=-0.0347821;REVB=0.0034502;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185735;STB=0.604665;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0253187;OID=.;OPOS=166173788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:30:25:27:0.473684:16:9:16:13:17:10:17:13 chr4 166199345 . C T 663.93 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0154308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7783;QD=18.9695;RBI=0.0498163;REFB=-0.00974476;REVB=0.0473662;RO=73;SAF=32;SAR=35;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173657;STB=0.500961;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0109843;OID=.;OPOS=166199345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:35:32:35:38:35:32:35:38 chr4 166231868 . A G 2064.35 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.367;QD=62.5562;RBI=0.0309274;REFB=0;REVB=0.0111862;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75427e-05;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:65:67:0:0:65:67:0:0 chr4 166264119 . A G 566.9 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00484757;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.147;QD=16.797;RBI=0.00541764;REFB=-0.0161649;REVB=-0.00241907;RO=74;SAF=30;SAR=30;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937988;STB=0.555537;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0152866;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:75:60:60:0.444444:30:30:44:30:30:30:45:30 chr4 167012381 . G A 3212.18 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0579;QD=61.7727;RBI=0.0340143;REFB=0;REVB=-0.00783481;RO=0;SAF=105;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19273e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:207:208:1:102:105:0:0:103:105:0:0 chr4 167012480 . T C 1748.67 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6154;QD=59.7837;RBI=0.036161;REFB=0.0459449;REVB=0.0316058;RO=1;SAF=75;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011723;STB=0.506023;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-7.16844e-05;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:40:75:0:1:41:75:0:1 chr4 167020644 . A G 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0255451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.813;QD=19.5869;RBI=0.0284331;REFB=-0.0070562;REVB=-0.0124856;RO=46;SAF=7;SAR=37;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256749;STB=0.644622;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00731005;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:37:7:16:30:37:7:16:30 chr4 167023255 . A G 280.48 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0113445;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.086;QD=16.0271;RBI=0.0167193;REFB=-0.0166642;REVB=0.0122816;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859701;STB=0.56246;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0185726;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:37:39:31:31:0.442857:17:14:20:17:17:14:22:17 chr4 167654960 . C G 439.97 PASS AF=0.729167;AO=33;DP=50;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00683635;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.46;QD=36.6638;RBI=0.0367404;REFB=-0.00858425;REVB=0.0360988;RO=12;SAF=31;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185267;STB=0.5536;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00185962;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:12:13:33:35:0.729167:2:31:10:2:3:32:11:2 chr4 168584259 . T A 505.48 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144806;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5498;QD=59.4681;RBI=0.0699223;REFB=0;REVB=0.0684064;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679991;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr4 169141748 . T A 100.96 PASS AF=0.106583;AO=39;DP=322;FAO=34;FDP=319;FR=.;FRO=285;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=135;FSRR=150;FWDB=-0.034353;FXX=0.00931648;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.785;QD=1.26592;RBI=0.0351648;REFB=-0.00129495;REVB=-0.00751232;RO=269;SAF=7;SAR=32;SRF=128;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399677;STB=0.819172;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0690764;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:319:269:285:39:34:0.106583:32:7:128:141:29:5:135:150 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 319.8 PASS AF=0.409266,0.027027,0;AO=67,12,53;DP=270;FAO=106,7,0;FDP=259;FR=.;FRO=146;FSAF=21,0,0;FSAR=85,7,0;FSRF=94;FSRR=52;FWDB=0.132966,-0.0225935,0.058406;FXX=0.0371733;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.03288,113.91,20.6644;QD=4.93892;RBI=0.229988,0.0492309,0.0680748;REFB=-0.16635,-0.0111229,-0.0936393;REVB=-0.187656,-0.0437403,-0.0349702;RO=108;SAF=20,0,1;SAR=47,12,52;SRF=85;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.499866,-0.766444,-0.845765;STB=0.772551,0.998901,0.5;STBP=0,0.001,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.168907,0.0162373,0;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409266,0.027027,0:67,12,53:270:106,7,0:259:146:21,0,0:85,7,0:94:52:99:108:20,0,1:47,12,52:85:23 chr4 169282355 . T C 1504.38 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.811;QD=58.4227;RBI=0.0217977;REFB=-0.118481;REVB=0.000144287;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.81602e-05;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:101:102:0.990291:58:43:0:0:58:44:0:1 chr4 169327191 . C T 754.57 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.126;QD=56.9487;RBI=0.0210554;REFB=0;REVB=0.0204205;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90812e-05;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:21:32:0:0 chr4 169336662 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0849;QD=54.5175;RBI=0.0536404;REFB=0;REVB=-0.0251308;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121645;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr4 169341435 . A G 1719.65 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00135285;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.597;QD=58.7915;RBI=0.0059367;REFB=0.0330617;REVB=-0.00578051;RO=2;SAF=58;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160915;STB=0.508473;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000269758;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:57:58:2:0:57:58:2:0 chr4 169362557 . C G 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3645;QD=63.2763;RBI=0.0459322;REFB=0;REVB=-0.0263876;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2298e-05;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:35:11:0:0:35:11:0:0 chr4 169369820 . T A 784.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.61118e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.591;QD=64.0086;RBI=0.0309637;REFB=0;REVB=0.0309636;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128901;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr4 169369853 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.614;QD=62.0217;RBI=0.0932848;REFB=0;REVB=0.0028171;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454077;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr4 169369920 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.271;QD=53.911;RBI=0.0273092;REFB=0;REVB=-0.0269399;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246861;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr4 169393595 . A G 731.26 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846071;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1601;QD=63.5881;RBI=0.0868892;REFB=0;REVB=0.0197832;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130366;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr4 169606649 . C A 535.22 PASS AF=0.545455;AO=51;DP=98;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0194353;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.677;QD=21.6248;RBI=0.0213656;REFB=-0.0162811;REVB=0.00887458;RO=44;SAF=33;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11024;STB=0.545793;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0196262;OID=.;OPOS=169606649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:45:51:54:0.545455:18:33:23:21:20:34:24:21 chr4 169806527 . A G 316.24 PASS AF=0.344828;AO=39;DP=117;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00462121;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1989;QD=10.9047;RBI=0.0057735;REFB=-0.00766747;REVB=0.00346089;RO=75;SAF=22;SAR=17;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659138;STB=0.549497;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0192969;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:75:76:39:40:0.344828:17:22:38:37:17:23:38:38 chr4 169846359 . GCT G 704.91 PASS AF=1;AO=41;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624699;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.85;QD=56.3925;RBI=0.0693325;REFB=0;REVB=0.030075;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00015825;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:51:50:50:0:23:27:0:0:4:0:19:22:0:0 chr4 169928842 . G T 4095.32 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309973;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.455;QD=62.524;RBI=0.0310417;REFB=0;REVB=-0.00165868;RO=0;SAF=122;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66638e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:262:0:0:262:262:1:140:122:0:0:140:122:0:0 chr4 170038894 . A G 293.09 PASS AF=0.534483;AO=29;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0182578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8462;QD=20.2134;RBI=0.0280136;REFB=-0.000551314;REVB=-0.0212466;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271562;STB=0.511938;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000863412;OID=.;OPOS=170038894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:27:27:29:31:0.534483:12:17:15:12:13:18:15:12 chr4 170398454 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2477;QD=62.3464;RBI=0.0202193;REFB=0;REVB=-0.0178532;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115023;OID=.;OPOS=170398454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr4 170581570 . G A 1441.76 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506353;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5391;QD=62.0113;RBI=0.050945;REFB=-0.0545027;REVB=-0.00560896;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620911;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:93:1:0:91:93:1:47:44:1:0:47:46:0:0 chr4 170623946 . A G 216.2 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0066275;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=164.742;QD=28.8269;RBI=0.00662853;REFB=-0.0235217;REVB=0.000116553;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.553137;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00250707;OID=.;OPOS=170623946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:29:30:0:10:5:20:0.666667:5:0:0:0:13:7:5:5 chr4 170623982 . C G 1472.68 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.855;QD=63.3413;RBI=0.0134548;REFB=0;REVB=0.00223976;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49679e-05;OID=.;OPOS=170623982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:54:39:0:0 chr4 170634390 . C T 465.09 PASS AF=0.433333;AO=50;DP=118;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0287559;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.507;QD=15.503;RBI=0.0291481;REFB=-0.02496;REVB=-0.00476546;RO=66;SAF=22;SAR=28;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477609;STB=0.528487;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0291351;OID=.;OPOS=170634390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:66:68:50:52:0.433333:28:22:26:40:28:24:28:40 chr4 170663235 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00124566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.371;QD=17.0892;RBI=0.01103;REFB=-0.00625611;REVB=-0.0109594;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483703;STB=0.527251;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00540342;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:12:16:13:12:12:16 chr4 170678993 . T C 126.12 PASS AF=0.327273;AO=13;DP=53;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00780941;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.464;QD=9.17234;RBI=0.0151162;REFB=-0.0241848;REVB=-0.0129426;RO=40;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050778;STB=0.58173;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0649342;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:40:37:13:18:0.327273:8:5:17:23:9:9:14:23 chr4 170987636 . A G 929.47 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196589;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.873;QD=55.4906;RBI=0.020438;REFB=-0.0980799;REVB=0.00558938;RO=2;SAF=30;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304517;STB=0.516124;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00021564;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:35:30:2:0:35:30:2:0 chr4 172735897 . C G 244.23 PASS AF=0.378788;AO=26;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0303556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8753;QD=14.8021;RBI=0.059421;REFB=-0.0322406;REVB=-0.0510822;RO=36;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302221;STB=0.502956;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0291348;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:26:25:0.378788:18:8:12:24:17:8:12:25 chr4 174062875 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.724;QD=53.2769;RBI=0.0261775;REFB=0;REVB=-0.0176335;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7227e-05;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 174090004 . G A 130.87 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0301626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.057;QD=10.2645;RBI=0.0493481;REFB=-0.00816484;REVB=-0.039057;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114042;STB=0.567487;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0203241;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:25:10:6:10:25:10 chr4 174537221 . T C 911.59 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0212427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5223;QD=55.2479;RBI=0.053473;REFB=-0.10197;REVB=0.0490724;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363026;STB=0.501922;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.014268;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:36:28:1:1:36:28:1:1 chr4 174537356 . T A 1449.15 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0398766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.882;QD=57.3919;RBI=0.0505671;REFB=0.00227892;REVB=0.0310948;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.500501;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=1.24303e-05;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:0:2:99:99:0.980198:47:52:0:0:47:52:1:1 chr4 174537471 . G A 893.37 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362772;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.562;QD=57.637;RBI=0.0365173;REFB=0;REVB=0.00418098;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215364;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:36:24:0:0:36:26:0:0 chr4 175237408 . T C 1395.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494545;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.851;QD=62.7175;RBI=0.0522404;REFB=0;REVB=0.0168317;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125379;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:40:48:0:0:40:49:0:0 chr4 175598280 . A G 1878.31 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485609;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.001;QD=61.5838;RBI=0.0550673;REFB=0;REVB=0.0259663;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92002e-05;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:119:122:1:51:68:0:0:53:69:0:0 chr4 175598334 . T C 1682.4 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.889;QD=59.554;RBI=0.0103747;REFB=-0.0369155;REVB=-0.000930469;RO=1;SAF=60;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77151e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:113:1:0:109:113:1:49:60:1:0:50:63:0:0 chr4 175688138 . A G 958.59 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00154906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.132;QD=57.2294;RBI=0.0255128;REFB=-0.0967016;REVB=0.0254657;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000399798;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:39:27:0:0:39:27:1:0 chr4 175688141 . G A 494.88 PASS AF=0.716418;AO=47;DP=66;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0681507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.491;QD=29.5453;RBI=0.0957841;REFB=-0.0651987;REVB=0.0673058;RO=19;SAF=18;SAR=29;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790777;STB=0.544728;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0371375;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:19:19:47:48:0.716418:29:18:10:9:30:18:10:9 chr4 176555585 . A C 224.55 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.0176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4866;QD=8.47374;RBI=0.018412;REFB=-0.0115468;REVB=-0.0054076;RO=74;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678758;STB=0.533775;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0215466;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:74:75:31:31:0.292453:18:13:27:47:18:13:28:47 chr4 176892056 . CTT C,CT 66.97 PASS AF=0,0.408163;AO=5,14;DP=48;FAO=0,20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=0,10;FSAR=0,10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0136528,-0.0259696;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=14.4475,8.49787;QD=5.46719;RBI=0.0314268,0.0588695;REFB=-0.0345147,-0.0630561;REVB=-0.0283063,-0.0528317;RO=25;SAF=2,9;SAR=3,5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0943388,0.179997;STB=0.5,0.510194;STBP=1,0.935;TYPE=del,del;VARB=0,0.0511969;OID=.,.;OPOS=176892057,176892057;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.408163:5,14:48:0,20:49:29:0,10:0,10:15:14:64:25:2,9:3,5:12:13 chr4 177073026 . G A 719.93 PASS AF=1;AO=39;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109765;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.014;QD=55.3789;RBI=0.0328276;REFB=0;REVB=0.0309381;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323644;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:39:52:1:23:16:0:0:23:29:0:0 chr4 177082069 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.808;QD=60.9785;RBI=0.0149511;REFB=0;REVB=0.00562507;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01524e-05;OID=.;OPOS=177082069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr4 177087322 . C T 469.08 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411482;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0731;QD=58.6344;RBI=0.0457097;REFB=0;REVB=0.0199049;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469902;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr4 177100644 . G A 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7031;QD=59.3194;RBI=0.0579725;REFB=0;REVB=-0.0387603;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592192;OID=.;OPOS=177100644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr4 177137988 . C T 426.73 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0377993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2059;QD=27.5308;RBI=0.0424426;REFB=0.0615203;REVB=-0.0193024;RO=22;SAF=23;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079117;STB=0.543138;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0460569;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:17:23:10:12:17:23:10:12 chr4 177605081 . CTCA C 631.14 PASS AF=0.94;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00780197;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.876;QD=50.4909;RBI=0.0146425;REFB=-0.0484322;REVB=0.0123908;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503155;STBP=0.924;TYPE=del;VARB=0.00324112;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.94:46:52:47:50:3:29:18:2:1:12:0:29:17:0:0 chr4 178102691 . C G 1819.79 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850782;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4854;QD=61.1693;RBI=0.0167121;REFB=0;REVB=0.0143844;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305687;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:53:65:0:0:53:66:0:0 chr4 178231152 . C A 164.19 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0193986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.499;QD=11.1312;RBI=0.0479945;REFB=0.00119156;REVB=0.0438995;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553452;STB=0.532227;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000915895;OID=.;OPOS=178231152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:20:18:11:10:20:18 chr4 178256978 . T TA 106.84 PASS AF=1;AO=16;DP=34;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16352;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.52057;QD=17.0943;RBI=0.165726;REFB=0.0938306;REVB=-0.0269521;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0169429;OID=.;OPOS=178256979;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:16:34:25:25:0:9:16:0:0:4:16:5:11:12:4 chr4 178272700 . A G 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.000510356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1129;QD=4.28871;RBI=0.0270031;REFB=-0.00298438;REVB=-0.0269983;RO=60;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146975;STB=0.586547;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0152767;OID=.;OPOS=178272700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:60:61:14:14:0.186667:7:7:23:37:7:7:24:37 chr4 178274565 . A G 225.08 PASS AF=0.311828;AO=28;DP=89;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0614265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.205;QD=9.68082;RBI=0.0651727;REFB=0.00844996;REVB=0.0217776;RO=60;SAF=9;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233972;STB=0.620265;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0148509;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:60:64:28:29:0.311828:19:9:31:29:19:10:33:31 chr4 178274694 . T G 183.69 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.002348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.748;QD=8.07405;RBI=0.00239967;REFB=-0.0102623;REVB=0.000495294;RO=66;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729106;STB=0.543654;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.02832;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:11:14:33:33:11:14:33:33 chr4 178274750 . C T 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0158285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.44;QD=12.2742;RBI=0.0202442;REFB=-0.00609437;REVB=-0.0126208;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166646;STB=0.597971;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0134843;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:14:18:7:10:14:18 chr4 178274835 . A C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9965;QD=40.761;RBI=0.0539931;REFB=0;REVB=0.0139452;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011395;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr4 178281753 . G GA 682.07 PASS AF=1;AO=7;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.17;QD=46.2421;RBI=0.161271;REFB=0;REVB=-0.135418;RO=52;SAF=0;SAR=7;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.671492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000210049;OID=.;OPOS=178281754;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:59:59:59:0:30:29:0:0:13:52:0:7:30:22 chr4 178281754 . G A 675.14 PASS AF=0.898305;AO=52;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0236364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.556;QD=45.7722;RBI=0.0796016;REFB=-0.214569;REVB=0.0760114;RO=7;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128618;STB=0.55767;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00421529;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:59:59:7:6:52:53:0.898305:22:30:0:7:23:30:0:6 chr4 178359960 . G C 610.8 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3866;QD=61.0796;RBI=0.0255988;REFB=0;REVB=-0.0120183;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102703;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:20:20:0:0 chr4 178881982 . G T 304.0 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.868;QD=52.8691;RBI=0.039404;REFB=0;REVB=0.0265923;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216803;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr4 179037990 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0097666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.381;QD=16.4439;RBI=0.0264583;REFB=0.0096242;REVB=0.0245897;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205558;STB=0.616911;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0122413;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:19:8:10:10:19:8 chr4 179327856 . G A 867.41 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6771;QD=57.8274;RBI=0.0407269;REFB=0;REVB=-0.012565;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142115;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr4 179327885 . T G 451.74 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00949617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.095;QD=24.7529;RBI=0.0281725;REFB=-0.0332739;REVB=0.0265238;RO=30;SAF=14;SAR=28;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557211;STB=0.533978;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.019663;OID=.;OPOS=179327885;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:42:43:0.589041:28:14:12:18:29:14:12:18 chr4 183549831 . T G 783.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.54;QD=57.0103;RBI=0.0551324;REFB=0;REVB=-0.00145345;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021262;OID=.;OPOS=183549831;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:29:26:0:0 chr4 183652175 . T C 2150.91 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.246;QD=62.8004;RBI=0.0265799;REFB=0;REVB=0.0262674;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41016e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:75:62:0:0:75:62:0:0 chr4 183665272 . C CT,T 37.66 PASS AF=0.232558,0.0465116;AO=8,2;DP=43;FAO=10,2;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7,2;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0815819,-0.00121364;FXX=0.0444346;HRUN=7,2;LEN=1,1;MLLD=6.74,34.4143;QD=3.50323;RBI=0.133791,0.0173031;REFB=-0.121535,-0.0783947;REVB=-0.10604,-0.0172605;RO=31;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.297214,0.445343;STB=0.645851,0.994594;STBP=0.33,0.195;TYPE=ins,snp;VARB=0.0172616,0.00745272;OID=.,.;OPOS=183665273,183665272;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:43:43:31:31:8,2:10,2:0.232558,0.0465116:2,0:6,2:16:15:3,0:7,2:16:15 chr4 183815688 . A G 210.97 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0129336;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7456;QD=9.69973;RBI=0.0129883;REFB=0.00541671;REVB=-0.00119053;RO=60;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219102;STB=0.628049;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0132771;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:12:15:22:38:12:15:22:38 chr4 184237195 . A T 869.17 PASS AF=0.707547;AO=74;DP=105;FAO=75;FDP=106;FR=.;FRO=31;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0115716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.184;QD=32.7988;RBI=0.0193056;REFB=-0.00247554;REVB=0.0154533;RO=30;SAF=40;SAR=34;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389264;STB=0.508992;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00104273;OID=.;OPOS=184237195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:30:31:74:75:0.707547:34:40:16:14:34:41:16:15 chr4 184367558 . TCTG T,TCAT 282.54 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=19,3;DP=22;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341516,-0.00761736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=252.225,111.286;QD=51.3715;RBI=0.00343119,0.0157364;REFB=0,0;REVB=0.000331342,-0.0137699;RO=0;SAF=12,1;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00601217,-0.0268249;OID=.,.;OPOS=184367559,184367560;OREF=CTG,TG;OALT=-,AT;OMAPALT=T,TCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.863636,0.136364:19,3:22:19,3:22:0:12,1:7,2:0:0:14:0:12,1:7,2:0:0 chr4 184426387 . C T 212.23 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=116;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00221566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.742;QD=7.31827;RBI=0.0379111;REFB=-0.0148419;REVB=-0.0378463;RO=85;SAF=23;SAR=8;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281334;STB=0.669787;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0446759;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:85:85:31:31:0.267241:8:23:45:40:8:23:45:40 chr4 184560790 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.01;QD=57.2022;RBI=0.0324505;REFB=0;REVB=-0.0269674;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98481e-05;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 184572218 . G A 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0279049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.306;QD=55.4637;RBI=0.0386712;REFB=0.0135761;REVB=-0.0267727;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492505;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000546579;OID=.;OPOS=184572218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:18:20:0:2:18:20:0:2 chr4 185012398 . T C 482.74 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4657;QD=58.5142;RBI=0.100766;REFB=0;REVB=0.100029;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171019;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:8:23:0:0:10:23:0:0 chr4 185200094 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0074774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.368;QD=29.164;RBI=0.0636408;REFB=-0.025272;REVB=0.0632;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901728;STB=0.550922;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00623485;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:2:1:2:9:2:1 chr4 185310218 . C T 194.38 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0022683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.8881;QD=24.2971;RBI=0.0264679;REFB=0.0156179;REVB=-0.0263705;RO=12;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196737;STB=0.597067;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0119177;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:13:19:19:0.59375:13:6:7:5:13:6:7:6 chr4 185587165 . A G 670.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.286;QD=62.3993;RBI=0.0460774;REFB=0;REVB=-0.016783;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58243e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr4 185655171 . C T 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.144;QD=60.1587;RBI=0.0200591;REFB=0.0764028;REVB=0.0104969;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000332661;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr4 185655190 . C G 476.22 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.859;QD=57.723;RBI=0.0763656;REFB=0;REVB=0.0527778;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351315;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:18:15:0:0 chr4 185678110 . A G 1376.58 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.412;QD=62.5719;RBI=0.0222202;REFB=0;REVB=0.00388309;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33108e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr4 185678118 . C G 1420.63 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410193;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.017;QD=63.1391;RBI=0.0301383;REFB=0;REVB=0.0298578;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611048;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr4 185686032 . C T 770.65 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198963;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5446;QD=57.0852;RBI=0.144864;REFB=0;REVB=0.143492;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807757;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:25:29:0:0 chr4 185735054 . G A 157.8 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00436165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.125;QD=12.1388;RBI=0.0342501;REFB=-0.0217716;REVB=-0.0339713;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278915;STB=0.664833;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0272727;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:4:15:19:14:4:15:19:14 chr4 185940952 . C G 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00262569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.648;QD=10.5907;RBI=0.0524733;REFB=-0.000483155;REVB=-0.0524076;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244521;STB=0.642072;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000153566;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:9:12:14:26:9:12:14:26 chr4 186111639 . T C 267.16 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0166307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.819;QD=28.1224;RBI=0.0181095;REFB=-0.0192362;REVB=0.00716762;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977024;STB=0.537747;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.01494;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:14:24:24:0.631579:11:13:9:4:11:13:9:5 chr4 186112111 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.833;QD=48.7371;RBI=0.0375957;REFB=0;REVB=0.0367881;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012247;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr4 186299260 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0170583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.132;QD=14.0966;RBI=0.0176232;REFB=0.00341987;REVB=-0.0044262;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257402;STB=0.655393;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00416877;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:11:3:1:10:11:3 chr4 186320880 . A G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00344784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.807;QD=30.1263;RBI=0.00783131;REFB=-0.00654679;REVB=0.00703149;RO=12;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347987;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:16:8:4:8:16:8:4:8 chr4 186320906 . C G 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0299005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.269;QD=34.7808;RBI=0.0299767;REFB=-0.0232037;REVB=0.00213588;RO=7;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157412;STB=0.585297;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00864346;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:17:5:0:7:17:5:0:7 chr4 186339584 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.345;QD=49.5972;RBI=0.0423311;REFB=0;REVB=-0.0254354;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08394e-05;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr4 186357523 . C G 452.12 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017144;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.663;QD=58.3375;RBI=0.0427104;REFB=0;REVB=-0.0391186;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174064;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr4 186361876 . A G 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00786419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.599;QD=47.1178;RBI=0.0237255;REFB=0.0233007;REVB=0.0223842;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264929;STB=0.527755;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00016878;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:17:7:0:1:17:7:0:2 chr4 186379371 . G A 728.55 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4365;QD=57.1411;RBI=0.0161255;REFB=0;REVB=-0.0105037;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255004;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr4 186379735 . T C 378.8 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0143651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.954;QD=29.1383;RBI=0.0461411;REFB=-0.0232637;REVB=0.043848;RO=17;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466719;STB=0.525409;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00979053;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:15:20:11:6:15:20:11:6 chr4 186423637 . G A 259.69 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0229574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1385;QD=31.478;RBI=0.0417559;REFB=-0.000389975;REVB=0.0348786;RO=10;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14571;STB=0.579983;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000983174;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:13:10:7:3:13:10:7:3 chr4 186507298 . AAT A 77.61 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0118333;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.258;QD=11.4985;RBI=0.0349594;REFB=-0.0158402;REVB=0.0328958;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319896;STB=0.673162;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0347059;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:26:12:27:15:9:3:7:8:77:14:9:3:6:8 chr4 186528433 . T C 496.05 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.266;QD=58.3592;RBI=0.0124552;REFB=0;REVB=-0.0093266;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184359;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr4 186599992 . A T 338.07 PASS AF=0.370968;AO=24;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=78;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0970739;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=25.7262;QD=10.9053;RBI=0.143137;REFB=-0.0102995;REVB=0.105189;RO=48;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143594;STB=0.533672;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00764108;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:48:78:24:46:0.370968:18:6:17:31:30:16:31:47 chr4 186631028 . T A 122.16 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0149091;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=77.9019;QD=22.2104;RBI=0.0818406;REFB=0.000154094;REVB=0.0804711;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347762;STB=0.68329;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0059127;OID=.;OPOS=186631028;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:2:8:14:14:0.636364:9:5:1:1:9:5:7:1 chr4 187004074 . C T 563.71 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.281;QD=57.8159;RBI=0.0490654;REFB=-0.0927059;REVB=0.0454719;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.529396;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000589009;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:8:30:0:0:8:30:0:1 chr4 187074833 . A G 1221.32 PASS AF=0.977011;AO=66;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00887385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.066;QD=56.1527;RBI=0.0399458;REFB=-0.135924;REVB=0.0389477;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50123;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00263603;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:0:2:66:85:0.977011:26:40:0:0:38:47:1:1 chr4 187077206 . A G 1001.12 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191339;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.343;QD=57.207;RBI=0.0334508;REFB=-0.0286384;REVB=-0.0274381;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=5.56675e-05;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:34:34:0:1:35:34:0:1 chr4 187078785 . A G 2356.2 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354714;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.24;QD=61.2;RBI=0.0493035;REFB=0;REVB=0.0342435;RO=0;SAF=82;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81161e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:154:0:0:154:154:1:72:82:0:0:72:82:0:0 chr4 187078819 . C G 735.75 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0884581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2271;QD=22.4656;RBI=0.091928;REFB=-0.0186571;REVB=0.0250183;RO=59;SAF=38;SAR=33;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503272;STB=0.531402;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0163605;OID=.;OPOS=187078819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:60:71:71:0.541985:33:38:28:31:33:38:28:32 chr4 187079047 . A G 80.3 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00342303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0786;QD=7.46981;RBI=0.0362723;REFB=-0.00509789;REVB=-0.0361104;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205287;STB=0.512797;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0175568;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:5:6:18:14:5:6:18:14 chr4 187088248 . C T 354.16 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00426798;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.33;QD=28.9112;RBI=0.0219283;REFB=-0.0145706;REVB=-0.0215089;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189504;STB=0.604355;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00645061;OID=.;OPOS=187088248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:19:19:30:30:0.612245:11:19:7:12:11:19:7:12 chr4 187122319 . T G 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0191855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.89;QD=3.89355;RBI=0.023466;REFB=-0.00450351;REVB=-0.0135119;RO=53;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114324;STB=0.576134;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0253461;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:6:5:29:24:6:5:29:24 chr4 187133576 . A C 732.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.541;QD=56.3348;RBI=0.0689903;REFB=0;REVB=0.0442016;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402451;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr4 187158034 . G A 173.7 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.012665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8528;QD=12.867;RBI=0.0325132;REFB=0.00205802;REVB=-0.0299451;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616319;STB=0.527649;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00853667;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:8:13:18:14:8:13:19:14 chr4 187173012 . T G 442.98 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00811718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.333;QD=28.5791;RBI=0.0111585;REFB=-0.0596033;REVB=-0.00765654;RO=21;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127894;STB=0.569586;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0413941;OID=.;OPOS=187173012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:24:17:13:8:24:17:13:8 chr4 187179210 . T C 44.3 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00486479;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7288;QD=5.90667;RBI=0.0437606;REFB=0.00146775;REVB=-0.0434894;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.624625;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00372018;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:10:13:5:2:10:13 chr4 187192904 . C T 766.45 PASS AF=0.653061;AO=64;DP=98;FAO=64;FDP=98;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00997342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.603;QD=31.2838;RBI=0.0185014;REFB=-0.0319584;REVB=0.0155831;RO=32;SAF=39;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089095;STB=0.54946;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0196197;OID=.;OPOS=187192904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:32:34:64:64:0.653061:25:39:15:17:25:39:16:18 chr4 187201211 . A G 255.19 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0120256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7542;QD=36.456;RBI=0.0280606;REFB=-0.0358404;REVB=0.0253532;RO=6;SAF=21;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21161;STB=0.617517;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00898731;OID=.;OPOS=187201211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:1:21:5:1:1:21:5:1 chr4 187205301 . T C 428.3 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0502553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6119;QD=30.5927;RBI=0.0534983;REFB=0.00815671;REVB=-0.0183434;RO=16;SAF=20;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688038;STB=0.512814;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.003255;OID=.;OPOS=187205301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:17:39:39:0.696429:19:20:8:8:19:20:8:9 chr4 187422331 . C A 42.11 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00359898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7751;QD=4.55294;RBI=0.0717929;REFB=-0.0121342;REVB=0.0717026;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352833;STB=0.523742;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0562138;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:18:12:3:4:18:12 chr4 187516880 . A G 306.66 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.714;QD=53.3322;RBI=0.0492506;REFB=0;REVB=0.0456728;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033921;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr4 187517758 . G A 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0201535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.057;QD=36.8585;RBI=0.0203038;REFB=-0.0289883;REVB=-0.0024655;RO=8;SAF=23;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126198;STB=0.569248;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00674453;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:3:23:6:2:3:23:6:2 chr4 187519206 . C G 1187.12 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.502;QD=60.1076;RBI=0.0604353;REFB=0;REVB=0.0593332;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020833;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:76:79:1:35:41:0:0:36:43:0:0 chr4 187522528 . C T 463.62 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0105112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.082;QD=30.4015;RBI=0.0108046;REFB=-0.0327167;REVB=-0.00250064;RO=19;SAF=20;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287973;STB=0.515618;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0126405;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:22:20:10:9:22:20:10:9 chr4 187525020 . A C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.121;QD=40.7614;RBI=0.103934;REFB=0;REVB=-0.033278;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115349;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr4 187534363 . G A 188.61 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.018111;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.346;QD=9.08944;RBI=0.0186424;REFB=0.00219659;REVB=0.00441906;RO=57;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757913;STB=0.552242;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00548759;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:57:58:25:25:0.301205:16:9:24:33:16:9:25:33 chr4 187534375 . A G 262.04 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00915895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.235;QD=12.4782;RBI=0.00919419;REFB=0.00151191;REVB=-0.000804197;RO=53;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165939;STB=0.595069;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00221874;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:14:17:21:32:14:17:21:32 chr4 187538330 . G A 175.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00913079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.53;QD=11.917;RBI=0.0144188;REFB=-0.0101461;REVB=0.0111593;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556824;STB=0.532254;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0163416;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:9:13:20:17:9:13:20:17 chr4 187538942 . T G 265.69 PASS AF=0.339806;AO=34;DP=104;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00353429;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4286;QD=10.3181;RBI=0.004993;REFB=-0.00712158;REVB=0.00352687;RO=61;SAF=27;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346269;STB=0.708959;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00996828;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:61:68:34:35:0.339806:7:27:32:29:7:28:36:32 chr4 187557893 . T C 412.56 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0129892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5999;QD=12.2239;RBI=0.0157996;REFB=-0.020687;REVB=0.00899485;RO=86;SAF=23;SAR=26;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823374;STB=0.504699;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0347315;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:49:49:0.362963:26:23:41:45:26:23:41:45 chr4 187627792 . T C 141.71 PASS AF=0.5;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0269704;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.327;QD=17.7136;RBI=0.0365931;REFB=-0.0373623;REVB=0.0247316;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153524;STB=0.593637;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0263554;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:14:16:0.5:8:6:4:11:8:8:5:11 chr4 187628398 . C G 442.02 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00114945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.46;QD=31.019;RBI=0.020865;REFB=-0.0377352;REVB=0.0208333;RO=15;SAF=17;SAR=23;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122083;STB=0.58351;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0116174;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:17:40:40:0.701754:23:17:10:5:23:17:12:5 chr4 187629140 . G C 301.97 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0132623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1865;QD=25.164;RBI=0.0186906;REFB=-0.0107228;REVB=-0.0131701;RO=20;SAF=21;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216974;STB=0.613943;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00585646;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:6:21:11:9:6:21:12:9 chr4 187630590 . G A 529.12 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=63;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00448389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0861;QD=33.595;RBI=0.00791397;REFB=-0.00534544;REVB=0.00652117;RO=17;SAF=27;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000659228;STB=0.500356;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019936;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:17:46:46:0.730159:19:27:10:7:19:27:10:7 chr4 188925176 . T TGAC 138.5 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00511036;FXX=0.0181785;HRUN=0;LEN=3;MLLD=319.582;QD=10.2593;RBI=0.00511039;REFB=-0.00314859;REVB=-1.86845e-05;RO=36;SAF=16;SAR=2;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593101;STB=0.855377;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00529153;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:18:55:18:54:36:16:2:15:21:99:36:16:2:15:21 chr4 189012728 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.159;QD=63.2868;RBI=0.0133928;REFB=0;REVB=0.00608194;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37536e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr4 189018486 . A G 182.93 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00345469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5744;QD=17.4218;RBI=0.0129946;REFB=0.0105234;REVB=-0.0125269;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0130639;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:12:10:11:8:13:10 chr4 189026524 . C G 104.91 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0591851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4028;QD=14.4703;RBI=0.0593772;REFB=0.000728388;REVB=0.0047725;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261872;STB=0.503101;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00156217;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:16:12:13:0.448276:4:8:9:4:4:9:11:5 chr4 189042746 . T C 233.64 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00179166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.985;QD=24.5942;RBI=0.0151714;REFB=-0.0161401;REVB=0.0150653;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768372;STB=0.542676;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00950221;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:5:11:13:9:5:11 chr4 190630778 . GC AT 2609.24 PASS AF=0.758364;AO=202;DP=277;FAO=204;FDP=269;FR=.;FRO=65;FSAF=111;FSAR=93;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00909645;FXX=0.035841;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.766;QD=38.799;RBI=0.0120956;REFB=-0.0462974;REVB=0.00797227;RO=48;SAF=110;SAR=92;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060161;STB=0.509879;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.0164787;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:269:48:65:202:204:0.758364:92:110:34:14:93:111:38:27 chr4 190630786 . A G 2955.88 PASS AF=0.76431;AO=226;DP=297;FAO=227;FDP=297;FR=.;FRO=70;FSAF=126;FSAR=101;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0175517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.263;QD=39.8099;RBI=0.017595;REFB=-0.0242328;REVB=-0.00123393;RO=70;SAF=125;SAR=101;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147019;STB=0.507323;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00719302;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:70:70:226:227:0.76431:101:125:41:29:101:126:41:29 chr4 190630805 . G C 46.41 PASS AF=0.0666667;AO=20;DP=312;FAO=21;FDP=315;FR=.;FRO=294;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=152;FSRR=142;FWDB=-0.0096016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5576;QD=0.589307;RBI=0.0566506;REFB=-0.00443186;REVB=0.055831;RO=292;SAF=10;SAR=10;SRF=150;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146547;STB=0.538007;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0524564;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:312:315:292:294:20:21:0.0666667:10:10:150:142:11:10:152:142 chr4 190815066 . CAG C,CG 73.13 PASS AF=0,1;AO=2,4;DP=8;FAO=0,8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.254,139.518;QD=36.5664;RBI=0.020927,0.00247824;REFB=0,0;REVB=0.020927,-0.00247824;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0235423,-0.000218825;OID=.,.;OPOS=190815067,190815067;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,4:8:0,8:8:0:0,0:0,8:0:0:4:0:0,0:2,4:0:0 chr4 190874206 . T A 178.75 PASS AF=0.221374;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.00645049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.188;QD=5.45801;RBI=0.0402961;REFB=0.00471335;REVB=-0.0397765;RO=101;SAF=7;SAR=22;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338427;STB=0.713891;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0178864;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:101:102:29:29:0.221374:22:7:50:51:22:7:51:51 chr4 190874234 . C T 196.22 PASS AF=0.20915;AO=32;DP=153;FAO=32;FDP=153;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.0212395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.23;QD=5.12992;RBI=0.0232201;REFB=-0.00687561;REVB=-0.00938393;RO=120;SAF=11;SAR=21;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182054;STB=0.610549;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0238725;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:120:121:32:32:0.20915:21:11:58:62:21:11:58:63 chr4 190874255 . A T 82.48 PASS AF=0.11976;AO=20;DP=167;FAO=20;FDP=167;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.00477557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.698;QD=1.97555;RBI=0.00688724;REFB=-0.00569336;REVB=-0.00496267;RO=145;SAF=10;SAR=10;SRF=66;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557478;STB=0.538884;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0444417;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:167:167:145:147:20:20:0.11976:10:10:66:79:10:10:67:80 chr4 190874290 . T A 127.34 PASS AF=0.154762;AO=26;DP=168;FAO=26;FDP=168;FR=.;FRO=142;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.0144103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.369;QD=3.03189;RBI=0.017947;REFB=-5.69065e-05;REVB=0.0106977;RO=141;SAF=10;SAR=16;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117321;STB=0.580943;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00087476;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:141:142:26:26:0.154762:16:10:67:74:16:10:68:74 chr4 190876192 . A C 91.11 PASS AF=0.143939;AO=18;DP=128;FAO=19;FDP=132;FR=.;FRO=113;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=-0.00433545;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.313;QD=2.76095;RBI=0.00652554;REFB=-0.000371562;REVB=0.00487715;RO=110;SAF=14;SAR=4;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492152;STB=0.826807;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00189213;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:128:132:110:113:18:19:0.143939:4:14:40:70:4:15:43:70 chr4 190876195 . C T 451.67 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0239403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.033;QD=13.2844;RBI=0.0281273;REFB=-0.00208889;REVB=-0.014765;RO=84;SAF=23;SAR=29;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110977;STB=0.506294;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00302242;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:84:52:52:0.382353:29:23:38:46:29:23:38:46 chr4 190876196 . G A 59.94 PASS AF=0.108696;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=138;FR=.;FRO=123;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0199147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.724;QD=1.73749;RBI=0.0227877;REFB=-0.00243959;REVB=-0.0110762;RO=117;SAF=6;SAR=9;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864843;STB=0.557445;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0170167;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:138:117:123:15:15:0.108696:9:6:55:62:9:6:57:66 chr4 190876204 . G A 835.75 PASS AF=0.557971;AO=74;DP=144;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00648888;FXX=0.067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0915;QD=24.2247;RBI=0.0551061;REFB=-0.0261576;REVB=0.0547227;RO=59;SAF=34;SAR=40;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123407;STB=0.507807;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0165258;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:138:59:61:74:77:0.557971:40:34:28:31:43:34:28:33 chr4 190876242 . G A 1571.05 PASS AF=0.661616;AO=131;DP=198;FAO=131;FDP=198;FR=.;FRO=67;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0112072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8076;QD=31.7385;RBI=0.0393605;REFB=-0.00479779;REVB=-0.0377312;RO=67;SAF=55;SAR=76;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838003;STB=0.504504;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00211688;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:67:67:131:131:0.661616:76:55:29:38:76:55:29:38 chr4 190876256 . C T 72.89 PASS AF=0.102564;AO=20;DP=195;FAO=20;FDP=195;FR=.;FRO=175;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=101;FWDB=-0.0560222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.726;QD=1.49515;RBI=0.0595194;REFB=-0.002453;REVB=-0.0201015;RO=174;SAF=9;SAR=11;SRF=74;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304176;STB=0.524702;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0273968;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:195:195:174:175:20:20:0.102564:11:9:74:100:11:9:74:101 chr4 190876278 . G A 81.22 PASS AF=0.111111;AO=21;DP=189;FAO=21;FDP=189;FR=.;FRO=168;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=96;FWDB=-0.0235985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.751;QD=1.71898;RBI=0.0247487;REFB=0.00087108;REVB=-0.00745738;RO=167;SAF=9;SAR=12;SRF=71;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00429694;STB=0.5;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00726038;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:189:189:167:168:21:21:0.111111:12:9:71:96:12:9:72:96 chr4 190876293 . C A 82.17 PASS AF=0.112903;AO=21;DP=186;FAO=21;FDP=186;FR=.;FRO=165;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=99;FWDB=-0.0446238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8498;QD=1.76718;RBI=0.0570765;REFB=0.000158193;REVB=-0.0355871;RO=164;SAF=9;SAR=12;SRF=65;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410138;STB=0.526042;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00397017;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:186:186:164:165:21:21:0.112903:12:9:65:99:12:9:66:99 chr4 190878563 . C A 82.6 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=93;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0263383;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8271;QD=3.6309;RBI=0.0389956;REFB=0.000194541;REVB=-0.0287568;RO=71;SAF=6;SAR=9;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260249;STB=0.527741;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00984638;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:93:91:71:76:15:15:0.164835:9:6:27:44:9:6:28:48 chr4 190878597 . C T 335.6 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0102168;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0873;QD=12.2035;RBI=0.0289163;REFB=-0.0305967;REVB=-0.0270512;RO=69;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180642;STB=0.602601;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0388918;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:69:69:41:41:0.372727:20:21:24:45:20:21:24:45 chr4 190878654 . C G 155.08 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0578071;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5091;QD=5.48949;RBI=0.0781274;REFB=-0.00772251;REVB=-0.0525569;RO=86;SAF=6;SAR=19;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210288;STB=0.643146;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0257589;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:88:25:25:0.221239:19:6:33:53:19:6:35:53 chr4 190881933 . A G 64.64 PASS AF=0.28125;AO=6;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00434249;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.9767;QD=8.0798;RBI=0.0187526;REFB=0.00425103;REVB=-0.0182429;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44328;STB=0.637985;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0147558;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:19:23:6:9:0.28125:1:5:9:10:3:6:11:12 chr4 190881969 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0573184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.679;QD=5.83272;RBI=0.0615877;REFB=-0.00358135;REVB=-0.0225309;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154811;STB=0.599815;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0209197;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:4:7:21:20:4:7:21:20 chr4 190881992 . T C 57.45 PASS AF=0.173077;AO=8;DP=51;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0066509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.241;QD=4.41939;RBI=0.012657;REFB=-0.00638201;REVB=-0.0107688;RO=41;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480652;STB=0.749424;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.022583;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:52:41:43:8:9:0.173077:1:7:21:20:2:7:21:22 chr4 190881997 . A G 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00387775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.975;QD=5.83273;RBI=0.0218454;REFB=-0.00458816;REVB=-0.0214984;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154811;STB=0.599815;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0124337;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:4:7:21:20:4:7:21:20 chr4 190906025 . G A 298.82 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0158133;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.192;QD=15.7272;RBI=0.0159729;REFB=-0.0345857;REVB=-0.00225247;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017353;STB=0.509798;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0414384;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:11:22:28:15:11:22:28:15 chr5 140474 . G A 1251.59 PASS AF=0.711409;AO=104;DP=157;FAO=106;FDP=149;FR=.;FRO=43;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0311276;FXX=0.0509522;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.162;QD=33.5997;RBI=0.0370467;REFB=-0.0252985;REVB=0.020088;RO=41;SAF=55;SAR=49;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474363;STB=0.541063;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00689919;OID=.;OPOS=140474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:149:41:43:104:106:0.711409:49:55:18:23:49:57:17:26 chr5 163260 . A C 290.08 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415666;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.578;QD=52.7411;RBI=0.0462663;REFB=0;REVB=0.0203171;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203147;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:19:22:1:9:10:0:0:11:11:0:0 chr5 367969 . G A 1412.2 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0138276;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.011;QD=55.3805;RBI=0.0460897;REFB=-0.106544;REVB=0.0439665;RO=3;SAF=66;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210701;STB=0.510947;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000877526;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:98:99:0.970588:32:66:3:0:32:67:3:0 chr5 422955 . C G 431.95 PASS AF=0.891892;AO=30;DP=34;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0210274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.6301;QD=46.6971;RBI=0.0237849;REFB=0.0374065;REVB=0.0111162;RO=4;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147857;STB=0.508356;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00446596;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:37:4:4:30:33:0.891892:17:13:2:2:19:14:2:2 chr5 453567 . G A 173.6 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0197565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.55;QD=38.5776;RBI=0.0431182;REFB=-0.0384457;REVB=0.0383257;RO=2;SAF=12;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701688;STB=0.538415;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00317893;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:18:2:2:15:16:0.888889:3:12:2:0:4:12:2:0 chr5 462465 . C A 1816.8 PASS AF=0.786517;AO=140;DP=179;FAO=140;FDP=178;FR=.;FRO=38;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00244234;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.116;QD=40.8269;RBI=0.0168491;REFB=-0.0480433;REVB=0.0166711;RO=38;SAF=73;SAR=67;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402931;STB=0.521426;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00924693;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:38:38:140:140:0.786517:67:73:16:22:67:73:16:22 chr5 472951 . T C 393.19 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00177017;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.452;QD=24.9644;RBI=0.0532707;REFB=0.00285531;REVB=-0.0532413;RO=25;SAF=24;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656223;STB=0.503595;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00211314;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:14:24:16:9:14:24:16:9 chr5 475104 . A G 428.3 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0442563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.279;QD=30.5928;RBI=0.045515;REFB=-0.0307375;REVB=-0.0106302;RO=17;SAF=27;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102076;STB=0.555526;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.017272;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:12:27:9:8:12:27:9:8 chr5 482186 . C G 611.8 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0209349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8247;QD=28.4556;RBI=0.0867144;REFB=-0.0471558;REVB=0.0841494;RO=32;SAF=42;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844841;STB=0.546081;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0283908;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:32:32:54:54:0.627907:12:42:22:10:12:42:22:10 chr5 601966 . T A 1879.5 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572756;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0239;QD=61.6229;RBI=0.0619048;REFB=0;REVB=0.0234886;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511377;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:121:122:1:59:62:0:0:60:62:0:0 chr5 633953 . C T 224.24 PASS AF=0.255814;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0267537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.407;QD=6.95306;RBI=0.0400455;REFB=-0.00906774;REVB=-0.0297973;RO=91;SAF=18;SAR=15;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116136;STB=0.579784;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0309562;OID=.;OPOS=633953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:91:96:33:33:0.255814:15:18:41:50:15:18:42:54 chr5 678062 . A G 177.83 PASS AF=0.157205;AO=36;DP=229;FAO=36;FDP=229;FR=.;FRO=193;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=103;FSRR=90;FWDB=-0.0473377;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.234;QD=3.10627;RBI=0.0487367;REFB=-0.00312978;REVB=-0.0115934;RO=192;SAF=18;SAR=18;SRF=102;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401831;STB=0.528369;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0225555;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:192:193:36:36:0.157205:18:18:102:90:18:18:103:90 chr5 741736 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.878;QD=58.142;RBI=0.0316473;REFB=0;REVB=0.0210883;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234163;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr5 745306 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.545;QD=42.1813;RBI=0.00713415;REFB=0;REVB=-0.00322352;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67236e-05;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr5 766910 . C T 5522.43 PASS AF=1;AO=355;DP=365;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121963;FXX=0.0273965;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.158;QD=62.2245;RBI=0.0148637;REFB=0.221778;REVB=0.00849592;RO=3;SAF=192;SAR=163;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132395;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:365:355:3:0:355:355:1:163:192:0:3:163:192:0:0 chr5 767033 . A C 2487.1 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.458;QD=61.0332;RBI=0.0359229;REFB=0;REVB=0.0271364;RO=0;SAF=72;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61707e-05;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:150:163:0:0:148:163:1:76:72:0:0:88:75:0:0 chr5 795933 . C G 447.74 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.105588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.604;QD=26.7309;RBI=0.112607;REFB=-0.00797277;REVB=0.0391332;RO=25;SAF=18;SAR=24;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767928;STB=0.541831;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00677969;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:24:18:8:17:24:18:8:17 chr5 795947 . C T 244.38 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00217771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.595;QD=18.7984;RBI=0.00713254;REFB=-0.0360527;REVB=-0.00679195;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505672;STB=0.519563;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0338123;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:15:11:12:13:15:11:12:14 chr5 795961 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0199889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3591;QD=19.9758;RBI=0.0201641;REFB=-0.0249073;REVB=-0.00265264;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.608596;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0159579;OID=.;OPOS=795961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:4:16:12:8:4:16 chr5 795963 . G GAA 157.8 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0146499;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=167.064;QD=16.61;RBI=0.0215109;REFB=-0.0484569;REVB=0.0157511;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104704;STB=0.541619;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=0.0329427;OID=.;OPOS=795964;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:17:40:17:38:21:6:11:6:15:99:23:6:11:6:17 chr5 795969 . A C 159.97 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0172066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.145;QD=18.2822;RBI=0.0176764;REFB=-0.0225965;REVB=0.00404822;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16617;STB=0.576838;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0271064;OID=.;OPOS=795969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:18:15:17:0.485714:9:6:4:13:11:6:4:14 chr5 795975 . G C 175.12 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0626355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.369;QD=20.0135;RBI=0.0646388;REFB=-0.0434511;REVB=-0.0159681;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203793;STB=0.613921;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0111662;OID=.;OPOS=795975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:3:14:11:7:3:14 chr5 795984 . GAA GGG 124.79 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000156709;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.532;QD=19.9661;RBI=0.0015778;REFB=-0.0263524;REVB=-0.00157;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.518477;STBP=0.919;TYPE=mnp;VARB=0.0166964;OID=.;OPOS=795985;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:26:9:25:11:3:6:4:7:76:10:3:6:4:6 chr5 795992 . C A 78.16 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0213729;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.19;QD=14.211;RBI=0.0214109;REFB=-0.00803388;REVB=-0.00127558;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148611;STB=0.646611;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00298302;OID=.;OPOS=795992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:22:22:11:11:5:6:0.272727:3:2:3:8:3:3:3:8 chr5 796162 . C A 112.92 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00191912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.11;QD=28.2297;RBI=0.00769145;REFB=-0.0340119;REVB=-0.00744818;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219728;STB=0.624765;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0141607;OID=.;OPOS=796162;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:10:2:2:2:10:2:2:2 chr5 825280 . C T 1068.47 PASS AF=0.733333;AO=88;DP=122;FAO=88;FDP=120;FR=.;FRO=32;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0343312;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.464;QD=35.6156;RBI=0.0399404;REFB=-0.0178758;REVB=0.0204109;RO=30;SAF=46;SAR=42;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266553;STB=0.506068;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00514408;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:30:32:88:88:0.733333:42:46:14:16:42:46:16:16 chr5 837556 . T G 88.5 PASS AF=0.105932;AO=23;DP=232;FAO=25;FDP=236;FR=.;FRO=211;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=112;FWDB=0.012261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5756;QD=1.50008;RBI=0.0132074;REFB=-0.00264539;REVB=0.00490957;RO=209;SAF=12;SAR=11;SRF=99;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05791;STB=0.545295;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0236878;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:232:236:209:211:23:25:0.105932:11:12:99:110:12:13:99:112 chr5 840342 . A G 1158.89 PASS AF=0.522727;AO=116;DP=220;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00450037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.673;QD=21.0707;RBI=0.0339198;REFB=-0.0284077;REVB=-0.0336199;RO=104;SAF=53;SAR=63;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540258;STB=0.525544;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0241247;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:104:105:116:115:0.522727:63:53:54:50:62:53:54:51 chr5 840506 . C T 294.16 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0169917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.379;QD=34.6071;RBI=0.0172689;REFB=0.00466607;REVB=0.00308188;RO=9;SAF=6;SAR=19;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118868;STB=0.506488;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00221282;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:19:6:2:7:19:6:2:7 chr5 843723 . C A 830.91 PASS AF=0.38843;AO=93;DP=242;FAO=94;FDP=242;FR=.;FRO=148;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=0.0116552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.537;QD=13.7341;RBI=0.0118148;REFB=-0.0281105;REVB=-0.00193507;RO=144;SAF=54;SAR=39;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161691;STB=0.594527;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0443045;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:144:148:93:94:0.38843:39:54:62:82:40:54:62:86 chr5 843815 . C T 285.36 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0125887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.66;QD=10.9753;RBI=0.0135738;REFB=-0.0151052;REVB=-0.00507668;RO=68;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500209;STB=0.52883;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0304966;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:68:36:36:0.346154:18:18:31:37:18:18:31:37 chr5 878525 . T A 394.74 PASS AF=0.239216;AO=60;DP=255;FAO=61;FDP=255;FR=.;FRO=194;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=108;FSRR=86;FWDB=-0.0440018;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.152;QD=6.19192;RBI=0.0461288;REFB=-0.00309679;REVB=-0.0138459;RO=194;SAF=28;SAR=32;SRF=108;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113683;STB=0.573889;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00938752;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:194:194:60:61:0.239216:32:28:108:86:33:28:108:86 chr5 1009145 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.616;QD=33.4285;RBI=0.0700337;REFB=0;REVB=0.0700337;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123027;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr5 1036900 . C T 40.32 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00774367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.951;QD=3.35976;RBI=0.0152897;REFB=-0.00880743;REVB=-0.0131837;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707177;STB=0.550752;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0465574;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:39:41:7:7:0.145833:3:4:20:19:3:4:21:20 chr5 1036962 . C A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0697675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1477;QD=7.32712;RBI=0.0697709;REFB=-0.0210367;REVB=0.000687078;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.611399;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0543824;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:5:3:5:15:5:3:5:16 chr5 1038526 . A G 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.75;QD=46.8338;RBI=0.102255;REFB=0;REVB=0.0971507;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115801;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 1052360 . C T 66.07 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0668634;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5461;QD=2.90408;RBI=0.069836;REFB=-0.00365833;REVB=-0.0201583;RO=75;SAF=12;SAR=1;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568872;STB=0.907072;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0526293;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:94:91:75:78:13:13:0.142857:1:12:38:37:1:12:38:40 chr5 1057615 . A G 907.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.352;QD=57.5935;RBI=0.0507469;REFB=0;REVB=0.0162164;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125603;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr5 1063027 . TC T,TT 2312.65 PASS AF=0.84456,0.0259067;AO=155,13;DP=193;FAO=163,5;FDP=193;FR=.;FRO=25;FSAF=76,3;FSAR=87,2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0264513,0.0250208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=297.577,281.927;QD=47.9307;RBI=0.0285036,0.0274146;REFB=-0.0194882,-0.0162773;REVB=0.0106199,0.0112036;RO=25;SAF=73,4;SAR=82,9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0292883,-0.0653752;STB=0.51422,0.691599;STBP=0.306,0.417;TYPE=del,snp;VARB=0.00129655,0.0335497;OID=.,.;OPOS=1063028,1063028;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84456,0.0259067:155,13:193:163,5:193:25:76,3:87,2:9:16:99:25:73,4:82,9:9:16 chr5 1063998 . G A 2311.48 PASS AF=0.771552;AO=179;DP=232;FAO=179;FDP=232;FR=.;FRO=53;FSAF=115;FSAR=64;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0288669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.881;QD=39.853;RBI=0.0344693;REFB=-0.0111149;REVB=0.0188371;RO=52;SAF=115;SAR=64;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896326;STB=0.545909;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00378497;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:52:53:179:179:0.771552:64:115:23:29:64:115:24:29 chr5 1065399 . C T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00349809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.171;QD=2.58911;RBI=0.0126981;REFB=-0.00248521;REVB=0.0122067;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102175;STB=0.562328;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0202836;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:3:4:32:17:3:4:32:18 chr5 1074697 . TGGGGGGGA TGGGGGGAC 35.21 PASS AF=0.138889;AO=4;DP=37;FAO=5;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0107902;FXX=0.0270197;HRUN=7;LEN=2;MLLD=25.1389;QD=3.912;RBI=0.0110926;REFB=-0.0415286;REVB=0.00257222;RO=17;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377241;STB=0.798803;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=0.177341;OID=.;OPOS=1074704;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=TGGGGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138889:4:37:5:36:29:4:1:13:16:27:17:3:1:7:10 chr5 1074818 . C T 36.85 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0218362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3942;QD=2.58622;RBI=0.0226097;REFB=-0.00285615;REVB=-0.00586368;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034835;STB=0.5257;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0121461;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:3:4:30:20:3:4:30:20 chr5 1078068 . G A 149.92 PASS AF=0.191176;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=136;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0155868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.662;QD=4.40954;RBI=0.0186247;REFB=-0.00678681;REVB=-0.0101947;RO=106;SAF=17;SAR=9;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254865;STB=0.66035;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0343358;OID=.;OPOS=1078068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:106:110:26:26:0.191176:9:17:48:58:9:17:50:60 chr5 1081767 . C T 1575.66 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650505;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.191;QD=64.3128;RBI=0.0650563;REFB=0;REVB=0.000869651;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541464;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr5 1208964 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00066236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.639;QD=62.0199;RBI=0.0334267;REFB=0;REVB=0.0334202;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52003e-05;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr5 1213668 . G A 2469.49 PASS AF=0.873786;AO=177;DP=204;FAO=180;FDP=206;FR=.;FRO=26;FSAF=122;FSAR=58;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0539149;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.518;QD=47.9513;RBI=0.0542102;REFB=-0.0944989;REVB=0.00565053;RO=26;SAF=119;SAR=58;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161787;STB=0.507697;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0112722;OID=.;OPOS=1213668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:26:26:177:180:0.873786:58:119:19:7:58:122:19:7 chr5 1216775 . A G 1683.68 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00279433;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.506;QD=59.5993;RBI=0.0186445;REFB=-0.101023;REVB=0.0184339;RO=1;SAF=65;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724901;STB=0.503816;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00116409;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:113:1:1:112:112:0.99115:47:65:1:0:47:65:1:0 chr5 1216900 . G A 144.1 PASS AF=0.25;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.00366014;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.179;QD=6.86178;RBI=0.0105336;REFB=-0.01274;REVB=-0.00987725;RO=63;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284846;STB=0.669605;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0167217;OID=.;OPOS=1216900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:63:63:21:21:0.25:11:10:16:47:11:10:16:47 chr5 1225613 . G A 502.32 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108008;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.031;QD=54.3044;RBI=0.0150407;REFB=-0.0696214;REVB=0.0104673;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735457;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000536998;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:1:1:15:20:1:1 chr5 1225626 . T A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.818;QD=61.6831;RBI=0.0198884;REFB=0;REVB=-0.0191097;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51826e-05;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr5 1225687 . CT TC 838.17 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310447;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.039;QD=56.8253;RBI=0.0410284;REFB=0;REVB=0.0409108;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.70546e-05;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:57:59:1:15:42:0:0:16:43:0:0 chr5 1225703 . A G 856.81 PASS AF=0.983871;AO=54;DP=56;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0753007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.757;QD=55.2779;RBI=0.0753008;REFB=-0.208392;REVB=0.000116059;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00133214;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:62:1:1:54:61:0.983871:21:33:1:0:21:40:1:0 chr5 1244425 . C T 132.75 PASS AF=0.156069;AO=27;DP=173;FAO=27;FDP=173;FR=.;FRO=146;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=82;FSRR=64;FWDB=-0.00732821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.335;QD=3.0693;RBI=0.0327611;REFB=-0.00399627;REVB=-0.031931;RO=145;SAF=25;SAR=2;SRF=82;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556079;STB=0.884856;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0307593;OID=.;OPOS=1244425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:145:146:27:27:0.156069:2:25:82:63:2:25:82:64 chr5 1272375 . G A 3466.13 PASS AF=0.705882;AO=286;DP=408;FAO=288;FDP=408;FR=.;FRO=120;FSAF=154;FSAR=134;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=0.011965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1436;QD=33.9817;RBI=0.0873651;REFB=-0.00989226;REVB=0.0865419;RO=114;SAF=154;SAR=132;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076791;STB=0.544463;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00325128;OID=.;OPOS=1272375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:114:120:286:288:0.705882:132:154:45:69:134:154:46:74 chr5 1364439 . T C 585.77 PASS AF=0.71831;AO=27;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00875225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.042;QD=33.0009;RBI=0.0114993;REFB=-0.011374;REVB=0.00745865;RO=12;SAF=1;SAR=26;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.65172;STB=0.525433;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00417795;OID=.;OPOS=1364439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:12:20:27:51:0.71831:26:1:7:5:26:25:8:12 chr5 1466919 . G A 1984.54 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.011743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.009;QD=59.6855;RBI=0.0442248;REFB=-0.059542;REVB=0.0426372;RO=3;SAF=65;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714191;STB=0.503759;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000608796;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:65:65:1:2:65:65:1:2 chr5 1494909 . C T 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=47;FWDB=0.0581361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.757;QD=7.74694;RBI=0.0586579;REFB=-0.0141349;REVB=-0.00780638;RO=62;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151335;STB=0.589702;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0409204;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:15:8:15:47:15:8:15:47 chr5 1877638 . CAA C 61.47 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=109;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=0.00442806;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.224;QD=2.27684;RBI=0.00956981;REFB=-0.00815684;REVB=0.00848372;RO=86;SAF=6;SAR=14;SRF=28;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376688;STB=0.527989;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0341153;OID=.;OPOS=1877639;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:20:109:20:108:88:6:14:29:59:61:86:6:14:28:58 chr5 3600334 . T C 168.84 PASS AF=0.182353;AO=31;DP=170;FAO=31;FDP=170;FR=.;FRO=139;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=57;FWDB=-0.0160992;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.233;QD=3.97258;RBI=0.0743885;REFB=-0.00581357;REVB=-0.0726256;RO=137;SAF=20;SAR=11;SRF=80;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826875;STB=0.547914;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0273241;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:137:139:31:31:0.182353:11:20:80:57:11:20:82:57 chr5 3610658 . T C 963.84 PASS AF=0.78;AO=78;DP=100;FAO=78;FDP=100;FR=.;FRO=22;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0102474;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3254;QD=38.5538;RBI=0.0160833;REFB=0.00991641;REVB=0.012396;RO=21;SAF=40;SAR=38;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612729;STB=0.527228;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00327425;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:21:22:78:78:0.78:38:40:14:7:38:40:14:8 chr5 5126260 . C CATCT 88.35 PASS AF=0.12987;AO=19;DP=154;FAO=20;FDP=154;FR=.;FRO=134;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=42;FWDB=-0.027045;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.314;QD=2.29476;RBI=0.0288004;REFB=-0.00551902;REVB=-0.00990108;RO=132;SAF=9;SAR=10;SRF=90;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263413;STB=0.662193;STBP=0.152;TYPE=ins;VARB=0.039657;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12987:19:154:20:154:134:10:10:92:42:88:132:9:10:90:42 chr5 5146335 . C G 701.13 PASS AF=0.725;AO=58;DP=79;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0264398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6959;QD=35.0566;RBI=0.0409594;REFB=-0.0229897;REVB=-0.0312827;RO=21;SAF=31;SAR=27;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052381;STB=0.522013;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0080181;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:21:22:58:58:0.725:27:31:9:12:27:31:10:12 chr5 5146395 . A G 1320.56 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.675;QD=62.144;RBI=0.028213;REFB=0;REVB=0.0281841;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92318e-05;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr5 5200281 . C T 677.59 PASS AF=0.746667;AO=44;DP=76;FAO=56;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0004798;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.6;QD=36.1383;RBI=0.018739;REFB=-0.0373913;REVB=0.0187329;RO=18;SAF=26;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799336;STB=0.540741;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00813771;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:18:18:44:56:0.746667:18:26:8:10:22:34:8:10 chr5 5200282 . A T 33.37 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0059918;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.3654;QD=1.64807;RBI=0.0243309;REFB=-0.00493409;REVB=0.0235816;RO=70;SAF=5;SAR=3;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810269;STB=0.567735;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0620157;OID=.;OPOS=5200282;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:81:70:73:8:8:0.0987654:3:5:39:31:4:4:42:31 chr5 5457508 . C T 116.12 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00324759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.218;QD=11.3286;RBI=0.0574873;REFB=-0.00648912;REVB=0.0573955;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592259;STB=0.535265;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00832293;OID=.;OPOS=5457508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:16:11:5:9:16:11 chr5 5457724 . ATT A,AT,TAT 230.63 PASS AF=0.057971,0.637681,0;AO=13,24,3;DP=74;FAO=4,44,0;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=2,11,0;FSAR=2,33,0;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0682707,-0.127358,-0.0363901;FXX=0.103883;HRUN=7,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=13.4024,8.73447,90.212;QD=13.3698;RBI=0.0693824,0.129476,0.128269;REFB=-0.0591002,-0.109517,-0.00377473;REVB=-0.0123704,-0.0233194,-0.122999;RO=22;SAF=7,3,0;SAR=6,21,3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.280608,-0.228214,-0.508608;STB=0.719114,0.505152,0.5;STBP=0.471,0.919,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0953185,0.00267633,0;OID=.,.,.;OPOS=5457725,5457725,5457724;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:74:69:22:21:13,24,3:4,44,0:0.057971,0.637681,0:6,21,3:7,3,0:6:16:2,33,0:2,11,0:5:16 chr5 5460569 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4051;QD=64.4133;RBI=0.00768434;REFB=0;REVB=0.00160719;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17988e-05;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr5 5460619 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.793;QD=57.1773;RBI=0.0410606;REFB=0;REVB=0.0330378;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300535;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr5 5462148 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.136;QD=56.7066;RBI=0.0457014;REFB=0;REVB=-0.0344508;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82949e-05;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr5 5489777 . G A 889.39 PASS AF=0.735294;AO=75;DP=103;FAO=75;FDP=102;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00977985;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.612;QD=34.8779;RBI=0.0190139;REFB=-0.0191917;REVB=0.0163059;RO=27;SAF=27;SAR=48;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138206;STB=0.574205;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00627915;OID=.;OPOS=5489777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:27:27:75:75:0.735294:48:27:17:10:48:27:17:10 chr5 6377293 . C T 836.38 PASS AF=0.820513;AO=64;DP=79;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00270251;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.274;QD=42.8915;RBI=0.00292756;REFB=-0.0210082;REVB=-0.00112562;RO=14;SAF=33;SAR=31;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670185;STB=0.535761;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00393877;OID=.;OPOS=6377293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:79:78:14:14:64:64:0.820513:31:33:10:4:31:33:10:4 chr5 6602544 . T C 842.86 PASS AF=0.712871;AO=72;DP=101;FAO=72;FDP=101;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00915007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1805;QD=33.3804;RBI=0.00982345;REFB=-0.0301886;REVB=0.0035744;RO=29;SAF=33;SAR=39;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054128;STB=0.502909;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0125257;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:29:29:72:72:0.712871:39:33:13:16:39:33:13:16 chr5 6645016 . A G 442.95 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00887018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4236;QD=35.4356;RBI=0.0133596;REFB=-0.0117293;REVB=0.00998994;RO=15;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629834;STB=0.534227;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0102544;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:18:17:9:6:18:17:9:6 chr5 6651970 . A G 855.75 PASS AF=0.785714;AO=66;DP=87;FAO=66;FDP=84;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00441676;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.145;QD=40.7501;RBI=0.00468541;REFB=-0.00683524;REVB=0.00156373;RO=17;SAF=29;SAR=37;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337689;STB=0.51101;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00201553;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:17:18:66:66:0.785714:37:29:6:11:37:29:7:11 chr5 6652009 . G A 1172.01 PASS AF=0.807018;AO=92;DP=114;FAO=92;FDP=114;FR=.;FRO=22;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0352479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2715;QD=41.123;RBI=0.0367242;REFB=0.0405243;REVB=-0.0103079;RO=21;SAF=39;SAR=53;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166434;STB=0.50293;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00984854;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:21:22:92:92:0.807018:53:39:9:12:53:39:9:13 chr5 6656210 . G A 521.47 PASS AF=0.75;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00796359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8061;QD=34.7648;RBI=0.0327521;REFB=-0.0357203;REVB=-0.0317691;RO=14;SAF=12;SAR=33;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299744;STB=0.52173;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0154627;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:14:15:45:45:0.75:33:12:3:11:33:12:3:12 chr5 6748659 . T C 1201.76 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.189;QD=60.8485;RBI=0.0255089;REFB=0;REVB=-0.0254604;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61447e-05;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr5 7047375 . T A 4891.52 PASS AF=0.758893;AO=383;DP=505;FAO=384;FDP=506;FR=.;FRO=122;FSAF=194;FSAR=190;FSRF=40;FSRR=82;FWDB=0.0332787;FXX=0.00197235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.455;QD=38.6681;RBI=0.0333181;REFB=-0.0179769;REVB=-0.00162006;RO=122;SAF=193;SAR=190;SRF=40;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800707;STB=0.542722;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00534721;OID=.;OPOS=7047375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:505:506:122:122:383:384:0.758893:190:193:40:82:190:194:40:82 chr5 7802363 . C T 586.12 PASS AF=0.777778;AO=49;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0167706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4584;QD=37.2139;RBI=0.0426827;REFB=-0.0326943;REVB=-0.03925;RO=14;SAF=27;SAR=22;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853614;STB=0.504585;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00744593;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:14:14:49:49:0.777778:22:27:8:6:22:27:8:6 chr5 7826680 . T C 672.25 PASS AF=0.61165;AO=62;DP=102;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00502799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.376;QD=26.1067;RBI=0.0119411;REFB=-0.00483185;REVB=0.010831;RO=36;SAF=44;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119368;STB=0.585238;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00336677;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:36:40:62:63:0.61165:18:44:20:16:19:44:20:20 chr5 7835571 . C T 36.2 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0476311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.258;QD=1.55717;RBI=0.047742;REFB=-0.00160797;REVB=-0.00325198;RO=84;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160383;STB=0.623265;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0202299;OID=.;OPOS=7835571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:4:5:35:49:4:5:35:49 chr5 7866967 . G C 2140.51 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.447;QD=62.9562;RBI=0.0181998;REFB=0;REVB=0.0064315;RO=0;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17048e-05;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:67:69:0:0:67:69:0:0 chr5 7868030 . T C 1822.43 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.798;QD=61.2582;RBI=0.0213396;REFB=0;REVB=0.0185939;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23657e-05;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr5 7870973 . A G 2830.12 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8762;QD=62.2004;RBI=0.0334345;REFB=-0.0856119;REVB=-0.0214414;RO=1;SAF=92;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514689;STB=0.502702;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000231669;OID=.;OPOS=7870973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:89:92:1:0:89:92:1:0 chr5 7878179 . C T 1928.33 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209149;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1462;QD=60.2602;RBI=0.0451124;REFB=-0.0653013;REVB=0.0399712;RO=1;SAF=55;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856097;STB=0.503496;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0023138;OID=.;OPOS=7878179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:128:1:1:126:127:0.992188:71:55:1:0:71:56:0:1 chr5 7897319 . G A 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.351;QD=56.9334;RBI=0.0319047;REFB=0;REVB=-0.00477583;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71671e-05;OID=.;OPOS=7897319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr5 9041924 . T C 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.866;QD=54.7473;RBI=0.0298904;REFB=0.0866265;REVB=0.0239626;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136578;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000525871;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:34:19:0:1:34:19:0:1 chr5 9041935 . G A 399.54 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000408257;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.944;QD=29.0577;RBI=0.0300833;REFB=-0.0148963;REVB=0.0300806;RO=18;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670063;STB=0.503648;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00407352;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:18:18:37:37:0.672727:23:14:7:11:23:14:7:11 chr5 9053945 . C T 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.426;QD=51.1761;RBI=0.0422632;REFB=0;REVB=0.0416967;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395507;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr5 9122890 . C A 643.82 PASS AF=0.696203;AO=55;DP=79;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0180676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.801;QD=32.5985;RBI=0.0562848;REFB=-0.0402888;REVB=0.0533061;RO=24;SAF=28;SAR=27;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511568;STB=0.502761;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0186318;OID=.;OPOS=9122890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:24:55:55:0.696203:27:28:12:12:27:28:12:12 chr5 9136646 . C G 672.85 PASS AF=0.763889;AO=48;DP=65;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0241441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.75;QD=37.3807;RBI=0.055726;REFB=-0.0561491;REVB=0.050224;RO=16;SAF=15;SAR=33;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656093;STB=0.522296;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0141814;OID=.;OPOS=9136646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:16:17:48:55:0.763889:33:15:7:9:37:18:7:10 chr5 9190404 . G A 195.67 PASS AF=0.227941;AO=29;DP=139;FAO=31;FDP=136;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.012737;FXX=0.0354585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.883;QD=5.75502;RBI=0.0127731;REFB=-0.0129775;REVB=0.000959089;RO=109;SAF=15;SAR=14;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306139;STB=0.51055;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0499286;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:109:105:29:31:0.227941:14:15:59:50:14:17:59:46 chr5 9265602 . C T 267.82 PASS AF=0.229508;AO=42;DP=183;FAO=42;FDP=183;FR=.;FRO=141;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=57;FWDB=-0.0297769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.142;QD=5.85405;RBI=0.049952;REFB=-0.00579284;REVB=-0.0401065;RO=140;SAF=17;SAR=25;SRF=84;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243257;STB=0.64423;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0304138;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:140:141:42:42:0.229508:25:17:84:56:25:17:84:57 chr5 9280957 . C A 694.15 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.111;QD=61.7024;RBI=0.0132634;REFB=0;REVB=-0.00810448;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24235e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:30:13:0:0:31:14:0:0 chr5 9761013 . C A 100.46 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0249005;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.72;QD=25.1148;RBI=0.0249358;REFB=-0.00239265;REVB=-0.001327;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.000718481;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr5 9761022 . C T 95.95 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0548352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.9;QD=22.5764;RBI=0.0554122;REFB=-0.017624;REVB=0.00797578;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304345;STB=0.5434;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0431277;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:11:11:0.647059:5:6:3:2:5:6:4:2 chr5 10237155 . G A 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0749784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1622;QD=60.9704;RBI=0.084432;REFB=0;REVB=-0.03882;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917436;OID=.;OPOS=10237155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr5 10239278 . C T 1406.09 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.56;QD=60.4771;RBI=0.0253838;REFB=-0.0592999;REVB=0.0218473;RO=1;SAF=56;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838952;STB=0.504273;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000424809;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:90:92:0.989247:34:56:1:0:34:58:1:0 chr5 10250430 . G A 1122.39 PASS AF=0.91954;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.121808;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.8449;QD=51.604;RBI=0.148421;REFB=-0.0800597;REVB=0.0848043;RO=4;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171901;STB=0.512442;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00908081;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:86:87:4:7:80:80:0.91954:45:35:1:3:45:35:2:5 chr5 10250443 . T C 1439.61 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00198249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.026;QD=61.9186;RBI=0.00629458;REFB=-0.128696;REVB=0.00597424;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=4.84728e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:50:42:0:0:50:42:0:1 chr5 10254817 . A G 920.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.722;QD=58.4703;RBI=0.0408692;REFB=0;REVB=0.037998;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8107e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:37:24:0:0:37:26:0:0 chr5 10256161 . T C 1487.23 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.102043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.186;QD=61.968;RBI=0.10249;REFB=-0.0479255;REVB=0.00956354;RO=1;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082466;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00291017;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:57:37:0:1:57:38:0:1 chr5 10261966 . G A 944.35 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4069;QD=57.2331;RBI=0.0184203;REFB=-0.124898;REVB=-0.0118926;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166863;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:66:0:0:64:66:1:39:25:0:0:40:26:0:0 chr5 10282396 . A G 59.93 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0062388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.28;QD=5.7076;RBI=0.0198482;REFB=-0.00484366;REVB=0.0188421;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152821;STB=0.599772;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0173841;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:3:6:18:15:3:6:18:15 chr5 10564846 . C T 1096.78 PASS AF=0.986667;AO=69;DP=70;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0874402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6508;QD=58.4949;RBI=0.0938637;REFB=-0.0704402;REVB=0.0341265;RO=1;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103906;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00132318;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:75:1:1:69:74:0.986667:45:24:0:1:47:27:0:1 chr5 10624887 . T C 1046.44 PASS AF=0.807692;AO=82;DP=102;FAO=84;FDP=104;FR=.;FRO=20;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00727604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.559;QD=40.2476;RBI=0.0312279;REFB=0.00454505;REVB=-0.0303684;RO=19;SAF=39;SAR=43;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11047;STB=0.554781;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00146865;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:19:20:82:84:0.807692:43:39:15:4:45:39:15:5 chr5 10638180 . T C 1512.85 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.39;QD=63.0355;RBI=0.0282233;REFB=0;REVB=-0.00385091;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256233;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:59:34:0:0:59:37:0:0 chr5 10649412 . G C 57.8 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0311661;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.824;QD=2.54063;RBI=0.0340536;REFB=-0.00129487;REVB=-0.0137231;RO=77;SAF=10;SAR=2;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38893;STB=0.78138;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0120244;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:91:77:79:12:12:0.131868:2:10:42:35:2:10:43:36 chr5 10761182 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.46;QD=44.6897;RBI=0.00727176;REFB=0;REVB=0.0051341;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21712e-07;OID=.;OPOS=10761182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr5 13701426 . A T 37.98 PASS AF=0.0882353;AO=12;DP=141;FAO=12;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=124;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=0.11009;FXX=0.0354585;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.2711;QD=1.11715;RBI=0.110466;REFB=-0.0139944;REVB=-0.00910887;RO=84;SAF=4;SAR=8;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178513;STB=0.639763;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.152126;OID=.;OPOS=13701426;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:141:136:84:124:12:12:0.0882353:8:4:40:44:8:4:60:64 chr5 13701525 . T C 602.9 PASS AF=0.684211;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0011169;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.967;QD=31.7316;RBI=0.00531213;REFB=0.00167331;REVB=0.00519338;RO=24;SAF=19;SAR=33;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743421;STB=0.540119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00253494;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:24:24:52:52:0.684211:33:19:6:18:33:19:6:18 chr5 13701536 . T C 412.56 PASS AF=0.639344;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0565172;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.863;QD=27.0531;RBI=0.0574269;REFB=-0.0243816;REVB=0.0101812;RO=22;SAF=12;SAR=26;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339322;STB=0.524987;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.014638;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:38:39:0.639344:26:12:6:16:26:13:6:16 chr5 13719022 . T G 788.1 PASS AF=0.559701;AO=69;DP=130;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00192339;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0054;QD=23.5252;RBI=0.0142389;REFB=-0.0135204;REVB=0.0141084;RO=57;SAF=40;SAR=29;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884696;STB=0.539248;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0103239;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:57:59:69:75:0.559701:29:40:27:30:34:41:27:32 chr5 13719089 . G A 1108.41 PASS AF=0.641892;AO=89;DP=142;FAO=95;FDP=148;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0273309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.354;QD=29.9569;RBI=0.0302932;REFB=-0.028192;REVB=0.0130653;RO=52;SAF=39;SAR=50;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01613;STB=0.507493;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0152779;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:52:53:89:95:0.641892:50:39:24:28:50:45:24:29 chr5 13754394 . C T 226.05 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00637451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.738;QD=8.61134;RBI=0.00640779;REFB=0.00188021;REVB=-0.00065223;RO=73;SAF=13;SAR=18;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184421;STB=0.612694;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0036314;OID=.;OPOS=13754394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:73:74:31:31:0.295238:18:13:42:31:18:13:43:31 chr5 13788886 . C A 1052.81 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00728722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4786;QD=56.9084;RBI=0.0133879;REFB=0.0259359;REVB=-0.0112309;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.500376;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00777616;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:35:37:0:1:35:37:1:1 chr5 13811775 . T C 1559.15 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00223094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8385;QD=57.7464;RBI=0.00304848;REFB=-0.0280809;REVB=0.00207753;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=9.78075e-06;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:0:2:106:106:0.981481:52:54:0:0:52:54:2:0 chr5 13829799 . G A 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.849;QD=60.11;RBI=0.0344154;REFB=0.02891;REVB=-0.00681101;RO=1;SAF=52;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904619;STB=0.504761;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-9.52354e-05;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:66:52:1:0:66:52:1:0 chr5 13845045 . G A 1406.44 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.211;QD=60.4922;RBI=0.0211156;REFB=-0.0173847;REVB=0.0122271;RO=2;SAF=29;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847948;STB=0.504474;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000283487;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:62:29:1:1:62:29:1:1 chr5 13864728 . C A 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00606548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.318;QD=4.66894;RBI=0.00793191;REFB=-0.000931513;REVB=0.00511127;RO=61;SAF=2;SAR=13;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391234;STB=0.760714;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00386452;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:13:2:23:38:13:2:23:38 chr5 13865980 . T C 120.83 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.000114483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.442;QD=6.71279;RBI=0.0370688;REFB=-0.00816857;REVB=0.0370687;RO=53;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125735;STB=0.570675;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0288663;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:54:18:18:0.25:11:7:26:27:11:7:26:28 chr5 13894894 . T A 258.95 PASS AF=0.258741;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=143;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.0116656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8981;QD=7.24342;RBI=0.0312106;REFB=-0.0138838;REVB=-0.0289485;RO=98;SAF=18;SAR=19;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912724;STB=0.53095;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0482789;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:143:98:106:37:37:0.258741:19:18:55:43:19:18:56:50 chr5 13900345 . A G 1424.66 PASS AF=0.761589;AO=115;DP=151;FAO=115;FDP=151;FR=.;FRO=36;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0152768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.545;QD=37.7394;RBI=0.01772;REFB=-0.0188803;REVB=0.00897867;RO=36;SAF=56;SAR=59;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563941;STB=0.530065;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00547074;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:36:36:115:115:0.761589:59:56:13:23:59:56:13:23 chr5 13902220 . T C 307.02 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0244879;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.959;QD=39.6154;RBI=0.0278541;REFB=-0.0483485;REVB=0.0132738;RO=6;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125407;STB=0.56807;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0054236;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:6:6:25:25:0.806452:13:12:5:1:13:12:5:1 chr5 13913885 . A G 2060.81 PASS AF=0.806283;AO=154;DP=191;FAO=154;FDP=191;FR=.;FRO=37;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0151298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.073;QD=43.1584;RBI=0.0238098;REFB=-0.000748908;REVB=-0.0183847;RO=37;SAF=74;SAR=80;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175886;STB=0.509335;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000167461;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:37:37:154:154:0.806283:80:74:16:21:80:74:16:21 chr5 13931340 . C T 402.09 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0883342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9098;QD=29.7844;RBI=0.0888278;REFB=-0.0456108;REVB=-0.00935182;RO=17;SAF=12;SAR=25;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929335;STB=0.550633;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0182516;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:25:12:8:9:25:12:8:9 chr5 13944512 . A C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4942;QD=58.7797;RBI=0.0663839;REFB=0;REVB=-0.0651063;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000669193;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:18:47:0:0:18:47:0:0 chr5 14184022 . G A 1125.46 PASS AF=0.986667;AO=65;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612285;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.255;QD=60.0244;RBI=0.0160594;REFB=0;REVB=-0.0148464;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218218;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:0:65:74:0.986667:20:45:0:0:22:52:0:0 chr5 14184023 . T A 45.7 PASS AF=0.131579;AO=9;DP=75;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0364355;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.9456;QD=2.40537;RBI=0.0415039;REFB=-0.000387009;REVB=0.0198752;RO=66;SAF=7;SAR=2;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142692;STB=0.634185;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0179716;OID=.;OPOS=14184023;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:75:76:66:66:9:10:0.131579:2:7:45:21:2:8:45:21 chr5 14184079 . G A 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0495;QD=60.375;RBI=0.0387696;REFB=0;REVB=0.0368407;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111555;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr5 14420027 . A C 1824.37 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1229;QD=60.8122;RBI=0.0640692;REFB=0;REVB=0.00868952;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265485;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:117:120:1:67:50:0:0:69:51:0:0 chr5 14709412 . A AT 300.24 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150302;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.7951;QD=40.0325;RBI=0.152252;REFB=0;REVB=-0.0242939;RO=4;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00640891;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:33:30:30:0:14:16:0:0:6:4:12:15:2:2 chr5 16478200 . G A 787.43 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107094;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9045;QD=57.2676;RBI=0.0206552;REFB=0;REVB=-0.0176621;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136605;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr5 16508674 . A G 718.37 PASS AF=0.773333;AO=58;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0420368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5353;QD=38.3133;RBI=0.0908837;REFB=-0.06129;REVB=0.0805776;RO=17;SAF=31;SAR=27;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270752;STB=0.514518;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0153727;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:17:17:58:58:0.773333:27:31:8:9:27:31:8:9 chr5 16673975 . C G 745.31 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.968;QD=54.2046;RBI=0.0352799;REFB=0.0376816;REVB=0.00223138;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-9.29546e-05;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:0:1:52:54:0.981818:36:16:0:0:36:18:0:1 chr5 16676196 . T C 126.92 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0154699;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9733;QD=4.53275;RBI=0.0166117;REFB=-0.00166363;REVB=-0.00605245;RO=77;SAF=14;SAR=8;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133771;STB=0.644457;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00370507;OID=.;OPOS=16676196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:77:90:22:22:0.196429:8:14:41:36:8:14:41:49 chr5 16701296 . C T 752.35 PASS AF=0.779221;AO=60;DP=77;FAO=60;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0283343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.177;QD=39.0829;RBI=0.028365;REFB=-0.0828051;REVB=0.00131907;RO=16;SAF=34;SAR=26;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999636;STB=0.545034;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0150463;OID=.;OPOS=16701296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:16:17:60:60:0.779221:26:34:13:3:26:34:13:4 chr5 16769273 . G A 754.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1162;QD=56.9176;RBI=0.0734232;REFB=0;REVB=-0.0121573;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568475;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:40:13:0:0:40:13:0:0 chr5 17276080 . A C 98.7 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0895257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.0245;QD=17.9459;RBI=0.154025;REFB=-0.164519;REVB=-0.125335;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.692011;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.116266;OID=.;OPOS=17276080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:22:8:9:12:13:0.590909:5:7:2:6:4:9:2:7 chr5 19721490 . T C 3978.72 PASS AF=0.974359;AO=244;DP=260;FAO=266;FDP=273;FR=.;FRO=7;FSAF=100;FSAR=166;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0803043;FXX=0.00727246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2823;QD=58.2962;RBI=0.0923967;REFB=-0.108985;REVB=0.0456985;RO=8;SAF=88;SAR=156;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172341;STB=0.505327;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0104944;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:260:273:8:7:244:266:0.974359:156:88:5:3:166:100:4:3 chr5 23976115 . G A 2176.19 PASS AF=0.821782;AO=165;DP=202;FAO=166;FDP=202;FR=.;FRO=36;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0029201;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6477;QD=43.0929;RBI=0.0148296;REFB=-0.00138214;REVB=0.0145392;RO=35;SAF=79;SAR=86;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071619;STB=0.501732;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000312459;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:35:36:165:166:0.821782:86:79:16:19:86:80:17:19 chr5 24910721 . C G 794.18 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.046408;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2599;QD=53.8429;RBI=0.0493653;REFB=0.0157243;REVB=-0.0168297;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000891302;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:29:28:1:0:29:28:1:1 chr5 26198575 . G T 3657.6 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9195;QD=63.0621;RBI=0.0277206;REFB=0;REVB=0.00420372;RO=0;SAF=121;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99797e-05;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:232:0:0:229:232:1:108:121:0:0:108:124:0:0 chr5 26198591 . C T 3769.26 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339248;FXX=0.0123962;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.644;QD=63.0838;RBI=0.0145391;REFB=-0.0311442;REVB=0.0141378;RO=2;SAF=121;SAR=118;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02754e-06;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:241:239:2:0:239:239:1:118:121:0:2:118:121:0:0 chr5 26903557 . G A 97.59 PASS AF=0.13253;AO=22;DP=160;FAO=22;FDP=166;FR=.;FRO=144;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.00336754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.609;QD=2.35149;RBI=0.0856618;REFB=-0.00253417;REVB=-0.0855955;RO=129;SAF=13;SAR=9;SRF=73;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032455;STB=0.549454;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0130968;OID=.;OPOS=26903557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:160:166:129:144:22:22:0.13253:9:13:73:56:9:13:77:67 chr5 31302288 . C T 118.82 PASS AF=0.129032;AO=28;DP=215;FAO=28;FDP=217;FR=.;FRO=189;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=103;FSRR=86;FWDB=0.0104271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3535;QD=2.19014;RBI=0.0577594;REFB=-0.00440349;REVB=-0.0568104;RO=187;SAF=13;SAR=15;SRF=102;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10221;STB=0.569882;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0500654;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:187:189:28:28:0.129032:15:13:102:85:15:13:103:86 chr5 31317494 . C T 108.1 PASS AF=0.127551;AO=25;DP=196;FAO=25;FDP=196;FR=.;FRO=171;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=97;FSRR=74;FWDB=-0.0715448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5725;QD=2.20607;RBI=0.0716416;REFB=-0.00366825;REVB=-0.00372238;RO=170;SAF=11;SAR=14;SRF=96;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155833;STB=0.609592;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0117389;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:170:171:25:25:0.127551:14:11:96:74:14:11:97:74 chr5 31317529 . A G 108.84 PASS AF=0.128866;AO=25;DP=193;FAO=25;FDP=194;FR=.;FRO=169;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=94;FSRR=75;FWDB=0.00282834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.925;QD=2.24408;RBI=0.0197017;REFB=-0.000624412;REVB=0.0194976;RO=168;SAF=9;SAR=16;SRF=93;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240991;STB=0.667886;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00652037;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:168:169:25:25:0.128866:16:9:93:75:16:9:94:75 chr5 31317952 . T C 116.99 PASS AF=0.134715;AO=26;DP=194;FAO=26;FDP=193;FR=.;FRO=167;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=75;FWDB=-0.0212571;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.829;QD=2.42468;RBI=0.0245274;REFB=-0.000514987;REVB=0.0122363;RO=165;SAF=14;SAR=12;SRF=91;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166552;STB=0.510835;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00413515;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:165:167:26:26:0.134715:12:14:91:74:12:14:92:75 chr5 31401447 . A G 1171.06 PASS AF=0.827273;AO=90;DP=111;FAO=91;FDP=110;FR=.;FRO=19;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0214987;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.699;QD=42.584;RBI=0.0215016;REFB=-0.00580845;REVB=-0.000355465;RO=19;SAF=41;SAR=49;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598318;STB=0.502109;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00122858;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:19:19:90:91:0.827273:49:41:9:10:49:42:9:10 chr5 31409252 . A G 55.64 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0140054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.259;QD=1.95242;RBI=0.0161528;REFB=-0.0047272;REVB=0.00804735;RO=99;SAF=9;SAR=4;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264492;STB=0.692012;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0441347;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:112:114:99:101:13:13:0.114035:4:9:47:52:4:9:48:53 chr5 31423007 . T C 3715.08 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143841;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.706;QD=62.9674;RBI=0.0144532;REFB=-0.0610109;REVB=-0.00141146;RO=1;SAF=105;SAR=127;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64749e-06;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:236:1:0:232:236:1:127:105:1:0:128:108:0:0 chr5 31515657 . G A 35.42 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=-0.0647582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1163;QD=1.88918;RBI=0.0672695;REFB=0.00157531;REVB=-0.0182087;RO=65;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622527;STB=0.554479;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0329769;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:75:65:67:8:8:0.106667:6:2:19:46:6:2:20:47 chr5 31538692 . A C 140.42 PASS AF=0.137931;AO=27;DP=229;FAO=32;FDP=232;FR=.;FRO=200;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=97;FSRR=103;FWDB=-0.00858656;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.393;QD=2.42111;RBI=0.0185969;REFB=-0.00402417;REVB=0.0164959;RO=200;SAF=8;SAR=19;SRF=96;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235332;STB=0.682413;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0349298;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:200:200:27:32:0.137931:19:8:96:104:23:9:97:103 chr5 32058115 . A G 36.82 PASS AF=0.0839695;AO=11;DP=131;FAO=11;FDP=131;FR=.;FRO=120;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.0229085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.154;QD=1.12421;RBI=0.0370405;REFB=-0.00193285;REVB=-0.0291067;RO=117;SAF=4;SAR=7;SRF=41;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164394;STB=0.502989;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.016554;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:131:131:117:120:11:11:0.0839695:7:4:41:76:7:4:44:76 chr5 32090294 . G A 65.76 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.000911923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.861;QD=4.38415;RBI=0.0136076;REFB=-0.0125431;REVB=-0.013577;RO=47;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123077;STB=0.590913;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0450708;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:58:60:47:49:11:11:0.183333:7:4:13:34:7:4:13:36 chr5 32093070 . G A 106.49 PASS AF=0.140244;AO=23;DP=162;FAO=23;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=-0.0222687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.975;QD=2.59719;RBI=0.0241447;REFB=0.000688437;REVB=-0.00933114;RO=135;SAF=12;SAR=11;SRF=62;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791392;STB=0.545992;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00517559;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:135:141:23:23:0.140244:11:12:62:73:11:12:66:75 chr5 32229677 . G A 79.19 PASS AF=0.179487;AO=15;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0337738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.844;QD=4.06095;RBI=0.0457959;REFB=-0.00211121;REVB=-0.0309289;RO=63;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769246;STB=0.594202;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0183372;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:78:78:63:64:15:14:0.179487:9:6:29:34:9:5:30:34 chr5 32403346 . C T 4121.92 PASS AF=0.872024;AO=292;DP=336;FAO=293;FDP=336;FR=.;FRO=43;FSAF=162;FSAR=131;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0450725;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7938;QD=49.0705;RBI=0.0507699;REFB=0.0117239;REVB=-0.0233677;RO=44;SAF=161;SAR=131;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355515;STB=0.517316;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00160897;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:44:43:292:293:0.872024:131:161:18:26:131:162:18:25 chr5 32789852 . T C 1455.58 PASS AF=0.936364;AO=103;DP=111;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.026517;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.039;QD=52.9302;RBI=0.0265269;REFB=0.0445515;REVB=-0.00072478;RO=7;SAF=58;SAR=45;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164326;STB=0.508679;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00194324;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:111:110:7:7:103:103:0.936364:45:58:3:4:45:58:3:4 chr5 32790616 . T C 2840.12 PASS AF=0.843621;AO=205;DP=245;FAO=205;FDP=243;FR=.;FRO=38;FSAF=95;FSAR=110;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000278112;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.114;QD=46.751;RBI=0.00738046;REFB=-0.0277944;REVB=-0.00737521;RO=38;SAF=95;SAR=110;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108649;STB=0.505747;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00328762;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:243:38:38:205:205:0.843621:110:95:19:19:110:95:19:19 chr5 33278013 . A G 1042.61 PASS AF=0.819149;AO=76;DP=94;FAO=77;FDP=94;FR=.;FRO=17;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0240714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.741;QD=44.3663;RBI=0.0252565;REFB=-0.0483943;REVB=0.00764588;RO=14;SAF=43;SAR=33;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040569;STB=0.529223;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00785388;OID=.;OPOS=33278013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:94:94:14:17:76:77:0.819149:33:43:6:8:33:44:7:10 chr5 33278049 . T C 1342.25 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.443;QD=61.0112;RBI=0.0300488;REFB=-0.0762997;REVB=0.011289;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00318284;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:37:50:0:1:37:50:0:1 chr5 33461114 . C T 106.34 PASS AF=0.129534;AO=24;DP=192;FAO=25;FDP=193;FR=.;FRO=168;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=86;FSRR=82;FWDB=-0.0211746;FXX=0.0102559;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.302;QD=2.20385;RBI=0.022956;REFB=-0.00404149;REVB=0.00886654;RO=165;SAF=11;SAR=13;SRF=83;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560806;STB=0.527733;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0328057;OID=.;OPOS=33461114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:165:168:24:25:0.129534:13:11:83:82:13:12:86:82 chr5 33461355 . G A 1448.0 PASS AF=0.751592;AO=118;DP=157;FAO=118;FDP=157;FR=.;FRO=39;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00423234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.817;QD=36.8916;RBI=0.0125099;REFB=-0.0109844;REVB=-0.0117723;RO=36;SAF=63;SAR=55;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099887;STB=0.562308;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0024848;OID=.;OPOS=33461355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:36:39:118:118:0.751592:55:63:11:25:55:63:11:28 chr5 33535060 . G A 1469.76 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3128;QD=63.2155;RBI=0.0381812;REFB=0;REVB=-0.0337641;RO=0;SAF=19;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07481e-05;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:73:19:0:0:73:20:0:0 chr5 33751454 . A T 73.61 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0105705;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.657;QD=2.83109;RBI=0.0300739;REFB=-0.00202561;REVB=0.0281551;RO=89;SAF=11;SAR=4;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242729;STB=0.668272;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.010311;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:104:104:89:89:15:15:0.144231:4:11:49:40:4:11:49:40 chr5 33938447 . G A 1364.5 PASS AF=0.950495;AO=95;DP=100;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00678782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.906;QD=54.0397;RBI=0.0451963;REFB=-0.270731;REVB=0.0446836;RO=5;SAF=56;SAR=39;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184615;STB=0.509304;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0024819;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:101:5:5:95:96:0.950495:39:56:2:3:40:56:2:3 chr5 33954511 . T C 1507.02 PASS AF=0.779221;AO=118;DP=154;FAO=120;FDP=154;FR=.;FRO=34;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00935967;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.509;QD=39.1435;RBI=0.0259325;REFB=-0.0231182;REVB=0.0241846;RO=33;SAF=52;SAR=66;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183406;STB=0.514923;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00630481;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:33:34:118:120:0.779221:66:52:16:17:68:52:17:17 chr5 33989518 . C T 1961.85 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.995;QD=61.7905;RBI=0.0598765;REFB=0;REVB=0.0258201;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83743e-05;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:127:0:0:121:127:1:55:66:0:0:58:69:0:0 chr5 33998768 . C A 3398.18 PASS AF=0.877256;AO=231;DP=266;FAO=243;FDP=277;FR=.;FRO=34;FSAF=121;FSAR=122;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0137183;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8473;QD=49.0712;RBI=0.0979694;REFB=-0.0610804;REVB=0.0970042;RO=34;SAF=119;SAR=112;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346975;STB=0.503862;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00774322;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:277:34:34:231:243:0.877256:112:119:18:16:122:121:18:16 chr5 33998883 . A G 2656.25 PASS AF=0.941799;AO=178;DP=189;FAO=178;FDP=189;FR=.;FRO=11;FSAF=89;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0373136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5446;QD=56.217;RBI=0.0379451;REFB=0.017465;REVB=0.00689433;RO=11;SAF=89;SAR=89;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150762;STB=0.507936;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00150719;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:189:189:11:11:178:178:0.941799:89:89:4:7:89:89:4:7 chr5 34020277 . C T 48.11 PASS AF=0.0897436;AO=14;DP=156;FAO=14;FDP=156;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=-0.0395371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.612;QD=1.23368;RBI=0.0467251;REFB=-0.000869062;REVB=-0.0249008;RO=142;SAF=8;SAR=6;SRF=77;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343227;STB=0.526863;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0122342;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:156:156:142:142:14:14:0.0897436:6:8:77:65:6:8:77:65 chr5 34038537 . A G 2130.2 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.046;QD=62.653;RBI=0.0101656;REFB=0;REVB=-0.00793103;RO=0;SAF=65;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024984;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:70:65:0:0:70:66:0:0 chr5 34802384 . A G 2087.07 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171524;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.627;QD=62.7689;RBI=0.0180722;REFB=0;REVB=-0.00569196;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8618e-06;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:68:65:0:0:68:65:0:0 chr5 34811137 . T G 1170.28 PASS AF=0.864583;AO=83;DP=96;FAO=83;FDP=96;FR=.;FRO=13;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0241669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.368;QD=48.7617;RBI=0.0278505;REFB=-0.0274804;REVB=0.0138425;RO=13;SAF=51;SAR=32;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203393;STB=0.510804;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00435404;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:13:13:83:83:0.864583:32:51:7:6:32:51:7:6 chr5 34862125 . C T 130.95 PASS AF=0.121324;AO=31;DP=268;FAO=33;FDP=272;FR=.;FRO=239;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=124;FSRR=115;FWDB=-0.0616011;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.334;QD=1.9258;RBI=0.0617204;REFB=-0.00141009;REVB=-0.00383518;RO=236;SAF=18;SAR=13;SRF=122;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799083;STB=0.57757;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0129271;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:272:236:239:31:33:0.121324:13:18:122:114:13:20:124:115 chr5 34998877 . C A 2021.46 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.717;QD=62.1987;RBI=0.0192233;REFB=0;REVB=-0.014032;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8445e-05;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:59:70:0:0:60:70:0:0 chr5 35010138 . A G 39.59 PASS AF=0.0630631;AO=19;DP=331;FAO=21;FDP=333;FR=.;FRO=312;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=182;FSRR=130;FWDB=0.00126478;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.429;QD=0.4755;RBI=0.00210095;REFB=-0.000826965;REVB=0.0016776;RO=305;SAF=9;SAR=10;SRF=180;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121534;STB=0.556143;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.017533;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:331:333:305:312:19:21:0.0630631:10:9:180:125:10:11:182:130 chr5 35033605 . G A 36.68 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0112176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.01;QD=1.61231;RBI=0.0125713;REFB=-0.00368946;REVB=-0.00567484;RO=78;SAF=7;SAR=2;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230267;STB=0.705231;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0528171;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:78:82:9:9:0.0989011:2:7:47:31:2:7:47:35 chr5 35037115 . C T 1402.08 PASS AF=0.821705;AO=105;DP=127;FAO=106;FDP=129;FR=.;FRO=23;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0242486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.425;QD=43.4752;RBI=0.0243917;REFB=-0.034783;REVB=0.00263858;RO=21;SAF=50;SAR=55;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450424;STB=0.531634;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00800454;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:21:23:105:106:0.821705:55:50:7:14:55:51:7:16 chr5 35039486 . C T 2918.6 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.733;QD=62.7656;RBI=0.0645105;REFB=0;REVB=0.0618517;RO=0;SAF=118;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31026e-05;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:176:186:0:0:176:186:1:58:118:0:0:65:121:0:0 chr5 35641582 . A C 57.63 PASS AF=0.0819672;AO=20;DP=242;FAO=20;FDP=244;FR=.;FRO=224;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=142;FWDB=-0.0275522;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.9;QD=0.944822;RBI=0.0278116;REFB=-0.00339216;REVB=0.00378974;RO=221;SAF=9;SAR=11;SRF=80;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106026;STB=0.578982;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0396789;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:242:244:221:224:20:20:0.0819672:11:9:80:141:11:9:82:142 chr5 35643615 . G A 96.85 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0229819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.421;QD=3.7982;RBI=0.0382956;REFB=-0.00743395;REVB=-0.0306331;RO=82;SAF=8;SAR=9;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524936;STB=0.529377;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.037167;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:102:82:85:17:17:0.166667:9:8:42:40:9:8:43:42 chr5 35644621 . T C 1832.04 PASS AF=0.954198;AO=124;DP=129;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0390616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9816;QD=55.94;RBI=0.0411991;REFB=-0.00997188;REVB=0.0130978;RO=3;SAF=58;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895554;STB=0.50602;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0132907;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:129:131:3:6:124:125:0.954198:66:58:2:1:67:58:2:4 chr5 35654711 . C T 166.03 PASS AF=0.105603;AO=49;DP=463;FAO=49;FDP=464;FR=.;FRO=415;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=194;FSRR=221;FWDB=-0.0153878;FXX=0.00215049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.278;QD=1.4313;RBI=0.017473;REFB=-0.00023335;REVB=-0.00827774;RO=410;SAF=28;SAR=21;SRF=192;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127268;STB=0.592374;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00211273;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:464:410:415:49:49:0.105603:21:28:192:218:21:28:194:221 chr5 35692775 . T A 2931.97 PASS AF=0.818182;AO=197;DP=280;FAO=225;FDP=275;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=105;FSAR=120;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0424251;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.599;QD=42.6469;RBI=0.0432914;REFB=-0.0175413;REVB=0.00861708;RO=51;SAF=93;SAR=104;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703844;STB=0.502434;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00454401;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:275:51:50:197:225:0.818182:104:93:25:26:120:105:24:26 chr5 35695915 . A C 1983.13 PASS AF=0.822222;AO=148;DP=180;FAO=148;FDP=180;FR=.;FRO=32;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0189194;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.756;QD=44.0694;RBI=0.031053;REFB=-0.0198423;REVB=0.0246241;RO=32;SAF=75;SAR=73;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232099;STB=0.512309;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0023279;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:32:32:148:148:0.822222:73:75:14:18:73:75:14:18 chr5 35709095 . C T 2577.43 PASS AF=0.915423;AO=174;DP=191;FAO=184;FDP=201;FR=.;FRO=17;FSAF=89;FSAR=95;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0117554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.9;QD=51.2921;RBI=0.0141672;REFB=-0.0140062;REVB=0.00790692;RO=15;SAF=89;SAR=85;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067529;STB=0.506092;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0014758;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:191:201:15:17:174:184:0.915423:85:89:7:8:95:89:7:10 chr5 35709184 . G C 2053.09 PASS AF=0.862069;AO=150;DP=174;FAO=150;FDP=174;FR=.;FRO=24;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00497885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8734;QD=47.1974;RBI=0.0308386;REFB=0.0019777;REVB=0.030434;RO=24;SAF=60;SAR=90;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296147;STB=0.515661;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000983633;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:24:24:150:150:0.862069:90:60:7:17:90:60:7:17 chr5 35764696 . C T 1260.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.81;QD=61.4997;RBI=0.0252862;REFB=0;REVB=0.0248919;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.905e-05;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr5 35764752 . T C 1442.34 PASS AF=0.794326;AO=106;DP=135;FAO=112;FDP=141;FR=.;FRO=29;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00420097;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.094;QD=40.9174;RBI=0.0062597;REFB=-0.0204647;REVB=0.00464066;RO=29;SAF=52;SAR=54;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170635;STB=0.506977;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00603307;OID=.;OPOS=35764752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:29:29:106:112:0.794326:54:52:13:16:58:54:13:16 chr5 35861068 . T C 2827.65 PASS AF=0.868085;AO=197;DP=228;FAO=204;FDP=235;FR=.;FRO=31;FSAF=116;FSAR=88;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00690804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.279;QD=48.1302;RBI=0.0304033;REFB=-0.0263995;REVB=0.0296081;RO=31;SAF=115;SAR=82;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682847;STB=0.53278;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00318745;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:235:31:31:197:204:0.868085:82:115:10:21:88:116:10:21 chr5 35871190 . G A 1644.04 PASS AF=0.819355;AO=126;DP=154;FAO=127;FDP=155;FR=.;FRO=28;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00218839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.328;QD=42.4267;RBI=0.0241135;REFB=-0.014627;REVB=0.024014;RO=28;SAF=74;SAR=52;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701682;STB=0.50455;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00497232;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:28:28:126:127:0.819355:52:74:17:11:53:74:17:11 chr5 35871273 . C T 2294.49 PASS AF=0.850515;AO=165;DP=194;FAO=165;FDP=194;FR=.;FRO=29;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0484019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3142;QD=47.3091;RBI=0.0557739;REFB=-0.0123894;REVB=0.0277124;RO=29;SAF=84;SAR=81;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031556;STB=0.516696;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00221335;OID=.;OPOS=35871273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:29:29:165:165:0.850515:81:84:18:11:81:84:18:11 chr5 35910529 . C T 136.68 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=32;FWDB=-0.0447865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.575;QD=10.9343;RBI=0.0447906;REFB=-0.0168348;REVB=0.000609643;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452949;STB=0.758826;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0518571;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:10:6:2:31:10:6:2:32 chr5 35962983 . CA CG,TG 316.78 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=22,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17251,0.120848;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=181.495,140.361;QD=52.796;RBI=0.177678,0.125508;REFB=0,0;REVB=0.0425415,0.0338844;RO=0;SAF=3,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000915395,0.0416613;OID=.,.;OPOS=35962984,35962983;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:22,2:22,2:0.916667,0.0833333:19,0:3,2:0:0:19,0:3,2:0:0 chr5 35965970 . A C 820.44 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245797;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.969;QD=57.5745;RBI=0.0246723;REFB=0;REVB=-0.00213524;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54122e-05;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr5 36142648 . A G 50.63 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=63;FWDB=0.0146057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7229;QD=2.25007;RBI=0.037879;REFB=-0.00314504;REVB=0.0349498;RO=78;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433989;STB=0.787276;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.028381;OID=.;OPOS=36142648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:78:79:11:11:0.122222:5:6:16:62:5:6:16:63 chr5 36143392 . C T 42.18 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0186041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.378;QD=1.77579;RBI=0.0231214;REFB=-0.00364578;REVB=0.013729;RO=84;SAF=6;SAR=4;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490598;STB=0.532402;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.030771;OID=.;OPOS=36143392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:95:84:85:10:10:0.105263:4:6:47:37:4:6:48:37 chr5 36269551 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.435;QD=63.1953;RBI=0.0143218;REFB=0;REVB=0.00471678;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00121e-05;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr5 36985303 . A G 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0295816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.01;QD=30.5509;RBI=0.0320102;REFB=-0.0144967;REVB=0.0122304;RO=5;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163868;STB=0.552452;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00471018;OID=.;OPOS=36985303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:5:7:18:18:0.72:7:11:1:4:7:11:3:4 chr5 37125410 . T C 1479.88 PASS AF=0.768707;AO=113;DP=147;FAO=113;FDP=147;FR=.;FRO=34;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0130782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.193;QD=40.2688;RBI=0.01924;REFB=-0.0293449;REVB=0.0141115;RO=34;SAF=58;SAR=55;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576147;STB=0.503071;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00773352;OID=.;OPOS=37125410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:34:34:113:113:0.768707:55:58:17:17:55:58:17:17 chr5 37173930 . A C 1997.66 PASS AF=0.845714;AO=147;DP=174;FAO=148;FDP=175;FR=.;FRO=27;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0108202;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.575;QD=45.6609;RBI=0.0120487;REFB=-0.0446909;REVB=0.00530041;RO=27;SAF=81;SAR=66;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031439;STB=0.517046;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00636884;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:27:27:147:148:0.845714:66:81:12:15:66:82:12:15 chr5 37176091 . A G 1863.72 PASS AF=0.878205;AO=136;DP=156;FAO=137;FDP=156;FR=.;FRO=19;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00364765;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.705;QD=47.7878;RBI=0.0382395;REFB=-0.00606752;REVB=0.0380651;RO=20;SAF=68;SAR=68;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000786369;OID=.;OPOS=37176091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:156:156:20:19:136:137:0.878205:68:68:10:10:68:69:9:10 chr5 37182902 . G A 1326.09 PASS AF=0.868421;AO=99;DP=114;FAO=99;FDP=114;FR=.;FRO=15;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00320325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.437;QD=46.5293;RBI=0.0173836;REFB=-0.0269734;REVB=-0.0170859;RO=15;SAF=48;SAR=51;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120369;STB=0.506382;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00360768;OID=.;OPOS=37182902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:114:114:15:15:99:99:0.868421:51:48:8:7:51:48:8:7 chr5 37244479 . CAT CA,TCA 70.04 PASS AF=0.4,0;AO=15,7;DP=70;FAO=26,0;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12,0;FSAR=14,0;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0334179,0.0235234;FXX=0.0844951;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=8.83145,25.73;QD=4.31017;RBI=0.160094,0.0729028;REFB=-0.0847509,-0.0439912;REVB=-0.156567,-0.0690034;RO=33;SAF=6,0;SAR=9,7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0.33042,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.364038,-0.770332;STB=0.636264,0.5;STBP=0.1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0592852,0;OID=.,.;OPOS=37244481,37244479;OREF=T,CAT;OALT=-,TCA;OMAPALT=CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:70:65:33:39:15,7:26,0:0.4,0:9,7:6,0:24:9:14,0:12,0:27:12 chr5 37333727 . A G 966.08 PASS AF=0.865854;AO=71;DP=82;FAO=71;FDP=82;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0331173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.876;QD=47.1259;RBI=0.0396141;REFB=-0.0177987;REVB=0.0217375;RO=11;SAF=33;SAR=38;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259661;STB=0.501381;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00336267;OID=.;OPOS=37333727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:11:11:71:71:0.865854:38:33:5:6:38:33:5:6 chr5 37364443 . C T 825.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.36146e-05;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.381;QD=57.9227;RBI=0.0297121;REFB=0;REVB=-0.0297121;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175515;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr5 37688010 . A G 64.19 PASS AF=0.10625;AO=16;DP=159;FAO=17;FDP=160;FR=.;FRO=143;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=-0.00377004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.892;QD=1.60464;RBI=0.0154532;REFB=-0.00342172;REVB=-0.0149863;RO=141;SAF=7;SAR=9;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961176;STB=0.588132;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0240086;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:159:160:141:143:16:17:0.10625:9:7:73:68:10:7:73:70 chr5 37688094 . C T 56.57 PASS AF=0.100671;AO=15;DP=148;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=-0.02064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.659;QD=1.51853;RBI=0.0268235;REFB=-0.00537908;REVB=-0.0171317;RO=131;SAF=5;SAR=10;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222691;STB=0.669418;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0531439;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:148:149:131:134:15:15:0.100671:10:5:68:63:10:5:70:64 chr5 37700516 . C T 3008.05 PASS AF=1;AO=187;DP=192;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103663;FXX=0.0307677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.392;QD=63.6624;RBI=0.0135074;REFB=0;REVB=-0.00865959;RO=0;SAF=88;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139023;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:189:0:0:187:189:1:99:88:0:0:100:89:0:0 chr5 38305547 . G A 101.03 PASS AF=0.15748;AO=20;DP=127;FAO=20;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00917764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7826;QD=3.18211;RBI=0.0443939;REFB=-0.00522154;REVB=0.0434349;RO=107;SAF=9;SAR=11;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220605;STB=0.514656;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0211432;OID=.;OPOS=38305547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:107:107:20:20:0.15748:11:9:50:57:11:9:50:57 chr5 38475507 . G A 2388.87 PASS AF=0.848341;AO=175;DP=206;FAO=179;FDP=211;FR=.;FRO=32;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0225967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8162;QD=45.2866;RBI=0.0615939;REFB=0.00475813;REVB=-0.0572993;RO=30;SAF=77;SAR=98;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446487;STB=0.525122;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000493492;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:211:30:32:175:179:0.848341:98:77:18:12:102:77:19:13 chr5 38480237 . A AC 556.27 PASS AF=0.852941;AO=7;DP=69;FAO=58;FDP=68;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0046084;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.573;QD=32.7216;RBI=0.0600038;REFB=0.0435571;REVB=-0.0598265;RO=60;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208259;STB=0.51136;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=-0.00636983;OID=.;OPOS=38480238;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:7:69:58:68:10:15:43:2:8:28:60:1:6:16:44 chr5 38480238 . A C 622.3 PASS AF=0.753623;AO=52;DP=69;FAO=52;FDP=69;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.000342855;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=250.621;QD=36.0753;RBI=0.00907364;REFB=-0.0103514;REVB=0.00906716;RO=17;SAF=14;SAR=38;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199617;STB=0.510725;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00163521;OID=.;OPOS=38480238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:17:17:52:52:0.753623:38:14:4:13:38:14:4:13 chr5 38820695 . G A 112.88 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0258518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.907;QD=28.219;RBI=0.0258549;REFB=-0.0251429;REVB=-0.000400278;RO=4;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776539;STB=0.543407;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0105419;OID=.;OPOS=38820695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:7:5:1:3:7:5:1:3 chr5 38822040 . A G 149.38 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105666;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.059;QD=45.9617;RBI=0.137463;REFB=0;REVB=-0.0879258;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00820754;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr5 38823254 . C T 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.414;QD=62.6108;RBI=0.0618188;REFB=0;REVB=0.0615376;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153267;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr5 38823306 . A G 39.7 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0218271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.837;QD=1.52705;RBI=0.03488;REFB=-0.00273876;REVB=-0.0272065;RO=93;SAF=4;SAR=6;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135184;STB=0.5998;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0684661;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:93:94:10:10:0.0961538:6:4:48:45:6:4:48:46 chr5 38938582 . G T 57.46 PASS AF=0.0426065;AO=21;DP=400;FAO=17;FDP=399;FR=.,HEALED;FRO=368;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=141;FSRR=227;FWDB=-0.0993044;FXX=0.0385533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5406;QD=0.576013;RBI=0.0995086;REFB=0.000106162;REVB=-0.00637207;RO=333;SAF=19;SAR=2;SRF=106;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559005;STB=0.916321;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.100637;OID=.;OPOS=38938582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:400:399:333:368:21:17:0.0426065:2:19:106:227:2:15:141:227 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 2214.95 PASS AF=0.0516605,0.948339;AO=22,68;DP=274;FAO=14,257;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=14,78;FSAR=0,179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855198,-0.129538;FXX=0.0109485;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=191.308,10.3301;QD=32.693;RBI=0.144862,0.895263;REFB=0.0128233,0.0307222;REVB=0.116925,0.885842;RO=150;SAF=22,46;SAR=0,22;SRF=5;SRR=145;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.890281,0.680334;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.166937,-0.0110168;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0516605,0.948339:22,68:274:14,257:271:0:14,78:0,179:0:0:26:150:22,46:0,22:5:145 chr5 38941425 . ATG A,AAT,AT,ATT 1359.44 PASS AF=0,0,0.81746,0.0238095;AO=17,5,51,34;DP=128;FAO=0,0,103,3;FDP=126;FR=.;FRO=20;FSAF=0,0,42,1;FSAR=0,0,61,2;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00625438,-0.00589125,-0.00594341,-0.00564085;FXX=0.0078734;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,2,1,1;MLLD=172.181,162.557,177.686,175.706;QD=43.1567;RBI=0.0193105,0.0220075,0.0224177,0.0213867;REFB=-0.00648592,-0.00510307,-0.00591119,-0.00616865;REVB=-0.0182696,-0.0212044,-0.0216155,-0.0206294;RO=19;SAF=8,3,18,14;SAR=9,2,33,20;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.145576,0.321749,0.0206212,0.0658243;STB=0.5,0.5,0.518259,0.533118;STBP=1,1,0.355,0.958;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.0145817,0,-0.000677214,0.0071886;OID=.,.,.,.;OPOS=38941426,38941426,38941427,38941427;OREF=TG,TG,G,G;OALT=-,AT,-,T;OMAPALT=A,AAT,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.81746,0.0238095:17,5,51,34:128:0,0,103,3:126:20:0,0,42,1:0,0,61,2:6:14:99:19:8,3,18,14:9,2,33,20:6:13 chr5 38942090 . T A,C 2095.2 PASS AF=0.034965,0.944056;AO=6,136;DP=142;FAO=5,135;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=1,81;FSAR=4,54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00629686,-0.00592469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.271,192.334;QD=58.6069;RBI=0.046461,0.0565327;REFB=-0.034245,0.0129809;REVB=-0.0460323,0.0562214;RO=0;SAF=1,80;SAR=5,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.635921,0.513511;STBP=0.704,0.052;TYPE=snp,snp;VARB=0.0461023,-0.000289842;OID=.,.;OPOS=38942090,38942090;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:142:143:0:3:6,136:5,135:0.034965,0.944056:5,56:1,80:0:0:4,54:1,81:0:3 chr5 38950776 . G A 1843.98 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385045;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.271;QD=61.466;RBI=0.0385928;REFB=0;REVB=0.00260901;RO=0;SAF=69;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19327e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:51:69:0:0:51:69:0:0 chr5 38955796 . G A 2551.42 PASS AF=0.857798;AO=187;DP=218;FAO=187;FDP=218;FR=.;FRO=31;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.031832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3696;QD=46.815;RBI=0.0345376;REFB=-0.00343924;REVB=-0.0134004;RO=31;SAF=97;SAR=90;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938203;STB=0.50496;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000912795;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:31:31:187:187:0.857798:90:97:15:16:90:97:15:16 chr5 39107100 . A G 1465.77 PASS AF=0.898305;AO=106;DP=118;FAO=106;FDP=118;FR=.;FRO=12;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0696945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3278;QD=49.6871;RBI=0.0883401;REFB=-0.00616589;REVB=0.054283;RO=12;SAF=60;SAR=46;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128926;STB=0.506821;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00138024;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:118:118:12:12:106:106:0.898305:46:60:6:6:46:60:6:6 chr5 39108309 . A G 1341.65 PASS AF=1;AO=72;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.832;QD=62.4025;RBI=0.0409693;REFB=0;REVB=0.0268758;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025144;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:72:86:1:35:37:0:0:35:51:0:0 chr5 39108322 . A G 1246.55 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.224;QD=61.5582;RBI=0.0167467;REFB=0;REVB=0.0156597;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70186e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr5 39119723 . C A 1150.49 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.313;QD=60.552;RBI=0.0454296;REFB=0;REVB=0.0117951;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9817e-05;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:51:22:0:0:51:25:0:0 chr5 40692940 . G A 76.61 PASS AF=0.102941;AO=21;DP=204;FAO=21;FDP=204;FR=.;FRO=183;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=86;FSRR=97;FWDB=-0.0185579;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.822;QD=1.5022;RBI=0.0457208;REFB=0.00358755;REVB=-0.0417851;RO=183;SAF=5;SAR=16;SRF=86;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293246;STB=0.720216;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0336895;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:204:204:183:183:21:21:0.102941:16:5:86:97:16:5:86:97 chr5 40852451 . C G 3640.16 PASS AF=0.983193;AO=233;DP=239;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0339072;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9531;QD=61.1791;RBI=0.0550437;REFB=-0.151259;REVB=-0.0433603;RO=4;SAF=116;SAR=117;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160104;STB=0.50413;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00530515;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:239:238:4:4:233:234:0.983193:117:116:0:4:118:116:1:3 chr5 40955561 . G C 37.49 PASS AF=0.0622837;AO=18;DP=289;FAO=18;FDP=289;FR=.;FRO=271;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=125;FSRR=146;FWDB=-0.0278043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6847;QD=0.518869;RBI=0.0278082;REFB=-0.000266336;REVB=0.000464727;RO=266;SAF=11;SAR=7;SRF=124;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153236;STB=0.638558;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00322453;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:289:289:266:271:18:18:0.0622837:7:11:124:142:7:11:125:146 chr5 40972111 . C T 7230.04 PASS AF=1;AO=455;DP=457;FAO=458;FDP=458;FR=.;FRO=0;FSAF=273;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885989;FXX=0.0150534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.976;QD=63.1444;RBI=0.0135471;REFB=0;REVB=-0.0102482;RO=0;SAF=272;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154998;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:457:458:0:0:455:458:1:183:272:0:0:185:273:0:0 chr5 40998196 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.06;QD=61.5363;RBI=0.0194088;REFB=0;REVB=0.00382289;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55216e-05;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr5 40998235 . C T 1496.79 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.428;QD=63.0228;RBI=0.0446333;REFB=0;REVB=0.0381054;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183016;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:50:45:0:0 chr5 41000343 . G A 2640.54 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00209403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.513;QD=61.408;RBI=0.012775;REFB=-0.0738817;REVB=0.0126022;RO=0;SAF=100;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000677368;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:0:1:171:171:0.994186:71:100:0:0:71:100:0:1 chr5 41008780 . A G 3964.44 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.769;QD=63.9426;RBI=0.0405023;REFB=0;REVB=0.0351817;RO=0;SAF=125;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4292e-05;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:248:0:0:242:248:1:117:125:0:0:122:126:0:0 chr5 41042284 . G T 49.34 PASS AF=0.0817308;AO=17;DP=211;FAO=17;FDP=208;FR=.;FRO=191;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=100;FSRR=91;FWDB=-0.0783459;FXX=0.018867;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7865;QD=0.948759;RBI=0.0783594;REFB=-0.00617774;REVB=0.00145835;RO=194;SAF=7;SAR=10;SRF=103;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135364;STB=0.602019;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0651303;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:211:208:194:191:17:17:0.0817308:10:7:103:91:10:7:100:91 chr5 41049389 . T C 67.76 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=151;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=0.00308068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.741;QD=1.77155;RBI=0.0117641;REFB=6.53991e-05;REVB=-0.0113536;RO=134;SAF=10;SAR=7;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630586;STB=0.546393;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.000352079;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:151:153:134:136:17:17:0.111111:7:10:72:62:7:10:73:63 chr5 41049397 . C T 107.2 PASS AF=0.143791;AO=22;DP=152;FAO=22;FDP=153;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=-0.0366998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.955;QD=2.8027;RBI=0.0618881;REFB=-0.00930538;REVB=-0.0498323;RO=128;SAF=14;SAR=8;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106856;STB=0.570305;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0528624;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:128:131:22:22:0.143791:8:14:71:57:8:14:73:58 chr5 41054934 . A G 63.9 PASS AF=0.103659;AO=17;DP=164;FAO=17;FDP=164;FR=.;FRO=147;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=0.00689263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.792;QD=1.5586;RBI=0.0472919;REFB=-0.00931786;REVB=-0.0467869;RO=145;SAF=9;SAR=8;SRF=74;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230703;STB=0.517221;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0758129;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:164:164:145:147:17:17:0.103659:8:9:74:71:8:9:75:72 chr5 41061716 . A G 77.92 PASS AF=0.101382;AO=22;DP=217;FAO=22;FDP=217;FR=.;FRO=195;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=95;FSRR=100;FWDB=0.018407;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.842;QD=1.43627;RBI=0.0206435;REFB=0.00200452;REVB=-0.00934543;RO=195;SAF=16;SAR=6;SRF=95;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292571;STB=0.717836;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0251924;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:217:217:195:195:22:22:0.101382:6:16:95:100:6:16:95:100 chr5 41158863 . G A 3141.12 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016461;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.825;QD=61.8939;RBI=0.0204274;REFB=0;REVB=-0.0120959;RO=0;SAF=111;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.515e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:203:0:0:203:203:1:92:111:0:0:92:111:0:0 chr5 41159256 . TGGGGGG TGGGGG,TGGGGGT 100.38 PASS AF=0.26699,0;AO=83,9;DP=210;FAO=55,0;FDP=206;FR=.;FRO=151;FSAF=34,0;FSAR=21,0;FSRF=93;FSRR=58;FWDB=-0.031178,-0.0107419;FXX=0.0190467;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.26665,166.247;QD=1.94906;RBI=0.0412356,0.0478216;REFB=-0.177408,-0.0076335;REVB=-0.0269871,-0.0465996;RO=103;SAF=48,0;SAR=35,9;SRF=72;SRR=31;SSEN=0.722222,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126506,-0.680928;STB=0.501774,0.5;STBP=0.976,1;TYPE=del,snp;VARB=0.186385,0;OID=.,.;OPOS=41159257,41159262;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGGG,TGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26699,0:83,9:210:55,0:206:151:34,0:21,0:93:58:99:103:48,0:35,9:72:31 chr5 41312205 . T A 118.64 PASS AF=0.107492;AO=35;DP=297;FAO=33;FDP=307;FR=.;FRO=274;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=161;FSRR=113;FWDB=0.000354056;FXX=0.0160251;HRUN=12;LEN=1;MLLD=190.78;QD=1.54584;RBI=0.0122761;REFB=-0.00174808;REVB=-0.012271;RO=239;SAF=6;SAR=29;SRF=139;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505187;STB=0.842766;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00503365;OID=.;OPOS=41312205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:307:239:274:35:33:0.107492:29:6:139:100:27:6:161:113 chr5 41312206 . TA AT,TT 531.56 PASS AF=0.243816,0.102473;AO=38,21;DP=272;FAO=69,29;FDP=283;FR=.;FRO=185;FSAF=17,21;FSAR=52,8;FSRF=112;FSRR=73;FWDB=0.00185204,0.00286963;FXX=0.0471365;HRUN=12,1;LEN=2,1;MLLD=53.9755,194.677;QD=7.51319;RBI=0.00964762,0.00443464;REFB=-0.0888251,-0.00532093;REVB=0.00946818,-0.00338101;RO=167;SAF=12,12;SAR=26,9;SRF=98;SRR=69;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341709,-0.0194195;STB=0.75935,0.615106;STBP=0,0.215;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00679417,0.0407832;OID=.,.;OPOS=41312206,41312207;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:283:167:185:38,21:69,29:0.243816,0.102473:26,9:12,12:98:69:52,8:17,21:112:73 chr5 42700044 . A G 2211.31 PASS AF=0.993056;AO=129;DP=131;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9462;QD=61.4253;RBI=0.112458;REFB=-0.0609595;REVB=0.109319;RO=1;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772717;STB=0.503401;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00133906;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:144:1:1:129:143:0.993056:61:68:0:1:73:70:0:1 chr5 42719239 . A C 1915.14 PASS AF=0.992126;AO=122;DP=124;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000173965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.284;QD=60.3194;RBI=0.0183884;REFB=-0.0500499;REVB=0.0183876;RO=2;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158294;STB=0.504132;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=9.70869e-05;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:127:2:1:122:126:0.992126:59:63:0:2:60:66:0:1 chr5 42720067 . AT ATA,TA 1467.14 PASS AF=0.90991,0.045045;AO=87,4;DP=114;FAO=101,5;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=57,4;FSAR=44,1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0106689,0.00711201;FXX=0.0176975;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=272.908,133.332;QD=52.87;RBI=0.0271298,0.0295022;REFB=-0.0104071,-0.19785;REVB=0.0249439,0.0286322;RO=20;SAF=48,4;SAR=39,0;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0183093,0.648393;STB=0.507866,0.726279;STBP=0.456,0.254;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000354378,0.10404;OID=.,.;OPOS=42720069,42720067;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:114:111:20:5:87,4:101,5:0.90991,0.045045:39,0:48,4:10:10:44,1:57,4:2:3 chr5 42720069 . T A 47.51 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.00126975;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.9501;QD=1.62415;RBI=0.0124104;REFB=0.00569021;REVB=-0.0123453;RO=105;SAF=8;SAR=4;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172977;STB=0.631355;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00545799;OID=.;OPOS=42720069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:105:105:12:12:0.102564:4:8:55:50:4:8:55:50 chr5 43120098 . A G 442.16 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.775;QD=53.5949;RBI=0.0404126;REFB=0.0307897;REVB=0.0347467;RO=1;SAF=23;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198449;STB=0.510632;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=7.77155e-05;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:30:32:0.969697:7:23:1:0:9:23:1:0 chr5 43175369 . G T 58.79 PASS AF=0.0700809;AO=26;DP=373;FAO=26;FDP=371;FR=.;FRO=345;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=167;FSRR=178;FWDB=-0.0215652;FXX=0.00536179;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.495;QD=0.633853;RBI=0.021569;REFB=-0.00146549;REVB=-0.000406522;RO=345;SAF=13;SAR=13;SRF=168;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144412;STB=0.514813;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0198799;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:373:371:345:345:26:26:0.0700809:13:13:168:177:13:13:167:178 chr5 43492978 . G A 788.57 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213086;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.547;QD=57.3508;RBI=0.0213128;REFB=0;REVB=0.000426293;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170753;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr5 43506449 . T C 34.56 PASS AF=0.0957447;AO=7;DP=92;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.01573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=1.47045;RBI=0.0436984;REFB=-0.00342192;REVB=0.0407691;RO=82;SAF=4;SAR=3;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104005;STB=0.656792;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0391811;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:92:94:82:85:7:9:0.0957447:3:4:39:43:3:6:42:43 chr5 43509348 . T A 4087.42 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247105;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4629;QD=62.1661;RBI=0.0320803;REFB=-0.0796502;REVB=0.0204581;RO=1;SAF=132;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26748e-05;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:264:263:1:0:263:263:1:131:132:0:1:131:132:0:0 chr5 43527135 . A C 3039.26 PASS AF=0.966825;AO=204;DP=212;FAO=204;FDP=211;FR=.;FRO=7;FSAF=122;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0103475;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.973;QD=57.6163;RBI=0.0385917;REFB=-0.149903;REVB=0.0371786;RO=3;SAF=122;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758603;STB=0.505833;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00140345;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:212:211:3:7:204:204:0.966825:82:122:1:2:82:122:3:4 chr5 44066809 . G A 103.02 PASS AF=0.12973;AO=24;DP=183;FAO=24;FDP=185;FR=.;FRO=161;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=-0.0388122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.817;QD=2.22754;RBI=0.0529989;REFB=-0.00801409;REVB=-0.0360902;RO=157;SAF=15;SAR=9;SRF=79;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154629;STB=0.607004;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0558034;OID=.;OPOS=44066809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:157:161:24:24:0.12973:9:15:79:78:9:15:81:80 chr5 44809162 . G C 222.04 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.010869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.607;QD=25.3759;RBI=0.02521;REFB=-0.0115807;REVB=0.0227467;RO=13;SAF=16;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347409;STB=0.65393;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00645256;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:20:21:0.6:4:16:5:8:5:16:6:8 chr5 50045966 . TG T,TT 1490.52 PASS AF=1,0;AO=42,49;DP=93;FAO=98,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338706,-0.0403896;FXX=0.019998;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.763,179.654;QD=60.8374;RBI=0.0410931,0.0476577;REFB=0,0;REVB=-0.0232686,-0.0252969;RO=2;SAF=23,23;SAR=19,26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0390818,-0.0391734;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000157478,0.0246634;OID=.,.;OPOS=50045967,50045967;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,49:93:98,0:98:0:50,0:48,0:0:0:8:2:23,23:19,26:2:0 chr5 50053015 . G A 737.23 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.325;QD=62.7426;RBI=0.0219735;REFB=0;REVB=0.00335436;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578087;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr5 50057729 . G A 500.75 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.7;QD=58.9118;RBI=0.00716186;REFB=0;REVB=0.00668732;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120647;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:26:34:1:6:20:0:0:14:20:0:0 chr5 50463442 . T G 337.35 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0223864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.951;QD=34.6;RBI=0.0225504;REFB=-0.023893;REVB=-0.00271519;RO=8;SAF=22;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155717;STB=0.646943;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00487601;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:8:11:28:28:0.717949:6:22:4:4:6:22:4:7 chr5 52096889 . C A 1589.7 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.003;QD=59.9887;RBI=0.034904;REFB=0;REVB=0.0291741;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11321e-05;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr5 52157374 . T C 1038.08 PASS AF=0.728814;AO=86;DP=118;FAO=86;FDP=118;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0524848;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2243;QD=35.1892;RBI=0.0526829;REFB=0.00346303;REVB=0.00456451;RO=32;SAF=42;SAR=44;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416298;STB=0.5223;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00086473;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:32:32:86:86:0.728814:44:42:13:19:44:42:13:19 chr5 52193287 . C T 170.43 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0477905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6695;QD=25.2495;RBI=0.0704982;REFB=-0.00352442;REVB=-0.0518273;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10284;STB=0.557534;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000253979;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:5:5:11:6:5:5 chr5 52778870 . CGGGGGC CGGG,CGGGGC,GCGGGGC 201.27 PASS AF=0.157143,0.385714,0.0285714;AO=7,24,3;DP=67;FAO=11,27,2;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=0,10,0;FSAR=11,17,2;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.023967,0.0961626,0.0293228;FXX=0.0140825;HRUN=5,5,1;LEN=3,1,2;MLLD=187.287,8.24274,48.947;QD=11.5008;RBI=0.0277384,0.125393,0.0695824;REFB=-0.0145297,-0.0538694,-0.0143337;REVB=0.0139643,-0.0804744,-0.0631022;RO=21;SAF=0,9,0;SAR=7,15,3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.705152,-0.00529031,-0.547547;STB=0.998581,0.540511,0.992896;STBP=0.008,0.601,0.329;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0538656,0.0635747,0.075762;OID=.,.,.;OPOS=52778874,52778871,52778870;OREF=GGC,G,CG;OALT=-,-,GC;OMAPALT=CGGG,CGGGGC,GCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:67:70:21:30:7,24,3:11,27,2:0.157143,0.385714,0.0285714:7,15,3:0,9,0:8:13:11,17,2:0,10,0:9:21 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 491.53 PASS AF=0.84507,0.15493;AO=33,11;DP=70;FAO=60,11;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=39,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.478971,0.0292706;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.0636,211.11;QD=27.6918;RBI=0.517643,0.0348546;REFB=-0.000309565,-0.00937641;REVB=0.19632,-0.0189228;RO=17;SAF=7,0;SAR=26,11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.207298,-0.789836;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0066987,0.0449149;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.84507,0.15493:33,11:70:60,11:71:0:21,0:39,11:0:0:59:17:7,0:26,11:8:9 chr5 52856504 . G C 172.44 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0162977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5512;QD=9.4488;RBI=0.0491219;REFB=-0.00135289;REVB=0.0463395;RO=50;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122035;STB=0.571876;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00405201;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:13:10:27:23:13:10:27:23 chr5 52942083 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.995;QD=55.0983;RBI=0.0775564;REFB=0;REVB=-0.00964463;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361137;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr5 52942197 . A G 1150.51 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.975;QD=60.5533;RBI=0.0539841;REFB=0;REVB=0.0519345;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18575e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:40:33:0:0:43:33:0:0 chr5 52979097 . G A 479.49 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0393027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.441;QD=42.6213;RBI=0.0395033;REFB=-0.0332566;REVB=0.00397561;RO=9;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618124;STB=0.533315;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0115249;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:9:9:36:36:0.8:18:18:3:6:18:18:3:6 chr5 53344135 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0350915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.044;QD=26.8492;RBI=0.0530847;REFB=-0.0019746;REVB=0.0398317;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197586;STB=0.610954;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00110035;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:4:3:11:4:4:3 chr5 53606295 . T C 2090.37 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0490066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3373;QD=61.0326;RBI=0.102341;REFB=0.0067646;REVB=-0.089845;RO=1;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725733;STB=0.500271;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00103051;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:65:70:0:1:65:70:1:1 chr5 53751901 . G A 511.85 PASS AF=0.791667;AO=37;DP=47;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00120617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3564;QD=42.6538;RBI=0.00728769;REFB=0.000412301;REVB=0.00718718;RO=10;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105784;STB=0.558468;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-6.03128e-05;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:48:10:10:37:38:0.791667:21:16:7:3:22:16:7:3 chr5 53751988 . T C 1024.12 PASS AF=0.777778;AO=77;DP=100;FAO=77;FDP=99;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00322329;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.297;QD=41.3785;RBI=0.0179026;REFB=-0.0316288;REVB=0.01761;RO=21;SAF=37;SAR=40;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364671;STB=0.514432;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00565119;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:21:22:77:77:0.777778:40:37:12:9:40:37:12:10 chr5 53814394 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=6;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.522;QD=36.3483;RBI=0.0596645;REFB=0.000871433;REVB=-0.00610493;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000249465;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:6:11:0.916667:1:5:0:0:5:6:0:1 chr5 53815560 . A C 673.85 PASS AF=0.686747;AO=57;DP=83;FAO=57;FDP=83;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0236227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.861;QD=32.4747;RBI=0.0298478;REFB=-0.0152536;REVB=-0.0182443;RO=24;SAF=29;SAR=28;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164917;STB=0.586817;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00517174;OID=.;OPOS=53815560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:24:26:57:57:0.686747:28:29:5:19:28:29:6:20 chr5 53815920 . T G 367.45 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0248102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.681;QD=34.9951;RBI=0.0691961;REFB=0.00447038;REVB=0.0645953;RO=12;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611596;STB=0.533311;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00141929;OID=.;OPOS=53815920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:16:14:7:5:16:14:7:5 chr5 53840239 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAT,TGAAAAAAA 230.28 PASS AF=0.746032,0,0;AO=26,2,2;DP=54;FAO=47,0,0;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=23,0,0;FSAR=24,0,0;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0936505,-0.0919627,-0.0627196;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.382,19.3895,8.05453;QD=14.6211;RBI=0.120414,0.133402,0.0907342;REFB=0.153488,0.0573569,0.0624975;REVB=-0.0756902,-0.0966384,-0.0655663;RO=14;SAF=13,1,0;SAR=13,1,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0909643,-0.148032,-0.608678;STB=0.534398,0.5,0.5;STBP=0.371,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0055015,0,0;OID=.,.,.;OPOS=53840240,53840247,53840239;OREF=A,A,GA;OALT=-,T,TG;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAT,TGAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:54:63:14:16:26,2,2:47,0,0:0.746032,0,0:13,1,2:13,1,0:9:5:24,0,0:23,0,0:10:6 chr5 54252345 . T C 111.96 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.0326399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.104;QD=8.95669;RBI=0.0352142;REFB=-0.0126958;REVB=0.0132167;RO=36;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358264;STB=0.521709;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0185958;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:11:3:7:29:11:3:7:29 chr5 54253555 . A G 49.94 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00261012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7403;QD=4.75646;RBI=0.020501;REFB=0.000678372;REVB=0.0203341;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241773;STB=0.506313;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00082392;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:42:42:33:34:8:8:0.190476:5:3:13:20:5:3:13:21 chr5 54253581 . A G 60.98 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00966842;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.136;QD=5.80766;RBI=0.0149913;REFB=-0.000725955;REVB=-0.0114569;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205455;STB=0.636033;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00135881;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:42:33:33:9:9:0.214286:7:2:12:21:7:2:12:21 chr5 54253615 . C T 308.92 PASS AF=0.735294;AO=21;DP=36;FAO=25;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00838561;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.25;QD=36.3436;RBI=0.0108824;REFB=0.00115183;REVB=0.00693602;RO=9;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362694;STB=0.506324;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00128806;OID=.;OPOS=54253615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:36:34:9:8:21:25:0.735294:13:8:4:5:15:10:3:5 chr5 54403957 . T C 585.03 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110373;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.172;QD=60.0027;RBI=0.0420322;REFB=0;REVB=0.0405572;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397977;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr5 54404015 . C T 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.566;QD=59.4993;RBI=0.0174698;REFB=0;REVB=-0.00407927;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86605e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr5 54404057 . C G 82.41 PASS AF=0.178571;AO=13;DP=85;FAO=15;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0382399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.827;QD=3.92423;RBI=0.0383179;REFB=-0.00215308;REVB=-0.00244347;RO=56;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114282;STB=0.611227;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0139244;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:85:84:56:69:13:15:0.178571:6:7:25:31:6:9:32:37 chr5 54410120 . A C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1926;QD=61.681;RBI=0.0624202;REFB=0;REVB=0.0508263;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592229;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 54433393 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0205502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.582;QD=25.3155;RBI=0.0263444;REFB=-0.0389887;REVB=-0.0164838;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170103;STB=0.594502;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0239284;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:4:9:9:11:4:9 chr5 54439466 . G A 353.36 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0269754;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.021;QD=23.1708;RBI=0.0275637;REFB=-0.0190961;REVB=-0.00566425;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136906;STB=0.569031;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0134627;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:35:35:0.57377:24:11:12:13:24:11:12:14 chr5 54459961 . A G 1011.54 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.685;QD=57.8021;RBI=0.0583657;REFB=0.0577255;REVB=-0.0531788;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0105797;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:40:28:0:1:40:29:0:1 chr5 54466544 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0408004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.06;QD=14.6579;RBI=0.0655333;REFB=-0.026979;REVB=0.0512829;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.646244;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0379655;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:11:6:8:5:11:6 chr5 54572163 . T C 64.42 PASS AF=0.171429;AO=11;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0511591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.075;QD=3.68106;RBI=0.0718213;REFB=-0.0133789;REVB=-0.0504087;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142759;STB=0.528524;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0708379;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:70:70:42:58:11:12:0.171429:6:5:24:18:6:6:31:27 chr5 54645411 . G A 44.77 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00895386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.804;QD=8.95424;RBI=0.0222744;REFB=-0.0119585;REVB=0.0203955;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439476;STB=0.79904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0171892;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:20:13:13:6:7:0.35:5:1:7:6:6:1:7:6 chr5 54830380 . A G 483.77 PASS AF=0.837209;AO=35;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0428845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.343;QD=45.0021;RBI=0.0445109;REFB=-0.0525685;REVB=0.0119224;RO=7;SAF=31;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117389;STB=0.564666;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0167048;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:43:7:7:35:36:0.837209:4:31:5:2:4:32:5:2 chr5 54960609 . A G 1105.7 PASS AF=0.773913;AO=88;DP=115;FAO=89;FDP=115;FR=.;FRO=26;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0259361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.689;QD=38.4592;RBI=0.0262438;REFB=-0.0527895;REVB=0.00400637;RO=25;SAF=51;SAR=37;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108298;STB=0.562978;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0154881;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:25:26:88:89:0.773913:37:51:8:17:37:52:8:18 chr5 54960673 . C G 464.69 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0301799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.852;QD=27.7428;RBI=0.0317759;REFB=0.0233016;REVB=-0.00994406;RO=24;SAF=21;SAR=22;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157882;STB=0.585735;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0145865;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:22:21:6:18:22:21:6:18 chr5 54960687 . C T 325.12 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0607871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.189;QD=23.2229;RBI=0.0607888;REFB=-0.015714;REVB=-0.00044454;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139186;STB=0.581348;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0135248;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:18:14:6:17:18:15:6:17 chr5 54990005 . C T 197.54 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.015399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.599;QD=26.3392;RBI=0.0188673;REFB=-0.00453125;REVB=0.0109016;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022539;STB=0.512532;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00221773;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:6:5:8:11:6:5 chr5 55058992 . C A 56.9 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0424277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2189;QD=3.16131;RBI=0.0425034;REFB=-0.0152468;REVB=0.00253462;RO=60;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228659;STB=0.661403;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0881097;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:71:72:60:61:11:11:0.152778:4:7:27:33:4:7:27:34 chr5 55062764 . T C 105.54 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0144767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.421;QD=7.53849;RBI=0.0177301;REFB=-0.00980553;REVB=-0.0102363;RO=42;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203502;STB=0.650399;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0416131;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:42:41:14:15:0.267857:5:9:20:22:5:10:19:22 chr5 55081694 . A G 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00113657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.804;QD=7.71896;RBI=0.00141768;REFB=-0.0102209;REVB=-0.000847363;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351516;STB=0.716489;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0612857;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:4:9:15:23:4:9:15:23 chr5 55082474 . C T 199.59 PASS AF=0.254237;AO=30;DP=118;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0194539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.83;QD=6.76566;RBI=0.027878;REFB=-0.0132978;REVB=-0.0199682;RO=87;SAF=15;SAR=15;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709656;STB=0.508469;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0370823;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:87:88:30:30:0.254237:15:15:44:43:15:15:45:43 chr5 55149407 . T C 945.07 PASS AF=0.752577;AO=73;DP=97;FAO=73;FDP=97;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.011639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.078;QD=38.9721;RBI=0.0181969;REFB=-0.0136784;REVB=0.0139878;RO=24;SAF=26;SAR=47;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328266;STB=0.517569;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00762591;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:24:24:73:73:0.752577:47:26:7:17:47:26:7:17 chr5 55155402 . C T 510.97 PASS AF=0.657143;AO=43;DP=71;FAO=46;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0504328;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5354;QD=29.198;RBI=0.0666291;REFB=-0.0117069;REVB=-0.0435428;RO=17;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769361;STB=0.500625;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00619007;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:17:24:43:46:0.657143:24:19:10:7:25:21:11:13 chr5 55246001 . A G 364.62 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.737;QD=54.0179;RBI=0.084823;REFB=0;REVB=0.0845239;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364652;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:17:27:1:13:4:0:0:15:12:0:0 chr5 55406952 . T C 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00203608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.269;QD=5.17493;RBI=0.0187906;REFB=0.000893292;REVB=-0.0186799;RO=43;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350776;STB=0.719597;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00440296;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:43:44:11:11:0.2:3:8:19:24:3:8:20:24 chr5 56161787 . G A 521.43 PASS AF=0.75;AO=45;DP=60;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0136104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.417;QD=34.762;RBI=0.0148111;REFB=0.00371325;REVB=0.0058417;RO=15;SAF=16;SAR=29;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551828;STB=0.529772;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000817153;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:15:15:45:45:0.75:29:16:7:8:29:16:7:8 chr5 56177743 . G A 663.75 PASS AF=0.736842;AO=55;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0117218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.086;QD=34.9343;RBI=0.0119015;REFB=-0.0296256;REVB=-0.00206044;RO=20;SAF=29;SAR=26;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630043;STB=0.535702;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0106829;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:20:20:55:56:0.736842:26:29:8:12:26:30:8:12 chr5 56178217 . A C 195.9 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.014016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1158;QD=25.277;RBI=0.0355813;REFB=-0.0260251;REVB=0.0327045;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352802;STB=0.697293;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0135265;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:5:14:3:9:5:14:3:9 chr5 56207123 . T A 755.41 PASS AF=0.789474;AO=59;DP=75;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00404129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.78;QD=39.7586;RBI=0.00708684;REFB=0.0108365;REVB=0.00582162;RO=16;SAF=21;SAR=38;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186602;STB=0.595846;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00411854;OID=.;OPOS=56207123;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:75:76:16:16:59:60:0.789474:38:21:13:3:38:22:13:3 chr5 56242774 . T C 166.55 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0083859;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.861;QD=13.5962;RBI=0.00838936;REFB=-0.00837549;REVB=0.000240836;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218566;STB=0.605267;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0137277;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:31:17:18:0.367347:7:10:12:19:8:10:12:19 chr5 56526565 . G T 877.7 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.241;QD=57.5544;RBI=0.0229048;REFB=0;REVB=0.00638486;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14433e-05;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:34:24:0:0:35:26:0:0 chr5 56526783 . G A 1216.49 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0341069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.862;QD=56.581;RBI=0.0352209;REFB=-0.156246;REVB=0.00878841;RO=4;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497579;STB=0.526309;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00248922;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:36:46:0:4:36:46:0:4 chr5 57750267 . A C 914.77 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0027202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5858;QD=55.4405;RBI=0.017499;REFB=-0.0944844;REVB=0.0172863;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00941376;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:66:1:1:64:65:0.984848:31:33:0:1:32:33:0:1 chr5 57750350 . C G 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0139597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.94;QD=8.14852;RBI=0.0141593;REFB=-0.00290798;REVB=-0.00236908;RO=46;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341974;STB=0.699782;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00579882;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:14:5:25:21:14:5:25:22 chr5 57754132 . G C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.633;QD=58.5841;RBI=0.0127263;REFB=0;REVB=-0.00370168;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44388e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr5 57754808 . G A 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0546294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5574;QD=54.6367;RBI=0.0554696;REFB=0.0344895;REVB=-0.00961767;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00173183;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr5 57754851 . A G 697.45 PASS AF=0.8;AO=55;DP=69;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0854509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5805;QD=39.8543;RBI=0.107151;REFB=-0.0125198;REVB=-0.064649;RO=14;SAF=25;SAR=30;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992757;STB=0.507184;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00320775;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:70:14:14:55:56:0.8:30:25:6:8:30:26:6:8 chr5 57825920 . A G 57.75 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0310903;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.376;QD=11.5493;RBI=0.0315641;REFB=-0.00487128;REVB=0.00544811;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119998;STB=0.571265;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00956444;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:6:2:2:10:6:2:2:10 chr5 58267557 . C T 1486.13 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132793;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5625;QD=62.574;RBI=0.0222786;REFB=0.0382058;REVB=-0.0178885;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00124185;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:0:1:94:94:0.989474:49:45:0:0:49:45:0:1 chr5 58267723 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.727;QD=44.6884;RBI=0.0433866;REFB=0;REVB=-0.0173621;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245803;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 58489384 . G A 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.252;QD=62.9061;RBI=0.0859994;REFB=0;REVB=-0.0651912;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804859;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr5 60241142 . G A 1284.55 PASS AF=1;AO=69;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0512;QD=61.1691;RBI=0.200494;REFB=0;REVB=0.200249;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259378;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:69:84:1:28:41:0:0:43:41:0:0 chr5 60454626 . A G 646.33 PASS AF=0.723684;AO=54;DP=75;FAO=55;FDP=76;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00416437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.245;QD=34.0174;RBI=0.00617483;REFB=0.00433722;REVB=0.00455922;RO=20;SAF=33;SAR=21;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157906;STB=0.592989;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00143092;OID=.;OPOS=60454626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:20:21:54:55:0.723684:21:33:6:14:21:34:6:15 chr5 60960063 . G A 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.035673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.016;QD=6.41547;RBI=0.0360682;REFB=-1.81688e-05;REVB=-0.00532456;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413491;STB=0.526268;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000344271;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:6:5:16:22:6:5:16:22 chr5 60982841 . G A 1529.96 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.805;QD=63.7485;RBI=0.0963156;REFB=0;REVB=-0.0926417;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154729;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr5 61694379 . T C 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.935;QD=58.1172;RBI=0.0774138;REFB=0;REVB=0.0715169;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504884;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr5 61697859 . C T 501.58 PASS AF=0.945946;AO=28;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.628;QD=54.2246;RBI=0.0445291;REFB=-0.162249;REVB=0.0337442;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619468;STB=0.523796;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00172424;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:28:35:0.945946:14:14:2:0:15:20:2:0 chr5 63665448 . G A 400.54 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0653789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3673;QD=42.1624;RBI=0.0654598;REFB=-0.0321734;REVB=-0.003255;RO=7;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188777;STB=0.510197;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00771579;OID=.;OPOS=63665448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:15:16:4:3:15:16:4:3 chr5 63905068 . A G 1139.85 PASS AF=0.673759;AO=95;DP=141;FAO=95;FDP=141;FR=.;FRO=46;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0158947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3744;QD=32.3363;RBI=0.0316154;REFB=-0.00648957;REVB=-0.0273293;RO=46;SAF=54;SAR=41;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015376;STB=0.508272;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0034095;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:46:46:95:95:0.673759:41:54:25:21:41:54:25:21 chr5 63907999 . TC T 215.61 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.133301;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3079;QD=20.057;RBI=0.151583;REFB=-0.0112791;REVB=0.0721688;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209506;STB=0.511537;STBP=0.859;TYPE=del;VARB=0.00431982;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627907:27:44:27:43:16:16:11:9:7:90:16:16:11:9:7 chr5 63991473 . G C 1006.48 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0552568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7002;QD=55.1497;RBI=0.0606913;REFB=-0.00516814;REVB=-0.0251022;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.52307;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000804103;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:73:2:3:70:70:0.958904:39:31:2:0:39:31:3:0 chr5 64015361 . G C 1226.96 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2335;QD=61.3481;RBI=0.0194114;REFB=0;REVB=0.0114634;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209286;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr5 64023923 . TC TA,TT 1466.71 PASS AF=0.876289,0.0824742;AO=69,9;DP=97;FAO=85,8;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66,4;FSAR=19,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111953,-0.0140519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.672,86.3732;QD=60.4827;RBI=0.016782,0.014276;REFB=0,0;REVB=-0.0125021,0.00251954;RO=0;SAF=53,5;SAR=16,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00952273,-0.00877515;OID=.,.;OPOS=64023924,64023924;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.876289,0.0824742:69,9:97:85,8:97:0:66,4:19,4:0:0:21:0:53,5:16,4:0:0 chr5 64023980 . TC T,TT 2108.75 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=26,114;DP=140;FAO=3,135;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=1,80;FSAR=2,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358006,0.0342829;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.246,255.418;QD=61.1232;RBI=0.0358394,0.0343518;REFB=0,0;REVB=-0.00166622,-0.00217364;RO=0;SAF=22,60;SAR=4,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.50493e-08,-3.23871e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0111885,0.00196667;OID=.,.;OPOS=64023981,64023981;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:26,114:140:3,135:138:0:1,80:2,55:0:0:5:0:22,60:4,54:0:0 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=44;DP=143;LEN=9;RO=99;SAF=24;SAR=31;SRF=52;SRR=36;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:143:99:44:31:24:52:36 chr5 64273018 . G A 278.19 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0053273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.99;QD=33.7196;RBI=0.0102267;REFB=-0.0118138;REVB=0.00872956;RO=9;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881201;STB=0.548345;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00397914;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:9:9:24:24:0.727273:17:7:4:5:17:7:4:5 chr5 64766859 . T G 129.07 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0129541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.644;QD=7.07232;RBI=0.0131128;REFB=-0.0109275;REVB=0.00203422;RO=53;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150954;STB=0.585707;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.030651;OID=.;OPOS=64766859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:53:54:19:19:0.260274:7:12:27:26:7:12:28:26 chr5 64881936 . A G 459.9 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.122408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.746;QD=34.7094;RBI=0.12253;REFB=-0.0111044;REVB=0.00545199;RO=12;SAF=24;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802099;STB=0.553819;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0062849;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:12:13:40:40:0.754717:16:24:5:7:16:24:5:8 chr5 64892939 . T G 1069.48 PASS AF=0.712;AO=88;DP=126;FAO=89;FDP=125;FR=.;FRO=36;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00553311;FXX=0.0157468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.974;QD=34.2235;RBI=0.00903023;REFB=-0.0144112;REVB=0.00713651;RO=34;SAF=51;SAR=37;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362466;STB=0.516275;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00498135;OID=.;OPOS=64892939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:34:36:88:89:0.712:37:51:22:12:37:52:23:13 chr5 64926104 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0314087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.066;QD=26.849;RBI=0.0393303;REFB=-0.0241205;REVB=0.023672;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689833;STB=0.538411;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.014284;OID=.;OPOS=64926104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:5:2:6:9:5:2 chr5 64926174 . C T 102.94 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0132852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8448;QD=21.6724;RBI=0.0136689;REFB=-0.0137306;REVB=0.00321574;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765456;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00801312;OID=.;OPOS=64926174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:19:6:7:11:12:0.631579:6:5:2:4:6:6:3:4 chr5 64926315 . G A 393.1 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0139879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.304;QD=33.4553;RBI=0.0156124;REFB=-0.0269815;REVB=0.00693439;RO=15;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757648;STB=0.541358;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0109385;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:19:13:8:7:19:13:8:7 chr5 65108215 . A G 941.03 PASS AF=0.714286;AO=80;DP=112;FAO=80;FDP=112;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.01543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.913;QD=33.6081;RBI=0.019848;REFB=-0.0151914;REVB=-0.0124843;RO=32;SAF=34;SAR=46;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619162;STB=0.533202;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00642291;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:32:32:80:80:0.714286:46:34:10:22:46:34:10:22 chr5 65317181 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00662574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.541;QD=10.9734;RBI=0.008943;REFB=-0.0147882;REVB=-0.00600639;RO=31;SAF=14;SAR=1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.617384;STB=0.881262;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0131997;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:1:14:16:15:1:14:16:15 chr5 65350374 . A G 497.7 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0192676;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.642;QD=34.9261;RBI=0.0222333;REFB=0.0212005;REVB=-0.011094;RO=13;SAF=19;SAR=24;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933999;STB=0.557392;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00509988;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:58:57:13:14:43:43:0.754386:24:19:3:10:24:19:3:11 chr5 65350481 . C T 409.49 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0179668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.753;QD=45.4984;RBI=0.0196764;REFB=-0.0172102;REVB=0.00802208;RO=5;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366781;STB=0.519738;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0025054;OID=.;OPOS=65350481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:5:5:31:31:0.861111:21:10:1:4:21:10:1:4 chr5 66283374 . C T 350.15 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.042711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.111;QD=28.0116;RBI=0.0506656;REFB=-0.0456292;REVB=0.0272539;RO=20;SAF=9;SAR=21;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902159;STB=0.549474;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0291624;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:21:9:4:16:21:9:4:16 chr5 66459878 . G C 499.62 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3026;QD=58.7786;RBI=0.0350883;REFB=0;REVB=0.023726;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93996e-05;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:10:24:0:0 chr5 66478729 . A G 477.71 PASS AF=0.736842;AO=41;DP=56;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0102166;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.045;QD=33.5232;RBI=0.0220914;REFB=-0.0114851;REVB=0.019587;RO=15;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165652;STB=0.584678;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00422725;OID=.;OPOS=66478729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:15:15:41:42:0.736842:22:19:12:3:22:20:12:3 chr5 66480004 . T C 574.32 PASS AF=0.953488;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0495644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4313;QD=53.4254;RBI=0.0975302;REFB=-0.0395707;REVB=0.0839971;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524988;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0144325;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:43:0:2:38:41:0.953488:22:16:0:0:22:19:2:0 chr5 66480374 . G C 539.68 PASS AF=0.766667;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0048118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9589;QD=35.9784;RBI=0.035753;REFB=-0.0202508;REVB=-0.0354277;RO=14;SAF=25;SAR=21;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751909;STB=0.540424;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0139852;OID=.;OPOS=66480374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:14:14:46:46:0.766667:21:25:10:4:21:25:10:4 chr5 67494070 . A T 75.5 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0206873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5713;QD=5.20706;RBI=0.0355332;REFB=-0.00763289;REVB=0.0288903;RO=46;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107672;STB=0.568853;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0497842;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:6:6:19:27:6:6:19:27 chr5 67522722 . C T 136.13 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0107719;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.459;QD=6.89253;RBI=0.0117;REFB=0.00757342;REVB=-0.0045669;RO=59;SAF=8;SAR=12;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253191;STB=0.653317;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0278097;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:59:59:20:20:0.253165:12:8:36:23:12:8:36:23 chr5 68266553 . A T 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0283572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.358;QD=4.28852;RBI=0.0288701;REFB=-0.0115884;REVB=0.00541726;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367919;STB=0.724004;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0706998;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:30:32:7:7:0.179487:5:2:18:12:5:2:18:14 chr5 68417643 . C T 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00264311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.815;QD=9.82998;RBI=0.00540132;REFB=-0.00146107;REVB=-0.00471045;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144444;STB=0.5713;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0031981;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:24:26:12:12:0.315789:10:2:6:18:10:2:6:20 chr5 68524133 . A G 345.92 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0206501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.757;QD=38.4356;RBI=0.0226972;REFB=0.000990595;REVB=-0.00941996;RO=7;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132504;STB=0.507962;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000200073;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:7:8:28:28:0.777778:13:15:4:3:13:15:4:4 chr5 68525027 . C T 58.84 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0348428;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3703;QD=5.00759;RBI=0.0440225;REFB=-0.00626944;REVB=-0.0269065;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314278;STB=0.721125;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0562859;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:7:2:17:20:7:2:18:20 chr5 68531253 . C T 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00642037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.041;QD=7.74695;RBI=0.0133876;REFB=-0.00144866;REVB=-0.0117476;RO=62;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156394;STB=0.593828;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00362206;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:10:13:27:35:10:13:27:35 chr5 68546706 . A G 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0165736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.703;QD=5.25876;RBI=0.0224387;REFB=-0.0013579;REVB=-0.0151265;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534329;STB=0.839347;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0083448;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:7:2:25:11:7:2:25:11 chr5 68609885 . G T 70.7 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0202155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.301;QD=7.25174;RBI=0.0424181;REFB=-0.0124008;REVB=-0.0372912;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842904;STB=0.538385;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0325418;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:28:29:10:10:0.25641:5:5:16:12:5:5:16:13 chr5 68688608 . T C 59.21 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.104113;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.046;QD=6.57911;RBI=0.105592;REFB=0.00605345;REVB=0.0176114;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136707;STB=0.666223;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0293831;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:37:36:23:27:8:8:0.222222:6:2:8:15:6:2:12:15 chr5 68695940 . T G 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00545726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8456;QD=8.89838;RBI=0.0174739;REFB=-0.01129;REVB=0.0165999;RO=48;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849899;STB=0.505046;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0199459;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:15:6:14:34:15:6:14:34 chr5 68720419 . T G 221.18 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00550111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.127;QD=32.7672;RBI=0.0171662;REFB=-0.0137574;REVB=0.0162609;RO=5;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184848;STB=0.505612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00310251;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:5:7:20:20:0.740741:9:11:3:2:9:11:4:3 chr5 68775065 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.161;QD=43.486;RBI=0.0104675;REFB=0;REVB=0.00131305;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44836e-05;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr5 70308251 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.836;QD=60.2307;RBI=0.0133949;REFB=0;REVB=0.00560557;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80889e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr5 70751818 . T G 1851.34 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101535;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2084;QD=61.7114;RBI=0.016505;REFB=0;REVB=0.0130123;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333903;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr5 70766232 . GT G 34.01 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.082493;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.93447;QD=6.80195;RBI=0.280106;REFB=-0.0425574;REVB=0.267683;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=del;VARB=0.0563847;OID=.;OPOS=70766233;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:20:9:20:11:6:3:7:4:33:9:6:2:6:3 chr5 70800475 . C T 496.73 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0138094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.665;QD=31.0456;RBI=0.0188011;REFB=-0.0135239;REVB=-0.0127585;RO=19;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1311;STB=0.570903;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00890494;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:20:25:6:13:20:25:6:13 chr5 70800538 . G A 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00801726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.165;QD=7.20348;RBI=0.0107496;REFB=-0.0081167;REVB=-0.00716076;RO=50;SAF=3;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430636;STB=0.766716;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0117663;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:15:3:24:26:15:3:24:26 chr5 70806711 . C G 88.15 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6518;QD=39.1788;RBI=0.0593531;REFB=0;REVB=0.0482385;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213311;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr5 70806958 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0901587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.267;QD=57.6807;RBI=0.0902282;REFB=0;REVB=0.0035396;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486023;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr5 70809169 . A G 117.14 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0104332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.325;QD=6.16533;RBI=0.0176614;REFB=-0.002115;REVB=0.0142505;RO=57;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739121;STB=0.550843;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0118948;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:58:18:18:0.236842:10:8:22:35:10:8:22:36 chr5 70834926 . T C 502.75 PASS AF=0.808511;AO=37;DP=46;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0292363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.712;QD=42.7871;RBI=0.0405258;REFB=-0.0523324;REVB=0.0280638;RO=9;SAF=20;SAR=17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115186;STB=0.558005;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0248827;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:47:9:9:37:38:0.808511:17:20:2:7:18:20:2:7 chr5 70837295 . A C 446.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4918;QD=57.6422;RBI=0.0310785;REFB=0;REVB=0.0211207;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437558;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr5 70840233 . C T 144.55 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0063082;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2895;QD=8.50312;RBI=0.0186411;REFB=-0.00362913;REVB=-0.0175413;RO=49;SAF=7;SAR=13;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370531;STB=0.701512;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00395647;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:49:48:20:20:0.294118:13:7:33:16:13:7:31:17 chr5 70849021 . G T 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0159197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.276;QD=3.12349;RBI=0.0267922;REFB=-0.00570285;REVB=-0.0215496;RO=48;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839933;STB=0.565062;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0237779;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:48:49:8:8:0.140351:3:5:33:15:3:5:34:15 chr5 70858194 . C T 697.78 PASS AF=0.707317;AO=57;DP=83;FAO=58;FDP=82;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.02064;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.375;QD=34.0382;RBI=0.030293;REFB=0.00567293;REVB=-0.0221733;RO=24;SAF=29;SAR=28;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180824;STB=0.512191;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00147083;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:24:24:57:58:0.707317:28:29:13:11:29:29:13:11 chr5 70932002 . G A 465.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.091;QD=58.1877;RBI=0.0365293;REFB=0;REVB=-0.0357796;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225569;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr5 70945075 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.474;QD=56.1862;RBI=0.0671485;REFB=0;REVB=0.0179991;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052358;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr5 71146741 . T G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.596;QD=40.6393;RBI=0.0172782;REFB=-0.0927738;REVB=0;RO=1;SAF=14;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190375;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:0:14:1:0:0:14:1:0 chr5 71146757 . T C 703.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.354;QD=61.2101;RBI=0.0513182;REFB=0;REVB=-0.050293;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186547;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:21:24:1:0:21:25:0:0 chr5 71146882 . T C 1867.55 PASS AF=0.968992;AO=124;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0223146;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.785;QD=57.9085;RBI=0.0228756;REFB=-0.0214876;REVB=0.00503505;RO=4;SAF=73;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542807;STB=0.502677;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000504094;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:129:4:4:124:125:0.968992:51:73:2:2:52:73:2:2 chr5 71146889 . A G 1748.93 PASS AF=0.967213;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000170745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.14;QD=57.3421;RBI=0.0236803;REFB=-0.0388166;REVB=0.0236797;RO=4;SAF=72;SAR=46;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00719199;STB=0.503789;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000448709;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:122:4:4:118:118:0.967213:46:72:2:2:46:72:2:2 chr5 71412292 . A G 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0249705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.65;QD=29.8325;RBI=0.0268096;REFB=-0.00762194;REVB=-0.00975835;RO=9;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923742;STB=0.551128;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00274578;OID=.;OPOS=71412292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:14:6:4:5:14:6:4:5 chr5 71490962 . A G 388.32 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.938;QD=51.7767;RBI=0.0649293;REFB=-0.0848202;REVB=0.0624718;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00279652;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:15:13:0:1:16:13:0:1 chr5 71494375 . C A 257.58 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0824434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.304;QD=30.303;RBI=0.125156;REFB=-0.0557504;REVB=0.0941651;RO=8;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170144;STB=0.58024;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0307022;OID=.;OPOS=71494375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:8:11:23:23:0.676471:9:14:2:6:9:14:4:7 chr5 71495041 . T C 583.39 PASS AF=0.689189;AO=42;DP=75;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0342152;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5884;QD=31.5345;RBI=0.0407173;REFB=-0.0224918;REVB=0.0220731;RO=18;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166181;STB=0.54284;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00363734;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:18:23:42:51:0.689189:22:20:14:4:27:24:14:9 chr5 71739980 . C T 52.64 PASS AF=0.25;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00930279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.75;QD=6.57979;RBI=0.27744;REFB=-0.0169853;REVB=-0.277284;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123921;STB=0.642475;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0430451;OID=.;OPOS=71739980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:15:24:7:8:0.25:2:5:12:3:2:6:14:10 chr5 71756102 . G A 1508.59 PASS AF=0.692308;AO=120;DP=176;FAO=126;FDP=182;FR=.;FRO=56;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0380377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7006;QD=33.1558;RBI=0.0816321;REFB=-0.0305603;REVB=0.0722284;RO=55;SAF=60;SAR=60;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266265;STB=0.518916;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0199665;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:182:55:56:120:126:0.692308:60:60:30:25:64:62:31:25 chr5 71756670 . C T 260.34 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=28;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0046455;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.521;QD=38.5693;RBI=0.00598807;REFB=-0.0274901;REVB=0.0037784;RO=5;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435648;STB=0.527002;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00900169;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:27:5:5:21:22:0.814815:10:11:2:3:10:12:2:3 chr5 72144209 . C T 538.99 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0061659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.782;QD=29.9441;RBI=0.00980371;REFB=-0.0199185;REVB=-0.00762197;RO=24;SAF=16;SAR=32;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129831;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:48:48:0.666667:32:16:8:16:32:16:8:16 chr5 72174432 . C G 950.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5265;QD=58.4933;RBI=0.0474545;REFB=0;REVB=0.00588972;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036552;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:43:21:0:0:44:21:0:0 chr5 72184098 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.509;QD=56.0115;RBI=0.0298444;REFB=0.00724579;REVB=0.00480082;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000869211;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr5 72207699 . T C 112.86 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00881522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.479;QD=5.3741;RBI=0.0137412;REFB=-0.0107721;REVB=0.010541;RO=65;SAF=11;SAR=7;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277257;STB=0.66606;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0340943;OID=.;OPOS=72207699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:66:18:18:0.214286:7:11:25:40:7:11:26:40 chr5 72347223 . A G 698.44 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9972;QD=54.7797;RBI=0.020099;REFB=-0.111872;REVB=8.43662e-05;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000938221;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:1:0:26:24:1:0 chr5 72351905 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0141341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.151;QD=16.8991;RBI=0.0234757;REFB=0.00388687;REVB=-0.0187439;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124286;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00311516;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:6:2:4:6:6:3 chr5 72385914 . A G 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3844;QD=59.0373;RBI=0.0787222;REFB=-0.0035592;REVB=0.0776316;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000469297;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:0:1 chr5 72419410 . A G 690.09 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00641359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.636;QD=54.1243;RBI=0.0381958;REFB=-0.108937;REVB=0.0376535;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00119276;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:48:50:0.980392:27:21:0:0:28:22:1:0 chr5 72419456 . C G 246.25 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.021704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8568;QD=24.6248;RBI=0.0395372;REFB=0.0149988;REVB=-0.0330473;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107644;STB=0.559947;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0122902;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:9:8:14:9:9:8 chr5 72419617 . C A 468.31 PASS AF=0.671875;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0270697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.383;QD=29.2695;RBI=0.028851;REFB=-0.014649;REVB=0.00998054;RO=21;SAF=8;SAR=34;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886209;STB=0.550537;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00679892;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:21:42:43:0.671875:34:8:6:15:35:8:6:15 chr5 72742882 . T C 35.31 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0724676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.358;QD=2.35392;RBI=0.073742;REFB=-0.00263485;REVB=-0.0136503;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187009;STB=0.619385;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0249465;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:60:51:53:7:7:0.116667:3:4:21:30:3:4:23:30 chr5 72795160 . AATCTC A 368.83 PASS AF=0.683333;AO=39;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0163843;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=271.61;QD=24.5884;RBI=0.0166609;REFB=-0.0227287;REVB=0.00302356;RO=18;SAF=18;SAR=21;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224365;STB=0.512189;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.0105822;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.683333:39:60:41:60:19:20:21:10:9:99:18:18:21:9:9 chr5 72795176 . G A 421.41 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0197371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.105;QD=29.063;RBI=0.0197501;REFB=-0.026472;REVB=0.000716088;RO=18;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248674;STB=0.504422;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00697206;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:19:39:39:0.672414:19:20:10:8:19:20:10:9 chr5 72798845 . A G 232.16 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00897772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.239;QD=25.7958;RBI=0.0118461;REFB=-0.0647279;REVB=-0.00772862;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514693;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0598278;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:12:14:21:22:0.611111:7:14:8:4:7:15:10:4 chr5 72868447 . T C 259.21 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0346489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7911;QD=24.1126;RBI=0.0347702;REFB=0.00600352;REVB=-0.00290141;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954796;STB=0.553147;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00944534;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:11:8:13:11:11:8 chr5 73471334 . G C 243.29 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.033332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0991;QD=8.24726;RBI=0.0337868;REFB=-0.0010824;REVB=-0.00552523;RO=84;SAF=17;SAR=17;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057413;STB=0.533878;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00252141;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:17:17:46:38:17:17:46:38 chr5 73613858 . A G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00306083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.497;QD=26.3724;RBI=0.0184373;REFB=-0.0299787;REVB=0.0181815;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147433;STB=0.596408;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0213508;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:16:8:8:7:16:8:9:7 chr5 73613972 . G C 977.18 PASS AF=0.782178;AO=79;DP=101;FAO=79;FDP=101;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0194844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.941;QD=38.7001;RBI=0.0383839;REFB=-0.0126376;REVB=0.0330709;RO=22;SAF=28;SAR=51;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120716;STB=0.564559;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00593982;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:22:22:79:79:0.782178:51:28:14:8:51:28:14:8 chr5 73930751 . C T 211.07 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0340015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7012;QD=12.236;RBI=0.0350045;REFB=-0.0141792;REVB=-0.0083198;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125853;STB=0.507241;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0170549;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:13:13:21:22:13:13:21:22 chr5 73931246 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.281;QD=51.1827;RBI=0.027469;REFB=0;REVB=-0.0248063;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92266e-05;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr5 73932315 . T C 167.81 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.00760787;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.226;QD=8.2867;RBI=0.0190418;REFB=-0.0004793;REVB=-0.0174559;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360184;STB=0.709456;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00141813;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:11:12:13:45:11:12:13:45 chr5 73981270 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.918;QD=43.4839;RBI=0.0892331;REFB=0;REVB=0.0326417;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037336;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr5 73985215 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00727656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.503;QD=5.39763;RBI=0.0185669;REFB=-0.00498926;REVB=0.0170816;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153284;STB=0.599782;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0194099;OID=.;OPOS=73985215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:5:4:20:15:5:4:20:15 chr5 74323529 . G C 445.76 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0275064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0494;QD=36.3886;RBI=0.0462138;REFB=-0.0146317;REVB=0.0371364;RO=14;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151627;STB=0.508231;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0098375;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:16:19:8:6:16:19:8:6 chr5 74324548 . G A 526.44 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000884447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.858;QD=30.0823;RBI=0.00233151;REFB=-0.00787082;REVB=-0.00215724;RO=23;SAF=28;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125134;STB=0.567887;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00237203;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:23:47:47:0.671429:19:28:9:14:19:28:9:14 chr5 74400151 . A C 462.05 PASS AF=0.85;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0106173;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.652;QD=46.2054;RBI=0.011311;REFB=-0.0164683;REVB=0.00390012;RO=6;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226601;STB=0.512188;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0020986;OID=.;OPOS=74400151;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:40:6:6:34:34:0.85:20:14:2:4:20:14:2:4 chr5 74400386 . G C 110.99 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0438455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.308;QD=7.52462;RBI=0.0534072;REFB=-0.00575518;REVB=-0.0304943;RO=41;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162676;STB=0.601235;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0159186;OID=.;OPOS=74400386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:43:15:16:0.271186:5:10:22:19:5:11:24:19 chr5 74400400 . T C 366.31 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0114362;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9455;QD=28.1778;RBI=0.114611;REFB=-0.0355375;REVB=0.114039;RO=16;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938056;STB=0.55416;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0329814;OID=.;OPOS=74400400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:17:34:35:0.673077:16:18:11:5:16:19:12:5 chr5 74442410 . G A 733.94 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1319;QD=61.1615;RBI=0.0223034;REFB=0.0191795;REVB=-0.00613772;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000110301;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr5 74442920 . A G 875.09 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.371;QD=57.3829;RBI=0.0393202;REFB=0;REVB=0.0378555;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85255e-05;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:24:34:0:0:26:35:0:0 chr5 74443132 . C T 2183.39 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206451;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.68;QD=63.2867;RBI=0.0206586;REFB=0;REVB=-0.000746916;RO=0;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14615e-05;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:60:78:0:0:60:78:0:0 chr5 74491715 . TTCA T 770.35 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882773;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=294.792;QD=47.4059;RBI=0.0431023;REFB=0;REVB=0.0421886;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.69058e-05;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:62:65:65:0:27:38:0:0:14:0:25:34:0:0 chr5 74526442 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00596729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.189;QD=28.8522;RBI=0.0059698;REFB=-0.01738;REVB=0.000172923;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209506;STB=0.511537;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00904696;OID=.;OPOS=74526442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:16:11:7:9:16:11:7:9 chr5 74638646 . T C 1075.22 PASS AF=0.692308;AO=90;DP=130;FAO=90;FDP=130;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00725399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.562;QD=33.0836;RBI=0.0093888;REFB=-0.0175197;REVB=-0.00596063;RO=34;SAF=37;SAR=53;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015836;STB=0.527956;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00728788;OID=.;OPOS=74638646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:34:40:90:90:0.692308:53:37:15:19:53:37:20:20 chr5 74655111 . C T 582.87 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0044811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.172;QD=28.0902;RBI=0.00450517;REFB=-0.00692501;REVB=0.000465027;RO=31;SAF=22;SAR=30;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254172;STB=0.513817;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00417586;OID=.;OPOS=74655111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:30:22:12:19:30:22:12:19 chr5 74681773 . T C 1633.3 PASS AF=0.721311;AO=130;DP=182;FAO=132;FDP=183;FR=.;FRO=51;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00650024;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4947;QD=35.7005;RBI=0.124647;REFB=-0.0448884;REVB=0.124477;RO=50;SAF=70;SAR=60;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638998;STB=0.538315;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0204419;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:50:51:130:132:0.721311:60:70:33:17:62:70:34:17 chr5 74869661 . C A 826.57 PASS AF=0.758242;AO=53;DP=92;FAO=69;FDP=91;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0847463;FXX=0.0108684;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.7501;QD=36.3328;RBI=0.084757;REFB=-0.0369876;REVB=0.00134249;RO=15;SAF=25;SAR=28;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107216;STB=0.545644;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00892885;OID=.;OPOS=74869661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:15:22:53:69:0.758242:28:25:11:4:35:34:15:7 chr5 74872745 . C T 473.9 PASS AF=0.724138;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00369991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.998;QD=32.683;RBI=0.0121811;REFB=-0.0095547;REVB=0.0116056;RO=16;SAF=22;SAR=20;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841109;STB=0.545433;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0030779;OID=.;OPOS=74872745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:16:16:42:42:0.724138:20:22:11:5:20:22:11:5 chr5 74877266 . C T 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0388801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.247;QD=29.7788;RBI=0.0388898;REFB=-0.0586618;REVB=-0.000869069;RO=4;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729841;STB=0.540917;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0184692;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:11:2:1:3:11:2:1:3 chr5 74892352 . A G 642.82 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0818539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.187;QD=35.2232;RBI=0.0828608;REFB=-0.0122083;REVB=0.0128788;RO=18;SAF=20;SAR=34;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141661;STB=0.583735;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00220888;OID=.;OPOS=74892352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:18:19:54:54:0.739726:34:20:12:6:34:20:13:6 chr5 74921686 . G A 822.07 PASS AF=0.810127;AO=62;DP=77;FAO=64;FDP=79;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00645292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.436;QD=41.624;RBI=0.00782835;REFB=-0.0537222;REVB=-0.00443203;RO=15;SAF=27;SAR=35;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115328;STB=0.508691;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0120592;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:77:79:15:15:62:64:0.810127:35:27:7:8:37:27:7:8 chr5 74949043 . T C 576.98 PASS AF=0.694444;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0249347;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.992;QD=32.0544;RBI=0.0314897;REFB=-0.0171852;REVB=-0.0192318;RO=22;SAF=31;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441504;STB=0.523883;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00470357;OID=.;OPOS=74949043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:22:22:50:50:0.694444:19:31:12:10:19:31:12:10 chr5 74970024 . T C 605.95 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00158443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.81;QD=29.9234;RBI=0.0137231;REFB=-0.0115987;REVB=-0.0136313;RO=28;SAF=36;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170672;STB=0.592778;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00479024;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:17:36:12:16:17:36:12:16 chr5 75003678 . T C 1365.65 PASS AF=0.757143;AO=105;DP=141;FAO=106;FDP=140;FR=.;FRO=34;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00335427;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.766;QD=39.0186;RBI=0.0294175;REFB=-0.0232422;REVB=0.0292256;RO=34;SAF=48;SAR=57;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483208;STB=0.524586;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00897165;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:34:34:105:106:0.757143:57:48:12:22:58:48:12:22 chr5 75005340 . A G 1421.5 PASS AF=0.627451;AO=126;DP=203;FAO=128;FDP=204;FR=.;FRO=76;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0111127;FXX=0.0192298;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.632;QD=27.8725;RBI=0.0238417;REFB=-0.0215466;REVB=0.0210935;RO=76;SAF=73;SAR=53;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283817;STB=0.51469;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0130531;OID=.;OPOS=75005340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:76:76:126:128:0.627451:53:73:41:35:54:74:41:35 chr5 75008193 . T C 372.21 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0128424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.092;QD=31.0174;RBI=0.0251177;REFB=-0.0238686;REVB=-0.0215863;RO=16;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128322;STB=0.560177;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0100072;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:17:31:31:0.645833:13:18:6:10:13:18:7:10 chr5 75427935 . G A 568.06 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0237675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8579;QD=52.8423;RBI=0.0240621;REFB=-0.0262068;REVB=0.00375363;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.531899;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00245059;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:1:3:39:40:0.930233:21:18:0:1:22:18:0:3 chr5 75884734 . G A,T 770.78 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110419,-0.0262301;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.9583,213.414;QD=62.9208;RBI=0.0439001,0.0367872;REFB=0,0;REVB=0.0424887,-0.025793;RO=0;SAF=27,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0104845,0.182904;OID=.,.;OPOS=75884734,75884734;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:20,0:27,2:0:0:20,0:27,2:0:0 chr5 75912401 . A G 89.91 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0201756;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8295;QD=3.78566;RBI=0.0316869;REFB=-0.00400186;REVB=-0.0244336;RO=78;SAF=10;SAR=6;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465036;STB=0.558509;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0289036;OID=.;OPOS=75912401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:78:79:16:16:0.168421:6:10:46:32:6:10:44:35 chr5 75923293 . AT A,AG 1208.73 PASS AF=0.025,0.975;AO=11,68;DP=80;FAO=2,78;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=1,66;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010508,0.0363442;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.787,140.119;QD=60.4365;RBI=0.0106975,0.0363551;REFB=0,0;REVB=-0.00200471,-0.000891432;RO=0;SAF=10,56;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0769256,0.000817524;OID=.,.;OPOS=75923294,75923294;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:11,68:80:2,78:80:0:1,66:1,12:0:0:4:0:10,56:1,12:0:0 chr5 75923307 . A G 1144.34 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.607;QD=58.684;RBI=0.0208059;REFB=-0.0322897;REVB=0.0177722;RO=1;SAF=65;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722628;STB=0.521733;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=2.00723e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:11:65:1:0:11:66:0:1 chr5 75960865 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8455;QD=60.2304;RBI=0.0433199;REFB=0;REVB=0.0297802;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311724;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 76003254 . A T 93.57 PASS AF=0.209877;AO=15;DP=77;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00386564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.9438;QD=4.62095;RBI=0.0597442;REFB=-0.0332961;REVB=0.059619;RO=62;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231109;STB=0.668471;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.125494;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:77:81:62:64:15:17:0.209877:5:10:30:32:5:12:32:32 chr5 76030796 . T C 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00956881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.503;QD=3.20602;RBI=0.0118739;REFB=-0.00465411;REVB=-0.00703052;RO=43;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718183;STB=0.551576;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.025247;OID=.;OPOS=76030796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:3:4:22:21:3:4:22:21 chr5 76128521 . G A 792.87 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.111;QD=54.6807;RBI=0.06239;REFB=-0.168361;REVB=-0.0462684;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.506847;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00129908;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:55:57:0.982759:21:34:1:0:21:36:1:0 chr5 76171252 . A C 348.82 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000193514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.656;QD=51.6766;RBI=0.038199;REFB=-0.192063;REVB=0.0381985;RO=1;SAF=19;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238291;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00321046;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:1:1:26:26:0.962963:7:19:1:0:7:19:1:0 chr5 76264680 . T C 1148.78 PASS AF=0.744;AO=93;DP=125;FAO=93;FDP=125;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0163959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9102;QD=36.761;RBI=0.016653;REFB=0.00641154;REVB=-0.00291496;RO=32;SAF=38;SAR=55;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116486;STB=0.500623;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00180985;OID=.;OPOS=76264680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:32:32:93:93:0.744:55:38:13:19:55:38:13:19 chr5 76343999 . T C 52.74 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00448181;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.395;QD=6.20457;RBI=0.0122453;REFB=-0.00261255;REVB=0.0113956;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593907;STB=0.538364;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00742846;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:3:5:15:11:3:5:15:11 chr5 76704849 . T C 785.67 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.812;QD=64.1363;RBI=0.047906;REFB=0;REVB=0.0402271;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018151;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:35:8:0:0:41:8:0:0 chr5 76708987 . A G 1914.89 PASS AF=0.904762;AO=129;DP=148;FAO=133;FDP=147;FR=.;FRO=14;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00678979;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.323;QD=52.106;RBI=0.010884;REFB=-0.00496839;REVB=0.00850645;RO=14;SAF=70;SAR=59;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321387;STB=0.517303;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00481836;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:148:147:14:14:129:133:0.904762:59:70:10:4:62:71:10:4 chr5 76708988 . T G 36.38 PASS AF=0.08;AO=14;DP=150;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=0.0177276;FXX=0.00662208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.3812;QD=0.970161;RBI=0.0548396;REFB=-0.0134105;REVB=0.0518952;RO=136;SAF=10;SAR=4;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231215;STB=0.629916;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0352887;OID=.;OPOS=76708988;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:150:150:136:138:14:12:0.08:4:10:71:65:4:8:73:65 chr5 76722443 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6333;QD=62.3478;RBI=0.0361535;REFB=0;REVB=-0.000696345;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481177;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr5 76722894 . A AG 141.42 PASS AF=1;AO=3;DP=19;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109422;FXX=0.315623;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.679;QD=43.514;RBI=0.13478;REFB=0;REVB=-0.0786922;RO=16;SAF=0;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00749972;OID=.;OPOS=76722895;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:19:13:13:0:4:9:0:0:3:16:0:3:10:6 chr5 76722895 . A G 192.64 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0185357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.466;QD=40.5551;RBI=0.0436179;REFB=-0.0937354;REVB=0.0394835;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114072;STB=0.562426;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00204088;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:0:2:7:10:0:2 chr5 76734084 . C T 1381.34 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.178;QD=61.3928;RBI=0.0374169;REFB=-0.14154;REVB=0.0315889;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000582479;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:45:44:1:0:45:44:1:0 chr5 76916335 . G GC 599.21 PASS AF=1;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158763;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7486;QD=46.9971;RBI=0.117506;REFB=0;REVB=0.117495;RO=4;SAF=28;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0030505;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:56:51:51:0:28:23:0:0:11:4:28:23:2:2 chr5 76926578 . T C 563.81 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.535;QD=57.8267;RBI=0.0260025;REFB=0.0423726;REVB=0.00305369;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000100328;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr5 77298617 . C CT 271.51 PASS AF=1;AO=8;DP=66;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046522;FXX=0.348432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4679;QD=25.2564;RBI=0.135694;REFB=0;REVB=0.12747;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0108871;OID=.;OPOS=77298618;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:66:43:43:0:27:16:0:0:7:56:3:5:33:23 chr5 77298619 . A C,T 927.13 PASS AF=0.0735294,0.926471;AO=8,53;DP=63;FAO=5,63;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=4,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284658,-0.0204148;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.7079,98.9474;QD=54.5373;RBI=0.0629232,0.0979215;REFB=-0.0541096,-0.0419192;REVB=0.0561162,0.0957698;RO=1;SAF=4,34;SAR=4,19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0978599,0.0241485;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0407198,-0.00947563;OID=.,.;OPOS=77298619,77298619;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:63:68:1:0:8,53:5,63:0.0735294,0.926471:4,19:4,34:0:1:4,24:1,39:0:0 chr5 77318835 . T C 399.85 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433705;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.086;QD=57.121;RBI=0.0435155;REFB=0;REVB=-0.00355031;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864833;OID=.;OPOS=77318835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr5 77409725 . A G 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0133619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.744;QD=8.28202;RBI=0.0135288;REFB=-0.00366345;REVB=-0.0021181;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17171;STB=0.590763;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0126276;OID=.;OPOS=77409725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:6:6:20:11:6:6:20:12 chr5 77425028 . A T 2344.88 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.407;QD=63.8062;RBI=0.00935473;REFB=0;REVB=0.00788969;RO=0;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2602e-06;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:144:147:1:77:67:0:0:78:69:0:0 chr5 77684726 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0430778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.17;QD=8.40182;RBI=0.0485954;REFB=-0.000884013;REVB=-0.0224904;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722468;OID=.;OPOS=77684726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:7:14:6:3:7:14 chr5 77745853 . C CA 163.86 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.71267;QD=25.2085;RBI=0.0207304;REFB=0;REVB=0.0187041;RO=7;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00436137;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:27:26:26:0:15:11:0:0:4:7:13:4:3:4 chr5 77781152 . TTACAA T,TTATAA 654.48 PASS AF=0.586957,0.0543478;AO=47,8;DP=93;FAO=54,5;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=41,2;FSAR=13,3;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0094822,-0.0357131;FXX=0.0107515;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=244.47,64.9771;QD=28.4559;RBI=0.0101825,0.0722369;REFB=-0.0196756,-0.0378495;REVB=-0.00371109,-0.0627913;RO=34;SAF=35,3;SAR=12,5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30368,-0.00945574;STB=0.658331,0.505473;STBP=0.001,0.99;TYPE=del,snp;VARB=0.0126142,0.0263079;OID=.,.;OPOS=77781153,77781155;OREF=TACAA,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957,0.0543478:47,8:93:54,5:92:33:41,2:13,3:13:20:99:34:35,3:12,5:13:21 chr5 77781390 . G A 520.18 PASS AF=0.844444;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00433598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.479;QD=46.2382;RBI=0.00578967;REFB=-0.00187905;REVB=-0.0038366;RO=7;SAF=14;SAR=23;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015714;STB=0.509995;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000601874;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:7:7:37:38:0.844444:23:14:3:4:24:14:3:4 chr5 77781785 . C CT 671.37 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664589;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.6098;QD=40.6894;RBI=0.118211;REFB=0;REVB=0.0977601;RO=6;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000652258;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:68:66:66:0:35:31:0:0:13:6:34:27:1:5 chr5 77784433 . T C 576.06 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0282185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9395;QD=22.3712;RBI=0.0471615;REFB=-0.0142426;REVB=-0.0377879;RO=46;SAF=26;SAR=31;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355186;STB=0.519456;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0145679;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:46:57:57:0.553398:31:26:19:27:31:26:19:27 chr5 77784438 . T A 596.79 PASS AF=0.574257;AO=57;DP=98;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0172325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1454;QD=23.6354;RBI=0.0363303;REFB=0.000198583;REVB=-0.0319833;RO=41;SAF=27;SAR=30;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12138;STB=0.550242;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000624536;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:41:43:57:58:0.574257:30:27:13:28:31:27:15:28 chr5 78181423 . C T 770.67 PASS AF=0.782051;AO=61;DP=79;FAO=61;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0228954;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.215;QD=39.5217;RBI=0.0233732;REFB=-0.0391182;REVB=0.00470178;RO=17;SAF=30;SAR=31;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13485;STB=0.572124;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00556453;OID=.;OPOS=78181423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:17:17:61:61:0.782051:31:30:14:3:31:30:14:3 chr5 78340257 . C G 1933.67 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.755;QD=61.8774;RBI=0.00750189;REFB=0;REVB=-0.00140328;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94168e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:122:125:1:61:61:0:0:62:63:0:0 chr5 78340286 . A G 1880.79 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132533;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.53;QD=61.6651;RBI=0.0296406;REFB=0;REVB=0.0265125;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91735e-05;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:62:60:0:0:62:60:0:0 chr5 78351636 . A C 809.63 PASS AF=1;AO=42;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0815;QD=56.8158;RBI=0.0581018;REFB=0;REVB=-0.0127361;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276341;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:42:57:1:27:15:0:0:27:30:0:0 chr5 78373431 . C T 1204.97 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109607;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.288;QD=61.7932;RBI=0.0109972;REFB=0;REVB=-0.000894777;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125022;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr5 78977839 . G A 81.93 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0507754;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3963;QD=7.99291;RBI=0.0552281;REFB=-0.0107652;REVB=-0.0217256;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654923;STB=0.540468;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0295361;OID=.;OPOS=78977839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:12:18:6:5:12:18 chr5 78981550 . G T 73.22 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0183735;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.517;QD=4.01185;RBI=0.0303438;REFB=-0.00543049;REVB=-0.0241487;RO=60;SAF=7;SAR=6;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272746;STB=0.517943;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0218289;OID=.;OPOS=78981550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:74:73:60:60:13:13:0.178082:6:7:31:29:6:7:31:29 chr5 79024779 . A G 184.6 PASS AF=0.230159;AO=29;DP=127;FAO=29;FDP=126;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0122048;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.943;QD=5.86043;RBI=0.0153415;REFB=-0.00710212;REVB=0.00929539;RO=97;SAF=10;SAR=19;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180159;STB=0.610751;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0198955;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:97:97:29:29:0.230159:19:10:47:50:19:10:47:50 chr5 79025317 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00732857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.639;QD=12.0239;RBI=0.0323799;REFB=-0.00384436;REVB=-0.0315396;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153067;STB=0.608509;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00369239;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:4:8:10:9:4:8:10:10 chr5 79027700 . T C 60.77 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0170894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2774;QD=6.94521;RBI=0.0593598;REFB=-0.0155869;REVB=-0.0568466;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387884;STB=0.533262;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0404857;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:35:25:26:9:9:0.257143:7:2:5:20:7:2:5:21 chr5 79028472 . C T 39.4 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0169354;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.933;QD=2.97321;RBI=0.0183397;REFB=0.00256665;REVB=-0.00703834;RO=45;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148859;STB=0.602103;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00956731;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:53:45:46:7:7:0.132075:2:5:27:18:2:5:28:18 chr5 79028513 . A G 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0363202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.289;QD=3.2061;RBI=0.0367723;REFB=-0.00516688;REVB=0.00574864;RO=43;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248712;STB=0.679944;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0300856;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:2:5:22:21:2:5:22:21 chr5 79029288 . C A 85.87 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0197707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.516;QD=5.20445;RBI=0.0267978;REFB=-0.00506334;REVB=-0.0180898;RO=52;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251935;STB=0.658015;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0179673;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:8:6:33:19:8:6:33:19 chr5 79029383 . T G 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00605163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.569;QD=10.851;RBI=0.0224045;REFB=-0.0071635;REVB=-0.0215717;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996291;STB=0.557774;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0149766;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:10:13:28:15:10:13:28:15 chr5 79030045 . A G 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00590238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.894;QD=3.43666;RBI=0.00980435;REFB=0.00151442;REVB=-0.00782861;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164328;STB=0.615021;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00815911;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:3:3:21:12:3:3:21:12 chr5 79031372 . G C 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.014784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.457;QD=4.50913;RBI=0.0177756;REFB=0.000435626;REVB=-0.00986951;RO=41;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272699;STB=0.710538;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00153905;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:41:42:9:9:0.176471:8:1:10:31:8:1:11:31 chr5 79033306 . A C 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0107505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.725;QD=4.63735;RBI=0.0126498;REFB=-0.00733342;REVB=0.00666664;RO=50;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185364;STB=0.622423;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0308306;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:9:3:19:31:9:3:19:31 chr5 79034662 . C G 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0154749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.707;QD=8.12764;RBI=0.0403755;REFB=-0.0131603;REVB=-0.0372922;RO=28;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634297;STB=0.890323;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0184896;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:28:29:11:11:0.275:1:10:11:17:1:10:12:17 chr5 79048562 . C T 57.64 PASS AF=0.150685;AO=9;DP=71;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0209899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.386;QD=3.15816;RBI=0.0280278;REFB=-0.0012826;REVB=-0.0185736;RO=62;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147692;STB=0.502508;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00628307;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:73:62:62:9:11:0.150685:6:3:28:34:6:5:28:34 chr5 79277817 . A C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.01829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.214;QD=7.62854;RBI=0.0200391;REFB=-0.0110358;REVB=0.00818776;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881715;STB=0.555414;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.029722;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:9:11:5:3:9:11 chr5 79351852 . A T 72.93 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00357351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.049;QD=9.11649;RBI=0.00796882;REFB=-0.0114575;REVB=-0.00712264;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280897;STB=0.672723;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0928672;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:20:22:10:10:0.3125:7:3:11:9:7:3:12:10 chr5 79372747 . C T 102.48 PASS AF=0.16129;AO=20;DP=124;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00815952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.394;QD=3.30571;RBI=0.00871738;REFB=-0.00355942;REVB=0.00306839;RO=104;SAF=6;SAR=14;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269966;STB=0.679094;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0140849;OID=.;OPOS=79372747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:104:104:20:20:0.16129:14:6:53:51:14:6:53:51 chr5 79616083 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.803;QD=60.6101;RBI=0.0457762;REFB=0;REVB=-0.0155048;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3927e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr5 79617357 . T C 317.54 PASS AF=0.675;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00518569;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.499;QD=31.7544;RBI=0.0280772;REFB=-0.00709611;REVB=0.0275942;RO=13;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534523;STB=0.533452;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00689418;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:13:26:27:0.675:18:8:5:8:19:8:5:8 chr5 79733079 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.713;QD=33.4266;RBI=0.11694;REFB=0;REVB=0.0144851;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00397933;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 79734297 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.186;QD=42.1826;RBI=0.0733091;REFB=0;REVB=0.0189914;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260053;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 79734409 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.211;QD=37.4885;RBI=0.0801676;REFB=0;REVB=0.0800667;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135721;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr5 79735858 . A G 1488.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.396;QD=62.6701;RBI=0.0513933;REFB=0;REVB=-0.00525147;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461521;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:52:40:0:0:53:42:0:0 chr5 79745469 . A G 1086.85 PASS AF=0.961538;AO=73;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000139188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0005;QD=55.7358;RBI=0.00342022;REFB=-0.183026;REVB=-0.00341739;RO=3;SAF=34;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399204;STB=0.507185;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00675568;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:73:75:0.961538:39:34:3:0:39:36:2:1 chr5 79815658 . T C 476.79 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0127182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.366;QD=19.4607;RBI=0.0332903;REFB=-0.0137829;REVB=0.0307651;RO=49;SAF=31;SAR=16;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287495;STB=0.668609;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0130816;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:51:47:47:0.479592:16:31:17:32:16:31:17:34 chr5 79855372 . A G 468.25 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854741;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.965;QD=58.5314;RBI=0.0404814;REFB=0;REVB=-0.0395687;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020493;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr5 80149981 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.508;QD=59.4312;RBI=0.0237009;REFB=0;REVB=-0.00639748;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4416e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:15:19:0:1:16:19:0:0 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT 1153.46 PASS AF=0.877193,0.122807;AO=101,12;DP=298;FAO=250,35;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=128,34;FSAR=122,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634351,-0.0790047;FXX=0.0468212;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=5.41561,143.875;QD=16.189;RBI=0.552749,0.0839474;REFB=0,0;REVB=0.549097,0.0283802;RO=82;SAF=54,12;SAR=47,0;SRF=19;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246638,0.781608;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0347904,0.140012;OID=.,.;OPOS=80756849,80756855;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.877193,0.122807:101,12:298:250,35:285:0:128,34:122,1:0:0:99:82:54,12:47,0:19:63 chr5 81354389 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.762;QD=62.9799;RBI=0.0246617;REFB=0;REVB=0.0245243;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46238e-05;OID=.;OPOS=81354389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr5 81549216 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0192093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.463;QD=11.5961;RBI=0.0298114;REFB=-0.00858505;REVB=-0.0227974;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738629;STB=0.553108;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.031394;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:9:3:4:16:9:3:4:17 chr5 81549240 . C A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0171415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.856;QD=6.01599;RBI=0.0179959;REFB=-0.00444931;REVB=-0.00547911;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157592;STB=0.510175;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139853;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:6:1:3:19:6:1:3:19 chr5 81572150 . G T 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0158229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.311;QD=2.21931;RBI=0.0165909;REFB=-0.00199195;REVB=-0.00498946;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182389;STB=0.648245;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0142979;OID=.;OPOS=81572150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:53:55:7:7:0.112903:4:3:31:22:4:3:33:22 chr5 81572184 . G C 98.31 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0106858;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5448;QD=6.34252;RBI=0.0108994;REFB=0.00489725;REVB=-0.00214718;RO=47;SAF=8;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131082;STB=0.580682;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0131801;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:63:62:47:47:15:15:0.241935:7:8:30:17:7:8:30:17 chr5 81574182 . C T 865.14 PASS AF=0.825;AO=66;DP=80;FAO=66;FDP=80;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0768538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0481;QD=43.2569;RBI=0.0791388;REFB=-0.0344053;REVB=0.0188798;RO=13;SAF=20;SAR=46;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294076;STB=0.511108;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00958956;OID=.;OPOS=81574182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:13:14:66:66:0.825:46:20:5:8:46:20:5:9 chr5 82786194 . T C 857.39 PASS AF=0.770115;AO=67;DP=87;FAO=67;FDP=87;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0089324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.033;QD=39.4204;RBI=0.0215115;REFB=-0.0361033;REVB=0.0195693;RO=20;SAF=31;SAR=36;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122864;STB=0.565747;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00889875;OID=.;OPOS=82786194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:20:20:67:67:0.770115:36:31:15:5:36:31:15:5 chr5 82789647 . A G 970.91 PASS AF=0.694215;AO=71;DP=121;FAO=84;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0101878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.369;QD=32.0963;RBI=0.0338558;REFB=-0.0229002;REVB=0.0322866;RO=36;SAF=48;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642417;STB=0.507461;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0104104;OID=.;OPOS=82789647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:36:36:71:84:0.694215:23:48:21:15:33:51:21:15 chr5 82808072 . C T 178.99 PASS AF=0.25;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0118183;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2804;QD=6.62936;RBI=0.0976705;REFB=0.00678878;REVB=0.0969528;RO=80;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177335;STB=0.601155;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0145468;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:80:81:27:27:0.25:13:14:30:50:13:14:31:50 chr5 82833145 . G A 415.48 PASS AF=1;AO=20;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.259;QD=57.3075;RBI=0.218961;REFB=0;REVB=0.01063;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107985;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:20:29:1:18:2:0:0:18:11:0:0 chr5 82833369 . A G 381.5 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00518603;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.626;QD=34.6813;RBI=0.0130146;REFB=-0.0395575;REVB=-0.0119367;RO=13;SAF=18;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147957;STB=0.580593;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0125729;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:13:18:4:9:13:18:4:9 chr5 82834299 . G A 650.36 PASS AF=0.705128;AO=55;DP=78;FAO=55;FDP=78;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0129767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.532;QD=33.3519;RBI=0.0249438;REFB=-0.0259025;REVB=0.0213026;RO=22;SAF=27;SAR=28;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192849;STB=0.50373;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0112247;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:22:23:55:55:0.705128:28:27:10:12:28:27:11:12 chr5 82834630 . T C 219.23 PASS AF=0.6;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0497297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.778;QD=25.0551;RBI=0.0518682;REFB=-0.0140192;REVB=-0.0147396;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31227;STB=0.677791;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0246974;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:20:21:0.6:6:14:4:10:6:15:4:10 chr5 82835545 . A G 472.5 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0070785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.849;QD=29.5315;RBI=0.0164344;REFB=-0.00885586;REVB=0.0148319;RO=20;SAF=29;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254927;STB=0.631793;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00500706;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:21:43:43:0.671875:14:29:5:15:14:29:6:15 chr5 82835724 . T A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00638595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.018;QD=23.0939;RBI=0.00647306;REFB=0.000914563;REVB=0.00105834;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143851;STB=0.580552;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000653092;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:8:4:9:8:8:4 chr5 82837631 . G T 291.85 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0408093;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3058;QD=32.4277;RBI=0.0739242;REFB=0.00323062;REVB=0.0616392;RO=11;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821222;STB=0.504501;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00281338;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:11:11:25:25:0.694444:14:11:5:6:14:11:5:6 chr5 82875800 . C T 1566.92 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.42;QD=63.9559;RBI=0.0516914;REFB=0;REVB=-0.0195522;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134303;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr5 82940273 . C G 1082.8 PASS AF=0.680851;AO=79;DP=137;FAO=96;FDP=141;FR=.;FRO=45;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.032828;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.7823;QD=30.7179;RBI=0.0578595;REFB=-0.149674;REVB=0.047645;RO=31;SAF=41;SAR=38;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522752;STB=0.513958;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.041182;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:31:45:79:96:0.680851:38:41:13:18:49:47:24:21 chr5 85582712 . T C 78.96 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0328788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.947;QD=4.04916;RBI=0.0465661;REFB=-0.00431932;REVB=0.0329756;RO=64;SAF=12;SAR=2;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580048;STB=0.874495;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0154821;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:2:12:24:40:2:12:24:40 chr5 85583507 . T G 55.65 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0472858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4857;QD=10.6001;RBI=0.115295;REFB=-0.0104987;REVB=-0.105152;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196049;STB=0.621869;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0304803;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:3:10:7:1:3:10 chr5 85583651 . C T 351.09 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00186695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.988;QD=34.2526;RBI=0.0147848;REFB=-0.0220624;REVB=-0.0146665;RO=12;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152172;STB=0.582411;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00820266;OID=.;OPOS=85583651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:20:9:1:11:20:9:1:11 chr5 85586831 . C T 235.07 PASS AF=0.261538;AO=33;DP=129;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.0280257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.021;QD=7.23283;RBI=0.0288905;REFB=-0.00492557;REVB=0.00701591;RO=96;SAF=16;SAR=17;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147689;STB=0.576879;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0180783;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:96:96:33:34:0.261538:17:16:58:38:17:17:58:38 chr5 86513973 . C CG 1287.91 PASS AF=1;AO=13;DP=107;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126749;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.488;QD=50.016;RBI=0.12895;REFB=0;REVB=-0.0237218;RO=93;SAF=11;SAR=2;SRF=23;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000439047;OID=.;OPOS=86513974;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:107:103:103:0:33:70:0:0:8:93:11:2:23:70 chr5 86513974 . A G 1193.41 PASS AF=0.873786;AO=89;DP=102;FAO=90;FDP=103;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=68;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0846732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5735;QD=46.346;RBI=0.0914806;REFB=-0.0397202;REVB=-0.0346285;RO=13;SAF=21;SAR=68;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181711;STB=0.593001;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00280672;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:103:13:13:89:90:0.873786:68:21:11:2:68:22:11:2 chr5 86513975 . A C 47.02 PASS AF=0.13;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=64;FWDB=-0.0583473;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6043;QD=1.88095;RBI=0.0702567;REFB=-0.0161846;REVB=-0.0391356;RO=88;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647013;STB=0.870834;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.191033;OID=.;OPOS=86513975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:100:88:87:13:13:0.13:2:11:22:66:3:10:23:64 chr5 87497977 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.168;QD=59.8386;RBI=0.0140642;REFB=0;REVB=-0.0139897;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52654e-05;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 87498849 . G A 1947.47 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.832;QD=61.3376;RBI=0.0398192;REFB=0;REVB=0.0196078;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62753e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:127:0:0:119:127:1:66:53:0:0:71:56:0:0 chr5 87968864 . A G 4626.46 PASS AF=1;AO=296;DP=300;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176204;FXX=0.0066443;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.432;QD=61.8924;RBI=0.0297807;REFB=0.00367698;REVB=0.0240086;RO=2;SAF=161;SAR=135;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00701236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02844e-06;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:300:299:2:0:296:299:1:135:161:0:2:135:164:0:0 chr5 89769728 . T C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0119;QD=52.6045;RBI=0.0334247;REFB=0;REVB=0.00380217;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419019;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr5 89808944 . A G 83.8 PASS AF=0.194444;AO=22;DP=108;FAO=21;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=73;FWDB=-0.0423276;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.2532;QD=3.10375;RBI=0.0644637;REFB=-0.0353807;REVB=0.0486204;RO=63;SAF=2;SAR=20;SRF=6;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015718;STB=0.607557;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.144844;OID=.;OPOS=89808944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:108:108:63:86:22:21:0.194444:20:2:6:57:19:2:13:73 chr5 89943433 . A G 191.19 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.00769721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4321;QD=7.72484;RBI=0.0404628;REFB=-0.00586907;REVB=-0.0397239;RO=69;SAF=6;SAR=20;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212027;STB=0.624896;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0165254;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:69:73:26:26:0.262626:20:6:26:43:20:6:27:46 chr5 89943571 . G T 501.83 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.263;QD=59.0385;RBI=0.0582371;REFB=0;REVB=-0.00587521;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214341;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:24:10:0:0 chr5 89979589 . G A 1124.38 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00976736;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4636;QD=59.1778;RBI=0.0258888;REFB=-0.124893;REVB=-0.0239756;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00129441;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:40:35:0:1:40:35:0:1 chr5 89979691 . A G 47.26 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0614612;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.985;QD=3.56716;RBI=0.063029;REFB=-0.00764304;REVB=-0.0139706;RO=32;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608085;STB=0.861128;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0503077;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:32:45:8:8:0.150943:1:7:11:21:1:7:21:24 chr5 89979698 . C T 555.39 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0418337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9142;QD=38.3029;RBI=0.044249;REFB=-0.0471568;REVB=0.0144193;RO=11;SAF=19;SAR=28;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178438;STB=0.595704;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0286031;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:58:11:11:47:47:0.810345:28:19:10:1:28:19:10:1 chr5 89979750 . G T 66.44 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00651837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.34;QD=3.79637;RBI=0.00741799;REFB=-0.00549966;REVB=-0.00354083;RO=57;SAF=9;SAR=3;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454172;STB=0.799543;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0251188;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:57:58:12:12:0.171429:3:9:21:36:3:9:21:37 chr5 89985882 . A G 502.73 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.023545;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.388;QD=27.547;RBI=0.0236087;REFB=-0.0208481;REVB=-0.00173267;RO=26;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125295;STB=0.562016;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0119271;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:26:27:46:46:0.630137:28:18:15:11:28:18:15:12 chr5 89988504 . A G 1077.97 PASS AF=0.752137;AO=88;DP=117;FAO=88;FDP=117;FR=.;FRO=29;FSAF=68;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0101919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8162;QD=36.8536;RBI=0.0128237;REFB=-0.0180581;REVB=0.00778279;RO=29;SAF=68;SAR=20;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370264;STB=0.51977;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00493051;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:29:29:88:88:0.752137:20:68:24:5:20:68:24:5 chr5 89989779 . G A 1546.47 PASS AF=0.734104;AO=124;DP=166;FAO=127;FDP=173;FR=.;FRO=46;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0246894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.736;QD=35.7566;RBI=0.0272921;REFB=-0.10158;REVB=-0.0116317;RO=41;SAF=72;SAR=52;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112126;STB=0.569754;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0336588;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:173:41:46:124:127:0.734104:52:72:14:27:55:72:14:32 chr5 89990324 . A G 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349638;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4215;QD=57.2413;RBI=0.0524213;REFB=0;REVB=0.0390581;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34583e-05;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr5 90001368 . T G 55.94 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00274597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.849;QD=4.22214;RBI=0.0124955;REFB=0.000153624;REVB=0.0121901;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124898;STB=0.508456;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000904557;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:20:24:5:4:20:24 chr5 90020923 . T G 785.17 PASS AF=0.724138;AO=62;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0199922;FXX=0.0543419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.394;QD=36.0999;RBI=0.0299317;REFB=-0.0132185;REVB=0.022276;RO=22;SAF=30;SAR=32;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300178;STB=0.513677;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00460901;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:22:24:62:63:0.724138:32:30:12:10:32:31:13:11 chr5 90024735 . G A 1613.01 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.136;QD=59.7412;RBI=0.0164464;REFB=0;REVB=-0.00349062;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61532e-06;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:108:0:0:102:108:1:64:38:0:0:68:40:0:0 chr5 90052289 . G A 423.99 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0459197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3224;QD=29.7538;RBI=0.0784432;REFB=0.00681344;REVB=-0.0635982;RO=18;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165378;STB=0.589767;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00765121;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:22:17:13:5:22:17:13:5 chr5 90052372 . C T 538.21 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0130037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.021;QD=32.6185;RBI=0.0157161;REFB=-0.0237705;REVB=-0.00882604;RO=19;SAF=15;SAR=32;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091137;STB=0.549335;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00919842;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:47:47:0.712121:32:15:9:10:32:15:9:10 chr5 90107107 . GA G,GG 1260.07 PASS AF=0.0481928,0.951807;AO=10,73;DP=83;FAO=4,79;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=4,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734868,0.0683507;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.279,263.596;QD=60.7261;RBI=0.086319,0.075188;REFB=0,0;REVB=0.0452842,0.0313277;RO=0;SAF=6,23;SAR=4,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.51353e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0255869,0.00113115;OID=.,.;OPOS=90107108,90107108;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0481928,0.951807:10,73:83:4,79:83:0:0,29:4,50:0:0:8:0:6,23:4,50:0:0 chr5 90119324 . G A 770.88 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.648;QD=55.0631;RBI=0.0200058;REFB=-0.14814;REVB=-0.00470043;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000187579;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:0:1:27:28:0:1 chr5 90151589 . G A 586.98 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00712666;FXX=0.0277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.066;QD=22.3612;RBI=0.0250773;REFB=-0.0102642;REVB=-0.0240434;RO=47;SAF=28;SAR=30;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401295;STB=0.521989;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00781061;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:47:47:58:58:0.552381:30:28:25:22:30:28:25:22 chr5 90449154 . G A 526.82 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0255825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.449;QD=27.3674;RBI=0.0258407;REFB=-0.0253682;REVB=0.00364431;RO=28;SAF=25;SAR=23;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110501;STB=0.553135;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0137305;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:29:48:48:0.623377:23:25:10:18:23:25:11:18 chr5 90666514 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC,TCTTTTTT 65.57 PASS AF=0.205882,0.102941,0.0147059;AO=21,7,3;DP=70;FAO=14,7,1;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=5,7,1;FSAR=9,0,0;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00659605,0.0440609,-0.0224051;FXX=0.0285673;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.26015,20.4153,20.5571;QD=3.85709;RBI=0.0168413,0.0768062,0.0225026;REFB=-0.157226,-0.0969612,-0.0667577;REVB=0.0154959,0.0629112,0.00209232;RO=33;SAF=8,7,2;SAR=13,0,1;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0805773,0.709248,0.213238;STB=0.579092,0.998493,0.990799;STBP=0.522,0.005,0.265;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.13345,0.077665,0.0138911;OID=.,.,.;OPOS=90666515,90666521,90666514;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC,TCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:70:68:33:46:21,7,3:14,7,1:0.205882,0.102941,0.0147059:13,0,1:8,7,2:15:18:9,0,0:5,7,1:21:25 chr5 90666524 . C T 31.91 PASS AF=0.106667;AO=9;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0202711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.056;QD=1.70184;RBI=0.0208675;REFB=0.000175502;REVB=-0.00495323;RO=61;SAF=7;SAR=2;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415857;STB=0.882567;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.013639;OID=.;OPOS=90666524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:75:75:61:67:9:8:0.106667:2:7:26:35:1:7:29:38 chr5 93722036 . G A 807.11 PASS AF=0.722222;AO=65;DP=90;FAO=65;FDP=90;FR=.;FRO=25;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.017438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6716;QD=35.8715;RBI=0.0185875;REFB=-0.0339518;REVB=0.00643536;RO=24;SAF=38;SAR=27;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000662281;STB=0.50702;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0093049;OID=.;OPOS=93722036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:24:25:65:65:0.722222:27:38:14:10:27:38:14:11 chr5 93731985 . A G 1770.27 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.338;QD=60.009;RBI=0.035173;REFB=-0.197917;REVB=0.0207241;RO=1;SAF=66;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714168;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00105596;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:50:66:1:0:51:66:1:0 chr5 93752765 . T C 330.38 PASS AF=0.866667;AO=22;DP=29;FAO=26;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.10055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4559;QD=44.0503;RBI=0.148479;REFB=0.00394375;REVB=0.109251;RO=4;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510463;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00431568;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:30:4:4:22:26:0.866667:11:11:2:2:15:11:2:2 chr5 93987532 . C A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00548192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.063;QD=4.77046;RBI=0.0697634;REFB=0.000699972;REVB=-0.0695477;RO=49;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072984;STB=0.547538;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00406498;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:8:4:19:30:8:4:19:30 chr5 94259653 . G C 70.54 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.031385;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.962;QD=13.437;RBI=0.0313861;REFB=0.00708139;REVB=0.000262293;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590305;STB=0.856268;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00294626;OID=.;OPOS=94259653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:8:4:8:1:8:4 chr5 94353117 . G A 206.54 PASS AF=0.194595;AO=36;DP=185;FAO=36;FDP=185;FR=.;FRO=149;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=-0.0540553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3239;QD=4.46569;RBI=0.0547977;REFB=-0.00216627;REVB=0.00898976;RO=149;SAF=17;SAR=19;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313374;STB=0.519676;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00778793;OID=.;OPOS=94353117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:149:149:36:36:0.194595:19:17:74:75:19:17:74:75 chr5 94749723 . G A 64.36 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00521282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.773;QD=3.47868;RBI=0.0061245;REFB=0.000501137;REVB=-0.00321496;RO=62;SAF=6;SAR=6;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200606;STB=0.513491;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00198854;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:6:6:32:30:6:6:32:30 chr5 94759802 . G A 696.98 PASS AF=0.77027;AO=56;DP=73;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0121393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.804;QD=37.6744;RBI=0.0484922;REFB=-0.0167355;REVB=-0.0469481;RO=17;SAF=18;SAR=38;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125968;STB=0.563084;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0058488;OID=.;OPOS=94759802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:17:17:56:57:0.77027:38:18:10:7:38:19:10:7 chr5 94772540 . C T 790.92 PASS AF=0.967213;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.11051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0906;QD=51.8636;RBI=0.111019;REFB=0.00562782;REVB=-0.0106227;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.513884;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000390966;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:61:1:2:55:59:0.967213:35:20:0:1:35:24:0:2 chr5 95067845 . TTC T,TT 111.74 PASS AF=0.666667,0.0416667;AO=3,3;DP=19;FAO=16,1;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5,1;FSAR=11,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0292331,-0.237849;FXX=0.039984;HRUN=8,5;LEN=2,1;MLLD=14.5141,9.98396;QD=18.6225;RBI=0.252777,0.332289;REFB=-0.0607903,-0.208649;REVB=0.25108,0.232044;RO=3;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.352427;STB=0.56284,0.994993;STBP=0.483,0.123;TYPE=del,del;VARB=0.0696774,0.0938789;OID=.,.;OPOS=95067846,95067847;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.0416667:3,3:19:16,1:24:7:5,1:11,0:1:6:25:3:0,1:3,2:0:3 chr5 95084131 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.538;QD=59.8553;RBI=0.0195206;REFB=0;REVB=-0.00271932;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26084e-05;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr5 95091194 . C T 1061.69 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.562;QD=59.8137;RBI=0.020687;REFB=0;REVB=0.0167631;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36584e-06;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr5 95091201 . A G 954.18 PASS AF=0.957143;AO=53;DP=68;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.01478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.182;QD=54.5247;RBI=0.0147963;REFB=0.0170746;REVB=-0.000695447;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.521733;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00426041;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:70:0:3:53:67:0.957143:20:33:0:0:33:34:0:3 chr5 95152313 . A G 509.35 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564208;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.748;QD=56.5945;RBI=0.0599041;REFB=0.0311182;REVB=0.0201294;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000863266;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:12:22:0:1:12:23:0:1 chr5 95194571 . T C 150.93 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0282463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1947;QD=5.64221;RBI=0.0870018;REFB=0.000596692;REVB=-0.0822889;RO=82;SAF=11;SAR=13;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188652;STB=0.619428;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00440001;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:82:83:24:24:0.224299:13:11:50:32:13:11:51:32 chr5 95194686 . C T 726.97 PASS AF=0.66;AO=65;DP=102;FAO=66;FDP=100;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0129175;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.177;QD=29.0789;RBI=0.0212806;REFB=-0.0492111;REVB=0.0169116;RO=34;SAF=38;SAR=27;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358361;STB=0.521449;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.020845;OID=.;OPOS=95194686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:34:34:65:66:0.66:27:38:18:16:27:39:18:16 chr5 95222277 . C T 143.53 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0115153;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.455;QD=11.4821;RBI=0.0525464;REFB=-0.0116162;REVB=-0.0512692;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204578;STB=0.509423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0256297;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:33:17:17:0.34:9:8:15:17:9:8:16:17 chr5 95733112 . A G 51.18 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00831643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2362;QD=2.92439;RBI=0.0269776;REFB=-0.000256352;REVB=0.0256638;RO=59;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25161;STB=0.689235;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00138368;OID=.;OPOS=95733112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:59:60:10:10:0.142857:8:2:22:37:8:2:23:37 chr5 95757592 . G A 510.08 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0274424;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.415;QD=27.9493;RBI=0.0314754;REFB=-0.0409038;REVB=-0.0154148;RO=26;SAF=19;SAR=27;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462004;STB=0.516361;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0241783;OID=.;OPOS=95757592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:26:27:46:46:0.630137:27:19:9:17:27:19:10:17 chr5 95865526 . G A 430.35 PASS AF=0.939394;AO=32;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.127525;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9116;QD=52.1634;RBI=0.127775;REFB=-0.0630202;REVB=-0.0079924;RO=2;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.52082;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0381366;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:2:2:32:31:0.939394:24:8:0:2:23:8:0:2 chr5 96031569 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0177958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.468;QD=6.78761;RBI=0.0190209;REFB=-0.00665241;REVB=-0.00671592;RO=23;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3143;STB=0.708233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0303819;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:1:7:16:7:1:7:16:7 chr5 96076487 . G A 102.07 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0228558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4505;QD=5.9171;RBI=0.0228563;REFB=0.00440082;REVB=0.000155093;RO=53;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242407;STB=0.65446;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0122096;OID=.;OPOS=96076487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:13:3:18:35:13:3:18:35 chr5 96079372 . G A 362.53 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0433019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.249;QD=32.9575;RBI=0.0555609;REFB=-0.00411252;REVB=0.0348133;RO=14;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143893;STB=0.577935;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000916748;OID=.;OPOS=96079372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:23:7:1:13:23:7:1:13 chr5 96086334 . G C 149.94 PASS AF=0.175;AO=28;DP=160;FAO=28;FDP=160;FR=.;FRO=132;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=80;FWDB=0.0345828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4951;QD=3.74858;RBI=0.0395482;REFB=-0.000522136;REVB=0.0191855;RO=132;SAF=17;SAR=11;SRF=52;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26794;STB=0.670742;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00227562;OID=.;OPOS=96086334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:132:132:28:28:0.175:11:17:52:80:11:17:52:80 chr5 96109244 . G A 237.14 PASS AF=0.227545;AO=38;DP=167;FAO=38;FDP=167;FR=.;FRO=129;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=87;FWDB=-0.0027059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.225;QD=5.67997;RBI=0.00524661;REFB=-0.013609;REVB=0.004495;RO=126;SAF=17;SAR=21;SRF=40;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171291;STB=0.597025;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0371333;OID=.;OPOS=96109244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:126:129:38:38:0.227545:21:17:40:86:21:17:42:87 chr5 96112083 . T G 128.65 PASS AF=0.185484;AO=22;DP=123;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00666598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.736;QD=4.14991;RBI=0.00929064;REFB=-0.00444908;REVB=0.00647153;RO=98;SAF=9;SAR=13;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12884;STB=0.593139;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0218849;OID=.;OPOS=96112083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:98:101:22:23:0.185484:13:9:50:48:14:9:51:50 chr5 96118852 . G C 74.29 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=12;FWDB=0.00133159;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3824;QD=4.18539;RBI=0.0118279;REFB=0.000976473;REVB=0.0117527;RO=58;SAF=11;SAR=2;SRF=46;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111526;STB=0.574502;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00364147;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:72:71:58:58:13:13:0.183099:2:11:46:12:2:11:46:12 chr5 96118866 . C T 77.09 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=7;FWDB=0.00436384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0332;QD=4.6723;RBI=0.0122384;REFB=0.00443468;REVB=0.0114339;RO=52;SAF=12;SAR=1;SRF=46;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1376;STB=0.623151;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0229005;OID=.;OPOS=96118866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:52:53:13:13:0.19697:1:12:46:6:1:12:46:7 chr5 96121524 . C T 88.47 PASS AF=0.194805;AO=14;DP=76;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00887973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.59;QD=4.5957;RBI=0.0108655;REFB=-0.00226889;REVB=-0.00626171;RO=61;SAF=7;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307536;STB=0.500868;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00927176;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:77:61:62:14:15:0.194805:7:7:32:29:7:8:33:29 chr5 96122210 . C T 247.9 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0438089;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.886;QD=11.2681;RBI=0.0521695;REFB=0.00851428;REVB=-0.0283274;RO=60;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191557;STB=0.521988;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.025278;OID=.;OPOS=96122210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:60:58:30:30:0.340909:14:16:31:29:14:16:29:29 chr5 96122260 . T G 130.38 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0197958;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6127;QD=7.14399;RBI=0.0198989;REFB=-0.0118815;REVB=0.00202333;RO=50;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555586;STB=0.505774;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0335546;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:50:54:19:19:0.260274:9:10:24:26:9:10:28:26 chr5 96124330 . T C 275.43 PASS AF=0.2625;AO=38;DP=155;FAO=42;FDP=160;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=0.0156071;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4015;QD=6.88578;RBI=0.0334905;REFB=0.00181287;REVB=0.0296316;RO=117;SAF=23;SAR=15;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127692;STB=0.511318;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00380047;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:117:118:38:42:0.2625:15:23:59:58:20:22:60:58 chr5 96126308 . A G 137.7 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0298868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6871;QD=8.88371;RBI=0.0541563;REFB=-0.0247465;REVB=-0.0451629;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171394;STB=0.510193;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0406606;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:10:9:21:22:10:9:21:22 chr5 96129512 . A G 70.31 PASS AF=0.164557;AO=12;DP=78;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00559868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.596;QD=3.56018;RBI=0.0123107;REFB=-0.00404788;REVB=-0.0109639;RO=65;SAF=10;SAR=2;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534788;STB=0.861409;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0206911;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:79:65:66:12:13:0.164557:2:10:25:40:2:11:26:40 chr5 96129535 . T C 77.59 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00438744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.67;QD=3.83181;RBI=0.00474879;REFB=0.000730394;REVB=0.00181695;RO=67;SAF=11;SAR=3;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467352;STB=0.805372;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00202549;OID=.;OPOS=96129535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:3:11:27:40:3:11:27:40 chr5 96139250 . C G 230.32 PASS AF=0.255474;AO=27;DP=127;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=35;FWDB=0.00345105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.561;QD=6.72464;RBI=0.00594425;REFB=-0.0108633;REVB=-0.00483987;RO=86;SAF=17;SAR=10;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133113;STB=0.522807;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0217502;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:137:86:102:27:35:0.255474:10:17:55:31:13:22:67:35 chr5 96231000 . G T 1379.44 PASS AF=0.653846;AO=116;DP=180;FAO=119;FDP=182;FR=.;FRO=63;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.000252496;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.307;QD=30.3173;RBI=0.0169874;REFB=-0.011894;REVB=-0.0169855;RO=62;SAF=60;SAR=56;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215967;STB=0.515518;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00638787;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:62:63:116:119:0.653846:56:60:30:32:57:62:30:33 chr5 96232142 . T A 520.41 PASS AF=0.652778;AO=44;DP=69;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0199971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.781;QD=28.9115;RBI=0.0249761;REFB=-0.00506785;REVB=-0.014964;RO=25;SAF=2;SAR=42;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460965;STB=0.702764;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00228625;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:25:25:44:47:0.652778:42:2:7:18:44:3:7:18 chr5 96235896 . A G 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0148533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.317;QD=30.2186;RBI=0.0152883;REFB=-0.0345812;REVB=-0.00362069;RO=18;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210242;STB=0.511526;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0195549;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:18:13:7:11:18:13:7:11 chr5 96237326 . G A 890.99 PASS AF=0.775281;AO=69;DP=89;FAO=69;FDP=89;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0201722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7572;QD=40.0443;RBI=0.0770241;REFB=0.00446225;REVB=0.0743357;RO=20;SAF=35;SAR=34;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659899;STB=0.535297;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000821908;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:20:20:69:69:0.775281:34:35:7:13:34:35:7:13 chr5 96245343 . C T 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0171287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.057;QD=25.758;RBI=0.0218237;REFB=-0.0107465;REVB=-0.0135233;RO=20;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113393;STB=0.562106;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00825389;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:17:16:13:7:17:16:13:7 chr5 96245439 . C T 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00856556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.673;QD=24.9761;RBI=0.00858256;REFB=-0.0207117;REVB=-0.00053992;RO=21;SAF=21;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151455;STB=0.583282;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0130404;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:12:21:9:12:12:21:9:12 chr5 96249115 . C T 476.34 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00226037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.599;QD=27.6137;RBI=0.010962;REFB=-0.0304859;REVB=-0.0107264;RO=24;SAF=16;SAR=28;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794079;STB=0.501424;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0227493;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:24:25:44:44:0.637681:28:16:9:15:28:16:9:16 chr5 96315246 . CATAA ACAAT,CATA,CAT 157.77 PASS AF=0.307692,0.5,0.0769231;AO=3,11,4;DP=28;FAO=8,13,2;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=0,12,2;FSAR=8,1,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00488599,-0.0435184,-0.0234595;FXX=0.0714031;HRUN=2,8,8;LEN=5,1,2;MLLD=142.917,7.92431,13.2317;QD=24.2726;RBI=0.133571,0.0619956,0.0342738;REFB=-0.0244675,-0.109417,-0.0736502;REVB=0.133482,-0.0441543,-0.024987;RO=4;SAF=0,11,2;SAR=3,0,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.729277,0.805891,-0.201109;STB=0.997939,0.631334,0.991947;STBP=0.019,0.221,0.367;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.017495,0.0524277,0.00117229;OID=.,.,.;OPOS=96315246,96315249,96315249;OREF=CATAA,A,AA;OALT=ACAAT,-,-;OMAPALT=ACAAT,CATA,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:28:26:4:3:3,11,4:8,13,2:0.307692,0.5,0.0769231:3,0,2:0,11,2:3:1:8,1,0:0,12,2:2:1 chr5 96350710 . G A 682.03 PASS AF=0.703704;AO=57;DP=82;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0061115;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3994;QD=33.6808;RBI=0.0326858;REFB=-0.0236856;REVB=-0.0321094;RO=23;SAF=37;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483162;STB=0.534222;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00797582;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:23:24:57:57:0.703704:20:37:13:10:20:37:13:11 chr5 96498783 . G A 377.98 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00511159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.799;QD=26.9985;RBI=0.0151132;REFB=-0.00618446;REVB=0.0142225;RO=20;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968898;STB=0.552817;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00415804;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:16:20:14:6:16:20:14:6 chr5 96503523 . C T 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0077533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.306;QD=42.2066;RBI=0.0158913;REFB=0.0100503;REVB=0.0138715;RO=4;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347457;STB=0.518852;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0034466;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:9:15:2:2:9:15:2:2 chr5 96512865 . T A 391.11 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00694057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.093;QD=25.2331;RBI=0.0217602;REFB=-0.0249946;REVB=0.0206236;RO=24;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292022;STB=0.510199;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0149283;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:17:20:12:12:18:20:12:12 chr5 96512871 . T A 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.020093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.558;QD=26.3598;RBI=0.0223484;REFB=-0.0120514;REVB=-0.00978391;RO=24;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345239;STB=0.518858;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00773394;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:18:22:12:12:18:22:12:12 chr5 96513471 . G C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0535305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8027;QD=22.5341;RBI=0.0560728;REFB=-0.0277576;REVB=-0.0166929;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138272;STB=0.576356;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0169105;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:19:13:14:10:19:13:14:10 chr5 96518792 . T G 270.72 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=36;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0587502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6349;QD=28.4965;RBI=0.0610873;REFB=-0.154023;REVB=0.0167352;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123048;STB=0.556122;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0821285;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:13:13:23:25:0.657895:16:7:2:11:18:7:2:11 chr5 97014421 . T C 737.53 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.6689;QD=56.7333;RBI=0.00600587;REFB=0;REVB=-0.00491356;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21263e-05;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:23:23:0:0:28:24:0:0 chr5 99388523 . A G 91.89 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00678864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.202;QD=4.13005;RBI=0.0203783;REFB=-0.00217914;REVB=-0.0192143;RO=72;SAF=3;SAR=13;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455768;STB=0.801624;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0103132;OID=.;OPOS=99388523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:72:73:16:16:0.179775:13:3:39:33:13:3:40:33 chr5 99871295 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0121272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.184;QD=7.25973;RBI=0.0218036;REFB=-0.0106129;REVB=0.0181198;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169236;STB=0.510617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.02184;OID=.;OPOS=99871295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:12:17:6:4:12:17 chr5 100068875 . C T 1134.5 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0162801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1148;QD=56.7248;RBI=0.0263175;REFB=-0.117628;REVB=-0.0206777;RO=2;SAF=42;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220023;STB=0.504586;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00236019;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:2:3:77:77:0.9625:35:42:2:0:35:42:2:1 chr5 100145388 . A C 857.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216193;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3112;QD=56.2012;RBI=0.065047;REFB=0.00424448;REVB=0.0613491;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00036104;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr5 100145662 . A AACAC 161.82 PASS AF=0.64;AO=13;DP=33;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00209237;FXX=0.137883;HRUN=2;LEN=4;MLLD=171.828;QD=25.8911;RBI=0.0391739;REFB=-0.0640999;REVB=0.039118;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298971;STB=0.639838;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.0402214;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:13:33:16:25:9:8:8:8:1:69:14:7:6:8:6 chr5 100146436 . T A 30.49 PASS AF=0.0879121;AO=4;DP=78;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=-0.0130375;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=181.846;QD=1.34004;RBI=0.0190436;REFB=0.000591975;REVB=-0.013881;RO=73;SAF=0;SAR=4;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598342;STB=0.833453;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0285836;OID=.;OPOS=100146436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:78:91:73:83:4:8:0.0879121:4:0:53:20:6:2:55:28 chr5 100146446 . CG CT,TT 1587.27 PASS AF=0.946903,0.0265487;AO=98,7;DP=119;FAO=107,3;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=42,0;FSAR=65,3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0207357,0.00375473;FXX=0.0504159;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=95.7019,72.2909;QD=56.1865;RBI=0.0619561,0.014799;REFB=-0.140807,-0.0167536;REVB=-0.0583831,-0.0143148;RO=4;SAF=30,7;SAR=68,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0591434,0;STB=0.517238,0.996656;STBP=0.049,0.041;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00521472,-0.091337;OID=.,.;OPOS=100146447,100146446;OREF=G,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:119:113:4:3:98,7:107,3:0.946903,0.0265487:68,0:30,7:4:0:65,3:42,0:3:0 chr5 101638381 . G A 454.33 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0569314;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.878;QD=27.9591;RBI=0.0571803;REFB=-0.0238863;REVB=-0.00532966;RO=23;SAF=27;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168313;STB=0.591792;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0202445;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:15:27:9:14:15:27:9:14 chr5 101816104 . G A 373.23 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.126739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.668;QD=37.3231;RBI=0.145299;REFB=-0.0558572;REVB=-0.0710563;RO=10;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308807;STB=0.516767;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0145366;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:14:16:6:4:14:16:6:4 chr5 102345546 . A C 939.99 PASS AF=0.707965;AO=77;DP=114;FAO=80;FDP=113;FR=.;FRO=33;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00805345;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.113;QD=33.274;RBI=0.0175512;REFB=-0.00569212;REVB=-0.0155944;RO=32;SAF=35;SAR=42;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939785;STB=0.514879;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000862834;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:32:33:77:80:0.707965:42:35:14:18:42:38:14:19 chr5 102365186 . G A 106.6 PASS AF=0.223684;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0122308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5414;QD=5.61045;RBI=0.0313934;REFB=-0.00101695;REVB=-0.0289129;RO=59;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06081;STB=0.502535;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00173821;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:59:59:16:17:0.223684:11:5:21:38:11:6:21:38 chr5 102365426 . C CAG 82.63 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00513997;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.863;QD=3.67235;RBI=0.00889834;REFB=-0.0020954;REVB=-0.00726369;RO=74;SAF=7;SAR=8;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249485;STB=0.511129;STBP=0.963;TYPE=ins;VARB=0.0109693;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:15:90:15:90:75:7:8:36:39:82:74:7:8:36:38 chr5 102433409 . G A 1439.56 PASS AF=0.663043;AO=119;DP=181;FAO=122;FDP=184;FR=.;FRO=62;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.000935926;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.031;QD=31.2947;RBI=0.0140785;REFB=-0.0296256;REVB=0.0140474;RO=60;SAF=58;SAR=61;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908678;STB=0.543471;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0183431;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:60:62:119:122:0.663043:61:58:38:22:61:61:39:23 chr5 102512570 . C A,CA 1059.71 PASS AF=0.025974,0.974026;AO=4,68;DP=78;FAO=2,75;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0877263,-0.0508831;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.89678,24.0749;QD=55.0497;RBI=0.141728,0.092707;REFB=0,0;REVB=-0.111314,-0.0774952;RO=6;SAF=4,24;SAR=0,44;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.712294,-0.0243999;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0695345,-0.00231032;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:78:77:6:0:4,68:2,75:0.025974,0.974026:0,44:4,24:3:3:0,46:2,29:0:0 chr5 102520400 . A C 502.9 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=60;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0190646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.82;QD=33.5266;RBI=0.0190664;REFB=-0.0213734;REVB=-0.000263126;RO=16;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092643;STB=0.549978;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00430686;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:16:16:44:44:0.733333:22:22:11:5:22:22:11:5 chr5 102538752 . T C 1366.58 PASS AF=0.825397;AO=99;DP=126;FAO=104;FDP=126;FR=.;FRO=22;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00640202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8152;QD=43.3834;RBI=0.0747936;REFB=-0.0334934;REVB=0.0745191;RO=22;SAF=58;SAR=41;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771333;STB=0.535861;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00258432;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:22:22:99:104:0.825397:41:58:8:14:45:59:8:14 chr5 102614327 . C T 1798.06 PASS AF=0.62069;AO=160;DP=260;FAO=162;FDP=261;FR=.;FRO=99;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0452236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7734;QD=27.5564;RBI=0.0568074;REFB=0.00186125;REVB=0.0343789;RO=98;SAF=77;SAR=83;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034773;STB=0.520429;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00135875;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:98:99:160:162:0.62069:83:77:52:46:84:78:53:46 chr5 107197420 . G A 770.61 PASS AF=0.659794;AO=64;DP=97;FAO=64;FDP=97;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0583374;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9729;QD=31.7779;RBI=0.0654128;REFB=-0.0762319;REVB=0.0295903;RO=32;SAF=29;SAR=35;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867369;STB=0.541748;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0279309;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:32:33:64:64:0.659794:35:29:19:13:35:29:19:14 chr5 107197502 . G A 1017.84 PASS AF=0.75;AO=84;DP=112;FAO=84;FDP=112;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00789568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.477;QD=36.3513;RBI=0.0459838;REFB=-0.0405004;REVB=0.0453008;RO=28;SAF=36;SAR=48;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840389;STB=0.544976;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0180044;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:28:28:84:84:0.75:48:36:17:11:48:36:17:11 chr5 108672755 . T A 1864.22 PASS AF=0.947761;AO=126;DP=134;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.013619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.866;QD=55.6482;RBI=0.0141987;REFB=-0.0336099;REVB=0.0040158;RO=7;SAF=57;SAR=69;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119779;STB=0.513972;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000637821;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:134:134:7:7:126:127:0.947761:69:57:4:3:70:57:5:2 chr5 108672946 . C T 549.25 PASS AF=0.695652;AO=47;DP=69;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0204968;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.319;QD=31.8405;RBI=0.022248;REFB=-0.0273693;REVB=-0.00865173;RO=20;SAF=37;SAR=10;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535546;STB=0.516964;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0108525;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:20:21:47:48:0.695652:10:37:17:3:11:37:17:4 chr5 108713970 . C T 150.19 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0164281;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.141;QD=6.67497;RBI=0.0676166;REFB=-0.00412957;REVB=-0.0655906;RO=68;SAF=11;SAR=11;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127779;STB=0.588811;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0128765;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:68:68:22:22:0.244444:11:11:41:27:11:11:42:26 chr5 109035302 . T TAAAG 903.71 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=67;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00521827;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.523;QD=55.6127;RBI=0.0268413;REFB=-0.0020442;REVB=0.0263292;RO=3;SAF=32;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131216;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=ins;VARB=8.18032e-05;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969231:62:67:63:65:2:32:31:1:1:6:3:32:30:2:1 chr5 109035496 . A G 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0937;QD=59.4223;RBI=0.0278214;REFB=0;REVB=-0.00606332;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285347;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr5 109117171 . A G 2811.63 PASS AF=0.994505;AO=178;DP=184;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=118;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117576;FXX=0.0215042;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2308;QD=61.794;RBI=0.0433219;REFB=-0.0789224;REVB=0.0416959;RO=1;SAF=116;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408654;STB=0.503937;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000758767;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:184:182:1:1:178:181:0.994505:62:116:1:0:63:118:0:1 chr5 109181682 . A T 1594.05 PASS AF=0.990741;AO=103;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199886;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.322;QD=59.0388;RBI=0.039394;REFB=-0.06991;REVB=0.0339462;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00206949;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:0:1:103:107:0.990741:46:57:0:0:47:60:1:0 chr5 109190935 . TCTC T 1958.5 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270122;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=3;MLLD=150.094;QD=62.1747;RBI=0.0272831;REFB=0;REVB=-0.00383486;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.01504e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:125:127:126:126:0:62:64:0:0:11:0:61:64:0:0 chr5 110456263 . C G 124.43 PASS AF=0.189655;AO=21;DP=114;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0501611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7422;QD=4.29057;RBI=0.0523424;REFB=0.00419057;REVB=0.0149532;RO=92;SAF=9;SAR=12;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225893;STB=0.655828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0184891;OID=.;OPOS=110456263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:92:94:21:22:0.189655:12:9:56:36:13:9:57:37 chr5 110784822 . A G 2254.62 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8647;QD=63.0664;RBI=0.0173983;REFB=0;REVB=0.0132188;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.529e-05;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:140:143:1:71:69:0:0:73:70:0:0 chr5 110819753 . G C 738.33 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.118;QD=54.6911;RBI=0.0368714;REFB=0.0097304;REVB=0.0321937;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000121843;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:1:0:31:22:1:0 chr5 111500816 . C CTAAAA 868.77 PASS AF=0.629032;AO=74;DP=126;FAO=78;FDP=124;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00786022;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=5;MLLD=269.678;QD=28.0247;RBI=0.0102041;REFB=-0.0208508;REVB=0.00650702;RO=47;SAF=19;SAR=55;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256079;STB=0.646766;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00948188;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.629032:74:126:78:124:46:19:59:27:19:99:47:19:55:27:20 chr5 111504479 . C T 1566.34 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0359285;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.074;QD=58.5547;RBI=0.0399179;REFB=-0.052608;REVB=0.0173949;RO=1;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759342;STB=0.503936;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000207027;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:62:43:0:1:63:43:0:1 chr5 111506069 . G A 990.53 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.96;QD=59.1363;RBI=0.00320034;REFB=0;REVB=0.0021175;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0349e-07;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:33:34:0:0 chr5 111519740 . T C 1979.92 PASS AF=0.977612;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.018467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.921;QD=59.102;RBI=0.0405408;REFB=-0.0753985;REVB=0.0360905;RO=4;SAF=78;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589757;STB=0.506289;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000513807;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:134:134:4:3:130:131:0.977612:52:78:2:2:52:79:1:2 chr5 111530284 . A G 631.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7882;QD=61.6319;RBI=0.028371;REFB=0;REVB=0.0137281;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052369;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr5 111545670 . C G 141.2 PASS AF=0.235955;AO=20;DP=88;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0205292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.318;QD=6.34627;RBI=0.0246454;REFB=-0.00163101;REVB=-0.0136363;RO=68;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118743;STB=0.547626;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00577706;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:68:68:20:21:0.235955:13:7:30:38:13:8:30:38 chr5 112162854 . T C 2371.81 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431478;FXX=0.031248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7913;QD=61.2081;RBI=0.0623492;REFB=0;REVB=0.0621998;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407489;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:153:155:1:72:81:0:0:73:82:0:0 chr5 112164561 . G A 1803.35 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0475;QD=61.1304;RBI=0.0523944;REFB=0;REVB=0.0501665;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27103e-05;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:50:68:0:0:50:68:0:0 chr5 112175770 . G A 1049.8 PASS AF=0.96;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0349079;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.702;QD=55.9895;RBI=0.0352374;REFB=0.0231394;REVB=0.00480743;RO=3;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377907;STB=0.519994;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00183671;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:77:75:3:3:72:72:0.96:36:36:0:3:36:36:0:3 chr5 112176325 . G A 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.935;QD=55.2223;RBI=0.0196004;REFB=0.0197395;REVB=0.00471187;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000263357;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:0:1:27:29:0:1 chr5 112176559 . T G 1072.0 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0676526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.542;QD=57.1733;RBI=0.0757896;REFB=0.0130267;REVB=0.0341641;RO=2;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243926;STB=0.50129;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000151231;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:40:33:1:1:40:33:1:1 chr5 112176756 . T A 1208.79 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7867;QD=61.2044;RBI=0.0247244;REFB=0;REVB=0.0244649;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102642;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:39:40:0:0 chr5 112177171 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.453;QD=44.6898;RBI=0.011952;REFB=0;REVB=-0.000708924;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33145e-05;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 112200098 . A G 1331.13 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0680483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4107;QD=59.826;RBI=0.0737856;REFB=-0.138996;REVB=0.028526;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501995;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00386232;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:0:2:87:87:0.977528:36:51:0:0:36:51:1:1 chr5 112203564 . T A 860.03 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00703806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.772;QD=54.6048;RBI=0.0150047;REFB=-0.169093;REVB=0.0132516;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500782;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000451705;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:61:61:0.968254:29:32:0:0:29:32:1:1 chr5 112312676 . T C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.349;QD=59.5373;RBI=0.0341342;REFB=-0.122981;REVB=0.0166669;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00180724;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:1:0:36:42:1:0 chr5 112328377 . A G 1091.24 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0735;QD=59.7938;RBI=0.0668891;REFB=0;REVB=0.05901;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615926;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:28:44:0:0:29:44:0:0 chr5 112346430 . GTGTTT G,GTT 119.92 PASS AF=0.7,0.3;AO=3,3;DP=21;FAO=7,3;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000492264,-0.000176078;FXX=0.411523;HRUN=1,1;LEN=5,3;MLLD=139.597,140.19;QD=47.9694;RBI=0.0229023,0.101486;REFB=0,0;REVB=0.022897,0.101486;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0148861,0.0208184;OID=.,.;OPOS=112346431,112346431;OREF=TGTTT,TGT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7,0.3:3,3:21:7,3:10:0:1,0:6,3:0:0:10:0:0,0:3,3:0:0 chr5 112346446 . T A 179.48 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.176053;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=21.8192;QD=27.6117;RBI=0.216058;REFB=-0.0583146;REVB=0.125246;RO=7;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194169;STB=0.561733;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0350337;OID=.;OPOS=112346446;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:26:26:7:8:18:18:0.692308:13:5:0:7:13:5:1:7 chr5 112349070 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.304;QD=56.7066;RBI=0.0141843;REFB=0;REVB=-0.0141191;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48426e-05;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 112349379 . T C 1256.14 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0316392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.77;QD=59.1126;RBI=0.0339417;REFB=-0.136296;REVB=0.0122882;RO=2;SAF=22;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041115;STB=0.521734;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000691298;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:2:2:82:83:0.976471:60:22:2:0:61:22:2:0 chr5 112350707 . G A 1208.94 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.324;QD=61.212;RBI=0.0760186;REFB=0;REVB=-0.0195138;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313216;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:45:34:0:0 chr5 112358131 . T C 587.85 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.474;QD=60.2922;RBI=0.0190937;REFB=0;REVB=-0.0032058;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34071e-05;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr5 112379289 . G A 1019.29 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.269;QD=56.6271;RBI=0.0160882;REFB=-0.142384;REVB=-0.00665499;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51136;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00195208;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:72:0:2:70:70:0.972222:43:27:0:0:43:27:0:2 chr5 112384802 . G A 1610.24 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810543;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.231;QD=60.1959;RBI=0.0911726;REFB=0;REVB=0.0417451;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426168;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chr5 112399791 . G A 1571.67 PASS AF=0.830986;AO=109;DP=136;FAO=118;FDP=142;FR=.;FRO=24;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0437221;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.152;QD=44.2723;RBI=0.0565824;REFB=-0.126337;REVB=0.0359159;RO=25;SAF=65;SAR=44;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181181;STB=0.578553;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0209654;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:25:24:109:118:0.830986:44:65:2:23:53:65:2:22 chr5 112439941 . T C 1299.05 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00779993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8708;QD=59.0478;RBI=0.0388977;REFB=-0.068966;REVB=0.0381076;RO=1;SAF=52;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902308;STB=0.502789;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00865399;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:88:1:2:84:86:0.977273:32:52:1:0:33:53:1:1 chr5 112479004 . T C 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.355;QD=60.0281;RBI=0.032702;REFB=0;REVB=0.0143888;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106945;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr5 112770027 . T G 199.48 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00701643;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.525;QD=34.6918;RBI=0.00701923;REFB=0.0442484;REVB=0.000198222;RO=5;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118693;STB=0.565146;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00223691;OID=.;OPOS=112770027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:23:5:5:18:18:0.782609:9:9:1:4:9:9:1:4 chr5 112823998 . C T 698.75 PASS AF=0.439306;AO=73;DP=170;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=32;FSRR=65;FWDB=-0.0121941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.999;QD=16.1561;RBI=0.0135579;REFB=-0.0114721;REVB=0.00592618;RO=97;SAF=19;SAR=54;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876427;STB=0.526917;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0152847;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:97:97:73:76:0.439306:54:19:32:65:54:22:32:65 chr5 112824039 . T C 113.5 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.00063519;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.901;QD=8.73067;RBI=0.0106025;REFB=-0.044837;REVB=0.0105834;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215275;STB=0.643901;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0801797;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:38:37:15:15:0.288462:9:6:9:29:9:6:8:29 chr5 112829601 . G A 992.91 PASS AF=0.545455;AO=95;DP=176;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0357329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5813;QD=22.5662;RBI=0.0573778;REFB=0.0017429;REVB=-0.0448928;RO=80;SAF=56;SAR=39;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124823;STB=0.508802;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=3.31718e-05;OID=.;OPOS=112829601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:80:80:95:96:0.545455:39:56:46:34:39:57:46:34 chr5 112868693 . C A 553.35 PASS AF=0.391566;AO=64;DP=163;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.0585364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.066;QD=13.3337;RBI=0.0589569;REFB=-0.0339947;REVB=-0.00702941;RO=95;SAF=33;SAR=31;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668029;STB=0.541068;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.052113;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:95:101:64:65:0.391566:31:33:43:52:31:34:46:55 chr5 112884728 . G A 1341.98 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0841282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.752;QD=60.9991;RBI=0.084201;REFB=-0.11023;REVB=-0.0035005;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000165185;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:48:39:0:1:48:39:0:1 chr5 112888875 . C T 42.46 PASS AF=0.318182;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00573133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.371;QD=7.71911;RBI=0.0126912;REFB=-0.0124524;REVB=0.0113234;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149998;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0528417;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:20:22:15:15:5:7:0.318182:3:2:8:7:4:3:8:7 chr5 112888882 . A T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0165884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.344;QD=16.1722;RBI=0.0373974;REFB=-0.00926894;REVB=0.033517;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0218838;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:10:10:6:10:10:10 chr5 112889374 . G A 452.23 PASS AF=0.322222;AO=58;DP=180;FAO=58;FDP=180;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=0.00885677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.261;QD=10.0496;RBI=0.019562;REFB=-0.00311979;REVB=-0.0174422;RO=121;SAF=26;SAR=32;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268943;STB=0.512935;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00835353;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:121:122:58:58:0.322222:32:26:57:64:32:26:57:65 chr5 112899702 . A G 367.6 PASS AF=0.321678;AO=46;DP=143;FAO=46;FDP=143;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0299979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.48;QD=10.2824;RBI=0.0601942;REFB=-0.00945035;REVB=0.0521869;RO=94;SAF=22;SAR=24;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118505;STB=0.509752;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0210138;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:94:97:46:46:0.321678:24:22:44:50:24:22:45:52 chr5 112926755 . G A 246.8 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.036928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3685;QD=17.9489;RBI=0.03729;REFB=0.00285158;REVB=-0.00518345;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506952;STB=0.528434;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00294523;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:14:14:15:12:14:14 chr5 112929013 . T A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1318;QD=58.5998;RBI=0.030953;REFB=0;REVB=-0.0187811;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64161e-05;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr5 112930952 . A G 200.87 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0110064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.53;QD=13.6181;RBI=0.0113159;REFB=-0.00566289;REVB=-0.00262844;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552404;STB=0.524979;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00555347;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:8:16:21:13:8:16:22:13 chr5 113589389 . T A 1296.23 PASS AF=0.921569;AO=93;DP=101;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00786853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.909;QD=50.8325;RBI=0.0340779;REFB=-0.0272328;REVB=0.033157;RO=8;SAF=44;SAR=49;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147459;STB=0.507336;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000256418;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:101:102:8:8:93:94:0.921569:49:44:3:5:50:44:3:5 chr5 113698544 . G C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000941546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.994;QD=18.8286;RBI=0.0112472;REFB=-0.0321988;REVB=0.0112077;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197257;STB=0.62252;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0274739;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:13:8:12:8:14:8 chr5 113698631 . T TGCC 241.18 PASS AF=0.547619;AO=16;DP=48;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0335785;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=147.865;QD=22.9698;RBI=0.0336172;REFB=-0.0559987;REVB=0.00161344;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366029;STB=0.560386;STBP=0.4;TYPE=ins;VARB=0.0555884;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619:16:48:23:42:19:15:8:10:9:99:27:10:6:16:11 chr5 113829121 . A G 1381.45 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.264;QD=61.398;RBI=0.0315118;REFB=-0.0351635;REVB=0.0211074;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000472121;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:49:40:0:0:49:40:1:0 chr5 114460580 . C G 1795.49 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145333;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9423;QD=60.8641;RBI=0.026869;REFB=0;REVB=0.0225993;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117419;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:59:58:0:0:60:58:0:0 chr5 114462355 . C T 936.8 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.489;QD=58.5501;RBI=0.0335769;REFB=0;REVB=0.00983989;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87528e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:28:36:0:0 chr5 114515657 . C T 178.08 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.109758;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4308;QD=20.3518;RBI=0.110463;REFB=-0.0190421;REVB=-0.0124637;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046583;STB=0.541355;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0111902;OID=.;OPOS=114515657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:8:10:8:8:8:10:8:9 chr5 114577310 . A G 1346.51 PASS AF=0.599034;AO=124;DP=207;FAO=124;FDP=207;FR=.;FRO=83;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0175863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.006;QD=26.0196;RBI=0.019355;REFB=-0.0150023;REVB=0.00808325;RO=82;SAF=58;SAR=66;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148058;STB=0.510547;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0094929;OID=.;OPOS=114577310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:82:83:124:124:0.599034:66:58:40:42:66:58:41:42 chr5 114858437 . G T 1126.42 PASS AF=1;AO=55;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015908;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.885;QD=59.2854;RBI=0.0679278;REFB=0;REVB=0.0660388;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656824;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:55:76:1:21:34:0:0:34:42:0:0 chr5 114952044 . T C 242.37 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0224073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.394;QD=12.5905;RBI=0.0273402;REFB=-0.0227794;REVB=-0.0156653;RO=48;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287397;STB=0.516517;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0421704;OID=.;OPOS=114952044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:20:9:16:32:20:9:16:32 chr5 115176589 . A G 489.06 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=-0.0104157;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.186;QD=13.8741;RBI=0.0127306;REFB=-0.00362267;REVB=-0.00731991;RO=86;SAF=24;SAR=31;SRF=60;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276963;STB=0.665608;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00941026;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:86:55:55:0.390071:31:24:60:26:32:23:60:26 chr5 115188660 . A G 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0634234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.403;QD=7.08107;RBI=0.0649269;REFB=0.00285168;REVB=0.0138913;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963677;STB=0.558748;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00674228;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:9:6:14:29:9:6:14:29 chr5 115249078 . C T 47.63 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0035386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.036;QD=2.44256;RBI=0.0268056;REFB=-0.00523264;REVB=-0.026571;RO=67;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356616;STB=0.764469;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0156866;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:67:68:10:10:0.128205:2:8:35:32:2:8:35:33 chr5 115249271 . G A 433.13 PASS AF=0.301587;AO=57;DP=189;FAO=57;FDP=189;FR=.;FRO=132;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=0.00146819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7666;QD=9.16677;RBI=0.00360437;REFB=-0.0180392;REVB=-0.00329179;RO=131;SAF=30;SAR=27;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280291;STB=0.513418;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0430396;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:131:132:57:57:0.301587:27:30:72:59:27:30:72:60 chr5 115298232 . G C 502.5 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0228338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.769;QD=24.8149;RBI=0.033362;REFB=-0.0385794;REVB=-0.0243236;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127762;STB=0.569818;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0243411;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:23:24:23:11:23:24:23:11 chr5 115298378 . C T 519.38 PASS AF=0.770833;AO=18;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0251991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.875;QD=43.2813;RBI=0.100244;REFB=-0.0915717;REVB=0.0970252;RO=6;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12812;STB=0.583844;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0200333;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:6:6:18:37:0.770833:11:7:4:2:29:8:4:2 chr5 115298475 . T C 297.05 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0396811;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.712;QD=34.9466;RBI=0.0414242;REFB=-0.0268313;REVB=0.0118902;RO=9;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138629;STB=0.578393;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00657322;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:9:9:24:25:0.735294:12:12:7:2:13:12:7:2 chr5 115298518 . A G 184.68 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.047607;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4151;QD=24.6235;RBI=0.0478105;REFB=-0.105177;REVB=-0.00440627;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143906;STB=0.580067;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0222038;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:9:3:8:10:9:3 chr5 115298977 . C T 1724.46 PASS AF=0.56446;AO=153;DP=279;FAO=162;FDP=287;FR=.;FRO=125;FSAF=94;FSAR=68;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.0903654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.798;QD=24.0343;RBI=0.107396;REFB=-0.023296;REVB=0.0580343;RO=125;SAF=87;SAR=66;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539859;STB=0.533714;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0194372;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:287:125:125:153:162:0.56446:66:87:63:62:68:94:63:62 chr5 115346245 . T G 1190.24 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.071;QD=61.0381;RBI=0.0491497;REFB=0;REVB=0.00301215;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54485e-05;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:35:43:0:0 chr5 115362148 . A G 1992.01 PASS AF=0.970588;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0575806;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.8543;QD=58.5885;RBI=0.0580857;REFB=-0.108385;REVB=-0.00764347;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.516664;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00149257;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:136:0:4:132:132:0.970588:74:58:0:0:74:58:4:0 chr5 115394626 . G A 1620.21 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000531832;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.965;QD=60.5688;RBI=0.0121177;REFB=0;REVB=0.0121061;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76853e-05;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:104:107:1:46:58:0:0:46:61:0:0 chr5 115428334 . G T 2441.66 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344689;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.735;QD=61.4255;RBI=0.0344706;REFB=0;REVB=-0.000348626;RO=0;SAF=87;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73757e-05;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:160:159:1:73:87:0:0:72:87:0:0 chr5 115469773 . C T 1556.35 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.08;QD=59.8597;RBI=0.00194344;REFB=0;REVB=0.000250885;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69797e-06;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:47:56:0:0:47:57:0:0 chr5 115811220 . T C 1037.24 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.544;QD=59.2707;RBI=0.00939861;REFB=0;REVB=0.00560582;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83858e-05;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr5 115813726 . A G 1633.94 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765541;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0453;QD=59.4162;RBI=0.0792263;REFB=0;REVB=0.0204026;RO=1;SAF=70;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23025e-05;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:1:0:107:110:1:37:70:1:0:38:72:0:0 chr5 118324113 . G C 156.29 PASS AF=0.777778;AO=11;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00353542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.438;QD=34.732;RBI=0.0471655;REFB=0.0118321;REVB=0.0470328;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.56513;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0053375;OID=.;OPOS=118324113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:18:18:3:3:11:14:0.777778:2:9:3:0:4:10:3:0 chr5 118451873 . T G 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0085563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.473;QD=32.1189;RBI=0.00856999;REFB=-0.0109222;REVB=-0.000484218;RO=10;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837598;STB=0.532412;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00475135;OID=.;OPOS=118451873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:10:11:25:25:0.694444:11:14:4:6:11:14:5:6 chr5 118474641 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0109396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.439;QD=25.2544;RBI=0.0126189;REFB=-0.0305169;REVB=0.00628972;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108747;STB=0.560716;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0109022;OID=.;OPOS=118474641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:6:5:11:7:6:5 chr5 118484804 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.375;QD=57.1763;RBI=0.022739;REFB=0;REVB=-0.00892964;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15258e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr5 118485238 . G C 964.88 PASS AF=0.72973;AO=80;DP=109;FAO=81;FDP=111;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0172713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.897;QD=34.7706;RBI=0.0216544;REFB=-0.0139157;REVB=-0.013062;RO=25;SAF=43;SAR=37;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782832;STB=0.515502;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00406579;OID=.;OPOS=118485238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:25:30:80:81:0.72973:37:43:13:12:37:44:18:12 chr5 118490402 . G A 255.55 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0525482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7661;QD=29.2062;RBI=0.0527875;REFB=-0.00853779;REVB=0.00502159;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996308;STB=0.50549;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0019011;OID=.;OPOS=118490402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:4:8:15:8:4:8 chr5 118506603 . A C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0056723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.985;QD=4.72339;RBI=0.0231748;REFB=-0.00848633;REVB=-0.0224698;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177906;STB=0.617414;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0390253;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:6:4:24:20:6:4:24:20 chr5 118506685 . G A 152.12 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00612042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.318;QD=6.91435;RBI=0.0119723;REFB=0.00167863;REVB=-0.0102896;RO=66;SAF=7;SAR=15;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247695;STB=0.651343;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00419149;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:66:66:22:22:0.25:15:7:34:32:15:7:34:32 chr5 118506805 . A T 61.11 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00404269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.908;QD=6.60671;RBI=0.0171435;REFB=-0.0149389;REVB=-0.01666;RO=24;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381282;STB=0.792603;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0274536;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:24:28:9:9:0.243243:8:1:8:16:8:1:11:17 chr5 118513697 . C G 326.57 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0721892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6193;QD=36.2852;RBI=0.0732049;REFB=-0.000223936;REVB=-0.0121518;RO=9;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170299;STB=0.509272;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00185795;OID=.;OPOS=118513697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:13:14:5:4:13:14:5:4 chr5 118669304 . C T 202.82 PASS AF=0.214286;AO=32;DP=154;FAO=33;FDP=154;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=0.0025484;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.671;QD=5.26809;RBI=0.061551;REFB=-0.00304908;REVB=-0.0614982;RO=109;SAF=14;SAR=18;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557064;STB=0.504422;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0102276;OID=.;OPOS=118669304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:109:121:32:33:0.214286:18:14:43:66:19:14:52:69 chr5 118728953 . G C 381.23 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00816395;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.581;QD=41.2137;RBI=0.0220508;REFB=0.0219398;REVB=0.0204839;RO=8;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119934;STB=0.565011;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00146035;OID=.;OPOS=118728953;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:37:8:8:29:29:0.783784:13:16:2:6:13:16:2:6 chr5 118729286 . C T 299.08 PASS AF=0.6;AO=28;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00330898;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.373;QD=23.9263;RBI=0.0038393;REFB=-0.0174429;REVB=0.00194701;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227332;STB=0.608628;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0123911;OID=.;OPOS=118729286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:28:30:0.6:14:14:4:16:16:14:4:16 chr5 118811533 . G A 522.73 PASS AF=0.643836;AO=46;DP=71;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.013652;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.003;QD=28.6427;RBI=0.0147784;REFB=-0.025654;REVB=-0.00565908;RO=23;SAF=22;SAR=24;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525077;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.012675;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:23:26:46:47:0.643836:24:22:11:12:25:22:14:12 chr5 118827842 . T C 182.37 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0199086;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.536;QD=7.67871;RBI=0.0209868;REFB=-0.0081946;REVB=-0.00664023;RO=67;SAF=5;SAR=20;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183356;STB=0.637241;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0215254;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:67:70:25:25:0.263158:20:5:21:46:20:5:24:46 chr5 118845139 . G A 33.43 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00833396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.668;QD=19.1022;RBI=0.0608285;REFB=-0.00933354;REVB=0.0602549;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0483958;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr5 118969960 . C T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00548636;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.267;QD=5.70347;RBI=0.00595896;REFB=-0.00817163;REVB=0.00232573;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26505;STB=0.677086;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0308444;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:6:4:23:14:6:4:24:14 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 1092.67 PASS AF=0.0884354,0.911565;AO=14,68;DP=153;FAO=13,134;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=0,79;FSAR=13,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484311,0.654397;FXX=0.0392131;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=209.393,10.7635;QD=29.7324;RBI=0.0540445,0.667901;REFB=0.0558402,0.0142217;REVB=-0.0239841,0.133628;RO=59;SAF=0,31;SAR=14,37;SRF=45;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.815658,-0.25672;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0817121,0.0268755;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0884354,0.911565:14,68:153:13,134:147:0:0,79:13,55:0:0:32:59:0,31:14,37:45:14 chr5 120021819 . G A 731.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105802;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.325;QD=63.595;RBI=0.0077125;REFB=0;REVB=0.00763958;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57321e-05;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr5 121488635 . AT A 47.08 PASS AF=0.275;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00526719;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.7404;QD=4.70775;RBI=0.0540992;REFB=-0.0104452;REVB=-0.0538422;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275595;STB=0.685364;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.0308019;OID=.;OPOS=121488636;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:11:42:11:40:29:8:3:14:15:47:26:8:3:13:13 chr5 122165317 . C T 646.68 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0108947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3637;QD=35.4346;RBI=0.0127674;REFB=-0.0362413;REVB=-0.00665679;RO=19;SAF=21;SAR=33;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144918;STB=0.578023;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0115662;OID=.;OPOS=122165317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:19:54:54:0.739726:33:21:13:6:33:21:13:6 chr5 122522844 . C G 782.38 PASS AF=0.677083;AO=64;DP=96;FAO=65;FDP=96;FR=.;FRO=31;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00959242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.127;QD=32.599;RBI=0.0118043;REFB=-0.0408878;REVB=0.00687942;RO=31;SAF=38;SAR=26;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737946;STB=0.542156;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00743755;OID=.;OPOS=122522844;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:31:31:64:65:0.677083:26:38:22:9:27:38:22:9 chr5 122522897 . G A 510.26 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.027276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.276;QD=26.507;RBI=0.027283;REFB=-0.00806253;REVB=-0.000621573;RO=30;SAF=28;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531989;STB=0.52899;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00669578;OID=.;OPOS=122522897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:19:28:20:10:19:28:20:10 chr5 122682334 . C T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000378393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.042;QD=27.2318;RBI=0.0153016;REFB=-0.0273231;REVB=0.0152969;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159667;STB=0.588168;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0108236;OID=.;OPOS=122682334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:6:11:11:15:6:11 chr5 122682348 . A G 280.49 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0142186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.049;QD=28.0485;RBI=0.0305358;REFB=-0.024938;REVB=0.0270235;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153141;STB=0.584426;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0139646;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:11:14:5:10:11:14:5:10 chr5 122758268 . G C 142.16 PASS AF=0.231579;AO=21;DP=94;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0105073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.385;QD=5.98571;RBI=0.0202728;REFB=-0.0119601;REVB=0.0173373;RO=72;SAF=14;SAR=7;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260927;STB=0.677072;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0364581;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:72:73:21:22:0.231579:7:14:33:39:7:15:33:40 chr5 122950330 . G C 133.38 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0812714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4136;QD=6.42804;RBI=0.0822823;REFB=-0.00460532;REVB=0.0128577;RO=62;SAF=4;SAR=16;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316065;STB=0.70432;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0120845;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:62:63:20:20:0.240964:16:4:26:36:16:4:27:36 chr5 122950911 . G A 738.97 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.045949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.556;QD=54.7383;RBI=0.0486277;REFB=-0.0259702;REVB=0.0159169;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=7.47733e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:1:0:22:31:1:0 chr5 122990902 . A T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0181484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.242;QD=6.2062;RBI=0.0186;REFB=-0.00317105;REVB=-0.00407378;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278098;STB=0.685825;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00704596;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:28:30:9:9:0.230769:7:2:12:16:7:2:13:17 chr5 123972798 . AG AA,GA 32.41 PASS AF=0.0631579,0.0526316;AO=4,6;DP=93;FAO=6,5;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=4,3;FSAR=2,2;FSRF=17;FSRR=67;FWDB=-0.0208811,0.0201601;FXX=0.0104156;HRUN=1,13;LEN=1,2;MLLD=205.391,23.3901;QD=1.36456;RBI=0.0209971,0.0237564;REFB=-0.00300181,-0.0630573;REVB=-0.00220461,0.0125673;RO=78;SAF=2,5;SAR=2,1;SRF=11;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.425475,0.680865;STB=0.86718,0.837209;STBP=0.259,0.362;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0217712,0.0340857;OID=.,.;OPOS=123972799,123972798;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:93:95:78:84:4,6:6,5:0.0631579,0.0526316:2,1:2,5:11:67:2,2:4,3:17:67 chr5 123973360 . T TTA 146.43 PASS AF=0.652174;AO=13;DP=54;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0892318;FXX=0.11534;HRUN=3;LEN=2;MLLD=166.651;QD=25.4652;RBI=0.0914138;REFB=-0.125949;REVB=0.0198537;RO=40;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123487;STB=0.603646;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.0739623;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:13:54:15:23:8:6:9:1:7:59:40:5:8:15:25 chr5 125696140 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.896;QD=57.0007;RBI=0.0228471;REFB=0;REVB=0.00493963;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85801e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr5 125828803 . A G 863.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.036;QD=57.5866;RBI=0.00723001;REFB=0;REVB=0.00381124;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66389e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr5 125887715 . T G 46.67 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0113595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5842;QD=2.87176;RBI=0.0598139;REFB=0.00369782;REVB=0.0587253;RO=55;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600529;STB=0.912767;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.040844;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:8:1:35:20:8:1:36:20 chr5 125939409 . C T 184.74 PASS AF=0.277778;AO=26;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0409756;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1481;QD=8.2108;RBI=0.0415062;REFB=0.00900892;REVB=-0.00661527;RO=64;SAF=10;SAR=16;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027114;STB=0.5;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0270797;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:65:26:25:0.277778:16:10:26:38:15:10:26:39 chr5 126171999 . T C 259.06 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0135062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9371;QD=14.1948;RBI=0.0150991;REFB=-0.00789765;REVB=-0.00675023;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735888;STB=0.541682;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0115434;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:19:11:13:30:19:11:13:30 chr5 126746277 . C T 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000183268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1895;QD=57.7094;RBI=0.00450902;REFB=0;REVB=-0.00450529;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67348e-05;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr5 126792974 . T A 523.5 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.028101;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2378;QD=29.0834;RBI=0.0428301;REFB=-0.0210059;REVB=-0.0323226;RO=24;SAF=27;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323611;STB=0.523423;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0100072;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:25:47:47:0.652778:20:27:15:9:20:27:16:9 chr5 126887569 . G A 49.18 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0724523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.515;QD=4.09864;RBI=0.0794283;REFB=-0.00808111;REVB=-0.0325503;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245371;STB=0.681337;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0255049;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:48:39:40:8:8:0.166667:6:2:17:22:6:2:18:22 chr5 126890472 . C T 40.56 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.036504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.899;QD=3.45169;RBI=0.0791667;REFB=-0.00375407;REVB=-0.0702482;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493779;STB=0.850833;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0221641;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:1:6:18:22:1:6:18:22 chr5 126890541 . T C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00799234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.163;QD=5.01789;RBI=0.00967907;REFB=-0.0126882;REVB=-0.00545957;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243322;STB=0.663232;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0360412;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:13:14:5:2:13:14 chr5 126993249 . G C 328.82 PASS AF=0.546875;AO=26;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0368423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.008;QD=20.551;RBI=0.0742346;REFB=0.000649143;REVB=0.0644471;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17285;STB=0.645846;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000717441;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:29:26:35:0.546875:16:10:15:11:25:10:17:12 chr5 126993263 . A T 350.72 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0101718;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.981;QD=20.3315;RBI=0.010175;REFB=-0.0142055;REVB=-0.000255834;RO=32;SAF=9;SAR=27;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318242;STB=0.671898;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00732444;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:33:36:36:0.521739:27:9:19:13:27:9:19:14 chr5 126993282 . G A 594.63 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00449821;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.967;QD=27.3392;RBI=0.00500608;REFB=-0.0253658;REVB=0.00219702;RO=33;SAF=16;SAR=37;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186514;STB=0.597303;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0152023;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:33:34:53:53:0.609195:37:16:18:15:37:16:18:16 chr5 126993958 . C T 572.13 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00401792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.313;QD=31.3494;RBI=0.00761375;REFB=-0.0114302;REVB=-0.00646726;RO=22;SAF=27;SAR=23;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483857;STB=0.533174;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00713941;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:23:50:50:0.684932:23:27:10:12:23:27:10:13 chr5 127469859 . A G 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0279317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.799;QD=11.5965;RBI=0.029351;REFB=-0.0037135;REVB=0.00901676;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109101;STB=0.565106;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00518946;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:9:12:8:4:9:12 chr5 127614472 . A G 1548.9 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6437;QD=63.8723;RBI=0.0197262;REFB=0;REVB=-0.0193251;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23988e-05;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:54:42:0:0:54:43:0:0 chr5 127622491 . T C 469.9 PASS AF=0.611111;AO=45;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000453596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.313;QD=26.1056;RBI=0.0114167;REFB=-0.0130101;REVB=-0.0114077;RO=26;SAF=23;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443174;STB=0.541648;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00821819;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:28:45:44:0.611111:22:23:15:11:22:22:17:11 chr5 127625559 . T C 137.75 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0449946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1022;QD=5.73945;RBI=0.0592998;REFB=-0.00598761;REVB=0.0386258;RO=74;SAF=7;SAR=14;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180929;STB=0.608589;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0233258;OID=.;OPOS=127625559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:75:21:21:0.21875:14:7:35:39:14:7:35:40 chr5 127685135 . C T 846.76 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772364;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.094;QD=57.4073;RBI=0.0128145;REFB=0;REVB=0.0102252;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42659e-06;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr5 127685624 . C A 127.68 PASS AF=0.184;AO=23;DP=125;FAO=23;FDP=125;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0125904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.576;QD=4.08575;RBI=0.0139516;REFB=-0.00187045;REVB=0.00601085;RO=100;SAF=10;SAR=13;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957439;STB=0.561228;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00900074;OID=.;OPOS=127685624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:100:102:23:23:0.184:13:10:51:49:13:10:52:50 chr5 127777997 . G A 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00894137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.234;QD=5.17433;RBI=0.00978708;REFB=0.00110566;REVB=-0.0039798;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517095;STB=0.51982;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00535503;OID=.;OPOS=127777997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:43:44:11:11:0.2:4:7:29:14:4:7:29:15 chr5 128430757 . T C 1596.63 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000900946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6616;QD=59.1345;RBI=0.019979;REFB=0;REVB=0.0199587;RO=0;SAF=68;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120311;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:104:108:1:36:68:0:0:36:72:0:0 chr5 128797156 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.89;QD=26.0262;RBI=0.0182242;REFB=0.0554262;REVB=-0.00371588;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.01132;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr5 128797271 . G A 571.12 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0116295;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.262;QD=30.8715;RBI=0.0120071;REFB=-0.0243818;REVB=0.00298746;RO=24;SAF=29;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234517;STB=0.512702;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0123309;OID=.;OPOS=128797271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:24:24:50:50:0.675676:21:29:13:11:21:29:13:11 chr5 128797315 . T TCCCGGC 106.12 PASS AF=0.258065;AO=14;DP=76;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0138545;FXX=0.0746157;HRUN=3;LEN=6;MLLD=253.203;QD=6.84657;RBI=0.0201674;REFB=-0.00577214;REVB=-0.0146554;RO=55;SAF=8;SAR=6;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779564;STB=0.518496;STBP=0.9;TYPE=ins;VARB=0.018714;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:14:76:16:62:46:9:7:27:19:99:55:8:6:28:27 chr5 128863471 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.686;QD=58.7817;RBI=0.0295989;REFB=0;REVB=0.0289078;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80106e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr5 129072943 . G T 649.4 PASS AF=0.93617;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0871976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4977;QD=55.2683;RBI=0.0886636;REFB=-0.0358756;REVB=-0.0160563;RO=3;SAF=12;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561431;STB=0.530791;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.023994;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:47:3:3:41:44:0.93617:29:12:2:1:32:12:2:1 chr5 129520679 . G A 144.25 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.000659734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.805;QD=10.6851;RBI=0.0379127;REFB=-0.0162591;REVB=-0.0379069;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985913;STB=0.546384;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0255878;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:35:15:18:0.333333:7:8:18:11:7:11:19:16 chr5 129521126 . A G 242.58 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0166372;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.261;QD=27.7232;RBI=0.017817;REFB=-0.0177036;REVB=-0.0063756;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095604;STB=0.559531;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.008518;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:13:21:22:0.628571:11:10:8:5:12:10:8:5 chr5 130500751 . A C 225.99 PASS AF=0.266129;AO=28;DP=121;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.00389808;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.395;QD=7.28986;RBI=0.0105251;REFB=-0.0108119;REVB=0.00977659;RO=93;SAF=23;SAR=5;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380911;STB=0.600363;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0238662;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:93:91:28:33:0.266129:5:23:52:41:10:23:52:39 chr5 130766662 . T C 684.25 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.2;QD=53.6665;RBI=0.0313771;REFB=0.0355955;REVB=-0.0117487;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000161075;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:47:50:0.980392:22:25:0:1:23:27:0:1 chr5 130805475 . C T 1006.11 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.898;QD=59.183;RBI=0.0377361;REFB=0;REVB=0.00474521;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176491;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr5 131008194 . T C 221.37 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.784;QD=49.1936;RBI=0.0408824;REFB=0;REVB=-0.0336175;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284863;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:10:6:0:0:10:8:0:0 chr5 131066725 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.417;QD=63.2867;RBI=0.0168731;REFB=0;REVB=0.0155259;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13721e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr5 131283376 . C T 1226.08 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7623;QD=61.3042;RBI=0.0332783;REFB=0;REVB=-0.0313714;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165431;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:40:40:0:0 chr5 131396478 . C T 1100.32 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101162;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.274;QD=58.6837;RBI=0.0168681;REFB=-0.0518594;REVB=-0.0134979;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000803458;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:72:74:0.986667:31:41:1:0:32:42:1:0 chr5 131411460 . T C 2067.72 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0127746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.177;QD=61.7229;RBI=0.0440506;REFB=0.0333952;REVB=0.0421577;RO=1;SAF=79;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597912;STB=0.503144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-5.1366e-05;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:54:79:1:0:54:79:1:0 chr5 131543570 . CG C 31.36 PASS AF=0.257143;AO=10;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0424163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3956;QD=3.58379;RBI=0.0455664;REFB=-0.0523265;REVB=0.0166479;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416113;STB=0.856269;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.114632;OID=.;OPOS=131543571;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:10:35:9:35:26:1:8:14:12:31:24:2:8:13:11 chr5 131607080 . A G 114.6 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0509679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.431;QD=10.4185;RBI=0.0517616;REFB=-0.00607214;REVB=-0.00902968;RO=30;SAF=2;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573282;STB=0.845128;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0110228;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:12:2:19:11:12:2:19:11 chr5 131705949 . T C 591.75 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0504546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7485;QD=56.3568;RBI=0.118831;REFB=-0.00652126;REVB=-0.107587;RO=2;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585022;STB=0.531234;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00115475;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:15:25:0:2:15:25:0:2 chr5 131721174 . A G 1286.74 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0959865;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.244;QD=62.0117;RBI=0.0995294;REFB=0;REVB=-0.0263192;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239778;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr5 131731304 . A T 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.806;QD=57.1794;RBI=0.0831551;REFB=0;REVB=0.0059202;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115454;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr5 131755651 . C T 382.68 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.034806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.776;QD=52.7832;RBI=0.0349397;REFB=-0.0676198;REVB=0.00305319;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.512187;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000530336;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:20:8:0:0:20:8:0:1 chr5 131796498 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.938;QD=50.8366;RBI=0.0275277;REFB=-0.0572532;REVB=0.00431754;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00262566;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:0:1:17:8:0:1 chr5 131803868 . A G 71.62 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000516868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3087;QD=19.0998;RBI=0.0347446;REFB=-0.0168328;REVB=0.0347408;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0283239;OID=.;OPOS=131803868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:3:3:4:5:3:3 chr5 131805735 . C T 379.7 PASS AF=0.326389;AO=47;DP=144;FAO=47;FDP=144;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.00714098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.207;QD=10.5471;RBI=0.00753833;REFB=-0.00358088;REVB=-0.00241512;RO=97;SAF=27;SAR=20;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886852;STB=0.505128;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00729819;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:97:97:47:47:0.326389:20:27:55:42:20:27:55:42 chr5 131818828 . CT C 64.87 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0297171;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3649;QD=3.45976;RBI=0.0356118;REFB=0.00821772;REVB=0.0196238;RO=55;SAF=11;SAR=6;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010143;STB=0.522008;STBP=0.86;TYPE=del;VARB=-0.025673;OID=.;OPOS=131818829;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226667:17:76:17:75:58:11:6:36:22:64:55:11:6:36:19 chr5 131819126 . C T 434.36 PASS AF=0.709091;AO=39;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00659665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.342;QD=31.5898;RBI=0.0167167;REFB=-0.0365867;REVB=0.0153601;RO=16;SAF=24;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642673;STB=0.534866;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0157775;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:16:39:39:0.709091:15:24:8:8:15:24:8:8 chr5 131822055 . T C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00218135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2698;QD=30.4288;RBI=0.0341709;REFB=-0.0416766;REVB=0.0341012;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238094;STB=0.631412;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0119916;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:7:8:0:5:7:8:0:5 chr5 131822072 . A G 109.92 PASS AF=0.764706;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.155833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.6129;QD=25.8638;RBI=0.165292;REFB=-0.059957;REVB=-0.0551134;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224255;STB=0.624816;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0402899;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:17:4:4:12:13:0.764706:6:6:0:4:6:7:0:4 chr5 131822133 . T C 118.03 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0267458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.412;QD=22.4817;RBI=0.0267794;REFB=-0.0274033;REVB=-0.00134018;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285713;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0192946;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:3:4:8:5:4:4 chr5 131822224 . T C 168.09 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.028308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.943;QD=25.8605;RBI=0.0343204;REFB=-0.0240839;REVB=-0.0194048;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357466;STB=0.50908;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0120189;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:16:17:0.653846:8:8:5:4:8:9:5:4 chr5 131892357 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9703;QD=56.7041;RBI=0.0614041;REFB=0;REVB=0.0534742;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476217;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr5 131995964 . A G 469.37 PASS AF=0.833333;AO=34;DP=41;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0458474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.518;QD=44.7019;RBI=0.0462137;REFB=-0.0141152;REVB=0.00580697;RO=7;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971531;STB=0.549268;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00367511;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:42:7:7:34:35:0.833333:19:15:1:6:20:15:1:6 chr5 131996500 . A C 309.29 PASS AF=0.608696;AO=26;DP=44;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00404022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.658;QD=26.8945;RBI=0.0549668;REFB=-0.0135402;REVB=0.0548181;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116632;STB=0.548139;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0099139;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:17:18:26:28:0.608696:10:16:13:4:11:17:13:5 chr5 132030414 . T A 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00438626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2486;QD=28.2823;RBI=0.102237;REFB=-0.0331719;REVB=-0.102143;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361368;STB=0.519982;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0163332;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:8:14:7:5:8:14:7:5 chr5 132031972 . T C 384.67 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0404004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.3537;QD=32.7374;RBI=0.0504966;REFB=-0.0107398;REVB=-0.0302938;RO=14;SAF=21;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826184;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00516745;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:15:32:32:0.680851:11:21:9:5:11:21:10:5 chr5 132042146 . C T 970.46 PASS AF=0.661417;AO=83;DP=126;FAO=84;FDP=127;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00372028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.206;QD=30.5656;RBI=0.0150688;REFB=-0.0179731;REVB=0.0146023;RO=42;SAF=34;SAR=49;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873294;STB=0.544922;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0112784;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:42:43:83:84:0.661417:49:34:23:19:50:34:23:20 chr5 132098242 . A G 1952.84 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8643;QD=61.9949;RBI=0.0216113;REFB=0;REVB=-0.0144869;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8006e-06;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:69:56:0:0:69:57:0:0 chr5 132099999 . A G 868.19 PASS AF=0.700935;AO=75;DP=108;FAO=75;FDP=107;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0439054;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.964;QD=32.4557;RBI=0.0453501;REFB=-0.0170271;REVB=-0.0113555;RO=32;SAF=42;SAR=33;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368619;STB=0.519812;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00574901;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:32:32:75:75:0.700935:33:42:20:12:33:42:20:12 chr5 132150948 . T G 1381.17 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426099;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.418;QD=62.7803;RBI=0.0427227;REFB=0;REVB=0.00310153;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1668e-05;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr5 132151071 . A G 184.29 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.01644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.127;QD=8.19068;RBI=0.0165111;REFB=-0.00469631;REVB=0.00153097;RO=62;SAF=19;SAR=6;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350841;STB=0.725814;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0092562;OID=.;OPOS=132151071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:65:25:25:0.277778:6:19:30:32:6:19:30:35 chr5 132151751 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00474413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6119;QD=10.1408;RBI=0.0687815;REFB=-0.0301358;REVB=-0.0686177;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636141;STB=0.538401;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0233244;OID=.;OPOS=132151751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:18:10:4:9:18:10 chr5 132159134 . C T 80.78 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0346782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7842;QD=7.88095;RBI=0.0467721;REFB=-0.0157502;REVB=-0.0313855;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324651;STB=0.694154;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0283452;OID=.;OPOS=132159134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:24:6:5:6:24:6 chr5 132232315 . G A 117.88 PASS AF=0.206522;AO=18;DP=87;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0121507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.304;QD=5.12516;RBI=0.0147073;REFB=-0.0132003;REVB=-0.00828633;RO=68;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30657;STB=0.691107;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0384439;OID=.;OPOS=132232315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:68:73:18:19:0.206522:8:10:21:47:8:11:24:49 chr5 132267859 . A T 33.1 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0718692;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.4717;QD=4.56515;RBI=0.0850214;REFB=0.00604725;REVB=-0.0454253;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566202;STB=0.859105;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0440623;OID=.;OPOS=132267859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:28:29:22:23:6:6:0.206897:1:5:7:15:1:5:8:15 chr5 132556627 . T C 134.63 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0256489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.925;QD=6.64854;RBI=0.0598344;REFB=-0.0113806;REVB=-0.0540582;RO=59;SAF=5;SAR=15;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296405;STB=0.684368;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.037815;OID=.;OPOS=132556627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:59:61:20:20:0.246914:15:5:28:31:15:5:29:32 chr5 133186592 . G A 82.35 PASS AF=0.588235;AO=11;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0881112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1851;QD=19.3754;RBI=0.0883536;REFB=-0.0043433;REVB=-0.00654076;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.627655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00369154;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:17:5:7:11:10:0.588235:6:5:4:1:6:4:5:2 chr5 133186603 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.358;QD=48.7366;RBI=0.0224925;REFB=0;REVB=0.0200054;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284757;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr5 133316518 . G A 55.36 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0207963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.406;QD=3.51501;RBI=0.0269622;REFB=-0.0102271;REVB=-0.0171603;RO=53;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157597;STB=0.607381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0356117;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:6:4:28:25:6:4:28:25 chr5 133477802 . C T 1719.58 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199916;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.186;QD=60.8703;RBI=0.022839;REFB=0;REVB=-0.0110434;RO=0;SAF=71;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44947e-05;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:42:71:0:0:42:71:0:0 chr5 133481467 . G A 771.37 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025901;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.761;QD=57.1388;RBI=0.0281516;REFB=0;REVB=0.0110295;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20824e-05;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr5 133861425 . TGG TG,T,TTG 1412.86 PASS AF=0.0103627,0.259067,0.715026;AO=33,21,47;DP=169;FAO=2,50,138;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=1,15,65;FSAR=1,35,73;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0257195,0.0124629,-0.08148;FXX=0.0203035;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.43507,10.1073,9.68812;QD=29.2821;RBI=0.132275,0.0682715,0.397496;REFB=0.136553,0.0974436,0.080471;REVB=0.129751,0.0671243,0.389056;RO=29;SAF=1,7,37;SAR=32,14,10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.662585,-0.0512129,0.333587;STB=0.798048,0.545436,0.511277;STBP=0.718,0.025,0.089;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0852243,0.0200322,0.0586056;OID=.,.,.;OPOS=133861426,133861426,133861426;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0103627,0.259067,0.715026:33,21,47:169:2,50,138:193:3:1,15,65:1,35,73:3:0:99:29:1,7,37:32,14,10:11:18 chr5 133909475 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5941;QD=58.5995;RBI=0.101593;REFB=0;REVB=0.0980666;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613166;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr5 134235613 . A C 58.61 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0214926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.443;QD=3.34897;RBI=0.0246663;REFB=-0.00427895;REVB=0.0121035;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173499;STB=0.51179;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0236829;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:5:6:33:26:5:6:33:26 chr5 134262271 . C A 529.34 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0105158;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.072;QD=26.8019;RBI=0.0113787;REFB=-0.0425396;REVB=0.00434666;RO=29;SAF=17;SAR=32;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241817;STB=0.508221;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0264127;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:29:30:49:49:0.620253:32:17:11:18:32:17:11:19 chr5 134343661 . C T 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00791333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.25;QD=6.61967;RBI=0.0165404;REFB=-0.0056912;REVB=-0.0145246;RO=47;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374726;STB=0.51579;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0127798;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:48:16:16:0.25:7:9:25:22:7:9:26:22 chr5 134343799 . A G 519.66 PASS AF=0.707692;AO=45;DP=64;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.000728492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.782;QD=31.9789;RBI=0.0125964;REFB=-0.0127266;REVB=-0.0125753;RO=19;SAF=20;SAR=25;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721486;STB=0.541734;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0060075;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:19:19:45:46:0.707692:25:20:6:13:25:21:6:13 chr5 134670741 . C T 804.94 PASS AF=0.66055;AO=72;DP=109;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0131074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.354;QD=29.539;RBI=0.0451358;REFB=-0.0202314;REVB=-0.0431906;RO=37;SAF=38;SAR=34;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042249;STB=0.522803;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0103038;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:37:72:72:0.66055:34:38:22:15:34:38:22:15 chr5 134670765 . A G 778.95 PASS AF=0.633929;AO=71;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0128998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.114;QD=27.8195;RBI=0.0257292;REFB=-0.000458833;REVB=0.0222618;RO=41;SAF=40;SAR=31;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151376;STB=0.508194;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000209951;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:41:41:71:71:0.633929:31:40:24:17:31:40:24:17 chr5 134782414 . G T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.377;QD=61.6831;RBI=0.0401234;REFB=0;REVB=0.0307331;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121646;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr5 134782450 . T A 756.79 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347554;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7659;QD=57.1161;RBI=0.0838037;REFB=0;REVB=0.0762569;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832035;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:50:53:1:23:27:0:0:26:27:0:0 chr5 134782510 . T C 993.18 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120679;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.187;QD=59.2943;RBI=0.0121083;REFB=0;REVB=-0.000987803;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216836;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr5 134782576 . T G 1217.86 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.131807;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9347;QD=58.6918;RBI=0.138013;REFB=-0.0507716;REVB=0.0409198;RO=2;SAF=51;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632729;STB=0.503342;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00192613;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:83:2:2:81:81:0.975904:30:51:1:1:30:51:1:1 chr5 134871440 . A C 447.78 PASS AF=0.729167;AO=33;DP=46;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0554076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3449;QD=37.3153;RBI=0.0639059;REFB=-0.038118;REVB=-0.0318427;RO=13;SAF=21;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174748;STB=0.588756;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0255226;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:13:13:33:35:0.729167:12:21:4:9:13:22:4:9 chr5 134907552 . G A 59.74 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00777514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.232;QD=3.51387;RBI=0.00808835;REFB=-0.00140954;REVB=-0.00222904;RO=57;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638062;STB=0.504315;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325639;OID=.;OPOS=134907552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:7:4:21:36:7:4:21:36 chr5 135178124 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4293;QD=56.9559;RBI=0.0382962;REFB=0;REVB=-0.00138793;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355646;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr5 135207382 . C T 227.23 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0123999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.745;QD=28.4035;RBI=0.0141325;REFB=-0.0310524;REVB=0.00678019;RO=10;SAF=14;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220868;STB=0.638164;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0439843;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:10:11:21:21:0.65625:7:14:3:7:7:14:3:8 chr5 135210367 . C T 866.78 PASS AF=0.788235;AO=67;DP=86;FAO=67;FDP=85;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00970465;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.02;QD=40.7896;RBI=0.0434868;REFB=-0.0211174;REVB=0.0423901;RO=17;SAF=35;SAR=32;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196325;STB=0.516509;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00582721;OID=.;OPOS=135210367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:17:18:67:67:0.788235:32:35:8:9:32:35:8:10 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 417.01 PASS AF=0,0.616279;AO=10,39;DP=87;FAO=0,53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=0,29;FSAR=0,24;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00212678,-0.000694623;FXX=0.0114929;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=224.199,230.753;QD=19.3958;RBI=0.031436,0.017841;REFB=-0.0348743,-0.0345487;REVB=-0.031364,-0.0178275;RO=22;SAF=5,22;SAR=5,17;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206666,-0.0800892;STB=0.5,0.500664;STBP=1,0.999;TYPE=del,del;VARB=0.0374276,0.019951;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.616279:10,39:87:0,53:86:33:0,29:0,24:18:15:99:22:5,22:5,17:15:7 chr5 135276314 . C T 698.97 PASS AF=0.642857;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=98;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0101405;FXX=0.0297;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.251;QD=28.5293;RBI=0.0103581;REFB=0.000303355;REVB=0.00211184;RO=33;SAF=25;SAR=38;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425688;STB=0.520294;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-8.93007e-05;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:33:35:63:63:0.642857:38:25:11:22:38:25:12:23 chr5 135276847 . T C 1068.13 PASS AF=0.643357;AO=91;DP=143;FAO=92;FDP=143;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0224649;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.34;QD=29.8777;RBI=0.0265697;REFB=-0.0237201;REVB=0.0141872;RO=52;SAF=31;SAR=60;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114458;STB=0.565995;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0151168;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:52:51:91:92:0.643357:60:31:26:26:61:31:26:25 chr5 135388663 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.302;QD=59.9959;RBI=0.0163967;REFB=0;REVB=-0.014298;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77188e-05;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:39:65:0:0:39:67:0:0 chr5 135391374 . C T 1113.96 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.49;QD=60.2141;RBI=0.0262191;REFB=0;REVB=0.0255288;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11672e-05;OID=.;OPOS=135391374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:31:43:0:0 chr5 135392426 . T C 1457.05 PASS AF=0.989583;AO=75;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145856;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.71;QD=60.7104;RBI=0.0297236;REFB=0.114248;REVB=0.0258989;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000344769;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:75:95:0.989583:45:30:0:0:47:48:1:0 chr5 135399452 . T G 1889.47 PASS AF=0.961832;AO=125;DP=132;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0121665;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.01;QD=57.6936;RBI=0.0160144;REFB=-0.0469866;REVB=0.0104133;RO=5;SAF=64;SAR=61;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642847;STB=0.503214;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000684806;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:131:5:5:125:126:0.961832:61:64:3:2:61:65:3:2 chr5 135513085 . T TC 1208.63 PASS AF=1;AO=77;DP=84;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01504;FXX=0.0121936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.1413;QD=59.6856;RBI=0.0408212;REFB=0;REVB=-0.0379496;RO=3;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000116514;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:84:81:81:0:44:37:0:0:7:3:41:36:1:2 chr5 135692683 . GAA GA,GAG 128.83 PASS AF=0.541667,0.166667;AO=11,4;DP=24;FAO=13,4;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=1,1;FSAR=12,3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0363068,0.0642684;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.4838,15.968;QD=21.4721;RBI=0.0542303,0.08003;REFB=-0.153713,-0.126485;REVB=0.0402832,0.0476903;RO=7;SAF=1,1;SAR=10,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0.45756,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407764,-0.198753;STB=0.749498,0.630873;STBP=0.047,0.699;TYPE=del,snp;VARB=0.115742,0.031636;OID=.,.;OPOS=135692684,135692685;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667,0.166667:11,4:24:13,4:24:7:1,1:12,3:3:4:30:7:1,1:10,3:3:4 chr5 136304985 . T C 226.36 PASS AF=0.29703;AO=29;DP=100;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.000159526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.393;QD=8.96477;RBI=0.0259201;REFB=-0.0255284;REVB=0.0259197;RO=69;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778369;STB=0.522363;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0642933;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:69:71:29:30:0.29703:17:12:33:36:17:13:33:38 chr5 136312039 . A G 160.98 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.000379803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.379;QD=7.07611;RBI=0.0437912;REFB=-0.0071947;REVB=0.0437895;RO=67;SAF=13;SAR=10;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243189;STB=0.506324;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0246434;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:68:23:23:0.252747:10:13:38:29:10:13:39:29 chr5 136953577 . T C,G 354.95 PASS AF=0.862069,0.103448;AO=23,3;DP=27;FAO=25,3;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11,2;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00837352,-0.00300085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.074,60.5297;QD=48.9588;RBI=0.0206427,0.0268231;REFB=0.00576565,-0.0256366;REVB=-0.0188681,-0.0266547;RO=1;SAF=11,2;SAR=12,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0370176,0.266641;STB=0.517228,0.665547;STBP=0.51,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=6.93502e-05,0.0472133;OID=.,.;OPOS=136953577,136953577;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:29:1:1:23,3:25,3:0.862069,0.103448:12,1:11,2:0:1:14,1:11,2:0:1 chr5 136953817 . A G 142.49 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0218209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.866;QD=8.26002;RBI=0.0226813;REFB=0.00999557;REVB=-0.006188;RO=49;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457705;STB=0.775471;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0145644;OID=.;OPOS=136953817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:4:16:21:28:4:16:21:28 chr5 136954719 . T C 1375.39 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294197;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.711;QD=62.5176;RBI=0.0316743;REFB=0;REVB=-0.0117364;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79754e-05;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:41:47:0:0 chr5 136955383 . G T 74.19 PASS AF=0.147368;AO=11;DP=96;FAO=14;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0112713;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.951;QD=3.12391;RBI=0.0139067;REFB=-0.00584093;REVB=0.00814591;RO=56;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274394;STB=0.598003;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0232741;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:96:95:56:81:11:14:0.147368:7:4:33:23:9:5:38:43 chr5 136969793 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.304;QD=62.0196;RBI=0.035276;REFB=0;REVB=0.0342895;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110987;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr5 137028029 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5723;QD=57.5441;RBI=0.086212;REFB=0;REVB=0.0833356;RO=0;SAF=48;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661421;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:10:48:0:0:10:48:0:0 chr5 137206560 . A C 375.91 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8515;QD=51.8501;RBI=0.0274719;REFB=0.0177899;REVB=0.00608599;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00178063;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:13:14:1:0:13:15:1:0 chr5 137244517 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.725;QD=58.2392;RBI=0.00474253;REFB=0;REVB=-0.00159199;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53384e-06;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr5 137259179 . T C 2381.44 PASS AF=0.993671;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00393263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2611;QD=60.2897;RBI=0.0079464;REFB=-0.0314631;REVB=0.00690505;RO=0;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53711e-08;STB=0.502924;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=7.30249e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:158:0:1:155:157:0.993671:84:71:0:0:85:72:0:1 chr5 137347498 . G A 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0537365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.02;QD=60.7481;RBI=0.0540243;REFB=0.034445;REVB=0.00556944;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114144;STB=0.506023;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0012945;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:44:41:1:0:44:41:1:0 chr5 137372207 . A T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.63;QD=60.2277;RBI=0.0353645;REFB=0;REVB=0.0340283;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374172;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr5 137475787 . C T 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.037901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.288;QD=2.99721;RBI=0.0429216;REFB=-0.002825;REVB=-0.0201438;RO=58;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211711;STB=0.521696;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0152689;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:58:59:10:10:0.144928:5:5:30:28:5:5:31:28 chr5 137476416 . T C 800.48 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5202;QD=57.1771;RBI=0.0314383;REFB=0;REVB=-0.0247259;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315144;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr5 137665323 . G A 336.39 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0111059;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9549;QD=36.3665;RBI=0.0313077;REFB=-0.0292593;REVB=0.0292717;RO=8;SAF=16;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224549;STB=0.523793;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00384814;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:8:9:28:28:0.756757:12:16:5:3:12:16:6:3 chr5 137708434 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.617;QD=59.1428;RBI=0.0293798;REFB=0;REVB=0.00105631;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94549e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr5 137717265 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.813;QD=56.937;RBI=0.0713919;REFB=0;REVB=0.000545907;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196382;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr5 137754695 . T C 1291.97 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912912;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0206;QD=61.5224;RBI=0.0166869;REFB=0;REVB=0.0139682;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133388;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:81:84:1:44:37:0:0:45:39:0:0 chr5 137766066 . G A 140.83 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0444554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.306;QD=6.32923;RBI=0.0446381;REFB=-0.00679559;REVB=-0.00403459;RO=68;SAF=10;SAR=11;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102366;STB=0.56284;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0164276;OID=.;OPOS=137766066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:11:10:38:30:11:10:38:30 chr5 137781792 . G A 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8535;QD=39.1875;RBI=0.180953;REFB=0;REVB=0.07285;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015609;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr5 137782335 . G A 153.63 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0119821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.308;QD=7.22951;RBI=0.0122698;REFB=0.000980098;REVB=0.00264136;RO=63;SAF=15;SAR=7;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14466;STB=0.588152;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00323706;OID=.;OPOS=137782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:7:15:36:27:7:15:36:27 chr5 137892170 . G A 756.29 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.169;QD=56.0212;RBI=0.040279;REFB=0;REVB=0.0261878;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104219;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr5 137902339 . T C 245.71 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0203467;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.808;QD=29.7832;RBI=0.0240226;REFB=0.00699486;REVB=-0.0127711;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163624;STB=0.590083;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00203822;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:11:11:22:22:0.666667:10:12:3:8:10:12:3:8 chr5 137911022 . G C 366.6 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00138388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.227;QD=40.7338;RBI=0.0200338;REFB=-0.0096305;REVB=0.0199859;RO=7;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13402;STB=0.57247;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00573398;OID=.;OPOS=137911022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:14:15:1:6:14:15:1:6 chr5 138668972 . TC T 447.71 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000657371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.543;QD=32.5609;RBI=0.0305878;REFB=-0.0277401;REVB=-0.0305808;RO=16;SAF=25;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102409;STB=0.545001;STBP=0.305;TYPE=del;VARB=0.0101542;OID=.;OPOS=138668973;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:40:56:40:55:15:25:15:7:8:99:16:25:15:7:9 chr5 138705188 . C CATT 1088.68 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=82;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0161443;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.552;QD=54.4342;RBI=0.0162545;REFB=-0.0478291;REVB=-0.00188934;RO=6;SAF=45;SAR=30;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972811;STB=0.513086;STBP=0.403;TYPE=ins;VARB=0.00189903;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:75:82:75:80:5:45:30:4:1:17:6:45:30:4:2 chr5 138713959 . A C 468.79 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305609;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=58.5985;RBI=0.0540531;REFB=0;REVB=0.0445845;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252297;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr5 138720108 . C T 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6452;QD=56.9489;RBI=0.167358;REFB=0;REVB=0.150864;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267877;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr5 138728483 . A G 327.47 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412678;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8247;QD=54.5786;RBI=0.041294;REFB=0;REVB=-0.00147095;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000866369;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr5 138728533 . C T 399.96 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0505429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4075;QD=53.3284;RBI=0.112886;REFB=-0.0679908;REVB=0.100938;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0271067;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:1:0:9:20:1:0 chr5 138730037 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2451;QD=33.4277;RBI=0.162549;REFB=0;REVB=0.0926899;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572427;OID=.;OPOS=138730037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 138730407 . C T 647.29 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00291691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3572;QD=35.4682;RBI=0.0386607;REFB=-0.0515515;REVB=0.0385505;RO=19;SAF=24;SAR=30;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142914;STB=0.507689;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.011215;OID=.;OPOS=138730407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:19:54:54:0.739726:30:24:9:10:30:24:9:10 chr5 138857919 . T C 1216.28 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158508;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.338;QD=60.0634;RBI=0.0313906;REFB=0.0233988;REVB=0.0270947;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-4.12751e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:37:43:0:0:37:43:0:1 chr5 138861146 . C G 101.42 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0877076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.901;QD=5.79518;RBI=0.08839;REFB=-0.00445119;REVB=0.0109622;RO=54;SAF=5;SAR=11;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259059;STB=0.662202;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0141722;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:11:5:28:26:11:5:28:26 chr5 139574050 . G A 70.57 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0224067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0528;QD=3.48516;RBI=0.0432371;REFB=-0.00832437;REVB=-0.0369782;RO=66;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125805;STB=0.592887;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0207262;OID=.;OPOS=139574050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:81:66:68:13:13:0.160494:6:7:42:24:6:7:44:24 chr5 139740454 . C T 115.64 PASS AF=0.8;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0523983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.192;QD=30.838;RBI=0.0525396;REFB=-0.128788;REVB=-0.00385157;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754271;STB=0.571306;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0023059;OID=.;OPOS=139740454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:14:15:2:3:11:12:0.8:8:3:1:1:8:4:2:1 chr5 139745154 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.463;QD=56.9996;RBI=0.038677;REFB=0;REVB=0.0215184;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30195e-05;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr5 139936760 . G T 429.69 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8792;QD=50.552;RBI=0.109658;REFB=-0.0874945;REVB=0.107919;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.013794;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:1:1:31:33:0.970588:10:21:0:1:12:21:1:0 chr5 139936980 . A G 626.82 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270819;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.377;QD=61.1529;RBI=0.005415;REFB=0;REVB=-0.00468913;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11652e-05;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:26:13:0:0:26:15:0:0 chr5 139937894 . A C 468.75 PASS AF=0.711864;AO=40;DP=57;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0272703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.533;QD=31.7794;RBI=0.0277014;REFB=-0.0299447;REVB=0.00486828;RO=16;SAF=24;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205006;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00985449;OID=.;OPOS=139937894;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:16:17:40:42:0.711864:16:24:9:7:17:25:10:7 chr5 139940233 . G A 1170.89 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00154599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.708;QD=57.1168;RBI=0.00284522;REFB=-0.227751;REVB=0.00238856;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506797;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0024937;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:0:3:79:79:0.963415:38:41:0:0:38:41:1:2 chr5 139941228 . A G 435.68 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.3112;QD=54.4595;RBI=0.0560816;REFB=-0.00405145;REVB=0.0232527;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.533311;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0010948;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:24:7:1:0:24:7:1:0 chr5 140011867 . C T 145.77 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0206943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.882;QD=25.3518;RBI=0.0318677;REFB=-0.030283;REVB=0.0242342;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980432;STB=0.55484;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0134587;OID=.;OPOS=140011867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:3:5:7:8:3:5 chr5 140021482 . C T 158.13 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0396572;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5556;QD=33.2902;RBI=0.0402289;REFB=-0.0272364;REVB=-0.0067583;RO=4;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361573;STB=0.538409;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0345597;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:20:19:4:4:15:15:0.789474:5:10:3:1:5:10:2:2 chr5 140023238 . C G 677.37 PASS AF=0.659091;AO=57;DP=89;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00650322;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.729;QD=30.7894;RBI=0.00929409;REFB=-0.016162;REVB=0.00663989;RO=30;SAF=27;SAR=30;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591471;STB=0.528573;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00756264;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:30:30:57:58:0.659091:30:27:17:13:30:28:17:13 chr5 140048209 . T C 461.22 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0554446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3683;QD=30.2442;RBI=0.0686255;REFB=-0.0386437;REVB=0.0404394;RO=19;SAF=26;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863949;STB=0.546903;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0193043;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:16:26:9:10:16:26:9:10 chr5 140048267 . T C 771.73 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212768;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.157;QD=57.1649;RBI=0.0219899;REFB=0;REVB=0.00555463;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85274e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr5 140048544 . C T 417.46 PASS AF=0.707317;AO=27;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00929155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.846;QD=40.728;RBI=0.0232105;REFB=-0.0283116;REVB=0.0212695;RO=7;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061428;STB=0.543697;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00599904;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:41:41:7:8:27:29:0.707317:15:12:2:5:16:13:2:6 chr5 140052271 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0119093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.441;QD=11.0923;RBI=0.032999;REFB=0.0055648;REVB=-0.0307751;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156622;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00758822;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:4:5:0.454545:2:2:4:2:3:2:4:2 chr5 140098596 . T G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0325252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.693;QD=15.6261;RBI=0.0350874;REFB=-0.0280527;REVB=-0.013162;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318338;STB=0.68162;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.037927;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:17:6:10:7:17:6 chr5 140099040 . G A 32.38 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0182025;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.628;QD=8.63362;RBI=0.0183264;REFB=-0.0074378;REVB=0.0021273;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.571156;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0405125;OID=.;OPOS=140099040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:16:15:9:10:6:5:0.333333:3:3:2:7:3:2:3:7 chr5 140111764 . AT A 330.97 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0299929;FXX=0.0588149;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0308;QD=20.6856;RBI=0.0611903;REFB=-0.00626538;REVB=0.0533355;RO=23;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227156;STB=0.626135;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.00502336;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.640625:40:68:41:64:23:13:28:15:8:99:23:13:27:15:8 chr5 140168070 . A G 34.26 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0658068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2935;QD=4.42072;RBI=0.176279;REFB=-0.0211173;REVB=-0.163535;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378376;STB=0.759236;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0961882;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:2:4:8:16:2:4:8:17 chr5 140168151 . G T 120.06 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00704612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.123;QD=9.41649;RBI=0.00712931;REFB=-0.024328;REVB=-0.0010859;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103629;STB=0.562417;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0638375;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:16:20:7:8:16:20 chr5 140174622 . G A 183.03 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0953406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6596;QD=7.9579;RBI=0.115069;REFB=-0.0033275;REVB=0.0644282;RO=67;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164456;STB=0.59885;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0132151;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:16:9:33:34:16:9:33:34 chr5 140174865 . G C 129.27 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=104;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.00303761;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0117;QD=5.02022;RBI=0.0595131;REFB=0.00109615;REVB=0.0594355;RO=82;SAF=11;SAR=10;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761195;STB=0.557549;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00296268;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:82:82:21:21:0.203883:10:11:38:44:10:11:37:45 chr5 140176455 . GC G 31.22 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.228604;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3338;QD=3.90288;RBI=0.231255;REFB=-0.0323342;REVB=-0.0349196;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.340081;SSSB=0.466156;STB=0.777161;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0109017;OID=.;OPOS=140176456;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:9:34:9:32:23:7:2:9:14:31:22:7:2:8:14 chr5 140181734 . A G 141.36 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0222819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9932;QD=9.58353;RBI=0.0228569;REFB=-0.0193869;REVB=-0.00509439;RO=37;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171857;STB=0.597595;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0428211;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:40:19:19:0.322034:13:6:17:20:13:6:18:22 chr5 140181892 . T C 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00202515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.258;QD=10.5941;RBI=0.0337909;REFB=-0.0162827;REVB=-0.0337301;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134162;STB=0.578056;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0282899;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:26:16:11:11:26:16 chr5 140182101 . G T 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0311307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.74;QD=8.92358;RBI=0.0316256;REFB=0.00427734;REVB=0.00557312;RO=42;SAF=8;SAR=11;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305792;STB=0.685067;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00821351;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:43:19:19:0.306452:11:8:29:13:11:8:30:13 chr5 140183058 . G A 88.19 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0327024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4654;QD=5.59926;RBI=0.0393108;REFB=-0.00110714;REVB=0.0218149;RO=49;SAF=9;SAR=5;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117504;STB=0.57436;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00371786;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:5:9:27:22:5:9:27:22 chr5 140186937 . G T 51.83 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0339968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.763;QD=6.09776;RBI=0.0340006;REFB=-0.0128189;REVB=-0.000509728;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228692;STB=0.649599;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0587962;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:11:15:6:2:11:15 chr5 140187102 . A G 102.63 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0255888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.847;QD=7.0779;RBI=0.0353181;REFB=-0.0112097;REVB=-0.0243431;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121687;STB=0.567808;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0192376;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:10:5:18:24:10:5:18:25 chr5 140187322 . C T 140.53 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=107;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.0294576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3943;QD=5.20485;RBI=0.032685;REFB=0.003094;REVB=0.0141619;RO=84;SAF=14;SAR=9;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297096;STB=0.512309;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0185273;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:84:85:23:23:0.212963:9:14:53:31:9:14:53:32 chr5 140187901 . A G 627.42 PASS AF=0.675;AO=53;DP=78;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0155311;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.717;QD=31.3712;RBI=0.0321394;REFB=0.00136057;REVB=-0.0281376;RO=25;SAF=26;SAR=27;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086213;OID=.;OPOS=140187901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:25:26:53:54:0.675:27:26:13:12:27:27:13:13 chr5 140188383 . T G 79.38 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.097359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.968;QD=6.90239;RBI=0.0976505;REFB=-0.0114683;REVB=-0.00753908;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106166;STB=0.566808;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0367936;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:16:19:5:6:16:19 chr5 140188401 . A G 68.99 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0422848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3314;QD=9.19808;RBI=0.0431044;REFB=-0.00571243;REVB=-0.00836566;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117753;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00808196;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:30:30:20:20:9:10:0.333333:4:5:9:11:4:6:9:11 chr5 140188575 . G C 78.05 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0186023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.703;QD=6.24421;RBI=0.0480545;REFB=-0.00807861;REVB=-0.0443079;RO=39;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328879;STB=0.710721;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0253296;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:8:3:21:18:8:3:21:18 chr5 140201420 . T C 177.04 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0397653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.578;QD=10.4144;RBI=0.041059;REFB=-0.0206815;REVB=-0.0102255;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703399;STB=0.540949;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0444032;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:14:9:15:30:14:9:15:30 chr5 140203425 . G C 142.24 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.016809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.693;QD=33.4686;RBI=0.0255926;REFB=-0.0211313;REVB=0.0192987;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436406;STB=0.517217;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00167306;OID=.;OPOS=140203425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:17:3:3:13:14:0.823529:6:7:2:1:6:8:2:1 chr5 140208884 . A C 52.82 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0253278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.216;QD=3.15332;RBI=0.0299687;REFB=-0.00156364;REVB=-0.0160196;RO=57;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300521;STB=0.702489;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0124378;OID=.;OPOS=140208884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:6:4:37:20:6:4:37:20 chr5 140209467 . T G 34.59 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0490148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3382;QD=4.6119;RBI=0.128801;REFB=-0.0148439;REVB=-0.119111;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290321;STB=0.695018;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0353936;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:14:10:4:2:14:10 chr5 140214361 . G A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00552988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.563;QD=27.2218;RBI=0.0286659;REFB=-0.0121793;REVB=0.0281274;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982784;STB=0.554326;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0048176;OID=.;OPOS=140214361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:6:9:11:13:6:9 chr5 140214381 . G A 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0112485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1192;QD=9.53522;RBI=0.0494142;REFB=0.0258651;REVB=-0.0481169;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255379;STB=0.654912;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0604958;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:15:12:8:4:15:12 chr5 140221011 . C A 140.58 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0242636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.513;QD=13.0776;RBI=0.0256778;REFB=-0.019621;REVB=0.00840409;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122584;STB=0.581296;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0414371;OID=.;OPOS=140221011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:8:8:10:16:8:8:10:17 chr5 140221139 . G A 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0186973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7011;QD=8.28197;RBI=0.118231;REFB=0.0119813;REVB=0.116743;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526716;STB=0.81041;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0186507;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:4:8:6:26:4:8:6:26 chr5 140222157 . A C 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0277033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.55;QD=2.72597;RBI=0.0361257;REFB=-0.00888724;REVB=-0.0231861;RO=62;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175453;STB=0.61922;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0468862;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:62:63:10:10:0.136986:7:3:27:35:7:3:27:36 chr5 140228164 . C A 210.91 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00886094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.58;QD=24.8129;RBI=0.00895169;REFB=-0.0523922;REVB=-0.00127135;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153156;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0461257;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:8:12:5:8:9:12:5:8 chr5 140229086 . C G 811.36 PASS AF=0.672897;AO=72;DP=107;FAO=72;FDP=107;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0255733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3186;QD=30.3313;RBI=0.0539205;REFB=-0.00234962;REVB=-0.0474703;RO=32;SAF=33;SAR=39;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239217;STB=0.509003;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000861344;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:32:35:72:72:0.672897:39:33:16:16:39:33:17:18 chr5 140229368 . G C 583.59 PASS AF=0.623529;AO=52;DP=82;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0309584;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5503;QD=27.4629;RBI=0.0329901;REFB=-0.0339996;REVB=0.0113984;RO=30;SAF=32;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147306;STB=0.583113;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.019936;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:30:32:52:53:0.623529:20:32:12:18:20:33:13:19 chr5 140229526 . T G 958.19 PASS AF=0.747664;AO=78;DP=104;FAO=80;FDP=107;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0252093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.993;QD=35.8203;RBI=0.0310536;REFB=-0.0506204;REVB=0.0181332;RO=26;SAF=44;SAR=34;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609066;STB=0.510877;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0104313;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:26:27:78:80:0.747664:34:44:15:11:36:44:16:11 chr5 140230370 . AA CC 642.05 PASS AF=0.8125;AO=52;DP=64;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0012376;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.488;QD=40.1279;RBI=0.0163252;REFB=-0.0155459;REVB=-0.0162782;RO=12;SAF=18;SAR=34;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582743;STB=0.531238;STBP=0.292;TYPE=mnp;VARB=0.00440163;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:12:12:52:52:0.8125:34:18:6:6:34:18:6:6 chr5 140231125 . T C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000603616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.223;QD=25.4981;RBI=0.0205091;REFB=0.00641284;REVB=-0.0205002;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248345;STB=0.638373;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00307567;OID=.;OPOS=140231125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:10:6:16:7:10:6 chr5 140231237 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0994;QD=58.2364;RBI=0.0633271;REFB=0;REVB=0.0610181;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625805;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr5 140232950 . G C 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0170327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2447;QD=28.7614;RBI=0.0188185;REFB=0.0130553;REVB=-0.00800135;RO=9;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138841;STB=0.507684;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00546626;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:8:11:5:4:8:11:5:4 chr5 140236950 . C G 593.36 PASS AF=0.708333;AO=51;DP=72;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00470137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.034;QD=32.9642;RBI=0.0203088;REFB=-0.0205437;REVB=0.0197571;RO=21;SAF=23;SAR=28;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117794;STB=0.56345;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00970629;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:21:21:51:51:0.708333:28:23:5:16:28:23:5:16 chr5 140237109 . T G 1306.57 PASS AF=0.698113;AO=111;DP=160;FAO=111;FDP=159;FR=.;FRO=48;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0926999;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2828;QD=32.8696;RBI=0.0940866;REFB=-0.0263502;REVB=-0.016094;RO=46;SAF=52;SAR=59;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884047;STB=0.553386;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0100478;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:46:48:111:111:0.698113:59:52:29:17:59:52:31:17 chr5 140237387 . T G 212.01 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0268583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4889;QD=27.3555;RBI=0.038949;REFB=-0.0154487;REVB=0.0282074;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290777;STB=0.516113;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0204478;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:6:5:10:10:6:5 chr5 140237548 . A G 412.71 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00665068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.924;QD=31.7468;RBI=0.0138797;REFB=-0.0226201;REVB=-0.0121826;RO=14;SAF=24;SAR=13;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036931;STB=0.505718;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00820151;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:15:37:37:0.711538:13:24:10:4:13:24:10:5 chr5 140242451 . GC G 277.16 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0415559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6334;QD=20.5302;RBI=0.0717957;REFB=0.0120212;REVB=-0.0585469;RO=16;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396132;STB=0.537794;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=-0.0100973;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:34:54:36:54:18:20:16:12:6:83:16:19:15:10:6 chr5 140242479 . T A 437.72 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0010939;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.691;QD=26.9367;RBI=0.0280551;REFB=-0.0201628;REVB=-0.0280338;RO=24;SAF=27;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553976;STB=0.530263;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0115752;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:24:24:41:41:0.630769:14:27:14:10:14:27:14:10 chr5 140250252 . T C 346.17 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00894212;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.694;QD=37.424;RBI=0.0116454;REFB=-0.0550924;REVB=0.00746022;RO=9;SAF=8;SAR=20;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238437;STB=0.630154;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0418122;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:9:9:28:28:0.756757:20:8:7:2:20:8:7:2 chr5 140255482 . T C 940.94 PASS AF=0.757282;AO=78;DP=103;FAO=78;FDP=103;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00217704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.297;QD=36.5415;RBI=0.00263444;REFB=-0.0045349;REVB=0.0014835;RO=25;SAF=24;SAR=54;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107742;STB=0.557774;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00183381;OID=.;OPOS=140255482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:25:25:78:78:0.757282:54:24:13:12:54:24:13:12 chr5 140255792 . C A 141.25 PASS AF=0.576923;AO=11;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0823029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1892;QD=21.7304;RBI=0.113887;REFB=0.00388047;REVB=-0.0787179;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211187;STB=0.503264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00869806;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:10:11:11:15:0.576923:1:10:8:2:4:11:8:3 chr5 140263290 . T G 449.51 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00384802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.458;QD=21.405;RBI=0.0238322;REFB=-0.0505428;REVB=-0.0235195;RO=40;SAF=32;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280451;STB=0.655663;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0283237;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:12:32:17:23:12:32:17:23 chr5 140307284 . G A 157.94 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0166576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.404;QD=8.09957;RBI=0.0184769;REFB=-0.000895747;REVB=-0.00799507;RO=54;SAF=10;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119821;STB=0.570702;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00208936;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:56:22:22:0.282051:12:10:30:24:12:10:31:25 chr5 140307746 . C G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00808606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.516;QD=3.33867;RBI=0.013341;REFB=-0.0019001;REVB=-0.0106112;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39125;STB=0.768455;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0111558;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:11:23:2:4:11:23 chr5 140307969 . C G 79.4 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0212644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5071;QD=4.12478;RBI=0.0534149;REFB=-0.00613176;REVB=-0.0489998;RO=63;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600741;STB=0.539269;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0338844;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:8:6:30:33:8:6:30:33 chr5 140309016 . C T 77.02 PASS AF=0.164706;AO=13;DP=83;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0297045;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4875;QD=3.6247;RBI=0.0308743;REFB=0.00175164;REVB=-0.00841803;RO=70;SAF=8;SAR=5;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746698;STB=0.581034;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0128144;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:83:85:70:71:13:14:0.164706:5:8:39:31:5:9:39:32 chr5 140346468 . T A 113.35 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0047929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.627;QD=5.46292;RBI=0.0177;REFB=-0.014164;REVB=-0.0170388;RO=62;SAF=14;SAR=4;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366863;STB=0.718216;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0684673;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:65:18:18:0.216867:4:14:31:31:4:14:34:31 chr5 140346712 . T C 261.12 PASS AF=0.262411;AO=37;DP=137;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.00780365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6398;QD=7.40758;RBI=0.0922453;REFB=-0.0207785;REVB=-0.0919146;RO=100;SAF=21;SAR=16;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304036;STB=0.514578;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0563701;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:100:104:37:37:0.262411:16:21:57:43:16:21:57:47 chr5 140347053 . C T 73.99 PASS AF=0.22;AO=10;DP=49;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0463781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9773;QD=5.91932;RBI=0.102448;REFB=0.00812365;REVB=0.0913495;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450769;STB=0.558826;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0175088;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:49:50:39:39:10:11:0.22:4:6:22:17:4:7:22:17 chr5 140431771 . T C 36.75 PASS AF=0.12766;AO=5;DP=49;FAO=6;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0807762;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.1464;QD=3.12771;RBI=0.11861;REFB=-0.033978;REVB=-0.0868538;RO=36;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354944;STB=0.784092;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0771256;OID=.;OPOS=140431771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:49:47:36:39:5:6:0.12766:4:1:18:18:5:1:18:21 chr5 140474756 . G A 137.29 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0288582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.796;QD=8.7169;RBI=0.0307936;REFB=3.6901e-05;REVB=-0.0107448;RO=42;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346317;STB=0.69083;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-9.35918e-05;OID=.;OPOS=140474756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:44:19:19:0.301587:6:13:16:26:6:13:18:26 chr5 140476894 . A G 94.04 PASS AF=0.162162;AO=18;DP=111;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.0255514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.294;QD=3.38877;RBI=0.0267781;REFB=-0.00352782;REVB=-0.00801202;RO=93;SAF=3;SAR=15;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498435;STB=0.830446;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0155535;OID=.;OPOS=140476894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:111:111:93:93:18:18:0.162162:15:3:52:41:15:3:52:41 chr5 140476905 . A G 82.93 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0316941;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.546;QD=3.6856;RBI=0.032762;REFB=-0.00296233;REVB=-0.00829635;RO=71;SAF=2;SAR=13;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547334;STB=0.860956;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00621577;OID=.;OPOS=140476905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:90:71:75:15:15:0.166667:13:2:40:31:13:2:42:33 chr5 140476939 . A G 46.69 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0237037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.103;QD=3.45848;RBI=0.027503;REFB=-0.0096643;REVB=0.0139482;RO=45;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36791;STB=0.749376;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0704018;OID=.;OPOS=140476939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:54:45:46:8:8:0.148148:6:2:25:20:6:2:25:21 chr5 140480355 . A G 91.73 PASS AF=0.237288;AO=13;DP=58;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.0100164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6769;QD=6.21911;RBI=0.0442683;REFB=-0.00879547;REVB=0.0431202;RO=40;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261614;STB=0.640854;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0193403;OID=.;OPOS=140480355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:58:59:40:45:13:14:0.237288:5:8:32:8:5:9:36:9 chr5 140480578 . A G 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00940182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.372;QD=10.6102;RBI=0.0253061;REFB=-0.0222688;REVB=-0.0234947;RO=59;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128835;STB=0.575086;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0485825;OID=.;OPOS=140480578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:12:17:28:31:12:17:28:31 chr5 140482483 . G A 88.23 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0158968;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.452;QD=12.6048;RBI=0.0535365;REFB=-0.0345153;REVB=0.0511219;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.578816;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0269814;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:28:17:17:10:11:0.392857:7:3:3:14:8:3:3:14 chr5 140502841 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0924355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0548;QD=10.1403;RBI=0.0993521;REFB=0.017297;REVB=-0.0364214;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239084;STB=0.639289;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.051549;OID=.;OPOS=140502841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:11:2:8:19:11:2:8:20 chr5 140517174 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.15;QD=49.5992;RBI=0.0355049;REFB=0;REVB=0.00172862;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100726;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr5 140517431 . T C 255.97 PASS AF=0.236686;AO=40;DP=169;FAO=40;FDP=169;FR=.;FRO=129;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.0190531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.246;QD=6.05841;RBI=0.0198357;REFB=0.000171625;REVB=0.00551666;RO=129;SAF=23;SAR=17;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609131;STB=0.536946;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000450036;OID=.;OPOS=140517431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:129:129:40:40:0.236686:17:23:68:61:17:23:68:61 chr5 140517690 . C A 76.92 PASS AF=0.229167;AO=10;DP=47;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00850139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.317;QD=6.41028;RBI=0.0092308;REFB=-0.00115221;REVB=-0.00359637;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376721;STB=0.762193;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00911409;OID=.;OPOS=140517690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:47:48:37:37:10:11:0.229167:8:2:18:19:9:2:18:19 chr5 140530529 . G A 431.76 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00620019;FXX=0.0545355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.498;QD=33.2122;RBI=0.0155003;REFB=0.0130099;REVB=-0.0142062;RO=12;SAF=25;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433417;STB=0.525429;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00234935;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:52:12:14:38:38:0.730769:13:25:8:4:13:25:8:6 chr5 140531175 . T C 527.4 PASS AF=1;AO=26;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0927;QD=58.6001;RBI=0.0842008;REFB=0;REVB=-0.0377766;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020445;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:26:36:1:21:5:0:0:24:12:0:0 chr5 140531746 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0668;QD=53.9099;RBI=0.0594722;REFB=0;REVB=0.00209528;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125419;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr5 140532871 . T A 412.14 PASS AF=0.702128;AO=32;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.120204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9184;QD=35.0755;RBI=0.124185;REFB=0.0081454;REVB=-0.0311913;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536228;STB=0.522922;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00198541;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:14:14:32:33:0.702128:19:13:7:7:19:14:7:7 chr5 140553581 . G C 1134.55 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.54;QD=60.5093;RBI=0.0312528;REFB=0;REVB=0.00533251;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130208;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr5 140553856 . G A 138.63 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0719348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6663;QD=39.6089;RBI=0.072686;REFB=-0.182521;REVB=0.010423;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0156242;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr5 140554006 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.736;QD=52.6132;RBI=0.0305004;REFB=0;REVB=0.0265729;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109697;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr5 140554481 . G T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0521367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3269;QD=22.6319;RBI=0.0630102;REFB=0.0101257;REVB=0.0353843;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243638;STB=0.637472;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00269784;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:6:2:8:5:6:2 chr5 140554540 . G A 107.99 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00481331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.67;QD=12.3413;RBI=0.0555279;REFB=-0.0234971;REVB=0.0553189;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100164;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0785132;OID=.;OPOS=140554540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:22:22:11:13:0.371429:5:6:10:12:7:6:10:12 chr5 140554562 . A T 83.8 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00665464;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.918;QD=8.17579;RBI=0.0275684;REFB=-0.00951085;REVB=-0.0267532;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113535;STB=0.581351;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0258724;OID=.;OPOS=140554562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:43:41:29:30:11:11:0.268293:5:6:13:16:5:6:13:17 chr5 140554606 . T C 401.25 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.048808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1599;QD=29.7225;RBI=0.0894982;REFB=-0.0116873;REVB=-0.075018;RO=16;SAF=19;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422145;STB=0.531983;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00302518;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:16:17:37:37:0.685185:18:19:7:9:18:19:7:10 chr5 140554808 . T A 1246.35 PASS AF=0.78125;AO=94;DP=122;FAO=100;FDP=128;FR=.;FRO=28;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0638444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8889;QD=38.9485;RBI=0.0693124;REFB=-0.0290797;REVB=-0.0269832;RO=26;SAF=47;SAR=47;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625161;STB=0.529994;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00644753;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:26:28:94:100:0.78125:47:47:9:17:47:53:11:17 chr5 140555181 . T TTA 34.45 PASS AF=0.25;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00106853;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.2068;QD=4.92083;RBI=0.0694075;REFB=-0.0327046;REVB=-0.0693993;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265763;STB=0.594353;STBP=0.699;TYPE=ins;VARB=0.10003;OID=.;OPOS=140555182;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:28:7:28:21:2:5:4:17:34:19:2:4:3:16 chr5 140558212 . A C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0265955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.62;QD=19.9763;RBI=0.0272696;REFB=-0.0240477;REVB=0.00602579;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.608582;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0283361;OID=.;OPOS=140558212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:10:10:6:14:10:10 chr5 140558326 . T C 91.72 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0129917;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.348;QD=8.15254;RBI=0.013299;REFB=-0.00201794;REVB=-0.00284261;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1523;STB=0.59394;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00374326;OID=.;OPOS=140558326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:45:33:33:12:12:0.266667:7:5:18:15:7:5:18:15 chr5 140558345 . G C 289.43 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.000910375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3114;QD=25.7267;RBI=0.010447;REFB=0.00378258;REVB=-0.0104073;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227041;STB=0.625754;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00291359;OID=.;OPOS=140558345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:6:13:10:16:6:13 chr5 140559596 . T G 227.01 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00282047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.682;QD=36.321;RBI=0.00829684;REFB=-0.0266669;REVB=0.00780272;RO=5;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933246;STB=0.55097;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0134777;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:9:11:4:1:9:11:4:1 chr5 140564048 . G C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00626725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.118;QD=16.8229;RBI=0.0263009;REFB=0.00105003;REVB=0.0255433;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000489929;OID=.;OPOS=140564048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:2:3:1:6:2:3 chr5 140564088 . C T 115.56 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0705798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4574;QD=30.8146;RBI=0.0872645;REFB=0.027667;REVB=0.0513184;RO=3;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013928;OID=.;OPOS=140564088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:4:8:2:1:4:8:2:1 chr5 140564263 . C T 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00293781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.867;QD=37.411;RBI=0.00300715;REFB=-0.040511;REVB=0.000642049;RO=6;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622;STB=0.533951;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00885035;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:15:8:3:3:15:8:3:3 chr5 140565168 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.785;QD=32.822;RBI=0.0862048;REFB=-0.0177667;REVB=0.0833642;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00311377;OID=.;OPOS=140565168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr5 140567264 . G T 398.15 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.000543256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.208;QD=35.3907;RBI=0.00444092;REFB=-0.0376409;REVB=0.00440756;RO=13;SAF=10;SAR=22;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516321;STB=0.528036;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0137304;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:22:10:3:10:22:10:3:10 chr5 140567445 . A G 273.78 PASS AF=0.774194;AO=23;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0231852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.399;QD=35.3269;RBI=0.0277799;REFB=-0.0301804;REVB=0.0153026;RO=7;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212766;STB=0.506769;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0122884;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:23:24:0.774194:11:12:4:3:11:13:4:3 chr5 140568026 . T C 729.9 PASS AF=0.705882;AO=60;DP=86;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0107149;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.409;QD=34.3482;RBI=0.0898447;REFB=-0.0373504;REVB=0.0892035;RO=25;SAF=30;SAR=30;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109148;STB=0.50588;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0170337;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:25:25:60:60:0.705882:30:30:13:12:30:30:13:12 chr5 140568034 . C CA 944.33 PASS AF=1;AO=73;DP=85;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061885;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1033;QD=48.4274;RBI=0.200268;REFB=0;REVB=-0.190466;RO=8;SAF=36;SAR=37;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00200011;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:85:78:78:0:39:39:0:0:17:8:36:37:7:1 chr5 140568998 . C T 74.2 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0248914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3279;QD=10.2351;RBI=0.0251144;REFB=-0.0533146;REVB=0.00333874;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.107809;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:9:10:5:5:9:10 chr5 140572668 . C T 330.11 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000909628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9789;QD=31.4393;RBI=0.0436979;REFB=0.0318902;REVB=0.0436885;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651438;STB=0.535689;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0182864;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:13:15:6:8:13:15:6:8 chr5 140572763 . C G 73.77 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00630365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4166;QD=9.83644;RBI=0.00892706;REFB=-0.00609312;REVB=0.00632111;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110768;OID=.;OPOS=140572763;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:8:12:6:4:8:12 chr5 140573439 . G C 325.14 PASS AF=0.603774;AO=33;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.105483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.316;QD=24.5392;RBI=0.106581;REFB=-0.00939247;REVB=0.0152633;RO=20;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128075;STB=0.584854;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00417811;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:33:32:0.603774:16:17:14:6:16:16:15:6 chr5 140573442 . C G 311.38 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0136997;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.322;QD=24.91;RBI=0.0155003;REFB=-0.0184104;REVB=0.00725103;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107824;STB=0.567524;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0106766;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:20:30:30:0.6:14:16:13:6:14:16:14:6 chr5 140573754 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4503;QD=35.5756;RBI=0.0904836;REFB=0;REVB=0.0342202;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00704228;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 140575211 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.352;QD=57.6807;RBI=0.0395668;REFB=0;REVB=0.0222163;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39631e-05;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr5 140580931 . C G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00525049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.391;QD=24.0667;RBI=0.0256104;REFB=-0.030923;REVB=0.0250664;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262232;STB=0.514688;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0123922;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:6:4:7:9:6:4 chr5 140581510 . G T 481.59 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0308252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.1;QD=38.5275;RBI=0.0410396;REFB=-0.0250405;REVB=0.0270935;RO=13;SAF=19;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618372;STB=0.533459;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00925414;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:18:19:5:8:18:19:5:8 chr5 140589738 . C T 112.77 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0558124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9302;QD=5.43481;RBI=0.0560948;REFB=-0.0111835;REVB=0.0056222;RO=65;SAF=13;SAR=5;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189152;STB=0.61983;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0455655;OID=.;OPOS=140589738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:5:13:38:27:5:13:38:27 chr5 140590766 . A G 122.26 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0194377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4394;QD=7.29917;RBI=0.0353515;REFB=0.00293208;REVB=0.029528;RO=48;SAF=6;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275175;STB=0.673076;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0094937;OID=.;OPOS=140590766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:48:49:18:18:0.268657:12:6:27:21:12:6:28:21 chr5 140594442 . A G 114.48 PASS AF=0.162963;AO=21;DP=134;FAO=22;FDP=135;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=42;FWDB=-0.00805614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.61;QD=3.392;RBI=0.0213846;REFB=-0.004491;REVB=-0.019809;RO=112;SAF=8;SAR=13;SRF=70;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302647;STB=0.677374;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0245777;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:112:113:21:22:0.162963:13:8:70:42:13:9:71:42 chr5 140595106 . C G 42.81 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00496696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3181;QD=5.18865;RBI=0.0695073;REFB=0.000488721;REVB=0.0693296;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432901;STB=0.794968;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00430644;OID=.;OPOS=140595106;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:12:14:6:1:12:14 chr5 140596162 . C T 145.23 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.000964747;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.042;QD=8.93716;RBI=0.00485409;REFB=-0.00477215;REVB=-0.00475725;RO=45;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105066;STB=0.562437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0145343;OID=.;OPOS=140596162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:45:45:20:20:0.307692:8:12:23:22:8:12:23:22 chr5 140596704 . A G 148.44 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0165896;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5325;QD=7.8124;RBI=0.117912;REFB=-0.014566;REVB=0.116739;RO=55;SAF=13;SAR=8;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241026;STB=0.514498;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0384954;OID=.;OPOS=140596704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:8:13:33:22:8:13:33:22 chr5 140605030 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9798;QD=37.4885;RBI=0.124907;REFB=0;REVB=-0.064266;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0122011;OID=.;OPOS=140605030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 140605078 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00952094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.082;QD=11.9197;RBI=0.012066;REFB=-0.0546041;REVB=0.00741221;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0634993;OID=.;OPOS=140605078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr5 140614830 . G A 161.73 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00785807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.586;QD=6.34237;RBI=0.0715397;REFB=0.00126921;REVB=-0.0711068;RO=76;SAF=14;SAR=10;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168087;STB=0.602188;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00373361;OID=.;OPOS=140614830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:76:78:24:24:0.235294:10:14:34:42:10:14:35:43 chr5 140615221 . C T 185.66 PASS AF=0.252174;AO=28;DP=115;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0120079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.357;QD=6.4577;RBI=0.0136189;REFB=-0.0155716;REVB=-0.00642547;RO=86;SAF=14;SAR=14;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144507;STB=0.521568;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0453122;OID=.;OPOS=140615221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:86:86:28:29:0.252174:14:14:44:42:15:14:44:42 chr5 140615269 . A G 168.69 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=103;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0151909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.849;QD=6.55104;RBI=0.0153398;REFB=-0.00375355;REVB=-0.00213144;RO=76;SAF=12;SAR=13;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735117;STB=0.534495;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0097629;OID=.;OPOS=140615269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:78:25:25:0.242718:13:12:41:35:13:12:41:37 chr5 140626566 . A C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000868574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.071;QD=16.455;RBI=0.00802021;REFB=-0.00840494;REVB=0.00797304;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.642482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0122438;OID=.;OPOS=140626566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:0:4:5:1:0:4 chr5 140626571 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.107734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2913;QD=14.0435;RBI=0.110602;REFB=-0.0177882;REVB=-0.0250254;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0316714;OID=.;OPOS=140626571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr5 140626626 . C CA 213.0 PASS AF=1;AO=5;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144394;FXX=0.0951928;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.029;QD=44.8425;RBI=0.157074;REFB=0;REVB=0.0618287;RO=15;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00542673;OID=.;OPOS=140626627;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:21:19:19:0:6:13:0:0:3:15:0:5:6:9 chr5 140626627 . G A,C 252.56 PASS AF=0.761905,0.238095;AO=15,5;DP=20;FAO=16,5;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524565,-0.0305314;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=126.678,23.7457;QD=48.1075;RBI=0.0628364,0.105597;REFB=0,0;REVB=0.0345938,-0.101086;RO=0;SAF=6,0;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00289678,0.132884;OID=.,.;OPOS=140626627,140626627;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:20:21:0:0:15,5:16,5:0.761905,0.238095:9,5:6,0:0:0:10,5:6,0:0:0 chr5 140626767 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0423553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.914;QD=7.32294;RBI=0.0428198;REFB=-0.028397;REVB=-0.00628984;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.571184;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0324147;OID=.;OPOS=140626767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:4:2:5:8:4:2:6:8 chr5 140699759 . T C 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0275989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.366;QD=21.7411;RBI=0.027901;REFB=-0.00873889;REVB=0.00409444;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309739;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523934;OID=.;OPOS=140699759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:11:5:6:13:11:5 chr5 140699840 . T G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00232381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1817;QD=14.654;RBI=0.0239595;REFB=0.0117065;REVB=0.0238465;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499358;STB=0.785151;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00342049;OID=.;OPOS=140699840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:8:0:5:3:8:0 chr5 140710705 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0280405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.939;QD=16.1192;RBI=0.0283734;REFB=-0.0102625;REVB=-0.00433297;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122788;STB=0.571306;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00955767;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:6:7:8:4:6:7 chr5 140712210 . G T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00309216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.283;QD=11.0197;RBI=0.0547999;REFB=-0.0320104;REVB=0.0547126;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0561575;OID=.;OPOS=140712210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:6:2:2:4:6:2 chr5 140712299 . A T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0033776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.774;QD=12.7389;RBI=0.037169;REFB=0.0035413;REVB=0.0370152;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00293992;OID=.;OPOS=140712299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr5 140719025 . G C 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00908593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.461;QD=13.0356;RBI=0.0280311;REFB=-0.0197128;REVB=-0.0265177;RO=32;SAF=14;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206182;STB=0.622074;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0220048;OID=.;OPOS=140719025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:4:14:20:12:4:14:20:12 chr5 140725828 . C T 134.24 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0382342;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7484;QD=8.01441;RBI=0.0437026;REFB=-0.00575457;REVB=-0.0211675;RO=47;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425884;STB=0.763258;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0181818;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:48:19:19:0.283582:4:15:21:26:4:15:21:27 chr5 140739779 . C G 303.39 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0146209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.397;QD=10.4617;RBI=0.0157186;REFB=-0.00733662;REVB=-0.0057711;RO=77;SAF=18;SAR=21;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961614;STB=0.555527;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0144638;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:77:39:39:0.336207:21:18:42:35:21:18:42:35 chr5 140750044 . T C 3220.2 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559524;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.245;QD=61.6306;RBI=0.0612544;REFB=0.0525099;REVB=0.0249286;RO=1;SAF=90;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172107;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:209:1:0:207:209:1:117:90:0:1:118:91:0:0 chr5 140751128 . C G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00636345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2463;QD=5.21413;RBI=0.0351744;REFB=0.00612351;REVB=0.0345941;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277816;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0156366;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:10:11:3:3:10:11 chr5 140751698 . G A 437.14 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00961484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.309;QD=38.8566;RBI=0.0127377;REFB=-0.0246676;REVB=0.00835486;RO=11;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102487;STB=0.555523;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0108399;OID=.;OPOS=140751698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:14:20:4:7:14:20:4:7 chr5 140763029 . A G 99.82 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0845247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5744;QD=5.5455;RBI=0.0857019;REFB=0.0116444;REVB=0.0141561;RO=55;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142888;STB=0.507033;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0433716;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:55:56:16:16:0.222222:9:7:24:31:9:7:25:31 chr5 140763100 . C T 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.105226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7098;QD=9.0913;RBI=0.107915;REFB=0.00424921;REVB=-0.0239427;RO=32;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198607;STB=0.621624;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00644978;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:9:4:15:17:9:4:15:17 chr5 140773388 . G T 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.000900457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.684;QD=2.79729;RBI=0.0142914;REFB=0.000347791;REVB=-0.014263;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190383;STB=0.631315;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00300248;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:5:4:17:40:5:4:17:40 chr5 140774288 . T C 447.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.455;QD=57.7914;RBI=0.0284394;REFB=0;REVB=0.0283563;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86265e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:13:16:0:0:13:18:0:0 chr5 140779523 . CCG C 33.15 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0169084;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=26.9251;QD=6.31391;RBI=0.0829266;REFB=-0.0598237;REVB=0.0811845;RO=14;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.252469;SSSB=0.188413;STB=0.749461;STBP=0.446;TYPE=del;VARB=0.136995;OID=.;OPOS=140779524;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:4:22:6:21:15:2:4:1:14:33:14:1:3:2:12 chr5 140783596 . C T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0110729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.477;QD=8.52488;RBI=0.0124752;REFB=-0.022961;REVB=-0.00574643;RO=37;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241252;STB=0.629904;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0507017;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:39:16:16:0.290909:11:5:19:18:11:5:19:20 chr5 140784055 . T C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00808406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.232;QD=17.7307;RBI=0.0123888;REFB=-0.023529;REVB=-0.00938779;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145576;STB=0.582688;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0214667;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:13:6:8:9:13:6 chr5 140784427 . T C 34.71 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0144377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.45;QD=4.62854;RBI=0.0196401;REFB=-0.0150792;REVB=-0.0133148;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987067;STB=0.566449;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.055803;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:10:14:3:3:10:14 chr5 140788264 . C T 50.08 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0235086;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.731;QD=4.35445;RBI=0.0427596;REFB=-0.00446382;REVB=-0.0357174;RO=38;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904426;STB=0.561641;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0447055;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:47:46:38:38:8:8:0.173913:5:3:17:21:5:3:17:21 chr5 140789933 . G A 89.21 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0351816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.946;QD=3.71709;RBI=0.0401016;REFB=0.000966177;REVB=0.0192457;RO=80;SAF=3;SAR=13;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255142;STB=0.673669;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00621834;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:80:80:16:16:0.166667:13:3:28:52:13:3:28:52 chr5 140793007 . A G 255.08 PASS AF=0.356322;AO=30;DP=86;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0199392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.49;QD=11.7276;RBI=0.0223414;REFB=-0.00198488;REVB=-0.0100779;RO=56;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754486;STB=0.552361;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00458284;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:56:30:31:0.356322:17:13:28:28:18:13:28:28 chr5 140797630 . G T 202.8 PASS AF=0.238462;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.0314911;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.277;QD=6.24002;RBI=0.0319591;REFB=-0.00982683;REVB=-0.00544962;RO=100;SAF=12;SAR=19;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016945;STB=0.505474;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0301693;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:100:99:31:31:0.238462:19:12:40:60:19:12:39:60 chr5 140801104 . T C 39.7 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0132372;FXX=0.0512689;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.471;QD=4.29199;RBI=0.0164566;REFB=-0.000169322;REVB=-0.00977729;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290321;STB=0.713606;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00467257;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:39:37:24:30:6:6:0.162162:4:2:14:10:4:2:18:12 chr5 140801298 . C A 102.8 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0117731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.849;QD=4.83751;RBI=0.0697332;REFB=-0.00729171;REVB=0.0687322;RO=68;SAF=8;SAR=9;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553405;STB=0.535228;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0296098;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:9:8:35:33:9:8:35:33 chr5 140803241 . C A 86.24 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00224322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8607;QD=12.3197;RBI=0.0226768;REFB=-0.0221426;REVB=0.0225655;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21426;STB=0.599828;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0389596;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:6:5:4:12:6:5:5:12 chr5 140807256 . A C 156.75 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00527914;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3524;QD=9.49972;RBI=0.0235019;REFB=-0.00955658;REVB=-0.0229013;RO=46;SAF=17;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44191;STB=0.768838;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0377534;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:46:45:21:21:0.318182:4:17:21:25:4:17:20:25 chr5 140857798 . T C 78.02 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.047557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.777;QD=4.52263;RBI=0.0475812;REFB=-0.00758675;REVB=-0.00152009;RO=55;SAF=11;SAR=3;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289277;STB=0.688861;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0554032;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:69:69:55:55:14:14:0.202899:3:11:32:23:3:11:32:23 chr5 140858245 . C T 78.48 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0349898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.843;QD=3.97387;RBI=0.0377912;REFB=-0.00574939;REVB=-0.014279;RO=65;SAF=10;SAR=4;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249463;STB=0.665154;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0337319;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:4:10:34:31:4:10:34:31 chr5 140859053 . A T 46.25 PASS AF=0.132353;AO=8;DP=66;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00538724;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8747;QD=2.72087;RBI=0.0418741;REFB=-0.00958331;REVB=0.0415261;RO=57;SAF=0;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677028;STB=0.888026;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0539394;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:68:57:59:8:9:0.132353:8:0:32:25:8:1:33:26 chr5 141014494 . T C 192.78 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.000379082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.278;QD=5.97775;RBI=0.00733289;REFB=-0.00831793;REVB=-0.00732309;RO=99;SAF=14;SAR=16;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060843;STB=0.537165;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0285891;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:99:30:30:0.232558:16:14:51:48:16:14:51:48 chr5 141016288 . T G 117.1 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0193664;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.898;QD=4.93071;RBI=0.0238757;REFB=-0.006956;REVB=-0.0139639;RO=74;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263684;STB=0.665048;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0336911;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:74:76:19:19:0.2:7:12:31:43:7:12:32:44 chr5 141019830 . C G 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0182332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.012;QD=7.32657;RBI=0.0230705;REFB=-0.00955161;REVB=-0.014135;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175349;STB=0.611945;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0100829;OID=.;OPOS=141019830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:8:13:6:2:8:13 chr5 141020252 . C T 265.56 PASS AF=0.741935;AO=22;DP=30;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00660112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.135;QD=34.2661;RBI=0.0737827;REFB=-0.0405974;REVB=0.0734868;RO=7;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115585;STB=0.505613;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0167571;OID=.;OPOS=141020252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:7:8:22:23:0.741935:10:12:4:3:11:12:4:4 chr5 141036337 . A G 66.29 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.13044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9493;QD=7.57558;RBI=0.177265;REFB=-0.0378046;REVB=-0.120034;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431551;STB=0.608469;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.104287;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:18:25:9:10:0.285714:2:7:7:11:3:7:14:11 chr5 141059868 . T C 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00436409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.622;QD=5.85755;RBI=0.0130594;REFB=9.02569e-05;REVB=-0.0123086;RO=31;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582107;STB=0.883109;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00043492;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:1:8:13:18:1:8:13:19 chr5 141243646 . A G 2502.59 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943589;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.301;QD=61.7923;RBI=0.0254872;REFB=0;REVB=0.0236762;RO=0;SAF=62;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53825e-05;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:161:162:1:99:62:0:0:99:63:0:0 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 463.43 PASS AF=0.831579,0.105263;AO=30,10;DP=98;FAO=79,10;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=68,10;FSAR=11,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0318277,-0.0210756;FXX=0.0404;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=90.4601,158.361;QD=19.5127;RBI=0.0318738,0.0321657;REFB=-0.137238,-0.0148707;REVB=0.00171478,-0.0242992;RO=44;SAF=20,10;SAR=10,0;SRF=43;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.441759,0.610183;STB=0.504014,0.998087;STBP=0.868,0.173;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00767982,0.0587077;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:98:95:44:6:30,10:79,10:0.831579,0.105263:10,0:20,10:43:1:11,0:68,10:5:1 chr5 141325249 . T C 1883.76 PASS AF=0.99187;AO=117;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.916;QD=61.2606;RBI=0.0251363;REFB=0;REVB=0.0234077;RO=0;SAF=33;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55433e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:0:0:117:122:0.99187:84:33:0:0:84:38:0:0 chr5 141334921 . C T 179.06 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0712483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4962;QD=31.1407;RBI=0.0715309;REFB=-0.0625117;REVB=-0.00635202;RO=6;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463034;STB=0.525518;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0214045;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:23:23:6:6:17:17:0.73913:4:13:5:1:4:13:5:1 chr5 141335241 . A G 415.12 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165223;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.893;QD=57.258;RBI=0.016712;REFB=0;REVB=-0.00251129;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149947;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr5 141335284 . G A 763.25 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00266639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8555;QD=51.7457;RBI=0.0742673;REFB=-0.0670893;REVB=0.0742195;RO=2;SAF=39;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014993;STB=0.521456;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0133495;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:2:3:56:56:0.949153:17:39:1:1:17:39:1:2 chr5 141336264 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.084;QD=63.583;RBI=0.05313;REFB=0;REVB=0.00444271;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22839e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr5 141337126 . C T 631.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9524;QD=61.6539;RBI=0.0744562;REFB=0;REVB=0.0401667;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822535;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr5 141337225 . A G 281.45 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.63;QD=51.1734;RBI=0.0428512;REFB=0;REVB=0.0420536;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276362;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:9:11:0:0:11:11:0:0 chr5 141391532 . G A 189.43 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0184197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6019;QD=7.35647;RBI=0.0371595;REFB=0.000473869;REVB=0.032273;RO=75;SAF=9;SAR=18;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247489;STB=0.65348;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-2.52681e-06;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:75:76:27:27:0.262136:18:9:40:35:18:9:41:35 chr5 141531735 . C T 850.98 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.156;QD=57.6937;RBI=0.0515792;REFB=0;REVB=0.0190863;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92361e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:55:59:1:31:24:0:0:32:27:0:0 chr5 141973349 . C G 139.75 PASS AF=0.228261;AO=15;DP=92;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0230617;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7912;QD=6.07608;RBI=0.0289255;REFB=0.000921251;REVB=0.0174596;RO=60;SAF=5;SAR=10;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15224;STB=0.594311;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00286053;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:71:15:21:0.228261:10:5:27:33:15:6:28:43 chr5 141973501 . T C 236.54 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0119047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.715;QD=11.2637;RBI=0.0194123;REFB=-0.00195347;REVB=0.0153334;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508685;STB=0.539205;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00323474;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:55:28:29:0.345238:16:12:26:29:17:12:26:29 chr5 142254679 . A G 118.58 PASS AF=0.246575;AO=17;DP=72;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00177148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.135;QD=6.49751;RBI=0.0278363;REFB=-0.0110515;REVB=-0.0277799;RO=54;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786187;STB=0.575261;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0276134;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:54:55:17:18:0.246575:9:8:22:32:9:9:22:33 chr5 142421415 . T G 566.01 PASS AF=0.710145;AO=41;DP=70;FAO=49;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0310007;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.388;QD=32.812;RBI=0.031152;REFB=-0.0314671;REVB=0.00306652;RO=21;SAF=14;SAR=27;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563802;STB=0.507689;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0124062;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:21:20:41:49:0.710145:27:14:7:14:33:16:7:13 chr5 142593652 . C T 789.79 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110785;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.359;QD=64.473;RBI=0.0478759;REFB=0;REVB=0.0465765;RO=0;SAF=42;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196018;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:7:42:0:0:7:42:0:0 chr5 143059433 . T C 230.74 PASS AF=0.7;AO=20;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0404649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3994;QD=30.7655;RBI=0.0540195;REFB=-0.14928;REVB=0.0357869;RO=6;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701125;STB=0.509545;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0619808;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:30:30:6:9:20:21:0.7:10:10:4:2:10:11:5:4 chr5 143200053 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.861;QD=60.9784;RBI=0.0406748;REFB=0;REVB=-0.036455;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276803;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr5 143853526 . GC CA,GCA 43.86 PASS AF=0.0434783,0.173913;AO=2,7;DP=49;FAO=2,8;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=0,2;FSAR=2,6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00700231,-0.138175;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.319,15.5901;QD=3.81432;RBI=0.0410341,0.156073;REFB=0.000435852,-0.0251517;REVB=-0.0404322,-0.0725699;RO=39;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=19;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.412431,-0.249009;STB=0.994783,0.71373;STBP=0.191,0.219;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0626189,0.00185016;OID=.,.;OPOS=143853526,143853528;OREF=GC,-;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:49:46:39:36:2,7:2,8:0.0434783,0.173913:2,5:0,2:19:20:2,6:0,2:18:18 chr5 145246085 . T G 184.3 PASS AF=0.21831;AO=27;DP=140;FAO=31;FDP=142;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=0.0192025;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.248;QD=5.19161;RBI=0.0195916;REFB=-9.43673e-06;REVB=-0.00388551;RO=109;SAF=20;SAR=7;SRF=68;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171088;STB=0.602281;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=5.11254e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:109:111:27:31:0.21831:7:20:68:41:8:23:70:41 chr5 145393364 . C T 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00775897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.008;QD=54.6365;RBI=0.0401501;REFB=-0.141533;REVB=0.0393932;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000848619;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:28:23:0:0:28:23:0:1 chr5 145439647 . T C 1182.97 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584904;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.682;QD=60.6649;RBI=0.0167965;REFB=0;REVB=-0.0157452;RO=0;SAF=19;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96855e-05;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:57:19:0:0:59:19:0:0 chr5 145442133 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0338699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.53;QD=10.9409;RBI=0.0357007;REFB=-0.00584349;REVB=-0.0112858;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231162;STB=0.63614;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0138372;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:5:15:6:5:5:15 chr5 145442203 . G C 654.25 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00187384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1842;QD=59.4775;RBI=0.00821534;REFB=-0.0332414;REVB=-0.00799878;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00320776;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:26:17:0:1:26:17:0:1 chr5 145499973 . T C 932.72 PASS AF=0.677686;AO=80;DP=119;FAO=82;FDP=121;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0253674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.863;QD=30.8338;RBI=0.0367199;REFB=0.0180141;REVB=0.0265489;RO=39;SAF=34;SAR=46;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739512;STB=0.535931;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00828875;OID=.;OPOS=145499973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:39:39:80:82:0.677686:46:34:12:27:48:34:12:27 chr5 145890028 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.501;QD=58.061;RBI=0.040509;REFB=0;REVB=0.0186442;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8556e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr5 145894896 . G C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.051;QD=56.9366;RBI=0.0675949;REFB=0;REVB=0.0157922;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303356;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr5 145935658 . G A 2194.05 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.283;QD=62.2425;RBI=0.0183919;REFB=0;REVB=-0.0104131;RO=0;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9461e-05;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:141:0:0:133:141:1:71:62:0:0:73:68:0:0 chr5 146092291 . C G 603.61 PASS AF=0.75;AO=51;DP=68;FAO=51;FDP=68;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00195086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.715;QD=35.5064;RBI=0.00616785;REFB=0.00156454;REVB=-0.0058512;RO=17;SAF=23;SAR=28;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118097;STB=0.563517;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00033064;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:17:17:51:51:0.75:28:23:12:5:28:23:12:5 chr5 146619206 . G C 571.02 PASS AF=0.742424;AO=48;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00736703;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.173;QD=34.6069;RBI=0.0336893;REFB=-0.0107488;REVB=-0.0328739;RO=17;SAF=24;SAR=24;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142677;STB=0.5102;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00452367;OID=.;OPOS=146619206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:48:49:0.742424:24:24:9:8:25:24:9:8 chr5 146971253 . C T 88.06 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.504;QD=39.1396;RBI=0.0695162;REFB=0;REVB=0.0485992;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909223;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:5:2:0:0:5:4:0:0 chr5 147024476 . C A 119.85 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.000164234;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.517;QD=5.211;RBI=0.00431699;REFB=0.00114996;REVB=0.00431387;RO=73;SAF=10;SAR=9;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187447;STB=0.61661;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00606737;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:73:73:19:19:0.206522:9:10:49:24:9:10:49:24 chr5 147024509 . C T 64.42 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.0614408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7273;QD=3.48192;RBI=0.0774984;REFB=0.00219644;REVB=-0.0472337;RO=61;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37423;STB=0.732576;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0201388;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:74:61:62:12:12:0.162162:7:5:44:17:7:5:44:18 chr5 147281308 . C T 2289.04 PASS AF=0.684588;AO=185;DP=274;FAO=191;FDP=279;FR=.;FRO=88;FSAF=68;FSAR=123;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0161866;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5474;QD=32.8178;RBI=0.033678;REFB=-0.0263184;REVB=0.0295331;RO=87;SAF=67;SAR=118;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257298;STB=0.514225;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0129284;OID=.;OPOS=147281308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:279:87:88:185:191:0.684588:118:67:35:52:123:68:35:53 chr5 147286013 . A T 231.42 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0402358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4145;QD=30.8562;RBI=0.0691775;REFB=-0.0307244;REVB=0.0562726;RO=9;SAF=19;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361501;STB=0.703462;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0149122;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:2:19:5:4:2:19:5:4 chr5 147286054 . G A 79.31 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0639442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.104;QD=7.20964;RBI=0.0642575;REFB=-0.015944;REVB=0.00633739;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163636;STB=0.603574;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0440167;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:8:3:13:20:8:3:13:20 chr5 147468614 . A G 1357.93 PASS AF=0.929293;AO=92;DP=99;FAO=92;FDP=99;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0337019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1439;QD=54.8658;RBI=0.0374945;REFB=-0.045355;REVB=0.0164322;RO=7;SAF=47;SAR=45;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272279;STB=0.514396;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0286913;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:99:99:7:7:92:92:0.929293:45:47:5:2:45:47:5:2 chr5 147475386 . A G 1306.09 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.97;QD=60.7483;RBI=0.0460378;REFB=-0.0213669;REVB=0.0448745;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=8.32873e-05;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:83:85:0.988372:34:49:0:0:34:51:1:0 chr5 147477551 . C T 1555.99 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.286;QD=59.8456;RBI=0.0104911;REFB=0;REVB=0.00679735;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33416e-05;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr5 147480027 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.097;QD=59.435;RBI=0.0421732;REFB=0;REVB=0.0413134;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125444;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr5 147480112 . T C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.265;QD=59.8541;RBI=0.0269511;REFB=0;REVB=0.0266308;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.976e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr5 147480955 . A G 490.17 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.146;QD=56.0193;RBI=0.056298;REFB=-0.131283;REVB=0.0370342;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00120829;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr5 147481430 . A G 1816.89 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.8148;QD=57.679;RBI=0.120562;REFB=-0.0822491;REVB=0.115175;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018389;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:114:126:1:0:113:126:1:51:62:0:1:58:68:0:0 chr5 147486677 . C A 1788.29 PASS AF=0.968992;AO=102;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0682905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2257;QD=55.4508;RBI=0.120319;REFB=-0.139456;REVB=0.0990615;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515382;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00391952;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:129:0:4:102:125:0.968992:39:63:0:0:62:63:4:0 chr5 147488367 . C A,T 693.54 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=5,40;DP=47;FAO=4,42;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431086,0.0169969;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.2034,44.9185;QD=60.308;RBI=0.0520481,0.022546;REFB=0,0;REVB=-0.029166,-0.014813;RO=0;SAF=4,13;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.162891,0.00130665;OID=.,.;OPOS=147488367,147488367;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:47:46:0:0:5,40:4,42:0.0869565,0.913043:1,27:4,13:0:0:2,27:2,15:0:0 chr5 147498019 . G A 1970.66 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.424;QD=62.0679;RBI=0.0159344;REFB=0;REVB=-0.00496314;RO=0;SAF=71;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00355e-06;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:55:71:0:0:56:71:0:0 chr5 147499616 . C A,T 770.53 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589949,-0.00475607;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.1949,99.1414;QD=62.9006;RBI=0.0363857,0.0164376;REFB=0,0;REVB=-0.0359042,0.0157345;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0813024,0.00095461;OID=.,.;OPOS=147499616,147499616;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:0,30:2,17:0:0:0,30:2,17:0:0 chr5 147499670 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.039;QD=57.3858;RBI=0.0360014;REFB=0;REVB=-0.0140341;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139384;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr5 147505116 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1554;QD=57.712;RBI=0.0337065;REFB=0;REVB=0.0196152;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13827e-05;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr5 147510866 . T C 1227.34 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.913;QD=61.3671;RBI=0.0625071;REFB=0;REVB=0.0622018;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54522e-05;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:27:53:0:0:27:53:0:0 chr5 147593497 . C A 1996.91 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000787385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.753;QD=60.5126;RBI=0.00196035;REFB=-0.101806;REVB=-0.00179527;RO=1;SAF=74;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637921;STB=0.501069;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000162866;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:1:2:129:130:0.984848:55:74:1:0:56:74:1:1 chr5 147703416 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0134362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.017;QD=5.0055;RBI=0.0142629;REFB=-0.00748826;REVB=-0.00478514;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248483;STB=0.666112;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0407346;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:12:10:4:2:12:10 chr5 147805120 . T C 241.54 PASS AF=0.313725;AO=31;DP=101;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0101219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.495;QD=9.47204;RBI=0.0151334;REFB=-0.00828966;REVB=-0.0112502;RO=69;SAF=9;SAR=22;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313292;STB=0.67029;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0141563;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:69:70:31:32:0.313725:22:9:38:31:22:10:39:31 chr5 147856333 . G A 118.23 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0228967;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.181;QD=6.30538;RBI=0.0235802;REFB=0.00117123;REVB=-0.00563615;RO=56;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246764;STB=0.5045;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00364201;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:57:18:18:0.24:8:10:31:25:8:10:32:25 chr5 148206440 . G A 320.73 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.034979;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.798;QD=45.8187;RBI=0.0369248;REFB=-0.0239283;REVB=0.0118285;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369702;STB=0.519984;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00334852;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:28:3:3:25:25:0.892857:13:12:2:1:13:12:2:1 chr5 148206473 . G C 308.6 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.018731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.659;QD=41.1462;RBI=0.0989966;REFB=-0.0686972;REVB=0.0972084;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.54688;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00893448;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:30:30:0:5:25:25:0.833333:13:12:0:0:13:12:1:4 chr5 148206646 . G A 144.68 PASS AF=0.217822;AO=21;DP=100;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0348687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.114;QD=5.7298;RBI=0.0377832;REFB=-0.00163597;REVB=-0.0145515;RO=79;SAF=13;SAR=8;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249973;STB=0.667696;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00714074;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:79:79:21:22:0.217822:8:13:33:46:8:14:33:46 chr5 148206917 . C A 187.9 PASS AF=0.256881;AO=28;DP=109;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00456834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.09;QD=6.89545;RBI=0.00972565;REFB=-0.00167451;REVB=0.00858596;RO=80;SAF=16;SAR=12;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267683;STB=0.521261;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00524101;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:81:28:28:0.256881:12:16:44:36:12:16:44:37 chr5 148207447 . G C 91.3 PASS AF=0.145038;AO=18;DP=130;FAO=19;FDP=131;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.00659246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.197;QD=2.7879;RBI=0.00716516;REFB=-0.00300016;REVB=-0.00280694;RO=111;SAF=9;SAR=9;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565417;STB=0.530089;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0194176;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:130:131:111:112:18:19:0.145038:9:9:55:56:9:10:55:57 chr5 148207633 . G A 35.41 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0154625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.07;QD=5.44793;RBI=0.0191477;REFB=-0.00568433;REVB=0.0112937;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237622;STB=0.653382;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0240305;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:6:14:3:3:6:14 chr5 148386525 . T G 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0170316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.075;QD=6.45763;RBI=0.0176554;REFB=-0.00517097;REVB=-0.00465167;RO=41;SAF=10;SAR=3;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977761;STB=0.57749;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00957211;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:54:55:41:42:13:13:0.236364:3:10:29:12:3:10:29:13 chr5 148406386 . T C 141.89 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=75;FAO=20;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0105027;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.015;QD=7.66975;RBI=0.0179246;REFB=-0.0163263;REVB=-0.0145253;RO=44;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35502;STB=0.742169;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0356888;OID=.;OPOS=148406386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:54:19:20:0.27027:7:12:14:30:7:13:16:38 chr5 148407708 . A C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4145;QD=55.0076;RBI=0.0204665;REFB=-0.0251761;REVB=-0.00568193;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00394954;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:14:19:0:0:13:19:0:1 chr5 148408101 . A G 91.13 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0338512;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.519;QD=7.43884;RBI=0.0351196;REFB=-0.0067122;REVB=-0.00935317;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668563;STB=0.530561;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0207317;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:50:49:36:37:12:12:0.244898:6:6:16:20:6:6:17:20 chr5 148495955 . A T 142.37 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0310945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.725;QD=6.62201;RBI=0.0328299;REFB=-0.00486238;REVB=-0.0105325;RO=64;SAF=14;SAR=7;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298725;STB=0.676756;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0123309;OID=.;OPOS=148495955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:65:21:21:0.244186:7:14:27:37:7:14:28:37 chr5 148578636 . T C 1044.32 PASS AF=0.725;AO=80;DP=113;FAO=87;FDP=120;FR=.;FRO=33;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0418141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.942;QD=34.8108;RBI=0.0424294;REFB=-0.00991714;REVB=0.00719982;RO=33;SAF=41;SAR=39;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047953;STB=0.51299;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00393312;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:120:33:33:80:87:0.725:39:41:14:19:46:41:14:19 chr5 148610276 . C A 3096.91 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.574;QD=61.6301;RBI=0.0523661;REFB=0;REVB=0.0304156;RO=0;SAF=95;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62365e-05;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:189:201:0:0:189:201:1:94:95:0:0:100:101:0:0 chr5 148627252 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000571856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.447;QD=57.3853;RBI=0.0285843;REFB=0;REVB=-0.0285786;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5846e-05;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr5 148720087 . T G 89.83 PASS AF=0.170213;AO=15;DP=93;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0657052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9165;QD=3.82247;RBI=0.0657586;REFB=-0.0109435;REVB=0.00264898;RO=77;SAF=8;SAR=7;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174443;STB=0.52125;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0310518;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:93:94:77:78:15:16:0.170213:7:8:40:37:8:8:41:37 chr5 148986244 . G C 75.65 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00389253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.364;QD=4.38559;RBI=0.0201146;REFB=0.00164787;REVB=0.0197344;RO=55;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155773;STB=0.608334;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0110413;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:55:56:13:13:0.188406:5:8:27:28:5:8:27:29 chr5 149006837 . A G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508033;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.32;QD=36.2816;RBI=0.0514929;REFB=0;REVB=0.00839892;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331704;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 149008403 . A G 1357.81 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.999;QD=62.4279;RBI=0.00722491;REFB=0;REVB=0.00489585;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17357e-07;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:40:47:0:0 chr5 149008467 . C A 930.46 PASS AF=0.742857;AO=78;DP=105;FAO=78;FDP=105;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0042183;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.034;QD=35.446;RBI=0.0160563;REFB=-0.0355947;REVB=0.0154923;RO=26;SAF=37;SAR=41;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299543;STB=0.511369;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00899781;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:26:27:78:78:0.742857:41:37:14:12:41:37:14:13 chr5 149008521 . A G 1062.28 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.33;QD=59.8468;RBI=0.0141791;REFB=0;REVB=-0.00836133;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75253e-06;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr5 149101876 . A G 937.0 PASS AF=0.727273;AO=63;DP=111;FAO=80;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00562665;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.566;QD=34.0728;RBI=0.0296391;REFB=-0.0415382;REVB=0.0291001;RO=29;SAF=26;SAR=37;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624684;STB=0.519079;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0258775;OID=.;OPOS=149101876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:29:30:63:80:0.727273:37:26:9:20:48:32:10:20 chr5 149151707 . G A 135.18 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0164198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.073;QD=6.75901;RBI=0.0848062;REFB=-0.0157332;REVB=0.0832015;RO=60;SAF=15;SAR=5;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190074;STB=0.617521;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0367627;OID=.;OPOS=149151707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:5:15:37:23:5:15:37:23 chr5 149200043 . T C 214.05 PASS AF=0.25;AO=32;DP=128;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0698181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.713;QD=6.68891;RBI=0.0699431;REFB=-0.00250253;REVB=-0.0041804;RO=95;SAF=12;SAR=20;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176156;STB=0.602702;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00850286;OID=.;OPOS=149200043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:95:96:32:32:0.25:20:12:49:46:20:12:49:47 chr5 149212430 . G A 132.37 PASS AF=0.205607;AO=22;DP=108;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0146442;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.193;QD=4.94857;RBI=0.0201708;REFB=-0.0102068;REVB=-0.0138711;RO=85;SAF=10;SAR=12;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06488;STB=0.540779;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0420563;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:85:85:22:22:0.205607:12:10:43:42:12:10:43:42 chr5 149360877 . T C 1011.66 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780781;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8515;QD=59.5096;RBI=0.0228044;REFB=0;REVB=0.0214262;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71843e-05;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr5 149374879 . CT C 746.53 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7091;QD=47.3986;RBI=0.0276568;REFB=0;REVB=0.0240918;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000226098;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:63:63:63:0:22:41:0:0:14:0:22:40:0:0 chr5 149374932 . T C 1018.99 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.82;QD=57.4078;RBI=0.0318827;REFB=0.00332596;REVB=-0.0140789;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108697;STB=0.505745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000259096;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:43:27:0:1:43:27:0:1 chr5 149403864 . G A 862.05 PASS AF=0.694444;AO=75;DP=108;FAO=75;FDP=108;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00692244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.997;QD=31.9278;RBI=0.0183935;REFB=-0.00358657;REVB=0.0170412;RO=33;SAF=39;SAR=36;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886187;STB=0.547659;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000888544;OID=.;OPOS=149403864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:33:33:75:75:0.694444:36:39:12:21:36:39:12:21 chr5 149406271 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.072;QD=62.6693;RBI=0.0504395;REFB=0;REVB=0.0328621;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61666e-06;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 149433400 . G C,GC 525.7 PASS AF=0,1;AO=4,12;DP=45;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419067,0.0488309;FXX=0.0908884;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=166.273,179.55;QD=52.5695;RBI=0.054449,0.0625271;REFB=0,0;REVB=-0.0347638,-0.0390536;RO=28;SAF=4,5;SAR=0,7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.613855,-0.096537;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00355951;OID=.,.;OPOS=149433400,149433401;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:45:40:28:0:4,12:0,40:0,1:0,7:4,5:14:14:0,22:0,18:0:0 chr5 149433401 . G C 273.88 PASS AF=0.543478;AO=26;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0236328;FXX=0.0212721;HRUN=8;LEN=1;MLLD=128.757;QD=23.8153;RBI=0.0352071;REFB=-0.0625874;REVB=0.0260965;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501741;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00608037;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:26:25:0.543478:13:13:10:10:13:12:10:11 chr5 149493472 . C T 843.34 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958647;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.054;QD=57.1758;RBI=0.0133491;REFB=0;REVB=0.00928962;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83592e-05;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:26:31:0:0:27:32:0:0 chr5 149495050 . T C 3779.34 PASS AF=0.983673;AO=241;DP=246;FAO=241;FDP=245;FR=.;FRO=4;FSAF=139;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00471406;FXX=0.00406488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.996;QD=61.7036;RBI=0.0128312;REFB=-0.0197689;REVB=0.0119339;RO=4;SAF=139;SAR=102;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552459;STB=0.502899;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=2.45668e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:246:245:4:4:241:241:0.983673:102:139:3:1:102:139:3:1 chr5 149563715 . T C 711.41 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.106656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2777;QD=52.6969;RBI=0.109996;REFB=0.0435229;REVB=-0.0269007;RO=2;SAF=33;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276938;STB=0.5147;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0148397;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:19:33:2:0:19:33:2:0 chr5 149583300 . T C 305.94 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.911;QD=53.2065;RBI=0.041904;REFB=0;REVB=-0.00445314;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105743;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 149583336 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.408;QD=50.4127;RBI=0.0536236;REFB=0;REVB=0.0225991;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275369;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr5 149584197 . G A 539.26 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00481911;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.854;QD=30.3806;RBI=0.0313992;REFB=-0.0435474;REVB=0.0310272;RO=22;SAF=18;SAR=30;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209757;STB=0.505616;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.027016;OID=.;OPOS=149584197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:22:23:48:48:0.676056:30:18:9:13:30:18:9:14 chr5 149585025 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.17;QD=58.4194;RBI=0.0116807;REFB=0;REVB=0.00319414;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16956e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr5 149597160 . A G 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0477307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8842;QD=12.9213;RBI=0.0514268;REFB=-0.00904959;REVB=-0.019144;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789081;STB=0.545413;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0141865;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:18:16:12:10:18:16 chr5 149602608 . A G 212.29 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0128469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.17;QD=27.3924;RBI=0.0129515;REFB=-0.0313763;REVB=0.00164259;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290777;STB=0.516113;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0151558;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:5:6:10:10:5:6 chr5 149644597 . T G 2545.02 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.586;QD=61.6973;RBI=0.0250497;REFB=0;REVB=0.0211329;RO=0;SAF=91;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43753e-06;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:163:165:1:72:91:0:0:73:92:0:0 chr5 149677593 . A G 901.82 PASS AF=0.655738;AO=75;DP=119;FAO=80;FDP=122;FR=.;FRO=42;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00013559;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.408;QD=29.5678;RBI=0.00581496;REFB=-0.0100108;REVB=-0.00581338;RO=39;SAF=41;SAR=34;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541032;STB=0.533161;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00753744;OID=.;OPOS=149677593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:39:42:75:80:0.655738:34:41:18:21:38:42:18:24 chr5 149677851 . A G 1026.03 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.718;QD=59.4798;RBI=0.0432151;REFB=0;REVB=0.0431743;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95464e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr5 149776232 . C T 879.73 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390186;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.002;QD=58.6485;RBI=0.0534073;REFB=0;REVB=0.0364677;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304747;OID=.;OPOS=149776232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr5 149825159 . G C 575.39 PASS AF=0.954545;AO=25;DP=40;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0217707;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.295;QD=52.3077;RBI=0.0819689;REFB=-0.124843;REVB=0.0790249;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519991;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0015072;OID=.;OPOS=149825159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:44:0:2:25:42:0.954545:18:7:0:0:24:18:0:2 chr5 149919739 . G C 1411.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.359;QD=62.7122;RBI=0.0041913;REFB=0;REVB=0.00392903;RO=0;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68556e-06;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:30:60:0:0:30:60:0:0 chr5 149923178 . A G 739.33 PASS AF=0.685393;AO=61;DP=90;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0075797;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.716;QD=33.2284;RBI=0.0186249;REFB=-0.0257263;REVB=-0.0170128;RO=26;SAF=46;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171203;STB=0.584628;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00807437;OID=.;OPOS=149923178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:26:28:61:61:0.685393:15:46:13:13:15:46:15:13 chr5 150051958 . T C 2070.14 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.702;QD=62.2598;RBI=0.0356775;REFB=0;REVB=0.0307461;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70278e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:0:0:128:133:1:55:73:0:0:60:73:0:0 chr5 150311768 . A AC 402.24 PASS AF=1;AO=7;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.36408;QD=23.6611;RBI=0.0932105;REFB=-0.0176181;REVB=-0.0827535;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0203414;OID=.;OPOS=150311769;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:67:68:68:0:32:36:0:0:6:59:3:4:27:32 chr5 150311773 . T C 964.79 PASS AF=1;AO=55;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737293;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.7471;QD=57.5995;RBI=0.0869701;REFB=0;REVB=0.0461279;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146543;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:55:67:1:31:24:0:0:36:31:0:0 chr5 150323428 . A G 907.86 PASS AF=0.739583;AO=70;DP=95;FAO=71;FDP=96;FR=.;FRO=25;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0351231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.256;QD=37.8273;RBI=0.0351232;REFB=-0.0148488;REVB=-9.25277e-05;RO=25;SAF=39;SAR=31;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773256;STB=0.542761;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00682222;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:25:25:70:71:0.739583:31:39:10:15:31:40:10:15 chr5 150407456 . T C 2936.38 PASS AF=0.989529;AO=180;DP=187;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00552797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.275;QD=61.4949;RBI=0.0497794;REFB=-0.0235021;REVB=0.0494715;RO=1;SAF=94;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050379;STB=0.504854;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=9.61929e-05;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:191:1:2:180:189:0.989529:86:94:1:0:87:102:2:0 chr5 150409477 . T C 373.33 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0170786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.761;QD=28.1757;RBI=0.0181243;REFB=-0.0273015;REVB=0.00606746;RO=18;SAF=17;SAR=18;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130275;STB=0.570925;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0121609;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:18:17:5:13:18:17:5:13 chr5 150410219 . C A 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000531482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0575;QD=3.88729;RBI=0.0259127;REFB=-0.00488808;REVB=-0.0259072;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119068;STB=0.571184;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0202409;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:2:4:16:12:2:4:17:12 chr5 150480520 . C T 530.38 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0192317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8957;QD=25.2561;RBI=0.0345209;REFB=-0.0469227;REVB=0.0286676;RO=34;SAF=21;SAR=28;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104773;STB=0.549276;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0272911;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:35:49:49:0.583333:28:21:10:24:28:21:11:24 chr5 150489390 . A G 1134.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.447;QD=60.5132;RBI=0.0405301;REFB=0;REVB=0.0320202;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01842e-05;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:37:38:0:0 chr5 150512740 . G A 765.54 PASS AF=0.821918;AO=60;DP=73;FAO=60;FDP=73;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00755095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.554;QD=41.9474;RBI=0.0216424;REFB=-0.0461436;REVB=0.0202824;RO=13;SAF=24;SAR=36;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735469;STB=0.539313;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00856802;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:73:73:13:13:60:60:0.821918:36:24:8:5:36:24:8:5 chr5 150518988 . G A 249.29 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0290202;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.285;QD=11.7315;RBI=0.0290602;REFB=-0.000941543;REVB=-0.00152371;RO=55;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10533;STB=0.572387;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00242277;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:55:55:30:30:0.352941:13:17:26:29:13:17:25:30 chr5 150562696 . CTG C,CG,CGG 658.1 PASS AF=0,1,0;AO=5,32,2;DP=39;FAO=0,44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430799,0.034475,0.0282441;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=109.059,127.801,115.539;QD=59.827;RBI=0.0452458,0.0393064,0.035963;REFB=0,0,0;REVB=0.0138315,0.0188804,0.0222623;RO=0;SAF=0,26,1;SAR=5,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.089041,-0.000128141,0;OID=.,.,.;OPOS=150562697,150562697,150562697;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,32,2:39:0,44,0:44:0:0,28,0:0,16,0:0:0:4:0:0,26,1:5,6,1:0:0 chr5 150565008 . C T 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0481649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3185;QD=5.01796;RBI=0.0807713;REFB=0.0132004;REVB=0.0648393;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359193;STB=0.737045;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0385158;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:11:16:2:5:11:16 chr5 150639409 . A G 1062.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.554;QD=59.8534;RBI=0.0068002;REFB=0;REVB=0.00108636;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1255e-06;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr5 150639439 . A G 857.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146301;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3843;QD=58.1094;RBI=0.0383151;REFB=0;REVB=-0.0354119;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000973481;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr5 150664201 . G T 660.6 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0197222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5109;QD=30.0275;RBI=0.0227186;REFB=-0.0168802;REVB=0.0112769;RO=31;SAF=32;SAR=25;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774235;STB=0.541908;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0125728;OID=.;OPOS=150664201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:25:32:21:10:25:32:21:10 chr5 150666843 . A C 427.38 PASS AF=0.73913;AO=32;DP=45;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0992057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9183;QD=37.1631;RBI=0.118332;REFB=-0.000921822;REVB=-0.0645029;RO=11;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214179;STB=0.507688;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00154781;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:11:12:32:34:0.73913:16:16:6:5:18:16:6:6 chr5 150666933 . C A 217.68 PASS AF=0.304348;AO=27;DP=91;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00333327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1369;QD=9.46433;RBI=0.0180353;REFB=-0.00217303;REVB=0.0177246;RO=63;SAF=10;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147247;STB=0.59128;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00601416;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:63:64:27:28:0.304348:17:10:31:32:18:10:31:33 chr5 150667016 . T C 762.69 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=102;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00718027;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.034;QD=29.9093;RBI=0.00981424;REFB=-0.0103658;REVB=-0.00669052;RO=34;SAF=28;SAR=40;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955881;STB=0.5515;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00540527;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:34:68:68:0.666667:40:28:9:25:40:28:9:25 chr5 150695254 . T C 57.86 PASS AF=0.28125;AO=7;DP=30;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0746529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0322;QD=7.23268;RBI=0.0781452;REFB=-0.0178275;REVB=0.0231001;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371426;STB=0.693457;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0626269;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:30:32:23:23:7:9:0.28125:2:5:9:14:3:6:9:14 chr5 150695279 . A C 285.71 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.032393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4755;QD=30.8876;RBI=0.0326407;REFB=-0.05664;REVB=0.00401385;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133424;STB=0.573217;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0283486;OID=.;OPOS=150695279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:8:4:14:11:8:4 chr5 150695791 . G T 377.86 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0211021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1605;QD=26.9902;RBI=0.026231;REFB=0.0194982;REVB=-0.015581;RO=20;SAF=13;SAR=23;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439119;STB=0.523952;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0136922;OID=.;OPOS=150695791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:23:13:6:14:23:13:6:14 chr5 150696447 . C T 96.12 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0708885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.111;QD=3.84475;RBI=0.0849373;REFB=0.0025697;REVB=-0.0467885;RO=81;SAF=7;SAR=10;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103759;STB=0.50182;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0147127;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:81:83:17:17:0.17:10:7:34:47:10:7:34:49 chr5 150696540 . C T 128.47 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00756755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.541;QD=6.94445;RBI=0.0113675;REFB=0.00468471;REVB=-0.00848242;RO=55;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090883;STB=0.55518;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0133675;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:10:9:22:33:10:9:22:33 chr5 150723806 . G A 803.03 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00536351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6653;QD=55.3815;RBI=0.0252068;REFB=0.0321431;REVB=-0.0246296;RO=1;SAF=8;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553499;STB=0.529401;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00617128;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:49:8:1:0:49:8:1:0 chr5 150886725 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5538;QD=57.1045;RBI=0.125432;REFB=0;REVB=-0.125414;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130155;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr5 150886882 . G A 2238.82 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.414;QD=62.6244;RBI=0.0480534;REFB=0.0236716;REVB=0.035877;RO=1;SAF=73;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064695;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=1.56696e-05;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:69:73:1:0:69:73:1:0 chr5 150891733 . A G 778.79 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395855;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.529;QD=63.5744;RBI=0.0401095;REFB=0;REVB=-0.00646215;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234584;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr5 150901111 . A G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.216;QD=60.3746;RBI=0.0075117;REFB=0;REVB=0.00517225;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24343e-05;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr5 150901261 . C T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3119;QD=60.2256;RBI=0.0309554;REFB=0;REVB=-0.0225409;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35821e-05;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr5 150901300 . G A 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.432;QD=57.6666;RBI=0.0341729;REFB=0;REVB=0.0260645;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91689e-05;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr5 150901613 . A G 365.37 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0523881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5239;QD=48.7165;RBI=0.0628762;REFB=-0.0716095;REVB=0.0347693;RO=2;SAF=19;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464732;STB=0.524983;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00377051;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:30:2:2:27:28:0.933333:8:19:2:0:9:19:2:0 chr5 150905485 . C T 157.28 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0109504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.783;QD=6.35478;RBI=0.0124739;REFB=-0.000364359;REVB=0.00597396;RO=75;SAF=13;SAR=10;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273233;STB=0.521096;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00155236;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:75:76:23:23:0.232323:10:13:44:31:10:13:45:31 chr5 150914184 . A T 547.31 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0137214;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.556;QD=37.1054;RBI=0.0196052;REFB=-0.031997;REVB=-0.0140031;RO=13;SAF=15;SAR=31;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095265;STB=0.551311;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00494704;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:59:13:13:46:46:0.779661:31:15:7:6:31:15:7:6 chr5 150923405 . A G 989.67 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.217;QD=59.0849;RBI=0.0371309;REFB=0;REVB=-0.0173388;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456773;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr5 150925144 . A G 66.12 PASS AF=0.277778;AO=8;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00253776;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.454;QD=7.3472;RBI=0.00255254;REFB=-0.00374651;REVB=0.000274271;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349909;STB=0.5998;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0102543;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:35:36:26:26:8:10:0.277778:2:6:12:14:4:6:12:14 chr5 150942919 . A G 688.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.859;QD=62.6167;RBI=0.015146;REFB=0;REVB=-0.000247022;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10315e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:15:26:0:0:18:26:0:0 chr5 150946966 . G A 1910.46 PASS AF=0.97037;AO=108;DP=130;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0213298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8045;QD=56.6063;RBI=0.0401808;REFB=-0.111055;REVB=0.0340519;RO=0;SAF=78;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512344;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00190688;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:130:135:0:4:108:131:0.97037:30:78:0:0:52:79:4:0 chr5 151043103 . G C 540.19 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.126939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.738;QD=27.3513;RBI=0.127233;REFB=-0.0257171;REVB=0.00864725;RO=29;SAF=30;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137778;STB=0.569291;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0133654;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:30:49:49:0.620253:19:30:12:17:19:30:13:17 chr5 151083909 . T C 386.47 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284569;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.368;QD=53.3062;RBI=0.0570571;REFB=-0.22409;REVB=0.0494543;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00470439;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr5 151084036 . T C 804.25 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.164;QD=64.3397;RBI=0.0385564;REFB=0;REVB=0.0384165;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179789;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr5 151167380 . A T 33.99 PASS AF=0.171429;AO=4;DP=33;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0296354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.605;QD=3.88482;RBI=0.030844;REFB=-0.00937221;REVB=0.00854937;RO=29;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658353;STB=0.726565;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0308893;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:35:29:29:4:6:0.171429:0:4:11:18:2:4:11:18 chr5 151175139 . A T 77.2 PASS AF=0.206349;AO=12;DP=62;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0693203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5304;QD=4.90166;RBI=0.0847378;REFB=-0.0111389;REVB=0.0487359;RO=50;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27233;STB=0.639221;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0427759;OID=.;OPOS=151175139;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:62:63:50:50:12:13:0.206349:5:7:18:32:6:7:18:32 chr5 151255217 . C T 287.48 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0157922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.037;QD=18.5473;RBI=0.0460941;REFB=-0.0117819;REVB=-0.0433044;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120936;STB=0.567641;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00911693;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:11:20:16:15:11:20:16:15 chr5 151771817 . C T 2280.98 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.015;QD=62.9236;RBI=0.0529709;REFB=0;REVB=0.0489259;RO=0;SAF=85;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0073e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:58:85:0:0:60:85:0:0 chr5 151784183 . G A 89.27 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00161703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.769;QD=4.69824;RBI=0.0206839;REFB=-0.0166426;REVB=-0.0206206;RO=60;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250671;STB=0.654659;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0752417;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:76:60:61:15:15:0.197368:5:10:28:32:5:10:29:32 chr5 153413390 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.551;QD=58.9626;RBI=0.00261568;REFB=0;REVB=-0.00100748;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37057e-06;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr5 153429459 . T C 1584.07 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8927;QD=59.2175;RBI=0.0468723;REFB=0;REVB=0.0218638;RO=0;SAF=34;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145366;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:71:34:0:0:73:34:0:0 chr5 153432733 . T C 426.73 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251342;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.051;QD=56.8978;RBI=0.0776763;REFB=0;REVB=0.0734975;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182095;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:7:21:0:0:8:22:0:0 chr5 153432970 . C T 767.6 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0254509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8793;QD=54.8283;RBI=0.034503;REFB=-0.0710944;REVB=-0.0232961;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000708769;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:27:27:0:0:27:28:0:1 chr5 153729217 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.728;QD=61.684;RBI=0.02826;REFB=0;REVB=0.0117148;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013211;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr5 153783753 . C T 97.29 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0369145;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.319;QD=3.27016;RBI=0.0395431;REFB=-0.00937799;REVB=-0.0141768;RO=95;SAF=10;SAR=9;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20048;STB=0.621594;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0377514;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:120:119:95:100:19:19:0.159664:9:10:35:60:9:10:38:62 chr5 153788991 . G C 314.95 PASS AF=0.283871;AO=44;DP=155;FAO=44;FDP=155;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.00775122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.63;QD=8.12768;RBI=0.0115968;REFB=-0.00235604;REVB=-0.00862581;RO=109;SAF=24;SAR=20;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173506;STB=0.509474;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00632604;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:109:111:44:44:0.283871:20:24:61:48:20:24:62:49 chr5 153796484 . G A 562.3 PASS AF=0.765625;AO=46;DP=63;FAO=49;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0096143;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7563;QD=35.1435;RBI=0.0183621;REFB=-0.0214793;REVB=-0.0156439;RO=14;SAF=23;SAR=23;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619357;STB=0.532121;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0127356;OID=.;OPOS=153796484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:64:14:15:46:49:0.765625:23:23:9:5:23:26:10:5 chr5 154193919 . AT AG,A 62.19 PASS AF=0.0952381,0.333333;AO=3,15;DP=44;FAO=4,14;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3,5;FSAR=1,9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0087338,-0.0396538;FXX=0.0454442;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=126.55,8.10184;QD=5.92315;RBI=0.0162394,0.0990391;REFB=-0.00522596,-0.131944;REVB=-0.0136909,0.0907541;RO=20;SAF=3,7;SAR=0,8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.731241,0.274111;STB=0.862292,0.57682;STBP=0.311,0.52;TYPE=snp,del;VARB=0.146532,0.17791;OID=.,.;OPOS=154193920,154193920;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.333333:3,15:44:4,14:42:24:3,5:1,9:6:18:40:20:3,7:0,8:4:16 chr5 154194460 . A C 74.61 PASS AF=1;AO=4;DP=26;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461799;FXX=0.315623;HRUN=16;LEN=1;MLLD=9.79971;QD=22.958;RBI=0.155326;REFB=0;REVB=0.148302;RO=12;SAF=0;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.783987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175414;OID=.;OPOS=154194460;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:13:12:0:4:13:1:4:0:10:2:13:0:0:0 chr5 154268902 . C T 1116.72 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7363;QD=60.3635;RBI=0.0536564;REFB=0;REVB=0.0528928;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225299;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr5 154271948 . G A 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.114;QD=57.233;RBI=0.0215432;REFB=0;REVB=0.0214168;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109577;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr5 154291409 . C T 958.49 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.935;QD=56.3815;RBI=0.0587228;REFB=-0.0733113;REVB=0.0397481;RO=2;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337138;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00144624;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:2:1:66:67:0.985294:27:39:0:2:28:39:0:1 chr5 154300940 . A C 756.29 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0411156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2451;QD=50.4193;RBI=0.0560565;REFB=-0.128787;REVB=0.038103;RO=4;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209103;STB=0.511107;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.021836;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:60:4:4:56:56:0.933333:33:23:1:3:33:23:1:3 chr5 154306972 . T C 1327.75 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0463632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7297;QD=59.674;RBI=0.0670585;REFB=-0.0922706;REVB=0.0484489;RO=1;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920098;STB=0.501995;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00122487;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:36:51:1:0:36:51:1:1 chr5 154346296 . G A 688.52 PASS AF=0.641304;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0145726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.695;QD=29.9355;RBI=0.0151957;REFB=-0.0273137;REVB=0.00430675;RO=33;SAF=24;SAR=35;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731133;STB=0.539663;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0139548;OID=.;OPOS=154346296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:33:59:59:0.641304:35:24:17:16:35:24:17:16 chr5 155511486 . T C 276.0 PASS AF=0.308333;AO=36;DP=119;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.00886444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.845;QD=9.19982;RBI=0.0213876;REFB=-0.00902152;REVB=0.019464;RO=82;SAF=12;SAR=24;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258111;STB=0.653286;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0191317;OID=.;OPOS=155511486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:82:83:36:37:0.308333:24:12:45:37:25:12:45:38 chr5 155771579 . T C 1652.05 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=118;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0210288;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.736;QD=56.4802;RBI=0.02743;REFB=-0.0559882;REVB=0.0176123;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51587;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000161757;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:117:0:4:112:113:0.965812:52:60:0:0:52:61:4:0 chr5 156278066 . C A 217.97 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0335194;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.612;QD=9.27531;RBI=0.0419382;REFB=-0.00672647;REVB=-0.0252044;RO=64;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553846;STB=0.521261;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0225397;OID=.;OPOS=156278066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:64:66:28:28:0.297872:14:14:29:35:14:14:31:35 chr5 156376703 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.602;QD=35.5759;RBI=0.0296308;REFB=0;REVB=0.0133901;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983336;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr5 156479424 . A C 1565.28 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.062;QD=63.8889;RBI=0.0434584;REFB=0;REVB=0.041943;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92977e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr5 156479509 . A G 2120.27 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204434;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.858;QD=62.3608;RBI=0.0336601;REFB=0;REVB=0.0267407;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61038e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:133:136:1:78:55:0:0:80:56:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTTGTCG 978.97 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=55,9;DP=81;FAO=55,10;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=34,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359881,-0.0126132;FXX=0.226164;HRUN=2,1;LEN=15,5;MLLD=200.766,89.882;QD=60.2445;RBI=0.0379776,0.0381968;REFB=0,0;REVB=-0.0121306,-0.0360542;RO=0;SAF=21,0;SAR=34,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0134964,-0.00946859;OID=.,.;OPOS=156479558,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CGTCA;OALT=-,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:55,9:81:55,10:65:0:21,0:34,10:0:0:61:0:21,0:34,9:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=57;DP=121;LEN=51;RO=64;SAF=21;SAR=34;SRF=26;SRR=40;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:121:64:57:34:21:26:40 chr5 156482459 . G T 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3252;QD=64.4087;RBI=0.059516;REFB=0;REVB=-0.0460319;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00099036;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr5 156531736 . C A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.016;QD=60.2294;RBI=0.062141;REFB=0;REVB=-0.00502803;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416357;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr5 156533653 . A AT 46.63 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00115741;FXX=0.0545355;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.119;QD=3.58702;RBI=0.0334995;REFB=-0.00165794;REVB=-0.0334795;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21197;STB=0.601895;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.115101;OID=.;OPOS=156533654;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538:11:55:11:52:41:5:6:24:17:46:43:5:6:27:16 chr5 156715652 . G C 62.65 PASS AF=0.13;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.045691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.029;QD=2.50587;RBI=0.0464247;REFB=-0.00106045;REVB=-0.00822136;RO=83;SAF=7;SAR=6;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846725;STB=0.548313;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00928083;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:98:100:83:87:13:13:0.13:6:7:39:44:6:7:42:45 chr5 156721863 . T TC 824.46 PASS AF=0.979592;AO=79;DP=103;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0103086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5353;QD=33.6513;RBI=0.0301676;REFB=-0.0887271;REVB=-0.0283517;RO=21;SAF=50;SAR=29;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843246;STB=0.509089;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=0.0103073;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979592:79:103:96:98:2:54:42:2:0:5:21:50:29:9:12 chr5 156747669 . A G 123.81 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0597523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.598;QD=6.03937;RBI=0.0598953;REFB=-0.0107177;REVB=-0.00413588;RO=62;SAF=15;SAR=4;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178459;STB=0.62175;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0405001;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:62:63:19:19:0.231707:4:15:42:20:4:15:42:21 chr5 156770209 . G A 160.34 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00107857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.188;QD=10.3444;RBI=0.027942;REFB=-0.0101748;REVB=-0.0279212;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120099;STB=0.507036;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0226236;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:23:18:9:12:23:18 chr5 156820210 . T TA 30.35 PASS AF=0.375;AO=7;DP=19;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0905609;FXX=0.157812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.7498;QD=7.58646;RBI=0.116635;REFB=-0.132466;REVB=0.073502;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369272;STB=0.749062;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.172577;OID=.;OPOS=156820211;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:7:19:6:16:10:5:1:5:5:30:12:6:1:7:5 chr5 156898690 . A G 1379.37 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.75;QD=62.6986;RBI=0.0474853;REFB=0;REVB=0.0473784;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09955e-05;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:81:88:1:24:57:0:0:29:59:0:0 chr5 156899869 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.378;QD=43.486;RBI=0.0124497;REFB=0;REVB=-0.00912193;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08801e-06;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr5 156904633 . C T 675.86 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.045085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.732;QD=60.0761;RBI=0.0451159;REFB=-0.126055;REVB=-0.0016704;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000243154;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr5 157073747 . G T 1353.07 PASS AF=0.737931;AO=105;DP=143;FAO=107;FDP=145;FR=.;FRO=38;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0062227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.248;QD=37.326;RBI=0.0166427;REFB=-0.0255962;REVB=0.0154355;RO=38;SAF=48;SAR=57;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180965;STB=0.509751;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00872224;OID=.;OPOS=157073747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:38:38:105:107:0.737931:57:48:16:22:58:49:16:22 chr5 157078751 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0128359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.617;QD=11.2568;RBI=0.022076;REFB=-0.00867643;REVB=0.0179609;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359997;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0224203;OID=.;OPOS=157078751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:3:9:3:5:3:9 chr5 157102159 . G A 125.28 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0241449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.228;QD=10.4396;RBI=0.036732;REFB=-0.00691664;REVB=-0.0276815;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205912;STB=0.636198;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0129835;OID=.;OPOS=157102159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:31:33:15:15:0.3125:7:8:22:9:7:8:24:9 chr5 157102185 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.262;QD=57.175;RBI=0.0768194;REFB=0;REVB=0.07188;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356165;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr5 157164962 . T C 131.47 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0203561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4411;QD=10.3111;RBI=0.0618809;REFB=-0.0112779;REVB=0.0584369;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553397;STB=0.509792;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0198087;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:35:15:16:0.313725:7:8:17:18:8:8:17:18 chr5 157213497 . A G 1322.55 PASS AF=0.704403;AO=108;DP=157;FAO=112;FDP=159;FR=.;FRO=47;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0367433;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.396;QD=33.2718;RBI=0.0411217;REFB=0.00217343;REVB=0.0184642;RO=47;SAF=62;SAR=46;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749862;STB=0.534878;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.000541973;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:47:47:108:112:0.704403:46:62:33:14:46:66:33:14 chr5 157215027 . C T 126.01 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=43;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.011922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.472;QD=11.2006;RBI=0.0156309;REFB=-0.00554709;REVB=0.010109;RO=30;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583023;STB=0.758288;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0127516;OID=.;OPOS=157215027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:30:30:13:15:0.333333:11:2:20:10:11:4:20:10 chr5 157403931 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.012727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.98;QD=5.90497;RBI=0.0129186;REFB=-0.0124097;REVB=-0.00221679;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588784;STB=0.503807;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0362313;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:5:3:10:17:5:3:10:17 chr5 158123957 . G A 142.4 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0273124;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.4;QD=8.13735;RBI=0.027313;REFB=-0.00246054;REVB=-0.00018728;RO=49;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528888;OID=.;OPOS=158123957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:49:50:20:20:0.285714:10:10:24:25:10:10:25:25 chr5 158204425 . A G 169.16 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00886198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.542;QD=6.97556;RBI=0.0368461;REFB=-0.00476405;REVB=-0.0357645;RO=72;SAF=8;SAR=16;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923544;STB=0.552194;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0127598;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:73:24:24:0.247423:16:8:29:43:16:8:29:44 chr5 159505208 . C A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.287;QD=61.6799;RBI=0.0498192;REFB=0;REVB=-0.010607;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171946;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 159659273 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1673;QD=62.3453;RBI=0.0199034;REFB=0;REVB=-0.00437436;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186451;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 159665599 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00304433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.06;QD=5.53968;RBI=0.0349506;REFB=-0.0157573;REVB=0.0348177;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365241;STB=0.739119;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0231933;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:13:16:2:6:13:16 chr5 159718987 . C T 935.33 PASS AF=0.695652;AO=80;DP=115;FAO=80;FDP=115;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0132166;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.32;QD=32.5331;RBI=0.0132869;REFB=0.00775349;REVB=0.00136497;RO=35;SAF=38;SAR=42;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101377;STB=0.50545;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0023955;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:35:35:80:80:0.695652:42:38:16:19:42:38:16:19 chr5 159775741 . G A 1575.89 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029963;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2408;QD=60.0339;RBI=0.0855383;REFB=0;REVB=-0.0801188;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216254;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr5 159776047 . A G 41.02 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0649894;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.062;QD=3.41843;RBI=0.0685209;REFB=-0.00523356;REVB=-0.0217139;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409208;STB=0.777058;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0489141;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:42:41:7:7:0.145833:2:5:15:27:2:5:15:26 chr5 159901408 . C A 89.42 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0370985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.311;QD=3.76511;RBI=0.0432783;REFB=-0.00566446;REVB=-0.0222869;RO=75;SAF=12;SAR=4;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375114;STB=0.745723;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0268263;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:75:79:16:16:0.168421:4:12:34:41:4:12:36:43 chr5 159912418 . C G 102.66 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0109491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3289;QD=7.08023;RBI=0.0143219;REFB=-0.00892213;REVB=-0.00923221;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232229;STB=0.514267;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.01368;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:6:9:25:18:6:9:25:18 chr5 159992512 . C T 1061.65 PASS AF=0.774775;AO=86;DP=111;FAO=86;FDP=111;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00249959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0915;QD=38.2576;RBI=0.00280497;REFB=2.70416e-05;REVB=-0.00127276;RO=25;SAF=35;SAR=51;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828846;STB=0.54428;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-2.90821e-05;OID=.;OPOS=159992512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:25:25:86:86:0.774775:51:35:15:10:51:35:15:10 chr5 160034042 . G A 913.36 PASS AF=0.683761;AO=78;DP=115;FAO=80;FDP=117;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0180824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.664;QD=31.2259;RBI=0.0297876;REFB=0.00925763;REVB=-0.0236712;RO=37;SAF=40;SAR=38;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165745;STB=0.508875;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00344123;OID=.;OPOS=160034042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:37:37:78:80:0.683761:38:40:20:17:39:41:20:17 chr5 160097496 . A G 799.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494174;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2983;QD=57.1255;RBI=0.03846;REFB=0;REVB=-0.0381412;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40374e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chr5 160097632 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.432;QD=61.3332;RBI=0.0387939;REFB=0;REVB=-2.65178e-05;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278644;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr5 161119071 . G T 1471.68 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0967;QD=63.298;RBI=0.0363621;REFB=0;REVB=-0.0176239;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310304;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr5 161128761 . C G 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9973;QD=57.5442;RBI=0.0801202;REFB=0;REVB=-0.0384697;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104266;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr5 161325934 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.847;QD=58.4196;RBI=0.0411118;REFB=0;REVB=0.0273638;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19737e-05;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 161528280 . C T 459.34 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00648091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.442;QD=29.6347;RBI=0.00648154;REFB=-0.021069;REVB=9.0483e-05;RO=20;SAF=20;SAR=22;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754779;STB=0.540939;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00995356;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:22:20:7:13:22:20:7:13 chr5 161582493 . CAT C 418.22 PASS AF=0.690909;AO=34;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00707805;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.452;QD=30.4158;RBI=0.0075832;REFB=-0.0120644;REVB=0.00272142;RO=17;SAF=10;SAR=24;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.00364792;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690909:34:55:38:55:17:10:28:5:12:99:17:10:24:5:12 chr5 162210532 . A G 465.29 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.151;QD=58.1616;RBI=0.0482639;REFB=0;REVB=0.0475968;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158446;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr5 162890953 . G A 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0145628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.275;QD=59.5357;RBI=0.0164473;REFB=-0.0762285;REVB=0.00764463;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000411195;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:40:38:0:1:40:38:0:1 chr5 162902516 . T C 683.26 PASS AF=0.912281;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000763749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.733;QD=47.9481;RBI=0.00334894;REFB=-0.0212142;REVB=-0.00326069;RO=5;SAF=25;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184006;STB=0.510462;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00206476;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:57:5:5:51:52:0.912281:26:25:3:2:27:25:3:2 chr5 167489093 . A T 270.73 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00103682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.735;QD=20.8251;RBI=0.0234286;REFB=-0.0291945;REVB=0.0234056;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768619;STB=0.549965;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0252739;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:11:17:16:7:11:17:17:7 chr5 167645888 . T C 457.52 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0374765;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8968;QD=15.5091;RBI=0.0631653;REFB=-0.0253538;REVB=-0.0508465;RO=64;SAF=25;SAR=26;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180861;STB=0.60261;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0180961;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:64:67:51:51:0.432203:26:25:43:21:26:25:45:22 chr5 167850748 . A G 2896.09 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.369;QD=62.9584;RBI=0.0352008;REFB=0;REVB=0.0256791;RO=0;SAF=87;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00157e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:184:0:0:177:184:1:90:87:0:0:95:89:0:0 chr5 167895953 . T C 1009.14 PASS AF=0.579268;AO=95;DP=164;FAO=95;FDP=164;FR=.;FRO=69;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00476252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3525;QD=24.6132;RBI=0.0186618;REFB=0.00731867;REVB=-0.0180438;RO=69;SAF=55;SAR=40;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450443;STB=0.524489;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00417517;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:69:69:95:95:0.579268:40:55:36:33:40:55:36:33 chr5 167896235 . CA C 33.15 PASS AF=0.220588;AO=22;DP=69;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0256884;FXX=0.0555478;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.10619;QD=1.94972;RBI=0.0395348;REFB=-0.0845565;REVB=0.0300516;RO=35;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172393;STB=0.551242;STBP=0.72;TYPE=del;VARB=0.0614723;OID=.;OPOS=167896236;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220588:22:69:15:68:53:4:11:17:36:33:35:6:16:10:25 chr5 167913510 . G A 518.0 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0123183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.812;QD=54.5268;RBI=0.0545446;REFB=-0.0670481;REVB=0.0531354;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.523796;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00101842;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:20:16:0:1:20:16:0:2 chr5 167937607 . G A 113.86 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0070288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.386;QD=9.90067;RBI=0.0158708;REFB=0.00265987;REVB=0.0142295;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206102;STB=0.637378;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00536886;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:32:14:14:0.304348:4:10:17:14:4:10:17:15 chr5 167943827 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.521;QD=59.5014;RBI=0.00689571;REFB=0;REVB=0.00670831;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22363e-05;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr5 167957055 . G A 452.6 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.034512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.165;QD=30.6849;RBI=0.0345121;REFB=-0.0432046;REVB=-9.76576e-05;RO=17;SAF=6;SAR=35;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892214;STB=0.543456;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0189801;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:17:18:41:41:0.694915:35:6:4:13:35:6:4:14 chr5 168093522 . G A 131.59 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0436035;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.737;QD=21.9311;RBI=0.0442461;REFB=-0.0142565;REVB=-0.00751364;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00760796;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr5 168098235 . A G 288.72 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0230987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.407;QD=11.2123;RBI=0.0300833;REFB=-0.00651975;REVB=-0.0192731;RO=65;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193644;STB=0.507654;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0124966;OID=.;OPOS=168098235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:67:36:36:0.349515:20:16:29:36:20:16:29:38 chr5 168098463 . A G 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.634;QD=57.3928;RBI=0.012625;REFB=-0.0258593;REVB=-0.00665058;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176755;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00203452;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:26:11:0:1:26:11:0:1 chr5 168123313 . A G 360.7 PASS AF=0.405941;AO=39;DP=99;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0136478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.124;QD=14.2852;RBI=0.0142786;REFB=-0.0142212;REVB=0.00419711;RO=60;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114469;STB=0.5611;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0169862;OID=.;OPOS=168123313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:60:60:39:41:0.405941:16:23:29:31:17:24:29:31 chr5 168212950 . GA G,GG 687.83 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=11,33;DP=47;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814936,0.252851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.7952,61.5688;QD=59.8113;RBI=0.0817109,0.25287;REFB=-0.0685196,-0.077466;REVB=-0.00595424,0.00310338;RO=1;SAF=10,21;SAR=1,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0428878,-0.0217319;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0458226,0.000847784;OID=.,.;OPOS=168212951,168212951;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.934783:11,33:47:3,43:46:0:1,33:2,10:0:0:6:1:10,21:1,12:1:0 chr5 168250350 . C G 41.78 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.120626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.269;QD=4.28516;RBI=0.125457;REFB=-0.00026988;REVB=-0.0344779;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203558;STB=0.608391;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00508309;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:30:32:7:7:0.179487:3:4:12:18:3:4:14:18 chr5 168671698 . A T 854.44 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=0.00370061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.943;QD=18.9875;RBI=0.0265936;REFB=9.26728e-05;REVB=-0.0263349;RO=92;SAF=50;SAR=37;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209221;STB=0.617569;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000223221;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:93:87:87:0.483333:37:50:32:60:37:50:32:61 chr5 168690612 . A G 3820.89 PASS AF=0.987854;AO=241;DP=244;FAO=244;FDP=247;FR=.;FRO=3;FSAF=115;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00942812;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.37;QD=61.8768;RBI=0.0105497;REFB=-0.0965728;REVB=0.00473357;RO=1;SAF=113;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370918;STB=0.505747;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000292153;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:244:247:1:3:241:244:0.987854:128:113:0:1:129:115:0:3 chr5 169021610 . C T 769.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.514;QD=57.028;RBI=0.0903074;REFB=0;REVB=0.0894161;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404041;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:29:20:0:0:33:21:0:0 chr5 169028481 . T C 983.0 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181948;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=59.5757;RBI=0.0188633;REFB=0;REVB=0.0049774;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108122;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr5 169031150 . T C 2141.86 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=143;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0124362;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.484;QD=60.7621;RBI=0.0356289;REFB=-0.191712;REVB=0.0333881;RO=2;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013776;STB=0.5037;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00135217;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:143:141:2:3:138:138:0.978723:68:70:0:2:68:70:1:2 chr5 169127097 . C A 419.11 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0118192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0308;QD=15.6677;RBI=0.016278;REFB=0.0127354;REVB=0.0111929;RO=60;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394543;STB=0.522093;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0194254;OID=.;OPOS=169127097;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:24:23:27:33:24:23:27:33 chr5 169129422 . A G 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00220949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.804;QD=13.368;RBI=0.0147588;REFB=-0.00163343;REVB=0.0145925;RO=55;SAF=11;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111248;STB=0.563768;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00263082;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:23:11:23:32:23:11:23:32 chr5 169267784 . G A 459.57 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0273568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4091;QD=18.5684;RBI=0.0303761;REFB=0.00859584;REVB=0.0132027;RO=53;SAF=31;SAR=15;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23725;STB=0.632594;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00990198;OID=.;OPOS=169267784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:15:31:23:30:15:31:23:30 chr5 169310213 . A C 390.56 PASS AF=0.324324;AO=48;DP=148;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=39;FWDB=-0.00698532;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.751;QD=10.5557;RBI=0.0178984;REFB=-0.00316816;REVB=0.0164791;RO=99;SAF=30;SAR=18;SRF=60;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233564;STB=0.510748;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00772689;OID=.;OPOS=169310213;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:99:100:48:48:0.324324:18:30:60:39:18:30:61:39 chr5 169435713 . A C 681.91 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0280009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.03;QD=18.1843;RBI=0.0378777;REFB=-0.0260275;REVB=-0.0255081;RO=80;SAF=36;SAR=33;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517819;STB=0.525022;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0274942;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:81:69:69:0.46:33:36:46:34:33:36:46:35 chr5 169454941 . C G 1102.2 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332045;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3428;QD=58.0105;RBI=0.0577224;REFB=0;REVB=0.0472158;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857573;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:66:76:1:28:38:0:0:38:38:0:0 chr5 169461547 . C T 933.42 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00862384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4535;QD=55.7266;RBI=0.00999434;REFB=-0.160624;REVB=0.00505137;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269769;STB=0.50704;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00480953;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:2:1:65:66:0.985075:31:34:2:0:31:35:1:0 chr5 169510392 . G A 1283.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2184;QD=61.8469;RBI=0.0220114;REFB=0;REVB=0.0104991;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13224e-05;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr5 169533240 . G A 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.437;QD=42.7087;RBI=0.0274403;REFB=-0.101618;REVB=0.000361045;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.513355;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00811469;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:12:7:0:1:12:7:1:1 chr5 169535522 . T C 1792.26 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252235;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.495;QD=61.2738;RBI=0.0256874;REFB=0;REVB=-0.00485978;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149981;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:113:117:1:71:42:0:0:72:45:0:0 chr5 169661994 . G C 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0039138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.284;QD=19.6643;RBI=0.00544782;REFB=-0.00981264;REVB=-0.00378958;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00983104;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:7:12:11:8:7:12 chr5 169685163 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00819637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.093;QD=21.738;RBI=0.0268918;REFB=-0.0160853;REVB=0.0256123;RO=33;SAF=29;SAR=11;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341015;STB=0.50596;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0126324;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:40:40:0.540541:11:29:25:8:11:29:25:9 chr5 169695416 . C G 33.95 PASS AF=0.0816327;AO=3;DP=48;FAO=4;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0156944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.085;QD=2.77119;RBI=0.0156951;REFB=-0.00483555;REVB=0.000152732;RO=41;SAF=1;SAR=2;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194804;STB=0.748755;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.098405;OID=.;OPOS=169695416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:49:41:42:3:4:0.0816327:2:1:22:19:3:1:22:20 chr5 169715038 . A G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00805952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5756;QD=12.7849;RBI=0.0149086;REFB=0.0133153;REVB=-0.0125423;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793969;STB=0.545421;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0235591;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:16:27:15:12:16:27 chr5 169910062 . A G 125.43 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0188452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.691;QD=8.95934;RBI=0.0235436;REFB=-0.00711692;REVB=0.0141124;RO=39;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217866;STB=0.630418;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0117257;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:11:6:21:18:11:6:21:18 chr5 169910084 . G T 691.72 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0743803;FXX=0.036357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1908;QD=52.2052;RBI=0.0776017;REFB=-0.207748;REVB=-0.022127;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335981;STB=0.51785;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.012295;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:53:2:2:50:51:0.962264:27:23:0:2:27:24:0:2 chr5 170215638 . T C 1153.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9304;QD=60.7102;RBI=0.0421184;REFB=0;REVB=-0.0127927;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367158;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr5 170215670 . G A 1184.28 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.517;QD=60.7321;RBI=0.0545915;REFB=0;REVB=0.0183409;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104021;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:1:0:75:78:1:41:34:0:1:43:35:0:0 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1410.63 PASS AF=0,0,0,0.967568,0.0324324;AO=19,36,25,44,14;DP=185;FAO=0,0,0,179,6;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,100,0;FSAR=0,0,0,79,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.34325,-0.633193,0.0596915,0.726558,0.0471476;FXX=0.0106946;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=6.73218,11.4125,6.24428,10.2889,154.694;QD=30.5001;RBI=0.408758,0.63601,0.0645764,0.732843,0.0613391;REFB=0.1199,0.00935233,0.0762511,0.0763377,0.135246;REVB=-0.221952,0.0597845,-0.0246379,-0.0957769,-0.0392376;RO=27;SAF=0,35,24,7,0;SAR=19,1,1,37,14;SRF=24;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.873142,0.357658,0.28682,-0.552978,-0.864105;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,-0.00734769,0,-0.00624937,0.0581773;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:9:185:185:27:0:19,36,25,44,14:0,0,0,179,6:0,0,0,0.967568,0.0324324:19,1,1,37,14:0,35,24,7,0:24:3:0,0,0,79,6:0,0,0,100,0:0:0 chr5 170294132 . G A 892.31 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169896;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.837;QD=58.5118;RBI=0.0271362;REFB=0;REVB=0.0211595;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64114e-05;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr5 170395512 . A T 1933.15 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.957;QD=61.8609;RBI=0.0564684;REFB=0;REVB=0.0147709;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156674;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:71:54:0:0:71:54:0:0 chr5 171201499 . G C 820.32 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.027037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7441;QD=53.7913;RBI=0.0288168;REFB=-0.122019;REVB=0.0099702;RO=2;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0146558;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:42:17:0:2:42:17:0:2 chr5 171520528 . G C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=18;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.010286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.696;QD=12.0146;RBI=0.0138201;REFB=-0.0177313;REVB=0.00923007;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157482;STB=0.615413;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0293949;OID=.;OPOS=171520528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:18:20:0.37037:7:11:16:18:7:13:16:18 chr5 171533629 . A G 1491.59 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.345;QD=63.4717;RBI=0.0193641;REFB=0;REVB=0.0177844;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30754e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:42:52:0:0 chr5 171533656 . C T 1648.19 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00788362;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.377;QD=58.3432;RBI=0.0494992;REFB=-0.00984674;REVB=0.0488674;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.507691;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000333545;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:113:0:2:110:111:0.982301:47:63:0:0:47:64:2:0 chr5 171636926 . C T 121.64 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00683866;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.717;QD=13.9011;RBI=0.0117685;REFB=-0.0030313;REVB=-0.00957764;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504553;STB=0.542796;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00671116;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:7:7:9:11:7:7:9:12 chr5 171760569 . A G 554.59 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00257062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.127;QD=24.9252;RBI=0.00496129;REFB=-0.0122255;REVB=0.00424338;RO=38;SAF=31;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210857;STB=0.501154;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0109495;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:20:31:23:15:20:31:23:15 chr5 171777393 . G A 592.66 PASS AF=0.4;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.00640713;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4308;QD=13.9449;RBI=0.00695814;REFB=-0.0295808;REVB=0.00271374;RO=102;SAF=28;SAR=40;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146592;STB=0.5825;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0376553;OID=.;OPOS=171777393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:102:102:68:68:0.4:40:28:56:46:40:28:56:46 chr5 171849471 . G A 740.4 PASS AF=1;AO=41;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.385;QD=56.9541;RBI=0.0161356;REFB=0;REVB=-0.0116169;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62699e-06;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:41:52:1:20:21:0:0:20:32:0:0 chr5 172196711 . G T 520.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.187;QD=59.4682;RBI=0.0905747;REFB=0;REVB=0.0527247;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421261;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:26:9:0:0 chr5 172294194 . G T 187.88 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0530769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.385;QD=9.05465;RBI=0.0536112;REFB=-0.000469505;REVB=0.00755011;RO=58;SAF=18;SAR=7;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274104;STB=0.663119;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00221519;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:7:18:29:29:7:18:29:29 chr5 172294513 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0343792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6254;QD=21.0138;RBI=0.0369289;REFB=0.0199173;REVB=-0.0134838;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124286;STB=0.571292;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0125888;OID=.;OPOS=172294513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:3:4:8:3:3:4 chr5 172381973 . A AGGT 1062.33 PASS AF=0.914634;AO=74;DP=86;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0132558;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.479;QD=51.8208;RBI=0.0163595;REFB=0.00232386;REVB=0.00958725;RO=10;SAF=51;SAR=23;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732947;STB=0.526033;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=-0.000247122;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914634:74:86:75:82:7:52:23:3:4:27:10:51:23:4:6 chr5 172447762 . G A 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.836;QD=62.6509;RBI=0.0296161;REFB=0;REVB=-0.0189928;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53665e-05;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr5 172631051 . T G 82.63 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.116594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2533;QD=10.0152;RBI=0.118327;REFB=-0.0399546;REVB=0.0201806;RO=22;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488923;STB=0.719552;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0880396;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:33:22:22:9:11:0.333333:1:8:12:10:2:9:12:10 chr5 172660527 . T A 110.32 PASS AF=0.274194;AO=12;DP=57;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0156402;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.944;QD=7.11735;RBI=0.0156727;REFB=-0.00151866;REVB=-0.00100917;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291168;STB=0.533859;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00464622;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:41:45:12:17:0.274194:9:3:11:30:11:6:14:31 chr5 172660535 . TA AA,AT 49.21 PASS AF=0.0655738,0.0983607;AO=11,5;DP=59;FAO=4,6;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3,1;FSAR=1,5;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0177838,0.0945281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=274.118,46.9886;QD=3.22693;RBI=0.0180995,0.0954019;REFB=-0.00368728,0.0147421;REVB=0.00336562,0.0128829;RO=39;SAF=5,0;SAR=6,5;SRF=13;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153511,-0.559498;STB=0.849025,0.679314;STBP=0.291,0.467;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0599742,-0.0149579;OID=.,.;OPOS=172660535,172660535;OREF=T,TA;OALT=A,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:59:61:39:51:11,5:4,6:0.0655738,0.0983607:6,5:5,0:13:26:1,5:3,1:16:35 chr5 173034989 . T C 2393.82 PASS AF=0.99375;AO=157;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.733;QD=59.8455;RBI=0.033999;REFB=-0.147149;REVB=0.0135779;RO=1;SAF=84;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563045;STB=0.503355;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000558637;OID=.;OPOS=173034989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:159:160:1:1:157:159:0.99375:73:84:1:0:74:85:0:1 chr5 173376506 . A G 242.31 PASS AF=0.31;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0141707;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0731;QD=9.69239;RBI=0.0155188;REFB=-0.00259604;REVB=-0.00632656;RO=66;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008107;STB=0.505614;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0064351;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:66:69:31:31:0.31:20:11:23:43:20:11:25:44 chr5 173534801 . CTT C 455.01 PASS AF=0.629213;AO=55;DP=90;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0218057;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.2268;QD=20.4497;RBI=0.0220812;REFB=-0.0224345;REVB=-0.00347694;RO=32;SAF=30;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520835;STB=0.518899;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.0136562;OID=.;OPOS=173534802;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.629213:55:90:56:89:33:30:26:16:17:99:32:30:25:15:17 chr5 174156168 . T C 825.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.691;QD=56.9183;RBI=0.0192732;REFB=0;REVB=-0.0189551;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5347e-05;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr5 174422374 . C T 393.36 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00639631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2517;QD=12.3893;RBI=0.0110914;REFB=-0.015334;REVB=-0.00906121;RO=80;SAF=35;SAR=12;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281695;STB=0.661773;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0247583;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:80:47:47:0.370079:12:35:41:39:12:35:41:39 chr5 174868840 . T C 1239.91 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193528;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.692;QD=61.2303;RBI=0.0255655;REFB=0;REVB=0.0167052;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842765;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:49:31:0:0:50:31:0:0 chr5 174870150 . C T 646.66 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00639271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.728;QD=50.7182;RBI=0.0207122;REFB=0.0357219;REVB=0.019701;RO=2;SAF=32;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0006249;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:2:3:48:48:0.941176:16:32:2:0:16:32:2:1 chr5 174870196 . C T 443.39 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0182951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.735;QD=28.6059;RBI=0.0188536;REFB=0.01384;REVB=0.00455487;RO=21;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983218;STB=0.553373;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00941193;OID=.;OPOS=174870196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:18:23:15:6:18:23:15:6 chr5 175307256 . T C 274.54 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0401771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2335;QD=47.7469;RBI=0.108567;REFB=0.017566;REVB=0.10086;RO=1;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101866;STB=0.538425;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000591251;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:20:22:0.956522:4:16:0:1:6:16:0:1 chr5 175307373 . G A 1153.47 PASS AF=0.91954;AO=80;DP=87;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0348007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2169;QD=53.033;RBI=0.0413332;REFB=-0.034738;REVB=-0.0223011;RO=7;SAF=43;SAR=37;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383361;STB=0.520306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0191246;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:87:87:7:7:80:80:0.91954:37:43:2:5:37:43:2:5 chr5 175308022 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.259;QD=45.1058;RBI=0.0168366;REFB=-0.131143;REVB=-0.00533805;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00271056;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chr5 175387011 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0309701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.204;QD=13.2052;RBI=0.0389596;REFB=0.00334448;REVB=0.0236369;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00757081;OID=.;OPOS=175387011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr5 175811094 . C CAT,CGT 713.95 PASS AF=0.390625,0.5;AO=21,31;DP=68;FAO=25,32;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=15,13;FSAR=10,19;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0406854,0.0505935;FXX=0.0153822;HRUN=0,1;LEN=2,2;MLLD=120.029,159.202;QD=44.6218;RBI=0.0408446,0.0507146;REFB=-0.0587731,-0.123448;REVB=-0.00360278,0.00350236;RO=13;SAF=12,13;SAR=9,18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0310577,-0.106998;STB=0.559954,0.581269;STBP=0.236,0.042;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000415858,0.0293515;OID=.,.;OPOS=175811095,175811095;OREF=-,-;OALT=AT,GT;OMAPALT=CAT,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.390625,0.5:21,31:68:25,32:64:7:15,13:10,19:6:1:99:13:12,13:9,18:8:5 chr5 175954078 . A C 91.71 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0258555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9133;QD=20.3805;RBI=0.0815793;REFB=-0.0224741;REVB=0.0773736;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111763;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0692799;OID=.;OPOS=175954078;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:18:2:7:10:10:0.555556:3:7:2:0:4:6:4:3 chr5 175956177 . G A 383.27 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00272975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.888;QD=22.882;RBI=0.0114313;REFB=-0.0275741;REVB=0.0111005;RO=29;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585866;STB=0.503224;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.028386;OID=.;OPOS=175956177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:16:22:17:12:16:22:17:12 chr5 175956271 . A C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00437628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.895;QD=20.769;RBI=0.00945329;REFB=-0.00879974;REVB=0.00837931;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440607;STB=0.524572;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00822598;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:13:11:11:16:13:11 chr5 175959066 . CTC CT,GCT 36.77 PASS AF=0.470588,0;AO=5,3;DP=19;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.109592,-0.124421;FXX=0.105208;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=15.9457,16.2589;QD=8.65252;RBI=0.117681,0.128535;REFB=-0.0849252,-0.0771939;REVB=0.0428767,-0.0322611;RO=8;SAF=4,3;SAR=1,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.5176,0.73181;STB=0.860595,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0730682,0;OID=.,.;OPOS=175959068,175959066;OREF=C,CTC;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:17:8:9:5,3:8,0:0.470588,0:1,0:4,3:2:6:1,0:7,0:2:7 chr5 176002144 . A C 271.91 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0035878;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.13;QD=23.1409;RBI=0.0321891;REFB=-0.0435457;REVB=0.0319885;RO=22;SAF=24;SAR=1;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414448;STB=0.740474;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0203357;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:1:24:18:4:1:24:18:4 chr5 176002542 . C T 56.24 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0301643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.002;QD=11.2488;RBI=0.0309959;REFB=-0.0289785;REVB=0.0071315;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139534;STB=0.583139;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0392486;OID=.;OPOS=176002542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:3:9:5:3:3:9 chr5 176004476 . T C 285.08 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462138;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.224;QD=51.8324;RBI=0.0870586;REFB=0;REVB=0.0737799;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099169;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:18:22:1:5:13:0:0:8:14:0:0 chr5 176005477 . C T 820.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254175;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.158;QD=57.5794;RBI=0.0556376;REFB=0;REVB=0.0494924;RO=0;SAF=49;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06039e-05;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:8:49:0:0:8:49:0:0 chr5 176011264 . T C 215.92 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0122397;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.992;QD=14.891;RBI=0.0122412;REFB=0.00144932;REVB=0.000191637;RO=33;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305754;STB=0.675274;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00132071;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:19:6:17:16:19:6:17:16 chr5 176024880 . C T 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00681242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.031;QD=14.391;RBI=0.0100252;REFB=-0.0102099;REVB=0.00735502;RO=47;SAF=5;SAR=28;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206823;STB=0.631738;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0162122;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:28:5:13:34:28:5:14:34 chr5 176025938 . T C 344.18 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00888301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.499;QD=44.4107;RBI=0.158027;REFB=-0.136022;REVB=-0.157778;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713041;STB=0.624899;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00269439;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:1:4:27:27:0.870968:6:21:0:1:6:21:0:4 chr5 176026119 . TCTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC T 35.63 PASS AF=0.2;AO=5;DP=34;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0188563;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=24;MLLD=421.803;QD=4.7513;RBI=0.0285051;REFB=-0.000570946;REVB=0.0213771;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314974;STB=0.791633;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=-0.000335383;OID=.;OPOS=176026120;OREF=CTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:5:34:6:30:24:1:5:12:12:35:18:1:4:8:10 chr5 176026146 . C T 45.47 PASS AF=0.209302;AO=10;DP=44;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0297662;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.16;QD=4.22933;RBI=0.0305682;REFB=-0.0266425;REVB=0.00695598;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103404;STB=0.612646;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0814159;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:44:43:33:34:10:9:0.209302:6:4:16:17:6:3:16:18 chr5 176069831 . G A 1695.88 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6828;QD=59.5045;RBI=0.0324143;REFB=0.0197667;REVB=-0.0244867;RO=1;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797967;STB=0.504131;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00012035;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:59:53:0:1:60:53:0:1 chr5 176314459 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000918132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.177;QD=4.41837;RBI=0.0013488;REFB=0.00178177;REVB=-0.000988071;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264104;STB=0.668791;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00768073;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:5:2:15:15:5:2:15:16 chr5 176314639 . G A 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0162022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.664;QD=8.55739;RBI=0.0249846;REFB=-0.0256796;REVB=-0.0190189;RO=49;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949133;STB=0.565592;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0495045;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:50:21:21:0.295775:7:14:29:20:7:14:29:21 chr5 176338400 . TA T 76.71 PASS AF=0.432099;AO=38;DP=90;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0996132;FXX=0.0999889;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.85038;QD=3.78824;RBI=0.0997784;REFB=-0.153451;REVB=0.00573959;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=28;SSEN=0.34252;SSEP=0;SSSB=0.171793;STB=0.628666;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.173274;OID=.;OPOS=176338401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432099:38:90:35:81:46:17:18:12:34:76:38:17:21:10:28 chr5 176516631 . G A 279.7 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0101331;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.51;QD=17.4811;RBI=0.0147131;REFB=-0.0321855;REVB=-0.0106675;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620553;STB=0.544011;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0264519;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:21:29:22:28:0.4375:11:11:9:12:16:12:10:19 chr5 176517169 . CG CA,TA 113.07 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=8,2;DP=11;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709983,0.028662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=143.269,62.0579;QD=41.1163;RBI=0.0743066,0.0309269;REFB=0,0;REVB=0.0219253,0.0116174;RO=0;SAF=3,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00282587,0.000791193;OID=.,.;OPOS=176517170,176517169;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:8,2:9,2:0.818182,0.181818:5,0:3,2:0:0:6,0:3,2:0:0 chr5 176517292 . A G 618.49 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150754;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6236;QD=57.5343;RBI=0.0465612;REFB=-0.0900896;REVB=-0.0440531;RO=1;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153742;STB=0.507459;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000551843;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:1:1:39:42:0.976744:30:9:0:1:33:9:0:1 chr5 176517326 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.273;QD=60.9786;RBI=0.0521632;REFB=0;REVB=0.045606;RO=0;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178091;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:34:5:0:0:34:5:0:0 chr5 176517461 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.805;QD=50.4132;RBI=0.0545655;REFB=0;REVB=0.0542884;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532887;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr5 176517797 . C T 976.42 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00943636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.929;QD=57.4364;RBI=0.0224377;REFB=0.0049638;REVB=0.020357;RO=1;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113879;STB=0.506022;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.61292e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:26:41:1:0:26:41:1:0 chr5 176518784 . C T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00513476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.061;QD=56.2119;RBI=0.00527456;REFB=0.0624412;REVB=-0.00120636;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-9.74292e-06;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:1:0:36:25:1:0 chr5 176520243 . G A 124.22 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0436216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.74;QD=17.1338;RBI=0.0436225;REFB=-0.02761;REVB=0.000274678;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357025;STB=0.729344;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0417339;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:15:13:14:0.482759:11:2:6:7:12:2:7:8 chr5 176636882 . C T 306.56 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0171714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.813;QD=27.2501;RBI=0.0245943;REFB=-0.022071;REVB=-0.0176074;RO=18;SAF=22;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335322;STB=0.687344;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.028701;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:5:22:8:10:5:22:8:10 chr5 176637149 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0118236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.14;QD=10.168;RBI=0.0206424;REFB=-0.00741604;REVB=-0.0169207;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714189;STB=0.541808;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0131398;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:6:13:28:10:6:13:28:10 chr5 176637240 . G T 205.44 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00827805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.966;QD=15.8029;RBI=0.0282064;REFB=-0.00759767;REVB=0.0269644;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719429;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00738341;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:16:13:12:11:16:13 chr5 176637576 . T C 244.51 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0191419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.373;QD=30.564;RBI=0.0217199;REFB=-0.0206255;REVB=-0.0102637;RO=10;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126273;STB=0.569217;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00543118;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:9:13:8:2:9:13:8:2 chr5 176721198 . T C 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00288855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.412;QD=13.3678;RBI=0.0712882;REFB=-0.0061581;REVB=-0.0712297;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087494;STB=0.550964;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.010521;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:18:13:9:9:18:13 chr5 176728400 . G A 53.43 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0474594;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4006;QD=2.60632;RBI=0.0576889;REFB=0.00723839;REVB=-0.0327965;RO=72;SAF=3;SAR=8;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174823;STB=0.630291;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0239502;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:82:72:71:11:11:0.134146:8:3:29:43:8:3:29:42 chr5 176728458 . G T 75.68 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.0029475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.354;QD=2.88305;RBI=0.0192051;REFB=-0.0051008;REVB=-0.0189775;RO=86;SAF=6;SAR=9;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389291;STB=0.519659;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.033155;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:104:105:86:90:15:15:0.142857:9:6:37:49:9:6:38:52 chr5 176733116 . A G 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0244586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.409;QD=10.8509;RBI=0.0321999;REFB=-0.0130777;REVB=0.0209431;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589384;STB=0.535162;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00982194;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:43:23:23:0.348485:10:13:21:20:10:13:22:21 chr5 176737720 . A G 182.81 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00496724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.174;QD=17.0054;RBI=0.00799283;REFB=-0.0327853;REVB=0.00626193;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.51469;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0409654;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:10:8:12:12:10:9:12:12 chr5 176831083 . C G 141.28 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00599467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9916;QD=21.7345;RBI=0.03414;REFB=-0.0175776;REVB=-0.0336096;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193864;STB=0.608996;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0115253;OID=.;OPOS=176831083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:3:8:7:8:3:8 chr5 176831826 . C G 2306.75 PASS AF=0.993197;AO=143;DP=144;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=6.11342e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.342;QD=62.7687;RBI=0.0384199;REFB=-0.0727957;REVB=0.0384199;RO=0;SAF=84;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25139e-08;STB=0.504065;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000770394;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:147:0:1:143:146:0.993197:59:84:0:0:61:85:0:1 chr5 176863519 . G C 840.15 PASS AF=0.619048;AO=74;DP=122;FAO=78;FDP=126;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0110072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.205;QD=26.6714;RBI=0.0110286;REFB=-0.0411707;REVB=-0.000685505;RO=47;SAF=36;SAR=38;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590317;STB=0.52691;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0272841;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:47:48:74:78:0.619048:38:36:19:28:40:38:20:28 chr5 176867943 . A G 562.37 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0141806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.466;QD=32.1352;RBI=0.0804439;REFB=0.0028944;REVB=-0.0791842;RO=20;SAF=26;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164679;STB=0.502047;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0016994;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:21:49:49:0.7:23:26:10:10:23:26:11:10 chr5 176885178 . A G 330.81 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4096;QD=52.9292;RBI=0.0618336;REFB=0;REVB=-0.0504793;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111059;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr5 176885499 . T C 556.19 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00180418;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.38;QD=21.1882;RBI=0.00983099;REFB=-0.0213861;REVB=0.00966402;RO=51;SAF=19;SAR=36;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133035;STB=0.574441;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.019153;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:51:49:55:56:0.533333:36:19:25:26:36:20:25:24 chr5 176916516 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0515831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.071;QD=18.8207;RBI=0.0517372;REFB=-0.020427;REVB=0.00399088;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144193;STB=0.583186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.010907;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:4:6:9:3:4:6 chr5 176917078 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.552;QD=63.5819;RBI=0.0263579;REFB=0;REVB=-0.0220243;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59472e-05;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr5 176930135 . G A 1019.38 PASS AF=0.972222;AO=66;DP=69;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.126;QD=56.6323;RBI=0.0546307;REFB=-0.165126;REVB=0.0536511;RO=2;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224904;STB=0.510866;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000932967;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:72:2:2:66:70:0.972222:41:25:0:2:45:25:0:2 chr5 176936650 . T C 612.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1339;QD=61.2036;RBI=0.0782642;REFB=0;REVB=0.0729687;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529515;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:21:19:0:0 chr5 176940384 . G A 335.44 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0225973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4372;QD=20.3299;RBI=0.0307966;REFB=-0.0232252;REVB=0.0209235;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143281;STB=0.516036;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0226266;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:31:34:35:0.530303:17:17:14:15:18:17:14:17 chr5 176951276 . A G 914.82 PASS AF=1;AO=44;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.497;QD=58.0837;RBI=0.0648968;REFB=0;REVB=0.0459399;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347822;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:44:63:1:25:19:0:0:34:29:0:0 chr5 177022650 . CAA CA,CAG 366.37 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,24;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289461,0.0555947;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.4108,41.9411;QD=54.2768;RBI=0.0318317,0.111618;REFB=0,0;REVB=-0.0132432,0.0967873;RO=0;SAF=2,21;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86584e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0423703,0.00363637;OID=.,.;OPOS=177022651,177022652;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,24:27:1,26:27:0:0,23:1,3:0:0:5:0:2,21:1,3:0:0 chr5 177023098 . A T 619.3 PASS AF=1;AO=17;DP=40;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275914;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=125.202;QD=53.8525;RBI=0.0752619;REFB=-0.0562632;REVB=0.0700219;RO=2;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111147;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:46:2:0:17:46:1:15:2:0:2:36:10:0:0 chr5 177035964 . T C 382.58 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.101451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.984;QD=13.5427;RBI=0.102222;REFB=-0.00301437;REVB=-0.0125258;RO=68;SAF=19;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114368;STB=0.564742;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00418046;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:26:19:36:32:26:19:36:32 chr5 177158620 . T C 120.53 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789465;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.499;QD=43.8282;RBI=0.0161455;REFB=0;REVB=0.0140837;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136363;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 177161891 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4293;QD=46.847;RBI=0.0930794;REFB=0;REVB=-0.0141048;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151233;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr5 177180236 . G A 820.54 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511666;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.711;QD=57.582;RBI=0.0053168;REFB=0;REVB=0.00144505;RO=0;SAF=56;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:1:56:0:0:1:56:0:0 chr5 177310717 . A G 91.67 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3779;QD=36.6699;RBI=0.191287;REFB=0;REVB=-0.02047;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163719;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:0:0:8:10:1:4:4:0:0:4:6:0:0 chr5 177419967 . C T 96.52 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0364157;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5486;QD=10.4342;RBI=0.0367255;REFB=-0.00693487;REVB=0.00476015;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246456;STB=0.647341;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00656692;OID=.;OPOS=177419967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:16:9:7:5:16:9 chr5 177422823 . C T 155.18 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00490545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.863;QD=9.26423;RBI=0.0242447;REFB=-0.0182525;REVB=0.0237432;RO=46;SAF=11;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995748;STB=0.558684;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0343461;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:10:11:28:18:10:11:28:18 chr5 177422876 . T C 1472.55 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.476;QD=63.3354;RBI=0.0258695;REFB=0;REVB=-0.00209683;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58433e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:39:53:0:0:40:53:0:0 chr5 177422908 . A G 888.02 PASS AF=0.729167;AO=69;DP=96;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00895285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.08;QD=37.0007;RBI=0.0100878;REFB=-0.0518247;REVB=-0.00464857;RO=24;SAF=40;SAR=29;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793433;STB=0.530112;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0102131;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:26:69:70:0.729167:29:40:10:14:30:40:12:14 chr5 177547247 . T A,C 722.49 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,49;DP=51;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293469,0.0137696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.6821,282.02;QD=55.5763;RBI=0.0304589,0.015839;REFB=0,0;REVB=0.0081549,-0.00782761;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.40231e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0244348,0.00121724;OID=.,.;OPOS=177547247,177547247;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:52:0:0:2,49:2,50:0.0384615,0.961538:0,47:2,2:0:0:0,47:2,3:0:0 chr5 177551154 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0671837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2418;QD=18.4431;RBI=0.119857;REFB=-0.00526164;REVB=0.0992575;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469562;STB=0.7643;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0125856;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:9:0:7:4:9:0 chr5 177551169 . T C 272.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5348;QD=51.8907;RBI=0.0403315;REFB=0;REVB=-0.0145401;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274195;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr5 177551176 . T C 271.05 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.184683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.847;QD=51.6287;RBI=0.185054;REFB=0;REVB=0.0117205;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134642;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr5 177612734 . T C 1891.17 PASS AF=0.976562;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0177584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.505;QD=59.0992;RBI=0.0177795;REFB=-0.116794;REVB=0.000866052;RO=3;SAF=54;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105309;STB=0.505594;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000226906;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:128:3:3:124:125:0.976562:70:54:2:1:71:54:2:1 chr5 177612739 . G T 813.06 PASS AF=0.595238;AO=75;DP=125;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.023294;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7577;QD=25.8114;RBI=0.0710114;REFB=-0.0027968;REVB=-0.067082;RO=50;SAF=34;SAR=41;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397889;STB=0.52509;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00247357;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:50:51:75:75:0.595238:41:34:20:30:41:34:20:31 chr5 177612744 . A G 1877.29 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.242;QD=60.5578;RBI=0.0244907;REFB=0.0753478;REVB=-0.0048572;RO=1;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683535;STB=0.503597;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-9.15936e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:124:1:1:121:123:0.991935:69:52:0:1:69:54:0:1 chr5 177612983 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0311152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.862;QD=10.853;RBI=0.0314188;REFB=-0.00481274;REVB=0.00435748;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306468;STB=0.680666;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0148828;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:16:5:19:20:16:5:19:20 chr5 177613123 . T C 772.55 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0906077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9257;QD=61.8038;RBI=0.0906111;REFB=0.0740031;REVB=-0.000789883;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00187102;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:1:0:29:20:1:0 chr5 177613168 . C T 138.34 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0149705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8864;QD=8.92515;RBI=0.0158035;REFB=-0.00351818;REVB=0.00506299;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593005;STB=0.535175;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0117491;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:11:8:16:27:11:8:16:27 chr5 177675217 . C T 404.33 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=0.0365109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7428;QD=12.5373;RBI=0.0365707;REFB=-0.00763247;REVB=0.00209002;RO=79;SAF=18;SAR=30;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117044;STB=0.562875;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0113657;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:79:81:48:48:0.372093:30:18:22:57:30:18:23:58 chr5 177681946 . C CT 143.72 PASS AF=0.678571;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.106809;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1798;QD=20.5309;RBI=0.122313;REFB=0.0249013;REVB=0.0596015;RO=10;SAF=15;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392138;STB=0.680631;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.000507545;OID=.;OPOS=177681947;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:17:29:19:28:9:16:3:4:5:48:10:15:2:5:5 chr5 177683377 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.998;QD=57.6784;RBI=0.0881349;REFB=0;REVB=0.0875797;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906927;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 177683905 . G A 688.84 PASS AF=0.641304;AO=54;DP=91;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00420651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.582;QD=29.9497;RBI=0.00957935;REFB=-0.0317839;REVB=0.00860635;RO=33;SAF=23;SAR=31;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416994;STB=0.528691;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0159759;OID=.;OPOS=177683905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:33:33:54:59:0.641304:31:23:16:17:35:24:16:17 chr5 177715580 . CT C,CC 1010.07 PASS AF=0.366197,0.633803;AO=12,33;DP=71;FAO=26,45;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=16,31;FSAR=10,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435105,0.0394779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.774,163.624;QD=56.9056;RBI=0.0482863,0.0479975;REFB=0,0;REVB=0.020938,0.0272994;RO=0;SAF=6,25;SAR=6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0163211,0.0183954;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.366197,0.633803:12,33:71:26,45:71:0:16,31:10,14:0:0:56:0:6,25:6,8:0:0 chr5 178049444 . C G 655.94 PASS AF=0.52;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0159543;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.369;QD=20.9901;RBI=0.0159964;REFB=-0.00350743;REVB=-0.00116045;RO=60;SAF=24;SAR=41;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131577;STB=0.507237;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00395041;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:60:60:65:65:0.52:41:24:23:37:41:24:23:37 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 57.78 PASS AF=0.152778;AO=9;DP=79;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00846654;FXX=0.0649266;HRUN=0;LEN=11;MLLD=282.35;QD=3.21025;RBI=0.0196359;REFB=-0.00226962;REVB=-0.0177169;RO=68;SAF=3;SAR=6;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265826;STB=0.68595;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=0.0142001;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152778:9:79:11:72:61:4:7:36:25:57:68:3:6:38:30 chr5 178139442 . T G 266.04 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00218255;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.986;QD=10.3316;RBI=0.00723995;REFB=-0.0099477;REVB=-0.00690314;RO=69;SAF=22;SAR=12;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166016;STB=0.59664;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0236124;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:12:22:35:34:12:22:35:34 chr5 178140090 . C T 92.28 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0379017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3684;QD=6.25619;RBI=0.0644073;REFB=-0.00621135;REVB=-0.0520746;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276912;STB=0.508462;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0209354;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:44:45:14:14:0.237288:7:7:23:21:7:7:23:22 chr5 178293253 . G A 999.4 PASS AF=0.515957;AO=97;DP=187;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.00152112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.769;QD=21.2638;RBI=0.0826206;REFB=0.00260272;REVB=0.0826066;RO=90;SAF=38;SAR=59;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220762;STB=0.623327;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00384998;OID=.;OPOS=178293253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:90:91:97:97:0.515957:59:38:58:32:59:38:59:32 chr5 178294059 . T C 970.39 PASS AF=0.571429;AO=92;DP=164;FAO=92;FDP=161;FR=.;FRO=69;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0557674;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3503;QD=24.1091;RBI=0.055831;REFB=-0.0144056;REVB=0.00266304;RO=68;SAF=52;SAR=40;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972091;STB=0.549881;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0114783;OID=.;OPOS=178294059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:68:69:92:92:0.571429:40:52:30:38:40:52:31:38 chr5 178310446 . C T 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0639091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.447;QD=20.5422;RBI=0.063912;REFB=-0.00940714;REVB=-0.000615839;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540851;STB=0.530362;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00989582;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:8:17:15:9:8:17 chr5 178359136 . A G 76.08 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0306418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.739;QD=12.1733;RBI=0.0307037;REFB=0.000503799;REVB=-0.00194868;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396837;STB=0.71611;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000682771;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:3:7:4:10:3:7:5:10 chr5 178359989 . T C 1148.17 PASS AF=0.647799;AO=100;DP=156;FAO=103;FDP=159;FR=.;FRO=56;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0208532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.605;QD=28.8847;RBI=0.0276654;REFB=-0.03203;REVB=0.0181802;RO=56;SAF=51;SAR=49;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00523033;STB=0.50458;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0161692;OID=.;OPOS=178359989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:56:56:100:103:0.647799:49:51:29:27:51:52:29:27 chr5 178368465 . C CCAAA 326.01 PASS AF=0.539683;AO=25;DP=74;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0101315;FXX=0.0596926;HRUN=3;LEN=4;MLLD=265.74;QD=20.6989;RBI=0.041738;REFB=-0.0327173;REVB=0.0404897;RO=39;SAF=19;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924283;STB=0.570951;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.024405;OID=.;OPOS=178368466;OREF=-;OALT=CAAA;OMAPALT=CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539683:25:74:34:63:29:21:13:22:7:99:39:19:6:27:12 chr5 178373452 . G A 471.68 PASS AF=0.661538;AO=44;DP=66;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0229418;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.232;QD=29.0265;RBI=0.0229442;REFB=-0.0250526;REVB=-0.00032983;RO=22;SAF=13;SAR=31;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490727;STB=0.524115;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0128384;OID=.;OPOS=178373452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:22:22:44:43:0.661538:31:13:8:14:30:13:8:14 chr5 178391860 . G A 373.25 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0293153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3655;QD=15.7159;RBI=0.0364315;REFB=0.00134528;REVB=-0.0216302;RO=55;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142085;STB=0.580097;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00405631;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:17:23:24:31:17:23:24:31 chr5 178391902 . A C 486.05 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.010284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.944;QD=24.0023;RBI=0.0270019;REFB=-0.0196051;REVB=0.0249668;RO=35;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854784;STB=0.546905;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0151267;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:26:20:19:16:26:20:19:16 chr5 178395849 . C A 858.58 PASS AF=0.66087;AO=76;DP=115;FAO=76;FDP=115;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0252204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.192;QD=29.8637;RBI=0.0258196;REFB=-0.011263;REVB=-0.00553049;RO=39;SAF=44;SAR=32;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403026;STB=0.521733;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00532228;OID=.;OPOS=178395849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:39:39:76:76:0.66087:32:44:25:14:32:44:25:14 chr5 178395883 . C T 623.49 PASS AF=0.710526;AO=52;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.042105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9486;QD=32.8155;RBI=0.0421079;REFB=0.00519197;REVB=-0.000489567;RO=22;SAF=34;SAR=18;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742273;STB=0.545438;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000644038;OID=.;OPOS=178395883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:22:52:54:0.710526:18:34:17:5:20:34:17:5 chr5 178408835 . C T 426.96 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0309712;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5343;QD=21.6182;RBI=0.0372676;REFB=0.012426;REVB=-0.0207282;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242111;STB=0.513373;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0105862;OID=.;OPOS=178408835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:17:25:21:16:17:25:21:16 chr5 178410151 . C T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0518503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.019;QD=20.5427;RBI=0.0521574;REFB=-0.0185821;REVB=0.0056517;RO=36;SAF=30;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223791;STB=0.624931;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0271856;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:9:30:20:16:9:30:20:16 chr5 178410213 . T C 266.81 PASS AF=0.52;AO=24;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00755559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.58;QD=21.3447;RBI=0.0134537;REFB=-0.00959041;REVB=-0.0111317;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129979;STB=0.518504;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00694393;OID=.;OPOS=178410213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:24:26:0.52:10:14:10:13:12:14:12:12 chr5 178410234 . A G 223.81 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0143202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1806;QD=19.4615;RBI=0.019716;REFB=-0.00744081;REVB=0.0135518;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00871339;OID=.;OPOS=178410234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:11:13:11:11:11:13 chr5 178410437 . G A 193.14 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.032759;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7029;QD=17.1684;RBI=0.0491088;REFB=-0.0021742;REVB=0.0365857;RO=25;SAF=1;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544587;STB=0.825633;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.011909;OID=.;OPOS=178410437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:19:1:8:17:19:1:8:17 chr5 178410519 . T G 159.49 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00166227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.303;QD=19.9358;RBI=0.00649411;REFB=0.00200753;REVB=-0.00627776;RO=15;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294577;STB=0.608554;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000954746;OID=.;OPOS=178410519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:14:2:5:10:14:3:5:10 chr5 178412273 . T C 115.08 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00379737;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.04;QD=10.2296;RBI=0.0242205;REFB=0.000998937;REVB=0.023921;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309962;STB=0.688657;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00351645;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:31:14:14:0.311111:7:7:23:7:7:7:24:7 chr5 178412667 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.038;QD=39.2068;RBI=0.0129128;REFB=0;REVB=-0.00798944;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41993e-05;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr5 178413816 . T C,G 1378.3 PASS AF=0.922222,0.0777778;AO=80,8;DP=89;FAO=83,7;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=68,6;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193056,0.0151443;FXX=0.0109878;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.685,92.672;QD=61.2578;RBI=0.0317968,0.0412575;REFB=0,0;REVB=-0.0252652,-0.0383775;RO=0;SAF=66,6;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000859124,0.0327628;OID=.,.;OPOS=178413816,178413816;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:89:90:0:0:80,8:83,7:0.922222,0.0777778:14,2:66,6:0:0:15,1:68,6:0:0 chr5 178413947 . T C 663.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.579;QD=61.6913;RBI=0.00431915;REFB=0;REVB=0.00410136;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551578;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:14:29:0:0 chr5 178415937 . A G 448.09 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463315;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.714;QD=57.8176;RBI=0.0645544;REFB=0;REVB=0.0643879;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186428;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr5 178415982 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.587;QD=63.8703;RBI=0.0395833;REFB=0;REVB=-0.00837074;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68923e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr5 178416063 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.911;QD=59.14;RBI=0.0285398;REFB=0;REVB=0.0155754;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40759e-05;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr5 178416288 . G A 1162.47 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0267703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.066;QD=56.0226;RBI=0.0631123;REFB=-0.169312;REVB=0.0571535;RO=4;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609355;STB=0.53225;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00231584;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:83:83:4:4:79:79:0.951807:29:50:0:4:29:50:0:4 chr5 178419279 . G GGGCAAGGTCT 66.28 PASS AF=1;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112989;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=10;MLLD=403.931;QD=37.8742;RBI=0.0112989;REFB=0;REVB=0;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.89211e-05;OID=.;OPOS=178419280;OREF=-;OALT=GGCAAGGTCT;OMAPALT=GGGCAAGGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:12:7:7:0:7:0:0:0:3:5:7:0:5:0 chr5 178419288 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7184;QD=40.7623;RBI=0.0561175;REFB=0;REVB=0.0526956;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199828;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr5 178459283 . A G 1758.18 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163825;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.084;QD=60.6268;RBI=0.069639;REFB=0;REVB=0.0676846;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307559;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:60:55:0:0:61:55:0:0 chr5 178459426 . A C 1539.27 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.371;QD=61.5708;RBI=0.033444;REFB=-0.0361106;REVB=0.0315353;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998494;STB=0.500409;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0013015;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:51:47:1:0:51:47:1:1 chr5 178507069 . T C 1300.9 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0197235;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.766;QD=58.4672;RBI=0.0239887;REFB=0.000928209;REVB=0.0136543;RO=3;SAF=35;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171052;STB=0.509035;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=1.6163e-05;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:51:35:2:1:51:35:2:1 chr5 178507090 . G A 1020.6 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102478;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.57;QD=59.1652;RBI=0.014276;REFB=0;REVB=0.00993915;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327999;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:41:28:0:0 chr5 178634619 . C T 1213.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.905;QD=59.9425;RBI=0.0535609;REFB=-0.170283;REVB=0.0329507;RO=1;SAF=53;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885059;STB=0.504672;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000947204;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:27:53:1:0:27:53:1:0 chr5 178634672 . C T 1103.58 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661101;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.115;QD=60.4699;RBI=0.0668775;REFB=0;REVB=0.0101021;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23362e-05;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr5 178770981 . A G 366.75 PASS AF=0.30303;AO=49;DP=163;FAO=50;FDP=165;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0242187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.376;QD=8.89102;RBI=0.0282675;REFB=-0.00631835;REVB=-0.0145775;RO=112;SAF=29;SAR=20;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110603;STB=0.55317;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0180213;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:112:115:49:50:0.30303:20:29:56:56:21:29:58:57 chr5 178949560 . AG GT 587.82 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339397;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.547;QD=60.289;RBI=0.00825763;REFB=0;REVB=0.00752791;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000218395;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:13:26:0:0 chr5 178949580 . C T 648.49 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.552;QD=57.6433;RBI=0.0361221;REFB=-0.149286;REVB=0.0316723;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000636686;OID=.;OPOS=178949580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:19:24:2:0:19:24:2:0 chr5 178949781 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.143;QD=51.1838;RBI=0.00558919;REFB=0;REVB=-0.00472144;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87289e-05;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr5 178951598 . G A 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9006;QD=55.0083;RBI=0.0149022;REFB=0.0508788;REVB=-0.00239979;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00106504;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr5 179043161 . G A 1092.77 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9704;QD=59.8778;RBI=0.0244447;REFB=0;REVB=0.0116585;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026617;OID=.;OPOS=179043161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr5 179069468 . A G 605.53 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3403;QD=60.5527;RBI=0.101158;REFB=0;REVB=-0.0969611;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000887144;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr5 179071866 . A G 1428.75 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6039;QD=62.8023;RBI=0.0290057;REFB=0;REVB=-0.00188357;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023359;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:88:91:1:39:49:0:0:40:51:0:0 chr5 179078940 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=61.684;RBI=0.0294157;REFB=0;REVB=0.0291507;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81599e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr5 179126090 . C T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.283;QD=56.9476;RBI=0.0257073;REFB=0.0451379;REVB=0.00374224;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-8.99457e-05;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:0:1:15:21:0:1 chr5 179203933 . A G 923.36 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3517;QD=55.9615;RBI=0.0414279;REFB=-0.014945;REVB=-0.0233065;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219486;STB=0.510635;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000991711;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:66:1:1:62:65:0.984848:41:21:1:0:42:23:1:0 chr5 179260153 . C T 440.83 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0417427;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4061;QD=30.4021;RBI=0.0618615;REFB=-0.0434833;REVB=-0.0456552;RO=16;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461404;STB=0.524988;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0221168;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:18:40:40:0.689655:21:19:9:7:21:19:10:8 chr5 179260213 . G A 281.08 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0426093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2244;QD=21.2139;RBI=0.045985;REFB=-0.0193187;REVB=0.0172937;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268797;STB=0.522331;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0285731;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:18:11:8:15:18:11:8:16 chr5 179263446 . G A 251.02 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0124556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.882;QD=19.688;RBI=0.0131538;REFB=-0.0110544;REVB=-0.00422875;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231097;STB=0.577501;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0129401;OID=.;OPOS=179263446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:25:26:26:0.509804:10:16:19:3:10:16:19:6 chr5 179263515 . G A 422.87 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0287385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6855;QD=18.3858;RBI=0.0470957;REFB=-0.00354956;REVB=-0.037311;RO=48;SAF=15;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109538;STB=0.556663;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00574005;OID=.;OPOS=179263515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:28:15:22:26:28:15:22:27 chr5 179264731 . T C 906.13 PASS AF=0.609023;AO=81;DP=134;FAO=81;FDP=133;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00254595;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.772;QD=27.2521;RBI=0.00864735;REFB=-0.0192482;REVB=-0.00826407;RO=52;SAF=46;SAR=35;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215486;STB=0.511686;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.017055;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:52:52:81:81:0.609023:35:46:28:24:35:46:28:24 chr5 179267949 . T C 525.64 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00704613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.518;QD=27.3059;RBI=0.0297074;REFB=-0.034391;REVB=-0.0288597;RO=29;SAF=25;SAR=23;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935257;STB=0.550877;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0192416;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:23:25:19:10:23:25:19:10 chr5 179280379 . T C 588.89 PASS AF=0.541284;AO=58;DP=108;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.00418873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.361;QD=21.6108;RBI=0.0288303;REFB=0.00178158;REVB=0.0285244;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203169;STB=0.613536;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00173185;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:50:50:58:59:0.541284:29:29:37:13:30:29:37:13 chr5 179285752 . G A 371.33 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0485342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1642;QD=22.8512;RBI=0.0872543;REFB=-0.050925;REVB=0.0725103;RO=25;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243638;STB=0.517437;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.027778;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:28:37:37:0.569231:21:16:10:15:21:16:11:17 chr5 179287576 . C G 726.33 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.942;QD=54.8176;RBI=0.0286325;REFB=-0.156601;REVB=0.0228724;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.515146;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000308185;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:53:0:1:50:52:0.981132:35:15:0:0:36:16:1:0 chr5 179287585 . GC CT 728.51 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214928;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.025;QD=63.3483;RBI=0.0674941;REFB=0;REVB=0.0639805;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000409455;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:45:46:1:30:15:0:0:31:15:0:0 chr5 179287622 . G A,GTA 699.44 PASS AF=0.0384615,0.942308;AO=2,49;DP=53;FAO=2,49;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.063081,0.0247222;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.5663,190.111;QD=53.8027;RBI=0.0656922,0.0553428;REFB=-0.048503,-0.0750363;REVB=0.0183373,0.049514;RO=1;SAF=1,20;SAR=1,29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.015953;STB=0.665164,0.508471;STBP=0.662,0.528;TYPE=snp,ins;VARB=0.0138417,0.00749721;OID=.,.;OPOS=179287622,179287623;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:52:1:1:2,49:2,49:0.0384615,0.942308:1,29:1,20:0:1:1,29:1,20:0:1 chr5 179287871 . C T 794.38 PASS AF=0.707071;AO=68;DP=98;FAO=70;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00943573;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.708;QD=32.096;RBI=0.0508021;REFB=-0.0336906;REVB=-0.0499182;RO=29;SAF=42;SAR=26;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038354;STB=0.519161;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0123078;OID=.;OPOS=179287871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:29:29:68:70:0.707071:26:42:16:13:27:43:16:13 chr5 179287973 . T C 950.04 PASS AF=0.580645;AO=90;DP=156;FAO=90;FDP=155;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0188282;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.964;QD=24.5172;RBI=0.0284188;REFB=-0.0100081;REVB=0.0212868;RO=64;SAF=47;SAR=43;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09123;STB=0.545785;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00646144;OID=.;OPOS=179287973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:64:65:90:90:0.580645:43:47:41:23:43:47:41:24 chr5 179290845 . T G 1290.93 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0149091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.944;QD=57.3745;RBI=0.034138;REFB=-0.0655892;REVB=0.0307102;RO=4;SAF=46;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00294731;STB=0.501557;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00125759;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:4:4:86:86:0.955556:40:46:2:2:40:46:2:2 chr5 179529124 . G A 678.53 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.377;QD=61.6847;RBI=0.0335862;REFB=0;REVB=0.0211728;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307098;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:32:11:0:0:32:12:0:0 chr5 179563435 . T C 402.08 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0756525;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7382;QD=21.4444;RBI=0.0820396;REFB=-0.0231524;REVB=-0.0317364;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10527;STB=0.558111;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0180588;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:21:19:21:14:21:19:21:14 chr5 179674733 . A C 30.9 PASS AF=0.101449;AO=6;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0238576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.681;QD=1.7913;RBI=0.0248797;REFB=0.00205451;REVB=-0.00705791;RO=56;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627716;STB=0.917477;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0160242;OID=.;OPOS=179674733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:69:69:56:62:6:7:0.101449:1:5:12:44:1:6:18:44 chr5 179729519 . A G 1007.42 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0784374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2115;QD=55.2011;RBI=0.0871291;REFB=0.00223461;REVB=0.037935;RO=3;SAF=19;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380315;STB=0.52015;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00112446;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:51:19:2:1:51:19:2:1 chr5 179740827 . T C 1095.8 PASS AF=0.524038;AO=108;DP=206;FAO=109;FDP=208;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=35;FSRR=64;FWDB=-0.00923267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8963;QD=21.0731;RBI=0.0204737;REFB=-0.0314728;REVB=0.0182738;RO=96;SAF=51;SAR=57;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10273;STB=0.559229;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0220805;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:96:99:108:109:0.524038:57:51:34:62:57:52:35:64 chr5 179744009 . T G 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0064754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.891;QD=10.5912;RBI=0.0106274;REFB=0.00462127;REVB=-0.00842675;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267017;STB=0.51561;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00505729;OID=.;OPOS=179744009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:11:10:20:20:11:10:20:20 chr5 179996111 . C T 740.83 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0041441;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.675;QD=54.8764;RBI=0.00426402;REFB=0.011053;REVB=0.00100414;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-9.72398e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:0:1:22:31:0:1 chr5 180046344 . G C 472.59 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0563419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.835;QD=13.2193;RBI=0.0583828;REFB=-0.0239465;REVB=-0.0153017;RO=89;SAF=27;SAR=27;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184768;STB=0.510486;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0615842;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:89:89:54:54:0.377622:27:27:46:43:27:27:46:43 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG 59.35 PASS AF=0.1875;AO=7;DP=64;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0032582;FXX=0.157867;HRUN=0;LEN=22;MLLD=703.872;QD=4.94603;RBI=0.00897974;REFB=-0.00157503;REVB=0.00836779;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36048;STB=0.637407;STBP=0.453;TYPE=ins;VARB=0.00697205;OID=.;OPOS=180046427;OREF=-;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:7:64:9:48:39:4:5:11:28:59:52:4:3:14:38 chr5 180046492 . CAG C 298.46 PASS AF=0.377778;AO=29;DP=95;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0102034;FXX=0.0816243;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.806;QD=13.2647;RBI=0.0187851;REFB=-0.0185425;REVB=-0.0157725;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862936;STB=0.5263;STBP=0.701;TYPE=del;VARB=0.0299888;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:29:95:34:90:56:18:16:32:24:99:46:16:13:29:17 chr5 180052993 . T TG 31.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0132615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.75992;QD=5.44355;RBI=0.106022;REFB=-0.0660318;REVB=0.105189;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644098;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=0.0854164;OID=.;OPOS=180052994;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:26:10:23:13:5:5:6:7:31:16:5:5:7:9 chr5 180058747 . C CG 47.16 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0246658;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.89178;QD=6.98599;RBI=0.122914;REFB=-0.00576177;REVB=0.120413;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464022;STB=0.732995;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0396183;OID=.;OPOS=180058748;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:12:29:15:27:12:3:12:8:4:29:15:2:10:9:6 chr5 180166461 . C G 367.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.258;QD=54.461;RBI=0.0458348;REFB=0;REVB=0.0140181;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346901;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr5 180218668 . A G 1607.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.846;QD=64.2896;RBI=0.0168309;REFB=0;REVB=0.0167153;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28011e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:49:51:0:0 chr5 180218820 . C A 928.7 PASS AF=0.526012;AO=91;DP=174;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0105033;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.023;QD=21.4727;RBI=0.0279624;REFB=-0.00901696;REVB=0.0259148;RO=83;SAF=43;SAR=48;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133527;STB=0.576178;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00844873;OID=.;OPOS=180218820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:83:82:91:91:0.526012:48:43:52:31:48:43:52:30 chr5 180218831 . G A 966.78 PASS AF=0.54386;AO=95;DP=173;FAO=93;FDP=171;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0100995;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.622;QD=22.6147;RBI=0.0107131;REFB=-0.00439452;REVB=-0.00357363;RO=78;SAF=43;SAR=52;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123462;STB=0.563684;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00565925;OID=.;OPOS=180218831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:78:78:95:93:0.54386:52:43:47:31:50:43:47:31 chr5 180219304 . C T 2322.77 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.125;QD=63.2045;RBI=0.0222723;REFB=0;REVB=0.0127085;RO=1;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115073;OID=.;OPOS=180219304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:1:0:146:147:1:62:84:0:1:63:84:0:0 chr5 180276402 . C T 1227.14 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1206;QD=61.357;RBI=0.0172693;REFB=0;REVB=0.00515394;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172389;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr5 180278393 . C G 288.98 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8208;QD=52.541;RBI=0.137923;REFB=0;REVB=0.0206875;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198922;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:14:8:0:0 chr5 180329359 . T C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9215;QD=60.6022;RBI=0.0537384;REFB=0;REVB=0.0484;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858863;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr5 180335742 . AC AT,TG 555.68 PASS AF=0.5,0.0267857;AO=50,4;DP=113;FAO=56,3;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=29,1;FSAR=27,2;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00129294,-0.0110196;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.0325,143.231;QD=19.8458;RBI=0.0289541,0.0112707;REFB=-0.00338168,-0.001149;REVB=0.0289252,-0.00236607;RO=49;SAF=25,1;SAR=25,3;SRF=22;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0456663,-0.21366;STB=0.531576,0.616487;STBP=0.547,0.73;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00182354,0.0723051;OID=.,.;OPOS=180335743,180335742;OREF=C,AC;OALT=T,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:49:53:50,4:56,3:0.5,0.0267857:25,3:25,1:22:27:27,2:29,1:24:29 chr5 180336849 . C T 226.96 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0274089;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.08;QD=9.17012;RBI=0.0513006;REFB=-0.00866711;REVB=-0.0433647;RO=66;SAF=18;SAR=11;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368959;STB=0.546605;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0268906;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:66:70:29:29:0.292929:11:18:39:27:11:18:39:31 chr5 180338368 . A G 1449.16 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0871925;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.418;QD=58.5517;RBI=0.0882437;REFB=-0.11654;REVB=0.01358;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958177;STB=0.505049;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000362071;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:99:1:1:98:98:0.989899:49:49:1:0:49:49:1:0 chr5 180374523 . G A 672.03 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0158018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.168;QD=23.3748;RBI=0.0159203;REFB=-0.0188141;REVB=-0.00193893;RO=49;SAF=40;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149308;STB=0.586133;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00743898;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:50:65:65:0.565217:25:40:21:28:25:40:21:29 chr5 180374534 . G A 1925.45 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6919;QD=61.6145;RBI=0.0318005;REFB=0;REVB=0.0311594;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104322;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:59:66:0:0:59:66:0:0 chr5 180376208 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.134;QD=55.6561;RBI=0.035029;REFB=0;REVB=0.0343395;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131684;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 180376223 . G C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7312;QD=58.1384;RBI=0.0569178;REFB=0;REVB=-0.0221676;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326159;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr5 180376972 . C G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.909;QD=48.7346;RBI=0.0829872;REFB=0;REVB=0.0200696;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174794;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr5 180376974 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6195;QD=48.7369;RBI=0.025196;REFB=0;REVB=0.0166679;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86116e-05;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr5 180377331 . T C 684.88 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.416;QD=62.2615;RBI=0.0476619;REFB=0;REVB=0.0393281;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139219;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr5 180377470 . G A 200.66 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.448;QD=47.2142;RBI=0.0561212;REFB=0;REVB=0.0507246;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791682;OID=.;OPOS=180377470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr5 180430895 . G A 275.34 PASS AF=0.43662;AO=28;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0252564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8741;QD=15.512;RBI=0.0287756;REFB=-0.0158081;REVB=-0.0137894;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380402;STB=0.6928;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0182093;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:40:40:28:31:0.43662:17:11:31:9:18:13:31:9 chr5 180432416 . C T 317.13 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231085;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.073;QD=50.7404;RBI=0.0240863;REFB=-0.0766231;REVB=0.00679333;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000450336;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr5 180472498 . C T 790.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030985;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.627;QD=56.441;RBI=0.057308;REFB=-0.109257;REVB=-0.0482093;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454199;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr5 180472513 . A G 948.85 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.575;QD=56.6479;RBI=0.0563696;REFB=-0.00268794;REVB=-0.00904516;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165719;STB=0.508472;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000187717;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:28:37:0:1:29:37:0:1 chr5 180482899 . C T 71.39 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=2;FWDB=-0.028205;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9193;QD=5.9494;RBI=0.0315335;REFB=-0.0159234;REVB=-0.0141012;RO=38;SAF=9;SAR=1;SRF=36;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202811;STB=0.624803;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.027083;OID=.;OPOS=180482899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:49:48:38:38:10:10:0.208333:1:9:36:2:1:9:36:2 chr5 180486247 . G T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0175424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.441;QD=12.8691;RBI=0.0194068;REFB=-0.00572842;REVB=0.00829978;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230708;STB=0.634517;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00415681;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:5:16:19:14:5:16:19:14 chr5 180615403 . A C 602.82 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0028639;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=327.38;QD=54.8015;RBI=0.00709459;REFB=-0.220085;REVB=-0.00649086;RO=3;SAF=24;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107132;STB=0.505718;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.000543257;OID=.;OPOS=180615403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:3:3:41:41:0.931818:17:24:2:1:17:24:2:1 chr5 180615933 . T C 1402.51 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027047;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.524;QD=63.034;RBI=0.0300927;REFB=0;REVB=0.0131921;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010616;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr5 180618713 . A AC 827.18 PASS AF=0.989899;AO=79;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.6056;QD=33.4214;RBI=0.10134;REFB=-0.0313829;REVB=-0.0017894;RO=21;SAF=45;SAR=34;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585774;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=ins;VARB=0.00733819;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989899:79:101:98:99:1:56:42:1:0:11:21:45:34:15:6 chr5 180622615 . C T 289.06 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00668147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.927;QD=32.1173;RBI=0.0146713;REFB=-0.0519233;REVB=0.0130615;RO=11;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142137;STB=0.507789;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0276212;OID=.;OPOS=180622615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:12:13:6:5:12:13:6:5 chr5 180626927 . A G 1419.13 PASS AF=0.910714;AO=102;DP=115;FAO=102;FDP=112;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0320275;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.591;QD=50.6834;RBI=0.0328589;REFB=-0.055465;REVB=0.00734507;RO=10;SAF=53;SAR=49;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135994;STB=0.507192;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00433197;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:115:112:10:10:102:102:0.910714:49:53:6:4:49:53:6:4 chr5 180626928 . C G 42.22 PASS AF=0.0964912;AO=10;DP=113;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0241602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0334;QD=1.48135;RBI=0.0264439;REFB=-0.029041;REVB=-0.0107502;RO=103;SAF=6;SAR=4;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873588;STB=0.603062;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0344915;OID=.;OPOS=180626928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:114:103:103:10:11:0.0964912:4:6:54:49:4:7:54:49 chr5 180634747 . C T 1690.08 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.814;QD=60.36;RBI=0.0347208;REFB=0;REVB=0.0343485;RO=0;SAF=70;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09509e-05;OID=.;OPOS=180634747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:41:70:0:0:42:70:0:0 chr5 180634754 . C T 1774.06 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.72;QD=60.6515;RBI=0.060555;REFB=0;REVB=0.0508824;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121554;OID=.;OPOS=180634754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:115:117:1:46:69:0:0:46:71:0:0 chr5 180645350 . G C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.921;QD=61.2128;RBI=0.0103332;REFB=0;REVB=0.00607065;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73285e-05;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr5 180645352 . GA GG,TG 1188.37 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=73,3;DP=79;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=42,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164404,0.00865495;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=283.22,125.943;QD=60.1708;RBI=0.017139,0.0102957;REFB=0,0;REVB=-0.00484344,0.00557621;RO=0;SAF=31,0;SAR=42,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.98661e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000361028,-0.000723298;OID=.,.;OPOS=180645353,180645352;OREF=A,GA;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:0:0:73,3:76,3:0.962025,0.0379747:42,3:31,0:0:0:42,3:34,0:0:0 chr5 180664200 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0115242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.599;QD=22.9576;RBI=0.0174773;REFB=-0.00949953;REVB=0.0131396;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180487;STB=0.602508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00883317;OID=.;OPOS=180664200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:7:4:3:13:7:4 chr5 180687212 . C T 1859.34 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.025;QD=61.4659;RBI=0.00584568;REFB=0;REVB=-0.00197112;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23359e-06;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:68:53:0:0:68:53:0:0 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 871.15 PASS AF=0.854839,0.145161;AO=52,10;DP=64;FAO=53,9;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33,7;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03593,0.0368884;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=223.907,50.6716;QD=56.2032;RBI=0.102428,0.0393469;REFB=0,0;REVB=0.0959191,0.0136905;RO=0;SAF=33,7;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.0907e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00540203,0.084352;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.854839,0.145161:52,10:64:53,9:62:0:33,7:20,2:0:0:48:0:33,7:19,3:0:0 chr6 335174 . TA T,TT 857.75 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=8,52;DP=60;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166999,0.0157089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=278.761,292.557;QD=57.1833;RBI=0.0266609,0.0240889;REFB=0,0;REVB=0.0207826,0.0182621;RO=0;SAF=7,34;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,4.19096e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0204432,0.00143128;OID=.,.;OPOS=335175,335175;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:8,52:60:1,59:60:0:1,40:0,19:0:0:4:0:7,34:1,18:0:0 chr6 345891 . G A 330.53 PASS AF=0.341463;AO=41;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.000433679;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6794;QD=10.749;RBI=0.0211542;REFB=-0.00323131;REVB=0.0211497;RO=82;SAF=21;SAR=20;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983625;STB=0.560157;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00763517;OID=.;OPOS=345891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:82:81:41:42:0.341463:20:21:35:47:20:22:35:46 chr6 348906 . G A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00498368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.531;QD=17.2393;RBI=0.00505326;REFB=-0.00869505;REVB=-0.000835667;RO=47;SAF=14;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172833;STB=0.59701;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0114629;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:25:14:25:22:25:14:25:22 chr6 350829 . G A 947.48 PASS AF=0.608696;AO=84;DP=139;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00892229;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.035;QD=27.4633;RBI=0.00932455;REFB=-0.00686946;REVB=-0.00270924;RO=54;SAF=42;SAR=42;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534738;STB=0.528979;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00394241;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:54:54:84:84:0.608696:42:42:23:31:42:42:23:31 chr6 350940 . T TA 213.71 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0504612;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.2564;QD=8.3807;RBI=0.0657447;REFB=-0.0179209;REVB=0.042143;RO=66;SAF=15;SAR=25;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106691;STB=0.548445;STBP=0.44;TYPE=ins;VARB=0.0269734;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:40:108:40:102:62:15:25:28:34:99:66:15:25:31:35 chr6 408012 . G A 976.73 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056393;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1623;QD=59.1954;RBI=0.0590649;REFB=0;REVB=0.0175639;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010196;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr6 408079 . C T 213.11 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0514504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.263;QD=7.41244;RBI=0.056313;REFB=-0.0128487;REVB=-0.0228912;RO=83;SAF=12;SAR=19;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117812;STB=0.56647;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0265151;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:84:31:31:0.269565:19:12:40:43:19:12:40:44 chr6 486306 . C T 133.9 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00747663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0104;QD=9.39649;RBI=0.0174635;REFB=-0.0110653;REVB=-0.015782;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28447;STB=0.667753;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0137267;OID=.;OPOS=486306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:11:7:25:14:11:7:25:14 chr6 599209 . T C 276.35 PASS AF=0.34;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00759607;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.607;QD=11.054;RBI=0.0116079;REFB=-0.00393306;REVB=-0.00877747;RO=66;SAF=17;SAR=17;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173723;STB=0.599944;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00858865;OID=.;OPOS=599209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:66:66:34:34:0.34:17:17:43:23:17:17:43:23 chr6 610088 . C T 291.68 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00230931;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3647;QD=11.5515;RBI=0.00822384;REFB=-0.00369796;REVB=-0.00789295;RO=62;SAF=20;SAR=16;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281582;STB=0.508924;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00673893;OID=.;OPOS=610088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:62:65:36:36:0.356436:16:20:36:26:16:20:37:28 chr6 656143 . C A 1157.05 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153734;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.062;QD=60.8973;RBI=0.0165497;REFB=0;REVB=0.00612808;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30316e-05;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:45:31:0:0 chr6 1101536 . G A 377.93 PASS AF=0.34058;AO=46;DP=137;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.00372216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.989;QD=10.9543;RBI=0.0185347;REFB=-0.0118549;REVB=-0.0181571;RO=91;SAF=24;SAR=22;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182824;STB=0.610455;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0221055;OID=.;OPOS=1101536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:91:91:46:47:0.34058:22:24:33:58:22:25:33:58 chr6 1313470 . C T 451.11 PASS AF=0.564103;AO=42;DP=76;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0154317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.374;QD=23.1339;RBI=0.0155831;REFB=-0.0210736;REVB=0.00216674;RO=34;SAF=27;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970961;STB=0.560446;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0224857;OID=.;OPOS=1313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:34:34:42:44:0.564103:15:27:18:16:15:29:18:16 chr6 1314604 . G A 523.07 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00157337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.965;QD=26.4847;RBI=0.0135865;REFB=-0.00840277;REVB=0.0134951;RO=31;SAF=31;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256481;STB=0.514002;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00619054;OID=.;OPOS=1314604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:17:31:19:12:17:31:19:12 chr6 1395043 . T C 1339.8 PASS AF=0.602041;AO=118;DP=196;FAO=118;FDP=196;FR=.;FRO=78;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.00159422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.978;QD=27.3429;RBI=0.0104026;REFB=-0.0195754;REVB=0.0102798;RO=77;SAF=61;SAR=57;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780474;STB=0.544452;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0113432;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:77:78:118:118:0.602041:57:61:48:29:57:61:49:29 chr6 1395805 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA 314.15 PASS AF=0,0,0.901235,0.037037;AO=3,12,40,4;DP=78;FAO=0,0,73,3;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,36,3;FSAR=0,0,37,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0554831,0.0197352,0.0384293,0.0382655;FXX=0;HRUN=8,8,8,8;LEN=1,2,1,2;MLLD=9.52477,8.29075,6.7914,15.0517;QD=15.5135;RBI=0.123244,0.107584,0.218917,0.184494;REFB=-0.00178253,0.019452,0.0381207,0.0185045;REVB=-0.110048,-0.105758,-0.215518,-0.180482;RO=13;SAF=3,6,18,3;SAR=0,6,22,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.576447,-0.173529,-0.109853,0.0795218;STB=0.5,0.5,0.5188,0.996664;STBP=1,1,0.207,0.042;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.00565381,-0.0227491,0.0328853,-0.108317;OID=.,.,.,.;OPOS=1395806,1395806,1395806,1395813;OREF=T,TT,T,TC;OALT=A,-,-,CA;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.901235,0.037037:3,12,40,4:78:0,0,73,3:81:5:0,0,36,3:0,0,37,0:1:4:10:13:3,6,18,3:0,6,22,1:9:4 chr6 1507626 . G A 482.79 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0131383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.212;QD=26.097;RBI=0.0265614;REFB=-0.0220282;REVB=-0.0230845;RO=28;SAF=27;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020812;STB=0.505615;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00783465;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:29:45:45:0.608108:18:27:16:12:18:27:17:12 chr6 1507808 . G T 1079.05 PASS AF=0.581395;AO=100;DP=173;FAO=100;FDP=172;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0205408;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.705;QD=25.0941;RBI=0.0249402;REFB=-0.0100752;REVB=-0.0141454;RO=71;SAF=48;SAR=52;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116575;STB=0.509089;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00622333;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:71:72:100:100:0.581395:52:48:33:38:52:48:33:39 chr6 1523145 . C A,G 609.77 PASS AF=0.369231,0.430769;AO=24,28;DP=65;FAO=24,28;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=15,23;FSAR=9,5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0140973,-0.035257;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.394,45.4948;QD=37.5246;RBI=0.0141254,0.0519009;REFB=0.00980744,-0.00673009;REVB=-0.000890607,-0.0380873;RO=1;SAF=15,23;SAR=9,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0487199,0.0842652;STB=0.709516,0.782393;STBP=0,0;TYPE=snp,snp;VARB=-0.019962,-0.00696545;OID=.,.;OPOS=1523145,1523145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:65:1:13:24,28:24,28:0.369231,0.430769:9,5:15,23:0:1:9,5:15,23:0:13 chr6 1742794 . A G 220.9 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0338222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7475;QD=14.2517;RBI=0.0528249;REFB=0.00328261;REVB=0.0405774;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874669;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00422054;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:36:24:26:0.419355:11:13:16:19:12:14:17:19 chr6 2623820 . G A 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8596;QD=57.1677;RBI=0.0157751;REFB=0;REVB=0.013254;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02453e-05;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:14:37:0:0:14:37:0:0 chr6 2664375 . C A 599.96 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442286;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.864;QD=61.5343;RBI=0.0246076;REFB=0;REVB=-0.0242069;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548006;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr6 2667031 . A G 261.94 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0130998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.513;QD=25.5553;RBI=0.0153873;REFB=-0.0140864;REVB=0.00807239;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164285;STB=0.601527;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0109709;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:11:13:5:11:11:13:5:12 chr6 2667863 . ATTTTTTTA AATTTTTTA,ATTTTTA,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 190.81 PASS AF=0,0,0.833333,0,0;AO=4,3,4,6,2;DP=29;FAO=0,0,25,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,7,0,0;FSAR=0,0,18,0,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.000445939,-0.142568,-0.115008,-0.263574,-0.162731;FXX=0.117612;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=1,2,2,1,1;MLLD=7.05978,10.9924,15.2947,8.19487,6.98056;QD=25.4415;RBI=0.168059,0.195212,0.293277,0.36918,0.548327;REFB=-0.234554,-0.103291,-0.122385,-0.174837,-0.0621037;REVB=-0.168058,-0.13335,0.269786,-0.258501,-0.523623;RO=2;SAF=1,0,4,1,1;SAR=3,3,0,5,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.161039,-0.692188,0.725637,-0.209294,0;STB=0.5,0.5,0.562448,0.5,0.5;STBP=1,1,0.189,1,1;TYPE=snp,del,del,del,snp;VARB=0,0,0.0131258,0.0313566,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=2667864,2667864,2667870,2667864,2667870;OREF=T,TT,TA,T,T;OALT=A,-,-,-,A;OMAPALT=AATTTTTTA,ATTTTTA,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.833333,0,0:4,3,4,6,2:29:0,0,25,0,0:30:5:0,0,7,0,0:0,0,18,0,0:3:2:19:2:1,0,4,1,1:3,3,0,5,1:1:1 chr6 2685775 . G A 105.73 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0450522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9561;QD=14.5842;RBI=0.0658916;REFB=-0.0345282;REVB=0.0480834;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509315;STB=0.542793;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0295367;OID=.;OPOS=2685775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:5:8:10:5:5:8:11:5 chr6 2766465 . T C 78.28 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0221314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.012;QD=14.9112;RBI=0.04354;REFB=-0.0124695;REVB=-0.0374958;RO=11;SAF=9;SAR=0;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749973;STB=0.59977;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0243628;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:0:9:9:2:1:9:9:2 chr6 2784571 . G A 326.06 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0169662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4329;QD=15.1657;RBI=0.0293379;REFB=-0.00527802;REVB=0.0239345;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135735;STB=0.581351;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0109599;OID=.;OPOS=2784571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:18:18:31:18:18:18:32:18 chr6 2955802 . T C 407.61 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=141;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00434449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.214;QD=11.5635;RBI=0.0257749;REFB=-0.0103034;REVB=-0.0254062;RO=91;SAF=25;SAR=24;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044586;STB=0.52173;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0198073;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:91:92:49:49:0.347518:24:25:50:41:24:25:50:42 chr6 2959513 . C T 435.5 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0159211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4232;QD=23.8627;RBI=0.0164038;REFB=0.0115902;REVB=-0.0039499;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374267;STB=0.520538;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00543649;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:21:21:17:14:21:21:17:14 chr6 3010390 . C T 292.93 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0288117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3011;QD=14.8317;RBI=0.0329627;REFB=0.00546914;REVB=0.0160132;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656707;STB=0.50372;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00921864;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:12:21:29:17:12:21:29:17 chr6 3015790 . A G 542.48 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=-0.00550767;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.801;QD=16.5642;RBI=0.00552324;REFB=-0.00317686;REVB=0.000414479;RO=72;SAF=16;SAR=42;SRF=20;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237667;STB=0.508172;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00377201;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:72:73:58:58:0.442748:42:16:20:52:42:16:21:52 chr6 3077141 . T C 2577.45 PASS AF=0.988235;AO=167;DP=171;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211521;FXX=0.01734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.61;QD=60.6458;RBI=0.0526402;REFB=-0.010792;REVB=-0.0482035;RO=2;SAF=92;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125199;STB=0.506493;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=5.22796e-05;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:170:2:2:167:168:0.988235:75:92:0:2:76:92:0:2 chr6 3154871 . A C 148.24 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.00481268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.281;QD=4.29684;RBI=0.00953169;REFB=-0.0045266;REVB=-0.00822746;RO=110;SAF=19;SAR=7;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334406;STB=0.707168;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0265151;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:110:112:26:26:0.188406:7:19:52:58:7:19:54:58 chr6 3255290 . A G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00857855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.604;QD=3.73336;RBI=0.0224989;REFB=-0.00213014;REVB=-0.0207993;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102107;STB=0.571225;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0113695;OID=.;OPOS=3255290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:3:4:18:19:3:4:18:19 chr6 3255327 . G A 1153.21 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6109;QD=60.6951;RBI=0.0184387;REFB=0;REVB=-0.0181135;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123096;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr6 3255340 . A C 1406.79 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.688;QD=62.5241;RBI=0.0249115;REFB=0;REVB=-0.00707815;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62515e-05;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:85:90:1:42:43:0:0:46:44:0:0 chr6 3264440 . C G 571.95 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00792613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1228;QD=20.7982;RBI=0.0212924;REFB=-0.0247676;REVB=-0.0197621;RO=52;SAF=25;SAR=33;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432642;STB=0.523801;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0185104;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:33:25:25:27:33:25:25:27 chr6 3264487 . T C 1436.46 PASS AF=1;AO=87;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125996;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.502;QD=60.4827;RBI=0.127934;REFB=0;REVB=0.0221871;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049753;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:87:95:1:52:35:0:0:52:43:0:0 chr6 3264488 . G C 34.71 PASS AF=0.0909091;AO=6;DP=96;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.000673746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.3941;QD=1.4026;RBI=0.0242686;REFB=-0.00755269;REVB=0.0242593;RO=90;SAF=5;SAR=1;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409699;STB=0.904826;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00855145;OID=.;OPOS=3264488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:96:99:90:90:6:9:0.0909091:1:5:37:53:1:8:37:53 chr6 3264502 . G C 1434.24 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.284;QD=63.0434;RBI=0.0247363;REFB=0;REVB=0.0106046;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88108e-05;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr6 3264526 . CT CC,TC 841.92 PASS AF=0.561644,0.39726;AO=41,30;DP=73;FAO=41,29;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=20,15;FSAR=21,14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0786212,0.0785109;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=80.4327,70.7099;QD=46.1326;RBI=0.139635,0.124299;REFB=-0.133984,0.0743909;REVB=0.115398,0.0963655;RO=2;SAF=20,15;SAR=21,15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0010638,0;STB=0.510539,0.517229;STBP=0.738,0.604;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.128518,0.00911245;OID=.,.;OPOS=3264527,3264526;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:73:73:2:3:41,30:41,29:0.561644,0.39726:21,15:20,15:1:1:21,14:20,15:1:2 chr6 3285286 . A G 325.57 PASS AF=0.290323;AO=45;DP=155;FAO=45;FDP=155;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0030593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1559;QD=8.40182;RBI=0.0693022;REFB=-0.0139925;REVB=-0.0692346;RO=110;SAF=22;SAR=23;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244198;STB=0.501434;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0338243;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:110:110:45:45:0.290323:23:22:54:56:23:22:54:56 chr6 3287118 . T C 80.67 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0215148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0585;QD=7.50413;RBI=0.0567786;REFB=-0.0452178;REVB=-0.0525444;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34621;STB=0.708149;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0655982;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:30:32:11:11:0.255814:4:7:10:20:4:7:11:21 chr6 3438738 . G A 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00354854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.045;QD=14.1182;RBI=0.0362237;REFB=0.0068802;REVB=0.0360495;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274034;STB=0.656614;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0149156;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:19:8:21:17:19:8:21:17 chr6 3439595 . G GA 107.72 PASS AF=0.4;AO=21;DP=52;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.122314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7741;QD=8.61716;RBI=0.130409;REFB=0.0118422;REVB=-0.04523;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349612;STB=0.69213;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=-0.0252716;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:21:52:20:50:30:8:12:22:8:99:30:8:13:22:8 chr6 3456280 . T TC 47.11 PASS AF=0.722222;AO=5;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0459733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=7.67412;QD=10.4688;RBI=0.297353;REFB=0.0136132;REVB=-0.293777;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221046;STB=0.592469;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=0.00644973;OID=.;OPOS=3456281;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:5:18:13:18:5:2:11:0:5:19:11:1:4:1:10 chr6 3456283 . G C 119.21 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0515831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8294;QD=23.8413;RBI=0.0592614;REFB=-0.0150229;REVB=0.0291735;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810804;STB=0.545388;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0272687;OID=.;OPOS=3456283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:1:6:10:3:1:6 chr6 3727811 . C G 757.95 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00600625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.494;QD=21.6557;RBI=0.0110293;REFB=-0.0254975;REVB=0.00925048;RO=67;SAF=32;SAR=41;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994028;STB=0.554582;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0268458;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:67:73:73:0.521429:41:32:37:30:41:32:37:30 chr6 4049983 . G A 290.29 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.013166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.535;QD=16.5881;RBI=0.0219916;REFB=-0.0127688;REVB=0.0176149;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730923;STB=0.53123;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0186711;OID=.;OPOS=4049983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:31:32:0.457143:14:17:18:20:15:17:18:20 chr6 4069166 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0218365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.312;QD=22.9821;RBI=0.0221451;REFB=-0.0052996;REVB=-0.00368415;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506428;STB=0.528279;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00314536;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:11:11:14:11:11:11 chr6 4069685 . C T 70.46 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00441747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2792;QD=7.04617;RBI=0.0213409;REFB=-0.0193867;REVB=-0.0208787;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309972;STB=0.691953;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.03109;OID=.;OPOS=4069685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:10:20:4:6:10:20 chr6 4074612 . A C 1359.03 PASS AF=0.653631;AO=117;DP=179;FAO=117;FDP=179;FR=.;FRO=62;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00225783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.313;QD=30.3693;RBI=0.00254143;REFB=-0.020778;REVB=-0.00116665;RO=60;SAF=50;SAR=67;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129915;STB=0.569901;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00706112;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:60:62:117:117:0.653631:67:50:38:22:67:50:39:23 chr6 4074634 . C A 415.24 PASS AF=0.323353;AO=54;DP=167;FAO=54;FDP=167;FR=.;FRO=113;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.00725675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.195;QD=9.9458;RBI=0.00813672;REFB=-0.022576;REVB=-0.00368045;RO=109;SAF=35;SAR=19;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281559;STB=0.650819;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0153212;OID=.;OPOS=4074634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:109:113:54:54:0.323353:19:35:44:65:19:35:48:65 chr6 4079858 . C G 477.22 PASS AF=0.333333;AO=60;DP=180;FAO=60;FDP=180;FR=.;FRO=120;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=114;FWDB=-0.0212145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.448;QD=10.6048;RBI=0.0221658;REFB=-0.0176554;REVB=-0.00642387;RO=114;SAF=21;SAR=39;SRF=6;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448202;STB=0.75311;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0361289;OID=.;OPOS=4079858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:114:120:60:60:0.333333:39:21:6:108:39:21:6:114 chr6 4079875 . T C 644.67 PASS AF=0.398907;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=183;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=62;FSRF=10;FSRR=100;FWDB=-0.0098758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7871;QD=14.0911;RBI=0.0802988;REFB=-0.00569626;REVB=-0.0796892;RO=110;SAF=11;SAR=62;SRF=10;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140199;STB=0.577802;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0100686;OID=.;OPOS=4079875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:110:110:73:73:0.398907:62:11:10:100:62:11:10:100 chr6 4428223 . C G 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0110522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.05;QD=17.4034;RBI=0.0240362;REFB=-0.00850927;REVB=0.0213445;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595866;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:13:13:13:0.5:4:9:7:4:4:9:9:4 chr6 5086211 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.941;QD=44.6898;RBI=0.077066;REFB=0;REVB=0.0416635;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629648;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 5086558 . C A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.833;QD=58.5997;RBI=0.0677825;REFB=0;REVB=0.0587725;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203406;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr6 5139012 . C A 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.572;QD=57.6673;RBI=0.101984;REFB=0;REVB=-0.0157699;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239314;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr6 5260936 . A C 1281.57 PASS AF=0.582524;AO=120;DP=206;FAO=120;FDP=206;FR=.;FRO=86;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.00717932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.643;QD=24.8849;RBI=0.00860284;REFB=-0.0316722;REVB=0.00473984;RO=85;SAF=60;SAR=60;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494897;STB=0.529121;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0173081;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:85:86:120:120:0.582524:60:60:48:37:60:60:49:37 chr6 5431340 . A G 471.3 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0170203;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.457;QD=18.3028;RBI=0.0244137;REFB=-0.0237114;REVB=0.0175025;RO=53;SAF=14;SAR=36;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249307;STB=0.638995;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0216749;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:53:50:50:0.485437:36:14:28:25:36:14:28:25 chr6 6003985 . C T 1489.01 PASS AF=0.969697;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0692371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.722;QD=60.162;RBI=0.0865609;REFB=-0.0450319;REVB=0.0519519;RO=3;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116751;STB=0.506349;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000697729;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:99:3:3:94:96:0.969697:50:44:2:1:52:44:2:1 chr6 6174866 . G A 746.96 PASS AF=0.559055;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00380712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.353;QD=23.5263;RBI=0.00904374;REFB=-0.0109384;REVB=0.00820335;RO=55;SAF=35;SAR=36;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161795;STB=0.512646;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00808861;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:55:56:71:71:0.559055:36:35:26:29:36:35:26:30 chr6 6320808 . T G 2357.87 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9019;QD=60.8482;RBI=0.0845529;REFB=0;REVB=-0.0694055;RO=0;SAF=70;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304218;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:155:0:0:150:155:1:80:70:0:0:81:74:0:0 chr6 6938928 . C T 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7188;QD=63.2762;RBI=0.0188496;REFB=0;REVB=0.00943191;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136637;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr6 7211818 . G A 1665.64 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.673;QD=58.4434;RBI=0.0337197;REFB=-0.0449923;REVB=0.0305352;RO=2;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201921;STB=0.510636;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000111218;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:46:66:0:2:46:66:0:2 chr6 7230680 . G T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0635447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.474;QD=45.1052;RBI=0.0639291;REFB=-0.0908487;REVB=0.00699947;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000719022;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:9:9:0:0:9:9:1:0 chr6 7231770 . A G 159.8 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00226017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8598;QD=26.6326;RBI=0.0295738;REFB=-0.0130865;REVB=-0.0294873;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111987;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00759783;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:5:3:9:7:5:3 chr6 7246994 . C G 424.51 PASS AF=0.444444;AO=37;DP=91;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00804816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.812;QD=17.1521;RBI=0.00927784;REFB=-0.0281739;REVB=0.00461577;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127962;STB=0.546197;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.034443;OID=.;OPOS=7246994;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:99:53:55:37:44:0.444444:17:20:28:25:18:26:28:27 chr6 7246998 . GG AG,GA 1431.25 PASS AF=0.731959,0.247423;AO=58,3;DP=84;FAO=71,24;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=31,22;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.108893,-0.0936603;FXX=0.010203;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=136.856,160.85;QD=59.0205;RBI=0.11066,0.0957237;REFB=-0.0608756,-0.0204672;REVB=0.0196977,0.0197679;RO=0;SAF=30,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512192,0.666495;STBP=0.222,0.003;TYPE=snp,snp;VARB=0.0153894,-0.0501693;OID=.,.;OPOS=7246998,7246999;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:84:97:0:2:58,3:71,24:0.731959,0.247423:28,2:30,1:0:0:40,2:31,22:0:2 chr6 7247239 . C G 69.57 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000732967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.497;QD=8.69631;RBI=0.0243432;REFB=-0.00961591;REVB=0.0243322;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476273;STB=0.749531;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.022285;OID=.;OPOS=7247239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:30:32:22:22:8:10:0.3125:6:2:15:7:7:3:15:7 chr6 7247248 . T C 410.62 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.857;QD=56.6375;RBI=0.0342405;REFB=0;REVB=0.0329069;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88743e-05;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr6 7251037 . C T 894.48 PASS AF=0.582734;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=139;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00206045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.322;QD=25.7406;RBI=0.0240312;REFB=0.00080429;REVB=-0.0239427;RO=55;SAF=39;SAR=42;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115036;STB=0.56504;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000556145;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:55:58:81:81:0.582734:42:39:35:20:42:39:37:21 chr6 7288544 . A C 234.6 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0528322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8665;QD=25.3617;RBI=0.0528924;REFB=-0.0401354;REVB=0.00252321;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251709;STB=0.648646;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0440055;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:15:15:20:22:0.594595:12:8:11:4:14:8:11:4 chr6 7289957 . CCA C 230.36 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00510024;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=2;MLLD=216.14;QD=15.8867;RBI=0.0122641;REFB=-0.0178534;REVB=0.0111533;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120286;STB=0.580593;STBP=0.203;TYPE=del;VARB=0.0157731;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534483:30:60:31:58:27:13:18:16:11:99:24:13:17:14:10 chr6 7295283 . T A 291.42 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0269921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0381;QD=33.3047;RBI=0.0274292;REFB=-0.100141;REVB=0.00487749;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111736;STB=0.560929;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0190331;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:10:15:8:2:10:15:8:2 chr6 7310259 . A G 149.47 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0335044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.556;QD=28.4703;RBI=0.0575001;REFB=-0.0313368;REVB=0.0467303;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270675;STB=0.636198;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00688428;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:6:6:14:15:0.714286:7:7:0:6:8:7:0:6 chr6 7393452 . C T 726.94 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184305;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4773;QD=57.0149;RBI=0.027037;REFB=0;REVB=0.0197818;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203871;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr6 7542148 . C CA 887.23 PASS AF=1;AO=77;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214478;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.1406;QD=41.7521;RBI=0.219943;REFB=-0.0190715;REVB=0.0487227;RO=6;SAF=43;SAR=34;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0045687;OID=.;OPOS=7542149;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:85:85:85:0:49:36:0:0:15:6:43:34:6:0 chr6 7563983 . T G 2479.47 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119298;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1161;QD=61.6018;RBI=0.0141841;REFB=0;REVB=0.00767254;RO=0;SAF=73;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226676;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:161:0:0:161:161:1:88:73:0:0:88:73:0:0 chr6 7572262 . A G 1022.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=58.4236;RBI=0.0346921;REFB=0;REVB=0.000709076;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484569;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:40:24:0:0:40:30:0:0 chr6 7576527 . G A 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0119537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.49;QD=53.4654;RBI=0.052235;REFB=0.0392819;REVB=-0.0508488;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336487;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0095904;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:27:29:0:2:27:29:0:2 chr6 7580958 . A G 116.15 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0150134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4371;QD=20.2005;RBI=0.0373582;REFB=-0.0304889;REVB=-0.0342087;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140099;STB=0.551643;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0223897;OID=.;OPOS=7580958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:4:8:5:5:5:8:5:5 chr6 7584617 . C T 246.25 PASS AF=0.305556;AO=32;DP=117;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00178897;FXX=0.0769165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.715;QD=9.12042;RBI=0.0185178;REFB=0.00429781;REVB=0.0184312;RO=63;SAF=14;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808016;STB=0.557527;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0097324;OID=.;OPOS=7584617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:108:63:75:32:33:0.305556:18:14:32:31:19:14:38:37 chr6 7585967 . G C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=31;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0349878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.609;QD=54.0128;RBI=0.0357638;REFB=-0.0140547;REVB=0.00740968;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.533314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000166676;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:0:2:31:35:0.945946:18:13:0:0:21:14:2:0 chr6 7590624 . C T 160.77 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.000156387;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.064;QD=6.91472;RBI=0.0249364;REFB=-0.00236683;REVB=0.024936;RO=70;SAF=14;SAR=9;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832689;STB=0.550819;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00708115;OID=.;OPOS=7590624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:70:70:23:23:0.247312:9:14:38:32:9:14:38:32 chr6 7601720 . C T 478.0 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0397614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6463;QD=19.7114;RBI=0.0462622;REFB=0.0126247;REVB=-0.0236479;RO=50;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121108;STB=0.567149;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0211143;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:23:24:19:31:23:24:19:31 chr6 7727522 . G C,GAGC 73.83 PASS AF=0.12,0.28;AO=3,7;DP=26;FAO=3,7;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2,3;FSAR=1,4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0422428,-0.0285215;FXX=0.0384468;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=177.496,164.992;QD=11.8128;RBI=0.048696,0.0444148;REFB=-0.0229933,-0.0344565;REVB=0.0242249,0.034047;RO=16;SAF=2,3;SAR=1,4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210722,-0.418932;STB=0.635592,0.740173;STBP=0.787,0.167;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0106043,0.0737768;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:26:25:16:15:3,7:3,7:0.12,0.28:1,4:2,3:13:3:1,4:2,3:12:3 chr6 7862631 . G C 756.71 PASS AF=0.569106;AO=59;DP=127;FAO=70;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0137137;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.769;QD=24.6083;RBI=0.0213381;REFB=-0.0316945;REVB=0.0163478;RO=48;SAF=16;SAR=43;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244287;STB=0.55071;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0444071;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:123:48:49:59:70:0.569106:43:16:26:22:40:30:27:22 chr6 7986847 . G A 937.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6358;QD=58.5948;RBI=0.0553027;REFB=0;REVB=0.0224229;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393091;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr6 7988189 . T C 1469.72 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.696;QD=60.607;RBI=0.0348316;REFB=0.0197479;REVB=-0.0254647;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000111019;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:97:0:1:94:96:0.989691:41:53:0:0:41:55:1:0 chr6 8015129 . T C 1000.85 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668417;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.265;QD=58.8737;RBI=0.0714468;REFB=0;REVB=0.0252356;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240567;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:1:0:67:68:1:33:34:1:0:33:35:0:0 chr6 8413890 . A G 208.45 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00960925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.084;QD=18.1264;RBI=0.0315674;REFB=-0.000877091;REVB=0.0300693;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209328;STB=0.618934;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00174989;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:10:15:8:13:10:15 chr6 8428137 . A AAGT 219.22 PASS AF=0.522727;AO=20;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00535667;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.793;QD=19.9293;RBI=0.00912646;REFB=-0.0170617;REVB=0.00738907;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833629;STB=0.567513;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=0.018264;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:20:45:23:44:21:16:7:17:4:99:22:14:6:17:5 chr6 8430049 . G A 348.34 PASS AF=0.294479;AO=49;DP=163;FAO=48;FDP=163;FR=.;FRO=115;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0521698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8367;QD=8.54812;RBI=0.0608849;REFB=-0.00622536;REVB=-0.0313892;RO=113;SAF=22;SAR=27;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558956;STB=0.547324;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0154437;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:115:49:48:0.294479:27:22:56:57:27:21:58:57 chr6 8435454 . T C 392.67 PASS AF=0.4;AO=31;DP=104;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.121957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.184;QD=13.0889;RBI=0.12354;REFB=-0.0529687;REVB=-0.0197151;RO=59;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584275;STB=0.61995;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0758715;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:120:59:72:31:48:0.4:19:12:20:39:19:29:29:43 chr6 9900599 . T TGAG 239.46 PASS AF=0.246479;AO=35;DP=143;FAO=35;FDP=142;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.0229144;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.665;QD=6.74539;RBI=0.0248406;REFB=-0.00600572;REVB=0.00959093;RO=107;SAF=23;SAR=12;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910006;STB=0.55514;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=0.0196858;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246479:35:143:35:142:107:23:12:63:44:99:107:23:12:63:44 chr6 9903626 . C T 739.96 PASS AF=0.605263;AO=69;DP=114;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00517376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.452;QD=25.9636;RBI=0.0177948;REFB=-0.033559;REVB=-0.0170261;RO=45;SAF=32;SAR=37;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467579;STB=0.52539;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0217762;OID=.;OPOS=9903626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:45:45:69:69:0.605263:37:32:18:27:37:32:18:27 chr6 10587038 . C G,T 1510.47 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=96,6;DP=102;FAO=100,2;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=50,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116577,-0.0486144;FXX=0.0097078;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.5211,23.6387;QD=59.2339;RBI=0.0145411,0.0486878;REFB=0,0;REVB=0.00869135,0.00267342;RO=0;SAF=46,4;SAR=50,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.54587e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000545487,0.108353;OID=.,.;OPOS=10587038,10587038;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:102:102:0:0:96,6:100,2:0.980392,0.0196078:50,2:46,4:0:0:50,2:50,0:0:0 chr6 10753107 . T A 924.31 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00548875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.4212;QD=52.8179;RBI=0.0526901;REFB=-0.148395;REVB=0.0524034;RO=2;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337138;STB=0.534472;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00429762;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:70:2:4:66:66:0.942857:27:39:0:2:27:39:0:4 chr6 10763312 . G A 574.27 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.514;QD=57.4268;RBI=0.0263814;REFB=-0.159569;REVB=0.0232861;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000539543;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:38:39:0.975:23:15:0:0:23:16:0:1 chr6 10764727 . A G 1025.72 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156102;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.087;QD=59.4618;RBI=0.0162974;REFB=0;REVB=-0.00468239;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03863e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:41:28:0:0 chr6 10891781 . C T 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.892;QD=58.5983;RBI=0.0210379;REFB=0;REVB=-0.0209926;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03355e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr6 10942964 . A G 411.08 PASS AF=0.57971;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0201653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.902;QD=23.8306;RBI=0.0245012;REFB=-0.0263673;REVB=0.0139165;RO=28;SAF=27;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734999;STB=0.538442;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0163198;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:29:39:40:0.57971:12:27:17:11:12:28:18:11 chr6 10955408 . C T 212.07 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0284636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4921;QD=9.97967;RBI=0.041119;REFB=-0.00553167;REVB=0.0296749;RO=56;SAF=8;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290696;STB=0.678436;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0121036;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:56:58:26:27:0.317647:18:8:31:25:19:8:32:26 chr6 10981053 . G A 669.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.265;QD=62.3062;RBI=0.00616554;REFB=0;REVB=0.00110556;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09237e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:24:19:0:0 chr6 11005686 . G A 230.66 PASS AF=0.306931;AO=30;DP=102;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0195984;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.385;QD=9.13492;RBI=0.0493125;REFB=-0.0112916;REVB=-0.0452507;RO=70;SAF=11;SAR=19;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094284;STB=0.564095;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0288774;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:70:70:30:31:0.306931:19:11:31:39:20:11:31:39 chr6 11105334 . C T 805.96 PASS AF=0.572519;AO=74;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0105637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.479;QD=24.6094;RBI=0.0193784;REFB=-0.0114205;REVB=-0.0162459;RO=56;SAF=38;SAR=36;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175568;STB=0.51242;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00802087;OID=.;OPOS=11105334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:56:74:75:0.572519:36:38:30:26:37:38:30:26 chr6 11185257 . A T 564.62 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0440823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6198;QD=55.0848;RBI=0.0499922;REFB=-0.210912;REVB=-0.0235792;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00359318;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:41:0:2:38:39:0.95122:16:22:0:0:17:22:2:0 chr6 11185324 . CA C 32.7 PASS AF=0.220588;AO=18;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0471157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0769;QD=1.92327;RBI=0.0474514;REFB=-0.0259563;REVB=0.00563477;RO=45;SAF=5;SAR=13;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444236;STB=0.76614;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.00548302;OID=.;OPOS=11185325;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220588:18:68:15:68:53:4:11:33:20:32:45:5:13:30:15 chr6 11185533 . G A 2262.31 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.018503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.535;QD=61.9812;RBI=0.0456057;REFB=0.0234998;REVB=0.0416836;RO=2;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013582;STB=0.507041;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-3.92472e-05;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:146:2:2:143:144:0.986301:69:74:0:2:70:74:0:2 chr6 11190626 . A G 2376.88 PASS AF=0.987421;AO=156;DP=160;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00295693;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.023;QD=59.7957;RBI=0.00371922;REFB=-0.118595;REVB=0.00225591;RO=2;SAF=65;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206338;STB=0.501114;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=5.61987e-06;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:159:2:2:156:157:0.987421:91:65:1:1:92:65:1:1 chr6 11192575 . C T 1156.69 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014376;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2863;QD=60.8782;RBI=0.0339794;REFB=0;REVB=0.033949;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78729e-05;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr6 11538534 . C T 145.66 PASS AF=0.22;AO=21;DP=99;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=-0.00080322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.532;QD=5.82655;RBI=0.0176793;REFB=-0.00103581;REVB=0.017661;RO=77;SAF=20;SAR=1;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545066;STB=0.76892;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00352761;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:77:78:21:22:0.22:1:20:54:23:2:20:55:23 chr6 11576130 . T C 1589.16 PASS AF=0.92562;AO=112;DP=121;FAO=112;FDP=121;FR=.;FRO=9;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0481629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2718;QD=52.5343;RBI=0.0504252;REFB=-0.186622;REVB=0.0149346;RO=5;SAF=47;SAR=65;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163445;STB=0.501892;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00911551;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:121:121:5:9:112:112:0.92562:65:47:2:3:65:47:4:5 chr6 11583179 . ATACC A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.060018;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.422;QD=10.2394;RBI=0.0611001;REFB=-0.0272349;REVB=0.0114483;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030867;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=del;VARB=0.0456981;OID=.;OPOS=11583180;OREF=TACC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:29:10:29:19:5:5:11:8:74:17:5:5:9:8 chr6 11644302 . T C 157.81 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4123;QD=45.0894;RBI=0.144264;REFB=0;REVB=0.125375;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00845986;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr6 11644518 . C T 724.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9651;QD=55.7647;RBI=0.0538;REFB=0;REVB=0.0372883;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118437;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr6 11717573 . G C 207.19 PASS AF=0.272727;AO=30;DP=110;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00800437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.24;QD=7.53399;RBI=0.00836336;REFB=-0.00659952;REVB=-0.00242401;RO=80;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161736;STB=0.596091;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0135192;OID=.;OPOS=11717573;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:80:30:30:0.272727:14:16:32:48:14:16:32:48 chr6 11723636 . C T 870.77 PASS AF=0.726316;AO=69;DP=93;FAO=69;FDP=95;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0444481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.578;QD=36.6638;RBI=0.0446589;REFB=-0.0569253;REVB=-0.00433418;RO=24;SAF=31;SAR=38;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158778;STB=0.507253;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0214578;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:24:26:69:69:0.726316:38:31:10:14:38:31:11:15 chr6 12122645 . A G 1409.43 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.889;QD=61.2796;RBI=0.0506763;REFB=-0.0467429;REVB=0.0482258;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977254;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000935251;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:42:48:1:0:43:48:1:0 chr6 12122773 . T C 542.35 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0047917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.209;QD=27.8128;RBI=0.00579874;REFB=-0.00435987;REVB=-0.00326574;RO=29;SAF=27;SAR=22;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186281;STB=0.601202;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0029059;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:22:27:8:21:22:27:8:21 chr6 12124587 . C G 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0382515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.822;QD=5.8866;RBI=0.0382516;REFB=-0.00504279;REVB=0.000105044;RO=49;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177461;STB=0.59904;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.020449;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:49:50:15:15:0.230769:8:7:16:33:8:7:17:33 chr6 12294258 . A G 1839.61 PASS AF=0.953846;AO=124;DP=130;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00238633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.836;QD=56.6035;RBI=0.00577293;REFB=-0.0658571;REVB=-0.00525663;RO=6;SAF=67;SAR=57;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355262;STB=0.501872;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00059737;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:130:130:6:6:124:124:0.953846:57:67:3:3:57:67:3:3 chr6 12296255 . G T 216.94 PASS AF=0.211765;AO=36;DP=172;FAO=36;FDP=170;FR=.;FRO=134;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=53;FWDB=0.00841765;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.526;QD=5.10438;RBI=0.0114335;REFB=-0.00281946;REVB=-0.00773741;RO=121;SAF=19;SAR=17;SRF=73;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966262;STB=0.561023;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0112072;OID=.;OPOS=12296255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:121:134:36:36:0.211765:17:19:73:48:17:19:81:53 chr6 13288648 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.61;QD=61.3294;RBI=0.0208816;REFB=0;REVB=0.0107121;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32915e-05;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 13288679 . GCT G 93.7 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0260356;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.928;QD=17.8477;RBI=0.0400577;REFB=-0.0487603;REVB=0.0304429;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=del;VARB=0.0543884;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:10:22:11:21:10:4:7:5:5:80:10:4:6:5:5 chr6 13295502 . T C 1629.1 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.75;QD=59.7836;RBI=0.0235756;REFB=0;REVB=0.0168271;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001614;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:54:53:0:0:55:54:0:0 chr6 13295515 . A C 1666.95 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.194;QD=60.0703;RBI=0.0503016;REFB=0;REVB=0.0152644;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8584e-05;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:57:51:0:0:58:53:0:0 chr6 13295536 . C T 1680.77 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2119;QD=58.9743;RBI=0.0359691;REFB=-0.0447518;REVB=0.0145542;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000774464;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:112:113:0.991228:62:50:0:0:62:51:1:0 chr6 13361088 . A G 625.7 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.011527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.067;QD=28.4407;RBI=0.0266092;REFB=-0.0300292;REVB=-0.0239828;RO=33;SAF=21;SAR=34;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585069;STB=0.531752;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0153514;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:33:55:55:0.625:34:21:10:23:34:21:10:23 chr6 13470113 . A T 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4433;QD=58.776;RBI=0.0776867;REFB=0;REVB=0.0776421;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461404;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr6 13547958 . C T 868.13 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6197;QD=57.8752;RBI=0.027499;REFB=0;REVB=0.0189336;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264802;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr6 13548165 . A G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.042;QD=55.0093;RBI=0.0165118;REFB=-0.0130761;REVB=0.0120338;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000152785;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:19:12:1:0:20:12:1:0 chr6 13622132 . T C,TC 148.48 PASS AF=0.0416667,0.625;AO=2,13;DP=24;FAO=1,15;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=1,12;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000144317,0.0889382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.1812,27.5011;QD=24.7473;RBI=0.0406962,0.0913324;REFB=-0.00112022,-0.0260303;REVB=0.040696,0.0207753;RO=9;SAF=2,10;SAR=0,3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.565098,0.189634;STB=0.989059,0.636162;STBP=0.496,0.113;TYPE=snp,ins;VARB=0.0288106,0.0284268;OID=.,.;OPOS=13622132,13622133;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:24:24:9:8:2,13:1,15:0.0416667,0.625:0,3:2,10:5:4:0,3:1,12:4:4 chr6 13659079 . T G 280.87 PASS AF=0.516667;AO=15;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0993603;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9556;QD=18.7249;RBI=0.114094;REFB=-0.00332109;REVB=0.0560807;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213067;STB=0.535188;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0262933;OID=.;OPOS=13659079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:16:26:15:31:0.516667:5:10:11:5:12:19:14:12 chr6 13711279 . A G 712.61 PASS AF=0.526316;AO=68;DP=130;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0266248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2856;QD=21.432;RBI=0.0300958;REFB=-0.016129;REVB=-0.0140311;RO=62;SAF=41;SAR=27;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160293;STB=0.589015;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0154713;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:62:63:68:70:0.526316:27:41:26:36:27:43:27:36 chr6 13794110 . C A 121.2 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0177263;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.959;QD=7.94766;RBI=0.0179532;REFB=0.000113415;REVB=-0.00284509;RO=44;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426955;STB=0.746238;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000466356;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:44:44:17:17:0.278689:4:13:18:26:4:13:19:25 chr6 13978854 . G T 243.06 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0120501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.041;QD=10.5676;RBI=0.041189;REFB=-0.00030803;REVB=-0.0393869;RO=62;SAF=21;SAR=9;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259869;STB=0.652168;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000339729;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:9:21:30:32:9:21:30:32 chr6 13979526 . A G 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00960589;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=306.213;QD=4.90476;RBI=0.0100545;REFB=0.000354283;REVB=-0.0029698;RO=43;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290242;STB=0.691629;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00165623;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:7:3:23:20:7:3:23:20 chr6 13980527 . G A 130.16 PASS AF=0.139303;AO=28;DP=201;FAO=28;FDP=201;FR=.;FRO=173;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=97;FSRR=76;FWDB=-0.00100016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.158;QD=2.59028;RBI=0.00612977;REFB=-0.0052267;REVB=-0.00604762;RO=166;SAF=13;SAR=15;SRF=94;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129478;STB=0.582364;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0326633;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:166:173:28:28:0.139303:15:13:94:72:15:13:97:76 chr6 14646772 . A G 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00158338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7062;QD=15.2355;RBI=0.0136796;REFB=-0.0247695;REVB=-0.0135876;RO=35;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238725;STB=0.525107;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.030698;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:28:28:0.4375:9:19:23:12:9:19:23:13 chr6 15513482 . G A 115.63 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0131713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.747;QD=11.0122;RBI=0.0301917;REFB=-0.00808734;REVB=0.0271672;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.599867;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0162155;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:8:20:8:6:8:20 chr6 15586009 . G T 1482.73 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0458763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.256;QD=61.1434;RBI=0.0458775;REFB=-0.137508;REVB=-0.000328792;RO=2;SAF=34;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270728;STB=0.514283;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000566692;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:61:34:2:0:61:34:2:0 chr6 16145325 . A G 1453.27 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.126;QD=63.1857;RBI=0.0251247;REFB=0;REVB=0.0249798;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91031e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:34:58:0:0:34:58:0:0 chr6 16148176 . G A 797.06 PASS AF=0.642857;AO=72;DP=111;FAO=72;FDP=112;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0018983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.305;QD=28.4664;RBI=0.00476036;REFB=-0.00277465;REVB=0.00436548;RO=38;SAF=32;SAR=40;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168909;STB=0.599187;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0017139;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:38:40:72:72:0.642857:40:32:27:11:40:32:29:11 chr6 16290761 . T A 1389.56 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463394;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.266;QD=61.758;RBI=0.0501898;REFB=0;REVB=0.0192788;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108874;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:87:90:1:33:54:0:0:34:56:0:0 chr6 16300444 . G GTCCTT 776.24 PASS AF=0.824324;AO=59;DP=75;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0410306;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=310.352;QD=41.9587;RBI=0.0445542;REFB=-0.0184575;REVB=0.0173656;RO=15;SAF=21;SAR=38;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976149;STB=0.52973;STBP=0.273;TYPE=ins;VARB=0.00309669;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.824324:59:75:61:74:13:23:38:7:6:72:15:21:38:9:6 chr6 16306866 . G A 332.91 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00745883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.446;QD=16.4399;RBI=0.00991179;REFB=-0.011451;REVB=0.00652759;RO=45;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14452;STB=0.581317;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0130947;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:22:14:24:21:22:14:24:21 chr6 16327330 . T C 164.01 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.013125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3327;QD=18.7443;RBI=0.0131341;REFB=-0.057314;REVB=0.000487715;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175616;STB=0.510192;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.070265;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:15:18:17:17:0.485714:12:5:2:13:12:5:5:13 chr6 16327531 . CGGGGC CGGG,CGGGC 70.53 PASS AF=0.478261,0.0434783;AO=5,8;DP=24;FAO=11,1;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6,1;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.174479,-0.368146;FXX=0.0416493;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.0883,12.831;QD=12.2662;RBI=0.269408,0.390708;REFB=-0.049055,-0.0410003;REVB=0.205275,0.130847;RO=7;SAF=4,4;SAR=1,4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.418605,0.418605;SSEP=0,0;SSSB=0.478981,0.170899;STB=0.545372,0.990149;STBP=0.742,0.524;TYPE=del,del;VARB=0.0554379,0.0355776;OID=.,.;OPOS=16327535,16327532;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261,0.0434783:5,8:24:11,1:23:11:6,1:5,0:5:6:60:7:4,4:1,4:2:5 chr6 16327615 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.448;QD=46.8478;RBI=0.0304858;REFB=0;REVB=-0.0302403;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427336;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr6 17293563 . G C 376.79 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0589248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.436;QD=10.3942;RBI=0.0589603;REFB=-0.0154841;REVB=-0.00204715;RO=97;SAF=23;SAR=24;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176465;STB=0.506605;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0396063;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:97:98:47:47:0.324138:24:23:46:51:24:23:47:51 chr6 17543302 . A G 468.13 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00618458;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.608;QD=22.8355;RBI=0.0105655;REFB=0.00665022;REVB=-0.0085662;RO=25;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549863;STB=0.547598;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00460767;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:25:37:44:45:0.54878:23:21:14:11:23:22:22:15 chr6 17551781 . C T 659.68 PASS AF=0.6;AO=61;DP=103;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0173643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.169;QD=25.1308;RBI=0.01822;REFB=-0.0344027;REVB=-0.00551798;RO=42;SAF=33;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485849;STB=0.51905;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0241144;OID=.;OPOS=17551781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:42:42:61:63:0.6:28:33:20:22:30:33:20:22 chr6 17629616 . G A 443.16 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0144267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.083;QD=35.4527;RBI=0.0155859;REFB=-0.00709643;REVB=0.00589843;RO=15;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131761;STB=0.571389;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00281613;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:15:20:12:3:15:20:12:3 chr6 17633061 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.069;QD=56.9341;RBI=0.113513;REFB=0;REVB=-0.00341549;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430417;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr6 17665479 . G C 137.58 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0217555;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.541;QD=10.0055;RBI=0.0309647;REFB=-0.00718301;REVB=-0.0220343;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260504;STB=0.6533;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0101746;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:11:7:23:14:11:7:23:14 chr6 17688798 . G A 248.22 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0179589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.643;QD=16.2766;RBI=0.0204545;REFB=-0.0206579;REVB=-0.00979091;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327133;STB=0.525673;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0274303;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:9:18:21:12:9:19:21:12 chr6 17764530 . C T 1171.71 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0704;QD=60.8681;RBI=0.0260486;REFB=0;REVB=-0.0256913;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31476e-05;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr6 17794494 . G A,C 1542.83 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=97,4;DP=101;FAO=102,4;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=57,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327608,0.0262651;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.939,152.232;QD=58.22;RBI=0.0452913,0.0346666;REFB=0,0;REVB=0.0312735,0.0226257;RO=0;SAF=44,1;SAR=53,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000541084,0.0172027;OID=.,.;OPOS=17794494,17794494;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:101:106:0:0:97,4:102,4:0.962264,0.0377358:53,3:44,1:0:0:57,3:45,1:0:0 chr6 18139214 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.865;QD=56.9999;RBI=0.00599137;REFB=0;REVB=-0.00276152;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97606e-06;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr6 18161563 . G A 411.69 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.635;QD=56.7849;RBI=0.0362483;REFB=0;REVB=0.0325447;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85496e-05;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:10:17:0:0:11:18:0:0 chr6 18212794 . A T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00909739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.141;QD=12.3948;RBI=0.0148869;REFB=-0.00256735;REVB=0.0117838;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323337;STB=0.519057;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00519652;OID=.;OPOS=18212794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:13:11:6:8:13:11 chr6 18215303 . T C 3096.99 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035596;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.831;QD=61.3265;RBI=0.0358313;REFB=-0.105451;REVB=-0.00409897;RO=0;SAF=82;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138257;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:202:202:0:0:201:202:1:119:82:0:0:119:83:0:0 chr6 18256625 . A G 316.91 PASS AF=0.325397;AO=39;DP=125;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0279677;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.122;QD=10.0606;RBI=0.0280698;REFB=-0.00668087;REVB=0.00239211;RO=82;SAF=24;SAR=15;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164437;STB=0.594495;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0156135;OID=.;OPOS=18256625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:82:85:39:41:0.325397:15:24:39:43:16:25:40:45 chr6 18273431 . G A 146.65 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.072689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9801;QD=10.4748;RBI=0.0745673;REFB=-0.0196484;REVB=-0.0166312;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159553;STB=0.581666;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0343533;OID=.;OPOS=18273431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:37:19:19:0.339286:9:10:24:12:9:10:24:13 chr6 18369043 . C A 224.88 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00439607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.776;QD=19.9896;RBI=0.0427823;REFB=-0.0131423;REVB=0.0425559;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268929;STB=0.652033;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0169565;OID=.;OPOS=18369043;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:14:9:15:7:14:9 chr6 18466677 . A T 1182.31 PASS AF=0.94186;AO=80;DP=85;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0398401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4989;QD=54.9913;RBI=0.0400927;REFB=-0.0143504;REVB=-0.00449305;RO=4;SAF=29;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037312;STB=0.514204;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00528005;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:85:86:4:5:80:81:0.94186:51:29:3:1:51:30:3:2 chr6 20282250 . TTA T,TTTAA 48.68 PASS AF=0.25,0.125;AO=5,3;DP=28;FAO=6,3;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1,3;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.184972,0.187798;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,2;MLLD=24.9993,25.3465;QD=8.11274;RBI=0.223939,0.225144;REFB=-0.0610437,0.0621471;REVB=0.126231,-0.124183;RO=18;SAF=1,3;SAR=4,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509233,0.550424;STB=0.868463,0.994839;STBP=0.053,0.248;TYPE=del,ins;VARB=0.135565,-0.0123831;OID=.,.;OPOS=20282251,20282252;OREF=TA,-;OALT=-,TA;OMAPALT=T,TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.125:5,3:28:6,3:24:15:1,3:5,0:11:4:30:18:1,3:4,0:12:6 chr6 20282269 . T C 447.04 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.943;QD=55.8805;RBI=0.0404418;REFB=0;REVB=0.0398981;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229518;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:15:17:0:0 chr6 20492995 . T C 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00786458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.252;QD=53.0511;RBI=0.01209;REFB=0.0819284;REVB=0.00918236;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033633;STB=0.517851;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000399485;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:27:27:2:0:27:27:2:0 chr6 20500458 . G A 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00620232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.585;QD=10.6851;RBI=0.00640648;REFB=-0.00591993;REVB=-0.00160442;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470615;STB=0.527423;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0128529;OID=.;OPOS=20500458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:13:11:23:23:13:11:23:23 chr6 21201493 . G A 570.02 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00418929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.319;QD=22.8009;RBI=0.00419178;REFB=-0.00921003;REVB=0.000144225;RO=47;SAF=15;SAR=38;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997639;STB=0.555091;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0100803;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:38:15:18:29:38:15:18:29 chr6 21596720 . CCT CCC,CC,C 40.14 PASS AF=0,0,0.391304;AO=2,3,4;DP=27;FAO=0,0,9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.161514,0.0833043,0.240817;FXX=0.079968;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=9.32275,8.14865,15.9775;QD=6.98021;RBI=0.178559,0.177638,0.268992;REFB=-0.0755293,-0.0300702,0.0466541;REVB=0.0761344,0.156893,0.11985;RO=13;SAF=0,2,4;SAR=2,1,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.540126,0.223739,0.691137;STB=0.5,0.5,0.650796;STBP=1,1,0.344;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0259948,0.0114879;OID=.,.,.;OPOS=21596722,21596722,21596721;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.391304:2,3,4:27:0,0,9:23:14:0,0,7:0,0,2:8:6:39:13:0,2,4:2,1,0:6:7 chr6 22287745 . C T 1056.32 PASS AF=0.684615;AO=88;DP=131;FAO=89;FDP=130;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0142543;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.921;QD=32.5023;RBI=0.0143377;REFB=-0.0191831;REVB=-0.00154413;RO=41;SAF=29;SAR=59;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146092;STB=0.587454;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0106755;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:41:41:88:89:0.684615:59:29:23:18:60:29:24:17 chr6 22570064 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00787076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.936;QD=19.1728;RBI=0.0102736;REFB=-0.00209787;REVB=-0.00660286;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010315;STB=0.505744;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00208962;OID=.;OPOS=22570064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:22:11:11:21:22:11:11:21 chr6 22570189 . T C 74.01 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0414709;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.089;QD=8.22293;RBI=0.0672327;REFB=-0.00838602;REVB=-0.0529189;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127655;STB=0.568607;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0575654;OID=.;OPOS=22570189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:36:25:26:10:10:0.277778:7:3:10:15:7:3:10:16 chr6 24147409 . C A 464.59 PASS AF=0.554217;AO=43;DP=77;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0204211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.8509;QD=22.3901;RBI=0.043368;REFB=-0.0243245;REVB=0.0382592;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277996;STB=0.643276;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0223463;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:34:37:43:46:0.554217:24:19:27:7:25:21:29:8 chr6 24174937 . T C 425.74 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00739253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.214;QD=15.3421;RBI=0.0621445;REFB=-0.010306;REVB=0.0617033;RO=63;SAF=27;SAR=21;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753563;STB=0.542179;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0123291;OID=.;OPOS=24174937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:21:27:40:23:21:27:40:23 chr6 24174955 . G C 1580.05 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213124;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.546;QD=60.1923;RBI=0.0513136;REFB=0;REVB=-0.0466783;RO=0;SAF=69;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403654;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:36:69:0:0:36:69:0:0 chr6 24291203 . T C 988.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8334;QD=59.0347;RBI=0.0489288;REFB=0;REVB=0.0085806;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256259;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:29:38:0:0 chr6 24403377 . C T 2993.96 PASS AF=0.979592;AO=192;DP=195;FAO=192;FDP=196;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0719504;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2768;QD=61.1013;RBI=0.103324;REFB=-0.119998;REVB=0.0741546;RO=3;SAF=55;SAR=137;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103127;STB=0.507194;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00216498;OID=.;OPOS=24403377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:195:196:3:4:192:192:0.979592:137:55:0:3:137:55:0:4 chr6 24412530 . G T 2743.82 PASS AF=0.983425;AO=178;DP=181;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00996536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.292;QD=60.637;RBI=0.0143896;REFB=-0.123009;REVB=0.0103803;RO=3;SAF=93;SAR=85;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455903;STB=0.502395;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000211367;OID=.;OPOS=24412530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:181:3:3:178:178:0.983425:85:93:2:1:85:93:2:1 chr6 24418387 . C T 610.12 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0238631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.654;QD=25.4217;RBI=0.0255171;REFB=-0.00613471;REVB=-0.00903739;RO=41;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786372;STB=0.543016;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00434714;OID=.;OPOS=24418387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:31:24:22:19:31:24:22:19 chr6 24437445 . G A 1237.02 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0148214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.38;QD=58.9059;RBI=0.0447428;REFB=-0.17603;REVB=0.0422167;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137242;STB=0.502092;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00146842;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:48:34:1:0:48:34:1:1 chr6 24489652 . C T 850.71 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.577;QD=57.6752;RBI=0.0270421;REFB=0;REVB=0.0127845;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182039;OID=.;OPOS=24489652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr6 24489691 . G C 989.91 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2604;QD=59.0993;RBI=0.0219135;REFB=0;REVB=-0.0194682;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52559e-05;OID=.;OPOS=24489691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr6 24489741 . A C 800.35 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00990608;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.05;QD=52.4819;RBI=0.0138957;REFB=-0.148466;REVB=0.00974471;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171508;STB=0.526307;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00187593;OID=.;OPOS=24489741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:61:1:3:58:58:0.95082:31:27:1:0:31:27:3:0 chr6 24503590 . C T 1539.97 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00742932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.795;QD=61.5986;RBI=0.0410901;REFB=-0.031841;REVB=0.0404129;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958177;STB=0.509998;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00043096;OID=.;OPOS=24503590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:49:49:0:1:49:49:0:2 chr6 24503597 . C T 1299.38 PASS AF=0.945652;AO=84;DP=92;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0348379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.634;QD=56.4947;RBI=0.040149;REFB=-0.0930648;REVB=0.0199565;RO=2;SAF=39;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236689;STB=0.530114;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000944095;OID=.;OPOS=24503597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:92:2:5:84:87:0.945652:45:39:2:0:48:39:5:0 chr6 24551664 . T C 485.47 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.0317456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2838;QD=18.8532;RBI=0.040168;REFB=-0.00739895;REVB=0.0246106;RO=51;SAF=21;SAR=30;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277869;STB=0.656957;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0130159;OID=.;OPOS=24551664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:52:51:51:0.495146:30:21:37:14:30:21:38:14 chr6 24551729 . T C 552.06 PASS AF=0.556818;AO=45;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0146676;FXX=0.0112347;HRUN=7;LEN=1;MLLD=255.493;QD=25.0935;RBI=0.0146748;REFB=-0.020403;REVB=0.00046182;RO=22;SAF=15;SAR=30;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269564;STB=0.635595;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00877238;OID=.;OPOS=24551729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:22:30:45:49:0.556818:30:15:17:5:32:17:21:9 chr6 24559281 . A G 415.11 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00799374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.475;QD=24.7825;RBI=0.0171561;REFB=-0.00564228;REVB=0.01518;RO=27;SAF=16;SAR=24;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228162;STB=0.512494;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00340393;OID=.;OPOS=24559281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:24:16:10:17:24:16:10:17 chr6 24596478 . T G 916.92 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0502209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4062;QD=56.4261;RBI=0.0588408;REFB=-0.0392674;REVB=0.0306611;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000488708;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:29:33:0:1:29:35:0:1 chr6 24653273 . G C 249.99 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0235308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.508;QD=12.0478;RBI=0.0252929;REFB=-0.00408882;REVB=0.0092753;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364462;STB=0.713043;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00836097;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:20:10:35:17:20:10:36:17 chr6 24653376 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.711;QD=60.8816;RBI=0.044925;REFB=0;REVB=-0.00157239;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111585;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr6 24780892 . A C 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00414119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.659;QD=10.4371;RBI=0.0233129;REFB=-0.00887668;REVB=0.0229421;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364726;STB=0.710951;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0342675;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:10:3:14:12:10:3:14:13 chr6 24804808 . G C 1358.17 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.537;QD=62.4447;RBI=0.0332521;REFB=0;REVB=0.0275109;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196976;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr6 24804860 . G T 2030.54 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131172;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.429;QD=62.478;RBI=0.0264001;REFB=0;REVB=0.0229108;RO=0;SAF=68;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16406e-05;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:62:68:0:0:62:68:0:0 chr6 24818785 . A G 775.57 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.162;QD=63.3119;RBI=0.034254;REFB=0;REVB=-0.0223953;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18284e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:30:17:0:0:31:18:0:0 chr6 24825511 . A G 1044.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8841;QD=59.6716;RBI=0.0432853;REFB=0;REVB=-0.0401369;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470995;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr6 24869300 . T C 240.55 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00189435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.67;QD=17.4946;RBI=0.0251471;REFB=-0.0129373;REVB=-0.0250756;RO=28;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20287;STB=0.594562;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0164202;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:7:19:15:13:8:19:15:13 chr6 25084718 . A G 2147.35 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4174;QD=61.353;RBI=0.0500101;REFB=-0.0284108;REVB=0.044804;RO=1;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294453;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:138:138:0.985714:69:69:0:1:69:69:1:1 chr6 25106745 . A G 1039.98 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.702;QD=59.4276;RBI=0.0268079;REFB=0;REVB=0.025384;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3696e-05;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:40:28:0:0:40:30:0:0 chr6 25106783 . G A,T 454.94 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=29,2;DP=31;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111802,-0.0071056;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.0513,156.286;QD=56.8671;RBI=0.0133339,0.0111305;REFB=0,0;REVB=0.00726606,-0.0085673;RO=0;SAF=10,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00466089,0.0696482;OID=.,.;OPOS=25106783,25106783;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:31:32:0:0:29,2:31,1:0.96875,0.03125:19,1:10,1:0:0:19,1:12,0:0:0 chr6 25108878 . A C 661.02 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0128091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9123;QD=30.0462;RBI=0.0354557;REFB=-0.0345972;REVB=0.0330611;RO=31;SAF=24;SAR=33;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202878;STB=0.510999;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0259916;OID=.;OPOS=25108878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:33:24:14:17:33:24:14:17 chr6 25420344 . C G 1491.79 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00868561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.043;QD=57.3765;RBI=0.0130083;REFB=-0.00645823;REVB=0.00968384;RO=2;SAF=46;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201789;STB=0.510636;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000199752;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:56:46:2:0:56:46:2:0 chr6 25420350 . A C 1525.67 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.822;QD=59.8303;RBI=0.0204999;REFB=0;REVB=0.0149079;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03047e-05;OID=.;OPOS=25420350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:55:47:0:0:55:47:0:0 chr6 25600968 . G A 728.02 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398319;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8848;QD=63.3065;RBI=0.125346;REFB=0;REVB=0.118849;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125722;OID=.;OPOS=25600968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:31:15:0:0 chr6 25605091 . G A 777.02 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9442;QD=54.5276;RBI=0.0260014;REFB=0.0864915;REVB=-0.0182762;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00127975;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:30:25:0:1:30:26:0:1 chr6 25726675 . G A 652.64 PASS AF=0.619565;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00659635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.242;QD=28.3756;RBI=0.00721021;REFB=-0.0234242;REVB=-0.00291123;RO=35;SAF=27;SAR=29;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379783;STB=0.517235;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0146078;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:56:57:0.619565:29:27:15:20:30:27:15:20 chr6 25727265 . C T 470.5 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00050889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.906;QD=17.4259;RBI=0.0164986;REFB=-0.0163735;REVB=-0.0164907;RO=57;SAF=33;SAR=17;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217247;STB=0.624154;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0187703;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:57:50:51:0.472222:17:33:25:32:17:34:25:32 chr6 25727334 . C T 644.19 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0203927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7583;QD=19.5209;RBI=0.0329837;REFB=0.00802459;REVB=-0.0259242;RO=67;SAF=43;SAR=22;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254712;STB=0.640836;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0105837;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:22:43:26:41:22:43:26:41 chr6 25727517 . G A 278.99 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00301542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.071;QD=27.2189;RBI=0.0188783;REFB=-0.0262365;REVB=0.0186359;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394239;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123234;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:16:25:25:0.609756:11:14:7:7:11:14:9:7 chr6 25769349 . T C 885.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1042;QD=58.0451;RBI=0.05966;REFB=0;REVB=-0.0217082;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737019;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr6 25776949 . G A 665.52 PASS AF=0.40884;AO=74;DP=181;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.0113417;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.525;QD=14.7077;RBI=0.011867;REFB=-0.0248535;REVB=0.00349167;RO=106;SAF=42;SAR=32;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317421;STB=0.520865;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0262436;OID=.;OPOS=25776949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:106:107:74:74:0.40884:32:42:57:49:32:42:57:50 chr6 25801143 . G A 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0216183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3115;QD=6.45718;RBI=0.0282431;REFB=0.0143354;REVB=0.0181747;RO=42;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297941;STB=0.689341;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0620872;OID=.;OPOS=25801143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:10:3:19:23:10:3:19:23 chr6 25813150 . G A 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0381701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5599;QD=20.5429;RBI=0.0413604;REFB=0.00485405;REVB=-0.0159287;RO=36;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02164;STB=0.511976;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00521766;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:15:24:23:13:15:24:23:13 chr6 25849620 . A G 461.13 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0144887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4824;QD=21.9586;RBI=0.0658698;REFB=0.019835;REVB=0.0642566;RO=37;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197058;STB=0.511106;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0158463;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:39:45:45:0.535714:22:23:19:18:22:23:19:20 chr6 25914801 . G A 208.98 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0160197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6863;QD=9.60847;RBI=0.10355;REFB=-0.00492837;REVB=-0.102303;RO=56;SAF=8;SAR=19;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357115;STB=0.726958;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00985124;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:60:27:27:0.310345:19:8:34:22:19:8:38:22 chr6 25914901 . G A 211.47 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0262602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.856;QD=12.0841;RBI=0.0267719;REFB=-0.0119872;REVB=-0.0052094;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26723;STB=0.658343;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0209233;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:15:11:29:14:15:11:30:14 chr6 25916979 . C T 608.58 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=105;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00294993;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.653;QD=23.6342;RBI=0.0142295;REFB=-0.0218078;REVB=0.0139204;RO=42;SAF=29;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245941;STB=0.50362;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0156485;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:42:44:59:59:0.572816:30:29:22:20:30:29:22:22 chr6 25967068 . C T 1419.08 PASS AF=0.748299;AO=110;DP=148;FAO=110;FDP=147;FR=.;FRO=37;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0128137;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.552;QD=38.6143;RBI=0.0196053;REFB=-0.0235795;REVB=-0.0148384;RO=37;SAF=58;SAR=52;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190697;STB=0.510182;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0103547;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:37:37:110:110:0.748299:52:58:21:16:52:58:21:16 chr6 26027433 . G A 339.04 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.013085;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.55;QD=20.2409;RBI=0.0132832;REFB=-0.0120018;REVB=-0.00228614;RO=32;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559499;STB=0.503104;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.012073;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:32:35:35:0.522388:21:14:13:19:21:14:13:19 chr6 26033506 . G A 262.95 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0106759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.488;QD=19.4775;RBI=0.0107506;REFB=0.000516967;REVB=0.00126532;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132114;STB=0.555514;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.000522432;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:20:7:10:16:20:8:10:16 chr6 26044369 . A G 907.1 PASS AF=0.745098;AO=76;DP=102;FAO=76;FDP=102;FR=.;FRO=26;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0122976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.196;QD=35.5724;RBI=0.0186799;REFB=-0.0581372;REVB=0.0140609;RO=26;SAF=40;SAR=36;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241771;STB=0.51295;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0209379;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:26:26:76:76:0.745098:36:40:15:11:36:40:15:11 chr6 26045929 . T C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0333355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3394;QD=17.7373;RBI=0.0476748;REFB=0.0196884;REVB=-0.0340827;RO=49;SAF=28;SAR=14;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991358;STB=0.551156;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0266797;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:14:28:28:21:14:28:29:21 chr6 26056072 . G C 369.67 PASS AF=0.560606;AO=17;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00569759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.473;QD=22.404;RBI=0.00953998;REFB=-0.0202593;REVB=-0.00765171;RO=27;SAF=1;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58659;STB=0.567531;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0182633;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:17:37:0.560606:16:1:11:16:16:21:12:17 chr6 26056549 . A G 585.86 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0197335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.696;QD=28.5786;RBI=0.0204714;REFB=0.00492379;REVB=0.00544701;RO=29;SAF=33;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081319;STB=0.551602;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00356697;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:30:52:52:0.634146:19:33:15:14:19:33:15:15 chr6 26104280 . T C 729.05 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=119;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00812972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9631;QD=24.5058;RBI=0.013619;REFB=0.00208024;REVB=-0.0109264;RO=50;SAF=38;SAR=31;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161371;STB=0.58784;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0014654;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:50:69:69:0.579832:31:38:17:33:31:38:17:33 chr6 26104448 . A G 317.93 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0026669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.745;QD=13.247;RBI=0.0344507;REFB=0.00151784;REVB=0.0343473;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164663;STB=0.5937;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00325078;OID=.;OPOS=26104448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:18:18:39:21:18:18:39:21 chr6 26107790 . G T 410.72 PASS AF=0.339744;AO=51;DP=160;FAO=53;FDP=156;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0149606;FXX=0.0370348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.324;QD=10.5314;RBI=0.0151002;REFB=-0.016671;REVB=-0.00204827;RO=103;SAF=24;SAR=27;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062227;STB=0.522235;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0318271;OID=.;OPOS=26107790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:156:103:103:51:53:0.339744:27:24:54:49:27:26:54:49 chr6 26108282 . C G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2947;QD=57.3821;RBI=0.0517064;REFB=0;REVB=0.0431446;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693691;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr6 26123944 . C A 56.52 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.0215903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.342;QD=1.78007;RBI=0.0315083;REFB=-0.000119322;REVB=-0.0229484;RO=113;SAF=6;SAR=8;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165663;STB=0.620674;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000352343;OID=.;OPOS=26123944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:127:127:113:113:14:14:0.110236:8:6:64:49:8:6:64:49 chr6 26184102 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0178255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.981;QD=16.8123;RBI=0.0346931;REFB=-0.0522523;REVB=0.0297634;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154667;STB=0.50868;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0584612;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:24:23:18:20:24:23 chr6 26200083 . A G 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0211623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.148;QD=16.6182;RBI=0.0221762;REFB=0.00531754;REVB=0.00662877;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899296;STB=0.550976;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00455713;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:16:12:12:11:16:12 chr6 26200677 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0851087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.941;QD=13.4411;RBI=0.0873648;REFB=0.00180241;REVB=-0.0197261;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000976682;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr6 26205293 . G A 63.52 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0186729;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.18;QD=7.93999;RBI=0.0195595;REFB=0.000323756;REVB=0.00582199;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407617;STB=0.74035;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000974093;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:3:20:5:4:3:20 chr6 26285560 . A G 261.67 PASS AF=0.290323;AO=36;DP=125;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.0121318;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.568;QD=8.44086;RBI=0.0122958;REFB=-0.0076174;REVB=-0.00200148;RO=87;SAF=17;SAR=19;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113179;STB=0.569709;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0202713;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:87:88:36:36:0.290323:19:17:33:54:19:17:33:55 chr6 26285683 . T C 143.41 PASS AF=0.223214;AO=21;DP=108;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.0217005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.89;QD=5.12162;RBI=0.0227145;REFB=-0.0133661;REVB=0.00671086;RO=85;SAF=4;SAR=17;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364774;STB=0.605674;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0859875;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:85:87:21:25:0.223214:17:4:38:47:17:8:39:48 chr6 26286744 . C T 358.99 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0245861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3042;QD=10.5584;RBI=0.0483758;REFB=-0.00185906;REVB=-0.0416622;RO=91;SAF=26;SAR=19;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109615;STB=0.563334;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00422582;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:91:91:45:45:0.330882:19:26:44:47:19:26:44:47 chr6 26299900 . C T 998.88 PASS AF=0.392157;AO=109;DP=303;FAO=120;FDP=306;FR=.;FRO=186;FSAF=83;FSAR=37;FSRF=132;FSRR=54;FWDB=0.0110952;FXX=0.0407511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.168;QD=13.0572;RBI=0.046199;REFB=-0.00851009;REVB=-0.0448468;RO=150;SAF=80;SAR=29;SRF=105;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439907;STB=0.512959;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0188672;OID=.;OPOS=26299900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:306:150:186:109:120:0.392157:29:80:105:45:37:83:132:54 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 119.03 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0259756;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=381.21;QD=5.1752;RBI=0.0264714;REFB=-0.00425574;REVB=-0.00509924;RO=73;SAF=9;SAR=10;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273247;STB=0.517223;STBP=0.89;TYPE=ins;VARB=0.0184954;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206522:19:92:19:92:73:9:10:33:40:99:73:9:10:33:40 chr6 26305796 . C T 199.25 PASS AF=0.284211;AO=26;DP=93;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0183086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4485;QD=8.38963;RBI=0.0644684;REFB=-0.0102132;REVB=-0.061814;RO=65;SAF=9;SAR=17;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125936;STB=0.571374;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0387117;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:65:68:26:27:0.284211:17:9:29:36:18:9:29:39 chr6 26305801 . C G 241.88 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.038744;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.715;QD=10.1844;RBI=0.0388488;REFB=-0.013488;REVB=-0.002851;RO=65;SAF=9;SAR=21;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184479;STB=0.60862;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0248609;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:65:65:30:30:0.315789:21:9:29:36:21:9:29:36 chr6 26313358 . A T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00614305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.02;QD=11.6203;RBI=0.00819293;REFB=0.00146105;REVB=0.00542099;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468398;STB=0.527246;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00206139;OID=.;OPOS=26313358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:19:16:10:10:19:16 chr6 26327814 . T C 255.61 PASS AF=0.248366;AO=38;DP=153;FAO=38;FDP=153;FR=.;FRO=115;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=41;FWDB=0.0104802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.908;QD=6.68251;RBI=0.0141441;REFB=-0.00368249;REVB=-0.00949842;RO=115;SAF=19;SAR=19;SRF=74;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180491;STB=0.607789;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.008963;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:115:115:38:38:0.248366:19:19:74:41:19:19:74:41 chr6 26328365 . A G 501.44 PASS AF=0.44;AO=56;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00361701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.941;QD=16.0461;RBI=0.0350802;REFB=-0.0233857;REVB=-0.0348932;RO=69;SAF=40;SAR=16;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180106;STB=0.616349;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0222529;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:56:55:0.44:16:40:38:31:15:40:38:32 chr6 26466225 . A C 1590.23 PASS AF=0.990741;AO=108;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00305041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4326;QD=58.8975;RBI=0.0230039;REFB=0.104515;REVB=-0.0228007;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000760721;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:108:107:0.990741:66:42:0:0:65:42:0:1 chr6 26501897 . T C 1414.06 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.013;QD=62.8471;RBI=0.00860893;REFB=0;REVB=0.0084741;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14589e-06;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:49:41:0:0 chr6 26505362 . G A 801.74 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.331;QD=55.2924;RBI=0.0591054;REFB=-0.00934963;REVB=-0.0560264;RO=1;SAF=13;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034876;STB=0.516123;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00402595;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:55:57:0.982759:42:13:1:0:42:15:1:0 chr6 26505403 . C A 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0262468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.004;QD=57.8221;RBI=0.0289853;REFB=-0.0574333;REVB=0.0122985;RO=1;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000575585;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:28:10:0:1:28:10:0:1 chr6 26509330 . C G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3511;QD=56.9986;RBI=0.0361134;REFB=0;REVB=0.0101676;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238547;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr6 26521435 . C G 1993.07 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514819;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.378;QD=62.2835;RBI=0.0148825;REFB=0;REVB=0.0139637;RO=0;SAF=85;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60821e-07;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:43:85:0:0:43:85:0:0 chr6 26521520 . T C 2072.06 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00712242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.689;QD=60.9428;RBI=0.0176991;REFB=-0.028379;REVB=0.0162028;RO=2;SAF=68;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137733;STB=0.507142;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00056627;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:133:134:0.985294:65:68:2:0:65:69:2:0 chr6 26538268 . T C 679.69 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210966;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.484;QD=63.2265;RBI=0.00295379;REFB=0;REVB=0.00206742;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108834;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr6 26545632 . G A 652.12 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.901;QD=59.2833;RBI=0.0933266;REFB=0;REVB=0.0886759;RO=2;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00478877;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:2:0:42:44:1:21:21:0:2:23:21:0:0 chr6 26546048 . C T 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.89;QD=59.5373;RBI=0.0141423;REFB=0.0106812;REVB=-0.00268343;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000204258;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:37:41:1:0:37:41:1:0 chr6 26546808 . T C 890.93 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268681;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.675;QD=56.5668;RBI=0.0274959;REFB=0.0137996;REVB=0.0058422;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=7.83125e-05;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:61:62:0.984127:38:23:1:0:39:23:1:0 chr6 26553815 . C G 773.37 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8421;QD=63.1321;RBI=0.0439617;REFB=0;REVB=0.0433414;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204435;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:34:15:0:0 chr6 26555484 . A G 1312.51 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=93;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0221005;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1811;QD=57.6929;RBI=0.0291974;REFB=-0.00558285;REVB=0.0190804;RO=2;SAF=41;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012271;STB=0.509767;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-7.73824e-05;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:91:2:4:87:87:0.956044:46:41:1:1:46:41:1:3 chr6 26556769 . G T 1796.7 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0324823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.667;QD=58.4292;RBI=0.0515588;REFB=-0.0418117;REVB=0.0400401;RO=2;SAF=75;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041468;STB=0.501084;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00036321;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:2:3:120:120:0.97561:45:75:1:1:45:75:2:1 chr6 26572165 . G T 1237.43 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.595;QD=58.9252;RBI=0.0439809;REFB=-0.044181;REVB=-2.85362e-05;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.517237;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000814759;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:0:2:82:82:0.97619:54:28:0:0:54:28:2:0 chr6 26575798 . CTT C,CT 1656.94 PASS AF=0,1;AO=17,135;DP=164;FAO=0,165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=0,88;FSAR=0,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484049,-0.0958494;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=7.91163,16.7107;QD=40.1682;RBI=0.10074,0.19926;REFB=-0.0221142,-0.0173386;REVB=-0.088349,-0.174693;RO=4;SAF=12,68;SAR=5,67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0185527,-0.0134662;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000403101;OID=.,.;OPOS=26575799,26575799;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:17,135:164:0,165:165:0:0,88:0,77:0:0:27:4:12,68:5,67:3:1 chr6 26577326 . C A 2525.28 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155207;FXX=0.0178561;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3296;QD=61.219;RBI=0.066797;REFB=-0.059229;REVB=0.0649688;RO=1;SAF=95;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498293;STB=0.50259;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000308461;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:163:164:0.993939:68:95:1:0:68:96:1:0 chr6 26577370 . C T 3508.84 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.218;QD=62.1034;RBI=0.0677606;REFB=-0.0684544;REVB=0.0661007;RO=0;SAF=125;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257198;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:223:226:0:0:222:226:1:97:125:0:0:100:126:0:0 chr6 26595168 . T C 2515.56 PASS AF=0.994012;AO=152;DP=154;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9754;QD=60.253;RBI=0.0529276;REFB=0.0431918;REVB=0.00934567;RO=1;SAF=83;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569688;STB=0.502617;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-1.07296e-05;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:167:1:1:152:166:0.994012:69:83:1:0:71:95:1:0 chr6 26597333 . A G 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.62;QD=61.5684;RBI=0.020675;REFB=0;REVB=0.0169239;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76538e-06;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:63:59:0:0:63:59:0:0 chr6 26598188 . A G 2006.67 PASS AF=1;AO=103;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226805;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.8908;QD=53.1568;RBI=0.0762511;REFB=-0.0488153;REVB=-0.0727999;RO=3;SAF=52;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235603;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:3:0:103:151:1:51:52:2:1:67:84:0:0 chr6 26745248 . T C 46.46 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.565;QD=30.976;RBI=0.231377;REFB=0;REVB=0.0316372;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248789;OID=.;OPOS=26745248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 26745250 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.026;QD=33.4282;RBI=0.0491824;REFB=0;REVB=-0.032862;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150693;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 26745286 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.141;QD=43.4854;RBI=0.0573576;REFB=0;REVB=0.00497855;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659097;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 26745312 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.264;QD=47.8223;RBI=0.047003;REFB=0;REVB=0.0468725;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352266;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr6 26758631 . AT GC 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0166247;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.708;QD=33.9183;RBI=0.0240724;REFB=0.00285277;REVB=0.0174098;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.624843;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=-0.00117431;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:3:4:16:16:0.8:6:10:0:3:6:10:0:4 chr6 26758634 . ATGC TCAA 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393689;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=220.842;QD=47.8224;RBI=0.00793189;REFB=0;REVB=0.0068859;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.06574e-05;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 27181610 . G A 387.88 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.755;QD=55.4119;RBI=0.0867864;REFB=0;REVB=0.0331029;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92037e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr6 27181701 . T C 640.57 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.134;QD=61.007;RBI=0.00363706;REFB=0;REVB=0.00328189;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023284;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr6 27205420 . G A 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0136604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.845;QD=19.5188;RBI=0.0174076;REFB=0.0142547;REVB=0.0107897;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191975;STB=0.607066;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.014334;OID=.;OPOS=27205420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:16:10:17:11:16:10 chr6 27277402 . C T 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00275637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.459;QD=60.8525;RBI=0.0243607;REFB=0.0023977;REVB=-0.0242043;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015416;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000194711;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:16:30:1:0:16:30:1:0 chr6 27279852 . T C 596.87 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.995;QD=59.6865;RBI=0.0182624;REFB=0;REVB=0.0125238;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280626;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr6 27300755 . TA TAA,T 103.45 PASS AF=0.339623,0;AO=28,11;DP=107;FAO=36,0;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=20,0;FSAR=16,0;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0223191,-0.0187328;FXX=0.00934492;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.2839,12.4865;QD=3.90373;RBI=0.231282,0.252429;REFB=0.0131006,-0.0121652;REVB=0.230203,-0.251733;RO=59;SAF=17,1;SAR=11,10;SRF=36;SRR=23;SSEN=0,0.483871;SSEP=0,0;SSSB=-0.00368093,-0.621654;STB=0.51796,0.5;STBP=0.797,1;TYPE=ins,del;VARB=-0.0400576,0;OID=.,.;OPOS=27300756,27300756;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623,0:28,11:107:36,0:106:70:20,0:16,0:37:33:99:59:17,1:11,10:36:23 chr6 27327349 . C G 285.06 PASS AF=0.342593;AO=35;DP=105;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0181258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5968;QD=10.5577;RBI=0.0198944;REFB=-0.0138949;REVB=0.00820035;RO=70;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852994;STB=0.536823;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0243404;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:70:71:35:37:0.342593:20:15:25:45:22:15:25:46 chr6 27356867 . A G 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.181;QD=58.053;RBI=0.0105973;REFB=0;REVB=0.00527047;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38417e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr6 27356902 . A G 236.52 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0309347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4736;QD=17.5199;RBI=0.0338393;REFB=-0.0463643;REVB=-0.0137166;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288922;STB=0.68169;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0658127;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:28:26:26:0.481481:11:15:6:19:11:15:6:22 chr6 27356925 . T G 271.64 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00326115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.524;QD=23.621;RBI=0.00398351;REFB=-0.0113707;REVB=0.00228762;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186567;STB=0.595596;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0120507;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:21:25:25:0.543478:14:11:4:15:14:11:5:16 chr6 27369873 . C T 213.61 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0309984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.803;QD=17.4377;RBI=0.0321525;REFB=-0.012689;REVB=-0.00853707;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682584;STB=0.526292;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.016266;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:11:10:11:16:12:10:11:16 chr6 27369892 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0229655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.75;QD=16.4435;RBI=0.0316578;REFB=-0.018103;REVB=-0.0217899;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929154;STB=0.553139;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0182298;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:11:16:10:10:11:16 chr6 27370046 . T G 201.75 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0222256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.695;QD=21.2365;RBI=0.0505555;REFB=-0.00907932;REVB=0.045408;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198581;STB=0.619586;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0130866;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:15:4:7:11:16:4:7:11 chr6 27370473 . T C 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0102383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6084;QD=18.7663;RBI=0.0255179;REFB=0.0183037;REVB=-0.0233739;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0165209;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:1:2:1:5:1:2 chr6 27371011 . C T 331.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00369082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.593;QD=21.3977;RBI=0.0085888;REFB=-0.0220097;REVB=0.00775534;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148621;STB=0.585488;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0245735;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:28:34:34:0.548387:23:11:13:13:23:11:14:14 chr6 27371193 . G A 612.36 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.037437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4148;QD=20.7581;RBI=0.0390901;REFB=-0.0270653;REVB=-0.0112474;RO=55;SAF=31;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233347;STB=0.516944;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.022299;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:56:62:62:0.525424:31:31:29:26:31:31:30:26 chr6 27425185 . C A 576.28 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0109516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.253;QD=22.3798;RBI=0.0109819;REFB=-0.0231237;REVB=-0.000814468;RO=44;SAF=23;SAR=34;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601563;STB=0.524352;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0209734;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:46:57:57:0.553398:34:23:21:23:34:23:21:25 chr6 27435707 . G A 273.97 PASS AF=0.483871;AO=26;DP=64;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0943576;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.1294;QD=17.6757;RBI=0.101495;REFB=-0.0219999;REVB=-0.0373892;RO=22;SAF=5;SAR=21;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.548523;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0164344;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:22:32:26:30:0.483871:21:5:7:15:22:8:11:21 chr6 27471515 . A G 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00429455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.677;QD=20.96;RBI=0.00734831;REFB=0.00361286;REVB=0.00596276;RO=40;SAF=27;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200216;STB=0.610808;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00248397;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:16:27:16:24:16:27:16:24 chr6 27515519 . A C 170.55 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0138189;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.387;QD=16.2425;RBI=0.0444747;REFB=-0.0304529;REVB=0.0422734;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141484;STB=0.595136;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0305464;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:17:18:0.428571:9:8:8:16:9:9:8:16 chr6 27551316 . C G 692.94 PASS AF=0.436047;AO=73;DP=187;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00173141;FXX=0.144271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.815;QD=16.1148;RBI=0.0065386;REFB=0.000866443;REVB=-0.0063052;RO=69;SAF=23;SAR=50;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142912;STB=0.572594;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.000544791;OID=.;OPOS=27551316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:172:69:97:73:75:0.436047:50:23:32:37:50:25:44:53 chr6 27551317 . A G 41.44 PASS AF=0.0742574;AO=14;DP=189;FAO=15;FDP=202;FR=.;FRO=187;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=116;FWDB=-0.00954428;FXX=0.00492587;HRUN=8;LEN=1;MLLD=136.14;QD=0.820496;RBI=0.0112524;REFB=-0.0017931;REVB=0.00596021;RO=175;SAF=3;SAR=11;SRF=63;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187567;STB=0.697822;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0167202;OID=.;OPOS=27551317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:189:202:175:187:14:15:0.0742574:11:3:63:112:12:3:71:116 chr6 27560587 . A G 266.2 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0136533;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.354;QD=21.2958;RBI=0.0137701;REFB=-0.00183639;REVB=0.00178957;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138694;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:9:16:15:9:9:16:16:9 chr6 27573463 . G A 362.08 PASS AF=0.6;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0100219;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.075;QD=24.1384;RBI=0.010222;REFB=-0.0316351;REVB=0.00201269;RO=26;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214134;STB=0.60235;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0229844;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:26:24:35:36:0.6:25:10:14:12:25:11:13:11 chr6 27618731 . G T 264.99 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00841548;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.555;QD=13.2496;RBI=0.00842689;REFB=-0.00557871;REVB=0.000438346;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139496;STB=0.585214;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00914203;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:48:49:31:31:0.3875:14:17:20:28:14:17:20:29 chr6 27636354 . A G 213.99 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.000280776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9018;QD=10.5672;RBI=0.0250465;REFB=-0.00982365;REVB=-0.0250449;RO=53;SAF=13;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138889;STB=0.573717;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0260902;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:54:27:27:0.333333:14:13:32:21:14:13:32:22 chr6 27636378 . C T 221.64 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00408888;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.882;QD=10.0744;RBI=0.0059197;REFB=-0.000969397;REVB=-0.00428065;RO=51;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910875;STB=0.593482;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00203315;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:60:28:28:0.318182:16:12:26:25:16:12:34:26 chr6 27648894 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00526361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.904;QD=16.9233;RBI=0.0178063;REFB=-0.0109437;REVB=0.0170105;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17565;STB=0.598368;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0110261;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:25:15:19:15:25:15 chr6 27648908 . C G 253.53 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00581957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.414;QD=15.1362;RBI=0.0148781;REFB=-0.00224996;REVB=0.0136928;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163946;STB=0.569184;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00293571;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:38:27:29:0.432836:15:12:23:15:15:14:23:15 chr6 27650521 . C T 206.63 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=-0.00673722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.907;QD=11.0205;RBI=0.0144719;REFB=-0.000329943;REVB=-0.012808;RO=49;SAF=16;SAR=10;SRF=39;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231465;STB=0.632095;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00153746;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:10:16:39:10:10:16:39:10 chr6 27655994 . T G 463.65 PASS AF=0.444444;AO=50;DP=115;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.000808024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.269;QD=15.8513;RBI=0.00657001;REFB=-0.0156595;REVB=-0.00652013;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132203;STB=0.582893;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0190697;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:65:65:50:52:0.444444:25:25:24:41:25:27:24:41 chr6 27694460 . A G 266.12 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0336907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.49;QD=15.6542;RBI=0.040606;REFB=-0.0149292;REVB=0.0226667;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251405;STB=0.641526;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0113036;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:25:13:18:12:25:13 chr6 27792221 . C T 700.28 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.7569;QD=52.8512;RBI=0.0413716;REFB=-0.14064;REVB=0.0366485;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409772;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:2:0:51:53:1:32:19:0:2:34:19:0:0 chr6 27792228 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.089;QD=56.9381;RBI=0.0175883;REFB=0;REVB=0.0161951;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53845e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr6 28134368 . A G 223.21 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0306991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.615;QD=10.504;RBI=0.0309405;REFB=-0.00368552;REVB=0.0038571;RO=57;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212546;STB=0.623765;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00633227;OID=.;OPOS=28134368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:11:17:24:33:11:17:24:33 chr6 28180904 . A G 455.13 PASS AF=0.360544;AO=52;DP=146;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.00750661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.093;QD=12.3844;RBI=0.00806419;REFB=-0.00848756;REVB=-0.00294651;RO=93;SAF=27;SAR=25;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998859;STB=0.558689;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0129384;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:93:94:52:53:0.360544:25:27:40:53:25:28:41:53 chr6 28227436 . A G 424.57 PASS AF=0.346405;AO=53;DP=152;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00292328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.786;QD=11.1;RBI=0.00758594;REFB=-0.0040769;REVB=-0.00700006;RO=98;SAF=20;SAR=33;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130411;STB=0.575407;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0062911;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:98:100:53:53:0.346405:33:20:48:50:33:20:49:51 chr6 28228342 . A G 1123.55 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.608;QD=59.9225;RBI=0.0161874;REFB=0;REVB=0.0159057;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6947e-05;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:1:0:73:75:1:43:30:0:1:45:30:0:0 chr6 28239932 . T TG 537.99 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178454;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2615;QD=44.8326;RBI=0.0265317;REFB=0;REVB=-0.0196334;RO=2;SAF=17;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000318941;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:48:48:0:18:30:0:0:10:2:17:30:2:0 chr6 28264692 . C G 185.31 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00170123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.502;QD=8.61902;RBI=0.019013;REFB=-0.00757526;REVB=-0.0189367;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111707;STB=0.566213;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0254182;OID=.;OPOS=28264692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:12:13:26:35:12:13:26:35 chr6 28264717 . C T 171.24 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.019212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.585;QD=9.13293;RBI=0.0263125;REFB=-0.0154135;REVB=-0.0179791;RO=52;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294451;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0383938;OID=.;OPOS=28264717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:12:11:25:27:12:11:25:27 chr6 28269663 . A G 567.02 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00638684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1042;QD=15.4291;RBI=0.0232672;REFB=-0.0267143;REVB=0.0223734;RO=83;SAF=26;SAR=35;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.546911;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0331061;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:86:61:61:0.414966:35:26:27:56:35:26:30:56 chr6 28270047 . C G 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0054461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7169;QD=21.5313;RBI=0.00703393;REFB=0.0110234;REVB=-0.00445154;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695652;STB=0.538441;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0086774;OID=.;OPOS=28270047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:21:16:16:15:21:16:16:15 chr6 28294550 . T C 246.09 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00760393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.452;QD=9.65044;RBI=0.00898335;REFB=-0.00807032;REVB=-0.00478339;RO=70;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103399;STB=0.560402;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0179593;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:70:32:32:0.313725:15:17:31:39:15:17:31:39 chr6 28328391 . CTT CTC,C 114.62 PASS AF=0.0434783,0.282609;AO=2,12;DP=46;FAO=2,13;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=0,6;FSAR=2,7;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.018653,0.0298537;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=244.333,43.9956;QD=9.96658;RBI=0.0187094,0.029924;REFB=0.00175065,0.00547482;REVB=-0.00145117,-0.00204999;RO=31;SAF=0,5;SAR=2,7;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.357268,0.247785;STB=0.992218,0.671253;STBP=0.372,0.202;TYPE=snp,del;VARB=0.0345861,-0.000337115;OID=.,.;OPOS=28328393,28328392;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0434783,0.282609:2,12:46:2,13:46:31:0,6:2,7:7:24:99:31:0,5:2,7:7:24 chr6 28328683 . G A 493.07 PASS AF=0.365854;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=164;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0279322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.408;QD=12.026;RBI=0.0289913;REFB=-0.0153747;REVB=-0.00776434;RO=102;SAF=28;SAR=32;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586675;STB=0.539386;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0240739;OID=.;OPOS=28328683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:102:104:60:60:0.365854:32:28:53:49:32:28:55:49 chr6 28329037 . C G 114.09 PASS AF=0.298246;AO=12;DP=54;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00312791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2809;QD=8.006;RBI=0.0576463;REFB=-0.0391324;REVB=0.0575614;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163747;STB=0.509543;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0872137;OID=.;OPOS=28329037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:38:40:12:17:0.298246:5:7:17:21:10:7:17:23 chr6 28331127 . AA GC 116.35 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0235802;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=202.934;QD=11.0806;RBI=0.0239158;REFB=-0.00857321;REVB=0.00399218;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20909;STB=0.605901;STBP=0.385;TYPE=mnp;VARB=0.0142311;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:26:28:14:14:0.333333:10:4:12:14:10:4:12:16 chr6 28333396 . T C 380.97 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0463561;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.895;QD=16.5641;RBI=0.0481457;REFB=-0.0330057;REVB=0.0130044;RO=50;SAF=13;SAR=27;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123017;STB=0.560467;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0300051;OID=.;OPOS=28333396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:52:40:40:0.434783:27:13:22:28:27:13:22:30 chr6 28358320 . A G 317.0 PASS AF=0.320312;AO=41;DP=128;FAO=41;FDP=128;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=27;FWDB=-0.00782177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.072;QD=9.90635;RBI=0.0145699;REFB=-0.0179281;REVB=-0.0122923;RO=84;SAF=30;SAR=11;SRF=60;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025344;STB=0.535194;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0361275;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:84:87:41:41:0.320312:11:30:60:24:11:30:60:27 chr6 28358335 . G C 225.6 PASS AF=0.283186;AO=31;DP=111;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=0.0091241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.795;QD=7.98585;RBI=0.0205691;REFB=-0.0145554;REVB=-0.0184347;RO=78;SAF=25;SAR=6;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254801;STB=0.650852;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.011174;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:78:81:31:32:0.283186:6:25:50:28:6:26:53:28 chr6 28358893 . T C 413.76 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0148498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.796;QD=16.5502;RBI=0.0264857;REFB=0.0142821;REVB=0.0219312;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265403;STB=0.514918;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0117905;OID=.;OPOS=28358893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:23:20:28:29:23:20:28:29 chr6 28359170 . A G 262.38 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0113279;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.109;QD=14.5765;RBI=0.013702;REFB=-0.0140155;REVB=0.00770869;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278865;STB=0.505996;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.01431;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:42:30:30:0.416667:11:19:27:14:11:19:27:15 chr6 28402260 . T C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.019461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.102;QD=23.236;RBI=0.0212058;REFB=0.0211438;REVB=-0.00842345;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228442;STB=0.626737;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0175034;OID=.;OPOS=28402260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:11:2:8:10:11:2 chr6 28456854 . A G 270.14 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0154799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.694;QD=20.3875;RBI=0.0370507;REFB=-0.0525036;REVB=0.0336619;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123351;STB=0.573835;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0639172;OID=.;OPOS=28456854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:19:9:11:13:20:9:11:13 chr6 28483482 . A C 293.36 PASS AF=0.339286;AO=36;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0334752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.781;QD=10.4771;RBI=0.0385789;REFB=-0.0158027;REVB=-0.0191767;RO=50;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375651;STB=0.689241;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0300408;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:74:36:38:0.339286:13:23:13:37:13:25:27:47 chr6 28542424 . G A 177.33 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.005539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2833;QD=13.3833;RBI=0.00570476;REFB=-0.023301;REVB=-0.00136519;RO=31;SAF=15;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269799;STB=0.667258;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0734098;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:31:32:19:21:0.396226:4:15:18:13:4:17:19:13 chr6 28542520 . C T 366.25 PASS AF=0.412371;AO=38;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00175261;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.123;QD=15.1032;RBI=0.0051126;REFB=-0.00971525;REVB=0.00480282;RO=57;SAF=18;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556205;STB=0.540381;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0151716;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:57:38:40:0.412371:20:18:30:27:21:19:31:26 chr6 28601934 . A T 779.22 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.416;QD=56.6704;RBI=0.0554158;REFB=0;REVB=0.0181259;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490732;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:50:55:1:26:24:0:0:29:26:0:0 chr6 28616066 . T A 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.765;QD=62.4627;RBI=0.0530794;REFB=0;REVB=0.0478858;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04804e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr6 28626098 . G A,T 721.95 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=48,3;DP=52;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247358,-0.0536221;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.866,89.6765;QD=55.5347;RBI=0.0283574,0.0537236;REFB=0,0;REVB=-0.0138666,-0.00330018;RO=0;SAF=15,1;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000639728,0.118143;OID=.,.;OPOS=28626098,28626098;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:48,3:49,3:0.942308,0.0576923:33,2:15,1:0:0:34,2:15,1:0:0 chr6 28641689 . A G 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0252553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.857;QD=12.2112;RBI=0.0414263;REFB=-0.0301032;REVB=-0.0328375;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195695;STB=0.601612;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.033341;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:9:12:5:8:10:12 chr6 28641694 . T G 107.78 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0403168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8842;QD=13.0638;RBI=0.0541955;REFB=-0.000607478;REVB=-0.0362175;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220785;STB=0.629432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.000539595;OID=.;OPOS=28641694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:8:12:5:8:8:12 chr6 28663703 . G GA 160.43 PASS AF=0.630137;AO=31;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.116996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.50742;QD=8.79083;RBI=0.121744;REFB=-0.0288814;REVB=-0.0336672;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140779;STB=0.557321;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=0.0516256;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630137:31:74:46:73:27:29:17:13:14:64:34:20:11:17:17 chr6 28663716 . A G 1131.23 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00945768;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9901;QD=58.7651;RBI=0.0273185;REFB=-0.00335663;REVB=-0.0256291;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150156;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00149942;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:77:1:1:74:76:0.987013:31:43:0:1:31:45:0:1 chr6 28663754 . T C 1567.49 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.719;QD=63.9793;RBI=0.0250313;REFB=0;REVB=0.0249323;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0559e-05;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:42:54:0:0:44:54:0:0 chr6 28678357 . T C 865.9 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.333;QD=54.9775;RBI=0.0277662;REFB=-0.109725;REVB=0.0094618;RO=3;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014959;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000841933;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:3:1:60:62:0.984127:30:30:1:2:31:31:0:1 chr6 28687469 . G A 115.98 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0811391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3596;QD=13.2546;RBI=0.113742;REFB=0.00679302;REVB=0.07971;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123941;STB=0.521696;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.000627427;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:34:35:18:19:10:10:0.285714:4:6:11:7:4:6:12:7 chr6 28687542 . T C,G 795.15 PASS AF=0.98,0.02;AO=45,2;DP=47;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248412,-0.0068535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.53,78.4829;QD=63.6119;RBI=0.0413528,0.0314377;REFB=0,0;REVB=0.0330601,0.0306816;RO=0;SAF=24,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=6.49177e-05,0.0564203;OID=.,.;OPOS=28687542,28687542;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:47:50:0:0:45,2:49,1:0.98,0.02:21,2:24,0:0:0:25,1:24,0:0:0 chr6 28697086 . C T 569.34 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0116072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.709;QD=30.775;RBI=0.0426822;REFB=-0.0107064;REVB=-0.0410736;RO=23;SAF=27;SAR=23;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147947;STB=0.500544;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00477666;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:23:24:50:50:0.675676:23:27:13:10:23:27:13:11 chr6 28703244 . T C 1330.93 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00427462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.144;QD=59.817;RBI=0.0188555;REFB=0.00398965;REVB=0.0183646;RO=2;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000244681;STB=0.500129;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-4.5728e-05;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:43:44:1:1:43:44:1:1 chr6 28703281 . T C 1230.82 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461261;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.752;QD=61.5408;RBI=0.0149335;REFB=0;REVB=0.0142033;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12759e-05;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr6 28703286 . T C 364.56 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00238299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.776;QD=18.4585;RBI=0.00628407;REFB=-0.00718992;REVB=-0.00581472;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845806;STB=0.576882;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00963554;OID=.;OPOS=28703286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:41:38:38:0.481013:24:14:17:20:24:14:21:20 chr6 28715510 . G T 577.92 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0171306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.427;QD=24.3333;RBI=0.0172014;REFB=-0.0148517;REVB=-0.00155854;RO=41;SAF=33;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129967;STB=0.566614;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0122644;OID=.;OPOS=28715510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:20:33:19:22:20:33:20:22 chr6 28715604 . G C 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7555;QD=59.9943;RBI=0.0335124;REFB=0;REVB=-0.00659893;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191569;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr6 28758510 . G A 300.96 PASS AF=0.613636;AO=25;DP=40;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0671396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.715;QD=27.3601;RBI=0.0673669;REFB=-0.00813096;REVB=0.00552925;RO=15;SAF=3;SAR=22;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.594518;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00372473;OID=.;OPOS=28758510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:15:17:25:27:0.613636:22:3:4:11:22:5:6:11 chr6 28758580 . TTTG T 88.28 PASS AF=0.263158;AO=19;DP=74;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00996746;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=3;MLLD=265.135;QD=4.64636;RBI=0.0160209;REFB=-0.00524994;REVB=0.0125427;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355312;STB=0.631456;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.0162532;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:19:74:20:76:56:10:10:18:38:88:41:10:9:9:32 chr6 28763737 . G A 256.04 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0167176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9495;QD=13.3007;RBI=0.034379;REFB=0.0186781;REVB=0.0300406;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755394;STB=0.529392;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0351459;OID=.;OPOS=28763737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:47:47:29:30:0.38961:11:18:26:21:12:18:26:21 chr6 28763818 . A G 333.36 PASS AF=0.45;AO=33;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0672678;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.338;QD=16.6682;RBI=0.067509;REFB=-0.00116082;REVB=-0.00570199;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285213;STB=0.616376;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00127482;OID=.;OPOS=28763818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:33:36:0.45:20:13:30:14:20:16:29:15 chr6 28770596 . A AC,C 696.38 PASS AF=1,0;AO=43,3;DP=60;FAO=55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230117,0.0696394;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.8838,5.34109;QD=50.6456;RBI=0.272417,0.113028;REFB=0,0;REVB=-0.145797,-0.0890259;RO=13;SAF=29,3;SAR=14,0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.17101,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00109471,0;OID=.,.;OPOS=28770597,28770596;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:55:13:0:43,3:55,0:1,0:14,0:29,3:13:0:14,0:41,0:0:0 chr6 28775664 . C T 345.93 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0117182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.037;QD=11.2496;RBI=0.0124003;REFB=-0.0227693;REVB=0.00405585;RO=80;SAF=17;SAR=26;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201975;STB=0.511604;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0422864;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:26:17:33:47:26:17:33:47 chr6 28779933 . G A 144.61 PASS AF=0.28;AO=20;DP=76;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0390034;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.463;QD=7.71262;RBI=0.0443453;REFB=-0.00841869;REVB=-0.0211007;RO=53;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286266;STB=0.543267;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0226898;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:53:54:20:21:0.28:12:8:20:33:12:9:20:34 chr6 28785085 . C T 732.11 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3094;QD=56.3165;RBI=0.0241646;REFB=0;REVB=-0.00641854;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15553e-05;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:18:34:0:0 chr6 28791134 . G A 727.3 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.54;QD=53.8737;RBI=0.0205358;REFB=-0.0755736;REVB=0.0099147;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00302961;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:1:1:51:53:0.981481:23:28:0:1:24:29:0:1 chr6 28791150 . A C 202.95 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00204063;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5199;QD=12.1163;RBI=0.0131027;REFB=0.00558476;REVB=-0.0129429;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178711;STB=0.610762;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0175472;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:43:42:25:25:0.373134:14:11:26:17:14:11:26:16 chr6 28806218 . G A 410.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5098;QD=56.6716;RBI=0.104268;REFB=0;REVB=0.0933502;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013443;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 28806304 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0124577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.004;QD=19.0583;RBI=0.0134069;REFB=-0.0108112;REVB=0.004955;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263626;STB=0.649838;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00674836;OID=.;OPOS=28806304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:13:6:12:8:13:6:12:8 chr6 28849157 . T C 509.84 PASS AF=0.374233;AO=61;DP=165;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0132539;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5325;QD=12.5114;RBI=0.0591086;REFB=-0.00376764;REVB=-0.0576035;RO=99;SAF=34;SAR=27;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464509;STB=0.536071;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00517107;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:99:102:61:61:0.374233:27:34:51:48:27:34:51:51 chr6 28908928 . T C 707.74 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=107;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0378414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4603;QD=26.4575;RBI=0.0479809;REFB=0.0115374;REVB=-0.0294991;RO=40;SAF=34;SAR=32;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131945;STB=0.566327;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00753976;OID=.;OPOS=28908928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:40:41:66:66:0.616822:32:34:13:27:32:34:14:27 chr6 28911802 . G A 836.69 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0896231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.039;QD=55.7795;RBI=0.114157;REFB=-0.0122313;REVB=0.070707;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00197803;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:1:0 chr6 28912076 . C T 207.77 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00811211;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.146;QD=9.13287;RBI=0.0119501;REFB=-0.00609461;REVB=0.00877493;RO=64;SAF=10;SAR=17;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227858;STB=0.634641;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0166752;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:64:64:27:27:0.296703:17:10:36:28:17:10:36:28 chr6 28918795 . T C 626.67 PASS AF=0.525;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0394425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7592;QD=20.8888;RBI=0.0590026;REFB=-0.0155611;REVB=0.0438817;RO=54;SAF=32;SAR=31;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713657;STB=0.533764;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0130162;OID=.;OPOS=28918795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:54:57:63:63:0.525:31:32:32:22:31:32:33:24 chr6 28918868 . C T 822.63 PASS AF=0.57037;AO=76;DP=135;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0388701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0793;QD=24.3743;RBI=0.0398889;REFB=-0.0145182;REVB=-0.00895777;RO=59;SAF=40;SAR=36;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265512;STB=0.508315;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0101596;OID=.;OPOS=28918868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:59:58:76:77:0.57037:36:40:33:26:36:41:32:26 chr6 28945520 . G A 195.29 PASS AF=0.27;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00472163;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.569;QD=7.81145;RBI=0.00960222;REFB=-0.00488671;REVB=-0.00836115;RO=70;SAF=12;SAR=15;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673965;STB=0.545623;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0125344;OID=.;OPOS=28945520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:70:73:27:27:0.27:15:12:35:35:15:12:37:36 chr6 28949529 . A G 267.34 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0196725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6417;QD=9.99382;RBI=0.0289518;REFB=0.00452888;REVB=0.0212415;RO=71;SAF=10;SAR=25;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124587;STB=0.56919;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0150093;OID=.;OPOS=28949529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:72:35:35:0.327103:25:10:27:44:25:10:27:45 chr6 28949963 . A G 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00157389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.454;QD=19.0236;RBI=0.0314252;REFB=-0.00944405;REVB=-0.0313857;RO=34;SAF=30;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370964;STB=0.705744;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00905285;OID=.;OPOS=28949963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:5:30:19:15:5:30:20:15 chr6 28949968 . C T 330.71 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0119562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2526;QD=18.3726;RBI=0.0357937;REFB=-0.0177243;REVB=0.0337378;RO=35;SAF=30;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336757;STB=0.697542;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0170971;OID=.;OPOS=28949968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:37:35:35:0.486111:5:30:21:14:5:30:22:15 chr6 28949974 . C G 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00279149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.938;QD=20.3056;RBI=0.0127765;REFB=-0.00580498;REVB=-0.0124678;RO=38;SAF=32;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22472;STB=0.625781;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00259153;OID=.;OPOS=28949974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:8:32:23:15:8:32:23:15 chr6 28963248 . T G 3063.94 PASS AF=0.990148;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00469861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8545;QD=60.3731;RBI=0.0202162;REFB=-0.101985;REVB=0.0196626;RO=2;SAF=114;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128337;STB=0.500674;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000451242;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:203:2:2:201:201:0.990148:87:114:1:1:87:114:1:1 chr6 29012250 . G A 1056.58 PASS AF=0.572254;AO=99;DP=174;FAO=99;FDP=173;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00848585;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2037;QD=24.4295;RBI=0.0160028;REFB=0.00802703;REVB=0.0135677;RO=73;SAF=42;SAR=57;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216448;STB=0.508266;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00852958;OID=.;OPOS=29012250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:73:74:99:99:0.572254:57:42:29:44:57:42:30:44 chr6 29012541 . G C 504.04 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00722441;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.364;QD=18.4969;RBI=0.00755186;REFB=-0.0155359;REVB=0.00219963;RO=55;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677405;STB=0.53286;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0142495;OID=.;OPOS=29012541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:55:56:53:53:0.486239:28:25:30:25:28:25:30:26 chr6 29068759 . C A 2668.67 PASS AF=1;AO=171;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418742;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9136;QD=62.4249;RBI=0.0441787;REFB=0;REVB=-0.0140821;RO=0;SAF=99;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468938;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:171:0:0:171:171:1:72:99:0:0:72:99:0:0 chr6 29069337 . A T 3864.79 PASS AF=0.995902;AO=213;DP=246;FAO=243;FDP=244;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=136;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.13;QD=63.3573;RBI=0.0627267;REFB=0;REVB=0.0625584;RO=0;SAF=131;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144455;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:246:244:0:0:213:243:0.995902:82:131:0:0:107:136:0:0 chr6 29080344 . G A 3477.31 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0451;QD=62.6543;RBI=0.0158399;REFB=0;REVB=0.0152934;RO=0;SAF=121;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09826e-05;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:222:0:0:221:222:1:100:121:0:0:101:121:0:0 chr6 29080349 . A G 3369.97 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.512;QD=62.1193;RBI=0.0188669;REFB=0;REVB=0.0183889;RO=0;SAF=117;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89442e-05;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:216:217:1:99:117:0:0:99:118:0:0 chr6 29080450 . G A 2963.65 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612108;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6899;QD=63.3937;RBI=0.0185123;REFB=0;REVB=0.0174711;RO=0;SAF=111;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370525;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:187:0:0:187:187:1:76:111:0:0:76:111:0:0 chr6 29080552 . C G 826.47 PASS AF=0.557971;AO=76;DP=137;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0325206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2812;QD=23.9556;RBI=0.0395332;REFB=0.00896956;REVB=-0.0224784;RO=61;SAF=39;SAR=37;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974312;STB=0.555541;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00653421;OID=.;OPOS=29080552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:61:61:76:77:0.557971:37:39:24:37:37:40:24:37 chr6 29141743 . A G 4202.83 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468218;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1836;QD=62.7287;RBI=0.0532233;REFB=0;REVB=0.025307;RO=0;SAF=119;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103572;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:268:0:0:267:268:1:148:119:0:0:148:120:0:0 chr6 29141772 . A G 4001.75 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319658;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.562;QD=62.0426;RBI=0.0335184;REFB=-0.0694697;REVB=0.0100832;RO=1;SAF=114;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471874;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:258:1:0:258:258:1:144:114:1:0:144:114:0:0 chr6 29323259 . G A 897.85 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.078;QD=57.9258;RBI=0.0864219;REFB=0;REVB=0.0846377;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28865e-05;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:56:62:1:28:28:0:0:34:28:0:0 chr6 29323905 . A C 298.53 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0514032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1668;QD=18.6578;RBI=0.0702311;REFB=0.00552419;REVB=0.0478552;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145798;STB=0.580923;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00343592;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:23:9:14:18:23:9 chr6 29342630 . C T 260.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.015036;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.285;QD=11.9794;RBI=0.015224;REFB=-0.0123826;REVB=0.00238504;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218994;STB=0.512622;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0190038;OID=.;OPOS=29342630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:56:56:31:31:0.356322:16:15:26:30:16:15:26:30 chr6 29342825 . G A 538.47 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0222923;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.018;QD=18.8938;RBI=0.0229111;REFB=-0.0191237;REVB=-0.00528891;RO=58;SAF=20;SAR=36;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152199;STB=0.584385;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0189718;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:36:20:30:28:36:20:30:28 chr6 29364787 . C T 2230.0 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0741027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9819;QD=62.3775;RBI=0.0791152;REFB=0.00509773;REVB=0.0277128;RO=1;SAF=66;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714971;STB=0.503759;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000363425;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:143:1:1:140:142:0.993007:74:66:1:0:76:66:1:0 chr6 29385237 . T C 2296.54 PASS AF=0.929825;AO=159;DP=171;FAO=159;FDP=171;FR=.;FRO=12;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0214069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2699;QD=53.7203;RBI=0.0295148;REFB=-0.00879826;REVB=0.0203192;RO=7;SAF=76;SAR=83;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154472;STB=0.501547;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0066519;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:171:171:7:12:159:159:0.929825:83:76:2:5:83:76:6:6 chr6 29523676 . C G 840.16 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3649;QD=56.0105;RBI=0.0741435;REFB=-0.0632939;REVB=-0.0228004;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788801;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:0:0:58:60:1:31:27:0:0:32:28:0:0 chr6 29523952 . A G 3633.82 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177448;FXX=0.00858332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8186;QD=62.9234;RBI=0.0315106;REFB=-0.0678872;REVB=0.0260392;RO=1;SAF=119;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185403;OID=.;OPOS=29523952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:233:231:1:0:231:231:1:112:119:0:1:112:119:0:0 chr6 29555778 . A G 3074.84 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793894;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0792;QD=62.7518;RBI=0.0288589;REFB=-0.0406408;REVB=0.0277454;RO=0;SAF=104;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103278;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:187:196:0:0:185:196:1:81:104:0:0:88:108:0:0 chr6 29555809 . C T 3130.43 PASS AF=0.990338;AO=204;DP=207;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0557652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.801;QD=60.4913;RBI=0.0687992;REFB=-0.058542;REVB=0.0402936;RO=2;SAF=116;SAR=88;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814112;STB=0.504237;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00297333;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:207:207:2:2:204:205:0.990338:88:116:2:0:88:117:2:0 chr6 29625001 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2264;QD=63.5813;RBI=0.00138677;REFB=0;REVB=0.000198604;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48229e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr6 29634012 . A G 1512.22 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043882;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.319;QD=59.89;RBI=0.0217303;REFB=0;REVB=0.0212826;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09804e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr6 29691857 . C G 86.32 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.023484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.423;QD=12.3316;RBI=0.0263069;REFB=-0.00566175;REVB=0.0118555;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143835;STB=0.596829;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0121267;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:8:3:6:9:8:3:7:10 chr6 29692050 . C T 553.67 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00979415;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.327;QD=21.9274;RBI=0.0108626;REFB=-0.0188158;REVB=-0.00469786;RO=47;SAF=22;SAR=33;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337253;STB=0.514518;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0138544;OID=.;OPOS=29692050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:46:55:55:0.544554:33:22:17:30:33:22:17:29 chr6 29693011 . C T 556.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8887;QD=60.1501;RBI=0.0409325;REFB=0;REVB=0.0242162;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145212;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr6 29693765 . C G 218.35 PASS AF=0.281818;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=110;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.0256873;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.737;QD=7.94002;RBI=0.0287224;REFB=-0.00196897;REVB=-0.0128506;RO=79;SAF=20;SAR=11;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324813;STB=0.519303;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00299426;OID=.;OPOS=29693765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:79:79:31:31:0.281818:11:20:49:30:11:20:49:30 chr6 29695854 . G A 255.64 PASS AF=0.299145;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0114926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2542;QD=8.73996;RBI=0.0496188;REFB=0.00431809;REVB=0.0482695;RO=80;SAF=20;SAR=15;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172554;STB=0.592181;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00943397;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:82:35:35:0.299145:15:20:34:46:15:20:36:46 chr6 29759517 . G A 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00570611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.69;QD=21.2932;RBI=0.00701875;REFB=-0.0175803;REVB=0.00408695;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678905;STB=0.521423;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0195608;OID=.;OPOS=29759517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:25:25:25:0.5:9:16:13:10:9:16:15:10 chr6 29759811 . C G 123.86 PASS AF=0.3125;AO=12;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0463236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.171;QD=10.3212;RBI=0.0477912;REFB=-0.0205438;REVB=-0.0117527;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.512518;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0624651;OID=.;OPOS=29759811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:33:12:15:0.3125:7:5:15:7:8:7:16:17 chr6 29759823 . TT CC 115.38 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0041992;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=2;MLLD=243.915;QD=10.2562;RBI=0.00625178;REFB=-0.00582846;REVB=0.00463158;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184762;STB=0.511095;STBP=0.947;TYPE=mnp;VARB=0.0136975;OID=.;OPOS=29759823;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:16:15:7:7:16:15 chr6 29759876 . G A 176.96 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0140789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.455;QD=14.7469;RBI=0.0148878;REFB=0.00637151;REVB=0.00484045;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227499;STB=0.63144;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00819057;OID=.;OPOS=29759876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:17:12:12:7:17:12 chr6 29759885 . G A 140.25 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0039207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.577;QD=12.7501;RBI=0.00877597;REFB=-0.0218153;REVB=-0.00785149;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966188;STB=0.584641;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0265501;OID=.;OPOS=29759885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:28:15:16:0.363636:8:7:15:12:9:7:16:12 chr6 29759923 . T C 157.47 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.019059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2018;QD=16.5759;RBI=0.0223355;REFB=0.0109748;REVB=0.0116459;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872856;STB=0.549942;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0168315;OID=.;OPOS=29759923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:13:8:8:9:13:8 chr6 29759996 . T C 367.47 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0265938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0484;QD=34.997;RBI=0.0499674;REFB=-0.0526707;REVB=-0.0423027;RO=12;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141052;STB=0.576871;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0111441;OID=.;OPOS=29759996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:18:12:8:4:18:12:8:4 chr6 29760352 . CGCGGGCGCCGTGGATGGAGCA C 64.53 PASS AF=0.32;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0058825;FXX=0.264628;HRUN=1;LEN=21;MLLD=383.996;QD=10.3241;RBI=0.0544121;REFB=-0.0186898;REVB=-0.0540932;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380042;STB=0.571265;STBP=0.725;TYPE=del;VARB=0.0468989;OID=.;OPOS=29760353;OREF=GCGGGCGCCGTGGATGGAGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:8:32:8:25:17:6:2:14:3:64:9:6:2:9:0 chr6 29764938 . TT CA 55.36 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.00132314;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.646;QD=1.94248;RBI=0.00548776;REFB=-0.00219172;REVB=0.00532586;RO=101;SAF=5;SAR=8;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192522;STB=0.639788;STBP=0.317;TYPE=mnp;VARB=0.0214727;OID=.;OPOS=29764938;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:115:114:101:101:13:13:0.114035:8:5:55:46:8:5:55:46 chr6 29764955 . A T 57.56 PASS AF=0.112903;AO=14;DP=125;FAO=14;FDP=124;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0149663;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.526;QD=1.85672;RBI=0.0415619;REFB=-0.0042265;REVB=-0.0387737;RO=110;SAF=5;SAR=9;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216379;STB=0.657312;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0417809;OID=.;OPOS=29764955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:125:124:110:110:14:14:0.112903:9:5:59:51:9:5:59:51 chr6 29764971 . A G 61.83 PASS AF=0.114504;AO=15;DP=131;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.0346603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6436;QD=1.88789;RBI=0.0350456;REFB=0.000355009;REVB=0.00518227;RO=114;SAF=5;SAR=10;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235589;STB=0.676534;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00124276;OID=.;OPOS=29764971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:131:131:114:116:15:15:0.114504:10:5:60:54:10:5:62:54 chr6 29764995 . TC GA 74.63 PASS AF=0.125926;AO=17;DP=135;FAO=17;FDP=135;FR=.;FRO=118;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.0214062;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=222.381;QD=2.21132;RBI=0.0423271;REFB=-0.00355664;REVB=0.0365151;RO=117;SAF=7;SAR=10;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197815;STB=0.640865;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.0315933;OID=.;OPOS=29764995;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:135:135:117:118:17:17:0.125926:10:7:67:50:10:7:68:50 chr6 29765001 . G A 428.22 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0328922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.934;QD=12.9764;RBI=0.0418954;REFB=-0.0260238;REVB=0.0259485;RO=82;SAF=31;SAR=19;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10748;STB=0.561149;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0368385;OID=.;OPOS=29765001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:82:82:50:50:0.378788:19:31:43:39:19:31:43:39 chr6 29794860 . C T 1061.68 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0909;QD=59.8129;RBI=0.010973;REFB=0;REVB=0.00788993;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61223e-05;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:36:35:0:0 chr6 29795636 . G A 882.14 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029851;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8332;QD=55.1339;RBI=0.0896169;REFB=-0.032088;REVB=0.0844992;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0064138;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:60:63:0.984375:30:30:1:0:32:31:1:0 chr6 29795657 . G A 697.12 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0846886;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7868;QD=54.6762;RBI=0.0972217;REFB=-0.107878;REVB=0.0477483;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00209433;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:25:24:0:0:25:25:1:0 chr6 29795993 . G A 742.88 PASS AF=0.979167;AO=40;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205575;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.405;QD=61.9065;RBI=0.0629839;REFB=-0.111357;REVB=0.0595345;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000584338;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:2:1:40:47:0.979167:17:23:1:1:24:23:0:1 chr6 29796327 . C T 289.85 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00765825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.573;QD=18.1158;RBI=0.0243719;REFB=-0.00844218;REVB=-0.0231374;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289507;STB=0.531231;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0145919;OID=.;OPOS=29796327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:31:32:0.5:15:16:17:14:16:16:18:14 chr6 29796369 . A T 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0184779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7501;QD=16.3807;RBI=0.0356818;REFB=-0.0070385;REVB=-0.0305247;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614812;STB=0.540519;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00910971;OID=.;OPOS=29796369;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:37:37:0.440476:17:20:22:24:17:20:22:25 chr6 29797280 . G A 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00419531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.239;QD=18.6421;RBI=0.0341553;REFB=-0.0417528;REVB=0.0338966;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185034;STB=0.60673;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0508352;OID=.;OPOS=29797280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:3:11:8:5:3:11:8:5 chr6 29797639 . C T 728.46 PASS AF=0.632075;AO=67;DP=107;FAO=67;FDP=106;FR=.;FRO=39;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00101293;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.479;QD=27.4892;RBI=0.0100409;REFB=-0.00623277;REVB=0.00998969;RO=39;SAF=43;SAR=24;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562931;STB=0.530535;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00398771;OID=.;OPOS=29797639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:39:39:67:67:0.632075:24:43:22:17:24:43:22:17 chr6 29797696 . A G 1722.93 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967913;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5819;QD=60.4537;RBI=0.0602825;REFB=0;REVB=-0.0595004;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238301;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:53:59:0:0:54:60:0:0 chr6 29798140 . A G 531.43 PASS AF=0.623377;AO=47;DP=76;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00310205;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.66;QD=27.607;RBI=0.00510721;REFB=-0.0251745;REVB=-0.0040572;RO=27;SAF=23;SAR=24;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118702;STB=0.566011;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00998014;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:27:29:47:48:0.623377:24:23:18:9:25:23:19:10 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 970.12 PASS AF=0.444444,0.0833333,0.472222;AO=27,6,26;DP=68;FAO=32,6,34;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=10,5,22;FSAR=22,1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320735,0.00366983,-0.00699462;FXX=0.0649266;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=197.375,64.4657,145.481;QD=53.8956;RBI=0.0320747,0.0112397,0.0071282;REFB=0,0,0;REVB=0.000280965,-0.0106237,-0.00137353;RO=0;SAF=5,6,15;SAR=22,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000170178,0.0290999,0.0227631;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.444444,0.0833333,0.472222:27,6,26:68:32,6,34:72:0:10,5,22:22,1,12:0:0:99:0:5,6,15:22,0,11:0:0 chr6 29856347 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.114;QD=59.6795;RBI=0.0374044;REFB=0;REVB=0.0302012;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76645e-05;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr6 29856633 . T C 190.84 PASS AF=0.252174;AO=28;DP=113;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.00246002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3494;QD=6.63806;RBI=0.045393;REFB=0.00628404;REVB=-0.0453262;RO=85;SAF=20;SAR=8;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157954;STB=0.570242;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0204146;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:85:86:28:29:0.252174:8:20:51:34:9:20:52:34 chr6 29856655 . G C 828.93 PASS AF=0.682243;AO=73;DP=107;FAO=73;FDP=107;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0182675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.269;QD=30.9881;RBI=0.0273686;REFB=-0.0147587;REVB=-0.0203799;RO=33;SAF=36;SAR=37;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827392;STB=0.548836;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00732716;OID=.;OPOS=29856655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:33:34:73:73:0.682243:37:36:21:12:37:36:22:12 chr6 29856718 . G C 459.43 PASS AF=0.368056;AO=53;DP=145;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00461058;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8896;QD=12.762;RBI=0.0419184;REFB=0.00648736;REVB=0.0416641;RO=89;SAF=30;SAR=23;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10393;STB=0.55918;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00987826;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:89:91:53:53:0.368056:23:30:42:47:23:30:43:48 chr6 29910337 . G A 218.91 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0115885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.717;QD=11.675;RBI=0.0272156;REFB=-0.00429701;REVB=0.0246251;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273649;STB=0.528225;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00410736;OID=.;OPOS=29910337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:48:27:27:0.36:13:14:25:21:13:14:27:21 chr6 29910358 . C G 166.91 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0377241;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.971;QD=9.96505;RBI=0.0579941;REFB=-0.0342815;REVB=0.0440478;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516989;STB=0.53728;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0697818;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:44:45:22:22:0.328358:11:11:24:20:11:11:25:20 chr6 29910371 . C T 325.22 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.116988;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6689;QD=22.049;RBI=0.117009;REFB=-0.0147111;REVB=-0.00224169;RO=20;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447923;STB=0.5236;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0212359;OID=.;OPOS=29910371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:26:33:33:0.559322:16:17:9:11:16:17:12:14 chr6 29910557 . TT AC,TC 104.15 PASS AF=0.6,0.4;AO=6,4;DP=11;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520852,-0.0711043;FXX=0.0908265;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=72.2911,42.9915;QD=41.6603;RBI=0.053167,0.0715376;REFB=0,0;REVB=0.0106704,-0.00786144;RO=0;SAF=2,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.012523,-0.0263449;OID=.,.;OPOS=29910557,29910558;OREF=TT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:11:10:0:0:6,4:6,4:0.6,0.4:4,1:2,3:0:0:4,1:2,3:0:0 chr6 29910698 . G A 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0214126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.905;QD=33.3165;RBI=0.0216306;REFB=-0.0350291;REVB=-0.00306342;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104481;STB=0.505716;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0102331;OID=.;OPOS=29910698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:5:5:12:13:5:5 chr6 29910703 . G T 275.61 PASS AF=0.705882;AO=19;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.012306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.726;QD=32.4246;RBI=0.0123079;REFB=-0.0135354;REVB=0.00021833;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238846;OID=.;OPOS=29910703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:10:10:19:24:0.705882:7:12:5:5:12:12:5:5 chr6 29910717 . A G 39.81 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=39;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0194124;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.597;QD=4.42343;RBI=0.0292621;REFB=-0.0173093;REVB=-0.0218958;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.727986;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0633751;OID=.;OPOS=29910717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:39:36:28:28:11:8:0.222222:5:6:13:15:2:6:13:15 chr6 29910721 . G C 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.009158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.091;QD=6.20611;RBI=0.0207531;REFB=-0.00212954;REVB=-0.0186231;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868355;STB=0.568031;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0106159;OID=.;OPOS=29910721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:4:5:14:15:4:5:14:16 chr6 29910730 . T A 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0267137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.795;QD=6.84938;RBI=0.0275528;REFB=-0.00906514;REVB=-0.00674781;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192755;STB=0.512171;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0138284;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:15:16:5:5:15:16 chr6 29910742 . G C 326.45 PASS AF=0.75;AO=26;DP=35;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00758784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.671;QD=36.2719;RBI=0.0102114;REFB=-0.0220911;REVB=0.00683349;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964714;STB=0.555514;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00490695;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:9:9:26:27:0.75:14:12:6:3:15:12:6:3 chr6 29910750 . C T 346.35 PASS AF=0.777778;AO=27;DP=35;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00887456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.592;QD=38.4836;RBI=0.0408338;REFB=-0.0445191;REVB=0.0398577;RO=8;SAF=12;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760892;STB=0.543968;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.013409;OID=.;OPOS=29910750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:8:8:27:28:0.777778:15:12:5:3:16:12:5:3 chr6 29911063 . TA GG,TG 694.37 PASS AF=0.565217,0.434783;AO=26,19;DP=47;FAO=26,20;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14,8;FSAR=12,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148173,-0.0316528;FXX=0.0212721;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=76.2121,80.9199;QD=60.3803;RBI=0.0277363,0.0518663;REFB=0,0;REVB=-0.0276967,-0.0410878;RO=0;SAF=14,8;SAR=12,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00954258,0.0151719;OID=.,.;OPOS=29911063,29911064;OREF=TA,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:46:0:0:26,19:26,20:0.565217,0.434783:12,11:14,8:0:0:12,12:14,8:0:0 chr6 29911069 . A C 49.08 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00283408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.479;QD=4.00618;RBI=0.06225;REFB=0.00508999;REVB=-0.0621854;RO=40;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364361;STB=0.756939;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0406309;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:2:6:18:22:2:6:18:23 chr6 29911086 . T C 153.77 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0282621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3584;QD=11.6055;RBI=0.0302815;REFB=-0.00975599;REVB=-0.010873;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.532224;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0236832;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:16:18:11:8:16:18 chr6 29911114 . G A 599.44 PASS AF=0.816667;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0709527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0732;QD=39.9625;RBI=0.0928667;REFB=0.00318072;REVB=0.0599161;RO=11;SAF=20;SAR=29;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481144;STB=0.525791;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000251015;OID=.;OPOS=29911114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:11:11:49:49:0.816667:29:20:6:5:29:20:6:5 chr6 29911124 . C T 184.96 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0534387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0184;QD=12.1287;RBI=0.0636055;REFB=-0.00432777;REVB=0.0344959;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062367;STB=0.536051;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0083215;OID=.;OPOS=29911124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:17:21:14:9:17:21 chr6 29911149 . C T 266.25 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0546338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8003;QD=15.8955;RBI=0.061741;REFB=-0.00867795;REVB=0.0287593;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115887;STB=0.565611;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0128126;OID=.;OPOS=29911149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:21:9:15:22:21:9:15:22 chr6 29911203 . A C 803.14 PASS AF=0.983051;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00480601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8105;QD=54.4504;RBI=0.0506845;REFB=-0.0200534;REVB=0.0504562;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00402758;OID=.;OPOS=29911203;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:59:0:1:54:58:0.983051:36:18:0:0:40:18:1:0 chr6 29911218 . G A 132.25 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0131441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.585;QD=9.9813;RBI=0.0135217;REFB=-0.0109631;REVB=-0.00317328;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520459;STB=0.513498;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0841883;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:12:5:9:26:12:5:10:26 chr6 29911225 . A G 352.08 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0601628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.926;QD=28.7415;RBI=0.0634919;REFB=-0.0218465;REVB=-0.0202893;RO=19;SAF=6;SAR=24;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116854;STB=0.56466;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0154754;OID=.;OPOS=29911225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:24:6:6:13:24:6:6:13 chr6 29911228 . A T 269.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0252118;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7626;QD=22.4779;RBI=0.0271032;REFB=-0.0284699;REVB=0.00994719;RO=23;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768379;STB=0.543174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0317172;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:20:5:6:17:20:5:6:17 chr6 29911240 . T G 151.39 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.037011;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5029;QD=12.3583;RBI=0.0435091;REFB=0.0178259;REVB=-0.0228742;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173489;STB=0.510192;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0374961;OID=.;OPOS=29911240;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:12:5:9:23:12:5:9:23 chr6 29911256 . T G 774.78 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.719;QD=63.2474;RBI=0.0841272;REFB=0;REVB=0.0572266;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180523;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:40:49:1:25:15:0:0:32:17:0:0 chr6 29911296 . G A 43.17 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.0107083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.964;QD=2.39823;RBI=0.022998;REFB=-0.00960993;REVB=-0.0203529;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223904;STB=0.659886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0539589;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:62:63:9:9:0.125:5:4:17:45:5:4:17:46 chr6 29911306 . C T 57.09 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0102227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.233;QD=3.12819;RBI=0.0228244;REFB=-0.00254237;REVB=-0.0204072;RO=61;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20952;STB=0.644096;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0166389;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:61:62:11:11:0.150685:6:5:18:43:6:5:18:44 chr6 29911307 . G A 72.45 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0355193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5969;QD=3.91597;RBI=0.0638442;REFB=-0.00613113;REVB=0.0530514;RO=61;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552279;STB=0.503644;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0264385;OID=.;OPOS=29911307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:61:61:13:13:0.175676:9:4:19:42:9:4:19:42 chr6 29911319 . G T 175.68 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00194744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.757;QD=10.1842;RBI=0.0141145;REFB=-0.0237038;REVB=0.0139795;RO=46;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027582;STB=0.516115;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0547956;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:15:8:15:31:15:8:15:31 chr6 29911925 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0153338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8671;QD=21.1693;RBI=0.0157093;REFB=-0.0396689;REVB=0.00341389;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00680431;OID=.;OPOS=29911925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:4:3:2:0:4:3:2:1 chr6 29912070 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00438213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.977;QD=10.1734;RBI=0.0183099;REFB=0.0102877;REVB=0.0177778;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0421382;OID=.;OPOS=29912070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:3:6:1:5:3:6 chr6 29912087 . G T 84.71 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00266304;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.711;QD=19.9326;RBI=0.154311;REFB=-0.0158305;REVB=0.154288;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318367;STB=0.681477;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0320458;OID=.;OPOS=29912087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:6:1:6:4:6:1 chr6 29912108 . G C 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0500514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5021;QD=28.7627;RBI=0.0943221;REFB=0.0414528;REVB=0.0799469;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239568;STB=0.631839;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00736713;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:8:1:10:9:8:1 chr6 29912149 . G C 152.8 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00340243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.31;QD=13.5825;RBI=0.0162508;REFB=-0.00627856;REVB=0.0158907;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358321;STB=0.714764;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.015687;OID=.;OPOS=29912149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:19:8:11:6:20:8 chr6 29912280 . T C 617.03 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235632;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.254;QD=61.703;RBI=0.034589;REFB=0;REVB=-0.0253214;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65437e-06;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 29912290 . G T 130.07 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0104015;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.075;QD=13.0068;RBI=0.0151281;REFB=-0.0245246;REVB=0.0109848;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113102;STB=0.525739;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0377937;OID=.;OPOS=29912290;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:5:9:13:11:6:9:14:11 chr6 29912315 . A C 315.27 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0114869;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.926;QD=34.0832;RBI=0.0150771;REFB=-0.0264703;REVB=0.00976579;RO=11;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332647;STB=0.518187;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0140593;OID=.;OPOS=29912315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:11:11:26:26:0.702703:11:15:7:4:11:15:7:4 chr6 29912326 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0114298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.983;QD=10.8236;RBI=0.0432255;REFB=-0.00932204;REVB=-0.0416869;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493599;STB=0.529364;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.013111;OID=.;OPOS=29912326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:18:5:3:9:18:5 chr6 29912333 . C T 555.7 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3185;QD=60.0752;RBI=0.0689462;REFB=0;REVB=-0.0588968;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283478;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr6 29912345 . A T 94.21 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.047048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.446;QD=10.4681;RBI=0.0843132;REFB=-0.0144078;REVB=-0.0699658;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213991;STB=0.624826;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.03507;OID=.;OPOS=29912345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:3:9:21:3:3:9:21:3 chr6 29912348 . A G 523.8 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256303;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6329;QD=59.8628;RBI=0.0412064;REFB=0;REVB=-0.0322654;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260108;OID=.;OPOS=29912348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:6:29:0:0:6:29:0:0 chr6 29912368 . C T 485.35 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.305;QD=57.0998;RBI=0.058637;REFB=0;REVB=-0.0441461;RO=1;SAF=28;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96531e-05;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:5:28:1:0:5:29:0:0 chr6 29912373 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.0220273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3072;QD=9.82076;RBI=0.119939;REFB=-0.01235;REVB=-0.117899;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320002;STB=0.68479;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0244163;OID=.;OPOS=29912373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:21:2:3:8:21:2 chr6 29912398 . A G,T 379.8 PASS AF=0.607143,0.392857;AO=17,11;DP=28;FAO=17,11;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15,9;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288168,-0.00475181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.262,60.9126;QD=54.2577;RBI=0.0304552,0.052755;REFB=0,0;REVB=0.00985442,0.0525405;RO=0;SAF=15,9;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.95117e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0364284,0.00821147;OID=.,.;OPOS=29912398,29912398;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:28:28:0:0:17,11:17,11:0.607143,0.392857:2,2:15,9:0:0:2,2:15,9:0:0 chr6 29912405 . G A 123.02 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.041698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.366;QD=16.4025;RBI=0.050212;REFB=-0.0746765;REVB=-0.0279737;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31094;STB=0.72181;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0333504;OID=.;OPOS=29912405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:1:13:11:3:1:13:12:4 chr6 29912413 . TGGGGTC TGGGTC,TGGGTCG 300.39 PASS AF=1,0;AO=21,3;DP=26;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0905664,-0.108117;FXX=0.0384468;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=19.7187,33.7999;QD=48.0629;RBI=0.189099,0.13059;REFB=0,0;REVB=-0.166001,-0.0732414;RO=1;SAF=18,3;SAR=3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.361702,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0249712,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0142078,0;OID=.,.;OPOS=29912414,29912417;OREF=G,GTC;OALT=-,TCG;OMAPALT=TGGGTC,TGGGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,3:26:25,0:25:0:21,0:4,0:0:0:3:1:18,3:3,0:1:0 chr6 29912830 . T C 658.89 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.134;QD=59.8995;RBI=0.0484774;REFB=-0.251218;REVB=0.0061658;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00189214;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:44:1:1:40:43:0.977273:17:23:1:0:17:26:1:0 chr6 29912852 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.564;QD=60.9786;RBI=0.0493811;REFB=0;REVB=0.0485481;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233631;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 29912856 . A T 575.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8084;QD=60.6053;RBI=0.064922;REFB=0;REVB=-0.024905;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455892;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr6 29913001 . T C 587.59 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-1.29173e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8046;QD=31.7616;RBI=0.0914333;REFB=0.0509099;REVB=0.0914333;RO=23;SAF=19;SAR=32;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637605;STB=0.534507;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0199171;OID=.;OPOS=29913001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:23:23:51:51:0.689189:32:19:11:12:32:19:11:12 chr6 29913020 . G T 177.77 PASS AF=0.292683;AO=23;DP=81;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0161248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.842;QD=8.67156;RBI=0.0494699;REFB=-0.016612;REVB=-0.0467682;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129078;STB=0.560926;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0356974;OID=.;OPOS=29913020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:58:58:23:24:0.292683:11:12:24:34:12:12:24:34 chr6 29913037 . G A 587.11 PASS AF=0.68;AO=49;DP=76;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.029786;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.019;QD=31.3125;RBI=0.0307848;REFB=0.0168214;REVB=0.00777809;RO=24;SAF=21;SAR=28;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439064;STB=0.522237;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0079073;OID=.;OPOS=29913037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:24:24:49:51:0.68:28:21:12:12:29:22:12:12 chr6 29913042 . C T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.056;QD=58.4205;RBI=0.0227691;REFB=-0.0890832;REVB=0.0116821;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000252549;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:0:1:39:33:0:1 chr6 29913067 . T C 917.65 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5449;QD=57.3531;RBI=0.0534609;REFB=0;REVB=0.0391791;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036148;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:33:29:0:0:33:31:0:0 chr6 29913074 . A G 888.13 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.056;QD=57.2988;RBI=0.0656329;REFB=0;REVB=0.020269;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426314;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:50:62:1:23:27:0:0:32:30:0:0 chr6 29913075 . C G 41.58 PASS AF=0.16129;AO=9;DP=61;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0230951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.302;QD=2.68277;RBI=0.025314;REFB=-0.0404637;REVB=0.010364;RO=52;SAF=0;SAR=9;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705821;STB=0.893232;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.217476;OID=.;OPOS=29913075;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:62:52:52:9:10:0.16129:9:0:29:23:9:1:29:23 chr6 29913078 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.238;QD=57.3851;RBI=0.0141777;REFB=0;REVB=-0.00483252;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2553e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr6 29913266 . G T 1598.94 PASS AF=0.918699;AO=110;DP=119;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0069273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7553;QD=51.9981;RBI=0.0658354;REFB=-0.0359435;REVB=0.0654699;RO=9;SAF=72;SAR=38;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557372;STB=0.5234;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00367738;OID=.;OPOS=29913266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:119:123:9:10:110:113:0.918699:38:72:9:0:41:72:9:1 chr6 29913298 . A T 533.18 PASS AF=0.459677;AO=56;DP=123;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.033513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2545;QD=17.1994;RBI=0.0414288;REFB=-0.0165791;REVB=-0.0243563;RO=66;SAF=33;SAR=23;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477561;STB=0.517154;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0226713;OID=.;OPOS=29913298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:66:67:56:57:0.459677:23:33:42:24:23:34:42:25 chr6 29976099 . T C 65.02 PASS AF=0.25;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0443854;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.147;QD=7.2239;RBI=0.0511034;REFB=-0.0259935;REVB=-0.0253277;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13055;STB=0.556839;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.053839;OID=.;OPOS=29976099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:34:36:21:27:9:9:0.25:4:5:14:7:4:5:17:10 chr6 29976114 . C A 127.58 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0499147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8249;QD=11.8679;RBI=0.0901756;REFB=-0.0210258;REVB=0.0751011;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820829;STB=0.504848;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0439472;OID=.;OPOS=29976114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:17:11:6:9:17:11 chr6 29976838 . A G 1385.58 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000536784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3658;QD=60.2426;RBI=0.0166172;REFB=-0.0243972;REVB=-0.0166085;RO=2;SAF=57;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163394;STB=0.508619;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00308396;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:33:57:2:0:33:57:2:0 chr6 29976842 . T G 326.89 PASS AF=0.37;AO=35;DP=99;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.065732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9632;QD=13.0754;RBI=0.0860036;REFB=-0.0274941;REVB=-0.0554609;RO=62;SAF=21;SAR=14;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589275;STB=0.543283;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0488751;OID=.;OPOS=29976842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:63:35:37:0.37:14:21:34:28:14:23:35:28 chr6 29977082 . T G 578.12 PASS AF=0.351485;AO=71;DP=202;FAO=71;FDP=202;FR=.;FRO=131;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.00487233;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.691;QD=11.448;RBI=0.00724996;REFB=-0.000507502;REVB=-0.00536864;RO=131;SAF=33;SAR=38;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962253;STB=0.554845;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00101443;OID=.;OPOS=29977082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:131:131:71:71:0.351485:38:33:72:59:38:33:72:59 chr6 29977145 . G C 1559.31 PASS AF=0.567568;AO=145;DP=258;FAO=147;FDP=259;FR=.;FRO=112;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0159897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.458;QD=24.082;RBI=0.0166261;REFB=-0.019215;REVB=0.00455573;RO=109;SAF=86;SAR=59;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114809;STB=0.556627;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0200664;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:109:112:145:147:0.567568:59:86:49:60:61:86:51:61 chr6 30003797 . A G 512.93 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0203296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.719;QD=15.7826;RBI=0.0203427;REFB=-0.0182958;REVB=0.000729697;RO=73;SAF=32;SAR=24;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065923;STB=0.541005;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.025204;OID=.;OPOS=30003797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:73:74:56:56:0.430769:24:32:37:36:24:32:37:37 chr6 30024927 . C T 151.48 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=8.69735e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7848;QD=10.0988;RBI=0.0158926;REFB=-0.0102254;REVB=0.0158926;RO=40;SAF=17;SAR=3;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287578;STB=0.673066;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0197784;OID=.;OPOS=30024927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:3:17:27:13:3:17:27:13 chr6 30024979 . GCTT G 212.75 PASS AF=0.317647;AO=24;DP=87;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=7.79736e-05;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.627;QD=10.0119;RBI=0.0307763;REFB=-0.0175601;REVB=-0.0307762;RO=55;SAF=16;SAR=8;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107105;STB=0.543346;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.0339151;OID=.;OPOS=30024980;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317647:24:87:27:85:58:17:10:33:25:99:55:16:8:32:23 chr6 30025041 . G A 306.44 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00426667;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6813;QD=10.7522;RBI=0.0118258;REFB=-0.010659;REVB=0.0110293;RO=75;SAF=24;SAR=15;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.572965;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.018618;OID=.;OPOS=30025041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:75:75:39:39:0.342105:15:24:38:37:15:24:38:37 chr6 30025179 . G A 280.65 PASS AF=0.261745;AO=39;DP=150;FAO=39;FDP=149;FR=.;FRO=110;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.015397;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.735;QD=7.53427;RBI=0.0162124;REFB=-0.00362031;REVB=0.00507687;RO=105;SAF=19;SAR=20;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369316;STB=0.517399;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.010472;OID=.;OPOS=30025179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:105:110:39:39:0.261745:20:19:48:57:20:19:51:59 chr6 30025282 . G A 195.82 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0190054;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.933;QD=8.60752;RBI=0.0319352;REFB=-0.0114521;REVB=-0.0256643;RO=64;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848433;STB=0.559343;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0314199;OID=.;OPOS=30025282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:65:26:26:0.285714:19:7:21:43:19:7:22:43 chr6 30025285 . C T 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0221921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.433;QD=8.70492;RBI=0.0256235;REFB=-0.00894522;REVB=-0.0128092;RO=63;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916743;STB=0.563344;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0227434;OID=.;OPOS=30025285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:64:26:26:0.288889:19:7:21:42:19:7:22:42 chr6 30036471 . C A 343.11 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.0233555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4617;QD=10.8924;RBI=0.0342373;REFB=0.0131254;REVB=-0.0250343;RO=81;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149393;STB=0.591947;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0266426;OID=.;OPOS=30036471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:83:43:43:0.34127:22:21:29:52:22:21:29:54 chr6 30038591 . G C 391.73 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0495892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6811;QD=14.6441;RBI=0.0496674;REFB=-0.00793478;REVB=0.00278565;RO=61;SAF=32;SAR=13;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853921;STB=0.544727;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00809675;OID=.;OPOS=30038591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:45:45:0.420561:13:32:39:22:13:32:40:22 chr6 30038712 . C T 584.45 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=58;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=17;FWDB=-0.000564993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.003;QD=15.3803;RBI=0.0106149;REFB=-0.0158375;REVB=-0.0105998;RO=85;SAF=58;SAR=7;SRF=68;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197534;STB=0.608353;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0239537;OID=.;OPOS=30038712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:85:87:65:65:0.427632:7:58:68:17:7:58:70:17 chr6 30038830 . C G 564.57 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.00804661;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.117;QD=12.2732;RBI=0.0497529;REFB=0.00064353;REVB=-0.0490979;RO=116;SAF=42;SAR=25;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106554;STB=0.563739;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00108881;OID=.;OPOS=30038830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:117:67:67:0.36413:25:42:62:54:25:42:62:55 chr6 30038897 . C T 418.32 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0121383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.625;QD=13.0725;RBI=0.012208;REFB=-0.011959;REVB=-0.00130248;RO=79;SAF=25;SAR=24;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955565;STB=0.505422;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0219145;OID=.;OPOS=30038897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:79:49:49:0.382812:24:25:41:38:24:25:41:38 chr6 30038905 . C G 400.5 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0289217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.801;QD=13.3499;RBI=0.0350561;REFB=-0.0052509;REVB=-0.0198106;RO=73;SAF=23;SAR=24;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481596;STB=0.527274;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0105514;OID=.;OPOS=30038905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:73:47:47:0.391667:24:23:39:34:24:23:39:34 chr6 30039240 . G T 164.28 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=0.00209095;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.19;QD=7.55329;RBI=0.013368;REFB=-0.00214708;REVB=0.0132035;RO=63;SAF=9;SAR=14;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379373;STB=0.717779;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0117823;OID=.;OPOS=30039240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:63:64:23:23:0.264368:14:9:45:18:14:9:45:19 chr6 30040969 . T A 234.83 PASS AF=0.3;AO=28;DP=98;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00929001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.091;QD=9.39334;RBI=0.0094462;REFB=-0.00207305;REVB=-0.00171072;RO=70;SAF=19;SAR=9;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172374;STB=0.591486;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00460481;OID=.;OPOS=30040969;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:70:70:28:30:0.3:9:19:38:32:10:20:38:32 chr6 30041009 . A G 286.59 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.00936103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.539;QD=9.79787;RBI=0.0171498;REFB=-0.0151978;REVB=-0.0143696;RO=79;SAF=24;SAR=14;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603378;STB=0.535086;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.017091;OID=.;OPOS=30041009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:79:38:38:0.324786:14:24:46:33:14:24:46:33 chr6 30075843 . T C 1562.08 PASS AF=0.955752;AO=88;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0448243;FXX=0.00877116;HRUN=7;LEN=1;MLLD=198.059;QD=55.2949;RBI=0.0448383;REFB=-0.105806;REVB=0.00111979;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516346;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000228268;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:113:0:5:88:108:0.955752:51:37:0:0:61:47:4:1 chr6 30075864 . A G 674.72 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.000272669;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8307;QD=22.1219;RBI=0.00190082;REFB=-0.0337065;REVB=-0.00188116;RO=56;SAF=41;SAR=25;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221117;STB=0.621175;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.017106;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:56:56:66:66:0.540984:25:41:20:36:25:41:20:36 chr6 30078410 . G A 436.37 PASS AF=0.356643;AO=50;DP=142;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0221649;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.891;QD=12.2061;RBI=0.0226064;REFB=-0.00763947;REVB=0.0044457;RO=90;SAF=30;SAR=20;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101552;STB=0.556655;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0135844;OID=.;OPOS=30078410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:90:92:50:51:0.356643:20:30:46:44:20:31:48:44 chr6 30078444 . T G 372.26 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.049808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.02;QD=12.2052;RBI=0.0507792;REFB=0.00842499;REVB=0.00988415;RO=77;SAF=28;SAR=17;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116689;STB=0.566687;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0138358;OID=.;OPOS=30078444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:17:28:40:37:17:28:40:37 chr6 30080274 . G A 436.59 PASS AF=0.353333;AO=52;DP=149;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0208099;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.57;QD=11.6423;RBI=0.0250336;REFB=-0.0122795;REVB=-0.0139152;RO=95;SAF=24;SAR=28;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10853;STB=0.554783;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0216166;OID=.;OPOS=30080274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:95:97:52:53:0.353333:28:24:53:42:28:25:54:43 chr6 30080568 . C A 363.66 PASS AF=0.385965;AO=43;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00914386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0337;QD=12.7599;RBI=0.0208431;REFB=-0.003231;REVB=-0.0187304;RO=70;SAF=16;SAR=27;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175107;STB=0.519075;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00636209;OID=.;OPOS=30080568;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:43:44:0.385965:27:16:25:45:27:17:25:45 chr6 30122154 . T C 1074.43 PASS AF=0.904762;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=84;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00195804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.198;QD=51.1633;RBI=0.0273342;REFB=-0.0147637;REVB=-0.027264;RO=8;SAF=43;SAR=33;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108356;STB=0.505746;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00152977;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:8:8:76:76:0.904762:33:43:5:3:33:43:5:3 chr6 30131546 . A G 859.59 PASS AF=0.704762;AO=73;DP=105;FAO=74;FDP=105;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0156375;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.537;QD=32.7464;RBI=0.0156375;REFB=-0.0246727;REVB=-2.11415e-05;RO=30;SAF=31;SAR=42;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596375;STB=0.529188;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0146341;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:30:31:73:74:0.704762:42:31:16:14:43:31:16:15 chr6 30140342 . T C 286.57 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00932228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8294;QD=11.3492;RBI=0.0207278;REFB=-0.00597667;REVB=0.0185132;RO=66;SAF=22;SAR=13;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062719;STB=0.536245;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0121905;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:66:66:35:35:0.346535:13:22:38:28:13:22:38:28 chr6 30154199 . T C 72.67 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00625485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.99;QD=5.38263;RBI=0.0306488;REFB=-0.00728676;REVB=-0.0300037;RO=41;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360429;STB=0.755217;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0209447;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:41:43:11:11:0.203704:2:9:23:18:2:9:23:20 chr6 30227583 . C G 357.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5883;QD=55.0627;RBI=0.0652615;REFB=0;REVB=0.0588961;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105713;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 30228230 . A C 1132.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.893;QD=60.4234;RBI=0.0630852;REFB=0;REVB=0.0453124;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19901e-05;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:69:75:1:27:42:0:0:27:48:0:0 chr6 30228379 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.086;QD=57.2372;RBI=0.061581;REFB=0;REVB=-0.0427942;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84518e-06;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr6 30228398 . CG C 414.14 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730715;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1604;QD=34.5119;RBI=0.0800679;REFB=0.0538331;REVB=0.0327327;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00376878;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:49:48:48:0:19:29:0:0:7:2:18:27:0:2 chr6 30229013 . A C,G 473.38 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575528,0.0475762;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.034,162.074;QD=57.3798;RBI=0.0302987,0.0603105;REFB=0,0;REVB=0.0297471,0.0370657;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0118915,0.00137515;OID=.,.;OPOS=30229013,30229013;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:0,13:2,18:0:0:0,13:2,18:0:0 chr6 30229034 . C CCT,CT 565.1 PASS AF=0,1;AO=6,34;DP=45;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114832,-0.0261784;FXX=0.0227221;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=9.08044,19.0923;QD=52.5676;RBI=0.117848,0.0291352;REFB=0,0;REVB=-0.026492,0.0127886;RO=4;SAF=6,18;SAR=0,16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.787851,0.0547705;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000178368;OID=.,.;OPOS=30229035,30229035;OREF=-,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,34:45:0,43:43:0:0,24:0,19:0:0:4:4:6,18:0,16:1:3 chr6 30229457 . C T 1509.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.511;QD=63.5604;RBI=0.0272731;REFB=0;REVB=0.0125633;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26543e-05;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr6 30229463 . G A 1453.92 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.691;QD=63.2141;RBI=0.0292377;REFB=0;REVB=0.0115102;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15983e-05;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:34:57:0:0:35:57:0:0 chr6 30230085 . T C 881.16 PASS AF=1;AO=37;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.452;QD=58.7439;RBI=0.194082;REFB=0;REVB=-0.0202879;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399653;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:37:60:1:29:8:0:0:29:31:0:0 chr6 30230128 . T C 102.6 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110977;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7769;QD=41.0395;RBI=0.120605;REFB=0;REVB=-0.0472187;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123871;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr6 30231071 . G A 1606.53 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5655;QD=64.261;RBI=0.0320496;REFB=0;REVB=0.030555;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228215;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:39:61:0:0:39:61:0:0 chr6 30231108 . G T 1587.57 PASS AF=0.964602;AO=110;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.032859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.168;QD=56.197;RBI=0.0369521;REFB=-0.100677;REVB=-0.016904;RO=2;SAF=72;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243258;STB=0.505877;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0030408;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:113:113:2:4:110:109:0.964602:38:72:0:2:38:71:2:2 chr6 30297529 . T C 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000569167;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.094;QD=58.26;RBI=0.00938264;REFB=0;REVB=0.00936536;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24829e-05;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr6 30309508 . T C 1598.46 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.281;QD=63.9384;RBI=0.0568849;REFB=0;REVB=0.0477801;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2217e-05;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:94:100:1:40:54:0:0:45:55:0:0 chr6 30314566 . TC GA 2118.02 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353743;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.301;QD=62.7561;RBI=0.0353957;REFB=0;REVB=0.00122856;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.56801e-05;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:70:64:0:0:70:65:0:0 chr6 30457732 . T C 757.7 PASS AF=1;AO=31;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.013;QD=56.1257;RBI=0.0365342;REFB=0;REVB=0.0313521;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167545;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:31:54:1:16:15:0:0:37:17:0:0 chr6 30458064 . G A 316.51 PASS AF=0.391304;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=11;FWDB=0.0107282;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9053;QD=13.7613;RBI=0.0373588;REFB=-0.00556087;REVB=0.0357853;RO=56;SAF=23;SAR=12;SRF=45;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189435;STB=0.59995;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0117566;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:56:35:36:0.391304:12:23:45:11:12:24:45:11 chr6 30521137 . G A 1325.7 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.488;QD=58.92;RBI=0.0472644;REFB=-0.1556;REVB=0.0395358;RO=2;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026303;STB=0.51351;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00103767;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:87:88:0.977778:35:52:0:2:36:52:0:2 chr6 30530245 . T C 1262.79 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.915;QD=61.5993;RBI=0.0395833;REFB=0;REVB=-0.0196543;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84281e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr6 30558477 . G GA 1425.18 PASS AF=1;AO=117;DP=140;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.35;QD=43.5171;RBI=0.199541;REFB=0;REVB=0.156467;RO=23;SAF=57;SAR=60;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00466393;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:117:140:131:131:0:61:70:0:0:26:23:57:60:9:14 chr6 30575603 . A G 1377.34 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5671;QD=62.6066;RBI=0.0321324;REFB=0;REVB=0.022487;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46101e-06;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr6 30652872 . G A 685.22 PASS AF=0.623762;AO=62;DP=100;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00630854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.81;QD=27.1373;RBI=0.0345075;REFB=-0.0399998;REVB=0.0339259;RO=37;SAF=30;SAR=32;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204149;STB=0.512881;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0220666;OID=.;OPOS=30652872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:37:38:62:63:0.623762:32:30:19:18:32:31:20:18 chr6 30672285 . TGCC CTGC,TGCA 134.35 PASS AF=0,0.240741;AO=3,7;DP=55;FAO=0,13;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.033737,0.0337674;FXX=0.0181785;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=22.8305,127.423;QD=9.95193;RBI=0.035103,0.0338712;REFB=-0.0520917,-0.0335549;REVB=-0.00969726,-0.00264895;RO=29;SAF=3,3;SAR=0,4;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.461911,-0.394071;STB=0.5,0.646263;STBP=1,0.265;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.12878;OID=.,.;OPOS=30672285,30672288;OREF=TGC,C;OALT=CTG,A;OMAPALT=CTGC,TGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:55:54:29:34:3,7:0,13:0,0.240741:0,4:3,3:22:7:0,6:0,7:25:9 chr6 30672331 . T A 132.87 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00867;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.029;QD=13.6279;RBI=0.0152321;REFB=-0.0240051;REVB=-0.0125239;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244389;STB=0.606996;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0192275;OID=.;OPOS=30672331;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:10:4:12:12:10:5:12:12 chr6 30673236 . G T 49.73 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0112429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8115;QD=2.65217;RBI=0.0288215;REFB=-0.0263121;REVB=-0.0265382;RO=57;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537529;STB=0.836448;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.197871;OID=.;OPOS=30673236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:75:75:57:63:12:12:0.16:2:10:22:35:2:10:27:36 chr6 30680916 . C T 171.51 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0344879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1021;QD=11.0653;RBI=0.0643962;REFB=0.00610773;REVB=-0.0543825;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613717;STB=0.540945;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0173027;OID=.;OPOS=30680916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:40:22:22:0.354839:15:7:14:24:15:7:15:25 chr6 30692752 . C CTG 165.95 PASS AF=0.38;AO=14;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00630509;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.7;QD=13.2758;RBI=0.0198875;REFB=-0.0160367;REVB=-0.0188616;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127578;STB=0.624875;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.0186625;OID=.;OPOS=30692753;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:14:50:19:50:31:9:10:21:10:99:31:8:6:21:10 chr6 30692754 . C T 177.76 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0150274;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.118;QD=14.5109;RBI=0.0151662;REFB=-0.00655243;REVB=0.00204728;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203105;STB=0.616903;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00975169;OID=.;OPOS=30692754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:20:10:10:9:20:10 chr6 30693121 . A G 315.61 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0408754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1764;QD=17.5338;RBI=0.0432363;REFB=-0.0170333;REVB=-0.0140919;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651299;STB=0.529395;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0195035;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:16:18:17:20:16:18:18:20 chr6 30710059 . C G 489.03 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0154272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.647;QD=22.2287;RBI=0.0166311;REFB=-0.00468905;REVB=-0.00621257;RO=41;SAF=15;SAR=32;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234044;STB=0.629293;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0109423;OID=.;OPOS=30710059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:32:15:24:17:32:15:24:17 chr6 30710099 . C CA 174.92 PASS AF=0.44;AO=10;DP=75;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00291428;FXX=0.315025;HRUN=0;LEN=1;MLLD=204.31;QD=13.9938;RBI=0.020054;REFB=-0.00921284;REVB=-0.0198411;RO=65;SAF=10;SAR=0;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741552;STB=0.764921;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00184354;OID=.;OPOS=30710100;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:10:75:22:50:28:18:4:11:17:99:65:10:0:21:44 chr6 30710100 . C A 313.04 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00607232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.263;QD=16.9212;RBI=0.00894147;REFB=-0.0159386;REVB=0.00656329;RO=40;SAF=8;SAR=26;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334172;STB=0.688927;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0144031;OID=.;OPOS=30710100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:26:8:22:18:26:8:22:18 chr6 30711805 . C G 806.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.968;QD=64.5563;RBI=0.035589;REFB=0;REVB=0.0355624;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14862e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:28:19:0:0:31:19:0:0 chr6 30782105 . T C 1179.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.043;QD=60.4887;RBI=0.0163197;REFB=0;REVB=-0.0134624;RO=0;SAF=54;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41517e-06;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:23:54:0:0:24:54:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 385.61 PASS AF=0.5;AO=35;DP=83;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0214601;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=4;MLLD=245.96;QD=19.2804;RBI=0.0215136;REFB=-0.00724907;REVB=-0.00151636;RO=42;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00699988;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:35:83:40:80:40:27:13:27:13:99:42:25:10:28:14 chr6 30782235 . G A 984.09 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.398;QD=56.2337;RBI=0.0297063;REFB=-0.103442;REVB=-0.00189639;RO=1;SAF=50;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255292;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000632333;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:18:50:0:1:18:51:0:1 chr6 30782303 . C T 420.25 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234645;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.634;QD=52.5306;RBI=0.0329818;REFB=0;REVB=0.023178;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100326;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:32:2:0:31:32:1:13:18:2:0:13:19:0:0 chr6 30782360 . C T 182.18 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0486741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.591;QD=18.2178;RBI=0.0538634;REFB=-0.0258001;REVB=0.0230673;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238133;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0137946;OID=.;OPOS=30782360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:9:10:10:10:9:10:10:11 chr6 30782361 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00574789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.679;QD=21.5105;RBI=0.00619855;REFB=-0.0073374;REVB=-0.00232031;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00991294;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:10:9:11:10:10:9 chr6 30782407 . A G 754.66 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0628411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.32;QD=54.8844;RBI=0.0661656;REFB=-0.10421;REVB=0.0207095;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000686286;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:32:22:1:0:32:22:1:0 chr6 30857072 . G C 990.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.062;QD=59.1323;RBI=0.00850943;REFB=0;REVB=-0.0073352;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98912e-06;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr6 30858857 . C T 1627.19 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189826;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.045;QD=60.2664;RBI=0.0194532;REFB=0;REVB=0.00425279;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29044e-05;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr6 30864829 . T C 1908.94 PASS AF=0.976744;AO=122;DP=127;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0104776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8127;QD=59.1919;RBI=0.0295017;REFB=-0.161235;REVB=0.0275784;RO=2;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172672;STB=0.513041;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00182023;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:129:2:3:122:126:0.976744:54:68:0:2:56:70:0:3 chr6 30865204 . A C 816.15 PASS AF=0.9375;AO=56;DP=63;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0384081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4998;QD=51.0095;RBI=0.03963;REFB=-0.0146737;REVB=0.00976493;RO=7;SAF=36;SAR=20;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161374;STB=0.526307;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000685779;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:63:64:7:4:56:60:0.9375:20:36:4:3:24:36:4:0 chr6 30876238 . G A 741.35 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0388874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.287;QD=47.8289;RBI=0.0488481;REFB=-0.0828071;REVB=0.0295619;RO=5;SAF=27;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181716;STB=0.517851;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00436118;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:62:62:5:6:56:56:0.903226:29:27:3:2:29:27:4:2 chr6 30877760 . A C 1072.87 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.132;QD=59.6041;RBI=0.0533804;REFB=0;REVB=0.0366036;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178895;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:30:40:0:0:32:40:0:0 chr6 30882203 . T C 152.42 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00423851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5248;QD=40.6445;RBI=0.0167861;REFB=-0.149122;REVB=-0.0162422;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.015728;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chr6 30887972 . C T 1973.63 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.909;QD=61.1979;RBI=0.0437339;REFB=-0.0872901;REVB=0.0382605;RO=1;SAF=76;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905075;STB=0.504761;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000664884;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:52:76:0:1:52:76:0:1 chr6 30888161 . T C,G 1389.44 PASS AF=0.901099,0.0989011;AO=82,8;DP=90;FAO=82,9;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47,8;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524159,-0.00467867;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.2741,121.716;QD=61.0744;RBI=0.0133407,0.0166124;REFB=0,0;REVB=-0.0122678,-0.0159399;RO=0;SAF=47,7;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.16565e-08,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00125583,0.0384536;OID=.,.;OPOS=30888161,30888161;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:90:91:0:0:82,8:82,9:0.901099,0.0989011:35,1:47,7:0:0:35,1:47,8:0:0 chr6 30889389 . T C 542.58 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455777;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.268;QD=60.2862;RBI=0.0281857;REFB=0;REVB=0.0278147;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151254;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr6 30893127 . G A 721.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1911;QD=56.6207;RBI=0.0644842;REFB=0;REVB=0.0334553;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325041;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr6 30893728 . C T 865.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2333;QD=57.6932;RBI=0.0803034;REFB=0;REVB=0.0526707;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838214;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr6 30899571 . C T 815.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8061;QD=57.2117;RBI=0.0212354;REFB=0;REVB=0.00384809;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75091e-05;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr6 30900399 . C G 579.33 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000278038;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4645;QD=60.9822;RBI=0.031604;REFB=0;REVB=0.0316028;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107299;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:35:38:1:18:17:0:0:20:18:0:0 chr6 30900427 . T G 723.77 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.544;QD=54.6244;RBI=0.0773544;REFB=-0.0863491;REVB=0.0697842;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0010571;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr6 30900435 . G T 129.92 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00691935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6437;QD=9.62336;RBI=0.0176093;REFB=-0.02282;REVB=0.0161929;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111237;STB=0.566083;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0439963;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:8:9:16:21:8:9:16:21 chr6 30993499 . C T 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0344123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6777;QD=23.2342;RBI=0.0395521;REFB=-0.0225698;REVB=0.0194978;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650504;STB=0.536359;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0265834;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:9:4:7:11:9:4 chr6 30993567 . G T 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00272417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.564;QD=18.4246;RBI=0.00322956;REFB=-0.0425473;REVB=-0.00173464;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125224;STB=0.56949;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0373763;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:8:20:23:5:8:20:23:5 chr6 30993958 . A G 143.68 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00297059;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3571;QD=9.90879;RBI=0.0330283;REFB=-0.00563438;REVB=-0.0328944;RO=39;SAF=15;SAR=4;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213447;STB=0.627759;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0114289;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:4:15:25:14:4:15:25:14 chr6 30997692 . G C 94.38 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0088084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.313;QD=11.7978;RBI=0.0434251;REFB=-0.0391393;REVB=-0.0425223;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278661;STB=0.642665;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0523138;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:32:20:20:11:12:0.375:3:8:18:2:3:9:18:2 chr6 30997816 . G T 293.06 PASS AF=0.432432;AO=23;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.0170014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.899;QD=15.841;RBI=0.0487206;REFB=-0.0300082;REVB=-0.045658;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12755;STB=0.500625;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0568254;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:41:23:32:0.432432:7:16:30:8:7:25:32:9 chr6 30997824 . T C 279.23 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0217721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.497;QD=13.9615;RBI=0.0274563;REFB=-0.0151553;REVB=0.016728;RO=48;SAF=25;SAR=6;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089526;STB=0.52659;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0229422;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:31:32:0.4:6:25:36:12:7:25:36:12 chr6 30999997 . T C 306.21 PASS AF=0.345133;AO=38;DP=112;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0237659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.758;QD=10.8393;RBI=0.025781;REFB=-0.0160675;REVB=-0.00999201;RO=74;SAF=16;SAR=22;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121507;STB=0.576796;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0279086;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:74:74:38:39:0.345133:22:16:39:35:23:16:39:35 chr6 31002452 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.00188057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.621;QD=11.6231;RBI=0.00548398;REFB=-0.00110822;REVB=-0.00515145;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148865;STB=0.590989;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00204548;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:8:14:28:9:8:14:29:9 chr6 31084075 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4068;QD=33.4285;RBI=0.0401577;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00324024;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 31084684 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5137;QD=44.6896;RBI=0.10123;REFB=0;REVB=0.0325066;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214967;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 31084787 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0110053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.527;QD=15.1668;RBI=0.0432426;REFB=-0.0147877;REVB=-0.0418187;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665023;STB=0.538411;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0158296;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:8:12:8:7:8:12 chr6 31084791 . TC T,TT 499.72 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=9,24;DP=33;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120886,0.0126216;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.802,259.746;QD=58.7904;RBI=0.0447932,0.0534255;REFB=0,0;REVB=0.0431311,0.0519132;RO=0;SAF=0,14;SAR=9,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00351768,0.000344384;OID=.,.;OPOS=31084792,31084792;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:9,24:33:1,33:34:0:0,14:1,19:0:0:4:0:0,14:9,10:0:0 chr6 31088202 . A G 1147.69 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309874;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7274;QD=60.4046;RBI=0.0355734;REFB=0;REVB=0.0174714;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314208;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:72:76:1:41:31:0:0:43:33:0:0 chr6 31097453 . T G 1518.62 PASS AF=0.963303;AO=102;DP=108;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0449102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9108;QD=55.7293;RBI=0.0532785;REFB=-0.0145173;REVB=0.0286648;RO=2;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243128;STB=0.524386;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000545223;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:109:2:4:102:105:0.963303:38:64:0:2:39:66:0:4 chr6 31105891 . A G 143.89 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.229;QD=44.2731;RBI=0.0678058;REFB=0;REVB=0.00770381;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105409;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:6:4:0:0:6:7:0:0 chr6 31106516 . C T 115.96 PASS AF=0.28125;AO=17;DP=65;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0559396;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5352;QD=7.24738;RBI=0.0561008;REFB=-0.0194399;REVB=0.00424921;RO=48;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573381;STB=0.565529;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0608478;OID=.;OPOS=31106516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:48:46:17:18:0.28125:7:10:26:22:7:11:24:22 chr6 31107733 . C T 528.86 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.00111985;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.104;QD=24.598;RBI=0.00139827;REFB=0.00994786;REVB=0.000837322;RO=35;SAF=8;SAR=41;SRF=3;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118384;STB=0.52282;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00471117;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:35:37:49:49:0.569767:41:8:3:32:41:8:5:32 chr6 31111174 . C A 113.06 PASS AF=0.246575;AO=17;DP=72;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0146828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.328;QD=6.1952;RBI=0.0285086;REFB=-0.0179559;REVB=-0.0244368;RO=55;SAF=14;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40959;STB=0.776864;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0342861;OID=.;OPOS=31111174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:55:55:17:18:0.246575:3:14:29:26:3:15:28:27 chr6 31111180 . T C,G 981.88 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=63,3;DP=67;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194548,-0.0302962;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.6347,78.007;QD=57.7577;RBI=0.0306236,0.0496758;REFB=0,0;REVB=-0.0236499,-0.0393678;RO=0;SAF=39,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51964e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00259414,0.207872;OID=.,.;OPOS=31111180,31111180;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:67:68:0:0:63,3:65,3:0.955882,0.0441176:24,3:39,0:0:0:25,3:40,0:0:0 chr6 31112823 . T C 39.33 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0426829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1883;QD=6.05121;RBI=0.0438103;REFB=-0.0217924;REVB=-0.00987491;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961294;STB=0.52049;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.150976;OID=.;OPOS=31112823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:25:26:19:19:6:7:0.269231:2:4:14:5:2:5:14:5 chr6 31113030 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.602;QD=57.4357;RBI=0.0300599;REFB=0.0509042;REVB=0.023837;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000101798;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:32:35:0:0:32:35:1:0 chr6 31113052 . G A 382.95 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0010855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.624;QD=22.8626;RBI=0.0361754;REFB=-0.000172304;REVB=0.0361591;RO=26;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151973;STB=0.589198;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000200896;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:29:38:38:0.567164:21:17:17:9:21:17:19:10 chr6 31113214 . C A 293.68 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00830278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.45;QD=19.9108;RBI=0.0139428;REFB=-0.0156937;REVB=0.0112012;RO=25;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658748;STB=0.574577;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.010578;OID=.;OPOS=31113214;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:28:31:31:0.525424:22:9:9:16:22:9:12:16 chr6 31113275 . AG GA 89.89 PASS AF=0.395349;AO=13;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0254991;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=84.2169;QD=8.36161;RBI=0.040253;REFB=-0.107268;REVB=0.0311465;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250481;STB=0.566399;STBP=0.536;TYPE=mnp;VARB=0.0209491;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:42:43:23:26:13:17:0.395349:6:7:7:16:10:7:8:18 chr6 31116246 . G A 405.37 PASS AF=0.387097;AO=47;DP=123;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.010583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.923;QD=13.0766;RBI=0.0272008;REFB=0.0063551;REVB=0.0250576;RO=67;SAF=25;SAR=22;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685618;STB=0.527654;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00871229;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:67:76:47:48:0.387097:22:25:40:27:23:25:43:33 chr6 31118511 . T G 298.77 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0101132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.379;QD=23.9017;RBI=0.027334;REFB=-0.0170251;REVB=-0.0253943;RO=23;SAF=20;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471463;STB=0.526296;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.012454;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:7:20:16:7:7:20:16:7 chr6 31118565 . C G 697.92 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.818;QD=54.7386;RBI=0.0318957;REFB=-0.0753986;REVB=0.01905;RO=1;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140455;STB=0.507039;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000313923;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:48:50:0.980392:15:33:1:0:15:35:1:0 chr6 31122315 . G C 289.2 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=-0.0642925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1156;QD=18.9641;RBI=0.0776866;REFB=-0.00610477;REVB=-0.0436083;RO=29;SAF=2;SAR=29;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309089;STB=0.670379;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00393167;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:29:2:0:29:29:2:0:30 chr6 31124849 . C T 530.37 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0241606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8791;QD=19.6432;RBI=0.027372;REFB=-0.0183732;REVB=0.0128644;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258953;STB=0.518337;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0190095;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:51:53:54:55:0.509259:27:27:24:27:27:28:25:28 chr6 31125158 . C T 1975.2 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.867;QD=61.2467;RBI=0.0642069;REFB=-0.0698165;REVB=0.0607018;RO=1;SAF=89;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530964;STB=0.502732;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=5.8985e-05;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:129:1:1:126:128:0.992248:37:89:1:0:37:91:1:0 chr6 31129616 . A G 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.477;QD=54.8815;RBI=0.0264841;REFB=0.0410169;REVB=-0.0105369;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=3.86026e-05;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:33:21:0:0:33:21:1:0 chr6 31129642 . A C 868.81 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.772;QD=57.9208;RBI=0.0283279;REFB=0;REVB=0.0278704;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49104e-05;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr6 31132414 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1959;QD=48.7317;RBI=0.0227005;REFB=0;REVB=0.0062303;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724317;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 31133459 . C T 231.08 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.013227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.704;QD=15.6663;RBI=0.0253261;REFB=-0.00348818;REVB=-0.0215976;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124171;STB=0.515592;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00655978;OID=.;OPOS=31133459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:32:24:27:0.457627:8:16:19:10:10:17:21:11 chr6 31133894 . G C 326.05 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0601333;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1387;QD=14.1759;RBI=0.0805185;REFB=-0.00755624;REVB=-0.0535464;RO=54;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141823;STB=0.577073;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0073064;OID=.;OPOS=31133894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:54:56:36:36:0.391304:16:20:37:17:16:20:38:18 chr6 31133943 . C A 1387.33 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00676353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.977;QD=60.3186;RBI=0.0139651;REFB=-0.107265;REVB=-0.012218;RO=2;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249275;STB=0.513155;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0020204;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:37:53:0:2:37:53:0:2 chr6 31134087 . C G 308.46 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0379075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.738;QD=18.4153;RBI=0.0382785;REFB=-0.00451764;REVB=-0.00531667;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188618;STB=0.611195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00201536;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:18:15:22:11:18:15:23:11 chr6 31134118 . C CGAG 773.27 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107497;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.761;QD=64.4387;RBI=0.0442428;REFB=0;REVB=0.042917;RO=4;SAF=29;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221197;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000126957;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:52:48:48:0:29:19:0:0:4:4:29:19:3:1 chr6 31138371 . G A 665.77 PASS AF=0.546218;AO=64;DP=117;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00415724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.071;QD=22.3787;RBI=0.0190237;REFB=0.00495413;REVB=0.0185639;RO=52;SAF=31;SAR=33;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345224;STB=0.514785;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00441475;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:52:54:64:65:0.546218:33:31:23:29:34:31:24:30 chr6 31138377 . C T 662.59 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00888455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.624;QD=22.0863;RBI=0.00891947;REFB=-0.0100198;REVB=0.000788444;RO=55;SAF=30;SAR=35;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212146;STB=0.511624;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00742562;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:55:65:65:0.541667:35:30:24:31:35:30:24:31 chr6 31165566 . T C 634.62 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0349576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0683;QD=23.0769;RBI=0.0490903;REFB=-0.00987981;REVB=-0.0344648;RO=46;SAF=36;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638121;STB=0.544793;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00759782;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:46:48:62:62:0.563636:26:36:23:23:26:36:23:25 chr6 31170339 . C G 40.25 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0621538;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.182;QD=2.77572;RBI=0.0626367;REFB=-0.00227393;REVB=-0.00776284;RO=44;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469215;STB=0.809635;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.114959;OID=.;OPOS=31170339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:60:58:44:50:8:8:0.137931:1:7:23:21:1:7:29:21 chr6 31236853 . G A 231.52 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0300145;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4685;QD=22.5876;RBI=0.0304806;REFB=-0.0122768;REVB=0.00530991;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387693;STB=0.717289;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0103113;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:22:22:0.536585:16:6:14:5:16:6:14:5 chr6 31237124 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0547335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0643;QD=17.84;RBI=0.0619131;REFB=-0.0179608;REVB=-0.0289392;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0198948;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:7:7:4:10:7:7 chr6 31237162 . C G 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0792331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2112;QD=23.233;RBI=0.0828855;REFB=0.0389646;REVB=0.0243336;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103373;STB=0.558073;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0297914;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:7:6:6:12:7:6 chr6 31237255 . G A 209.09 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00845656;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4783;QD=23.8956;RBI=0.0328885;REFB=-0.0232431;REVB=0.0317827;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146377;STB=0.582006;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0162475;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:8:7:13:7:8:7 chr6 31237323 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00384522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.289;QD=16.4168;RBI=0.0260475;REFB=0.0248479;REVB=-0.0257621;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103377;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.016798;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:9:5:7:8:9:5:8:8 chr6 31237333 . T A 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00127212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.272;QD=15.2641;RBI=0.0413561;REFB=-0.0154213;REVB=0.0413366;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.565116;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0158587;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:8:5:8:6:8:5:8:8 chr6 31237727 . T C 33.81 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0973184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8117;QD=5.63499;RBI=0.122214;REFB=0.00485362;REVB=-0.073929;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133793;STB=0.587933;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0213421;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:10:8:2:4:10:8 chr6 31238135 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0387986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.554;QD=12.7389;RBI=0.0394345;REFB=0.00821645;REVB=-0.00705308;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00843376;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:4:6:3:5:4:6 chr6 31238138 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0148351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.957;QD=12.7389;RBI=0.014851;REFB=0.00200985;REVB=-0.000684964;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00400115;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:4:6:3:5:4:6 chr6 31238155 . G A 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0725015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8343;QD=18.0498;RBI=0.097898;REFB=-0.00632881;REVB=0.0657841;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.597357;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0129322;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:4:4:3:7:4:4 chr6 31238230 . G C 81.95 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0563141;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.2625;QD=21.8541;RBI=0.13006;REFB=-0.0179285;REVB=0.117237;RO=5;SAF=9;SAR=0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779824;STB=0.580463;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0175971;OID=.;OPOS=31238230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:15:5:5:9:10:0.666667:0:9:4:1:1:9:4:1 chr6 31238234 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0119365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.474;QD=26.5716;RBI=0.0128201;REFB=-0.0255292;REVB=-0.00467694;RO=4;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1846;STB=0.605836;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00525816;OID=.;OPOS=31238234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:1:10:3:1:1:10:3:1 chr6 31238259 . G T 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0293655;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.958;QD=27.3806;RBI=0.0294278;REFB=-0.0461246;REVB=-0.0019127;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209237;STB=0.620405;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0208113;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:2:1:1:9:2:1 chr6 31238490 . T C 228.26 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.018141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.315;QD=14.266;RBI=0.0231213;REFB=-0.0251904;REVB=0.0143353;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016049;STB=0.509084;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0270959;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:16:20:16:12:16:20 chr6 31238492 . C A 192.25 PASS AF=0.380952;AO=26;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.010176;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.03;QD=12.2064;RBI=0.021149;REFB=-0.0155842;REVB=-0.0185399;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907633;STB=0.571368;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0245564;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:39:26:24:0.380952:14:12:16:18:15:9:19:20 chr6 31238851 . T C 360.58 PASS AF=0.681818;AO=29;DP=43;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0106482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.717;QD=32.7802;RBI=0.0113403;REFB=-0.0443717;REVB=-0.00390099;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102633;STB=0.510631;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0257352;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:14:14:29:30:0.681818:15:14:7:7:16:14:7:7 chr6 31238925 . C T 111.37 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0346456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.639;QD=7.81534;RBI=0.0404067;REFB=-0.0178387;REVB=0.020794;RO=41;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174171;STB=0.605077;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.089808;OID=.;OPOS=31238925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:9:7:24:17:9:7:24:17 chr6 31238930 . A C 74.45 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0275592;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.013;QD=5.72669;RBI=0.0638623;REFB=-0.0128438;REVB=-0.0576097;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125655;STB=0.599815;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0464482;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:54:52:41:41:11:11:0.211538:4:7:22:19:4:7:21:20 chr6 31238942 . G A 133.19 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0196008;FXX=0.212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.623;QD=14.3986;RBI=0.0830388;REFB=-0.0140024;REVB=0.0806924;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25965;STB=0.661437;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0260871;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:15:7:8:6:16:7 chr6 31238957 . A C 199.78 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0169483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1629;QD=14.2703;RBI=0.100904;REFB=0.00429228;REVB=-0.0994706;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253295;STB=0.62893;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00725601;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:23:24:0.428571:13:10:22:10:13:11:22:10 chr6 31238983 . G C 67.15 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00951458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1025;QD=5.26633;RBI=0.0225845;REFB=0.00114656;REVB=-0.0204825;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125091;STB=0.50818;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00503953;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:4:6:25:16:4:6:25:16 chr6 31239010 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0118838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.291;QD=9.6006;RBI=0.025815;REFB=-0.0144941;REVB=0.022917;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178266;STB=0.605937;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0320751;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:21:16:10:7:21:16 chr6 31239050 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0273413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2936;QD=10.1679;RBI=0.050628;REFB=0.0223858;REVB=0.0426105;RO=38;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237264;STB=0.63956;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0409553;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:12:7:22:16:12:7:22:16 chr6 31239057 . C T 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0418118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.491;QD=10.1676;RBI=0.0426338;REFB=-0.00462205;REVB=0.00833154;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280223;STB=0.655576;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00692646;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:12:7:23:14:12:7:23:15 chr6 31239082 . G C 155.3 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.033159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0499;QD=11.2942;RBI=0.0580086;REFB=0.000464854;REVB=-0.047597;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891288;STB=0.608587;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00736088;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:35:24:20:0.363636:13:11:17:14:12:8:20:15 chr6 31239101 . G A 171.46 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00261847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.747;QD=12.9402;RBI=0.0180134;REFB=-0.0181113;REVB=0.017822;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184798;STB=0.627786;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0373089;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:32:32:19:21:0.396226:11:8:19:13:13:8:19:13 chr6 31239407 . G T 263.02 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0227727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9535;QD=17.5344;RBI=0.0553378;REFB=0.0148392;REVB=0.0504349;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566773;STB=0.531715;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0127449;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:12:17:20:11:12:17:20:11 chr6 31239417 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0114097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.46;QD=18.6759;RBI=0.0205156;REFB=-0.0214622;REVB=0.0170502;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501445;STB=0.533878;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0201447;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:12:20:21:10:12:20:22:10 chr6 31239518 . C T 177.37 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0645771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.066;QD=22.1718;RBI=0.0655248;REFB=-0.00170844;REVB=0.0111035;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156888;STB=0.565146;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00268878;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:13:5:6:7:13:6:6:7 chr6 31239577 . A C 60.28 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0323005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.079;QD=17.2237;RBI=0.0649796;REFB=-0.0274731;REVB=-0.0563829;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326506;STB=0.689206;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0331189;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:5:1:5:3:5:1 chr6 31239585 . C T 62.47 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0412658;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.705;QD=16.658;RBI=0.0426391;REFB=-0.0185182;REVB=0.0107342;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213494;STB=0.655356;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0131446;OID=.;OPOS=31239585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:15:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:4:2:5:3:5:2 chr6 31239601 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0332386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.28;QD=13.2052;RBI=0.036372;REFB=0.0124942;REVB=-0.0147688;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00524981;OID=.;OPOS=31239601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:5:1:3:3:5:1 chr6 31239614 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00863554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.206;QD=18.7441;RBI=0.0308492;REFB=-0.0396827;REVB=0.0296159;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0182611;OID=.;OPOS=31239614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr6 31239622 . C A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0520979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.3;QD=18.7441;RBI=0.0564327;REFB=-0.020139;REVB=0.02169;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0116918;OID=.;OPOS=31239622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr6 31239652 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0248223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.55;QD=16.1992;RBI=0.0281585;REFB=0.0150118;REVB=-0.0132948;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00104916;OID=.;OPOS=31239652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr6 31239660 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0054691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.449;QD=19.1341;RBI=0.0248732;REFB=-0.00658305;REVB=0.0242645;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00217051;OID=.;OPOS=31239660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr6 31239742 . G C 138.44 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0100354;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.558;QD=18.4582;RBI=0.0345726;REFB=-0.0403087;REVB=-0.0330841;RO=16;SAF=14;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384728;STB=0.682616;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0362288;OID=.;OPOS=31239742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:15:15:15:0.5:1:14:12:4:1:14:12:3 chr6 31239752 . C T 203.19 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0114205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.738;QD=21.9668;RBI=0.0814029;REFB=-0.0226541;REVB=0.0805978;RO=17;SAF=18;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308363;STB=0.677202;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0176906;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:2:18:12:5:2:18:12:5 chr6 31239776 . A C 357.79 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00782075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.507;QD=28.623;RBI=0.0178668;REFB=-0.0151924;REVB=-0.0160641;RO=19;SAF=24;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841175;STB=0.546378;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0157837;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:7:24:13:6:7:24:13:6 chr6 31239802 . C G 329.89 PASS AF=0.596491;AO=30;DP=53;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0261399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6179;QD=23.1504;RBI=0.0371604;REFB=-0.0311319;REVB=0.0264121;RO=23;SAF=24;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160352;STB=0.525532;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0340041;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:23:23:30:34:0.596491:6:24:15:8:10:24:15:8 chr6 31239821 . G T 473.25 PASS AF=0.619718;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0420193;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.308;QD=26.6618;RBI=0.0765444;REFB=-0.0379485;REVB=0.0639799;RO=26;SAF=31;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172887;STB=0.593994;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00899481;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:43:44:0.619718:12:31:13:13:13:31:13:14 chr6 31239827 . C T 526.17 PASS AF=0.657534;AO=45;DP=71;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0097446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.152;QD=28.8314;RBI=0.0785686;REFB=-0.0139972;REVB=0.0779619;RO=25;SAF=31;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660601;STB=0.516979;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00488238;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:25:25:45:48:0.657534:14:31:15:10:17:31:15:10 chr6 31322303 . C G 120.16 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457751;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7998;QD=43.696;RBI=0.165752;REFB=0;REVB=-0.165689;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.008031;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr6 31322470 . C G 609.94 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.226;QD=60.9944;RBI=0.0357355;REFB=0;REVB=0.0210274;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15609e-05;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr6 31322888 . A G 245.61 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0117495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.834;QD=23.9618;RBI=0.014988;REFB=-0.013589;REVB=0.00930535;RO=16;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591331;STB=0.519613;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0148813;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:18:22:23:0.560976:14:8:7:9:15:8:7:11 chr6 31322911 . C T 278.34 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00943334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.795;QD=21.8302;RBI=0.0140859;REFB=-0.0299019;REVB=0.0104606;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168967;STB=0.593374;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.012058;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:6:17:15:13:6:17 chr6 31322980 . C T 379.67 PASS AF=0.588235;AO=35;DP=66;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00865381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.894;QD=22.3335;RBI=0.0127863;REFB=-0.0220537;REVB=-0.00941277;RO=25;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394798;STB=0.514699;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0302336;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:25:28:35:40:0.588235:15:20:13:12:20:20:13:15 chr6 31322996 . C T 859.66 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000932199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.856;QD=54.5817;RBI=0.0378219;REFB=-0.00608609;REVB=0.0378104;RO=2;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377168;STB=0.519993;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00117118;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:24:37:0:2:24:37:0:2 chr6 31323203 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00323414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.64;QD=14.697;RBI=0.00437074;REFB=-0.0095829;REVB=0.00294001;RO=28;SAF=3;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352109;STB=0.693997;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00685857;OID=.;OPOS=31323203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:30:21:21:0.411765:18:3:11:17:18:3:11:19 chr6 31323233 . A G 739.19 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.464;QD=56.8608;RBI=0.0118999;REFB=0;REVB=-0.00267737;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22408e-05;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:34:18:0:0 chr6 31323296 . A G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.761;QD=58.578;RBI=0.0236228;REFB=0;REVB=-0.00491245;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89299e-05;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr6 31323353 . G A 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8434;QD=51.1685;RBI=0.0786123;REFB=0;REVB=0.0544681;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203159;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr6 31323524 . TCTC T 140.13 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0193331;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.098;QD=7.57448;RBI=0.0307941;REFB=-0.0130702;REVB=-0.0239689;RO=54;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140336;STB=0.508466;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.0309481;OID=.;OPOS=31323525;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:20:76:20:74:54:12:8:33:21:99:54:12:8:33:21 chr6 31323567 . G A 182.55 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00332852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.333;QD=7.85179;RBI=0.00409354;REFB=-0.00365498;REVB=-0.00238287;RO=68;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10194;STB=0.560991;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0112698;OID=.;OPOS=31323567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:25:25:0.268817:12:13:41:27:12:13:41:27 chr6 31323945 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.551;QD=39.2067;RBI=0.0218703;REFB=0;REVB=-0.00799218;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108889;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31323953 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.077;QD=39.2065;RBI=0.0921533;REFB=0;REVB=0.0377971;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029248;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31323958 . T G 88.37 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8663;QD=39.2769;RBI=0.0472914;REFB=0;REVB=0.0414832;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196534;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr6 31323960 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.206;QD=39.2068;RBI=0.0344414;REFB=0;REVB=-0.0114056;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446491;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31324003 . TC AG,GT 127.87 PASS AF=0.583333,0.416667;AO=7,5;DP=12;FAO=7,5;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572334,-0.0213847;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=95.8409,151.602;QD=42.6235;RBI=0.0583768,0.0244384;REFB=0,0;REVB=0.0114977,0.0118291;RO=0;SAF=5,2;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00813249,0.00662357;OID=.,.;OPOS=31324003,31324003;OREF=TC,TC;OALT=AG,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:12:12:0:0:7,5:7,5:0.583333,0.416667:2,3:5,2:0:0:2,3:5,2:0:0 chr6 31324024 . C A 126.37 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.012803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5172;QD=29.7341;RBI=0.0561076;REFB=-0.0515005;REVB=0.0546273;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905253;STB=0.550382;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0127483;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:3:1:6:7:3:1 chr6 31324086 . G C 142.67 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0329666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2758;QD=22.8274;RBI=0.0639886;REFB=0.0154627;REVB=0.0548429;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154046;STB=0.586099;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0100017;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:8:2:6:9:8:2 chr6 31324100 . G T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00452166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.2;QD=18.2475;RBI=0.0144271;REFB=-0.00939941;REVB=-0.0137002;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256042;STB=0.674456;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00689644;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:7:6:8:2:7:6:10:2 chr6 31324104 . G A 76.71 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0337803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.109;QD=12.7849;RBI=0.054336;REFB=-0.0265144;REVB=0.0425593;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0303695;OID=.;OPOS=31324104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:8:6:2:8:8:6 chr6 31324144 . T A,G 186.83 PASS AF=0.75,0.25;AO=12,4;DP=16;FAO=12,4;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409394,0.019561;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.745,111.271;QD=46.707;RBI=0.056047,0.041479;REFB=0,0;REVB=0.0382783,0.036577;RO=0;SAF=6,3;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00403214,0.0433625;OID=.,.;OPOS=31324144,31324144;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:16:16:0:0:12,4:12,4:0.75,0.25:6,1:6,3:0:0:6,1:6,3:0:0 chr6 31324151 . C T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.013921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.946;QD=26.5696;RBI=0.0182518;REFB=-0.00940967;REVB=-0.0118041;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138896;STB=0.578172;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00203181;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:3:1:6:5:3:1 chr6 31324154 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0250304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7705;QD=17.2297;RBI=0.0357795;REFB=0.00813553;REVB=-0.0255667;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528386;STB=0.839066;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0207055;OID=.;OPOS=31324154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:1:7:1:4:1:7:1:5 chr6 31324200 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9727;QD=35.5758;RBI=0.012592;REFB=0;REVB=0.0108346;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857607;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31324516 . C A 50.26 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0251;QD=33.5098;RBI=0.153009;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150435;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:0:4:0:0:0:6:0:0 chr6 31324525 . CC TG 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011914;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=336.683;QD=33.4285;RBI=0.011914;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000125793;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 31324531 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0959294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8942;QD=33.4285;RBI=0.0959294;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00847225;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 31324536 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.52;QD=35.5759;RBI=0.0374333;REFB=0;REVB=-0.0372666;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012358;OID=.;OPOS=31324536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 31324643 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00153515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.132;QD=18.767;RBI=0.087986;REFB=-0.0339805;REVB=-0.0879726;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.020677;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:1:2:1:5:1:2 chr6 31324891 . CG TC 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00022424;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.841;QD=12.73;RBI=0.0361744;REFB=-0.0214486;REVB=0.0361737;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225785;STB=0.636033;STBP=0.338;TYPE=mnp;VARB=0.0178119;OID=.;OPOS=31324891;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:7:5:2:7:7:5 chr6 31324925 . A G 56.11 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0885612;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.034;QD=10.6884;RBI=0.0896547;REFB=-0.00933708;REVB=-0.01396;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313669;STB=0.6918;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0555606;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:6:7:2:6:6:7 chr6 31324931 . A C 75.3 PASS AF=0.416667;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0247223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3307;QD=12.5492;RBI=0.027822;REFB=-0.0400064;REVB=0.012762;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0672182;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:24:14:14:8:10:0.416667:4:4:7:7:5:5:7:7 chr6 31371430 . T C 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8131;QD=57.6658;RBI=0.0332018;REFB=0;REVB=0.022696;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08357e-05;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr6 31378358 . T G 306.46 PASS AF=0.411765;AO=31;DP=81;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0170793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.53;QD=14.4217;RBI=0.0198004;REFB=0.00214627;REVB=0.0100177;RO=49;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610041;STB=0.536422;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00240872;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:49:50:31:35:0.411765:20:11:20:29:23:12:20:30 chr6 31378387 . T C 251.67 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0313391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9395;QD=12.4283;RBI=0.0423325;REFB=-0.0169751;REVB=0.0284588;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639699;STB=0.522373;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0132582;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:51:30:30:0.37037:16:14:20:29:16:14:22:29 chr6 31378425 . A G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0177091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.9;QD=13.4957;RBI=0.0209534;REFB=-0.00827953;REVB=0.0111996;RO=44;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660998;STB=0.53771;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0107808;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:14:15:20:24:14:15:20:24 chr6 31378977 . G A 325.97 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00303494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.971;QD=17.3849;RBI=0.0235632;REFB=-0.0177133;REVB=-0.0233669;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339881;STB=0.517311;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0140153;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:40:35:35:0.466667:19:16:16:22:19:16:17:23 chr6 31379109 . G A 140.44 PASS AF=0.277778;AO=17;DP=69;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0109584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.137;QD=7.80223;RBI=0.0312488;REFB=4.78503e-06;REVB=0.0292643;RO=52;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082904;STB=0.5999;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=6.47969e-05;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:52:52:17:20:0.277778:9:8:28:24:12:8:28:24 chr6 31379115 . G A 587.18 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.004154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.258;QD=34.54;RBI=0.0250393;REFB=0.0119286;REVB=-0.0246924;RO=18;SAF=26;SAR=24;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643281;STB=0.534651;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00411686;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:18:18:50:50:0.735294:24:26:7:11:24:26:7:11 chr6 31379773 . C T 99.93 PASS AF=0.193182;AO=16;DP=87;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0291725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.707;QD=4.54236;RBI=0.0301438;REFB=-0.00582292;REVB=0.00759045;RO=70;SAF=11;SAR=5;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273513;STB=0.686425;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0280906;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:70:71:16:17:0.193182:5:11:33:37:5:12:34:37 chr6 31379794 . CA TG 83.36 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0151525;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.378;QD=3.78898;RBI=0.0151941;REFB=-0.00235711;REVB=0.00112437;RO=72;SAF=11;SAR=4;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31727;STB=0.705508;STBP=0.086;TYPE=mnp;VARB=0.00943652;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:72:73:15:15:0.170455:4:11:35:37:4:11:36:37 chr6 31379807 . C T 72.72 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00487961;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.683;QD=3.02982;RBI=0.00740893;REFB=-0.00316559;REVB=-0.00557509;RO=81;SAF=9;SAR=5;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18728;STB=0.633042;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0206087;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:98:96:81:82:14:14:0.145833:5:9:40:41:5:9:40:42 chr6 31379817 . T C 73.05 PASS AF=0.14433;AO=15;DP=98;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0269571;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.444;QD=3.01234;RBI=0.0302136;REFB=-0.00774988;REVB=-0.0136446;RO=82;SAF=10;SAR=5;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240247;STB=0.637912;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0302939;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:98:97:82:83:15:14:0.14433:5:10:39:43:5:9:40:43 chr6 31379823 . C G 63.87 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.019253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.163;QD=2.68923;RBI=0.0293482;REFB=-0.00105061;REVB=-0.0221503;RO=82;SAF=9;SAR=4;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199912;STB=0.640455;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.019441;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:95:82:82:13:13:0.136842:4:9:44:38:4:9:44:38 chr6 31379931 . G A 111.8 PASS AF=0.206897;AO=17;DP=86;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0545627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.82;QD=5.14015;RBI=0.0552146;REFB=-0.0144955;REVB=-0.00845964;RO=69;SAF=10;SAR=7;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296071;STB=0.507763;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0766058;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:69:69:17:18:0.206897:7:10:39:30:8:10:39:30 chr6 31380160 . TG T,TGCTGCTGCTGCT 545.53 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=30,8;DP=41;FAO=30,9;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=18,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931995,0.000472124;FXX=0.0487686;HRUN=2,1;LEN=1,11;MLLD=23.6309,195.153;QD=55.9515;RBI=0.101923,0.019561;REFB=0,0;REVB=-0.0412581,-0.0195553;RO=0;SAF=12,2;SAR=18,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=-0.000255946,0.0229297;OID=.,.;OPOS=31380161,31380162;OREF=G,-;OALT=-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.230769:30,8:41:30,9:39:0:12,3:18,6:0:0:61:0:12,2:18,6:0:0 chr6 31380194 . T C 95.43 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0583711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9247;QD=11.5667;RBI=0.0584165;REFB=-0.0203219;REVB=-0.00230239;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.571317;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.107061;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:5:16:8:4:5:16 chr6 31380198 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0287116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.264;QD=9.84399;RBI=0.0383755;REFB=-0.0259902;REVB=-0.0254622;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248226;STB=0.646805;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0452055;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:4:16:6:4:4:16 chr6 31382882 . C A 243.22 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.020934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.927;QD=8.24477;RBI=0.0227613;REFB=-0.00537811;REVB=-0.00893561;RO=84;SAF=16;SAR=18;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220539;STB=0.513018;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.015698;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:18:16:38:46:18:16:38:46 chr6 31382911 . A G 1465.59 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413672;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9743;QD=58.6238;RBI=0.0581409;REFB=0.0280322;REVB=-0.0408549;RO=1;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839581;STB=0.504424;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000278644;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:56:43:0:1:56:43:0:1 chr6 31473546 . A G 1000.16 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.602;QD=56.3469;RBI=0.0233681;REFB=-0.0781276;REVB=0.00270441;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.501867;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000651023;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:1:2:68:69:0.971831:39:29:0:1:39:30:1:1 chr6 31473561 . A G 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00523364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.802;QD=8.24506;RBI=0.0205609;REFB=-0.00645338;REVB=-0.0198837;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145446;STB=0.587093;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0206711;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:8:10:19:25:8:10:19:25 chr6 31474000 . G A 394.97 PASS AF=0.360902;AO=45;DP=130;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0177109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5262;QD=11.8787;RBI=0.0236862;REFB=-0.00890382;REVB=0.0157277;RO=84;SAF=26;SAR=19;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348097;STB=0.506194;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.032659;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:84:85:45:48:0.360902:19:26:46:38:21:27:47:38 chr6 31474884 . G A 418.74 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0224592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0487;QD=19.0335;RBI=0.0226485;REFB=-0.0268296;REVB=-0.00292146;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473544;STB=0.521499;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0282272;OID=.;OPOS=31474884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:42:43:0.488636:27:15:14:31:28:15:14:31 chr6 31477681 . A G 1249.28 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561503;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0133;QD=61.6926;RBI=0.0723288;REFB=0;REVB=-0.0455916;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50945e-05;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr6 31496791 . C G 140.24 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00372792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.761;QD=13.3565;RBI=0.103402;REFB=-0.017013;REVB=0.103334;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708753;STB=0.555485;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0408503;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:10:6:11:14:10:6:12:14 chr6 31496915 . G A 1205.11 PASS AF=1;AO=70;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.13;QD=61.0184;RBI=0.131636;REFB=0;REVB=-0.00174731;RO=0;SAF=12;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404124;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:70:79:1:58:12:0:0:60:19:0:0 chr6 31496925 . G A 1190.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.894;QD=61.0411;RBI=0.0308519;REFB=0;REVB=0.00490188;RO=0;SAF=19;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66734e-05;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:59:19:0:0:59:19:0:0 chr6 31497706 . C T 2199.86 PASS AF=0.95625;AO=151;DP=160;FAO=153;FDP=160;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.109192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.326;QD=54.9966;RBI=0.109224;REFB=-0.234709;REVB=0.00263354;RO=9;SAF=66;SAR=85;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486933;STB=0.518205;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00217815;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:160:160:9:7:151:153:0.95625:85:66:8:1:85:68:6:1 chr6 31506624 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.633;QD=58.4157;RBI=0.00934446;REFB=0;REVB=-0.0082634;RO=0;SAF=14;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.098e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:49:14:0:0:49:14:0:0 chr6 31506648 . G T 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206352;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4508;QD=58.9539;RBI=0.0480915;REFB=0;REVB=-0.0434394;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214629;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr6 31506801 . G A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.713;QD=57.4357;RBI=0.0164948;REFB=-0.0796431;REVB=-0.0012583;RO=1;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116688;STB=0.506171;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000344907;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:27:40:1:0:27:40:1:0 chr6 31509432 . G A 888.49 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00684669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.303;QD=56.412;RBI=0.0144908;REFB=-0.0339713;REVB=0.0127713;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00118905;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:1:0:29:33:1:0 chr6 31510105 . A G 1518.61 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397046;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.484;QD=63.9414;RBI=0.017008;REFB=0;REVB=-0.016538;RO=0;SAF=71;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174268;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:24:71:0:0:24:71:0:0 chr6 31513227 . G A 361.28 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0231217;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6103;QD=16.057;RBI=0.030492;REFB=-0.0320055;REVB=0.0198783;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553126;STB=0.50171;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0419445;OID=.;OPOS=31513227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:47:51:38:39:0.433333:20:18:22:25:20:19:25:26 chr6 31525448 . C T 158.11 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0396527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.803;QD=9.88203;RBI=0.0435327;REFB=-0.0201556;REVB=-0.0179654;RO=43;SAF=16;SAR=5;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184516;STB=0.609688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0525418;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:5:16:27:16:5:16:27:16 chr6 31525912 . C T 857.13 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0135617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.717;QD=54.421;RBI=0.0136181;REFB=-0.096179;REVB=0.00123821;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362622;STB=0.518512;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000556625;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:35:25:2:0:35:26:2:0 chr6 31528326 . G C 742.27 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0377333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5926;QD=59.3816;RBI=0.051811;REFB=0.0108495;REVB=0.0355047;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361449;STB=0.519223;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00127482;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:25:22:0:2:25:23:0:2 chr6 31540556 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.697;QD=36.348;RBI=0.050096;REFB=0.05082;REVB=0.0223127;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000394169;OID=.;OPOS=31540556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr6 31555130 . A G 1410.84 PASS AF=0.98913;AO=84;DP=84;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000696992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.154;QD=61.3407;RBI=0.0884574;REFB=0.0650973;REVB=0.0884546;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000708328;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:92:0:1:84:91:0.98913:44:40:0:0:47:44:1:0 chr6 31555657 . A G 322.19 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.228;QD=53.6985;RBI=0.0603149;REFB=0;REVB=0.0135841;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331997;OID=.;OPOS=31555657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:15:24:1:2:13:0:0:2:22:0:0 chr6 31556581 . T A 801.7 PASS AF=0.968254;AO=55;DP=58;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.109298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.6082;QD=50.9014;RBI=0.118772;REFB=-0.0247711;REVB=0.0464818;RO=3;SAF=22;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268828;STB=0.503537;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00860143;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:58:63:3:2:55:61:0.968254:33:22:2:1:37:24:1:1 chr6 31557791 . G A 454.25 PASS AF=0.586667;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0342445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.106;QD=24.2267;RBI=0.0346653;REFB=-0.017482;REVB=-0.00538508;RO=31;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281149;STB=0.510633;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0139817;OID=.;OPOS=31557791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:31:43:44:0.586667:22:21:14:17:23:21:14:17 chr6 31583166 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=24;FSRR=0;FWDB=0.00527103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.881;QD=11.4393;RBI=0.00527103;REFB=-0.00582446;REVB=0;RO=24;SAF=13;SAR=0;SRF=24;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018365;OID=.;OPOS=31583166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:0:13:24:0:0:13:24:0 chr6 31583312 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0222281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.426;QD=21.9448;RBI=0.0359186;REFB=-0.0179284;REVB=0.0282145;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089227;STB=0.549941;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00836418;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:10:2:4:12:10:2 chr6 31583931 . C T 213.19 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00707794;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.344;QD=8.61368;RBI=0.0252871;REFB=-0.00840069;REVB=-0.0242763;RO=66;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245083;STB=0.500362;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.027666;OID=.;OPOS=31583931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:66:71:28:28:0.282828:15:13:32:34:15:13:33:38 chr6 31594628 . T A 1156.93 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078129;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9725;QD=60.8911;RBI=0.0090165;REFB=0;REVB=-0.00450065;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18292e-05;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr6 31595772 . GCCTGCTGCCCCA G,GCCTGCTGCCCA 168.77 PASS AF=0.356164,0.0410959;AO=25,9;DP=75;FAO=26,3;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13,2;FSAR=13,1;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00433965,-0.144642;FXX=0.0266631;HRUN=2,4;LEN=12,1;MLLD=278.515,14.0113;QD=9.24776;RBI=0.00806637,0.145729;REFB=-0.0167759,-0.110504;REVB=0.00679954,0.0177582;RO=34;SAF=12,7;SAR=13,2;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.138902,0.228255;STB=0.58565,0.531039;STBP=0.305,0.959;TYPE=del,del;VARB=0.0302771,0.179316;OID=.,.;OPOS=31595773,31595780;OREF=CCTGCTGCCCCA,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GCCTGCTGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164,0.0410959:25,9:75:26,3:73:44:13,2:13,1:28:16:99:34:12,7:13,2:21:13 chr6 31595882 . C A 780.67 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.817;QD=63.7277;RBI=0.0761378;REFB=0;REVB=0.04185;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246833;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:46:49:1:37:9:0:0:37:12:0:0 chr6 31600304 . G C 274.19 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0290958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.736;QD=24.9267;RBI=0.0317002;REFB=-0.0196225;REVB=0.0125833;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928746;STB=0.551682;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0151639;OID=.;OPOS=31600304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:9:10:16:9:9:10 chr6 31600698 . TGGGGGT TGGGGT,TGGGGTC 50.57 PASS AF=0.258065,0.0967742;AO=8,3;DP=31;FAO=8,3;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1,3;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.104743,0.103287;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.8132,24.7822;QD=6.52484;RBI=0.12508,0.111246;REFB=-0.0691456,-0.0481699;REVB=-0.0683665,0.0413205;RO=17;SAF=2,3;SAR=6,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0.311111,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.377676,0.580631;STB=0.874063,0.995389;STBP=0.016,0.15;TYPE=del,mnp;VARB=0.109646,0.0926103;OID=.,.;OPOS=31600699,31600703;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=TGGGGT,TGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0.0967742:8,3:31:8,3:31:20:1,3:7,0:13:7:35:17:2,3:6,0:10:7 chr6 31601344 . T C 808.47 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00852645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1545;QD=53.8977;RBI=0.0168769;REFB=-0.00281783;REVB=0.0145646;RO=2;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217703;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000335777;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:27:31:1:1:27:31:1:1 chr6 31602967 . G A 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.223;QD=59.8329;RBI=0.0306997;REFB=0;REVB=0.0296277;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33973e-05;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr6 31604044 . T G 759.92 PASS AF=0.98;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00255962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7878;QD=60.7935;RBI=0.00501531;REFB=0.00117122;REVB=-0.00431296;RO=2;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013067;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-9.42619e-05;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:2:1:46:49:0.98:30:16:1:1:31:18:1:0 chr6 31605278 . C T 762.74 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=130;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00747086;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8085;QD=23.6509;RBI=0.0253859;REFB=-0.0285401;REVB=0.0242617;RO=55;SAF=36;SAR=36;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505108;STB=0.519374;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0205242;OID=.;OPOS=31605278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:55:57:72:72:0.55814:36:36:31:24:36:36:31:26 chr6 31617054 . AG AC,A 135.13 PASS AF=0,0.787234;AO=9,15;DP=50;FAO=0,37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=0,16;FSAR=0,21;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0338044,0.00617175;FXX=0.0961354;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=92.5134,6.5234;QD=11.5;RBI=0.220849,0.0711793;REFB=0.0427766,0.043647;REVB=-0.218247,0.0709113;RO=8;SAF=0,9;SAR=9,6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782425,0.140777;STB=0.5,0.507038;STBP=1,0.894;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0489736;OID=.,.;OPOS=31617055,31617055;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.787234:9,15:50:0,37:47:10:0,16:0,21:4:6:22:8:0,9:9,6:3:5 chr6 31625507 . G T 953.52 PASS AF=0.589404;AO=89;DP=151;FAO=89;FDP=151;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00738907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.076;QD=25.2587;RBI=0.00916297;REFB=-0.0126472;REVB=0.00541863;RO=62;SAF=43;SAR=46;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037119;STB=0.520156;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00957947;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:62:62:89:89:0.589404:46:43:33:29:46:43:33:29 chr6 31625541 . C A 922.24 PASS AF=0.588652;AO=83;DP=141;FAO=83;FDP=141;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0138872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4361;QD=26.1628;RBI=0.0854912;REFB=-0.00322295;REVB=-0.0843558;RO=56;SAF=45;SAR=38;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219141;STB=0.50396;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00119731;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:56:58:83:83:0.588652:38:45:32:24:38:45:32:26 chr6 31627449 . C G 619.6 PASS AF=0.38587;AO=70;DP=183;FAO=71;FDP=184;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.00579358;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.84;QD=13.4696;RBI=0.00582197;REFB=-0.00755475;REVB=-0.000574217;RO=112;SAF=31;SAR=39;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528318;STB=0.527667;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00739731;OID=.;OPOS=31627449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:112:113:70:71:0.38587:39:31:55:57:39:32:56:57 chr6 31627523 . C T 3050.69 PASS AF=0.990099;AO=200;DP=203;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00551598;FXX=0.00492587;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.5612;QD=60.4096;RBI=0.00593302;REFB=-0.0681566;REVB=0.00218509;RO=0;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000146428;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:202:0:2:200:200:0.990099:92:108:0:0:92:108:0:2 chr6 31628113 . A C 421.77 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00554504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.03;QD=18.1405;RBI=0.00596609;REFB=0.010412;REVB=0.00220154;RO=48;SAF=13;SAR=29;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07077;STB=0.532539;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0102299;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:50:42:43:0.462366:29:13:18:30:29:14:19:31 chr6 31630241 . C T 932.53 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147589;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.286;QD=55.6733;RBI=0.0322551;REFB=-0.0880908;REVB=0.0286804;RO=2;SAF=20;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126516;STB=0.5067;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00129555;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:45:20:1:1:45:20:1:1 chr6 31633268 . CAGGTT C 154.19 PASS AF=0.358491;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0358919;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=240.56;QD=11.6369;RBI=0.0406206;REFB=-0.0139757;REVB=-0.0190213;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117099;STB=0.531421;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.0275148;OID=.;OPOS=31633269;OREF=AGGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491:17:53:19:53:34:7:12:11:23:99:32:7:10:10:22 chr6 31634758 . G A 2370.19 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.406;QD=64.0591;RBI=0.0276979;REFB=0;REVB=0.00864998;RO=0;SAF=92;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54665e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:56:92:0:0:56:92:0:0 chr6 31635710 . T C 786.9 PASS AF=0.982456;AO=57;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00218138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.562;QD=55.221;RBI=0.0184852;REFB=0.028371;REVB=-0.018356;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.517235;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000368416;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:57:56:0.982456:42:15:0:0:42:14:1:0 chr6 31639757 . G A 781.07 PASS AF=0.570312;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0162819;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7758;QD=24.4083;RBI=0.0493305;REFB=0.00302928;REVB=-0.046566;RO=54;SAF=28;SAR=45;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179018;STB=0.601524;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00219277;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:54:55:73:73:0.570312:45:28:33:21:45:28:34:21 chr6 31657413 . T C 1387.79 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.158;QD=62.3724;RBI=0.0631799;REFB=0;REVB=0.0623363;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119899;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:49:38:0:0:50:39:0:0 chr6 31657924 . G A 605.19 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=-0.0280215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2673;QD=23.5026;RBI=0.0439759;REFB=-0.0882348;REVB=0.0338922;RO=41;SAF=40;SAR=18;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155804;STB=0.590995;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0449997;OID=.;OPOS=31657924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:41:44:58:59:0.572816:18:40:35:6:18:41:38:6 chr6 31675297 . C T 586.11 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0024934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.145;QD=18.0342;RBI=0.00783182;REFB=-0.0133812;REVB=0.00742431;RO=69;SAF=34;SAR=26;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559194;STB=0.535675;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0167838;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:69:60:61:0.469231:26:34:43:26:27:34:43:26 chr6 31675765 . G A 139.45 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0347838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9998;QD=9.14442;RBI=0.0427259;REFB=-0.0283625;REVB=0.0248111;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736676;STB=0.534447;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.063674;OID=.;OPOS=31675765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:39:42:19:19:0.311475:9:10:18:21:9:10:20:22 chr6 31679874 . G T 413.04 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00166104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.167;QD=24.2964;RBI=0.030402;REFB=0.000662427;REVB=-0.0303566;RO=28;SAF=27;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141124;STB=0.577614;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000386948;OID=.;OPOS=31679874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:13:27:14:14:13:27:14:14 chr6 31683157 . T G 170.8 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00396573;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.836;QD=13.3956;RBI=0.00910818;REFB=-0.0145284;REVB=0.0081995;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696766;STB=0.540235;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.017811;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:15:16:9:11:15:16 chr6 31687008 . G A 239.23 PASS AF=0.340909;AO=25;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.00472613;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.799;QD=10.8742;RBI=0.027825;REFB=0.00374832;REVB=0.0274206;RO=58;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183409;STB=0.550692;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0026973;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:58:58:25:30:0.340909:13:12:19:39:18:12:19:39 chr6 31708328 . C T 442.84 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00256099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.198;QD=13.5218;RBI=0.00407646;REFB=-0.00988351;REVB=-0.00317157;RO=80;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118343;STB=0.56688;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0142787;OID=.;OPOS=31708328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:80:51:51:0.389313:25:26:32:48:25:26:32:48 chr6 31729359 . A G 1376.76 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.348;QD=62.5798;RBI=0.0578503;REFB=0;REVB=-0.0552282;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189495;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr6 31731881 . C T 260.61 PASS AF=0.402778;AO=23;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0327311;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=167.088;QD=14.4781;RBI=0.032821;REFB=-0.00818689;REVB=0.00242702;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.551688;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0206728;OID=.;OPOS=31731881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:41:23:29:0.402778:13:10:14:15:16:13:22:19 chr6 31745284 . C T 1054.84 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0332779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6;QD=57.0182;RBI=0.0703451;REFB=-0.107434;REVB=0.0619759;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00125885;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:0:2:72:72:0.972973:34:38:0:0:34:38:2:0 chr6 31747434 . G A 149.72 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.03281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.245;QD=28.5176;RBI=0.0342662;REFB=0.0205168;REVB=0.00988316;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.538411;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00233346;OID=.;OPOS=31747434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:6:6:14:15:0.714286:7:7:4:2:7:8:4:2 chr6 31748820 . G A 314.34 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0060538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.835;QD=17.2242;RBI=0.0240368;REFB=-0.00517526;REVB=-0.023262;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11697;STB=0.565529;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00556033;OID=.;OPOS=31748820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:19:15:22:17:19:15:22:17 chr6 31750509 . G A 349.32 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0245426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7321;QD=34.0795;RBI=0.0269548;REFB=0.00407967;REVB=0.0111456;RO=12;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538962;STB=0.529392;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00301187;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:12:12:29:29:0.707317:14:15:5:7:14:15:5:7 chr6 31753423 . T C 514.4 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0288653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1751;QD=27.4347;RBI=0.0670649;REFB=-0.0208177;REVB=-0.0605351;RO=27;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155565;STB=0.575479;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0168296;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:28:47:47:0.626667:21:26:21:6:21:26:21:7 chr6 31778272 . G A 778.52 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0870071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.605;QD=53.6912;RBI=0.0933835;REFB=-0.0448829;REVB=0.0339154;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050898;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0011276;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:2:1:54:57:0.982759:23:31:1:1:23:34:0:1 chr6 31778529 . C T 48.26 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00331856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.665;QD=12.8693;RBI=0.0403785;REFB=-0.083723;REVB=0.0402419;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0433285;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:8:7:7:0.466667:3:4:2:4:3:4:3:5 chr6 31778831 . A G 383.28 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0196995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.35;QD=22.8827;RBI=0.0197002;REFB=-0.0411725;REVB=-0.000159784;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727231;STB=0.503935;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0276368;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:20:18:13:15:20:18:14:15 chr6 31795561 . G C 415.4 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00214993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4176;QD=27.6935;RBI=0.0157116;REFB=-0.00146176;REVB=0.0155638;RO=20;SAF=15;SAR=24;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10571;STB=0.566894;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00105929;OID=.;OPOS=31795561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:24:15:11:9:24:15:12:9 chr6 31797587 . C G 104.74 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0390616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.707;QD=10.7426;RBI=0.0390835;REFB=-0.00792268;REVB=-0.00130608;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165458;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:25:26:11:13:0.333333:4:7:16:9:5:8:16:10 chr6 31797769 . A AAAGTT,T 251.41 PASS AF=0.307018,0;AO=32,5;DP=119;FAO=35,0;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=7,0;FSAR=28,0;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0344854,-0.106114;FXX=0.0086949;HRUN=3,3;LEN=5,1;MLLD=263.704,43.5947;QD=8.82153;RBI=0.0345102,0.111517;REFB=-0.0111763,-0.00482286;REVB=0.00130917,-0.0342905;RO=82;SAF=6,4;SAR=26,1;SRF=44;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.453335,0.264046;STB=0.750804,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0211207,0;OID=.,.;OPOS=31797770,31797769;OREF=-,A;OALT=AAGTT,T;OMAPALT=AAAGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:114:82:79:32,5:35,0:0.307018,0:26,1:6,4:44:38:28,0:7,0:42:37 chr6 31797923 . G T 73.05 PASS AF=0.244898;AO=7;DP=56;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00428572;FXX=0.183303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.376;QD=5.96329;RBI=0.0152554;REFB=-0.000750403;REVB=-0.014641;RO=25;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377228;STB=0.710191;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00405526;OID=.;OPOS=31797923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:56:49:25:37:7:12:0.244898:1:6:15:10:4:8:14:23 chr6 31838441 . T C 623.65 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0367172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.475;QD=25.4551;RBI=0.0396471;REFB=-0.0126087;REVB=-0.0149579;RO=42;SAF=25;SAR=31;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141788;STB=0.507752;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00859099;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:31:25:18:24:31:25:18:24 chr6 31839309 . C T 731.17 PASS AF=0.525926;AO=70;DP=139;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0058865;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7676;QD=21.6643;RBI=0.00828064;REFB=-0.00138303;REVB=-0.00582392;RO=63;SAF=19;SAR=51;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227211;STB=0.622345;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00275575;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:135:63:64:70:71:0.525926:51:19:32:31:51:20:33:31 chr6 31839331 . C T 664.33 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00774936;FXX=0.0260847;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.792;QD=23.7261;RBI=0.00875592;REFB=-0.0297428;REVB=-0.00407596;RO=46;SAF=20;SAR=44;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22192;STB=0.613977;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0180222;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:48:64:64:0.571429:44:20:27:19:44:20:27:21 chr6 31846741 . C A 210.87 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=54;FWDB=0.0162295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1311;QD=10.0416;RBI=0.0476847;REFB=-0.0252422;REVB=0.0448378;RO=55;SAF=3;SAR=24;SRF=3;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198841;STB=0.618977;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0634559;OID=.;OPOS=31846741;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:57:27:27:0.321429:24:3:3:52:24:3:3:54 chr6 31850518 . ACCCCCCA ACCCCCA,ACCCCCAC,ACCCCCAG,ACCCTCCA 42.07 PASS AF=0.235294,0,0,0.0588235;AO=13,2,2,3;DP=52;FAO=12,0,0,3;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6,0,0,0;FSAR=6,0,0,3;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.212235,0.0454428,0.0795946,-0.00606439;FXX=0.0377287;HRUN=6,6,6,6;LEN=1,2,2,1;MLLD=8.46697,84.6746,24.5929,226.963;QD=3.29933;RBI=0.231032,0.0503256,0.102267,0.0191609;REFB=-0.0929907,-0.0212952,-0.0477207,-0.0126504;REVB=-0.0912783,-0.0216244,-0.0642127,-0.0181759;RO=27;SAF=4,2,0,0;SAR=9,0,2,3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.714286,0,0,0;SSSB=-0.320333,0.434608,-0.515582,-0.599993;STB=0.520799,0.5,0.5,0.996262;STBP=0.88,1,1,0.08;TYPE=del,mnp,mnp,snp;VARB=0.12691,0,0.0339764,0.0135;OID=.,.,.,.;OPOS=31850519,31850524,31850524,31850522;OREF=C,CA,CA,C;OALT=-,AC,AG,T;OMAPALT=ACCCCCA,ACCCCCAC,ACCCCCAG,ACCCTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294,0,0,0.0588235:13,2,2,3:52:12,0,0,3:51:36:6,0,0,0:6,0,0,3:17:19:28:27:4,2,0,0:9,0,2,3:16:11 chr6 31856212 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00243788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.031;QD=10.4721;RBI=0.0319401;REFB=0.00601597;REVB=0.0318469;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470445;STB=0.528254;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0110915;OID=.;OPOS=31856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:11:13:7:5:11:13 chr6 31860337 . T C 816.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.567;QD=57.2649;RBI=0.033626;REFB=0;REVB=0.029151;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01696e-05;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:17:38:0:0:18:39:0:0 chr6 31864547 . G T 275.37 PASS AF=0.581395;AO=26;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.065045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.6515;QD=25.6161;RBI=0.0767401;REFB=-0.0319001;REVB=-0.040721;RO=13;SAF=22;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156349;STB=0.659848;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.045034;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:18:26:25:0.581395:4:22:9:4:3:22:12:6 chr6 31905130 . G A 265.5 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.104463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9538;QD=11.0625;RBI=0.10447;REFB=-0.0194863;REVB=0.00122515;RO=60;SAF=21;SAR=11;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16364;STB=0.576874;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0404291;OID=.;OPOS=31905130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:60:64:32:32:0.333333:11:21:31:29:11:21:35:29 chr6 31914180 . G A 446.77 PASS AF=0.366197;AO=51;DP=140;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00977412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.555;QD=12.585;RBI=0.0130558;REFB=-0.00142606;REVB=0.00865565;RO=89;SAF=26;SAR=25;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117329;STB=0.563356;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00176047;OID=.;OPOS=31914180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:89:90:51:52:0.366197:25:26:36:53:26:26:36:54 chr6 31914935 . A G 1706.19 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.029;QD=60.3961;RBI=0.0330139;REFB=0;REVB=0.00428033;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33132e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:57:55:0:0:57:56:0:0 chr6 31917291 . C T 238.8 PASS AF=0.313725;AO=31;DP=103;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.017905;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.724;QD=9.36451;RBI=0.0183771;REFB=-0.00803026;REVB=0.00413865;RO=71;SAF=15;SAR=16;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146929;OID=.;OPOS=31917291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:71:70:31:32:0.313725:16:15:36:35:16:16:35:35 chr6 31927087 . A AC 31.75 PASS AF=0.128079;AO=38;DP=202;FAO=26;FDP=203;FR=.;FRO=177;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=92;FSRR=85;FWDB=-0.0328022;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.4287;QD=0.625601;RBI=0.0329307;REFB=-0.0115151;REVB=-0.00290672;RO=164;SAF=12;SAR=26;SRF=90;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298643;STB=0.685832;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=0.111;OID=.;OPOS=31927088;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128079:38:202:26:203:177:8:18:92:85:31:164:12:26:90:74 chr6 31928306 . A G 615.32 PASS AF=0.362319;AO=75;DP=208;FAO=75;FDP=207;FR=.;FRO=132;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=83;FWDB=0.0255196;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.376;QD=11.8902;RBI=0.0352827;REFB=-0.0198158;REVB=-0.0243643;RO=132;SAF=31;SAR=44;SRF=49;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492846;STB=0.527953;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0222209;OID=.;OPOS=31928306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:132:132:75:75:0.362319:44:31:49:83:44:31:49:83 chr6 31928799 . T C 1180.08 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7566;QD=58.2756;RBI=0.0138387;REFB=-0.0853568;REVB=0.00701088;RO=1;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017855;STB=0.517853;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00212172;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:81:1:2:78:79:0.975309:26:52:0:1:27:52:0:2 chr6 31929014 . A C 2203.98 PASS AF=1;AO=138;DP=142;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477669;FXX=0.0347198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.959;QD=63.4239;RBI=0.0321072;REFB=0;REVB=0.0317499;RO=0;SAF=79;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631803;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:139:0:0:138:139:1:59:79:0:0:59:80:0:0 chr6 31930351 . A G 907.12 PASS AF=0.675214;AO=79;DP=116;FAO=79;FDP=117;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0240861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.424;QD=31.0125;RBI=0.0241383;REFB=0.00280809;REVB=-0.00158653;RO=36;SAF=32;SAR=47;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121173;STB=0.557298;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00113885;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:36:38:79:79:0.675214:47:32:22:14:47:32:22:16 chr6 31935567 . G A 730.34 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00297745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4135;QD=23.0029;RBI=0.0579583;REFB=-0.0153531;REVB=0.0578818;RO=57;SAF=35;SAR=35;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792153;STB=0.543295;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.012429;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:57:70:70:0.551181:35:35:34:23:35:35:34:23 chr6 31936668 . T C 642.69 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.665;QD=61.2087;RBI=0.0575123;REFB=0;REVB=0.0500287;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300102;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:8:33:0:0:9:33:0:0 chr6 31936679 . C T 154.56 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00801107;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4289;QD=12.8798;RBI=0.0115091;REFB=-0.0304363;REVB=0.00826327;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210903;STB=0.545403;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0633502;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:31:17:17:0.354167:6:11:22:5:6:11:22:9 chr6 31939345 . G A 1082.68 PASS AF=0.488987;AO=110;DP=226;FAO=111;FDP=227;FR=.;FRO=116;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=72;FWDB=0.0171143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6068;QD=19.0781;RBI=0.0866041;REFB=-0.0261344;REVB=0.0848962;RO=115;SAF=56;SAR=54;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125487;STB=0.563896;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.018142;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:115:116:110:111:0.488987:54:56:43:72:55:56:44:72 chr6 31974849 . C G 493.65 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0104626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0057;QD=18.8058;RBI=0.0359681;REFB=-0.0322223;REVB=-0.0344128;RO=51;SAF=32;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617277;STB=0.535755;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0312567;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:53:52:52:0.495238:20:32:28:23:20:32:29:24 chr6 31975113 . G C 163.64 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=13;FWDB=-0.00510256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.364;QD=7.79262;RBI=0.00822173;REFB=-0.000942447;REVB=0.00644676;RO=61;SAF=22;SAR=1;SRF=48;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489745;STB=0.814426;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00292854;OID=.;OPOS=31975113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:1:22:48:13:1:22:48:13 chr6 31975151 . T G 265.89 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0151937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.36;QD=9.8479;RBI=0.036556;REFB=-0.0136503;REVB=-0.033249;RO=73;SAF=26;SAR=9;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101935;STB=0.559651;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.031937;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:73:73:35:35:0.324074:9:26:49:24:9:26:49:24 chr6 31977391 . C T 1624.29 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.893;QD=60.1589;RBI=0.0628392;REFB=0;REVB=0.0555281;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112345;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:58:50:0:0:58:50:0:0 chr6 31977528 . C G 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0363813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.899;QD=54.3577;RBI=0.040462;REFB=-0.0413721;REVB=0.017708;RO=2;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307191;STB=0.501628;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000684729;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:33:27:1:1:33:27:1:1 chr6 31977552 . C G 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0158976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.799;QD=2.22003;RBI=0.0270838;REFB=-0.00477257;REVB=-0.0219271;RO=54;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105258;STB=0.571225;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0276502;OID=.;OPOS=31977552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:54:55:7:7:0.112903:3:4:26:28:3:4:27:28 chr6 31978746 . G A 341.19 PASS AF=0.564516;AO=33;DP=60;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00420278;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.443;QD=22.0123;RBI=0.00467333;REFB=-0.023487;REVB=-0.0020437;RO=26;SAF=23;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323908;STB=0.509144;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0162377;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:26:27:33:35:0.564516:10:23:19:7:11:24:19:8 chr6 31978824 . G A 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.00768815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.136;QD=12.0698;RBI=0.0170037;REFB=0.0131758;REVB=0.0151663;RO=44;SAF=21;SAR=5;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611629;STB=0.53503;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0194237;OID=.;OPOS=31978824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:5:21:37:7:5:21:37:7 chr6 31996524 . C A 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0404591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5204;QD=26.0229;RBI=0.0404591;REFB=0.00477538;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00503234;OID=.;OPOS=31996524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr6 32006317 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1467;QD=56.1862;RBI=0.045928;REFB=0;REVB=0.0120553;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681308;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr6 32006337 . C A 238.91 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0300005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7932;QD=43.4375;RBI=0.114491;REFB=-0.23468;REVB=0.11049;RO=3;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18245;STB=0.562436;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0368717;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:3:2:19:20:0.909091:13:6:3:0:13:7:2:0 chr6 32006886 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0737641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2889;QD=15.5705;RBI=0.0739785;REFB=0.0162323;REVB=-0.00562776;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192184;STB=0.613407;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0143476;OID=.;OPOS=32006886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:8:4:2:9:8:4 chr6 32007849 . G C 215.46 PASS AF=0.216867;AO=36;DP=165;FAO=36;FDP=166;FR=.;FRO=130;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=87;FSRR=43;FWDB=-0.0140193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.798;QD=5.19169;RBI=0.0140207;REFB=0.00093481;REVB=-0.000201173;RO=128;SAF=31;SAR=5;SRF=86;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335808;STB=0.715931;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00280542;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:128:130:36:36:0.216867:5:31:86:42:5:31:87:43 chr6 32010272 . T A 388.86 PASS AF=0.227106;AO=62;DP=265;FAO=62;FDP=273;FR=.;FRO=211;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=102;FSRR=109;FWDB=-0.00997177;FXX=0.00727246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.944;QD=5.69752;RBI=0.0169465;REFB=-0.00237616;REVB=-0.0137021;RO=202;SAF=35;SAR=27;SRF=100;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883116;STB=0.562694;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00914573;OID=.;OPOS=32010272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:273:202:211:62:62:0.227106:27:35:100:102:27:35:102:109 chr6 32012987 . A G 1038.35 PASS AF=0.288306;AO=143;DP=505;FAO=143;FDP=496;FR=.;FRO=353;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=138;FSRR=215;FWDB=-0.0392229;FXX=0.0178214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.824;QD=8.3738;RBI=0.0424209;REFB=-0.0183177;REVB=-0.0161585;RO=361;SAF=63;SAR=80;SRF=146;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453645;STB=0.536127;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.041231;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:505:496:361:353:143:143:0.288306:80:63:146:215:80:63:138:215 chr6 32017105 . A G 495.49 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00196065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.509;QD=26.0783;RBI=0.0191148;REFB=-0.00660743;REVB=-0.0190139;RO=30;SAF=27;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639608;STB=0.53495;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00376764;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:19:27:15:15:19:27:15:15 chr6 32018045 . GC CG 34.67 PASS AF=0.0869565;AO=16;DP=140;FAO=12;FDP=138;FR=.;FRO=126;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.0295451;FXX=0.0142847;HRUN=6;LEN=2;MLLD=45.4285;QD=1.00488;RBI=0.0318634;REFB=-0.00596996;REVB=-0.0119317;RO=107;SAF=1;SAR=15;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643214;STB=0.911427;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.172943;OID=.;OPOS=32018045;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:138:107:126:16:12:0.0869565:15:1:64:43:11:1:66:60 chr6 32024600 . T C 272.85 PASS AF=0.253086;AO=41;DP=162;FAO=41;FDP=162;FR=.;FRO=121;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=0.0208455;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.787;QD=6.73703;RBI=0.0329882;REFB=-0.00105199;REVB=-0.0255673;RO=116;SAF=23;SAR=18;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159803;STB=0.60305;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00310438;OID=.;OPOS=32024600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:116:121:41:41:0.253086:18:23:50:66:18:23:51:70 chr6 32029226 . A G 207.45 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00875766;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.525;QD=13.1715;RBI=0.0233427;REFB=-0.0230672;REVB=-0.0216376;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487006;STB=0.527896;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0358314;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:20:18:13:12:20:18 chr6 32032743 . G A 199.82 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0285452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.958;QD=11.4184;RBI=0.0285696;REFB=-0.0259074;REVB=0.00118101;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18829;STB=0.514781;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0429631;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:45:14:25:0.357143:9:5:19:18:10:15:26:19 chr6 32050067 . T C 364.97 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0144936;FXX=0.0619414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.717;QD=13.7723;RBI=0.0156306;REFB=-0.00871047;REVB=0.00585248;RO=54;SAF=34;SAR=8;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219051;STB=0.622254;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0189803;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:106:54:63:42:43:0.40566:8:34:35:19:8:35:42:21 chr6 32063953 . G C 34.33 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0680806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9853;QD=2.17974;RBI=0.0789045;REFB=-0.014613;REVB=-0.0398867;RO=49;SAF=12;SAR=1;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.746922;STB=0.90604;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.100105;OID=.;OPOS=32063953;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:63:49:56:13:7:0.111111:1:12:11:38:1:6:18:38 chr6 32088854 . G C 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00459728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.839;QD=8.90115;RBI=0.0230825;REFB=-0.0102442;REVB=-0.02262;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244708;STB=0.643921;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0271826;OID=.;OPOS=32088854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:9:9:12:29:9:9:12:29 chr6 32118743 . AGGGGGT AGGGG,AGGGGT 34.75 PASS AF=0,0.55;AO=2,9;DP=20;FAO=0,11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0,7;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0400928,-0.0738343;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=67.1202,7.57924;QD=6.95059;RBI=0.337925,0.269072;REFB=-0.0209907,-0.236577;REVB=-0.335539,-0.258744;RO=8;SAF=1,6;SAR=1,3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.662376,-0.355513;STB=0.5,0.631371;STBP=1,0.288;TYPE=del,del;VARB=0,0.146601;OID=.,.;OPOS=32118748,32118744;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.55:2,9:20:0,11:20:9:0,7:0,4:8:1:31:8:1,6:1,3:8:0 chr6 32119898 . T C 3528.16 PASS AF=0.9625;AO=231;DP=240;FAO=231;FDP=240;FR=.;FRO=9;FSAF=127;FSAR=104;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00865781;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.647;QD=58.8027;RBI=0.0303006;REFB=-0.0300131;REVB=0.0290374;RO=9;SAF=127;SAR=104;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032574;STB=0.517109;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00214692;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:240:240:9:9:231:231:0.9625:104:127:9:0:104:127:9:0 chr6 32122385 . GC G,GG 933.65 PASS AF=1,0;AO=20,43;DP=63;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584964,-0.0719926;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.349,206.028;QD=59.2794;RBI=0.0585523,0.0742742;REFB=0,0;REVB=0.00255703,-0.0182682;RO=0;SAF=2,29;SAR=18,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.19193e-08,-3.13233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000538172,0;OID=.,.;OPOS=32122386,32122386;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,43:63:63,0:63:0:31,0:32,0:0:0:5:0:2,29:18,14:0:0 chr6 32122472 . C A 234.58 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0102452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.847;QD=15.1339;RBI=0.010811;REFB=-0.0122152;REVB=-0.00345175;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377886;STB=0.711377;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0172038;OID=.;OPOS=32122472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:7:28:11:16:7:28 chr6 32147696 . G A 590.39 PASS AF=0.372973;AO=69;DP=185;FAO=69;FDP=185;FR=.;FRO=116;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=75;FWDB=0.0138908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.977;QD=12.7651;RBI=0.0192829;REFB=-0.0092335;REVB=0.0133745;RO=116;SAF=33;SAR=36;SRF=41;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139791;STB=0.578925;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0171749;OID=.;OPOS=32147696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:116:116:69:69:0.372973:36:33:41:75:36:33:41:75 chr6 32148031 . A G 238.04 PASS AF=0.365854;AO=28;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0229412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.564;QD=11.6119;RBI=0.0245241;REFB=-0.00133321;REVB=0.00866802;RO=49;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134852;STB=0.554613;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00304403;OID=.;OPOS=32148031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:52:28:30:0.365854:12:16:22:27:13:17:25:27 chr6 32151294 . T C 1446.25 PASS AF=0.586667;AO=131;DP=225;FAO=132;FDP=225;FR=.;FRO=93;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0102237;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.837;QD=25.711;RBI=0.0360757;REFB=-0.010241;REVB=0.0345966;RO=93;SAF=73;SAR=58;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182026;STB=0.511571;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00736009;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:93:93:131:132:0.586667:58:73:54:39:59:73:54:39 chr6 32151994 . A T 837.24 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311436;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.649;QD=57.7409;RBI=0.0393749;REFB=0;REVB=-0.0240928;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92687e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:17:40:0:0:17:41:0:0 chr6 32154998 . C T 517.69 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000976707;FXX=0.0543419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.683;QD=23.8017;RBI=0.0255217;REFB=0.00429172;REVB=0.0255031;RO=33;SAF=30;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13046;STB=0.575189;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00561265;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:33:39:48:48:0.551724:18:30:15:18:18:30:18:21 chr6 32159956 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00459787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.911;QD=7.32219;RBI=0.00516826;REFB=-0.0303169;REVB=-0.0023602;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399996;STB=0.74925;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0907026;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:10:4:4:2:10:4 chr6 32172065 . T G 2403.08 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.619;QD=61.225;RBI=0.0279468;REFB=0;REVB=-0.0204871;RO=0;SAF=66;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1336e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:91:66:0:0:91:66:0:0 chr6 32178570 . C T 959.57 PASS AF=0.747664;AO=80;DP=107;FAO=80;FDP=107;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0231689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.068;QD=35.8719;RBI=0.0262802;REFB=-0.00695818;REVB=0.0124036;RO=27;SAF=32;SAR=48;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070218;STB=0.53754;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00277901;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:27:27:80:80:0.747664:48:32:7:20:48:32:7:20 chr6 32184705 . G A 977.35 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526213;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4657;QD=59.2332;RBI=0.0540512;REFB=0;REVB=0.0123502;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76358e-05;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr6 32188297 . G C 185.55 PASS AF=0.298507;AO=13;DP=68;FAO=20;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000980367;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.013;QD=11.0774;RBI=0.0029568;REFB=-0.0129756;REVB=-0.00278955;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089409;STB=0.526289;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0445405;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:13:20:0.298507:7:6:23:20:9:11:22:21 chr6 32188383 . T C 83.06 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0547152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.508;QD=9.49259;RBI=0.058923;REFB=-0.0062155;REVB=-0.0218669;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909731;STB=0.554817;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00508295;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:17:7:4:7:17:7 chr6 32188603 . C T 164.12 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00600527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5412;QD=11.1268;RBI=0.00750029;REFB=-0.000400806;REVB=-0.00449345;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162492;STB=0.593825;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000524696;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:9:12:27:11:9:12:27:11 chr6 32188640 . T C 143.04 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0189688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9085;QD=9.86462;RBI=0.0245892;REFB=-0.024501;REVB=0.0156465;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235934;STB=0.636765;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0326844;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:30:9:8:11:30:9 chr6 32188642 . T C 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.00143028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.54;QD=10.4736;RBI=0.0438003;REFB=-0.00512098;REVB=0.0437769;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251538;STB=0.645027;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0105253;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:29:8:8:11:29:8 chr6 32189032 . T C 591.91 PASS AF=0.4;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.0206536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.117;QD=13.9272;RBI=0.0206537;REFB=0.00686157;REVB=-5.83407e-05;RO=101;SAF=39;SAR=29;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994331;STB=0.503003;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00908666;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:101:102:68:68:0.4:29:39:57:44:29:39:58:44 chr6 32190406 . A G 360.78 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00830485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.939;QD=14.2885;RBI=0.00932648;REFB=-0.0179146;REVB=0.00424414;RO=58;SAF=14;SAR=27;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304973;STB=0.671687;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0222195;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:60:41:41:0.405941:27:14:37:21:27:14:38:22 chr6 32190484 . G A 452.86 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.00388872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.76;QD=17.5866;RBI=0.00391585;REFB=-0.019273;REVB=-0.000460103;RO=54;SAF=25;SAR=24;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184228;STB=0.602013;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0259429;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:24:25:17:37:24:25:17:37 chr6 32191620 . C T 446.72 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=0.0609062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4471;QD=23.8249;RBI=0.0747734;REFB=0.0077747;REVB=-0.0433763;RO=27;SAF=34;SAR=8;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509474;STB=0.557975;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0033663;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:32:42:43:0.573333:8:34:23:4:9:34:28:4 chr6 32191658 . T TAGC 95.67 PASS AF=0.242857;AO=10;DP=81;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=5;FWDB=-0.0259741;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=3;MLLD=149.481;QD=5.46666;RBI=0.05385;REFB=-0.0292369;REVB=-0.0471718;RO=68;SAF=7;SAR=3;SRF=55;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181051;STB=0.745071;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.0930882;OID=.;OPOS=32191659;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242857:10:81:17:70:53:11:6:48:5:95:68:7:3:55:13 chr6 32223516 . T C 230.26 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0396761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.957;QD=23.0257;RBI=0.0452284;REFB=-0.0214759;REVB=0.0217121;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243875;STB=0.636665;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0100225;OID=.;OPOS=32223516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:11:7:15:7:11:7 chr6 32223531 . A C 203.83 PASS AF=0.230769;AO=14;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0454942;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.025;QD=15.679;RBI=0.0463086;REFB=-0.0466837;REVB=-0.00864681;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.654468;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0876613;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:52:52:27:28:14:12:0.230769:10:4:9:18:10:2:9:19 chr6 32223615 . T G 462.31 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0207909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.971;QD=17.4458;RBI=0.0256918;REFB=-0.0115928;REVB=-0.0150933;RO=55;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209261;STB=0.515751;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00645134;OID=.;OPOS=32223615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:22:28:32:23:22:28:33:23 chr6 32223626 . T TG 220.85 PASS AF=0.443396;AO=43;DP=111;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.124848;FXX=0.0275204;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.781;QD=8.33387;RBI=0.201264;REFB=0.0094794;REVB=0.157861;RO=63;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277423;STB=0.543053;STBP=0.45;TYPE=ins;VARB=-0.00496742;OID=.;OPOS=32223627;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443396:43:111:47:106:59:29:18:32:27:99:63:25:18:35:28 chr6 32261014 . C A 252.75 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0389497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4443;QD=10.6422;RBI=0.0420959;REFB=-0.0226157;REVB=0.0159682;RO=64;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15018;STB=0.587572;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0492656;OID=.;OPOS=32261014;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:12:19:31:33:12:19:31:33 chr6 32261158 . G C 413.35 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0441159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0065;QD=16.3704;RBI=0.0520767;REFB=-0.0310312;REVB=-0.0276725;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225803;STB=0.625762;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0387939;OID=.;OPOS=32261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:21:24:17:39:21:24:17:39 chr6 32261291 . G C 189.47 PASS AF=0.247863;AO=29;DP=116;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.124094;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3637;QD=6.47765;RBI=0.128713;REFB=-0.0231658;REVB=-0.0341706;RO=84;SAF=22;SAR=7;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376372;STB=0.722269;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0736323;OID=.;OPOS=32261291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:84:88:29:29:0.247863:7:22:39:45:7:22:42:46 chr6 32261507 . T C 304.38 PASS AF=0.280822;AO=41;DP=146;FAO=41;FDP=146;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.00842454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.299;QD=8.33925;RBI=0.0331566;REFB=-0.0077158;REVB=0.0320684;RO=103;SAF=17;SAR=24;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984823;STB=0.565244;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0222501;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:103:105:41:41:0.280822:24:17:51:52:24:17:53:52 chr6 32261653 . A C 234.91 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0102927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6878;QD=9.21216;RBI=0.0322988;REFB=-0.00145291;REVB=-0.0306149;RO=70;SAF=19;SAR=12;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679843;STB=0.535714;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00262368;OID=.;OPOS=32261653;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:70:71:31:31:0.303922:12:19:39:31:12:19:40:31 chr6 32261771 . A G 363.53 PASS AF=0.557143;AO=31;DP=68;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00689128;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.172;QD=20.7733;RBI=0.0496152;REFB=-0.00860273;REVB=0.0491343;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108447;STB=0.525579;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00827308;OID=.;OPOS=32261771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:22:31:31:39:0.557143:10:21:12:10:16:23:20:11 chr6 32268488 . T C 204.39 PASS AF=0.325;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0050087;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.627;QD=10.2194;RBI=0.00662614;REFB=-0.000487454;REVB=-0.00433804;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10949;STB=0.575468;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00173274;OID=.;OPOS=32268488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:52:54:26:26:0.325:14:12:29:23:14:12:31:23 chr6 32268501 . A T 563.96 PASS AF=0.607143;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00240368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.609;QD=26.8554;RBI=0.0110209;REFB=-0.0386477;REVB=-0.0107556;RO=33;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329948;STB=0.513394;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0382676;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:33:33:50:51:0.607143:22:28:17:16:23:28:17:16 chr6 32270363 . A T 133.42 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0121888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.645;QD=7.96509;RBI=0.0293326;REFB=-0.0102048;REVB=0.0266802;RO=46;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36355;STB=0.715377;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0468252;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:48:19:19:0.283582:6:13:17:29:6:13:18:30 chr6 32290927 . G T 2137.68 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00124385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9779;QD=61.9619;RBI=0.0272794;REFB=-0.00209029;REVB=-0.027251;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.503144;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-9.96989e-05;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:138:0:1:136:137:0.992754:78:58:0:0:79:58:0:1 chr6 32291270 . CAG CAC,C 344.63 PASS AF=0.0625,0.5;AO=5,29;DP=64;FAO=4,32;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=1,15;FSAR=3,17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0377274,-0.0324556;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=67.8082,190.647;QD=21.5395;RBI=0.0813133,0.0410617;REFB=0.0125047,-0.0187565;REVB=0.0720312,0.0251535;RO=28;SAF=1,15;SAR=4,14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.396155,-0.0162796;STB=0.748754,0.53123;STBP=0.416,0.65;TYPE=snp,del;VARB=0.0842409,0.0191976;OID=.,.;OPOS=32291272,32291271;OREF=G,AG;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.5:5,29:64:4,32:64:28:1,15:3,17:15:13:99:28:1,15:4,14:15:13 chr6 32291359 . T G 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2818;QD=61.849;RBI=0.0403287;REFB=0;REVB=-0.0167989;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394528;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr6 32298372 . A G 469.79 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0785381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.836;QD=20.6502;RBI=0.0785414;REFB=-0.0046021;REVB=-0.000720644;RO=45;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130821;STB=0.572224;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00754349;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:24:22:15:30:24:22:15:30 chr6 32301804 . G C 693.56 PASS AF=0.523077;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00947295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=21.3404;RBI=0.0201118;REFB=-0.0214704;REVB=-0.0177412;RO=61;SAF=36;SAR=32;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088684;STB=0.552331;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.017968;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:62:68:68:0.523077:32:36:26:35:32:36:26:36 chr6 32303672 . T A 411.49 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=56;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00742079;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5518;QD=28.8767;RBI=0.0226351;REFB=-0.021385;REVB=0.0213841;RO=18;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342407;STB=0.508849;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00739722;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:18:19:36:38:0.666667:20:16:9:9:21:17:9:10 chr6 32303707 . C T 137.73 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.040973;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.435;QD=10.8022;RBI=0.0411161;REFB=-0.0201584;REVB=-0.00342816;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066221;STB=0.539124;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0399245;OID=.;OPOS=32303707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:34:17:17:0.333333:9:8:18:16:9:8:18:16 chr6 32304433 . A G 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00664303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.33;QD=8.68641;RBI=0.0117704;REFB=-0.00954764;REVB=-0.00971665;RO=52;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785144;STB=0.54647;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0215016;OID=.;OPOS=32304433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:13:9:18:34:13:9:18:34 chr6 32307260 . T G 1463.82 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281105;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.288;QD=62.29;RBI=0.0669312;REFB=-0.0589168;REVB=0.0607419;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108981;STB=0.505746;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00150735;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:94:1:1:93:93:0.989362:50:43:1:0:50:43:1:0 chr6 32307382 . G A 235.68 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0326884;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4271;QD=13.8633;RBI=0.0345439;REFB=-0.00272928;REVB=0.0111691;RO=40;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517774;STB=0.511054;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00946797;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:17:10:15:25:17:11:15:25 chr6 32310986 . C G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0167281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.215;QD=21.6131;RBI=0.0332144;REFB=-0.0613059;REVB=-0.0286944;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470398;STB=0.51281;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0219397;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:10:14:14:8:10:14:14:9 chr6 32317568 . G A 263.72 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0281362;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.222;QD=14.8573;RBI=0.0282906;REFB=-0.0184273;REVB=0.00295137;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13951;STB=0.56567;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0256557;OID=.;OPOS=32317568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:29:30:0.422535:11:18:20:21:12:18:20:21 chr6 32317922 . TTTTC T 254.37 PASS AF=0.384615;AO=47;DP=113;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00050124;FXX=0.0639949;HRUN=4;LEN=4;MLLD=253.415;QD=8.69626;RBI=0.0191654;REFB=-0.0227088;REVB=0.0191588;RO=48;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=0.123526;STB=0.506836;STBP=0.906;TYPE=del;VARB=0.033927;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:47:113:45:117:72:22:23:36:36:99:48:25:22:19:29 chr6 32333093 . A G 1446.57 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0345074;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.665;QD=57.2899;RBI=0.0406935;REFB=-0.0364257;REVB=0.0215684;RO=2;SAF=61;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152975;STB=0.508063;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000469552;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:38:61:2:0:38:61:2:0 chr6 32333098 . C T 1435.71 PASS AF=0.99;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017187;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.121;QD=57.4285;RBI=0.0200569;REFB=-0.0205004;REVB=0.0103386;RO=1;SAF=60;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784031;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=9.61483e-05;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:100:1:1:98:99:0.99:38:60:1:0:38:61:1:0 chr6 32333299 . C T 195.5 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0104242;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.654;QD=7.37749;RBI=0.0162459;REFB=-0.0195058;REVB=-0.0124605;RO=73;SAF=17;SAR=11;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118477;STB=0.506369;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0575074;OID=.;OPOS=32333299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:73:78:28:28:0.264151:11:17:45:28:11:17:48:30 chr6 32333784 . C T 314.33 PASS AF=0.338843;AO=40;DP=120;FAO=41;FDP=121;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0497784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6916;QD=10.391;RBI=0.0647216;REFB=-0.00711229;REVB=-0.0413642;RO=80;SAF=18;SAR=22;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145269;STB=0.500608;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00982928;OID=.;OPOS=32333784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:80:80:40:41:0.338843:22:18:37:43:22:19:37:43 chr6 32333955 . T C 555.94 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000355843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5136;QD=25.5603;RBI=0.0266283;REFB=-0.0169972;REVB=0.0266259;RO=36;SAF=21;SAR=30;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382638;STB=0.502091;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0186117;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:30:21:15:21:30:21:15:21 chr6 32334224 . C G 267.86 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0179809;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.096;QD=27.4724;RBI=0.0420941;REFB=-0.0203339;REVB=0.0380605;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883466;STB=0.548767;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0105486;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:5:10:13:11:5:10 chr6 32336586 . A G 1232.44 PASS AF=0.567961;AO=116;DP=206;FAO=117;FDP=206;FR=.;FRO=89;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0289946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.855;QD=23.9308;RBI=0.0290093;REFB=-0.0156162;REVB=-0.000923538;RO=89;SAF=60;SAR=56;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867605;STB=0.50291;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0110758;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:89:89:116:117:0.567961:56:60:47:42:56:61:47:42 chr6 32337686 . A G 872.63 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112075;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.713;QD=58.1753;RBI=0.023561;REFB=0;REVB=0.0207247;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137025;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:42:18:0:0:42:18:0:0 chr6 32410987 . A G 1308.96 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1947;QD=61.5982;RBI=0.0329357;REFB=0;REVB=0.0272337;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120103;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:33:51:0:0:34:51:0:0 chr6 32411035 . A C 1704.94 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.434;QD=60.3518;RBI=0.0287953;REFB=0;REVB=0.00806135;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80637e-07;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:49:62:0:0:50:63:0:0 chr6 32411646 . T G 1506.63 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0236176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3333;QD=58.51;RBI=0.0254217;REFB=-0.167502;REVB=-0.00940579;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00259464;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:1:0:54:48:1:0 chr6 32412480 . G A 1491.83 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0144958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.724;QD=57.3779;RBI=0.0254234;REFB=-0.0372233;REVB=-0.0208859;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102026;STB=0.510636;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=8.41209e-05;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:56:46:1:0:56:46:2:0 chr6 32551911 . CA AC,CC 1134.54 PASS AF=0.875,0.0454545;AO=76,4;DP=88;FAO=77,4;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=53,2;FSAR=24,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00610051,-0.0119862;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=68.457,164.893;QD=51.57;RBI=0.00619955,0.0143712;REFB=0.0267898,0.0210485;REVB=0.00110376,-0.00792861;RO=7;SAF=52,2;SAR=24,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0712155,0.213092;STB=0.537967,0.635732;STBP=0.028,0.531;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0161006,0.0426034;OID=.,.;OPOS=32551911,32551912;OREF=CA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:88:88:7:7:76,4:77,4:0.875,0.0454545:24,2:52,2:2:5:24,2:53,2:2:5 chr6 32627988 . A G 31.16 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0594202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2682;QD=2.35152;RBI=0.0834193;REFB=-0.00012355;REVB=-0.0585493;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417207;STB=0.808188;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00980216;OID=.;OPOS=32627988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:44:47:6:6:0.113208:2:4:13:31:2:4:13:34 chr6 32628045 . C G 368.45 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0305739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.287;QD=22.3304;RBI=0.0307904;REFB=-0.0264427;REVB=-0.00364519;RO=29;SAF=14;SAR=22;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261319;STB=0.63689;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0264825;OID=.;OPOS=32628045;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:29:36:37:0.560606:22:14:3:26:23:14:3:26 chr6 32628047 . T G 300.45 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.107011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.893;QD=19.0763;RBI=0.116794;REFB=-0.0204133;REVB=-0.0467922;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215659;STB=0.618768;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0276096;OID=.;OPOS=32628047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:5:26:20:12:5:26 chr6 32628057 . CA TT 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.03436;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.192;QD=15.6538;RBI=0.0401797;REFB=-0.0262752;REVB=-0.0208278;RO=29;SAF=1;SAR=25;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654304;STB=0.877966;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0387598;OID=.;OPOS=32628057;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:32:26:26:0.448276:25:1:12:17:25:1:12:20 chr6 32628065 . C G 227.28 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=0.0208632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.785;QD=17.1535;RBI=0.0217726;REFB=-0.0344879;REVB=-0.00622706;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351059;STB=0.669154;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0198153;OID=.;OPOS=32628065;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:25:25:0.471698:17:8:1:26:17:8:2:26 chr6 32628602 . G GT 108.86 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0079998;FXX=0.0161264;HRUN=0;LEN=1;MLLD=300.696;QD=7.1384;RBI=0.0231514;REFB=-0.00351911;REVB=0.0217253;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526499;STB=0.524559;STBP=0.834;TYPE=ins;VARB=0.0100564;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262295:16:63:16:61:45:8:8:24:21:99:46:8:8:25:21 chr6 32628609 . C T 118.67 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00772924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.65;QD=7.78142;RBI=0.0102304;REFB=0.00684567;REVB=0.00670224;RO=44;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192211;STB=0.511614;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0240507;OID=.;OPOS=32628609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:8:9:24:20:8:9:24:20 chr6 32628611 . C T 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00738566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8328;QD=7.13204;RBI=0.00829482;REFB=-0.0135713;REVB=0.00377572;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546623;STB=0.540933;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0136987;OID=.;OPOS=32628611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:45:16:16:0.262295:8:8:24:20:8:8:25:20 chr6 32628660 . T C 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0254299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.634;QD=13.0351;RBI=0.0833177;REFB=-0.0017366;REVB=0.0793421;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550325;STB=0.532222;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00477478;OID=.;OPOS=32628660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:18:14:7:11:18:14 chr6 32629129 . T C 269.71 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=32;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00714934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.124;QD=32.6917;RBI=0.0235204;REFB=-0.017017;REVB=0.0224075;RO=9;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283851;STB=0.519983;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00492795;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:33:9:9:23:24:0.727273:14:9:4:5:15:9:4:5 chr6 32629155 . C A 347.23 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0150637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4462;QD=33.0695;RBI=0.029748;REFB=-0.00710273;REVB=0.0256521;RO=11;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316368;STB=0.517229;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00400867;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:11:13:29:29:0.690476:14:15:5:6:14:15:6:7 chr6 32629161 . A G 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00960475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.891;QD=7.67889;RBI=0.0110995;REFB=0.000378552;REVB=-0.00556313;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729858;STB=0.545372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00195649;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:16:15:6:5:16:15 chr6 32629193 . C T 75.23 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00350667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.622;QD=7.16473;RBI=0.0145106;REFB=-0.0134927;REVB=0.0140805;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192755;STB=0.5217;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0359364;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:42:42:31:31:10:11:0.261905:5:5:16:15:5:6:16:15 chr6 32629210 . C T 81.02 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.019709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.111;QD=8.30978;RBI=0.0251105;REFB=-0.0130012;REVB=0.0155593;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.507029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.031691;OID=.;OPOS=32629210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:28:28:10:11:0.282051:5:5:15:13:5:6:15:13 chr6 32629802 . A G 264.93 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0104722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.722;QD=23.5491;RBI=0.0122377;REFB=-0.0416966;REVB=0.00633208;RO=20;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192293;STB=0.586485;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0261183;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:6:18:11:9:7:18:11:9 chr6 32629809 . C T 303.28 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0107761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.452;QD=25.811;RBI=0.0233251;REFB=-0.00732091;REVB=-0.0206866;RO=20;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171986;STB=0.595828;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00456125;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:7:20:11:9:7:20:11:9 chr6 32629847 . A G 800.62 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0076;QD=57.1874;RBI=0.0678237;REFB=0;REVB=-0.0665354;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855797;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr6 32629859 . A G 888.41 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.323;QD=56.4069;RBI=0.0237627;REFB=-0.110571;REVB=0.00518863;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000637281;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:26:36:0:1:26:36:0:1 chr6 32629868 . A G 210.23 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0133897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.606;QD=11.8437;RBI=0.0146694;REFB=0.00322523;REVB=-0.00599232;RO=45;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854634;STB=0.549258;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0131297;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:13:13:26:19:13:13:26:19 chr6 32629889 . G A 488.2 PASS AF=0.589744;AO=45;DP=77;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0164975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.048;QD=25.0359;RBI=0.0423161;REFB=0.00358676;REVB=0.0389677;RO=32;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118506;STB=0.501133;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00275551;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:32:32:45:46:0.589744:19:26:18:14:20:26:18:14 chr6 32629904 . A G 543.67 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0232001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.639;QD=25.5843;RBI=0.0307223;REFB=-0.0385627;REVB=-0.0201399;RO=34;SAF=26;SAR=23;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657957;STB=0.524954;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0204838;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:34:35:49:50:0.588235:23:26:21:13:23:27:21:14 chr6 32629931 . C G 290.4 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.023955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0422;QD=14.1659;RBI=0.024923;REFB=-0.00820547;REVB=0.00687853;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377857;STB=0.521469;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0112902;OID=.;OPOS=32629931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:16:17:27:22:16:17:27:22 chr6 32629936 . C T 238.97 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0107104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8329;QD=11.9486;RBI=0.0191683;REFB=-0.0140722;REVB=-0.0158969;RO=51;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248535;STB=0.514325;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0333078;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:13:16:27:24:13:16:27:24 chr6 32629963 . C T 241.41 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0010335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.757;QD=12.3802;RBI=0.0382343;REFB=-0.0149337;REVB=-0.0382203;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769431;STB=0.504422;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.03154;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:14:15:25:24:14:15:25:24 chr6 32630028 . G A 211.35 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0143928;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.304;QD=11.9069;RBI=0.0147005;REFB=-0.0134328;REVB=-0.0029917;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134468;STB=0.58272;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0323785;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:14:12:15:29:14:12:15:30 chr6 32632587 . A G 95.29 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00409966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6258;QD=4.70552;RBI=0.0124709;REFB=-0.000535639;REVB=-0.0117778;RO=65;SAF=15;SAR=1;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67153;STB=0.932456;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00180906;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:65:65:16:16:0.197531:1:15:27:38:1:15:27:38 chr6 32632598 . A T 92.68 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0242038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.97;QD=4.26093;RBI=0.0303598;REFB=-0.00942525;REVB=-0.0183275;RO=70;SAF=14;SAR=2;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558599;STB=0.861391;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0382967;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:86:87:70:71:16:16:0.183908:2:14:31:39:2:14:32:39 chr6 32632627 . CG TC 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00488223;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=195.129;QD=2.37187;RBI=0.0309362;REFB=-0.00436161;REVB=-0.0305485;RO=76;SAF=10;SAR=1;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566638;STB=0.906426;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0257347;OID=.;OPOS=32632627;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:1:10:34:42:1:10:34:42 chr6 32632642 . C T 857.81 PASS AF=0.844156;AO=65;DP=77;FAO=65;FDP=77;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0171541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.1;QD=44.5615;RBI=0.0321759;REFB=-0.0247161;REVB=0.0272218;RO=12;SAF=28;SAR=37;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451533;STB=0.524072;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00330666;OID=.;OPOS=32632642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:12:12:65:65:0.844156:37:28:7:5:37:28:7:5 chr6 32632650 . C T 891.52 PASS AF=0.88;AO=66;DP=75;FAO=66;FDP=75;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00163418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.565;QD=47.5476;RBI=0.0158043;REFB=-0.0252269;REVB=0.0157195;RO=9;SAF=29;SAR=37;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265005;STB=0.514095;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0029226;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:9:9:66:66:0.88:37:29:5:4:37:29:5:4 chr6 32632659 . CT GT,TG 772.42 PASS AF=0.0454545,0.848485;AO=3,56;DP=66;FAO=3,56;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=2,22;FSAR=1,34;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0827436,0.0369346;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=86.0138,211.857;QD=46.8132;RBI=0.0830675,0.0376631;REFB=-0.0020535,-0.0179185;REVB=-0.0073286,0.00737222;RO=7;SAF=2,22;SAR=1,34;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240731,-0.00779252;STB=0.665556,0.50415;STBP=0.642,0.85;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00617715,0.00253717;OID=.,.;OPOS=32632659,32632659;OREF=C,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:66:66:7:7:3,56:3,56:0.0454545,0.848485:1,34:2,22:3:4:1,34:2,22:3:4 chr6 32632687 . ATC GCT,GTC 771.53 PASS AF=0.109091,0.890909;AO=6,47;DP=56;FAO=6,49;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470355,0.038691;FXX=0.0350816;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=77.4675,131.559;QD=56.1115;RBI=0.0162209,0.0404144;REFB=0,0;REVB=-0.015524,-0.0116761;RO=0;SAF=4,21;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0386361,0.00492771;OID=.,.;OPOS=32632687,32632687;OREF=ATC,A;OALT=GCT,G;OMAPALT=GCT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:56:55:0:0:6,47:6,49:0.109091,0.890909:2,26:4,21:0:0:2,27:4,22:0:0 chr6 32632714 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.499;QD=61.3364;RBI=0.0149435;REFB=0;REVB=0.0145314;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31753e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 32632717 . G A 353.7 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00185461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.47;QD=35.3704;RBI=0.0212448;REFB=-0.000746636;REVB=0.0211636;RO=10;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153803;STB=0.596791;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000647988;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:10:11:29:29:0.725:18:11:7:3:18:11:8:3 chr6 32632745 . G A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=59.831;RBI=0.0205736;REFB=0;REVB=0.0205451;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113564;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 32632749 . A C 302.78 PASS AF=0.702703;AO=25;DP=36;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0550646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.862;QD=32.7327;RBI=0.0572647;REFB=-0.000734996;REVB=0.0157206;RO=11;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109397;STB=0.563625;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000140871;OID=.;OPOS=32632749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:11:11:25:26:0.702703:14:11:7:4:15:11:7:4 chr6 32632770 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0744993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.418;QD=6.01597;RBI=0.074988;REFB=0.000272209;REVB=-0.00854721;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306855;STB=0.699421;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00820468;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:10:12:2:5:10:12 chr6 32632781 . AGA CCC,TAA 190.65 PASS AF=0.3125,0.6875;AO=5,11;DP=17;FAO=5,11;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5,6;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596318,0.0414779;FXX=0.0587889;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=133.059,76.6311;QD=47.6624;RBI=0.0206076,0.0471173;REFB=0,0;REVB=-0.019726,-0.0223523;RO=0;SAF=5,6;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0104129,0.0280019;OID=.,.;OPOS=32632781,32632781;OREF=AGA,AG;OALT=CCC,TA;OMAPALT=CCC,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:17:16:0:0:5,11:5,11:0.3125,0.6875:0,5:5,6:0:0:0,5:5,6:0:0 chr6 32632801 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0241698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.612;QD=22.6785;RBI=0.0392494;REFB=-0.0508192;REVB=-0.0309246;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125849;STB=0.571292;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.024943;OID=.;OPOS=32632801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:4:1:4:6:4:1 chr6 32632820 . C G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0529492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5802;QD=30.5934;RBI=0.0575008;REFB=-0.0370344;REVB=-0.0224214;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0113137;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:2:0:4:6:2:0 chr6 32632833 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00271563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.219;QD=34.6655;RBI=0.0134734;REFB=0.013232;REVB=0.0131969;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000224612;OID=.;OPOS=32632833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr6 32634302 . A G 179.33 PASS AF=1;AO=4;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7128;QD=42.1959;RBI=0.264454;REFB=0;REVB=0.132189;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130987;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:4:17:1:2:2:0:0:8:9:0:0 chr6 32634306 . A T 36.5 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0282786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9183;QD=6.95308;RBI=0.0319313;REFB=0.000560297;REVB=0.01483;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154555;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00776931;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:7:8:4:2:7:8 chr6 32634313 . C G 144.0 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0190722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.663;QD=24.0007;RBI=0.0285529;REFB=-0.039227;REVB=-0.0212491;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901393;STB=0.550495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0213567;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:3:6:8:7:3:6 chr6 32634331 . G C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0273124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.784;QD=11.1313;RBI=0.0301545;REFB=0.00479443;REVB=0.01278;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191932;STB=0.615758;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00597104;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:8:9:7:3:8:9 chr6 32634339 . C G 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00244072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.076;QD=9.91391;RBI=0.0334226;REFB=-0.00609602;REVB=-0.0333334;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325515;STB=0.685825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0419965;OID=.;OPOS=32634339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:7:2:8:8:7:2:8:9 chr6 32634341 . A G 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00826397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.315;QD=9.91541;RBI=0.0232151;REFB=-0.0175651;REVB=-0.0216944;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265032;STB=0.685825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0458596;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:7:2:7:9:7:2:8:9 chr6 32634350 . T C 48.39 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00107887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.087;QD=7.16828;RBI=0.00416373;REFB=-0.0106092;REVB=0.00402153;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33945;STB=0.7992;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0190438;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:26:27:17:18:5:9:0.333333:4:1:8:9:8:1:8:10 chr6 32634369 . C A 172.14 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.021552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4819;QD=26.4836;RBI=0.0221737;REFB=-0.0463336;REVB=-0.00521419;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177477;STB=0.61153;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0163698;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:8:9:17:17:0.653846:10:7:1:7:10:7:1:8 chr6 32634387 . C T 337.89 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.626;QD=54.0617;RBI=0.039022;REFB=0;REVB=0.0237042;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344075;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:17:6:0:0:18:7:0:0 chr6 32636040 . T C 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5352;QD=58.1318;RBI=0.0255214;REFB=0;REVB=0.0227377;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153306;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 32636062 . GG CA 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00888791;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=322.278;QD=6.39527;RBI=0.0196739;REFB=-0.00266443;REVB=-0.0175519;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495017;STB=0.811507;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=0.0103881;OID=.;OPOS=32636062;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:2:7:10:19:2:7:10:19 chr6 32636071 . G T 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0141415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1546;QD=5.39747;RBI=0.0591303;REFB=0.0108874;REVB=0.0574144;RO=35;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450188;STB=0.79247;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0400044;OID=.;OPOS=32636071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:2:7:14:21:2:7:14:21 chr6 32636073 . A G 447.98 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00255281;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3757;QD=41.6729;RBI=0.0175962;REFB=-0.0249828;REVB=0.0174101;RO=9;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142305;STB=0.576878;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00975369;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:44:43:9:9:34:34:0.790698:20:14:7:2:20:14:7:2 chr6 32636093 . G A 551.4 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00420091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.364;QD=45.012;RBI=0.0131487;REFB=-0.0233071;REVB=0.0124596;RO=9;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130541;STB=0.570212;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00482463;OID=.;OPOS=32636093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:49:49:9:9:40:40:0.816327:24:16:7:2:24:16:7:2 chr6 32636217 . G A 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00610029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.905;QD=5.8226;RBI=0.0120629;REFB=-0.0125914;REVB=-0.0104067;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267741;STB=0.677143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0320377;OID=.;OPOS=32636217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:44:45:13:13:0.224138:9:4:23:21:9:4:24:21 chr6 32636221 . T G 87.13 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0248893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.511;QD=6.22386;RBI=0.0253151;REFB=0.00406444;REVB=0.00462364;RO=42;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319488;STB=0.692012;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0123204;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:42:43:13:13:0.232143:9:4:24:18:9:4:24:19 chr6 32636262 . C A 83.53 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=40;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0171131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6917;QD=7.95495;RBI=0.0179232;REFB=-0.0031179;REVB=0.00532756;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492066;STB=0.767008;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0329956;OID=.;OPOS=32636262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:40:42:29:30:10:12:0.285714:8:2:18:11:9:3:19:11 chr6 32636364 . G A 212.13 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820003;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2912;QD=49.9131;RBI=0.089856;REFB=0;REVB=0.0367431;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327613;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 32636385 . A T 200.94 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7984;QD=47.2801;RBI=0.0471628;REFB=0;REVB=0.0121684;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399296;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr6 32636433 . A G 158.29 PASS AF=0.833333;AO=12;DP=17;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0217544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.564;QD=35.175;RBI=0.0241264;REFB=0.0161377;REVB=0.0104322;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.58812;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00211622;OID=.;OPOS=32636433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:18:0:3:12:15:0.833333:5:7:0:0:8:7:3:0 chr6 32709309 . A G 1264.56 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.522;QD=61.6858;RBI=0.0493834;REFB=0;REVB=0.0318545;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010766;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:45:35:0:0:47:35:0:0 chr6 32713030 . T C 3695.35 PASS AF=0.991561;AO=235;DP=238;FAO=235;FDP=237;FR=.;FRO=2;FSAF=135;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0269168;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.047;QD=62.3687;RBI=0.0277286;REFB=-0.0170217;REVB=0.0066606;RO=2;SAF=135;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700771;STB=0.503676;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=1.94419e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:238:237:2:2:235:235:0.991561:100:135:2:0:100:135:2:0 chr6 32724258 . C G,T 1002.26 PASS AF=0.0724638,0.927536;AO=4,65;DP=69;FAO=5,64;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=3,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197593,0.0525204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.1799,141.116;QD=58.1023;RBI=0.062464,0.053852;REFB=0,0;REVB=-0.0592564,0.0119013;RO=0;SAF=1,34;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-4.90682e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.140373,-0.000471659;OID=.,.;OPOS=32724258,32724258;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:69:69:0:0:4,65:5,64:0.0724638,0.927536:3,31:1,34:0:0:3,31:2,33:0:0 chr6 32725062 . T A 1130.75 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=60.3068;RBI=0.125135;REFB=0;REVB=0.116748;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267754;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr6 32725619 . TG CA 1309.45 PASS AF=0.908163;AO=89;DP=99;FAO=89;FDP=98;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0255602;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.624;QD=53.4469;RBI=0.0354024;REFB=-0.0281293;REVB=-0.024495;RO=9;SAF=40;SAR=49;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571664;STB=0.530272;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.00366103;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:98:9:9:89:89:0.908163:49:40:7:2:49:40:7:2 chr6 32725625 . T C 1213.95 PASS AF=0.891089;AO=90;DP=101;FAO=90;FDP=101;FR=.;FRO=11;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0260156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.367;QD=48.0771;RBI=0.0269203;REFB=-0.00182494;REVB=0.0069205;RO=11;SAF=41;SAR=49;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559763;STB=0.529665;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000287532;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:11:11:90:90:0.891089:49:41:8:3:49:41:8:3 chr6 32725636 . C T 47.78 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.0129343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.872;QD=1.91103;RBI=0.0170905;REFB=-0.00582827;REVB=-0.0111709;RO=89;SAF=8;SAR=3;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294063;STB=0.718864;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0203089;OID=.;OPOS=32725636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:89:89:11:11:0.11:3:8:43:46:3:8:43:46 chr6 32726803 . C T 2930.68 PASS AF=0.989418;AO=187;DP=190;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109693;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.322;QD=62.025;RBI=0.0284865;REFB=0.0817454;REVB=0.0262898;RO=2;SAF=85;SAR=102;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000923445;STB=0.500485;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=2.41972e-05;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:189:2:2:187:187:0.989418:102:85:1:1:102:85:1:1 chr6 32726838 . C T 2512.68 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0268035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.252;QD=60.9136;RBI=0.0359274;REFB=-0.171051;REVB=0.0239239;RO=0;SAF=77;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15152e-08;STB=0.502857;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00106056;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:0:1:164:164:0.993939:87:77:0:0:87:77:0:1 chr6 32729459 . C T 1556.49 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.083;QD=59.8651;RBI=0.03549;REFB=0;REVB=0.0220792;RO=0;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156833;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:37:66:0:0:38:66:0:0 chr6 32729642 . G C 1897.27 PASS AF=0.992;AO=114;DP=115;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.845;QD=60.7128;RBI=0.0366737;REFB=0.0398452;REVB=0.0350681;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.504586;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00024867;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:125:0:1:114:124:0.992:60:54:0:0:70:54:1:0 chr6 32796653 . C A 1544.12 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167301;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.929;QD=59.9657;RBI=0.0502144;REFB=0;REVB=0.0473454;RO=0;SAF=84;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66504e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13864e-05;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:17:84:0:0:17:86:0:0 chr6 32796685 . A G 1532.27 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389111;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.44;QD=59.5057;RBI=0.0636174;REFB=0;REVB=0.0634983;RO=0;SAF=96;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06002e-05;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:103:0:0:101:103:1:5:96:0:0:6:97:0:0 chr6 32796751 . T C 3364.0 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457785;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0787;QD=62.0092;RBI=0.0457792;REFB=-0.0722227;REVB=0.000261501;RO=0;SAF=106;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139194;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:0:0:216:217:1:110:106:0:0:111:106:0:0 chr6 32797297 . T C 559.78 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0102427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6778;QD=43.0601;RBI=0.0629156;REFB=-0.00997863;REVB=-0.0620762;RO=6;SAF=10;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837643;STB=0.563189;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0180033;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:6:7:45:45:0.865385:35:10:3:3:35:10:4:3 chr6 32800224 . C A 1089.4 PASS AF=0.926829;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0119322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.766;QD=53.1415;RBI=0.0558166;REFB=-0.0295661;REVB=0.0545263;RO=6;SAF=57;SAR=19;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472554;STB=0.524994;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00123418;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:82:6:6:76:76:0.926829:19:57:6:0:19:57:6:0 chr6 32826233 . A G 1609.59 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309128;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.6;QD=60.1714;RBI=0.0207463;REFB=0;REVB=0.0205147;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14521e-05;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:58:48:0:0:59:48:0:0 chr6 32904981 . G A 2837.77 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222109;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.202;QD=62.3686;RBI=0.0229191;REFB=0;REVB=0.00565333;RO=0;SAF=100;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109564;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:182:0:0:177:182:1:77:100:0:0:82:100:0:0 chr6 32917544 . C T 1030.11 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.708;QD=58.0346;RBI=0.0338487;REFB=-0.0969437;REVB=0.028526;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116744;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000279043;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:30:40:1:0:30:40:1:0 chr6 32939768 . A G 309.93 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0211269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3084;QD=16.5298;RBI=0.0391308;REFB=0.0024478;REVB=-0.0329374;RO=41;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717448;STB=0.540207;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00960604;OID=.;OPOS=32939768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:14:20:27:14:14:20:27:14 chr6 32939894 . G T 355.67 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010973;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.469;QD=50.8106;RBI=0.0172069;REFB=-0.114211;REVB=0.0132542;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.57137;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00429284;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:0:1:25:27:0.964286:22:3:0:0:24:3:1:0 chr6 32948462 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6521;QD=58.0606;RBI=0.0575412;REFB=0;REVB=0.0118325;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554992;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr6 32948607 . C CT,T 212.46 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,11;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124493,0.0146595;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=238.378,241.449;QD=47.2143;RBI=0.0132113,0.0161683;REFB=0,0;REVB=0.0044218,0.0068201;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0207082,0.000562271;OID=.,.;OPOS=32948608,32948607;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:18:18:0:0:2,11:2,16:0.111111,0.888889:0,3:2,8:0:0:1,7:1,9:0:0 chr6 32948804 . C T 1377.23 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8503;QD=62.6015;RBI=0.0219242;REFB=0;REVB=0.00431311;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012227;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr6 32975014 . T C 1170.01 PASS AF=0.975;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000893892;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.786;QD=58.5005;RBI=0.0116937;REFB=-0.149017;REVB=0.0116595;RO=2;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182997;STB=0.500967;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00652377;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:80:2:2:78:78:0.975:42:36:1:1:42:36:1:1 chr6 32975257 . C T 2340.93 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261239;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1017;QD=63.6987;RBI=0.0519174;REFB=0;REVB=0.044866;RO=0;SAF=51;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167863;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:95:51:0:0:96:51:0:0 chr6 33036505 . G C 401.96 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0180635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.925;QD=16.5758;RBI=0.0303137;REFB=-0.0185705;REVB=0.0243441;RO=53;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107828;STB=0.56986;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0179786;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:55:42:42:0.43299:20:22:22:31:20:22:22:33 chr6 33036853 . A C 309.85 PASS AF=0.330579;AO=40;DP=121;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0102575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.505;QD=10.2431;RBI=0.0318279;REFB=-0.0153926;REVB=-0.0301297;RO=80;SAF=9;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323564;STB=0.686192;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0291837;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:80:81:40:40:0.330579:31:9:38:42:31:9:38:43 chr6 33036951 . A G 427.44 PASS AF=0.342282;AO=51;DP=149;FAO=51;FDP=149;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.02131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.118;QD=11.4748;RBI=0.0239307;REFB=-0.00727618;REVB=-0.0108886;RO=95;SAF=23;SAR=28;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120996;STB=0.558947;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0377566;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:95:98:51:51:0.342282:28:23:53:42:28:23:53:45 chr6 33036959 . G A 393.04 PASS AF=0.324324;AO=48;DP=147;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0126213;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.988;QD=10.6228;RBI=0.0151525;REFB=-0.00395024;REVB=0.00838455;RO=98;SAF=20;SAR=28;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121043;STB=0.576717;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00545311;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:98:100:48:48:0.324324:28:20:51:47:28:20:53:47 chr6 33036971 . C T 345.98 PASS AF=0.302632;AO=46;DP=152;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.0182889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.405;QD=9.10465;RBI=0.0275926;REFB=-0.0124618;REVB=-0.0206607;RO=105;SAF=20;SAR=26;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117362;STB=0.565189;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0451645;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:105:106:46:46:0.302632:26:20:56:49:26:20:56:50 chr6 33036977 . G A 308.27 PASS AF=0.28;AO=42;DP=150;FAO=42;FDP=150;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.00831205;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.914;QD=8.22064;RBI=0.0311507;REFB=-0.0085892;REVB=0.0300213;RO=106;SAF=15;SAR=27;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24221;STB=0.648886;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0279581;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:106:108:42:42:0.28:27:15:59:47:27:15:61:47 chr6 33036999 . T C 343.03 PASS AF=0.302632;AO=46;DP=153;FAO=46;FDP=152;FR=.;FRO=106;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.00446777;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.014;QD=9.02721;RBI=0.00477014;REFB=-0.0128563;REVB=0.00167131;RO=106;SAF=19;SAR=27;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203368;STB=0.618445;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.033274;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:106:106:46:46:0.302632:27:19:62:44:27:19:62:44 chr6 33037061 . G C 317.77 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0865211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7507;QD=10.0085;RBI=0.0870107;REFB=0.0106164;REVB=0.00921751;RO=86;SAF=16;SAR=25;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208562;STB=0.620881;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0151156;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:86:41:41:0.322835:25:16:49:37:25:16:49:37 chr6 33037080 . G A 222.61 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=117;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0236071;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.967;QD=7.61049;RBI=0.0241926;REFB=-0.0021028;REVB=0.00529048;RO=82;SAF=13;SAR=19;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129103;STB=0.564519;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00334326;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:82:85:32:32:0.273504:19:13:42:40:19:13:42:43 chr6 33037419 . G A 494.36 PASS AF=0.368098;AO=60;DP=163;FAO=60;FDP=163;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=8.69962e-05;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.395;QD=12.1315;RBI=0.0235944;REFB=-0.0134802;REVB=-0.0235942;RO=103;SAF=38;SAR=22;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595941;STB=0.533927;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0365787;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:103:103:60:60:0.368098:22:38:60:43:22:38:60:43 chr6 33037424 . T C 507.2 PASS AF=0.360465;AO=62;DP=172;FAO=62;FDP=172;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=-0.00959583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8378;QD=11.7953;RBI=0.012105;REFB=-0.0154865;REVB=0.00737901;RO=108;SAF=40;SAR=22;SRF=66;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409043;STB=0.530963;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0223147;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:108:110:62:62:0.360465:22:40:66:42:22:40:66:44 chr6 33037522 . T C 499.33 PASS AF=0.301802;AO=67;DP=223;FAO=67;FDP=222;FR=.;FRO=155;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=-0.0236355;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.632;QD=8.99686;RBI=0.0264813;REFB=0.000890022;REVB=0.0119425;RO=154;SAF=38;SAR=29;SRF=81;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498797;STB=0.526909;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00395916;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:154:155:67:67:0.301802:29:38:81:73:29:38:82:73 chr6 33037579 . AT TG 345.86 PASS AF=0.25;AO=51;DP=207;FAO=52;FDP=208;FR=.;FRO=156;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=87;FSRR=69;FWDB=0.00299255;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.975;QD=6.65114;RBI=0.00546899;REFB=-0.0144296;REVB=0.00457761;RO=153;SAF=24;SAR=27;SRF=86;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114258;STB=0.571717;STBP=0.23;TYPE=mnp;VARB=0.0404492;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:153:156:51:52:0.25:27:24:86:67:28:24:87:69 chr6 33037611 . C T 278.41 PASS AF=0.251497;AO=42;DP=167;FAO=42;FDP=167;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=-0.050568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.018;QD=6.66857;RBI=0.0514373;REFB=-0.0107465;REVB=0.00941637;RO=125;SAF=14;SAR=28;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24574;STB=0.647702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0292023;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:125:125:42:42:0.251497:28:14:66:59:28:14:66:59 chr6 33037626 . C G 245.64 PASS AF=0.25;AO=36;DP=152;FAO=37;FDP=148;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0185205;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.839;QD=6.63902;RBI=0.02214;REFB=-0.00318186;REVB=-0.0121314;RO=114;SAF=13;SAR=23;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208474;STB=0.617155;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0112236;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:148:114:111:36:37:0.25:23:13:60:54:24:13:56:55 chr6 33037639 . GC AT 157.17 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0101182;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.033;QD=5.61311;RBI=0.029157;REFB=-0.00616124;REVB=-0.027345;RO=86;SAF=7;SAR=18;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299817;STB=0.682377;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0221331;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:112:86:87:25:25:0.223214:18:7:44:42:18:7:44:43 chr6 33048538 . T C 162.37 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=106;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00228001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.327;QD=6.12733;RBI=0.00350445;REFB=-0.00987552;REVB=0.00266134;RO=81;SAF=15;SAR=10;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723451;STB=0.544366;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0229508;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:81:81:25:25:0.235849:10:15:44:37:10:15:44:37 chr6 33048542 . C T 148.59 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=109;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0291111;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.787;QD=5.50332;RBI=0.0316837;REFB=-0.00563913;REVB=-0.0125061;RO=83;SAF=13;SAR=11;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000634257;STB=0.504662;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0385311;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:83:84:24:24:0.222222:11:13:45:38:11:13:46:38 chr6 33048599 . CT AG 128.16 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0167117;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.628;QD=5.45369;RBI=0.0430476;REFB=-0.012615;REVB=-0.0396713;RO=73;SAF=9;SAR=11;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105397;STB=0.570904;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.0518004;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:73:74:20:20:0.212766:11:9:39:34:11:9:40:34 chr6 33052768 . T C 107.9 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.034355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.035;QD=4.11053;RBI=0.0633977;REFB=0.000564192;REVB=-0.0532823;RO=86;SAF=6;SAR=13;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168365;STB=0.609688;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00710622;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:86:86:19:19:0.180952:13:6:38:48:13:6:38:48 chr6 33052803 . G A 192.99 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0225277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.908;QD=6.77166;RBI=0.0228659;REFB=-0.00496603;REVB=-0.00391815;RO=84;SAF=13;SAR=16;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547335;STB=0.536636;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0128837;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:84:85:29:29:0.254386:16:13:34:50:16:13:34:51 chr6 33052950 . T C 362.17 PASS AF=0.311688;AO=48;DP=154;FAO=48;FDP=154;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0299651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.636;QD=9.40692;RBI=0.0342688;REFB=-0.00960113;REVB=-0.0166265;RO=106;SAF=28;SAR=20;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660858;STB=0.538445;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0279344;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:106:106:48:48:0.311688:20:28:56:50:20:28:56:50 chr6 33052958 . C T 392.94 PASS AF=0.326923;AO=51;DP=155;FAO=51;FDP=156;FR=.;FRO=105;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.00879051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.936;QD=10.0754;RBI=0.00879062;REFB=0.000426744;REVB=4.36981e-05;RO=104;SAF=29;SAR=22;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579613;STB=0.536886;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00080829;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:104:105:51:51:0.326923:22:29:54:50:22:29:54:51 chr6 33052986 . T C 353.48 PASS AF=0.306122;AO=45;DP=148;FAO=45;FDP=147;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00558312;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.001;QD=9.61838;RBI=0.0104689;REFB=-0.00340289;REVB=-0.00885592;RO=102;SAF=25;SAR=20;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663116;STB=0.538678;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0113992;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:102:102:45:45:0.306122:20:25:51:51:20:25:51:51 chr6 33053609 . G A 279.85 PASS AF=0.292308;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=130;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0297657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.191;QD=8.61069;RBI=0.036577;REFB=-0.0138602;REVB=-0.0212575;RO=90;SAF=20;SAR=18;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124268;STB=0.564483;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0226437;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:90:92:38:38:0.292308:18:20:38:52:18:20:40:52 chr6 33053682 . G A 226.1 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=125;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.0107473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0384;QD=7.1778;RBI=0.0300299;REFB=-0.00662551;REVB=0.0280409;RO=92;SAF=14;SAR=19;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112805;STB=0.561649;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0239517;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:92:93:33:33:0.261905:19:14:31:61:19:14:32:61 chr6 33053968 . T A 82.92 PASS AF=0.155963;AO=16;DP=108;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=24;FWDB=0.0357361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1731;QD=3.04287;RBI=0.0399362;REFB=-0.004781;REVB=-0.0178278;RO=92;SAF=13;SAR=3;SRF=68;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130792;STB=0.529035;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0282328;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:108:109:92:92:16:17:0.155963:3:13:68:24:4:13:68:24 chr6 33053971 . T C 78.05 PASS AF=0.142857;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=26;FWDB=0.00888783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.805;QD=2.7875;RBI=0.0414542;REFB=-0.0014813;REVB=0.0404902;RO=95;SAF=13;SAR=3;SRF=70;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133982;STB=0.602096;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0112999;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:112:112:95:96:16:16:0.142857:3:13:70:25:3:13:70:26 chr6 33053982 . G C 92.36 PASS AF=0.161905;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=105;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=24;FWDB=-0.0306344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.315;QD=3.51856;RBI=0.0334018;REFB=-0.00580658;REVB=-0.0133121;RO=82;SAF=13;SAR=4;SRF=62;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149041;STB=0.541616;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0333324;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:103:105:82:88:17:17:0.161905:4:13:62:20:4:13:64:24 chr6 33054046 . T G 64.39 PASS AF=0.136842;AO=8;DP=91;FAO=13;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=17;FWDB=0.00835105;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.989;QD=2.71099;RBI=0.0244253;REFB=-0.00767151;REVB=0.0229533;RO=64;SAF=8;SAR=0;SRF=56;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524544;STB=0.578814;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0412376;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:91:95:64:82:8:13:0.136842:0:8:56:8:2:11:65:17 chr6 33054057 . G A 51.65 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=26;FWDB=0.0280722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.575;QD=1.93075;RBI=0.0293485;REFB=-0.0108769;REVB=-0.00856089;RO=91;SAF=9;SAR=3;SRF=67;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217422;STB=0.527226;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0360578;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:107:107:91:95:12:12:0.11215:3:9:67:24:3:9:69:26 chr6 33080359 . CT TG 233.43 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0128669;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.896;QD=10.6106;RBI=0.015075;REFB=-0.0117056;REVB=0.00785486;RO=59;SAF=19;SAR=10;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516857;STB=0.530015;STBP=0.723;TYPE=mnp;VARB=0.0191883;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:10:19:41:18:10:19:41:18 chr6 33138955 . G A 139.76 PASS AF=0.266667;AO=19;DP=74;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=5;FWDB=-0.00503188;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.432;QD=7.45372;RBI=0.025583;REFB=-0.0167623;REVB=0.0250832;RO=55;SAF=19;SAR=0;SRF=50;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70956;STB=0.622802;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0451233;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:55:55:19:20:0.266667:0:19:50:5:1:19:50:5 chr6 33141161 . A G 84.1 PASS AF=0.203125;AO=9;DP=63;FAO=13;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00882363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.102;QD=5.2561;RBI=0.0494393;REFB=-0.00469492;REVB=-0.0486455;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380036;STB=0.771458;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0333409;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:63:64:40:50:9:13:0.203125:2:7:19:21:2:11:28:22 chr6 33141475 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0122648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.34;QD=10.1725;RBI=0.0772212;REFB=-0.0223457;REVB=0.076241;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0413393;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:6:3:1:5:6:3 chr6 33141920 . G C 85.25 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0411985;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.499;QD=11.0003;RBI=0.0417773;REFB=-0.0213215;REVB=-0.00693042;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25301;STB=0.716546;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0296707;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:31:21:20:9:11:0.354839:7:2:2:19:8:3:1:19 chr6 33144243 . T A 189.59 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0345328;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.767;QD=8.92191;RBI=0.0345715;REFB=-0.00564321;REVB=-0.00163482;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199748;STB=0.611437;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0144005;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:60:25:25:0.294118:11:14:23:36:11:14:24:36 chr6 33156201 . C T 319.96 PASS AF=0.492958;AO=31;DP=67;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00481377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.347;QD=18.0257;RBI=0.0392038;REFB=-0.0200942;REVB=0.0389071;RO=35;SAF=25;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282098;STB=0.617837;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0126018;OID=.;OPOS=33156201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:35:36:31:35:0.492958:6:25:20:15:8:27:21:15 chr6 33163451 . G A 207.63 PASS AF=0.351351;AO=24;DP=72;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=2.09501e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.043;QD=11.2233;RBI=0.0550898;REFB=-0.013577;REVB=0.0550898;RO=46;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170811;STB=0.61853;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0279568;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:46:48:24:26:0.351351:16:8:22:24:18:8:23:25 chr6 33176958 . C T 434.3 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0152398;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.572;QD=14.9759;RBI=0.0154167;REFB=0.00104648;REVB=0.00232908;RO=67;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105941;STB=0.559512;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00138362;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:67:67:49:49:0.422414:22:27:30:37:22:27:30:37 chr6 33235755 . G A 2081.03 PASS AF=1;AO=131;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326251;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.959;QD=62.5875;RBI=0.0371952;REFB=0;REVB=0.017863;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014321;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:133:0:0:131:133:1:61:70:0:0:61:72:0:0 chr6 33254665 . A G 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0250257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3193;QD=4.78769;RBI=0.0260714;REFB=-0.0202218;REVB=-0.00730952;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356191;STB=0.52375;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0592095;OID=.;OPOS=33254665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:16:18:4:4:16:18 chr6 33256397 . G A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0516222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.019;QD=4.55553;RBI=0.0597203;REFB=-0.00829298;REVB=-0.0300278;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282511;STB=0.686083;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0401527;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:20:10:4:3:20:10 chr6 33256471 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.84;QD=48.7359;RBI=0.0361463;REFB=0;REVB=0.0265988;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192585;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr6 33263981 . T C,TC 113.22 PASS AF=0.00769231,0.346154;AO=13,38;DP=131;FAO=1,45;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=0,2;FSAR=1,43;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0291029,0.176301;FXX=0.00763301;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=34.9485,8.93968;QD=3.48377;RBI=0.0576755,0.194642;REFB=-0.0136729,-0.122532;REVB=-0.0497945,-0.0824831;RO=76;SAF=5,1;SAR=8,37;SRF=30;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0132237,-0.709035;STB=0.988719,0.899544;STBP=0.497,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.0390076,0.151661;OID=.,.;OPOS=33263981,33263982;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:131:130:76:84:13,38:1,45:0.00769231,0.346154:8,37:5,1:30:46:1,43:0,2:36:48 chr6 33264473 . G A 252.38 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=116;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00594058;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.268;QD=8.77855;RBI=0.0140044;REFB=-0.00590613;REVB=-0.012682;RO=80;SAF=18;SAR=17;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574182;STB=0.533613;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0117068;OID=.;OPOS=33264473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:80:80:35:35:0.304348:17:18:45:35:17:18:45:35 chr6 33272855 . G C 368.28 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0204583;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.846;QD=12.8097;RBI=0.0206557;REFB=0.00248954;REVB=0.00284899;RO=71;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117782;STB=0.566899;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00360666;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:20:24:31:40:20:24:31:40 chr6 33283766 . T C 447.69 PASS AF=0.333333;AO=57;DP=170;FAO=57;FDP=171;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.00931964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.59;QD=10.4722;RBI=0.0138448;REFB=-0.0158632;REVB=-0.0102383;RO=113;SAF=30;SAR=27;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457701;STB=0.529221;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.031085;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:113:114:57:57:0.333333:27:30:55:58:27:30:55:59 chr6 33333446 . C T 308.15 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.409;QD=51.3579;RBI=0.0700841;REFB=0;REVB=0.0693641;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444509;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr6 33333916 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.675;QD=63.2868;RBI=0.0231107;REFB=0;REVB=0.0114844;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8628e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 33382288 . G A 1557.35 PASS AF=0.979798;AO=87;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822655;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2476;QD=62.9234;RBI=0.0837548;REFB=0;REVB=0.0157242;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133781;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:99:0:0:87:97:0.979798:55:32:0:0:59:38:0:0 chr6 33408542 . G A 805.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.784;QD=64.4414;RBI=0.0622803;REFB=0;REVB=0.0611731;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233271;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr6 33422976 . T G 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6227;QD=58.2345;RBI=0.102744;REFB=0;REVB=0.10271;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731784;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr6 33541507 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00422107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.874;QD=13.4863;RBI=0.00659592;REFB=-0.0254433;REVB=0.00506841;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0263754;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:3:6:7:3:3:6:7:4 chr6 33556747 . G A 147.04 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.021377;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3684;QD=9.04888;RBI=0.0265844;REFB=-0.0203913;REVB=-0.0158036;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111782;STB=0.599908;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0519858;OID=.;OPOS=33556747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:39:45:20:20:0.307692:8:12:27:12:8:12:33:12 chr6 33560896 . A G 375.81 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.076;QD=55.6762;RBI=0.0178551;REFB=0;REVB=-0.0153114;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198106;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:16:9:0:0:16:11:0:0 chr6 33636907 . C T 505.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350619;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.382;QD=59.4429;RBI=0.0490321;REFB=0;REVB=0.0342755;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335477;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr6 33638180 . C T 1065.68 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630481;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.247;QD=60.0383;RBI=0.0765646;REFB=0;REVB=0.0434404;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253429;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr6 33638300 . G A 58.39 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0096007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.309;QD=12.9755;RBI=0.0129254;REFB=-0.0191941;REVB=-0.00865406;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0137645;OID=.;OPOS=33638300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:17:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:4:5:4:4:5:5 chr6 33641379 . T C 989.75 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.339;QD=59.0893;RBI=0.0238342;REFB=0;REVB=0.0222567;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24061e-05;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr6 33648198 . G A 268.48 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0244548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.399;QD=11.6732;RBI=0.0256091;REFB=-0.00597984;REVB=0.00760174;RO=60;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125382;STB=0.57258;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0121757;OID=.;OPOS=33648198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:12:20:31:29:12:20:31:29 chr6 33648228 . C T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.692;QD=62.1623;RBI=0.0330428;REFB=0;REVB=0.0283267;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94967e-05;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr6 33652455 . C CG,G 35.98 PASS AF=0.162162,0.0540541;AO=6,3;DP=41;FAO=6,2;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5,2;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0755352,-0.0735232;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=38.3056,52.5327;QD=3.88928;RBI=0.0757894,0.0741122;REFB=-0.00628093,-0.00323777;REVB=-0.00620194,0.00932483;RO=32;SAF=4,3;SAR=2,0;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.234851,0.551015;STB=0.854744,0.995833;STBP=0.082,0.118;TYPE=ins,snp;VARB=0.02693,0.104521;OID=.,.;OPOS=33652456,33652455;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:41:37:32:29:6,3:6,2:0.162162,0.0540541:2,0:4,3:15:17:1,0:5,2:11:18 chr6 33652675 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0535166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.608;QD=20.0307;RBI=0.0542102;REFB=-0.000839295;REVB=-0.0086441;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.559951;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00146911;OID=.;OPOS=33652675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:12:12:9:16:12:12:10:16 chr6 33653448 . C T 1026.47 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.762;QD=59.5053;RBI=0.0325008;REFB=0;REVB=0.0300571;RO=0;SAF=52;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8472e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:14:52:0:0:17:52:0:0 chr6 33659472 . C G 694.52 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4041;QD=54.4721;RBI=0.0502902;REFB=-0.145366;REVB=-0.0370029;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00174582;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:51:0:1:47:50:0.980392:24:23:0:0:24:26:0:1 chr6 33690796 . CA TG 1051.16 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173253;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.835;QD=60.0665;RBI=0.025863;REFB=0;REVB=0.0192024;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.74025e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr6 33703089 . C T 184.9 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0314317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3095;QD=10.272;RBI=0.0315567;REFB=-0.00244443;REVB=-0.00280509;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352851;STB=0.513942;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00406316;OID=.;OPOS=33703089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:48:24:24:0.333333:13:11:23:24:13:11:23:25 chr6 33703230 . G A 94.08 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0212471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.731;QD=10.4533;RBI=0.0216421;REFB=-0.00206908;REVB=0.00411584;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100462;OID=.;OPOS=33703230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:23:24:11:12:0.333333:7:4:9:14:7:5:10:14 chr6 33739960 . A G 1129.68 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00114223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2125;QD=54.4423;RBI=0.00812223;REFB=-0.0553624;REVB=-0.00804152;RO=5;SAF=36;SAR=42;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704889;STB=0.50373;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0390224;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:5:5:78:78:0.939759:42:36:2:3:42:36:2:3 chr6 33740025 . C T 292.85 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4943;QD=27.8901;RBI=0.0180503;REFB=-0.0319158;REVB=-0.0180503;RO=14;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0367131;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:16:26:26:0.619048:26:0:0:14:26:0:0:16 chr6 33768897 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.524;QD=58.5877;RBI=0.0156708;REFB=0;REVB=0.0155924;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0827e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr6 33990447 . T C 579.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885619;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.925;QD=60.984;RBI=0.0464629;REFB=0;REVB=0.0456111;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101556;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr6 34003685 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2506;QD=59.1427;RBI=0.0501114;REFB=0;REVB=0.0115415;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236242;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr6 34008006 . A G 712.93 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019686;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0101;QD=63.3717;RBI=0.020251;REFB=0;REVB=-0.00475041;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212533;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr6 34212743 . A G 523.37 PASS AF=1;AO=20;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8036;QD=56.5807;RBI=0.0106896;REFB=0;REVB=0.0106896;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26633e-05;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:20:37:1:20:0:0:0:37:0:0:0 chr6 34213296 . T C 537.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.046;QD=59.705;RBI=0.0285337;REFB=0;REVB=-0.0153867;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65398e-05;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr6 34213868 . A G 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657232;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.629;QD=43.7039;RBI=0.0157623;REFB=0;REVB=-0.0143267;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022218;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 34214322 . C G 640.06 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0193081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.232;QD=55.6576;RBI=0.031225;REFB=-0.135479;REVB=0.0245397;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.526304;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00102863;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:46:46:1:3:43:43:0.934783:16:27:1:0:16:27:3:0 chr6 34502687 . T C 2055.11 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.07;QD=62.276;RBI=0.0437558;REFB=0;REVB=0.0430436;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81483e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:132:0:0:120:132:1:57:63:0:0:68:64:0:0 chr6 34557374 . A G 560.87 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.333;QD=57.5248;RBI=0.0217038;REFB=-0.00961874;REVB=-0.00905716;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.88508e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:0:1:21:17:0:1 chr6 34840515 . C T 323.25 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0691;QD=53.8746;RBI=0.0719864;REFB=0;REVB=0.0714196;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112419;OID=.;OPOS=34840515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 34985349 . C T 524.18 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0130138;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.784;QD=20.7597;RBI=0.0207235;REFB=-0.0234656;REVB=0.0161278;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172175;STB=0.566441;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0198388;OID=.;OPOS=34985349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:42:48:53:53:0.524752:28:25:11:31:28:25:16:32 chr6 35027927 . T C 2258.78 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00721448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.888;QD=59.8352;RBI=0.0362518;REFB=-0.0370439;REVB=-0.0355267;RO=0;SAF=77;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80287e-08;STB=0.503225;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=6.12521e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:149:150:0.993377:72:77:0:0:73:77:1:0 chr6 35050506 . G A 734.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0815;QD=55.4029;RBI=0.0427959;REFB=0;REVB=0.0411303;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168776;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:27:23:0:0:27:26:0:0 chr6 35201029 . C T 292.58 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0185615;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.437;QD=25.4415;RBI=0.0185938;REFB=0.00847618;REVB=0.00109542;RO=20;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242831;STB=0.635577;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00329823;OID=.;OPOS=35201029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:26:26:0.565217:19:7:11:9:19:7:11:9 chr6 35203286 . CT TG 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0328419;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.869;QD=17.4231;RBI=0.0333985;REFB=-0.021467;REVB=-0.00607244;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167771;STB=0.5942;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=0.0175538;OID=.;OPOS=35203286;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:16:18:11:20:16:18 chr6 35285720 . A C 507.7 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8319;QD=56.4107;RBI=0.0380724;REFB=0.0188744;REVB=0.0352555;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00284733;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr6 35391787 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.113;QD=62.671;RBI=0.0648123;REFB=0;REVB=0.0294195;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106839;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr6 35395010 . C T 1198.33 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0224137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.106;QD=56.3922;RBI=0.0263674;REFB=-0.107438;REVB=0.0138875;RO=4;SAF=52;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374911;STB=0.519833;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00111343;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:4:4:81:81:0.952941:29:52:1:3:29:52:1:3 chr6 35395782 . G A 390.79 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0160888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.18;QD=32.5654;RBI=0.0178642;REFB=-0.0251866;REVB=-0.0077641;RO=16;SAF=20;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155533;STB=0.585052;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00250475;OID=.;OPOS=35395782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:12:20:6:10:12:20:6:10 chr6 35395794 . CG C,CC 1044.02 PASS AF=0.0138889,0.986111;AO=13,59;DP=72;FAO=1,71;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000616135,0.0100647;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.1999,101.872;QD=58.0012;RBI=0.00698003,0.0462649;REFB=0,0;REVB=0.00695279,0.0451569;RO=0;SAF=6,31;SAR=7,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00474467,0.00155114;OID=.,.;OPOS=35395795,35395795;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0138889,0.986111:13,59:72:1,71:72:0:1,36:0,35:0:0:4:0:6,31:7,28:0:0 chr6 35423662 . A C 113.62 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00991397;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.48;QD=12.2831;RBI=0.0114396;REFB=-0.00285918;REVB=0.00570772;RO=22;SAF=0;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.753526;STB=0.791375;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00411479;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:38:37:22:23:11:12:0.324324:11:0:7:15:11:1:8:15 chr6 35426175 . C T 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00696127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5475;QD=17.4258;RBI=0.0203675;REFB=-0.0114436;REVB=0.0191409;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668713;STB=0.538218;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0129068;OID=.;OPOS=35426175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:10:13:12:7:10:13 chr6 35441516 . CAAAAAA ACAAAAA,CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT,CACAAAA 733.16 PASS AF=0,0.864,0.08,0.032,0.024;AO=6,61,19,5,5;DP=126;FAO=0,108,10,4,3;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46,1,2,3;FSAR=0,62,9,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323677,0.00937533,0.00242654,-0.0884316,-0.0282513;FXX=0.00793588;HRUN=1,7,7,7,7;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=12.0793,8.04297,9.63983,154.288,113.808;QD=23.4612;RBI=0.0443902,0.160051,0.080842,0.0885051,0.030447;REFB=0.0794807,0.0917328,0.0740132,0.0290956,0.0480347;REVB=-0.030378,0.159777,0.0808055,-0.00360543,0.0113527;RO=19;SAF=0,16,9,5,4;SAR=6,45,10,0,1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.751586,-0.189903,-0.138931,0.654971,0.235877;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp,snp;VARB=0,-0.0185677,0.00519488,0.0173812,-0.021867;OID=.,.,.,.,.;OPOS=35441516,35441517,35441517,35441522,35441518;OREF=CA,A,AA,A,A;OALT=AC,-,-,T,C;OMAPALT=ACAAAAA,CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT,CACAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:22:126:125:19:0:6,61,19,5,5:0,108,10,4,3:0,0.864,0.08,0.032,0.024:6,45,10,0,1:0,16,9,5,4:12:7:0,62,9,2,0:0,46,1,2,3:0:0 chr6 35465786 . A C 311.59 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00993368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4925;QD=19.1749;RBI=0.0249459;REFB=-0.0448975;REVB=-0.0228828;RO=29;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768962;STB=0.568678;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0158504;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:32:33:33:0.507692:20:13:14:15:20:13:17:15 chr6 35474073 . C G 251.88 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.115745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4572;QD=27.23;RBI=0.117091;REFB=-0.0455015;REVB=-0.0176977;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773343;STB=0.542677;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0276128;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:10:4:9:14:10:4 chr6 35477025 . C G 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0703098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4886;QD=11.6656;RBI=0.0739795;REFB=-0.0213166;REVB=0.0230109;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234094;STB=0.521709;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0425306;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:11:3:5:20:11:3:5:21 chr6 35477032 . A G 127.4 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0348045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.294;QD=11.8512;RBI=0.0401818;REFB=-0.014371;REVB=-0.0200804;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830164;STB=0.522359;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0306979;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:15:15:0.348837:12:3:4:22:12:3:5:23 chr6 35479573 . CG C,CC 38.39 PASS AF=0.357143,0.0714286;AO=2,4;DP=14;FAO=5,1;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1,0;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0301485,-0.108576;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.651,114.017;QD=10.9689;RBI=0.0558509,0.120777;REFB=0.0173263,0.00914103;REVB=-0.0470149,-0.052898;RO=8;SAF=1,0;SAR=1,4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438176,-0.791648;STB=0.863649,0.995544;STBP=0.11,0.096;TYPE=del,snp;VARB=-0.00390072,-0.128482;OID=.,.;OPOS=35479574,35479574;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.0714286:2,4:14:5,1:14:8:1,0:4,1:7:1:27:8:1,0:1,4:7:1 chr6 35745655 . C T 739.12 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0052257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.025;QD=54.7499;RBI=0.00532419;REFB=-0.165726;REVB=-0.0010193;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000851761;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:1:0:28:25:1:0 chr6 35748931 . T C 486.15 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00855597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9923;QD=21.3693;RBI=0.0096317;REFB=-0.0145878;REVB=0.00442325;RO=44;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045208;STB=0.524989;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0213406;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:19:28:24:20:19:28:24:20 chr6 35755658 . A G 272.56 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00530788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.182;QD=12.5314;RBI=0.0185408;REFB=-0.0093154;REVB=-0.0177647;RO=54;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202688;STB=0.517231;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0138933;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:32:32:0.367816:16:16:28:26:16:16:29:26 chr6 36027142 . A G 354.88 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0437984;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8033;QD=22.1802;RBI=0.0438064;REFB=-0.0149342;REVB=-0.00083643;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423297;STB=0.503482;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00673754;OID=.;OPOS=36027142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:28:35:36:0.5625:20:15:13:14:19:17:13:15 chr6 36076280 . C T 865.58 PASS AF=0.540541;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=148;FR=.;FRO=68;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0127891;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.654;QD=23.3941;RBI=0.0130711;REFB=0.000491876;REVB=-0.00270086;RO=66;SAF=48;SAR=32;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970155;STB=0.546949;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.000307614;OID=.;OPOS=36076280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:66:68:80:80:0.540541:32:48:32:34:32:48:34:34 chr6 36198421 . T C 214.33 PASS AF=0.617647;AO=19;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0308962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.571;QD=25.2154;RBI=0.0336175;REFB=-0.0553273;REVB=-0.0132501;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828023;STB=0.586125;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0203994;OID=.;OPOS=36198421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:34:11:12:19:21:0.617647:8:11:5:6:9:12:4:8 chr6 36198577 . G C 365.92 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00704298;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.829;QD=14.7846;RBI=0.025144;REFB=-0.0110594;REVB=-0.0241374;RO=54;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193064;STB=0.508924;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0191725;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:54:58:41:41:0.414141:19:22:30:24:19:22:32:26 chr6 36199836 . TTA T,TT,TTT 32.11 PASS AF=0.135135,0.0540541,0.027027;AO=4,4,3;DP=40;FAO=5,2,1;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0,0;FSAR=3,2,1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.149162,0.16866,0.0229201;FXX=0.0263089;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=22.2576,11.5942,17.5358;QD=3.47096;RBI=0.15694,0.175631,0.101544;REFB=-0.00979641,-0.0401939,-0.0312613;REVB=0.0487955,-0.0489883,-0.0989237;RO=25;SAF=1,1,1;SAR=3,3,2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.346931,-0.346931,-0.237638;STB=0.654576,0.995516,0.991464;STBP=0.507,0.094,0.237;TYPE=del,del,snp;VARB=0.138598,0.10195,-0.0615878;OID=.,.,.;OPOS=36199837,36199838,36199838;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135135,0.0540541,0.027027:4,4,3:40:5,2,1:37:29:2,0,0:3,2,1:17:12:22:25:1,1,1:3,3,2:14:11 chr6 36260858 . C T 354.54 PASS AF=0.625;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0159495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3632;QD=29.5446;RBI=0.0908524;REFB=0.00431185;REVB=0.0894414;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655848;STB=0.529392;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00103416;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:18:29:30:0.625:15:14:7:11:16:14:7:11 chr6 36275458 . T C 197.98 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0377912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9713;QD=13.1984;RBI=0.0839549;REFB=-0.00130077;REVB=-0.0749684;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217066;STB=0.631041;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00068658;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:10:14:13:22:10:14:13:23 chr6 36463627 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.891;QD=63.8719;RBI=0.045506;REFB=0;REVB=-0.0350145;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42036e-05;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr6 36645696 . A G 794.87 PASS AF=0.512658;AO=77;DP=155;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0295774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2153;QD=20.1233;RBI=0.0298731;REFB=-0.00764983;REVB=0.00419286;RO=77;SAF=39;SAR=38;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106439;STB=0.551354;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.010275;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:77:77:77:81:0.512658:38:39:48:29:39:42:48:29 chr6 36698556 . AC CA,CC 36.86 PASS AF=0,0.258065;AO=5,3;DP=31;FAO=0,8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0.192781,0.031531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.033,333.395;QD=4.75669;RBI=0.195381,0.0433392;REFB=-0.028681,-0.00309554;REVB=0.0317668,0.0297336;RO=23;SAF=0,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.747748;STB=0.5,0.810478;STBP=1,0.867;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0345084;OID=.,.;OPOS=36698556,36698556;OREF=AC,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:31:31:23:23:5,3:0,8:0,0.258065:5,2:0,1:0:23:0,7:0,1:0:23 chr6 36713263 . A G 1074.92 PASS AF=0.507042;AO=108;DP=215;FAO=108;FDP=213;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0355377;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9105;QD=20.1864;RBI=0.0530177;REFB=-0.0300586;REVB=-0.0393439;RO=105;SAF=46;SAR=62;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105547;STB=0.557913;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0299735;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:105:105:108:108:0.507042:62:46:57:48:62:46:57:48 chr6 36733132 . G A 544.8 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00626709;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.024;QD=21.3647;RBI=0.0153282;REFB=-0.019631;REVB=0.0139885;RO=47;SAF=24;SAR=30;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202454;STB=0.504884;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0131106;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:47:47:54:55:0.539216:30:24:21:26:31:24:21:26 chr6 36766292 . C T 526.49 PASS AF=0.581395;AO=48;DP=83;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0264096;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.84;QD=24.4879;RBI=0.0278899;REFB=-0.0280069;REVB=-0.0089655;RO=32;SAF=22;SAR=26;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618424;STB=0.561774;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0243864;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:32:36:48:50:0.581395:26:22:12:20:26:24:12:24 chr6 36882353 . A G 528.44 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00787264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0695;QD=22.25;RBI=0.0630761;REFB=-0.0291896;REVB=-0.0625829;RO=45;SAF=25;SAR=25;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105148;STB=0.557872;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.02508;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:25:25:28:17:25:25:28:17 chr6 36892519 . A G 469.28 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0143517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.912;QD=18.5853;RBI=0.0248197;REFB=0.0067588;REVB=0.0202495;RO=51;SAF=31;SAR=17;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380033;STB=0.521118;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00574184;OID=.;OPOS=36892519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:51:52:48:49:0.485149:17:31:31:20:17:32:32:20 chr6 36895835 . C T 548.32 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00136489;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.186;QD=21.5026;RBI=0.00149617;REFB=-0.014214;REVB=0.000612865;RO=44;SAF=26;SAR=28;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594879;STB=0.51199;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0117056;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:44:47:54:55:0.539216:28:26:18:26:29:26:21:26 chr6 36931064 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00128687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.483;QD=19.3436;RBI=0.0338298;REFB=-0.0311733;REVB=0.0338053;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076961;STB=0.533544;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0304114;OID=.;OPOS=36931064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:13:5:6:11:13:5:6:12 chr6 36976637 . G C 457.31 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0110246;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.151;QD=13.9636;RBI=0.0197517;REFB=-0.00888018;REVB=0.0163886;RO=79;SAF=28;SAR=24;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128321;STB=0.572402;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0164398;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:79:79:52:52:0.396947:24:28:33:46:24:28:33:46 chr6 36978834 . A G 62.09 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00689022;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.023;QD=6.7121;RBI=0.0275259;REFB=0.000571886;REVB=-0.0266496;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369084;STB=0.747854;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00474249;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:38:37:27:28:9:9:0.243243:7:2:14:13:7:2:15:13 chr6 36988364 . C T 283.57 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00756089;FXX=0.0714158;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.557;QD=21.8134;RBI=0.0129248;REFB=-0.0125224;REVB=0.0104825;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176933;STB=0.62578;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0111483;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:52:19:23:29:29:0.557692:13:16:15:4:13:16:19:4 chr6 37012658 . C T 167.65 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0223074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.901;QD=8.38263;RBI=0.0368198;REFB=-0.0121179;REVB=-0.029293;RO=56;SAF=15;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185538;STB=0.605288;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0444611;OID=.;OPOS=37012658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:57:23:23:0.2875:8:15:28:28:8:15:29:28 chr6 37180237 . G A 287.53 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0202171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5811;QD=15.9738;RBI=0.0369111;REFB=0.0041606;REVB=0.030882;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246396;STB=0.51388;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00502669;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:19:21:16:16:19:21 chr6 37180355 . G A 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0117081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.167;QD=14.2591;RBI=0.0189448;REFB=-0.0177019;REVB=-0.0148939;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288321;STB=0.677167;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0348276;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:41:29:29:0.414286:9:20:16:23:9:20:16:25 chr6 37180523 . A G 340.99 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0252674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2365;QD=13.3722;RBI=0.03949;REFB=-0.00458035;REVB=-0.0303483;RO=61;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717895;STB=0.545971;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00503543;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:23:17:30:31:23:17:31:31 chr6 37250112 . A G 320.76 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.762;QD=51.3222;RBI=0.0218374;REFB=-0.0633928;REVB=0.0169935;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836666;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:0:0:24:25:1:21:3:0:0:22:3:0:0 chr6 37252210 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.223;QD=59.1405;RBI=0.0350219;REFB=0;REVB=0.0349333;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10201e-05;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr6 37288036 . A G 723.56 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.819;QD=56.7498;RBI=0.0500398;REFB=0;REVB=0.0270819;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70967e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:25:26:0:0 chr6 37349033 . G A 288.26 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00830281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.969;QD=11.1946;RBI=0.00837958;REFB=0.00669193;REVB=0.00113167;RO=67;SAF=14;SAR=22;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168495;STB=0.597123;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0100141;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:22:14:36:31:22:14:36:31 chr6 37450914 . T C 289.43 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00332128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.775;QD=18.9792;RBI=0.0077163;REFB=0.00797455;REVB=-0.00696494;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10404;STB=0.55788;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00857276;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:19:11:15:16:19:11 chr6 37603102 . TG CA,CG 716.32 PASS AF=0.361702,0.638298;AO=17,30;DP=48;FAO=17,30;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=8,12;FSAR=9,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125468,-0.0347236;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.787,60.9726;QD=60.9637;RBI=0.0135557,0.0373296;REFB=0,0;REVB=0.00513175,0.0137027;RO=0;SAF=8,12;SAR=9,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0399001,0.000366422;OID=.,.;OPOS=37603102,37603102;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:47:0:0:17,30:17,30:0.361702,0.638298:9,18:8,12:0:0:9,18:8,12:0:0 chr6 37623566 . C T 583.81 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.651;QD=59.8778;RBI=0.0359516;REFB=0;REVB=0.0177097;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177161;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr6 37631768 . A G 51.3 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0306141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9827;QD=7.89167;RBI=0.0421455;REFB=-0.0458808;REVB=-0.0289659;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857127;STB=0.699328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.113448;OID=.;OPOS=37631768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:26:26:14:18:6:7:0.269231:1:5:11:3:1:6:12:6 chr6 37800789 . A C 425.11 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.015514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.254;QD=24.2918;RBI=0.0313324;REFB=-0.0176334;REVB=-0.027222;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742338;STB=0.54069;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0146602;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:21:20:17:12:21:20:17:12 chr6 38110010 . G A 1471.14 PASS AF=0.574468;AO=134;DP=236;FAO=135;FDP=235;FR=.;FRO=100;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.0132371;FXX=0.00423711;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.903;QD=25.0406;RBI=0.0159531;REFB=-0.0305011;REVB=0.00890388;RO=99;SAF=77;SAR=57;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152347;STB=0.512066;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0232179;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:99:100:134:135:0.574468:57:77:55:44:57:78:55:45 chr6 38121211 . A G 423.54 PASS AF=0.634921;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00487327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.909;QD=26.8916;RBI=0.00705096;REFB=-0.048547;REVB=-0.00509581;RO=22;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255066;STB=0.510395;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0225403;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:22:23:39:40:0.634921:21:18:11:11:22:18:11:12 chr6 38650588 . T A 850.47 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.074;QD=57.6587;RBI=0.0571399;REFB=0;REVB=0.0245339;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76424e-05;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr6 38670837 . G A 1935.88 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0659854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8398;QD=60.9727;RBI=0.0798115;REFB=-0.0843256;REVB=0.0448976;RO=0;SAF=56;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0011579;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:0:1:126:126:0.992126:70:56:0:0:70:56:0:1 chr6 38747770 . G A 267.79 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00380911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.477;QD=11.5176;RBI=0.00428336;REFB=-0.00668472;REVB=0.00195905;RO=61;SAF=17;SAR=15;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298059;STB=0.517231;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0115682;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:15:17:34:27:15:17:34:27 chr6 38750812 . T C 315.22 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0107889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.917;QD=11.784;RBI=0.0182169;REFB=-0.00605825;REVB=0.0146784;RO=67;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882703;STB=0.545431;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0104834;OID=.;OPOS=38750812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:68:39:39:0.364486:20:19:38:29:20:19:38:30 chr6 38750888 . A G 733.05 PASS AF=0.645833;AO=61;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00464764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.586;QD=30.5438;RBI=0.00792575;REFB=-0.00964796;REVB=0.00642004;RO=34;SAF=27;SAR=34;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186648;STB=0.506773;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00554093;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:34:34:61:62:0.645833:34:27:16:18:34:28:16:18 chr6 38759379 . G A 373.32 PASS AF=0.371901;AO=44;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.000991342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.144;QD=12.3412;RBI=0.00599125;REFB=0.0037298;REVB=0.00590867;RO=76;SAF=23;SAR=21;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107179;STB=0.567608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00552104;OID=.;OPOS=38759379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:44:45:0.371901:21:23:47:29:22:23:47:29 chr6 38759402 . G T 394.4 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0172601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2046;QD=12.5205;RBI=0.0290637;REFB=0.00338447;REVB=0.0233835;RO=78;SAF=24;SAR=23;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115501;STB=0.56095;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00442012;OID=.;OPOS=38759402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:79:47:47:0.373016:23:24:48:30:23:24:48:31 chr6 38773293 . G A 1268.4 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6022;QD=60.4;RBI=0.0569981;REFB=-0.0763652;REVB=-0.0550188;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902207;STB=0.504761;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000859349;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:52:31:0:1:52:31:0:1 chr6 38781866 . C G,T 732.5 PASS AF=0.962963,0.0185185;AO=50,3;DP=54;FAO=52,1;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00747915,-0.0304272;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=81.5619,14.122;QD=54.2594;RBI=0.036684,0.0385864;REFB=-0.0706532,0.0277489;REVB=0.0359135,-0.0237297;RO=0;SAF=27,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5098,0.5;STBP=0.35,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00011715,5.92855e-05;OID=.,.;OPOS=38781866,38781866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:54:0:1:50,3:52,1:0.962963,0.0185185:23,3:27,0:0:0:25,1:27,0:0:1 chr6 38800164 . G A 661.23 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0257226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5175;QD=30.0561;RBI=0.0371159;REFB=0.0223542;REVB=-0.026757;RO=31;SAF=18;SAR=39;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697012;STB=0.537683;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0124631;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:39:18:7:24:39:18:7:24 chr6 38800209 . T C 252.96 PASS AF=0.346667;AO=15;DP=80;FAO=26;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00610147;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9207;QD=13.491;RBI=0.0134149;REFB=-0.0656412;REVB=0.011947;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205681;STB=0.574409;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0547171;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:75:29:38:15:26:0.346667:7:8:16:13:18:8:16:22 chr6 38825329 . C T 1495.64 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0211;QD=59.2333;RBI=0.0387889;REFB=0;REVB=0.036328;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534424;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:47:51:0:0:47:54:0:0 chr6 38841101 . G A 689.51 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.376;QD=62.6823;RBI=0.0104839;REFB=0;REVB=0.00537651;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7161e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr6 38843426 . C T 2666.11 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0453;QD=62.0025;RBI=0.0154501;REFB=0;REVB=-0.0018425;RO=0;SAF=82;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396315;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:89:82:0:0:90:82:0:0 chr6 38851669 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00882553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.608;QD=20.8916;RBI=0.0297826;REFB=-0.0201515;REVB=-0.0284449;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253319;STB=0.51403;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0161182;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:18:14:11:16:18:14:11:16 chr6 38951998 . C T 224.53 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0031236;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.935;QD=10.6917;RBI=0.0414434;REFB=-0.00779602;REVB=-0.0413255;RO=54;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224448;STB=0.629538;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0157994;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:56:28:28:0.333333:11:17:22:32:11:17:23:33 chr6 39024225 . G A 1008.0 PASS AF=0.545455;AO=96;DP=176;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=0.0135457;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.058;QD=22.9091;RBI=0.0270132;REFB=-0.0102415;REVB=0.0233716;RO=77;SAF=58;SAR=38;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050268;STB=0.528036;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00771774;OID=.;OPOS=39024225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:77:80:96:96:0.545455:38:58:51:26:38:58:53:27 chr6 39033602 . A G 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0332766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.733;QD=56.3505;RBI=0.0556692;REFB=-0.0333815;REVB=0.0446288;RO=2;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277869;STB=0.514702;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00107595;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:33:36:0:2:33:36:0:2 chr6 39041502 . A C 447.96 PASS AF=0.359477;AO=55;DP=154;FAO=55;FDP=153;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.02888;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.893;QD=11.7113;RBI=0.0290081;REFB=-0.0114414;REVB=0.00272272;RO=97;SAF=37;SAR=18;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115295;STB=0.570082;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0264811;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:97:98:55:55:0.359477:18:37:56:41:18:37:56:42 chr6 39048491 . A C 144.71 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0229391;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.9;QD=11.1312;RBI=0.0409342;REFB=-0.00783839;REVB=-0.0339029;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139936;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:17:17:9:9:17:17 chr6 39325078 . A G 1213.76 PASS AF=0.60221;AO=109;DP=181;FAO=109;FDP=181;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00042486;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.916;QD=26.8235;RBI=0.00866058;REFB=-0.0179667;REVB=0.00865016;RO=71;SAF=49;SAR=60;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626293;STB=0.536742;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00790809;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:71:72:109:109:0.60221:60:49:38:33:60:49:39:33 chr6 39828862 . A C 803.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.402;QD=64.2819;RBI=0.0486363;REFB=0;REVB=0.0308302;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142193;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:35:14:0:0:36:14:0:0 chr6 39847279 . G A 521.81 PASS AF=0.416058;AO=56;DP=136;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00822724;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.268;QD=15.2354;RBI=0.0108238;REFB=-0.0276167;REVB=-0.00703331;RO=78;SAF=36;SAR=20;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152936;STB=0.583192;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0409618;OID=.;OPOS=39847279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:78:80:56:57:0.416058:20:36:39:39:20:37:41:39 chr6 39851817 . AG A,AA 1068.87 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=12,59;DP=71;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=1,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312511,0.0390684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=336.54,352.452;QD=59.3816;RBI=0.0315844,0.0393984;REFB=0,0;REVB=-0.00457609,-0.00508836;RO=0;SAF=11,19;SAR=1,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.23983e-08,6.7823e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000317657,0.00036368;OID=.,.;OPOS=39851818,39851818;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:12,59:71:2,70:72:0:1,30:1,40:0:0:5:0:11,19:1,40:0:0 chr6 39855288 . C A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0101568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.948;QD=14.42;RBI=0.0184274;REFB=-0.016609;REVB=-0.0153756;RO=36;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22911;STB=0.623562;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0162937;OID=.;OPOS=39855288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:9:18:16:20:9:18:17:20 chr6 39864687 . G A 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0152784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.396;QD=7.96578;RBI=0.0798229;REFB=-0.0031311;REVB=0.0783471;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450613;STB=0.781029;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0163628;OID=.;OPOS=39864687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:8:2:15:11:8:2:15:11 chr6 39864730 . C T 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0523773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.635;QD=12.7807;RBI=0.0637516;REFB=-0.013954;REVB=0.0363439;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133539;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0154966;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:7:6:6:4:8:6 chr6 39865047 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.527;QD=51.9167;RBI=0.0357315;REFB=0;REVB=0.00570974;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510644;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr6 39869952 . T A 117.94 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00974607;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.678;QD=11.7941;RBI=0.0136369;REFB=-0.00688983;REVB=-0.00953833;RO=26;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569013;STB=0.831809;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0129385;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:3:11:6:20:3:11:6:20 chr6 39872504 . C A 406.5 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0586591;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.211;QD=18.2696;RBI=0.0755931;REFB=-0.020787;REVB=0.0476805;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379094;STB=0.546644;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0226601;OID=.;OPOS=39872504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:48:41:41:0.460674:24:17:20:24:24:17:24:24 chr6 39873309 . G C 407.51 PASS AF=0.412281;AO=48;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0431428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7811;QD=14.2985;RBI=0.0483271;REFB=0.0122038;REVB=0.0217764;RO=65;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668602;STB=0.549093;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0211196;OID=.;OPOS=39873309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:67:48:47:0.412281:31:17:27:38:31:16:28:39 chr6 39881551 . G C 269.27 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00932607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3621;QD=14.1723;RBI=0.0323493;REFB=-0.013637;REVB=-0.0309759;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644605;STB=0.536603;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0225334;OID=.;OPOS=39881551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:15:16:26:19:15:16:26:19 chr6 40360465 . A G 237.46 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0558612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1442;QD=13.7657;RBI=0.0566272;REFB=0.00104207;REVB=-0.00928279;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225737;STB=0.620324;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00388501;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:41:28:28:0.405797:16:12:26:14:16:12:26:15 chr6 40998141 . G A 698.57 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0219551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5972;QD=49.8975;RBI=0.0648847;REFB=-0.0402597;REVB=0.0610574;RO=3;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434279;STB=0.52238;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000594134;OID=.;OPOS=40998141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:52:53:0.946429:31:21:0:3:32:21:0:3 chr6 41029109 . T C 1974.64 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.012;QD=61.7075;RBI=0.0531751;REFB=0;REVB=0.0316636;RO=1;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35911e-05;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:1:0:123:128:1:55:68:0:1:59:69:0:0 chr6 41029342 . T C 1715.5 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.219;QD=60.1931;RBI=0.0168675;REFB=0;REVB=0.00713201;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15958e-05;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:63:50:0:0:64:50:0:0 chr6 41037778 . C T 382.42 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2296;QD=52.7478;RBI=0.0505461;REFB=0.0700413;REVB=0.041682;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00207202;OID=.;OPOS=41037778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:15:12:0:1:16:12:0:1 chr6 41038845 . C T 1129.32 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000561983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.505;QD=57.1808;RBI=0.0117844;REFB=-0.0206398;REVB=0.011771;RO=2;SAF=44;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210203;STB=0.511108;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000173651;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:2:2:75:77:0.974684:31:44:2:0:33:44:2:0 chr6 41162518 . T C 352.81 PASS AF=0.330882;AO=41;DP=132;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.016876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.498;QD=10.3767;RBI=0.0169761;REFB=-0.0127783;REVB=0.00184086;RO=89;SAF=16;SAR=25;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150286;STB=0.594122;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0259481;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:89:91:41:45:0.330882:25:16:46:43:28:17:47:44 chr6 41196156 . C T 304.07 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.617;QD=52.8817;RBI=0.06578;REFB=0;REVB=0.0559264;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211106;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:11:9:0:0:13:10:0:0 chr6 41196169 . G T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0275155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.415;QD=12.0518;RBI=0.0412414;REFB=-0.0294149;REVB=0.0307205;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.580461;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0452219;OID=.;OPOS=41196169;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:6:6:6:3:6:7 chr6 41196605 . T C 259.79 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000767889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.568;QD=15.2816;RBI=0.00706602;REFB=-0.0319585;REVB=-0.00702417;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305691;STB=0.529392;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0278652;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:35:38:29:30:0.441176:15:14:18:17:15:15:21:17 chr6 41196727 . C T 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.000366347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8791;QD=17.3248;RBI=0.00869705;REFB=0.000264699;REVB=0.00868933;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176008;STB=0.599904;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-5.2199e-05;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:17:8:10:10:17:8 chr6 41197785 . T C 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00464199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.829;QD=19.4192;RBI=0.0320143;REFB=-0.0351551;REVB=0.031676;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163058;STB=0.590511;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.036562;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:19:8:14:15:19:8 chr6 41197857 . C T 281.93 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.0318058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.373;QD=21.2778;RBI=0.0355516;REFB=-0.0560638;REVB=0.015884;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410353;STB=0.687621;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0141267;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:21:24:29:29:0.54717:16:13:21:0:16:13:21:3 chr6 41250466 . T A 354.31 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0214013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.449;QD=21.4736;RBI=0.0214495;REFB=-0.0264312;REVB=-0.00143698;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274092;STB=0.515143;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0278819;OID=.;OPOS=41250466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:18:18:14:16:18:18:14:16 chr6 41270223 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5131;QD=57.5435;RBI=0.0433577;REFB=0;REVB=-0.0101493;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402706;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr6 41303591 . A AC 124.96 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128071;FXX=0.448121;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.5164;QD=31.2395;RBI=0.128129;REFB=0;REVB=-0.00386427;RO=26;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0136663;OID=.;OPOS=41303592;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:30:16:16:0:9:7:0:0:3:26:2:2:11:15 chr6 41303592 . T C 404.68 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6614;QD=55.818;RBI=0.0583426;REFB=0;REVB=0.0248089;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66424e-05;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr6 41309552 . T C 801.22 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.573;QD=64.0976;RBI=0.0277806;REFB=0;REVB=0.0248888;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48592e-05;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:44:50:1:15:29:0:0:21:29:0:0 chr6 41318438 . A G 1186.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478469;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.53;QD=60.8391;RBI=0.0515137;REFB=0;REVB=0.0190877;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51112e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr6 41568064 . G A 287.93 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00310009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.672;QD=25.0371;RBI=0.0198289;REFB=0.00585042;REVB=0.019585;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880191;STB=0.555513;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0042136;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:25:26:0.565217:11:14:9:11:11:15:9:11 chr6 41621618 . A G 253.22 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5121;QD=50.6437;RBI=0.003394;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135439;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:0:16:0:0:0:20:0:0 chr6 41621625 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.498;QD=47.8146;RBI=0.0182508;REFB=0.0310747;REVB=0;RO=1;SAF=21;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000813519;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:0:21:1:0:0:21:1:0 chr6 41652514 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00144384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.99;QD=12.7389;RBI=0.0112846;REFB=-0.0169439;REVB=0.0111919;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0154081;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr6 41658566 . C T 397.44 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00250865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4258;QD=24.0874;RBI=0.0756443;REFB=-0.0128219;REVB=0.0756026;RO=26;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305588;STB=0.50355;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0103767;OID=.;OPOS=41658566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:26:27:38:39:0.590909:16:22:14:12:17:22:15:12 chr6 41658889 . C T 133.74 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00736986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.894;QD=16.2105;RBI=0.00737524;REFB=-0.016893;REVB=-0.000281702;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339777;STB=0.667855;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0319075;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:15:2:7:8:15:3 chr6 41708938 . C G 517.27 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00314022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.815;QD=25.2328;RBI=0.00318948;REFB=-0.0186513;REVB=-0.000558424;RO=33;SAF=32;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498135;STB=0.535699;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0143442;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:16:32:20:13:16:32:20:14 chr6 41721682 . G GT 267.39 PASS AF=0.373134;AO=48;DP=142;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0236495;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2746;QD=7.98166;RBI=0.0373632;REFB=0.00347351;REVB=0.028926;RO=91;SAF=25;SAR=23;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579895;STB=0.535031;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=-0.00551217;OID=.;OPOS=41721683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:48:142:50:134:84:27:23:50:34:99:91:25:23:52:39 chr6 41754573 . C CCTT 508.8 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451207;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=223.814;QD=56.5339;RBI=0.0684136;REFB=-0.12208;REVB=0.0514251;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=0.00320443;OID=.;OPOS=41754574;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972222:34:36:35:36:1:21:14:1:0:5:1:20:14:1:0 chr6 41773576 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.32;QD=43.4861;RBI=0.0342772;REFB=0;REVB=-0.0289035;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109352;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr6 41899426 . C T 680.79 PASS AF=0.397906;AO=76;DP=190;FAO=76;FDP=191;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.00790673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.926;QD=14.2574;RBI=0.00810473;REFB=-0.0110535;REVB=0.0017805;RO=114;SAF=40;SAR=36;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470981;STB=0.52354;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0160514;OID=.;OPOS=41899426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:114:115:76:76:0.397906:36:40:65:49:36:40:65:50 chr6 42044945 . G A 795.9 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0402448;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.828;QD=53.9591;RBI=0.0432536;REFB=0.0934921;REVB=-0.0158501;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277265;STB=0.514701;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0038484;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:24:33:2:0:24:33:2:0 chr6 42123317 . A C 1793.59 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.514;QD=60.7996;RBI=0.0341331;REFB=0;REVB=0.0339475;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969386;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:67:50:0:0:68:50:0:0 chr6 42185564 . A C 3031.66 PASS AF=0.994819;AO=188;DP=189;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00615166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.824;QD=62.8323;RBI=0.00957994;REFB=-0.00179072;REVB=0.00734387;RO=1;SAF=99;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478569;STB=0.502512;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=1.21452e-05;OID=.;OPOS=42185564;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:193:1:1:188:192:0.994819:89:99:1:0:93:99:1:0 chr6 42224546 . A T 503.79 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.061711;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.201;QD=27.6047;RBI=0.0617273;REFB=-0.0271601;REVB=0.00141846;RO=27;SAF=30;SAR=16;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267761;STB=0.645869;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0219353;OID=.;OPOS=42224546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:27:46:46:0.630137:16:30:7:20:16:30:7:20 chr6 42532102 . C T 206.07 PASS AF=0.42;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000843278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.012;QD=16.4859;RBI=0.0563743;REFB=-0.00833746;REVB=0.056368;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.523787;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.013665;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:28:29:19:21:0.42:9:10:14:14:11:10:15:14 chr6 42571346 . A T 262.76 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00655055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.05;QD=12.6629;RBI=0.0894505;REFB=-0.038359;REVB=0.0892104;RO=52;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211686;STB=0.621089;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.037471;OID=.;OPOS=42571346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:13:18:20:32:13:18:20:32 chr6 42600319 . A G 1753.64 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016963;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.654;QD=60.9961;RBI=0.0131513;REFB=0;REVB=-0.0130414;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66697e-05;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr6 42627430 . C T 353.69 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00769943;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.0858;QD=18.138;RBI=0.0245312;REFB=0.00944409;REVB=-0.0232916;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230918;STB=0.523797;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0266489;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:35:41:37:37:0.474359:20:17:17:18:20:17:17:24 chr6 42627434 . G A 393.09 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.029686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.683;QD=19.6545;RBI=0.0297137;REFB=-0.00530338;REVB=0.00128155;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679886;STB=0.537717;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0127579;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:21:19:16:24:21:19:16:24 chr6 42629975 . A G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0576458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.274;QD=18.637;RBI=0.066658;REFB=0.0160295;REVB=0.0334702;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216783;STB=0.622928;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00561398;OID=.;OPOS=42629975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:11:5:9:7:11:5 chr6 42650772 . C T 48.41 PASS AF=0.164384;AO=17;DP=66;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0498989;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.0046;QD=2.65279;RBI=0.0499076;REFB=-0.0188486;REVB=-0.000933396;RO=48;SAF=4;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462282;STB=0.925897;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.190727;OID=.;OPOS=42650772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:66:73:48:61:17:12:0.164384:13:4:30:18:11:1:38:23 chr6 42666061 . T C 800.45 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000290276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4915;QD=57.175;RBI=0.0359301;REFB=0;REVB=0.0359289;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215489;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr6 42666145 . C T 1056.06 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0862218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2407;QD=56.3232;RBI=0.116517;REFB=-0.199482;REVB=0.0783703;RO=2;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214887;STB=0.505493;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0292037;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:2:1:72:74:0.986667:43:29:0:2:45:29:0:1 chr6 42666164 . G C 1030.03 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0592111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.609;QD=58.0301;RBI=0.0729361;REFB=-0.0261621;REVB=0.0425878;RO=1;SAF=25;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185286;STB=0.509431;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000480701;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:43:25:1:0:44:26:1:0 chr6 42689755 . A G 159.67 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0159831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.326;QD=11.6122;RBI=0.0383928;REFB=-0.0129977;REVB=-0.0349077;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304729;STB=0.67589;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0231707;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:11:24:8:12:11:24 chr6 42713618 . A G 1123.45 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166778;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.651;QD=59.1288;RBI=0.029903;REFB=0.183174;REVB=0.0248201;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.50877;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000347069;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:27:47:0:1:28:47:0:1 chr6 42932202 . C T 836.12 PASS AF=0.526667;AO=74;DP=147;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.00103193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.53;QD=22.2966;RBI=0.00732384;REFB=-0.0312692;REVB=0.00725078;RO=67;SAF=32;SAR=42;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260816;STB=0.511402;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0247069;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:67:71:74:79:0.526667:42:32:27:40:46:33:28:43 chr6 42933464 . G A 145.12 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0181636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3516;QD=18.7251;RBI=0.0837297;REFB=-0.0130882;REVB=-0.0817358;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208427;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0125639;OID=.;OPOS=42933464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:15:16:0.516129:7:8:4:10:8:8:4:11 chr6 42933526 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0177654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.87;QD=11.9535;RBI=0.0311071;REFB=-0.0169611;REVB=0.0255351;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.022967;OID=.;OPOS=42933526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr6 42988841 . C T 126.95 PASS AF=0.636364;AO=4;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0432229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.476;QD=23.0816;RBI=0.0724949;REFB=-0.250262;REVB=0.0582004;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305979;STB=0.576171;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0322172;OID=.;OPOS=42988841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:3:8:4:14:0.636364:1:3:1:2:10:4:1:7 chr6 42989057 . T C 696.26 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0562904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.671;QD=60.5447;RBI=0.0580971;REFB=-0.121264;REVB=0.0143758;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000804407;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:25:19:0:1:26:19:0:1 chr6 42992808 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3458;QD=56.9362;RBI=0.0270867;REFB=0;REVB=0.0265104;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359491;OID=.;OPOS=42992808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr6 42992825 . C G 740.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.501;QD=56.9433;RBI=0.024562;REFB=0;REVB=0.0244091;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132973;OID=.;OPOS=42992825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr6 42995211 . A G 147.61 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0277792;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.233;QD=36.9027;RBI=0.0278429;REFB=-0.0513774;REVB=-0.00188313;RO=2;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08263;STB=0.545392;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000557649;OID=.;OPOS=42995211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:4:10:2:0:4:10:2:0 chr6 43004055 . CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAT CATTTATTTATTTATTTATTTA,CATTTATTTATTTATTTATTTAT,CATTTATTTATTTATTTATTTATT 213.37 PASS AF=0,1,0;AO=2,9,2;DP=20;FAO=0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535173,0.049907,0.0450551;FXX=0.136302;HRUN=3,3,3;LEN=13,12,11;MLLD=225.636,236.559,224.535;QD=44.9198;RBI=0.0550473,0.0526253,0.0488473;REFB=0,0,0;REVB=0.012888,0.0166946,0.0188705;RO=0;SAF=1,4,2;SAR=1,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,3.66416e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=43004077,43004056,43004078;OREF=TTTATTTATTTAT,ATTTATTTATTT,TTATTTATTTA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CATTTATTTATTTATTTATTTA,CATTTATTTATTTATTTATTTAT,CATTTATTTATTTATTTATTTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,9,2:20:0,19,0:19:0:0,11,0:0,8,0:0:0:4:0:1,4,2:1,5,0:0:0 chr6 43004132 . C T 190.95 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1921;QD=47.7364;RBI=0.0652591;REFB=0;REVB=-0.00145201;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152469;OID=.;OPOS=43004132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 43005588 . G A 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0800195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0646;QD=22.6312;RBI=0.0823284;REFB=-0.0136527;REVB=0.0193612;RO=8;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494001;STB=0.788892;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0123419;OID=.;OPOS=43005588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:1:12:4:4:1:12:4:4 chr6 43008298 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.689;QD=58.1421;RBI=0.0147852;REFB=0;REVB=-0.0111599;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55038e-06;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 43014298 . TT CC 227.42 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557215;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.023;QD=50.5382;RBI=0.0281383;REFB=0;REVB=0.0275811;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000103728;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 43020188 . G A 440.68 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210045;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.714;QD=55.0845;RBI=0.0229624;REFB=-0.0553491;REVB=0.00927815;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.510632;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000342386;OID=.;OPOS=43020188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:0:1:31:31:0.96875:8:23:0:0:8:23:1:0 chr6 43034850 . C T 76.38 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.11102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2483;QD=12.7303;RBI=0.111106;REFB=-0.0103475;REVB=0.00436857;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393654;STB=0.718482;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.014658;OID=.;OPOS=43034850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:9:1:0:14:9:1:0:14 chr6 43040666 . A T 116.54 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0419223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.168;QD=15.5386;RBI=0.0424629;REFB=-0.00985136;REVB=0.00675392;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0224432;OID=.;OPOS=43040666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:8:5:7:9:9:5:7:9 chr6 43044620 . A G 874.19 PASS AF=0.497175;AO=80;DP=166;FAO=88;FDP=177;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.00534535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.52;QD=19.7558;RBI=0.00936791;REFB=-0.0179613;REVB=0.00769318;RO=86;SAF=44;SAR=36;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970846;STB=0.565119;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0258839;OID=.;OPOS=43044620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:177:86:89:80:88:0.497175:36:44:56:30:43:45:57:32 chr6 43148987 . G C 2755.99 PASS AF=0.962766;AO=181;DP=189;FAO=181;FDP=188;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=118;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0371419;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.365;QD=58.638;RBI=0.0544851;REFB=-0.0724194;REVB=0.0398635;RO=6;SAF=63;SAR=118;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101808;STB=0.509111;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00167041;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:189:188:6:7:181:181:0.962766:118:63:3:3:118:63:4:3 chr6 43149135 . TG T 433.25 PASS AF=0.486667;AO=60;DP=145;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.0567423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4047;QD=11.5533;RBI=0.078528;REFB=0.0179844;REVB=-0.0542859;RO=76;SAF=25;SAR=35;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501978;STB=0.518317;STBP=0.681;TYPE=del;VARB=-0.022034;OID=.;OPOS=43149136;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486667:60:145:73:150:77:30:43:29:48:99:76:25:35:28:48 chr6 43152573 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.487;QD=60.9747;RBI=0.0275973;REFB=0;REVB=-0.0183345;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11681e-05;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 43154091 . C G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0041353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.893;QD=56.4171;RBI=0.0291665;REFB=-0.0989528;REVB=0.0288718;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000777861;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:0:1:33:29:0:1 chr6 43184132 . A C 448.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.326;QD=57.8451;RBI=0.0627792;REFB=0;REVB=-0.00650022;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131252;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:10:18:0:0:10:21:0:0 chr6 43230970 . G C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0824062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0767;QD=35.5737;RBI=0.0860219;REFB=0;REVB=-0.0246776;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0082758;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 43250627 . ACCCCCCA ACCCCCA,ACCCCCCAC,ACCCCCCCA 31.43 PASS AF=0,0.153846,0.230769;AO=4,3,5;DP=28;FAO=0,4,6;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,4;FSAR=0,4,2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.116939,-0.00903149,-0.118422;FXX=0.0370233;HRUN=6,0,6;LEN=1,1,1;MLLD=12.614,90.227,9.62599;QD=4.83501;RBI=0.125779,0.0243792,0.126899;REFB=-0.0223424,-0.0189577,0.0212464;REVB=-0.046321,-0.0226446,0.0456032;RO=13;SAF=2,0,3;SAR=2,3,2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0.521739,0,0;SSEP=0.736842,0,0;SSSB=0.313021,-0.556789,0.396358;STB=0.5,0.996261,0.742119;STBP=1,0.114,0.175;TYPE=del,ins,ins;VARB=0.115861,-0.0227577,-0.0142929;OID=.,.,.;OPOS=43250628,43250635,43250628;OREF=C,-,-;OALT=-,C,C;OMAPALT=ACCCCCA,ACCCCCCAC,ACCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.153846,0.230769:4,3,5:28:0,4,6:26:16:0,0,4:0,4,2:5:11:18:13:2,0,3:2,3,2:3:10 chr6 43251496 . CT TC 49.26 PASS AF=0.2;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.015213;FXX=0.0624805;HRUN=5;LEN=2;MLLD=37.4364;QD=6.56794;RBI=0.0458752;REFB=-0.00441672;REVB=-0.0432793;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.714155;STB=0.898972;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.124609;OID=.;OPOS=43251496;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:32:30:19:22:6:6:0.2:1:5:2:17:1:5:5:17 chr6 43251912 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3457;QD=40.7606;RBI=0.0755405;REFB=0;REVB=-0.0748124;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00478957;OID=.;OPOS=43251912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 43270097 . T C,G 799.03 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=53,3;DP=56;FAO=56,2;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115698,-0.0243259;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.4757,32.7841;QD=55.1051;RBI=0.0375204,0.0384705;REFB=0,0;REVB=0.0375026,0.0298032;RO=0;SAF=25,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00655912,0.100131;OID=.,.;OPOS=43270097,43270097;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:56:58:0:0:53,3:56,2:0.965517,0.0344828:28,2:25,1:0:0:29,2:27,0:0:0 chr6 43270151 . C T 93.79 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0160646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.698;QD=10.1398;RBI=0.0299371;REFB=-0.0347654;REVB=0.0252618;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046246;STB=0.540473;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0418461;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:6:6:11:13:6:6:11:14 chr6 43273604 . A G 277.09 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00927555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.214;QD=17.3178;RBI=0.0116944;REFB=-0.0303043;REVB=0.00712208;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22433;STB=0.61283;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0181281;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:19:11:20:13:19:12:20:13 chr6 43306346 . A G 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.077;QD=62.1607;RBI=0.0266047;REFB=0;REVB=0.0219425;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27678e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr6 43400204 . C T 682.42 PASS AF=0.7125;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=80;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0048004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.413;QD=34.1211;RBI=0.00481938;REFB=-0.034232;REVB=0.00042731;RO=22;SAF=32;SAR=25;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836294;STB=0.501113;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0145683;OID=.;OPOS=43400204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:22:23:57:57:0.7125:25:32:12:10:25:32:13:10 chr6 43488144 . A G 485.24 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00608404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.436;QD=37.3261;RBI=0.0784395;REFB=-0.0177378;REVB=-0.0782032;RO=11;SAF=15;SAR=26;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146304;STB=0.578857;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00821903;OID=.;OPOS=43488144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:26:15:8:3:26:15:8:3 chr6 43492578 . G A 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00841603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.864;QD=20.7352;RBI=0.0209731;REFB=-0.0164214;REVB=-0.0192105;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0144415;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr6 43608011 . G A 251.63 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00314193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.641;QD=20.5414;RBI=0.0290094;REFB=-0.0251753;REVB=-0.0288388;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181252;STB=0.510196;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0313801;OID=.;OPOS=43608011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:12:13:12:12:12:13 chr6 43608125 . G A 218.84 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0153909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.504;QD=11.6715;RBI=0.0176789;REFB=-0.0185112;REVB=0.00869841;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807486;STB=0.546699;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0295183;OID=.;OPOS=43608125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:11:16:25:23:11:16:25:23 chr6 43638636 . G A 321.89 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00144069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.501;QD=13.8445;RBI=0.0114144;REFB=-0.00883569;REVB=-0.0113231;RO=56;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171375;STB=0.603358;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00988232;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:56:57:36:36:0.387097:23:13:29:27:23:13:30:27 chr6 43640099 . A G 191.19 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0183333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.221;QD=15.6072;RBI=0.0218708;REFB=0.0109205;REVB=-0.0119258;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451536;STB=0.512808;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0160154;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:8:11:18:11:8:12:18:11 chr6 43738977 . C T 448.38 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0238603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.826;QD=18.6826;RBI=0.0250953;REFB=-0.0218848;REVB=0.00777564;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125507;STB=0.564287;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0222058;OID=.;OPOS=43738977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:24:21:30:20:24:21:30:21 chr6 43752390 . A C 397.69 PASS AF=0.337931;AO=47;DP=141;FAO=49;FDP=145;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.0358068;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.797;QD=10.9708;RBI=0.0397669;REFB=-0.0239393;REVB=-0.0172998;RO=92;SAF=26;SAR=21;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048884;STB=0.568276;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0475561;OID=.;OPOS=43752390;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:92:96:47:49:0.337931:21:26:47:45:20:29:47:49 chr6 43752536 . C T 641.3 PASS AF=0.361111;AO=78;DP=215;FAO=78;FDP=216;FR=.;FRO=138;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=-0.00974769;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.554;QD=11.8758;RBI=0.0108114;REFB=-0.00779901;REVB=-0.00467645;RO=136;SAF=42;SAR=36;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396595;STB=0.517237;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0140335;OID=.;OPOS=43752536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:136:138:78:78:0.361111:36:42:78:58:36:42:78:60 chr6 43968814 . A G 170.27 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0061535;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.265;QD=16.2159;RBI=0.010812;REFB=-0.00391626;REVB=-0.00889007;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113876;STB=0.565147;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00339768;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:8:16:10:8:8:16 chr6 43970602 . G C 82.12 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00484099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3886;QD=9.38457;RBI=0.0684004;REFB=0.00218755;REVB=-0.0682289;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267055;STB=0.723767;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.011345;OID=.;OPOS=43970602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:34:35:23:24:11:11:0.314286:5:6:7:16:4:7:7:17 chr6 43970658 . T A 457.78 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00132172;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.926;QD=17.6071;RBI=0.0204905;REFB=-0.0258158;REVB=-0.0204479;RO=53;SAF=31;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171492;STB=0.592396;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0343134;OID=.;OPOS=43970658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:54:49:50:0.480769:18:31:24:29:19:31:24:30 chr6 43970827 . G A 322.76 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0291625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2924;QD=14.1871;RBI=0.0454822;REFB=-0.0113531;REVB=0.0349025;RO=54;SAF=10;SAR=26;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271586;STB=0.660923;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0284578;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:55:36:36:0.395604:26:10:28:26:26:10:29:26 chr6 44081718 . G A 1234.36 PASS AF=0.988235;AO=77;DP=80;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00864019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0428;QD=58.0874;RBI=0.23219;REFB=-0.0393037;REVB=0.232029;RO=1;SAF=57;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230713;STB=0.509089;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00105249;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:85:1:1:77:84:0.988235:20:57:0:1:27:57:0:1 chr6 44108848 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00545781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2339;QD=12.0711;RBI=0.0167445;REFB=-0.0117533;REVB=-0.0158301;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238156;STB=0.62355;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0223506;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:40:24:24:0.375:16:8:21:17:16:8:21:19 chr6 44115169 . G A 598.07 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00812919;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.096;QD=24.6627;RBI=0.00987998;REFB=-0.0175124;REVB=-0.00561519;RO=42;SAF=22;SAR=32;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205598;STB=0.607402;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0152244;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:42:43:54:54:0.556701:32:22:28:14:32:22:28:15 chr6 44117607 . C T 73.66 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0384224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.391;QD=11.3323;RBI=0.0392103;REFB=0.00272503;REVB=-0.00782063;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34364;STB=0.729156;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00391792;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:26:16:16:9:10:0.384615:8:1:5:11:9:1:5:11 chr6 44119676 . A G 213.71 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0101688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0406;QD=19.4285;RBI=0.0457091;REFB=-0.00495936;REVB=-0.0445636;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156459;STB=0.712895;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0142111;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:10:22:20:21:0.477273:13:7:6:4:13:8:18:4 chr6 44195017 . C G 138.41 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0262286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.328;QD=11.7799;RBI=0.0460891;REFB=-0.0299163;REVB=-0.0378981;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891252;STB=0.552177;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0802631;OID=.;OPOS=44195017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:25:6:4:12:25:6 chr6 44218120 . A G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0393615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.0578;QD=12.8596;RBI=0.0638069;REFB=0.00678763;REVB=0.0502195;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=3.82852e-06;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:0:8:7:7:0.466667:1:6:0:0:1:6:2:6 chr6 44222047 . G A 4028.71 PASS AF=1;AO=258;DP=261;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904545;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.24;QD=61.9802;RBI=0.0144158;REFB=0;REVB=0.0112248;RO=1;SAF=115;SAR=143;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027524;OID=.;OPOS=44222047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:260:1:0:258:260:1:143:115:1:0:143:117:0:0 chr6 44222718 . G C 103.37 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00478679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.966;QD=11.1755;RBI=0.0553507;REFB=-0.00638634;REVB=0.0551433;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.551788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0101551;OID=.;OPOS=44222718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:5:7:11:13:6:7:11:13 chr6 44232920 . A G 989.89 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.944;QD=59.0979;RBI=0.0201457;REFB=0;REVB=0.0170585;RO=0;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105924;OID=.;OPOS=44232920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:19:47:0:0:20:47:0:0 chr6 44232977 . G A 1513.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.952;QD=63.7244;RBI=0.0623796;REFB=0;REVB=0.059333;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99051e-05;OID=.;OPOS=44232977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:95:0:0:89:95:1:41:48:0:0:45:50:0:0 chr6 44243463 . G A 1502.95 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=109;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.054616;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.115;QD=56.185;RBI=0.0596079;REFB=-0.100188;REVB=0.0238787;RO=2;SAF=48;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193575;STB=0.514849;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00217996;OID=.;OPOS=44243463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:107:2:3:103:104:0.971963:55:48:2:0:55:49:3:0 chr6 44247951 . T G 1209.39 PASS AF=0.922222;AO=83;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0299995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.01;QD=53.7505;RBI=0.04026;REFB=-0.158967;REVB=-0.0268496;RO=5;SAF=41;SAR=42;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113883;STB=0.506023;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00188637;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:90:90:5:7:83:83:0.922222:42:41:3:2:42:41:4:3 chr6 44250165 . A G 830.87 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.298;QD=57.3016;RBI=0.0393335;REFB=0;REVB=0.004734;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185926;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr6 44253749 . A G 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0399784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0167;QD=52.7644;RBI=0.0477528;REFB=-0.103659;REVB=-0.0261162;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00453843;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr6 44255387 . C T 2631.47 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225793;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.998;QD=61.5549;RBI=0.0225799;REFB=-0.105677;REVB=0.000163254;RO=1;SAF=94;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622135;STB=0.503268;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00030912;OID=.;OPOS=44255387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:173:171:1:1:170:170:0.994152:76:94:0:1:76:94:0:1 chr6 44255459 . G A 2323.77 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317318;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.109;QD=62.3831;RBI=0.049033;REFB=-0.2557;REVB=0.0373808;RO=2;SAF=69;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000784334;STB=0.500412;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00229017;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:149:2:2:147:147:0.986577:78:69:1:1:78:69:1:1 chr6 44268135 . C T 1137.11 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499101;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.118;QD=60.6461;RBI=0.0138976;REFB=0;REVB=0.0129705;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80984e-05;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr6 44268371 . T C 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.355;QD=57.8783;RBI=0.0586062;REFB=0;REVB=0.0577201;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181554;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr6 44275011 . T C 860.06 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227885;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.82;QD=58.3088;RBI=0.0228539;REFB=0;REVB=0.00172834;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1531e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr6 44310854 . G A 1004.21 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00534608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.319;QD=53.5577;RBI=0.0498561;REFB=-0.0209411;REVB=0.0495687;RO=4;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000749463;STB=0.500376;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00133133;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:69:71:0.946667:34:35:2:2:36:35:2:2 chr6 44320548 . T A 183.54 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00598255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9523;QD=8.15716;RBI=0.0167991;REFB=0.00365022;REVB=0.0156977;RO=65;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365994;STB=0.717318;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00919685;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:8:17:24:41:8:17:24:41 chr6 44371714 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.534;QD=61.5357;RBI=0.0448707;REFB=0;REVB=0.00402879;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120525;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr6 44403438 . A G 423.1 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129482;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.178;QD=54.5941;RBI=0.0166015;REFB=0.0708359;REVB=0.01039;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000810016;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr6 44413463 . T A 1049.04 PASS AF=0.813725;AO=81;DP=103;FAO=83;FDP=102;FR=.;FRO=19;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0024041;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.004;QD=41.1387;RBI=0.0167915;REFB=-0.0020457;REVB=0.0166185;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.502406;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000347662;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:0:19:81:83:0.813725:35:46:0:0:36:47:11:8 chr6 44982593 . G A 492.15 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0586334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8327;QD=20.0877;RBI=0.059495;REFB=0.0141377;REVB=-0.0100884;RO=50;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149221;STB=0.582432;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0176017;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:26:22:15:35:26:22:15:35 chr6 46563817 . A T 105.82 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0245085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.106;QD=6.61391;RBI=0.0263493;REFB=-0.00836559;REVB=-0.00967571;RO=47;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116665;STB=0.57803;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0265662;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:48:16:16:0.25:8:8:19:28:8:8:19:29 chr6 46623698 . T C,G 1410.76 PASS AF=0.956044,0.043956;AO=78,8;DP=86;FAO=87,4;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40,4;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174261,-0.0235439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.655,97.4752;QD=62.0115;RBI=0.072237,0.060831;REFB=0,0;REVB=0.0701036,0.05609;RO=0;SAF=34,8;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.47622e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00733446,0.0208307;OID=.,.;OPOS=46623698,46623698;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:86:91:0:0:78,8:87,4:0.956044,0.043956:44,0:34,8:0:0:47,0:40,4:0:0 chr6 46655899 . G C 40.67 PASS AF=0.173913;AO=3;DP=23;FAO=4;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0797639;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.5832;QD=7.07356;RBI=0.119055;REFB=-0.0514075;REVB=0.088384;RO=10;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280663;STB=0.748752;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00826327;OID=.;OPOS=46655899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:23:23:10:14:3:4:0.173913:1:2:4:6:1:3:6:8 chr6 46657057 . A G 1116.08 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175432;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.102;QD=60.3287;RBI=0.0421748;REFB=0;REVB=0.0383529;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166068;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:28:45:0:0:28:46:0:0 chr6 46658905 . C G 352.57 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0178563;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.05;QD=15.1642;RBI=0.0666755;REFB=0.00356636;REVB=-0.06424;RO=53;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215856;STB=0.500567;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00454874;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:53:55:38:38:0.408602:20:18:24:29:20:18:26:29 chr6 46672943 . A G 2320.6 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100454;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.155;QD=61.0684;RBI=0.0376429;REFB=0;REVB=0.0362778;RO=0;SAF=83;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89065e-05;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:69:83:0:0:69:83:0:0 chr6 46677098 . C A 450.17 PASS AF=0.40458;AO=51;DP=128;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0492835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2287;QD=13.7458;RBI=0.11961;REFB=-0.010617;REVB=-0.108985;RO=76;SAF=18;SAR=33;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133526;STB=0.584541;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0188617;OID=.;OPOS=46677098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:76:78:51:53:0.40458:33:18:36:40:35:18:37:41 chr6 46679303 . A G 515.38 PASS AF=0.383648;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=159;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00496877;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.389;QD=12.9656;RBI=0.0158486;REFB=-0.00121979;REVB=-0.0150496;RO=94;SAF=29;SAR=32;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356801;STB=0.502582;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00135005;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:94:98:61:61:0.383648:32:29:45:49:32:29:47:51 chr6 46766321 . TTA T,TT,TTT 379.27 PASS AF=0.90411,0,0;AO=28,11,16;DP=94;FAO=66,0,0;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=53,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0869663,0.0447831,-0.0447564;FXX=0.0987532;HRUN=7,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=10.8411,5.70718,5.46032;QD=20.7819;RBI=0.0994144,0.163973,0.228411;REFB=0.113826,0.177645,0.073883;REVB=0.0481672,-0.157739,-0.223983;RO=27;SAF=28,8,0;SAR=0,3,16;SRF=19;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.83234,0.0336006,-0.839147;STB=0.51323,0.5,0.5;STBP=0.627,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00302211,-0.0830196,-0.0280435;OID=.,.,.;OPOS=46766322,46766323,46766323;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90411,0,0:28,11,16:94:66,0,0:73:7:53,0,0:13,0,0:5:2:18:27:28,8,0:0,3,16:19:8 chr6 46793206 . AGG AGA,AG 1040.3 PASS AF=0.0875,0.9125;AO=8,18;DP=81;FAO=7,73;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=7,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107092,0.791785;FXX=0.0123442;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=85.4741,19.274;QD=52.0148;RBI=0.124026,0.805871;REFB=0,0;REVB=-0.0625601,-0.150013;RO=44;SAF=0,0;SAR=8,18;SRF=44;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.891564,-0.895407;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.133999,-0.0405823;OID=.,.;OPOS=46793208,46793207;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0875,0.9125:8,18:81:7,73:80:0:0,50:7,23:0:0:29:44:0,0:8,18:44:0 chr6 46802370 . G A 1163.24 PASS AF=0.542714;AO=108;DP=198;FAO=108;FDP=199;FR=.;FRO=91;FSAF=68;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.0194239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.076;QD=23.3818;RBI=0.0232828;REFB=0.00156113;REVB=0.0128375;RO=90;SAF=68;SAR=40;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359998;STB=0.522866;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0012008;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:90:91:108:108:0.542714:40:68:53:37:40:68:53:38 chr6 46803018 . A T 388.38 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0250906;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.96;QD=23.5383;RBI=0.0251388;REFB=-0.00784002;REVB=-0.00155547;RO=28;SAF=25;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072091;STB=0.539702;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0119662;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:38:38:0.575758:13:25:16:12:13:25:16:12 chr6 46803102 . A G 313.65 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00690079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.46;QD=22.0104;RBI=0.00851964;REFB=-0.00868392;REVB=0.00499634;RO=24;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.521178;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00441838;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:25:32:32:0.561404:19:13:9:15:19:13:9:16 chr6 46824448 . A G 649.09 PASS AF=0.955556;AO=44;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00925652;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.9761;QD=57.6965;RBI=0.0473493;REFB=0.0435163;REVB=0.0464357;RO=2;SAF=33;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267902;STB=0.51405;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000945081;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:2:2:44:43:0.955556:11:33:1:1:11:32:1:1 chr6 46826508 . G A 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.954;QD=58.2424;RBI=0.0480099;REFB=-0.0361509;REVB=-0.0456515;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=6.02145e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:1:0:20:19:1:0 chr6 46826715 . T A 1744.73 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.827;QD=60.6863;RBI=0.0275428;REFB=0;REVB=-0.0032862;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74311e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:58:57:0:0 chr6 46826844 . T C 2388.15 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389681;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.263;QD=61.2347;RBI=0.0482297;REFB=0;REVB=0.0284182;RO=0;SAF=74;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64912e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:156:156:1:82:74:0:0:82:74:0:0 chr6 46826910 . G A 2334.47 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00654397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.569;QD=60.2443;RBI=0.00876165;REFB=-0.113053;REVB=0.00582606;RO=0;SAF=90;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.32409e-08;STB=0.502762;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=8.17717e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:155:0:1:154:154:0.993548:64:90:0:0:64:90:1:0 chr6 46826979 . A G 1421.85 PASS AF=0.62439;AO=128;DP=205;FAO=128;FDP=205;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.00286188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.762;QD=27.7434;RBI=0.00686797;REFB=-0.0183714;REVB=0.00624329;RO=77;SAF=54;SAR=74;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158011;STB=0.585234;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00796771;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:77:77:128:128:0.62439:74:54:50:27:74:54:50:27 chr6 46827073 . A G 575.42 PASS AF=0.361702;AO=68;DP=189;FAO=68;FDP=188;FR=.;FRO=120;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0106183;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.616;QD=12.2429;RBI=0.0112556;REFB=-0.00711442;REVB=0.00373385;RO=119;SAF=35;SAR=33;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681291;STB=0.535927;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0131858;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:119:120:68:68:0.361702:33:35:54:65:33:35:55:65 chr6 46827126 . C T 1701.27 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0362435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.201;QD=58.6644;RBI=0.0371214;REFB=-0.134007;REVB=0.00802542;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.507811;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000381902;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:0:2:114:114:0.982759:63:51:0:0:63:51:0:2 chr6 46827239 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.287;QD=44.6897;RBI=0.0432687;REFB=0;REVB=-0.0152506;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551937;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr6 46832813 . G A 365.43 PASS AF=0.338235;AO=43;DP=133;FAO=46;FDP=136;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.00354514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.684;QD=10.7481;RBI=0.0198197;REFB=-0.0110312;REVB=0.0195001;RO=88;SAF=22;SAR=21;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132622;STB=0.587376;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.021324;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:88:90:43:46:0.338235:21:22:55:33:24:22:55:35 chr6 46834685 . G A 2056.43 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.355;QD=61.8474;RBI=0.0216373;REFB=0;REVB=0.0106048;RO=1;SAF=63;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108431;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:133:133:1:0:130:133:1:67:63:1:0:68:65:0:0 chr6 46856100 . G A 348.13 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00320599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.803;QD=13.7874;RBI=0.00412839;REFB=-0.0196122;REVB=0.00260101;RO=61;SAF=27;SAR=13;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347382;STB=0.501971;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0238786;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:13:27:41:20:13:27:41:20 chr6 46976812 . T C 443.81 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.020556;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.695;QD=22.1906;RBI=0.0211632;REFB=-0.0328559;REVB=-0.00503296;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166966;STB=0.591675;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0329941;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:23:20:10:27:23:20:10:27 chr6 46977458 . T C 259.63 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00253015;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3895;QD=16.4843;RBI=0.0122511;REFB=0.00329627;REVB=0.011987;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940131;STB=0.512133;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00571777;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:28:29:0.460317:13:15:18:15:13:16:18:16 chr6 47563692 . C T 1766.44 PASS AF=0.991736;AO=114;DP=117;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5904;QD=58.3948;RBI=0.042797;REFB=-0.0309675;REVB=0.0105247;RO=0;SAF=46;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00233655;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:121:0:1:114:120:0.991736:68:46:0:0:68:52:0:1 chr6 47594302 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.043;QD=63.0524;RBI=0.023737;REFB=0;REVB=0.0118457;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24204e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr6 47594722 . G A 193.69 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00166078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.282;QD=10.1944;RBI=0.00912905;REFB=-0.0140084;REVB=-0.00897671;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108157;STB=0.506324;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0301018;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:12:13:27:24:12:13:27:24 chr6 47624239 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0192435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.189;QD=18.6447;RBI=0.0876559;REFB=-0.000279453;REVB=-0.0855175;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156693;STB=0.589347;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000411189;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:8:5:8:6:8:5 chr6 47624299 . A G 208.79 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0240718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1425;QD=25.3079;RBI=0.0297698;REFB=0.0163966;REVB=-0.0175155;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16017;STB=0.5887;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00604507;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:10:3:9:11:10:3 chr6 47646842 . A G 598.44 PASS AF=0.630952;AO=52;DP=83;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0100615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.596;QD=28.497;RBI=0.0169248;REFB=-0.0115596;REVB=-0.0136094;RO=30;SAF=19;SAR=33;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11749;STB=0.564991;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00792647;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:30:31:52:53:0.630952:33:19:16:14:33:20:17:14 chr6 47649222 . T G 486.33 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00998783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.694;QD=24.0164;RBI=0.0105972;REFB=-0.000910341;REVB=-0.00354179;RO=32;SAF=22;SAR=24;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779095;STB=0.546416;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00048388;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:35:46:46:0.567901:24:22:12:20:24:22:13:22 chr6 47649265 . T A 236.25 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0249693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.711;QD=11.2499;RBI=0.0436908;REFB=-0.0133798;REVB=-0.0358528;RO=55;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901559;STB=0.552449;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0239535;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:20:9:21:34:20:9:21:34 chr6 47649573 . CA TG 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00895813;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.139;QD=29.8325;RBI=0.0185062;REFB=-0.0138686;REVB=-0.0161935;RO=9;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571198;STB=0.531566;STBP=0.661;TYPE=mnp;VARB=0.0108928;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:13:7:4:5:13:7:4:5 chr6 47649694 . A G 1105.05 PASS AF=0.630872;AO=94;DP=150;FAO=94;FDP=149;FR=.;FRO=55;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0114539;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1418;QD=29.6657;RBI=0.017504;REFB=0.00592024;REVB=-0.0132362;RO=54;SAF=47;SAR=47;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250205;STB=0.510065;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00225405;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:54:55:94:94:0.630872:47:47:25:29:47:47:26:29 chr6 47653629 . C T 1127.16 PASS AF=0.639241;AO=101;DP=158;FAO=101;FDP=158;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.008375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.739;QD=28.5357;RBI=0.00844891;REFB=-0.0377756;REVB=-0.0011151;RO=57;SAF=41;SAR=60;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225236;STB=0.512155;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0192776;OID=.;OPOS=47653629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:57:57:101:101:0.639241:60:41:25:32:60:41:25:32 chr6 47654742 . A T 853.09 PASS AF=0.541935;AO=84;DP=155;FAO=84;FDP=155;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00538794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.214;QD=22.0153;RBI=0.010511;REFB=-0.0157624;REVB=0.00902504;RO=71;SAF=43;SAR=41;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195469;STB=0.510685;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0117112;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:71:71:84:84:0.541935:41:43:38:33:41:43:38:33 chr6 47682501 . G C 142.85 PASS AF=0.30303;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0091122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.082;QD=8.65761;RBI=0.00913938;REFB=-0.0164108;REVB=-0.000704274;RO=45;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280524;STB=0.524975;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.036768;OID=.;OPOS=47682501;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:19:20:0.30303:11:8:20:25:12:8:20:26 chr6 47682604 . A C 2283.83 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0676829;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.87;QD=63.0022;RBI=0.0679178;REFB=0.111308;REVB=0.00564358;RO=1;SAF=80;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590752;STB=0.503105;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000284428;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:145:1:1:144:144:0.993103:64:80:1:0:64:80:1:0 chr6 47684591 . G A 524.73 PASS AF=0.453846;AO=54;DP=128;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0174006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.02;QD=16.1456;RBI=0.0212402;REFB=-0.0105155;REVB=-0.0121804;RO=67;SAF=25;SAR=29;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441971;STB=0.511661;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00957191;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:67:71:54:59:0.453846:29:25:34:33:32:27:34:37 chr6 47791205 . G A 1541.03 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0642874;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.5;QD=58.706;RBI=0.0662278;REFB=-0.0349811;REVB=-0.0159138;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-2.31174e-05;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:0:1:103:104:0.990476:51:52:0:0:51:53:1:0 chr6 47791264 . G A 481.58 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00601433;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.298;QD=22.1416;RBI=0.00704305;REFB=-0.0156816;REVB=-0.00366501;RO=41;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268481;STB=0.51481;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0163547;OID=.;OPOS=47791264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:25:21:20:21:25:21:20:21 chr6 47847179 . A G 581.12 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0447271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0538;QD=22.7889;RBI=0.0455558;REFB=0.0253919;REVB=0.00864978;RO=43;SAF=28;SAR=29;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107366;STB=0.567433;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0424988;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:43:45:57:57:0.558824:29:28:27:16:29:28:29:16 chr6 49403282 . T C 1731.04 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1004;QD=60.7383;RBI=0.0345707;REFB=0;REVB=0.0224495;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2497e-05;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:48:66:0:0:48:66:0:0 chr6 49411477 . G C 780.29 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.011165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8086;QD=22.9497;RBI=0.0254172;REFB=-0.0318975;REVB=-0.0228336;RO=61;SAF=42;SAR=32;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359599;STB=0.51632;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0263367;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:61:62:74:74:0.544118:32:42:32:29:32:42:33:29 chr6 49412433 . C T 277.19 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0375941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.945;QD=26.3994;RBI=0.037614;REFB=-0.00833444;REVB=-0.00122379;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209948;STB=0.511619;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00635703;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:10:7:11:14:10:7 chr6 49425521 . C T 1524.26 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.748;QD=59.7749;RBI=0.0204693;REFB=0;REVB=0.019469;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85403e-05;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:55:47:0:0 chr6 49439805 . G A 318.7 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00739792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.858;QD=20.8983;RBI=0.026419;REFB=-0.0211307;REVB=-0.0253621;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298091;STB=0.516519;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0185419;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:13:20:16:12:13:20:16:12 chr6 49479750 . T C 740.06 PASS AF=0.421053;AO=79;DP=190;FAO=80;FDP=190;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=37;FWDB=0.026239;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.566;QD=15.5803;RBI=0.0291381;REFB=-0.00334439;REVB=0.0126705;RO=110;SAF=55;SAR=24;SRF=73;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392813;STB=0.524564;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00498414;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:110:110:79:80:0.421053:24:55:73:37:24:56:73:37 chr6 49479775 . A T 2421.15 PASS AF=0.97006;AO=162;DP=167;FAO=162;FDP=167;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.027922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1271;QD=57.9916;RBI=0.048755;REFB=-0.114814;REVB=0.0399676;RO=2;SAF=99;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148636;STB=0.50035;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00243395;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:167:167:2:5:162:162:0.97006:63:99:0:2:63:99:3:2 chr6 49489397 . C A 275.8 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=119;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0119975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4595;QD=9.19327;RBI=0.015527;REFB=-0.00498544;REVB=-0.00985636;RO=82;SAF=21;SAR=16;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136873;STB=0.583811;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00857658;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:82:83:37:37:0.308333:16:21:37:45:16:21:37:46 chr6 49494241 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.812;QD=60.975;RBI=0.0147491;REFB=0;REVB=0.00911935;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86335e-05;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr6 49518914 . C G 1843.29 PASS AF=0.992063;AO=115;DP=118;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395278;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1159;QD=58.5171;RBI=0.0423075;REFB=-0.048739;REVB=0.0150823;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.503875;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00141236;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:126:0:1:115:125:0.992063:61:54:0:0:64:61:0:1 chr6 49518915 . A G 37.38 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=129;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0120446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0998;QD=1.1591;RBI=0.0190096;REFB=-0.00505024;REVB=0.0147069;RO=118;SAF=6;SAR=5;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090153;STB=0.5721;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00723572;OID=.;OPOS=49518915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:129:118:118:11:11:0.0852713:5:6:55:63:5:6:55:63 chr6 50815314 . T A 807.62 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0176642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.257;QD=20.065;RBI=0.0249039;REFB=-0.00371948;REVB=0.0175552;RO=77;SAF=35;SAR=47;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823656;STB=0.551748;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00527512;OID=.;OPOS=50815314;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:77:79:82:82:0.509317:47:35:40:37:47:35:42:37 chr6 51480486 . G T 514.86 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.556;QD=55.6603;RBI=0.0567757;REFB=-0.0612018;REVB=-0.0450858;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00280187;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:13:22:1:0:13:23:1:0 chr6 51483961 . T C 282.85 PASS AF=0.370787;AO=32;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0131608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.87;QD=12.7123;RBI=0.0158797;REFB=-0.00964812;REVB=-0.0088858;RO=56;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143785;STB=0.589794;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0151316;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:32:33:0.370787:13:19:26:30:13:20:26:30 chr6 51491884 . T C 380.8 PASS AF=0.391304;AO=44;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0131126;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.735;QD=13.2453;RBI=0.0131355;REFB=-0.0101195;REVB=-0.000775803;RO=66;SAF=16;SAR=28;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843187;STB=0.556074;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0190441;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:70:44:45:0.391304:28:16:29:37:29:16:31:39 chr6 51586771 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.885;QD=60.9785;RBI=0.0491078;REFB=0;REVB=0.0486613;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239588;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 51613177 . C T 357.83 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9378;QD=55.051;RBI=0.0286734;REFB=0;REVB=0.013437;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670404;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 51720838 . T C 1143.29 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199282;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.154;QD=59.3918;RBI=0.0206726;REFB=-0.0663675;REVB=0.00549748;RO=1;SAF=26;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178505;STB=0.509431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-2.69473e-05;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:50:26:1:0:50:26:1:0 chr6 51875250 . A C,T 896.69 PASS AF=0.939394,0.030303;AO=61,3;DP=66;FAO=62,2;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=15,0;FSAR=47,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0192763,0.0146593;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=151.021,27.3188;QD=54.345;RBI=0.0293553,0.0147195;REFB=-0.00851208,0.0308495;REVB=0.0221396,0.00133024;RO=2;SAF=15,0;SAR=46,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0200828,0;STB=0.510413,0.5;STBP=0.537,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00115285,0.0446465;OID=.,.;OPOS=51875250,51875250;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:66:66:2:2:61,3:62,2:0.939394,0.030303:46,3:15,0:0:2:47,2:15,0:0:2 chr6 51890823 . G A 964.42 PASS AF=0.426829;AO=102;DP=244;FAO=105;FDP=246;FR=.;FRO=141;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=0.0132475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.024;QD=15.6816;RBI=0.014905;REFB=-0.0177526;REVB=0.00683109;RO=141;SAF=60;SAR=42;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111131;STB=0.551392;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0251962;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:246:141:141:102:105:0.426829:42:60:68:73:45:60:68:73 chr6 51914956 . G A 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00572319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.241;QD=11.7421;RBI=0.007675;REFB=-0.00943386;REVB=-0.00511379;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828679;STB=0.537779;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0195523;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:10:11:21:14:10:11:21:15 chr6 51924774 . A G 1220.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0341;QD=61.0287;RBI=0.0402615;REFB=0;REVB=-0.00602396;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322297;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr6 51947237 . G A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0136722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.881;QD=19.9673;RBI=0.038719;REFB=-0.00975277;REVB=0.0362247;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332005;STB=0.518506;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0086367;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:8:21:18:8:8:21:18:8 chr6 52051274 . G A 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0145317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.485;QD=24.8404;RBI=0.0152275;REFB=-0.00705756;REVB=0.00455049;RO=35;SAF=13;SAR=35;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232787;STB=0.628098;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00355282;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:35:13:19:16:35:13:19:16 chr6 52269046 . C G 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0124263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.487;QD=26.4111;RBI=0.0164505;REFB=0.00156273;REVB=0.0107799;RO=17;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273211;STB=0.515139;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.000930338;OID=.;OPOS=52269046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:8:17:11:6:8:17:11:6 chr6 52269547 . A G 258.8 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=148;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=0.0044595;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.298;QD=7.04211;RBI=0.0129562;REFB=-0.00294231;REVB=0.0121645;RO=107;SAF=16;SAR=21;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873522;STB=0.560303;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0114716;OID=.;OPOS=52269547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:107:110:37:37:0.251701:21:16:39:68:21:16:39:71 chr6 52269685 . C A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.915;QD=4.01727;RBI=0.0116106;REFB=-0.00763239;REVB=-0.00994615;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249077;STB=0.675956;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0381759;OID=.;OPOS=52269685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:3:3:8:19:3:3:8:20 chr6 52270544 . TTTG T 155.28 PASS AF=0.356322;AO=21;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00369189;FXX=0.0333296;HRUN=4;LEN=3;MLLD=235.274;QD=7.13923;RBI=0.0109622;REFB=-0.0107218;REVB=0.0103219;RO=54;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269156;STB=0.57397;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.0185955;OID=.;OPOS=52270545;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356322:21:87:31:87:56:12:19:28:28:99:54:6:15:27:27 chr6 52270925 . G T 434.95 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0257972;FXX=0.0493766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1926;QD=22.5948;RBI=0.0602315;REFB=-0.0120468;REVB=-0.0544273;RO=34;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456233;STB=0.504335;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0140064;OID=.;OPOS=52270925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:34:35:42:42:0.545455:20:22:18:16:20:22:18:17 chr6 52271204 . C T 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.025579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.57;QD=10.851;RBI=0.0328992;REFB=-0.00468662;REVB=0.02069;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237057;STB=0.638177;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00983856;OID=.;OPOS=52271204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:15:8:24:19:15:8:24:19 chr6 52271707 . G A 301.11 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0546342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2;QD=16.7282;RBI=0.0555497;REFB=0.00474528;REVB=0.0100436;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259075;STB=0.645075;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00656541;OID=.;OPOS=52271707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:13:26:13:20:13:26 chr6 52272033 . C T 1284.7 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4289;QD=60.4565;RBI=0.014334;REFB=-0.12008;REVB=-0.00754726;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.01436;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:38:46:0:0:38:46:0:1 chr6 52272313 . A G 502.45 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00470545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.214;QD=17.3258;RBI=0.0144254;REFB=-0.0115508;REVB=0.0136364;RO=62;SAF=25;SAR=29;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973489;STB=0.55412;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0156131;OID=.;OPOS=52272313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:29:25:35:27:29:25:35:27 chr6 52272467 . C A,CTTGA 486.13 PASS AF=0,1;AO=3,25;DP=51;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489133,-0.0112112;FXX=0.238039;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=113.186,158.298;QD=60.7663;RBI=0.0156216,0.0197306;REFB=0,0;REVB=-0.0148361,0.016236;RO=22;SAF=3,14;SAR=0,11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.508608,-0.145654;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,2.019e-05;OID=.,.;OPOS=52272467,52272468;OREF=C,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,CTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:51:32:22:0:3,25:0,32:0,1:0,11:3,14:16:6:0,12:0,20:0:0 chr6 52272471 . C A 139.41 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00841841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.644;QD=12.3917;RBI=0.0117233;REFB=0.00424181;REVB=-0.00815884;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121422;STB=0.571772;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0125526;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:17:12:5:11:17:12 chr6 52272574 . C T 238.23 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0419525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.399;QD=9.62545;RBI=0.0632965;REFB=-0.014379;REVB=-0.0473965;RO=68;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220049;STB=0.633379;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0297005;OID=.;OPOS=52272574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:69:30:30:0.30303:12:18:28:40:12:18:28:41 chr6 52288586 . G C 395.89 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0366878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.858;QD=20.3018;RBI=0.0452757;REFB=-0.016372;REVB=-0.026531;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180323;STB=0.599823;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0282588;OID=.;OPOS=52288586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:23:17:24:14:23:17:24:14 chr6 52303160 . A G 725.46 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0320381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2614;QD=25.68;RBI=0.0410423;REFB=0.0015003;REVB=0.025652;RO=45;SAF=30;SAR=38;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141042;STB=0.507666;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000535953;OID=.;OPOS=52303160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:45:68:68:0.60177:38:30:19:26:38:30:19:26 chr6 52303291 . C T 280.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00554858;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.424;QD=19.0068;RBI=0.00565885;REFB=-0.001232;REVB=-0.00111167;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619054;STB=0.542345;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00121608;OID=.;OPOS=52303291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:29:30:30:0.508475:15:15:16:12:15:15:17:12 chr6 52360283 . T A 270.79 PASS AF=0.324324;AO=33;DP=109;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=20;FWDB=0.00402737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.306;QD=9.75834;RBI=0.00827136;REFB=-0.0103934;REVB=0.00722465;RO=73;SAF=25;SAR=8;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488423;STB=0.509429;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0209135;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:73:75:33:36:0.324324:8:25:53:20:10:26:55:20 chr6 52360331 . G A 285.02 PASS AF=0.293233;AO=36;DP=130;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.00666412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.677;QD=8.57206;RBI=0.0072312;REFB=-0.00787445;REVB=0.0028071;RO=93;SAF=21;SAR=15;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695713;STB=0.549094;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0198221;OID=.;OPOS=52360331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:93:94:36:39:0.293233:15:21:49:44:16:23:49:45 chr6 52617731 . C G 1694.97 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.764;QD=60.5346;RBI=0.0115187;REFB=0;REVB=-0.00888939;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95201e-06;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:46:65:0:0:47:65:0:0 chr6 52701143 . C T 728.46 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.462;QD=57.1343;RBI=0.0202024;REFB=0;REVB=-0.0115346;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15406e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr6 52843131 . G T 1478.15 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0512;QD=62.2377;RBI=0.122045;REFB=0;REVB=0.120642;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626374;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:95:0:0:87:95:1:38:49:0:0:45:50:0:0 chr6 52844045 . G A 771.05 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00837775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.731;QD=55.0752;RBI=0.0708939;REFB=-0.147501;REVB=0.0703972;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000705346;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:32:23:0:0:32:23:0:1 chr6 52930188 . C A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.103512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.681;QD=22.7199;RBI=0.104849;REFB=-0.0515138;REVB=0.0166892;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181636;STB=0.590048;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0274653;OID=.;OPOS=52930188;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:13:14:0.608696:9:4:1:8:10:4:1:8 chr6 52963071 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.239;QD=59.015;RBI=0.0180314;REFB=0;REVB=-0.0155815;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43981e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr6 53514946 . A G 308.39 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00813803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.286;QD=26.2456;RBI=0.0594792;REFB=-0.016407;REVB=0.0589198;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139246;STB=0.511877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0144899;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:27:28:0.595745:16:11:7:11:17:11:8:11 chr6 53516876 . T G 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.301;QD=61.8505;RBI=0.0340382;REFB=0;REVB=-0.0292705;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52264e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr6 53517035 . G A 1842.52 PASS AF=0.581882;AO=165;DP=289;FAO=167;FDP=287;FR=.;FRO=120;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0607088;FXX=0.0103445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.489;QD=25.6798;RBI=0.0735183;REFB=-0.0634426;REVB=0.0414655;RO=114;SAF=70;SAR=95;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245559;STB=0.527305;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0377873;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:287:114:120:165:167:0.581882:95:70:52:62:97:70:58:62 chr6 53519062 . A G 478.26 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.000780505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.137;QD=14.3836;RBI=0.00717268;REFB=-0.000441002;REVB=-0.00713009;RO=79;SAF=25;SAR=29;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211607;STB=0.511917;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00130417;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:79:54:54:0.406015:29:25:35:44:29:25:35:44 chr6 53519605 . C T 2695.45 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.836;QD=62.3225;RBI=0.022781;REFB=0;REVB=-0.0102107;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05385e-05;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:90:83:0:0:90:83:0:0 chr6 53519857 . G A 458.52 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0319515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8011;QD=16.9821;RBI=0.0472322;REFB=0.00252084;REVB=-0.0347847;RO=58;SAF=31;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034216;STB=0.519073;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.004453;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:19:31:34:24:19:31:34:24 chr6 53762092 . A G 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00848627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.853;QD=59.0424;RBI=0.0586416;REFB=-0.0913654;REVB=0.0580243;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000978378;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:16:25:0:0:16:25:0:1 chr6 53989526 . G A 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0471883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5665;QD=15.79;RBI=0.047199;REFB=-0.0249171;REVB=0.00100428;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105199;STB=0.552524;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0459336;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:13:18:18:20:13:18:19:20 chr6 54025155 . T C 668.05 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00724918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.358;QD=25.6944;RBI=0.0149491;REFB=-0.013573;REVB=0.0130739;RO=41;SAF=34;SAR=29;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179087;STB=0.596976;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00783305;OID=.;OPOS=54025155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:41:63:63:0.605769:29:34:32:9:29:34:32:9 chr6 54054686 . T A 177.72 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00484627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.969;QD=10.3028;RBI=0.0292953;REFB=-0.0306858;REVB=-0.0288917;RO=46;SAF=13;SAR=9;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128861;STB=0.590477;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0506906;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:22:23:0.333333:9:13:32:14:10:13:32:14 chr6 54079968 . G A 523.0 PASS AF=0.364162;AO=63;DP=173;FAO=63;FDP=173;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0289886;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.103;QD=12.0926;RBI=0.0294246;REFB=-0.00247963;REVB=0.00504683;RO=109;SAF=32;SAR=31;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649532;STB=0.506515;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00393764;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:109:110:63:63:0.364162:31:32:56:53:31:32:57:53 chr6 54095524 . C T 553.08 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.013216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.964;QD=24.5813;RBI=0.0250397;REFB=-0.0258041;REVB=-0.0212679;RO=39;SAF=20;SAR=31;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117823;STB=0.564612;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0201839;OID=.;OPOS=54095524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:31:20:21:18:31:20:21:18 chr6 54186147 . T C 1349.53 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0438493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.688;QD=59.9789;RBI=0.0510796;REFB=-0.0848933;REVB=0.0261986;RO=1;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920187;STB=0.501812;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00740932;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:51:37:0:1:51:37:1:1 chr6 54191970 . T A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2587;QD=63.283;RBI=0.0449761;REFB=0;REVB=0.0120996;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386008;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr6 55142337 . A G 1914.92 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.762;QD=61.7715;RBI=0.0274937;REFB=0;REVB=0.0168377;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46478e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr6 55266625 . T C 459.87 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5187;QD=57.4836;RBI=0.0288162;REFB=0;REVB=0.000856571;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640351;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr6 55639028 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00524361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.834;QD=4.01765;RBI=0.015193;REFB=-0.00206231;REVB=-0.0142594;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278798;STB=0.691682;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0125318;OID=.;OPOS=55639028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:12:16:2:4:12:16 chr6 55988837 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTT 466.98 PASS AF=0.914634,0,0.0853659,0;AO=16,13,6,9;DP=86;FAO=75,0,7,0;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0,7,0;FSAR=24,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.506689,0.752661,0.107514,1.48098;FXX=0.0681741;HRUN=14,14,14,14;LEN=3,2,1,1;MLLD=8.04993,5.89242,215.05,2.77536;QD=22.7797;RBI=0.508375,0.757663,0.107641,1.49042;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0413676,-0.0869192,-0.00521545,-0.167517;RO=11;SAF=7,7,6,9;SAR=9,6,0,0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.397559,-0.395842,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0584665,0,-0.0795261,0;OID=.,.,.,.;OPOS=55988838,55988838,55988850,55988838;OREF=TTT,TT,T,T;OALT=-,-,A,-;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.914634,0,0.0853659,0:16,13,6,9:86:75,0,7,0:82:0:51,0,7,0:24,0,0,0:0:0:25:11:7,7,6,9:9,6,0,0:11:0 chr6 56044578 . T C 730.45 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0119824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.242;QD=34.7833;RBI=0.012842;REFB=-0.0256219;REVB=0.00461929;RO=22;SAF=35;SAR=25;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132784;STB=0.55998;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0137429;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:22:24:60:60:0.714286:25:35:7:15:25:35:9:15 chr6 56417192 . C T 245.98 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00758099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.862;QD=11.1808;RBI=0.0270282;REFB=-0.00237628;REVB=-0.0259432;RO=58;SAF=15;SAR=15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784376;STB=0.545424;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00462399;OID=.;OPOS=56417192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:15:15:33:25:15:15:33:25 chr6 56417282 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.936;QD=59.6794;RBI=0.0300868;REFB=0;REVB=0.00754748;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20765e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr6 56417545 . T C 208.55 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00929024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.495;QD=33.3675;RBI=0.0254431;REFB=-0.0131994;REVB=0.0236864;RO=6;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183229;STB=0.599904;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00546459;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:12:7:0:6:12:7:0:6 chr6 56420538 . C T 221.03 PASS AF=0.318182;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0244968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.051;QD=10.0466;RBI=0.032139;REFB=-0.000287035;REVB=-0.0208044;RO=59;SAF=18;SAR=9;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926425;STB=0.55878;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0006108;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:60:27:28:0.318182:9:18:35:24:9:19:36:24 chr6 56422216 . T C 302.54 PASS AF=0.268293;AO=44;DP=164;FAO=44;FDP=164;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0115312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.878;QD=7.37912;RBI=0.0182554;REFB=-0.00682477;REVB=-0.0141524;RO=120;SAF=20;SAR=24;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356081;STB=0.521149;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0210715;OID=.;OPOS=56422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:120:120:44:44:0.268293:24:20:58:62:24:20:58:62 chr6 56810539 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.028;QD=46.848;RBI=0.0227327;REFB=0;REVB=-0.0110194;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32903e-05;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 56846678 . A G 76.33 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00314504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5507;QD=5.35657;RBI=0.0130613;REFB=0.00649066;REVB=-0.012677;RO=45;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883134;STB=0.556865;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0105396;OID=.;OPOS=56846678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:45:45:12:12:0.210526:8:4:18:27:8:4:18:27 chr6 56917538 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.100029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.248;QD=8.255;RBI=0.100103;REFB=0.00110318;REVB=0.00383961;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666172;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0036064;OID=.;OPOS=56917538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:3:9:3:3:3:9 chr6 56919443 . A G 183.2 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0350849;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.19;QD=7.79557;RBI=0.0354802;REFB=-0.00571485;REVB=-0.00528094;RO=69;SAF=8;SAR=17;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21812;STB=0.63175;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0134374;OID=.;OPOS=56919443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:17:8:34:35:17:8:34:35 chr6 57012930 . C T 83.25 PASS AF=0.2;AO=13;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0246542;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.551;QD=4.75687;RBI=0.0251858;REFB=-0.000672651;REVB=-0.00514743;RO=57;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238991;STB=0.612745;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00327132;OID=.;OPOS=57012930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:57:56:13:14:0.2:5:8:24:33:6:8:24:32 chr6 57055354 . C T 190.91 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.108004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4299;QD=7.95449;RBI=0.108008;REFB=0.00843287;REVB=-0.000889372;RO=69;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222334;STB=0.62491;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0250255;OID=.;OPOS=57055354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:70:26:26:0.270833:13:13:22:47:13:13:23:47 chr6 57244780 . G A 782.39 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00818091;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.256;QD=23.0115;RBI=0.0126424;REFB=0.00476496;REVB=-0.00963856;RO=62;SAF=43;SAR=31;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141329;STB=0.507734;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00404297;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:62:62:74:74:0.544118:31:43:35:27:31:43:35:27 chr6 57246884 . A G 1186.82 PASS AF=0.467925;AO=123;DP=264;FAO=124;FDP=265;FR=.;FRO=141;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=87;FSRR=54;FWDB=-0.0035879;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.892;QD=17.9143;RBI=0.0155642;REFB=-0.0148215;REVB=-0.0151451;RO=139;SAF=81;SAR=42;SRF=86;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041906;STB=0.525847;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.013748;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:139:141:123:124:0.467925:42:81:86:53:42:82:87:54 chr6 57246969 . G A 968.62 PASS AF=0.449339;AO=102;DP=227;FAO=102;FDP=227;FR=.;FRO=125;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=-0.0224419;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.806;QD=17.0681;RBI=0.0224541;REFB=-0.016842;REVB=0.000740085;RO=125;SAF=65;SAR=37;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141662;STB=0.507858;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0199691;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:125:125:102:102:0.449339:37:65:78:47:37:65:78:47 chr6 57246982 . G T 891.32 PASS AF=0.470297;AO=93;DP=199;FAO=95;FDP=202;FR=.;FRO=107;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.0436667;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.338;QD=17.6499;RBI=0.0441675;REFB=-0.00775926;REVB=0.0066326;RO=102;SAF=61;SAR=32;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049525;STB=0.525953;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00815215;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:102:107:93:95:0.470297:32:61:62:40:33:62:65:42 chr6 57254927 . A G 386.99 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0185985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.371;QD=15.9583;RBI=0.0425741;REFB=-0.0187161;REVB=0.0382968;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024464;STB=0.504332;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0208468;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:56:41:41:0.42268:18:23:29:25:18:23:31:25 chr6 57254950 . A AT 208.95 PASS AF=0.511628;AO=33;DP=88;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.13565;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.5763;QD=9.71874;RBI=0.137564;REFB=-0.0958487;REVB=-0.0228651;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11225;STB=0.534868;STBP=0.505;TYPE=ins;VARB=0.0773759;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628:33:88:44:86:42:22:22:24:18:99:49:16:17:29:20 chr6 57254955 . G A 278.64 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0172638;FXX=0.0853554;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.263;QD=14.861;RBI=0.0279232;REFB=-0.0149246;REVB=-0.021947;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223774;STB=0.565304;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0166331;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:75:22:41:28:29:0.386667:10:18:8:14:11:18:21:20 chr6 57254986 . G A 119.73 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0188903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4348;QD=7.98186;RBI=0.073803;REFB=-0.00949934;REVB=-0.0713445;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204526;STB=0.631527;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0237006;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:6:11:20:22:6:11:20:23 chr6 57255001 . C A 69.07 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0299549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8852;QD=6.73882;RBI=0.110245;REFB=0.00255915;REVB=-0.106097;RO=31;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332829;STB=0.709729;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0270423;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:31:31:10:10:0.243902:3:7:13:18:3:7:13:18 chr6 57255015 . G C 31.42 PASS AF=0.0967742;AO=2;DP=32;FAO=3;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0578602;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5078;QD=4.05467;RBI=0.0602437;REFB=-0.00370436;REVB=0.016778;RO=14;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22986;STB=0.526138;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0309295;OID=.;OPOS=57255015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:32:31:14:25:2:3:0.0967742:1:1:4:10:2:1:9:16 chr6 57372361 . C A 1006.2 PASS AF=0.505155;AO=98;DP=194;FAO=98;FDP=194;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=0.00115067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7417;QD=20.7463;RBI=0.0055641;REFB=-0.00203253;REVB=0.00544382;RO=92;SAF=44;SAR=54;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518143;STB=0.531986;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00314049;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:92:96:98:98:0.505155:54:44:36:56:54:44:37:59 chr6 57393112 . T C 119.52 PASS AF=0.189189;AO=21;DP=111;FAO=21;FDP=111;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.006248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.587;QD=4.30708;RBI=0.00873905;REFB=0.000212142;REVB=-0.00611011;RO=89;SAF=13;SAR=8;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605141;STB=0.544036;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.000672801;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:89:90:21:21:0.189189:8:13:51:38:8:13:51:39 chr6 57393125 . A G 444.36 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00292103;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.244;QD=13.6725;RBI=0.0155947;REFB=-0.0150121;REVB=0.0153187;RO=79;SAF=30;SAR=20;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478681;STB=0.519473;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0194032;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:79:50:51:0.392308:20:30:44:35:21:30:44:35 chr6 57393160 . G A 141.2 PASS AF=0.169935;AO=26;DP=153;FAO=26;FDP=153;FR=.;FRO=127;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=58;FWDB=0.0358846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.578;QD=3.69148;RBI=0.0368765;REFB=-0.00447268;REVB=-0.00849541;RO=126;SAF=11;SAR=15;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158291;STB=0.599026;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0181808;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:126:127:26:26:0.169935:15:11:69:57:15:11:69:58 chr6 57398154 . T C 846.06 PASS AF=0.442211;AO=88;DP=199;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=0.0169872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7431;QD=17.0062;RBI=0.0248124;REFB=0.0073366;REVB=-0.0180857;RO=111;SAF=43;SAR=45;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929151;STB=0.551586;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00699725;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:111:88:88:0.442211:45:43:44:67:45:43:44:67 chr6 57398157 . A G 836.2 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=-0.000525869;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.172;QD=16.3161;RBI=0.000834414;REFB=-0.0205973;REVB=-0.000647849;RO=114;SAF=45;SAR=46;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117798;STB=0.565325;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0250909;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:114:114:91:91:0.443902:46:45:43:71:46:45:43:71 chr6 57398163 . A G 881.03 PASS AF=0.448598;AO=94;DP=213;FAO=96;FDP=214;FR=.;FRO=118;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=-0.00946123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.855;QD=16.4678;RBI=0.00980241;REFB=-0.00791869;REVB=-0.00256366;RO=118;SAF=46;SAR=48;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10871;STB=0.559839;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0141723;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:118:118:94:96:0.448598:48:46:45:73:49:47:45:73 chr6 57398186 . G GA 82.86 PASS AF=0.186508;AO=38;DP=251;FAO=47;FDP=252;FR=.;FRO=205;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=90;FSRR=115;FWDB=0.255345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3916;QD=1.31517;RBI=0.25636;REFB=0.00956477;REVB=0.0227945;RO=193;SAF=17;SAR=21;SRF=82;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294444;STB=0.523799;STBP=0.736;TYPE=ins;VARB=-0.0809635;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186508:38:251:47:252:205:22:25:90:115:82:193:17:21:82:111 chr6 57398201 . T C 1010.16 PASS AF=0.431907;AO=111;DP=257;FAO=111;FDP=257;FR=.;FRO=146;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=92;FWDB=-0.00748501;FXX=0.00387582;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1197;QD=15.7223;RBI=0.00886316;REFB=-0.00899798;REVB=-0.0047466;RO=145;SAF=57;SAR=54;SRF=54;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143504;STB=0.581293;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0259923;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:145:146:111:111:0.431907:54:57:54:91:54:57:54:92 chr6 57398226 . T G 434.14 PASS AF=0.288462;AO=58;DP=256;FAO=60;FDP=208;FR=.;FRO=148;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=89;FWDB=-0.0236325;FXX=0.199992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6952;QD=8.34885;RBI=0.0397947;REFB=-0.0120086;REVB=0.0320176;RO=145;SAF=35;SAR=23;SRF=56;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26019;STB=0.629296;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0405245;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:208:145:148:58:60:0.288462:23:35:56:89:25:35:59:89 chr6 57398264 . A G 906.47 PASS AF=0.4375;AO=98;DP=224;FAO=98;FDP=224;FR=.;FRO=126;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=-0.00909199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.3;QD=16.187;RBI=0.00968725;REFB=-0.0036815;REVB=0.00334343;RO=126;SAF=47;SAR=51;SRF=47;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108721;STB=0.560333;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00332421;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:126:126:98:98:0.4375:51:47:47:79:51:47:47:79 chr6 57398270 . C T 262.91 PASS AF=0.205479;AO=45;DP=219;FAO=45;FDP=219;FR=.;FRO=174;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=76;FSRR=98;FWDB=-0.00487371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.372;QD=4.80192;RBI=0.01588;REFB=-0.00766989;REVB=-0.0151136;RO=174;SAF=16;SAR=29;SRF=76;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108725;STB=0.567629;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.024247;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:174:174:45:45:0.205479:29:16:76:98:29:16:76:98 chr6 57467084 . A G 144.93 PASS AF=0.141593;AO=32;DP=226;FAO=32;FDP=226;FR=.;FRO=194;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=102;FSRR=92;FWDB=-0.0151521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.036;QD=2.56516;RBI=0.0180154;REFB=-0.0028306;REVB=-0.00974512;RO=192;SAF=17;SAR=15;SRF=101;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666582;STB=0.504714;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0151959;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:192:194:32:32:0.141593:15:17:101:91:15:17:102:92 chr6 57467093 . A G 135.2 PASS AF=0.134783;AO=31;DP=230;FAO=31;FDP=230;FR=.;FRO=199;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=106;FSRR=93;FWDB=-0.00401275;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.828;QD=2.35127;RBI=0.0115719;REFB=-0.00211305;REVB=0.0108539;RO=199;SAF=18;SAR=13;SRF=106;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061556;STB=0.542018;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0109722;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:199:199:31:31:0.134783:13:18:106:93:13:18:106:93 chr6 57467100 . G C 954.33 PASS AF=0.43038;AO=102;DP=240;FAO=102;FDP=237;FR=.;FRO=135;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=0.0160133;FXX=0.0206603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.52;QD=16.1068;RBI=0.0162621;REFB=-0.0120737;REVB=-0.00283376;RO=135;SAF=60;SAR=42;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095183;STB=0.553031;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0162906;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:237:135:135:102:102:0.43038:42:60:67:68:42:60:67:68 chr6 57467107 . C T 169.35 PASS AF=0.145749;AO=36;DP=247;FAO=36;FDP=247;FR=.;FRO=211;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=109;FSRR=102;FWDB=-0.00886379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.501;QD=2.74251;RBI=0.0457589;REFB=-0.00275012;REVB=-0.0448922;RO=209;SAF=21;SAR=15;SRF=108;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859116;STB=0.55749;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0189696;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:209:211:36:36:0.145749:15:21:108:101:15:21:109:102 chr6 57467175 . A G 369.4 PASS AF=0.240343;AO=56;DP=234;FAO=56;FDP=233;FR=.;FRO=177;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=86;FSRR=91;FWDB=-0.01026;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.057;QD=6.34166;RBI=0.0160206;REFB=-0.00690042;REVB=-0.0123041;RO=177;SAF=31;SAR=25;SRF=86;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854738;STB=0.551431;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0213414;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:177:177:56:56:0.240343:25:31:86:91:25:31:86:91 chr6 57512476 . G A 2045.36 PASS AF=0.550725;AO=189;DP=345;FAO=190;FDP=345;FR=.;FRO=155;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=0.0150211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.658;QD=23.7143;RBI=0.0175972;REFB=-0.00402595;REVB=-0.00916667;RO=152;SAF=97;SAR=92;SRF=81;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161592;STB=0.508861;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00319629;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:152:155:189:190:0.550725:92:97:81:71:92:98:83:72 chr6 57512510 . T G 3110.74 PASS AF=0.67979;AO=257;DP=377;FAO=259;FDP=381;FR=.;FRO=122;FSAF=127;FSAR=132;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.0110023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.566;QD=32.6587;RBI=0.0287498;REFB=-0.0385944;REVB=0.0265613;RO=116;SAF=127;SAR=130;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234524;STB=0.510963;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0144877;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:381:116:122:257:259:0.67979:130:127:62:54:132:127:64:58 chr6 57512529 . C A 503.26 PASS AF=0.213918;AO=83;DP=389;FAO=83;FDP=388;FR=.;FRO=305;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=164;FSRR=141;FWDB=-0.0029458;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.974;QD=5.18822;RBI=0.0184476;REFB=-0.00317797;REVB=-0.0182108;RO=296;SAF=35;SAR=48;SRF=158;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143488;STB=0.590811;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0134887;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:388:296:305:83:83:0.213918:48:35:158:138:48:35:164:141 chr6 57512565 . T C 1997.13 PASS AF=0.580745;AO=166;DP=300;FAO=187;FDP=322;FR=.;FRO=135;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=0.0471191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.086;QD=24.8091;RBI=0.0478476;REFB=-0.00750818;REVB=-0.0083179;RO=132;SAF=75;SAR=91;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641572;STB=0.508379;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00484828;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:322:132:135:166:187:0.580745:91:75:70:62:91:96:72:63 chr6 57512678 . G A 574.97 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000179143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1081;QD=29.1125;RBI=0.0105211;REFB=-0.0241541;REVB=-0.0105195;RO=28;SAF=24;SAR=27;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889395;STB=0.548272;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0129336;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:27:24:17:11:27:24:17:11 chr6 58141869 . C T 203.61 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00606299;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.816;QD=8.31053;RBI=0.00838787;REFB=-0.003719;REVB=-0.00579626;RO=70;SAF=16;SAR=11;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456084;STB=0.52049;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00954997;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:70:71:27:27:0.27551:11:16:44:26:11:16:44:27 chr6 58141876 . C T 915.37 PASS AF=0.72;AO=72;DP=100;FAO=72;FDP=100;FR=.;FRO=28;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00133353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.173;QD=36.6148;RBI=0.011287;REFB=-0.00965053;REVB=0.011208;RO=28;SAF=45;SAR=27;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0098998;STB=0.505318;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00602324;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:28:28:72:72:0.72:27:45:17:11:27:45:17:11 chr6 58141878 . A G 213.49 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00288099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.851;QD=8.53958;RBI=0.0207324;REFB=-0.00742517;REVB=0.0205313;RO=72;SAF=17;SAR=11;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227786;STB=0.513545;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0285891;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:11:17:45:27:11:17:45:27 chr6 58141886 . G C 1179.09 PASS AF=0.872549;AO=89;DP=102;FAO=89;FDP=102;FR=.;FRO=13;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00721613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.134;QD=46.2387;RBI=0.0092726;REFB=-0.0485419;REVB=0.00582311;RO=13;SAF=55;SAR=34;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190021;STB=0.510077;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00211187;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:13:13:89:89:0.872549:34:55:9:4:34:55:9:4 chr6 58141920 . G C 154.92 PASS AF=0.227723;AO=23;DP=101;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.00743746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.449;QD=6.13538;RBI=0.00748338;REFB=-0.00954491;REVB=-0.000827759;RO=78;SAF=14;SAR=9;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604773;STB=0.537158;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0304339;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:78:78:23:23:0.227723:9:14:51:27:9:14:51:27 chr6 58141935 . T C 98.77 PASS AF=0.184783;AO=16;DP=91;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=0.0012757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7296;QD=4.29438;RBI=0.0292101;REFB=-0.00561244;REVB=-0.0291822;RO=75;SAF=11;SAR=5;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299777;STB=0.537268;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0232031;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:91:92:75:75:16:17:0.184783:5:11:50:25:5:12:50:25 chr6 58141943 . A AT 372.77 PASS AF=0.654321;AO=9;DP=88;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0738354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.853;QD=18.4086;RBI=0.168162;REFB=-0.023073;REVB=0.151085;RO=79;SAF=7;SAR=2;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182099;STB=0.541478;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=0.0673131;OID=.;OPOS=58141944;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.654321:9:88:53:81:28:36:17:16:12:63:79:7:2:51:28 chr6 58141946 . C T 447.33 PASS AF=0.54321;AO=42;DP=79;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00882957;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4731;QD=22.0903;RBI=0.0818126;REFB=-0.0739698;REVB=0.0813348;RO=37;SAF=29;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662394;STB=0.532095;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0608826;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:37:37:42:44:0.54321:13:29:23:14:15:29:22:15 chr6 58164635 . T C 128.68 PASS AF=0.212766;AO=19;DP=93;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=0.0117183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0246;QD=5.4756;RBI=0.0171314;REFB=0.00120648;REVB=0.0124966;RO=74;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211942;STB=0.6488;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00424353;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:74:74:19:20:0.212766:10:9:23:51:10:10:23:51 chr6 58182701 . C T 261.91 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0143661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.656;QD=8.51729;RBI=0.0144048;REFB=-0.00978778;REVB=0.00105451;RO=87;SAF=18;SAR=18;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760141;STB=0.544691;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0196079;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:87:87:36:36:0.292683:18:18:38:49:18:18:38:49 chr6 58196684 . G A 91.54 PASS AF=0.145299;AO=16;DP=119;FAO=17;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00544924;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.702;QD=3.12964;RBI=0.0229535;REFB=-0.00501257;REVB=-0.0222972;RO=85;SAF=6;SAR=10;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122564;STB=0.589797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0207585;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:119:117:85:99:16:17:0.145299:10:6:40:45:11:6:45:54 chr6 61944688 . A G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00587547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5341;QD=5.21557;RBI=0.0773749;REFB=0.00359383;REVB=0.0771515;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275267;STB=0.682326;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.02815;OID=.;OPOS=61944688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:9:12:2:4:9:12 chr6 62282965 . C T 1042.43 PASS AF=0.719008;AO=87;DP=121;FAO=87;FDP=121;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0819566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1959;QD=34.4604;RBI=0.0898914;REFB=-0.0405187;REVB=0.0369267;RO=33;SAF=36;SAR=51;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997389;STB=0.549642;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0162979;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:33:34:87:87:0.719008:51:36:20:13:51:36:20:14 chr6 62283016 . T G 489.97 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0626389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.496;QD=30.6229;RBI=0.0642528;REFB=-0.00962699;REVB=-0.0143107;RO=20;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111233;STB=0.560317;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00387808;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:26:18:12:8:26:18:12:8 chr6 62284247 . T G 1075.58 PASS AF=0.65035;AO=85;DP=133;FAO=93;FDP=143;FR=.;FRO=50;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0436302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9447;QD=30.0861;RBI=0.0643374;REFB=-0.0532866;REVB=0.0472832;RO=48;SAF=50;SAR=35;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318956;STB=0.517701;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0264291;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:143:48:50:85:93:0.65035:35:50:26:22:40:53:26:24 chr6 62284487 . C T 704.87 PASS AF=0.582609;AO=63;DP=112;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0080305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2574;QD=24.5173;RBI=0.0247367;REFB=-0.0146683;REVB=-0.0233969;RO=44;SAF=43;SAR=20;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395161;STB=0.527121;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00943464;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:44:48:63:67:0.582609:20:43:28:16:20:47:31:17 chr6 62284512 . T C 588.52 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00896039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.894;QD=21.4008;RBI=0.0116904;REFB=-0.00574566;REVB=0.00750838;RO=50;SAF=42;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107846;STB=0.555973;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00555895;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:17:42:30:20:17:42:31:20 chr6 62390916 . T C 2064.66 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0117851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.15;QD=60.282;RBI=0.0224043;REFB=-0.0874757;REVB=0.0190542;RO=2;SAF=56;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016671;STB=0.508619;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000646604;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:134:135:0.985401:78:56:2:0:78:57:2:0 chr6 62604655 . G A 514.18 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0385817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6124;QD=33.1726;RBI=0.0407833;REFB=0.0448258;REVB=0.0132186;RO=17;SAF=19;SAR=26;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362753;STB=0.519577;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0126857;OID=.;OPOS=62604655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:45:45:0.725806:26:19:6:11:26:19:6:11 chr6 62887099 . C T 679.89 PASS AF=0.621053;AO=57;DP=93;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0124571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6229;QD=28.6269;RBI=0.0359269;REFB=-0.0279506;REVB=-0.0336981;RO=36;SAF=25;SAR=32;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161291;STB=0.585078;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0159897;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:36:36:57:59:0.621053:32:25:24:12:33:26:24:12 chr6 63921924 . A G 572.84 PASS AF=0.6375;AO=49;DP=78;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0220685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.656;QD=28.6419;RBI=0.0223198;REFB=-0.00543612;REVB=-0.00333956;RO=29;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283883;STB=0.515205;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00293828;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:29:29:49:51:0.6375:24:25:16:13:25:26:16:13 chr6 63922820 . G A 594.1 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=78;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0199906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.497;QD=30.4668;RBI=0.0351144;REFB=-0.0418293;REVB=0.0288686;RO=25;SAF=6;SAR=46;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199054;STB=0.605217;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0190534;OID=.;OPOS=63922820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:25:26:52:52:0.666667:46:6:7:18:46:6:7:19 chr6 65016977 . TGA T 385.34 PASS AF=0.857143;AO=20;DP=36;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.103326;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.19;QD=44.0384;RBI=0.14003;REFB=-0.254549;REVB=0.094509;RO=5;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155041;STB=0.524069;STBP=0.562;TYPE=del;VARB=0.0476703;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:20:36:30:35:5:13:17:3:2:27:5:5:15:3:2 chr6 65149185 . T A 197.12 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.10087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7443;QD=8.95986;RBI=0.101951;REFB=-0.00843696;REVB=0.0148109;RO=59;SAF=17;SAR=9;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156814;STB=0.578063;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0162624;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:59:62:26:26:0.295455:9:17:31:28:9:17:34:28 chr6 65300143 . G C 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0219193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5111;QD=7.71902;RBI=0.0340219;REFB=0.00159169;REVB=0.0260199;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238874;STB=0.648667;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00283235;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:4:9:19:19:4:9:19:19 chr6 65300273 . T C 31.96 PASS AF=0.0897436;AO=6;DP=78;FAO=7;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0231844;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.8321;QD=1.63909;RBI=0.0312678;REFB=-0.0130928;REVB=-0.02098;RO=51;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244083;STB=0.552089;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0924691;OID=.;OPOS=65300273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:78:78:51:70:6:7:0.0897436:2:4:23:28:3:4:36:34 chr6 65301167 . C T 128.89 PASS AF=0.253333;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=-0.0278063;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5803;QD=6.87437;RBI=0.0284242;REFB=-0.00751458;REVB=0.00589446;RO=56;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648589;STB=0.869257;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0170694;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:56:56:18:19:0.253333:4:14:10:46:4:15:12:44 chr6 65301211 . T C 150.43 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.00840789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.083;QD=6.61212;RBI=0.00902112;REFB=-0.00527345;REVB=0.00326926;RO=69;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478781;STB=0.787867;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0183583;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:69:22:22:0.241758:6:16:22:47:6:16:22:47 chr6 65301217 . G A 159.19 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.0148827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.384;QD=6.70254;RBI=0.0200145;REFB=0.00574478;REVB=-0.0133823;RO=72;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443469;STB=0.766257;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0205911;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:72:23:23:0.242105:7:16:23:49:7:16:23:49 chr6 65301408 . A G 156.82 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0185098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.373;QD=6.2726;RBI=0.0347627;REFB=-0.00725817;REVB=-0.029425;RO=77;SAF=13;SAR=10;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736842;STB=0.545415;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0176951;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:77:23:23:0.23:10:13:39:38:10:13:39:38 chr6 65301462 . C T 192.27 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0125549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.348;QD=7.25541;RBI=0.0131268;REFB=-0.00551819;REVB=-0.00383257;RO=78;SAF=15;SAR=13;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438123;STB=0.526297;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0152969;OID=.;OPOS=65301462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:13:15:39:39:13:15:39:39 chr6 65301504 . A G 238.99 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00184109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.461;QD=9.75461;RBI=0.012936;REFB=-0.0134746;REVB=0.0128043;RO=68;SAF=14;SAR=16;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091245;STB=0.55356;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0263749;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:68:30:30:0.306122:16:14:37:31:16:14:37:31 chr6 65301679 . T C 129.92 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00235944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3538;QD=7.21751;RBI=0.00515793;REFB=-0.00114902;REVB=-0.00458664;RO=52;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927881;STB=0.550405;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00434089;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:52:53:19:19:0.263889:12:7:23:29:12:7:23:30 chr6 65301734 . G A 120.26 PASS AF=0.194175;AO=20;DP=103;FAO=20;FDP=103;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0486456;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3787;QD=4.67032;RBI=0.0585157;REFB=-0.00167222;REVB=-0.0325222;RO=82;SAF=13;SAR=7;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177651;STB=0.609061;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00519465;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:83:20:20:0.194175:7:13:42:40:7:13:43:40 chr6 65301787 . G C 91.74 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0328842;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7594;QD=3.19099;RBI=0.0368667;REFB=0.00435005;REVB=0.0166669;RO=97;SAF=11;SAR=7;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147517;STB=0.598529;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.030781;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:97:97:18:18:0.156522:7:11:48:49:7:11:48:49 chr6 65301824 . T C 47.96 PASS AF=0.107843;AO=10;DP=101;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0058354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.988;QD=1.88068;RBI=0.0231932;REFB=-0.000129108;REVB=-0.0224471;RO=91;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173574;STB=0.58392;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00114583;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:102:91:91:10:11:0.107843:4:6:41:50:5:6:41:50 chr6 65301854 . G A 40.08 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00944708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9895;QD=2.00398;RBI=0.011822;REFB=-0.00470783;REVB=0.00710727;RO=70;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247422;STB=0.677295;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0372405;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:70:71:9:9:0.1125:3:6:32:38:3:6:33:38 chr6 65622463 . A G 414.57 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0175192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6537;QD=30.1504;RBI=0.0443045;REFB=-0.0610546;REVB=0.0406936;RO=17;SAF=13;SAR=25;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149948;STB=0.580966;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0276783;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:17:38:38:0.690909:25:13:2:15:25:13:2:15 chr6 66005857 . T A 310.96 PASS AF=0.282051;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=156;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.0268844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.14;QD=7.97336;RBI=0.0283945;REFB=-0.0100803;REVB=-0.00913667;RO=111;SAF=25;SAR=19;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669126;STB=0.536433;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0216913;OID=.;OPOS=66005857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:112:44:44:0.282051:19:25:57:54:19:25:58:54 chr6 66005888 . C T 1072.79 PASS AF=0.692308;AO=90;DP=130;FAO=90;FDP=130;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00282706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.212;QD=33.0089;RBI=0.00815667;REFB=-0.0212563;REVB=-0.00765108;RO=38;SAF=45;SAR=45;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291069;STB=0.507691;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0102891;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:38:40:90:90:0.692308:45:45:21:17:45:45:21:19 chr6 66005970 . G A 572.19 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0182492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.294;QD=31.3527;RBI=0.0314125;REFB=-0.0284268;REVB=-0.0255678;RO=23;SAF=22;SAR=28;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548719;STB=0.529664;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0141133;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:50:50:0.684932:28:22:8:15:28:22:8:15 chr6 66063513 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.317;QD=56.7034;RBI=0.0272231;REFB=0;REVB=-0.00939788;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012965;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 66112409 . A G 1240.34 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389175;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3448;QD=61.2516;RBI=0.064652;REFB=0;REVB=0.0516266;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100082;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:32:48:0:0:32:49:0:0 chr6 66204945 . G A 176.88 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0430058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6761;QD=30.7622;RBI=0.0430392;REFB=0.0262353;REVB=-0.00169509;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210047;STB=0.615261;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00160949;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:23:6:6:16:17:0.73913:10:6:0:6:10:7:0:6 chr6 68599166 . A G 234.67 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.00776771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.123;QD=7.22073;RBI=0.00835401;REFB=0.000840724;REVB=-0.00307445;RO=92;SAF=19;SAR=15;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20314;STB=0.618576;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00336431;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:92:96:34:34:0.261538:15:19:36:56:15:19:38:58 chr6 69666684 . A G 972.12 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8276;QD=58.9165;RBI=0.0365015;REFB=0;REVB=-0.0352051;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137294;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 70071173 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.548;QD=62.0219;RBI=0.00460319;REFB=0;REVB=-0.000681076;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11411e-05;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr6 70407465 . A T 1301.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.161;QD=61.9959;RBI=0.0460551;REFB=0;REVB=0.0147106;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131694;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr6 70778297 . G A 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0487584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.734;QD=4.36691;RBI=0.0499212;REFB=-0.0037275;REVB=-0.0107122;RO=49;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084577;STB=0.555457;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0167;OID=.;OPOS=70778297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:6:5:19:30:6:5:19:30 chr6 70778378 . GC CT 81.98 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0206124;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.3474;QD=8.62976;RBI=0.0206216;REFB=-0.00504491;REVB=-0.00061632;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199952;STB=0.616203;STBP=0.414;TYPE=mnp;VARB=0.00982139;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:38:26:27:11:11:0.289474:9:2:8:18:9:2:8:19 chr6 70812123 . A G 97.95 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0160001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.547;QD=7.12358;RBI=0.0271358;REFB=0.00210189;REVB=0.0219168;RO=41;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146925;STB=0.588927;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00702309;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:10:4:8:33:10:4:8:33 chr6 70916888 . A C 816.12 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.288;QD=57.2713;RBI=0.0146818;REFB=0;REVB=0.0118112;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245342;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:48:57:1:20:28:0:0:22:35:0:0 chr6 70917559 . A AT 277.07 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606332;FXX=0.103413;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.02;QD=42.626;RBI=0.0520708;REFB=0;REVB=0.0517166;RO=7;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000560879;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:29:26:26:0:13:13:0:0:5:7:10:11:3:4 chr6 70964895 . A T 544.52 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0361971;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8116;QD=27.5706;RBI=0.0371763;REFB=-0.0217736;REVB=0.00847616;RO=30;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503987;STB=0.527461;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0142766;OID=.;OPOS=70964895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:30:30:49:49:0.620253:28:21:15:15:28:21:15:15 chr6 71236216 . C T 163.79 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=23;FWDB=-0.0145619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5325;QD=5.79781;RBI=0.0251712;REFB=0.00549162;REVB=-0.0205314;RO=86;SAF=11;SAR=15;SRF=63;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379287;STB=0.728949;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0227329;OID=.;OPOS=71236216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:87:26:26:0.230088:15:11:63:23:15:11:64:23 chr6 71238105 . A G 378.91 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0141354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.166;QD=33.6805;RBI=0.0276923;REFB=-0.0393936;REVB=0.0238129;RO=14;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666349;STB=0.53638;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0175534;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:19:12:7:7:19:12:7:7 chr6 71269459 . C T 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0198832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.107;QD=8.11429;RBI=0.0213392;REFB=-0.00228146;REVB=0.00774739;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125901;STB=0.568865;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00454774;OID=.;OPOS=71269459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:5:9:20:17:5:9:21:17 chr6 71289189 . A G 115.1 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0236862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.104;QD=10.7071;RBI=0.0238083;REFB=-0.00150869;REVB=0.00240842;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307882;STB=0.68466;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00861429;OID=.;OPOS=71289189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:4:10:13:16:4:10:13:16 chr6 71546702 . C T 89.57 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00926082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.208;QD=3.77135;RBI=0.00981549;REFB=0.00597769;REVB=-0.00325287;RO=78;SAF=11;SAR=5;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180156;STB=0.625358;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0303374;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:78:79:16:16:0.168421:5:11:43:35:5:11:43:36 chr6 71547572 . A T 123.91 PASS AF=0.196262;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0531119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.826;QD=4.63207;RBI=0.0531748;REFB=0.00123109;REVB=0.0025854;RO=85;SAF=10;SAR=11;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375506;STB=0.528443;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00699471;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:85:86:21:21:0.196262:11:10:43:42:11:10:44:42 chr6 71569090 . T C 475.43 PASS AF=0.68254;AO=42;DP=62;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00595903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.614;QD=30.186;RBI=0.00707781;REFB=-0.00127347;REVB=-0.00381908;RO=19;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132716;STB=0.583294;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000448356;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:19:20:42:43:0.68254:27:15:11:8:28:15:12:8 chr6 71665986 . G A 123.29 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.631;QD=37.9345;RBI=0.249266;REFB=-0.0804737;REVB=0.247898;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0207633;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:10:12:0.923077:4:6:1:0:4:8:1:0 chr6 72006512 . T C 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00535913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.077;QD=8.63956;RBI=0.0112069;REFB=-0.0101624;REVB=-0.00984243;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098293;STB=0.548944;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0293037;OID=.;OPOS=72006512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:34:13:13:0.276596:6:7:15:18:6:7:16:18 chr6 72889471 . T TG 1124.52 PASS AF=1;AO=12;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160687;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.393;QD=48.3664;RBI=0.162411;REFB=0;REVB=0.0236011;RO=74;SAF=2;SAR=10;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000229056;OID=.;OPOS=72889472;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:96:93:93:0:42:51:0:0:7:74:2:10:34:40 chr6 72889472 . A G 1113.85 PASS AF=0.860215;AO=79;DP=92;FAO=80;FDP=93;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0121312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.67;QD=47.9074;RBI=0.0141377;REFB=-0.0361878;REVB=0.00726012;RO=13;SAF=39;SAR=40;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905099;STB=0.548375;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0100512;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:92:93:13:13:79:80:0.860215:40:39:2:11:40:40:2:11 chr6 72889473 . A C 51.13 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.141423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.449;QD=2.17582;RBI=0.142154;REFB=-0.00563675;REVB=-0.0143957;RO=80;SAF=2;SAR=11;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452223;STB=0.815736;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.200034;OID=.;OPOS=72889473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:94:94:80:81:13:13:0.138298:11:2:40:40:11:2:40:41 chr6 72892257 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.242;QD=45.8068;RBI=0.0447386;REFB=0;REVB=-0.0361567;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000789221;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr6 73111492 . A G 819.96 PASS AF=0.705263;AO=66;DP=94;FAO=67;FDP=95;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0228773;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.159;QD=34.5248;RBI=0.0252492;REFB=-0.037997;REVB=0.0106841;RO=28;SAF=33;SAR=33;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395151;STB=0.518862;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0158423;OID=.;OPOS=73111492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:28:28:66:67:0.705263:33:33:12:16:34:33:12:16 chr6 74072937 . G C 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0189916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.759;QD=6.5943;RBI=0.0189918;REFB=-0.00728508;REVB=-9.6725e-05;RO=28;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228003;STB=0.650764;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0182595;OID=.;OPOS=74072937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:8:1:6:22:8:1:6:22 chr6 74073384 . GGGAGGCCGGGACCCAGCGTTCGGTGGAAGTCCAGGAGGTCGGGACACAGGGTTCTCCGGTGGAGGTGCA G 50.0 PASS AO=29;DP=32;LEN=69;RO=3;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=8;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=74073385;OREF=GGAGGCCGGGACCCAGCGTTCGGTGGAAGTCCAGGAGGTCGGGACACAGGGTTCTCCGGTGGAGGTGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:32:3:29:10:18:0:8 chr6 74073417 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.047983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.883;QD=15.2597;RBI=0.048622;REFB=-0.0404641;REVB=-0.00785717;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0229008;OID=.;OPOS=74073417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:5:2:4:1:5:2:4:2 chr6 74073423 . T C 49.57 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0340455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4317;QD=15.253;RBI=0.0602009;REFB=-0.0343525;REVB=0.0496494;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0315405;OID=.;OPOS=74073423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:4:2:5:2:4:2 chr6 74073430 . A G 99.65 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00716848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.779;QD=26.574;RBI=0.107587;REFB=-0.0942553;REVB=-0.107348;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215993;STB=0.512173;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0280479;OID=.;OPOS=74073430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:2:2:5:6:2:2 chr6 74073434 . G C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0125596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.137;QD=29.1641;RBI=0.0143326;REFB=0.00108923;REVB=0.0069052;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808542;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-6.48195e-05;OID=.;OPOS=74073434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:5:6:1:2:5:6:1:2 chr6 74073437 . TCTC CGTT,T 123.38 PASS AF=0.117647,0.647059;AO=2,11;DP=17;FAO=2,11;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=2,6;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0267483,0.00152056;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=98.1311,237.814;QD=29.0318;RBI=0.0274471,0.0217189;REFB=0.00967607,0.0565491;REVB=0.00615429,0.0216657;RO=4;SAF=2,6;SAR=0,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687939,0.138896;STB=0.995001,0.578172;STBP=0.159,0.37;TYPE=mnp,del;VARB=0.0201863,-0.00598907;OID=.,.;OPOS=74073437,74073438;OREF=TCTC,CTC;OALT=CGTT,-;OMAPALT=CGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:17:17:4:4:2,11:2,11:0.117647,0.647059:0,5:2,6:1:3:0,5:2,6:1:3 chr6 74073451 . G C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0170182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.745;QD=28.1412;RBI=0.0222786;REFB=-0.0189126;REVB=0.0143776;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196226;STB=0.608566;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00684164;OID=.;OPOS=74073451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:1:6:8:8:1:6 chr6 74073453 . A G 159.61 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0262363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.484;QD=26.6021;RBI=0.0604467;REFB=-0.000556775;REVB=-0.0544561;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196226;STB=0.624853;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000332493;OID=.;OPOS=74073453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:8:8:1:6:8:8:1:7 chr6 74073531 . C G 572.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.77;QD=60.2643;RBI=0.0671522;REFB=0;REVB=0.0521776;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328866;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:29:8:0:0:29:9:0:0 chr6 74079024 . A G 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.506;QD=59.8486;RBI=0.0218591;REFB=0;REVB=0.0216357;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12151e-05;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr6 74079041 . A C 1029.27 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337763;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9134;QD=59.6679;RBI=0.0653896;REFB=0;REVB=0.0559907;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632959;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr6 74125875 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.584;QD=60.2284;RBI=0.0842173;REFB=0;REVB=0.0204672;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170669;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr6 74125888 . A G 409.68 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00277554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.023;QD=48.1982;RBI=0.0142485;REFB=-0.0929948;REVB=0.0139756;RO=1;SAF=4;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103025;STB=0.636261;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00238185;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:34:1:3:30:31:0.911765:26:4:1:0:27:4:3:0 chr6 74135016 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.09989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9337;QD=57.6719;RBI=0.103054;REFB=0;REVB=0.0253411;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122428;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr6 74155346 . G T 1030.11 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00594524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.102;QD=58.0345;RBI=0.010354;REFB=0.0327871;REVB=-0.00847704;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154986;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000184325;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:30:40:0:1:30:40:0:1 chr6 74161503 . A G 144.85 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.864;QD=44.5679;RBI=0.0654489;REFB=0;REVB=0.0166137;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100028;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:7:4:0:0:8:5:0:0 chr6 74161801 . G T 279.02 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0643;QD=48.5256;RBI=0.0594179;REFB=-0.151749;REVB=-0.0290552;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00593901;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:9:13:0:0:9:13:1:0 chr6 74466377 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.705;QD=60.6093;RBI=0.0169952;REFB=0;REVB=-0.0165962;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57326e-05;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr6 74493432 . A C 2289.24 PASS AF=0.993151;AO=141;DP=142;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00251258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.778;QD=62.7188;RBI=0.0173188;REFB=-0.0592526;REVB=0.0171356;RO=1;SAF=83;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812734;STB=0.504273;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=6.08522e-06;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:146:1:1:141:145:0.993151:58:83:0:1:58:87:0:1 chr6 74497009 . A G 89.28 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0221415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.617;QD=7.28839;RBI=0.0868659;REFB=-0.00652795;REVB=0.0839967;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481098;STB=0.529986;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0207284;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:23:14:5:7:23:14 chr6 74497152 . G A 60.73 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00035729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.573;QD=6.39249;RBI=0.0110476;REFB=-0.0091541;REVB=-0.0110418;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315976;STB=0.694895;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0250923;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:2:7:15:13:2:7:16:13 chr6 74533192 . T G 650.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.888;QD=61.9545;RBI=0.0133164;REFB=0;REVB=0.0114308;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6487e-05;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 75797302 . C T 1506.12 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5634;QD=62.1082;RBI=0.0547774;REFB=-0.122476;REVB=0.00342673;RO=1;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111571;STB=0.505881;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00914098;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:42:54:0:1:42:54:0:1 chr6 75841722 . A T 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000763494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.667;QD=62.0066;RBI=0.0204709;REFB=0;REVB=0.0204567;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35003e-05;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr6 75848181 . A G 280.36 PASS AF=0.263514;AO=38;DP=148;FAO=39;FDP=148;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.00492136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.136;QD=7.57738;RBI=0.0220872;REFB=-0.004964;REVB=-0.021532;RO=107;SAF=27;SAR=11;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255207;STB=0.665846;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.014116;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:107:109:38:39:0.263514:11:27:55:52:11:28:55:54 chr6 75994151 . A G 525.09 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0160787;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.314;QD=24.1418;RBI=0.0179781;REFB=-0.0139462;REVB=0.00804277;RO=37;SAF=21;SAR=28;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405008;STB=0.515145;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0102225;OID=.;OPOS=75994151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:49:49:0.563218:28:21:14:23:28:21:15:23 chr6 76138146 . C CAG 786.76 PASS AF=0.921875;AO=57;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0464017;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.332;QD=49.1722;RBI=0.0533738;REFB=-0.0614441;REVB=0.0263752;RO=5;SAF=25;SAR=32;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594787;STB=0.501898;STBP=0.966;TYPE=ins;VARB=0.0045362;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921875:57:64:59:64:5:25:34:2:3:21:5:25:32:2:3 chr6 76369054 . A G 1490.8 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.801;QD=59.0414;RBI=0.0561584;REFB=0;REVB=0.0522843;RO=1;SAF=51;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200755;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:1:0:100:101:1:49:51:1:0:49:52:0:0 chr6 76425241 . G A 350.59 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0194533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9844;QD=34.204;RBI=0.0920113;REFB=0.0262224;REVB=-0.0899313;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279444;STB=0.515244;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0137109;OID=.;OPOS=76425241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:13:16:6:6:13:16:6:6 chr6 76425594 . A C 400.19 PASS AF=0.685185;AO=36;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0202622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.49;QD=29.6435;RBI=0.0247799;REFB=-0.0311874;REVB=0.0142649;RO=18;SAF=16;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694412;STB=0.525654;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0134982;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:17:36:37:0.685185:20:16:6:12:21:16:6:11 chr6 76570815 . ATGTG ATG,ATGTT 237.67 PASS AF=0.580645,0.129032;AO=15,4;DP=32;FAO=18,4;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=9,1;FSAR=9,3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00907159,-0.00701639;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=236.184,234.274;QD=30.6668;RBI=0.0215926,0.0245002;REFB=-0.0152533,-0.00946508;REVB=0.0195945,0.023474;RO=10;SAF=7,1;SAR=8,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0944299,-0.372583;STB=0.518498,0.718863;STBP=0.817,0.324;TYPE=del,snp;VARB=0.00398475,0.0151768;OID=.,.;OPOS=76570816,76570819;OREF=TG,G;OALT=-,T;OMAPALT=ATG,ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645,0.129032:15,4:32:18,4:31:9:9,1:9,3:5:4:70:10:7,1:8,3:6:4 chr6 76604573 . T G 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000893362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.444;QD=18.902;RBI=0.0109759;REFB=-0.000939846;REVB=0.0109395;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268649;STB=0.514956;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00102182;OID=.;OPOS=76604573;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:19:15:14:20:19:15:14:20 chr6 76626756 . T C 817.02 PASS AF=0.621849;AO=74;DP=118;FAO=74;FDP=119;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.031214;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.8093;QD=27.4628;RBI=0.0362486;REFB=-0.0189966;REVB=0.0184297;RO=44;SAF=34;SAR=40;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280164;STB=0.519594;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0185412;OID=.;OPOS=76626756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:44:45:74:74:0.621849:40:34:22:22:40:34:23:22 chr6 76640781 . C T 164.42 PASS AF=0.214286;AO=27;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0210613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2397;QD=5.21962;RBI=0.0213063;REFB=-0.00346977;REVB=0.0032218;RO=97;SAF=12;SAR=15;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128241;STB=0.571125;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0152106;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:97:99:27:27:0.214286:15:12:53:44:15:12:53:46 chr6 76660551 . G C 694.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189244;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.924;QD=63.095;RBI=0.0190759;REFB=0;REVB=0.00239989;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935211;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr6 78172260 . C G 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.0161651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6979;QD=21.0063;RBI=0.0721005;REFB=-0.00288193;REVB=-0.070265;RO=25;SAF=29;SAR=1;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221911;STB=0.625796;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000921647;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:1:29:23:2:1:29:23:2 chr6 78172992 . G A 871.82 PASS AF=0.598485;AO=78;DP=131;FAO=79;FDP=132;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.027491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.053;QD=26.4187;RBI=0.0302457;REFB=-0.027756;REVB=0.0126114;RO=51;SAF=42;SAR=36;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774103;STB=0.506467;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0183263;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:51:53:78:79:0.598485:36:42:28:23:36:43:28:25 chr6 79595097 . A G 98.31 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0432604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.829;QD=7.71036;RBI=0.0440144;REFB=-0.000826878;REVB=0.00811213;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217481;STB=0.624434;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00217343;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:50:51:37:38:13:13:0.254902:8:5:21:16:8:5:21:17 chr6 79595167 . A ACTTAT 310.4 PASS AF=0.742857;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0275302;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=261.267;QD=35.4742;RBI=0.0275677;REFB=-0.0436691;REVB=-0.00143743;RO=12;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109936;STB=0.52421;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.0106772;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.742857:25:39:26:35:9:12:14:5:4:62:12:12:13:8:4 chr6 79612800 . G A 845.23 PASS AF=0.853333;AO=64;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0175622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.783;QD=45.0789;RBI=0.0245209;REFB=-0.0508007;REVB=0.0171127;RO=11;SAF=22;SAR=42;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502732;STB=0.526752;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0052666;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:75:75:11:11:64:64:0.853333:42:22:2:9:42:22:2:9 chr6 79656562 . A T 179.12 PASS AF=0.25;AO=27;DP=108;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.000772483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.867;QD=6.63395;RBI=0.00163815;REFB=-0.00494108;REVB=0.00144458;RO=81;SAF=12;SAR=15;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181903;STB=0.609677;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.010341;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:81:81:27:27:0.25:15:12:48:33:15:12:48:33 chr6 79656570 . G A 158.8 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00608789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2289;QD=6.16691;RBI=0.00985154;REFB=-0.004215;REVB=0.00774536;RO=79;SAF=10;SAR=14;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219807;STB=0.634232;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.013801;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:79:79:24:24:0.23301:14:10:47:32:14:10:47:32 chr6 79657391 . G A 519.99 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0125062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.325;QD=23.1106;RBI=0.0159779;REFB=-0.00985133;REVB=-0.00994423;RO=41;SAF=30;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302058;STB=0.522422;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00663595;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:48:49:0.544444:18:30:27:14:19:30:27:14 chr6 79675701 . A G 106.6 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.0266782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2692;QD=5.53771;RBI=0.0273977;REFB=-0.00210865;REVB=0.00623725;RO=59;SAF=13;SAR=4;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134319;STB=0.580482;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00851769;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:60:17:17:0.220779:4:13:40:19:4:13:41:19 chr6 79679577 . A G 487.11 PASS AF=0.741379;AO=42;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0391252;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.062;QD=33.5934;RBI=0.0396923;REFB=-0.0119089;REVB=-0.0066856;RO=15;SAF=21;SAR=21;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146369;STB=0.580299;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00342372;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:42:43:0.741379:21:21:12:3:22:21:12:3 chr6 79708000 . A C 1193.12 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.013;QD=59.6562;RBI=0.0440963;REFB=0.0718073;REVB=0.0325486;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000834569;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:39:40:0:0:39:40:1:0 chr6 79918309 . G A 1053.95 PASS AF=1;AO=56;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190634;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.8327;QD=58.5525;RBI=0.190814;REFB=0;REVB=-0.00829397;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220382;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:56:72:1:31:25:0:0:37:35:0:0 chr6 80196498 . T C 992.29 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278654;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1635;QD=59.2413;RBI=0.0587424;REFB=0;REVB=0.0517126;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774266;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr6 80228541 . A G 3023.98 PASS AF=0.990099;AO=197;DP=201;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.441;QD=59.8809;RBI=0.0330864;REFB=-0.111051;REVB=0.0135413;RO=1;SAF=95;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498699;STB=0.505102;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000151794;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:201:202:1:2:197:200:0.990099:102:95:1:0:103:97:2:0 chr6 80411572 . C A 84.59 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.008095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3081;QD=3.98048;RBI=0.0190778;REFB=-0.0025298;REVB=-0.0172752;RO=69;SAF=10;SAR=5;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400814;STB=0.52171;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0177658;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:85:69:70:15:15:0.176471:5:10:44:25:5:10:45:25 chr6 80513565 . G C,GCTCTCTGATATGCCATC 625.87 PASS AF=0.0227273,0.931818;AO=3,35;DP=48;FAO=1,41;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=1,35;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0176338,0.0175222;FXX=0.0638162;HRUN=1,1;LEN=1,17;MLLD=86.6788,530.452;QD=56.8969;RBI=0.0197891,0.067951;REFB=-0.143583,-0.0327321;REVB=0.008981,0.0656529;RO=4;SAF=2,30;SAR=1,5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149914,0.125177;STB=0.5,0.513882;STBP=1,0.617;TYPE=snp,ins;VARB=0.0561286,0.00195874;OID=.,.;OPOS=80513565,80513566;OREF=G,-;OALT=C,CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=C,GCTCTCTGATATGCCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:48:44:4:2:3,35:1,41:0.0227273,0.931818:1,5:2,30:2:2:0,6:1,35:2:0 chr6 80580038 . T G 1533.33 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397404;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.723;QD=63.8889;RBI=0.0463625;REFB=0;REVB=0.0238785;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122151;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:40:56:0:0:40:56:0:0 chr6 80715838 . T G 1571.8 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000525128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.287;QD=59.8781;RBI=0.0421695;REFB=0;REVB=0.0421662;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43647e-05;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:51:51:0:0:52:53:0:0 chr6 80837253 . G T 476.53 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7575;QD=56.0621;RBI=0.145514;REFB=0;REVB=0.134218;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579849;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:34:0:0:14:34:1:4:10:0:0:17:17:0:0 chr6 82457147 . C G 141.89 PASS AF=0.289855;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0147913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.338;QD=8.22552;RBI=0.0161719;REFB=-0.00315698;REVB=-0.00653839;RO=49;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585612;STB=0.513855;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00702449;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:49:49:19:20:0.289855:8:11:26:23:9:11:26:23 chr6 82943895 . A G 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0157406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.387;QD=6.14822;RBI=0.0334718;REFB=-0.0124634;REVB=-0.0295397;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218553;STB=0.64336;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0247412;OID=.;OPOS=82943895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:8:2:12:23:8:2:12:23 chr6 83075914 . G A 752.63 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0201;QD=56.8022;RBI=0.0569294;REFB=0;REVB=0.0147327;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362219;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:22:29:0:0:23:30:0:0 chr6 83076791 . T C 1365.13 PASS AF=0.938144;AO=91;DP=97;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0413042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.315;QD=56.294;RBI=0.0554785;REFB=-0.154082;REVB=0.0370382;RO=3;SAF=44;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110796;STB=0.521626;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0031006;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:3:6:91:91:0.938144:47:44:2:1:47:44:5:1 chr6 83078575 . T C 556.41 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5553;QD=60.1522;RBI=0.172037;REFB=0;REVB=0.0995748;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403583;OID=.;OPOS=83078575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:22:15:0:0 chr6 83080386 . C CTTTG,CTTTTG 664.43 PASS AF=0.626374,0.021978;AO=47,10;DP=93;FAO=57,2;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=28,2;FSAR=29,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00602335,-0.00650688;FXX=0.0319115;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=235.694,229.048;QD=29.2056;RBI=0.00610264,0.00868927;REFB=-5.77795e-05,0.000895858;REVB=-0.000980574,-0.00575881;RO=29;SAF=24,4;SAR=23,6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.077234,-0.256878;STB=0.514382,0.994463;STBP=0.715,0.18;TYPE=ins,ins;VARB=0.00127632,-0.000882655;OID=.,.;OPOS=83080387,83080387;OREF=-,-;OALT=TTTG,TTTTG;OMAPALT=CTTTG,CTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.626374,0.021978:47,10:93:57,2:91:32:28,2:29,0:17:15:99:29:24,4:23,6:18:11 chr6 83667045 . C T 357.93 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00801573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.736;QD=31.8161;RBI=0.0153091;REFB=-0.0153634;REVB=0.0130429;RO=14;SAF=25;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113636;STB=0.555516;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0200535;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:15:30:30:0.666667:5:25:10:4:5:25:11:4 chr6 83949261 . T C 166.23 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=90;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0329928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.703;QD=6.99899;RBI=0.0345022;REFB=-0.0230969;REVB=-0.0100935;RO=70;SAF=7;SAR=13;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207561;STB=0.554762;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0715213;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:70:70:20:25:0.263158:13:7:36:34:14:11:36:34 chr6 84233831 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.932;QD=39.2065;RBI=0.0414003;REFB=0;REVB=0.0366792;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101764;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr6 84291946 . G A 72.11 PASS AF=0.180556;AO=12;DP=70;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0139748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.842;QD=4.00609;RBI=0.0144678;REFB=-0.000571141;REVB=-0.00374457;RO=58;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400193;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367278;OID=.;OPOS=84291946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:70:72:58:59:12:13:0.180556:5:7:32:26:6:7:32:27 chr6 84303342 . T C 417.35 PASS AF=0.703704;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0320142;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.824;QD=30.9148;RBI=0.0329204;REFB=-0.0204773;REVB=0.00767116;RO=16;SAF=14;SAR=23;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116604;STB=0.566004;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.011271;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:16:16:37:38:0.703704:23:14:3:13:23:15:3:13 chr6 84563410 . G A 1323.64 PASS AF=0.741259;AO=103;DP=148;FAO=106;FDP=143;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=73;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0414636;FXX=0.0337815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2879;QD=37.025;RBI=0.0433233;REFB=-0.0822423;REVB=0.012557;RO=36;SAF=31;SAR=72;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184737;STB=0.511966;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0329921;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:143:36:37:103:106:0.741259:72:31:12:24:73:33:13:24 chr6 85473758 . C T 375.02 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0332416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.322;QD=50.0032;RBI=0.0855308;REFB=-0.196658;REVB=0.0788068;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.502391;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00203077;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:13:15:0:1:13:15:1:1 chr6 86199233 . A G 733.76 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0211961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.444;QD=35.7932;RBI=0.050201;REFB=-0.0241678;REVB=0.0455068;RO=22;SAF=21;SAR=39;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126464;STB=0.5681;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0156859;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:22:22:60:60:0.731707:39:21:13:9:39:21:13:9 chr6 86205323 . T G 377.59 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00599461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.819;QD=24.3605;RBI=0.058413;REFB=-0.0219634;REVB=0.0581046;RO=25;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114879;STB=0.563072;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00893839;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:15:22:11:14:15:22:11:14 chr6 86303091 . G A 115.09 PASS AF=0.225;AO=17;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.107827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9287;QD=5.75432;RBI=0.109225;REFB=0.00821664;REVB=0.0174194;RO=62;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237985;STB=0.537459;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0119924;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:62:62:17:18:0.225:9:8:28:34:9:9:28:34 chr6 87796233 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00716137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.931;QD=9.56988;RBI=0.00793962;REFB=-0.0208002;REVB=0.00342817;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481223;STB=0.529339;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0298664;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:5:10:5:3:5:10 chr6 87965528 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.402;QD=60.8829;RBI=0.0305153;REFB=0;REVB=-0.0208049;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68866e-06;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr6 87967977 . A G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0319503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.968;QD=6.39526;RBI=0.0378737;REFB=-0.0114432;REVB=0.0203371;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313618;STB=0.519956;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0354286;OID=.;OPOS=87967977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:6:3:9:20:6:3:9:20 chr6 87968565 . A G 404.55 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0076;QD=53.9403;RBI=0.125337;REFB=-0.10075;REVB=0.0272845;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275324;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:1:0:26:30:1:15:11:1:0:15:15:0:0 chr6 87969479 . T TA 243.5 PASS AF=0.871795;AO=5;DP=42;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0110617;FXX=0.0714116;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.2039;QD=24.9745;RBI=0.0168888;REFB=0.0165554;REVB=0.0127621;RO=36;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428208;STB=0.542144;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=-0.00301968;OID=.;OPOS=87969480;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.871795:5:42:34:39:5:18:16:1:4:20:36:4:1:15:21 chr6 87969480 . G A 486.82 PASS AF=0.857143;AO=35;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000598127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6499;QD=46.3635;RBI=0.00396469;REFB=0.0243949;REVB=0.00391931;RO=6;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415511;STB=0.523796;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00661904;OID=.;OPOS=87969480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:35:36:0.857143:18:17:2:4:18:18:2:4 chr6 87969737 . C T 416.74 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295711;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.305;QD=57.4812;RBI=0.0296242;REFB=0;REVB=0.00177334;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279469;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr6 87970301 . C G 196.33 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393407;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.473;QD=49.0832;RBI=0.0507542;REFB=0;REVB=0.0320672;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194187;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 87994015 . A G 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2562;QD=53.8914;RBI=0.176653;REFB=0;REVB=0.166692;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279019;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 87994572 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9751;QD=57.6781;RBI=0.0545801;REFB=0;REVB=-0.0186564;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360593;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr6 88108048 . AGAT A 512.55 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710054;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.867;QD=60.3001;RBI=0.0784875;REFB=0;REVB=0.0334443;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000312992;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:34:34:0:11:23:0:0:4:0:11:23:0:0 chr6 88221892 . T G 96.33 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0153069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.901;QD=5.00392;RBI=0.0194287;REFB=-0.00383679;REVB=0.0119656;RO=58;SAF=4;SAR=12;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325615;STB=0.703182;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00881253;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:77:77:58:61:16:16:0.207792:12:4:29:29:12:4:30:31 chr6 88239266 . T C 87.16 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0309481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.378;QD=6.70469;RBI=0.0318844;REFB=-0.007502;REVB=-0.00767016;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290885;STB=0.70828;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0209368;OID=.;OPOS=88239266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:52:52:33:40:12:12:0.230769:7:5:22:11:7:5:28:12 chr6 88315741 . TA T 64.44 PASS AF=0.259843;AO=42;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0414633;FXX=0.0155027;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6032;QD=2.02961;RBI=0.0416554;REFB=-0.0323347;REVB=0.0039955;RO=74;SAF=17;SAR=25;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317518;STB=0.524948;STBP=0.751;TYPE=del;VARB=0.00496469;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259843:42:127:33:127:94:14:19:43:51:64:74:17:25:32:42 chr6 88384939 . G A 33.5 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0315192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1292;QD=3.43636;RBI=0.0576228;REFB=-0.0106712;REVB=0.0482382;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113667;STB=0.581538;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0564122;OID=.;OPOS=88384939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:19:14:2:4:19:14 chr6 88385019 . T C 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0150993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.758;QD=4.04955;RBI=0.015886;REFB=-0.00615393;REVB=-0.00493707;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264062;STB=0.682916;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0373278;OID=.;OPOS=88385019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:2:5:17:17:2:5:17:17 chr6 88853950 . G T 150.56 PASS AF=0.176101;AO=28;DP=159;FAO=28;FDP=159;FR=.;FRO=131;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=-0.0228625;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.331;QD=3.78768;RBI=0.0234834;REFB=-0.0160073;REVB=0.00536458;RO=131;SAF=16;SAR=12;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184502;STB=0.511874;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0551397;OID=.;OPOS=88853950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:131:131:28:28:0.176101:12:16:73:58:12:16:73:58 chr6 89388023 . T C 710.06 PASS AF=0.642105;AO=58;DP=92;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0316396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.387;QD=29.8973;RBI=0.0376164;REFB=-0.0302717;REVB=0.0203453;RO=33;SAF=34;SAR=24;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149001;STB=0.585034;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0200127;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:33:34:58:61:0.642105:24:34:12:21:25:36:12:22 chr6 89676206 . T G 403.56 PASS AF=0.655172;AO=36;DP=56;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0119275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6515;QD=27.8317;RBI=0.0336957;REFB=0.0275685;REVB=-0.031514;RO=20;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762348;STB=0.501897;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.014866;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:20:20:36:38:0.655172:22:14:8:12:23:15:8:12 chr6 89676500 . G C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0516236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7232;QD=26.6016;RBI=0.0737692;REFB=0.0568014;REVB=-0.0526963;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0109677;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr6 89793894 . G C 94.91 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00518766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.487;QD=5.75237;RBI=0.00560255;REFB=-0.000447188;REVB=0.00211583;RO=50;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160257;STB=0.604806;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00189902;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:50:51:15:15:0.227273:8:7:17:33:8:7:17:34 chr6 89806689 . T C 79.07 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0292685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8145;QD=6.72967;RBI=0.0524235;REFB=-0.0118525;REVB=0.0434923;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116305;STB=0.572994;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0419767;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:6:5:13:23:6:5:13:23 chr6 89806992 . A C 34.86 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00439514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.027;QD=2.28562;RBI=0.012069;REFB=-0.000953073;REVB=0.0112403;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661427;STB=0.502385;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00951296;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:52:54:7:7:0.114754:4:3:22:30:4:3:23:31 chr6 89888744 . C T 79.25 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0148248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2146;QD=6.74445;RBI=0.0251529;REFB=-0.00487852;REVB=0.0203197;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208483;STB=0.618113;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00390251;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:47:35:36:11:11:0.234043:6:5:22:13:6:5:22:14 chr6 89907873 . G A 953.35 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.257;QD=58.6674;RBI=0.03593;REFB=0;REVB=0.0096648;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118561;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:62:65:1:20:42:0:0:20:45:0:0 chr6 89913209 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.47;QD=57.7101;RBI=0.0123611;REFB=0;REVB=0.011939;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93607e-05;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr6 89913218 . T A 624.23 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0223269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1044;QD=45.3984;RBI=0.031001;REFB=-0.0283435;REVB=-0.0215075;RO=6;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07432;STB=0.539643;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00852129;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:23:26:1:5:23:26:1:5 chr6 89926962 . T C 449.93 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0667135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8218;QD=32.7218;RBI=0.0669655;REFB=0.0100165;REVB=-0.00580434;RO=15;SAF=14;SAR=26;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925858;STB=0.505008;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00295339;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:26:14:5:10:26:14:5:10 chr6 89981413 . T C 582.32 PASS AF=0.765625;AO=49;DP=64;FAO=49;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00496467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.648;QD=36.3949;RBI=0.0293625;REFB=-0.02303;REVB=-0.0289397;RO=14;SAF=28;SAR=21;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14737;STB=0.586631;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.003047;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:14:15:49:49:0.765625:21:28:3:11:21:28:3:12 chr6 90039670 . G C 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.722;QD=58.0515;RBI=0.0407992;REFB=0;REVB=0.0384125;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142093;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:43:18:0:0:43:18:0:0 chr6 90315789 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.614;QD=59.8393;RBI=0.017352;REFB=0;REVB=0.0153919;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220478;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 90326360 . C T 465.66 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0287757;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.37;QD=30.5352;RBI=0.0346617;REFB=0.00360281;REVB=-0.0193234;RO=19;SAF=24;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263233;STB=0.514279;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00218837;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:19:19:42:42:0.688525:18:24:10:9:18:24:10:9 chr6 90327873 . G A 1126.78 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0286252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2063;QD=57.7834;RBI=0.0566457;REFB=-0.122348;REVB=0.0488807;RO=2;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248901;STB=0.513154;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00300772;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:37:39:0:2:37:39:0:2 chr6 90333599 . A C,G 768.34 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=2,51;DP=54;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976539,0.0357898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.4145,105.828;QD=55.8794;RBI=0.00978779,0.0429763;REFB=0,0;REVB=-0.000661883,0.0237918;RO=0;SAF=1,18;SAR=1,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,8.62909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0796983,0.000348683;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:54:55:0:0:2,51:3,52:0.0545455,0.945455:1,33:1,18:0:0:2,33:1,19:0:0 chr6 90338863 . C T 163.56 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0161366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1142;QD=7.97848;RBI=0.0815844;REFB=0.00253408;REVB=-0.0799726;RO=59;SAF=13;SAR=10;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00719944;STB=0.504307;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00868693;OID=.;OPOS=90338863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:10:13:33:26:10:13:33:26 chr6 90340276 . G A 683.35 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.19;QD=59.4219;RBI=0.0214467;REFB=0.0166016;REVB=0.0084729;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000166909;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:21:23:0:1:21:24:0:1 chr6 90362783 . A C 970.1 PASS AF=0.664062;AO=82;DP=126;FAO=85;FDP=128;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00101378;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.771;QD=30.3156;RBI=0.03153;REFB=-0.0137853;REVB=0.0315136;RO=42;SAF=47;SAR=35;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295915;STB=0.50972;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00685718;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:42:43:82:85:0.664062:35:47:26:16:36:49:26:17 chr6 90371202 . G A 1710.66 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.879;QD=60.5544;RBI=0.0410142;REFB=0;REVB=-0.02741;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02765e-06;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:59:52:0:0:61:52:0:0 chr6 90390443 . C A 447.94 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.134038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.956;QD=52.6993;RBI=0.136874;REFB=-0.136733;REVB=0.0277177;RO=2;SAF=10;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845856;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00372875;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:2:1:32:33:0.970588:22:10:2:0:22:11:1:0 chr6 90402482 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.422;QD=57.3858;RBI=0.0467385;REFB=0;REVB=0.0296726;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146004;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr6 90402840 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.357;QD=48.7373;RBI=0.0304314;REFB=0;REVB=0.0225757;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358932;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 90418262 . C T 2182.04 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.278;QD=62.3441;RBI=0.0352131;REFB=-0.110155;REVB=0.0310757;RO=1;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812669;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=6.63314e-05;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:140:1:1:139:139:0.992857:58:81:0:1:58:81:0:1 chr6 90448092 . C T 1147.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160733;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.263;QD=59.6348;RBI=0.033896;REFB=0;REVB=0.0298427;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26645e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:33:41:0:0:33:44:0:0 chr6 90455084 . A G 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.162;QD=59.4216;RBI=0.027471;REFB=0;REVB=0.0111147;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331182;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 90459454 . G A 436.3 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0513366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.404;QD=54.5372;RBI=0.0554662;REFB=-0.041505;REVB=-0.0210013;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266361;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0039532;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:17:13:0:1:18:13:0:1 chr6 90461123 . G A 143.09 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0203172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.715;QD=13.3107;RBI=0.0532265;REFB=-0.0182796;REVB=-0.0491963;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317787;STB=0.662121;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.013439;OID=.;OPOS=90461123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:27:15:16:0.372093:4:11:8:11:4:12:14:13 chr6 90482397 . T C 161.62 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00510197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.63;QD=7.18319;RBI=0.0158595;REFB=-0.0117863;REVB=-0.0150164;RO=67;SAF=7;SAR=16;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290192;STB=0.676344;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0405247;OID=.;OPOS=90482397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:16:7:36:31:16:7:36:31 chr6 90577984 . C T 88.16 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0374026;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.879;QD=23.508;RBI=0.0493984;REFB=-0.0143383;REVB=0.0322684;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399564;STB=0.726831;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0119943;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:0:5:3:7:0:5 chr6 90638390 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.937;QD=57.679;RBI=0.029283;REFB=0;REVB=0.0241382;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279132;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr6 90638553 . T G 900.22 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0102;QD=58.0787;RBI=0.0825827;REFB=0;REVB=-0.0206703;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610117;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr6 90641522 . T C 3028.06 PASS AF=1;AO=196;DP=204;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350805;FXX=0.0390225;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.902;QD=61.4835;RBI=0.0217043;REFB=-0.0678937;REVB=0.0214189;RO=1;SAF=123;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144606;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:197:1:0:196:197:1:73:123:0:1:73:124:0:0 chr6 90641673 . TATAT TA,TTAT 112.85 PASS AF=1,0;AO=5,2;DP=11;FAO=11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960538,0.0746914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=89.4517,61.5643;QD=41.0377;RBI=0.263748,0.180368;REFB=0,0;REVB=0.245635,0.164177;RO=3;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.335094,0.666583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00396828,0;OID=.,.;OPOS=90641675,90641674;OREF=TAT,A;OALT=-,-;OMAPALT=TA,TTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,2:11:11,0:11:0:8,0:3,0:0:0:4:3:4,2:1,0:1:2 chr6 90660319 . T C 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00473078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.163;QD=4.46116;RBI=0.0314524;REFB=0.00422734;REVB=-0.0310945;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845942;STB=0.557941;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0149454;OID=.;OPOS=90660319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:10:15:4:2:10:15 chr6 90660847 . GGC G,GG 74.62 PASS AF=0,0.666667;AO=2,7;DP=16;FAO=0,10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.125816,-0.0526572;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=2,1;MLLD=13.5615,16.0838;QD=19.8979;RBI=0.184018,0.274699;REFB=-0.015186,-0.0547475;REVB=0.134287,0.269605;RO=5;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.304348;SSSB=0.589598,0.275355;STB=0.5,0.592391;STBP=1,0.391;TYPE=del,del;VARB=0,0.0481475;OID=.,.;OPOS=90660848,90660849;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.666667:2,7:16:0,10:15:5:0,8:0,2:3:2:21:5:2,6:0,1:3:2 chr6 93967851 . C T 2460.8 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186162;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.019;QD=60.7605;RBI=0.0188541;REFB=-0.0387468;REVB=0.00298579;RO=1;SAF=91;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694549;STB=0.503546;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000754619;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:159:161:0.993827:68:91:0:1:70:91:0:1 chr6 93982124 . A G 962.05 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045847;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.372;QD=57.4358;RBI=0.0511425;REFB=-0.0682554;REVB=0.0226629;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000876351;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:0:1:35:31:0:1 chr6 94067981 . C T 736.1 PASS AF=0.693182;AO=60;DP=87;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00463621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.111;QD=33.459;RBI=0.0365993;REFB=-0.0196261;REVB=0.0363044;RO=27;SAF=36;SAR=24;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443245;STB=0.504478;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0079787;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:27:27:60:61:0.693182:24:36:16:11:24:37:16:11 chr6 96034881 . A ATATG,G 1772.56 PASS AF=0.454023,0.367816;AO=73,64;DP=210;FAO=79,64;FDP=174;FR=.;FRO=31;FSAF=53,25;FSAR=26,39;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0098915,-0.000845979;FXX=0.14285;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=136.007,69.1147;QD=40.7484;RBI=0.0160237,0.0384127;REFB=-0.0928172,-0.0537025;REVB=0.0126062,0.0384034;RO=64;SAF=50,26;SAR=23,38;SRF=45;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0181035,-0.26438;STB=0.547757,0.542204;STBP=0.149,0.264;TYPE=ins,snp;VARB=0.0528311,0.030497;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TATG,G;OMAPALT=ATATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:210:174:64:31:73,64:79,64:0.454023,0.367816:23,38:50,26:45:19:26,39:53,25:16:15 chr6 96034883 . G A 86.95 PASS AF=0.106195;AO=24;DP=227;FAO=24;FDP=226;FR=.;FRO=202;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=102;FSRR=100;FWDB=-0.025248;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7055;QD=1.53901;RBI=0.0509102;REFB=-0.00506782;REVB=-0.0442085;RO=202;SAF=23;SAR=1;SRF=102;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596096;STB=0.948529;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0621316;OID=.;OPOS=96034883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:227:226:202:202:24:24:0.106195:1:23:102:100:1:23:102:100 chr6 96035175 . T C 1785.37 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.622;QD=61.0383;RBI=0.030701;REFB=0;REVB=0.0306406;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78272e-05;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr6 96055915 . G C 3425.7 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367421;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.987;QD=62.5699;RBI=0.0681515;REFB=0;REVB=0.057399;RO=0;SAF=69;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24816e-05;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:219:219:1:150:69:0:0:150:69:0:0 chr6 96386151 . G A 841.29 PASS AF=0.701923;AO=72;DP=104;FAO=73;FDP=104;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0135304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.98;QD=32.3572;RBI=0.0177059;REFB=-0.0112333;REVB=0.0114205;RO=31;SAF=33;SAR=39;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504809;STB=0.524657;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00473503;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:31:31:72:73:0.701923:39:33:17:14:39:34:17:14 chr6 96651740 . A G 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00452379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0142;QD=54.6467;RBI=0.0666496;REFB=-0.12161;REVB=0.0664959;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00325935;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chr6 96652371 . T C 502.93 PASS AF=0.948718;AO=34;DP=37;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0022594;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.464;QD=51.5825;RBI=0.0158857;REFB=0.00184703;REVB=0.0157242;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207336;STB=0.510199;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000451123;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:39:2:2:34:37:0.948718:11:23:1:1:12:25:1:1 chr6 96652582 . G T 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.1;QD=55.6059;RBI=0.0152409;REFB=-0.0292383;REVB=0.00855263;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000123505;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:1:0 chr6 96652706 . G A 724.17 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00819963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.8;QD=54.6544;RBI=0.0292683;REFB=-0.128674;REVB=0.0280962;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000538281;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr6 96653038 . T C 4097.98 PASS AF=0.977941;AO=196;DP=273;FAO=266;FDP=272;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=109;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820796;FXX=0.0109087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9689;QD=60.2645;RBI=0.121791;REFB=-0.0248335;REVB=0.089978;RO=2;SAF=99;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.81591e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00545226;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:273:272:2:0:196:266:0.977941:97:99:1:1:157:109:0:0 chr6 96653208 . C G 822.92 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321531;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.393;QD=57.7488;RBI=0.0438991;REFB=0;REVB=-0.0298883;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023464;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr6 96661315 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.011;QD=40.7627;RBI=0.0715116;REFB=0;REVB=0.0640002;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118578;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 96661410 . A G 657.41 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197335;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.869;QD=62.6104;RBI=0.04457;REFB=0;REVB=0.0399634;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403276;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr6 96988480 . G A 54.03 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0232829;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.457;QD=3.32472;RBI=0.023715;REFB=0.00280056;REVB=-0.00450655;RO=53;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152729;STB=0.599808;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0205348;OID=.;OPOS=96988480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:66:65:53:55:10:10:0.153846:5:5:20:33:5:5:21:34 chr6 97058574 . G A 1052.47 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025664;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.429;QD=59.2943;RBI=0.0259196;REFB=0;REVB=-0.0036312;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160458;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:25:45:0:0:25:46:0:0 chr6 97339088 . C T 1538.93 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0678359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1635;QD=61.5572;RBI=0.0762689;REFB=0.0190536;REVB=-0.0348602;RO=2;SAF=48;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000387092;STB=0.500204;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00202257;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:50:48:1:1:50:48:1:1 chr6 98472428 . G C 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.000898203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.246;QD=4.28105;RBI=0.0413632;REFB=-0.00297349;REVB=0.0413535;RO=53;SAF=4;SAR=8;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390049;STB=0.749625;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0230852;OID=.;OPOS=98472428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:8:4:35:18:8:4:35:18 chr6 99284532 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4569;QD=57.1015;RBI=0.0220979;REFB=0;REVB=0.0105711;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138192;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr6 99771540 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.112;QD=56.9992;RBI=0.0360953;REFB=0;REVB=-0.034858;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130338;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr6 99817419 . T TC 226.1 PASS AF=0.7;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0166538;FXX=0.0322477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=307.928;QD=30.1465;RBI=0.0181985;REFB=-0.0142309;REVB=0.0073375;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276682;STB=0.591306;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.00617855;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:20:32:21:30:9:6:15:5:4:64:11:5:15:7:4 chr6 99817601 . A G 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.113;QD=61.6801;RBI=0.0378238;REFB=0;REVB=0.016999;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.79229e-05;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr6 99819379 . T C 356.58 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0415395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2969;QD=36.5723;RBI=0.106603;REFB=-0.0210894;REVB=0.0981769;RO=10;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712679;STB=0.538712;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00899631;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:16:13:3:7:16:13:3:7 chr6 99883704 . T C 698.44 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00426179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.502;QD=54.7799;RBI=0.0118912;REFB=-0.141902;REVB=0.0111012;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0024326;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:1:0:25:25:1:0 chr6 99893938 . T C 607.57 PASS AF=0.702703;AO=48;DP=71;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00772178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.779;QD=32.8414;RBI=0.0122165;REFB=-0.00383681;REVB=0.00946656;RO=22;SAF=27;SAR=21;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438336;STB=0.529401;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00180984;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:22:22:48:52:0.702703:21:27:14:8:24:28:14:8 chr6 99915995 . C T 566.88 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0345635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.155;QD=35.9921;RBI=0.0348195;REFB=0.00438786;REVB=-0.00421424;RO=15;SAF=23;SAR=25;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239782;STB=0.5129;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0015139;OID=.;OPOS=99915995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:25:23:8:7:25:23:8:7 chr6 99956560 . T C 475.34 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00882674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.365;QD=30.1803;RBI=0.0143687;REFB=-0.0220717;REVB=0.0113379;RO=20;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249109;STB=0.513507;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0103926;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:19:24:12:8:19:24:12:8 chr6 100868721 . G A 223.44 PASS AF=0.240602;AO=29;DP=139;FAO=32;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.0375789;FXX=0.0431624;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.861;QD=6.71996;RBI=0.0406601;REFB=-0.00262126;REVB=-0.0155266;RO=73;SAF=16;SAR=13;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542721;STB=0.558703;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0099339;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:133:73:99:29:32:0.240602:13:16:37:36:14:18:48:51 chr6 100868779 . G T 122.37 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0319044;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2951;QD=4.18372;RBI=0.0331625;REFB=-0.000968839;REVB=0.00904766;RO=96;SAF=13;SAR=9;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141957;STB=0.586691;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00495325;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:96:95:22:22:0.188034:9:13:46:50:9:13:46:49 chr6 100964147 . G C 1499.02 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000751379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.426;QD=58.2145;RBI=0.016394;REFB=-0.0849851;REVB=0.0163768;RO=1;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109042;STB=0.505617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=7.7961e-05;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:100:102:0.990291:43:57:0:1:44:58:0:1 chr6 101166095 . G A 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.819;QD=59.9363;RBI=0.0294485;REFB=0;REVB=-0.0285768;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88132e-05;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr6 104031012 . G A 903.15 PASS AF=0.709091;AO=76;DP=108;FAO=78;FDP=110;FR=.;FRO=32;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0118073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.794;QD=32.8419;RBI=0.0145635;REFB=-0.0312257;REVB=0.00852534;RO=31;SAF=39;SAR=37;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889206;STB=0.550969;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00904965;OID=.;OPOS=104031012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:31:32:76:78:0.709091:37:39:21:10:38:40:22:10 chr6 104031076 . A C 1048.01 PASS AF=0.610738;AO=90;DP=148;FAO=91;FDP=149;FR=.;FRO=58;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=0.0115042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.207;QD=28.1346;RBI=0.0124419;REFB=-0.00773208;REVB=0.00473873;RO=58;SAF=43;SAR=47;SRF=45;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214495;STB=0.61305;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00304182;OID=.;OPOS=104031076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:58:58:90:91:0.610738:47:43:45:13:47:44:45:13 chr6 105300250 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.571;QD=51.1846;RBI=0.0441951;REFB=0;REVB=-0.00216832;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152031;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr6 105530994 . GTA G,GTG 439.49 PASS AF=0.586207,0.12069;AO=30,6;DP=61;FAO=34,7;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=17,3;FSAR=17,4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0102134,0.0390511;FXX=0.0645057;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=235.598,55.3118;QD=30.3094;RBI=0.0125843,0.0411988;REFB=-0.000471795,-0.0441594;REVB=0.00735202,-0.0131282;RO=17;SAF=15,2;SAR=15,4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0193831,-0.161893;STB=0.509798,0.530034;STBP=0.848,0.939;TYPE=del,snp;VARB=0.00643268,0.0173691;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207,0.12069:30,6:61:34,7:58:17:17,3:17,4:8:9:99:17:15,2:15,4:8:9 chr6 105563677 . A G 137.93 PASS AF=0.287879;AO=17;DP=68;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0562616;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.006;QD=8.3592;RBI=0.0731852;REFB=-0.0133751;REVB=0.046805;RO=49;SAF=12;SAR=5;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173593;STB=0.519979;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0333975;OID=.;OPOS=105563677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:49:47:17:19:0.287879:5:12:34:15:6:13:31:16 chr6 105726036 . C T 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.010364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.061;QD=4.91592;RBI=0.0318524;REFB=-0.00545782;REVB=-0.0301191;RO=51;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255558;STB=0.664766;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0172218;OID=.;OPOS=105726036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:4:9:25:26:4:9:25:26 chr6 106352349 . T C 958.47 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8221;QD=57.2224;RBI=0.0791005;REFB=0.059368;REVB=0.0726359;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.506492;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000669054;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:66:66:0.985075:27:39:0:0:28:38:1:0 chr6 106536253 . G A 819.57 PASS AF=0.663636;AO=73;DP=110;FAO=73;FDP=110;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0129722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.01;QD=29.8026;RBI=0.0167328;REFB=-0.0242421;REVB=0.0105693;RO=36;SAF=26;SAR=47;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755449;STB=0.546499;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00971664;OID=.;OPOS=106536253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:36:37:73:73:0.663636:47:26:17:19:47:26:18:19 chr6 106555710 . A G 88.05 PASS AF=0.625;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0265971;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5648;QD=22.0127;RBI=0.029257;REFB=-0.0360557;REVB=0.0121888;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.749373;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0362532;OID=.;OPOS=106555710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:16:6:6:10:10:0.625:1:9:3:3:1:9:3:3 chr6 106555991 . C T 722.14 PASS AF=0.640777;AO=65;DP=101;FAO=66;FDP=103;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00399046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.795;QD=28.0442;RBI=0.00658442;REFB=-0.0309612;REVB=0.00523744;RO=36;SAF=32;SAR=33;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050636;STB=0.500589;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0125584;OID=.;OPOS=106555991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:36:37:65:66:0.640777:33:32:18:18:34:32:18:19 chr6 106959424 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.104167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3665;QD=24.0268;RBI=0.105941;REFB=0.0424809;REVB=0.0193056;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139114;STB=0.578826;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0187445;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:3:5:11:3:3:5 chr6 106959961 . A G 52.0 PASS AF=0.636364;AO=4;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0744529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2707;QD=18.9095;RBI=0.0823522;REFB=-0.0376406;REVB=0.0351944;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223593;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0342949;OID=.;OPOS=106959961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:4:7:0.636364:3:1:2:2:5:2:2:2 chr6 106959999 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00884238;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.394;QD=16.4547;RBI=0.0235546;REFB=0.0107844;REVB=0.0218319;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00145442;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr6 106960039 . G A 81.76 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0373514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1985;QD=20.4404;RBI=0.0479217;REFB=-0.0194119;REVB=-0.0300227;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339215;STB=0.658231;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0169908;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:3:6:1:5:4:6:1:5 chr6 106960447 . G A 66.48 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0237475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5566;QD=26.5911;RBI=0.0532418;REFB=-0.0810441;REVB=0.0476524;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.599759;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0804514;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:4:4:1:0:4:4:2:0 chr6 106987370 . A C 1970.84 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.665;QD=62.0736;RBI=0.00464286;REFB=0;REVB=-0.0022953;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31192e-06;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:60:67:0:0:60:67:0:0 chr6 106992464 . A G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.365;QD=57.2344;RBI=0.0171548;REFB=-0.0284742;REVB=0.0120084;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=7.30082e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:1:0:38:28:1:0 chr6 107351293 . G T 207.38 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0184175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1621;QD=28.6044;RBI=0.149285;REFB=-0.0302379;REVB=-0.148145;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170336;STB=0.517224;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00921273;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:10:9:4:5:10:10:4:5 chr6 107361146 . A AT 47.33 PASS AF=0.307692;AO=14;DP=54;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0120697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.8858;QD=3.64091;RBI=0.0287887;REFB=-0.0913726;REVB=-0.0261364;RO=38;SAF=13;SAR=1;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35737;STB=0.757994;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.130756;OID=.;OPOS=107361147;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:14:54:16:52:36:15:1:28:8:47:38:13:1:30:8 chr6 107388504 . C T 294.94 PASS AF=0.27972;AO=40;DP=143;FAO=40;FDP=143;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=-0.0425696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.356;QD=8.25003;RBI=0.0427766;REFB=-0.0072269;REVB=0.00420346;RO=101;SAF=18;SAR=22;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173545;STB=0.601335;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0248194;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:101:103:40:40:0.27972:22:18:60:41:22:18:61:42 chr6 107391396 . G A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000801056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7442;QD=3.29606;RBI=0.0402464;REFB=0.000523901;REVB=0.0402385;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574207;STB=0.541058;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00104032;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:3:4:22:20:3:4:22:20 chr6 107420516 . A C 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.014033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.17;QD=4.8592;RBI=0.0144226;REFB=-0.00370328;REVB=0.00332954;RO=55;SAF=9;SAR=5;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190949;STB=0.622464;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0170361;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:5:9:27:28:5:9:27:28 chr6 107565060 . T C 791.2 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664464;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.613;QD=64.5877;RBI=0.0664892;REFB=0;REVB=-0.00238609;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603573;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr6 107780479 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0955885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.221;QD=21.8424;RBI=0.0996649;REFB=-0.0695774;REVB=0.0282123;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00618037;OID=.;OPOS=107780479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr6 108026146 . C T 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00817117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.452;QD=59.4469;RBI=0.0310517;REFB=0.040372;REVB=0.0299573;RO=2;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552325;STB=0.529399;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000289795;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:16:32:0:2:16:32:0:2 chr6 108026317 . G T 2291.66 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.658;QD=60.7062;RBI=0.0555603;REFB=0;REVB=0.0433953;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108805;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:151:0:0:145:151:1:71:74:0:0:72:79:0:0 chr6 108026402 . A C 1683.33 PASS AF=0.950413;AO=115;DP=122;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0265417;FXX=0.0241916;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.103;QD=55.6473;RBI=0.0267029;REFB=-0.0680298;REVB=-0.0029296;RO=1;SAF=53;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887576;STB=0.501951;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=9.68651e-05;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:122:121:1:6:115:115:0.950413:62:53:1:0:62:53:3:3 chr6 108026455 . A G 1164.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.493;QD=60.5099;RBI=0.030715;REFB=0;REVB=0.0129909;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15473e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:41:33:0:0:43:34:0:0 chr6 108029109 . T C 589.97 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.692;QD=60.5101;RBI=0.0201688;REFB=0;REVB=-0.00654446;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17152e-05;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:24:15:0:0 chr6 108061325 . G A 134.18 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.00359973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.54;QD=4.12866;RBI=0.0210689;REFB=-0.00285147;REVB=-0.0207591;RO=106;SAF=11;SAR=13;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503907;STB=0.503223;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0137655;OID=.;OPOS=108061325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:106:106:24:24:0.184615:13:11:49:57:13:11:49:57 chr6 108067915 . G A 89.43 PASS AF=0.152542;AO=17;DP=119;FAO=18;FDP=118;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=36;FWDB=-0.0116522;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.63;QD=3.03139;RBI=0.023928;REFB=-0.00472986;REVB=-0.0208992;RO=93;SAF=7;SAR=10;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262921;STB=0.661598;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0251414;OID=.;OPOS=108067915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:119:118:93:100:17:18:0.152542:10:7:58:35:10:8:64:36 chr6 108068003 . C T 1076.11 PASS AF=0.769912;AO=83;DP=112;FAO=87;FDP=113;FR=.;FRO=26;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0330449;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7227;QD=38.0925;RBI=0.042608;REFB=-0.0462512;REVB=0.0268974;RO=23;SAF=45;SAR=38;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061403;STB=0.527007;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0171989;OID=.;OPOS=108068003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:23:26:83:87:0.769912:38:45:9:14:40:47:11:15 chr6 108076801 . T C 133.06 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00675178;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.911;QD=6.18875;RBI=0.00687699;REFB=-0.00267986;REVB=0.00130634;RO=68;SAF=9;SAR=11;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00739455;STB=0.515207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00722899;OID=.;OPOS=108076801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:68:66:20:20:0.232558:11:9:31:37:11:9:31:35 chr6 108233929 . G A,T 733.71 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=48,3;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067623,-0.0119825;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.837,79.4662;QD=55.3747;RBI=0.0157613,0.0137108;REFB=0,0;REVB=0.0142369,0.00666388;RO=0;SAF=25,1;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000701575,0.0777258;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:53:0:0:48,3:50,3:0.943396,0.0566038:23,2:25,1:0:0:24,2:26,1:0:0 chr6 108277287 . C A 2204.52 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00594806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.447;QD=61.2366;RBI=0.029676;REFB=0.0141546;REVB=-0.0290738;RO=2;SAF=59;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222723;STB=0.501102;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000632372;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:144:2:2:141:142:0.986111:82:59:1:1:82:60:1:1 chr6 108364582 . T C 263.71 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00753274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.155;QD=26.3714;RBI=0.018056;REFB=-0.0239704;REVB=0.0164096;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621324;STB=0.541632;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.016719;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:11:12:7:9:11:13:7:9 chr6 109583186 . A G 1606.58 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.706;QD=64.2632;RBI=0.0172064;REFB=0;REVB=-0.0167741;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57768e-05;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr6 109674055 . C T 376.41 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0323236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.95;QD=38.6064;RBI=0.0338628;REFB=-0.0237109;REVB=-0.0100933;RO=9;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520841;STB=0.528283;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00613283;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:9:9:30:30:0.769231:20:10:4:5:20:10:4:5 chr6 109689431 . A G 454.03 PASS AF=0.740741;AO=39;DP=53;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00581051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.27;QD=33.6318;RBI=0.0104312;REFB=-0.00864343;REVB=0.00866302;RO=14;SAF=27;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245178;STB=0.633789;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00172058;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:14:14:39:40:0.740741:12:27:3:11:12:28:3:11 chr6 109752451 . T C 144.59 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00357292;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.432;QD=6.80421;RBI=0.0590472;REFB=-0.00605709;REVB=-0.058939;RO=58;SAF=11;SAR=10;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764293;STB=0.576852;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.027949;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:64:21:21:0.247059:10:11:34:24:10:11:40:24 chr6 109761437 . A G 331.8 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=39;FAO=30;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0443146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.0361;QD=31.6004;RBI=0.0916477;REFB=0.00456122;REVB=0.0802217;RO=11;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257351;STB=0.595671;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00361621;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:42:11:12:19:30:0.714286:17:2:1:10:28:2:2:10 chr6 109764535 . G T 494.83 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00771116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.498;QD=38.8098;RBI=0.00783761;REFB=-0.0164232;REVB=0.0014022;RO=10;SAF=12;SAR=29;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461974;STB=0.524875;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00366345;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:10:10:41:41:0.803922:29:12:4:6:29:12:4:6 chr6 109767930 . GC TT 843.93 PASS AF=0.693878;AO=61;DP=91;FAO=68;FDP=98;FR=.;FRO=30;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0143751;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.811;QD=34.4461;RBI=0.0273808;REFB=-0.025894;REVB=0.0233037;RO=30;SAF=40;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221977;STB=0.603386;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0116864;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:30:30:61:68:0.693878:21:40:9:21:25:43:9:21 chr6 109768295 . G A 341.61 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0372782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.868;QD=30.3651;RBI=0.0378426;REFB=-0.0214857;REVB=0.00651125;RO=16;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482714;STB=0.526462;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0231551;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:13:16:10:6:13:16:10:6 chr6 109775436 . T C 280.98 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0410385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.655;QD=35.122;RBI=0.0445526;REFB=-0.0333406;REVB=-0.0173428;RO=8;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762293;STB=0.541632;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00775229;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:11:13:3:5:11:13:3:5 chr6 109814624 . T C 209.73 PASS AF=0.235294;AO=32;DP=136;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=33;FWDB=0.0102418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.838;QD=6.16844;RBI=0.0275671;REFB=-0.00225267;REVB=0.0255939;RO=104;SAF=22;SAR=10;SRF=71;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699453;STB=0.504262;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00620613;OID=.;OPOS=109814624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:104:104:32:32:0.235294:10:22:71:33:10:22:71:33 chr6 109827716 . C T 493.09 PASS AF=0.642857;AO=46;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-4.46551e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8307;QD=28.1764;RBI=0.0227384;REFB=-0.021077;REVB=-0.0227384;RO=23;SAF=13;SAR=33;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122537;STB=0.558775;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0065569;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:25:46:45:0.642857:33:13:3:20:32:13:4:21 chr6 109885475 . G A 637.5 PASS AF=0.710526;AO=54;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0103336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.411;QD=33.5525;RBI=0.0103437;REFB=-0.0245551;REVB=0.000456471;RO=22;SAF=24;SAR=30;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102984;STB=0.555535;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00760678;OID=.;OPOS=109885475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:22:54:54:0.710526:30:24:14:8:30:24:14:8 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTCT GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT 709.33 PASS AF=0.126214,0.640777;AO=24,24;DP=115;FAO=13,66;FDP=103;FR=.;FRO=24;FSAF=10,33;FSAR=3,33;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0101082,0.00923404;FXX=0.0964828;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=204.937,207.287;QD=27.5469;RBI=0.038262,0.0347185;REFB=-0.0519535,-0.0455091;REVB=0.0369026,0.033468;RO=17;SAF=22,17;SAR=2,7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.398274,0.0538627;STB=0.669574,0.511108;STBP=0.161,0.745;TYPE=del,del;VARB=-0.00626557,0.0264955;OID=.,.;OPOS=109906340,109906330;OREF=TTCT,CTT;OALT=-,-;OMAPALT=GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.126214,0.640777:24,24:115:13,66:103:24:10,33:3,33:13:11:99:17:22,17:2,7:11:6 chr6 109954252 . C T 520.52 PASS AF=0.607595;AO=47;DP=81;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.000475339;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.499;QD=26.3556;RBI=0.0473582;REFB=0.0290236;REVB=-0.0473558;RO=26;SAF=23;SAR=24;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132744;STB=0.556939;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0141889;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:26:31:47:48:0.607595:24:23:18:8:24:24:20:11 chr6 110074412 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0528562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.614;QD=14.0438;RBI=0.0541235;REFB=0.0395824;REVB=0.0116438;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0293969;OID=.;OPOS=110074412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:4:0:1:4:4:0 chr6 110106234 . A G 702.8 PASS AF=0.643564;AO=63;DP=100;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0194209;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.707;QD=27.8335;RBI=0.0196051;REFB=-0.0302857;REVB=-0.00268127;RO=37;SAF=39;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166375;STB=0.582018;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.014039;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:37:36:63:65:0.643564:24:39:14:23:25:40:14:22 chr6 110301661 . A G 787.87 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256571;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.712;QD=57.2994;RBI=0.033184;REFB=0;REVB=0.0210449;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810471;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr6 110421361 . C T 994.31 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218256;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.665;QD=59.3619;RBI=0.0466465;REFB=0;REVB=-0.0412255;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31858e-05;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr6 110746526 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7126;QD=58.781;RBI=0.0255853;REFB=0;REVB=0.0125487;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77373e-05;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr6 110746545 . T G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3126;QD=60.0307;RBI=0.0249923;REFB=0;REVB=0.0227465;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177964;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr6 110761329 . C T 199.25 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00295495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.777;QD=27.4831;RBI=0.00444983;REFB=-0.0121935;REVB=0.00332705;RO=9;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249347;STB=0.629059;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00531594;OID=.;OPOS=110761329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:3:16:5:4:3:16:6:4 chr6 110777962 . A G 699.79 PASS AF=0.802817;AO=57;DP=71;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00142999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0176;QD=39.4245;RBI=0.0196667;REFB=0.0268448;REVB=0.0196146;RO=13;SAF=23;SAR=34;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751651;STB=0.548094;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00695806;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:71:13:14:57:57:0.802817:34:23:8:5:34:23:9:5 chr6 110778128 . T C 715.36 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00381253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.492;QD=48.4988;RBI=0.0121796;REFB=-0.00980842;REVB=0.0115675;RO=5;SAF=18;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810747;STB=0.543194;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000948029;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:54:54:0.915254:36:18:4:1:36:18:4:1 chr6 110797702 . GCCG GCCC,GCG,GCGC 90.5 PASS AF=0.6,0.2,0.2;AO=4,2,2;DP=11;FAO=6,2,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,0;FSAR=5,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287331,-0.249969,-0.0237948;FXX=0.0908265;HRUN=1,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=192.096,13.0825,22.6612;QD=36.2001;RBI=0.0227785,0.266509,0.0800661;REFB=0,0,0;REVB=0.0225965,0.0924252,0.0764486;RO=0;SAF=0,2,0;SAR=4,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0489102,0.14151,-0.085395;OID=.,.,.;OPOS=110797705,110797703,110797704;OREF=G,C,CG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=GCCC,GCG,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.6,0.2,0.2:4,2,2:11:6,2,2:10:0:1,2,0:5,0,2:0:0:14:0:0,2,0:4,0,2:0:0 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC 114.04 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=5,3;DP=9;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888633,0.0621012;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=120.427,112.717;QD=41.4698;RBI=0.0954327,0.0659696;REFB=0,0;REVB=0.0347955,0.0222583;RO=0;SAF=1,1;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00250374,0.0335363;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC;OMAPALT=CACC,CCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:9:11:0:0:5,3:9,2:0.818182,0.181818:4,2:1,1:0:0:7,1:2,1:0:0 chr6 110964409 . G A 411.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.034;QD=56.693;RBI=0.0224794;REFB=0;REVB=0.019831;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28876e-05;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 111280038 . C T 289.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.847;QD=52.5892;RBI=0.135563;REFB=0;REVB=0.0567083;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149824;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 111283592 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6034;QD=52.6112;RBI=0.0967443;REFB=0;REVB=-0.0849398;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245406;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr6 111621182 . A G 300.46 PASS AF=0.692308;AO=22;DP=38;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0290608;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=58.2774;QD=30.8165;RBI=0.0791825;REFB=-0.0185629;REVB=0.0736569;RO=8;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191011;STB=0.607061;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00407294;OID=.;OPOS=111621182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:38:39:8:12:22:27:0.692308:14:8:6:2:18:9:8:4 chr6 111901453 . G T 790.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163546;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.174;QD=64.5158;RBI=0.0194457;REFB=0;REVB=0.0105196;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613237;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 112382313 . G T 374.97 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00383412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.252;QD=24.1918;RBI=0.0210538;REFB=-0.0182707;REVB=0.0207017;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447471;STB=0.518767;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0161614;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:25:36:37:0.596774:18:18:14:11:18:19:14:11 chr6 112393272 . GTTTTA GGTTTT,GTTTA 87.58 PASS AF=0.0540541,0.567568;AO=2,13;DP=36;FAO=2,21;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=0,13;FSAR=2,8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0624923,-0.225906;FXX=0.0263089;HRUN=4,4;LEN=5,1;MLLD=31.6019,11.6918;QD=9.46841;RBI=0.0725693,0.240748;REFB=-0.0399459,-0.0801415;REVB=-0.0368919,0.0832221;RO=16;SAF=0,11;SAR=2,2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.490566;SSSB=-0.589174,0.298151;STB=0.995646,0.510135;STBP=0.07,0.891;TYPE=mnp,del;VARB=0.142207,0.0793535;OID=.,.;OPOS=112393273,112393273;OREF=TTTTA,T;OALT=GTTTT,-;OMAPALT=GGTTTT,GTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0540541,0.567568:2,13:36:2,21:37:14:0,13:2,8:9:5:86:16:0,11:2,2:10:6 chr6 112408610 . T C 352.26 PASS AF=0.614035;AO=25;DP=54;FAO=35;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00594427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5084;QD=24.7202;RBI=0.0109602;REFB=-0.0469952;REVB=0.0092082;RO=12;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358661;STB=0.505513;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0218095;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:12:22:25:35:0.614035:16:9:5:7:18:17:11:11 chr6 112457390 . C T 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.682;QD=62.5737;RBI=0.0213961;REFB=0;REVB=-0.0212205;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49433e-05;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:78:54:0:0:78:54:0:0 chr6 112493872 . A G 1770.75 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562554;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.319;QD=61.0602;RBI=0.0110938;REFB=0;REVB=0.00956162;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37047e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr6 112508769 . TG GT 386.18 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106375;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.988;QD=23.7649;RBI=0.142244;REFB=0;REVB=0.0944332;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00590302;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:65:0:0:61:65:1:40:21:0:0:42:23:0:0 chr6 112671056 . GC G,GT 33.03 PASS AF=0.0964912,0.0526316;AO=31,7;DP=115;FAO=11,6;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=8,6;FSAR=3,0;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0810101,-0.0475178;FXX=0.0086949;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.8285,117.543;QD=1.1588;RBI=0.124286,0.0542133;REFB=-0.0959473,-0.0160163;REVB=-0.0942567,-0.0260988;RO=71;SAF=12,6;SAR=19,1;SRF=30;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0.333333,0;SSSB=-0.0436434,0.47289;STB=0.788258,0.998611;STBP=0.06,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.128332,0.145762;OID=.,.;OPOS=112671057,112671057;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0964912,0.0526316:31,7:115:11,6:114:97:8,6:3,0:37:60:15:71:12,6:19,1:30:41 chr6 112672198 . CAG C 971.03 PASS AF=1;AO=63;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154054;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.605;QD=58.8506;RBI=0.0356702;REFB=0;REVB=0.032172;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.06127e-05;OID=.;OPOS=112672199;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:68:66:66:0:26:40:0:0:5:0:24:39:0:0 chr6 116262976 . G A 414.87 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110606;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.407;QD=57.2235;RBI=0.00110634;REFB=0;REVB=-2.49404e-05;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383064;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr6 116263181 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.567;QD=59.4354;RBI=0.0540507;REFB=0;REVB=0.0456103;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195337;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 116325142 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.951;QD=58.2396;RBI=0.0139364;REFB=0;REVB=-0.0137437;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96789e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr6 116571255 . G A 699.09 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000712779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5112;QD=62.1411;RBI=0.066143;REFB=0;REVB=-0.0661391;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295313;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:20:25:0:0 chr6 116574455 . G A 427.62 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0130096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5665;QD=51.8325;RBI=0.107943;REFB=-0.198604;REVB=0.107156;RO=2;SAF=21;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423593;STB=0.521725;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00711809;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:30:31:0.939394:9:21:2:0:9:22:2:0 chr6 116575083 . C A 888.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775082;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.278;QD=58.2758;RBI=0.0128871;REFB=0;REVB=0.0102958;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139036;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr6 116599665 . T C 142.45 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0242213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3575;QD=14.6101;RBI=0.0339838;REFB=0.00648898;REVB=-0.0238375;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312269;STB=0.683952;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0302267;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:13:10:3:13:13:10 chr6 116600465 . T TCAC 207.09 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0149649;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.686;QD=39.4459;RBI=0.0365343;REFB=-0.0941188;REVB=0.0333287;RO=3;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015307;STB=0.508371;STBP=0.911;TYPE=ins;VARB=0.0173266;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:18:21:18:21:3:7:11:1:2:15:3:7:11:1:2 chr6 116600774 . C G 113.64 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=41.3249;RBI=0.161326;REFB=0;REVB=0.0160125;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262384;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr6 116600810 . G A 288.86 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0320091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7807;QD=46.218;RBI=0.0762748;REFB=-0.257843;REVB=0.0692334;RO=3;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581212;STB=0.549956;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0365308;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:3:2:22:23:0.92:9:13:1:2:9:14:0:2 chr6 116757557 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8134;QD=47.8104;RBI=0.0481759;REFB=0;REVB=0.021785;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145692;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 116875427 . G A 2011.22 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.944;QD=61.4112;RBI=0.0613439;REFB=-0.00247922;REVB=0.0250381;RO=1;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646628;STB=0.503401;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=7.42729e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:73:57:0:1:73:57:0:1 chr6 117083189 . A G 730.04 PASS AF=0.677778;AO=60;DP=89;FAO=61;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0020033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5246;QD=32.4464;RBI=0.00421998;REFB=0.0047683;REVB=0.00371417;RO=28;SAF=31;SAR=29;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11477;STB=0.557715;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00343684;OID=.;OPOS=117083189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:28:29:60:61:0.677778:29:31:9:19:29:32:10:19 chr6 117086378 . C A 1419.82 PASS AF=0.735849;AO=117;DP=159;FAO=117;FDP=159;FR=.;FRO=42;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0119454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.187;QD=35.7187;RBI=0.0125152;REFB=-0.00887915;REVB=0.00373352;RO=42;SAF=57;SAR=60;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526356;STB=0.528114;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00357458;OID=.;OPOS=117086378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:42:42:117:117:0.735849:60:57:16:26:60:57:16:26 chr6 117113653 . T C 441.82 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00295472;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.212;QD=39.2731;RBI=0.0347391;REFB=0.0180686;REVB=0.0346133;RO=11;SAF=22;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148362;STB=0.582228;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00431696;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:45:11:11:33:34:0.755556:11:22:4:7:11:23:4:7 chr6 117114025 . G A 355.35 PASS AF=0.763158;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0638165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2312;QD=37.405;RBI=0.0818782;REFB=8.50533e-05;REVB=-0.0512982;RO=9;SAF=14;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745491;STB=0.543448;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00010363;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:38:9:9:28:29:0.763158:14:14:3:6:14:15:3:6 chr6 117114223 . T A 377.97 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00235521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.364;QD=26.998;RBI=0.0319366;REFB=0.0076281;REVB=0.0318496;RO=20;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131107;STB=0.57139;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00360004;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:16:20:15:5:16:20:15:5 chr6 117114403 . G A 813.38 PASS AF=0.738636;AO=65;DP=88;FAO=65;FDP=88;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0181199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1328;QD=36.972;RBI=0.0181439;REFB=-0.00313378;REVB=0.000933174;RO=23;SAF=22;SAR=43;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428417;STB=0.522972;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0005314;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:23:23:65:65:0.738636:43:22:6:17:43:22:6:17 chr6 117121894 . G A 1264.58 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.052;QD=61.6869;RBI=0.0131886;REFB=0;REVB=-0.0125192;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45556e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:34:47:0:0:34:48:0:0 chr6 117130704 . G A 768.09 PASS AF=0.782051;AO=61;DP=78;FAO=61;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0158985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1473;QD=39.3893;RBI=0.0175639;REFB=-0.0355887;REVB=-0.0074652;RO=17;SAF=29;SAR=32;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122904;STB=0.565713;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0104459;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:17:17:61:61:0.782051:32:29:3:14:32:29:3:14 chr6 117642495 . C T 781.45 PASS AF=0.663265;AO=64;DP=96;FAO=65;FDP=98;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0298871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.292;QD=31.8958;RBI=0.0332598;REFB=0.0158486;REVB=-0.0145938;RO=31;SAF=36;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868132;STB=0.559176;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0127546;OID=.;OPOS=117642495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:31:33:64:65:0.663265:28:36:13:18:28:37:13:20 chr6 117710661 . T C 1135.91 PASS AF=0.810811;AO=89;DP=112;FAO=90;FDP=111;FR=.;FRO=21;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0538223;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.352;QD=40.9338;RBI=0.0542171;REFB=-0.00672124;REVB=0.00653095;RO=20;SAF=45;SAR=44;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498059;STB=0.522518;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00138323;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:20:21:89:90:0.810811:44:45:13:7:45:45:13:8 chr6 117717348 . T C 167.1 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.00754153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.965;QD=6.68417;RBI=0.00992179;REFB=-0.00393696;REVB=0.00644725;RO=76;SAF=13;SAR=11;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974154;STB=0.559274;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0104142;OID=.;OPOS=117717348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:76:24:24:0.24:11:13:47:29:11:13:47:29 chr6 117725448 . T G 701.32 PASS AF=0.725;AO=58;DP=80;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0188333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.886;QD=35.0661;RBI=0.0189095;REFB=0.00412822;REVB=-0.0016963;RO=22;SAF=23;SAR=35;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780287;STB=0.542021;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00184938;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:22:22:58:58:0.725:35:23:12:10:35:23:12:10 chr6 117725578 . T A 553.7 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0208894;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.185;QD=35.7229;RBI=0.0288635;REFB=-0.00187065;REVB=0.0199181;RO=14;SAF=23;SAR=24;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453951;STB=0.510634;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000726637;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:63:62:14:15:47:47:0.758065:24:23:7:7:24:23:8:7 chr6 117858328 . G A 546.44 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0100772;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7869;QD=37.0467;RBI=0.0125182;REFB=0.0249995;REVB=-0.0074266;RO=12;SAF=18;SAR=28;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108368;STB=0.550658;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00528289;OID=.;OPOS=117858328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:60:59:12:13:46:46:0.779661:28:18:8:4:28:18:8:5 chr6 117869491 . G A 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.357;QD=52.5926;RBI=0.0321249;REFB=0;REVB=0.0192662;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188216;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr6 118786486 . T C 744.36 PASS AF=0.72619;AO=60;DP=83;FAO=61;FDP=84;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00608135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.7;QD=35.4457;RBI=0.00657318;REFB=-0.0275315;REVB=0.00249477;RO=23;SAF=34;SAR=26;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000759661;STB=0.502176;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0102006;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:23:23:60:61:0.72619:26:34:13:10:27:34:13:10 chr6 118880640 . T G 955.79 PASS AF=0.721739;AO=77;DP=110;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0215869;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.362;QD=33.2447;RBI=0.0524568;REFB=-0.0152273;REVB=0.0478092;RO=29;SAF=28;SAR=49;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103947;STB=0.518297;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00703557;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:29:32:77:83:0.721739:49:28:10:19:52:31:10:22 chr6 118881244 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 76.77 PASS AF=0,0.652174,0;AO=5,6,2;DP=24;FAO=0,15,0;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=0,11,0;FSAR=0,4,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0329622,0.160324,0.202633;FXX=0.0416493;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=11.9906,9.4277,8.67233;QD=13.3516;RBI=0.0477529,0.260132,0.326176;REFB=0.043768,-0.0328715,-0.0766457;REVB=-0.0345519,0.204853,0.255599;RO=6;SAF=4,4,1;SAR=1,2,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0477139,-0.168138,-0.359974;STB=0.5,0.566846,0.5;STBP=1,0.45,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0186189,0.104427,0;OID=.,.,.;OPOS=118881250,118881245,118881250;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.652174,0:5,6,2:24:0,15,0:23:8:0,11,0:0,4,0:7:1:27:6:4,4,1:1,2,1:5:1 chr6 118881822 . C T 761.79 PASS AF=0.625;AO=69;DP=111;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0193411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.855;QD=27.2068;RBI=0.0227715;REFB=-0.0113309;REVB=-0.0120193;RO=42;SAF=26;SAR=43;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891937;STB=0.550278;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00551946;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:42:42:69:70:0.625:43:26:21:21:44:26:21:21 chr6 118886961 . G T 463.67 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0669279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.479;QD=33.1191;RBI=0.068631;REFB=-0.0526005;REVB=0.0151945;RO=14;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106557;STB=0.547803;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00920292;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:14:15:41:41:0.732143:21:20:10:4:21:20:10:5 chr6 118887303 . T C 1084.32 PASS AF=0.811321;AO=86;DP=105;FAO=86;FDP=106;FR=.;FRO=20;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0224201;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.595;QD=40.9177;RBI=0.035802;REFB=-0.0209908;REVB=-0.0279127;RO=19;SAF=52;SAR=34;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642779;STB=0.530124;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00364443;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:19:20:86:86:0.811321:34:52:8:11:34:52:9:11 chr6 118973953 . A G 425.01 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0270248;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.29;QD=38.6368;RBI=0.0404961;REFB=-0.0198422;REVB=-0.0301595;RO=11;SAF=22;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613763;STB=0.533313;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00544408;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:11:11:33:33:0.75:11:22:6:5:11:22:6:5 chr6 119137192 . CTA ACT,CT 35.61 PASS AF=0,0.218391;AO=4,34;DP=87;FAO=0,19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=0,15;FSAR=0,4;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0728606,-0.210245;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=62.6574,11.1128;QD=1.63742;RBI=0.126638,0.210849;REFB=-0.0667718,-0.179731;REVB=-0.103579,-0.0159414;RO=44;SAF=0,31;SAR=4,3;SRF=17;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509764,0.636576;STB=0.5,0.734834;STBP=1,0.027;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.166113;OID=.,.;OPOS=119137192,119137194;OREF=CTA,A;OALT=ACT,-;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:87:87:44:68:4,34:0,19:0,0.218391:4,3:0,31:17:27:0,4:0,15:35:33 chr6 119149149 . C G 875.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.962;QD=57.4316;RBI=0.0365446;REFB=0;REVB=0.0222985;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122601;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr6 119510941 . C A 1362.22 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00361104;FXX=0.0206164;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.667;QD=57.3568;RBI=0.00361147;REFB=-0.0880434;REVB=-5.61311e-05;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000457005;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:95:95:0:5:90:90:0.947368:45:45:0:0:45:45:3:2 chr6 121451095 . C T 33.21 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0247904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6594;QD=3.24034;RBI=0.0441209;REFB=0.00121121;REVB=-0.0364978;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226802;STB=0.658062;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0121378;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:24:11:3:3:24:11 chr6 121620608 . G T 619.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.282;QD=60.4122;RBI=0.032087;REFB=0;REVB=-0.00418659;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83884e-05;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:19:22:0:0 chr6 121629167 . G A 1194.18 PASS AF=0.678082;AO=98;DP=146;FAO=99;FDP=146;FR=.;FRO=47;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0460444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1133;QD=32.7173;RBI=0.067567;REFB=-0.0162584;REVB=-0.0494491;RO=47;SAF=59;SAR=39;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305041;STB=0.514213;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00730506;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:47:47:98:99:0.678082:39:59:26:21:40:59:26:21 chr6 121632008 . T A 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2992;QD=61.6927;RBI=0.0413958;REFB=0;REVB=0.0412702;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211506;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr6 121769354 . A T 43.03 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0139158;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.645;QD=4.78057;RBI=0.0651499;REFB=-0.00646136;REVB=-0.0636464;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666455;STB=0.52374;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0238017;OID=.;OPOS=121769354;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:37:36:30:29:7:7:0.194444:2:5:20:10:2:5:20:9 chr6 121901599 . A G 814.4 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.24101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.3078;QD=57.151;RBI=0.266478;REFB=0;REVB=0.113686;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380153;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:47:57:1:27:20:0:0:30:27:0:0 chr6 122532808 . G A 172.42 PASS AF=0.245283;AO=25;DP=101;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00611561;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4025;QD=6.5064;RBI=0.00717175;REFB=-0.00277677;REVB=0.00374612;RO=76;SAF=11;SAR=14;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923722;STB=0.539617;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00239432;OID=.;OPOS=122532808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:76:80:25:26:0.245283:14:11:34:42:15:11:38:42 chr6 123066514 . T C 884.92 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.94;QD=58.0276;RBI=0.0256048;REFB=0;REVB=0.0255517;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34951e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:36:25:0:0 chr6 123066585 . G A 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.28;QD=56.1806;RBI=0.0344179;REFB=0;REVB=0.0343907;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782249;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 123101647 . A G 35.15 PASS AF=0.125;AO=3;DP=60;FAO=8;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0144875;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.923;QD=2.19662;RBI=0.015742;REFB=-0.0133946;REVB=0.00615818;RO=41;SAF=2;SAR=1;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286186;STB=0.609959;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0968138;OID=.;OPOS=123101647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:64:41:56:3:8:0.125:1:2:15:26:3:5:28:28 chr6 123687288 . A C,T 2096.47 PASS AF=0.909677,0.0451613;AO=139,9;DP=155;FAO=141,7;FDP=155;FR=.;FRO=7;FSAF=77,0;FSAR=64,7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0433996,0.0363449;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=126.965,21.1814;QD=54.1024;RBI=0.0434048,0.0429325;REFB=-0.00498846,0.0208931;REVB=0.000671288,-0.0228526;RO=1;SAF=77,0;SAR=62,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00760679,0;STB=0.525922,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00100081,0.15826;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:155:155:1:7:139,9:141,7:0.909677,0.0451613:62,9:77,0:0:1:64,7:77,0:0:7 chr6 123699019 . A C 468.24 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.687;QD=55.0871;RBI=0.032724;REFB=-0.138371;REVB=-0.00613012;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000375651;OID=.;OPOS=123699019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:1:0:16:17:1:0 chr6 123702499 . G A 1453.19 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.786;QD=63.1821;RBI=0.058538;REFB=0;REVB=-0.0579088;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146217;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr6 123758492 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.353;QD=59.8555;RBI=0.0132085;REFB=0;REVB=0.0123094;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04929e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:25:44:0:0:26:45:0:0 chr6 123778732 . T C 247.82 PASS AF=0.785714;AO=21;DP=27;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0027175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1575;QD=35.4022;RBI=0.0255634;REFB=-0.0546329;REVB=0.0254186;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196589;STB=0.60705;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0146075;OID=.;OPOS=123778732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:6:6:21:22:0.785714:10:11:6:0:11:11:6:0 chr6 123833457 . G C 1595.33 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118361;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.044;QD=60.2012;RBI=0.0123233;REFB=0;REVB=-0.0034309;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015129;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:41:65:0:0:41:65:0:0 chr6 123892210 . T G 32.03 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=10;FWDB=-0.0182128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.074;QD=2.00177;RBI=0.0516978;REFB=-0.000395164;REVB=-0.0483834;RO=56;SAF=6;SAR=1;SRF=47;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400692;STB=0.554455;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0230583;OID=.;OPOS=123892210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:63:64:56:57:7:7:0.109375:1:6:47:9:1:6:47:10 chr6 124603390 . A G 256.99 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0190618;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.36;QD=11.2963;RBI=0.0320188;REFB=0.00125877;REVB=0.0257264;RO=59;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210373;STB=0.52037;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00256434;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:59:60:31:31:0.340659:21:10:20:39:21:10:21:39 chr6 124759018 . A G,T 107.6 PASS AF=0.636364,0.363636;AO=7,2;DP=9;FAO=7,4;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05855,-0.0454107;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.4029,62.9583;QD=39.1277;RBI=0.0807032,0.0701495;REFB=0,0;REVB=0.0555419,0.0534679;RO=0;SAF=5,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00877609,0.0160712;OID=.,.;OPOS=124759018,124759018;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:9:11:0:0:7,2:7,4:0.636364,0.363636:2,2:5,0:0:0:2,2:5,2:0:0 chr6 125144352 . T G 370.46 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0073804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.36;QD=29.0555;RBI=0.016147;REFB=-0.0150244;REVB=0.0143616;RO=17;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359624;STB=0.519619;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00701067;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:18:16:9:8:18:16:9:8 chr6 125284457 . T C 1218.9 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0312376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.906;QD=58.7423;RBI=0.0386631;REFB=-0.0149529;REVB=0.0227826;RO=1;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010181;STB=0.501666;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=4.79453e-05;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:79:81:0.975904:46:33:0:1:46:35:1:1 chr6 125475139 . G A 107.19 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0239151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.374;QD=5.64156;RBI=0.0248234;REFB=-0.00577963;REVB=-0.0066535;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141099;STB=0.588131;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0568517;OID=.;OPOS=125475139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:7:10:28:31:7:10:28:31 chr6 125573194 . A G 79.44 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.551;QD=5.04363;RBI=0.0223801;REFB=-0.000846847;REVB=-0.0199206;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323221;STB=0.708331;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00396251;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:8:5:32:17:8:5:33:17 chr6 127476516 . G A 60.53 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0476402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9049;QD=6.20818;RBI=0.0607727;REFB=0.0103714;REVB=-0.0377324;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126548;STB=0.581631;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.033797;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:13:17:6:3:13:17 chr6 127609558 . T G 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00435303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.41;QD=2.42284;RBI=0.00631244;REFB=-0.00282019;REVB=0.00457143;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194836;STB=0.648848;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0242405;OID=.;OPOS=127609558;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:23:23:4:2:23:23 chr6 127609691 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.675;QD=43.4861;RBI=0.0431379;REFB=0;REVB=-0.00499515;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240022;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 127768762 . G A 857.53 PASS AF=0.797619;AO=59;DP=85;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00628131;FXX=0.106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.992;QD=40.8349;RBI=0.0647471;REFB=-0.0279596;REVB=0.0644417;RO=15;SAF=39;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079734;STB=0.517441;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00694433;OID=.;OPOS=127768762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:85:84:15:17:59:67:0.797619:20:39:7:8:26:41:9:8 chr6 127768763 . T A 35.21 PASS AF=0.0927835;AO=7;DP=94;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0183508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.597;QD=1.45191;RBI=0.0233335;REFB=-0.00275901;REVB=0.0144119;RO=87;SAF=4;SAR=3;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359953;STB=0.620508;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00850059;OID=.;OPOS=127768763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:97:87:88:7:9:0.0927835:3:4:50:37:5:4:51:37 chr6 127771452 . T G 319.67 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=41;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0390081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9507;QD=28.415;RBI=0.0632965;REFB=0.0134946;REVB=0.0498479;RO=15;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249279;STB=0.589226;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00354276;OID=.;OPOS=127771452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:15:15:26:30:0.666667:18:8:10:5:18:12:10:5 chr6 127797179 . G A 351.1 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0281686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.181;QD=34.2532;RBI=0.0301653;REFB=-0.0538729;REVB=0.0107922;RO=12;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805429;STB=0.543889;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.013465;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:15:14:4:8:15:14:4:8 chr6 127797374 . G A 754.82 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=97;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0165657;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.102;QD=31.451;RBI=0.0226531;REFB=-0.00193722;REVB=0.0154513;RO=32;SAF=39;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966793;STB=0.547775;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00135452;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:32:33:63:63:0.65625:24:39:15:17:24:39:16:17 chr6 127912730 . C T 78.77 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00293731;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9016;QD=4.92327;RBI=0.0117263;REFB=0.000789777;REVB=-0.0113525;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191649;STB=0.524235;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00493667;OID=.;OPOS=127912730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:65:64:50:51:13:13:0.203125:7:6:23:27:7:6:22:29 chr6 128040839 . T C 145.75 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0312514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6338;QD=7.28762;RBI=0.0313269;REFB=-0.00991024;REVB=-0.00217357;RO=58;SAF=11;SAR=10;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977776;STB=0.564166;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.028048;OID=.;OPOS=128040839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:59:21:21:0.2625:10:11:35:23:10:11:36:23 chr6 128135058 . C T 120.06 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00886229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9503;QD=24.0111;RBI=0.0237089;REFB=-0.045877;REVB=0.0219902;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335038;STB=0.692011;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0160946;OID=.;OPOS=128135058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:7:7:12:13:0.65:4:8:1:6:4:9:1:6 chr6 128505806 . T C 202.86 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00611323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.016;QD=8.28011;RBI=0.0199995;REFB=-0.0129708;REVB=-0.0190423;RO=69;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932409;STB=0.555514;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0295643;OID=.;OPOS=128505806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:69:71:27:27:0.27551:12:15:33:36:12:15:34:37 chr6 129381026 . C A 944.19 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179094;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.666;QD=57.2239;RBI=0.0219054;REFB=-0.0360874;REVB=0.0126135;RO=1;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954358;STB=0.504949;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000482801;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:49:15:0:1:50:15:0:1 chr6 129571330 . G A 1376.89 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.078;QD=62.5858;RBI=0.0391576;REFB=0;REVB=0.0385507;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56881e-05;OID=.;OPOS=129571330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr6 129612808 . A G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00360023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.161;QD=6.01499;RBI=0.0061132;REFB=-0.00671566;REVB=-0.0049406;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341484;STB=0.713964;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0210391;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:4:9:18:26:4:9:18:26 chr6 129691132 . C G 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00969629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.703;QD=8.43605;RBI=0.0474904;REFB=-0.0227927;REVB=-0.04649;RO=41;SAF=14;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459037;STB=0.779156;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.032604;OID=.;OPOS=129691132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:3:14:19:22:3:14:19:22 chr6 129722389 . A G 555.49 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0141358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.261;QD=36.4253;RBI=0.0252027;REFB=-0.0206855;REVB=0.0208652;RO=14;SAF=25;SAR=22;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786024;STB=0.542236;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00680016;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:14:14:47:47:0.770492:22:25:10:4:22:25:10:4 chr6 129722425 . G A 563.5 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=65;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.11447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2476;QD=33.6418;RBI=0.119498;REFB=-0.0404395;REVB=0.0342999;RO=16;SAF=24;SAR=25;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903037;STB=0.562285;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0137779;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:16:18:49:49:0.731343:25:24:11:5:25:24:13:5 chr6 129762112 . G A 738.41 PASS AF=0.701149;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00441174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.306;QD=33.9499;RBI=0.00659061;REFB=0.00535455;REVB=-0.00489619;RO=26;SAF=19;SAR=42;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244756;STB=0.501319;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00205968;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:26:26:61:61:0.701149:42:19:8:18:42:19:8:18 chr6 129807629 . C T 143.94 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0012868;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.654;QD=9.92715;RBI=0.0157504;REFB=-0.0101357;REVB=-0.0156977;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138842;STB=0.508188;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0195972;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:18:21:10:9:18:21 chr6 129807699 . G C 144.25 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0111713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.524;QD=8.61205;RBI=0.0240679;REFB=-0.00103889;REVB=-0.0213182;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375601;STB=0.522366;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00237314;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:10:10:22:25:10:10:22:25 chr6 129807714 . G A 519.57 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0153655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2518;QD=31.4893;RBI=0.0289347;REFB=-0.0196741;REVB=-0.0245177;RO=20;SAF=21;SAR=25;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367986;STB=0.501991;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00555417;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:20:46:46:0.69697:25:21:9:11:25:21:9:11 chr6 129814566 . G A 729.94 PASS AF=0.656566;AO=65;DP=98;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00262936;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.241;QD=29.4924;RBI=0.0191385;REFB=-0.0271913;REVB=-0.0189571;RO=31;SAF=28;SAR=37;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267519;STB=0.517028;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0108873;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:31:34:65:65:0.656566:37:28:12:19:37:28:13:21 chr6 129837610 . T C 794.42 PASS AF=0.686275;AO=69;DP=101;FAO=70;FDP=102;FR=.;FRO=32;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0195788;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.272;QD=31.1536;RBI=0.0485404;REFB=0.00692796;REVB=0.0444167;RO=32;SAF=40;SAR=29;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138866;STB=0.571408;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00219109;OID=.;OPOS=129837610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:32:32:69:70:0.686275:29:40:11:21:30:40:11:21 chr6 129927014 . A G 195.13 PASS AF=0.24;AO=30;DP=125;FAO=30;FDP=125;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0221321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.952;QD=6.24419;RBI=0.0248053;REFB=-0.00144512;REVB=-0.0112015;RO=95;SAF=11;SAR=19;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441023;STB=0.526864;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00492503;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:95:95:30:30:0.24:19:11:38:57:19:11:38:57 chr6 130031215 . T C 253.73 PASS AF=0.326923;AO=31;DP=101;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00114705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5434;QD=9.75901;RBI=0.0456432;REFB=-0.0170822;REVB=0.0456288;RO=69;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078576;STB=0.509086;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0482159;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:69:70:31:34:0.326923:15:16:31:38:18:16:32:38 chr6 130152479 . T C 195.83 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00341426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.608;QD=25.2685;RBI=0.00496829;REFB=-0.00446736;REVB=-0.00360926;RO=11;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179487;STB=0.616315;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0016936;OID=.;OPOS=130152479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:12:7:7:4:12:7:8:4 chr6 130152520 . A C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00418595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.801;QD=23.0942;RBI=0.0267948;REFB=-0.0205434;REVB=-0.0264658;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127109;STB=0.571344;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0190179;OID=.;OPOS=130152520;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:7:5:10:7:7:5 chr6 130154686 . A G 377.46 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0613295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.446;QD=33.5521;RBI=0.0620374;REFB=-0.0253071;REVB=0.00934554;RO=13;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012124;STB=0.51723;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.01317;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:14:31:31:0.688889:15:16:7:6:15:16:8:6 chr6 130381246 . T C 210.53 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0253374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.389;QD=8.25623;RBI=0.0253552;REFB=-0.0151486;REVB=-0.000950994;RO=72;SAF=19;SAR=10;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125823;STB=0.543891;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0409094;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:73:29:29:0.284314:10:19:40:32:11:18:41:32 chr6 130537005 . G A 590.44 PASS AF=0.69863;AO=51;DP=73;FAO=51;FDP=73;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0110274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.134;QD=32.3531;RBI=0.0122156;REFB=0.00342451;REVB=-0.00525527;RO=22;SAF=28;SAR=23;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128263;STB=0.569261;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00110254;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:22:51:51:0.69863:23:28:7:15:23:28:7:15 chr6 130761804 . C T 1032.45 PASS AF=0.696;AO=87;DP=126;FAO=87;FDP=125;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0155047;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.879;QD=33.0383;RBI=0.0156993;REFB=-0.0331417;REVB=0.00246469;RO=37;SAF=39;SAR=48;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627587;STB=0.507793;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0120061;OID=.;OPOS=130761804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:37:38:87:87:0.696:48:39:17:20:48:39:18:20 chr6 131148737 . G A 375.39 PASS AF=0.335766;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.000716218;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.82;QD=10.9603;RBI=0.0162848;REFB=-0.0141898;REVB=-0.016269;RO=89;SAF=26;SAR=20;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144903;STB=0.583034;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0216439;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:89:91:46:46:0.335766:20:26:39:50:20:26:40:51 chr6 131160876 . G T 167.31 PASS AF=0.24;AO=23;DP=99;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.000671242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.608;QD=6.69221;RBI=0.0109926;REFB=-0.0116863;REVB=-0.0109721;RO=75;SAF=12;SAR=11;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815871;STB=0.569943;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0343525;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:75:76:23:24:0.24:11:12:44:31:12:12:45:31 chr6 131184770 . T G 124.33 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00733139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.111;QD=6.13991;RBI=0.0122412;REFB=-0.00494838;REVB=0.00980288;RO=62;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252905;STB=0.656747;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0246774;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:6:13:30:32:6:13:30:32 chr6 132061420 . G A 599.38 PASS AF=0.728571;AO=50;DP=69;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00288616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.039;QD=34.2505;RBI=0.00428537;REFB=0.00378429;REVB=0.00316773;RO=18;SAF=27;SAR=23;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118965;STB=0.566737;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00181771;OID=.;OPOS=132061420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:18:19:50:51:0.728571:23:27:14:4:23:28:15:4 chr6 132172368 . A C 137.81 PASS AF=0.223404;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0398258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9734;QD=5.86436;RBI=0.0428447;REFB=0.0042981;REVB=0.0157981;RO=72;SAF=4;SAR=17;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316095;STB=0.706382;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0208223;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:72:73:21:21:0.223404:17:4:29:43:17:4:30:43 chr6 132207719 . G A 603.14 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00180809;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.372;QD=31.332;RBI=0.00381514;REFB=-0.010825;REVB=0.00335948;RO=25;SAF=28;SAR=24;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372514;STB=0.520154;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00882502;OID=.;OPOS=132207719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:25:25:52:52:0.675325:24:28:15:10:24:28:15:10 chr6 132212742 . A C 1156.51 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101457;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.909;QD=60.8689;RBI=0.0199236;REFB=0;REVB=-0.0171469;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22384e-05;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:36:40:0:0 chr6 132212808 . C A,T 755.78 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,50;DP=53;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488137,0.0363498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.1649,90.1981;QD=55.9835;RBI=0.048825,0.0382356;REFB=0,0;REVB=0.00105125,0.0118598;RO=0;SAF=2,24;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.160805,-0.000678294;OID=.,.;OPOS=132212808,132212808;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:54:0:0:3,50:2,52:0.037037,0.962963:1,26:2,24:0:0:0,27:2,25:0:0 chr6 132271952 . G C 362.29 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0163;QD=51.7551;RBI=0.0897616;REFB=-0.0298455;REVB=0.0677171;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0023311;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr6 132271959 . T G 347.82 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0685558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8232;QD=51.5293;RBI=0.0701669;REFB=-0.115155;REVB=-0.0149498;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00200019;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:12:14:0:0:12:14:0:1 chr6 132271979 . AT A,AG 335.41 PASS AF=0.56,0.44;AO=7,18;DP=25;FAO=14,11;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=9,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217605,0.00711771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.4167,90.5852;QD=53.6657;RBI=0.030406,0.0344723;REFB=0,0;REVB=0.0212368,-0.0337295;RO=0;SAF=6,1;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00200401,0.0917959;OID=.,.;OPOS=132271980,132271980;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.56,0.44:7,18:25:14,11:25:0:5,2:9,9:0:0:49:0:6,1:1,17:0:0 chr6 132859609 . T A 2350.6 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.455;QD=60.2718;RBI=0.0642812;REFB=-0.074181;REVB=0.0456414;RO=0;SAF=76;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171343;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:151:156:0:0:151:156:1:75:76:0:0:77:79:0:0 chr6 132909979 . G C 655.64 PASS AF=0.80303;AO=53;DP=66;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00904745;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.725;QD=39.7356;RBI=0.0319108;REFB=-0.0112869;REVB=0.0306014;RO=11;SAF=30;SAR=23;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065543;STB=0.520825;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00302125;OID=.;OPOS=132909979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:66:11:13:53:53:0.80303:23:30:4:7:23:30:6:7 chr6 132910612 . G A 676.96 PASS AF=0.695122;AO=57;DP=82;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0419603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7745;QD=33.0223;RBI=0.0743784;REFB=-0.0432568;REVB=0.0614124;RO=25;SAF=27;SAR=30;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646654;STB=0.534872;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0189429;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:25:25:57:57:0.695122:30:27:9:16:30:27:9:16 chr6 133035098 . G A 1182.18 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00857115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.036;QD=59.1089;RBI=0.0209149;REFB=-0.00170126;REVB=0.019078;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000182248;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:77:79:0.9875:25:52:0:0:25:54:1:0 chr6 133052616 . C T 483.59 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00421481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.981;QD=43.9628;RBI=0.0528097;REFB=0.0154594;REVB=-0.0526412;RO=7;SAF=16;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00486455;STB=0.512813;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00488929;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:7:8:36:36:0.818182:20:16:3:4:20:16:3:5 chr6 133070995 . G T 1339.52 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.638;QD=62.3031;RBI=0.0335687;REFB=0;REVB=0.0205018;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27429e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr6 133074663 . T C 373.81 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0120951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7266;QD=28.2122;RBI=0.0808091;REFB=-0.0189909;REVB=-0.0798988;RO=15;SAF=7;SAR=28;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153943;STB=0.565178;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00817892;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:15:18:35:35:0.660377:28:7:6:9:28:7:6:12 chr6 133118216 . A G 1202.48 PASS AF=0.740458;AO=96;DP=128;FAO=97;FDP=131;FR=.;FRO=34;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0549901;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3977;QD=36.717;RBI=0.0608142;REFB=-0.0207958;REVB=-0.0259704;RO=31;SAF=44;SAR=52;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041271;STB=0.517042;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00574122;OID=.;OPOS=133118216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:31:34:96:97:0.740458:52:44:17:14:52:45:18:16 chr6 133135886 . A G 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0201632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.449;QD=35.1733;RBI=0.0208624;REFB=-0.0458602;REVB=0.00535594;RO=3;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253526;STB=0.514;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0245299;OID=.;OPOS=133135886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:4:11:2:1:4:11:2:1 chr6 133789728 . G A 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00406166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.088;QD=7.67822;RBI=0.0055916;REFB=-0.00213897;REVB=-0.00384304;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193318;STB=0.614675;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00633714;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:9:2:9:21:9:2:9:22 chr6 133849966 . C T 119.97 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.000270587;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.571;QD=5.27353;RBI=0.0134424;REFB=-0.0033057;REVB=-0.0134397;RO=72;SAF=7;SAR=12;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167225;STB=0.605521;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0152068;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:72:72:19:19:0.208791:12:7:36:36:12:7:36:36 chr6 133850246 . ACCCT ACCT,ACCTA 122.9 PASS AF=0.277108,0;AO=20,3;DP=83;FAO=23,0;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=14,0;FSAR=9,0;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0322173,-0.0346417;FXX=0.0119033;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=20.9303,196.581;QD=5.9228;RBI=0.0344333,0.0437466;REFB=-0.0293988,-0.000807109;REVB=-0.0121531,-0.0267155;RO=56;SAF=13,0;SAR=7,3;SRF=25;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0.414462,0;SSSB=0.247303,-0.427656;STB=0.614321,0.5;STBP=0.198,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00692599,0.0644127;OID=.,.;OPOS=133850247,133850249;OREF=C,CT;OALT=-,TA;OMAPALT=ACCT,ACCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277108,0:20,3:83:23,0:83:60:14,0:9,0:27:33:99:56:13,0:7,3:25:31 chr6 134210805 . C T 412.24 PASS AF=0.702128;AO=31;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0300744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.689;QD=35.0846;RBI=0.0424957;REFB=-0.0580374;REVB=0.0300236;RO=9;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892625;STB=0.568083;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0154336;OID=.;OPOS=134210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:9:14:31:33:0.702128:17:14:6:3:17:16:10:4 chr6 134304023 . C T 769.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.283;QD=56.9902;RBI=0.0209872;REFB=0;REVB=-0.0106312;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41431e-05;OID=.;OPOS=134304023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr6 134454835 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0106019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.975;QD=4.01806;RBI=0.0769221;REFB=-0.0165917;REVB=-0.076188;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555516;STB=0.876104;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0632035;OID=.;OPOS=134454835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:1:5:9:18:1:5:9:19 chr6 134583037 . C G 478.92 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0291932;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.94;QD=46.7242;RBI=0.0293622;REFB=-0.0188621;REVB=-0.00314527;RO=6;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571135;STB=0.530709;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00598307;OID=.;OPOS=134583037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:42:41:6:6:35:35:0.853659:19:16:4:2:19:16:4:2 chr6 135263557 . C A 1464.82 PASS AF=0.928571;AO=104;DP=113;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.011292;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.54;QD=52.3151;RBI=0.0198611;REFB=0.0297177;REVB=0.0163388;RO=8;SAF=57;SAR=47;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620862;STB=0.532781;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00222547;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:113:112:8:8:104:104:0.928571:47:57:8:0:47:57:8:0 chr6 135286230 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.55;QD=60.6089;RBI=0.0691028;REFB=0;REVB=0.0373173;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259898;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr6 135358567 . T G 340.4 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.432;QD=48.6289;RBI=0.0193061;REFB=-0.145188;REVB=0.0064322;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925505;STB=0.549961;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00136934;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:0:2:9:17:0:2 chr6 135358916 . G A 1318.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1127;QD=62.0346;RBI=0.019704;REFB=0;REVB=0.0100961;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93674e-05;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr6 135375762 . G A 723.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102579;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.943;QD=62.8748;RBI=0.0120055;REFB=0;REVB=0.00623754;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137155;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr6 135523774 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0050519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.297;QD=5.39763;RBI=0.00671301;REFB=-0.000681051;REVB=0.00442072;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189758;STB=0.624716;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00250573;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:3:6:18:17:3:6:18:17 chr6 135784283 . GT G,TT 56.0 PASS AF=0.354839,0;AO=21,3;DP=63;FAO=22,0;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=17,0;FSAR=5,0;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00080451,-0.00498705;FXX=0.0746157;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=10.1595,279.039;QD=3.61318;RBI=0.195536,0.0205889;REFB=-0.0387367,-0.00494843;REVB=0.195534,-0.0199758;RO=29;SAF=16,2;SAR=5,1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0508769,-0.0714935;STB=0.58167,0.5;STBP=0.371,1;TYPE=del,snp;VARB=0.049814,0;OID=.,.;OPOS=135784284,135784283;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:63:62:29:40:21,3:22,0:0.354839,0:5,1:16,2:21:8:5,0:17,0:27:13 chr6 136359446 . A C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00586337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.765;QD=8.51171;RBI=0.00832813;REFB=-0.0119321;REVB=0.00591427;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253448;STB=0.654873;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0282803;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:9:15:4:6:9:15 chr6 136582497 . G T 215.19 PASS AF=0.227586;AO=32;DP=143;FAO=33;FDP=145;FR=.;FRO=112;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.00105505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.705;QD=5.93615;RBI=0.0101959;REFB=-0.0042595;REVB=-0.0101411;RO=104;SAF=18;SAR=14;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138195;STB=0.542007;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0122083;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:104:112:32:33:0.227586:14:18:47:57:15:18:55:57 chr6 136597262 . T C 80.1 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=97;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00461185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.813;QD=3.30318;RBI=0.00488592;REFB=-0.00334863;REVB=0.0016134;RO=82;SAF=6;SAR=9;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126032;STB=0.584948;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0150672;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:97:97:82:82:15:15:0.154639:9:6:41:41:9:6:41:41 chr6 136597281 . A T 88.18 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.00528068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.153;QD=3.563;RBI=0.0290926;REFB=-0.00198608;REVB=-0.0286094;RO=83;SAF=8;SAR=8;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836759;STB=0.555487;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0162817;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:99:99:83:83:16:16:0.161616:8:8:47:36:8:8:47:36 chr6 136597288 . A C 73.49 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0139823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.249;QD=3.26602;RBI=0.014077;REFB=-0.000268181;REVB=-0.00163031;RO=76;SAF=8;SAR=6;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071888;STB=0.504847;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0106685;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:90:90:76:76:14:14:0.155556:6:8:43:33:6:8:43:33 chr6 136599393 . G C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0040348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.832;QD=8.51178;RBI=0.0209308;REFB=-0.0119989;REVB=-0.0205382;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193506;STB=0.620003;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0296301;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:3:7:13:11:3:7:13:11 chr6 136599404 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0351866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.787;QD=7.48165;RBI=0.0437323;REFB=-0.0106838;REVB=-0.0259695;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282447;STB=0.677058;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0485163;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:3:7:13:15:3:7:13:15 chr6 136599822 . C G 157.16 PASS AF=0.191489;AO=27;DP=139;FAO=27;FDP=141;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=0.00126758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.81;QD=4.45853;RBI=0.00492336;REFB=-0.00623686;REVB=0.00475739;RO=112;SAF=14;SAR=13;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679003;STB=0.541922;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0340286;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:112:114:27:27:0.191489:13:14:64:48:13:14:65:49 chr6 136599836 . G A 132.34 PASS AF=0.179104;AO=25;DP=134;FAO=24;FDP=134;FR=.;FRO=110;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0194488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4047;QD=3.95051;RBI=0.0447271;REFB=-0.00112273;REVB=-0.0402773;RO=108;SAF=16;SAR=9;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146456;STB=0.574649;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00874087;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:108:110:25:24:0.179104:9:16:57:51:9:15:59:51 chr6 136599842 . G A 108.27 PASS AF=0.157895;AO=21;DP=132;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0645851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4671;QD=3.25628;RBI=0.0665784;REFB=-0.000765985;REVB=-0.0161697;RO=110;SAF=12;SAR=9;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450178;STB=0.530406;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00282579;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:110:112:21:21:0.157895:9:12:59:51:9:12:60:52 chr6 136681856 . T C 255.13 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0441783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.29;QD=11.339;RBI=0.0485235;REFB=-0.0272454;REVB=-0.02007;RO=59;SAF=19;SAR=12;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325806;STB=0.501886;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0540453;OID=.;OPOS=136681856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:12:19:36:23:12:19:36:23 chr6 136687471 . C T 331.13 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=148;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0172081;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3473;QD=9.01045;RBI=0.0172188;REFB=0.00107021;REVB=-0.000607668;RO=103;SAF=20;SAR=23;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710809;STB=0.538249;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00303327;OID=.;OPOS=136687471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:103:104:43:43:0.292517:23:20:54:49:23:20:54:50 chr6 136900947 . TAAA TA,TATT 228.16 PASS AF=0.722222,0.222222;AO=10,4;DP=35;FAO=26,8;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15,0;FSAR=11,8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.79775,0.118944;FXX=0.0270197;HRUN=9,9;LEN=2,2;MLLD=11.9185,149.492;QD=25.351;RBI=0.801939,0.119038;REFB=0.0302636,0.019125;REVB=0.0818643,0.00473756;RO=13;SAF=2,0;SAR=8,4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.581407,-0.788559;STB=0.541634,0.5;STBP=0.159,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00569595,0.113597;OID=.,.;OPOS=136900948,136900949;OREF=AA,AA;OALT=-,TT;OMAPALT=TA,TATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.722222,0.222222:10,4:35:26,8:36:2:15,0:11,8:0:2:37:13:2,0:8,4:11:2 chr6 136904783 . G A 137.99 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0146406;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.005;QD=5.74938;RBI=0.0261305;REFB=-0.00774854;REVB=-0.0216438;RO=75;SAF=12;SAR=9;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107575;STB=0.566502;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0270477;OID=.;OPOS=136904783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:75:21:21:0.21875:9:12:49:26:9:12:49:26 chr6 137151179 . G T 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0114087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.281;QD=16.4159;RBI=0.011422;REFB=-0.0104096;REVB=0.000552229;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21079;STB=0.610938;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00937661;OID=.;OPOS=137151179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:3:11:9:6:3:11:10:6 chr6 137245664 . C CG 33.45 PASS AF=0.216216;AO=5;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0225389;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.1926;QD=3.61669;RBI=0.0452819;REFB=-0.004376;REVB=0.039274;RO=29;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469008;STB=0.890803;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0940301;OID=.;OPOS=137245665;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216:5:37:8:37:29:1:7:19:10:33:29:1:4:18:11 chr6 137325847 . C T 752.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531914;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.754;QD=62.695;RBI=0.0873884;REFB=0;REVB=0.0693355;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465492;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:33:12:0:0:33:15:0:0 chr6 138413269 . A G 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1361;QD=55.0419;RBI=0.02429;REFB=0.0339518;REVB=-0.00123714;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00290263;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:0:1:34:21:0:1 chr6 138413333 . G C 728.28 PASS AF=0.964912;AO=52;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.001;QD=51.1073;RBI=0.0608298;REFB=-0.0870275;REVB=0.0588314;RO=4;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569943;STB=0.514281;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00264532;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:57:57:4:2:52:55:0.964912:31:21:0:4:34:21:0:2 chr6 138539315 . A G 169.22 PASS AF=0.208955;AO=28;DP=134;FAO=28;FDP=134;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00725416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8637;QD=5.05118;RBI=0.02749;REFB=-0.00879395;REVB=0.0265157;RO=105;SAF=16;SAR=12;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144355;STB=0.585926;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0372784;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:105:106:28:28:0.208955:12:16:48:57:12:16:49:57 chr6 138539556 . T C 72.71 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0488539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.598;QD=4.76773;RBI=0.0507962;REFB=-0.00342053;REVB=0.0139121;RO=48;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204701;STB=0.628342;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.016344;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:9:3:19:29:9:3:19:30 chr6 138753337 . C T 468.42 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448728;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.37;QD=58.5528;RBI=0.0502618;REFB=0;REVB=0.0226425;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134416;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:22:8:0:0:21:11:0:0 chr6 138754323 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.921;QD=59.8557;RBI=0.0361342;REFB=0;REVB=-0.0302903;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56152e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr6 139013015 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0110178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.062;QD=5.53972;RBI=0.0399265;REFB=-0.0186173;REVB=-0.0383762;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21063;STB=0.637243;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0611703;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:16:13:5:3:16:13 chr6 139013188 . C T 1142.19 PASS AF=0.85567;AO=75;DP=90;FAO=83;FDP=97;FR=.;FRO=14;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0172811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.193;QD=47.1008;RBI=0.0356417;REFB=-0.0371434;REVB=0.031172;RO=15;SAF=32;SAR=43;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127637;STB=0.501018;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00523906;OID=.;OPOS=139013188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:90:97:15:14:75:83:0.85567:43:32:7:8:48:35:6:8 chr6 139013263 . A C 33.5 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0158534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.68;QD=2.09368;RBI=0.0159457;REFB=-0.00279148;REVB=0.00171351;RO=57;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243798;STB=0.687524;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0173217;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:2:5:29:28:2:5:29:28 chr6 139017780 . G A 759.71 PASS AF=0.656566;AO=63;DP=98;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00303382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4849;QD=30.6953;RBI=0.0178602;REFB=0.0118689;REVB=-0.0176006;RO=32;SAF=32;SAR=31;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141133;STB=0.573179;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00877901;OID=.;OPOS=139017780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:32:34:63:65:0.656566:31:32:9:23:32:33:10:24 chr6 139017815 . A G 1324.81 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.138;QD=60.911;RBI=0.0728441;REFB=0.103554;REVB=-0.0579211;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00210227;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:50:36:0:1:50:36:0:1 chr6 139017832 . C T 205.75 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0463175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.402;QD=10.8288;RBI=0.0465254;REFB=-0.00424602;REVB=-0.00439389;RO=49;SAF=7;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23275;STB=0.6389;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00703053;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:25:26:0.342105:18:7:23:26:19:7:23:27 chr6 139094637 . GAA GAG,GA,GGA 412.86 PASS AF=0.15625,0.125,0.71875;AO=5,3,21;DP=29;FAO=5,4,23;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,14;FSAR=0,4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785203,-0.0906689,0.00313223;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=89.3624,21.5217,24.8419;QD=51.6079;RBI=0.0871585,0.238628,0.040196;REFB=0,0,0;REVB=-0.0378308,-0.220731,-0.0400738;RO=0;SAF=5,0,14;SAR=0,3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0543864,-0.0568427,0.151233;OID=.,.,.;OPOS=139094639,139094638,139094638;OREF=A,A,A;OALT=G,-,G;OMAPALT=GAG,GA,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.15625,0.125,0.71875:5,3,21:29:5,4,23:32:0:5,0,14:0,4,9:0:0:20:0:5,0,14:0,3,7:0:0 chr6 139266401 . C T 509.27 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.105665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8934;QD=26.4554;RBI=0.106469;REFB=-0.0326372;REVB=-0.0130543;RO=30;SAF=30;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264405;STB=0.644212;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0260108;OID=.;OPOS=139266401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:17:30:8:22:17:30:8:22 chr6 139609755 . T C 361.97 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00112166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6822;QD=27.8441;RBI=0.035308;REFB=-0.0177574;REVB=-0.0352902;RO=18;SAF=22;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187294;STB=0.605199;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0107429;OID=.;OPOS=139609755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:18:33:34:0.653846:11:22:7:11:11:23:7:11 chr6 141004961 . CT TG 32.76 PASS AF=0.0962963;AO=15;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=0.00550398;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=38.3674;QD=0.970604;RBI=0.0109312;REFB=-0.00852149;REVB=-0.00944441;RO=120;SAF=8;SAR=7;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131507;STB=0.673057;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.1401;OID=.;OPOS=141004961;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:135:135:120:122:15:13:0.0962963:7:8:51:69:5:8:51:71 chr6 141004964 . G GT,T 1687.36 PASS AF=0.848,0.152;AO=87,23;DP=134;FAO=106,19;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=39,12;FSAR=67,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758243,-0.117799;FXX=0.0157468;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=32.9396,20.2132;QD=53.9954;RBI=0.0778982,0.119823;REFB=0,0;REVB=0.0178551,0.021932;RO=11;SAF=23,16;SAR=64,7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11819,-0.0221672;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000791147,-0.0497167;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:134:125:11:0:87,23:106,19:0.848,0.152:64,7:23,16:8:3:67,7:39,12:0:0 chr6 141005008 . AGGGGAC AGGGAC,AGGGACG 90.65 PASS AF=0.226562,0.0078125;AO=16,5;DP=127;FAO=29,1;FDP=128;FR=.;FRO=98;FSAF=3,0;FSAR=26,1;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=0.0598782,0.0361237;FXX=0.0153834;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=11.6489,96.8616;QD=2.83285;RBI=0.215546,0.0922636;REFB=0.0110354,0.004904;REVB=-0.207062,-0.0848979;RO=83;SAF=7,0;SAR=9,5;SRF=54;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266044,-0.573617;STB=0.89773,0.992432;STBP=0,0.269;TYPE=del,mnp;VARB=-0.131308,0.127206;OID=.,.;OPOS=141005009,141005012;OREF=G,GAC;OALT=-,ACG;OMAPALT=AGGGAC,AGGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226562,0.0078125:16,5:127:29,1:128:98:3,0:26,1:61:37:90:83:7,0:9,5:54:29 chr6 141807392 . G A 793.3 PASS AF=0.719101;AO=63;DP=88;FAO=64;FDP=89;FR=.;FRO=25;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00585073;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.781;QD=35.6538;RBI=0.00617337;REFB=-0.0149257;REVB=-0.00196963;RO=24;SAF=40;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13785;STB=0.58164;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00860159;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:24:25:63:64:0.719101:23:40:9:15:23:41:9:16 chr6 142718801 . G A 918.99 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0178236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.58;QD=54.058;RBI=0.0214532;REFB=0.0156908;REVB=0.0119398;RO=3;SAF=33;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132402;STB=0.507015;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0019324;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:32:33:2:1:32:33:2:1 chr6 142758631 . A G 851.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6614;QD=57.6971;RBI=0.0450855;REFB=0;REVB=-0.0450629;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274855;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr6 143074700 . T C 170.74 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00436598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4075;QD=7.84991;RBI=0.0102399;REFB=-0.00921772;REVB=-0.00926248;RO=63;SAF=10;SAR=14;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110844;STB=0.566418;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0237919;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:14:10:32:31:14:10:32:31 chr6 143081035 . A G 223.52 PASS AF=0.298077;AO=28;DP=102;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0179426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.482;QD=8.59671;RBI=0.0214923;REFB=-0.016351;REVB=-0.0118315;RO=72;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241666;STB=0.544863;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0412117;OID=.;OPOS=143081035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:72:73:28:31:0.298077:15:13:32:40:15:16:33:40 chr6 143090734 . T C 771.99 PASS AF=0.792208;AO=60;DP=77;FAO=61;FDP=77;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000364953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6409;QD=40.1035;RBI=0.015844;REFB=0.013164;REVB=-0.0158398;RO=16;SAF=24;SAR=36;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361312;STB=0.517747;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00305313;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:16:16:60:61:0.792208:36:24:5:11:37:24:5:11 chr6 143091263 . A C,G 707.4 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,46;DP=48;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124536,-0.0146932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.943,232.827;QD=55.4824;RBI=0.03184,0.0454851;REFB=0,0;REVB=0.0293034,0.0430465;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.06241e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0132707,0.000594672;OID=.,.;OPOS=143091263,143091263;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:48:51:0:0:2,46:1,50:0.0196078,0.980392:2,28:0,18:0:0:1,32:0,18:0:0 chr6 143091769 . G A 389.38 PASS AF=0.666667;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0850107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4706;QD=32.4481;RBI=0.0850372;REFB=-0.0339315;REVB=0.00212315;RO=15;SAF=20;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111955;STB=0.576874;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0192285;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:15:16:31:32:0.666667:11:20:7:8:11:21:7:9 chr6 143745915 . A G 1262.38 PASS AF=0.965517;AO=85;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0544709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2454;QD=58.0403;RBI=0.0820012;REFB=0.00724772;REVB=0.0612954;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997334;STB=0.507895;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000249497;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:1:3:85:84:0.965517:47:38:0:1:47:37:2:1 chr6 143792675 . T C 382.36 PASS AF=0.756098;AO=30;DP=40;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0115418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.792;QD=37.3032;RBI=0.0249922;REFB=0.0102117;REVB=-0.0221675;RO=10;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473933;STB=0.520051;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00597866;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:41:10:10:30:31:0.756098:18:12:5:5:18:13:5:5 chr6 143816859 . C T 577.48 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00890619;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.698;QD=29.2395;RBI=0.0128603;REFB=0.00450289;REVB=0.00927718;RO=28;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11207;STB=0.560807;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00238976;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:28:28:51:51:0.64557:27:24:18:10:27:24:18:10 chr6 144151314 . T A 37.36 PASS AF=0.269231;AO=8;DP=24;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0654331;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.6732;QD=5.74715;RBI=0.0694672;REFB=-0.0142147;REVB=0.0233283;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608567;STB=0.60839;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.164299;OID=.;OPOS=144151314;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:26:16:19:8:7:0.269231:1:7:5:11:3:4:8:11 chr6 144537771 . T C 1429.72 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0410619;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.497;QD=58.9575;RBI=0.0419314;REFB=-0.217177;REVB=0.00849522;RO=3;SAF=15;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185615;STB=0.513023;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00172108;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:97:3:2:93:95:0.979381:78:15:1:2:80:15:1:1 chr6 144758799 . A G 122.42 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0212521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7655;QD=7.20123;RBI=0.0546022;REFB=-0.00205682;REVB=-0.0502966;RO=50;SAF=4;SAR=14;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50942;STB=0.806531;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00747765;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:14:4:33:17:14:4:33:17 chr6 144904655 . G A 1180.17 PASS AF=0.673203;AO=103;DP=154;FAO=103;FDP=153;FR=.;FRO=50;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00369513;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.788;QD=30.854;RBI=0.00592421;REFB=-0.0154786;REVB=0.00463058;RO=50;SAF=51;SAR=52;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637059;STB=0.53424;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00941171;OID=.;OPOS=144904655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:50:50:103:103:0.673203:52:51:30:20:52:51:30:20 chr6 145051594 . G A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.00247383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.957;QD=27.2771;RBI=0.00794597;REFB=0.00112027;REVB=-0.00755107;RO=18;SAF=5;SAR=23;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871224;STB=0.553981;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000789745;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:23:5:2:16:23:5:2:17 chr6 145822992 . A G 1220.41 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0830041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8355;QD=58.8148;RBI=0.0838411;REFB=-0.131366;REVB=0.0118172;RO=2;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315386;STB=0.501666;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0149813;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:83:2:2:81:81:0.975904:46:35:1:1:46:35:1:1 chr6 145823642 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.074;QD=61.3359;RBI=0.0368751;REFB=0;REVB=0.0121601;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97925e-05;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr6 146125793 . A T 221.08 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00251776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4795;QD=32.753;RBI=0.0729739;REFB=0.0255007;REVB=0.0729305;RO=7;SAF=16;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150406;STB=0.583243;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00505647;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:4:16:4:3:4:16:4:3 chr6 146126419 . C T 141.36 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0171794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.555;QD=21.7483;RBI=0.0173097;REFB=-0.00167527;REVB=0.00211945;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00102237;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:6:5:6:9:6:5 chr6 146207563 . A G 432.47 PASS AF=0.772727;AO=33;DP=43;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0494444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.77;QD=39.3156;RBI=0.0852973;REFB=-0.0592033;REVB=0.0695046;RO=10;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135017;STB=0.568142;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0145609;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:44:10:10:33:34:0.772727:17:16:8:2:17:17:8:2 chr6 146234644 . G A 43.75 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.025428;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1207;QD=3.01754;RBI=0.0605196;REFB=-0.000768797;REVB=-0.0549184;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641264;STB=0.504576;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00114238;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:58:50:50:8:8:0.137931:3:5:31:19:3:5:31:19 chr6 146661624 . T C 203.3 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0116728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.754;QD=14.2663;RBI=0.0221419;REFB=-0.0102753;REVB=0.0188152;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183491;STB=0.591855;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0220467;OID=.;OPOS=146661624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:12:11:10:23:13:11:10:23 chr6 146755140 . G A 910.75 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8968;QD=56.9216;RBI=0.0451672;REFB=0;REVB=0.029406;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00811051;OID=.;OPOS=146755140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:56:64:1:22:34:0:0:29:35:0:0 chr6 146755324 . T C 670.1 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.541;QD=62.3345;RBI=0.0223719;REFB=0;REVB=0.0167291;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76384e-05;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:22:18:0:0:25:18:0:0 chr6 146755515 . T G 791.57 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.344;QD=56.5405;RBI=0.0413549;REFB=0;REVB=0.0127205;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94876e-05;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:32:22:0:0:33:23:0:0 chr6 146755560 . T G 70.64 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0419334;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5452;QD=6.5713;RBI=0.0568547;REFB=-0.0123949;REVB=-0.0383933;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229267;STB=0.648473;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0447453;OID=.;OPOS=146755560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:43:31:33:10:10:0.232558:7:3:15:16:7:3:16:17 chr6 146755842 . C A 1368.68 PASS AF=0.916667;AO=99;DP=108;FAO=99;FDP=108;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0668221;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.858;QD=50.692;RBI=0.0678139;REFB=-0.138891;REVB=0.0115556;RO=2;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150549;STB=0.523651;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000929044;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:108:108:2:9:99:99:0.916667:62:37:0:2:62:37:1:8 chr6 147054330 . A C 512.36 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0181733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.373;QD=26.966;RBI=0.0196693;REFB=-0.00362042;REVB=-0.00752412;RO=29;SAF=34;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189954;STB=0.604014;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00456378;OID=.;OPOS=147054330;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:13:34:14:15:13:34:14:15 chr6 147067093 . C T 870.92 PASS AF=0.65812;AO=77;DP=117;FAO=77;FDP=117;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0685817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6605;QD=29.7751;RBI=0.0693585;REFB=-0.0073965;REVB=-0.0103518;RO=40;SAF=45;SAR=32;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101799;STB=0.505493;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00325677;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:40:40:77:77:0.65812:32:45:24:16:32:45:24:16 chr6 147106841 . A G 151.43 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0777393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9728;QD=10.0955;RBI=0.0785179;REFB=-0.00295719;REVB=0.0110298;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294301;STB=0.5333;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00843416;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:10:10:20:18:10:10:22:18 chr6 147136212 . A T 1211.9 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.873;QD=59.8469;RBI=0.0492912;REFB=-0.0409949;REVB=0.00721541;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000194733;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:46:34:0:0:46:34:1:0 chr6 147136244 . A G 1127.91 PASS AF=1;AO=73;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9363;QD=58.5925;RBI=0.077148;REFB=-0.0390726;REVB=-0.00279586;RO=3;SAF=29;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467786;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:3:0:73:77:1:44:29:3:0:45:32:0:0 chr6 147830073 . C T 496.39 PASS AF=0.264706;AO=72;DP=273;FAO=72;FDP=272;FR=.;FRO=200;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=99;FSRR=101;FWDB=0.0351143;FXX=0.007299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.42;QD=7.29986;RBI=0.0386253;REFB=-0.010557;REVB=-0.0160905;RO=196;SAF=39;SAR=33;SRF=97;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580069;STB=0.534346;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0229421;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:196:200:72:72:0.264706:33:39:97:99:33:39:99:101 chr6 147886107 . C G 893.81 PASS AF=0.672414;AO=78;DP=117;FAO=78;FDP=116;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0117443;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8668;QD=30.8209;RBI=0.0381272;REFB=-0.0255112;REVB=0.0362733;RO=38;SAF=34;SAR=44;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255309;STB=0.513754;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0158382;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:38:38:78:78:0.672414:44:34:15:23:44:34:15:23 chr6 149068634 . G C 58.04 PASS AF=0.173913;AO=3;DP=71;FAO=12;FDP=69;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=52;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.071518;FXX=0.054787;HRUN=6;LEN=1;MLLD=20.401;QD=3.36442;RBI=0.180828;REFB=-0.0295976;REVB=0.166084;RO=33;SAF=0;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527022;STB=0.911061;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0996696;OID=.;OPOS=149068634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:71:69:33:52:3:12:0.173913:3:0:16:17:11:1:30:22 chr6 149721690 . G A 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.229;QD=60.5974;RBI=0.0293466;REFB=0;REVB=0.00962527;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178002;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr6 149721965 . T C 710.02 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0429;QD=54.6166;RBI=0.0230274;REFB=-0.0696447;REVB=0.0186977;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00198595;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr6 149722040 . A G 334.93 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6877;QD=53.5894;RBI=0.0343538;REFB=0;REVB=0.0243133;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125528;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr6 149953981 . C T 716.76 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0157899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.987;QD=32.5801;RBI=0.020367;REFB=-0.00873653;REVB=0.0128645;RO=27;SAF=31;SAR=29;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627662;STB=0.539321;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00365906;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:28:60:60:0.681818:29:31:11:16:29:31:11:17 chr6 149983216 . G A 278.44 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0291138;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.88;QD=31.8212;RBI=0.0537912;REFB=0.00875138;REVB=-0.0452314;RO=10;SAF=17;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941651;STB=0.545415;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0056084;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:36:35:10:11:23:24:0.685714:6:17:6:4:6:18:7:4 chr6 150004779 . A G 519.1 PASS AF=0.69697;AO=45;DP=65;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0037633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.089;QD=31.4604;RBI=0.00558075;REFB=-0.0231066;REVB=-0.00412096;RO=20;SAF=22;SAR=23;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136451;STB=0.569692;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0113524;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:20:20:45:46:0.69697:23:22:5:15:24:22:5:15 chr6 150067675 . A G 388.02 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00332556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.086;QD=26.7596;RBI=0.00481148;REFB=-0.0384587;REVB=0.00347721;RO=21;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799564;STB=0.543702;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0236945;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:22:15:11:10:22:15:11:10 chr6 150093678 . C T 236.04 PASS AF=0.807692;AO=19;DP=24;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.030245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.891;QD=36.3137;RBI=0.0397603;REFB=0.00109775;REVB=-0.0258093;RO=5;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520248;STB=0.529384;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00021157;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:26:5:5:19:21:0.807692:6:13:4:1:7:14:4:1 chr6 150093682 . C T 287.34 PASS AF=0.8;AO=23;DP=29;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0165152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1143;QD=38.3116;RBI=0.0289553;REFB=0.0812583;REVB=0.0237836;RO=6;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915903;STB=0.545418;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0235632;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:6:6:23:24:0.8:9:14:5:1:9:15:5:1 chr6 150114745 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0560946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.365;QD=23.0941;RBI=0.0609346;REFB=-0.00248115;REVB=-0.0237996;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127109;STB=0.571344;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00164906;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:7:5:10:7:7:5 chr6 150209717 . C G 439.98 PASS AF=0.701754;AO=39;DP=56;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0360467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1493;QD=30.8756;RBI=0.0502212;REFB=-0.000497865;REVB=0.0349687;RO=17;SAF=12;SAR=27;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102076;STB=0.557739;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000243268;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:17:17:39:40:0.701754:27:12:8:9:28:12:8:9 chr6 150210681 . G A 496.71 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00821147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.679;QD=26.1424;RBI=0.0082231;REFB=-0.00384784;REVB=0.000437207;RO=30;SAF=25;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103457;STB=0.556482;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00430362;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:21:25:12:18:21:25:12:18 chr6 150210685 . C T 468.09 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00902489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.567;QD=25.6488;RBI=0.0177677;REFB=-0.0389029;REVB=-0.015305;RO=29;SAF=23;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103928;STB=0.556771;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0183072;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:21:23:11:18:21:23:11:18 chr6 150210723 . C T 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.000218935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.373;QD=25.3394;RBI=0.00850182;REFB=0.00414024;REVB=0.008499;RO=25;SAF=21;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183013;STB=0.59995;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00144368;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:18:21:7:18:18:21:7:18 chr6 150211100 . T C 468.54 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0290275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0987;QD=31.7651;RBI=0.0308945;REFB=-0.0252887;REVB=0.010577;RO=17;SAF=28;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11238;STB=0.560946;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00585476;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:14:28:8:9:14:28:8:9 chr6 150211123 . A T 495.8 PASS AF=0.754386;AO=42;DP=56;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0130967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.144;QD=34.7932;RBI=0.0165018;REFB=-0.0332787;REVB=0.0100392;RO=14;SAF=28;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152085;STB=0.583512;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00709204;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:57:14:14:42:43:0.754386:14:28:5:9:14:29:5:9 chr6 150267527 . A C 791.17 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000983639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4677;QD=54.5633;RBI=0.139949;REFB=-0.0110455;REVB=0.139946;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.002012;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:27:29:1:0:28:29:1:0 chr6 150342232 . G A 290.84 PASS AF=0.269231;AO=42;DP=156;FAO=42;FDP=156;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=-0.0337728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2453;QD=7.45739;RBI=0.0343236;REFB=-0.00145371;REVB=0.00612454;RO=113;SAF=27;SAR=15;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985384;STB=0.555957;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00448398;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:113:114:42:42:0.269231:15:27:64:49:15:27:65:49 chr6 150346532 . T C 152.41 PASS AF=0.365385;AO=14;DP=47;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00787504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.982;QD=11.7237;RBI=0.0330779;REFB=-0.0388211;REVB=-0.0321268;RO=32;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29265;STB=0.526288;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0498355;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:32:33:14:19:0.365385:10:4:17:15:10:9:17:16 chr6 150385730 . T G 143.24 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00328901;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.161;QD=8.06995;RBI=0.028046;REFB=-0.00481799;REVB=0.0278525;RO=48;SAF=10;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173515;STB=0.605533;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0198531;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:48:51:20:20:0.28169:10:10:31:17:10:10:33:18 chr6 150690196 . C T 819.38 PASS AF=0.790123;AO=64;DP=81;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00451666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.598;QD=40.4632;RBI=0.0045212;REFB=-0.00287618;REVB=0.000202732;RO=17;SAF=32;SAR=32;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034612;STB=0.518513;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000642335;OID=.;OPOS=150690196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:17:17:64:64:0.790123:32:32:10:7:32:32:10:7 chr6 150716533 . T A 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00990148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.453;QD=4.63867;RBI=0.0152145;REFB=-0.00259445;REVB=-0.0115517;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112347;STB=0.575055;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00981857;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:4:5:19:22:4:5:19:22 chr6 150716696 . TG CA,CG 466.2 PASS AF=0.272727,0.727273;AO=9,24;DP=33;FAO=9,24;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=4,11;FSAR=5,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118479,0.0132815;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.173,163.535;QD=56.5088;RBI=0.0471145,0.0497055;REFB=0,0;REVB=0.0456004,0.0478982;RO=0;SAF=4,11;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00547731,0.00296087;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:33:33:0:0:9,24:9,24:0.272727,0.727273:5,13:4,11:0:0:5,13:4,11:0:0 chr6 150717640 . T C 229.69 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0106337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.549;QD=9.0967;RBI=0.0114761;REFB=-0.00203668;REVB=-0.00431564;RO=68;SAF=19;SAR=11;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19397;STB=0.619348;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00703707;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:68:71:30:30:0.29703:11:19:32:36:11:19:33:38 chr6 150722187 . TG CA,CG 1468.16 PASS AF=0.212121,0.777778;AO=21,75;DP=100;FAO=21,77;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=12,36;FSAR=9,41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0515838,0.0478687;FXX=0.009999;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=125.704,136.756;QD=59.3196;RBI=0.0539932,0.0721086;REFB=-0.1164,-0.104876;REVB=0.015949,0.0539281;RO=1;SAF=12,36;SAR=9,39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0485363,0.0119781;STB=0.526291,0.506023;STBP=0.292,0.524;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0121966,0.00830831;OID=.,.;OPOS=150722187,150722187;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:100:99:1:1:21,75:21,77:0.212121,0.777778:9,39:12,36:0:1:9,41:12,36:0:1 chr6 151121915 . G A 1372.97 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141361;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.21;QD=61.7066;RBI=0.0138806;REFB=-0.0143229;REVB=0.0138085;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400816;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:89:1:0:88:89:1:42:46:0:1:43:46:0:0 chr6 151152059 . G A 105.71 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0484435;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2986;QD=10.0676;RBI=0.0485303;REFB=0.0146111;REVB=-0.00290043;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633165;STB=0.561949;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0288708;OID=.;OPOS=151152059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:31:29:13:13:0.309524:7:6:16:15:7:6:16:13 chr6 151152656 . T C 150.21 PASS AF=0.287671;AO=19;DP=72;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00275377;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.965;QD=8.23092;RBI=0.0143946;REFB=-0.00121764;REVB=-0.0141287;RO=50;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260702;STB=0.511811;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00298381;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:52:19:21:0.287671:8:11:30:20:8:13:33:19 chr6 151161018 . A G 93.1 PASS AF=0.292683;AO=10;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0109956;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.378;QD=9.0833;RBI=0.013827;REFB=-0.0249684;REVB=0.00838351;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226355;STB=0.609981;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0756996;OID=.;OPOS=151161018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:40:41:29:29:10:12:0.292683:7:3:14:15:8:4:14:15 chr6 151164764 . C T 644.81 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0218207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.946;QD=32.2406;RBI=0.0283023;REFB=-0.0214417;REVB=-0.0180243;RO=25;SAF=30;SAR=25;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084112;STB=0.545438;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00750953;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:25:25:55:55:0.6875:25:30:10:15:25:30:10:15 chr6 151336739 . C G 2240.27 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4333;QD=62.2298;RBI=0.0193591;REFB=-0.00366789;REVB=-0.0132758;RO=1;SAF=89;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888694;STB=0.504587;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000110751;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:142:143:0.993056:53:89:0:1:54:89:0:1 chr6 151669875 . A G 35.05 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0162052;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.133;QD=4.24899;RBI=0.0250083;REFB=-0.00361759;REVB=-0.0190475;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065817;STB=0.564994;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0122351;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:33:26:27:6:6:0.181818:2:4:16:10:2:4:16:11 chr6 151670172 . A C 61.53 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0312264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2922;QD=7.45868;RBI=0.0356668;REFB=-0.000936669;REVB=0.0172345;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399941;STB=0.730292;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0063673;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:7:16:3:6:8:16 chr6 151670897 . T C 141.85 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.029443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.576;QD=6.5219;RBI=0.036071;REFB=-0.0107949;REVB=0.020838;RO=66;SAF=3;SAR=18;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554245;STB=0.842127;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0226259;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:18:3:38:28:18:3:38:28 chr6 151674116 . T TGAG 56.52 PASS AF=0.204545;AO=8;DP=45;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000390471;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.698;QD=5.13811;RBI=0.00634184;REFB=-0.00403802;REVB=-0.00632981;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868535;STB=0.512792;STBP=0.956;TYPE=ins;VARB=0.0331293;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545:8:45:9:44:35:4:5:15:20:56:35:4:4:15:20 chr6 151674326 . A C 51.54 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.033743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6478;QD=5.89043;RBI=0.0354901;REFB=-0.0335239;REVB=-0.010998;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202667;STB=0.635967;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.104758;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:1:7:21:6:1:7:21:6 chr6 151766552 . G A 1389.3 PASS AF=0.722222;AO=116;DP=162;FAO=117;FDP=162;FR=.;FRO=45;FSAF=40;FSAR=77;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00252595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.836;QD=34.3038;RBI=0.0109065;REFB=-0.0192398;REVB=0.01061;RO=45;SAF=40;SAR=76;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189197;STB=0.511001;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0112272;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:45:45:116:117:0.722222:76:40:17:28:77:40:17:28 chr6 151859314 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.245;QD=56.7055;RBI=0.0581629;REFB=0;REVB=0.0437804;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4327e-05;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr6 151894505 . T C 753.19 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0855;QD=61.4852;RBI=0.0705464;REFB=-0.0394044;REVB=-0.0690345;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816314;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000870581;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:1:47:48:0.979592:23:24:1:1:24:24:1:0 chr6 151936677 . G A 449.42 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0104058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.694;QD=29.9616;RBI=0.0351739;REFB=-0.00193793;REVB=-0.0335994;RO=19;SAF=24;SAR=17;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352221;STB=0.519125;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000769055;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:17:24:10:9:17:24:10:9 chr6 151939181 . G A 627.14 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0223618;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.797;QD=52.2614;RBI=0.022369;REFB=-0.00522271;REVB=-0.000564726;RO=5;SAF=19;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311076;STB=0.516626;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00109954;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:48:5:5:43:43:0.895833:24:19:3:2:24:19:3:2 chr6 152129077 . T C 283.47 PASS AF=0.267123;AO=39;DP=148;FAO=39;FDP=146;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.0146008;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.008;QD=7.76632;RBI=0.0307602;REFB=-0.0038216;REVB=-0.027074;RO=102;SAF=23;SAR=16;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142189;STB=0.507777;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00918655;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:102:107:39:39:0.267123:16:23:59:43:16:23:62:45 chr6 152130272 . A T 684.65 PASS AF=0.830769;AO=53;DP=66;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0134074;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5699;QD=42.132;RBI=0.0185361;REFB=-0.0907025;REVB=0.0127996;RO=10;SAF=20;SAR=33;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690063;STB=0.531238;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0183095;OID=.;OPOS=152130272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:66:65:10:11:53:54:0.830769:33:20:6:4:34:20:6:5 chr6 152201875 . T C 1419.95 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370668;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.713;QD=62.4154;RBI=0.00430783;REFB=0;REVB=-0.00219499;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215405;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:89:91:1:49:40:0:0:51:40:0:0 chr6 152420095 . G A 508.45 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00700291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.773;QD=56.4945;RBI=0.0355157;REFB=-0.0597649;REVB=0.0348184;RO=1;SAF=26;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017657;STB=0.509429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000559155;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:9:26:1:0:9:26:1:0 chr6 152422335 . C T 1641.88 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.335;QD=60.2525;RBI=0.0384746;REFB=0;REVB=0.0374105;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26113e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr6 152464839 . A G 1037.21 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00551218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.152;QD=56.8336;RBI=0.0117288;REFB=-0.0251838;REVB=0.0103528;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504941;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000232583;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:0:2:71:71:0.972603:24:47:0:0:24:47:1:1 chr6 152489294 . T C 327.44 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0190352;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.135;QD=42.2508;RBI=0.0333578;REFB=-0.00248086;REVB=0.0273935;RO=5;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184491;STB=0.522371;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000824389;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:32:31:5:5:26:26:0.83871:12:14:3:2:12:14:2:3 chr6 152534768 . C T 754.72 PASS AF=0.704545;AO=62;DP=88;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0231968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.546;QD=34.3055;RBI=0.0475658;REFB=-0.0248606;REVB=-0.0415261;RO=22;SAF=33;SAR=29;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104066;STB=0.532248;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00953981;OID=.;OPOS=152534768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:22:26:62:62:0.704545:29:33:7:15:29:33:11:15 chr6 152540278 . A C 1249.05 PASS AF=0.878788;AO=87;DP=99;FAO=87;FDP=99;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00475882;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.615;QD=50.4666;RBI=0.0138346;REFB=-0.0564159;REVB=-0.0129904;RO=12;SAF=39;SAR=48;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501512;STB=0.526605;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00104171;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:12:12:87:87:0.878788:48:39:8:4:48:39:8:4 chr6 152647681 . A T 1102.11 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7749;QD=58.779;RBI=0.0300634;REFB=-0.0311592;REVB=-0.0224914;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0024249;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:0:1:36:38:0:1 chr6 152650903 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.521;QD=59.435;RBI=0.0410684;REFB=0;REVB=0.0285729;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178011;OID=.;OPOS=152650903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr6 152652034 . A T 976.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.981;QD=57.4337;RBI=0.0422294;REFB=0.0324994;REVB=0.018821;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000663421;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:0:1:32:35:0:1 chr6 152652599 . G A 1362.62 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132067;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.217;QD=61.2412;RBI=0.0334285;REFB=-0.0750988;REVB=0.0307091;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126348;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000118915;OID=.;OPOS=152652599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:37:51:0:1:37:51:0:1 chr6 152658141 . CT AC 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116933;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.066;QD=55.6482;RBI=0.0166702;REFB=0;REVB=0.0118811;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.63658e-07;OID=.;OPOS=152658141;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 152665261 . C A 1362.43 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000203953;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.133;QD=62.6407;RBI=0.00043009;REFB=0;REVB=0.000378656;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40453e-07;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr6 152671865 . T G 136.21 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0161409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.212;QD=5.5033;RBI=0.0262054;REFB=-0.010752;REVB=0.0206444;RO=75;SAF=10;SAR=11;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456478;STB=0.511572;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0279827;OID=.;OPOS=152671865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:75:78:21:21:0.212121:11:10:33:42:11:10:36:42 chr6 152675854 . A G 2149.15 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.79;QD=62.2941;RBI=0.0354315;REFB=0;REVB=0.0221249;RO=0;SAF=54;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130188;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:138:0:0:130:138:1:76:54:0:0:77:61:0:0 chr6 152683413 . G T 1102.07 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506482;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.717;QD=60.3872;RBI=0.0144726;REFB=0;REVB=-0.0135574;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58697e-05;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr6 152694184 . T C 1305.08 PASS AF=0.717241;AO=104;DP=146;FAO=104;FDP=145;FR=.;FRO=41;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00557032;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.794;QD=36.0022;RBI=0.0547599;REFB=-0.030536;REVB=0.0544758;RO=41;SAF=53;SAR=51;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013624;STB=0.50073;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00691502;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:41:41:104:104:0.717241:51:53:21:20:51:53:21:20 chr6 152708310 . G A 410.48 PASS AF=0.292553;AO=52;DP=185;FAO=55;FDP=188;FR=.;FRO=133;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=0.00221768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.166;QD=8.73367;RBI=0.0107693;REFB=-0.000519191;REVB=-0.0105385;RO=133;SAF=25;SAR=27;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920197;STB=0.572726;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00109678;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:133:133:52:55:0.292553:27:25:54:79:27:28:54:79 chr6 153296541 . G C 631.58 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3021;QD=61.6174;RBI=0.0734652;REFB=0;REVB=-0.0380863;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000867467;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 153315921 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.245;QD=62.3502;RBI=0.0436847;REFB=0;REVB=-0.0170652;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253407;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 153323594 . C T 1638.64 PASS AF=0.94958;AO=110;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0401547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.102;QD=55.0802;RBI=0.040328;REFB=-0.0164443;REVB=-0.00373504;RO=6;SAF=54;SAR=56;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498768;STB=0.524996;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000253987;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:119:6:6:110:113:0.94958:56:54:6:0:56:57:6:0 chr6 153323709 . T C 179.78 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148069;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3879;QD=47.9425;RBI=0.148491;REFB=0;REVB=-0.011179;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00251789;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr6 153365100 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.844;QD=58.0607;RBI=0.0161974;REFB=0;REVB=0.0144881;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93479e-05;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr6 154360797 . A G 981.65 PASS AF=0.623188;AO=86;DP=137;FAO=86;FDP=138;FR=.;FRO=52;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00136027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.018;QD=28.4536;RBI=0.0367593;REFB=-0.0094824;REVB=-0.0367341;RO=51;SAF=49;SAR=37;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145274;STB=0.504633;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00555515;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:51:52:86:86:0.623188:37:49:28:23:37:49:29:23 chr6 154414446 . A T 2268.07 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.034688;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.165;QD=62.139;RBI=0.0685551;REFB=0.0482197;REVB=-0.0591317;RO=1;SAF=76;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621627;STB=0.506493;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000278511;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:146:1:2:144:144:0.986301:68:76:1:0:68:76:2:0 chr6 154414563 . A G 757.18 PASS AF=0.981818;AO=48;DP=50;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.598;QD=55.0675;RBI=0.0540111;REFB=0.00501071;REVB=0.0164107;RO=1;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136387;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-1.92031e-06;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:55:1:1:48:54:0.981818:34:14:0:1:34:20:0:1 chr6 154414573 . C T 804.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6353;QD=64.3436;RBI=0.11634;REFB=0;REVB=0.0285767;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017062;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr6 154763401 . G A 125.21 PASS AF=0.228916;AO=20;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.048929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0443;QD=6.03427;RBI=0.0495966;REFB=0.00589202;REVB=0.00811002;RO=60;SAF=6;SAR=14;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216034;STB=0.692302;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0193089;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:64:20:19:0.228916:14:6:28:32:14:5:32:32 chr6 154771277 . A G 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5582;QD=60.3731;RBI=0.0190267;REFB=0;REVB=0.012625;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136985;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr6 155485554 . G A 1065.11 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561386;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1076;QD=60.006;RBI=0.0263881;REFB=0;REVB=-0.0257841;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05982e-05;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:22:49:0:0 chr6 155561760 . T C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.118;QD=58.5958;RBI=0.0385775;REFB=0;REVB=0.038445;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86801e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 155574094 . C T 135.05 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0329938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7638;QD=7.0158;RBI=0.0342167;REFB=-0.000426306;REVB=0.00906604;RO=56;SAF=6;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291553;STB=0.683191;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00135466;OID=.;OPOS=155574094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:57:20:20:0.25974:14:6:30:26:14:6:31:26 chr6 155577823 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.285;QD=59.0186;RBI=0.0188401;REFB=0;REVB=0.0141414;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38653e-06;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr6 155578592 . A AT 430.92 PASS AF=1;AO=11;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117105;FXX=0.0253133;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.94654;QD=22.3853;RBI=0.0645233;REFB=-0.0460764;REVB=-0.0634518;RO=64;SAF=6;SAR=5;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00319882;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:79:77:77:0:46:31:0:0:5:64:6:5:35:29 chr6 155578598 . TA T,TT 1081.06 PASS AF=0.0128205,0.987179;AO=10,63;DP=79;FAO=1,77;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322006,0.0763371;FXX=0.0126566;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.7811,27.8402;QD=55.4387;RBI=0.134094,0.0867409;REFB=0,0;REVB=-0.13017,-0.0411901;RO=1;SAF=6,37;SAR=4,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.314935,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0687795,-0.012593;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0160002,0.0145254;OID=.,.;OPOS=155578599,155578599;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0128205,0.987179:10,63:79:1,77:78:0:0,46:1,31:0:0:4:1:6,37:4,26:1:0 chr6 155578756 . A T 871.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130584;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.621;QD=58.083;RBI=0.0338208;REFB=0;REVB=-0.0311981;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259741;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr6 155596901 . T C,G 993.57 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=61,7;DP=68;FAO=63,6;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43,5;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100446,-0.011051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=271.848,232.936;QD=57.5984;RBI=0.0277717,0.0344683;REFB=0,0;REVB=0.0258915,0.0326487;RO=0;SAF=41,6;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.14674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00473314,0.042564;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:68:69:0:0:61,7:63,6:0.913043,0.0869565:20,1:41,6:0:0:20,1:43,5:0:0 chr6 155597147 . C T 1553.18 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.386;QD=62.7549;RBI=0.0193929;REFB=0.0490245;REVB=0.0107172;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00013031;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:56:42:0:0:56:42:1:0 chr6 155606325 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.933;QD=63.0523;RBI=0.00924071;REFB=0;REVB=0.0091207;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91662e-06;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr6 155750035 . C T 727.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5442;QD=63.2405;RBI=0.0347448;REFB=0;REVB=0.03431;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128598;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:12:33:0:0:12:34:0:0 chr6 157405930 . G A 1492.05 PASS AF=0.73494;AO=122;DP=165;FAO=122;FDP=166;FR=.;FRO=44;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0134326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.394;QD=35.9531;RBI=0.0189154;REFB=0.00917531;REVB=0.0133175;RO=43;SAF=73;SAR=49;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085949;STB=0.508293;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00226132;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:43:44:122:122:0.73494:49:73:25:18:49:73:25:19 chr6 157801040 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.052;QD=59.4356;RBI=0.0501115;REFB=0;REVB=-0.0123037;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71132e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:34:1:0:0:34:1:0:0 chr6 157801186 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.584;QD=47.8224;RBI=0.0274741;REFB=0;REVB=0.0177937;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170414;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr6 157801516 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.139;QD=62.9081;RBI=0.0220903;REFB=0;REVB=0.0196878;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40248e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:31:59:0:0:31:59:0:0 chr6 157963743 . G A 145.9 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00245922;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.911;QD=7.29508;RBI=0.0108947;REFB=-0.00183178;REVB=0.0106135;RO=54;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949971;STB=0.523787;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00337678;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:54:59:21:21:0.2625:10:11:24:30:10:11:29:30 chr6 158132992 . G A 1153.45 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3657;QD=60.7078;RBI=0.0290883;REFB=0;REVB=-0.00157537;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207621;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr6 158133074 . A AT 627.61 PASS AF=1;AO=56;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368345;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7104;QD=42.5497;RBI=0.07906;REFB=0;REVB=0.069955;RO=4;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0031322;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:61:59:59:0:32:27:0:0:11:4:30:26:2:2 chr6 158497717 . T C 613.73 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0421745;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.199;QD=57.0907;RBI=0.0546333;REFB=-0.0870427;REVB=-0.034729;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493148;STB=0.526303;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00195469;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:2:0:23:18:2:0 chr6 158499302 . G T 1321.31 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.801;QD=62.1793;RBI=0.0398101;REFB=0;REVB=0.0228115;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109312;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chr6 158505088 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.118;QD=63.1954;RBI=0.0196207;REFB=0;REVB=-0.0102424;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23125e-06;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr6 158507981 . G A 687.12 PASS AF=0.938776;AO=43;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0210223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2896;QD=56.0911;RBI=0.030236;REFB=-0.046273;REVB=0.021732;RO=2;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335232;STB=0.50373;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00658368;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:2:3:43:46:0.938776:27:16:0:2:28:18:1:2 chr6 158509750 . A G 922.56 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1791;QD=58.5754;RBI=0.174444;REFB=0;REVB=0.0277018;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200835;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:56:63:1:34:22:0:0:34:29:0:0 chr6 158517308 . A G 174.08 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1314;QD=46.4212;RBI=0.122741;REFB=0;REVB=0.0727016;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456884;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:11:4:0:0 chr6 158571501 . G A 160.16 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0329772;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6233;QD=10.3328;RBI=0.0800259;REFB=-0.00136499;REVB=-0.0729154;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280493;STB=0.663513;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00244407;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:41:21:21:0.33871:13:8:26:15:13:8:26:15 chr6 158735087 . C T 97.82 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0238868;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0214;QD=6.01979;RBI=0.0296062;REFB=0.00830908;REVB=0.0174914;RO=49;SAF=6;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18448;STB=0.62179;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0206686;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:66:65:49:50:15:15:0.230769:9:6:27:22:9:6:28:22 chr6 158735090 . T C 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0150442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.132;QD=5.49698;RBI=0.0398096;REFB=-0.00874329;REVB=-0.0368575;RO=53;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158765;STB=0.599867;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0340781;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:9:6:28:25:9:6:28:25 chr6 158870081 . A G 84.13 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00089677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.21;QD=3.9129;RBI=0.051277;REFB=9.41889e-05;REVB=-0.0512691;RO=71;SAF=7;SAR=8;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683331;STB=0.544832;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00269899;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:71:71:15:15:0.174419:8:7:37:34:8:7:37:34 chr6 158923434 . G C 113.17 PASS AF=0.236842;AO=17;DP=75;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0394197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8255;QD=5.95614;RBI=0.0589388;REFB=-0.0217653;REVB=-0.0438163;RO=55;SAF=12;SAR=5;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728904;STB=0.545402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0628364;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:58:17:18:0.236842:5:12:36:19:5:13:39:19 chr6 158924088 . T C 620.4 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058186;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.9;QD=62.0397;RBI=0.0835353;REFB=0;REVB=0.0833324;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106904;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:17:23:0:0 chr6 158932817 . G C 103.52 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0178271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3972;QD=9.85888;RBI=0.0185609;REFB=0.0014966;REVB=-0.00516744;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552878;STB=0.533283;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00308337;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:17:12:6:7:17:12 chr6 159065758 . C G 55.04 PASS AF=0.173077;AO=8;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0451407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.178;QD=4.23417;RBI=0.0451928;REFB=-0.0197004;REVB=-0.00217091;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193367;STB=0.666297;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0824164;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:52:43:43:8:9:0.173077:3:5:20:23:3:6:20:23 chr6 159178345 . C T 995.24 PASS AF=0.945946;AO=66;DP=72;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0505614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0818;QD=53.7969;RBI=0.0551113;REFB=-0.0510692;REVB=0.0219272;RO=4;SAF=28;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357182;STB=0.518572;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00537125;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:74:4:4:66:70:0.945946:38:28:3:1:41:29:3:1 chr6 159398633 . T C 782.5 PASS AF=0.656566;AO=64;DP=99;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00371971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.129;QD=31.616;RBI=0.0191406;REFB=-0.0664093;REVB=0.0187757;RO=33;SAF=37;SAR=27;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595165;STB=0.529608;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0344205;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:33:34:64:65:0.656566:27:37:16:17:27:38:17:17 chr6 159398700 . C T 934.32 PASS AF=0.724771;AO=78;DP=110;FAO=79;FDP=109;FR=.;FRO=30;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00447756;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.039;QD=34.2868;RBI=0.00483844;REFB=-0.0084265;REVB=0.00183356;RO=30;SAF=48;SAR=30;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620633;STB=0.530634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00261443;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:30:30:78:79:0.724771:30:48:15:15:31:48:15:15 chr6 159398764 . G A 959.92 PASS AF=0.784946;AO=73;DP=93;FAO=73;FDP=93;FR=.;FRO=20;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0367492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8838;QD=41.287;RBI=0.0424641;REFB=0.0307289;REVB=0.0212767;RO=20;SAF=39;SAR=34;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063713;STB=0.503404;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0118874;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:20:20:73:73:0.784946:34:39:11:9:34:39:11:9 chr6 159399348 . A G 398.27 PASS AF=0.695652;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0192991;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.611;QD=34.6321;RBI=0.0206678;REFB=-0.0326077;REVB=0.00739607;RO=14;SAF=19;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147879;STB=0.572557;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0186944;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:14:14:31:32:0.695652:12:19:5:9:13:19:5:9 chr6 159407446 . C T 738.9 PASS AF=0.659574;AO=62;DP=94;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00627071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.912;QD=31.4427;RBI=0.0168746;REFB=-0.000389299;REVB=-0.0156663;RO=31;SAF=30;SAR=32;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059615;STB=0.52674;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000157827;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:31:32:62:62:0.659574:32:30:18:13:32:30:18:14 chr6 159414899 . T C 481.88 PASS AF=0.75;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.561;QD=34.4198;RBI=0.0285243;REFB=-0.0239334;REVB=0.0072026;RO=14;SAF=20;SAR=22;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441054;STB=0.523798;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00559756;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:14:14:42:42:0.75:22:20:8:6:22:20:8:6 chr6 159420574 . T C 248.51 PASS AF=0.676471;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0156206;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9194;QD=29.2359;RBI=0.0539164;REFB=-0.0353321;REVB=0.0516041;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414906;STB=0.537243;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0212453;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:35:34:11:11:21:23:0.676471:9:12:7:4:11:12:7:4 chr6 159650978 . A G 1608.8 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107422;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.545;QD=60.1422;RBI=0.0362309;REFB=0;REVB=-0.0346018;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83502e-05;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:46:61:0:0:46:61:0:0 chr6 159670100 . A G 222.38 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.011805;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.508;QD=40.4321;RBI=0.0430906;REFB=-0.0570138;REVB=0.041442;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.56515;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00445116;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:0:3:19:19:0.863636:9:10:0:0:9:10:3:0 chr6 159692405 . C T 2326.49 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0359345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.388;QD=62.878;RBI=0.0461054;REFB=-0.116325;REVB=0.0288864;RO=0;SAF=90;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000363048;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:147:147:0.993243:57:90:0:0:56:91:0:1 chr6 160234625 . G C 1660.93 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3129;QD=59.3191;RBI=0.0628901;REFB=-0.0356869;REVB=0.0575789;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000412797;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:57:53:1:0:58:53:1:0 chr6 160328620 . C T 166.6 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.009679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.859;QD=31.7331;RBI=0.031665;REFB=-0.00157255;REVB=-0.0301494;RO=5;SAF=14;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419574;STB=0.736485;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00075222;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:2:14:1:4:2:14:1:4 chr6 160448324 . C G 455.24 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00306576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6587;QD=28.4527;RBI=0.0186373;REFB=-0.0106104;REVB=-0.0183834;RO=20;SAF=14;SAR=28;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224697;STB=0.523798;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00683019;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:22:42:42:0.65625:28:14:6:14:28:14:6:16 chr6 160453978 . A G,T 717.17 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=46,3;DP=49;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224797,-0.00896783;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.691,120.52;QD=56.2482;RBI=0.0419701,0.0236172;REFB=0,0;REVB=0.0354422,0.0218484;RO=0;SAF=32,2;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00375969,0.106847;OID=.,.;OPOS=160453978,160453978;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:49:51:0:0:46,3:48,3:0.941176,0.0588235:14,1:32,2:0:0:15,1:33,2:0:0 chr6 160464289 . G A 2105.67 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.14;QD=61.9316;RBI=0.0324199;REFB=-0.0920135;REVB=0.0231135;RO=1;SAF=62;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760554;STB=0.503999;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000136549;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:73:62:1:0:73:62:1:0 chr6 160468278 . A G 492.74 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0188905;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8253;QD=29.4176;RBI=0.0690675;REFB=-0.00346616;REVB=0.0664339;RO=23;SAF=27;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088066;STB=0.547914;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00450837;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:23:23:44:44:0.656716:17:27:11:12:17:27:11:12 chr6 160494409 . A G 1685.18 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.378;QD=60.1851;RBI=0.0301415;REFB=0;REVB=0.0272823;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11706e-05;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:57:53:0:0:59:53:0:0 chr6 160505199 . C G 775.62 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769998;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.29;QD=63.3157;RBI=0.0780393;REFB=0;REVB=0.012695;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239137;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:47:49:1:24:23:1:0:24:25:0:0 chr6 160505207 . A G 281.95 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0106041;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.375;QD=27.5074;RBI=0.0164402;REFB=-0.0151783;REVB=0.0125631;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743373;STB=0.525876;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0100655;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:16:25:25:0.609756:14:11:5:10:14:11:6:10 chr6 160517481 . C T 1424.98 PASS AF=0.75;AO=109;DP=146;FAO=111;FDP=148;FR=.;FRO=37;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0100654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.981;QD=38.513;RBI=0.0127675;REFB=-0.0343793;REVB=0.0078547;RO=37;SAF=57;SAR=52;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212427;STB=0.509054;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0117303;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:37:37:109:111:0.75:52:57:21:16:52:59:21:16 chr6 160524764 . CTTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTA 235.09 PASS AF=0.111111,0.222222,0.666667;AO=3,4,14;DP=27;FAO=3,6,18;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5,11;FSAR=1,1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621285,0.125578,0.0647988;FXX=0;HRUN=9,9,9;LEN=2,1,1;MLLD=8.47192,6.57332,22.6755;QD=34.8285;RBI=0.0706588,0.140651,0.0667185;REFB=-0.110952,-0.118008,-0.0589295;REVB=-0.0336557,-0.0633465,-0.0158892;RO=2;SAF=2,3,8;SAR=1,1,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.272699,-0.210252,-0.100822;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.040997,0.0256663,0.0222257;OID=.,.,.;OPOS=160524765,160524765,160524773;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.111111,0.222222,0.666667:3,4,14:27:3,6,18:27:0:2,5,11:1,1,7:0:0:21:2:2,3,8:1,1,6:2:0 chr6 160526904 . TCAAA T 298.83 PASS AF=0.757576;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0140991;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.036;QD=36.2216;RBI=0.0142277;REFB=-0.0085883;REVB=-0.0019084;RO=9;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227832;STB=0.596936;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.0026476;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.757576:24:35:25:33:8:9:16:6:2:54:9:8:16:7:2 chr6 160543122 . GTC G,GC,GCC 599.18 PASS AF=0,0.857143,0;AO=7,28,19;DP=64;FAO=0,54,0;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=0,30,0;FSAR=0,24,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.13848,-0.0404966,0.097343;FXX=0.0156226;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=16.3579,27.5983,24.4074;QD=38.0431;RBI=0.214979,0.0406705,0.190645;REFB=-0.179652,-0.0412887,0.132208;REVB=0.164436,-0.00375729,-0.16392;RO=9;SAF=7,19,4;SAR=0,9,15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.826496,0.260765,0.0924767;STB=0.5,0.563357,0.5;STBP=1,0.016,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00590297,0.0739303;OID=.,.,.;OPOS=160543123,160543123,160543123;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.857143,0:7,28,19:64:0,54,0:63:9:0,30,0:0,24,0:1:8:45:9:7,19,4:0,9,15:1:8 chr6 160551204 . G C 1575.24 PASS AF=0.990909;AO=103;DP=105;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520555;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.443;QD=57.2816;RBI=0.0561906;REFB=-0.0789437;REVB=0.0211568;RO=1;SAF=38;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123222;STB=0.505746;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00114279;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:110:1:1:103:109:0.990909:65:38:1:0:66:43:1:0 chr6 160560845 . A G 726.49 PASS AF=0.645833;AO=60;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0394317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.292;QD=30.2702;RBI=0.0400954;REFB=-0.0261283;REVB=0.0072651;RO=34;SAF=38;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112227;STB=0.510573;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0113824;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:34:34:60:62:0.645833:22:38:21:13:22:40:21:13 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 241.51 PASS AF=0.5;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00398906;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=8;MLLD=235.352;QD=18.578;RBI=0.00418451;REFB=0.00655214;REVB=0.00126394;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167394;STB=0.615296;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=-0.00540489;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:25:47:26:52:26:10:16:16:10:99:15:9:16:9:6 chr6 160645832 . C T 68.18 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.103657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.129;QD=5.56572;RBI=0.104601;REFB=-0.00147763;REVB=-0.0140244;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114632;STB=0.575186;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00586905;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:7:3:15:24:7:3:15:24 chr6 160670282 . A C 3956.07 PASS AF=0.984733;AO=256;DP=261;FAO=258;FDP=262;FR=.;FRO=4;FSAF=123;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0172371;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.709;QD=60.398;RBI=0.049537;REFB=-0.052916;REVB=0.0464413;RO=3;SAF=121;SAR=135;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116704;STB=0.504179;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000155833;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:261:262:3:4:256:258:0.984733:135:121:3:0:135:123:3:1 chr6 160858188 . G A 705.61 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00894452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.669;QD=27.4023;RBI=0.0105452;REFB=-0.00822024;REVB=-0.00558536;RO=38;SAF=30;SAR=35;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044166;STB=0.523945;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00426151;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:38:65:65:0.631068:35:30:20:18:35:30:20:18 chr6 160872151 . C T 730.72 PASS AF=0.677778;AO=61;DP=90;FAO=61;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0101363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.277;QD=32.4764;RBI=0.0106695;REFB=-0.0411804;REVB=0.00333076;RO=29;SAF=26;SAR=35;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013413;STB=0.507244;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0150611;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:29:29:61:61:0.677778:35:26:13:16:35:26:13:16 chr6 160874438 . C T 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00143263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.497;QD=6.26142;RBI=0.0367163;REFB=0.00104762;REVB=0.0366884;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443974;STB=0.794232;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00184466;OID=.;OPOS=160874438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:10:11:6:1:10:11 chr6 160952838 . G A 296.0 PASS AF=0.197719;AO=52;DP=262;FAO=52;FDP=263;FR=.;FRO=211;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=111;FSRR=100;FWDB=-0.0106357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.21;QD=4.50186;RBI=0.0180867;REFB=-0.00518503;REVB=-0.0146291;RO=208;SAF=35;SAR=17;SRF=109;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198229;STB=0.622576;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0301824;OID=.;OPOS=160952838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:208:211:52:52:0.197719:17:35:109:99:17:35:111:100 chr6 160969629 . A G 1679.74 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929003;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1688;QD=60.5311;RBI=0.0373562;REFB=0;REVB=-0.0361826;RO=0;SAF=38;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7805e-05;OID=.;OPOS=160969629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:73:38:0:0:73:38:0:0 chr6 161007496 . G C 1175.29 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.454;QD=59.5081;RBI=0.0859967;REFB=-0.084516;REVB=0.0362672;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0007556;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:0:1:77:78:0.987342:50:27:0:0:51:27:1:0 chr6 161007538 . G C 1319.98 PASS AF=0.940594;AO=94;DP=101;FAO=95;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=70;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0342306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.16;QD=52.2766;RBI=0.0426473;REFB=-0.0973509;REVB=0.0254374;RO=2;SAF=24;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378766;STB=0.55356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00341048;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:101:101:2:6:94:95:0.940594:70:24:2:0:70:25:6:0 chr6 161032668 . A G 649.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.592;QD=61.8821;RBI=0.0412817;REFB=0;REVB=0.0365062;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146231;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr6 161173946 . T G 363.77 PASS AF=0.227451;AO=54;DP=251;FAO=58;FDP=255;FR=.;FRO=197;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=112;FSRR=85;FWDB=0.0177549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.534;QD=5.70623;RBI=0.0177624;REFB=-0.00535315;REVB=-0.000516062;RO=193;SAF=35;SAR=19;SRF=112;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914972;STB=0.585674;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0174241;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:255:193:197:54:58:0.227451:19:35:112:81:19:39:112:85 chr6 161469774 . G A 731.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303695;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5272;QD=63.589;RBI=0.0530391;REFB=0;REVB=-0.0434838;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456915;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr6 161538250 . G A 185.35 PASS AF=0.177083;AO=34;DP=192;FAO=34;FDP=192;FR=.;FRO=158;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.0244116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.718;QD=3.86149;RBI=0.0247653;REFB=-0.00708178;REVB=-0.00417046;RO=154;SAF=19;SAR=15;SRF=79;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591334;STB=0.532965;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.05244;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:154:158:34:34:0.177083:15:19:79:75:15:19:82:76 chr6 161575165 . T G 753.73 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0186445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.244;QD=24.5114;RBI=0.0451418;REFB=-0.0376476;REVB=0.0411116;RO=52;SAF=38;SAR=33;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116399;STB=0.563395;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0178484;OID=.;OPOS=161575165;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:52:71:71:0.577236:33:38:20:32:33:38:20:32 chr6 161582051 . CAC CACGTGGGAGTGA,TGA 190.38 PASS AF=0.4,0.04;AO=16,2;DP=54;FAO=20,2;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10,2;FSAR=10,0;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.00834648,-0.0256362;FXX=0.0565931;HRUN=1,1;LEN=10,3;MLLD=188.647,343.506;QD=15.2305;RBI=0.0417727,0.0479729;REFB=-0.0156314,-0.0122692;REVB=0.0409304,0.0405486;RO=30;SAF=9,2;SAR=7,0;SRF=25;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.327295,0.346358;STB=0.708161,0.991432;STBP=0.04,0.431;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0161386,0.0247877;OID=.,.;OPOS=161582054,161582051;OREF=-,CAC;OALT=GTGGGAGTGA,TGA;OMAPALT=CACGTGGGAGTGA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:30:28:16,2:20,2:0.4,0.04:7,0:9,2:25:5:10,0:10,2:24:4 chr6 161582535 . T C 141.53 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00292314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.747;QD=21.7733;RBI=0.0199161;REFB=-0.0097336;REVB=-0.0197004;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.543983;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00802299;OID=.;OPOS=161582535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:26:10:11:15:15:0.576923:8:7:3:7:8:7:4:7 chr6 161790964 . C T 749.3 PASS AF=0.688889;AO=61;DP=89;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0168913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.743;QD=33.3022;RBI=0.0179513;REFB=-0.0272419;REVB=-0.00607736;RO=27;SAF=24;SAR=37;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301655;STB=0.513509;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00912318;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:27:28:61:62:0.688889:37:24:12:15:38:24:12:16 chr6 161807855 . C G 992.7 PASS AF=0.754545;AO=78;DP=105;FAO=83;FDP=110;FR=.;FRO=27;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00194944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.865;QD=36.0981;RBI=0.0338047;REFB=-0.0513823;REVB=0.0337485;RO=26;SAF=58;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752207;STB=0.530211;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0179365;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:26:27:78:83:0.754545:20:58:16:10:25:58:16:11 chr6 162622197 . C T 546.0 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0108935;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.259;QD=39.7091;RBI=0.0448691;REFB=-0.0639389;REVB=0.0435266;RO=11;SAF=17;SAR=28;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413342;STB=0.515145;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0136919;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:56:55:11:10:45:45:0.818182:28:17:3:8:28:17:3:7 chr6 163587146 . C G 226.17 PASS AF=0.272727;AO=28;DP=125;FAO=36;FDP=132;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0292429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.328;QD=6.85363;RBI=0.0292834;REFB=-0.0104754;REVB=0.00153829;RO=94;SAF=11;SAR=17;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148786;STB=0.548034;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0494047;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:94:96:28:36:0.272727:17:11:48:46:20:16:49:47 chr6 163612783 . C A 47.54 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.124075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7478;QD=3.45764;RBI=0.132687;REFB=0.00278018;REVB=0.0470235;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23589;STB=0.654196;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0289982;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:54:55:45:47:8:8:0.145455:4:4:14:31:4:4:15:32 chr6 163736204 . T C 271.1 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0301898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.78;QD=30.1227;RBI=0.0303309;REFB=-0.0490949;REVB=0.00292274;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756913;STB=0.541632;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0342645;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:11:13:5:7:11:13:5:7 chr6 165713961 . A C 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0181334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.385;QD=37.4117;RBI=0.0249164;REFB=-0.0388878;REVB=0.0170881;RO=6;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825638;STB=0.504501;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0116997;OID=.;OPOS=165713961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:12:11:3:3:12:11:3:3 chr6 166307718 . T C 1005.71 PASS AF=0.773585;AO=82;DP=106;FAO=82;FDP=106;FR=.;FRO=24;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=2.02506e-05;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.185;QD=37.9515;RBI=0.00992084;REFB=0.00915997;REVB=0.00992082;RO=23;SAF=36;SAR=46;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162996;STB=0.504432;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00288187;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:23:24:82:82:0.773585:46:36:11:12:46:36:11:13 chr6 166308090 . AT TC 1914.21 PASS AF=0.768844;AO=140;DP=189;FAO=153;FDP=199;FR=.;FRO=46;FSAF=95;FSAR=58;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00386655;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.392;QD=38.4767;RBI=0.0496387;REFB=-0.00957902;REVB=0.0494878;RO=43;SAF=91;SAR=49;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159705;STB=0.569927;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00193195;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:199:43:46:140:153:0.768844:49:91:13:30:58:95:15:31 chr6 166308584 . C A 675.76 PASS AF=0.746667;AO=55;DP=74;FAO=56;FDP=75;FR=.;FRO=19;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0881841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4147;QD=36.0403;RBI=0.0913053;REFB=0.00140883;REVB=0.0236691;RO=19;SAF=34;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716575;STB=0.540055;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000713517;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:19:19:55:56:0.746667:21:34:9:10:21:35:9:10 chr6 166308611 . G C 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.015563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.647;QD=24.9348;RBI=0.0160946;REFB=-0.0340237;REVB=0.00410227;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803174;STB=0.543976;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0218585;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:18:19:15:9:18:19:15:9 chr6 166308682 . G GAAAT 381.68 PASS AF=0.4875;AO=37;DP=86;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0115498;FXX=0.0804505;HRUN=3;LEN=4;MLLD=294.676;QD=19.0838;RBI=0.0117614;REFB=-0.0159168;REVB=-0.00222095;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167354;STB=0.587742;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=0.0133774;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4875:37:86:39:80:41:21:18:15:26:99:39:21:16:15:24 chr6 166308924 . G A 530.32 PASS AF=0.775862;AO=44;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0137432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.882;QD=36.574;RBI=0.0263934;REFB=-0.0742255;REVB=0.022533;RO=11;SAF=17;SAR=27;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451189;STB=0.540129;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0201238;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:11:13:44:45:0.775862:27:17:3:8:27:18:3:10 chr6 166309167 . G A 181.37 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0283179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.973;QD=32.9755;RBI=0.0563241;REFB=-0.0656755;REVB=-0.0486878;RO=5;SAF=14;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331596;STB=0.685067;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0078684;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:3:14:1:4:3:14:1:4 chr6 166309245 . A T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.425;QD=52.1523;RBI=0.0295556;REFB=-0.0100327;REVB=-0.023211;RO=1;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131832;STB=0.57137;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000620236;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:3:24:0:1:3:24:0:1 chr6 166309249 . G T 359.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425078;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8788;QD=55.2359;RBI=0.0480928;REFB=0;REVB=-0.0224945;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482208;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:3:23:0:0:3:23:0:0 chr6 166309288 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.357;QD=58.4197;RBI=0.0194974;REFB=0;REVB=-0.00921948;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62895e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr6 166309667 . G C 203.89 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00209764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.147;QD=10.3235;RBI=0.0210188;REFB=-0.00745683;REVB=0.0209139;RO=53;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980472;STB=0.557238;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0150291;OID=.;OPOS=166309667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:12:14:24:29:12:14:24:29 chr6 166571157 . G A,T 936.21 PASS AF=0.969231,0.0307692;AO=61,3;DP=64;FAO=63,2;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611478,-0.00665552;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.911,23.5789;QD=57.6128;RBI=0.0269736,0.0554229;REFB=0,0;REVB=0.0262714,-0.0550218;RO=0;SAF=32,0;SAR=29,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000792802,0.136817;OID=.,.;OPOS=166571157,166571157;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:64:65:0:0:61,3:63,2:0.969231,0.0307692:29,3:32,0:0:0:30,2:33,0:0:0 chr6 166571164 . T G 959.9 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.511;QD=57.3077;RBI=0.0247272;REFB=-0.167243;REVB=0.015859;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000378897;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:33:33:0:0:33:33:1:0 chr6 166571935 . C T 507.49 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0311606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.863;QD=31.7183;RBI=0.0408524;REFB=-0.0399373;REVB=0.0264185;RO=19;SAF=23;SAR=22;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066248;STB=0.535823;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0165065;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:22:23:12:7:22:23:12:7 chr6 166579270 . C T 391.77 PASS AF=0.672727;AO=36;DP=51;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00457708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.925;QD=28.492;RBI=0.0212562;REFB=0.0159696;REVB=-0.0207576;RO=14;SAF=8;SAR=28;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945664;STB=0.553103;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00838574;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:14:18:36:37:0.672727:28:8:5:9:29:8:6:12 chr6 166721211 . G T 82.66 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.513;QD=33.0652;RBI=0.0399882;REFB=-0.246975;REVB=0.0312251;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00501964;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:0:1:9:9:0.9:4:5:0:0:4:5:0:1 chr6 166721224 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.248;QD=40.763;RBI=0.0276722;REFB=0;REVB=0.0229574;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276985;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 166736362 . C T 88.22 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00438124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.489;QD=5.60113;RBI=0.00913381;REFB=-0.0102265;REVB=-0.00801443;RO=49;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139244;STB=0.587181;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.026567;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:7:7:19:30:7:7:19:30 chr6 166739646 . T C 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00111997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.329;QD=25.7089;RBI=0.0409262;REFB=-0.00293139;REVB=0.0409109;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114837;STB=0.564417;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.000816931;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:2:4:6:7:2:4 chr6 166739684 . G A 216.41 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.539;QD=48.0906;RBI=0.0493152;REFB=0;REVB=0.025183;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821551;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr6 166755975 . T C 575.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.479;QD=60.576;RBI=0.0220245;REFB=0;REVB=-0.00257081;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63108e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr6 166755979 . A C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.464;QD=60.5976;RBI=0.0214397;REFB=0;REVB=-0.00442201;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51632e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr6 166778679 . T G 813.48 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00592463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.537;QD=52.4828;RBI=0.0284016;REFB=-0.0376939;REVB=0.0277768;RO=3;SAF=33;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221788;STB=0.511058;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00326287;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:58:59:0.951613:25:33:1:2:26:33:1:2 chr6 167271711 . T C 1360.04 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00233264;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8729;QD=61.1255;RBI=0.0254626;REFB=-0.0332871;REVB=0.0253555;RO=1;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101897;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000819187;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:87:88:0.988764:46:41:0:1:46:42:0:1 chr6 167271716 . T C 912.25 PASS AF=0.804598;AO=65;DP=82;FAO=70;FDP=87;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0080591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.017;QD=41.9424;RBI=0.0290573;REFB=-0.0371358;REVB=0.0279174;RO=16;SAF=31;SAR=34;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316409;STB=0.528587;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00785609;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:16:17:65:70:0.804598:34:31:9:7:39:31:10:7 chr6 167411298 . T C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0195315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.011;QD=30.5927;RBI=0.0669227;REFB=0.00836573;REVB=0.0640092;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220927;STB=0.624739;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0034314;OID=.;OPOS=167411298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:2:0:7:3:2:0 chr6 167411300 . TG CA 108.89 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00727318;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.783;QD=33.5032;RBI=0.0558151;REFB=0.00250327;REVB=0.0553391;RO=2;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.136;TYPE=mnp;VARB=0.000386493;OID=.;OPOS=167411300;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:13:2:2:11:11:0.846154:7:4:2:0:7:4:2:0 chr6 167413539 . T C 163.21 PASS AF=0.186667;AO=28;DP=150;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.000484294;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=278.16;QD=4.35225;RBI=0.00643903;REFB=-0.00246666;REVB=-0.00642079;RO=121;SAF=11;SAR=17;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193941;STB=0.625973;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0128137;OID=.;OPOS=167413539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:121:122:28:28:0.186667:17:11:66:55:17:11:67:55 chr6 167570976 . C T 508.92 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0200926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.659;QD=29.0813;RBI=0.029482;REFB=-0.0377732;REVB=0.0215748;RO=22;SAF=14;SAR=32;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212076;STB=0.61779;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0183296;OID=.;OPOS=167570976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:22:24:46:46:0.657143:32:14:14:8:32:14:15:9 chr6 167571048 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0417;QD=56.9997;RBI=0.0561292;REFB=0;REVB=0.0211673;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353586;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr6 167571430 . A T 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.089;QD=61.9766;RBI=0.0385886;REFB=0;REVB=0.0354244;RO=0;SAF=70;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40993e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:56:70:0:0:56:70:0:0 chr6 167590541 . G A 401.44 PASS AF=0.619048;AO=37;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0175059;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9462;QD=25.4882;RBI=0.0187678;REFB=-0.0078242;REVB=-0.00676552;RO=23;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055064;STB=0.536567;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0134652;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:24:37:39:0.619048:18:19:10:13:19:20:10:14 chr6 167590574 . G C 782.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.036;QD=56.8738;RBI=0.0339277;REFB=0;REVB=0.0189739;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175029;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:27:26:0:0:29:26:0:0 chr6 167591954 . G A 335.03 PASS AF=0.344;AO=42;DP=125;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=63;FWDB=-0.00456784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.232;QD=10.721;RBI=0.0183225;REFB=-0.0166695;REVB=-0.017744;RO=81;SAF=11;SAR=31;SRF=18;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608953;STB=0.521187;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0253617;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:82:42:43:0.344:31:11:18:63:32:11:19:63 chr6 167719436 . G A 126.59 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.021966;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.245;QD=6.49152;RBI=0.0620732;REFB=-9.31085e-05;REVB=0.0580566;RO=57;SAF=11;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219364;STB=0.528091;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0011835;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:57:59:19:19:0.24359:8:11:32:25:8:11:32:27 chr6 167721365 . G A 370.3 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0794972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1613;QD=36.1268;RBI=0.0804572;REFB=-0.0184964;REVB=0.0123919;RO=11;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115208;STB=0.56246;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00840532;OID=.;OPOS=167721365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:12:18:9:2:12:18:9:2 chr6 167728774 . TG CA,CG 291.07 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,17;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483118,-0.0310961;FXX=0.079968;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=39.4883,135.843;QD=50.6202;RBI=0.0791803,0.0366508;REFB=0,0;REVB=-0.0627335,-0.0193989;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0249088,-0.00450723;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:23:23:0:0:2,17:2,21:0.0869565,0.913043:0,5:2,12:0:0:0,7:2,14:0:0 chr6 167753691 . C T 1992.16 PASS AF=0.802139;AO=150;DP=188;FAO=150;FDP=187;FR=.;FRO=37;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0368309;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3686;QD=42.6131;RBI=0.0371289;REFB=-0.00302492;REVB=-0.00469527;RO=37;SAF=77;SAR=73;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100067;STB=0.505314;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00109358;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:37:37:150:150:0.802139:73:77:18:19:73:77:18:19 chr6 167754661 . A G 903.6 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.989;QD=58.2967;RBI=0.0264004;REFB=0;REVB=0.0160876;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026852;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:55:62:1:25:30:0:0:28:34:0:0 chr6 167754702 . C T 489.98 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0103819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8404;QD=30.6234;RBI=0.0517181;REFB=-0.0146608;REVB=-0.0506654;RO=20;SAF=24;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264243;STB=0.501432;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00304361;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:20:24:11:9:20:24:11:9 chr6 167789493 . T C 687.74 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00271954;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1312;QD=34.8224;RBI=0.0124344;REFB=-0.0355791;REVB=0.0121334;RO=22;SAF=27;SAR=30;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839678;STB=0.545197;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0175558;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:22:22:57:57:0.721519:30:27:14:8:30:27:14:8 chr6 167797844 . C T 248.05 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0300009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.201;QD=8.78048;RBI=0.0328971;REFB=-0.0088524;REVB=-0.0134969;RO=78;SAF=19;SAR=15;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549134;STB=0.528038;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.020544;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:79:34:34:0.300885:15:19:40:38:15:19:41:38 chr6 168323664 . A G 877.09 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0384998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1076;QD=54.8182;RBI=0.043172;REFB=0.0452052;REVB=-0.0195342;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00159823;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:33:29:0:0:33:29:1:1 chr6 168343838 . T C 1498.7 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379476;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.432;QD=59.9481;RBI=0.0437165;REFB=0;REVB=0.0217051;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185368;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr6 168349011 . C T 627.48 PASS AF=0.955556;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.125;QD=55.7759;RBI=0.097416;REFB=-0.144227;REVB=0.0946086;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010638;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0437643;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:45:2:2:41:43:0.955556:20:21:1:1:20:23:1:1 chr6 168457801 . A G 765.1 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.722;QD=63.758;RBI=0.031658;REFB=0;REVB=0.0312481;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291378;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:43:48:1:26:17:0:0:28:20:0:0 chr6 168457966 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.846;QD=58.5846;RBI=0.0327697;REFB=0;REVB=0.0297207;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337484;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr6 168459790 . G T 1576.82 PASS AF=0.973684;AO=103;DP=106;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0465821;FXX=0.0086949;HRUN=7;LEN=1;MLLD=64.7207;QD=55.3269;RBI=0.0926569;REFB=-0.0304556;REVB=0.0800962;RO=3;SAF=50;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973183;STB=0.504504;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00329686;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:114:3:3:103:111:0.973684:53:50:2:1:56:55:2:1 chr6 168459792 . G A 1448.76 PASS AF=0.897436;AO=105;DP=117;FAO=105;FDP=117;FR=.;FRO=12;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00776619;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.336;QD=49.5303;RBI=0.0116535;REFB=-0.0181015;REVB=0.00868847;RO=12;SAF=51;SAR=54;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018924;STB=0.510013;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000199509;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:12:12:105:105:0.897436:54:51:7:5:54:51:7:5 chr6 168459845 . G C 2327.63 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524662;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.218;QD=60.8532;RBI=0.0851075;REFB=0;REVB=0.0670118;RO=0;SAF=76;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81875e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:76:76:0:0:77:76:0:0 chr6 168479604 . G A 1107.73 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.061;QD=59.8771;RBI=0.0483326;REFB=0;REVB=0.0411483;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37368e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:41:33:0:0 chr6 168482110 . C T 1109.52 PASS AF=1;AO=48;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668083;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.676;QD=59.1744;RBI=0.115009;REFB=0;REVB=0.0936145;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221639;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:48:75:1:18:30:0:0:39:36:0:0 chr6 168482111 . G T 147.65 PASS AF=0.272727;AO=19;DP=75;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.014989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.726;QD=7.67034;RBI=0.084813;REFB=-0.0178989;REVB=0.083478;RO=56;SAF=0;SAR=19;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.812499;STB=0.948276;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00758606;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:56:56:19:21:0.272727:19:0:36:20:20:1:36:20 chr6 168694594 . C T 2007.68 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5194;QD=62.2536;RBI=0.0453442;REFB=0;REVB=-0.0008433;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171698;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:61:67:0:0:61:68:0:0 chr6 168695309 . C T 1681.84 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00778096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7504;QD=56.0614;RBI=0.00802714;REFB=-0.107041;REVB=0.00197273;RO=4;SAF=78;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525229;STB=0.505834;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00624737;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:120:4:5:115:115:0.958333:37:78:3:1:37:78:4:1 chr6 168695345 . G A 2455.96 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00535333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6137;QD=60.641;RBI=0.0635132;REFB=-0.0484951;REVB=0.0632872;RO=1;SAF=100;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473468;STB=0.502487;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00157484;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:1:1:160:161:0.993827:60:100:1:0:61:100:1:0 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 144.67 PASS AF=0.5;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0705556;FXX=0.117612;HRUN=3;LEN=8;MLLD=240.005;QD=19.2891;RBI=0.0705941;REFB=-0.0237393;REVB=0.00232953;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568353;STB=0.789608;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0158581;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:36:15:30:15:2:13:9:6:99:19:2:12:13:6 chr6 169619943 . G T 109.56 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0211484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.543;QD=14.6078;RBI=0.0319205;REFB=-0.0152511;REVB=-0.0239095;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518668;STB=0.794966;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.024674;OID=.;OPOS=169619943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:2:15:4:9:2:15 chr6 169619947 . G T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0153154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.741;QD=7.32807;RBI=0.0310168;REFB=-0.0214681;REVB=-0.0269718;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250934;STB=0.654822;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0499925;OID=.;OPOS=169619947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:6:15:4:4:6:15 chr6 169621536 . A G 1106.29 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.133;QD=59.7993;RBI=0.0289329;REFB=0;REVB=0.0250337;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10032e-05;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:34:40:0:0 chr6 169622490 . G A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00666228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6607;QD=54.6506;RBI=0.0361366;REFB=0.0984434;REVB=-0.0355172;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00173864;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chr6 169632219 . G A 880.84 PASS AF=0.809524;AO=68;DP=85;FAO=68;FDP=84;FR=.;FRO=16;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0639915;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0236;QD=41.9446;RBI=0.0640956;REFB=-0.019216;REVB=0.00365101;RO=0;SAF=49;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.613423;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0121226;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:85:84:0:16:68:68:0.809524:19:49:0:0:19:49:3:13 chr6 169637763 . G C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8135;QD=56.9561;RBI=0.0115187;REFB=0;REVB=0.00283084;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04582e-05;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr6 170033086 . G A 1324.29 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018046;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.8;QD=62.3194;RBI=0.0205794;REFB=0;REVB=0.00989213;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43726e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr6 170059627 . G A 649.18 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.816;QD=59.0162;RBI=0.0511745;REFB=-0.0302652;REVB=0.0302014;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000638339;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:0:1:41:43:0.977273:28:13:0:0:30:13:1:0 chr6 170068180 . A G 1587.92 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409276;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0379;QD=59.9214;RBI=0.087288;REFB=0;REVB=-0.0770982;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123471;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:59:46:0:0:60:46:0:0 chr6 170070723 . A G 578.67 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.293;QD=60.9121;RBI=0.0951994;REFB=0;REVB=0.0803881;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672998;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:14:18:0:0:14:24:0:0 chr6 170102267 . A G 489.61 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0516123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5312;QD=55.9551;RBI=0.0699941;REFB=-0.0432349;REVB=-0.0472794;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000108363;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:19:15:0:0:19:15:1:0 chr6 170103508 . G GT 303.62 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.7487;QD=44.9802;RBI=0.0390807;REFB=0;REVB=0.0154461;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00208382;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:15:12:0:0:6:1:15:11:0:1 chr6 170190200 . G A 1713.51 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8817;QD=60.1231;RBI=0.105711;REFB=0;REVB=0.0713237;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050063;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:109:114:1:53:56:0:0:54:60:0:0 chr6 170190659 . G T 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.348;QD=50.4;RBI=0.0552371;REFB=0;REVB=-0.014419;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617831;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 170592945 . C T 113.84 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.001109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.115;QD=9.89914;RBI=0.0342897;REFB=-0.0106129;REVB=-0.0342717;RO=32;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392879;STB=0.743394;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0276697;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:2:12:19:13:2:12:19:13 chr6 170597305 . C T 127.97 PASS AF=0.238095;AO=19;DP=83;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.025579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7561;QD=6.09397;RBI=0.0306364;REFB=-0.00468663;REVB=0.0168613;RO=64;SAF=8;SAR=11;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405028;STB=0.541422;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0220499;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:64:64:19:20:0.238095:11:8:29:35:12:8:29:35 chr6 170626943 . T C 370.32 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.027129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4955;QD=29.0444;RBI=0.0751748;REFB=0.0249387;REVB=-0.070109;RO=17;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247736;STB=0.634843;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0134503;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:20:14:14:3:20:14:14:3 chr6 170627614 . T C 52.82 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.161283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4228;QD=21.1299;RBI=0.177065;REFB=-0.178319;REVB=0.0730725;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0618041;OID=.;OPOS=170627614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr6 170628009 . T G 568.36 PASS AF=0.82;AO=42;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00528297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.812;QD=45.4688;RBI=0.00619878;REFB=-0.0698958;REVB=-0.00324269;RO=8;SAF=25;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067172;STB=0.525884;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0150926;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:8:9:42:41:0.82:17:25:3:5:17:24:4:5 chr6 170845354 . A G 643.87 PASS AF=0.768116;AO=53;DP=70;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0147866;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.551;QD=37.3258;RBI=0.0314049;REFB=-0.033797;REVB=0.027706;RO=15;SAF=22;SAR=31;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158184;STB=0.577821;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0120666;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:15:16:53:53:0.768116:31:22:12:3:31:22:12:4 chr6 170862300 . G C 773.86 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=95;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0637544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.606;QD=32.5834;RBI=0.063807;REFB=-0.00381105;REVB=0.00258996;RO=31;SAF=25;SAR=39;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181477;STB=0.509801;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00184079;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:31:31:64:64:0.673684:39:25:13:18:39:25:13:18 chr6 170878793 . T C 1488.53 PASS AF=0.777778;AO=117;DP=151;FAO=119;FDP=153;FR=.;FRO=34;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0173833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.957;QD=38.9158;RBI=0.0244328;REFB=-0.0561155;REVB=0.0171692;RO=34;SAF=50;SAR=67;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186093;STB=0.507574;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0210477;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:34:34:117:119:0.777778:67:50:16:18:67:52:16:18 chr6 170887693 . G C 174.59 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0353457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.867;QD=27.934;RBI=0.0408769;REFB=0.000273929;REVB=0.0205328;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138943;STB=0.568787;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00055019;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:8:8:16:17:0.68:5:11:7:1:5:12:7:1 chr7 228431 . A AC,C 46.2 PASS AF=0.416667,0;AO=7,2;DP=24;FAO=10,0;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0680115,-0.0165151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=17.5086,135.956;QD=7.70045;RBI=0.091913,0.0165174;REFB=-0.0651873,-0.00388647;REVB=0.0618258,0.000273237;RO=15;SAF=0,1;SAR=7,1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.757216,-0.033478;STB=0.842944,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.101827,0;OID=.,.;OPOS=228432,228431;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:15:14:7,2:10,0:0.416667,0:7,1:0,1:8:7:9,0:1,0:8:6 chr7 296671 . C T 1445.32 PASS AF=0.464396;AO=150;DP=325;FAO=150;FDP=323;FR=.;FRO=173;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=94;FSRR=79;FWDB=0.0345841;FXX=0.00920217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.121;QD=17.8987;RBI=0.0418429;REFB=-0.0133637;REVB=0.0235535;RO=173;SAF=74;SAR=76;SRF=94;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485455;STB=0.526773;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0144691;OID=.;OPOS=296671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:323:173:173:150:150:0.464396:76:74:94:79:76:74:94:79 chr7 470239 . A G 586.53 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=-0.0151329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.448;QD=23.4613;RBI=0.0329378;REFB=-0.00477413;REVB=-0.0292557;RO=46;SAF=7;SAR=47;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765692;STB=0.542291;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00532023;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:47:7:8:38:47:7:8:38 chr7 470281 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.279;QD=63.872;RBI=0.0212954;REFB=0;REVB=-0.00918684;RO=0;SAF=5;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53089e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:43:5:0:0:43:5:0:0 chr7 470316 . A G 61.34 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00898737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.813;QD=18.874;RBI=0.0622313;REFB=0.00156823;REVB=-0.0615789;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00845225;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:1:4:6:2:1:4 chr7 624220 . GT G,GG 4759.52 PASS AF=0.028481,0.971519;AO=111,193;DP=318;FAO=9,307;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=0,177;FSAR=9,130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852042,0.0188996;FXX=0.00628911;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.648,144.124;QD=60.2471;RBI=0.0334911,0.0333406;REFB=0,0;REVB=0.0323891,0.0274664;RO=0;SAF=53,111;SAR=58,82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0243458,0.000342888;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.028481,0.971519:111,193:318:9,307:316:0:0,177:9,130:0:0:3:0:53,111:58,82:0:0 chr7 624222 . A G 714.21 PASS AF=0.349057;AO=101;DP=296;FAO=111;FDP=318;FR=.;FRO=207;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=113;FSRR=94;FWDB=0.0454525;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.9228;QD=8.98376;RBI=0.0629684;REFB=-0.0687834;REVB=-0.0435786;RO=195;SAF=53;SAR=48;SRF=113;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636379;STB=0.520321;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.181982;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:318:195:207:101:111:0.349057:48:53:113:82:47:64:113:94 chr7 772174 . G A 183.26 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0138158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.913;QD=11.8234;RBI=0.0162771;REFB=-0.0164773;REVB=0.00860638;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251069;STB=0.627479;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0157856;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:13:9:25:14:13:10:25:14 chr7 772240 . T A 187.73 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0218583;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.728;QD=14.1682;RBI=0.0226146;REFB=-0.0107522;REVB=-0.00579932;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253359;STB=0.64492;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0261737;OID=.;OPOS=772240;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:19:12:14:8:19:12 chr7 878431 . C T 362.16 PASS AF=0.411765;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00735889;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.094;QD=14.2024;RBI=0.0144717;REFB=-0.00581311;REVB=-0.0124611;RO=60;SAF=23;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975425;STB=0.56654;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00762304;OID=.;OPOS=878431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:60:40:42:0.411765:17:23:29:31:17:25:29:31 chr7 881668 . C T 230.12 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0274603;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.249;QD=16.1487;RBI=0.0328128;REFB=-0.0268774;REVB=-0.0179615;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167158;STB=0.602332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0318972;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:12:18:11:15:12:19 chr7 882829 . GTT GTG,GT,TGT,TTG 193.42 PASS AF=0.264706,0.470588,0.235294,0.0294118;AO=9,5,7,2;DP=36;FAO=9,16,8,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8,8,1;FSAR=5,8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130263,0.231675,0.155014,0.0773164;FXX=0.0810592;HRUN=11,11,1,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=176.19,4.62257,13.7713,22.946;QD=22.7556;RBI=0.0364403,0.35108,0.234812,0.12049;REFB=0.00608706,0.055085,0.0443356,0.0216612;REVB=-0.0340325,-0.263788,-0.176373,-0.0924125;RO=4;SAF=2,2,7,2;SAR=7,3,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.434082,-0.422723,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0271112,0.0642571,-0.0872313,0.01047;OID=.,.,.,.;OPOS=882831,882830,882829,882829;OREF=T,T,GT,GTT;OALT=G,-,TG,TTG;OMAPALT=GTG,GT,TGT,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:36:34:4:0:9,5,7,2:9,16,8,1:0.264706,0.470588,0.235294,0.0294118:7,3,0,0:2,2,7,2:4:0:5,8,0,0:4,8,8,1:0:0 chr7 882895 . C G 99.17 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.031784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2591;QD=6.50267;RBI=0.031789;REFB=-0.0102764;REVB=0.000560965;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821255;STB=0.557447;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0553789;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:46:15:15:0.245902:7:8:27:18:7:8:28:18 chr7 891100 . G T 858.61 PASS AF=0.51497;AO=86;DP=167;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0265807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8614;QD=20.5656;RBI=0.0269587;REFB=-0.00333162;REVB=0.00449895;RO=81;SAF=37;SAR=49;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894147;STB=0.549085;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00668389;OID=.;OPOS=891100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:81:81:86:86:0.51497:49:37:43:38:49:37:43:38 chr7 897492 . A G 990.12 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.963;QD=59.1119;RBI=0.0147852;REFB=0;REVB=0.0128081;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04672e-05;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr7 909048 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00634397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.935;QD=16.5042;RBI=0.0221543;REFB=-0.0281584;REVB=-0.0212266;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124164;STB=0.56978;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0273801;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:10:20:14:12:10:20 chr7 914211 . T G 524.68 PASS AF=0.615385;AO=47;DP=77;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0061525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.923;QD=26.9067;RBI=0.0153542;REFB=-0.0136036;REVB=0.0140676;RO=30;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148069;STB=0.583299;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00665858;OID=.;OPOS=914211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:30:30:47:48:0.615385:27:20:19:11:28:20:19:11 chr7 923855 . G A 118.88 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00144723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8236;QD=10.8069;RBI=0.0523449;REFB=-0.0188995;REVB=0.0523249;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193688;STB=0.535006;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0693185;OID=.;OPOS=923855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:29:13:14:0.318182:8:5:6:20:9:5:9:20 chr7 926791 . G GCGTC 130.43 PASS AF=0.222222;AO=19;DP=102;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0889404;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.173;QD=5.79707;RBI=0.0892285;REFB=-0.00970609;REVB=-0.00716475;RO=78;SAF=3;SAR=16;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227232;STB=0.685268;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.0402146;OID=.;OPOS=926792;OREF=-;OALT=CGTC;OMAPALT=GCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:19:102:20:90:70:3:17:22:48:99:78:3:16:22:56 chr7 926801 . T G 88.91 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=-0.0721017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8296;QD=3.82422;RBI=0.0762642;REFB=-0.00644576;REVB=-0.0248512;RO=75;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253228;STB=0.643405;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0201044;OID=.;OPOS=926801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:93:93:75:77:16:16:0.172043:9:7:19:56:9:7:21:56 chr7 926827 . T C 946.87 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.886;QD=56.5293;RBI=0.0107588;REFB=0;REVB=0.0103844;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013918;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:59:67:1:41:18:0:0:44:23:0:0 chr7 932053 . C T 213.95 PASS AF=0.5;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00778084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.07;QD=19.4498;RBI=0.0274128;REFB=-0.0416572;REVB=0.0262854;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523284;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0294262;OID=.;OPOS=932053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:20:22:0.5:11:9:9:11:13:9:10:12 chr7 940181 . C T 722.19 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0165459;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.07;QD=51.585;RBI=0.0236477;REFB=-0.0382385;REVB=0.0168951;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192259;STB=0.529401;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0016776;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:56:1:3:53:53:0.946429:29:24:1:0:29:24:3:0 chr7 959692 . G A 1709.55 PASS AF=0.495652;AO=169;DP=328;FAO=171;FDP=345;FR=.;FRO=174;FSAF=102;FSAR=69;FSRF=101;FSRR=73;FWDB=-0.00083654;FXX=0.00576352;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.8662;QD=19.8208;RBI=0.00166819;REFB=-0.0339946;REVB=-0.00144328;RO=154;SAF=101;SAR=68;SRF=90;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119693;STB=0.50837;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0230959;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:345:154:174:169:171:0.495652:68:101:90:64:69:102:101:73 chr7 975035 . G A 700.76 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.00139027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.087;QD=18.9395;RBI=0.00141606;REFB=-0.0310133;REVB=-0.000269016;RO=74;SAF=42;SAR=28;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047683;STB=0.522721;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0269823;OID=.;OPOS=975035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:78:70:70:0.472973:28:42:48:26:28:42:50:28 chr7 1023013 . C T 276.31 PASS AF=0.581395;AO=18;DP=45;FAO=25;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0213002;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7897;QD=25.7036;RBI=0.194739;REFB=-0.0435513;REVB=-0.193571;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333351;STB=0.538115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0262418;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:9:18:18:25:0.581395:9:9:5:4:16:9:5:13 chr7 1097409 . C G 43.72 PASS AF=0.15;AO=7;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.063348;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.4083;QD=2.91466;RBI=0.110461;REFB=-0.00690378;REVB=-0.0904913;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097573;STB=0.652962;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0495356;OID=.;OPOS=1097409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:59:60:28:51:7:9:0.15:5:2:10:18:7:2:19:32 chr7 1098404 . C T 344.26 PASS AF=0.390476;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0164407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.404;QD=13.1148;RBI=0.0168324;REFB=-0.0192074;REVB=-0.00361002;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145596;STB=0.583294;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0231063;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:40:41:0.390476:20:20:23:40:20:21:24:40 chr7 1098518 . G A 210.27 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00604346;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.483;QD=13.7882;RBI=0.0152387;REFB=-0.00445881;REVB=-0.0139891;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259189;STB=0.506844;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00505889;OID=.;OPOS=1098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:32:36:25:25:0.409836:15:10:12:20:15:10:14:22 chr7 1132720 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0110335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.487;QD=12.73;RBI=0.0842221;REFB=-0.0120683;REVB=0.0834963;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403938;STB=0.723608;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00802761;OID=.;OPOS=1132720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:4:7:2:7:5:7 chr7 1132972 . G A 674.72 PASS AF=0.644444;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0722278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9342;QD=29.9874;RBI=0.0834662;REFB=-0.0605602;REVB=0.04183;RO=32;SAF=41;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173105;STB=0.594169;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0399413;OID=.;OPOS=1132972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:32:32:58:58:0.644444:17:41:15:17:17:41:15:17 chr7 1133305 . C G 570.13 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0366913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3914;QD=22.8053;RBI=0.0367446;REFB=-0.0205448;REVB=0.0019785;RO=46;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110999;STB=0.556165;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0139518;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:23:30:20:26:23:30:21:26 chr7 1481919 . C A,G 1321.57 PASS AF=0.914894,0.0425532;AO=86,4;DP=94;FAO=86,4;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=43,0;FSAR=43,4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0288574,-0.0905097;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=231.579,13.7889;QD=56.2369;RBI=0.0371463,0.0907273;REFB=-0.126295,-0.138851;REVB=0.0233901,0.00627996;RO=2;SAF=43,0;SAR=43,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.725637;STB=0.511109,0.995562;STBP=0.385,0.252;TYPE=snp,snp;VARB=0.000317406,0.222588;OID=.,.;OPOS=1481919,1481919;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:94:94:2:4:86,4:86,4:0.914894,0.0425532:43,4:43,0:1:1:43,4:43,0:1:3 chr7 1482009 . G C 309.34 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0221984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.279;QD=13.5975;RBI=0.0222432;REFB=-0.00785427;REVB=0.0014106;RO=56;SAF=22;SAR=13;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375837;STB=0.521402;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0116639;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:13:22:37:19:13:22:37:19 chr7 1484572 . A G 260.12 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.197168;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.437;QD=52.0232;RBI=0.201766;REFB=0;REVB=0.0428297;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727431;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:14:20:1:7:7:0:0:11:9:0:0 chr7 1533513 . A G 1866.08 PASS AF=0.9;AO=134;DP=150;FAO=135;FDP=150;FR=.;FRO=15;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0166228;FXX=0.013157;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.159;QD=49.7621;RBI=0.0181289;REFB=0.0344156;REVB=-0.00723473;RO=13;SAF=69;SAR=65;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604257;STB=0.538456;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00240426;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:150:150:13:15:134:135:0.9:65:69:2:11:65:70:2:13 chr7 1533514 . A G 37.92 PASS AF=0.08;AO=11;DP=149;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=-0.0221486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1078;QD=1.0113;RBI=0.0365528;REFB=-0.0449416;REVB=-0.0290782;RO=138;SAF=1;SAR=10;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476966;STB=0.829043;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0710189;OID=.;OPOS=1533514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:149:150:138:138:11:12:0.08:10:1:72:66:10:2:72:66 chr7 1538614 . G A 1750.0 PASS AF=0.96875;AO=115;DP=119;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00764307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.151;QD=54.6874;RBI=0.0372868;REFB=-0.0537563;REVB=0.036495;RO=4;SAF=68;SAR=47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601653;STB=0.501526;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00260974;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:119:128:4:4:115:124:0.96875:47:68:2:2:56:68:2:2 chr7 1542697 . G A 1606.2 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03058;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.592;QD=58.4072;RBI=0.061884;REFB=0.0662759;REVB=0.0538006;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771784;STB=0.504064;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000149365;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:107:109:0.990909:61:46:0:1:61:48:0:1 chr7 1542814 . T C,G 617.57 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=37,3;DP=40;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153276,-0.0246742;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.9,75.717;QD=60.2511;RBI=0.0432635,0.0333222;REFB=0,0;REVB=0.0432363,0.0223954;RO=0;SAF=18,2;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0030006,0.0855412;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:41:0:0:37,3:40,1:0.97561,0.0243902:19,1:18,2:0:0:21,0:19,1:0:0 chr7 1543981 . C A 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.598;QD=54.6347;RBI=0.0585286;REFB=-0.00298184;REVB=0.0211302;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000284315;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:20:31:0:1:20:31:0:1 chr7 1544128 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.33;QD=43.4837;RBI=0.137253;REFB=0;REVB=0.121258;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148569;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr7 1586662 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2086;QD=33.4241;RBI=0.0159923;REFB=0;REVB=-0.00266847;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403721;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr7 1588391 . A G 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1757;QD=57.191;RBI=0.0184909;REFB=0;REVB=0.00677578;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281751;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr7 1588549 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.234;QD=58.5842;RBI=0.0249857;REFB=0;REVB=-0.0245466;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59191e-05;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr7 1588768 . G A 592.42 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0629736;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.899;QD=51.5144;RBI=0.0642471;REFB=-0.111108;REVB=0.0127284;RO=4;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190811;STB=0.510912;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00380758;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:46:46:4:4:41:42:0.913043:25:16:2:2:26:16:2:2 chr7 1594986 . GGC G,GG 606.89 PASS AF=0.909091,0;AO=44,11;DP=90;FAO=80,0;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=28,0;FSAR=52,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.235982,0.0317766;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.4918,9.67621;QD=27.5859;RBI=0.254738,0.168932;REFB=-0.163147,-0.136069;REVB=0.0959372,0.165917;RO=22;SAF=9,9;SAR=35,2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.0997981,0.543477;STB=0.522779,0.5;STBP=0.217,1;TYPE=del,del;VARB=0.0564672,0;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091,0:44,11:90:80,0:88:8:28,0:52,0:1:7:10:22:9,9:35,2:7:15 chr7 1595068 . G A 325.75 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00999609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.101;QD=24.585;RBI=0.012696;REFB=0.00633522;REVB=-0.00782734;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293473;STB=0.661972;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0062515;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:23:9:14:7:23:9:14:7 chr7 1733102 . G T 785.14 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=104;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.032701;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8233;QD=30.1977;RBI=0.044451;REFB=-0.0132784;REVB=0.0301088;RO=33;SAF=33;SAR=37;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281816;STB=0.509931;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00873343;OID=.;OPOS=1733102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:33:34:70:70:0.673077:37:33:14:19:37:33:15:19 chr7 1878377 . A G 2304.74 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.44;QD=61.0528;RBI=0.00889449;REFB=0;REVB=-0.00864888;RO=0;SAF=74;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00173e-06;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:76:74:0:0:76:75:0:0 chr7 2257612 . G A 909.45 PASS AF=0.546012;AO=88;DP=163;FAO=89;FDP=163;FR=.;FRO=74;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=18;FWDB=0.0530803;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5673;QD=22.3178;RBI=0.0600043;REFB=-0.0154188;REVB=0.0279822;RO=74;SAF=54;SAR=34;SRF=56;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130794;STB=0.573584;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0175759;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:74:74:88:89:0.546012:34:54:56:18:35:54:56:18 chr7 2297006 . A G 2167.19 PASS AF=0.98;AO=145;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0111756;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.51;QD=57.7918;RBI=0.0409692;REFB=-0.0283333;REVB=-0.0394155;RO=3;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205145;STB=0.51079;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000323171;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:150:150:3:3:145:147:0.98:68:77:0:3:68:79:0:3 chr7 2303986 . T C 885.35 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1541;QD=58.0556;RBI=0.0169267;REFB=0;REVB=0.0120141;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84524e-07;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:24:37:0:0 chr7 2314844 . G A 854.74 PASS AF=0.586466;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00380865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.853;QD=25.7065;RBI=0.0259775;REFB=0.001982;REVB=-0.0256968;RO=55;SAF=43;SAR=35;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114765;STB=0.5624;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00143512;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:55:55:78:78:0.586466:35:43:22:33:35:43:22:33 chr7 2420067 . G A 685.86 PASS AF=0.631068;AO=63;DP=100;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0175816;FXX=0.0190458;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.913;QD=26.6351;RBI=0.0392581;REFB=-0.0284889;REVB=0.0351011;RO=37;SAF=28;SAR=35;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102403;STB=0.55289;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0203863;OID=.;OPOS=2420067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:37:38:63:65:0.631068:35:28:22:15:35:30:23:15 chr7 2552881 . AGATG A 1411.86 PASS AF=1;AO=83;DP=94;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551979;FXX=0.0631512;HRUN=1;LEN=4;MLLD=232.155;QD=63.4546;RBI=0.0988023;REFB=0;REVB=0.0819456;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000189785;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:94:89:89:0:36:53:0:0:7:0:31:52:0:0 chr7 2698634 . G A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00731934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.381;QD=30.5644;RBI=0.00982227;REFB=-0.00702281;REVB=0.00655013;RO=10;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.5999;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00154374;OID=.;OPOS=2698634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:18:4:4:6:18:4:4:6 chr7 2702316 . C T 141.22 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00179596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.857;QD=11.0758;RBI=0.0188964;REFB=-0.0189623;REVB=-0.0188108;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125353;STB=0.587521;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0438456;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:12:5:13:20:12:5:14:20 chr7 2752487 . G A 276.17 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474733;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.207;QD=48.0293;RBI=0.0516357;REFB=-0.255027;REVB=-0.0203107;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00168059;OID=.;OPOS=2752487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:21:22:0.956522:10:11:0:0:10:12:1:0 chr7 2802522 . T C 255.68 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0638843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2093;QD=31.9597;RBI=0.0756444;REFB=-0.0338369;REVB=0.0405076;RO=9;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533634;STB=0.529223;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00688691;OID=.;OPOS=2802522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:10:13:6:3:10:13:6:3 chr7 2854010 . G A 1892.65 PASS AF=0.707207;AO=154;DP=225;FAO=157;FDP=222;FR=.;FRO=65;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0104868;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.23;QD=34.1018;RBI=0.0105004;REFB=-0.00980316;REVB=0.000534166;RO=65;SAF=90;SAR=64;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261124;STB=0.514267;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0050304;OID=.;OPOS=2854010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:222:65:65:154:157:0.707207:64:90:35:30:65:92:35:30 chr7 2946461 . T C 43.93 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0191339;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.67;QD=2.31189;RBI=0.0224643;REFB=-0.0021331;REVB=-0.0117703;RO=68;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399116;STB=0.523757;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0195549;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:77:76:68:67:9:9:0.118421:5:4:28:40:5:4:28:39 chr7 2951824 . A G 1284.52 PASS AF=0.703704;AO=107;DP=154;FAO=114;FDP=162;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00910183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0332;QD=31.7166;RBI=0.0685208;REFB=-0.0163952;REVB=-0.0679136;RO=46;SAF=41;SAR=66;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555556;STB=0.535066;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.018563;OID=.;OPOS=2951824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:162:46:48:107:114:0.703704:66:41:22:24:70:44:24:24 chr7 2957005 . T C 1871.32 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598077;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.419;QD=61.3547;RBI=0.00688584;REFB=0;REVB=0.0034125;RO=0;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130087;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:74:47:0:0:74:48:0:0 chr7 2959172 . G A 2292.54 PASS AF=0.695971;AO=190;DP=272;FAO=190;FDP=273;FR=.;FRO=83;FSAF=90;FSAR=100;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0334667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1658;QD=33.5903;RBI=0.0359659;REFB=0.009907;REVB=-0.013173;RO=82;SAF=90;SAR=100;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056072;STB=0.528139;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00398776;OID=.;OPOS=2959172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:82:83:190:190:0.695971:100:90:47:35:100:90:47:36 chr7 2962293 . C G 7304.39 PASS AF=0.858306;AO=520;DP=610;FAO=527;FDP=614;FR=.;FRO=87;FSAF=268;FSAR=259;FSRF=8;FSRR=79;FWDB=0.0216793;FXX=0.00486216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.124;QD=47.5856;RBI=0.0287506;REFB=-0.050418;REVB=0.018884;RO=86;SAF=263;SAR=257;SRF=9;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107896;STB=0.558924;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0080971;OID=.;OPOS=2962293;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:610:614:86:87:520:527:0.858306:257:263:9:77:259:268:8:79 chr7 2966443 . GGT G,GG,GGG 272.09 PASS AF=0.102041,0.265306,0.204082;AO=8,9,11;DP=52;FAO=5,13,10;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=3,7,7;FSAR=2,6,3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00575922,0.00641013,0.00663483;FXX=0.039208;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=195.496,202.394,203.348;QD=22.2114;RBI=0.0183012,0.0172292,0.0153444;REFB=-0.0143314,-0.0137244,-0.012767;REVB=0.0173714,0.0159924,0.0138358;RO=18;SAF=6,3,7;SAR=2,6,4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0400023,-0.406201,-0.100581;STB=0.599631,0.610951,0.511605;STBP=0.69,0.37,0.96;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0213964,0.0067333,0.0161898;OID=.,.,.;OPOS=2966444,2966445,2966445;OREF=GT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.102041,0.265306,0.204082:8,9,11:52:5,13,10:49:21:3,7,7:2,6,3:15:6:48:18:6,3,7:2,6,4:13:5 chr7 3197867 . T C 209.53 PASS AF=0.158672;AO=43;DP=271;FAO=43;FDP=271;FR=.;FRO=228;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=107;FSRR=121;FWDB=-0.013874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.897;QD=3.09274;RBI=0.0142465;REFB=-0.00372706;REVB=-0.00323663;RO=227;SAF=18;SAR=25;SRF=106;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630687;STB=0.543175;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0188385;OID=.;OPOS=3197867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:227:228:43:43:0.158672:25:18:106:121:25:18:107:121 chr7 4172006 . C T 1777.7 PASS AF=0.763736;AO=138;DP=181;FAO=139;FDP=182;FR=.;FRO=43;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0411356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.233;QD=39.0704;RBI=0.0412728;REFB=-0.0265741;REVB=0.00336336;RO=41;SAF=61;SAR=77;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620106;STB=0.539379;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00553418;OID=.;OPOS=4172006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:41:43:138:139:0.763736:77:61:24:17:78:61:26:17 chr7 4189075 . G C 2211.97 PASS AF=0.992958;AO=133;DP=134;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4404;QD=62.309;RBI=0.0652083;REFB=-0.102818;REVB=0.0629082;RO=1;SAF=77;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841211;STB=0.503936;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000954047;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:142:1:1:133:141:0.992958:56:77:0:1:63:78:0:1 chr7 4213877 . T C 4692.13 PASS AF=1;AO=293;DP=298;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519532;FXX=0.0259732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.678;QD=62.5618;RBI=0.0202807;REFB=0;REVB=0.019604;RO=0;SAF=146;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219774;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:298:300:0:0:293:300:1:147:146:0:0:154:146:0:0 chr7 4213940 . T C 4076.68 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774539;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.309;QD=62.4778;RBI=0.0170185;REFB=0;REVB=0.0151538;RO=0;SAF=117;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90894e-06;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:261:0:0:259:261:1:142:117:0:0:143:118:0:0 chr7 4213975 . A G 3033.34 PASS AF=0.99005;AO=198;DP=201;FAO=199;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0016778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.324;QD=60.365;RBI=0.00546058;REFB=-0.104833;REVB=0.00519643;RO=0;SAF=84;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50431;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000256278;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:201:201:0:2:198:199:0.99005:114:84:0:0:115:84:0:2 chr7 4267072 . T A,TA 2382.78 PASS AF=0.983425,0.0110497;AO=131,33;DP=182;FAO=178,2;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=74,1;FSAR=104,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353003,-0.0427622;FXX=0;HRUN=8,3;LEN=1,1;MLLD=25.0476,16.4524;QD=52.6581;RBI=0.261221,0.16283;REFB=-0.0496132,-0.0885273;REVB=0.258825,0.157114;RO=16;SAF=63,10;SAR=68,23;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0736445,0.134131;STB=0.503355,0.665164;STBP=0.301,0.662;TYPE=snp,ins;VARB=0.00828252,0.0383129;OID=.,.;OPOS=4267072,4267073;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:182:181:16:1:131,33:178,2:0.983425,0.0110497:68,23:63,10:2:14:104,1:74,1:1:0 chr7 4780514 . G T 7269.16 PASS AF=1;AO=453;DP=459;FAO=462;FDP=462;FR=.;FRO=0;FSAF=243;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483274;FXX=0.00645147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.231;QD=62.9365;RBI=0.0490587;REFB=-0.0336786;REVB=0.008439;RO=1;SAF=234;SAR=219;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384028;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:459:462:1:0:453:462:1:219:234:0:1:219:243:0:0 chr7 4802029 . T G 1844.85 PASS AF=1;AO=107;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.968;QD=61.495;RBI=0.0528607;REFB=0;REVB=0.01259;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82858e-05;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:107:120:1:61:46:0:0:61:59:0:0 chr7 4841470 . T C,G 2223.97 PASS AF=0.92517,0.0612245;AO=136,9;DP=147;FAO=136,9;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=63,5;FSAR=73,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00543222,0.00285516;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.455,220.966;QD=60.5161;RBI=0.00995822,0.00953975;REFB=0.0230022,-0.0527653;REVB=0.00834608,0.00910246;RO=2;SAF=63,5;SAR=73,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0128448,0.176689;STB=0.506756,0.599781;STBP=0.226,0.234;TYPE=snp,snp;VARB=-5.77989e-05,0.00938958;OID=.,.;OPOS=4841470,4841470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:147:147:2:2:136,9:136,9:0.92517,0.0612245:73,4:63,5:0:2:73,4:63,5:0:2 chr7 4845289 . C T 672.44 PASS AF=0.2158;AO=112;DP=521;FAO=112;FDP=519;FR=.;FRO=407;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=195;FSRR=212;FWDB=0.00817178;FXX=0.0038387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.267;QD=5.18261;RBI=0.0310115;REFB=-0.00730992;REVB=-0.0299155;RO=400;SAF=67;SAR=45;SRF=189;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16165;STB=0.593558;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0280505;OID=.;OPOS=4845289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:519:400:407:112:112:0.2158:45:67:189:211:45:67:195:212 chr7 5096958 . T C 1553.87 PASS AF=0.817568;AO=119;DP=147;FAO=121;FDP=148;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0242147;FXX=0.0389585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.544;QD=41.9966;RBI=0.0255972;REFB=-0.0328731;REVB=0.00829858;RO=27;SAF=44;SAR=75;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276508;STB=0.513367;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00653247;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:27:27:119:121:0.817568:75:44:8:19:77:44:8:19 chr7 5104275 . G A 1382.8 PASS AF=0.85124;AO=103;DP=120;FAO=103;FDP=121;FR=.;FRO=18;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0268391;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.049;QD=45.7125;RBI=0.0293711;REFB=-0.0314185;REVB=0.01193;RO=16;SAF=46;SAR=57;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455179;STB=0.52462;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0047034;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:120:121:16:18:103:103:0.85124:57:46:10:6:57:46:11:7 chr7 5104359 . G A 1573.39 PASS AF=0.8125;AO=116;DP=141;FAO=117;FDP=144;FR=.;FRO=27;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0206276;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.37;QD=43.7052;RBI=0.0218372;REFB=-0.0536078;REVB=0.00716709;RO=25;SAF=51;SAR=65;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270838;STB=0.514104;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00602236;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:25:27:116:117:0.8125:65:51:9:16:65:52:10:17 chr7 5105133 . C T 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00956976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.107;QD=31.0047;RBI=0.0109777;REFB=-0.0199225;REVB=-0.00537857;RO=12;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060624;STB=0.533306;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00921252;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:10:15:6:6:10:15:6:6 chr7 5112554 . A C 584.27 PASS AF=0.572727;AO=49;DP=112;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0252177;FXX=0.0517197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2894;QD=21.246;RBI=0.030396;REFB=-0.045796;REVB=0.0169702;RO=37;SAF=40;SAR=9;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717926;STB=0.514245;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0575636;OID=.;OPOS=5112554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:37:47:49:63:0.572727:9:40:30:7:22:41:32:15 chr7 5161512 . G T 855.69 PASS AF=0.864865;AO=63;DP=73;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0103769;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.697;QD=46.2537;RBI=0.0437802;REFB=-0.0356388;REVB=0.0425326;RO=10;SAF=43;SAR=20;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529807;STB=0.528837;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00476701;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:74:10:10:63:64:0.864865:20:43:5:5:20:44:5:5 chr7 5161640 . G C 3115.3 PASS AF=0.825;AO=231;DP=280;FAO=231;FDP=280;FR=.;FRO=49;FSAF=137;FSAR=94;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0138096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.958;QD=44.5043;RBI=0.0237883;REFB=-0.0217607;REVB=-0.0193695;RO=47;SAF=137;SAR=94;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201583;STB=0.514938;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0049382;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:47:49:231:231:0.825:94:137:25:22:94:137:25:24 chr7 5166500 . A G 1347.79 PASS AF=0.801527;AO=100;DP=133;FAO=105;FDP=131;FR=.;FRO=26;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0169138;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5476;QD=41.1538;RBI=0.0177396;REFB=-0.00536588;REVB=0.00534941;RO=26;SAF=60;SAR=40;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693773;STB=0.540533;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0058874;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:26:26:100:105:0.801527:40:60:20:6:45:60:20:6 chr7 5254227 . C G 5499.78 PASS AF=1;AO=344;DP=347;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763173;FXX=0.00287348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4407;QD=63.398;RBI=0.0830522;REFB=0.0111599;REVB=0.0327619;RO=1;SAF=194;SAR=150;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121293;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:347:347:1:0:344:347:1:150:194:1:0:152:195:0:0 chr7 5271656 . GCTTCCCT GC,GCT 1582.97 PASS AF=0,1;AO=20,103;DP=144;FAO=0,129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145217,0.0144013;FXX=0.203691;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=135.901,154.395;QD=49.0843;RBI=0.0158394,0.024955;REFB=0,0;REVB=-0.00632512,0.0203802;RO=0;SAF=0,55;SAR=20,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000628889;OID=.,.;OPOS=5271658,5271657;OREF=TTCCCT,CTTCC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:20,103:144:0,129:129:0:0,56:0,73:0:0:29:0:0,55:20,48:0:0 chr7 5327564 . G A 985.93 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0884295;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3366;QD=56.3388;RBI=0.099394;REFB=-0.146569;REVB=0.0453805;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.501703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00307834;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:67:68:0.971429:29:38:1:0:30:38:1:1 chr7 5346735 . T C,G 269.03 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=18,3;DP=21;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155392,-0.0120653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.695,188.632;QD=51.2435;RBI=0.0217868,0.0152586;REFB=0,0;REVB=-0.0152708,0.00934097;RO=0;SAF=12,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00139758,-0.00272208;OID=.,.;OPOS=5346735,5346735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:21:21:0:0:18,3:20,1:0.952381,0.047619:6,0:12,3:0:0:6,0:14,1:0:0 chr7 5372406 . G T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.795;QD=39.318;RBI=0.0625863;REFB=-0.0760376;REVB=0.0498826;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0112398;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr7 5410916 . G C 560.83 PASS AF=0.79661;AO=46;DP=58;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0673313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.799;QD=38.0224;RBI=0.083885;REFB=-0.0231632;REVB=0.0500318;RO=12;SAF=32;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499259;STB=0.522439;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00511748;OID=.;OPOS=5410916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:12:12:46:47:0.79661:14:32:7:5:15:32:7:5 chr7 5427517 . G A 89.83 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00148527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5468;QD=4.92192;RBI=0.018528;REFB=-0.0158879;REVB=0.0184684;RO=55;SAF=10;SAR=5;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891025;STB=0.539946;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0514011;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:73:73:55:58:15:15:0.205479:5:10:33:22:5:10:36:22 chr7 5427652 . G A 1228.14 PASS AF=0.748092;AO=98;DP=131;FAO=98;FDP=131;FR=.;FRO=33;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0462361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.91;QD=37.5004;RBI=0.0545818;REFB=-0.0540419;REVB=0.0290068;RO=33;SAF=41;SAR=57;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117711;STB=0.562928;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.010747;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:33:33:98:98:0.748092:57:41:22:11:57:41:22:11 chr7 5427720 . A G 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5757;QD=57.3841;RBI=0.0369457;REFB=0;REVB=-0.0317329;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265923;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr7 5427950 . G A 332.62 PASS AF=0.9;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00900246;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.992;QD=44.3494;RBI=0.0339549;REFB=0.0195725;REVB=0.0327397;RO=2;SAF=2;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164479;STB=0.65775;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00105024;OID=.;OPOS=5427950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:30:2:3:25:27:0.9:23:2:1:1:25:2:2:1 chr7 5434135 . A G 1416.99 PASS AF=0.970297;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0896123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0761;QD=56.1182;RBI=0.0901799;REFB=-0.0115239;REVB=0.0101019;RO=1;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114268;STB=0.507203;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00192334;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:101:1:3:97:98:0.970297:41:56:0:1:42:56:1:2 chr7 5459963 . CTA CTAC,TAC 46.31 PASS AF=0.0698467,0.00681431;AO=85,27;DP=605;FAO=41,4;FDP=587;FR=.;FRO=542;FSAF=23,1;FSAR=18,3;FSRF=325;FSRR=217;FWDB=-0.0585245,-0.0291134;FXX=0.0281452;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=80.4284,88.3419;QD=0.315537;RBI=0.0617462,0.0367094;REFB=-0.00508021,-0.00532027;REVB=-0.0196843,-0.0223604;RO=463;SAF=61,11;SAR=24,16;SRF=276;SRR=187;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.173065,-0.19152;STB=0.536789,0.814982;STBP=0.639,0.297;TYPE=ins,mnp;VARB=0.188543,0.114367;OID=.,.;OPOS=5459966,5459963;OREF=-,CTA;OALT=C,TAC;OMAPALT=CTAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:605:587:463:542:85,27:41,4:0.0698467,0.00681431:24,16:61,11:276:187:18,3:23,1:325:217 chr7 5459984 . T C 6358.12 PASS AF=0.737609;AO=498;DP=678;FAO=506;FDP=686;FR=.;FRO=180;FSAF=274;FSAR=232;FSRF=105;FSRR=75;FWDB=-0.0182185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.864;QD=37.0736;RBI=0.0231469;REFB=-0.0406708;REVB=0.014278;RO=178;SAF=271;SAR=227;SRF=103;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172379;STB=0.511072;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0107909;OID=.;OPOS=5459984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:678:686:178:180:498:506:0.737609:227:271:103:75:232:274:105:75 chr7 5460452 . G C 3923.86 PASS AF=0.718468;AO=317;DP=444;FAO=319;FDP=444;FR=.;FRO=125;FSAF=103;FSAR=216;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.0257275;FXX=0.0044842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.248;QD=35.3501;RBI=0.0434521;REFB=-0.0167275;REVB=-0.0350168;RO=122;SAF=102;SAR=215;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468332;STB=0.521904;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00732332;OID=.;OPOS=5460452;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:444:122:125:317:319:0.718468:215:102:49:73:216:103:49:76 chr7 5460518 . C CGCCGGGGCCGCCGGACTG,G 627.25 PASS AF=0.261649,0.0645161;AO=56,13;DP=294;FAO=73,18;FDP=279;FR=.;FRO=188;FSAF=36,18;FSAR=37,0;FSRF=99;FSRR=89;FWDB=-0.0180389,0.0989274;FXX=0.0035713;HRUN=1,2;LEN=18,1;MLLD=413.254,51.551;QD=8.99283;RBI=0.0183723,0.0999652;REFB=-0.0107385,0.0210314;REVB=0.00348458,0.0143673;RO=203;SAF=32,13;SAR=24,0;SRF=106;SRR=97;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0635799,0.525864;STB=0.524073,0.99937;STBP=0.613,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.0220955,-0.0869975;OID=.,.;OPOS=5460519,5460518;OREF=-,C;OALT=GCCGGGGCCGCCGGACTG,G;OMAPALT=CGCCGGGGCCGCCGGACTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:279:203:188:56,13:73,18:0.261649,0.0645161:24,0:32,13:106:97:37,0:36,18:99:89 chr7 5460550 . C T 896.6 PASS AF=0.407407;AO=98;DP=243;FAO=99;FDP=243;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=-0.00625438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.829;QD=14.7589;RBI=0.0109331;REFB=-0.00705182;REVB=-0.00896741;RO=143;SAF=57;SAR=41;SRF=81;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164887;STB=0.509986;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0092945;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:143:144:98:99:0.407407:41:57:81:62:41:58:82:62 chr7 5468382 . T G 77.69 PASS AF=0.1;AO=23;DP=216;FAO=22;FDP=220;FR=.;FRO=198;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=86;FSRR=112;FWDB=-0.0166282;FXX=0.0434764;HRUN=27;LEN=1;MLLD=141.061;QD=1.41247;RBI=0.0243856;REFB=-0.000664151;REVB=-0.017837;RO=183;SAF=4;SAR=19;SRF=73;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319824;STB=0.705548;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00321603;OID=.;OPOS=5468382;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:216:220:183:198:23:22:0.1:19:4:73:110:17:5:86:112 chr7 5487423 . C G 1394.64 PASS AF=1;AO=55;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4531;QD=60.6365;RBI=0.128082;REFB=0;REVB=-0.0598388;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164299;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:0:0:55:92:1:15:40:0:0:26:66:0:0 chr7 5487458 . T G 1088.98 PASS AF=1;AO=5;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842398;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1329;QD=55.1382;RBI=0.175183;REFB=0;REVB=0.153599;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449728;OID=.;OPOS=5487458;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:0:0:5:79:1:2:3:0:0:27:52:0:0 chr7 5515624 . T G 4071.17 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465283;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.811;QD=62.1553;RBI=0.0172942;REFB=-0.00211094;REVB=0.0166566;RO=1;SAF=141;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12109e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:257:262:1:0:256:262:1:115:141:1:0:120:142:0:0 chr7 5518331 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0362;QD=58.1318;RBI=0.0492589;REFB=0;REVB=0.0231038;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903926;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr7 5518333 . A T 429.23 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.571;QD=57.2305;RBI=0.0850647;REFB=0;REVB=0.0415672;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692279;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:21:9:0:0 chr7 5528883 . G A 2027.4 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.522;QD=62.3816;RBI=0.0123804;REFB=0;REVB=0.0119787;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31049e-06;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:59:70:0:0:59:71:0:0 chr7 5529758 . G A 489.58 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452801;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.743;QD=59.3435;RBI=0.0538753;REFB=0;REVB=0.0291936;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237769;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr7 5540769 . A C 3498.01 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176532;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6623;QD=62.4644;RBI=0.0430424;REFB=0.003034;REVB=-0.0392557;RO=1;SAF=123;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138942;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:1:0:224:224:1:101:123:1:0:101:123:0:0 chr7 5541657 . G A 1345.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9411;QD=61.8539;RBI=0.0627175;REFB=0;REVB=0.0291512;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106585;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:34:52:0:0:35:52:0:0 chr7 5659962 . GC G 65.57 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.029062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1288;QD=12.4895;RBI=0.118495;REFB=-0.148699;REVB=0.114876;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0.22884;SSEP=0;SSSB=0.380371;STB=0.571312;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=0.171619;OID=.;OPOS=5659963;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:8:20:12:21:9:6:6:3:6:40:9:6:2:3:6 chr7 5765037 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00867212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.456;QD=12.4136;RBI=0.0119748;REFB=-0.0079462;REVB=-0.00825772;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.581459;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.014398;OID=.;OPOS=5765037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:21:16:13:10:21:16 chr7 5949726 . T C 55.68 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=51;FAO=9;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.2372;QD=4.12416;RBI=0.216793;REFB=-0.0131427;REVB=-0.20922;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391983;STB=0.576109;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0360725;OID=.;OPOS=5949726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:51:54:30:45:5:9:0.166667:1:4:14:16:5:4:16:29 chr7 5965258 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0522237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.695;QD=16.3855;RBI=0.052294;REFB=0.00346015;REVB=0.00270929;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44639;STB=0.768498;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00539084;OID=.;OPOS=5965258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:4:4:1:8:4:4 chr7 5965334 . C T 173.73 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00973653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.109;QD=27.7965;RBI=0.0521954;REFB=-0.0501904;REVB=0.0512792;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169637;STB=0.509423;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0228229;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:9:8:4:4:9:8:4:4 chr7 5983012 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.389;QD=57.2023;RBI=0.0439796;REFB=0;REVB=0.0369856;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33814e-05;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr7 6026775 . T C 230.21 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.273;QD=46.0413;RBI=0.020492;REFB=-0.209508;REVB=0.00887601;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00203477;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:10:9:0:0:10:9:0:1 chr7 6026988 . G A 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0162043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.032;QD=20.3964;RBI=0.0176679;REFB=-0.0161717;REVB=-0.00704105;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183866;STB=0.601707;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0211374;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:8:19:15:16:8:19 chr7 6036980 . G C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0820849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2657;QD=44.6865;RBI=0.0844247;REFB=0;REVB=-0.0197384;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00470392;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr7 6043964 . CTG ATC,C 103.81 PASS AF=0.0666667,0.2;AO=3,11;DP=61;FAO=4,12;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=4,9;FSAR=0,3;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00274845,-0.0273164;FXX=0.0476115;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=103.581,250.839;QD=6.92087;RBI=0.00813761,0.027385;REFB=0.000698317,0.00313379;REVB=-0.00765942,0.00193685;RO=44;SAF=3,8;SAR=0,3;SRF=20;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.511101,0.337837;STB=0.997509,0.735963;STBP=0.031,0.065;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00980833,-0.0149569;OID=.,.;OPOS=6043964,6043965;OREF=CTG,TG;OALT=ATC,-;OMAPALT=ATC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:61:60:44:44:3,11:4,12:0.0666667,0.2:0,3:3,8:20:24:0,3:4,9:20:24 chr7 6066450 . T C 352.37 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0128029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9711;QD=18.3051;RBI=0.0131098;REFB=-0.0215903;REVB=0.00282001;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128723;STB=0.57169;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0317389;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:25:15:19:18:25:15 chr7 6066461 . T C 316.59 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0146397;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.467;QD=17.5882;RBI=0.0212856;REFB=-0.00668383;REVB=0.0154518;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827809;STB=0.540339;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00594843;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:38:34:34:0.472222:16:18:24:15:16:18:23:15 chr7 6087389 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00625275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.579;QD=15.9174;RBI=0.00953856;REFB=-0.024188;REVB=-0.00720328;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.643036;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0231562;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:5:7:4:11:6:7:4:11 chr7 6087400 . C A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0213591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.665;QD=17.542;RBI=0.0305339;REFB=0.00779913;REVB=0.0218199;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254966;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00391427;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:5:11:6:9:5:11 chr7 6088420 . A G 38.51 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00778577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.122;QD=11.0037;RBI=0.173076;REFB=0.00726644;REVB=0.172901;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160905;STB=0.642419;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0314142;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:2:3:6:2:3:3:6:2 chr7 6189780 . T C 308.26 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0547889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8068;QD=15.8083;RBI=0.0945522;REFB=-0.0138893;REVB=-0.0770603;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016785;STB=0.50378;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0162883;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:44:34:34:0.435897:18:16:20:21:18:16:21:23 chr7 6193464 . T G 330.1 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00415287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.396;QD=18.3387;RBI=0.0160372;REFB=-0.00752375;REVB=-0.0154901;RO=33;SAF=8;SAR=27;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527762;STB=0.564814;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0067684;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:37:35:35:0.486111:27:8:9:24:27:8:12:25 chr7 6193521 . G C 59.64 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0409549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.178;QD=17.0396;RBI=0.0435539;REFB=-0.0371447;REVB=0.0148202;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0218705;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:5:2:2:4:6:2:2:4 chr7 6194266 . G C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0123491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.696;QD=14.2417;RBI=0.0456529;REFB=-0.0156675;REVB=0.043951;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330789;STB=0.678773;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0188835;OID=.;OPOS=6194266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:14:8:21:9:14:8:21:10 chr7 6194274 . T C 207.97 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.008812;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.24;QD=15.1249;RBI=0.00951427;REFB=-0.0130018;REVB=-0.00358749;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335746;STB=0.690321;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0208747;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:21:10:16:8:21:10 chr7 6199072 . G C 203.45 PASS AF=0.337838;AO=23;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00154203;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.492;QD=10.9971;RBI=0.00920488;REFB=-0.0175338;REVB=0.0090748;RO=48;SAF=9;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264403;STB=0.625435;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0333541;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:49:23:25:0.337838:14:9:30:18:14:11:31:18 chr7 6204999 . A C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.61;QD=55.6464;RBI=0.0394151;REFB=0;REVB=0.0320584;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328915;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr7 6370144 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000138644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.411;QD=18.9665;RBI=0.00453948;REFB=-0.00517753;REVB=0.00453737;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287599;STB=0.663744;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00499319;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:6:16:11:14:6:16:11:14 chr7 6370194 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7481;QD=60.6084;RBI=0.0163045;REFB=0;REVB=-0.0132261;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214703;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr7 6370305 . C G,T 339.36 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=22,2;DP=24;FAO=25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623683,0.0192509;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.1054,75.5983;QD=52.2098;RBI=0.0637691,0.0200122;REFB=0,0;REVB=0.0132927,-0.00546706;RO=0;SAF=9,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0286876,0.112689;OID=.,.;OPOS=6370305,6370305;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:24:26:0:0:22,2:25,1:0.961538,0.0384615:13,1:9,1:0:0:15,1:10,0:0:0 chr7 6370406 . C T 214.34 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.602;QD=45.1238;RBI=0.0653132;REFB=-0.0219719;REVB=0.0539563;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000506828;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr7 6442371 . G A 350.14 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0764362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.02;QD=28.0115;RBI=0.0764688;REFB=-0.00249935;REVB=0.00223213;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116747;STB=0.564062;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00114807;OID=.;OPOS=6442371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:12:18:15:5:12:18:15:5 chr7 6442433 . C T 164.49 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00193525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.378;QD=13.7071;RBI=0.0063208;REFB=-0.0005177;REVB=-0.00601726;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186249;STB=0.609247;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000828264;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:5:13:17:13:5:13:17:13 chr7 6449496 . T C 387.07 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=-0.0124804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5067;QD=23.8196;RBI=0.035302;REFB=-0.016131;REVB=0.0330223;RO=27;SAF=34;SAR=4;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264564;STB=0.642049;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00645572;OID=.;OPOS=6449496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:4:34:27:0:4:34:27:0 chr7 6452461 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0109112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.478;QD=12.7377;RBI=0.0276872;REFB=-0.00147805;REVB=0.0254466;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315789;STB=0.681621;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00279049;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:22:6:8:8:22:6 chr7 6456347 . G T 444.5 PASS AF=0.583333;AO=40;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0043309;FXX=0.0999875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.499;QD=24.6943;RBI=0.026396;REFB=-0.0155132;REVB=0.0260382;RO=27;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183786;STB=0.576409;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0127603;OID=.;OPOS=6456347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:30:40:42:0.583333:26:14:16:11:27:15:16:14 chr7 6461534 . C T 309.71 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0326421;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8684;QD=15.6815;RBI=0.0417642;REFB=0.016426;REVB=0.0260527;RO=42;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217705;STB=0.632506;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0210231;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:42:45:34:34:0.43038:24:10:21:21:24:10:23:22 chr7 6505901 . T C 1108.0 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.544;QD=59.8921;RBI=0.0200235;REFB=0;REVB=0.0199765;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281725;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:43:29:0:0:44:30:0:0 chr7 6537821 . G C 1650.37 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.007;QD=59.4727;RBI=0.0395372;REFB=0;REVB=0.0330943;RO=0;SAF=15;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75704e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492168;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:93:15:0:0:96:15:0:0 chr7 6566322 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.784;QD=49.5992;RBI=0.0453131;REFB=0;REVB=0.0440491;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248039;OID=.;OPOS=6566322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr7 6591041 . C G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0271862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.612;QD=11.6672;RBI=0.0272463;REFB=-0.0188474;REVB=0.00180893;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0333674;OID=.;OPOS=6591041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:12:14:8:6:12:14 chr7 6621277 . G A 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0283815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1276;QD=15.0176;RBI=0.0330898;REFB=-0.00188818;REVB=0.0170126;RO=40;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183015;STB=0.604322;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00232341;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:22:8:17:23:22:8:17:23 chr7 6647738 . T C 340.23 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7887;QD=54.4372;RBI=0.14698;REFB=0;REVB=-0.146755;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382644;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr7 6656830 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00848658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.221;QD=7.52764;RBI=0.0115075;REFB=-0.00235064;REVB=-0.00777174;RO=43;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417754;STB=0.525392;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00669538;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:8:8:20:23:8:8:20:23 chr7 6656897 . A G 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00925654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1749;QD=5.47982;RBI=0.0202886;REFB=0.0111596;REVB=-0.0180539;RO=47;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104976;STB=0.566825;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0494766;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:8:5:22:25:8:5:22:25 chr7 6713936 . C T 417.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00343506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.444;QD=53.9278;RBI=0.0068469;REFB=-0.00821758;REVB=0.00592287;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=9.47074e-05;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr7 6713940 . CAG C 359.05 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223957;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.593;QD=55.2384;RBI=0.0232015;REFB=0;REVB=0.0230932;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000460336;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:27:26:26:0:13:13:0:0:4:1:13:10:0:1 chr7 6713984 . C CG 127.34 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232942;FXX=0.315623;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.8232;QD=39.1822;RBI=0.0362353;REFB=0;REVB=-0.0277556;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000701651;OID=.;OPOS=6713985;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:19:13:13:0:4:9:0:0:3:17:0:2:9:8 chr7 6713985 . A G 192.79 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0595136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.898;QD=40.5866;RBI=0.0623379;REFB=-0.118994;REVB=-0.018551;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101507;STB=0.55549;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00210873;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:0:2:8:9:0:2 chr7 6714028 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.023;QD=44.6898;RBI=0.0278896;REFB=0;REVB=0.0117422;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137292;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr7 6715439 . T G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000639196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.634;QD=16.4153;RBI=0.0237511;REFB=-0.0421658;REVB=0.0237425;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.52937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0394209;OID=.;OPOS=6715439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:6:10:8:6:6:10 chr7 6776956 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.062;QD=59.1432;RBI=0.0251835;REFB=0;REVB=-0.00987894;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80395e-05;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr7 6777043 . C T 141.29 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00914968;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.841;QD=12.0246;RBI=0.015766;REFB=-0.0170395;REVB=-0.0128394;RO=31;SAF=15;SAR=1;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566606;STB=0.850951;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.01339;OID=.;OPOS=6777043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:31:31:16:16:0.340426:1:15:19:12:1:15:19:12 chr7 7283569 . G A 255.33 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0166978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7564;QD=15.7125;RBI=0.0292654;REFB=-0.0100895;REVB=-0.0240343;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176082;STB=0.598865;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00756986;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:11:25:15:14:11:25 chr7 7476098 . T C 171.37 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00549754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.268;QD=17.5763;RBI=0.00854122;REFB=-0.0301688;REVB=0.00653679;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0296695;OID=.;OPOS=7476098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:12:9:9:9:12:9 chr7 7493097 . C G 417.77 PASS AF=0.277778;AO=52;DP=208;FAO=60;FDP=216;FR=.;FRO=156;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=89;FSRR=67;FWDB=-0.0084857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.598;QD=7.73651;RBI=0.0185307;REFB=-0.0081782;REVB=0.0164736;RO=147;SAF=15;SAR=37;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337547;STB=0.696031;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0272774;OID=.;OPOS=7493097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:216:147:156:52:60:0.277778:37:15:82:65:42:18:89:67 chr7 7495735 . T C 1585.91 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.5;QD=64.0773;RBI=0.0295115;REFB=0;REVB=0.00631597;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43109e-05;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:40:57:0:0:40:59:0:0 chr7 7514235 . C G 1252.97 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00970351;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0155;QD=60.384;RBI=0.0122847;REFB=-0.0751823;REVB=0.00753358;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000401125;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:48:34:0:0:48:34:1:0 chr7 7545691 . G C 1369.75 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695459;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.851;QD=62.2612;RBI=0.00902639;REFB=0;REVB=0.00575407;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356361;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr7 7551443 . A T 271.56 PASS AF=0.327273;AO=35;DP=109;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0143939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.789;QD=9.87502;RBI=0.0165846;REFB=-0.0121039;REVB=0.00823794;RO=72;SAF=13;SAR=22;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182999;STB=0.61327;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0198855;OID=.;OPOS=7551443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:72:74:35:36:0.327273:22:13:38:34:23:13:39:35 chr7 7571094 . G C 1607.39 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.553;QD=60.0895;RBI=0.0298953;REFB=0;REVB=0.0256703;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01713e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:45:61:0:0:46:61:0:0 chr7 7572380 . TA AC 30.43 PASS AF=0.0603675;AO=25;DP=385;FAO=23;FDP=381;FR=.;FRO=358;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=202;FSRR=156;FWDB=0.0188617;FXX=0.0155035;HRUN=13;LEN=2;MLLD=29.3025;QD=0.319476;RBI=0.0570744;REFB=-0.00309176;REVB=-0.0538676;RO=338;SAF=17;SAR=8;SRF=191;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131644;STB=0.630748;STBP=0.197;TYPE=mnp;VARB=0.00641744;OID=.;OPOS=7572380;OREF=TA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:385:381:338:358:25:23:0.0603675:8:17:191:147:7:16:202:156 chr7 7646651 . G T 1470.75 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0144965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.843;QD=60.0306;RBI=0.0250293;REFB=-0.0814114;REVB=0.0204038;RO=3;SAF=59;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234994;STB=0.512394;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000667523;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:36:59:3:0:36:59:3:0 chr7 7646687 . A G 1966.99 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=127;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00847504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.443;QD=60.5229;RBI=0.0416266;REFB=0.0441095;REVB=0.0407547;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000349263;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:130:0:1:126:129:0.992308:57:69:0:0:61:68:1:0 chr7 8125964 . C T 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0066367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.683;QD=18.1404;RBI=0.0126831;REFB=-0.00983788;REVB=-0.0108081;RO=50;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808644;STB=0.545061;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0113261;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:19:24:32:18:19:24:32:18 chr7 8132252 . T C 424.18 PASS AF=0.472527;AO=44;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00371937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.936;QD=18.6453;RBI=0.0138243;REFB=-0.00854415;REVB=-0.0133145;RO=46;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126922;STB=0.580455;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00940508;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:48:44:43:0.472527:17:27:22:24:16:27:23:25 chr7 8196529 . A T 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.144;QD=60.2032;RBI=0.0212594;REFB=0;REVB=-0.0209187;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37749e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr7 8196566 . AAAAAAAAAAAAAAAAAAAG A,AA,AAAAAGAAAGAAAGAAAGAA 373.3 PASS AF=0.0333333,0.6,0.366667;AO=6,9,2;DP=36;FAO=1,18,11;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8,8;FSAR=0,10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191642,-0.0196839,-0.0260648;FXX=0.422996;HRUN=25,25,25;LEN=19,18,15;MLLD=180.209,182.345,115.696;QD=49.7727;RBI=0.020355,0.02087,0.0262412;REFB=0,0,0;REVB=0.00685998,0.00693546,0.00303703;RO=0;SAF=3,4,1;SAR=3,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00363537,0.00146174,-0.00208516;OID=.,.,.;OPOS=8196567,8196568,8196571;OREF=AAAAAAAAAAAAAAAAAAG,AAAAAAAAAAAAAAAAAG,AAAAAAAAAAAAAAG;OALT=-,-,GAAAGAAAGAAAGAA;OMAPALT=A,AA,AAAAAGAAAGAAAGAAAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0333333,0.6,0.366667:6,9,2:36:1,18,11:30:0:1,8,8:0,10,3:0:0:81:0:3,4,1:3,5,1:0:0 chr7 8196594 . AAAG A 49.03 PASS AF=0.205882;AO=11;DP=75;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00897399;FXX=0.139223;HRUN=3;LEN=3;MLLD=227.508;QD=2.8844;RBI=0.00899707;REFB=-0.0046383;REVB=0.000643925;RO=57;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421184;STB=0.694856;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.0267271;OID=.;OPOS=8196595;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:11:75:14:68:54:9:5:21:33:49:57:5:6:24:33 chr7 8196601 . G A 70.63 PASS AF=0.162791;AO=3;DP=75;FAO=14;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0246214;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.769;QD=3.28527;RBI=0.0249725;REFB=-0.0111299;REVB=0.00417259;RO=66;SAF=2;SAR=1;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186269;STB=0.612088;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.108617;OID=.;OPOS=8196601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:75:86:66:69:3:14:0.162791:1:2:29:37:6:8:30:39 chr7 8475410 . A G 91.06 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0471244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5887;QD=8.67248;RBI=0.0482767;REFB=-0.00397728;REVB=-0.0104848;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180169;STB=0.537129;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0289906;OID=.;OPOS=8475410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:42:26:30:12:12:0.285714:5:7:19:7:5:7:19:11 chr7 8792148 . T C 1344.31 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6112;QD=61.1051;RBI=0.0562411;REFB=-0.135764;REVB=-0.00326932;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000930627;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:86:87:0.988636:52:34:0:0:52:35:0:1 chr7 11022230 . A G 173.09 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.153648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.382;QD=38.4652;RBI=0.161024;REFB=-0.00257997;REVB=0.0481749;RO=2;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609953;STB=0.533293;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00162286;OID=.;OPOS=11022230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:18:2:2:16:16:0.888889:14:2:0:2:14:2:0:2 chr7 11022564 . G A 696.72 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00735039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.707;QD=52.5823;RBI=0.0347607;REFB=-0.109046;REVB=0.0339746;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.513883;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00195298;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:35:16:0:1:35:16:0:2 chr7 11581121 . T C 422.32 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00332511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.018;QD=20.8551;RBI=0.00761464;REFB=-0.0291984;REVB=-0.00685028;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167856;STB=0.59255;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0309641;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:21:21:27:12:21:21:27:12 chr7 11581134 . T C 432.09 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0240313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.486;QD=20.3335;RBI=0.034051;REFB=-0.0259664;REVB=-0.024124;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192876;STB=0.611062;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0139844;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:22:21:29:12:22:21:30:12 chr7 11676377 . G A 669.2 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=151;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.000901807;FXX=0.013071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.343;QD=17.7272;RBI=0.0154789;REFB=-0.0109548;REVB=-0.0154526;RO=79;SAF=46;SAR=25;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667733;STB=0.534338;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0146365;OID=.;OPOS=11676377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:80:71:71:0.470199:25:46:46:33:25:46:47:33 chr7 12269417 . C G 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0343571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.012;QD=9.82653;RBI=0.0355365;REFB=0.0177994;REVB=0.00907902;RO=48;SAF=13;SAR=10;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274324;STB=0.516115;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0358821;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:10:13:26:22:10:13:26:22 chr7 12271997 . G A 164.32 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0486802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6447;QD=13.6931;RBI=0.0714315;REFB=-0.000678383;REVB=-0.0522752;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.62487;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00134593;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:9:21:9:9:9:21 chr7 12272026 . A G 154.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0286445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7641;QD=10.6428;RBI=0.0371215;REFB=-0.0198813;REVB=0.0236115;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282503;STB=0.664273;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0655538;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:13:25:8:12:13:25 chr7 12370794 . T C 386.81 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0392416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0361;QD=12.7871;RBI=0.0395444;REFB=-0.0301705;REVB=0.0048843;RO=74;SAF=31;SAR=15;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168596;STB=0.600867;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0582604;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:74:75:46:46:0.380165:15:31:39:35:15:31:39:36 chr7 12376689 . T C 764.59 PASS AF=0.601695;AO=71;DP=118;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0192725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.78;QD=25.9184;RBI=0.0331084;REFB=-0.018145;REVB=0.0269209;RO=47;SAF=41;SAR=30;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128684;STB=0.569696;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00978769;OID=.;OPOS=12376689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:47:47:71:71:0.601695:30:41:35:12:30:41:35:12 chr7 12376811 . A C 211.47 PASS AF=0.262712;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=118;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0137763;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.575;QD=7.16847;RBI=0.0154128;REFB=-0.00119178;REVB=0.00691141;RO=87;SAF=17;SAR=14;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108683;STB=0.565081;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00342038;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:87:87:31:31:0.262712:14:17:40:47:14:17:40:47 chr7 12391319 . G T 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0128939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.962;QD=7.08117;RBI=0.0196312;REFB=-0.0107779;REVB=-0.0148031;RO=41;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218597;STB=0.63511;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0249594;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:43:15:15:0.258621:5:10:20:21:5:10:21:22 chr7 12393966 . A G 301.82 PASS AF=0.414634;AO=32;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0306395;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4278;QD=14.7231;RBI=0.0732033;REFB=-0.00226988;REVB=0.0664827;RO=49;SAF=25;SAR=7;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687215;STB=0.528029;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00489551;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:48:32:34:0.414634:7:25:36:13:8:26:35:13 chr7 12393974 . A C 339.04 PASS AF=0.440476;AO=35;DP=82;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.00563428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.044;QD=16.1446;RBI=0.0116183;REFB=-0.00951885;REVB=0.0101607;RO=45;SAF=27;SAR=8;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807365;STB=0.524688;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0178847;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:45:47:35:37:0.440476:8:27:32:13:9:28:34:13 chr7 12394053 . G T 514.11 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.014178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.143;QD=21.8771;RBI=0.0214702;REFB=-0.0003712;REVB=-0.0161231;RO=45;SAF=35;SAR=13;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435858;STB=0.5147;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000254477;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:45:48:49:0.521277:13:35:31:14:14:35:31:14 chr7 12395813 . T C 564.12 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000776213;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4607;QD=28.5629;RBI=0.00628679;REFB=-0.0256573;REVB=-0.00623869;RO=28;SAF=27;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284801;STB=0.504333;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0136399;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:29:50:50:0.632911:23:27:15:13:23:27:16:13 chr7 12400783 . C T 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00296114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0795;QD=8.90085;RBI=0.0029647;REFB=0.00544558;REVB=0.000145057;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306449;STB=0.681048;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0120518;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:7:11:14:27:7:11:14:27 chr7 12400837 . G A 1110.52 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130346;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.361;QD=60.8504;RBI=0.0102963;REFB=0;REVB=0.0102135;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21462e-05;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:34:39:0:0 chr7 12401021 . C T 436.3 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0260465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.298;QD=14.0742;RBI=0.0260954;REFB=-0.0202941;REVB=0.00159736;RO=73;SAF=28;SAR=22;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418627;STB=0.519862;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0332694;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:73:74:50:50:0.403226:22:28:38:35:22:28:39:35 chr7 12406989 . C G 928.34 PASS AF=0.597222;AO=69;DP=128;FAO=86;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00145385;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.753;QD=25.7873;RBI=0.0747728;REFB=-0.040917;REVB=0.0747587;RO=58;SAF=47;SAR=22;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566366;STB=0.521036;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0312795;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:144:58:58:69:86:0.597222:22:47:36:22:37:49:36:22 chr7 12409263 . C A 319.14 PASS AF=0.371429;AO=34;DP=109;FAO=39;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.00331314;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.314;QD=12.1577;RBI=0.0117249;REFB=-0.0138882;REVB=-0.011247;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156008;STB=0.588811;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0256044;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:48:65:34:39:0.371429:14:20:35:13:16:23:47:18 chr7 12409327 . C T 487.93 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0537309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8772;QD=16.8252;RBI=0.0557276;REFB=0.0021584;REVB=-0.0147835;RO=63;SAF=32;SAR=21;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484807;STB=0.526975;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00225715;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:21:32:41:22:21:32:41:22 chr7 12409522 . A G 138.25 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0203979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.816;QD=8.91946;RBI=0.0294997;REFB=-0.0116963;REVB=-0.021311;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891088;STB=0.553135;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.017494;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:19:24:12:7:19:24 chr7 12409535 . A G 186.05 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0205903;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.695;QD=10.336;RBI=0.0268558;REFB=-0.0105918;REVB=-0.0172416;RO=48;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233614;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:48:48:24:24:0.333333:11:13:26:22:11:13:26:22 chr7 12410112 . G A 816.29 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.167;QD=56.2961;RBI=0.0180156;REFB=0;REVB=0.0171654;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718051;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:54:58:1:24:30:0:0:27:31:0:0 chr7 12410362 . C T 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00869757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=360.688;QD=15.2045;RBI=0.00871758;REFB=-0.00680939;REVB=0.000590317;RO=56;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386106;STB=0.521848;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00946132;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:23:16:25:31:23:16:25:31 chr7 12414725 . G A 492.67 PASS AF=0.379747;AO=59;DP=155;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0319741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8678;QD=12.4726;RBI=0.0440819;REFB=-0.00166917;REVB=-0.0303459;RO=94;SAF=28;SAR=31;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302898;STB=0.521355;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00129533;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:94:98:59:60:0.379747:31:28:42:52:31:29:44:54 chr7 12417407 . C T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.036;QD=56.0078;RBI=0.0221503;REFB=-0.0631748;REVB=-0.00401348;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000325234;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:1:0:30:30:1:0 chr7 12419108 . A T 1643.45 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.45;QD=58.6947;RBI=0.0318342;REFB=-0.134185;REVB=0.00753608;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000575526;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:0:1:110:111:0.991071:44:66:0:0:44:67:0:1 chr7 12428550 . G A 54.39 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.014643;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.038;QD=6.2162;RBI=0.0197046;REFB=-0.00264968;REVB=-0.0131855;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167222;STB=0.609875;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0353562;OID=.;OPOS=12428550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:38:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:17:10:2:6:17:10 chr7 12428582 . C T 61.48 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0764559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.635;QD=7.02606;RBI=0.0809755;REFB=-0.00546108;REVB=-0.0266743;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157281;STB=0.599772;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0397904;OID=.;OPOS=12428582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:14:12:3:6:14:12 chr7 12428803 . G A 424.33 PASS AF=0.384;AO=33;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.00810493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.642;QD=13.5786;RBI=0.00900404;REFB=-0.0142616;REVB=0.0039221;RO=74;SAF=24;SAR=9;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109379;STB=0.620422;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0292973;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:33:48:0.384:9:24:48:26:10:38:48:27 chr7 12611252 . T C 667.06 PASS AF=0.418079;AO=73;DP=176;FAO=74;FDP=177;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=68;FWDB=0.0327157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.895;QD=15.0747;RBI=0.038014;REFB=-0.0147087;REVB=0.0193583;RO=101;SAF=32;SAR=41;SRF=33;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119906;STB=0.563335;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0181695;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:101:103:73:74:0.418079:41:32:33:68:41:33:35:68 chr7 12636026 . T C 426.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.268;QD=56.8149;RBI=0.0211723;REFB=0;REVB=0.0207164;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212571;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr7 13935307 . C T 840.81 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.26;QD=57.0037;RBI=0.0407595;REFB=0;REVB=0.0211239;RO=0;SAF=10;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200998;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:48:10:0:0:48:11:0:0 chr7 14025727 . C T 358.8 PASS AF=0.346154;AO=44;DP=129;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00941316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.581;QD=11.0399;RBI=0.0213396;REFB=-0.0116028;REVB=0.0191513;RO=85;SAF=20;SAR=24;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989452;STB=0.563112;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0210517;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:85:85:44:45:0.346154:24:20:46:39:25:20:46:39 chr7 14025766 . T A 470.88 PASS AF=0.370861;AO=53;DP=151;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0308624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5812;QD=12.4736;RBI=0.080541;REFB=-0.00127253;REVB=-0.0743934;RO=92;SAF=22;SAR=31;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107436;STB=0.573136;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0015603;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:92:95:53:56:0.370861:31:22:47:45:33:23:50:45 chr7 14187931 . T C 2384.43 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3219;QD=61.1391;RBI=0.00449856;REFB=0;REVB=0.000659079;RO=0;SAF=75;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03091e-05;OID=.;OPOS=14187931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:81:75:0:0:81:75:0:0 chr7 14188806 . C T 391.57 PASS AF=0.313253;AO=51;DP=165;FAO=52;FDP=166;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=76;FSRR=38;FWDB=-0.00910813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.823;QD=9.43533;RBI=0.0140184;REFB=-0.00543779;REVB=-0.0106564;RO=111;SAF=29;SAR=22;SRF=74;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120895;STB=0.564352;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0121381;OID=.;OPOS=14188806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:111:114:51:52:0.313253:22:29:74:37:22:30:76:38 chr7 14217673 . G A 612.78 PASS AF=0.679487;AO=52;DP=77;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00268797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.371;QD=31.4248;RBI=0.00790672;REFB=-0.0345306;REVB=0.0074358;RO=25;SAF=18;SAR=34;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608255;STB=0.535042;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0167587;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:25:25:52:53:0.679487:34:18:11:14:35:18:11:14 chr7 14758273 . C T 1179.16 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00145699;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7996;QD=58.9578;RBI=0.00320632;REFB=-0.0574578;REVB=0.00285616;RO=1;SAF=23;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201293;STB=0.510636;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00199216;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:77:79:0.9875:54:23:1:0:56:23:1:0 chr7 15427153 . A G 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0254665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7033;QD=15.1687;RBI=0.0541242;REFB=0.000132007;REVB=0.0477586;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124646;STB=0.507196;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000533114;OID=.;OPOS=15427153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:11:13:9:8:11:13 chr7 15470677 . A T 250.55 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0188041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.271;QD=9.63662;RBI=0.0419426;REFB=-0.0118359;REVB=-0.0374912;RO=68;SAF=10;SAR=23;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470497;STB=0.516668;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0291017;OID=.;OPOS=15470677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:71:33:33:0.317308:23:10:23:45:23:10:23:48 chr7 15651770 . C T 614.6 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.227;QD=58.5331;RBI=0.0353181;REFB=-0.0293581;REVB=0.0251833;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000767216;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:28:12:0:0:29:12:1:0 chr7 16823095 . G A 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0195429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.093;QD=10.3663;RBI=0.0210953;REFB=-0.00973106;REVB=-0.00794285;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116742;STB=0.568344;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.01671;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:13:9:22:21:13:9:22:21 chr7 16834551 . C A 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.404;QD=62.1778;RBI=0.0219745;REFB=0;REVB=0.0025557;RO=0;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3765e-05;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:65:63:0:0:65:63:0:0 chr7 16834597 . A G 432.97 PASS AF=0.454545;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0329227;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8404;QD=17.4936;RBI=0.0433336;REFB=-0.0164809;REVB=0.0281761;RO=54;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103374;STB=0.556427;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0239856;OID=.;OPOS=16834597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:43:45:0.454545:21:22:22:32:22:23:22:32 chr7 16899197 . C T 554.83 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432002;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.105;QD=59.981;RBI=0.0432054;REFB=0;REVB=0.000664889;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55454e-05;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:29:8:0:0 chr7 16913394 . A G 475.51 PASS AF=0.970588;AO=34;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109743;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3613;QD=55.9422;RBI=0.141935;REFB=0.043676;REVB=0.0900111;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00465752;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:34:33:0.970588:17:17:0:0:16:17:0:1 chr7 17831806 . C T 479.91 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0129291;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.239;QD=21.8141;RBI=0.0237278;REFB=-0.0261567;REVB=-0.0198959;RO=42;SAF=30;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111809;STB=0.565421;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0182948;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:45:46:0.522727:15:30:23:19:15:31:23:19 chr7 17854532 . G T 1528.83 PASS AF=0.941176;AO=90;DP=116;FAO=112;FDP=119;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0074076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.997;QD=51.3892;RBI=0.0157618;REFB=-0.12275;REVB=0.0139126;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509137;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0008234;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:116:119:0:7:90:112:0.941176:45:45:0:0:47:65:3:4 chr7 18767343 . A G 1875.96 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707508;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.08;QD=61.5069;RBI=0.07083;REFB=0;REVB=0.0033483;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98485e-05;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:118:122:1:63:55:0:0:63:59:0:0 chr7 18977653 . G A 1794.79 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131954;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1822;QD=60.8404;RBI=0.0521056;REFB=0;REVB=0.0504071;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461186;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:56:61:0:0:56:62:0:0 chr7 18993870 . C T 753.87 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.405;QD=61.5401;RBI=0.0228237;REFB=-0.0138609;REVB=0.00123548;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-1.23942e-05;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:49:48:0.979592:36:13:0:0:36:12:1:0 chr7 19155074 . T C 327.76 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00142896;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.132;QD=15.0695;RBI=0.0157534;REFB=-0.0135025;REVB=-0.0156885;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448361;STB=0.535672;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0228662;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:51:36:36:0.413793:17:19:28:21:17:19:30:21 chr7 19184732 . C A 358.49 PASS AF=0.383929;AO=41;DP=110;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0698887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8053;QD=12.8031;RBI=0.072988;REFB=-0.0180647;REVB=0.0210432;RO=69;SAF=31;SAR=10;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302026;STB=0.68096;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0301246;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:69:69:41:43:0.383929:10:31:35:34:10:33:35:34 chr7 19760985 . A G 884.44 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.056;QD=57.9962;RBI=0.096763;REFB=0;REVB=0.0486096;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411354;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr7 20178174 . GC G,GT 1073.15 PASS AF=0.0547945,0.945205;AO=19,49;DP=73;FAO=4,69;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103176,0.00960673;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.883,226.831;QD=58.8027;RBI=0.0150042,0.0161652;REFB=0,0;REVB=0.0108938,0.0130009;RO=0;SAF=8,23;SAR=11,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00788576,0.00214494;OID=.,.;OPOS=20178175,20178175;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0547945,0.945205:19,49:73:4,69:73:0:3,28:1,41:0:0:10:0:8,23:11,26:0:0 chr7 20180717 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.226;QD=58.7815;RBI=0.0547241;REFB=0;REVB=-0.00688086;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114396;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr7 20198440 . G A 346.23 PASS AF=0.305195;AO=46;DP=153;FAO=47;FDP=154;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.0185553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.517;QD=8.99293;RBI=0.0210376;REFB=-0.00541908;REVB=-0.00991359;RO=106;SAF=21;SAR=25;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744522;STB=0.553169;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0142137;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:106:107:46:47:0.305195:25:21:55:51:26:21:56:51 chr7 20201395 . G C 256.23 PASS AF=0.32;AO=31;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0157928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.178;QD=10.2493;RBI=0.056679;REFB=-0.00253339;REVB=-0.0544344;RO=66;SAF=15;SAR=16;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892619;STB=0.570852;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00452187;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:66:68:31:32:0.32:16:15:37:29:17:15:39:29 chr7 20687181 . C T 443.78 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0220263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.069;QD=17.7511;RBI=0.0295557;REFB=-0.00336761;REVB=-0.0197074;RO=55;SAF=15;SAR=30;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248797;STB=0.639393;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00455239;OID=.;OPOS=20687181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:30:15:32:23:30:15:32:23 chr7 20691047 . T C 973.28 PASS AF=0.560241;AO=92;DP=163;FAO=93;FDP=166;FR=.;FRO=73;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00456861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.116;QD=23.4525;RBI=0.00903298;REFB=-0.0239558;REVB=0.00779247;RO=69;SAF=49;SAR=43;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025842;STB=0.504562;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0176433;OID=.;OPOS=20691047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:69:73:92:93:0.560241:43:49:39:30:43:50:40:33 chr7 20698270 . A G 998.47 PASS AF=0.5875;AO=93;DP=159;FAO=94;FDP=160;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0335276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.923;QD=24.9617;RBI=0.0404757;REFB=-0.0239628;REVB=0.0226756;RO=66;SAF=52;SAR=41;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723379;STB=0.53711;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.016875;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:66:66:93:94:0.5875:41:52:43:23:41:53:43:23 chr7 20768013 . G A 457.77 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00934147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.035;QD=17.7776;RBI=0.0194256;REFB=-0.0143769;REVB=0.017032;RO=53;SAF=33;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145213;STB=0.57694;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0176913;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:54:49:49:0.475728:16:33:28:25:16:33:29:25 chr7 20778646 . G A 2067.18 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.205;QD=62.1708;RBI=0.0257131;REFB=0;REVB=0.0125221;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37616e-05;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:133:0:0:120:133:1:60:60:0:0:62:71:0:0 chr7 20822196 . A AC 507.7 PASS AF=1;AO=42;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.4251;QD=40.6158;RBI=0.223619;REFB=0;REVB=0.174475;RO=8;SAF=20;SAR=22;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00857912;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:51:50:50:0:25:25:0:0:10:8:20:22:5:3 chr7 20822304 . C CA 309.94 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201582;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3296;QD=41.3249;RBI=0.0612871;REFB=0;REVB=0.0578771;RO=5;SAF=18;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00343577;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:34:30:30:0:19:11:0:0:6:5:18:10:3:2 chr7 20824614 . C T 194.54 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00420414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.053;QD=10.3754;RBI=0.0129182;REFB=-0.0143204;REVB=-0.0122149;RO=50;SAF=14;SAR=11;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232407;STB=0.513561;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.022712;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:11:14:29:21:11:14:29:21 chr7 20826450 . CTTTTTTA CTGTTTTA,CTTTTTA,CTTTTTAT 344.08 PASS AF=0.407407,0,0.314815;AO=15,9,6;DP=55;FAO=22,0,17;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=19,0,17;FSAR=3,0,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000811696,-0.0158089,0.114508;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=202.551,4.71997,17.4309;QD=25.4872;RBI=0.0260424,0.320727,0.147639;REFB=-0.0451256,-0.0571495,-0.107564;REVB=0.0260297,0.320337,0.0931943;RO=10;SAF=13,8,6;SAR=2,1,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.365385,0;SSSB=0.376142,0.47116,0.748076;STB=0.752205,0.5,0.999154;STBP=0.001,1,0;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0103768,-0.022787,0.231643;OID=.,.,.;OPOS=20826452,20826451,20826456;OREF=T,T,TA;OALT=G,-,AT;OMAPALT=CTGTTTTA,CTTTTTA,CTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.407407,0,0.314815:15,9,6:55:22,0,17:54:15:19,0,17:3,0,0:6:9:99:10:13,8,6:2,1,0:5:5 chr7 21582963 . GA TT 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0466468;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=135.86;QD=24.0732;RBI=0.0708389;REFB=-0.00950667;REVB=0.0533126;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.571326;STBP=0.51;TYPE=mnp;VARB=0.00533601;OID=.;OPOS=21582963;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:6:1:4:9:6:1 chr7 21599233 . C T 397.97 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0133727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.207;QD=20.6737;RBI=0.0186438;REFB=-0.00616284;REVB=-0.0129908;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125301;STB=0.50649;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00724137;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:37:39:40:0.519481:19:20:18:17:20:20:18:19 chr7 21628237 . C T 2607.14 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338558;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.641;QD=62.0748;RBI=0.00435274;REFB=0;REVB=0.00273572;RO=0;SAF=83;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437348;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:165:168:1:82:83:0:0:84:84:0:0 chr7 21737768 . G A 610.46 PASS AF=0.397727;AO=70;DP=176;FAO=70;FDP=176;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.00612299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0599;QD=13.874;RBI=0.044148;REFB=-0.0114309;REVB=0.0437214;RO=106;SAF=32;SAR=38;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046501;STB=0.502617;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0183681;OID=.;OPOS=21737768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:106:106:70:70:0.397727:38:32:48:58:38:32:48:58 chr7 21765452 . C T 423.38 PASS AF=0.625;AO=41;DP=65;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00363487;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.987;QD=26.4612;RBI=0.0187262;REFB=-0.00753281;REVB=-0.0183701;RO=24;SAF=30;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209372;STB=0.612616;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00662736;OID=.;OPOS=21765452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:24:24:41:40:0.625:11:30:11:13:11:29:11:13 chr7 21775443 . G A 439.68 PASS AF=0.591549;AO=40;DP=69;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0237493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.861;QD=24.7707;RBI=0.0248353;REFB=-0.0303966;REVB=-0.00726376;RO=28;SAF=10;SAR=30;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10084;STB=0.528832;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0173091;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:28:29:40:42:0.591549:30:10:10:18:30:12:10:19 chr7 21778449 . C T 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.016126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0724;QD=21.398;RBI=0.0225769;REFB=-0.00989499;REVB=-0.0158008;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102272;STB=0.556588;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0140884;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:20:14:15:13:20:14:15:13 chr7 21779278 . A G 826.76 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0091513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.592;QD=23.9641;RBI=0.0376944;REFB=-0.0149663;REVB=-0.0365667;RO=60;SAF=41;SAR=36;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261151;STB=0.518004;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.011703;OID=.;OPOS=21779278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:60:61:77:77:0.557971:36:41:30:30:36:41:30:31 chr7 21824122 . G A 249.39 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00662696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.474;QD=14.0501;RBI=0.0162466;REFB=-0.0120482;REVB=-0.0148336;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261494;STB=0.648677;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0166909;OID=.;OPOS=21824122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:42:29:29:0.408451:19:10:24:16:19:10:25:17 chr7 21856151 . G A 518.67 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00804943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.531;QD=19.3894;RBI=0.041544;REFB=0.000252565;REVB=-0.0407568;RO=53;SAF=31;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024552;STB=0.513566;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000331011;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:23:31:29:24:23:31:29:24 chr7 21893993 . G T 328.92 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0266064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.335;QD=12.8988;RBI=0.0410972;REFB=0.000191466;REVB=-0.0313222;RO=63;SAF=23;SAR=16;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150949;STB=0.508594;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.000337906;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:16:23:38:25:16:23:38:25 chr7 21901566 . T C 1522.9 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.667;QD=58.5729;RBI=0.0445251;REFB=-0.0149203;REVB=0.00771785;RO=1;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886831;STB=0.504586;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00036048;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:53:49:0:1:54:49:0:1 chr7 21924014 . A G 977.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650164;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.74;QD=57.4924;RBI=0.0664704;REFB=-0.106362;REVB=0.0138266;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00104128;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:1:0:36:31:1:0 chr7 21932044 . C T 447.59 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00441934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.1;QD=21.0633;RBI=0.00988206;REFB=-0.00987113;REVB=-0.0088388;RO=41;SAF=32;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969877;STB=0.553821;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0078565;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:12:32:26:15:12:32:26:15 chr7 21939032 . C A 233.57 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.050338;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1804;QD=10.4977;RBI=0.0559025;REFB=-0.0106359;REVB=0.0243142;RO=60;SAF=19;SAR=10;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108284;STB=0.563382;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0206118;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:10:19:34:26:10:19:34:26 chr7 21940960 . A G 171.28 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0243505;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.398;QD=16.7103;RBI=0.025267;REFB=-0.00468668;REVB=0.00674356;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106652;STB=0.561333;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0071747;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:10:13:12:6:10:13 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1248.33 PASS AF=0.896907;AO=78;DP=83;FAO=87;FDP=97;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0205741;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=7;MLLD=309.17;QD=51.4776;RBI=0.0416776;REFB=-0.0391651;REVB=0.0362454;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.537682;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.00443419;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896907:78:83:87:97:10:38:49:8:2:41:0:35:43:0:0 chr7 21941439 . A G 753.38 PASS AF=0.541353;AO=71;DP=130;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0182097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.968;QD=22.658;RBI=0.0444644;REFB=-0.00753661;REVB=0.0405647;RO=59;SAF=39;SAR=32;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062132;STB=0.530437;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00937679;OID=.;OPOS=21941439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:59:61:71:72:0.541353:32:39:28:31:33:39:29:32 chr7 21941669 . A C 410.6 PASS AF=0.419643;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00492587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.19;QD=14.6644;RBI=0.00534575;REFB=-0.000825925;REVB=0.00207674;RO=65;SAF=12;SAR=34;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151949;STB=0.589937;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00115127;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:46:47:0.419643:34:12:25:40:35:12:25:40 chr7 22184796 . T C 794.02 PASS AF=0.527778;AO=75;DP=143;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00673649;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1248;QD=22.0562;RBI=0.0325158;REFB=-0.0222397;REVB=0.0318103;RO=66;SAF=28;SAR=47;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725193;STB=0.54335;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0241848;OID=.;OPOS=22184796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:66:68:75:76:0.527778:47:28:30:36:48:28:31:37 chr7 22197507 . A G 1445.92 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0112926;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4853;QD=60.8807;RBI=0.0384232;REFB=-0.014521;REVB=0.0367263;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998082;STB=0.500113;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00295819;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:47:46:0:1:47:46:1:1 chr7 22202117 . G A 510.13 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0176251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.565;QD=23.727;RBI=0.0182745;REFB=-0.0134623;REVB=-0.00482838;RO=36;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016587;STB=0.51928;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0104941;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:38:48:48:0.55814:27:21:15:21:27:21:15:23 chr7 22478207 . G T 539.93 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=150;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0629599;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7392;QD=14.5926;RBI=0.0633072;REFB=0.000254326;REVB=0.0066229;RO=89;SAF=26;SAR=33;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336165;STB=0.518957;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.000569784;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:89:89:59:59:0.398649:33:26:42:47:33:26:42:47 chr7 22533452 . C T 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0824066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.427;QD=11.1304;RBI=0.0837156;REFB=0.000540998;REVB=-0.0147464;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113255;STB=0.565854;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000598355;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:16:22:10:11:16:22 chr7 22534457 . G A 666.15 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=159;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00113534;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6344;QD=16.8646;RBI=0.0367842;REFB=-0.00784299;REVB=-0.0367667;RO=85;SAF=45;SAR=27;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219711;STB=0.624965;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00816935;OID=.;OPOS=22534457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:85:86:72:72:0.455696:27:45:34:51:27:45:34:52 chr7 22787205 . G T 1456.98 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171098;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8087;QD=63.3469;RBI=0.0205579;REFB=0;REVB=-0.0113966;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83721e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:42:50:0:0 chr7 22986815 . G A 550.4 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.029412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0036;QD=21.5843;RBI=0.0642333;REFB=-3.83232e-05;REVB=-0.0571038;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964889;STB=0.54822;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000665488;OID=.;OPOS=22986815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:54:55:0.539216:26:28:19:28:27:28:19:28 chr7 23015831 . T C 254.87 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=94;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.000937472;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5591;QD=11.0812;RBI=0.00233117;REFB=-0.00797173;REVB=-0.00213436;RO=60;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133381;STB=0.569788;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0251215;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:60:61:30:31:0.336957:13:17:27:33:14:17:27:34 chr7 23164526 . C G 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0324;QD=57.3815;RBI=0.0397397;REFB=0;REVB=-0.0178695;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551271;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr7 23183508 . A G 319.74 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0140708;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.34;QD=11.3183;RBI=0.035337;REFB=-0.0102073;REVB=-0.0324147;RO=73;SAF=22;SAR=18;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289035;STB=0.516584;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0212947;OID=.;OPOS=23183508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:73:73:40:40:0.353982:18:22:42:31:18:22:42:31 chr7 23227626 . A T 35.62 PASS AF=0.122642;AO=8;DP=101;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=28;FWDB=-0.00205405;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.689;QD=1.34406;RBI=0.0160408;REFB=-0.00233011;REVB=0.0159087;RO=78;SAF=4;SAR=4;SRF=59;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318091;STB=0.756427;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.042417;OID=.;OPOS=23227626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:101:106:78:93:8:13:0.122642:4:4:59:19:8:5:65:28 chr7 23227629 . T A 347.82 PASS AF=0.362069;AO=41;DP=107;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00363823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.367;QD=11.9938;RBI=0.00438428;REFB=-0.010176;REVB=-0.00244645;RO=60;SAF=35;SAR=6;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429261;STB=0.779304;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00357473;OID=.;OPOS=23227629;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:116:60:74:41:42:0.362069:6:35:32:28:6:36:37:37 chr7 23227630 . T A 74.68 PASS AF=0.135593;AO=15;DP=113;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=38;FWDB=-0.0050644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.775;QD=2.53146;RBI=0.0170413;REFB=-1.29599e-06;REVB=-0.0162713;RO=89;SAF=10;SAR=5;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208164;STB=0.557709;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-7.52479e-05;OID=.;OPOS=23227630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:113:118:89:102:15:16:0.135593:5:10:58:31:5:11:64:38 chr7 23227631 . TA AT,TT 875.17 PASS AF=0.122807,0.482456;AO=6,51;DP=107;FAO=14,55;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3,50;FSAR=11,5;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.000418282,0.00677975;FXX=0.0338954;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=40.4436,214.851;QD=30.7079;RBI=0.0791668,0.0263437;REFB=-0.0709032,-0.00247448;REVB=0.0791657,0.0254563;RO=28;SAF=2,42;SAR=4,9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0661735,0.419793;STB=0.5,0.828074;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00853344,0.00990597;OID=.,.;OPOS=23227631,23227632;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:114:28:28:6,51:14,55:0.122807,0.482456:4,9:2,42:8:20:11,5:3,50:6:22 chr7 23235483 . A G 771.45 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545874;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.449;QD=64.2877;RBI=0.026913;REFB=0;REVB=0.0263536;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08431e-05;OID=.;OPOS=23235483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr7 23236797 . C G 1382.32 PASS AF=0.978261;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0172737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5149;QD=60.1007;RBI=0.023033;REFB=0.0146373;REVB=-0.0152362;RO=2;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236783;STB=0.511902;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00611852;OID=.;OPOS=23236797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:92:2:2:88:90:0.978261:39:49:0:2:41:49:0:2 chr7 23236842 . C T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.476;QD=59.8332;RBI=0.0128713;REFB=0;REVB=-0.000500423;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18737e-05;OID=.;OPOS=23236842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr7 23239133 . C T 750.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275873;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.05;QD=63.9103;RBI=0.0399657;REFB=0;REVB=0.0289171;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30676e-05;OID=.;OPOS=23239133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr7 23296533 . G A 1301.02 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8108;QD=61.9535;RBI=0.0397551;REFB=0;REVB=0.0330944;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341668;OID=.;OPOS=23296533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:29:54:0:0:30:54:0:0 chr7 23296572 . C T 1335.34 PASS AF=1;AO=83;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351848;FXX=0.063823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.459;QD=60.6973;RBI=0.0699359;REFB=0;REVB=0.0604406;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782311;OID=.;OPOS=23296572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:83:88:1:30:53:0:0:31:57:0:0 chr7 23390952 . G T 400.07 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00126666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.431;QD=18.608;RBI=0.012754;REFB=-0.00382919;REVB=-0.0126909;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163939;STB=0.515971;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00605202;OID=.;OPOS=23390952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:17:24:25:19:17:24:25:20 chr7 23530694 . AG AC,A 71.13 PASS AF=0.109375,0.1875;AO=11,11;DP=64;FAO=7,12;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=0,1;FSAR=7,11;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0885839,-0.258145;FXX=0.0302984;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=81.1128,11.562;QD=4.44564;RBI=0.191871,0.263566;REFB=-0.0219384,-0.115525;REVB=-0.170198,-0.0531795;RO=30;SAF=0,8;SAR=11,3;SRF=5;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.70231,0.596499;STB=0.998027,0.823108;STBP=0.016,0.037;TYPE=snp,del;VARB=0.041445,0.140943;OID=.,.;OPOS=23530695,23530695;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.109375,0.1875:11,11:64:7,12:64:45:0,1:7,11:16:29:29:30:0,8:11,3:5:25 chr7 23728916 . G A 224.31 PASS AF=0.280702;AO=30;DP=112;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=0.0280258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.613;QD=7.87035;RBI=0.0281432;REFB=0.0014251;REVB=-0.00256807;RO=81;SAF=20;SAR=10;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168272;STB=0.523794;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00471576;OID=.;OPOS=23728916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:81:82:30:32:0.280702:10:20:53:28:10:22:54:28 chr7 23728931 . T C 282.9 PASS AF=0.299213;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=29;FWDB=-0.0145554;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0367;QD=8.91014;RBI=0.0306728;REFB=-0.00123875;REVB=-0.0269993;RO=88;SAF=28;SAR=10;SRF=59;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095924;STB=0.553723;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00239562;OID=.;OPOS=23728931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:88:89:38:38:0.299213:10:28:59:29:10:28:60:29 chr7 23737891 . A G 501.49 PASS AF=0.379747;AO=59;DP=157;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00195646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.32;QD=12.696;RBI=0.00619429;REFB=-0.0100771;REVB=0.0058772;RO=95;SAF=24;SAR=35;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742516;STB=0.539601;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0174069;OID=.;OPOS=23737891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:95:98:59:60:0.379747:35:24:45:50:35:25:47:51 chr7 23751736 . A G 389.85 PASS AF=0.358779;AO=47;DP=131;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00100465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.822;QD=11.9038;RBI=0.0117408;REFB=-0.0204904;REVB=-0.0116978;RO=84;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188662;STB=0.607672;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0346581;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:84:84:47:47:0.358779:20:27:34:50:20:27:34:50 chr7 23794029 . G A 758.43 PASS AF=0.619469;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0435478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5788;QD=26.8469;RBI=0.0529107;REFB=-0.0286374;REVB=-0.0300521;RO=42;SAF=35;SAR=35;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164685;STB=0.504423;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0138269;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:42:43:70:70:0.619469:35:35:20:22:35:35:21:22 chr7 23854838 . G A,GA 1129.05 PASS AF=0,1;AO=3,55;DP=79;FAO=0,79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331053,0.19532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.164,25.0511;QD=57.1672;RBI=0.0111344,0.19988;REFB=0,0;REVB=-0.0106309,-0.0424513;RO=21;SAF=1,21;SAR=2,34;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.301553,-0.12465;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00269576;OID=.,.;OPOS=23854838,23854839;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:79:79:21:0:3,55:0,79:0,1:2,34:1,21:13:8:0,44:0,35:0:0 chr7 23934657 . A C 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0080389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.195;QD=7.27146;RBI=0.00884107;REFB=-0.00286477;REVB=0.00367976;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429805;STB=0.763123;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00692745;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:18:7:6:3:18:7 chr7 24325009 . G A 290.3 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00292107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4781;QD=18.7291;RBI=0.0261512;REFB=0.00322901;REVB=0.0259876;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130226;STB=0.580593;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00374095;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:18:13:17:13:18:13:18:13 chr7 24703298 . G A 1527.6 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.277;QD=58.1941;RBI=0.0579423;REFB=0.0322186;REVB=0.0515478;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.505881;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=9.30427e-06;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:105:0:1:103:104:0.990476:61:42:0:0:62:42:1:0 chr7 24758753 . C T 249.93 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00638061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.143;QD=12.0447;RBI=0.0290972;REFB=-0.0194566;REVB=-0.028389;RO=53;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000709335;STB=0.500409;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0342841;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:17:13:23:30:17:13:23:30 chr7 24758795 . T C 981.2 PASS AF=0.933333;AO=66;DP=71;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0573264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0754;QD=52.3304;RBI=0.0694375;REFB=0.0286694;REVB=0.0391822;RO=5;SAF=26;SAR=40;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826148;STB=0.543847;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.023468;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:75:5:5:66:70:0.933333:40:26:5:0:44:26:5:0 chr7 24758818 . G T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00600528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.155;QD=9.26714;RBI=0.0315839;REFB=-0.0045917;REVB=-0.0310077;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840597;STB=0.549951;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0115939;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:16:30:15:6:16:30 chr7 24854765 . G A 435.91 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0227583;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6587;QD=18.354;RBI=0.0233989;REFB=-0.0122749;REVB=-0.00543768;RO=51;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187171;STB=0.510447;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0143895;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:44:44:0.463158:19:25:28:23:19:25:28:23 chr7 24911357 . T G 717.83 PASS AF=0.405;AO=81;DP=200;FAO=81;FDP=200;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=78;FSRR=41;FWDB=-0.0346119;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.889;QD=14.3566;RBI=0.0372026;REFB=-0.00433513;REVB=-0.0136399;RO=118;SAF=50;SAR=31;SRF=77;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399122;STB=0.524307;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00484999;OID=.;OPOS=24911357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:118:119:81:81:0.405:31:50:77:41:31:50:78:41 chr7 25181912 . T C 1173.19 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000575392;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.124;QD=60.945;RBI=0.0242072;REFB=0;REVB=0.0242004;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307437;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:38:37:0:0:40:37:0:0 chr7 25194665 . G C 1219.85 PASS AF=0.675159;AO=106;DP=157;FAO=106;FDP=157;FR=.;FRO=51;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00403157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.008;QD=31.0789;RBI=0.0267554;REFB=0.0165024;REVB=0.02645;RO=51;SAF=56;SAR=50;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843964;STB=0.545314;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00852168;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:51:51:106:106:0.675159:50:56:34:17:50:56:34:17 chr7 25194753 . C T 1937.47 PASS AF=0.692641;AO=160;DP=232;FAO=160;FDP=231;FR=.;FRO=71;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00820455;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.351;QD=33.5492;RBI=0.0244008;REFB=-0.0508061;REVB=0.0229801;RO=71;SAF=62;SAR=98;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544933;STB=0.52919;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.017596;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:71:71:160:160:0.692641:98:62:34:37:98:62:34:37 chr7 25267934 . T C 243.84 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0226884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1934;QD=15.4818;RBI=0.022711;REFB=-0.0231676;REVB=-0.00101241;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309979;STB=0.652073;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0454105;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:27:28:0.444444:15:12:26:8:15:13:26:9 chr7 25267963 . G C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9134;QD=59.6784;RBI=0.038921;REFB=0;REVB=0.0343502;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275183;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr7 25304395 . A G 454.19 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0125374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.461;QD=15.1397;RBI=0.0126376;REFB=-0.0146475;REVB=-0.00158858;RO=69;SAF=25;SAR=26;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322954;STB=0.518124;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0159633;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:26:25:36:33:26:25:36:33 chr7 26224668 . C T 1470.31 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.111;QD=61.9078;RBI=0.0331297;REFB=-0.0975005;REVB=-0.0056187;RO=1;SAF=55;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854286;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000284329;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:38:55:1:0:39:55:1:0 chr7 26251843 . C T 62.23 PASS AF=0.183333;AO=8;DP=59;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0162482;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.845;QD=4.14842;RBI=0.0184837;REFB=-0.00916875;REVB=0.00881144;RO=48;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373173;STB=0.764761;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0399838;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:59:60:48:49:8:11:0.183333:2:6:21:27:3:8:19:30 chr7 26252932 . CTGG C 47.29 PASS AF=0.140625;AO=8;DP=66;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0386999;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=310.345;QD=2.95579;RBI=0.0452324;REFB=-0.00480315;REVB=-0.0234156;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230793;STB=0.704935;STBP=0.23;TYPE=del;VARB=0.0283852;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140625:8:66:9:64:55:7:2:31:24:47:56:6:2:32:24 chr7 26386122 . T A 288.15 PASS AF=0.349515;AO=35;DP=102;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0110815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.856;QD=11.1902;RBI=0.0192599;REFB=-0.00447532;REVB=-0.0157526;RO=67;SAF=16;SAR=19;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17477;STB=0.590203;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0106699;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:67:67:35:36:0.349515:19:16:41:26:19:17:41:26 chr7 26576535 . T C 546.03 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=96;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00361975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.74;QD=22.2868;RBI=0.00964563;REFB=-0.0138006;REVB=-0.00894067;RO=45;SAF=21;SAR=30;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123228;STB=0.55685;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0272207;OID=.;OPOS=26576535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:45:46:51:52:0.530612:30:21:25:20:30:22:25:21 chr7 26685934 . T C 2116.21 PASS AF=0.993056;AO=133;DP=138;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276506;FXX=0.0399973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3079;QD=58.7836;RBI=0.133095;REFB=-0.136056;REVB=0.130191;RO=1;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683923;STB=0.503144;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0133022;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:138:144:1:1:133:143:0.993056:69:64:0:1:79:64:0:1 chr7 26685935 . G C 30.36 PASS AF=0.0705128;AO=11;DP=157;FAO=11;FDP=156;FR=.;FRO=145;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=-0.0109272;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.916;QD=0.778511;RBI=0.0136903;REFB=-0.028835;REVB=0.00824746;RO=146;SAF=1;SAR=10;SRF=67;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427589;STB=0.884648;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.120021;OID=.;OPOS=26685935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:157:156:146:145:11:11:0.0705128:10:1:67:79:10:1:67:78 chr7 26778406 . A G 417.55 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.622;QD=53.8773;RBI=0.109732;REFB=-0.0297839;REVB=0.106454;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619467;STB=0.529392;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000729266;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:7:22:0:1:8:22:0:1 chr7 27135314 . C T 523.95 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112393;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.371;QD=59.8795;RBI=0.0215619;REFB=0;REVB=0.0184009;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12106e-05;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 27147179 . T A 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0293979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.984;QD=27.3089;RBI=0.0314537;REFB=0.01228;REVB=-0.0111849;RO=20;SAF=6;SAR=23;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14491;STB=0.580523;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00665465;OID=.;OPOS=27147179;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:23:6:7:13:23:6:7:13 chr7 27169093 . T G 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00871133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.456;QD=59.5556;RBI=0.0107016;REFB=-0.0763831;REVB=-0.00621593;RO=0;SAF=71;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.03664e-08;STB=0.503496;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=6.14143e-07;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:113:113:0.991228:42:71:0:0:42:71:1:0 chr7 27196069 . A C 4006.6 PASS AF=0.992337;AO=259;DP=263;FAO=259;FDP=261;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0756791;FXX=0.0113632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7143;QD=61.4038;RBI=0.0877861;REFB=-0.141789;REVB=0.0444867;RO=2;SAF=93;SAR=166;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570895;STB=0.502994;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00038113;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:263:261:2:2:259:259:0.992337:166:93:0:2:166:93:0:2 chr7 27196113 . C T 4010.66 PASS AF=0.947735;AO=264;DP=283;FAO=272;FDP=287;FR=.;FRO=15;FSAF=103;FSAR=169;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0512409;FXX=0.0204771;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.9235;QD=55.8977;RBI=0.0649876;REFB=-0.0957703;REVB=0.039972;RO=17;SAF=100;SAR=164;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103803;STB=0.502521;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00603752;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:283:287:17:15:264:272:0.947735:164:100:5:12:169:103:5:10 chr7 27202289 . A G 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0036679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.984;QD=24.7067;RBI=0.0598665;REFB=0.0116412;REVB=0.0597541;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140112;STB=0.578242;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00759609;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:8:9:16:7:8:9 chr7 27279191 . T G 203.43 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0271616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.915;QD=8.3888;RBI=0.0277226;REFB=-0.00396214;REVB=-0.00554891;RO=69;SAF=9;SAR=18;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231467;STB=0.643249;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0110448;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:70:27:27:0.278351:18:9:36:33:18:9:37:33 chr7 27702390 . C A 646.54 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.000757477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4367;QD=16.7933;RBI=0.00239683;REFB=-0.0122867;REVB=0.00227399;RO=83;SAF=31;SAR=39;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970485;STB=0.55071;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0169546;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:83:84:70:70:0.454545:39:31:45:38:39:31:45:39 chr7 27842733 . A G 741.11 PASS AF=0.537313;AO=70;DP=135;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0189844;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.695;QD=22.1226;RBI=0.0207459;REFB=-0.0357496;REVB=0.00836561;RO=61;SAF=41;SAR=29;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122255;STB=0.568731;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0290088;OID=.;OPOS=27842733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:61:62:70:72:0.537313:29:41:27:34:30:42:27:35 chr7 27886171 . A G 1501.21 PASS AF=1;AO=82;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336533;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.867;QD=62.5502;RBI=0.0681325;REFB=0;REVB=0.059241;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180695;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:82:96:1:49:33:0:0:59:37:0:0 chr7 27954422 . A G 352.25 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0605879;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.186;QD=26.0925;RBI=0.061426;REFB=0.00480341;REVB=-0.0101124;RO=19;SAF=12;SAR=22;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480401;STB=0.518857;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00228343;OID=.;OPOS=27954422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:19:20:34:34:0.62963:22:12:8:11:22:12:8:12 chr7 28319007 . T A 1419.45 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00199263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.021;QD=61.7152;RBI=0.0446275;REFB=-0.0356203;REVB=0.044583;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000149506;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:49:42:1:0:49:42:1:0 chr7 28319234 . A C 739.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.681;QD=59.1374;RBI=0.0175443;REFB=-0.204699;REVB=0.00207875;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167619;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:50:0:0:48:50:1:15:33:0:0:15:35:0:0 chr7 28449965 . T C 44.87 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0646755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6414;QD=7.80416;RBI=0.0668934;REFB=-0.0544626;REVB=0.0170822;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.120765;OID=.;OPOS=28449965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:8:8:3:4:8:8 chr7 28995800 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.828;QD=44.0914;RBI=0.118116;REFB=-0.0520105;REVB=0.00713496;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0143682;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr7 28996557 . C T 913.25 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.498;QD=56.1999;RBI=0.0805052;REFB=-0.0548797;REVB=0.0452776;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764855;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:63:65:1:31:32:0:1:33:32:0:0 chr7 28996944 . T C 364.95 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00356582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.199;QD=52.1351;RBI=0.0218751;REFB=-0.0261269;REVB=0.0215826;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000280406;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:0:1:10:17:0:1 chr7 28997141 . G C 787.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221839;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4474;QD=57.2675;RBI=0.0230513;REFB=0;REVB=0.0062639;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165554;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 733.67 PASS AF=1,0,0;AO=47,2,5;DP=55;FAO=55,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172625,-0.10051,-0.0912426;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=22.1626,4.79856,6.34579;QD=53.3574;RBI=0.0755695,0.127901,0.16636;REFB=0,0,0;REVB=-0.0735714,-0.0790974,-0.139106;RO=0;SAF=20,2,2;SAR=27,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00124558,0,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:47,2,5:55:55,0,0:55:0:25,0,0:30,0,0:0:0:4:0:20,2,2:27,0,3:0:0 chr7 29186256 . A G 1503.58 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.133;QD=60.7509;RBI=0.0174964;REFB=0;REVB=-0.00915747;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576973;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:99:0:0:89:99:1:53:36:0:0:56:43:0:0 chr7 29186576 . A G 1529.88 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.752;QD=63.7449;RBI=0.029973;REFB=0;REVB=0.0294627;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69171e-05;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr7 29552213 . T C 462.51 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=139;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0105207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.948;QD=13.3097;RBI=0.0238906;REFB=-0.00235489;REVB=0.0214493;RO=85;SAF=21;SAR=32;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170738;STB=0.600288;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00387822;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:86:53:53:0.381295:32:21:47:38:32:21:48:38 chr7 29605975 . C G 226.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.025127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8378;QD=28.2778;RBI=0.0251435;REFB=-0.0227448;REVB=0.000910251;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115971;STB=0.575096;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00697454;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:10:11:21:21:0.65625:13:8:2:8:13:8:2:9 chr7 29606288 . C T 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0175617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.777;QD=29.9651;RBI=0.0175949;REFB=-0.00528392;REVB=-0.00107971;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109027;STB=0.559952;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00359755;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:5:8:11:14:5:8 chr7 29924072 . A G 553.32 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3692;QD=56.7512;RBI=0.0746932;REFB=-0.120536;REVB=0.0640667;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00745624;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:36:38:0.974359:20:16:0:1:21:17:0:1 chr7 29952207 . C G 1314.02 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.028706;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2078;QD=59.7281;RBI=0.0303768;REFB=-0.0365838;REVB=0.00993559;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513886;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00110356;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:0:2:86:86:0.977273:51:35:0:0:51:35:2:0 chr7 30177278 . C T 504.94 PASS AF=0.323077;AO=64;DP=196;FAO=63;FDP=195;FR=.;FRO=132;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=0.0227207;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8669;QD=10.3577;RBI=0.0228198;REFB=0.00801101;REVB=-0.00212453;RO=132;SAF=33;SAR=31;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706406;STB=0.551118;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0163439;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:132:132:64:63:0.323077:31:33:76:56:31:32:77:55 chr7 30491311 . C T 205.36 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00283133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.989;QD=12.6377;RBI=0.00942081;REFB=-0.00941436;REVB=-0.00898528;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227202;STB=0.631468;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.013525;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:18:7:19:21:18:7:19:21 chr7 30492550 . G A 200.94 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0360097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.319;QD=18.2673;RBI=0.0373436;REFB=-0.00254304;REVB=0.00989158;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234446;STB=0.640125;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00419337;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:8:12:8:15:8:13:8:15 chr7 30496382 . G C 244.24 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00773069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0026;QD=13.0262;RBI=0.0449815;REFB=-0.0146381;REVB=-0.0443122;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556072;STB=0.531834;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0259983;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:16:13:23:23:16:13:23:23 chr7 30538651 . T C 546.49 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0279937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.701;QD=48.577;RBI=0.0676959;REFB=-0.089727;REVB=0.0616367;RO=4;SAF=22;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113087;STB=0.513946;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0148099;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:4:6:39:39:0.866667:17:22:2:2:17:22:4:2 chr7 30795331 . A G 2172.05 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.335;QD=62.9578;RBI=0.0555401;REFB=0;REVB=0.0399939;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21506e-05;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:138:0:0:131:138:1:73:58:0:0:75:63:0:0 chr7 30795436 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.875;QD=61.684;RBI=0.0176516;REFB=0;REVB=0.00555026;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20789e-05;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 30831144 . C T 286.48 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.011798;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.435;QD=10.2313;RBI=0.0388648;REFB=-0.0163095;REVB=-0.0370308;RO=69;SAF=19;SAR=18;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093044;STB=0.522419;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0388408;OID=.;OPOS=30831144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:75:37:37:0.330357:18:19:36:33:18:19:36:39 chr7 30915262 . CA TG 231.16 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00965064;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.604;QD=8.97706;RBI=0.0102793;REFB=-0.00744882;REVB=0.00353974;RO=69;SAF=11;SAR=20;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199453;STB=0.604045;STBP=0.172;TYPE=mnp;VARB=0.019185;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:72:31:31:0.300971:20:11:36:33:20:11:36:36 chr7 31008686 . G A 110.85 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.0133992;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2262;QD=11.9832;RBI=0.0930736;REFB=-0.0335941;REVB=0.0921041;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389791;STB=0.693547;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0460289;OID=.;OPOS=31008686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:21:2:5:8:21:3 chr7 31013675 . G A 466.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00180108;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.939;QD=22.2344;RBI=0.0139642;REFB=-0.0169337;REVB=0.0138476;RO=39;SAF=30;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159579;STB=0.588195;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0118611;OID=.;OPOS=31013675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:39:45:45:0.535714:15:30:19:20:15:30:19:20 chr7 31377369 . T G 1146.12 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0290409;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3945;QD=55.9083;RBI=0.0292947;REFB=-0.0357727;REVB=0.00384853;RO=4;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254448;STB=0.513459;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0102335;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:82:4:4:78:78:0.95122:37:41:1:3:37:41:1:3 chr7 31377671 . CA C 105.1 PASS AF=0.303371;AO=26;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0592816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.1528;QD=4.72367;RBI=0.106796;REFB=0.0241518;REVB=0.0888315;RO=60;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0.402312;SSSB=0.00776692;STB=0.517753;STBP=0.843;TYPE=del;VARB=-0.037683;OID=.;OPOS=31377672;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303371:26:89:27:89:62:12:15:26:36:99:60:11:15:25:35 chr7 31592733 . C A 645.36 PASS AF=0.651163;AO=52;DP=87;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00687473;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.188;QD=30.0165;RBI=0.0221001;REFB=-0.0643948;REVB=0.0210036;RO=20;SAF=24;SAR=28;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456638;STB=0.530457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0290492;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:20:30:52:56:0.651163:28:24:11:9:31:25:16:14 chr7 31594508 . C T 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0130377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.674;QD=14.1372;RBI=0.0254361;REFB=-0.00761611;REVB=-0.0218406;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583236;STB=0.841597;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0120864;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:2:12:6:14:2:12:6:14 chr7 31617733 . T C 647.96 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00177556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3953;QD=50.8205;RBI=0.0308387;REFB=-0.117668;REVB=0.0307875;RO=3;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256271;STB=0.50202;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00668465;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:51:3:2:48:49:0.960784:21:27:1:2:22:27:1:1 chr7 31618008 . A G 272.3 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.625;QD=51.8671;RBI=0.0616339;REFB=0;REVB=-0.00516585;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526609;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr7 31682453 . C T 200.29 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0418743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9263;QD=15.1162;RBI=0.0452496;REFB=-0.0179273;REVB=0.0171482;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981261;STB=0.555872;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.014876;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:16:14:13:10:16:14 chr7 31682601 . T C 262.78 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0563292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.05;QD=15.016;RBI=0.0590968;REFB=-0.0140071;REVB=-0.0178733;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39568;STB=0.723318;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0322384;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:21:9:28:12:21:9:28:12 chr7 31682853 . T C 412.8 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0125649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.054;QD=27.0689;RBI=0.0240443;REFB=-0.0139842;REVB=-0.0205001;RO=21;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067652;STB=0.543625;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00722612;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:17:22:14:7:17:22:15:7 chr7 31683054 . G T 512.46 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00353646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.164;QD=21.5773;RBI=0.0128583;REFB=-0.014439;REVB=-0.0123624;RO=45;SAF=17;SAR=32;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16789;STB=0.588304;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00854104;OID=.;OPOS=31683054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:46:49:49:0.515789:32:17:24:21:32:17:24:22 chr7 31683410 . G A 223.77 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=106;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0053476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.809;QD=8.444;RBI=0.00594546;REFB=-0.0126043;REVB=0.0025984;RO=71;SAF=26;SAR=5;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289185;STB=0.701404;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0327118;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:75:31:31:0.292453:5:26:47:24:5:26:47:28 chr7 31855578 . G A 897.38 PASS AF=0.984848;AO=54;DP=58;FAO=65;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0687086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.385;QD=54.3868;RBI=0.0746587;REFB=-0.0754009;REVB=0.029207;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136612;STB=0.506327;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00786826;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:66:1:1:54:65:0.984848:34:20:0:1:39:26:0:1 chr7 31920395 . G A 393.44 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0115205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.481;QD=15.429;RBI=0.0339472;REFB=-0.0167695;REVB=-0.0319326;RO=57;SAF=20;SAR=24;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193934;STB=0.603129;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0198038;OID=.;OPOS=31920395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:44:44:0.431373:24:20:37:20:24:20:37:21 chr7 32209425 . A G 1965.57 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.29;QD=61.9078;RBI=0.0199689;REFB=0;REVB=0.0198515;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78189e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:65:60:0:0:65:62:0:0 chr7 32209459 . C T 339.08 PASS AF=0.295302;AO=44;DP=149;FAO=44;FDP=149;FR=.;FRO=105;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.00497241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.905;QD=9.10292;RBI=0.00497887;REFB=-0.00954338;REVB=-0.000253499;RO=105;SAF=19;SAR=25;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993697;STB=0.558248;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0207428;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:105:105:44:44:0.295302:25:19:54:51:25:19:54:51 chr7 32338337 . G A 1691.08 PASS AF=0.974359;AO=112;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0414612;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2959;QD=57.8148;RBI=0.0729879;REFB=-0.139671;REVB=0.0600684;RO=2;SAF=37;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249681;STB=0.518515;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00645024;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:2:3:112:114:0.974359:75:37:2:0:75:39:3:0 chr7 32526687 . C T 49.57 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0126074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.655;QD=4.31035;RBI=0.0165043;REFB=-0.00348482;REVB=-0.0106511;RO=38;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472435;STB=0.830328;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0112467;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:1:7:20:18:1:7:20:18 chr7 32529936 . G C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.508;QD=60.6027;RBI=0.0488766;REFB=0;REVB=0.0108141;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241418;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr7 32530105 . G C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0387447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.485;QD=55.0442;RBI=0.0388084;REFB=-0.0889903;REVB=0.00222301;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000622093;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:0:1:27:28:0:1 chr7 32530197 . TAA CTC,TTC 743.06 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396883,0.016225;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=109.55,99.1389;QD=56.08;RBI=0.0410597,0.0263652;REFB=0,0;REVB=0.0105233,-0.0207815;RO=0;SAF=0,21;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0357015,-0.000586055;OID=.,.;OPOS=32530197,32530198;OREF=TAA,AA;OALT=CTC,TC;OMAPALT=CTC,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:2,30:0,21:0:0:2,30:0,21:0:0 chr7 32535357 . CCGGGGG CCCGGGG,CCGGGG,CCGGGGC,CGGGG 275.72 PASS AF=0,1,0,0;AO=2,16,2,5;DP=37;FAO=0,35,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0,0;FSAR=0,21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.539022,0.257309,0.268306,-0.295786;FXX=0.0789266;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,1,2;MLLD=4.40369,11.3472,7.75507,9.63204;QD=31.5108;RBI=0.541653,0.264243,0.280141,0.296294;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0533208,-0.0601385,-0.080567,-0.0173555;RO=6;SAF=0,0,0,4;SAR=2,16,2,1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.794076,-0.861835,-0.794076,-0.370384;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0,0.00870404,-0.203715,-0.108666;OID=.,.,.,.;OPOS=32535359,32535359,32535363,32535358;OREF=G,G,G,CG;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CCCGGGG,CCGGGG,CCGGGGC,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0,0:2,16,2,5:37:0,35,0,0:35:0:0,14,0,0:0,21,0,0:0:0:3:6:0,0,0,4:2,16,2,1:6:0 chr7 32613020 . A G 1283.15 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5896;QD=61.8388;RBI=0.0363905;REFB=0;REVB=0.010295;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257034;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:50:32:0:0:50:33:0:0 chr7 32623796 . C T 861.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.299;QD=57.4017;RBI=0.0257731;REFB=0;REVB=0.0159157;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38184e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:18:39:0:0:18:42:0:0 chr7 32908287 . T C 867.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000128229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.126;QD=57.8624;RBI=0.00640199;REFB=0;REVB=0.0064007;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23824e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr7 32909182 . G A 392.66 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0076842;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.654;QD=15.3984;RBI=0.00928227;REFB=-0.00499413;REVB=-0.00520706;RO=57;SAF=9;SAR=35;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214411;STB=0.629286;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00591475;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:57:58:44:44:0.431373:35:9:21:36:35:9:22:36 chr7 32956941 . C T 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0376397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.478;QD=5.68846;RBI=0.0756599;REFB=0.00252766;REVB=-0.0656328;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595632;STB=0.836418;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0115708;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:2:4:2:16:2:4:3:16 chr7 33054112 . A G 400.22 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.065;QD=55.2025;RBI=0.00893166;REFB=0;REVB=-0.00828988;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161241;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr7 33054117 . T TAAG,TAAGA 341.52 PASS AF=0,0.931034;AO=14,8;DP=30;FAO=0,27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=0,20;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00177114,0.0184221;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=119.914,200.651;QD=47.1057;RBI=0.103844,0.157027;REFB=-0.0123298,-0.0361121;REVB=-0.103829,-0.155943;RO=5;SAF=8,8;SAR=6,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112433,0.766998;STB=0.5,0.523792;STBP=1,0.538;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00750785;OID=.,.;OPOS=33054118,33054118;OREF=-,-;OALT=AAG,AAGA;OMAPALT=TAAG,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.931034:14,8:30:0,27:29:2:0,20:0,7:2:0:9:5:8,8:6,0:4:1 chr7 33054118 . T A 132.53 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000959197;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=161.92;QD=15.1468;RBI=0.00245636;REFB=-0.0155584;REVB=0.00226133;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.560897;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0102644;OID=.;OPOS=33054118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:14:15:0.428571:6:8:13:5:6:9:14:6 chr7 33060946 . A G 698.85 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1605;QD=54.8121;RBI=0.0497528;REFB=-0.115033;REVB=0.032708;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00743058;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:0:1:27:23:0:1 chr7 33134883 . T C 152.44 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.2;QD=40.6516;RBI=0.0210589;REFB=0.0136186;REVB=0.0121425;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000202851;OID=.;OPOS=33134883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:1:0:6:8:1:0 chr7 33385852 . C T 1088.09 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193646;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.041;QD=58.8159;RBI=0.0255577;REFB=-0.144083;REVB=-0.0166796;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00303776;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:36:37:0:0:36:37:1:0 chr7 33388713 . G A 415.95 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=97;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0180549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.242;QD=15.9982;RBI=0.0183891;REFB=-0.00915681;REVB=0.00348975;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100382;STB=0.506459;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0111708;OID=.;OPOS=33388713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:104:55:56:34:48:0.461538:16:18:24:31:26:22:25:31 chr7 33391089 . G A 334.93 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0189678;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6153;QD=20.299;RBI=0.0334868;REFB=-0.0147316;REVB=-0.0275969;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117722;STB=0.555523;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0111795;OID=.;OPOS=33391089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:34:35:0.530303:21:13:16:15:21:14:16:15 chr7 33767624 . GCCCC GCCC,GCCCG 30.41 PASS AF=0.157895,0.0526316;AO=11,3;DP=58;FAO=9,3;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=8,1;FSAR=1,2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.144089,-0.0590999;FXX=0.0172384;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1852,88.2986;QD=2.13381;RBI=0.151292,0.059244;REFB=-0.105199,-0.0107599;REVB=0.0461263,-0.00412876;RO=38;SAF=10,1;SAR=1,2;SRF=23;SRR=15;SSEN=0.548387,0;SSEP=0,0;SSSB=0.491915,-0.263065;STB=0.8239,0.718621;STBP=0.062,0.514;TYPE=del,snp;VARB=0.130542,0.113767;OID=.,.;OPOS=33767625,33767628;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895,0.0526316:11,3:58:9,3:57:45:8,1:1,2:26:19:24:38:10,1:1,2:23:15 chr7 33979638 . GTTTTTTTTTT GTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTA 123.97 PASS AF=0,0.867925,0.113208;AO=9,21,2;DP=53;FAO=0,46,6;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=0,17,4;FSAR=0,29,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.177031,0.284083,0.12508;FXX=0.036357;HRUN=10,10,10;LEN=2,1,1;MLLD=6.97602,4.32581,18.6805;QD=9.35635;RBI=0.181453,0.293165,0.138085;REFB=-0.0238263,-0.0861683,-0.0468922;REVB=-0.0398182,-0.0724044,-0.0585017;RO=11;SAF=3,4,2;SAR=6,17,0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.281248,-0.339608,0.523246;STB=0.5,0.508471,0.599655;STBP=1,0.517,0.333;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0156001,0.0472183,0.0427989;OID=.,.,.;OPOS=33979639,33979639,33979648;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.867925,0.113208:9,21,2:53:0,46,6:53:1:0,17,4:0,29,2:0:1:12:11:3,4,2:6,17,0:7:4 chr7 34009946 . C T 461.13 PASS AF=0.341176;AO=58;DP=170;FAO=58;FDP=170;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=78;FWDB=-0.0775421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.707;QD=10.85;RBI=0.083581;REFB=-0.0146041;REVB=-0.031193;RO=112;SAF=17;SAR=41;SRF=34;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143942;STB=0.508262;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0211979;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:112:112:58:58:0.341176:41:17:34:78:41:17:34:78 chr7 34192762 . G C 1567.63 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.249;QD=63.9847;RBI=0.0492689;REFB=0;REVB=0.0406284;RO=0;SAF=67;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150666;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:31:67:0:0:31:67:0:0 chr7 34685696 . A T 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.027821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2132;QD=15.2549;RBI=0.0283315;REFB=-0.00363951;REVB=0.00535422;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00611877;OID=.;OPOS=34685696;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr7 34793057 . C T 791.5 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0104265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9831;QD=53.6609;RBI=0.0362154;REFB=-0.128991;REVB=0.034682;RO=2;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254818;STB=0.513509;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0135751;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:36:21:0:2:36:21:0:2 chr7 34818113 . A T 1124.23 PASS AF=0.950617;AO=78;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0251768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3174;QD=55.5173;RBI=0.0251896;REFB=-0.0103074;REVB=-0.000801094;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278207;STB=0.502923;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00361511;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:2:4:78:77:0.950617:33:45:0:2:34:43:2:2 chr7 34851393 . C G 774.29 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129706;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.528;QD=57.3548;RBI=0.107222;REFB=0;REVB=0.106435;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467521;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr7 34874038 . C G 1532.1 PASS AF=0.989691;AO=83;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233662;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.109;QD=63.1793;RBI=0.0253421;REFB=0;REVB=0.0098104;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447898;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:97:0:0:83:96:0.989691:47:36:0:0:50:46:0:0 chr7 34874039 . A G 56.92 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00626335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.4212;QD=2.29977;RBI=0.018489;REFB=-0.0290163;REVB=-0.0173958;RO=84;SAF=10;SAR=3;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413097;STB=0.792981;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.210751;OID=.;OPOS=34874039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:97:99:84:86:13:13:0.131313:3:10:36:48:3:10:36:50 chr7 35840898 . G C,GC 1243.2 PASS AF=0.0697674,0.918605;AO=8,76;DP=93;FAO=6,79;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=0,38;FSAR=6,41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207938,0.0210019;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=88.4072,105.765;QD=57.8233;RBI=0.0369818,0.0211056;REFB=-0.0646755,-0.114814;REVB=-0.0305822,-0.00208951;RO=8;SAF=0,38;SAR=8,38;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.844818,-0.0898192;STB=0.997093,0.506492;STBP=0.043,0.333;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0592298,0.00106928;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:93:86:8:1:8,76:6,79:0.0697674,0.918605:8,38:0,38:8:0:6,41:0,38:1:0 chr7 36124292 . G A 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5416;QD=59.1378;RBI=0.0179561;REFB=0;REVB=0.00218445;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112823;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr7 36320821 . G A 1932.43 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.469;QD=61.8378;RBI=0.0295954;REFB=0;REVB=0.0141062;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38864e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:71:53:0:0:71:54:0:0 chr7 36338749 . T C 1626.99 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128472;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.933;QD=60.259;RBI=0.0167734;REFB=0;REVB=0.0107841;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68469e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr7 36339269 . C G 208.58 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0642219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.024;QD=33.3731;RBI=0.0665598;REFB=0.00888848;REVB=-0.0174857;RO=6;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107776;STB=0.559259;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00130925;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:8:11:2:4:8:11:2:4 chr7 36396480 . A G 518.62 PASS AF=0.592593;AO=47;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0131533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.1056;QD=25.611;RBI=0.0652655;REFB=-0.0339686;REVB=0.0639264;RO=29;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436159;STB=0.543192;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0239241;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:33:47:48:0.592593:24:23:16:13:24:24:20:13 chr7 36445856 . G A 1552.79 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.028;QD=59.7226;RBI=0.045163;REFB=0;REVB=-0.00954596;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60082e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:100:104:1:43:57:0:0:44:60:0:0 chr7 36447349 . A ACTT 335.4 PASS AF=0.486486;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00639355;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.66;QD=18.1295;RBI=0.0229222;REFB=-0.0201886;REVB=0.0220125;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122374;STB=0.554987;STBP=0.387;TYPE=ins;VARB=0.0227466;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:34:75:36:74:38:14:22:11:27:99:38:14:20:11:27 chr7 36459076 . G A 127.44 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0161134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.628;QD=9.26811;RBI=0.0188408;REFB=-0.0101928;REVB=-0.00976393;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132921;STB=0.579305;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0160965;OID=.;OPOS=36459076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:18:20:7:10:18:20 chr7 36552790 . G GT,T 1011.79 PASS AF=0.960526,0.0263158;AO=69,3;DP=80;FAO=73,2;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29,1;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0970153,0.0958282;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=22.3954,5.75975;QD=53.2523;RBI=0.0971684,0.118485;REFB=-0.027841,0.00943031;REVB=-0.00545354,-0.0696817;RO=6;SAF=28,1;SAR=41,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0146818,-0.167835;STB=0.505616,0.665164;STBP=0.507,0.662;TYPE=ins,snp;VARB=0.00518925,0.00430495;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:80:76:6:1:69,3:73,2:0.960526,0.0263158:41,2:28,1:3:3:44,1:29,1:0:1 chr7 36729757 . T C 471.53 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0117857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.476;QD=20.9567;RBI=0.0172322;REFB=0.00575332;REVB=-0.0125717;RO=43;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870842;STB=0.554431;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00540418;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:28:18:21:22:28:18:22:22 chr7 36763672 . C T 214.72 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00499811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.24;QD=21.472;RBI=0.0110313;REFB=-0.0152867;REVB=0.00983407;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0114568;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:9:10:9:12:9:10 chr7 37209284 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.034;QD=63.2846;RBI=0.0247022;REFB=0;REVB=-0.003165;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33121e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr7 37298800 . C T 319.04 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.023139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0392;QD=13.4332;RBI=0.0242017;REFB=-0.0145345;REVB=0.00709279;RO=58;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604359;STB=0.530201;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0445918;OID=.;OPOS=37298800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:23:13:24:34:23:13:24:35 chr7 37355590 . C CT 769.96 PASS AF=1;AO=77;DP=82;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122498;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.8127;QD=38.9856;RBI=0.0383341;REFB=0;REVB=-0.0363242;RO=4;SAF=29;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000379076;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:82:79:79:0:29:50:0:0:16:4:29:48:2:2 chr7 37780436 . G A 558.11 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00711936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.232;QD=18.919;RBI=0.00718651;REFB=-0.0156526;REVB=-0.000980129;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100881;STB=0.559322;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0177637;OID=.;OPOS=37780436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:59:60:58:58:0.491525:30:28:22:37:30:28:22:38 chr7 37936530 . T C 458.75 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00660708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.214;QD=23.5256;RBI=0.011215;REFB=-0.00332011;REVB=-0.00906212;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531542;STB=0.502919;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00275097;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:23:21:16:18:23:21:16:18 chr7 37947103 . C T 595.46 PASS AF=0.355769;AO=66;DP=200;FAO=74;FDP=208;FR=.;FRO=134;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-4.51003e-05;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.246;QD=11.4511;RBI=0.00392048;REFB=-0.017834;REVB=-0.00392022;RO=132;SAF=33;SAR=33;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439789;STB=0.572262;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0331226;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:208:132:134:66:74:0.355769:33:33:61:71:32:42:61:73 chr7 37947164 . G T 478.61 PASS AF=0.331492;AO=60;DP=183;FAO=60;FDP=181;FR=.;FRO=121;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.0907999;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6392;QD=10.5771;RBI=0.0908563;REFB=-0.0039051;REVB=-0.00320143;RO=118;SAF=32;SAR=28;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969531;STB=0.557984;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0063463;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:118:121:60:60:0.331492:28:32:53:65:28:32:54:67 chr7 37951726 . G A 841.49 PASS AF=0.577778;AO=76;DP=133;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0355646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.417;QD=24.9329;RBI=0.0493982;REFB=-0.00953124;REVB=-0.0342832;RO=56;SAF=45;SAR=31;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100867;STB=0.54403;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0153185;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:56:57:76:78:0.577778:31:45:26:30:33:45:27:30 chr7 37951735 . G A 511.86 PASS AF=0.393548;AO=60;DP=154;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0226784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.869;QD=13.2094;RBI=0.0292194;REFB=-0.00970933;REVB=-0.0184245;RO=93;SAF=27;SAR=33;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482347;STB=0.541388;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0152791;OID=.;OPOS=37951735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:93:94:60:61:0.393548:33:27:46:47:34:27:48:46 chr7 37953840 . C T 413.84 PASS AF=0.319527;AO=54;DP=172;FAO=54;FDP=169;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.00357498;FXX=0.0231201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7643;QD=9.79504;RBI=0.0405141;REFB=-0.0144393;REVB=-0.0403561;RO=113;SAF=35;SAR=19;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690483;STB=0.547495;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.019296;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:169:113:115:54:54:0.319527:19:35:67:46:19:35:67:48 chr7 37988589 . C G,T 1616.01 PASS AF=0.103448,0.896552;AO=13,93;DP=107;FAO=12,104;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=7,45;FSAR=5,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723113,0.0945251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.171,158.936;QD=55.7245;RBI=0.0158279,0.0977082;REFB=0,0;REVB=0.0140795,0.0247365;RO=1;SAF=8,39;SAR=5,54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0533084,-0.012001;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0315613,0.00705171;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:107:116:1:0:13,93:12,104:0.103448,0.896552:5,54:8,39:1:0:5,59:7,45:0:0 chr7 37991129 . C A 765.26 PASS AF=0.532374;AO=72;DP=141;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00240775;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.851;QD=22.0217;RBI=0.0239194;REFB=-0.0124294;REVB=0.0237979;RO=62;SAF=48;SAR=24;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935129;STB=0.547069;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0083762;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:62:65:72:74:0.532374:24:48:35:27:25:49:37:28 chr7 37991186 . C T 917.04 PASS AF=0.52;AO=89;DP=173;FAO=91;FDP=175;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0344894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3082;QD=20.9609;RBI=0.0371916;REFB=-0.0285965;REVB=0.0139175;RO=84;SAF=53;SAR=36;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542431;STB=0.533973;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0207152;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:84:84:89:91:0.52:36:53:45:39:36:55:45:39 chr7 38268395 . C T 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0261931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.576;QD=6.43997;RBI=0.0358597;REFB=-0.0144231;REVB=-0.0244916;RO=44;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255114;STB=0.658313;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0430463;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:5:9:19:25:5:9:19:25 chr7 38269668 . G A 333.95 PASS AF=0.439024;AO=34;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0174463;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.864;QD=16.2905;RBI=0.0202713;REFB=-0.0148465;REVB=-0.0103224;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106195;STB=0.548754;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0177064;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:46:34:36:0.439024:18:16:27:20:18:18:27:19 chr7 38284794 . C T 434.17 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00101675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4742;QD=18.2809;RBI=0.00489977;REFB=-0.00535685;REVB=0.00479312;RO=50;SAF=23;SAR=21;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935468;STB=0.556601;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00714715;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:21:23:31:19:21:23:32:19 chr7 38284804 . T C 386.8 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0430405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.61;QD=15.7877;RBI=0.0485175;REFB=-0.0127644;REVB=0.0223933;RO=57;SAF=23;SAR=18;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373848;STB=0.521066;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.01127;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:18:23:34:23:18:23:34:23 chr7 38284808 . A C 383.27 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0499517;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9504;QD=16.1375;RBI=0.0535442;REFB=-0.00347009;REVB=-0.0192824;RO=55;SAF=23;SAR=16;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00664822;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:39:40:0.421053:16:23:33:22:16:24:33:22 chr7 38284834 . A G 372.35 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00974245;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.339;QD=14.3211;RBI=0.0113082;REFB=-0.0131155;REVB=0.00574114;RO=60;SAF=24;SAR=19;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894152;STB=0.50931;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.020004;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:61:43:43:0.413462:19:24:34:26:19:24:35:26 chr7 38284854 . C T 317.63 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00946231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.728;QD=13.0982;RBI=0.0126056;REFB=-0.00945023;REVB=-0.00832867;RO=61;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145665;STB=0.508334;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0155473;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:17:19:33:28:17:19:33:28 chr7 38289121 . C T 2289.5 PASS AF=1;AO=137;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509124;FXX=0.0266649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.688;QD=62.726;RBI=0.0211332;REFB=0;REVB=0.0205108;RO=0;SAF=45;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798046;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:137:146:1:92:45:0:0:95:51:0:0 chr7 38295958 . C T 278.84 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.077208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0845;QD=21.8697;RBI=0.10534;REFB=-0.0207318;REVB=-0.0716624;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818193;STB=0.545422;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0144473;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:10:13:13:15:10:13 chr7 38299727 . T C 156.19 PASS AF=0.435897;AO=13;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0402813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.682;QD=16.0199;RBI=0.0402968;REFB=-0.0221423;REVB=-0.00111825;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954316;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0378692;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:22:13:17:0.435897:7:6:5:9:9:8:13:9 chr7 38305043 . T C 252.08 PASS AF=0.26087;AO=36;DP=138;FAO=36;FDP=138;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.00831926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.777;QD=7.30677;RBI=0.0145678;REFB=-0.00796554;REVB=-0.0119587;RO=100;SAF=13;SAR=23;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162231;STB=0.597717;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0225159;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:100:102:36:36:0.26087:23:13:49:51:23:13:50:52 chr7 38305083 . G A 990.45 PASS AF=0.584906;AO=93;DP=160;FAO=93;FDP=159;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.005533;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.538;QD=24.9171;RBI=0.0247446;REFB=-0.00410725;REVB=0.0241181;RO=62;SAF=45;SAR=48;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119046;STB=0.512984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00194676;OID=.;OPOS=38305083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:62:66:93:93:0.584906:48:45:31:31:48:45:34:32 chr7 38305142 . G C 567.65 PASS AF=0.411392;AO=66;DP=155;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.000112964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.183;QD=14.371;RBI=0.023487;REFB=-0.00807525;REVB=0.0234867;RO=87;SAF=28;SAR=38;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108795;STB=0.506044;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0104923;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:87:93:66:65:0.411392:38:28:37:50:37:28:41:52 chr7 38309102 . A C 1098.35 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372377;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1659;QD=60.1833;RBI=0.00757309;REFB=0;REVB=0.00659434;RO=0;SAF=57;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351022;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:16:57:0:0:16:57:0:0 chr7 38331416 . C T 637.51 PASS AF=0.710526;AO=54;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00109458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.144;QD=33.5534;RBI=0.0137989;REFB=-0.0185234;REVB=-0.0137554;RO=22;SAF=30;SAR=24;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150978;STB=0.581365;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00517299;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:22:54:54:0.710526:24:30:6:16:24:30:6:16 chr7 38357075 . T C 216.41 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0307674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.447;QD=11.0982;RBI=0.0367403;REFB=-0.0181406;REVB=-0.0200803;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759603;STB=0.544043;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0405986;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:14:13:28:23:14:13:28:23 chr7 38388735 . A G 165.97 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00628447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.208;QD=41.493;RBI=0.0704453;REFB=-0.0328658;REVB=-0.0701644;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000430577;OID=.;OPOS=38388735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:6:8:0:1:6:9:0:1 chr7 38388851 . T G 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000364866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8443;QD=18.0714;RBI=0.0172047;REFB=-0.0098433;REVB=-0.0172008;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743759;STB=0.525949;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0185976;OID=.;OPOS=38388851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:17:13:15:14:17:13:15:16 chr7 38388895 . A T 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00342916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.891;QD=13.9659;RBI=0.00631353;REFB=-0.00977192;REVB=-0.00530108;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186625;STB=0.605991;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0122318;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:17:27:13:17:17:27 chr7 38389410 . G C 881.44 PASS AF=0.51462;AO=88;DP=171;FAO=88;FDP=171;FR=.;FRO=83;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0500347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1368;QD=20.6184;RBI=0.0526157;REFB=0.00646929;REVB=-0.0162768;RO=76;SAF=58;SAR=30;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108267;STB=0.542436;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00724168;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:76:83:88:88:0.51462:30:58:41:35:30:58:48:35 chr7 38393319 . A G 126.86 PASS AF=0.52;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0254425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0297;QD=20.2985;RBI=0.0590606;REFB=0.0175925;REVB=0.0532995;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154763;STB=0.526986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0159466;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:8:10:11:13:0.52:5:6:6:2:6:7:6:4 chr7 38393328 . G C 165.98 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.08577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.165;QD=22.131;RBI=0.0890445;REFB=0.00305066;REVB=0.0239253;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217112;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0127699;OID=.;OPOS=38393328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:12:13:17:17:0.566667:9:8:6:6:9:8:7:6 chr7 38393343 . T C 119.99 PASS AF=0.4;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.026518;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.847;QD=13.7131;RBI=0.0318437;REFB=-0.00912665;REVB=-0.0176301;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987403;STB=0.612745;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0108275;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:21:12:14:0.4:6:6:9:13:6:8:8:13 chr7 38393390 . T G 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00736932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.545;QD=18.3091;RBI=0.0143053;REFB=-0.00702806;REVB=0.0122611;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358309;STB=0.519989;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00799826;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:18:19:19:21:18:19:19:21 chr7 38393403 . G A 406.96 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00215291;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.614;QD=19.8517;RBI=0.0280822;REFB=-0.00488339;REVB=0.0279996;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440157;STB=0.524422;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00251348;OID=.;OPOS=38393403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:21:20:18:23:21:20:18:23 chr7 38393424 . G A 460.94 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00624626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.528;QD=17.2314;RBI=0.00624896;REFB=-0.0106099;REVB=-0.0001839;RO=56;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012988;STB=0.502069;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00467418;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:27:23:25:31:27:23:26:31 chr7 38393448 . G C 545.66 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00432446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.343;QD=17.1862;RBI=0.00519772;REFB=-0.0177696;REVB=-0.00288363;RO=68;SAF=27;SAR=31;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477592;STB=0.522701;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0197133;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:69:58:58:0.456693:31:27:35:33:31:27:35:34 chr7 38393524 . C T 542.89 PASS AF=0.42446;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0318964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.631;QD=15.6227;RBI=0.0324916;REFB=-0.0128576;REVB=-0.00619079;RO=79;SAF=30;SAR=28;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409787;STB=0.514197;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0162699;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:79:80:58:59:0.42446:28:30:44:35:28:31:44:36 chr7 38393534 . C T 536.12 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00250123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.471;QD=15.8849;RBI=0.0192465;REFB=-0.000940138;REVB=0.0190832;RO=74;SAF=32;SAR=26;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298901;STB=0.503875;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00120262;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:77:58:58:0.42963:26:32:43:31:26:32:43:34 chr7 38393592 . C A 319.95 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00705059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.511;QD=13.6149;RBI=0.0106788;REFB=-0.00501851;REVB=-0.0080203;RO=58;SAF=19;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287733;STB=0.508389;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00943278;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:58:35:36:0.382979:16:19:33:25:16:20:33:25 chr7 38393713 . A G 285.05 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0525267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9808;QD=15.4079;RBI=0.0534378;REFB=-0.00107898;REVB=0.00982559;RO=34;SAF=23;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108525;STB=0.63527;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00193591;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:42:32:32:0.432432:9:23:21:13:9:23:21:21 chr7 38393798 . A G 121.02 PASS AF=0.253521;AO=16;DP=69;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0106847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.794;QD=6.81791;RBI=0.0176236;REFB=-0.0103043;REVB=-0.0140153;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142534;STB=0.534553;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0291955;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:49:53:16:18:0.253521:10:6:24:25:10:8:26:27 chr7 38397867 . G C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00277377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.095;QD=11.4383;RBI=0.0250859;REFB=-0.0265456;REVB=-0.0249321;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.62712;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0436606;OID=.;OPOS=38397867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:11:3:1:8:11:3 chr7 38398564 . AG AC,GC 1101.42 PASS AF=0.626016,0.162602;AO=74,60;DP=147;FAO=77,20;FDP=123;FR=.;FRO=26;FSAF=45,6;FSAR=32,14;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=1.36855e-05,-0.0646189;FXX=0.168908;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=82.8578,61.7592;QD=35.8184;RBI=0.0509135,0.0842408;REFB=-0.000398373,-0.308449;REVB=0.0509135,0.0540455;RO=2;SAF=42,25;SAR=32,35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0219938,-0.0362622;STB=0.601318,0.827991;STBP=0.002,0.003;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0362953,0.129492;OID=.,.;OPOS=38398565,38398564;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:123:2:26:74,60:77,20:0.626016,0.162602:32,35:42,25:2:0:32,14:45,6:25:1 chr7 38402496 . A G 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.109;QD=59.7164;RBI=0.0187818;REFB=0.107804;REVB=0.00319948;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104046;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000215455;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:34:45:1:0:34:45:1:0 chr7 38431430 . A G 519.4 PASS AF=0.451613;AO=53;DP=121;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00212928;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.442;QD=16.7549;RBI=0.0105035;REFB=-0.0158907;REVB=0.0102854;RO=65;SAF=31;SAR=22;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122371;STB=0.563488;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0185129;OID=.;OPOS=38431430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:65:68:53:56:0.451613:22:31:30:35:24:32:31:37 chr7 38467842 . A G 334.41 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0419352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8226;QD=19.386;RBI=0.0669972;REFB=-0.00164068;REVB=-0.05225;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160377;STB=0.578902;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00129146;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:34:35:0.507246:21:13:19:15:21:14:19:15 chr7 38467923 . A G 603.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.819;QD=60.3504;RBI=0.0605254;REFB=0;REVB=0.0464722;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139854;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr7 38468463 . C T 298.83 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0214209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.22;QD=13.7395;RBI=0.0526295;REFB=-0.00254535;REVB=-0.048073;RO=49;SAF=24;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163063;STB=0.581345;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00373103;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:53:33:34:0.390805:9:24:29:20:9:25:33:20 chr7 38468695 . C T 214.4 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.518;QD=45.137;RBI=0.0325505;REFB=-0.169171;REVB=0.0198107;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00451064;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:6:12:0:0:6:12:1:0 chr7 38725804 . C T 226.91 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00847146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.024;QD=13.5472;RBI=0.0126015;REFB=0.000587685;REVB=0.00932915;RO=38;SAF=22;SAR=5;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447569;STB=0.747909;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00309994;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:40:27:27:0.402985:5:22:16:22:5:22:18:22 chr7 38766582 . G C 664.91 PASS AF=0.469799;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0448506;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.828;QD=17.85;RBI=0.0449347;REFB=-0.00135361;REVB=-0.00274816;RO=79;SAF=39;SAR=31;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121026;STB=0.567037;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00195874;OID=.;OPOS=38766582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:79:79:70:70:0.469799:31:39:34:45:31:39:34:45 chr7 38780883 . C T 2497.95 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675346;FXX=0.0121944;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.582;QD=61.6778;RBI=0.00125064;REFB=0;REVB=0.00105261;RO=0;SAF=99;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68527e-06;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:162:0:0:162:162:1:63:99:0:0:63:99:0:0 chr7 38780924 . T C 3044.64 PASS AF=1;AO=191;DP=194;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146085;FXX=0.0205118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.049;QD=63.7621;RBI=0.0185979;REFB=0;REVB=0.0115098;RO=0;SAF=101;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11025e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:191:0:0:191:191:1:90:101:0:0:90:101:0:0 chr7 38796570 . G A 625.55 PASS AF=0.512195;AO=62;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0276255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.028;QD=20.343;RBI=0.0276383;REFB=-0.000222452;REVB=0.000841463;RO=59;SAF=24;SAR=38;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949743;STB=0.551435;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000114345;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:60:62:63:0.512195:38:24:29:30:38:25:30:30 chr7 39472708 . A G 275.3 PASS AF=0.34;AO=29;DP=94;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0124386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.256;QD=11.0121;RBI=0.01849;REFB=-0.00783425;REVB=0.0136807;RO=57;SAF=21;SAR=8;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144176;STB=0.507688;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0142135;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:57:66:29:34:0.34:8:21:35:22:12:22:42:24 chr7 39472846 . G A 178.88 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.101144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4081;QD=12.5532;RBI=0.105026;REFB=0.00441525;REVB=-0.0282904;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127557;STB=0.582325;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0103295;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:13:9:18:16:13:9:19:16 chr7 39606107 . G A 265.99 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0351205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9182;QD=11.1994;RBI=0.0351346;REFB=-0.0161658;REVB=-0.000997736;RO=63;SAF=23;SAR=9;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205019;STB=0.619732;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0370594;OID=.;OPOS=39606107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:9:23:35:28:9:23:35:28 chr7 39610177 . A G 263.59 PASS AF=0.297521;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=121;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00491965;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1765;QD=8.71375;RBI=0.0281571;REFB=-0.0130068;REVB=0.0277239;RO=86;SAF=20;SAR=16;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944292;STB=0.5596;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0305795;OID=.;OPOS=39610177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:86:85:36:36:0.297521:16:20:41:45:16:20:40:45 chr7 40027484 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0126113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2691;QD=13.6308;RBI=0.0259277;REFB=0.00777513;REVB=0.0226539;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0076407;OID=.;OPOS=40027484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:2:7:4:4:2:7 chr7 40229127 . A T 39.67 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00547381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.818;QD=3.05179;RBI=0.0529839;REFB=-0.00782709;REVB=-0.0527004;RO=38;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434889;STB=0.825346;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0283507;OID=.;OPOS=40229127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:52:38:45:7:7:0.134615:1:6:20:18:1:6:23:22 chr7 40314243 . A G 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3355;QD=62.0175;RBI=0.0728726;REFB=0;REVB=0.0422036;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107029;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 40899967 . G C 918.01 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522713;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.379;QD=58.2863;RBI=0.0564821;REFB=0;REVB=0.0213997;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48071e-05;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:57:63:1:15:42:0:0:16:47:0:0 chr7 42212180 . C T 373.26 PASS AF=0.343284;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00266195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8658;QD=11.142;RBI=0.0189222;REFB=0.000460721;REVB=0.0187341;RO=88;SAF=31;SAR=15;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168641;STB=0.597341;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00119853;OID=.;OPOS=42212180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:88:88:46:46:0.343284:15:31:47:41:15:31:47:41 chr7 42950640 . C T 1433.93 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396956;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2024;QD=63.0299;RBI=0.0409417;REFB=0;REVB=-0.0100238;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9268e-05;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:89:91:1:39:50:0:0:41:50:0:0 chr7 42970733 . C T 1226.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.013;QD=61.3237;RBI=0.0655225;REFB=0;REVB=-0.0235386;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670046;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr7 42976789 . A G 802.02 PASS AF=0.596774;AO=74;DP=124;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000895121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.906;QD=25.8718;RBI=0.0473457;REFB=-0.00901993;REVB=0.0473372;RO=50;SAF=34;SAR=40;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030187;STB=0.516407;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00657719;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:50:74:74:0.596774:40:34:25:25:40:34:25:25 chr7 42977091 . G A 325.46 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0228989;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3441;QD=16.4788;RBI=0.0297574;REFB=-0.0130913;REVB=-0.0190038;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143897;STB=0.574059;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0139758;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:44:35:35:0.443038:19:16:26:17:19:16:26:18 chr7 43484092 . C A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00620102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.048;QD=22.7198;RBI=0.0120987;REFB=-0.0199643;REVB=-0.0103887;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301656;STB=0.666473;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.010553;OID=.;OPOS=43484092;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:0:9:9:5:0:9 chr7 43506059 . A G 302.41 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0203087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5552;QD=12.6002;RBI=0.022793;REFB=-0.000234491;REVB=0.0103478;RO=57;SAF=16;SAR=19;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225131;STB=0.634373;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00198174;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:61:35:35:0.364583:19:16:38:19:19:16:41:20 chr7 43506158 . T C 384.63 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0320479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=17.6843;RBI=0.0470538;REFB=-0.00751241;REVB=0.0344528;RO=47;SAF=11;SAR=29;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28648;STB=0.661037;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0132959;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:29:11:26:21:29:11:26:21 chr7 43664280 . A G 2232.99 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.657;QD=62.4613;RBI=0.0257535;REFB=-0.133062;REVB=0.0136782;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=9.59011e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:143:0:1:141:142:0.993007:74:67:0:0:74:68:1:0 chr7 43664625 . G T 782.0 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039047;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.433;QD=56.8729;RBI=0.0442649;REFB=0;REVB=0.0208498;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134217;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:18:37:0:0 chr7 43664785 . C T 1102.38 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215809;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.345;QD=60.4045;RBI=0.0218296;REFB=0;REVB=-0.00328574;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106019;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr7 43688245 . A ACTT 482.85 PASS AF=0.490385;AO=49;DP=111;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0236713;FXX=0.0370336;HRUN=0;LEN=3;MLLD=283.958;QD=18.571;RBI=0.0243695;REFB=0.00620816;REVB=-0.00579151;RO=60;SAF=22;SAR=27;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668438;STB=0.510634;STBP=0.839;TYPE=ins;VARB=-0.00670526;OID=.;OPOS=43688246;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490385:49:111:51:104:53:23:28:25:28:99:60:22:27:31:29 chr7 43810764 . G A 1525.73 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.81;QD=59.8326;RBI=0.0193868;REFB=0;REVB=0.0145826;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69583e-06;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:46:56:0:0 chr7 43846603 . A G 1336.85 PASS AF=0.988636;AO=81;DP=83;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.028;QD=60.7661;RBI=0.0270832;REFB=-0.0384012;REVB=0.00945253;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.505153;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000151755;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:88:0:1:81:87:0.988636:38:43:0:0:39:48:1:0 chr7 43916128 . C CCT 533.73 PASS AF=0.556701;AO=46;DP=111;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0055223;FXX=0.0490148;HRUN=3;LEN=2;MLLD=285.684;QD=22.0093;RBI=0.00601905;REFB=-0.0195496;REVB=-0.00239439;RO=60;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00512443;STB=0.546375;STBP=0.335;TYPE=ins;VARB=0.0157061;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.556701:46:111:54:97:43:27:27:17:26:99:60:24:22:31:29 chr7 43916138 . C G 639.54 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=103;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0447648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.073;QD=24.8364;RBI=0.0448712;REFB=-0.0273678;REVB=-0.00308762;RO=42;SAF=30;SAR=31;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831452;STB=0.545266;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0185032;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:42:61:61:0.592233:31:30:16:26:31:30:16:26 chr7 43916727 . T G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0729379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8806;QD=15.8412;RBI=0.0843027;REFB=-0.00947242;REVB=-0.042273;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0110201;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:2:4:5:3:3:4 chr7 43917013 . G A 572.88 PASS AF=0.495798;AO=58;DP=117;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0193176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.567;QD=19.2564;RBI=0.0193883;REFB=-0.0115269;REVB=0.0016535;RO=59;SAF=32;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705413;STB=0.529821;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0126482;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:59:60:58:59:0.495798:26:32:28:31:27:32:29:31 chr7 43917274 . A G 129.25 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0506307;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4208;QD=14.3606;RBI=0.0610058;REFB=-0.0402371;REVB=-0.034033;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148023;STB=0.512178;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0335778;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:36:13:22:13:14:0.388889:5:8:10:3:6:8:13:9 chr7 43982482 . A C 952.8 PASS AF=0.594406;AO=77;DP=136;FAO=85;FDP=143;FR=.;FRO=58;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00720666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.754;QD=26.6517;RBI=0.0183229;REFB=-0.0357913;REVB=0.0168461;RO=58;SAF=54;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187851;STB=0.564412;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0220933;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:143:58:58:77:85:0.594406:23:54:28:30:31:54:28:30 chr7 44027348 . A G 550.98 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0420106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2982;QD=13.7745;RBI=0.0858628;REFB=-0.000210504;REVB=-0.0748834;RO=96;SAF=29;SAR=35;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280846;STB=0.515805;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.000610857;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:96:96:64:64:0.4:35:29:41:55:35:29:41:55 chr7 44047066 . T C 417.48 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0483026;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.298;QD=36.3026;RBI=0.0484064;REFB=-0.0219633;REVB=-0.00316951;RO=13;SAF=7;SAR=26;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070774;STB=0.538582;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00722766;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:13:13:33:33:0.717391:26:7:4:9:26:7:4:9 chr7 44148553 . A G 393.12 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=143;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0242357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.45;QD=10.9963;RBI=0.0342183;REFB=-0.0285118;REVB=-0.0241563;RO=95;SAF=23;SAR=25;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00633418;STB=0.503648;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0633906;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:95:95:48:48:0.335664:25:23:45:50:25:23:45:50 chr7 44149685 . C CG 96.3 PASS AF=0.25;AO=25;DP=74;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0716527;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.309;QD=5.35027;RBI=0.0761101;REFB=-0.0166135;REVB=-0.025664;RO=49;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799117;STB=0.876982;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0783421;OID=.;OPOS=44149686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:25:74:18:72:54:2:16:32:22:96:49:11:14:25:24 chr7 44180079 . A AG 323.72 PASS AF=1;AO=30;DP=47;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195151;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.8788;QD=36.9966;RBI=0.195151;REFB=0;REVB=0.000388115;RO=17;SAF=15;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0081296;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:47:35:35:0:18:17:0:0:6:17:15:15:6:11 chr7 44180652 . G T 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00899798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.644;QD=18.1508;RBI=0.0128196;REFB=-0.0303199;REVB=-0.00913121;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061468;STB=0.545411;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0312555;OID=.;OPOS=44180652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:21:21:0.456522:11:10:13:11:11:10:14:11 chr7 44258963 . TG GT,TT 271.78 PASS AF=0,0.260274;AO=9,19;DP=109;FAO=0,38;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=0,28;FSAR=0,10;FSRF=78;FSRR=12;FWDB=-0.149024,0.0185023;FXX=0.0457486;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=10.4163,166.468;QD=7.44597;RBI=0.161435,0.0239442;REFB=0.102819,-0.0214384;REVB=0.0620745,0.0151984;RO=52;SAF=6,11;SAR=3,8;SRF=48;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483266,-0.49676;STB=0.5,0.632401;STBP=1,0.165;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0195635,0.0681488;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:109:146:52:90:9,19:0,38:0,0.260274:3,8:6,11:48:4:0,10:0,28:78:12 chr7 44259706 . G A 168.62 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00245819;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.489;QD=15.3294;RBI=0.0148848;REFB=-0.00522873;REVB=-0.0146804;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498489;STB=0.512806;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00794594;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:17:18:0.409091:8:9:15:11:8:10:15:11 chr7 44259871 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0522261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.746;QD=16.1154;RBI=0.0572311;REFB=-0.00687101;REVB=-0.0234059;RO=29;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373772;STB=0.712687;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0158913;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:6:18:11:18:6:18:11:18 chr7 44606098 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.219;QD=37.4884;RBI=0.0377348;REFB=0;REVB=0.0168206;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082225;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr7 44608718 . C T 89.5 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0331775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8279;QD=15.5653;RBI=0.0530874;REFB=-0.00633924;REVB=0.0414431;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160599;STB=0.574344;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0101343;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:10:11:0.478261:7:3:2:10:8:3:2:10 chr7 44620836 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.115;QD=51.9167;RBI=0.0152455;REFB=0;REVB=0.0144256;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011477;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr7 44747499 . G A 292.2 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00151337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.199;QD=27.1815;RBI=0.0424769;REFB=0.00838044;REVB=0.0424499;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360994;STB=0.526861;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00441726;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:13:12:9:8:14:12:9:8 chr7 44748451 . G A 161.29 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0205427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.434;QD=30.7212;RBI=0.023342;REFB=0.00129304;REVB=0.0110838;RO=5;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504848;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000549888;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:21:5:5:15:16:0.761905:12:3:1:4:13:3:1:4 chr7 44836314 . A G 618.85 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00325318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1453;QD=22.5035;RBI=0.021229;REFB=-0.00706331;REVB=0.0209782;RO=49;SAF=36;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032682;STB=0.5179;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00682746;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:25:36:27:22:25:36:27:22 chr7 44919200 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0285963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6285;QD=10.8228;RBI=0.0286811;REFB=0.0158517;REVB=-0.00220394;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256455;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0326355;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:10:13:4:8:10:13 chr7 44923359 . TTAAA TA,T,TTA,TTTAA 181.39 PASS AF=0.263158,0,0.157895,0.526316;AO=4,2,3,9;DP=19;FAO=5,0,3,10;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2,0,2,4;FSAR=3,0,1,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0616987,-0.0435279,-0.0594293,-0.0239257;FXX=0.049975;HRUN=7,7,7,7;LEN=3,4,2,1;MLLD=21.3352,28.4532,13.7745,12.5165;QD=38.1873;RBI=0.158227,0.107126,0.136599,0.0308526;REFB=-0.135305,-0.0953095,-0.0929881,0.0396625;REVB=-0.145702,-0.0978844,-0.122993,-0.0194792;RO=0;SAF=2,1,1,4;SAR=2,1,2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.599598,0.5,0.59939,0.555443;STBP=0.517,1,0.681,0.304;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0396473,0,0.0965064,-0.0826491;OID=.,.,.,.;OPOS=44923360,44923360,44923361,44923361;OREF=TAA,TAAA,AA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TA,T,TTA,TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.263158,0,0.157895,0.526316:4,2,3,9:19:5,0,3,10:19:1:2,0,2,4:3,0,1,6:1:0:29:0:2,1,1,4:2,1,2,5:0:0 chr7 45004063 . T C 1072.64 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.427;QD=59.5909;RBI=0.0261288;REFB=0;REVB=0.0259617;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68747e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:31:37:0:0:34:38:0:0 chr7 45009325 . G A 439.12 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.018749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.968;QD=24.7391;RBI=0.0582731;REFB=-0.0223817;REVB=0.0551745;RO=29;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227908;STB=0.512486;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0200624;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:23:19:14:15:23:19:14:15 chr7 45009341 . A G 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2571;QD=60.0257;RBI=0.0624366;REFB=0;REVB=-0.0611381;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493812;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr7 45009723 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0183683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.835;QD=10.5419;RBI=0.0187737;REFB=-0.013035;REVB=0.0038804;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178214;STB=0.606553;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0400888;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:8:13:5:6:8:13 chr7 45122464 . A C 52.58 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0153981;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.021;QD=6.00939;RBI=0.0337187;REFB=-0.00152379;REVB=-0.0299974;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471842;STB=0.799315;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0112887;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:9:18:2:6:9:18 chr7 45124008 . T C 128.3 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00866226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2365;QD=12.2189;RBI=0.0127762;REFB=0.000971531;REVB=-0.00939136;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652938;STB=0.538411;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00340337;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:11:16:8:7:11:16 chr7 45225763 . G A 549.33 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=80;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0106355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3148;QD=27.1271;RBI=0.0226959;REFB=0.000235871;REVB=-0.0200497;RO=31;SAF=20;SAR=29;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317342;STB=0.5204;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=3.1357e-05;OID=.;OPOS=45225763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:31:31:49:50:0.617284:29:20:14:17:30:20:14:17 chr7 45703971 . G A 241.66 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0135796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.059;QD=10.2833;RBI=0.0254437;REFB=-0.0151624;REVB=0.0215169;RO=63;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259569;STB=0.519987;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0288697;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:64:30:30:0.319149:16:14:28:35:16:14:28:36 chr7 45765234 . G T 168.57 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0236129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4107;QD=16.0544;RBI=0.0267722;REFB=-0.0187344;REVB=0.0126167;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829087;STB=0.547567;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0303443;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:14:10:9:9:14:10 chr7 45932669 . A G 308.03 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00977793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8873;QD=18.39;RBI=0.0116424;REFB=-0.00987616;REVB=-0.00631969;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671979;STB=0.537431;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0113012;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:12:22:19:14:12:22 chr7 46732428 . A G 1978.17 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00168552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.757;QD=60.4022;RBI=0.0250283;REFB=-0.16592;REVB=0.0249715;RO=0;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506409;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000685248;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:0:2:129:129:0.984733:52:77:0:0:52:77:2:0 chr7 47323456 . A G 779.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.335;QD=55.693;RBI=0.0374695;REFB=0;REVB=0.0321362;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794298;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:23:28:0:0:28:28:0:0 chr7 47333332 . G A 287.06 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0104935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.003;QD=24.4309;RBI=0.0105161;REFB=-0.0256732;REVB=-0.000687686;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491534;STB=0.53189;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0208427;OID=.;OPOS=47333332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:19:21:25:26:0.553191:12:13:10:9:13:13:12:9 chr7 47436497 . G A 235.06 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0104377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.687;QD=10.9331;RBI=0.0191587;REFB=-0.022454;REVB=-0.0160658;RO=56;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890326;STB=0.555986;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0430863;OID=.;OPOS=47436497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:57:29:29:0.337209:17:12:19:37:17:12:19:38 chr7 47481602 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000278713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.114;QD=59.8386;RBI=0.0681836;REFB=0;REVB=-0.0681831;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338957;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 47851623 . C T 307.66 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00182813;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.774;QD=25.6379;RBI=0.00292665;REFB=0.0111957;REVB=0.00228544;RO=16;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285351;STB=0.652064;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0108127;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:16:19:29:29:0.604167:21:8:11:5:21:8:12:7 chr7 47852837 . C T 769.73 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=107;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00270696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.894;QD=28.7749;RBI=0.00970276;REFB=-0.0113031;REVB=-0.00931751;RO=36;SAF=33;SAR=37;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354617;STB=0.523904;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00602949;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:37:70:70:0.654206:37:33:19:17:37:33:20:17 chr7 47854956 . C T 1034.13 PASS AF=0.512315;AO=97;DP=204;FAO=104;FDP=203;FR=.;FRO=99;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0232481;FXX=0.0424508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.211;QD=20.377;RBI=0.0355203;REFB=-0.0207118;REVB=0.0268555;RO=88;SAF=60;SAR=37;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457788;STB=0.500582;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0250691;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:88:99:97:104:0.512315:37:60:50:38:44:60:57:42 chr7 47872845 . A G 1078.59 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6495;QD=59.9219;RBI=0.0494306;REFB=0;REVB=0.0489712;RO=0;SAF=17;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425654;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:51:17:0:0:54:18:0:0 chr7 47876558 . C T 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0282627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.603;QD=19.762;RBI=0.0312504;REFB=-0.0542096;REVB=0.0133344;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139813;STB=0.585729;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0653835;OID=.;OPOS=47876558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:14:9:6:18:14:9:6:19 chr7 47879049 . G A 1541.37 PASS AF=0.591489;AO=138;DP=235;FAO=139;FDP=235;FR=.;FRO=96;FSAF=97;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00429548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.75;QD=26.2361;RBI=0.0132873;REFB=-0.00787189;REVB=-0.0125738;RO=94;SAF=97;SAR=41;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191993;STB=0.601987;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00825569;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:94:96:138:139:0.591489:41:97:44:50:42:97:45:51 chr7 47913560 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.867;QD=62.3502;RBI=0.0381119;REFB=0;REVB=-0.0261045;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25745e-06;OID=.;OPOS=47913560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr7 47913579 . TG CA 601.83 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284069;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=2;MLLD=167.684;QD=61.7258;RBI=0.0285268;REFB=0;REVB=0.0026128;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.28647e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 47920345 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.49027e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.042;QD=57.7116;RBI=0.0350627;REFB=0;REVB=0.0350625;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31891e-05;OID=.;OPOS=47920345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr7 47925331 . C G 1161.13 PASS AF=1;AO=62;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.359;QD=61.1123;RBI=0.0610346;REFB=0;REVB=0.0222203;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031389;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:62:76:1:28:34:0:0:28:48:0:0 chr7 48016353 . G T 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=6;FWDB=-0.0112144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.707;QD=17.8768;RBI=0.0190008;REFB=-0.0089589;REVB=-0.0153384;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=37;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276623;STB=0.640117;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00847093;OID=.;OPOS=48016353;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:14:24:37:5:14:24:37:6 chr7 48081095 . G T 175.26 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00112632;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7877;QD=13.2273;RBI=0.0526283;REFB=-0.00216325;REVB=-0.0526162;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758736;STB=0.535546;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00606039;OID=.;OPOS=48081095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:31:32:21:21:0.396226:8:13:17:14:8:13:18:14 chr7 48086077 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.093;QD=57.3857;RBI=0.0065357;REFB=0;REVB=-0.0047564;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06089e-05;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr7 48086161 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.993;QD=61.3357;RBI=0.0598669;REFB=0;REVB=0.00993474;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305825;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr7 48089542 . T C 911.89 PASS AF=1;AO=54;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9149;QD=57.8979;RBI=0.0750436;REFB=0;REVB=-0.0152137;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073631;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:54:63:1:16:38:0:0:16:47:0:0 chr7 48089570 . CC AC,CA 862.67 PASS AF=0.114754,0.885246;AO=5,25;DP=56;FAO=7,54;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=3,40;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296912,0.0483064;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=121.701,144.035;QD=56.5685;RBI=0.029902,0.0485385;REFB=0,0;REVB=-0.00354409,-0.00474067;RO=0;SAF=0,14;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0155094,0.00464994;OID=.,.;OPOS=48089570,48089571;OREF=C,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:56:61:0:0:5,25:7,54:0.114754,0.885246:5,11:0,14:0:0:4,14:3,40:0:0 chr7 48092486 . T C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.162;QD=55.6478;RBI=0.0380964;REFB=0;REVB=0.0351616;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172727;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr7 48092644 . C T 408.15 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00272846;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.927;QD=19.6701;RBI=0.0299188;REFB=-0.00323765;REVB=0.0297941;RO=40;SAF=30;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21028;STB=0.619113;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00686656;OID=.;OPOS=48092644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:40:42:40:41:0.493976:10:30:22:18:11:30:22:20 chr7 48285485 . C T 1911.61 PASS AF=0.969231;AO=125;DP=132;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00690229;FXX=0.0225547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.745;QD=58.8187;RBI=0.00719964;REFB=0.00839903;REVB=-0.00204776;RO=3;SAF=82;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031994;STB=0.522219;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=3.57367e-05;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:130:3:4:125:126:0.969231:43:82:0:3:43:83:0:4 chr7 48311658 . G A 238.56 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.014146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3563;QD=14.0332;RBI=0.0288269;REFB=-0.0222663;REVB=-0.0251174;RO=37;SAF=7;SAR=21;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216912;STB=0.608629;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0255832;OID=.;OPOS=48311658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:40:28:28:0.411765:21:7:4:33:21:7:5:35 chr7 48312674 . G A 1266.89 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.272;QD=61.0549;RBI=0.0111494;REFB=0;REVB=-0.00344696;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010695;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:78:83:1:49:29:0:0:50:33:0:0 chr7 48315767 . TTG T 40.48 PASS AF=0.27907;AO=9;DP=46;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0445751;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.0611;QD=3.76595;RBI=0.139591;REFB=-0.0794112;REVB=-0.132282;RO=32;SAF=0;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74329;STB=0.782094;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=0.171534;OID=.;OPOS=48315768;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:9:46:12:43:31:2:10:16:15:40:32:0:9:17:15 chr7 48315796 . C A 759.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.132;QD=56.279;RBI=0.0703038;REFB=0;REVB=0.0258524;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111709;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:35:16:0:0:35:19:0:0 chr7 48318811 . C G,T 580.5 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,36;DP=38;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335438,-0.00343938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.2728,116.669;QD=59.5379;RBI=0.0343917,0.00930811;REFB=0,0;REVB=0.00758954,0.00864937;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.185058,-0.000698203;OID=.,.;OPOS=48318811,48318811;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:39:0:0:2,36:2,37:0.0512821,0.948718:1,21:1,15:0:0:1,22:1,15:0:0 chr7 48336844 . C T 1556.28 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9125;QD=59.8569;RBI=0.111935;REFB=0;REVB=0.0206254;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144128;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:102:104:1:47:55:0:0:49:55:0:0 chr7 48349647 . C T 930.72 PASS AF=0.552147;AO=89;DP=164;FAO=90;FDP=163;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.014851;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3683;QD=22.8398;RBI=0.0273427;REFB=-0.00205113;REVB=-0.022958;RO=71;SAF=38;SAR=51;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772761;STB=0.544493;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00160499;OID=.;OPOS=48349647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:71:73:89:90:0.552147:51:38:37:34:52:38:38:35 chr7 48506566 . A G 395.28 PASS AF=0.337931;AO=48;DP=146;FAO=49;FDP=145;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00175209;FXX=0.0460496;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.092;QD=10.9044;RBI=0.0017716;REFB=-0.00102004;REVB=0.000262214;RO=95;SAF=22;SAR=26;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10241;STB=0.567995;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00110211;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:95:96:48:49:0.337931:26:22:52:43:27:22:53:43 chr7 48506642 . A G 323.85 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00739041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.55;QD=10.7949;RBI=0.00770949;REFB=-0.000565469;REVB=0.00219501;RO=79;SAF=24;SAR=17;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768266;STB=0.544308;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00123903;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:79:41:41:0.341667:17:24:41:38:17:24:41:38 chr7 48545976 . A G 1146.06 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000286184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.058;QD=57.3028;RBI=0.00482833;REFB=-0.113743;REVB=-0.00481984;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.510867;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000758113;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:33:45:1:0:33:45:2:0 chr7 48964322 . G T 319.66 PASS AF=0.392157;AO=35;DP=98;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0166227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.138;QD=12.5356;RBI=0.0196335;REFB=-0.0148435;REVB=-0.010448;RO=63;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113398;STB=0.534007;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.027125;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:63:62:35:40:0.392157:17:18:26:37:21:19:26:36 chr7 48964751 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0456827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1509;QD=14.1189;RBI=0.0475135;REFB=0.00705409;REVB=-0.0130625;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547792;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0113943;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:16:22:17:10:16:22 chr7 48965000 . G A 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00887355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.298;QD=21.4745;RBI=0.0149536;REFB=-0.0117265;REVB=0.0120362;RO=30;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937578;STB=0.551696;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00805531;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:16:20:20:10:16:20:20:10 chr7 50143938 . C T 717.19 PASS AF=0.42623;AO=78;DP=183;FAO=78;FDP=183;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=65;FWDB=0.0143455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8358;QD=15.6762;RBI=0.0155515;REFB=-0.0137315;REVB=0.00600468;RO=102;SAF=34;SAR=44;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558242;STB=0.53231;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0150917;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:102:105:78:78:0.42623:44:34:39:63:44:34:40:65 chr7 50173777 . A G 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00736901;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=149.754;QD=22.4372;RBI=0.0284105;REFB=-0.0042238;REVB=0.0274382;RO=29;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677961;STB=0.544095;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00341622;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:19:19:12:17:19:19:12:18 chr7 50180972 . C T 794.4 PASS AF=0.569231;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.000816214;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.135;QD=24.4432;RBI=0.00509185;REFB=-0.0263159;REVB=-0.00502601;RO=54;SAF=32;SAR=42;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946017;STB=0.51392;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0207971;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:54:56:74:74:0.569231:42:32:24:30:42:32:26:30 chr7 50436033 . A G 318.59 PASS AF=0.378947;AO=35;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.0393053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.391;QD=13.4144;RBI=0.043768;REFB=-0.016739;REVB=-0.0192545;RO=59;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153432;STB=0.595853;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0272562;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:59:35:36:0.378947:21:14:16:43:21:15:16:43 chr7 50467767 . C A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00620809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.138;QD=12.1357;RBI=0.0100598;REFB=-0.00613213;REVB=0.00791576;RO=48;SAF=21;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299345;STB=0.673781;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0106676;OID=.;OPOS=50467767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:7:21:24:24:7:21:24:24 chr7 50470604 . T G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00253373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.102;QD=12.4817;RBI=0.00900378;REFB=0.000532421;REVB=0.00863993;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000790768;OID=.;OPOS=50470604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr7 50471613 . G A 371.33 PASS AF=0.316129;AO=49;DP=153;FAO=49;FDP=155;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.050352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.703;QD=9.58272;RBI=0.0520298;REFB=-0.0106548;REVB=-0.0131062;RO=101;SAF=30;SAR=19;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205236;STB=0.609133;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0183891;OID=.;OPOS=50471613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:101:106:49:49:0.316129:19:30:44:57:19:30:48:58 chr7 50544323 . C T 222.61 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00526226;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.63;QD=12.1978;RBI=0.00703523;REFB=0.00796179;REVB=0.00466938;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243358;STB=0.514028;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00892883;OID=.;OPOS=50544323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:46:46:27:27:0.369863:17:10:18:28:17:10:18:28 chr7 50611735 . T C 1700.96 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0157575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.27;QD=58.6537;RBI=0.0162869;REFB=0.0854565;REVB=-0.00411858;RO=2;SAF=53;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017579;STB=0.509258;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000561809;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:61:53:2:0:61:53:2:0 chr7 50660438 . T C 1477.88 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101818;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.999;QD=58.5298;RBI=0.0108654;REFB=-0.0916394;REVB=0.00379314;RO=1;SAF=40;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117114;STB=0.506172;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000265115;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:60:40:1:0:60:40:1:0 chr7 50673029 . T C 941.46 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110251;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.957;QD=58.8412;RBI=0.026887;REFB=0;REVB=0.0245226;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15708e-05;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr7 51093013 . A T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0638075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6818;QD=26.0267;RBI=0.0654804;REFB=-0.0653124;REVB=-0.0147067;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00605695;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr7 51096974 . C T 2290.91 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.13;QD=63.6364;RBI=0.0151454;REFB=0;REVB=0.0147369;RO=0;SAF=62;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94944e-07;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:141:144:1:79:62:0:0:80:64:0:0 chr7 51097063 . T G 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.089;QD=64.2836;RBI=0.0548119;REFB=0;REVB=0.0282102;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04171e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr7 51287470 . A G 179.59 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00446858;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0599;QD=10.884;RBI=0.00876696;REFB=-0.0034226;REVB=0.00754264;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505675;STB=0.53681;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00535037;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:43:23:23:0.348485:11:12:20:22:11:12:20:23 chr7 51287526 . G A 542.1 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00741293;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.527;QD=27.4479;RBI=0.0740397;REFB=-0.0153782;REVB=0.0736676;RO=30;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213827;STB=0.501037;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00687916;OID=.;OPOS=51287526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:30:49:49:0.620253:23:26:15:15:23:26:16:14 chr7 53103371 . G T 1649.16 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.082581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3208;QD=58.3774;RBI=0.10682;REFB=-0.0633197;REVB=0.0677565;RO=1;SAF=72;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120167;STB=0.506172;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00174251;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:39:72:0:1:40:72:0:1 chr7 53103382 . G T 1990.21 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=135;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0352034;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.116;QD=59.856;RBI=0.0482536;REFB=-0.0870389;REVB=0.033002;RO=3;SAF=85;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000606928;STB=0.500319;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00233127;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:133:3:3:130:130:0.977444:45:85:2:1:45:85:2:1 chr7 53103673 . C A 549.05 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00924027;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.712;QD=37.2237;RBI=0.0166535;REFB=-0.0891013;REVB=0.0138548;RO=8;SAF=24;SAR=22;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602524;STB=0.520701;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00270275;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:60:59:8:13:46:46:0.779661:22:24:4:4:22:24:8:5 chr7 53104078 . G A 1491.0 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6789;QD=63.4469;RBI=0.0191741;REFB=0;REVB=0.0133326;RO=0;SAF=11;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80574e-05;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:83:11:0:0:83:11:0:0 chr7 53557963 . A G 1518.5 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024675;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.167;QD=61.9797;RBI=0.0300513;REFB=-0.00213183;REVB=0.0171529;RO=1;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993258;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:98:1:0:92:98:1:41:51:0:1:44:54:0:0 chr7 53558015 . G T 1790.24 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0060346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.846;QD=60.1761;RBI=0.0319679;REFB=-0.112116;REVB=0.0313932;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000190724;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:119:0:1:118:118:0.991597:54:64:0:0:54:64:0:1 chr7 55214348 . C T 4269.79 PASS AF=0.892537;AO=299;DP=335;FAO=299;FDP=335;FR=.;FRO=36;FSAF=137;FSAR=162;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00034642;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.219;QD=50.9826;RBI=0.0144342;REFB=-0.0274461;REVB=-0.0144301;RO=35;SAF=137;SAR=162;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174104;STB=0.510524;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00325047;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:35:36:299:299:0.892537:162:137:13:22:162:137:13:23 chr7 55229255 . G A 9339.57 PASS AF=0.983359;AO=596;DP=619;FAO=650;FDP=661;FR=.;FRO=11;FSAF=261;FSAR=389;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0727989;FXX=0.011958;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3566;QD=56.5178;RBI=0.0807132;REFB=-0.120446;REVB=0.0348559;RO=18;SAF=213;SAR=383;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287211;STB=0.500917;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00473568;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:619:661:18:11:596:650:0.983359:383:213:15:3:389:261:5:6 chr7 55238087 . C T 6584.66 PASS AF=0.891892;AO=459;DP=517;FAO=462;FDP=518;FR=.;FRO=56;FSAF=256;FSAR=206;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00911546;FXX=0.00384608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.677;QD=50.8468;RBI=0.0237377;REFB=-0.0296835;REVB=0.0219177;RO=55;SAF=255;SAR=204;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244611;STB=0.511749;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00279499;OID=.;OPOS=55238087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:517:518:55:56:459:462:0.891892:204:255:24:31:206:256:25:31 chr7 55238874 . T A 150.02 PASS AF=0.100656;AO=46;DP=458;FAO=46;FDP=457;FR=.;FRO=411;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=219;FSRR=192;FWDB=-0.00469436;FXX=0.0129587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2838;QD=1.31311;RBI=0.00758368;REFB=0.000545188;REVB=0.0059561;RO=393;SAF=27;SAR=19;SRF=212;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593819;STB=0.549299;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0111531;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:457:393:411:46:46:0.100656:19:27:212:181:19:27:219:192 chr7 55249063 . G A 8224.25 PASS AF=1;AO=505;DP=509;FAO=521;FDP=521;FR=.;FRO=0;FSAF=303;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265522;FXX=0.0076189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.26;QD=63.1421;RBI=0.036074;REFB=-0.0706178;REVB=0.0244195;RO=1;SAF=298;SAR=207;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259481;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:509:521:1:0:505:521:1:207:298:0:1:218:303:0:0 chr7 55266417 . T C 8798.71 PASS AF=1;AO=553;DP=561;FAO=562;FDP=562;FR=.;FRO=0;FSAF=282;FSAR=280;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269829;FXX=0.00881819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.16;QD=62.6243;RBI=0.0123894;REFB=0.0392924;REVB=0.012092;RO=5;SAF=279;SAR=274;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00178864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435551;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:561:562:5:0:553:562:1:274:279:2:3:280:282:0:0 chr7 55433880 . G C 4001.8 PASS AF=0.756563;AO=314;DP=415;FAO=317;FDP=419;FR=.;FRO=102;FSAF=165;FSAR=152;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=0.030558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9143;QD=38.2034;RBI=0.0343275;REFB=-0.0197001;REVB=0.0156393;RO=100;SAF=164;SAR=150;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646306;STB=0.531215;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00743308;OID=.;OPOS=55433880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:419:100:102:314:317:0.756563:150:164:38:62:152:165:40:62 chr7 55433884 . A C 3997.69 PASS AF=0.769042;AO=302;DP=401;FAO=313;FDP=407;FR=.;FRO=94;FSAF=163;FSAR=150;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.0136235;FXX=0.00731689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.317;QD=39.2893;RBI=0.0156327;REFB=-0.0201725;REVB=0.00766695;RO=90;SAF=159;SAR=143;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073836;STB=0.539132;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00724674;OID=.;OPOS=55433884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:407:90:94:302:313:0.769042:143:159:32:58:150:163:33:61 chr7 55459563 . A G 74.26 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0295253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.37;QD=2.77596;RBI=0.0329634;REFB=-0.00405515;REVB=0.0146577;RO=91;SAF=7;SAR=8;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210816;STB=0.519325;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0309281;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:91:92:15:15:0.140187:8:7:44:47:8:7:45:47 chr7 55499058 . A G 2546.01 PASS AF=0.982353;AO=166;DP=170;FAO=167;FDP=170;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128888;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.886;QD=59.9061;RBI=0.0307421;REFB=-0.141662;REVB=0.0279098;RO=1;SAF=73;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647449;STB=0.509933;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000553891;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:170:170:1:3:166:167:0.982353:93:73:1:0:93:74:3:0 chr7 55540707 . G A 55.62 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.0135212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.43;QD=2.27005;RBI=0.0292101;REFB=-0.00670733;REVB=-0.0258922;RO=86;SAF=7;SAR=5;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169334;STB=0.512175;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0410348;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:98:98:86:86:12:12:0.122449:5:7:49:37:5:7:49:37 chr7 55750390 . A G 271.82 PASS AF=0.265734;AO=38;DP=143;FAO=38;FDP=143;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.022495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.815;QD=7.60346;RBI=0.029619;REFB=-0.00827202;REVB=-0.0192681;RO=105;SAF=10;SAR=28;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353497;STB=0.71157;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0179383;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:105:105:38:38:0.265734:28:10:57:48:28:10:57:48 chr7 56088786 . A T 96.52 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.00881783;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.479;QD=3.21719;RBI=0.0302284;REFB=-0.00369127;REVB=-0.0289137;RO=99;SAF=8;SAR=11;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194038;STB=0.63466;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.015905;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:120:120:99:101:19:19:0.158333:11:8:57:42:11:8:59:42 chr7 56088789 . G A 103.51 PASS AF=0.163934;AO=20;DP=122;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0104152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.671;QD=3.39367;RBI=0.0280976;REFB=0.00151279;REVB=-0.0260959;RO=101;SAF=8;SAR=12;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23054;STB=0.64616;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0115156;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:101:102:20:20:0.163934:12:8:59:42:12:8:59:43 chr7 56088811 . T C 70.97 PASS AF=0.138211;AO=17;DP=123;FAO=17;FDP=123;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.00784785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.238;QD=2.30802;RBI=0.00790271;REFB=-0.00139698;REVB=-0.000929496;RO=105;SAF=7;SAR=10;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198028;STB=0.630735;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0136553;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:123:123:105:106:17:17:0.138211:10:7:60:45:10:7:60:46 chr7 56088825 . T A 88.2 PASS AF=0.14876;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=121;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0130599;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.895;QD=2.91555;RBI=0.0159362;REFB=0.00527668;REVB=0.00913247;RO=101;SAF=7;SAR=11;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230804;STB=0.645731;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0449126;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:123:121:101:103:18:18:0.14876:11:7:58:43:11:7:58:45 chr7 56088902 . C T 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0687341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.544;QD=2.23797;RBI=0.0687428;REFB=-0.0103227;REVB=-0.00109081;RO=66;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342042;STB=0.753264;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0861536;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:7:2:33:33:7:2:33:33 chr7 56088907 . GC CT 50.45 PASS AF=0.175439;AO=8;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.0486652;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.342;QD=3.54011;RBI=0.0495978;REFB=-0.00429206;REVB=-0.00957252;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700805;STB=0.523358;STBP=0.905;TYPE=mnp;VARB=0.021966;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:57:57:43:47:8:10:0.175439:6:2:9:34:7:3:13:34 chr7 56126360 . T C 629.27 PASS AF=0.927273;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.114921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7676;QD=45.7654;RBI=0.140258;REFB=-0.221654;REVB=0.080408;RO=4;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695325;STB=0.517481;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00686359;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:52:55:4:4:48:51:0.927273:25:23:0:4:26:25:1:3 chr7 56130947 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 83.42 PASS AF=0.294118,0,0;AO=7,10,3;DP=61;FAO=15,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=10,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0240301,0.000454618,0.0249137;FXX=0.0377287;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=20.516,9.99277,15.7023;QD=6.54268;RBI=0.0295304,0.00492018,0.0342134;REFB=-0.0536648,-0.0788706,-0.026325;REVB=-0.0171637,0.00489913,0.0234492;RO=28;SAF=5,9,3;SAR=2,1,0;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0504131,0.399798,0.491149;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.123198,0,0;OID=.,.,.;OPOS=56130952,56130948,56130952;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0,0:7,10,3:61:15,0,0:51:36:10,0,0:5,0,0:24:12:83:28:5,9,3:2,1,0:19:9 chr7 56136260 . C A 1682.23 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188114;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.798;QD=60.6209;RBI=0.0489839;REFB=0;REVB=0.0452278;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345459;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:107:111:1:50:57:0:0:53:58:0:0 chr7 56146155 . G A 424.57 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0229117;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.76;QD=18.2608;RBI=0.0372414;REFB=-0.00759021;REVB=0.0293594;RO=51;SAF=29;SAR=14;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713363;STB=0.532539;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00879133;OID=.;OPOS=56146155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:51:50:43:43:0.462366:14:29:31:20:14:29:31:19 chr7 56149939 . G A 545.18 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0693206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0109;QD=57.3877;RBI=0.0726206;REFB=-0.112918;REVB=0.0216426;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00328986;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr7 56174115 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.768;QD=62.6707;RBI=0.0686332;REFB=0;REVB=-0.00835295;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023593;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr7 56407936 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00790345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.423;QD=25.4947;RBI=0.00955188;REFB=-0.0117624;REVB=-0.00536413;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557902;OID=.;OPOS=56407936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:4:3:6:8:4:3 chr7 56871760 . C T 71.89 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.034926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.702;QD=4.63821;RBI=0.0354498;REFB=-0.00989825;REVB=-0.00607151;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233885;STB=0.666389;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0367545;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:48:50:12:12:0.193548:8:4:25:23:8:4:27:23 chr7 56872154 . A T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0193202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.11;QD=6.39526;RBI=0.0232361;REFB=-0.00980705;REVB=0.0129091;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428617;STB=0.786114;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0176551;OID=.;OPOS=56872154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:8:1:11:18:8:1:11:18 chr7 56879527 . A G 445.59 PASS AF=0.363636;AO=52;DP=143;FAO=52;FDP=143;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=15;FWDB=-0.00340257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=345.858;QD=12.4639;RBI=0.024354;REFB=-0.011247;REVB=0.0241151;RO=91;SAF=29;SAR=23;SRF=76;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334499;STB=0.686606;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0185035;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:91:91:52:52:0.363636:23:29:76:15:23:29:76:15 chr7 56879552 . T C 445.58 PASS AF=0.352201;AO=54;DP=154;FAO=56;FDP=159;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=78;FSRR=25;FWDB=-0.0244456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.68;QD=11.2096;RBI=0.044222;REFB=-0.00441531;REVB=-0.0368511;RO=100;SAF=31;SAR=23;SRF=78;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252731;STB=0.637383;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0388648;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:100:103:54:56:0.352201:23:31:78:22:25:31:78:25 chr7 57187595 . A C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00240137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.985;QD=15.293;RBI=0.0341826;REFB=-0.0269449;REVB=0.0340981;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.615121;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0152274;OID=.;OPOS=57187595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:4:5:3:6:4:5 chr7 57238635 . G A 1619.05 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248705;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8157;QD=58.8745;RBI=0.0278922;REFB=0;REVB=0.0126267;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259122;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:106:110:1:51:55:0:0:52:58:0:0 chr7 57242225 . T C 803.24 PASS AF=0.7875;AO=61;DP=80;FAO=63;FDP=80;FR=.;FRO=17;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00098051;FXX=0.0123442;HRUN=8;LEN=1;MLLD=194.807;QD=40.1619;RBI=0.0372606;REFB=-0.0640738;REVB=0.0372477;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.546203;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000663973;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:0:17:61:63:0.7875:17:44:0:0:18:45:9:8 chr7 57257162 . AG CA,CG 1509.91 PASS AF=0.352381,0.647619;AO=36,66;DP=103;FAO=37,68;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=18,37;FSAR=19,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337193,0.0406713;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=183.27,191.858;QD=57.5206;RBI=0.0337465,0.04128;REFB=0,0;REVB=0.00135441,0.00706303;RO=0;SAF=17,35;SAR=19,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.769e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000743995,0.000213845;OID=.,.;OPOS=57257162,57257162;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:103:105:0:0:36,66:37,68:0.352381,0.647619:19,31:17,35:0:0:19,31:18,37:0:0 chr7 57259664 . T C 193.0 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0317064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4038;QD=13.7854;RBI=0.0332446;REFB=-0.00629637;REVB=-0.00999526;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207409;STB=0.618942;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0103628;OID=.;OPOS=57259664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:8:15:15:18:8:15:15:18 chr7 57260032 . GA G 356.58 PASS AF=0.360656;AO=42;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00604816;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.609;QD=11.6912;RBI=0.00785147;REFB=-0.00706479;REVB=-0.00500652;RO=76;SAF=25;SAR=17;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151709;STB=0.597928;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.0145717;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360656:42:122:44:122:78:27:17:36:42:99:76:25:17:35:41 chr7 57264330 . G A 280.22 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00600785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.432;QD=16.7297;RBI=0.02374;REFB=-0.0147062;REVB=-0.0229672;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077972;STB=0.543831;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0265047;OID=.;OPOS=57264330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:18:18:18:13:18:18 chr7 63225682 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.019625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.134;QD=17.6438;RBI=0.0286514;REFB=-0.0432397;REVB=0.0208749;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041038;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0279911;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:5:2:3:6:5:2 chr7 63225725 . C T 93.96 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.000339536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.936;QD=19.7801;RBI=0.162273;REFB=-0.0600633;REVB=-0.162272;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0385688;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:6:2:3:8:6:2 chr7 63225803 . T A,G 802.6 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=53,2;DP=56;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154223,-0.00650899;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=207.492,119.021;QD=56.3227;RBI=0.0272226,0.0256163;REFB=0,0;REVB=0.0271789,-0.0247756;RO=0;SAF=24,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000467994,0.114954;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:57:0:0:53,2:55,2:0.964912,0.0350877:29,2:24,0:0:0:30,2:25,0:0:0 chr7 63225821 . A T 421.05 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00753523;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.841;QD=23.0712;RBI=0.00931139;REFB=-0.01162;REVB=-0.00547012;RO=31;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380528;STB=0.503789;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0096531;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:32:41:41:0.561644:24:17:13:18:24:17:13:19 chr7 63225842 . A C,T 1340.39 PASS AF=0.0229885,0.977011;AO=4,83;DP=87;FAO=2,85;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207294,0.0154349;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.4938,68.2903;QD=61.627;RBI=0.0355428,0.0174016;REFB=0,0;REVB=-0.0288719,0.00803598;RO=0;SAF=2,34;SAR=2,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0608462,0.00528195;OID=.,.;OPOS=63225842,63225842;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:87:87:0:0:4,83:2,85:0.0229885,0.977011:2,49:2,34:0:0:0,51:2,34:0:0 chr7 63225873 . C T 466.13 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0644791;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.369;QD=21.4314;RBI=0.06501;REFB=-0.010799;REVB=0.00829113;RO=40;SAF=17;SAR=28;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252081;STB=0.501628;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0102188;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:42:45:45:0.517241:28:17:15:25:28:17:16:26 chr7 63225986 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.238;QD=43.4836;RBI=0.00916537;REFB=0;REVB=0.00916537;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64076e-05;OID=.;OPOS=63225986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr7 63529956 . G A 382.21 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0169549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.818;QD=19.8551;RBI=0.0321514;REFB=-0.015634;REVB=-0.0273175;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141543;STB=0.571013;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0222075;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:19:20:13:24:19:20:14:24 chr7 63537703 . C T 318.05 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.00255896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.943;QD=15.7063;RBI=0.0255821;REFB=0.00521421;REVB=-0.0254538;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196621;STB=0.601536;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0121097;OID=.;OPOS=63537703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:35:35:0.432099:16:19:33:12:16:19:33:13 chr7 63537849 . G A 421.87 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00572865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.718;QD=20.5789;RBI=0.00584145;REFB=-0.00413348;REVB=0.00114243;RO=39;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163117;STB=0.501778;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00322315;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:18:24:23:16:18:24:23:17 chr7 63538924 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0420074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.186;QD=20.3971;RBI=0.0433763;REFB=-0.0192087;REVB=0.0108112;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173461;STB=0.59635;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00756984;OID=.;OPOS=63538924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:19:12:16:11:19:12:16:11 chr7 63565953 . A C 234.39 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00969707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.404;QD=13.0216;RBI=0.0236329;REFB=-0.0218021;REVB=0.0215518;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265586;STB=0.65106;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0457894;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:16:12:30:14:16:12:30:14 chr7 63566387 . A ATGT 199.84 PASS AF=0.320988;AO=24;DP=84;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0030365;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.58;QD=9.8686;RBI=0.0101329;REFB=-0.00835782;REVB=0.00966728;RO=55;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478606;STB=0.530841;STBP=0.704;TYPE=ins;VARB=0.0153214;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320988:24:84:26:81:55:13:13:30:25:99:55:13:11:32:23 chr7 63568887 . A ATAACT 315.95 PASS AF=0.406977;AO=33;DP=94;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00800087;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.96;QD=14.6954;RBI=0.0399597;REFB=-0.0381932;REVB=-0.0391506;RO=54;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132082;STB=0.566;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=0.0486299;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406977:33:94:35:86:51:21:14:25:26:99:54:21:12:28:26 chr7 63570733 . T C 490.57 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0320875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.031;QD=22.2984;RBI=0.0321203;REFB=-0.010646;REVB=0.00145102;RO=41;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943709;STB=0.505198;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00793059;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:27:20:17:24:27:20:17:24 chr7 63572047 . A G 198.69 PASS AF=0.3;AO=23;DP=86;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00391238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.014;QD=8.83044;RBI=0.0112773;REFB=-0.0221382;REVB=0.0105768;RO=62;SAF=23;SAR=0;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.782925;STB=0.921107;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0505367;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:62:63:23:27:0.3:0:23:35:27:1:26:36:27 chr7 63679733 . A G 676.41 PASS AF=0.570175;AO=59;DP=108;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00329041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.491;QD=23.7338;RBI=0.0373093;REFB=-0.00752051;REVB=0.0371639;RO=49;SAF=34;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122494;STB=0.547155;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00488232;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:114:49:49:59:65:0.570175:25:34:21:28:30:35:21:28 chr7 63721274 . A G 237.22 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0985215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.21;QD=19.7683;RBI=0.0985523;REFB=-0.018446;REVB=0.00246511;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181011;STB=0.593137;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.025613;OID=.;OPOS=63721274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:8:15:11:13:8:15:12:13 chr7 63726645 . T C 44.81 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0203841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.78;QD=7.46802;RBI=0.0207517;REFB=-0.00203753;REVB=0.00388888;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393932;STB=0.74645;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0082849;OID=.;OPOS=63726645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:6:11:2:5:6:11 chr7 63726678 . T A 50.32 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0397954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1131;QD=7.4552;RBI=0.0400154;REFB=-0.0142917;REVB=-0.00419035;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423404;STB=0.76299;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0355954;OID=.;OPOS=63726678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:7:12:2:6:7:12 chr7 63981563 . A G 397.89 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251007;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.449;QD=56.8414;RBI=0.0357122;REFB=0;REVB=0.025403;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86754e-05;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 63986829 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.145;QD=62.3507;RBI=0.0017929;REFB=0;REVB=-0.000218776;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20443e-06;OID=.;OPOS=63986829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr7 64169019 . G A 846.62 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.222;QD=56.4413;RBI=0.0402294;REFB=0;REVB=0.0310154;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376521;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:57:60:1:39:18:0:0:42:18:0:0 chr7 64291333 . T A 1127.61 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.175;QD=57.826;RBI=0.0126432;REFB=0.114585;REVB=-0.0040782;RO=2;SAF=19;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016599;STB=0.508618;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=1.63638e-06;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:56:19:0:2:57:19:0:2 chr7 64291976 . G A 463.31 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0700117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2508;QD=52.9493;RBI=0.078568;REFB=-0.0704082;REVB=-0.035655;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825435;STB=0.504422;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00472212;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:14:19:1:1:14:19:1:1 chr7 64291991 . T A 471.87 PASS AF=0.970588;AO=28;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00462255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.651;QD=55.5142;RBI=0.014262;REFB=-0.0492247;REVB=0.0134921;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0013927;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:28:33:0.970588:8:20:0:0:13:20:0:1 chr7 64292035 . T A 283.68 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0162007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.326;QD=29.8606;RBI=0.0741329;REFB=-0.00421312;REVB=-0.072341;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245071;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000208344;OID=.;OPOS=64292035;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:12:12:6:7:12:13:6:7 chr7 64388472 . C A 330.34 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0424959;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.616;QD=30.7296;RBI=0.0527258;REFB=0.00372583;REVB=-0.0312107;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635609;STB=0.534859;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00208827;OID=.;OPOS=64388472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:15:28:28:0.651163:14:14:9:6:14:14:9:6 chr7 64389089 . A C 113.27 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0160672;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0249;QD=16.1811;RBI=0.0178082;REFB=-0.0361744;REVB=0.00767971;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188592;STB=0.608534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0421552;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:5:10:6:7:5:10 chr7 64438667 . G A 271.93 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.01326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.183;QD=19.4236;RBI=0.0132664;REFB=-0.0119381;REVB=0.000414654;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256673;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.011953;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:29:29:0.517857:12:17:16:10:12:17:16:11 chr7 64451699 . T C 734.79 PASS AF=0.461538;AO=78;DP=168;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0117383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.679;QD=17.3914;RBI=0.0152721;REFB=0.00366252;REVB=0.00976982;RO=90;SAF=38;SAR=40;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767578;STB=0.545278;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00397218;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:90:91:78:78:0.461538:40:38:51:39:40:38:52:39 chr7 64451963 . T C 566.36 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00632773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.974;QD=21.3721;RBI=0.0226731;REFB=0.000738208;REVB=0.0217723;RO=49;SAF=43;SAR=14;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443033;STB=0.524382;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.000408293;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:14:43:35:14:14:43:35:14 chr7 64452738 . G A 391.46 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.00733354;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.629;QD=18.4218;RBI=0.00792656;REFB=-0.0135862;REVB=-0.00300823;RO=44;SAF=24;SAR=16;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176936;STB=0.601994;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00759319;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:44:45:40:40:0.470588:16:24:34:10:16:24:35:10 chr7 64452830 . C T 879.74 PASS AF=0.475936;AO=89;DP=188;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=28;FWDB=-0.00851708;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.467;QD=18.8179;RBI=0.0269216;REFB=-0.0110577;REVB=-0.0255388;RO=97;SAF=57;SAR=32;SRF=69;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745813;STB=0.543016;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0148364;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:97:98:89:89:0.475936:32:57:69:28:32:57:70:28 chr7 64453136 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0097937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.83;QD=13.753;RBI=0.0112213;REFB=-0.00927258;REVB=0.00547727;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171272;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0126359;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:13:10:9:6:13:10 chr7 64453615 . T C 360.68 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0135321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.809;QD=17.5939;RBI=0.0165111;REFB=-0.0143463;REVB=-0.00946051;RO=44;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393888;STB=0.514131;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0160213;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:20:17:22:22:20:18:22:22 chr7 64453634 . G A 427.72 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0294396;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.213;QD=19.0099;RBI=0.050196;REFB=0.0236332;REVB=0.0406564;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341114;STB=0.513832;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00437365;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:19:24:24:22:19:24:25:22 chr7 64453635 . G C 421.78 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0143087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.733;QD=18.1411;RBI=0.0154922;REFB=-0.0175404;REVB=0.00593896;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040808;STB=0.538444;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00672993;OID=.;OPOS=64453635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:50:43:43:0.462366:22:21:25:22:22:21:28:22 chr7 64483656 . C T 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00036117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.322;QD=13.1804;RBI=0.0192239;REFB=-0.000346591;REVB=-0.0192205;RO=54;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713651;STB=0.540446;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00056967;OID=.;OPOS=64483656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:56:34:34:0.377778:16:18:25:29:16:18:26:30 chr7 64865254 . A G 661.32 PASS AF=0.429412;AO=72;DP=167;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.00355505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.364;QD=15.5604;RBI=0.0105516;REFB=-0.0132675;REVB=0.00993465;RO=95;SAF=29;SAR=43;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137608;STB=0.579962;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.018681;OID=.;OPOS=64865254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:95:97:72:73:0.429412:43:29:51:44:44:29:52:45 chr7 64865881 . G C 327.26 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0260688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.113;QD=17.6897;RBI=0.0672324;REFB=-0.00374379;REVB=-0.0619726;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206917;STB=0.615797;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00543003;OID=.;OPOS=64865881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:23:16:22:13:23:16 chr7 65159983 . A G 240.43 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0169458;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.382;QD=12.4899;RBI=0.0170858;REFB=-0.0157678;REVB=0.00218309;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236404;STB=0.637203;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0221663;OID=.;OPOS=65159983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:28:29:0.376623:19:9:25:22:20:9:25:23 chr7 65279676 . A T 417.39 PASS AF=0.285714;AO=56;DP=196;FAO=56;FDP=196;FR=.;FRO=140;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=82;FSRR=58;FWDB=0.00456067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.562;QD=8.51809;RBI=0.0532481;REFB=-0.0171916;REVB=-0.0530525;RO=140;SAF=31;SAR=25;SRF=82;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398167;STB=0.523334;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0401272;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:140:140:56:56:0.285714:25:31:82:58:25:31:82:58 chr7 65279757 . A T 149.36 PASS AF=0.1875;AO=19;DP=157;FAO=30;FDP=160;FR=.;FRO=130;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=79;FSRR=51;FWDB=-0.00159571;FXX=0.0532513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.916;QD=3.73388;RBI=0.0107449;REFB=-0.00234251;REVB=0.0106257;RO=118;SAF=9;SAR=10;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193604;STB=0.6388;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0398086;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:118:130:19:30:0.1875:10:9:74:44:17:13:79:51 chr7 65425894 . A G 322.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0148563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6717;QD=18.7128;RBI=0.0453543;REFB=0.001965;REVB=-0.0428521;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187422;STB=0.585055;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00741773;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:35:34:34:0.492754:22:12:18:14:22:12:18:17 chr7 65579838 . A G 37.67 PASS AF=0.205882;AO=5;DP=32;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00563817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.478;QD=4.4313;RBI=0.00627038;REFB=-0.0367856;REVB=-0.00274384;RO=27;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263767;STB=0.547693;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.10433;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:32:34:27:27:5:7:0.205882:2:3:10:17:4:3:10:17 chr7 65842543 . C CAT,T 252.64 PASS AF=0.393939,0.0606061;AO=25,4;DP=66;FAO=26,4;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9,3;FSAR=17,1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0254485,0.0157489;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=207.465,72.5776;QD=15.3114;RBI=0.0254491,0.0166982;REFB=-0.0109722,-0.013332;REVB=0.000179954,-0.00555;RO=36;SAF=9,3;SAR=16,1;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0621123,0.353844;STB=0.543965,0.784372;STBP=0.562,0.305;TYPE=ins,snp;VARB=0.0333415,0.0450172;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:25,4:26,4:0.393939,0.0606061:16,1:9,3:15:21:17,1:9,3:15:21 chr7 65842545 . T C 295.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.026866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.569;QD=17.918;RBI=0.0335841;REFB=0.0117991;REVB=0.0201522;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574181;STB=0.529052;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0167787;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:18:14:12:20:18:14:13:21 chr7 65860213 . T TAGAG 105.59 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00676608;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.509;QD=10.8296;RBI=0.00721351;REFB=-0.00918113;REVB=-0.00250098;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108228;STB=0.551103;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=0.0176499;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:13:39:13:39:26:6:7:14:12:99:25:6:7:14:11 chr7 65860264 . CCATAT C 47.54 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=37;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0177161;FXX=0.108079;HRUN=2;LEN=5;MLLD=229.521;QD=5.76215;RBI=0.0177959;REFB=-0.0118033;REVB=-0.00168375;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861957;STB=0.744113;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.0341652;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:10:37:9:33:24:2:7:13:11:47:21:4:6:10:11 chr7 66015630 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0051038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.436;QD=17.3782;RBI=0.00583227;REFB=-0.0212835;REVB=0.00282252;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02212;STB=0.512796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174524;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:9:1:1:10:9:1 chr7 66105163 . C G 511.23 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.024864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.391;QD=17.3299;RBI=0.0249084;REFB=-0.00568696;REVB=0.00148792;RO=63;SAF=9;SAR=46;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292235;STB=0.664846;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00761939;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:46:9:24:39:46:9:24:39 chr7 66147057 . T C 1320.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.547;QD=60.7249;RBI=0.0209685;REFB=0;REVB=0.015732;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159961;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:50:34:0:0:53:34:0:0 chr7 66147101 . G A 407.9 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0311231;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.232;QD=28.6246;RBI=0.0312428;REFB=-0.0145619;REVB=-0.0027317;RO=17;SAF=6;SAR=32;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130548;STB=0.587105;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00495867;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:19:38:38:0.666667:32:6:5:12:32:6:6:13 chr7 66147110 . C A 476.31 PASS AF=0.818182;AO=30;DP=46;FAO=36;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0243482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.283;QD=43.3005;RBI=0.0457484;REFB=-0.0350408;REVB=0.0387309;RO=8;SAF=7;SAR=23;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899761;STB=0.538439;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0184252;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:46:44:8:8:30:36:0.818182:23:7:2:6:28:8:3:5 chr7 66147149 . A G 154.92 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0100703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.735;QD=32.6154;RBI=0.0104817;REFB=-0.0434734;REVB=0.00290772;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.615836;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0155045;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:0:4:15:15:0.789474:11:4:0:0:11:4:3:1 chr7 66147178 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.157291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2226;QD=28.6826;RBI=0.163225;REFB=0.0117082;REVB=0.0436118;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00523712;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:1:1:4:5:1:1 chr7 66147656 . G C 509.46 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00512917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.77;QD=16.8417;RBI=0.00542219;REFB=-0.0113411;REVB=-0.00175832;RO=66;SAF=24;SAR=31;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150549;STB=0.583826;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0123715;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:31:24:39:27:31:24:39:27 chr7 66147746 . C G 261.39 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00819795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3226;QD=14.5218;RBI=0.0101969;REFB=-0.0120245;REVB=0.00606385;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711245;STB=0.51388;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0158587;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:30:30:0.416667:14:16:19:22:15:15:20:22 chr7 66264328 . G A 353.04 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0103899;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6415;QD=15.5183;RBI=0.0164158;REFB=0.00748436;REVB=-0.0127093;RO=53;SAF=27;SAR=11;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313696;STB=0.677728;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00578138;OID=.;OPOS=66264328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:11:27:22:31:11:27:22:31 chr7 66648157 . C T 384.14 PASS AF=0.358779;AO=46;DP=130;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00748838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3978;QD=11.7295;RBI=0.00838267;REFB=0.00578683;REVB=-0.0037674;RO=83;SAF=23;SAR=23;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101712;STB=0.560104;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.014378;OID=.;OPOS=66648157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:83:84:46:47:0.358779:23:23:34:49:23:24:35:49 chr7 66648199 . G A 270.92 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.143209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5542;QD=9.50586;RBI=0.172458;REFB=-0.00733953;REVB=0.0960872;RO=77;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272338;STB=0.520617;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0179945;OID=.;OPOS=66648199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:78:36:36:0.315789:20:16:36:41:20:16:37:41 chr7 66660242 . A G 100.96 PASS AF=0.14;AO=21;DP=150;FAO=21;FDP=150;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0103892;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.088;QD=2.69215;RBI=0.018227;REFB=0.00334619;REVB=-0.0149763;RO=129;SAF=9;SAR=12;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114392;STB=0.577873;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0252151;OID=.;OPOS=66660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:129:129:21:21:0.14:12:9:67:62:12:9:67:62 chr7 66660247 . T C 109.7 PASS AF=0.148649;AO=22;DP=148;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.00569362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.919;QD=2.96485;RBI=0.00768187;REFB=-0.00344445;REVB=0.00515692;RO=126;SAF=10;SAR=12;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11761;STB=0.578684;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0224028;OID=.;OPOS=66660247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:126:126:22:22:0.148649:12:10:69:57:12:10:69:57 chr7 66703328 . G A 783.56 PASS AF=0.570312;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0130513;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3458;QD=24.4863;RBI=0.0185974;REFB=0.0255424;REVB=0.0132486;RO=56;SAF=38;SAR=35;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447406;STB=0.520542;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0174303;OID=.;OPOS=66703328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:56:55:73:73:0.570312:35:38:26:30:35:38:26:29 chr7 66774604 . G C 1183.86 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187776;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.886;QD=59.9422;RBI=0.0201116;REFB=0;REVB=0.00720286;RO=0;SAF=62;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231647;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:14:62:0:0:14:65:0:0 chr7 66774670 . C T 276.77 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.0142596;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.188;QD=15.8152;RBI=0.0176558;REFB=-0.0207016;REVB=0.0104111;RO=38;SAF=26;SAR=5;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399913;STB=0.542507;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0267761;OID=.;OPOS=66774670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:39:31:31:0.442857:5:26:31:7:5:26:31:8 chr7 66785137 . C A 57.36 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0313884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.467;QD=12.7466;RBI=0.0536305;REFB=-0.0483852;REVB=-0.0434856;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.728476;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0289625;OID=.;OPOS=66785137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:6:4:1:7:6:4 chr7 66785634 . T A 50.78 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0818798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5678;QD=5.20804;RBI=0.0913432;REFB=-0.00143876;REVB=-0.040488;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557365;STB=0.536819;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0105594;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:13:18:5:3:13:18 chr7 68527448 . C G 447.68 PASS AF=0.363636;AO=52;DP=145;FAO=52;FDP=143;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0155717;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.862;QD=12.5226;RBI=0.0252057;REFB=-0.00344388;REVB=-0.0198204;RO=87;SAF=27;SAR=25;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219284;STB=0.512263;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00305033;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:87:91:52:52:0.363636:25:27:45:42:25:27:49:42 chr7 68527587 . A G 107.67 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00354672;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.984;QD=11.9633;RBI=0.048939;REFB=-0.0152436;REVB=-0.0488103;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124865;STB=0.588607;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0339587;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:23:13:13:0.361111:8:5:11:11:8:5:12:11 chr7 68796377 . G A 929.87 PASS AF=0.431034;AO=100;DP=235;FAO=100;FDP=232;FR=.;FRO=132;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.00776635;FXX=0.0127654;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.736;QD=16.0323;RBI=0.0304354;REFB=-0.0223811;REVB=-0.0294279;RO=132;SAF=52;SAR=48;SRF=65;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281858;STB=0.515692;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0284525;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:232:132:132:100:100:0.431034:48:52:65:67:48:52:65:67 chr7 70228020 . G T 369.28 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0268008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.872;QD=25.0362;RBI=0.0334707;REFB=-0.0184944;REVB=-0.0200502;RO=23;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132115;STB=0.507242;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0152969;OID=.;OPOS=70228020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:15:21:13:10:15:21:13:10 chr7 70257010 . G A 276.0 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=54;FWDB=-0.00285336;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.525;QD=10.7185;RBI=0.023274;REFB=-0.00649807;REVB=-0.0230985;RO=68;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119327;STB=0.568309;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0150595;OID=.;OPOS=70257010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:68:35:35:0.339806:25:10:14:54:25:10:14:54 chr7 70597522 . C A 3459.64 PASS AF=0.995536;AO=191;DP=225;FAO=223;FDP=224;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=127;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396542;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3975;QD=61.7793;RBI=0.0924339;REFB=0;REVB=0.0834959;RO=1;SAF=101;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833869;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:225:224:1:0:191:223:0.995536:90:101:0:1:96:127:0:0 chr7 70597523 . G A 37.91 PASS AF=0.092511;AO=23;DP=227;FAO=21;FDP=227;FR=.;FRO=206;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=107;FSRR=99;FWDB=0.0353751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1216;QD=0.668021;RBI=0.050188;REFB=-0.0191899;REVB=0.0356011;RO=204;SAF=22;SAR=1;SRF=105;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580138;STB=0.939829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.217686;OID=.;OPOS=70597523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:227:227:204:206:23:21:0.092511:1:22:105:99:1:20:107:99 chr7 70597675 . T C 200.01 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0691831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0544;QD=19.5131;RBI=0.0692185;REFB=0.00293407;REVB=0.00221273;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224193;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.010395;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:13:7:12:8:13:7:12:9 chr7 71135043 . C T 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0025772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.305;QD=12.9078;RBI=0.0118969;REFB=-0.00255769;REVB=0.0116144;RO=53;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113164;STB=0.564666;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00390608;OID=.;OPOS=71135043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:16:16:32:21:16:16:32:21 chr7 71150706 . A T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.161;QD=54.516;RBI=0.040425;REFB=0;REVB=-0.0188727;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166795;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr7 71244977 . C T 375.33 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0168966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.254;QD=31.9428;RBI=0.017594;REFB=-0.0175262;REVB=-0.00490466;RO=16;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289082;STB=0.515808;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00820818;OID=.;OPOS=71244977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:15:16:9:7:15:16:9:7 chr7 71248676 . C T 1124.75 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3353;QD=57.6794;RBI=0.099156;REFB=0;REVB=0.0818768;RO=2;SAF=51;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577753;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:2:0:75:78:1:24:51:1:1:26:52:0:0 chr7 71252189 . A AG 216.45 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.089;QD=39.3544;RBI=0.212313;REFB=0;REVB=-0.125724;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00314111;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:23:22:22:0:14:8:0:0:4:5:10:7:4:1 chr7 71868303 . CCTTTTT CCTTTT,CCTTTTC,CTTTT,CTTTTCT 109.79 PASS AF=0,0,0.377778,0.0444444;AO=11,2,10,2;DP=47;FAO=0,0,17,2;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=0,0,7,1;FSAR=0,0,10,1;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.159466,-0.152717,-0.00751119,-0.0623759;FXX=0.0217344;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,2,5;MLLD=9.31675,22.8514,18.8908,196.667;QD=9.75869;RBI=0.216047,0.152719,0.1608,0.0668683;REFB=-0.124692,-0.0610365,-0.0822921,-0.0136773;REVB=0.145762,0.000759218,0.160624,0.0240959;RO=21;SAF=7,2,5,1;SAR=4,0,5,1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0.327586,0,0.328125,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0202481,0.458427,-0.132937,-0.116694;STB=0.5,0.5,0.706589,0.748133;STBP=1,1,0.045,0.727;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.0694525,0,0.146119,0.0287214;OID=.,.,.,.;OPOS=71868305,71868309,71868304,71868304;OREF=T,T,CT,CTTTT;OALT=-,C,-,TTTTC;OMAPALT=CCTTTT,CCTTTTC,CTTTT,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.377778,0.0444444:11,2,10,2:47:0,0,17,2:45:26:0,0,7,1:0,0,10,1:20:6:93:21:7,2,5,1:4,0,5,1:13:8 chr7 72093957 . A G 127.79 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0278175;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4864;QD=6.72598;RBI=0.0389316;REFB=-0.0100419;REVB=-0.027237;RO=57;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170883;STB=0.604287;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0342289;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:11:8:32:25:11:8:32:25 chr7 72178756 . C A 309.99 PASS AF=0.366337;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00956199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.169;QD=12.2769;RBI=0.0112412;REFB=-0.0101583;REVB=-0.00591049;RO=64;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621532;STB=0.525737;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0174226;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:64:64:36:37:0.366337:20:16:32:32:20:17:32:32 chr7 72193864 . T C 327.3 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0134706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.63;QD=17.6917;RBI=0.0164709;REFB=-0.00727517;REVB=-0.00947805;RO=39;SAF=24;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198209;STB=0.611273;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00957608;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:11:24:19:20:11:24:19:20 chr7 72193868 . G A 327.32 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-9.71158e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.502;QD=17.6932;RBI=0.00241592;REFB=-0.00589398;REVB=0.00241396;RO=39;SAF=24;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198209;STB=0.611273;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00459227;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:11:24:19:20:11:24:19:20 chr7 72286028 . C T 125.82 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0141195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.111;QD=10.7081;RBI=0.0170129;REFB=-0.000976251;REVB=0.00949105;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023831;STB=0.501423;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214563;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:15:17:8:7:15:17 chr7 72312214 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0537756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6875;QD=13.4866;RBI=0.0549494;REFB=-0.0488754;REVB=-0.0112969;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0654442;OID=.;OPOS=72312214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr7 72413443 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0573102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0663;QD=10.0343;RBI=0.0591487;REFB=-0.0301754;REVB=0.0146327;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0451083;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr7 72418963 . T C 266.22 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0599505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3668;QD=15.8937;RBI=0.060787;REFB=0.00524338;REVB=-0.0100498;RO=37;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677732;STB=0.538274;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00797521;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:19:11:16:21:19:11:16:21 chr7 72418992 . C T 335.43 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=76;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0708962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4329;QD=16.9836;RBI=0.0758917;REFB=-0.00171518;REVB=0.0270789;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652261;STB=0.529396;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00278636;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:42:34:37:0.468354:18:16:17:25:20:17:17:25 chr7 72419058 . GCT CGC,GC,TGC 52.2 PASS AF=0.0212766,0.382979,0;AO=2,21,3;DP=46;FAO=1,18,0;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=0,8,0;FSAR=1,10,0;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000547047,-0.0212435,0.00190244;FXX=0;HRUN=1,5,1;LEN=3,1,3;MLLD=159.171,9.4708,147.426;QD=4.44254;RBI=0.0652177,0.0872476,0.0646234;REFB=-0.0215963,-0.178054,-0.0237895;REVB=-0.0652154,-0.0846219,-0.0645954;RO=19;SAF=0,9,0;SAR=2,12,3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.550427,-0.127072,-0.629797;STB=0.989181,0.512182,0.5;STBP=0.474,0.927,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.102092,0.198778,0.0195116;OID=.,.,.;OPOS=72419058,72419060,72419058;OREF=GCT,T,GCT;OALT=CGC,-,TGC;OMAPALT=CGC,GC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:46:47:19:28:2,21,3:1,18,0:0.0212766,0.382979,0:2,12,3:0,9,0:11:8:1,10,0:0,8,0:13:15 chr7 72717933 . C T 183.68 PASS AF=0.42;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0245415;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7662;QD=14.6945;RBI=0.025057;REFB=-0.025427;REVB=0.0050568;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.551675;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0412006;OID=.;OPOS=72717933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:27:29:21:21:0.42:9:12:14:13:9:12:14:15 chr7 72738749 . A G 576.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.292;QD=60.674;RBI=0.0742522;REFB=0;REVB=-0.000336752;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339889;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr7 72738762 . CA TG 482.66 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920122;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=142.052;QD=58.5041;RBI=0.0961021;REFB=0;REVB=0.0277374;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00183274;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:22:11:0:0 chr7 72891754 . C T 260.56 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00854819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.057;QD=18.9501;RBI=0.0119641;REFB=-0.0193901;REVB=0.00837066;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.546616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0160933;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:13:15:17:9:13:15:17:10 chr7 72907198 . C CT 81.88 PASS AF=0.305556;AO=15;DP=147;FAO=44;FDP=144;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.226469;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4032;QD=2.27435;RBI=0.233352;REFB=-0.0352411;REVB=-0.0562563;RO=128;SAF=5;SAR=10;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121346;STB=0.500652;STBP=0.99;TYPE=ins;VARB=-0.0858906;OID=.;OPOS=72907199;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:15:147:44:144:100:18:26:41:59:81:128:5:10:55:73 chr7 72907200 . C T 234.26 PASS AF=0.243056;AO=34;DP=145;FAO=35;FDP=144;FR=.;FRO=109;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.0271673;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.126;QD=6.5072;RBI=0.0303611;REFB=-0.00569376;REVB=-0.013555;RO=110;SAF=18;SAR=16;SRF=41;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196199;STB=0.631035;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0338299;OID=.;OPOS=72907200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:110:109:34:35:0.243056:16:18:41:69:16:19:40:69 chr7 72907201 . C T 30.27 PASS AF=0.070922;AO=10;DP=143;FAO=10;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0274345;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.057;QD=0.858746;RBI=0.0670041;REFB=-0.00372123;REVB=-0.0611302;RO=80;SAF=1;SAR=9;SRF=23;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330022;STB=0.861368;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0923083;OID=.;OPOS=72907201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:143:141:80:129:10:10:0.070922:9:1:23:57:9:1:56:73 chr7 73020301 . T C 1560.21 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000220593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.972;QD=59.4366;RBI=0.00629148;REFB=0;REVB=-0.00628761;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44675e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:51:53:0:0:51:54:0:0 chr7 73097654 . C T 731.49 PASS AF=0.372294;AO=86;DP=231;FAO=86;FDP=231;FR=.;FRO=145;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=64;FSRR=81;FWDB=0.0352603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6596;QD=12.6664;RBI=0.0453577;REFB=0.0151976;REVB=0.0285313;RO=144;SAF=38;SAR=48;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048969;STB=0.500306;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.02653;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:144:145:86:86:0.372294:48:38:63:81:48:38:64:81 chr7 73097948 . G C 97.63 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0768204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6325;QD=24.407;RBI=0.0977826;REFB=-0.00617525;REVB=0.0604984;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.010014;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:4:1:6:5:4:1 chr7 73122923 . A G 264.58 PASS AF=0.397436;AO=28;DP=75;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00409735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.65;QD=13.5681;RBI=0.00607593;REFB=-0.0105048;REVB=-0.0044865;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685234;STB=0.524122;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0156844;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:46:47:28:31:0.397436:12:16:26:20:12:19:27:20 chr7 73147068 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0356467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.389;QD=16.4266;RBI=0.0362219;REFB=-0.0170823;REVB=0.00642962;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.633914;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0171761;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:3:8:5:6:3:8 chr7 73246461 . A G 296.45 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0179952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.768;QD=13.1758;RBI=0.0185993;REFB=-0.019311;REVB=0.00470212;RO=56;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583002;STB=0.533314;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0289056;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:17:17:31:25:17:17:31:25 chr7 73246496 . C T 367.31 PASS AF=0.348837;AO=46;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0176656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6124;QD=11.3895;RBI=0.0288959;REFB=0.00288065;REVB=0.022867;RO=82;SAF=24;SAR=22;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297484;STB=0.516033;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00373781;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:82:84:46:45:0.348837:22:24:43:39:22:23:45:39 chr7 73246555 . C G 266.36 PASS AF=0.276119;AO=36;DP=133;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.027614;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.923;QD=7.95116;RBI=0.0314467;REFB=-0.0142822;REVB=-0.0150452;RO=95;SAF=20;SAR=16;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488129;STB=0.538003;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0422956;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:95:97:36:37:0.276119:16:20:49:46:16:21:50:47 chr7 73249165 . T A 162.99 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0444535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1705;QD=13.0393;RBI=0.0461444;REFB=-0.0177595;REVB=0.012377;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769751;STB=0.504499;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0212061;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:14:18:10:8:14:18 chr7 73249299 . G C 119.92 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=58;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0280862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.089;QD=8.13037;RBI=0.033212;REFB=-0.0148307;REVB=0.0177259;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179654;STB=0.529497;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0302054;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:42:42:16:17:0.288136:7:9:23:19:7:10:23:19 chr7 73254812 . T C 53.72 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0141455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1037;QD=7.95913;RBI=0.0271753;REFB=-0.0215818;REVB=-0.0232035;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196438;STB=0.631291;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.018046;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:4:14:5:3:4:15 chr7 73279361 . C T 213.85 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0174379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8429;QD=20.863;RBI=0.0391504;REFB=-0.00293652;REVB=0.0350525;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27628;STB=0.655588;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00424159;OID=.;OPOS=73279361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:7:14:7:13:7:14:7:13 chr7 73458191 . G A 92.1 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0325285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.958;QD=17.542;RBI=0.0991919;REFB=-0.00942842;REVB=0.0937066;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.691913;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0439021;OID=.;OPOS=73458191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:21:10:10:9:11:0.52381:7:2:5:5:9:2:5:5 chr7 73470714 . G A 460.06 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0886861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.03;QD=26.6701;RBI=0.0899889;REFB=-0.0264242;REVB=0.0152567;RO=26;SAF=9;SAR=34;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10509;STB=0.556979;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0128529;OID=.;OPOS=73470714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:34:9:3:23:34:9:3:23 chr7 73753250 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.391;QD=61.3305;RBI=0.0251809;REFB=0;REVB=-0.0206383;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243922;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr7 73814749 . G C 1432.0 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6997;QD=62.2607;RBI=0.109327;REFB=0;REVB=-0.0496363;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320639;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:86:92:1:36:50:0:0:37:55:0:0 chr7 73932560 . A G 815.66 PASS AF=0.757895;AO=45;DP=95;FAO=72;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0187128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.0105;QD=34.3438;RBI=0.191725;REFB=-0.0533303;REVB=0.190809;RO=23;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197921;STB=0.623153;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0413414;OID=.;OPOS=73932560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:23:23:45:72:0.757895:22:23:19:4:48:24:19:4 chr7 73944185 . T C 316.34 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0127263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.533;QD=31.6341;RBI=0.0490084;REFB=0.0124896;REVB=-0.0473272;RO=13;SAF=20;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402387;STB=0.720895;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0018527;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:7:20:1:12:7:20:1:12 chr7 73969541 . A G 243.74 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00970289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.09;QD=23.2137;RBI=0.0210505;REFB=-0.0199124;REVB=0.018681;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434061;STB=0.514027;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0260297;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:14:9:8:10:14:9:8:11 chr7 75045694 . C T 80.0 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0118325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.529;QD=7.27307;RBI=0.0852504;REFB=0.00131641;REVB=-0.0844252;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00569858;OID=.;OPOS=75045694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:15:18:6:5:15:18 chr7 75046785 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0406786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.784;QD=9.19974;RBI=0.0409022;REFB=-0.00304176;REVB=-0.00427085;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322577;STB=0.691863;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00516851;OID=.;OPOS=75046785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:2:11:4:3:2:11 chr7 75051375 . T C 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00820294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3661;QD=10.8836;RBI=0.0167319;REFB=-0.0545298;REVB=0.0145832;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264928;OID=.;OPOS=75051375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:10:5:3:6:10:5 chr7 75142406 . G A 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0104541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.654;QD=29.6347;RBI=0.0125899;REFB=-0.00714362;REVB=0.0070155;RO=16;SAF=24;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248106;STB=0.638184;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0038975;OID=.;OPOS=75142406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:4:24:10:6:4:24:10:6 chr7 75172270 . G A 439.36 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0224598;FXX=0.0306091;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.681;QD=18.4994;RBI=0.0247921;REFB=-0.0219327;REVB=-0.0104977;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145038;STB=0.500244;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0246252;OID=.;OPOS=75172270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:48:51:44:44:0.463158:25:19:20:28:25:19:22:29 chr7 75176300 . T C 90.32 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0572962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6178;QD=16.4213;RBI=0.0626074;REFB=-0.0354969;REVB=0.0252356;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0329242;OID=.;OPOS=75176300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:11:11:10:11:0.5:5:5:7:4:6:5:7:4 chr7 75442730 . T G 750.18 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257478;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2007;QD=63.8454;RBI=0.00895132;REFB=0;REVB=0.00857302;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33338e-05;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr7 75513062 . A C,G 545.54 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=3,34;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292957,0.0288828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.141,100.513;QD=58.9771;RBI=0.0485948,0.0306163;REFB=0,0;REVB=-0.0387714,0.0101561;RO=0;SAF=0,13;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.163481,0.00236928;OID=.,.;OPOS=75513062,75513062;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:3,34:2,35:0.0540541,0.945946:3,21:0,13:0:0:2,22:0,13:0:0 chr7 75609677 . A G 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0176241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.084;QD=37.5261;RBI=0.0176543;REFB=-0.0171819;REVB=-0.00103213;RO=7;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327216;STB=0.517794;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00577381;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:9:16:5:2:9:16:5:2 chr7 75614953 . T C 745.96 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9557;QD=63.4862;RBI=0.0437785;REFB=0;REVB=0.0436759;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468279;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:28:17:0:0:30:17:0:0 chr7 75615287 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0128233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.013;QD=7.71672;RBI=0.0132532;REFB=-0.0113858;REVB=-0.00334836;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392232;STB=0.52454;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0222846;OID=.;OPOS=75615287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:8:2:6:21:8:2:6:21 chr7 75621827 . A G 645.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000312704;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.963;QD=61.4476;RBI=0.0129137;REFB=0;REVB=-0.0129099;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783309;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr7 75629778 . T C 868.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.965;QD=57.8935;RBI=0.040124;REFB=0;REVB=0.0340697;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3256e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:28:32:0:0 chr7 75630274 . T C 670.86 PASS AF=0.957447;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0228408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6581;QD=57.0948;RBI=0.124091;REFB=-0.0825921;REVB=0.121971;RO=2;SAF=35;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492461;STB=0.516771;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.023417;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:47:2:2:42:45:0.957447:7:35:1:1:10:35:1:1 chr7 75659815 . T C 1467.03 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0201525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.749;QD=59.8786;RBI=0.029022;REFB=-0.0971422;REVB=0.0208843;RO=2;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175547;STB=0.513759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000682574;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:2:3:94:95:0.969388:53:41:0:2:53:42:0:3 chr7 75695613 . A G 350.81 PASS AF=0.529412;AO=37;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0264292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4052;QD=20.6358;RBI=0.0708608;REFB=-0.00135031;REVB=0.0657476;RO=31;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207664;STB=0.522557;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00286094;OID=.;OPOS=75695613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:37:36:0.529412:14:23:20:11:14:22:21:11 chr7 75914934 . G GC 991.46 PASS AF=1;AO=88;DP=111;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011452;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2605;QD=37.4137;RBI=0.14305;REFB=0;REVB=0.142591;RO=19;SAF=43;SAR=45;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00175883;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:111:106:106:0:57:49:0:0:19:19:43:45:15:4 chr7 76029673 . G A 414.02 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0853014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.665;QD=25.0921;RBI=0.107239;REFB=-0.03453;REVB=0.0649918;RO=25;SAF=26;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678914;STB=0.53103;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0251688;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:40:40:0.606061:14:26:14:11:14:26:15:11 chr7 76054372 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0287377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.595;QD=16.034;RBI=0.0297741;REFB=-0.00408539;REVB=0.00778724;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379011;STB=0.717;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00261318;OID=.;OPOS=76054372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:19:9:14:6:19:9 chr7 76069629 . G A 423.77 PASS AF=0.472527;AO=41;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00470803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.176;QD=18.6274;RBI=0.0450862;REFB=0.00560937;REVB=-0.0448397;RO=49;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542454;STB=0.545338;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00705893;OID=.;OPOS=76069629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:48:41:43:0.472527:24:17:23:26:26:17:23:25 chr7 76069811 . T C 739.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.245;QD=56.8581;RBI=0.0307775;REFB=0;REVB=0.0197795;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98572e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:34:16:0:0:34:18:0:0 chr7 76111994 . C G 166.13 PASS AF=0.38;AO=20;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00848387;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.741;QD=13.2901;RBI=0.0455254;REFB=-0.023328;REVB=-0.0447279;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112502;STB=0.553788;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0330299;OID=.;OPOS=76111994;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:31:20:19:0.38:7:13:17:14:7:12:17:14 chr7 76112060 . C T 577.19 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.276;QD=60.7566;RBI=0.0519283;REFB=0;REVB=0.0313704;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327539;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:15:19:0:0:17:21:0:0 chr7 76131645 . A G 426.83 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00215965;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.532;QD=21.6116;RBI=0.0423248;REFB=0.000993227;REVB=-0.0422697;RO=37;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052012;STB=0.528722;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00103812;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:19:23:18:19:19:23:18:19 chr7 76131695 . A G 506.24 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0267687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.139;QD=25.6325;RBI=0.0313625;REFB=-0.0137395;REVB=-0.0163414;RO=32;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310234;STB=0.516956;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00381331;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:24:23:17:15:24:23:17:15 chr7 76140023 . G A 51.74 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00253226;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5023;QD=17.2455;RBI=0.00622623;REFB=-0.0298604;REVB=0.00568803;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0310255;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:3:2:1:6:3:2 chr7 76144455 . A C 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387115;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7241;QD=55.1403;RBI=0.0444727;REFB=0;REVB=0.0218917;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122205;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr7 76144560 . T C 75.04 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.724;QD=37.5207;RBI=0.0440493;REFB=0;REVB=0.0440493;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381879;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:7:0:0:0:8:0:0:0 chr7 76240785 . CA C 112.69 PASS AF=0.261538;AO=16;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=0.00676646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7802;QD=6.93502;RBI=0.0148334;REFB=-0.0220661;REVB=-0.0132002;RO=47;SAF=8;SAR=8;SRF=39;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419244;STB=0.731135;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0303634;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261538:16:65:17:65:48:9:8:40:8:99:47:8:8:39:8 chr7 76240888 . A G 1106.33 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.869;QD=59.8015;RBI=0.0550146;REFB=0;REVB=0.0496599;RO=0;SAF=51;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677609;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:21:51:0:0:23:51:0:0 chr7 76247668 . G A 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=38;FWDB=0.00679143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6534;QD=6.22516;RBI=0.00944731;REFB=0.00132102;REVB=0.0065672;RO=43;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237136;STB=0.642682;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00312054;OID=.;OPOS=76247668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:10:3:5:38:10:3:5:38 chr7 76885769 . A G 156.38 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0340438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3306;QD=24.0578;RBI=0.0347793;REFB=-0.00115952;REVB=0.0071149;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188703;STB=0.653269;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00049549;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:26:8:10:15:16:0.615385:10:5:5:3:11:5:7:3 chr7 76916819 . G A 207.67 PASS AF=0.3;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00467617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3717;QD=9.22971;RBI=0.0277734;REFB=-0.00514204;REVB=-0.0273769;RO=62;SAF=9;SAR=18;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147329;STB=0.582614;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0107809;OID=.;OPOS=76916819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:62:63:27:27:0.3:18:9:28:34:18:9:28:35 chr7 76922490 . C T 176.61 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0271452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.194;QD=14.1291;RBI=0.0315779;REFB=-0.00599767;REVB=-0.0161338;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194825;STB=0.518499;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00889876;OID=.;OPOS=76922490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:13:6:9:21:13:6:9:22 chr7 76984572 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.942;QD=59.4353;RBI=0.0666926;REFB=0;REVB=0.0158868;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508884;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr7 76990178 . C G 1452.51 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124908;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.579;QD=58.1004;RBI=0.0139551;REFB=-0.0189525;REVB=0.00622273;RO=1;SAF=52;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903448;STB=0.504672;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=8.49798e-05;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:46:52:1:0:46:53:1:0 chr7 76991935 . C T 868.36 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3355;QD=56.0235;RBI=0.109407;REFB=0;REVB=0.107271;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253188;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:1:0:58:62:1:31:27:0:1:34:28:0:0 chr7 77035392 . T C 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.264;QD=59.4232;RBI=0.0477632;REFB=-0.0817688;REVB=0.0434851;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000728799;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr7 77247821 . G A 302.93 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00789327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3727;QD=17.0666;RBI=0.0193492;REFB=0.0132247;REVB=-0.017666;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863997;STB=0.548386;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0192704;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:16:17:23:15:16:17:23:15 chr7 77256713 . A G 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0980488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.805;QD=28.5246;RBI=0.0988419;REFB=-0.000659667;REVB=-0.0124969;RO=6;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017146;STB=0.509541;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.000945327;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:8:7:3:3:8:7:3:3 chr7 77365770 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.019198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.464;QD=12.0246;RBI=0.0231266;REFB=-0.0181118;REVB=-0.012895;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035838;STB=0.521241;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0356923;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:9:11:7:5:9:11 chr7 77408326 . A G 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00431121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.233;QD=21.9687;RBI=0.00548107;REFB=-0.014109;REVB=0.00338462;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21029;STB=0.61892;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0102221;OID=.;OPOS=77408326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:8:9:15:5:8:9 chr7 77423574 . G A 614.59 PASS AF=0.642857;AO=53;DP=83;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0252935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.921;QD=29.2663;RBI=0.0277128;REFB=-0.0394727;REVB=0.0113241;RO=27;SAF=24;SAR=29;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286343;STB=0.534747;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0228494;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:27:30:53:54:0.642857:29:24:11:16:29:25:11:19 chr7 77525199 . T C 514.6 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000711736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.565;QD=22.1334;RBI=0.0591808;REFB=-0.0121053;REVB=0.0591765;RO=44;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634726;STB=0.534992;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0351924;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:22:27:21:23:22:27:21:23 chr7 77531113 . T C 997.11 PASS AF=0.539326;AO=97;DP=178;FAO=96;FDP=178;FR=.;FRO=82;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.0103195;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7226;QD=22.407;RBI=0.0551002;REFB=0.015808;REVB=-0.0541252;RO=81;SAF=55;SAR=42;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429709;STB=0.528011;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0139996;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:81:82:97:96:0.539326:42:55:50:31:42:54:51:31 chr7 77552127 . G A 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618043;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.831;QD=64.426;RBI=0.00747654;REFB=0;REVB=-0.00420726;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48991e-06;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr7 77756580 . T C 631.08 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318495;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=61.5685;RBI=0.0329822;REFB=0;REVB=0.0328281;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700975;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr7 77756724 . C T 1426.16 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.127;QD=60.6877;RBI=0.0367212;REFB=-0.0938441;REVB=0.0113643;RO=1;SAF=50;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938747;STB=0.500932;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000266422;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:42:50:1:0:42:50:1:1 chr7 78119109 . C T 325.71 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00580353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9832;QD=12.0632;RBI=0.00764709;REFB=-0.0053511;REVB=-0.00497966;RO=58;SAF=15;SAR=25;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613402;STB=0.524378;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0126612;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:68:40:40:0.37037:25:15:25:33:25:15:28:40 chr7 80088041 . G A 611.93 PASS AF=0.578431;AO=58;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.0108189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.42;QD=23.9973;RBI=0.0108195;REFB=-0.0190806;REVB=0.000115378;RO=43;SAF=42;SAR=16;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672263;STB=0.534016;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0160769;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:58:59:0.578431:16:42:34:9:16:43:34:9 chr7 80374342 . A G 658.73 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.00264843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7449;QD=15.3193;RBI=0.0045596;REFB=-0.0118993;REVB=-0.00371157;RO=99;SAF=37;SAR=36;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606383;STB=0.533877;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0190877;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:99:99:73:73:0.424419:36:37:56:43:36:37:56:43 chr7 80374438 . T C 489.41 PASS AF=0.439024;AO=52;DP=124;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00864297;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.248;QD=15.9157;RBI=0.0115016;REFB=0.00420796;REVB=0.0075886;RO=63;SAF=28;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144489;STB=0.500454;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00541025;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:69:52:54:0.439024:24:28:33:30:25:29:37:32 chr7 80378319 . G C 2983.52 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000942603;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.895;QD=63.4791;RBI=0.00312377;REFB=0;REVB=-0.00297816;RO=0;SAF=77;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97298e-06;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:187:188:1:110:77:0:0:111:77:0:0 chr7 80418689 . A G 1174.39 PASS AF=0.587912;AO=107;DP=182;FAO=107;FDP=182;FR=.;FRO=75;FSAF=73;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.000550055;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3723;QD=25.8108;RBI=0.0162378;REFB=-0.0160343;REVB=0.0162285;RO=75;SAF=73;SAR=34;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808837;STB=0.543956;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0117195;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:75:75:107:107:0.587912:34:73:44:31:34:73:44:31 chr7 80466586 . T C 848.06 PASS AF=0.515152;AO=84;DP=169;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00936545;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.056;QD=20.5591;RBI=0.0144931;REFB=-0.016522;REVB=0.0110607;RO=79;SAF=42;SAR=42;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503033;STB=0.521021;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0162197;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:79:80:84:85:0.515152:42:42:44:35:43:42:43:37 chr7 80805263 . C T 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0180675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.065;QD=12.82;RBI=0.0188933;REFB=-0.0213854;REVB=0.00552448;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024665;STB=0.514131;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0392869;OID=.;OPOS=80805263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:16:18:32:26:16:18:32:26 chr7 80962963 . A T 3952.13 PASS AF=0.988593;AO=257;DP=264;FAO=260;FDP=263;FR=.;FRO=3;FSAF=142;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0028789;FXX=0.00754688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.714;QD=60.1085;RBI=0.00298212;REFB=-0.152432;REVB=0.000777781;RO=2;SAF=139;SAR=118;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680943;STB=0.501387;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000364649;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:264:263:2:3:257:260:0.988593:118:139:2:0:118:142:2:1 chr7 81588636 . G A 661.06 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0101081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.032;QD=21.8534;RBI=0.0174889;REFB=0.000635044;REVB=0.0142719;RO=56;SAF=39;SAR=26;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160427;STB=0.588013;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000476943;OID=.;OPOS=81588636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:26:39:23:33:26:39:23:33 chr7 82383375 . C T 514.21 PASS AF=0.326733;AO=66;DP=202;FAO=66;FDP=202;FR=.;FRO=136;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=-0.0234098;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.725;QD=10.1823;RBI=0.0292891;REFB=-0.00630272;REVB=-0.0176021;RO=136;SAF=31;SAR=35;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078312;STB=0.54506;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0173401;OID=.;OPOS=82383375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:136:136:66:66:0.326733:35:31:73:63:35:31:73:63 chr7 82387960 . G A 269.48 PASS AF=0.310345;AO=37;DP=118;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0385504;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9952;QD=9.29223;RBI=0.0389409;REFB=-0.00229003;REVB=0.00550135;RO=79;SAF=22;SAR=15;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104482;STB=0.549391;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00437952;OID=.;OPOS=82387960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:79:80:37:36:0.310345:15:22:40:39:15:21:41:39 chr7 82453708 . A C 613.48 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0226568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.07;QD=18.5902;RBI=0.0243347;REFB=-0.0252939;REVB=-0.00887951;RO=68;SAF=23;SAR=40;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464934;STB=0.522668;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0209225;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:69:63:63:0.477273:40:23:28:40:40:23:28:41 chr7 82455895 . A G 628.54 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00103489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.469;QD=24.6487;RBI=0.00107506;REFB=0.000890317;REVB=0.000291126;RO=42;SAF=34;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146073;STB=0.507965;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000646182;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:42:60:60:0.588235:26:34:23:19:26:34:23:19 chr7 82544987 . A G 1044.11 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.66;QD=59.6636;RBI=0.0504439;REFB=0;REVB=0.0263346;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253782;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr7 82581488 . T TCA,TTCA 633.4 PASS AF=0,0.864407;AO=10,36;DP=62;FAO=0,51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=0,22;FSAR=0,29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00984916,-0.000916466;FXX=0.0483793;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=263.189,271.868;QD=42.9426;RBI=0.0112988,0.00536917;REFB=-0.015037,-0.0103981;REVB=0.00553693,0.00529037;RO=9;SAF=4,16;SAR=6,20;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128055,-0.0414932;STB=0.5,0.509456;STBP=1,0.759;TYPE=ins,ins;VARB=0.0113571,0.00142401;OID=.,.;OPOS=82581489,82581489;OREF=-,-;OALT=CA,TCA;OMAPALT=TCA,TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.864407:10,36:62:0,51:59:8:0,22:0,29:4:4:43:9:4,16:6,20:5:4 chr7 82581859 . C T 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.932;QD=45.7959;RBI=0.0470552;REFB=0;REVB=0.00414944;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000970419;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr7 82582846 . C T 1339.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.805;QD=62.3074;RBI=0.011008;REFB=0;REVB=0.010361;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30881e-05;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr7 82764425 . C G 844.53 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.234;QD=57.2559;RBI=0.0130215;REFB=0;REVB=0.0128025;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107774;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:30:25:0:0:34:25:0:0 chr7 82764540 . GT G 63.69 PASS AF=0.358974;AO=11;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.109844;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0636;QD=6.53254;RBI=0.178194;REFB=-0.0502869;REVB=0.140312;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.354167;SSSB=0.592449;STB=0.806236;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.107097;OID=.;OPOS=82764541;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:11:40:14:39:25:12:2:11:14:63:26:10:1:12:14 chr7 83023587 . TAC T 1453.89 PASS AF=1;AO=83;DP=102;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597063;FXX=0.109081;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.767;QD=59.3423;RBI=0.134511;REFB=0;REVB=0.120534;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000233469;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:102:98:98:0:58:40:0:0:8:0:53:30:0:0 chr7 83029363 . G A 393.18 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=142;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00302533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.129;QD=10.9982;RBI=0.00302824;REFB=-0.00489832;REVB=0.000132594;RO=93;SAF=33;SAR=15;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34208;STB=0.696363;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.013766;OID=.;OPOS=83029363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:93:95:48:48:0.335664:15:33:36:57:15:33:37:58 chr7 83029438 . C T 1050.7 PASS AF=0.627586;AO=90;DP=146;FAO=91;FDP=145;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0162453;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.17;QD=28.9848;RBI=0.0198066;REFB=-0.0462005;REVB=-0.011331;RO=51;SAF=32;SAR=58;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121985;STB=0.572435;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0185747;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:51:54:90:91:0.627586:58:32:27:24:59:32:29:25 chr7 83034754 . T A 2038.35 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.839;QD=61.3039;RBI=0.0159557;REFB=-0.0194804;REVB=0.0145316;RO=1;SAF=56;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91047e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:122:133:1:0:121:133:1:65:56:1:0:69:64:0:0 chr7 83037751 . C A 1081.06 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1928;QD=60.059;RBI=0.0281527;REFB=0;REVB=0.0247815;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13887e-05;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr7 83246043 . CTTT CTTTC,CTTTTCT,CT 111.96 PASS AF=0.533333,0,0.466667;AO=3,2,3;DP=16;FAO=8,0,7;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,4;FSAR=8,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200402,-0.00636597,0.283159;FXX=0.062461;HRUN=0,14,14;LEN=1,3,2;MLLD=144.43,135.484,5.56821;QD=29.8563;RBI=0.0725699,0.0621091,0.294334;REFB=0,0,0;REVB=0.0725422,0.0617819,0.0803334;RO=1;SAF=0,0,0;SAR=3,2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727144,-0.697199,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,del;VARB=0.0219884,0,0.00761518;OID=.,.,.;OPOS=83246047,83246046,83246044;OREF=-,-,TT;OALT=C,TTC,-;OMAPALT=CTTTC,CTTTTCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.533333,0,0.466667:3,2,3:16:8,0,7:15:0:0,0,4:8,0,3:0:0:43:1:0,0,0:3,2,3:1:0 chr7 83606518 . G A 1207.68 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.36;QD=61.1485;RBI=0.0422382;REFB=0;REVB=0.0138626;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05191e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:47:32:0:0 chr7 83610726 . C G 1195.73 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0110679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8827;QD=56.2697;RBI=0.0137092;REFB=0.0247224;REVB=0.00808978;RO=4;SAF=45;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402465;STB=0.521271;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000392776;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:85:85:4:4:81:81:0.952941:36:45:4:0:36:45:4:0 chr7 86394804 . G A 604.4 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0047622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1214;QD=22.18;RBI=0.0349857;REFB=-0.0218099;REVB=-0.03466;RO=48;SAF=24;SAR=36;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212407;STB=0.505745;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0200667;OID=.;OPOS=86394804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:49:60:60:0.550459:36:24:18:30:36:24:19:30 chr7 86577142 . AAT A 96.22 PASS AF=0.287671;AO=22;DP=79;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.119693;FXX=0.0519413;HRUN=3;LEN=2;MLLD=27.7563;QD=5.27233;RBI=0.143419;REFB=-0.0641654;REVB=-0.0790095;RO=50;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440165;STB=0.687489;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.139248;OID=.;OPOS=86577143;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287671:22:79:21:73:52:13:8:18:34:96:50:16:6:17:33 chr7 86800351 . A G 407.53 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0141499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.985;QD=15.3785;RBI=0.0395871;REFB=-0.0130446;REVB=0.0369719;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213528;STB=0.527743;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.017531;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:58:60:45:46:0.433962:25:20:27:31:26:20:29:31 chr7 87079406 . T A 538.31 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00379027;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.522;QD=27.256;RBI=0.016849;REFB=-0.0172596;REVB=0.0164172;RO=30;SAF=21;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298658;STB=0.501844;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0112072;OID=.;OPOS=87079406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:48:49:0.620253:27:21:13:17:28:21:13:17 chr7 87092185 . G A 508.86 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0883757;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.972;QD=19.3853;RBI=0.0934472;REFB=0.00929834;REVB=-0.0303663;RO=52;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453391;STB=0.525027;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00663634;OID=.;OPOS=87092185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:30:23:20:32:30:23:20:32 chr7 87138645 . A G 774.82 PASS AF=0.528571;AO=73;DP=139;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.000561646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9545;QD=22.1378;RBI=0.0126277;REFB=-0.0121155;REVB=-0.0126152;RO=66;SAF=42;SAR=31;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263331;STB=0.517148;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0136966;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:66:66:73:74:0.528571:31:42:36:30:31:43:36:30 chr7 87160618 . A C 715.28 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0208062;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.403;QD=29.1951;RBI=0.0240253;REFB=-0.0172443;REVB=0.0120132;RO=37;SAF=37;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141562;STB=0.576924;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00831736;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:37:37:61:61:0.622449:24:37:15:22:24:37:15:22 chr7 87229501 . T C 1330.7 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0145077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6388;QD=59.8068;RBI=0.0570672;REFB=0.0313857;REVB=-0.0551923;RO=2;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000244681;STB=0.500129;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00567972;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:43:44:1:1:43:44:1:1 chr7 87913361 . C T 821.6 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5894;QD=56.6623;RBI=0.0599775;REFB=0;REVB=-0.0114507;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116527;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:26:30:0:0:26:32:0:0 chr7 88956699 . A G 5896.02 PASS AF=1;AO=369;DP=370;FAO=374;FDP=374;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304467;FXX=0.0026666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.189;QD=63.0591;RBI=0.0700208;REFB=-0.0405168;REVB=0.0630548;RO=1;SAF=181;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108434;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:370:374:1:0:369:374:1:188:181:1:0:192:182:0:0 chr7 89797144 . G T 2087.24 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324718;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.865;QD=62.7741;RBI=0.0385516;REFB=0;REVB=0.0207799;RO=0;SAF=113;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83191e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:19:113:0:0:19:114:0:0 chr7 89854446 . T G 1849.66 PASS AF=0.96124;AO=124;DP=129;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00780784;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.247;QD=57.3537;RBI=0.0225694;REFB=-0.0823053;REVB=0.0211758;RO=5;SAF=74;SAR=50;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000246524;STB=0.50013;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000524263;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:129:129:5:5:124:124:0.96124:50:74:3:2:50:74:3:2 chr7 89856608 . C T 2194.1 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.136;QD=62.244;RBI=0.0276956;REFB=-0.049009;REVB=-0.00887573;RO=1;SAF=64;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737137;STB=0.503875;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000562212;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:76:64:1:0:76:64:1:0 chr7 89856644 . C T 622.28 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.00557647;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.978;QD=19.2954;RBI=0.0116489;REFB=-0.0124554;REVB=-0.0102274;RO=65;SAF=33;SAR=30;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15557;STB=0.581472;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0147842;OID=.;OPOS=89856644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:30:33:23:42:30:33:24:42 chr7 89861832 . G A 1380.73 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.298;QD=61.3657;RBI=0.0157166;REFB=-0.0207525;REVB=-0.0112026;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00083321;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:90:0:1:87:89:0.988889:52:35:0:0:52:37:1:0 chr7 89861890 . G T 612.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0257;QD=61.2979;RBI=0.071954;REFB=0;REVB=-0.0295209;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053544;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr7 89867446 . T G,TCTG 1681.91 PASS AF=0,0.92126;AO=10,103;DP=142;FAO=0,117;FDP=127;FR=.;FRO=10;FSAF=0,75;FSAR=0,42;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0190709,0.0429459;FXX=0.0522349;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=81.7613,191.319;QD=52.9737;RBI=0.0462665,0.0612387;REFB=-0.0845643,-0.11754;REVB=0.0421532,0.0436558;RO=26;SAF=6,70;SAR=4,33;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.336568,-0.0746011;STB=0.5,0.531245;STBP=1,0.036;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00660316;OID=.,.;OPOS=89867446,89867447;OREF=T,-;OALT=G,CTG;OMAPALT=G,TCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:142:127:26:10:10,103:0,117:0,0.92126:4,33:6,70:22:4:0,42:0,75:10:0 chr7 89912301 . G A 845.77 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645961;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6703;QD=57.3402;RBI=0.00978552;REFB=0;REVB=0.00735049;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869049;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:18:40:0:0:19:40:0:0 chr7 89938588 . C G 1379.52 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0586723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.137;QD=61.312;RBI=0.0681932;REFB=0.034285;REVB=0.0347545;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101908;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000158803;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:42:46:1:0:42:47:1:0 chr7 89938680 . C T 1485.04 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323665;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.35;QD=63.1933;RBI=0.0466739;REFB=0;REVB=0.0336282;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362091;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:49:44:0:0:49:45:0:0 chr7 89969831 . A G 2027.14 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.032;QD=62.3737;RBI=0.0470936;REFB=0;REVB=0.0417974;RO=0;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15305e-05;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:70:60:0:0:70:60:0:0 chr7 89969878 . A G 1520.14 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0426452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.338;QD=62.0466;RBI=0.0431099;REFB=0.0575824;REVB=0.00631264;RO=2;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000807504;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00089424;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:2:1:96:97:0.989796:50:46:1:1:50:47:0:1 chr7 89983808 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.32;QD=61.684;RBI=0.0354592;REFB=0;REVB=0.031992;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35948e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 89984409 . A G 1360.49 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00561122;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.484;QD=61.1456;RBI=0.0406034;REFB=0.0390298;REVB=0.0402138;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000779291;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:89:1:1:88:88:0.988764:43:45:1:0:43:45:1:0 chr7 90042857 . G T 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00697671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.541;QD=17.9417;RBI=0.0461483;REFB=-0.0356545;REVB=-0.0456178;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142756;STB=0.579943;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.027927;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:12:17:12:16:12:17 chr7 90043182 . A G 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0115788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.326;QD=16.0048;RBI=0.012782;REFB=-0.000156192;REVB=-0.00541397;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253521;STB=0.514278;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=8.63077e-05;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:17:18:22:23:17:18:22:23 chr7 90043304 . C T 217.49 PASS AF=0.288462;AO=29;DP=104;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.010048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.115;QD=8.36515;RBI=0.0153203;REFB=4.07704e-06;REVB=0.011565;RO=73;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121036;STB=0.500652;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-5.27731e-06;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:74:29:30:0.288462:16:13:32:41:17:13:32:42 chr7 90043314 . C T 1490.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.207;QD=63.4258;RBI=0.0207992;REFB=0;REVB=-0.00262357;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64819e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:53:40:0:0:53:41:0:0 chr7 90044945 . G A 973.51 PASS AF=0.483254;AO=101;DP=208;FAO=101;FDP=209;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.00596186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8099;QD=18.6318;RBI=0.0108744;REFB=0.00379178;REVB=-0.00909439;RO=106;SAF=49;SAR=52;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003739;STB=0.502891;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0026703;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:106:108:101:101:0.483254:52:49:51:55:52:49:53:55 chr7 90236415 . A G 722.0 PASS AF=0.931034;AO=52;DP=57;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.012268;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.715;QD=49.7931;RBI=0.0259264;REFB=-0.153215;REVB=0.0228402;RO=4;SAF=18;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938329;STB=0.549981;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00292932;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:57:58:4:4:52:54:0.931034:34:18:4:0:36:18:4:0 chr7 90338850 . C T 444.47 PASS AF=0.558442;AO=44;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000467454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.624;QD=23.0892;RBI=0.0489647;REFB=-0.0248915;REVB=-0.0489625;RO=33;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237949;STB=0.525855;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0182444;OID=.;OPOS=90338850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:44:43:0.558442:20:24:17:16:19:24:17:17 chr7 90836643 . C T 668.29 PASS AF=0.540323;AO=65;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0517455;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.678;QD=21.5576;RBI=0.0517519;REFB=-0.00470283;REVB=-0.000810008;RO=56;SAF=38;SAR=27;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573302;STB=0.533323;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00555898;OID=.;OPOS=90836643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:57:65:67:0.540323:27:38:29:27:27:40:30:27 chr7 90837216 . G A 277.76 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0209856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.836;QD=11.4539;RBI=0.0218193;REFB=-0.0161834;REVB=-0.00597395;RO=64;SAF=20;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122547;STB=0.571023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0295693;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:13:20:32:32:13:20:32:32 chr7 90838869 . G C 293.07 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00876704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6097;QD=12.471;RBI=0.0129237;REFB=-0.0204014;REVB=-0.00949529;RO=58;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147999;STB=0.596841;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0240505;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:60:34:34:0.361702:12:22:30:28:12:22:30:30 chr7 90896831 . T C 69.86 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0286966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.278;QD=6.81517;RBI=0.0311376;REFB=-0.0030821;REVB=0.0120855;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323545;STB=0.700568;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0132219;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:31:31:10:10:0.243902:6:4:21:10:6:4:21:10 chr7 90897731 . A C 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00140229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.247;QD=10.9519;RBI=0.0014048;REFB=-0.0102021;REVB=-8.39102e-05;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614779;STB=0.535686;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0181892;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:12:13:27:20:12:13:27:20 chr7 91503228 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0795883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7611;QD=7.76187;RBI=0.0855598;REFB=0.00799019;REVB=-0.0314035;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497665;STB=0.817086;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0619217;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:5:8:1:5:5:8 chr7 91599825 . A C 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0160872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.187;QD=14.0742;RBI=0.0162356;REFB=-0.0199232;REVB=-0.00219044;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443493;STB=0.763399;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0376505;OID=.;OPOS=91599825;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:9:7:10:2:9:7 chr7 91630620 . G T 67.62 PASS AF=0.473684;AO=6;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.02784;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6807;QD=14.2366;RBI=0.0308174;REFB=-0.0239715;REVB=0.0132155;RO=7;SAF=0;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787422;STB=0.758444;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0779878;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:18:19:7:10:6:9:0.473684:6:0:5:2:7:2:7:3 chr7 91632306 . C T 312.81 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00206912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.31;QD=21.9513;RBI=0.0129726;REFB=-0.020904;REVB=0.0128066;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895167;STB=0.504947;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0155063;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:17:15:12:13:17:15:12:13 chr7 91641928 . A G 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0133467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.719;QD=31.236;RBI=0.0222968;REFB=-0.0338837;REVB=0.0178609;RO=11;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548556;STB=0.530096;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0150361;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:13:11:4:7:13:11:4:7 chr7 91652178 . A AAAC 135.93 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00987825;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=3;MLLD=270.821;QD=12.357;RBI=0.0106527;REFB=-0.00789716;REVB=-0.0039876;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230414;STB=0.65364;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=0.0162769;OID=.;OPOS=91652179;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:15:47:16:44:28:12:4:15:13:99:31:11:4:17:14 chr7 91691601 . C T 407.75 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00306762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.776;QD=25.8887;RBI=0.00454427;REFB=-0.0304825;REVB=0.00335262;RO=24;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136452;STB=0.507459;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0192219;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:17:22:14:10:17:22:14:10 chr7 91708898 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0096624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.387;QD=4.62991;RBI=0.0137386;REFB=0.00381317;REVB=-0.00976668;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523806;STB=0.84995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0179302;OID=.;OPOS=91708898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:9:15:1:5:9:15 chr7 91712698 . A G 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.010403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.55;QD=18.9973;RBI=0.0130346;REFB=-0.0132451;REVB=-0.00785347;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292445;STB=0.507458;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0152286;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:17:14:13:16:17:14:14:16 chr7 91713972 . C T 792.12 PASS AF=0.603306;AO=73;DP=121;FAO=73;FDP=121;FR=.;FRO=48;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0285685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.172;QD=26.1856;RBI=0.0496909;REFB=0.00324401;REVB=-0.0406575;RO=48;SAF=41;SAR=32;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758058;STB=0.541181;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00246553;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:48:48:73:73:0.603306:32:41:22:26:32:41:22:26 chr7 91714911 . C T 2065.62 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=138;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00660488;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.396;QD=60.31;RBI=0.0105105;REFB=0.0516074;REVB=0.00817593;RO=2;SAF=83;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353612;STB=0.501098;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000274928;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:137:2:3:134:134:0.978102:51:83:1:1:51:83:2:1 chr7 91715662 . C T 421.22 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0384759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.994;QD=23.4011;RBI=0.0385109;REFB=-0.00136363;REVB=0.00164194;RO=29;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363801;STB=0.516121;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000745132;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:31:41:41:0.569444:25:16:10:19:25:16:11:20 chr7 91726927 . A C 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0184181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.263;QD=30.6478;RBI=0.0235949;REFB=-0.0240739;REVB=0.0147476;RO=14;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558847;STB=0.530663;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0145644;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:14:13:8:6:14:13:8:6 chr7 91743150 . A G 339.1 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00105971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.779;QD=20.5517;RBI=0.0132759;REFB=0.00196521;REVB=0.0132335;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114203;STB=0.506325;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.000980224;OID=.;OPOS=91743150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:12:19:21:14:12:19 chr7 91779242 . G A 460.77 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0425945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.36;QD=21.1848;RBI=0.0445921;REFB=-0.0177889;REVB=-0.013197;RO=41;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553143;STB=0.537583;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0137998;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:42:45:45:0.517241:28:17:18:23:28:17:19:23 chr7 91779971 . T G 570.15 PASS AF=0.569892;AO=30;DP=94;FAO=53;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0671958;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0346;QD=24.5225;RBI=0.0688953;REFB=-0.0186805;REVB=-0.0152084;RO=21;SAF=3;SAR=27;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818192;STB=0.526258;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0202484;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:21:40:30:53:0.569892:27:3:3:18:36:17:15:25 chr7 91948769 . ACGG AC,ACG,GACG 380.53 PASS AF=0.09,0.63,0;AO=25,34,9;DP=100;FAO=9,63,0;FDP=100;FR=.;FRO=28;FSAF=9,43,0;FSAR=0,20,0;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.11116,-0.218825,-0.049241;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,3;MLLD=18.9604,9.85847,86.6756;QD=15.221;RBI=0.111353,0.219253,0.0888614;REFB=-0.106711,-0.20778,-0.0338463;REVB=-0.00655137,-0.0136933,-0.0739708;RO=29;SAF=25,29,0;SAR=0,5,9;SRF=2;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.884827,0.644984,-0.653711;STB=0.999159,0.65819,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0380083,0.0131556,0;OID=.,.,.;OPOS=91948771,91948771,91948769;OREF=GG,G,ACG;OALT=-,-,GAC;OMAPALT=AC,ACG,GACG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:100:100:29:28:25,34,9:9,63,0:0.09,0.63,0:0,5,9:25,29,0:2:27:0,20,0:9,43,0:5:23 chr7 92028039 . C A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0456526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.722;QD=14.7981;RBI=0.0456724;REFB=-0.0181949;REVB=-0.00134455;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152167;STB=0.587485;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0159413;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:2:11:8:3:2:11 chr7 92029302 . G A 318.59 PASS AF=0.322835;AO=39;DP=128;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00525265;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.697;QD=10.0343;RBI=0.0477372;REFB=0.000898317;REVB=-0.0474473;RO=87;SAF=17;SAR=22;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422305;STB=0.517848;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00193007;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:87:86:39:41:0.322835:22:17:41:46:23:18:40:46 chr7 92098776 . C T 1134.03 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1273;QD=60.4816;RBI=0.0128633;REFB=0;REVB=-0.00915619;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1387e-05;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:32:43:0:0 chr7 92131289 . G T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.61;QD=61.8523;RBI=0.0515216;REFB=0;REVB=0.00747202;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06374e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr7 92241633 . G C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397394;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.629;QD=57.1425;RBI=0.0399651;REFB=0;REVB=0.00424129;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56057e-05;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr7 92600509 . T C 565.03 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.379;QD=59.4765;RBI=0.0603113;REFB=0;REVB=0.0516734;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063865;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr7 93054827 . C CTCTT 171.6 PASS AF=0.207407;AO=25;DP=144;FAO=28;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.00484642;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.427;QD=5.08434;RBI=0.053756;REFB=-0.00455848;REVB=-0.0535371;RO=105;SAF=24;SAR=1;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632561;STB=0.873778;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0141352;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207407:25:144:28:135:107:26:2:62:45:99:105:24:1:62:43 chr7 93055650 . G A 245.78 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00402093;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1534;QD=10.9238;RBI=0.0282943;REFB=0.00469626;REVB=0.0280072;RO=59;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804193;STB=0.5;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00712186;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:60:30:30:0.333333:18:12:24:35:18:12:24:36 chr7 93055753 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.212;QD=58.6003;RBI=0.0140131;REFB=0;REVB=0.0116812;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55511e-05;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr7 93116299 . A G 196.63 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0104805;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.123;QD=13.3307;RBI=0.0146549;REFB=-0.00659036;REVB=0.0102432;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950431;STB=0.541512;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0114614;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:35:22:24:0.40678:9:13:16:16:10:14:18:17 chr7 93515993 . T G 386.77 PASS AF=0.738095;AO=29;DP=41;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00137966;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=117.725;QD=36.8352;RBI=0.00652873;REFB=0.133949;REVB=-0.00638129;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.657044;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00299206;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:0:11:29:31:0.738095:18:11:0:0:19:12:11:0 chr7 93623458 . A G 541.61 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00348713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.353;QD=24.9014;RBI=0.0243193;REFB=-0.0234901;REVB=0.024068;RO=37;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088831;STB=0.548604;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0185544;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:26:24:22:15:26:24:22:15 chr7 94027699 . T C 4974.96 PASS AF=0.990769;AO=315;DP=319;FAO=322;FDP=325;FR=.;FRO=3;FSAF=148;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0343528;FXX=0.00611602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.992;QD=61.2303;RBI=0.038978;REFB=-0.0642978;REVB=0.0184166;RO=3;SAF=144;SAR=171;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829377;STB=0.504273;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000265063;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:319:325:3:3:315:322:0.990769:171:144:0:3:174:148:0:3 chr7 94030899 . T C 8904.24 PASS AF=1;AO=564;DP=569;FAO=566;FDP=566;FR=.;FRO=0;FSAF=330;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160774;FXX=0.0122162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.028;QD=62.9275;RBI=0.0249288;REFB=-0.0481778;REVB=0.0190516;RO=1;SAF=330;SAR=234;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100968;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:569:566:1:0:564:566:1:234:330:1:0:236:330:0:0 chr7 94038934 . C T 3647.91 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4751;QD=63.1673;RBI=0.0120177;REFB=0;REVB=0.00585404;RO=0;SAF=129;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18022e-06;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:231:231:1:102:129:0:0:102:129:0:0 chr7 94039032 . C T 2581.91 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162823;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.607;QD=61.474;RBI=0.0213653;REFB=0;REVB=0.0138334;RO=1;SAF=102;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29004e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:1:0:167:168:1:65:102:1:0:65:103:0:0 chr7 94043239 . C G 1346.51 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.012108;FXX=0.0215031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.201;QD=59.1874;RBI=0.0165746;REFB=-0.147204;REVB=0.0113188;RO=2;SAF=36;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255956;STB=0.519995;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-5.1201e-05;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:91:2:3:88:88:0.967033:52:36:2:0:52:36:3:0 chr7 94047050 . G T 403.56 PASS AF=0.335484;AO=52;DP=155;FAO=52;FDP=155;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.0375325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4842;QD=10.4145;RBI=0.0396779;REFB=-0.031338;REVB=0.0128702;RO=103;SAF=29;SAR=23;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1718;STB=0.598636;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0762704;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:103:103:52:52:0.335484:23:29:42:61:23:29:42:61 chr7 94174854 . T C 2969.34 PASS AF=0.969849;AO=192;DP=200;FAO=193;FDP=199;FR=.;FRO=6;FSAF=115;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00851473;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.533;QD=59.6851;RBI=0.052965;REFB=-0.193876;REVB=0.0522761;RO=6;SAF=115;SAR=77;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257958;STB=0.513364;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00185265;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:200:199:6:6:192:193:0.969849:77:115:1:5:78:115:1:5 chr7 94180691 . T C 695.75 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000394344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1638;QD=60.4996;RBI=0.0170671;REFB=-0.0839267;REVB=0.0170626;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00204777;OID=.;OPOS=94180691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:0:1:25:20:0:1 chr7 94186068 . A G 675.85 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0270705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.725;QD=46.6102;RBI=0.027072;REFB=-0.0353269;REVB=0.000287262;RO=5;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494171;STB=0.517235;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00342169;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:58:5:6:52:52:0.896552:26:26:1:4:26:26:2:4 chr7 94295963 . G A 221.1 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00245975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.268;QD=10.05;RBI=0.00305175;REFB=-0.00578275;REVB=-0.00180632;RO=59;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491382;STB=0.522711;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0131032;OID=.;OPOS=94295963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:60:28:28:0.318182:14:14:32:27:14:14:32:28 chr7 94296769 . T C 1607.41 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.058;QD=60.0903;RBI=0.0579864;REFB=0;REVB=0.0552368;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123103;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:49:56:0:0:51:56:0:0 chr7 94297293 . GTTTTTTTG GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT,TGTTTTTTG 532.57 PASS AF=0,1,0,0;AO=11,48,4,3;DP=84;FAO=0,83,0,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45,0,0;FSAR=0,38,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440549,-0.0878802,-0.106687,-0.0831159;FXX=0.0235266;HRUN=7,7,7,1;LEN=2,1,2,2;MLLD=8.73903,8.55202,12.7592,10.9712;QD=25.666;RBI=0.0645015,0.127833,0.125719,0.0948435;REFB=0.0908596,0.0811677,0.0894276,0.132683;REVB=-0.0471127,-0.0928345,-0.0665066,-0.0456841;RO=5;SAF=6,20,4,3;SAR=5,28,0,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0304345,-0.0331442,0.700982,0.658479;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=-0.0321822,-0.00414022,-0.0798677,0.0551656;OID=.,.,.,.;OPOS=94297294,94297294,94297300,94297293;OREF=TT,T,TG,GT;OALT=-,-,GT,TG;OMAPALT=GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT,TGTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:84:83:5:0:11,48,4,3:0,83,0,0:0,1,0,0:5,28,0,0:6,20,4,3:3:2:0,38,0,0:0,45,0,0:0:0 chr7 94297814 . G A 902.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.382;QD=58.2026;RBI=0.017485;REFB=0;REVB=0.015332;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28738e-05;OID=.;OPOS=94297814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:25:35:0:0:27:35:0:0 chr7 94540416 . A G 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00394158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.701;QD=8.25143;RBI=0.0277226;REFB=-0.00570087;REVB=0.027441;RO=57;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258302;STB=0.509795;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0147362;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:58:23:23:0.283951:13:10:26:31:13:10:26:32 chr7 94898811 . G A 216.28 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00753736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.456;QD=29.8311;RBI=0.0107269;REFB=-0.014749;REVB=-0.0076324;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171452;STB=0.612125;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0131725;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:10:9:19:20:0.689655:14:5:5:5:15:5:5:4 chr7 94903420 . G A 361.86 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00743318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.196;QD=25.8474;RBI=0.0358815;REFB=-0.0260309;REVB=0.0351031;RO=21;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156167;STB=0.585318;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0169511;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:18:17:15:6:18:17:15:6 chr7 94924538 . G T 252.97 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00223357;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.151;QD=14.8804;RBI=0.00248366;REFB=-0.00499944;REVB=-0.00108615;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164185;STB=0.586147;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00603119;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:39:29:29:0.426471:17:12:23:17:17:12:22:17 chr7 94937446 . T C 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0468161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.246;QD=23.4081;RBI=0.0491766;REFB=-0.0119299;REVB=0.0150528;RO=31;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130592;STB=0.571782;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00647599;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:24:17:18:13:24:17:18:13 chr7 95001555 . C T 1749.35 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.56;QD=60.847;RBI=0.0669196;REFB=0;REVB=0.00234218;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114924;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr7 95024046 . A G 862.51 PASS AF=0.888889;AO=64;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0595631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.987;QD=47.9171;RBI=0.0597364;REFB=0.04822;REVB=0.00454655;RO=8;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1075;STB=0.557125;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000970715;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:8:8:64:64:0.888889:31:33:0:8:31:33:0:8 chr7 95025600 . G A 637.36 PASS AF=0.368421;AO=76;DP=208;FAO=77;FDP=209;FR=.;FRO=132;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=87;FWDB=0.0158448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0651;QD=12.1982;RBI=0.0468219;REFB=-0.000451406;REVB=0.0440594;RO=130;SAF=43;SAR=33;SRF=44;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249236;STB=0.634866;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00099479;OID=.;OPOS=95025600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:130:132:76:77:0.368421:33:43:44:86:34:43:45:87 chr7 95212804 . C T 288.75 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0167666;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9641;QD=16.0415;RBI=0.03411;REFB=0.00754497;REVB=-0.0297048;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860254;STB=0.54875;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0105016;OID=.;OPOS=95212804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:40:32:32:0.444444:18:14:20:18:18:14:21:19 chr7 95213059 . G A 1436.08 PASS AF=1;AO=57;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161605;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.798;QD=63.8256;RBI=0.0536738;REFB=0;REVB=0.0511832;RO=0;SAF=44;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117192;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:57:90:1:13:44:0:0:47:43:0:0 chr7 95213953 . A C 1490.81 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00753362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.855;QD=61.4766;RBI=0.0339979;REFB=-0.0270163;REVB=0.0331527;RO=2;SAF=40;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316308;STB=0.504504;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000335863;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:2:1:95:96:0.989691:55:40:1:1:55:41:0:1 chr7 95216394 . T G 769.12 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9023;QD=56.9716;RBI=0.0426849;REFB=0;REVB=0.0425777;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449497;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr7 95499234 . A G 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0196398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2883;QD=14.6604;RBI=0.0321599;REFB=0.00212445;REVB=-0.0254664;RO=61;SAF=25;SAR=20;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150616;STB=0.513621;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00350458;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:45:45:0.420561:20:25:33:28:20:25:33:29 chr7 95668664 . C A 1733.87 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.331;QD=59.7887;RBI=0.0384237;REFB=0.00966278;REVB=-0.0149556;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798064;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-1.24954e-06;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:59:55:0:1:60:55:0:1 chr7 95800820 . T C 123.69 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00566688;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.922;QD=8.67996;RBI=0.0064844;REFB=-0.00223223;REVB=0.00315182;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125;STB=0.572811;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.005137;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:38:40:17:17:0.298246:9:8:22:16:9:8:23:17 chr7 96639291 . A AC 31.83 PASS AF=0.114754;AO=8;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0397806;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.4319;QD=2.08743;RBI=0.105442;REFB=-0.00555887;REVB=-0.0976502;RO=51;SAF=8;SAR=0;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646765;STB=0.794631;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=0.054802;OID=.;OPOS=96639292;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.114754:8:61:7:61:54:6:1:31:23:31:51:8:0:29:22 chr7 96640130 . C T 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00225687;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=258.361;QD=32.8034;RBI=0.00902345;REFB=-0.0230893;REVB=-0.00873666;RO=9;SAF=4;SAR=19;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128174;STB=0.570749;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00633064;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:19:4:3:6:19:4:3:6 chr7 97488569 . A T 1177.58 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290203;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.377;QD=61.1728;RBI=0.0776903;REFB=0;REVB=0.0720666;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119268;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:75:77:1:36:39:0:0:37:40:0:0 chr7 97821855 . T C 409.91 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000983656;FXX=0.0285673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.9417;QD=24.1126;RBI=0.0118115;REFB=-0.0045286;REVB=-0.0117705;RO=25;SAF=26;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153755;STB=0.565184;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00300777;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:25:28:40:40:0.588235:14:26:11:14:14:26:14:14 chr7 97823125 . G A 210.42 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-2.37816e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.165;QD=19.1287;RBI=0.00100463;REFB=-0.00705815;REVB=0.00100434;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191448;STB=0.501084;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0116951;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:11:12:11:10:11:12 chr7 97823629 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0214222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.167;QD=19.7636;RBI=0.0408034;REFB=-0.0109109;REVB=-0.0347276;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154332;STB=0.58575;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0127985;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:14:21:14:19:14:21:14:19 chr7 97854393 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.467;QD=50.4132;RBI=0.0748804;REFB=0;REVB=0.0748138;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121492;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr7 97863145 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.883;QD=57.1995;RBI=0.0366811;REFB=0;REVB=0.0181;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315217;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr7 97873994 . G A,C 477.2 PASS AF=0.914286,0.0571429;AO=32,2;DP=35;FAO=32,2;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=20,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152374,0.065602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.826,26.5762;QD=54.537;RBI=0.0560434,0.0719979;REFB=-0.063952,-0.0441406;REVB=0.0539322,-0.0296659;RO=0;SAF=12,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.519987,0.993266;STBP=0.283,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00165622,0.202832;OID=.,.;OPOS=97873994,97873994;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:1:32,2:32,2:0.914286,0.0571429:20,2:12,0:0:0:20,2:12,0:1:0 chr7 97933552 . A T 687.92 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.45;QD=62.5384;RBI=0.0326793;REFB=0;REVB=0.0233083;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92642e-06;OID=.;OPOS=97933552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr7 97933601 . C T 714.95 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.295;QD=60.8471;RBI=0.0779453;REFB=-0.107792;REVB=-0.000850283;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00109512;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:35:11:1:0:35:11:1:0 chr7 98258736 . G A 291.19 PASS AF=0.273333;AO=41;DP=150;FAO=41;FDP=150;FR=.;FRO=109;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=0.0225211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3092;QD=7.76493;RBI=0.0350867;REFB=-0.00647272;REVB=0.0269049;RO=106;SAF=20;SAR=21;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106831;STB=0.5587;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0160268;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:106:109:41:41:0.273333:21:20:61:45:21:20:62:47 chr7 98460824 . C A 1017.9 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.07107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5035;QD=56.5503;RBI=0.0882071;REFB=-0.0591994;REVB=0.0522452;RO=3;SAF=42;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479308;STB=0.511625;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00974859;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:3:2:69:70:0.972222:27:42:2:1:28:42:2:0 chr7 98782750 . C T 859.85 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0325073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.51;QD=54.5935;RBI=0.0834835;REFB=-0.140529;REVB=-0.0768945;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178082;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00128458;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:35:26:1:0:35:26:1:1 chr7 98792835 . G A 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00387676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.735;QD=11.676;RBI=0.0182733;REFB=-0.000837376;REVB=0.0178574;RO=59;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437789;STB=0.517533;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00155977;OID=.;OPOS=98792835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:60:32:32:0.347826:20:12:20:39:20:12:21:39 chr7 98870997 . A G 365.1 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00714691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.695;QD=52.1572;RBI=0.00992832;REFB=-0.125526;REVB=0.00689153;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00294242;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr7 98877267 . C A 323.74 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0122524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.754;QD=16.8174;RBI=0.014059;REFB=-0.0260763;REVB=-0.00689442;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717825;STB=0.540207;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0313405;OID=.;OPOS=98877267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:20:15:15:27:20:15:15:27 chr7 99032458 . C G,T 2490.45 PASS AF=0.0714286,0.922619;AO=12,155;DP=168;FAO=12,155;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=8,86;FSAR=4,69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377481,0.00613175;FXX=0.011764;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.6637,207.941;QD=59.2963;RBI=0.042916,0.018615;REFB=-0.0345675,-0.109252;REVB=-0.0204173,-0.0175761;RO=0;SAF=8,86;SAR=4,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.555e-08;STB=0.529364,0.50289;STBP=0.633,0.493;TYPE=snp,snp;VARB=0.018879,-0.000367076;OID=.,.;OPOS=99032458,99032458;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:168:168:0:1:12,155:12,155:0.0714286,0.922619:4,69:8,86:0:0:4,69:8,86:1:0 chr7 99047978 . T C 579.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249174;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9851;QD=60.9872;RBI=0.0262211;REFB=0;REVB=0.00816521;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530459;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr7 99081730 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.789;QD=63.6148;RBI=0.00875091;REFB=0;REVB=0.0061221;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89535e-05;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr7 99128927 . A G 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0155378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.137;QD=22.3943;RBI=0.0248485;REFB=-0.00398403;REVB=0.0193914;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425862;STB=0.523791;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00299807;OID=.;OPOS=99128927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:9:14:14:11:9:14 chr7 99130875 . G A 214.2 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0662194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2359;QD=45.0943;RBI=0.0668049;REFB=-0.178358;REVB=-0.00882494;RO=1;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130187;STB=0.571342;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0109201;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:3:15:0:1:3:15:0:1 chr7 99145845 . C T 1563.99 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117841;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4063;QD=63.8365;RBI=0.0152496;REFB=0;REVB=0.00967909;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178038;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:49:48:0:0:50:48:0:0 chr7 99217424 . G A 834.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.27;QD=57.5514;RBI=0.105128;REFB=0;REVB=0.0772095;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355846;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:23:31:0:0:26:32:0:0 chr7 99227172 . A G 1306.01 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1774;QD=60.7447;RBI=0.0385489;REFB=-0.184708;REVB=0.00587292;RO=1;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083837;STB=0.504424;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00341769;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:83:85:0.988372:56:27:0:1:56:29:0:1 chr7 99474427 . A G 733.45 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.761;QD=56.4195;RBI=0.0552564;REFB=0;REVB=0.0528086;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127726;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:24:26:0:0:25:27:0:0 chr7 99500899 . T C 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2388;QD=59.1376;RBI=0.0247696;REFB=0;REVB=0.0213955;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30685e-05;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr7 99500911 . A G 954.77 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.393;QD=58.7548;RBI=0.0591168;REFB=0;REVB=0.00878776;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71438e-05;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:34:31:0:0 chr7 99578411 . T C 135.21 PASS AF=0.166667;AO=25;DP=150;FAO=25;FDP=150;FR=.;FRO=125;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=-0.00908626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.752;QD=3.60553;RBI=0.00949727;REFB=-0.00440516;REVB=-0.00276369;RO=124;SAF=18;SAR=7;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385062;STB=0.745924;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0181594;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:124:125:25:25:0.166667:7:18:51:73:7:18:52:73 chr7 99584263 . AAAAG AAGAA 66.61 PASS AF=0.823529;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273035;FXX=0;HRUN=14;LEN=3;MLLD=8.72758;QD=15.6738;RBI=0.150432;REFB=-0.623005;REVB=0.147933;RO=7;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621371;STB=0.59985;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.143931;OID=.;OPOS=99584265;OREF=AAG;OALT=GAA;OMAPALT=AAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:2:20:14:17:2:4:10:2:0:8:7:0:2:4:3 chr7 99669802 . A G 129.36 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0354548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.601;QD=13.6171;RBI=0.0354869;REFB=-0.0200905;REVB=-0.00150991;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501874;STB=0.790856;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0373411;OID=.;OPOS=99669802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:13:2:12:10:13:2:12:11 chr7 99690690 . G C 90.05 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00195217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.058;QD=5.90479;RBI=0.00278505;REFB=-0.00283155;REVB=0.00198633;RO=45;SAF=10;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18229;STB=0.634316;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0143767;OID=.;OPOS=99690690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:45:47:14:14:0.229508:4:10:26:19:4:10:26:21 chr7 99690747 . T C 137.85 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0158705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.427;QD=11.4876;RBI=0.0435651;REFB=-0.0114455;REVB=-0.0405715;RO=31;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316904;STB=0.703537;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0279454;OID=.;OPOS=99690747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:3:13:18:13:3:13:18:14 chr7 99693552 . G A 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0233069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.658;QD=20.9875;RBI=0.026287;REFB=-0.0333277;REVB=-0.0121571;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122847;STB=0.567885;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.031992;OID=.;OPOS=99693552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:17:18:11:19:17:18:11:19 chr7 99709835 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 661.14 PASS AF=0.82243,0,0;AO=27,24,11;DP=116;FAO=88,0,0;FDP=107;FR=.;FRO=19;FSAF=40,0,0;FSAR=48,0,0;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.106982,0.386775,0.455582;FXX=0.0360328;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.7248,8.08388,6.62519;QD=24.7155;RBI=0.257994,0.38833,0.494979;REFB=0.0576114,0.0878977,0.0372226;REVB=0.234767,0.0347265,-0.193518;RO=29;SAF=8,9,11;SAR=19,15,0;SRF=19;SRR=10;SSEN=0.354167,0.354167,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.335096,-0.267217,0.737605;STB=0.503424,0.5,0.5;STBP=0.876,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0452956,0,0;OID=.,.,.;OPOS=99709840,99709836,99709840;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.82243,0,0:27,24,11:116:88,0,0:107:19:40,0,0:48,0,0:9:10:60:29:8,9,11:19,15,0:19:10 chr7 99725146 . C G 120.79 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0326214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7788;QD=14.6414;RBI=0.0352455;REFB=-0.0200616;REVB=0.0133449;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0248111;OID=.;OPOS=99725146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr7 99747130 . G A 94.34 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00595435;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.019;QD=4.49239;RBI=0.0200845;REFB=-0.00893466;REVB=0.0191815;RO=68;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521766;STB=0.533495;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0315915;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:84:84:68:68:16:16:0.190476:9:7:27:41:9:7:27:41 chr7 99752423 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0244636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.996;QD=9.56939;RBI=0.0319102;REFB=-0.0104113;REVB=-0.0204888;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129171;STB=0.578129;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0147203;OID=.;OPOS=99752423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:4:11:5:3:4:11 chr7 99772298 . A C 861.39 PASS AF=1;AO=36;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.569;QD=57.4259;RBI=0.0703069;REFB=0;REVB=0.0418998;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154307;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:36:60:1:18:18:0:0:32:28:0:0 chr7 99816256 . C A 288.75 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.94;QD=52.5003;RBI=0.0800115;REFB=0;REVB=-0.0289181;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327931;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr7 99816272 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5527;QD=45.1045;RBI=0.0245009;REFB=-0.105462;REVB=0.00920336;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00519316;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:1:0:11:7:1:0 chr7 99816275 . G C 239.93 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.94;QD=50.5105;RBI=0.0398011;REFB=0;REVB=0.0144799;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185179;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:11:8:0:0 chr7 99816285 . A T 36.12 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00320569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5773;QD=6.56751;RBI=0.020563;REFB=0.0236064;REVB=0.0203116;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467764;STB=0.805374;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0542639;OID=.;OPOS=99816285;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:9:7:5:1:9:7 chr7 99817859 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0835798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1609;QD=55.098;RBI=0.11365;REFB=0;REVB=-0.0770117;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383757;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:26:0:0:16:26:1:3:13:0:0:9:17:0:0 chr7 99821685 . C G,T 737.58 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,50;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196314,0.0453767;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.63457,171.93;QD=55.6663;RBI=0.0599217,0.0476643;REFB=0,0;REVB=-0.0566146,0.014589;RO=0;SAF=1,29;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.212391,-0.000777535;OID=.,.;OPOS=99821685,99821685;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:53:0:0:3,50:3,50:0.0566038,0.943396:2,21:1,29:0:0:2,21:1,29:0:0 chr7 99869583 . C A 347.2 PASS AF=0.375;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0264128;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.175;QD=12.4001;RBI=0.026415;REFB=-0.019213;REVB=-0.000343941;RO=70;SAF=25;SAR=17;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227059;STB=0.629134;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0321127;OID=.;OPOS=99869583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:70:70:42:42:0.375:17:25:27:43:17:25:27:43 chr7 99971313 . T C 1577.7 PASS AF=0.982143;AO=98;DP=101;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0553903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7988;QD=56.3464;RBI=0.0719276;REFB=-0.0618092;REVB=0.0458857;RO=3;SAF=49;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093837;STB=0.509432;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00855647;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:112:3:2:98:110:0.982143:49:49:2:1:58:52:2:0 chr7 99971834 . A G 2651.7 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.153;QD=62.0281;RBI=0.0289717;REFB=0;REVB=0.028281;RO=0;SAF=72;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84193e-06;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:97:72:0:0:99:72:0:0 chr7 100064719 . A G 100.72 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00683302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.483;QD=16.1153;RBI=0.0118985;REFB=-0.0293664;REVB=-0.00974081;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950073;STB=0.555457;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0522858;OID=.;OPOS=100064719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:10:3:2:10:10:3 chr7 100137085 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0144447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.29;QD=19.1795;RBI=0.0405593;REFB=-0.0157177;REVB=0.0378999;RO=11;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348279;STB=0.705477;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0166766;OID=.;OPOS=100137085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:1:12:8:3:1:12:8:3 chr7 100175473 . T C 463.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.711;QD=57.9938;RBI=0.030455;REFB=0;REVB=-0.0227092;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66748e-06;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:8:22:0:0:8:24:0:0 chr7 100277725 . TGGGGGCC TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 208.23 PASS AF=0.1,0.9,0;AO=7,6,6;DP=31;FAO=3,27,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12,0;FSAR=0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0973507,-0.0767877,0.169266;FXX=0.0624805;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=13.1663,13.0799,7.94353;QD=27.7636;RBI=0.20472,0.154161,0.261365;REFB=-0.0723224,-0.0524882,-0.01997;REVB=0.180092,0.133676,-0.19915;RO=2;SAF=7,5,2;SAR=0,1,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0;SSSB=0.804017,0.418591,0.173071;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.205185,0.00260948,0.0225699;OID=.,.,.;OPOS=100277730,100277730,100277726;OREF=GCC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9,0:7,6,6:31:3,27,0:30:0:3,12,0:0,15,0:0:0:6:2:7,5,2:0,1,4:0:2 chr7 100278657 . A G 746.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.717;QD=63.5638;RBI=0.0136479;REFB=0;REVB=-0.0122551;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130521;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr7 100281768 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.35;QD=44.6898;RBI=0.0589105;REFB=0;REVB=0.0215873;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140124;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr7 100285476 . C T 244.04 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0275288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5117;QD=23.2417;RBI=0.0300068;REFB=-0.0199475;REVB=0.0119406;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292787;STB=0.652042;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0309315;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:8:15:5:13:8:15:6:13 chr7 100334171 . G A 107.09 PASS AF=0.135593;AO=24;DP=178;FAO=24;FDP=177;FR=.;FRO=153;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=133;FSRR=20;FWDB=-0.0145376;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.504;QD=2.42019;RBI=0.0160808;REFB=-0.00361454;REVB=-0.00687369;RO=151;SAF=18;SAR=6;SRF=131;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243373;STB=0.659286;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0295614;OID=.;OPOS=100334171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:151:153:24:24:0.135593:6:18:131:20:6:18:133:20 chr7 100348384 . T C 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0121133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6007;QD=25.1828;RBI=0.0407855;REFB=-0.00302739;REVB=-0.0389451;RO=22;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151143;STB=0.582615;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0016869;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:17:18:16:6:17:18:16:6 chr7 100350763 . T G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0241187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.346;QD=4.81088;RBI=0.0261961;REFB=0.00169791;REVB=-0.0102239;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257551;STB=0.655147;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0101529;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:29:21:23:6:6:0.206897:5:1:7:14:5:1:7:16 chr7 100361675 . G A 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0109294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7897;QD=12.7365;RBI=0.0199692;REFB=-0.00834781;REVB=0.0167128;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116415;STB=0.568098;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00838646;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:17:11:8:8:17:11 chr7 100365567 . C T 176.03 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0570724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.864;QD=11.9344;RBI=0.0588582;REFB=-0.0107263;REVB=-0.0143884;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266396;STB=0.662528;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0163639;OID=.;OPOS=100365567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:37:21:22:0.372881:9:12:12:25:9:13:12:25 chr7 100365613 . G T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0308967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.949;QD=6.92899;RBI=0.0310987;REFB=2.03343e-05;REVB=-0.00353932;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423585;STB=0.763935;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000643701;OID=.;OPOS=100365613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:4:11:2:4:4:11 chr7 100366284 . T C 45.34 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0660129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8066;QD=10.6682;RBI=0.190673;REFB=-0.0805292;REVB=-0.178881;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.841088;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0959194;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:6:10:7:7:0.411765:1:6:3:3:1:6:3:7 chr7 100371358 . G A 408.99 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0366337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.632;QD=34.0821;RBI=0.0382661;REFB=-0.0184559;REVB=0.0110573;RO=14;SAF=22;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138823;STB=0.567122;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00977051;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:15:33:33:0.6875:11:22:6:8:11:22:7:8 chr7 100371474 . G A 505.41 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00900353;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.615;QD=56.1564;RBI=0.0100893;REFB=-0.17886;REVB=-0.00455304;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00159131;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:15:19:1:0:16:19:1:0 chr7 100371476 . T G,TG 501.27 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=4,28;DP=36;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115079,0.0172982;FXX=0.0555401;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=204.051,224.835;QD=58.973;RBI=0.0116065,0.0193612;REFB=0,0;REVB=-0.00150995,0.00869643;RO=3;SAF=2,15;SAR=2,13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115334,0.0364098;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0595682,0.00092712;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:34:3:0:4,28:1,33:0.0294118,0.970588:2,13:2,15:1:2:1,14:0,19:0:0 chr7 100373077 . C G 651.15 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9547;QD=62.0138;RBI=0.0307622;REFB=0;REVB=0.00581828;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310794;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:32:10:0:0 chr7 100373367 . G C 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.17;QD=61.3244;RBI=0.0258803;REFB=0;REVB=-0.0109385;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30516e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr7 100377082 . T C 208.65 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0375522;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.362;QD=13.9097;RBI=0.0379265;REFB=-0.00806588;REVB=-0.00531496;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274139;STB=0.670024;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0152489;OID=.;OPOS=100377082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:23:25:0.416667:9:14:12:23:9:16:12:23 chr7 100386900 . T C 741.79 PASS AF=1;AO=42;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296432;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9602;QD=57.0608;RBI=0.029724;REFB=0;REVB=0.00218933;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224149;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:42:52:1:22:20:0:0:22:30:0:0 chr7 100391644 . T C 1877.64 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.718;QD=61.5619;RBI=0.0184134;REFB=0;REVB=-0.00621442;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13668e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:55:67:0:0:55:67:0:0 chr7 100410597 . G A 32.01 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0907384;FXX=0.157812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1937;QD=8.00263;RBI=0.0989647;REFB=-0.00821142;REVB=0.0395037;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526212;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0159328;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:17:16:10:11:5:5:0.3125:3:2:4:6:3:2:4:7 chr7 100411278 . T C 316.38 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00583493;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7839;QD=22.5985;RBI=0.0197182;REFB=-0.0202383;REVB=0.0188351;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282918;STB=0.672079;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.023576;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:17:7:21:11:18:6 chr7 100416139 . T C 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0447616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.725;QD=25.4973;RBI=0.0500569;REFB=-0.0145704;REVB=0.0224073;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219302;STB=0.512184;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00953341;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:15:8:6:10:15:8:6:10 chr7 100416250 . A G 491.97 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0226062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.655;QD=25.2293;RBI=0.0245605;REFB=-0.00581201;REVB=-0.00960086;RO=31;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173403;STB=0.602427;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00359905;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:31:32:46:46:0.589744:31:15:17:14:31:15:18:14 chr7 100424587 . G C 241.01 PASS AF=0.366197;AO=9;DP=75;FAO=26;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0273876;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.499;QD=13.5781;RBI=0.0298882;REFB=-0.00376497;REVB=-0.0119677;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.580436;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00646424;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:71:17:43:9:26:0.366197:7:2:8:9:16:10:22:21 chr7 100458795 . T C 1558.34 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334636;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.702;QD=59.9362;RBI=0.0388298;REFB=0;REVB=0.0196962;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71412e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:61:42:0:0:61:43:0:0 chr7 100466441 . G A 2209.41 PASS AF=0.967742;AO=148;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0206951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.005;QD=57.0169;RBI=0.0386303;REFB=-0.249149;REVB=0.0326192;RO=2;SAF=41;SAR=107;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703341;STB=0.502985;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000977633;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:155:155:2:5:148:150:0.967742:107:41:1:1:109:41:1:4 chr7 100468284 . A G 1497.42 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056224;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7037;QD=59.897;RBI=0.0699045;REFB=0;REVB=-0.0415392;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168181;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:100:100:1:62:38:0:0:62:38:0:0 chr7 100482026 . T C 452.32 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0380666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4189;QD=54.8262;RBI=0.0723921;REFB=0.0687933;REVB=-0.0615755;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0181964;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr7 100486656 . T G 442.85 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8243;QD=55.3559;RBI=0.0753393;REFB=-0.0484967;REVB=-0.000987903;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146429;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:26:5:1:0:26:6:0:0 chr7 100487122 . GC AA 203.16 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0288031;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=216.773;QD=38.6967;RBI=0.047834;REFB=-0.0153998;REVB=0.0381899;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708443;STB=0.540937;STBP=0.446;TYPE=mnp;VARB=0.00330655;OID=.;OPOS=100487122;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:17:18:0.857143:10:7:2:1:11:7:2:1 chr7 100494222 . G GC 1637.73 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4859;QD=47.8171;RBI=0.0351021;REFB=0;REVB=0.0347437;RO=1;SAF=65;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000418445;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:137:137:137:0:68:69:0:0:29:1:65:68:1:0 chr7 100549505 . T C 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0260638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.19;QD=3.67458;RBI=0.028661;REFB=-0.00263978;REVB=-0.011922;RO=47;SAF=8;SAR=1;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522232;STB=0.869418;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0133686;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:57:47:48:9:9:0.157895:1:8:23:24:1:8:23:25 chr7 100549573 . G T 74.66 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0408518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2677;QD=5.06172;RBI=0.0420845;REFB=-0.00169886;REVB=-0.0101111;RO=47;SAF=10;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37424;STB=0.747834;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00767301;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:2:10:27:20:2:10:27:20 chr7 100549583 . G A 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.035864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.103;QD=5.47996;RBI=0.038023;REFB=-0.00573246;REVB=-0.0126304;RO=47;SAF=10;SAR=3;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24517;STB=0.658418;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0230818;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:3:10:28:19:3:10:28:19 chr7 100549592 . TT AA 88.12 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00585877;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.196;QD=5.59481;RBI=0.0102339;REFB=-0.00363211;REVB=0.0083909;RO=48;SAF=11;SAR=3;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211654;STB=0.630169;STBP=0.324;TYPE=mnp;VARB=0.0101885;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:64:63:48:49:14:14:0.222222:3:11:31:17:3:11:32:17 chr7 100549650 . A G 324.82 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00426689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.419;QD=12.6145;RBI=0.0353125;REFB=-0.0200659;REVB=0.0350538;RO=63;SAF=24;SAR=15;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410391;STB=0.516685;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0244246;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:15:24:41:22:15:24:41:23 chr7 100549697 . A G 347.94 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0114637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.194;QD=12.6524;RBI=0.0135232;REFB=-0.0193426;REVB=0.00717355;RO=68;SAF=25;SAR=17;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937503;STB=0.553138;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0507384;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:42:42:0.381818:17:25:46:22:17:25:46:22 chr7 100549703 . C T 372.29 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0128384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.399;QD=13.4159;RBI=0.0132131;REFB=-0.0257465;REVB=-0.0031244;RO=67;SAF=28;SAR=16;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041191;STB=0.523287;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0614746;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:16:28:45:22:16:28:45:22 chr7 100549787 . CA TG 211.59 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0185095;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.789;QD=11.9208;RBI=0.0237753;REFB=-0.00408475;REVB=0.0149219;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182005;STB=0.591481;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=0.00618017;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:25:26:0.366197:13:12:29:16:13:13:29:16 chr7 100549873 . G A 79.11 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0632855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4055;QD=7.71781;RBI=0.0636229;REFB=-0.0398271;REVB=-0.00654382;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102813;STB=0.64197;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0410774;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:38:41:22:30:11:11:0.268293:5:6:14:8:5:6:22:8 chr7 100549884 . C T 40.71 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00184;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.177;QD=4.40113;RBI=0.0034446;REFB=-0.00068419;REVB=-0.00291199;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394071;STB=0.734733;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000860739;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:38:37:29:30:7:7:0.189189:4:3:22:7:4:3:22:8 chr7 100549894 . T C 49.77 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0327453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.05;QD=5.6881;RBI=0.033936;REFB=0.00225468;REVB=0.00891064;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280519;STB=0.713796;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00345317;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:34:35:27:27:7:8:0.228571:4:3:18:9:5:3:18:9 chr7 100549896 . G C 51.46 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0605224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1327;QD=5.7181;RBI=0.0789387;REFB=-0.0178942;REVB=-0.0506789;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184526;STB=0.610847;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0262913;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:26:28:8:8:0.222222:4:4:17:9:4:4:18:10 chr7 100549902 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0396997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.369;QD=6.59529;RBI=0.0482504;REFB=-0.00348053;REVB=-0.0274234;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216967;STB=0.64675;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00982343;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:9:9:0.243243:5:4:17:10:5:4:18:10 chr7 100549914 . G A 60.95 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00336112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.873;QD=6.58879;RBI=0.00656486;REFB=-0.0277372;REVB=-0.00563917;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233588;STB=0.64675;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0677455;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:5:4:18:10:5:4:18:10 chr7 100549935 . T G 88.52 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=41;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0240527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.804;QD=8.04694;RBI=0.0267007;REFB=-0.016581;REVB=-0.0115929;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101508;STB=0.538397;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0610996;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:41:44:31:32:10:12:0.272727:4:6:16:15:5:7:17:15 chr7 100549942 . T C 91.73 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0500583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.958;QD=8.53265;RBI=0.0500882;REFB=-0.0196078;REVB=0.0017301;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125175;STB=0.548937;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0386211;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:30:31:11:12:0.27907:4:7:16:14:5:7:16:15 chr7 100549979 . C T 191.59 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0314517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.061;QD=15.6403;RBI=0.0598638;REFB=-0.0295001;REVB=0.0509359;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235699;STB=0.636222;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0487758;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:6:14:14:15:6:14:14:15 chr7 100550032 . C CCCT 173.3 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000726397;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=194.477;QD=14.7488;RBI=0.00881336;REFB=-0.0292843;REVB=0.00878337;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813272;STB=0.559377;STBP=0.52;TYPE=ins;VARB=0.0405057;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:18:47:19:47:28:12:7:15:13:99:28:11:7:15:13 chr7 100550079 . A C 150.53 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0158508;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.083;QD=9.4084;RBI=0.0159773;REFB=-0.0242663;REVB=-0.002007;RO=42;SAF=15;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28441;STB=0.69996;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0443029;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:43:20:21:0.328125:5:15:22:20:5:16:21:22 chr7 100550133 . A G 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0260991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.635;QD=7.06645;RBI=0.0385653;REFB=-0.0163378;REVB=0.0283923;RO=48;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23681;STB=0.6427;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0428809;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:8:9:16:32:8:9:16:32 chr7 100550138 . C T 115.71 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0166811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.309;QD=7.23185;RBI=0.019553;REFB=-0.0226526;REVB=-0.0102009;RO=46;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24388;STB=0.652009;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0172127;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:47:17:17:0.265625:8:9:15:31:8:9:15:32 chr7 100550184 . C A 76.2 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0366318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9718;QD=4.61812;RBI=0.0366466;REFB=-0.0140233;REVB=-0.00103938;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807005;STB=0.54231;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0369141;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:66:51:53:13:13:0.19697:9:4:13:38:9:4:14:39 chr7 100550191 . C T 658.06 PASS AF=0.815385;AO=53;DP=65;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0181734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.611;QD=40.4957;RBI=0.0310531;REFB=-0.050434;REVB=0.0251798;RO=12;SAF=14;SAR=39;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062965;STB=0.50337;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0122115;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:12:12:53:53:0.815385:39:14:3:9:39:14:3:9 chr7 100550203 . T A 42.47 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.0440083;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.928;QD=2.83156;RBI=0.0508179;REFB=-0.00249231;REVB=-0.0254111;RO=52;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261537;STB=0.699401;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0372048;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:60:52:52:8:8:0.133333:7:1:14:38:7:1:14:38 chr7 100550205 . A C 41.14 PASS AF=0.129032;AO=7;DP=60;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.0849955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1974;QD=2.6545;RBI=0.0851801;REFB=-0.00412551;REVB=0.00560464;RO=53;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209876;STB=0.690219;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0224237;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:60:62:53:54:7:8:0.129032:6:1:14:39:7:1:14:40 chr7 100550245 . G A 49.39 PASS AF=0.170213;AO=7;DP=46;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.218292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3619;QD=4.20344;RBI=0.219611;REFB=0.00250224;REVB=-0.0240307;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217384;STB=0.680875;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0284332;OID=.;OPOS=100550245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:47:38:39:7:8:0.170213:6:1:10:28:7:1:10:29 chr7 100550252 . A G 41.76 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0136721;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.365;QD=3.79641;RBI=0.0214545;REFB=-0.00435924;REVB=0.0165339;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227435;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0137868;OID=.;OPOS=100550252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:45:44:37:37:7:7:0.159091:6:1:10:27:6:1:10:27 chr7 100551473 . G C 31.91 PASS AF=0.139535;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.029241;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.81;QD=2.96819;RBI=0.0342142;REFB=-0.0169613;REVB=-0.0177643;RO=36;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270771;STB=0.752869;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0436167;OID=.;OPOS=100551473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:44:43:36:37:5:6:0.139535:2:3:13:23:2:4:13:24 chr7 100551502 . A C 91.99 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00685403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.908;QD=8.97418;RBI=0.0097696;REFB=-0.0286223;REVB=0.00696185;RO=29;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39655;STB=0.761418;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0478581;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:41:29:29:11:12:0.292683:9:2:14:15:10:2:14:15 chr7 100551565 . AT GC 56.55 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0194473;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.674;QD=3.01575;RBI=0.0197598;REFB=-0.0116824;REVB=-0.00350049;RO=62;SAF=8;SAR=3;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355807;STB=0.752497;STBP=0.09;TYPE=mnp;VARB=0.0430912;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:76:75:62:64:11:11:0.146667:3:8:27:35:3:8:27:37 chr7 100551578 . T G 55.42 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0234318;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6388;QD=2.87904;RBI=0.0311458;REFB=0.00557571;REVB=0.0205186;RO=65;SAF=9;SAR=2;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445156;STB=0.81371;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.039418;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:65:66:11:11:0.142857:2:9:30:35:2:9:30:36 chr7 100551626 . T C 35.43 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.023445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.674;QD=1.47604;RBI=0.0263971;REFB=0.00111433;REVB=-0.0121301;RO=86;SAF=7;SAR=2;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39138;STB=0.79802;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0063642;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:86:87:9:9:0.09375:2:7:37:49:2:7:38:49 chr7 100551666 . A T 33.72 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0300144;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.861;QD=1.30951;RBI=0.0351396;REFB=-0.00388713;REVB=-0.0182737;RO=93;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16666;STB=0.626057;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0266004;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:93:94:9:9:0.0873786:4:5:38:55:4:5:39:55 chr7 100551687 . T C 48.86 PASS AF=0.114583;AO=12;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0253367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.436;QD=2.03576;RBI=0.0254918;REFB=-0.00336044;REVB=0.00280796;RO=83;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167214;STB=0.576134;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0455175;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:83:85:12:11:0.114583:5:7:37:46:5:6:39:46 chr7 100551692 . C T 63.61 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0192962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.923;QD=2.62302;RBI=0.0328091;REFB=-0.00482436;REVB=-0.0265348;RO=84;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106111;STB=0.57402;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0199309;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:97:84:84:13:13:0.134021:6:7:38:46:6:7:38:46 chr7 100551711 . T C 319.21 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0513214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3344;QD=12.1605;RBI=0.0543929;REFB=0.00419408;REVB=-0.0180195;RO=65;SAF=16;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741751;STB=0.547594;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00670883;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:66:39:39:0.371429:23:16:31:34:23:16:32:34 chr7 100551719 . C T 106.52 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00659081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.822;QD=4.30378;RBI=0.00864848;REFB=-0.00422861;REVB=0.00559977;RO=80;SAF=11;SAR=7;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202161;STB=0.62528;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.021566;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:80:81:18:18:0.181818:7:11:36:44:7:11:37:44 chr7 100551729 . C T 81.85 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0197613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9374;QD=3.55861;RBI=0.0197613;REFB=-0.00404521;REVB=-1.56478e-06;RO=76;SAF=9;SAR=6;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174375;STB=0.62053;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0150055;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:92:76:77:15:15:0.163043:6:9:35:41:6:9:35:42 chr7 100551773 . C A 154.61 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.019394;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.245;QD=7.27585;RBI=0.0330312;REFB=-0.00857486;REVB=-0.0267383;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175573;STB=0.516114;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0285425;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:64:63:22:22:0.258824:10:12:35:29:10:12:33:30 chr7 100551778 . G A 166.41 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0250516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6992;QD=8.11743;RBI=0.0317722;REFB=-0.0198163;REVB=0.0195419;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778636;STB=0.551717;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0526927;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:58:59:23:23:0.280488:11:12:34:24:11:12:35:24 chr7 100551793 . G T 118.77 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0632649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5708;QD=6.50808;RBI=0.0748742;REFB=-0.00941701;REVB=-0.0400462;RO=55;SAF=11;SAR=7;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373339;STB=0.522954;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0334402;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:7:11:32:23:7:11:32:23 chr7 100551840 . T A 150.27 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0499929;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.655;QD=8.83914;RBI=0.0500158;REFB=-0.0448003;REVB=-0.0015109;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13081;STB=0.584057;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0351814;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:25:26:0.382353:9:16:22:20:9:17:22:20 chr7 100551842 . CT AT,TC 228.68 PASS AF=0.0684932,0.342466;AO=5,24;DP=75;FAO=5,25;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=1,17;FSAR=4,8;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0408021,0.0356324;FXX=0.0266631;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=66.5285,81.2955;QD=12.5306;RBI=0.0409022,0.0369421;REFB=-0.013619,-0.0232692;REVB=-0.00286037,-0.0097494;RO=42;SAF=1,17;SAR=4,7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409185,0.166232;STB=0.824169,0.568067;STBP=0.192,0.428;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0303209,0.0070803;OID=.,.;OPOS=100551842,100551842;OREF=C,CT;OALT=A,TC;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:73:42:43:5,24:5,25:0.0684932,0.342466:4,7:1,17:24:18:4,8:1,17:25:18 chr7 100551849 . A T 266.64 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00181713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.686;QD=13.8512;RBI=0.0117661;REFB=-0.0197385;REVB=-0.0116249;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503746;STB=0.51729;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0258915;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:46:30:31:0.402597:13:17:27:17:13:18:28:18 chr7 100552018 . T G 331.19 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0601531;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6596;QD=18.1472;RBI=0.0715544;REFB=-0.0191792;REVB=0.038751;RO=38;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109349;STB=0.560922;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0232811;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:16:19:25:13:16:19:25:13 chr7 100552020 . C T 343.22 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00698189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.93;QD=18.8066;RBI=0.0172461;REFB=-0.0171667;REVB=-0.0157696;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138384;STB=0.576762;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0275583;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:16:20:26:11:16:20:26:11 chr7 100552044 . T G 279.4 PASS AF=0.492063;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0248657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5179;QD=17.7397;RBI=0.0588424;REFB=-0.00859822;REVB=0.0533303;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131031;STB=0.555869;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0153365;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:29:31:0.492063:14:15:21:11:14:17:21:11 chr7 100552094 . G C 153.6 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0662647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0048;QD=11.5925;RBI=0.0812738;REFB=-0.00332524;REVB=-0.0470575;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876776;STB=0.539958;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00504067;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:9:10:20:13:9:10:20:14 chr7 100552117 . G T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00300878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.848;QD=15.1563;RBI=0.0107211;REFB=-0.034004;REVB=-0.0102903;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131686;STB=0.514694;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0401035;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:10:15:19:12:10:15:20:12 chr7 100552135 . T C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=28;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0366659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0138;QD=14.1185;RBI=0.0681161;REFB=0.00552209;REVB=-0.0574057;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109113;STB=0.540091;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00960374;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:28:27:0.415385:12:16:25:12:11:16:25:13 chr7 100552251 . T C 407.32 PASS AF=0.445545;AO=38;DP=93;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0121055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.39;QD=16.1315;RBI=0.012115;REFB=-0.0291962;REVB=0.000480271;RO=53;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100364;STB=0.551379;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0390945;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:53:56:38:45:0.445545:20:18:20:33:24:21:21:35 chr7 100552311 . C T 797.65 PASS AF=0.777778;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0509452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.176;QD=39.3901;RBI=0.0527301;REFB=-0.0202076;REVB=0.0136034;RO=18;SAF=25;SAR=38;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127677;STB=0.568161;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0040306;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:18:18:63:63:0.777778:38:25:2:16:38:25:2:16 chr7 100552338 . C T 466.19 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00526133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.416;QD=25.1995;RBI=0.00693829;REFB=-0.0101037;REVB=0.00452309;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12368;STB=0.567394;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00698935;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:27:17:7:23:27:17:7:23 chr7 100552358 . C G 447.5 PASS AF=0.617647;AO=41;DP=69;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.106336;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.557;QD=26.3236;RBI=0.10634;REFB=-0.0192579;REVB=0.000917954;RO=26;SAF=17;SAR=24;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108726;STB=0.554871;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0161334;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:26:26:41:42:0.617647:24:17:7:19:25:17:7:19 chr7 100552371 . C G 375.74 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00929147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.47;QD=20.8745;RBI=0.0107606;REFB=-0.0239009;REVB=0.0054277;RO=33;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234746;STB=0.504502;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0216651;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:22:16:13:20:22:16:14:20 chr7 100552384 . A G 365.99 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0365261;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.87;QD=21.2166;RBI=0.0438203;REFB=-0.0258035;REVB=0.0242088;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807739;STB=0.544704;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0122835;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:37:37:0.536232:22:15:16:16:22:15:16:16 chr7 100552390 . T C 322.85 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0204664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5607;QD=19.2747;RBI=0.0241428;REFB=-0.0060285;REVB=-0.0128064;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657832;STB=0.536607;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.011624;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:17:16:19:15:17:16 chr7 100552412 . T C 249.58 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.02288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.814;QD=18.4871;RBI=0.0254113;REFB=0.00429643;REVB=-0.0110561;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136717;STB=0.576217;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00448207;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:19:8:12:15:19:8 chr7 100552435 . TC AT 162.12 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0101379;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.196;QD=12.0089;RBI=0.0107064;REFB=-0.00210547;REVB=0.00344229;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611614;STB=0.535677;STBP=0.729;TYPE=mnp;VARB=0.00180388;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:5:15:24:10:5:15:24:10 chr7 100552440 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00389496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.676;QD=13.7844;RBI=0.00927289;REFB=-0.0103175;REVB=0.00841521;RO=32;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575651;STB=0.514273;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0148209;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:6:17:25:7:6:17:25:8 chr7 100552452 . T C 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=-0.0227198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.966;QD=2.66927;RBI=0.0416709;REFB=-0.007572;REVB=-0.0349325;RO=53;SAF=6;SAR=2;SRF=41;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391954;STB=0.510843;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0416301;OID=.;OPOS=100552452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:62:53:54:8:8:0.129032:2:6:41:12:2:6:41:13 chr7 100552535 . GT AC 428.87 PASS AF=0.525;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0410337;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.347;QD=21.4437;RBI=0.043475;REFB=0.0163197;REVB=0.0143634;RO=37;SAF=33;SAR=8;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126621;STB=0.566143;STBP=0.288;TYPE=mnp;VARB=-0.014444;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:37:38:41:42:0.525:8:33:26:11:9:33:26:12 chr7 100552549 . CT AC 404.7 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=84;FAO=39;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00790448;FXX=0.0238067;HRUN=5;LEN=2;MLLD=130.564;QD=19.7415;RBI=0.0179137;REFB=-0.00165377;REVB=0.0160755;RO=36;SAF=28;SAR=9;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717508;STB=0.562626;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.00345792;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:36:40:37:39:0.47561:9:28:25:11:9:30:27:13 chr7 100552644 . C A 307.56 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.974;QD=34.1731;RBI=0.00964742;REFB=-0.0507671;REVB=0.00964742;RO=8;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012901;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:8:10:26:26:0.722222:26:0:0:8:26:0:0:10 chr7 100552657 . A G 130.74 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0.0831162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.934;QD=13.7618;RBI=0.0882054;REFB=0.0120728;REVB=0.0295279;RO=22;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401412;STB=0.725314;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00270455;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:14:1:0:22:14:1:0:23 chr7 100552659 . T C 134.95 PASS AF=0.405405;AO=16;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=22;FWDB=-0.0707464;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.655;QD=14.5888;RBI=0.0728397;REFB=-0.0083271;REVB=-0.0173369;RO=17;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330552;STB=0.719825;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0426804;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:22:16:15:0.405405:15:1:0:17:14:1:0:22 chr7 100552673 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=-0.0755979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1761;QD=7.48158;RBI=0.08874;REFB=0.0271789;REVB=0.046473;RO=28;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105395;STB=0.5644;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0659294;OID=.;OPOS=100552673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:9:1:2:26:9:1:2:26 chr7 100552675 . C T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0352966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.14;QD=13.7531;RBI=0.0353569;REFB=0.00662419;REVB=0.00206377;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252227;STB=0.642057;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00745492;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:13:2:1:22:13:2:1:22 chr7 100552711 . T A 113.35 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00773337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.989;QD=11.0587;RBI=0.00786831;REFB=-0.0267208;REVB=-0.00145099;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459377;STB=0.517217;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0187723;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:13:14:0.341463:8:5:9:17:9:5:9:18 chr7 100552713 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0225376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2138;QD=12.2157;RBI=0.0364823;REFB=-0.0123318;REVB=0.0286882;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773426;STB=0.545395;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0111767;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:9:18:9:6:9:18 chr7 100552727 . G C 136.75 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0299138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.549;QD=11.6386;RBI=0.0299335;REFB=-0.00648978;REVB=-0.00108655;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104373;STB=0.577159;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0135774;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:31:15:16:0.340426:10:5:13:18:11:5:13:18 chr7 100552738 . CA TG 144.25 PASS AF=0.345455;AO=17;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00113428;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.309;QD=10.4912;RBI=0.00166166;REFB=-0.011797;REVB=-0.00121431;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141327;STB=0.533945;STBP=0.729;TYPE=mnp;VARB=0.0195678;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:17:19:0.345455:11:6:17:19:11:8:17:19 chr7 100552915 . A C 2143.1 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124131;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.323;QD=63.0323;RBI=0.0026454;REFB=0;REVB=-0.00233608;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79194e-06;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:74:61:0:0:74:62:0:0 chr7 100552978 . T C 292.73 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=120;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00457716;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.59;QD=9.92293;RBI=0.00462754;REFB=-0.00721397;REVB=0.000681012;RO=63;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155939;STB=0.558926;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00748672;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:63:80:38:38:0.322034:20:18:21:42:20:18:31:49 chr7 100552984 . T C 305.52 PASS AF=0.325203;AO=39;DP=122;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0123568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8506;QD=9.93571;RBI=0.0358606;REFB=0.000954464;REVB=0.0336645;RO=81;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107831;STB=0.560856;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0010294;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:81:83:39:40:0.325203:20:19:32:49:21:19:32:51 chr7 100553002 . A G 253.38 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.05016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.778;QD=9.84012;RBI=0.0589634;REFB=-0.00659749;REVB=-0.0309944;RO=70;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133448;STB=0.577469;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0184541;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:70:33:33:0.320388:17:16:26:44:17:16:26:44 chr7 100607851 . C G 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00994461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.852;QD=22.7217;RBI=0.0166367;REFB=0.00743245;REVB=0.0133373;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564622;STB=0.539543;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00678962;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:16:15:9:13:16:15:9:14 chr7 100607871 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0151925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.547;QD=23.9648;RBI=0.0158771;REFB=-0.0112461;REVB=0.00461196;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171299;STB=0.509546;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00871085;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:9:9:12:11:9:9 chr7 100608370 . A C 280.48 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00163712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.925;QD=16.7452;RBI=0.00957806;REFB=-0.0195514;REVB=-0.00943711;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253037;STB=0.521222;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0194242;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:31:31:0.462687:16:15:16:19:16:15:16:20 chr7 100608375 . G A 253.28 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0157426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.42;QD=15.5862;RBI=0.0182145;REFB=-0.00455936;REVB=0.00916179;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984594;STB=0.555518;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00552731;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:15:21:14:15:15:21 chr7 100608778 . TC CT 179.63 PASS AF=0.445946;AO=25;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0384199;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.611;QD=9.70962;RBI=0.0469249;REFB=-0.0440244;REVB=0.0269417;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101449;STB=0.558788;STBP=0.358;TYPE=mnp;VARB=0.0673479;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:41:25:33:0.445946:13:12:23:17:18:15:23:18 chr7 100608823 . G T 292.28 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0180415;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.422;QD=16.4663;RBI=0.0377705;REFB=-0.0173767;REVB=0.033183;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343732;STB=0.541567;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0139817;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:34:39:32:32:0.450704:18:14:15:19:18:14:20:19 chr7 100608826 . C G 246.05 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0131099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.212;QD=14.2639;RBI=0.0425654;REFB=-0.059675;REVB=0.0404962;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396924;STB=0.523349;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.105065;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:37:38:30:31:0.449275:15:15:20:17:16:15:20:18 chr7 100608868 . A G 192.34 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0389031;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.91;QD=13.7384;RBI=0.0389772;REFB=-0.0232551;REVB=-0.00240243;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157816;STB=0.608601;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0402931;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:33:22:23:0.410714:13:9:19:15:14:9:19:14 chr7 100608884 . G A 130.14 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00709306;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0408;QD=12.6968;RBI=0.0494233;REFB=-0.027494;REVB=0.0489117;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991377;STB=0.569487;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.048075;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:26:15:15:0.365854:8:7:14:11:8:7:15:11 chr7 100610069 . C T 571.65 PASS AF=0.810345;AO=46;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0138393;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.728;QD=39.4241;RBI=0.0138695;REFB=-0.0244678;REVB=-0.000915463;RO=11;SAF=21;SAR=25;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337593;STB=0.519932;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00848454;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:11:11:46:47:0.810345:25:21:4:7:25:22:4:7 chr7 100612898 . T C 97.39 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0212511;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.313;QD=7.63837;RBI=0.0243654;REFB=-0.00280537;REVB=-0.0119192;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227221;STB=0.587021;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00969504;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:51:51:31:38:12:13:0.254902:7:5:19:12:8:5:19:19 chr7 100612945 . C T 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0128151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.114;QD=7.86312;RBI=0.0212823;REFB=0.00238735;REVB=0.0169914;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070201;STB=0.543406;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00383899;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:15:19:6:6:15:19 chr7 100612952 . G A 80.3 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0474629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.963;QD=7.46986;RBI=0.0475457;REFB=-0.00516937;REVB=0.00280511;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585186;STB=0.536415;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0291531;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:13:19:6:5:13:19 chr7 100612955 . A ACTG 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0159016;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.075;QD=3.93887;RBI=0.0198972;REFB=-0.00545623;REVB=-0.0119599;RO=36;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435682;STB=0.802185;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.0278597;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:7:43:7:42:35:1:6:16:19:41:36:1:6:17:19 chr7 100612961 . G C 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.046059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.856;QD=4.55467;RBI=0.0507733;REFB=0.00202;REVB=-0.0213658;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375915;STB=0.763832;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0266143;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:12:18:6:1:12:18 chr7 100612969 . A G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0206316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.139;QD=4.55548;RBI=0.0327747;REFB=-0.0048156;REVB=-0.025466;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375915;STB=0.763832;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0244886;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:12:18:6:1:12:18 chr7 100615387 . C T 106.87 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0686222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6108;QD=6.78526;RBI=0.0716613;REFB=-0.00312985;REVB=0.0206479;RO=47;SAF=3;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481592;STB=0.797164;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00679207;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:13:3:27:20:13:3:27:20 chr7 100615445 . A G 53.22 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00129759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.315;QD=3.80176;RBI=0.0307032;REFB=-0.0113758;REVB=-0.0306758;RO=47;SAF=2;SAR=7;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425026;STB=0.789253;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.059306;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:7:2:27:20:7:2:27:20 chr7 100624718 . G C 838.41 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0584344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.152;QD=53.2324;RBI=0.104847;REFB=-0.142527;REVB=0.0870531;RO=3;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287393;STB=0.504145;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00768726;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:3:2:60:61:0.968254:22:38:1:2:23:38:1:1 chr7 100634476 . C G 445.67 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6782;QD=57.5057;RBI=0.21103;REFB=0;REVB=0.0570169;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511701;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:1:0:29:31:1:13:16:1:0:13:18:0:0 chr7 100634640 . T G 362.8 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0426627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.5;QD=45.3503;RBI=0.0481856;REFB=-0.103594;REVB=0.0223996;RO=3;SAF=17;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753285;STB=0.552595;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00153527;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:3:4:28:28:0.875:11:17:3:0:11:17:4:0 chr7 100634921 . AG GA 45.12 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0335898;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=59.6772;QD=7.84616;RBI=0.0392034;REFB=-0.0163603;REVB=0.0202146;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536842;STB=0.823432;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.0545905;OID=.;OPOS=100634921;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:13:3:5:2:13:3 chr7 100634933 . G C 46.13 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0275319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.347;QD=9.22571;RBI=0.0834879;REFB=-0.0660266;REVB=-0.0788177;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478256;STB=0.788742;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.040062;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:10:3:5:2:10:3 chr7 100634964 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.41;QD=52.6132;RBI=0.0375731;REFB=0;REVB=-0.00197194;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184153;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr7 100635375 . A C 538.24 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.38;QD=59.8039;RBI=0.110242;REFB=0;REVB=-0.000781181;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325715;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:21:12:0:0:21:15:0:0 chr7 100635591 . C A 713.82 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0469395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.864;QD=60.7508;RBI=0.0515601;REFB=-0.130764;REVB=0.0213336;RO=1;SAF=4;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116043;STB=0.50588;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00377288;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:44:46:0.978723:40:4:0:1:42:4:0:1 chr7 100635661 . T C 834.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.081;QD=57.5312;RBI=0.032404;REFB=0;REVB=0.031408;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05185e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr7 100635679 . C G 964.62 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0484911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.572;QD=55.92;RBI=0.0638174;REFB=-0.0855548;REVB=0.0414883;RO=1;SAF=23;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201005;STB=0.50502;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00102438;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:44:23:1:0:44:23:1:1 chr7 100635971 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0252933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1524;QD=11.8142;RBI=0.0258986;REFB=0.0168981;REVB=0.00556641;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341313;STB=0.707231;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0438444;OID=.;OPOS=100635971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:9:14:11:2:9:14 chr7 100638856 . A G 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0926;QD=60.2005;RBI=0.0418209;REFB=0;REVB=0.0363775;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417546;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr7 100639012 . C T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0694;QD=59.4285;RBI=0.202602;REFB=0;REVB=0.0376461;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233962;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 100639040 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.605;QD=51.1846;RBI=0.0716467;REFB=0;REVB=0.0161471;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391577;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr7 100639049 . G C 207.03 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9961;QD=48.7131;RBI=0.0704075;REFB=0;REVB=-0.0147139;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114717;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:10:7:0:0 chr7 100639054 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.024;QD=48.7373;RBI=0.0179731;REFB=0;REVB=0.00559734;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47907e-05;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr7 100639066 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.854;QD=46.848;RBI=0.0704338;REFB=0;REVB=0.0321888;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354333;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr7 100643388 . G C 31.31 PASS AF=0.0677966;AO=12;DP=179;FAO=12;FDP=177;FR=.;FRO=165;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=107;FWDB=-0.0225977;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.721;QD=0.707662;RBI=0.056104;REFB=-0.00385966;REVB=-0.0513518;RO=166;SAF=5;SAR=7;SRF=57;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842018;STB=0.563696;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.050464;OID=.;OPOS=100643388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:179:177:166:165:12:12:0.0677966:7:5:57:109:7:5:58:107 chr7 100643477 . A C 343.24 PASS AF=0.21673;AO=57;DP=266;FAO=57;FDP=263;FR=.;FRO=206;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=99;FSRR=107;FWDB=-0.0111773;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.128;QD=5.22036;RBI=0.0280719;REFB=-0.00729617;REVB=-0.0257508;RO=201;SAF=29;SAR=28;SRF=95;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046132;STB=0.522062;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0284024;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:263:201:206:57:57:0.21673:28:29:95:106:28:29:99:107 chr7 100643832 . C G 130.45 PASS AF=0.191667;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.0974123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1047;QD=4.34847;RBI=0.0997116;REFB=-0.00327591;REVB=0.0212899;RO=97;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107228;STB=0.50681;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.013965;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:97:23:23:0.191667:15:8:33:64:15:8:33:64 chr7 100643843 . G A 168.77 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=55;FWDB=-0.0665912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.676;QD=6.88863;RBI=0.0708045;REFB=-0.00441728;REVB=-0.0240602;RO=71;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117068;STB=0.567947;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0130179;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:71:74:24:24:0.244898:16:8:18:53:16:8:19:55 chr7 100643876 . C T 122.66 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=49;FWDB=0.0381094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1747;QD=5.84085;RBI=0.0413068;REFB=-0.000351662;REVB=0.015935;RO=65;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176079;STB=0.607295;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00365427;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:12:7:16:49:12:7:16:49 chr7 100647819 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.579;QD=59.018;RBI=0.0749562;REFB=0;REVB=0.0734342;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398758;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 100647875 . C A 610.44 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0334627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.959;QD=56.785;RBI=0.0348608;REFB=-0.084752;REVB=0.00977347;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046837;STB=0.524988;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00515503;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:40:41:0.953488:21:19:2:0:22:19:2:0 chr7 100647920 . A C 601.18 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9677;QD=58.6521;RBI=0.0430866;REFB=-0.142499;REVB=-0.0183236;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00496028;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr7 100648029 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.935;QD=53.9112;RBI=0.0598823;REFB=0;REVB=-0.0560809;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052396;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr7 100648117 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7803;QD=43.482;RBI=0.0358285;REFB=0;REVB=0.0140578;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132151;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr7 100675976 . G A 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0182929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.245;QD=6.68536;RBI=0.0201565;REFB=-0.00824772;REVB=-0.00846489;RO=45;SAF=11;SAR=4;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126551;STB=0.578837;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0266677;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:4:11:29:16:4:11:29:16 chr7 100677642 . C T 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00994468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.169;QD=25.8138;RBI=0.0157332;REFB=-0.0154983;REVB=0.0121916;RO=20;SAF=21;SAR=6;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149684;STB=0.582035;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0136521;OID=.;OPOS=100677642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:6:21:18:2:6:21:18:2 chr7 100678086 . T C 726.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2875;QD=63.2134;RBI=0.0245517;REFB=0;REVB=-0.00453469;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279928;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr7 100681359 . C G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0207581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6692;QD=17.6435;RBI=0.024535;REFB=-0.00360521;REVB=0.0130793;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286547;STB=0.666296;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00809605;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:2:5:3:6:2:5 chr7 100681762 . A G 174.31 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00636316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.64;QD=11.6204;RBI=0.0242187;REFB=-0.0219349;REVB=-0.0233678;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152646;STB=0.588703;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0444033;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:14:8:19:19:14:8:19:19 chr7 100692680 . T G 242.16 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0113944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.113;QD=9.4043;RBI=0.0114053;REFB=-0.00211801;REVB=-0.000499944;RO=70;SAF=15;SAR=17;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103399;STB=0.555319;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0063522;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:71:32:32:0.31068:17:15:39:31:17:15:39:32 chr7 100701610 . T A 99.85 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00964949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.098;QD=15.3611;RBI=0.0416529;REFB=-0.00192425;REVB=-0.0405197;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428589;STB=0.524957;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0019018;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:10:4:3:9:10:4 chr7 100731829 . T C 338.11 PASS AF=0.375;AO=40;DP=110;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.026054;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.051;QD=12.0753;RBI=0.0267075;REFB=-0.0279028;REVB=0.00587218;RO=67;SAF=24;SAR=16;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0446872;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:67:70:40:42:0.375:16:24:37:30:18:24:40:30 chr7 100780277 . T TC 44.63 PASS AF=0.366667;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0225075;FXX=0.0624805;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.7832;QD=5.95073;RBI=0.0886882;REFB=-0.0298723;REVB=-0.0857846;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690072;STB=0.91882;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=-0.0425048;OID=.;OPOS=100780278;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:9:32:11:30:19:1:10:15:4:44:19:1:8:15:4 chr7 100817901 . A G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.894;QD=56.417;RBI=0.0357681;REFB=-0.0120943;REVB=0.00255542;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000216596;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:1:0:36:26:1:0 chr7 100845051 . C T 1409.62 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.116857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.3859;QD=58.734;RBI=0.135516;REFB=-0.0732843;REVB=0.0686228;RO=1;SAF=60;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783573;STB=0.507811;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00721068;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:96:1:2:91:94:0.979167:31:60:1:0:31:63:2:0 chr7 100850135 . C T 945.15 PASS AF=0.633588;AO=82;DP=132;FAO=83;FDP=131;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0341447;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.05;QD=28.8595;RBI=0.035802;REFB=-0.0494756;REVB=-0.0107668;RO=47;SAF=43;SAR=39;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166194;STB=0.586753;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0332336;OID=.;OPOS=100850135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:47:48:82:83:0.633588:39:43:13:34:39:44:14:34 chr7 100953879 . G A 359.98 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0145585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.471;QD=18.9464;RBI=0.0730944;REFB=-0.00380137;REVB=-0.0716299;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508669;STB=0.527844;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00367936;OID=.;OPOS=100953879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:37:38:0.5:23:14:16:21:24:14:16:22 chr7 101006376 . C T 347.51 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0682528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.932;QD=51.4834;RBI=0.0798448;REFB=-0.104041;REVB=0.0414337;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00167738;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr7 101200669 . A AG,G 1046.37 PASS AF=0.986842,0.0131579;AO=67,4;DP=82;FAO=75,1;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136025,-0.016876;FXX=0.0617208;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.4238,227.002;QD=55.0721;RBI=0.114989,0.0296625;REFB=0,0;REVB=-0.114182,-0.0243939;RO=7;SAF=39,4;SAR=28,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.104564,0.819748;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00495883,0.0412692;OID=.,.;OPOS=101200670,101200669;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:76:7:0:67,4:75,1:0.986842,0.0131579:28,0:39,4:0:7:33,0:42,1:0:0 chr7 101200727 . G A 450.57 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0209879;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.831;QD=21.2034;RBI=0.0292868;REFB=-0.0293743;REVB=-0.0204261;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105184;STB=0.550756;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0250949;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:41:43:44:0.517647:19:24:17:22:19:25:19:22 chr7 101201195 . C T 238.45 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0040529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.196;QD=14.0263;RBI=0.00770034;REFB=-0.0148611;REVB=0.00654746;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153836;STB=0.579276;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0230702;OID=.;OPOS=101201195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:13:15:15:24:13:15:16:24 chr7 101575894 . C T 498.16 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00342051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.374;QD=16.7449;RBI=0.0302378;REFB=-0.0245061;REVB=-0.0300437;RO=62;SAF=27;SAR=27;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154954;STB=0.5126;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0169135;OID=.;OPOS=101575894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:65:54:54:0.453782:27:27:32:30:27:27:34:31 chr7 101892833 . C T 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7443;QD=61.5336;RBI=0.0304271;REFB=0;REVB=0.0112873;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262047;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr7 101916647 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0176742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.628;QD=18.1541;RBI=0.0541026;REFB=0.00342158;REVB=-0.0511343;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24053;STB=0.637447;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00301877;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:6:15:12:13:6:15:12:13 chr7 101928495 . G C 937.53 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07635;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.482;QD=58.5958;RBI=0.0789507;REFB=0;REVB=0.0200971;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143211;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:61:64:1:39:22:0:0:39:25:0:0 chr7 102038153 . CTGTG CG,C 280.89 PASS AF=0,1;AO=3,14;DP=23;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238215,0.0243857;FXX=0.124948;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=156.437,179.106;QD=53.5029;RBI=0.0380687,0.0609663;REFB=0,0;REVB=0.0296945,0.0558769;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000864022;OID=.,.;OPOS=102038154,102038154;OREF=TGT,TGTG;OALT=-,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,14:23:0,21:21:0:0,13:0,8:0:0:3:0:0,11:3,3:0:0 chr7 102063527 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3518;QD=55.6558;RBI=0.0518519;REFB=0;REVB=0.00449984;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407854;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr7 102065651 . C T 126.87 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0241917;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.184;QD=10.7974;RBI=0.0242797;REFB=-0.0280771;REVB=-0.00206567;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696487;STB=0.541493;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.043453;OID=.;OPOS=102065651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:19:13:7:8:19:13 chr7 102066539 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.28;QD=39.2066;RBI=0.0749786;REFB=0;REVB=0.0698794;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103098;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 102107848 . C T 820.16 PASS AF=0.690722;AO=66;DP=96;FAO=67;FDP=97;FR=.;FRO=30;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0106903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.303;QD=33.8212;RBI=0.0107854;REFB=-0.0391443;REVB=-0.00142932;RO=29;SAF=39;SAR=27;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821684;STB=0.536239;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0151412;OID=.;OPOS=102107848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:29:30:66:67:0.690722:27:39:13:16:28:39:14:16 chr7 102111936 . G A 267.23 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0146943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.997;QD=11.2516;RBI=0.0297127;REFB=-0.0111292;REVB=-0.0258249;RO=61;SAF=12;SAR=20;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224767;STB=0.62984;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0260411;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:63:32:32:0.336842:20:12:35:26:20:12:36:27 chr7 102112704 . G A 352.08 PASS AF=0.476744;AO=33;DP=79;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.0178664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2488;QD=16.376;RBI=0.120001;REFB=-0.058672;REVB=0.118663;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220603;STB=0.651734;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0785972;OID=.;OPOS=102112704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:45:45:33:41:0.476744:13:20:36:9:20:21:36:9 chr7 102112980 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.288;QD=45.8058;RBI=0.0917861;REFB=0;REVB=0.0915893;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012152;OID=.;OPOS=102112980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr7 102119322 . T C 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.275;QD=59.418;RBI=0.0324865;REFB=-0.016687;REVB=0.0244711;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.507933;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000269243;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:31:11:0:0:31:11:0:1 chr7 102212939 . G C 203.72 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.034743;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6217;QD=16.63;RBI=0.0362585;REFB=-0.0249812;REVB=0.0103732;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219375;STB=0.616329;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0407608;OID=.;OPOS=102212939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:27:22:22:0.44898:7:15:12:14:7:15:13:14 chr7 102319015 . G T 190.71 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0218956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.572;QD=15.2565;RBI=0.0219185;REFB=-0.000314349;REVB=-0.00100222;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265056;STB=0.62783;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00096564;OID=.;OPOS=102319015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:11:9:20:8:11:9:20:10 chr7 102389833 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.562;QD=46.848;RBI=0.044298;REFB=0;REVB=0.0354927;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239732;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr7 102417753 . T G 45.09 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00192794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.546;QD=2.65207;RBI=0.015872;REFB=-0.00323181;REVB=0.0157545;RO=59;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355139;STB=0.75617;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0551951;OID=.;OPOS=102417753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:2:7:29:30:2:7:29:30 chr7 102462549 . G A 1165.96 PASS AF=0.572193;AO=107;DP=187;FAO=107;FDP=187;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0180523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.39;QD=24.9404;RBI=0.0189312;REFB=-0.0106375;REVB=-0.00570156;RO=80;SAF=45;SAR=62;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131704;STB=0.571587;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00727393;OID=.;OPOS=102462549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:80:80:107:107:0.572193:62:45:47:33:62:45:47:33 chr7 102574999 . TGAA TAAT,T 747.15 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=3,49;DP=55;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916656,-0.01504;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=79.9815,231.556;QD=56.3889;RBI=0.0567293,0.0510124;REFB=0,0;REVB=0.0559838,0.0487449;RO=0;SAF=2,27;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.073665,0.000247601;OID=.,.;OPOS=102575000,102575000;OREF=GAA,GAA;OALT=AAT,-;OMAPALT=TAAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:3,49:55:1,52:53:0:0,29:1,23:0:0:4:0:2,27:1,22:0:0 chr7 102668001 . A C 887.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182752;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.972;QD=58.1786;RBI=0.020814;REFB=0;REVB=0.0099619;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101792;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr7 102740683 . G A 781.8 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00587976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.042;QD=52.12;RBI=0.0331006;REFB=-0.0373193;REVB=-0.0325742;RO=3;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148779;STB=0.507897;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000126108;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:29:28:1:2:29:28:1:2 chr7 102742144 . C T 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.516;QD=64.1489;RBI=0.0180327;REFB=0;REVB=-0.00892112;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119611;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr7 102743893 . C T 821.86 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259312;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5517;QD=57.6742;RBI=0.0316177;REFB=0;REVB=0.0180902;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660652;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr7 102948040 . T C 897.6 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0217665;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.655;QD=55.2368;RBI=0.0219168;REFB=-0.153706;REVB=-0.00256233;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.515147;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00056923;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:1:2:61:63:0.969231:29:32:1:0:31:32:2:0 chr7 102952651 . T C 755.77 PASS AF=0.608696;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0142164;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.003;QD=26.2875;RBI=0.0198052;REFB=-0.0217335;REVB=0.0137892;RO=45;SAF=33;SAR=37;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09243;STB=0.550172;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0164807;OID=.;OPOS=102952651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:45:45:70:70:0.608696:37:33:27:18:37:33:27:18 chr7 103007949 . A C 1513.82 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.86;QD=59.9532;RBI=0.0312859;REFB=0;REVB=0.0300303;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90921e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:40:60:0:0:41:60:0:0 chr7 103073964 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00394431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.572;QD=25.3669;RBI=0.0235151;REFB=-0.0237384;REVB=0.023182;RO=14;SAF=6;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177985;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:15:6:4:10:15:6:4:10 chr7 103073979 . G C 263.73 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0154485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0243;QD=26.3726;RBI=0.017497;REFB=-0.0145603;REVB=-0.00821526;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109758;STB=0.570119;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0103541;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:14:10:4:11:14:10:4:12 chr7 103073993 . T C 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0416642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.671;QD=24.4918;RBI=0.0437239;REFB=-0.0230397;REVB=-0.013262;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210526;STB=0.616518;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0268287;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:3:12:11:10:3:12 chr7 103124785 . T C 239.92 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.01336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.021;QD=14.3238;RBI=0.0187568;REFB=-0.0182537;REVB=0.0131654;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226484;STB=0.607765;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0163511;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:39:28:28:0.41791:18:10:21:15:18:10:21:18 chr7 103155705 . A G 369.28 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00192773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.667;QD=25.0359;RBI=0.0210614;REFB=-0.00348645;REVB=-0.020973;RO=23;SAF=22;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157918;STB=0.586618;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00196593;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:14:22:9:14:14:22:9:14 chr7 103180872 . A G 289.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.000582408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.6;QD=18.9944;RBI=0.00566379;REFB=-0.0179374;REVB=-0.00563376;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159237;STB=0.588611;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0184706;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:19:11:17:14:19:11 chr7 103389954 . A G 249.8 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.076982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.278;QD=14.4812;RBI=0.0770099;REFB=-0.0270854;REVB=0.00207123;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628846;STB=0.573084;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0385379;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:38:40:28:29:0.42029:13:15:18:20:13:16:17:23 chr7 104263425 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.239;QD=53.2752;RBI=0.0713548;REFB=0;REVB=-0.00311603;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299113;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr7 104536783 . C T 406.82 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0445352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.101;QD=30.7034;RBI=0.0473885;REFB=-0.0376028;REVB=0.0161952;RO=16;SAF=11;SAR=26;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121291;STB=0.56552;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0161522;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:26:11:2:14:26:11:2:14 chr7 104758250 . T C 402.48 PASS AF=0.363636;AO=47;DP=130;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0379624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1472;QD=12.1963;RBI=0.0695374;REFB=-0.00411741;REVB=-0.0582607;RO=83;SAF=32;SAR=15;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124463;STB=0.565189;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00804754;OID=.;OPOS=104758250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:83:84:47:48:0.363636:15:32:48:35:16:32:48:36 chr7 104785779 . T G 289.23 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.723;QD=52.5864;RBI=0.0144143;REFB=0;REVB=-0.0113754;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6082e-06;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr7 105103134 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00206053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.8;QD=16.4079;RBI=0.00599598;REFB=-0.0140673;REVB=0.00563081;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207726;STB=0.618934;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0180343;OID=.;OPOS=105103134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:17:12:13:8:17:12 chr7 105246821 . C T 76.33 PASS AF=0.75;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0775696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.606;QD=25.443;RBI=0.0796355;REFB=-0.0790191;REVB=-0.0180212;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.615147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00242388;OID=.;OPOS=105246821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:2:3:7:9:0.75:3:4:2:0:4:5:3:0 chr7 105671267 . T C 359.66 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.0348256;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.172;QD=12.8449;RBI=0.0350499;REFB=-0.00780182;REVB=-0.0039587;RO=69;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186199;STB=0.510575;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00991606;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:28:15:23:46:28:15:23:46 chr7 105848638 . T C 215.43 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00836348;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.49;QD=20.04;RBI=0.0300211;REFB=-0.0473874;REVB=-0.0288326;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211772;STB=0.620317;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0417019;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:11:11:6:15:11:11 chr7 105903904 . T C 2021.29 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00368328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3423;QD=59.8901;RBI=0.0372172;REFB=-0.0944302;REVB=0.0370345;RO=3;SAF=66;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703679;STB=0.503703;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00818184;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:3:3:132:132:0.977778:66:66:1:2:66:66:1:2 chr7 106508978 . A G 3515.58 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000121861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.707;QD=62.7782;RBI=0.017698;REFB=0;REVB=-0.0176976;RO=0;SAF=118;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07207e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:106:118:0:0:106:118:0:0 chr7 106508987 . T C,G 3598.52 PASS AF=0.957082,0.0429185;AO=221,12;DP=233;FAO=223,10;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=113,7;FSAR=110,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379872,-0.000929328;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.4007,82.5213;QD=61.7771;RBI=0.038585,0.0306668;REFB=0,0;REVB=0.00676566,-0.0306527;RO=0;SAF=113,7;SAR=108,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.4721e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00311352,0.221278;OID=.,.;OPOS=106508987,106508987;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:233:233:0:0:221,12:223,10:0.957082,0.0429185:108,5:113,7:0:0:110,3:113,7:0:0 chr7 106513011 . C T 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0130088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.516;QD=13.3677;RBI=0.0155849;REFB=-0.0123888;REVB=-0.00858269;RO=55;SAF=10;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264441;STB=0.651718;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0214377;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:24:10:29:26:24:10:29:26 chr7 106799997 . G A 186.89 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.015195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.148;QD=27.6874;RBI=0.07146;REFB=-0.0366532;REVB=0.0698258;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861345;STB=0.537774;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0145656;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:27:9:9:17:18:0.666667:9:8:3:6:10:8:3:6 chr7 106842683 . A ATCTT,ATCTTT 316.16 PASS AF=0.595745,0;AO=22,5;DP=47;FAO=28,0;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00757099,-0.00343119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=191.301,188.607;QD=26.9071;RBI=0.0322638,0.0295398;REFB=-0.0020468,0.00112522;REVB=-0.0313629,-0.0293398;RO=19;SAF=14,0;SAR=8,5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.222932,-0.654971;STB=0.567275,0.5;STBP=0.279,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00631189,0.033319;OID=.,.;OPOS=106842684,106842684;OREF=-,-;OALT=TCTT,TCTTT;OMAPALT=ATCTT,ATCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595745,0:22,5:47:28,0:47:19:15,0:13,0:7:12:99:19:14,0:8,5:7:12 chr7 106897237 . A C 392.1 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0282269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1907;QD=14.658;RBI=0.0552681;REFB=-0.00213994;REVB=0.0475164;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138925;STB=0.577948;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0039031;OID=.;OPOS=106897237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:23:22:22:40:23:22:22:40 chr7 107002806 . A G 621.09 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00207321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6553;QD=22.7921;RBI=0.00396506;REFB=-0.00988366;REVB=0.00337986;RO=48;SAF=29;SAR=32;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103343;STB=0.556503;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00511031;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:32:29:29:19:32:29:29:19 chr7 107208250 . T C 877.82 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.182;QD=57.562;RBI=0.0573567;REFB=0;REVB=0.00991946;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147243;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:51:61:1:24:27:0:0:27:34:0:0 chr7 107259721 . T C 953.74 PASS AF=0.572327;AO=91;DP=159;FAO=91;FDP=159;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0204884;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5254;QD=23.9934;RBI=0.0467425;REFB=-0.0138921;REVB=0.042013;RO=67;SAF=42;SAR=49;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461194;STB=0.527853;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00969025;OID=.;OPOS=107259721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:67:68:91:91:0.572327:49:42:27:40:49:42:27:41 chr7 107414419 . A G 1038.2 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0148625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.63;QD=54.6421;RBI=0.0283394;REFB=-0.0205184;REVB=0.0241295;RO=3;SAF=34;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143979;STB=0.507957;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000378417;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:76:3:3:71:73:0.960526:37:34:2:1:39:34:2:1 chr7 107559911 . G A 1147.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6047;QD=60.3993;RBI=0.0179558;REFB=0;REVB=-0.0174545;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105519;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr7 107593989 . T C 358.38 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.583;QD=55.135;RBI=0.0404691;REFB=0;REVB=0.0383739;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241171;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr7 107696163 . G A 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.000887876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147;QD=8.96079;RBI=0.0192965;REFB=-0.00572551;REVB=-0.019276;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167898;STB=0.599886;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0195059;OID=.;OPOS=107696163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:8:9:15:24:8:9:15:24 chr7 107746432 . G A 158.48 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00426268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.922;QD=8.23245;RBI=0.0101604;REFB=-0.00352701;REVB=-0.00922293;RO=55;SAF=9;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771957;STB=0.546176;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0070736;OID=.;OPOS=107746432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:13:9:26:29:13:9:26:29 chr7 107800936 . C T 229.86 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0072953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.187;QD=14.1451;RBI=0.017535;REFB=-0.0163102;REVB=-0.0159454;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512257;STB=0.547044;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0272426;OID=.;OPOS=107800936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:26:27:0.415385:10:16:21:16:10:17:21:17 chr7 107818851 . T C 209.31 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0426129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.504;QD=13.7249;RBI=0.0427758;REFB=-0.014958;REVB=0.00372978;RO=36;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175972;STB=0.57948;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0211012;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:17:7:16:20:17:8:16:20 chr7 107824678 . A G 462.46 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=99;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0321715;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.823;QD=18.1358;RBI=0.0468099;REFB=-0.0366486;REVB=0.0340023;RO=52;SAF=29;SAR=18;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017658;STB=0.505577;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0374016;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:52:53:47:49:0.480392:18:29:33:19:18:31:33:20 chr7 107824889 . C G 201.7 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0303563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.159;QD=23.0516;RBI=0.0314675;REFB=-0.0358443;REVB=-0.0082885;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059041;STB=0.548969;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0432669;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:15:18:20:0.571429:6:12:9:6:6:14:9:6 chr7 107834613 . G C 442.58 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0678858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.24;QD=22.6962;RBI=0.069138;REFB=-0.00786286;REVB=0.0130991;RO=34;SAF=12;SAR=31;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19807;STB=0.617472;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00560496;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:35:43:43:0.551282:31:12:17:17:31:12:18:17 chr7 107834734 . C T 458.6 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0133907;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.858;QD=18.3441;RBI=0.0173488;REFB=-0.027946;REVB=-0.0110303;RO=51;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118434;STB=0.575074;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0201139;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:52:47:48:0.48:19:28:24:27:19:29:24:28 chr7 107838464 . G T 444.36 PASS AF=0.5;AO=45;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0308264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.041;QD=20.1981;RBI=0.100677;REFB=-0.0255964;REVB=-0.0958414;RO=43;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184253;STB=0.590869;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0284571;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:45:44:0.5:23:22:30:13:22:22:30:14 chr7 107849908 . G A 484.14 PASS AF=0.495146;AO=37;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00165074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.591;QD=18.8017;RBI=0.0458947;REFB=-0.0106191;REVB=-0.045865;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133325;STB=0.51465;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.015669;OID=.;OPOS=107849908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:52:37:51:0.495146:18:19:23:23:26:25:27:25 chr7 107849909 . T A 52.33 PASS AF=0.11215;AO=11;DP=102;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.00668256;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.817;QD=1.95609;RBI=0.00671407;REFB=-0.00315588;REVB=-0.000649795;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738307;STB=0.513995;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0106688;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:102:107:91:95:11:12:0.11215:6:5:47:44:6:6:49:46 chr7 107875170 . T C 593.94 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00470726;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.865;QD=30.0729;RBI=0.00503458;REFB=0.00400198;REVB=0.00178569;RO=26;SAF=22;SAR=30;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953549;STB=0.545705;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00172869;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:26:27:52:52:0.658228:30:22:15:11:30:22:15:12 chr7 108212353 . G A 1460.14 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0477405;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.563;QD=62.1334;RBI=0.0505486;REFB=-0.00917409;REVB=0.0166134;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106533;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=6.67482e-05;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:49:44:1:0:49:44:1:0 chr7 111617088 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0324664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.83;QD=23.5276;RBI=0.0378111;REFB=-0.00511126;REVB=0.0193808;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116645;STB=0.591977;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00354731;OID=.;OPOS=111617088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:15:20:20:0.571429:11:9:8:5:11:9:10:5 chr7 112097121 . C T 401.89 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00274506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.364;QD=14.7484;RBI=0.0126568;REFB=-0.018572;REVB=-0.0123555;RO=62;SAF=20;SAR=25;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432166;STB=0.513024;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0239581;OID=.;OPOS=112097121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:62:63:45:46:0.422018:25:20:25:37:26:20:26:37 chr7 112107999 . T C 362.18 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00739391;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0538;QD=19.8454;RBI=0.0203367;REFB=0.0175865;REVB=0.018945;RO=33;SAF=25;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1142;STB=0.56448;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0161823;OID=.;OPOS=112107999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:36:36:37:0.506849:11:25:19:14:12:25:20:16 chr7 112722278 . A AC,C 566.24 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=8,24;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427118,0.0484079;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=120.052,125.164;QD=58.0763;RBI=0.0431428,0.0484094;REFB=0,0;REVB=-0.00608264,-0.000381099;RO=0;SAF=2,7;SAR=6,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.071103,0.00163226;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:39:39:0:0:8,24:1,38:0.025641,0.974359:6,17:2,7:0:0:1,25:0,13:0:0 chr7 112724417 . A G 1134.53 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3405;QD=60.5083;RBI=0.0624918;REFB=0;REVB=0.0219254;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433661;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:42:33:0:0 chr7 112724525 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.704;QD=56.9554;RBI=0.0337572;REFB=0;REVB=0.0150885;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98763e-05;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr7 113518262 . C T 699.51 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0189504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.705;QD=25.4367;RBI=0.039005;REFB=-0.017941;REVB=-0.0340921;RO=44;SAF=35;SAR=31;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223277;STB=0.512144;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0126009;OID=.;OPOS=113518262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:31:35:22:22:31:35:22:22 chr7 113518434 . C A 93.92 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0188053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0426;QD=10.1534;RBI=0.0596677;REFB=-0.0425938;REVB=-0.0566268;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239511;STB=0.645893;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0352471;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:11:14:9:3:11:14 chr7 113518502 . A T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.808;QD=58.5993;RBI=0.0135157;REFB=0;REVB=-0.00992874;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53597e-07;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr7 113518600 . T C 497.46 PASS AF=0.51;AO=47;DP=97;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0432623;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.346;QD=19.8983;RBI=0.0482759;REFB=-0.0163519;REVB=0.0214228;RO=48;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236204;STB=0.63603;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0096767;OID=.;OPOS=113518600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:48:49:47:51:0.51:28:19:32:16:31:20:33:16 chr7 113519719 . A T 1795.12 PASS AF=1;AO=101;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154587;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.888;QD=60.8514;RBI=0.0479945;REFB=0;REVB=0.0454368;RO=0;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426043;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:101:118:1:37:64:0:0:45:73:0:0 chr7 113519796 . C T 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6776;QD=56.9966;RBI=0.0270695;REFB=0;REVB=-0.0250992;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46452e-05;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr7 114296545 . A C 594.2 PASS AF=0.568421;AO=53;DP=93;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00327986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3139;QD=25.019;RBI=0.0156874;REFB=-0.0187698;REVB=-0.0153407;RO=39;SAF=22;SAR=31;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568717;STB=0.527076;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0130134;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:39:41:53:54:0.568421:31:22:19:20:31:23:20:21 chr7 114296590 . A C 158.21 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=65;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0717554;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.903;QD=10.2073;RBI=0.0719825;REFB=-0.00791772;REVB=-0.00571254;RO=40;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184381;STB=0.520389;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00908448;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:40:40:20:22:0.354839:17:3:10:30:17:5:10:30 chr7 114619598 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.686;QD=57.2026;RBI=0.0402812;REFB=0;REVB=0.0324056;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131787;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr7 115578124 . G T 159.24 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.010911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.366;QD=8.38077;RBI=0.0376426;REFB=-0.00829453;REVB=-0.0360266;RO=53;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146164;STB=0.592024;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0214498;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:11:11:20:33:11:11:20:34 chr7 115889369 . G T 586.1 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0601874;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4271;QD=16.3945;RBI=0.0608967;REFB=0.000675642;REVB=-0.00926732;RO=81;SAF=37;SAR=25;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933568;STB=0.552222;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00192052;OID=.;OPOS=115889369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:81:62:62:0.433566:25:37:41:40:25:37:41:40 chr7 115892650 . T G 510.21 PASS AF=0.5;AO=48;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0309694;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.363;QD=20.825;RBI=0.0319444;REFB=-0.00526686;REVB=0.00783212;RO=49;SAF=16;SAR=32;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169441;STB=0.58533;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00453307;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:48:49:0.5:32:16:25:24:32:17:25:24 chr7 115897392 . G C 639.57 PASS AF=0.592233;AO=61;DP=103;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0218536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.119;QD=24.8376;RBI=0.0238323;REFB=-0.0313909;REVB=-0.00950782;RO=42;SAF=37;SAR=24;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997101;STB=0.554379;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0195667;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:42:61:61:0.592233:24:37:20:22:24:37:20:22 chr7 116165360 . A C 247.81 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0226988;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.797;QD=18.7023;RBI=0.0395896;REFB=-0.0165035;REVB=0.032436;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129489;STB=0.547718;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00860373;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:24:26:25:27:0.509434:12:13:16:8:13:14:16:10 chr7 116165463 . T C 224.01 PASS AF=0.490196;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0291959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9502;QD=17.5693;RBI=0.0483796;REFB=-0.00548711;REVB=-0.0385769;RO=26;SAF=20;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174197;STB=0.561444;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0169173;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:26:23:25:0.490196:3:20:20:6:4:21:20:6 chr7 116339672 . C T 497.33 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00357535;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.486;QD=26.1751;RBI=0.0111008;REFB=-0.0163994;REVB=0.0105092;RO=30;SAF=21;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413323;STB=0.52256;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00990668;OID=.;OPOS=116339672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:30:46:46:0.605263:25:21:12:18:25:21:12:18 chr7 116397572 . A G 466.55 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00399439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.569;QD=16.8126;RBI=0.00520281;REFB=-0.0310128;REVB=-0.00333377;RO=59;SAF=20;SAR=31;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316229;STB=0.513807;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0390674;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:31:20:25:34:31:20:25:35 chr7 116437606 . G A 795.8 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=168;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0037597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.017;QD=18.9475;RBI=0.00591016;REFB=-0.00256924;REVB=0.00456011;RO=85;SAF=38;SAR=44;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501334;STB=0.530652;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00252377;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:85:86:82:82:0.488095:44:38:44:41:44:38:45:41 chr7 116528240 . C T 475.38 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.000991703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.921;QD=20.4465;RBI=0.0149669;REFB=-0.00112779;REVB=-0.014934;RO=44;SAF=18;SAR=28;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215611;STB=0.61114;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00107156;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:44:46:46:47:0.505376:28:18:28:16:28:19:29:17 chr7 116595130 . G A 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00330132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.327;QD=20.8438;RBI=0.0216389;REFB=-0.0224762;REVB=0.0213856;RO=49;SAF=26;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032115;STB=0.517669;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0197126;OID=.;OPOS=116595130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:29:26:25:24:29:26:25:24 chr7 116596697 . A G 1632.02 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115205;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.1;QD=60.445;RBI=0.00522179;REFB=0;REVB=0.00509312;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409485;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr7 116598735 . A G 1868.16 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134151;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6039;QD=60.7533;RBI=0.0546651;REFB=-0.104813;REVB=0.0529935;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750255;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:123:0:0:122:123:1:63:59:0:0:64:59:0:0 chr7 117024820 . T G 271.75 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.072845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0058;QD=19.4108;RBI=0.0732829;REFB=-0.0387491;REVB=0.00799965;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585542;STB=0.532687;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.043856;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:16:11:10:19:16:11 chr7 117160988 . A G 377.2 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00123854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.855;QD=21.2509;RBI=0.0124037;REFB=-0.00103555;REVB=-0.0123417;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178506;STB=0.503369;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.000850561;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:21:17:15:17:21:17:15:18 chr7 117170774 . G A 224.85 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0308968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.831;QD=20.916;RBI=0.0310029;REFB=-0.0377476;REVB=-0.00256233;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920197;STB=0.542019;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.027937;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:8:13:15:6:8:14:15:6 chr7 117188736 . C A 79.97 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00833711;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.819;QD=6.8059;RBI=0.00840092;REFB=-0.00305705;REVB=0.00103347;RO=34;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187516;STB=0.678026;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0144205;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:47:34:36:11:11:0.234043:9:2:10:24:9:2:13:23 chr7 117188750 . C T 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00231625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.686;QD=3.20603;RBI=0.00301023;REFB=0.000955234;REVB=-0.00192263;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864046;STB=0.562727;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00599545;OID=.;OPOS=117188750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:5:2:15:28:5:2:15:28 chr7 117188797 . A G 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0320825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.51;QD=2.28762;RBI=0.0359543;REFB=-0.00250933;REVB=-0.0162304;RO=54;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175207;STB=0.634116;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0278444;OID=.;OPOS=117188797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:5:2:23:31:5:2:23:31 chr7 117199533 . G A 857.76 PASS AF=0.53125;AO=85;DP=161;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00407395;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.694;QD=21.4441;RBI=0.0212159;REFB=-0.00869984;REVB=-0.0208211;RO=72;SAF=37;SAR=48;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00404454;STB=0.504116;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00948874;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:72:75:85:85:0.53125:48:37:31:41:48:37:32:43 chr7 117235055 . T G 1296.1 PASS AF=0.622951;AO=113;DP=182;FAO=114;FDP=183;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00442674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.786;QD=28.33;RBI=0.036495;REFB=0.00175105;REVB=0.0362255;RO=69;SAF=50;SAR=63;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151112;STB=0.509612;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00112311;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:69:69:113:114:0.622951:63:50:32:37:64:50:32:37 chr7 117364775 . G T 138.41 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=59;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0310039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.919;QD=8.92957;RBI=0.0327568;REFB=-0.0122641;REVB=-0.010572;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190828;STB=0.590126;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0195843;OID=.;OPOS=117364775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:41:43:18:19:0.306452:10:8:25:16:10:9:26:17 chr7 117825681 . A G 612.5 PASS AF=0.441379;AO=63;DP=143;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00602041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.842;QD=16.8965;RBI=0.0304487;REFB=0.0130256;REVB=-0.0298475;RO=80;SAF=36;SAR=27;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596984;STB=0.524796;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.017029;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:80:81:63:64:0.441379:27:36:41:39:28:36:42:39 chr7 120380961 . ATTTGTTTG ATTTG,ATTTGT 400.18 PASS AF=0.636364,0;AO=38,9;DP=66;FAO=49,0;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=23,0;FSAR=26,0;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0600353,0.043558;FXX=0.104639;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=126.815,125.598;QD=20.7887;RBI=0.0607066,0.0438363;REFB=-0.0176924,-0.0143511;REVB=0.00900316,0.00493186;RO=0;SAF=22,1;SAR=16,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.514919,0.5;STBP=0.754,1;TYPE=del,del;VARB=0.0235101,0.0319201;OID=.,.;OPOS=120380962,120380967;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTG,ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364,0:38,9:66:49,0:77:28:23,0:26,0:12:16:99:0:22,1:16,8:0:0 chr7 120428799 . C A 2197.72 PASS AF=0.979592;AO=142;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00277793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.343;QD=59.8019;RBI=0.0206365;REFB=-0.0631622;REVB=0.0204487;RO=3;SAF=77;SAR=65;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214367;STB=0.502706;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000149189;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:147:147:3:3:142:144:0.979592:65:77:0:3:67:77:2:1 chr7 120704289 . C T 946.49 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.978;QD=58.2456;RBI=0.00862338;REFB=0;REVB=0.00191272;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05461e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:33:30:0:0:35:30:0:0 chr7 120740103 . G T 2934.26 PASS AF=0.984293;AO=187;DP=194;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189813;FXX=0.0304553;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.012;QD=61.4504;RBI=0.0200205;REFB=-0.0343008;REVB=-0.00636636;RO=2;SAF=89;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000485978;STB=0.502956;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000166324;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:194:191:2:3:187:188:0.984293:98:89:1:1:98:90:2:1 chr7 120764477 . G C 505.31 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763613;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4914;QD=59.4479;RBI=0.0769422;REFB=0;REVB=0.00943702;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154195;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:13:21:0:0 chr7 120765954 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.3;QD=58.7795;RBI=0.0116798;REFB=0;REVB=0.011377;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39367e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr7 120776097 . C G 635.91 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873767;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.11;QD=62.0399;RBI=0.0222392;REFB=0;REVB=0.0204508;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35311e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr7 120936006 . G A 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0398878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.074;QD=22.1926;RBI=0.0417053;REFB=-0.00678549;REVB=-0.0121778;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384071;STB=0.521162;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00629934;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:21:20:15:19:21:20:15:19 chr7 121653486 . C T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00947824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.016;QD=25.0389;RBI=0.0104302;REFB=-0.00238199;REVB=0.00435345;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146734;STB=0.581334;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00227598;OID=.;OPOS=121653486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:13:7:14:12:13:7 chr7 122303321 . C T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000878196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.864;QD=60.5461;RBI=0.0265145;REFB=0;REVB=-0.0264999;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38946e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr7 122635024 . C T 443.95 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00981815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.346;QD=16.4427;RBI=0.0241732;REFB=-0.00454842;REVB=-0.0220895;RO=59;SAF=28;SAR=21;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735366;STB=0.540967;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00540307;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:21:28:38:21:21:28:38:21 chr7 122809234 . T C 682.56 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=0.0256998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.615;QD=21.4979;RBI=0.0283748;REFB=-0.0244947;REVB=0.0120271;RO=60;SAF=43;SAR=24;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104945;STB=0.557387;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0238704;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:24:43:45:15:24:43:45:15 chr7 123097468 . T C 303.03 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=118;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.00414659;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1791;QD=10.36;RBI=0.0476106;REFB=-7.43493e-05;REVB=0.0474297;RO=79;SAF=32;SAR=7;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237055;STB=0.642254;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000705031;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:79:78:39:39:0.333333:7:32:53:26:7:32:52:26 chr7 123119990 . T C 373.72 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0246468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.458;QD=13.5899;RBI=0.027796;REFB=-0.000374703;REVB=0.0128512;RO=66;SAF=22;SAR=22;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144994;STB=0.581782;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000777133;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:22:22:42:24:22:22:42:24 chr7 123152019 . C T 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0317136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.841;QD=9.99209;RBI=0.0317167;REFB=-0.00362857;REVB=0.000442856;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15999;STB=0.594605;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00704767;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:8:9:14:22:8:9:14:22 chr7 123152035 . T C 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0191848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.63;QD=9.40133;RBI=0.0742149;REFB=-0.0117345;REVB=-0.0716924;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229752;STB=0.634817;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0303809;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:9:11:15:28:9:11:15:28 chr7 123197005 . TA AT 30.07 PASS AF=0.09375;AO=6;DP=65;FAO=6;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0135747;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=2;MLLD=33.1751;QD=1.87953;RBI=0.109119;REFB=-0.012052;REVB=-0.108271;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45041;STB=0.681221;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=-0.0946711;OID=.;OPOS=123197005;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:65:64:35:52:6:6:0.09375:5:1:19:16:4:2:28:24 chr7 123256427 . C T 1765.14 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0871204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3832;QD=60.867;RBI=0.0878552;REFB=0;REVB=-0.0113391;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528502;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:59:57:0:0:59:57:0:0 chr7 123264804 . C T 622.15 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.014435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8941;QD=21.4534;RBI=0.0155382;REFB=0.00784411;REVB=-0.00575034;RO=54;SAF=29;SAR=33;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834931;STB=0.545772;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00353746;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:33:29:20:34:33:29:20:34 chr7 123269118 . G C 1125.71 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00388061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4192;QD=57.729;RBI=0.00633246;REFB=-0.0239418;REVB=-0.0050041;RO=3;SAF=29;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213442;STB=0.50282;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0118796;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:3:2:75:76:0.974359:46:29:2:1:46:30:1:1 chr7 123301940 . A G 430.73 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0422791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5192;QD=17.5807;RBI=0.0617116;REFB=-0.0058686;REVB=0.0449532;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778356;STB=0.543036;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00857841;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:54:44:44:0.44898:23:21:29:23:23:21:30:24 chr7 123321978 . C A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.982;QD=57.8246;RBI=0.0345478;REFB=-0.00463005;REVB=0.0311064;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000339233;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:13:26:0:0:13:25:1:0 chr7 123324542 . TAAAAAT TAAAA,TAAA,TAAAAT 247.37 PASS AF=0,0.589744,0.205128;AO=10,9,4;DP=31;FAO=0,23,8;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=0,17,3;FSAR=0,6,5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.146729,0.256451,0.37954;FXX=0.0487686;HRUN=5,5,5;LEN=2,3,1;MLLD=130.539,132.534,8.52495;QD=25.3714;RBI=0.147519,0.257105,0.395933;REFB=-0.0184971,-0.0214084,-0.105898;REVB=0.0152473,0.0183169,0.112751;RO=0;SAF=8,7,4;SAR=2,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.671575,0.64255;STBP=1,0.005,0.395;TYPE=del,del,del;VARB=0.0435536,0.0363842,0.0314714;OID=.,.,.;OPOS=123324547,123324546,123324543;OREF=AT,AAT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.589744,0.205128:10,9,4:31:0,23,8:39:8:0,17,3:0,6,5:1:7:30:0:8,7,4:2,2,0:0:0 chr7 123336804 . G A 386.33 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0022616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.404;QD=12.7712;RBI=0.0252869;REFB=-0.0153295;REVB=-0.0251856;RO=74;SAF=15;SAR=31;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469038;STB=0.523512;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0195168;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:75:46:46:0.380165:31:15:27:47:31:15:27:48 chr7 123388732 . G A 1615.3 PASS AF=0.636771;AO=141;DP=215;FAO=142;FDP=223;FR=.;FRO=81;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.00467158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.589;QD=28.974;RBI=0.0225948;REFB=-0.0160648;REVB=0.0221066;RO=72;SAF=58;SAR=83;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14373;STB=0.563066;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00651765;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:223:72:81:141:142:0.636771:83:58:46:26:84:58:47:34 chr7 123594206 . G A 212.31 PASS AF=0.329545;AO=22;DP=81;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=0.0234338;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6754;QD=9.65049;RBI=0.0284616;REFB=-0.0224517;REVB=0.0161531;RO=59;SAF=12;SAR=10;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256103;STB=0.592984;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0964507;OID=.;OPOS=123594206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:88:59:59:22:29:0.329545:10:12:44:15:11:18:44:15 chr7 123672355 . TGGGGGCT TCGGGGCT,TGGGGCT,TGGGGCTC 31.32 PASS AF=0,0.28125,0;AO=2,5,2;DP=34;FAO=0,9,0;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=0,4,0;FSAR=0,5,0;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0100985,0.133175,0.0956673;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,3;MLLD=74.0017,9.99558,13.5238;QD=3.91556;RBI=0.0650669,0.148438,0.131471;REFB=-0.00734496,-0.115002,-0.0806228;REVB=-0.0642785,-0.0655617,-0.0901799;RO=23;SAF=2,1,0;SAR=0,4,2;SRF=22;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.353239,-0.764297,-0.81378;STB=0.5,0.761141,0.5;STBP=1,0.132,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0879628,0;OID=.,.,.;OPOS=123672356,123672356,123672360;OREF=G,G,GCT;OALT=C,-,CTC;OMAPALT=TCGGGGCT,TGGGGCT,TGGGGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.28125,0:2,5,2:34:0,9,0:32:23:0,4,0:0,5,0:19:4:31:23:2,1,0:0,4,2:22:1 chr7 124387092 . C G 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0003;QD=63.3341;RBI=0.128016;REFB=0;REVB=0.127433;RO=0;SAF=64;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075545;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:29:64:0:0:29:64:0:0 chr7 124387374 . A G 129.95 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9512;QD=43.3178;RBI=0.152731;REFB=0;REVB=-0.152603;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00771219;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr7 124486980 . T C 769.12 PASS AF=0.625;AO=50;DP=113;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00945397;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.137;QD=27.4685;RBI=0.0961127;REFB=-0.0191123;REVB=0.0956466;RO=27;SAF=32;SAR=18;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722848;STB=0.501885;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0122767;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:27:42:50:70:0.625:18:32:20:7:27:43:26:16 chr7 124540841 . A C 797.21 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1962;QD=56.9439;RBI=0.0356873;REFB=0;REVB=0.0343195;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110811;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chr7 124540872 . C T 1336.91 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00403163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.738;QD=60.0858;RBI=0.0407844;REFB=-0.180015;REVB=0.0405847;RO=2;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295855;STB=0.507691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00121582;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:2:1:87:88:0.988764:31:56:0:2:32:56:0:1 chr7 126542667 . A T 321.9 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0131407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.303;QD=12.3806;RBI=0.0136633;REFB=0.00246164;REVB=-0.00374276;RO=64;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012696;STB=0.514278;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00376049;OID=.;OPOS=126542667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:26:13:22:42:26:13:23:42 chr7 127222157 . G A 419.48 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0142141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7192;QD=22.9854;RBI=0.0170308;REFB=-0.0100786;REVB=0.00938117;RO=31;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093005;STB=0.511435;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00779699;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:22:19:14:17:22:19:14:18 chr7 127222521 . G A 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0423706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5207;QD=6.92763;RBI=0.049143;REFB=-0.00473324;REVB=-0.0248952;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620201;STB=0.864112;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0585105;OID=.;OPOS=127222521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:1:14:2:4:1:14 chr7 127224286 . A G 328.26 PASS AF=0.473684;AO=30;DP=69;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00382408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.286;QD=17.2767;RBI=0.0207456;REFB=-0.0301602;REVB=-0.0203901;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309655;STB=0.553906;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0173765;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:76:39:40:30:36:0.473684:16:14:17:22:17:19:17:23 chr7 127250907 . T C 63.38 PASS AF=0.171429;AO=11;DP=69;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0198151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.354;QD=3.62188;RBI=0.0285878;REFB=-0.01173;REVB=0.0206064;RO=58;SAF=4;SAR=7;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270689;STB=0.703376;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0633852;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:69:70:58:58:11:12:0.171429:7:4:34:24:8:4:34:24 chr7 127251188 . T G 115.65 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0285972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.202;QD=8.2605;RBI=0.0292042;REFB=-0.0146456;REVB=-0.00592288;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206124;STB=0.589178;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0318273;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:40:15:16:0.285714:8:7:25:14:8:8:25:15 chr7 127721507 . T C 228.48 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0171529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.83;QD=13.8473;RBI=0.0179569;REFB=-0.0162481;REVB=0.00531315;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805682;STB=0.555514;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0324475;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:14:12:21:18:15:12:21:18 chr7 127999645 . C T 157.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00319258;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.007;QD=21.7018;RBI=0.00342274;REFB=-0.0121046;REVB=-0.00123394;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676326;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131257;OID=.;OPOS=127999645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:10:13:16:16:0.551724:11:5:4:6:11:5:4:9 chr7 128038555 . C G 330.87 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.059097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.635;QD=25.4514;RBI=0.0625935;REFB=-0.0265946;REVB=0.0206274;RO=20;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048505;STB=0.526618;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0140731;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:17:15:8:12:17:15:8:12 chr7 128098071 . G A 585.23 PASS AF=0.68;AO=51;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0281449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.974;QD=31.2125;RBI=0.0347513;REFB=-0.0155387;REVB=0.0203844;RO=24;SAF=20;SAR=31;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657797;STB=0.535623;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00398253;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:24:51:51:0.68:31:20:12:12:31:20:12:12 chr7 128098198 . AT A 539.54 PASS AF=0.658228;AO=48;DP=80;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0303232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.278;QD=27.3185;RBI=0.0375588;REFB=-0.0316706;REVB=0.0221623;RO=29;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140831;STB=0.577571;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0241376;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.658228:48:80:52:79:27:29:23:21:6:99:29:27:21:22:7 chr7 128098268 . GTTGT GTGT,GTGTG 260.95 PASS AF=0.517241,0;AO=23,5;DP=59;FAO=30,0;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=28,0;FSAR=2,0;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0730133,-0.0679861;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=25.2933,27.4122;QD=17.9965;RBI=0.105053,0.0897416;REFB=0.0171132,0.0209048;REVB=-0.0755332,-0.0585786;RO=29;SAF=21,5;SAR=2,0;SRF=27;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0590109,0.532695;STB=0.509085,0.5;STBP=0.968,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0208712,0.0902611;OID=.,.;OPOS=128098269,128098270;OREF=T,TGT;OALT=-,GTG;OMAPALT=GTGT,GTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241,0:23,5:59:30,0:58:28:28,0:2,0:26:2:99:29:21,5:2,0:27:2 chr7 128133984 . G A 836.84 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.793;QD=55.7895;RBI=0.0254881;REFB=-0.0865618;REVB=-0.0022269;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000482167;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:37:22:1:0:37:22:1:0 chr7 128141865 . T C 549.64 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00672858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.95;QD=23.8973;RBI=0.0162032;REFB=0.0027501;REVB=-0.0147401;RO=41;SAF=35;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112349;STB=0.561826;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00222179;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:16:35:23:18:16:35:23:18 chr7 128312450 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0033563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.858;QD=58.2428;RBI=0.0371129;REFB=0.0302116;REVB=0.0369608;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00153582;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:1:0:20:19:1:0 chr7 128358891 . C A 783.74 PASS AF=0.584;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00156889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.283;QD=25.0797;RBI=0.00903027;REFB=-0.0137596;REVB=0.00889293;RO=52;SAF=42;SAR=31;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314811;STB=0.517128;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0106419;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:52:52:73:73:0.584:31:42:32:20:31:42:32:20 chr7 128363287 . G A 606.04 PASS AF=0.702703;AO=52;DP=74;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0030414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.447;QD=32.7591;RBI=0.00491595;REFB=-0.0201005;REVB=0.00386218;RO=21;SAF=9;SAR=43;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160048;STB=0.527135;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0078903;OID=.;OPOS=128363287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:21:22:52:52:0.702703:43:9:4:17:43:9:5:17 chr7 128371206 . G A 1540.28 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163;QD=59.8165;RBI=0.0181985;REFB=0;REVB=0.016868;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58209e-05;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr7 128371298 . C T 292.05 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0169651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.335;QD=14.6024;RBI=0.0199929;REFB=-0.0157735;REVB=0.0105783;RO=46;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209088;STB=0.612834;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.017656;OID=.;OPOS=128371298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:12:21:20:26:12:21:21:26 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 99.65 PASS AF=0.26;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00355259;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=13;MLLD=371.772;QD=7.97216;RBI=0.0144315;REFB=-0.00819409;REVB=0.0139874;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115189;STB=0.579534;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.0251876;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:13:52:13:50:37:9:4:22:15:99:38:9:4:23:15 chr7 128455767 . C A,G 653.66 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=4,39;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054574,0.00432725;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.602,231.958;QD=60.8057;RBI=0.0099717,0.00937816;REFB=0,0;REVB=-0.00834575,-0.00832014;RO=0;SAF=2,14;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00187326,0.000246735;OID=.,.;OPOS=128455767,128455767;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:4,39:3,40:0.0697674,0.930233:2,25:2,14:0:0:2,25:1,15:0:0 chr7 128455916 . G A 277.88 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00180335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6594;QD=16.1087;RBI=0.0652433;REFB=-0.0353026;REVB=0.0652184;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765032;STB=0.512233;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.043241;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:31:31:0.449275:17:14:17:20:17:14:18:20 chr7 128470838 . C T 405.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00377694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.533;QD=17.2632;RBI=0.0295;REFB=-0.0163409;REVB=-0.0292572;RO=51;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945536;STB=0.558112;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0196809;OID=.;OPOS=128470838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:52:42:42:0.446809:19:23:23:28:19:23:23:29 chr7 128487866 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.715;QD=53.2758;RBI=0.00837579;REFB=0;REVB=0.00621499;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70722e-06;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr7 128499079 . G A 175.63 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.030982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.348;QD=13.7751;RBI=0.0309821;REFB=-0.0288877;REVB=-8.16538e-05;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103314;STB=0.559627;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0364829;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:17:14:11:9:17:14 chr7 128550680 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGA,GCCCCGG 237.74 PASS AF=0.958333,0,0.0416667;AO=16,2,3;DP=24;FAO=23,0,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,1;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396661,0.0482557,-0.130079;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=13.7175,5.71922,7.75109;QD=39.6238;RBI=0.0825117,0.115287,0.130117;REFB=0,0,0;REVB=0.0723517,0.104702,0.00313271;RO=1;SAF=6,0,2;SAR=10,2,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.323529,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.043542,0,0.266641;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00635151,0,0.142353;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550685;OREF=C,CG,C;OALT=-,GA,G;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGA,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.958333,0,0.0416667:16,2,3:24:23,0,1:24:0:9,0,1:14,0,0:0:0:4:1:6,0,2:10,2,1:0:1 chr7 128612552 . C T 583.74 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0174799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.689;QD=20.848;RBI=0.0175313;REFB=-0.00376183;REVB=-0.00134225;RO=52;SAF=40;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145626;STB=0.585717;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00350006;OID=.;OPOS=128612552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:52:53:59:59:0.526786:19:40:27:25:19:40:27:26 chr7 128614990 . G A 953.39 PASS AF=0.626866;AO=84;DP=134;FAO=84;FDP=134;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0309574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2545;QD=28.4593;RBI=0.059396;REFB=-0.0304316;REVB=0.0506905;RO=42;SAF=32;SAR=52;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149959;STB=0.561068;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0187441;OID=.;OPOS=128614990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:42:50:84:84:0.626866:52:32:26:16:52:32:27:23 chr7 128630227 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.519;QD=58.5991;RBI=0.0311849;REFB=0;REVB=0.0142723;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42102e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr7 128767410 . A G 944.22 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000934941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8596;QD=58.1056;RBI=0.0364825;REFB=0;REVB=0.0364705;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497697;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:18:46:0:0:19:46:0:0 chr7 128767490 . T C 730.03 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5365;QD=63.4812;RBI=0.0475318;REFB=0;REVB=-0.0457981;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180204;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:42:46:1:22:20:0:0:22:24:0:0 chr7 128767506 . T G 683.08 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664405;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8283;QD=62.0983;RBI=0.0793456;REFB=0;REVB=-0.0433749;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95795e-05;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr7 128804780 . C G 189.62 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0645155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9592;QD=11.3205;RBI=0.0648266;REFB=-0.00655778;REVB=0.00634358;RO=40;SAF=6;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245091;STB=0.6409;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0140641;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:43:24:24:0.358209:18:6:18:22:18:6:19:24 chr7 128846328 . G C 368.56 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=128;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0107226;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.977;QD=11.6081;RBI=0.0112427;REFB=-0.00962872;REVB=-0.00337995;RO=80;SAF=30;SAR=15;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13851;STB=0.580968;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0148517;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:80:82:45:45:0.354331:15:30:44:36:15:30:45:37 chr7 128853308 . C A 335.88 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00399632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.569;QD=22.392;RBI=0.0278255;REFB=-0.047457;REVB=0.027537;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253683;STB=0.520698;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0368669;OID=.;OPOS=128853308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:26:33:34:0.566667:18:15:11:15:18:16:11:15 chr7 129067053 . T C 399.63 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0146934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.659;QD=21.0332;RBI=0.0319654;REFB=-0.0124384;REVB=0.0283883;RO=36;SAF=27;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529836;STB=0.519221;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00984974;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:12:27:23:13:13:27:23:13 chr7 129142691 . ACCC ACC,ACCG 442.52 PASS AF=0.21875,0.78125;AO=7,25;DP=32;FAO=7,25;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6,11;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474226,-0.0887675;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.0546,31.1617;QD=55.3149;RBI=0.0488605,0.123649;REFB=0,0;REVB=0.0117666,-0.0860772;RO=0;SAF=6,11;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.040228,0.0125953;OID=.,.;OPOS=129142692,129142694;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACC,ACCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.21875,0.78125:7,25:32:7,25:32:0:6,11:1,14:0:0:26:0:6,11:1,14:0:0 chr7 129297332 . T G 1249.6 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0485219;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0492;QD=59.5048;RBI=0.048814;REFB=-0.14848;REVB=-0.00533219;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255799;STB=0.51351;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00156027;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:2:2:82:82:0.97619:36:46:0:2:36:46:0:2 chr7 129410307 . CAAAAAC CAAAA,CAAAAC,CAAAACG 258.64 PASS AF=0,0.461165,0.0145631;AO=25,67,13;DP=219;FAO=0,95,3;FDP=206;FR=.;FRO=108;FSAF=0,79,3;FSAR=0,16,0;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=-0.0121882,-0.157822,-0.106706;FXX=0.0418585;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=97.8013,8.89052,10.1122;QD=5.0222;RBI=0.0130512,0.157839,0.142498;REFB=-0.00201284,-0.150149,-0.141473;REVB=-0.00466708,0.0023001,0.0944436;RO=83;SAF=10,61,13;SAR=15,6,0;SRF=23;SRR=60;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.169182,0.691353,0.770094;STB=0.5,0.776985,0.997429;STBP=1,0,0.026;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0172904,0.0964499,0.0256876;OID=.,.,.;OPOS=129410312,129410308,129410312;OREF=AC,A,AC;OALT=-,-,CG;OMAPALT=CAAAA,CAAAAC,CAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.461165,0.0145631:25,67,13:219:0,95,3:206:108:0,79,3:0,16,0:40:68:99:83:10,61,13:15,6,0:23:60 chr7 129504866 . C G 474.67 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0109017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1314;QD=24.342;RBI=0.0271851;REFB=-0.0203914;REVB=-0.0249035;RO=33;SAF=19;SAR=26;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467333;STB=0.525592;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0289151;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:26:19:12:21:26:19:12:21 chr7 129664312 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.956;QD=59.8356;RBI=0.0146215;REFB=0;REVB=0.012521;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74732e-05;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr7 129813738 . T C 224.9 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0154422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9723;QD=11.3874;RBI=0.0554072;REFB=-0.00887759;REVB=0.0532118;RO=50;SAF=10;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966424;STB=0.550632;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0168209;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:51:28:28:0.35443:18:10:22:28:18:10:22:29 chr7 129916515 . T C 1037.78 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.996;QD=56.8649;RBI=0.0855274;REFB=-0.152552;REVB=0.0808277;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185371;STB=0.504427;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000956851;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:1:2:71:71:0.972603:46:25:1:0:46:25:1:1 chr7 129933079 . AAT AAA,AA,A 159.88 PASS AF=0,0.703125,0;AO=3,21,13;DP=69;FAO=0,45,0;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=0,17,0;FSAR=0,28,0;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.17221,0.103493,-0.0645189;FXX=0.0588149;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=7.58634,8.03471,12.6321;QD=9.99257;RBI=0.188543,0.136215,0.172879;REFB=-0.152357,-0.108946,0.0435877;REVB=0.0767595,-0.0885648,-0.160388;RO=17;SAF=1,8,5;SAR=2,13,8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.273679,-0.167545,-0.198112;STB=0.5,0.545828,0.5;STBP=1,0.282,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.105486,-0.163317;OID=.,.,.;OPOS=129933081,129933081,129933080;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.703125,0:3,21,13:69:0,45,0:64:19:0,17,0:0,28,0:10:9:65:17:1,8,5:2,13,8:10:7 chr7 129962360 . A G 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.474;QD=57.3785;RBI=0.057905;REFB=0;REVB=0.0180879;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019973;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr7 129962682 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.103;QD=59.1428;RBI=0.0631688;REFB=0;REVB=0.0621908;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11383e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr7 129984274 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0547;QD=64.1468;RBI=0.027961;REFB=0;REVB=-0.00722138;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016286;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr7 129986338 . C T 717.19 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0180873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.673;QD=51.2278;RBI=0.0651795;REFB=-0.154574;REVB=0.0626196;RO=3;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462792;STB=0.524581;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000758288;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:29:24:0:3:29:24:0:3 chr7 129989878 . T C 1105.97 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.473;QD=58.9852;RBI=0.0487116;REFB=0;REVB=0.00404549;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956991;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:29:42:0:0:29:46:0:0 chr7 130002317 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.012;QD=52.6118;RBI=0.0659733;REFB=0;REVB=0.0502269;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506331;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 130021488 . G C 423.99 PASS AF=0.346405;AO=49;DP=153;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.0388284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5469;QD=11.0846;RBI=0.0443283;REFB=0.014916;REVB=0.0213858;RO=75;SAF=32;SAR=17;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296464;STB=0.649835;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0287244;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:100:49:53:0.346405:17:32:28:47:20:33:39:61 chr7 130080812 . T G 1004.12 PASS AF=0.541899;AO=97;DP=179;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00825808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.359;QD=22.4385;RBI=0.0167623;REFB=-0.0160186;REVB=-0.0145869;RO=79;SAF=50;SAR=47;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290258;STB=0.501498;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0141859;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:79:82:97:97:0.541899:47:50:41:38:47:50:42:40 chr7 130352362 . T C 315.53 PASS AF=0.56;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0408845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6709;QD=25.2423;RBI=0.0461825;REFB=0.00495688;REVB=0.0214774;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712664;STB=0.528086;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00518641;OID=.;OPOS=130352362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:27:28:0.56:17:10:10:12:17:11:10:12 chr7 131185995 . C A 586.12 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0400243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.328;QD=25.7633;RBI=0.0435728;REFB=-0.0206319;REVB=-0.0172234;RO=37;SAF=23;SAR=30;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851602;STB=0.539431;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0143087;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:38:53:53:0.582418:30:23:12:25:30:23:13:25 chr7 131190696 . T C 517.41 PASS AF=0.375758;AO=62;DP=165;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0169687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.485;QD=12.5432;RBI=0.0187137;REFB=-0.000819181;REVB=-0.00789084;RO=102;SAF=27;SAR=35;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389381;STB=0.519282;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00154998;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:102:103:62:62:0.375758:35:27:48:54:35:27:48:55 chr7 131193739 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0272137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.048;QD=16.6157;RBI=0.0278709;REFB=-0.0245668;REVB=0.00601668;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144364;STB=0.583231;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0271516;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:12:9:5:12:12:9 chr7 131195712 . G A 765.2 PASS AF=0.636364;AO=70;DP=110;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=59;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=0.0207097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6165;QD=27.8255;RBI=0.0460165;REFB=-0.0225827;REVB=0.041093;RO=39;SAF=59;SAR=11;SRF=35;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720428;STB=0.522744;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0145207;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:39:40:70:70:0.636364:11:59:35:4:11:59:35:5 chr7 131195959 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0202099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0428;QD=14.8338;RBI=0.0232668;REFB=0.0074446;REVB=-0.0115285;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336342;STB=0.519213;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0110207;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:14:16:11:11:14:16 chr7 131812922 . T C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00410897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5859;QD=55.0441;RBI=0.0327987;REFB=-0.0821601;REVB=-0.0325403;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.506022;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00572545;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:14:41:0:0:14:41:1:0 chr7 131814185 . A G 1469.27 PASS AF=0.989474;AO=91;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.961;QD=61.864;RBI=0.067328;REFB=-0.165827;REVB=0.0659539;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00214084;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:91:94:0.989474:50:41:0:1:51:43:0:1 chr7 131814529 . G A 436.48 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00592022;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.161;QD=48.4981;RBI=0.0201403;REFB=-0.0275707;REVB=0.0192505;RO=3;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369571;STB=0.520535;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000363481;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:35:36:3:3:32:33:0.916667:18:14:2:1:19:14:2:1 chr7 131815310 . A G 1471.99 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000469847;FXX=0.0515411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2214;QD=63.9996;RBI=0.00153808;REFB=0;REVB=0.00146456;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810478;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:52:39:0:0:53:39:0:0 chr7 131859678 . G T 496.52 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00465563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0281;QD=29.207;RBI=0.00538805;REFB=0.000113578;REVB=0.00271222;RO=23;SAF=19;SAR=26;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898058;STB=0.548791;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000154278;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:26:19:13:10:26:19:13:10 chr7 131864591 . T C 1124.39 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.478;QD=59.9675;RBI=0.01084;REFB=0;REVB=0.00922696;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9182e-05;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:43:31:0:0:43:32:0:0 chr7 131870108 . A G 929.35 PASS AF=0.593103;AO=86;DP=147;FAO=86;FDP=145;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0358651;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.672;QD=25.6371;RBI=0.0359705;REFB=-0.00701087;REVB=-0.00275159;RO=58;SAF=41;SAR=45;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835271;STB=0.500884;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00598125;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:58:59:86:86:0.593103:45:41:27:31:45:41:28:31 chr7 131912277 . G C 918.56 PASS AF=0.625954;AO=80;DP=131;FAO=82;FDP=131;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0127113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.874;QD=28.0476;RBI=0.0249893;REFB=-0.0370304;REVB=0.0215148;RO=49;SAF=40;SAR=40;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500939;STB=0.526711;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0274272;OID=.;OPOS=131912277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:49:49:80:82:0.625954:40:40:21:28:41:41:21:28 chr7 132070054 . T C 321.94 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0330819;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.004;QD=18.3965;RBI=0.0358684;REFB=-0.0242652;REVB=0.013861;RO=36;SAF=6;SAR=28;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2081;STB=0.61757;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0186857;OID=.;OPOS=132070054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:28:6:12:24:28:6:12:24 chr7 132720555 . T C 713.49 PASS AF=0.442529;AO=76;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.00776647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.051;QD=16.4021;RBI=0.00794637;REFB=-0.0340955;REVB=-0.00168127;RO=93;SAF=40;SAR=36;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086508;STB=0.530997;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0347131;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:97:76:77:0.442529:36:40:57:36:36:41:57:40 chr7 132767617 . C A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4004;QD=32.8219;RBI=0.0828376;REFB=0.073741;REVB=-0.0770764;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.666218;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0153858;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:1:0:8:1:1:0 chr7 133261358 . G T 743.69 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=120;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0032917;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.325;QD=24.7898;RBI=0.00338368;REFB=-0.0123181;REVB=-0.000783566;RO=50;SAF=39;SAR=31;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286754;STB=0.515621;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00858942;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:50:70:70:0.583333:31:39:26:24:31:39:26:24 chr7 133580447 . G A 641.63 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00546973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.999;QD=22.5133;RBI=0.0264316;REFB=-0.0299891;REVB=0.0258594;RO=50;SAF=34;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016559;STB=0.513054;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0208827;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:29:34:28:22:29:34:29:22 chr7 133749164 . G A 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00927265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.811;QD=19.1894;RBI=0.00943417;REFB=-0.0126682;REVB=-0.00173826;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201467;STB=0.612117;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0115113;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:17:28:20:29:17:28:20:29 chr7 133868507 . C T 2330.69 PASS AF=0.969136;AO=157;DP=162;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0121193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.606;QD=57.5479;RBI=0.0143895;REFB=-0.00826603;REVB=0.00775765;RO=4;SAF=90;SAR=67;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206718;STB=0.507166;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=1.17225e-06;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:162:162:4:5:157:157:0.969136:67:90:4:0:67:90:4:1 chr7 133932334 . C T 464.52 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00920744;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4959;QD=16.4433;RBI=0.0271008;REFB=0.0084886;REVB=0.0254888;RO=59;SAF=22;SAR=29;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042111;STB=0.537962;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0108553;OID=.;OPOS=133932334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:59:62:51:51:0.451327:29:22:28:31:29:22:31:31 chr7 133979368 . C T 177.87 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00119715;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.238;QD=9.12128;RBI=0.0530447;REFB=-0.00789104;REVB=-0.0530312;RO=52;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886328;STB=0.568748;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0225203;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:54:24:24:0.307692:16:8:21:31:16:8:23:31 chr7 133979711 . G A 312.48 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0160185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.755;QD=12.1351;RBI=0.0217314;REFB=-0.0103513;REVB=-0.0146854;RO=60;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757194;STB=0.527221;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0191097;OID=.;OPOS=133979711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:65:38:38:0.368932:20:18:28:32:20:18:28:37 chr7 133979795 . T C 124.91 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=44;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.019346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.602;QD=10.4091;RBI=0.0203252;REFB=-0.0237116;REVB=0.00623253;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260658;STB=0.583232;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0538967;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:31:32:13:16:0.333333:5:8:12:19:8:8:12:20 chr7 133989543 . A G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0743762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8409;QD=12.9424;RBI=0.0744959;REFB=0.00778549;REVB=-0.00422152;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00956497;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:15:10:6:9:15:10 chr7 134212741 . A G 233.3 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.111902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.259;QD=10.6046;RBI=0.115714;REFB=-0.0223205;REVB=-0.0294571;RO=44;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363179;STB=0.638722;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0483306;OID=.;OPOS=134212741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:44:59:29:29:0.329545:9:20:15:29:9:20:29:30 chr7 134215403 . T C 1108.14 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00924507;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.358;QD=59.1007;RBI=0.0302744;REFB=-0.151386;REVB=0.0288282;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00150984;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:0:1:37:37:0:1 chr7 134216684 . C T 1081.81 PASS AF=0.628205;AO=97;DP=152;FAO=98;FDP=156;FR=.;FRO=58;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00805278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.488;QD=27.7387;RBI=0.0397934;REFB=-0.0318324;REVB=0.0389701;RO=55;SAF=66;SAR=31;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086777;STB=0.547567;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0205727;OID=.;OPOS=134216684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:55:58:97:98:0.628205:31:66:31:24:31:67:33:25 chr7 134221826 . A G 510.07 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.95;QD=58.294;RBI=0.0557458;REFB=0;REVB=0.0445131;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718761;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr7 134225788 . C T 323.14 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.373;QD=53.856;RBI=0.0599758;REFB=0;REVB=0.0243765;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122288;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:7:11:0:0:8:16:0:0 chr7 134225827 . A G 563.61 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.231;QD=57.8057;RBI=0.0700418;REFB=-0.080171;REVB=-0.0567947;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00268519;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr7 134261097 . C G 277.89 PASS AF=0.313559;AO=33;DP=119;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.00211602;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.687;QD=9.41999;RBI=0.00762882;REFB=-0.0212424;REVB=-0.00732948;RO=65;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182101;STB=0.624822;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.032473;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:65:81:33:37:0.313559:14:19:27:38:16:21:31:50 chr7 134264286 . C T 62.49 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0445935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9714;QD=7.81094;RBI=0.0492701;REFB=-0.0159259;REVB=-0.0209513;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626681;STB=0.538922;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0173556;OID=.;OPOS=134264286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:14:9:4:5:14:9 chr7 134576441 . T C 388.6 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00776844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1334;QD=16.1916;RBI=0.0426522;REFB=0.00855138;REVB=0.0419388;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907992;STB=0.50511;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00767282;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:22:19:25:30:22:19:25:30 chr7 134653930 . T C 685.42 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0166259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.95;QD=50.7719;RBI=0.0245794;REFB=0.00516928;REVB=0.0181033;RO=3;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434168;STB=0.523068;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000373915;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:31:20:0:3:31:20:0:3 chr7 134701856 . G C 2716.93 PASS AF=1;AO=171;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411919;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.801;QD=62.4582;RBI=0.0107756;REFB=0;REVB=-0.00995717;RO=0;SAF=103;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53598e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:171:174:1:68:103:0:0:71:103:0:0 chr7 134719551 . C G 2027.06 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1626;QD=62.371;RBI=0.0472302;REFB=0;REVB=-0.0438254;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19695e-05;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:66:64:0:0:66:64:0:0 chr7 134735830 . A G 152.86 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0118421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8356;QD=10.3632;RBI=0.0522603;REFB=-0.0131002;REVB=0.050901;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130999;STB=0.507685;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0392322;OID=.;OPOS=134735830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:9:11:21:18:9:11:21:18 chr7 134849213 . G A 450.52 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0210688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.322;QD=21.7119;RBI=0.0421058;REFB=-0.0376931;REVB=0.0364555;RO=39;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883649;STB=0.54882;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0353584;OID=.;OPOS=134849213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:27:17:19:20:27:17:19:20 chr7 134849280 . T A 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00825391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.405;QD=62.9001;RBI=0.0335618;REFB=0.0414988;REVB=0.032531;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903516;STB=0.504761;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-5.48238e-05;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:47:52:1:0:47:52:1:0 chr7 134849577 . A C 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00125897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.644;QD=16.6592;RBI=0.0159261;REFB=-0.0272218;REVB=-0.0158762;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103125;STB=0.564312;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0359069;OID=.;OPOS=134849577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:16:12:10:21:16:12:10:22 chr7 134850465 . C T 1395.81 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.801;QD=62.7329;RBI=0.108165;REFB=0;REVB=0.106042;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275487;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:36:51:0:0:37:52:0:0 chr7 134850469 . A G 1490.96 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.011;QD=63.4453;RBI=0.0272058;REFB=0;REVB=0.0259508;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29711e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr7 134871775 . C T 900.95 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.011791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.519;QD=52.9973;RBI=0.0295643;REFB=-0.181632;REVB=0.0271113;RO=3;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894996;STB=0.504387;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000922614;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:64:65:0.955882:36:28:1:2:37:28:1:2 chr7 134879830 . G A 531.74 PASS AF=0.53;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00703754;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4962;QD=21.2698;RBI=0.00938578;REFB=-0.0273284;REVB=-0.00621014;RO=45;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978085;STB=0.566892;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0269107;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:47:52:53:0.53:28:24:26:19:29:24:28:19 chr7 134880931 . C T 369.08 PASS AF=0.328571;AO=45;DP=137;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=28;FWDB=0.0430462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7589;QD=10.5452;RBI=0.0501441;REFB=-0.018261;REVB=0.0257187;RO=88;SAF=24;SAR=21;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202327;STB=0.609331;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0169552;OID=.;OPOS=134880931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:88:94:45:46:0.328571:21:24:62:26:21:25:66:28 chr7 134889141 . G A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0210181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0826;QD=16.9792;RBI=0.0327666;REFB=0.00105088;REVB=0.0251373;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307125;STB=0.671113;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000457945;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:23:6:14:12:23:6 chr7 135047703 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4138;QD=33.4251;RBI=0.0363363;REFB=0;REVB=0.0349196;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105265;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 135048804 . C T 305.77 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0317487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.535;QD=12.8745;RBI=0.0319303;REFB=-0.0113492;REVB=0.00340027;RO=60;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446777;STB=0.525652;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0158098;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:24:11:21:39:24:11:21:39 chr7 135095270 . A G 2124.13 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.395;QD=62.4743;RBI=0.0320978;REFB=0;REVB=0.024078;RO=0;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58607e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:78:57:0:0:79:57:0:0 chr7 135304273 . G A,C 1957.14 PASS AF=0.0296296,0.940741;AO=5,126;DP=135;FAO=4,127;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=2,62;FSAR=2,65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0595313,0.0150493;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.4495,235.146;QD=57.9893;RBI=0.0597028,0.0245786;REFB=0.0366229,-0.047044;REVB=0.00452214,0.0194327;RO=2;SAF=3,61;SAR=2,65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0491618,-0.000471691;STB=0.624412,0.507994;STBP=0.615,0.276;TYPE=snp,snp;VARB=0.158393,0.000645218;OID=.,.;OPOS=135304273,135304273;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:135:135:2:4:5,126:4,127:0.0296296,0.940741:2,65:3,61:1:1:2,65:2,62:3:1 chr7 135387656 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7551;QD=63.8667;RBI=0.0146393;REFB=0;REVB=-0.00205905;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178484;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr7 135392876 . T C 3219.37 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.092;QD=61.6147;RBI=0.0269853;REFB=0;REVB=0.0198914;RO=0;SAF=124;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27927e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:209:0:0:203:209:1:79:124:0:0:83:126:0:0 chr7 135613116 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00613658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.763;QD=9.91656;RBI=0.00759222;REFB=-0.00930325;REVB=-0.00447038;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169117;STB=0.601558;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0332718;OID=.;OPOS=135613116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:12:5:4:5:12:5 chr7 136700603 . A T 174.64 PASS AF=0.38;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0603803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.525;QD=13.9713;RBI=0.0658455;REFB=-0.0110967;REVB=0.0262649;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170531;STB=0.573834;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0205765;OID=.;OPOS=136700603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:18:19:0.38:6:12:16:15:7:12:16:15 chr7 136701127 . A T 110.01 PASS AF=0.178571;AO=20;DP=113;FAO=20;FDP=112;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0432556;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.219;QD=3.92907;RBI=0.0460968;REFB=0.00169036;REVB=0.0159332;RO=92;SAF=9;SAR=11;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772076;STB=0.54995;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00683181;OID=.;OPOS=136701127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:92:92:20:20:0.178571:11:9:47:45:11:9:47:45 chr7 136701563 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.333;QD=59.8394;RBI=0.0218072;REFB=0;REVB=0.0132021;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1922e-05;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr7 136701935 . T A 259.73 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0223764;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.705;QD=16.4908;RBI=0.0223785;REFB=-0.0138932;REVB=-0.000303714;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778604;STB=0.559522;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0178299;OID=.;OPOS=136701935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:16:18:13:16:15:19 chr7 136702044 . T A 108.65 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0203605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.372;QD=13.5811;RBI=0.0209171;REFB=-0.00593466;REVB=-0.00479349;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0100532;OID=.;OPOS=136702044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:10:9:7:6:10:9 chr7 136703000 . G A 290.15 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00811025;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.47;QD=16.3462;RBI=0.0165933;REFB=-0.0124385;REVB=0.0144762;RO=39;SAF=3;SAR=29;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410165;STB=0.737491;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0127673;OID=.;OPOS=136703000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:39:32:32:0.450704:29:3:13:26:29:3:13:26 chr7 136703376 . T C 930.97 PASS AF=0.570513;AO=88;DP=156;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.00121849;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9935;QD=23.8709;RBI=0.0460785;REFB=-0.0156847;REVB=0.0460624;RO=66;SAF=48;SAR=40;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605454;STB=0.533326;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0159292;OID=.;OPOS=136703376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:66:67:88:89:0.570513:40:48:41:25:40:49:42:25 chr7 136703707 . C T 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.762;QD=62.0042;RBI=0.0375078;REFB=0;REVB=-0.0192429;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135993;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr7 136704531 . T A 389.45 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0126833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8989;QD=21.636;RBI=0.0155685;REFB=-0.00804681;REVB=0.00902836;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184858;STB=0.602098;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00656696;OID=.;OPOS=136704531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:24:15:20:13:24:15:20:13 chr7 137074760 . AT GC 196.98 PASS AF=0.352113;AO=20;DP=67;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000901294;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.458;QD=11.0973;RBI=0.00513512;REFB=-0.0138717;REVB=0.00505541;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159392;STB=0.517781;STBP=0.813;TYPE=mnp;VARB=0.023979;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:46:46:20:25:0.352113:11:9:27:19:11:14:27:19 chr7 137128830 . T C 921.77 PASS AF=0.375;AO=105;DP=284;FAO=108;FDP=288;FR=.;FRO=180;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=66;FSRR=114;FWDB=0.00701241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7059;QD=12.8023;RBI=0.0487823;REFB=-0.0283521;REVB=0.0482756;RO=179;SAF=37;SAR=68;SRF=66;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198018;STB=0.516525;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0474832;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:288:179:180:105:108:0.375:68:37:66:113:71:37:66:114 chr7 137561077 . CGTGT C,CGT 186.51 PASS AF=0.352941,0.647059;AO=6,2;DP=18;FAO=6,11;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287234,-0.0244805;FXX=0.149925;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=56.6082,59.5236;QD=43.8845;RBI=0.032418,0.171345;REFB=0,0;REVB=-0.0150298,0.169587;RO=0;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0779302,0.0493615;OID=.,.;OPOS=137561078,137561078;OREF=GTGT,GT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.352941,0.647059:6,2:18:6,11:17:0:3,0:3,11:0:0:34:0:2,0:4,2:0:0 chr7 137564501 . C G 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.438;QD=58.9542;RBI=0.0184026;REFB=0;REVB=0.0144619;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138574;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr7 137600690 . C T 2752.58 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282881;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6873;QD=62.2051;RBI=0.0311111;REFB=0.0644308;REVB=0.0129492;RO=1;SAF=81;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012623;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:177:1:0:176:177:1:95:81:0:1:96:81:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 347.97 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0115345;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.961;QD=17.3987;RBI=0.0190311;REFB=-0.0220902;REVB=0.0151374;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575906;STB=0.515595;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=0.0228758;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4625:35:80:37:80:43:20:17:22:21:99:41:20:15:21:20 chr7 137801413 . A C 283.28 PASS AF=0.407407;AO=28;DP=75;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000314249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.43;QD=13.9892;RBI=0.0422096;REFB=-0.0329859;REVB=0.0422084;RO=44;SAF=7;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314973;STB=0.707948;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0306691;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:44:48:28:33:0.407407:21:7:23:21:26:7:25:23 chr7 138270657 . G A 1280.0 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.307;QD=58.8504;RBI=0.0117903;REFB=0;REVB=0.00945255;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181865;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:87:0:0:78:87:1:45:33:0:0:51:36:0:0 chr7 138312122 . A C 1514.54 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.353;QD=62.4552;RBI=0.0609831;REFB=-0.101666;REVB=0.0360995;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000308301;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:0:1:95:96:0.989691:46:49:0:0:46:50:0:1 chr7 138417718 . A G 1003.43 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300895;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2445;QD=58.1699;RBI=0.00968367;REFB=-0.0793045;REVB=0.00920433;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240396;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:69:1:0:68:69:1:44:24:1:0:44:25:0:0 chr7 138418910 . G A 442.84 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240781;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.743;QD=57.1406;RBI=0.118721;REFB=0;REVB=0.116254;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480748;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:25:31:1:11:14:0:0:12:19:0:0 chr7 138455988 . A G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00776697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.497;QD=28.141;RBI=0.0137917;REFB=-0.0208419;REVB=-0.0113967;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282844;STB=0.658324;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0221953;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:4:12:2:5:4:12:2:5 chr7 138486096 . G C 365.7 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.159;QD=54.1779;RBI=0.0533314;REFB=0;REVB=-0.0113299;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094061;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:12:15:0:0 chr7 138561175 . C G 71.53 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0012156;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1262;QD=5.29849;RBI=0.00121624;REFB=-0.0012945;REVB=-3.93585e-05;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13207;STB=0.54786;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00549434;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:54:40:43:11:11:0.203704:6:5:14:26:6:5:17:26 chr7 138583840 . C A 1495.58 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00608198;FXX=0.0285687;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.055;QD=58.6502;RBI=0.00834196;REFB=0.0275072;REVB=0.00570945;RO=1;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083971;STB=0.504424;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-1.68589e-06;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:102:1:1:101:101:0.990196:56:45:0:1:56:45:0:1 chr7 138710937 . T C 251.6 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0083369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.598;QD=17.0573;RBI=0.0245307;REFB=-0.0107222;REVB=0.0230706;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688529;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0140314;OID=.;OPOS=138710937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:17:11:12:18:17:11:12:19 chr7 138732457 . G A 489.52 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0120403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.89;QD=15.6648;RBI=0.0319083;REFB=0.000145371;REVB=0.0295495;RO=70;SAF=29;SAR=25;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138361;STB=0.572091;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000177486;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:71:54:54:0.432:25:29:47:23:25:29:47:24 chr7 138732497 . G A 389.61 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00475754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7623;QD=16.4044;RBI=0.0285557;REFB=-0.00502603;REVB=-0.0281566;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318465;STB=0.548926;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00260722;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:54:41:41:0.431579:21:20:25:23:21:20:31:23 chr7 138740037 . G C 445.46 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0303161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.131;QD=23.4451;RBI=0.0313108;REFB=-0.034052;REVB=-0.0078295;RO=33;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927049;STB=0.550996;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0256358;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:16:27:17:16:16:27:17:16 chr7 138761034 . G C 298.77 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00640546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.469;QD=11.8325;RBI=0.011211;REFB=0.00142367;REVB=-0.00920094;RO=65;SAF=21;SAR=15;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511048;STB=0.529395;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00228664;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:15:21:35:30:15:21:35:30 chr7 138764060 . G A 290.7 PASS AF=0.346939;AO=33;DP=97;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0324757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.757;QD=11.8651;RBI=0.0330846;REFB=0.000146618;REVB=-0.00631857;RO=63;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210666;STB=0.515616;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.000363058;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:63:64:33:34:0.346939:21:12:24:39:22:12:24:40 chr7 138764145 . T C 216.0 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0284811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.926;QD=15.158;RBI=0.0285407;REFB=-0.000808151;REVB=0.00184303;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808274;STB=0.545957;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.000947619;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:14:18:16:9:14:18 chr7 138764233 . C T 103.75 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00660236;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.046;QD=9.43143;RBI=0.0221959;REFB=0.00145466;REVB=-0.0211912;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141178;STB=0.576399;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00375862;OID=.;OPOS=138764233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:32:31:13:13:0.295455:6:7:21:11:6:7:20:11 chr7 138818632 . G A 341.9 PASS AF=0.375;AO=40;DP=110;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00275921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5112;QD=12.2108;RBI=0.0190868;REFB=-0.00783012;REVB=0.0188864;RO=68;SAF=24;SAR=16;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203586;STB=0.512405;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00992755;OID=.;OPOS=138818632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:68:70:40:42:0.375:16:24:42:26:17:25:43:27 chr7 138819445 . C T 90.81 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00167916;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0191;QD=5.85886;RBI=0.0082598;REFB=-0.00708647;REVB=-0.00808732;RO=47;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177675;STB=0.602595;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0304205;OID=.;OPOS=138819445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:65:62:47:48:14:14:0.225806:6:8:20:27:6:8:21:27 chr7 138827005 . CAAAAAG CAAAAGA 37.15 PASS AF=0.137931;AO=7;DP=61;FAO=8;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=-0.00176964;FXX=0.0491723;HRUN=5;LEN=2;MLLD=64.5725;QD=2.56228;RBI=0.0167937;REFB=-0.000178587;REVB=0.0167002;RO=38;SAF=7;SAR=0;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.787115;STB=0.938865;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0558797;OID=.;OPOS=138827010;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=CAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137931:7:61:8:58:50:7:1:11:39:34:38:7:0:8:30 chr7 138831707 . C T 187.08 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00866791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.262;QD=14.6728;RBI=0.00871934;REFB=-0.0055327;REVB=-0.000945688;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902056;STB=0.542332;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0127478;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:15:14:12:9:15:15 chr7 138916654 . G T 566.9 PASS AF=0.346154;AO=72;DP=208;FAO=72;FDP=208;FR=.;FRO=136;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=0.0158872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9103;QD=10.9018;RBI=0.0240051;REFB=-0.0131203;REVB=0.0179956;RO=136;SAF=40;SAR=32;SRF=62;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113858;STB=0.565014;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0219862;OID=.;OPOS=138916654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:136:136:72:72:0.346154:32:40:62:74:32:40:62:74 chr7 138946296 . A G 512.68 PASS AF=0.398601;AO=56;DP=142;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0166932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.623;QD=14.3408;RBI=0.0168972;REFB=-0.028913;REVB=-0.00261733;RO=82;SAF=28;SAR=28;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257312;STB=0.508713;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0347401;OID=.;OPOS=138946296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:82:86:56:57:0.398601:28:28:43:39:28:29:45:41 chr7 138967814 . G A 419.53 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00530106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.362;QD=14.5925;RBI=0.00652476;REFB=-0.0151737;REVB=-0.00380411;RO=66;SAF=32;SAR=16;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132918;STB=0.571398;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0131678;OID=.;OPOS=138967814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:66:67:48:48:0.417391:16:32:36:30:16:32:37:30 chr7 139000085 . T C 69.07 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00576478;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.662;QD=13.1564;RBI=0.0383662;REFB=0.0460194;REVB=0.0379306;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.723608;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0276097;OID=.;OPOS=139000085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:22:21:11:12:9:9:0.428571:7:2:6:5:7:2:7:5 chr7 139026152 . T G 498.57 PASS AF=0.465517;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0511933;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6375;QD=17.1921;RBI=0.0552906;REFB=-0.0145243;REVB=-0.0208877;RO=54;SAF=23;SAR=30;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112714;STB=0.584977;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0170619;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:62:53:54:0.465517:30:23:17:37:31:23:17:45 chr7 139077240 . C A 197.1 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0158497;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9519;QD=17.1393;RBI=0.0387214;REFB=0.0134221;REVB=-0.0353289;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273976;STB=0.653715;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0110338;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:22:4:8:12:22:4 chr7 139077317 . T A 207.19 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0405251;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.5911;QD=16.2504;RBI=0.0538037;REFB=-0.0392787;REVB=-0.0353915;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467648;STB=0.537348;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0365116;OID=.;OPOS=139077317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:18:20:20:21:0.411765:10:10:10:8:10:11:12:8 chr7 139097282 . ATT ACT,ACTT,A,AT 364.48 PASS AF=0.172414,0.252874,0,0;AO=9,12,14,12;DP=91;FAO=15,22,0,0;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=8,18,0,0;FSAR=7,4,0,0;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.000740716,0.00174275,-0.0650329,-0.129905;FXX=0.0333296;HRUN=12,0,12,12;LEN=1,1,2,1;MLLD=132.827,132.786,6.02689,3.04734;QD=16.7575;RBI=0.738358,0.0233661,0.736764,1.25374;REFB=-0.00367317,-0.00305609,-0.0336822,-0.0343403;REVB=-0.738357,0.023301,-0.733889,-1.24699;RO=11;SAF=8,12,9,5;SAR=1,0,5,7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.370366,0.800379,0.00546547,-0.181486;STB=0.536184,0.705119,0.5,0.5;STBP=0.771,0.037,1,1;TYPE=snp,ins,del,del;VARB=-0.00308136,0.00978161,0.0320733,-0.0945293;OID=.,.,.,.;OPOS=139097283,139097283,139097283,139097283;OREF=T,-,TT,T;OALT=C,C,-,-;OMAPALT=ACT,ACTT,A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.172414,0.252874,0,0:9,12,14,12:91:15,22,0,0:87:50:8,18,0,0:7,4,0,0:29:21:67:11:8,12,9,5:1,0,5,7:7:4 chr7 139107660 . A G 265.82 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0105538;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.864;QD=13.1271;RBI=0.0140553;REFB=-0.000740983;REVB=0.00928261;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173604;STB=0.598512;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00165706;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:50:31:31:0.382716:13:18:20:28:13:18:21:29 chr7 139138871 . T G 39.9 PASS AF=0.123596;AO=4;DP=84;FAO=11;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.000219301;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.697;QD=1.7931;RBI=0.0052025;REFB=-0.0107407;REVB=-0.00519788;RO=60;SAF=3;SAR=1;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360611;STB=0.756948;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.11196;OID=.;OPOS=139138871;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:84:89:60:78:4:11:0.123596:1:3:22:38:3:8:33:45 chr7 139167681 . GCGGGGC CGCGGGC,GCGGG,GCGGGC 259.97 PASS AF=0,0,0.85;AO=2,5,20;DP=40;FAO=0,0,34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00190849,0.00842276,0.188771;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=11.7499,187.179,13.1981;QD=25.9972;RBI=0.0997166,0.0303408,0.199897;REFB=-0.0563367,-0.0156751,-0.151277;REVB=-0.0996983,-0.0291483,-0.0657578;RO=10;SAF=0,4,4;SAR=2,1,16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.57573,0.347085,-0.235293;STB=0.5,0.5,0.53479;STBP=1,1,0.327;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.0880095;OID=.,.,.;OPOS=139167681,139167686,139167683;OREF=GCG,GC,G;OALT=CGC,-,-;OMAPALT=CGCGGGC,GCGGG,GCGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:19:40:40:10:6:2,5,20:0,0,34:0,0,0.85:2,1,16:0,4,4:5:5:0,0,21:0,0,13:1:5 chr7 139246987 . C T 227.01 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0335191;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.368;QD=21.1172;RBI=0.0337074;REFB=-0.0376854;REVB=-0.00355804;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161549;STB=0.509083;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0377951;OID=.;OPOS=139246987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:13:8:8:14:13:8 chr7 139252780 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.155;QD=62.6694;RBI=0.0415444;REFB=0;REVB=0.0407103;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134746;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr7 139268736 . C CG 87.74 PASS AF=0.207921;AO=20;DP=106;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=63;FWDB=0.00410349;FXX=0.0194156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.372;QD=3.47503;RBI=0.0260615;REFB=-0.00399744;REVB=-0.0257364;RO=81;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516966;STB=0.918497;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.141538;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207921:20:106:21:101:80:18:3:17:63:87:81:14:6:21:60 chr7 139268761 . C CG 58.39 PASS AF=0.209524;AO=26;DP=109;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=62;FWDB=-0.100555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.4928;QD=2.22436;RBI=0.120529;REFB=-0.0535439;REVB=-0.0664527;RO=83;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433501;STB=0.803972;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.113921;OID=.;OPOS=139268762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209524:26:109:22:105:83:15:7:21:62:58:83:16:10:21:62 chr7 139288937 . C T 591.97 PASS AF=0.57;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0126155;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7257;QD=23.6786;RBI=0.0172102;REFB=-0.000345898;REVB=0.0117064;RO=42;SAF=21;SAR=36;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249362;STB=0.640789;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000212055;OID=.;OPOS=139288937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:43:57:57:0.57:36:21:29:13:36:21:30:13 chr7 139575408 . C T 985.27 PASS AF=0.58125;AO=93;DP=160;FAO=93;FDP=160;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0130099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.42;QD=24.6318;RBI=0.0222301;REFB=-0.0220698;REVB=0.0180255;RO=67;SAF=46;SAR=47;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476505;STB=0.525886;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0157173;OID=.;OPOS=139575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:67:67:93:93:0.58125:47:46:29:38:47:46:29:38 chr7 139653196 . A C 1108.24 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0124909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0915;QD=57.5711;RBI=0.0201093;REFB=-0.0380406;REVB=0.0157594;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164471;STB=0.500869;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00104157;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:40:35:1:1:40:35:1:1 chr7 139724358 . G A 421.89 PASS AF=0.432432;AO=46;DP=109;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00743845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0609;QD=15.2031;RBI=0.00759722;REFB=-0.016851;REVB=0.00154505;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165838;STB=0.601965;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.015715;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:63:63:46:48:0.432432:25:21:39:24:27:21:39:24 chr7 139724555 . C T 458.04 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0299772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.404;QD=14.2027;RBI=0.0319739;REFB=-0.00116156;REVB=-0.011122;RO=76;SAF=34;SAR=18;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285531;STB=0.664236;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00102419;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:77:52:52:0.403101:18:34:29:47:18:34:29:48 chr7 139727135 . G A 415.25 PASS AF=0.483146;AO=38;DP=85;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0015932;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.512;QD=18.663;RBI=0.0130527;REFB=-0.00825021;REVB=0.0129551;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268047;STB=0.653716;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00751888;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:46:46:38:43:0.483146:15:23:15:31:16:27:15:31 chr7 139784641 . A G 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.156;QD=63.6132;RBI=0.0276934;REFB=0;REVB=0.0274109;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14553e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr7 139785701 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00847176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.794;QD=16.0426;RBI=0.0131678;REFB=-0.00649299;REVB=0.0100807;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801459;STB=0.54605;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00791386;OID=.;OPOS=139785701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:13:13:8:11:13:13 chr7 140125839 . G A 137.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0456154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.598;QD=11.4891;RBI=0.0459866;REFB=-0.0199044;REVB=-0.0058314;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176845;STB=0.604042;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.041838;OID=.;OPOS=140125839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:21:11:8:8:21:11 chr7 140258000 . T C 689.09 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.192;QD=62.6449;RBI=0.0131162;REFB=0;REVB=-0.0130636;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85106e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr7 140301731 . G T 530.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0084807;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.233;QD=57.3699;RBI=0.0180741;REFB=-0.134946;REVB=0.0159609;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533314;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000720637;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:36:36:0.972973:7:29:0:0:7:29:0:1 chr7 140426257 . A G 297.13 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00377951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4745;QD=18.2849;RBI=0.0810317;REFB=0.0127729;REVB=0.0809435;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970047;STB=0.554137;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00629844;OID=.;OPOS=140426257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:15:17:14:19:15:17:14:19 chr7 140774467 . C G 243.14 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7741;QD=44.2075;RBI=0.0325432;REFB=0.0247369;REVB=0.0246334;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843034;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00120141;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:22:22:2:1:20:21:0.954545:11:9:1:1:11:10:0:1 chr7 141420768 . A G 379.5 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0207583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.72;QD=15.6494;RBI=0.0238291;REFB=-0.00884611;REVB=0.0117012;RO=55;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113512;STB=0.574823;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0141893;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:56:40:41:0.42268:24:16:28:27:25:16:29:27 chr7 141429371 . T G 319.04 PASS AF=0.375;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0213831;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6742;QD=13.2935;RBI=0.021394;REFB=-0.0322194;REVB=0.000684547;RO=60;SAF=27;SAR=9;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173412;STB=0.599941;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0510992;OID=.;OPOS=141429371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:60:36:36:0.375:9:27:37:23:9:27:37:23 chr7 141464765 . C T 500.24 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0311062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1244;QD=24.4017;RBI=0.0327814;REFB=-0.00163444;REVB=-0.0103451;RO=35;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970199;STB=0.553169;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000723215;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:26:21:20:15:26:21:20:15 chr7 141478297 . G C 73.15 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00332808;FXX=0.0697512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.603;QD=7.31533;RBI=0.00678389;REFB=0.00362268;REVB=-0.00591143;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209204;STB=0.632702;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0108851;OID=.;OPOS=141478297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:43:40:30:30:10:10:0.25:3:7:16:14:3:7:16:14 chr7 141478308 . T C 392.97 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.081584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7517;QD=33.4443;RBI=0.11914;REFB=-0.0148026;REVB=0.0868239;RO=15;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144371;STB=0.578465;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00975712;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:14:18:12:3:14:18:12:3 chr7 141478574 . G C 859.59 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8144;QD=55.4577;RBI=0.0291531;REFB=-0.171278;REVB=0.0268376;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00411539;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:60:61:0.983871:38:22:0:0:38:23:0:1 chr7 141478800 . G A 1491.47 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.785;QD=63.467;RBI=0.0202756;REFB=0;REVB=-0.0197689;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18282e-05;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr7 141490238 . G T 1362.13 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777142;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.089;QD=62.6266;RBI=0.125125;REFB=0;REVB=0.124884;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196715;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr7 141501943 . G C 689.82 PASS AF=1;AO=38;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114245;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3677;QD=56.3116;RBI=0.114625;REFB=0;REVB=0.00932415;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104433;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:38:49:1:17:21:0:0:18:31:0:0 chr7 141537735 . T G 2194.52 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8707;QD=62.256;RBI=0.01902;REFB=0;REVB=0.0144478;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.984e-05;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:141:0:0:129:141:1:67:62:0:0:72:69:0:0 chr7 141537942 . T TCAA 266.11 PASS AF=0.6;AO=21;DP=65;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0319594;FXX=0.111086;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.482;QD=26.6113;RBI=0.0340935;REFB=-0.0268574;REVB=0.0118727;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232907;STB=0.559274;STBP=0.362;TYPE=ins;VARB=0.0184655;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:21:65:24:40:16:11:13:5:11:99:42:9:12:10:32 chr7 141537945 . T A 83.26 PASS AF=0.220339;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00567858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.248;QD=5.64503;RBI=0.0060782;REFB=-0.00493621;REVB=-0.00216754;RO=46;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289561;STB=0.706773;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0152355;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:12:13:0.220339:10:2:16:30:11:2:16:30 chr7 141619035 . G A 610.98 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.017029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.523;QD=15.5663;RBI=0.0194932;REFB=-0.0109469;REVB=0.00948668;RO=89;SAF=28;SAR=40;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096381;STB=0.553854;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0146717;OID=.;OPOS=141619035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:89:89:68:68:0.433121:40:28:45:44:40:28:45:44 chr7 141619152 . G A 847.24 PASS AF=0.417778;AO=93;DP=224;FAO=94;FDP=225;FR=.;FRO=131;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.0258324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.292;QD=15.0621;RBI=0.0286834;REFB=-0.00556806;REVB=0.0124671;RO=131;SAF=47;SAR=46;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016313;STB=0.503972;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00799351;OID=.;OPOS=141619152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:131:131:93:94:0.417778:46:47:66:65:46:48:66:65 chr7 141672604 . T C 748.24 PASS AF=1;AO=29;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.225949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5024;QD=62.3532;RBI=0.228386;REFB=0;REVB=0.0332734;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164815;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:29:48:1:26:3:0:0:26:22:0:0 chr7 141673074 . T C 75.54 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0378871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.146;QD=11.6219;RBI=0.0390928;REFB=-0.0357349;REVB=-0.00963402;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452352;STB=0.738722;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0544925;OID=.;OPOS=141673074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:15:16:10:10:0.384615:6:4:13:2:6:4:13:3 chr7 141673345 . C G 482.24 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1895;QD=58.4538;RBI=0.0362366;REFB=0;REVB=0.0204576;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089812;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:24:9:0:0 chr7 141747658 . A G 874.37 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8555;QD=54.648;RBI=0.0250364;REFB=-0.150554;REVB=-0.0130117;RO=2;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362762;STB=0.519225;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00400617;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:25:37:0:2:25:37:0:2 chr7 141776575 . T A 1080.94 PASS AF=0.624204;AO=96;DP=157;FAO=98;FDP=157;FR=.;FRO=59;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0266383;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6413;QD=27.5397;RBI=0.0272576;REFB=-0.0137025;REVB=-0.0057773;RO=58;SAF=50;SAR=46;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744537;STB=0.538813;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00780639;OID=.;OPOS=141776575;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:58:59:96:98:0.624204:46:50:24:34:48:50:24:35 chr7 141778230 . A C 861.42 PASS AF=0.553333;AO=83;DP=149;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00710408;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.427;QD=22.9711;RBI=0.0112165;REFB=-0.0254513;REVB=0.00867999;RO=64;SAF=30;SAR=53;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152743;STB=0.587795;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0191641;OID=.;OPOS=141778230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:64:67:83:83:0.553333:53:30:35:29:53:30:37:30 chr7 141780627 . G A 654.32 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.000941951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.566;QD=17.2189;RBI=0.00852456;REFB=-0.0224104;REVB=-0.00847235;RO=82;SAF=45;SAR=25;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190196;STB=0.605739;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0316596;OID=.;OPOS=141780627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:25:45:37:45:25:45:37:45 chr7 141781935 . G A 652.77 PASS AF=0.561404;AO=61;DP=112;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0086471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.6;QD=22.9041;RBI=0.0114444;REFB=-0.0221195;REVB=0.00749679;RO=50;SAF=29;SAR=32;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112454;STB=0.550515;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0163603;OID=.;OPOS=141781935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:50:50:61:64:0.561404:32:29:17:33:35:29:17:33 chr7 141781946 . C T 572.91 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00330465;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.016;QD=20.8329;RBI=0.0036434;REFB=-0.0248421;REVB=0.00153418;RO=49;SAF=26;SAR=32;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086435;STB=0.549279;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0208528;OID=.;OPOS=141781946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:52:58:58:0.527273:32:26:17:32:32:26:18:34 chr7 141782370 . G A 382.54 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0179929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.986;QD=13.5411;RBI=0.01807;REFB=-0.001338;REVB=0.0016669;RO=68;SAF=14;SAR=31;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165965;STB=0.594332;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00272758;OID=.;OPOS=141782370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:31:14:31:37:31:14:31:37 chr7 141783180 . A G 1537.56 PASS AF=0.57438;AO=139;DP=245;FAO=139;FDP=242;FR=.;FRO=103;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.013912;FXX=0.0122444;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.974;QD=25.4142;RBI=0.0329554;REFB=-0.00360267;REVB=-0.029875;RO=101;SAF=68;SAR=71;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889731;STB=0.547898;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0028914;OID=.;OPOS=141783180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:242:101:103:139:139:0.57438:71:68:61:40:71:68:62:41 chr7 141786096 . T C 781.92 PASS AF=0.610169;AO=71;DP=118;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00745609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.598;QD=26.5057;RBI=0.0358248;REFB=-0.0128552;REVB=0.0350403;RO=46;SAF=29;SAR=42;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114658;STB=0.564152;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0114803;OID=.;OPOS=141786096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:46:46:71:72:0.610169:42:29:26:20:43:29:26:20 chr7 141794263 . A G 1436.8 PASS AF=0.633663;AO=128;DP=202;FAO=128;FDP=202;FR=.;FRO=74;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00225905;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.464;QD=28.4515;RBI=0.0097377;REFB=-0.0182543;REVB=0.00947203;RO=73;SAF=62;SAR=66;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151534;STB=0.505727;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0105834;OID=.;OPOS=141794263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:73:74:128:128:0.633663:66:62:37:36:66:62:37:37 chr7 141796131 . G A 138.94 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00391087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.693;QD=7.51044;RBI=0.0152926;REFB=-0.00561983;REVB=-0.014784;RO=53;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174561;STB=0.589724;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0151852;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:19:20:0.27027:11:8:30:23:11:9:31:23 chr7 141838362 . C G 488.96 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=119;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0113287;FXX=0.0166653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.589;QD=16.5747;RBI=0.0235187;REFB=-0.0248018;REVB=-0.0206104;RO=59;SAF=23;SAR=30;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181657;STB=0.605176;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0311658;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:59:64:53:54:0.457627:30:23:37:22:30:24:41:23 chr7 141857846 . A G 2735.87 PASS AF=0.99435;AO=175;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.591;QD=61.8275;RBI=0.0279522;REFB=-0.0660348;REVB=-0.00730352;RO=1;SAF=85;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525988;STB=0.502762;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000103607;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:175:176:0.99435:90:85:0:1:90:86:0:1 chr7 141896059 . A G 1730.1 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.054;QD=60.7051;RBI=0.0374394;REFB=0;REVB=-0.0275578;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84558e-06;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:52:60:0:0:53:61:0:0 chr7 141898522 . T A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.49;QD=62.3484;RBI=0.00229934;REFB=0;REVB=-0.000191829;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96327e-06;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr7 141957504 . A G 250.65 PASS AF=0.483333;AO=25;DP=56;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00598589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.908;QD=16.7099;RBI=0.00702684;REFB=-0.0259879;REVB=0.00368043;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642013;STB=0.567228;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0270458;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:30:31:25:29:0.483333:16:9:9:21:17:12:9:22 chr7 142001030 . A G 1816.1 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0376683;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.16;QD=59.5443;RBI=0.0389957;REFB=-0.100946;REVB=0.0100877;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.508473;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0004327;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:122:0:2:119:120:0.983607:58:61:0:0:58:62:0:2 chr7 142013384 . G A,C 1565.25 PASS AF=0.0373832,0.962617;AO=4,103;DP=107;FAO=4,103;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=4,61;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166009,0.0166471;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.8538,115.289;QD=58.5141;RBI=0.032227,0.0299495;REFB=0,0;REVB=0.0276223,0.0248967;RO=0;SAF=4,61;SAR=0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.08734e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.25689,-0.000181931;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:107:107:0:0:4,103:4,103:0.0373832,0.962617:0,42:4,61:0:0:0,42:4,61:0:0 chr7 142045613 . G T 47.22 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0146207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.54;QD=3.04628;RBI=0.0311647;REFB=0.00116718;REVB=-0.0275222;RO=51;SAF=4;SAR=5;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150864;STB=0.602613;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00666708;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:62:51:53:9:9:0.145161:5:4:29:22:5:4:30:23 chr7 142045678 . ACT GTC 57.26 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0116522;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.895;QD=3.13748;RBI=0.0177595;REFB=-0.00474729;REVB=-0.0134025;RO=61;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576968;STB=0.534889;STBP=0.899;TYPE=mnp;VARB=0.0261861;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:73:61:62:11:11:0.150685:3:8:42:19:3:8:43:19 chr7 142045683 . A G 58.24 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=0.00497688;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.179;QD=3.28086;RBI=0.011762;REFB=0.00377553;REVB=-0.0106572;RO=59;SAF=8;SAR=3;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240739;STB=0.511162;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.015663;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:59:60:11:11:0.15493:3:8:43:16:3:8:43:17 chr7 142045690 . A G 60.85 PASS AF=0.16;AO=11;DP=74;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.00166452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.953;QD=3.24521;RBI=0.00650187;REFB=-0.000498397;REVB=-0.00628519;RO=63;SAF=8;SAR=3;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045073;STB=0.562402;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00172991;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:74:75:63:63:11:12:0.16:3:8:46:17:4:8:46:17 chr7 142045692 . AC GT 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.00518641;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.174;QD=3.47855;RBI=0.0204379;REFB=-0.0032983;REVB=-0.0197689;RO=62;SAF=8;SAR=4;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112511;STB=0.574352;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=0.0144507;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:4:8:46:16:4:8:46:16 chr7 142045802 . T C 159.11 PASS AF=0.242105;AO=24;DP=95;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0963474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9682;QD=6.69919;RBI=0.0966929;REFB=-0.0198635;REVB=-0.00816734;RO=70;SAF=14;SAR=10;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681888;STB=0.528626;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0396551;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:72:24:23:0.242105:10:14:37:33:10:13:38:34 chr7 142045848 . T C 958.33 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150009;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.331;QD=58.9743;RBI=0.0224829;REFB=0;REVB=0.0167467;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80724e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr7 142045899 . A G 89.05 PASS AF=0.236364;AO=11;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.102758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7394;QD=6.47612;RBI=0.104984;REFB=0.00433936;REVB=0.0215028;RO=42;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187698;STB=0.691087;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0116537;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:55:42:42:11:13:0.236364:8:3:7:35:8:5:7:35 chr7 142045912 . A G 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0215876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.733;QD=7.34929;RBI=0.0227548;REFB=-0.0105555;REVB=-0.00719413;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293471;STB=0.675456;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0274364;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:7:32:8:5:7:32 chr7 142045924 . A G 437.51 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0581335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.314;QD=38.8896;RBI=0.0615731;REFB=-0.0529929;REVB=0.0202914;RO=11;SAF=7;SAR=27;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153724;STB=0.583731;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0205461;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:27:7:5:6:27:7:5:6 chr7 142099484 . G C 91.06 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0981512;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4366;QD=5.5187;RBI=0.0994931;REFB=-0.0162649;REVB=0.0162855;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297108;STB=0.622598;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0341849;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:61:66:45:51:15:15:0.227273:7:8:13:32:7:8:19:32 chr7 142099512 . T G 77.9 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0190437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.518;QD=3.94434;RBI=0.0223238;REFB=-0.00379684;REVB=-0.0116487;RO=63;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355505;STB=0.714741;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0178476;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:77:79:63:65:14:14:0.177215:5:9:22:41:5:9:24:41 chr7 142099541 . T C 33.08 PASS AF=0.097561;AO=7;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0148324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.852;QD=1.61384;RBI=0.0167553;REFB=-0.00319704;REVB=-0.00779364;RO=74;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307697;STB=0.775808;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0332829;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:7:8:0.097561:2:5:32:42:2:6:32:42 chr7 142099548 . A G 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00545748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.524;QD=1.57977;RBI=0.00706879;REFB=-0.00174075;REVB=-0.00449263;RO=75;SAF=6;SAR=2;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311476;STB=0.744838;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0225637;OID=.;OPOS=142099548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:2:6:36:39:2:6:36:39 chr7 142119831 . G A 179.19 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0195257;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.207;QD=8.84869;RBI=0.0401228;REFB=-0.00589492;REVB=0.0350511;RO=57;SAF=14;SAR=10;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534201;STB=0.503169;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0170108;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:10:14:33:24:10:14:33:24 chr7 142124170 . C T 1333.97 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146293;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.734;QD=61.3318;RBI=0.0177412;REFB=-0.0247235;REVB=0.0100365;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000272607;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:1:0:37:49:1:0 chr7 142124424 . T G 1884.95 PASS AF=0.947761;AO=127;DP=133;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00482189;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.574;QD=56.2673;RBI=0.0248105;REFB=-0.0208648;REVB=0.0243375;RO=6;SAF=53;SAR=74;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363708;STB=0.515374;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00156952;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:133:134:6:7:127:127:0.947761:74:53:5:1:73:54:5:2 chr7 142124492 . C T 35.86 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00325364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.554;QD=1.52589;RBI=0.00945127;REFB=-0.00405257;REVB=0.00887357;RO=85;SAF=7;SAR=2;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344084;STB=0.769728;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0194925;OID=.;OPOS=142124492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:2:7:41:44:2:7:41:44 chr7 142124539 . C T 88.76 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00301854;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9153;QD=4.67183;RBI=0.00911084;REFB=-0.0138509;REVB=-0.00859627;RO=57;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180444;STB=0.642664;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0837912;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:76:57:61:15:15:0.197368:5:10:30:27:5:10:30:31 chr7 142131832 . C T 58.13 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0046243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.253;QD=4.9469;RBI=0.0122871;REFB=-0.000465867;REVB=0.0113837;RO=38;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526006;STB=0.836954;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00269671;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:7:2:26:12:7:2:26:12 chr7 142131836 . C G 32.96 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0788305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8606;QD=2.99623;RBI=0.0790286;REFB=-0.00647011;REVB=-0.00559214;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577094;STB=0.887094;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0155173;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:5:1:26:11:5:1:26:12 chr7 142139348 . C T 1498.81 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107553;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5767;QD=59.3587;RBI=0.0114685;REFB=0;REVB=0.00398136;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127651;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:56:44:0:0:56:45:0:0 chr7 142139783 . C A 862.77 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00659379;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.492;QD=54.779;RBI=0.0210636;REFB=-0.114021;REVB=0.0200049;RO=2;SAF=30;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304238;STB=0.51562;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00440822;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:60:61:0.968254:30:30:2:0:30:31:2:0 chr7 142143804 . A C 2296.68 PASS AF=0.987261;AO=146;DP=149;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00901748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.176;QD=58.5142;RBI=0.0102916;REFB=0.0138122;REVB=-0.00495998;RO=2;SAF=87;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158455;STB=0.507245;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000103089;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:157:2:2:146:155:0.987261:59:87:0:2:68:87:0:2 chr7 142143879 . A T 95.34 PASS AF=0.115385;AO=24;DP=209;FAO=24;FDP=208;FR=.;FRO=184;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=101;FWDB=-0.00708139;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0588;QD=1.83354;RBI=0.00810392;REFB=-0.0114651;REVB=0.00394048;RO=184;SAF=9;SAR=15;SRF=83;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966001;STB=0.569248;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0366874;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:209:208:184:184:24:24:0.115385:15:9:83:101:15:9:83:101 chr7 142143906 . GT CC 161.14 PASS AF=0.162437;AO=32;DP=198;FAO=32;FDP=197;FR=.;FRO=165;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=0.0128362;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.391;QD=3.27178;RBI=0.0128687;REFB=-0.00170869;REVB=0.000913456;RO=162;SAF=13;SAR=19;SRF=85;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151804;STB=0.596137;STBP=0.228;TYPE=mnp;VARB=0.00899751;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:162:165:32:32:0.162437:19:13:85:77:19:13:86:79 chr7 142143941 . T C 225.59 PASS AF=0.201058;AO=38;DP=188;FAO=38;FDP=189;FR=.;FRO=151;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=-0.0161951;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.392;QD=4.77448;RBI=0.0174533;REFB=-7.02283e-05;REVB=0.00650663;RO=150;SAF=18;SAR=20;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810337;STB=0.507808;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000262271;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:150:151:38:38:0.201058:20:18:72:78:20:18:73:78 chr7 142144022 . T C 134.23 PASS AF=0.201754;AO=22;DP=114;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0297154;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.783;QD=4.70982;RBI=0.0332391;REFB=-0.00453728;REVB=-0.0148941;RO=91;SAF=9;SAR=13;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149892;STB=0.608601;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0214873;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:91:91:22:23:0.201754:13:9:48:43:14:9:48:43 chr7 142144059 . A C 74.51 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=89;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00413914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.727;QD=3.20459;RBI=0.00667229;REFB=-0.00924384;REVB=-0.00523326;RO=79;SAF=3;SAR=7;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262504;STB=0.594701;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0408899;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:93:79:78:10:15:0.16129:7:3:41:38:9:6:40:38 chr7 142144091 . GG AA 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0229193;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=220.024;QD=3.15231;RBI=0.0236028;REFB=-0.00029316;REVB=-0.00563914;RO=57;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196472;STB=0.635029;STBP=0.364;TYPE=mnp;VARB=0.00160626;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:6:4:32:25:6:4:32:25 chr7 142144101 . C T 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0117702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.766;QD=3.13451;RBI=0.0121811;REFB=0.00720428;REVB=-0.00313726;RO=48;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277001;STB=0.70789;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0125705;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:48:53:9:9:0.145161:6:3:27:21:6:3:31:22 chr7 142149349 . A C 877.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245017;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.676;QD=57.5178;RBI=0.0271325;REFB=0;REVB=-0.0116551;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16283e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:30:31:0:0 chr7 142162001 . A C 3651.42 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653875;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.045;QD=63.2281;RBI=0.0589513;REFB=0;REVB=0.0585875;RO=0;SAF=104;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55321e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:231:0:0:225:231:1:121:104:0:0:127:104:0:0 chr7 142162050 . A G 4301.92 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211439;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.333;QD=63.0317;RBI=0.0231935;REFB=0;REVB=0.00953269;RO=0;SAF=132;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22003e-05;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:273:0:0:272:273:1:140:132:0:0:140:133:0:0 chr7 142168429 . A G 877.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144203;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.666;QD=57.5248;RBI=0.0151447;REFB=0;REVB=0.00462789;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754009;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:29:32:0:0 chr7 142168452 . C A 1141.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709746;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.731;QD=59.3108;RBI=0.00735501;REFB=0;REVB=0.00192932;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175914;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:36:37:0:0:38:39:0:0 chr7 142168662 . CG TC 1108.29 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=78;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00801864;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.269;QD=58.3311;RBI=0.043789;REFB=-0.0721398;REVB=0.0430485;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.528;TYPE=mnp;VARB=0.00144411;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:76:0:1:73:75:0.986842:39:34:0:0:39:36:0:1 chr7 142168856 . C G 647.83 PASS AF=0.9;AO=35;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.119827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1367;QD=51.8266;RBI=0.120246;REFB=-0.158481;REVB=-0.0100291;RO=6;SAF=14;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743081;STB=0.506699;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0197816;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:50:50:6:5:35:45:0.9:21:14:4:2:21:24:3:2 chr7 142176378 . A G 1061.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00417188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.979;QD=58.1459;RBI=0.0442787;REFB=-0.146319;REVB=0.0440817;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000614889;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:0:1:40:32:0:1 chr7 142180646 . AG CT 62.71 PASS AF=0.0833333;AO=22;DP=275;FAO=23;FDP=276;FR=.;FRO=253;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=136;FSRR=117;FWDB=-0.0252951;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.714;QD=0.908829;RBI=0.043313;REFB=-0.000694356;REVB=-0.0351593;RO=247;SAF=22;SAR=0;SRF=132;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595562;STB=0.942194;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00815487;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:275:276:247:253:22:23:0.0833333:0:22:132:115:1:22:136:117 chr7 142180704 . G T 478.41 PASS AF=0.227545;AO=76;DP=334;FAO=76;FDP=334;FR=.;FRO=258;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=126;FSRR=132;FWDB=-0.00873104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.963;QD=5.7294;RBI=0.0131408;REFB=-0.00608007;REVB=-0.00982086;RO=257;SAF=29;SAR=47;SRF=125;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135823;STB=0.583899;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0138207;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:257:258:76:76:0.227545:47:29:125:132:47:29:126:132 chr7 142180737 . T A 488.16 PASS AF=0.258065;AO=72;DP=279;FAO=72;FDP=279;FR=.;FRO=207;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=99;FSRR=108;FWDB=0.0104665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.137;QD=6.99872;RBI=0.0207142;REFB=-0.00322526;REVB=-0.0178754;RO=206;SAF=29;SAR=43;SRF=98;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925052;STB=0.5569;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0291377;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:206:207:72:72:0.258065:43:29:98:108:43:29:99:108 chr7 142180770 . T C 447.92 PASS AF=0.268908;AO=63;DP=239;FAO=64;FDP=238;FR=.;FRO=174;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=83;FSRR=91;FWDB=0.00346256;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.634;QD=7.5281;RBI=0.00756375;REFB=-0.000828549;REVB=-0.00672465;RO=173;SAF=25;SAR=38;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104426;STB=0.56444;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0026049;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:173:174:63:64:0.268908:38:25:83:90:39:25:83:91 chr7 142231701 . G T 1043.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9081;QD=59.6191;RBI=0.00692763;REFB=0;REVB=-0.00671013;RO=0;SAF=53;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10733e-05;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:17:53:0:0:17:53:0:0 chr7 142242511 . A G 30.18 PASS AF=0.06875;AO=12;DP=160;FAO=11;FDP=160;FR=.;FRO=149;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=-0.0974931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5562;QD=0.754532;RBI=0.0975021;REFB=-0.0046039;REVB=-0.00132374;RO=148;SAF=6;SAR=6;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298958;STB=0.570009;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0371754;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:160:160:148:149:12:11:0.06875:6:6:78:70:6:5:79:70 chr7 142247134 . T C,G 1011.89 PASS AF=0.985507,0.0144928;AO=66,3;DP=69;FAO=68,1;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187231,-0.0382708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.253,96.0412;QD=58.6604;RBI=0.0901524,0.0382763;REFB=0,0;REVB=0.0881867,-0.000649381;RO=0;SAF=35,3;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.769e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000509715,0.0527533;OID=.,.;OPOS=142247134,142247134;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:69:69:0:0:66,3:68,1:0.985507,0.0144928:31,0:35,3:0:0:31,0:37,1:0:0 chr7 142247263 . G A 59.24 PASS AF=0.183673;AO=7;DP=47;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00197181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.731;QD=4.83593;RBI=0.00283442;REFB=-0.00208929;REVB=0.00203614;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489697;STB=0.86612;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0188619;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:49:37:40:7:9:0.183673:6:1:20:17:8:1:21:19 chr7 142247270 . TG CA 48.17 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0141426;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.639;QD=3.70522;RBI=0.0183702;REFB=-0.00184114;REVB=-0.0117239;RO=41;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517609;STB=0.865396;STBP=0.027;TYPE=mnp;VARB=0.00195686;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:54:52:41:44:8:8:0.153846:7:1:22:19:7:1:24:20 chr7 142247285 . G C 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.068617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4622;QD=2.49556;RBI=0.0778738;REFB=-0.00712265;REVB=-0.0368245;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183255;STB=0.639527;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0403225;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:4:2:22:23:4:2:22:23 chr7 142247288 . T C 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.022797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.475;QD=6.88081;RBI=0.0233184;REFB=-0.00605157;REVB=-0.00490391;RO=39;SAF=2;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477105;STB=0.803659;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0174138;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:10:2:21:18:10:2:21:18 chr7 142247347 . AT CC 86.35 PASS AF=0.25;AO=12;DP=55;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0380248;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.3253;QD=6.16792;RBI=0.0641698;REFB=-0.0114674;REVB=-0.0516902;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236386;STB=0.591971;STBP=0.426;TYPE=mnp;VARB=0.0297193;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:55:56:36:42:12:14:0.25:8:4:19:17:9:5:20:22 chr7 142247380 . T A 99.33 PASS AF=0.265306;AO=10;DP=51;FAO=13;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0429562;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2903;QD=8.10888;RBI=0.0429709;REFB=-0.00639685;REVB=0.00112433;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187504;STB=0.544414;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00731193;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:49:28:36:10:13:0.265306:8:2:9:19:9:4:13:23 chr7 142247396 . A T 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0273948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.828;QD=3.93888;RBI=0.0327951;REFB=0.00261175;REVB=-0.018029;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108754;STB=0.574265;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0154868;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:4:3:12:23:4:3:12:23 chr7 142250938 . T G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.458;QD=58.4197;RBI=0.0438123;REFB=0;REVB=-0.00701711;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101289;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr7 142250988 . G A 727.89 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7422;QD=60.6571;RBI=0.0264533;REFB=-0.0727333;REVB=-0.00770062;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00167883;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:28:18:0:1:28:19:0:1 chr7 142251132 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.063;QD=59.0179;RBI=0.0262808;REFB=0;REVB=0.0221418;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99852e-05;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 142326607 . C T 1784.16 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.111;QD=60.997;RBI=0.0314131;REFB=0;REVB=0.0309695;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87523e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:117:0:0:111:117:1:66:45:0:0:71:46:0:0 chr7 142326909 . C G 1012.93 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188529;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5401;QD=59.5838;RBI=0.0627821;REFB=0;REVB=0.0598845;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227472;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:34:34:0:0 chr7 142334648 . A T 1518.44 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000276995;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.819;QD=59.5465;RBI=0.0409239;REFB=0;REVB=-0.0409229;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206613;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:99:102:1:51:48:0:0:54:48:0:0 chr7 142374021 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0169872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.207;QD=10.4728;RBI=0.0299198;REFB=0.000137708;REVB=-0.0246298;RO=35;SAF=13;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151639;STB=0.590795;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000700807;OID=.;OPOS=142374021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:4:13:23:12:4:13:23:12 chr7 142378633 . G A 1052.87 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000622165;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2343;QD=56.9117;RBI=0.0220455;REFB=-0.0727281;REVB=0.0220367;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225076;STB=0.511901;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00234262;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:71:72:0.972973:41:30:0:2:41:31:0:2 chr7 142378831 . C G 980.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.195;QD=58.5367;RBI=0.0528846;REFB=0;REVB=0.0518508;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116758;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:26:39:0:0:28:39:0:0 chr7 142423562 . C T 1785.82 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2922;QD=61.0537;RBI=0.0153484;REFB=0;REVB=0.00813987;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96792e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:65:52:0:0:65:52:0:0 chr7 142458409 . C G 37.78 PASS AF=0.0691244;AO=15;DP=218;FAO=15;FDP=217;FR=.;FRO=202;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=117;FSRR=85;FWDB=0.0116972;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2417;QD=0.696319;RBI=0.0123861;REFB=-0.00188385;REVB=-0.0040733;RO=201;SAF=10;SAR=5;SRF=116;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102004;STB=0.586201;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0387193;OID=.;OPOS=142458409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:218:217:201:202:15:15:0.0691244:5:10:116:85:5:10:117:85 chr7 142458411 . GCCC GTCT 39.09 PASS AF=0.0688073;AO=14;DP=219;FAO=15;FDP=218;FR=.,HEALED;FRO=203;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=116;FSRR=87;FWDB=-0.019234;FXX=0.004566;HRUN=5;LEN=3;MLLD=239.111;QD=0.717198;RBI=0.0444252;REFB=-0.00257311;REVB=-0.0400457;RO=164;SAF=9;SAR=5;SRF=96;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677174;STB=0.59342;STBP=0.478;TYPE=mnp;VARB=0.0203023;OID=.;OPOS=142458412;OREF=CCC;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0688073:14:219:15:218:203:10:5:116:87:37:164:9:5:96:68 chr7 142458437 . C T 39.28 PASS AF=0.0669291;AO=16;DP=253;FAO=17;FDP=254;FR=.;FRO=237;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=142;FSRR=95;FWDB=-0.00675213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6217;QD=0.618566;RBI=0.0118765;REFB=-0.00021505;REVB=-0.00977036;RO=235;SAF=10;SAR=6;SRF=141;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278316;STB=0.547503;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00280571;OID=.;OPOS=142458437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:253:254:235:237:16:17:0.0669291:6:10:141:94:6:11:142:95 chr7 142458451 . A T 174.3 PASS AF=0.145038;AO=38;DP=262;FAO=38;FDP=262;FR=.;FRO=224;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=127;FSRR=97;FWDB=0.00554263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.672;QD=2.6611;RBI=0.005564;REFB=0.000294119;REVB=0.000487181;RO=223;SAF=26;SAR=12;SRF=127;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155517;STB=0.606794;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00316743;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:223:224:38:38:0.145038:12:26:127:96:12:26:127:97 chr7 142458511 . G T 84.04 PASS AF=0.105991;AO=23;DP=218;FAO=23;FDP=217;FR=.;FRO=194;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=115;FSRR=79;FWDB=-0.0231656;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7572;QD=1.54907;RBI=0.0311243;REFB=0.00294207;REVB=0.0207864;RO=195;SAF=11;SAR=12;SRF=115;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136426;STB=0.601586;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0260481;OID=.;OPOS=142458511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:218:217:195:194:23:23:0.105991:12:11:115:80:12:11:115:79 chr7 142458697 . T A 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0504457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.062;QD=6.95152;RBI=0.0589829;REFB=-0.0113926;REVB=-0.0305649;RO=45;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29199;STB=0.669087;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0484795;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:45:46:16:16:0.258065:6:10:17:28:6:10:18:28 chr7 142458700 . G T 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0167372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.807;QD=6.95174;RBI=0.0301675;REFB=-0.00528093;REVB=-0.0250988;RO=46;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253334;STB=0.654572;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0142929;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:6:10:19:27:6:10:19:27 chr7 142458719 . G A 55.29 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00564779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0541;QD=2.8722;RBI=0.0108006;REFB=-0.0133368;REVB=-0.00920623;RO=65;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48526;STB=0.83615;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0366475;OID=.;OPOS=142458719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:65:66:11:11:0.142857:2:9:27:38:2:9:27:39 chr7 142458737 . C G 56.13 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00993496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.023;QD=2.99344;RBI=0.0102546;REFB=-0.000842687;REVB=-0.00254045;RO=63;SAF=2;SAR=9;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461428;STB=0.821535;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00840996;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:75:63:64:11:11:0.146667:9:2:35:28:9:2:36:28 chr7 142458768 . C T 61.44 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00473749;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.654;QD=3.03405;RBI=0.0394308;REFB=0.00101651;REVB=-0.0391451;RO=64;SAF=11;SAR=1;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535075;STB=0.882483;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0208286;OID=.;OPOS=142458768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:64:69:12:12:0.148148:1:11:35:29:1:11:37:32 chr7 142458805 . T C 49.42 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0352717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6392;QD=2.10278;RBI=0.0382294;REFB=0.00344806;REVB=-0.0147443;RO=77;SAF=10;SAR=1;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552281;STB=0.889064;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0371812;OID=.;OPOS=142458805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:77:83:11:11:0.117021:1:10:36:41:1:10:42:41 chr7 142458829 . A G 155.07 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0211515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.806;QD=5.5382;RBI=0.0340956;REFB=-0.00512506;REVB=-0.0267418;RO=87;SAF=8;SAR=17;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329598;STB=0.702714;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0181092;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:87:87:25:25:0.223214:17:8:51:36:17:8:51:36 chr7 142458837 . A T 145.63 PASS AF=0.214286;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.00587613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.509;QD=5.20115;RBI=0.00624987;REFB=-0.00531095;REVB=0.00212885;RO=88;SAF=8;SAR=16;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306299;STB=0.689903;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0186433;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:88:88:24:24:0.214286:16:8:51:37:16:8:51:37 chr7 142458841 . ATC AC,ACA 194.62 PASS AF=0.209091,0.0727273;AO=20,7;DP=112;FAO=23,8;FDP=110;FR=.;FRO=79;FSAF=7,7;FSAR=16,1;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0159186,-0.00813725;FXX=0.0090082;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.84,240.461;QD=7.07694;RBI=0.0159716,0.0139087;REFB=-0.00124526,0.00243671;REVB=0.00130033,-0.01128;RO=76;SAF=5,6;SAR=15,1;SRF=43;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.397224,0.354755;STB=0.687121,0.837258;STBP=0.035,0.061;TYPE=del,mnp;VARB=0.0194143,-0.0128004;OID=.,.;OPOS=142458842,142458842;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209091,0.0727273:20,7:112:23,8:110:79:7,7:16,1:43:36:99:76:5,6:15,1:43:33 chr7 142458987 . C G 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0180971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.317;QD=1.80343;RBI=0.0399081;REFB=-0.00540797;REVB=-0.035569;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271022;STB=0.515425;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0396938;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:68:69:8:8:0.103896:5:3:27:41:5:3:27:42 chr7 142459679 . G A 78.52 PASS AF=0.123288;AO=18;DP=146;FAO=18;FDP=146;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.0230161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.373;QD=2.15124;RBI=0.0230169;REFB=0.00507346;REVB=-0.000193624;RO=127;SAF=8;SAR=10;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444185;STB=0.534124;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0137272;OID=.;OPOS=142459679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:146:146:127:128:18:18:0.123288:10:8:52:75:10:8:52:76 chr7 142460313 . T C 661.97 PASS AF=0.361991;AO=80;DP=221;FAO=80;FDP=221;FR=.;FRO=141;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=-0.00867256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.561;QD=11.9813;RBI=0.00875978;REFB=-0.00199736;REVB=0.00123304;RO=140;SAF=46;SAR=34;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527366;STB=0.527879;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00359072;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:140:141:80:80:0.361991:34:46:74:66:34:46:75:66 chr7 142460335 . A G 479.21 PASS AF=0.293333;AO=63;DP=221;FAO=66;FDP=225;FR=.;FRO=159;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=94;FSRR=65;FWDB=-0.00379783;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.065;QD=8.51919;RBI=0.00493368;REFB=-0.00204115;REVB=-0.00314923;RO=157;SAF=31;SAR=32;SRF=92;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114458;STB=0.553947;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0147551;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:225:157:159:63:66:0.293333:32:31:92:65:32:34:94:65 chr7 142460339 . G A 49.73 PASS AF=0.0779221;AO=18;DP=231;FAO=18;FDP=231;FR=.;FRO=213;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=125;FSRR=88;FWDB=0.00406239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1469;QD=0.861132;RBI=0.0462626;REFB=0.00142398;REVB=0.0460839;RO=212;SAF=9;SAR=9;SRF=124;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971571;STB=0.58;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0137341;OID=.;OPOS=142460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:231:231:212:213:18:18:0.0779221:9:9:124:88:9:9:125:88 chr7 142460369 . G A 340.29 PASS AF=0.236607;AO=53;DP=224;FAO=53;FDP=224;FR=.;FRO=171;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=107;FSRR=64;FWDB=0.0225429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.872;QD=6.07665;RBI=0.0239481;REFB=-0.000540864;REVB=-0.0080826;RO=170;SAF=26;SAR=27;SRF=107;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176019;STB=0.602783;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00180808;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:170:171:53:53:0.236607:27:26:107:63:27:26:107:64 chr7 142460394 . T C 138.32 PASS AF=0.144279;AO=29;DP=201;FAO=29;FDP=201;FR=.;FRO=172;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=103;FSRR=69;FWDB=0.0351493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9722;QD=2.75264;RBI=0.0464301;REFB=-0.00111638;REVB=-0.0303361;RO=168;SAF=12;SAR=17;SRF=99;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221149;STB=0.654401;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00682919;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:168:172:29:29:0.144279:17:12:99:69:17:12:103:69 chr7 142460412 . A C 48.45 PASS AF=0.0903226;AO=14;DP=157;FAO=14;FDP=155;FR=.;FRO=141;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=90;FSRR=51;FWDB=-0.0375865;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.668;QD=1.25028;RBI=0.0386546;REFB=-0.00184892;REVB=-0.00902404;RO=143;SAF=5;SAR=9;SRF=92;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325076;STB=0.739954;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0146501;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:157:155:143:141:14:14:0.0903226:9:5:92:51:9:5:90:51 chr7 142460415 . T C 50.83 PASS AF=0.0958904;AO=14;DP=146;FAO=14;FDP=146;FR=.;FRO=132;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=86;FSRR=46;FWDB=-0.0304006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.288;QD=1.39257;RBI=0.0399503;REFB=-0.000184947;REVB=-0.0259197;RO=129;SAF=5;SAR=9;SRF=86;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357602;STB=0.748318;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00641654;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:146:146:129:132:14:14:0.0958904:9:5:86:43:9:5:86:46 chr7 142460865 . T C 431.01 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0101527;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=25.3534;RBI=0.0144605;REFB=-0.0172796;REVB=0.0102971;RO=27;SAF=27;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231047;STB=0.512652;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00904517;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:27:27:41:41:0.602941:14:27:17:10:14:27:17:10 chr7 142470290 . T C 551.65 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=3.51441e-05;FXX=0.0254216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.614;QD=19.1877;RBI=0.00616882;REFB=-0.0270103;REVB=-0.00616872;RO=58;SAF=24;SAR=33;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196166;STB=0.608303;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0274004;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:58:58:57:57:0.495652:33:24:37:21:33:24:37:21 chr7 142478897 . T C 740.48 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.376;QD=56.9601;RBI=0.087056;REFB=0;REVB=0.0213195;RO=0;SAF=7;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107222;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:44:7:0:0:44:8:0:0 chr7 142479915 . T C 679.67 PASS AF=0.413978;AO=60;DP=170;FAO=77;FDP=186;FR=.;FRO=109;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0118657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.622;QD=14.6165;RBI=0.0145439;REFB=-0.0142737;REVB=-0.00841019;RO=103;SAF=32;SAR=28;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551992;STB=0.531163;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0123161;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:186:103:109:60:77:0.413978:28:32:60:43:38:39:61:48 chr7 142479940 . C T 1110.48 PASS AF=0.5;AO=110;DP=224;FAO=112;FDP=224;FR=.;FRO=112;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0068987;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.868;QD=19.8299;RBI=0.0073561;REFB=-0.00999456;REVB=-0.00255347;RO=111;SAF=62;SAR=48;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471529;STB=0.504529;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.019097;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:111:112:110:112:0.5:48:62:62:49:49:63:62:50 chr7 142479954 . C T 1186.05 PASS AF=0.495763;AO=113;DP=236;FAO=117;FDP=236;FR=.;FRO=119;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.00658158;FXX=0.0288054;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.417;QD=20.1025;RBI=0.00677966;REFB=-0.000749579;REVB=-0.00162686;RO=118;SAF=63;SAR=50;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300845;STB=0.517566;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000680193;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:118:119:113:117:0.495763:50:63:62:56:52:65:62:57 chr7 142480002 . C A 1350.32 PASS AF=0.520161;AO=125;DP=240;FAO=129;FDP=248;FR=.;FRO=119;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.00451357;FXX=0.0040159;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.36;QD=21.7793;RBI=0.0049502;REFB=-0.0289751;REVB=0.00203278;RO=115;SAF=66;SAR=59;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283785;STB=0.519081;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0303332;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:248:115:119:125:129:0.520161:59:66:57:58:61:68:58:61 chr7 142480012 . C T 1096.04 PASS AF=0.45749;AO=112;DP=247;FAO=113;FDP=247;FR=.;FRO=134;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=0.0393823;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.222;QD=17.7497;RBI=0.0419666;REFB=-0.0319703;REVB=0.0144993;RO=131;SAF=51;SAR=61;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696399;STB=0.533777;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0138193;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:131:134:112:113:0.45749:61:51:69:62:61:52:70:64 chr7 142480034 . C A 1042.76 PASS AF=0.461864;AO=102;DP=230;FAO=109;FDP=236;FR=.;FRO=127;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0227172;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.381;QD=17.6739;RBI=0.0229521;REFB=-0.00525796;REVB=0.00327518;RO=127;SAF=47;SAR=55;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510657;STB=0.523657;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00628892;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:236:127:127:102:109:0.461864:55:47:65:62:58:51:65:62 chr7 142480067 . C T 580.78 PASS AF=0.417722;AO=65;DP=158;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0033476;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.014;QD=14.7034;RBI=0.00601976;REFB=-0.000149643;REVB=0.00500311;RO=92;SAF=33;SAR=32;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193808;STB=0.515147;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=9.43224e-05;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:92:65:66:0.417722:32:33:45:47:32:34:45:47 chr7 142481234 . T C 995.36 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218214;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.559;QD=59.4247;RBI=0.0479979;REFB=0;REVB=0.0427507;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89858e-05;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr7 142481376 . T A 238.59 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635227;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.192;QD=53.0192;RBI=0.0663615;REFB=0;REVB=0.0192018;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287326;OID=.;OPOS=142481376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr7 142481807 . C T 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257432;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.007;QD=58.4359;RBI=0.0323471;REFB=0;REVB=-0.0195862;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19881e-06;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr7 142481867 . C G 850.81 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.253;QD=57.6822;RBI=0.0770852;REFB=0;REVB=-0.0657542;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211125;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr7 142494043 . CAGAAA ACTGTG 63.59 PASS AF=1;AO=2;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175156;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=6;MLLD=285.035;QD=36.3379;RBI=0.0175156;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00141359;OID=.;OPOS=142494043;OREF=CAGAAA;OALT=ACTGTG;OMAPALT=ACTGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:7:0:0:2:7:1:0:2:0:0:0:7:0:0 chr7 142495126 . GG AT 266.86 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0205133;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=151.711;QD=28.8493;RBI=0.0211508;REFB=-0.0281169;REVB=0.00515377;RO=13;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180555;STB=0.586134;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.0190175;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:23:24:0.648649:8:15:5:8:9:15:5:8 chr7 142498732 . GAAAAAC GAACAAG 62.77 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0260963;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=4;MLLD=160.129;QD=6.60692;RBI=0.0278707;REFB=-0.000305337;REVB=0.00978565;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243717;STB=0.689242;STBP=0.217;TYPE=mnp;VARB=-0.00389806;OID=.;OPOS=142498735;OREF=AAAC;OALT=CAAG;OMAPALT=GAACAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:9:39:9:38:29:3:6:17:12:61:24:3:6:13:11 chr7 142498813 . G A 736.76 PASS AF=0.59322;AO=68;DP=120;FAO=70;FDP=118;FR=.;FRO=48;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00273678;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0793;QD=24.9749;RBI=0.0309799;REFB=-0.0124678;REVB=0.0308588;RO=48;SAF=48;SAR=20;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535119;STB=0.525684;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00637812;OID=.;OPOS=142498813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:48:48:68:70:0.59322:20:48:31:17:21:49:31:17 chr7 142498833 . A T 414.97 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=25;FWDB=0.0351711;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0972;QD=12.8672;RBI=0.0591894;REFB=-0.00871996;REVB=0.0476065;RO=78;SAF=30;SAR=19;SRF=55;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109387;STB=0.550236;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0116005;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:80:49:49:0.379845:19:30:55:23:19:30:55:25 chr7 142498837 . C T 402.73 PASS AF=0.363636;AO=47;DP=131;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=0.0366783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.8187;QD=12.2038;RBI=0.0468211;REFB=0.0185062;REVB=0.0291019;RO=83;SAF=26;SAR=21;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154666;STB=0.584446;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0238453;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:83:84:47:48:0.363636:21:26:57:26:21:27:58:26 chr7 142498897 . A G 342.43 PASS AF=0.338583;AO=43;DP=127;FAO=43;FDP=127;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.00627143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.69;QD=10.7853;RBI=0.0109296;REFB=-0.0200518;REVB=-0.00895126;RO=79;SAF=24;SAR=19;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570782;STB=0.54121;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0338537;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:84:43:43:0.338583:19:24:48:31:19:24:52:32 chr7 142499071 . T C 924.77 PASS AF=0.701754;AO=78;DP=113;FAO=80;FDP=114;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0636507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.132;QD=32.4481;RBI=0.0647026;REFB=-0.0394253;REVB=0.0116195;RO=32;SAF=35;SAR=43;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786681;STB=0.553833;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00610834;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:32:34:78:80:0.701754:43:35:19:13:45:35:21:13 chr7 142510309 . A G 289.15 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=15;FWDB=-0.0433431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4967;QD=11.3391;RBI=0.0601068;REFB=0.00297745;REVB=-0.0416437;RO=64;SAF=25;SAR=11;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981951;STB=0.562551;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00696485;OID=.;OPOS=142510309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:64:66:36:36:0.352941:11:25:49:15:11:25:51:15 chr7 142510350 . G A 292.02 PASS AF=0.273885;AO=43;DP=157;FAO=43;FDP=157;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=0.0112508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.372;QD=7.44009;RBI=0.0189624;REFB=-0.00575428;REVB=-0.0152641;RO=106;SAF=30;SAR=13;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772681;STB=0.57479;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0144341;OID=.;OPOS=142510350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:106:114:43:43:0.273885:13:30:68:38:13:30:69:45 chr7 142510446 . G A 394.53 PASS AF=0.338028;AO=47;DP=141;FAO=48;FDP=142;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=0.00483151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.133;QD=11.1135;RBI=0.00485793;REFB=-0.00267936;REVB=0.000505942;RO=93;SAF=20;SAR=27;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261073;STB=0.650169;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00634659;OID=.;OPOS=142510446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:93:94:47:48:0.338028:27:20:61:32:28:20:61:33 chr7 142659292 . A G 408.11 PASS AF=0.619048;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0141528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.928;QD=25.9115;RBI=0.0149453;REFB=-0.0189819;REVB=0.00480196;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702913;STB=0.542835;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0182659;OID=.;OPOS=142659292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:24:24:38:39:0.619048:20:18:9:15:20:19:9:15 chr7 143017807 . G T 1683.31 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00278554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.961;QD=58.5498;RBI=0.0411287;REFB=-0.0707307;REVB=0.0410342;RO=2;SAF=111;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847916;STB=0.504463;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=1.92473e-05;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:2:111:2:0:2:111:2:0 chr7 143020872 . AC A 130.96 PASS AF=0.818182;AO=11;DP=17;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0704209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2144;QD=23.8116;RBI=0.249154;REFB=-0.0998759;REVB=0.238995;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159979;STB=0.558069;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.0642309;OID=.;OPOS=143020873;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:11:17:18:22:4:2:16:1:3:12:6:2:9:1:5 chr7 143042837 . C T 1396.41 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.981;QD=62.7601;RBI=0.0296296;REFB=0;REVB=0.024691;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95598e-05;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:46:43:0:0 chr7 143043267 . C T 624.17 PASS AF=0.580952;AO=62;DP=106;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.052482;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8333;QD=23.7779;RBI=0.0700513;REFB=0.00797847;REVB=0.0463985;RO=44;SAF=11;SAR=51;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205451;STB=0.611373;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00388929;OID=.;OPOS=143043267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:44:44:62:61:0.580952:51:11:16:28:50:11:16:28 chr7 143053260 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.677;QD=60.0308;RBI=0.0233892;REFB=0;REVB=0.011322;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19125e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr7 143088823 . T C 363.23 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125617;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9168;QD=51.8905;RBI=0.0186951;REFB=0.0239245;REVB=0.0138459;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00276791;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:0:1:25:26:0.928571:16:9:0:0:17:9:1:0 chr7 143088867 . T C 392.83 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.16;QD=56.1185;RBI=0.0390275;REFB=0;REVB=-0.0257438;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6305e-05;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr7 143093538 . G A 1967.86 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=127;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2703;QD=60.5494;RBI=0.022061;REFB=-0.121277;REVB=-0.00743921;RO=1;SAF=72;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065543;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00067459;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:130:1:1:126:129:0.992308:54:72:1:0:56:73:1:0 chr7 143097100 . A G 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.020736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2709;QD=17.6889;RBI=0.0337967;REFB=-0.0266669;REVB=-0.0266878;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439257;STB=0.524976;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0232632;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:16:10:9:12:16:10 chr7 143141475 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7571;QD=62.9762;RBI=0.0378995;REFB=0;REVB=0.0240038;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064029;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr7 143175799 . C T 491.27 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0146969;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6362;QD=19.4563;RBI=0.0287243;REFB=-0.0386884;REVB=-0.0246797;RO=49;SAF=33;SAR=19;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372722;STB=0.52054;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0372009;OID=.;OPOS=143175799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:19:33:33:16:19:33:33:16 chr7 143270172 . A G 1348.73 PASS AF=0.925926;AO=96;DP=103;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00202322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4349;QD=49.9528;RBI=0.0484641;REFB=-0.020581;REVB=-0.0484219;RO=7;SAF=22;SAR=74;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102253;STB=0.503225;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00627423;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:103:108:7:8:96:100:0.925926:74:22:2:5:78:22:2:6 chr7 143632618 . C T 962.75 PASS AF=0.577181;AO=85;DP=148;FAO=86;FDP=149;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0613397;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.943;QD=25.8457;RBI=0.0676334;REFB=-0.0140481;REVB=0.0284906;RO=63;SAF=46;SAR=39;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632936;STB=0.531535;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00891358;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:63:63:85:86:0.577181:39:46:29:34:40:46:29:34 chr7 143633297 . A G 284.65 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0311213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8472;QD=29.9634;RBI=0.0321682;REFB=-0.0143997;REVB=-0.00814017;RO=13;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394779;STB=0.521722;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0140705;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:15:10:6:7:15:10:6:7 chr7 143657427 . C T 741.44 PASS AF=0.605263;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00287008;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3492;QD=26.0153;RBI=0.0403584;REFB=-0.00830457;REVB=-0.0402562;RO=44;SAF=38;SAR=31;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149605;STB=0.576609;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00862924;OID=.;OPOS=143657427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:44:45:69:69:0.605263:31:38:15:29:31:38:16:29 chr7 143657473 . A G 405.41 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.111911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.163;QD=25.3379;RBI=0.112617;REFB=-0.0274458;REVB=-0.0125909;RO=25;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830035;STB=0.549814;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0164525;OID=.;OPOS=143657473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:25:38:39:0.609375:20:18:9:16:20:19:9:16 chr7 143657801 . A G 865.71 PASS AF=0.585185;AO=77;DP=133;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0114734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.845;QD=25.6506;RBI=0.0262304;REFB=-0.0122581;REVB=-0.0235881;RO=56;SAF=40;SAR=37;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960474;STB=0.546579;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00919455;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:56:56:77:79:0.585185:37:40:36:20:37:42:36:20 chr7 143701516 . C T 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0112569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.261;QD=20.0177;RBI=0.0144537;REFB=-0.0224573;REVB=-0.00906595;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144681;STB=0.58123;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0189239;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:13:4:7:11:13:4 chr7 143701884 . C T 345.0 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.04466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2945;QD=38.3332;RBI=0.0499239;REFB=-0.00549633;REVB=0.0223131;RO=8;SAF=11;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767072;STB=0.504164;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0016496;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:36:36:8:8:28:28:0.777778:17:11:3:5:17:11:3:5 chr7 143748364 . T C 1553.36 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013846;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.035;QD=64.0561;RBI=0.0252095;REFB=0;REVB=0.0210667;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103446;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr7 143771408 . G C 750.63 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314084;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.119;QD=63.8835;RBI=0.0497205;REFB=0;REVB=0.0385439;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116545;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr7 143771536 . G A 1404.37 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022117;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.199;QD=63.1178;RBI=0.0335508;REFB=0;REVB=0.0252288;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010083;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:50:39:0:0 chr7 143771937 . G C 972.42 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.4;QD=57.2014;RBI=0.0314891;REFB=0;REVB=0.0111147;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61008e-05;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:32:32:0:0:34:34:0:0 chr7 143807515 . T G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.088;QD=59.0421;RBI=0.0919035;REFB=-0.123728;REVB=0.0912821;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00144153;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:0:1 chr7 143807518 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.56;QD=62.022;RBI=0.0174486;REFB=0;REVB=0.00393211;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32703e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr7 143826603 . G T 940.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01219;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.433;QD=58.8105;RBI=0.0313653;REFB=0;REVB=0.0288996;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27261e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:13:51:0:0:13:51:0:0 chr7 143826697 . C A 346.22 PASS AF=0.782609;AO=24;DP=55;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.191023;FXX=0.163607;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5321;QD=30.1062;RBI=0.191098;REFB=-0.293736;REVB=0.00534602;RO=16;SAF=24;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0985856;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:55:46:16:10:24:36:0.782609:0:24:16:0:0:36:10:0 chr7 143826729 . ACTT ACCA,A 323.25 PASS AF=0,1;AO=2,24;DP=26;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803059,0.0382582;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=98.0367,231.769;QD=53.8747;RBI=0.0155624,0.0404027;REFB=0,0;REVB=0.0133303,0.0129878;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.000193173;OID=.,.;OPOS=143826731,143826730;OREF=TT,CTT;OALT=CA,-;OMAPALT=ACCA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,24:26:0,24:24:0:0,10:0,14:0:0:4:0:2,10:0,14:0:0 chr7 143884103 . G A 244.06 PASS AF=0.288136;AO=32;DP=117;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0183557;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.982;QD=8.27323;RBI=0.0214048;REFB=-0.0209547;REVB=-0.0110106;RO=83;SAF=17;SAR=15;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137679;STB=0.525409;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0398541;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:83:84:32:34:0.288136:15:17:44:39:17:17:45:39 chr7 144015434 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.263;QD=52.613;RBI=0.0229672;REFB=0;REVB=-0.00398518;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175798;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr7 144015437 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5338;QD=53.274;RBI=0.0495593;REFB=0;REVB=-0.0435632;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000899627;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr7 144060802 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.484;QD=37.8927;RBI=0.0155907;REFB=-0.0174464;REVB=0.0111865;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00117404;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:10:2:0:0:10:2:0:1 chr7 144062218 . T TC 32.47 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.8224;QD=21.6464;RBI=0.0804519;REFB=-0.0773792;REVB=0.0804519;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.055912;OID=.;OPOS=144062219;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:6:5:6:1:0:5:0:1:6:1:0:5:0:1 chr7 144095600 . A G 115.82 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8191;QD=42.1167;RBI=0.0694797;REFB=0;REVB=-0.0688196;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00399295;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr7 144098992 . G A 770.83 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.47;QD=62.9251;RBI=0.023008;REFB=0;REVB=0.0218767;RO=0;SAF=42;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07197e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145873;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:6:42:0:0:6:43:0:0 chr7 148113623 . ATAGTT A 455.8 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275117;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=5;MLLD=271.877;QD=58.8125;RBI=0.0275498;REFB=0;REVB=-0.00144731;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.09402e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:31:31:0:18:13:0:0:4:0:16:13:0:0 chr7 148131742 . G A 534.9 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.946;QD=59.4332;RBI=0.0196553;REFB=0;REVB=0.0145254;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104592;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr7 148143136 . A G 3134.68 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1832;QD=61.4643;RBI=0.0808438;REFB=0;REVB=-0.0266289;RO=0;SAF=92;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268982;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:203:204:1:111:92:0:0:112:92:0:0 chr7 148481488 . G A 842.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177855;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.809;QD=58.0893;RBI=0.0290628;REFB=0;REVB=0.0229853;RO=0;SAF=45;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212472;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:11:45:0:0:11:47:0:0 chr7 148525904 . C G 247.29 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0386458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7198;QD=13.7384;RBI=0.0610456;REFB=-0.00827887;REVB=0.0472554;RO=43;SAF=21;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194428;STB=0.611569;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0146773;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:8:21:24:19:8:21:24:19 chr7 148638572 . G A 543.23 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0595875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3375;QD=22.6345;RBI=0.0596317;REFB=0.0222525;REVB=0.00229645;RO=45;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195818;STB=0.607801;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0205597;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:31:20:28:17:31:20:28:17 chr7 148700542 . A C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0185106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.02;QD=6.26085;RBI=0.019084;REFB=-0.00613722;REVB=0.00464282;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251837;STB=0.672809;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0233951;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:20:21:7:7:0.25:4:3:13:7:4:3:14:7 chr7 148712092 . G A 114.59 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0233112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.685;QD=10.4173;RBI=0.0244181;REFB=-0.000614102;REVB=0.00726843;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172087;STB=0.621535;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00147633;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:13:14:0.318182:5:8:14:16:5:9:14:16 chr7 148730171 . G A 179.69 PASS AF=0.324675;AO=23;DP=75;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.000490972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.383;QD=9.33465;RBI=0.000832852;REFB=-0.0120508;REVB=-0.000672747;RO=52;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318944;STB=0.670176;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0278896;OID=.;OPOS=148730171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:52:52:23:25:0.324675:6:17:25:27:7:18:25:27 chr7 148730181 . A G 202.06 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0319448;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2968;QD=9.97828;RBI=0.0404496;REFB=-0.0173596;REVB=0.0248133;RO=53;SAF=18;SAR=8;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261081;STB=0.642744;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0215157;OID=.;OPOS=148730181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:53:55:26:26:0.320988:8:18:25:28:8:18:27:28 chr7 148730191 . C T 231.97 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.040305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9576;QD=10.3098;RBI=0.0887865;REFB=-0.0217278;REVB=-0.079111;RO=59;SAF=21;SAR=8;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246979;STB=0.646854;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0415725;OID=.;OPOS=148730191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:59:61:29:29:0.322222:8:21:31:28:8:21:32:29 chr7 148801091 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.239;QD=51.1822;RBI=0.0109658;REFB=0;REVB=0.00831622;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84046e-06;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 148801658 . C T 340.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.163;QD=54.4917;RBI=0.0391809;REFB=0;REVB=0.0189349;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217522;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr7 148802237 . C T 779.79 PASS AF=0.645455;AO=69;DP=108;FAO=71;FDP=110;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00881443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.792;QD=28.3559;RBI=0.0117558;REFB=-0.014993;REVB=0.00777847;RO=38;SAF=38;SAR=31;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018757;STB=0.50026;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0076258;OID=.;OPOS=148802237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:38:39:69:71:0.645455:31:38:22:16:31:40:22:17 chr7 148802648 . T A 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0241576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4102;QD=24.8181;RBI=0.0256531;REFB=-0.0352971;REVB=0.00863083;RO=18;SAF=4;SAR=20;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725101;STB=0.540505;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0193889;OID=.;OPOS=148802648;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:20:4:4:14:20:4:4:14 chr7 148822810 . C T 1784.31 PASS AF=0.991597;AO=113;DP=114;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0630017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.216;QD=59.9769;RBI=0.0734967;REFB=-0.00632708;REVB=0.0378491;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=6.57185e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:119:0:1:113:118:0.991597:58:55:0:0:59:59:1:0 chr7 148848358 . G A 382.55 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00906929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.613;QD=52.7662;RBI=0.0281221;REFB=-0.011537;REVB=0.0266195;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000754667;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr7 148851213 . G A 565.68 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0346797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.693;QD=53.8747;RBI=0.0579487;REFB=-0.225425;REVB=0.046426;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719403;STB=0.538442;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00275518;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:3:3:39:39:0.928571:18:21:0:3:18:21:0:3 chr7 148921860 . TGGGGGT TGGGGGC,TGGGGGTC,TGGGGT,TGGGGTC 440.81 PASS AF=0,0.938776,0.0612245,0;AO=2,22,7,7;DP=47;FAO=0,46,3,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,1,0;FSAR=0,18,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576349,0.0313497,0.0168392,0.0256394;FXX=0;HRUN=1,4,5,5;LEN=1,1,1,2;MLLD=10.6115,13.2121,12.6481,5.63836;QD=35.9845;RBI=0.147296,0.145911,0.649243,0.308387;REFB=-0.0327882,-0.031018,-0.00104275,-0.0292102;REVB=-0.135551,0.142503,-0.649025,-0.307319;RO=1;SAF=2,21,2,1;SAR=0,1,5,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0.305263,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.0215211,-0.173072,-0.2842;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,del,mnp;VARB=0,0.0197174,-0.114926,0;OID=.,.,.,.;OPOS=148921866,148921867,148921861,148921865;OREF=T,-,G,GT;OALT=C,C,-,TC;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGTC,TGGGGT,TGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.938776,0.0612245,0:2,22,7,7:47:0,46,3,0:49:0:0,28,1,0:0,18,2,0:0:0:14:1:2,21,2,1:0,1,5,6:1:0 chr7 148979047 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0580161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.31;QD=22.9147;RBI=0.0580208;REFB=-0.00614592;REVB=0.000738265;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321495;STB=0.685824;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00312604;OID=.;OPOS=148979047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:1:3:2:7:1:3 chr7 148987044 . AGC A,ACA,ACG,AG 176.45 PASS AF=0,0,0,0.54902;AO=9,2,2,13;DP=50;FAO=0,0,0,28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=0,0,0,24;FSAR=0,0,0,4;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.113786,-0.170841,-0.101988,0.110535;FXX=0;HRUN=1,1,1,2;LEN=2,2,2,1;MLLD=80.1311,155.605,103.202,15.7337;QD=13.8392;RBI=0.115331,0.174005,0.107274,0.124807;REFB=-0.0123077,0.00237227,-0.00194932,-0.102293;REVB=-0.0188177,-0.033031,-0.0332596,0.0579539;RO=21;SAF=9,2,2,9;SAR=0,0,0,4;SRF=1;SRR=20;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.86301,0.808875,0.808875,0.609219;STB=0.5,0.5,0.5,0.852018;STBP=1,1,1,0;TYPE=del,mnp,mnp,del;VARB=0,0,0,0.100923;OID=.,.,.,.;OPOS=148987045,148987045,148987045,148987046;OREF=GC,GC,GC,C;OALT=-,CA,CG,-;OMAPALT=A,ACA,ACG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0,0,0.54902:9,2,2,13:50:0,0,0,28:51:23:0,0,0,24:0,0,0,4:2:21:99:21:9,2,2,9:0,0,0,4:1:20 chr7 148990665 . C T 744.71 PASS AF=0.375;AO=85;DP=232;FAO=87;FDP=232;FR=.;FRO=145;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=86;FWDB=0.00355759;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.765;QD=12.8398;RBI=0.00434654;REFB=-0.0220573;REVB=-0.0024972;RO=139;SAF=42;SAR=43;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767058;STB=0.561688;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0288996;OID=.;OPOS=148990665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:139:145:85:87:0.375:43:42:59:80:43:44:59:86 chr7 149112306 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.763;QD=58.5873;RBI=0.0176751;REFB=0;REVB=0.00401709;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60261e-05;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr7 149152770 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00636652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.639;QD=20.4864;RBI=0.0349003;REFB=-0.0157335;REVB=-0.0343147;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641068;STB=0.536531;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0112793;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:8:3:3:11:8:3 chr7 149152906 . G A 457.87 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00166787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.137;QD=26.1642;RBI=0.0189911;REFB=0.00387095;REVB=0.0189177;RO=27;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186717;STB=0.510199;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00230524;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:18:25:15:12:18:25:15:12 chr7 149191460 . G A 651.69 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00055907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.48;QD=25.065;RBI=0.0106641;REFB=-0.01705;REVB=-0.0106495;RO=42;SAF=31;SAR=31;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106037;STB=0.557674;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0143881;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:42:62:62:0.596154:31:31:15:27:31:31:15:27 chr7 149243619 . C T 83.75 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.011862;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0625;QD=4.92656;RBI=0.0789025;REFB=0.000655209;REVB=-0.0780058;RO=51;SAF=10;SAR=4;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126296;STB=0.544489;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00706683;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:66:68:51:54:14:14:0.205882:4:10:36:15:4:10:36:18 chr7 149281900 . T C 260.57 PASS AF=0.327586;AO=27;DP=115;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00238534;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.328;QD=8.98528;RBI=0.0706192;REFB=-0.0239582;REVB=0.0705789;RO=65;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472965;STB=0.534465;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0294479;OID=.;OPOS=149281900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:78:27:38:0.327586:16:11:29:36:19:19:35:43 chr7 149317053 . T C 1306.58 PASS AF=0.625;AO=114;DP=184;FAO=115;FDP=184;FR=.;FRO=69;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0238311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9436;QD=28.4039;RBI=0.0297666;REFB=0.000174502;REVB=0.0178362;RO=69;SAF=62;SAR=52;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536367;STB=0.504384;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=2.0961e-05;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:69:69:114:115:0.625:52:62:37:32:52:63:37:32 chr7 149317062 . C T 582.62 PASS AF=0.35567;AO=69;DP=194;FAO=69;FDP=194;FR=.;FRO=125;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.0107582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8264;QD=12.0128;RBI=0.0196202;REFB=-0.00754566;REVB=0.0164077;RO=124;SAF=36;SAR=33;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118976;STB=0.509211;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0198572;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:124:125:69:69:0.35567:33:36:66:58:33:36:67:58 chr7 149318375 . C T 234.45 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155456;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.503;QD=46.8891;RBI=0.0180605;REFB=-0.0157598;REVB=0.00919334;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-7.19402e-05;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr7 149318471 . C T 244.01 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0191259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.798;QD=24.4012;RBI=0.0805846;REFB=-0.0175894;REVB=0.078282;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20477;STB=0.613637;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0123684;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:5:12:10:13:5:12 chr7 149332825 . C T 437.95 PASS AF=0.636364;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0037841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.872;QD=26.5422;RBI=0.00465637;REFB=-0.0239703;REVB=-0.00271337;RO=24;SAF=14;SAR=27;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553976;STB=0.523245;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0131887;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:41:42:0.636364:27:14:10:14:27:15:10:14 chr7 149332845 . C T 337.34 PASS AF=0.568966;AO=28;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.019883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.665;QD=23.2647;RBI=0.0203164;REFB=-0.0530358;REVB=-0.00417393;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234325;STB=0.596554;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0188745;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:21:28:33:0.568966:14:14:2:13:17:16:5:16 chr7 149335542 . C T 584.91 PASS AF=0.68;AO=51;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0094325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6403;QD=31.1952;RBI=0.0254473;REFB=0.00747738;REVB=-0.0236346;RO=24;SAF=24;SAR=27;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10702;STB=0.557822;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0017802;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:24:51:51:0.68:27:24:7:17:27:24:7:17 chr7 149344105 . A G 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.79;QD=56.9476;RBI=0.0352288;REFB=0.186222;REVB=0.0129557;RO=1;SAF=7;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622357;STB=0.533314;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000550134;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:29:7:1:0:29:7:1:0 chr7 149426305 . G GC 789.66 PASS AF=0.986842;AO=67;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0465452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6579;QD=41.561;RBI=0.0554708;REFB=0.0340025;REVB=0.0301754;RO=6;SAF=32;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292925;STB=0.507244;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=0.0012677;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986842:67:77:75:76:1:34:41:1:0:10:6:32:35:4:2 chr7 149427409 . T G 1472.21 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.743;QD=58.3054;RBI=0.0524467;REFB=0;REVB=-0.0517578;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65216e-05;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:98:101:1:44:54:0:0:47:54:0:0 chr7 149430877 . C T 291.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0229359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5725;QD=14.5711;RBI=0.0450287;REFB=-0.0293133;REVB=0.0387495;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144165;STB=0.581348;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0347736;OID=.;OPOS=149430877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:32:15:15:18:32:15 chr7 149462516 . C T 376.78 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=1;FWDB=0.0298248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2116;QD=18.6065;RBI=0.0805223;REFB=-0.0051251;REVB=0.0747952;RO=42;SAF=34;SAR=5;SRF=41;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271907;STB=0.647611;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00665665;OID=.;OPOS=149462516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:5:34:41:1:5:34:41:1 chr7 149484798 . C T 77.64 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0511476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8081;QD=13.5024;RBI=0.0571014;REFB=-0.0130349;REVB=0.0253868;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227183;STB=0.636061;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0144909;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:8:5:2:8:8:5 chr7 149492400 . G C 30.15 PASS AF=0.109091;AO=7;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0191417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.3277;QD=2.19258;RBI=0.0438855;REFB=-0.0231149;REVB=-0.0394909;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423376;STB=0.763276;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.180935;OID=.;OPOS=149492400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:47:49:7:6:0.109091:2:5:16:31:2:4:17:32 chr7 149497058 . GC AC,CA 1470.05 PASS AF=0.516245,0;AO=106,12;DP=262;FAO=143,0;FDP=277;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=73,0;FSAR=70,0;FSRF=84;FSRR=49;FWDB=0.0165319,-0.0388576;FXX=0.0280692;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=90.2288,143.615;QD=21.2282;RBI=0.0407723,0.0692573;REFB=-0.00754263,-0.0256328;REVB=0.0372703,-0.0573294;RO=86;SAF=66,0;SAR=40,12;SRF=52;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0156604,-0.708234;STB=0.558512,0.5;STBP=0.053,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00637513,0.0307372;OID=.,.;OPOS=149497058,149497058;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:277:86:133:106,12:143,0:0.516245,0:40,12:66,0:52:34:70,0:73,0:84:49 chr7 149500809 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC 237.58 PASS AF=0.653333,0;AO=27,9;DP=75;FAO=49,0;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=35,0;FSAR=14,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0399522,0.00022902;FXX=0.0259707;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.76584,13.8177;QD=12.6708;RBI=0.0450245,0.156972;REFB=-0.0605055,0.0238006;REVB=0.0207613,-0.156972;RO=26;SAF=25,0;SAR=2,9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0;SSSB=0.379563,-0.805521;STB=0.525104,0.5;STBP=0.585,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0730196,0;OID=.,.;OPOS=149500810,149500814;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653333,0:27,9:75:49,0:75:26:35,0:14,0:17:9:88:26:25,0:2,9:19:7 chr7 149500817 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 212.85 PASS AF=0.012987,0.623377;AO=3,39;DP=79;FAO=1,48;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=0,27;FSAR=1,21;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.027086,0.0847193;FXX=0.0493766;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=82.2821,10.2192;QD=11.057;RBI=0.0382233,0.118399;REFB=0.00639427,-0.0835134;REVB=-0.0269698,-0.0827099;RO=26;SAF=2,21;SAR=1,18;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.358233,-0.261968;STB=0.99724,0.627538;STBP=0.053,0.008;TYPE=snp,del;VARB=0.0677762,0.122531;OID=.,.;OPOS=149500822,149500818;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.012987,0.623377:3,39:79:1,48:77:28:0,27:1,21:25:3:99:26:2,21:1,18:23:3 chr7 149503843 . T G 1768.5 PASS AF=0.97541;AO=116;DP=120;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.014147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1216;QD=57.9836;RBI=0.0483834;REFB=-0.0109797;REVB=-0.046269;RO=4;SAF=62;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137109;STB=0.511448;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00109482;OID=.;OPOS=149503843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:122:4:3:116:119:0.97541:54:62:3:1:55:64:3:0 chr7 149503916 . GGATAGATA GGATA,GGATAGAGT 1763.25 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=84,6;DP=107;FAO=116,6;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65,4;FSAR=51,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018731,-0.00850019;FXX=0.00812942;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=219.431,68.6307;QD=57.8115;RBI=0.0642222,0.0693529;REFB=0,0;REVB=0.06143,-0.06883;RO=0;SAF=55,4;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00180504,0.0626636;OID=.,.;OPOS=149503917,149503923;OREF=GATA,TA;OALT=-,GT;OMAPALT=GGATA,GGATAGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95082,0.0491803:84,6:107:116,6:122:0:65,4:51,2:0:0:14:0:55,4:29,2:0:0 chr7 149506211 . G GC 2823.36 PASS AF=1;AO=243;DP=270;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134561;FXX=0.0191564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.3748;QD=44.1149;RBI=0.134819;REFB=0;REVB=-0.00834445;RO=22;SAF=155;SAR=88;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00143857;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:243:270:256:256:0:159:97:0:0:48:22:155:88:18:4 chr7 149509419 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000732959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8092;QD=17.378;RBI=0.0650851;REFB=0.0130881;REVB=0.065081;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00837656;OID=.;OPOS=149509419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:4:6:7:4:4:6 chr7 149511985 . A G 436.81 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.063;QD=54.6007;RBI=0.0518536;REFB=0.0757201;REVB=0.0195921;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000886146;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:29:31:0.96875:13:16:1:0:13:18:1:0 chr7 149513560 . T C 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0272601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.342;QD=17.067;RBI=0.0273851;REFB=-0.0402224;REVB=-0.00261308;RO=46;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148603;STB=0.583628;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.039928;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:26:12:21:25:26:12:21:25 chr7 149515103 . C T 236.96 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0282083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.688;QD=19.7467;RBI=0.0426491;REFB=-0.0440338;REVB=-0.0319881;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153386;STB=0.647562;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0602847;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:25:23:23:0.479167:9:14:8:11:9:14:8:17 chr7 149515188 . TA T 173.24 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2646;QD=40.7622;RBI=0.0421932;REFB=0;REVB=-9.35478e-05;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00146334;OID=.;OPOS=149515189;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:17:17:0:7:10:0:0:4:0:6:10:0:0 chr7 149515754 . A G 91.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00867585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.32;QD=8.50726;RBI=0.0164148;REFB=-0.00555194;REVB=-0.0139346;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207674;STB=0.627708;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00746011;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:28:31:12:12:0.27907:6:6:9:19:6:6:10:21 chr7 149515775 . C G 123.55 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00376813;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.98;QD=9.50395;RBI=0.0299335;REFB=-0.00732756;REVB=0.0296954;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208744;STB=0.624844;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0140091;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:36:16:16:0.307692:6:10:16:20:6:10:16:20 chr7 149515796 . C T 164.25 PASS AF=0.37037;AO=18;DP=57;FAO=20;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0129619;FXX=0.0526223;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.345;QD=12.1669;RBI=0.0208015;REFB=-0.0213583;REVB=-0.0162694;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941938;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0284875;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:25:33:18:20:0.37037:7:11:13:12:7:13:17:16 chr7 149516486 . A G 344.53 PASS AF=0.4625;AO=34;DP=77;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.00878684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.949;QD=17.2263;RBI=0.0159229;REFB=-0.0429652;REVB=0.0132789;RO=43;SAF=8;SAR=26;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.559292;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0445067;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:43:43:34:37:0.4625:26:8:9:34:26:11:9:34 chr7 149516881 . G T 351.09 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0114047;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.612;QD=15.1006;RBI=0.0117028;REFB=-0.0165384;REVB=0.00262477;RO=55;SAF=29;SAR=9;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262349;STB=0.649882;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0247488;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:9:29:30:25:9:29:30:25 chr7 149517793 . G A 818.12 PASS AF=0.616667;AO=48;DP=122;FAO=74;FDP=120;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00442076;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.722;QD=27.2705;RBI=0.0170218;REFB=0.00590715;REVB=-0.0164377;RO=35;SAF=27;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189392;STB=0.536576;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0026128;OID=.;OPOS=149517793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:35:46:48:74:0.616667:21:27:11:24:38:36:18:28 chr7 149518148 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.133371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4293;QD=6.78682;RBI=0.156527;REFB=-0.0111166;REVB=-0.081933;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114488;STB=0.521685;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0133693;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:21:23:8:8:0.258065:5:3:6:15:5:3:8:15 chr7 149518532 . TC T 92.88 PASS AF=0.348485;AO=20;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=39;FWDB=-0.0989266;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.0044;QD=5.62922;RBI=0.0999152;REFB=-0.0248083;REVB=0.0140209;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=36;SSEN=0.227976;SSEP=0;SSSB=0.438952;STB=0.723682;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0647046;OID=.;OPOS=149518533;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348485:20:66:23:66:43:9:14:4:39:92:40:9:11:4:36 chr7 149518961 . T C 1027.01 PASS AF=0.378882;AO=120;DP=315;FAO=122;FDP=322;FR=.;FRO=200;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=78;FSRR=122;FWDB=-0.0225999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3297;QD=12.7579;RBI=0.029392;REFB=-0.0333893;REVB=-0.018792;RO=193;SAF=56;SAR=64;SRF=76;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808373;STB=0.538427;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0529216;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:322:193:200:120:122:0.378882:64:56:76:117:67:55:78:122 chr7 149519184 . C T 210.74 PASS AF=0.3375;AO=25;DP=78;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00987217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.621;QD=10.5372;RBI=0.0408999;REFB=-0.0125966;REVB=0.0396906;RO=53;SAF=18;SAR=7;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299367;STB=0.660109;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0176323;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:53:53:25:27:0.3375:7:18:25:28:8:19:25:28 chr7 149521183 . G A 176.75 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0231104;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8625;QD=8.31777;RBI=0.0286903;REFB=0.00548578;REVB=0.0170012;RO=60;SAF=10;SAR=14;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1978;STB=0.622724;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0136444;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:61:24:24:0.282353:14:10:35:25:14:10:36:25 chr7 149521544 . C T 273.27 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0305455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5024;QD=10.9308;RBI=0.030729;REFB=-0.0341262;REVB=0.0033529;RO=59;SAF=15;SAR=18;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209264;STB=0.633197;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0461692;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:67:33:33:0.33:18:15:38:21:18:15:44:23 chr7 149522162 . G T 864.29 PASS AF=0.349515;AO=104;DP=308;FAO=108;FDP=309;FR=.;FRO=201;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=120;FSRR=81;FWDB=0.0238592;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.86;QD=11.1883;RBI=0.0431732;REFB=-0.0051424;REVB=0.0359814;RO=200;SAF=69;SAR=35;SRF=119;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853491;STB=0.549286;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00895429;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:200:201:104:108:0.349515:35:69:119:81:36:72:120:81 chr7 149522366 . T G 335.81 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00371399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1106;QD=17.0031;RBI=0.0263203;REFB=-0.032552;REVB=-0.0260569;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207065;STB=0.62019;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0214133;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:18:18:30:12:18:18:31:12 chr7 149523277 . A G 598.09 PASS AF=0.378378;AO=66;DP=180;FAO=70;FDP=185;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.00380607;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.869;QD=12.9317;RBI=0.0280279;REFB=-0.0210899;REVB=-0.0277683;RO=111;SAF=25;SAR=41;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122053;STB=0.540393;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.029977;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:185:111:115:66:70:0.378378:41:25:54:57:41:29:55:60 chr7 149528262 . C T 281.2 PASS AF=0.358696;AO=34;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=0.0286676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7957;QD=12.2259;RBI=0.0617562;REFB=-0.014532;REVB=0.0546991;RO=58;SAF=24;SAR=10;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072569;STB=0.551918;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0585457;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:34:33:0.358696:10:24:44:14:10:23:45:14 chr7 149530894 . G A 246.6 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0256233;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.277;QD=13.3297;RBI=0.0266018;REFB=-0.00436101;REVB=-0.00714869;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112549;STB=0.564155;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00966598;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:45:29:29:0.391892:15:14:17:28:15:14:17:28 chr7 149556518 . C T 151.45 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00760321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.017;QD=6.80688;RBI=0.0081017;REFB=-0.008447;REVB=-0.00279801;RO=67;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12197;STB=0.574444;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0180768;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:67:67:22:22:0.247191:9:13:33:34:9:13:33:34 chr7 149558409 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.365;QD=56.1898;RBI=0.0825252;REFB=0;REVB=0.0535142;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642376;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr7 149559273 . C T 833.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.877;QD=57.5163;RBI=0.0202175;REFB=0;REVB=0.0154223;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76396e-05;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr7 149559465 . C T 1369.3 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392133;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3267;QD=61.5415;RBI=0.0621792;REFB=-0.0789257;REVB=0.0482553;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000829444;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:88:88:0.988764:45:43:0:1:45:43:0:1 chr7 149562627 . CCG C,CCA 237.56 PASS AF=1,0;AO=17,2;DP=21;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131108,0.00927447;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=131.512,94.774;QD=47.511;RBI=0.0131354,0.0902618;REFB=0,0;REVB=0.000803264,0.0897841;RO=0;SAF=13,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.402516,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00110056,0;OID=.,.;OPOS=149562628,149562629;OREF=CG,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,2:21:20,0:20:0:16,0:4,0:0:0:4:0:13,2:4,0:0:0 chr7 149576818 . A G 153.62 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.865;QD=43.8921;RBI=0.137507;REFB=0;REVB=0.0119627;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998443;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:13:1:0:0 chr7 150093701 . A C 576.94 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0178295;FXX=0.0438558;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.024;QD=21.1722;RBI=0.0191317;REFB=-0.015396;REVB=0.00693756;RO=47;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121074;STB=0.550442;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0145623;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:47:51:57:58:0.53211:29:28:30:17:29:29:31:20 chr7 150217089 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.666;QD=63.872;RBI=0.0235276;REFB=0;REVB=0.0151372;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101794;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr7 150217248 . A G 1116.9 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.577;QD=60.3732;RBI=0.009967;REFB=0;REVB=0.00505036;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85864e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr7 150218002 . C T 833.89 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767667;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.446;QD=57.5096;RBI=0.00956002;REFB=0;REVB=0.0056976;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113468;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:34:22:0:0:34:24:0:0 chr7 150324825 . C T 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0447833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.543;QD=19.7005;RBI=0.0540678;REFB=-0.0155504;REVB=-0.030295;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0178771;OID=.;OPOS=150324825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:9:7:6:11:9:7 chr7 150325175 . C T 63.31 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0229444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2808;QD=8.73208;RBI=0.0308217;REFB=-0.00859182;REVB=0.0205799;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282867;STB=0.671292;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0440733;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:14:6:5:4:14:6 chr7 150326191 . A G 461.26 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00845795;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.239;QD=32.3688;RBI=0.0094705;REFB=-0.0391538;REVB=-0.0042607;RO=16;SAF=18;SAR=23;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101007;STB=0.554552;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0150547;OID=.;OPOS=150326191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:23:18:4:12:23:18:4:12 chr7 150326562 . T G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0175208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.271;QD=11.4397;RBI=0.017603;REFB=0.00090995;REVB=-0.0016987;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62918;STB=0.879127;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00311738;OID=.;OPOS=150326562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:10:4:8:1:10:4 chr7 150326819 . C T 202.58 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00391873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.493;QD=10.8043;RBI=0.009358;REFB=0.00246413;REVB=-0.00849798;RO=47;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445475;STB=0.726953;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0441251;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:75:75:47:48:14:14:0.186667:3:11:20:27:4:10:20:28 chr7 150327024 . C T 511.63 PASS AF=0.486726;AO=53;DP=111;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.015891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3304;QD=18.1108;RBI=0.0222577;REFB=-0.0234337;REVB=0.0155846;RO=56;SAF=36;SAR=17;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000716317;STB=0.500753;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0436359;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:56:58:53:55:0.486726:17:36:38:18:17:38:40:18 chr7 150488616 . A G 197.8 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00601556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.168;QD=14.6518;RBI=0.0210904;REFB=-0.0141619;REVB=-0.0202143;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268977;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0173993;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:14:17:12:11:14:17 chr7 150490376 . C T 192.81 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0689677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6532;QD=23.3709;RBI=0.0690062;REFB=-0.0198424;REVB=-0.00230522;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167309;STB=0.593553;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.016284;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:9:5:11:8:9:5 chr7 150491084 . T G 212.2 PASS AF=0.625;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00552192;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.228;QD=26.525;RBI=0.0327708;REFB=-0.0301308;REVB=0.0323022;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.583246;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0164747;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:12:12:20:20:0.625:6:14:6:6:6:14:6:6 chr7 150500729 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.539;QD=59.4356;RBI=0.0237977;REFB=0;REVB=0.0237322;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105674;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr7 150501455 . G T 385.06 PASS AF=0.481928;AO=35;DP=79;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00354286;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.223;QD=18.5572;RBI=0.0123943;REFB=-0.0235543;REVB=0.0118772;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159897;STB=0.554928;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0223128;OID=.;OPOS=150501455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:44:43:35:40:0.481928:15:20:18:26:19:21:18:25 chr7 150501516 . A G 1436.53 PASS AF=0.979798;AO=67;DP=103;FAO=97;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209851;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5081;QD=58.0415;RBI=0.036135;REFB=0;REVB=0.0294171;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174903;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:99:0:0:67:97:0.979798:28:39:0:0:57:40:0:0 chr7 150553717 . G A 770.16 PASS AF=0.636364;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0183387;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.965;QD=28.0058;RBI=0.021608;REFB=-0.0316167;REVB=-0.0114279;RO=41;SAF=37;SAR=33;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610143;STB=0.546643;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0182157;OID=.;OPOS=150553717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:41:40:70:70:0.636364:33:37:18:23:33:37:16:24 chr7 150554887 . G A 343.08 PASS AF=0.578125;AO=31;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00893507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.663;QD=21.4423;RBI=0.0639595;REFB=-0.0404627;REVB=-0.0633323;RO=23;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13417;STB=0.552135;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0236824;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:27:31:37:0.578125:11:20:11:12:16:21:12:15 chr7 150555915 . A G 995.93 PASS AF=0.539326;AO=96;DP=178;FAO=96;FDP=178;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0237426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.665;QD=22.3805;RBI=0.0331257;REFB=-0.0286144;REVB=-0.0230998;RO=82;SAF=51;SAR=45;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563789;STB=0.530779;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0307592;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:82:82:96:96:0.539326:45:51:49:33:45:51:49:33 chr7 150556002 . T C 2339.51 PASS AF=1;AO=143;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125981;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.08;QD=63.6602;RBI=0.0246906;REFB=0;REVB=-0.0212348;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05021e-06;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:143:147:1:70:73:0:0:71:76:0:0 chr7 150556055 . CG CC,GC 1030.46 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=3,67;DP=71;FAO=2,68;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214589,0.0115421;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=93.3126,145.244;QD=58.8833;RBI=0.0181754,0.0150748;REFB=0,0;REVB=-0.0180483,0.00969692;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.158738,0.000465652;OID=.,.;OPOS=150556056,150556055;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:71:70:0:0:3,67:2,68:0.0285714,0.971429:0,45:3,22:0:0:0,45:2,23:0:0 chr7 150557622 . G A 501.98 PASS AF=0.509804;AO=50;DP=100;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00568356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.589;QD=19.6856;RBI=0.00570786;REFB=-0.0196733;REVB=0.000526132;RO=50;SAF=20;SAR=30;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127882;STB=0.577543;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0172111;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:50:50:50:52:0.509804:30:20:27:23:32:20:27:23 chr7 150557665 . C G 369.48 PASS AF=0.5;AO=35;DP=74;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0180182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.261;QD=18.9478;RBI=0.0211865;REFB=-0.0210506;REVB=0.0111451;RO=39;SAF=10;SAR=25;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277072;STB=0.604784;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0195596;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:39:39:35:39:0.5:25:10:22:17:25:14:22:17 chr7 150648198 . A G 687.77 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.83;QD=62.5246;RBI=0.0451974;REFB=0;REVB=0.0145394;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160033;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr7 150648789 . T C 1376.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.211;QD=62.5707;RBI=0.0260263;REFB=0;REVB=-0.0238387;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02067e-05;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:52:35:0:0:53:35:0:0 chr7 150649531 . G A 420.27 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0145992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.523;QD=18.0761;RBI=0.0284158;REFB=-0.0220349;REVB=0.0243787;RO=50;SAF=30;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298705;STB=0.655152;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0214426;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:50:42:43:0.462366:12:30:21:29:13:30:21:29 chr7 150649603 . G A 620.63 PASS AF=0.396648;AO=69;DP=177;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.00226264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.261;QD=13.8688;RBI=0.0185332;REFB=-0.0082429;REVB=0.0183946;RO=106;SAF=43;SAR=26;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10521;STB=0.560822;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0132502;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:106:108:69:71:0.396648:26:43:56:50:26:45:58:50 chr7 150695726 . T C,G 597.67 PASS AF=0.925,0.075;AO=36,4;DP=40;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000383947,-0.00715479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.8089,132.948;QD=59.7668;RBI=0.0295363,0.0377795;REFB=0,0;REVB=-0.0295338,-0.0370958;RO=0;SAF=16,3;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.9376e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00369482,0.0377351;OID=.,.;OPOS=150695726,150695726;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:40:0:0:36,4:37,3:0.925,0.075:20,1:16,3:0:0:20,1:17,2:0:0 chr7 150696110 . A AG 1088.02 PASS AF=1;AO=30;DP=226;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141576;FXX=0.479799;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.9209;QD=37.5178;RBI=0.143541;REFB=0;REVB=0.0236713;RO=174;SAF=4;SAR=26;SRF=86;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00280981;OID=.;OPOS=150696111;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:226:116:116:0:10:106:0:0:8:174:4:26:86:88 chr7 150696111 . T C,G 3121.03 PASS AF=0.139013,0.852018;AO=32,168;DP=202;FAO=31,190;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=5,99;FSAR=26,91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00224205,0.0100754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.1176,101.793;QD=55.9825;RBI=0.00295462,0.0360128;REFB=0.0266026,0.0648303;REVB=-0.00192431,0.0345747;RO=0;SAF=5,82;SAR=27,86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.98948e-08;STB=0.518507,0.505434;STBP=0.63,0.159;TYPE=snp,snp;VARB=0.0106776,0.000142617;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:202:223:0:2:32,168:31,190:0.139013,0.852018:27,86:5,82:0:0:26,91:5,99:0:2 chr7 150696112 . C G 49.15 PASS AF=0.0803571;AO=18;DP=224;FAO=18;FDP=224;FR=.;FRO=206;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=91;FSRR=115;FWDB=0.00749572;FXX=0.00884917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.1052;QD=0.877592;RBI=0.0129807;REFB=-0.00102248;REVB=0.0105978;RO=206;SAF=15;SAR=3;SRF=91;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437792;STB=0.84733;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00595965;OID=.;OPOS=150696112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:224:224:206:206:18:18:0.0803571:3:15:91:115:3:15:91:115 chr7 150704250 . C A,G 738.46 PASS AF=0.0408163,0.938776;AO=2,46;DP=49;FAO=2,46;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=2,28;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0464018,0.0299894;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=151.208,62.3005;QD=60.2826;RBI=0.0583411,0.0586863;REFB=0.107922,0.0243294;REVB=-0.0353632,-0.0504452;RO=1;SAF=2,28;SAR=0,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0164967;STB=0.5,0.508768;STBP=1,0.516;TYPE=snp,snp;VARB=0.0659432,-0.00193171;OID=.,.;OPOS=150704250,150704250;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:1:1:2,46:2,46:0.0408163,0.938776:0,18:2,28:1:0:0,18:2,28:1:0 chr7 150710817 . C T 257.65 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.00179621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.872;QD=18.7382;RBI=0.205887;REFB=-0.0273493;REVB=0.205879;RO=27;SAF=22;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108094;STB=0.521724;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0257054;OID=.;OPOS=150710817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:26:28:0.509091:4:22:21:6:6:22:22:5 chr7 150715817 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.264;QD=33.4285;RBI=0.0594615;REFB=0;REVB=0.0126414;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201474;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 150716180 . GC G 30.78 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.193064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6765;QD=8.20897;RBI=0.194431;REFB=-0.0474793;REVB=0.023018;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.0832046;OID=.;OPOS=150716181;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:15:8:15:7:5:3:4:3:29:6:5:3:3:3 chr7 150733025 . T A 408.1 PASS AF=0.35;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.00779677;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9338;QD=11.6599;RBI=0.0229832;REFB=-0.0194475;REVB=0.0216203;RO=91;SAF=34;SAR=15;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213141;STB=0.622736;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0458581;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:91:91:49:49:0.35:15:34:47:44:15:34:47:44 chr7 150734380 . T C 355.91 PASS AF=0.39;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00660771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8214;QD=14.2364;RBI=0.0947942;REFB=-0.0491873;REVB=-0.0945637;RO=51;SAF=25;SAR=14;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728129;STB=0.533061;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.060776;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:100:51:61:39:39:0.39:14:25:36:15:14:25:36:25 chr7 150752608 . T G 382.24 PASS AF=0.565217;AO=36;DP=67;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0222137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8623;QD=22.1589;RBI=0.062921;REFB=-0.026034;REVB=0.0588694;RO=29;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983708;STB=0.534424;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0186661;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:29:30:36:39:0.565217:25:11:12:17:25:14:13:17 chr7 150761314 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0184817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.199;QD=11.4398;RBI=0.0904168;REFB=-0.0205536;REVB=-0.0885077;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44622;STB=0.777026;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.035671;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:8:6:1:8:8:6 chr7 150763655 . T A 243.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295584;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.571;QD=51.2463;RBI=0.0502017;REFB=0;REVB=0.0501146;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418105;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 150765065 . T C 3309.28 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024256;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.769;QD=62.1461;RBI=0.0383965;REFB=0;REVB=0.0297647;RO=0;SAF=105;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25621e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:213:0:0:211:213:1:106:105:0:0:106:107:0:0 chr7 150768786 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.52;QD=57.1055;RBI=0.0376231;REFB=0;REVB=0.0284476;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105865;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr7 150773807 . A C,T 733.64 PASS AF=0.0517241,0.896552;AO=4,51;DP=58;FAO=3,52;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=1,32;FSAR=2,20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0621741,0.0190673;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=31.1927,118.586;QD=50.5961;RBI=0.062517,0.0311552;REFB=0.0244426,-0.0229795;REVB=0.00653943,0.0246392;RO=3;SAF=2,31;SAR=2,20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115334,-0.00645388;STB=0.665552,0.502957;STBP=0.592,0.914;TYPE=snp,snp;VARB=0.046201,0.000624301;OID=.,.;OPOS=150773807,150773807;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:58:58:3:3:4,51:3,52:0.0517241,0.896552:2,20:2,31:2:1:2,20:1,32:2:1 chr7 150873754 . G A 187.25 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0449427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7074;QD=8.81186;RBI=0.0661987;REFB=-0.00369254;REVB=0.0486048;RO=60;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129711;STB=0.507686;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0122819;OID=.;OPOS=150873754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:60:25:25:0.294118:16:9:21:39:16:9:21:39 chr7 150878260 . C G 181.99 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00941465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0857;QD=11.5549;RBI=0.0194795;REFB=-0.0197335;REVB=-0.0170533;RO=40;SAF=7;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372694;STB=0.715264;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0285579;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:16:7:26:14:16:7:26:14 chr7 150878332 . G A 340.28 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00260147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.199;QD=16.2038;RBI=0.00419453;REFB=-0.0342526;REVB=0.00329036;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154639;STB=0.567744;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0272068;OID=.;OPOS=150878332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:43:47:37:37:0.440476:17:20:30:13:17:20:31:16 chr7 150883593 . G A 335.5 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00785673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.87;QD=13.2871;RBI=0.0123458;REFB=-0.0292989;REVB=0.00952312;RO=62;SAF=20;SAR=19;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073424;STB=0.54173;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0400258;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:19:20:36:26:19:20:36:26 chr7 150916228 . G A 310.58 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.021485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.105;QD=23.4396;RBI=0.0216048;REFB=-0.0441036;REVB=0.00227192;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170819;STB=0.501228;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191725;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:31:31:0.584906:17:14:9:12:17:14:10:12 chr7 150921950 . A G 1040.72 PASS AF=0.566474;AO=97;DP=173;FAO=98;FDP=173;FR=.;FRO=75;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0366581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.791;QD=24.063;RBI=0.0368149;REFB=-0.0139011;REVB=-0.00339379;RO=75;SAF=56;SAR=41;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326844;STB=0.500843;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0110865;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:75:75:97:98:0.566474:41:56:43:32:42:56:43:32 chr7 150931268 . C G 802.93 PASS AF=0.693069;AO=70;DP=101;FAO=70;FDP=101;FR=.;FRO=31;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.033744;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7658;QD=31.7993;RBI=0.0342222;REFB=-0.00481842;REVB=-0.00570118;RO=31;SAF=42;SAR=28;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859772;STB=0.546206;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00112705;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:31:31:70:70:0.693069:28:42:23:8:28:42:23:8 chr7 150934975 . C G 567.38 PASS AF=0.542857;AO=56;DP=104;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0106427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.629;QD=21.6144;RBI=0.0214013;REFB=-0.0140121;REVB=-0.0185674;RO=48;SAF=27;SAR=29;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499696;STB=0.531051;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0124185;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:48:48:56:57:0.542857:29:27:26:22:30:27:26:22 chr7 151049231 . C T 1146.19 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000953761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.816;QD=58.0349;RBI=0.0101602;REFB=-0.16882;REVB=-0.0101154;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.513155;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000714409;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:79:1:2:77:77:0.974684:40:37:1:0:40:37:2:0 chr7 151097314 . A G 777.3 PASS AF=0.357414;AO=93;DP=268;FAO=94;FDP=263;FR=.;FRO=169;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=74;FSRR=95;FWDB=-0.0363605;FXX=0.022304;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.191;QD=11.8221;RBI=0.0554314;REFB=-0.0162919;REVB=-0.0418396;RO=167;SAF=45;SAR=48;SRF=74;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462439;STB=0.533143;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0288524;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:263:167:169:93:94:0.357414:48:45:74:93:48:46:74:95 chr7 151097323 . A G 4004.32 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064954;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.432;QD=62.324;RBI=0.0157715;REFB=0;REVB=-0.0143718;RO=0;SAF=113;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21562e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65377e-06;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:257:0:0:257:257:1:144:113:0:0:144:113:0:0 chr7 151133271 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000631632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.329;QD=59.6781;RBI=0.0254314;REFB=0;REVB=0.0254236;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60004e-05;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr7 151168534 . G A 941.55 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897064;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.812;QD=58.8465;RBI=0.00908728;REFB=0;REVB=-0.00145129;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35983e-05;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr7 151504019 . T C 57.04 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.026632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.307;QD=12.6762;RBI=0.0394507;REFB=-0.0285273;REVB=0.0291049;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0349622;OID=.;OPOS=151504019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:18:18:10:10:6:8:0.444444:3:3:4:6:4:4:4:6 chr7 151504459 . G A 252.77 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0223891;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.814;QD=17.1369;RBI=0.0225938;REFB=-0.0141842;REVB=-0.0030343;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123544;STB=0.569569;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00567333;OID=.;OPOS=151504459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:16:15:10:18:16:15 chr7 151504498 . C T 318.31 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0144171;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.053;QD=20.536;RBI=0.0387392;REFB=-0.0020746;REVB=-0.0359565;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142087;STB=0.561366;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00262655;OID=.;OPOS=151504498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:32:33:0.532258:14:18:11:17:15:18:12:17 chr7 151504499 . G A 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0110377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.438;QD=14.4196;RBI=0.0165115;REFB=-0.00459013;REVB=0.01228;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136035;STB=0.577358;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0246471;OID=.;OPOS=151504499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:20:17:16:11:20:17 chr7 151504634 . G A 473.43 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00333911;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.834;QD=21.0411;RBI=0.0584762;REFB=-0.024462;REVB=-0.0583808;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392919;STB=0.52173;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0204116;OID=.;OPOS=151504634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:22:24:21:23:22:24:21:23 chr7 151597368 . G A 153.86 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0194779;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8379;QD=11.8356;RBI=0.0268372;REFB=-0.0661948;REVB=-0.018462;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336381;STB=0.667173;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.11444;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:18:19:0.365385:5:13:14:19:6:13:14:19 chr7 151668063 . A G 304.84 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0192051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.395;QD=26.5075;RBI=0.019207;REFB=-0.0111711;REVB=0.000269089;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120381;STB=0.555514;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00674996;OID=.;OPOS=151668063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:15:12:11:7:15:12:11:8 chr7 151680072 . T C 2025.97 PASS AF=0.985185;AO=130;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0128872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0042;QD=60.0286;RBI=0.109791;REFB=-0.0142409;REVB=0.109032;RO=3;SAF=65;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714191;STB=0.507575;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000559245;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:135:3:2:130:133:0.985185:65:65:2:1:68:65:2:0 chr7 151932969 . A G 291.23 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00827014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.491;QD=26.4756;RBI=0.0278968;REFB=-0.00383071;REVB=0.0266428;RO=15;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363299;STB=0.501844;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0019931;OID=.;OPOS=151932969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:15:18:26:26:0.590909:10:16:10:5:10:16:11:7 chr7 151945007 . C T 1828.35 PASS AF=0.475578;AO=185;DP=390;FAO=185;FDP=389;FR=.;FRO=204;FSAF=181;FSAR=4;FSRF=200;FSRR=4;FWDB=-0.00848866;FXX=0.00256404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.298;QD=18.8006;RBI=0.0134897;REFB=-0.0100534;REVB=-0.010484;RO=203;SAF=181;SAR=4;SRF=199;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221045;STB=0.512785;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0128284;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:389:203:204:185:185:0.475578:4:181:199:4:4:181:200:4 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 95.6 PASS AF=0.151899,0;AO=44,53;DP=396;FAO=60,0;FDP=395;FR=.;FRO=335;FSAF=56,0;FSAR=4,0;FSRF=332;FSRR=3;FWDB=-0.0575427,-0.125993;FXX=0.00252519;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.7365,14.123;QD=0.968087;RBI=0.196212,0.224113;REFB=-0.0369796,-0.0399962;REVB=-0.187584,-0.185343;RO=279;SAF=38,53;SAR=6,0;SRF=278;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.686504,0.625511;STB=0.798312,0.5;STBP=0.281,1;TYPE=del,del;VARB=0.191507,0;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151899,0:44,53:396:60,0:395:335:56,0:4,0:332:3:93:279:38,53:6,0:278:1 chr7 151945051 . A G 90.6 PASS AF=0.0658762;AO=50;DP=750;FAO=50;FDP=759;FR=.;FRO=709;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=426;FSRR=283;FWDB=0.00542818;FXX=0.00131577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.663;QD=0.477457;RBI=0.0576952;REFB=0.000820256;REVB=-0.0574393;RO=647;SAF=12;SAR=38;SRF=402;SRR=245;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410431;STB=0.811948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0224163;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:750:759:647:709:50:50:0.0658762:38:12:402:245:38:12:426:283 chr7 151945071 . G GT 591.84 PASS AF=0.241611;AO=169;DP=758;FAO=180;FDP=745;FR=.;FRO=565;FSAF=104;FSAR=76;FSRF=301;FSRR=264;FWDB=0.0694445;FXX=0.00930839;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3007;QD=3.17766;RBI=0.100175;REFB=0.0117711;REVB=-0.0721978;RO=578;SAF=102;SAR=67;SRF=308;SRR=270;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924108;STB=0.53462;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=-0.0392734;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241611:169:758:180:745:565:104:76:301:264:99:578:102:67:308:270 chr7 151945101 . G C 97.46 PASS AF=0.0705521;AO=43;DP=648;FAO=46;FDP=652;FR=.;FRO=606;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=329;FSRR=277;FWDB=-0.021777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6747;QD=0.59791;RBI=0.0442454;REFB=-0.00461263;REVB=0.0385151;RO=604;SAF=10;SAR=33;SRF=328;SRR=276;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335933;STB=0.795753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0707939;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:648:652:604:606:43:46:0.0705521:33:10:328:276:36:10:329:277 chr7 151945140 . C T 1615.57 PASS AF=0.439589;AO=171;DP=390;FAO=171;FDP=389;FR=.;FRO=218;FSAF=103;FSAR=68;FSRF=110;FSRR=108;FWDB=-0.0506909;FXX=0.00256404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4202;QD=16.6126;RBI=0.0568697;REFB=-0.014571;REVB=-0.0257799;RO=217;SAF=103;SAR=68;SRF=109;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102842;STB=0.555862;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0182877;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:389:217:218:171:171:0.439589:68:103:109:108:68:103:110:108 chr7 151945167 . G T 779.76 PASS AF=0.42439;AO=87;DP=206;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.00459592;FXX=0.00485413;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.586;QD=15.2148;RBI=0.00488067;REFB=-0.0160992;REVB=-0.0016427;RO=117;SAF=49;SAR=38;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188347;STB=0.507648;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0225314;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:117:118:87:87:0.42439:38:49:68:49:38:49:68:50 chr7 151945204 . G A 234.39 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0441273;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8455;QD=15.1218;RBI=0.0450019;REFB=-0.00798216;REVB=0.00882907;RO=36;SAF=22;SAR=5;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487249;STB=0.772216;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00962074;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:35:27:27:0.435484:5:22:13:23:5:22:13:22 chr7 151962176 . T A 49.55 PASS AF=0.0846561;AO=15;DP=188;FAO=16;FDP=189;FR=.;FRO=173;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.00536411;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.904;QD=1.04864;RBI=0.0253208;REFB=-0.00256058;REVB=-0.0247461;RO=171;SAF=4;SAR=11;SRF=71;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181508;STB=0.663499;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0314514;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:188:189:171:173:15:16:0.0846561:11:4:71:100:12:4:71:102 chr7 151970856 . T A 3537.46 PASS AF=0.630928;AO=306;DP=485;FAO=306;FDP=485;FR=.;FRO=179;FSAF=138;FSAR=168;FSRF=86;FSRR=93;FWDB=-0.00547702;FXX=0.00205757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.416;QD=29.1749;RBI=0.00548441;REFB=-0.0244374;REVB=-0.000284654;RO=175;SAF=139;SAR=167;SRF=83;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013669;STB=0.510957;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00857671;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:485:175:179:306:306:0.630928:167:139:83:92:168:138:86:93 chr7 151970931 . G A 249.61 PASS AF=0.225275;AO=41;DP=182;FAO=41;FDP=182;FR=.;FRO=141;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0844439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9949;QD=5.48584;RBI=0.0963353;REFB=-0.000429995;REVB=-0.0463651;RO=141;SAF=14;SAR=27;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200789;STB=0.623016;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00121836;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:141:141:41:41:0.225275:27:14:70:71:27:14:70:71 chr7 152099906 . T A 878.16 PASS AF=0.652893;AO=77;DP=119;FAO=79;FDP=121;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.032371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.585;QD=29.0302;RBI=0.0352638;REFB=-0.042;REVB=0.0139877;RO=42;SAF=38;SAR=39;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974948;STB=0.547443;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0134532;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:42:42:77:79:0.652893:39:38:27:15:39:40:27:15 chr7 152099917 . G A 881.72 PASS AF=0.655462;AO=77;DP=118;FAO=78;FDP=119;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00641045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.608;QD=29.6377;RBI=0.0156285;REFB=-0.0276256;REVB=-0.0142533;RO=40;SAF=37;SAR=40;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913301;STB=0.550525;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0117171;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:40:41:77:78:0.655462:40:37:25:15:40:38:26:15 chr7 152099924 . T C 933.92 PASS AF=0.663934;AO=81;DP=123;FAO=81;FDP=122;FR=.;FRO=41;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0274847;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.201;QD=30.6203;RBI=0.0304739;REFB=-0.034825;REVB=0.0131624;RO=40;SAF=42;SAR=39;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656068;STB=0.539015;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0145958;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:40:41:81:81:0.663934:39:42:25:15:39:42:26:15 chr7 152099946 . TCC TCA,TC 174.3 PASS AF=0.103774,0.235849;AO=11,28;DP=107;FAO=11,25;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=7,14;FSAR=4,11;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0238008,-0.0282205;FXX=0.00934492;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=243.517,14.0983;QD=6.5772;RBI=0.0278723,0.0374866;REFB=-0.0115038,-0.0426251;REVB=-0.0145047,-0.024675;RO=61;SAF=7,16;SAR=4,12;SRF=31;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0.371308;SSSB=0.160333,0.0744118;STB=0.595226,0.523346;STBP=0.535,0.794;TYPE=snp,del;VARB=0.0418685,0.0352277;OID=.,.;OPOS=152099948,152099947;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TCA,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.103774,0.235849:11,28:107:11,25:106:70:7,14:4,11:37:33:98:61:7,16:4,12:31:30 chr7 154172154 . G A 261.61 PASS AF=0.262411;AO=37;DP=141;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0451381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.856;QD=7.4215;RBI=0.0465797;REFB=-0.00259291;REVB=-0.0114985;RO=104;SAF=28;SAR=9;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316722;STB=0.691104;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00951472;OID=.;OPOS=154172154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:104:104:37:37:0.262411:9:28:54:50:9:28:54:50 chr7 154429560 . C T 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.544;QD=63.8866;RBI=0.0169695;REFB=0;REVB=0.0119075;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27419e-05;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr7 154461112 . A G 665.38 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=181;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0315077;FXX=0.00552456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1592;QD=14.7863;RBI=0.0361881;REFB=0.00314377;REVB=0.0178002;RO=104;SAF=41;SAR=33;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02651;STB=0.51529;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00363526;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:104:106:74:74:0.411111:33:41:55:49:33:41:56:50 chr7 154667628 . A G 1115.06 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.087;QD=60.2737;RBI=0.046848;REFB=0;REVB=0.0284952;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029625;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:45:27:0:0:45:29:0:0 chr7 154672662 . C T 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.275;QD=54.882;RBI=0.0423136;REFB=0.0443245;REVB=0.00155374;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00389468;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:1:0:30:24:1:0 chr7 154679447 . G A 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5753;QD=62.907;RBI=0.0585026;REFB=0;REVB=0.00890384;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176153;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr7 154681050 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.556;QD=58.0611;RBI=0.0090181;REFB=0;REVB=0.00891658;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42206e-05;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr7 154681216 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=360.075;QD=55.6561;RBI=0.0253598;REFB=0;REVB=0.0117604;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87335e-05;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr7 154760369 . A G 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.124922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3357;QD=36.3427;RBI=0.133166;REFB=-0.110528;REVB=-0.0461268;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0236246;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:0:1:8:3:0:1 chr7 154989054 . C T 1632.62 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467857;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.29;QD=59.9127;RBI=0.074413;REFB=0;REVB=-0.0578652;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572366;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:64:44:0:0:64:45:0:0 chr7 154990003 . C T 763.7 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5694;QD=63.6415;RBI=0.0195644;REFB=0;REVB=-0.0135259;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05415e-06;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr7 155150390 . T C 229.02 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00105155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.012;QD=11.8971;RBI=0.0016735;REFB=0.00852688;REVB=-0.00130186;RO=49;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463752;STB=0.526699;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0117917;OID=.;OPOS=155150390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:16:12:19:30:16:12:19:30 chr7 155150472 . G A 582.2 PASS AF=0.671053;AO=51;DP=76;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00686386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.24;QD=30.6422;RBI=0.0265052;REFB=-0.0139722;REVB=0.025601;RO=25;SAF=30;SAR=21;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058213;STB=0.53149;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00814737;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:25:51:51:0.671053:21:30:17:8:21:30:17:8 chr7 155150560 . A G 391.49 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0112071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0335;QD=17.0212;RBI=0.0157587;REFB=0.00231142;REVB=-0.0110787;RO=47;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812232;STB=0.571393;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00323213;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:51:41:41:0.445652:15:26:26:21:15:26:26:25 chr7 155150602 . T C 220.75 PASS AF=0.397059;AO=24;DP=65;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00641816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.436;QD=12.9851;RBI=0.0174358;REFB=-0.00799538;REVB=-0.0162116;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201665;STB=0.61216;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0109151;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:41:41:24:27:0.397059:8:16:20:21:9:18:20:21 chr7 155150765 . C T 141.31 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0244546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.009;QD=21.7392;RBI=0.0500681;REFB=-0.0165593;REVB=-0.0436897;RO=11;SAF=14;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576666;STB=0.837016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129019;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:1:14:5:6:1:14:5:6 chr7 155151018 . G A 492.86 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0103937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3636;QD=28.9917;RBI=0.0551387;REFB=-0.024724;REVB=0.0541502;RO=23;SAF=28;SAR=17;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140658;STB=0.576032;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0641973;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:17:28:19:4:17:28:19:4 chr7 155151095 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00280024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.814;QD=21.0077;RBI=0.0189312;REFB=-0.0232253;REVB=-0.018723;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385184;STB=0.521716;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0216969;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:10:7:7:12:10:7 chr7 155151194 . G A 423.44 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0185536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1235;QD=21.1718;RBI=0.0629793;REFB=-0.0228991;REVB=0.0601844;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201225;STB=0.516476;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0217757;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:24:18:15:22:24:18:15:23 chr7 155151307 . A G 376.73 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00522956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.329;QD=18.6037;RBI=0.00823855;REFB=-0.0192282;REVB=-0.00636596;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157507;STB=0.515144;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0157832;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:39:42:38:39:0.481481:24:14:15:24:24:15:15:27 chr7 155151367 . G T 230.7 PASS AF=0.415385;AO=28;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00218977;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.357;QD=14.1969;RBI=0.0140116;REFB=-0.0055579;REVB=-0.0138395;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132764;STB=0.587238;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.027693;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:38:28:27:0.415385:13:15:14:21:13:14:14:24 chr7 155151369 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0226952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.311;QD=14.6164;RBI=0.026683;REFB=-0.008978;REVB=0.0140325;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168609;STB=0.595427;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00781613;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:14:24:13:15:14:24 chr7 155151433 . T C 172.17 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0207556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.907;QD=13.2441;RBI=0.021875;REFB=-0.0275876;REVB=-0.006908;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162624;STB=0.580573;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0330669;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:31:19:21:0.403846:12:7:7:23:13:8:8:23 chr7 155151437 . G A 115.31 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0679862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8018;QD=10.9815;RBI=0.0754525;REFB=0.00231725;REVB=0.0327256;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313277;STB=0.68397;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00270235;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:8:20:6:8:8:20 chr7 155503920 . A C,T 1010.14 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=5,64;DP=69;FAO=4,66;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=2,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361982,0.0789317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.486,49.3994;QD=57.7224;RBI=0.0439108,0.082395;REFB=0,0;REVB=-0.0248566,0.0236375;RO=0;SAF=2,20;SAR=3,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0738657,0.0139045;OID=.,.;OPOS=155503920,155503920;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:69:70:0:0:5,64:4,66:0.0571429,0.942857:3,44:2,20:0:0:2,46:2,20:0:0 chr7 155755826 . A G 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0173247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.026;QD=11.1103;RBI=0.0357144;REFB=-0.00482946;REVB=-0.0312309;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096807;STB=0.556188;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0122299;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:11:13:20:24:11:13:20:24 chr7 155757502 . T C 538.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.169;QD=59.8223;RBI=0.021299;REFB=0;REVB=0.0110747;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220182;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr7 156664783 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0183638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.545;QD=16.0652;RBI=0.0535235;REFB=-0.018345;REVB=-0.0502746;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139466;STB=0.508012;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0192147;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:13:11:8:10:13:11 chr7 156664907 . T A 114.93 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00670827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.636;QD=11.7875;RBI=0.0068977;REFB=-0.00235445;REVB=0.00160543;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644495;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00462461;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:6:7:12:13:7:7:12:13 chr7 156752762 . T G 319.03 PASS AF=0.460526;AO=25;DP=73;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00835707;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.687;QD=16.7913;RBI=0.0279696;REFB=-0.00774933;REVB=0.0266919;RO=42;SAF=20;SAR=5;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474005;STB=0.657053;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00772147;OID=.;OPOS=156752762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:42:41:25:35:0.460526:5:20:16:26:12:23:15:26 chr7 156761818 . G A 124.78 PASS AF=0.26087;AO=15;DP=66;FAO=18;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0358081;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.664;QD=7.23376;RBI=0.0430074;REFB=-0.00765558;REVB=-0.0238205;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474434;STB=0.704202;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0188846;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:35:51:15:18:0.26087:12:3:21:14:13:5:28:23 chr7 156762224 . G C 388.08 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00573351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6024;QD=14.2414;RBI=0.0190559;REFB=-0.00801575;REVB=-0.0181729;RO=64;SAF=26;SAR=19;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000370377;STB=0.500209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011021;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:19:26:37:27:19:26:37:27 chr7 156762248 . G A 393.44 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00730598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.207;QD=12.3918;RBI=0.00767925;REFB=0.00102991;REVB=0.00236506;RO=76;SAF=26;SAR=21;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072329;STB=0.541467;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00182891;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:80:47:47:0.370079:21:26:37:39:21:26:39:41 chr7 156974300 . AAT A,AAA 32.94 PASS AF=0.186047,0;AO=8,6;DP=47;FAO=8,0;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0226638,0.254881;FXX=0.0227221;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=20.7356,17.0163;QD=3.06445;RBI=0.0588169,0.261782;REFB=-0.0284912,0.00114916;REVB=-0.054275,-0.0597118;RO=30;SAF=3,0;SAR=5,6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0546337,-0.631573;STB=0.55401,0.5;STBP=0.767,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127005,0;OID=.,.;OPOS=156974301,156974302;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047,0:8,6:47:8,0:43:35:3,0:5,0:11:24:33:30:3,0:5,6:10:20 chr7 156981672 . A G 269.61 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0129881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.807;QD=18.9199;RBI=0.0130439;REFB=-0.00924445;REVB=-0.0012061;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130333;STB=0.562002;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00868148;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:29:29:0.508772:15:14:9:18:15:14:10:18 chr7 157000176 . T C 389.98 PASS AF=0.506024;AO=37;DP=80;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0145522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.22;QD=18.794;RBI=0.0162911;REFB=-0.00201624;REVB=0.00732356;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267692;STB=0.529603;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00288205;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:41:41:37:42:0.506024:17:20:21:20:18:24:21:20 chr7 157000224 . C T 514.76 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.014271;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.672;QD=23.6671;RBI=0.0152691;REFB=-0.00436524;REVB=-0.00542986;RO=38;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402561;STB=0.518077;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00383794;OID=.;OPOS=157000224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:48:49:0.563218:20:28:24:14:20:29:24:14 chr7 157061474 . T C 376.81 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00115912;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.37;QD=15.0723;RBI=0.0164929;REFB=-0.0143536;REVB=0.0164521;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993941;STB=0.556066;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0221568;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:17:25:29:29:17:25:29:29 chr7 157159176 . A G 342.87 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0281366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7095;QD=21.4294;RBI=0.0785646;REFB=0.0188624;REVB=0.0733534;RO=29;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120633;STB=0.56689;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0147307;OID=.;OPOS=157159176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:24:11:13:16:24:11:13:16 chr7 157162068 . T C 524.29 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00765198;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.971;QD=21.1833;RBI=0.00932392;REFB=-0.00665099;REVB=0.00532755;RO=48;SAF=33;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111931;STB=0.568203;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00803792;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:48:49:50:50:0.505051:17:33:26:22:17:33:26:23 chr7 157319423 . G C 778.84 PASS AF=0.633929;AO=71;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.030889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.988;QD=27.8157;RBI=0.030943;REFB=-0.0321712;REVB=-0.00182786;RO=40;SAF=38;SAR=33;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266827;STB=0.518495;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0209504;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:40:41:71:71:0.633929:33:38:23:17:33:38:24:17 chr7 157319862 . C T 329.83 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00346494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0662;QD=31.4127;RBI=0.0351044;REFB=0.0112752;REVB=0.034933;RO=13;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873854;STB=0.535689;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0037237;OID=.;OPOS=157319862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:14:28:28:0.666667:15:13:8:5:15:13:8:6 chr7 157414064 . G A 743.45 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=129;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00193124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.293;QD=23.0526;RBI=0.0115674;REFB=-0.000268851;REVB=-0.011405;RO=58;SAF=40;SAR=31;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136756;STB=0.574767;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000245036;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:58:58:71:71:0.550388:31:40:23:35:31:40:23:35 chr7 157931091 . C T 1433.17 PASS AF=0.636816;AO=127;DP=200;FAO=128;FDP=201;FR=.;FRO=73;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00249003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.209;QD=28.5207;RBI=0.0269978;REFB=-0.0261553;REVB=-0.0268827;RO=72;SAF=58;SAR=69;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366134;STB=0.52335;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0172808;OID=.;OPOS=157931091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:72:73:127:128:0.636816:69:58:29:43:69:59:29:44 chr7 157959620 . C T 162.91 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0454334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.645;QD=13.0329;RBI=0.0546748;REFB=-0.013881;REVB=-0.030416;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343717;STB=0.532222;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.024141;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:7:11:18:13:7:11:18:14 chr7 157959636 . G A 150.55 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00417101;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.085;QD=11.1515;RBI=0.0566318;REFB=-0.00280168;REVB=0.0564779;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167008;STB=0.598219;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00375539;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:19:16:6:13:19:16 chr7 157959879 . C T 195.55 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=80;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0200159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7377;QD=8.88844;RBI=0.0271571;REFB=-0.018432;REVB=0.0183541;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237143;STB=0.573609;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0638517;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:88:55:56:24:32:0.363636:10:14:31:24:18:14:31:25 chr7 157959895 . C T 310.94 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0497703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4247;QD=13.9747;RBI=0.0501594;REFB=0.00290357;REVB=0.00623627;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146924;STB=0.583662;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00342423;OID=.;OPOS=157959895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:21:14:29:25:21:14:29:25 chr7 157959911 . A G 269.05 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0736083;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6441;QD=13.4525;RBI=0.074059;REFB=-0.0098147;REVB=0.00815816;RO=45;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121694;STB=0.573307;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0211319;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:49:31:31:0.3875:20:11:21:24:20:11:23:26 chr7 158263331 . T C 497.74 PASS AF=0.9;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0251668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9669;QD=49.7742;RBI=0.0285841;REFB=-0.106603;REVB=0.013553;RO=4;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475127;STB=0.527012;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0102774;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:38:40:4:4:34:36:0.9:24:10:2:2:26:10:2:2 chr7 158263336 . G C 605.78 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000164114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.5;QD=60.5781;RBI=0.0270646;REFB=0;REVB=0.0270641;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91815e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:28:12:0:0 chr7 158263344 . T A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.152;QD=60.2267;RBI=0.0932786;REFB=0;REVB=0.0144046;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208167;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00423461;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.409;QD=8.46438;RBI=0.0047909;REFB=-0.00565699;REVB=-0.00224072;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550594;STB=0.523898;STBP=0.858;TYPE=del;VARB=0.015412;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:15:53:15:53:38:7:8:19:19:99:37:7:8:19:18 chr7 158524504 . G A 624.78 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.107;QD=60.9544;RBI=0.0381271;REFB=0;REVB=0.00013633;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08369e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr7 158526495 . G A 1383.41 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501428;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3094;QD=62.1758;RBI=0.0818964;REFB=0;REVB=-0.0647513;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308276;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:86:89:1:58:28:0:0:59:30:0:0 chr7 158526880 . G A 1206.56 PASS AF=0.922222;AO=83;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0543035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8268;QD=53.625;RBI=0.0752783;REFB=-0.186555;REVB=0.052134;RO=0;SAF=18;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.581374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117269;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:90:90:0:7:83:83:0.922222:65:18:0:0:65:18:7:0 chr7 158528233 . A G 1196.77 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111162;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7939;QD=59.8383;RBI=0.0611994;REFB=0.0465173;REVB=-0.0601813;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00095772;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:79:79:0.9875:36:43:0:0:36:43:0:1 chr7 158534372 . G A 230.24 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00447453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1755;QD=46.048;RBI=0.0318524;REFB=0.0126357;REVB=0.0315366;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=6.62692e-05;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:1:0:11:8:1:0 chr7 158534381 . G C 235.18 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00764095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.101;QD=40.9008;RBI=0.0133435;REFB=-0.16746;REVB=-0.0109392;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.521717;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00273632;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:1:3:20:20:0.869565:10:10:1:0:10:10:1:2 chr7 158536267 . T C 679.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.869;QD=61.7473;RBI=0.0270239;REFB=0;REVB=-0.00631628;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116821;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr7 158536334 . G A 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0323216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.801;QD=54.5122;RBI=0.0382445;REFB=-0.0256446;REVB=0.0204439;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583921;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00228514;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:21:15:2:0:21:15:2:0 chr7 158536345 . A G 528.05 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.6082;QD=57.086;RBI=0.0292073;REFB=0;REVB=-0.00205641;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259293;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:33:37:1:18:15:0:0:21:16:0:0 chr7 158536376 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.621;QD=59.4356;RBI=0.0224726;REFB=0;REVB=0.0189493;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13044e-05;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr7 158536388 . A C 340.35 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0110174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.561;QD=48.6211;RBI=0.0166957;REFB=-0.02117;REVB=-0.0125444;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515722;STB=0.527757;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000197562;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:17:9:0:2:17:9:0:2 chr7 158536408 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.122;QD=43.4862;RBI=0.0147069;REFB=0;REVB=0.00542265;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216329;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 158536411 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000603777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.195;QD=43.4856;RBI=0.00477393;REFB=0;REVB=0.0047356;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74624e-05;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 158672476 . C G 522.07 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.944;QD=56.4401;RBI=0.0913483;REFB=0;REVB=0.030653;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473716;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:37:1:0:34:37:1:20:14:1:0:21:16:0:0 chr7 158672619 . A G 716.15 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.992;QD=54.0487;RBI=0.0360363;REFB=-0.138356;REVB=-0.012154;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000929;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:53:0:1:51:52:0.981132:21:30:0:0:22:30:1:0 chr7 158715219 . A G 1567.21 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4011;QD=63.9677;RBI=0.0886895;REFB=0;REVB=0.0141682;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357927;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr7 158719084 . C T 801.48 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.708;QD=57.2484;RBI=0.00307638;REFB=0;REVB=0.00201519;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8636e-06;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr7 158827326 . G A,T 778.47 PASS AF=0.92,0.08;AO=45,4;DP=49;FAO=46,4;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588002,0.00306902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.196,73.4187;QD=62.2778;RBI=0.0592979,0.0226449;REFB=0,0;REVB=0.0076666,0.022436;RO=0;SAF=17,0;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00272746,0.0449991;OID=.,.;OPOS=158827326,158827326;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:49:50:0:0:45,4:46,4:0.92,0.08:28,4:17,0:0:0:28,4:18,0:0:0 chr7 158851234 . T G 446.1 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.576;QD=57.5614;RBI=0.0576543;REFB=0;REVB=0.044923;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120973;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr8 196274 . T G 360.21 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0181806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4038;QD=32.0185;RBI=0.0198359;REFB=0.00857069;REVB=-0.00793296;RO=15;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105178;STB=0.55739;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00687898;OID=.;OPOS=196274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:13:17:11:4:13:17:11:4 chr8 363192 . G A 120.48 PASS AF=0.190909;AO=21;DP=110;FAO=21;FDP=110;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0178869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.318;QD=4.38104;RBI=0.0254922;REFB=-0.00361436;REVB=-0.0181634;RO=87;SAF=5;SAR=16;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277277;STB=0.680666;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0134574;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:89:21:21:0.190909:16:5:38:49:16:5:39:50 chr8 382957 . T C 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0194632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.728;QD=4.77053;RBI=0.0195622;REFB=-0.0071639;REVB=0.00196614;RO=49;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19491;STB=0.628342;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0244053;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:9:3:19:30:9:3:19:30 chr8 565232 . C G 706.84 PASS AF=0.979167;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0901;QD=58.9034;RBI=0.0778839;REFB=-0.207642;REVB=0.0765922;RO=1;SAF=31;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149113;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0190593;OID=.;OPOS=565232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:48:1:1:43:47:0.979167:12:31:1:0:16:31:1:0 chr8 577101 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0554;QD=60.2304;RBI=0.080865;REFB=0;REVB=-0.0582794;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27159e-05;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr8 607766 . C G 61.28 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0165986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1718;QD=9.07796;RBI=0.0782607;REFB=-0.0129012;REVB=-0.0764802;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107891;STB=0.578767;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.032387;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:27:17:18:8:9:0.333333:3:5:9:8:3:6:10:8 chr8 608034 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00692574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.117;QD=5.57553;RBI=0.0283179;REFB=-0.000391173;REVB=-0.0274579;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388749;STB=0.751528;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000892783;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:9:15:2:5:9:15 chr8 609879 . AT GC 84.47 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0154658;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.515;QD=5.82541;RBI=0.0627659;REFB=-0.00318955;REVB=-0.0608306;RO=43;SAF=9;SAR=4;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877966;STB=0.578821;STBP=0.565;TYPE=mnp;VARB=0.0109018;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:43:45:13:13:0.224138:4:9:27:16:4:9:27:18 chr8 618728 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00332101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.739;QD=11.0161;RBI=0.0418487;REFB=0.00158914;REVB=-0.0417167;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176372;STB=0.605901;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00419735;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:10:4:12:16:10:4:12:16 chr8 977316 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00424192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.48;QD=6.92884;RBI=0.0379796;REFB=-0.0222096;REVB=-0.0377419;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623591;STB=0.540398;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0307447;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:12:3:1:5:12:3 chr8 1514009 . C A 296.28 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0126744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1964;QD=28.905;RBI=0.0143233;REFB=0.021578;REVB=-0.00667214;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477493;STB=0.526296;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0135153;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:12:14:7:8:12:14:7:8 chr8 1649960 . G A 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1111;QD=59.4187;RBI=0.0445683;REFB=0;REVB=0.0152971;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676118;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr8 1814712 . A T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0294416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.442;QD=26.5698;RBI=0.0370384;REFB=-0.0160545;REVB=0.0224731;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0187562;OID=.;OPOS=1814712;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:1:3:7:4:1:3 chr8 1817367 . G A 543.02 PASS AF=0.581395;AO=51;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0576709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3135;QD=25.2566;RBI=0.064457;REFB=-0.00334393;REVB=0.0287884;RO=35;SAF=29;SAR=22;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902839;STB=0.537666;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00204489;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:36:51:50:0.581395:22:29:24:11:21:29:24:12 chr8 1857548 . T C 229.86 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0294546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.084;QD=34.0535;RBI=0.0296595;REFB=-0.0582633;REVB=0.00348037;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433519;STB=0.527649;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0297977;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:27:6:6:20:21:0.777778:12:8:3:3:13:8:3:3 chr8 1873540 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0015226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.475;QD=21.353;RBI=0.0246051;REFB=-0.0385805;REVB=-0.0245579;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367574;STB=0.714007;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.020144;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:7:9:12:13:0.590909:7:5:7:0:7:6:9:0 chr8 1905132 . G A 581.72 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0165549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.867;QD=52.8835;RBI=0.0458092;REFB=-0.154668;REVB=0.0427132;RO=4;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779385;STB=0.529398;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00342075;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:4:3:39:41:0.931818:22:17:0:4:24:17:0:3 chr8 1906342 . C G 565.5 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0213646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.409;QD=32.7827;RBI=0.0385102;REFB=-0.0178434;REVB=0.0320404;RO=20;SAF=31;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748348;STB=0.540456;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00654237;OID=.;OPOS=1906342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:20:20:49:49:0.710145:18:31:10:10:18:31:10:10 chr8 1906630 . G T 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121111;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.902;QD=62.0385;RBI=0.0442979;REFB=0;REVB=0.0442813;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50075e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr8 1953194 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.125;QD=58.5872;RBI=0.0331807;REFB=0;REVB=0.00528756;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104416;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr8 1953221 . G T 227.75 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00519245;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.324;QD=27.6057;RBI=0.0107128;REFB=-0.0258094;REVB=-0.00937031;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233173;STB=0.628456;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0179877;OID=.;OPOS=1953221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:10:2:11:10:10:2 chr8 1953223 . C T 512.92 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.906;QD=58.6198;RBI=0.11011;REFB=0;REVB=0.105453;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446923;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:35:0:0:30:35:1:10:20:0:0:14:21:0:0 chr8 1953567 . C A 1377.57 PASS AF=0.988764;AO=76;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228966;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.612;QD=61.9134;RBI=0.0235294;REFB=0;REVB=0.00542046;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08557e-05;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:89:0:0:76:88:0.988764:33:43:0:0:35:53:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGA,CAGAA 765.38 PASS AF=0.82,0.14,0.04;AO=39,7,2;DP=49;FAO=41,7,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27,6,0;FSAR=14,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274576,0.0271861,0.0256941;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=258.448,249.31,241.537;QD=61.2302;RBI=0.0282695,0.0274576,0.0257205;REFB=0,0,0;REVB=0.00672626,0.00385185,0.00116546;RO=0;SAF=26,6,0;SAR=13,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00227237,-0.00776848,-0.0352132;OID=.,.,.;OPOS=1953643,1953646,1953646;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=CAG,CAGA,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.82,0.14,0.04:39,7,2:49:41,7,2:50:0:27,6,0:14,1,2:0:0:37:0:26,6,0:13,1,2:0:0 chr8 1953650 . A C 37.85 PASS AF=0.122807;AO=8;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.064459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4646;QD=2.6559;RBI=0.0711494;REFB=-0.0206794;REVB=-0.030121;RO=45;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149448;STB=0.555391;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.103469;OID=.;OPOS=1953650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:57:57:45:47:8:7:0.122807:2:6:29:16:2:5:31:16 chr8 1953759 . A T 463.65 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3419;QD=57.9568;RBI=0.0185769;REFB=0;REVB=-0.0171768;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106825;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr8 1954237 . G C 1007.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000882379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.333;QD=59.2628;RBI=0.0310738;REFB=0;REVB=0.0310613;RO=0;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7715e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:18:49:0:0:18:50:0:0 chr8 1954587 . G A 253.19 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.204;QD=50.6381;RBI=0.0535877;REFB=0;REVB=0.0498266;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111863;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:8:9:0:0:9:11:0:0 chr8 2021421 . G T 412.98 PASS AF=0.639344;AO=37;DP=59;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.037852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.093;QD=27.0804;RBI=0.0496056;REFB=-0.0353971;REVB=-0.0320616;RO=22;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107131;STB=0.501824;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0176406;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:22:22:37:39:0.639344:14:23:14:8:14:25:14:8 chr8 2040337 . T C 1008.93 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0626394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.713;QD=57.6531;RBI=0.0668462;REFB=0.0552396;REVB=-0.0233393;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00674713;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:36:32:0:1:36:33:0:1 chr8 2046700 . C T 382.63 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00041134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.28;QD=23.5464;RBI=0.0192162;REFB=-0.0254261;REVB=-0.0192118;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999796;STB=0.505492;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0207694;OID=.;OPOS=2046700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:23:15:11:16:23:15:11:16 chr8 2048811 . A C 792.34 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.901;QD=53.7178;RBI=0.0297956;REFB=-0.180407;REVB=0.0254885;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900834;STB=0.504778;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00106638;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:21:36:1:1:21:36:1:1 chr8 2048831 . A G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00177768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.781;QD=19.519;RBI=0.00926309;REFB=-0.021453;REVB=0.00909092;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963598;STB=0.553896;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0165709;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:9:19:15:11:9:19:15:11 chr8 2050519 . C T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0187163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3392;QD=5.25876;RBI=0.018721;REFB=0.00261394;REVB=0.000422699;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034012;STB=0.522338;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0102487;OID=.;OPOS=2050519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:17:19:5:4:17:19 chr8 2054066 . A G 579.69 PASS AF=0.595506;AO=54;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0257033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5469;QD=26.0536;RBI=0.0404989;REFB=-0.0479131;REVB=0.0312971;RO=34;SAF=24;SAR=30;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663342;STB=0.549205;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0332068;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:36:54:53:0.595506:30:24:12:22:29:24:12:24 chr8 2057298 . C T 363.43 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0219961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.975;QD=23.8316;RBI=0.0638344;REFB=0.00530093;REVB=0.059925;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104511;STB=0.557346;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00434957;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:18:18:16:9:18:18:16:9 chr8 2071174 . T C 288.11 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00367211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.867;QD=25.0533;RBI=0.0208621;REFB=-0.0175003;REVB=0.0205364;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110566;STB=0.573322;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0118657;OID=.;OPOS=2071174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:26:26:0.565217:10:16:9:10:10:16:9:11 chr8 2092803 . A G 301.52 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0156514;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.037;QD=30.152;RBI=0.0279764;REFB=-0.0598861;REVB=-0.0231887;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211397;STB=0.511619;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0241651;OID=.;OPOS=2092803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:14:12:6:8:14:12:6:8 chr8 2148550 . G A 362.66 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670914;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.302;QD=55.7933;RBI=0.0755069;REFB=0;REVB=0.0346415;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169825;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 139.59 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201299;FXX=0.388673;HRUN=1;LEN=18;MLLD=324.389;QD=50.7594;RBI=0.0317677;REFB=0;REVB=0.0245759;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000300799;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:18:11:11:0:5:6:0:0:3:0:5:6:0:0 chr8 2148771 . C T 323.21 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0480582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.984;QD=21.9122;RBI=0.0652426;REFB=-0.0449406;REVB=-0.0441248;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442042;STB=0.533798;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.042497;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:19:14:12:13:19:14:13:13 chr8 2792964 . ATTTTTTT ATTTTTTA,ATTTTTT 74.24 PASS AF=0.030303,0.424242;AO=3,30;DP=67;FAO=2,28;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=0,16;FSAR=2,12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00443616,0.0161035;FXX=0.0149231;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=126.913,6.58396;QD=4.49962;RBI=0.0108712,0.0729125;REFB=-0.0114665,-0.167602;REVB=-0.00992486,-0.071112;RO=24;SAF=1,17;SAR=2,13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.437719,-0.15382;STB=0.996596,0.572044;STBP=0.053,0.353;TYPE=snp,del;VARB=-0.0292839,0.168918;OID=.,.;OPOS=2792971,2792965;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.030303,0.424242:3,30:67:2,28:66:36:0,16:2,12:25:11:66:24:1,17:2,13:18:6 chr8 2795835 . T C 768.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.068;QD=56.9111;RBI=0.0424454;REFB=0;REVB=0.037875;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62348e-05;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr8 2909992 . G A 481.12 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00190959;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.458;QD=23.1866;RBI=0.00286584;REFB=-0.00352919;REVB=-0.00213694;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548015;STB=0.527737;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00366566;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:34:37:45:46:0.554217:22:23:15:19:22:24:17:20 chr8 2910020 . A G 1458.52 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228372;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.858;QD=63.4138;RBI=0.0287227;REFB=0;REVB=0.01742;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150913;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr8 2965244 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0153492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.718;QD=44.0923;RBI=0.0153594;REFB=0.0764741;REVB=0.000559479;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00153371;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:1:0 chr8 3224561 . T C 538.58 PASS AF=0.657534;AO=48;DP=73;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0231492;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.185;QD=29.511;RBI=0.0363275;REFB=-0.0124032;REVB=-0.0279964;RO=25;SAF=29;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289179;STB=0.515702;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00755335;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:25:48:48:0.657534:19:29:14:11:19:29:14:11 chr8 3265590 . C T 397.24 PASS AF=0.705882;AO=34;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0198557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.934;QD=31.1559;RBI=0.0204492;REFB=-0.0484491;REVB=0.0048911;RO=15;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052175;STB=0.534864;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.018923;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:34:36:0.705882:19:15:8:7:21:15:8:7 chr8 3351147 . G A 406.71 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0227482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.501;QD=30.6953;RBI=0.0393388;REFB=-0.00562799;REVB=-0.0320946;RO=14;SAF=17;SAR=20;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524251;STB=0.525759;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00224221;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:14:16:37:37:0.698113:20:17:5:9:20:17:6:10 chr8 3351195 . C A 423.75 PASS AF=0.68;AO=32;DP=48;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0199358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.217;QD=33.9002;RBI=0.0217084;REFB=-0.0113924;REVB=-0.00859167;RO=16;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00500637;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:16:16:32:34:0.68:18:14:7:9:20:14:7:9 chr8 3443671 . C T 249.18 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00125201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4196;QD=11.8657;RBI=0.0138522;REFB=0.000368892;REVB=0.0137955;RO=53;SAF=18;SAR=11;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231858;STB=0.519987;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000321766;OID=.;OPOS=3443671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:54:29:30:0.357143:11:18:33:20:12:18:34:20 chr8 3558050 . G A 897.67 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0388663;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.708;QD=55.2414;RBI=0.0388911;REFB=-0.15657;REVB=-0.001389;RO=1;SAF=19;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241965;STB=0.507202;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00104369;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:1:2:62:63:0.969231:43:19:1:0:44:19:1:1 chr8 5768667 . A T 293.21 PASS AF=0.553571;AO=29;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0298538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.432;QD=20.9432;RBI=0.0316418;REFB=-0.0380346;REVB=0.0104859;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837786;STB=0.537548;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0343628;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:25:29:31:0.553571:15:14:10:16:16:15:10:15 chr8 6272399 . G T 169.84 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0422786;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8888;QD=10.615;RBI=0.0442398;REFB=-0.0154624;REVB=0.0130261;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029522;STB=0.533111;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0355803;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:42:22:22:0.34375:12:10:18:24:12:10:17:25 chr8 6296550 . G T 2406.3 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0539303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5698;QD=59.7838;RBI=0.0561313;REFB=-0.0252106;REVB=0.0155643;RO=0;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500039;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000114353;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:0:2:159:159:0.987578:80:79:0:0:80:79:1:1 chr8 6302183 . G C 412.24 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0332255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.028;QD=35.0844;RBI=0.0335024;REFB=-0.0168264;REVB=-0.00429821;RO=13;SAF=18;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437822;STB=0.51361;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0150142;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:14:33:33:0.702128:15:18:6:7:15:18:7:7 chr8 6302418 . A G 1057.44 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.901;QD=59.5743;RBI=0.0593766;REFB=0;REVB=-0.0548167;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110879;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:49:20:0:0:50:21:0:0 chr8 6302671 . C T 79.78 PASS AF=0.209677;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00504954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.476;QD=5.14694;RBI=0.0236752;REFB=4.60831e-05;REVB=-0.0231305;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0142e-08;STB=0.542649;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000326805;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:61:62:48:49:12:13:0.209677:5:7:28:20:6:7:29:20 chr8 6302971 . C T 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9593;QD=63.2816;RBI=0.0406013;REFB=0;REVB=0.0361586;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110213;OID=.;OPOS=6302971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr8 6319260 . T C 201.67 PASS AF=0.2125;AO=32;DP=161;FAO=34;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.0324505;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.073;QD=5.04167;RBI=0.0783982;REFB=-0.0134111;REVB=-0.0713669;RO=104;SAF=22;SAR=10;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196706;STB=0.625116;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.033749;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:104:126:32:34:0.2125:10:22:56:48:11:23:66:60 chr8 6319284 . T C 168.03 PASS AF=0.189542;AO=29;DP=152;FAO=29;FDP=153;FR=.;FRO=124;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=0.0141144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8415;QD=4.39299;RBI=0.0141593;REFB=-0.0208218;REVB=0.00112579;RO=123;SAF=21;SAR=8;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244226;STB=0.659624;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0248335;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:123:124:29:29:0.189542:8:21:67:56:8:21:67:57 chr8 6338306 . C A 303.59 PASS AF=0.232323;AO=46;DP=199;FAO=46;FDP=198;FR=.;FRO=152;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=91;FSRR=61;FWDB=-0.0169617;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8374;QD=6.13322;RBI=0.0199191;REFB=-0.00506521;REVB=-0.0104438;RO=151;SAF=21;SAR=25;SRF=91;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183558;STB=0.607857;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.016539;OID=.;OPOS=6338306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:151:152:46:46:0.232323:25:21:91:60:25:21:91:61 chr8 6371291 . A G 480.58 PASS AF=0.314433;AO=61;DP=195;FAO=61;FDP=194;FR=.;FRO=133;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=0.0285006;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9227;QD=9.9089;RBI=0.0423204;REFB=-0.000789083;REVB=0.0312846;RO=132;SAF=25;SAR=36;SRF=74;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177512;STB=0.600068;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00208929;OID=.;OPOS=6371291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:132:133:61:61:0.314433:36:25:74:58:36:25:74:59 chr8 6378763 . C T 301.66 PASS AF=0.247253;AO=44;DP=187;FAO=45;FDP=182;FR=.;FRO=137;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=-0.000564432;FXX=0.0319132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.944;QD=6.62991;RBI=0.0127358;REFB=-0.00605581;REVB=-0.0127233;RO=143;SAF=20;SAR=24;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442651;STB=0.533319;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0171864;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:182:143:137:44:45:0.247253:24:20:70:73:24:21:70:67 chr8 6389889 . C A,G 1861.51 PASS AF=0.345865,0.62406;AO=46,83;DP=133;FAO=46,83;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=24,43;FSAR=22,40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00325864,0.017101;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=83.2364,38.3337;QD=55.9851;RBI=0.0348713,0.034104;REFB=-0.0948961,-0.0425338;REVB=0.0347187,0.0295066;RO=3;SAF=24,43;SAR=22,40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0552153,-0.0318987;STB=0.518317,0.510683;STBP=0.385,0.374;TYPE=snp,snp;VARB=0.0311034,0.00103045;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:133:133:3:4:46,83:46,83:0.345865,0.62406:22,40:24,43:3:0:22,40:24,43:3:1 chr8 6474473 . C G 2494.69 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00164101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.775;QD=60.846;RBI=0.0473561;REFB=-0.117102;REVB=0.0473277;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.503268;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000142365;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:0:1:163:163:0.993902:76:87:0:0:76:87:0:1 chr8 6478986 . C T 1511.93 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8167;QD=62.9969;RBI=0.111038;REFB=0;REVB=0.0332793;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007655;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:1:0:94:96:1:42:52:1:0:42:54:0:0 chr8 6479042 . C T 1569.11 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.602;QD=59.7755;RBI=0.0886424;REFB=0;REVB=0.0282993;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170819;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr8 6479178 . C A 80.14 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0368305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4385;QD=5.17012;RBI=0.0436511;REFB=-0.0102116;REVB=0.0234293;RO=47;SAF=7;SAR=6;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126263;STB=0.59227;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0370677;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:47:49:13:13:0.209677:6:7:30:17:6:7:32:17 chr8 6500544 . C T 781.34 PASS AF=0.688172;AO=64;DP=94;FAO=64;FDP=93;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00426969;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.593;QD=33.6061;RBI=0.0105769;REFB=-0.0135936;REVB=0.00967684;RO=29;SAF=34;SAR=30;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678655;STB=0.53659;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00505572;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:29:29:64:64:0.688172:30:34:12:17:30:34:12:17 chr8 6566351 . C G 3212.6 PASS AF=0.714674;AO=259;DP=367;FAO=263;FDP=368;FR=.;FRO=105;FSAF=114;FSAR=149;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0320682;FXX=0.00540526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.892;QD=34.9196;RBI=0.032077;REFB=-0.0183409;REVB=0.000747245;RO=100;SAF=111;SAR=148;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457547;STB=0.50142;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00648771;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:368:100:105:259:263:0.714674:148:111:42:58:149:114:45:60 chr8 6615663 . A G 775.09 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3829;QD=55.3635;RBI=0.0540405;REFB=-0.0413541;REVB=0.0396105;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091253;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:35:21:0:0 chr8 6673377 . CA C 767.46 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326948;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.572;QD=55.8152;RBI=0.0398885;REFB=0;REVB=0.0228503;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000194873;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:56:55:55:0:26:29:0:0:4:0:26:28:0:0 chr8 6690276 . T C 1567.76 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467583;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8103;QD=59.7242;RBI=0.0478902;REFB=0;REVB=0.0103504;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021815;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:45:59:0:0:45:60:0:0 chr8 6735300 . T A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.32;QD=63.5829;RBI=0.0738302;REFB=0;REVB=0.0163646;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90265e-05;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr8 6735313 . G A 62.21 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00680546;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.983;QD=4.52425;RBI=0.00831332;REFB=-0.00236854;REVB=-0.00477461;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1173;STB=0.590173;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0138403;OID=.;OPOS=6735313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:56:55:44:45:10:10:0.181818:3:7:27:17:3:7:27:18 chr8 6793540 . C T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.443;QD=60.882;RBI=0.0135039;REFB=0;REVB=-0.0125296;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71657e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr8 6793581 . A G 459.89 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0646439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2662;QD=26.6605;RBI=0.0698564;REFB=-0.000435618;REVB=-0.0264778;RO=24;SAF=8;SAR=35;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211863;STB=0.624349;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000889656;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:26:43:43:0.623188:35:8:10:14:35:8:11:15 chr8 6794249 . C A 224.64 PASS AF=0.257812;AO=33;DP=128;FAO=33;FDP=128;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=0.0153691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8043;QD=7.02002;RBI=0.0199469;REFB=0.00425933;REVB=-0.0127151;RO=95;SAF=18;SAR=15;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955645;STB=0.55713;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0148475;OID=.;OPOS=6794249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:95:95:33:33:0.257812:15:18:59:36:15:18:59:36 chr8 6794399 . GC AG 98.7 PASS AF=0.217391;AO=30;DP=124;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.018449;FXX=0.0725748;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.962;QD=3.43313;RBI=0.0336376;REFB=-0.0386029;REVB=0.0281269;RO=89;SAF=14;SAR=16;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062145;STB=0.652792;STBP=0.103;TYPE=mnp;VARB=0.144163;OID=.;OPOS=6794399;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:124:115:89:90:30:25:0.217391:16:14:46:43:17:8:46:44 chr8 7154617 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.235;QD=35.5759;RBI=0.0491982;REFB=0;REVB=-0.0482076;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214271;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 7154917 . A C 971.96 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0295205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5503;QD=54.7583;RBI=0.0323436;REFB=-0.168917;REVB=-0.0132154;RO=3;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464142;STB=0.524583;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00170622;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:3:3:68:68:0.957746:29:39:0:3:29:39:0:3 chr8 7215694 . A G 1297.79 PASS AF=0.790698;AO=99;DP=129;FAO=102;FDP=129;FR=.;FRO=27;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0352699;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5773;QD=40.2416;RBI=0.0458024;REFB=0.0344332;REVB=0.0292214;RO=27;SAF=61;SAR=38;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099892;STB=0.501185;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00470017;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:27:27:99:102:0.790698:38:61:16:11:41:61:16:11 chr8 7217162 . G A 863.33 PASS AF=0.405063;AO=96;DP=237;FAO=96;FDP=237;FR=.;FRO=141;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=80;FWDB=-0.0279091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.083;QD=14.5709;RBI=0.028001;REFB=-0.00657859;REVB=-0.00226756;RO=136;SAF=48;SAR=48;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771419;STB=0.540076;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0111324;OID=.;OPOS=7217162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:136:141:96:96:0.405063:48:48:58:78:48:48:61:80 chr8 7217172 . G A 250.15 PASS AF=0.197309;AO=44;DP=227;FAO=44;FDP=223;FR=.;FRO=179;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=85;FSRR=94;FWDB=-0.0317609;FXX=0.0176204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.367;QD=4.48695;RBI=0.033111;REFB=-0.000728711;REVB=-0.00935862;RO=178;SAF=16;SAR=28;SRF=85;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149533;STB=0.591589;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00286411;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:223:178:179:44:44:0.197309:28:16:85:93:28:16:85:94 chr8 7217795 . T G 101.4 PASS AF=0.141892;AO=21;DP=148;FAO=21;FDP=148;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.00124443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.148;QD=2.74053;RBI=0.0022039;REFB=-0.00864324;REVB=0.00181895;RO=127;SAF=7;SAR=14;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132105;STB=0.590388;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0668194;OID=.;OPOS=7217795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:127:127:21:21:0.141892:14:7:55:72:14:7:55:72 chr8 7217837 . A C 709.83 PASS AF=0.637255;AO=65;DP=104;FAO=65;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0212246;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.679;QD=27.8364;RBI=0.0213166;REFB=0.0166977;REVB=-0.00197798;RO=34;SAF=15;SAR=50;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125078;STB=0.581369;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00809234;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:34:37:65:65:0.637255:50:15:13:21:50:15:15:22 chr8 7218632 . C T 385.61 PASS AF=0.300578;AO=52;DP=173;FAO=52;FDP=173;FR=.;FRO=121;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=-0.00248205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3619;QD=8.91575;RBI=0.010654;REFB=-0.0101658;REVB=-0.0103608;RO=120;SAF=24;SAR=28;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261685;STB=0.51828;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0198407;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:120:121:52:52:0.300578:28:24:58:62:28:24:59:62 chr8 7308386 . T C 160.28 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0278249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9447;QD=18.3172;RBI=0.0288448;REFB=-0.0220328;REVB=-0.00760263;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138146;STB=0.578852;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0339119;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:9:9:11:6:9:9 chr8 7308729 . G C 422.39 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0430265;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0638;QD=22.2308;RBI=0.0461185;REFB=0.00979942;REVB=0.0166022;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681805;STB=0.531899;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00465546;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:76:34:35:41:41:0.539474:16:25:18:16:16:25:19:16 chr8 7718187 . T G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.336;QD=59.8341;RBI=0.0511079;REFB=0;REVB=-0.0237251;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16296e-05;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr8 7718266 . A T 239.72 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.268;QD=50.4676;RBI=0.030226;REFB=0;REVB=0.0105523;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172042;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr8 8098577 . G A 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00953993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.383;QD=4.4186;RBI=0.0096859;REFB=-0.00342994;REVB=-0.00167521;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280466;STB=0.519029;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0199547;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:17:14:3:4:17:14 chr8 8234113 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0375412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.798;QD=28.226;RBI=0.0515351;REFB=0.00401076;REVB=0.0353061;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425066;STB=0.52377;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00145283;OID=.;OPOS=8234113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:8:4:1:3:8:4:1:3 chr8 8234192 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0304312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3695;QD=9.76014;RBI=0.0644314;REFB=-0.0147263;REVB=-0.0567921;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500083;STB=0.812575;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0167538;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:7:5:6:1:7:5 chr8 8234218 . CG TA 39.11 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0671307;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.304;QD=7.82285;RBI=0.0687654;REFB=0.0110239;REVB=0.0149047;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403885;STB=0.802499;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=-0.0152315;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:21:20:12:14:6:6:0.3:5:1:6:6:5:1:8:6 chr8 8560909 . G C 59.35 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.000612764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.74;QD=5.39553;RBI=0.0187394;REFB=-0.00162251;REVB=-0.0187294;RO=35;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101645;STB=0.567408;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0251196;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:2:7:25:10:2:7:25:10 chr8 8561391 . A AT 50.86 PASS AF=0.464286;AO=10;DP=30;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0668032;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1211;QD=7.26532;RBI=0.119755;REFB=0.0456074;REVB=0.0993907;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=-0.0598795;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:10:30:13:28:15:7:6:7:8:50:16:5:5:8:8 chr8 8561399 . G T 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0038979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.676;QD=14.0795;RBI=0.0239367;REFB=-0.0170556;REVB=-0.0236172;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0150699;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:7:9:5:7:7:9 chr8 8561442 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00404943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0579;QD=19.5229;RBI=0.0346088;REFB=-0.0318351;REVB=0.0343711;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0279212;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:12:13:14:0.538462:6:7:7:6:6:8:6:6 chr8 8561452 . A G 91.86 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0289621;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.408;QD=15.9749;RBI=0.0485487;REFB=0.0126141;REVB=0.0389637;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00758655;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:6:6:3:8:6:6 chr8 8561536 . TG CA 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.103261;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.339;QD=16.199;RBI=0.1072;REFB=-0.00899028;REVB=0.0287934;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=mnp;VARB=0.010877;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr8 8561552 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.109052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1807;QD=16.1989;RBI=0.152673;REFB=0.013702;REVB=0.106849;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0110338;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr8 8643582 . C G 59.08 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0416759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6116;QD=5.25152;RBI=0.0561167;REFB=-0.0084485;REVB=-0.0375793;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677036;STB=0.544455;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0271755;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:18:18:5:4:18:18 chr8 8747894 . A G 867.48 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0232631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.425;QD=53.3831;RBI=0.0272043;REFB=-0.207253;REVB=-0.0141033;RO=2;SAF=37;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592119;STB=0.512566;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0121924;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:2:3:62:62:0.953846:25:37:1:1:25:37:1:2 chr8 8860620 . T C 59.96 PASS AF=0.225;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0304735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.051;QD=5.99598;RBI=0.0320691;REFB=-0.0345226;REVB=0.00998966;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261791;STB=0.518477;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.103384;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:40:31:31:8:9:0.225:3:5:20:11:3:6:20:11 chr8 8887542 . TAAC T 100.51 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000162897;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=3;MLLD=289.434;QD=6.28174;RBI=0.00847045;REFB=-0.00414998;REVB=-0.00846888;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531219;STBP=0.754;TYPE=del;VARB=0.0103397;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:20:61:20:64:44:10:10:20:24:99:38:10:10:19:19 chr8 9145082 . T C 396.1 PASS AF=0.612903;AO=35;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0170536;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.566;QD=25.5551;RBI=0.0281138;REFB=-0.0077956;REVB=0.0223509;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674556;STB=0.52547;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00447872;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:35:38:0.612903:22:13:11:13:23:15:11:13 chr8 9414049 . G A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00703104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.776;QD=6.80727;RBI=0.0217945;REFB=-0.00848154;REVB=-0.0206292;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110244;STB=0.58264;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0272714;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:5:4:14:12:5:4:15:12 chr8 9414159 . G C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0163928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.464;QD=6.31763;RBI=0.0273263;REFB=-0.0123486;REVB=-0.0218632;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2333;STB=0.650864;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0298893;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:24:25:8:8:0.242424:2:6:21:3:2:6:22:3 chr8 9414237 . C T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0217624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8337;QD=6.10491;RBI=0.0218539;REFB=0.00769464;REVB=0.00199807;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193611;STB=0.624688;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0284698;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:3:5:12:14:3:5:12:14 chr8 9414503 . T C 116.34 PASS AF=0.301887;AO=14;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0623725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0757;QD=8.78002;RBI=0.0802045;REFB=-0.0141911;REVB=0.0504225;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450402;STB=0.783712;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0381721;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:37:37:14:16:0.301887:5:9:9:28:5:11:9:28 chr8 9415168 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.898;QD=57.1775;RBI=0.0131381;REFB=0;REVB=-0.0122446;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.432e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr8 9415390 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00509398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.207;QD=14.119;RBI=0.00683312;REFB=-0.0136577;REVB=-0.00455443;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084158;STB=0.54791;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0144709;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:12:15:18:20:12:15:18:20 chr8 9416258 . G C 50.27 PASS AF=0.25;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0134779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.438;QD=6.28367;RBI=0.0136381;REFB=-0.00375825;REVB=0.00208428;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104567;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:31:32:24:24:7:8:0.25:4:3:12:12:4:4:12:12 chr8 9564437 . A G 244.02 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.00652852;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.233;QD=8.27188;RBI=0.0242085;REFB=-0.00425069;REVB=-0.0233115;RO=84;SAF=17;SAR=17;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430464;STB=0.525409;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.010953;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:84:84:34:34:0.288136:17:17:39:45:17:17:39:45 chr8 9577940 . T C 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.142;QD=60.2533;RBI=0.0314684;REFB=0;REVB=-0.0310403;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26312e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr8 9609331 . G A 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0100773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.472;QD=26.4934;RBI=0.01442;REFB=-0.0245653;REVB=-0.0103143;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.599877;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0171539;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:12:5:5:4:12:5:5:4 chr8 9734267 . A C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00652295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.849;QD=50.8367;RBI=0.0118351;REFB=-0.0358594;REVB=0.00987521;RO=1;SAF=18;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250902;STB=0.513503;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00232904;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:7:18:1:0:7:18:1:0 chr8 9734284 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0171856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.474;QD=16.8984;RBI=0.0385938;REFB=-0.0146607;REVB=-0.0345563;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437098;STB=0.762054;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0196053;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:5:4:1:9:5:4 chr8 10285825 . T G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.314;QD=35.5739;RBI=0.0358579;REFB=0;REVB=-0.00213264;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670684;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 10333799 . G A 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00427261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.543;QD=34.1531;RBI=0.0115102;REFB=-0.0195128;REVB=0.0106878;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216941;STB=0.618919;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00269368;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:0:5:8:10:0:5 chr8 10383226 . C G 33.47 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0752303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.845;QD=19.123;RBI=0.0819689;REFB=-0.0058179;REVB=-0.032547;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00699602;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:4:1:0:1:4:1:0:2 chr8 10390452 . C T 453.7 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0142091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.825;QD=25.2055;RBI=0.0286457;REFB=-0.0083647;REVB=-0.0248733;RO=29;SAF=21;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106105;STB=0.557977;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0106108;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:22:21:10:19:22:21:10:19 chr8 10396054 . A C 310.28 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0527699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5843;QD=21.3986;RBI=0.0618062;REFB=0.0105346;REVB=-0.0321767;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782065;STB=0.501193;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0133817;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:31:32:0.551724:20:11:9:17:21:11:9:17 chr8 10464755 . C T 37.53 PASS AF=0.4;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0344415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.038;QD=10.0068;RBI=0.0396565;REFB=0.0154996;REVB=0.0196576;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162006;STB=0.565019;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00671517;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:9:9:5:6:0.4:1:4:8:1:1:5:8:1 chr8 10464885 . T C 375.43 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.002;QD=55.6185;RBI=0.0374904;REFB=0;REVB=0.0241454;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220764;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr8 10466655 . C T 209.0 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.059913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.155;QD=19.0003;RBI=0.0603677;REFB=-0.0179703;REVB=0.00739559;RO=23;SAF=19;SAR=2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245946;STB=0.64235;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0230882;OID=.;OPOS=10466655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:2:19:18:5:2:19:18:5 chr8 10467124 . G C 222.75 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0100609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.716;QD=12.5491;RBI=0.0114656;REFB=-0.0136995;REVB=-0.00549887;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045458;STB=0.50261;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0231309;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:14:13:21:23:14:13:21:23 chr8 10467207 . C A 938.1 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.348;QD=58.6312;RBI=0.0901598;REFB=0;REVB=0.087089;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385843;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:30:34:0:0 chr8 10467604 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00700401;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.763;QD=23.22;RBI=0.101709;REFB=-0.0402655;REVB=0.101468;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00256655;OID=.;OPOS=10467604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr8 10468172 . G A 98.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.972;QD=39.5214;RBI=0.0513385;REFB=0;REVB=-0.022833;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00805376;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr8 10469340 . G A 484.35 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000508573;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.61;QD=25.8319;RBI=0.0415497;REFB=-0.0352191;REVB=0.0415466;RO=29;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101687;STB=0.562103;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0231601;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:25:20:17:12:25:20:18:12 chr8 10469817 . G A 2037.86 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276649;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.831;QD=61.7535;RBI=0.0664574;REFB=0;REVB=0.0604255;RO=0;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554787;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:129:132:1:52:77:0:0:52:80:0:0 chr8 10474042 . T G 343.24 PASS AF=0.645833;AO=27;DP=44;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0373039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.28;QD=28.6036;RBI=0.0410706;REFB=-0.0458395;REVB=0.0171818;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106049;STB=0.539484;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0337841;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:16:17:27:31:0.645833:16:11:9:7:18:13:9:8 chr8 10530218 . C A,T 1421.19 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=4,88;DP=92;FAO=2,90;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235597,0.054722;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.5102,135.013;QD=61.7908;RBI=0.00676783,0.0547758;REFB=0,0;REVB=-0.00634451,0.00242733;RO=0;SAF=4,31;SAR=0,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.90485e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0762596,0.000674755;OID=.,.;OPOS=10530218,10530218;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:92:92:0:0:4,88:2,90:0.0217391,0.978261:0,57:4,31:0:0:0,57:2,33:0:0 chr8 10691277 . A C 40.26 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=15;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00525342;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.726;QD=11.5038;RBI=0.0337679;REFB=-0.0236505;REVB=-0.0333568;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15474;STB=0.713172;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00458077;OID=.;OPOS=10691277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:15:14:5:7:4:4:0.285714:1:3:3:2:1:3:3:4 chr8 10754511 . C T 1713.1 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8293;QD=60.6406;RBI=0.0201089;REFB=0;REVB=0.0186274;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81389e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr8 10920326 . C T 830.11 PASS AF=0.736264;AO=64;DP=90;FAO=67;FDP=91;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0716182;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.202;QD=36.4882;RBI=0.0725438;REFB=-0.0248763;REVB=0.0115511;RO=25;SAF=23;SAR=41;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130843;STB=0.557505;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00879262;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:25:24:64:67:0.736264:41:23:15:10:42:25:14:10 chr8 10995997 . G A 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0373885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.391;QD=6.59471;RBI=0.07331;REFB=-0.0143282;REVB=-0.0630592;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242103;STB=0.654199;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.035171;OID=.;OPOS=10995997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:6:3:15:13:6:3:15:13 chr8 11179074 . A C 206.54 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0152415;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.696;QD=8.88335;RBI=0.0169801;REFB=-0.00556905;REVB=-0.00748477;RO=66;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14281;STB=0.584209;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0129748;OID=.;OPOS=11179074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:66:66:27:27:0.290323:14:13:24:42:14:13:24:42 chr8 11184844 . T C 212.51 PASS AF=0.244275;AO=32;DP=131;FAO=32;FDP=131;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.00142486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.958;QD=6.48882;RBI=0.00725729;REFB=-0.00308122;REVB=0.00711604;RO=99;SAF=15;SAR=17;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829478;STB=0.550183;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0123876;OID=.;OPOS=11184844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:99:99:32:32:0.244275:17:15:53:46:17:15:53:46 chr8 11189316 . G C 205.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.084;QD=48.3449;RBI=0.0789451;REFB=0;REVB=0.0738699;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104277;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr8 11236964 . C T 108.88 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00569897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.522;QD=24.1946;RBI=0.00673669;REFB=-0.0314966;REVB=-0.00359231;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116132;STB=0.565115;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0150395;OID=.;OPOS=11236964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:1:5:8:4:1:5 chr8 11236975 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00384756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.059;QD=24.0274;RBI=0.036968;REFB=0.019328;REVB=-0.0367672;RO=8;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125035;STB=0.507032;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0169229;OID=.;OPOS=11236975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:9:5:3:5:9:5:3:5 chr8 11301753 . A C 3121.5 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471162;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7979;QD=61.812;RBI=0.0488816;REFB=0;REVB=0.0130182;RO=0;SAF=117;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25671e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231578;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:202:0:0:202:202:1:85:117:0:0:85:117:0:0 chr8 11405576 . G A 338.0 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00177926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0768;QD=28.7659;RBI=0.0279073;REFB=-0.0322355;REVB=-0.0278505;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153337;STB=0.584556;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0153996;OID=.;OPOS=11405576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:19:10:10:8:19:10:10:8 chr8 11406593 . T C 653.65 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00603289;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.707;QD=30.7598;RBI=0.00618988;REFB=-0.0181559;REVB=0.00138524;RO=28;SAF=31;SAR=25;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786741;STB=0.535319;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00861722;OID=.;OPOS=11406593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:28:29:56:56:0.658824:25:31:19:9:25:31:19:10 chr8 11410987 . C A 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0121015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.994;QD=16.9225;RBI=0.0121063;REFB=-0.0249226;REVB=0.000340568;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104867;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0382839;OID=.;OPOS=11410987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:13:17:15:18:13:17:15:19 chr8 11414237 . T C 972.49 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0353;QD=58.939;RBI=0.0656278;REFB=0;REVB=-0.0372806;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085706;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr8 11416171 . T C 523.78 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.031022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9583;QD=29.5088;RBI=0.0311752;REFB=0.00906301;REVB=0.00308664;RO=23;SAF=19;SAR=28;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176514;STB=0.588904;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00597196;OID=.;OPOS=11416171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:23:24:47:47:0.661972:28:19:16:7:28:19:16:8 chr8 11416428 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0622048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7381;QD=11.0197;RBI=0.0866874;REFB=-0.0192893;REVB=0.0603761;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361323;STB=0.713701;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0353338;OID=.;OPOS=11416428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:1:7:3:3:1:7 chr8 11417346 . A C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00804002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.825;QD=12.3279;RBI=0.0182879;REFB=0.00452787;REVB=0.0164257;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973866;STB=0.558029;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00722511;OID=.;OPOS=11417346;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:11:6:3:8:11:6 chr8 11418322 . T G 509.17 PASS AF=0.657143;AO=45;DP=69;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0544228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.294;QD=29.0954;RBI=0.0624439;REFB=-0.00953836;REVB=0.0306169;RO=23;SAF=17;SAR=28;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199463;STB=0.50588;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00295;OID=.;OPOS=11418322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:23:24:45:46:0.657143:28:17:8:15:28:18:9:15 chr8 11418385 . G A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0223341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.742;QD=2.84368;RBI=0.0238955;REFB=-0.00422554;REVB=-0.0084959;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180126;STB=0.63003;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0239786;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:3:3:14:26:3:3:14:26 chr8 11418678 . T C 713.65 PASS AF=0.655914;AO=61;DP=92;FAO=61;FDP=93;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00559717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.462;QD=30.6946;RBI=0.0195462;REFB=-0.0139278;REVB=-0.0187277;RO=31;SAF=30;SAR=31;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451896;STB=0.529464;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00968845;OID=.;OPOS=11418678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:31:32:61:61:0.655914:31:30:13:18:31:30:13:19 chr8 11418773 . C T 181.61 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.121525;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.7846;QD=9.31342;RBI=0.125121;REFB=-0.0117817;REVB=0.0297794;RO=51;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210216;STB=0.503422;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0301462;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:51:54:24:24:0.307692:15:9:20:31:15:9:20:34 chr8 11421793 . C T 742.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013489;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.363;QD=57.1009;RBI=0.117244;REFB=0;REVB=0.117236;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134263;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr8 11421955 . T G 134.09 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0539203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.759;QD=25.5408;RBI=0.0623578;REFB=-0.0392181;REVB=0.0313226;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892086;STB=0.571328;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00515687;OID=.;OPOS=11421955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:21:7:7:12:14:0.666667:7:5:2:5:7:7:2:5 chr8 11619261 . T A 927.53 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980597;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4653;QD=57.9709;RBI=0.154203;REFB=0;REVB=0.119007;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288306;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:1:0:61:64:1:29:32:0:1:31:33:0:0 chr8 11619334 . C T 1103.42 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.906;QD=58.8492;RBI=0.0576373;REFB=-0.048411;REVB=0.00436711;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177545;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr8 11619635 . T A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.9159e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.797;QD=43.4839;RBI=0.0272499;REFB=0;REVB=-0.0272498;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195129;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr8 11619986 . C T 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.014;QD=51.1682;RBI=0.0500007;REFB=0;REVB=0.0435039;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071759;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr8 11620077 . GACACACACACACACACACA CAGACACACACACACACACA,GACACACACACACACACA,GACACACACACACACACAC 99.71 PASS AF=0.2,0.7,0.1;AO=3,4,2;DP=10;FAO=2,7,1;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,1;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127839,0.0123228,0.0343864;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=90.93,117.279,69.3451;QD=39.8822;RBI=0.0867823,0.165455,0.100419;REFB=0,0,0;REVB=0.0858355,0.164996,0.0943482;RO=0;SAF=1,2,1;SAR=2,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0305561,0.0366806,0.0271423;OID=.,.,.;OPOS=11620077,11620078,11620096;OREF=GAC,AC,A;OALT=CAG,-,-;OMAPALT=CAGACACACACACACACACA,GACACACACACACACACA,GACACACACACACACACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:10:10:0:0:3,4,2:2,7,1:0.2,0.7,0.1:2,2,1:1,2,1:0:0:0,5,0:2,2,1:0:0 chr8 11620315 . T C 554.34 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.485;QD=55.4343;RBI=0.0234388;REFB=-0.111661;REVB=-0.0193514;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.521728;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000949875;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:16:22:1:0:16:22:2:0 chr8 11621351 . C G 389.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.758;QD=55.6523;RBI=0.0313984;REFB=0;REVB=0.0299503;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280606;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr8 11621450 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1212;QD=60.9774;RBI=0.0282876;REFB=0;REVB=-0.0192463;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241048;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr8 11640784 . A G 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00192467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.199;QD=38.7575;RBI=0.00378897;REFB=-0.00829931;REVB=-0.00326373;RO=10;SAF=20;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840305;STB=0.545427;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00248069;OID=.;OPOS=11640784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:12:20:8:2:12:20:8:2 chr8 11667179 . C T 193.91 PASS AF=0.256637;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=113;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.000401697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.028;QD=6.86422;RBI=0.0075468;REFB=0.0105799;REVB=0.0075361;RO=83;SAF=15;SAR=14;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730827;STB=0.539278;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0509617;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:84:29:29:0.256637:14:15:38:45:14:15:39:45 chr8 11667238 . C G 323.72 PASS AF=0.278788;AO=46;DP=165;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.0166331;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.385;QD=7.84763;RBI=0.0168735;REFB=0.000698899;REVB=0.0028381;RO=118;SAF=24;SAR=22;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986842;STB=0.55489;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00145009;OID=.;OPOS=11667238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:118:119:46:46:0.278788:22:24:52:66:22:24:53:66 chr8 11683653 . T C 723.52 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00362181;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.551;QD=49.8979;RBI=0.0108608;REFB=-0.124254;REVB=-0.0102391;RO=1;SAF=13;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348675;STB=0.523841;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00186484;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:1:4:54:54:0.931034:41:13:1:0:41:13:2:2 chr8 11689119 . G C 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0451285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4213;QD=13.0207;RBI=0.05081;REFB=-0.00929505;REVB=-0.0233469;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242482;STB=0.513879;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0135944;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:14:14:23:21:14:14:23:21 chr8 11701842 . A C 875.38 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.053519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4477;QD=54.711;RBI=0.0732348;REFB=-0.0473878;REVB=0.0499904;RO=2;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287932;STB=0.501525;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00172009;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:28:34:1:1:28:34:1:1 chr8 11701887 . CTG C 180.42 PASS AF=0.328767;AO=21;DP=77;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.000453385;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.043;QD=9.88574;RBI=0.0118503;REFB=0.00216243;REVB=0.0118417;RO=49;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200101;STB=0.561951;STBP=0.483;TYPE=del;VARB=-0.00501652;OID=.;OPOS=11701888;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328767:21:77:24:73:49:11:13:27:22:99:49:8:13:27:22 chr8 11701933 . T C 537.49 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00860764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.223;QD=26.8743;RBI=0.00902994;REFB=-0.00721086;REVB=-0.00272918;RO=29;SAF=27;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937153;STB=0.538603;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00432153;OID=.;OPOS=11701933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:31:49:49:0.6125:22:27:12:17:22:27:14:17 chr8 11702313 . C G 265.97 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0166334;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.105;QD=25.9482;RBI=0.0187174;REFB=-0.0226406;REVB=0.00858321;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219621;STB=0.512185;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0150923;OID=.;OPOS=11702313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:9:8:12:12:9:8 chr8 11702375 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.057328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.071;QD=21.9436;RBI=0.0587696;REFB=-0.0477278;REVB=0.0129368;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14855;STB=0.583234;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0204519;OID=.;OPOS=11702375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:9:3:7:9:9:3 chr8 11705677 . C G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0155489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.54;QD=12.0239;RBI=0.0202347;REFB=0.00716217;REVB=0.012949;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292438;STB=0.671449;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00724931;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:14:6:7:5:14:6 chr8 11705870 . G A 202.29 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0299572;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3538;QD=23.1193;RBI=0.0603085;REFB=-0.00262445;REVB=-0.052342;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21298;STB=0.644929;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00227243;OID=.;OPOS=11705870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:15:20:0.571429:12:3:1:14:13:7:1:14 chr8 11706581 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.426;QD=58.5871;RBI=0.0182835;REFB=0;REVB=0.016736;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100395;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr8 11710888 . G C 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0132518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.736;QD=10.752;RBI=0.0295051;REFB=-0.003011;REVB=0.0263617;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00615362;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:16:10:5:8:16:10 chr8 11793447 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4608;QD=60.3734;RBI=0.120365;REFB=0;REVB=0.0038647;RO=0;SAF=18;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678536;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:56:18:0:0:56:18:0:0 chr8 11832079 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.795;QD=55.5197;RBI=0.0193395;REFB=-0.0378604;REVB=0.00976708;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000214946;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr8 11839853 . G T 61.4 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0307662;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7173;QD=6.29772;RBI=0.0454663;REFB=-0.013861;REVB=-0.0334758;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283716;STB=0.661769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0405542;OID=.;OPOS=11839853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:30:30:10:9:0.230769:8:2:12:18:7:2:12:18 chr8 11872239 . C A 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0943472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4106;QD=22.3994;RBI=0.106044;REFB=-0.0192013;REVB=0.0484138;RO=18;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2797;STB=0.676119;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0194847;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:18:4:8:10:18:4:9:10 chr8 11872272 . C A 75.77 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0430361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.852;QD=11.6562;RBI=0.0500161;REFB=-0.00117578;REVB=-0.0254853;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409094;STB=0.537663;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00149211;OID=.;OPOS=11872272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:4:11:7:3:4:12 chr8 11872314 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.055;QD=39.2031;RBI=0.0247462;REFB=0;REVB=0.0246741;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305638;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr8 11994957 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0103792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.692;QD=16.9316;RBI=0.0107416;REFB=-0.00864569;REVB=0.00276638;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374635;STB=0.717016;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00532914;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:8:4:9:3:8:4 chr8 11995032 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0169355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.317;QD=5.95778;RBI=0.0290457;REFB=-0.00748431;REVB=-0.0235975;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370753;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0223521;OID=.;OPOS=11995032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:8:10:5:1:8:10 chr8 11995274 . G A 242.84 PASS AF=0.807692;AO=20;DP=25;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0383732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.617;QD=37.3592;RBI=0.039084;REFB=-0.0311274;REVB=-0.00742015;RO=5;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03619e-08;STB=0.503872;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0074097;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:26:5:5:20:21:0.807692:8:12:3:2:8:13:3:2 chr8 12042880 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0570565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.849;QD=14.0436;RBI=0.0602396;REFB=-0.0148686;REVB=-0.0193226;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0164586;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:3:4:5:5:0.555556:2:3:1:2:2:3:2:2 chr8 12287957 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0516729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3327;QD=6.25009;RBI=0.0752064;REFB=-0.0137275;REVB=0.0546435;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161893;STB=0.605698;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0339342;OID=.;OPOS=12287957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:8:9:4:2:8:9 chr8 12516729 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8103;QD=58.5873;RBI=0.0485516;REFB=0;REVB=0.0411019;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162235;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 12516857 . T C 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0725249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.42;QD=35.1216;RBI=0.0746815;REFB=0.00309995;REVB=0.0178176;RO=8;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962357;STB=0.552587;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00172151;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:14:10:5:3:14:10:5:3 chr8 12580049 . G A 382.15 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689966;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.702;QD=54.5934;RBI=0.0690842;REFB=0;REVB=-0.0034777;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524908;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:14:14:0:0 chr8 12878637 . A G 453.88 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0781;QD=56.735;RBI=0.0586814;REFB=0;REVB=-0.0574289;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450939;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr8 12878677 . T C 83.91 PASS AF=0.222222;AO=13;DP=65;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00767469;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.654;QD=5.32785;RBI=0.00887629;REFB=-0.00630494;REVB=-0.00445956;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164598;STB=0.603034;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0218656;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:65:63:51:49:13:14:0.222222:7:6:17:34:7:7:18:31 chr8 12878807 . T G 156.14 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=82;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0029496;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.255;QD=7.52484;RBI=0.00818475;REFB=-0.00510969;REVB=-0.00763479;RO=60;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570662;STB=0.545616;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.013829;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:61:21:22:0.26506:12:9:23:37:12:10:24:37 chr8 12878830 . C T 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0116838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.717;QD=7.81049;RBI=0.0176162;REFB=0.00264886;REVB=-0.013184;RO=48;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839541;STB=0.500831;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0102608;OID=.;OPOS=12878830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:12:7:18:30:12:7:18:31 chr8 12879062 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0381067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.096;QD=7.76204;RBI=0.0398785;REFB=-0.00941322;REVB=-0.0117549;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.019871;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:4:9:3:3:4:9 chr8 12879099 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0124431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.352;QD=8.73787;RBI=0.0398366;REFB=-0.00890346;REVB=-0.0378434;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170099;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:8:11:5:4:9:11 chr8 12879198 . A T 208.34 PASS AF=0.645161;AO=17;DP=28;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.179034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.994;QD=26.8832;RBI=0.179645;REFB=-0.0385082;REVB=0.0148108;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.533947;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0318439;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:31:11:11:17:20:0.645161:11:6:6:5:11:9:6:5 chr8 12879334 . T C 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0670149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4175;QD=12.9688;RBI=0.073158;REFB=-0.00232179;REVB=0.0293444;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333332;STB=0.695334;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00787276;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:6:12:4:8:6:12 chr8 12879834 . C A 46.15 PASS AF=0.131579;AO=5;DP=39;FAO=5;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0395052;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3473;QD=4.85744;RBI=0.0766524;REFB=-0.0263177;REVB=0.0656881;RO=28;SAF=1;SAR=4;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644964;STB=0.913253;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0994438;OID=.;OPOS=12879834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:39:38:28:28:5:5:0.131579:4:1:23:5:4:1:23:5 chr8 12887172 . A G 178.24 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0320051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0283;QD=8.80176;RBI=0.0344729;REFB=0.00486131;REVB=0.0128083;RO=54;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477961;STB=0.51375;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00882364;OID=.;OPOS=12887172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:57:24:24:0.296296:16:8:20:34:16:8:20:37 chr8 12888908 . T G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0236971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.902;QD=16.6272;RBI=0.0295212;REFB=-0.00692238;REVB=-0.0176055;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954316;STB=0.55483;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00653917;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:9:5:6:7:9:5 chr8 12941709 . C A 270.65 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0196525;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.755;QD=30.0717;RBI=0.0289818;REFB=-0.00762448;REVB=0.0213009;RO=13;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215915;STB=0.611023;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00540854;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:13:12:23:24:0.666667:11:12:11:2:12:12:10:2 chr8 12943065 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.687;QD=42.1826;RBI=0.0668426;REFB=0;REVB=-0.0125589;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444851;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr8 12958025 . C A 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9695;QD=44.6669;RBI=0.189706;REFB=0;REVB=0.187356;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00712626;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr8 13072177 . C T 174.79 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.00558168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.756;QD=9.98793;RBI=0.0239094;REFB=-0.00288583;REVB=0.0232487;RO=45;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.595777;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00694199;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:47:22:23:0.328571:9:13:33:12:10:13:33:14 chr8 13356802 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5176;QD=48.7347;RBI=0.0359744;REFB=0;REVB=-0.0318729;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296059;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr8 13356818 . TT CG 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377115;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=315.314;QD=44.6898;RBI=0.0526842;REFB=0;REVB=0.0367894;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00035243;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 13357340 . G C 478.65 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0181491;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.872;QD=25.1919;RBI=0.0190419;REFB=0.0173706;REVB=-0.00576224;RO=30;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926082;STB=0.544992;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0107383;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:31:45:45:0.592105:17:28:15:15:17:28:16:15 chr8 13424583 . C T 700.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.606;QD=62.243;RBI=0.0245236;REFB=0;REVB=0.0129318;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128352;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:12:32:0:0:12:33:0:0 chr8 13425353 . T A 581.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.273;QD=59.6602;RBI=0.0231092;REFB=0;REVB=-0.0136851;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257297;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr8 15095085 . C G 541.85 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0117654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5518;QD=27.7869;RBI=0.0702257;REFB=-0.05746;REVB=0.0692331;RO=28;SAF=38;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251568;STB=0.646438;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0333034;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:29:49:49:0.628205:11:38:13:15:11:38:13:16 chr8 15590866 . T G 166.72 PASS AF=0.408163;AO=9;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00415304;FXX=0.0925755;HRUN=13;LEN=1;MLLD=217.709;QD=13.6095;RBI=0.0571966;REFB=-0.0154711;REVB=-0.0570456;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.508466;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.026394;OID=.;OPOS=15590866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:8:29:9:20:0.408163:3:6:4:4:8:12:17:12 chr8 15978063 . C T 783.9 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0202697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.847;QD=51.4032;RBI=0.0588177;REFB=-0.178353;REVB=0.0552147;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.511771;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000887376;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:1:3:57:58:0.95082:24:33:1:0:25:33:1:2 chr8 16025964 . T C 378.98 PASS AF=0.688889;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000306293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.474;QD=33.6867;RBI=0.0198649;REFB=-0.0315038;REVB=0.0198625;RO=14;SAF=13;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454914;STB=0.529821;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0201304;OID=.;OPOS=16025964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:30:31:0.688889:17:13:5:9:17:14:5:9 chr8 16043667 . C T 313.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0139195;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.516;QD=23.2585;RBI=0.102857;REFB=0.00255629;REVB=-0.101911;RO=21;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826457;STB=0.529393;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00187776;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:30:30:0.555556:10:20:16:5:10:20:16:6 chr8 17079328 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00297128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.321;QD=22.5826;RBI=0.0115055;REFB=-0.0261566;REVB=0.0111152;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162165;STB=0.517228;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.02414;OID=.;OPOS=17079328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:14:11:11:13:15:11:11:13 chr8 17079358 . A G 263.01 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0297189;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.546;QD=21.0405;RBI=0.033991;REFB=-0.0159931;REVB=0.0164979;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100073;STB=0.555514;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0141118;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:23:27:27:0.54:15:12:12:9:15:12:13:10 chr8 17087014 . T C 391.24 PASS AF=0.322981;AO=51;DP=160;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.00189614;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.532;QD=9.72029;RBI=0.0146083;REFB=-0.0122542;REVB=0.0144847;RO=108;SAF=31;SAR=20;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138934;STB=0.582492;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0238523;OID=.;OPOS=17087014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:108:109:51:52:0.322981:20:31:53:55:20:32:54:55 chr8 17092164 . G T 1496.5 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194369;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7212;QD=59.8599;RBI=0.0367658;REFB=0;REVB=-0.0312079;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293885;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr8 17125768 . T C 292.46 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.00830134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3222;QD=27.2051;RBI=0.0146457;REFB=-0.0530043;REVB=0.0120658;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283182;STB=0.654408;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0375287;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:11:15:16:1:11:15:16:1 chr8 17142065 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0258369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.096;QD=26.3128;RBI=0.0299307;REFB=-0.0317116;REVB=-0.0151097;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108339;STB=0.559942;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0146411;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:3:9:12:8:3:9 chr8 17157259 . G A 1103.85 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.424;QD=58.0973;RBI=0.0624444;REFB=0.0156347;REVB=-0.0544091;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.506848;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000315195;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:35:39:0:0:36:39:0:1 chr8 17218629 . G A 321.82 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0155769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0583;QD=13.9921;RBI=0.0863919;REFB=-0.0153227;REVB=-0.084976;RO=55;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642681;STB=0.543398;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.044365;OID=.;OPOS=17218629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:13:23:32:23:13:23:32:24 chr8 17230644 . G C 1126.85 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00873164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.427;QD=57.7873;RBI=0.0102209;REFB=-0.0540007;REVB=0.00531279;RO=2;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000638683;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0007827;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:37:39:1:1:37:39:1:1 chr8 17270759 . C T 120.1 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0323149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.959;QD=9.41971;RBI=0.0328886;REFB=-0.0242301;REVB=0.00611596;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276855;STB=0.645;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0746009;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:36:15:15:0.294118:10:5:5:29:10:5:6:30 chr8 17270763 . G C 393.13 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00619336;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.699;QD=32.7609;RBI=0.00631571;REFB=-0.0669205;REVB=-0.00123712;RO=17;SAF=3;SAR=29;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331424;STB=0.65897;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0206872;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:17:16:32:32:0.666667:29:3:6:11:29:3:5:11 chr8 17270770 . T C 138.4 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=29;FWDB=0.00601707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3521;QD=11.7785;RBI=0.0733749;REFB=-0.0253393;REVB=-0.0731278;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385299;STB=0.72183;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0182744;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:11:5:2:28:11:5:2:29 chr8 17270787 . A G 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.382;QD=64.1476;RBI=0.0155135;REFB=0;REVB=0.0115147;RO=0;SAF=7;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59978e-06;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:42:7:0:0:42:7:0:0 chr8 17419460 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0248291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2384;QD=8.69141;RBI=0.0993251;REFB=0.01492;REVB=0.0961717;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435579;STB=0.796601;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0208454;OID=.;OPOS=17419460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:1:7:9:7:1:7:9:8 chr8 17424920 . T C 246.87 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.331;QD=47.0231;RBI=0.0149317;REFB=-0.159758;REVB=0.00505317;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00155385;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr8 17425296 . C T 936.4 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.045;QD=58.5249;RBI=0.0271387;REFB=0;REVB=-0.0219321;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96247e-05;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr8 17486282 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.262;QD=58.142;RBI=0.0764903;REFB=0;REVB=0.0227373;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327753;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:30:2:0:0:30:2:0:0 chr8 17500223 . T C 135.15 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0181057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1052;QD=6.7577;RBI=0.0273794;REFB=-0.000808119;REVB=-0.020538;RO=60;SAF=10;SAR=10;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409277;STB=0.524975;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00377776;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:10:10:28:32:10:10:28:32 chr8 17502900 . CTGAT C 166.67 PASS AF=0.727273;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0362451;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.651;QD=30.3044;RBI=0.0368511;REFB=-0.0239803;REVB=-0.0066557;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128827;STB=0.562425;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.00659773;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:15:23:16:22:6:6:10:1:5:37:6:6:9:1:5 chr8 17503125 . C T 670.45 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.015463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6409;QD=52.5842;RBI=0.0182923;REFB=-0.0446449;REVB=-0.0097725;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00218114;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:1:2:49:49:0.960784:29:20:0:1:29:20:1:1 chr8 17503205 . G A 375.48 PASS AF=0.666667;AO=33;DP=52;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0103494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.472;QD=27.813;RBI=0.0103515;REFB=0.002146;REVB=0.000203614;RO=18;SAF=8;SAR=25;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119343;STB=0.558106;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000706678;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:18:18:33:36:0.666667:25:8:7:11:27:9:7:11 chr8 17503270 . G C 596.72 PASS AF=0.928571;AO=34;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000297336;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5932;QD=56.8302;RBI=0.0558611;REFB=-0.085436;REVB=0.0558603;RO=1;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158543;STB=0.507243;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00579982;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:34:39:0.928571:29:5:0:1:34:5:0:1 chr8 17503500 . C CA 925.92 PASS AF=0.630303;AO=20;DP=163;FAO=104;FDP=165;FR=.;FRO=61;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00994992;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=185.538;QD=22.4464;RBI=0.0215748;REFB=-0.00821152;REVB=0.0191435;RO=139;SAF=18;SAR=2;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502234;STB=0.534274;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.00667993;OID=.;OPOS=17503501;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630303:20:163:104:165:61:57:47:39:22:99:139:18:2:75:64 chr8 17503501 . G A 829.86 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=0.00782873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.774;QD=19.9967;RBI=0.0388542;REFB=-0.0109105;REVB=0.0380573;RO=81;SAF=39;SAR=45;SRF=58;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222989;STB=0.618595;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.01162;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:82:84:84:0.506024:45:39:58:23:45:39:58:24 chr8 17541999 . T C 162.05 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0198049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.003;QD=12.0036;RBI=0.0213061;REFB=-0.024077;REVB=-0.00785613;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312889;STB=0.68448;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0352831;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:16:4:15:19:16:4:15:19 chr8 17611886 . G A 700.45 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00312345;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.39;QD=60.9086;RBI=0.0178719;REFB=-0.141522;REVB=0.0175968;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000263574;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr8 17612456 . C T 517.79 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415694;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2187;QD=59.1759;RBI=0.116608;REFB=0;REVB=-0.108947;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011271;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:29:35:1:6:23:0:0:7:28:0:0 chr8 17612639 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.076;QD=52.6132;RBI=0.0456882;REFB=0;REVB=0.0375976;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193415;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 17612875 . A G 154.33 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.808;QD=44.0931;RBI=0.0816832;REFB=0;REVB=0.0277841;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416572;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr8 17739538 . T C 104.36 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0160968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.22;QD=10.4357;RBI=0.0309547;REFB=-0.0186139;REVB=0.0264403;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792852;STB=0.54775;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0473794;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:4:9:17:10:4:9:17:10 chr8 17739658 . G T 366.38 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00887321;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.614;QD=28.7358;RBI=0.00915747;REFB=-0.00652518;REVB=-0.00226395;RO=16;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145013;STB=0.570206;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00469952;OID=.;OPOS=17739658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:16:17:34:34:0.666667:21:13:10:6:21:13:10:7 chr8 17743020 . G A 138.4 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0320265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.803;QD=11.7787;RBI=0.0321132;REFB=-0.00883971;REVB=-0.00235726;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539783;STB=0.531875;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0146983;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:14:17:8:8:14:17 chr8 17796382 . AC GT 72.66 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.013242;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=241.866;QD=5.93173;RBI=0.0139409;REFB=-0.00320086;REVB=0.00435843;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43048;STB=0.762645;STBP=0.105;TYPE=mnp;VARB=0.0238874;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:49:31:38:9:9:0.183673:6:3:22:9:6:3:26:12 chr8 17814915 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00928547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.03;QD=13.336;RBI=0.0137838;REFB=-0.000648895;REVB=0.0101869;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.587511;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00100224;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:13:11:9:6:13:11 chr8 17817553 . G T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00781218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.199;QD=9.49528;RBI=0.0172807;REFB=-0.0111929;REVB=-0.0154141;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110746;STB=0.567442;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0242126;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:13:11:4:7:13:11 chr8 17820714 . A T 134.01 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0587827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4706;QD=16.2436;RBI=0.0660397;REFB=-0.0227107;REVB=0.0300971;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.666464;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0496003;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:14:4:8:7:14:4 chr8 17918934 . A G 2240.07 PASS AF=0.638796;AO=188;DP=296;FAO=191;FDP=299;FR=.;FRO=108;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=65;FSRR=43;FWDB=0.0279383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5386;QD=29.9674;RBI=0.0288026;REFB=-0.0299892;REVB=0.0070028;RO=108;SAF=92;SAR=96;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762222;STB=0.541451;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0119516;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:299:108:108:188:191:0.638796:96:92:65:43:98:93:65:43 chr8 18077007 . G C 505.94 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499556;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.765;QD=59.5225;RBI=0.0544678;REFB=0;REVB=0.0217066;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177859;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr8 18080644 . A T 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0108142;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=161.144;QD=3.76538;RBI=0.0127469;REFB=-0.0115862;REVB=0.00674814;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163179;STB=0.614991;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0389784;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:4:2:14:16:4:2:14:16 chr8 18080747 . T G 141.53 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0324999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9143;QD=11.1004;RBI=0.0700431;REFB=0.0127684;REVB=0.0620466;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300678;STB=0.750343;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0221447;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:34:18:17:0.333333:4:14:16:14:3:14:17:17 chr8 18080923 . G A 722.72 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4151;QD=56.6842;RBI=0.0278877;REFB=0;REVB=-0.0163386;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147294;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr8 18257795 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.017082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.783;QD=16.1172;RBI=0.0867567;REFB=-0.00312241;REVB=-0.0850584;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544356;STB=0.764274;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0187506;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:9:2:10:3:9:3:10:3 chr8 18258315 . AG A,AA 742.31 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=10,43;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254049,0.0241593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.991,231.221;QD=56.0237;RBI=0.0484239,0.0476742;REFB=0,0;REVB=0.0412245,0.0410993;RO=0;SAF=7,23;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0177246,0.00193181;OID=.,.;OPOS=18258316,18258316;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0566038,0.943396:10,43:53:3,50:53:0:2,28:1,22:0:0:9:0:7,23:3,20:0:0 chr8 18388177 . T G 1073.57 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1615;QD=58.8256;RBI=0.0486043;REFB=0;REVB=0.0483915;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337709;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:68:73:1:23:45:0:0:27:46:0:0 chr8 18457957 . A G 656.91 PASS AF=0.982759;AO=39;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173242;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.5598;QD=45.3042;RBI=0.161102;REFB=-0.0485863;REVB=0.160168;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372627;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00129789;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:58:3:1:39:57:0.982759:25:14:1:2:34:23:0:1 chr8 18513220 . C A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0094399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.056;QD=6.30289;RBI=0.0130838;REFB=0.00238008;REVB=-0.00905945;RO=41;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249385;STB=0.657963;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00715804;OID=.;OPOS=18513220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:8:4:22:19:8:4:22:19 chr8 18620570 . T C 282.28 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0318237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1925;QD=19.8089;RBI=0.100922;REFB=-0.0179748;REVB=-0.0957728;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810822;STB=0.505347;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0256874;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:29:30:0.526316:17:12:11:15:17:13:12:15 chr8 18656805 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.879;QD=57.1769;RBI=0.0482765;REFB=0;REVB=0.0462497;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50292e-05;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr8 18729816 . C CA 738.31 PASS AF=1;AO=8;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982697;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.518;QD=48.414;RBI=0.101345;REFB=0;REVB=0.0247758;RO=53;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000255986;OID=.;OPOS=18729817;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:62:61:61:0:32:29:0:0:5:53:7:1:24:29 chr8 18729817 . GT AG 666.34 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=61;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0266359;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.607;QD=44.4228;RBI=0.0425446;REFB=-0.0499315;REVB=0.0331749;RO=8;SAF=25;SAR=27;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982381;STB=0.55241;STBP=0.046;TYPE=mnp;VARB=0.0014478;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:60:8:8:52:52:0.866667:27:25:7:1:27:25:7:1 chr8 19190491 . A G 112.98 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.011725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.691;QD=9.41527;RBI=0.0378947;REFB=-0.0111506;REVB=-0.0360351;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443754;STB=0.603045;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0294004;OID=.;OPOS=19190491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:34:6:14:0.291667:3:3:26:5:4:10:28:6 chr8 19192332 . G T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0022698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.561;QD=9.9322;RBI=0.00653761;REFB=-0.00833427;REVB=0.00613094;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220417;STB=0.631413;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0356628;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:7:8:12:23:7:8:12:23 chr8 19218745 . A G 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0461277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1991;QD=11.252;RBI=0.0868626;REFB=-0.0426675;REVB=0.0736027;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0670252;OID=.;OPOS=19218745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:6:6:2:6:6:6 chr8 19218766 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0699225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9252;QD=13.4413;RBI=0.0854592;REFB=-0.0134703;REVB=0.0491337;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.641907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0232752;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:6:7:3:7:6:7 chr8 19221664 . G C 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00267082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.78;QD=8.37084;RBI=0.00867447;REFB=-0.00977419;REVB=-0.00825306;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317173;STB=0.693359;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0226098;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:10:18:4:7:10:18 chr8 19363306 . G A,C 511.34 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,2;DP=35;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268304,0.0157166;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=244.81,14.7097;QD=56.8156;RBI=0.0308603,0.0498622;REFB=0,0;REVB=0.0152476,-0.0473205;RO=0;SAF=16,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-4.19418e-05,0.20213;OID=.,.;OPOS=19363306,19363306;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:35:36:0:0:33,2:34,2:0.944444,0.0555556:17,2:16,0:0:0:17,2:17,0:0:0 chr8 19677915 . G A 165.53 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0130269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.77;QD=9.73709;RBI=0.0165933;REFB=-0.00496572;REVB=-0.010278;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105505;STB=0.562105;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0117472;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:13:9:23:23:13:9:23:23 chr8 19824071 . A G 217.11 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0140838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.192;QD=7.82365;RBI=0.0222306;REFB=-0.0109812;REVB=-0.0172002;RO=78;SAF=17;SAR=14;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073915;STB=0.534942;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0231071;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:80:31:31:0.279279:14:17:38:40:14:17:40:40 chr8 20036713 . A G 349.16 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00840819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.709;QD=25.3938;RBI=0.0133569;REFB=-0.00218169;REVB=0.0103783;RO=21;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890837;STB=0.504883;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00102863;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:15:19:12:9:15:19:12:9 chr8 20068163 . T G 1429.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.524;QD=62.8308;RBI=0.0408434;REFB=0;REVB=0.0377833;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90451e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:55:36:0:0 chr8 20110641 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0276666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.174;QD=23.0939;RBI=0.0422275;REFB=-0.0117577;REVB=0.0319017;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.564025;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00680079;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:6:6:11:6:6:6 chr8 20147731 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0201275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.75;QD=10.0336;RBI=0.0393859;REFB=0.0077023;REVB=-0.0338546;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00839365;OID=.;OPOS=20147731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr8 21455977 . CGT CG,TCG 155.98 PASS AF=0.615385,0;AO=23,3;DP=51;FAO=32,0;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=27,0;FSAR=5,0;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.1536,0.0213719;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=10.0526,19.7273;QD=11.9983;RBI=0.179366,0.0235255;REFB=0.00115775,-0.0286456;REVB=-0.092625,-0.00983314;RO=19;SAF=18,3;SAR=5,0;SRF=16;SRR=3;SSEN=0.375,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.074501,0.496188;STB=0.530548,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0229439,0;OID=.,.;OPOS=21455979,21455977;OREF=T,CGT;OALT=-,TCG;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:51:52:19:20:23,3:32,0:0.615385,0:5,0:18,3:16:3:5,0:27,0:16:4 chr8 21455993 . C T 237.91 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00434768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.184;QD=20.248;RBI=0.0126659;REFB=-0.0299637;REVB=0.0118963;RO=21;SAF=21;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216494;STB=0.605662;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.032435;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:24:23:23:0.489362:2:21:17:4:2:21:20:4 chr8 21456116 . G A 140.95 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0383199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.187;QD=11.0546;RBI=0.0390763;REFB=-0.0136516;REVB=0.00765104;RO=34;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532261;STB=0.810418;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0268706;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:4:13:9:25:4:13:9:25 chr8 21456275 . C T 275.42 PASS AF=0.75;AO=21;DP=29;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0221183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.644;QD=34.4269;RBI=0.0266131;REFB=-0.0272571;REVB=0.0147999;RO=8;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275661;STB=0.531224;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00834397;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:29:32:8:8:21:24:0.75:9:12:5:3:12:12:5:3 chr8 21640341 . T TG 40.1 PASS AF=0.238095;AO=8;DP=51;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0158598;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.07977;QD=3.81869;RBI=0.063704;REFB=-0.0387768;REVB=-0.0616981;RO=39;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482133;STB=0.767114;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0653625;OID=.;OPOS=21640342;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:8:51:10:42:32:8:2:15:17:40:39:7:1:20:19 chr8 21827704 . C T 445.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.286;QD=57.5025;RBI=0.00625103;REFB=0;REVB=-0.00523843;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82136e-06;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr8 21833965 . C T 537.23 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.018;QD=59.6919;RBI=0.0652478;REFB=0;REVB=0.0155533;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417623;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:24:12:0:0 chr8 21846586 . G C 631.94 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.1;QD=61.6527;RBI=0.0292324;REFB=0;REVB=0.0227302;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.517e-05;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 21862551 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.264;QD=49.594;RBI=0.0274365;REFB=0;REVB=0.0170272;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87092e-05;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr8 21927460 . C G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.274;QD=56.4877;RBI=0.0370261;REFB=0.0572332;REVB=0.00667801;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00145486;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:19:16:0:0:19:16:1:0 chr8 21939435 . C T 1078.85 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0387297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3528;QD=53.9427;RBI=0.0681426;REFB=-0.0711078;REVB=0.0560663;RO=5;SAF=25;SAR=50;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017819;STB=0.509431;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0234906;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:5:5:75:75:0.9375:50:25:1:4:50:25:1:4 chr8 21961834 . G A 727.91 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0367031;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1248;QD=52.9387;RBI=0.0472633;REFB=-0.0220079;REVB=0.0297775;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407395;STB=0.502442;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00565893;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:52:53:0.963636:29:23:1:1:30:23:1:1 chr8 21965113 . T C 328.83 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294363;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.159;QD=54.8056;RBI=0.0294415;REFB=0;REVB=-0.000556417;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337969;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr8 21996793 . G GC 31.01 PASS AF=0.217391;AO=11;DP=48;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.170655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8649;QD=2.69634;RBI=0.1749;REFB=-0.045347;REVB=-0.0383037;RO=36;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869914;STB=0.812491;STBP=0.061;TYPE=ins;VARB=0.104545;OID=.;OPOS=21996794;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:11:48:10:46:36:1:9:14:22:31:36:3:8:12:24 chr8 22034501 . CGGGGGC CGGGC,CGGGG,CGGGGCC 112.69 PASS AF=0.205882,0.264706,0;AO=5,5,5;DP=44;FAO=7,9,0;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=0,8,0;FSAR=7,1,0;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.171374,0.0388186,0.246771;FXX=0.149963;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=17.2708,14.4785,9.88195;QD=13.2574;RBI=0.285917,0.188185,0.396116;REFB=-0.0454237,-0.0427109,-0.035405;REVB=-0.228865,-0.184137,-0.309858;RO=11;SAF=0,5,5;SAR=5,0,0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.844816,0,0;STB=0.998971,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.033869,0.107339,0;OID=.,.,.;OPOS=22034502,22034506,22034506;OREF=GG,GC,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGGC,CGGGG,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.205882,0.264706,0:5,5,5:44:7,9,0:34:18:0,8,0:7,1,0:16:2:60:11:0,5,5:5,0,0:11:0 chr8 22079355 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.131;QD=51.9134;RBI=0.0261321;REFB=0;REVB=0.0244818;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41799e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr8 22105502 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.461;QD=58.5878;RBI=0.0630875;REFB=0;REVB=0.0630152;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212958;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 22106723 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0187071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.259;QD=7.25974;RBI=0.0192641;REFB=-0.015024;REVB=0.00459883;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105027;STB=0.566336;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0314909;OID=.;OPOS=22106723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:3:7:18:11:3:7:18:11 chr8 22108611 . A C 558.03 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6148;QD=58.7398;RBI=0.160533;REFB=0;REVB=0.0578396;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260417;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:2:0:35:38:1:15:20:2:0:15:23:0:0 chr8 22262228 . AGCTGCT A 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=2;FWDB=-0.00113986;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=316.802;QD=5.21424;RBI=0.0449179;REFB=-0.00597473;REVB=-0.0449034;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501923;STB=0.744305;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=0.0246424;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128:8:38:8:39:31:6:2:29:2:50:29:6:2:28:1 chr8 22262321 . T C 150.18 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00174245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.525;QD=10.3574;RBI=0.00834841;REFB=0.00609808;REVB=-0.00816454;RO=34;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468653;STB=0.754665;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.021331;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:38:19:20:0.344828:14:5:24:10:14:6:27:11 chr8 22262379 . C T 248.1 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0448061;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9855;QD=13.5946;RBI=0.0473598;REFB=-0.00373907;REVB=0.0153418;RO=43;SAF=5;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43816;STB=0.748972;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00773565;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:44:29:29:0.39726:24:5:23:20:24:5:23:21 chr8 22262418 . A G 178.99 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0804555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.296;QD=12.5605;RBI=0.0807216;REFB=-0.0114152;REVB=0.00654975;RO=34;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293628;STB=0.68106;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0105244;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:17:5:16:18:17:5:17:18 chr8 22388857 . G A 152.16 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.010367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.385;QD=13.2308;RBI=0.0119816;REFB=-0.00259699;REVB=-0.0060071;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680712;STB=0.566931;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00367718;OID=.;OPOS=22388857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:16:17:0.369565:9:7:14:14:10:7:15:14 chr8 22421982 . C T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0287259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.278;QD=28.1411;RBI=0.0302989;REFB=-0.0243756;REVB=0.00963552;RO=7;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820924;STB=0.5454;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0106773;OID=.;OPOS=22421982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:12:4:1:6:12:4:1:6 chr8 22428658 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6817;QD=47.8215;RBI=0.042807;REFB=0;REVB=-0.00351163;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477866;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr8 22442661 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0276148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8855;QD=9.56938;RBI=0.0281257;REFB=-0.0144848;REVB=-0.00533642;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216346;STB=0.629345;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0321188;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:3:12:5:3:3:12 chr8 22463623 . C T 228.85 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=120;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0157099;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9929;QD=7.38223;RBI=0.0233638;REFB=-0.0221448;REVB=-0.0172935;RO=87;SAF=17;SAR=16;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254656;STB=0.531231;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0324007;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:87:91:33:33:0.266129:16:17:43:44:16:17:43:48 chr8 22471824 . G A 185.71 PASS AF=0.337838;AO=23;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00569537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.441;QD=10.0381;RBI=0.018743;REFB=-0.00554037;REVB=0.0178568;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209815;STB=0.612813;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0108329;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:49:23:25:0.337838:13:10:28:17:15:10:28:21 chr8 22472255 . C CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT 33.12 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0150337;FXX=0;HRUN=0;LEN=22;MLLD=428.595;QD=6.3078;RBI=0.0151425;REFB=-0.0068588;REVB=-0.00181189;RO=16;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183179;STB=0.52373;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.0204411;OID=.;OPOS=22472256;OREF=-;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT;OMAPALT=CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:5:21:6:21:15:3:3:8:7:33:16:2:3:9:7 chr8 22473158 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00100094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.28;QD=6.80695;RBI=0.0166327;REFB=-0.00271079;REVB=0.0166026;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415427;STB=0.758112;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0126838;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:24:27:9:9:0.25:6:3:17:7:6:3:19:8 chr8 22473465 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0116429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.11;QD=16.4081;RBI=0.0134759;REFB=-0.0390783;REVB=-0.00678544;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191106;STB=0.599904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0667356;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:8:13:12:16:8:13:13:16 chr8 22473719 . G A 169.16 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0230116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5728;QD=13.0122;RBI=0.0236819;REFB=-0.0265874;REVB=0.00559437;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200759;STB=0.511616;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0641853;OID=.;OPOS=22473719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:15:17:11:9:15:17 chr8 22477131 . ACAT A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-8.75501e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.424;QD=7.32275;RBI=0.000947361;REFB=-0.00855795;REVB=0.000943307;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.59968;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.0122977;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:20:6:20:14:3:3:5:9:36:13:3:3:4:9 chr8 22482851 . A C 376.19 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035385;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.827;QD=55.7316;RBI=0.0796559;REFB=0;REVB=0.071365;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125789;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:13:14:0:0 chr8 22491980 . G T 1438.28 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00762032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.212;QD=54.7917;RBI=0.00775375;REFB=-0.0091493;REVB=0.00143224;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.500566;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00251519;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:105:0:4:101:101:0.961905:49:52:0:0:49:52:2:2 chr8 22492052 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.335;QD=57.7124;RBI=0.0198239;REFB=0;REVB=0.0141968;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94878e-05;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr8 22584718 . T C 1494.26 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0772116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.052;QD=55.343;RBI=0.0812148;REFB=-0.0384981;REVB=-0.0251835;RO=4;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043069;STB=0.522723;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000513598;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:108:108:4:4:104:104:0.962963:42:62:0:4:42:62:0:4 chr8 22785159 . G A 156.21 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0239239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.558;QD=15.6208;RBI=0.0242402;REFB=-0.0165047;REVB=-0.00390303;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131602;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0235512;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:7:10:10:12:7:10:11:12 chr8 22864622 . T C 1175.92 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0725821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2776;QD=59.5403;RBI=0.0882917;REFB=0.101227;REVB=0.0502718;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00225224;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:35:42:1:0:36:42:1:0 chr8 22886020 . A G 520.73 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.727;QD=56.2952;RBI=0.0381415;REFB=-0.0926232;REVB=0.00134404;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000568139;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:37:0:1:33:36:0.972973:13:20:0:0:13:23:1:0 chr8 22900701 . G A 280.21 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00424859;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.981;QD=22.417;RBI=0.0472507;REFB=-0.0280215;REVB=0.0470593;RO=22;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146159;STB=0.588177;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0139007;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:9:18:18:4:10:18:18:4 chr8 22926313 . G A 171.86 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00727012;FXX=0.0644953;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.159;QD=23.7044;RBI=0.0076054;REFB=-0.054862;REVB=0.00223326;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266631;STB=0.647426;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0344642;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:11:1:7:10:11:1 chr8 22960704 . G C 1194.32 PASS AF=0.97561;AO=76;DP=79;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0668081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3673;QD=58.2597;RBI=0.0678165;REFB=-0.0274574;REVB=0.0116514;RO=3;SAF=45;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554743;STB=0.50187;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00790703;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:82:3:2:76:80:0.97561:31:45:2:1:34:46:1:1 chr8 22960873 . G C 360.44 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00550823;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.053;QD=49.7164;RBI=0.0577288;REFB=0.024154;REVB=0.0574654;RO=2;SAF=21;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422613;STB=0.522711;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000125426;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:2:2:27:27:0.931034:6:21:2:0:6:21:2:0 chr8 22974325 . G A 33.56 PASS AF=0.714286;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0327266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.738;QD=19.178;RBI=0.0564107;REFB=-0.169725;REVB=0.0459471;RO=1;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163246;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00970342;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:3:5:0.714286:1:2:1:0:2:3:1:1 chr8 22974450 . T C 115.61 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1346;QD=42.0411;RBI=0.0283824;REFB=0;REVB=0.0141069;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128297;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:10:1:0:0 chr8 23001988 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.67;QD=62.6688;RBI=0.124498;REFB=0;REVB=-0.123434;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044367;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr8 23021346 . G A 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00402927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.893;QD=15.1016;RBI=0.00440674;REFB=0.00352842;REVB=-0.00178446;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258799;STB=0.526294;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0046131;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:9:15:18:12:9:15:18:13 chr8 23049292 . C T 415.07 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.806;QD=53.5574;RBI=0.0497705;REFB=-0.00903239;REVB=0.0404978;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000700481;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:0:1:29:30:0.967742:16:13:0:0:17:13:0:1 chr8 23059324 . C G 450.28 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722816;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7353;QD=58.1002;RBI=0.0882812;REFB=0;REVB=0.0506848;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199873;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr8 23060256 . T C 958.39 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989703;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3568;QD=58.9777;RBI=0.0146416;REFB=0;REVB=0.01079;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76617e-05;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr8 23118304 . C T 174.17 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0175554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.41;QD=19.3516;RBI=0.0214869;REFB=-0.0278424;REVB=-0.0123893;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129032;STB=0.573683;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0201083;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:6:12:14:4:6:12 chr8 23147564 . G A 552.14 PASS AF=0.95;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0759168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1209;QD=55.2136;RBI=0.110708;REFB=-0.0563128;REVB=0.080578;RO=2;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123575;STB=0.507039;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0314817;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:2:2:37:38:0.95:14:23:1:1:14:24:1:1 chr8 23148930 . A G 1489.84 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.005;QD=59.0035;RBI=0.0381297;REFB=0;REVB=0.00067868;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381189;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:96:101:1:62:34:0:0:63:38:0:0 chr8 23148940 . G A 1479.32 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000856585;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.63;QD=58.587;RBI=0.0137692;REFB=-0.17133;REVB=0.0137425;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.506328;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000686086;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:101:1:1:100:100:0.990099:61:39:1:0:61:39:1:0 chr8 23150878 . T G 1041.55 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.579;QD=59.5169;RBI=0.0314529;REFB=0;REVB=-0.0214123;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45296e-06;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr8 23152334 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.536;QD=57.7117;RBI=0.0248122;REFB=0;REVB=0.0243651;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42388e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr8 23153022 . T C 1208.46 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.238;QD=61.1876;RBI=0.00974755;REFB=0;REVB=-0.00965693;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70811e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr8 23154982 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=12;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00365079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.054;QD=43.016;RBI=0.00501703;REFB=-0.0308301;REVB=0.00344126;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000252179;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:12:16:0.941176:3:9:1:0:4:12:1:0 chr8 23154989 . T G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.838;QD=55.0974;RBI=0.0269627;REFB=0;REVB=-0.0247868;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73522e-05;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr8 23155130 . A C 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00161492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.917;QD=25.4937;RBI=0.0105462;REFB=-0.0245814;REVB=0.0104219;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0158712;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:4:10:4:3:4:10:4:3 chr8 23167353 . T G 719.25 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.08;QD=62.5434;RBI=0.0526789;REFB=0;REVB=0.0414201;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99484e-05;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr8 23423697 . G A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00592293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.337;QD=13.224;RBI=0.0122318;REFB=0.00126257;REVB=0.0107021;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441176;STB=0.52526;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00271604;OID=.;OPOS=23423697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:21:15:11:13:21:15 chr8 23428932 . TG T,TT 37.75 PASS AF=0.363636,0.0909091;AO=6,2;DP=22;FAO=8,2;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4,1;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.185581,0.157775;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.2395,25.0049;QD=6.86412;RBI=0.188277,0.178668;REFB=-0.104155,-0.0495531;REVB=0.0317526,0.0838416;RO=12;SAF=3,1;SAR=3,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0883056,-0.0855427;STB=0.549876,0.570733;STBP=0.783,0.88;TYPE=del,snp;VARB=0.128452,0.101111;OID=.,.;OPOS=23428933,23428933;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0909091:6,2:22:8,2:22:12:4,1:4,1:7:5:27:12:3,1:3,1:7:5 chr8 23432326 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.905;QD=59.0187;RBI=0.0223364;REFB=0;REVB=0.00975295;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78298e-05;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr8 23432776 . A C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.708;QD=59.1431;RBI=0.0149017;REFB=0;REVB=0.014541;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40031e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr8 23563908 . A G 346.27 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00562714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.959;QD=32.2107;RBI=0.00580393;REFB=-0.0237647;REVB=0.00142156;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734172;STB=0.540165;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0106148;OID=.;OPOS=23563908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:8:6:16:13:8:6 chr8 24208847 . G A 1731.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.485;QD=60.7457;RBI=0.0421012;REFB=0;REVB=0.00967947;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96104e-05;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:54:59:0:0:54:60:0:0 chr8 24211278 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.048;QD=55.6561;RBI=0.021582;REFB=0;REVB=0.0214683;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82456e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr8 24211331 . G A 451.05 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217716;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.331;QD=58.2002;RBI=0.0271967;REFB=0;REVB=-0.016299;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211988;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 664.04 PASS AF=0.682927;AO=55;DP=85;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0181431;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.809;QD=32.3921;RBI=0.0184803;REFB=-0.0150632;REVB=0.00351446;RO=26;SAF=23;SAR=32;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723756;STB=0.541209;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=0.005213;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.682927:55:85:56:82:26:23:33:14:12:99:26:23:32:14:12 chr8 24211889 . T TGTC 83.83 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00462362;FXX=0.0123442;HRUN=0;LEN=3;MLLD=278.069;QD=4.19163;RBI=0.00595725;REFB=-0.00731863;REVB=-0.00375646;RO=71;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333276;STB=0.719723;STBP=0.073;TYPE=ins;VARB=0.0261107;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:15:86:15:80:65:10:5:25:40:83:71:10:5:28:43 chr8 24339679 . G A 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0491533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.833;QD=9.37513;RBI=0.0495839;REFB=0.00367545;REVB=-0.0065205;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562037;STB=0.540594;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0091062;OID=.;OPOS=24339679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:10:9:17:23:10:9:17:24 chr8 24356818 . A C 205.66 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00755537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9298;QD=16.789;RBI=0.156363;REFB=-0.00232343;REVB=0.15618;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326132;STB=0.68798;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00756671;OID=.;OPOS=24356818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:15:13:16:5:15:13 chr8 24359068 . G A 150.9 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.017714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5567;QD=12.5749;RBI=0.0302192;REFB=-0.00580028;REVB=-0.0244829;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218566;STB=0.627872;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00802798;OID=.;OPOS=24359068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:12:19:7:10:12:19 chr8 24366020 . T C 199.9 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000376745;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.036;QD=11.4226;RBI=0.0231602;REFB=-0.0132056;REVB=0.0231572;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545579;STB=0.53162;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0216369;OID=.;OPOS=24366020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:22:23:14:11:22:23 chr8 24774683 . C A 862.57 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2513;QD=57.505;RBI=0.0521124;REFB=0;REVB=0.0519233;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487579;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:1:0:58:60:1:33:25:1:0:34:26:0:0 chr8 24776423 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.866;QD=47.8203;RBI=0.0916779;REFB=0;REVB=-0.0438373;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00503839;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr8 25203022 . A G 686.55 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.263;QD=62.4134;RBI=0.0745145;REFB=0;REVB=0.00962252;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389521;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr8 25232300 . A T 192.01 PASS AF=0.526316;AO=16;DP=35;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0224925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.403;QD=20.2116;RBI=0.0226948;REFB=-0.00771183;REVB=0.0030239;RO=18;SAF=1;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609007;STB=0.67513;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00467234;OID=.;OPOS=25232300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:18:18:16:20:0.526316:15:1:9:9:16:4:9:9 chr8 25234858 . A G 822.22 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0379;QD=55.7437;RBI=0.153486;REFB=-0.0487672;REVB=0.0190967;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393321;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:52:59:1:28:24:1:0:28:31:0:0 chr8 25246734 . C T 315.5 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0473393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.353;QD=24.269;RBI=0.0473697;REFB=0.00714648;REVB=-0.00169606;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692624;STB=0.503814;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00438345;OID=.;OPOS=25246734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:18:13:9:12:18:13:9:12 chr8 25317824 . A T 524.66 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0197495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.226;QD=38.1574;RBI=0.0239281;REFB=0.000380482;REVB=0.0135098;RO=11;SAF=27;SAR=17;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451189;STB=0.524218;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=7.45101e-05;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:44:44:0.8:17:27:8:3:17:27:8:3 chr8 25323777 . T C 579.47 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293673;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.794;QD=60.9971;RBI=0.02975;REFB=0;REVB=0.00475608;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5223e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr8 25364331 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0453388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2332;QD=18.7441;RBI=0.0530512;REFB=-0.0296242;REVB=0.0275467;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0137896;OID=.;OPOS=25364331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr8 25701661 . G A 314.79 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0113326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.759;QD=14.8138;RBI=0.0205466;REFB=-0.00278794;REVB=-0.0171388;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279458;STB=0.649687;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00337456;OID=.;OPOS=25701661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:50:35:35:0.411765:21:14:32:15:21:14:33:17 chr8 25708267 . T C 263.77 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00505435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1908;QD=12.8666;RBI=0.00688318;REFB=-0.0174288;REVB=0.00467244;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693195;STB=0.535782;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0265688;OID=.;OPOS=25708267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:18:12:17:33:19:12:17:34 chr8 26240646 . A G 1473.45 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131614;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.423;QD=62.7;RBI=0.0289838;REFB=0;REVB=-0.0258232;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139424;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:91:94:1:56:35:0:0:59:35:0:0 chr8 26362201 . A T 785.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8046;QD=64.0928;RBI=0.0684164;REFB=0;REVB=0.0680189;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364442;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr8 26365716 . C T 426.68 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.129624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9005;QD=34.8312;RBI=0.17537;REFB=0.00305744;REVB=0.11812;RO=15;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316535;STB=0.517231;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00498279;OID=.;OPOS=26365716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:14:20:8:7:14:20:8:7 chr8 26481771 . T C 1309.28 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144393;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1477;QD=62.3466;RBI=0.0248378;REFB=0;REVB=0.0202094;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630661;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr8 26510792 . T C 692.23 PASS AF=0.485915;AO=68;DP=141;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00521981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.053;QD=19.4995;RBI=0.00762255;REFB=-0.0330922;REVB=-0.0055549;RO=71;SAF=50;SAR=18;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223308;STB=0.620749;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0373317;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:71:73:68:69:0.485915:18:50:37:34:18:51:39:34 chr8 26515138 . C T 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0247547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.002;QD=26.4124;RBI=0.0474481;REFB=-0.0221346;REVB=0.0404787;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822524;STB=0.545419;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0212677;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:12:5:10:15:12:5 chr8 26515458 . T C 394.55 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.000586166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7698;QD=13.8439;RBI=0.0245642;REFB=-0.0285241;REVB=-0.0245572;RO=64;SAF=14;SAR=32;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134265;STB=0.598459;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0368268;OID=.;OPOS=26515458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:64:68:46:46:0.403509:32:14:27:37:32:14:31:37 chr8 26628028 . A G 271.3 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0333179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.225;QD=23.5916;RBI=0.0356086;REFB=-0.00469736;REVB=0.0125653;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529031;STB=0.509084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00362032;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:15:9:8:13:15:10:8:13 chr8 26636906 . T A 454.54 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0787353;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.214;QD=27.9717;RBI=0.0826105;REFB=0.020645;REVB=0.0250047;RO=21;SAF=11;SAR=31;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273859;STB=0.63779;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00744741;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:21:23:42:42:0.646154:31:11:14:7:31:11:14:9 chr8 26636925 . T C 458.06 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00912944;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1765;QD=29.0831;RBI=0.0211567;REFB=-0.0315917;REVB=0.0190856;RO=21;SAF=10;SAR=32;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241181;STB=0.631889;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0177266;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:21:21:42:42:0.666667:32:10:12:9:32:10:12:9 chr8 26716715 . G A 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0343424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.412;QD=20.4042;RBI=0.0517375;REFB=-0.00561642;REVB=-0.0386958;RO=27;SAF=3;SAR=29;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469813;STB=0.76295;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0101833;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:29:3:12:15:29:3:12:16 chr8 26944733 . G A 250.79 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00829949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.697;QD=14.5383;RBI=0.0220139;REFB=0.000369401;REVB=-0.0203895;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736995;STB=0.54816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000694812;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:14:15:23:16:14:15:24:16 chr8 27101204 . T A 972.88 PASS AF=0.582278;AO=92;DP=158;FAO=92;FDP=158;FR=.;FRO=66;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00117912;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.307;QD=24.6299;RBI=0.0107833;REFB=-0.0100252;REVB=-0.0107186;RO=66;SAF=59;SAR=33;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148628;STB=0.58089;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00591033;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:66:66:92:92:0.582278:33:59:30:36:33:59:30:36 chr8 27101206 . A C 1026.16 PASS AF=0.592593;AO=95;DP=159;FAO=96;FDP=162;FR=.;FRO=66;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0105186;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.089;QD=25.3372;RBI=0.0732634;REFB=0.00995237;REVB=-0.0725044;RO=62;SAF=62;SAR=33;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129564;STB=0.581129;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00318095;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:62:66:95:96:0.592593:33:62:30:32:34:62:30:36 chr8 27147716 . A C 379.28 PASS AF=0.568966;AO=29;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0210873;FXX=0.0333278;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.911;QD=26.1569;RBI=0.0262941;REFB=-0.0062633;REVB=0.0157068;RO=14;SAF=7;SAR=22;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223046;STB=0.542832;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00635077;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:14:17:29:33:0.568966:22:7:3:11:24:9:3:14 chr8 27255128 . T C 2554.61 PASS AF=0.736462;AO=204;DP=277;FAO=204;FDP=277;FR=.;FRO=73;FSAF=94;FSAR=110;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0205223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.883;QD=36.8897;RBI=0.0211937;REFB=0.012632;REVB=0.00529219;RO=72;SAF=94;SAR=110;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805619;STB=0.505952;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0022188;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:72:73:204:204:0.736462:110:94:32:40:110:94:32:41 chr8 27255146 . G A 2561.3 PASS AF=0.726316;AO=205;DP=284;FAO=207;FDP=285;FR=.;FRO=78;FSAF=94;FSAR=113;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00377506;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.303;QD=35.9481;RBI=0.0183007;REFB=-0.0363422;REVB=0.0179071;RO=78;SAF=94;SAR=111;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511129;STB=0.501487;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0138492;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:78:78:205:207:0.726316:111:94:35:43:113:94:35:43 chr8 27255263 . A G 1655.65 PASS AF=0.730769;AO=133;DP=182;FAO=133;FDP=182;FR=.;FRO=49;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00376719;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.069;QD=36.3878;RBI=0.00378671;REFB=-0.012775;REVB=0.000383995;RO=49;SAF=64;SAR=69;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162756;STB=0.508692;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0047109;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:49:49:133:133:0.730769:69:64:22:27:69:64:22:27 chr8 27293865 . C T 438.32 PASS AF=0.196429;AO=77;DP=393;FAO=77;FDP=392;FR=.;FRO=315;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=125;FSRR=190;FWDB=-0.0137909;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.632;QD=4.4726;RBI=0.0205332;REFB=-0.003177;REVB=-0.0152127;RO=310;SAF=35;SAR=42;SRF=124;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719029;STB=0.547158;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0166838;OID=.;OPOS=27293865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:392:310:315:77:77:0.196429:42:35:124:186:42:35:125:190 chr8 27308538 . G A 165.53 PASS AF=0.185185;AO=30;DP=162;FAO=30;FDP=162;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=-0.0125137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.215;QD=4.0871;RBI=0.0168977;REFB=-0.00635106;REVB=-0.0113553;RO=128;SAF=14;SAR=16;SRF=77;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172017;STB=0.594224;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0242253;OID=.;OPOS=27308538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:128:132:30:30:0.185185:16:14:77:51:16:14:77:55 chr8 27308585 . A C 1413.44 PASS AF=0.834646;AO=106;DP=127;FAO=106;FDP=127;FR=.;FRO=21;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00990953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.415;QD=44.5177;RBI=0.0561562;REFB=-0.0141185;REVB=-0.055275;RO=21;SAF=63;SAR=43;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037842;STB=0.5201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00226032;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:21:21:106:106:0.834646:43:63:10:11:43:63:10:11 chr8 27311703 . T C 2567.93 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.451;QD=61.1412;RBI=0.0200445;REFB=-0.0118014;REVB=0.00553935;RO=1;SAF=82;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057686;STB=0.50303;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=5.01315e-05;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:167:167:0.994048:85:82:1:0:85:82:1:0 chr8 27312040 . C T 107.28 PASS AF=0.155556;AO=21;DP=135;FAO=21;FDP=135;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.00149727;FXX=0.0073524;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.9462;QD=3.17852;RBI=0.0270664;REFB=-0.0114475;REVB=0.0270249;RO=87;SAF=13;SAR=8;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159156;STB=0.615438;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0506855;OID=.;OPOS=27312040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:87:114:21:21:0.155556:8:13:43:44:8:13:55:59 chr8 27312135 . G A 150.74 PASS AF=0.213675;AO=25;DP=117;FAO=25;FDP=117;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00996589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.855;QD=5.1535;RBI=0.00998588;REFB=-0.0156457;REVB=-0.000631526;RO=92;SAF=14;SAR=11;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170614;STB=0.605732;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0386919;OID=.;OPOS=27312135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:92:92:25:25:0.213675:11:14:39:53:11:14:39:53 chr8 27315876 . A G 2008.41 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.444;QD=62.2764;RBI=0.00910963;REFB=0;REVB=0.003644;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72557e-05;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:68:61:0:0:68:61:0:0 chr8 27315900 . A G 1659.78 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.947;QD=59.278;RBI=0.0191854;REFB=-0.128122;REVB=-0.00527763;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.504586;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000992129;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:57:53:1:0:57:54:1:0 chr8 27316117 . G A 166.27 PASS AF=0.219512;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=0.000709534;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.386;QD=5.4072;RBI=0.00745135;REFB=-0.00631031;REVB=0.00741749;RO=86;SAF=13;SAR=14;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954921;STB=0.571034;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0173748;OID=.;OPOS=27316117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:96:27:27:0.219512:14:13:48:38:14:13:55:41 chr8 27462481 . A G 1053.5 PASS AF=0.704;AO=88;DP=126;FAO=88;FDP=125;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0216066;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1778;QD=33.712;RBI=0.0323906;REFB=-0.0508407;REVB=-0.0241309;RO=37;SAF=35;SAR=53;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198759;STB=0.510672;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0145351;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:37:37:88:88:0.704:53:35:16:21:53:35:16:21 chr8 27559214 . G A 350.2 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0241177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.651;QD=25.0146;RBI=0.029875;REFB=-0.0245979;REVB=0.017631;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101377;STB=0.547418;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0101828;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:34:35:0.625:13:21:10:11:14:21:10:11 chr8 27591164 . C T 262.01 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0750368;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6472;QD=16.6357;RBI=0.0769755;REFB=-0.00277811;REVB=-0.0171673;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112418;STB=0.578431;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00695568;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:34:27:29:0.460317:12:15:15:19:12:17:15:19 chr8 27592828 . G A 448.71 PASS AF=0.356688;AO=54;DP=154;FAO=56;FDP=157;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0138825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1008;QD=11.4322;RBI=0.0378414;REFB=-0.0268906;REVB=0.0352029;RO=100;SAF=27;SAR=27;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340409;STB=0.527383;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0574003;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:100:101:54:56:0.356688:27:27:47:53:27:29:48:53 chr8 27631179 . A C 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0128425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.897;QD=16.0411;RBI=0.0419792;REFB=-0.0363813;REVB=0.0399665;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.599893;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0348971;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:14:12:12:7:14:12 chr8 27634064 . C T 118.37 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0385728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.331;QD=13.1522;RBI=0.0401251;REFB=0.00147697;REVB=-0.0110528;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564458;STB=0.555477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00380742;OID=.;OPOS=27634064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:7:6:9:13:7:7:9:13 chr8 27661318 . C A 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0226357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.937;QD=29.6346;RBI=0.0378668;REFB=-0.00729642;REVB=0.0303565;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106017;STB=0.545422;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00548915;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:16:28:28:0.636364:14:14:5:10:14:14:6:10 chr8 27667969 . C G 350.24 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0028219;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.029;QD=19.7316;RBI=0.016717;REFB=-0.0135214;REVB=0.0164771;RO=35;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113816;STB=0.506326;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0193868;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:16:20:19:16:16:20:19:16 chr8 27679981 . T C 510.47 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0134984;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5459;QD=26.1781;RBI=0.0154122;REFB=-0.0189461;REVB=-0.0074384;RO=30;SAF=21;SAR=26;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107546;STB=0.550453;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0127689;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:30:31:47:47:0.602564:26:21:9:21:26:21:10:21 chr8 27690557 . A C 229.1 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0609986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.735;QD=22.9102;RBI=0.0614884;REFB=0.000120738;REVB=-0.00774566;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.549955;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-2.28029e-05;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:18:21:22:0.55:11:10:11:6:11:11:11:7 chr8 27729532 . G A 523.25 PASS AF=0.604938;AO=45;DP=78;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0241925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.91;QD=25.8397;RBI=0.0247051;REFB=-0.00544436;REVB=-0.00500666;RO=32;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186223;STB=0.508317;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00383184;OID=.;OPOS=27729532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:32:32:45:49:0.604938:25:20:15:17:25:24:15:17 chr8 27737198 . A G 1680.47 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046458;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.463;QD=60.5577;RBI=0.013426;REFB=0;REVB=-0.0125965;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25257e-06;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:49:61:0:0:49:62:0:0 chr8 27767171 . G A 1453.18 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9264;QD=63.1819;RBI=0.0137942;REFB=0;REVB=0.00757822;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07336e-05;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:32:60:0:0:32:60:0:0 chr8 27903069 . C T 768.24 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00695718;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.844;QD=22.7628;RBI=0.00738267;REFB=-0.0229743;REVB=0.00247013;RO=60;SAF=42;SAR=31;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067517;STB=0.505078;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0176239;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:62:73:73:0.540741:31:42:35:25:31:42:35:27 chr8 27915830 . T C 2947.15 PASS AF=0.979167;AO=188;DP=192;FAO=188;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=113;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.021328;FXX=0.0303015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.3784;QD=61.3989;RBI=0.0336649;REFB=-0.085091;REVB=0.0260469;RO=4;SAF=113;SAR=75;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144672;STB=0.507601;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00125859;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:192:192:4:4:188:188:0.979167:75:113:1:3:75:113:1:3 chr8 27918057 . T C 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00777255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.326;QD=58.6467;RBI=0.0167394;REFB=-0.0820955;REVB=0.0148255;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374761;STB=0.51999;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00115018;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:12:28:0:1:12:28:0:1 chr8 27927849 . C G 896.84 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.349;QD=57.8606;RBI=0.0610228;REFB=0;REVB=0.0223881;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184362;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:39:20:0:0:41:21:0:0 chr8 27967964 . TTA T,TT,TTT 35.42 PASS AF=0.125,0.0714286,0;AO=13,10,4;DP=60;FAO=7,4,0;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=4,2,0;FSAR=3,2,0;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.291118,-0.321682,-0.0216352;FXX=0.0175408;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=18.5987,9.52773,15.1361;QD=2.52975;RBI=0.29418,0.321794,0.040146;REFB=-0.0460995,-0.0913101,-0.0424192;REVB=0.0423395,0.00848189,-0.0338174;RO=27;SAF=13,4,0;SAR=0,6,4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0.392857,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.7931,-0.0967512,-0.61134;STB=0.505602,0.57108,0.5;STBP=1,0.835,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.147892,0.162376,0;OID=.,.,.;OPOS=27967965,27967966,27967966;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125,0.0714286,0:13,10,4:60:7,4,0:56:45:4,2,0:3,2,0:26:19:18:27:13,4,0:0,6,4:13:14 chr8 28040712 . G A 431.82 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00709136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.103;QD=36.751;RBI=0.00709149;REFB=-0.0123157;REVB=-4.39334e-05;RO=13;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025449;STB=0.513804;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00359081;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:12:22:9:4:12:22:9:4 chr8 28206045 . CTTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTA,CTTTTTTTAA,CTTTTTTTTT 435.2 PASS AF=0,0.9,0,0,0;AO=7,12,15,2,2;DP=54;FAO=0,45,0,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=0,25,0,0,0;FSAR=0,20,0,0,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00938215,0.1576,-0.366219,-0.521029,0.505599;FXX=0;HRUN=8,8,8,8,6;LEN=3,2,1,1,1;MLLD=13.6222,15.3762,7.41945,5.58299,6.43544;QD=34.8156;RBI=0.04724,0.227536,0.384041,0.588146,0.562393;REFB=0.0227156,0.00349612,0.0609369,0.0634285,-0.0521221;REVB=0.0462989,0.164118,-0.115634,-0.272846,0.246282;RO=6;SAF=4,4,8,1,0;SAR=3,8,7,1,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.308536,0.116132,0.186818,0.359974,-0.524163;STB=0.5,0.555531,0.5,0.5,0.5;STBP=1,0.028,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,snp;VARB=-0.0253623,0.0102753,0,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=28206052,28206053,28206046,28206053,28206054;OREF=TTA,TA,T,T,A;OALT=-,-,-,A,T;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTA,CTTTTTTTAA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.9,0,0,0:7,12,15,2,2:54:0,45,0,0,0:50:5:0,25,0,0,0:0,20,0,0,0:0:5:14:6:4,4,8,1,0:3,8,7,1,2:1:5 chr8 28206275 . G C 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0290233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8685;QD=15.4186;RBI=0.0297101;REFB=-0.0175095;REVB=-0.00635087;RO=42;SAF=22;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152216;STB=0.586341;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0259187;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:10:22:23:19:10:22:23:19 chr8 28286174 . T G 132.61 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0570728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=9.14518;RBI=0.0654364;REFB=-0.0139965;REVB=-0.0320095;RO=39;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183921;STB=0.602293;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0446344;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:6:12:20:19:6:12:21:19 chr8 28384712 . A G 881.07 PASS AF=0.588235;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00734886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.02;QD=25.9139;RBI=0.0243656;REFB=-0.0117032;REVB=0.0232309;RO=56;SAF=40;SAR=40;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581356;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:56:56:80:80:0.588235:40:40:28:28:40:40:28:28 chr8 28574803 . G A 1116.45 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.66;QD=60.3489;RBI=0.0388828;REFB=0;REVB=0.0387786;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04563e-05;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:27:44:0:0:30:44:0:0 chr8 29197672 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00253979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.888;QD=22.908;RBI=0.0447452;REFB=-0.00489991;REVB=-0.044673;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145815;STB=0.571364;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00611374;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:8:12:13:4:8:13:13:4 chr8 29197763 . G A 164.37 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0531796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.237;QD=13.6978;RBI=0.0553965;REFB=1.07632e-05;REVB=-0.0155148;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107493;STB=0.562432;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000605761;OID=.;OPOS=29197763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:18:12:9:9:18:12 chr8 29927300 . C G 689.65 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.098;QD=54.0902;RBI=0.0561307;REFB=0.0224457;REVB=-0.00190918;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=2.78055e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:51:0:1:46:50:0.980392:21:25:0:0:21:29:0:1 chr8 29927321 . A G 585.56 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501878;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.834;QD=58.5557;RBI=0.0954957;REFB=-0.0288386;REVB=0.0812442;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000462648;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr8 29965519 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.644;QD=52.6083;RBI=0.0407207;REFB=0;REVB=-0.0023384;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640087;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 29989564 . A G 746.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2698;QD=63.5317;RBI=0.0533199;REFB=0;REVB=0.0104442;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347172;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr8 29996158 . A G 448.66 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.331;QD=57.8913;RBI=0.06513;REFB=0;REVB=0.0594578;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196437;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:28:31:1:13:15:0:0:12:19:0:0 chr8 29996256 . T C 366.36 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.343;QD=54.2751;RBI=0.00897435;REFB=0;REVB=0.00707698;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131236;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr8 30423886 . C CAG 1044.5 PASS AF=0.83871;AO=74;DP=96;FAO=78;FDP=93;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0119547;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.887;QD=44.9247;RBI=0.0123017;REFB=-0.0412606;REVB=0.00290112;RO=17;SAF=23;SAR=51;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129926;STB=0.54988;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.0124026;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.83871:74:96:78:93:15:25:53:9:6:80:17:23:51:11:6 chr8 30501232 . C T 63.64 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0083683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.42;QD=13.3972;RBI=0.0296856;REFB=-0.0214507;REVB=-0.0284816;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.523757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0165138;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:19:19:10:10:8:9:0.473684:3:5:6:4:4:5:6:4 chr8 30503371 . C T 84.31 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00793904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.656;QD=10.5389;RBI=0.0339822;REFB=-0.0224102;REVB=-0.0330418;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226644;STB=0.636116;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0385723;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:12:9:7:4:12:9 chr8 30608976 . C T 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8848;QD=62.9688;RBI=0.0440847;REFB=0;REVB=-0.043462;RO=0;SAF=38;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306183;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:7:38:0:0:7:38:0:0 chr8 30620840 . G GT 314.51 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.195215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9416;QD=33.1059;RBI=0.195274;REFB=-0.0409;REVB=0.00479368;RO=4;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00424124;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:38:38:0:23:15:0:0:4:4:20:11:0:4 chr8 30695226 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.996;QD=35.5759;RBI=0.0331086;REFB=0;REVB=-0.0301787;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000793304;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 30924557 . C T 968.77 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132736;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.67;QD=58.7131;RBI=0.0558423;REFB=0;REVB=0.0542418;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288452;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:27:39:0:0 chr8 30925762 . G GT 30.7 PASS AF=0.348837;AO=13;DP=45;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0250324;FXX=0.0444346;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.81259;QD=2.85577;RBI=0.154687;REFB=-0.0702243;REVB=0.152648;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029732;STB=0.50876;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.0430143;OID=.;OPOS=30925763;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:13:45:15:43:28:10:5:19:9:30:28:9:4:20:8 chr8 30973957 . G T 230.69 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0216583;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.144;QD=12.1415;RBI=0.021876;REFB=-0.0109426;REVB=0.00307878;RO=49;SAF=4;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507885;STB=0.759924;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0153947;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:48:27:28:0.368421:23:4:27:22:23:5:26:22 chr8 30999280 . G T 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.000483073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.189;QD=4.4618;RBI=0.00908159;REFB=-0.00388001;REVB=-0.00906874;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199188;STB=0.629016;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0116509;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:8:5:30:25:8:5:30:25 chr8 31024638 . C T 620.75 PASS AF=0.520661;AO=62;DP=120;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00678148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.763;QD=20.5206;RBI=0.0109673;REFB=0.0152796;REVB=-0.0086194;RO=58;SAF=43;SAR=19;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298116;STB=0.666072;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0184006;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:58:58:62:63:0.520661:19:43:21:37:19:44:21:37 chr8 32453358 . G A 538.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6533;QD=59.8045;RBI=0.0232896;REFB=0;REVB=-0.00537081;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237248;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr8 32663420 . A G 1620.84 PASS AF=0.990909;AO=100;DP=102;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.18;QD=58.9397;RBI=0.0320211;REFB=-0.00227132;REVB=-0.00424118;RO=1;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759066;STB=0.503936;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=4.2842e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:110:1:1:100:109:0.990909:62:38:0:1:63:46:0:1 chr8 33313329 . G A 35.62 PASS AF=0.0722222;AO=13;DP=180;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=-0.0101775;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.835;QD=0.791521;RBI=0.0257098;REFB=-0.00219408;REVB=-0.0236096;RO=163;SAF=6;SAR=7;SRF=78;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018805;STB=0.521817;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0290191;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:180:180:163:167:13:13:0.0722222:7:6:78:85:7:6:81:86 chr8 33356074 . A G 108.45 PASS AF=0.162791;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=129;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.021459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.298;QD=3.3628;RBI=0.0246849;REFB=-0.0066867;REVB=-0.0122006;RO=108;SAF=8;SAR=13;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472558;STB=0.531196;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0357811;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:108:108:21:21:0.162791:13:8:45:63:13:8:45:63 chr8 33369944 . T C 48.33 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.0336445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8182;QD=1.68092;RBI=0.0380284;REFB=0.00256846;REVB=0.0177259;RO=103;SAF=9;SAR=3;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394622;STB=0.789672;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0199957;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:103:103:12:12:0.104348:3:9:42:61:3:9:42:61 chr8 33369994 . A G 48.04 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0346142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7369;QD=1.94102;RBI=0.034804;REFB=0.00321108;REVB=-0.00363023;RO=87;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295483;STB=0.714688;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0329278;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:87:88:11:11:0.111111:3:8:42:45:3:8:43:45 chr8 33573577 . A G 711.8 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.319;QD=52.7259;RBI=0.0622229;REFB=-0.0615208;REVB=0.0388811;RO=1;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136468;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00177223;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:54:1:1:50:53:0.981481:34:16:0:1:37:16:0:1 chr8 35583692 . T C 1472.64 PASS AF=0.758389;AO=112;DP=148;FAO=113;FDP=149;FR=.;FRO=36;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0158349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.671;QD=39.534;RBI=0.0189882;REFB=-0.0200747;REVB=0.0104789;RO=35;SAF=64;SAR=48;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039305;STB=0.524825;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00534631;OID=.;OPOS=35583692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:35:36:112:113:0.758389:48:64:23:12:49:64:24:12 chr8 35583815 . G C 1896.85 PASS AF=0.745192;AO=154;DP=210;FAO=155;FDP=208;FR=.;FRO=53;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0230912;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1944;QD=36.4779;RBI=0.0249531;REFB=-0.0182926;REVB=-0.00945785;RO=49;SAF=78;SAR=76;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201893;STB=0.511198;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00534714;OID=.;OPOS=35583815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:49:53:154:155:0.745192:76:78:27:22:77:78:29:24 chr8 36167156 . T C 145.17 PASS AF=0.168675;AO=28;DP=166;FAO=28;FDP=166;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=-0.00872999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.221;QD=3.49799;RBI=0.00895797;REFB=-0.00154039;REVB=-0.0020081;RO=137;SAF=19;SAR=9;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157238;STB=0.600201;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00654687;OID=.;OPOS=36167156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:137:138:28:28:0.168675:9:19:77:60:9:19:78:60 chr8 36788479 . A G 302.88 PASS AF=0.158163;AO=62;DP=396;FAO=62;FDP=392;FR=.;FRO=330;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=187;FSRR=143;FWDB=-0.040732;FXX=0.0101008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1064;QD=3.09061;RBI=0.0708039;REFB=-0.00364793;REVB=0.0579145;RO=315;SAF=31;SAR=31;SRF=176;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762651;STB=0.556105;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0191513;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:392:315:330:62:62:0.158163:31:31:176:139:31:31:187:143 chr8 37455990 . G C 43.64 PASS AF=0.159091;AO=8;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.1124;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.6007;QD=3.96756;RBI=0.119534;REFB=-0.0284019;REVB=-0.0406781;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206106;STB=0.567382;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0964382;OID=.;OPOS=37455990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:44:44:36:37:8:7:0.159091:4:4:12:24:4:3:13:24 chr8 37456438 . A G 825.92 PASS AF=0.910448;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0226883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.301;QD=49.3089;RBI=0.0228345;REFB=-0.0124414;REVB=-0.00258021;RO=6;SAF=21;SAR=40;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08846;STB=0.547065;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000377289;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:67:67:6:6:61:61:0.910448:40:21:5:1:40:21:5:1 chr8 37728017 . A G 1857.56 PASS AF=0.984;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0112734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.608;QD=59.442;RBI=0.0158239;REFB=-0.0844237;REVB=0.0111043;RO=2;SAF=61;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153192;STB=0.507935;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000909216;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:125:2:2:122:123:0.984:61:61:2:0:61:62:2:0 chr8 37728019 . T G 1746.94 PASS AF=0.952;AO=121;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0451588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0517;QD=55.9022;RBI=0.0498303;REFB=-0.00993771;REVB=0.0210653;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.500605;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00273654;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:1:6:121:119:0.952:60:61:1:0:58:61:3:3 chr8 37730368 . G A 3174.17 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444944;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5874;QD=63.8024;RBI=0.0519563;REFB=-0.0875793;REVB=0.0268275;RO=1;SAF=77;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614515;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015981;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:1:0:199:199:1:122:77:1:0:122:77:0:0 chr8 37730456 . G T 1752.27 PASS AF=0.790698;AO=134;DP=171;FAO=136;FDP=172;FR=.;FRO=36;FSAF=45;FSAR=91;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0279782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2086;QD=40.7504;RBI=0.0461977;REFB=-0.00154916;REVB=-0.036762;RO=36;SAF=45;SAR=89;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234768;STB=0.513581;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000691474;OID=.;OPOS=37730456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:36:36:134:136:0.790698:89:45:14:22:91:45:14:22 chr8 37963239 . C T 73.3 PASS AF=0.103093;AO=20;DP=196;FAO=20;FDP=194;FR=.;FRO=174;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=115;FWDB=0.00605647;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.906;QD=1.51126;RBI=0.01856;REFB=-0.00207339;REVB=-0.017544;RO=168;SAF=2;SAR=18;SRF=56;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381488;STB=0.804612;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0199031;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:196:194:168:174:20:20:0.103093:18:2:56:112:18:2:59:115 chr8 37979919 . G C 1922.19 PASS AF=0.992248;AO=121;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141533;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.747;QD=59.6026;RBI=0.0378859;REFB=0.0760877;REVB=0.035143;RO=1;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664428;STB=0.503311;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000440996;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:129:1:1:121:128:0.992248:71:50:0:1:75:53:0:1 chr8 37996327 . G A 208.99 PASS AF=0.14966;AO=44;DP=294;FAO=44;FDP=294;FR=.;FRO=250;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=147;FSRR=103;FWDB=-0.0552682;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8065;QD=2.84342;RBI=0.0788808;REFB=-0.00679559;REVB=-0.0562816;RO=250;SAF=28;SAR=16;SRF=147;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653439;STB=0.543359;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.037303;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:250:250:44:44:0.14966:16:28:147:103:16:28:147:103 chr8 38005835 . T C 2926.55 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465935;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.436;QD=63.2768;RBI=0.0517993;REFB=0;REVB=0.0226321;RO=0;SAF=117;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29877e-05;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:184:185:1:67:117:0:0:67:118:0:0 chr8 38095662 . C T 71.89 PASS AF=0.100503;AO=20;DP=202;FAO=20;FDP=199;FR=.;FRO=179;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=102;FWDB=-0.000996492;FXX=0.0197035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.396;QD=1.44511;RBI=0.0414066;REFB=-0.00373241;REVB=-0.0413946;RO=175;SAF=10;SAR=10;SRF=76;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079836;STB=0.562752;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.02827;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:202:199:175:179:20:20:0.100503:10:10:76:99:10:10:77:102 chr8 38205090 . G GT 37.24 PASS AF=0.173228;AO=24;DP=133;FAO=22;FDP=127;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.000463018;FXX=0.0378759;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.304;QD=1.17286;RBI=0.0564494;REFB=-0.00410346;REVB=-0.0564475;RO=104;SAF=8;SAR=16;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227321;STB=0.571672;STBP=0.474;TYPE=ins;VARB=0.095289;OID=.;OPOS=38205091;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173228:24:133:22:127:105:9:13:52:53:37:104:8:16:53:51 chr8 38370037 . T C 3463.27 PASS AF=0.834951;AO=259;DP=309;FAO=258;FDP=309;FR=.;FRO=51;FSAF=128;FSAR=130;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0565169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3787;QD=44.8319;RBI=0.0565889;REFB=-0.0112095;REVB=-0.00285391;RO=50;SAF=128;SAR=131;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177268;STB=0.500978;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00223693;OID=.;OPOS=38370037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:50:51:259:258:0.834951:131:128:25:25:130:128:25:26 chr8 38373924 . T G 81.13 PASS AF=0.130435;AO=18;DP=139;FAO=18;FDP=138;FR=.;FRO=120;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=40;FWDB=-0.00537061;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.547;QD=2.35169;RBI=0.00603534;REFB=-0.00558322;REVB=-0.00275352;RO=117;SAF=12;SAR=6;SRF=77;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0347663;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:139:138:117:120:18:18:0.130435:6:12:77:40:6:12:80:40 chr8 38458371 . G T 1025.48 PASS AF=0.959459;AO=48;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0106864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.496;QD=55.4312;RBI=0.0147654;REFB=-0.0075712;REVB=0.0101891;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500434;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000149598;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:48:71:0.959459:29:19:0:0:48:23:1:2 chr8 38458552 . G GTCT 1229.18 PASS AF=1;AO=77;DP=91;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030432;FXX=0.0361402;HRUN=0;LEN=3;MLLD=193.231;QD=61.4591;RBI=0.067956;REFB=0;REVB=0.060761;RO=8;SAF=39;SAR=38;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.94832e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:91:80:80:0:41:39:0:0:7:8:39:38:8:0 chr8 38458659 . C T 724.86 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0610182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.333;QD=54.7067;RBI=0.0612816;REFB=-0.201315;REVB=0.005675;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00070286;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:0:1:32:20:0:1 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 3845.54 PASS AF=1,0;AO=216,45;DP=278;FAO=275,0;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=130,0;FSAR=145,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365512,-0.022141;FXX=0.010791;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=20.6823,144.953;QD=55.9352;RBI=0.151028,0.0571753;REFB=0,0;REVB=0.146538,-0.0527142;RO=2;SAF=123,0;SAR=93,45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00123753,-0.886871;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000535009,0.0597711;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:216,45:278:275,0:275:0:130,0:145,0:0:0:23:2:123,0:93,45:1:1 chr8 38835666 . T C 1025.45 PASS AF=0.783019;AO=83;DP=107;FAO=83;FDP=106;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00981054;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.408;QD=38.6961;RBI=0.0243988;REFB=-0.016353;REVB=0.0223396;RO=23;SAF=31;SAR=52;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264101;STB=0.514103;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00440932;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:23:23:83:83:0.783019:52:31:10:13:52:31:10:13 chr8 38848850 . C T 1935.36 PASS AF=0.856287;AO=121;DP=169;FAO=143;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0224582;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.197;QD=46.356;RBI=0.02796;REFB=-0.022197;REVB=0.016655;RO=26;SAF=65;SAR=56;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133237;STB=0.508586;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00359083;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:26:24:121:143:0.856287:56:65:15:11:62:81:15:9 chr8 39080632 . C G 4692.7 PASS AF=1;AO=294;DP=296;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115278;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.33;QD=63.6299;RBI=0.0279918;REFB=-0.0467135;REVB=-0.0255078;RO=1;SAF=144;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010456;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:296:295:1:0:294:295:1:150:144:0:1:150:145:0:0 chr8 39311600 . C T 2254.66 PASS AF=0.986928;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000968217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.554;QD=58.9454;RBI=0.0419755;REFB=-0.151436;REVB=-0.0419643;RO=3;SAF=111;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194982;STB=0.512498;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000587756;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:3:2:150:151:0.986928:39:111:1:2:39:112:0:2 chr8 39312886 . G A 517.57 PASS AF=0.402685;AO=53;DP=141;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.00821644;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.042;QD=13.8946;RBI=0.0103811;REFB=-0.0151198;REVB=0.00634495;RO=82;SAF=34;SAR=19;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640824;STB=0.534098;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0270595;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:149:82:89:53:60:0.402685:19:34:48:34:23:37:50:39 chr8 39312965 . CA C 573.05 PASS AF=0.57377;AO=93;DP=184;FAO=105;FDP=183;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.013121;FXX=0.0108102;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6768;QD=12.5258;RBI=0.0281933;REFB=0.0226751;REVB=0.0249539;RO=72;SAF=42;SAR=51;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.149194;STB=0.568515;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=-0.0111878;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57377:93:184:105:183:78:49:56:49:29:99:72:42:51:46:26 chr8 39331031 . T C 394.88 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0130558;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.113;QD=22.2468;RBI=0.0163923;REFB=-0.0058795;REVB=-0.00991239;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592313;STB=0.503266;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00441164;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:17:15:18:21:17:15 chr8 39331093 . T C 522.22 PASS AF=0.576471;AO=48;DP=86;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00554027;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.943;QD=24.5752;RBI=0.0167791;REFB=-0.0214467;REVB=0.015838;RO=36;SAF=31;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524444;STB=0.522196;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0179237;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:36:36:48:49:0.576471:17:31:21:15:18:31:21:15 chr8 39840234 . A G 273.56 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0432959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3104;QD=10.5217;RBI=0.0433059;REFB=-0.000611482;REVB=-0.000926708;RO=67;SAF=23;SAR=12;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176115;STB=0.603132;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00296401;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:69:35:35:0.336538:12:23:34:33:12:23:35:34 chr8 39872866 . A C 1524.7 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6087;QD=59.2117;RBI=0.0390768;REFB=0;REVB=0.0313667;RO=0;SAF=68;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.32919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30703e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:101:103:1:33:68:0:0:35:68:0:0 chr8 39872935 . T A 325.61 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=-0.0119115;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.601;QD=11.9491;RBI=0.0119146;REFB=-0.0262586;REVB=0.000270972;RO=68;SAF=21;SAR=19;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237901;STB=0.628259;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0360898;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:68:69:40:40:0.366972:19:21:50:18:19:21:50:19 chr8 39873478 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4605;QD=45.8013;RBI=0.0111186;REFB=0;REVB=0.0108775;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357914;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr8 39873483 . TT AA 47.94 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0490105;FXX=0.166528;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.03;QD=19.1778;RBI=0.054724;REFB=0.101982;REVB=-0.0243451;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=mnp;VARB=-0.0318878;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:10:2:3:5:5:0.5:2:3:1:1:2:3:2:1 chr8 40011079 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.583;QD=64.1523;RBI=0.0304949;REFB=0;REVB=-0.00858541;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125657;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr8 40012063 . A G 399.07 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0137369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.242;QD=23.8252;RBI=0.0150944;REFB=0.0034122;REVB=-0.00625598;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912376;STB=0.575304;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00185404;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:28:38:39:0.58209:18:20:10:15:18:21:10:18 chr8 40012684 . C G 148.08 PASS AF=0.2;AO=24;DP=126;FAO=25;FDP=125;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0411362;FXX=0.0384586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.769;QD=4.73849;RBI=0.0422178;REFB=0.00186924;REVB=0.00949469;RO=101;SAF=13;SAR=11;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016414;STB=0.516033;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00529373;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:101:100:24:25:0.2:11:13:56:45:12:13:54:46 chr8 41132742 . A T 142.67 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00287751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.581;QD=22.8269;RBI=0.0908168;REFB=-0.0384342;REVB=-0.0907712;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627389;STB=0.535166;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0263729;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:8:2:4:11:8:2 chr8 41293142 . C T 101.99 PASS AF=0.16;AO=20;DP=124;FAO=20;FDP=125;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=69;FWDB=-0.00694967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.234;QD=3.26373;RBI=0.0180354;REFB=0.000733862;REVB=-0.0166426;RO=103;SAF=6;SAR=14;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579031;STB=0.541394;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00334498;OID=.;OPOS=41293142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:103:105:20:20:0.16:14:6:35:68:14:6:36:69 chr8 41297464 . T G 193.37 PASS AF=0.178571;AO=35;DP=197;FAO=35;FDP=196;FR=.;FRO=161;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=90;FWDB=-0.000833529;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6595;QD=3.94626;RBI=0.0232062;REFB=-0.0040245;REVB=-0.0231913;RO=159;SAF=21;SAR=14;SRF=69;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211252;STB=0.62896;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0196674;OID=.;OPOS=41297464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:159:161:35:35:0.178571:14:21:69:90:14:21:71:90 chr8 41367882 . A G 486.13 PASS AF=0.154993;AO=104;DP=671;FAO=104;FDP=671;FR=.;FRO=567;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=275;FSRR=292;FWDB=-0.0145866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.993;QD=2.89794;RBI=0.0145882;REFB=-0.00428607;REVB=0.000212791;RO=567;SAF=55;SAR=49;SRF=275;SRR=292;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568989;STB=0.537001;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0241334;OID=.;OPOS=41367882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:671:567:567:104:104:0.154993:49:55:275:292:49:55:275:292 chr8 41391704 . A G 4611.7 PASS AF=1;AO=291;DP=294;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209969;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9528;QD=63.1739;RBI=0.0217249;REFB=-0.0163263;REVB=0.00557693;RO=1;SAF=133;SAR=158;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538884;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:294:292:1:0:291:292:1:158:133:1:0:159:133:0:0 chr8 41391748 . C A 2424.74 PASS AF=0.78125;AO=174;DP=234;FAO=200;FDP=256;FR=.;FRO=56;FSAF=94;FSAR=106;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0104673;FXX=0.0038909;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3851;QD=37.8866;RBI=0.0197958;REFB=-0.0452623;REVB=0.0168021;RO=58;SAF=80;SAR=94;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271428;STB=0.505178;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0086631;OID=.;OPOS=41391748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:256:58:56:174:200:0.78125:94:80:27:31:106:94:25:31 chr8 41394780 . C G 770.21 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0145071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.482;QD=37.1186;RBI=0.0256916;REFB=-0.0309273;REVB=0.0212038;RO=21;SAF=29;SAR=33;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00399645;STB=0.502145;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0118638;OID=.;OPOS=41394780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:21:62:62:0.746988:33:29:10:11:33:29:10:11 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 472.81 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176566;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=14;MLLD=434.705;QD=59.1011;RBI=0.0222058;REFB=0;REVB=-0.0134662;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.40327e-06;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:34:32:32:0:17:15:0:0:4:0:16:15:0:0 chr8 41512648 . G GGTGT 79.58 PASS AF=0.45;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.101222;FXX=0.285612;HRUN=2;LEN=4;MLLD=114.096;QD=15.9165;RBI=0.135142;REFB=-0.0369866;REVB=0.0895407;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693922;STB=0.888024;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0395027;OID=.;OPOS=41512649;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=GGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:41:9:20:11:1:8:9:2:79:26:1:8:20:6 chr8 41517958 . A AG 5908.99 PASS AF=1;AO=507;DP=642;FAO=603;FDP=603;FR=.;FRO=0;FSAF=275;FSAR=328;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149435;FXX=0.00985205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.5059;QD=39.1973;RBI=0.149513;REFB=0;REVB=0.00481789;RO=107;SAF=225;SAR=282;SRF=78;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00194885;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:507:642:603:603:0:275:328:0:0:99:107:225:282:78:29 chr8 41519462 . A G 1637.63 PASS AF=0.834437;AO=126;DP=148;FAO=126;FDP=151;FR=.;FRO=25;FSAF=42;FSAR=84;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0331435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.043;QD=43.381;RBI=0.0662407;REFB=-0.0580982;REVB=0.0573528;RO=21;SAF=40;SAR=86;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249458;STB=0.517585;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0119758;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:21:25:126:126:0.834437:86:40:5:16:84:42:6:19 chr8 41545661 . A C 42.86 PASS AF=0.103448;AO=13;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=35;FWDB=-0.0811088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8025;QD=1.47791;RBI=0.0826195;REFB=-0.00534481;REVB=-0.015727;RO=100;SAF=11;SAR=2;SRF=66;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287443;STB=0.700375;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.149109;OID=.;OPOS=41545661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:116:116:100:104:13:12:0.103448:2:11:66:34:2:10:69:35 chr8 41547748 . G A 150.08 PASS AF=0.122924;AO=37;DP=301;FAO=37;FDP=301;FR=.;FRO=264;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=129;FSRR=135;FWDB=-7.43475e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.138;QD=1.99436;RBI=0.0113766;REFB=-0.00248981;REVB=-0.0113764;RO=263;SAF=16;SAR=21;SRF=129;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734599;STB=0.549513;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0224758;OID=.;OPOS=41547748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:263:264:37:37:0.122924:21:16:129:134:21:16:129:135 chr8 41566438 . C T 230.92 PASS AF=0.104948;AO=68;DP=666;FAO=70;FDP=667;FR=.;FRO=597;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=311;FSRR=286;FWDB=0.00763843;FXX=0.00596116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=1.38481;RBI=0.0141615;REFB=-0.00394757;REVB=0.0119249;RO=563;SAF=39;SAR=29;SRF=294;SRR=269;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643009;STB=0.54552;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0368249;OID=.;OPOS=41566438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:666:667:563:597:68:70:0.104948:29:39:294:269:30:40:311:286 chr8 41585438 . G A 4482.81 PASS AF=0.811594;AO=331;DP=414;FAO=336;FDP=414;FR=.;FRO=78;FSAF=200;FSAR=136;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0374441;FXX=0.0142854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.61;QD=43.3122;RBI=0.0400797;REFB=-0.0228857;REVB=0.014294;RO=78;SAF=196;SAR=135;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435399;STB=0.523419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00794104;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:78:78:331:336:0.811594:135:196:37:41:136:200:37:41 chr8 42013563 . T TATG 663.52 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00101953;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.468;QD=49.1499;RBI=0.00579596;REFB=-0.0437734;REVB=-0.00570559;RO=4;SAF=22;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078205;STB=0.539984;STBP=0.073;TYPE=ins;VARB=0.00138089;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925926:49:55:50:54:4:23:27:4:0:15:4:22:27:4:0 chr8 42033661 . C T 507.61 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0047775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.049;QD=31.7255;RBI=0.00578772;REFB=0.0021347;REVB=-0.00326697;RO=19;SAF=17;SAR=28;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546678;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000966403;OID=.;OPOS=42033661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:28:17:7:12:28:17:7:12 chr8 42044954 . G A 563.95 PASS AF=0.774194;AO=46;DP=63;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0627128;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.487;QD=36.384;RBI=0.0653165;REFB=-0.0127099;REVB=0.0182575;RO=14;SAF=20;SAR=26;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273972;STB=0.506772;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0031147;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:14:14:46:48:0.774194:26:20:6:8:26:22:6:8 chr8 42177091 . AT AA,A 36.58 PASS AF=0.05,0.275;AO=2,15;DP=40;FAO=2,11;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2,9;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0160921,-0.0793824;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=25.6227,7.5097;QD=3.6576;RBI=0.0751723,0.167649;REFB=-0.0509449,-0.0797161;REVB=0.0734297,0.147663;RO=21;SAF=2,11;SAR=0,4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.494107,0.232835;STB=0.99487,0.765433;STBP=0.169,0.046;TYPE=snp,del;VARB=-0.0293434,0.142703;OID=.,.;OPOS=42177092,42177092;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.275:2,15:40:2,11:40:27:2,9:0,2:13:14:27:21:2,11:0,4:11:10 chr8 42295022 . G A 96.22 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0348184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.193;QD=6.87265;RBI=0.0359481;REFB=-0.002801;REVB=0.00894131;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199751;STB=0.622944;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00966729;OID=.;OPOS=42295022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:8:6:25:17:8:6:25:17 chr8 42693317 . G GT 33.65 PASS AF=0.147059;AO=12;DP=70;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0717666;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.1675;QD=1.97939;RBI=0.0721086;REFB=-0.0430238;REVB=0.00701499;RO=57;SAF=10;SAR=2;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349383;STB=0.59072;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=0.110432;OID=.;OPOS=42693318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:12:70:10:68:58:7:3:35:23:33:57:10:2:34:23 chr8 42882555 . A ATTTGT 1084.2 PASS AF=0.926829;AO=68;DP=86;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0127479;FXX=0.0681741;HRUN=3;LEN=5;MLLD=261.729;QD=52.888;RBI=0.0145853;REFB=-0.0497069;REVB=-0.00708679;RO=10;SAF=48;SAR=20;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170554;STB=0.500363;STBP=0.965;TYPE=ins;VARB=-0.00041558;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.926829:68:86:76:82:6:51:25:4:2:21:10:48:20:7:3 chr8 43054553 . T C 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.023;QD=63.861;RBI=0.0266216;REFB=0;REVB=0.0103479;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102194;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr8 46951721 . C G 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5515;QD=61.6928;RBI=0.0229066;REFB=0;REVB=-0.00200572;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103022;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr8 46951809 . G A 587.04 PASS AF=0.95122;AO=31;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.067129;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.515;QD=57.2726;RBI=0.139673;REFB=-0.0753813;REVB=0.122484;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0064727;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:31:39:0.95122:17:14:0:0:21:18:0:1 chr8 46951813 . G T 546.65 PASS AF=0.952381;AO=35;DP=37;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0813327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.6256;QD=52.062;RBI=0.0856973;REFB=-0.0735687;REVB=-0.0270003;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.527764;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.014438;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:42:2:2:35:40:0.952381:21:14:2:0:23:17:2:0 chr8 47979781 . G C 1612.04 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386177;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8841;QD=59.7051;RBI=0.0442548;REFB=0;REVB=-0.0216138;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331309;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:106:108:1:60:46:0:0:61:47:0:0 chr8 48102786 . C T 1670.87 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6101;QD=60.2116;RBI=0.0143826;REFB=0;REVB=-0.0120217;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12728e-06;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:50:59:0:0:51:60:0:0 chr8 48102987 . A G 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.564;QD=58.2251;RBI=0.0372072;REFB=-0.135895;REVB=0.0205256;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00112326;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:70:71:0.986111:31:39:0:0:31:40:1:0 chr8 48104722 . G A,T 1464.11 PASS AF=0.0416667,0.947917;AO=4,91;DP=96;FAO=4,91;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=3,44;FSAR=1,47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00802162,-0.00660615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.3891,81.2036;QD=61.0044;RBI=0.0181546,0.00664308;REFB=-0.0323351,-0.0391362;REVB=-0.0162863,0.000699515;RO=1;SAF=3,44;SAR=1,47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272709,0.0099791;STB=0.665771,0.505262;STBP=0.288,0.503;TYPE=snp,snp;VARB=0.0525165,-0.0128736;OID=.,.;OPOS=48104722,48104722;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:96:96:1:1:4,91:4,91:0.0416667,0.947917:1,47:3,44:0:1:1,47:3,44:0:1 chr8 48805816 . A AG,G 419.74 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=13,21;DP=38;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615701,-0.00111495;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.8528,6.02415;QD=49.3807;RBI=0.137089,0.354862;REFB=0,0;REVB=-0.122485,-0.354861;RO=4;SAF=9,2;SAR=4,19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0289225,-0.366044;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000334788,-0.00530557;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:38:34:4:0:13,21:33,1:0.970588,0.0294118:4,19:9,2:3:1:22,1:11,0:0:0 chr8 48885436 . T A 1571.75 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193368;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.241;QD=64.153;RBI=0.0298281;REFB=0;REVB=0.0227113;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61195e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr8 50242815 . C T 249.77 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0200858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0857;QD=16.6514;RBI=0.0792365;REFB=0.00619535;REVB=-0.0766485;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438144;STB=0.524674;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00770978;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:14:18:17:11:14:18 chr8 50242991 . G T 1137.06 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481896;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.423;QD=59.8452;RBI=0.0117177;REFB=0;REVB=0.0106809;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28647e-05;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:37:37:0:0:37:39:0:0 chr8 51571172 . G A 170.82 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0399686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4874;QD=17.5204;RBI=0.0437578;REFB=-0.0539683;REVB=0.0178117;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165154;STB=0.60702;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0376867;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:21:17:18:0.461538:6:11:9:10:6:12:10:11 chr8 52321243 . T C 2756.27 PASS AF=0.994382;AO=170;DP=173;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513679;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.522;QD=61.9385;RBI=0.0516677;REFB=-0.0304147;REVB=-0.00555776;RO=1;SAF=63;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074946;STB=0.503546;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000128019;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:178:1:1:170:177:0.994382:107:63:1:0:107:70:1:0 chr8 52366156 . C T 1053.13 PASS AF=0.459916;AO=109;DP=237;FAO=109;FDP=237;FR=.;FRO=128;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=0.0178512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.703;QD=17.7743;RBI=0.0221743;REFB=-0.00986346;REVB=0.0131542;RO=128;SAF=55;SAR=54;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184102;STB=0.510182;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0115277;OID=.;OPOS=52366156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:128:128:109:109:0.459916:54:55:67:61:54:55:67:61 chr8 52366200 . G A 1110.97 PASS AF=0.525;AO=105;DP=200;FAO=105;FDP=200;FR=.;FRO=95;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00552697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.87;QD=22.2194;RBI=0.0069487;REFB=-0.00504745;REVB=0.00421154;RO=95;SAF=60;SAR=45;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580748;STB=0.531786;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00411758;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:95:95:105:105:0.525:45:60:48:47:45:60:48:47 chr8 52730521 . C T 1509.49 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349101;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6192;QD=63.5573;RBI=0.00485431;REFB=0;REVB=0.00337301;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179181;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:37:56:0:0:39:56:0:0 chr8 52730864 . T C 882.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.266;QD=57.8532;RBI=0.0440941;REFB=0;REVB=0.0103355;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104182;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr8 52731975 . C A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=7;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0165587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.177;QD=3.44846;RBI=0.0240382;REFB=-0.00479819;REVB=-0.0174253;RO=45;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402241;STB=0.827039;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0447744;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:45:46:7:8:0.148148:1:6:25:20:1:7:25:21 chr8 52731980 . C G 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0237252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.991;QD=2.28091;RBI=0.0237263;REFB=-0.00339284;REVB=0.000226582;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343843;STB=0.773642;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0382089;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:1:5:27:21:1:5:27:21 chr8 52731999 . C T 38.41 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0024732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.766;QD=2.8455;RBI=0.00292734;REFB=-0.00363114;REVB=-0.00156607;RO=47;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419719;STB=0.815581;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0279078;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:1:6:25:22:1:6:25:22 chr8 52733050 . T A 1025.52 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0482308;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.503;QD=56.9734;RBI=0.0527535;REFB=-0.0302022;REVB=0.021371;RO=2;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189075;STB=0.509997;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000665285;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:72:2:2:70:70:0.972222:49:21:0:2:49:21:0:2 chr8 52746153 . C T 1547.54 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.27;QD=63.8162;RBI=0.0701319;REFB=0;REVB=-0.0678273;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63867e-05;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:40:56:0:0:41:56:0:0 chr8 53045827 . C T 325.96 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00658822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.985;QD=17.6195;RBI=0.0245464;REFB=-0.0191436;REVB=0.0236458;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511247;STB=0.505615;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.018739;OID=.;OPOS=53045827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:14:21:23:15:14:21:23:16 chr8 53537316 . A G 441.06 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00810978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5961;QD=16.0387;RBI=0.00935367;REFB=0.0162302;REVB=0.00466075;RO=61;SAF=31;SAR=18;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23717;STB=0.632599;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0150775;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:18:31:24:37:18:31:24:37 chr8 53555069 . A G 475.32 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0123785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9941;QD=16.5327;RBI=0.018093;REFB=0.00308422;REVB=0.0131958;RO=61;SAF=31;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102571;STB=0.566472;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00356223;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:63:52:52:0.452174:21:31:30:31:21:31:30:33 chr8 53586706 . A G 1452.59 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539636;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.431;QD=63.1561;RBI=0.0567245;REFB=0;REVB=0.0174813;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012004;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr8 54155452 . G A 215.55 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0662007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.749;QD=10.9138;RBI=0.0662132;REFB=-0.00257507;REVB=-0.00128732;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000807448;STB=0.500469;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630869;OID=.;OPOS=54155452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:14:13:25:27:14:13:25:27 chr8 54155455 . T C 1126.79 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0558202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7493;QD=57.7838;RBI=0.065135;REFB=-0.218014;REVB=0.0335659;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00942693;OID=.;OPOS=54155455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:1:2:76:76:0.974359:39:37:1:0:39:37:1:1 chr8 54163562 . C A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0330782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.799;QD=11.0924;RBI=0.0330782;REFB=0.00886266;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00954672;OID=.;OPOS=54163562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:0:5:5:0:0:5:6:0 chr8 54745538 . C G 341.76 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.017978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.025;QD=15.8959;RBI=0.0336508;REFB=0.000417504;REVB=0.0284459;RO=49;SAF=10;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320019;STB=0.681173;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000288785;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:27:10:28:21:27:10:28:21 chr8 55539057 . G A 240.11 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00433892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.418;QD=18.1218;RBI=0.00616967;REFB=0.00177551;REVB=-0.00438619;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153353;STB=0.586041;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00548685;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:16:11:15:11:16:11 chr8 55541450 . G A 591.64 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=104;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0403619;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.489;QD=21.5143;RBI=0.0426621;REFB=-0.0260858;REVB=0.013819;RO=49;SAF=25;SAR=29;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557626;STB=0.506081;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0201963;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:49:50:54:60:0.545455:29:25:23:26:32:28:24:26 chr8 55541513 . T C 419.09 PASS AF=0.525;AO=40;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.018339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.192;QD=20.9543;RBI=0.0192738;REFB=-0.0144936;REVB=-0.0059294;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666368;STB=0.522716;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0117424;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:40:42:0.525:23:17:19:19:23:19:19:19 chr8 55541617 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00276592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.81;QD=15.643;RBI=0.00394211;REFB=-0.0223644;REVB=-0.0028089;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142176;STB=0.582006;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0278243;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:14:15:13:7:14:15 chr8 55632762 . C T 922.37 PASS AF=0.514124;AO=92;DP=177;FAO=91;FDP=177;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00261452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.953;QD=20.8445;RBI=0.00308702;REFB=-0.0183046;REVB=0.00164134;RO=84;SAF=35;SAR=57;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168503;STB=0.596799;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0176896;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:84:86:92:91:0.514124:57:35:48:36:57:34:49:37 chr8 56054696 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0176148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.474;QD=17.8595;RBI=0.0177927;REFB=-0.00917719;REVB=0.00250993;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115175;STB=0.564319;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0139414;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:22:15:18:16:22:15 chr8 56076708 . TTGC T 230.73 PASS AF=0.466667;AO=32;DP=73;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00255882;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=295.435;QD=12.3057;RBI=0.0389943;REFB=-0.0119502;REVB=0.0389103;RO=40;SAF=23;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518216;STB=0.510632;STBP=0.897;TYPE=del;VARB=0.0134947;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:32:73:35:75:40:23:12:27:13:99:40:23:9:27:13 chr8 56076791 . G A 344.42 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.029722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.666;QD=13.1208;RBI=0.0299192;REFB=-0.01382;REVB=0.00342948;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213276;STB=0.502091;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0181715;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:62:64:41:41:0.390476:21:20:29:33:21:20:31:33 chr8 56651746 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0275574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.179;QD=9.19964;RBI=0.027975;REFB=-0.0110046;REVB=-0.00481577;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.015704;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:6:7:4:3:6:7 chr8 56652048 . CAT C 998.39 PASS AF=0.423664;AO=110;DP=265;FAO=111;FDP=262;FR=.;FRO=151;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.00705646;FXX=0.0187259;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.334;QD=15.2426;RBI=0.0263068;REFB=-0.0113162;REVB=0.0253427;RO=146;SAF=49;SAR=61;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683783;STB=0.505187;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0152504;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423664:110:265:111:262:151:49:62:68:83:99:146:49:61:66:80 chr8 56657801 . C T 385.69 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.000664898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0799;QD=15.5835;RBI=0.00448863;REFB=0.0138154;REVB=-0.00443912;RO=58;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015812;STB=0.508924;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0202428;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:22:19:26:32:22:19:26:32 chr8 56686224 . T C 1015.48 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5778;QD=58.0273;RBI=0.0310066;REFB=-0.11498;REVB=0.0298955;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163234;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:42:27:1:0:42:28:0:0 chr8 56821700 . T G 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00239133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.029;QD=62.7571;RBI=0.00393101;REFB=-0.0256803;REVB=-0.00312;RO=1;SAF=53;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886572;STB=0.504672;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000113403;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:45:53:1:0:45:53:1:0 chr8 56821795 . T G 1448.82 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369772;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.498;QD=62.9923;RBI=0.0395366;REFB=0;REVB=0.0139938;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63811e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:92:0:0:83:92:1:41:42:0:0:45:47:0:0 chr8 56821809 . C T 1479.83 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143968;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.115;QD=62.3086;RBI=0.0146771;REFB=-0.00556029;REVB=0.00285455;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=7.26613e-05;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:0:1:94:94:0.989474:45:49:0:0:45:49:1:0 chr8 56821945 . G A 1043.82 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.111;QD=59.647;RBI=0.0451018;REFB=0;REVB=0.0350603;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16731e-05;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr8 56821960 . A AC 59.46 PASS AF=0.463415;AO=7;DP=65;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=-0.0659104;FXX=0.369174;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.0079;QD=5.80144;RBI=0.0671484;REFB=-0.0137544;REVB=0.012835;RO=57;SAF=1;SAR=6;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453076;STB=0.823269;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0768647;OID=.;OPOS=56821961;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:7:65:19:41:22:6:13:22:0:59:57:1:6:30:27 chr8 56821963 . T C 814.94 PASS AF=1;AO=41;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.225686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.493;QD=50.1499;RBI=0.225693;REFB=0;REVB=0.00177153;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178508;OID=.;OPOS=56821963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:41:65:1:34:7:0:0:34:31:0:0 chr8 57075356 . TTTAA T,TT,TTA,TTTTA 612.65 PASS AF=0.247619,0,0.485714,0;AO=15,13,13,8;DP=113;FAO=26,0,51,0;FDP=105;FR=.;FRO=28;FSAF=23,0,21,0;FSAR=3,0,30,0;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0285289,0.0404278,0.0549687,0.0371525;FXX=0.0707902;HRUN=5,5,5,5;LEN=4,3,2,1;MLLD=32.6604,25.0525,20.4154,9.45458;QD=23.3391;RBI=0.0951877,0.093129,0.186609,0.132749;REFB=-0.071024,-0.0875429,-0.143817,-0.00356993;REVB=0.0908119,0.0838964,0.17833,-0.127444;RO=46;SAF=14,8,6,2;SAR=1,5,7,6;SRF=16;SRR=30;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.344262,0.344262,0.344262,0;SSSB=0.705041,0.320517,0.14403,-0.139482;STB=0.884319,0.5,0.601874,0.5;STBP=0,1,0.026,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0328082,0,0.0638992,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57075357,57075358,57075358,57075359;OREF=TTAA,TAA,TA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTA,TTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.247619,0,0.485714,0:15,13,13,8:113:26,0,51,0:105:28:23,0,21,0:3,0,30,0:4:24:99:46:14,8,6,2:1,5,7,6:16:30 chr8 57078556 . A G 326.78 PASS AF=0.5;AO=5;DP=72;FAO=35;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0250528;FXX=0.0277739;HRUN=10;LEN=1;MLLD=203.554;QD=18.6732;RBI=0.0338676;REFB=-0.0136186;REVB=-0.0227897;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592571;STB=0.575716;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00646611;OID=.;OPOS=57078556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:17:24:5:35:0.5:4:1:4:13:20:15:6:18 chr8 57129291 . A T 706.47 PASS AF=0.518519;AO=64;DP=132;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0232947;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.93;QD=20.9323;RBI=0.0259562;REFB=-0.018801;REVB=0.011449;RO=65;SAF=30;SAR=34;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133256;STB=0.54139;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0170064;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:65:65:64:70:0.518519:34:30:40:25:34:36:39:26 chr8 57285647 . T G 591.74 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0187057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3871;QD=18.7855;RBI=0.0452002;REFB=3.74287e-06;REVB=0.041148;RO=65;SAF=31;SAR=30;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115103;STB=0.563616;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000248134;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:30:31:25:40:30:31:25:40 chr8 57294571 . C G 274.45 PASS AF=0.555556;AO=27;DP=51;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00548636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.404;QD=20.3293;RBI=0.0511807;REFB=-0.0146505;REVB=0.0508858;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126152;STB=0.574026;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00957201;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:24:24:27:30:0.555556:14:13:8:16:15:15:8:16 chr8 57358251 . C T 244.19 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0332801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1684;QD=17.4421;RBI=0.0611448;REFB=-0.0280273;REVB=-0.0512945;RO=28;SAF=21;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158169;STB=0.583267;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0260691;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:6:21:18:10:6:21:19:10 chr8 57829649 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.799;QD=49.5975;RBI=0.0145905;REFB=0;REVB=-0.00947101;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97893e-06;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr8 57872679 . T C 153.4 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0319646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4543;QD=13.9456;RBI=0.0424328;REFB=0.000830119;REVB=0.027907;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386586;STB=0.724151;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-3.49435e-05;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:9:18:5:12:9:18 chr8 58039269 . A G 963.59 PASS AF=0.492537;AO=90;DP=192;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0239432;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.869;QD=19.1758;RBI=0.027557;REFB=-0.0186249;REVB=-0.0136423;RO=101;SAF=45;SAR=45;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02368;STB=0.527728;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0174727;OID=.;OPOS=58039269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:201:101:102:90:99:0.492537:45:45:48:53:47:52:48:54 chr8 59060275 . A G 1997.84 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205244;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.771;QD=62.4327;RBI=0.028941;REFB=0;REVB=0.0288681;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32874e-05;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:124:128:1:56:68:0:0:60:68:0:0 chr8 59329438 . A G 680.8 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0408725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2515;QD=21.275;RBI=0.0433745;REFB=-0.00848073;REVB=-0.0145185;RO=61;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820364;STB=0.54506;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00908956;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:36:31:34:27:36:31:34:27 chr8 59496490 . A G 530.03 PASS AF=0.526316;AO=48;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00471243;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.258;QD=22.317;RBI=0.0279557;REFB=-0.0238525;REVB=0.0275557;RO=46;SAF=21;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113029;STB=0.574833;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0199878;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:45:48:50:0.526316:27:21:26:20:29:21:26:19 chr8 59512334 . G A 1934.83 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=132;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121733;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.943;QD=60.4635;RBI=0.0449035;REFB=-0.00420563;REVB=0.0432219;RO=2;SAF=77;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346702;STB=0.501825;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-5.7943e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:128:2:2:126:126:0.984375:49:77:1:1:49:77:1:1 chr8 59547804 . C A 527.77 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0178252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.769;QD=16.239;RBI=0.0282923;REFB=-0.0177724;REVB=-0.0219708;RO=72;SAF=29;SAR=28;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365093;STB=0.516454;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0147783;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:73:57:57:0.438462:28:29:34:38:28:29:35:38 chr8 59719396 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGA 39.32 PASS AF=0.246377,0.0144928;AO=15,6;DP=72;FAO=17,1;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7,1;FSAR=10,0;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.142457,-0.103377;FXX=0.0142837;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.58526,17.3014;QD=2.27943;RBI=0.217478,0.103378;REFB=-0.0797691,-0.0437633;REVB=0.164325,-0.000536564;RO=40;SAF=9,3;SAR=6,3;SRF=14;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.291647,0.180126;STB=0.5,0.991669;STBP=1,0.269;TYPE=del,mnp;VARB=0.0412546,0.0012422;OID=.,.;OPOS=59719397,59719403;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246377,0.0144928:15,6:72:17,1:69:51:7,1:10,0:21:30:37:40:9,3:6,3:14:26 chr8 61488824 . T C 1959.73 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.684;QD=60.7668;RBI=0.0216698;REFB=0;REVB=-0.00709912;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30562e-05;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:129:0:0:116:129:1:55:61:0:0:64:65:0:0 chr8 61488859 . A G 2292.24 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012026;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5205;QD=61.1263;RBI=0.0268385;REFB=0;REVB=-0.0239933;RO=0;SAF=70;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240189;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:80:70:0:0:80:70:0:0 chr8 61655556 . G T 260.88 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0377954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6173;QD=16.8307;RBI=0.0489246;REFB=-0.035461;REVB=0.0310664;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356394;STB=0.522169;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0425898;OID=.;OPOS=61655556;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:33:29:29:0.467742:12:17:17:14:12:17:18:15 chr8 61693899 . A C 43.97 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0588394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1996;QD=2.31426;RBI=0.0678992;REFB=-0.00596546;REVB=-0.0338855;RO=64;SAF=9;SAR=1;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605954;STB=0.92068;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.181315;OID=.;OPOS=61693899;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:76:76:64:66:10:10:0.131579:1:9:24:40:1:9:24:42 chr8 62412293 . GCTTTTTTTTT GCTTTTTTTT,GCTTTTTTTTC,TGCTTTTTTTT 364.44 PASS AF=0.283019,0.481132,0;AO=17,21,4;DP=109;FAO=30,51,0;FDP=106;FR=.;FRO=25;FSAF=13,15,0;FSAR=17,36,0;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.059527,0.0259166,-0.00511877;FXX=0.045041;HRUN=9,9,1;LEN=1,1,3;MLLD=5.62492,10.2004,32.3058;QD=13.7523;RBI=0.320253,0.213432,0.172992;REFB=-0.0358975,-0.0299515,-0.000424969;REVB=-0.314673,-0.211852,-0.172917;RO=13;SAF=4,5,3;SAR=13,16,1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.26923,-0.242472,0.252798;STB=0.534224,0.525537,0.5;STBP=0.599,0.547,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0629833,-0.00707618,0;OID=.,.,.;OPOS=62412295,62412303,62412293;OREF=T,T,GCT;OALT=-,C,TGC;OMAPALT=GCTTTTTTTT,GCTTTTTTTTC,TGCTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:109:106:13:25:17,21,4:30,51,0:0.283019,0.481132,0:13,16,1:4,5,3:7:6:17,36,0:13,15,0:9:16 chr8 62489334 . C T 292.65 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0325229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.556;QD=17.2146;RBI=0.0400264;REFB=-0.00679734;REVB=-0.0233318;RO=36;SAF=5;SAR=27;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018353;STB=0.510303;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0071741;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:27:5:6:30:27:5:6:30 chr8 62490978 . T C 1387.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2244;QD=62.3691;RBI=0.0317074;REFB=0;REVB=0.0230143;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45877e-06;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:55:31:0:0:58:31:0:0 chr8 62491095 . C T 414.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281099;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.588;QD=57.2374;RBI=0.030889;REFB=0;REVB=0.0128047;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189356;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr8 62491107 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.912;QD=46.9601;RBI=0.0121812;REFB=0.019752;REVB=0.00580978;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.000430107;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr8 62491628 . A G 35.31 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.034174;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.045;QD=6.41921;RBI=0.0535072;REFB=-0.00614788;REVB=-0.0411723;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238903;STB=0.681292;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0312317;OID=.;OPOS=62491628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:22:17:16:6:6:0.272727:3:3:5:12:3:3:4:12 chr8 62491943 . G A 386.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.592;QD=55.1957;RBI=0.0468779;REFB=0;REVB=0.0304683;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246315;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr8 62491985 . A G 392.99 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3591;QD=56.1409;RBI=0.135124;REFB=0;REVB=-0.0783438;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0040742;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr8 62544428 . G T 1835.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3769;QD=61.1719;RBI=0.0315908;REFB=0;REVB=-0.0235125;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46594e-06;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:58:60:0:0:58:62:0:0 chr8 62555415 . AG AA,GA 119.13 PASS AF=0.666667,0;AO=6,3;DP=20;FAO=18,0;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0262829,0.0121164;FXX=0;HRUN=1,11;LEN=1,2;MLLD=123.012,16.5053;QD=17.6495;RBI=0.0364116,0.0218123;REFB=-0.0135583,-0.0270317;REVB=0.0251994,-0.0181375;RO=9;SAF=4,1;SAR=2,2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504538,0.329465;STB=0.615266,0.5;STBP=0.134,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0369683,0;OID=.,.;OPOS=62555416,62555415;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:27:9:9:6,3:18,0:0.666667,0:2,2:4,1:1:8:10,0:8,0:1:8 chr8 62555418 . A G 35.15 PASS AF=0.1875;AO=7;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.000947775;FXX=0.0302939;HRUN=14;LEN=1;MLLD=166.901;QD=4.39315;RBI=0.0030236;REFB=-0.0069915;REVB=0.00287121;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403046;STB=0.814013;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0119303;OID=.;OPOS=62555418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:32:26:26:7:6:0.1875:3:4:6:20:2:4:6:20 chr8 62595068 . C T 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000331171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.216;QD=60.5424;RBI=0.00445565;REFB=0;REVB=-0.00444332;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07762e-06;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr8 63161612 . C G 249.33 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0350258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9469;QD=18.4692;RBI=0.0359716;REFB=-0.00668802;REVB=-0.0081947;RO=27;SAF=21;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462932;STB=0.525992;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0073547;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:6:21:20:7:6:21:20:7 chr8 63492102 . C T 444.58 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0296198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.641;QD=15.5992;RBI=0.0344312;REFB=-0.0217897;REVB=-0.0175549;RO=63;SAF=25;SAR=25;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230964;STB=0.622761;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0341868;OID=.;OPOS=63492102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:63:64:50:50:0.438596:25:25:46:17:25:25:46:18 chr8 63659610 . G A 3137.67 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035981;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.083;QD=64.034;RBI=0.0431701;REFB=0;REVB=0.0430199;RO=0;SAF=105;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76724e-05;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:194:196:1:89:105:0:0:90:106:0:0 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 293.2 PASS AF=1,0;AO=30,6;DP=48;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106627,-0.138875;FXX=0.020829;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.26832,7.50364;QD=24.953;RBI=0.124648,0.138898;REFB=0.0500422,-0.0467952;REVB=0.0645595,0.0025174;RO=5;SAF=12,6;SAR=18,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.93977e-08,0.773282;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00895535,0;OID=.,.;OPOS=63978659,63978666;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:30,6:48:47,0:47:0:24,0:23,0:0:0:5:5:12,6:18,0:2:3 chr8 64098729 . A AG 1903.05 PASS AF=1;AO=121;DP=128;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229501;FXX=0.0390594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=231.657;QD=61.8877;RBI=0.0313433;REFB=0;REVB=0.021347;RO=6;SAF=50;SAR=71;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00016541;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:121:128:123:123:0:50:73:0:0:10:6:50:71:2:4 chr8 64147448 . C T 272.33 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00892907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.306;QD=17.2905;RBI=0.0158179;REFB=-0.00512451;REVB=-0.0130567;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181078;STB=0.607523;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00542118;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:12:17:13:20:12:18:13:20 chr8 65290650 . C T 270.46 PASS AF=0.508475;AO=26;DP=56;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0240035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.387;QD=18.3365;RBI=0.0240131;REFB=-0.0172982;REVB=-0.000681163;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122756;STB=0.562533;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0184839;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:30:29:26:30:0.508475:15:11:9:21:17:13:9:20 chr8 67380528 . T C 286.72 PASS AF=0.316667;AO=37;DP=118;FAO=38;FDP=120;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0142721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9893;QD=9.55716;RBI=0.0166238;REFB=0.0205612;REVB=0.0085239;RO=81;SAF=18;SAR=19;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137887;STB=0.57443;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0314846;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:81:82:37:38:0.316667:19:18:30:51:20:18:30:52 chr8 67428218 . C T 493.97 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0582402;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.636;QD=22.7111;RBI=0.0592056;REFB=-0.00533382;REVB=0.0106482;RO=40;SAF=17;SAR=30;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778128;STB=0.542898;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00518454;OID=.;OPOS=67428218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:40:47:47:0.54023:30:17:18:22:30:17:18:22 chr8 67590460 . C T 335.84 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00634065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.711;QD=22.3896;RBI=0.00948888;REFB=-0.0109974;REVB=0.00705939;RO=26;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178062;STB=0.598638;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0144957;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:24:10:13:13:24:10:13:13 chr8 67592152 . T C 509.51 PASS AF=0.454545;AO=56;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0115722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9117;QD=16.8433;RBI=0.0338584;REFB=-0.0101247;REVB=0.0318194;RO=65;SAF=31;SAR=25;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147504;STB=0.591852;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0124414;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:66:56:55:0.454545:25:31:26:39:24:31:26:40 chr8 67680091 . G A 201.83 PASS AF=0.28125;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.045659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8851;QD=8.40937;RBI=0.098129;REFB=0.00497284;REVB=-0.0868594;RO=69;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194927;STB=0.511619;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0153169;OID=.;OPOS=67680091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:69:27:27:0.28125:18:9:24:45:18:9:24:45 chr8 67680194 . A G 248.13 PASS AF=0.378049;AO=28;DP=78;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.00929342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.704;QD=12.104;RBI=0.0145539;REFB=-0.00818556;REVB=-0.0112003;RO=50;SAF=7;SAR=21;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705992;STB=0.506325;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0184245;OID=.;OPOS=67680194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:50:51:28:31:0.378049:21:7:15:35:21:10:16:35 chr8 67748231 . G A 841.25 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=161;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0124403;FXX=0.0479013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.514;QD=21.1634;RBI=0.0128103;REFB=-0.00187399;REVB=-0.00305674;RO=67;SAF=48;SAR=35;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933412;STB=0.500311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186558;OID=.;OPOS=67748231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:67:76:83:83:0.522013:35:48:38:29:35:48:44:32 chr8 67860369 . C T 429.69 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0138387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.302;QD=17.3614;RBI=0.0233338;REFB=-0.00175495;REVB=0.0187872;RO=55;SAF=18;SAR=26;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153474;STB=0.585977;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00211865;OID=.;OPOS=67860369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:26:18:31:24:26:18:31:24 chr8 67971452 . T C 137.85 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0119886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0234;QD=11.4871;RBI=0.0132289;REFB=0.00738552;REVB=0.00559267;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252834;STB=0.650345;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00983233;OID=.;OPOS=67971452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:15:17:5:11:15:17 chr8 68074137 . G A 201.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0524039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.53;QD=21.2607;RBI=0.0610128;REFB=0.00824375;REVB=-0.0312473;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210312;STB=0.619586;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0110481;OID=.;OPOS=68074137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:4:16:11:7:4:16:11:7 chr8 68102977 . T C 579.94 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.037675;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.979;QD=19.8269;RBI=0.0379071;REFB=-0.00271309;REVB=-0.00418831;RO=56;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579984;STB=0.530644;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00263112;OID=.;OPOS=68102977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:117:56:58:59:59:0.504274:32:27:22:34:32:27:23:35 chr8 68139774 . C T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.015288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.71;QD=29.5806;RBI=0.0502602;REFB=0.00434543;REVB=-0.0478786;RO=10;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142368;STB=0.578869;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00324644;OID=.;OPOS=68139774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:15:6:5:5:15:6:5:5 chr8 68200276 . T C 333.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00030291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.547;QD=16.4502;RBI=0.0225652;REFB=-0.0278968;REVB=0.0225632;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942027;STB=0.552985;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0299903;OID=.;OPOS=68200276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:15:21:22:23:15:21:22:23 chr8 68421768 . G C 118.81 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00753429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=9.31856;RBI=0.00840687;REFB=-0.00073158;REVB=0.00372958;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651906;STB=0.503932;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00177303;OID=.;OPOS=68421768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:19:17:7:8:19:17 chr8 68494981 . C CATT 935.35 PASS AF=0.469194;AO=98;DP=212;FAO=99;FDP=211;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.00488062;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.525;QD=17.7318;RBI=0.00488156;REFB=-0.00706684;REVB=-9.59275e-05;RO=112;SAF=35;SAR=63;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090919;STB=0.541393;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.00853305;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469194:98:212:99:211:112:36:63:49:63:99:112:35:63:50:62 chr8 68864728 . G A 854.6 PASS AF=0.57971;AO=66;DP=125;FAO=80;FDP=138;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0431798;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.326;QD=24.771;RBI=0.0497253;REFB=-0.0373951;REVB=0.0246598;RO=59;SAF=25;SAR=41;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129109;STB=0.533751;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0300171;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:138:59:58:66:80:0.57971:41:25:31:28:45:35:30:28 chr8 69012364 . G A 701.44 PASS AF=0.477419;AO=73;DP=154;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0174892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.756;QD=18.1017;RBI=0.029381;REFB=-0.0145852;REVB=-0.0236087;RO=81;SAF=39;SAR=34;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149969;STB=0.51156;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0159564;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:81:81:73:74:0.477419:34:39:42:39:34:40:42:39 chr8 69020496 . T C 365.76 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0120746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1539;QD=16.2562;RBI=0.0131445;REFB=0.0017053;REVB=0.00519447;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437675;STB=0.516287;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00101354;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:38:39:0.433333:17:21:26:25:18:21:26:25 chr8 69058536 . C T 405.56 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0174227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9348;QD=15.161;RBI=0.0392993;REFB=0.0101058;REVB=-0.0352262;RO=59;SAF=28;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685131;STB=0.53029;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0116418;OID=.;OPOS=69058536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:61:46:46:0.429907:18:28:32:27:18:28:34:27 chr8 69136871 . T A 676.05 PASS AF=0.47973;AO=68;DP=147;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00114485;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.941;QD=18.2715;RBI=0.0263479;REFB=0.00249763;REVB=0.026323;RO=71;SAF=18;SAR=50;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223308;STB=0.628277;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00346475;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:71:77:68:71:0.47973:50:18:34:37:51:20:39:38 chr8 69143589 . A G 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.000483753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.679;QD=8.70486;RBI=0.012865;REFB=-0.00128484;REVB=0.0128559;RO=64;SAF=8;SAR=18;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371945;STB=0.719836;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00549637;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:18:8:40:24:18:8:40:24 chr8 69434195 . T C 314.65 PASS AF=0.466667;AO=31;DP=72;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0218086;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.122;QD=16.7813;RBI=0.0230769;REFB=-0.0362349;REVB=0.00754508;RO=39;SAF=23;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148811;STB=0.55099;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0371384;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:39:40:31:35:0.466667:8:23:24:15:11:24:24:16 chr8 69699756 . G A 366.98 PASS AF=0.433333;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0771679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3367;QD=16.3103;RBI=0.0772707;REFB=-0.00747763;REVB=-0.00398547;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423957;STB=0.539772;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0150417;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:51:51:37:39:0.433333:21:16:20:31:21:18:20:31 chr8 69730432 . G A 158.96 PASS AF=0.368421;AO=19;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0189218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7233;QD=11.1548;RBI=0.13953;REFB=-0.0225467;REVB=-0.138241;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211543;STB=0.628287;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.028829;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:36:19:21:0.368421:6:13:17:17:6:15:19:17 chr8 69730488 . G C 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00951828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.725;QD=15.6169;RBI=0.0156233;REFB=-0.0175474;REVB=-0.0123891;RO=43;SAF=23;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265756;STB=0.650488;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0308524;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:10:23:19:24:10:23:19:24 chr8 70072423 . G A 574.46 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0085497;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.471;QD=17.952;RBI=0.0340497;REFB=-0.0292957;REVB=-0.0329589;RO=66;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386119;STB=0.516661;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0230604;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:66:68:59:60:0.46875:28:31:32:34:29:31:33:35 chr8 70571313 . G A 368.36 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0131433;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2431;QD=23.7652;RBI=0.0146608;REFB=-0.0063646;REVB=-0.00649561;RO=25;SAF=14;SAR=22;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874635;STB=0.554025;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00484255;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:25:26:36:36:0.580645:22:14:7:18:22:14:7:19 chr8 70571531 . G A 281.46 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0106049;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199;QD=16.8035;RBI=0.0147422;REFB=-0.0320607;REVB=-0.0102405;RO=35;SAF=27;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428885;STB=0.741572;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0286403;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:4:27:19:16:4:27:20:16 chr8 70573004 . G A 586.04 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00971365;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.682;QD=16.2789;RBI=0.0127022;REFB=-0.0249493;REVB=0.0081848;RO=81;SAF=30;SAR=32;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014956;STB=0.511666;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0197393;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:81:82:62:62:0.430556:32:30:38:43:32:30:38:44 chr8 70584628 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.028;QD=57.7097;RBI=0.0256228;REFB=0;REVB=0.0252771;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130576;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr8 70602259 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.377;QD=37.4885;RBI=0.0569057;REFB=0;REVB=-0.0413895;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61145e-05;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 70602298 . CA CG,GG 549.1 PASS AF=0.836364,0;AO=36,2;DP=55;FAO=46,0;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=20,0;FSAR=26,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0640582,-0.0489802;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=62.6857,60.6292;QD=39.9345;RBI=0.0675545,0.0500999;REFB=0.00934944,-0.00266799;REVB=0.0214514,0.010533;RO=9;SAF=12,2;SAR=24,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0895435,0.565098;STB=0.519991,0.5;STBP=0.531,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0113373,0.0524062;OID=.,.;OPOS=70602299,70602298;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:36,2:46,0:0.836364,0:24,0:12,2:5:4:26,0:20,0:5:4 chr8 70602341 . A G 2870.37 PASS AF=0.960591;AO=195;DP=204;FAO=195;FDP=203;FR=.;FRO=8;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000658165;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.915;QD=56.559;RBI=0.0407244;REFB=-0.0188806;REVB=0.0407191;RO=7;SAF=96;SAR=99;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420319;STB=0.500303;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000858546;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:204:203:7:8:195:195:0.960591:99:96:3:4:99:96:4:4 chr8 70602526 . A G 78.11 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00726487;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.677;QD=8.92661;RBI=0.0142942;REFB=0.00378906;REVB=-0.0123104;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373879;STB=0.726248;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00431292;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:36:35:22:24:10:11:0.314286:8:2:11:11:9:2:11:13 chr8 70602538 . T A 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.476;QD=51.507;RBI=0.0518142;REFB=-0.0164511;REVB=0.0104844;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000297203;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr8 70612637 . C A 1193.76 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167603;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.417;QD=61.2185;RBI=0.0175718;REFB=0;REVB=0.00527826;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45019e-05;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:46:32:0:0 chr8 70612691 . AG AA,A 593.03 PASS AF=0.975,0.025;AO=34,5;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115184,0.127693;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.5902,27.069;QD=59.3031;RBI=0.133909,0.129664;REFB=0,0;REVB=0.068296,-0.0225192;RO=1;SAF=11,1;SAR=23,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0406014,-0.277405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0105114,0.000196041;OID=.,.;OPOS=70612692,70612692;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.975,0.025:34,5:40:39,1:40:0:13,0:26,1:0:0:5:1:11,1:23,4:1:0 chr8 70835081 . C T 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00489318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.279;QD=9.58977;RBI=0.00694079;REFB=-0.00192331;REVB=-0.00492253;RO=29;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517458;STB=0.838049;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00734565;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:12:1:11:18:12:1:12:18 chr8 70964399 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.016435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.539;QD=15.0638;RBI=0.0232664;REFB=-0.0180342;REVB=-0.0164686;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792967;STB=0.544978;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0191001;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:18:17:11:16:18:17 chr8 70967607 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0613769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8139;QD=16.172;RBI=0.0797861;REFB=-0.00686721;REVB=-0.0509774;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138256;STB=0.579042;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00971002;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:14:6:7:9:14:6 chr8 70978690 . C T 337.24 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00677134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.747;QD=20.1337;RBI=0.0265621;REFB=-0.00325113;REVB=0.0256845;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727594;STB=0.533723;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00367058;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:21:14:15:16:21:14:15:17 chr8 71486568 . G C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00531794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.331;QD=21.0145;RBI=0.0450901;REFB=0.00525092;REVB=0.0447754;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304602;STB=0.672271;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00974438;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:9:4:11:5:9:4 chr8 71575184 . A G 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0355607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7948;QD=11.1019;RBI=0.0414983;REFB=0.0357334;REVB=-0.0213904;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.655317;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0487046;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:3:7:3:4:3:7 chr8 72111599 . A G 1069.04 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.345;QD=59.3909;RBI=0.0308091;REFB=0;REVB=0.00977388;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188641;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:69:72:1:34:35:0:0:34:38:0:0 chr8 72129009 . G A,C 1886.15 PASS AF=0.944,0.056;AO=114,9;DP=123;FAO=118,7;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68,4;FSAR=50,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000628978,-0.00455485;FXX=0.0157468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.5937,157.488;QD=60.3567;RBI=0.0407363,0.0286203;REFB=0,0;REVB=0.0407314,-0.0282556;RO=0;SAF=67,3;SAR=47,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.3323e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000643795,0.00904868;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:123:125:0:0:114,9:118,7:0.944,0.056:47,6:67,3:0:0:50,3:68,4:0:0 chr8 72211295 . T C 1673.26 PASS AF=0.501502;AO=158;DP=324;FAO=167;FDP=333;FR=.;FRO=166;FSAF=84;FSAR=83;FSRF=102;FSRR=64;FWDB=0.0319487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.529;QD=20.0992;RBI=0.0392373;REFB=-0.0154785;REVB=0.0227782;RO=166;SAF=76;SAR=82;SRF=102;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124173;STB=0.555597;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0185156;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:333:166:166:158:167:0.501502:82:76:102:64:83:84:102:64 chr8 72914433 . CTTTT CTTTC,CTTTCT,CT,CTT 205.13 PASS AF=0.371429,0,0.2,0.4;AO=2,7,4,5;DP=38;FAO=13,0,7,14;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0,5,11;FSAR=12,0,2,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131804,0.0120444,0.138962,0.206627;FXX=0.0789266;HRUN=16,0,16,16;LEN=1,1,3,2;MLLD=179.466,178.792,11.4873,8.59643;QD=23.4432;RBI=0.0520355,0.0539117,0.160712,0.229232;REFB=-3.95863e-05,-0.000230985,0.0341874,0.0481195;REVB=-0.0503385,-0.052549,-0.0807328,-0.0992605;RO=4;SAF=0,1,4,4;SAR=2,6,0,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.767801,-0.563426,0,-0.28673;STB=0.666346,0.5,0.54533,0.521709;STBP=0.057,1,0.646,0.654;TYPE=snp,ins,del,del;VARB=0.010605,0.0643206,0.144481,0.0202796;OID=.,.,.,.;OPOS=72914437,72914437,72914434,72914434;OREF=T,-,TTT,TT;OALT=C,C,-,-;OMAPALT=CTTTC,CTTTCT,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.371429,0,0.2,0.4:2,7,4,5:38:13,0,7,14:35:1:1,0,5,11:12,0,2,3:1:0:36:4:0,1,4,4:2,6,0,1:4:0 chr8 72935008 . C T 379.15 PASS AF=0.351145;AO=46;DP=132;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0042592;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.657;QD=11.577;RBI=0.00645516;REFB=-0.0135366;REVB=-0.0048506;RO=85;SAF=33;SAR=13;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136434;STB=0.578691;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0255014;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:85:85:46:46:0.351145:13:33:52:33:13:33:52:33 chr8 72935039 . C T 462.62 PASS AF=0.373333;AO=54;DP=148;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=8.1766e-05;FXX=0.0384591;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.766;QD=12.3364;RBI=0.00129369;REFB=-0.0108201;REVB=0.0012911;RO=89;SAF=41;SAR=13;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212571;STB=0.61413;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0161145;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:89:94:54:56:0.373333:13:41:53:36:14:42:56:38 chr8 72935045 . G C 493.59 PASS AF=0.375796;AO=57;DP=158;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0148716;FXX=0.0248432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7182;QD=12.5755;RBI=0.0361771;REFB=-0.0267335;REVB=-0.0329791;RO=93;SAF=42;SAR=15;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17111;STB=0.604998;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0421016;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:93:98:57:59:0.375796:15:42:56:37:16:43:57:41 chr8 72942210 . G T 217.92 PASS AF=0.446429;AO=17;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0306226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2726;QD=15.5654;RBI=0.0307661;REFB=-0.0345251;REVB=-0.00296743;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151563;STB=0.614363;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.028927;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:31:17:25:0.446429:10:7:15:12:17:8:16:15 chr8 72966002 . G A 396.3 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0123313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1327;QD=17.8112;RBI=0.0209258;REFB=-0.00179682;REVB=-0.0169064;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390754;STB=0.521849;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00143294;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:23:18:23:25:23:18:23:25 chr8 72975801 . T G 465.5 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0151391;FXX=0.00943307;HRUN=6;LEN=1;MLLD=302.622;QD=17.7332;RBI=0.0155879;REFB=-0.000151611;REVB=-0.00371373;RO=54;SAF=16;SAR=34;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195818;STB=0.605134;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000149764;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:55:50:50:0.47619:34:16:28:26:34:16:28:27 chr8 72981327 . A G 952.79 PASS AF=0.528736;AO=92;DP=177;FAO=92;FDP=174;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00293712;FXX=0.0279314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.193;QD=21.9032;RBI=0.00554039;REFB=-0.0102673;REVB=-0.00469779;RO=71;SAF=50;SAR=42;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665665;STB=0.503271;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00824758;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:174:71:82:92:92:0.528736:42:50:38:33:42:50:44:38 chr8 73850203 . G A 586.89 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00528264;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.571;QD=25.7972;RBI=0.0114317;REFB=-0.00879315;REVB=0.0101379;RO=38;SAF=29;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096247;STB=0.55259;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00532357;OID=.;OPOS=73850203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:38:38:53:53:0.582418:24:29:16:22:24:29:16:22 chr8 73982161 . A G 350.94 PASS AF=0.382716;AO=28;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0171586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6029;QD=17.3303;RBI=0.0230041;REFB=-0.00601063;REVB=0.0153223;RO=42;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289377;STB=0.607771;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00769887;OID=.;OPOS=73982161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:28:31:0.382716:7:21:21:21:10:21:21:21 chr8 73982163 . T G 36.04 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0489009;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.8528;QD=1.80185;RBI=0.127995;REFB=-0.0270773;REVB=-0.118285;RO=60;SAF=2;SAR=8;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488534;STB=0.822352;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.168647;OID=.;OPOS=73982163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:80:80:60:70:10:10:0.125:8:2:37:23:8:2:41:29 chr8 74169337 . T C 464.21 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0533988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4343;QD=16.4321;RBI=0.0812326;REFB=0.0390317;REVB=0.0612152;RO=61;SAF=30;SAR=21;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219811;STB=0.626235;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0473193;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:51:51:0.451327:21:30:22:39:21:30:22:40 chr8 74527996 . C T 959.3 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.832;QD=57.2718;RBI=0.0207583;REFB=-0.0639263;REVB=-0.0148126;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000236457;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:0:1 chr8 74581288 . AGA AGAG,GAG 1295.58 PASS AF=0.977273,0;AO=76,5;DP=96;FAO=86,0;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=48,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.037579,0.0196964;FXX=0.0434735;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=230.12,208.556;QD=58.8901;RBI=0.0520294,0.0475604;REFB=-0.118335,-0.0889843;REVB=0.0359844,0.0432903;RO=8;SAF=41,4;SAR=35,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00712723,0.332419;STB=0.512818,0.5;STBP=0.149,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00232567,-0.0199749;OID=.,.;OPOS=74581291,74581288;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:88:8:2:76,5:86,0:0.977273,0:35,1:41,4:4:4:38,0:48,0:0:2 chr8 74893880 . C T 330.74 PASS AF=0.439024;AO=34;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=-0.0103957;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.741;QD=16.1337;RBI=0.0111019;REFB=-0.00313186;REVB=-0.00389638;RO=44;SAF=25;SAR=9;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14784;STB=0.595191;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00517136;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:46:34:36:0.439024:9:25:37:7:10:26:39:7 chr8 74917084 . A G 2347.01 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4976;QD=63.8642;RBI=0.0234174;REFB=0;REVB=-0.022982;RO=0;SAF=88;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105353;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:59:88:0:0:59:88:0:0 chr8 75157015 . C T 384.69 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0180503;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.233;QD=21.6727;RBI=0.0251532;REFB=-0.0344203;REVB=-0.0175176;RO=33;SAF=32;SAR=6;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800319;STB=0.544478;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0284678;OID=.;OPOS=75157015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:33:33:38:38:0.535211:6:32:26:7:6:32:26:7 chr8 75262798 . G C 1204.93 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9759;QD=60.2465;RBI=0.0448227;REFB=0;REVB=0.0264429;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929966;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:43:35:0:0:45:35:0:0 chr8 75274141 . T G 309.28 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0153319;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.866;QD=20.968;RBI=0.025468;REFB=-0.015685;REVB=0.020336;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167713;STB=0.584362;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0128434;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:27:32:32:0.542373:12:20:12:16:12:20:12:15 chr8 75460784 . T G,TG 2083.4 PASS AF=0,1;AO=14,114;DP=244;FAO=0,151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=0,73;FSAR=0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638164,-0.090284;FXX=0.0320492;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=11.0763,23.1244;QD=55.1895;RBI=0.0720927,0.0903147;REFB=0,0;REVB=0.0335384,0.00235429;RO=98;SAF=10,51;SAR=4,63;SRF=81;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.198587,-0.315234;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.01059,-0.00105795;OID=.,.;OPOS=75460784,75460785;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:12:244:151:98:0:14,114:0,151:0,1:4,63:10,51:81:17:0,78:0,73:0:0 chr8 75460789 . A AG 1384.22 PASS AF=1;AO=122;DP=144;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.1389;QD=39.8337;RBI=0.128469;REFB=0;REVB=-0.0146081;RO=18;SAF=56;SAR=66;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00200383;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:144:139:139:0:68:71:0:0:28:18:56:66:14:4 chr8 75614614 . C A 433.61 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00390202;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.639;QD=23.1259;RBI=0.0146551;REFB=-0.014448;REVB=-0.0141261;RO=33;SAF=30;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152771;STB=0.584373;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00548779;OID=.;OPOS=75614614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:33:42:42:0.56:12:30:18:15:12:30:18:15 chr8 75614617 . A G 294.24 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0580546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.646;QD=15.0891;RBI=0.0637059;REFB=-0.0218594;REVB=0.0262317;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174435;STB=0.59803;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0295684;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:15:18:32:13:15:18:32:13 chr8 75664694 . CA C 396.7 PASS AF=0.429907;AO=40;DP=104;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0128402;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.541;QD=14.8299;RBI=0.0177543;REFB=-0.0251958;REVB=0.0122616;RO=62;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326311;STB=0.508558;STBP=0.882;TYPE=del;VARB=0.0345109;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429907:40:104:46:107:61:18:28:23:38:99:62:16:24:23:39 chr8 76452313 . G A 464.04 PASS AF=0.455357;AO=50;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0490281;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7964;QD=16.573;RBI=0.0636697;REFB=-0.0296038;REVB=0.0406211;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131259;STB=0.572099;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0356258;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:61:50:51:0.455357:24:26:24:38:25:26:23:38 chr8 76468282 . G A 1624.45 PASS AF=0.493939;AO=163;DP=331;FAO=163;FDP=330;FR=.;FRO=167;FSAF=102;FSAR=61;FSRF=100;FSRR=67;FWDB=-0.0753349;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9799;QD=19.6903;RBI=0.0770061;REFB=-0.0234118;REVB=-0.015956;RO=165;SAF=102;SAR=61;SRF=98;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308896;STB=0.51446;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0232251;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:165:167:163:163:0.493939:61:102:98:67:61:102:100:67 chr8 76476396 . G A 488.42 PASS AF=0.413534;AO=52;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0013448;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9132;QD=14.6892;RBI=0.0640049;REFB=-0.0234353;REVB=-0.0639908;RO=79;SAF=13;SAR=39;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262159;STB=0.638178;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0334301;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:78:52:55:0.413534:39:13:37:42:41:14:36:42 chr8 76476457 . G A 255.82 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0472948;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.313;QD=9.56327;RBI=0.0508286;REFB=-0.0100073;REVB=0.0186211;RO=72;SAF=10;SAR=24;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206175;STB=0.626257;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0171409;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:72:73:34:34:0.317757:24:10:33:39:24:10:34:39 chr8 76478768 . C T 2264.62 PASS AF=0.389222;AO=257;DP=666;FAO=260;FDP=668;FR=.;FRO=408;FSAF=116;FSAR=144;FSRF=193;FSRR=215;FWDB=-0.00968167;FXX=0.00595229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.483;QD=13.5606;RBI=0.00981127;REFB=-0.0119038;REVB=0.00158946;RO=404;SAF=114;SAR=143;SRF=189;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266991;STB=0.516553;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0175709;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:666:668:404:408:257:260:0.389222:143:114:189:215:144:116:193:215 chr8 77048621 . C A 455.38 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00165349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.826;QD=13.7994;RBI=0.0206875;REFB=-0.00225381;REVB=-0.0206213;RO=78;SAF=28;SAR=24;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409594;STB=0.523355;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00356178;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:80:52:52:0.393939:24:28:39:39:24:28:40:40 chr8 77745635 . G A 429.45 PASS AF=0.406504;AO=49;DP=120;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0414418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.811;QD=13.9659;RBI=0.0428763;REFB=-0.00860563;REVB=-0.010998;RO=70;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159777;STB=0.596601;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0110566;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:70:73:49:50:0.406504:24:25:25:45:24:26:26:47 chr8 77764207 . G A 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0430302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.326;QD=17.8418;RBI=0.0541818;REFB=-0.0285438;REVB=-0.0329253;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306296;STB=0.674756;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0470948;OID=.;OPOS=77764207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:4:10:5:9:4:10 chr8 77777735 . C G 264.09 PASS AF=0.340206;AO=32;DP=105;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00117091;FXX=0.0761832;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.126;QD=10.8901;RBI=0.0383115;REFB=-0.00435271;REVB=-0.0382936;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338491;STB=0.519762;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0164426;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:97:52:64:32:33:0.340206:15:17:26:26:15:18:33:31 chr8 77778999 . CAT C 246.47 PASS AF=0.509434;AO=24;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00527913;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.81;QD=18.6013;RBI=0.00550598;REFB=0.00940722;REVB=-0.00156414;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212062;STB=0.60276;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=-0.0112904;OID=.;OPOS=77779000;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434:24:53:27:53:26:10:17:15:11:99:25:8:16:14:11 chr8 77779026 . C CA 34.81 PASS AF=0.5;AO=5;DP=38;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.091377;FXX=0.0768935;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.68203;QD=5.80109;RBI=0.279693;REFB=-0.0992787;REVB=0.264346;RO=32;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151456;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.130583;OID=.;OPOS=77779027;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:38:12:24:12:7:5:5:7:32:32:3:2:15:17 chr8 77895865 . A G 972.83 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.958;QD=58.9594;RBI=0.0197502;REFB=0;REVB=0.0100801;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64501e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:30:36:0:0 chr8 77912230 . G T 154.31 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0615666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.946;QD=10.6423;RBI=0.0615891;REFB=-0.0135766;REVB=-0.00166578;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170665;STB=0.5999;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0231518;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:17:21:8:12:17:21 chr8 79610710 . A G 1471.94 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.829;QD=63.3091;RBI=0.0224016;REFB=0;REVB=0.0214842;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72956e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:51:41:0:0:51:42:0:0 chr8 80678427 . T C 454.17 PASS AF=0.358974;AO=56;DP=156;FAO=56;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0352018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2531;QD=11.6455;RBI=0.0508008;REFB=-0.0056225;REVB=-0.0366272;RO=99;SAF=23;SAR=33;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140046;STB=0.583036;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0111187;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:99:100:56:56:0.358974:33:23:53:46:33:23:54:46 chr8 81605240 . G A 584.47 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0205662;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.56;QD=19.0072;RBI=0.0210157;REFB=-0.0185182;REVB=-0.00432301;RO=59;SAF=23;SAR=37;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189587;STB=0.620463;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0176968;OID=.;OPOS=81605240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:59:63:60:60:0.487805:37:23:35:24:37:23:39:24 chr8 81689106 . G A 175.11 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0185592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0038;QD=10.0063;RBI=0.0187875;REFB=-0.00606936;REVB=0.00292025;RO=45;SAF=14;SAR=9;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155404;STB=0.583715;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0159778;OID=.;OPOS=81689106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:47:23:23:0.328571:9:14:33:12:9:14:34:13 chr8 81905397 . A G 249.74 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0482972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.137;QD=14.2709;RBI=0.0592337;REFB=-0.0312271;REVB=-0.034293;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499565;STB=0.537523;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0516046;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:13:15:20:21:13:16:20:21 chr8 82355621 . A G 714.77 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0238064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0196;QD=57.1815;RBI=0.032218;REFB=-0.0360144;REVB=0.0217084;RO=3;SAF=25;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053155;STB=0.52829;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.027848;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:22:25:3:0:22:25:3:0 chr8 82357112 . T C 3188.94 PASS AF=0.985849;AO=209;DP=212;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00173411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.706;QD=60.1686;RBI=0.0168485;REFB=-0.0301017;REVB=0.016759;RO=2;SAF=95;SAR=114;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000827552;STB=0.50173;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-5.67941e-06;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:212:2:3:209:209:0.985849:114:95:1:1:114:95:1:2 chr8 82606416 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0203367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.719;QD=20.9183;RBI=0.0209625;REFB=-0.02633;REVB=0.00508381;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399836;STB=0.52217;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0144283;OID=.;OPOS=82606416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:13:13:14:17:13:13 chr8 82606423 . C A 218.68 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0121629;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.095;QD=15.6203;RBI=0.0184393;REFB=-0.00350258;REVB=-0.0138589;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278056;STB=0.515747;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00505345;OID=.;OPOS=82606423;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:17:14:12:13:17:14 chr8 82607068 . C G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0137875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9096;QD=15.8396;RBI=0.0155919;REFB=-0.0376892;REVB=-0.00728099;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45905;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0320443;OID=.;OPOS=82607068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:4:3:7:1:4:3 chr8 82607949 . A ATGGT 96.21 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00496098;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.17;QD=11.6616;RBI=0.00496134;REFB=0.00109686;REVB=-6.0028e-05;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744314;STB=0.507759;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=-0.00214821;OID=.;OPOS=82607950;OREF=-;OALT=TGGT;OMAPALT=ATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:11:34:12:33:21:7:5:12:9:96:21:7:4:12:9 chr8 85833168 . A G 210.94 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00143909;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.507;QD=11.8839;RBI=0.0160246;REFB=-0.00545969;REVB=0.0159598;RO=45;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890192;STB=0.551524;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00819697;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:9:17:26:19:9:17:26:19 chr8 85833439 . A G 472.32 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0320385;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.976;QD=17.9933;RBI=0.04537;REFB=-0.048179;REVB=-0.0321243;RO=36;SAF=14;SAR=31;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333697;STB=0.643756;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0455813;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:105:36:44:45:45:0.428571:31:14:26:10:31:14:26:18 chr8 86057894 . GTATT G 364.99 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00305954;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.214;QD=18.0243;RBI=0.0110629;REFB=-0.0116847;REVB=0.0106314;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198401;STB=0.58491;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.0163843;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469136:38:82:38:81:43:16:22:25:18:99:39:16:22:25:14 chr8 86126827 . C CAACATT,T 1303.64 PASS AF=0.907216,0.0103093;AO=83,5;DP=99;FAO=88,1;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=43,0;FSAR=45,1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0199605,-0.0319114;FXX=0.0202;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=266.548,57.4348;QD=53.7585;RBI=0.0246652,0.0350461;REFB=-0.0132512,0.0438089;REVB=0.0144897,0.0144876;RO=8;SAF=41,2;SAR=42,3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0631964,-0.449288;STB=0.532159,0.995544;STBP=0.05,0.096;TYPE=ins,snp;VARB=0.00111054,-0.00213729;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:99:97:8:8:83,5:88,1:0.907216,0.0103093:42,3:41,2:7:1:45,1:43,0:7:1 chr8 86351997 . G A 581.71 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00595322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.734;QD=20.5915;RBI=0.0147252;REFB=0.00283976;REVB=0.0134682;RO=53;SAF=45;SAR=14;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301511;STB=0.663748;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00371905;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:54:59:59:0.522124:14:45:24:29:14:45:25:29 chr8 86389403 . T C 1221.54 PASS AF=0.541284;AO=118;DP=218;FAO=118;FDP=218;FR=.;FRO=100;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.00151053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4073;QD=22.4136;RBI=0.00178248;REFB=-0.000896643;REVB=0.000946339;RO=100;SAF=70;SAR=48;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459088;STB=0.525052;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000866899;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:100:100:118:118:0.541284:48:70:54:46:48:70:54:46 chr8 87076520 . C A 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0159721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.168;QD=19.5285;RBI=0.0191476;REFB=-0.0067989;REVB=-0.0105605;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648823;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:22:17:17:21:22:17:17:22 chr8 87235273 . C T 490.05 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00411567;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.655;QD=17.0453;RBI=0.0152862;REFB=-0.0311155;REVB=0.0147218;RO=62;SAF=26;SAR=27;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913287;STB=0.505085;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0309221;OID=.;OPOS=87235273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:62:62:53:53:0.46087:27:26:31:31:27:26:31:31 chr8 87241847 . G A 430.05 PASS AF=0.339506;AO=55;DP=162;FAO=55;FDP=162;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.0445028;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1134;QD=10.6184;RBI=0.0651007;REFB=-0.00923482;REVB=-0.0475142;RO=105;SAF=26;SAR=29;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692687;STB=0.545682;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0202357;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:105:107:55:55:0.339506:29:26:56:49:29:26:58:49 chr8 87242201 . A T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.021116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.676;QD=2.75138;RBI=0.0211162;REFB=-0.00649073;REVB=-8.82734e-05;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21406;STB=0.655387;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0493707;OID=.;OPOS=87242201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:52:53:8:8:0.131148:4:4:35:17:4:4:36:17 chr8 87474085 . A G 334.82 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0187076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5477;QD=14.4009;RBI=0.0661779;REFB=-0.0150253;REVB=0.0634786;RO=56;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139242;STB=0.507904;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0236323;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:20:17:25:31:20:17:25:31 chr8 87479810 . C T 470.26 PASS AF=0.33908;AO=58;DP=172;FAO=59;FDP=174;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.00462732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9537;QD=10.8105;RBI=0.049497;REFB=-0.000499625;REVB=-0.0492802;RO=114;SAF=34;SAR=24;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110387;STB=0.570815;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000720208;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:114:115:58:59:0.33908:24:34:56:58:24:35:56:59 chr8 87480890 . C T 639.97 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.00373491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9292;QD=16.4096;RBI=0.073816;REFB=-0.018859;REVB=-0.0737214;RO=83;SAF=36;SAR=34;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983556;STB=0.543538;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0260321;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:83:86:70:70:0.448718:34:36:51:32:34:36:51:35 chr8 87484669 . C T 215.64 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0151272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8613;QD=14.1406;RBI=0.0162363;REFB=-0.0107054;REVB=0.00589802;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.61635;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0265141;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:24:26:0.42623:11:13:13:22:11:15:13:22 chr8 87489562 . AAC A 271.86 PASS AF=0.361111;AO=44;DP=142;FAO=52;FDP=144;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0277214;FXX=0.0399973;HRUN=5;LEN=2;MLLD=281.835;QD=7.55158;RBI=0.0277336;REFB=-0.0153635;REVB=-0.000820752;RO=76;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229244;STB=0.565932;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0270799;OID=.;OPOS=87489563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:44:142:52:144:92:28:24:40:52:99:76:26:18:29:47 chr8 87497176 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0287094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.346;QD=15.4188;RBI=0.0464023;REFB=-0.0248136;REVB=-0.0364548;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717872;STB=0.540515;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0327597;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:16:16:18:24:16:16:18:24 chr8 87666251 . T G 733.91 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.00829982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.794;QD=19.4414;RBI=0.0293341;REFB=-0.0153128;REVB=0.0281355;RO=76;SAF=46;SAR=29;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304827;STB=0.516784;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0147214;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:76:75:75:0.496689:29:46:49:27:29:46:49:27 chr8 87679303 . A C 2348.71 PASS AF=0.981595;AO=158;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0095639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5419;QD=57.6371;RBI=0.0188661;REFB=-0.1759;REVB=-0.0162622;RO=5;SAF=77;SAR=81;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657255;STB=0.509553;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00591899;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:5:3:158:160:0.981595:81:77:3:2:83:77:3:0 chr8 88622043 . T G 1753.88 PASS AF=1;AO=113;DP=120;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554247;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.389;QD=60.4786;RBI=0.0376263;REFB=0;REVB=0.0372158;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453672;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:116:0:0:113:116:1:58:55:0:0:61:55:0:0 chr8 89081730 . T C 2002.01 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.129327;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3785;QD=60.667;RBI=0.130619;REFB=-0.150484;REVB=-0.0183265;RO=1;SAF=40;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117319;STB=0.50341;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00229742;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:133:132:1:2:130:130:0.984848:90:40:1:0:90:40:1:1 chr8 90770315 . C T 575.51 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00751347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.865;QD=26.4602;RBI=0.00782913;REFB=-0.0623534;REVB=-0.0022007;RO=34;SAF=35;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112993;STB=0.569078;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0367016;OID=.;OPOS=90770315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:35:52:52:0.597701:17:35:18:16:17:35:18:17 chr8 90958422 . T C 956.14 PASS AF=0.572327;AO=91;DP=160;FAO=91;FDP=159;FR=.;FRO=68;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0121956;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.753;QD=24.0538;RBI=0.0223157;REFB=-0.00570923;REVB=0.0186884;RO=68;SAF=49;SAR=42;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534127;STB=0.529063;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00411557;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:68:68:91:91:0.572327:42:49:32:36:42:49:32:36 chr8 90967711 . A G 972.1 PASS AF=0.560241;AO=93;DP=166;FAO=93;FDP=166;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00726134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.351;QD=23.4242;RBI=0.00897674;REFB=-0.0136354;REVB=-0.00527775;RO=71;SAF=39;SAR=54;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594289;STB=0.532958;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00744936;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:71:73:93:93:0.560241:54:39:35:36:54:39:36:37 chr8 90990479 . C G 1025.41 PASS AF=0.413043;AO=114;DP=275;FAO=114;FDP=276;FR=.;FRO=162;FSAF=75;FSAR=39;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=-0.0120783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1213;QD=14.861;RBI=0.0120992;REFB=0.0111691;REVB=-0.000711209;RO=158;SAF=75;SAR=39;SRF=72;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215639;STB=0.627898;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0161719;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:158:162:114:114:0.413043:39:75:72:86:39:75:72:90 chr8 90995019 . C T 563.64 PASS AF=0.553191;AO=50;DP=93;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00544582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.825;QD=23.9849;RBI=0.00666709;REFB=-0.0151532;REVB=0.00384619;RO=43;SAF=32;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132322;STB=0.553099;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00967403;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:42:50:52:0.553191:18:32:21:22:20:32:21:21 chr8 91031074 . G A 116.83 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00890989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.99;QD=11.6832;RBI=0.0511394;REFB=0.000281523;REVB=-0.0503573;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164728;STB=0.619551;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00309802;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:26:14:14:0.35:6:8:10:14:6:8:10:16 chr8 92021036 . C A,T 1462.23 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=11,84;DP=95;FAO=10,85;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=9,37;FSAR=1,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541431,0.00154889;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.113,92.2947;QD=61.5676;RBI=0.0130708,0.0334444;REFB=0,0;REVB=-0.0118966,0.0334086;RO=0;SAF=9,37;SAR=2,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.99643e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0604529,-0.0201836;OID=.,.;OPOS=92021036,92021036;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:95:95:0:0:11,84:10,85:0.105263,0.894737:2,47:9,37:0:0:1,48:9,37:0:0 chr8 92083424 . A G 1549.1 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7229;QD=63.8802;RBI=0.0375067;REFB=0;REVB=0.0153936;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200187;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr8 92136728 . C T 2306.8 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764263;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.113;QD=61.1072;RBI=0.0175905;REFB=0;REVB=0.0158435;RO=0;SAF=84;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24895e-05;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:151:0:0:151:151:1:67:84:0:0:67:84:0:0 chr8 92407524 . G A 317.14 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.018493;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9847;QD=12.8139;RBI=0.0268314;REFB=-0.00306778;REVB=-0.0194405;RO=62;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374121;STB=0.515818;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00447835;OID=.;OPOS=92407524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:63:35:36:0.363636:22:13:25:37:22:14:26:37 chr8 92409697 . G A 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0286174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9876;QD=11.0215;RBI=0.0367923;REFB=-0.000661203;REVB=-0.0231239;RO=56;SAF=21;SAR=9;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292601;STB=0.66578;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000606836;OID=.;OPOS=92409697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:59:30:30:0.337079:9:21:25:31:9:21:27:32 chr8 92971404 . GTTTTT GTTT,GTTTT,GTTTTA 345.26 PASS AF=0,0.825397,0.0634921;AO=11,33,4;DP=62;FAO=0,52,4;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=0,31,4;FSAR=0,21,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0891391,-0.164309,-0.0582687;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.4737,10.4155,9.26607;QD=21.9211;RBI=0.102992,0.194143,0.0623333;REFB=-0.055872,-0.0999057,-0.100582;REVB=-0.0515913,-0.103412,-0.0221404;RO=9;SAF=9,18,4;SAR=2,15,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.355197,0.0401822,0.711769;STB=0.5,0.520476,0.996819;STBP=1,0.399,0.037;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0637382,0.00246956,0.0598046;OID=.,.,.;OPOS=92971405,92971405,92971409;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTT,GTTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.825397,0.0634921:11,33,4:62:0,52,4:63:7:0,31,4:0,21,0:3:4:17:9:9,18,4:2,15,0:4:5 chr8 94739345 . A G 1533.88 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225345;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.716;QD=59.568;RBI=0.0636509;REFB=0;REVB=0.063611;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114624;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:45:57:0:0:45:58:0:0 chr8 94744813 . C T 1099.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0972159;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6069;QD=60.2583;RBI=0.123084;REFB=0;REVB=-0.0754899;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014644;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr8 94745050 . T C 751.01 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.705;QD=56.68;RBI=0.0143787;REFB=0;REVB=0.0140589;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22797e-05;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr8 94745386 . G T 855.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342033;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5153;QD=57.9844;RBI=0.0424707;REFB=0;REVB=-0.0251773;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22247e-05;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr8 94752754 . G A 2294.34 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.642;QD=63.7318;RBI=0.0522692;REFB=0;REVB=0.00489512;RO=0;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60555e-05;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:74:69:0:0:74:70:0:0 chr8 94794620 . C T 722.69 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.942;QD=56.6814;RBI=0.023724;REFB=0;REVB=0.0124214;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040494;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:25:26:0:0 chr8 94808165 . A G 1314.07 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2478;QD=60.4168;RBI=0.0331673;REFB=0.00979632;REVB=-0.0269315;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.507691;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-1.45247e-05;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:85:86:0.988506:54:31:0:0:54:32:1:0 chr8 94935937 . T C 1283.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3639;QD=61.844;RBI=0.0502398;REFB=0;REVB=0.0453135;RO=0;SAF=24;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187407;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:59:24:0:0:59:24:0:0 chr8 94936532 . G C 1598.29 PASS AF=1;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454264;FXX=0.0707902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.882;QD=60.8873;RBI=0.00889942;REFB=0;REVB=0.00765272;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84392e-05;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr8 95143186 . C G 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0556185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.096;QD=13.2228;RBI=0.0570043;REFB=-0.0097472;REVB=0.0124929;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189651;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:14:10:15:21:14:10:15:21 chr8 95158259 . G A 704.32 PASS AF=0.443182;AO=68;DP=167;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00389322;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3416;QD=16.0072;RBI=0.00934431;REFB=-0.0274931;REVB=-0.00849465;RO=95;SAF=19;SAR=49;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166777;STB=0.565789;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0243989;OID=.;OPOS=95158259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:176:95:98:68:78:0.443182:49:19:40:55:53:25:42:56 chr8 95161102 . G A 388.6 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=111;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.00724783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.872;QD=13.7556;RBI=0.00807346;REFB=-0.00260065;REVB=0.00355664;RO=64;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164017;STB=0.598715;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00604471;OID=.;OPOS=95161102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:64:67:45:46:0.40708:24:21:20:44:24:22:21:46 chr8 95186382 . G A 962.4 PASS AF=0.592105;AO=90;DP=152;FAO=90;FDP=152;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0207093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.297;QD=25.3262;RBI=0.0225724;REFB=-0.00361557;REVB=0.00897973;RO=62;SAF=36;SAR=54;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113184;STB=0.561484;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0028987;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:62:62:90:90:0.592105:54:36:34:28:54:36:34:28 chr8 95188850 . T C 5051.64 PASS AF=0.987805;AO=324;DP=328;FAO=324;FDP=328;FR=.;FRO=4;FSAF=153;FSAR=171;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00712594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.77;QD=61.6054;RBI=0.0126752;REFB=-0.0647533;REVB=0.0104825;RO=3;SAF=153;SAR=171;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243863;STB=0.502719;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=8.53149e-05;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:328:328:3:4:324:324:0.987805:171:153:1:2:171:153:1:3 chr8 95399331 . G A 853.83 PASS AF=0.451282;AO=84;DP=194;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.0222293;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.19;QD=17.5144;RBI=0.0242307;REFB=0.000138706;REVB=-0.00964282;RO=107;SAF=43;SAR=41;SRF=62;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681922;STB=0.54358;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000121795;OID=.;OPOS=95399331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:107:107:84:88:0.451282:41:43:62:45:44:44:62:45 chr8 95419698 . A G 419.05 PASS AF=0.3125;AO=55;DP=176;FAO=55;FDP=176;FR=.;FRO=121;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.0165355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.533;QD=9.5239;RBI=0.023188;REFB=-0.00888406;REVB=-0.0162561;RO=116;SAF=36;SAR=19;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186558;STB=0.601247;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0221019;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:116:121:55:55:0.3125:19:36:58:58:19:36:62:59 chr8 95523644 . CA C 50.0 PASS AF=0.193182;AO=19;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.13008;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2757;QD=2.27272;RBI=0.182683;REFB=-0.0212541;REVB=0.128267;RO=62;SAF=18;SAR=1;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667797;STB=0.861615;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0642929;OID=.;OPOS=95523645;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193182:19:88:17:88:71:15:2:33:38:49:62:18:1:30:32 chr8 95538468 . T C 214.14 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00409003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.212;QD=16.4722;RBI=0.0491677;REFB=-0.00183886;REVB=0.0489973;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449428;STB=0.522489;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0050536;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:23:24:0.461538:10:13:14:13:11:13:14:14 chr8 95538708 . G A 439.28 PASS AF=0.333333;AO=56;DP=168;FAO=56;FDP=168;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.00616003;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5408;QD=10.4589;RBI=0.00618774;REFB=-0.00734748;REVB=0.000585016;RO=112;SAF=28;SAR=28;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103435;STB=0.50595;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0132809;OID=.;OPOS=95538708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:112:112:56:56:0.333333:28:28:55:57:28:28:55:57 chr8 95541302 . A G 309.82 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0566402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.473;QD=21.3666;RBI=0.0664036;REFB=-0.0098426;REVB=0.0346601;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108351;STB=0.560006;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00807927;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:13:19:12:14:13:19:12:14 chr8 95541371 . T A 944.55 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282989;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.341;QD=57.2454;RBI=0.052662;REFB=-0.0431753;REVB=0.0444123;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000181645;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:0:1:64:65:0.984848:23:41:0:0:24:41:0:1 chr8 95559092 . T C 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.639;QD=60.8802;RBI=0.0225405;REFB=0;REVB=-0.0122175;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69827e-06;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr8 95559186 . T C 184.0 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.0087459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7868;QD=7.00956;RBI=0.00881722;REFB=-0.027663;REVB=0.00111917;RO=73;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369676;STB=0.718162;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0579958;OID=.;OPOS=95559186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:73:78:27:27:0.257143:10:17:23:50:10:17:25:53 chr8 95559715 . C T 154.22 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0285551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3353;QD=9.07189;RBI=0.0830904;REFB=-0.0446098;REVB=-0.0780296;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169014;STB=0.599906;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0663609;OID=.;OPOS=95559715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:12:9:27:20:12:9:27:20 chr8 95560323 . A C 186.85 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0629496;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5032;QD=10.5269;RBI=0.123366;REFB=-0.0295461;REVB=0.106097;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352851;STB=0.520595;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0446274;OID=.;OPOS=95560323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:24:24:0.338028:11:13:24:23:11:13:24:23 chr8 95560432 . A C 230.51 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0116694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.522;QD=10.0221;RBI=0.0120831;REFB=-0.0102844;REVB=-0.00313489;RO=62;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138128;STB=0.575568;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0178533;OID=.;OPOS=95560432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:63:29:29:0.315217:12:17:29:33:12:17:30:33 chr8 95560472 . T C 131.23 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00289642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.391;QD=8.89668;RBI=0.0246574;REFB=0.00678698;REVB=0.0244867;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14502;STB=0.58657;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0126241;OID=.;OPOS=95560472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:7:11:20:21:7:11:20:21 chr8 95668373 . G A 384.85 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=46;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00581491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.854;QD=32.7536;RBI=0.0320675;REFB=-0.0334309;REVB=-0.0315359;RO=15;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102795;STB=0.510632;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0243331;OID=.;OPOS=95668373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:15:31:32:0.680851:16:15:7:8:16:16:7:8 chr8 95680229 . C T 1477.44 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4241;QD=62.8696;RBI=0.0390658;REFB=0;REVB=-0.0389999;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181043;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:89:94:1:44:45:0:0:45:49:0:0 chr8 95690579 . T C 2015.67 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.03796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.277;QD=60.6218;RBI=0.0557126;REFB=-0.0922219;REVB=-0.040779;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500287;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00184141;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:0:2:131:131:0.984962:68:63:0:0:68:63:1:1 chr8 95877787 . T C 2393.27 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278889;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.555;QD=64.249;RBI=0.0440752;REFB=0;REVB=0.0341297;RO=0;SAF=86;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16063e-05;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:63:86:0:0:63:86:0:0 chr8 95878574 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.051009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.316;QD=14.9786;RBI=0.0522237;REFB=-0.0113168;REVB=-0.0111981;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151801;STB=0.589287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0107363;OID=.;OPOS=95878574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:6:5:3:7:6:5 chr8 95888307 . C T 318.04 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.032976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2643;QD=16.1031;RBI=0.0443922;REFB=-0.014722;REVB=-0.0297195;RO=40;SAF=9;SAR=26;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517468;STB=0.527173;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0211202;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:44:35:35:0.443038:26:9:12:28:26:9:13:31 chr8 95918288 . C T 364.36 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.01973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.163;QD=23.8926;RBI=0.0414518;REFB=-0.0409497;REVB=0.0364551;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844713;STB=0.546347;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0205503;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:17:19:16:9:17:19:16:9 chr8 95938422 . C A 550.34 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00420599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.003;QD=21.5821;RBI=0.00685555;REFB=-0.00809801;REVB=0.00541371;RO=46;SAF=32;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068824;STB=0.533321;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00654348;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:47:55:55:0.539216:23:32:23:23:23:32:24:23 chr8 95942244 . G A 723.41 PASS AF=0.626168;AO=67;DP=108;FAO=67;FDP=107;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0368621;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.272;QD=27.0435;RBI=0.0376536;REFB=-0.0252231;REVB=-0.00768002;RO=39;SAF=39;SAR=28;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478887;STB=0.52177;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0219795;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:39:40:67:67:0.626168:28:39:20:19:28:39:21:19 chr8 95951916 . GTGAC G 554.84 PASS AF=0.54902;AO=54;DP=105;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0148228;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=4;MLLD=286.654;QD=21.7584;RBI=0.0148229;REFB=-0.0098639;REVB=-1.84978e-05;RO=45;SAF=29;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340127;STB=0.523297;STBP=0.64;TYPE=del;VARB=0.00761167;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54902:54:105:56:102:46:30:26:27:19:99:45:29:25:26:19 chr8 96053782 . GCT G 1606.1 PASS AF=1;AO=96;DP=113;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362734;FXX=0.0689596;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.089;QD=59.485;RBI=0.00603904;REFB=0;REVB=0.00482829;RO=0;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00014376;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:113:108:108:0:70:38:0:0:9:0:61:35:0:0 chr8 97614625 . G A 222.86 PASS AF=0.5;AO=19;DP=41;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0104946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.024;QD=20.2602;RBI=0.055439;REFB=-0.0291102;REVB=0.0544366;RO=22;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503979;STB=0.689477;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0183178;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:22:22:19:22:0.5:3:16:8:14:6:16:8:14 chr8 97614661 . T A 256.7 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.013729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.198;QD=19.7463;RBI=0.0158753;REFB=-0.0235667;REVB=-0.00797115;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265104;STB=0.63148;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0142571;OID=.;OPOS=97614661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:18:8:15:10:18:9:15:10 chr8 97847358 . G T 686.0 PASS AF=0.482993;AO=66;DP=135;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0294943;FXX=0.0067563;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.6667;QD=18.6665;RBI=0.0299064;REFB=-0.0363665;REVB=0.00494778;RO=68;SAF=31;SAR=35;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810853;STB=0.550593;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0328835;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:147:68:76:66:71:0.482993:35:31:26:42:37:34:29:47 chr8 97892059 . C T 340.43 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00223796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.358;QD=18.1563;RBI=0.00902225;REFB=-0.0258321;REVB=-0.00874029;RO=39;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666342;STB=0.537225;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.031333;OID=.;OPOS=97892059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:15:21:20:19:15:21:20:19 chr8 98289986 . C T 1349.02 PASS AF=0.602041;AO=118;DP=199;FAO=118;FDP=196;FR=.;FRO=78;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.023611;FXX=0.019999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.725;QD=27.531;RBI=0.0293836;REFB=-0.025522;REVB=0.0174904;RO=75;SAF=56;SAR=62;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570192;STB=0.505025;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.015794;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:196:75:78:118:118:0.602041:62:56:35:40:62:56:38:40 chr8 98787994 . A G 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0369479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2905;QD=17.9397;RBI=0.0423759;REFB=-0.00239;REVB=-0.0207502;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1825;STB=0.607984;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00315821;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:22:19:19:0.463415:15:4:7:12:15:4:8:14 chr8 98827531 . G A 161.01 PASS AF=0.548387;AO=13;DP=28;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0444694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.287;QD=20.7757;RBI=0.0453175;REFB=-0.00800067;REVB=0.00872603;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00847873;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:12:14:13:17:0.548387:4:9:6:6:7:10:6:8 chr8 98943446 . T C 1201.78 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.819;QD=60.8494;RBI=0.0152745;REFB=0;REVB=-0.0116389;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76359e-05;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:54:24:0:0:55:24:0:0 chr8 98954012 . T C 931.68 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.26;QD=56.4657;RBI=0.0302186;REFB=-0.00753705;REVB=0.0267462;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.505745;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000289934;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:21:43:0:0:22:43:1:0 chr8 98991220 . T TG 1524.76 PASS AF=1;AO=31;DP=109;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695477;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.287;QD=60.9903;RBI=0.0733622;REFB=0;REVB=0.0233478;RO=74;SAF=4;SAR=27;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000105744;OID=.;OPOS=98991221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:109:100:100:0:32:68:0:0:8:74:4:27:26:48 chr8 98991221 . A G 853.16 PASS AF=0.706422;AO=72;DP=105;FAO=77;FDP=109;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0112807;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=93.623;QD=31.3086;RBI=0.0339351;REFB=-0.0991821;REVB=0.0320053;RO=31;SAF=24;SAR=48;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135391;STB=0.571298;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00617938;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:31:32:72:77:0.706422:48:24:4:27:48:29:5:27 chr8 99006736 . C T 663.32 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0211899;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8567;QD=21.5715;RBI=0.0307724;REFB=-0.0182439;REVB=-0.0223143;RO=54;SAF=35;SAR=30;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452985;STB=0.530964;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0130003;OID=.;OPOS=99006736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:54:58:65:65:0.528455:30:35:32:22:30:35:35:23 chr8 99006748 . C T 673.22 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0183206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.915;QD=21.8933;RBI=0.026229;REFB=-0.00887729;REVB=-0.0187701;RO=55;SAF=38;SAR=28;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362676;STB=0.51825;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00753034;OID=.;OPOS=99006748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:55:57:66:66:0.536585:28:38:34:21:28:38:35:22 chr8 99028794 . C G 37.6 PASS AF=0.08;AO=14;DP=150;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=91;FWDB=-0.0280121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6756;QD=1.00265;RBI=0.0329515;REFB=-0.00647577;REVB=-0.0173529;RO=131;SAF=13;SAR=1;SRF=41;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649205;STB=0.945202;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.112378;OID=.;OPOS=99028794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:150:150:131:138:14:12:0.08:1:13:41:90:1:11:47:91 chr8 99030280 . T C 2101.11 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321032;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1228;QD=62.7196;RBI=0.0585207;REFB=0;REVB=0.0584326;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96369e-05;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:69:64:0:0:70:64:0:0 chr8 99045978 . A C 465.62 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0104478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2314;QD=17.7379;RBI=0.021954;REFB=0.0126423;REVB=0.0193086;RO=55;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022468;STB=0.512481;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00888507;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:23:27:31:24:23:27:31:24 chr8 99115144 . A G 482.71 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00827451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.861;QD=20.9872;RBI=0.0508681;REFB=-0.0299069;REVB=-0.0501906;RO=42;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365566;STB=0.51219;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.031409;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:45:47:47:0.51087:26:21:17:25:26:21:19:26 chr8 99205612 . C T 1112.07 PASS AF=0.550265;AO=103;DP=189;FAO=104;FDP=189;FR=.;FRO=85;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00519108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.705;QD=23.5359;RBI=0.00528254;REFB=-0.0225921;REVB=-0.000978707;RO=85;SAF=54;SAR=49;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930586;STB=0.552501;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.013234;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:85:85:103:104:0.550265:49:54:35:50:49:55:35:50 chr8 99441904 . G T 2147.72 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.246;QD=62.7071;RBI=0.0115176;REFB=0;REVB=0.00972473;RO=0;SAF=85;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74804e-06;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:137:0:0:127:137:1:42:85:0:0:46:91:0:0 chr8 100133706 . T G 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00115232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.58;QD=10.7382;RBI=0.00629423;REFB=-0.0139652;REVB=-0.00618785;RO=52;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131163;STB=0.571374;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0255492;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:18:9:23:29:18:9:23:30 chr8 100396454 . G A 414.36 PASS AF=0.518987;AO=43;DP=82;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0343763;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9009;QD=20.9803;RBI=0.0664923;REFB=-0.00897163;REVB=-0.0569165;RO=38;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209159;STB=0.502267;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0129041;OID=.;OPOS=100396454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:38:38:43:41:0.518987:25:18:15:23:25:16:15:23 chr8 100975002 . A G 503.86 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0171086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.847;QD=50.3857;RBI=0.0404884;REFB=-0.143684;REVB=0.0366961;RO=4;SAF=10;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154882;STB=0.583285;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00258014;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:4:4:36:36:0.9:26:10:4:0:26:10:4:0 chr8 100977644 . T C 267.91 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0457955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7734;QD=11.6481;RBI=0.0524893;REFB=-0.0157211;REVB=0.0256495;RO=60;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110156;STB=0.56356;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0365276;OID=.;OPOS=100977644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:15:17:26:34:15:17:26:34 chr8 101153024 . G A 2090.4 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135036;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.447;QD=62.869;RBI=0.0198898;REFB=0;REVB=-0.0146033;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27934e-07;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr8 101252680 . T C 1377.74 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188847;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.797;QD=61.9209;RBI=0.0536889;REFB=0;REVB=0.050258;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208118;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:82:89:1:34:48:0:0:41:48:0:0 chr8 101253184 . G A 1825.02 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00687424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.801;QD=60.3314;RBI=0.0117172;REFB=0.00909294;REVB=0.0094888;RO=1;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772376;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=9.97711e-06;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:61:59:0:1:61:59:0:1 chr8 101648164 . C G 579.36 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.012956;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9065;QD=15.4496;RBI=0.0426057;REFB=-0.0133818;REVB=0.0405881;RO=84;SAF=31;SAR=33;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568695;STB=0.524428;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0231846;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:84:86:64:64:0.426667:33:31:36:48:33:31:38:48 chr8 101670026 . G T 263.61 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00302983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0571;QD=26.3606;RBI=0.0053134;REFB=-0.0425566;REVB=0.0043649;RO=16;SAF=6;SAR=18;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223301;OID=.;OPOS=101670026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:18:6:4:12:18:6:4:12 chr8 101721705 . G T 71.73 PASS AF=0.100503;AO=20;DP=199;FAO=20;FDP=199;FR=.;FRO=179;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=-0.0294624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.595;QD=1.44177;RBI=0.0307285;REFB=-0.00188065;REVB=0.00872949;RO=176;SAF=8;SAR=12;SRF=84;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942557;STB=0.563201;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00695712;OID=.;OPOS=101721705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:199:199:176:179:20:20:0.100503:12:8:84:92:12:8:84:95 chr8 101721709 . T A 73.95 PASS AF=0.10396;AO=19;DP=200;FAO=21;FDP=202;FR=.;FRO=181;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=97;FWDB=-0.0142256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.743;QD=1.4644;RBI=0.0245568;REFB=-0.00309007;REVB=-0.0200167;RO=179;SAF=9;SAR=10;SRF=82;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186703;STB=0.532158;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0895752;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:200:202:179:181:19:21:0.10396:10:9:82:97:12:9:84:97 chr8 101721727 . G A 110.17 PASS AF=0.122727;AO=27;DP=221;FAO=27;FDP=220;FR=.;FRO=193;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=90;FSRR=103;FWDB=0.00988951;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.036;QD=2.003;RBI=0.0104519;REFB=-0.00848418;REVB=-0.00338238;RO=193;SAF=11;SAR=16;SRF=90;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747468;STB=0.552439;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0531382;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:193:193:27:27:0.122727:16:11:90:103:16:11:90:103 chr8 101721756 . A C 198.77 PASS AF=0.156489;AO=41;DP=261;FAO=41;FDP=262;FR=.;FRO=221;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=103;FSRR=118;FWDB=-0.0110153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.344;QD=3.0346;RBI=0.026265;REFB=-0.00636473;REVB=-0.0238435;RO=220;SAF=24;SAR=17;SRF=102;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156069;STB=0.600063;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0348159;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:220:221:41:41:0.156489:17:24:102:118:17:24:103:118 chr8 101721812 . G A 324.71 PASS AF=0.176301;AO=61;DP=346;FAO=61;FDP=346;FR=.;FRO=285;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=153;FSRR=132;FWDB=-0.0149393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.239;QD=3.7539;RBI=0.048291;REFB=-0.00793004;REVB=0.0459221;RO=282;SAF=38;SAR=23;SRF=153;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106817;STB=0.572766;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.023002;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:282:285:61:61:0.176301:23:38:153:129:23:38:153:132 chr8 101721817 . T C 308.01 PASS AF=0.169492;AO=60;DP=355;FAO=60;FDP=354;FR=.;FRO=294;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=158;FSRR=136;FWDB=0.038815;FXX=0.00281682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5515;QD=3.4803;RBI=0.0509408;REFB=0.00766797;REVB=-0.0329904;RO=295;SAF=37;SAR=23;SRF=158;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107202;STB=0.567396;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0366425;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:354:295:294:60:60:0.169492:23:37:158:137:23:37:158:136 chr8 101721839 . C A 320.5 PASS AF=0.178571;AO=60;DP=339;FAO=60;FDP=336;FR=.;FRO=276;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=151;FSRR=125;FWDB=0.00127401;FXX=0.0088493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.493;QD=3.81552;RBI=0.00578321;REFB=-0.00396037;REVB=-0.00564113;RO=277;SAF=37;SAR=23;SRF=150;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996185;STB=0.558756;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0147739;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:336:277:276:60:60:0.178571:23:37:150:127:23:37:151:125 chr8 101721870 . G A 214.14 PASS AF=0.148867;AO=46;DP=309;FAO=46;FDP=309;FR=.;FRO=263;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=132;FSRR=131;FWDB=0.00237125;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.317;QD=2.77208;RBI=0.0165173;REFB=-0.00290069;REVB=-0.0163462;RO=252;SAF=26;SAR=20;SRF=121;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109479;STB=0.554027;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0155952;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:252:263:46:46:0.148867:20:26:121:131:20:26:132:131 chr8 101721899 . C A 135.38 PASS AF=0.121864;AO=34;DP=279;FAO=34;FDP=279;FR=.;FRO=245;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=129;FSRR=116;FWDB=-0.00878553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.898;QD=1.94087;RBI=0.0376234;REFB=-0.00253072;REVB=-0.0365833;RO=241;SAF=25;SAR=9;SRF=127;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272933;STB=0.692633;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0189679;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:241:245:34:34:0.121864:9:25:127:114:9:25:129:116 chr8 101752155 . C T 1230.83 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307572;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.834;QD=61.5414;RBI=0.030435;REFB=0;REVB=-0.0302792;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.80936e-05;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:81:80:1:45:36:0:0:44:36:0:0 chr8 101970394 . T C 435.77 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00880735;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.46;QD=26.4102;RBI=0.0106016;REFB=-0.0272135;REVB=0.00590129;RO=25;SAF=10;SAR=31;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102414;STB=0.556156;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0159569;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:25:41:41:0.621212:31:10:9:16:31:10:9:16 chr8 102150294 . C T 593.35 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00227016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.465;QD=20.6381;RBI=0.0206222;REFB=-0.000328115;REVB=0.0204969;RO=55;SAF=37;SAR=23;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317464;STB=0.517477;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000327827;OID=.;OPOS=102150294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:23:37:32:23:23:37:32:23 chr8 102150411 . G A 725.6 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=132;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00373477;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.351;QD=22.1557;RBI=0.0112481;REFB=-0.0192474;REVB=-0.01061;RO=62;SAF=32;SAR=38;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781095;STB=0.539055;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0152158;OID=.;OPOS=102150411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:62:61:70:70:0.534351:38:32:34:28:38:32:33:28 chr8 102209357 . A T 1859.15 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.211;QD=61.4596;RBI=0.011688;REFB=0;REVB=-0.00798974;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14525e-07;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:59:62:0:0:59:62:0:0 chr8 102504974 . C G 669.3 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.103;QD=62.2609;RBI=0.0571344;REFB=0;REVB=0.0396955;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74931e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:28:13:0:0:28:15:0:0 chr8 102555060 . G A 91.73 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=44;FAO=12;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.124615;FXX=0.0454442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.855;QD=8.73634;RBI=0.125116;REFB=-0.0100021;REVB=0.0111953;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0415098;OID=.;OPOS=102555060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:42:22:30:8:12:0.285714:5:3:10:12:6:6:15:15 chr8 102679544 . G C 646.57 PASS AF=0.444444;AO=70;DP=166;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=0.0237067;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8299;QD=15.9647;RBI=0.0256577;REFB=-0.014895;REVB=-0.00981376;RO=79;SAF=40;SAR=30;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035544;STB=0.535322;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0226455;OID=.;OPOS=102679544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:162:79:90:70:72:0.444444:30:40:48:31:30:42:58:32 chr8 103137693 . T C 6607.32 PASS AF=1;AO=404;DP=417;FAO=439;FDP=439;FR=.;FRO=0;FSAF=242;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535981;FXX=0.0156947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9284;QD=60.2034;RBI=0.0539446;REFB=-0.00824575;REVB=0.00610382;RO=7;SAF=235;SAR=169;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037515;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:417:439:7:0:404:439:1:169:235:2:5:197:242:0:0 chr8 103572992 . C G 605.41 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00462599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2298;QD=44.0295;RBI=0.0090793;REFB=-0.160875;REVB=0.00781243;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.520115;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00870171;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:55:55:1:7:48:48:0.872727:20:28:1:0:20:28:3:4 chr8 103573001 . C G 663.17 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.615;QD=50.0503;RBI=0.0494799;REFB=-0.215879;REVB=0.0364185;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.508317;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00252152;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:0:3:50:50:0.943396:24:26:0:0:24:26:2:1 chr8 103573006 . G A,C 719.95 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=49,3;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442321,0.0119407;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.534,95.8096;QD=54.3354;RBI=0.0451071,0.0141756;REFB=0,0;REVB=0.00884157,0.00763985;RO=0;SAF=27,3;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00251634,0.181097;OID=.,.;OPOS=103573006,103573006;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:53:0:0:49,3:50,3:0.943396,0.0566038:22,0:27,3:0:0:23,0:27,3:0:0 chr8 103661539 . T C 112.17 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0075047;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=251.021;QD=8.46532;RBI=0.00861635;REFB=-0.0110715;REVB=0.00423332;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786691;STB=0.54788;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0249365;OID=.;OPOS=103661539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:5:10:23:15:5:10:23:15 chr8 103663848 . TC CG,TCG,TGC 33.79 PASS AF=0,0.230769,0.0769231;AO=2,7,5;DP=39;FAO=0,9,3;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=0,8,3;FSAR=0,1,0;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.144596,-0.0488865,-0.121752;FXX=0;HRUN=1,0,0;LEN=2,1,1;MLLD=55.0997,38.7525,118.662;QD=3.46582;RBI=0.160644,0.0844723,0.130417;REFB=-0.024536,-0.0409329,-0.0138546;REVB=-0.069989,-0.0688888,-0.0467428;RO=25;SAF=1,5,5;SAR=1,2,0;SRF=5;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.328355,0.559863,0.777772;STB=0.5,0.933278,0.998223;STBP=1,0.033,0.01;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0,0.175597,-0.0175642;OID=.,.,.;OPOS=103663848,103663850,103663849;OREF=TC,-,-;OALT=CG,G,G;OMAPALT=CG,TCG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:39:39:25:27:2,7,5:0,9,3:0,0.230769,0.0769231:1,2,0:1,5,5:5:20:0,1,0:0,8,3:5:22 chr8 104166902 . G C,GC 450.19 PASS AF=0,0.873418;AO=6,41;DP=91;FAO=0,69;FDP=79;FR=.;FRO=10;FSAF=0,22;FSAR=0,47;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0588405,0.169739;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=133.996,10.985;QD=22.7944;RBI=0.0777434,0.186507;REFB=-0.0194682,-0.14823;REVB=-0.0508117,-0.077288;RO=41;SAF=5,6;SAR=1,35;SRF=22;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.375562,-0.445873;STB=0.5,0.5667;STBP=1,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.127648;OID=.,.;OPOS=104166902,104166903;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:91:79:41:10:6,41:0,69:0,0.873418:1,35:5,6:22:19:0,47:0,22:8:2 chr8 104312341 . A G 178.79 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=28;FWDB=-0.00742138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.223;QD=6.00963;RBI=0.014187;REFB=-0.00678555;REVB=0.012091;RO=90;SAF=14;SAR=14;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239652;STB=0.646963;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0199329;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:90:91:28:28:0.235294:14:14:62:28:14:14:63:28 chr8 104337096 . A G 411.81 PASS AF=0.295699;AO=55;DP=185;FAO=55;FDP=186;FR=.;FRO=131;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=61;FWDB=-0.00291064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.804;QD=8.85617;RBI=0.0146304;REFB=-0.00319078;REVB=-0.0143379;RO=130;SAF=31;SAR=24;SRF=70;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306418;STB=0.520846;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.011781;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:130:131:55:55:0.295699:24:31:70:60:24:31:70:61 chr8 104337367 . A C 286.3 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0238729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2893;QD=13.9658;RBI=0.028729;REFB=-0.00801466;REVB=0.0159825;RO=49;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102704;STB=0.558455;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0122814;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:13:20:25:24:13:20:25:24 chr8 104343686 . G A 375.55 PASS AF=0.313333;AO=47;DP=150;FAO=47;FDP=150;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.0621462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.09;QD=10.0147;RBI=0.0622611;REFB=0.00446469;REVB=-0.00378045;RO=103;SAF=31;SAR=16;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210543;STB=0.622654;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0137735;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:103:103:47:47:0.313333:16:31:50:53:16:31:50:53 chr8 104343822 . A G 1369.1 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.388;QD=62.232;RBI=0.0135128;REFB=0;REVB=-0.0021225;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43522e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:43:44:0:0:43:45:0:0 chr8 104394744 . T C 6050.98 PASS AF=0.987469;AO=390;DP=400;FAO=394;FDP=399;FR=.;FRO=5;FSAF=195;FSAR=199;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0402187;FXX=0.00992531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.966;QD=60.6615;RBI=0.0687263;REFB=-0.0889333;REVB=0.0557294;RO=1;SAF=194;SAR=196;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242869;STB=0.503696;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000917865;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:400:399:1:5:390:394:0.987469:196:194:0:1:199:195:1:4 chr8 104924317 . C T 669.73 PASS AF=0.717949;AO=56;DP=77;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00102588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.767;QD=34.3451;RBI=0.00541135;REFB=-0.000954427;REVB=-0.00531322;RO=21;SAF=25;SAR=31;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635653;STB=0.540849;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000177533;OID=.;OPOS=104924317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:21:22:56:56:0.717949:31:25:12:9:31:25:13:9 chr8 105261725 . G A 1573.28 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9804;QD=63.5667;RBI=0.0422068;REFB=0;REVB=-0.0414928;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171887;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:43:56:0:0 chr8 105263979 . C T 912.04 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.224;QD=55.275;RBI=0.0360645;REFB=-0.0618253;REVB=0.00911581;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.500474;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000195843;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:31:33:0:1:31:33:1:1 chr8 105478933 . G A 316.61 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0871718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.845;QD=11.0124;RBI=0.0995324;REFB=-0.0194435;REVB=0.0480393;RO=73;SAF=25;SAR=15;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898723;STB=0.55302;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0388702;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:75:40:40:0.347826:15:25:40:33:15:25:41:34 chr8 106815994 . GGTTAT G 114.57 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=71;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00441841;FXX=0.140825;HRUN=2;LEN=5;MLLD=283.319;QD=7.51256;RBI=0.0212342;REFB=-0.00106986;REVB=0.0207694;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428716;STB=0.720721;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.00105427;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:20:71:21:61:40:15:6:15:25:99:32:14:6:9:23 chr8 107754473 . G A 1418.97 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1861;QD=63.0652;RBI=0.0241548;REFB=0;REVB=0.00599098;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884905;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:41:49:0:0 chr8 107764454 . GT G,GTA 853.53 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=4,2;DP=8;FAO=66,2;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052312,0.000787705;FXX=0.0144907;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=196.561,63.6448;QD=50.2078;RBI=0.122375,0.0027291;REFB=0,0;REVB=0.110631,-0.00261295;RO=2;SAF=4,1;SAR=0,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.390188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0044724,0.0854236;OID=.,.;OPOS=107764455,107764456;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.970588,0.0294118:4,2:8:66,2:68:0:39,1:27,1:0:0:6:2:4,1:0,1:2:0 chr8 108970367 . A G 2529.5 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.224;QD=61.6952;RBI=0.00929133;REFB=0;REVB=0.00592427;RO=0;SAF=101;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.63588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69987e-07;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:63:101:0:0:63:101:0:0 chr8 109009180 . G A 365.84 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0328137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.627;QD=21.5199;RBI=0.0335498;REFB=-0.0310399;REVB=-0.00698931;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058812;STB=0.503601;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0415625;OID=.;OPOS=109009180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:31:37:37:0.544118:17:20:16:14:17:20:17:14 chr8 110255492 . CAAAAAAT CAAAAA,CAAAAAT,CAAAAATT,CAAAA 264.04 PASS AF=0.488372,0.209302,0,0.116279;AO=12,10,3,8;DP=59;FAO=21,9,0,5;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=7,7,0,0;FSAR=14,2,0,5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.168421,0.146295,-0.0165383,0.0984376;FXX=0.188644;HRUN=6,6,6,6;LEN=2,1,1,3;MLLD=16.3752,10.209,5.53876,21.4938;QD=24.5623;RBI=0.201489,0.166333,0.0318695,0.115523;REFB=-0.0450389,-0.126341,-0.0941437,-0.0476594;REVB=-0.1106,-0.0791478,0.0272424,-0.0604623;RO=12;SAF=2,9,3,0;SAR=10,1,0,8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.425784,0.445016,0.613239,-0.786876;STB=0.549951,0.65587,0.5,0.99723;STBP=0.458,0.228,1,0.034;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.023915,0.130665,0,0.0168208;OID=.,.,.,.;OPOS=110255498,110255493,110255498,110255497;OREF=AT,A,A,AAT;OALT=-,-,T,-;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT,CAAAAATT,CAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.488372,0.209302,0,0.116279:12,10,3,8:59:21,9,0,5:43:8:7,7,0,0:14,2,0,5:4:4:39:12:2,9,3,0:10,1,0,8:7:5 chr8 110412519 . G A 457.73 PASS AF=0.47619;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0260134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4674;QD=17.4374;RBI=0.0260241;REFB=-0.0136962;REVB=-0.00074717;RO=53;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677351;STB=0.53114;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0154985;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:53:55:49:50:0.47619:28:21:19:34:28:22:21:34 chr8 110413762 . T C 402.6 PASS AF=0.33121;AO=52;DP=158;FAO=52;FDP=157;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.00245011;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.612;QD=10.2572;RBI=0.0225692;REFB=-0.00622258;REVB=-0.0224358;RO=101;SAF=32;SAR=20;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173497;STB=0.612322;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.010298;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:101:105:52:52:0.33121:20:32:47:54:20:32:47:58 chr8 110416813 . C T 774.54 PASS AF=0.585366;AO=71;DP=126;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.022455;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.19;QD=25.1882;RBI=0.0283616;REFB=0.000919485;REVB=-0.0173248;RO=51;SAF=37;SAR=34;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128666;STB=0.572115;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000602254;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:51:51:71:72:0.585366:34:37:18:33:34:38:18:33 chr8 110420384 . T C 555.33 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00138272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.065;QD=16.9568;RBI=0.00353405;REFB=-0.00879177;REVB=0.00325232;RO=72;SAF=31;SAR=27;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618007;STB=0.538568;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0122394;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:72:72:58:59:0.450382:27:31:34:38:27:32:34:38 chr8 110420429 . A G 471.78 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.043321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9599;QD=18.8713;RBI=0.0546704;REFB=-0.0395635;REVB=-0.0333488;RO=53;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238816;STB=0.513299;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0467467;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:21:26:28:25:21:26:28:25 chr8 110437384 . A G 112.28 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0115894;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.669;QD=7.74336;RBI=0.0115896;REFB=0.0010438;REVB=6.53094e-05;RO=42;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158669;STB=0.596035;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00532764;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:9:7:24:18:9:7:24:18 chr8 110439252 . C A 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0210503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.284;QD=20.5427;RBI=0.0210857;REFB=-0.0134689;REVB=0.00122084;RO=35;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232003;STB=0.634797;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00951179;OID=.;OPOS=110439252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:25:14:22:13:25:14:23:13 chr8 110455321 . C A 1178.11 PASS AF=0.497872;AO=116;DP=234;FAO=117;FDP=235;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.0012942;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.301;QD=20.053;RBI=0.0109691;REFB=-0.0287873;REVB=0.0108925;RO=116;SAF=43;SAR=73;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659701;STB=0.533978;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0296196;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:116:118:116:117:0.497872:73:43:51:65:73:44:52:66 chr8 110460488 . G T 711.08 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0328974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9603;QD=18.1168;RBI=0.0414115;REFB=-0.0195398;REVB=0.025153;RO=81;SAF=41;SAR=34;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084318;STB=0.507548;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0206551;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:82:75:75:0.477707:34:41:45:36:34:41:46:36 chr8 110465060 . G C 517.73 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0163248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.165;QD=16.436;RBI=0.0327643;REFB=-0.00796542;REVB=-0.0284077;RO=70;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210822;STB=0.617409;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0100378;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:24:32:25:45:24:32:25:45 chr8 110476993 . A G 484.77 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00910395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4043;QD=21.0767;RBI=0.0294712;REFB=-0.00221364;REVB=0.0280298;RO=45;SAF=17;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136812;STB=0.575783;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00237171;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:30:17:23:22:30:17:23:22 chr8 110656396 . G T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0059856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.802;QD=9.56963;RBI=0.0190688;REFB=-0.0203996;REVB=-0.018105;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311237;STB=0.68318;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0281602;OID=.;OPOS=110656396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:13:2:3:5:13:2 chr8 110657355 . T G 212.78 PASS AF=0.393939;AO=22;DP=62;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00112483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.512;QD=12.8958;RBI=0.0133365;REFB=-0.0132987;REVB=0.013289;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133856;STB=0.566614;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.019098;OID=.;OPOS=110657355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:37:40:22:26:0.393939:7:15:21:16:9:17:22:18 chr8 110657391 . G C 274.29 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0133476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1618;QD=12.9077;RBI=0.0219228;REFB=-0.012954;REVB=0.0173911;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455231;STB=0.509972;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0182518;OID=.;OPOS=110657391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:52:53:31:32:0.376471:16:15:23:29:17:15:24:29 chr8 110657514 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.373;QD=62.9809;RBI=0.0470957;REFB=0;REVB=0.0467519;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1469e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:33:11:0:0:33:12:0:0 chr8 111946844 . G C 1138.49 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000242125;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.347;QD=60.7195;RBI=0.00575518;REFB=0;REVB=0.00575009;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67201e-05;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr8 113241088 . T G 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.861;QD=59.7164;RBI=0.0367388;REFB=-0.0513636;REVB=0.0343351;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000543249;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:39:39:1:0:39:40:1:0 chr8 113516208 . TG T,TA 409.53 PASS AF=0.258427,0.224719;AO=18,19;DP=93;FAO=23,20;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=15,6;FSAR=8,14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0126548,0.0109116;FXX=0.0219756;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.552,184.417;QD=18.4059;RBI=0.0127445,0.012593;REFB=-0.0102506,-0.00814566;REVB=-0.00150904,-0.00628655;RO=40;SAF=11,8;SAR=7,11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.268721,0.0547922;STB=0.684184,0.555115;STBP=0.031,0.574;TYPE=del,snp;VARB=0.00247575,0.0229725;OID=.,.;OPOS=113516209,113516209;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258427,0.224719:18,19:93:23,20:89:46:15,6:8,14:17:29:75:40:11,8:7,11:15:25 chr8 113655752 . T C 2682.27 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3017;QD=60.9607;RBI=0.018763;REFB=-0.153999;REVB=-0.0157312;RO=2;SAF=96;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012047;STB=0.506328;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000663084;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:2:2:174:174:0.988636:78:96:0:2:78:96:0:2 chr8 114186003 . T C 711.42 PASS AF=0.442529;AO=75;DP=173;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.00662649;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.565;QD=16.3545;RBI=0.0162506;REFB=-0.0121204;REVB=0.0148382;RO=97;SAF=45;SAR=30;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129927;STB=0.501845;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.015846;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:97:97:75:77:0.442529:30:45:57:40:32:45:57:40 chr8 116422149 . T C 45.03 PASS AF=0.0619469;AO=21;DP=284;FAO=21;FDP=339;FR=.;FRO=318;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=198;FSRR=120;FWDB=-0.00262223;FXX=0.00294109;HRUN=13;LEN=1;MLLD=141.097;QD=0.53136;RBI=0.0162399;REFB=-0.00144785;REVB=-0.0160268;RO=263;SAF=8;SAR=13;SRF=187;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370145;STB=0.715474;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0176219;OID=.;OPOS=116422149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:284:339:263:318:21:21:0.0619469:13:8:187:76:13:8:198:120 chr8 116423424 . T C 1284.89 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0213412;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.738;QD=58.4041;RBI=0.0216396;REFB=0.0541566;REVB=0.00358182;RO=3;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119032;STB=0.506287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000787876;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:88:3:3:85:85:0.965909:41:44:1:2:41:44:1:2 chr8 116423490 . A T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.528;QD=62.1623;RBI=0.0599123;REFB=0;REVB=0.0578972;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110415;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 1026.53 PASS AF=0.746479,0.253521;AO=35,31;DP=72;FAO=53,18;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24,9;FSAR=29,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158563,-0.0101325;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=236.084,233.734;QD=57.8324;RBI=0.0160804,0.0107282;REFB=0,0;REVB=0.00267533,0.00352512;RO=1;SAF=11,19;SAR=24,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0190966,0.0372894;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00227882,0.000571036;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:72:71:1:0:35,31:53,18:0.746479,0.253521:24,12:11,19:0:1:29,9:24,9:0:0 chr8 116424681 . T A 207.43 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00369603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.03;QD=11.2121;RBI=0.0108215;REFB=-0.00810162;REVB=-0.0101707;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054619;STB=0.524981;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0153072;OID=.;OPOS=116424681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:12:14:23:24:12:14:24:24 chr8 116631902 . C A 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0110245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.033;QD=17.4217;RBI=0.0242209;REFB=-0.0278006;REVB=-0.0215665;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165237;STB=0.5942;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0323131;OID=.;OPOS=116631902;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:31:31:0.476923:11:20:15:17:11:20:16:18 chr8 116635872 . T TA 334.91 PASS AF=0.408451;AO=56;DP=150;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00638851;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.1436;QD=9.43395;RBI=0.0139914;REFB=0.030364;REVB=-0.0124477;RO=91;SAF=26;SAR=30;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808922;STB=0.537737;STBP=0.476;TYPE=ins;VARB=-0.0442064;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408451:56:150:58:142:84:26:32:43:41:99:91:26:30:49:42 chr8 117035009 . C T 526.19 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.000155909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.45;QD=14.5155;RBI=0.03092;REFB=-0.0174724;REVB=-0.0309196;RO=87;SAF=35;SAR=23;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224347;STB=0.626281;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0323979;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:87:87:58:58:0.4:23:35:34:53:23:35:34:53 chr8 117791733 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.59;QD=64.1539;RBI=0.0644001;REFB=0;REVB=0.0617727;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262138;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr8 117858350 . G A 656.05 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00202203;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.377;QD=16.0013;RBI=0.00464752;REFB=-0.00322688;REVB=0.00418459;RO=90;SAF=49;SAR=23;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157613;STB=0.583096;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00613969;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:90:92:72:72:0.439024:23:49:48:42:23:49:50:42 chr8 117858389 . G A 2675.71 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.912;QD=62.2259;RBI=0.00793141;REFB=0;REVB=-0.00151862;RO=0;SAF=105;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28184e-06;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:67:105:0:0:67:105:0:0 chr8 117858445 . A T 672.12 PASS AF=0.5;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0139531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.973;QD=20.0632;RBI=0.0157203;REFB=-0.0392324;REVB=-0.00724157;RO=66;SAF=45;SAR=22;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177296;STB=0.602223;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0322118;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:67:67:67:0.5:22:45:32:34:22:45:32:35 chr8 117887130 . T C 120.69 PASS AF=0.451613;AO=9;DP=26;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=-0.00648618;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.585;QD=15.5731;RBI=0.0169373;REFB=-0.014362;REVB=0.0156461;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462836;STB=0.707126;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0237278;OID=.;OPOS=117887130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:31:15:17:9:14:0.451613:7:2:0:15:12:2:0:17 chr8 118030465 . C G 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0401837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.35;QD=14.0767;RBI=0.0482753;REFB=-0.0132434;REVB=-0.0267539;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295191;STB=0.683625;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0132169;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:7:5:11:4:7:5:12:4 chr8 118184783 . C T 479.35 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.018968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.647;QD=19.9728;RBI=0.018992;REFB=-0.0184287;REVB=0.000954839;RO=49;SAF=30;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257195;STB=0.51428;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0193964;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:17:30:30:19:17:30:30:19 chr8 118819578 . C T 395.01 PASS AF=0.451613;AO=39;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.010651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.992;QD=16.9897;RBI=0.0217348;REFB=-0.00598837;REVB=0.0189463;RO=51;SAF=8;SAR=31;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196101;STB=0.560793;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0089082;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:51:51:39:42:0.451613:31:8:18:33:31:11:18:33 chr8 119206468 . G A 254.95 PASS AF=0.39726;AO=15;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0205828;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.126;QD=13.9698;RBI=0.0205874;REFB=-0.0295016;REVB=-0.000435726;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.583687;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0383333;OID=.;OPOS=119206468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:44:15:29:0.39726:8:7:7:20:10:19:23:21 chr8 119207071 . G T 747.05 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.00681766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.863;QD=20.1906;RBI=0.00688275;REFB=-0.00836304;REVB=-0.000944357;RO=74;SAF=26;SAR=47;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220477;STB=0.624989;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00610834;OID=.;OPOS=119207071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:75:73:73:0.493243:47:26:44:30:47:26:45:30 chr8 119207140 . A G 971.46 PASS AF=0.508021;AO=95;DP=187;FAO=95;FDP=187;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0271929;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.849;QD=20.7799;RBI=0.0298205;REFB=0.00179941;REVB=0.0122398;RO=91;SAF=35;SAR=60;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183889;STB=0.603751;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00113132;OID=.;OPOS=119207140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:91:92:95:95:0.508021:60:35:52:39:60:35:53:39 chr8 119209523 . T C 446.14 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0270062;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.632;QD=23.1761;RBI=0.0416993;REFB=-0.0177248;REVB=-0.0317726;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132631;STB=0.567017;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0115131;OID=.;OPOS=119209523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:34:43:43:0.558442:23:20:22:13:23:20:21:13 chr8 119391791 . T C 817.45 PASS AF=0.529032;AO=80;DP=154;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0195106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3188;QD=21.0954;RBI=0.0293611;REFB=-0.019152;REVB=0.021941;RO=72;SAF=35;SAR=45;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664097;STB=0.538598;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0154937;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:72:73:80:82:0.529032:45:35:37:35:46:36:38:35 chr8 119964052 . G C 4724.09 PASS AF=1;AO=302;DP=304;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000991409;FXX=0.0130715;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.519;QD=62.5707;RBI=0.016677;REFB=0;REVB=0.0166475;RO=0;SAF=177;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228173;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:304:302:0:0:302:302:1:125:177:0:0:125:177:0:0 chr8 120435950 . G A 377.54 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00931184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0388;QD=13.0186;RBI=0.0342917;REFB=0.00460955;REVB=-0.0330031;RO=58;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033517;STB=0.567476;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.017294;OID=.;OPOS=120435950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:71:45:45:0.387931:24:21:29:29:24:21:41:30 chr8 120575184 . G A 466.18 PASS AF=0.328125;AO=29;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.00184815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3871;QD=14.568;RBI=0.0528834;REFB=-0.00804403;REVB=0.0528511;RO=71;SAF=22;SAR=7;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512195;STB=0.646483;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0138219;OID=.;OPOS=120575184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:29:42:0.328125:7:22:22:49:19:23:22:49 chr8 120596023 . A G 809.24 PASS AF=0.983051;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.537;QD=54.8641;RBI=0.0344593;REFB=-0.0594291;REVB=0.018737;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000125715;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:59:1:1:53:58:0.983051:27:26:0:1:29:29:0:1 chr8 120724209 . T C 534.79 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0212584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.833;QD=18.7646;RBI=0.0217742;REFB=-0.0123257;REVB=0.00471142;RO=58;SAF=22;SAR=34;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100638;STB=0.555749;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0116911;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:34:22:29:29:34:22:29:29 chr8 120790304 . T C 164.68 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00949925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.085;QD=9.54657;RBI=0.0123004;REFB=-0.00346181;REVB=0.00781438;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022972;STB=0.519982;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00379219;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:46:47:22:22:0.318841:12:10:20:26:12:10:20:27 chr8 120803637 . C G 437.76 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00501434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5348;QD=15.6344;RBI=0.042599;REFB=-0.00327767;REVB=-0.0423028;RO=63;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118128;STB=0.506614;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00415331;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:29:20:25:38:29:20:25:38 chr8 120847078 . C G 236.53 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0117264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.75;QD=15.7686;RBI=0.0163095;REFB=-0.00854041;REVB=0.0113354;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069021;STB=0.539004;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0106383;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:15:12:17:16:15:12:17:16 chr8 120847123 . C T 335.99 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000656554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.388;QD=19.7639;RBI=0.00471633;REFB=-0.00636608;REVB=-0.00467041;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370165;STB=0.513506;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00328444;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:19:16:16:16:19:16:16:17 chr8 120847188 . T C 358.03 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00190536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.964;QD=16.8483;RBI=0.0037565;REFB=-0.0103089;REVB=-0.00323742;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340925;STB=0.512235;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0134001;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:20:17:20:27:21:17:20:27 chr8 120903471 . C CA 1984.34 PASS AF=1;AO=119;DP=132;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336305;FXX=0.022899;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.751;QD=62.0107;RBI=0.055004;REFB=0;REVB=0.0435251;RO=5;SAF=72;SAR=47;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000102899;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:132:128:128:0:78:50:0:0:11:5:72:47:2:3 chr8 121013770 . A G 232.25 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0107506;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.234;QD=12.065;RBI=0.0353747;REFB=-0.0140275;REVB=-0.0337015;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426128;STB=0.522902;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0135413;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:49:28:28:0.363636:13:15:27:20:13:15:28:21 chr8 121061879 . G A 398.46 PASS AF=0.382114;AO=46;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0339022;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.414;QD=12.958;RBI=0.0389774;REFB=-0.022992;REVB=0.0192324;RO=76;SAF=26;SAR=20;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861221;STB=0.541085;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0428134;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:76:46:47:0.382114:20:26:37:39:21:26:37:39 chr8 121210069 . T C 1105.42 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327798;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3714;QD=58.9558;RBI=0.0332897;REFB=-0.115723;REVB=-0.00580441;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000970878;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:1:0:37:37:1:0 chr8 121215991 . T C 1923.48 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.338;QD=61.5514;RBI=0.0166419;REFB=0;REVB=0.0134256;RO=0;SAF=45;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64417e-05;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:78:45:0:0:79:46:0:0 chr8 121228679 . A C 2871.98 PASS AF=0.984211;AO=182;DP=189;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0505968;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1801;QD=60.4628;RBI=0.100638;REFB=-0.046636;REVB=0.0869938;RO=5;SAF=106;SAR=76;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952253;STB=0.504148;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00326033;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:189:190:5:3:182:187:0.984211:76:106:2:3:77:110:1:2 chr8 121256150 . T C 946.29 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0620482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5843;QD=55.6642;RBI=0.0673804;REFB=0.0495595;REVB=-0.0262706;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.519225;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0205666;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:66:66:0.970588:25:41:0:0:25:41:0:2 chr8 121259862 . G A 2840.19 PASS AF=0.958974;AO=185;DP=192;FAO=187;FDP=195;FR=.;FRO=8;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0100986;FXX=0.0151508;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.891;QD=58.2604;RBI=0.0141696;REFB=-0.0381871;REVB=0.00993961;RO=6;SAF=91;SAR=94;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104451;STB=0.505237;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000167886;OID=.;OPOS=121259862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:192:195:6:8:185:187:0.958974:94:91:4:2:94:93:5:3 chr8 121290743 . A G 467.21 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.000953184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4616;QD=16.8364;RBI=0.0178617;REFB=-0.00653656;REVB=-0.0178362;RO=60;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990126;STB=0.519333;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00843765;OID=.;OPOS=121290743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:50:51:0.459459:28:22:27:33:29:22:28:32 chr8 121383048 . T C 598.85 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0105247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3721;QD=45.1963;RBI=0.0233487;REFB=-0.0411104;REVB=-0.0208421;RO=6;SAF=10;SAR=37;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372169;STB=0.519898;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0391566;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:37:10:2:4:37:10:2:4 chr8 121455550 . T G 34.4 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0623375;FXX=0.0602337;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8626;QD=1.76411;RBI=0.0678191;REFB=-0.00263442;REVB=-0.0267108;RO=67;SAF=1;SAR=7;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518631;STB=0.879572;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0249668;OID=.;OPOS=121455550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:78:67:70:8:8:0.102564:7:1:39:28:7:1:39:31 chr8 121530190 . A G 1382.45 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.414;QD=61.4424;RBI=0.034237;REFB=0.0228065;REVB=0.0122982;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117006;STB=0.506171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=2.11976e-05;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:49:40:1:0:49:40:1:0 chr8 123966085 . G A 365.3 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0108948;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.481;QD=14.3254;RBI=0.0119481;REFB=-0.0317763;REVB=0.00490513;RO=58;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398757;STB=0.508942;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0358441;OID=.;OPOS=123966085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:60:42:42:0.411765:26:16:20:38:26:16:22:38 chr8 123966159 . G C 1154.21 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0681954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0772;QD=59.1903;RBI=0.110212;REFB=-0.0520138;REVB=0.0865795;RO=1;SAF=25;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185498;STB=0.509431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00141664;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:51:25:1:0:51:26:1:0 chr8 123985708 . A G 809.4 PASS AF=0.464088;AO=84;DP=180;FAO=84;FDP=181;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00305717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.543;QD=17.8873;RBI=0.0105095;REFB=-0.0139973;REVB=-0.010055;RO=95;SAF=41;SAR=43;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340742;STB=0.518504;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0133205;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:95:97:84:84:0.464088:43:41:43:52:43:41:44:53 chr8 124027562 . C T 655.85 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.0158865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.3;QD=21.1564;RBI=0.0162751;REFB=-0.0184773;REVB=0.0035354;RO=59;SAF=32;SAR=33;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190198;STB=0.604126;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0135169;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:59:65:65:0.524194:33:32:42:17:33:32:42:17 chr8 124027628 . T C 527.14 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0747437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.546;QD=22.1954;RBI=0.0773503;REFB=-0.0139487;REVB=0.0199113;RO=45;SAF=24;SAR=26;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178873;STB=0.598288;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00602306;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:26:24:31:14:26:24:31:14 chr8 124138855 . G A 329.72 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.015113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.96;QD=20.9349;RBI=0.0151968;REFB=-0.00811269;REVB=0.00159413;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853282;STB=0.553042;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00610022;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:16:17:12:17:16:18:12:17 chr8 124138891 . G A 374.61 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00647656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.383;QD=20.8118;RBI=0.00647677;REFB=-0.0116056;REVB=5.21702e-05;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125661;STB=0.569409;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00822606;OID=.;OPOS=124138891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:19:19:12:22:19:19:12:22 chr8 124140634 . T C 641.2 PASS AF=0.520325;AO=57;DP=125;FAO=64;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00105239;FXX=0.0159987;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.779;QD=20.8519;RBI=0.00849979;REFB=-0.00568592;REVB=-0.00843439;RO=39;SAF=22;SAR=35;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971574;STB=0.605716;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00150708;OID=.;OPOS=124140634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:39:59:57:64:0.520325:35:22:20:19:40:24:35:24 chr8 124142489 . T C 464.62 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00199933;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.618;QD=14.5193;RBI=0.0165365;REFB=-0.0109329;REVB=0.0164152;RO=74;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138171;STB=0.577032;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0186206;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:74:76:52:52:0.40625:24:28:30:44:24:28:31:45 chr8 124169554 . G A 837.75 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0021334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.083;QD=21.6194;RBI=0.0281109;REFB=-0.0148549;REVB=-0.0280298;RO=67;SAF=60;SAR=23;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093285;STB=0.561247;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0103951;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:67:72:83:83:0.535484:23:60:42:25:23:60:44:28 chr8 124525483 . C T 630.57 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=141;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0149216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7123;QD=17.7624;RBI=0.0171919;REFB=-0.0110161;REVB=0.00853848;RO=77;SAF=27;SAR=37;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326644;STB=0.522892;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0142818;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:77:77:64:65:0.457746:37:27:30:47:37:28:30:47 chr8 124594546 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00679155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.01;QD=9.47555;RBI=0.0492964;REFB=-0.0066592;REVB=-0.0488264;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257359;STB=0.657393;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0116434;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:11:10:7:3:11:10 chr8 124663895 . G A 432.44 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0193083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.361;QD=16.1661;RBI=0.0193133;REFB=-0.0121672;REVB=0.000438787;RO=53;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889939;STB=0.523355;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0174077;OID=.;OPOS=124663895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:53:59:48:48:0.448598:24:24:27:26:24:24:32:27 chr8 124664130 . C T 242.24 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0158501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5377;QD=10.4188;RBI=0.0404862;REFB=0.00442091;REVB=-0.0372546;RO=59;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162787;STB=0.573863;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00745447;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:63:30:30:0.322581:12:18:27:32:12:18:31:32 chr8 124664167 . T C 464.13 PASS AF=0.389706;AO=52;DP=134;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0136761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.33;QD=13.6509;RBI=0.0250377;REFB=-0.011719;REVB=0.0209726;RO=81;SAF=30;SAR=22;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142412;STB=0.573221;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0191211;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:81:83:52:53:0.389706:22:30:36:45:23:30:37:46 chr8 124664792 . C T 452.23 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00801831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.095;QD=19.4506;RBI=0.0278571;REFB=-0.0303834;REVB=-0.0266782;RO=47;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407269;STB=0.508925;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0296488;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:27:18:19:28:27:18:20:28 chr8 124664873 . AT GC 415.38 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.015388;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.999;QD=15.2434;RBI=0.0154036;REFB=-0.0045468;REVB=0.000693035;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378545;STB=0.515841;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=0.00547563;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:26:21:25:36:26:21:26:36 chr8 124710715 . C T 583.84 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0245654;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.864;QD=25.6634;RBI=0.030387;REFB=-0.0616383;REVB=0.0178861;RO=36;SAF=23;SAR=30;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130721;STB=0.505492;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0370797;OID=.;OPOS=124710715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:36:38:53:53:0.582418:30:23:15:21:30:23:16:22 chr8 124749610 . C T 1079.44 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0633;QD=59.1474;RBI=0.0280535;REFB=0;REVB=0.00214975;RO=0;SAF=52;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152422;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:19:52:0:0:21:52:0:0 chr8 124822581 . A G 297.94 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0017818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.906;QD=18.621;RBI=0.036281;REFB=-0.00386045;REVB=0.0362372;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281749;STB=0.515707;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00376986;OID=.;OPOS=124822581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:15:17:18:14:15:17:18:14 chr8 124824826 . G A 2011.69 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223727;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.121;QD=62.378;RBI=0.0387839;REFB=0;REVB=0.0316804;RO=0;SAF=54;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126373;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:75:54:0:0:75:54:0:0 chr8 124826804 . G T 648.33 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.00830077;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7677;QD=16.2082;RBI=0.0087433;REFB=-0.0271213;REVB=-0.00274635;RO=87;SAF=38;SAR=33;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164491;STB=0.508589;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0397384;OID=.;OPOS=124826804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:87:89:71:71:0.44375:33:38:48:39:33:38:49:40 chr8 124982355 . G A 510.53 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.0226705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.79;QD=18.3974;RBI=0.0273589;REFB=-0.00933006;REVB=-0.0153154;RO=57;SAF=26;SAR=28;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205444;STB=0.613168;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0129957;OID=.;OPOS=124982355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:28:26:15:42:28:26:15:42 chr8 124987478 . T C 466.17 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00323328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.999;QD=13.8123;RBI=0.00459855;REFB=-0.00493652;REVB=0.00326995;RO=81;SAF=26;SAR=27;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109073;STB=0.557456;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00699612;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:82:53:53:0.392593:27:26:48:33:27:26:48:34 chr8 125061895 . G A 1063.47 PASS AF=0.460251;AO=107;DP=236;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.01716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.748;QD=17.7986;RBI=0.0176757;REFB=-0.0140013;REVB=-0.00423844;RO=129;SAF=41;SAR=66;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129399;STB=0.571682;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0140828;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:239:129:129:107:110:0.460251:66:41:66:63:68:42:66:63 chr8 125072426 . T C 600.92 PASS AF=0.593407;AO=42;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00576544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.282;QD=26.4139;RBI=0.0579786;REFB=-0.0281268;REVB=0.0576912;RO=36;SAF=33;SAR=9;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105225;STB=0.524663;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.02171;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:36:37:42:54:0.593407:9:33:25:11:19:35:26:11 chr8 125076589 . T G 432.42 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0365911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9198;QD=14.6584;RBI=0.0433144;REFB=-0.00122063;REVB=0.0231783;RO=68;SAF=24;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506578;STB=0.528444;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00280516;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:26:24:36:32:26:24:36:32 chr8 125107201 . G A 423.18 PASS AF=0.362319;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00289932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.936;QD=12.266;RBI=0.013099;REFB=0.00123362;REVB=0.0127741;RO=88;SAF=22;SAR=28;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292353;STB=0.516689;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00190145;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:88:88:50:50:0.362319:28:22:41:47:28:22:41:47 chr8 125107207 . C T 428.66 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0310618;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.62;QD=12.7958;RBI=0.0358355;REFB=-0.00421946;REVB=-0.0178702;RO=83;SAF=23;SAR=27;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109009;STB=0.504809;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00961159;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:83:84:50:50:0.373134:27:23:39:44:27:23:38:46 chr8 125272972 . T A 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0564606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2299;QD=19.0135;RBI=0.0577757;REFB=0.0265044;REVB=0.0122571;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250535;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0133191;OID=.;OPOS=125272972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:6:8:9:6:6:8 chr8 125463250 . T C 709.56 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=0.00289764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.286;QD=21.8325;RBI=0.00365707;REFB=-0.00402606;REVB=-0.00223111;RO=61;SAF=25;SAR=44;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11181;STB=0.56108;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00436645;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:44:25:15:46:44:25:15:46 chr8 125463544 . T C 538.2 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00225574;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.396;QD=20.5027;RBI=0.00733866;REFB=-0.027881;REVB=0.00698338;RO=49;SAF=34;SAR=21;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319166;STB=0.511058;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0289796;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:50:55:55:0.52381:21:34:32:17:21:34:32:18 chr8 125498547 . C T 268.49 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00345012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.67;QD=16.2722;RBI=0.0211927;REFB=-0.0137481;REVB=-0.02091;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452256;STB=0.51295;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0170797;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:36:30:30:0.454545:19:11:14:20:19:11:14:22 chr8 125568162 . A G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00100503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.937;QD=9.21743;RBI=0.0112874;REFB=-0.0261738;REVB=-0.0112425;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787;STB=0.547111;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0491954;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:8:8:16:21:8:8:16:21 chr8 125568623 . A G 331.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.014496;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.004;QD=23.6877;RBI=0.0188243;REFB=-0.0146203;REVB=0.0120091;RO=23;SAF=20;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223509;STB=0.622912;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0126889;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:23:33:33:0.589286:13:20:7:16:13:20:7:16 chr8 125579973 . C T 425.67 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0147414;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.579;QD=16.3718;RBI=0.0220614;REFB=-0.0278586;REVB=-0.0164133;RO=53;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873598;STB=0.555211;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0304561;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:57:47:47:0.451923:25:22:20:33:25:22:21:36 chr8 125579990 . C T 537.61 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0151696;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4774;QD=19.0303;RBI=0.017155;REFB=-0.0139712;REVB=-0.00801106;RO=57;SAF=24;SAR=32;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732924;STB=0.540456;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0115651;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:57:57:56:56:0.495575:32:24:20:37:32:24:20:37 chr8 125580075 . G C 466.73 PASS AF=0.494624;AO=47;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0229496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5635;QD=20.0743;RBI=0.0526159;REFB=-0.0136964;REVB=0.0473471;RO=45;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390987;STB=0.506846;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0147292;OID=.;OPOS=125580075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:47:47:46:0.494624:28:19:18:27:28:18:19:28 chr8 126142476 . G C 600.27 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0194038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7786;QD=16.7907;RBI=0.0491288;REFB=-0.00555831;REVB=-0.0451346;RO=80;SAF=31;SAR=32;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956305;STB=0.553297;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00982384;OID=.;OPOS=126142476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:32:31:47:33:32:31:47:33 chr8 126283111 . G T 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00623468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.694;QD=18.0355;RBI=0.0240044;REFB=-0.0128302;REVB=0.0231806;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463131;STB=0.526292;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0142467;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:11:16:12:10:11:16 chr8 127565184 . A G 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.015879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.588;QD=17.9229;RBI=0.0249725;REFB=0.000428164;REVB=-0.0192738;RO=46;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114001;STB=0.563891;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000577325;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:13:27:26:20:13:27:26:20 chr8 127683774 . G T 544.95 PASS AF=0.545455;AO=52;DP=101;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0115777;FXX=0.0294089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.974;QD=22.0183;RBI=0.0166487;REFB=-0.0166895;REVB=0.0119639;RO=45;SAF=31;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054331;STB=0.518821;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0110384;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:45:45:52:54:0.545455:21:31:24:21:23:31:24:21 chr8 127683850 . T C 756.61 PASS AF=0.509934;AO=76;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0915653;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.396;QD=20.0427;RBI=0.0923605;REFB=-0.0139831;REVB=-0.0120932;RO=74;SAF=42;SAR=34;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836459;STB=0.548608;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.016461;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:74:76:77:0.509934:34:42:34:40:34:43:34:40 chr8 128428638 . G A 1644.0 PASS AF=0.545775;AO=155;DP=284;FAO=155;FDP=284;FR=.;FRO=129;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.0106811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.707;QD=23.1549;RBI=0.0107025;REFB=-0.0111309;REVB=-0.00067579;RO=128;SAF=76;SAR=79;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494609;STB=0.504409;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00977043;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:128:129:155:155:0.545775:79:76:62:66:79:76:62:67 chr8 128428656 . A C 1014.29 PASS AF=0.402827;AO=114;DP=283;FAO=114;FDP=283;FR=.;FRO=169;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=89;FWDB=-0.00757398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6182;QD=14.3362;RBI=0.031334;REFB=-0.0144743;REVB=-0.0304048;RO=162;SAF=52;SAR=62;SRF=75;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721862;STB=0.51035;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0162267;OID=.;OPOS=128428656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:162:169:114:114:0.402827:62:52:75:87:62:52:80:89 chr8 128428751 . A G 909.85 PASS AF=0.523256;AO=90;DP=172;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.000547584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.007;QD=21.1593;RBI=0.0375971;REFB=-0.00437635;REVB=0.0375931;RO=82;SAF=39;SAR=51;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714098;STB=0.539066;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00374933;OID=.;OPOS=128428751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:82:82:90:90:0.523256:51:39:29:53:51:39:29:53 chr8 128428795 . G A 679.84 PASS AF=0.443114;AO=75;DP=167;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.00454929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9241;QD=16.2836;RBI=0.0328279;REFB=-0.00417366;REVB=-0.0325111;RO=91;SAF=29;SAR=46;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652587;STB=0.534361;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00758373;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:91:93:75:74:0.443114:46:29:41:50:45:29:42:51 chr8 128428823 . G C 842.47 PASS AF=0.485876;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.000510661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.21;QD=19.0388;RBI=0.0144006;REFB=-0.0150439;REVB=0.0143916;RO=90;SAF=33;SAR=53;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506081;STB=0.506438;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0159479;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:90:91:86:86:0.485876:53:33:35:55:53:33:36:55 chr8 128429262 . G C 42.25 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00915984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3371;QD=4.8288;RBI=0.0679204;REFB=-0.00068035;REVB=0.0672999;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150496;STB=0.612587;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0111345;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:4:3:15:12:4:3:16:12 chr8 128429455 . AG AGA,GA 170.51 PASS AF=0.1875,0.8125;AO=3,10;DP=18;FAO=3,13;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587437,-0.000745414;FXX=0.111049;HRUN=3,16;LEN=1,2;MLLD=16.9206,43.8828;QD=42.6275;RBI=0.0898833,0.00869708;REFB=0,0;REVB=0.0680308,-0.00866508;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0335396,-0.000898757;OID=.,.;OPOS=128429457,128429455;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:18:16:0:0:3,10:3,13:0.1875,0.8125:1,4:2,6:0:0:1,5:2,8:0:0 chr8 128429510 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0104585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.792;QD=14.6501;RBI=0.0284238;REFB=0.0151073;REVB=-0.0264298;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128134;STB=0.57341;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0141102;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:18:13:7:16:18:13 chr8 128429519 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0135355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.153;QD=15.7729;RBI=0.0203469;REFB=-0.0235275;REVB=-0.0151917;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867227;STB=0.561134;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0230816;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:8:19:20:12:8:19:20:13 chr8 128429652 . G A 390.94 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0214739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.323;QD=16.6355;RBI=0.0485014;REFB=-0.00118735;REVB=-0.0434886;RO=53;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078415;STB=0.54402;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000867789;OID=.;OPOS=128429652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:21:20:30:23:21:20:30:23 chr8 128429660 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8151;QD=61.3746;RBI=0.0253057;REFB=0;REVB=0.0218928;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024376;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr8 128429721 . T C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0467305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8229;QD=13.7734;RBI=0.0469925;REFB=-0.0253323;REVB=-0.0049554;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898566;STB=0.551947;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0332876;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:15:16:12:8:15:16 chr8 128429732 . C T 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00105388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.259;QD=11.1969;RBI=0.0210354;REFB=-0.0209595;REVB=-0.021009;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987403;STB=0.558727;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0220535;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:13:9:6:6:13:9 chr8 128429779 . T G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0607435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.136;QD=18.7443;RBI=0.0784683;REFB=-0.0685161;REVB=-0.049674;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0280915;OID=.;OPOS=128429779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr8 128430225 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0115209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.904;QD=14.0438;RBI=0.0130901;REFB=-0.0112463;REVB=-0.00621464;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0104962;OID=.;OPOS=128430225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr8 128430478 . G T 48.32 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00607397;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.626;QD=10.7385;RBI=0.0388484;REFB=-0.000247959;REVB=-0.0383707;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381916;STB=0.726721;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00352365;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:9:2:4:3:9:2 chr8 128430501 . C T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00293498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.894;QD=29.1642;RBI=0.0220748;REFB=-0.0348654;REVB=-0.0218788;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.571311;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00256624;OID=.;OPOS=128430501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:3:0:2:9:3:0 chr8 128430872 . A AATG 61.99 PASS AF=0.257143;AO=6;DP=38;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000330639;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=3;MLLD=290.416;QD=7.08483;RBI=0.00958036;REFB=-0.00333136;REVB=0.00957465;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405181;STB=0.627162;STBP=0.421;TYPE=ins;VARB=0.0106231;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:6:38:9:35:26:3:6:13:13:61:29:1:5:14:15 chr8 128431768 . A G 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0140391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.536;QD=17.8974;RBI=0.0140899;REFB=-0.0172966;REVB=-0.00119534;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126952;STB=0.57097;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0207146;OID=.;OPOS=128431768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:25:18:28:23:25:18:28:23 chr8 128432206 . C A 193.84 PASS AF=0.40678;AO=20;DP=54;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.00889862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.071;QD=13.1415;RBI=0.0120939;REFB=-0.0199726;REVB=0.0081901;RO=32;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211036;STB=0.534494;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0322659;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:32:35:20:24:0.40678:16:4:6:26:19:5:6:29 chr8 129021179 . G A 132.08 PASS AF=0.3;AO=16;DP=64;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.000510487;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.304;QD=8.8053;RBI=0.00384731;REFB=-0.00576474;REVB=-0.00381329;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106637;STB=0.523596;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0191396;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:30:42:16:18:0.3:11:5:12:18:11:7:15:27 chr8 129022785 . T C 1015.72 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.774;QD=56.4288;RBI=0.0110974;REFB=0.0877629;REVB=0.00108131;RO=1;SAF=46;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101688;STB=0.504827;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000152914;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:24:46:1:0:24:46:1:1 chr8 129022816 . G A 245.08 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000801689;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.487;QD=13.0708;RBI=0.0139633;REFB=-0.0179412;REVB=0.0139403;RO=42;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172437;STB=0.583441;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0131327;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:42:46:28:29:0.386667:9:19:22:20:9:20:26:20 chr8 129022818 . T A 233.52 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.027481;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.234;QD=12.623;RBI=0.0448695;REFB=0.00632228;REVB=0.0354693;RO=46;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132356;STB=0.576303;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.004064;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:9:19:26:20:9:19:26:20 chr8 129162431 . G GT,T 465.23 PASS AF=0.972973,0;AO=8,4;DP=58;FAO=36,0;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0280673,0.0382421;FXX=0.362007;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.6855,36.5724;QD=50.295;RBI=0.196151,0.0389248;REFB=0.0650399,-0.0241956;REVB=0.194133,-0.00725842;RO=45;SAF=2,0;SAR=6,4;SRF=23;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.323309,-0.554836;STB=0.510198,0.5;STBP=0.598,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00100007,0;OID=.,.;OPOS=129162432,129162431;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:37:45:1:8,4:36,0:0.972973,0:6,4:2,0:23:22:24,0:12,0:0:1 chr8 129162433 . G A,T 401.45 PASS AF=0.232143,0.482143;AO=13,23;DP=50;FAO=13,27;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=8,10;FSAR=5,17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00421386,0.0255306;FXX=0.0344768;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=125.442,38.8816;QD=28.6748;RBI=0.00672205,0.0988062;REFB=-0.0113737,-0.13346;REVB=0.00523731,0.0954508;RO=13;SAF=8,9;SAR=5,14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.263617,0.058241;STB=0.693599,0.549207;STBP=0.089,0.451;TYPE=snp,snp;VARB=0.00281287,0.0743991;OID=.,.;OPOS=129162433,129162433;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:56:13:16:13,23:13,27:0.232143,0.482143:5,14:8,9:4:9:5,17:8,10:4:12 chr8 130760850 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.683;QD=58.9623;RBI=0.0312289;REFB=0;REVB=0.0208906;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93925e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr8 131124559 . T C 431.0 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00223343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.442;QD=20.2823;RBI=0.00223863;REFB=-0.00107095;REVB=0.000152584;RO=42;SAF=11;SAR=32;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203274;STB=0.613362;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00136544;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:32:11:19:23:32:11:19:23 chr8 131140180 . G A 427.98 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0145828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.539;QD=19.4537;RBI=0.0148083;REFB=-0.0100203;REVB=-0.002574;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171527;STB=0.595436;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0159808;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:16:27:20:25:16:27:20:25 chr8 131353139 . T C 545.51 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0522759;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1479;QD=25.3726;RBI=0.054641;REFB=-0.0355896;REVB=0.0159019;RO=34;SAF=36;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141568;STB=0.501154;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.015937;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:34:36:50:50:0.581395:14:36:25:9:14:36:26:10 chr8 132982824 . A G 196.25 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00695814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.251;QD=10.7534;RBI=0.0512649;REFB=0.00474611;REVB=0.0507904;RO=48;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483371;STB=0.539294;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00528523;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:24:25:0.342466:14:10:22:26:15:10:22:26 chr8 132999936 . A G 842.16 PASS AF=0.590909;AO=76;DP=131;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0226512;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.993;QD=25.5201;RBI=0.0253411;REFB=-0.0180155;REVB=0.011362;RO=52;SAF=35;SAR=41;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720561;STB=0.54283;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00985718;OID=.;OPOS=132999936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:52:54:76:78:0.590909:41:35:19:33:41:37:20:34 chr8 133045399 . A G 210.71 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0299558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0465;QD=14.0473;RBI=0.0449464;REFB=-0.00638169;REVB=0.0335086;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762227;STB=0.543472;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0105809;OID=.;OPOS=133045399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:18:17:14:11:18:17 chr8 133048593 . C T 250.49 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0205803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1231;QD=12.3701;RBI=0.0242428;REFB=-0.0116401;REVB=0.0128128;RO=50;SAF=21;SAR=9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166564;STB=0.591217;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0138481;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:9:21:28:22:9:21:29:22 chr8 133048619 . T C 368.71 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0152232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.484;QD=16.7596;RBI=0.0209269;REFB=-0.0148297;REVB=0.0143593;RO=47;SAF=26;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754228;STB=0.557347;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0156826;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:49:39:39:0.443182:13:26:28:19:13:26:28:21 chr8 133053309 . T C 459.08 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0051983;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.684;QD=20.6327;RBI=0.0197483;REFB=-0.0199696;REVB=0.0190518;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720108;STB=0.539153;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00953894;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:44:44:45:0.505618:18:26:22:21:18:27:23:21 chr8 133053318 . T C 459.79 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00396521;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.216;QD=20.6646;RBI=0.0074267;REFB=0.00464381;REVB=-0.00627958;RO=43;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797614;STB=0.539153;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00518614;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:44:45:45:0.505618:18:27:22:21:18:27:23:21 chr8 133058090 . C G 270.66 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=88;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0567132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.385;QD=12.1644;RBI=0.0584341;REFB=-0.0167866;REVB=-0.0140765;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14292;STB=0.576466;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0369126;OID=.;OPOS=133058090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:57:31:32:0.359551:16:15:20:36:17:15:20:37 chr8 133076243 . C T 43.29 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0118618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.174;QD=1.90307;RBI=0.0322971;REFB=-0.00555222;REVB=-0.0300399;RO=80;SAF=8;SAR=2;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308654;STB=0.732168;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0334022;OID=.;OPOS=133076243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:80:81:10:10:0.10989:2:8:45:35:2:8:46:35 chr8 133101818 . G A 423.56 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00798674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.129;QD=16.1355;RBI=0.0101124;REFB=-0.00701346;REVB=-0.00620269;RO=58;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294269;STB=0.516445;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00729408;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:20:27:35:23:20:27:35:23 chr8 133107830 . T C 408.38 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0233803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.219;QD=14.4558;RBI=0.0266979;REFB=-0.019255;REVB=0.0128895;RO=66;SAF=20;SAR=26;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177538;STB=0.604434;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0266588;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:66:66:46:47:0.415929:26:20:40:26:27:20:40:26 chr8 133723166 . A G 700.35 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0266035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.155;QD=23.9436;RBI=0.0272728;REFB=-0.00821424;REVB=-0.00600469;RO=49;SAF=45;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212381;STB=0.620653;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0100698;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:49:50:67:67:0.57265:22:45:20:29:22:45:20:30 chr8 133854970 . A G 528.33 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00819151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=22.2455;RBI=0.0413813;REFB=-0.0109899;REVB=0.0405625;RO=44;SAF=29;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881452;STB=0.554118;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00930355;OID=.;OPOS=133854970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:21:29:21:23:21:29:21:24 chr8 133859871 . T A 62.04 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00956179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.814;QD=7.51953;RBI=0.0101005;REFB=0.00416708;REVB=-0.00325471;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930455;STB=0.533258;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0101846;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:22:24:9:9:0.272727:6:3:9:13:6:3:9:15 chr8 133900252 . T G 636.87 PASS AF=0.643678;AO=55;DP=86;FAO=56;FDP=87;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0131516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.315;QD=29.2812;RBI=0.0240295;REFB=-0.0300287;REVB=0.0201111;RO=31;SAF=28;SAR=27;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1122;STB=0.563196;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.017261;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:31:31:55:56:0.643678:27:28:21:10:28:28:21:10 chr8 133900386 . T C 263.85 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0326083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.8;QD=20.6939;RBI=0.0428351;REFB=-0.0193383;REVB=0.0277766;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182825;STB=0.506325;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0174268;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:26:28:0.54902:13:13:11:12:15:13:11:12 chr8 133900495 . G A 489.2 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00366086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.889;QD=21.9864;RBI=0.0273094;REFB=-0.00101429;REVB=-0.027063;RO=42;SAF=29;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455176;STB=0.525066;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0009121;OID=.;OPOS=133900495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:18:29:28:14:18:29:28:14 chr8 133906136 . G C 1013.69 PASS AF=0.541899;AO=97;DP=179;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00564731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.146;QD=22.6523;RBI=0.00606636;REFB=-0.0114792;REVB=-0.00221555;RO=82;SAF=52;SAR=45;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107164;STB=0.505851;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00943717;OID=.;OPOS=133906136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:82:82:97:97:0.541899:45:52:45:37:45:52:45:37 chr8 133909974 . A G 279.31 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00954707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6885;QD=18.936;RBI=0.0326746;REFB=-0.033609;REVB=-0.0312488;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276638;STB=0.663046;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0421605;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:21:9:17:11:21:9:18:11 chr8 133910502 . A C 713.26 PASS AF=0.622642;AO=67;DP=107;FAO=66;FDP=106;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00699098;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.288;QD=26.9153;RBI=0.0109194;REFB=-0.0188882;REVB=-0.00838802;RO=39;SAF=28;SAR=39;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125179;STB=0.515868;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0108677;OID=.;OPOS=133910502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:39:40:67:66:0.622642:39:28:17:22:39:27:18:22 chr8 134108453 . C T 1576.05 PASS AF=0.981651;AO=108;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.01023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0228;QD=57.8367;RBI=0.0112485;REFB=-0.0518256;REVB=0.00467715;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114358;STB=0.502264;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00286195;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:1:2:108:107:0.981651:67:41:1:0:66:41:1:1 chr8 134108546 . T C,G 1923.14 PASS AF=0.914729,0.0775194;AO=117,10;DP=128;FAO=118,10;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=39,3;FSAR=79,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00752092,-0.0134537;FXX=0.00769172;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.637,118.641;QD=59.6322;RBI=0.015394,0.0136088;REFB=-0.0891057,-0.0627781;REVB=0.0134317,0.00204871;RO=0;SAF=38,3;SAR=79,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.49722e-08,0;STB=0.503144,0.533268;STBP=0.581,0.621;TYPE=snp,snp;VARB=0.00376752,0.0287861;OID=.,.;OPOS=134108546,134108546;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:128:129:0:1:117,10:118,10:0.914729,0.0775194:79,7:38,3:0:0:79,7:39,3:0:1 chr8 134114771 . C T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.732;QD=52.4084;RBI=0.027598;REFB=-0.04185;REVB=-0.0163785;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000328313;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:14:18:1:0:14:18:2:0 chr8 134125682 . G A 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.672;QD=58.4154;RBI=0.00608795;REFB=0;REVB=0.00487767;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20675e-06;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr8 134232973 . TGCCCCC CTGCCCC,TGCCCC,TGCCCCG 34.28 PASS AF=0,0.311111,0;AO=2,13,2;DP=47;FAO=0,14,0;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=0,6,0;FSAR=0,8,0;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0298481,-0.0232582,-0.0351573;FXX=0.0425441;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=90.0549,10.3315,44.6482;QD=3.04687;RBI=0.0315756,0.0240189,0.0374447;REFB=-0.00783371,-0.0959144,-0.0106447;REVB=-0.010301,0.00599661,-0.0128868;RO=22;SAF=2,2,2;SAR=0,11,0;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.589202,-0.257142,0.589202;STB=0.5,0.576055,0.5;STBP=1,0.52,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.134749,0;OID=.,.,.;OPOS=134232973,134232975,134232979;OREF=TGC,C,C;OALT=CTG,-,G;OMAPALT=CTGCCCC,TGCCCC,TGCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:47:45:22:31:2,13,2:0,14,0:0,0.311111,0:0,11,0:2,2,2:7:15:0,8,0:0,6,0:10:21 chr8 134474148 . C T 729.87 PASS AF=0.677778;AO=61;DP=91;FAO=61;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.000652002;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.931;QD=32.4385;RBI=0.000913356;REFB=-0.0108306;REVB=-0.00063962;RO=29;SAF=41;SAR=20;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119154;STB=0.506432;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00731643;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:29:29:61:61:0.677778:20:41:20:9:20:41:20:9 chr8 134488007 . G A 740.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8106;QD=56.9503;RBI=0.110349;REFB=0;REVB=0.104274;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010682;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr8 135533166 . C A 346.02 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00928125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0644;QD=14.4177;RBI=0.0413062;REFB=-0.00657647;REVB=0.0402499;RO=57;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186246;STB=0.51541;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0110991;OID=.;OPOS=135533166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:58:38:38:0.395833:20:18:26:31:20:18:26:32 chr8 135602581 . A G 1347.96 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0539096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2189;QD=52.8611;RBI=0.0594399;REFB=-0.0688953;REVB=0.0250371;RO=5;SAF=36;SAR=60;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017583;STB=0.513155;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00410005;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:102:102:5:6:96:96:0.941176:60:36:1:4:60:36:1:5 chr8 135612595 . A G 447.1 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.922;QD=57.6899;RBI=0.057159;REFB=0;REVB=0.057102;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323641;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:18:13:0:0 chr8 135612745 . A G 2292.11 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314455;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.727;QD=61.1229;RBI=0.0572903;REFB=0;REVB=0.0478891;RO=0;SAF=80;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96016e-05;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:147:150:1:67:80:0:0:67:83:0:0 chr8 135614705 . A G 1208.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2354;QD=61.206;RBI=0.079246;REFB=0;REVB=-0.0425825;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877361;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr8 135614972 . A G 1471.6 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4173;QD=63.2947;RBI=0.0434118;REFB=0;REVB=-0.0142381;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284407;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr8 135649848 . G A 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-2.86578e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.2;QD=17.4233;RBI=0.00993938;REFB=-0.0147291;REVB=0.00993934;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180902;STB=0.601115;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0177062;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:12:22:14:17:12:22 chr8 136659426 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.606;QD=60.9786;RBI=0.0221466;REFB=0;REVB=0.00515176;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63347e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr8 139143942 . A G 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2161;QD=59.1401;RBI=0.0710468;REFB=0;REVB=0.0520854;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66776e-05;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:48:19:0:0:48:19:0:0 chr8 139164192 . G A 666.79 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00732985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.468;QD=56.7477;RBI=0.0149323;REFB=0.00639752;REVB=0.0130095;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391107;STB=0.519991;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-4.79698e-05;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:21:23:2:0:21:24:2:0 chr8 139165068 . C T 222.85 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.264;QD=49.5225;RBI=0.0241954;REFB=0;REVB=0.0169405;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308706;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr8 139165272 . TG CA 870.34 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271745;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.267;QD=58.0227;RBI=0.0333895;REFB=0;REVB=0.0194011;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.2019e-05;OID=.;OPOS=139165272;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:24:34:0:0:24:36:0:0 chr8 139165289 . T C 1012.01 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00829412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3319;QD=57.8292;RBI=0.108508;REFB=-0.0500194;REVB=0.10819;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000722107;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:29:40:0:0:29:40:1:0 chr8 139379669 . G A 319.67 PASS AF=0.636364;AO=24;DP=39;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.029764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.956;QD=29.061;RBI=0.0306118;REFB=-0.000425051;REVB=-0.00715431;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109758;STB=0.555711;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000390613;OID=.;OPOS=139379669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:44:15:16:24:28:0.636364:10:14:11:4:11:17:12:4 chr8 139626176 . C G 1771.72 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573721;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9467;QD=61.0939;RBI=0.0332702;REFB=0;REVB=-0.0327718;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39425e-05;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:51:64:0:0:51:65:0:0 chr8 139647262 . A G 639.93 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000115206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.447;QD=60.9452;RBI=0.0428021;REFB=0;REVB=0.042802;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162152;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:33:42:1:16:17:0:0:24:18:0:0 chr8 139672671 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.976;QD=64.4148;RBI=0.0224687;REFB=0;REVB=-0.0196455;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54322e-05;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr8 139697478 . T C 6330.91 PASS AF=1;AO=396;DP=405;FAO=405;FDP=405;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276206;FXX=0.0217386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.791;QD=62.5276;RBI=0.0295256;REFB=0.0775217;REVB=0.0104338;RO=0;SAF=180;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74233e-05;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:405:405:0:0:396:405:1:216:180:0:0:219:186:0:0 chr8 139712323 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.05;QD=57.1761;RBI=0.0331684;REFB=0;REVB=-0.0292807;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08753e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr8 139749758 . G T 587.59 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0124776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.108;QD=31.7618;RBI=0.0206906;REFB=-0.0113963;REVB=-0.0165049;RO=22;SAF=25;SAR=26;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308072;STB=0.5098;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00549499;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:22:23:51:51:0.689189:26:25:12:10:26:25:12:11 chr8 139767379 . C T 855.35 PASS AF=0.616;AO=77;DP=126;FAO=77;FDP=125;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0484741;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.438;QD=27.3713;RBI=0.0485552;REFB=-0.0307986;REVB=0.00280552;RO=47;SAF=42;SAR=35;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546;STB=0.506606;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0174516;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:47:48:77:77:0.616:35:42:26:21:35:42:27:21 chr8 139768085 . G A 372.45 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5101;QD=55.1779;RBI=0.0758797;REFB=0;REVB=0.0537179;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28011e-05;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:4:22:0:0:5:22:0:0 chr8 139838912 . T C 1044.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.359;QD=59.6593;RBI=0.0408048;REFB=0;REVB=0.0359814;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161451;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr8 140630990 . A G 760.67 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618011;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9329;QD=56.3458;RBI=0.00625552;REFB=0;REVB=-0.000968371;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411783;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:22:32:0:0 chr8 140945896 . G A 696.56 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000141665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.508;QD=52.5707;RBI=0.0212913;REFB=-0.0308372;REVB=-0.0212909;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00107667;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:22:29:1:0:22:29:1:1 chr8 141310644 . G A 775.57 PASS AF=0.487805;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.020964;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.672;QD=18.9164;RBI=0.0211578;REFB=0.00876367;REVB=-0.00285727;RO=81;SAF=51;SAR=29;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101925;STB=0.554689;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0121991;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:81:84:80:80:0.487805:29:51:43:38:29:51:45:39 chr8 141461062 . G A 287.57 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0394433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5676;QD=15.9761;RBI=0.0650743;REFB=-0.00279622;REVB=0.051758;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739703;STB=0.541641;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00782404;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:23:17:16:16:23:17 chr8 141461185 . A G 98.3 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.023886;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.134;QD=10.3478;RBI=0.0243555;REFB=0.000119293;REVB=-0.00475913;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116427;STB=0.5713;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00613937;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:38:38:26:26:12:12:0.315789:2:10:20:6:2:10:20:6 chr8 141461266 . A G 204.28 PASS AF=0.35443;AO=22;DP=75;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00454522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.81;QD=10.343;RBI=0.0926556;REFB=-0.0362836;REVB=-0.0925441;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185694;STB=0.607522;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0628505;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:47:51:22:28:0.35443:11:11:31:16:14:14:34:17 chr8 141559358 . G A 335.57 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0172572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.06;QD=16.9907;RBI=0.0178823;REFB=-0.0135908;REVB=0.00468664;RO=42;SAF=29;SAR=7;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126707;STB=0.567416;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0142576;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:36:36:0.455696:7:29:30:12:7:29:31:12 chr8 141566311 . C T 179.02 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0731524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.594;QD=8.95111;RBI=0.0737611;REFB=-0.0112834;REVB=-0.00945696;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493102;STB=0.529203;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0241474;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:13:11:28:28:13:11:28:28 chr8 141568622 . G A 359.84 PASS AF=0.323741;AO=44;DP=141;FAO=45;FDP=139;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0221235;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8972;QD=10.3551;RBI=0.0222442;REFB=0.00708557;REVB=-0.00231434;RO=89;SAF=18;SAR=26;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869534;STB=0.547038;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0108018;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:89:94:44:45:0.323741:26:18:43:46:27:18:44:50 chr8 141679817 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0172054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.129;QD=17.5596;RBI=0.0175638;REFB=0.00698937;REVB=0.00352981;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172961;STB=0.598743;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00656011;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:12:9:11:7:12:9 chr8 141774282 . A C 624.58 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1797;QD=60.9345;RBI=0.116875;REFB=0;REVB=0.0921732;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248575;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr8 141840645 . G A 221.1 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0382061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.28;QD=10.0499;RBI=0.0398092;REFB=0.00453638;REVB=0.0111836;RO=60;SAF=6;SAR=22;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333151;STB=0.697607;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00945024;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:60:28:28:0.318182:22:6:28:32:22:6:28:32 chr8 142146708 . T C 594.44 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105113;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.363;QD=60.9685;RBI=0.0163568;REFB=0;REVB=0.0125322;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61914e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:18:21:0:0 chr8 142152442 . A G 1434.37 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.531;QD=63.0493;RBI=0.0420285;REFB=0;REVB=0.0325647;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173377;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:44:46:0:0:44:47:0:0 chr8 142154291 . G A 1525.58 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.568;QD=59.8266;RBI=0.00891421;REFB=0;REVB=-0.0042457;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85786e-06;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:58:44:0:0 chr8 142161032 . A C 1259.0 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.677;QD=61.4146;RBI=0.00995708;REFB=0;REVB=-0.00539201;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29319e-05;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:32:48:0:0:33:49:0:0 chr8 142161873 . C T 630.23 PASS AF=0.897959;AO=42;DP=48;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.083707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5062;QD=51.4474;RBI=0.0842431;REFB=-0.0516626;REVB=0.00948843;RO=5;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660142;STB=0.534232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00254606;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:48:49:5:5:42:44:0.897959:33:9:0:5:34:10:0:5 chr8 142161888 . G A 669.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.924;QD=62.3067;RBI=0.0036601;REFB=0;REVB=0.00288736;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40738e-06;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:34:9:0:0:34:9:0:0 chr8 142200467 . G A 1176.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224669;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.29;QD=61.1252;RBI=0.0243493;REFB=0;REVB=0.00938755;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54161e-05;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr8 142202856 . C T 651.81 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.674;QD=60.6334;RBI=0.0764975;REFB=0;REVB=0.00840513;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440334;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:18:25:0:0 chr8 142202884 . T C 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.551;QD=56.9473;RBI=0.0191717;REFB=-0.0214668;REVB=0.0101248;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000654259;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr8 142204326 . C G 289.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.411;QD=52.696;RBI=0.0573427;REFB=0;REVB=0.0516218;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158771;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:5:15:0:0:5:17:0:0 chr8 142218119 . G A 596.54 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00612974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8014;QD=58.1994;RBI=0.153192;REFB=-0.152621;REVB=0.15307;RO=2;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312427;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00524277;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:2:1:39:40:0.97561:29:10:0:2:30:10:0:1 chr8 142221360 . GC G,GG 409.66 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,25;DP=28;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570608,0.00905652;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.555,246.708;QD=56.5052;RBI=0.0223194,0.0217126;REFB=0,0;REVB=0.0215777,0.0197336;RO=0;SAF=2,13;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0544614,-0.000868486;OID=.,.;OPOS=142221361,142221361;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:3,25:28:1,28:29:0:1,15:0,13:0:0:5:0:2,13:1,12:0:0 chr8 142222374 . A C,G 2504.56 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=6,158;DP=165;FAO=6,160;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=5,82;FSAR=1,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148619,-0.0109433;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.3,56.7151;QD=60.3509;RBI=0.0147437,0.0400923;REFB=0,0;REVB=-0.0146686,-0.0385699;RO=0;SAF=5,81;SAR=1,77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,-3.38322e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.149388,-0.00013874;OID=.,.;OPOS=142222374,142222374;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:165:166:0:0:6,158:6,160:0.0361446,0.963855:1,77:5,81:0:0:1,78:5,82:0:0 chr8 142222445 . T C 3067.95 PASS AF=1;AO=197;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022823;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3289;QD=60.7515;RBI=0.0229051;REFB=0;REVB=0.00193799;RO=0;SAF=84;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38185e-05;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:202:0:0:197:202:1:113:84:0:0:115:87:0:0 chr8 142228809 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.229;QD=60.6099;RBI=0.06961;REFB=0;REVB=-0.065905;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118513;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr8 142228909 . G A 548.6 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0669662;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.075;QD=52.2475;RBI=0.0853911;REFB=-0.0950067;REVB=0.0529827;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027504;STB=0.512814;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00590429;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:43:42:3:3:39:39:0.928571:18:21:1:2:19:20:1:2 chr8 142229891 . A G 3167.2 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.373;QD=61.7991;RBI=0.041885;REFB=0;REVB=0.00932644;RO=0;SAF=112;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19376e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:205:205:1:93:112:0:0:93:112:0:0 chr8 142266691 . A C 373.78 PASS AF=0.359375;AO=44;DP=126;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0315091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.444;QD=11.6807;RBI=0.0336769;REFB=-0.0212753;REVB=-0.0118873;RO=77;SAF=22;SAR=22;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506124;STB=0.50612;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0475215;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:77:82:44:46:0.359375:22:22:35:42:24:22:40:42 chr8 142367335 . T C 284.56 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0650149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8723;QD=21.0787;RBI=0.12843;REFB=-0.00260385;REVB=-0.110758;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167434;STB=0.597928;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00163425;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:13:16:18:6:14:16:18:6 chr8 142367400 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0212117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243;QD=18.2899;RBI=0.0333573;REFB=-0.0327455;REVB=0.0257444;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405169;STB=0.522599;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0268478;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:21:12:13:19:21:12 chr8 142367559 . G A 114.97 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00143589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.639;QD=19.161;RBI=0.0209914;REFB=-0.0170188;REVB=-0.0209422;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157956;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:6:5:6:7:6:5 chr8 142459814 . C T 1603.53 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0562748;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.338;QD=56.762;RBI=0.0581347;REFB=-0.0219176;REVB=0.0145875;RO=3;SAF=36;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191822;STB=0.510158;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000141026;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:112:113:3:3:109:110:0.973451:73:36:2:1:74:36:2:1 chr8 142476529 . G A 555.85 PASS AF=0.909091;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0102023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.432;QD=50.5314;RBI=0.0405911;REFB=-0.166559;REVB=0.0392881;RO=4;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933927;STB=0.549975;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00233371;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:44:4:4:38:40:0.909091:18:20:0:4:18:22:0:4 chr8 142488837 . G A 1712.82 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156439;FXX=0.025208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.073;QD=59.0628;RBI=0.0387793;REFB=-0.110148;REVB=0.0354838;RO=2;SAF=52;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179105;STB=0.509432;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000967799;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:116:2:2:114:114:0.982759:62:52:2:0:62:52:2:0 chr8 142490079 . G A 1882.27 PASS AF=0.992;AO=89;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310553;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.86;QD=60.2325;RBI=0.032155;REFB=0;REVB=0.0083373;RO=0;SAF=64;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157612;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:0:0:89:124:0.992:25:64:0:0:42:82:0:0 chr8 142490080 . T A 104.38 PASS AF=0.165354;AO=17;DP=123;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=30;FWDB=-0.00169705;FXX=0.00781189;HRUN=7;LEN=1;MLLD=80.0679;QD=3.2874;RBI=0.0350317;REFB=0.000926449;REVB=0.0349905;RO=106;SAF=5;SAR=12;SRF=76;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495989;STB=0.760239;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00461587;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:106:106:17:21:0.165354:12:5:76:30:13:8:76:30 chr8 142490120 . G T 1337.73 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=92;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0183081;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0188;QD=59.4548;RBI=0.0323644;REFB=-0.156834;REVB=0.0266883;RO=1;SAF=62;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758154;STB=0.507811;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00167566;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:90:1:2:86:88:0.977778:24:62:1:0:25:63:2:0 chr8 143353038 . C T 515.41 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0180661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4607;QD=24.8389;RBI=0.0308522;REFB=0.0158553;REVB=0.0250095;RO=35;SAF=20;SAR=28;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591555;STB=0.532346;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0111286;OID=.;OPOS=143353038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:28:20:12:23:28:20:12:23 chr8 143396446 . C T 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0542309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.331;QD=24.3885;RBI=0.0573511;REFB=-0.00909063;REVB=0.0186592;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211967;STB=0.617536;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00896857;OID=.;OPOS=143396446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:3:11:10:10:3:11 chr8 143599594 . C T 177.9 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0286221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.074;QD=14.8253;RBI=0.0287701;REFB=-0.0531455;REVB=-0.002915;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153015;STB=0.588144;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0495962;OID=.;OPOS=143599594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:18:11:10:9:18:11 chr8 143603418 . G C 1478.58 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0450176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8046;QD=57.9834;RBI=0.0454242;REFB=-0.128326;REVB=-0.00606464;RO=1;SAF=32;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692608;STB=0.503596;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000768971;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:100:101:0.990196:68:32:0:1:69:32:0:1 chr8 143623372 . C A 363.51 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0251893;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.327;QD=12.2187;RBI=0.0391487;REFB=-0.0254706;REVB=-0.0299686;RO=75;SAF=25;SAR=19;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00580262;STB=0.50331;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0405258;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:75:75:44:44:0.369748:19:25:43:32:19:25:43:32 chr8 143694775 . G C 395.03 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0296768;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.182;QD=22.5731;RBI=0.0297329;REFB=-0.0260632;REVB=0.0018251;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104771;STB=0.512814;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0194033;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:31:39:39:0.557143:19:20:16:16:19:20:15:16 chr8 143695144 . G A 451.0 PASS AF=0.414634;AO=49;DP=121;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0461631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.393;QD=14.6668;RBI=0.046554;REFB=-0.010119;REVB=0.00602021;RO=69;SAF=40;SAR=9;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408075;STB=0.717063;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0190885;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:69:72:49:51:0.414634:9:40:33:36:10:41:35:37 chr8 143746087 . CCA C 717.03 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0106305;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=2;MLLD=275.404;QD=41.567;RBI=0.012934;REFB=-0.0152664;REVB=0.00736747;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.000654029;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927536:64:67:64:69:5:42:22:3:2:7:0:42:22:0:0 chr8 143746349 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0128375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.594;QD=20.563;RBI=0.0161111;REFB=-0.0174953;REVB=0.00973486;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109943;STB=0.569927;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0116809;OID=.;OPOS=143746349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:16:13:14:10:16:13:15:10 chr8 143761931 . C T 478.48 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0147873;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9673;QD=24.2266;RBI=0.0449249;REFB=-0.0115875;REVB=-0.0424215;RO=30;SAF=18;SAR=27;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502036;STB=0.518316;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00738683;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:34:45:45:0.56962:27:18:14:16:27:18:15:19 chr8 143763490 . T C 181.99 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0027896;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.975;QD=15.4887;RBI=0.00298154;REFB=-0.0331606;REVB=-0.00105247;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.515679;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0556883;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:14:14:9:10:14:14 chr8 143845950 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0273529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.718;QD=23.2183;RBI=0.0320566;REFB=-0.00641405;REVB=-0.0167166;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00132467;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr8 143845953 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.179;QD=23.2183;RBI=0.04511;REFB=0.031738;REVB=0.0315625;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00134511;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr8 143867905 . C T 62.35 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0180296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.874;QD=7.79429;RBI=0.0254559;REFB=0.0124736;REVB=0.0179704;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382767;STB=0.523758;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0100449;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:7:16:6:3:7:16 chr8 143955850 . A T 275.92 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00410462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.154;QD=10.1256;RBI=0.0250556;REFB=-0.00219521;REVB=-0.0247171;RO=72;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00396514;OID=.;OPOS=143955850;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:73:36:36:0.330275:21:15:30:42:21:15:31:42 chr8 143957738 . C T 360.49 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0178657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.228;QD=11.9171;RBI=0.0185684;REFB=-0.0205582;REVB=0.00505982;RO=77;SAF=22;SAR=22;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722735;STB=0.50413;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0354682;OID=.;OPOS=143957738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:77:44:44:0.363636:22:22:39:38:22:22:39:38 chr8 143959174 . T C 159.47 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0242072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.802;QD=5.9061;RBI=0.0243387;REFB=-0.0081437;REVB=-0.00252656;RO=83;SAF=15;SAR=10;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888844;STB=0.554673;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0278715;OID=.;OPOS=143959174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:83:25:25:0.231481:10:15:44:39:10:15:44:39 chr8 143959250 . T C 783.44 PASS AF=0.741176;AO=63;DP=85;FAO=63;FDP=85;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00732713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7432;QD=36.868;RBI=0.00976506;REFB=0.00720322;REVB=0.0064552;RO=22;SAF=35;SAR=28;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270152;STB=0.514507;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00230711;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:22:22:63:63:0.741176:28:35:11:11:28:35:11:11 chr8 143994253 . C T 169.91 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00951739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.452;QD=8.82672;RBI=0.0124041;REFB=-0.00944726;REVB=0.007955;RO=53;SAF=8;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194292;STB=0.622012;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0242388;OID=.;OPOS=143994253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:54:23:23:0.298701:15:8:27:26:15:8:28:26 chr8 143994806 . A G 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0354466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.589;QD=17.9839;RBI=0.0357197;REFB=-0.0293413;REVB=-0.00440837;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327862;STB=0.518316;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0315295;OID=.;OPOS=143994806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:22:20:25:24:22:20:25:24 chr8 143995761 . C T 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.249;QD=60.1099;RBI=0.028216;REFB=0.00949807;REVB=0.00734351;RO=1;SAF=42;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620913;STB=0.503267;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=1.65027e-05;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:76:42:0:1:76:42:0:1 chr8 143996683 . T C 58.79 PASS AF=0.209302;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0501006;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.741;QD=5.46889;RBI=0.062622;REFB=-0.00943284;REVB=-0.0375693;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316999;STB=0.715962;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0321223;OID=.;OPOS=143996683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:39:43:31:34:8:9:0.209302:3:5:11:20:3:6:13:21 chr8 144063723 . G A 420.15 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.015;QD=54.2128;RBI=0.062205;REFB=-0.145681;REVB=0.0611037;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00158173;OID=.;OPOS=144063723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:1:29:30:0.967742:10:19:1:0:11:19:1:0 chr8 144063817 . G A 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0525;QD=51.1763;RBI=0.0477314;REFB=0;REVB=0.0467628;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016963;OID=.;OPOS=144063817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr8 144124609 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.933;QD=46.848;RBI=0.0359431;REFB=0;REVB=0.0215726;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0689e-05;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr8 144239859 . A G 388.99 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.019518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5358;QD=11.7877;RBI=0.0303184;REFB=-0.00545977;REVB=0.0232003;RO=84;SAF=31;SAR=16;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637654;STB=0.541561;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0104228;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:84:85:47:47:0.356061:16:31:51:33:16:31:51:34 chr8 144240257 . C G 574.93 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0268296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.857;QD=16.7862;RBI=0.0505945;REFB=0.0100081;REVB=0.0428949;RO=75;SAF=34;SAR=27;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263082;STB=0.504733;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0105491;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:76:61:61:0.445255:27:34:42:33:27:34:43:33 chr8 144295154 . C T 116.74 PASS AF=0.56;AO=11;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000816582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.591;QD=18.6791;RBI=0.0132092;REFB=-0.0272151;REVB=-0.0131839;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325354;STB=0.709352;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0155272;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:11:11:11:14:0.56:3:8:4:7:3:11:4:7 chr8 144332012 . T C 240.22 PASS AF=0.319149;AO=29;DP=92;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0528328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3752;QD=10.2222;RBI=0.0595528;REFB=-0.00437856;REVB=-0.0274814;RO=63;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805051;STB=0.52982;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0107457;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:63:64:29:30:0.319149:16:13:24:39:17:13:25:39 chr8 144333315 . G A 249.46 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00228349;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.638;QD=8.90931;RBI=0.0171108;REFB=-0.00932524;REVB=-0.0169578;RO=76;SAF=17;SAR=17;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155279;STB=0.508923;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0240822;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:76:78:34:34:0.303571:17:17:37:39:17:17:38:40 chr8 144333434 . G A 163.99 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00887626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.924;QD=9.2386;RBI=0.0106061;REFB=-0.0219045;REVB=0.00580531;RO=49;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199623;STB=0.619533;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0601165;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:17:5:18:31:17:5:18:31 chr8 144351631 . CA C,CC,CG 1258.18 PASS AF=0,0.0240964,0.975904;AO=9,3,70;DP=83;FAO=0,2,81;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,31;FSAR=0,2,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132555,0.00747327,0.0120752;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=208.108,192.717,222.715;QD=60.6354;RBI=0.0368046,0.0283025,0.0495118;REFB=0,0,0;REVB=0.0343347,0.0272981,0.0480168;RO=0;SAF=3,1,26;SAR=6,2,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00413445,-0.0125417,0.000573624;OID=.,.,.;OPOS=144351632,144351632,144351632;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0240964,0.975904:9,3,70:83:0,2,81:83:0:0,0,31:0,2,50:0:0:5:0:3,1,26:6,2,44:0:0 chr8 144357213 . G C 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.039567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.082;QD=17.0979;RBI=0.0398929;REFB=-0.017303;REVB=-0.0050891;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199028;STB=0.58751;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0201008;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:11:3:6:8:11:4 chr8 144378184 . C G 53.06 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0166084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.653;QD=9.22755;RBI=0.0362035;REFB=-0.0134848;REVB=0.0321691;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43557;STB=0.765308;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0266877;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:10:5:6:2:10:5 chr8 144391924 . CT TC 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0158902;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=150.954;QD=8.30546;RBI=0.044271;REFB=-0.00773498;REVB=-0.041321;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298145;STB=0.653498;STBP=0.338;TYPE=mnp;VARB=0.0129549;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:4:13:4:4:5:13 chr8 144391930 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-2.2676e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.155;QD=12.3289;RBI=0.0181423;REFB=-0.0101134;REVB=-0.0181423;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235598;STB=0.637358;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0227737;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:4:13:6:5:4:13 chr8 144409934 . C A 933.64 PASS AF=0.40613;AO=106;DP=262;FAO=106;FDP=261;FR=.;FRO=155;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=92;FSRR=63;FWDB=-0.00240198;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.594;QD=14.3086;RBI=0.0163075;REFB=-0.00873594;REVB=-0.0161297;RO=155;SAF=38;SAR=68;SRF=92;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249591;STB=0.639719;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0217533;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:155:155:106:106:0.40613:68:38:92:63:68:38:92:63 chr8 144409938 . A AG 529.42 PASS AF=0.388889;AO=88;DP=260;FAO=98;FDP=252;FR=.;FRO=154;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=91;FSRR=63;FWDB=-0.0385952;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5056;QD=8.40346;RBI=0.0398461;REFB=-0.0125805;REVB=-0.00990591;RO=164;SAF=31;SAR=57;SRF=96;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265707;STB=0.642828;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0160089;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:88:260:98:252:154:35:63:91:63:99:164:31:57:96:68 chr8 144522236 . AGGGG AGGG,AGGGC 167.79 PASS AF=0.766667,0.166667;AO=5,3;DP=26;FAO=23,5;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13,1;FSAR=10,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.861244,0.289278;FXX=0.0322477;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.5001,10.4018;QD=22.3716;RBI=0.863673,0.290567;REFB=-0.114365,-0.0993484;REVB=-0.064728,0.0273426;RO=12;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.463768,0;SSSB=-0.674769,-0.798545;STB=0.545415,0.59965;STBP=0.163,0.682;TYPE=del,snp;VARB=0.0363738,0.0507007;OID=.,.;OPOS=144522237,144522240;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.766667,0.166667:5,3:26:23,5:30:2:13,1:10,4:0:2:17:12:1,0:4,3:11:1 chr8 144620630 . T C 237.66 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00293492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.406;QD=12.5084;RBI=0.030558;REFB=-0.0063911;REVB=-0.0304168;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174741;STB=0.588607;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0105834;OID=.;OPOS=144620630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:47:28:29:0.381579:14:14:31:16:14:15:31:16 chr8 144642151 . G GAGGGCAGGGC 179.21 PASS AF=0.307692;AO=13;DP=87;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0457346;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=10;MLLD=244.453;QD=9.1904;RBI=0.0496434;REFB=-0.0181063;REVB=-0.0193084;RO=61;SAF=2;SAR=11;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396206;STB=0.85309;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0379199;OID=.;OPOS=144642152;OREF=-;OALT=AGGGCAGGGC;OMAPALT=GAGGGCAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:13:87:24:78:54:2:22:25:29:99:61:2:11:26:35 chr8 144642178 . T C 600.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579131;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.885;QD=60.0489;RBI=0.0630122;REFB=0;REVB=0.0248317;RO=0;SAF=2;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166367;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:37:2:0:0:38:2:0:0 chr8 144642596 . T C 213.71 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0470406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6555;QD=44.992;RBI=0.102864;REFB=-0.124013;REVB=-0.0914779;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00843047;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr8 144642626 . A G 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.956;QD=53.9;RBI=0.101522;REFB=0;REVB=-0.101501;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110744;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr8 144643603 . G A 1488.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.243;QD=63.3263;RBI=0.0117279;REFB=0;REVB=0.0107024;RO=0;SAF=61;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34296e-05;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:32:61:0:0:33:61:0:0 chr8 144649968 . C T 1555.57 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163572;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6762;QD=59.26;RBI=0.0917986;REFB=0;REVB=0.0903295;RO=2;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018215;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:105:2:0:103:105:1:49:54:0:2:51:54:0:0 chr8 144654255 . A G 1362.43 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00521628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.359;QD=61.2329;RBI=0.040543;REFB=-0.052038;REVB=-0.040206;RO=1;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000125154;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:41:47:1:0:41:47:1:0 chr8 144658711 . G A 552.58 PASS AF=0.518182;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00546758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6501;QD=20.0937;RBI=0.0107231;REFB=-0.00613981;REVB=-0.00922451;RO=53;SAF=25;SAR=31;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450467;STB=0.529231;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00488892;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:53:56:57:0.518182:31:25:21:32:31:26:21:32 chr8 144671684 . CGTCGG CCTCGG,CGCCGC,GCCTGC 678.23 PASS AF=0.913043,0,0.0869565;AO=27,2,2;DP=47;FAO=42,0,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,0;FSAR=9,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314493,-0.00456963,-0.00417292;FXX=0.0212721;HRUN=1,1,2;LEN=1,4,6;MLLD=108.184,136.545,134.403;QD=58.9764;RBI=0.0771515,0.109217,0.0538943;REFB=0,0,0;REVB=0.0704507,-0.109121,-0.0537325;RO=0;SAF=26,0,0;SAR=1,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.00121395,0,0.153948;OID=.,.,.;OPOS=144671685,144671686,144671684;OREF=G,TCGG,CGTCGG;OALT=C,CCGC,GCCTGC;OMAPALT=CCTCGG,CGCCGC,GCCTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:20:47:46:0:0:27,2,2:42,0,4:0.913043,0,0.0869565:1,2,2:26,0,0:0:0:9,0,4:33,0,0:0:0 chr8 144681805 . A T 429.87 PASS AF=0.556962;AO=32;DP=82;FAO=44;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0737589;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.628;QD=21.7654;RBI=0.076165;REFB=-0.0219759;REVB=0.0189927;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128386;STB=0.511392;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0203983;OID=.;OPOS=144681805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:35:35:32:44:0.556962:13:19:16:19:25:19:16:19 chr8 144689146 . C T 2432.1 PASS AF=0.948276;AO=165;DP=174;FAO=165;FDP=174;FR=.;FRO=9;FSAF=108;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0228759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.401;QD=55.9104;RBI=0.0360668;REFB=-0.0912585;REVB=0.0278839;RO=9;SAF=108;SAR=57;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134483;STB=0.507077;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000558439;OID=.;OPOS=144689146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:174:174:9:9:165:165:0.948276:57:108:7:2:57:108:7:2 chr8 144732363 . T C 958.56 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5898;QD=57.2274;RBI=0.0480959;REFB=-0.108504;REVB=0.0309384;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.505745;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00133581;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:43:22:0:1:43:23:0:1 chr8 144732418 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.067;QD=56.9569;RBI=0.0389096;REFB=0;REVB=-0.0138874;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09168e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr8 144732450 . G A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.539;QD=60.5096;RBI=0.043045;REFB=-0.0508269;REVB=-0.0275158;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00416599;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:0:1:28:17:0:1 chr8 144733805 . C T 397.27 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895671;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.013;QD=56.753;RBI=0.0564313;REFB=0;REVB=0.055716;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591355;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr8 144734383 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0572556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0008;QD=13.6309;RBI=0.0603136;REFB=0.0134822;REVB=-0.0189612;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0234329;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr8 144735347 . C T 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00651619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.994;QD=16.7288;RBI=0.0226086;REFB=0.00620921;REVB=0.0216493;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1459;STB=0.583835;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00792684;OID=.;OPOS=144735347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:10:9:10:6:10:9 chr8 144735977 . T C 859.61 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.386;QD=54.5783;RBI=0.0390758;REFB=-0.153103;REVB=0.031637;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348075;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00113886;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:1:1:34:27:1:1 chr8 144774233 . T C 201.22 PASS AF=0.309524;AO=24;DP=83;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.00879441;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.341;QD=9.58203;RBI=0.0119147;REFB=-0.0120776;REVB=0.0080386;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282178;STB=0.64696;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0216554;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:56:58:24:26:0.309524:13:11:13:43:15:11:13:45 chr8 144775871 . C A 343.21 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00198667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.709;QD=18.806;RBI=0.0265011;REFB=-0.00377905;REVB=-0.0264266;RO=36;SAF=25;SAR=11;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605126;STB=0.52141;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00373442;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:11:25:27:9:11:25:27:10 chr8 144776109 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.215;QD=63.5806;RBI=0.0368725;REFB=0;REVB=0.0207418;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8193e-05;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr8 144801243 . C T 648.45 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00995702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.565;QD=27.5937;RBI=0.0143002;REFB=-0.0142962;REVB=0.0102642;RO=37;SAF=31;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241699;STB=0.501316;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00940028;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:26:31:20:17:26:31:20:17 chr8 144802735 . AG CC 218.26 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00181189;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.684;QD=11.6405;RBI=0.0112055;REFB=-0.0191687;REVB=-0.011058;RO=47;SAF=22;SAR=4;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29542;STB=0.676318;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0384531;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:26:27:0.36:4:22:31:16:4:23:32:16 chr8 144808747 . G A 129.2 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.131331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2679;QD=21.5339;RBI=0.133395;REFB=0.0270046;REVB=0.0233705;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0129085;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:4:6:8:6:4:6 chr8 144811338 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.051;QD=56.9376;RBI=0.037654;REFB=0;REVB=0.0300553;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144438;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr8 144822037 . G T 552.88 PASS AF=0.382353;AO=65;DP=171;FAO=65;FDP=170;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.0131216;FXX=0.01734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.756;QD=13.0089;RBI=0.0135065;REFB=-0.0151273;REVB=0.00320142;RO=103;SAF=38;SAR=27;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190583;STB=0.607258;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0223092;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:103:105:65:65:0.382353:27:38:42:61:27:38:43:62 chr8 144885580 . A G 852.7 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.174881;FXX=0.0107521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5867;QD=18.5369;RBI=0.180236;REFB=-0.00191687;REVB=-0.0436088;RO=85;SAF=46;SAR=42;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990227;STB=0.543897;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000975145;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:184:85:96:88:88:0.478261:42:46:35:50:43:45:41:55 chr8 144889172 . A G 493.36 PASS AF=0.787234;AO=37;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0546841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.339;QD=41.9882;RBI=0.0548359;REFB=-0.0429191;REVB=-0.00407763;RO=10;SAF=17;SAR=20;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636891;STB=0.534324;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00946699;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:10:10:37:37:0.787234:20:17:3:7:20:17:3:7 chr8 144890873 . A T 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.676;QD=58.055;RBI=0.0374145;REFB=0;REVB=0.0374145;RO=0;SAF=0;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22844e-05;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:61:0:0:0:61:0:0:0 chr8 144893084 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0111001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.829;QD=26.3129;RBI=0.0378558;REFB=-0.0271199;REVB=0.0361918;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562357;STB=0.531219;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0157257;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:7:5:10:10:7:5 chr8 144894496 . G A 470.22 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00533297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.748;QD=31.8794;RBI=0.00718945;REFB=0.00219446;REVB=-0.00482157;RO=17;SAF=23;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103443;STB=0.555977;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00096768;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:19:23:6:11:19:23:6:11 chr8 144895669 . G A 259.15 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.105088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.685;QD=14.2002;RBI=0.120837;REFB=-0.0333522;REVB=0.0596499;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150737;STB=0.576422;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0474674;OID=.;OPOS=144895669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:29:30:0.410959:12:17:31:12:12:18:31:12 chr8 144904690 . A G 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0632955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.81;QD=25.3644;RBI=0.0681489;REFB=-0.0194563;REVB=-0.0252577;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15345;STB=0.585285;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0262489;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:5:9:9:12:5:9 chr8 144917790 . A G 447.31 PASS AF=0.573333;AO=40;DP=73;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0203998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.591;QD=23.8564;RBI=0.0206621;REFB=-0.00713327;REVB=0.00328148;RO=31;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781477;STB=0.541492;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00320596;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:31:32:40:43:0.573333:22:18:17:14:23:20:18:14 chr8 144917880 . G A 293.24 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00607372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.216;QD=22.9993;RBI=0.0114676;REFB=-0.00846933;REVB=0.00972704;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309802;STB=0.517135;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00677865;OID=.;OPOS=144917880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:13:9:13:16:13:9 chr8 144917952 . G A 55.3 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0896721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9348;QD=15.8013;RBI=0.0900636;REFB=-0.0551574;REVB=0.00838874;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.065877;OID=.;OPOS=144917952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:13:14:5:6:7:8:0.571429:4:3:2:3:5:3:3:3 chr8 144940222 . A C 878.5 PASS AF=0.505747;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=174;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=71;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.000538838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.642;QD=20.1953;RBI=0.0293921;REFB=-0.0303756;REVB=-0.0293872;RO=85;SAF=17;SAR=71;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244799;STB=0.633895;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0239309;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:85:86:88:88:0.505747:71:17:34:51:71:17:34:52 chr8 144940230 . G C 1239.15 PASS AF=0.577114;AO=116;DP=201;FAO=116;FDP=201;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=86;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0130069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.793;QD=24.6597;RBI=0.0293291;REFB=-0.0435729;REVB=0.0262873;RO=85;SAF=30;SAR=86;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112209;STB=0.561134;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0336351;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:85:85:116:116:0.577114:86:30:32:53:86:30:32:53 chr8 144940300 . G A 1295.23 PASS AF=0.496212;AO=131;DP=266;FAO=131;FDP=264;FR=.;FRO=133;FSAF=43;FSAR=88;FSRF=46;FSRR=87;FWDB=-0.00583423;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.632;QD=19.6248;RBI=0.00583484;REFB=-0.0139516;REVB=8.40849e-05;RO=133;SAF=43;SAR=88;SRF=46;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181983;STB=0.509994;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0125197;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:264:133:133:131:131:0.496212:88:43:46:87:88:43:46:87 chr8 144940462 . G A 58.85 PASS AF=0.09;AO=18;DP=200;FAO=18;FDP=200;FR=.;FRO=182;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=92;FSRR=90;FWDB=-0.00411373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.576;QD=1.17709;RBI=0.040858;REFB=-0.00466141;REVB=-0.0406504;RO=182;SAF=9;SAR=9;SRF=92;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644956;STB=0.504994;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0517753;OID=.;OPOS=144940462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:200:200:182:182:18:18:0.09:9:9:92:90:9:9:92:90 chr8 144940474 . C T 65.78 PASS AF=0.0964467;AO=19;DP=196;FAO=19;FDP=197;FR=.;FRO=178;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=88;FWDB=-0.0317045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9205;QD=1.33559;RBI=0.0375643;REFB=-0.00113721;REVB=0.020147;RO=177;SAF=9;SAR=10;SRF=90;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415448;STB=0.528816;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0169118;OID=.;OPOS=144940474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:196:197:177:178:19:19:0.0964467:10:9:90:87:10:9:90:88 chr8 144940779 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0111291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.675;QD=20.8116;RBI=0.0341559;REFB=-0.0187271;REVB=0.0322919;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986588;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.022517;OID=.;OPOS=144940779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:10:12:15:8:11:12:15:8 chr8 144941181 . G C 401.12 PASS AF=0.673469;AO=32;DP=48;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0351405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.605;QD=32.7445;RBI=0.0370938;REFB=-0.00082276;REVB=-0.0118783;RO=16;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191079;STB=0.504947;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00100834;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:16:16:32:33:0.673469:15:17:8:8:16:17:8:8 chr8 144941419 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.056;QD=62.0173;RBI=0.0461421;REFB=0;REVB=0.0256592;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202299;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr8 144942903 . T C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0288122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7478;QD=13.8488;RBI=0.0452581;REFB=-0.0283773;REVB=-0.0349021;RO=25;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342903;STB=0.701035;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0559957;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:4:12:11:14:4:12:11:14 chr8 144944176 . T C 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0189024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.768;QD=22.947;RBI=0.024707;REFB=-0.0244822;REVB=0.0159103;RO=30;SAF=25;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206574;STB=0.505615;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0174291;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:40:40:0.56338:15:25:18:12:15:25:19:12 chr8 144944638 . G A 55.5 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0149519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.729;QD=10.0902;RBI=0.0224116;REFB=-0.0248479;REVB=-0.016695;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242422;STB=0.562351;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0421559;OID=.;OPOS=144944638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:12:14:8:8:0.363636:3:5:10:2:3:5:10:4 chr8 144945191 . T C 285.44 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0473262;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.086;QD=15.2235;RBI=0.0570146;REFB=-0.0278098;REVB=-0.0317946;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073312;STB=0.524687;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0425081;OID=.;OPOS=144945191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:43:32:32:0.426667:18:14:15:26:18:14:17:26 chr8 144945792 . T C 379.31 PASS AF=0.305389;AO=51;DP=167;FAO=51;FDP=167;FR=.;FRO=116;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=0.00511875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.239;QD=9.08524;RBI=0.0118119;REFB=-0.0204586;REVB=-0.0106451;RO=115;SAF=24;SAR=27;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505366;STB=0.532382;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0433403;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:115:116:51:51:0.305389:27:24:59:56:27:24:60:56 chr8 144946252 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0101599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.881;QD=9.10019;RBI=0.030485;REFB=-0.0114545;REVB=-0.0287421;RO=19;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603237;STB=0.873074;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0310592;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:1:8:7:12:1:8:7:12 chr8 144990528 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0113965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.746;QD=15.1969;RBI=0.0497969;REFB=-0.00194394;REVB=-0.0484753;RO=18;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580072;STB=0.85462;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00301343;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:1:12:9:9:1:13:9:9 chr8 144991176 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00127019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.83;QD=12.73;RBI=0.0226285;REFB=-0.00957781;REVB=-0.0225928;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0136507;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:6:6:4:5:6:6 chr8 144992103 . T C 425.37 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0199888;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.031;QD=12.4196;RBI=0.0210711;REFB=-0.00289867;REVB=-0.00666628;RO=86;SAF=31;SAR=19;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973537;STB=0.559711;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00384656;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:86:87:50:50:0.364964:19:31:46:40:19:31:46:41 chr8 144992361 . T C 111.71 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0440223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.005;QD=6.47614;RBI=0.0473742;REFB=-0.0115879;REVB=-0.0175031;RO=52;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124873;STB=0.507683;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0375446;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:9:8:25:27:9:8:25:27 chr8 144992862 . A G 233.53 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00238153;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.074;QD=17.9636;RBI=0.0120229;REFB=-0.0109172;REVB=0.0117847;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.565978;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0160694;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:52:30:26:21:22:0.423077:10:11:12:18:10:12:11:15 chr8 144993324 . C T 214.16 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0572794;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9592;QD=12.5979;RBI=0.0591201;REFB=-0.0200594;REVB=-0.0146375;RO=42;SAF=21;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402739;STB=0.734258;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.042655;OID=.;OPOS=144993324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:42:26:26:0.382353:5:21:20:22:5:21:20:22 chr8 144993377 . A G 244.69 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0266453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8735;QD=10.9971;RBI=0.0280547;REFB=0.00401896;REVB=-0.00878034;RO=58;SAF=22;SAR=8;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106279;STB=0.557931;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0228721;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:59:30:30:0.337079:8:22:38:20:8:22:39:20 chr8 144995494 . C T 393.97 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0741761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.9;QD=13.9458;RBI=0.0782442;REFB=-0.020564;REVB=-0.024901;RO=67;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110195;STB=0.568429;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0347459;OID=.;OPOS=144995494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:67:45:46:0.40708:25:20:23:44:25:21:23:44 chr8 144995736 . G A 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0175023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.009;QD=21.6113;RBI=0.0314676;REFB=-0.0295304;REVB=0.026151;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706889;STB=0.531223;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0221172;OID=.;OPOS=144995736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:16:8:9:13:16:8:9:14 chr8 144996408 . T G 181.31 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.044398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.895;QD=9.41876;RBI=0.0505985;REFB=-0.0314284;REVB=-0.0242698;RO=53;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212918;STB=0.623932;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0618036;OID=.;OPOS=144996408;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:13:11:15:38:13:11:15:38 chr8 144997927 . G A 96.69 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00478054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9395;QD=14.8753;RBI=0.0649429;REFB=-0.0361018;REVB=0.0647668;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0507749;OID=.;OPOS=144997927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:7:7:7:5:7:7 chr8 144999417 . C T 77.47 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.186063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8522;QD=14.0863;RBI=0.18922;REFB=0.00932575;REVB=0.0344209;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000654089;OID=.;OPOS=144999417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:4:8:6:4:4:8 chr8 145001031 . T C 477.57 PASS AF=0.369427;AO=58;DP=157;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.00154391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.74;QD=12.1675;RBI=0.00289459;REFB=-0.0259152;REVB=-0.00244846;RO=99;SAF=25;SAR=33;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602307;STB=0.534253;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0375078;OID=.;OPOS=145001031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:99:99:58:58:0.369427:33:25:48:51:33:25:48:51 chr8 145001509 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0285041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7365;QD=8.89993;RBI=0.0297852;REFB=-0.000485628;REVB=-0.00864149;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123187;STB=0.574458;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000371061;OID=.;OPOS=145001509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:7:19:7:4:7:19 chr8 145007187 . G A 51.35 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=38;FAO=9;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.197349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9034;QD=5.26628;RBI=0.197369;REFB=-0.0251841;REVB=-0.00279305;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458866;STB=0.517203;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0301422;OID=.;OPOS=145007187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:39:18:30:8:9:0.230769:4:4:2:16:5:4:14:16 chr8 145008560 . A G 182.0 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00395185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.546;QD=9.57914;RBI=0.0253373;REFB=-0.0050884;REVB=-0.0250272;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115082;STB=0.56763;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.017603;OID=.;OPOS=145008560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:13:11:29:23:13:11:29:23 chr8 145011204 . A G 262.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00678634;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.62;QD=17.2336;RBI=0.0258688;REFB=-0.00543385;REVB=-0.0249628;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398906;STB=0.522373;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00456464;OID=.;OPOS=145011204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:19:13:13:16:19:13 chr8 145024372 . G A 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0151636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.886;QD=11.816;RBI=0.0225798;REFB=-0.0102994;REVB=0.0167306;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678133;STB=0.539292;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0198904;OID=.;OPOS=145024372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:8:16:25:16:8:16:25:16 chr8 145057868 . A G 367.64 PASS AF=0.312102;AO=50;DP=159;FAO=49;FDP=157;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=38;FWDB=-0.0138726;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0436;QD=9.3666;RBI=0.087101;REFB=-0.0182827;REVB=-0.0859892;RO=104;SAF=26;SAR=24;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158594;STB=0.581939;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0601993;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:104:108:50:49:0.312102:24:26:68:36:23:26:70:38 chr8 145058986 . A G 83.14 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0110644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.4;QD=9.23762;RBI=0.045036;REFB=-0.00986006;REVB=-0.0436557;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.538393;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0263328;OID=.;OPOS=145058986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:19:25:10:11:0.305556:5:5:10:9:6:5:10:15 chr8 145059425 . T C 30.52 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0252773;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.19;QD=6.42439;RBI=0.0349696;REFB=-0.0144946;REVB=-0.0241647;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152232;STB=0.624507;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0465735;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:19:13:14:5:5:0.263158:3:2:7:6:3:2:8:6 chr8 145060112 . G A 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00391951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.047;QD=10.3654;RBI=0.0205047;REFB=0.00119832;REVB=0.0201266;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130999;STB=0.507685;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00141415;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:11:9:18:21:11:9:18:21 chr8 145066886 . A G 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9676;QD=62.3386;RBI=0.0756764;REFB=0;REVB=-0.0348758;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086541;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr8 145106301 . ACCCC ACCC,ACCCG 54.48 PASS AF=0.322581,0;AO=19,3;DP=59;FAO=20,0;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5,0;FSAR=15,0;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0110618,-0.0881462;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.1324,20.4417;QD=3.51493;RBI=0.0702263,0.113266;REFB=-0.0294529,-0.000338911;REVB=-0.0693496,-0.0711295;RO=30;SAF=3,3;SAR=16,0;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.57967,0.47459;STB=0.737464,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00218261,0;OID=.,.;OPOS=145106302,145106305;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCC,ACCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581,0:19,3:59:20,0:62:42:5,0:15,0:25:17:53:30:3,3:16,0:21:9 chr8 145107795 . G A 1349.76 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00849269;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.877;QD=59.9892;RBI=0.0126985;REFB=-0.0227718;REVB=0.00944067;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116984;STB=0.505881;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000528704;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:90:1:1:87:89:0.988889:47:40:1:0:47:42:1:0 chr8 145112198 . TGGGCT TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT 740.2 PASS AF=0.186667,0.786667,0.0266667,0;AO=7,22,4,12;DP=75;FAO=14,59,2,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=12,32,0,0;FSAR=2,27,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294152,0.703259,0.326437,-0.0606302;FXX=0;HRUN=3,3,3,0;LEN=2,1,3,1;MLLD=120.654,12.8702,8.23079,125.884;QD=39.4776;RBI=0.0358202,0.705338,0.329412,0.0627507;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0204411,0.0541131,-0.0441754,-0.0161752;RO=26;SAF=6,2,0,11;SAR=1,20,4,1;SRF=24;SRR=2;SSEN=0,0.641975,0,0;SSEP=0,0.386139,0,0;SSSB=-0.198494,-0.749631,-0.823523,-0.0244185;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.17724,0.0557144,-0.0932071,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145112201,145112199,145112201,145112203;OREF=GC,G,GCT,-;OALT=CG,-,CTG,G;OMAPALT=TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.186667,0.786667,0.0266667,0:7,22,4,12:75:14,59,2,0:75:0:12,32,0,0:2,27,2,0:0:0:46:26:6,2,0,11:1,20,4,1:24:2 chr8 145150831 . C CG 97.57 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12807;FXX=0.249875;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.527;QD=26.0195;RBI=0.13793;REFB=0;REVB=0.0512135;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0101197;OID=.;OPOS=145150832;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:15:15:0:13:2:0:0:3:18:1:1:14:4 chr8 145150832 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.737;QD=51.177;RBI=0.0657846;REFB=0;REVB=0.0311505;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854164;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr8 145160646 . T C 635.4 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196314;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.229;QD=61.9899;RBI=0.0267604;REFB=0;REVB=0.0181859;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228096;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr8 145161823 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187272;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.827;QD=42.1793;RBI=0.0317783;REFB=0;REVB=0.025674;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343315;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr8 145161896 . T C 498.06 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780958;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0395;QD=58.5949;RBI=0.0927775;REFB=0;REVB=-0.050087;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149406;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:30:34:1:8:22:0:0:8:26:0:0 chr8 145163414 . C G 800.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0225;QD=57.1988;RBI=0.061885;REFB=0;REVB=0.0557942;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277512;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr8 145163477 . GGC G,GG,GGG 283.66 PASS AF=0,0.860465,0;AO=10,16,2;DP=43;FAO=0,37,0;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=0,19,0;FSAR=0,18,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.105156,-0.150212,-0.0925707;FXX=0.0444346;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=10.0227,13.2407,8.92261;QD=26.3865;RBI=0.68604,0.212378,0.831635;REFB=0.000474411,-0.0407984,-0.0490405;REVB=-0.677933,0.150135,0.826466;RO=10;SAF=2,15,0;SAR=8,1,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.418605,0,0;SSEP=0,0.533333,0;SSSB=-0.308745,0.546704,-0.57573;STB=0.5,0.544743,0.5;STBP=1,0.158,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0251718,0.0120375,0;OID=.,.,.;OPOS=145163478,145163479,145163479;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.860465,0:10,16,2:43:0,37,0:43:6:0,19,0:0,18,0:5:1:28:10:2,15,0:8,1,2:5:5 chr8 145163647 . T C 102.05 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.838;QD=40.8209;RBI=0.0217901;REFB=0;REVB=-0.012016;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93332e-05;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr8 145164847 . A G 426.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8079;QD=56.8983;RBI=0.0807194;REFB=0;REVB=-0.0790883;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195544;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr8 145166134 . C G 821.78 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789113;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.896;QD=57.6689;RBI=0.0789123;REFB=0;REVB=-0.000411352;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171795;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:33:24:0:0 chr8 145168611 . A G 821.43 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00524853;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.843;QD=48.3196;RBI=0.0213073;REFB=-0.0295439;REVB=0.0206508;RO=7;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115385;STB=0.561383;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000387253;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:68:7:7:61:61:0.897059:25:36:0:7:25:36:0:7 chr8 145168663 . AG A,GG 57.8 PASS AF=0.339623,0;AO=20,2;DP=54;FAO=18,0;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8,0;FSAR=10,0;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0453991,-0.00329026;FXX=0.0185151;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=10.6616,230.345;QD=4.36202;RBI=0.0541741,0.0104913;REFB=-0.0792835,-0.004001;REVB=-0.0295593,-0.00996203;RO=29;SAF=9,1;SAR=11,1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0.353846,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.243606,-0.181313;STB=0.637714,0.5;STBP=0.186,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0560306,0;OID=.,.;OPOS=145168664,145168663;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:54:53:29:35:20,2:18,0:0.339623,0:11,1:9,1:20:9:10,0:8,0:23:12 chr8 145170440 . A C 1426.36 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101094;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.811;QD=62.0155;RBI=0.0101326;REFB=-0.0625295;REVB=-0.000685274;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-2.84788e-05;OID=.;OPOS=145170440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:0:1:91:91:0.98913:61:30:0:0:61:30:0:1 chr8 145170703 . G GT 140.93 PASS AF=1;AO=4;DP=26;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117013;FXX=0.130378;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.9755;QD=28.1868;RBI=0.117085;REFB=0;REVB=0.00411791;RO=22;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.655238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0161214;OID=.;OPOS=145170704;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:26:20:20:0:11:9:0:0:3:22:4:0:10:12 chr8 145170704 . A C,T 294.88 PASS AF=0.173913,0.826087;AO=4,18;DP=23;FAO=4,19;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585085,0.0126354;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.467,44.5615;QD=51.2841;RBI=0.0628193,0.0153394;REFB=0,0;REVB=0.0228697,0.00869746;RO=0;SAF=4,6;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0729553,0.0114213;OID=.,.;OPOS=145170704,145170704;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:23:23:0:0:4,18:4,19:0.173913,0.826087:0,12:4,6:0:0:0,12:4,7:0:0 chr8 145223288 . C T 275.99 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643137;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5701;QD=52.5685;RBI=0.108708;REFB=0;REVB=0.0876428;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493003;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr8 145578296 . A G 1508.1 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00431991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.34;QD=57.4515;RBI=0.084854;REFB=-0.0922357;REVB=-0.0847439;RO=2;SAF=86;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216057;STB=0.511395;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-6.46308e-05;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:17:86:1:1:17:86:1:1 chr8 145603114 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.657;QD=60.9784;RBI=0.0166986;REFB=0;REVB=-0.00800027;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37771e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr8 145618597 . G A 102.52 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0360965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.246;QD=29.2909;RBI=0.0386318;REFB=-0.0511781;REVB=0.0137643;RO=3;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376076;STB=0.713847;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000981927;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:14:14:3:3:11:11:0.785714:9:2:3:0:9:2:3:0 chr8 145623963 . G A 764.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.084;QD=63.7385;RBI=0.172401;REFB=0;REVB=0.0880619;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:33:15:0:0 chr8 145640411 . A G 756.06 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151494;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.125;QD=57.0614;RBI=0.0175793;REFB=0;REVB=0.00891764;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76467e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr8 145655816 . G A 393.1 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00241417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.211;QD=33.4552;RBI=0.0130569;REFB=-0.0074947;REVB=-0.0128318;RO=15;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316254;STB=0.517231;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00366968;OID=.;OPOS=145655816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:10:22:11:4:10:22:11:4 chr8 145661320 . G A 344.68 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514263;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.707;QD=55.1492;RBI=0.0564364;REFB=0;REVB=0.0232466;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014732;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr8 145661675 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0189669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1364;QD=35.4874;RBI=0.0756691;REFB=-0.115108;REVB=0.0732535;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.529365;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0214774;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:4:9:1:0:4:9:1:1 chr8 145665516 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.179;QD=63.5825;RBI=0.021117;REFB=0;REVB=0.00802026;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5328e-05;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr8 145689915 . G A 1417.68 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0519038;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.592;QD=59.6918;RBI=0.0655017;REFB=-0.09672;REVB=0.0399559;RO=2;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152889;STB=0.500128;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00130905;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:95:2:3:92:92:0.968421:61:31:0:2:61:31:1:2 chr8 145690308 . C T 1634.5 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.526;QD=59.9818;RBI=0.0515727;REFB=0;REVB=0.03562;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204596;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:67:40:0:0:67:42:0:0 chr8 145690348 . G A 1160.36 PASS AF=0.9;AO=81;DP=92;FAO=81;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0536091;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2212;QD=51.5716;RBI=0.0546595;REFB=-0.0532684;REVB=0.0106642;RO=10;SAF=42;SAR=39;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452449;STB=0.518514;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.038637;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:92:90:10:9:81:81:0.9:39:42:3:7:39:42:3:6 chr8 145690396 . A C 1178.04 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00787551;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6232;QD=59.6476;RBI=0.0122886;REFB=-0.056599;REVB=0.00943319;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.4007e-05;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:77:78:0.987342:29:48:0:0:29:49:1:0 chr8 145692385 . C T 230.23 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6115;QD=46.0451;RBI=0.0549962;REFB=-0.0351684;REVB=-0.0390627;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00788603;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr8 145693720 . A G 3664.31 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051093;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.492;QD=62.9066;RBI=0.0309275;REFB=-0.0536639;REVB=0.0305025;RO=0;SAF=130;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289886;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:229:233:0:0:229:233:1:99:130:0:0:100:133:0:0 chr8 145723419 . T G 1460.11 PASS AF=1;AO=65;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1764;QD=61.4782;RBI=0.1099;REFB=0;REVB=0.00604585;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351588;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:65:95:1:35:30:0:0:54:41:0:0 chr8 145724275 . T C 1008.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3008;QD=59.3112;RBI=0.00529616;REFB=0;REVB=-0.000502703;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09631e-05;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr8 145729727 . C A 2169.61 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.114;QD=61.989;RBI=0.0753768;REFB=0;REVB=0.074805;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158892;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:140:0:0:126:140:1:60:66:0:0:73:67:0:0 chr8 145737636 . A G 1014.43 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0372624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0429;QD=56.357;RBI=0.0588463;REFB=0.115809;REVB=-0.0455456;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.513885;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00533408;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:1:2:69:70:0.972222:34:35:0:1:35:35:0:2 chr8 145737816 . C T 663.34 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.42;QD=60.3036;RBI=0.0572985;REFB=-0.0801625;REVB=0.0256626;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140513;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:17:26:0:1:18:26:0:0 chr8 145738767 . CG C 676.82 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0414;QD=45.1213;RBI=0.0935509;REFB=0;REVB=-0.0830153;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000600635;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:60:60:0:21:39:0:0:13:0:19:35:0:0 chr8 145741701 . GC G,GG 363.89 PASS AF=0.0357143,0.928571;AO=4,23;DP=28;FAO=1,26;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347102,0.0469889;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.419,125.101;QD=51.9837;RBI=0.0347363,0.0470246;REFB=-0.140695,-0.129392;REVB=-0.00134788,-0.00183166;RO=1;SAF=3,16;SAR=1,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272709,0.0615783;STB=0.5,0.533307;STBP=1,0.172;TYPE=del,snp;VARB=0.0025087,0.00116831;OID=.,.;OPOS=145741702,145741702;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.928571:4,23:28:1,26:28:1:0,19:1,7:0:1:6:1:3,16:1,7:0:1 chr8 145741765 . G A 740.5 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4884;QD=56.9614;RBI=0.06653;REFB=0;REVB=0.0607832;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626933;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:18:34:0:0 chr8 145742514 . A G 3920.64 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178343;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.386;QD=61.9865;RBI=0.0334328;REFB=0;REVB=0.0282788;RO=0;SAF=134;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54877e-05;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:253:0:0:250:253:1:116:134:0:0:119:134:0:0 chr8 145742879 . T C 230.06 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0098642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0779;QD=46.0111;RBI=0.0378221;REFB=-0.0104959;REVB=-0.0365131;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00947437;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr8 145745182 . T C 2048.3 PASS AF=0.992593;AO=122;DP=123;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2526;QD=60.6904;RBI=0.0331483;REFB=-0.070141;REVB=0.0302957;RO=1;SAF=69;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683565;STB=0.503448;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00198381;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:135:1:1:122:134:0.992593:53:69:1:0:62:72:1:0 chr8 145747920 . T G 103.53 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00486654;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.298;QD=17.2549;RBI=0.00518295;REFB=-0.0176998;REVB=0.0017832;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094561;STB=0.568059;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0212082;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:11:12:0.5:2:9:9:3:2:10:9:3 chr8 145755229 . GC G,GG 172.23 PASS AF=0.4,0.457143;AO=7,6;DP=29;FAO=14,16;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=4,3;FSAR=10,13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.470186,-0.0876246;FXX=0.0277701;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.72967,10.4639;QD=19.6838;RBI=0.492525,0.213953;REFB=-0.0923333,-0.120959;REVB=0.14665,0.195186;RO=7;SAF=3,0;SAR=4,6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.326531,0;SSSB=0.260141,-0.71172;STB=0.528262,0.504848;STBP=0.768,0.995;TYPE=del,snp;VARB=-0.00375215,0.0928732;OID=.,.;OPOS=145755230,145755230;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.457143:7,6:29:14,16:35:5:4,3:10,13:1:4:44:7:3,0:4,6:1:6 chr8 145947776 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0093469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.106;QD=13.631;RBI=0.0498228;REFB=-0.0224271;REVB=0.0489382;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153362;STB=0.589955;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0196224;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:7:2:3:5:7:2 chr8 145999616 . CTTT C,CTTC 500.04 PASS AF=0.54878,0.0365854;AO=44,3;DP=82;FAO=45,3;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=28,0;FSAR=17,3;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0135708,-0.00744647;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=150.006,172.961;QD=24.392;RBI=0.013625,0.0092689;REFB=0.0131278,0.0194279;REVB=0.00121451,-0.0055193;RO=33;SAF=27,0;SAR=17,3;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.172939,-0.492108;STB=0.591959,0.995883;STBP=0.059,0.131;TYPE=del,snp;VARB=-0.00670272,-0.105297;OID=.,.;OPOS=145999617,145999619;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54878,0.0365854:44,3:82:45,3:82:34:28,0:17,3:14:20:99:33:27,0:17,3:13:20 chr8 146010776 . T C 284.76 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0144505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.958;QD=19.9828;RBI=0.0244303;REFB=-0.0460003;REVB=0.0196984;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642943;STB=0.543831;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0270039;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:15:15:11:15:15:15:11:16 chr8 146010817 . C A 896.01 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=75;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00317519;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.627;QD=49.7783;RBI=0.011273;REFB=-0.00839253;REVB=-0.0108166;RO=6;SAF=22;SAR=43;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284084;STB=0.509717;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000595185;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:75:72:6:7:65:65:0.902778:43:22:3:3:43:22:3:4 chr8 146045868 . T C 78.04 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0177079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.624;QD=3.90176;RBI=0.0177248;REFB=-0.00631204;REVB=-0.000773171;RO=66;SAF=7;SAR=7;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212609;STB=0.637318;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0160708;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:7:7:44:22:7:7:44:22 chr8 146067054 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0110354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.558;QD=19.4671;RBI=0.025239;REFB=-0.0392777;REVB=-0.0226986;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769398;STB=0.543439;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0398501;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:10:14:11:11:10:14 chr8 146068322 . C T 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00144585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.601;QD=10.8511;RBI=0.00334913;REFB=0.00550641;REVB=-0.00302096;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846183;STB=0.549348;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0129284;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:14:9:20:23:14:9:20:23 chr8 146068594 . T C 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.85202e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6138;QD=56.1798;RBI=0.011367;REFB=0;REVB=0.011367;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116676;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr8 146076708 . C T 179.25 PASS AF=0.25;AO=26;DP=97;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0282541;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.3927;QD=6.63895;RBI=0.0522237;REFB=-0.0104526;REVB=-0.0439207;RO=71;SAF=11;SAR=15;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252904;STB=0.59177;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0198549;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:108:71:81:26:27:0.25:15:11:45:26:15:12:46:35 chr8 146115367 . A C,G 1204.74 PASS AF=0.0352941,0.964706;AO=3,72;DP=75;FAO=3,82;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=3,36;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330727,0.00479872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.2446,58.3065;QD=56.6938;RBI=0.0556264,0.0843344;REFB=0,0;REVB=0.0447269,0.0841978;RO=0;SAF=3,35;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.127664,0.0145017;OID=.,.;OPOS=146115367,146115367;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:75:85:0:0:3,72:3,82:0.0352941,0.964706:0,37:3,35:0:0:0,46:3,36:0:0 chr8 146156247 . C A 360.99 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00253735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.135;QD=15.1997;RBI=0.0109421;REFB=-0.0300509;REVB=0.0106438;RO=56;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319564;STB=0.51807;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0367864;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:20:19:29:27:20:19:29:27 chr8 146171437 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0440986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.982;QD=12.3945;RBI=0.044181;REFB=-0.0336901;REVB=-0.00269753;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436554;STB=0.75505;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0324179;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:17:7:10:4:17:7 chr8 146229161 . T A 721.95 PASS AF=0.978723;AO=26;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167247;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.927;QD=61.4427;RBI=0.0172517;REFB=0.00628049;REVB=-0.0042315;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.51851;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.000140297;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:0:1:26:46:0.978723:8:18:0:0:13:33:0:1 chr9 118173 . C G 615.09 PASS AF=0.888889;AO=49;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0216433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.995;QD=45.5619;RBI=0.0506445;REFB=-0.031109;REVB=0.0457868;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268741;STB=0.559974;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000312585;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:54:54:1:6:49:48:0.888889:17:32:0:1:16:32:1:5 chr9 154795 . T C 227.54 PASS AF=0.248175;AO=32;DP=133;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0107299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.519;QD=6.6436;RBI=0.0190334;REFB=0.00337305;REVB=0.0157207;RO=100;SAF=15;SAR=17;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140907;STB=0.518845;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0134073;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:100:103:32:34:0.248175:17:15:48:52:19:15:48:55 chr9 162405 . C G 74.06 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0198772;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1805;QD=18.5149;RBI=0.0378258;REFB=-0.0370539;REVB=0.0321821;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409156;STB=0.726651;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0323411;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:16:6:7:9:9:0.5625:8:1:3:3:8:1:3:4 chr9 214804 . A G 225.88 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.012125;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7798;QD=22.037;RBI=0.111493;REFB=-0.0593287;REVB=0.110831;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159398;STB=0.552776;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0208466;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:19:20:22:0.536585:5:15:10:7:7:15:11:8 chr9 214864 . C T 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0428046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.72;QD=17.5646;RBI=0.0435792;REFB=-0.0261758;REVB=-0.00817989;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112278;STB=0.563018;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0260983;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:11:21:19:16:11:21:19:16 chr9 215269 . A C 209.36 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0118323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.355;QD=18.6096;RBI=0.0181273;REFB=-0.0198028;REVB=-0.013733;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0269061;OID=.;OPOS=215269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:12:12:10:11:12:12 chr9 215494 . C T 358.34 PASS AF=0.506849;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0125867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.341;QD=19.6351;RBI=0.0196191;REFB=-0.00890269;REVB=0.0150494;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114395;STB=0.574239;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.010917;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:36:35:37:0.506849:19:16:21:15:21:16:21:15 chr9 215511 . C T 409.78 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00168474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.627;QD=20.7481;RBI=0.017995;REFB=-0.00693513;REVB=-0.017916;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371309;STB=0.520538;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00666951;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:19:22:22:16:19:22:22:16 chr9 215534 . C T 307.17 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00234645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.984;QD=15.5529;RBI=0.0142049;REFB=-0.00691559;REVB=0.0140097;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016785;STB=0.514961;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0090658;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:45:34:34:0.43038:16:18:21:20:16:18:25:20 chr9 271638 . C T 281.44 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0309108;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6354;QD=16.8021;RBI=0.0310032;REFB=-0.00583061;REVB=-0.00239087;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188443;STB=0.516888;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00801414;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:36:31:31:0.462687:13:18:21:14:13:18:22:14 chr9 286593 . C A 1635.94 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0126345;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3438;QD=57.9094;RBI=0.018464;REFB=-0.0224424;REVB=0.0134644;RO=2;SAF=46;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201897;STB=0.510636;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000222698;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:110:111:0.982301:64:46:2:0:65:46:2:0 chr9 390512 . C T 789.65 PASS AF=0.552239;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00292364;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.325;QD=23.5718;RBI=0.0287447;REFB=0.00148605;REVB=-0.0285956;RO=60;SAF=34;SAR=40;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492687;STB=0.52691;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00100533;OID=.;OPOS=390512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:60:60:74:74:0.552239:40:34:24:36:40:34:24:36 chr9 421032 . C G 499.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.179;QD=54.0123;RBI=0.0284683;REFB=0.00374802;REVB=-0.0256398;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104939;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000508791;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:1:1:21:14:1:1 chr9 429719 . T C 809.73 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214641;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1588;QD=53.9819;RBI=0.0249971;REFB=-0.183385;REVB=-0.012812;RO=2;SAF=45;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245443;STB=0.513025;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00328162;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:2:2:58:58:0.966667:13:45:1:1:13:45:1:1 chr9 433978 . A G 583.03 PASS AF=0.884615;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0078886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.742;QD=44.8487;RBI=0.0116606;REFB=0.081623;REVB=0.00858724;RO=5;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768608;STB=0.546855;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00890135;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:52:5:6:45:46:0.884615:28:17:0:5:29:17:0:6 chr9 441952 . G A 751.8 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246305;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.135;QD=54.6763;RBI=0.026004;REFB=-0.0411047;REVB=-0.00833929;RO=1;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012566;STB=0.506664;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00116026;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:37:16:0:1:37:17:0:1 chr9 676954 . T C 1005.21 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588912;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.462;QD=59.1302;RBI=0.0633351;REFB=0;REVB=0.0233059;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601858;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:31:35:0:0:31:37:0:0 chr9 712137 . G C 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00402672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.666;QD=22.4803;RBI=0.0360967;REFB=-0.0134421;REVB=0.0358714;RO=30;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113244;STB=0.571391;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0102809;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:26:13:14:16:26:13:15:16 chr9 712156 . T G 339.1 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0325104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.69;QD=21.1938;RBI=0.0337205;REFB=-0.0244244;REVB=0.00895259;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113477;STB=0.552528;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0161172;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:29:34:35:0.546875:22:12:14:15:22:13:14:15 chr9 712674 . C T 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0369497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.197;QD=32.9596;RBI=0.0417582;REFB=0.00438835;REVB=0.0194542;RO=14;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085546;STB=0.546843;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00249942;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:9:21:8:6:9:21:8:6 chr9 712766 . G A 264.74 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0380773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.345;QD=34.1605;RBI=0.0388732;REFB=-0.0141183;REVB=-0.00782595;RO=8;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165168;STB=0.590687;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00636917;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:7:16:3:5:7:16:3:5 chr9 713307 . A G 117.22 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0141528;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.374;QD=19.5358;RBI=0.0141529;REFB=-0.0287318;REVB=-4.73769e-05;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129697;STB=0.574349;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0206642;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:6:5:4:9:6:5 chr9 730054 . A G 173.86 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.038339;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6328;QD=11.4007;RBI=0.0389339;REFB=-0.0299831;REVB=-0.0067801;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173308;STB=0.590085;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.066285;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:39:22:22:0.360656:11:11:25:13:11:11:25:14 chr9 738434 . C T 616.09 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00394941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.131;QD=23.4701;RBI=0.00742904;REFB=0.00363194;REVB=-0.00629228;RO=44;SAF=32;SAR=28;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271756;STB=0.519175;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00345693;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:45:60:60:0.571429:28:32:25:19:28:32:26:19 chr9 740901 . C T 354.65 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.000718251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.07;QD=13.3829;RBI=0.0330161;REFB=-0.00479879;REVB=0.0330082;RO=63;SAF=21;SAR=21;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420411;STB=0.518859;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00435237;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:64:42:42:0.396226:21:21:29:34:21:21:30:34 chr9 742342 . A G 476.04 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0960131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6304;QD=57.7019;RBI=0.112977;REFB=0;REVB=0.0595431;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334745;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:18:15:0:0 chr9 991114 . A G 246.61 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.022767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1718;QD=15.9104;RBI=0.0362505;REFB=0.0241448;REVB=0.0282092;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634844;STB=0.543807;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0243037;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:16:11:16:18:17:11:16:18 chr9 1056959 . G C 357.29 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00501392;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.97;QD=30.4079;RBI=0.0101983;REFB=-0.0237759;REVB=0.0088807;RO=17;SAF=6;SAR=24;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903365;STB=0.549265;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0147604;OID=.;OPOS=1056959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:24:6:2:15:24:6:2:15 chr9 1057555 . T C 278.45 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0314529;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.891;QD=18.5635;RBI=0.0479287;REFB=-0.0255425;REVB=-0.0361645;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059677;STB=0.533311;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.018138;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:13:17:15:15:13:17 chr9 2029199 . G A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0123292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.576;QD=18.3353;RBI=0.0151884;REFB=-0.00158493;REVB=-0.00887004;RO=37;SAF=8;SAR=27;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846737;STB=0.547464;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00211938;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:27:8:11:26:27:8:11:26 chr9 2101545 . T A 300.04 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.0646702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9945;QD=16.4405;RBI=0.0716339;REFB=0.00529998;REVB=0.0308088;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124918;STB=0.569792;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00482622;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:12:21:30:10:12:21:30:10 chr9 2191309 . C A,G 438.14 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032556,0.013942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.6903,170.48;QD=56.5343;RBI=0.0459995,0.0178163;REFB=0,0;REVB=0.0458841,0.0110924;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0535123,-0.00194869;OID=.,.;OPOS=2191309,2191309;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,10:2,19:0:0:0,10:2,19:0:0 chr9 2635545 . G A 1540.46 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00988809;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.716;QD=56.5306;RBI=0.0115263;REFB=-0.0893583;REVB=0.00592286;RO=3;SAF=35;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196138;STB=0.509967;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00278869;OID=.;OPOS=2635545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:109:3:3:105:106:0.972477:70:35:2:1:70:36:2:1 chr9 2717922 . C G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0198164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.895;QD=9.1898;RBI=0.0198624;REFB=-0.0154469;REVB=0.00135113;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122018;STB=0.574359;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0411202;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:9:5:16:19:9:5:16:19 chr9 2718534 . C G 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.922;QD=58.2408;RBI=0.0419124;REFB=-0.0353121;REVB=0.00183529;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00472937;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:0:1:25:14:0:1 chr9 2718870 . C T 127.78 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.00642985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.789;QD=6.81494;RBI=0.0172901;REFB=-0.0145416;REVB=-0.0160501;RO=56;SAF=11;SAR=8;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153274;STB=0.592501;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0359971;OID=.;OPOS=2718870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:8:11:39:17:8:11:39:17 chr9 2811505 . G A 571.24 PASS AF=0.491667;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0300509;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.482;QD=19.0414;RBI=0.0333224;REFB=-0.0234074;REVB=0.0143988;RO=61;SAF=24;SAR=34;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051265;STB=0.524504;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0294352;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:61:61:58:59:0.491667:34:24:22:39:35:24:22:39 chr9 2828765 . C G 149.18 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0378993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.372;QD=12.1775;RBI=0.0379024;REFB=-0.0210689;REVB=0.000483567;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637434;STB=0.568451;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0367364;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:16:17:0.346939:10:6:10:21:10:7:10:22 chr9 4118208 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.717;QD=37.4876;RBI=0.0237705;REFB=0;REVB=0.0236;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250486;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:1:7:0:0 chr9 4386423 . A G 405.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00820761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.974;QD=17.2631;RBI=0.0665787;REFB=-0.00602029;REVB=0.0660708;RO=52;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521216;STB=0.529217;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00545603;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:18:24:27:25:18:24:27:25 chr9 4576680 . T C 251.85 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0148086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.007;QD=14.8148;RBI=0.054473;REFB=-0.0193292;REVB=0.0524215;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270524;STB=0.503224;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0230326;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:39:29:29:0.426471:18:11:12:22:18:11:15:24 chr9 4622453 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0194325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.219;QD=13.4857;RBI=0.0277511;REFB=-0.0354214;REVB=0.0198117;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0262015;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr9 4625429 . T C 282.95 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0304661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8907;QD=14.8923;RBI=0.0359666;REFB=0.020918;REVB=-0.0191158;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145886;STB=0.508259;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0178168;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:20:24:17:15:20:24 chr9 4629170 . T TAAAA 85.54 PASS AF=0.411765;AO=8;DP=37;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0278257;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=4;MLLD=48.2421;QD=10.0641;RBI=0.0327773;REFB=-0.0139366;REVB=0.0173228;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110655;STB=0.655527;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.0258858;OID=.;OPOS=4629171;OREF=-;OALT=AAAA;OMAPALT=TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:8:37:14:34:20:8:6:6:14:85:27:4:4:11:16 chr9 4664829 . T C 141.16 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0226528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.329;QD=13.4435;RBI=0.0228101;REFB=-0.00619186;REVB=-0.00267406;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16909;STB=0.59923;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.013197;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:12:14:11:5:12:14 chr9 4706214 . C T 369.25 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0169878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.699;QD=19.6935;RBI=0.0321329;REFB=-0.0100294;REVB=-0.0272752;RO=26;SAF=31;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208706;STB=0.725014;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0151898;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:75:26:37:38:38:0.506667:7:31:16:10:7:31:16:21 chr9 4711440 . T A 354.19 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0489537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0031;QD=19.1452;RBI=0.0490473;REFB=-0.0420454;REVB=0.00302822;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863182;STB=0.555861;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0584091;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:37:37:37:0.5:23:14:17:19:23:14:18:19 chr9 5050706 . C T 272.31 PASS AF=0.33945;AO=34;DP=107;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.000311104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3947;QD=9.99314;RBI=0.130506;REFB=-0.0116215;REVB=-0.130506;RO=69;SAF=20;SAR=14;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150823;STB=0.594478;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0263843;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:69:72:34:37:0.33945:14:20:49:20:17:20:49:23 chr9 5081780 . G A 241.59 PASS AF=0.379747;AO=27;DP=76;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00910433;FXX=0.048187;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.735;QD=12.2322;RBI=0.00934126;REFB=-0.0201366;REVB=-0.00209049;RO=48;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215664;STB=0.6391;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0181664;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:48:49:27:30:0.379747:16:11:29:19:19:11:29:20 chr9 5092466 . G A 721.84 PASS AF=0.697674;AO=59;DP=85;FAO=60;FDP=86;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00939494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.892;QD=33.5739;RBI=0.0364771;REFB=0.000988169;REVB=-0.0352465;RO=26;SAF=31;SAR=28;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293218;STB=0.513256;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000631575;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:26:26:59:60:0.697674:28:31:15:11:28:32:15:11 chr9 5094034 . G A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00884418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.769;QD=16.165;RBI=0.0133535;REFB=-0.0114583;REVB=-0.0100048;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256578;STB=0.644037;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0145264;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:20:13:27:14:20:13:27:14 chr9 5095095 . A C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0129683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.694;QD=14.6975;RBI=0.0149309;REFB=-0.00492439;REVB=0.00739963;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2;STB=0.593669;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.010642;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:7:14:24:5:7:14:24:6 chr9 5095167 . A C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00185166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.438;QD=18.2489;RBI=0.00651457;REFB=-0.0306173;REVB=-0.00624588;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991777;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0210289;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:6:6:8:5:6:6 chr9 5095191 . T A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0146963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.103;QD=12.0517;RBI=0.016858;REFB=-0.0276074;REVB=0.00825904;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0304061;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:6:7:4:5:6:7 chr9 5096433 . A G 241.91 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0160175;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.323;QD=14.661;RBI=0.0840924;REFB=-0.00978831;REVB=0.0825528;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160705;STB=0.590846;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0181499;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:25:13:14:14:25:13 chr9 5098223 . T C 253.83 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0277921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1196;QD=21.6024;RBI=0.0280137;REFB=-0.021764;REVB=0.0035166;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930787;STB=0.552169;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0183987;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:10:13:11:13:10:13 chr9 5231712 . T A 128.38 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00595267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0034;QD=22.3262;RBI=0.0633326;REFB=-0.0269051;REVB=-0.0630522;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163432;STB=0.592461;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0163685;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:8:9:13:14:0.608696:8:5:5:3:8:6:6:3 chr9 5335470 . C T 580.64 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0181887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.968;QD=18.8826;RBI=0.0298689;REFB=-0.00655074;REVB=-0.0236922;RO=63;SAF=30;SAR=30;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955993;STB=0.552828;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00728106;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:30:30:25:38:30:30:25:38 chr9 5431913 . A G 335.29 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0115294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.491;QD=14.7378;RBI=0.0197829;REFB=-0.00581007;REVB=0.0160759;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999768;STB=0.551285;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00736887;OID=.;OPOS=5431913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:21:16:28:25:21:16:28:26 chr9 5557672 . T C 1652.39 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0146998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3039;QD=57.4744;RBI=0.0460525;REFB=0.00346137;REVB=-0.0436434;RO=2;SAF=56;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504581;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00051788;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:2:3:112:112:0.973913:56:56:1:1:55:57:1:2 chr9 5732483 . T C 1497.49 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019747;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.12;QD=59.8998;RBI=0.11343;REFB=0;REVB=0.111698;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161405;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr9 5762633 . C T 233.53 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0192265;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6816;QD=18.3158;RBI=0.02401;REFB=-0.0180011;REVB=-0.0143814;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875473;STB=0.549076;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00962877;OID=.;OPOS=5762633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:17:9:11:14:17:9 chr9 5774225 . T G 613.29 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0234928;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.571;QD=19.3163;RBI=0.027061;REFB=-0.0200928;REVB=0.0134309;RO=64;SAF=23;SAR=39;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178719;STB=0.602904;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0187821;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:64:65:62:62:0.488189:39:23:36:28:39:23:37:28 chr9 5890162 . G T 125.82 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0596302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5249;QD=18.6402;RBI=0.0658363;REFB=-0.0122487;REVB=0.0279044;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120721;STB=0.552995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00873423;OID=.;OPOS=5890162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:5:9:6:6:5:9:7:6 chr9 5892525 . C T 279.25 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.030985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=18.9322;RBI=0.0311525;REFB=-0.0101059;REVB=-0.00322634;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112359;STB=0.541733;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0252626;OID=.;OPOS=5892525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:29:29:30:0.508475:14:15:10:16:14:16:13:16 chr9 5914039 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0373678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.582;QD=22.5807;RBI=0.038774;REFB=-0.00256289;REVB=0.0103477;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273921;STB=0.651964;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00378417;OID=.;OPOS=5914039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:0:7:8:4:0:7 chr9 5914048 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.112389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1996;QD=22.5808;RBI=0.115474;REFB=0.00572059;REVB=0.0265117;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273921;STB=0.651964;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00746175;OID=.;OPOS=5914048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:0:7:8:4:0:7 chr9 5968416 . A G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00587836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.786;QD=26.3126;RBI=0.0115703;REFB=-0.00654944;REVB=0.00996573;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474005;STB=0.52629;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00323115;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:8:4:8:12:8:4 chr9 5969307 . C T 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0131459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.2542;QD=22.3336;RBI=0.0138866;REFB=-0.009511;REVB=0.00447475;RO=36;SAF=13;SAR=30;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32873;STB=0.681325;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00625555;OID=.;OPOS=5969307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:30:13:25:11:30:13:25:11 chr9 6007551 . T C 578.79 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00843973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.235;QD=17.0233;RBI=0.0164591;REFB=-0.0105661;REVB=-0.0141305;RO=75;SAF=33;SAR=28;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457282;STB=0.525461;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0114659;OID=.;OPOS=6007551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:28:33:44:31:28:33:44:31 chr9 6012734 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.446;QD=44.6898;RBI=0.0425547;REFB=0;REVB=-0.0419941;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332845;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr9 6012968 . A G 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0122885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.486;QD=31.8551;RBI=0.064916;REFB=-0.00469923;REVB=0.0637423;RO=12;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224746;STB=0.62232;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00392784;OID=.;OPOS=6012968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:12:14:11:1:12:14:11:1 chr9 6015011 . T C 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0131343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.932;QD=18.9037;RBI=0.0510673;REFB=0.00802988;REVB=0.0493493;RO=41;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917602;STB=0.55091;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00773839;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:15:24:29:12:15:24:29:12 chr9 6015042 . A G 388.98 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0167638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9803;QD=15.1059;RBI=0.0167687;REFB=-0.0209363;REVB=0.000402812;RO=58;SAF=30;SAR=14;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878377;STB=0.545701;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0260604;OID=.;OPOS=6015042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:14:30:35:23:14:30:36:23 chr9 6328947 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.438;QD=48.7372;RBI=0.0210706;REFB=0;REVB=0.01758;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90213e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr9 6329888 . A G 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.371;QD=63.5621;RBI=0.0676202;REFB=0;REVB=0.0360514;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243683;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr9 6330321 . T A 209.7 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00466116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.111;QD=15.5333;RBI=0.0152234;REFB=-0.00322729;REVB=-0.0144922;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168339;STB=0.509546;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00379471;OID=.;OPOS=6330321;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:12:18:14:10:12:18 chr9 6330915 . G A 767.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.744;QD=56.8714;RBI=0.00809482;REFB=0;REVB=-0.00730908;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02878e-06;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr9 6469516 . CAAAAAAAAAA ACAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAT 47.36 PASS AF=0,0.266667;AO=3,4;DP=30;FAO=0,8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00192378,0.00927408;FXX=0;HRUN=1,10;LEN=2,1;MLLD=124.624,21.2887;QD=6.31449;RBI=0.27327,0.101887;REFB=-0.0205517,-0.10637;REVB=-0.273263,-0.101464;RO=12;SAF=0,4;SAR=3,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.693733,0.644715;STB=0.5,0.717293;STBP=1,0.259;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.274777;OID=.,.;OPOS=6469516,6469526;OREF=CA,A;OALT=AC,T;OMAPALT=ACAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:30:30:12:22:3,4:0,8:0,0.266667:3,0:0,4:8:4:0,1:0,7:15:7 chr9 6592868 . G C 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0295391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.884;QD=15.1652;RBI=0.0340138;REFB=-0.0103219;REVB=0.0168636;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189276;STB=0.608012;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00744763;OID=.;OPOS=6592868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:16:14:15:8:16:14 chr9 6645251 . C T 582.26 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00622209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.412;QD=58.2259;RBI=0.0205383;REFB=-0.0114383;REVB=0.0195732;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=7.06138e-05;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:0:1:16:23:0:1 chr9 6984172 . G A 216.72 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0121681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.939;QD=22.2271;RBI=0.0148397;REFB=0.0108843;REVB=-0.00849435;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182204;STB=0.599911;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00419487;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:17:18:20:21:0.538462:9:11:13:4:9:12:14:4 chr9 6984236 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000288386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.713;QD=18.9663;RBI=0.00158652;REFB=-0.00601263;REVB=-0.00156009;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150844;STB=0.585578;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00425332;OID=.;OPOS=6984236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:12:13:8:14:12:13 chr9 7046901 . C G 499.26 PASS AF=0.630137;AO=45;DP=72;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0216966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.083;QD=27.3566;RBI=0.0224069;REFB=-0.00919851;REVB=-0.00559716;RO=24;SAF=24;SAR=21;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113571;STB=0.574437;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00628833;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:24:27:45:46:0.630137:21:24:17:7:21:25:20:7 chr9 7076463 . G A 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0276819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.488;QD=20.542;RBI=0.0280697;REFB=-0.026042;REVB=-0.00464988;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037479;STB=0.530096;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.015061;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:11:13:14:10:11:13:15:10 chr9 7103747 . C T 149.91 PASS AF=0.191176;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=136;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.000856705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.176;QD=4.40897;RBI=0.0118825;REFB=-0.00581995;REVB=-0.0118516;RO=110;SAF=9;SAR=17;SRF=38;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000985064;STB=0.500625;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225885;OID=.;OPOS=7103747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:110:110:26:26:0.191176:17:9:38:72:17:9:38:72 chr9 7103816 . C T 520.3 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0260893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.785;QD=20.4037;RBI=0.0265533;REFB=-0.00861611;REVB=-0.00494261;RO=46;SAF=16;SAR=37;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105886;STB=0.57857;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00732662;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:49:53:53:0.519608:37:16:19:27:37:16:22:27 chr9 7798435 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.747;QD=64.1539;RBI=0.00780064;REFB=0;REVB=0.00207393;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29242e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr9 7798518 . G C 1604.04 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9394;QD=64.1616;RBI=0.0809966;REFB=0;REVB=0.0758685;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480311;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:40:58:0:0:41:59:0:0 chr9 7799606 . C A 216.65 PASS AF=0.552632;AO=19;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.030243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.159;QD=22.8051;RBI=0.036011;REFB=-0.0115256;REVB=0.0195488;RO=17;SAF=2;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499963;STB=0.734432;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00699529;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:17:17:19:21:0.552632:17:2:9:8:18:3:9:8 chr9 7799653 . G T 199.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.071399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.465;QD=19.9585;RBI=0.0715418;REFB=-0.0136943;REVB=-0.00451823;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117349;STB=0.556759;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00912182;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:14:6:8:11:14:6:8:12 chr9 8389364 . C G 683.55 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0146313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.001;QD=17.9882;RBI=0.0187259;REFB=-0.023129;REVB=0.0116869;RO=71;SAF=35;SAR=37;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958733;STB=0.519035;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0223699;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:152:71:80:72:72:0.473684:37:35:27:44:37:35:36:44 chr9 8454566 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6617;QD=58.5975;RBI=0.120762;REFB=0;REVB=0.120737;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112003;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:45:19:0:0:45:19:0:0 chr9 8465598 . A G 2439.1 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.523;QD=61.361;RBI=0.0480333;REFB=0;REVB=0.00735102;RO=0;SAF=85;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29948e-05;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:157:159:1:72:85:0:0:72:87:0:0 chr9 8518143 . T C 1431.53 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.037532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.482;QD=56.1386;RBI=0.0408357;REFB=-0.159262;REVB=0.0160904;RO=3;SAF=54;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119111;STB=0.506282;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00122682;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:3:3:99:99:0.970588:45:54:1:2:45:54:1:2 chr9 8518395 . G A 1719.75 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729732;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.134;QD=60.8759;RBI=0.0729755;REFB=0;REVB=-0.000587744;RO=0;SAF=43;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109277;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:70:43:0:0:70:43:0:0 chr9 8528506 . A G 758.47 PASS AF=1;AO=33;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165018;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.6627;QD=63.2058;RBI=0.182487;REFB=0;REVB=0.0779142;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00784361;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:33:48:1:21:12:0:0:27:21:0:0 chr9 12775889 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.713;QD=48.7367;RBI=0.0262585;REFB=0;REVB=0.00280743;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578407;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr9 13105959 . T G 1346.74 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0688286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5458;QD=59.855;RBI=0.0803812;REFB=-0.00121524;REVB=0.0415182;RO=2;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01933;STB=0.509998;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000668921;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:90:2:2:86:88:0.977778:48:38:0:2:49:39:0:2 chr9 13112116 . A G 2356.63 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299293;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.409;QD=63.2654;RBI=0.049189;REFB=-0.0184507;REVB=-0.0390358;RO=1;SAF=61;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773302;STB=0.504064;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=1.78267e-05;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:148:148:0.993289:87:61:1:0:87:61:1:0 chr9 13150531 . T C 695.61 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0206684;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.171;QD=17.6103;RBI=0.0249025;REFB=-0.0106669;REVB=-0.0138907;RO=79;SAF=42;SAR=32;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577658;STB=0.536222;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0134667;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:158:79:84:74:74:0.468354:32:42:40:39:32:42:42:42 chr9 13176312 . C T 436.76 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.014114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.429;QD=18.7854;RBI=0.0148004;REFB=-0.00143645;REVB=0.00445503;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109045;STB=0.555976;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00153515;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:44:44:0.473118:17:27:24:24:17:27:25:24 chr9 13928011 . T G 174.92 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0226791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0131;QD=19.991;RBI=0.055626;REFB=-0.0384419;REVB=-0.0507929;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18715;STB=0.627306;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0335477;OID=.;OPOS=13928011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:17:17:18:0.514286:11:6:10:8:12:6:10:7 chr9 13928028 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0244102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.384;QD=20.3164;RBI=0.02902;REFB=-0.0105921;REVB=0.0156941;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117232;STB=0.566301;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0207213;OID=.;OPOS=13928028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:9:9:12:7:9:9 chr9 14086120 . G C 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00316055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.212;QD=13.7245;RBI=0.00375686;REFB=-0.0108094;REVB=0.00203098;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105381;STB=0.560067;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0187041;OID=.;OPOS=14086120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:17:13:24:21:17:13:24:21 chr9 14618856 . C T 865.39 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6925;QD=55.8319;RBI=0.0402793;REFB=0;REVB=0.0399462;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148972;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:62:0:0:59:62:1:28:31:0:0:29:33:0:0 chr9 14737506 . T G 465.75 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0550348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8226;QD=22.4456;RBI=0.0733762;REFB=0.0105893;REVB=-0.0485308;RO=38;SAF=18;SAR=27;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507442;STB=0.527907;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0167384;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:27:18:13:25:27:18:13:25 chr9 14747412 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0122305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.32;QD=17.5879;RBI=0.0156078;REFB=-0.0158009;REVB=-0.00969621;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496812;STB=0.511226;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0175243;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:21:22:0.44:8:13:16:12:9:13:16:12 chr9 14775853 . A G 1011.74 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395421;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.882;QD=59.5143;RBI=0.039736;REFB=0;REVB=0.00392074;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64391e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr9 14775859 . G A 409.83 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00108233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.827;QD=20.7507;RBI=0.00682434;REFB=-0.0241677;REVB=0.00673796;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546959;STB=0.53027;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0254389;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:22:19:20:18:22:19:20:18 chr9 14801710 . C A 618.4 PASS AF=0.548673;AO=60;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0108163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.634;QD=21.8903;RBI=0.0150249;REFB=-0.0226561;REVB=0.0104285;RO=51;SAF=25;SAR=35;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953339;STB=0.557824;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0177069;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:60:62:0.548673:35:25:27:24:37:25:27:24 chr9 14816829 . G C 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0119888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.292;QD=16.8717;RBI=0.0453559;REFB=-0.032377;REVB=-0.0437427;RO=25;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528758;STB=0.813058;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0153935;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:20:20:0.434783:3:17:9:16:3:17:9:17 chr9 14823221 . G T 368.61 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00176624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.766;QD=19.4007;RBI=0.00235662;REFB=-0.00897726;REVB=0.00156014;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486782;STB=0.526302;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00892101;OID=.;OPOS=14823221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:37:38:0.5:17:20:18:19:18:20:18:20 chr9 14824799 . G A 346.54 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.000169614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.982;QD=12.488;RBI=0.0269664;REFB=-0.0200533;REVB=-0.0269658;RO=69;SAF=18;SAR=24;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240426;STB=0.636301;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0300982;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:24:18:45:24:24:18:45:24 chr9 14859356 . T C 327.12 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0841817;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.294;QD=17.4463;RBI=0.0893903;REFB=-0.00595029;REVB=-0.0300677;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730778;STB=0.54096;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0106265;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:21:14:19:21:21:14:19:21 chr9 15188106 . T C 1572.22 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.396;QD=59.894;RBI=0.0326363;REFB=0;REVB=0.0323711;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23675e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr9 15422911 . A G 66.79 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.02588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.271;QD=12.7217;RBI=0.0669168;REFB=-0.0327836;REVB=-0.0617097;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.615159;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0435843;OID=.;OPOS=15422911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:9:2:3:6:10:2 chr9 15464898 . C A 184.45 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0328938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9078;QD=18.9181;RBI=0.0424492;REFB=-0.0104699;REVB=-0.0268315;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193465;STB=0.610468;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0094772;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:11:9:5:14:11:9 chr9 15591372 . T A 152.71 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00542877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.829;QD=13.5741;RBI=0.00577929;REFB=-0.00209792;REVB=-0.00198207;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303022;STB=0.677206;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00364422;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:12:16:5:12:12:16 chr9 15744683 . G A 277.5 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0204887;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7316;QD=15.8569;RBI=0.0290754;REFB=0.0159767;REVB=-0.0206299;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418904;STB=0.505573;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0198176;OID=.;OPOS=15744683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:39:31:31:0.442857:17:14:17:21:17:14:18:21 chr9 15784631 . A G 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00357487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.379;QD=15.1569;RBI=0.0104346;REFB=-0.0116802;REVB=-0.00980312;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073364;STB=0.541575;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0146858;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:13:19:13:12:13:19 chr9 15922137 . A G 854.09 PASS AF=0.983607;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.494;QD=56.0059;RBI=0.0572446;REFB=-0.0974071;REVB=0.046339;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00259291;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:61:60:0.983607:28:33:0:0:27:33:0:1 chr9 16410956 . G C 72.77 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0198525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.41;QD=9.09628;RBI=0.0374102;REFB=-0.0343946;REVB=0.0317081;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361444;STB=0.56948;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0817151;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:21:22:9:10:0.3125:4:5:11:10:4:6:11:11 chr9 16411463 . G T 167.86 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0479308;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2717;QD=14.9211;RBI=0.0526469;REFB=-0.00452312;REVB=-0.0217792;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182115;STB=0.593643;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00380043;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:27:18:18:0.4:6:12:14:14:6:12:14:13 chr9 16417096 . C T 64.72 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00800638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.513;QD=15.2275;RBI=0.0302406;REFB=-0.0323596;REVB=-0.0291615;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0142682;OID=.;OPOS=16417096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:7:8:8:8:0.470588:3:5:3:4:3:5:3:5 chr9 16417431 . G A 2040.22 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.193;QD=62.2967;RBI=0.0178013;REFB=0;REVB=0.00047182;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53419e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:128:131:1:66:62:0:0:69:62:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 88.35 PASS AF=0.327273;AO=16;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0195849;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=10;MLLD=281.232;QD=6.42545;RBI=0.0488851;REFB=-0.0154742;REVB=-0.0447905;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327295;STB=0.587106;STBP=0.399;TYPE=del;VARB=0.0326694;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:16:54:18:55:37:11:7:27:10:88:30:9:7:25:5 chr9 16435848 . T C 224.54 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0239988;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6378;QD=14.4862;RBI=0.0246809;REFB=-0.0231971;REVB=-0.00576206;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184332;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0304845;OID=.;OPOS=16435848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:26:26:0.419355:11:15:19:15:11:15:21:15 chr9 16685539 . T C 173.79 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6724;QD=46.3442;RBI=0.0983755;REFB=0;REVB=-0.0365773;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197013;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:8:5:0:0:9:6:0:0 chr9 17001122 . C A 314.92 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=-0.00407765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3577;QD=14.8199;RBI=0.0437086;REFB=-0.0156416;REVB=-0.043518;RO=50;SAF=27;SAR=8;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752145;STB=0.54235;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.022149;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:8:27:41:9:8:27:41:9 chr9 17001200 . C A 1697.29 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.326;QD=59.554;RBI=0.0257963;REFB=-0.0699929;REVB=0.00814784;RO=1;SAF=90;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201921;STB=0.510636;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=4.28009e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:23:90:0:1:23:90:0:1 chr9 17001216 . A C 506.93 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=14;FWDB=0.0110473;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.381;QD=17.7872;RBI=0.0112115;REFB=-0.0121129;REVB=0.00191197;RO=60;SAF=46;SAR=8;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140753;STB=0.578915;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0125457;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:8:46:46:14:8:46:46:14 chr9 17053994 . G A 145.53 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0494243;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7205;QD=15.3191;RBI=0.0513175;REFB=-0.0193183;REVB=-0.0138103;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233392;STB=0.636181;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0359447;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:10:12:12:4:10:12 chr9 17054142 . A G 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0795126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5056;QD=16.6594;RBI=0.0805248;REFB=-0.0213204;REVB=-0.012727;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131836;STB=0.581571;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0208509;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:32:28:28:0.466667:21:7:11:19:21:7:12:20 chr9 17273731 . A G 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0142369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.862;QD=6.31767;RBI=0.0192353;REFB=-0.00153801;REVB=0.0129348;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126229;STB=0.581189;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00407785;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:13:12:3:5:13:12 chr9 17342383 . C T 564.07 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.091;QD=57.8528;RBI=0.0325011;REFB=-0.0725103;REVB=-0.0255902;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0006477;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:1:0:13:25:1:0 chr9 17394536 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.446;QD=45.8055;RBI=0.0180422;REFB=0;REVB=-0.00399755;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280425;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 17394996 . T C 1139.21 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000466657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.095;QD=59.1795;RBI=0.0470576;REFB=-0.0640434;REVB=0.0470553;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000213282;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:0:1:37:39:0:1 chr9 17409366 . G A 741.13 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00889289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.46;QD=47.8148;RBI=0.00893632;REFB=-0.0198475;REVB=0.000879953;RO=5;SAF=18;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138007;STB=0.519524;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0029406;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:62:62:5:6:56:56:0.903226:38:18:2:3:38:18:3:3 chr9 17457520 . AG GA 105.26 PASS AF=0.125874;AO=15;DP=147;FAO=18;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.0624213;FXX=0.0337815;HRUN=8;LEN=2;MLLD=39.3257;QD=2.94442;RBI=0.0638659;REFB=-0.00984441;REVB=0.0135067;RO=114;SAF=13;SAR=2;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419415;STB=0.913246;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0312692;OID=.;OPOS=17457520;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:147:143:114:120:15:18:0.125874:2:13:64:50:1:17:68:52 chr9 18504916 . T A 258.87 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=49;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00478697;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.093;QD=19.5377;RBI=0.0184185;REFB=-0.0211273;REVB=0.0177856;RO=22;SAF=6;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357743;STB=0.653259;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0188783;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:22:25:25:28:0.528302:19:6:14:8:19:9:16:9 chr9 18651156 . C T 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0276992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1964;QD=17.4546;RBI=0.0375724;REFB=-0.0298958;REVB=0.0253858;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608498;STB=0.503417;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0274424;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:17:12:11:16:17:12 chr9 18651282 . A G 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0225652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.926;QD=7.54502;RBI=0.0244778;REFB=-0.00208218;REVB=0.00948533;RO=40;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397835;STB=0.515492;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0043945;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:7:8:20:20:7:8:21:20 chr9 18681821 . A G 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00146847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.885;QD=16.9402;RBI=0.041461;REFB=-0.0268163;REVB=-0.041435;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0189437;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:9:15:10:9:9:15 chr9 18775810 . C A 541.66 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0198873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.586;QD=20.833;RBI=0.0199055;REFB=-0.00869312;REVB=0.000851265;RO=48;SAF=22;SAR=32;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288765;STB=0.506022;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00685054;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:49:54:55:0.528846:32:22:18:30:33:22:19:30 chr9 18776840 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.617;QD=58.061;RBI=0.021331;REFB=0;REVB=-0.0132315;RO=0;SAF=46;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01513e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:15:46:0:0:15:46:0:0 chr9 18777368 . T C 218.01 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00666665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.47;QD=15.5724;RBI=0.0509706;REFB=-0.0109259;REVB=-0.0505327;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511102;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.013932;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:10:15:18:12:10:15:18:13 chr9 18887908 . G C 527.1 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00775268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3216;QD=17.7175;RBI=0.0383153;REFB=-0.00509684;REVB=-0.0375227;RO=62;SAF=21;SAR=35;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136845;STB=0.572328;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00625777;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:63:56:56:0.470588:35:21:32:30:35:21:32:31 chr9 18910420 . G C 272.65 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0117562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1144;QD=14.9399;RBI=0.0305383;REFB=-0.0129428;REVB=-0.0281847;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323558;STB=0.518298;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0145024;OID=.;OPOS=18910420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:15:27:19:12:15:27 chr9 18950787 . G A 274.65 PASS AF=0.275362;AO=38;DP=138;FAO=38;FDP=138;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.021376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5109;QD=7.96079;RBI=0.0361085;REFB=0.000777366;REVB=-0.0291014;RO=74;SAF=13;SAR=25;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230418;STB=0.670735;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00341768;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:100:38:38:0.275362:25:13:40:34:25:13:58:42 chr9 18950895 . T C 439.55 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00916373;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.374;QD=14.4115;RBI=0.0120742;REFB=-0.0129352;REVB=0.00786215;RO=72;SAF=18;SAR=32;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151132;STB=0.585331;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.015087;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:72:72:50:50:0.409836:32:18:36:36:32:18:36:36 chr9 19058743 . G C 620.08 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0114797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.574;QD=24.5575;RBI=0.0158012;REFB=-0.0205865;REVB=0.0108579;RO=42;SAF=29;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084474;STB=0.54605;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0124264;OID=.;OPOS=19058743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:30:29:16:26:30:29:16:26 chr9 19058821 . A G 573.19 PASS AF=0.590909;AO=51;DP=86;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0391002;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6559;QD=26.054;RBI=0.0391735;REFB=-0.0182436;REVB=-0.00239598;RO=35;SAF=24;SAR=27;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13983;STB=0.583669;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0181302;OID=.;OPOS=19058821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:35:36:51:52:0.590909:27:24:10:25:27:25:10:26 chr9 19060046 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.012807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6418;QD=18.087;RBI=0.0151628;REFB=0.00726536;REVB=0.00811725;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508765;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00959792;OID=.;OPOS=19060046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:12:14:14:12:12:14:15:12 chr9 19063108 . T C 205.71 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0117179;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.094;QD=12.4673;RBI=0.0272122;REFB=-0.013282;REVB=0.02456;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115022;STB=0.571374;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.017177;OID=.;OPOS=19063108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:41:25:25:0.378788:10:15:28:12:10:15:29:12 chr9 19063765 . A G 405.86 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00847619;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.593;QD=16.9109;RBI=0.0104654;REFB=0.00262141;REVB=0.00613826;RO=50;SAF=11;SAR=30;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191712;STB=0.620854;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00294183;OID=.;OPOS=19063765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:54:41:42:0.4375:30:11:22:28:30:12:26:28 chr9 19076673 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0126926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=371.833;QD=21.8421;RBI=0.019421;REFB=0.0200371;REVB=0.0146995;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00607498;OID=.;OPOS=19076673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr9 19360433 . T C 385.6 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0419243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.738;QD=17.9347;RBI=0.0420752;REFB=-0.00892067;REVB=-0.00355972;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372702;STB=0.526856;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00783746;OID=.;OPOS=19360433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:46:39:40:0.465116:18:21:23:23:18:22:23:23 chr9 19434980 . C T 854.4 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=132;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0297351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.782;QD=25.8908;RBI=0.0298113;REFB=-0.0148613;REVB=0.00213004;RO=52;SAF=33;SAR=45;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431894;STB=0.524283;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0108754;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:54:78:78:0.590909:45:33:25:27:45:33:26:28 chr9 19461193 . G T 2086.16 PASS AF=0.953642;AO=144;DP=152;FAO=144;FDP=151;FR=.;FRO=7;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00732831;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.45;QD=55.2625;RBI=0.0407236;REFB=0.0434791;REVB=-0.0400588;RO=6;SAF=80;SAR=64;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298059;STB=0.519285;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0200827;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:152:151:6:7:144:144:0.953642:64:80:1:5:64:80:1:6 chr9 19576949 . T G 1486.37 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246661;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.73;QD=61.2937;RBI=0.0440159;REFB=-0.169574;REVB=0.0364553;RO=2;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178856;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00075008;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:97:2:1:94:96:0.989691:52:42:0:2:54:42:0:1 chr9 19622268 . T C 186.86 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0401461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.45;QD=19.6695;RBI=0.0408846;REFB=-0.0106776;REVB=-0.00773594;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129078;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:9:10:10:8:9:10:10:9 chr9 19786217 . G A 181.16 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0244344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9808;QD=16.4687;RBI=0.0432219;REFB=0.00375158;REVB=-0.0356523;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0069126;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:11:14:9:10:11:14 chr9 20418323 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000389347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.749;QD=8.62782;RBI=0.00835719;REFB=-0.0111174;REVB=-0.00834811;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116427;STB=0.5713;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0240566;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:12:15:5:6:12:15 chr9 20866974 . C G 1988.75 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.65;QD=62.1484;RBI=0.0473312;REFB=0;REVB=-0.00027145;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242176;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:77:51:0:0:77:51:0:0 chr9 20885204 . A G 741.51 PASS AF=0.451429;AO=78;DP=173;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0273952;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.764;QD=16.9489;RBI=0.0276389;REFB=-0.0178971;REVB=0.00366269;RO=92;SAF=27;SAR=51;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21807;STB=0.618557;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0133841;OID=.;OPOS=20885204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:92:96:78:79:0.451429:51:27:52:40:52:27:53:43 chr9 20988426 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.842;QD=64.1533;RBI=0.0245243;REFB=0;REVB=-0.00116156;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48971e-05;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr9 21029330 . T C 648.47 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486578;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.921;QD=58.9513;RBI=0.0671658;REFB=0;REVB=0.0462997;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939042;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:39:44:1:23:16:0:0:26:18:0:0 chr9 21166077 . T C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0199623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.419;QD=13.7485;RBI=0.0232128;REFB=-0.00294149;REVB=0.0118465;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973697;STB=0.512809;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00323196;OID=.;OPOS=21166077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:8:14:20:11:8:14:21:11 chr9 21187311 . C T 982.37 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0103797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.768;QD=56.1353;RBI=0.0209457;REFB=-0.00246911;REVB=0.0181929;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286232;STB=0.515147;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00032079;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:36:32:2:0:36:32:2:0 chr9 21201703 . T C 455.22 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.018083;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7943;QD=19.7922;RBI=0.0268293;REFB=0.0164593;REVB=0.0198196;RO=47;SAF=27;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103453;STB=0.557496;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0136832;OID=.;OPOS=21201703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:47:45:45:0.48913:18:27:23:24:18:27:23:24 chr9 21207000 . C G 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0200832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.513;QD=2.35835;RBI=0.0355077;REFB=-0.00220523;REVB=-0.0292825;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304299;STB=0.72706;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0202008;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:2:5:24:29:2:5:24:29 chr9 21207005 . C G 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0183058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.902;QD=2.35835;RBI=0.0362675;REFB=-0.00594829;REVB=-0.0313086;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323572;STB=0.740076;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0437357;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:2:5:23:30:2:5:23:30 chr9 21207031 . T C 33.27 PASS AF=0.0987654;AO=7;DP=78;FAO=8;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00873331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.128;QD=1.64305;RBI=0.0453304;REFB=-0.0218122;REVB=-0.0444812;RO=54;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154314;STB=0.664253;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0527956;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:81:54:73:7:8:0.0987654:2:5:32:22:3:5:32:41 chr9 21207037 . A T 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00882475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.57;QD=2.21166;RBI=0.029249;REFB=-0.00418882;REVB=-0.027886;RO=80;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332957;STB=0.739728;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0277626;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:80:80:11:11:0.120879:3:8:36:44:3:8:36:44 chr9 21227622 . A C 108.46 PASS AF=0.239437;AO=16;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0238432;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4993;QD=6.11037;RBI=0.0364725;REFB=0.00195838;REVB=0.0275998;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134;STB=0.564281;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00345517;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:54:16:17:0.239437:8:8:22:23:8:9:24:30 chr9 21227651 . A G 36.58 PASS AF=0.118644;AO=5;DP=57;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.000823309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.844;QD=2.48024;RBI=0.00384742;REFB=-0.0055512;REVB=0.0037583;RO=51;SAF=2;SAR=3;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351225;STB=0.628216;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0484772;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:59:51:52:5:7:0.118644:3:2:22:29:3:4:22:30 chr9 21227942 . G T 322.87 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0117906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8301;QD=14.1919;RBI=0.0162201;REFB=-0.0012786;REVB=0.0111388;RO=55;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.560942;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00243263;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:20:16:30:25:20:16:30:25 chr9 21228040 . C G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0176824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.315;QD=18.3009;RBI=0.0227689;REFB=-0.0170182;REVB=0.0143441;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182027;STB=0.603952;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0138476;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:12:11:6:14:12:11 chr9 21228182 . GC TG 270.13 PASS AF=0.367188;AO=41;DP=126;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00938823;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.707;QD=8.44144;RBI=0.0201507;REFB=-0.034446;REVB=0.0178301;RO=79;SAF=26;SAR=15;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219114;STB=0.582055;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.0707128;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:79:81:41:47:0.367188:15:26:35:44:20:27:36:45 chr9 21304803 . G A 319.44 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0104487;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.253;QD=18.2538;RBI=0.0115145;REFB=-0.0169429;REVB=-0.00483814;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511624;STB=0.528555;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0195084;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:17:17:16:20:17:17:16:20 chr9 21481483 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0169993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.507;QD=22.9079;RBI=0.0574584;REFB=-0.026232;REVB=0.0548862;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147497;STB=0.582203;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0221614;OID=.;OPOS=21481483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:12:5:10:11:12:5 chr9 21482089 . G A 221.15 PASS AF=0.4;AO=22;DP=64;FAO=24;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0131504;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.882;QD=14.7431;RBI=0.0138102;REFB=0.0120281;REVB=0.0042178;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179427;STB=0.561353;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0122319;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:27:33:22:24:0.4:11:11:14:13:12:12:20:13 chr9 21482125 . T A,TA 329.47 PASS AF=0,0.45122;AO=4,32;DP=82;FAO=0,37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=0,17;FSAR=0,20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0482804,-0.0750978;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=31.3926,28.393;QD=16.0716;RBI=0.056023,0.0807906;REFB=-0.00806608,-0.0108539;REVB=-0.028418,0.0297899;RO=46;SAF=1,15;SAR=3,17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.32175,-0.0999068;STB=0.5,0.552603;STBP=1,0.407;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00961298;OID=.,.;OPOS=21482125,21482126;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:82:82:46:45:4,32:0,37:0,0.45122:3,17:1,15:26:20:0,20:0,17:25:20 chr9 21482181 . C G 626.72 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00211903;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.239;QD=18.2983;RBI=0.016934;REFB=-0.0186303;REVB=-0.0168009;RO=70;SAF=38;SAR=26;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129832;STB=0.575998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0218972;OID=.;OPOS=21482181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:70:73:64:64:0.467153:26:38:32:38:26:38:33:40 chr9 21482238 . AAAT A 472.62 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.00404043;FXX=0.0609719;HRUN=3;LEN=3;MLLD=235.545;QD=12.2759;RBI=0.0111551;REFB=-0.01721;REVB=0.0103976;RO=77;SAF=38;SAR=34;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10462;STB=0.580086;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.01597;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467532:72:161:72:154:82:39:33:32:50:99:77:38:34:32:45 chr9 21699406 . G A 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5152;QD=60.6009;RBI=0.0463332;REFB=0;REVB=0.0451551;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876742;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr9 21699444 . C T 747.63 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164374;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5847;QD=61.0306;RBI=0.0176661;REFB=-0.101916;REVB=-0.00647327;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00382432;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:25:22:1:0:25:23:1:0 chr9 21968199 . C G 1043.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2841;QD=59.6151;RBI=0.078172;REFB=0;REVB=-0.0336278;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919412;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr9 22029445 . G A 1099.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.219;QD=60.2235;RBI=0.0193673;REFB=0;REVB=7.66463e-05;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8857e-05;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:34:39:0:0 chr9 22447655 . T A 145.01 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0343118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.5;QD=16.1117;RBI=0.0452226;REFB=-0.0138718;REVB=0.0294582;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249699;STB=0.642687;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0122254;OID=.;OPOS=22447655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:14:6:9:7:14:6 chr9 24543732 . C T 194.04 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0722999;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2874;QD=16.5139;RBI=0.0774618;REFB=-0.0205782;REVB=-0.0278039;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556976;STB=0.531883;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0406656;OID=.;OPOS=24543732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:12:15:10:10:12:15 chr9 24545513 . G A 271.87 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00202765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.784;QD=12.3578;RBI=0.0152751;REFB=-0.014315;REVB=-0.01514;RO=53;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647616;STB=0.53123;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0196098;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:53:56:32:32:0.363636:17:15:28:25:17:15:29:27 chr9 24905556 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.572;QD=60.3767;RBI=0.00871615;REFB=0;REVB=0.00864814;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20004e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr9 24905678 . C A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0156835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.015;QD=16.4079;RBI=0.0166666;REFB=-0.00891731;REVB=0.00563945;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109217;STB=0.562852;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0119542;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:11:18:15:6:11:18 chr9 25677698 . A C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0723986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.545;QD=18.4434;RBI=0.0743516;REFB=-0.0584809;REVB=0.0169291;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253752;STB=0.607293;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0280581;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:5:6:7:1:5:6:7:2 chr9 25677933 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0667248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9963;QD=22.9161;RBI=0.0712805;REFB=-0.0984662;REVB=-0.025074;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0713002;OID=.;OPOS=25677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:2:2:3:6:2:2 chr9 25677953 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1609;QD=39.2064;RBI=0.0467918;REFB=0;REVB=0.0467779;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106472;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 25678640 . T A 498.45 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0673428;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.755;QD=23.4564;RBI=0.068478;REFB=-0.0296682;REVB=0.0124169;RO=38;SAF=28;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121956;STB=0.56706;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0302908;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:38:38:47:47:0.552941:19:28:17:21:19:28:17:21 chr9 26116150 . G T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.658;QD=47.8171;RBI=0.0384895;REFB=0;REVB=0.012832;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248234;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr9 26116157 . G A 67.21 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0282564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4824;QD=16.8017;RBI=0.0351912;REFB=-0.0237732;REVB=0.0209762;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0199403;OID=.;OPOS=26116157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:16:7:7:7:7:0.4375:2:5:3:4:2:5:3:4 chr9 26892654 . G A 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00265315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.255;QD=27.4989;RBI=0.0619709;REFB=-0.0439151;REVB=0.0619141;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854737;STB=0.547478;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0199889;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:7:12:5:5:7:12:5:5 chr9 26895808 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00957521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.408;QD=15.1718;RBI=0.0425228;REFB=-0.0112217;REVB=-0.0414307;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338011;STB=0.69542;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0112475;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:9:15:5:12:9:15 chr9 26978170 . A G 411.53 PASS AF=0.445545;AO=41;DP=97;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0031059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.192;QD=16.298;RBI=0.00695244;REFB=-0.00922719;REVB=-0.00622011;RO=52;SAF=28;SAR=13;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115664;STB=0.567345;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0109197;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:52:56:41:45:0.445545:13:28:30:22:15:30:31:25 chr9 26978259 . A G 257.2 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00119867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.487;QD=11.431;RBI=0.00316233;REFB=-0.00814641;REVB=0.00292635;RO=59;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297847;STB=0.51723;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0166582;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:16:15:27:32:16:15:27:32 chr9 27183463 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.78;QD=60.9785;RBI=0.0329334;REFB=0;REVB=-0.0320072;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42081e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr9 27296705 . A G 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.572;QD=10.8096;RBI=0.0109783;REFB=-0.0088443;REVB=-0.00433584;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147327;STB=0.574392;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.014351;OID=.;OPOS=27296705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:10:9:12:23:10:9:13:23 chr9 27328886 . C A 1286.05 PASS AF=1;AO=62;DP=76;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.889;QD=61.9782;RBI=0.0420891;REFB=0;REVB=-0.00283448;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268193;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:83:0:0:62:83:1:40:22:0:0:46:37:0:0 chr9 27328964 . C T 1807.2 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184586;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.126;QD=61.2612;RBI=0.0185274;REFB=0;REVB=-0.00159454;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.726e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr9 27524731 . A G 894.95 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.000471083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6632;QD=50.4199;RBI=0.0679922;REFB=-0.164476;REVB=0.0679906;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000433733;STB=0.52754;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00861875;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:71:71:2:6:65:65:0.915493:33:32:1:1:33:32:1:5 chr9 27556780 . G A 177.44 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00170539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.568;QD=39.4313;RBI=0.0322972;REFB=-0.021845;REVB=-0.0322521;RO=2;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101301;STB=0.555487;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00216323;OID=.;OPOS=27556780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:8:8:2:0:8:8:2:0 chr9 32069857 . T G 86.4 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0175238;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5016;QD=13.8238;RBI=0.0748767;REFB=-0.00879791;REVB=-0.0727972;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400953;STB=0.7495;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00503952;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:25:14:14:10:11:0.44:2:8:6:8:2:9:6:8 chr9 32069938 . G C 48.14 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0943206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4308;QD=12.0341;RBI=0.129309;REFB=-0.0126562;REVB=0.0884557;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0170765;OID=.;OPOS=32069938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr9 32498291 . A G 619.33 PASS AF=0.97619;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.268;QD=58.9834;RBI=0.0323999;REFB=-0.0249085;REVB=0.0273154;RO=1;SAF=30;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153672;STB=0.507933;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000171809;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:42:1:1:38:41:0.97619:8:30:1:0:10:31:1:0 chr9 32542036 . TGAA T 230.5 PASS AF=0.55;AO=19;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00266759;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.537;QD=23.0503;RBI=0.00856325;REFB=-0.00372391;REVB=-0.00813716;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915077;STB=0.545413;STBP=0.541;TYPE=del;VARB=0.0035436;OID=.;OPOS=32542037;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:19:40:22:40:18:10:12:10:8:99:17:8:11:9:8 chr9 32785399 . C T 2657.78 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000458652;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.597;QD=62.1703;RBI=0.039753;REFB=0;REVB=-0.0397503;RO=0;SAF=104;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252724;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:170:171:1:66:104:0:0:67:104:0:0 chr9 32785888 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.989;QD=56.1916;RBI=0.0192025;REFB=0;REVB=0.0116434;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0372e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr9 32786553 . T C 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.443;QD=57.1848;RBI=0.0284625;REFB=0;REVB=0.00819313;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138827;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr9 32786586 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.911;QD=56.1916;RBI=0.0232661;REFB=0;REVB=0.0152026;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72007e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 32786653 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.484;QD=57.2025;RBI=0.0157362;REFB=0;REVB=0.00617452;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35979e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr9 32820257 . C T 1011.49 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00513808;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.815;QD=55.4243;RBI=0.0182316;REFB=-0.0149937;REVB=-0.0174926;RO=3;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464281;STB=0.524583;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00103201;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:73:3:3:70:70:0.958904:29:41:0:3:29:41:0:3 chr9 32986041 . C A 31.08 PASS AF=0.555556;AO=2;DP=6;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0420334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.952;QD=13.8112;RBI=0.0420533;REFB=-0.0295982;REVB=0.00129365;RO=4;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0435752;OID=.;OPOS=32986041;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:6:9:4:4:2:5:0.555556:1:1:2:2:3:2:2:2 chr9 33026572 . T C 181.12 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00319985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8755;QD=11.4995;RBI=0.0190471;REFB=-0.0126701;REVB=-0.0187764;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674358;STB=0.538974;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0217595;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:15:25:13:10:15:25 chr9 33294594 . G C 220.7 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00485847;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.95;QD=18.3918;RBI=0.0310169;REFB=-0.0248322;REVB=-0.030634;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789875;STB=0.544588;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0331927;OID=.;OPOS=33294594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:13:12:13:10:13:12 chr9 33352826 . C A,CAAA 955.36 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=7,57;DP=69;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270174,-0.00321064;FXX=0.0579626;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=38.2461,178.03;QD=58.791;RBI=0.0287809,0.0171262;REFB=0,0;REVB=-0.0099195,0.0168225;RO=4;SAF=5,36;SAR=2,21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.298189,0.0498541;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0371226,0.000415854;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:69:65:4:0:7,57:1,64:0.0153846,0.984615:2,21:5,36:1:3:1,22:0,42:0:0 chr9 33386167 . G C 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0402962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7373;QD=2.14541;RBI=0.0413515;REFB=-0.00531721;REVB=-0.0092821;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290875;STB=0.711968;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0417496;OID=.;OPOS=33386167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:49:50:6:6:0.107143:4:2:29:20:4:2:29:21 chr9 33395196 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.001;QD=46.0588;RBI=0.0185143;REFB=-0.0628208;REVB=-0.0120883;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000736173;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr9 33442952 . G A 746.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.046;QD=63.5645;RBI=0.0156771;REFB=0;REVB=0.00446676;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96763e-05;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr9 33447424 . C G 3377.08 PASS AF=0.982222;AO=220;DP=225;FAO=221;FDP=225;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=137;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0293318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.325;QD=60.037;RBI=0.0308361;REFB=-0.170445;REVB=0.0095136;RO=3;SAF=84;SAR=136;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103929;STB=0.502259;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000302003;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:225:225:3:4:220:221:0.982222:136:84:0:3:137:84:2:2 chr9 33461567 . A G 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4337;QD=57.6715;RBI=0.0226374;REFB=0;REVB=0.0147841;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350811;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr9 33461574 . C T 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00125214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.168;QD=15.1933;RBI=0.0207582;REFB=0.0175374;REVB=-0.0207204;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331389;STB=0.68941;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0117432;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:14:4:8:6:14:4 chr9 33466219 . A C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0218195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.756;QD=11.5973;RBI=0.0350408;REFB=-0.0115285;REVB=-0.0274183;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209275;STB=0.624787;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0271686;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:10:11:4:8:10:11 chr9 33524684 . G A 652.95 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.062;QD=62.1858;RBI=0.0484283;REFB=0;REVB=0.016345;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515878;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:32:42:1:20:12:0:0:22:20:0:0 chr9 33566234 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0383197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.873;QD=21.2271;RBI=0.0383712;REFB=-0.00656051;REVB=0.00198695;RO=23;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182616;STB=0.613952;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00577287;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:21:8:11:12:21:8:12:12 chr9 33568789 . T G 267.42 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000371205;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.404;QD=15.5025;RBI=0.00956416;REFB=-0.0122348;REVB=-0.00955695;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506246;STB=0.530711;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.025093;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:35:39:30:30:0.434783:17:13:17:18:17:13:19:20 chr9 33572347 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6279;QD=52.6039;RBI=0.0599828;REFB=0;REVB=0.0232015;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221445;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr9 33618358 . A G 500.51 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00785815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.03;QD=17.1113;RBI=0.00798646;REFB=-0.0247743;REVB=0.00142585;RO=62;SAF=21;SAR=33;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139724;STB=0.58226;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0278443;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:63:54:54:0.461538:33:21:33:29:33:21:34:29 chr9 33618460 . A T 321.26 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0142883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.652;QD=18.8973;RBI=0.0176888;REFB=-0.0292365;REVB=0.0104279;RO=32;SAF=10;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168415;STB=0.612407;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0309107;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:34:34:34:0.5:24:10:15:17:24:10:17:17 chr9 33618497 . G A 317.46 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0159433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.799;QD=23.0881;RBI=0.0309112;REFB=-0.0261233;REVB=-0.0264823;RO=23;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102975;STB=0.556925;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0129372;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:22:10:10:13:22:10:10:13 chr9 33625082 . G C 804.25 PASS AF=0.519231;AO=81;DP=157;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0283115;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.188;QD=20.6218;RBI=0.0288494;REFB=-0.0100747;REVB=-0.00554493;RO=72;SAF=32;SAR=49;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438848;STB=0.535467;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00617245;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:72:75:81:81:0.519231:49:32:32:40:49:32:35:40 chr9 33625185 . C T 521.55 PASS AF=0.451613;AO=54;DP=123;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00478238;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.616;QD=16.8242;RBI=0.00814654;REFB=-0.0126825;REVB=0.00659507;RO=69;SAF=21;SAR=33;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177726;STB=0.581427;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.013658;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:69:68:54:56:0.451613:33:21:39:30:33:23:38:30 chr9 33629162 . T C 142.88 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00017686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.169;QD=10.7833;RBI=0.0179652;REFB=-0.0175288;REVB=-0.0179643;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268343;STB=0.658051;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0470705;OID=.;OPOS=33629162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:12:6:20:15:12:6:20:15 chr9 33638046 . G C 248.3 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0112816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2148;QD=13.9885;RBI=0.0487484;REFB=-0.0300203;REVB=0.047425;RO=41;SAF=8;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285265;STB=0.657506;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0453768;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:21:8:22:19:21:8:22:20 chr9 33794797 . TGA T 80.18 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0192377;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.939;QD=5.09073;RBI=0.063965;REFB=-0.0265866;REVB=-0.0610036;RO=48;SAF=10;SAR=3;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306365;STB=0.700478;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.0625898;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:13:68:13:63:50:10:3:27:23:80:48:10:3:26:22 chr9 33794809 . G A 139.62 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0320066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0058;QD=7.65063;RBI=0.0359224;REFB=0.00559078;REVB=0.0163095;RO=53;SAF=14;SAR=6;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128407;STB=0.577901;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00602777;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:6:14:32:21:6:14:32:21 chr9 33794811 . GG AT,GT 130.2 PASS AF=0.0972222,0.180556;AO=7,13;DP=72;FAO=7,13;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=4,10;FSAR=3,3;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0208511,-0.00371429;FXX=0.0136968;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=201.466,126.918;QD=7.23347;RBI=0.0222789,0.00968629;REFB=0.000114335,-0.00385921;REVB=-0.0078475,-0.00894586;RO=52;SAF=4,10;SAR=3,3;SRF=30;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00661427,0.267684;STB=0.504936,0.675384;STBP=1,0.208;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0122845,0.0422451;OID=.,.;OPOS=33794811,33794812;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:72:72:52:52:7,13:7,13:0.0972222,0.180556:3,3:4,10:30:22:3,3:4,10:30:22 chr9 33796660 . T C 69.31 PASS AF=0.123077;AO=16;DP=130;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=0.00470032;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.492;QD=2.13274;RBI=0.0129264;REFB=-0.000909677;REVB=-0.0120416;RO=113;SAF=14;SAR=2;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404567;STB=0.798109;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00863365;OID=.;OPOS=33796660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:130:130:113:114:16:16:0.123077:2:14:68:45:2:14:69:45 chr9 33796672 . TG CA 82.8 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=134;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=0.00182087;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.105;QD=2.4902;RBI=0.00615393;REFB=-0.000693765;REVB=-0.00587838;RO=112;SAF=15;SAR=3;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345186;STB=0.744374;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.00526346;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:134:133:112:115:18:18:0.135338:3:15:67:45:3:15:69:46 chr9 33796799 . A T 64.02 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.00282623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.954;QD=2.30697;RBI=0.0133105;REFB=-0.00199056;REVB=0.013007;RO=96;SAF=3;SAR=11;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353366;STB=0.749966;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0115519;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:111:96:97:14:14:0.126126:11:3:47:49:11:3:47:50 chr9 33797962 . A G 38.76 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0258466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.571;QD=2.3141;RBI=0.0292663;REFB=-0.0126424;REVB=-0.0137284;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178415;STB=0.631642;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0946273;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:3:5:28:31:3:5:28:31 chr9 33797987 . G T 33.7 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0286674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.808;QD=1.87211;RBI=0.0287359;REFB=-0.00909091;REVB=-0.0019818;RO=62;SAF=6;SAR=1;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412732;STB=0.727986;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0836343;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:72:72:62:64:7:8:0.111111:1:6:32:30:2:6:32:32 chr9 33797999 . A G 32.3 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00938564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5152;QD=1.92854;RBI=0.0097655;REFB=-0.00745222;REVB=-0.00269719;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411277;STB=0.819761;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0489989;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:57:60:7:7:0.104478:1:6:30:27:1:6:32:28 chr9 33798016 . CA CG,TG 551.67 PASS AF=0.796296,0.0925926;AO=37,4;DP=54;FAO=43,5;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=20,4;FSAR=23,1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0250242,0.016399;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=99.7139,126.05;QD=40.8647;RBI=0.0273153,0.0213063;REFB=-0.0449156,-0.00252331;REVB=0.0109507,-0.0136027;RO=5;SAF=19,3;SAR=18,1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0694945,0.460738;STB=0.516245,0.7681;STBP=0.57,0.192;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00961187,-0.012768;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:5:6:37,4:43,5:0.796296,0.0925926:18,1:19,3:1:4:23,1:20,4:2:4 chr9 33798037 . T C 31.17 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0268354;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.716;QD=2.35274;RBI=0.045558;REFB=-0.00187478;REVB=-0.0368157;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477771;STB=0.856878;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0303505;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:47:47:6:6:0.113208:1:5:19:28:1:5:19:28 chr9 33798042 . G C 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0173058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.49;QD=2.42295;RBI=0.0451791;REFB=-0.0126943;REVB=0.0417331;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489719;STB=0.861988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0606799;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:1:5:18:28:1:5:18:28 chr9 33798075 . T C 88.89 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0230499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.307;QD=7.11142;RBI=0.0250815;REFB=-0.00636969;REVB=-0.00988839;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101433;STB=0.563652;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0146877;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:7:5:19:19:7:5:19:19 chr9 33798596 . T C 36.36 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.021245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4353;QD=2.50774;RBI=0.0288747;REFB=-0.00473589;REVB=-0.019555;RO=50;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123608;STB=0.586333;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0472542;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:2:5:31:19:2:5:32:19 chr9 33927899 . G A 1395.36 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6902;QD=59.3769;RBI=0.0572089;REFB=-0.170355;REVB=0.0460905;RO=3;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117634;STB=0.506209;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00226257;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:94:94:3:3:91:91:0.968085:43:48:1:2:43:48:1:2 chr9 33935736 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.949;QD=57.2371;RBI=0.0317211;REFB=0;REVB=0.031503;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55391e-05;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr9 33971740 . A G 519.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.404;QD=59.3599;RBI=0.0566832;REFB=0;REVB=0.0514879;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202333;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:13:22:0:0 chr9 34017106 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.016;QD=62.9819;RBI=0.0148559;REFB=0;REVB=-0.0076091;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67873e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr9 34107505 . C T 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00467492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0027;QD=61.8133;RBI=0.00490132;REFB=-0.0682652;REVB=0.00147243;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00328007;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:22:27:0:0:22:27:0:1 chr9 34251943 . G C 652.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559754;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8759;QD=62.1181;RBI=0.0573345;REFB=0;REVB=-0.0124094;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000980999;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:15:27:0:0 chr9 34252466 . GCTAA G 683.76 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364726;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.011;QD=62.1602;RBI=0.0383187;REFB=0;REVB=0.0117503;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.16149e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:43:44:44:0:9:35:0:0:4:0:5:31:0:0 chr9 34256347 . C T 554.96 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00164601;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.147;QD=55.4959;RBI=0.0129581;REFB=-0.116586;REVB=0.0128531;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467955;STB=0.524987;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00118094;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:0:2:19:19:0:2 chr9 34370020 . T A 271.52 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.151082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4138;QD=45.254;RBI=0.192128;REFB=-0.00559072;REVB=0.118691;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083825;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00832997;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:10:12:0:2:10:12:0:2 chr9 34371788 . A T 2154.58 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=141;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197129;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.171;QD=62.4515;RBI=0.0514094;REFB=-0.132593;REVB=0.0474798;RO=1;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655742;STB=0.503448;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000246942;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:138:1:1:137:137:0.992754:72:65:0:1:72:65:0:1 chr9 34372783 . G C 499.74 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0356214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.318;QD=54.0258;RBI=0.064281;REFB=-0.0936323;REVB=0.0535086;RO=2;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435799;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000845782;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:16:19:1:1:16:19:1:1 chr9 34372873 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.383;QD=61.3362;RBI=0.0253376;REFB=0;REVB=0.0226217;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117693;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr9 34379129 . T C 237.05 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0321525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.494;QD=13.5457;RBI=0.0321541;REFB=-0.0168294;REVB=0.000318517;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104251;STB=0.559281;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0303134;OID=.;OPOS=34379129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:16:12:14:28:16:12:14:28 chr9 34382726 . A G 1917.76 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3046;QD=61.3683;RBI=0.0284484;REFB=0;REVB=-0.0102542;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32492e-05;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:59:64:0:0:61:64:0:0 chr9 34513123 . C T 289.32 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0235657;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4023;QD=22.692;RBI=0.0351314;REFB=0.0308364;REVB=-0.0260552;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115416;STB=0.502091;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0188578;OID=.;OPOS=34513123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:22:29:29:0.568627:17:12:9:12:17:12:9:13 chr9 34521148 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.428;QD=59.5006;RBI=0.0255635;REFB=0;REVB=0.0254917;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69498e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr9 34622389 . A C 141.39 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0112927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6388;QD=11.0894;RBI=0.0165608;REFB=0.000954749;REVB=-0.0121135;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179539;STB=0.604824;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00546901;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:10:7:9:25:10:7:9:25 chr9 34655272 . G T 207.21 PASS AF=0.22695;AO=32;DP=141;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=41;FWDB=0.0631472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6963;QD=5.87833;RBI=0.0654628;REFB=-0.00221937;REVB=0.017257;RO=108;SAF=12;SAR=20;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31291;STB=0.685996;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0101212;OID=.;OPOS=34655272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:108:109:32:32:0.22695:20:12:68:40:20:12:68:41 chr9 34723744 . C A 174.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00808936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0109;QD=11.622;RBI=0.0213263;REFB=0.00693699;REVB=0.0197326;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00763653;STB=0.501747;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0191228;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:15:7:12:25:15:7:12:26 chr9 34724241 . C A 199.33 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=56;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.016131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.395;QD=13.2886;RBI=0.0471854;REFB=-0.0123069;REVB=0.0443424;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454545;STB=0.536589;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0149832;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:34:35:21:25:0.416667:9:12:18:16:13:12:19:16 chr9 34725047 . C T 187.48 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.000986288;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.041;QD=8.72002;RBI=0.0143766;REFB=0.00268431;REVB=0.0143428;RO=59;SAF=15;SAR=10;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495715;STB=0.531075;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00648348;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:59:61:25:25:0.290698:10:15:33:26:10:15:34:27 chr9 34725742 . T C 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0227669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0924;QD=10.0291;RBI=0.0233113;REFB=-0.0308611;REVB=0.0050083;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463402;STB=0.768534;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0259197;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:7:0:2:3:7:0 chr9 34726671 . G A 461.39 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0150613;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.926;QD=17.2483;RBI=0.015076;REFB=0.000456869;REVB=-0.000666171;RO=55;SAF=27;SAR=23;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747428;STB=0.530423;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000477408;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:57:50:50:0.46729:23:27:34:21:23:27:34:23 chr9 34834494 . C T 304.94 PASS AF=0.3125;AO=40;DP=128;FAO=40;FDP=128;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0138017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.481;QD=9.52931;RBI=0.0325958;REFB=-0.0077657;REVB=-0.0295297;RO=87;SAF=19;SAR=21;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914431;STB=0.501565;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0202429;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:87:88:40:40:0.3125:21:19:42:45:21:19:42:46 chr9 34835273 . A C 280.31 PASS AF=0.262821;AO=41;DP=158;FAO=41;FDP=156;FR=.;FRO=115;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=-0.00663511;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.975;QD=7.18748;RBI=0.0139124;REFB=-0.0157939;REVB=0.0122283;RO=110;SAF=18;SAR=23;SRF=66;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19566;STB=0.623095;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0262706;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:110:115:41:41:0.262821:23:18:66:44:23:18:70:45 chr9 34835861 . C G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0144827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2533;QD=18.9657;RBI=0.0369547;REFB=-0.00449802;REVB=-0.0339986;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246465;STB=0.638664;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00391372;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:7:18:10:12:7:18 chr9 34978431 . G A 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00516477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.909;QD=15.7532;RBI=0.0179957;REFB=-0.00862651;REVB=0.0172386;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751125;STB=0.504235;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0116352;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:18:17:22:24:18:17:22:24 chr9 35043291 . G T 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0366519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5365;QD=16.979;RBI=0.0374833;REFB=0.014681;REVB=0.00785096;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134233;STB=0.575787;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0203244;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:17:9:14:15:17:9:14:15 chr9 35044493 . T A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.059235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.575;QD=15.571;RBI=0.060086;REFB=-0.00604611;REVB=0.0100769;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385227;STB=0.714018;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00775515;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:0:12:8:3:0:12 chr9 35049508 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0349903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.094;QD=28.2261;RBI=0.0394843;REFB=0.00613935;REVB=0.0182944;RO=4;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150535;STB=0.583211;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.000976886;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:10:2:0:4:10:2:0:4 chr9 35062972 . C T 262.05 PASS AF=0.543478;AO=22;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00639456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.981;QD=22.7871;RBI=0.0511905;REFB=-0.0124774;REVB=0.0507895;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341393;STB=0.679856;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00651404;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:21:22:25:0.543478:7:15:6:15:8:17:6:15 chr9 35089403 . G A 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.029778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6019;QD=14.6638;RBI=0.0443596;REFB=0.00735003;REVB=0.0328793;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359446;STB=0.713945;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0169366;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:2:13:13:8:2:13:13:8 chr9 35089431 . AAG AA,A 234.55 PASS AF=0.9375,0;AO=20,4;DP=29;FAO=30,0;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.101548,-0.0105373;FXX=0.0302939;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=13.3483,8.0607;QD=29.3188;RBI=0.232736,0.309043;REFB=0.12196,0.221082;REVB=-0.209413,-0.308863;RO=3;SAF=14,1;SAR=6,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=0.0995917,-0.0725463;STB=0.538436,0.5;STBP=0.144,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00295628,0.122109;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375,0:20,4:29:30,0:32:2:18,0:12,0:0:2:3:3:14,1:6,3:1:2 chr9 35105257 . G A 581.26 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0155237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8574;QD=19.0576;RBI=0.0477107;REFB=-0.0147622;REVB=0.0451146;RO=62;SAF=30;SAR=30;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741594;STB=0.54097;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0131867;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:30:30:26:36:30:30:26:36 chr9 35107858 . C T 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.739;QD=60.5085;RBI=0.0265712;REFB=-0.0626014;REVB=0.00827504;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000110616;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:25:20:0:0:25:20:1:0 chr9 35108136 . C T 157.22 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0306365;FXX=0.0638162;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.511;QD=14.2924;RBI=0.0321532;REFB=-0.000485528;REVB=-0.00975871;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291976;STB=0.535774;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00144544;OID=.;OPOS=35108136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:21:27:17:17:0.386364:6:11:13:8:6:11:16:11 chr9 35480564 . T C 569.88 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0315278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.6;QD=15.8301;RBI=0.0322137;REFB=-0.0132252;REVB=0.00661183;RO=83;SAF=31;SAR=30;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723011;STB=0.540466;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.01495;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:83:61:61:0.423611:30:31:48:35:30:31:48:35 chr9 35482075 . T C 293.57 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00031616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.491;QD=13.3439;RBI=0.0114731;REFB=-0.00869395;REVB=-0.0114687;RO=53;SAF=24;SAR=10;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224751;STB=0.624201;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0116959;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:10:24:27:26:10:24:28:26 chr9 35482149 . C T 393.42 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0249358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.113;QD=15.4282;RBI=0.0491632;REFB=-0.00868988;REVB=0.0423701;RO=57;SAF=30;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131494;STB=0.570143;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0181383;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:44:44:0.431373:14:30:32:25:14:30:33:25 chr9 35546735 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.077;QD=60.6067;RBI=0.020961;REFB=0;REVB=-0.0173154;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179497;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr9 35657840 . C T 331.29 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0398927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.679;QD=11.8316;RBI=0.0426788;REFB=-0.0150997;REVB=-0.0151676;RO=67;SAF=26;SAR=15;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189231;STB=0.600306;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0387027;OID=.;OPOS=35657840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:71:41:41:0.366071:15:26:31:36:15:26:34:37 chr9 35660990 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.132;QD=59.4343;RBI=0.0172306;REFB=0;REVB=-0.0157869;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51354e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr9 35662251 . T C 281.29 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0389945;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.419;QD=21.2297;RBI=0.0396347;REFB=-0.0275052;REVB=0.007095;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883058;STB=0.530006;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0388588;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:24:28:29:0.54717:14:14:9:14:15:14:10:14 chr9 35663228 . G C 233.09 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00514769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1939;QD=17.2661;RBI=0.013262;REFB=-0.0441646;REVB=0.0122222;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232978;STB=0.561748;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0386311;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:26:28:24:26:0.481481:18:6:7:19:20:6:9:19 chr9 35674053 . G A 167.28 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0223421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.478;QD=23.0733;RBI=0.0230044;REFB=-0.0234491;REVB=0.00548021;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948632;STB=0.537146;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0155243;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:7:10:5:6:7:10:6:6 chr9 35704150 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.040523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.275;QD=18.8866;RBI=0.0405563;REFB=-0.00105722;REVB=-0.00164378;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.631318;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000400171;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:0:5:7:1:0:5 chr9 35752124 . G A 314.04 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0139648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1449;QD=30.6382;RBI=0.0192024;REFB=-0.0622264;REVB=0.0131802;RO=13;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403315;STB=0.531473;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0343006;OID=.;OPOS=35752124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:13:14:27:27:0.658537:17:10:4:9:17:10:4:10 chr9 35753170 . C A 150.97 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0206798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.054;QD=12.5807;RBI=0.0285654;REFB=-0.00847166;REVB=0.019706;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114474;STB=0.567821;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0136989;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:10:7:15:14:10:7:16:15 chr9 35841783 . G A 312.08 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0737262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.365;QD=29.7214;RBI=0.077081;REFB=-0.0117472;REVB=0.0224926;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967584;STB=0.553034;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00469247;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:16:11:4:11:16:11:4:11 chr9 35870001 . T C 111.26 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0465236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1017;QD=15.8944;RBI=0.0578327;REFB=-0.0263048;REVB=-0.0343537;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100943;STB=0.579721;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0263289;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:10:3:2:11:10:3:2:13 chr9 35906519 . G A 300.39 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0286287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.077;QD=30.8094;RBI=0.0322865;REFB=0.0241473;REVB=0.0149271;RO=13;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244754;STB=0.634747;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0101361;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:18:8:9:4:18:8:9:4 chr9 35957236 . ACCCC ACCC,ACCCG,CACCC 34.13 PASS AF=0.225,0,0.05;AO=9,2,2;DP=43;FAO=9,0,2;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0,0;FSAR=6,0,2;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0471147,-0.00366016,-0.0296552;FXX=0.0697512;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=13.6715,141.257,23.9071;QD=3.41317;RBI=0.118397,0.121873,0.0587553;REFB=-0.069409,-0.000984291,-0.0395668;REVB=-0.108619,-0.121818,-0.0507224;RO=25;SAF=3,0,0;SAR=6,2,2;SRF=23;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.416667,0,0;SSSB=-0.633068,-0.771278,-0.771278;STB=0.811965,0.5,0.997425;STBP=0.064,1,0.026;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.123802,0,-0.0056882;OID=.,.,.;OPOS=35957237,35957240,35957236;OREF=C,C,AC;OALT=-,G,CA;OMAPALT=ACCC,ACCCG,CACCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:43:40:25:29:9,2,2:9,0,2:0.225,0,0.05:6,2,2:3,0,0:23:2:6,0,2:3,0,0:23:6 chr9 35957355 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00513887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.733;QD=14.3345;RBI=0.00640564;REFB=-0.0243645;REVB=0.00382417;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092905;STB=0.553953;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0307674;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:13:13:7:10:13:13 chr9 35957669 . T C 194.79 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0665746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.411;QD=17.3146;RBI=0.0665764;REFB=-0.033311;REVB=-0.000498511;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176226;STB=0.5827;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0322489;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:8:11:10:15:9:11:10:15 chr9 35958047 . T C 167.87 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000510215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.127;QD=15.6161;RBI=0.0158511;REFB=-0.0202982;REVB=-0.0158429;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481477;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0264325;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:10:7:11:13:11:7:11:14 chr9 36066899 . T C 237.98 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00714839;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.475;QD=19.4268;RBI=0.0100295;REFB=-0.00941062;REVB=0.00703504;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280475;STB=0.672275;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00644499;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:26:23:23:0.469388:10:13:6:18:10:13:6:20 chr9 36085307 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00505195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.792;QD=13.2126;RBI=0.0094309;REFB=-0.0234153;REVB=0.00796364;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948902;STB=0.555477;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0406667;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:13:9:7:7:13:9 chr9 36087876 . G A 569.17 PASS AF=0.492063;AO=55;DP=120;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0567241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.064;QD=18.0688;RBI=0.0611302;REFB=-0.0304353;REVB=0.0227879;RO=63;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545484;STB=0.523298;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.039274;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:126:63:64:55:62:0.492063:24:31:39:24:26:36:40:24 chr9 36169598 . T C 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0296086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.686;QD=24.1551;RBI=0.0407238;REFB=-0.0335432;REVB=0.0279599;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138227;STB=0.57622;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0266693;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:17:13:13:8:17:13:13:8 chr9 36353239 . TGGGGGGT TGGGGGT,TGGGGGTG,TTGGGGGT 108.54 PASS AF=0.5,0.117647,0.0294118;AO=7,2,2;DP=32;FAO=17,4,1;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8,4,1;FSAR=9,0,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.267931,0.219153,0.100915;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.83202,16.4158,18.5693;QD=12.7692;RBI=0.270729,0.357224,0.163376;REFB=-0.065503,-0.0706464,-0.0637745;REVB=0.03882,0.282102,0.128483;RO=10;SAF=5,2,1;SAR=2,0,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.626866,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.125396,0.542827,-0.103256;STB=0.512181,0.996881,0.98941;STBP=0.952,0.045,0.496;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0942866,0.0715445,0.0180827;OID=.,.,.;OPOS=36353240,36353245,36353240;OREF=G,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=TGGGGGT,TGGGGGTG,TTGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.117647,0.0294118:7,2,2:32:17,4,1:34:12:8,4,1:9,0,0:6:6:59:10:5,2,1:2,0,1:6:4 chr9 36607660 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0226769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.798;QD=11.8134;RBI=0.0367976;REFB=-0.027248;REVB=0.0289797;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325853;STB=0.691082;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0324134;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:16:7:8:5:16:7 chr9 36671145 . C T 93.17 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0106069;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.453;QD=5.40107;RBI=0.0106082;REFB=-0.00493595;REVB=-0.000161185;RO=50;SAF=5;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255302;STB=0.64686;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0251116;OID=.;OPOS=36671145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:69:69:50:54:15:15:0.217391:10:5:27:23:10:5:28:26 chr9 36674842 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.542;QD=64.4103;RBI=0.00757947;REFB=0;REVB=0.00347869;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98529e-05;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr9 36823518 . C T 275.11 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0281075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.584;QD=15.4993;RBI=0.0292681;REFB=-0.0049217;REVB=-0.00816015;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175778;STB=0.5926;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00767343;OID=.;OPOS=36823518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:12:19:17:22:12:19:18:22 chr9 36840623 . G A 535.05 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.100485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0731;QD=54.8771;RBI=0.128944;REFB=-0.154248;REVB=0.0808054;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584216;STB=0.531233;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00605776;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:22:15:2:0:22:15:2:0 chr9 37429814 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=52.611;RBI=0.0761292;REFB=0;REVB=0.0183686;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832671;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr9 37430930 . C CT 65.59 PASS AF=0.317073;AO=11;DP=43;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0328969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9723;QD=6.39947;RBI=0.110404;REFB=0.0126878;REVB=0.105389;RO=32;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502528;STB=0.739958;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=-0.0131885;OID=.;OPOS=37430931;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:11:43:13:41:28:11:2:16:12:65:32:10:1:19:13 chr9 37439785 . G GAAAC 261.96 PASS AF=0.846154;AO=20;DP=28;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00987146;FXX=0.0714031;HRUN=3;LEN=4;MLLD=241.361;QD=40.3018;RBI=0.0141945;REFB=-0.0261669;REVB=0.0101999;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184848;STB=0.507036;STBP=0.918;TYPE=ins;VARB=0.00385982;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:20:28:22:26:4:10:12:2:2:21:5:9:11:2:3 chr9 37441808 . A G 450.95 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540969;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.684;QD=58.1872;RBI=0.0567636;REFB=0;REVB=0.0171939;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131606;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr9 37486603 . A G 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.036702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9267;QD=14.8317;RBI=0.0374709;REFB=-0.00286676;REVB=-0.00755225;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978834;STB=0.555508;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00304201;OID=.;OPOS=37486603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:16:6:6:24:16:6:6:24 chr9 37492367 . C T 523.46 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00259411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.18;QD=21.3657;RBI=0.0370171;REFB=-0.0133855;REVB=-0.0369261;RO=46;SAF=30;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312319;STB=0.5294;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0133424;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:46:48:50:50:0.510204:20:30:26:20:20:30:26:22 chr9 37492679 . G T 1523.51 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.62;QD=59.1655;RBI=0.0325097;REFB=0;REVB=0.0157023;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04731e-05;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:102:103:1:47:55:0:0:48:55:0:0 chr9 37493588 . C T 702.36 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0138822;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.05;QD=51.0803;RBI=0.0477438;REFB=-0.0419348;REVB=0.045681;RO=3;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512863;STB=0.527262;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00148166;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:55:3:3:51:52:0.945455:26:25:0:3:26:26:0:3 chr9 37500895 . T C 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7487;QD=62.3389;RBI=0.0291051;REFB=0;REVB=-0.0282564;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296676;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr9 37501844 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00894089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.331;QD=17.0994;RBI=0.0103293;REFB=-0.00579957;REVB=-0.00517248;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211553;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00346033;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:11:4:7:7:11:4 chr9 37503087 . G A 1529.3 PASS AF=0.989899;AO=93;DP=95;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.722;QD=61.7898;RBI=0.0802564;REFB=-0.107634;REVB=0.0586304;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106533;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00285068;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:99:1:1:93:98:0.989899:49:44:1:0:52:46:1:0 chr9 37503124 . G A 1112.06 PASS AF=0.974359;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0418121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4179;QD=57.0288;RBI=0.0422758;REFB=-0.00901606;REVB=0.00624404;RO=1;SAF=29;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160326;STB=0.516125;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000973544;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:78:1:2:74:76:0.974359:45:29:1:0:46:30:2:0 chr9 37707441 . G A 83.77 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0149993;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.716;QD=9.30781;RBI=0.0331089;REFB=-0.0143022;REVB=0.0295164;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112262;STB=0.567454;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0307961;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:25:25:11:11:0.305556:3:8:20:5:3:8:20:5 chr9 37740637 . T C 752.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.275;QD=56.7732;RBI=0.0132679;REFB=0;REVB=-0.0105618;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17942e-05;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:32:20:0:0:32:21:0:0 chr9 37782111 . C T 738.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137117;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.479;QD=64.1802;RBI=0.0158882;REFB=0;REVB=-0.00802633;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180523;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr9 37888101 . C T 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.656;QD=59.4947;RBI=0.0397346;REFB=0;REVB=0.038363;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27234e-05;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr9 37974743 . T C 603.63 PASS AF=0.646341;AO=52;DP=81;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0182835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.821;QD=29.4452;RBI=0.0185523;REFB=3.93399e-06;REVB=0.00314673;RO=29;SAF=28;SAR=24;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140526;STB=0.510654;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=4.52194e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:29:29:52:53:0.646341:24:28:15:14:24:29:15:14 chr9 38395928 . C T 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00152656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.028;QD=21.079;RBI=0.0139871;REFB=0.00185093;REVB=0.0139036;RO=40;SAF=27;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062896;STB=0.50943;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00165633;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:45:47:47:0.51087:20:27:20:20:20:27:25:20 chr9 38395940 . TG CG,GC 1120.13 PASS AF=0.986842,0.0131579;AO=62,6;DP=89;FAO=75,1;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727631,-0.0168577;FXX=0.146051;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=69.4419,112.94;QD=58.9544;RBI=0.0961479,0.0199215;REFB=0,0;REVB=0.0628486,0.0106152;RO=0;SAF=45,0;SAR=17,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-4.42491e-05,0.102039;OID=.,.;OPOS=38395940,38395940;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:89:76:0:0:62,6:75,1:0.986842,0.0131579:17,6:45,0:0:0:28,1:47,0:0:0 chr9 38396002 . C T 241.24 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0130352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4751;QD=14.8458;RBI=0.0287869;REFB=-0.019128;REVB=-0.0256665;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190204;STB=0.596799;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0363084;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:13:14:26:11:13:15:26:11 chr9 38396502 . G A 789.17 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386838;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6109;QD=64.4222;RBI=0.0400341;REFB=0;REVB=0.0103098;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539627;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr9 38397355 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00355583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.038;QD=11.9196;RBI=0.00363522;REFB=0.0217933;REVB=-0.000755571;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0144767;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:6:1:4:4:6:1:4:5 chr9 38398150 . G C 540.38 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00408802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.494;QD=22.0562;RBI=0.0104442;REFB=-0.0175938;REVB=0.00961092;RO=46;SAF=16;SAR=35;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296433;STB=0.659232;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108443;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:51:51:0.520408:35:16:30:16:35:16:30:17 chr9 38528531 . T C 284.14 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00774572;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.055;QD=14.9546;RBI=0.0080199;REFB=-0.00803664;REVB=0.00207909;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176451;STB=0.509994;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0114081;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:20:24:18:14:20:24 chr9 38571130 . C A 285.0 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0134614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.593;QD=15.4054;RBI=0.0280454;REFB=-0.0142509;REVB=-0.0246035;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115894;STB=0.526846;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0410431;OID=.;OPOS=38571130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:42:32:32:0.432432:19:13:19:17:19:13:19:23 chr9 38577092 . C G 173.57 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0195887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.668;QD=9.64248;RBI=0.0230509;REFB=-0.00842314;REVB=0.0121502;RO=49;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558902;STB=0.532809;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0168302;OID=.;OPOS=38577092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:13:10:19:30:13:10:19:30 chr9 38577101 . G A 152.61 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.000527123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.257;QD=8.72048;RBI=0.00734084;REFB=-0.0045833;REVB=0.00732189;RO=49;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105268;STB=0.562356;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0127557;OID=.;OPOS=38577101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:11:10:19:30:11:10:19:30 chr9 38588602 . T C 728.56 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.458;QD=57.1418;RBI=0.0496604;REFB=0;REVB=0.048159;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233688;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr9 38595886 . T C 374.44 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0492628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4391;QD=15.7659;RBI=0.0494485;REFB=-0.0114402;REVB=0.00428187;RO=55;SAF=24;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763225;STB=0.543082;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0145008;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:16:24:29:26:16:24:29:26 chr9 38603140 . A AT 90.98 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0138389;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=272.123;QD=8.08678;RBI=0.0139401;REFB=-0.0164649;REVB=-0.00167688;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284833;STB=0.695335;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.0460008;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:11:45:12:45:33:8:4:13:20:90:33:7:4:13:20 chr9 38615698 . C T 1309.24 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0545611;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4728;QD=60.8951;RBI=0.076962;REFB=-0.0585246;REVB=-0.0542793;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114144;STB=0.506023;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=8.01991e-05;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:85:85:0.988372:44:41:1:0:44:41:1:0 chr9 38621344 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.00392737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.275;QD=14.0966;RBI=0.0151633;REFB=-0.0294312;REVB=0.0146459;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371729;STB=0.705644;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.04174;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:14:0:1:10:14:0 chr9 39103743 . C T 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00434309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.887;QD=11.9866;RBI=0.00660354;REFB=-0.00359806;REVB=-0.00497437;RO=51;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111139;STB=0.564014;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00566274;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:16:13:28:23:16:13:28:23 chr9 39118108 . C T 97.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0363687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8859;QD=24.4089;RBI=0.0420978;REFB=0.0568249;REVB=0.0212024;RO=5;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174375;STB=0.599799;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0290654;OID=.;OPOS=39118108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:2:9:3:2:2:9:3:2 chr9 39287976 . C T 466.46 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0910179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.556;QD=35.8813;RBI=0.0911213;REFB=-0.0192221;REVB=-0.00433925;RO=12;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151458;STB=0.581045;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00322401;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:31:9:0:12:31:9:0:12 chr9 40503085 . A G 802.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.519;QD=64.1948;RBI=0.0180435;REFB=0;REVB=0.0142443;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29717e-05;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chr9 40784183 . A G 892.87 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.212;QD=57.6048;RBI=0.0497525;REFB=0;REVB=0.00332347;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62953e-05;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:51:62:1:27:24:0:0:30:32:0:0 chr9 43685298 . G T 564.77 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00951797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7449;QD=41.0741;RBI=0.0145839;REFB=0.0441999;REVB=0.0110499;RO=9;SAF=13;SAR=33;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13508;STB=0.57257;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00865118;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:9:9:46:46:0.836364:33:13:6:3:33:13:6:3 chr9 43709732 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.911;QD=50.4132;RBI=0.0362267;REFB=0;REVB=0.0360671;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010372;OID=.;OPOS=43709732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr9 43818062 . T A 803.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000299035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.334;QD=64.3093;RBI=0.0136197;REFB=0;REVB=0.0136164;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7309e-05;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:17:33:0:0 chr9 43822686 . C A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0220326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.658;QD=24.1899;RBI=0.0233724;REFB=-0.023513;REVB=0.00779971;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109041;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:3:3:6:6:3:3 chr9 43822704 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.035193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.154;QD=22.5856;RBI=0.0521749;REFB=0.0127286;REVB=0.0385185;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00765881;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr9 43822762 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0233772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.66;QD=22.9155;RBI=0.0315292;REFB=-0.0397728;REVB=-0.0211565;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.012724;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:2:2:4:5:2:2 chr9 43861068 . A G 64.46 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0885271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.958;QD=9.54978;RBI=0.0886518;REFB=-0.0147227;REVB=0.00469926;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.540449;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0345871;OID=.;OPOS=43861068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:27:14:18:9:9:0.333333:4:5:7:7:3:6:11:7 chr9 66457051 . G C 31.11 PASS AF=0.25;AO=5;DP=23;FAO=5;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0943441;FXX=0.130378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8526;QD=6.22221;RBI=0.0974635;REFB=0.0143339;REVB=0.0244607;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763349;STB=0.550814;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.029095;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:23:20:15:15:5:5:0.25:3:2:7:8:3:2:7:8 chr9 66457076 . T C 108.92 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0289701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5205;QD=13.6147;RBI=0.0296253;REFB=-0.00117251;REVB=0.00619587;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153067;STB=0.554371;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000659885;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:4:8:10:9:5:8:10:9 chr9 66457092 . G T 34.0 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0028871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6343;QD=3.88528;RBI=0.0291869;REFB=-0.00862244;REVB=0.0290438;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102922;STB=0.571196;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0432092;OID=.;OPOS=66457092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:17:12:3:3:17:12 chr9 66457127 . G A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0438883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.8;QD=4.92228;RBI=0.0438929;REFB=-0.0158983;REVB=-0.00063964;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113744;STB=0.560826;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0513508;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:4:4:19:13:4:4:19:14 chr9 66457151 . G C 33.4 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0446527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.888;QD=3.25892;RBI=0.0510609;REFB=-0.012184;REVB=-0.0247658;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508082;STB=0.536464;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0559592;OID=.;OPOS=66457151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:19:16:3:3:19:16 chr9 66457161 . A G 41.96 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.12566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.996;QD=4.41635;RBI=0.135311;REFB=-0.0095457;REVB=-0.0501872;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461395;STB=0.519029;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0352537;OID=.;OPOS=66457161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:3:4:16:14:3:4:17:14 chr9 66457267 . C A 119.28 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00203842;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.726;QD=19.8798;RBI=0.0426996;REFB=-0.0439835;REVB=-0.0426509;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801912;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0317242;OID=.;OPOS=66457267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:26:24:8:11:13:13:0.541667:8:5:4:4:8:5:7:4 chr9 66457388 . T G 131.54 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.0034114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.832;QD=14.221;RBI=0.00536462;REFB=-0.0173982;REVB=0.00414023;RO=22;SAF=14;SAR=0;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.753605;STB=0.552555;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0279959;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:0:14:20:2:1:14:20:2 chr9 66457399 . T G 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=0;FWDB=0.000821938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.664;QD=4.4185;RBI=0.0395826;REFB=-0.0021609;REVB=-0.039574;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677336;STB=0.877695;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0110216;OID=.;OPOS=66457399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:31:0:2:5:31:0 chr9 66457451 . T C 68.86 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=13;FWDB=-0.025333;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8846;QD=3.35902;RBI=0.0273497;REFB=-0.00970437;REVB=-0.0103076;RO=68;SAF=6;SAR=7;SRF=55;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449976;STB=0.783084;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0206126;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:82:68:69:13:13:0.158537:7:6:55:13:7:6:56:13 chr9 66457460 . G A 51.7 PASS AF=0.127907;AO=10;DP=85;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=18;FWDB=-0.0113195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.715;QD=2.4045;RBI=0.0133871;REFB=-0.00339068;REVB=-0.00714726;RO=75;SAF=5;SAR=5;SRF=57;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335175;STB=0.695074;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0248212;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:85:86:75:75:10:11:0.127907:5:5:57:18:5:6:57:18 chr9 66457465 . T G 200.89 PASS AF=0.305882;AO=27;DP=86;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=13;FWDB=0.00272583;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.915;QD=9.45364;RBI=0.028606;REFB=-0.00994555;REVB=-0.0284759;RO=57;SAF=15;SAR=12;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267362;STB=0.627444;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.026656;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:59:27:26:0.305882:12:15:44:13:10:16:46:13 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 370.32 PASS AF=0.313433,0.343284,0.179104;AO=16,15,11;DP=80;FAO=21,23,12;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=16,13,8;FSAR=5,10,4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0440626,-0.0519712,-0.0502701;FXX=0.172818;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.31113,20.5306,23.1118;QD=22.1088;RBI=0.0498608,0.0963876,0.0607902;REFB=-0.173152,0.018455,0.10247;REVB=-0.0233363,-0.0811762,-0.0341813;RO=11;SAF=12,9,8;SAR=4,6,3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0686961,-0.178529,-0.105136;STB=0.527401,0.585036,0.586075;STBP=0.79,0.187,0.44;TYPE=del,del,snp;VARB=0.138531,0.00775123,0.00688024;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.313433,0.343284,0.179104:16,15,11:80:21,23,12:67:11:16,13,8:5,10,4:9:2:93:11:12,9,8:4,6,3:9:2 chr9 66457480 . G A 128.4 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.00773752;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8304;QD=5.46383;RBI=0.123261;REFB=0.00183771;REVB=0.123018;RO=73;SAF=11;SAR=9;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103419;STB=0.579618;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00531054;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:73:74:20:20:0.212766:9:11:46:27:9:11:48:26 chr9 66457498 . G T 99.48 PASS AF=0.144068;AO=17;DP=122;FAO=17;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0212975;FXX=0.0483832;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.011;QD=3.3721;RBI=0.0614345;REFB=-0.0203228;REVB=-0.0576248;RO=64;SAF=11;SAR=6;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186663;STB=0.589797;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0483191;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:122:118:64:99:17:17:0.144068:6:11:32:32:6:11:54:45 chr9 66457549 . A T 76.01 PASS AF=0.105263;AO=20;DP=203;FAO=20;FDP=190;FR=.;FRO=170;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=92;FSRR=78;FWDB=-0.0140906;FXX=0.0731672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.535;QD=1.60026;RBI=0.0616523;REFB=-0.009362;REVB=-0.0600205;RO=164;SAF=14;SAR=6;SRF=88;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20657;STB=0.648853;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0523067;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:203:190:164:170:20:20:0.105263:6:14:88:76:6:14:92:78 chr9 66457585 . G T 49.18 PASS AF=0.0909091;AO=14;DP=164;FAO=15;FDP=165;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=-0.030084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.737;QD=1.19232;RBI=0.0324495;REFB=-0.00455957;REVB=0.0121624;RO=149;SAF=8;SAR=6;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555429;STB=0.512139;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0332821;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:164:165:149:150:14:15:0.0909091:6:8:78:71:7:8:78:72 chr9 66457588 . T C 320.07 PASS AF=0.282209;AO=44;DP=159;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.00139857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4445;QD=7.85455;RBI=0.00598416;REFB=-0.0179788;REVB=-0.00581843;RO=115;SAF=22;SAR=22;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478784;STB=0.537011;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0996006;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:163:115:117:44:46:0.282209:22:22:62:53:24:22:62:55 chr9 66457594 . A G 1276.3 PASS AF=0.710526;AO=102;DP=143;FAO=108;FDP=152;FR=.;FRO=44;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00764643;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.024;QD=33.5868;RBI=0.0359137;REFB=-0.0413581;REVB=0.0350903;RO=36;SAF=49;SAR=53;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906986;STB=0.543565;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0177696;OID=.;OPOS=66457594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:152:36:44:102:108:0.710526:53:49:24:12:58:50:27:17 chr9 66457652 . C T 32.54 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.0962218;FXX=0.0446389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.183;QD=1.21661;RBI=0.0981802;REFB=-0.00306252;REVB=-0.0195121;RO=96;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276666;STB=0.718104;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0468709;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:112:107:96:98:9:9:0.0841121:3:6:40:56:3:6:41:57 chr9 66458150 . C T 118.3 PASS AF=0.131068;AO=27;DP=206;FAO=27;FDP=206;FR=.;FRO=179;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=102;FSRR=77;FWDB=-0.0205288;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.15;QD=2.29704;RBI=0.0218562;REFB=-0.00326997;REVB=-0.00750095;RO=173;SAF=14;SAR=13;SRF=99;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685559;STB=0.544765;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0328305;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:173:179:27:27:0.131068:13:14:99:74:13:14:102:77 chr9 66458154 . A AC 44.26 PASS AF=0.133005;AO=27;DP=210;FAO=27;FDP=203;FR=.;FRO=176;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=102;FSRR=74;FWDB=0.0123201;FXX=0.0333317;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.3352;QD=0.872115;RBI=0.0126261;REFB=6.69571e-05;REVB=-0.00276292;RO=180;SAF=11;SAR=16;SRF=104;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21244;STB=0.646071;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=-0.00379078;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133005:27:210:27:203:176:11:16:102:74:44:180:11:16:104:76 chr9 66458183 . A G 64.57 PASS AF=0.0913242;AO=15;DP=214;FAO=20;FDP=219;FR=.;FRO=199;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=106;FSRR=93;FWDB=0.0105025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5744;QD=1.17943;RBI=0.0105747;REFB=-0.00184447;REVB=-0.00123313;RO=193;SAF=3;SAR=12;SRF=101;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356099;STB=0.619447;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00804279;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:214:219:193:199:15:20:0.0913242:12:3:101:92:12:8:106:93 chr9 66458195 . TC GA,GC 238.45 PASS AF=0.062201,0.148325;AO=12,31;DP=208;FAO=13,31;FDP=209;FR=.;FRO=165;FSAF=8,12;FSAR=5,19;FSRF=82;FSRR=83;FWDB=-0.0368829,-0.0109528;FXX=0.00947822;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=158.781,67.1066;QD=4.56361;RBI=0.0441196,0.0110941;REFB=-0.00278447,-0.00384502;REVB=0.0242114,-0.00176492;RO=157;SAF=7,12;SAR=5,19;SRF=80;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0805062,-0.15768;STB=0.609883,0.593295;STBP=0.41,0.273;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0352995,0.00105527;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:208:209:157:165:12,31:13,31:0.062201,0.148325:5,19:7,12:80:77:5,19:8,12:82:83 chr9 66458198 . C G 62.86 PASS AF=0.0917874;AO=19;DP=208;FAO=19;FDP=207;FR=.;FRO=188;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=98;FWDB=-0.0104019;FXX=0.00480746;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.531;QD=1.21465;RBI=0.0858503;REFB=0.00227417;REVB=0.0852178;RO=184;SAF=9;SAR=10;SRF=88;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543897;STB=0.504582;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0199605;OID=.;OPOS=66458198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:208:207:184:188:19:19:0.0917874:10:9:88:96:10:9:90:98 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 1016.97 PASS AF=0.693548,0.0483871;AO=75,12;DP=132;FAO=86,6;FDP=124;FR=.;FRO=32;FSAF=45,0;FSAR=41,6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00679481,0.0609313;FXX=0.126752;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.3279,17.6613;QD=32.8055;RBI=0.0428042,0.0609315;REFB=-0.0832913,-0.0602649;REVB=-0.0422615,0.000138536;RO=31;SAF=40,1;SAR=35,11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00939523,-0.597439;STB=0.506315,0.998074;STBP=0.796,0.009;TYPE=del,snp;VARB=0.0325426,0.05747;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.693548,0.0483871:75,12:132:86,6:124:32:45,0:41,6:16:16:99:31:40,1:35,11:16:15 chr9 66499292 . T C 41.54 PASS AF=0.0828025;AO=12;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=0.00637106;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.654;QD=1.05844;RBI=0.00637589;REFB=-0.000950748;REVB=0.000248112;RO=144;SAF=3;SAR=9;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234711;STB=0.717703;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0222162;OID=.;OPOS=66499292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:157:157:144:144:12:13:0.0828025:9:3:65:79:10:3:65:79 chr9 66499336 . A C 137.62 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=105;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0319219;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.29;QD=5.34438;RBI=0.0330604;REFB=-0.00213915;REVB=0.00860103;RO=81;SAF=5;SAR=17;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302775;STB=0.691967;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00526313;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:81:81:22:22:0.213592:17:5:36:45:17:5:36:45 chr9 66499356 . G A 123.78 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0260919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.206;QD=6.03822;RBI=0.0293138;REFB=-0.00285979;REVB=-0.013361;RO=63;SAF=5;SAR=14;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207199;STB=0.629753;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00970816;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:63:19:19:0.231707:14:5:26:37:14:5:26:37 chr9 66553812 . G A 30.75 PASS AF=0.0622222;AO=13;DP=226;FAO=14;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=211;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=99;FSRR=112;FWDB=0.0051981;FXX=0.0174665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6888;QD=0.546631;RBI=0.00666532;REFB=-0.00178248;REVB=0.00417208;RO=161;SAF=5;SAR=8;SRF=88;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177987;STB=0.607242;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0123794;OID=.;OPOS=66553812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:226:225:161:211:13:14:0.0622222:8:5:88:73:9:5:99:112 chr9 68415318 . G A 55.98 PASS AF=0.0952381;AO=16;DP=166;FAO=16;FDP=168;FR=.;FRO=152;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=81;FSRR=71;FWDB=-0.0346378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.407;QD=1.33289;RBI=0.0346514;REFB=-0.00585456;REVB=-0.000967897;RO=150;SAF=11;SAR=5;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195424;STB=0.644876;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.042324;OID=.;OPOS=68415318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:166:168:150:152:16:16:0.0952381:5:11:79:71:5:11:81:71 chr9 68415352 . A G 33.43 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.021868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.52;QD=1.08706;RBI=0.0225667;REFB=-0.000784816;REVB=-0.00557216;RO=113;SAF=6;SAR=4;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879427;STB=0.572223;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0289526;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:113:113:10:10:0.0813008:4:6:59:54:4:6:59:54 chr9 68415354 . G T 35.37 PASS AF=0.0869565;AO=6;DP=117;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00884164;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.561;QD=1.23016;RBI=0.00894163;REFB=-0.0031704;REVB=-0.00133345;RO=104;SAF=3;SAR=3;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370356;STB=0.513017;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0253446;OID=.;OPOS=68415354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:115:104:105:6:10:0.0869565:3:3:56:48:5:5:54:51 chr9 68415386 . G A 220.37 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0762241;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1367;QD=10.4937;RBI=0.0782093;REFB=-0.0302002;REVB=-0.0175094;RO=55;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103542;STB=0.523793;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0542689;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:56:28:28:0.333333:14:14:28:27:14:14:30:26 chr9 68415387 . GA AT,GT 389.94 PASS AF=0.05,0.4625;AO=4,37;DP=80;FAO=4,37;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=3,21;FSAR=1,16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0294326,0.0081718;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=72.7103,119.13;QD=19.4971;RBI=0.0386957,0.00927039;REFB=0.000851577,-0.0328168;REVB=-0.0251213,0.00437741;RO=37;SAF=3,21;SAR=1,16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.337797,0.121447;STB=0.757348,0.554574;STBP=0.344,0.384;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0484239,0.0214143;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:80:37:39:4,37:4,37:0.05,0.4625:1,16:3,21:16:21:1,16:3,21:18:21 chr9 68415397 . T C 50.67 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0214068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.003;QD=2.8548;RBI=0.0291501;REFB=-0.00473803;REVB=-0.0197858;RO=59;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259095;STB=0.669218;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.044643;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:59:61:10:10:0.140845:3:7:29:30:3:7:31:30 chr9 69002294 . C T 125.79 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0435547;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.842;QD=10.2688;RBI=0.0435547;REFB=-0.0154424;REVB=5.05855e-05;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107174;STB=0.556449;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0315674;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:34:15:15:0.306122:6:9:22:10:6:9:23:11 chr9 69002304 . C G 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.000596377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8228;QD=7.5275;RBI=0.0258805;REFB=-0.023567;REVB=0.0258736;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754883;STB=0.50226;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0156269;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:6:10:26:16:6:10:27:16 chr9 69002317 . T C 123.71 PASS AF=0.268657;AO=19;DP=68;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-6.07276e-05;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.485;QD=7.38544;RBI=0.00834406;REFB=0.00184706;REVB=-0.00834384;RO=49;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948769;STB=0.543429;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00351651;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:49:49:19:18:0.268657:6:13:30:19:6:12:30:19 chr9 69181624 . A G 36.67 PASS AF=0.2;AO=4;DP=21;FAO=4;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0253136;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8026;QD=7.33363;RBI=0.0493343;REFB=-0.031501;REVB=-0.042345;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220153;STB=0.676478;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0665872;OID=.;OPOS=69181624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:21:20:14:13:4:4:0.2:1:3:8:6:1:3:7:6 chr9 69201659 . TA T,TG 112.05 PASS AF=1,0;AO=8,2;DP=11;FAO=11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186849,-0.0143914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.15,141.728;QD=40.7463;RBI=0.161688,0.658358;REFB=0,0;REVB=-0.161677,-0.6582;RO=0;SAF=8,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000954398,0;OID=.,.;OPOS=69201660,69201660;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,2:11:11,0:11:0:9,0:2,0:0:0:4:0:8,0:0,2:0:0 chr9 69256833 . A G 681.24 PASS AF=0.304795;AO=89;DP=292;FAO=89;FDP=292;FR=.;FRO=203;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=100;FSRR=103;FWDB=0.00471014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9467;QD=9.33209;RBI=0.0562994;REFB=-0.00481504;REVB=0.056102;RO=203;SAF=45;SAR=44;SRF=100;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156119;STB=0.50904;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0131505;OID=.;OPOS=69256833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:203:203:89:89:0.304795:44:45:100:103:44:45:100:103 chr9 71396746 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00156451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.924;QD=15.6429;RBI=0.0080058;REFB=-0.00257095;REVB=-0.00785145;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177286;STB=0.510194;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00615113;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:15:14:10:10:15:14 chr9 71396859 . C G 702.38 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530675;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.337;QD=57.3374;RBI=0.0660942;REFB=0;REVB=0.039399;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174243;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr9 71397734 . A G 130.13 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000869273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5062;QD=13.6977;RBI=0.0191097;REFB=-0.0174408;REVB=0.0190899;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333056;STB=0.519409;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0212265;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:13:10:7:8:13:10 chr9 71397747 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0584333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3044;QD=9.49157;RBI=0.0605578;REFB=0.012242;REVB=-0.0158995;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0234428;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:11:7:3:6:11:7 chr9 71841018 . A G 324.75 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0221716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.494;QD=14.5954;RBI=0.0246155;REFB=-0.0144425;REVB=-0.0106931;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209298;STB=0.617916;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0283978;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:18:18:16:37:18:18:16:37 chr9 71843023 . C A 462.68 PASS AF=0.554217;AO=35;DP=81;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0444646;FXX=0.0119033;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.999;QD=22.2979;RBI=0.0818127;REFB=-0.0931073;REVB=0.0686748;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318443;STB=0.513363;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0160807;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:24:37:35:46:0.554217:19:16:12:12:20:26:22:15 chr9 71862975 . C T 1492.76 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0086091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.031;QD=58.5395;RBI=0.0326593;REFB=-0.0944027;REVB=0.0315042;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.504672;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000179131;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:53:48:0:0:53:48:0:1 chr9 71862987 . G A 1553.23 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00454033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.364;QD=62.7569;RBI=0.0271152;REFB=-0.00409427;REVB=0.0267324;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854634;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=8.97105e-05;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:55:43:0:1:55:43:0:1 chr9 71866087 . CT TA,TT 228.82 PASS AF=0,0.480769;AO=2,26;DP=53;FAO=0,25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=0,9;FSAR=0,16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0334489,0.0476367;FXX=0.0188644;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=29.1385,52.2188;QD=17.6018;RBI=0.0438641,0.0478068;REFB=0.0144971,-0.0115136;REVB=0.0283766,0.00402909;RO=23;SAF=2,9;SAR=0,17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483597,-0.154054;STB=0.5,0.621985;STBP=1,0.098;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.013698;OID=.,.;OPOS=71866087,71866087;OREF=CT,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:52:23:27:2,26:0,25:0,0.480769:0,17:2,9:12:11:0,16:0,9:16:11 chr9 71986315 . T C 461.74 PASS AF=0.581081;AO=24;DP=69;FAO=43;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00646318;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.168;QD=24.9589;RBI=0.0413137;REFB=0.00212418;REVB=0.040805;RO=11;SAF=19;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186272;STB=0.612273;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00302481;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:11:29:24:43:0.581081:5:19:6:5:15:28:11:18 chr9 72131577 . A C 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0292131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.283;QD=11.3456;RBI=0.0318757;REFB=-0.0056885;REVB=-0.0127536;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513354;STB=0.791388;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0160839;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:7:15:7:32:7:15:7:32 chr9 72373624 . A G 2442.27 PASS AF=0.98773;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0134255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.941;QD=59.9331;RBI=0.017951;REFB=-0.0103096;REVB=0.0119161;RO=0;SAF=76;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505813;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=4.96766e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:0:2:161:161:0.98773:85:76:0:0:85:76:0:2 chr9 72472831 . C T 667.15 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00730133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.831;QD=17.7907;RBI=0.00737456;REFB=0.0089327;REVB=-0.00103667;RO=82;SAF=43;SAR=25;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122209;STB=0.568069;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0109965;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:25:43:42:40:25:43:42:40 chr9 72741312 . G A 775.27 PASS AF=0.965517;AO=57;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.064102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7107;QD=53.4669;RBI=0.0686225;REFB=-0.0568942;REVB=0.0244944;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.515619;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00195557;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:57:56:0.965517:25:32:1:0:25:31:2:0 chr9 72785477 . C T 387.68 PASS AF=0.672727;AO=34;DP=52;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00640556;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3991;QD=28.1952;RBI=0.0322734;REFB=-0.0394183;REVB=0.0316313;RO=17;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561681;STB=0.531705;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0212658;OID=.;OPOS=72785477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:17:18:34:37:0.672727:13:21:9:8:15:22:9:9 chr9 72841359 . TA T,TT 989.31 PASS AF=0.0821918,0.917808;AO=14,56;DP=73;FAO=6,67;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=4,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946879,0.0752441;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.5748,30.422;QD=54.2085;RBI=0.097371,0.0777958;REFB=-0.0570461,-0.0120623;REVB=0.0227005,0.0197613;RO=2;SAF=7,23;SAR=7,33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00598535;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0404959,0.0156338;OID=.,.;OPOS=72841360,72841360;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0821918,0.917808:14,56:73:6,67:73:0:2,29:4,38:0:0:12:2:7,23:7,33:1:1 chr9 72897434 . G A 1979.04 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118138;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4911;QD=61.3655;RBI=0.0143141;REFB=-0.0762657;REVB=0.0080825;RO=1;SAF=66;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519274;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:130:129:1:0:128:129:1:62:66:1:0:62:67:0:0 chr9 73150984 . C T 1729.57 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5766;QD=60.1588;RBI=0.0228469;REFB=0;REVB=0.0124144;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736083;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0576e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:1:0:111:115:1:64:47:0:1:67:48:0:0 chr9 73151715 . C T 1512.74 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.207;QD=62.3811;RBI=0.0109462;REFB=-0.163517;REVB=0.00110076;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00042112;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:97:0:1:94:96:0.989691:48:46:0:0:48:48:1:0 chr9 73151970 . C T 1572.81 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.292;QD=59.9164;RBI=0.0255416;REFB=0;REVB=0.0253036;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96678e-05;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr9 73376414 . G T 1631.87 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0104613;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.061;QD=58.2811;RBI=0.0154254;REFB=-0.0824261;REVB=-0.011336;RO=2;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000617094;STB=0.500325;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00343232;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:2:2:110:110:0.982143:53:57:1:1:53:57:1:1 chr9 73391369 . T C 888.42 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186361;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=295.501;QD=56.4078;RBI=0.0340267;REFB=-0.0875174;REVB=0.0284695;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000103347;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:31:31:0:0:31:31:0:1 chr9 73391409 . C CA 173.65 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=54;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.139973;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.72817;QD=14.1758;RBI=0.249926;REFB=-0.118215;REVB=-0.207052;RO=19;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259513;STB=0.541157;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.073693;OID=.;OPOS=73391410;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:30:54:42:49:7:18:24:5:2:12:19:11:19:14:5 chr9 73408518 . T G 4124.32 PASS AF=0.98524;AO=264;DP=269;FAO=267;FDP=271;FR=.;FRO=4;FSAF=178;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0469886;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.455;QD=60.8756;RBI=0.0488572;REFB=-0.0834529;REVB=0.0133827;RO=4;SAF=175;SAR=89;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277552;STB=0.501385;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000930891;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:269:271:4:4:264:267:0.98524:89:175:3:1:89:178:3:1 chr9 74305098 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.084;QD=59.8394;RBI=0.0218278;REFB=0;REVB=-0.0088567;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00787e-05;OID=.;OPOS=74305098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr9 74834384 . C T 480.77 PASS AF=0.6;AO=44;DP=74;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0109976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.192;QD=25.641;RBI=0.0114636;REFB=-0.00111931;REVB=0.00323551;RO=25;SAF=18;SAR=26;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621145;STB=0.542354;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000755946;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:25:30:44:45:0.6:26:18:8:17:27:18:9:21 chr9 74846104 . A G 553.22 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00283228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.115;QD=19.7579;RBI=0.0186322;REFB=-0.0177842;REVB=-0.0184157;RO=55;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955343;STB=0.552687;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0187579;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:31:26:31:24:31:26:31:24 chr9 74969864 . T C 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0131268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.833;QD=26.4928;RBI=0.0440966;REFB=-0.0246;REVB=0.0420975;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904398;STB=0.550399;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0171218;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:5:4:10:7:5:4 chr9 74975136 . T C 486.01 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0649982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8386;QD=18.8743;RBI=0.0692232;REFB=-0.0241656;REVB=0.0238137;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893803;STB=0.504949;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0225205;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:26:25:26:26:26:25:26:26 chr9 75303653 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.408;QD=58.9626;RBI=0.0226973;REFB=0;REVB=-0.0132315;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51691e-05;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr9 75545882 . G A 987.4 PASS AF=0.664062;AO=85;DP=128;FAO=85;FDP=128;FR=.;FRO=43;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.014356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.309;QD=30.8562;RBI=0.0216939;REFB=-0.00409629;REVB=0.0162643;RO=43;SAF=46;SAR=39;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619727;STB=0.533399;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00197112;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:43:43:85:85:0.664062:39:46:19:24:39:46:19:24 chr9 77407636 . C T 607.88 PASS AF=0.58;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00273116;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.727;QD=24.3151;RBI=0.00876937;REFB=-0.0113979;REVB=-0.00833322;RO=42;SAF=26;SAR=32;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318961;STB=0.501742;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00732472;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:42:58:58:0.58:32:26:19:23:32:26:19:23 chr9 77436641 . G A 1370.72 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122524;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.598;QD=63.0215;RBI=0.0245633;REFB=0;REVB=0.0212893;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51791e-05;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:85:87:1:48:37:0:0:48:39:0:0 chr9 77472603 . GT AC,GC 316.8 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,22;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152661,0.00402144;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=210.038,235.827;QD=52.7995;RBI=0.0156792,0.00704493;REFB=0,0;REVB=-0.00357544,-0.00578439;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0149349,0.00065985;OID=.,.;OPOS=77472603,77472604;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,22:2,22:0.0833333,0.916667:0,10:2,12:0:0:0,10:2,12:0:0 chr9 77502160 . G A 481.61 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0274157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9514;QD=53.5118;RBI=0.0365753;REFB=-0.135653;REVB=0.0242101;RO=2;SAF=25;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359488;STB=0.51922;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0062675;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:9:25:2:0:9:25:2:0 chr9 77518062 . C G 503.7 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0253738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.91;QD=50.3704;RBI=0.0302902;REFB=-0.00913426;REVB=0.0165429;RO=4;SAF=15;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159362;STB=0.508542;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.013073;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:21:15:2:2:21:15:2:2 chr9 77563087 . C T 959.12 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.876;QD=57.2609;RBI=0.0399044;REFB=-0.029386;REVB=-0.00539078;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000866778;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:34:31:1:0:34:32:1:0 chr9 77684690 . A C 921.79 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0647465;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1998;QD=51.9318;RBI=0.0740448;REFB=-0.0859131;REVB=0.0359238;RO=5;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683028;STB=0.536221;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0162118;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:71:71:5:5:66:66:0.929577:32:34:0:5:32:34:0:5 chr9 77752510 . C T 947.33 PASS AF=0.516667;AO=92;DP=180;FAO=93;FDP=180;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.0205939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4509;QD=21.0518;RBI=0.0205962;REFB=-0.00243662;REVB=-0.000308457;RO=86;SAF=59;SAR=33;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228937;STB=0.618781;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00297946;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:86:87:92:93:0.516667:33:59:33:53:34:59:34:53 chr9 78790153 . A G 230.23 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0396112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3221;QD=46.0461;RBI=0.0490775;REFB=-0.124597;REVB=0.028975;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0130437;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr9 78790172 . G C 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0165036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.56;QD=13.9568;RBI=0.0221746;REFB=-0.00840793;REVB=-0.0148103;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161108;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0145158;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:1:6:5:2:1:6 chr9 78790177 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00857198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2524;QD=13.2051;RBI=0.0675497;REFB=-0.000372488;REVB=-0.0670036;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00580882;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chr9 78790182 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0408584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.706;QD=13.2053;RBI=0.044565;REFB=-0.0129078;REVB=-0.0177943;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168914;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chr9 79009106 . A C 464.43 PASS AF=0.85;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0518281;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.452;QD=46.4434;RBI=0.0532319;REFB=-0.0445621;REVB=-0.0121441;RO=5;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052685;STB=0.538439;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00568841;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:40:5:6:34:34:0.85:20:14:1:4:20:14:1:5 chr9 79119752 . C T 315.84 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0381183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.381;QD=24.2956;RBI=0.0381305;REFB=-0.0379729;REVB=-0.000967072;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140404;STB=0.576976;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0221784;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:16:5:13:18:16:5 chr9 79120475 . A T 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0205124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.789;QD=30.8107;RBI=0.0206081;REFB=0.0131199;REVB=-0.00198388;RO=13;SAF=7;SAR=19;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093642;STB=0.551144;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00483265;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:19:7:2:11:19:7:2:11 chr9 79120552 . C CAGT 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-9.99327e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.873;QD=10.034;RBI=0.00733217;REFB=-0.00414496;REVB=0.00733149;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=0.00592315;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:12:5:12:7:2:3:3:4:30:7:2:3:3:4 chr9 79121085 . G T 855.55 PASS AF=0.511905;AO=84;DP=166;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0201368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7659;QD=20.3703;RBI=0.0207477;REFB=-0.0173257;REVB=0.00499762;RO=82;SAF=37;SAR=47;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124604;STB=0.507448;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0170501;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:82:82:84:86:0.511905:47:37:35:47:48:38:35:47 chr9 79186749 . G GT 134.37 PASS AF=0.882353;AO=3;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0556116;FXX=0.0555247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.545;QD=31.6171;RBI=0.0580145;REFB=-0.0204436;REVB=-0.0165238;RO=15;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710857;STB=0.52171;STBP=0.764;TYPE=ins;VARB=0.00759955;OID=.;OPOS=79186750;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:3:18:15:17:2:10:5:1:1:11:15:0:3:11:4 chr9 79186750 . G T 112.3 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0156752;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.454;QD=26.4239;RBI=0.0231913;REFB=-0.0267896;REVB=-0.0170916;RO=5;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405126;STB=0.731268;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00558447;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:17:5:5:12:12:0.705882:2:10:1:4:2:10:1:4 chr9 79186765 . C G 223.97 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0301626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.506;QD=34.4566;RBI=0.0367457;REFB=-0.0906986;REVB=0.0209873;RO=4;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181957;STB=0.571353;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0120694;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:4:6:20:20:0.769231:5:15:1:3:5:15:3:3 chr9 79186781 . T C 406.59 PASS AF=0.909091;AO=18;DP=34;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00184215;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8641;QD=49.2832;RBI=0.0287002;REFB=-0.0460089;REVB=0.028641;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.544524;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00374528;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:33:1:3:18:30:0.909091:5:13:1:0:8:22:1:2 chr9 79186820 . A C 519.3 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0100384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6126;QD=31.4729;RBI=0.0929121;REFB=-0.018721;REVB=-0.0923683;RO=20;SAF=36;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170254;STB=0.592677;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00974968;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:20:46:46:0.69697:10:36:11:9:10:36:11:9 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=30;DP=149;LEN=15;RO=119;SAF=8;SAR=16;SRF=73;SRR=52;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:149:119:30:16:8:73:52 chr9 79318471 . C T 227.88 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.012043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.784;QD=11.5381;RBI=0.0152605;REFB=-0.00943591;REVB=0.00937288;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396933;STB=0.529391;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0152515;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:51:28:28:0.35443:15:13:25:25:15:13:26:25 chr9 79318677 . T C 395.76 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=137;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0263044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2303;QD=11.3887;RBI=0.0325297;REFB=-0.0103997;REVB=0.019138;RO=89;SAF=27;SAR=21;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11528;STB=0.558931;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0151585;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:89:91:48:48:0.345324:21:27:41:48:21:27:43:48 chr9 79318998 . A G 68.52 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00151765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8704;QD=5.83126;RBI=0.0073144;REFB=-0.00991541;REVB=-0.00715522;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993311;STB=0.563514;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0298996;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:25:12:4:6:25:12 chr9 79320095 . T G 499.82 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0287416;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.241;QD=22.2144;RBI=0.0290771;REFB=-0.0118603;REVB=0.00440427;RO=40;SAF=16;SAR=32;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156748;STB=0.592885;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00971176;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:40:42:48:48:0.533333:32:16:7:33:32:16:7:35 chr9 79320640 . C T 211.79 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0215465;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.516;QD=9.01219;RBI=0.0216991;REFB=-0.0206893;REVB=-0.00256931;RO=61;SAF=15;SAR=12;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226647;STB=0.59651;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0409684;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:67:27:27:0.287234:12:15:45:16:12:15:46:21 chr9 79320847 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0065972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.495;QD=19.6681;RBI=0.0077176;REFB=-0.0287364;REVB=-0.0040048;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103453;STB=0.558223;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0268381;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:14:5:7:12:14:5 chr9 79321276 . T C 217.79 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0309543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.418;QD=15.5562;RBI=0.0334072;REFB=-0.0090151;REVB=0.0125647;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980875;STB=0.555511;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0147063;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:13:18:12:13:13:18 chr9 79322674 . A G 336.09 PASS AF=0.35;AO=41;DP=119;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.00390142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.822;QD=11.2029;RBI=0.0295742;REFB=-0.0146481;REVB=-0.0293157;RO=75;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852067;STB=0.540115;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0432329;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:75:78:41:42:0.35:25:16:24:51:25:17:27:51 chr9 79322720 . A G 279.99 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0176626;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.963;QD=11.9142;RBI=0.0194233;REFB=-0.00231646;REVB=-0.00808053;RO=60;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211842;STB=0.516119;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00429047;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:60:61:33:33:0.351064:22:11:19:41:22:11:19:42 chr9 79324439 . A G 421.29 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00226242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.002;QD=14.7821;RBI=0.00227082;REFB=-0.00947136;REVB=0.000195104;RO=66;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430064;STB=0.524183;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0181171;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:22:26:33:33:22:26:33:33 chr9 79324955 . C T 212.51 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0156219;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.343;QD=19.3187;RBI=0.0188007;REFB=-0.0211239;REVB=-0.0104604;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529383;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0212809;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:10:13:13:8:10:13 chr9 79325297 . T G 685.84 PASS AF=0.392157;AO=79;DP=203;FAO=80;FDP=204;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=0.00965441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.382;QD=13.4478;RBI=0.0306508;REFB=-0.0159946;REVB=0.0290906;RO=123;SAF=41;SAR=38;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424822;STB=0.524994;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0263185;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:123:124:79:80:0.392157:38:41:59:64:38:42:60:64 chr9 79325615 . A G 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0184159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2246;QD=13.6194;RBI=0.0434906;REFB=-0.0107101;REVB=-0.0393991;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224663;STB=0.512811;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0118751;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:27:11:8:18:27:11 chr9 79325759 . C T 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0162916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.401;QD=10.3805;RBI=0.0562374;REFB=-0.0122817;REVB=-0.0538259;RO=36;SAF=13;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143384;STB=0.585208;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0232907;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:5:13:22:14:5:13:22:14 chr9 79471995 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.387;QD=53.2772;RBI=0.0470771;REFB=0;REVB=0.00557546;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119751;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr9 79986057 . A G 446.4 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00217409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4971;QD=30.2642;RBI=0.0265138;REFB=-0.00220855;REVB=0.0264245;RO=17;SAF=10;SAR=31;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151435;STB=0.576407;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00254445;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:18:41:41:0.694915:31:10:8:9:31:10:8:10 chr9 80049298 . C T 481.42 PASS AF=0.4;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00192878;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.788;QD=14.2643;RBI=0.0112738;REFB=-0.000318752;REVB=0.0111076;RO=78;SAF=31;SAR=23;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118331;STB=0.563147;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000438751;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:78:81:54:54:0.4:23:31:36:42:23:31:38:43 chr9 80335288 . C T 382.17 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00524529;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.597;QD=25.0602;RBI=0.00616238;REFB=-0.00370791;REVB=-0.00323448;RO=19;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704225;STB=0.506326;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00224148;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:19:24:36:37:0.606557:21:15:10:9:21:16:10:14 chr9 80780518 . G C 426.04 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0535741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.939;QD=14.0841;RBI=0.0584521;REFB=0.00688961;REVB=0.0233767;RO=71;SAF=27;SAR=22;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182798;STB=0.502727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00964966;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:72:49:49:0.404959:22:27:39:32:22:27:40:32 chr9 80851350 . G C 586.66 PASS AF=0.564356;AO=56;DP=98;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0404867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9877;QD=23.234;RBI=0.0560393;REFB=-0.00801166;REVB=-0.0387458;RO=42;SAF=24;SAR=32;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191051;STB=0.513088;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00665448;OID=.;OPOS=80851350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:42:44:56:57:0.564356:32:24:17:25:32:25:18:26 chr9 80912115 . G C 236.89 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00850623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9418;QD=17.8785;RBI=0.0591438;REFB=-0.0389092;REVB=-0.0585289;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114326;STB=0.576862;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0369135;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:8:18:15:11:8:18:15:12 chr9 80919756 . T G 1368.16 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00438206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.908;QD=60.1389;RBI=0.0124651;REFB=-0.0129227;REVB=0.0116694;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000742967;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:91:0:2:89:89:0.978022:48:41:0:0:48:41:2:0 chr9 82187750 . A G 1977.9 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00731814;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.61;QD=61.3303;RBI=0.0193999;REFB=-0.00130754;REVB=-0.0179667;RO=1;SAF=73;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646569;STB=0.503401;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-2.62577e-05;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:129:1:1:128:128:0.992248:55:73:1:0:55:73:1:0 chr9 84267147 . T C 1539.56 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248689;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0281;QD=59.7886;RBI=0.0557787;REFB=0;REVB=0.049928;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576303;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:41:61:0:0:42:61:0:0 chr9 84340199 . G A 115.33 PASS AF=0.304348;AO=15;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00472793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1021;QD=10.0283;RBI=0.0296785;REFB=-0.00877507;REVB=-0.0292995;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29801;STB=0.65766;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.03048;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:15:14:0.304348:11:4:16:15:10:4:16:16 chr9 84607758 . T A 141.9 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0843443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.084;QD=11.129;RBI=0.0846844;REFB=-0.0104167;REVB=0.00758235;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150898;STB=0.577891;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0196163;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:34:17:17:0.333333:8:9:13:20:8:9:14:20 chr9 85627408 . G A 169.99 PASS AF=0.238532;AO=26;DP=110;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00851376;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.732;QD=6.23822;RBI=0.0163617;REFB=0.00191586;REVB=0.0139722;RO=76;SAF=14;SAR=12;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127938;STB=0.579183;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00444602;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:76:83:26:26:0.238532:12:14:33:43:12:14:36:47 chr9 86278817 . C A 1587.41 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.953;QD=64.1377;RBI=0.0495116;REFB=0;REVB=0.0253342;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61638e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:45:50:0:0:45:54:0:0 chr9 86284178 . C A 1525.43 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.555;QD=59.8208;RBI=0.00616982;REFB=0;REVB=0.00331534;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85764e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:46:55:0:0:46:56:0:0 chr9 86327898 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.186;QD=58.7817;RBI=0.0171716;REFB=0;REVB=0.0153437;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79435e-06;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr9 86468715 . A T 186.81 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0197412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.458;QD=10.6748;RBI=0.0418085;REFB=-0.00852733;REVB=-0.0368542;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122861;STB=0.57137;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0162288;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:18:28:12:12:18:28 chr9 86607917 . C G 446.33 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00326643;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.324;QD=23.1861;RBI=0.0173867;REFB=-0.0159531;REVB=0.0170771;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107053;STB=0.553602;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0116259;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:42:43:0.558442:23:19:11:23:24:19:11:23 chr9 86617265 . A G 527.98 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0108001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1322;QD=24.8463;RBI=0.0655831;REFB=-0.0163706;REVB=0.0646877;RO=35;SAF=23;SAR=26;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11975;STB=0.558229;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0200026;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:36:49:49:0.576471:26:23:11:24:26:23:12:24 chr9 86618233 . C A 634.56 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252042;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6677;QD=60.4343;RBI=0.0371168;REFB=0;REVB=0.0272471;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127817;OID=.;OPOS=86618233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:21:17:0:0:23:19:0:0 chr9 86900369 . T A 635.06 PASS AF=0.594059;AO=58;DP=99;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00446268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.453;QD=25.151;RBI=0.0166025;REFB=-0.0112526;REVB=0.0159914;RO=39;SAF=34;SAR=24;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420436;STB=0.531722;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00839646;OID=.;OPOS=86900369;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:39:41:58:60:0.594059:24:34:25:14:25:35:27:14 chr9 86917301 . T C 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0220092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.032;QD=25.3676;RBI=0.0221491;REFB=-0.0573365;REVB=0.00248505;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103053;STB=0.557322;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0278355;OID=.;OPOS=86917301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:6:8:9:12:6:8 chr9 86920236 . T C 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0044234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.152;QD=19.9735;RBI=0.0129216;REFB=-0.00737641;REVB=-0.0121409;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00966541;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00590137;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:20:17:16:18:20:17:16:19 chr9 88692336 . C T 169.57 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0166416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7882;QD=8.80861;RBI=0.0201351;REFB=-0.00199676;REVB=-0.0113348;RO=54;SAF=17;SAR=6;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260768;STB=0.656145;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00456171;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:6:17:29:25:6:17:29:25 chr9 88694179 . G T 229.01 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0180578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.625;QD=14.0928;RBI=0.0424353;REFB=-0.0566262;REVB=-0.0384014;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151911;STB=0.552033;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0936532;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:38:26:27:0.415385:10:16:27:9:10:17:27:11 chr9 88897497 . G C,GC 30.53 PASS AF=0,0.35;AO=2,5;DP=24;FAO=0,7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0117505,-0.0272199;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=192.825,11.4569;QD=6.10521;RBI=0.0176055,0.220769;REFB=0.00675648,-0.0316846;REVB=0.0131102,0.219084;RO=16;SAF=0,2;SAR=2,3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.433373,0.28301;STB=0.5,0.54533;STBP=1,0.843;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.076227;OID=.,.;OPOS=88897497,88897498;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:24:20:16:13:2,5:0,7:0,0.35:2,3:0,2:3:13:0,5:0,2:3:10 chr9 88937851 . ATTTTT ATT,ATTTTC 963.76 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=56,3;DP=69;FAO=65,4;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31,4;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112635,-0.00904011;FXX=0.0142837;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=28.4256,196.057;QD=55.8703;RBI=0.055729,0.0109139;REFB=0,0;REVB=0.0545789,0.00611472;RO=0;SAF=27,3;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00155238,0.0528836;OID=.,.;OPOS=88937852,88937856;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATT,ATTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.942029,0.057971:56,3:69:65,4:69:0:31,4:34,0:0:0:14:0:27,3:29,0:0:0 chr9 88959938 . C T 1226.31 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000591193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.095;QD=59.82;RBI=0.00667534;REFB=-0.0727187;REVB=0.0066491;RO=1;SAF=59;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079585;STB=0.504131;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000222972;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:21:59:1:0:21:60:1:0 chr9 89772284 . A G,T 419.24 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=27,3;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027499,-0.0030804;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.679,143.271;QD=55.8983;RBI=0.0643676,0.0565704;REFB=0,0;REVB=0.0643089,-0.0564865;RO=0;SAF=16,2;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5146e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000983109,0.0392595;OID=.,.;OPOS=89772284,89772284;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:30:30:0:0:27,3:28,2:0.933333,0.0666667:11,1:16,2:0:0:12,0:16,2:0:0 chr9 90252981 . C T 357.63 PASS AF=0.354839;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00758558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.171;QD=11.5364;RBI=0.0147541;REFB=-0.00763098;REVB=-0.0126548;RO=79;SAF=23;SAR=21;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420131;STB=0.506605;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.012922;OID=.;OPOS=90252981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:80:44:44:0.354839:21:23:41:38:21:23:41:39 chr9 90265015 . C T 905.93 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.581;QD=56.6208;RBI=0.0226555;REFB=0.0529018;REVB=0.00270332;RO=1;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994339;STB=0.505261;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=5.69463e-05;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:47:16:0:1:47:16:0:1 chr9 90321583 . C T 184.78 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0703497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.995;QD=26.3977;RBI=0.070466;REFB=0.00755158;REVB=0.00404719;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00319532;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:9:9:5:4:9:9:5:5 chr9 90322023 . G A 1511.25 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.274;QD=63.6317;RBI=0.0402109;REFB=0;REVB=0.0400933;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15249e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:33:61:0:0:33:62:0:0 chr9 90343780 . A C 668.98 PASS AF=0.961538;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00932939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3607;QD=51.4601;RBI=0.00970357;REFB=0.000451482;REVB=0.00266865;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348198;STB=0.518511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000497451;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:48:50:0.961538:22:26:2:0:24:26:2:0 chr9 90388370 . G A 267.46 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.019514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8389;QD=13.716;RBI=0.0542966;REFB=-0.00176483;REVB=0.0506688;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507372;STB=0.528907;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00321339;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:15:16:22:25:15:16:22:25 chr9 90388539 . T A 315.4 PASS AF=0.34188;AO=41;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0239588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.542;QD=10.783;RBI=0.0241459;REFB=-0.0128454;REVB=0.00299971;RO=74;SAF=27;SAR=14;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930349;STB=0.537171;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0189761;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:77:41:40:0.34188:14:27:43:31:14:26:46:31 chr9 90500405 . A C 1548.76 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.396;QD=59.5676;RBI=0.06122;REFB=0;REVB=0.00974034;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32149e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:94:104:0:0:94:104:1:31:63:0:0:36:68:0:0 chr9 90501280 . G A 442.96 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=0.0222977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.427;QD=13.5256;RBI=0.0225026;REFB=-0.00438649;REVB=-0.00302945;RO=79;SAF=14;SAR=37;SRF=20;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292551;STB=0.519106;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00694856;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:80:51:51:0.389313:37:14:20:59:37:14:20:60 chr9 90501448 . C A 1962.38 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303515;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.026;QD=59.92;RBI=0.0332678;REFB=0;REVB=0.0136209;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281066;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:131:0:0:119:131:1:55:64:0:0:56:75:0:0 chr9 90502458 . T A 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3146;QD=59.4959;RBI=0.0219796;REFB=0;REVB=-0.0219334;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190609;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr9 90502819 . T C 1048.06 PASS AF=0.610738;AO=91;DP=149;FAO=91;FDP=149;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00240688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.614;QD=28.136;RBI=0.00971609;REFB=-0.0226969;REVB=-0.00941325;RO=58;SAF=45;SAR=46;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411066;STB=0.52226;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0118159;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:58:58:91:91:0.610738:46:45:32:26:46:45:32:26 chr9 90503007 . A G 429.82 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0306233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2193;QD=22.6222;RBI=0.0399483;REFB=-0.033914;REVB=-0.0256532;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823451;STB=0.545259;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0249794;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:19:23:22:12:19:23:22:12 chr9 90503451 . G A 574.29 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0165127;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5947;QD=31.0426;RBI=0.0171142;REFB=-0.0357741;REVB=-0.00449728;RO=24;SAF=23;SAR=27;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010044;STB=0.500544;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0164525;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:24:24:50:50:0.675676:27:23:11:13:27:23:11:13 chr9 90534206 . T C 51.0 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.076706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2828;QD=1.645;RBI=0.0785572;REFB=-7.46576e-05;REVB=-0.0169537;RO=104;SAF=10;SAR=3;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221958;STB=0.646813;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00099265;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:124:124:104:111:13:13:0.104839:3:10:63:41:3:10:70:41 chr9 90588903 . C T 279.07 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0421271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1349;QD=27.2264;RBI=0.0445215;REFB=-0.0364743;REVB=0.0144038;RO=15;SAF=3;SAR=22;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261958;STB=0.673303;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0226952;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:22:3:5:10:22:3:6:10 chr9 90654517 . C G 225.64 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0309249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4185;QD=17.0291;RBI=0.0314915;REFB=-0.0277587;REVB=-0.0059469;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168664;STB=0.595271;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0329042;OID=.;OPOS=90654517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:13:15:9:16:13:15 chr9 90744786 . T A 110.45 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00953048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1394;QD=8.33554;RBI=0.011184;REFB=-0.0188987;REVB=-0.00585246;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160392;STB=0.523898;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0718986;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:38:14:15:0.283019:7:7:18:19:7:8:19:19 chr9 90746125 . G T 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00990212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.201;QD=6.68553;RBI=0.0755995;REFB=-0.00315714;REVB=0.0749482;RO=45;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209531;STB=0.630738;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00538335;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:4:11:26:19:4:11:26:19 chr9 90746806 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0207668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4134;QD=11.9533;RBI=0.0289683;REFB=-0.00505693;REVB=-0.0201966;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240651;STB=0.639715;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00403254;OID=.;OPOS=90746806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:10:1:2:6:10:1 chr9 90747137 . C G 39.9 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0456114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8963;QD=4.69451;RBI=0.0968562;REFB=-0.0146438;REVB=-0.0854443;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259107;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0755561;OID=.;OPOS=90747137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:16:11:3:4:16:11 chr9 90747509 . G C 88.79 PASS AF=0.225806;AO=12;DP=60;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0117392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4136;QD=5.72815;RBI=0.0779911;REFB=-0.00146152;REVB=0.0771025;RO=48;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562913;STB=0.542797;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0182027;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:60:62:48:48:12:14:0.225806:4:8:30:18:6:8:30:18 chr9 91619274 . G A 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0175839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.735;QD=23.5974;RBI=0.0325968;REFB=-0.000740078;REVB=-0.0274473;RO=21;SAF=20;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15178;STB=0.585292;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=8.60987e-05;OID=.;OPOS=91619274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:5:20:14:7:5:20:14:7 chr9 91652414 . A T 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0544854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.377;QD=11.2665;RBI=0.0547451;REFB=0.00281793;REVB=0.00532528;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10129;STB=0.54995;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.004172;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:11:9:19:16:11:9:19:17 chr9 91656963 . T C 1421.25 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00905918;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.576;QD=55.1944;RBI=0.0141467;REFB=0.0632061;REVB=0.0108656;RO=4;SAF=56;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326795;STB=0.517238;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=1.45145e-05;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:105:103:4:4:99:99:0.961165:43:56:4:0:43:56:4:0 chr9 91978397 . C T 270.03 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.018815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.5904;QD=20.7718;RBI=0.0361459;REFB=-0.0407019;REVB=0.0308629;RO=21;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278204;STB=0.687358;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0330509;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:24:28:28:0.538462:21:7:12:9:21:7:15:9 chr9 91978783 . G A 705.86 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=102;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0378637;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.945;QD=27.4119;RBI=0.0463652;REFB=-0.0191004;REVB=0.0267596;RO=36;SAF=31;SAR=34;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132492;STB=0.569729;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00951966;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:36:38:65:65:0.631068:34:31:10:26:34:31:11:27 chr9 93606309 . G A 838.48 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.472;QD=57.8264;RBI=0.0622719;REFB=0;REVB=0.058062;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162546;OID=.;OPOS=93606309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:50:58:1:28:22:0:0:36:22:0:0 chr9 93641151 . T C 457.41 PASS AF=0.363636;AO=56;DP=153;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00526902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.173;QD=11.8807;RBI=0.00611411;REFB=-0.000113572;REVB=-0.00310157;RO=97;SAF=33;SAR=23;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117507;STB=0.563882;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000418273;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:97:98:56:56:0.363636:23:33:47:50:23:33:48:50 chr9 94171922 . G A 144.41 PASS AF=0.173333;AO=26;DP=151;FAO=26;FDP=150;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=75;FWDB=-0.00284723;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.266;QD=3.85085;RBI=0.00414067;REFB=-0.00222393;REVB=0.0030064;RO=125;SAF=13;SAR=13;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139047;STB=0.586602;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0148024;OID=.;OPOS=94171922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:125:124:26:26:0.173333:13:13:49:76:13:13:49:75 chr9 94456643 . G C 182.78 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.013843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.729;QD=13.2934;RBI=0.0191336;REFB=-0.0187217;REVB=-0.0132085;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184081;STB=0.606227;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0297131;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:15:7:16:17:15:7:16:17 chr9 94456705 . T A 108.19 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0704897;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.3634;QD=8.83157;RBI=0.0771914;REFB=-0.0595182;REVB=0.0314597;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880921;STB=0.698007;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0434984;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:26:34:13:14:0.285714:8:5:12:14:9:5:22:12 chr9 94456714 . C T 111.38 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.012639;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.562;QD=9.90083;RBI=0.0129926;REFB=0.00270785;REVB=0.00301045;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256151;STB=0.65278;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0042778;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:33:31:13:14:0.311111:8:5:20:13:9:5:18:13 chr9 94486321 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00422545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.622;QD=12.8686;RBI=0.0161957;REFB=-0.00708453;REVB=0.0156347;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274109;STB=0.660885;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00532078;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:9:12:26:6:9:12:27:6 chr9 94486688 . G A 134.43 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0137113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.98;QD=19.2047;RBI=0.0294945;REFB=-0.0186427;REVB=-0.0261137;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343571;STB=0.672689;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0224225;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:6:8:2:11:7:8:2:11 chr9 94495607 . GT G,GC 315.16 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=4,20;DP=25;FAO=4,20;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101449,-0.0579041;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.5028,52.5907;QD=52.5266;RBI=0.106951,0.0580457;REFB=0,0;REVB=0.0338617,0.00405181;RO=1;SAF=3,9;SAR=1,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119989,-0.0484648;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00921055,0.0687428;OID=.,.;OPOS=94495608,94495608;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:4,20:25:4,20:24:0:2,10:2,10:0:0:9:1:3,9:1,11:1:0 chr9 94518328 . C T 1115.87 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.153;QD=60.3176;RBI=0.0182091;REFB=0;REVB=0.017992;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107279;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:30:44:0:0 chr9 94972916 . T A 476.91 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0324787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.475;QD=27.6469;RBI=0.0379344;REFB=-0.0232049;REVB=0.0195998;RO=25;SAF=18;SAR=26;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211636;STB=0.511528;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0105299;OID=.;OPOS=94972916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:26:18:11:14:26:18:11:14 chr9 94985637 . T C 495.46 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0173952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.141;QD=26.0768;RBI=0.017405;REFB=-0.0179097;REVB=0.000584588;RO=30;SAF=27;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639608;STB=0.53495;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0103559;OID=.;OPOS=94985637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:19:27:15:15:19:27:15:15 chr9 95076759 . G A 486.99 PASS AF=0.331522;AO=61;DP=184;FAO=61;FDP=184;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=-0.0136771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.514;QD=10.5866;RBI=0.019731;REFB=-0.00431503;REVB=-0.0142214;RO=120;SAF=24;SAR=37;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476376;STB=0.525928;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00828378;OID=.;OPOS=95076759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:120:123:61:61:0.331522:37:24:52:68:37:24:53:70 chr9 95219248 . A G 272.35 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.048639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4086;QD=13.2854;RBI=0.0494875;REFB=-0.0126068;REVB=-0.00912492;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760072;STB=0.543352;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0111442;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:17:15:27:23:17:15:27:23 chr9 95219597 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.534;QD=56.9364;RBI=0.048873;REFB=0;REVB=-0.0480843;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147464;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr9 95237024 . CTCA C 153.34 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0150871;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=3;MLLD=162.816;QD=17.5248;RBI=0.0746343;REFB=-0.0763649;REVB=-0.0730934;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788801;STB=0.519976;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.0990809;OID=.;OPOS=95237025;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:15:37:17:35:18:11:6:11:7:99:17:10:5:10:7 chr9 95277236 . TCCCCCT TCCCCTC 30.72 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=56;FAO=7;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00703141;FXX=0.0925755;HRUN=5;LEN=2;MLLD=24.5406;QD=2.50769;RBI=0.0158467;REFB=-0.0477071;REVB=-0.0142013;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26883;STB=0.70529;STBP=0.301;TYPE=mnp;VARB=0.168715;OID=.;OPOS=95277241;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:6:56:7:49:42:5:2:20:22:29:32:4:2:14:18 chr9 95284982 . T G 353.62 PASS AF=0.34375;AO=43;DP=127;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.012447;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.108;QD=11.0505;RBI=0.0178131;REFB=-0.0102445;REVB=0.0127428;RO=84;SAF=26;SAR=17;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253992;STB=0.520762;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0250797;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:84:84:43:44:0.34375:17:26:49:35:17:27:49:35 chr9 95380726 . G A 100.77 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.057841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4853;QD=8.22648;RBI=0.0683745;REFB=-0.00470547;REVB=-0.0364621;RO=35;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298228;STB=0.696539;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0114012;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:10:3:16:19:10:3:17:19 chr9 95609564 . C T 165.21 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00852615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.709;QD=7.86731;RBI=0.0210537;REFB=-0.0107165;REVB=-0.01925;RO=60;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523717;STB=0.526293;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0263848;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:60:61:23:23:0.27381:14:9:26:34:14:9:26:35 chr9 95738781 . C A 1462.7 PASS AF=0.971154;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0278647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.69;QD=56.2576;RBI=0.0368781;REFB=0.0527993;REVB=0.0241569;RO=1;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109042;STB=0.506763;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000867829;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:104:1:3:100:101:0.971154:43:57:0:1:44:57:1:2 chr9 95780465 . A G 1733.64 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.044;QD=59.7805;RBI=0.0361928;REFB=-0.135493;REVB=0.0334165;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.504064;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000295838;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:116:0:1:114:115:0.991379:60:54:0:0:61:54:0:1 chr9 95797999 . C T 687.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.329;QD=62.4727;RBI=0.0144433;REFB=0;REVB=0.010677;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71998e-05;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr9 95887320 . G T 727.63 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.643;QD=63.272;RBI=0.0626354;REFB=0;REVB=0.0290359;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462439;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr9 95993170 . A G 1596.6 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.786;QD=63.8641;RBI=0.0604263;REFB=0;REVB=0.0423801;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37007e-05;OID=.;OPOS=95993170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:45:53:0:0:46:54:0:0 chr9 96051319 . G GC 45.57 PASS AF=0.133333;AO=21;DP=124;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=83;FSRR=21;FWDB=-0.0503956;FXX=0.0551138;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.75;QD=1.51914;RBI=0.0924322;REFB=-0.00177539;REVB=-0.0774855;RO=99;SAF=3;SAR=18;SRF=84;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.746582;STB=0.944095;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=-0.0253685;OID=.;OPOS=96051320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:21:124:16:120:104:2:14:83:21:45:99:3:18:84:15 chr9 96051521 . A G 481.36 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.196;QD=58.3471;RBI=0.0379103;REFB=0;REVB=0.00610966;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108537;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr9 96055063 . C T 755.89 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.431;QD=61.7055;RBI=0.108716;REFB=-0.0301361;REVB=0.0398267;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514583;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:49:0:0:46:49:1:25:21:0:0:26:23:0:0 chr9 96097673 . G A 585.65 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.135;QD=60.0666;RBI=0.0689548;REFB=0;REVB=0.0482717;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203267;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:31:39:1:14:17:0:0:18:21:0:0 chr9 96209943 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00264568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.138;QD=12.0846;RBI=0.023652;REFB=-0.0127212;REVB=-0.0235036;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358301;STB=0.658325;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0313495;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:15:16:0.347826:3:12:15:14:4:12:16:14 chr9 96214928 . G A 115.21 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00930339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.71;QD=19.2016;RBI=0.043891;REFB=-0.0233336;REVB=0.0428937;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.574349;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0249047;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:24:11:11:11:13:0.541667:7:4:5:6:9:4:5:6 chr9 96439007 . G T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.797;QD=8.69159;RBI=0.0252942;REFB=-0.0153664;REVB=0.0252942;RO=17;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401937;OID=.;OPOS=96439007;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:8:0:0:17:8:0:0:17 chr9 96439019 . C A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.978;QD=5.68926;RBI=0.000769196;REFB=-0.0190309;REVB=-0.000769196;RO=19;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0477265;OID=.;OPOS=96439019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:6:0:0:19:6:0:0:19 chr9 96441555 . C T 276.54 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.057526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.213;QD=10.7395;RBI=0.0680249;REFB=-0.00805565;REVB=-0.0363064;RO=67;SAF=29;SAR=6;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438523;STB=0.754064;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0262735;OID=.;OPOS=96441555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:68:35:35:0.339806:6:29:33:34:6:29:34:34 chr9 96714491 . C G 244.4 PASS AF=0.545455;AO=25;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.030863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8493;QD=22.2178;RBI=0.0338667;REFB=-0.0388339;REVB=-0.0139438;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545799;STB=0.568126;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.10988;OID=.;OPOS=96714491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:15:20:25:24:0.545455:13:12:6:9:12:12:7:13 chr9 97055376 . G A 300.95 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0053264;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.684;QD=14.3308;RBI=0.0359729;REFB=-0.0430818;REVB=0.0355764;RO=49;SAF=23;SAR=11;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963799;STB=0.562653;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0474335;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:50:34:34:0.404762:11:23:29:20:11:23:29:21 chr9 97062295 . C T 366.29 PASS AF=0.527778;AO=29;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0127883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3809;QD=20.3493;RBI=0.0655214;REFB=-0.0153184;REVB=0.0642612;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153793;STB=0.531918;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0306152;OID=.;OPOS=97062295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:29:38:0.527778:18:11:8:26:27:11:8:26 chr9 97080944 . GAGA G 492.83 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204257;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.056;QD=57.9795;RBI=0.0257008;REFB=0;REVB=-0.0155987;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000121183;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:34:34:34:0:13:21:0:0:4:0:13:19:0:0 chr9 97203375 . T G 155.08 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0101726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.352;QD=7.56478;RBI=0.0114557;REFB=-0.0203043;REVB=-0.00526796;RO=60;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217667;STB=0.629183;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0982068;OID=.;OPOS=97203375;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:12:10:17:43:12:10:17:43 chr9 97349666 . C G 461.45 PASS AF=0.644068;AO=36;DP=60;FAO=38;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000470728;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.381;QD=31.2846;RBI=0.00877768;REFB=-0.0379967;REVB=0.00876504;RO=11;SAF=25;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116047;STB=0.534228;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00764176;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:59:11:14:36:38:0.644068:11:25:5:6:12:26:8:6 chr9 97365720 . T C 744.98 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.219;QD=63.4023;RBI=0.0188759;REFB=0;REVB=0.00522867;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0803e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:16:31:0:0 chr9 97369149 . C T 1105.86 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0807738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9155;QD=57.4472;RBI=0.0812523;REFB=-0.0610615;REVB=-0.00880571;RO=2;SAF=37;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000327513;STB=0.500173;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000867515;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:38:37:1:1:38:37:1:1 chr9 97768286 . T C 1057.31 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185226;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.241;QD=57.152;RBI=0.0274175;REFB=-0.103671;REVB=0.0202146;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000378919;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:0:2:72:72:0.972973:34:38:0:0:34:38:2:0 chr9 97849090 . A G 712.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973793;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.462;QD=63.3105;RBI=0.0103598;REFB=0;REVB=-0.00353536;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229926;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr9 98218474 . G GC 93.4 PASS AF=0.238938;AO=26;DP=115;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0590204;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8404;QD=3.30608;RBI=0.0608807;REFB=-0.00879222;REVB=-0.0149351;RO=88;SAF=15;SAR=11;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400903;STB=0.506953;STBP=0.961;TYPE=ins;VARB=0.0281764;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238938:26:115:27:113:86:15:12:47:39:93:88:15:11:48:40 chr9 98238358 . G A 325.8 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0199153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8302;QD=11.044;RBI=0.0439847;REFB=0.000628728;REVB=-0.0392178;RO=76;SAF=22;SAR=19;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332932;STB=0.522925;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00223654;OID=.;OPOS=98238358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:77:41:41:0.347458:19:22:43:33:19:22:44:33 chr9 98638288 . A G 1327.35 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019052;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.741;QD=62.4638;RBI=0.00196903;REFB=0;REVB=0.000497287;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55354e-06;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:28:56:0:0:29:56:0:0 chr9 98729382 . A C 1283.35 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0168;QD=61.848;RBI=0.0558267;REFB=0;REVB=0.00439787;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262237;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:48:34:0:0:49:34:0:0 chr9 98997810 . C T 1193.96 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286119;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.17;QD=61.2289;RBI=0.0362455;REFB=0;REVB=0.0222507;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31885e-07;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr9 99015137 . G A 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00240559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.459;QD=61.1817;RBI=0.0148975;REFB=-0.118705;REVB=-0.014702;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-5.20135e-05;OID=.;OPOS=99015137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:21:26:0:0:21:26:0:1 chr9 99699485 . G C 297.04 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0494678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3512;QD=36.005;RBI=0.0993201;REFB=-0.0424088;REVB=-0.0861245;RO=8;SAF=22;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523415;STB=0.502855;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112044;OID=.;OPOS=99699485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:3:22:7:1:3:22:7:1 chr9 99721105 . AT AA,A 32.01 PASS AF=0.148148,0.222222;AO=4,3;DP=24;FAO=4,6;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1;FSAR=4,5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.100948,0.196208;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=12.3926,7.34072;QD=4.74174;RBI=0.131726,0.19626;REFB=-0.0418292,-0.0628625;REVB=0.0846234,-0.00451732;RO=13;SAF=0,1;SAR=4,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.713165,-0.300774;STB=0.99786,0.865562;STBP=0.01,0.07;TYPE=snp,del;VARB=-0.127514,-0.0805031;OID=.,.;OPOS=99721106,99721106;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.148148,0.222222:4,3:24:4,6:27:17:0,1:4,5:12:5:14:13:0,1:4,2:8:5 chr9 100071728 . G A 751.85 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.096847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3359;QD=21.0308;RBI=0.0983278;REFB=0.00743024;REVB=0.0170005;RO=65;SAF=48;SAR=25;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238382;STB=0.615352;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00585692;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:70:73:73:0.51049:25:48:25:40:25:48:30:40 chr9 100074446 . C T 297.31 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0708802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.454;QD=21.2366;RBI=0.071873;REFB=-0.0386412;REVB=-0.0119046;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105774;STB=0.557484;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0328107;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:30:31:0.553571:21:9:10:14:21:10:11:14 chr9 100087345 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0429257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.656;QD=18.1542;RBI=0.0575217;REFB=-0.0130234;REVB=-0.0382901;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347428;STB=0.519732;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0153353;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:14:11:10:11:14:11 chr9 100105735 . T C 689.08 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0185908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.325;QD=26.7604;RBI=0.0188079;REFB=-0.0288989;REVB=-0.00284916;RO=38;SAF=40;SAR=24;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334035;STB=0.524289;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0124146;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:39:64:64:0.621359:24:40:22:16:24:40:22:17 chr9 100122291 . T C 615.9 PASS AF=0.548673;AO=60;DP=111;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0153095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8174;QD=21.8019;RBI=0.0178079;REFB=-0.00520194;REVB=0.00909624;RO=50;SAF=30;SAR=30;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504423;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00562901;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:50:51:60:62:0.548673:30:30:25:25:31:31:26:25 chr9 100139161 . A G 199.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0473626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8844;QD=19.9591;RBI=0.0560757;REFB=0.0219475;REVB=0.030021;RO=20;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806025;STB=0.545823;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0242263;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:17:3:4:16:17:3:4:16 chr9 100190780 . A G 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0173134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.521;QD=19.9054;RBI=0.0176978;REFB=0.00441259;REVB=-0.00366871;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159845;STB=0.58882;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00510741;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:13:18:11:17:13:18:11:17 chr9 100194406 . T C 783.09 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.00341889;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.13;QD=24.6644;RBI=0.0109662;REFB=-0.0155212;REVB=0.0104196;RO=54;SAF=39;SAR=34;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104765;STB=0.556996;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0123509;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:54:54:73:73:0.574803:34:39:36:18:34:39:36:18 chr9 100388119 . G T 1175.78 PASS AF=0.565445;AO=108;DP=191;FAO=108;FDP=191;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00369074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.483;QD=24.6238;RBI=0.0038823;REFB=-0.00405446;REVB=0.00120443;RO=83;SAF=48;SAR=60;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108125;STB=0.505881;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0032024;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:83:83:108:108:0.565445:60:48:38:45:60:48:38:45 chr9 100616583 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.016;QD=55.0953;RBI=0.0157812;REFB=0;REVB=0.0151166;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106874;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr9 100617375 . T C 2319.35 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208779;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.25;QD=63.544;RBI=0.0131942;REFB=0;REVB=0.013028;RO=0;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116697;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:146:0:0:143:146:1:57:86:0:0:59:87:0:0 chr9 100617433 . A C 263.19 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0258783;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0158;QD=9.57067;RBI=0.0276471;REFB=-0.0108165;REVB=0.00973018;RO=74;SAF=22;SAR=13;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581379;STB=0.539487;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0232089;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:74:75:35:35:0.318182:13:22:43:31:13:22:43:32 chr9 100617479 . G T 393.3 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.030039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.87;QD=22.474;RBI=0.0301408;REFB=-0.0143117;REVB=0.00247533;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342113;STB=0.518837;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0142252;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:18:21:18:13:18:21:18:13 chr9 100617583 . T C 325.89 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00408606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.554;QD=22.8697;RBI=0.00826408;REFB=-0.0023708;REVB=0.00718325;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646982;STB=0.541376;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00211434;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:16:16:14:10:17:16:14:10 chr9 100617901 . G C 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0242815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5645;QD=21.0071;RBI=0.0313995;REFB=0.0302496;REVB=-0.0199082;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338478;STB=0.518784;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0256592;OID=.;OPOS=100617901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:12:18:14:11:12:18:14:11 chr9 100617949 . T C 310.94 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.014963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6681;QD=16.5832;RBI=0.0234788;REFB=-0.000478367;REVB=0.0180932;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622254;STB=0.523916;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000905547;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:41:33:34:0.453333:13:20:26:13:13:21:27:14 chr9 100618578 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0253891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2933;QD=10.1415;RBI=0.0303236;REFB=-0.0167186;REVB=-0.0165806;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157864;STB=0.594443;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0321562;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:9:16:6:6:9:16 chr9 100672338 . C T 227.48 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0103511;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.22;QD=19.7812;RBI=0.049935;REFB=-0.00182864;REVB=-0.0488503;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19324;STB=0.608601;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00138642;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:17:7:11:11:17:7 chr9 100675816 . A G 159.58 PASS AF=0.30137;AO=21;DP=74;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0101312;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.376;QD=8.74402;RBI=0.0209359;REFB=0.00128352;REVB=0.0183213;RO=48;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344837;STB=0.697179;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00569637;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:51:21:22:0.30137:9:12:13:35:10:12:13:38 chr9 100684719 . A C 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.00107325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.12;QD=8.55715;RBI=0.0281794;REFB=-0.00119271;REVB=-0.028159;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238937;STB=0.640205;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00324655;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:10:11:36:14:10:11:36:14 chr9 100684757 . A G 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0209366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.427;QD=8.43611;RBI=0.0533001;REFB=-0.0148327;REVB=-0.0490159;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240932;STB=0.646924;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0343946;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:48:20:20:0.294118:10:10:33:14:10:10:34:14 chr9 100819192 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5212;QD=48.7372;RBI=0.00936967;REFB=0;REVB=-0.00606132;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70921e-05;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr9 100823084 . T C 1607.31 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.202;QD=60.0862;RBI=0.0389042;REFB=0;REVB=0.0383662;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97326e-05;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:50:56:0:0:51:56:0:0 chr9 100843417 . A G 1207.87 PASS AF=1;AO=72;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.076;QD=59.6481;RBI=0.0602078;REFB=0;REVB=0.0598822;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348265;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:72:81:1:42:30:0:0:50:31:0:0 chr9 100854763 . C CG 270.65 PASS AF=1;AO=10;DP=74;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11542;FXX=0.378327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.3761;QD=23.5346;RBI=0.116028;REFB=0;REVB=-0.0118617;RO=62;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00769238;OID=.;OPOS=100854764;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:74:46:46:0:4:42:0:0:7:62:7:3:10:52 chr9 100854765 . C G 1077.07 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.154;QD=57.4436;RBI=0.0679864;REFB=-0.137656;REVB=0.0367069;RO=2;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175133;STB=0.504586;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00101701;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:2:1:72:74:0.986667:53:19:0:2:54:20:0:1 chr9 101340301 . A C 481.6 PASS AF=0.346821;AO=60;DP=173;FAO=60;FDP=173;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.00224442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.649;QD=11.1352;RBI=0.0227293;REFB=-0.00823888;REVB=-0.0226182;RO=111;SAF=29;SAR=31;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751092;STB=0.54834;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0148513;OID=.;OPOS=101340301;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:111:113:60:60:0.346821:31:29:61:50:31:29:63:50 chr9 101518753 . G A 976.48 PASS AF=0.570552;AO=93;DP=163;FAO=93;FDP=163;FR=.;FRO=70;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0111836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9032;QD=23.9628;RBI=0.064249;REFB=-0.00562746;REVB=0.0632682;RO=70;SAF=60;SAR=33;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384111;STB=0.520918;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00305734;OID=.;OPOS=101518753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:70:70:93:93:0.570552:33:60:42:28:33:60:42:28 chr9 101533220 . C T 899.25 PASS AF=0.934211;AO=61;DP=75;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0370831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.202;QD=47.3288;RBI=0.055571;REFB=-0.0130649;REVB=0.0413881;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525238;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00329198;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:76:0:5:61:71:0.934211:37:24:0:0:41:30:4:1 chr9 101748234 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0187457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.805;QD=25.6505;RBI=0.0206705;REFB=-0.02459;REVB=0.00871027;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.571372;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0166503;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:11:7:14:11:11:7 chr9 101765841 . C T 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00196368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.003;QD=17.3238;RBI=0.0151698;REFB=-0.0113061;REVB=0.0150422;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176508;STB=0.5185;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0126511;OID=.;OPOS=101765841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:13:7:8:16:13:7:8:17 chr9 101767315 . G A 391.06 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00856321;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.411;QD=29.5141;RBI=0.0114364;REFB=-0.0413905;REVB=0.00758044;RO=14;SAF=11;SAR=25;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11229;STB=0.598575;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.030003;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:14:17:36:36:0.679245:25:11:7:7:25:11:10:7 chr9 101778265 . G T 232.6 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0250737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.284;QD=10.5729;RBI=0.0256255;REFB=-0.0025687;REVB=-0.00528911;RO=58;SAF=16;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199053;STB=0.517746;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00619629;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:59:29:29:0.329545:13:16:31:27:13:16:31:28 chr9 101784438 . A G 1015.85 PASS AF=0.577381;AO=95;DP=166;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0206968;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.564;QD=24.1869;RBI=0.02096;REFB=-0.0298465;REVB=-0.00331174;RO=67;SAF=49;SAR=46;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634631;STB=0.513883;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0245308;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:67:71:95:97:0.577381:46:49:34:33:46:51:35:36 chr9 101822220 . C T 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00546555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.439;QD=20.4043;RBI=0.00885001;REFB=-0.0145757;REVB=0.00696063;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861612;STB=0.547787;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0120386;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:16:12:17:15:16:12 chr9 101831995 . G A 360.22 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00995274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6172;QD=32.0197;RBI=0.0250715;REFB=0.0234911;REVB=0.0230114;RO=15;SAF=22;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534564;STB=0.529164;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0114562;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:8:22:12:3:8:22:12:3 chr9 101947879 . ATGT A 667.82 PASS AF=0.52;AO=66;DP=134;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00919586;FXX=0.0671592;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.534;QD=21.3702;RBI=0.00935757;REFB=0.00377177;REVB=0.00173214;RO=50;SAF=52;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193233;STB=0.61065;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=-0.00279621;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:66:134:65:125:60:50:15:35:25:99:50:52:14:30:20 chr9 102067887 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.439;QD=33.4239;RBI=0.0491416;REFB=0;REVB=0.0425398;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566369;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 102068344 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6652;QD=43.4828;RBI=0.0568651;REFB=0;REVB=0.0208814;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154997;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:1:0:11:12:1:9:2:0:1:10:2:0:0 chr9 102068770 . T C 440.54 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0388955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.489;QD=19.7996;RBI=0.0402667;REFB=-0.0438158;REVB=-0.0104186;RO=44;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163024;STB=0.595497;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0397512;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:25:19:27:17:25:19:28:17 chr9 102068832 . G A 2787.21 PASS AF=0.978378;AO=171;DP=175;FAO=181;FDP=185;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.109054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5102;QD=60.264;RBI=0.12809;REFB=-0.083347;REVB=0.0671888;RO=2;SAF=88;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106933;STB=0.50006;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0123866;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:175:185:2:4:171:181:0.978378:83:88:2:0:90:91:2:2 chr9 102713580 . G A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.931;QD=58.7804;RBI=0.0360886;REFB=0;REVB=0.00722021;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100437;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr9 102732237 . T C 631.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.703;QD=61.5918;RBI=0.0603674;REFB=0;REVB=-0.018884;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139488;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr9 103060386 . T G 2334.15 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9405;QD=61.0236;RBI=0.0336615;REFB=0;REVB=0.00677747;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015849;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:78:75:0:0:78:75:0:0 chr9 103064530 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.709;QD=60.6079;RBI=0.00415934;REFB=0;REVB=-0.00352114;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12162e-05;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr9 104124393 . T C 262.89 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0626612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.924;QD=12.6695;RBI=0.0684216;REFB=-0.00813075;REVB=0.0274789;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191604;STB=0.510995;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0123475;OID=.;OPOS=104124393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:12:19:31:21:12:19:31:21 chr9 104133628 . C T 149.6 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.000195038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.04;QD=23.0157;RBI=0.0521919;REFB=-0.035639;REVB=0.0521915;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323641;STB=0.666495;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00686682;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:15:16:0.615385:9:6:0:10:10:6:0:10 chr9 104335682 . C T 565.91 PASS AF=0.360215;AO=67;DP=188;FAO=67;FDP=186;FR=.;FRO=119;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.0027024;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.333;QD=12.1701;RBI=0.00347554;REFB=-0.00111164;REVB=0.0021855;RO=118;SAF=41;SAR=26;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146292;STB=0.580826;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00197712;OID=.;OPOS=104335682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:118:119:67:67:0.360215:26:41:57:61:26:41:58:61 chr9 104385712 . A G 132.39 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0171197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.191;QD=9.99174;RBI=0.0235;REFB=-0.00213163;REVB=0.0160987;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31909;STB=0.697752;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00609825;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:12:5:20:15:12:5:21:15 chr9 104449063 . C T 825.6 PASS AF=0.584615;AO=76;DP=129;FAO=76;FDP=130;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0397756;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.971;QD=25.4031;RBI=0.0423272;REFB=-0.0153903;REVB=-0.014474;RO=52;SAF=45;SAR=31;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331217;STB=0.516227;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0114161;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:52:54:76:76:0.584615:31:45:33:19:31:45:34:20 chr9 104499575 . T C 1085.55 PASS AF=0.632258;AO=98;DP=155;FAO=98;FDP=155;FR=.;FRO=57;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0190216;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1838;QD=28.0141;RBI=0.0436894;REFB=0.00999483;REVB=-0.0393312;RO=55;SAF=52;SAR=46;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221167;STB=0.511379;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00544401;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:55:57:98:98:0.632258:46:52:31:24:46:52:32:25 chr9 105340650 . C A 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.02734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.333;QD=12.9077;RBI=0.0289124;REFB=-0.0176109;REVB=-0.00940489;RO=53;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225063;STB=0.629131;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.027746;OID=.;OPOS=105340650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:21:11:29:24:21:11:29:24 chr9 105340677 . G A 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0186896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.163;QD=14.1786;RBI=0.0208083;REFB=-0.00130624;REVB=0.0091479;RO=52;SAF=11;SAR=24;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244455;STB=0.645076;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00255666;OID=.;OPOS=105340677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:53:35:35:0.397727:24:11:28:24:24:11:29:24 chr9 105405415 . G A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.805;QD=60.5097;RBI=0.0288039;REFB=-0.0128005;REVB=0.00810531;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000407731;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr9 105405434 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00257211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.921;QD=13.0887;RBI=0.00922989;REFB=-0.0014558;REVB=-0.00886425;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19185;STB=0.612857;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00270588;OID=.;OPOS=105405434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:13:14:11:5:13:14 chr9 105780618 . G A 3514.08 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7366;QD=62.7515;RBI=0.0798957;REFB=0;REVB=0.0536584;RO=0;SAF=108;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294001;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:224:0:0:223:224:1:115:108:0:0:116:108:0:0 chr9 106896809 . G A 1803.08 PASS AF=0.452381;AO=190;DP=420;FAO=190;FDP=420;FR=.;FRO=230;FSAF=81;FSAR=109;FSRF=90;FSRR=140;FWDB=-0.00345613;FXX=0.00237524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.402;QD=17.1722;RBI=0.00509729;REFB=-0.008869;REVB=-0.00374668;RO=228;SAF=81;SAR=109;SRF=88;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041051;STB=0.51971;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0097363;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:420:228:230:190:190:0.452381:109:81:88:140:109:81:90:140 chr9 107266596 . T C 401.76 PASS AF=0.465116;AO=38;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0159978;FXX=0.0227247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.189;QD=18.6865;RBI=0.020907;REFB=-0.0269938;REVB=-0.01346;RO=35;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805671;STB=0.602242;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0231064;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:35:43:38:40:0.465116:13:25:20:15:13:27:21:22 chr9 107266774 . C G 606.09 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00124736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.438;QD=27.2399;RBI=0.00294346;REFB=-0.0445399;REVB=0.00266609;RO=35;SAF=25;SAR=29;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025011;STB=0.513622;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.02889;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:29:25:15:20:29:25:15:20 chr9 107266844 . A G 360.89 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0421476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.861;QD=20.3321;RBI=0.0428151;REFB=-0.0180385;REVB=-0.0075307;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265965;STB=0.526302;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0200234;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:34:37:37:0.521127:22:15:12:20:22:15:12:22 chr9 107266943 . G A 242.35 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00689835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.318;QD=14.9141;RBI=0.0284798;REFB=-0.0147058;REVB=-0.0276317;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041179;STB=0.523358;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0184481;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:11:17:21:16:11:17:21:16 chr9 107267304 . C T 1150.65 PASS AF=0.586592;AO=105;DP=182;FAO=105;FDP=179;FR=.;FRO=74;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0247537;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1801;QD=25.7127;RBI=0.0470427;REFB=-0.0127717;REVB=-0.0400034;RO=73;SAF=55;SAR=50;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851688;STB=0.543274;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00822712;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:179:73:74:105:105:0.586592:50:55:30:43:50:55:31:43 chr9 107331504 . C A 1553.23 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.286;QD=62.7568;RBI=0.0184431;REFB=-0.0237007;REVB=-0.0130062;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886572;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=3.7321e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:53:45:0:1:53:45:0:1 chr9 107360767 . GGT GG,G 1031.4 PASS AF=1,0;AO=48,12;DP=70;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706298,0.0546326;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=191.739,174.482;QD=58.937;RBI=0.0730856,0.0551703;REFB=0,0;REVB=0.0187866,0.00768417;RO=0;SAF=15,7;SAR=33,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000726656,0;OID=.,.;OPOS=107360769,107360768;OREF=T,GT;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:48,12:70:70,0:70:0:28,0:42,0:0:0:6:0:15,7:33,5:0:0 chr9 107360826 . A G 1162.58 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8531;QD=58.1289;RBI=0.0215243;REFB=-0.142006;REVB=-6.23738e-05;RO=2;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205715;STB=0.510867;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00153872;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:2:2:78:78:0.975:45:33:0:2:45:33:0:2 chr9 107360851 . T C 1403.21 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109887;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.309;QD=60.3531;RBI=0.0733886;REFB=-0.0136182;REVB=0.0725613;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501073;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00206896;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:0:2:90:91:0.978495:49:41:0:0:50:41:1:1 chr9 107360922 . A G 1641.4 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.16;QD=60.2349;RBI=0.0187442;REFB=0;REVB=-0.0184941;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83302e-05;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr9 107361111 . T C 406.18 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0193681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.125;QD=19.8135;RBI=0.033049;REFB=-0.0146819;REVB=0.026779;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328967;STB=0.524422;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0135032;OID=.;OPOS=107361111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:19:21:23:18:20:21:23:18 chr9 107361129 . C T 1215.01 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225477;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4305;QD=61.5197;RBI=0.0254095;REFB=0;REVB=-0.0117151;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605897;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr9 107361439 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.342;QD=35.5758;RBI=0.056655;REFB=0;REVB=0.0184599;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826511;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr9 107361599 . G C 1043.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7673;QD=59.6221;RBI=0.0306891;REFB=0;REVB=0.0220527;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60551e-06;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr9 107361710 . G A 2027.24 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.626;QD=62.3765;RBI=0.0250631;REFB=0;REVB=-0.00322276;RO=0;SAF=51;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64644e-05;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:79:51:0:0:79:51:0:0 chr9 107367008 . T C 1375.92 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=103;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00608803;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.647;QD=53.9577;RBI=0.0254663;REFB=-0.050083;REVB=0.0247279;RO=2;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034608;STB=0.509456;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00244172;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:102:2:5:97:97:0.95098:40:57:1:1:40:57:2:3 chr9 107367390 . GATGTTA GA,GAT 712.29 PASS AF=0,1;AO=14,34;DP=51;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403102,0.0570259;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=256.667,278.98;QD=56.9835;RBI=0.0478516,0.06359;REFB=0,0;REVB=0.0257849,0.0281377;RO=0;SAF=14,24;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000200277;OID=.,.;OPOS=107367391,107367393;OREF=ATGTT,GTTA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:14,34:51:0,50:50:0:0,39:0,11:0:0:4:0:14,24:0,10:0:0 chr9 107367431 . A T 368.37 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6749;QD=54.5733;RBI=0.0233089;REFB=0;REVB=-0.0114643;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131311;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:5:21:0:0:5:22:0:0 chr9 107367612 . C T 682.96 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.77;QD=52.5357;RBI=0.0281577;REFB=-0.0256762;REVB=0.0241201;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044017;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000900042;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:22:28:1:1:22:28:1:1 chr9 107367664 . AGC A 304.5 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251018;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.758;QD=52.9568;RBI=0.0371455;REFB=0;REVB=0.0273805;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000224448;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:23:23:0:13:10:0:0:4:0:10:10:0:0 chr9 107367841 . A T 1567.69 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.591;QD=63.9872;RBI=0.0237291;REFB=0;REVB=0.023548;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55807e-05;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr9 107380177 . A G 687.88 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0396551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.284;QD=50.9542;RBI=0.0514296;REFB=-0.178572;REVB=0.0327487;RO=2;SAF=22;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408952;STB=0.531902;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00236406;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:54:54:2:3:51:51:0.944444:29:22:2:0:29:22:3:0 chr9 107380215 . T A 591.67 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00235294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.553;QD=56.3492;RBI=0.0413401;REFB=-0.0701936;REVB=0.041273;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390505;STB=0.520823;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000748886;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:2:0:17:23:2:0 chr9 107380414 . C A 1141.65 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316632;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8289;QD=58.5464;RBI=0.0450732;REFB=-0.0413608;REVB=0.0320785;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000877884;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:76:77:0.987179:45:31:0:0:46:31:0:1 chr9 107456933 . C T 314.6 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0317571;FXX=0.0759398;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.932;QD=17.2381;RBI=0.0317603;REFB=-0.0303876;REVB=-0.000452206;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617196;STB=0.50347;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0266201;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:24:16:13:20:24:16 chr9 107457275 . A C 218.14 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00445378;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.534;QD=11.3319;RBI=0.0232722;REFB=-0.00281604;REVB=0.0228421;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937679;STB=0.542742;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00470503;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:26:27:0.350649:12:14:31:19:12:15:31:19 chr9 107457332 . C T 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0471126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7505;QD=9.33344;RBI=0.0498193;REFB=-0.00305913;REVB=-0.0161975;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115958;STB=0.507031;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00578752;OID=.;OPOS=107457332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:17:14:6:7:17:14 chr9 107457532 . C T 465.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0894;QD=58.1252;RBI=0.0327845;REFB=0;REVB=-0.0326258;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715142;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr9 107457725 . G A 518.92 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00431001;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.779;QD=30.9802;RBI=0.0105178;REFB=-0.0299234;REVB=0.00959414;RO=21;SAF=19;SAR=27;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009245;STB=0.505008;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0127811;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:21:21:46:46:0.686567:27:19:9:12:27:19:9:12 chr9 107510145 . G C 81.28 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0696301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.6578;QD=9.85179;RBI=0.0707619;REFB=-0.0118431;REVB=0.0126053;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.563101;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0313856;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:10:12:7:4:10:12 chr9 107515214 . G A 553.26 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=167;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.00293338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.02;QD=13.2517;RBI=0.0173886;REFB=-0.012929;REVB=-0.0171394;RO=102;SAF=32;SAR=33;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341332;STB=0.519264;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0240547;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:102:102:65:65:0.389222:33:32:47:55:33:32:47:55 chr9 107533159 . A G 558.07 PASS AF=0.383721;AO=65;DP=167;FAO=66;FDP=172;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.111684;FXX=0.022726;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5734;QD=12.9785;RBI=0.120209;REFB=-0.0144592;REVB=-0.0444639;RO=98;SAF=30;SAR=35;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736965;STB=0.541859;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0160418;OID=.;OPOS=107533159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:98:106:65:66:0.383721:35:30:52:46:35:31:57:49 chr9 107586753 . T C 1320.8 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.568;QD=62.1553;RBI=0.035533;REFB=0;REVB=0.0354508;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51626e-05;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr9 107591272 . G T 1539.14 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355096;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.232;QD=62.822;RBI=0.0356114;REFB=0;REVB=-0.00269114;RO=1;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5147e-06;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:1:0:95:98:1:56:39:0:1:59:39:0:0 chr9 107620867 . C T 718.52 PASS AF=0.560976;AO=68;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0439268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6118;QD=23.3666;RBI=0.0440899;REFB=-0.0127762;REVB=0.00378935;RO=55;SAF=32;SAR=36;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120214;STB=0.558123;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00706215;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:54:68:69:0.560976:36:32:34:21:36:33:33:21 chr9 107624029 . C T 2160.58 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883733;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.329;QD=63.0827;RBI=0.0531849;REFB=0;REVB=0.0524455;RO=0;SAF=78;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89225e-05;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:135:137:1:57:78:0:0:58:79:0:0 chr9 108152199 . G A 856.31 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.56;QD=56.1515;RBI=0.0218556;REFB=-0.16212;REVB=0.0105238;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=2.40274e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:32:28:0:0:32:28:0:1 chr9 108425267 . C T 756.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143061;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.903;QD=57.0865;RBI=0.0302925;REFB=0;REVB=0.0302587;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277416;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr9 108536426 . ATTTTTC AATTTTC,ATTTTC,ATTTTCT 602.94 PASS AF=0.02,0.98,0;AO=2,41,2;DP=50;FAO=1,49,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887648,0.17588,0.0404768;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=6.98023,15.7464,7.45627;QD=48.2354;RBI=0.113241,0.214806,0.103699;REFB=0,0,0;REVB=-0.0703152,-0.12332,-0.0954731;RO=3;SAF=1,15,2;SAR=1,26,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.473628,-0.0850202,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0665801,0.0016797,0;OID=.,.,.;OPOS=108536427,108536427,108536431;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=AATTTTC,ATTTTC,ATTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98,0:2,41,2:50:1,49,0:50:0:1,20,0:0,29,0:0:0:4:3:1,15,2:1,26,0:3:0 chr9 109622659 . G A 666.23 PASS AF=0.430233;AO=68;DP=174;FAO=74;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0106088;FXX=0.0171419;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.64;QD=15.4937;RBI=0.0106126;REFB=-0.0210852;REVB=-0.000284554;RO=68;SAF=36;SAR=32;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132809;STB=0.505275;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0219099;OID=.;OPOS=109622659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:68:96:68:74:0.430233:32:36:26:42:34:40:51:45 chr9 110425506 . A T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0178829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.807;QD=19.156;RBI=0.0191876;REFB=-0.015397;REVB=-0.00695441;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132566;STB=0.575149;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0139299;OID=.;OPOS=110425506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:12:11:13:8:12:11 chr9 111618309 . T C 775.52 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0294163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9762;QD=54.4222;RBI=0.0294774;REFB=0.0383052;REVB=-0.00189813;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00433252;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:27:28:0:1:27:29:0:1 chr9 111618602 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2205;QD=57.2357;RBI=0.0352487;REFB=0;REVB=-0.00794661;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148299;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr9 111618926 . A G 1807.78 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160267;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.607;QD=61.2807;RBI=0.0237662;REFB=0;REVB=0.0175492;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140738;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:59:58:0:0:60:58:0:0 chr9 111625913 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.604;QD=59.1423;RBI=0.0138698;REFB=0;REVB=0.010605;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82877e-05;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr9 111653574 . C G 2601.22 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4282;QD=61.9338;RBI=0.0236229;REFB=0;REVB=0.000507907;RO=0;SAF=89;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45495e-05;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:78:89:0:0:78:90:0:0 chr9 111688828 . C T 500.14 PASS AF=0.621622;AO=45;DP=73;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0191168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.047;QD=27.0345;RBI=0.0257643;REFB=-0.0152165;REVB=0.0172727;RO=28;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234861;STB=0.508232;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00902573;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:28:28:45:46:0.621622:24:21:14:14:24:22:14:14 chr9 111727670 . C G 170.04 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00217355;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2466;QD=13.8811;RBI=0.0626326;REFB=-6.83402e-05;REVB=0.0625949;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106561;STB=0.545407;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000123133;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:30:19:19:0.387755:10:9:10:17:10:9:12:18 chr9 111754288 . T C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.36;QD=59.5371;RBI=0.0272971;REFB=-0.0351501;REVB=0.00662729;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=9.8518e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:1:0:39:39:1:0 chr9 111755008 . C T 171.24 PASS AF=0.306667;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0266749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.898;QD=9.13289;RBI=0.0363855;REFB=-0.0213906;REVB=-0.0247459;RO=52;SAF=12;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146062;STB=0.525007;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.038093;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:52:52:22:23:0.306667:10:12:29:23:11:12:29:23 chr9 111781779 . T C 234.88 PASS AF=0.292035;AO=32;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00566331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.793;QD=8.31429;RBI=0.0491606;REFB=-0.00288969;REVB=0.0488333;RO=80;SAF=19;SAR=13;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143631;STB=0.593255;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0101198;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:80:32:33:0.292035:13:19:38:42:13:20:38:42 chr9 111781789 . A G 871.01 PASS AF=0.707547;AO=74;DP=106;FAO=75;FDP=106;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00672727;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.265;QD=32.8685;RBI=0.0159287;REFB=0.00090013;REVB=0.0144384;RO=29;SAF=35;SAR=39;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593274;STB=0.529404;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0015976;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:29:31:74:75:0.707547:39:35:17:12:39:36:18:13 chr9 111782670 . G A 103.06 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.111498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5022;QD=9.58725;RBI=0.111596;REFB=-0.0226336;REVB=0.00465987;RO=30;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363797;STB=0.726012;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0703871;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:11:2:12:18:11:2:12:18 chr9 111868885 . G A 197.42 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00709714;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.519;QD=17.9474;RBI=0.0156173;REFB=-0.029675;REVB=-0.0139115;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165835;STB=0.594901;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0324626;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:13:11:6:14:13:11 chr9 111881927 . T C 42.65 PASS AF=0.205882;AO=8;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0822306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.025;QD=5.01726;RBI=0.0901029;REFB=-0.00425138;REVB=-0.0368329;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309225;STB=0.635956;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0113963;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:24:27:8:7:0.205882:6:2:12:12:5:2:12:15 chr9 111945049 . T G 2073.38 PASS AF=0.992647;AO=123;DP=128;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0932564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6995;QD=60.9818;RBI=0.0946403;REFB=0.100985;REVB=-0.0161255;RO=2;SAF=49;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321967;STB=0.503184;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000501867;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:136:2:1:123:135:0.992647:74:49:1:1:78:57:0:1 chr9 112069477 . T A 177.06 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.021537;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.477;QD=20.2348;RBI=0.0221287;REFB=-0.0175358;REVB=-0.00508284;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807503;STB=0.54281;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0150707;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:17:18:18:0.514286:9:9:9:6:9:9:10:7 chr9 112087048 . G T 293.17 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300525;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.079;QD=53.3034;RBI=0.0304466;REFB=0;REVB=0.00488243;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130574;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr9 112629397 . G A,T 718.72 PASS AF=0.829787,0.170213;AO=37,10;DP=47;FAO=39,8;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=25,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367005,-0.0791232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.1448,55.2234;QD=61.1674;RBI=0.043797,0.0818039;REFB=0,0;REVB=-0.0239008,-0.0207701;RO=0;SAF=12,5;SAR=25,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00216615,0.0296521;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:47:47:0:0:37,10:39,8:0.829787,0.170213:25,5:12,5:0:0:25,5:14,3:0:0 chr9 112629858 . A G 801.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.828;QD=57.2472;RBI=0.0458736;REFB=0;REVB=0.0435752;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39418e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:23:31:0:0:24:32:0:0 chr9 112710511 . CAAAAT CAAAT,CAAATA,CCAAAT 270.21 PASS AF=0.493333,0.0266667,0;AO=25,6,3;DP=72;FAO=37,2,0;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17,2,0;FSAR=20,0,0;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.172181,0.00553673,0.129606;FXX=0.0131562;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=16.2674,19.3709,19.1203;QD=14.411;RBI=0.214054,0.131422,0.131115;REFB=0.026998,0.01235,-0.00597259;REVB=-0.127172,-0.131305,0.0198414;RO=30;SAF=12,5,0;SAR=13,1,3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0451612,0.474883,-0.520139;STB=0.506326,0.995042,0.5;STBP=0.948,0.187,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0166108,0.0693987,0;OID=.,.,.;OPOS=112710512,112710515,112710512;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,C;OMAPALT=CAAAT,CAAATA,CCAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493333,0.0266667,0:25,6,3:72:37,2,0:75:36:17,2,0:20,0,0:17:19:99:30:12,5,0:13,1,3:13:17 chr9 112713075 . C CA 108.77 PASS AF=0.625;AO=17;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0310725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.61774;QD=10.8765;RBI=0.179183;REFB=-0.0773389;REVB=-0.176468;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213889;STB=0.566958;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=0.0447924;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:17:40:25:40:15:14:11:11:4:47:20:9:8:15:5 chr9 112899361 . A C 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756673;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.786;QD=62.3667;RBI=0.0580051;REFB=0;REVB=0.0575094;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245826;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr9 112900199 . T C 250.18 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00196926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0078;QD=13.5235;RBI=0.00276984;REFB=0.00396113;REVB=-0.00194784;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193155;STB=0.586705;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00671503;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:44:29:30:0.405405:16:13:25:14:16:14:27:17 chr9 112900481 . GGCCCCCCCAG GCCCCCCAG,GGCCCCCCAG,GGCCCCCCAGC,GGGCCCCCCAG 141.68 PASS AF=0.0512821,0.717949,0.0512821,0;AO=6,8,2,2;DP=37;FAO=2,28,2,0;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=1,15,2,0;FSAR=1,13,0,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0790093,0.0625846,-0.0110803,-0.015951;FXX=0.0249938;HRUN=5,7,7,7;LEN=2,1,3,1;MLLD=9.54537,7.36089,9.48186,8.53446;QD=14.531;RBI=0.744317,0.154579,0.0535757,0.885451;REFB=-0.104471,0.00182372,-0.0535931,0.10539;REVB=-0.740111,0.141342,0.0524174,0.885307;RO=10;SAF=2,7,2,0;SAR=4,1,0,2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0.354167,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.357304,0.270467,0.513477,-0.655147;STB=0.665187,0.536057,0.992254,0.5;STBP=0.743,0.434,0.347,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0458987,0.070923,0.0270934,-0.017885;OID=.,.,.,.;OPOS=112900482,112900483,112900489,112900483;OREF=GC,C,CAG,C;OALT=-,-,AGC,G;OMAPALT=GCCCCCCAG,GGCCCCCCAG,GGCCCCCCAGC,GGGCCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0512821,0.717949,0.0512821,0:6,8,2,2:37:2,28,2,0:39:7:1,15,2,0:1,13,0,0:5:2:19:10:2,7,2,0:4,1,0,2:7:3 chr9 112900785 . A G 202.03 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.037524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.284;QD=28.8609;RBI=0.0385986;REFB=-0.054692;REVB=0.00904472;RO=8;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141464;STB=0.562433;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0260391;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:28:28:8:9:19:19:0.678571:12:7:5:3:12:7:5:4 chr9 112931646 . G A 963.17 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0599129;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3687;QD=57.5027;RBI=0.0617606;REFB=-0.0971158;REVB=0.0149937;RO=1;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219643;STB=0.511624;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00129949;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:21:45:0:1:21:45:0:1 chr9 112932329 . G A 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.644;QD=63.615;RBI=0.0186619;REFB=0;REVB=0.00973465;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99404e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr9 112932540 . GTTTTTTA GTTTTT,GTTTTTA 110.78 PASS AF=0.575758,0;AO=10,5;DP=31;FAO=19,0;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0649555,-0.152974;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.408,9.65369;QD=13.4283;RBI=0.168549,0.173669;REFB=0.0148117,0.0262684;REVB=0.15553,0.0822195;RO=12;SAF=5,2;SAR=5,3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.371429,0.371429;SSSB=0,-0.109349;STB=0.51117,0.5;STBP=0.945,1;TYPE=del,del;VARB=0.0153462,0.00610075;OID=.,.;OPOS=112932546,112932541;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758,0:10,5:31:19,0:33:14:9,0:10,0:7:7:70:12:5,2:5,3:6:6 chr9 112960869 . A G 1536.12 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213004;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.284;QD=63.345;RBI=0.0233288;REFB=0;REVB=-0.00951447;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177256;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:49:46:0:0:50:47:0:0 chr9 112963504 . A G 1044.23 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.108;QD=59.6703;RBI=0.0165196;REFB=0;REVB=0.00719724;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36704e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr9 113006420 . A G 1501.91 PASS AF=1;AO=66;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060959;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.613;QD=57.7658;RBI=0.101501;REFB=0;REVB=0.101317;RO=2;SAF=55;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400805;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:2:0:66:104:1:11:55:1:1:21:83:0:0 chr9 113006421 . T G 303.42 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=13;FWDB=-0.021983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.743;QD=11.3429;RBI=0.0438063;REFB=-0.0715626;REVB=0.0378911;RO=68;SAF=29;SAR=9;SRF=55;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741984;STB=0.545238;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00651139;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:69:38:38:0.35514:9:29:55:13:9:29:56:13 chr9 113132221 . G A 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0191958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5658;QD=22.7687;RBI=0.0194059;REFB=0.0130359;REVB=-0.00284771;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497925;STB=0.527385;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00833922;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:23:21:15:21:23:21:15:21 chr9 113166697 . T A 652.08 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0321565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.563;QD=17.3887;RBI=0.0337132;REFB=0.00433544;REVB=0.0101261;RO=82;SAF=25;SAR=42;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244887;STB=0.633043;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00360488;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:83:67:67:0.446667:42:25:51:31:42:25:51:32 chr9 113169630 . TG CA 112.07 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00469778;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.933;QD=8.96587;RBI=0.0386328;REFB=-0.0126188;REVB=0.0383461;RO=35;SAF=2;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515003;STB=0.8245;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0451305;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:12:2:19:16:12:2:20:16 chr9 113192655 . T G 708.17 PASS AF=0.638298;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00422482;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.636;QD=30.1349;RBI=0.0222399;REFB=-0.00138363;REVB=0.0218349;RO=34;SAF=33;SAR=27;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147408;STB=0.579669;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000441212;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:34:34:60:60:0.638298:27:33:26:8:27:33:26:8 chr9 113208250 . T G 326.99 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00793571;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.456;QD=14.6961;RBI=0.00959127;REFB=-0.016675;REVB=0.00538674;RO=53;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404017;STB=0.5229;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0224849;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:19:17:23:30:19:17:23:30 chr9 113220820 . C T 626.93 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00140278;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9936;QD=23.4365;RBI=0.0119428;REFB=-0.0283924;REVB=-0.0118601;RO=46;SAF=25;SAR=36;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139983;STB=0.576507;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0249287;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:46:46:61:61:0.570093:36:25:27:19:36:25:27:19 chr9 113233720 . G A 690.84 PASS AF=0.54918;AO=65;DP=121;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0195531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.066;QD=22.6506;RBI=0.0229999;REFB=-0.0145692;REVB=-0.0121107;RO=55;SAF=37;SAR=28;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096296;STB=0.55098;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0119846;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:55:55:65:67:0.54918:28:37:25:30:29:38:25:30 chr9 113275227 . C T 716.15 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00165848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6245;QD=22.7348;RBI=0.00240268;REFB=0.0108228;REVB=0.00173848;RO=56;SAF=31;SAR=38;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999577;STB=0.55855;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0078596;OID=.;OPOS=113275227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:57:69:69:0.547619:38:31:32:24:38:31:33:24 chr9 113302016 . G A 3365.92 PASS AF=0.537842;AO=320;DP=564;FAO=334;FDP=621;FR=.;FRO=287;FSAF=184;FSAR=150;FSRF=155;FSRR=132;FWDB=-0.0561005;FXX=0.00321022;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.955;QD=21.6806;RBI=0.0609432;REFB=-0.0291152;REVB=0.0238077;RO=244;SAF=171;SAR=149;SRF=113;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569747;STB=0.505051;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.021015;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:621:244:287:320:334:0.537842:149:171:113:131:150:184:155:132 chr9 113550168 . T C 85.85 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0229842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4612;QD=12.265;RBI=0.0346813;REFB=-0.00641455;REVB=-0.0259715;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356357;STB=0.713979;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0327244;OID=.;OPOS=113550168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:16:17:11:11:0.392857:5:6:14:2:5:6:15:2 chr9 113636353 . T G 579.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008476;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.467;QD=60.9839;RBI=0.00853198;REFB=0;REVB=-0.000975785;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69823e-06;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr9 113636379 . C T 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000936946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.826;QD=63.8654;RBI=0.0370595;REFB=0;REVB=0.0370476;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12741e-05;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr9 114090279 . A G 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0144836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.016;QD=14.0759;RBI=0.0308777;REFB=-0.0178075;REVB=-0.0272702;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201473;STB=0.617454;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0220731;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:10:6:7:5:10:6 chr9 114146832 . C T 721.02 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00178615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.022;QD=25.0789;RBI=0.00830971;REFB=-0.00331616;REVB=-0.00811547;RO=46;SAF=36;SAR=32;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134117;STB=0.576783;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00181679;OID=.;OPOS=114146832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:46:47:68:68:0.591304:32:36:16:30:32:36:16:31 chr9 114174384 . C T 403.35 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00970493;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.414;QD=18.9813;RBI=0.0164934;REFB=-0.00690998;REVB=-0.0133359;RO=43;SAF=14;SAR=27;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184465;STB=0.609209;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00937588;OID=.;OPOS=114174384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:27:14:23:20:27:14:24:20 chr9 114174415 . T C 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0209153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.992;QD=18.0077;RBI=0.0343079;REFB=-0.00291391;REVB=0.0271952;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167038;STB=0.587848;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00292693;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:24:13:21:19:24:13:21:20 chr9 114182353 . C T 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00519681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.209;QD=19.1892;RBI=0.00524149;REFB=-0.00351621;REVB=-0.000682902;RO=49;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182863;STB=0.510171;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00461519;OID=.;OPOS=114182353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:22:23:26:23:22:23:26:23 chr9 114184477 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0158023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.584;QD=16.4438;RBI=0.0210576;REFB=0.0500184;REVB=0.0139179;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295089;STB=0.670406;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0649536;OID=.;OPOS=114184477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:15:5:14:13:15:5:14:13 chr9 114359624 . C A 1339.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.292;QD=62.3138;RBI=0.028285;REFB=0;REVB=-0.0203232;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84688e-07;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:44:41:0:0:44:42:0:0 chr9 114366094 . G C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.231;QD=62.0195;RBI=0.0344842;REFB=0;REVB=-0.0338681;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138409;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr9 114371322 . T A 967.0 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0315594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4992;QD=56.0578;RBI=0.173099;REFB=-0.165985;REVB=0.170198;RO=2;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397586;STB=0.502443;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00502314;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:69:2:2:65:67:0.971014:37:28:1:1:39:28:1:1 chr9 114371493 . C G,T 1203.28 PASS AF=0.0875,0.9125;AO=5,74;DP=79;FAO=7,73;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=5,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355519,-0.040038;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.9064,92.1888;QD=60.1642;RBI=0.0472176,0.0400757;REFB=0,0;REVB=-0.0310736,-0.00173788;RO=0;SAF=0,33;SAR=5,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0298869,-0.00877677;OID=.,.;OPOS=114371493,114371493;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:79:80:0:0:5,74:7,73:0.0875,0.9125:5,41:0,33:0:0:5,42:2,31:0:0 chr9 114431925 . T C 50.21 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.613;QD=33.4721;RBI=0.0723053;REFB=0;REVB=0.0327856;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794928;OID=.;OPOS=114431925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:1:5:0:0 chr9 114454544 . T C 1463.48 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00326906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2601;QD=60.9784;RBI=0.0046545;REFB=0.00215189;REVB=0.00331325;RO=2;SAF=52;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178856;STB=0.509432;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000178397;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:42:52:2:0:42:52:2:0 chr9 114454580 . A G 1302.4 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00344812;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.54;QD=58.5347;RBI=0.00530837;REFB=-0.0915754;REVB=0.00403599;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.505229;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000690652;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:89:1:3:86:86:0.966292:42:44:0:1:42:44:2:1 chr9 114462322 . A G 1602.65 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.954;QD=59.3573;RBI=0.0668826;REFB=0;REVB=0.0462966;RO=1;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135839;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:1:0:105:108:1:66:39:0:1:68:40:0:0 chr9 114464487 . T C 1199.14 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194058;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4422;QD=57.79;RBI=0.0785341;REFB=-0.0742023;REVB=0.0760988;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.51351;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00131538;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:83:0:2:80:81:0.975904:45:35:0:0:45:36:2:0 chr9 114470127 . A G 812.94 PASS AF=0.818182;AO=61;DP=78;FAO=63;FDP=77;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.012173;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.074;QD=42.2308;RBI=0.0307498;REFB=-0.00695477;REVB=0.0282377;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517321;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0177584;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:78:77:0:14:61:63:0.818182:31:30:0:0:33:30:8:6 chr9 114490308 . T C 724.88 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00538324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.51;QD=54.708;RBI=0.0116775;REFB=-0.0776881;REVB=0.0103627;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000121764;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr9 114694486 . A G 398.41 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0109402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.731;QD=23.7856;RBI=0.0240942;REFB=-0.00347862;REVB=0.0214673;RO=28;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898302;STB=0.549227;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00235607;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:22:17:9:19:22:17:9:19 chr9 115095743 . T C 510.63 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00892305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.903;QD=35.216;RBI=0.0381936;REFB=-0.00454032;REVB=0.0371367;RO=14;SAF=32;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155131;STB=0.583901;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00106637;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:12:32:6:8:12:32:6:8 chr9 115421788 . C A 211.28 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0126619;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5693;QD=11.9029;RBI=0.0180596;REFB=-0.00191472;REVB=0.0128773;RO=44;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107367;STB=0.580826;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00365782;OID=.;OPOS=115421788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:45:25:26:0.366197:18:7:16:28:19:7:17:28 chr9 115567184 . T C 976.05 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.746;QD=57.4147;RBI=0.0643795;REFB=-0.105316;REVB=0.0333142;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00147143;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:38:29:0:1:38:29:0:1 chr9 115580008 . G C 1244.97 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.748;QD=61.4801;RBI=0.0071788;REFB=0;REVB=-0.00112185;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8637e-06;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:41:40:0:0 chr9 115600848 . T C 1510.12 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.727;QD=63.584;RBI=0.0301196;REFB=0;REVB=0.0300269;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42615e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr9 115617061 . T C 1463.42 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222406;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.915;QD=62.9426;RBI=0.0241118;REFB=0;REVB=0.00931334;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08997e-05;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:88:93:1:42:46:0:0:46:47:0:0 chr9 115632898 . G A 898.89 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=169;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0525348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.545;QD=21.0267;RBI=0.0554075;REFB=-0.00841205;REVB=-0.0176093;RO=80;SAF=39;SAR=50;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646133;STB=0.535706;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00726115;OID=.;OPOS=115632898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:80:82:89:89:0.520468:50:39:41:39:50:39:42:40 chr9 115632969 . A G 2255.09 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000521474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.657;QD=63.5235;RBI=0.0396068;REFB=0;REVB=0.0396033;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60431e-05;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:74:67:0:0:75:67:0:0 chr9 115635641 . C G 1747.01 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.796;QD=60.7657;RBI=0.0116776;REFB=0;REVB=0.0109735;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60843e-06;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:49:65:0:0:50:65:0:0 chr9 115652881 . G T 323.55 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8232;QD=53.9255;RBI=0.101273;REFB=0;REVB=0.0436639;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465759;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:12:12:0:0 chr9 115818949 . A T 689.3 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8303;QD=62.664;RBI=0.0820258;REFB=0;REVB=0.060755;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17967e-05;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr9 115925104 . C T 2434.56 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129505;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.655;QD=61.2469;RBI=0.0132323;REFB=0;REVB=-0.0131688;RO=0;SAF=93;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37943e-05;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:158:159:1:65:93:0:0:65:94:0:0 chr9 115926197 . TG T 1270.25 PASS AF=1;AO=101;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.1545;QD=47.9339;RBI=0.145165;REFB=0;REVB=-0.144801;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00163257;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:105:106:106:0:60:46:0:0:23:0:58:43:0:0 chr9 115928275 . T C 1084.78 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.638;QD=58.6369;RBI=0.0369939;REFB=-0.133745;REVB=0.0189072;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000298784;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:32:41:0:0:32:41:0:1 chr9 115931656 . C G 42.1 PASS AF=0.125;AO=11;DP=79;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=52;FWDB=0.0103924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.1865;QD=2.10522;RBI=0.0623982;REFB=-0.0102529;REVB=-0.0615267;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35176;STB=0.777346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0580528;OID=.;OPOS=115931656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:79:80:68:70:11:10:0.125:5:6:18:50:4:6:18:52 chr9 115931692 . A G 1528.94 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.935;QD=63.7058;RBI=0.110071;REFB=0;REVB=-0.0999542;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312717;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:61:34:0:0:62:34:0:0 chr9 116122954 . A G 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.12;QD=58.0284;RBI=0.0382136;REFB=-0.0726048;REVB=-0.0134835;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00134239;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:1:0:37:33:1:0 chr9 116152891 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0264255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.437;QD=10.8848;RBI=0.0339469;REFB=-0.00589525;REVB=-0.0213093;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289686;STB=0.67699;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0116397;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:8:7:2:7:8:7 chr9 116152940 . G A 76.68 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0186184;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.54;QD=11.3604;RBI=0.0188595;REFB=-0.00279483;REVB=-0.00300611;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.545363;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00381431;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:14:17:10:10:0.37037:4:6:7:7:4:6:9:8 chr9 116153900 . A G 726.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553485;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.538;QD=56.9417;RBI=0.0562174;REFB=0;REVB=0.00984575;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199892;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr9 116356373 . G C 1134.72 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7302;QD=60.5183;RBI=0.049367;REFB=0;REVB=-0.0389038;RO=0;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64182e-05;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:54:21:0:0:54:21:0:0 chr9 116356516 . A G 142.68 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.821;QD=43.9027;RBI=0.0910553;REFB=0;REVB=-0.0324014;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186627;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:11:1:0:0:12:1:0:0 chr9 116356528 . GC G,GG 145.04 PASS AF=1,0;AO=2,10;DP=12;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182839,-0.0307145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.262,226.502;QD=44.6284;RBI=0.0193871,0.0603777;REFB=0,0;REVB=-0.00644667,-0.0519816;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-2.62301e-05,-0.0216005;OID=.,.;OPOS=116356529,116356529;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:2,10:12:13,0:13:0:1,0:12,0:0:0:4:0:0,1:2,9:0:0 chr9 116764283 . C T 849.28 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.761;QD=57.5785;RBI=0.0366567;REFB=0;REVB=0.0347671;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95041e-05;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr9 116764883 . C CCT 32.97 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0127985;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=2;MLLD=170.877;QD=11.9877;RBI=0.0439754;REFB=-0.0317533;REVB=0.0420718;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598683;STB=0.873803;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.0241677;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:13:5:11:6:1:4:6:0:31:8:1:4:7:1 chr9 116770775 . TC T,TT 926.63 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=7,58;DP=65;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232675,0.0586049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.5674,115.453;QD=57.0236;RBI=0.0260181,0.0595067;REFB=0,0;REVB=0.0116432,0.0103206;RO=0;SAF=5,41;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.126813,0.000863786;OID=.,.;OPOS=116770776,116770776;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0153846,0.984615:7,58:65:1,64:65:0:0,46:1,18:0:0:3:0:5,41:2,17:0:0 chr9 116770785 . G A 876.55 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.995;QD=56.5514;RBI=0.0239245;REFB=-0.0894328;REVB=0.00927739;RO=1;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540103;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:17:44:0:1:18:44:0:0 chr9 116779080 . C T 177.57 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0176669;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.645;QD=11.8383;RBI=0.0383908;REFB=-0.00554393;REVB=-0.0340843;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574853;STB=0.533303;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0112846;OID=.;OPOS=116779080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:38:38:22:22:0.366667:11:11:21:17:11:11:21:17 chr9 116813001 . T C 1207.1 PASS AF=0.894737;AO=85;DP=94;FAO=85;FDP=95;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2438;QD=50.8254;RBI=0.05015;REFB=-0.0364257;REVB=0.0174935;RO=9;SAF=44;SAR=41;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471542;STB=0.529814;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00355196;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:94:95:9:10:85:85:0.894737:41:44:7:2:41:44:8:2 chr9 116958216 . C T 607.56 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=13;FWDB=-0.00160935;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.869;QD=17.4839;RBI=0.0459915;REFB=-0.0115079;REVB=-0.0459633;RO=74;SAF=44;SAR=19;SRF=63;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19359;STB=0.590791;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0168707;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:74:76:63:63:0.453237:19:44:63:11:19:44:63:13 chr9 117002517 . C T 443.27 PASS AF=0.355705;AO=52;DP=148;FAO=53;FDP=149;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.0151152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.171;QD=11.8997;RBI=0.0151577;REFB=-0.00134904;REVB=-0.00113393;RO=96;SAF=30;SAR=22;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995135;STB=0.561886;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00312731;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:96:96:52:53:0.355705:22:30:47:49:22:31:47:49 chr9 117033028 . T C 373.11 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0138359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.23;QD=18.8916;RBI=0.0342799;REFB=-0.0155007;REVB=-0.0313637;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109412;STB=0.572527;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0205534;OID=.;OPOS=117033028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:40:38:39:0.493671:15:23:19:20:15:24:19:21 chr9 117044538 . G T 306.77 PASS AF=0.341667;AO=31;DP=110;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0114889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.398;QD=10.2255;RBI=0.0231832;REFB=-0.041277;REVB=-0.0201362;RO=74;SAF=14;SAR=17;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217175;STB=0.547302;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0734162;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:120:74:79:31:41:0.341667:17:14:47:27:19:22:48:31 chr9 117044751 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.464;QD=59.8391;RBI=0.0364545;REFB=0;REVB=0.0292457;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47698e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr9 117050998 . G A 464.11 PASS AF=0.641791;AO=42;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.033472;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3762;QD=27.7079;RBI=0.0915024;REFB=-0.0287495;REVB=0.0851605;RO=25;SAF=9;SAR=33;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257877;STB=0.648666;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0245396;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:24:42:43:0.641791:33:9:13:12:34:9:13:11 chr9 117051020 . A G 133.66 PASS AF=0.296875;AO=13;DP=60;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.00457015;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.902;QD=8.35377;RBI=0.0110136;REFB=-0.00724122;REVB=0.0100207;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23927;STB=0.580567;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0176393;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:46:45:13:19:0.296875:8:5:10:36:13:6:10:35 chr9 117051586 . C G 103.7 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0809907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.6595;QD=7.68128;RBI=0.0931704;REFB=-0.0257046;REVB=-0.0460568;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20905;STB=0.635967;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.110146;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:53:54:31:37:8:8:0.148148:1:7:24:7:1:7:29:8 chr9 117064345 . G A 414.37 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000954812;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.079;QD=57.155;RBI=0.00788735;REFB=0;REVB=0.00782934;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03295e-05;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr9 117070048 . C T 440.86 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0572056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3158;QD=20.9933;RBI=0.059444;REFB=-0.0275004;REVB=0.016159;RO=37;SAF=16;SAR=27;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210424;STB=0.636302;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0287682;OID=.;OPOS=117070048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:37:40:43:44:0.52381:27:16:23:14:28:16:26:14 chr9 117085526 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.213;QD=51.9153;RBI=0.0198953;REFB=0;REVB=-0.0178645;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69869e-05;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr9 117085635 . T C 206.14 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.3419;QD=48.5031;RBI=0.140495;REFB=0;REVB=-0.0265806;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0058566;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:8:4:0:0:9:8:0:0 chr9 117103973 . A G 119.48 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0247143;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.075;QD=5.19501;RBI=0.0268948;REFB=-0.0102686;REVB=-0.010608;RO=73;SAF=6;SAR=13;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163352;STB=0.603799;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0262068;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:13:6:32:41:13:6:32:41 chr9 117122202 . C T 581.54 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=104;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00787376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.212;QD=22.1538;RBI=0.0185789;REFB=-0.00645791;REVB=0.016828;RO=47;SAF=37;SAR=20;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975417;STB=0.500178;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426636;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:47:57:58:0.552381:20:37:30:17:21:37:30:17 chr9 117124731 . G A 415.41 PASS AF=0.690909;AO=37;DP=54;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0127436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2491;QD=30.2118;RBI=0.0845251;REFB=0.0043522;REVB=0.0835589;RO=17;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104579;STB=0.559969;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00102669;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:17:17:37:38:0.690909:15:22:13:4:16:22:13:4 chr9 117139280 . T C 65.28 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.040619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.411;QD=17.4087;RBI=0.0478352;REFB=-0.00981823;REVB=0.0252647;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156622;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0411723;OID=.;OPOS=117139280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:15:15:6:6:4:7:0.466667:2:2:4:2:5:2:4:2 chr9 117165172 . G T 245.17 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0219358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.268;QD=15.5666;RBI=0.0538217;REFB=-0.0177106;REVB=0.0491487;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140354;STB=0.507931;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0296975;OID=.;OPOS=117165172;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:17:18:14:14:17:18 chr9 117166338 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.627;QD=61.6839;RBI=0.0410512;REFB=0;REVB=0.027178;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117784;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr9 117169033 . A G 432.58 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0156314;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7537;QD=20.12;RBI=0.0199231;REFB=-0.0129727;REVB=-0.0123527;RO=42;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179643;STB=0.58494;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00956647;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:43:42:43:0.5:28:14:22:20:28:15:22:21 chr9 117186677 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.951;QD=59.1428;RBI=0.0398733;REFB=0;REVB=0.00715664;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97574e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr9 117188566 . C G,T 2193.25 PASS AF=0.0753425,0.917808;AO=11,131;DP=143;FAO=11,134;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=10,70;FSAR=1,64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140957,0.00126402;FXX=0.00680226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.2734,195.743;QD=60.0889;RBI=0.0478447,0.0412085;REFB=-0.0458099,-0.0234292;REVB=0.0457212,0.0411891;RO=0;SAF=10,70;SAR=1,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.92737e-08;STB=0.523767,0.503546;STBP=0.669,0.52;TYPE=snp,snp;VARB=0.106997,-0.000263369;OID=.,.;OPOS=117188566,117188566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:143:146:0:1:11,131:11,134:0.0753425,0.917808:1,61:10,70:0:0:1,64:10,70:1:0 chr9 117240749 . G A 590.08 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0349836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.706;QD=16.9808;RBI=0.0350856;REFB=-0.00652131;REVB=0.00267397;RO=76;SAF=41;SAR=21;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877668;STB=0.546102;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00809392;OID=.;OPOS=117240749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:76:77:62:62:0.446043:21:41:44:32:21:41:45:32 chr9 117377843 . G C 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.361;QD=59.4179;RBI=0.0281822;REFB=0;REVB=0.0191798;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014327;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr9 117428960 . T C 1007.11 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9423;QD=59.2415;RBI=0.0314807;REFB=0;REVB=0.0255304;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167099;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr9 117430524 . G A 2045.56 PASS AF=0.992593;AO=88;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047205;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7743;QD=60.6093;RBI=0.0510299;REFB=0;REVB=0.019384;RO=1;SAF=52;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83366e-05;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:136:135:1:0:88:134:0.992593:36:52:1:0:51:83:0:0 chr9 117430611 . A T 1343.99 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0087225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.162;QD=61.0906;RBI=0.0344218;REFB=-0.0896695;REVB=-0.0332983;RO=1;SAF=60;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783281;STB=0.504131;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=6.6693e-05;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:27:60:1:0:27:60:1:0 chr9 117433685 . C T 2559.33 PASS AF=0.982456;AO=168;DP=172;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0114703;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2846;QD=59.8675;RBI=0.0868766;REFB=-0.00975401;REVB=-0.086116;RO=3;SAF=97;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833456;STB=0.50438;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000832278;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:171:3:3:168:168:0.982456:71:97:1:2:71:97:1:2 chr9 117552885 . T C 793.66 PASS AF=0.515924;AO=80;DP=157;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00454836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.203;QD=20.2207;RBI=0.018599;REFB=-0.00645887;REVB=-0.0180343;RO=76;SAF=42;SAR=38;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.529349;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00858087;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:76:76:80:81:0.515924:38:42:44:32:39:42:44:32 chr9 117553249 . T C 691.91 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337707;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8145;QD=62.9009;RBI=0.0356834;REFB=0;REVB=-0.0115256;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05466e-05;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr9 117792583 . C G 463.82 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0019863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6694;QD=14.9618;RBI=0.0124809;REFB=0.0117257;REVB=0.0123218;RO=72;SAF=28;SAR=24;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398281;STB=0.522379;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0148363;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:24:28:36:36:24:28:36:36 chr9 117797597 . T C 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0131106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.47;QD=10.0236;RBI=0.0178308;REFB=-0.006088;REVB=0.0120852;RO=37;SAF=6;SAR=12;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376685;STB=0.720699;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0130303;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:12:6:25:12:12:6:25:12 chr9 117808785 . T A 574.99 PASS AF=0.407407;AO=67;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=55;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=20;FWDB=0.00250406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.688;QD=14.1972;RBI=0.0124602;REFB=-0.00753309;REVB=0.012206;RO=92;SAF=56;SAR=11;SRF=72;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925113;STB=0.541945;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.010621;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:92:96:67:66:0.407407:11:56:72:20:11:55:76:20 chr9 117846570 . C T 675.61 PASS AF=0.575221;AO=63;DP=111;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00833776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.799;QD=23.9154;RBI=0.0147135;REFB=-0.0140484;REVB=0.0121231;RO=48;SAF=39;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972128;STB=0.543465;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0144353;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:48:48:63:65:0.575221:24:39:24:24:26:39:24:24 chr9 117846580 . T C 405.27 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00194825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.749;QD=13.9749;RBI=0.017316;REFB=-0.000486906;REVB=-0.017206;RO=68;SAF=24;SAR=23;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816082;STB=0.549814;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000697543;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:69:47:47:0.405172:23:24:40:28:23:24:41:28 chr9 117848197 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0288125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.191;QD=19.8494;RBI=0.0289372;REFB=-0.00476821;REVB=-0.00268392;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058982;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00297637;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:13:15:15:0.535714:8:7:6:5:8:7:7:6 chr9 117848394 . T C 1050.52 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.96;QD=59.1843;RBI=0.0250606;REFB=0;REVB=0.00920881;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05805e-05;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:40:26:0:0:41:30:0:0 chr9 117849314 . T C 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.046426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.1;QD=13.6594;RBI=0.0531797;REFB=-0.0118261;REVB=-0.0259365;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358397;STB=0.732942;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0198448;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:2:12:12:8:2:12:12:9 chr9 117853022 . C T 536.98 PASS AF=0.380597;AO=50;DP=135;FAO=51;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0227143;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3744;QD=16.0292;RBI=0.0328279;REFB=-0.0801417;REVB=0.0237009;RO=45;SAF=19;SAR=31;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128391;STB=0.544616;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0432867;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:45:67:50:51:0.380597:31:19:11:34:32:19:30:37 chr9 118163563 . C T 2183.24 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101114;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3435;QD=62.3783;RBI=0.0394969;REFB=-0.101275;REVB=0.0381807;RO=1;SAF=52;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543404;STB=0.502857;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000657475;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:87:52:0:1:87:52:0:1 chr9 119106881 . C A 2319.88 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0510456;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.489;QD=62.2787;RBI=0.0602866;REFB=-0.084552;REVB=0.0320753;RO=1;SAF=68;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598243;STB=0.506249;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00039591;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:150:149:1:2:147:147:0.986577:79:68:0:1:79:68:0:2 chr9 119158814 . T C 1233.63 PASS AF=1;AO=68;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000532645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.119;QD=59.4523;RBI=0.0327142;REFB=-0.0840257;REVB=0.0327099;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589791;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:83:1:0:68:83:1:36:32:0:1:48:35:0:0 chr9 119160791 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.06191e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.592;QD=46.8472;RBI=0.0627656;REFB=0;REVB=-0.0627655;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786348;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr9 119161253 . A G 326.18 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.297;QD=48.3229;RBI=0.0214828;REFB=-0.0853463;REVB=0.00917185;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00215167;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:27:27:0:1:25:26:0.962963:8:17:0:0:9:17:0:1 chr9 119162545 . C A 631.69 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.903;QD=60.1612;RBI=0.0037293;REFB=0;REVB=0.00128181;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40397e-05;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:22:20:0:0 chr9 119163989 . A G 3434.26 PASS AF=0.991071;AO=221;DP=226;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=126;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.107099;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9476;QD=61.3261;RBI=0.109408;REFB=-0.0600471;REVB=0.0223606;RO=1;SAF=125;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493744;STB=0.505154;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00924517;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:226:224:1:2:221:222:0.991071:96:125:0:1:96:126:0:2 chr9 119199820 . C G 1144.95 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.110669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6396;QD=57.972;RBI=0.114502;REFB=-0.0692425;REVB=-0.0293755;RO=2;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019311;STB=0.503721;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.023002;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:48:29:0:2:49:28:1:1 chr9 119462112 . C T 1425.76 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.708;QD=62.6709;RBI=0.0351286;REFB=0;REVB=0.0291849;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406831;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:46:44:0:0:47:44:0:0 chr9 119495697 . T C 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.048;QD=61.4669;RBI=0.00894055;REFB=0;REVB=0.00787456;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61742e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:61:60:0:0:61:60:0:0 chr9 120039299 . T C 2332.85 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630201;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.005;QD=63.9138;RBI=0.0197048;REFB=0;REVB=0.0186699;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66645e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:146:0:0:140:146:1:65:75:0:0:71:75:0:0 chr9 120053776 . T C 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.487;QD=62.6713;RBI=0.00803051;REFB=0;REVB=0.00713312;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39922e-06;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:69:64:0:0:69:64:0:0 chr9 120470358 . G A 1774.96 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332086;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.467;QD=61.2056;RBI=0.0343517;REFB=0;REVB=0.00878803;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18445e-05;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr9 122001000 . G A 886.96 PASS AF=0.606061;AO=77;DP=131;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0115732;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.422;QD=26.8777;RBI=0.0177054;REFB=-0.0137452;REVB=0.0133992;RO=52;SAF=33;SAR=44;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193951;STB=0.604329;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103943;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:52:52:77:80:0.606061:44:33:36:16:46:34:36:16 chr9 123163053 . G A 798.67 PASS AF=0.618644;AO=73;DP=118;FAO=73;FDP=118;FR=.;FRO=45;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.000959901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.455;QD=27.0734;RBI=0.017297;REFB=0.000766705;REVB=-0.0172704;RO=43;SAF=43;SAR=30;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110577;STB=0.504428;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.000408794;OID=.;OPOS=123163053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:43:45:73:73:0.618644:30:43:26:17:30:43:26:19 chr9 123170733 . C G 67.25 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0120904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9291;QD=6.40478;RBI=0.0406787;REFB=-0.0118857;REVB=0.0388404;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192755;STB=0.523762;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0408192;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:42:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:15:16:5:5:15:17 chr9 123182202 . C T 319.79 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0631286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8762;QD=19.3812;RBI=0.0648895;REFB=-0.00459092;REVB=-0.0150144;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715104;STB=0.546735;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00288146;OID=.;OPOS=123182202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:33:34:0.515152:18:15:12:20:18:16:12:20 chr9 123205912 . C G 618.31 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0593588;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9071;QD=19.1724;RBI=0.0700084;REFB=-0.014932;REVB=0.0371175;RO=63;SAF=47;SAR=16;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15539;STB=0.594905;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0145466;OID=.;OPOS=123205912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:66:63:63:0.488372:16:47:38:25:16:47:39:27 chr9 123205981 . C T 385.16 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.003334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.358;QD=17.9143;RBI=0.00625931;REFB=-0.0170196;REVB=0.00529749;RO=46;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599171;STB=0.53352;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0241192;OID=.;OPOS=123205981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:15:25:26:20:15:25:26:20 chr9 123220829 . A G 2208.3 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173038;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.841;QD=63.5483;RBI=0.0252033;REFB=0;REVB=0.0183245;RO=0;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96539e-06;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:139:0:0:139:139:1:61:78:0:0:61:78:0:0 chr9 123291036 . C G 478.77 PASS AF=0.554217;AO=43;DP=78;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00776666;FXX=0.0568117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.417;QD=23.0731;RBI=0.0496225;REFB=-0.0216852;REVB=0.0490109;RO=30;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130242;STB=0.554318;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0131515;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:30:37:43:46:0.554217:17:26:13:17:17:29:19:18 chr9 123301346 . T G 278.51 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0128298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.509;QD=11.6046;RBI=0.0302781;REFB=-0.00986204;REVB=0.0274256;RO=62;SAF=18;SAR=15;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217711;STB=0.517231;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0143758;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:33:33:0.34375:15:18:35:27:15:18:36:27 chr9 123342259 . C A 862.78 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.742;QD=55.6632;RBI=0.0517087;REFB=-0.146005;REVB=0.0285518;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00102453;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:29:31:1:0:29:32:1:0 chr9 123342275 . A G 797.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0119;QD=56.9644;RBI=0.0306742;REFB=0;REVB=0.00483619;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372102;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:27:26:0:0:27:29:0:0 chr9 123583192 . A G 173.78 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=34;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0923005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.913;QD=18.7871;RBI=0.0933954;REFB=-0.026994;REVB=0.0142592;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136325;STB=0.541504;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0389996;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:18:18:16:19:0.513514:10:6:7:11:10:9:7:11 chr9 123586737 . T G 735.77 PASS AF=0.623853;AO=68;DP=109;FAO=68;FDP=109;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00462278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.301;QD=27.0007;RBI=0.00997565;REFB=-0.0266643;REVB=0.00883988;RO=39;SAF=31;SAR=37;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383385;STB=0.502853;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.02075;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:39:41:68:68:0.623853:37:31:18:21:37:31:19:22 chr9 123618971 . A G 470.61 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.000771552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1496;QD=20.9161;RBI=0.000823993;REFB=-0.0114055;REVB=0.000289261;RO=44;SAF=23;SAR=23;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100532;STB=0.555532;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00729783;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:23:23:17:27:23:23:17:27 chr9 123632045 . A G 711.24 PASS AF=0.753247;AO=57;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0288571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.808;QD=36.9474;RBI=0.0310117;REFB=-0.0316923;REVB=0.0113575;RO=19;SAF=32;SAR=25;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829644;STB=0.506797;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00784861;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:19:57:58:0.753247:25:32:11:8:26:32:11:8 chr9 123653175 . C T 363.07 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00525348;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.68;QD=17.7108;RBI=0.00567066;REFB=-0.0142541;REVB=-0.00213477;RO=44;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104767;STB=0.558446;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0187839;OID=.;OPOS=123653175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:21:17:15:29:21:17:15:29 chr9 123769200 . C T 181.24 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0131964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.817;QD=9.41481;RBI=0.0141654;REFB=0.00357198;REVB=-0.00514924;RO=53;SAF=9;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159198;STB=0.59398;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00870746;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:15:9:27:26:15:9:27:26 chr9 123776231 . T C 816.23 PASS AF=0.568182;AO=56;DP=135;FAO=75;FDP=132;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=57;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0155037;FXX=0.0222206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.21;QD=24.7342;RBI=0.0156083;REFB=-0.0528563;REVB=0.00180375;RO=40;SAF=36;SAR=20;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114133;STB=0.529368;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0418885;OID=.;OPOS=123776231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:40:57:56:75:0.568182:20:36:31:9:38:37:32:25 chr9 123780005 . G A 609.77 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0154151;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6915;QD=14.6053;RBI=0.0384335;REFB=-0.013383;REVB=-0.0352067;RO=97;SAF=36;SAR=33;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923276;STB=0.548557;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0202041;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:97:98:69:69:0.413174:33:36:42:55:33:36:43:55 chr9 123850770 . G A 1339.66 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.994;QD=62.31;RBI=0.0329751;REFB=0;REVB=-0.0328951;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0352e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr9 123860689 . C T 357.25 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0104781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.629;QD=16.8118;RBI=0.0416207;REFB=-0.0082168;REVB=-0.0402801;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779879;STB=0.505492;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0130942;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:47:37:38:0.447059:15:22:27:19:15:23:28:19 chr9 123917020 . T A 512.99 PASS AF=0.380368;AO=62;DP=163;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0202182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.191;QD=12.5886;RBI=0.0266782;REFB=-0.0213156;REVB=-0.0174056;RO=101;SAF=36;SAR=26;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292474;STB=0.516567;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0374104;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:101:101:62:62:0.380368:26:36:56:45:26:36:56:45 chr9 123929770 . C T 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0140663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0398;QD=14.1936;RBI=0.0202679;REFB=-0.0194242;REVB=0.014592;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260832;STB=0.634508;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0284973;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:11:12:24:7:11:12:24:8 chr9 124043867 . C T 242.51 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00365623;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.528;QD=12.4363;RBI=0.0644044;REFB=-0.00543632;REVB=0.0643005;RO=49;SAF=20;SAR=9;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204464;STB=0.511763;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00901364;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:49:29:29:0.371795:9:20:33:16:9:20:33:16 chr9 124044995 . C T 209.26 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0108269;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.512;QD=11.4664;RBI=0.0290349;REFB=-0.00444016;REVB=-0.0269407;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067309;STB=0.526639;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00974528;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:47:26:26:0.356164:11:15:28:16:11:15:29:18 chr9 124045949 . GTTCA G 168.42 PASS AF=0.442857;AO=25;DP=60;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0180636;FXX=0.166647;HRUN=2;LEN=4;MLLD=138.995;QD=9.62381;RBI=0.0214452;REFB=-0.038528;REVB=0.0115585;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.765348;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0696588;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442857:25:60:31:70:39:5:26:22:17:99:1:8:17:0:1 chr9 124046691 . G T 248.79 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0149704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.744;QD=17.4592;RBI=0.0332193;REFB=-0.0339416;REVB=0.0296549;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200578;STB=0.598671;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.036505;OID=.;OPOS=124046691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:10:17:12:17:11:17:12:17 chr9 124046722 . C T 137.17 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0322268;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.684;QD=16.1381;RBI=0.0324776;REFB=-0.0090355;REVB=0.00402864;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338966;STB=0.68439;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.033807;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:18:19:15:15:0.441176:11:4:11:7:11:4:11:8 chr9 124047237 . T C 166.54 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.018959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.689;QD=22.971;RBI=0.0189685;REFB=-0.03138;REVB=-0.000600194;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182627;STB=0.508918;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0227253;OID=.;OPOS=124047237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:16:17:0.586207:5:11:8:4:6:11:8:4 chr9 124047246 . A C 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.349;QD=56.6861;RBI=0.0250137;REFB=0;REVB=0.0172437;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96703e-05;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr9 124218133 . C T 1237.11 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126764;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.832;QD=61.8557;RBI=0.0149861;REFB=0;REVB=-0.00799336;RO=0;SAF=20;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32871e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:60:20:0:0:60:20:0:0 chr9 124257091 . C T 676.83 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5756;QD=58.8545;RBI=0.0178751;REFB=-0.109773;REVB=-0.00823025;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00372261;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:44:45:0.978261:22:22:2:0:22:23:1:0 chr9 124521255 . C A 241.66 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0439309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0728;QD=21.9692;RBI=0.0483267;REFB=-0.0163433;REVB=0.0201381;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233789;STB=0.631147;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0234277;OID=.;OPOS=124521255;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:8:15:8:13:8:15:8:13 chr9 124536616 . A G 513.41 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0526105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8859;QD=24.4479;RBI=0.0527276;REFB=-0.0380784;REVB=-0.00351272;RO=36;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196237;STB=0.6071;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0155351;OID=.;OPOS=124536616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:24:24:27:9:24:24:27:9 chr9 124966449 . C T 202.96 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0293309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1759;QD=12.4898;RBI=0.0980241;REFB=-0.0236383;REVB=-0.093533;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20103;STB=0.61634;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0394353;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:18:7:18:22:18:7:18:22 chr9 125133479 . T C 1183.48 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.161;QD=59.1741;RBI=0.0255426;REFB=0.0115898;REVB=0.0108491;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.509801;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000373056;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:79:79:0.9875:53:26:0:0:54:25:1:0 chr9 125239253 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.061;QD=50.4132;RBI=0.0280637;REFB=0;REVB=-0.0278965;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192516;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr9 125273435 . G A 541.76 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=19;FWDB=-0.0178613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8199;QD=16.7988;RBI=0.0337003;REFB=-0.0160251;REVB=0.0285776;RO=70;SAF=25;SAR=33;SRF=51;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286419;STB=0.661494;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0204136;OID=.;OPOS=125273435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:71:58:58:0.449612:33:25:51:19:33:25:52:19 chr9 125288893 . C T 140.15 PASS AF=0.294118;AO=19;DP=70;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00352547;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.376;QD=8.24422;RBI=0.00883904;REFB=-0.00549071;REVB=-0.00810554;RO=49;SAF=5;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266543;STB=0.620128;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0123958;OID=.;OPOS=125288893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:49:48:19:20:0.294118:14:5:23:26:14:6:22:26 chr9 125289521 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00276138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.886;QD=13.091;RBI=0.00289418;REFB=-0.00148405;REVB=-0.000866663;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267509;STB=0.670994;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00214935;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:12:13:0.393939:6:6:5:15:6:7:5:15 chr9 125315557 . T C 582.28 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0149426;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0287;QD=24.778;RBI=0.0167706;REFB=-0.0136953;REVB=-0.00761388;RO=41;SAF=31;SAR=22;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204532;STB=0.511199;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0106087;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:22:31:25:16:22:31:25:16 chr9 125315778 . G C 490.86 PASS AF=0.5;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0395691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.419;QD=19.2495;RBI=0.0397539;REFB=-0.0184248;REVB=-0.00382794;RO=49;SAF=28;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707492;STB=0.539276;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0286205;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:51:51:51:0.5:23:28:23:26:23:28:24:27 chr9 125316033 . T C 286.92 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0287984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.353;QD=31.0182;RBI=0.0346959;REFB=-0.0127527;REVB=0.0193508;RO=12;SAF=6;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721569;STB=0.53974;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00397477;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:37:37:12:12:25:25:0.675676:19:6:4:8:19:6:4:8 chr9 125316042 . T C 247.32 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0184447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.349;QD=28.2647;RBI=0.0228058;REFB=0.0188283;REVB=0.0134125;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291364;STB=0.516114;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00284045;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:12:12:21:21:0.6:15:6:3:9:15:6:3:9 chr9 125316157 . C T 183.82 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0165145;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.972;QD=11.6713;RBI=0.0253125;REFB=-0.0217435;REVB=-0.0191832;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303435;STB=0.674554;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0224081;OID=.;OPOS=125316157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:13:27:9:14:13:27 chr9 125316179 . T G 907.33 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327363;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4068;QD=56.7079;RBI=0.0432798;REFB=-0.175636;REVB=0.0283104;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0022524;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:34:28:1:0:35:28:1:0 chr9 125316350 . C T 1139.57 PASS AF=0.655172;AO=95;DP=145;FAO=95;FDP=145;FR=.;FRO=50;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0153249;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5667;QD=31.4364;RBI=0.0233347;REFB=-0.014951;REVB=-0.0175971;RO=50;SAF=45;SAR=50;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055204;STB=0.529747;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0137082;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:50:50:95:95:0.655172:50:45:28:22:50:45:28:22 chr9 125316455 . C T 230.54 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0729755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.664;QD=12.134;RBI=0.0751196;REFB=-0.00740713;REVB=-0.0178193;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677358;STB=0.529162;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.010757;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:48:28:28:0.368421:11:17:24:20:11:17:27:21 chr9 125330125 . C A,G 453.58 PASS AF=0.09375,0.90625;AO=3,29;DP=32;FAO=3,29;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689181,0.0476766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.7366,58.317;QD=56.6976;RBI=0.0689364,0.0487708;REFB=0,0;REVB=0.00158709,-0.010273;RO=0;SAF=0,8;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.4007e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00834677,0.0186492;OID=.,.;OPOS=125330125,125330125;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:32:32:0:0:3,29:3,29:0.09375,0.90625:3,21:0,8:0:0:3,21:0,8:0:0 chr9 125330184 . A C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0344061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0801;QD=17.8274;RBI=0.0648086;REFB=0.0080397;REVB=0.0549216;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424425;STB=0.75288;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00347773;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:4:7:11:1:4:7 chr9 125330325 . C G 167.0 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00655871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.888;QD=18.5558;RBI=0.0300047;REFB=-0.0229536;REVB=-0.0292791;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359828;STB=0.703988;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0151347;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:16:16:0.444444:6:10:4:14:6:10:4:14 chr9 125330678 . T G 2368.75 PASS AF=0.981366;AO=154;DP=160;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0124424;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.692;QD=58.851;RBI=0.0397799;REFB=-0.159534;REVB=0.0377839;RO=3;SAF=87;SAR=67;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855032;STB=0.504087;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000562931;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:160:161:3:3:154:158:0.981366:67:87:1:2:71:87:1:2 chr9 125330739 . G A 2698.07 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022948;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1842;QD=62.0245;RBI=0.0269935;REFB=0.0601337;REVB=0.0142141;RO=1;SAF=84;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04019e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:174:1:0:174:174:1:90:84:1:0:90:84:0:0 chr9 125377087 . A G 939.72 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0341993;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9791;QD=54.4763;RBI=0.03427;REFB=0.0442636;REVB=-0.00219919;RO=3;SAF=39;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349656;STB=0.518513;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000864197;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:69:3:3:66:66:0.956522:27:39:3:0:27:39:3:0 chr9 125377505 . A G 590.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.382;QD=60.6112;RBI=0.0240129;REFB=0;REVB=0.0238477;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34696e-05;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:11:26:0:0:13:26:0:0 chr9 125378014 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.48;QD=61.684;RBI=0.0256783;REFB=0;REVB=0.00479685;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8113e-05;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr9 125390874 . A C 989.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.514;QD=59.0704;RBI=0.0342827;REFB=0;REVB=0.000760148;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58609e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:33:30:0:0:33:34:0:0 chr9 125391026 . A C 1133.64 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.442;QD=59.6653;RBI=0.0650898;REFB=0;REVB=0.0560134;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148114;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:28:44:0:0:28:48:0:0 chr9 125391127 . C T 221.96 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0282293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2696;QD=18.8903;RBI=0.029482;REFB=0.0065962;REVB=0.00850241;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364213;STB=0.520642;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00216771;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:15:10:8:14:15:10 chr9 125391368 . C CG 332.0 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117794;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.89;QD=45.7926;RBI=0.130033;REFB=0;REVB=-0.0550745;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00276928;OID=.;OPOS=125391369;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:29:29:0:15:14:0:0:4:27:2:1:14:13 chr9 125391369 . A G 333.81 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00803534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2203;QD=46.0427;RBI=0.0440533;REFB=-0.0438745;REVB=-0.0433143;RO=3;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319132;STB=0.517228;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0266398;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:13:13:2:1:13:13:2:1 chr9 125391409 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.354;QD=54.5177;RBI=0.029065;REFB=0;REVB=0.0286266;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63433e-05;OID=.;OPOS=125391409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr9 125486968 . G A 2842.11 PASS AF=0.983957;AO=183;DP=188;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=159;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0102762;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.06;QD=60.7938;RBI=0.0192073;REFB=-0.0656901;REVB=0.0162272;RO=3;SAF=25;SAR=158;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126719;STB=0.506679;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000173221;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:188:187:3:3:183:184:0.983957:158:25:1:2:159:25:1:2 chr9 125512193 . C A 1529.58 PASS AF=0.963964;AO=95;DP=104;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.172163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4865;QD=55.1202;RBI=0.179226;REFB=-0.152168;REVB=0.0498163;RO=2;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00020576;STB=0.510579;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00544055;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:104:111:2:4:95:107:0.963964:48:47:1:1:49:58:1:3 chr9 125512575 . G A 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0776;QD=51.9044;RBI=0.0168874;REFB=0;REVB=0.0161136;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169624;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr9 125512770 . T C 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2993;QD=64.4083;RBI=0.040398;REFB=0;REVB=0.03477;RO=0;SAF=3;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108967;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:47:3:0:0:47:3:0:0 chr9 125512788 . G A 929.68 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.352;QD=58.1053;RBI=0.0662583;REFB=0;REVB=0.063498;RO=0;SAF=8;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220705;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:51:8:0:0:56:8:0:0 chr9 125512795 . G C 1061.24 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.985;QD=59.7884;RBI=0.0422893;REFB=0;REVB=-0.0202387;RO=0;SAF=12;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67517e-05;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:59:12:0:0:59:12:0:0 chr9 125512826 . G A 1543.06 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0345067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2462;QD=57.6846;RBI=0.043342;REFB=-0.168709;REVB=0.0262262;RO=2;SAF=24;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117156;STB=0.506096;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00165373;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:107:2:2:104:105:0.981308:80:24:0:2:81:24:0:2 chr9 125524836 . A G 1324.34 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125758;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5621;QD=62.322;RBI=0.0129926;REFB=0;REVB=0.00326462;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58796e-05;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr9 125563212 . T C 277.12 PASS AF=0.508475;AO=21;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0537568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4183;QD=18.7879;RBI=0.0667147;REFB=-0.0285699;REVB=-0.0395102;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126832;STB=0.55004;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0233452;OID=.;OPOS=125563212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:29:21:30:0.508475:6:15:19:8:7:23:20:9 chr9 125563213 . G C 43.24 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00580007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.2117;QD=2.93182;RBI=0.0546545;REFB=-0.0592099;REVB=-0.0543459;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266331;STB=0.721912;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0254497;OID=.;OPOS=125563213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:56:59:48:51:8:8:0.135593:1:7:35:13:1:7:36:15 chr9 125582173 . C T 208.73 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00881181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.752;QD=11.4374;RBI=0.0220429;REFB=0.00260672;REVB=0.0202049;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134392;STB=0.588975;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00812245;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:47:25:26:0.356164:12:13:30:17:13:13:30:17 chr9 125582535 . G A 320.06 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.01325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.664;QD=16.0028;RBI=0.0401322;REFB=-0.0109142;REVB=-0.0378818;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829434;STB=0.546736;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0123509;OID=.;OPOS=125582535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:20:15:23:22:20:15:23:22 chr9 125611809 . AA TA,TT 41.33 PASS AF=0.285714,0;AO=28,6;DP=72;FAO=38,0;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=7,0;FSAR=31,0;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.102696,-0.0788687;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=14.0207,20.5019;QD=1.24297;RBI=0.10687,0.0868219;REFB=-0.0543536,-0.0869108;REVB=-0.0295755,-0.0363009;RO=38;SAF=5,1;SAR=23,5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341455,-0.364819;STB=0.813353,0.5;STBP=0,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.193507,-0.0650502;OID=.,.;OPOS=125611809,125611809;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:72:133:38:95:28,6:38,0:0.285714,0:23,5:5,1:17:21:31,0:7,0:59:36 chr9 125637471 . A T 713.41 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0080855;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7538;QD=52.845;RBI=0.0239916;REFB=-0.0504345;REVB=0.0225881;RO=1;SAF=37;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125628;STB=0.509463;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000477955;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:1:2:52:52:0.962963:15:37:1:0:15:37:1:1 chr9 125637648 . T C 464.46 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8828;QD=58.0578;RBI=0.0443008;REFB=0;REVB=0.0335723;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118155;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr9 125672326 . G A 128.2 PASS AF=0.275362;AO=16;DP=67;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.00948118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7644;QD=7.43162;RBI=0.0258616;REFB=-0.0119382;REVB=-0.0240609;RO=50;SAF=9;SAR=7;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205566;STB=0.608309;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0358227;OID=.;OPOS=125672326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:50:50:16:19:0.275362:7:9:36:14:8:11:36:14 chr9 125782663 . A G 223.65 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0205388;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.237;QD=10.6499;RBI=0.0250587;REFB=-0.00160302;REVB=-0.0143561;RO=57;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315019;STB=0.679246;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00428019;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:57:55:28:29:0.345238:9:19:23:34:9:20:23:32 chr9 125866070 . G C 1915.83 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.16;QD=60.8199;RBI=0.0210528;REFB=-0.0124448;REVB=0.018094;RO=1;SAF=68;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693621;STB=0.503597;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=3.86513e-06;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:1:1:124:125:0.992063:56:68:1:0:56:69:1:0 chr9 125877635 . C T 696.65 PASS AF=0.553719;AO=66;DP=120;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.014476;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.537;QD=23.0296;RBI=0.0521744;REFB=-0.0135731;REVB=0.0501259;RO=53;SAF=41;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140034;STB=0.575174;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00933225;OID=.;OPOS=125877635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:53:54:66:67:0.553719:25:41:24:29:25:42:25:29 chr9 126028395 . C G 1542.7 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00333296;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.078;QD=58.7696;RBI=0.0271719;REFB=-0.13704;REVB=0.0269668;RO=1;SAF=75;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166419;STB=0.50877;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000431044;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:28:75:0:1:28:76:0:1 chr9 126125318 . C A 2106.0 PASS AF=0.978723;AO=136;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0217901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4585;QD=59.7448;RBI=0.0725858;REFB=-0.125037;REVB=0.0692379;RO=5;SAF=53;SAR=83;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00072857;STB=0.501295;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00259173;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:141:141:5:3:136:138:0.978723:83:53:2:3:84:54:1:2 chr9 126132919 . G A 287.91 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.973;QD=52.348;RBI=0.035739;REFB=0;REVB=0.00610093;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198688;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr9 126133497 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.288;QD=62.022;RBI=0.0217204;REFB=0;REVB=0.0187859;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20098e-05;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr9 126133547 . T C 340.37 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.785;QD=54.4596;RBI=0.0956029;REFB=0;REVB=0.0430883;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101301;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 126136247 . A G 1098.32 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.361;QD=60.182;RBI=0.124297;REFB=0;REVB=-0.115378;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104359;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr9 126144746 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1908;QD=37.4796;RBI=0.11894;REFB=0;REVB=-0.0473972;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0105573;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr9 126770250 . C G 1485.78 PASS AF=0.544444;AO=132;DP=256;FAO=147;FDP=270;FR=.;FRO=123;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=0.0121609;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.193;QD=22.0116;RBI=0.0130013;REFB=-0.0176398;REVB=0.00459867;RO=124;SAF=60;SAR=72;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242775;STB=0.523797;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0147522;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:270:124:123:132:147:0.544444:72:60:53:71:76:71:53:70 chr9 126783433 . G C 422.32 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0222956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.221;QD=18.3619;RBI=0.0241257;REFB=-0.0131685;REVB=-0.00921706;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110039;STB=0.511622;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0138176;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:22:21:24:24:22:21:25:24 chr9 127101921 . TCCC TCC,TCCT 2166.67 PASS AF=0.160839,0.839161;AO=15,108;DP=144;FAO=23,120;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=3,65;FSAR=20,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979523,0.00932049;FXX=0.0137922;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.2777,38.0259;QD=60.6063;RBI=0.323172,0.0806359;REFB=0,0;REVB=-0.323023,-0.0800954;RO=0;SAF=3,61;SAR=12,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0945949,-0.00628765;OID=.,.;OPOS=127101922,127101924;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCC,TCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.160839,0.839161:15,108:144:23,120:143:0:3,65:20,55:0:0:99:0:3,61:12,47:0:0 chr9 127113660 . A G 599.21 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0110113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.827;QD=16.6447;RBI=0.0124632;REFB=0.000153405;REVB=0.00583813;RO=81;SAF=32;SAR=31;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142123;STB=0.507934;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.000233677;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:31:32:40:41:31:32:40:41 chr9 127177161 . A G 361.91 PASS AF=0.493506;AO=35;DP=74;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0269845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3597;QD=18.8005;RBI=0.0490725;REFB=-0.0515387;REVB=0.0409872;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517645;STB=0.508192;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0275266;OID=.;OPOS=127177161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:37:39:35:38:0.493506:21:14:15:22:23:15:16:23 chr9 127216839 . C T 1033.14 PASS AF=0.577381;AO=96;DP=167;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0452647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5525;QD=24.5987;RBI=0.0542685;REFB=9.99508e-05;REVB=0.0299361;RO=71;SAF=42;SAR=54;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658042;STB=0.53754;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000318039;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:71:71:96:97:0.577381:54:42:37:34:55:42:37:34 chr9 127220392 . G C 107.33 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0294232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8445;QD=12.6273;RBI=0.0397704;REFB=-0.0502121;REVB=0.0267574;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256805;STB=0.666405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0488445;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:4:8:9:12:4:9:9:12 chr9 127220938 . G C 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0286239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4659;QD=14.8157;RBI=0.0327737;REFB=0.00922449;REVB=0.0159621;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167787;STB=0.59491;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00659265;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:13:16:15:24:13:16:15:24 chr9 127228596 . A G 725.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.868;QD=63.0671;RBI=0.0177678;REFB=0;REVB=-0.00781811;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81404e-05;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:32:14:0:0 chr9 127230813 . G A 484.3 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0101666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.474;QD=23.6245;RBI=0.0223536;REFB=-0.0321427;REVB=0.0199079;RO=34;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913298;STB=0.538818;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0213443;OID=.;OPOS=127230813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:36:46:46:0.560976:27:19:18:16:27:19:18:18 chr9 127230891 . G A 247.56 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00585159;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.751;QD=9.43091;RBI=0.0113067;REFB=-0.0163908;REVB=-0.00967475;RO=72;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044421;STB=0.525985;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0359188;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:72:72:33:33:0.314286:20:13:31:41:20:13:31:41 chr9 127231503 . G A 371.82 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0512817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8411;QD=25.6427;RBI=0.0957905;REFB=-0.0286937;REVB=0.0809074;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439898;STB=0.524071;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0199938;OID=.;OPOS=127231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:19:17:9:13:19:17:9:13 chr9 127231774 . C G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4347;QD=55.6471;RBI=0.0767944;REFB=0;REVB=0.067547;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022891;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr9 127262802 . C G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00894076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.027;QD=38.2053;RBI=0.019055;REFB=-0.0298257;REVB=0.0168273;RO=2;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147635;STB=0.581968;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00601229;OID=.;OPOS=127262802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:2:13:1:1:2:13:1:1 chr9 127369479 . G A 198.52 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0375136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.968;QD=22.0581;RBI=0.0414747;REFB=-0.00624055;REVB=0.0176884;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17785;STB=0.583252;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00599986;OID=.;OPOS=127369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:15:16:18:20:0.555556:8:10:5:10:10:10:5:11 chr9 127369679 . C T 254.46 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0263552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.042;QD=21.6561;RBI=0.0266039;REFB=-0.0481323;REVB=-0.00362942;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137196;STB=0.573132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0344533;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:23:24:0.510638:11:12:8:14:11:13:9:14 chr9 127563364 . G A 471.96 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.939;QD=55.5249;RBI=0.0410391;REFB=-0.128046;REVB=0.0230213;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00189403;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:1:0 chr9 127566378 . A C,G 635.38 PASS AF=0.119048,0.880952;AO=4,37;DP=41;FAO=5,37;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,25;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632787,-0.00930417;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.648,142.006;QD=60.5122;RBI=0.02472,0.0841985;REFB=0,0;REVB=0.0238964,-0.0836829;RO=0;SAF=4,25;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0806725,-0.0254045;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:41:42:0:0:4,37:5,37:0.119048,0.880952:0,12:4,25:0:0:0,12:5,25:0:0 chr9 127616537 . A G 86.27 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0399588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0865;QD=12.325;RBI=0.0461316;REFB=-0.00177022;REVB=-0.0230525;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303356;STB=0.675404;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000604211;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:3:14:6:5:3:14 chr9 127618776 . A G 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00534094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8988;QD=12.7743;RBI=0.0599657;REFB=-0.013511;REVB=-0.0597274;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33729;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0147123;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:5:9:3:7:5:9 chr9 127618839 . C G 593.54 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2942;QD=60.8762;RBI=0.0169072;REFB=0;REVB=0.00321248;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308699;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:21:18:0:0 chr9 127661645 . G A 726.4 PASS AF=0.626168;AO=67;DP=108;FAO=67;FDP=107;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0829673;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6351;QD=27.1551;RBI=0.0831236;REFB=-0.0280156;REVB=0.00509569;RO=40;SAF=33;SAR=34;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142941;STB=0.577372;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0172003;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:40:40:67:67:0.626168:34:33:28:12:34:33:28:12 chr9 127674200 . A C 1258.6 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291737;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.235;QD=60.6553;RBI=0.0332304;REFB=0.021227;REVB=0.015911;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000323612;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:0:1:39:43:0:1 chr9 127683414 . C A 204.21 PASS AF=0.376812;AO=23;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0208246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.174;QD=11.8384;RBI=0.0270428;REFB=-0.0182757;REVB=-0.0172526;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671449;STB=0.550686;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0293526;OID=.;OPOS=127683414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:43:23:26:0.376812:11:12:25:18:13:13:25:18 chr9 127951863 . G A 132.86 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0135582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8459;QD=15.6304;RBI=0.0218239;REFB=-0.00365079;REVB=-0.0171014;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358702;STB=0.699802;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00683204;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:18:1:5:10:18:1 chr9 127962916 . G A 214.19 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0236738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.572;QD=20.8968;RBI=0.0257403;REFB=-0.0384355;REVB=0.0101051;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.535929;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0283607;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:21:21:0.512195:11:10:10:9:11:10:11:9 chr9 128072273 . G C 780.66 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4144;QD=56.7752;RBI=0.04666;REFB=0;REVB=-0.0458294;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334653;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr9 128074807 . T C 837.32 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8766;QD=55.8213;RBI=0.0582353;REFB=-0.101267;REVB=-0.0557442;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00107942;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:0:1:58:59:0.983333:23:35:0:0:24:35:1:0 chr9 128692068 . C T 567.5 PASS AF=0.508772;AO=56;DP=116;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00478449;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.832;QD=19.9123;RBI=0.00546809;REFB=0.00628038;REVB=-0.00264739;RO=54;SAF=29;SAR=27;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158935;STB=0.525733;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00507572;OID=.;OPOS=128692068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:54:56:56:58:0.508772:27:29:27:27:27:31:27:29 chr9 128728459 . A G 149.13 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0523171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4446;QD=27.1149;RBI=0.0531388;REFB=-0.0427958;REVB=-0.00930904;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069444;STB=0.517219;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0351271;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:22:22:5:7:15:15:0.681818:10:5:1:4:10:5:2:5 chr9 129265715 . C G 2249.36 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00809969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0712;QD=61.207;RBI=0.0839715;REFB=-0.161176;REVB=0.08358;RO=0;SAF=82;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.2896e-08;STB=0.511809;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00310881;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:147:147:0:3:144:144:0.979592:62:82:0:0:62:82:0:3 chr9 129453229 . A G 921.38 PASS AF=0.642857;AO=81;DP=128;FAO=81;FDP=126;FR=.;FRO=45;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00473143;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.912;QD=29.25;RBI=0.0115815;REFB=-0.0511495;REVB=-0.0105709;RO=43;SAF=41;SAR=40;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413015;STB=0.514103;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0313938;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:43:45:81:81:0.642857:40:41:19:24:40:41:21:24 chr9 129455587 . G C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00978594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.235;QD=22.5809;RBI=0.0100596;REFB=-0.0183517;REVB=-0.0023304;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418959;STB=0.745235;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00810538;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:3:4:11:1:3:4 chr9 129595895 . T C 518.51 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469843;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.026;QD=59.2582;RBI=0.0051802;REFB=0;REVB=0.00218157;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269167;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:25:10:0:0 chr9 129596069 . G A 710.88 PASS AF=0.622642;AO=66;DP=106;FAO=66;FDP=106;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0307243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5555;QD=26.8255;RBI=0.037805;REFB=-0.0304037;REVB=-0.022028;RO=40;SAF=34;SAR=32;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164825;STB=0.589157;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0307017;OID=.;OPOS=129596069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:40:40:66:66:0.622642:32:34:30:10:32:34:30:10 chr9 129597312 . C T 151.22 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0485493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6302;QD=9.75608;RBI=0.0644588;REFB=-0.028165;REVB=-0.0424017;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29267;STB=0.648877;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0631445;OID=.;OPOS=129597312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:20:21:0.33871:7:13:16:25:8:13:16:25 chr9 129752239 . C T 726.21 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0401817;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.055;QD=25.7064;RBI=0.0437429;REFB=-0.0272762;REVB=0.017288;RO=45;SAF=39;SAR=29;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366855;STB=0.51993;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0141258;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:45:45:68:68:0.60177:29:39:28:17:29:39:28:17 chr9 129831659 . T A 1400.86 PASS AF=0.852459;AO=106;DP=124;FAO=104;FDP=122;FR=.;FRO=18;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000663313;FXX=0.0161277;HRUN=9;LEN=1;MLLD=227.696;QD=45.9299;RBI=0.0132971;REFB=-0.0510145;REVB=0.0132806;RO=18;SAF=57;SAR=49;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408308;STB=0.520665;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000452953;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:124:122:18:18:106:104:0.852459:49:57:7:11:49:55:7:11 chr9 130191186 . C T 175.87 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0549521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.097;QD=8.27618;RBI=0.0582472;REFB=-0.00837246;REVB=-0.0193133;RO=61;SAF=10;SAR=14;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011785;STB=0.507036;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0209868;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:14:10:26:35:14:10:26:35 chr9 130197414 . A G 467.24 PASS AF=0.429752;AO=53;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0377099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3101;QD=15.4458;RBI=0.0551353;REFB=0.00559819;REVB=-0.0402227;RO=65;SAF=34;SAR=19;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196221;STB=0.599377;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00760192;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:69:53:52:0.429752:19:34:29:36:19:33:32:37 chr9 130206669 . C T 38.09 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0422203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.933;QD=5.64298;RBI=0.0424808;REFB=-0.00294956;REVB=-0.00469764;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647405;STB=0.583117;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0259469;OID=.;OPOS=130206669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:27:20:20:6:7:0.259259:5:1:4:16:5:2:4:16 chr9 130242166 . A G 274.11 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0726228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2767;QD=15.2281;RBI=0.0788224;REFB=-0.016709;REVB=-0.0306416;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23792;STB=0.625921;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0246303;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:41:30:31:0.430556:18:12:25:14:19:12:25:16 chr9 130259618 . A C 140.79 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0574486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3258;QD=13.7355;RBI=0.0749332;REFB=-0.0245012;REVB=-0.0481108;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226393;STB=0.632417;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0345871;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:11:5:13:12:11:5:13:12 chr9 130267777 . C G 85.82 PASS AF=0.407407;AO=7;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0115621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.177;QD=12.7139;RBI=0.0498502;REFB=-0.0161669;REVB=0.0484908;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611001;STB=0.528872;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0167488;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:27:15:16:7:11:0.407407:2:5:10:5:3:8:11:5 chr9 130341253 . A G 261.24 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612972;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2323;QD=52.2471;RBI=0.0642372;REFB=0;REVB=0.0192113;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235501;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr9 130457374 . G A 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.111232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.982;QD=4.20322;RBI=0.112084;REFB=-0.00934763;REVB=-0.0137967;RO=39;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477279;STB=0.814841;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0430221;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:2:6:13:26:2:6:13:26 chr9 130475011 . T C 197.04 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.062398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5297;QD=8.95653;RBI=0.0876965;REFB=-0.0109201;REVB=0.0616211;RO=62;SAF=13;SAR=13;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575797;STB=0.534065;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0254191;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:26:26:0.295455:13:13:28:34:13:13:28:34 chr9 130475442 . A C 417.14 PASS AF=0.40678;AO=49;DP=119;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.00272915;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.035;QD=14.1404;RBI=0.0277669;REFB=0.0162101;REVB=-0.0276325;RO=70;SAF=27;SAR=22;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982247;STB=0.549;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0285013;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:70:70:49:48:0.40678:22:27:45:25:21:27:45:25 chr9 130477768 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0397552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.708;QD=12.0206;RBI=0.0408461;REFB=-0.00030801;REVB=0.0093769;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201386;STB=0.616873;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000870934;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:5:20:9:5:5:20 chr9 130489558 . A G 448.19 PASS AF=0.401575;AO=50;DP=126;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0150148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.831;QD=14.1162;RBI=0.03863;REFB=-0.00549895;REVB=-0.0355926;RO=72;SAF=37;SAR=13;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094222;STB=0.566299;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00662648;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:72:76:50:51:0.401575:13:37:48:24:14:37:48:28 chr9 130489743 . A G 157.85 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0196892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.829;QD=10.1841;RBI=0.0203607;REFB=-0.00330433;REVB=0.00518587;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613061;STB=0.556163;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00601791;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:38:41:20:21:0.33871:15:5:8:30:15:6:9:32 chr9 130493513 . A G 158.6 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0108314;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.557;QD=15.4732;RBI=0.115177;REFB=-0.0591648;REVB=-0.114667;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349998;STB=0.517219;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.052246;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:22:15:16:0.390244:3:12:15:0:4:12:16:6 chr9 130494811 . T C 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0274975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.407;QD=9.18387;RBI=0.0344122;REFB=-0.0152158;REVB=-0.0206903;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152371;STB=0.590473;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0456063;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:49:22:22:0.309859:12:10:15:31:12:10:16:33 chr9 130494957 . T C 2280.17 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403385;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.276;QD=60.0044;RBI=0.0523279;REFB=-0.108446;REVB=0.0333318;RO=1;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556335;STB=0.502924;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000321888;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:153:152:1:1:150:151:0.993421:85:65:0:1:85:66:0:1 chr9 130495627 . GCCCCCCCA GCCCCCCAC,GCCCCCGCA 331.7 PASS AF=0,0.463768;AO=4,17;DP=72;FAO=0,32;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=0,13;FSAR=0,19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0599557,0.0274869;FXX=0.0416609;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=15.1687,215.544;QD=19.2287;RBI=0.0737576,0.0531418;REFB=-0.103922,-0.0430136;REVB=0.0429592,0.045481;RO=15;SAF=4,9;SAR=0,8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.61024,-0.172443;STB=0.5,0.631396;STBP=1,0.053;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0165835,0.0233619;OID=.,.;OPOS=130495634,130495633;OREF=CA,C;OALT=AC,G;OMAPALT=GCCCCCCAC,GCCCCCGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.463768:4,17:72:0,32:69:31:0,13:0,19:21:10:99:15:4,9:0,8:11:4 chr9 130504070 . G A 287.55 PASS AF=0.284672;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=137;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.00200895;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.691;QD=8.39551;RBI=0.0023838;REFB=-0.00843701;REVB=0.0012832;RO=98;SAF=28;SAR=11;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219568;STB=0.63056;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0225551;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:98:98:39:39:0.284672:11:28:54:44:11:28:54:44 chr9 130536717 . G A 519.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.904;QD=59.3268;RBI=0.0907688;REFB=0;REVB=0.0501186;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201805;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:29:5:0:0:30:5:0:0 chr9 130550838 . G C,GC 49.94 PASS AF=0.0416667,0.3125;AO=4,13;DP=50;FAO=2,15;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=2,9;FSAR=0,6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0204205,0.0345586;FXX=0.020404;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=32.0945,7.6103;QD=4.16208;RBI=0.104121,0.188537;REFB=-0.0388669,-0.0638263;REVB=-0.102098,-0.185343;RO=27;SAF=1,9;SAR=3,4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.340534,0.165467;STB=0.994,0.513495;STBP=0.205,0.908;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000791136,0.0541488;OID=.,.;OPOS=130550838,130550839;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:50:48:27:31:4,13:2,15:0.0416667,0.3125:3,4:1,9:15:12:0,6:2,9:18:13 chr9 130552126 . GA G 96.47 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0116444;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3245;QD=6.76962;RBI=0.0349184;REFB=-0.00787933;REVB=-0.0329196;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397835;STB=0.508761;STBP=0.951;TYPE=del;VARB=0.0352287;OID=.;OPOS=130552127;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702:15:57:16:57:41:8:8:20:21:96:40:7:8:20:20 chr9 130581963 . T G 330.53 PASS AF=0.38;AO=33;DP=95;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0229867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.966;QD=13.2211;RBI=0.0328546;REFB=-0.0256884;REVB=-0.0234742;RO=60;SAF=13;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175048;STB=0.578906;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0436919;OID=.;OPOS=130581963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:60:62:33:38:0.38:20:13:33:27:22:16:34:28 chr9 130630639 . A G 1675.71 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180974;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.812;QD=60.386;RBI=0.079966;REFB=0;REVB=0.0778913;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55343e-05;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:106:111:1:49:57:0:0:53:58:0:0 chr9 130647583 . T C 1601.98 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7454;QD=59.8869;RBI=0.0502909;REFB=0;REVB=-0.0483859;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337696;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:53:54:0:0:53:54:0:0 chr9 130648680 . G A 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.259;QD=57.6722;RBI=0.0240469;REFB=0;REVB=0.0238502;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152486;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr9 130670310 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.327;QD=45.8068;RBI=0.0227394;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89752e-05;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr9 130690412 . G C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.267;QD=57.5453;RBI=0.0248532;REFB=0;REVB=0.0229986;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38287e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:45:13:0:0:45:13:0:0 chr9 130698029 . G C 1134.74 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.861;QD=60.5196;RBI=0.0070406;REFB=0;REVB=-0.00684795;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06914e-05;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr9 130698043 . A G 1045.58 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.104;QD=58.9061;RBI=0.0708323;REFB=0;REVB=0.0550656;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044566;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:26:43:0:0:26:45:0:0 chr9 130703789 . G A 1056.89 PASS AF=0.986301;AO=65;DP=66;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.623;QD=57.9115;RBI=0.0607866;REFB=-0.0752972;REVB=0.0592957;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00309766;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:73:1:1:65:72:0.986301:35:30:0:1:40:32:0:1 chr9 130703852 . A AAAC 292.63 PASS AF=0.857143;AO=21;DP=34;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0352575;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=246.729;QD=41.8039;RBI=0.0398559;REFB=-0.0202335;REVB=0.018585;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293603;STB=0.564048;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=0.00185227;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:21:34:24:28:4:8:16:3:1:19:13:6:15:9:4 chr9 130707081 . A G 1896.95 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.638;QD=61.1918;RBI=0.0124167;REFB=0;REVB=-0.00859717;RO=0;SAF=55;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67116e-05;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:68:55:0:0:68:56:0:0 chr9 130829039 . A G 575.29 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.952;QD=60.5571;RBI=0.0436692;REFB=0;REVB=-0.0304913;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05829e-06;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr9 130860866 . T C 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.158;QD=61.5322;RBI=0.026471;REFB=0;REVB=0.0262764;RO=0;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30983e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:57:24:0:0:57:24:0:0 chr9 130864676 . T C 685.94 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0836086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4718;QD=58.3779;RBI=0.0869376;REFB=0.000352145;REVB=0.0238276;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103566;STB=0.505514;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000751544;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:17:28:1:1:17:28:1:1 chr9 130869499 . A T 923.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219042;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9124;QD=58.6165;RBI=0.0246308;REFB=0;REVB=0.0112641;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126151;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr9 130883511 . C T 2124.54 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.006796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.441;QD=62.0305;RBI=0.0107548;REFB=0.110893;REVB=0.00833548;RO=1;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704267;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=7.88795e-06;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:67:69:0:1:67:69:0:1 chr9 130891060 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0263567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.871;QD=13.054;RBI=0.0296256;REFB=-0.0193792;REVB=-0.0135278;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083621;STB=0.538888;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0228448;OID=.;OPOS=130891060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:11:12:15:19:11:12:16:19 chr9 130984755 . C T 376.2 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0635853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.895;QD=21.1942;RBI=0.0638091;REFB=-0.0157954;REVB=0.00533921;RO=33;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572036;STB=0.531629;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0122179;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:21:17:17:16:21:17:17:16 chr9 131019738 . T C 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0206513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.485;QD=8.04991;RBI=0.0222163;REFB=-0.00089075;REVB=-0.0081906;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608201;STB=0.542487;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00153399;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:11:7:15:29:11:7:15:30 chr9 131019933 . G T 271.78 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0388514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6134;QD=19.4128;RBI=0.0663662;REFB=-0.0223815;REVB=-0.0538056;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253554;STB=0.641748;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0381334;OID=.;OPOS=131019933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:20:9:16:11:20:9:16:11 chr9 131027963 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0311979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.798;QD=15.1965;RBI=0.0313177;REFB=-0.00116758;REVB=-0.00273658;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297983;STB=0.687798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00125095;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:10:4:10:7:10:4:11:7 chr9 131028226 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00375545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.578;QD=7.62902;RBI=0.00418475;REFB=0.00603691;REVB=-0.00184626;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305347;STB=0.689207;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0283291;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:7:13:3:5:7:13 chr9 131079513 . GAAAC G 277.54 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0179615;FXX=0.0810701;HRUN=3;LEN=4;MLLD=285.583;QD=16.3256;RBI=0.0184822;REFB=-0.010052;REVB=0.0043562;RO=23;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601614;STB=0.539728;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.00778843;OID=.;OPOS=131079514;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544118:35:66:37:68:31:15:22:10:21:99:23:15:20:8:15 chr9 131085373 . G C 640.64 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00731378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.981;QD=59.5939;RBI=0.00768225;REFB=-0.17128;REVB=0.00235064;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.507243;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000653244;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:1:42:42:0.976744:34:8:0:0:34:8:0:1 chr9 131088214 . G A 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0148452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.429;QD=16.1058;RBI=0.019078;REFB=-0.0303234;REVB=-0.0119829;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230532;STB=0.613372;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0312855;OID=.;OPOS=131088214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:5:16:9:8:6:16 chr9 131107524 . T C,TC 31.39 PASS AF=0,0.120482;AO=3,12;DP=83;FAO=0,10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.075247,-0.0341343;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=38.897,20.7932;QD=1.51282;RBI=0.13146,0.0938932;REFB=-0.0124485,-0.0419678;REVB=-0.107794,-0.0874688;RO=68;SAF=1,1;SAR=2,11;SRF=40;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206563,-0.617073;STB=0.5,0.803225;STBP=1,0.049;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.153283;OID=.,.;OPOS=131107524,131107525;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:83:83:68:73:3,12:0,10:0,0.120482:2,11:1,1:40:28:0,8:0,2:40:33 chr9 131112576 . G A 509.99 PASS AF=0.635135;AO=46;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.033934;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.024;QD=27.5669;RBI=0.0452544;REFB=-0.0149859;REVB=0.0299407;RO=26;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765893;STB=0.537606;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0121431;OID=.;OPOS=131112576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:27:46:47:0.635135:23:23:16:10:24:23:16:11 chr9 131196695 . C T 227.07 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0414826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2917;QD=21.1232;RBI=0.0649612;REFB=0.0244549;REVB=0.0499915;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15081;STB=0.584342;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0135332;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:15:6:10:12:15:6 chr9 131196704 . G A 250.09 PASS AF=0.521739;AO=21;DP=43;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0209637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.103;QD=21.7469;RBI=0.0398124;REFB=-0.0346434;REVB=0.033846;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104038;STB=0.586886;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0234898;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:22:22:21:24:0.521739:9:12:15:7:12:12:15:7 chr9 131199576 . A C 267.69 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0161652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.465;QD=19.4682;RBI=0.0208036;REFB=-0.0123154;REVB=-0.0130949;RO=22;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191811;STB=0.584313;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0214301;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:26:28:29:0.527273:21:7:10:12:22:7:10:16 chr9 131235321 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.069;QD=56.1912;RBI=0.0453618;REFB=0;REVB=0.0180696;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64921e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr9 131247176 . C T 316.45 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0561227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.148;QD=38.357;RBI=0.0631249;REFB=0.0215964;REVB=0.0288964;RO=7;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252967;STB=0.63813;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00089626;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:19:7:6:1:19:7:6:1 chr9 131285955 . A G 568.51 PASS AF=0.553398;AO=56;DP=102;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00325404;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.116;QD=22.0781;RBI=0.0377418;REFB=-0.0150592;REVB=-0.0376013;RO=45;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162302;STB=0.517448;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0114378;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:45:46:56:57:0.553398:30:26:20:25:30:27:20:26 chr9 131303522 . G A 500.95 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00466549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.241;QD=19.4543;RBI=0.0237371;REFB=-0.00107912;REVB=-0.0232741;RO=49;SAF=26;SAR=26;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134817;STB=0.582493;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000715181;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:49:51:52:52:0.504854:26:26:17:32:26:26:17:34 chr9 131346218 . A C 1549.33 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.9;QD=59.5895;RBI=0.0488649;REFB=0;REVB=0.0144679;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365531;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:104:0:0:97:104:1:53:44:0:0:59:45:0:0 chr9 131360750 . C T 452.71 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0217458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.856;QD=27.8589;RBI=0.0290695;REFB=-0.0169386;REVB=0.0192914;RO=23;SAF=22;SAR=20;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112722;STB=0.561271;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00632155;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:20:22:16:7:20:22:16:7 chr9 131375701 . A G 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.36;QD=63.8609;RBI=0.0174145;REFB=0;REVB=0.014462;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02047e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr9 131379967 . C T 404.61 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0531854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.977;QD=27.9039;RBI=0.0566108;REFB=-0.00923927;REVB=0.019393;RO=20;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482652;STB=0.526302;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00529678;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:18:20:9:11:18:20:9:11 chr9 131390472 . C A 35.4 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0231606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.25;QD=5.44673;RBI=0.0255669;REFB=-0.00300628;REVB=-0.0108284;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276216;STB=0.688931;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0194443;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:7:13:5:1:7:13 chr9 131396594 . A G 137.35 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0138091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.551;QD=16.1588;RBI=0.022603;REFB=-0.0115186;REVB=-0.0178942;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239574;STB=0.619094;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0154553;OID=.;OPOS=131396594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:7:8:14:4:7:9:14:4 chr9 131397479 . G A 970.26 PASS AF=0.625;AO=85;DP=137;FAO=85;FDP=136;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00936884;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.248;QD=28.5371;RBI=0.0170853;REFB=-0.0236691;REVB=0.0142875;RO=51;SAF=33;SAR=52;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100373;STB=0.554358;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0156975;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:51:51:85:85:0.625:52:33:27:24:52:33:27:24 chr9 131398636 . C T 302.72 PASS AF=0.533333;AO=30;DP=58;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0202876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.226;QD=20.181;RBI=0.0232518;REFB=-0.00627755;REVB=0.0113604;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179438;STB=0.593691;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00513077;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:28:30:32:0.533333:12:18:11:17:13:19:11:17 chr9 131403096 . A G 167.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0137885;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.097;QD=14.9213;RBI=0.0139096;REFB=-0.00919053;REVB=-0.00183214;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192366;STB=0.621487;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0155331;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:27:18:18:0.4:7:11:11:15:7:11:11:16 chr9 131465167 . A G 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.183;QD=57.6722;RBI=0.140835;REFB=0;REVB=-0.0856477;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00374724;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr9 131479023 . T C 1065.14 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028667;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.904;QD=60.0077;RBI=0.0364494;REFB=0;REVB=0.0225113;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302884;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr9 131483749 . T A 428.6 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.119;QD=57.1462;RBI=0.0512954;REFB=0;REVB=0.0101472;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279667;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:20:10:0:0 chr9 131492850 . T C 393.08 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.609;QD=56.1543;RBI=0.0478512;REFB=0;REVB=-0.00163889;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268037;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:15:13:0:0 chr9 131515547 . G T 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0422451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2818;QD=14.4108;RBI=0.0550212;REFB=-0.0195868;REVB=-0.0352517;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287274;STB=0.666481;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0353667;OID=.;OPOS=131515547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:11:17:6:12:11:17 chr9 131570317 . C CCTT 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0821785;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.503;QD=10.0752;RBI=0.0825618;REFB=-0.0347013;REVB=-0.00794659;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410879;STB=0.74415;STBP=0.106;TYPE=ins;VARB=0.0426556;OID=.;OPOS=131570318;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:5:3:3:11:55:14:5:3:3:11 chr9 131585069 . A G 340.1 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.031;QD=54.4151;RBI=0.0129938;REFB=0;REVB=0.00267189;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24606e-05;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr9 131588652 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.33;QD=53.2748;RBI=0.0653187;REFB=0;REVB=-0.0651204;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863886;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr9 131670919 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6148;QD=55.0911;RBI=0.0699957;REFB=0;REVB=0.065668;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130286;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr9 131679078 . TC T 328.4 PASS AF=0.48;AO=32;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00607424;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3573;QD=17.5148;RBI=0.00759289;REFB=-0.0186079;REVB=-0.00455583;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157851;STB=0.5866;STBP=0.177;TYPE=del;VARB=0.0202853;OID=.;OPOS=131679079;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:32:75:36:75:39:17:19:12:27:99:36:16:16:12:24 chr9 131689361 . G A 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0279061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.953;QD=19.9988;RBI=0.0283706;REFB=-0.0255886;REVB=0.00511278;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.586156;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0213261;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:10:20:16:17:10:20 chr9 131702891 . A G 435.71 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0725407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1535;QD=21.5166;RBI=0.112008;REFB=-0.0342852;REVB=-0.0853439;RO=36;SAF=29;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106995;STB=0.574933;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0265383;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:36:38:43:43:0.530864:14:29:20:16:14:29:20:18 chr9 131767666 . TCAA CTCC,TCCA 221.04 PASS AF=0,0.519231;AO=3,19;DP=53;FAO=0,27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=0,15;FSAR=0,12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0894842,-0.194211;FXX=0.0188644;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=49.6328,37.59;QD=17.0031;RBI=0.124594,0.22287;REFB=-0.0242372,-0.0136571;REVB=-0.0866967,-0.109329;RO=22;SAF=2,9;SAR=1,10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180929,-0.0248086;STB=0.5,0.517229;STBP=1,0.814;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00388214;OID=.,.;OPOS=131767666,131767668;OREF=TCAA,A;OALT=CTCC,C;OMAPALT=CTCC,TCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:52:22:25:3,19:0,27:0,0.519231:1,10:2,9:11:11:0,12:0,15:13:12 chr9 131771505 . C T 265.17 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00172866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.923;QD=15.5985;RBI=0.0221759;REFB=-0.0178385;REVB=0.0221084;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351558;STB=0.514884;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0246964;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:38:30:30:0.441176:11:19:24:12:11:19:25:13 chr9 131849036 . C T 114.07 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0145448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.749;QD=9.91866;RBI=0.0145918;REFB=0.0082791;REVB=0.00117082;RO=32;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422767;STB=0.761471;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0125117;OID=.;OPOS=131849036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:12:2:14:18:12:2:14:18 chr9 131860901 . G T 979.14 PASS AF=0.876543;AO=70;DP=79;FAO=71;FDP=81;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00895253;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.46;QD=48.3526;RBI=0.0105258;REFB=-0.242197;REVB=0.00553584;RO=8;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991475;STB=0.562483;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0037771;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:81:8:10:70:71:0.876543:34:36:0:8:35:36:0:10 chr9 131866523 . C G 388.4 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0219826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2921;QD=16.1833;RBI=0.032184;REFB=-0.0202315;REVB=-0.0235069;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101712;STB=0.557216;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0272105;OID=.;OPOS=131866523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:22:19:31:24:22:19:31:24 chr9 132375432 . C T 409.19 PASS AF=0.57971;AO=38;DP=67;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.025793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.24;QD=23.7213;RBI=0.0286897;REFB=-0.013706;REVB=-0.0125626;RO=29;SAF=25;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299016;STB=0.668524;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0177023;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:29:29:38:40:0.57971:13:25:8:21:13:27:8:21 chr9 132377900 . C T 197.5 PASS AF=0.477273;AO=11;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.031576;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.5213;QD=17.9546;RBI=0.116772;REFB=-0.0726486;REVB=0.112421;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075548;STB=0.633669;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0857178;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:23:11:21:0.477273:6:5:11:10:15:6:12:11 chr9 132402908 . C G 612.82 PASS AF=0.597826;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00737917;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7024;QD=26.6442;RBI=0.00807352;REFB=-0.0182908;REVB=-0.00327562;RO=36;SAF=32;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692888;STB=0.54665;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0102152;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:36:37:54:55:0.597826:22:32:18:18:22:33:18:19 chr9 132569553 . C T 383.75 PASS AF=0.361538;AO=46;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.00406531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.977;QD=11.8078;RBI=0.0130135;REFB=-0.00598471;REVB=0.0123622;RO=78;SAF=14;SAR=32;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842503;STB=0.57166;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00939454;OID=.;OPOS=132569553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:83:46:47:0.361538:32:14:29:49:33:14:33:50 chr9 132573559 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00887793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.733;QD=13.2308;RBI=0.0131059;REFB=-0.0173248;REVB=-0.00964089;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364265;STB=0.521252;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0295354;OID=.;OPOS=132573559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:11:18:10:7:11:18 chr9 132594180 . T C 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00062583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.319;QD=21.8383;RBI=0.0503458;REFB=0.0107647;REVB=0.0503419;RO=24;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104383;STB=0.558774;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00828991;OID=.;OPOS=132594180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:6:19:16:8:6:19:16:8 chr9 132596000 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAAAG 61.95 PASS AF=0.538462,0.384615;AO=4,5;DP=14;FAO=7,5;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3,4;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0577817,0.0101723;FXX=0.133244;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=4.51312,210.705;QD=19.0602;RBI=0.113925,0.0261734;REFB=-0.146083,-0.0186211;REVB=-0.0981841,-0.0241158;RO=2;SAF=2,4;SAR=2,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.190062;STB=0.5554,0.66592;STBP=0.526,0.23;TYPE=del,snp;VARB=0.0705006,0.0202692;OID=.,.;OPOS=132596001,132596009;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.538462,0.384615:4,5:14:7,5:13:1:3,4:4,1:0:1:33:2:2,4:2,1:1:1 chr9 132618578 . T C 593.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.845;QD=60.921;RBI=0.0640652;REFB=0;REVB=0.0238241;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172312;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:24:13:0:0:25:14:0:0 chr9 132620364 . T C 770.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.424;QD=56.0309;RBI=0.0832311;REFB=0;REVB=0.0237314;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110479;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr9 132623293 . C T 339.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4254;QD=52.2567;RBI=0.0693931;REFB=0;REVB=0.0683622;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230321;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:22:3:0:0:23:3:0:0 chr9 132623868 . T C 1507.5 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.83;QD=59.7028;RBI=0.0375354;REFB=0;REVB=0.0348767;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181107;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:52:47:0:0:53:48:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 106.6 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643414;FXX=0.230592;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.391;QD=42.6391;RBI=0.0667179;REFB=0;REVB=0.0176485;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00058066;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:12:10:10:0:6:4:0:0:3:0:4:4:0:0 chr9 132631680 . T C 826.72 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257534;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.371;QD=58.0158;RBI=0.0412205;REFB=0;REVB=0.0321852;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022511;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr9 132636031 . A G 389.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.677;QD=55.5919;RBI=0.0396609;REFB=0;REVB=0.0120096;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024152;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:13:15:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 386.05 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512523,-0.108837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=145.789,107.785;QD=55.1496;RBI=0.0636514,0.114063;REFB=0,0;REVB=0.0377451,0.0341308;RO=0;SAF=13,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000292061,0.0956227;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:13,0:13,2:0:0:13,0:13,2:0:0 chr9 132649662 . A G 1114.3 PASS AF=0.961538;AO=70;DP=75;FAO=75;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0168731;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.04;QD=57.1438;RBI=0.0472708;REFB=-0.042779;REVB=0.0441568;RO=1;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178357;STB=0.510414;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00248146;OID=.;OPOS=132649662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:78:1:2:70:75:0.961538:26:44:0:1:28:47:2:0 chr9 132651363 . G C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00539675;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=239.061;QD=24.3278;RBI=0.0139607;REFB=0.000645193;REVB=0.0128754;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.666171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000216622;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:2:0:5:2:2:0 chr9 132662786 . C T 472.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6246;QD=57.2214;RBI=0.118694;REFB=0;REVB=0.0694703;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314744;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr9 132686186 . A G 1208.68 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.526;QD=61.1991;RBI=0.0122994;REFB=0;REVB=-0.00855325;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02088e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr9 132686267 . AG GA,GG 30.56 PASS AF=0,0.3125;AO=2,2;DP=14;FAO=0,5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=0,3;FSAR=0,2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0579118,-0.0110435;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.6879,214.718;QD=7.64003;RBI=0.0697394,0.0117666;REFB=0.00103055,0.00111748;REVB=-0.0388562,0.00406133;RO=9;SAF=0,2;SAR=2,0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.532037,0.64528;STB=0.5,0.5996;STBP=1,0.678;TYPE=mnp,snp;VARB=0.099261,0.035539;OID=.,.;OPOS=132686267,132686267;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:14:16:9:11:2,2:0,5:0,0.3125:2,0:0,2:3:6:0,2:0,3:5:6 chr9 132872686 . A G 850.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.427;QD=57.6945;RBI=0.0183776;REFB=0;REVB=-0.000279828;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155852;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1116.52 PASS AF=0.851485;AO=76;DP=111;FAO=86;FDP=101;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00435105;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=219.691;QD=44.2187;RBI=0.0568541;REFB=-0.0899285;REVB=0.0566873;RO=26;SAF=26;SAR=50;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118877;STB=0.55543;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0119251;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851485:76:111:86:101:15:28:58:10:5:78:26:26:50:15:11 chr9 132904268 . G A 118.93 PASS AF=0.35;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00741947;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.838;QD=11.8928;RBI=0.00742189;REFB=-0.0262124;REVB=-0.000189433;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0468179;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:26:26:14:14:0.35:8:6:12:14:8:6:12:14 chr9 132904345 . G A 405.14 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0207941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2287;QD=19.7629;RBI=0.0694273;REFB=-0.0264766;REVB=0.0662401;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253385;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:23:18:18:23:23:18:18:23 chr9 132904442 . G A 545.64 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0232583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.158;QD=17.1855;RBI=0.0256635;REFB=-0.0236473;REVB=0.0108475;RO=69;SAF=23;SAR=35;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940256;STB=0.505235;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.027669;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:35:23:28:41:35:23:28:41 chr9 132988709 . T G 129.48 PASS AF=0.279412;AO=17;DP=66;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0117456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.094;QD=7.61658;RBI=0.0377419;REFB=0.00251486;REVB=-0.0358677;RO=49;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766216;STB=0.584528;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00544842;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:49:49:17:19:0.279412:9:8:20:29:9:10:20:29 chr9 133048501 . G A 870.87 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0451186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9236;QD=56.1848;RBI=0.0493324;REFB=-0.0829765;REVB=0.0199501;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00116015;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr9 133234706 . TGCCCCCC CTGCCCCC,TGCCCCCA 49.37 PASS AF=0,0.1125;AO=3,7;DP=82;FAO=0,9;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.00465349,0.0720338;FXX=0.0243873;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=74.6175,25.2329;QD=2.46874;RBI=0.0768255,0.0866505;REFB=-0.0301679,-0.0579906;REVB=-0.0766844,0.0481605;RO=46;SAF=1,6;SAR=2,1;SRF=11;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112257,0.648018;STB=0.5,0.921522;STBP=1,0.025;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.121835;OID=.,.;OPOS=133234706,133234713;OREF=TGC,C;OALT=CTG,A;OMAPALT=CTGCCCCC,TGCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:82:80:46:68:3,7:0,9:0,0.1125:2,1:1,6:11:35:0,1:0,8:23:45 chr9 133271404 . C T 648.08 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0200114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.342;QD=30.1433;RBI=0.0259195;REFB=-0.0340224;REVB=0.0164732;RO=30;SAF=34;SAR=22;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197634;STB=0.607105;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0286601;OID=.;OPOS=133271404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:30:56:56:0.651163:22:34:9:21:22:34:9:21 chr9 133305012 . G A 236.27 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0310578;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.269;QD=9.00089;RBI=0.031228;REFB=-0.0124234;REVB=0.00325589;RO=73;SAF=14;SAR=18;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209553;STB=0.622435;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0203153;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:73:73:32:32:0.304762:18:14:45:28:18:14:45:28 chr9 133346920 . A G 1856.21 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.186;QD=61.3623;RBI=0.0777652;REFB=0;REVB=-0.000368509;RO=0;SAF=33;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72028e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:117:121:1:84:33:0:0:85:36:0:0 chr9 133553993 . C T 909.34 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145337;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.152;QD=56.8336;RBI=0.0146417;REFB=-0.0895015;REVB=-0.00177537;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.506847;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000207217;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:27:35:1:0:27:36:1:0 chr9 133558282 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.211;QD=59.6786;RBI=0.0267694;REFB=0;REVB=0.0146382;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38652e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr9 133576256 . T C 215.81 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00871316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.09;QD=16.9263;RBI=0.0143022;REFB=-0.00509335;REVB=-0.0113417;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210583;STB=0.525403;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00816888;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:23:24:0.470588:9:14:17:10:10:14:17:10 chr9 133710804 . T C 1159.93 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00620827;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.618;QD=57.9963;RBI=0.0349384;REFB=-0.00795752;REVB=0.0343824;RO=1;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150214;STB=0.502316;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000262024;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:77:78:0.975:31:46:0:1:32:46:1:1 chr9 133710819 . T TC 1524.17 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622299;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.1516;QD=56.4506;RBI=0.0712813;REFB=0;REVB=0.034763;RO=1;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000540735;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:107:108:108:0:58:50:0:0:9:1:56:48:1:0 chr9 133769121 . T C 1991.1 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.126;QD=61.7394;RBI=0.053075;REFB=0;REVB=0.00312627;RO=0;SAF=42;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8679e-05;OID=.;OPOS=133769121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:118:129:0:0:118:129:1:76:42:0:0:78:51:0:0 chr9 133884820 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4031;QD=50.4132;RBI=0.0402494;REFB=0;REVB=0.0266666;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42077e-05;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 133911598 . A G 1176.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.401;QD=60.3503;RBI=0.0189844;REFB=0;REVB=0.0119281;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118054;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:44:32:0:0:46:32:0:0 chr9 133911706 . C T 112.01 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.033823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.082;QD=8.96088;RBI=0.0345328;REFB=-0.0254947;REVB=-0.00696538;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149312;STB=0.59078;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0667418;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:6:8:16:20:6:8:16:20 chr9 133917070 . C T 398.19 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0153214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.328;QD=20.9573;RBI=0.0153904;REFB=-0.0169532;REVB=-0.00145475;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361915;STB=0.513151;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0157281;OID=.;OPOS=133917070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:20:20:16:19:20:20:17:19 chr9 133927878 . A G 966.7 PASS AF=0.634328;AO=82;DP=131;FAO=85;FDP=134;FR=.;FRO=49;FSAF=70;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=9;FWDB=-0.00667062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.081;QD=28.8567;RBI=0.0132934;REFB=-0.0145769;REVB=0.0114986;RO=49;SAF=67;SAR=15;SRF=40;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000862493;STB=0.504503;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00831884;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:49:49:82:85:0.634328:15:67:40:9:15:70:40:9 chr9 133946909 . G A 383.16 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00951128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.451;QD=22.8751;RBI=0.0134107;REFB=-0.00812032;REVB=-0.00945426;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102669;STB=0.563347;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0130093;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:20:18:17:11:20:18:18:11 chr9 133946915 . C G 400.31 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00504341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.42;QD=22.8747;RBI=0.0167464;REFB=-0.0114842;REVB=-0.0159689;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109037;STB=0.564071;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0135554;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:30:39:40:0.571429:21:18:18:12:22:18:18:12 chr9 133948049 . A G 651.41 PASS AF=0.556522;AO=58;DP=110;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0008453;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.226;QD=22.6577;RBI=0.0194845;REFB=-0.0502156;REVB=0.0194662;RO=52;SAF=34;SAR=24;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882575;STB=0.525444;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0360513;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:52:51:58:64:0.556522:24:34:31:21:30:34:30:21 chr9 133981629 . T C 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00460278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3813;QD=26.4915;RBI=0.0622503;REFB=-0.0165824;REVB=0.0620799;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106481;STB=0.559513;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0230644;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:12:5:4:5:12:5:4:5 chr9 133986980 . T G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00867578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.634;QD=55.0097;RBI=0.0277426;REFB=-0.0312696;REVB=0.0263511;RO=1;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490246;STB=0.526299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000673428;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:9:22:0:1:9:23:0:1 chr9 133987059 . G GA 215.22 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564673;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.278;QD=40.9948;RBI=0.0847447;REFB=0;REVB=-0.0845563;RO=18;SAF=4;SAR=0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000359909;OID=.;OPOS=133987060;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:22:21:21:0:13:8:0:0:4:18:4:0:9:9 chr9 133987060 . G A,C 247.09 PASS AF=0.772727,0.181818;AO=17,4;DP=22;FAO=17,4;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8,4;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00423179,-0.0018739;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=170.195,128.74;QD=44.9247;RBI=0.0319236,0.0178824;REFB=-0.123631,-0.0331603;REVB=0.0316419,0.0177839;RO=1;SAF=8,4;SAR=9,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0538535,0;STB=0.529377,0.5;STBP=0.544,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00231894,0.107474;OID=.,.;OPOS=133987060,133987060;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:22:22:1:1:17,4:17,4:0.772727,0.181818:9,0:8,4:1:0:9,0:8,4:1:0 chr9 133996456 . GTTTT GGTTT,GTTT,GTTTG 447.28 PASS AF=0.030303,0,0.969697;AO=3,6,15;DP=33;FAO=1,0,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,14;FSAR=1,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109823,-0.12211,-0.281543;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=9.68342,20.9103,28.1712;QD=54.2151;RBI=0.148346,0.28254,0.281566;REFB=0,0,0;REVB=-0.0997269,-0.25479,0.0035501;RO=0;SAF=0,0,7;SAR=3,6,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.358521,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.00160205,-0.0150552,-0.00124699;OID=.,.,.;OPOS=133996457,133996457,133996460;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGTTT,GTTT,GTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.030303,0,0.969697:3,6,15:33:1,0,32:33:0:0,0,14:1,0,18:0:0:5:0:0,0,7:3,6,8:0:0 chr9 133996503 . T A 545.16 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.688;QD=57.3847;RBI=0.031725;REFB=-0.0578638;REVB=-0.00511108;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00293528;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:0:1:23:14:0:1 chr9 134020092 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.678;QD=60.6054;RBI=0.0341436;REFB=0;REVB=0.0270106;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307276;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr9 134133539 . G T 905.76 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.84;QD=57.5085;RBI=0.0311973;REFB=0;REVB=-0.0147808;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125059;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:58:63:1:32:26:0:0:33:30:0:0 chr9 134136515 . A G 1707.26 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280576;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.592;QD=60.4339;RBI=0.0763098;REFB=0;REVB=-0.0709645;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69496e-06;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:112:113:1:44:68:0:0:45:68:0:0 chr9 134136677 . A G 675.58 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431895;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.817;QD=62.8447;RBI=0.0470356;REFB=0;REVB=-0.0186284;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248287;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr9 134183379 . C T 1623.86 PASS AF=0.933884;AO=111;DP=120;FAO=113;FDP=121;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0385608;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.152;QD=53.6814;RBI=0.0769277;REFB=-0.0992664;REVB=0.0665652;RO=7;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056684;STB=0.533327;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00217502;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:120:121:7:8:111:113:0.933884:55:56:0:7:56:57:0:8 chr9 134183503 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.296;QD=62.3142;RBI=0.0495752;REFB=0;REVB=0.0369517;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107691;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr9 134346315 . T C 126.73 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0293819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4687;QD=11.2648;RBI=0.0295237;REFB=-0.0337042;REVB=-0.00289043;RO=26;SAF=13;SAR=1;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466397;STB=0.777284;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.075582;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:26:30:14:15:0.333333:1:13:18:8:1:14:22:8 chr9 134350231 . C T 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00050311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.354;QD=24.927;RBI=0.0310755;REFB=-0.0197017;REVB=0.0310715;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691082;STB=0.525527;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0177786;OID=.;OPOS=134350231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:13:12:7:11:13:12:8:11 chr9 134350323 . C G 83.98 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0264667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.898;QD=10.1797;RBI=0.0324596;REFB=-0.0178709;REVB=0.0187919;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819168;STB=0.561688;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0327822;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:11:11:0.333333:5:6:13:8:5:6:14:8 chr9 134350458 . C T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=23;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0132148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.629;QD=11.845;RBI=0.0232845;REFB=-0.0163996;REVB=0.0191713;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.525145;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0281133;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:45:23:26:0.366197:9:14:26:9:12:14:26:19 chr9 134350647 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.641;QD=56.1914;RBI=0.0210008;REFB=0;REVB=0.0178106;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106591;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr9 134351065 . G T 45.93 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.118307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9658;QD=9.18674;RBI=0.152488;REFB=0.0379125;REVB=0.0962082;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260866;STB=0.66611;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0462673;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:9:4:1:6:9:4 chr9 134351500 . C T 179.95 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0135128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.364;QD=22.4944;RBI=0.0184671;REFB=-0.0100164;REVB=0.0125873;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111377;STB=0.562432;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00407494;OID=.;OPOS=134351500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:5:9:9:9:5:9 chr9 134358108 . A G 280.0 PASS AF=0.641026;AO=21;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0111204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.024;QD=28.7184;RBI=0.0705607;REFB=0.00547488;REVB=0.0696789;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200815;STB=0.5838;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00196075;OID=.;OPOS=134358108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:14:21:25:0.641026:10:11:3:10:14:11:3:11 chr9 134371165 . C T 748.5 PASS AF=0.647619;AO=68;DP=105;FAO=68;FDP=105;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0382326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.891;QD=28.5142;RBI=0.0411479;REFB=-0.0145901;REVB=0.0152125;RO=36;SAF=38;SAR=30;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126306;STB=0.572843;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00853522;OID=.;OPOS=134371165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:36:37:68:68:0.647619:30:38:13:23:30:38:13:24 chr9 134373770 . G C 446.87 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844364;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0379;QD=57.6609;RBI=0.0978097;REFB=0;REVB=-0.0493685;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383977;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr9 134385436 . A G 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0378717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.817;QD=6.31959;RBI=0.0382965;REFB=-0.00942165;REVB=-0.00568852;RO=50;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17312;STB=0.606611;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0320592;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:7:9:21:29:7:9:21:29 chr9 134386744 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00113064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.472;QD=15.6262;RBI=0.0105439;REFB=-0.00678346;REVB=0.0104831;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624681;STB=0.536044;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00972805;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:10:17:13:6:10:17 chr9 134386781 . G A 266.86 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00504534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.127;QD=20.1404;RBI=0.0209517;REFB=0.00555665;REVB=0.0203352;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263087;STB=0.501465;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0038058;OID=.;OPOS=134386781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:18:10:9:16:18:10:9:16 chr9 134387488 . T C 195.52 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00140574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.418;QD=12.6143;RBI=0.0223276;REFB=-0.00846587;REVB=0.0222833;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.529636;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0232257;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:16:22:15:9:16:22 chr9 134401335 . C T 39.8 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0284931;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0437;QD=6.63258;RBI=0.0309157;REFB=-0.0179956;REVB=-0.0119969;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0516175;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:25:24:16:18:6:6:0.25:4:2:6:10:4:2:6:12 chr9 134406071 . C G 410.91 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9193;QD=56.6777;RBI=0.045954;REFB=0;REVB=-0.00850871;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550405;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:24:4:0:0:24:5:0:0 chr9 134463374 . C T 664.04 PASS AF=0.347639;AO=81;DP=233;FAO=81;FDP=233;FR=.;FRO=152;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=95;FSRR=57;FWDB=0.00967587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.387;QD=11.3998;RBI=0.0107382;REFB=-0.0057189;REVB=-0.00465681;RO=151;SAF=44;SAR=37;SRF=94;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922669;STB=0.554249;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0105893;OID=.;OPOS=134463374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:151:152:81:81:0.347639:37:44:94:57:37:44:95:57 chr9 134497321 . C T 336.67 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0480445;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.339;QD=10.9485;RBI=0.0497254;REFB=-0.0197979;REVB=-0.0128194;RO=81;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463458;STB=0.526729;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0426362;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:81:81:42:42:0.341463:26:16:34:47:26:16:34:47 chr9 134658234 . G A 360.55 PASS AF=0.521127;AO=35;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00668126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.031;QD=20.3124;RBI=0.0236077;REFB=-0.0303665;REVB=0.0226426;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065741;STB=0.535859;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0268007;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:34:35:37:0.521127:17:18:20:14:18:19:20:14 chr9 135073967 . C T 498.84 PASS AF=0.335135;AO=62;DP=185;FAO=62;FDP=185;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.00243269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.039;QD=10.7858;RBI=0.00633828;REFB=-0.0131734;REVB=0.00585285;RO=123;SAF=25;SAR=37;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163919;STB=0.59414;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0354775;OID=.;OPOS=135073967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:123:123:62:62:0.335135:37:25:67:56:37:25:67:56 chr9 135102254 . C T 2579.17 PASS AF=0.994186;AO=166;DP=169;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0016998;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.195;QD=59.9806;RBI=0.0176375;REFB=-0.113597;REVB=0.0175554;RO=2;SAF=75;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110199;STB=0.502702;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00107436;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:169:172:2:1:166:171:0.994186:91:75:1:1:92:79:0:1 chr9 135105964 . A C,G 1025.59 PASS AF=0.0416667,0.944444;AO=4,67;DP=72;FAO=3,68;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=3,20;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00864304,0.0192899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.598,65.1564;QD=56.9772;RBI=0.0098742,0.0442478;REFB=-0.181336,-0.127046;REVB=-0.0047747,-0.0398217;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.6764e-08;STB=0.994936,0.505153;STBP=0.122,0.619;TYPE=snp,snp;VARB=0.15492,0.00304154;OID=.,.;OPOS=135105964,135105964;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:72:72:0:1:4,67:3,68:0.0416667,0.944444:0,48:4,19:0:0:0,48:3,20:0:1 chr9 135114365 . G A 364.22 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00436704;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.231;QD=20.8125;RBI=0.00468261;REFB=0.000796955;REVB=-0.00168991;RO=33;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475045;STB=0.526302;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.000669524;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:20:17:17:16:20:17:17:16 chr9 135139826 . T C 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00117492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.423;QD=36.8584;RBI=0.00724136;REFB=-0.0457531;REVB=0.00714541;RO=8;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016685;STB=0.509084;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0119057;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:12:14:4:4:12:14:4:4 chr9 135139901 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4794;QD=54.5159;RBI=0.0454166;REFB=0;REVB=-0.0453933;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000964501;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr9 135172412 . A G 1301.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.41;QD=61.9969;RBI=0.0153702;REFB=0;REVB=0.00257705;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42056e-05;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr9 135173685 . T C 1011.25 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0017965;FXX=0.0273935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.7136;QD=56.9716;RBI=0.0444902;REFB=-0.228737;REVB=-0.0444539;RO=2;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236245;STB=0.506171;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0018844;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:71:2:1:69:70:0.985915:39:30:0:2:40:30:0:1 chr9 135203838 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.906;QD=60.8816;RBI=0.0490296;REFB=0;REVB=0.0435713;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58021e-05;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr9 135263573 . G T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7691;QD=57.3845;RBI=0.0269492;REFB=0;REVB=-0.00803257;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116351;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr9 135277301 . A G 207.27 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0266866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.877;QD=24.385;RBI=0.0276873;REFB=-0.0275501;REVB=-0.00737667;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.503223;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0173332;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:7:12:9:5:7:13:9:5 chr9 135277341 . C A 453.48 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.096;QD=54.9671;RBI=0.0381627;REFB=-0.158807;REVB=0.0241125;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00516876;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=77;DP=67;LEN=76;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=4;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:67:0:77:32:32:4:0 chr9 135297013 . T TTCTC 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=4;MLLD=378.552;QD=48.8433;RBI=0.00807096;REFB=0;REVB=-0.00807096;RO=37;SAF=0;SAR=16;SRF=36;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.886031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.75038e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:53:16:16:0:0:16:0:0:4:37:0:16:36:1 chr9 135297016 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.127;QD=47.8218;RBI=0.0215418;REFB=0;REVB=-0.0215418;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178273;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr9 135297019 . TC T,TT 156.72 PASS AF=1,0;AO=13,3;DP=16;FAO=14,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.149,159.95;QD=44.7761;RBI=0.0110592,0.00831177;REFB=0,0;REVB=-0.0110592,-0.00831177;RO=0;SAF=0,0;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000304622,0;OID=.,.;OPOS=135297020,135297020;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,3:16:14,0:14:0:0,0:14,0:0:0:4:0:0,0:13,3:0:0 chr9 135297022 . G C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.371;QD=39.318;RBI=0.00567807;REFB=0.102289;REVB=0.00567807;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135551;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:13:0:0:0:13:0:0:1 chr9 135297025 . TT GA 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=223.672;QD=13.2053;RBI=0.00808242;REFB=-0.0100515;REVB=-0.00808242;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00337032;OID=.;OPOS=135297025;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr9 135448320 . C A 1009.43 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00788706;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.717;QD=56.8693;RBI=0.0161887;REFB=0.0899801;REVB=-0.0141375;RO=2;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000385837;STB=0.500204;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000119556;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:71:2:2:69:69:0.971831:35:34:1:1:35:34:1:1 chr9 135470414 . T C 1417.27 PASS AF=0.564103;AO=130;DP=230;FAO=132;FDP=234;FR=.;FRO=102;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0194079;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.652;QD=24.2268;RBI=0.0210449;REFB=-0.0251163;REVB=-0.00813767;RO=98;SAF=78;SAR=52;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564719;STB=0.522232;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0154026;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:234:98:102:130:132:0.564103:52:78:52:46:53:79:56:46 chr9 135554566 . G A 539.9 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00309902;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0751;QD=27.3366;RBI=0.0214578;REFB=-0.0647403;REVB=0.0212328;RO=29;SAF=26;SAR=23;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134171;STB=0.570947;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0391479;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:29:30:49:49:0.620253:23:26:21:8:22:27:22:8 chr9 135771331 . GGA G,GG,GGG 223.27 PASS AF=0,1,0;AO=3,13,2;DP=18;FAO=0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619118,-0.0713206,-0.0274436;FXX=0;HRUN=7,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=20.1826,27.1305,21.2726;QD=47.005;RBI=0.278489,0.0778494,0.227595;REFB=0,0,0;REVB=-0.27152,-0.0312073,0.225935;RO=0;SAF=1,10,1;SAR=2,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00239327,0.0319401;OID=.,.,.;OPOS=135771332,135771333,135771333;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,13,2:18:0,19,0:19:0:0,12,0:0,7,0:0:0:4:0:1,10,1:2,3,1:0:0 chr9 135771980 . GA G 160.01 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.239527;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5237;QD=40.0013;RBI=0.255634;REFB=0;REVB=0.0893062;RO=3;SAF=12;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0327787;OID=.;OPOS=135771981;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:17:16:16:0:14:2:0:0:3:3:12:1:2:1 chr9 135961809 . T C 232.21 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00512633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.39;QD=25.8014;RBI=0.0205857;REFB=-0.00335952;REVB=-0.0199372;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182368;STB=0.521034;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00161645;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:14:21:22:0.611111:13:8:5:9:13:9:5:9 chr9 135968511 . C CTG 311.66 PASS AF=0.523077;AO=30;DP=68;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00498252;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.977;QD=19.1787;RBI=0.00563978;REFB=-0.0144638;REVB=-0.00264226;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115293;STB=0.54997;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=0.0129727;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523077:30:68:34:65:31:12:22:14:17:99:31:10:20:14:17 chr9 135974079 . G C 343.17 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00859148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.715;QD=24.0822;RBI=0.00930369;REFB=-0.0209675;REVB=0.00357004;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19875;STB=0.609262;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0154281;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:15:8:21:13:15:8 chr9 135974100 . G A 337.35 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0297442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.099;QD=20.1404;RBI=0.0323148;REFB=0.00304867;REVB=0.0126303;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258361;STB=0.64904;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0021238;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:35:35:0.522388:21:14:22:9:21:14:23:9 chr9 136004699 . G A 437.47 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0024038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.112;QD=14.2266;RBI=0.0028452;REFB=-0.0050357;REVB=-0.00152215;RO=73;SAF=16;SAR=34;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178066;STB=0.60079;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00763855;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:34:16:35:38:34:16:35:38 chr9 136031346 . A G 136.92 PASS AF=0.347826;AO=11;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0155995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.187;QD=11.9058;RBI=0.0313639;REFB=-0.0147022;REVB=0.0272093;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201153;STB=0.697415;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0376172;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:11:16:0.347826:7:4:16:14:12:4:16:14 chr9 136036927 . TAAAAAAAAGA TAAAAAAAAAG,TAAAAAAAGA 116.17 PASS AF=0,0.961538;AO=2,14;DP=30;FAO=0,25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=0,9;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0387867,-0.167542;FXX=0.0370233;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=13.7778,7.84858;QD=17.8721;RBI=0.0797234,0.256834;REFB=0.107664,0.0223399;REVB=-0.069652,0.194663;RO=4;SAF=0,5;SAR=2,9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.569412,0.0474116;STB=0.5,0.515139;STBP=1,0.519;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0203381;OID=.,.;OPOS=136036936,136036928;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAG,TAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.961538:2,14:30:0,25:26:1:0,9:0,16:0:1:8:4:0,5:2,9:1:3 chr9 136037742 . G A 302.63 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0224895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0823;QD=14.9446;RBI=0.0226407;REFB=-0.035792;REVB=0.00261268;RO=47;SAF=25;SAR=8;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365248;STB=0.689539;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0631664;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:47:33:34:0.419753:8:25:20:27:9:25:20:27 chr9 136083580 . T G 234.91 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0120194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5562;QD=10.9258;RBI=0.0121101;REFB=-0.0111405;REVB=-0.00147989;RO=55;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148884;STB=0.587215;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0273808;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:57:29:29:0.337209:11:18:27:28:11:18:28:29 chr9 136131188 . C T 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.028879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.107;QD=18.2499;RBI=0.0418837;REFB=-0.0117944;REVB=-0.0303356;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309186;STB=0.677477;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0115279;OID=.;OPOS=136131188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:4:11:6:9:4:11:6:9 chr9 136131322 . G T 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0211127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.542;QD=15.7714;RBI=0.024935;REFB=-0.0259971;REVB=0.0132667;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643182;STB=0.542826;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0220283;OID=.;OPOS=136131322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:11:16:21:11:11:16:22:11 chr9 136131415 . C T 212.38 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0145986;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4977;QD=16.0286;RBI=0.0421829;REFB=-0.00065128;REVB=0.0395762;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267217;STB=0.651039;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00304666;OID=.;OPOS=136131415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:19:10:15:9:19:10 chr9 136131461 . G A 388.53 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0230342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.107;QD=31.7165;RBI=0.0266182;REFB=-0.0141862;REVB=0.0133399;RO=17;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153205;STB=0.583814;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0077009;OID=.;OPOS=136131461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:19:13:11:6:19:13:11:6 chr9 136131592 . G C 521.66 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00768372;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.023;QD=19.6852;RBI=0.0174798;REFB=-0.0218396;REVB=-0.0157004;RO=52;SAF=30;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066709;STB=0.536828;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0224321;OID=.;OPOS=136131592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:52:52:54:54:0.509434:24:30:25:27:24:30:25:27 chr9 136131651 . G A 546.27 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.042465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.409;QD=20.2321;RBI=0.0425783;REFB=-0.00978248;REVB=0.0031036;RO=52;SAF=30;SAR=26;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241309;STB=0.501329;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00847955;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:26:30:28:24:26:30:28:24 chr9 136132873 . T C 375.51 PASS AF=0.4;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0226126;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.788;QD=13.6549;RBI=0.0228728;REFB=-0.0220308;REVB=-0.00344024;RO=65;SAF=15;SAR=29;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395984;STB=0.515313;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0335503;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:66:44:44:0.4:29:15:20:45:29:15:21:45 chr9 136132908 . T C,TC 1267.64 PASS AF=0,1;AO=4,74;DP=87;FAO=0,82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458852,-0.0260081;FXX=0.0574647;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=61.6242,230.164;QD=61.8359;RBI=0.0459001,0.0283918;REFB=0,0;REVB=0.00117049,0.0113875;RO=3;SAF=2,19;SAR=2,55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115334,-0.00735763;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0001457;OID=.,.;OPOS=136132908,136132909;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:87:82:3:0:4,74:0,82:0,1:2,55:2,19:1:2:0,61:0,21:0:0 chr9 136133506 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.68;QD=52.613;RBI=0.0575527;REFB=0;REVB=0.0518397;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216646;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 136135237 . AT GC 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195305;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.261;QD=60.9786;RBI=0.0202918;REFB=0;REVB=-0.00550599;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.49006e-05;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr9 136136770 . A C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2347;QD=52.603;RBI=0.0186701;REFB=0;REVB=0.00316874;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606053;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr9 136199466 . G A 678.17 PASS AF=0.416667;AO=75;DP=182;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0104444;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.48;QD=15.0703;RBI=0.0112727;REFB=-0.0268488;REVB=0.00424133;RO=102;SAF=40;SAR=35;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609328;STB=0.505575;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0396822;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:102:105:75:75:0.416667:35:40:55:47:35:40:55:50 chr9 136199503 . G A 2799.82 PASS AF=1;AO=177;DP=181;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902248;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0899;QD=62.5657;RBI=0.0902837;REFB=0;REVB=0.00326276;RO=0;SAF=89;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104081;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:179:0:0:177:179:1:88:89:0:0:89:90:0:0 chr9 136219594 . G A 334.63 PASS AF=0.507042;AO=32;DP=66;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0364982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.095;QD=18.8523;RBI=0.0443444;REFB=-0.0155301;REVB=0.0251854;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084931;STB=0.548666;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0279031;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:34:35:32:36:0.507042:18:14:18:16:21:15:18:17 chr9 136227260 . A G 618.88 PASS AF=0.484848;AO=54;DP=123;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0234563;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.479;QD=18.7539;RBI=0.0428711;REFB=-0.0570709;REVB=0.035885;RO=69;SAF=20;SAR=34;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677936;STB=0.506215;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0565522;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:132:69:68:54:64:0.484848:34:20:30:39:35:29:30:38 chr9 136229833 . C G 335.62 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0583261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8317;QD=12.3163;RBI=0.0823272;REFB=-0.0234228;REVB=0.0581018;RO=68;SAF=25;SAR=16;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184727;STB=0.60533;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0386833;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:16:25:30:38:16:25:30:38 chr9 136268038 . C T 2218.81 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6868;QD=63.3947;RBI=0.0740368;REFB=0;REVB=0.0335936;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209518;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:79:58:0:0:79:61:0:0 chr9 136277480 . A G 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.419;QD=57.1704;RBI=0.0442077;REFB=0;REVB=0.0342671;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.659e-05;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr9 136291063 . C T 1405.43 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0120523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.424;QD=55.1149;RBI=0.0352672;REFB=-0.0933162;REVB=0.0331439;RO=4;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511729;STB=0.527021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00111709;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:102:102:4:4:98:98:0.960784:35:63:0:4:35:63:0:4 chr9 136295290 . A C 1321.89 PASS AF=1;AO=73;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010145;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.7182;QD=55.6586;RBI=0.0894783;REFB=-0.0518315;REVB=0.0889014;RO=3;SAF=42;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01081;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:95:3:0:73:95:1:31:42:2:1:41:54:0:0 chr9 136302910 . A C 148.95 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.066026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.425;QD=7.94406;RBI=0.0662453;REFB=0.00115839;REVB=0.00538599;RO=54;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260487;STB=0.51561;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00356355;OID=.;OPOS=136302910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:9:12:32:22:9:12:32:22 chr9 136304497 . A G,T 789.13 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146916,0.020085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.275,17.5733;QD=56.3661;RBI=0.0150646,0.0514003;REFB=0,0;REVB=-0.0033315,-0.0473137;RO=0;SAF=28,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.52846e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00150672,0.0848807;OID=.,.;OPOS=136304497,136304497;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:54,2:54,2:0.964286,0.0357143:26,0:28,2:0:0:26,0:28,2:0:0 chr9 136308542 . C T 1153.11 PASS AF=1;AO=57;DP=79;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817624;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1462;QD=60.6903;RBI=0.0818192;REFB=0;REVB=0.00304926;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792086;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:76:0:0:57:76:1:30:27:0:0:37:39:0:0 chr9 136328657 . T C 401.65 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0599727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.01;QD=27.2304;RBI=0.0642325;REFB=-0.00263699;REVB=0.0230019;RO=21;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189858;STB=0.603486;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000725143;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:22:16:15:6:22:16:15:6 chr9 136334462 . A AC,C 105.0 PASS AF=0.148148,0;AO=29,24;DP=235;FAO=36,0;FDP=243;FR=.;FRO=207;FSAF=8,0;FSAR=28,0;FSRF=87;FSRR=120;FWDB=0.00697873,-0.0232509;FXX=0.00409819;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=63.0477,198.996;QD=1.72834;RBI=0.0691459,0.0291876;REFB=-0.00832627,-0.0124941;REVB=-0.0687928,-0.0176439;RO=181;SAF=6,1;SAR=23,23;SRF=80;SRR=101;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.326916,-0.583486;STB=0.691872,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.195726,0.144944;OID=.,.;OPOS=136334463,136334462;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:243:181:207:29,24:36,0:0.148148,0:23,23:6,1:80:101:28,0:8,0:87:120 chr9 136340200 . T G 515.68 PASS AF=0.607595;AO=36;DP=80;FAO=48;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0199758;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.203;QD=26.1104;RBI=0.0805419;REFB=-0.0439651;REVB=0.0780254;RO=31;SAF=21;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163683;STB=0.577135;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.031572;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:31:31:36:48:0.607595:15:21:12:19:20:28:12:19 chr9 136379890 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00393906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=19.1092;RBI=0.00401395;REFB=-0.00658475;REVB=0.000771762;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629144;STB=0.527757;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00740866;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:18:9:10:15:18:9:10:16 chr9 136389864 . T A 463.79 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=-0.0255028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.107;QD=19.3247;RBI=0.0275566;REFB=-0.0114496;REVB=-0.0104389;RO=45;SAF=27;SAR=19;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251328;STB=0.630809;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0140736;OID=.;OPOS=136389864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:50:46:46:0.479167:19:27:38:7:19:27:41:9 chr9 136412170 . C T 317.79 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0103737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.438;QD=15.5019;RBI=0.0148436;REFB=-0.0258554;REVB=0.010617;RO=47;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218412;STB=0.623119;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0257685;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:14:21:18:29:14:21:18:29 chr9 136412236 . A T 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0376877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.645;QD=22.1655;RBI=0.0439726;REFB=-0.0100008;REVB=-0.0226546;RO=42;SAF=30;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175156;STB=0.596777;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0109947;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:44:49:49:0.526882:19:30:17:25:19:30:18:26 chr9 136412255 . A C 479.46 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00881045;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.705;QD=22.3004;RBI=0.00887884;REFB=0.00495525;REVB=0.00109994;RO=40;SAF=27;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116427;STB=0.564192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0039767;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:46:46:0.534884:19:27:18:22:19:27:18:22 chr9 136419629 . G A 610.0 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00581672;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.881;QD=21.4036;RBI=0.011976;REFB=-0.0261544;REVB=0.0104685;RO=52;SAF=24;SAR=36;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135921;STB=0.501355;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.014876;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:52:53:60:61:0.535088:36:24:20:32:37:24:21:32 chr9 136508639 . C T 73.35 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.115845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5596;QD=3.18932;RBI=0.128277;REFB=0.000547586;REVB=0.0550901;RO=78;SAF=5;SAR=9;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195507;STB=0.632622;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00434161;OID=.;OPOS=136508639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:78:78:14:14:0.152174:9:5:40:38:9:5:40:38 chr9 136518097 . A G 710.4 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.00380948;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.948;QD=18.2155;RBI=0.0179705;REFB=-0.01928;REVB=-0.0175621;RO=82;SAF=49;SAR=25;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166829;STB=0.507175;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0222567;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:81:74:75:0.480769:25:49:53:29:25:50:53:28 chr9 136536679 . G A 250.24 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=87;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00693844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.26;QD=11.2467;RBI=0.102047;REFB=-0.0031891;REVB=0.101811;RO=57;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694952;STB=0.544111;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00970857;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:57:58:30:31:0.348315:15:15:32:25:16:15:32:26 chr9 136536793 . C G 305.1 PASS AF=0.322581;AO=37;DP=124;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0260378;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.059;QD=9.84192;RBI=0.0359149;REFB=-0.00652077;REVB=-0.0247368;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620675;STB=0.50806;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0274157;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:84:37:40:0.322581:17:20:29:31:20:20:41:43 chr9 136555629 . T C 323.7 PASS AF=0.45;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0544674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1005;QD=16.1848;RBI=0.0553388;REFB=-0.0289118;REVB=-0.00978167;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748051;STB=0.537335;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0181787;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:44:34:36:0.45:21:13:20:24:22:14:20:24 chr9 136559460 . C T 150.91 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0263206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.052;QD=12.5762;RBI=0.0271677;REFB=0.00070506;REVB=0.00673135;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402461;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00126147;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:29:31:17:17:0.354167:10:7:13:16:10:7:13:18 chr9 136561367 . G A 512.53 PASS AF=0.509615;AO=51;DP=102;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.00935748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.188;QD=19.7126;RBI=0.00962153;REFB=-0.00721607;REVB=-0.00223865;RO=51;SAF=26;SAR=25;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266372;STB=0.635487;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00882908;OID=.;OPOS=136561367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:51:51:51:53:0.509615:25:26:11:40:27:26:11:40 chr9 136573412 . G A 555.55 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0383766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.01;QD=18.5183;RBI=0.0489883;REFB=-0.0269199;REVB=0.0304481;RO=61;SAF=36;SAR=21;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223038;STB=0.620648;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0169483;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:62:57:58:0.483333:21:36:24:37:22:36:24:38 chr9 136628770 . T C 1631.62 PASS AF=1;AO=87;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.19;QD=59.3315;RBI=0.0586497;REFB=0;REVB=0.0406095;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42105e-05;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:1:0:87:110:1:48:39:0:1:58:52:0:0 chr9 136628771 . G C 129.51 PASS AF=0.2;AO=21;DP=109;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.0162986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.5642;QD=4.7096;RBI=0.0644696;REFB=-0.063074;REVB=0.0623753;RO=88;SAF=13;SAR=8;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220989;STB=0.616916;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0175181;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:88:88:21:22:0.2:8:13:39:49:9:13:39:49 chr9 136654469 . GGAA G 195.64 PASS AF=0.421053;AO=28;DP=67;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00471529;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=3;MLLD=263.337;QD=10.2971;RBI=0.00473486;REFB=-0.0117428;REVB=0.000430022;RO=32;SAF=8;SAR=20;SRF=26;SRR=6;SSEN=0.34375;SSEP=0;SSSB=-0.475806;STB=0.709549;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0191241;OID=.;OPOS=136654470;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:28:67:32:76:44:10:22:30:14:99:32:8:20:26:6 chr9 136662928 . A G 202.23 PASS AF=0.5;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0709481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0311;QD=20.2225;RBI=0.0849608;REFB=-0.0171106;REVB=-0.046741;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169061;STB=0.624883;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0123384;OID=.;OPOS=136662928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:17:20:20:20:0.5:10:10:5:12:10:10:5:15 chr9 136898063 . G T 886.89 PASS AF=0.565789;AO=77;DP=143;FAO=86;FDP=152;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00145256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.325;QD=23.3393;RBI=0.0199039;REFB=-0.0220837;REVB=0.0198508;RO=64;SAF=52;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142448;STB=0.545429;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0151295;OID=.;OPOS=136898063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:152:64:66:77:86:0.565789:25:52:33:31:33:53:34:32 chr9 136898627 . A G 254.31 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0508498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0994;QD=25.4305;RBI=0.0512215;REFB=-0.012899;REVB=-0.00615994;RO=16;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710738;STB=0.526294;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00837845;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:8:15:9:7:9:15:9:7 chr9 136907005 . G A 461.68 PASS AF=0.714286;AO=23;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.180703;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.8014;QD=37.6881;RBI=0.180721;REFB=-0.0378761;REVB=0.00252334;RO=9;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509079;STB=0.527431;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0115923;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:49:9:13:23:35:0.714286:16:7:2:7:18:17:5:8 chr9 136913355 . T C 306.01 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0123822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.584;QD=17.0003;RBI=0.013224;REFB=-0.00967061;REVB=0.00464275;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154237;STB=0.583286;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00661277;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:16:17:13:24:17:17:13:25 chr9 137005023 . C T 357.42 PASS AF=0.319149;AO=45;DP=141;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0359742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.192;QD=10.1396;RBI=0.0361123;REFB=-0.0332297;REVB=0.00315495;RO=94;SAF=34;SAR=11;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344863;STB=0.702004;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0500498;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:96:45:45:0.319149:11:34:45:49:11:34:46:50 chr9 137271318 . C A 1863.71 PASS AF=0.941606;AO=124;DP=133;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0313776;FXX=0.0143875;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.0971;QD=54.415;RBI=0.0469923;REFB=-0.09017;REVB=0.0349818;RO=9;SAF=54;SAR=70;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443612;STB=0.518677;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0030571;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:133:137:9:8:124:129:0.941606:70:54:7:2:73:56:6:2 chr9 137330560 . C T 288.88 PASS AF=0.395349;AO=27;DP=79;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0184089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.502;QD=13.4363;RBI=0.018928;REFB=-0.0200082;REVB=-0.00440258;RO=52;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374884;STB=0.608049;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0332204;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:52:52:27:34:0.395349:19:8:14:38:19:15:14:38 chr9 137332311 . T G 2729.01 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000878543;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.634;QD=62.3773;RBI=0.0737636;REFB=0;REVB=0.0737583;RO=0;SAF=100;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3635e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:75:100:0:0:75:100:0:0 chr9 137619195 . C T 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0357654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.876;QD=22.5343;RBI=0.0535528;REFB=-0.00751869;REVB=0.039859;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132696;STB=0.573348;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00493262;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:20:12:13:11:20:12:13:11 chr9 137630587 . T C 113.6 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.052664;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6569;QD=6.78196;RBI=0.059556;REFB=0.0109312;REVB=0.0278104;RO=50;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132004;STB=0.58089;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0386042;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:50:50:17:17:0.253731:10:7:26:24:10:7:26:24 chr9 137686906 . C T 968.83 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168182;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.331;QD=56.9898;RBI=0.025393;REFB=-0.0788046;REVB=-0.0190251;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000297827;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:1:0:29:38:1:0 chr9 137690318 . A G,T 842.94 PASS AF=0.0983607,0.901639;AO=6,53;DP=60;FAO=6,55;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=2,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986559,0.0955311;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.6138,54.0233;QD=55.2751;RBI=0.0409307,0.11017;REFB=0,0;REVB=0.0397239,0.0548756;RO=0;SAF=4,11;SAR=2,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0948323,-0.00928368;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:60:61:0:0:6,53:6,55:0.0983607,0.901639:2,42:4,11:0:0:2,43:4,12:0:0 chr9 137702081 . TC T 35.03 PASS AF=0.5;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0373799;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2139;QD=7.78501;RBI=0.0520818;REFB=-0.116181;REVB=-0.0362664;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.335526;SSSB=0.627031;STB=0.77716;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0990704;OID=.;OPOS=137702082;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:19:9:18:9:7:2:2:7:35:10:7:1:2:8 chr9 137742124 . G T 34.52 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0257499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0761;QD=4.45355;RBI=0.0360874;REFB=-0.0102192;REVB=-0.0252832;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04918;STB=0.516075;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0370489;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:11:13:3:3:12:13 chr9 137742597 . A G 90.85 PASS AF=1;AO=6;DP=11;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266839;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.461;QD=40.3781;RBI=0.270454;REFB=0;REVB=-0.0440721;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182535;OID=.;OPOS=137742597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:9:0:0:6:9:1:4:2:0:0:3:6:0:0 chr9 137775139 . A G 1534.84 PASS AF=0.990654;AO=101;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199341;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8509;QD=57.377;RBI=0.039632;REFB=0.114178;REVB=-0.0342539;RO=3;SAF=62;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161162;STB=0.506172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000885257;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:107:3:1:101:106:0.990654:39:62:1:2:40:66:0:1 chr9 137775155 . T C 1525.81 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176269;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.108;QD=59.8357;RBI=0.0192962;REFB=0;REVB=-0.0078508;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50143e-05;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:39:63:0:0:39:63:0:0 chr9 137801314 . A G 905.94 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.702;QD=56.621;RBI=0.0219914;REFB=0.0141546;REVB=0.00744592;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000686509;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:61:63:0.984375:25:36:0:0:25:38:1:0 chr9 137801416 . T C 566.42 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0120883;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3551;QD=53.9447;RBI=0.0124365;REFB=-0.063159;REVB=-0.00292197;RO=3;SAF=26;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100377;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:42:3:3:38:39:0.928571:12:26:2:1:13:26:2:1 chr9 137801800 . T C 1508.85 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7718;QD=56.4055;RBI=0.0423271;REFB=-0.0402868;REVB=0.0387002;RO=3;SAF=58;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239097;STB=0.512603;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00964319;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:46:58:3:0:46:58:3:0 chr9 137804360 . A G 500.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000795953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0275;QD=58.9034;RBI=0.0266411;REFB=0;REVB=-0.0266292;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388288;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr9 137968919 . G A,GAA 1662.0 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,102;DP=114;FAO=4,108;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=3,47;FSAR=1,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108054,0.0204674;FXX=0.00884877;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=33.763,267.844;QD=59.3571;RBI=0.0849736,0.0328586;REFB=0,0;REVB=0.0842838,0.0257055;RO=4;SAF=3,44;SAR=1,58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223593,-0.00499893;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0291814,-0.000453832;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:114:112:4:0:4,102:4,108:0.0357143,0.964286:1,58:3,44:2:2:1,61:3,47:0:0 chr9 137978552 . A G 274.7 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00521111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7487;QD=15.4762;RBI=0.00602726;REFB=-0.0278376;REVB=0.00302856;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143556;STB=0.573723;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0197032;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:40:30:31:0.43662:17:13:22:16:18:13:22:18 chr9 137982127 . T C 2005.25 PASS AF=1;AO=115;DP=132;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661735;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.908;QD=62.1782;RBI=0.0534973;REFB=0;REVB=0.0530865;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78347e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:129:0:0:115:129:1:50:65:0:0:63:66:0:0 chr9 138236212 . T G 2301.41 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.644;QD=59.777;RBI=0.0157877;REFB=-0.0834568;REVB=0.0116594;RO=0;SAF=57;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84779e-05;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:144:154:0:0:142:154:1:85:57:0:0:92:62:0:0 chr9 138376649 . T C 1396.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9755;QD=62.7543;RBI=0.0408072;REFB=0;REVB=0.0396141;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199129;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr9 138376972 . A G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.617;QD=55.6489;RBI=0.0403895;REFB=0;REVB=-0.0329428;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60132e-05;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr9 138377657 . T C 2098.01 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227589;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.277;QD=62.1632;RBI=0.038291;REFB=0;REVB=0.0307934;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027513;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:129:135:1:64:65:0:0:69:66:0:0 chr9 138377853 . A G 1567.87 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.025;QD=62.7146;RBI=0.0439731;REFB=-0.0855581;REVB=0.0414486;RO=1;SAF=50;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619732;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:100:1:0:90:100:1:40:50:1:0:49:51:0:0 chr9 138377915 . G A 926.94 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000489212;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2129;QD=57.0421;RBI=0.025247;REFB=-0.0721332;REVB=0.0252423;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00134998;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:27:37:0:0:27:37:1:0 chr9 138378856 . A G 1419.26 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.699;QD=61.7071;RBI=0.071097;REFB=0.0384034;REVB=-0.0543798;RO=1;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920437;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000301792;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:51:40:0:1:51:40:0:1 chr9 138379002 . T G 526.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226922;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.886;QD=60.1748;RBI=0.041574;REFB=0;REVB=0.0348347;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022768;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr9 138379059 . G T 1102.52 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0343641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6749;QD=57.274;RBI=0.0691731;REFB=-0.0262305;REVB=0.0600335;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.503508;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00598885;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:77:0:2:73:75:0.974026:27:46:0:0:28:47:1:1 chr9 138380334 . T C 848.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.464;QD=57.4937;RBI=0.0197762;REFB=0;REVB=0.0197333;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06234e-05;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:37:19:0:0:38:21:0:0 chr9 138391299 . T A 731.07 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7525;QD=62.2184;RBI=0.0604255;REFB=0;REVB=0.0496291;RO=1;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015226;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:40:47:1:9:31:0:1:16:31:0:0 chr9 138392955 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0311556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7684;QD=7.83695;RBI=0.0470991;REFB=0.00784644;REVB=-0.0353221;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27463;STB=0.631241;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0449321;OID=.;OPOS=138392955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:3:12:4:3:4:12 chr9 138440525 . C G 948.59 PASS AF=0.896104;AO=69;DP=77;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0482203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.007;QD=49.2771;RBI=0.10544;REFB=-0.066342;REVB=0.093768;RO=5;SAF=36;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612587;STB=0.523803;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00584382;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:77:77:5:8:69:69:0.896104:33:36:5:0:33:36:6:2 chr9 138440527 . T C 1043.39 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0242706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.564;QD=53.507;RBI=0.0244556;REFB=-0.0992679;REVB=0.00300278;RO=5;SAF=38;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582754;STB=0.530856;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00188617;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:73:73:0.935897:35:38:5:0:35:38:5:0 chr9 138440641 . T C 851.39 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.483;QD=55.8289;RBI=0.0532121;REFB=-0.0499702;REVB=0.0138792;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000260419;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:27:32:1:0:27:33:1:0 chr9 138516190 . T C 290.39 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.041219;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8943;QD=13.9945;RBI=0.0638607;REFB=0.0119079;REVB=-0.0487769;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794138;STB=0.545162;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0212373;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:16:17:22:28:16:17:22:28 chr9 138518010 . A G 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.541;QD=60.1635;RBI=0.011981;REFB=0;REVB=0.00816051;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36185e-07;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr9 138523331 . AC A,AA 997.19 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=10,58;DP=68;FAO=1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641368,0.00553275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=271.079,287.627;QD=58.6582;RBI=0.0417443,0.0426235;REFB=0,0;REVB=0.0412487,0.0422629;RO=0;SAF=4,29;SAR=6,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0200951,0.00152186;OID=.,.;OPOS=138523332,138523332;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0147059,0.985294:10,58:68:1,67:68:0:1,32:0,35:0:0:3:0:4,29:6,29:0:0 chr9 138586198 . G A 580.61 PASS AF=0.953488;AO=34;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00241003;FXX=0.0444346;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.274;QD=54.0099;RBI=0.0265816;REFB=-0.0774394;REVB=0.0264721;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506696;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000711751;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:34:41:0.953488:10:24:0:0:15:26:1:1 chr9 138586966 . GC AA 2032.74 PASS AF=1;AO=128;DP=133;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357705;FXX=0.0225547;HRUN=4;LEN=2;MLLD=129.284;QD=62.5458;RBI=0.0476738;REFB=0;REVB=0.031516;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.24244e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:130:0:0:128:130:1:55:73:0:0:56:74:0:0 chr9 138590928 . C T 118.35 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0146861;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.154;QD=12.4578;RBI=0.0184617;REFB=0.00488025;REVB=-0.0111872;RO=24;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642139;STB=0.893838;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0110493;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:24:13:14:0.368421:1:12:10:14:1:13:10:14 chr9 138591266 . A G 264.01 PASS AF=0.26;AO=30;DP=141;FAO=39;FDP=150;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=0.000971159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.59;QD=7.04033;RBI=0.00628364;REFB=-0.012412;REVB=-0.00620814;RO=102;SAF=8;SAR=22;SRF=34;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100279;STB=0.519116;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0369019;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:150:102:111:30:39:0.26:22:8:34:68:24:15:40:71 chr9 138644203 . T C 277.1 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0272042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3712;QD=17.319;RBI=0.0387968;REFB=0.00940215;REVB=0.0276608;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155925;STB=0.578464;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0143411;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:14:16:23:10:14:17:23:10 chr9 138669261 . G A 486.59 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0161936;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1357;QD=26.6625;RBI=0.0299912;REFB=-0.0156756;REVB=0.0252436;RO=28;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133128;STB=0.572524;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0145848;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:28:28:45:45:0.616438:23:22:19:9:23:22:19:9 chr9 138714620 . G A 326.91 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0465813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9171;QD=22.5457;RBI=0.0653639;REFB=-0.00445681;REVB=0.0458543;RO=24;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152031;STB=0.515409;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00569635;OID=.;OPOS=138714620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:13:20:15:9:13:20:16:9 chr9 138817000 . T C 272.7 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00935957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1632;QD=24.2401;RBI=0.0150555;REFB=-0.0190957;REVB=0.0117927;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325547;STB=0.518102;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0152459;OID=.;OPOS=138817000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:8:12:14:11:8:12 chr9 138817003 . C G 289.35 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000315407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.621;QD=25.7198;RBI=0.0381278;REFB=-0.00310403;REVB=0.0381265;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718357;STB=0.539762;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00331391;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:7:12:14:12:7:12 chr9 138836941 . GCCT G 332.05 PASS AF=0.51087;AO=44;DP=89;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0086733;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=3;MLLD=234.605;QD=14.4371;RBI=0.0111931;REFB=-0.0207742;REVB=-0.00707532;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=-0.0302714;STB=0.521066;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=0.0223523;OID=.;OPOS=138836942;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.51087:44:89:47:92:45:22:25:23:22:99:39:21:23:20:19 chr9 138836957 . C T 515.3 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0451961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.204;QD=22.1635;RBI=0.0497835;REFB=-0.0379893;REVB=0.0208736;RO=44;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440073;STB=0.524262;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0322087;OID=.;OPOS=138836957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:27:22:22:22:27:22:22:22 chr9 138838140 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.657;QD=58.9604;RBI=0.0141007;REFB=0;REVB=0.00730466;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42714e-06;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr9 138898893 . C G 2010.42 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000683071;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.247;QD=62.3385;RBI=0.0419763;REFB=0;REVB=0.0419708;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59935e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:76:53:0:0:76:53:0:0 chr9 138899253 . G GCA 45.13 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0337185;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.581;QD=20.058;RBI=0.0588461;REFB=-0.0530744;REVB=0.0482278;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.66617;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.0289115;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:10:6:9:3:3:3:3:0:16:4:3:3:3:1 chr9 138903671 . A G 462.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.97;QD=56.0483;RBI=0.0538014;REFB=0;REVB=0.0537686;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012291;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:24:9:0:0 chr9 138905136 . C T 1813.86 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00350894;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.07;QD=59.471;RBI=0.0639281;REFB=-0.0518949;REVB=0.0638318;RO=2;SAF=66;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141754;STB=0.507461;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000418832;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:2:2:120:120:0.983607:54:66:2:0:54:66:2:0 chr9 139142710 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.078;QD=51.9153;RBI=0.038071;REFB=0;REVB=0.030771;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018127;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 139142808 . T C 824.58 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.012695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9094;QD=54.071;RBI=0.0418875;REFB=0.00863003;REVB=0.0399174;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.512816;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000209065;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:38:21:0:2:38:21:0:2 chr9 139143045 . T A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0238413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.629;QD=4.30357;RBI=0.0390464;REFB=-0.00786123;REVB=-0.0309227;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242818;STB=0.666112;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0386924;OID=.;OPOS=139143045;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:14:12:4:2:14:12 chr9 139252495 . G A 4350.18 PASS AF=1;AO=274;DP=282;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530063;FXX=0.031801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.795;QD=63.5062;RBI=0.0781587;REFB=0;REVB=0.057438;RO=0;SAF=127;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80024e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:274:0:0:274:274:1:147:127:0:0:147:127:0:0 chr9 139273401 . C CT 367.81 PASS AF=1;AO=6;DP=55;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482065;FXX=0.203666;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.093;QD=34.2149;RBI=0.169935;REFB=0;REVB=-0.162954;RO=47;SAF=6;SAR=0;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000257633;OID=.;OPOS=139273402;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:55:43:43:0:39:4:0:0:3:47:6:0:34:13 chr9 139273402 . C G,T 749.27 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=6,47;DP=54;FAO=6,48;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=6,33;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033698,0.020331;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.2548,141.732;QD=55.5015;RBI=0.0338164,0.0865689;REFB=0,0;REVB=0.00282784,0.0841476;RO=1;SAF=6,33;SAR=0,14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782178,0.032403;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.134116,0.000380823;OID=.,.;OPOS=139273402,139273402;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:54:54:1:0:6,47:6,48:0.111111,0.888889:0,14:6,33:0:1:0,15:6,33:0:0 chr9 139301685 . G A 400.15 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0153732;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.627;QD=18.3976;RBI=0.0349211;REFB=-0.0213642;REVB=0.0313552;RO=46;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688077;STB=0.538442;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0275411;OID=.;OPOS=139301685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:46:46:41:41:0.471264:15:26:26:20:15:26:26:20 chr9 139328551 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0143886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.482;QD=19.1804;RBI=0.0177594;REFB=-0.0189268;REVB=0.0104098;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336491;STB=0.692012;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0254194;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:8:3:9:4:8:3 chr9 139343718 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 786.95 PASS AF=0.2,0.6,0.2;AO=13,3,34;DP=52;FAO=10,30,10;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13,2;FSAR=9,17,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569774,0.00497364,-0.0796651;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=179.036,153.388,175.834;QD=62.956;RBI=0.0769726,0.0361787,0.0953999;REFB=0,0,0;REVB=-0.0517528,-0.0358352,-0.0524843;RO=0;SAF=5,3,6;SAR=8,0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.60098e-08,0,3.73777e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00452658,-0.00998238,0.0417162;OID=.,.,.;OPOS=139343719,139343719,139343719;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.6,0.2:13,3,34:52:10,30,10:50:0:1,13,2:9,17,8:0:0:56:0:5,3,6:8,0,28:0:0 chr9 139371234 . G A 312.57 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0124139;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.722;QD=19.2349;RBI=0.0222544;REFB=-0.0419923;REVB=0.0184703;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12367;STB=0.568732;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0322623;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:12:20:16:17:12:20 chr9 139371786 . A C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00287338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.6;QD=15.5718;RBI=0.00484226;REFB=-0.0350185;REVB=-0.00389759;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114818;STB=0.566257;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0454168;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:9:3:4:7:9:3 chr9 139389432 . C T 209.27 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0243003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.178;QD=11.6261;RBI=0.030306;REFB=-0.0225949;REVB=-0.0181094;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202959;STB=0.617;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0366845;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:15:11:28:18:15:11:28:18 chr9 139391636 . G A 2856.98 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.004696;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.993;QD=61.7726;RBI=0.0259711;REFB=-0.0642272;REVB=0.0255431;RO=1;SAF=81;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469075;STB=0.504901;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-6.9806e-07;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:1:2:182:183:0.989189:101:81:0:1:101:82:0:2 chr9 139397707 . G A 1066.75 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0543683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.949;QD=58.4519;RBI=0.0887398;REFB=-0.0404159;REVB=0.0701344;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000546228;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:70:72:0.986301:38:32:1:0:39:33:1:0 chr9 139407932 . A G 972.62 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.69;QD=58.9468;RBI=0.0391221;REFB=0;REVB=-0.0367103;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198151;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr9 139418260 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.03;QD=51.1842;RBI=0.0437602;REFB=0;REVB=-0.015604;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238065;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr9 139510820 . G A 581.13 PASS AF=0.839286;AO=45;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0122517;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.902;QD=41.5096;RBI=0.0361594;REFB=0.000313342;REVB=0.0340205;RO=7;SAF=23;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151867;STB=0.528462;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=1.73643e-05;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:56:7:9:45:47:0.839286:22:23:4:3:24:23:6:3 chr9 139510938 . T C 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.161;QD=59.8245;RBI=0.0195321;REFB=0;REVB=-0.0194073;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11273e-05;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr9 139564668 . G A 248.4 PASS AF=0.277778;AO=35;DP=126;FAO=35;FDP=126;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.00145986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.559;QD=7.88556;RBI=0.00496913;REFB=-0.0118237;REVB=0.00474985;RO=89;SAF=17;SAR=18;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649296;STB=0.538022;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0316675;OID=.;OPOS=139564668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:89:91:35:35:0.277778:18:17:48:41:18:17:49:42 chr9 139616742 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.271;QD=58.5876;RBI=0.023644;REFB=0;REVB=0.00287042;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47601e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr9 139634495 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.747;QD=63.583;RBI=0.0106;REFB=0;REVB=-0.00231015;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7761e-05;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr9 139635430 . C T 833.56 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348509;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.774;QD=54.6599;RBI=0.0377686;REFB=-0.0351243;REVB=0.0145563;RO=2;SAF=18;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135418;STB=0.512191;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-2.5082e-05;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:61:2:1:57:59:0.967213:39:18:1:1:39:20:1:0 chr9 139648918 . T G 598.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775847;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.309;QD=61.3412;RBI=0.0934264;REFB=0;REVB=0.0931036;RO=0;SAF=37;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252184;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:2:37:0:0:2:37:0:0 chr9 139649612 . C A 1189.49 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0186227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.232;QD=57.3248;RBI=0.0343573;REFB=-0.0683442;REVB=0.0288724;RO=1;SAF=61;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00769888;STB=0.505578;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00125349;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:1:3:79:80:0.963855:18:61:1:0:18:62:2:1 chr9 139652329 . G C 1603.18 PASS AF=0.934426;AO=112;DP=123;FAO=114;FDP=122;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0479444;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.859;QD=52.5633;RBI=0.0547126;REFB=-0.114958;REVB=0.0263591;RO=7;SAF=54;SAR=58;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099601;STB=0.509351;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00151542;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:123:122:7:8:112:114:0.934426:58:54:4:3:59:55:5:3 chr9 139656670 . T C,G 2131.82 PASS AF=0.964539,0.0212766;AO=133,5;DP=139;FAO=136,3;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=88,0;FSAR=48,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0416844,-0.0773693;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=125.182,15.9838;QD=60.4772;RBI=0.0622195,0.082031;REFB=0.0369544,0.0881382;REVB=0.0461917,-0.0272594;RO=1;SAF=85,2;SAR=48,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00555973,-0.169284;STB=0.505617,0.995982;STBP=0.317,0.069;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00237613,0.186853;OID=.,.;OPOS=139656670,139656670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:139:141:1:2:133,5:136,3:0.964539,0.0212766:48,3:85,2:1:0:48,3:88,0:2:0 chr9 139656706 . A C 2522.32 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690992;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.299;QD=61.147;RBI=0.00717297;REFB=0;REVB=0.0019247;RO=0;SAF=100;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.92023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02806e-06;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:165:0:0:161:165:1:61:100:0:0:63:102:0:0 chr9 139657834 . G C 939.32 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00461992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283;QD=50.097;RBI=0.034254;REFB=-0.0330302;REVB=0.033941;RO=7;SAF=48;SAR=20;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178003;STB=0.500945;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00613278;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:75:75:7:7:68:68:0.906667:20:48:5:2:20:48:5:2 chr9 139690840 . G A 911.95 PASS AF=0.969697;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.946;QD=55.2699;RBI=0.0295084;REFB=-0.0198172;REVB=0.0249077;RO=1;SAF=44;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106114;STB=0.507326;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00115031;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:66:1:2:62:64:0.969697:18:44:1:0:19:45:1:1 chr9 139700605 . T C 1189.45 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106069;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2143;QD=60.9972;RBI=0.0261467;REFB=0;REVB=0.0238986;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215729;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:34:44:0:0 chr9 139701108 . A C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0848;QD=53.9085;RBI=0.164333;REFB=0;REVB=-0.0201047;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00439925;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr9 139726239 . A G 1436.38 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7661;QD=60.4791;RBI=0.0689769;REFB=0;REVB=-0.0209747;RO=1;SAF=26;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486238;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:95:1:0:89:95:1:63:26:0:1:64:31:0:0 chr9 139732331 . G C 2538.7 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1293;QD=60.8072;RBI=0.0506655;REFB=-0.115901;REVB=0.0104038;RO=1;SAF=98;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483132;STB=0.502538;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000574737;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:167:1:1:164:166:0.994012:66:98:1:0:68:98:1:0 chr9 139739643 . T C 482.56 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.167;QD=58.4921;RBI=0.0388308;REFB=0;REVB=0.016079;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47633e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr9 139749067 . C T 1190.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.064;QD=61.0356;RBI=0.103742;REFB=0;REVB=0.00503277;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305013;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr9 139752898 . CT C,CG 688.68 PASS AF=0.145833,0.854167;AO=6,34;DP=40;FAO=7,41;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=4,16;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330687,0.0286034;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.898,114.476;QD=57.3901;RBI=0.0336518,0.0523726;REFB=0,0;REVB=0.00623707,0.0438718;RO=0;SAF=0,12;SAR=6,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.024477,0.0102776;OID=.,.;OPOS=139752899,139752899;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145833,0.854167:6,34:40:7,41:48:0:4,16:3,25:0:0:27:0:0,12:6,22:0:0 chr9 139839904 . T G 235.2 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.122838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2558;QD=25.427;RBI=0.129882;REFB=-0.0123934;REVB=-0.0421911;RO=15;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310618;STB=0.674049;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00751364;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:17:5:9:6:17:5:9:6 chr9 139840543 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.287;QD=54.5138;RBI=0.0535393;REFB=0;REVB=0.0326232;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677601;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr9 139848688 . C T 3229.71 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259071;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.059;QD=61.5184;RBI=0.0350309;REFB=-0.0637988;REVB=0.0235794;RO=1;SAF=108;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04098e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:210:1:0:206:210:1:98:108:1:0:101:109:0:0 chr9 139872048 . A G 2391.3 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227501;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.538;QD=60.5392;RBI=0.0691502;REFB=-0.00992863;REVB=-0.0653007;RO=1;SAF=104;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455307;STB=0.502392;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-5.19478e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:158:1:1:157:157:0.993671:53:104:1:0:53:104:1:0 chr9 139878317 . C T 739.54 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.02;QD=54.7805;RBI=0.117915;REFB=-0.130914;REVB=0.00863305;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136578;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00179826;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:34:19:0:1:34:19:0:1 chr9 139878828 . T C 323.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.775;QD=51.7109;RBI=0.025235;REFB=0;REVB=8.56496e-05;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407988;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:16:9:0:0 chr9 139902214 . A G 1822.27 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8973;QD=61.2527;RBI=0.056259;REFB=0;REVB=-0.0548597;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256432;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:54:64:0:0:54:65:0:0 chr9 139904037 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.697;QD=60.9779;RBI=0.0349481;REFB=0;REVB=0.0241282;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11844e-06;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr9 139906359 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.236;QD=63.8716;RBI=0.0571959;REFB=0;REVB=0.0544939;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186042;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr9 139912484 . A G 500.69 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.544;QD=58.905;RBI=0.0822459;REFB=0;REVB=0.066944;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731553;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr9 139913239 . T G 1839.95 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.685;QD=60.8247;RBI=0.0497229;REFB=0;REVB=0.0428528;RO=0;SAF=74;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17509e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:121:0:0:115:121:1:41:74:0:0:46:75:0:0 chr9 139923265 . A G 917.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.365;QD=58.2375;RBI=0.0727669;REFB=0;REVB=0.0429499;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020539;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:26:34:0:0:27:36:0:0 chr9 139926402 . T C 469.93 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00386187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2498;QD=44.7549;RBI=0.0401483;REFB=0.00269677;REVB=-0.0399621;RO=7;SAF=16;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795729;STB=0.542833;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00446913;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:19:16:5:2:19:16:5:2 chr9 139934266 . G A 263.66 PASS AF=0.6;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00355074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.527;QD=26.3662;RBI=0.00859374;REFB=-0.0269037;REVB=0.0078259;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213432;STB=0.620587;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.010708;OID=.;OPOS=139934266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:16:24:24:0.6:16:8:9:5:16:8:10:6 chr9 139937795 . T C 1607.07 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.635;QD=64.2826;RBI=0.048359;REFB=0;REVB=0.0372051;RO=0;SAF=18;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63208e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13961e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:80:18:0:0:82:18:0:0 chr9 139937799 . G A 1472.47 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9777;QD=63.3322;RBI=0.0267272;REFB=0;REVB=-0.0101364;RO=0;SAF=16;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32728e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:77:16:0:0:77:16:0:0 chr9 139943429 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.37;QD=50.4132;RBI=0.112272;REFB=0;REVB=0.108012;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154567;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr9 139943549 . G A 785.13 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.801;QD=64.0926;RBI=0.0427349;REFB=0;REVB=0.00585537;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123602;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr9 139973820 . C T 2333.89 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4676;QD=60.2294;RBI=0.058952;REFB=-0.102307;REVB=-0.0259574;RO=1;SAF=2;SAR=151;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314035;STB=0.501639;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000748203;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:153:154:0.993548:151:2:0:1:152:2:0:1 chr9 139981627 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.531;QD=55.0985;RBI=0.0496573;REFB=0;REVB=-0.00281387;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233176;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr9 139996641 . C A 58.54 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.028;QD=33.4524;RBI=0.0787615;REFB=0;REVB=0.0784625;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548296;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr9 140002989 . T C 1399.79 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478072;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7144;QD=62.9119;RBI=0.057685;REFB=0;REVB=0.0322805;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154108;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr9 140003427 . A G 630.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.051;QD=61.5292;RBI=0.0162299;REFB=0;REVB=0.0152376;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83887e-05;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr9 140006202 . G A 296.36 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0655037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8275;QD=49.3941;RBI=0.0712196;REFB=-0.079502;REVB=0.0279553;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00461996;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:0:1:22:23:0.958333:12:10:0:0:12:11:1:0 chr9 140006425 . C G 695.75 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.075212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3797;QD=60.5;RBI=0.0755644;REFB=0.105397;REVB=0.00728955;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00222373;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:30:15:0:1:30:15:0:1 chr9 140008750 . G C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7831;QD=46.8409;RBI=0.0436458;REFB=0;REVB=0.0435242;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160789;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr9 140109599 . T TC 36.16 PASS AF=0.11236;AO=34;DP=187;FAO=20;FDP=178;FR=.;FRO=158;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=111;FSRR=47;FWDB=-0.0911669;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.6908;QD=0.812668;RBI=0.0915416;REFB=-0.00920463;REVB=-0.00827429;RO=147;SAF=33;SAR=1;SRF=99;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619918;STB=0.874736;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0866641;OID=.;OPOS=140109600;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.11236:34:187:20:178:158:19:1:111:47:36:147:33:1:99:48 chr9 140120396 . C T 450.99 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3954;QD=56.3736;RBI=0.101263;REFB=0;REVB=0.0381833;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668361;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:24:32:1:16:8:0:0:17:15:0:0 chr9 140123132 . C G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9777;QD=57.6748;RBI=0.0452339;REFB=0;REVB=0.00670543;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521382;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr9 140127051 . G A 106.16 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0045686;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.728;QD=19.3018;RBI=0.0351816;REFB=-0.0946513;REVB=0.0348838;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0730506;OID=.;OPOS=140127051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr9 140128085 . T C 317.41 PASS AF=0.460526;AO=33;DP=74;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0334037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5069;QD=16.7056;RBI=0.0356255;REFB=-0.000201933;REVB=0.0123842;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286463;STB=0.652733;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00140695;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:41:41:33:35:0.460526:21:12:27:14:22:13:27:14 chr9 140130606 . A T 1442.13 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108134;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2307;QD=63.3904;RBI=0.0159617;REFB=0;REVB=-0.0117408;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424764;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr9 140139184 . A G 385.33 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00251523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.524;QD=22.0189;RBI=0.0257178;REFB=-0.012522;REVB=0.0255945;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618501;STB=0.501466;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0121463;OID=.;OPOS=140139184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:27:31:38:39:0.557143:20:18:15:12:20:19:15:16 chr9 140139757 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.8;QD=57.2012;RBI=0.0694956;REFB=0;REVB=0.0694321;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412447;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr9 140147152 . C G 82.36 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0288882;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7274;QD=5.49051;RBI=0.0317559;REFB=-0.0295579;REVB=0.0131875;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130769;STB=0.583204;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0852635;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:61:60:47:47:13:13:0.216667:5:8:24:23:5:8:24:23 chr9 140167022 . G A 310.19 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0366225;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.912;QD=15.5095;RBI=0.0366761;REFB=-0.0002047;REVB=0.00198257;RO=44;SAF=8;SAR=26;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13399;STB=0.596269;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=9.07078e-05;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:46:34:34:0.425:26:8:15:29:26:8:17:29 chr9 140176294 . G T 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.645;QD=53.8798;RBI=0.00433494;REFB=0;REVB=-0.00410784;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22516e-06;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr9 140177040 . A T 1607.77 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7802;QD=59.0006;RBI=0.0334092;REFB=-0.0968793;REVB=-0.0233653;RO=1;SAF=40;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011718;STB=0.506172;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000297653;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:68:40:1:0:68:40:1:0 chr9 140195002 . TTA T,TAA 54.79 PASS AF=0.407407,0;AO=9,7;DP=38;FAO=11,0;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.117755,0.170384;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.985,14.7827;QD=8.11722;RBI=0.248065,0.18677;REFB=-0.0491822,0.0134402;REVB=0.218334,-0.0764998;RO=17;SAF=6,7;SAR=3,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.439844,0.804201;STB=0.670769,0.5;STBP=0.187,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0964271,0;OID=.,.;OPOS=140195003,140195003;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0:9,7:38:11,0:27:16:6,0:5,0:4:12:55:17:6,7:3,0:4:13 chr9 140243844 . C T 977.57 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434126;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.962;QD=59.2466;RBI=0.0438068;REFB=0;REVB=0.00586354;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499009;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr9 140247143 . T G 1292.44 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5069;QD=61.5446;RBI=0.00604591;REFB=0;REVB=0.000934869;RO=0;SAF=61;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26704e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50776e-05;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:20:61:0:0:21:63:0:0 chr9 140250817 . C CT 619.4 PASS AF=1;AO=19;DP=91;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211913;FXX=0.124986;HRUN=0;LEN=1;MLLD=102.919;QD=32.1764;RBI=0.0231482;REFB=0;REVB=-0.00931505;RO=70;SAF=16;SAR=3;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00398986;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:91:77:77:0:56:21:0:0:5:70:16:3:45:25 chr9 140250818 . C G,T 1284.1 PASS AF=0.238636,0.75;AO=20,67;DP=88;FAO=21,66;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=17,41;FSAR=4,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358856,-0.0221624;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1768,125.831;QD=58.3682;RBI=0.0483261,0.0343535;REFB=-0.00268536,-0.0814347;REVB=0.0323672,0.0262487;RO=1;SAF=16,42;SAR=4,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101866,0.0185257;STB=0.555499,0.509801;STBP=0.097,0.269;TYPE=snp,snp;VARB=0.0283379,-0.0015297;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:88:88:1:1:20,67:21,66:0.238636,0.75:4,25:16,42:0:1:4,25:17,41:0:1 chr9 140262426 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=59.8365;RBI=0.055601;REFB=0;REVB=0.00528689;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247132;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr9 140327663 . C T 1174.71 PASS AF=0.664516;AO=103;DP=157;FAO=103;FDP=155;FR=.;FRO=52;FSAF=77;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00394413;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.017;QD=30.3151;RBI=0.00394825;REFB=-0.0188133;REVB=0.000180187;RO=50;SAF=77;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139233;STB=0.570532;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00734304;OID=.;OPOS=140327663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:50:52:103:103:0.664516:26:77:28:22:26:77:30:22 chr9 140330976 . T C 885.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.115;QD=58.0353;RBI=0.117054;REFB=0;REVB=-0.112476;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124433;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr9 140332478 . A G 911.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177235;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.197;QD=58.8089;RBI=0.0243667;REFB=0;REVB=0.0243022;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144242;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr9 140356422 . G C 1134.34 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00243496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.767;QD=56.7171;RBI=0.0423813;REFB=-0.095324;REVB=0.0423113;RO=3;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399408;STB=0.521121;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00501457;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:34:43:0:3:34:43:0:3 chr9 140357972 . A G 509.58 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8323;QD=58.2375;RBI=0.0368804;REFB=0;REVB=-0.0363072;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124937;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:19:14:0:0:20:15:0:0 chr9 140372570 . G A 271.87 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-9.87275e-06;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.248;QD=15.7608;RBI=0.0165791;REFB=-0.0105576;REVB=-0.0165791;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911889;STB=0.544909;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0123364;OID=.;OPOS=140372570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:34:38:30:31:0.449275:13:17:16:18:13:18:19:19 chr9 140374861 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.061;QD=63.285;RBI=0.0173123;REFB=0;REVB=-0.00502422;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14039e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr9 140611436 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0528253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.172;QD=17.3211;RBI=0.0567794;REFB=-0.00940349;REVB=0.0208179;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359828;STB=0.703988;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00974506;OID=.;OPOS=140611436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:4:14:6:10:4:14 chr9 140638416 . G A 288.82 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0455834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.199;QD=16.2714;RBI=0.0530138;REFB=-0.0289295;REVB=0.0270669;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997533;STB=0.505614;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0337965;OID=.;OPOS=140638416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:12:20:24:15:12:20:24:15 chr9 140638461 . T C 334.24 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0706808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4461;QD=16.7118;RBI=0.0747914;REFB=-0.0139272;REVB=-0.0244537;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731707;STB=0.541153;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0179753;OID=.;OPOS=140638461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:25:19:13:23:25:19 chr9 140679695 . G C 406.54 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.01964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6403;QD=15.9427;RBI=0.102562;REFB=-0.0139887;REVB=0.100664;RO=57;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11626;STB=0.565246;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0237483;OID=.;OPOS=140679695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:28:17:28:29:28:17:28:29 chr9 140687426 . C T 368.32 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0267916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8869;QD=19.3853;RBI=0.0492911;REFB=0.0198009;REVB=0.0413742;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473242;STB=0.526302;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0190078;OID=.;OPOS=140687426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:20:18:20:18:20:18:20:18 chr9 140687468 . A G 321.23 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0125113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.86;QD=18.896;RBI=0.014226;REFB=-0.00528606;REVB=-0.0067711;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716279;STB=0.530018;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00484761;OID=.;OPOS=140687468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:33:34:0.5:20:13:16:18:20:14:16:18 chr9 140773613 . T C 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.0765996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2983;QD=2.42246;RBI=0.0776066;REFB=0.00911599;REVB=-0.0124614;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495948;STB=0.830666;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0669811;OID=.;OPOS=140773613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:44:46:6:6:0.115385:4:2:34:10:4:2:35:11 chr9 140777306 . C G 404.49 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0857816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8076;QD=17.0313;RBI=0.0861256;REFB=-0.0136436;REVB=0.00768965;RO=49;SAF=13;SAR=29;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186225;STB=0.587258;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0127248;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:53:42:42:0.442105:29:13:24:25:29:13:24:29 chr9 140786918 . T C 1513.17 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5946;QD=59.9274;RBI=0.0412687;REFB=0;REVB=0.0277799;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23667e-06;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:43:57:0:0:44:57:0:0 chr9 140866000 . C T 661.99 PASS AF=0.261307;AO=44;DP=194;FAO=52;FDP=199;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=72;FSRR=26;FWDB=-0.0471719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3742;QD=13.3064;RBI=0.136736;REFB=-0.06224;REVB=-0.128342;RO=75;SAF=25;SAR=19;SRF=69;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436994;STB=0.65328;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0397103;OID=.;OPOS=140866000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:199:75:98:44:52:0.261307:19:25:69:6:26:26:72:26 chr9 140881314 . A C 854.2 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.568;QD=57.9117;RBI=0.0865977;REFB=0;REVB=0.0859332;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188865;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:50:59:1:22:28:0:0:31:28:0:0 chr9 140911670 . C T 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.113;QD=61.3248;RBI=0.0362472;REFB=0;REVB=-0.0165182;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383868;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr9 141016262 . T G 2584.59 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.987;QD=61.9064;RBI=0.00693565;REFB=0;REVB=0.00446445;RO=0;SAF=117;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48632e-06;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:50:117:0:0:50:117:0:0 chr9 141069563 . A G 444.66 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.534;QD=57.3753;RBI=0.0211122;REFB=0;REVB=0.0179727;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164232;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr9 141069905 . C T 272.65 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0173389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.509;QD=38.9493;RBI=0.0176101;REFB=-0.0029723;REVB=0.00307825;RO=5;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170228;STB=0.586135;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0004917;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:28:5:5:22:23:0.821429:11:11:0:5:12:11:0:5 chr9 141070283 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.293;QD=57.1761;RBI=0.0414008;REFB=0;REVB=0.0189855;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180396;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr9 141070335 . T G 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.536;QD=53.8919;RBI=0.0340685;REFB=0;REVB=0.0125987;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125636;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr9 141070916 . G A 112.84 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120711;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0332;QD=41.0312;RBI=0.123689;REFB=-0.0800916;REVB=-0.0269803;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040858;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:12:11:0:0:8:11:1:1:7:0:0:4:7:0:0 chr9 141071438 . A G 1583.96 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.089;QD=58.127;RBI=0.0812919;REFB=-0.0949019;REVB=0.0123409;RO=1;SAF=40;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421917;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:1:0:107:109:1:67:40:1:0:67:42:0:0 chr9 141071475 . C G 1929.82 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9779;QD=61.7544;RBI=0.0327066;REFB=0;REVB=-0.0315602;RO=0;SAF=43;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103646;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:82:43:0:0:82:43:0:0 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 270.46 PASS AF=0.711111;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.045168;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=12;MLLD=337.791;QD=24.0405;RBI=0.059354;REFB=-0.0126475;REVB=0.0385066;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.533313;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.00603868;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.711111:30:33:32:45:13:16:16:5:8:65:0:14:16:0:0 chr10 294953 . A G 582.25 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0953654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5337;QD=58.2252;RBI=0.096573;REFB=-0.0142811;REVB=-0.0152243;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.523797;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00120848;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:10:29:0:0:10:29:0:1 chr10 323283 . A G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0159374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.131;QD=19.466;RBI=0.032675;REFB=-0.0317659;REVB=-0.0285246;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215978;STB=0.523788;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0294342;OID=.;OPOS=323283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:10:12:12:11:10:12:12:12 chr10 373048 . T C 182.21 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.026036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.608;QD=11.5688;RBI=0.0260553;REFB=-0.00877402;REVB=0.00100175;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996773;STB=0.505775;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0157581;OID=.;OPOS=373048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:24:16:9:14:24:16 chr10 429977 . G A 388.12 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00439003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.532;QD=26.7669;RBI=0.00482141;REFB=-0.011532;REVB=0.00199341;RO=20;SAF=24;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679298;STB=0.548136;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00659099;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:13:24:11:9:13:24:11:10 chr10 445061 . C T 518.9 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5415;QD=56.0975;RBI=0.0489182;REFB=-0.0961405;REVB=0.0468807;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00163233;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:21:15:0:0:21:15:0:1 chr10 459940 . G A 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.318;QD=59.0119;RBI=0.0356426;REFB=0;REVB=0.0245324;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187184;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr10 696237 . G A 1256.11 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0318093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.561;QD=59.1113;RBI=0.0452404;REFB=0.00240922;REVB=0.0321692;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123005;STB=0.512817;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=2.87145e-05;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:45:38:1:0:45:38:2:0 chr10 858694 . AT A,ATT 31.07 PASS AF=0.428571,0;AO=11,3;DP=28;FAO=12,0;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.124811,0.113734;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.8764,6.31301;QD=4.4379;RBI=0.21622,0.221205;REFB=-0.0342841,0.0168165;REVB=0.176559,-0.189726;RO=10;SAF=5,0;SAR=6,3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0455781,-0.622111;STB=0.642638,0.5;STBP=0.253,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0336596,0;OID=.,.;OPOS=858695,858695;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:11,3:28:12,0:28:16:6,0:6,0:4:12:32:10:5,0:6,3:4:6 chr10 1018585 . T G 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.37;QD=60.878;RBI=0.0243404;REFB=0;REVB=0.017115;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81682e-05;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr10 1046712 . G A 2187.18 PASS AF=0.979452;AO=139;DP=145;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0146038;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.526;QD=59.9226;RBI=0.115798;REFB=-0.154913;REVB=0.114874;RO=1;SAF=83;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569427;STB=0.505202;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00193425;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:146:1:3:139:143:0.979452:56:83:1:0:60:83:1:2 chr10 1081882 . T C 470.97 PASS AF=0.34104;AO=59;DP=173;FAO=59;FDP=173;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.00523793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.389;QD=10.8895;RBI=0.00645071;REFB=-0.00144105;REVB=-0.00376507;RO=114;SAF=19;SAR=40;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173816;STB=0.60009;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00225121;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:114:114:59:59:0.34104:40:19:53:61:40:19:53:61 chr10 1089616 . T C 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.053;QD=57.7049;RBI=0.0311235;REFB=0;REVB=-0.0195721;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135217;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr10 1142208 . T C 1396.73 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336639;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.724;QD=62.7744;RBI=0.0429288;REFB=0;REVB=0.0266387;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44484e-05;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr10 1175894 . A G 1122.04 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0523;QD=57.5407;RBI=0.145793;REFB=-0.0826499;REVB=0.145612;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00993643;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:78:2:0:72:78:1:32:40:0:2:38:40:0:0 chr10 1230968 . C T 636.12 PASS AF=0.374384;AO=76;DP=204;FAO=76;FDP=203;FR=.;FRO=127;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.0692468;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.734;QD=12.5344;RBI=0.0695602;REFB=-0.00862995;REVB=0.00659634;RO=127;SAF=25;SAR=51;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226121;STB=0.62833;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132014;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:127:127:76:76:0.374384:51:25:67:60:51:25:67:60 chr10 3143643 . A C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.588;QD=60.51;RBI=0.0510327;REFB=-0.116852;REVB=0.0431141;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000896598;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr10 3150973 . C T 670.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5965;QD=62.3329;RBI=0.121046;REFB=0;REVB=0.00780382;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513986;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:12:29:0:0:12:31:0:0 chr10 3155620 . A G 1901.6 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3945;QD=60.3683;RBI=0.0290139;REFB=-0.0481356;REVB=-0.0232013;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978133;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:124:126:0:0:123:126:1:57:66:0:0:60:66:0:0 chr10 3172121 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0124923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.923;QD=17.0331;RBI=0.013329;REFB=-0.00831838;REVB=-0.00464795;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280708;STB=0.677205;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0157003;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:4:14:11:10:4:14:11:11 chr10 3172145 . C T 129.81 PASS AF=0.457143;AO=12;DP=30;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0370421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.659;QD=14.8354;RBI=0.0383218;REFB=-0.0223978;REVB=0.00982087;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279999;STB=0.594472;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.101983;OID=.;OPOS=3172145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:35:18:19:12:16:0.457143:3:9:9:9:5:11:10:9 chr10 3178814 . T A 386.04 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00114009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5639;QD=15.5977;RBI=0.00644241;REFB=-0.0234864;REVB=0.00634072;RO=58;SAF=18;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814118;STB=0.545972;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0310298;OID=.;OPOS=3178814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:23:18:30:28:23:18:30:28 chr10 3179703 . C T 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.021712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.844;QD=18.2478;RBI=0.0307123;REFB=-0.0432844;REVB=0.0217218;RO=59;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201111;STB=0.51115;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.012838;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:31:24:27:32:31:24:27:32 chr10 3179708 . A G 524.77 PASS AF=0.478632;AO=54;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0145714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.644;QD=17.9408;RBI=0.0384642;REFB=-0.0428851;REVB=-0.0355973;RO=43;SAF=23;SAR=31;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180874;STB=0.516123;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0485501;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:43:61:54:56:0.478632:31:23:28:15:32:24:28:33 chr10 3180227 . T C 352.46 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0313607;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9288;QD=16.0209;RBI=0.036322;REFB=0.0148815;REVB=0.0183246;RO=50;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756972;STB=0.542691;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0250296;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:50:38:38:0.431818:14:24:28:22:14:24:28:22 chr10 3180316 . T C 205.95 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0226759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=17.5278;RBI=0.0337291;REFB=-0.0160656;REVB=0.024969;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247383;STB=0.649202;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0254266;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:14:6:14:12:15:6:14:12 chr10 3181003 . A G 292.88 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.000436191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.05;QD=17.2285;RBI=0.0212063;REFB=-0.0139428;REVB=-0.0212018;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228496;STB=0.619493;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0205446;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:18:14:24:11:18:14:24:12 chr10 3191823 . C T 547.94 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.0193559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.01;QD=19.0588;RBI=0.0215451;REFB=-0.0119528;REVB=0.00946257;RO=58;SAF=33;SAR=24;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088991;STB=0.549078;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0135569;OID=.;OPOS=3191823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:24:33:39:19:24:33:39:19 chr10 3200292 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.015303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.204;QD=14.6657;RBI=0.0158813;REFB=-0.0203316;REVB=-0.0042467;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.560805;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0278224;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:11:9:8:7:12:9 chr10 3202065 . T C 442.99 PASS AF=0.462264;AO=42;DP=98;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0303005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.69;QD=16.7164;RBI=0.0611839;REFB=-0.00624679;REVB=0.053154;RO=56;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610461;STB=0.539984;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0080823;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:56:57:42:49:0.462264:19:23:31:25:26:23:31:26 chr10 3206027 . A G 515.72 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00597807;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.109;QD=15.9912;RBI=0.016734;REFB=-0.0111296;REVB=0.0156298;RO=72;SAF=25;SAR=31;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401722;STB=0.518822;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0133876;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:72:73:56:56:0.434109:31:25:35:37:31:25:35:38 chr10 3207632 . A G 484.73 PASS AF=0.486726;AO=53;DP=109;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.038346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.1564;QD=17.1586;RBI=0.0383617;REFB=-0.0262483;REVB=0.00109774;RO=56;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592953;STB=0.531178;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0195614;OID=.;OPOS=3207632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:56:58:53:55:0.486726:28:25:30:26:28:27:32:26 chr10 3208557 . A G 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00318892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.961;QD=12.8735;RBI=0.0314795;REFB=-0.0216248;REVB=0.0313175;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198309;STB=0.613925;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0211111;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:24:8:8:11:24:8 chr10 3214369 . A G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0111278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.266;QD=16.1049;RBI=0.0142873;REFB=-0.00861302;REVB=0.00896109;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256022;STB=0.514689;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0160426;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:6:16:12:5:6:16 chr10 3821327 . A T 660.45 PASS AF=0.576577;AO=61;DP=109;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00518461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.607;QD=23.8001;RBI=0.0285566;REFB=-0.0117574;REVB=0.028082;RO=47;SAF=27;SAR=34;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375005;STB=0.522177;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00871311;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:47:47:61:64:0.576577:34:27:23:24:36:28:23:24 chr10 5019959 . G A 225.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0214646;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.965;QD=19.6396;RBI=0.0298464;REFB=-0.00301613;REVB=0.0207383;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581448;STB=0.542131;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0028715;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:24:22:22:0.478261:12:10:9:14:12:10:9:15 chr10 5032239 . A AG 47.13 PASS AF=0.310345;AO=6;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0317085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4936;QD=6.50055;RBI=0.0450717;REFB=0.00861351;REVB=-0.0320316;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949066;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=ins;VARB=-0.0155613;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:6:29:9:29:20:4:5:8:12:47:22:2:4:9:13 chr10 5042664 . C T 410.32 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00172096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.349;QD=18.2364;RBI=0.0136091;REFB=-0.0130465;REVB=-0.0134999;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249844;STB=0.513931;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0152375;OID=.;OPOS=5042664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:15:27:32:16:15:27:32:16 chr10 5046956 . A AT 161.51 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293334;FXX=0.142789;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.881;QD=35.8903;RBI=0.0294425;REFB=0;REVB=0.00253187;RO=19;SAF=2;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000629207;OID=.;OPOS=5046957;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:22:18:18:0:11:7:0:0:3:19:2:1:9:10 chr10 5046957 . A T 200.25 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0430268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.067;QD=36.4086;RBI=0.0444279;REFB=-0.219705;REVB=0.0110698;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475088;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:22:22:3:4:18:18:0.818182:9:9:2:1:9:9:2:2 chr10 5120157 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.958;QD=50.4135;RBI=0.0371666;REFB=0;REVB=0.0350565;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239977;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr10 5135620 . G A 247.3 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0334608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9095;QD=13.7386;RBI=0.0335276;REFB=-0.0191552;REVB=0.00211595;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315429;STB=0.517966;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0212385;OID=.;OPOS=5135620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:25:18:13:16:25:18 chr10 5136651 . C G 926.28 PASS AF=0.625954;AO=82;DP=131;FAO=82;FDP=131;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0150356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.23;QD=28.2833;RBI=0.0166117;REFB=-0.0118233;REVB=0.00706245;RO=49;SAF=43;SAR=39;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147172;STB=0.579443;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00554677;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:49:49:82:82:0.625954:39:43:36:13:39:43:36:13 chr10 5138743 . A G 988.8 PASS AF=0.527473;AO=92;DP=178;FAO=96;FDP=182;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.0030792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.786;QD=21.7319;RBI=0.0103985;REFB=-0.0318275;REVB=-0.00993215;RO=86;SAF=47;SAR=45;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122124;STB=0.57478;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0300782;OID=.;OPOS=5138743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:86:86:92:96:0.527473:45:47:32:54:45:51:32:54 chr10 5139685 . G A 427.46 PASS AF=0.594203;AO=32;DP=71;FAO=41;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0158257;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.618;QD=24.7803;RBI=0.0195767;REFB=-0.0283249;REVB=0.0115237;RO=30;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199403;STB=0.582981;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.017773;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:30:28:32:41:0.594203:11:21:13:17:14:27:13:15 chr10 5199934 . G C 292.02 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0257823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0863;QD=21.6308;RBI=0.0441549;REFB=-0.0155187;REVB=0.035846;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144754;STB=0.588178;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0228317;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:16:14:15:8:16:14:16:8 chr10 5202060 . C T 62.71 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0157331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2654;QD=20.9039;RBI=0.100421;REFB=0.00141137;REVB=0.0991806;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00235075;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:2:2:3:5:2:2 chr10 5202104 . C T 115.8 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0880334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0771;QD=42.1103;RBI=0.0885236;REFB=0;REVB=-0.00930278;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00534424;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr10 5203748 . A G 251.57 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0411982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.515;QD=20.5363;RBI=0.0416918;REFB=-0.000606008;REVB=0.0063966;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104174;STB=0.558773;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00202231;OID=.;OPOS=5203748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:11:14:16:8:11:14 chr10 5244441 . A G,T 733.11 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363248,-0.0630206;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=171.123,25.3648;QD=62.3926;RBI=0.0483789,0.0678985;REFB=0,0;REVB=0.0319535,-0.0252709;RO=0;SAF=25,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00137115,-0.0432056;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:19,2:25,0:0:0:20,1:25,1:0:0 chr10 5255025 . A G 914.57 PASS AF=0.777778;AO=70;DP=90;FAO=70;FDP=90;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0323504;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.472;QD=40.6475;RBI=0.04285;REFB=-0.0842591;REVB=-0.0280995;RO=10;SAF=25;SAR=45;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361446;STB=0.590138;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00515488;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:10:20:70:70:0.777778:45:25:5:5:45:25:15:5 chr10 5415727 . TGGGGGGC TGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG 218.81 PASS AF=0.147541,0.622951,0;AO=7,17,5;DP=61;FAO=9,38,0;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=0,37,0;FSAR=9,1,0;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0174095,-0.0894167,-0.0388017;FXX=0.031741;HRUN=6,4,4;LEN=3,1,1;MLLD=24.2848,9.1848,8.19615;QD=14.3483;RBI=0.132229,0.101242,0.220417;REFB=-0.038108,-0.147651,-0.088585;REVB=-0.131078,-0.0474835,0.216975;RO=9;SAF=0,17,5;SAR=7,0,0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0.470588,0,0;SSEP=0.533333,0.452381,0;SSSB=-0.844818,0,0;STB=0.99884,0.754909,0.5;STBP=0,0.015,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.102747,0.0737201,0.211884;OID=.,.,.;OPOS=5415728,5415734,5415734;OREF=GGG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=TGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.147541,0.622951,0:7,17,5:61:9,38,0:61:14:0,37,0:9,1,0:11:3:36:9:0,17,5:7,0,0:9:0 chr10 5415954 . A G 715.11 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00653311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.449;QD=58.3762;RBI=0.0128661;REFB=0.0625063;REVB=0.011084;RO=2;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268574;STB=0.513883;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00117046;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:46:47:0.959184:34:12:0:2:35:12:0:2 chr10 5435918 . G A 288.82 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0107473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8312;QD=16.2718;RBI=0.0631666;REFB=-0.00434067;REVB=0.0622456;RO=39;SAF=8;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185159;STB=0.604972;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00756709;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:24:8:16:23:24:8:16:23 chr10 5436260 . A G 337.84 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0063372;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.061;QD=14.6887;RBI=0.0129067;REFB=-0.0114267;REVB=-0.0112438;RO=52;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100919;STB=0.553932;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0150587;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:52:55:36:37:0.402174:24:12:22:30:24:13:24:31 chr10 5437365 . A G 292.7 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0118965;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.806;QD=19.5132;RBI=0.0274895;REFB=-0.00305004;REVB=-0.024782;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133442;STB=0.581602;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00210541;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:29:31:31:0.516667:20:11:15:15:20:11:15:14 chr10 5446794 . C T 179.6 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0196261;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0419;QD=14.9666;RBI=0.0212838;REFB=-0.00178383;REVB=0.00823505;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398404;STB=0.735615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00183787;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:13:6:20:8:13:6:21:8 chr10 5471200 . C T 2467.82 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9824;QD=60.1907;RBI=0.0331345;REFB=-0.133099;REVB=0.0283559;RO=2;SAF=83;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000286678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245508;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:164:2:0:162:164:1:79:83:1:1:80:84:0:0 chr10 5495218 . T C 819.98 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00103698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.726;QD=55.592;RBI=0.0784197;REFB=-0.0619924;REVB=0.0784129;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000429583;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:0:1:57:58:0.983051:24:33:0:0:24:34:1:0 chr10 5499703 . ATA ATT,TAT 1417.2 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=51,11;DP=140;FAO=12,87;FDP=99;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=12,50;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428116,0.0502673;FXX=0.0294089;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=159.045,173.974;QD=57.2607;RBI=0.0575592,0.228054;REFB=0,0;REVB=0.0384737,0.222445;RO=7;SAF=34,11;SAR=17,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0935424,0.829173;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00119449,0.008623;OID=.,.;OPOS=5499705,5499703;OREF=A,ATA;OALT=T,TAT;OMAPALT=ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:140:99:7:0:51,11:12,87:0.121212,0.878788:17,0:34,11:2:5:0,37:12,50:0:0 chr10 5567366 . G A 1593.23 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021042;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.971;QD=64.373;RBI=0.0386472;REFB=0;REVB=0.0324166;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428258;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:42:56:0:0:42:57:0:0 chr10 5567695 . G A 1571.86 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330779;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.064;QD=64.1576;RBI=0.0405607;REFB=0;REVB=0.023474;RO=0;SAF=64;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28467e-05;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:34:64:0:0:34:64:0:0 chr10 5567967 . G T 1080.57 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0174703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.967;QD=56.1335;RBI=0.0341261;REFB=-0.175408;REVB=0.0293152;RO=3;SAF=33;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410803;STB=0.521733;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000703243;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:77:3:3:74:74:0.961039:41:33:3:0:41:33:3:0 chr10 5673528 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.699;QD=60.6067;RBI=0.08686;REFB=0;REVB=0.00294243;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161179;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:18:15:0:0:23:15:0:0 chr10 5765637 . C T 117.11 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0435745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0403;QD=12.3274;RBI=0.0468787;REFB=-0.00549304;REVB=-0.0172882;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420088;STB=0.545389;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0126021;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:7:6:12:12:8:6:12:12 chr10 5772920 . A T 144.64 PASS AF=0.681818;AO=11;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0472979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.307;QD=26.2973;RBI=0.0491047;REFB=-0.00473531;REVB=0.0131975;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124286;STB=0.561957;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0190201;OID=.;OPOS=5772920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:22:7:7:11:15:0.681818:3:8:4:3:4:11:4:3 chr10 5781628 . T G 239.81 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0362209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6653;QD=14.1064;RBI=0.0455133;REFB=0.00148893;REVB=-0.0275592;RO=40;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261106;STB=0.649885;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00392241;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:7:21:21:19:7:21:21:19 chr10 5781969 . A T 223.74 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00931117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4687;QD=19.4553;RBI=0.0108066;REFB=-0.00270975;REVB=0.00548503;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325976;STB=0.685916;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00544462;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:17:5:13:11:17:5:13:11 chr10 5788608 . G C 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0145467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.188;QD=18.3432;RBI=0.0348474;REFB=-0.0228791;REVB=0.031666;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0216225;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:9:9:7:10:9:9 chr10 5789418 . T G 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0178582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.507;QD=20.159;RBI=0.0183135;REFB=-0.00399823;REVB=-0.00405804;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645261;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00240817;OID=.;OPOS=5789418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:11:5:5:8:11:5:6:8 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 133.24 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0140018;FXX=0;HRUN=2;LEN=9;MLLD=309.845;QD=12.3943;RBI=0.0140545;REFB=-0.0123958;REVB=-0.00121675;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705438;STB=0.519211;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=0.0136885;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:20:43:20:43:23:8:12:10:13:99:21:8:12:10:11 chr10 5790420 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.587;QD=59.0185;RBI=0.0117028;REFB=0;REVB=-0.00366164;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61388e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr10 5790616 . A G 231.08 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0243841;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.336;QD=12.0044;RBI=0.0281728;REFB=-0.00928084;REVB=0.014111;RO=49;SAF=22;SAR=6;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382342;STB=0.722622;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0421259;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:49:28:28:0.363636:6:22:23:26:6:22:23:26 chr10 5790729 . C T 427.71 PASS AF=0.790698;AO=33;DP=42;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.031391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9218;QD=39.7872;RBI=0.0360288;REFB=-0.0196224;REVB=-0.0176828;RO=8;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130883;STB=0.552456;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00631569;OID=.;OPOS=5790729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:43:8:9:33:34:0.790698:16:17:7:1:16:18:7:2 chr10 5804531 . G A 447.91 PASS AF=0.401575;AO=52;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0132852;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.017;QD=14.1073;RBI=0.0173861;REFB=-0.00966837;REVB=0.0112151;RO=73;SAF=20;SAR=32;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184727;STB=0.596486;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0110002;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:76:52:51:0.401575:32:20:41:32:31:20:42:34 chr10 5895755 . GC TA 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0141771;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.285;QD=17.4276;RBI=0.0192588;REFB=-0.00990038;REVB=-0.0130351;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166796;STB=0.595583;STBP=0.271;TYPE=mnp;VARB=0.0111126;OID=.;OPOS=5895755;OREF=GC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:11:12:13:6:11:12 chr10 5904661 . A G 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0172724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0542;QD=21.2636;RBI=0.0525023;REFB=0.0160899;REVB=-0.0495798;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305738;STB=0.517224;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0181853;OID=.;OPOS=5904661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:5:13:15:5:5:13 chr10 5920121 . T C 123.87 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0171624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.946;QD=17.0851;RBI=0.0366369;REFB=-0.020342;REVB=0.0323685;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.523775;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0210439;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:15:15:12:14:0.482759:3:9:9:6:5:9:9:6 chr10 5925971 . C A 431.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404491;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.004;QD=57.5959;RBI=0.066231;REFB=0;REVB=-0.0524445;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90123e-05;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr10 5926034 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0227949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.048;QD=15.1959;RBI=0.0228261;REFB=-0.0114283;REVB=0.00119275;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273127;STB=0.656048;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0188181;OID=.;OPOS=5926034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:14:4:7:7:14:4 chr10 5929962 . G C 253.06 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0488087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9048;QD=15.1079;RBI=0.0488365;REFB=0.00241906;REVB=0.00164696;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046196;STB=0.534567;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00475276;OID=.;OPOS=5929962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:17:12:17:20:17:12:18:20 chr10 5979117 . T C 116.65 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0655058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.201;QD=7.40608;RBI=0.0677298;REFB=-0.0127542;REVB=-0.0172139;RO=44;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465782;STB=0.542324;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0296973;OID=.;OPOS=5979117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:46:17:17:0.269841:8:9:25:19:8:9:27:19 chr10 5994375 . A G 383.84 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00388968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.505;QD=13.7086;RBI=0.00657042;REFB=-0.0240916;REVB=0.00529536;RO=67;SAF=20;SAR=25;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511521;STB=0.528929;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0317972;OID=.;OPOS=5994375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:25:20:33:34:25:20:33:34 chr10 6001696 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=364.855;QD=47.8224;RBI=0.0377048;REFB=0;REVB=0.0349304;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.388e-05;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 6002368 . T G 1025.34 PASS AF=0.959459;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0459482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0342;QD=55.4236;RBI=0.0472005;REFB=-0.00116464;REVB=-0.0108002;RO=3;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464212;STB=0.524583;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000962815;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:69:71:0.959459:29:40:0:3:29:42:0:3 chr10 6150677 . C A 560.43 PASS AF=0.412903;AO=63;DP=154;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.022711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9755;QD=14.4626;RBI=0.0282721;REFB=-0.0123144;REVB=-0.0168381;RO=85;SAF=27;SAR=36;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931305;STB=0.545139;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0159157;OID=.;OPOS=6150677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:85:91:63:64:0.412903:36:27:29:56:36:28:33:58 chr10 6191733 . G A 322.11 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00832709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1356;QD=28.0094;RBI=0.012748;REFB=-0.0135308;REVB=0.00965246;RO=18;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163621;STB=0.590839;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00936405;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:22:6:7:11:22:6:7:11 chr10 6191735 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8885;QD=61.3332;RBI=0.00882259;REFB=0;REVB=-0.000243809;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13715e-05;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr10 6392848 . G A 149.14 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00429638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.017;QD=18.6425;RBI=0.0151748;REFB=-0.0239961;REVB=0.0145539;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.026187;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:8:8:6:9:8:8:7:9 chr10 6393009 . A G 55.77 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0837319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2294;QD=10.6224;RBI=0.107531;REFB=-0.00617114;REVB=-0.0674674;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.6918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0108902;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:6:2:7:5:6:2:7:6 chr10 6393260 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=63.2862;RBI=0.0159449;REFB=0;REVB=0.0154861;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77682e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr10 6393706 . ACAGGCAGGCAGGCA ACAGGCAGGCAG,ACAGGCAGGCA 195.92 PASS AF=0,1;AO=3,9;DP=16;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443611,0.0304257;FXX=0.0587889;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=163.514,181.854;QD=48.9795;RBI=0.0588447,0.089296;REFB=0,0;REVB=0.0586772,0.0839527;RO=0;SAF=0,5;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.269962,0.269962;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000809549;OID=.,.;OPOS=6393718,6393707;OREF=GCA,CAGG;OALT=-,-;OMAPALT=ACAGGCAGGCAG,ACAGGCAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,9:16:0,16:16:0:0,7:0,9:0:0:4:0:0,5:3,4:0:0 chr10 6527143 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0159605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.693;QD=14.5324;RBI=0.0238952;REFB=-0.00429894;REVB=0.0177833;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849804;STB=0.54816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00518755;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:24:16:14:15:24:16 chr10 7285632 . A G,T 531.27 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=34,2;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248877,0.00824874;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.737,65.3507;QD=59.0302;RBI=0.026859,0.014178;REFB=0,0;REVB=0.0101,-0.0115314;RO=0;SAF=13,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00234551,0.015421;OID=.,.;OPOS=7285632,7285632;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:36:0:0:34,2:35,1:0.972222,0.0277778:21,0:13,2:0:0:21,0:14,1:0:0 chr10 7605067 . C T 297.94 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0119481;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.765;QD=15.6808;RBI=0.0131287;REFB=-0.00699019;REVB=0.00544109;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20941;STB=0.619582;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0117018;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:43:33:33:0.434211:17:16:28:12:17:16:30:13 chr10 7605077 . TC GT,T 1273.93 PASS AF=0,1;AO=3,77;DP=84;FAO=0,84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237182,0.028492;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=4.4134,31.4327;QD=60.6634;RBI=0.0271105,0.0569719;REFB=0,0;REVB=-0.013131,-0.0493356;RO=0;SAF=2,43;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.213368;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.11157e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000286913;OID=.,.;OPOS=7605077,7605078;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:84:84:0:0:3,77:0,84:0,1:1,34:2,43:0:0:0,36:0,48:0:0 chr10 7605101 . A G 1327.01 PASS AF=0.978022;AO=84;DP=87;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0455546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1538;QD=58.3303;RBI=0.0689189;REFB=0.0343876;REVB=-0.0517165;RO=3;SAF=42;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108774;STB=0.500619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00643522;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:91:3:2:84:89:0.978022:42:42:2:1:42:47:1:1 chr10 7618501 . A G 1104.17 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245681;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.182;QD=59.6846;RBI=0.0248518;REFB=0;REVB=-0.00374487;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753319;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:34:37:0:0:34:40:0:0 chr10 7618686 . T G 625.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.247;QD=60.9767;RBI=0.0663049;REFB=0;REVB=0.0258374;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211145;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:20:17:0:0:20:21:0:0 chr10 7759595 . C T 400.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.854;QD=53.3558;RBI=0.0193369;REFB=-0.134791;REVB=0.0144069;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.51162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00228115;OID=.;OPOS=7759595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:8:21:0:0:8:21:1:0 chr10 7763661 . A G 1208.28 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0154273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.251;QD=57.5374;RBI=0.0239544;REFB=-0.10958;REVB=0.0183252;RO=2;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00084581;STB=0.506618;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000701804;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:84:2:3:81:81:0.964286:39:42:1:1:39:42:1:2 chr10 7797903 . C CAACT,T 408.37 PASS AF=0.735294,0.176471;AO=25,5;DP=34;FAO=25,6;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17,6;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00363551,-0.0147814;FXX=0.0285633;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=224.255,71.6191;QD=48.0435;RBI=0.008515,0.0917923;REFB=-0.0599419,0.0306871;REVB=-0.00769989,-0.0905944;RO=3;SAF=17,5;SAR=8,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0763937,0.762666;STB=0.541367,0.997391;STBP=0.271,0.024;TYPE=ins,snp;VARB=0.0028786,0.0113623;OID=.,.;OPOS=7797904,7797903;OREF=-,C;OALT=AACT,T;OMAPALT=CAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:34:34:3:3:25,5:25,6:0.735294,0.176471:8,0:17,5:1:2:8,0:17,6:1:2 chr10 7808086 . T C 482.73 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6;QD=58.5131;RBI=0.0831201;REFB=0;REVB=0.0710906;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197557;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr10 8006798 . A G 913.41 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0242561;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.624;QD=52.9513;RBI=0.0268543;REFB=-0.0038577;REVB=0.0115238;RO=4;SAF=42;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124631;STB=0.506606;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00021076;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:69:4:4:65:65:0.942029:23:42:3:1:23:42:3:1 chr10 8007559 . GT CC,GC 420.08 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665552,0.0892161;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=122,74.641;QD=56.0104;RBI=0.0665716,0.0892329;REFB=0,0;REVB=-0.00147446,-0.00173182;RO=0;SAF=12,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0126887,-0.224943;OID=.,.;OPOS=8007559,8007560;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:16,2:12,0:0:0:16,2:12,0:0:0 chr10 11299531 . C CG,G 32.01 PASS AF=0.153846,0;AO=8,3;DP=52;FAO=8,0;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=42;FSRR=2;FWDB=0.00720265,-0.0512395;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=70.0546,226.924;QD=2.46249;RBI=0.00793983,0.0549991;REFB=-0.00939752,-0.0144515;REVB=-0.00334107,-0.0199852;RO=41;SAF=7,3;SAR=1,0;SRF=39;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.297496,0.359981;STB=0.699675,0.5;STBP=0.833,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.173006,0;OID=.,.;OPOS=11299532,11299531;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:52:52:41:44:8,3:8,0:0.153846,0:1,0:7,3:39:2:1,0:7,0:42:2 chr10 11299735 . A T 1528.83 PASS AF=0.99;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000505507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.551;QD=61.153;RBI=0.00303841;REFB=-0.109004;REVB=0.00299606;RO=0;SAF=66;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000427981;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:100:0:1:94:99:0.99:28:66:0:0:30:69:0:1 chr10 11356160 . C T 804.95 PASS AF=0.538462;AO=76;DP=141;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0041735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2532;QD=22.516;RBI=0.0373801;REFB=0.0101273;REVB=0.0371464;RO=62;SAF=28;SAR=48;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854278;STB=0.565333;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00857811;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:62:66:76:77:0.538462:48:28:29:33:50:27:32:34 chr10 11371402 . T TCTAA 491.65 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00148844;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=4;MLLD=202.086;QD=22.6044;RBI=0.0132075;REFB=-0.0186639;REVB=-0.0131234;RO=40;SAF=31;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156413;STB=0.577606;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.0171438;OID=.;OPOS=11371403;OREF=-;OALT=CTAA;OMAPALT=TCTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54023:46:89:47:87:40:31:16:20:20:99:40:31:15:20:20 chr10 11373418 . A ATC 1091.79 PASS AF=0.691729;AO=85;DP=137;FAO=92;FDP=133;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00655412;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.411;QD=32.8357;RBI=0.0260017;REFB=0.00132289;REVB=-0.0251621;RO=41;SAF=46;SAR=39;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01206;STB=0.518793;STBP=0.539;TYPE=ins;VARB=-0.000333713;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.691729:85:137:92:133:41:46:46:23:18:99:41:46:39:23:18 chr10 11373420 . G C 184.92 PASS AF=0.219697;AO=29;DP=144;FAO=29;FDP=132;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00115857;FXX=0.0833275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5327;QD=5.60365;RBI=0.0626205;REFB=-0.00293027;REVB=-0.0626098;RO=100;SAF=21;SAR=8;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293799;STB=0.686142;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000490938;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:132:100:103:29:29:0.219697:8:21:50:50:8:21:51:52 chr10 11504313 . C T 972.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0798;QD=58.95;RBI=0.0195224;REFB=0;REVB=-0.0157038;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200984;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr10 11505051 . GC G 318.55 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136921;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.7519;QD=35.394;RBI=0.242048;REFB=0;REVB=0.24166;RO=7;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.356912;SSEP=0;SSSB=0.0204696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00935432;OID=.;OPOS=11505052;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:37:36:36:0:12:24:0:0:6:7:9:18:2:5 chr10 11505175 . A G 206.96 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.412;QD=48.6955;RBI=0.113804;REFB=0;REVB=0.11369;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183342;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:1:15:0:0:2:15:0:0 chr10 11789382 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4378;QD=56.9998;RBI=0.0233906;REFB=0;REVB=-0.0207105;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102744;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr10 11789405 . G A 754.3 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0720984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2019;QD=54.8583;RBI=0.0720986;REFB=-0.0627015;REVB=0.000169899;RO=1;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000996038;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:55:1:1:52:54:0.981818:16:36:0:1:16:38:0:1 chr10 11797436 . T C 972.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3083;QD=58.9112;RBI=0.0183017;REFB=0;REVB=-0.0181774;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109938;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr10 11797467 . G A 1102.11 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132418;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.934;QD=60.3897;RBI=0.109516;REFB=0;REVB=0.108712;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223093;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr10 11805354 . A G 1338.15 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.752;QD=61.5242;RBI=0.0437323;REFB=0;REVB=0.0159244;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236976;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:43:42:0:0:44:43:0:0 chr10 11805357 . G A 1297.72 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8568;QD=60.3592;RBI=0.127268;REFB=-0.0580957;REVB=0.0569921;RO=3;SAF=39;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359131;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:86:3:0:82:86:1:43:39:3:0:43:43:0:0 chr10 11911764 . G A 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.011716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.057;QD=14.1669;RBI=0.0118068;REFB=-0.0153877;REVB=-0.00146117;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252837;STB=0.650827;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0168949;OID=.;OPOS=11911764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:5:7:8:2:5:7 chr10 11912431 . C T 1563.55 PASS AF=0.909836;AO=110;DP=122;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00951719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.368;QD=51.2638;RBI=0.0191175;REFB=-0.226348;REVB=0.0165802;RO=3;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281754;STB=0.507916;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00466473;OID=.;OPOS=11912431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:122:122:3:11:110:111:0.909836:49:61:0:3:50:61:7:4 chr10 11913907 . A T 135.04 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0161904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.422;QD=8.31013;RBI=0.0853964;REFB=-0.0144298;REVB=-0.0838476;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440282;STB=0.518619;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0603082;OID=.;OPOS=11913907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:10:9:23:22:10:9:23:23 chr10 12071397 . G A 166.43 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00888046;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.285;QD=11.4778;RBI=0.00890369;REFB=-0.00830356;REVB=0.000642732;RO=37;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354558;STB=0.707755;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.01732;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:5:16:17:20:5:16:17:20 chr10 12111090 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4276;QD=56.9537;RBI=0.0426346;REFB=0;REVB=0.0354712;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136256;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr10 12131081 . T G 297.53 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00650551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.483;QD=20.8796;RBI=0.0136815;REFB=-0.00958867;REVB=-0.0120359;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069281;STB=0.531015;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0172951;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:14:16:16:10:14:17:16:10 chr10 12143105 . C G 401.01 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00925642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9356;QD=24.3033;RBI=0.0263211;REFB=-0.0112494;REVB=-0.0246398;RO=26;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583547;STB=0.541041;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00704412;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:27:39:39:0.590909:24:15:12:14:24:15:13:14 chr10 12148259 . A C 766.19 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.116;QD=56.755;RBI=0.0185932;REFB=0;REVB=0.0147875;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980923;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:48:54:1:23:25:0:0:26:28:0:0 chr10 12148286 . T C 770.38 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0252;QD=55.0273;RBI=0.0967358;REFB=-0.140236;REVB=0.0956485;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00320012;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:27:27:0:0:28:27:1:0 chr10 12149939 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.44;QD=55.6561;RBI=0.0507429;REFB=0;REVB=0.00310447;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149628;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr10 12191933 . C T 211.62 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00412478;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.992;QD=11.7565;RBI=0.0192572;REFB=-0.00212911;REVB=-0.0188103;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557715;STB=0.503223;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00377647;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:46:46:26:26:0.361111:14:12:21:25:14:12:21:25 chr10 12209752 . T C 509.02 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.120824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.311;QD=26.4424;RBI=0.122152;REFB=-0.0279153;REVB=0.0179663;RO=30;SAF=19;SAR=28;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698552;STB=0.538141;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0131;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:28:19:15:15:28:19:15:15 chr10 12212186 . T A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0109351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.722;QD=16.1064;RBI=0.0148322;REFB=-0.00832757;REVB=-0.0100209;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.012044;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:11:11:8:9:11:11 chr10 12292344 . A G 140.0 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00346848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.367;QD=20.7412;RBI=0.0127786;REFB=0.00325958;REVB=0.0122989;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395277;STB=0.522358;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00209687;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:5:7:8:7:5:7 chr10 12292348 . G T 88.7 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0282811;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.309;QD=13.1405;RBI=0.0412754;REFB=-0.00613636;REVB=-0.0300639;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0100267;OID=.;OPOS=12292348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:7:9:6:5:7:9 chr10 12292454 . A G 95.85 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0129525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4982;QD=9.3511;RBI=0.0173578;REFB=-0.00534266;REVB=-0.0115554;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333332;STB=0.531201;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00795209;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:41:41:18:28:12:13:0.317073:4:8:6:12:5:8:16:12 chr10 12867598 . C G 465.12 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6745;QD=58.1397;RBI=0.0564401;REFB=0;REVB=0.00981946;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786548;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr10 12940455 . A G 794.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6215;QD=63.5755;RBI=0.0222327;REFB=0;REVB=-0.0176236;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146873;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:27:20:0:0:27:23:0:0 chr10 13151224 . G A 110.38 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.00281625;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.54;QD=13.7975;RBI=0.0111886;REFB=-0.00951513;REVB=0.0108284;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103755;STB=0.559916;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0200463;OID=.;OPOS=13151224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:2:17:11:2:2:17 chr10 13158261 . TC T,TT 114.69 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,8;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374785,0.070656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.228,212.519;QD=41.7044;RBI=0.0537982,0.080799;REFB=0,0;REVB=0.0385954,0.0391944;RO=0;SAF=1,2;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0644475,0.00146199;OID=.,.;OPOS=13158262,13158262;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:3,8:11:1,10:11:0:0,3:1,7:0:0:4:0:1,2:2,6:0:0 chr10 13166076 . A G 496.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1994;QD=56.7058;RBI=0.0341421;REFB=0;REVB=-0.00361344;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918327;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:23:10:0:0:24:11:0:0 chr10 13206233 . A T 1226.02 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.094;QD=61.3011;RBI=0.0435812;REFB=0;REVB=0.0411557;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27622e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:36:42:0:0:38:42:0:0 chr10 13239651 . A G 208.79 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.514;QD=41.7589;RBI=0.0251328;REFB=-0.122499;REVB=-0.00776837;RO=2;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764328;STB=0.541621;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000933757;OID=.;OPOS=13239651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:11:7:0:2:11:7:0:2 chr10 13275553 . T G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0220832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.85;QD=16.4266;RBI=0.0344466;REFB=-0.0129048;REVB=0.0264367;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0141972;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:6:5:6:5:6:5 chr10 13337588 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.864;QD=58.142;RBI=0.0237547;REFB=0;REVB=0.00610135;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147526;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 13350198 . G C 228.9 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0552964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5124;QD=16.0628;RBI=0.0856671;REFB=0.00887462;REVB=0.0654306;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410029;STB=0.523143;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00776194;OID=.;OPOS=13350198;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:18:13:12:14:18:13 chr10 13364914 . C G 232.56 PASS AF=0.430769;AO=25;DP=62;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0639411;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.224;QD=14.3115;RBI=0.0641041;REFB=-0.0173094;REVB=0.00456866;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470914;STB=0.52306;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0272388;OID=.;OPOS=13364914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:35:37:25:28:0.430769:11:14:18:17:14:14:20:17 chr10 13375906 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.979;QD=63.583;RBI=0.0274472;REFB=0;REVB=-0.025952;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113119;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr10 13481427 . T A 244.31 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0378174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.811;QD=17.4505;RBI=0.048749;REFB=-0.0121954;REVB=0.0307621;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963337;STB=0.55405;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0108645;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:12:17:13:14:12:17 chr10 13494594 . T C 553.59 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00580475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.877;QD=16.7754;RBI=0.00581808;REFB=0.00396435;REVB=0.000393608;RO=72;SAF=25;SAR=34;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14354;STB=0.576245;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00599153;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:73:59:59:0.44697:34:25:41:31:34:25:41:32 chr10 13534851 . A G 132.78 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0101873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.96;QD=10.2141;RBI=0.0183049;REFB=-0.00360625;REVB=0.0152082;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316021;STB=0.660613;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00813738;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:35:16:17:0.326923:6:10:12:23:7:10:12:23 chr10 13633835 . A G 1789.52 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387218;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0801;QD=61.1803;RBI=0.0561619;REFB=0;REVB=-0.040679;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112328;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:115:117:1:57:58:0:0:57:60:0:0 chr10 13639690 . G GT,T 36.94 PASS AF=0.2,0;AO=8,2;DP=46;FAO=9,0;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0501495,-0.0182757;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=24.9685,181.284;QD=3.28317;RBI=0.0506764,0.0182991;REFB=-0.0186428,-0.00221101;REVB=-0.007289,0.000923626;RO=35;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.548151,0.468453;STB=0.883554,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.138811,0;OID=.,.;OPOS=13639691,13639690;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:46:45:35:36:8,2:9,0:0.2,0:1,0:7,2:15:20:1,0:8,0:15:21 chr10 13658436 . G A 287.57 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0249495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.303;QD=13.5328;RBI=0.0356485;REFB=-0.00951458;REVB=-0.0254625;RO=51;SAF=10;SAR=23;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171203;STB=0.593373;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0157918;OID=.;OPOS=13658436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:23:10:23:28:23:10:23:29 chr10 13685766 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.784;QD=53.2766;RBI=0.0747435;REFB=0;REVB=-0.071328;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201088;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr10 13687890 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0923228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.571;QD=16.172;RBI=0.0929649;REFB=-0.00388124;REVB=0.0109081;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753757;STB=0.543423;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00665623;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:11:9:6:10:11:9 chr10 13708245 . G A 337.31 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0282425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.3913;QD=15.5086;RBI=0.0283413;REFB=-0.01845;REVB=-0.00236509;RO=48;SAF=30;SAR=7;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291029;STB=0.658441;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0374821;OID=.;OPOS=13708245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:50:37:37:0.425287:7:30:28:20:7:30:30:20 chr10 13769842 . A G 1240.1 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599937;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.252;QD=59.0523;RBI=0.0699157;REFB=0;REVB=0.035902;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020228;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:76:84:1:38:38:0:0:39:45:0:0 chr10 15008493 . A C 226.1 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00156039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.651;QD=13.3001;RBI=0.0138766;REFB=-0.0155445;REVB=0.0137886;RO=41;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123037;STB=0.570125;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0270268;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:14:13:15:26:14:13:15:26 chr10 15106441 . A G 564.25 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00641543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.182;QD=26.8691;RBI=0.0207678;REFB=0.00611986;REVB=0.019752;RO=33;SAF=20;SAR=31;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908459;STB=0.549573;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00414147;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:31:20:17:16:31:20:17:16 chr10 15180451 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0206006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.001;QD=23.4329;RBI=0.0241715;REFB=-0.00108082;REVB=-0.0126443;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144792;STB=0.581126;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00142351;OID=.;OPOS=15180451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:7:17:11:9:7:17:11:9 chr10 15573050 . A G 1666.13 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0461073;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.132;QD=59.5045;RBI=0.0772669;REFB=-0.0980152;REVB=0.0620023;RO=1;SAF=65;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724852;STB=0.503816;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000745016;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:112:1:1:111:111:0.991071:46:65:1:0:46:65:1:0 chr10 16882518 . T C 204.75 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0047025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.649;QD=12.2238;RBI=0.00471331;REFB=-0.0157988;REVB=0.0003191;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116144;STB=0.575515;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0299747;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:16:9:19:22:17:9:19:22 chr10 16918972 . A G 336.78 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00401348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.306;QD=14.8035;RBI=0.00754919;REFB=-0.00439961;REVB=-0.00639392;RO=54;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497837;STB=0.534935;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00551603;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:54:36:37:0.406593:15:21:29:25:15:22:29:25 chr10 16941147 . T C 285.23 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0110871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.835;QD=15.4177;RBI=0.0111838;REFB=-0.0158708;REVB=-0.0014671;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406474;STB=0.522945;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0246188;OID=.;OPOS=16941147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:15:17:24:18:15:17:24:18 chr10 16943371 . G C 870.44 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217775;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.289;QD=58.0291;RBI=0.0298149;REFB=0;REVB=0.0203634;RO=0;SAF=13;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63891e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:46:13:0:0:47:13:0:0 chr10 16948390 . G C 50.46 PASS AF=0.195122;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0244773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1937;QD=4.92286;RBI=0.0262243;REFB=-0.00915233;REVB=0.00941161;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283631;STB=0.722042;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0154396;OID=.;OPOS=16948390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:7:8:0.195122:4:3:22:11:5:3:22:11 chr10 16961995 . A C 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00420741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.599;QD=27.222;RBI=0.0123213;REFB=-0.0280699;REVB=0.0115807;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169978;STB=0.602357;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0144488;OID=.;OPOS=16961995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:11:14:12:3:11:14:13:3 chr10 16967401 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.64;QD=59.4356;RBI=0.0135225;REFB=0;REVB=-0.00674436;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130089;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr10 16967586 . C G 313.01 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00296986;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.792;QD=14.3912;RBI=0.0463436;REFB=0.00118386;REVB=0.0462483;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107009;STB=0.565778;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00253273;OID=.;OPOS=16967586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:52:35:35:0.402299:18:17:30:21:18:17:31:21 chr10 16979661 . T C 281.35 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0149397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.477;QD=18.4491;RBI=0.0150351;REFB=-0.0215487;REVB=0.00169119;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119298;STB=0.572594;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0241451;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:30:31:0.508197:17:13:17:13:18:13:17:13 chr10 17024503 . G A 395.23 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00581183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.847;QD=22.9118;RBI=0.0279197;REFB=-0.00411833;REVB=-0.0273081;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115261;STB=0.563348;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00301905;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:19:20:11:19:19:20:11:19 chr10 17024615 . A T 228.66 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0128046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.766;QD=21.7769;RBI=0.0320081;REFB=-0.014667;REVB=0.0293353;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28595;STB=0.666508;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0354124;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:6:15:8:12:6:16:8:12 chr10 17113563 . C T 1493.12 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121853;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5915;QD=58.5539;RBI=0.0138578;REFB=-0.0093123;REVB=-0.00659972;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886767;STB=0.504672;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00011246;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:48:53:1:0:48:53:1:0 chr10 17147521 . G T 1413.28 PASS AF=0.968421;AO=90;DP=94;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000756232;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7675;QD=59.5063;RBI=0.0623966;REFB=0.0149829;REVB=-0.062392;RO=2;SAF=44;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210544;STB=0.505262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00526012;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:95:2:3:90:92:0.968421:46:44:2:0:46:46:2:1 chr10 17153023 . C T 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00712794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.616;QD=20.5444;RBI=0.00842785;REFB=-0.0118676;REVB=0.00449679;RO=22;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262202;STB=0.648506;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0127268;OID=.;OPOS=17153023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:16:6:12:10:16:6:12:10 chr10 17156151 . A G 888.88 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.573;QD=56.4367;RBI=0.0168546;REFB=-0.129716;REVB=0.00758341;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000219891;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:0:1:35:27:0:1 chr10 17204247 . A T 78.24 PASS AF=0.352941;AO=8;DP=27;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00218136;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=37.873;QD=9.20523;RBI=0.0732825;REFB=-0.108878;REVB=0.07325;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157867;STB=0.535656;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0111422;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:34:19:22:8:12:0.352941:2:6:12:7:5:7:14:8 chr10 17210822 . A C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0054491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.419;QD=15.1966;RBI=0.015445;REFB=-0.017272;REVB=0.0144518;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.023265;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:7:11:10:4:7:11 chr10 17256265 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA 120.51 PASS AF=0.296296,0;AO=18,18;DP=116;FAO=32,0;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=29,0;FSAR=3,0;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.144243,-0.262777;FXX=0.0357111;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=23.6019,11.8422;QD=4.46332;RBI=0.183915,0.273214;REFB=-0.020885,0.00824398;REVB=-0.114098,-0.0747964;RO=51;SAF=14,16;SAR=4,2;SRF=20;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.464593,0.619794;STB=0.873232,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,del;VARB=0.0502565,0;OID=.,.;OPOS=17256271,17256266;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0:18,18:116:32,0:108:76:29,0:3,0:34:42:99:51:14,16:4,2:20:31 chr10 17256343 . TTA T,TTT 251.33 PASS AF=0.445652,0;AO=33,21;DP=135;FAO=41,0;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=29,0;FSAR=12,0;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0514207,-0.0967276;FXX=0.163621;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=16.5689,12.5047;QD=10.9274;RBI=0.190156,0.214548;REFB=-0.14366,0.0623939;REVB=-0.183071,-0.191506;RO=55;SAF=27,1;SAR=6,20;SRF=24;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.458554,-0.646982;STB=0.59736,0.5;STBP=0.103,1;TYPE=del,snp;VARB=0.151313,0;OID=.,.;OPOS=17256344,17256345;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445652,0:33,21:135:41,0:92:51:29,0:12,0:28:23:99:55:27,1:6,20:24:31 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1281.96 PASS AF=0.257862,0.72956;AO=39,66;DP=160;FAO=41,116;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=0,50;FSAR=41,66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0448982,0.75288;FXX=0.0185174;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=212.572,11.4942;QD=32.2505;RBI=0.0449968,0.757208;REFB=-0.0115374,-0.0562489;REVB=-0.00297794,0.0808424;RO=41;SAF=0,11;SAR=39,55;SRF=31;SRR=10;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.877499,-0.481197;STB=0.5,0.507461;STBP=1,0.25;TYPE=snp,del;VARB=0.0477017,-0.00483769;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.257862,0.72956:39,66:160:41,116:159:2:0,50:41,66:0:2:99:41:0,11:39,55:31:10 chr10 17891705 . A G 2824.67 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.01;QD=62.7705;RBI=0.0362773;REFB=0;REVB=0.00114562;RO=0;SAF=68;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11479e-05;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:180:0:0:177:180:1:109:68:0:0:109:71:0:0 chr10 18087629 . CTG C 55.84 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310648;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=333.82;QD=37.2251;RBI=0.0311012;REFB=0;REVB=0.00150412;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00674621;OID=.;OPOS=18087630;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:4:2:0:0:4:0:4:2:0:0 chr10 18129704 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.023957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1996;QD=12.8622;RBI=0.0262994;REFB=0.00405729;REVB=-0.0108499;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625044;STB=0.871714;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.016703;OID=.;OPOS=18129704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:1:7:1:6:1:7 chr10 18242304 . T C 340.45 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.682;QD=54.4712;RBI=0.0219564;REFB=0;REVB=0.0176361;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115213;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 18242311 . A G 141.29 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0497316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1053;QD=21.7372;RBI=0.0554622;REFB=-0.00991069;REVB=-0.0245524;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296397;STB=0.668272;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0119982;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:7:4:11:4:7:4 chr10 18266989 . G A 87.88 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00997289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.591;QD=9.01317;RBI=0.0138801;REFB=0.00452982;REVB=-0.00965401;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389423;STB=0.699677;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0140234;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:39:26:27:11:12:0.307692:8:3:16:10:8:4:17:10 chr10 18829981 . A ATGTT 821.68 PASS AF=0.8;AO=58;DP=85;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00468877;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=219.281;QD=41.0841;RBI=0.00821149;REFB=-0.0410132;REVB=0.00674121;RO=20;SAF=26;SAR=32;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213096;STB=0.577797;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.00498752;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:58:85:64:80:16:31:33:14:2:96:20:26:32:18:2 chr10 18963038 . A G 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0378521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.279;QD=19.9751;RBI=0.037869;REFB=-0.0277574;REVB=0.00112931;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900494;STB=0.557348;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0187005;OID=.;OPOS=18963038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:40:40:0.506329:25:15:18:20:25:15:19:20 chr10 18965160 . G A 186.25 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00336331;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.252;QD=10.347;RBI=0.0598259;REFB=-0.0098057;REVB=-0.0597313;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132609;STB=0.571368;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0225335;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:48:24:24:0.333333:15:9:23:24:15:9:23:25 chr10 18965960 . G T 657.84 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=170;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0170806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0553;QD=15.388;RBI=0.0255015;REFB=-0.00125778;REVB=-0.0189363;RO=97;SAF=46;SAR=27;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182914;STB=0.599614;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00205407;OID=.;OPOS=18965960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:97:98:73:73:0.426901:27:46:44:53:27:46:45:53 chr10 18966490 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00780531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.927;QD=14.262;RBI=0.0096308;REFB=-0.000123771;REVB=-0.00564176;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106728;STB=0.562418;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000250433;OID=.;OPOS=18966490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:4:12:16:8:4:12:16:8 chr10 19492832 . A C 729.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.108;QD=57.2404;RBI=0.103681;REFB=0;REVB=0.0209089;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217216;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:38:11:0:0:39:12:0:0 chr10 19498278 . G A 1179.71 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260972;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.808;QD=59.7323;RBI=0.0278975;REFB=-0.0630068;REVB=0.00985938;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172063;STB=0.509432;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000689703;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:27:51:0:1:26:52:0:1 chr10 19620407 . A C 2920.03 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9429;QD=63.1358;RBI=0.0528594;REFB=0;REVB=0.0518838;RO=0;SAF=88;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178744;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:185:0:0:184:185:1:96:88:0:0:96:89:0:0 chr10 19620439 . A G 2450.82 PASS AF=0.98773;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225841;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.909;QD=60.1428;RBI=0.0237183;REFB=-0.0693343;REVB=-0.00724677;RO=1;SAF=73;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647357;STB=0.500576;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000673604;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:1:2:161:161:0.98773:88:73:1:0:88:73:1:1 chr10 19636869 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9268;QD=56.706;RBI=0.0705834;REFB=0;REVB=-0.0197456;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122837;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr10 19641035 . T C 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.24;QD=60.747;RBI=0.0237557;REFB=0;REVB=0.0233316;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24047e-05;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:55:59:0:0:55:59:0:0 chr10 19678286 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.351;QD=59.8556;RBI=0.0393023;REFB=0;REVB=0.0299824;RO=0;SAF=15;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08705e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167928;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:56:15:0:0:56:15:0:0 chr10 19678497 . G A 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.408;QD=59.496;RBI=0.00352521;REFB=0;REVB=0.00100342;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12102e-06;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr10 19778056 . G A 1730.1 PASS AF=0.960317;AO=115;DP=123;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0623964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.329;QD=54.9237;RBI=0.063181;REFB=-0.104339;REVB=0.00992599;RO=5;SAF=35;SAR=80;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027263;STB=0.503946;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00446783;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:126:5:5:115:121:0.960317:80:35:3:2:83:38:2:3 chr10 19778072 . A G 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00143768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.683;QD=58.65;RBI=0.00825629;REFB=-0.0180138;REVB=0.00813016;RO=1;SAF=31;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150593;STB=0.507935;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000120331;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:73:31:1:0:73:31:1:0 chr10 19820222 . T C 725.93 PASS AF=0.48125;AO=75;DP=159;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0039486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.599;QD=18.1482;RBI=0.0390878;REFB=-0.0107497;REVB=0.0388878;RO=83;SAF=41;SAR=34;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387603;STB=0.520543;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0127361;OID=.;OPOS=19820222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:83:83:75:77:0.48125:34:41:42:41:35:42:42:41 chr10 19884264 . G A 572.55 PASS AF=0.516129;AO=58;DP=116;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.062536;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.195;QD=18.4695;RBI=0.0632645;REFB=-0.0371501;REVB=-0.00957324;RO=51;SAF=33;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117247;STB=0.562287;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0344396;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:124:51:60:58:64:0.516129:25:33:22:29:25:39:29:31 chr10 19887292 . T G 589.06 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00815804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.147;QD=18.5529;RBI=0.0332385;REFB=-0.0135062;REVB=0.0322218;RO=66;SAF=28;SAR=33;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100769;STB=0.505581;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0174033;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:33:28:31:35:33:28:31:35 chr10 19896830 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.323;QD=57.1062;RBI=0.0248694;REFB=0;REVB=-0.000604718;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48052e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr10 20500592 . T C 312.33 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00091488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.162;QD=14.3601;RBI=0.0117314;REFB=-0.0160543;REVB=0.0116957;RO=52;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252933;STB=0.648566;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0250712;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:52:52:34:35:0.402299:14:20:18:34:14:21:18:34 chr10 21071191 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.697;QD=58.5878;RBI=0.0293881;REFB=0;REVB=0.02218;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135048;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr10 21074344 . A G 1146.54 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0121451;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5012;QD=56.6193;RBI=0.068111;REFB=-0.0981534;REVB=0.0670194;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134949;STB=0.506648;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00238284;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:81:3:3:78:78:0.962963:37:41:1:2:38:40:1:2 chr10 21074455 . T C 2369.82 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.44;QD=64.0492;RBI=0.0275248;REFB=0;REVB=0.0202314;RO=0;SAF=67;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.403e-05;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:81:67:0:0:81:67:0:0 chr10 21414892 . C G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.666;QD=57.1017;RBI=0.0763626;REFB=0;REVB=-0.0760831;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245985;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr10 21806994 . GTTTTTTTA GTTTTTT,GTTTTTTA,GTTTTTTAA 98.83 PASS AF=0.551724,0,0;AO=8,6,4;DP=35;FAO=16,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.246881,-0.484705,-0.279227;FXX=0.0333222;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.4063,7.67723,7.93224;QD=13.6316;RBI=0.29344,0.49373,0.288008;REFB=-0.0127586,0.0374064,0.048201;REVB=0.158609,0.0939702,-0.0705722;RO=6;SAF=3,3,3;SAR=5,3,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0946669,0,0.254893;STB=0.540489,0.5,0.5;STBP=0.676,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00929038,0.00947045,0;OID=.,.,.;OPOS=21807001,21806995,21807001;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTA,GTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724,0,0:8,6,4:35:16,0,0:29:13:6,0,0:10,0,0:6:7:61:6:3,3,3:5,3,1:3:3 chr10 21807785 . T C 37.12 PASS AF=0.0940171;AO=9;DP=112;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=36;FWDB=0.00131611;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=185.642;QD=1.26895;RBI=0.00434954;REFB=-7.25662e-05;REVB=0.00414565;RO=101;SAF=0;SAR=9;SRF=70;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680393;STB=0.938505;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00269351;OID=.;OPOS=21807785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:112:117:101:106:9:11:0.0940171:9:0:70:31:10:1:70:36 chr10 21950592 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0428728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2872;QD=11.1041;RBI=0.0744231;REFB=0.0228998;REVB=0.0608336;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.765078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0382133;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:5:5:6:1:5:5 chr10 22498209 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.076;QD=60.61;RBI=0.0610179;REFB=0;REVB=0.0360535;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349862;OID=.;OPOS=22498209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr10 22498468 . C T 475.62 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021648;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.775;QD=55.9558;RBI=0.0560817;REFB=-0.0812778;REVB=-0.0517351;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00130075;OID=.;OPOS=22498468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:33:33:0.970588:11:22:0:0:11:22:0:1 chr10 22498484 . C CAGA 442.78 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00881041;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.511;QD=45.4135;RBI=0.0167244;REFB=-0.0170799;REVB=0.0142156;RO=6;SAF=23;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101941;STB=0.505491;STBP=0.949;TYPE=ins;VARB=0.00231285;OID=.;OPOS=22498485;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:33:39:33:39:6:23:10:4:2:34:6:23:10:4:2 chr10 22498749 . A T 1537.31 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0659;QD=59.7013;RBI=0.0621904;REFB=0;REVB=0.00898908;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436378;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:49:51:0:0:49:54:0:0 chr10 22518521 . A AC 183.7 PASS AF=1;AO=3;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359353;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.5;QD=45.9249;RBI=0.0362721;REFB=0;REVB=0.00493165;RO=13;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000291483;OID=.;OPOS=22518522;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:16:16:16:0:9:7:0:0:4:13:2:1:7:6 chr10 22518522 . T C 129.46 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00368132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.441;QD=32.3659;RBI=0.0492753;REFB=-0.0818765;REVB=-0.0491376;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436406;STB=0.524235;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00415649;OID=.;OPOS=22518522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:6:7:2:1:6:7:2:1 chr10 22825596 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.096626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.124;QD=11.4397;RBI=0.101691;REFB=-0.00573284;REVB=-0.0316949;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0107281;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:7:7:5:4:7:7 chr10 22839628 . T C 295.5 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0207996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.682;QD=15.3507;RBI=0.0213748;REFB=-0.00128645;REVB=-0.00492561;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443389;STB=0.525099;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00174289;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:23:10:15:29:23:10:15:29 chr10 23297301 . C A,T 2971.43 PASS AF=0.0471204,0.95288;AO=8,183;DP=191;FAO=9,182;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=7,69;FSAR=2,113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242977,-0.00177208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.746,124.593;QD=62.2289;RBI=0.0246099,0.0122846;REFB=0,0;REVB=-0.00390767,-0.0121561;RO=0;SAF=7,69;SAR=1,114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,5.37555e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0436409,-3.85474e-05;OID=.,.;OPOS=23297301,23297301;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:191:191:0:0:8,183:9,182:0.0471204,0.95288:1,114:7,69:0:0:2,113:7,69:0:0 chr10 23482634 . GT G,GC 121.54 PASS AF=0.5,0.5;AO=5,6;DP=12;FAO=6,6;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868606,0.129972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.003,131.841;QD=40.5144;RBI=0.0161824,0.130723;REFB=0,0;REVB=0.0136536,0.0139861;RO=0;SAF=2,3;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00479196,0.00541905;OID=.,.;OPOS=23482635,23482635;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:5,6:12:6,6:12:0:3,3:3,3:0:0:16:0:2,3:3,3:0:0 chr10 23556110 . A G 839.92 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0072435;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.351;QD=55.9946;RBI=0.046405;REFB=-0.0386443;REVB=0.0458362;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000319915;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:28:31:0:0:28:31:0:1 chr10 23633566 . C A 1652.81 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00679204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.347;QD=57.4892;RBI=0.0600707;REFB=-0.0770355;REVB=0.0596855;RO=3;SAF=57;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869393;STB=0.504581;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0010721;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:55:57:1:2:55:57:1:2 chr10 23688486 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0185693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.792;QD=12.3961;RBI=0.0349986;REFB=-0.0273332;REVB=0.0296661;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0361456;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr10 23688521 . T C 30.05 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0214453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.991;QD=12.0209;RBI=0.0394417;REFB=-0.0236895;REVB=0.0331021;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700982;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0422966;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:4:0:2:3:4:1:2:3 chr10 23688542 . T A 50.03 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.2703;QD=33.3552;RBI=0.235298;REFB=0;REVB=0.171696;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0349615;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:3:0:0:0:5:1:0:0 chr10 24721946 . A C 105.76 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0521381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9832;QD=21.153;RBI=0.0689997;REFB=-0.0266588;REVB=0.0451949;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10909;STB=0.56239;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0283099;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:3:5:9:3:3:5 chr10 24762465 . A G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0363633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.63;QD=16.279;RBI=0.0364424;REFB=-0.00125113;REVB=0.00239931;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313006;STB=0.517649;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00141452;OID=.;OPOS=24762465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:17:11:14:19:17:11:14:19 chr10 24873369 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.057;QD=57.7116;RBI=0.0350743;REFB=0;REVB=0.0350356;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29982e-05;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr10 24879281 . A G 1046.5 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.349;QD=58.9577;RBI=0.0258857;REFB=0;REVB=0.0139681;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26144e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:64:71:1:26:38:0:0:30:41:0:0 chr10 24908686 . T C 191.06 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0250262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6415;QD=15.2852;RBI=0.0250545;REFB=-0.0166291;REVB=0.00118973;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136703;STB=0.55097;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0392825;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:19:20:0.4:9:10:19:10:9:11:19:11 chr10 24908998 . C T 207.79 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0228939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.058;QD=16.9622;RBI=0.0230554;REFB=0.00347847;REVB=0.00272466;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359551;STB=0.705685;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00264807;OID=.;OPOS=24908998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:15:6:18:10:15:6:18:10 chr10 24929141 . G A 2842.44 PASS AF=0.989305;AO=183;DP=190;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274259;FXX=0.0157886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.175;QD=60.8009;RBI=0.0386265;REFB=-0.0230174;REVB=0.0271998;RO=1;SAF=84;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563434;STB=0.500378;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000350029;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:190:187:1:2:183:185:0.989305:99:84:1:0:99:86:1:1 chr10 25312689 . A G 261.53 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=52;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0413541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1904;QD=19.3729;RBI=0.0522392;REFB=-0.0245051;REVB=0.0319183;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211343;STB=0.599408;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0231871;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:25:27:29:0.537037:14:13:6:19:16:13:6:19 chr10 25313818 . C T 64.17 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0195357;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8737;QD=8.55645;RBI=0.021448;REFB=-0.0127013;REVB=0.008853;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204999;STB=0.620179;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0101869;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:30:19:21:9:9:0.3:5:4:12:7:5:4:13:8 chr10 25314637 . G C 422.97 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00920593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.179;QD=18.3898;RBI=0.0191831;REFB=-0.00778405;REVB=0.0168298;RO=49;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460837;STB=0.525714;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00862262;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:19:24:25:24:19:24:25:24 chr10 25701341 . C G 477.83 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0729262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8467;QD=16.6202;RBI=0.0780028;REFB=-0.0210259;REVB=-0.0276806;RO=53;SAF=31;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348773;STB=0.515619;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0212077;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:115:53:62:53:53:0.46087:22:31:29:24:22:31:38:24 chr10 25861632 . C T 1721.15 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.701;QD=60.3912;RBI=0.0643894;REFB=0;REVB=0.0546467;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390031;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:57:56:0:0:57:57:0:0 chr10 25888180 . A G 293.86 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.762;QD=48.977;RBI=0.0177623;REFB=-0.115544;REVB=0.0112626;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0076145;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:22:23:0.958333:10:12:0:1:10:13:0:1 chr10 26102829 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0151777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.221;QD=13.8995;RBI=0.0152023;REFB=-0.0179307;REVB=-0.000864106;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248844;STB=0.656652;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0304186;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:15:9:20:12:15:9:22:12 chr10 26355992 . A G 107.35 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0024921;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0343;QD=7.80709;RBI=0.0307184;REFB=-0.015623;REVB=-0.0306171;RO=37;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184538;STB=0.646851;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0341564;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:40:15:15:0.272727:11:4:15:22:11:4:18:22 chr10 26357747 . CG CA,TA 117.86 PASS AF=0.35,0;AO=12,2;DP=40;FAO=14,0;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.05026,-0.0471585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=163.936,140.47;QD=11.7858;RBI=0.0506416,0.0653719;REFB=-0.00392099,0.00898352;REVB=0.00620489,-0.045272;RO=25;SAF=1,0;SAR=11,2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.398728,-0.402785;STB=0.789992,0.5;STBP=0.041,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00917916,0;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:12,2:14,0:0.35,0:11,2:1,0:7:18:13,0:1,0:8:18 chr10 26562596 . G A 439.5 PASS AF=0.5;AO=37;DP=83;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00857656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.371;QD=19.1087;RBI=0.0197419;REFB=-0.0151575;REVB=0.0177816;RO=43;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205397;STB=0.52173;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0220351;OID=.;OPOS=26562596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:92:43:46:37:46:0.5:18:19:23:20:24:22:24:22 chr10 26790109 . T C 100.45 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0222437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6064;QD=16.7423;RBI=0.101188;REFB=-0.0101224;REVB=0.0987129;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581219;STB=0.54831;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0154303;OID=.;OPOS=26790109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:11:12:12:12:0.5:4:8:8:3:4:8:9:3 chr10 26991067 . CG C 71.8 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8008;QD=35.8987;RBI=0.0690067;REFB=0;REVB=-0.0646877;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00199021;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:8:8:0:3:5:0:0:4:0:2:5:0:0 chr10 27303605 . A T 335.5 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.12366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.159;QD=19.7354;RBI=0.133103;REFB=-0.0332582;REVB=0.0492413;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842518;STB=0.50042;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259295;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:27:33:35:35:0.514706:17:18:11:16:17:18:17:16 chr10 27317840 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0493202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0198;QD=16.115;RBI=0.0494197;REFB=-0.0218485;REVB=0.00313443;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435068;STB=0.524622;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0274433;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:17:12:11:13:17:12 chr10 27324405 . G A 291.11 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0220486;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0237;QD=17.6433;RBI=0.0275439;REFB=-0.0208835;REVB=-0.0165084;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136974;STB=0.577116;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0304576;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:66:35:35:31:31:0.469697:10:21:19:16:10:21:19:16 chr10 27353007 . T C 56.74 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0545276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1366;QD=11.9446;RBI=0.0619609;REFB=-0.0188637;REVB=0.029426;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.71364;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0181152;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:4:7:7:1:4:7 chr10 27377283 . A T 144.71 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00389034;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.113;QD=11.1318;RBI=0.00637897;REFB=-0.00881208;REVB=-0.00505535;RO=34;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13377;STB=0.579116;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0122673;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:5:13:21:13:5:13:21:13 chr10 27381349 . T C 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00903075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.647;QD=22.1872;RBI=0.0604276;REFB=-0.0266824;REVB=0.0597489;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118849;STB=0.566441;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0208196;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:12:6:10:11:12:6 chr10 27389197 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000556074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.533;QD=48.7373;RBI=0.035248;REFB=0;REVB=0.0352436;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218443;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr10 27400861 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1314;QD=56.7057;RBI=0.0421928;REFB=0;REVB=0.0403195;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479415;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr10 27434483 . G A 329.16 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.031512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.532;QD=15.6743;RBI=0.0330757;REFB=-0.00174944;REVB=-0.0100496;RO=47;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758806;STB=0.555525;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00283309;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:48:35:36:0.428571:16:19:22:25:16:20:22:26 chr10 27458898 . C A 54.23 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00837782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.502;QD=10.8463;RBI=0.01533;REFB=-0.0110092;REVB=0.0128382;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.713605;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0184224;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:12:12:6:6:0.3:2:4:4:8:2:4:4:8 chr10 27459670 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.012848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.567;QD=10.9729;RBI=0.0144451;REFB=0.00081069;REVB=-0.00660227;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277974;STB=0.680447;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00130141;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:31:15:15:0.326087:9:6:19:10:9:6:21:10 chr10 27475444 . T C 126.21 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00995538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.276;QD=10.9745;RBI=0.043584;REFB=-0.00631898;REVB=0.0424318;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137609;STB=0.508186;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0117183;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:5:10:21:10:5:10:21:10 chr10 27475693 . T C 153.44 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0145593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.568;QD=13.9486;RBI=0.0145769;REFB=-0.0095228;REVB=-0.000716878;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234575;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0204144;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:11:15:6:11:11:16 chr10 27499771 . G A 342.51 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0450449;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.599;QD=21.0775;RBI=0.0472984;REFB=-0.0239441;REVB=0.0144254;RO=27;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953026;STB=0.531627;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0176698;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:27:30:35:35:0.538462:14:21:13:14:14:21:16:14 chr10 27499804 . T C 270.36 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0481243;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.551;QD=16.6372;RBI=0.0493626;REFB=-0.0223871;REVB=-0.0109868;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779179;STB=0.54383;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.019684;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:17:18:13:17:17:18 chr10 27499979 . G T 107.28 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0488779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7319;QD=12.26;RBI=0.0641142;REFB=0.000898003;REVB=-0.0414918;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274105;STB=0.526276;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00672352;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:6:15:9:4:6:16 chr10 27506961 . G A 282.46 PASS AF=0.5;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00644287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.529;QD=18.2229;RBI=0.0194823;REFB=-0.0157618;REVB=0.0183861;RO=26;SAF=19;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328242;STB=0.688142;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0171487;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:26:31:30:31:0.5:11:19:6:20:11:20:8:23 chr10 27508758 . T C 168.42 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0255971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6991;QD=10.3642;RBI=0.0276157;REFB=-0.0150478;REVB=-0.010364;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167471;STB=0.629096;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0287171;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:43:22:22:0.338462:14:8:20:19:14:8:24:19 chr10 27538071 . TG CA 180.56 PASS AF=0.32;AO=23;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0153845;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.963;QD=9.62973;RBI=0.0277682;REFB=-0.00760334;REVB=0.0231168;RO=49;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745952;STB=0.526294;STBP=0.751;TYPE=mnp;VARB=0.0191028;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:51:23:24:0.32:15:8:20:29:15:9:21:30 chr10 27538204 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0137789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.549;QD=11.2669;RBI=0.0142118;REFB=-0.000946674;REVB=-0.00348124;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787401;STB=0.514374;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00170498;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:11:9:16:19:11:9:17:19 chr10 27538735 . G A 278.95 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.000624659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.843;QD=16.4086;RBI=0.0356913;REFB=-0.00636029;REVB=-0.0356858;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267474;STB=0.658576;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00772316;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:9:22:16:20:9:22:16:21 chr10 27539137 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0237531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.278;QD=14.2413;RBI=0.0345341;REFB=0.00218203;REVB=0.0250677;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794843;STB=0.53605;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00192762;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:12:10:16:14:12:10:16:15 chr10 27539166 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000590173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.73;QD=13.336;RBI=0.00809278;REFB=-0.00319434;REVB=-0.00807123;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00469267;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:11:13:8:7:11:13 chr10 27624494 . G A 319.11 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0254388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8947;QD=13.4363;RBI=0.0562019;REFB=0.00260984;REVB=0.0501151;RO=57;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274965;STB=0.664678;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00215188;OID=.;OPOS=27624494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:59:36:36:0.378947:14:22:20:37:14:22:20:39 chr10 27687225 . A G 1415.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.867;QD=62.9049;RBI=0.0158741;REFB=0;REVB=0.0157044;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01324e-05;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:41:49:0:0 chr10 27687775 . T C 976.04 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802103;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.297;QD=59.1538;RBI=0.0155964;REFB=0;REVB=-0.0133758;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58037e-05;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr10 27687965 . A G 191.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.801;QD=47.8941;RBI=0.106464;REFB=0;REVB=0.0159702;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108931;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr10 27687994 . A G 94.83 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.865;QD=34.4843;RBI=0.0613819;REFB=-0.118313;REVB=0.0323421;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00625131;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:1:0:8:2:1:0 chr10 27692279 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.143;QD=58.6005;RBI=0.0492651;REFB=0;REVB=0.0163083;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140051;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr10 28224075 . G A 215.4 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0107084;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.548;QD=14.8548;RBI=0.011675;REFB=0.00320603;REVB=0.00465132;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066703;STB=0.519984;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00394093;OID=.;OPOS=28224075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:33:25:25:0.431034:12:13:14:17:12:13:16:17 chr10 28228865 . A G 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0216949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.411;QD=9.26736;RBI=0.0293431;REFB=-0.0133056;REVB=-0.0197573;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058234;STB=0.53445;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0282869;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:9:12:24:22:9:12:24:22 chr10 28228926 . C T 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0226698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.031;QD=10.3655;RBI=0.0237322;REFB=-0.00416746;REVB=-0.0070214;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297343;STB=0.509425;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00476815;OID=.;OPOS=28228926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:9:11:21:17:9:11:22:17 chr10 28247805 . T C 525.46 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0293719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3805;QD=21.6685;RBI=0.034178;REFB=0.00544544;REVB=-0.0174765;RO=45;SAF=21;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098154;STB=0.554656;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00617383;OID=.;OPOS=28247805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:47:50:50:0.515464:29:21:24:21:29:21:25:22 chr10 28345418 . T C 404.01 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00203055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.851;QD=22.1377;RBI=0.00514427;REFB=0.00641586;REVB=0.00472656;RO=32;SAF=26;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489909;STB=0.536064;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00601234;OID=.;OPOS=28345418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:33:40:40:0.547945:14:26:19:13:14:26:19:14 chr10 28378758 . T C 823.29 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0080468;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.163;QD=55.816;RBI=0.00811034;REFB=-0.0952789;REVB=0.00101323;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000100287;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr10 28731618 . T C 394.21 PASS AF=0.519481;AO=38;DP=75;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.012871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.585;QD=20.4784;RBI=0.0146425;REFB=-0.0214641;REVB=0.00698152;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829401;STB=0.542929;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0260338;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:37:37:38:40:0.519481:22:16:19:18:23:17:19:18 chr10 28909299 . GT G 649.38 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7564;QD=46.3839;RBI=0.0538464;REFB=0;REVB=-0.0414316;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00155801;OID=.;OPOS=28909300;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:56:56:56:0:28:28:0:0:12:0:27:25:0:0 chr10 28970487 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0140835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.771;QD=13.4416;RBI=0.0513457;REFB=-1.66443e-06;REVB=-0.0493765;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306446;STB=0.681047;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00142237;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:8:5:7:3:8:5 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 370.49 PASS AF=0.941176,0.0294118;AO=22,7;DP=34;FAO=32,1;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.223513,-0.228356;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.8387,8.36763;QD=43.5865;RBI=0.227188,0.233242;REFB=-0.116519,-0.116962;REVB=0.0407003,-0.0474905;RO=2;SAF=12,5;SAR=10,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.083825,0.28674;STB=0.519987,0.5;STBP=0.276,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00264614,0.0766336;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.941176,0.0294118:22,7:34:32,1:34:1:20,0:12,1:0:1:8:2:12,5:10,2:0:2 chr10 29136228 . C G 295.44 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0261314;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4398;QD=22.2972;RBI=0.039419;REFB=-0.0019;REVB=0.0295129;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308453;STB=0.660281;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0027748;OID=.;OPOS=29136228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:29:30:0.566038:14:15:3:20:15:15:3:20 chr10 29578084 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1985;QD=62.9779;RBI=0.0890657;REFB=0;REVB=-0.0877707;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620246;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 29754535 . G A 217.67 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0261516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.561;QD=22.913;RBI=0.0434383;REFB=-0.00114974;REVB=0.034684;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319117;STB=0.639066;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0010405;OID=.;OPOS=29754535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:6:15:16:0:6:15:16:1 chr10 29754543 . C T 245.66 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.00799894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.767;QD=23.9663;RBI=0.0356181;REFB=0.00711857;REVB=0.0347083;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318923;STB=0.643351;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00209923;OID=.;OPOS=29754543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:7:16:17:0:7:16:17:1 chr10 29777559 . T A 195.22 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.032236;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0457;QD=16.2684;RBI=0.0346096;REFB=-0.0287852;REVB=0.0125963;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138851;STB=0.579752;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0383922;OID=.;OPOS=29777559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:13:15:8:12:13:15 chr10 29783908 . A G 385.36 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00287345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.734;QD=13.8867;RBI=0.0212557;REFB=-0.00308362;REVB=-0.0210606;RO=66;SAF=19;SAR=26;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145429;STB=0.582131;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00551204;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:26:19:37:29:26:19:37:29 chr10 29784072 . G C 1574.79 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.349;QD=62.9918;RBI=0.0552109;REFB=-0.0817609;REVB=0.0518497;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921056;STB=0.504853;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000470633;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:100:1:1:99:99:0.99:51:48:0:1:51:48:0:1 chr10 29784114 . T C 1245.74 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.171;QD=61.5181;RBI=0.0198709;REFB=0;REVB=-0.00246534;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68184e-05;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:42:39:0:0 chr10 29788191 . C T 144.16 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0273235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6252;QD=24.0265;RBI=0.047749;REFB=0.0124817;REVB=-0.0391585;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864865;STB=0.548325;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00914723;OID=.;OPOS=29788191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:2:7:10:5:2:7 chr10 29821893 . G A 166.38 PASS AF=0.5625;AO=15;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00384333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.612;QD=20.7972;RBI=0.00675033;REFB=-0.0275756;REVB=0.00554939;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.593649;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0226615;OID=.;OPOS=29821893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:9:14:15:18:0.5625:8:7:2:7:9:9:4:10 chr10 29822032 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9847;QD=40.7625;RBI=0.0295838;REFB=0;REVB=-0.00330435;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957752;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr10 29839864 . A C 591.87 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.035955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0877;QD=20.5867;RBI=0.0520701;REFB=-0.00595843;REVB=-0.0376635;RO=53;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145;STB=0.579407;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00552123;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:55:60:60:0.521739:34:26:32:21:34:26:33:22 chr10 30315930 . C G 475.27 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00059633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.782;QD=17.7672;RBI=0.0023426;REFB=-0.00958893;REVB=-0.00226543;RO=55;SAF=33;SAR=18;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108991;STB=0.51254;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0104728;OID=.;OPOS=30315930;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:56:51:51:0.476636:18:33:35:20:18:33:35:21 chr10 30316208 . T C 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0088223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.196;QD=25.8143;RBI=0.0241892;REFB=-0.00637758;REVB=-0.022523;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211726;STB=0.617558;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00663387;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:9:18:8:12:9:18:8:12 chr10 30317826 . A G 165.03 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00124606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.776;QD=14.0448;RBI=0.0287156;REFB=0.00115552;REVB=-0.0286885;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617763;STB=0.51921;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00338113;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:8:9:17:12:8:10:17:12 chr10 30317838 . A G 117.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0226843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.025;QD=12.3958;RBI=0.0336293;REFB=-0.00774977;REVB=-0.0248265;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174555;STB=0.593081;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00695407;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:4:10:13:10:4:10:14:10 chr10 30728101 . T C 496.01 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0138718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.802;QD=20.8845;RBI=0.0464233;REFB=0.00370658;REVB=0.0443024;RO=45;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161962;STB=0.577998;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00406334;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:47:48:48:0.505263:26:22:29:16:26:22:29:18 chr10 30728250 . A G 688.32 PASS AF=0.601852;AO=65;DP=108;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0285416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.807;QD=25.4931;RBI=0.0287856;REFB=-0.0276744;REVB=-0.00373979;RO=42;SAF=32;SAR=33;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227413;STB=0.516942;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0165165;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:42:43:65:65:0.601852:33:32:22:20:33:32:23:20 chr10 30844579 . G A 310.15 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0334709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.611;QD=28.851;RBI=0.0475037;REFB=-0.0485564;REVB=0.0337091;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06387;STB=0.535185;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0207778;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:16:11:8:8:16:11:8:8 chr10 30901756 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0300886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0557;QD=13.4861;RBI=0.0408703;REFB=-0.00967654;REVB=-0.0276596;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.666221;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00595415;OID=.;OPOS=30901756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:8:3:1:8:8:3 chr10 30918549 . G C 430.36 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00749181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.836;QD=15.1004;RBI=0.0166123;REFB=-0.00426102;REVB=-0.0148271;RO=64;SAF=28;SAR=20;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109286;STB=0.507689;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0049783;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:65:48:49:0.429825:20:28:38:26:21:28:38:27 chr10 30918597 . T C 223.28 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0259517;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1905;QD=10.2659;RBI=0.0333403;REFB=0.0046357;REVB=-0.0209304;RO=58;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164194;STB=0.590506;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0111041;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:58:59:28:28:0.321839:11:17:27:31:11:17:28:31 chr10 30989188 . G C 848.38 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.96;QD=57.5175;RBI=0.0927018;REFB=0;REVB=-0.0257109;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99117e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:29:27:0:0:29:30:0:0 chr10 30993404 . G A 769.61 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2865;QD=57.0084;RBI=0.0551327;REFB=0;REVB=0.00262274;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046437;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:25:29:0:0 chr10 30993448 . G A 962.38 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0833;QD=58.3262;RBI=0.0564472;REFB=0;REVB=0.0439506;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363244;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:24:41:0:0:25:41:0:0 chr10 31001494 . A C 477.02 PASS AF=0.918919;AO=25;DP=38;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0174749;FXX=0.0263089;HRUN=7;LEN=1;MLLD=55.7525;QD=51.5692;RBI=0.0247259;REFB=-0.0488157;REVB=0.0174928;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599935;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00119056;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:37:0:3:25:34:0.918919:6:19:0:0:6:28:0:3 chr10 31134214 . A G 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.028939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.89;QD=17.8206;RBI=0.0298311;REFB=-0.00543452;REVB=-0.00724062;RO=53;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135582;STB=0.575837;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00681249;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:26:18:29:24:26:18:29:24 chr10 32045045 . A C 651.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.657;QD=62.0574;RBI=0.0608164;REFB=0;REVB=0.0406193;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236562;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr10 32095666 . T C 144.05 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00212371;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.727;QD=13.7188;RBI=0.0169931;REFB=-0.0127429;REVB=-0.0168599;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680712;STB=0.515041;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.019984;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:28:26:16:16:0.380952:9:7:14:14:9:7:12:14 chr10 32120678 . C T 106.03 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0681955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2921;QD=11.7808;RBI=0.0685155;REFB=0.00824079;REVB=-0.00661433;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100301;STB=0.559713;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0182501;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:14:9:4:9:14:9 chr10 32128611 . A G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0234953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.723;QD=13.7478;RBI=0.0313943;REFB=-0.0167629;REVB=-0.0208223;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177837;STB=0.510195;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0238225;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:14:18:12:10:14:18 chr10 32141460 . T C 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00743117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.647;QD=17.5687;RBI=0.0376084;REFB=-0.0143752;REVB=0.0368669;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13916;STB=0.569894;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0118308;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:17:12:17:13:17:12:17:14 chr10 32345710 . G A 1694.59 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0237;QD=60.521;RBI=0.0324292;REFB=0;REVB=-0.0268617;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62063e-05;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:47:65:0:0:47:65:0:0 chr10 32745262 . T C 224.5 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000132415;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.316;QD=19.1064;RBI=0.00437111;REFB=-0.00497748;REVB=0.00436911;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939972;STB=0.553144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00559163;OID=.;OPOS=32745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:10:15:11:11:10:15 chr10 32807434 . G T 92.63 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0380796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0385;QD=15.4385;RBI=0.0428189;REFB=-0.015159;REVB=0.0195806;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00825127;OID=.;OPOS=32807434;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:22:24:11:12:11:12:0.5:6:5:5:6:7:5:5:7 chr10 32832311 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00211027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.673;QD=25.3678;RBI=0.0090145;REFB=-0.0447163;REVB=0.00876402;RO=14;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109734;STB=0.561342;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0308217;OID=.;OPOS=32832311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:16:5:5:9:16:5:5:9 chr10 32974969 . A G 215.05 PASS AF=0.947368;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0453465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6348;QD=45.2733;RBI=0.0699933;REFB=-0.206733;REVB=0.0533175;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0157835;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:16:18:0.947368:9:7:0:1:9:9:0:1 chr10 33018351 . G C 1557.07 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012746;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.127;QD=59.317;RBI=0.0137694;REFB=0;REVB=0.0052092;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12528e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:63:40:0:0:64:41:0:0 chr10 33123824 . G C 638.75 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.598;QD=59.4184;RBI=0.0323602;REFB=0.00395449;REVB=0.0220109;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=7.90551e-06;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:1:0:22:20:1:0 chr10 33143396 . G A 542.37 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224646;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9786;QD=60.2629;RBI=0.0250996;REFB=0;REVB=0.0111952;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613101;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr10 33190285 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0276601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.71;QD=4.41836;RBI=0.0487465;REFB=-0.00501198;REVB=-0.040139;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105086;STB=0.571225;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0270189;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:15:16:3:4:15:16 chr10 33190567 . C A 176.66 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00942315;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.083;QD=14.421;RBI=0.0173112;REFB=-0.0065415;REVB=-0.0145217;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122668;STB=0.566093;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00910824;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:30:18:19:0.387755:9:9:12:19:10:9:11:19 chr10 33209266 . G T 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00507985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.828;QD=13.7386;RBI=0.014161;REFB=-0.00325024;REVB=-0.0132185;RO=51;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097226;STB=0.555521;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00464404;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:12:21:28:23:12:21:28:23 chr10 33211227 . T G 238.9 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0329897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2054;QD=13.849;RBI=0.0666137;REFB=-0.0176231;REVB=0.0578711;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258221;STB=0.521724;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0285896;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:14:14:19:21:14:14:19:22 chr10 33217110 . G A 321.22 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00351671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.716;QD=16.2641;RBI=0.00896455;REFB=-0.0194851;REVB=0.00824596;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712871;STB=0.540123;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0223613;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:15:20:22:22:15:20:22:22 chr10 33466566 . C T 177.92 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.014011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.107;QD=14.8265;RBI=0.0272521;REFB=-0.00496305;REVB=-0.0233745;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210579;STB=0.611854;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0152185;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:19:19:0.395833:7:12:12:16:7:12:13:16 chr10 33466843 . T C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0322372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.907;QD=26.4933;RBI=0.0459007;REFB=0.00186769;REVB=0.0326746;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802163;STB=0.544855;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00067651;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:4:13:6:3:4:13:6:3 chr10 33468014 . T C 166.98 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0136665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.149;QD=11.7178;RBI=0.0326479;REFB=-0.0223428;REVB=0.0296498;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172934;STB=0.611;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.033094;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:20:21:0.368421:14:6:16:20:15:6:16:20 chr10 33469181 . A G 146.65 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0123499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.341;QD=10.4748;RBI=0.0123522;REFB=-0.0277147;REVB=0.00023627;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447508;STB=0.526288;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0354407;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:18:19:9:10:18:19 chr10 33495267 . C T 361.35 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0213036;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.559;QD=15.7107;RBI=0.0221728;REFB=-0.0196187;REVB=-0.00614733;RO=54;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196198;STB=0.604988;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0284077;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:53:38:39:0.423913:14:24:24:30:15:24:23:30 chr10 33502240 . C T 486.46 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.010587;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1367;QD=20.9229;RBI=0.011318;REFB=0.00956619;REVB=0.00400157;RO=46;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285712;STB=0.515812;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00949473;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:46:46:47:47:0.505376:22:25:23:23:22:25:23:23 chr10 33510663 . G A 239.71 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0438062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.29;QD=11.9857;RBI=0.0477974;REFB=-0.0100295;REVB=0.0191209;RO=49;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1634;STB=0.60934;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0276788;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:51:29:29:0.3625:9:20:27:22:9:20:27:24 chr10 33510768 . G A 189.33 PASS AF=0.40625;AO=19;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0209203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.709;QD=11.8333;RBI=0.0271999;REFB=-0.0195737;REVB=0.0173832;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225582;STB=0.531226;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0270911;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:38:19:26:0.40625:6:13:16:17:13:13:21:17 chr10 33552695 . CA CG,TG 1013.64 PASS AF=0.486486,0.486486;AO=36,39;DP=75;FAO=36,36;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=18,22;FSAR=18,14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00388974,-0.0135349;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=63.5182,267.446;QD=54.7914;RBI=0.0312005,0.0135838;REFB=-0.104359,-0.0923712;REVB=0.0309571,-0.00115255;RO=0;SAF=18,24;SAR=18,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506132;STBP=1,0.766;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0113075,0.0151582;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:74:0:2:36,39:36,36:0.486486,0.486486:18,15:18,24:0:0:18,14:18,22:1:1 chr10 33577361 . G A 1135.15 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9022;QD=60.5413;RBI=0.0652167;REFB=0;REVB=-0.00996632;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441245;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:1:0:74:75:1:27:47:0:1:28:47:0:0 chr10 34630570 . C T 548.88 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00455173;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.899;QD=28.8885;RBI=0.0202933;REFB=-0.0211693;REVB=0.0197763;RO=28;SAF=20;SAR=29;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355736;STB=0.513961;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0108898;OID=.;OPOS=34630570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:28:27:49:49:0.644737:29:20:10:18:29:20:10:17 chr10 34688287 . G A 868.02 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7996;QD=57.8676;RBI=0.0435621;REFB=0;REVB=-0.0420539;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172379;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr10 35302705 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.006206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.817;QD=26.3058;RBI=0.00698764;REFB=-0.0117632;REVB=-0.00321134;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117234;STB=0.564911;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00896605;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:4:9:11:10:4:9 chr10 35321414 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00317471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.851;QD=13.7738;RBI=0.0099634;REFB=-0.00156617;REVB=-0.00944408;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227817;STB=0.62263;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0047026;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:13:7:17:13:13:7:17:14 chr10 35338699 . G A 252.52 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0230004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.613;QD=19.0579;RBI=0.0255609;REFB=0.00683681;REVB=-0.0111508;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835679;STB=0.546688;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0141564;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:11:15:13:14:11:15 chr10 35362977 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0776379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9104;QD=9.1881;RBI=0.0797698;REFB=-0.0243072;REVB=-0.0183187;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147094;STB=0.56486;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0533186;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:4:7:18:6:4:7:18:7 chr10 35426755 . A G 398.52 PASS AF=0.66;AO=32;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0406401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.828;QD=31.8813;RBI=0.0428991;REFB=-0.0211131;REVB=0.0137375;RO=18;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129507;STB=0.554985;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0055361;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:17:32:33:0.66:17:15:12:6:17:16:11:6 chr10 35464778 . C T 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00504841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.159;QD=11.4912;RBI=0.0189459;REFB=-0.00107221;REVB=-0.0182609;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238209;STB=0.642666;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00253821;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:4:12:18:14:4:12:18:14 chr10 35772402 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0304779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.265;QD=12.9417;RBI=0.0371153;REFB=-0.017675;REVB=-0.0211812;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204886;STB=0.620525;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0280384;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:13:12:10:5:13:12 chr10 36812362 . C T 467.64 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0152477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6239;QD=20.1136;RBI=0.0228901;REFB=-0.0196421;REVB=-0.0170723;RO=47;SAF=19;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315106;STB=0.517482;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0175653;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:27:19:21:26:27:19:21:26 chr10 36812879 . A G 688.87 PASS AF=0.511278;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0103408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.365;QD=20.7178;RBI=0.0126296;REFB=0.00239121;REVB=0.00725089;RO=64;SAF=29;SAR=38;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128815;STB=0.569827;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00215459;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:65:67:68:0.511278:38:29:37:27:39:29:37:28 chr10 37508450 . A C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.55;QD=63.5822;RBI=0.0516046;REFB=0;REVB=0.0104032;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268227;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr10 37890955 . G A 492.71 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.501;QD=57.9653;RBI=0.0218807;REFB=0;REVB=0.0163058;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0488e-05;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:15:16:0:0:17:17:0:0 chr10 37891465 . G T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4484;QD=58.1316;RBI=0.109001;REFB=0;REVB=-0.00494018;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212716;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr10 37891576 . G A 954.43 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1587;QD=58.734;RBI=0.0290883;REFB=0;REVB=-0.0232725;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344357;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr10 38328440 . C T 364.96 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0257223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.655;QD=33.9501;RBI=0.0260136;REFB=-0.015231;REVB=-0.00388186;RO=13;SAF=16;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124508;STB=0.567856;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00645035;OID=.;OPOS=38328440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:14:16:4:9:14:16:4:9 chr10 38407519 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0412151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.218;QD=18.7442;RBI=0.0460617;REFB=-0.0184258;REVB=-0.0205669;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0143302;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr10 38645403 . T C 486.05 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00084051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.093;QD=17.8367;RBI=0.00720015;REFB=-0.0550117;REVB=-0.00715092;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120529;STB=0.561158;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0281608;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:55:57:51:52:0.477064:24:27:22:33:24:28:24:33 chr10 38672144 . A C 453.73 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0139762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4531;QD=22.4065;RBI=0.0170508;REFB=0.00806913;REVB=0.00976701;RO=37;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922584;STB=0.550702;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00525017;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:25:19:12:25:25:19:12:25 chr10 38740000 . T C 34.97 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0973927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.877;QD=4.99502;RBI=0.0974664;REFB=-0.00636686;REVB=-0.00378983;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.606802;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.04049;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:20:22:6:6:0.214286:3:3:8:12:3:3:8:14 chr10 38740353 . T C 100.72 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.0876156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.938;QD=4.47664;RBI=0.0877431;REFB=0.000332201;REVB=-0.00472899;RO=73;SAF=13;SAR=4;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181589;STB=0.618896;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0111115;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:4:13:47:26:4:13:47:26 chr10 38740382 . T C 140.3 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0134201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.837;QD=6.23568;RBI=0.0317071;REFB=-0.0100541;REVB=-0.028727;RO=65;SAF=13;SAR=8;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247147;STB=0.519981;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0379288;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:65:69:21:21:0.233333:8:13:39:26:8:13:41:28 chr10 38740546 . G T 260.02 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=53;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0102959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.098;QD=18.9108;RBI=0.0260734;REFB=-0.0236165;REVB=-0.0239544;RO=27;SAF=3;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333651;STB=0.610918;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0244014;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:27:26:28:0.509091:23:3:9:18:23:5:9:18 chr10 38740590 . A G 119.87 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0208241;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.296;QD=20.8474;RBI=0.0304538;REFB=-0.0242463;REVB=-0.0222214;RO=10;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353535;STB=0.715989;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0119605;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:23:10:10:12:13:0.565217:11:1:3:7:12:1:3:7 chr10 42941616 . C T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0205604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.368;QD=26.6374;RBI=0.0209137;REFB=-0.0154622;REVB=-0.00382771;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.541615;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0123399;OID=.;OPOS=42941616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:5:3:8:8:5:3 chr10 42965636 . C T 237.74 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0244933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7465;QD=13.7822;RBI=0.0296999;REFB=-0.00497107;REVB=-0.0167976;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253371;STB=0.632556;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0113093;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:41:28:28:0.405797:19:9:21:16:19:9:22:19 chr10 43088919 . T G 283.63 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0267631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.165;QD=19.9041;RBI=0.0291085;REFB=-0.0315668;REVB=-0.0114473;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082956;STB=0.546069;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0125676;OID=.;OPOS=43088919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:17:10:14:16:17:10 chr10 43089965 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.804;QD=58.4182;RBI=0.0363522;REFB=0;REVB=0.0293382;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149966;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr10 43281089 . T C 345.11 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.020313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.198;QD=16.6319;RBI=0.0209447;REFB=0.0042769;REVB=-0.00510498;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776225;STB=0.548362;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00546792;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:21:16:16:29:21:16:16:30 chr10 43292647 . A G 86.8 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0356617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8682;QD=24.7986;RBI=0.0527155;REFB=0.0209065;REVB=0.0388223;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113004;STB=0.564382;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00381271;OID=.;OPOS=43292647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:7:3:2:2:7:3:2:2 chr10 43312807 . C T 643.92 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0290238;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.586;QD=18.8006;RBI=0.0297405;REFB=-0.00819799;REVB=-0.0064901;RO=70;SAF=33;SAR=33;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931681;STB=0.547431;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0103648;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:70:71:66:66:0.481752:33:33:28:42:33:33:29:42 chr10 43595968 . A G 529.24 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0186428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.565;QD=19.4217;RBI=0.0195438;REFB=-0.0409636;REVB=0.0058655;RO=54;SAF=27;SAR=27;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.550634;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0427203;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:54:54:54:55:0.504587:27:27:33:21:27:28:33:21 chr10 43606687 . A G 3056.09 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227498;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.495;QD=60.2186;RBI=0.02276;REFB=0;REVB=-0.000681998;RO=0;SAF=115;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291301;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:203:0:0:193:203:1:78:115:0:0:78:125:0:0 chr10 43613843 . G T 697.14 PASS AF=0.452381;AO=68;DP=160;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0298511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.787;QD=16.5985;RBI=0.0302843;REFB=-0.0450653;REVB=0.00510356;RO=91;SAF=36;SAR=32;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582058;STB=0.539463;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0606683;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:168:91:92:68:76:0.452381:32:36:43:48:35:41:43:49 chr10 43690189 . G A 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.805;QD=59.3562;RBI=0.0274282;REFB=-0.000891527;REVB=0.0116958;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104021;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=4.49402e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:1:0:32:45:1:0 chr10 43691691 . C T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0635508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1695;QD=22.7235;RBI=0.0638319;REFB=-0.00593542;REVB=-0.00598345;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100231;STB=0.505612;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00662776;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:9:7:9:11:9:7 chr10 43696279 . A G 568.96 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0171556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3504;QD=20.5031;RBI=0.0651867;REFB=0.0100187;REVB=-0.0628887;RO=52;SAF=27;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535015;STB=0.533385;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0160766;OID=.;OPOS=43696279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:53:58:58:0.522523:31:27:21:31:31:27:21:32 chr10 43837352 . A G 442.9 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00588715;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.826;QD=55.3622;RBI=0.0406509;REFB=-0.00551763;REVB=0.0402224;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=1.54693e-05;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:0:1:16:15:0:1 chr10 43881921 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00707892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.362;QD=23.0939;RBI=0.00763766;REFB=0.00352507;REVB=0.00286754;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228251;STB=0.628663;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00186288;OID=.;OPOS=43881921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:5:12:5:7:5:12:5:7 chr10 43883342 . T A 168.8 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0197611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8176;QD=17.7682;RBI=0.0211124;REFB=-0.0217207;REVB=0.00743176;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301802;STB=0.695129;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0320459;OID=.;OPOS=43883342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:17:18:0.473684:4:13:9:10:4:14:9:11 chr10 43978087 . A G 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0325443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9671;QD=8.99431;RBI=0.0332221;REFB=0.0016536;REVB=0.00667677;RO=29;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140429;STB=0.586059;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00179832;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:8:4:13:16:8:4:13:16 chr10 44052903 . A C 95.9 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=57;FAO=15;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0104203;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.996;QD=6.9746;RBI=0.0353864;REFB=-0.0112147;REVB=0.0338173;RO=39;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516019;STB=0.861918;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0405406;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:57:55:39:40:10:15:0.272727:2:8:14:25:2:13:15:25 chr10 44053013 . G C 124.96 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00258824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.746;QD=13.509;RBI=0.00270225;REFB=-0.0109467;REVB=-0.000776651;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208041;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0208497;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:8:6:9:13:9:6:9:13 chr10 44053585 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00381316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.822;QD=15.1604;RBI=0.0445088;REFB=-0.00886247;REVB=-0.0443451;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.010687;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:10:12:8:8:10:12 chr10 44285777 . T C 1128.32 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0661235;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.253;QD=57.8623;RBI=0.0661305;REFB=-0.0102935;REVB=0.000965698;RO=2;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030497;STB=0.516125;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000475438;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:30:45:0:2:30:46:0:2 chr10 44788299 . C CT 114.83 PASS AF=1;AO=4;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=176.102;QD=41.7569;RBI=0.0704988;REFB=0;REVB=0.0704988;RO=8;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000636742;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:12:11:11:0:0:11:0:0:4:8:0:4:0:8 chr10 44788300 . C T 42.87 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0745;QD=5.19696;RBI=0.0938643;REFB=-0.114548;REVB=0.0938643;RO=26;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0578898;OID=.;OPOS=44788300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:7:0:0:26:7:0:0:26 chr10 44793299 . C T 334.85 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0513583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9756;QD=19.9912;RBI=0.0515281;REFB=-0.0382978;REVB=0.00417894;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800367;STB=0.536606;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0261309;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:16:18:14:18:17:18:14:18 chr10 45430462 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0128426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.411;QD=22.397;RBI=0.0268339;REFB=-0.016137;REVB=0.0235612;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655864;STB=0.545264;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0101086;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:14:8:11:14:15:8 chr10 45472859 . G A 132.64 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0194683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.928;QD=15.1584;RBI=0.0294938;REFB=-0.0238711;REVB=0.0221555;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.558061;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0315863;OID=.;OPOS=45472859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:6:9:9:10:6:9:10:10 chr10 45473317 . C T 1305.7 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0538871;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.885;QD=58.6831;RBI=0.089016;REFB=-0.135887;REVB=0.0708522;RO=3;SAF=39;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350538;STB=0.518514;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0012751;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:89:3:3:86:86:0.966292:47:39:3:0:47:39:3:0 chr10 45496120 . A T 1118.41 PASS AF=0.87234;AO=81;DP=94;FAO=82;FDP=94;FR=.;FRO=12;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.104969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9618;QD=47.5919;RBI=0.109337;REFB=-0.134212;REVB=0.0305951;RO=8;SAF=34;SAR=47;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139356;STB=0.509516;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0120681;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:94:94:8:12:81:82:0.87234:47:34:4:4:47:35:6:6 chr10 45499799 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.602;QD=48.7373;RBI=0.0412886;REFB=0;REVB=-0.0179647;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377377;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr10 45499885 . TTCT TT,TTT,TTTG 221.14 PASS AF=0,0.944444,0.0555556;AO=4,12,2;DP=18;FAO=0,17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621665,0.0160292,0.00890803;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=282.557,302.546,280.034;QD=49.1427;RBI=0.00812313,0.0166377,0.0108867;REFB=0,0,0;REVB=0.00522863,0.00445847,0.00625831;RO=0;SAF=4,6,1;SAR=0,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0018366,-0.0239647;OID=.,.,.;OPOS=45499886,45499887,45499887;OREF=TC,C,CT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=TT,TTT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.944444,0.0555556:4,12,2:18:0,17,1:18:0:0,11,0:0,6,1:0:0:5:0:4,6,1:0,6,1:0:0 chr10 45499897 . A AAAAATT 181.23 PASS AF=1;AO=11;DP=21;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468669;FXX=0.117578;HRUN=6;LEN=6;MLLD=277.366;QD=48.3288;RBI=0.0174602;REFB=0;REVB=-0.0168194;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.43872e-05;OID=.;OPOS=45499898;OREF=-;OALT=AAAATT;OMAPALT=AAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:21:15:15:0:10:5:0:0:3:6:6:5:4:2 chr10 46923700 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0119003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.748;QD=14.6525;RBI=0.081157;REFB=-0.00511061;REVB=-0.0802798;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533027;OID=.;OPOS=46923700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:1:4:4:1:1:5:4:1 chr10 46965018 . C G 119.41 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0108439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.548;QD=5.24885;RBI=0.043008;REFB=-0.0102567;REVB=-0.0416185;RO=72;SAF=12;SAR=7;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455311;STB=0.528733;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0290501;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:72:19:19:0.208791:7:12:43:29:7:12:43:29 chr10 46965727 . G A 79.41 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00690162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.28;QD=6.90565;RBI=0.0259455;REFB=-0.00307709;REVB=-0.0250107;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17432;STB=0.609182;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00601753;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:14:21:5:6:14:21 chr10 46967522 . C A 182.33 PASS AF=0.254902;AO=25;DP=101;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0283379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.503;QD=7.1501;RBI=0.0365396;REFB=-0.00681179;REVB=-0.0230675;RO=76;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241747;STB=0.500758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250958;OID=.;OPOS=46967522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:76:76:25:26:0.254902:12:13:41:35:12:14:41:35 chr10 46967672 . C T 106.82 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00748655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.779;QD=12.2082;RBI=0.0194443;REFB=-0.0128038;REVB=-0.0179453;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243042;STB=0.634695;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0202313;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:3:10:12:9:3:10:13:9 chr10 46970792 . G C 79.69 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00626887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.895;QD=15.9381;RBI=0.00802213;REFB=-0.0116664;REVB=-0.00500559;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0115649;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:5:5:6:4:5:5 chr10 46998894 . G A 275.76 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00320277;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6238;QD=17.7911;RBI=0.0954485;REFB=-0.0430157;REVB=0.0953948;RO=29;SAF=22;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838317;STB=0.566963;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0114947;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:32:30:30:0.483871:8:22:19:10:8:22:20:12 chr10 46998995 . C G 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0103629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.018;QD=13.12;RBI=0.0274657;REFB=-0.042266;REVB=0.0254357;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187746;STB=0.607509;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0386456;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:10:15:16:22:10:15:16:22 chr10 46998999 . G A 376.73 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0665621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.397;QD=24.3055;RBI=0.0704453;REFB=-0.0110087;REVB=0.0230656;RO=25;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123089;STB=0.567531;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0163411;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:21:16:15:10:21:16:15:10 chr10 46999019 . G A 359.19 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0201966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.799;QD=25.2066;RBI=0.0707353;REFB=-0.0667729;REVB=0.0677907;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139105;STB=0.579954;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0280067;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:22:34:35:0.614035:19:15:14:8:20:15:14:8 chr10 46999030 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00631499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.179;QD=12.8732;RBI=0.0442373;REFB=-0.0305093;REVB=0.0437843;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283973;STB=0.516511;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0462537;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:16:16:9:10:16:16 chr10 46999151 . T C 312.15 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00483613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5262;QD=20.4687;RBI=0.0097721;REFB=0.00694592;REVB=-0.00849151;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634568;STB=0.53519;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0118359;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:32:33:0.540984:13:19:14:13:14:19:14:14 chr10 46999178 . A C 298.66 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=4.69977e-05;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.304;QD=18.3788;RBI=0.000927664;REFB=-0.0135286;REVB=-0.000926473;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00272535;STB=0.507242;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0144534;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:31:32:0.492308:14:17:18:15:15:17:18:15 chr10 46999189 . CA CG,TG 912.4 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=35,29;DP=66;FAO=35,30;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18,17;FSAR=17,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170932,0.0163761;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.2024,134.902;QD=56.1476;RBI=0.0178638,0.0197018;REFB=0,0;REVB=-0.00519031,-0.0109538;RO=0;SAF=19,16;SAR=16,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000253068,0.0104687;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:65:0:0:35,29:35,30:0.538462,0.461538:16,13:19,16:0:0:17,13:18,17:0:0 chr10 46999198 . G T 321.44 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00267902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.736;QD=18.9083;RBI=0.0237355;REFB=-0.0276418;REVB=-0.0235838;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146788;STB=0.514851;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0270809;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:15:18:18:16:15:19:18:16 chr10 46999465 . A G 138.91 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.062456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.298;QD=19.8448;RBI=0.0624985;REFB=0.0098177;REVB=0.00230394;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.624851;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00710678;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:2:11:9:6:2:11 chr10 46999484 . G T 57.94 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00916097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.404;QD=13.6318;RBI=0.0122809;REFB=-0.0123277;REVB=0.00817914;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0122949;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:5:4:6:2:5:4 chr10 46999591 . C CATGAGGGAG 56.68 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.015874;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=347.943;QD=11.9335;RBI=0.0353688;REFB=-0.0224928;REVB=0.0316065;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138499;STB=0.626586;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=0.0312675;OID=.;OPOS=46999592;OREF=-;OALT=ATGAGGGAG;OMAPALT=CATGAGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:7:19:8:19:11:5:3:9:2:56:11:5:2:9:2 chr10 46999596 . G A 78.42 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.032325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7998;QD=14.2588;RBI=0.0394973;REFB=-0.0383342;REVB=-0.0226964;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296373;STB=0.725242;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0429396;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:11:12:10:10:0.454545:1:9:8:3:1:9:8:4 chr10 46999604 . A G 365.4 PASS AF=0.964286;AO=21;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00194689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.347;QD=52.2005;RBI=0.149665;REFB=-0.0714595;REVB=0.149652;RO=1;SAF=18;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249712;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00546865;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:21:27:0.964286:3:18:1:0:9:18:1:0 chr10 46999732 . G A 470.09 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00929254;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.526;QD=14.2452;RBI=0.0094974;REFB=-0.0148947;REVB=0.00196197;RO=76;SAF=34;SAR=19;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111674;STB=0.568671;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0177734;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:79:53:53:0.401515:19:34:41:35:19:34:42:37 chr10 46999747 . T C 564.18 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0218467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0599;QD=16.5936;RBI=0.0693811;REFB=-0.020621;REVB=-0.0658517;RO=76;SAF=30;SAR=30;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395179;STB=0.522051;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0421665;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:30:30:41:35:30:30:41:35 chr10 46999922 . G T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00401958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.824;QD=10.4723;RBI=0.0185067;REFB=-0.00819182;REVB=0.0180649;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142998;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:8:16:8:4:8:16 chr10 47000004 . T C 362.05 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309404;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9579;QD=55.6995;RBI=0.0515863;REFB=0;REVB=-0.0412775;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548042;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr10 47000071 . G A 183.4 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000764833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.567;QD=17.8924;RBI=0.00534249;REFB=-0.0172682;REVB=-0.00528746;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18428;STB=0.605364;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0408723;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:11:11:6:13:11:11 chr10 47000079 . T C 154.04 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0198989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.048;QD=16.6524;RBI=0.0308581;REFB=-0.017678;REVB=-0.0235851;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225818;STB=0.593443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0171861;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:16:17:0.459459:8:8:14:5:8:9:14:6 chr10 47000146 . C T 142.63 PASS AF=0.5;AO=9;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00647082;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.643;QD=20.3756;RBI=0.0162617;REFB=-0.0767966;REVB=-0.0149188;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0659182;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:28:8:12:9:14:0.5:5:4:2:6:6:8:5:7 chr10 47000188 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000609099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.428;QD=47.8219;RBI=0.00750574;REFB=0;REVB=-0.00748098;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101092;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 47000239 . C T 170.17 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0278184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.753;QD=25.2101;RBI=0.0489922;REFB=-0.0146243;REVB=0.0403283;RO=10;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27777;STB=0.656366;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00922557;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:4:13:4:6:4:13:4:6 chr10 47000321 . G A 253.55 PASS AF=0.375;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00395263;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.587;QD=12.6773;RBI=0.0825487;REFB=-0.000834671;REVB=0.082454;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108461;STB=0.587443;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00162365;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:50:29:30:0.375:14:15:29:18:15:15:32:18 chr10 47000366 . C G 375.32 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00906525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0868;QD=14.1629;RBI=0.0416376;REFB=-0.0243437;REVB=0.0406388;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101683;STB=0.553085;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0208609;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:59:62:43:44:0.415094:21:22:36:23:21:23:38:24 chr10 47000374 . T C 350.24 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0142751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.025;QD=13.0931;RBI=0.0189987;REFB=-0.00606837;REVB=-0.0125368;RO=62;SAF=21;SAR=21;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153445;STB=0.579402;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00920611;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:62:65:42:42:0.392523:21:21:40:22:21:21:41:24 chr10 47000381 . T C 1665.18 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00680892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.284;QD=58.4275;RBI=0.0104722;REFB=0.0402134;REVB=0.00795653;RO=1;SAF=63;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747729;STB=0.507811;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.000617714;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:49:63:1:0:49:63:2:0 chr10 47000426 . T C 2144.59 PASS AF=0.985915;AO=126;DP=128;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1432;QD=60.4111;RBI=0.0448221;REFB=-0.0613493;REVB=0.0319962;RO=2;SAF=70;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166953;STB=0.500302;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000402921;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:142:2:2:126:140:0.985915:56:70:1:1:67:73:1:1 chr10 47000487 . G A 566.16 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00165834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.335;QD=17.6924;RBI=0.00369361;REFB=-0.0100216;REVB=-0.00330041;RO=68;SAF=20;SAR=39;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270305;STB=0.65258;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0134239;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:68:68:59:60:0.46875:39:20:42:26:40:20:42:26 chr10 47000547 . G T 332.69 PASS AF=0.393617;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0041102;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.848;QD=14.1569;RBI=0.0160645;REFB=0.00665898;REVB=-0.0155297;RO=58;SAF=10;SAR=25;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398085;STB=0.693948;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0118295;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:57:35:37:0.393617:25:10:38:20:25:12:37:20 chr10 47000728 . T C 273.47 PASS AF=0.415584;AO=25;DP=70;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0166549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.633;QD=14.2063;RBI=0.0356404;REFB=-0.0201771;REVB=0.0315096;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245878;STB=0.67351;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0295231;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:43:45:25:32:0.415584:15:10:27:16:21:11:29:16 chr10 47000765 . C T 157.03 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00226802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8041;QD=6.34479;RBI=0.067131;REFB=-0.00907251;REVB=-0.0670926;RO=75;SAF=16;SAR=7;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259034;STB=0.664713;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0374958;OID=.;OPOS=47000765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:76:23:23:0.232323:7:16:37:38:7:16:37:39 chr10 47000863 . A G 1400.83 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6596;QD=62.2593;RBI=0.0474127;REFB=0;REVB=0.0226784;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293162;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:86:90:1:38:48:0:0:39:51:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1239.15 PASS AF=0.464286,0.535714;AO=39,40;DP=79;FAO=39,45;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27,23;FSAR=12,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414687,-0.00806342;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.6549,188.928;QD=59.0071;RBI=0.0569414,0.0321955;REFB=0,0;REVB=0.0390215,0.0311694;RO=0;SAF=27,22;SAR=12,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00171341,0.0282444;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:79:84:0:0:39,40:39,45:0.464286,0.535714:12,18:27,22:0:0:12,22:27,23:0:0 chr10 47000898 . C T 411.24 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0247406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.901;QD=18.4825;RBI=0.0265445;REFB=-0.0217235;REVB=-0.00961829;RO=47;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000497725;STB=0.500278;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0222966;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:17:25:28:19:17:25:28:19 chr10 47001032 . G A 221.53 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0403342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.458;QD=18.4612;RBI=0.0482529;REFB=-0.0367367;REVB=-0.0264857;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030387;STB=0.517226;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0582257;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:15:11:10:12:15:11 chr10 47001098 . C T 263.55 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00243006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.661;QD=19.5218;RBI=0.0384628;REFB=-0.012726;REVB=-0.0383859;RO=26;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189812;STB=0.606813;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0125152;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:6:22:16:10:6:22:16:10 chr10 47001371 . C G 1275.7 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.841;QD=61.4797;RBI=0.0290244;REFB=0;REVB=0.0261903;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11237e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:80:83:1:33:47:0:0:34:49:0:0 chr10 47001409 . G A 456.58 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00215006;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.168;QD=17.7314;RBI=0.0316092;REFB=-0.0061416;REVB=0.031536;RO=54;SAF=30;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554481;STB=0.520868;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00756002;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:54:54:49:49:0.475728:19:30:30:24:19:30:31:23 chr10 47001485 . A T 60.72 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=119;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.00668666;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.035;QD=2.07591;RBI=0.00817213;REFB=0.000570802;REVB=-0.00469811;RO=102;SAF=10;SAR=4;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234618;STB=0.674043;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00345282;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:119:117:102:103:14:14:0.119658:4:10:54:48:4:10:54:49 chr10 47001504 . G T 565.51 PASS AF=0.522523;AO=56;DP=108;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0195357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.759;QD=20.3789;RBI=0.0213699;REFB=-0.00600025;REVB=0.00866203;RO=52;SAF=26;SAR=30;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480643;STB=0.521732;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00508829;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:52:53:56:58:0.522523:30:26:27:25:30:28:28:25 chr10 47001543 . C T 570.09 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0180139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.852;QD=19.3251;RBI=0.0199085;REFB=-0.0151489;REVB=-0.00847643;RO=57;SAF=26;SAR=33;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188129;STB=0.508575;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0167029;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:59:59:59:0.5:33:26:25:32:33:26:27:32 chr10 47001786 . A C 389.12 PASS AF=0.481928;AO=41;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0134238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.767;QD=18.7529;RBI=0.0134881;REFB=-0.0241099;REVB=0.00131529;RO=42;SAF=30;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974145;STB=0.545957;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0205469;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:41:40:0.481928:11:30:27:15:11:29:28:15 chr10 47001946 . T C 146.09 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0106441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.604;QD=8.99002;RBI=0.0106441;REFB=-0.00491752;REVB=-2.01502e-05;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228513;STB=0.642824;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00899872;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:13:7:24:20:13:7:25:20 chr10 47001954 . C T 342.68 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00522671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.559;QD=21.4176;RBI=0.0296407;REFB=-0.0317633;REVB=-0.0291762;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822353;STB=0.545429;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0384489;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:17:12:18:17:17:12 chr10 47001984 . G A 811.34 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0332475;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2435;QD=54.0894;RBI=0.0442314;REFB=-0.0206231;REVB=0.0291722;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504262;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000323783;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:0:2:57:58:0.966667:22:35:0:0:22:36:1:1 chr10 47002079 . T C 581.36 PASS AF=0.554545;AO=54;DP=105;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00609137;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0982;QD=21.1403;RBI=0.0569426;REFB=-0.0398833;REVB=0.0566158;RO=44;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085972;STB=0.55587;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0351892;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:44:49:54:61:0.554545:29:25:25:19:35:26:27:22 chr10 47002118 . T A 506.3 PASS AF=0.429688;AO=54;DP=130;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00394297;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.324;QD=15.8217;RBI=0.0395362;REFB=-0.0155425;REVB=0.0393391;RO=64;SAF=30;SAR=24;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543673;STB=0.563613;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0239769;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:64:73:54:55:0.429688:24:30:32:32:24:31:33:40 chr10 47002127 . T C 2047.45 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290519;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.999;QD=62.5174;RBI=0.0159871;REFB=0;REVB=0.0157209;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03359e-06;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:66:64:0:0:67:64:0:0 chr10 47002135 . A G 701.6 PASS AF=0.518797;AO=68;DP=129;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0291851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.92;QD=21.1009;RBI=0.0397111;REFB=0.0115449;REVB=-0.0269296;RO=61;SAF=28;SAR=40;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126198;STB=0.575922;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0203448;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:61:64:68:69:0.518797:40:28:34:27:41:28:36:28 chr10 47002283 . T C 36.37 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0155466;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.175;QD=2.50847;RBI=0.0168349;REFB=-0.00461444;REVB=-0.00645889;RO=51;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204296;STB=0.653991;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0317787;OID=.;OPOS=47002283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:2:5:28:23:2:5:28:23 chr10 47002285 . A G 31.09 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0388885;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.845;QD=2.26112;RBI=0.0428494;REFB=-0.00043253;REVB=-0.0179933;RO=49;SAF=5;SAR=1;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334607;STB=0.768239;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0266358;OID=.;OPOS=47002285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:55:55:49:49:6:6:0.109091:1:5:28:21:1:5:28:21 chr10 47002501 . T A 225.56 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0168415;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.274;QD=17.0236;RBI=0.0347157;REFB=-0.00915729;REVB=0.030357;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183913;STB=0.613405;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0180562;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:28:25:25:0.471698:9:16:12:15:9:16:12:16 chr10 47002542 . C A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.797;QD=62.3138;RBI=0.00959307;REFB=0;REVB=-0.00793628;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40867e-05;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr10 47002606 . G A 589.76 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0452799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.868;QD=21.6426;RBI=0.0460929;REFB=-0.0207826;REVB=-0.00861882;RO=49;SAF=28;SAR=31;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463522;STB=0.520839;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.016491;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:49:50:59:59:0.541284:31:28:26:23:31:28:26:24 chr10 47002617 . T C 561.39 PASS AF=0.527778;AO=56;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0291471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2504;QD=20.7924;RBI=0.0343523;REFB=0.0150238;REVB=-0.0181804;RO=51;SAF=26;SAR=30;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394724;STB=0.517067;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0207595;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:56:57:0.527778:30:26:26:25:30:27:26:25 chr10 47002724 . G A 312.47 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0308053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5652;QD=16.6649;RBI=0.0348544;REFB=-0.0139872;REVB=0.0163052;RO=40;SAF=8;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235377;STB=0.646316;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0110996;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:40:41:33:34:0.453333:25:8:18:22:26:8:19:22 chr10 47002757 . A G 1055.79 PASS AF=0.986486;AO=61;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0957;QD=57.0695;RBI=0.0345034;REFB=-0.111291;REVB=-0.00251555;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00207188;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:0:1:61:73:0.986486:40:21:0:0:45:28:0:1 chr10 47002792 . T C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00260449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4801;QD=10.1035;RBI=0.0070008;REFB=-0.0230516;REVB=-0.00649829;RO=49;SAF=3;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436462;STB=0.762771;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0614806;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:21:3:20:29:21:3:20:29 chr10 47002911 . A AC 270.61 PASS AF=1;AO=10;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.16695;QD=19.6808;RBI=0.0999516;REFB=-0.0532979;REVB=0.0494743;RO=44;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0178478;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:56:55:55:0:18:37:0:0:3:44:1:9:15:29 chr10 47002916 . CTTT CCTT,CTTC,CTT 741.3 PASS AF=0.740741,0,0.259259;AO=36,7,8;DP=54;FAO=40,0,14;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,3;FSAR=26,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126746,-0.0943732,-0.160391;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=27.4605,4.81124,23.4241;QD=54.9111;RBI=0.130527,0.218406,0.196834;REFB=0,0,0;REVB=-0.0311875,-0.196964,-0.114097;RO=0;SAF=16,0,0;SAR=20,7,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.9376e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0431509,0,-0.052901;OID=.,.,.;OPOS=47002917,47002919,47002917;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTT,CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.740741,0,0.259259:36,7,8:54:40,0,14:54:0:14,0,3:26,0,11:0:0:35:0:16,0,0:20,7,8:0:0 chr10 47002937 . A G 330.95 PASS AF=0.576271;AO=32;DP=56;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00260094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5718;QD=22.4376;RBI=0.0511008;REFB=-0.0340154;REVB=-0.0510346;RO=24;SAF=4;SAR=28;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355406;STB=0.66401;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0393815;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:24:25:32:34:0.576271:28:4:10:14:29:5:10:15 chr10 47002942 . C G 326.19 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0569807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5488;QD=22.1145;RBI=0.0649961;REFB=0.00187151;REVB=-0.0312681;RO=23;SAF=5;SAR=28;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270727;STB=0.66401;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00274968;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:23:25:33:34:0.576271:28:5:9:14:29:5:10:15 chr10 47003115 . C T 392.93 PASS AF=0.44;AO=35;DP=102;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0573156;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.414;QD=15.7172;RBI=0.0578208;REFB=-0.0257699;REVB=-0.00762704;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990204;STB=0.564062;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0236474;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:42:56:35:44:0.44:19:16:15:27:25:19:18:38 chr10 47003177 . A G 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0108437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.85;QD=11.4186;RBI=0.0221343;REFB=-0.0186669;REVB=0.0192962;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117955;STB=0.568508;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0157756;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:17:9:21:26:17:9:21:26 chr10 47003215 . T C 112.33 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00502271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.451;QD=7.74691;RBI=0.00582202;REFB=-0.0168567;REVB=-0.0029442;RO=41;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216895;STB=0.624838;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.046554;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:11:5:20:21:11:5:20:22 chr10 47003229 . C G 143.25 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0280226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.895;QD=9.87937;RBI=0.0331315;REFB=-0.00638082;REVB=0.0176757;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16713;STB=0.598785;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0658453;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:12:7:20:19:12:7:20:19 chr10 47003250 . C T 150.3 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0132553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.929;QD=12.2695;RBI=0.0139609;REFB=-0.00871188;REVB=-0.00438208;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133593;STB=0.578852;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0122807;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:15:17:11:6:15:17 chr10 47003615 . C T 461.56 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00966046;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.877;QD=23.3701;RBI=0.0144005;REFB=-0.0193127;REVB=-0.0106794;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000556615;STB=0.501466;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0128411;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:35:43:44:0.556962:24:19:15:19:25:19:15:20 chr10 47003896 . C T 385.79 PASS AF=0.45977;AO=37;DP=84;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0250405;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.567;QD=17.7375;RBI=0.0252515;REFB=-0.00990907;REVB=-0.00325816;RO=45;SAF=6;SAR=31;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360685;STB=0.655888;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0112739;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:45:47:37:40:0.45977:31:6:20:25:31:9:22:25 chr10 47004068 . T C 188.75 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00303804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6506;QD=14.245;RBI=0.0124327;REFB=-0.00827673;REVB=0.0120558;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601881;STB=0.534514;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0102904;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:8:14:18:13:8:14:18:13 chr10 47004182 . G A 738.66 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0069884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2134;QD=59.0931;RBI=0.00875221;REFB=-0.128411;REVB=-0.0052691;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284913;STB=0.50746;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00279632;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:1:2:48:48:0.96:32:16:1:0:32:16:1:1 chr10 47004217 . T C 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0194793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.564;QD=10.1405;RBI=0.0195183;REFB=-0.0133196;REVB=0.00123283;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507935;STB=0.519966;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.01719;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:24:25:12:12:0.324324:8:4:9:15:8:4:9:16 chr10 47004355 . C CA 175.86 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00213109;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=220.021;QD=20.0983;RBI=0.00544844;REFB=-0.0159566;REVB=-0.00501438;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511615;STBP=0.913;TYPE=ins;VARB=0.0196378;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:17:36:18:35:17:7:11:7:10:99:17:7:10:7:10 chr10 47004362 . C T 267.53 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00271227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.606;QD=28.1614;RBI=0.00556694;REFB=0.00178555;REVB=0.00486152;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694906;STB=0.538429;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000853303;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:16:8:6:8:16:8:6:8 chr10 47004463 . G A 102.82 PASS AF=0.269231;AO=13;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0175627;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.898;QD=7.9091;RBI=0.0197133;REFB=-0.000780877;REVB=-0.00895343;RO=38;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365441;STB=0.589927;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00427683;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:38:38:13:14:0.269231:11:2:15:23:10:4:15:23 chr10 47004633 . CA TG 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00900347;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.502;QD=13.4417;RBI=0.011798;REFB=0.00686969;REVB=0.0076244;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=mnp;VARB=-0.0155302;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:5:8:7:3:5:8 chr10 47004702 . A G 100.79 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0501867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2242;QD=16.1269;RBI=0.0598872;REFB=0.0517485;REVB=-0.0326768;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191053;STB=0.610921;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0209087;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:7:6:8:4:7:6 chr10 47004971 . A G 167.87 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0322273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.449;QD=15.6154;RBI=0.0333345;REFB=-0.0102657;REVB=0.00851994;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351017;STB=0.501606;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0154533;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:13:5:6:18:13:5:7:18 chr10 47004994 . A G 74.7 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0315532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.421;QD=10.671;RBI=0.0361918;REFB=-0.0203311;REVB=-0.0177269;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141912;STB=0.584456;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0195129;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:5:13:6:4:5:13 chr10 47005224 . C T 106.9 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0213297;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.033;QD=20.3627;RBI=0.0220449;REFB=-0.0103653;REVB=-0.00556989;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902331;STB=0.551636;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00427635;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:5:4:4:8:5:4 chr10 47005267 . C T 329.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00261397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.211;QD=23.1489;RBI=0.0381611;REFB=0.00363041;REVB=-0.0380715;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633729;STB=0.514916;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00341778;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:21:24:33:33:0.578947:10:23:13:8:10:23:16:8 chr10 47005466 . C T 681.65 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0118478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.499;QD=17.3669;RBI=0.0133508;REFB=-0.00692303;REVB=-0.00615412;RO=83;SAF=48;SAR=25;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938798;STB=0.556142;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00813981;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:84:73:73:0.464968:25:48:47:36:25:48:47:37 chr10 47005504 . T C 593.19 PASS AF=0.42;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.0134991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.522;QD=15.8184;RBI=0.0186247;REFB=-0.0271638;REVB=0.0128318;RO=86;SAF=39;SAR=24;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302099;STB=0.50101;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0334439;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:86:87:63:63:0.42:24:39:53:33:24:39:54:33 chr10 47005575 . C T 615.12 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0148179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.518;QD=17.2062;RBI=0.0172906;REFB=-0.00260557;REVB=0.00891031;RO=77;SAF=29;SAR=35;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270417;STB=0.515493;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00381479;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:79:64:64:0.447552:35:29:37:40:35:29:38:41 chr10 47005611 . CAGA C 170.46 PASS AF=0.260417;AO=22;DP=94;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00847691;FXX=0.0679546;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.631;QD=7.10254;RBI=0.0196568;REFB=-0.00775968;REVB=-0.017735;RO=68;SAF=4;SAR=18;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356426;STB=0.627415;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=0.0252057;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260417:22:94:25:96:71:7:18:31:40:99:68:4:18:29:39 chr10 47086915 . C T 304.59 PASS AF=0.203922;AO=52;DP=255;FAO=52;FDP=255;FR=.;FRO=203;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=111;FSRR=92;FWDB=-0.0161038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.766;QD=4.77791;RBI=0.0232417;REFB=-0.00210852;REVB=-0.0167584;RO=203;SAF=41;SAR=11;SRF=111;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343845;STB=0.71628;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.013017;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:203:203:52:52:0.203922:11:41:111:92:11:41:111:92 chr10 47086978 . G A 373.73 PASS AF=0.219424;AO=61;DP=278;FAO=61;FDP=278;FR=.;FRO=217;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=102;FSRR=115;FWDB=-0.0187075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.909;QD=5.37744;RBI=0.0208605;REFB=-0.00696259;REVB=0.0092298;RO=217;SAF=43;SAR=18;SRF=102;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304921;STB=0.686575;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0228224;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:217:217:61:61:0.219424:18:43:102:115:18:43:102:115 chr10 47087474 . C T 2042.64 PASS AF=0.985294;AO=132;DP=135;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8301;QD=60.0778;RBI=0.0255067;REFB=-0.00274263;REVB=0.0190691;RO=2;SAF=79;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290467;STB=0.501605;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000642408;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:136:2:2:132:134:0.985294:53:79:1:1:53:81:1:1 chr10 47087501 . C T 482.05 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.020248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7934;QD=14.6077;RBI=0.0203511;REFB=-0.00934521;REVB=0.00204581;RO=78;SAF=38;SAR=16;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758658;STB=0.542841;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0243062;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:54:54:0.409091:16:38:50:28:16:38:50:28 chr10 47087608 . T C 1781.58 PASS AF=0.983471;AO=115;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103268;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.643;QD=58.8951;RBI=0.117692;REFB=-0.173218;REVB=0.117238;RO=3;SAF=78;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369512;STB=0.512193;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00075492;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:120:121:3:2:115:119:0.983471:37:78:0:3:40:79:0:2 chr10 47087632 . G T 312.16 PASS AF=0.350877;AO=31;DP=107;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=20;FWDB=0.019205;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.158;QD=10.9531;RBI=0.0494776;REFB=-0.0164332;REVB=0.0455982;RO=76;SAF=17;SAR=14;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238282;STB=0.634965;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0339344;OID=.;OPOS=47087632;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:114:76:74:31:40:0.350877:14:17:56:20:19:21:54:20 chr10 47087680 . C T 1384.14 PASS AF=0.949495;AO=91;DP=100;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.050669;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0317;QD=55.925;RBI=0.0533322;REFB=-0.0815816;REVB=0.0166427;RO=6;SAF=56;SAR=35;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546824;STB=0.522047;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00451896;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:99:6:5:91:94:0.949495:35:56:1:5:36:58:1:4 chr10 47087731 . C T 1125.13 PASS AF=0.91954;AO=78;DP=87;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.173413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1817;QD=51.73;RBI=0.173525;REFB=-0.169448;REVB=0.00623255;RO=9;SAF=28;SAR=50;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130336;STB=0.552226;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0129505;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:87:87:9:7:78:80:0.91954:50:28:9:0:50:30:7:0 chr10 47087830 . G A 683.35 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223371;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.624;QD=52.5655;RBI=0.0261379;REFB=-0.135321;REVB=0.0135735;RO=2;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.526305;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00169301;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:32:18:2:0:32:18:2:0 chr10 47416908 . A G 3095.18 PASS AF=0.476119;AO=315;DP=667;FAO=319;FDP=670;FR=.;FRO=351;FSAF=211;FSAR=108;FSRF=203;FSRR=148;FWDB=-0.00443312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.901;QD=18.4787;RBI=0.0693792;REFB=-0.00864449;REVB=0.0692374;RO=345;SAF=210;SAR=105;SRF=203;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811828;STB=0.547116;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00827981;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:667:670:345:351:315:319:0.476119:105:210:203:142:108:211:203:148 chr10 47747159 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.269;QD=40.763;RBI=0.0469583;REFB=0;REVB=0.012183;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027033;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr10 48370595 . G A 524.96 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.115196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3171;QD=21.8734;RBI=0.126812;REFB=-0.0202481;REVB=0.0530214;RO=42;SAF=18;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160363;STB=0.580278;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0186213;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:46:50:50:0.520833:32:18:23:19:32:18:24:22 chr10 48428941 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0250877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9468;QD=11.0198;RBI=0.0266131;REFB=-0.0157611;REVB=0.0088806;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0117607;OID=.;OPOS=48428941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr10 49658928 . C T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.000102168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.192;QD=16.8121;RBI=0.00164569;REFB=-0.00856527;REVB=0.00164251;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276321;STB=0.505492;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0113322;OID=.;OPOS=49658928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:23:15:19:26:23:15:19:28 chr10 49659198 . G A 309.82 PASS AF=0.443038;AO=32;DP=76;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.048487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.675;QD=15.687;RBI=0.0891514;REFB=-0.0440237;REVB=0.074813;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262463;STB=0.647648;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0648637;OID=.;OPOS=49659198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:44:44:32:35:0.443038:17:15:32:12:19:16:32:12 chr10 49659559 . C T 687.73 PASS AF=0.978723;AO=43;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.791;QD=58.5306;RBI=0.067002;REFB=-0.0922617;REVB=0.0347858;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.515145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000408587;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:43:46:0.978723:15:28:0:1:16:30:0:1 chr10 49659637 . TA AC,CA 208.88 PASS AF=0,0.606061;AO=2,18;DP=33;FAO=0,20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=0,8;FSAR=0,12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.010692,0.000378902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=156.573,122.334;QD=25.3186;RBI=0.0257776,0.0135359;REFB=0.0174401,0.0100894;REVB=-0.0234556,0.0135306;RO=13;SAF=0,8;SAR=2,10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.601607,-0.127426;STB=0.5,0.58528;STBP=1,0.233;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00357821;OID=.,.;OPOS=49659637,49659637;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:33:33:13:13:2,18:0,20:0,0.606061:2,10:0,8:8:5:0,12:0,8:8:5 chr10 49667795 . T C 1012.61 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1409;QD=57.8632;RBI=0.0474108;REFB=-0.146389;REVB=0.0432357;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000532413;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:1:0:30:39:1:0 chr10 49687800 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.404;QD=47.8224;RBI=0.0442166;REFB=0;REVB=0.00516074;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268607;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr10 49860258 . A G 392.74 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.579;QD=56.1049;RBI=0.0519773;REFB=0;REVB=0.0518065;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25834e-05;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr10 49998780 . G A 345.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0416146;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.677;QD=19.2165;RBI=0.0647263;REFB=-0.0176546;REVB=0.0495753;RO=35;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19104;STB=0.618743;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0169391;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:36:35:36:0.5:11:24:17:18:11:25:17:19 chr10 50004372 . C T 327.7 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.029204;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8931;QD=12.978;RBI=0.0855654;REFB=-0.0238999;REVB=-0.0804273;RO=63;SAF=23;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072672;STB=0.535973;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0327919;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:63:62:39:39:0.386139:16:23:33:30:16:23:33:29 chr10 50013402 . T C 1304.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.814;QD=61.3818;RBI=0.0499093;REFB=0;REVB=0.0190111;RO=0;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144237;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:85:0:0:78:85:1:26:52:0:0:29:56:0:0 chr10 50015948 . T A 166.19 PASS AF=0.240385;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0312094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.273;QD=6.39196;RBI=0.0312804;REFB=-0.00282612;REVB=-0.00210544;RO=79;SAF=12;SAR=13;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780538;STB=0.547526;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00942447;OID=.;OPOS=50015948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:79:79:25:25:0.240385:13:12:33:46:13:12:33:46 chr10 50022040 . G A 1437.53 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646555;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3888;QD=63.1881;RBI=0.0648225;REFB=0;REVB=-0.00464986;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000830906;OID=.;OPOS=50022040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr10 50025446 . G T 461.26 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.499;QD=57.6577;RBI=0.0222011;REFB=0;REVB=0.0116724;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98566e-05;OID=.;OPOS=50025446;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:26:5:0:0:26:6:0:0 chr10 50034833 . G A 1135.79 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.033823;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.616;QD=57.5084;RBI=0.0512621;REFB=-0.0189711;REVB=0.0385202;RO=2;SAF=29;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607549;STB=0.502933;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000464331;OID=.;OPOS=50034833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:2:2:76:77:0.974684:47:29:1:1:47:30:1:1 chr10 50038800 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.657;QD=57.7124;RBI=0.0214587;REFB=0;REVB=-0.00767371;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83465e-05;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr10 50109902 . G A 803.58 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0804792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2765;QD=55.4196;RBI=0.0809576;REFB=-0.0639949;REVB=-0.00878827;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00201051;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:58:1:1:55:57:0.982759:27:28:1:0:27:30:1:0 chr10 50184949 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00761644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249;QD=19.4209;RBI=0.00874448;REFB=0.00284281;REVB=-0.00429603;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156723;STB=0.587567;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00257284;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:13:14:10:19:13:14 chr10 50186415 . C T 333.94 PASS AF=0.611111;AO=25;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0132474;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.358;QD=24.7363;RBI=0.0139586;REFB=-0.00754642;REVB=0.00439889;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789566;STB=0.505297;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00571289;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:21:25:33:0.611111:12:13:7:10:20:13:8:13 chr10 50227785 . T C 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.405;QD=63.8869;RBI=0.0552531;REFB=0;REVB=0.0293962;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118705;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr10 50315893 . A G 626.28 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.052799;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5341;QD=18.5565;RBI=0.0683874;REFB=-0.00651787;REVB=-0.0434638;RO=69;SAF=22;SAR=42;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132928;STB=0.567546;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00616709;OID=.;OPOS=50315893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:69:71:64:64:0.474074:42:22:33:36:42:22:33:38 chr10 50339925 . G A 104.62 PASS AF=0.6;AO=10;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000267519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5806;QD=20.9229;RBI=0.152755;REFB=-0.0707159;REVB=0.152755;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18104;STB=0.56239;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.110484;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:8:8:10:12:0.6:8:2:3:5:9:3:3:5 chr10 50340304 . C A 165.13 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0182773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.959;QD=12.4628;RBI=0.023499;REFB=-0.00599697;REVB=0.0147697;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067871;STB=0.503933;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.013219;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:20:13:8:12:20:13 chr10 50341954 . A G 315.64 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00419423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.98;QD=17.5356;RBI=0.00420403;REFB=-0.0279198;REVB=0.00028683;RO=36;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215415;STB=0.62119;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0258438;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:38:34:34:0.472222:22:12:21:15:22:12:22:16 chr10 50531549 . G T 209.74 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00204824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.407;QD=18.6437;RBI=0.00410682;REFB=-0.0241931;REVB=-0.00355959;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217323;STB=0.622209;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0142599;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:6:18:11:10:6:18 chr10 50531604 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.125;QD=57.6794;RBI=0.0731931;REFB=0;REVB=0.0306782;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324005;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr10 50531606 . C A 153.49 PASS AF=0.533333;AO=12;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.108441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.185;QD=20.4656;RBI=0.113187;REFB=-0.0121245;REVB=-0.0324315;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512818;STB=0.767143;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0133201;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:12:16:0.533333:4:8:1:13:5:11:1:13 chr10 50531972 . A C 84.52 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0225437;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.142;QD=19.8878;RBI=0.025284;REFB=-0.0663003;REVB=-0.0114483;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0211684;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:2:4:5:5:2:5 chr10 50532683 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0908582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0624;QD=42.1778;RBI=0.0914201;REFB=0;REVB=-0.0101205;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00514325;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr10 50533617 . T C 207.1 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4333;QD=48.7297;RBI=0.014129;REFB=0;REVB=0.00705726;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344268;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:9:17:1:7:2:0:0:8:9:0:0 chr10 50534308 . C A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00431015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.742;QD=13.5055;RBI=0.00871882;REFB=-0.00822823;REVB=-0.00757894;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306545;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00852147;OID=.;OPOS=50534308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:15:17:10:12:0.413793:7:3:9:6:8:4:9:8 chr10 50534556 . GCCCCCACCG GCCCACACCG,GCCCCACCCG,GCCCCACCG,GCCCCCACCC,GCCCCCACCCG 63.3 PASS AF=0.0588235,0,0,0,0.294118;AO=2,3,5,2,11;DP=36;FAO=2,0,0,0,10;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=0,0,0,0,6;FSAR=2,0,0,0,4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0561807,-0.0599008,-0.00903705,-0.0664756,-0.0964659;FXX=0.0555401;HRUN=5,5,5,2,2;LEN=1,2,1,1,1;MLLD=198.789,16.2708,13.674,27.159,13.6033;QD=7.44675;RBI=0.0826811,0.221404,0.313385,0.109879,0.130924;REFB=-0.000519869,-0.0920611,-0.0562494,-0.0478614,-0.105462;REVB=-0.0606621,-0.213147,-0.313255,-0.0874894,-0.0885184;RO=12;SAF=0,0,0,2,7;SAR=2,3,5,0,4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.561268,-0.637912,-0.717739,0.561268,0.126336;STB=0.993401,0.5,0.5,0.5,0.658232;STBP=0.346,1,1,1,0.266;TYPE=snp,mnp,del,snp,ins;VARB=0.0959268,0,0.023921,0,0.159943;OID=.,.,.,.,.;OPOS=50534560,50534561,50534557,50534565,50534563;OREF=C,CA,C,G,-;OALT=A,AC,-,C,C;OMAPALT=GCCCACACCG,GCCCCACCCG,GCCCCACCG,GCCCCCACCC,GCCCCCACCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/5:0.0588235,0,0,0,0.294118:2,3,5,2,11:36:2,0,0,0,10:34:22:0,0,0,0,6:2,0,0,0,4:8:14:53:12:0,0,0,2,7:2,3,5,0,4:6:6 chr10 50534862 . T C 429.68 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=-0.0268896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.615;QD=17.3609;RBI=0.0298315;REFB=-0.0142695;REVB=0.0129178;RO=53;SAF=13;SAR=31;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845258;STB=0.540723;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0232776;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:55:44:44:0.444444:31:13:12:41:31:13:13:42 chr10 50535186 . C T 471.41 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=0.043418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.225;QD=21.1869;RBI=0.0435547;REFB=-0.0419005;REVB=-0.00344883;RO=43;SAF=14;SAR=32;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185589;STB=0.601455;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0420537;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:32:14:6:37:32:14:6:37 chr10 50681033 . G A 347.14 PASS AF=0.408602;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00564715;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.026;QD=14.9309;RBI=0.0213606;REFB=-0.0226497;REVB=-0.0206006;RO=53;SAF=25;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102928;STB=0.577735;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0245012;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:53:55:37:38:0.408602:12:25:31:22:12:26:31:24 chr10 50683438 . T C 836.65 PASS AF=0.415929;AO=96;DP=226;FAO=94;FDP=226;FR=.;FRO=132;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=-0.0531326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8584;QD=14.808;RBI=0.0561514;REFB=0.00167278;REVB=-0.0181634;RO=127;SAF=61;SAR=35;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106551;STB=0.55686;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00238706;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:127:132:96:94:0.415929:35:61:68:59:34:60:72:60 chr10 50723684 . G A 1322.85 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00231738;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.647;QD=60.8205;RBI=0.0101646;REFB=-0.0745822;REVB=0.00989695;RO=1;SAF=31;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015035;STB=0.507691;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00104331;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:85:86:0.988506:54:31:1:0:54:32:1:0 chr10 50724016 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.179;QD=57.1775;RBI=0.0102222;REFB=0;REVB=0.00980066;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78847e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr10 50740876 . G C 487.63 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000817129;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.326;QD=59.1067;RBI=0.0130213;REFB=0;REVB=-0.0129957;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169767;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr10 50820345 . C A 821.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063854;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.535;QD=57.6537;RBI=0.0702803;REFB=0;REVB=0.0293596;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135279;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr10 50820424 . G T 250.1 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0946206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8694;QD=20.4165;RBI=0.109255;REFB=-0.0139267;REVB=0.0546222;RO=25;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354492;STB=0.519983;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0354516;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:18:6:7:18:18:6:7:18 chr10 50824117 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0132737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.481;QD=16.0653;RBI=0.0310348;REFB=-0.0150914;REVB=-0.0280529;RO=22;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439608;STB=0.7544;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0201513;OID=.;OPOS=50824117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:19:18:0.428571:3:16:10:12:3:15:11:13 chr10 50824619 . G A 274.64 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0204487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7847;QD=13.0779;RBI=0.0205262;REFB=-0.0169227;REVB=-0.00178179;RO=52;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125132;STB=0.571385;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0232486;OID=.;OPOS=50824619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:16:16:32:20:16:16:32:20 chr10 50856652 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00575738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.755;QD=55.5194;RBI=0.0451481;REFB=0.0261302;REVB=0.0447795;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00147465;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:1:0:16:17:1:0 chr10 50863147 . T C 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.545;QD=61.6937;RBI=0.00736809;REFB=0;REVB=0.00195642;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04357e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr10 50916484 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.929;QD=56.937;RBI=0.0359748;REFB=0;REVB=0.0243584;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29984e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr10 50942763 . C T 515.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8415;QD=58.9425;RBI=0.0234215;REFB=0;REVB=-0.0206926;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499465;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr10 50953517 . T C 326.0 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0102765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.143;QD=17.3868;RBI=0.017529;REFB=-0.023993;REVB=0.0142008;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053695;STB=0.530103;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0253806;OID=.;OPOS=50953517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:13:22:23:17:13:22:23:17 chr10 50960209 . G A 590.39 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.509;QD=60.5532;RBI=0.0754392;REFB=0;REVB=0.0717641;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193645;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:14:21:0:0:18:21:0:0 chr10 51465552 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.14;QD=58.1421;RBI=0.0182527;REFB=0;REVB=0.0085525;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05472e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr10 51549545 . G T 813.07 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.553;QD=56.0737;RBI=0.0586211;REFB=0;REVB=0.0584537;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173159;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:52:58:1:28:24:0:0:32:26:0:0 chr10 51568378 . T G 1349.28 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139328;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.876;QD=59.968;RBI=0.0143544;REFB=-0.0847164;REVB=0.00345317;RO=2;SAF=41;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225522;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000155957;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:2:2:88:88:0.977778:47:41:2:0:47:41:2:0 chr10 51590085 . T G 672.99 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0125828;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.893;QD=23.4084;RBI=0.0283007;REFB=0.00906143;REVB=0.0253496;RO=51;SAF=35;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703369;STB=0.534126;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00713898;OID=.;OPOS=51590085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:51:50:65:65:0.565217:30:35:23:28:30:35:23:27 chr10 51631812 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8637;QD=33.4285;RBI=0.120384;REFB=0;REVB=0.0998256;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160575;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 51827763 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0124953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.091;QD=7.95434;RBI=0.0221454;REFB=-0.00599452;REVB=0.0182835;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518472;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0215832;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:9:9:4:4:10:9 chr10 51827934 . G A 192.7 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0558788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.831;QD=16.7569;RBI=0.0608615;REFB=-0.0145003;REVB=0.024118;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274348;STB=0.63133;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.016059;OID=.;OPOS=51827934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:13:7:3:22:13:7:4:22 chr10 52002980 . T G 849.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.176;QD=57.5626;RBI=0.0458104;REFB=0;REVB=0.0152052;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00388e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr10 52005153 . A G 1363.48 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294218;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.704;QD=62.6886;RBI=0.0484218;REFB=0;REVB=0.0384581;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238921;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:32:54:0:0:32:55:0:0 chr10 52573698 . G A 914.24 PASS AF=0.476684;AO=91;DP=192;FAO=92;FDP=193;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=-0.00743969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.011;QD=18.9479;RBI=0.00821396;REFB=-0.00559859;REVB=-0.00348141;RO=101;SAF=38;SAR=53;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139977;STB=0.579382;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00682539;OID=.;OPOS=52573698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:101:101:91:92:0.476684:53:38:57:44:54:38:57:44 chr10 54053817 . C T 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.000760942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.311;QD=15.5753;RBI=0.00609483;REFB=-0.00845193;REVB=0.00604714;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221069;STB=0.624185;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00994156;OID=.;OPOS=54053817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:23:8:12:13:23:8 chr10 54074757 . A G 483.33 PASS AF=0.409091;AO=52;DP=131;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0423457;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.865;QD=14.6464;RBI=0.0564922;REFB=-0.0141288;REVB=-0.0373927;RO=72;SAF=17;SAR=35;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088117;STB=0.5046;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0210463;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:72:78:52:54:0.409091:35:17:23:49:35:19:28:50 chr10 54405572 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.757;QD=51.9167;RBI=0.0661351;REFB=0;REVB=-0.0648666;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350056;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr10 54528117 . T C 721.5 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00022232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.176;QD=23.4633;RBI=0.00631562;REFB=-0.0133928;REVB=-0.0063117;RO=54;SAF=24;SAR=45;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356017;STB=0.501945;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0126749;OID=.;OPOS=54528117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:54:54:69:69:0.560976:45:24:19:35:45:24:19:35 chr10 54528266 . G C 256.31 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0152362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.315;QD=22.7827;RBI=0.0155062;REFB=-0.00977518;REVB=-0.00288109;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655076;STB=0.536555;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00571827;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:8:13:13:11:8:13 chr10 55568972 . T G 999.31 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0244869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.295;QD=54.0168;RBI=0.0808579;REFB=-0.146081;REVB=0.077061;RO=3;SAF=42;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325786;STB=0.522721;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00838399;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:74:3:4:70:70:0.945946:28:42:3:0:28:42:4:0 chr10 55582200 . A T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00485435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.869;QD=12.8607;RBI=0.037611;REFB=-0.0299516;REVB=0.0372964;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0330401;OID=.;OPOS=55582200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:3:4:5:2:3:4:5:3 chr10 55582905 . G T 1030.16 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0085357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.851;QD=58.037;RBI=0.00969747;REFB=0.0680293;REVB=-0.00460247;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000100701;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:1:0:37:33:1:0 chr10 55755491 . C T 208.12 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00166503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.361;QD=18.4992;RBI=0.0621139;REFB=-0.0100477;REVB=-0.0620916;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732557;STB=0.529384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0152859;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:9:11:15:9:9:12:15:9 chr10 55949151 . G A 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.643;QD=60.5452;RBI=0.0401403;REFB=0;REVB=-0.0350826;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88673e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 55955444 . T G 898.74 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.111;QD=56.171;RBI=0.0980481;REFB=-0.0754884;REVB=0.0967596;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03369;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000648144;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:2:1:62:63:0.984375:27:35:0:2:28:35:0:1 chr10 56335031 . A G 419.06 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0155689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.128;QD=17.4607;RBI=0.0159311;REFB=-0.00559404;REVB=0.00337786;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140399;STB=0.578556;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0103623;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:19:24:22:31:19:24:22:31 chr10 56335060 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAG 650.31 PASS AF=0.401869,0.504673;AO=19,26;DP=118;FAO=43,54;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=22,30;FSAR=21,24;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.534887,-0.0568189;FXX=0.115693;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.11436,196.65;QD=24.3106;RBI=0.549852,0.0568882;REFB=-0.291881,-0.0313974;REVB=-0.127408,-0.00280669;RO=12;SAF=7,13;SAR=12,13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.229686,0.241414;STB=0.596111,0.586175;STBP=0.007,0.001;TYPE=del,snp;VARB=-0.355402,0.0293151;OID=.,.;OPOS=56335061,56335067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.401869,0.504673:19,26:118:43,54:107:10:22,30:21,24:0:10:99:12:7,13:12,13:1:11 chr10 56345303 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00529148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.816;QD=18.6362;RBI=0.0053175;REFB=-0.0160115;REVB=0.000525422;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211955;STB=0.618683;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0214497;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:14:2:5:11:14:2 chr10 56345335 . T C 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00412789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.427;QD=18.3444;RBI=0.00518491;REFB=-0.00773066;REVB=-0.00313749;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764494;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0300296;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:13:5:6:11:13:5 chr10 57327576 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00134376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9194;QD=13.6601;RBI=0.024019;REFB=0.00526779;REVB=-0.0239814;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240764;STB=0.639808;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00709782;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:7:14:6:8:7:14 chr10 57358667 . G A 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00925722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.866;QD=20.4951;RBI=0.00927645;REFB=0.00479671;REVB=0.000596985;RO=30;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10235;STB=0.556927;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00496812;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:24:10:12:18:24:10:12:18 chr10 57359697 . C T 206.76 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00641159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.632;QD=17.2303;RBI=0.0905561;REFB=-0.00126166;REVB=-0.0903288;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780774;STB=0.544512;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0008939;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:12:15:10:11:12:15 chr10 57359819 . T C 144.37 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0556818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6813;QD=16.4991;RBI=0.0576628;REFB=-0.020901;REVB=-0.0149844;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.61137;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0223712;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:19:15:16:0.457143:5:10:5:10:6:10:8:11 chr10 57360079 . G T 268.01 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0430997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1567;QD=28.9744;RBI=0.0707909;REFB=-0.0330665;REVB=0.0561585;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139115;STB=0.576857;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0207552;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:8:16:6:7:8:16:6:7 chr10 58118630 . T C 1000.7 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4519;QD=58.8645;RBI=0.074693;REFB=0;REVB=-0.00846185;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031855;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:65:68:1:41:24:0:0:43:25:0:0 chr10 61005244 . G C 314.3 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0135356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2628;QD=17.2216;RBI=0.0226045;REFB=-0.0209023;REVB=0.0181039;RO=39;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781175;STB=0.543833;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0231765;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:13:21:21:18:13:21:21:18 chr10 61011325 . C T 472.22 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00964979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.462;QD=14.6425;RBI=0.0277735;REFB=-0.00743957;REVB=-0.0260432;RO=74;SAF=22;SAR=31;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171448;STB=0.596118;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0115869;OID=.;OPOS=61011325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:76:53:53:0.410853:31:22:43:31:31:22:44:32 chr10 61122268 . T TTA 501.9 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113069;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.956;QD=59.0473;RBI=0.119312;REFB=0;REVB=0.0380898;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000447286;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:34:34:34:0:17:17:0:0:4:0:16:16:0:0 chr10 61549657 . AT A 123.45 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00437783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.175;QD=12.3445;RBI=0.0638292;REFB=-0.0265678;REVB=0.0636789;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301757;STB=0.529381;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0345257;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:18:40:19:40:21:8:11:10:11:99:21:8:10:10:11 chr10 61551428 . T C 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00962973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.539;QD=15.6518;RBI=0.0186433;REFB=-0.00221557;REVB=-0.0159637;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00279243;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:12:9:8:8:12:9 chr10 61552692 . G T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00131947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.038;QD=19.8256;RBI=0.00938465;REFB=-0.0153293;REVB=-0.00929143;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331541;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0124607;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:12:13:13:14:12:13 chr10 61552774 . C T 106.84 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.0290584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0459;QD=12.2099;RBI=0.0293591;REFB=0.00576834;REVB=0.00419135;RO=22;SAF=12;SAR=1;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493596;STB=0.529364;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0134404;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:1:12:20:2:1:12:20:2 chr10 61665886 . C A 714.19 PASS AF=0.522388;AO=68;DP=131;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.025447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.685;QD=21.3192;RBI=0.0305991;REFB=-0.0302645;REVB=-0.0169929;RO=56;SAF=43;SAR=25;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113372;STB=0.600627;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0229316;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:56:64:68:70:0.522388:25:43:28:28:25:45:28:36 chr10 61719159 . C T 408.95 PASS AF=0.442308;AO=40;DP=99;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0118482;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.236;QD=15.7288;RBI=0.0130567;REFB=-0.0157613;REVB=-0.00548631;RO=58;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813155;STB=0.502512;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0172001;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:58:58:40:46:0.442308:21:19:28:30:24:22:28:30 chr10 61719232 . A AT 865.4 PASS AF=1;AO=78;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627994;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.0015;QD=41.2094;RBI=0.109243;REFB=-0.0196486;REVB=-0.0893886;RO=4;SAF=44;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.66997e-05;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:86:84:84:0:46:38:0:0:14:4:44:34:1:3 chr10 61719385 . T G 147.02 PASS AF=0.395349;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0266732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7268;QD=13.6763;RBI=0.0526801;REFB=-0.0309075;REVB=0.0454284;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260499;STB=0.692322;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0339824;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:26:14:17:0.395349:11:3:10:14:14:3:11:15 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 896.1 PASS AF=0,1,0;AO=17,47,4;DP=72;FAO=0,70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742182,-0.00947145,0.0632882;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.51116,17.9043,8.9476;QD=51.2059;RBI=0.220346,0.159259,0.0669247;REFB=0,0,0;REVB=-0.20747,-0.158977,0.0217605;RO=0;SAF=2,15,1;SAR=15,32,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.95117e-08,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00464113,-0.00284876,0.0303605;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:17,47,4:72:0,70,0:70:0:0,18,0:0,52,0:0:0:5:0:2,15,1:15,32,3:0:0 chr10 61868716 . C A 290.95 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0549239;FXX=0.0819538;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.018;QD=20.7819;RBI=0.0550778;REFB=-0.0048931;REVB=0.00411454;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119955;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00265265;OID=.;OPOS=61868716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:15:11:17:13:15:11 chr10 63169148 . A C 269.52 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00566055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.347;QD=14.1854;RBI=0.00597636;REFB=-0.0272977;REVB=0.00191706;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191662;STB=0.528696;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0372032;OID=.;OPOS=63169148;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:45:31:31:0.407895:11:20:27:16:11:20:27:18 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1184.28 PASS AF=0.2,0.65,0.05;AO=31,44,6;DP=131;FAO=24,78,6;FDP=120;FR=.;FRO=12;FSAF=23,51,6;FSAR=1,27,0;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00716054,0.0254476,-0.0296486;FXX=0.069762;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=160.361,165.75,249.578;QD=39.4761;RBI=0.00844511,0.0255129,0.0320306;REFB=0.00675584,0.00565941,0.0143955;REVB=-0.00447733,-0.00182407,-0.012121;RO=23;SAF=26,22,6;SAR=5,22,0;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.29748,-0.04118,0.685996;STB=0.919552,0.579871,0.998702;STBP=0,0,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0195266,-0.0021244,0.0504499;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:131:120:23:12:31,44,6:24,78,6:0.2,0.65,0.05:5,22,0:26,22,6:13:10:1,27,0:23,51,6:1:11 chr10 63520698 . T C 877.74 PASS AF=0.607692;AO=79;DP=131;FAO=79;FDP=130;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0311324;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.353;QD=27.0072;RBI=0.0311945;REFB=-0.01126;REVB=-0.00196774;RO=51;SAF=28;SAR=51;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325174;STB=0.517622;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00933397;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:51:51:79:79:0.607692:51:28:16:35:51:28:16:35 chr10 63854984 . G A 625.54 PASS AF=0.442177;AO=63;DP=146;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0374559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.327;QD=17.0215;RBI=0.0387934;REFB=-0.0117877;REVB=-0.0100987;RO=81;SAF=33;SAR=30;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446427;STB=0.512654;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0167724;OID=.;OPOS=63854984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:81:82:63:65:0.442177:30:33:46:35:30:35:46:36 chr10 63855618 . CTG C 331.46 PASS AF=0.557377;AO=30;DP=58;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0344501;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.531;QD=21.7353;RBI=0.0358225;REFB=-0.0137238;REVB=-0.00982056;RO=27;SAF=21;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372792;STB=0.669104;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.017373;OID=.;OPOS=63855619;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557377:30:58:34:61:27:22:12:7:20:99:27:21:9:7:20 chr10 63954188 . G A 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0190173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.622;QD=14.6854;RBI=0.0338889;REFB=-0.0224267;REVB=-0.0280499;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522198;STB=0.529598;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0342891;OID=.;OPOS=63954188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:23:20:16:15:23:20 chr10 63958112 . T C 231.62 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0665728;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.542;QD=14.4765;RBI=0.0686182;REFB=-0.0035292;REVB=0.0166289;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119409;STB=0.56752;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00795084;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:37:27:27:0.421875:16:11:11:26:16:11:11:26 chr10 63977004 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00213668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.305;QD=5.37761;RBI=0.024291;REFB=0.0041501;REVB=-0.0241968;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375865;STB=0.74519;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0327852;OID=.;OPOS=63977004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:3:4:6:18:3:4:6:19 chr10 63995983 . C T 2062.74 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.874;QD=62.5073;RBI=0.0441816;REFB=0;REVB=-0.0418642;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38575e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:65:67:0:0:65:67:0:0 chr10 64000878 . T G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00426259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.073;QD=8.24454;RBI=0.0117245;REFB=-0.0134267;REVB=0.0109222;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0342641;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:6:9:4:3:6:9 chr10 64110037 . C T 85.8 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000724653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5436;QD=11.8351;RBI=0.0344672;REFB=-0.00359509;REVB=0.0344596;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0077761;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr10 64415184 . A G 625.46 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0253414;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.07;QD=20.1763;RBI=0.0271208;REFB=-0.0349985;REVB=0.00966186;RO=61;SAF=23;SAR=40;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217252;STB=0.619796;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0286029;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:40:23:37:24:40:23:37:24 chr10 64565011 . G A 408.93 PASS AF=0.432432;AO=46;DP=110;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00554159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8191;QD=14.7361;RBI=0.0177803;REFB=-0.0512214;REVB=-0.0168947;RO=62;SAF=27;SAR=19;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796929;STB=0.53989;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0684081;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:63:46:48:0.432432:19:27:41:21:20:28:41:22 chr10 64566572 . T C 619.82 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.195;QD=59.0303;RBI=0.0290055;REFB=0.0207279;REVB=0.0132944;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000473487;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chr10 64567364 . C T 2370.85 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099087;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8066;QD=61.1833;RBI=0.0212893;REFB=0;REVB=-0.0188428;RO=0;SAF=78;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00806e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:76:78:0:0:77:78:0:0 chr10 64567938 . C T 362.88 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0246479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.928;QD=51.8406;RBI=0.0246865;REFB=-0.0370638;REVB=-0.00138148;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00269805;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:14:12:0:1:14:13:0:1 chr10 64572037 . ATT A,AT 423.42 PASS AF=0,1;AO=19,47;DP=76;FAO=0,75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114952,-0.220589;FXX=0.0259707;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.47551,7.6625;QD=22.5822;RBI=0.114958,0.220623;REFB=0.0624877,0.0392486;REVB=-0.00114355,0.00389707;RO=5;SAF=13,18;SAR=6,29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118464,-0.00324193;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0488939,-0.00599623;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:19,47:76:0,75:75:0:0,36:0,39:0:0:8:5:13,18:6,29:2:3 chr10 64572093 . T C 476.19 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0422027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.158;QD=21.8938;RBI=0.0423159;REFB=-0.0180263;REVB=0.00309293;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11202;STB=0.561726;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0242951;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:22:24:16:25:22:24:16:25 chr10 64573771 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.959;QD=57.6807;RBI=0.0248435;REFB=0;REVB=0.00374339;RO=0;SAF=30;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105954;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:1:30:0:0:1:30:0:0 chr10 64869942 . A G 594.87 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.352;QD=61.0121;RBI=0.0706325;REFB=0;REVB=0.0689882;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400868;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr10 64869973 . T C 135.86 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00729278;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.345;QD=16.4683;RBI=0.0133658;REFB=-0.0347892;REVB=0.0112009;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0602631;OID=.;OPOS=64869973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:9:9:6:9:9:9 chr10 64914016 . T TA 233.36 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.103341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2769;QD=16.6687;RBI=0.104828;REFB=-0.0298534;REVB=-0.0175974;RO=24;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676033;STB=0.537359;STBP=0.549;TYPE=ins;VARB=0.00815645;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:32:56:32:56:24:20:12:13:11:99:24:20:12:13:11 chr10 64914518 . CATA C,CATG 325.16 PASS AF=0.477612,0.0447761;AO=32,3;DP=68;FAO=32,3;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17,2;FSAR=15,1;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00338597,0.0654064;FXX=0.0147037;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=205.633,48.0289;QD=19.4124;RBI=0.00373065,0.0838834;REFB=-0.0130174,-0.000705697;REVB=-0.00156621,0.0525208;RO=31;SAF=17,2;SAR=15,1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0133899,0.156472;STB=0.515646,0.652817;STBP=0.767,0.662;TYPE=del,snp;VARB=0.0153586,-0.0245961;OID=.,.;OPOS=64914519,64914521;OREF=ATA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477612,0.0447761:32,3:68:32,3:67:32:17,2:15,1:16:16:99:31:17,2:15,1:16:15 chr10 64927823 . C G 370.69 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0672359;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.736;QD=25.1315;RBI=0.0695109;REFB=-0.0368393;REVB=0.0176378;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552439;STB=0.530286;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0228857;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:23:23:36:36:0.610169:16:20:11:12:16:20:11:12 chr10 64945364 . G A 421.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4956;QD=56.2504;RBI=0.0503186;REFB=0;REVB=0.0502807;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474289;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr10 64967445 . A T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4903;QD=59.6785;RBI=0.0269652;REFB=0;REVB=-0.00419045;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161933;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr10 64974380 . G C 133.72 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.023132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9765;QD=15.7316;RBI=0.0310492;REFB=-0.0179249;REVB=0.0207114;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.503932;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0460767;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:6:8:10:9:7:8:10:9 chr10 64974537 . A T 377.9 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0217777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.698;QD=21.594;RBI=0.0238845;REFB=-0.0417236;REVB=-0.00980819;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1429;STB=0.578906;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.041419;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:16:22:13:19:16:22:13:19 chr10 68040325 . C T 206.41 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00121231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.965;QD=16.8499;RBI=0.00574566;REFB=-0.0130164;REVB=0.00561631;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122888;STB=0.554212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0186898;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:11:9:16:12:11:10:16:12 chr10 68685929 . G C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.972;QD=60.6075;RBI=0.0200983;REFB=0;REVB=0.00965749;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34174e-05;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr10 69676830 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.708;QD=62.9829;RBI=0.0173247;REFB=0;REVB=-0.00625143;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04172e-05;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 69773841 . G A 1309.16 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0537123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.1937;QD=55.7089;RBI=0.0632042;REFB=-0.0833412;REVB=-0.0333131;RO=4;SAF=46;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394375;STB=0.519898;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00196886;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:94:94:4:6:88:88:0.93617:42:46:4:0:42:46:5:1 chr10 69933921 . G A 160.95 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00696022;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.06;QD=12.6238;RBI=0.0103787;REFB=-0.0178266;REVB=-0.00769884;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208191;STB=0.621607;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0169057;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:16:16:13:6:16:16 chr10 69948844 . T C 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.096;QD=63.3344;RBI=0.0332594;REFB=0;REVB=-0.0331581;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02824e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr10 69991853 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.31;QD=37.4885;RBI=0.0677994;REFB=0;REVB=-0.0676317;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113099;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr10 70051810 . A G 530.64 PASS AF=0.741935;AO=47;DP=63;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00155001;FXX=0.0158705;HRUN=8;LEN=1;MLLD=234.475;QD=34.2347;RBI=0.00370424;REFB=0.00320777;REVB=0.00336435;RO=16;SAF=19;SAR=28;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.529057;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000762745;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:16:16:47:46:0.741935:28:19:8:8:28:18:8:8 chr10 70051811 . A G 62.39 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0116276;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=98.0156;QD=3.89922;RBI=0.0148001;REFB=0.0045454;REVB=0.00915661;RO=53;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183968;STB=0.621636;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00278766;OID=.;OPOS=70051811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:5:6:21:32:5:6:21:32 chr10 70051928 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=59;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.869;QD=61.3755;RBI=0.034686;REFB=0;REVB=0.0256628;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88851e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:59:80:1:28:31:0:0:48:32:0:0 chr10 70102936 . T A 884.56 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7443;QD=58.0039;RBI=0.100077;REFB=0;REVB=-0.028617;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682273;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr10 70103272 . G C 693.78 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4968;QD=61.6695;RBI=0.0361934;REFB=0;REVB=0.028671;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06587e-05;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr10 70105560 . G A 464.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9552;QD=58.0975;RBI=0.0447579;REFB=0;REVB=-0.0398434;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028927;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr10 70332580 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0191208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.665;QD=15.2623;RBI=0.0199592;REFB=-0.0169159;REVB=0.00572411;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740872;STB=0.542793;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0236379;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:11:5:5:8:11:5 chr10 70333555 . C T 331.96 PASS AF=0.644444;AO=27;DP=43;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0653528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.499;QD=29.5076;RBI=0.0663651;REFB=-0.00629251;REVB=0.0115469;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125188;STB=0.506131;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00435827;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:16:16:27:29:0.644444:13:14:8:8:15:14:8:8 chr10 70405855 . A G 190.96 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5864;QD=47.7398;RBI=0.103737;REFB=0;REVB=0.100577;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301598;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr10 70495544 . T C 673.86 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401189;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8033;QD=62.6842;RBI=0.0401684;REFB=0;REVB=0.00199512;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487496;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr10 70502288 . G A 742.41 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.107;QD=56.0308;RBI=0.0289864;REFB=0;REVB=0.0166463;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031123;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:37:14:0:0:39:14:0:0 chr10 70534744 . A C 79.96 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.692;QD=35.5372;RBI=0.0252749;REFB=0;REVB=0.0242014;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012062;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:4:3:0:0:5:4:0:0 chr10 70641860 . T C 735.1 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.26;QD=61.2587;RBI=0.0281515;REFB=-0.169758;REVB=-0.00284952;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00198938;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:25:22:0:0:25:22:1:0 chr10 70696713 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.464;QD=60.2307;RBI=0.0308789;REFB=0;REVB=0.0283263;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15326e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:8:29:0:0:8:29:0:0 chr10 70700944 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.543;QD=39.2067;RBI=0.0861338;REFB=0;REVB=-0.0527648;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00803009;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr10 70748784 . G A 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00300906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.346;QD=17.0967;RBI=0.0259992;REFB=-0.0139435;REVB=0.0258245;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00259207;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:7:8:6:8:7:8 chr10 70856852 . G A 1002.26 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0154659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.6;QD=54.176;RBI=0.0372579;REFB=-0.213835;REVB=0.0338963;RO=4;SAF=37;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292415;STB=0.505912;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0022373;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:74:74:4:3:70:71:0.959459:33:37:2:2:34:37:2:1 chr10 70940191 . C T 447.25 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0558651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2557;QD=18.4432;RBI=0.0678055;REFB=0.00446885;REVB=0.0384276;RO=52;SAF=22;SAR=23;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2136;STB=0.618384;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00386977;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:23:22:14:38:23:22:14:38 chr10 70958280 . AGCTGTTATATATG A 67.91 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00507951;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=13;MLLD=373.182;QD=3.99483;RBI=0.00610469;REFB=-0.00530468;REVB=0.00338611;RO=51;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288435;STB=0.666389;STBP=0.227;TYPE=del;VARB=0.0235101;OID=.;OPOS=70958281;OREF=GCTGTTATATATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:12:70:12:68:56:8:4:26:30:67:51:8:4:22:29 chr10 70992664 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0975;QD=62.3497;RBI=0.0787007;REFB=0;REVB=0.0393765;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110509;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr10 71018660 . T C 772.18 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429019;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.293;QD=64.3482;RBI=0.00498838;REFB=0;REVB=0.00254523;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66899e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr10 71026510 . C A 1036.78 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524068;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1292;QD=59.2445;RBI=0.0571627;REFB=0;REVB=0.0228278;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523026;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:47:22:0:0:48:22:0:0 chr10 71055459 . T C 169.61 PASS AF=0.85;AO=10;DP=18;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0544773;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=30.4449;QD=33.922;RBI=0.0690058;REFB=-0.0571946;REVB=-0.0423559;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529377;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0136346;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:18:20:0:3:10:17:0.85:5:5:0:0:8:9:1:2 chr10 71060610 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4539;QD=43.4843;RBI=0.0449742;REFB=0;REVB=-0.0425473;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00261783;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 71060621 . C T 116.19 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.929;QD=42.2522;RBI=0.0313186;REFB=0;REVB=0.0182102;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482314;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr10 71060634 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.637;QD=37.488;RBI=0.036592;REFB=0;REVB=0.0180114;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518372;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr10 71142420 . G A 210.62 PASS AF=0.44;AO=19;DP=47;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.011735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1294;QD=16.8499;RBI=0.0605071;REFB=-0.0513467;REVB=0.0593583;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246456;STB=0.599913;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0861045;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:27:28:19:22:0.44:11:8:18:9:11:11:19:9 chr10 71168685 . A T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.621;QD=60.6098;RBI=0.0589478;REFB=0;REVB=0.0571745;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94826e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr10 71168727 . C T 419.51 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0485346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0072;QD=22.9871;RBI=0.123471;REFB=-0.00579931;REVB=0.113532;RO=32;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453732;STB=0.519029;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00670264;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:19:21:15:17:20:21:15:17 chr10 71176012 . A G 204.76 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0423983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.227;QD=16.3804;RBI=0.0458036;REFB=-0.00740781;REVB=-0.0173309;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949451;STB=0.563507;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0128845;OID=.;OPOS=71176012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:10:11:12:16:10:11:12:17 chr10 71332204 . A G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0136512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.4;QD=12.9224;RBI=0.0214932;REFB=-0.00952334;REVB=0.0166013;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337052;STB=0.699829;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0210067;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:34:21:22:0.392857:13:8:24:10:14:8:24:10 chr10 71390392 . C T 200.78 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0341874;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.734;QD=19.5879;RBI=0.0353412;REFB=0.00188435;REVB=0.00895642;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143925;STB=0.582002;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-6.14593e-05;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:13:8:5:15:13:8 chr10 71392557 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0238767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.744;QD=12.4824;RBI=0.0239269;REFB=-0.00958712;REVB=0.00154836;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27225;STB=0.659433;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0247229;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:13:6:7:5:13:6 chr10 71392692 . T C 326.49 PASS AF=0.397849;AO=35;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0676596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.803;QD=14.0426;RBI=0.0679239;REFB=-0.0237954;REVB=0.00598623;RO=56;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065527;STB=0.551636;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0484437;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:56:56:35:37:0.397849:16:19:27:29:16:21:27:29 chr10 71562437 . G A 510.36 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0314671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.012;QD=52.345;RBI=0.0325241;REFB=-0.0764892;REVB=0.00822442;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.502317;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00144636;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:0:3:36:36:0.923077:13:23:0:0:13:23:2:1 chr10 71620436 . A AC,C 167.21 PASS AF=0.575758,0;AO=15,2;DP=33;FAO=19,0;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0306382,-0.100747;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9342,20.6744;QD=20.2676;RBI=0.158654,0.176196;REFB=0.00873766,0.0236922;REVB=-0.155667,-0.144552;RO=15;SAF=9,2;SAR=6,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0598629,0.528044;STB=0.584683,0.5;STBP=0.272,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0275389,0;OID=.,.;OPOS=71620437,71620436;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:33:15:14:15,2:19,0:0.575758,0:6,0:9,2:8:7:6,0:13,0:7:7 chr10 71640254 . CG AC,CA 209.16 PASS AF=0.0535714,0.410714;AO=3,19;DP=57;FAO=3,23;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=2,17;FSAR=1,6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00491421,0.00227784;FXX=0.0175408;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=131.638,126.454;QD=14.9399;RBI=0.0276749,0.056147;REFB=-0.013039,-0.0160162;REVB=0.0272351,0.0561008;RO=23;SAF=2,14;SAR=1,5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0172411,0.0985366;STB=0.564773,0.592938;STBP=0.899,0.291;TYPE=mnp,snp;VARB=0.172372,0.0112125;OID=.,.;OPOS=71640254,71640255;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:56:23:30:3,19:3,23:0.0535714,0.410714:1,5:2,14:15:8:1,6:2,17:18:12 chr10 71657272 . A G 734.43 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.363;QD=61.2022;RBI=0.0384242;REFB=-0.178633;REVB=-0.0303185;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000571093;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:1:0:29:18:1:0 chr10 71658512 . G A 906.67 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172911;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.775;QD=56.6666;RBI=0.0231509;REFB=-0.0335108;REVB=-0.0153942;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000164991;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:0:1:63:63:0.984375:37:26:0:0:37:26:1:0 chr10 71872404 . G A 281.56 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0588773;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2184;QD=16.8094;RBI=0.059601;REFB=-0.010293;REVB=0.00925969;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063531;STB=0.528874;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0094811;OID=.;OPOS=71872404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:36:30:31:0.462687:13:17:17:17:13:18:19:17 chr10 71872410 . C T 288.61 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.017433;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.157;QD=18.3244;RBI=0.0189607;REFB=-0.00317727;REVB=-0.00745645;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741578;STB=0.541467;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00283743;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:16:16:13:18:16:16 chr10 71874048 . G A 162.93 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0526816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.632;QD=13.0342;RBI=0.0530685;REFB=0.00330713;REVB=0.00639684;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204277;STB=0.629989;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00659068;OID=.;OPOS=71874048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:12:6:16:15:12:6:17:15 chr10 71876382 . C T 292.83 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0118651;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.512;QD=26.0295;RBI=0.0236614;REFB=-0.0263896;REVB=-0.0204714;RO=19;SAF=22;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369417;STB=0.712477;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0287654;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:25:26:0.577778:3:22:11:8:3:23:11:8 chr10 71880858 . A G 357.06 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00508948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.844;QD=14.4267;RBI=0.0237599;REFB=-0.0219024;REVB=-0.0232084;RO=59;SAF=16;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10526;STB=0.565047;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0260441;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:60:39:39:0.393939:23:16:30:29:23:16:31:29 chr10 71905569 . C A 61.67 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0306185;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.292;QD=16.4464;RBI=0.120791;REFB=-0.0321638;REVB=0.116846;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29599;STB=0.666364;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0384888;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:7:0:1:7:7:0 chr10 71905695 . A G 138.69 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00892131;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7751;QD=14.225;RBI=0.0531303;REFB=-0.0127663;REVB=-0.0523759;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201691;STB=0.629462;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0230313;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:12:11:11:5:12:11 chr10 71905735 . G A 128.13 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0166043;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.183;QD=11.9189;RBI=0.0195193;REFB=-0.0440028;REVB=0.0102616;RO=28;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318687;STB=0.702997;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0408693;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:14:15:0.348837:11:3:13:15:12:3:13:15 chr10 72014967 . G T 206.05 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00431784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.564;QD=16.8206;RBI=0.0306979;REFB=-0.020626;REVB=0.0303928;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242292;STB=0.638754;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0270329;OID=.;OPOS=72014967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:12:16:7:14:12:16 chr10 72043389 . T G 409.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050662;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.101;QD=56.4947;RBI=0.0510622;REFB=0;REVB=-0.00638079;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248922;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:23:5:0:0:23:6:0:0 chr10 72164214 . C G 135.09 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0121629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.844;QD=16.8856;RBI=0.0129004;REFB=-0.0215578;REVB=-0.00429918;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233128;STB=0.652752;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0316643;OID=.;OPOS=72164214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:4:11:8:8:4:11:8:9 chr10 72179746 . C T 262.45 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000562256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.754;QD=47.7172;RBI=0.0168792;REFB=-0.110752;REVB=0.0168698;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00256492;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr10 72181460 . G T 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.168;QD=59.0095;RBI=0.107376;REFB=0;REVB=-0.0942822;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262882;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr10 72195439 . T C 304.31 PASS AF=1;AO=14;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.001;QD=52.9231;RBI=0.0258415;REFB=0;REVB=0.0257898;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417669;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:14:23:1:11:3:0:0:11:12:0:0 chr10 72196114 . C T 229.43 PASS AF=0.421875;AO=28;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00255414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9316;QD=14.3395;RBI=0.0841563;REFB=-0.00165986;REVB=0.0841175;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10358;STB=0.546491;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00416543;OID=.;OPOS=72196114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:37:28:27:0.421875:17:11:16:16:16:11:18:19 chr10 72289701 . G A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00753607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.468;QD=21.2637;RBI=0.0318194;REFB=-0.0262513;REVB=-0.0309141;RO=17;SAF=18;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236103;STB=0.670006;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0141622;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:2:18:13:4:2:18:13:5 chr10 72307101 . C T 214.35 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0129879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.07;QD=12.7972;RBI=0.0227343;REFB=0.000883082;REVB=-0.0186591;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771181;STB=0.544153;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00193245;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:12:14:25:16:12:14:25:16 chr10 72324141 . CAA CA,CAG 1595.91 PASS AF=0.109091,0.890909;AO=11,97;DP=110;FAO=12,98;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=6,49;FSAR=6,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212008,-0.0314305;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.0635,50.2534;QD=58.0332;RBI=0.0553588,0.0509608;REFB=0,0;REVB=-0.0511383,-0.0401139;RO=0;SAF=5,48;SAR=6,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0137978,-0.00955388;OID=.,.;OPOS=72324142,72324143;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109091,0.890909:11,97:110:12,98:110:0:6,49:6,49:0:0:37:0:5,48:6,49:0:0 chr10 72326400 . G A 481.84 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.017116;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.91;QD=20.2879;RBI=0.0252786;REFB=-0.0107176;REVB=0.0186024;RO=46;SAF=32;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113126;STB=0.565509;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0166273;OID=.;OPOS=72326400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:48:47:47:0.494737:15:32:26:20:15:32:27:21 chr10 72358577 . G A 1097.55 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8017;QD=59.3268;RBI=0.0881886;REFB=0;REVB=0.0880322;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705377;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:70:74:1:24:46:0:0:27:47:0:0 chr10 72500762 . CT C,CC 672.18 PASS AF=0.2,0.8;AO=9,38;DP=48;FAO=10,40;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=10,10;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055572,0.114027;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.126,151.004;QD=53.7747;RBI=0.055584,0.114108;REFB=0,0;REVB=-0.00115644,-0.00430161;RO=0;SAF=9,8;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.26572e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00941711,0.00465978;OID=.,.;OPOS=72500763,72500763;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:9,38:48:10,40:50:0:10,10:0,30:0:0:24:0:9,8:0,30:0:0 chr10 72500863 . C G 1000.58 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000427788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.614;QD=56.3709;RBI=0.0216395;REFB=-0.127453;REVB=0.0216352;RO=2;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210027;STB=0.511108;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00519392;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:44:25:0:2:44:25:0:2 chr10 72503344 . G A 608.38 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00125315;FXX=0.0204068;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.442;QD=16.8995;RBI=0.0146904;REFB=-0.0120864;REVB=-0.0146369;RO=70;SAF=43;SAR=20;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129677;STB=0.57771;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0156985;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:144:70:81:63:63:0.4375:20:43:39:31:20:43:45:36 chr10 72513682 . C T 489.47 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.141461;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.157;QD=17.9621;RBI=0.141476;REFB=-0.0173084;REVB=0.00201705;RO=56;SAF=34;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181805;STB=0.618282;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0168162;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:56:57:51:52:0.477064:17:34:27:29:17:35:26:31 chr10 72517837 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.696;QD=57.1774;RBI=0.00119225;REFB=0;REVB=-0.00050011;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50641e-06;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr10 72520330 . A G 370.6 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0180321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.408;QD=17.2373;RBI=0.0204979;REFB=-0.00372179;REVB=-0.00974716;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516303;STB=0.515252;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00326414;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:47:38:39:0.453488:17:21:23:23:18:21:24:23 chr10 72520567 . A G 163.49 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0130664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.041;QD=20.4358;RBI=0.0780048;REFB=-0.0197827;REVB=-0.0769026;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233972;STB=0.617837;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0330075;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:11:6:9:5:11:6:9:6 chr10 72532037 . C T 604.47 PASS AF=0.635294;AO=53;DP=85;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0313683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.582;QD=28.4455;RBI=0.034211;REFB=-0.0348027;REVB=-0.0136536;RO=31;SAF=21;SAR=32;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612669;STB=0.528561;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.017206;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:31:31:53:54:0.635294:32:21:15:16:32:22:15:16 chr10 72535007 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.038862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3374;QD=16.2717;RBI=0.0661105;REFB=-0.0145143;REVB=-0.0534821;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216322;STB=0.624829;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.012211;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:8:10:5:10:8:10 chr10 72543138 . T C 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0389133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.052;QD=13.4445;RBI=0.0400445;REFB=-0.0025427;REVB=0.00945072;RO=59;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285648;STB=0.662735;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0083268;OID=.;OPOS=72543138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:13:23:22:37:13:23:22:37 chr10 72619205 . C T 1615.69 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.287;QD=59.8402;RBI=0.0557833;REFB=0;REVB=0.019714;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34632e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:103:108:1:56:47:0:0:58:50:0:0 chr10 72629567 . C T 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0334456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.244;QD=14.5326;RBI=0.037823;REFB=-0.00581006;REVB=0.0176626;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139335;STB=0.579104;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00926051;OID=.;OPOS=72629567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:18:22:12:17:18:22 chr10 72631626 . C T 470.01 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00712348;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1703;QD=15.6669;RBI=0.0111662;REFB=0.00969127;REVB=-0.0085989;RO=68;SAF=26;SAR=26;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297508;STB=0.51666;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0120068;OID=.;OPOS=72631626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:26:26:32:36:26:26:32:36 chr10 73044580 . G A 325.79 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0174349;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.567;QD=14.4797;RBI=0.0179677;REFB=-0.0092369;REVB=-0.00434319;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108998;STB=0.55693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0158398;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:22:14:26:27:22:14:26:28 chr10 73104056 . A G 152.23 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0122326;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.323;QD=12.686;RBI=0.0365756;REFB=-0.0291794;REVB=-0.0344694;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140389;STB=0.591136;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0544073;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:9:8:18:12:9:8:19:12 chr10 73111408 . C T 584.26 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0196037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8544;QD=20.8664;RBI=0.0262155;REFB=0.0146231;REVB=0.0174054;RO=53;SAF=29;SAR=30;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154073;STB=0.508472;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0130387;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:30:29:27:26:30:29:27:26 chr10 73115941 . TG CA 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.004313;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.614;QD=15.219;RBI=0.0103027;REFB=-0.0119736;REVB=-0.00935651;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011973;STB=0.506771;STBP=0.924;TYPE=mnp;VARB=0.0156422;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:19:22:17:14:19:22 chr10 73121913 . A G 217.38 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0304812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.836;QD=13.586;RBI=0.0312158;REFB=-0.00265858;REVB=0.00673223;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570011;STB=0.514462;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00202376;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:25:26:0.40625:17:8:14:24:17:9:14:24 chr10 73121945 . T C 173.33 PASS AF=0.349206;AO=13;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.039916;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.62;QD=11.0049;RBI=0.0400974;REFB=-0.0125733;REVB=-0.00380949;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267305;STB=0.505809;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.034249;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:41:13:22:0.349206:4:9:16:18:12:10:19:22 chr10 73270906 . T C 352.88 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00437801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.271;QD=19.6043;RBI=0.015842;REFB=-0.00104561;REVB=-0.015225;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744519;STB=0.553972;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00123479;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:35:36:37:0.513889:23:13:13:16:23:14:17:18 chr10 73270982 . G A 166.05 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0778117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.055;QD=22.1395;RBI=0.0792282;REFB=-0.00437798;REVB=-0.014915;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144048;STB=0.581398;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00255391;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:6:7:12:5:6:7 chr10 73377054 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0112809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.068;QD=23.6751;RBI=0.0165489;REFB=-0.0129095;REVB=-0.0121081;RO=16;SAF=16;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329905;STB=0.685525;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00898818;OID=.;OPOS=73377054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:5:16:6:10:5:16:6:10 chr10 73434888 . G C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0147862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2501;QD=16.883;RBI=0.0239696;REFB=0.0145611;REVB=-0.0188656;RO=17;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369914;STB=0.717445;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0164396;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:13:2:7:10:13:2:7:10 chr10 73434906 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0219116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.61;QD=17.8271;RBI=0.021923;REFB=-0.0121133;REVB=0.000707765;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267683;STB=0.651943;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0148723;OID=.;OPOS=73434906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:2:9:6:6:2:9 chr10 73492079 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0208092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1416;QD=10.2402;RBI=0.0283191;REFB=-0.0015231;REVB=-0.0192081;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123852;STB=0.573776;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00131911;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:15:4:3:7:15:4 chr10 73501556 . G A 441.54 PASS AF=0.76;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0539717;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7062;QD=35.3235;RBI=0.0541489;REFB=-0.0209807;REVB=-0.00437671;RO=12;SAF=28;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205647;STB=0.611588;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00758;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:52:50:12:12:38:38:0.76:10:28:4:8:10:28:4:8 chr10 73520632 . A C 153.45 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00714517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9647;QD=8.89576;RBI=0.0400511;REFB=-0.00894569;REVB=0.0394086;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401673;STB=0.516559;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0600522;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:11:10:24:23:11:10:24:24 chr10 73533177 . A G 105.13 PASS AF=0.258065;AO=13;DP=58;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0600373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.526;QD=6.78229;RBI=0.0600592;REFB=-0.0139836;REVB=-0.00162194;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259355;STB=0.670391;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0503031;OID=.;OPOS=73533177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:43:46:13:16:0.258065:6:7:14:29:7:9:15:31 chr10 73537614 . G A 168.63 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00663489;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1371;QD=15.3299;RBI=0.00673359;REFB=-0.00370373;REVB=-0.00114867;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00886404;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:13:13:9:9:13:13 chr10 73550117 . C G 344.06 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0109058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.559;QD=16.3836;RBI=0.0193773;REFB=-0.00865123;REVB=0.016017;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511396;STB=0.522232;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.01193;OID=.;OPOS=73550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:47:37:37:0.440476:19:18:20:26:19:18:21:26 chr10 73767859 . G A 99.29 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00065516;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.464;QD=12.4115;RBI=0.019426;REFB=-0.0429417;REVB=0.019415;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0351702;OID=.;OPOS=73767859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:20:20:12:12:0.375:7:5:11:9:7:5:11:9 chr10 73768992 . C A 397.72 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00394291;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.272;QD=17.6766;RBI=0.0111026;REFB=-0.011676;REVB=-0.0103789;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896554;STB=0.541647;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0155363;OID=.;OPOS=73768992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:49:40:41:0.455556:19:21:29:18:19:22:30:19 chr10 73772661 . T A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0146529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.628;QD=18.2489;RBI=0.0240593;REFB=-0.0186049;REVB=-0.0190825;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0227495;OID=.;OPOS=73772661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:5:7:3:10:5:7 chr10 73820396 . G A 474.64 PASS AF=0.412214;AO=53;DP=130;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0130669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0481;QD=14.4928;RBI=0.0267965;REFB=-0.0218474;REVB=0.0233946;RO=76;SAF=32;SAR=21;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110417;STB=0.570414;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0353549;OID=.;OPOS=73820396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:76:77:53:54:0.412214:21:32:38:38:21:33:38:39 chr10 73832438 . CCTG CCGC,CG 48.89 PASS AF=0,0.333333;AO=2,6;DP=23;FAO=0,7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0343282,-0.0125448;FXX=0.0869187;HRUN=1,4;LEN=2,2;MLLD=94.574,71.7169;QD=9.31247;RBI=0.123214,0.0358379;REFB=-0.00631497,-0.00881271;REVB=-0.118336,-0.0335705;RO=13;SAF=0,3;SAR=2,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540126,0.0414775;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0150154;OID=.,.;OPOS=73832440,73832439;OREF=TG,CT;OALT=GC,-;OMAPALT=CCGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:2,6:23:0,7:21:14:0,3:0,4:6:8:49:13:0,3:2,3:6:7 chr10 74237247 . C CT 225.19 PASS AF=0.615385;AO=36;DP=67;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0249861;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.2533;QD=13.8576;RBI=0.0347396;REFB=-0.0979634;REVB=-0.0241358;RO=30;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371903;STB=0.509861;STBP=0.857;TYPE=ins;VARB=0.0760763;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:36:67:40:65:25:17:23:10:15:99:30:16:20:12:18 chr10 74268031 . T C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0423216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9933;QD=16.8818;RBI=0.0545583;REFB=-0.0103671;REVB=0.0344309;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104939;STB=0.559923;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00652056;OID=.;OPOS=74268031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:5:12:9:6:5:12 chr10 74714372 . G C 359.97 PASS AF=0.475;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0655595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5068;QD=17.9987;RBI=0.0709286;REFB=-0.0420374;REVB=-0.0270705;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192487;STB=0.502658;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0424757;OID=.;OPOS=74714372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:37:38:0.475:21:16:19:23:21:17:19:23 chr10 75000739 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0140269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.832;QD=10.3792;RBI=0.0140701;REFB=0.00489966;REVB=-0.00110237;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34364;STB=0.715828;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00506652;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:5:11:8:1:5:11 chr10 75000741 . AGGCAGACCAGTCTCT A 56.06 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0124896;FXX=0;HRUN=2;LEN=15;MLLD=557.166;QD=9.34294;RBI=0.0124925;REFB=-0.00990292;REVB=-0.00026758;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.318777;SSSB=-0.304808;STB=0.726652;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=0.0145801;OID=.;OPOS=75000742;OREF=GGCAGACCAGTCTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:24:9:24:15:1:8:5:10:56:14:1:8:4:10 chr10 75533448 . A G 267.0 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.055021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8407;QD=20.1505;RBI=0.110774;REFB=0.0144681;REVB=-0.0961438;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175974;STB=0.598035;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0160973;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:10:15:11:17:10:15 chr10 75558867 . G A 442.92 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0337013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6388;QD=18.0783;RBI=0.0596092;REFB=-0.0180041;REVB=0.0491679;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164191;STB=0.591305;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0205745;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:22:23:36:17:22:23:36:17 chr10 75632760 . C T 332.93 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00692787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.603;QD=19.0244;RBI=0.0370568;REFB=0.000762511;REVB=0.0364035;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118394;STB=0.57174;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000405509;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:18:17:12:22:18:17:12:23 chr10 75673101 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00809956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.969;QD=15.882;RBI=0.0438104;REFB=0.0134457;REVB=-0.0430552;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00567456;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr10 75675086 . T C 504.33 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0122185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.151;QD=25.2165;RBI=0.0714534;REFB=0.00468127;REVB=-0.070401;RO=32;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788288;STB=0.501862;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00393128;OID=.;OPOS=75675086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:33:47:47:0.5875:23:24:16:16:23:24:17:16 chr10 75865065 . G A 305.35 PASS AF=0.471429;AO=25;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0560016;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3421;QD=17.4486;RBI=0.0658612;REFB=-0.0192857;REVB=0.034663;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255406;STB=0.515142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0121971;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:37:25:33:0.471429:13:12:15:18:16:17:18:19 chr10 75871735 . C G 421.32 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00522468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.797;QD=18.9358;RBI=0.00929877;REFB=-0.0210256;REVB=0.00769219;RO=45;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164297;STB=0.577436;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0157443;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:42:43:0.483146:16:26:20:25:17:26:21:25 chr10 75878915 . C CTA 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0210531;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.427;QD=7.04801;RBI=0.0219769;REFB=-0.0145993;REVB=-0.00630465;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10556;STB=0.566503;STBP=0.677;TYPE=ins;VARB=0.0525674;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:8:30:8:30:22:4:4:13:9:52:22:4:4:13:9 chr10 75883134 . C CTT,T 170.54 PASS AF=0.344828,0.0344828;AO=17,4;DP=59;FAO=20,2;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9,0;FSAR=11,2;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00884798,0.0113704;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=208.972,113.945;QD=11.7615;RBI=0.0127514,0.0175115;REFB=-0.00292683,-0.00412302;REVB=0.00918218,0.0133179;RO=37;SAF=8,1;SAR=9,3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0128587,-0.237332;STB=0.503606,0.994267;STBP=0.967,0.192;TYPE=ins,snp;VARB=0.00363754,0.0225778;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:36:17,4:20,2:0.344828,0.0344828:9,3:8,1:17:20:11,2:9,0:16:20 chr10 75936611 . C T 401.63 PASS AF=0.655172;AO=35;DP=55;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00619858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.112;QD=27.6986;RBI=0.0359052;REFB=-0.0681746;REVB=0.0353661;RO=20;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384142;STB=0.507459;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0334006;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:20:20:35:38:0.655172:19:16:8:12:22:16:8:12 chr10 76790612 . TG T 281.98 PASS AF=0.885714;AO=26;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.11473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9048;QD=32.2263;RBI=0.118999;REFB=-0.00100255;REVB=-0.0315886;RO=4;SAF=13;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=-0.123348;STB=0.56246;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=-0.00430051;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885714:26:35:31:35:4:14:17:4:0:12:4:13:13:4:0 chr10 76854564 . C T 1148.73 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0306541;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.099;QD=58.1634;RBI=0.0376516;REFB=-0.0720062;REVB=0.0218625;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145596;STB=0.515148;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000462799;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:1:2:77:77:0.974684:45:32:1:0:45:32:2:0 chr10 76855412 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.845;QD=58.2394;RBI=0.0351901;REFB=0;REVB=0.0334179;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61668e-05;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr10 76861680 . T C 979.37 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472331;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.198;QD=57.61;RBI=0.0473183;REFB=-0.106961;REVB=-0.00283788;RO=1;SAF=17;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269814;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509723;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:1:0:67:68:1:50:17:1:0:49:19:0:0 chr10 76865429 . A AC 37.28 PASS AF=0.194805;AO=18;DP=78;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0508181;FXX=0.0128189;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.4976;QD=1.93673;RBI=0.0751926;REFB=-0.00436903;REVB=-0.0554207;RO=59;SAF=2;SAR=16;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632935;STB=0.869152;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.133687;OID=.;OPOS=76865430;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194805:18:78:15:77:62:2:13:37:25:37:59:2:16:37:22 chr10 76867899 . T C 534.06 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0272;QD=57.7359;RBI=0.0118649;REFB=-0.0562704;REVB=-0.0111729;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273816;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:24:12:1:0:24:13:0:0 chr10 76993876 . G A 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00289259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6338;QD=12.4548;RBI=0.0199297;REFB=-0.0149669;REVB=-0.0197187;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139614;STB=0.586878;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.055331;OID=.;OPOS=76993876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:12:9:10:23:12:9:10:24 chr10 78629795 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00649431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.747;QD=18.8288;RBI=0.0105135;REFB=-0.0156414;REVB=0.00826784;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0145102;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:9:11:11:9:9:11:11:11 chr10 79253623 . G GCC 116.35 PASS AF=0.377358;AO=15;DP=55;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0217775;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=2;MLLD=31.4727;QD=8.78103;RBI=0.0715734;REFB=-0.00379392;REVB=0.0681798;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118012;STB=0.565889;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.00698505;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:15:55:20:53:33:6:14:13:20:99:35:5:10:15:20 chr10 79550544 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0139327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5406;QD=8.81108;RBI=0.0250619;REFB=0.00357977;REVB=-0.0208321;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00720509;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr10 79566632 . G A 96.17 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00143972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.622;QD=12.0206;RBI=0.00700202;REFB=0.00207971;REVB=0.0068524;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251285;STB=0.645855;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00178074;OID=.;OPOS=79566632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:4:16:7:5:4:16 chr10 79579222 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0456953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.782;QD=17.6423;RBI=0.0554435;REFB=-0.0133813;REVB=0.0313993;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0145297;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:4:5:3:3:4:5:3:4 chr10 79584178 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.665;QD=48.7373;RBI=0.0710807;REFB=0;REVB=0.0499084;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917694;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr10 79606441 . A C 358.38 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.000563751;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.117;QD=19.1138;RBI=0.0125392;REFB=-0.000160093;REVB=0.0125266;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969736;STB=0.560312;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00114536;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:38:37:37:0.493333:20:17:21:16:20:17:22:16 chr10 79616605 . T C 1878.57 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.353;QD=61.5925;RBI=0.0310629;REFB=0;REVB=-0.00833768;RO=0;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77488e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:122:0:0:116:122:1:48:68:0:0:48:74:0:0 chr10 79628875 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.053;QD=62.6691;RBI=0.0189906;REFB=0;REVB=0.018746;RO=1;SAF=34;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23091e-05;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:9:34:1:0:9:35:0:0 chr10 79743756 . A T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.00383557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.409;QD=14.6497;RBI=0.0194933;REFB=-0.0133893;REVB=0.0191122;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183111;STB=0.604189;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0119101;OID=.;OPOS=79743756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:2:17:11:3:2:17 chr10 79793688 . C T 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0341444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7242;QD=16.5367;RBI=0.0411968;REFB=-0.00424389;REVB=-0.0230508;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969551;STB=0.561333;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0035394;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:12:6:9:12:12:6:10:13 chr10 80310465 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0419366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.038;QD=5.68924;RBI=0.0419389;REFB=-5.98875e-05;REVB=0.000437678;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44328;STB=0.796042;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000678065;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:1:5:9:10:1:5:9:10 chr10 81051939 . C T 428.03 PASS AF=0.448598;AO=40;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=-0.00853584;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.096;QD=16.001;RBI=0.0130938;REFB=-0.0149403;REVB=-0.00992915;RO=37;SAF=9;SAR=31;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110065;STB=0.509914;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0206422;OID=.;OPOS=81051939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:37:59:40:48:0.448598:31:9:8:29:38:10:13:46 chr10 81319423 . C T 740.77 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0653108;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.002;QD=54.8717;RBI=0.0741311;REFB=-0.0648952;REVB=0.0350703;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.512816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00121702;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:34:19:0:0:34:19:1:0 chr10 81319483 . A G 669.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.107;QD=62.3194;RBI=0.0319565;REFB=0;REVB=0.0231857;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29523e-06;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr10 81373674 . T C 1182.23 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195397;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.113;QD=59.8595;RBI=0.0240531;REFB=-0.197965;REVB=0.0140269;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00330233;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:79:1:1:78:78:0.987342:40:38:0:1:40:38:0:1 chr10 81701722 . T C 993.16 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314406;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.487;QD=59.2933;RBI=0.0327638;REFB=0;REVB=-0.00921692;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010097;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:28:39:0:0 chr10 81706324 . A G 153.3 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.000955526;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.96;QD=12.7752;RBI=0.0306704;REFB=0.00620363;REVB=-0.0306555;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20369;STB=0.618324;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0218667;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:9:22:9:8:9:22 chr10 81841692 . G T 582.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218352;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.849;QD=61.2701;RBI=0.0338701;REFB=0;REVB=0.0258922;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250059;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr10 81915136 . T C 1281.45 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4734;QD=61.7566;RBI=0.0698936;REFB=0;REVB=0.0688706;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566923;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:42:39:0:0:43:40:0:0 chr10 81917708 . A G 689.39 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.658;QD=62.6715;RBI=0.0187694;REFB=0;REVB=0.00296547;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50435e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:24:17:0:0:26:18:0:0 chr10 81926702 . G A 3001.61 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=133;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00384323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.812;QD=62.8608;RBI=0.0329551;REFB=-0.000926713;REVB=0.0327303;RO=0;SAF=132;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.5255e-08;STB=0.504347;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=8.91453e-06;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:191:0:1:190:190:0.994764:58:132:0:0:57:133:0:1 chr10 82012954 . A G 195.08 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0396909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.991;QD=14.1874;RBI=0.0402055;REFB=-0.00989184;REVB=-0.00641194;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821832;STB=0.556211;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0113458;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:10:13:15:16:10:13:15:17 chr10 82012967 . G T 173.74 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0177825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.33;QD=12.8695;RBI=0.0450837;REFB=-0.0638418;REVB=-0.0414285;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172695;STB=0.601326;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0658357;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:20:21:0.388889:8:12:14:18:8:13:15:18 chr10 82013119 . G A 546.6 PASS AF=0.595238;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00172342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.414;QD=26.0288;RBI=0.0120608;REFB=-0.033258;REVB=0.0119371;RO=34;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364792;STB=0.5238;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0256468;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:34:34:49:50:0.595238:24:25:19:15:25:25:19:15 chr10 82013134 . C T 344.53 PASS AF=0.4;AO=38;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.000527209;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.009;QD=13.781;RBI=0.00336769;REFB=-0.016789;REVB=-0.00332616;RO=61;SAF=24;SAR=14;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154525;STB=0.560945;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.018377;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:60:38:40:0.4:14:24:30:31:16:24:30:30 chr10 82013146 . T C 344.98 PASS AF=0.392523;AO=40;DP=105;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0171236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.07;QD=12.8965;RBI=0.017934;REFB=-0.00429842;REVB=-0.00533021;RO=63;SAF=23;SAR=17;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072825;STB=0.54469;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00253129;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:63:65:40:42:0.392523:17:23:32:31:17:25:34:31 chr10 82033585 . G A 369.86 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00324907;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.684;QD=25.0755;RBI=0.0194241;REFB=-0.016247;REVB=-0.0191504;RO=22;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940092;STB=0.536198;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00907511;OID=.;OPOS=82033585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:23:35:36:0.610169:19:16:13:9:19:17:13:10 chr10 82033594 . G A 393.41 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0405168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.74;QD=25.3809;RBI=0.0411218;REFB=-0.0127529;REVB=-0.00702797;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773911;STB=0.542351;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00688907;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:20:18:14:10:20:18:14:10 chr10 82034842 . A G 938.15 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8655;QD=58.6346;RBI=0.0734457;REFB=0;REVB=0.0576898;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838526;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:37:25:0:0:38:26:0:0 chr10 82034854 . T C 902.83 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.988;QD=58.2472;RBI=0.011748;REFB=0;REVB=0.00547688;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69389e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:37:25:0:0 chr10 82040052 . A G 746.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2069;QD=63.5482;RBI=0.0414457;REFB=0;REVB=0.0213884;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053699;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr10 82095968 . T G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000608936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.134;QD=56.937;RBI=0.00416998;REFB=0;REVB=0.00412528;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31217e-06;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:38:15:0:0:38:15:0:0 chr10 82192713 . T A 306.92 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419276;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.329;QD=53.3771;RBI=0.0446504;REFB=0;REVB=0.0153538;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223304;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:19:23:1:7:12:0:0:7:16:0:0 chr10 82363340 . C A 632.29 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0117501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.905;QD=16.4231;RBI=0.0193795;REFB=-0.0272483;REVB=-0.015411;RO=85;SAF=37;SAR=32;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184957;STB=0.510294;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0345896;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:85:69:69:0.448052:32:37:44:41:32:37:44:41 chr10 82363404 . A G 495.84 PASS AF=0.416667;AO=53;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.000240221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4506;QD=15.0254;RBI=0.00266755;REFB=-0.0113341;REVB=0.00265671;RO=76;SAF=28;SAR=25;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208469;STB=0.507626;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0137766;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:77:53:55:0.416667:25:28:40:36:25:30:41:36 chr10 82369195 . C T 195.64 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00455186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2326;QD=10.8689;RBI=0.0333662;REFB=-0.0167532;REVB=-0.0330543;RO=45;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28843;STB=0.667991;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0403764;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:45:46:25:26:0.361111:8:17:19:26:8:18:20:26 chr10 84745256 . C T 319.43 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0217115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7584;QD=29.7146;RBI=0.0480985;REFB=-0.0455517;REVB=0.0429194;RO=15;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509084;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0167658;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:27:28:0.651163:9:18:10:5:10:18:10:5 chr10 85993836 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.803;QD=59.0186;RBI=0.015724;REFB=0;REVB=0.0141649;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09156e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr10 86004873 . T C 171.25 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00617623;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.285;QD=15.9299;RBI=0.00725565;REFB=-0.042427;REVB=0.00380771;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706433;STB=0.55021;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0367334;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:25:18:18:0.418605:10:8:9:15:10:8:9:16 chr10 86012713 . C T 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00826456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.131;QD=16.4499;RBI=0.0114908;REFB=0.0113766;REVB=0.00798349;RO=44;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103946;STB=0.566334;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0144195;OID=.;OPOS=86012713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:24:12:19:25:24:12:20:25 chr10 86131059 . A G 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0183494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.721;QD=22.5993;RBI=0.0367178;REFB=0.00398339;REVB=0.031804;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654221;STB=0.536554;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00318438;OID=.;OPOS=86131059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:8:12:12:11:8:12 chr10 86273249 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0539513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0508;QD=14.1956;RBI=0.0548219;REFB=-0.0203103;REVB=-0.0097308;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.574068;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0277727;OID=.;OPOS=86273249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:32:23:23:0.418182:13:10:16:13:13:10:18:14 chr10 86274871 . C T 2305.34 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108382;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.554;QD=61.0687;RBI=0.0113687;REFB=0;REVB=0.00343231;RO=0;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70068e-06;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:149:151:1:66:83:0:0:66:85:0:0 chr10 87359676 . T A 648.3 PASS AF=0.802817;AO=46;DP=71;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.1356;QD=36.5237;RBI=0.14675;REFB=-0.191278;REVB=0.14675;RO=16;SAF=0;SAR=46;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0443876;OID=.;OPOS=87359676;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:71:71:16:14:46:57:0.802817:46:0:0:16:57:0:0:14 chr10 87359826 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.709;QD=48.6228;RBI=0.0539564;REFB=-0.0905322;REVB=-0.0327626;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00100021;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:1:0:11:11:1:0 chr10 87361961 . G A 294.59 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130351;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.512;QD=53.5612;RBI=0.131298;REFB=0;REVB=0.015743;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr10 87898729 . G A 502.47 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.00246849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.836;QD=15.8259;RBI=0.018093;REFB=-0.0119982;REVB=0.0179238;RO=65;SAF=22;SAR=33;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162551;STB=0.548478;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0172064;OID=.;OPOS=87898729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:72:55:55:0.433071:33:22:16:49:33:22:23:49 chr10 88126072 . G A 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6341;QD=57.1954;RBI=0.0168021;REFB=0;REVB=0.0167513;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234525;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 88203068 . T C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0296618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.367;QD=19.3439;RBI=0.0578043;REFB=-0.0161897;REVB=0.0496136;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123609;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:9:9:9:9:9:9 chr10 88422116 . C T 1871.13 PASS AF=0.896552;AO=129;DP=144;FAO=130;FDP=145;FR=.;FRO=15;FSAF=38;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0325487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.537;QD=51.6174;RBI=0.0364719;REFB=-0.113552;REVB=0.0164555;RO=4;SAF=38;SAR=91;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306695;STB=0.51165;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00439778;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:144:145:4:15:129:130:0.896552:91:38:1:3:92:38:3:12 chr10 88426614 . TC T 1098.08 PASS AF=1;AO=103;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195871;FXX=0.0165276;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5606;QD=36.9102;RBI=0.20853;REFB=0;REVB=0.071547;RO=8;SAF=55;SAR=48;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0039385;OID=.;OPOS=88426615;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:119:119:119:0:61:58:0:0:18:8:55:48:6:2 chr10 88505700 . T G 140.93 PASS AF=0.358974;AO=8;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0107018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.871;QD=14.4545;RBI=0.0133848;REFB=-0.0207091;REVB=0.00803895;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.503931;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0394178;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:8:14:0.358974:5:3:10:13:8:6:10:13 chr10 88635779 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3068;QD=57.6804;RBI=0.111014;REFB=0;REVB=-0.0886653;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317497;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr10 88683890 . T A 492.4 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00302538;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.155;QD=54.7112;RBI=0.0081316;REFB=-0.0868566;REVB=-0.00754785;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00571276;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:1:1:33:35:0.972222:14:19:1:0:14:21:1:0 chr10 88702350 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1221;QD=48.7359;RBI=0.070004;REFB=0;REVB=0.0479776;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230812;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr10 88717140 . T A 1523.29 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.18;QD=62.8163;RBI=0.0262564;REFB=0;REVB=0.0256961;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129258;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:93:97:1:36:57:0:0:39:58:0:0 chr10 88717154 . C T 1333.12 PASS AF=0.918367;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0198749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.332;QD=54.4129;RBI=0.0533797;REFB=-0.147629;REVB=0.0495417;RO=4;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280355;STB=0.517911;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00137945;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:98:98:4:8:90:90:0.918367:37:53:1:3:37:53:3:5 chr10 88730042 . CG C 60.37 PASS AF=0.6;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.148494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7855;QD=16.0977;RBI=0.162353;REFB=-0.0474406;REVB=0.065634;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836527;STB=0.874124;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0667054;OID=.;OPOS=88730043;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:7:15:9:15:6:1:8:6:0:28:7:0:7:7:0 chr10 88730106 . C T 174.08 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9229;QD=46.421;RBI=0.145036;REFB=0;REVB=0.108566;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00812624;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr10 88730177 . A G 223.03 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.177;QD=49.561;RBI=0.115736;REFB=0;REVB=0.115493;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486268;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:2:11:0:0:7:11:0:0 chr10 88730312 . TG AC,CG 360.23 PASS AF=0.0714286,0.892857;AO=2,25;DP=29;FAO=2,25;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000607499,0.00360344;FXX=0.0344709;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=191.441,70.445;QD=51.4614;RBI=0.0104825,0.0165778;REFB=0.00256194,-0.05904;REVB=0.0104649,0.0161815;RO=1;SAF=0,13;SAR=2,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0370998;STB=0.5,0.519984;STBP=1,0.531;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0648782,0.00680127;OID=.,.;OPOS=88730312,88730312;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:28:1:1:2,25:2,25:0.0714286,0.892857:2,12:0,13:0:1:2,12:0,13:0:1 chr10 88768253 . A G 639.79 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213818;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.03;QD=62.4188;RBI=0.0228036;REFB=0;REVB=0.00792617;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161546;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr10 88768657 . C T 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5141;QD=63.8566;RBI=0.0292188;REFB=0;REVB=0.00192376;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224717;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr10 88782084 . A G 132.28 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0594228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4442;QD=15.1172;RBI=0.0996555;REFB=-0.0148598;REVB=-0.0800009;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0218927;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:14:15:0.428571:7:7:11:7:7:8:13:7 chr10 88820789 . T C 287.27 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0230593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.627;QD=18.5335;RBI=0.029783;REFB=0.00240747;REVB=-0.0188492;RO=30;SAF=22;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312343;STB=0.682232;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00567844;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:9:22:11:19:9:22:11:20 chr10 88988115 . G A 70.83 PASS AF=0.178082;AO=12;DP=72;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00430509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.736;QD=3.88132;RBI=0.0231297;REFB=-0.0196866;REVB=-0.0227255;RO=54;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849851;STB=0.501112;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.095591;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:72:73:54:60:12:13:0.178082:7:5:19:35:8:5:23:37 chr10 88992641 . G A 82.23 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.498;QD=32.8913;RBI=0.0373362;REFB=-0.183783;REVB=0.0220874;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00419032;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:0:1:1:8:0:1 chr10 89463480 . G A 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.0429347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.06;QD=14.8034;RBI=0.0430885;REFB=-0.017972;REVB=0.00363717;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323926;STB=0.686472;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0167673;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:23:14:37:16:23:14:38:16 chr10 89472928 . T C 630.01 PASS AF=0.576577;AO=57;DP=104;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00749715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6476;QD=22.7029;RBI=0.0111851;REFB=-0.0434486;REVB=-0.00830058;RO=42;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389244;STB=0.509335;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0346076;OID=.;OPOS=89472928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:42:47:57:64:0.576577:30:27:22:20:30:34:26:21 chr10 89720907 . T G 2929.6 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7947;QD=62.6653;RBI=0.0572966;REFB=-0.0508789;REVB=0.0134075;RO=1;SAF=84;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889939;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:187:187:1:0:185:187:1:101:84:0:1:103:84:0:0 chr10 89726861 . T G 30.8 PASS AF=0.102041;AO=5;DP=50;FAO=5;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0530878;FXX=0.019996;HRUN=9;LEN=1;MLLD=20.4522;QD=2.51403;RBI=0.106186;REFB=-0.00463838;REVB=0.0919629;RO=26;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365771;STB=0.732932;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00147745;OID=.;OPOS=89726861;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:49:26:44:5:5:0.102041:1:4:13:13:1:4:25:19 chr10 90074401 . G A 173.21 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0191868;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0506;QD=11.1747;RBI=0.0355487;REFB=-0.00180116;REVB=0.0299262;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166981;STB=0.585511;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00195681;OID=.;OPOS=90074401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:39:40:22:22:0.354839:10:12:27:12:10:12:27:13 chr10 90305177 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0315928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.011;QD=10.3887;RBI=0.0627524;REFB=-0.0219879;REVB=0.0542195;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381916;STB=0.726721;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0428908;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:9:2:4:3:9:2 chr10 90345429 . G A 1294.04 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0795896;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8226;QD=60.8961;RBI=0.0809337;REFB=-0.0751113;REVB=0.0146889;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00041345;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:0:1:84:84:0.988235:45:39:0:0:45:39:0:1 chr10 90356598 . A G 1450.77 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0118883;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7454;QD=58.617;RBI=0.0136193;REFB=-0.0210375;REVB=0.00664468;RO=1;SAF=22;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210668;STB=0.511109;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000145731;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:76:22:1:0:76:22:1:0 chr10 90425327 . T C 370.96 PASS AF=0.472527;AO=28;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0259911;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.789;QD=16.3059;RBI=0.0310609;REFB=-0.00100142;REVB=0.0170072;RO=47;SAF=24;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462613;STB=0.519846;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00451363;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:48:28:43:0.472527:4:24:24:23:19:24:25:23 chr10 90530660 . C A 1349.43 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0966152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2754;QD=59.9749;RBI=0.0973381;REFB=0.0709774;REVB=-0.0118412;RO=2;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000958779;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0285909;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:42:46:1:1:42:46:1:1 chr10 90580144 . C T 581.73 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.000754092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.24;QD=20.5924;RBI=0.0437017;REFB=-0.0103435;REVB=-0.0436951;RO=52;SAF=32;SAR=27;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113656;STB=0.551339;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0149567;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:52:54:59:59:0.522124:27:32:35:17:27:32:35:19 chr10 90585819 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0153494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.511;QD=24.2921;RBI=0.0707171;REFB=0.0117013;REVB=-0.0690312;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952202;STB=0.53975;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0113682;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:12:7:6:6:12:7:6:7 chr10 90749256 . G A 318.76 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.0237512;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.731;QD=16.7769;RBI=0.0263989;REFB=-0.0168878;REVB=0.011523;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108742;STB=0.617242;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0146316;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:27:42:33:34:0.447368:19:14:8:19:20:14:9:33 chr10 90771829 . T C 400.94 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0531838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4486;QD=48.5991;RBI=0.0587661;REFB=-0.0916203;REVB=-0.0249987;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788608;STB=0.521458;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0335833;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:2:3:30:30:0.909091:17:13:1:1:17:13:2:1 chr10 90966546 . C T 65.5 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0274665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.413;QD=11.392;RBI=0.0289412;REFB=-0.0148197;REVB=-0.00912072;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516093;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0263041;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:3:6:8:4:3:6:9:5 chr10 90966996 . C G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00615176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0737;QD=17.4014;RBI=0.0445397;REFB=-0.0427489;REVB=-0.0441128;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212182;STB=0.622446;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0323424;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:6:7:4:9:6:7 chr10 91066460 . T A 817.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.786;QD=57.3467;RBI=0.0132318;REFB=0;REVB=0.0131697;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34632e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr10 91066769 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.796;QD=56.9565;RBI=0.0116707;REFB=0;REVB=-0.00634826;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55265e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr10 91067595 . C G 1244.93 PASS AF=1;AO=60;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.193;QD=61.4781;RBI=0.0386674;REFB=0;REVB=0.0122107;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037639;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:60:81:1:33:27:0:0:39:42:0:0 chr10 91099943 . C G 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.227;QD=62.9617;RBI=0.0530143;REFB=0;REVB=0.0526154;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157926;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr10 91100068 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00354551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.902;QD=8.6914;RBI=0.0134348;REFB=-0.000570945;REVB=-0.0129586;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117295;STB=0.571265;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00100866;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:3:14:6:2:3:14 chr10 91143529 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.852;QD=56.9379;RBI=0.0485636;REFB=0;REVB=0.0482609;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38095e-05;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr10 91162182 . C T 279.09 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0494038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9665;QD=14.131;RBI=0.0508561;REFB=-0.0411577;REVB=-0.0120669;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230868;STB=0.513118;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0587771;OID=.;OPOS=91162182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:21:26:17:15:21:26 chr10 91162497 . A G 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00423453;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.17;QD=39.4364;RBI=0.00850174;REFB=-0.0225563;REVB=0.00737213;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571338;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000355637;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:0:2:16:16:0.888889:10:6:0:0:10:6:2:0 chr10 91162677 . C T 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0132837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.761;QD=14.1924;RBI=0.072566;REFB=-0.0114359;REVB=-0.0713398;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0408671;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:8:7:12:9:8:7:13:9 chr10 91172555 . AAG A,AA 93.62 PASS AF=0,0.578947;AO=4,6;DP=18;FAO=0,11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0379808,0.0439848;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=214.983,224.975;QD=19.7101;RBI=0.0380312,0.0440332;REFB=-0.032771,-0.0317729;REVB=0.00195728,0.00206472;RO=7;SAF=3,1;SAR=1,5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198753,-0.413635;STB=0.5,0.571299;STBP=1,0.539;TYPE=del,del;VARB=-0.0332481,0.0361103;OID=.,.;OPOS=91172556,91172557;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.578947:4,6:18:0,11:19:8:0,5:0,6:5:3:56:7:3,1:1,5:4:3 chr10 91178000 . C T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.133;QD=60.9723;RBI=0.00625796;REFB=0;REVB=-0.000473367;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37416e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr10 91222287 . A C 600.04 PASS AF=0.561224;AO=54;DP=97;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0313999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4346;QD=24.4916;RBI=0.0548445;REFB=-0.00813803;REVB=-0.0449663;RO=43;SAF=21;SAR=33;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445263;STB=0.527531;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.006409;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:43:43:54:55:0.561224:33:21:19:24:34:21:19:24 chr10 91352966 . G A 1887.94 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.039062;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1499;QD=59.9347;RBI=0.0457791;REFB=-0.024659;REVB=0.0238724;RO=2;SAF=54;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172689;STB=0.509089;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=2.07359e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:126:2:2:124:124:0.984127:70:54:2:0:70:54:2:0 chr10 91468925 . C G 154.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0139107;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.435;QD=19.8871;RBI=0.0145567;REFB=-0.00663049;REVB=0.00428824;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2482;STB=0.640149;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0132367;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:4:11:7:9:4:11 chr10 91487649 . A T 131.23 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0013638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3971;QD=8.89691;RBI=0.00653078;REFB=-0.0162532;REVB=-0.0063868;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163002;STB=0.596909;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0424258;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:10:8:24:17:10:8:24:17 chr10 91488979 . A T 321.25 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00545499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.382;QD=18.8973;RBI=0.00627136;REFB=-0.0124658;REVB=0.00309402;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263904;STB=0.514697;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0100305;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:18:16:17:17:18:16 chr10 91498127 . T C 171.29 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0357038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.406;QD=17.5681;RBI=0.0373221;REFB=0.0082308;REVB=0.010871;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00628114;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:12:9:9:9:12:9 chr10 91738556 . C A 1181.86 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0202017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0796;QD=58.3636;RBI=0.0342409;REFB=-0.0727851;REVB=-0.0276465;RO=2;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230796;STB=0.512192;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00163536;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:40:39:0:2:40:39:0:2 chr10 91923501 . G A 1221.59 PASS AF=0.987654;AO=81;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151763;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.018;QD=60.3256;RBI=0.0278694;REFB=0.0688478;REVB=-0.0233748;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=1.98036e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:0:1:81:80:0.987654:39:42:0:0:38:42:0:1 chr10 93608142 . G A 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0355758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.876;QD=27.309;RBI=0.0384388;REFB=0.039678;REVB=-0.0145569;RO=20;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148497;STB=0.582322;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0283665;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:8:21:11:9:8:21:11:9 chr10 93667635 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.814;QD=59.0426;RBI=0.049426;REFB=-0.0525782;REVB=0.00813566;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000448353;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:1:0 chr10 93841227 . A G 886.47 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.878;QD=57.1916;RBI=0.0998753;REFB=0;REVB=0.009061;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465682;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:34:25:0:0:34:28:0:0 chr10 94594565 . G A 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0649216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4199;QD=15.5748;RBI=0.0666247;REFB=0.0143491;REVB=-0.0149678;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464912;STB=0.526295;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0197899;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:20:11:10:15:20:11 chr10 94695617 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.292;QD=51.9166;RBI=0.0447729;REFB=0;REVB=0.0384489;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89588e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 95072906 . T C 1759.49 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.778;QD=60.6721;RBI=0.00397912;REFB=0;REVB=0.00350684;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408469;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:60:54:0:0:60:56:0:0 chr10 95168634 . A G 417.99 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0391809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8628;QD=19.9044;RBI=0.0485604;REFB=-0.00404775;REVB=-0.0286875;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750866;STB=0.547596;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00389246;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:23:19:22:19:23:19:23:19 chr10 95237963 . A G 1491.48 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0372854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.513;QD=57.3648;RBI=0.0376266;REFB=-0.0118663;REVB=0.00505595;RO=1;SAF=27;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628507;STB=0.506578;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000951466;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:75:27:0:1:75:27:0:2 chr10 95259979 . C G 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2183;QD=57.2018;RBI=0.0315989;REFB=0;REVB=0.00888193;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355546;OID=.;OPOS=95259979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr10 95262981 . A G 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1342;QD=58.5758;RBI=0.0635591;REFB=0;REVB=0.0465832;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166491;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr10 95279506 . A T 159.75 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0055727;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.305;QD=10.1428;RBI=0.0118297;REFB=-0.00872991;REVB=0.0104349;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125199;STB=0.565154;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0140369;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:43:42:21:21:0.333333:8:13:22:21:8:13:22:20 chr10 95279653 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.835;QD=59.0164;RBI=0.0630225;REFB=0;REVB=0.0344491;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598529;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr10 95326676 . C T 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0475309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5279;QD=14.0951;RBI=0.0681686;REFB=-0.00577061;REVB=0.0488649;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.536026;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0186328;OID=.;OPOS=95326676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:8:10:8:5:8:10 chr10 95381773 . T A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.996;QD=58.2385;RBI=0.0150923;REFB=0;REVB=-0.00207594;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40953e-05;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr10 95389041 . G A 856.38 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493964;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.779;QD=57.0921;RBI=0.0357958;REFB=-0.11517;REVB=-0.0354534;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103908;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr10 95389083 . A G 693.77 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028819;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.573;QD=63.07;RBI=0.0322677;REFB=0;REVB=0.0145146;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481477;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr10 95395364 . C G 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0195788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.198;QD=15.2553;RBI=0.0197298;REFB=-0.00850101;REVB=-0.00243644;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362745;STB=0.53996;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0159088;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:10:10:15:13:10:10:17:13 chr10 95431668 . A G 162.16 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00493336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.201;QD=12.0117;RBI=0.0320113;REFB=-0.00394741;REVB=-0.0316288;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124847;STB=0.563845;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0610657;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:8:12:16:17:8:12:17:17 chr10 95433124 . A G 180.83 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=29;FWDB=0.0497431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9098;QD=13.9102;RBI=0.0510871;REFB=-0.00687873;REVB=0.0116414;RO=31;SAF=3;SAR=18;SRF=2;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19647;STB=0.610303;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0147392;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:18:3:2:29:18:3:2:29 chr10 95454681 . G C 138.0 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0288851;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.091;QD=8.62488;RBI=0.0290814;REFB=-0.0174463;REVB=-0.00337359;RO=45;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528479;STB=0.531483;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0424343;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:45:45:19:19:0.296875:11:8:17:28:11:8:17:28 chr10 95458141 . A G 257.68 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00347638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.713;QD=19.8214;RBI=0.00458269;REFB=-0.0166781;REVB=0.00298594;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331541;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0179237;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:13:12:14:13:13:12 chr10 95459817 . C T 454.66 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00215662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2569;QD=15.1554;RBI=0.062286;REFB=-0.00953024;REVB=-0.0622486;RO=69;SAF=30;SAR=21;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128156;STB=0.571964;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00859246;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:21:30:32:37:21:30:32:37 chr10 95552653 . T C 675.27 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00266635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.5772;QD=46.5705;RBI=0.0133125;REFB=-0.0519901;REVB=0.0130428;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.544101;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113995;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:58:58:1:6:52:52:0.896552:31:21:0:1:31:21:0:6 chr10 95791613 . T C 249.46 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00588979;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.082;QD=19.5652;RBI=0.00958913;REFB=-0.0061459;REVB=0.00756715;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608176;STB=0.533955;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0071158;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:17:8:10:16:17:8 chr10 95791763 . G A 173.17 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0110669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.289;QD=11.3556;RBI=0.012984;REFB=-0.008614;REVB=0.00679039;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178039;STB=0.585722;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00844481;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:21:22:0.360656:12:9:23:16:12:10:23:16 chr10 96039597 . G C 390.03 PASS AF=0.488095;AO=21;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00931015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4903;QD=18.5728;RBI=0.140332;REFB=0.00699476;REVB=0.140023;RO=31;SAF=2;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494723;STB=0.632753;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00998812;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:31:43:21:41:0.488095:19:2:13:18:34:7:15:28 chr10 96117027 . G T 78.03 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0419957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9422;QD=4.80211;RBI=0.0888941;REFB=0.017008;REVB=-0.0783487;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969128;STB=0.561227;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0714516;OID=.;OPOS=96117027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:65:65:50:52:13:13:0.2:7:6:27:23:7:6:28:24 chr10 96305729 . T C 231.2 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00462492;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.162;QD=22.5566;RBI=0.00470926;REFB=0.00725753;REVB=-0.000887244;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161648;STB=0.571702;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00400974;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:19:22:22:0.536585:9:13:14:4:9:13:14:5 chr10 96313960 . A C 373.82 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.00941519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.438;QD=14.8046;RBI=0.00986989;REFB=-0.000914752;REVB=-0.00296124;RO=58;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226542;STB=0.62988;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00113774;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:23:19:14:44:23:19:14:45 chr10 96493058 . C T 138.18 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0306614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5714;QD=12.5616;RBI=0.0653193;REFB=-0.0100257;REVB=-0.0576757;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155555;STB=0.590799;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0107261;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:18:10:8:8:18:10 chr10 96541616 . G A 293.49 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00552078;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.538;QD=21.7398;RBI=0.0371831;REFB=-0.0402149;REVB=-0.036771;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805819;STB=0.523606;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.021366;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:19:24:30:30:0.555556:11:19:14:5:11:19:14:10 chr10 96602622 . C T 550.42 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00512395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.386;QD=24.4632;RBI=0.0320231;REFB=-0.00846863;REVB=0.0316105;RO=39;SAF=29;SAR=21;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720671;STB=0.543803;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00401322;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:39:39:50:51:0.566667:21:29:26:13:22:29:26:13 chr10 96827178 . T C 230.92 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0213163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.638;QD=17.7631;RBI=0.0229042;REFB=-0.0332622;REVB=0.00837964;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650987;STB=0.536557;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0282632;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:18:9:10:15:18:9 chr10 97072008 . T C 740.2 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1635;QD=56.9388;RBI=0.0787597;REFB=0;REVB=0.073112;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004727;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr10 97106165 . T C 221.97 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00810152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8817;QD=14.5557;RBI=0.00903431;REFB=0.00477211;REVB=0.00399802;RO=35;SAF=20;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320062;STB=0.683608;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00834283;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:6:20:17:18:6:20:17:18 chr10 97116219 . C T 139.5 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00468546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0601;QD=12.4003;RBI=0.0549127;REFB=0.000220426;REVB=0.0547124;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235239;STB=0.637437;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00109301;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:19:10:9:7:19:10 chr10 97127462 . C A 140.85 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.023548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.802;QD=20.8661;RBI=0.0596549;REFB=-0.0193283;REVB=-0.0548106;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248592;STB=0.581979;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0182643;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:27:27:9:12:15:15:0.555556:9:6:7:2:9:6:7:5 chr10 97141487 . G A 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00956304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.344;QD=13.0525;RBI=0.0109407;REFB=0.00182144;REVB=0.00531489;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136208;STB=0.562556;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00369862;OID=.;OPOS=97141487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:23:23:0.396552:8:15:26:8:8:15:26:9 chr10 97174352 . T C 283.62 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00508117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.079;QD=14.9274;RBI=0.00624643;REFB=-0.000253582;REVB=0.00363312;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114787;STB=0.511979;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000485415;OID=.;OPOS=97174352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:19:13:17:26:19:13:17:27 chr10 97174537 . C A 670.85 PASS AF=0.53;AO=50;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0269223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.006;QD=26.8341;RBI=0.0298763;REFB=-0.0435078;REVB=-0.0129532;RO=27;SAF=16;SAR=34;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299479;STB=0.635804;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0181403;OID=.;OPOS=97174537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:27:33:50:53:0.53:34:16:21:6:37:16:21:12 chr10 97192324 . A G 2602.18 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1183;QD=61.5902;RBI=0.0361368;REFB=0;REVB=0.034925;RO=1;SAF=88;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011457;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:1:0:168:169:1:80:88:0:1:81:88:0:0 chr10 97447373 . A T 2420.3 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184934;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.911;QD=61.2733;RBI=0.0501144;REFB=0;REVB=0.0465773;RO=0;SAF=80;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50177e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:158:158:1:78:80:0:0:78:80:0:0 chr10 97607266 . G A 512.82 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0260983;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.761;QD=21.5925;RBI=0.0265149;REFB=-0.0218641;REVB=-0.00468212;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136161;STB=0.55949;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0179457;OID=.;OPOS=97607266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:46:49:49:0.515789:23:26:29:13:23:26:30:16 chr10 97698370 . C T 315.45 PASS AF=0.596154;AO=28;DP=49;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.049877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.46;QD=24.2654;RBI=0.049987;REFB=-0.011533;REVB=0.00331491;RO=21;SAF=23;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339366;STB=0.697839;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00974933;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:21:21:28:31:0.596154:5:23:10:11:5:26:10:11 chr10 97817650 . G T 1178.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215486;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.704;QD=59.6869;RBI=0.0634175;REFB=-0.1161;REVB=0.0596443;RO=1;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884847;STB=0.504672;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000829552;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:53:25:0:1:53:25:0:1 chr10 97920062 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.779;QD=57.3858;RBI=0.00657515;REFB=0;REVB=0.00420986;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59211e-06;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr10 97920099 . T TC 763.69 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.172;QD=46.9964;RBI=0.152844;REFB=0;REVB=0.15225;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00300529;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:66:65:65:0:36:29:0:0:14:1:35:28:0:1 chr10 97990583 . A G 176.51 PASS AF=0.368421;AO=15;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0102321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.078;QD=12.3866;RBI=0.0465983;REFB=-0.0284177;REVB=0.0454611;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189318;STB=0.621552;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0547191;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:15:21:0.368421:11:4:14:20:16:5:14:21 chr10 98078127 . C T 1135.38 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00746528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.295;QD=54.7173;RBI=0.0184956;REFB=-0.0459421;REVB=0.0169221;RO=4;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053986;STB=0.535202;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00287529;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:83:83:4:5:78:78:0.939759:33:45:0:4:33:45:0:5 chr10 98078239 . A G 898.18 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.618;QD=54.4351;RBI=0.0521536;REFB=0.00779338;REVB=0.0384193;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.500474;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000317609;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:1:2:63:64:0.969697:32:31:0:1:33:31:1:1 chr10 98287261 . G C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00551028;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.998;QD=20.6011;RBI=0.00717905;REFB=-0.0148017;REVB=0.0046017;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159687;STB=0.589657;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0111694;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:6:13:10:10:6:13 chr10 98287792 . G T 61.54 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000974492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.952;QD=7.03289;RBI=0.058471;REFB=-0.00540683;REVB=-0.0584628;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131596;STB=0.571265;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0097477;OID=.;OPOS=98287792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:25:26:9:9:0.257143:3:6:14:11:3:6:15:11 chr10 98319503 . A T 56.47 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=32;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0347539;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.5068;QD=5.79207;RBI=0.0499819;REFB=-0.0285804;REVB=0.0359216;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425351;STB=0.616262;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.114061;OID=.;OPOS=98319503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:32:39:18:27:8:12:0.307692:6:2:4:14:7:5:7:20 chr10 98353421 . A G 295.54 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0165041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0507;QD=15.3529;RBI=0.0182093;REFB=-0.00436004;REVB=-0.00769375;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137201;STB=0.577418;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.006413;OID=.;OPOS=98353421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:18:26:15:18:18:26 chr10 98354373 . T C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.103026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3159;QD=15.65;RBI=0.126402;REFB=-0.00924422;REVB=-0.0732325;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212399;STB=0.621478;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00942704;OID=.;OPOS=98354373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:15:6:8:8:15:6 chr10 98369536 . A G 124.65 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00748939;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6688;QD=9.77611;RBI=0.034392;REFB=-0.0173927;REVB=-0.0335666;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135745;STB=0.587682;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0267653;OID=.;OPOS=98369536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:35:16:16:0.313725:9:7:11:23:9:7:11:24 chr10 98380277 . C T 243.69 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0133399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7949;QD=15.2304;RBI=0.018269;REFB=-0.0017732;REVB=0.012482;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715461;STB=0.540511;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00130554;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:18:18:16:12:18:18 chr10 98386558 . G A 1255.86 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00734379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2963;QD=59.0991;RBI=0.0087753;REFB=0.00985527;REVB=-0.00480359;RO=2;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215174;STB=0.511361;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000313988;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:43:40:0:2:43:40:0:2 chr10 98741293 . A G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.013205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.346;QD=17.8006;RBI=0.0137208;REFB=-0.00585889;REVB=-0.00372658;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261744;STB=0.650995;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0114649;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:4:16:14:10:4:16:14:10 chr10 98742021 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7746;QD=60.9742;RBI=0.0644486;REFB=0;REVB=0.037679;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140522;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr10 98742605 . C T 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.253;QD=58.0564;RBI=0.0340062;REFB=0;REVB=0.0270011;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167708;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr10 98762051 . T G 155.06 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0109878;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.775;QD=20.6743;RBI=0.0291827;REFB=-0.0189522;REVB=0.0270351;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.59988;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0108029;OID=.;OPOS=98762051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:4:10:8:8:4:10 chr10 98808866 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.528;QD=60.9786;RBI=0.0342983;REFB=0;REVB=-0.000184081;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90932e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr10 98819317 . A G 686.0 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558967;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.762;QD=54.8803;RBI=0.0559018;REFB=-0.0796445;REVB=0.000757864;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144774;STB=0.50746;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000140455;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:32:16:0:1:33:16:0:1 chr10 98901433 . C T 3857.28 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5964;QD=63.7567;RBI=0.031136;REFB=0;REVB=-0.0307628;RO=0;SAF=125;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84193e-05;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:242:0:0:241:242:1:116:125:0:0:116:126:0:0 chr10 99019177 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.903;QD=62.7615;RBI=0.0221362;REFB=0;REVB=0.0209614;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57735e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:32:57:0:0:32:57:0:0 chr10 99080246 . CT C 751.36 PASS AF=1;AO=71;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666723;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4262;QD=37.1043;RBI=0.076366;REFB=0;REVB=0.0372366;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00245842;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:83:81:81:0:39:42:0:0:16:1:37:34:0:1 chr10 99118378 . T G 120.98 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0164119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.862;QD=8.20188;RBI=0.0333969;REFB=-0.00284958;REVB=0.0290862;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191684;STB=0.621166;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00955465;OID=.;OPOS=99118378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:42:17:17:0.288136:9:8:26:15:9:8:27:15 chr10 99125949 . C T 392.15 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0268069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.496;QD=14.6598;RBI=0.0321205;REFB=-0.0204469;REVB=-0.0176952;RO=58;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711526;STB=0.518185;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0468981;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:62:45:45:0.420561:24:21:23:35:24:21:27:35 chr10 99129230 . T C 214.62 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00212912;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=20.4396;RBI=0.0227408;REFB=-0.0142647;REVB=-0.0226409;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265637;STB=0.662107;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0125773;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:21:21:21:0.5:9:12:6:16:9:12:5:16 chr10 99139140 . G A 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0353596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.922;QD=16.4424;RBI=0.0420336;REFB=-0.0209857;REVB=0.0227271;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287478;STB=0.663051;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0277575;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:20:7:11:9:20:7 chr10 99160965 . A G 554.36 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.08438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6347;QD=55.4362;RBI=0.0873522;REFB=-0.0334952;REVB=0.0225928;RO=2;SAF=23;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390161;STB=0.520822;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00481728;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:15:23:2:0:15:23:2:0 chr10 99179206 . C T 193.51 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0633506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.4389;QD=24.1881;RBI=0.063646;REFB=-0.017408;REVB=-0.00612481;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641625;STB=0.504945;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0251187;OID=.;OPOS=99179206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:10:13:18:19:0.59375:9:9:6:4:9:10:7:6 chr10 99205731 . A G 246.35 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00204747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4599;QD=18.2481;RBI=0.00760153;REFB=-0.0330471;REVB=-0.0073206;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685819;STB=0.518505;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0287294;OID=.;OPOS=99205731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:26:27:0.5:12:14:12:14:13:14:13:14 chr10 99219885 . G A 514.72 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0354124;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.551;QD=52.7916;RBI=0.0400016;REFB=-0.109355;REVB=0.0186034;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.533315;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00689521;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:39:1:3:36:36:0.923077:15:21:1:0:15:21:3:0 chr10 99229489 . G A 180.93 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00931683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3677;QD=12.9235;RBI=0.0939708;REFB=-0.00277051;REVB=-0.0935078;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254434;STB=0.666508;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00187096;OID=.;OPOS=99229489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:16:6:16:16:16:6:18:16 chr10 99240048 . C T 748.82 PASS AF=0.948276;AO=48;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0727696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.45;QD=51.6429;RBI=0.080314;REFB=-0.20085;REVB=0.0339841;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528292;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00190991;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:0:3:48:55:0.948276:25:23:0:0:30:25:3:0 chr10 99240758 . G C 2335.71 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.97;QD=61.0642;RBI=0.0341446;REFB=0;REVB=0.0263148;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04025e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:78:75:0:0:78:75:0:0 chr10 99337572 . G A 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0019308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9483;QD=23.6154;RBI=0.0304609;REFB=0.0247945;REVB=0.0303996;RO=23;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235176;STB=0.628238;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0147566;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:14:19:20:3:14:19:20:3 chr10 99350017 . G C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0589798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2096;QD=14.6523;RBI=0.0610886;REFB=-0.0310092;REVB=-0.0159122;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.617308;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0592685;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:6:2:1:7:6:2 chr10 99350128 . A G 110.15 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0163796;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.485;QD=13.7688;RBI=0.0163799;REFB=0.00187192;REVB=-0.000105911;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927383;STB=0.554371;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00155057;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:10:9:5:8:10:9 chr10 99358901 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0783641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8525;QD=12.0157;RBI=0.0801949;REFB=-0.0172003;REVB=0.0170378;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0231218;OID=.;OPOS=99358901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr10 99376092 . T C 489.59 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0764557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4001;QD=24.7893;RBI=0.0770832;REFB=0.00381527;REVB=0.00981553;RO=33;SAF=28;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165021;STB=0.590415;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00337211;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:18:28:13:20:18:28:13:20 chr10 99376152 . A G 297.59 PASS AF=0.478261;AO=29;DP=65;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00979359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.634;QD=17.2514;RBI=0.032583;REFB=-0.0217149;REVB=-0.0310763;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209787;STB=0.599059;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0211395;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:34:36:29:33:0.478261:10:19:15:19:13:20:15:21 chr10 99393234 . G A 478.62 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00671444;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.687;QD=24.8633;RBI=0.00764659;REFB=-0.0145984;REVB=0.00365878;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140331;STB=0.582243;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00984349;OID=.;OPOS=99393234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:32:45:45:0.584416:23:22:21:10:23:22:22:10 chr10 99410790 . T C 264.74 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0480495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1084;QD=20.7642;RBI=0.0512308;REFB=0.00275056;REVB=-0.0177719;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286311;STB=0.657433;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00387141;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:3:21:15:12:3:21 chr10 99422648 . A G 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0115561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4497;QD=14.1679;RBI=0.100007;REFB=0.0129723;REVB=0.0993367;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271484;STB=0.660047;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00896893;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:5:7:3:7:5:7 chr10 99439454 . G T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0392914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.649;QD=19.4776;RBI=0.0424349;REFB=-0.0230715;REVB=-0.0160283;RO=42;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145041;STB=0.580663;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0238128;OID=.;OPOS=99439454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:25:16:23:19:25:16:23:19 chr10 99439541 . G C 202.53 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0392397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7016;QD=21.895;RBI=0.0829905;REFB=0.00267455;REVB=0.0731278;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264095;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118999;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:6:11:13:7:6:11 chr10 99473729 . C G 376.21 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.455;QD=55.7348;RBI=0.0529546;REFB=0;REVB=0.0513863;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149182;OID=.;OPOS=99473729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:4:20:0:0:7:20:0:0 chr10 99498234 . G A 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00169727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3036;QD=10.9327;RBI=0.032533;REFB=-0.00548795;REVB=-0.0324887;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141351;STB=0.583236;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0103115;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:25:9:6:10:25:9 chr10 99504630 . G T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0191663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3457;QD=22.3409;RBI=0.0205683;REFB=0.025633;REVB=0.00746357;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170469;STB=0.580895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0213049;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:11:7:8:5:11:7:8:6 chr10 99991408 . A G,T 1574.9 PASS AF=0.96,0.04;AO=96,4;DP=100;FAO=96,4;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470211,0.00954334;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.785,47.0124;QD=62.9959;RBI=0.0478539,0.0163301;REFB=0,0;REVB=0.00888872,-0.0132513;RO=0;SAF=57,0;SAR=39,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.70333e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00049767,0.159605;OID=.,.;OPOS=99991408,99991408;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:100:100:0:0:96,4:96,4:0.96,0.04:39,4:57,0:0:0:39,4:57,0:0:0 chr10 100017453 . T G 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.02231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.044;QD=26.4119;RBI=0.039159;REFB=-0.0216136;REVB=-0.0321821;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893381;STB=0.504947;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0128383;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:10:7:10:15:10:7 chr10 100017532 . G A 231.99 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00544771;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0731;QD=22.0939;RBI=0.0514743;REFB=-0.108393;REVB=-0.0511853;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169473;STB=0.568903;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0405204;OID=.;OPOS=100017532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:18:20:22:22:0.52381:10:12:6:12:10:12:8:12 chr10 100018844 . G A 905.77 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697003;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7897;QD=58.4369;RBI=0.0517309;REFB=0;REVB=0.0512592;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462309;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr10 100144782 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00938485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.373;QD=25.3166;RBI=0.0234527;REFB=-0.0140575;REVB=-0.0214931;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138976;STB=0.571354;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0320494;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:19:20:0.606061:6:13:6:6:6:14:7:6 chr10 100147060 . A G 793.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.59;QD=56.6666;RBI=0.0126669;REFB=0;REVB=-0.0114681;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233764;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr10 100148176 . A G 584.63 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575143;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2952;QD=59.9625;RBI=0.0587108;REFB=0;REVB=0.0117927;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179431;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr10 100167396 . G A 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00407115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.68;QD=13.6984;RBI=0.043533;REFB=-0.00173958;REVB=0.0433423;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107493;STB=0.562432;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00276072;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:12:18:9:9:12:18 chr10 100184062 . CC AG 154.11 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0389659;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.163;QD=22.0158;RBI=0.0451279;REFB=0.0159071;REVB=0.0227636;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173947;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=mnp;VARB=-0.00457427;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:12:12:15:16:0.571429:7:8:9:3:8:8:9:3 chr10 100190920 . G A 336.98 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0223618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.731;QD=17.972;RBI=0.082626;REFB=-0.0318494;REVB=0.0795425;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171977;STB=0.587149;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.034657;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:16:19:14:25:17:19:14:25 chr10 100219314 . G A 408.81 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0295603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.261;QD=17.9695;RBI=0.0316856;REFB=-0.020595;REVB=0.0114091;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339769;STB=0.501898;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0158178;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:25:17:20:29:25:17:20:29 chr10 100219374 . T A 414.56 PASS AF=0.539474;AO=33;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00809579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.476;QD=21.8188;RBI=0.0340893;REFB=-0.00782762;REVB=0.033114;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573308;STB=0.545252;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00863633;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:35:33:41:0.539474:19:14:17:18:25:16:17:18 chr10 101090427 . TT CG,TG 778.77 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,50;DP=54;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733188,-0.0933586;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=112.257,52.4551;QD=56.6376;RBI=0.0767868,0.103817;REFB=0,0;REVB=-0.0228159,0.0454103;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00471341,-0.00156591;OID=.,.;OPOS=101090427,101090428;OREF=TT,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:55:0:0:2,50:1,54:0.0181818,0.981818:0,26:2,24:0:0:0,28:1,26:0:0 chr10 101293035 . C A 380.66 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0398483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0859;QD=20.5762;RBI=0.0420135;REFB=-0.0179925;REVB=0.0133134;RO=35;SAF=27;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088816;STB=0.54927;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0211457;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:12:27:21:14:12:27:21:14 chr10 101295863 . A G 219.02 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.00197134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.136;QD=18.6398;RBI=0.00869522;REFB=-0.0153101;REVB=-0.0084688;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382823;STB=0.69909;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00699574;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:12:9:21:4:12:10:21:4 chr10 101445591 . A C 478.41 PASS AF=0.460177;AO=50;DP=112;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0210687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.089;QD=16.935;RBI=0.0210989;REFB=-0.00252611;REVB=-0.00113024;RO=60;SAF=27;SAR=23;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593872;STB=0.52689;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00248565;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:61:50:52:0.460177:23:27:36:24:23:29:37:24 chr10 101451259 . T C 138.66 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00772534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.485;QD=7.59766;RBI=0.0139531;REFB=-0.0146981;REVB=0.0116193;RO=52;SAF=10;SAR=10;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139089;STB=0.575269;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.066747;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:53:20:20:0.273973:10:10:32:20:10:10:32:21 chr10 101473218 . A G 113.9 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.060431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5548;QD=18.2241;RBI=0.0721531;REFB=-0.0209058;REVB=-0.039423;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205785;STB=0.616277;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0218891;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:10:2:5:8:10:2 chr10 101478249 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0306357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.743;QD=7.67881;RBI=0.030971;REFB=0.00130327;REVB=-0.00454527;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310517;STB=0.67901;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00350252;OID=.;OPOS=101478249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:7:4:19:11:7:4:19:12 chr10 101542578 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00159936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.907;QD=12.9747;RBI=0.0315733;REFB=-0.0016347;REVB=-0.0315327;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0018648;OID=.;OPOS=101542578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:9:9:5:7:9:9 chr10 101544447 . A T 1472.7 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.376;QD=63.342;RBI=0.0249421;REFB=0;REVB=0.00824774;RO=0;SAF=62;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94614e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:30:62:0:0:30:63:0:0 chr10 101604207 . C T 283.36 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.046013;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0614;QD=17.1735;RBI=0.0485238;REFB=-0.000602865;REVB=-0.0154065;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006628;STB=0.507182;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00164326;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:35:31:31:0.469697:12:19:20:13:12:19:21:14 chr10 101639616 . C T 361.19 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0141396;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.328;QD=17.4068;RBI=0.014396;REFB=-0.0219238;REVB=-0.00270455;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201091;STB=0.503815;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0162589;OID=.;OPOS=101639616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:45:38:38:0.457831:18:20:23:19:18:20:24:21 chr10 101639796 . G A 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.000123892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.852;QD=18.604;RBI=0.0242435;REFB=-0.0293169;REVB=0.0242432;RO=39;SAF=9;SAR=30;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374819;STB=0.72715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0288831;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:42:39:39:0.481481:30:9:24:15:30:9:27:15 chr10 101639877 . A C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=1.0115e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.132;QD=17.9199;RBI=0.0179688;REFB=0.00109425;REVB=0.0179688;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274;STB=0.652891;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00137509;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:20:12:23:11:20:12:23:11 chr10 101645498 . T C 256.15 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00486354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.759;QD=22.769;RBI=0.01194;REFB=-0.00647488;REVB=0.0109046;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147688;STB=0.582165;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00778514;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:15:6:11:13:15:6 chr10 101690096 . C T 159.47 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0035304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.811;QD=17.7187;RBI=0.0721901;REFB=-0.0110215;REVB=-0.0721038;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188992;STB=0.605953;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0162816;OID=.;OPOS=101690096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:17:2:4:13:17:2 chr10 101977883 . C T 190.64 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00391293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6514;QD=15.2516;RBI=0.00501134;REFB=-0.00547707;REVB=0.00313089;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0104627;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:10:9:16:14:11:9:16:14 chr10 102005620 . C T 565.57 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0770474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9693;QD=22.1793;RBI=0.0840133;REFB=0.0149727;REVB=-0.0334951;RO=45;SAF=20;SAR=36;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413148;STB=0.526307;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0119005;OID=.;OPOS=102005620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:46:56:56:0.54902:36:20:14:31:36:20:14:32 chr10 102016044 . C T 148.73 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0194454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.48;QD=18.5907;RBI=0.0512801;REFB=-0.0263647;REVB=0.0474502;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0302316;OID=.;OPOS=102016044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:6:10:9:7:6:10 chr10 102027365 . T C 97.79 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0177311;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.69;QD=11.5043;RBI=0.0205223;REFB=0.00418894;REVB=-0.010333;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363333;STB=0.521702;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0164035;OID=.;OPOS=102027365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:14:8:4:8:14:8 chr10 102048722 . T C 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00282422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8769;QD=8.68903;RBI=0.0413751;REFB=0.0376738;REVB=-0.0412786;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291729;STB=0.666222;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0830933;OID=.;OPOS=102048722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:6:2:8:8:6:2:8:9 chr10 102056734 . C T 258.59 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0232937;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.91;QD=22.4856;RBI=0.0372461;REFB=0.00453977;REVB=0.0290632;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207035;STB=0.501823;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00215776;OID=.;OPOS=102056734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:23:24:0.521739:11:12:12:10:11:13:12:10 chr10 102056745 . C T 263.47 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00957209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.611;QD=19.5166;RBI=0.0216627;REFB=-0.0274396;REVB=0.0194332;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221215;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:13:13:14:14:13:13 chr10 102107251 . C G 517.32 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0133831;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0037;QD=16.1664;RBI=0.0251887;REFB=-0.00237606;REVB=0.0213392;RO=72;SAF=31;SAR=25;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261574;STB=0.514626;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00224472;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:72:72:56:56:0.4375:25:31:38:34:25:31:38:34 chr10 102116311 . A C 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0222471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.768;QD=18.8899;RBI=0.0226282;REFB=-0.0254889;REVB=-0.00413521;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13155;STB=0.572703;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0237663;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:26:25:33:19:26:25:33:19 chr10 102295894 . TG GG,GT 31.88 PASS AF=0,0.117647;AO=4,6;DP=69;FAO=0,8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0162345,-0.0633655;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=172.263,30.9628;QD=1.87504;RBI=0.0293438,0.143566;REFB=-0.00695121,-0.0381389;REVB=-0.0244438,0.128826;RO=51;SAF=0,2;SAR=4,4;SRF=15;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.454542,0.0524182;STB=0.5,0.743947;STBP=1,0.225;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0633464,0.0549846;OID=.,.;OPOS=102295894,102295894;OREF=T,TG;OALT=G,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:69:68:51:60:4,6:0,8:0,0.117647:4,4:0,2:15:36:0,7:0,1:19:41 chr10 102309220 . G C 296.22 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0343203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.888;QD=18.2292;RBI=0.0343203;REFB=-0.00258978;REVB=4.56642e-06;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196262;STB=0.614731;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00337877;OID=.;OPOS=102309220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:14:17:11:22:14:18:11:22 chr10 102313607 . A G 510.65 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=44;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=6;FWDB=-0.0102415;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.482;QD=20.843;RBI=0.0105654;REFB=-0.00285036;REVB=0.00259593;RO=49;SAF=44;SAR=5;SRF=43;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479524;STB=0.526648;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00304788;OID=.;OPOS=102313607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:49:49:49:49:0.5:5:44:43:6:5:44:43:6 chr10 102506069 . CGG CCG,CG,CGC 4266.84 PASS AF=0.978648,0.0177936,0.00355872;AO=198,54,22;DP=281;FAO=275,5,1;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=134,1,0;FSAR=141,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253111,-0.00985214,-0.124383;FXX=0.00354597;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=38.7524,20.8374,6.26421;QD=60.7379;RBI=0.253267,0.0135312,0.13813;REFB=0,0,0;REVB=-0.00888699,-0.00927522,-0.0600728;RO=1;SAF=63,51,16;SAR=135,3,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00351516,0.13369,0.0709088;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00832397,-0.0152028,0.116538;OID=.,.,.;OPOS=102506070,102506070,102506071;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCG,CG,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978648,0.0177936,0.00355872:198,54,22:281:275,5,1:281:0:134,1,0:141,4,1:0:0:3:1:63,51,16:135,3,6:0:1 chr10 102722625 . T C 345.1 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0229028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0321;QD=27.6082;RBI=0.0721187;REFB=-0.0557429;REVB=0.0683855;RO=19;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042076;STB=0.533311;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0540263;OID=.;OPOS=102722625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:14:16:9:10:14:16:9:11 chr10 102722649 . C T 360.82 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0147193;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.868;QD=22.5511;RBI=0.0285178;REFB=-0.0311277;REVB=-0.0244256;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647752;STB=0.527762;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0299234;OID=.;OPOS=102722649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:36:36:0.5625:19:17:15:12:19:17:15:13 chr10 102724814 . A AT,T 61.81 PASS AF=0.466667,0;AO=9,2;DP=32;FAO=14,0;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0353995,-0.0143259;FXX=0.0624805;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=9.9857,198.35;QD=8.24121;RBI=0.155413,0.0146425;REFB=-0.135438,-0.000486844;REVB=-0.151327,-0.00302813;RO=18;SAF=3,1;SAR=6,1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.170612;STB=0.564429,0.5;STBP=0.556,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0466214,0;OID=.,.;OPOS=102724815,102724814;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:30:18:16:9,2:14,0:0.466667,0:6,1:3,1:6:12:9,0:5,0:4:12 chr10 102734778 . C G 368.07 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0025284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.518;QD=19.3718;RBI=0.0598843;REFB=0.00786376;REVB=-0.0598309;RO=36;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621703;STB=0.541463;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00556527;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:36:38:37:38:0.5:13:24:21:15:14:24:21:17 chr10 102744376 . T C 277.84 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.00926382;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.59;QD=13.2306;RBI=0.0227162;REFB=-0.0118165;REVB=0.0207415;RO=48;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623646;STB=0.552779;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0172536;OID=.;OPOS=102744376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:52:32:32:0.380952:21:11:14:34:21:11:14:38 chr10 102745062 . G T 412.29 PASS AF=0.45;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0188475;FXX=0.0196059;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9255;QD=16.4917;RBI=0.048144;REFB=0.000529358;REVB=-0.0443014;RO=51;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053463;STB=0.543921;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00198814;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:51:55:45:45:0.45:17:28:29:22:17:28:30:25 chr10 102746503 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0145841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.304;QD=12.9747;RBI=0.0334004;REFB=0.0133071;REVB=-0.0300481;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196261;STB=0.615195;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00973256;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:7:11:5:7:7:11 chr10 102750623 . T C 567.71 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0310373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.432;QD=24.9541;RBI=0.0391816;REFB=-0.0188455;REVB=0.023914;RO=38;SAF=21;SAR=31;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285755;STB=0.520116;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0104342;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:39:52:52:0.571429:31:21:14:24:31:21:14:25 chr10 102750783 . C A 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0302172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.797;QD=10.2417;RBI=0.0345036;REFB=-0.0147701;REVB=0.0166559;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390037;STB=0.710148;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0384412;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:4:6:4:14:4:6:5:14 chr10 102766574 . A G 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00235156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.455;QD=16.2703;RBI=0.0545109;REFB=-0.018938;REVB=-0.0544602;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.607861;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0220498;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:18:15:15:0.454545:7:8:5:11:7:8:6:12 chr10 102767574 . A T 50.11 PASS AF=0.2;AO=6;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.163043;FXX=0.0243843;HRUN=8;LEN=1;MLLD=11.3612;QD=5.01095;RBI=0.25857;REFB=-0.0288657;REVB=0.200687;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624707;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0697307;OID=.;OPOS=102767574;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:10:32:6:8:0.2:3:3:3:7:4:4:11:21 chr10 102770082 . T G 2416.96 PASS AF=1;AO=129;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3717;QD=59.6781;RBI=0.0668029;REFB=0;REVB=0.0597739;RO=1;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268039;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:162:162:1:0:129:162:1:63:66:0:1:74:88:0:0 chr10 102770327 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.134;QD=52.6104;RBI=0.0771131;REFB=0;REVB=-0.0767239;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515492;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr10 102824349 . G C 209.35 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00504175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8384;QD=18.6086;RBI=0.0901581;REFB=-0.0113579;REVB=0.090017;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300707;STB=0.667964;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.034018;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:20:4:10:11:20:4 chr10 102896580 . G C 600.69 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00615415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3775;QD=18.4826;RBI=0.0251786;REFB=-0.0225019;REVB=-0.0244149;RO=67;SAF=29;SAR=33;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120792;STB=0.570348;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0204689;OID=.;OPOS=102896580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:68:62:62:0.476923:33:29:40:27:33:29:41:27 chr10 103124606 . A G 8427.28 PASS AF=0.906103;AO=579;DP=640;FAO=579;FDP=639;FR=.;FRO=60;FSAF=146;FSAR=433;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00918274;FXX=0.00156248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.216;QD=52.7529;RBI=0.00953711;REFB=0.000589311;REVB=-0.0025756;RO=60;SAF=146;SAR=433;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531466;STB=0.529935;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-1.04591e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:640:639:60:60:579:579:0.906103:433:146:29:31:433:146:30:30 chr10 103124629 . G A 104.63 PASS AF=0.071953;AO=49;DP=681;FAO=49;FDP=681;FR=.;FRO=632;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=181;FSRR=451;FWDB=0.016581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.846;QD=0.61455;RBI=0.0170863;REFB=2.7083e-06;REVB=0.00412463;RO=629;SAF=7;SAR=42;SRF=180;SRR=449;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222393;STB=0.695773;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00536532;OID=.;OPOS=103124629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:681:681:629:632:49:49:0.071953:42:7:180:449:42:7:181:451 chr10 103124647 . A G 8843.13 PASS AF=0.905185;AO=608;DP=674;FAO=611;FDP=675;FR=.;FRO=64;FSAF=157;FSAR=454;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00130468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6855;QD=52.4038;RBI=0.00188092;REFB=-0.0317821;REVB=0.00135487;RO=64;SAF=155;SAR=453;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531341;STB=0.527479;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00268939;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:674:675:64:64:608:611:0.905185:453:155:31:33:454:157:31:33 chr10 103124696 . T C 7192.91 PASS AF=0.901257;AO=497;DP=550;FAO=502;FDP=557;FR=.;FRO=55;FSAF=140;FSAR=362;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0435265;FXX=0.00535705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.969;QD=51.6546;RBI=0.043709;REFB=0.00282462;REVB=-0.00398944;RO=50;SAF=139;SAR=358;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381788;STB=0.519005;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-9.16371e-05;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:557:50:55:497:502:0.901257:358:139:23:27:362:140:24:31 chr10 103124715 . A G 5471.39 PASS AF=0.890698;AO=364;DP=412;FAO=383;FDP=430;FR=.;FRO=47;FSAF=120;FSAR=263;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0664737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.043;QD=50.8966;RBI=0.0671016;REFB=-0.0381157;REVB=0.0091585;RO=47;SAF=105;SAR=259;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410658;STB=0.516742;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00343296;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:430:47:47:364:383:0.890698:259:105:21:26:263:120:21:26 chr10 103124726 . A G 4190.54 PASS AF=0.883234;AO=289;DP=329;FAO=295;FDP=334;FR=.;FRO=39;FSAF=103;FSAR=192;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0501711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.414;QD=50.1861;RBI=0.0513254;REFB=-0.00629889;REVB=0.0108239;RO=39;SAF=98;SAR=191;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367678;STB=0.517542;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000504565;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:334:39:39:289:295:0.883234:191:98:19:20:192:103:19:20 chr10 103124731 . A G 177.96 PASS AF=0.138047;AO=39;DP=295;FAO=41;FDP=297;FR=.;FRO=256;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=112;FSRR=144;FWDB=-0.0176282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.833;QD=2.3967;RBI=0.0201904;REFB=-0.00200155;REVB=0.00984373;RO=255;SAF=6;SAR=33;SRF=111;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404401;STB=0.736481;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0172608;OID=.;OPOS=103124731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:297:255:256:39:41:0.138047:33:6:111:144:33:8:112:144 chr10 103124736 . C T 2729.88 PASS AF=0.857759;AO=195;DP=229;FAO=199;FDP=232;FR=.;FRO=33;FSAF=83;FSAR=116;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0016396;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.766;QD=47.0669;RBI=0.00276377;REFB=-0.0311995;REVB=-0.00222489;RO=31;SAF=80;SAR=115;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243913;STB=0.505469;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00731063;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:31:33:195:199:0.857759:115:80:13:18:116:83:15:18 chr10 103124746 . G A 1921.58 PASS AF=0.814607;AO=144;DP=177;FAO=145;FDP=178;FR=.;FRO=33;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0169894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.797;QD=43.1816;RBI=0.0196587;REFB=-0.0164477;REVB=-0.00989048;RO=33;SAF=63;SAR=81;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607722;STB=0.502473;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00335376;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:33:33:144:145:0.814607:81:63:15:18:81:64:15:18 chr10 103530135 . G A 150.18 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0216583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7384;QD=19.3778;RBI=0.0218324;REFB=-0.0286842;REVB=0.00275186;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144933;STB=0.581303;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0249942;OID=.;OPOS=103530135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:13:2:4:12:13:2 chr10 103827737 . T G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0235118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.795;QD=18.3455;RBI=0.0318105;REFB=-0.00285224;REVB=0.0214266;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320338;STB=0.683978;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0034328;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:10:8:13:4:10:8 chr10 103991381 . G A 438.1 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0231856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9915;QD=19.0478;RBI=0.121157;REFB=0.00892842;REVB=0.118918;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00578798;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:22:22:24:24:22:22:24:24 chr10 104136469 . T C 681.25 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.584;QD=60.5559;RBI=0.0668531;REFB=-0.0853388;REVB=0.0636008;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121357;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:45:1:0:43:45:1:22:21:0:1:24:21:0:0 chr10 104160434 . A G 623.05 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.127;QD=60.7851;RBI=0.0190261;REFB=0;REVB=0.0167337;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51982e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr10 104162770 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0262344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.579;QD=26.0262;RBI=0.0263751;REFB=-0.0390707;REVB=0.00272102;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0090297;OID=.;OPOS=104162770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr10 104174895 . G A 235.54 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.108906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.052;QD=17.4478;RBI=0.111832;REFB=-0.0439546;REVB=0.0254159;RO=28;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122429;STB=0.575696;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0596909;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:18:7:11:17:19:7:11:17 chr10 104184953 . C G 175.18 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00215434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.389;QD=16.2956;RBI=0.00472603;REFB=-0.025333;REVB=0.00420644;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497194;STB=0.528467;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0308768;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:10:14:12:7:10:14 chr10 104214048 . A T 576.52 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.447;QD=60.6866;RBI=0.0662411;REFB=0;REVB=0.00923786;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682926;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr10 104236457 . C T 785.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.538;QD=64.1332;RBI=0.0109294;REFB=0;REVB=-0.0106346;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98442e-05;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr10 104386934 . T C 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5547;QD=60.0244;RBI=0.0242816;REFB=0;REVB=-0.00245198;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203609;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr10 104389932 . T G 1756.01 PASS AF=1;AO=93;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.109;QD=61.0785;RBI=0.0823916;REFB=0;REVB=0.0382427;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262008;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:93:115:1:55:38:0:0:54:61:0:0 chr10 104435746 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.683;QD=56.9334;RBI=0.0468038;REFB=0;REVB=0.0446011;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179705;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr10 104436641 . C T 838.01 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377673;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.859;QD=57.794;RBI=0.0378007;REFB=0;REVB=0.00158938;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242342;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr10 104596924 . C A 1380.81 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672747;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.049;QD=62.7639;RBI=0.0075891;REFB=0;REVB=-0.00351222;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9504e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr10 104596981 . G A 1534.3 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000354471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.948;QD=61.3722;RBI=0.0106745;REFB=-0.0674482;REVB=0.0106686;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099842;STB=0.510415;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000446665;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:1:2:97:98:0.98:47:50:0:1:47:51:0:2 chr10 104628234 . T C 1612.18 PASS AF=1;AO=89;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3083;QD=59.7105;RBI=0.0405319;REFB=0;REVB=0.0402917;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017868;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:89:108:1:43:46:0:0:58:50:0:0 chr10 104661484 . T C 704.99 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.705;QD=58.7491;RBI=0.0192326;REFB=-0.0389659;REVB=0.010815;RO=2;SAF=16;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551974;STB=0.529399;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00124741;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:30:16:2:0:30:16:2:0 chr10 104678579 . G T 369.99 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.077831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2446;QD=19.7328;RBI=0.0883959;REFB=0.0105915;REVB=0.0419067;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108438;STB=0.506021;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00851502;OID=.;OPOS=104678579;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:20:17:17:21:20:17 chr10 104814162 . T C 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9959;QD=64.2838;RBI=0.0586007;REFB=0;REVB=0.0391217;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15037e-05;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr10 104835919 . C T 455.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00622501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.681;QD=18.0239;RBI=0.0187501;REFB=-0.0255079;REVB=0.0176865;RO=52;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150183;STB=0.505987;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0225569;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:25:23:25:27:25:23:26:27 chr10 104849468 . G A 488.19 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.00589182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.773;QD=21.6975;RBI=0.0288213;REFB=-0.0218895;REVB=0.0282127;RO=42;SAF=22;SAR=24;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264658;STB=0.643103;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0229987;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:43:46:47:0.522222:24:22:33:9:24:23:34:9 chr10 104851301 . G T 431.32 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0050752;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.031;QD=17.4271;RBI=0.0175016;REFB=-0.001038;REVB=-0.0167496;RO=53;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117472;STB=0.566235;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00135907;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:55:44:44:0.444444:26:18:28:25:26:18:29:26 chr10 105049105 . C G 770.69 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.887;QD=55.0491;RBI=0.0315524;REFB=-0.0337767;REVB=0.00520712;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000133894;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:24:31:0:0:24:31:1:0 chr10 105107044 . CT C 53.57 PASS AF=0.736842;AO=10;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.277448;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.93148;QD=11.2785;RBI=0.278966;REFB=-0.0464168;REVB=0.0290615;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.596878;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=0.0731029;OID=.;OPOS=105107045;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:10:19:14:19:5:8:6:1:4:26:8:5:5:3:5 chr10 105154089 . A G 1510.5 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2176;QD=63.5999;RBI=0.0175847;REFB=0;REVB=-0.0165546;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100404;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr10 105194086 . C T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9754;QD=52.6063;RBI=0.11162;REFB=0;REVB=-0.106822;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207097;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr10 105205302 . A C 784.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5196;QD=57.0549;RBI=0.115279;REFB=0;REVB=0.0991948;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160765;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:21:29:0:0:23:32:0:0 chr10 105215016 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.601;QD=62.6692;RBI=0.040262;REFB=0;REVB=-0.0392662;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010025;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr10 105218252 . A G 2085.15 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.474;QD=61.7821;RBI=0.0352962;REFB=-0.0478877;REVB=-0.000552531;RO=1;SAF=52;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905324;STB=0.504761;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000214925;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:82:52:1:0:82:52:1:0 chr10 105218359 . T C 1377.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.18;QD=62.6034;RBI=0.045548;REFB=0;REVB=0.0357432;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179339;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:42:46:0:0 chr10 105233110 . C T 983.81 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1101;QD=57.0326;RBI=0.223125;REFB=-0.11518;REVB=0.219714;RO=2;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049635;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:2:0:67:69:1:30:37:0:2:32:37:0:0 chr10 105344756 . T C 74.62 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2977;QD=37.3106;RBI=0.0332807;REFB=0;REVB=0.007611;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290089;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr10 105361816 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.245;QD=33.4284;RBI=0.0671293;REFB=0;REVB=-0.0562949;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00699518;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr10 105362209 . T C 549.68 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414708;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.627;QD=57.8609;RBI=0.0644448;REFB=-0.12141;REVB=-0.0493286;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00162712;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:1:0 chr10 105363289 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.798;QD=49.5992;RBI=0.0282206;REFB=0;REVB=0.0257203;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48916e-05;OID=.;OPOS=105363289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr10 105657316 . G C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.293;QD=54.6514;RBI=0.0366491;REFB=0.0276892;REVB=0.0256518;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-1.12724e-05;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:14:38:0:0:14:38:0:1 chr10 105659826 . T C 1175.34 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428826;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.04;QD=61.0565;RBI=0.0528553;REFB=0;REVB=0.0308993;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167663;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr10 105796819 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7811;QD=61.6789;RBI=0.105129;REFB=0;REVB=-0.104848;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169511;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 105798872 . T C 1586.88 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.748;QD=59.8821;RBI=0.0359283;REFB=0;REVB=0.0358724;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00207e-05;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:103:106:1:44:59:0:0:46:60:0:0 chr10 105799216 . G T 1168.95 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0111602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.704;QD=57.0221;RBI=0.0250737;REFB=-0.0998551;REVB=-0.0224531;RO=3;SAF=53;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000330537;STB=0.500175;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00236517;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:82:82:3:3:79:79:0.963415:26:53:2:1:26:53:2:1 chr10 105801253 . G A 530.32 PASS AF=0.972973;AO=18;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710485;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1011;QD=57.3322;RBI=0.082466;REFB=-0.137792;REVB=0.0418659;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.508192;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00750216;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:18:36:0.972973:6:12:1:0:6:30:1:0 chr10 105805497 . C T 1601.58 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7604;QD=59.872;RBI=0.0250641;REFB=0;REVB=-0.0182317;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78759e-06;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:63:43:0:0:64:43:0:0 chr10 105810400 . T C 2159.78 PASS AF=0.985816;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.795;QD=61.2705;RBI=0.0259618;REFB=-0.0394957;REVB=0.0235494;RO=2;SAF=55;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287164;STB=0.501431;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000464494;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:2:2:138:139:0.985816:83:55:1:1:83:56:1:1 chr10 105816916 . C T 1822.19 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8342;QD=61.2501;RBI=0.0502849;REFB=0;REVB=0.0404843;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221047;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr10 105819956 . G A 1351.75 PASS AF=0.977778;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00431014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0576;QD=60.0776;RBI=0.0062122;REFB=0.0569318;REVB=0.00447371;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145728;STB=0.502369;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000929792;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:90:1:2:85:88:0.977778:32:53:0:1:35:53:1:1 chr10 105824333 . G A 794.96 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.405;QD=55.7865;RBI=0.0476456;REFB=0;REVB=0.0225451;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350538;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:27:26:0:0:28:29:0:0 chr10 106022789 . C A 472.23 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0156302;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.311;QD=18.339;RBI=0.0165538;REFB=-0.0119846;REVB=0.00545215;RO=53;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296948;STB=0.516477;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0147122;OID=.;OPOS=106022789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:53:50:50:0.485437:22:28:28:25:22:28:28:25 chr10 106028154 . G A 244.57 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0135672;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.086;QD=17.163;RBI=0.0180662;REFB=-0.0347361;REVB=-0.0119298;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194429;STB=0.609673;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0413644;OID=.;OPOS=106028154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:16:14:18:9:16:14 chr10 106028157 . G T 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.02999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.872;QD=17.4884;RBI=0.0632149;REFB=-0.0172979;REVB=0.0556482;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204645;STB=0.6152;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0189087;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:19:9:16:14:19:9:16:14 chr10 106039185 . A G 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0199019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.97;QD=15.617;RBI=0.0204565;REFB=-0.00306451;REVB=0.00473089;RO=43;SAF=7;SAR=26;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476226;STB=0.769569;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0075017;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:26:7:29:14:26:7:29:14 chr10 106152111 . T A 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0233997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.272;QD=22.4802;RBI=0.0300757;REFB=-0.0180847;REVB=0.0188944;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266055;STB=0.501466;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.010064;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:16:15:19:20:16:15 chr10 108367020 . C T 554.75 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0498575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5198;QD=18.4917;RBI=0.0500983;REFB=-0.0154199;REVB=-0.00490607;RO=60;SAF=21;SAR=37;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131443;STB=0.57396;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0147019;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:62:58:58:0.483333:37:21:30:30:37:21:31:31 chr10 108380213 . G A 511.87 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00465118;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.901;QD=17.0622;RBI=0.00509175;REFB=-0.00530221;REVB=0.00207182;RO=65;SAF=29;SAR=26;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259668;STB=0.514454;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00785834;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:55:55:0.458333:26:29:36:29:26:29:36:29 chr10 108389111 . A G 414.98 PASS AF=0.4;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00789025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.062;QD=13.8326;RBI=0.00806887;REFB=-0.0125141;REVB=0.00168839;RO=71;SAF=34;SAR=14;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199329;STB=0.609876;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0177986;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:71:72:48:48:0.4:14:34:38:33:14:34:39:33 chr10 109221364 . G A 261.96 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0187513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.57;QD=17.1775;RBI=0.020565;REFB=-0.00464215;REVB=-0.00844434;RO=32;SAF=6;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266792;STB=0.651443;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00416303;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:23:6:14:18:23:6:14:18 chr10 112266771 . C T 236.56 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0948374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9071;QD=15.7707;RBI=0.0979412;REFB=-0.00497705;REVB=0.024461;RO=33;SAF=3;SAR=24;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906934;STB=0.551683;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0083106;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:24:3:5:28:24:3:5:28 chr10 112266822 . GC AT 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203027;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.035;QD=60.9981;RBI=0.020562;REFB=0;REVB=0.00325476;RO=0;SAF=5;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000112625;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:33:5:0:0:33:5:0:0 chr10 112361870 . A G 1176.35 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.087261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1142;QD=59.5621;RBI=0.0961513;REFB=-0.153827;REVB=0.0403806;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00198541;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:41:36:0:0:41:37:0:1 chr10 112402492 . G T 1175.08 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.492;QD=59.4975;RBI=0.0296868;REFB=-0.173392;REVB=-0.0170717;RO=1;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975903;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00120487;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:48:29:0:1:48:30:0:1 chr10 112572458 . G C 901.5 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7108;QD=58.1615;RBI=0.0184874;REFB=0;REVB=0.00942852;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56997e-05;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:23:37:0:0:23:39:0:0 chr10 112581547 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0895184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.169;QD=21.5099;RBI=0.0897979;REFB=-0.014781;REVB=-0.00707975;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.55151;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0173956;OID=.;OPOS=112581547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:7:12:11:10:7:12 chr10 112595719 . G C 902.17 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.391;QD=58.2048;RBI=0.0847053;REFB=0;REVB=0.0845033;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113564;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr10 112641053 . A G 791.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7267;QD=56.5131;RBI=0.0527678;REFB=0;REVB=0.0494728;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025617;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:14:41:0:0:15:41:0:0 chr10 112658060 . G A 291.64 PASS AF=0.5;AO=28;DP=61;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0164402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7759;QD=18.2278;RBI=0.0164409;REFB=0.00153932;REVB=0.000150979;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108427;STB=0.562461;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00496212;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:31:32:28:32:0.5:13:15:13:18:14:18:14:18 chr10 112838892 . C A 212.2 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00869317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.679;QD=27.38;RBI=0.042139;REFB=-0.0381692;REVB=0.0412325;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330127;STB=0.684015;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0266184;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:15:5:8:3:15:5:8:3 chr10 112840171 . A G 611.16 PASS AF=0.432432;AO=63;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0115511;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.269;QD=16.5179;RBI=0.0117773;REFB=-0.000658053;REVB=-0.00229723;RO=84;SAF=31;SAR=32;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931748;STB=0.547283;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000997188;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:84:63:64:0.432432:32:31:49:35:32:32:49:35 chr10 113912997 . A C 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0263885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.807;QD=10.1677;RBI=0.0273896;REFB=0.0164477;REVB=0.00733737;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.563101;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0276339;OID=.;OPOS=113912997;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:10:12:7:4:10:12 chr10 113913193 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0051466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.077;QD=19.3856;RBI=0.0333143;REFB=-0.0110206;REVB=-0.0329144;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.585871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0103945;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:13:8:11:9:13:8 chr10 113913222 . T C 732.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.669;QD=55.2523;RBI=0.0198006;REFB=0;REVB=0.00669409;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205893;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:23:27:0:0:26:27:0:0 chr10 113917085 . T A 1197.69 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217818;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.761;QD=59.8845;RBI=0.0219331;REFB=-0.107018;REVB=-0.00257223;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000240217;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:79:79:0.9875:34:45:0:0:34:45:1:0 chr10 113920465 . G A 486.86 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=52;FWDB=0.00388155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.071;QD=15.2144;RBI=0.0121983;REFB=-0.014769;REVB=0.0115642;RO=69;SAF=27;SAR=27;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241688;STB=0.617146;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0274302;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:74:54:54:0.421875:27:27:18:51:27:27:22:52 chr10 113935379 . T C 152.71 PASS AF=0.377778;AO=18;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0253348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3048;QD=13.5743;RBI=0.0269751;REFB=0.0249018;REVB=0.00926305;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212867;STB=0.594059;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0394561;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:18:17:0.377778:9:9:8:19:9:8:9:19 chr10 113940329 . T C 923.26 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.637;QD=56.8159;RBI=0.0490686;REFB=-0.0945223;REVB=0.0453536;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.509088;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000849371;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:37:27:0:0:37:27:1:0 chr10 114053546 . C G 467.21 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0154003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6089;QD=15.445;RBI=0.0373235;REFB=0.000240672;REVB=0.0339981;RO=68;SAF=32;SAR=20;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261966;STB=0.649944;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000205805;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:20:32:24:44:20:32:24:45 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 368.93 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164284;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=10;MLLD=326.008;QD=56.7584;RBI=0.0308461;REFB=0;REVB=0.0261072;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.05989e-05;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:26:26:0:10:16:0:0:3:0:10:16:0:0 chr10 114186624 . G A 1148.54 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5725;QD=60.4496;RBI=0.0437707;REFB=0;REVB=0.0168331;RO=0;SAF=18;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513475;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:57:18:0:0:57:19:0:0 chr10 114200355 . G A 274.82 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0613314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.571;QD=20.3573;RBI=0.0763426;REFB=-0.0302029;REVB=-0.0454605;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697044;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0145451;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:14:11:13:16:14:11 chr10 114925369 . C A 413.56 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0885021;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9583;QD=23.6323;RBI=0.0902268;REFB=0.0156226;REVB=-0.017557;RO=30;SAF=6;SAR=34;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115152;STB=0.563741;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00861406;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:34:6:7:23:34:6:7:23 chr10 115332413 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.218;QD=60.2289;RBI=0.0366666;REFB=0;REVB=0.0353827;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010274;OID=.;OPOS=115332413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:10:27:0:0 chr10 115341753 . G A 208.53 PASS AF=0.306818;AO=26;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0085928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.945;QD=9.47862;RBI=0.0086313;REFB=-0.00662484;REVB=-0.0008143;RO=61;SAF=13;SAR=13;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126724;STB=0.586202;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0122589;OID=.;OPOS=115341753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:61:61:26:27:0.306818:13:13:37:24:14:13:37:24 chr10 115341846 . G A 128.79 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0889668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8715;QD=12.8785;RBI=0.0903925;REFB=-0.0158412;REVB=0.0159908;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496759;STB=0.56748;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0432673;OID=.;OPOS=115341846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:25:14:15:0.375:6:8:16:10:7:8:16:9 chr10 115350597 . G A 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.000706384;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.113;QD=15.9823;RBI=0.0274103;REFB=-0.0205257;REVB=-0.0274012;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337606;STB=0.519025;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0183913;OID=.;OPOS=115350597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:14:16:21:16:14:16:21:16 chr10 115352005 . A G 322.49 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0133007;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.835;QD=14.8271;RBI=0.0178504;REFB=-0.00541442;REVB=0.011905;RO=50;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514011;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00623791;OID=.;OPOS=115352005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:35:36:0.413793:14:21:30:20:14:22:30:21 chr10 115370254 . A G 199.87 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00681238;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0196;QD=11.1037;RBI=0.0187265;REFB=-0.0132492;REVB=-0.0174434;RO=47;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183734;STB=0.60598;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0234562;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:13:12:15:32:13:12:15:32 chr10 115370274 . T C 197.05 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0202745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2555;QD=10.9472;RBI=0.0237871;REFB=-0.00386831;REVB=0.0124406;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167516;STB=0.60257;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00786916;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:12:13:17:29:12:13:17:30 chr10 115377290 . T C 198.95 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00808777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7481;QD=11.3683;RBI=0.00833622;REFB=-0.00251481;REVB=-0.00202002;RO=45;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020066;STB=0.511619;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00348576;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:11:14:26:19:11:14:26:19 chr10 115381747 . G A 2356.32 PASS AF=0.98125;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000287302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.285;QD=58.908;RBI=0.00797143;REFB=-0.00735131;REVB=0.00796625;RO=2;SAF=87;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108105;STB=0.508474;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000221977;OID=.;OPOS=115381747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:160:2:3:157:157:0.98125:70:87:2:0:70:87:3:0 chr10 115389356 . G A 464.68 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8137;QD=58.0855;RBI=0.107568;REFB=0;REVB=0.0976506;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267084;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr10 115389366 . G A 524.51 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0378493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4163;QD=56.7033;RBI=0.0482018;REFB=-0.0433148;REVB=-0.029847;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00870058;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:0:1:13:23:0:1 chr10 115405615 . T C 1374.72 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.718;QD=61.0986;RBI=0.119448;REFB=-0.0460818;REVB=-0.0286636;RO=1;SAF=32;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245888;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:90:1:0:88:90:1:56:32:1:0:56:34:0:0 chr10 115405664 . C T 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.361;QD=59.1725;RBI=0.0140751;REFB=0.0220133;REVB=0.00202632;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975781;STB=0.505153;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.99174e-05;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:0:1:48:28:0:1 chr10 115411614 . A G 723.78 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212763;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1833;QD=56.767;RBI=0.0319877;REFB=0;REVB=-0.0238859;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385989;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr10 115417289 . G A 1249.9 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000739447;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.257;QD=61.7234;RBI=0.0040838;REFB=0;REVB=0.0040163;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145146;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:44:35:0:0:45:36:0:0 chr10 115422474 . A G,T 1297.61 PASS AF=0.964706,0.0352941;AO=80,3;DP=83;FAO=82,3;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=45,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374014,0.0276105;FXX=0.0116266;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.825,198.321;QD=61.0642;RBI=0.0486056,0.0438327;REFB=0,0;REVB=0.0310425,0.0340436;RO=0;SAF=36,1;SAR=44,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.28538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000382496,-0.000434815;OID=.,.;OPOS=115422474,115422474;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:85:0:0:80,3:82,3:0.964706,0.0352941:44,2:36,1:0:0:45,2:37,1:0:0 chr10 115489152 . C G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0131072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.053;QD=16.7546;RBI=0.0166329;REFB=0.00118002;REVB=0.0102398;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952016;STB=0.553648;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00144429;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:9:19:14:10:9:19 chr10 115489167 . G A 228.38 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0038476;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.374;QD=17.5679;RBI=0.00998011;REFB=-0.0180351;REVB=0.00920861;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16345;STB=0.615776;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0257547;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:29:27:25:25:0.480769:13:12:9:20:13:12:7:20 chr10 115525175 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0141724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.514;QD=16.1155;RBI=0.0144849;REFB=-0.00770741;REVB=0.00299259;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246887;STB=0.650452;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00675429;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:17:7:15:13:17:7:16:13 chr10 115529576 . T A 294.3 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00377171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.66;QD=17.57;RBI=0.019684;REFB=-0.015042;REVB=-0.0193193;RO=34;SAF=24;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205938;STB=0.626002;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0199737;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:32:32:0.477612:8:24:19:15:8:24:19:16 chr10 115535599 . T C 400.31 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0359506;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.394;QD=19.0625;RBI=0.0360113;REFB=-0.0279812;REVB=0.0020891;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141634;STB=0.583582;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0297604;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:40:41:0.488095:19:21:16:27:19:22:16:27 chr10 115540411 . T C 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0110104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.048;QD=21.892;RBI=0.0128571;REFB=-0.0158025;REVB=0.00663893;RO=28;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362394;STB=0.519989;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0116856;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:21:14:10:18:21:14:10:18 chr10 115609830 . TTA T,TT,TTT 89.74 PASS AF=0.294118,0.0441176,0;AO=18,9,8;DP=78;FAO=20,3,0;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=18,0,0;FSAR=2,3,0;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.139049,-0.256511,-0.105561;FXX=0.0144907;HRUN=6,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=15.9835,8.43931,12.7248;QD=5.27895;RBI=0.139056,0.287284,0.178792;REFB=-0.0330372,-0.0298075,0.00469446;REVB=0.00132445,-0.129359,-0.144304;RO=38;SAF=17,3,7;SAR=1,6,1;SRF=26;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.53809,-0.409375,0.326155;STB=0.745806,0.997646,0.5;STBP=0.045,0.01,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0416177,-0.118137,0;OID=.,.,.;OPOS=115609831,115609832,115609832;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.0441176,0:18,9,8:78:20,3,0:68:45:18,0,0:2,3,0:31:14:76:38:17,3,7:1,6,1:26:12 chr10 115609915 . C G 652.98 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.43;QD=56.7807;RBI=0.0425211;REFB=-0.0180538;REVB=-0.0368149;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765436;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00252013;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:41:42:0.913043:24:17:1:1:24:18:1:1 chr10 115612507 . CA C 40.26 PASS AF=0.246575;AO=20;DP=74;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.127594;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4253;QD=2.2059;RBI=0.130074;REFB=-0.0519014;REVB=0.0252801;RO=41;SAF=20;SAR=0;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.784023;STB=0.897966;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0993324;OID=.;OPOS=115612508;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246575:20:74:18:73:55:17:1:31:24:40:41:20:0:27:14 chr10 115675025 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.03;QD=60.2299;RBI=0.0298961;REFB=0;REVB=-0.0112388;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334337;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr10 115804036 . A G 62.97 PASS AF=0.3;AO=7;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00533476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5177;QD=8.39658;RBI=0.0992962;REFB=-0.0174887;REVB=-0.0991528;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343725;STB=0.59976;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0496615;OID=.;OPOS=115804036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:16:21:7:9:0.3:1:6:10:6:2:7:14:7 chr10 115805056 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.734;QD=48.7373;RBI=0.0778174;REFB=0;REVB=-0.00279066;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304337;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr10 115805559 . C T 139.05 PASS AF=0.452381;AO=11;DP=39;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.013024;FXX=0.10636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.324;QD=13.243;RBI=0.0153537;REFB=-0.011832;REVB=0.00813089;RO=22;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41454;STB=0.651997;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0188889;OID=.;OPOS=115805559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:22:23:11:19:0.452381:1:10:15:7:4:15:13:10 chr10 116032519 . A G 217.74 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0400617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9517;QD=16.7494;RBI=0.0552759;REFB=0.0104317;REVB=-0.0380853;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170654;STB=0.596077;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0174903;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:19:9:12:12:19:9 chr10 116046095 . G A 63.16 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00127799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.273;QD=14.8608;RBI=0.0578264;REFB=-0.0251592;REVB=0.0578123;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0290366;OID=.;OPOS=116046095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:8:8:9:0.529412:3:5:3:6:4:5:3:5 chr10 116060387 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.021;QD=47.8224;RBI=0.0238282;REFB=0;REVB=-0.0214748;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21141e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr10 116073696 . C T 1113.27 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.68;QD=58.5931;RBI=0.0143449;REFB=-0.0229047;REVB=0.00463553;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011681;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000172294;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:40:34:0:1:41:34:0:1 chr10 116085784 . C CCCG 779.29 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173139;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=3;MLLD=170.144;QD=56.6757;RBI=0.0173341;REFB=0;REVB=0.000837576;RO=6;SAF=20;SAR=30;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000121882;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:59:55:55:0:22:33:0:0:4:6:20:30:4:2 chr10 116183816 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0413299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.627;QD=10.075;RBI=0.060148;REFB=-0.00653096;REVB=-0.0436992;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0146453;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:6:8:4:4:6:8 chr10 116228007 . A G 89.69 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0111068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2871;QD=16.3076;RBI=0.0220693;REFB=-0.0461521;REVB=0.0190707;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0170785;OID=.;OPOS=116228007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:9:11:11:11:0.5:7:4:5:4:7:4:6:5 chr10 116307504 . A G 777.27 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252504;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.116;QD=56.5284;RBI=0.0257926;REFB=0;REVB=-0.00526061;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213648;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr10 116593175 . C T 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0112852;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7091;QD=21.4061;RBI=0.0300901;REFB=-0.0235147;REVB=-0.0278937;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940809;STB=0.54283;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0191604;OID=.;OPOS=116593175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:26:32:32:0.551724:19:13:14:13:19:13:13:13 chr10 116602805 . A G 298.62 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0168474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.452;QD=23.8898;RBI=0.0243174;REFB=-0.0349814;REVB=-0.0175357;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111291;STB=0.561803;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0306249;OID=.;OPOS=116602805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:8:15:14:13:8:15 chr10 116621893 . A C 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0171013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.244;QD=11.3305;RBI=0.0288213;REFB=-0.00757791;REVB=0.0231994;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243323;STB=0.652854;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00918631;OID=.;OPOS=116621893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:8:6:17:9:8:6:18:9 chr10 116622262 . A AT,T 58.06 PASS AF=0.46,0;AO=16,2;DP=54;FAO=23,0;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8,0;FSAR=15,0;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0356693,0.0173421;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=7.18662,51.1399;QD=4.64464;RBI=0.104034,0.0299728;REFB=-0.102494,-0.0257834;REVB=0.0977282,0.0244464;RO=30;SAF=7,0;SAR=9,2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0424159,-0.417034;STB=0.513296,0.5;STBP=0.891,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.118121,0;OID=.,.;OPOS=116622263,116622262;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:54:50:30:27:16,2:23,0:0.46,0:9,2:7,0:12:18:15,0:8,0:10:17 chr10 116623277 . G C 386.18 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0110884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5425;QD=18.1733;RBI=0.0243295;REFB=-0.0308111;REVB=0.0216558;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116079;STB=0.564674;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0349503;OID=.;OPOS=116623277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:20:20:28:17:20:20:28:17 chr10 116931101 . C CTT,T 281.33 PASS AF=0.772727,0.227273;AO=16,6;DP=23;FAO=17,5;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000808655,-0.034783;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=40.6311,232.438;QD=51.1507;RBI=0.0158282,0.0380413;REFB=0,0;REVB=-0.0158075,-0.015404;RO=1;SAF=9,2;SAR=7,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0481057,-0.171372;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00622913,0.0343665;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:23:22:1:0:16,6:17,5:0.772727,0.227273:7,4:9,2:1:0:7,4:10,1:0:0 chr10 117075175 . G A 1374.21 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.029;QD=62.4639;RBI=0.0232832;REFB=0;REVB=0.0114975;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93444e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:54:33:0:0:54:34:0:0 chr10 117228794 . A G 881.47 PASS AF=0.450237;AO=95;DP=211;FAO=95;FDP=211;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=0.00383195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.329;QD=16.7104;RBI=0.00965094;REFB=-3.33653e-05;REVB=-0.00885758;RO=115;SAF=45;SAR=50;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560163;STB=0.528672;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=3.36923e-05;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:115:116:95:95:0.450237:50:45:61:54:50:45:61:55 chr10 117823739 . A G 183.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00793912;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.298;QD=9.51977;RBI=0.0461186;REFB=0.000128034;REVB=0.0454301;RO=53;SAF=17;SAR=7;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136761;STB=0.581126;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000283849;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:53:53:24:24:0.311688:7:17:32:21:7:17:32:21 chr10 117849353 . T C 331.11 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.0306817;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3901;QD=13.5146;RBI=0.0343536;REFB=-0.0286561;REVB=0.0154533;RO=60;SAF=11;SAR=26;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456563;STB=0.522347;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0485704;OID=.;OPOS=117849353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:60:61:37:37:0.377551:26:11:20:40:26:11:20:41 chr10 117884950 . G A 414.69 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000250144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.203;QD=19.0663;RBI=0.00988938;REFB=-0.00943255;REVB=0.00988622;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016046;STB=0.503354;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0105504;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:45:41:42:0.482759:23:18:19:26:24:18:19:26 chr10 118231360 . G A 990.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6729;QD=59.1258;RBI=0.0225036;REFB=0;REVB=0.0183657;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09665e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 943.29 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=7,53;DP=66;FAO=6,60;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=5,19;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087766,-0.0127001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.533,211.979;QD=57.1689;RBI=0.0388615,0.0393987;REFB=0,0;REVB=0.0378575,0.0372956;RO=0;SAF=6,13;SAR=1,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0196682,0.00276616;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:7,53:66:6,60:66:0:5,19:1,41:0:0:15:0:6,13:1,40:0:0 chr10 118236218 . C T 349.21 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00393663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.742;QD=20.2443;RBI=0.0374133;REFB=-0.00745899;REVB=-0.0372056;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152493;STB=0.576881;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00841349;OID=.;OPOS=118236218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:20:16:20:12:20:16:20:13 chr10 118236610 . T A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.121113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.368;QD=15.9165;RBI=0.12161;REFB=-0.0122895;REVB=-0.0109848;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.014511;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr10 118313265 . T C 1367.93 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.237;QD=62.1785;RBI=0.0462337;REFB=0;REVB=0.0340859;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256676;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:40:47:0:1:41:47:0:0 chr10 118363642 . T C 2573.77 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00158007;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1993;QD=61.2803;RBI=0.0229669;REFB=-0.127673;REVB=0.0229124;RO=1;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478325;STB=0.502512;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000169589;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:168:1:1:167:167:0.994048:99:68:0:1:99:68:0:1 chr10 118368606 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.806;QD=56.9558;RBI=0.0142742;REFB=0;REVB=0.00957642;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26208e-06;OID=.;OPOS=118368606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr10 118380511 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.443;QD=45.8068;RBI=0.0163799;REFB=0;REVB=0.0103474;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31137e-05;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1519.06 PASS AF=1,0;AO=100,5;DP=111;FAO=110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64,0;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177262,0.0410972;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=26.5302,9.23953;QD=55.2386;RBI=0.193952,0.0412014;REFB=0,0;REVB=0.0787114,-0.00292865;RO=5;SAF=58,1;SAR=42,4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0391536,-0.596316;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00307985,-0.0176168;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:110:5:0:100,5:110,0:1,0:42,4:58,1:5:0:46,0:64,0:0:0 chr10 118387282 . A G 502.09 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.037;QD=59.0699;RBI=0.0101394;REFB=0;REVB=-0.00357816;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08486e-05;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr10 118397884 . A G 612.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2299;QD=61.2298;RBI=0.0160349;REFB=0;REVB=0.00282641;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210866;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr10 118397894 . A G 631.8 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.636;QD=61.6391;RBI=0.0452238;REFB=0;REVB=0.0370989;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281899;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr10 118397971 . A G 715.54 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.55;QD=59.6283;RBI=0.0223418;REFB=0.0116808;REVB=-0.00113207;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.50943;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00195829;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:25:20:0:1:26:21:0:1 chr10 118404620 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.409;QD=60.2307;RBI=0.0195224;REFB=0;REVB=0.000777098;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05774e-05;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr10 118616110 . C T 435.99 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.242;QD=54.4981;RBI=0.0617725;REFB=-0.115913;REVB=0.0573453;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00120611;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:19:12:0:0:19:12:0:1 chr10 118890573 . T C 769.88 PASS AF=1;AO=40;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8866;QD=57.0282;RBI=0.112151;REFB=0;REVB=-0.0401885;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227261;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:40:54:1:27:13:0:0:29:25:0:0 chr10 118957027 . A G 491.86 PASS AF=0.40146;AO=53;DP=135;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=23;FWDB=-0.0193937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.051;QD=14.3609;RBI=0.0201246;REFB=-0.00263989;REVB=-0.00537439;RO=82;SAF=22;SAR=31;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318835;STB=0.674664;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00371088;OID=.;OPOS=118957027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:82:82:53:55:0.40146:31:22:59:23:32:23:59:23 chr10 119026566 . T C 1153.71 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.17;QD=59.933;RBI=0.0356278;REFB=0;REVB=0.0355641;RO=1;SAF=25;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80173e-05;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:51:25:1:0:51:26:0:0 chr10 119768551 . C T 184.38 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00569017;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.454;QD=8.10464;RBI=0.0109149;REFB=-0.0078124;REVB=0.00931433;RO=65;SAF=20;SAR=5;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326126;STB=0.704483;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0134695;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:66:25:25:0.274725:5:20:37:28:5:20:37:29 chr10 120069611 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.054;QD=45.8068;RBI=0.00867422;REFB=0;REVB=0.00849318;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68544e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr10 120353910 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.131;QD=62.0209;RBI=0.0483286;REFB=0;REVB=0.0251287;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245163;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr10 120791060 . A C 174.14 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.108;QD=46.4367;RBI=0.0433468;REFB=0;REVB=0.0417409;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189888;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 460.3 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247133;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=272.307;QD=49.7622;RBI=0.0247886;REFB=0;REVB=0.00193089;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.26645e-05;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:37:37:37:0:24:13:0:0:8:0:21:10:0:0 chr10 120792297 . G A,GCTA 501.36 PASS AF=0.0392157,0.784314;AO=2,40;DP=52;FAO=2,40;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=2,22;FSAR=0,18;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0246694,0.00644901;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=84.0399,283.319;QD=39.322;RBI=0.0250631,0.020575;REFB=0.0113142,-0.0126237;REVB=0.00442468,0.0195382;RO=9;SAF=2,22;SAR=0,18;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476258,-0.118636;STB=0.990863,0.563643;STBP=0.485,0.082;TYPE=snp,ins;VARB=0.0270971,0.00154019;OID=.,.;OPOS=120792297,120792298;OREF=G,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,GCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:52:51:9:9:2,40:2,40:0.0392157,0.784314:0,18:2,22:8:1:0,18:2,22:8:1 chr10 120792684 . A G 340.89 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.07;QD=54.5417;RBI=0.0984335;REFB=0;REVB=0.0954956;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540636;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:8:17:0:0 chr10 120792703 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.266;QD=58.5865;RBI=0.0150909;REFB=0;REVB=-0.0061672;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75375e-05;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr10 120820528 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0893;QD=49.5891;RBI=0.0209415;REFB=0;REVB=-0.01767;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454969;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 120828969 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.832;QD=59.0164;RBI=0.0521073;REFB=0;REVB=0.0408227;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346211;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr10 120896027 . G A 842.79 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00037059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9347;QD=56.1857;RBI=0.0512703;REFB=0;REVB=-0.0512689;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694989;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:20:37:0:0:20:40:0:0 chr10 120909785 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.565;QD=58.7814;RBI=0.00999104;REFB=0;REVB=-0.000342874;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65919e-06;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr10 120917445 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.83;QD=60.9764;RBI=0.0544929;REFB=0;REVB=0.0447856;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190677;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr10 120919246 . T C 450.84 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182662;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.666;QD=58.1725;RBI=0.0185768;REFB=0;REVB=0.00338287;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123428;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr10 120920588 . T C 563.85 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3922;QD=57.8311;RBI=0.0372856;REFB=-0.104962;REVB=-0.00762176;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00383086;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr10 120933324 . G A,T 187.56 PASS AF=0.875,0.125;AO=14,2;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371839,0.0830504;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.693,39.6848;QD=46.8894;RBI=0.00852867,0.0893658;REFB=0,0;REVB=0.00767541,0.0329983;RO=0;SAF=2,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0023767,-0.0170127;OID=.,.;OPOS=120933324,120933324;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:16:0:0:14,2:14,2:0.875,0.125:12,2:2,0:0:0:12,2:2,0:0:0 chr10 121199310 . T C 304.83 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0278274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.443;QD=26.5068;RBI=0.0309073;REFB=-0.0494209;REVB=0.0134499;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120381;STB=0.576866;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0358569;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:12:15:7:11:12:15:7:12 chr10 121429597 . C T 65.93 PASS AF=0.571429;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.015484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3294;QD=18.8365;RBI=0.0355115;REFB=-0.0361527;REVB=-0.031958;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.615111;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.06455;OID=.;OPOS=121429597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:14:6:5:6:8:0.571429:2:4:1:5:4:4:1:4 chr10 121436362 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0156806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.114;QD=11.2962;RBI=0.0406943;REFB=-0.00555699;REVB=-0.0375518;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601197;STB=0.535358;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00922614;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:7:11:19:15:7:11:19:15 chr10 121527997 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0275201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.124;QD=21.63;RBI=0.0312195;REFB=-0.0195122;REVB=0.0147412;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539703;STB=0.529905;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0134455;OID=.;OPOS=121527997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:12:12:17:13:12:12 chr10 121551581 . A C 283.21 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0113565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.421;QD=17.428;RBI=0.0209468;REFB=-0.00561063;REVB=0.0176011;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261409;STB=0.500567;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00656855;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:9:21:23:11:10:21:23:11 chr10 121589402 . T G 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4361;QD=59.4955;RBI=0.0135134;REFB=0;REVB=0.0134079;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38023e-05;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr10 121679013 . A G 1598.73 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0183997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.197;QD=57.0976;RBI=0.0196067;REFB=-0.121507;REVB=0.00677296;RO=2;SAF=65;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341877;STB=0.501958;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000273052;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:2:3:109:109:0.973214:44:65:1:1:44:65:2:1 chr10 121718112 . C T 143.39 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0763344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1488;QD=14.7064;RBI=0.080319;REFB=-0.0251714;REVB=0.0249842;RO=22;SAF=2;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513009;STB=0.796315;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0240606;OID=.;OPOS=121718112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:14:2:12:10:14:2:12:11 chr10 122348969 . C T 162.43 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0892688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9692;QD=19.688;RBI=0.0907154;REFB=0.00791158;REVB=0.0161358;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00383997;OID=.;OPOS=122348969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr10 122358342 . G C 1230.53 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.752;QD=60.0259;RBI=0.0807889;REFB=-0.0415464;REVB=0.0746372;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000639363;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:45:36:1:0:45:36:1:0 chr10 122358463 . G A 1648.74 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0191344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.335;QD=55.8896;RBI=0.02573;REFB=-0.073542;REVB=0.017202;RO=2;SAF=62;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162209;STB=0.51487;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000803149;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:118:2:5:113:113:0.957627:51:62:1:1:51:62:1:4 chr10 122358649 . A G 57.3 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0447001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0065;QD=12.7334;RBI=0.0686102;REFB=0.00117984;REVB=-0.0520505;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647644;STB=0.538369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00880676;OID=.;OPOS=122358649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:2:8:6:2:2:8 chr10 122358657 . A AGTGT,T 153.24 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=4,9;DP=16;FAO=4,9;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240008,0.00725825;FXX=0.187383;HRUN=0,3;LEN=4,1;MLLD=245.584,94.3158;QD=47.1498;RBI=0.0278758,0.012762;REFB=0,0;REVB=0.0141782,0.0104969;RO=0;SAF=1,1;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0056359,0.01491;OID=.,.;OPOS=122358658,122358657;OREF=-,A;OALT=GTGT,T;OMAPALT=AGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:16:13:0:0:4,9:4,9:0.307692,0.692308:3,8:1,1:0:0:3,8:1,1:0:0 chr10 122359052 . A T 139.51 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00104953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.648;QD=12.4011;RBI=0.0186681;REFB=-0.00378248;REVB=0.0186386;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207331;STB=0.623211;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0062786;OID=.;OPOS=122359052;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:4:12:17:12:4:12:17:12 chr10 123170525 . C T 357.28 PASS AF=0.397959;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0103882;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3131;QD=14.583;RBI=0.0189886;REFB=-0.0342571;REVB=-0.015895;RO=60;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612017;STB=0.545431;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0504015;OID=.;OPOS=123170525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:59:38:39:0.397959:15:23:33:27:15:24:32:27 chr10 123239112 . G A 2339.37 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.734;QD=63.2263;RBI=0.0377143;REFB=-0.0717758;REVB=0.0282154;RO=1;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456282;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:148:148:1:0:146:148:1:58:88:0:1:60:88:0:0 chr10 123298158 . T C 994.68 PASS AF=0.555556;AO=94;DP=170;FAO=95;FDP=171;FR=.;FRO=76;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.00714299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.084;QD=23.2674;RBI=0.0107543;REFB=-0.0164708;REVB=0.0080395;RO=75;SAF=56;SAR=38;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127999;STB=0.5695;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0118767;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:75:76:94:95:0.555556:38:56:33:42:39:56:33:43 chr10 123549691 . T G 163.62 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00567153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.898;QD=20.452;RBI=0.00710934;REFB=-0.0260499;REVB=0.00428679;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681317;STB=0.538417;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0148605;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:10:5:7:10:10:5 chr10 123596254 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1228;QD=42.1746;RBI=0.0536723;REFB=0;REVB=0.0535774;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269826;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr10 123673339 . T C 621.07 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0350344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.977;QD=55.2064;RBI=0.0477841;REFB=-0.039375;REVB=0.0324948;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407766;STB=0.5319;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000765422;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:42:42:0.933333:22:20:0:2:22:20:0:3 chr10 123720999 . AC A 35.97 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0293926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9132;QD=9.59257;RBI=0.0329547;REFB=-0.0168433;REVB=-0.0149026;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.310476;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0212708;OID=.;OPOS=123721000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:15:6:15:9:5:1:3:6:35:9:5:1:3:6 chr10 123733511 . C G 119.11 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0080493;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.324;QD=12.5379;RBI=0.0166487;REFB=0.00611837;REVB=-0.0145736;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507363;STB=0.795984;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00658037;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:24:14:14:0.368421:2:12:10:13:2:12:11:13 chr10 123844312 . C T 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0498697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.194;QD=25.4937;RBI=0.0498855;REFB=0.00494287;REVB=-0.00125593;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454578;STB=0.52551;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000522876;OID=.;OPOS=123844312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:4:3:5:9:4:3 chr10 123845322 . T C 523.34 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012739;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6322;QD=59.81;RBI=0.0167561;REFB=0;REVB=0.0108851;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45163e-05;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:6:29:0:0:6:29:0:0 chr10 123970530 . T C 304.61 PASS AF=0.354545;AO=36;DP=107;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0295702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.681;QD=11.0766;RBI=0.0325757;REFB=-0.00683854;REVB=-0.0136667;RO=65;SAF=27;SAR=9;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231357;STB=0.614277;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0192274;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:65:71:36:39:0.354545:9:27:37:28:10:29:42:29 chr10 123970569 . C T 460.83 PASS AF=0.370861;AO=54;DP=149;FAO=56;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=0.000398133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.298;QD=12.2074;RBI=0.0574846;REFB=-0.00297657;REVB=-0.0574832;RO=94;SAF=39;SAR=15;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122464;STB=0.56766;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00599802;OID=.;OPOS=123970569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:94:95:54:56:0.370861:15:39:59:35:16:40:59:36 chr10 123970722 . T A 318.44 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0639877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.339;QD=13.2682;RBI=0.0653358;REFB=-0.00881202;REVB=-0.0132037;RO=60;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738211;STB=0.54223;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0136862;OID=.;OPOS=123970722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:15:21:31:29:15:21:31:29 chr10 123976391 . C A 1231.27 PASS AF=0.934066;AO=83;DP=90;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0568451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.35;QD=54.1217;RBI=0.0594266;REFB=-0.165504;REVB=0.017325;RO=7;SAF=35;SAR=48;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858114;STB=0.538452;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0040615;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:90:91:7:6:83:85:0.934066:48:35:7:0:49:36:6:0 chr10 123997018 . G A 430.11 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.019494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2339;QD=22.6375;RBI=0.0277463;REFB=-0.0172558;REVB=0.0197445;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456233;STB=0.502511;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0151471;OID=.;OPOS=123997018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:22:20:16:18:22:20:16:18 chr10 124089036 . G A 358.49 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0210156;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.224;QD=16.8702;RBI=0.0280419;REFB=-0.016242;REVB=0.0185658;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145372;STB=0.581496;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0169645;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:19:28:17:21:19:28 chr10 124096035 . T C 137.73 PASS AF=0.5;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00434233;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.737;QD=18.3644;RBI=0.00876536;REFB=-0.0140679;REVB=-0.00761417;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34729;STB=0.604508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.01226;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:14:15:0.5:4:10:5:10:5:10:7:8 chr10 124096041 . T C 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00604508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.654;QD=19.3453;RBI=0.0107301;REFB=-0.0272603;REVB=-0.00886524;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195856;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0137448;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:7:11:7:11:7:11 chr10 124096061 . A C 227.91 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0126267;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.407;QD=17.5316;RBI=0.0153366;REFB=-0.0136893;REVB=0.00870512;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680146;STB=0.539139;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0139899;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:27:24:25:0.480769:12:12:12:16:12:13:12:15 chr10 124183697 . T G 37.88 PASS AF=0.0887097;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=38;FWDB=0.00560467;FXX=0.0606015;HRUN=22;LEN=1;MLLD=162.461;QD=1.22185;RBI=0.0165979;REFB=-0.000325462;REVB=-0.015623;RO=103;SAF=5;SAR=6;SRF=66;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219308;STB=0.685413;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00236684;OID=.;OPOS=124183697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:132:124:103:113:11:11:0.0887097:6:5:66:37:6:5:75:38 chr10 124183698 . T G 136.7 PASS AF=0.18797;AO=27;DP=138;FAO=25;FDP=133;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=0.00257225;FXX=0.0362293;HRUN=22;LEN=1;MLLD=166.287;QD=4.11115;RBI=0.0217132;REFB=-0.00161654;REVB=-0.0215603;RO=108;SAF=14;SAR=13;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143643;STB=0.589737;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00436998;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:133:108:108:27:25:0.18797:13:14:68:40:12:13:68:40 chr10 124183699 . T G 66.87 PASS AF=0.115942;AO=17;DP=140;FAO=16;FDP=138;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=45;FWDB=0.000183101;FXX=0.0142847;HRUN=22;LEN=1;MLLD=191.488;QD=1.9383;RBI=0.0153403;REFB=0.0010395;REVB=-0.0153392;RO=122;SAF=6;SAR=11;SRF=77;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334279;STB=0.715272;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00625142;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:140:138:122:122:17:16:0.115942:11:6:77:45:10:6:77:45 chr10 124183732 . T C 3947.92 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780877;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.471;QD=61.9281;RBI=0.0285866;REFB=0.0451274;REVB=-0.0274994;RO=0;SAF=129;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010239;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:255:0:0:255:255:1:126:129:0:0:126:129:0:0 chr10 124189197 . A G 739.98 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9325;QD=56.9212;RBI=0.067704;REFB=0;REVB=0.0277137;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524103;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:14:36:0:0:15:37:0:0 chr10 124214448 . G T 131.69 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00430539;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.23;QD=9.40619;RBI=0.0239644;REFB=-0.00888292;REVB=-0.0235745;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524658;STB=0.51469;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0188947;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:38:17:18:0.321429:7:10:24:14:7:11:24:14 chr10 124320355 . G A 262.81 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00272212;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.593;QD=14.8063;RBI=0.0176576;REFB=0.00115902;REVB=-0.0174465;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283449;STB=0.66027;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00371478;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:41:30:30:0.422535:10:20:14:23:10:20:16:25 chr10 124325512 . G A 440.32 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0111894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.253;QD=16.9353;RBI=0.0115281;REFB=-0.0031824;REVB=-0.00277366;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918238;STB=0.551179;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0033204;OID=.;OPOS=124325512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:22:26:25:31:22:26:25:31 chr10 124329710 . C A 277.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00523815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.671;QD=18.4903;RBI=0.0090757;REFB=-0.00490604;REVB=0.00741148;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142205;STB=0.571383;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00513262;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:12:17:22:8:12:18:22:8 chr10 124329746 . A T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0152572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.691;QD=14.6975;RBI=0.015322;REFB=-0.0200532;REVB=-0.00140789;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1708;STB=0.60482;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0161909;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:10:11:20:9:10:11:21:9 chr10 124330427 . C T 320.88 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0287487;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.966;QD=16.8882;RBI=0.0308197;REFB=-0.00853231;REVB=-0.0111069;RO=41;SAF=27;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445249;STB=0.754131;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207265;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:41:34:35:0.460526:7:27:15:26:7:28:15:26 chr10 124330459 . G A 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00595549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.958;QD=17.6942;RBI=0.00942298;REFB=0.0122642;REVB=-0.00730238;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318841;STB=0.677588;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0156058;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:28:11:22:13:28:11 chr10 124331867 . C T 2298.81 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.101;QD=62.9811;RBI=0.0155672;REFB=0;REVB=-0.0141654;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97735e-06;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:71:74:0:0:71:75:0:0 chr10 124333297 . G T 395.11 PASS AF=0.376;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.000738765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.63;QD=12.6435;RBI=0.00654447;REFB=0.00109056;REVB=0.00650264;RO=75;SAF=23;SAR=24;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105305;STB=0.570429;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00177869;OID=.;OPOS=124333297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:78:47:47:0.376:24:23:44:31:24:23:47:31 chr10 124337380 . G A 183.88 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0368982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.282;QD=13.3733;RBI=0.0378863;REFB=-0.00132954;REVB=-0.00859606;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317082;STB=0.693688;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000208236;OID=.;OPOS=124337380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:17:5:16:16:17:5:17:16 chr10 124339332 . T C 2287.2 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8562;QD=63.5335;RBI=0.047273;REFB=0;REVB=0.011655;RO=0;SAF=77;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61925e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:141:144:1:64:77:0:0:64:80:0:0 chr10 124340406 . G C 165.0 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0133007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.495;QD=21.2901;RBI=0.0193498;REFB=-0.0870124;REVB=-0.0140537;RO=10;SAF=1;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60226;STB=0.847135;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0101794;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:10:14:17:17:0.548387:16:1:6:4:16:1:7:7 chr10 124340407 . C T 64.89 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0289381;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.699;QD=8.95079;RBI=0.0302094;REFB=-0.00226607;REVB=-0.00867166;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511667;STB=0.796643;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00792088;OID=.;OPOS=124340407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:2:18:4:5:2:18 chr10 124348643 . G A 1190.12 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0269118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.79;QD=57.3552;RBI=0.0280667;REFB=0.000398865;REVB=0.00796855;RO=3;SAF=43;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854148;STB=0.504697;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=2.66196e-05;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:83:3:3:79:80:0.963855:36:43:2:1:37:43:2:1 chr10 124351013 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3933;QD=58.6002;RBI=0.0525468;REFB=0;REVB=-0.0495377;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056069;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr10 124351954 . G A 1224.85 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0261808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.153;QD=56.9699;RBI=0.0322198;REFB=0.017779;REVB=0.0187798;RO=4;SAF=44;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185731;STB=0.504376;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.000117248;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:86:4:3:81:83:0.965116:37:44:3:1:38:45:2:1 chr10 124353100 . C T 536.68 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0284966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.969;QD=40.5045;RBI=0.0298926;REFB=-0.0489733;REVB=0.00902806;RO=9;SAF=21;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104188;STB=0.505586;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00623856;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:53:53:9:9:44:44:0.830189:23:21:4:5:23:21:4:5 chr10 124357536 . T A 674.3 PASS AF=0.459119;AO=69;DP=157;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0239963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8882;QD=16.9634;RBI=0.0507173;REFB=-0.0281638;REVB=-0.0446814;RO=87;SAF=29;SAR=40;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285779;STB=0.50557;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0328008;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:87:86:69:73:0.459119:40:29:39:48:40:33:38:48 chr10 124358420 . C A,G 2422.04 PASS AF=0.520958,0.479042;AO=86,77;DP=165;FAO=87,80;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=38,41;FSAR=49,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580001,0.143491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.0145,34.7562;QD=58.0128;RBI=0.0662434,0.145584;REFB=-0.0394243,-0.0417758;REVB=0.0320028,0.0245977;RO=2;SAF=37,38;SAR=49,39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.024918,-0.0242558;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0174259,0.0170112;OID=.,.;OPOS=124358420,124358420;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:165:167:2:0:86,77:87,80:0.520958,0.479042:49,39:37,38:2:0:49,39:38,41:0:0 chr10 124358483 . G A 429.38 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=0.0591029;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0086;QD=14.8061;RBI=0.0625818;REFB=-0.03067;REVB=-0.0205751;RO=63;SAF=18;SAR=30;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117831;STB=0.565192;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0432133;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:116:63:67:48:49:0.422414:30:18:17:46:30:19:19:48 chr10 124377608 . A G 271.8 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00159771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.802;QD=20.9074;RBI=0.0105097;REFB=-0.0194183;REVB=0.0103875;RO=24;SAF=3;SAR=25;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239361;STB=0.635479;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0110355;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:25:3:6:18:25:3:6:18 chr10 124377636 . C T 143.4 PASS AF=0.316667;AO=18;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0279596;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.844;QD=9.56012;RBI=0.0378834;REFB=-0.01209;REVB=0.025562;RO=41;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213462;STB=0.525359;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0208909;OID=.;OPOS=124377636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:41:41:18:19:0.316667:13:5:12:29:14:5:12:29 chr10 124377660 . C T 172.23 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00115799;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.223;QD=9.06459;RBI=0.0118185;REFB=-0.00105976;REVB=-0.0117617;RO=52;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132077;STB=0.568663;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00230366;OID=.;OPOS=124377660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:52:53:23:23:0.302632:13:10:17:35:13:10:18:35 chr10 124377837 . T C 820.83 PASS AF=0.575758;AO=75;DP=132;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00540781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.175;QD=24.8737;RBI=0.0217915;REFB=-0.0147391;REVB=0.0211098;RO=56;SAF=36;SAR=39;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296953;STB=0.51875;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0111426;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:56:56:75:76:0.575758:39:36:29:27:40:36:29:27 chr10 124379794 . G A 647.04 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.00477477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.273;QD=17.14;RBI=0.0178996;REFB=0.0148417;REVB=-0.017251;RO=82;SAF=27;SAR=42;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113875;STB=0.506327;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0177884;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:82:82:69:69:0.456954:42:27:33:49:42:27:33:49 chr10 124380676 . C A 386.46 PASS AF=0.345588;AO=45;DP=134;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.00369524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.298;QD=11.3665;RBI=0.0145858;REFB=-0.0147324;REVB=0.01411;RO=89;SAF=22;SAR=23;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122732;STB=0.555672;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0268183;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:89:89:45:47:0.345588:23:22:53:36:23:24:53:36 chr10 124402677 . A G 1170.4 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.945;QD=60.7997;RBI=0.0522201;REFB=0;REVB=-0.0459835;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07099e-05;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:23:52:0:0:23:54:0:0 chr10 124457452 . C T 1935.2 PASS AF=1;AO=110;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455441;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.286;QD=61.4348;RBI=0.0463742;REFB=0;REVB=0.00873518;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40185e-05;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:126:0:0:110:126:1:65:45:0:0:65:61:0:0 chr10 124457453 . G T 85.87 PASS AF=0.141732;AO=18;DP=127;FAO=18;FDP=127;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.0289421;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.9495;QD=2.70454;RBI=0.0297357;REFB=-0.0135035;REVB=-0.00682389;RO=109;SAF=16;SAR=2;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585338;STB=0.896008;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00874201;OID=.;OPOS=124457453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:127:127:109:109:18:18:0.141732:2:16:45:64:2:16:45:64 chr10 124457906 . C T 565.31 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00661331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.346;QD=21.1331;RBI=0.0066631;REFB=-0.0110032;REVB=0.00081307;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12394;STB=0.568047;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00827473;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:27:30:19:31:27:30:19:31 chr10 124457969 . C G 263.18 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00132522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0564;QD=15.2565;RBI=0.00885324;REFB=0.0183868;REVB=0.00875349;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851382;STB=0.562457;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0307372;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:39:28:30:0.434783:18:10:17:22:20:10:17:22 chr10 124459139 . T C 285.19 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0401588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7004;QD=15.4156;RBI=0.0601852;REFB=-0.0149682;REVB=-0.0448278;RO=42;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192457;STB=0.510863;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0186657;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:20:12:15:27:20:12:15:27 chr10 124598653 . T C 548.68 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0111499;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.961;QD=20.5115;RBI=0.0113188;REFB=0.0157634;REVB=0.00194778;RO=51;SAF=37;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500601;STB=0.527595;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0141264;OID=.;OPOS=124598653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:51:56:56:0.523364:19:37:31:20:19:37:31:20 chr10 124816515 . C G 581.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0371347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2677;QD=58.1449;RBI=0.0467604;REFB=-0.0519732;REVB=0.0284173;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00150978;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr10 125426412 . A G 148.5 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00330768;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.743;QD=10.7997;RBI=0.0228489;REFB=-0.0223087;REVB=-0.0226082;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566893;STB=0.533298;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0435185;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:7:12:21:15:7:12:21:15 chr10 125426565 . G C 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.003;QD=63.8857;RBI=0.0224814;REFB=0;REVB=0.00214873;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38655e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:62:35:0:0:62:35:0:0 chr10 125449015 . G A 783.91 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.303;QD=57.0116;RBI=0.0428113;REFB=0;REVB=0.00459552;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33059e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr10 125449340 . T C 382.53 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0323997;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.812;QD=17.0013;RBI=0.0348444;REFB=-0.0162919;REVB=0.0128214;RO=50;SAF=14;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945515;STB=0.553164;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0159721;OID=.;OPOS=125449340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:26:14:22:28:26:14:22:28 chr10 125450857 . C G 971.95 PASS AF=1;AO=57;DP=71;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125401;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.462;QD=57.1738;RBI=0.131206;REFB=-0.0629393;REVB=0.0385942;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679856;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:68:1:0:57:68:1:27:30:1:0:27:41:0:0 chr10 125506302 . T C 520.32 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.065;QD=59.4653;RBI=0.0299181;REFB=0;REVB=0.0236778;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36162e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr10 125521533 . G A 810.12 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000308409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.674;QD=54.0081;RBI=0.11729;REFB=-0.0959146;REVB=0.117289;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037694;STB=0.519993;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00042735;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:60:2:2:58:58:0.966667:24:34:0:2:24:34:0:2 chr10 125521590 . G A 594.65 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00232882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.001;QD=52.8581;RBI=0.0050997;REFB=-0.131743;REVB=-0.00453691;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.552606;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00259105;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:1:4:41:41:0.911111:17:24:0:1:17:24:0:4 chr10 125528048 . G A 3112.33 PASS AF=0.985507;AO=203;DP=210;FAO=204;FDP=207;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=118;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0131806;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=60.1416;RBI=0.0201667;REFB=-0.061809;REVB=0.0152633;RO=1;SAF=86;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550638;STB=0.508571;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000368764;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:207:1:3:203:204:0.985507:117:86:1:0:118:86:3:0 chr10 125769728 . C T 1205.26 PASS AF=0.475285;AO=124;DP=262;FAO=125;FDP=263;FR=.;FRO=138;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=91;FSRR=47;FWDB=-0.00279831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.949;QD=18.3309;RBI=0.00286593;REFB=0.00465356;REVB=-0.000618896;RO=137;SAF=72;SAR=52;SRF=91;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831155;STB=0.541282;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00420464;OID=.;OPOS=125769728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:137:138:124:125:0.475285:52:72:91:46:52:73:91:47 chr10 125780896 . G A 223.67 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00557297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1815;QD=12.7812;RBI=0.0228989;REFB=-0.0268898;REVB=-0.0222104;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819444;STB=0.546956;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0247084;OID=.;OPOS=125780896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:19:24:13:14:19:24 chr10 126089434 . G A 162.44 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0210276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.329;QD=15.8479;RBI=0.0405305;REFB=-0.0267081;REVB=-0.0346491;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254988;STB=0.622506;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.027213;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:11:6:14:9:11:7:14:9 chr10 126136112 . A G 65.26 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0325083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1744;QD=10.8762;RBI=0.0328544;REFB=-0.0165501;REVB=-0.0047559;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296737;OID=.;OPOS=126136112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:8:9:0.375:6:2:5:10:6:3:5:10 chr10 126136239 . A G 109.0 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0111911;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.746;QD=8.38434;RBI=0.0872039;REFB=-0.0297728;REVB=-0.0864828;RO=36;SAF=13;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474954;STB=0.80201;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0445302;OID=.;OPOS=126136239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:37:15:15:0.288462:2:13:19:17:2:13:19:18 chr10 126136465 . G C 49.35 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.009;QD=28.1996;RBI=0.0578492;REFB=-0.0117537;REVB=0.0578492;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00536162;OID=.;OPOS=126136465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr10 126172863 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.936;QD=56.1914;RBI=0.0638958;REFB=0;REVB=-0.0337491;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014007;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 126356032 . TC T 37.86 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.167128;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.2845;QD=7.21141;RBI=0.2096;REFB=-0.150846;REVB=0.126493;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=0.286528;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=del;VARB=0.162643;OID=.;OPOS=126356033;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:10:21:9:21:12:4:5:5:7:37:11:6:4:3:8 chr10 126523504 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0680695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.432;QD=11.1978;RBI=0.069165;REFB=0.00135162;REVB=0.0122611;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911075;STB=0.554364;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00186354;OID=.;OPOS=126523504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:11:11:7:5:11:11 chr10 126670356 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.779;QD=53.2755;RBI=0.0289069;REFB=0;REVB=-0.0287864;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532612;OID=.;OPOS=126670356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr10 126674227 . C CT 1087.06 PASS AF=1;AO=113;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000587234;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.506;QD=33.7074;RBI=0.022089;REFB=0;REVB=-0.0220812;RO=11;SAF=65;SAR=48;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000421266;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:130:129:129:0:70:59:0:0:23:11:65:48:2:9 chr10 126674876 . A G 571.08 PASS AF=0.933333;AO=33;DP=39;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.095134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1545;QD=38.0716;RBI=0.250414;REFB=-0.15599;REVB=0.231639;RO=3;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189988;STB=0.523162;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0535953;OID=.;OPOS=126674876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:60:3:4:33:56:0.933333:25:8:1:2:33:23:3:1 chr10 126675759 . A AAGAT 737.93 PASS AF=0.797297;AO=54;DP=76;FAO=59;FDP=74;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00932616;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=274.479;QD=39.888;RBI=0.0139978;REFB=-0.0305147;REVB=0.0104384;RO=17;SAF=29;SAR=25;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761769;STB=0.528779;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.00586129;OID=.;OPOS=126675760;OREF=-;OALT=AGAT;OMAPALT=AAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.797297:54:76:59:74:15:31:28:10:5:89:17:29:25:12:5 chr10 126677266 . A T 36.11 PASS AF=0.130435;AO=5;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0458629;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0825;QD=3.13967;RBI=0.0847132;REFB=-0.00726077;REVB=-0.0712245;RO=29;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439309;STB=0.832224;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.045016;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:47:46:29:40:5:6:0.130435:4:1:17:12:5:1:22:18 chr10 126677323 . A T 36.39 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00785984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.119;QD=2.50998;RBI=0.0118089;REFB=-0.00242684;REVB=-0.00881326;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432618;STB=0.828783;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.011003;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:6:1:25:26:6:1:25:26 chr10 126683071 . G C 33.16 PASS AF=0.0806452;AO=9;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.0089911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.947;QD=1.06974;RBI=0.00936084;REFB=-0.00461715;REVB=0.0026049;RO=113;SAF=1;SAR=8;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449539;STB=0.893233;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0695863;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:113:114:9:10:0.0806452:8:1:59:54:9:1:59:55 chr10 126683087 . T C 47.8 PASS AF=0.0970149;AO=12;DP=131;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.0062388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.933;QD=1.42697;RBI=0.0246271;REFB=-0.000581109;REVB=0.0238237;RO=119;SAF=1;SAR=11;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491903;STB=0.903534;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0147814;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:131:134:119:121:12:13:0.0970149:11:1:57:62:12:1:58:63 chr10 126683123 . A C 53.13 PASS AF=0.10219;AO=14;DP=136;FAO=14;FDP=137;FR=.;FRO=123;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=-0.0658019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9132;QD=1.55127;RBI=0.0658097;REFB=-0.00500748;REVB=0.00101482;RO=122;SAF=1;SAR=13;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531226;STB=0.909507;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0413068;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:136:137:122:123:14:14:0.10219:13:1:59:63:13:1:59:64 chr10 126683151 . C T 79.85 PASS AF=0.139344;AO=17;DP=122;FAO=17;FDP=122;FR=.;FRO=105;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.00246012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7468;QD=2.61807;RBI=0.0402204;REFB=0.00441281;REVB=-0.0401451;RO=105;SAF=1;SAR=16;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583646;STB=0.916867;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0364584;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:122:122:105:105:17:17:0.139344:16:1:49:56:16:1:49:56 chr10 126683162 . C T 76.16 PASS AF=0.13913;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0187667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.222;QD=2.64896;RBI=0.0188547;REFB=0.00161712;REVB=0.00181935;RO=99;SAF=1;SAR=15;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592335;STB=0.919663;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0062731;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:115:115:99:99:16:16:0.13913:15:1:49:50:15:1:49:50 chr10 126683190 . C A 41.93 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00561485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.806;QD=1.74689;RBI=0.0253286;REFB=-0.000846232;REVB=-0.0246984;RO=86;SAF=1;SAR=9;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462366;STB=0.864566;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0089393;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:86:86:10:10:0.104167:9:1:39:47:9:1:39:47 chr10 126714714 . G C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.557;QD=54.515;RBI=0.0265523;REFB=0;REVB=0.0165736;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143908;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 126714966 . A G 331.35 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922543;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2739;QD=55.2247;RBI=0.0712747;REFB=0;REVB=-0.0706751;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523273;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr10 126715242 . GGC G,GG 36.61 PASS AF=0,0.375;AO=5,8;DP=32;FAO=0,12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=0,7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0604732,0.0285073;FXX=0;HRUN=3,7;LEN=2,1;MLLD=17.7724,9.32061;QD=4.57666;RBI=0.276762,0.0610095;REFB=-0.0233931,-0.0787383;REVB=-0.270075,-0.0539396;RO=18;SAF=0,5;SAR=5,3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.66487,0.259036;STB=0.5,0.510735;STBP=1,0.929;TYPE=del,del;VARB=0,0.0793191;OID=.,.;OPOS=126715243,126715244;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.375:5,8:32:0,12:32:20:0,5:0,7:8:12:37:18:0,5:5,3:7:11 chr10 126715692 . C T 360.28 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00193506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.613;QD=20.2973;RBI=0.0132798;REFB=-0.0340788;REVB=-0.0131381;RO=34;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126234;STB=0.57458;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0333026;OID=.;OPOS=126715692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:36:37:0.521127:13:23:17:17:13:24:17:17 chr10 126721441 . C A 426.71 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.663;QD=56.8946;RBI=0.0435543;REFB=0;REVB=0.0354742;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8818e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:19:8:0:0:22:8:0:0 chr10 127265374 . T C 425.23 PASS AF=0.45;AO=42;DP=96;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00202782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2492;QD=17.0092;RBI=0.0125784;REFB=-0.0162295;REVB=0.0124139;RO=53;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193405;STB=0.515688;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0208965;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:53:55:42:45:0.45:23:19:25:28:25:20:26:29 chr10 127441439 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00999716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.723;QD=16.0717;RBI=0.0206265;REFB=-0.00557186;REVB=-0.0180419;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154545;STB=0.587481;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00987155;OID=.;OPOS=127441439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:20:9:16:19:20:9:16:19 chr10 127445408 . G T 152.38 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000226136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8591;QD=40.6341;RBI=0.0845101;REFB=-0.110866;REVB=-0.0845098;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00736156;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:0:1:5:9:0:1 chr10 127462525 . A G 60.11 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0524071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7532;QD=8.29149;RBI=0.0755137;REFB=-0.0380543;REVB=-0.0543674;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.677087;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.054267;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:29:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:4:15:5:4:4:16 chr10 127530325 . T C 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00452513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.313;QD=12.5621;RBI=0.00457992;REFB=-0.00653959;REVB=-0.000706305;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636557;STB=0.536708;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00734371;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:18:17:12:10:18:17 chr10 127579186 . C A 309.18 PASS AF=0.237374;AO=45;DP=199;FAO=47;FDP=198;FR=.;FRO=151;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=84;FSRR=67;FWDB=-0.0283084;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.482;QD=6.24599;RBI=0.0284519;REFB=-0.0124352;REVB=0.00285407;RO=153;SAF=25;SAR=20;SRF=84;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838436;STB=0.518703;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0398658;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:153:151:45:47:0.237374:20:25:84:69:22:25:84:67 chr10 127579210 . T C 211.6 PASS AF=0.183099;AO=39;DP=213;FAO=39;FDP=213;FR=.;FRO=174;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=100;FSRR=74;FWDB=0.0232122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7474;QD=3.97367;RBI=0.0287129;REFB=-0.000834654;REVB=0.0169004;RO=173;SAF=19;SAR=20;SRF=99;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10954;STB=0.571256;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00508283;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:173:174:39:39:0.183099:20:19:99:74:20:19:100:74 chr10 127579238 . G T 201.96 PASS AF=0.17757;AO=38;DP=212;FAO=38;FDP=214;FR=.;FRO=176;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=96;FSRR=80;FWDB=-0.0162132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.384;QD=3.77485;RBI=0.0192612;REFB=-0.00342969;REVB=-0.0103984;RO=174;SAF=20;SAR=18;SRF=94;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179898;STB=0.515802;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0142226;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:174:176:38:38:0.17757:18:20:94:80:18:20:96:80 chr10 127579264 . A G 93.86 PASS AF=0.119171;AO=23;DP=193;FAO=23;FDP=193;FR=.;FRO=170;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.024739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7884;QD=1.9453;RBI=0.032284;REFB=-0.0034753;REVB=-0.0207421;RO=168;SAF=14;SAR=9;SRF=91;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849928;STB=0.565858;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.022806;OID=.;OPOS=127579264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:193:193:168:170:23:23:0.119171:9:14:91:77:9:14:91:79 chr10 127585173 . T C 73.23 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0629002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.864;QD=20.9224;RBI=0.0642823;REFB=-0.0301218;REVB=0.013258;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0352683;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:7:9:0.642857:4:3:1:4:5:4:1:4 chr10 127585179 . G C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0179421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.066;QD=22.9182;RBI=0.0274377;REFB=-0.0444453;REVB=0.0207583;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0140335;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr10 127668431 . A G 400.68 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0403958;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.295;QD=18.4219;RBI=0.0404619;REFB=0.00137028;REVB=-0.00231156;RO=45;SAF=14;SAR=27;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186497;STB=0.61038;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00110728;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:46:41:41:0.471264:27:14:24:21:27:14:25:21 chr10 127677374 . A G 95.12 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0172831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.038;QD=10.8703;RBI=0.021914;REFB=0.00351437;REVB=0.0134727;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287743;STB=0.666444;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00899479;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:3:20:8:4:3:20 chr10 127753478 . G A 261.03 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0134653;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.327;QD=14.3028;RBI=0.0253446;REFB=-0.000855286;REVB=0.0214718;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937402;STB=0.570325;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00157434;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:43:30:30:0.410959:14:16:25:15:14:16:28:15 chr10 127834139 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.472;QD=57.6807;RBI=0.00736242;REFB=0;REVB=-0.00379686;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8842e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 128019025 . C G 1310.21 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289145;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3371;QD=60.9402;RBI=0.0291146;REFB=-0.0390462;REVB=-0.00340808;RO=1;SAF=34;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016414;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:86:1:0:85:86:1:51:34:1:0:51:35:0:0 chr10 128114325 . G A 261.43 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00831464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9233;QD=17.143;RBI=0.0350539;REFB=-3.59795e-05;REVB=-0.0340535;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171215;STB=0.609791;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000184651;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:28:29:0.47541:12:16:12:19:12:17:12:20 chr10 128202435 . T C 975.05 PASS AF=0.921053;AO=69;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00631202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0327;QD=51.3182;RBI=0.0691604;REFB=-0.158467;REVB=0.0688718;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.542845;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0075249;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:76:76:1:6:69:70:0.921053:32:37:0:1:32:38:0:6 chr10 128830479 . C G 33.38 PASS AF=0.152174;AO=8;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0833115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7689;QD=2.90222;RBI=0.114906;REFB=-0.00720297;REVB=-0.0791369;RO=36;SAF=1;SAR=7;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650809;STB=0.894055;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0659476;OID=.;OPOS=128830479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:46:36:39:8:7:0.152174:7:1:26:10:6:1:26:13 chr10 128925909 . G A 493.97 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0416061;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.131;QD=16.0639;RBI=0.0416375;REFB=-0.000231424;REVB=-0.00161586;RO=69;SAF=34;SAR=20;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677936;STB=0.53796;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000149114;OID=.;OPOS=128925909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:69:69:54:54:0.439024:20:34:39:30:20:34:39:30 chr10 128926013 . A G 1933.26 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.216;QD=61.8644;RBI=0.0286232;REFB=0;REVB=0.0239212;RO=0;SAF=74;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81214e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:49:74:0:0:51:74:0:0 chr10 128974621 . C T 130.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.583;QD=43.3334;RBI=0.107468;REFB=0;REVB=0.0151549;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107429;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr10 129216658 . T C 372.01 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0334233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9104;QD=15.1842;RBI=0.055057;REFB=-0.0057643;REVB=-0.043751;RO=58;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167743;STB=0.594781;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0114137;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:17:23:24:34:17:23:24:34 chr10 129242515 . G A 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0166138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.779;QD=24.9348;RBI=0.0208514;REFB=-0.00222297;REVB=-0.0126;RO=24;SAF=11;SAR=26;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414331;STB=0.522666;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00115057;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:26:11:6:18:26:11:6:18 chr10 129249662 . G A 880.02 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.032;QD=56.7758;RBI=0.0631524;REFB=0;REVB=0.0524376;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377231;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr10 129249701 . C G 888.12 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.466;QD=56.3886;RBI=0.0843143;REFB=0.0603965;REVB=0.0739252;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000394503;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:29:32:1:0:30:32:1:0 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C,G 164.71 PASS AF=0.1875,0.8125,0;AO=2,8,3;DP=14;FAO=3,13,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9,0;FSAR=2,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335279,0.221617,0.0369616;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=7,1,1;MLLD=132.594,34.5647,31.7027;QD=41.1784;RBI=0.0345818,0.290153,0.0511458;REFB=0,0,0;REVB=-0.00847241,0.187283,0.0353516;RO=0;SAF=1,4,3;SAR=1,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,snp,snp;VARB=0.023994,0.0808029,0;OID=.,.,.;OPOS=129534479,129534478,129534478;OREF=-,A,A;OALT=GCGCGGC,C,G;OMAPALT=AGCGCGGC,C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:14:16:0:0:2,8,3:3,13,0:0.1875,0.8125,0:1,4,0:1,4,3:0:0:2,4,0:1,9,0:0:0 chr10 129534679 . T C 1317.35 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.943;QD=61.9928;RBI=0.0609458;REFB=0;REVB=0.0488946;RO=0;SAF=65;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010772;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:15:65:0:0:20:65:0:0 chr10 129534722 . C T 378.41 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.00804004;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.934;QD=18.2366;RBI=0.0195571;REFB=-0.020468;REVB=0.0178281;RO=34;SAF=37;SAR=2;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286548;STB=0.789428;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0187147;OID=.;OPOS=129534722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:34:44:39:39:0.46988:2:37:29:5:2:37:32:12 chr10 129534739 . C G 505.86 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.007101;FXX=0.0225547;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.094;QD=15.5649;RBI=0.0381801;REFB=-0.0139023;REVB=-0.037514;RO=74;SAF=34;SAR=22;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835336;STB=0.539057;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0123388;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:74:74:56:56:0.430769:22:34:39:35:22:34:40:34 chr10 129534864 . A C 1379.98 PASS AF=1;AO=70;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326867;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.194;QD=62.7262;RBI=0.0352463;REFB=0;REVB=0.0131864;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99648e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:70:88:1:41:29:0:0:46:42:0:0 chr10 129845903 . C T 286.42 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0629384;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.456;QD=15.4824;RBI=0.0630642;REFB=-0.0281049;REVB=-0.00398134;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193816;STB=0.61493;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0224873;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:18:14:26:15:18:14:27:15 chr10 129859992 . T C 292.7 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00949673;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.667;QD=15.0102;RBI=0.00949675;REFB=-0.00708054;REVB=-1.71859e-05;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489491;STB=0.52765;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.01194;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:14:19:28:17:14:19:28:17 chr10 129866449 . C G 246.54 PASS AF=0.490909;AO=28;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0222601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3512;QD=17.9302;RBI=0.0574658;REFB=-0.0121345;REVB=0.0529793;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639916;STB=0.509427;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0138984;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:28:27:0.490909:15:13:14:12:14:13:14:14 chr10 129871690 . A G 424.82 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0180762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8499;QD=24.2755;RBI=0.0383416;REFB=-0.011291;REVB=-0.0338132;RO=27;SAF=27;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162485;STB=0.605154;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00707977;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:29:41:41:0.585714:14:27:12:15:14:27:12:17 chr10 129882401 . C T 174.27 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=2;FWDB=0.00677881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9061;QD=11.6181;RBI=0.0346573;REFB=0.00516705;REVB=-0.0339878;RO=38;SAF=15;SAR=6;SRF=36;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392256;STB=0.708959;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0131664;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:6:15:36:2:6:16:36:2 chr10 129883370 . A G 949.37 PASS AF=0.46729;AO=100;DP=214;FAO=100;FDP=214;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=79;FSRR=35;FWDB=0.000988556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4628;QD=17.7452;RBI=0.0240593;REFB=-0.0167784;REVB=-0.024039;RO=112;SAF=43;SAR=57;SRF=79;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259006;STB=0.63737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0282218;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:114:100:100:0.46729:57:43:79:33:57:43:79:35 chr10 129883933 . C T 354.37 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00426313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.391;QD=21.4772;RBI=0.00736176;REFB=-0.0100512;REVB=-0.00600176;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127933;STB=0.575716;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0042048;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:30:35:36:0.545455:17:18:20:10:18:18:20:10 chr10 129903592 . G A 449.27 PASS AF=0.41129;AO=49;DP=122;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.00581129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.197;QD=14.4926;RBI=0.0223146;REFB=-0.00873982;REVB=0.0215446;RO=73;SAF=16;SAR=33;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00268998;STB=0.503029;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00715778;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:73:73:49:51:0.41129:33:16:24:49:34:17:24:49 chr10 129904917 . G A 397.8 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00470659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.735;QD=18.0819;RBI=0.0183125;REFB=-0.00312369;REVB=0.0176973;RO=46;SAF=29;SAR=12;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084243;STB=0.542909;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00312226;OID=.;OPOS=129904917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:12:29:29:17:12:29:30:17 chr10 129906903 . C T 517.76 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.000611069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.774;QD=16.4367;RBI=0.0214021;REFB=-0.000636846;REVB=0.0213934;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141242;STB=0.573097;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000950567;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:70:55:56:0.444444:29:26:43:27:29:27:43:27 chr10 129911856 . C G 251.75 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00907486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8518;QD=14.8087;RBI=0.0101302;REFB=-0.0117724;REVB=-0.0045019;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122441;STB=0.561131;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0129873;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:14:15:15:23:14:15:16:23 chr10 129913960 . A T 408.63 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.000622394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.39;QD=13.076;RBI=0.0125862;REFB=-0.00319583;REVB=-0.0125708;RO=77;SAF=27;SAR=21;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611747;STB=0.534729;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00334278;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:21:27:39:38:21:27:39:38 chr10 129917560 . T C 224.59 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00873133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6932;QD=17.6152;RBI=0.0157356;REFB=-0.00143918;REVB=0.0130909;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164399;STB=0.592757;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00112853;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:11:16:10:14:11:16 chr10 129921195 . A T 378.93 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0205021;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.759;QD=14.8601;RBI=0.0240043;REFB=-0.0171782;REVB=-0.0124847;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665802;STB=0.53746;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0279419;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:21:22:34:25:21:22:34:25 chr10 131634657 . AAAAAT A 61.25 PASS AF=0.270833;AO=9;DP=44;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0249853;FXX=0.039992;HRUN=7;LEN=5;MLLD=231.68;QD=5.10422;RBI=0.0255635;REFB=-0.00263247;REVB=-0.00540646;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31575;STB=0.768817;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.00659667;OID=.;OPOS=131634658;OREF=AAAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:9:44:13:48:35:10:3:14:21:61:14:7:2:7:7 chr10 131934747 . G C 61.99 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.05619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5076;QD=13.7745;RBI=0.0667015;REFB=-0.01525;REVB=0.0359412;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0886971;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:18:9:9:7:7:0.388889:3:4:5:4:3:4:5:4 chr10 131959150 . C T 238.91 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0373719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.525;QD=16.1971;RBI=0.0377509;REFB=-0.021927;REVB=0.00533556;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982234;STB=0.555514;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0306284;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:15:17:17:10:15:17 chr10 131967693 . T A 371.47 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00827079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.368;QD=17.0789;RBI=0.00909108;REFB=-0.0148888;REVB=0.00377383;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989794;STB=0.548363;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0199487;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:21:18:17:30:21:18:18:30 chr10 132303374 . G C 217.79 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0206598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.07;QD=13.6119;RBI=0.0230426;REFB=-0.017211;REVB=-0.0102046;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425102;STB=0.524253;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0228954;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:16:22:14:12:16:22 chr10 132891254 . G A 33.71 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0320532;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.113;QD=3.64399;RBI=0.040516;REFB=-0.010784;REVB=-0.0247818;RO=32;SAF=2;SAR=3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36678;STB=0.675163;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0567338;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:32:31:5:6:0.162162:3:2:23:9:3:3:22:9 chr10 133918372 . G A 692.23 PASS AF=0.449102;AO=75;DP=167;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.00806028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6203;QD=16.5803;RBI=0.080268;REFB=-0.0390882;REVB=0.0798623;RO=88;SAF=38;SAR=37;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710511;STB=0.526284;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0374599;OID=.;OPOS=133918372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:88:92:75:75:0.449102:37:38:51:37:37:38:51:41 chr10 133948634 . T C 284.65 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00172598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.224;QD=29.9635;RBI=0.0055195;REFB=-0.0148515;REVB=-0.00524269;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363425;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0133309;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:6:7:12:13:6:7 chr10 133950642 . T C 267.92 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00866682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.962;QD=16.2374;RBI=0.0209384;REFB=-0.0178488;REVB=-0.0190605;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223069;STB=0.625167;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0129403;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:12:24:13:17:12:24 chr10 133961494 . C T 221.67 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0827416;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.969;QD=12.1463;RBI=0.0860681;REFB=-0.0178641;REVB=0.0236968;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977947;STB=0.556452;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0258842;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:46:27:27:0.369863:17:10:21:25:17:10:21:25 chr10 133963466 . A G 1893.67 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124927;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7283;QD=61.5828;RBI=0.0192458;REFB=0;REVB=-0.0146401;RO=0;SAF=69;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015007;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:121:123:1:52:69:0:0:53:70:0:0 chr10 133981664 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGCG 37.76 PASS AF=0.27451,0.0196078;AO=22,3;DP=52;FAO=14,1;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=3,0;FSAR=11,1;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0554964,0.0220062;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=7.48331,69.4428;QD=2.96141;RBI=0.0736718,0.0632252;REFB=-0.183443,-0.045306;REVB=-0.0484528,-0.0592718;RO=23;SAF=4,0;SAR=18,3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=-0.405791,-0.605533;STB=0.653605,0.987848;STBP=0.239,0.495;TYPE=del,mnp;VARB=0.185776,0.163162;OID=.,.;OPOS=133981665,133981669;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451,0.0196078:22,3:52:14,1:51:36:3,0:11,1:14:22:38:23:4,0:18,3:13:10 chr10 133981682 . G A 151.05 PASS AF=0.36;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0239033;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.929;QD=12.0837;RBI=0.0273919;REFB=-0.00165421;REVB=0.0133771;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201785;STB=0.62057;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00309948;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:16:18:0.36:10:6:7:25:11:7:7:25 chr10 134013990 . G A 113.27 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.019233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.466;QD=17.4268;RBI=0.02083;REFB=-0.0621884;REVB=-0.0079987;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991777;STB=0.578191;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0369344;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:8:5:6:6:8:5:7:6 chr10 134017295 . A G 206.75 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0219793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9614;QD=17.5958;RBI=0.0231618;REFB=-0.0202789;REVB=0.00730594;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0202619;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:20:6:6:15:20:6 chr10 134018867 . G A 588.33 PASS AF=0.531532;AO=56;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00253657;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.872;QD=21.2011;RBI=0.0167473;REFB=-0.0344854;REVB=0.0165541;RO=54;SAF=32;SAR=24;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533507;STB=0.510797;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0307411;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:52:56:59:0.531532:24:32:34:20:24:35:32:20 chr10 134021576 . C T 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00777175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.48;QD=16.9227;RBI=0.0143821;REFB=-0.0155683;REVB=0.0121014;RO=34;SAF=22;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29625;STB=0.667298;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0193822;OID=.;OPOS=134021576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:8:22:15:19:8:22:15:19 chr10 134036193 . A G 155.7 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000958648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.677;QD=15.1902;RBI=0.0733242;REFB=-0.00645532;REVB=-0.0733179;RO=21;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221127;STB=0.675102;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00725499;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:24:17:17:0.414634:4:13:12:9:4:13:12:12 chr10 134145314 . A G 165.39 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980789;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9793;QD=47.2554;RBI=0.101553;REFB=0;REVB=-0.0263366;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224447;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr10 134161633 . A G 553.08 PASS AF=0.975;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00325538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.516;QD=55.3076;RBI=0.0160352;REFB=-0.154036;REVB=0.0157012;RO=1;SAF=7;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622689;STB=0.533316;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000871555;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:37:39:0.975:30:7:1:0:32:7:1:0 chr10 134218269 . C T 716.45 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0266812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.566;QD=51.1753;RBI=0.0267566;REFB=-0.0128579;REVB=0.00200741;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194369;STB=0.50744;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00418998;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:53:53:0.946429:28:25:1:1:28:25:1:2 chr10 134459388 . A G 281.96 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0327173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6365;QD=22.5568;RBI=0.0333088;REFB=-0.0140484;REVB=-0.00624932;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255262;STB=0.514275;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0126826;OID=.;OPOS=134459388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:16:8:8:18:16:8 chr10 134598628 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.267;QD=58.1295;RBI=0.0444953;REFB=0;REVB=0.00874964;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162367;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 134622408 . T C 214.9 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0424366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9766;QD=21.4899;RBI=0.0631201;REFB=-0.019215;REVB=0.0467256;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219369;STB=0.62253;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0163704;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:5:14:10:11:5:14 chr10 134623959 . T C 210.55 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00732194;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.574;QD=17.5462;RBI=0.0220249;REFB=-0.00961255;REVB=-0.0207722;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150686;STB=0.585719;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.012964;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:17:10:11:10:17:10 chr10 134624225 . G A 212.7 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.867;QD=20.2575;RBI=0.0262313;REFB=-0.011006;REVB=0.016613;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295343;STB=0.666508;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0217652;OID=.;OPOS=134624225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:14:7:14:7:14:7 chr10 134624504 . C T 452.28 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0123729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.681;QD=14.8289;RBI=0.02178;REFB=-0.0203067;REVB=-0.0179243;RO=70;SAF=14;SAR=37;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133252;STB=0.572207;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0220575;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:37:14:27:43:37:14:27:44 chr10 134646988 . C T 242.1 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00278985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6309;QD=16.9897;RBI=0.00308793;REFB=-0.000660019;REVB=0.00132364;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807452;STB=0.543049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000421733;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:26:27:0.473684:13:13:17:12:13:14:18:12 chr10 134682855 . C T 104.77 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0208364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.856;QD=10.4771;RBI=0.0312767;REFB=-0.0265681;REVB=-0.0233255;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194972;STB=0.640121;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0610957;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:12:13:0.325:7:5:7:20:7:6:7:20 chr10 134722022 . A G 313.08 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0207196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.089;QD=19.5676;RBI=0.022986;REFB=-0.0301543;REVB=-0.00995272;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217485;STB=0.620812;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.039912;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:20:13:20:11:20:13:20:11 chr10 134726621 . G C 109.08 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0531881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.361;QD=14.0745;RBI=0.0997957;REFB=0.0285058;REVB=0.0844406;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116459;STB=0.567469;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0288908;OID=.;OPOS=134726621;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:5:13:8:5:5:13 chr10 134735672 . A G 506.34 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.00684257;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.314;QD=14.6765;RBI=0.0246125;REFB=-0.0110468;REVB=-0.0236422;RO=81;SAF=31;SAR=25;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068364;STB=0.541454;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0211571;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:82:56:56:0.405797:25:31:50:31:25:31:51:31 chr10 134736026 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0136225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.571;QD=19.0583;RBI=0.0138502;REFB=-0.0024576;REVB=-0.00250104;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667811;STB=0.537776;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00249006;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:7:13:11:8:7:13 chr10 134736052 . G T 221.97 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0427754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.734;QD=19.3014;RBI=0.0432055;REFB=-0.0182;REVB=0.00608155;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721544;STB=0.504078;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0209505;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:10:14:13:9:10:14 chr10 134736076 . T G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0268984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.48;QD=18.154;RBI=0.0354656;REFB=0.000771961;REVB=-0.0231146;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111266;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.000447352;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:11:14:12:9:11:14 chr10 134738232 . A G 571.63 PASS AF=0.394118;AO=64;DP=167;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=0.0112807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.907;QD=13.45;RBI=0.0114604;REFB=-0.0148891;REVB=-0.00202136;RO=101;SAF=28;SAR=36;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189352;STB=0.592591;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0262572;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:101:103:64:67:0.394118:36:28:62:39:37:30:62:41 chr10 134748331 . C T 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0161914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.073;QD=15.0664;RBI=0.0210443;REFB=-0.0107781;REVB=-0.0134425;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16671;STB=0.594538;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0162577;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:22:12:24:23:22:12:24:23 chr10 134756013 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0121601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.377;QD=12.7389;RBI=0.0275459;REFB=-0.0413613;REVB=0.0247166;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0484809;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:6:4:5:3:6:4 chr10 134777790 . G A 945.06 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0107689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.189;QD=53.243;RBI=0.0220024;REFB=-0.0765548;REVB=0.0191869;RO=0;SAF=11;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000439233;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:0:4:67:67:0.943662:56:11:0:0:56:11:0:4 chr10 134884516 . G A 237.51 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0304972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7563;QD=18.6282;RBI=0.0561323;REFB=-0.00687241;REVB=0.0471249;RO=26;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306127;STB=0.517227;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00587742;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:7:18:18:8:7:18:18:8 chr10 134884546 . A G 288.88 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0373018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.401;QD=18.0547;RBI=0.0389917;REFB=-0.0576272;REVB=-0.0113545;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876496;STB=0.523795;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0467721;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:31:31:33:0.515625:11:20:22:8:11:22:22:9 chr10 134884595 . G A 424.19 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.019236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.262;QD=18.6456;RBI=0.0222843;REFB=-0.0249309;REVB=0.0112502;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155603;STB=0.586694;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0207158;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:25:18:28:20:25:18:28:20 chr10 134884610 . C G 363.29 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0132658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2578;QD=15.7954;RBI=0.039578;REFB=-0.00753531;REVB=0.0372886;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14654;STB=0.57068;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00683096;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:53:39:39:0.423913:21:18:31:20:21:18:31:22 chr10 134886618 . G C 118.96 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0203558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.569;QD=13.218;RBI=0.0210245;REFB=-0.00357111;REVB=-0.00526018;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.543937;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00455497;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:8:6:9:11:8:6:11:11 chr10 134896078 . C T 346.06 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0114894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2757;QD=19.4962;RBI=0.0204295;REFB=-0.00410307;REVB=-0.0168926;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877859;STB=0.548763;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00614;OID=.;OPOS=134896078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:19:17:20:15:19:17:20:15 chr10 134902396 . C G 42.32 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0200681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3243;QD=18.8077;RBI=0.0200935;REFB=-0.0516599;REVB=-0.00100859;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0202813;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:1:2:2:4:1:2 chr10 134902398 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00918489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.063;QD=21.842;RBI=0.0295444;REFB=-0.00384228;REVB=-0.0280804;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00124641;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr10 134942166 . A G 428.47 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0127621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.817;QD=14.4025;RBI=0.0636974;REFB=-0.0180234;REVB=-0.0624058;RO=70;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429204;STB=0.524161;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0301718;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:70:49:49:0.411765:26:23:30:40:26:23:30:40 chr10 134942832 . G A 339.36 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0177973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.207;QD=26.6166;RBI=0.0277412;REFB=-0.0356944;REVB=0.0212798;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434473;STB=0.523795;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.014368;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:12:20:13:6:12:20:13:6 chr10 134997480 . C T 137.24 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0254345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5618;QD=19.6055;RBI=0.0256211;REFB=-0.00552849;REVB=-0.0030861;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00879363;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:8:5:9:6:8:5 chr10 134999602 . G C 190.24 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0040298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9798;QD=11.3575;RBI=0.0254902;REFB=-0.034763;REVB=-0.0251696;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190759;STB=0.589278;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0240821;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:40:43:24:24:0.358209:9:15:18:22:9:15:21:22 chr10 134999854 . G A 684.67 PASS AF=0.426136;AO=75;DP=175;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0122682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.824;QD=15.5607;RBI=0.0171468;REFB=-0.00103491;REVB=-0.0119793;RO=99;SAF=53;SAR=22;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288976;STB=0.66235;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00110039;OID=.;OPOS=134999854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:99:101:75:75:0.426136:22:53:43:56:22:53:44:57 chr10 135012162 . T C 142.73 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0406952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.928;QD=23.7878;RBI=0.0441872;REFB=-0.025455;REVB=-0.0172165;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682412;STB=0.526281;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0149919;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:8:6:3:6:9:6:3:6 chr10 135012652 . T C 155.24 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0172135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.709;QD=15.145;RBI=0.0281364;REFB=-0.0209332;REVB=-0.0222565;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312091;STB=0.679569;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0367244;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:16:8:11:6:16:8 chr10 135015427 . C A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0169392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.469;QD=20.8975;RBI=0.0435596;REFB=-0.0233541;REVB=0.0401311;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185472;STB=0.699397;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0145335;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:1:7:2:1:1:7:2:2 chr10 135015667 . C T 327.09 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00623481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5626;QD=21.4487;RBI=0.00662569;REFB=-0.0241712;REVB=0.00224208;RO=23;SAF=25;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457555;STB=0.547192;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0227608;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:27:34:34:0.557377:9:25:18:5:9:25:22:5 chr10 135016089 . T C 383.27 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0107325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.51;QD=14.6009;RBI=0.0107716;REFB=-0.022811;REVB=-0.000917715;RO=61;SAF=16;SAR=28;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169607;STB=0.5957;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0276477;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:28:16:32:29:28:16:32:29 chr10 135016175 . T G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0119413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.58;QD=6.92899;RBI=0.0293939;REFB=-0.00850014;REVB=0.026859;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0183497;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chr10 135051543 . T C 39.53 PASS AF=0.194444;AO=6;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00443039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.375;QD=4.39261;RBI=0.0114569;REFB=-0.0140333;REVB=-0.0105656;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331693;STB=0.650753;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0678553;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:35:36:29:29:6:7:0.194444:2:4:11:18:3:4:11:18 chr10 135051562 . A G 629.49 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8474;QD=61.414;RBI=0.0346671;REFB=0;REVB=0.0345801;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135563;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:22:15:0:0:26:15:0:0 chr10 135061112 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.788;QD=48.737;RBI=0.0255566;REFB=0;REVB=0.00348616;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028002;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr10 135076596 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.641;QD=57.2025;RBI=0.0443173;REFB=0;REVB=0.0439394;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194313;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr10 135082346 . A G 817.98 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00417171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0359;QD=53.6378;RBI=0.0424285;REFB=-0.0269476;REVB=-0.0422229;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336634;STB=0.517236;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0138966;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:58:59:0.967213:31:27:2:0:31:28:2:0 chr10 135084232 . C CAGA 1303.48 PASS AF=0.93617;AO=82;DP=95;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00730187;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.017;QD=55.4672;RBI=0.0374941;REFB=-0.055077;REVB=0.0367763;RO=7;SAF=22;SAR=60;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10535;STB=0.557679;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00405082;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93617:82:95:88:94:6:23:65:6:0:19:7:22:60:6:1 chr10 135084322 . A G 1425.27 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1;QD=62.649;RBI=0.103602;REFB=0;REVB=-0.0208777;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159566;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:61:29:0:0:62:29:0:0 chr10 135085321 . C T 508.33 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.107;QD=56.4815;RBI=0.0265537;REFB=-0.124559;REVB=0.0142755;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00127672;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:1:0 chr10 135085426 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.644;QD=58.9627;RBI=0.0325678;REFB=0;REVB=0.00203182;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72335e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr10 135085754 . G A 1904.7 PASS AF=0.984252;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.762;QD=59.9907;RBI=0.0252194;REFB=-0.0418659;REVB=0.0202496;RO=0;SAF=41;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511362;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=7.12488e-05;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:127:0:2:123:125:0.984252:82:41:0:0:82:43:2:0 chr10 135086380 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.912;QD=42.1825;RBI=0.0244457;REFB=0;REVB=-0.00719759;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110769;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 135087521 . G A 658.22 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.072;QD=59.8385;RBI=0.0229932;REFB=-0.102944;REVB=0.00167513;RO=1;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140218;STB=0.507459;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000221462;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:10:33:1:0:10:33:1:0 chr10 135089035 . A G 1495.24 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456307;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3655;QD=58.6369;RBI=0.0460108;REFB=-0.00872633;REVB=-0.00590212;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000551627;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:102:0:1:101:101:0.990196:59:42:0:0:59:42:0:1 chr10 135097434 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.595;QD=60.2295;RBI=0.03369;REFB=0;REVB=0.00428958;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172641;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr10 135098672 . G A 790.35 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00045127;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.918;QD=64.5187;RBI=0.0879389;REFB=0;REVB=0.0879378;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395146;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr10 135098830 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.59;QD=59.4356;RBI=0.0151425;REFB=0;REVB=0.0145227;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37906e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr10 135098845 . C T 392.89 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0201118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.164;QD=47.6235;RBI=0.0248744;REFB=-0.0407644;REVB=0.0146374;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.501318;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00475588;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:33:1:3:28:28:0.848485:9:19:1:0:9:19:2:1 chr10 135160950 . C T 240.1 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0352561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.5628;QD=43.6546;RBI=0.119493;REFB=-0.0947458;REVB=0.114173;RO=2;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152413;STB=0.583245;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0056797;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:15:5:2:0:15:5:2:0 chr10 135165790 . A G 803.39 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.783;QD=64.2708;RBI=0.0342591;REFB=0;REVB=-0.0254799;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4974e-06;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chr10 135180430 . A G 1534.08 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0373829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.555;QD=62.6154;RBI=0.0463053;REFB=-0.12464;REVB=-0.0273257;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.506665;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000204442;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:60:37:0:0:60:37:1:0 chr10 135184126 . G A 1351.44 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0118977;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.714;QD=53.5223;RBI=0.0222804;REFB=-0.0256818;REVB=0.0188377;RO=5;SAF=55;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411797;STB=0.521735;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00299085;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:102:101:5:5:96:96:0.950495:41:55:5:0:41:55:5:0 chr10 135186806 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4957;QD=47.8194;RBI=0.0207186;REFB=0;REVB=-0.00531788;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181396;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr10 135197680 . G A 470.87 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00376681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.821;QD=18.6483;RBI=0.00791701;REFB=-0.0164273;REVB=0.00696349;RO=51;SAF=40;SAR=9;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257971;STB=0.652459;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0196625;OID=.;OPOS=135197680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:9:40:31:20:9:40:31:21 chr10 135204950 . C G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.23;QD=57.7106;RBI=0.0414971;REFB=0;REVB=0.00770279;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179165;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr10 135205009 . C G 1300.54 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0279281;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.38;QD=59.7947;RBI=0.0283511;REFB=-0.00531816;REVB=-0.00487936;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.510867;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=1.01297e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:87:0:2:85:85:0.977011:45:40:0:0:45:40:0:2 chr10 135233541 . A G,T 1736.25 PASS AF=0.956897,0.0431034;AO=107,7;DP=114;FAO=111,5;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=68,5;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824087,-0.0102119;FXX=0.00854628;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.521,152.118;QD=59.8707;RBI=0.00882001,0.031137;REFB=0,0;REVB=-0.00314337,-0.0294148;RO=0;SAF=64,7;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00277703,0.0834847;OID=.,.;OPOS=135233541,135233541;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:114:116:0:0:107,7:111,5:0.956897,0.0431034:43,0:64,7:0:0:43,0:68,5:0:0 chr10 135269788 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0228393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.269;QD=18.0871;RBI=0.060115;REFB=-0.0408106;REVB=0.0556074;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185565;STB=0.602871;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0463286;OID=.;OPOS=135269788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:8:18:23:4:8:18:23:4 chr10 135270837 . TC T 41.94 PASS AF=0.27907;AO=14;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.087351;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2905;QD=3.90169;RBI=0.0875086;REFB=0.012863;REVB=0.00524994;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787639;STB=0.563536;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=-0.0542383;OID=.;OPOS=135270838;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:14:43:12:43:31:8:4:23:8:41:24:9:5:17:7 chr10 135271789 . C T 1267.73 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018832;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.202;QD=61.8406;RBI=0.0355655;REFB=0;REVB=0.0301705;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80062e-05;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:30:52:0:0:30:52:0:0 chr10 135278193 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.044;QD=56.1905;RBI=0.0405973;REFB=0;REVB=-0.0126833;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09241e-05;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr10 135278244 . CTGGGGTGTGGGGT CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA 127.87 PASS AF=0.769231,0.153846;AO=9,2;DP=15;FAO=10,2;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6,1;FSAR=4,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223486,-0.0331733;FXX=0.187383;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=176.363,56.0385;QD=39.3443;RBI=0.0646247,0.0345774;REFB=-0.0509114,-0.0245264;REVB=0.0606374,-0.00975341;RO=0;SAF=7,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538386,0.665164;STBP=0.525,0.662;TYPE=del,snp;VARB=0.0225565,0.0795773;OID=.,.;OPOS=135278245,135278257;OREF=TGGGGTG,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.153846:9,2:15:10,2:13:1:6,1:4,1:1:0:12:0:7,1:2,1:0:0 chr10 135279752 . C T 107.99 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000246137;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.9;QD=13.0895;RBI=0.00633371;REFB=-0.00206966;REVB=0.00632892;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791542;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00214337;OID=.;OPOS=135279752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:10:20:11:13:0.393939:8:3:2:8:9:4:7:13 chr10 135279810 . T G 197.18 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00104805;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.171;QD=20.756;RBI=0.0206509;REFB=-0.0189395;REVB=-0.0206243;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277595;STB=0.631;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0274607;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:16:16:0.421053:7:9:13:2:7:9:13:3 chr10 135280765 . C T 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.956;QD=60.3743;RBI=0.0218307;REFB=0;REVB=0.0151724;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25466e-05;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr10 135347397 . T C 832.85 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3746;QD=57.438;RBI=0.0234297;REFB=0;REVB=-0.00283383;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227467;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr10 135351362 . T C 315.23 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0183778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.225;QD=25.2188;RBI=0.0184448;REFB=-0.00247693;REVB=0.0015706;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284006;STB=0.515748;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00196631;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:11:11:13:15:11:11 chr10 135381623 . T C 161.4 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0332824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.318;QD=18.988;RBI=0.0857937;REFB=-0.0331514;REVB=-0.0790749;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214341;STB=0.626698;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0433964;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:13:17:16:17:0.5:3:13:8:5:3:14:11:6 chr10 135381766 . C T 142.89 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0631219;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.647;QD=21.1687;RBI=0.0650335;REFB=-0.026847;REVB=0.0156522;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201403;STB=0.612766;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0218314;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:2:10:9:6:2:10 chr10 135381927 . T G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00282614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.613;QD=12.4824;RBI=0.0188491;REFB=0.000329416;REVB=-0.018636;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299499;STB=0.672275;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00087092;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:16:3:5:7:16:3 chr10 135438888 . C T 180.99 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.026066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6272;QD=11.312;RBI=0.0441703;REFB=-0.022689;REVB=-0.0356591;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164253;STB=0.509529;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.049143;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:22:19:11:12:22:19 chr10 135438929 . T G 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0258864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7466;QD=9.54697;RBI=0.0272904;REFB=0.00343341;REVB=0.00864083;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902335;STB=0.505314;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00174087;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:10:12:26:21:10:12:26:21 chr10 135438951 . G A 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00726808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.022;QD=10.4168;RBI=0.0180793;REFB=-0.0180487;REVB=-0.016554;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873361;STB=0.550976;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0386857;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:12:11:25:20:12:11:25:20 chr10 135438955 . C T 179.75 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0266813;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.391;QD=10.8937;RBI=0.0320081;REFB=-0.0191068;REVB=-0.0176813;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632463;STB=0.53681;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0247338;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:43:23:23:0.348485:12:11:23:20:12:11:23:20 chr10 135438967 . C T 175.21 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00161802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3584;QD=10.0119;RBI=0.00811977;REFB=-0.000311893;REVB=-0.00795692;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370544;STB=0.52172;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000356148;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:12:11:24:23:12:11:24:23 chr10 135438977 . G A 141.0 PASS AF=0.304348;AO=19;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00937613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.981;QD=8.17404;RBI=0.00949632;REFB=-0.0152508;REVB=0.00150611;RO=44;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156968;STB=0.578438;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0227172;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:48:19:21:0.304348:12:7:22:22:12:9:26:22 chr10 135440203 . A T 76.1 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0471071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.038;QD=12.1759;RBI=0.0471082;REFB=-0.00496019;REVB=0.000317438;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120787;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:6:9:6:4:6:9 chr11 180225 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0916799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8287;QD=23.2182;RBI=0.10319;REFB=0.0125043;REVB=-0.04736;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00151806;OID=.;OPOS=180225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr11 193096 . T C 79.24 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356471;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3071;QD=39.6206;RBI=0.0574563;REFB=0;REVB=0.0450612;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270816;OID=.;OPOS=193096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr11 193112 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0375892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.665;QD=16.3851;RBI=0.0407054;REFB=-0.0349467;REVB=0.0156198;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274707;STB=0.657229;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.024999;OID=.;OPOS=193112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:1:7:5:4:1:7 chr11 193146 . G A 43.94 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0827278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5331;QD=7.9882;RBI=0.0827287;REFB=-0.00849331;REVB=0.00040311;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526099;STB=0.832323;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0117363;OID=.;OPOS=193146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:9:6:6:1:9:6 chr11 193863 . T C 481.66 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0130299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.562;QD=17.3572;RBI=0.0130431;REFB=-0.00836012;REVB=0.000586732;RO=59;SAF=27;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010287;STB=0.505721;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0116325;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:25:27:30:29:25:27:30:29 chr11 193865 . T G 481.66 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.000779101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0827;QD=17.3572;RBI=0.0151995;REFB=-0.0107017;REVB=-0.0151795;RO=59;SAF=27;SAR=25;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264787;STB=0.514726;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00607905;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:25:27:29:30:25:27:29:30 chr11 214421 . G C 469.35 PASS AF=0.724138;AO=41;DP=57;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0284863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.1233;QD=32.3688;RBI=0.0286111;REFB=-0.0820678;REVB=-0.00266854;RO=16;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255761;STB=0.5164;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.028585;OID=.;OPOS=214421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:16:41:42:0.724138:16:25:9:7:16:26:9:7 chr11 223832 . C A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0113745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.7;QD=27.592;RBI=0.0464869;REFB=-0.0145429;REVB=0.0450739;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030782;STB=0.517215;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00498481;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:3:2:6:7:3:2 chr11 233067 . C T 840.29 PASS AF=0.758621;AO=66;DP=88;FAO=66;FDP=87;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0189051;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.36;QD=38.6341;RBI=0.0352743;REFB=-0.0335335;REVB=-0.0297804;RO=21;SAF=37;SAR=29;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167762;STB=0.508992;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0117592;OID=.;OPOS=233067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:21:21:66:66:0.758621:29:37:11:10:29:37:11:10 chr11 233212 . C A 513.94 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0224181;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2794;QD=42.8283;RBI=0.0261771;REFB=-0.0248106;REVB=0.0135155;RO=10;SAF=12;SAR=26;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037057;STB=0.519989;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00541177;OID=.;OPOS=233212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:26:12:4:6:26:12:4:6 chr11 237087 . A G 742.16 PASS AF=0.666667;AO=59;DP=91;FAO=62;FDP=93;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00160035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.562;QD=31.9209;RBI=0.0385362;REFB=-0.038833;REVB=-0.038503;RO=31;SAF=31;SAR=28;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592517;STB=0.505393;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0215794;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:31:31:59:62:0.666667:28:31:16:15:29:33:16:15 chr11 244106 . A G 286.2 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0304501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.583;QD=22.0153;RBI=0.0312849;REFB=0.00163314;REVB=-0.00717893;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264082;STB=0.637488;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00327537;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:20:23:29:29:0.557692:19:10:14:6:19:10:15:8 chr11 244108 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00607766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.912;QD=19.9672;RBI=0.00912132;REFB=-0.0179316;REVB=0.00680151;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202312;STB=0.612824;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0120585;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:19:10:15:11:19:10:15:11 chr11 244115 . G A 281.44 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0189695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.369;QD=19.4094;RBI=0.0241063;REFB=-0.0284571;REVB=0.0148752;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226801;STB=0.618966;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0283511;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:20:10:16:11:20:10:16:12 chr11 244129 . C T 237.83 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0367991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7039;QD=18.6533;RBI=0.0605538;REFB=-0.0436476;REVB=-0.0480893;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194598;STB=0.609288;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.019382;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:16:10:15:10:16:10 chr11 244141 . G A 249.31 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00180395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.355;QD=19.9447;RBI=0.00219206;REFB=-0.00873833;REVB=0.00124535;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182184;STB=0.602564;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00960877;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:16:10:14:10:16:10 chr11 244167 . C T 236.26 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.025363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.753;QD=19.2861;RBI=0.0284743;REFB=-0.000769012;REVB=-0.0129424;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171115;STB=0.594989;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00361717;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:26:23:23:0.469388:13:10:15:9:13:10:16:10 chr11 244171 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00596065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.376;QD=19.7626;RBI=0.00798027;REFB=-0.015587;REVB=-0.00530617;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151672;STB=0.585512;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0177371;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:15:10:13:10:15:10 chr11 244197 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00451178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.608;QD=20.6011;RBI=0.00498014;REFB=-6.9786e-05;REVB=-0.00210846;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111128;STB=0.562597;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=7.30071e-05;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:11:8:11:9:11:8 chr11 244414 . C T 418.32 PASS AF=0.661017;AO=40;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0201019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1677;QD=28.3607;RBI=0.0201882;REFB=-0.0147826;REVB=0.00186522;RO=19;SAF=20;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780014;STB=0.555046;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00740558;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:20:40:39:0.661017:20:20:7:12:19:20:7:13 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 209.91 PASS AF=0.512821;AO=17;DP=44;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0156298;FXX=0.219956;HRUN=1;LEN=10;MLLD=272.382;QD=21.5287;RBI=0.027324;REFB=-0.00501718;REVB=0.0224123;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172443;STB=0.593579;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.00703831;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:17:44:20:39:19:9:11:5:14:99:15:8:9:4:11 chr11 250877 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0168362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.675;QD=5.1918;RBI=0.0195791;REFB=-0.00113667;REVB=-0.0099942;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262867;STB=0.675158;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00448956;OID=.;OPOS=250877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:13:13:5:2:13:13 chr11 280221 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.11;QD=39.2068;RBI=0.0167999;REFB=0;REVB=0.0167999;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160145;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr11 280816 . AT TC 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177565;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.297;QD=60.2046;RBI=0.0280728;REFB=0;REVB=-0.0217437;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.32205e-05;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr11 284538 . T C 43.64 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0152366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0535;QD=5.63153;RBI=0.0164957;REFB=-0.0171846;REVB=-0.00632079;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185565;STB=0.578109;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0197783;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:24:24:6:7:0.225806:4:2:5:19:5:2:5:19 chr11 299408 . GCCCCCA GCCCCAG,GCCGCCA 196.44 PASS AF=0,0.355556;AO=2,12;DP=44;FAO=0,16;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=0,3;FSAR=0,13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.117249,-0.0452758;FXX=0.0425441;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.6078,226.209;QD=17.4613;RBI=0.1189,0.0454022;REFB=-0.0367789,-0.0221951;REVB=-0.0197456,-0.00338495;RO=12;SAF=2,0;SAR=0,12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.671794,-0.786689;STB=0.5,0.601017;STBP=1,0.329;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0440127,0.0179136;OID=.,.;OPOS=299413,299411;OREF=CA,C;OALT=AG,G;OMAPALT=GCCCCAG,GCCGCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.355556:2,12:44:0,16:45:15:0,3:0,13:5:10:99:12:2,0:0,12:3:9 chr11 308290 . T C 769.8 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328225;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.683;QD=64.15;RBI=0.0374027;REFB=0;REVB=-0.0179345;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633531;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 308314 . T C 80.3 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0384393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5724;QD=7.4694;RBI=0.0406748;REFB=0.00406235;REVB=-0.0132989;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222357;STB=0.5217;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00868967;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:8:3:8:23:8:3:8:24 chr11 308363 . G C 489.2 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.751;QD=57.5524;RBI=0.0732965;REFB=0;REVB=0.00316941;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264647;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:24:10:0:0 chr11 308426 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.174;QD=53.9107;RBI=0.0386979;REFB=0;REVB=-0.0218044;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012871;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr11 309127 . A G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0101577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.437;QD=6.01499;RBI=0.0118201;REFB=-0.0118588;REVB=0.00604451;RO=44;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130085;STB=0.581645;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0394605;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:6:7:19:25:6:7:19:25 chr11 314207 . C G 1013.53 PASS AF=1;AO=47;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.4836;QD=57.1;RBI=0.118047;REFB=0;REVB=0.116989;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239855;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:47:71:1:14:33:0:0:23:48:0:0 chr11 372157 . C T 175.12 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.046202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4229;QD=20.0132;RBI=0.047074;REFB=-0.0430741;REVB=0.00901898;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203793;STB=0.613921;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0263573;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:14:3:7:11:14:3 chr11 372736 . A AC 52.84 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0298495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.1662;QD=9.19024;RBI=0.0307329;REFB=-0.0220645;REVB=0.00731562;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253839;STB=0.677566;STBP=0.268;TYPE=ins;VARB=0.0281989;OID=.;OPOS=372737;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:23:11:23:12:1:10:3:9:52:13:1:9:3:10 chr11 379598 . A G 166.6 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0109382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.303;QD=31.7333;RBI=0.0114064;REFB=-0.0234403;REVB=-0.00323431;RO=5;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134847;STB=0.575119;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00664328;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:13:3:2:3:13:3:2:3 chr11 400040 . A G 157.24 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0165606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.511;QD=7.96158;RBI=0.0217379;REFB=-0.00387507;REVB=-0.0140814;RO=56;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139431;STB=0.57659;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0128873;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:56:57:22:22:0.278481:10:12:24:32:10:12:25:32 chr11 400109 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.993;QD=54.5137;RBI=0.00900205;REFB=0;REVB=0.00900205;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38079e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:25:0:0:0:25:0:0:0 chr11 403980 . G A 132.8 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00229564;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.396;QD=7.69873;RBI=0.0474539;REFB=-0.00972923;REVB=-0.0473983;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141059;STB=0.543164;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0237093;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:45:50:19:19:0.275362:8:11:26:19:8:11:26:24 chr11 404468 . G A 455.45 PASS AF=0.706897;AO=39;DP=55;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00196196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6101;QD=31.4103;RBI=0.0452389;REFB=-0.017932;REVB=0.0451963;RO=16;SAF=21;SAR=18;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810584;STB=0.53961;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00728142;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:16:17:39:41:0.706897:18:21:11:5:20:21:11:6 chr11 406043 . G A 1489.54 PASS AF=0.99;AO=84;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172749;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.594;QD=59.5815;RBI=0.0172787;REFB=0;REVB=0.000362625;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195485;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:100:0:0:84:99:0.99:39:45:0:0:45:54:0:0 chr11 428385 . A G 367.97 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6223;QD=54.5137;RBI=0.0489478;REFB=0;REVB=0.048918;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162607;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chr11 428489 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.559;QD=45.8035;RBI=0.107129;REFB=0;REVB=0.106378;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883096;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 429659 . C T 50.57 PASS AF=0.15;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0154982;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8605;QD=3.37156;RBI=0.0182067;REFB=-0.00463445;REVB=0.00955446;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112347;STB=0.538947;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0225117;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:60:41:51:9:9:0.15:4:5:19:22:4:5:26:25 chr11 431834 . A C,G 365.43 PASS AF=0.0357143,0.928571;AO=3,25;DP=29;FAO=1,26;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=1,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104254,0.115976;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.938,175.554;QD=52.2041;RBI=0.104263,0.116002;REFB=-0.0400458,-0.0812085;REVB=-0.00133458,-0.00246725;RO=1;SAF=1,4;SAR=2,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.102546;STB=0.989913,0.545418;STBP=0.496,0.117;TYPE=snp,snp;VARB=0.0767464,-0.0108331;OID=.,.;OPOS=431834,431834;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:29:28:1:1:3,25:1,26:0.0357143,0.928571:2,21:1,4:1:0:1,21:0,5:1:0 chr11 433387 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.786;QD=58.2393;RBI=0.0134053;REFB=0;REVB=0.00868873;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59971e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:39:22:0:0:39:23:0:0 chr11 549959 . C T 651.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.761;QD=62.0901;RBI=0.0945034;REFB=0;REVB=0.0456973;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436857;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:19:23:0:0 chr11 551753 . G A 2153.13 PASS AF=0.985816;AO=135;DP=142;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199869;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.235;QD=61.0818;RBI=0.0672544;REFB=-0.142779;REVB=0.0642159;RO=2;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123441;STB=0.506172;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000211777;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:141:2:2:135:139:0.985816:76:59:0:2:80:59:0:2 chr11 554166 . C G 954.5 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5744;QD=58.7382;RBI=0.0618719;REFB=0;REVB=-0.0322152;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28869e-05;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr11 554214 . G C 866.57 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2874;QD=57.7713;RBI=0.123105;REFB=0;REVB=-0.0111035;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738491;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:39:21:0:0 chr11 556521 . C G 772.2 PASS AF=0.98;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9052;QD=61.7758;RBI=0.0491322;REFB=-0.0310778;REVB=-0.0470423;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0044774;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:49:49:0.98:17:32:0:0:17:32:1:0 chr11 556857 . G C 1029.23 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0594679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3536;QD=57.9846;RBI=0.0622704;REFB=-0.0296669;REVB=0.0184707;RO=1;SAF=22;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209962;STB=0.510201;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000699901;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:68:70:0.985915:46:22:1:0:46:24:1:0 chr11 557989 . C T 2054.5 PASS AF=0.964286;AO=135;DP=140;FAO=135;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0785956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2287;QD=58.6999;RBI=0.0885002;REFB=-0.0674819;REVB=0.040682;RO=3;SAF=75;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465001;STB=0.505617;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00875962;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:140:140:3:5:135:135:0.964286:60:75:2:1:60:75:2:3 chr11 558884 . C T 312.05 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339284;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.642;QD=52.0088;RBI=0.0450305;REFB=0;REVB=0.0296076;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124445;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:14:10:0:0 chr11 559016 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.313;QD=37.4885;RBI=0.0327627;REFB=0;REVB=0.0124498;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659799;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 610277 . T C 674.64 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450113;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8855;QD=62.7571;RBI=0.0471117;REFB=0;REVB=-0.0139101;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779936;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 614864 . C T 658.08 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0797171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.557;QD=59.825;RBI=0.0815231;REFB=-0.064443;REVB=0.0170645;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.507933;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000428611;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:12:31:0:0:12:31:1:0 chr11 616970 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.51;QD=45.8065;RBI=0.0317403;REFB=0;REVB=0.027489;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265163;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 617537 . C T 1401.33 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0831241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4437;QD=58.3885;RBI=0.0831294;REFB=-0.121383;REVB=-0.000936481;RO=3;SAF=47;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292971;STB=0.520404;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00504264;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:3:4:92:92:0.958333:45:47:3:0:45:47:4:0 chr11 617967 . C G 1171.81 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.153;QD=60.8734;RBI=0.0407414;REFB=0;REVB=0.0104365;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72075e-05;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr11 618759 . GCCCCCAC GCCCACCT,GCCCCAC 37.35 PASS AF=0.166667,0.333333;AO=3,6;DP=18;FAO=3,6;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2,1;FSAR=1,5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0192482,0.125181;FXX=0.0526039;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=189.26,10.3907;QD=8.2993;RBI=0.0315081,0.166541;REFB=-0.0390949,-0.113844;REVB=-0.0249452,-0.109844;RO=7;SAF=2,1;SAR=1,5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.056032,-0.505451;STB=0.5,0.812863;STBP=1,0.081;TYPE=mnp,del;VARB=0.0392264,0.173577;OID=.,.;OPOS=618763,618760;OREF=CCAC,C;OALT=ACCT,-;OMAPALT=GCCCACCT,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.333333:3,6:18:3,6:18:9:2,1:1,5:6:3:19:7:2,1:1,5:5:2 chr11 618770 . GT TG 59.89 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0794947;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=34.0293;QD=12.6076;RBI=0.098325;REFB=-0.0608097;REVB=-0.0578653;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=mnp;VARB=0.065895;OID=.;OPOS=618770;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:19:9:10:8:9:0.473684:3:5:4:5:4:5:4:6 chr11 618998 . G A 533.18 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00354826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.9648;QD=49.5984;RBI=0.0131766;REFB=-0.0392457;REVB=0.0126899;RO=5;SAF=4;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226942;STB=0.622961;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00196269;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:34:4:3:2:34:4:3:2 chr11 619789 . T G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.935;QD=47.8209;RBI=0.0466053;REFB=0;REVB=0.00643162;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298371;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 709401 . A G 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00618184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3742;QD=31.677;RBI=0.0762091;REFB=-0.0358258;REVB=-0.0759579;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10313;STB=0.556901;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0108244;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:12:7:4:3:12:7:4:3 chr11 720197 . C T 805.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2412;QD=64.4477;RBI=0.116587;REFB=0;REVB=0.0964277;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191827;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr11 721570 . C T 924.51 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1558;QD=56.893;RBI=0.0892055;REFB=-0.116848;REVB=0.079482;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00414289;OID=.;OPOS=721570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:30:32:0:1:32:32:0:1 chr11 771034 . A G 711.75 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288535;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.171;QD=63.267;RBI=0.0340577;REFB=0;REVB=-0.0180943;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171813;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 772490 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2591;QD=57.1773;RBI=0.0864141;REFB=0;REVB=0.0625513;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068807;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr11 800193 . C T 70.17 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.421;QD=21.59;RBI=0.114222;REFB=-0.169887;REVB=0.114222;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0725505;OID=.;OPOS=800193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:13:13:5:4:8:9:0.692308:8:0:0:5:9:0:0:4 chr11 802379 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3966;QD=51.1844;RBI=0.0427736;REFB=0;REVB=0.00133826;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999732;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr11 804212 . C A 650.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.994;QD=61.9987;RBI=0.0697877;REFB=0;REVB=0.0567066;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323768;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:19:23:0:0 chr11 824987 . CTGCA C 72.38 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360386;FXX=0.221976;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.989;QD=41.3609;RBI=0.0400651;REFB=0;REVB=-0.017505;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000528845;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:5:2:0:0:3:0:5:2:0:0 chr11 828916 . G A 795.68 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.521;QD=54.8742;RBI=0.0254664;REFB=-0.174201;REVB=0.0126903;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000948735;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:56:57:0.982759:30:26:0:1:30:27:0:1 chr11 829539 . A G 1532.32 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.115;QD=62.5435;RBI=0.0149162;REFB=-0.0206087;REVB=-0.00542293;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011158;STB=0.505881;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=7.57222e-05;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:42:55:0:1:42:55:0:1 chr11 830487 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.672;QD=40.6385;RBI=0.0333752;REFB=0.0130469;REVB=0.00865675;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000122594;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:10:4:0:0:10:4:0:1 chr11 830670 . G T 632.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.787;QD=61.7554;RBI=0.0770442;REFB=0;REVB=0.043265;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293464;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr11 831122 . C T 741.14 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.383;QD=57.011;RBI=0.0529778;REFB=0;REVB=0.0481272;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103211;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:17:31:0:0:21:31:0:0 chr11 837582 . G A 756.75 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00896119;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2445;QD=55.0362;RBI=0.0532305;REFB=0.0340687;REVB=0.0524708;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000177119;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:28:26:0:0:28:26:0:1 chr11 840477 . A G 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567442;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.45;QD=51.26;RBI=0.0568974;REFB=0;REVB=0.00417356;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451991;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr11 862652 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2731;QD=58.1412;RBI=0.0718187;REFB=0;REVB=-0.0432211;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185618;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr11 903070 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.328;QD=62.9819;RBI=0.034292;REFB=0;REVB=0.0298773;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124083;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr11 985547 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.717;QD=62.3509;RBI=0.0260777;REFB=0;REVB=0.0166809;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45946e-05;OID=.;OPOS=985547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr11 1010694 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.062;QD=60.6074;RBI=0.0451483;REFB=0;REVB=0.0074689;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364109;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:27:11:0:0 chr11 1011490 . G A 75.03 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1586;QD=37.5168;RBI=0.157834;REFB=0;REVB=0.152441;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152284;OID=.;OPOS=1011490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:4:2:0:0:6:2:0:0 chr11 1013987 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9709;QD=57.175;RBI=0.0689779;REFB=0;REVB=0.0310044;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608259;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr11 1016604 . ACT GGC 41.67 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0365805;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=114.423;QD=4.16717;RBI=0.0681827;REFB=-0.00860333;REVB=-0.057539;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203558;STB=0.595474;STBP=0.639;TYPE=mnp;VARB=0.0253585;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:30:33:7:7:0.175:4:3:18:12:4:3:18:15 chr11 1016614 . G T 75.8 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000271138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6671;QD=5.22728;RBI=0.0399519;REFB=0.0140766;REVB=0.039951;RO=46;SAF=3;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366868;STB=0.736441;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0542512;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:9:3:25:21:9:3:25:21 chr11 1016618 . G C 98.86 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0004237;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.762;QD=6.70213;RBI=0.0382082;REFB=-0.0288447;REVB=-0.0382059;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448338;STB=0.74249;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0541122;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:61:59:30:45:14:14:0.237288:11:3:18:12:11:3:23:22 chr11 1016640 . G A 45.02 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0690648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.744;QD=2.11857;RBI=0.0702695;REFB=-0.00783722;REVB=-0.0129559;RO=61;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217057;STB=0.716915;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0355848;OID=.;OPOS=1016640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:61:75:10:10:0.117647:8:2:21:40:8:2:31:44 chr11 1016655 . G A 39.74 PASS AF=0.0961538;AO=8;DP=102;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0317412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.484;QD=1.52831;RBI=0.0327772;REFB=-0.00741476;REVB=-0.00817556;RO=94;SAF=2;SAR=6;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237075;STB=0.648885;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0571162;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:102:104:94:94:8:10:0.0961538:6:2:43:51:7:3:43:51 chr11 1016665 . C T 259.68 PASS AF=0.32381;AO=32;DP=106;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0102638;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.604;QD=9.89267;RBI=0.0437601;REFB=-0.0139475;REVB=-0.0425394;RO=69;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144596;STB=0.590604;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0270725;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:69:71:32:34:0.32381:16:16:26:43:16:18:28:43 chr11 1016704 . C A 121.45 PASS AF=0.169118;AO=21;DP=132;FAO=23;FDP=136;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0194719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2468;QD=3.57219;RBI=0.0194794;REFB=-0.00982145;REVB=0.000538968;RO=111;SAF=12;SAR=9;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511488;STB=0.515061;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.033017;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:111:113:21:23:0.169118:9:12:59:52:11:12:61:52 chr11 1016713 . T C 240.41 PASS AF=0.248227;AO=34;DP=143;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.0224881;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4115;QD=6.82004;RBI=0.0253989;REFB=-0.0197646;REVB=-0.0118064;RO=105;SAF=26;SAR=8;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304955;STB=0.668634;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0630449;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:105:106:34:35:0.248227:8:26:57:48:9:26:57:49 chr11 1016722 . T G 122.99 PASS AF=0.15894;AO=21;DP=148;FAO=24;FDP=151;FR=.;FRO=127;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=54;FWDB=0.00608658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.188;QD=3.25801;RBI=0.0259204;REFB=-0.00646577;REVB=-0.0251957;RO=121;SAF=17;SAR=4;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331078;STB=0.756941;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0251906;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:121:127:21:24:0.15894:4:17:70:51:4:20:73:54 chr11 1016724 . A G 264.87 PASS AF=0.258065;AO=41;DP=154;FAO=40;FDP=155;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=-0.0081776;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.511;QD=6.83538;RBI=0.0137641;REFB=-0.0148783;REVB=-0.0110715;RO=111;SAF=31;SAR=10;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239322;STB=0.605217;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0328062;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:111:115:41:40:0.258065:10:31:65:46:11:29:69:46 chr11 1016776 . C T 816.41 PASS AF=0.456989;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=66;FSAR=19;FSRF=85;FSRR=16;FWDB=-0.00104434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.802;QD=17.5571;RBI=0.00104442;REFB=-0.0282955;REVB=-1.28892e-05;RO=98;SAF=66;SAR=19;SRF=82;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890191;STB=0.553956;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0327866;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:98:101:85:85:0.456989:19:66:82:16:19:66:85:16 chr11 1016795 . C G 124.25 PASS AF=0.139175;AO=27;DP=194;FAO=27;FDP=194;FR=.;FRO=167;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=147;FSRR=20;FWDB=-0.0394972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.972;QD=2.56178;RBI=0.104983;REFB=-0.00996087;REVB=-0.0972698;RO=162;SAF=19;SAR=8;SRF=143;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348849;STB=0.713868;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0633123;OID=.;OPOS=1016795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:162:167:27:27:0.139175:8:19:143:19:8:19:147:20 chr11 1016800 . G A 38.29 PASS AF=0.0732984;AO=14;DP=191;FAO=14;FDP=191;FR=.;FRO=177;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=161;FSRR=16;FWDB=-0.0223485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.205;QD=0.801901;RBI=0.0433426;REFB=-0.00428242;REVB=-0.0371365;RO=177;SAF=5;SAR=9;SRF=161;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673771;STB=0.922565;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0974299;OID=.;OPOS=1016800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:191:191:177:177:14:14:0.0732984:9:5:161:16:9:5:161:16 chr11 1016810 . G T 53.63 PASS AF=0.0862944;AO=17;DP=198;FAO=17;FDP=197;FR=.;FRO=180;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=170;FSRR=10;FWDB=-0.0139711;FXX=0.00505025;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.428;QD=1.08897;RBI=0.0148118;REFB=-0.00454784;REVB=-0.00491928;RO=180;SAF=7;SAR=10;SRF=170;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.720841;STB=0.926541;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0572927;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:198:197:180:180:17:17:0.0862944:10:7:170:10:10:7:170:10 chr11 1016819 . G T 93.6 PASS AF=0.110619;AO=25;DP=226;FAO=25;FDP=226;FR=.;FRO=201;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=162;FSRR=39;FWDB=-0.0173684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.822;QD=1.6567;RBI=0.0733169;REFB=-0.00840223;REVB=-0.0712299;RO=201;SAF=22;SAR=3;SRF=162;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166472;STB=0.6259;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0709029;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:226:226:201:201:25:25:0.110619:3:22:162:39:3:22:162:39 chr11 1016825 . G A 179.85 PASS AF=0.154167;AO=37;DP=240;FAO=37;FDP=240;FR=.;FRO=203;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=162;FSRR=41;FWDB=0.000732828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4784;QD=2.9975;RBI=0.0343158;REFB=-0.00294059;REVB=-0.034308;RO=203;SAF=23;SAR=14;SRF=162;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273221;STB=0.671779;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0315899;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:203:203:37:37:0.154167:14:23:162:41:14:23:162:41 chr11 1016834 . G A 163.41 PASS AF=0.151261;AO=37;DP=239;FAO=36;FDP=238;FR=.;FRO=202;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=150;FSRR=52;FWDB=0.0165553;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2492;QD=2.74638;RBI=0.0224347;REFB=-0.0112513;REVB=-0.0151406;RO=194;SAF=32;SAR=5;SRF=145;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23748;STB=0.661198;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.124021;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:194:202:37:36:0.151261:5:32:145:49:5:31:150:52 chr11 1016842 . T G 32.29 PASS AF=0.0614754;AO=15;DP=244;FAO=15;FDP=244;FR=.;FRO=229;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=169;FSRR=60;FWDB=-0.00260435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4891;QD=0.529415;RBI=0.0919962;REFB=3.19098e-05;REVB=-0.0919593;RO=229;SAF=12;SAR=3;SRF=169;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882971;STB=0.581868;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0045272;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:244:244:229:229:15:15:0.0614754:3:12:169:60:3:12:169:60 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 607.86 PASS AF=0,0,0.393258;AO=15,12,68;DP=200;FAO=0,0,70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=0,0,62;FSAR=0,0,8;FSRF=77;FSRR=31;FWDB=-0.0135784,-0.0108726,-0.00154655;FXX=0.114422;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=120.676,117.545,98.4395;QD=13.6598;RBI=0.0304322,0.0303206,0.00797562;REFB=-0.0244824,-0.0283127,-0.0366342;REVB=-0.027235,-0.0283041,-0.00782424;RO=88;SAF=5,10,60;SAR=10,2,8;SRF=69;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.534144,0.0952816,0.195666;STB=0.5,0.5,0.684922;STBP=1,1,0.004;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0345359;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:200:178:88:108:15,12,68:0,0,70:0,0,0.393258:10,2,8:5,10,60:69:19:0,0,8:0,0,62:77:31 chr11 1016889 . GG AA,GA 306.47 PASS AF=0.120482,0.162651;AO=20,27;DP=153;FAO=20,27;FDP=166;FR=.;FRO=119;FSAF=14,21;FSAR=6,6;FSRF=101;FSRR=18;FWDB=-0.00571786,-0.0131389;FXX=0.00598767;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=179.98,180.911;QD=7.38478;RBI=0.0151318,0.0375306;REFB=-0.017314,-0.0228091;REVB=-0.0140099,-0.0351556;RO=104;SAF=14,21;SAR=6,6;SRF=89;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284947,-0.163464;STB=0.672381,0.592173;STBP=0.234,0.447;TYPE=mnp,snp;VARB=0.038172,0.0572559;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:153:166:104:119:20,27:20,27:0.120482,0.162651:6,6:14,21:89:15:6,6:14,21:101:18 chr11 1016894 . G A 210.62 PASS AF=0.224359;AO=33;DP=159;FAO=35;FDP=156;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=1;FSRF=95;FSRR=26;FWDB=-0.0118891;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8717;QD=5.40061;RBI=0.0152373;REFB=-0.0151156;REVB=0.0095302;RO=122;SAF=32;SAR=1;SRF=96;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548186;STB=0.87647;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.121804;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:156:122:121:33:35:0.224359:1:32:96:26:1:34:95:26 chr11 1016914 . G T 257.75 PASS AF=0.288;AO=36;DP=125;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=9;FWDB=-0.0326018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2075;QD=8.24783;RBI=0.07621;REFB=-0.00839922;REVB=0.0688846;RO=87;SAF=27;SAR=9;SRF=78;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281967;STB=0.664526;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0225229;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:87:89:36:36:0.288:9:27:78:9:9:27:80:9 chr11 1016918 . C T 72.83 PASS AF=0.132231;AO=16;DP=121;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=90;FSRR=15;FWDB=-0.0607711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6323;QD=2.40753;RBI=0.069067;REFB=-0.0178893;REVB=-0.0328197;RO=105;SAF=14;SAR=2;SRF=90;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475796;STB=0.533588;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0797802;OID=.;OPOS=1016918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:121:121:105:105:16:16:0.132231:2:14:90:15:2:14:90:15 chr11 1016928 . C G 993.31 PASS AF=0.72807;AO=83;DP=115;FAO=83;FDP=114;FR=.;FRO=31;FSAF=68;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.0138907;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.109;QD=34.8528;RBI=0.0174778;REFB=-0.0455516;REVB=0.0106075;RO=31;SAF=68;SAR=15;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045754;STB=0.52447;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0210266;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:31:31:83:83:0.72807:15:68:27:4:15:68:27:4 chr11 1016933 . C T 213.96 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=15;FWDB=-0.0148429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.808;QD=7.50748;RBI=0.0478752;REFB=-0.0191275;REVB=-0.0455162;RO=79;SAF=24;SAR=7;SRF=66;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115363;STB=0.549458;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0725187;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:79:83:31:31:0.27193:7:24:66:13:7:24:68:15 chr11 1016960 . G T 82.94 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0162986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1602;QD=3.76983;RBI=0.0165967;REFB=-0.00516045;REVB=0.00313186;RO=73;SAF=11;SAR=4;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929412;STB=0.561957;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0328778;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:88:73:73:15:15:0.170455:4:11:49:24:4:11:49:24 chr11 1017029 . T G 1137.65 PASS AF=0.570652;AO=105;DP=185;FAO=105;FDP=184;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=78;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.0307038;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0353;QD=24.7314;RBI=0.0697637;REFB=-0.0256225;REVB=-0.0626439;RO=78;SAF=27;SAR=78;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987104;STB=0.5519;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.025214;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:78:79:105:105:0.570652:78:27:28:50:78:27:28:51 chr11 1017045 . G T 37.63 PASS AF=0.0721649;AO=14;DP=193;FAO=14;FDP=194;FR=.;FRO=180;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=126;FWDB=0.00386924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.537;QD=0.77593;RBI=0.0652835;REFB=-0.000617557;REVB=-0.0651688;RO=179;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231021;STB=0.685339;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00548918;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:193:194:179:180:14:14:0.0721649:7:7:54:125:7:7:54:126 chr11 1017069 . G A 237.12 PASS AF=0.2;AO=41;DP=205;FAO=41;FDP=205;FR=.;FRO=164;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=113;FWDB=0.0260041;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7023;QD=4.62679;RBI=0.0260192;REFB=-0.0104145;REVB=0.000885707;RO=161;SAF=13;SAR=28;SRF=50;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968882;STB=0.505652;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0470156;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:161:164:41:41:0.2:28:13:50:111:28:13:51:113 chr11 1017084 . G A 388.6 PASS AF=0.279793;AO=53;DP=184;FAO=54;FDP=193;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=0.011179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.271;QD=8.05388;RBI=0.0351693;REFB=-0.0143075;REVB=-0.0333453;RO=130;SAF=8;SAR=45;SRF=54;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404252;STB=0.717347;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0671905;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:193:130:139:53:54:0.279793:45:8:54:76:45:9:56:83 chr11 1017110 . C T 132.95 PASS AF=0.152709;AO=28;DP=198;FAO=31;FDP=203;FR=.;FRO=172;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=124;FWDB=-0.00493854;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.036;QD=2.61979;RBI=0.0141108;REFB=-0.0154328;REVB=-0.0132184;RO=167;SAF=19;SAR=9;SRF=46;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48406;STB=0.720396;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.109079;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:203:167:172:28:31:0.152709:9:19:46:121:14:17:48:124 chr11 1017112 . GT CC,GC 507.67 PASS AF=0.117949,0.230769;AO=26,54;DP=205;FAO=23,45;FDP=195;FR=.;FRO=127;FSAF=16,14;FSAR=7,31;FSRF=35;FSRR=92;FWDB=0.0169472,0.0366375;FXX=0.0533955;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=129.512,107.409;QD=10.4137;RBI=0.0176639,0.036644;REFB=-0.0148242,-0.0197809;REVB=0.00498055,0.000687285;RO=119;SAF=18,14;SAR=8,40;SRF=32;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.50476,-0.0147467;STB=0.815855,0.531304;STBP=0.005,0.656;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0229417,0.0299352;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:205:195:119:127:26,54:23,45:0.117949,0.230769:8,40:18,14:32:87:7,31:16,14:35:92 chr11 1017135 . G A 103.41 PASS AF=0.118721;AO=26;DP=220;FAO=26;FDP=219;FR=.;FRO=193;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=130;FWDB=0.00770933;FXX=0.00454525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.749;QD=1.88883;RBI=0.0319034;REFB=-0.00461181;REVB=-0.0309579;RO=192;SAF=6;SAR=20;SRF=63;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147903;STB=0.605176;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0352409;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:192:193:26:26:0.118721:20:6:63:129:20:6:63:130 chr11 1017154 . T G 118.49 PASS AF=0.131068;AO=27;DP=207;FAO=27;FDP=206;FR=.;FRO=179;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=116;FWDB=-0.0230414;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.108;QD=2.3008;RBI=0.0330159;REFB=-0.00571886;REVB=-0.0236462;RO=174;SAF=5;SAR=22;SRF=63;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271845;STB=0.684201;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0485019;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:174:179:27:27:0.131068:22:5:63:111:22:5:63:116 chr11 1017158 . G T 119.72 PASS AF=0.132353;AO=27;DP=201;FAO=27;FDP=204;FR=.;FRO=177;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=115;FWDB=-0.0124156;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1526;QD=2.34747;RBI=0.0173658;REFB=-0.00590232;REVB=0.0121419;RO=173;SAF=5;SAR=22;SRF=62;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267697;STB=0.682571;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0413725;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:173:177:27:27:0.132353:22:5:62:111:22:5:62:115 chr11 1017161 . C T 42.77 PASS AF=0.0769231;AO=15;DP=196;FAO=15;FDP=195;FR=.;FRO=180;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=120;FWDB=-0.0194405;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.811;QD=0.877321;RBI=0.0518709;REFB=-0.00273785;REVB=-0.04809;RO=171;SAF=4;SAR=11;SRF=61;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116477;STB=0.573187;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0335959;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:196:195:171:180:15:15:0.0769231:11:4:61:110:11:4:60:120 chr11 1017173 . G A 291.42 PASS AF=0.24581;AO=44;DP=179;FAO=44;FDP=179;FR=.;FRO=135;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=100;FWDB=0.0134384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.767;QD=6.51215;RBI=0.0229764;REFB=-0.0119966;REVB=-0.0186366;RO=135;SAF=24;SAR=20;SRF=35;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356517;STB=0.709278;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0505976;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:135:135:44:44:0.24581:20:24:35:100:20:24:35:100 chr11 1017183 . G T 403.93 PASS AF=0.319527;AO=52;DP=166;FAO=54;FDP=169;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=0.00843323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9455;QD=9.56051;RBI=0.0209474;REFB=-0.00746999;REVB=-0.0191748;RO=114;SAF=13;SAR=39;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178054;STB=0.609784;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0178289;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:114:115:52:54:0.319527:39:13:43:71:41:13:43:72 chr11 1017186 . A G 34.82 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=159;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=95;FWDB=-0.043689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.298;QD=0.859865;RBI=0.0718233;REFB=-0.00737733;REVB=-0.0570075;RO=138;SAF=1;SAR=11;SRF=51;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398736;STB=0.85247;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0525912;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:159:162:138:150:12:12:0.0740741:11:1:51:87:11:1:55:95 chr11 1017220 . T C 819.99 PASS AF=0.628099;AO=74;DP=120;FAO=76;FDP=121;FR=.;FRO=45;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0427505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.699;QD=27.107;RBI=0.0429479;REFB=-0.0538475;REVB=-0.0041127;RO=45;SAF=41;SAR=33;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122674;STB=0.564842;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0462571;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:45:45:74:76:0.628099:33:41:17:28:34:42:17:28 chr11 1017231 . A G 672.19 PASS AF=0.590476;AO=54;DP=113;FAO=62;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0254936;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.208;QD=25.6071;RBI=0.0263785;REFB=-0.0308862;REVB=-0.00677511;RO=42;SAF=34;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200572;STB=0.64044;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0385025;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:105:42:40:54:62:0.590476:20:34:16:26:18:44:15:25 chr11 1017239 . CG TA,TG 556.32 PASS AF=0.435644,0.128713;AO=44,12;DP=105;FAO=44,13;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=27,11;FSAR=17,2;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0045395,-0.00785021;FXX=0.0380916;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=146.389,75.4754;QD=22.0325;RBI=0.00692951,0.040603;REFB=-0.0166586,-0.00634953;REVB=0.00523556,-0.0398369;RO=42;SAF=27,10;SAR=17,2;SRF=17;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185151,0.524449;STB=0.602757,0.840999;STBP=0.06,0.01;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0151409,0.0334488;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:42:44:44,12:44,13:0.435644,0.128713:17,2:27,10:17:25:17,2:27,11:18:26 chr11 1017302 . G C 268.69 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0330111;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5284;QD=10.6413;RBI=0.0341514;REFB=-0.0238087;REVB=-0.00875136;RO=66;SAF=25;SAR=9;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20554;STB=0.626157;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0481019;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:66:67:34:34:0.336634:9:25:38:28:9:25:38:29 chr11 1017307 . G A 93.03 PASS AF=0.163462;AO=15;DP=104;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=26;FWDB=-0.0327881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.964;QD=3.57819;RBI=0.0467793;REFB=-0.0162013;REVB=-0.0333653;RO=87;SAF=6;SAR=9;SRF=61;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369528;STB=0.729382;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0805507;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:104:87:87:15:17:0.163462:9:6:61:26:10:7:61:26 chr11 1017317 . G T 288.77 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0118778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.767;QD=11.5506;RBI=0.0305659;REFB=-0.0367566;REVB=-0.0281637;RO=58;SAF=26;SAR=8;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128853;STB=0.636277;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.043026;OID=.;OPOS=1017317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:66:34:34:0.34:8:26:39:19:8:26:39:27 chr11 1017325 . A C 135.49 PASS AF=0.20354;AO=23;DP=114;FAO=23;FDP=113;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0159807;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.003;QD=4.79624;RBI=0.0511646;REFB=-0.0164946;REVB=-0.0486048;RO=88;SAF=16;SAR=7;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172516;STB=0.610688;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0536517;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:88:90:23:23:0.20354:7:16:50:38:7:16:51:39 chr11 1017337 . TC CA 216.9 PASS AF=0.23913;AO=31;DP=138;FAO=33;FDP=138;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.0159231;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.538;QD=6.28707;RBI=0.0554628;REFB=-0.00723708;REVB=-0.0531279;RO=103;SAF=24;SAR=7;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439226;STB=0.75742;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0446901;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:103:105:31:33:0.23913:7:24:44:59:8:25:44:61 chr11 1017381 . G C 210.86 PASS AF=0.262712;AO=30;DP=117;FAO=31;FDP=118;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=27;FWDB=0.00437544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.604;QD=7.14779;RBI=0.0362997;REFB=-0.00153696;REVB=-0.036035;RO=85;SAF=17;SAR=13;SRF=59;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165614;STB=0.584723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00832803;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:85:87:30:31:0.262712:13:17:59:26:13:18:60:27 chr11 1017384 . G C 275.67 PASS AF=0.330275;AO=35;DP=108;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=0.0115343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.685;QD=10.1164;RBI=0.0138074;REFB=-0.0162917;REVB=-0.00758973;RO=71;SAF=25;SAR=10;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334901;STB=0.503309;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0285806;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:71:73:35:36:0.330275:10:25:49:22:11:25:51:22 chr11 1017386 . C T 49.97 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=24;FWDB=-0.0543537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4709;QD=1.83388;RBI=0.106536;REFB=-0.0106359;REVB=-0.0916277;RO=90;SAF=3;SAR=9;SRF=71;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599164;STB=0.873124;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0845767;OID=.;OPOS=1017386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:103:109:90:97:12:12:0.110092:9:3:71:19:9:3:73:24 chr11 1017421 . G T 224.25 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.0125801;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6405;QD=9.85698;RBI=0.214471;REFB=-0.0221446;REVB=-0.214102;RO=48;SAF=24;SAR=5;SRF=44;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198568;STB=0.590096;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0319089;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:62:29:29:0.318681:5:24:44:4:5:24:46:16 chr11 1017440 . C T 123.07 PASS AF=0.186441;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0110907;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.33;QD=4.17191;RBI=0.0241683;REFB=-0.0100011;REVB=-0.0214732;RO=93;SAF=14;SAR=8;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101689;STB=0.562643;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0604352;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:93:96:22:22:0.186441:8:14:52:41:8:14:54:42 chr11 1017443 . C G 218.43 PASS AF=0.290909;AO=30;DP=112;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0205494;FXX=0.0677909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.783;QD=7.94278;RBI=0.0564544;REFB=-0.0219396;REVB=-0.0525816;RO=72;SAF=18;SAR=12;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345384;STB=0.529052;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0440669;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:72:78:30:32:0.290909:12:18:43:29:14:18:47:31 chr11 1017464 . T C 75.76 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=108;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=0.0293097;FXX=0.0370336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0862;QD=2.91401;RBI=0.0414451;REFB=-0.00584287;REVB=-0.0293025;RO=85;SAF=6;SAR=9;SRF=56;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317788;STB=0.714031;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.035985;OID=.;OPOS=1017464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:108:104:85:89:15:15:0.144231:9:6:56:29:9:6:59:30 chr11 1017498 . C G 34.18 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=136;FAO=11;FDP=143;FR=.;FRO=132;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=81;FWDB=-0.0370966;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.214;QD=0.956073;RBI=0.0772568;REFB=-0.00547371;REVB=-0.0677677;RO=118;SAF=10;SAR=2;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462342;STB=0.861012;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0530665;OID=.;OPOS=1017498;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:136:143:118:132:12:11:0.0769231:2:10:50:68:2:9:51:81 chr11 1017514 . A G 30.75 PASS AF=0.0674847;AO=11;DP=163;FAO=11;FDP=163;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=94;FWDB=-0.00851156;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.613;QD=0.754685;RBI=0.0320334;REFB=-0.00362184;REVB=-0.0308819;RO=152;SAF=9;SAR=2;SRF=58;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443168;STB=0.865154;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0588131;OID=.;OPOS=1017514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:163:163:152:152:11:11:0.0674847:2:9:58:94:2:9:58:94 chr11 1017529 . G A 49.69 PASS AF=0.0833333;AO=17;DP=204;FAO=17;FDP=204;FR=.;FRO=187;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=121;FWDB=-0.000234705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.074;QD=0.974266;RBI=0.0494693;REFB=-0.00775788;REVB=-0.0494687;RO=186;SAF=5;SAR=12;SRF=65;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721203;STB=0.56156;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0836384;OID=.;OPOS=1017529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:204:204:186:187:17:17:0.0833333:12:5:65:121:12:5:66:121 chr11 1017556 . G A 96.6 PASS AF=0.125683;AO=23;DP=180;FAO=23;FDP=183;FR=.;FRO=160;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=108;FWDB=-0.0137032;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4583;QD=2.11151;RBI=0.0138268;REFB=-0.012502;REVB=-0.00184495;RO=157;SAF=6;SAR=17;SRF=51;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959262;STB=0.56791;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0898126;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:180:183:157:160:23:23:0.125683:17:6:51:106:17:6:52:108 chr11 1017575 . C T 93.37 PASS AF=0.135135;AO=20;DP=148;FAO=20;FDP=148;FR=.;FRO=128;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.0322041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.226;QD=2.5236;RBI=0.0360325;REFB=-0.00589842;REVB=-0.0161628;RO=128;SAF=3;SAR=17;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378004;STB=0.769874;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0162797;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:148:148:128:128:20:20:0.135135:17:3:52:76:17:3:52:76 chr11 1017588 . CTTCG CTTGC 42.52 PASS AF=0.0673077;AO=9;DP=118;FAO=7;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0233406;FXX=0.0545405;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.866;QD=1.63554;RBI=0.0559068;REFB=-0.00146869;REVB=-0.0508014;RO=82;SAF=1;SAR=8;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453792;STB=0.840449;STBP=0.092;TYPE=mnp;VARB=0.0417382;OID=.;OPOS=1017591;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=CTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0673077:9:118:7:104:91:1:6:45:46:23:82:1:8:39:43 chr11 1017691 . C G 264.12 PASS AF=0.297521;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=121;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0462396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.389;QD=8.73112;RBI=0.0528045;REFB=-0.0342033;REVB=-0.0254993;RO=76;SAF=13;SAR=23;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12036;STB=0.537728;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0725553;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:121:76:85:36:36:0.297521:23:13:35:41:23:13:35:50 chr11 1017710 . G T 37.58 PASS AF=0.0755814;AO=14;DP=173;FAO=13;FDP=172;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=111;FWDB=-0.022706;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.475;QD=0.874017;RBI=0.0315562;REFB=-0.00712494;REVB=-0.0219143;RO=159;SAF=6;SAR=8;SRF=48;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157459;STB=0.651727;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0569332;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:173:172:159:159:14:13:0.0755814:8:6:48:111:7:6:48:111 chr11 1017744 . T C 78.69 PASS AF=0.102804;AO=22;DP=214;FAO=22;FDP=214;FR=.;FRO=192;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=66;FSRR=126;FWDB=-0.00439654;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.348;QD=1.47082;RBI=0.00804998;REFB=-0.00469308;REVB=-0.00674334;RO=191;SAF=4;SAR=18;SRF=66;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244056;STB=0.686084;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0626734;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:214:214:191:192:22:22:0.102804:18:4:66:125:18:4:66:126 chr11 1017746 . T G 202.14 PASS AF=0.178404;AO=37;DP=213;FAO=38;FDP=213;FR=.;FRO=175;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=118;FWDB=-0.0041401;FXX=0.00467268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0843;QD=3.79603;RBI=0.0474636;REFB=-0.00507846;REVB=-0.0472827;RO=173;SAF=12;SAR=25;SRF=56;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000918012;STB=0.509365;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0289711;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:173:175:37:38:0.178404:25:12:56:117:26:12:57:118 chr11 1017767 . G C 52.72 PASS AF=0.0818182;AO=18;DP=219;FAO=18;FDP=220;FR=.;FRO=202;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=137;FWDB=0.00148681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.672;QD=0.958482;RBI=0.0289138;REFB=-0.00322845;REVB=-0.0288756;RO=201;SAF=11;SAR=7;SRF=65;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327941;STB=0.748349;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0530004;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:219:220:201:202:18:18:0.0818182:7:11:65:136:7:11:65:137 chr11 1017773 . G A 70.86 PASS AF=0.0941704;AO=21;DP=223;FAO=21;FDP=223;FR=.;FRO=202;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=74;FSRR=128;FWDB=0.00846134;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5021;QD=1.27101;RBI=0.0297619;REFB=-0.00200717;REVB=0.0285338;RO=198;SAF=3;SAR=18;SRF=72;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32271;STB=0.759581;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.015612;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:223:223:198:202:21:21:0.0941704:18:3:72:126:18:3:74:128 chr11 1017783 . A C 615.13 PASS AF=0.380952;AO=66;DP=217;FAO=72;FDP=189;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=-0.0283308;FXX=0.16371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6826;QD=13.0185;RBI=0.0289718;REFB=-0.0150086;REVB=-0.00606058;RO=111;SAF=26;SAR=40;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181057;STB=0.500705;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0293794;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:189:111:117:66:72:0.380952:40:26:42:69:45:27:44:73 chr11 1017789 . A C 361.58 PASS AF=0.240343;AO=55;DP=230;FAO=56;FDP=233;FR=.;FRO=177;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=63;FSRR=114;FWDB=-0.0135649;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0289;QD=6.20739;RBI=0.0207;REFB=-0.00792076;REVB=-0.0156359;RO=169;SAF=22;SAR=33;SRF=60;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599389;STB=0.543641;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0266976;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:169:177:55:56:0.240343:33:22:60:109:33:23:63:114 chr11 1017793 . T G 76.88 PASS AF=0.0966387;AO=23;DP=236;FAO=23;FDP=238;FR=.;FRO=215;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=130;FWDB=-0.0139233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4041;QD=1.2921;RBI=0.0228155;REFB=0.00648172;REVB=-0.0180746;RO=212;SAF=5;SAR=18;SRF=83;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236801;STB=0.686264;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0689022;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:236:238:212:215:23:23:0.0966387:18:5:83:129:18:5:85:130 chr11 1017797 . C G 74.91 PASS AF=0.103004;AO=18;DP=227;FAO=24;FDP=233;FR=.;FRO=209;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=84;FSRR=125;FWDB=-0.0338365;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.294;QD=1.28593;RBI=0.0344264;REFB=-0.00899079;REVB=-0.00634579;RO=205;SAF=5;SAR=13;SRF=83;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157048;STB=0.701185;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0805499;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:227:233:205:209:18:24:0.103004:13:5:83:122:19:5:84:125 chr11 1017834 . G A 79.83 PASS AF=0.100877;AO=21;DP=226;FAO=23;FDP=228;FR=.;FRO=205;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=128;FWDB=-0.0235376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.876;QD=1.40046;RBI=0.0235791;REFB=-0.005874;REVB=-0.00139878;RO=205;SAF=7;SAR=14;SRF=77;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544762;STB=0.571364;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0445928;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:226:228:205:205:21:23:0.100877:14:7:77:128:16:7:77:128 chr11 1017845 . C G 620.83 PASS AF=0.358491;AO=76;DP=208;FAO=76;FDP=212;FR=.;FRO=136;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=82;FWDB=-0.0394956;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.071;QD=11.7138;RBI=0.0427713;REFB=-0.0302773;REVB=-0.0164159;RO=127;SAF=25;SAR=51;SRF=51;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875555;STB=0.547852;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0421207;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:212:127:136:76:76:0.358491:51:25:51:76:51:25:54:82 chr11 1017858 . A G 738.56 PASS AF=0.382222;AO=86;DP=224;FAO=86;FDP=225;FR=.;FRO=139;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=-0.0260879;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0535;QD=13.1299;RBI=0.0452052;REFB=-0.0304096;REVB=-0.0369179;RO=133;SAF=29;SAR=57;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138715;STB=0.585106;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0457794;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:133:139:86:86:0.382222:57:29:61:72:57:29:65:74 chr11 1017883 . C A 287.71 PASS AF=0.216814;AO=46;DP=220;FAO=49;FDP=226;FR=.;FRO=177;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=-0.0204271;FXX=0.0216441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8566;QD=5.09226;RBI=0.0212972;REFB=-0.0152841;REVB=-0.0060253;RO=169;SAF=20;SAR=26;SRF=78;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345643;STB=0.535041;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0451313;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:226:169:177:46:49:0.216814:26:20:78:91:29:20:80:97 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 272.91 PASS AF=0.0779817,0.0688073,0.0917431;AO=14,14,20;DP=224;FAO=17,15,20;FDP=218;FR=.;FRO=166;FSAF=8,2,10;FSAR=9,13,10;FSRF=82;FSRR=84;FWDB=-0.00652877,-0.0105843,-0.0221611;FXX=0.0267845;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=110.691,152.15,97.5123;QD=5.00746;RBI=0.0558243,0.0380009,0.0506962;REFB=-0.00369303,-0.00575736,-0.0133363;REVB=-0.0554412,-0.0364971,-0.045596;RO=153;SAF=6,2,10;SAR=8,12,10;SRF=73;SRR=80;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.055912,-0.402512,0.028229;STB=0.521211,0.848657,0.505371;STBP=0.868,0.011,0.947;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0692857,0.0745163,0.0585664;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:74:224:218:153:166:14,14,20:17,15,20:0.0779817,0.0688073,0.0917431:8,12,10:6,2,10:73:80:9,13,10:8,2,10:82:84 chr11 1017898 . T G 31.09 PASS AF=0.0619469;AO=14;DP=230;FAO=14;FDP=226;FR=.;FRO=212;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=106;FSRR=106;FWDB=-0.0119614;FXX=0.0173905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.042;QD=0.550203;RBI=0.0180134;REFB=-0.00151379;REVB=-0.0134688;RO=209;SAF=2;SAR=12;SRF=104;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380968;STB=0.845444;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0532213;OID=.;OPOS=1017898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:230:226:209:212:14:14:0.0619469:12:2:104:105:12:2:106:106 chr11 1017899 . A T 56.78 PASS AF=0.0840708;AO=19;DP=224;FAO=19;FDP=226;FR=.;FRO=207;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=100;FSRR=107;FWDB=-0.012784;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.544;QD=1.00504;RBI=0.0281429;REFB=-0.00524675;REVB=-0.0250717;RO=183;SAF=9;SAR=10;SRF=84;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174972;STB=0.508624;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0418579;OID=.;OPOS=1017899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:224:226:183:207:19:19:0.0840708:10:9:84:99:10:9:100:107 chr11 1017900 . G T 85.25 PASS AF=0.107623;AO=24;DP=211;FAO=24;FDP=223;FR=.;FRO=199;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=105;FSRR=94;FWDB=-0.0178058;FXX=0.00446409;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.067;QD=1.52916;RBI=0.0353337;REFB=-0.00314551;REVB=-0.0305192;RO=187;SAF=5;SAR=19;SRF=99;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399272;STB=0.786953;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0404481;OID=.;OPOS=1017900;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:211:223:187:199:24:24:0.107623:19:5:99:88:19:5:105:94 chr11 1017911 . TG CT,TA 38.71 PASS AF=0.01,0.06;AO=11,12;DP=211;FAO=2,12;FDP=200;FR=.;FRO=186;FSAF=1,2;FSAR=1,10;FSRF=100;FSRR=86;FWDB=-0.020317,0.0242291;FXX=0.0566011;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=172.304,100.826;QD=0.774112;RBI=0.0245306,0.0242403;REFB=-0.00416111,0.00266722;REVB=-0.0137467,0.000739249;RO=177;SAF=5,2;SAR=6,10;SRF=93;SRR=84;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0720016,-0.375893;STB=0.536868,0.841028;STBP=0.858,0.022;TYPE=mnp,snp;VARB=0.144294,-0.0171981;OID=.,.;OPOS=1017911,1017912;OREF=TG,G;OALT=CT,A;OMAPALT=CT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:211:200:177:186:11,12:2,12:0.01,0.06:6,10:5,2:93:84:1,10:1,2:100:86 chr11 1017917 . A T 46.86 PASS AF=0.08;AO=16;DP=202;FAO=16;FDP=200;FR=.;FRO=184;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=95;FSRR=89;FWDB=-0.0337981;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.383;QD=0.937115;RBI=0.0392618;REFB=-0.0024944;REVB=-0.0199795;RO=182;SAF=8;SAR=8;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125211;STB=0.514981;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0359066;OID=.;OPOS=1017917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:202:200:182:184:16:16:0.08:8:8:93:89:8:8:95:89 chr11 1017921 . C T 76.92 PASS AF=0.111732;AO=19;DP=175;FAO=20;FDP=179;FR=.;FRO=159;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=91;FSRR=68;FWDB=-0.0463866;FXX=0.0376324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3775;QD=1.71878;RBI=0.0465489;REFB=-0.00954073;REVB=-0.00388373;RO=144;SAF=6;SAR=13;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276408;STB=0.776015;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0586873;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:175:179:144:159:19:20:0.111732:13:6:78:66:15:5:91:68 chr11 1017935 . A G 295.61 PASS AF=0.278146;AO=43;DP=161;FAO=42;FDP=151;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.0341121;FXX=0.0621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4087;QD=7.83076;RBI=0.0695643;REFB=-0.0205502;REVB=-0.0606264;RO=106;SAF=19;SAR=24;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160546;STB=0.613031;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0300958;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:151:106:109:43:42:0.278146:24:19:61:45:24:18:64:45 chr11 1017941 . G T 33.98 PASS AF=0.0763889;AO=9;DP=143;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=0.00355212;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6068;QD=0.943972;RBI=0.0308589;REFB=-0.000467513;REVB=0.0306537;RO=134;SAF=7;SAR=2;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22516;STB=0.562467;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0102902;OID=.;OPOS=1017941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:143:144:134:133:9:11:0.0763889:2:7:77:57:4:7:76:57 chr11 1017945 . A G 49.25 PASS AF=0.100775;AO=12;DP=128;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=38;FWDB=-0.0876668;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8375;QD=1.52709;RBI=0.0972241;REFB=-0.0107242;REVB=-0.0420364;RO=115;SAF=3;SAR=9;SRF=78;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471466;STB=0.848616;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0804181;OID=.;OPOS=1017945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:128:129:115:116:12:13:0.100775:9:3:78:37:10:3:78:38 chr11 1017955 . C T 98.19 PASS AF=0.162393;AO=19;DP=117;FAO=19;FDP=117;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=-0.0338194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.158;QD=3.357;RBI=0.0405928;REFB=-0.00645049;REVB=-0.0224504;RO=95;SAF=12;SAR=7;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510193;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0475392;OID=.;OPOS=1017955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:117:117:95:98:19:19:0.162393:7:12:60:35:7:12:63:35 chr11 1017963 . G A 61.98 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=28;FWDB=-0.0394173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.557;QD=2.43056;RBI=0.0533675;REFB=-0.00699268;REVB=-0.0359773;RO=89;SAF=10;SAR=3;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127946;STB=0.592581;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0595213;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:89:89:13:13:0.127451:3:10:61:28:3:10:61:28 chr11 1017968 . T A 70.58 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=56;FSRR=23;FWDB=-0.0202489;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6891;QD=3.03558;RBI=0.0223965;REFB=-0.00982241;REVB=-0.00957006;RO=73;SAF=10;SAR=4;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436413;STB=0.50561;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.057629;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:94:93:73:79:14:14:0.150538:4:10:50:23:4:10:56:23 chr11 1017974 . C G 53.11 PASS AF=0.13253;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=10;FWDB=-0.0686971;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.382;QD=2.55933;RBI=0.0902633;REFB=-0.00349992;REVB=-0.0585506;RO=67;SAF=2;SAR=8;SRF=58;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710057;STB=0.905524;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0458404;OID=.;OPOS=1017974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:83:67:72:10:11:0.13253:8:2:58:9:8:3:62:10 chr11 1017979 . G A 56.79 PASS AF=0.148649;AO=10;DP=75;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=8;FWDB=-0.0211304;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.371;QD=3.06951;RBI=0.0282944;REFB=-0.00770837;REVB=-0.018817;RO=63;SAF=3;SAR=7;SRF=55;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.657186;STB=0.872772;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.042482;OID=.;OPOS=1017979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:74:63:63:10:11:0.148649:7:3:55:8:7:4:55:8 chr11 1018012 . T G 105.42 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=5;FWDB=-0.0136228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8764;QD=7.53015;RBI=0.0955615;REFB=-0.00675257;REVB=-0.0945855;RO=40;SAF=13;SAR=2;SRF=35;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219954;STB=0.518494;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0105045;OID=.;OPOS=1018012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:2:13:35:5:2:13:36:5 chr11 1018025 . C A 158.65 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=-0.0301227;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9908;QD=14.7583;RBI=0.0303592;REFB=0.00207204;REVB=0.00378208;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431934;STB=0.542294;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0370764;OID=.;OPOS=1018025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:43:23:25:10:10:0.232558:1:9:21:2:1:9:23:2 chr11 1018116 . T G 41.48 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0659329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6883;QD=4.48426;RBI=0.0686611;REFB=0.00491809;REVB=-0.0191625;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363538;STB=0.734733;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0343562;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:22:8:4:3:22:8 chr11 1018295 . T C 194.72 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00910361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.24;QD=16.9318;RBI=0.0121193;REFB=-0.015901;REVB=0.00800007;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.578868;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0227259;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:19:20:0.434783:11:8:14:11:12:8:14:12 chr11 1018314 . G A 64.85 PASS AF=0.204545;AO=8;DP=47;FAO=9;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0212419;FXX=0.0638162;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.26;QD=5.89525;RBI=0.0349101;REFB=-0.0276614;REVB=-0.0277037;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129007;STB=0.645825;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0557201;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:47:44:27:35:8:9:0.204545:5:3:13:14:6:3:18:17 chr11 1018366 . C T 56.79 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.022902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.949;QD=4.3682;RBI=0.0288331;REFB=-0.0142247;REVB=-0.017517;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921644;STB=0.56307;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0487795;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:7:2:12:31:7:2:12:31 chr11 1018374 . T A 710.07 PASS AF=0.980769;AO=47;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1222;QD=54.6211;RBI=0.068677;REFB=-0.0301585;REVB=0.0562154;RO=1;SAF=11;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408345;STB=0.52173;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00209564;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:1:1:47:51:0.980769:36:11:1:0:40:11:1:0 chr11 1018379 . G C 45.09 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.026433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.172;QD=3.22106;RBI=0.0289386;REFB=-0.0191202;REVB=-0.0117787;RO=48;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239044;STB=0.678571;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0646349;OID=.;OPOS=1018379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:7:1:12:36:7:1:12:36 chr11 1018385 . T A 66.05 PASS AF=0.192308;AO=9;DP=51;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.017592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.286;QD=5.08085;RBI=0.0311655;REFB=-0.00870663;REVB=-0.0257257;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187996;STB=0.562383;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0557994;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:52:38:42:9:10:0.192308:6:3:8:30:7:3:10:32 chr11 1018390 . C A,T 32.53 PASS AF=0.0526316,0.0701754;AO=3,3;DP=55;FAO=3,4;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2,3;FSAR=1,1;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0291153,-0.00725158;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=60.6703,88.984;QD=2.28282;RBI=0.042605,0.0661396;REFB=-0.0216463,-0.00627136;REVB=-0.0311045,-0.0657409;RO=49;SAF=2,2;SAR=1,1;SRF=13;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.376995,0.376995;STB=0.833585,0.87562;STBP=0.511,0.335;TYPE=snp,snp;VARB=0.0645474,0.072208;OID=.,.;OPOS=1018390,1018390;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:55:57:49:50:3,3:3,4:0.0526316,0.0701754:1,1:2,2:13:36:1,1:2,3:13:37 chr11 1018456 . G A 41.05 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0272353;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.494;QD=3.42091;RBI=0.0420859;REFB=-0.0018544;REVB=-0.0320852;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417388;STB=0.777058;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0143977;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:40:41:7:7:0.145833:2:5:14:26:2:5:15:26 chr11 1018483 . C G 64.31 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0544194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6629;QD=7.79488;RBI=0.202057;REFB=-0.00766689;REVB=-0.194591;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538566;STB=0.914855;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00454038;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:33:18:24:10:9:0.272727:2:8:5:13:1:8:6:18 chr11 1018496 . G T 63.3 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00242404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.272;QD=8.43977;RBI=0.0728847;REFB=-0.0300593;REVB=-0.0728443;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526099;STB=0.84604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0432726;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:30:30:15:18:7:7:0.233333:1:6:6:9:1:6:7:11 chr11 1018523 . A G 51.58 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0490743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7701;QD=5.89531;RBI=0.0996187;REFB=-0.0125278;REVB=-0.0866925;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661933;STB=0.912182;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0362314;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:1:7:7:20:1:7:7:20 chr11 1019375 . C T 1571.89 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.565;QD=62.8758;RBI=0.0475586;REFB=0;REVB=0.0357842;RO=1;SAF=31;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333635;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:100:1:0:98:100:1:67:31:0:1:68:32:0:0 chr11 1027811 . C T 677.96 PASS AF=0.868852;AO=53;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0747982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2317;QD=44.4563;RBI=0.0862805;REFB=-0.0456363;REVB=0.0430064;RO=7;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521472;STB=0.533915;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00672779;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:7:8:53:53:0.868852:34:19:1:6:34:19:1:7 chr11 1031058 . T TG 48.51 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=22;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.105799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9036;QD=11.4132;RBI=0.212302;REFB=0.0609131;REVB=-0.184061;RO=15;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652156;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=-0.108154;OID=.;OPOS=1031059;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:5:22:8:17:9:6:2:6:3:45:15:5:0:11:4 chr11 1075747 . T C 1243.89 PASS AF=0.808333;AO=90;DP=116;FAO=97;FDP=120;FR=.;FRO=23;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.029276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.146;QD=41.4631;RBI=0.0301577;REFB=-0.0333241;REVB=0.00723887;RO=23;SAF=55;SAR=35;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183496;STB=0.506504;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00740761;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:23:23:90:97:0.808333:35:55:13:10:39:58:13:10 chr11 1093710 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9614;QD=45.8054;RBI=0.0487689;REFB=0;REVB=0.0295596;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250745;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr11 1094690 . C T 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.109236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.292;QD=42.7089;RBI=0.109339;REFB=-0.0416192;REVB=-0.00475104;RO=2;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511457;STB=0.52775;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00480139;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:17:2:0:2:17:2:0:2 chr11 1094753 . A C 262.79 PASS AF=0.735294;AO=20;DP=31;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0268793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0514;QD=30.916;RBI=0.0283273;REFB=0.0013117;REVB=-0.00894105;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181347;STB=0.578393;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00154906;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:34:10:9:20:25:0.735294:10:10:2:8:12:13:2:7 chr11 1094754 . A C 52.33 PASS AF=0.25;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0303287;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.462;QD=6.54113;RBI=0.0421461;REFB=-0.00275147;REVB=-0.0292654;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497682;STB=0.843892;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.134573;OID=.;OPOS=1094754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:7:8:0.25:6:1:13:11:7:1:13:11 chr11 1096494 . T C 1821.15 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3771;QD=61.2152;RBI=0.0383984;REFB=0;REVB=-0.00744004;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66259e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:119:0:0:111:119:1:54:57:0:0:56:63:0:0 chr11 1101649 . T C 520.26 PASS AF=0.854167;AO=37;DP=47;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.101724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.4449;QD=43.3548;RBI=0.111315;REFB=-0.0903892;REVB=0.0452018;RO=7;SAF=11;SAR=26;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138304;STB=0.553165;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0287036;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:48:7:7:37:41:0.854167:26:11:5:2:26:15:5:2 chr11 1158073 . T C 1624.23 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.048;QD=60.1568;RBI=0.0120714;REFB=0;REVB=0.0116867;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43428e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr11 1161315 . T C 366.62 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3334;QD=54.3142;RBI=0.0992458;REFB=0;REVB=0.0941202;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00516654;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:7:20:0:0 chr11 1212877 . A G 282.71 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00301587;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.545;QD=9.11962;RBI=0.0283642;REFB=-0.0161558;REVB=-0.0282034;RO=83;SAF=16;SAR=22;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072401;STB=0.539102;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.030722;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:83:86:38:38:0.306452:22:16:40:43:22:16:41:45 chr11 1212921 . C T 135.86 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00254202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.349;QD=6.87872;RBI=0.00261898;REFB=-0.010978;REVB=0.000630219;RO=58;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142219;STB=0.576015;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0309717;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:59:20:20:0.253165:12:8:17:41:12:8:18:41 chr11 1212927 . C A 30.23 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=74;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0464676;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6151;QD=1.67952;RBI=0.0590066;REFB=-0.00941044;REVB=0.0363668;RO=64;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288995;STB=0.749168;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0796028;OID=.;OPOS=1212927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:74:72:64:65:7:7:0.0972222:6:1:22:42:6:1:23:42 chr11 1212954 . C A 204.97 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0103936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.936;QD=16.3973;RBI=0.020218;REFB=-0.024551;REVB=-0.0173419;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383183;STB=0.72236;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0501278;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:17:4:15:14:17:4:15:14 chr11 1212961 . T C 58.72 PASS AF=0.191489;AO=7;DP=46;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.028143;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.341;QD=4.99755;RBI=0.0307676;REFB=-0.0290467;REVB=0.0124345;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131797;STB=0.664405;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.109532;OID=.;OPOS=1212961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:47:39:38:7:9:0.191489:5:2:15:24:7:2:15:23 chr11 1213039 . C T 53.16 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0744266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5287;QD=7.33212;RBI=0.0744277;REFB=-0.00349189;REVB=-0.000399485;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175349;STB=0.611945;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0142604;OID=.;OPOS=1213039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:13:8:2:6:13:8 chr11 1213125 . G A 68.15 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0201891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5303;QD=5.56355;RBI=0.0776267;REFB=-0.0307396;REVB=-0.0749554;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127043;STB=0.578798;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0631103;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:49:33:39:10:10:0.204082:6:4:10:23:6:4:12:27 chr11 1213174 . A G 48.59 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=45;FWDB=-0.0300118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.316;QD=3.13455;RBI=0.0401328;REFB=-0.00901282;REVB=-0.0266445;RO=48;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209316;STB=0.597513;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0478176;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:48:53:9:9:0.145161:7:2:6:42:7:2:8:45 chr11 1213177 . C T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=45;FWDB=-0.0390156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.872;QD=2.75146;RBI=0.049319;REFB=-0.00639029;REVB=-0.0301687;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182795;STB=0.629362;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0383055;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:52:53:8:8:0.131148:6:2:8:44:6:2:8:45 chr11 1213204 . C G 47.45 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=46;FWDB=0.0134517;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.462;QD=2.9658;RBI=0.0135909;REFB=-0.00334907;REVB=-0.00194049;RO=54;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109053;STB=0.579077;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0237068;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:65:64:54:55:9:9:0.140625:7:2:9:45:7:2:9:46 chr11 1250488 . C T 571.24 PASS AF=0.720588;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0216842;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.114;QD=33.6021;RBI=0.036494;REFB=-0.00966799;REVB=0.0293531;RO=19;SAF=12;SAR=37;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822793;STB=0.54452;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00541058;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:19:19:49:49:0.720588:37:12:7:12:37:12:7:12 chr11 1252708 . G C 319.25 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0146362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.331;QD=26.6043;RBI=0.014644;REFB=-0.0108642;REVB=-0.000478996;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349714;STB=0.677729;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00639879;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:20:28:28:0.583333:13:15:1:18:13:15:2:18 chr11 1253942 . T C 316.27 PASS AF=0.764706;AO=27;DP=35;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00453388;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.779;QD=37.2087;RBI=0.0120425;REFB=-0.052655;REVB=0.0111564;RO=7;SAF=5;SAR=22;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271162;STB=0.513264;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0121983;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:7:8:27:26:0.764706:22:5:1:6:22:4:1:7 chr11 1255773 . C T 833.52 PASS AF=0.75;AO=66;DP=88;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0604962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.199;QD=37.887;RBI=0.0607597;REFB=-0.0419272;REVB=-0.00565175;RO=22;SAF=37;SAR=29;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715939;STB=0.50384;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0116573;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:22:22:66:66:0.75:29:37:12:10:29:37:12:10 chr11 1258217 . T G 47.49 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0249659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.304;QD=1.88071;RBI=0.0541299;REFB=-0.00300188;REVB=-0.0480286;RO=90;SAF=4;SAR=7;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138391;STB=0.603479;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0449193;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:7:4:43:47:7:4:43:47 chr11 1258226 . C T 52.08 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.020062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.989;QD=1.94704;RBI=0.0235162;REFB=-0.00563426;REVB=-0.0122689;RO=93;SAF=5;SAR=7;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559171;STB=0.551095;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0343579;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:93:95:12:12:0.11215:7:5:43:50:7:5:45:50 chr11 1258283 . G A 50.94 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00295804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.664;QD=2.28932;RBI=0.00833746;REFB=-0.00287835;REVB=-0.00779507;RO=78;SAF=7;SAR=4;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284543;STB=0.701031;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0283429;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:78:78:11:11:0.123596:4:7:31:47:4:7:31:47 chr11 1258286 . C T 51.92 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0404207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.339;QD=2.4148;RBI=0.0467609;REFB=-0.0032091;REVB=-0.0235107;RO=75;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252136;STB=0.678037;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0265109;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:75:75:11:11:0.127907:4:7:32:43:4:7:32:43 chr11 1258295 . A G 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.014911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.721;QD=2.45939;RBI=0.0164706;REFB=-0.00997731;REVB=-0.00699599;RO=72;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296311;STB=0.703964;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0403472;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:72:74:11:11:0.129412:4:7:28:44:4:7:29:45 chr11 1264362 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4852;QD=33.4285;RBI=0.0757864;REFB=0;REVB=0.059675;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100604;OID=.;OPOS=1264362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 1264823 . T C 90.39 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0242964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.049;QD=19.0293;RBI=0.0263747;REFB=-0.0276132;REVB=0.0102618;RO=7;SAF=0;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.777749;STB=0.658152;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0193173;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:19:7:7:9:10:0.526316:9:0:2:5:9:1:2:5 chr11 1267325 . T C 55.76 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.242988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4168;QD=10.6202;RBI=0.260676;REFB=-0.0383419;REVB=-0.0943851;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531713;STB=0.799314;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0372966;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:9:13:8:8:0.380952:6:2:8:1:6:2:10:3 chr11 1268513 . G C 137.12 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0716672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.834;QD=39.1756;RBI=0.0723158;REFB=0.048287;REVB=-0.00966335;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00282406;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:9:3:0:1:9:4:0:1 chr11 1268608 . A G 204.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.029;QD=48.0295;RBI=0.0646742;REFB=0;REVB=-0.0110671;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00419607;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:13:4:0:0 chr11 1269627 . C T 52.84 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3202;QD=21.1361;RBI=0.0192861;REFB=-0.0554954;REVB=0.0192861;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0542073;OID=.;OPOS=1269627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:7:0:0:2:7:0:0:3 chr11 1269672 . T C 45.54 PASS AF=0.857143;AO=7;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2773;QD=26.0256;RBI=0.0176243;REFB=0.0193276;REVB=0.0176243;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.117294;OID=.;OPOS=1269672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:7:6:0.857143:7:0:0:0:6:0:0:1 chr11 1269834 . C CA 80.42 PASS AF=1;AO=3;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420305;FXX=0.166528;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.789;QD=32.1661;RBI=0.0420307;REFB=0;REVB=-0.000122192;RO=8;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00276489;OID=.;OPOS=1269835;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:12:10:10:0:6:4:0:0:3:8:3:0:5:3 chr11 1269835 . G A,C 127.44 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=8,4;DP=12;FAO=8,4;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127017,0.00919638;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.366,37.01;QD=42.481;RBI=0.0142687,0.0123761;REFB=0,0;REVB=-0.00650107,0.00828219;RO=0;SAF=5,3;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00108661,0.138971;OID=.,.;OPOS=1269835,1269835;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:12:12:0:0:8,4:8,4:0.666667,0.333333:3,1:5,3:0:0:3,1:5,3:0:0 chr11 1282941 . T TC 33.49 PASS AF=0.346154;AO=10;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.152791;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=12.7787;QD=5.15243;RBI=0.152795;REFB=-0.0994404;REVB=-0.00104004;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466808;STB=0.745993;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=0.128777;OID=.;OPOS=1282942;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:10:28:9:26:17:8:1:11:6:33:17:9:1:10:7 chr11 1309956 . C T 132.3 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0137321;FXX=0.106045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.492;QD=8.96961;RBI=0.0382127;REFB=-0.0121314;REVB=-0.0356601;RO=29;SAF=14;SAR=2;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359178;STB=0.829436;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0304778;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:59:29:40:16:16:0.271186:2:14:19:10:2:14:19:21 chr11 1477736 . C T 294.49 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0355821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.997;QD=28.0467;RBI=0.037615;REFB=0.00396214;REVB=0.0121983;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157387;STB=0.505614;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00449464;OID=.;OPOS=1477736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:26:26:0.619048:11:15:9:6:11:15:9:7 chr11 1501670 . G C 847.79 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9502;QD=57.4776;RBI=0.0359421;REFB=0;REVB=0.0330258;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518169;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:34:20:0:0:37:22:0:0 chr11 1502097 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.457;QD=60.5464;RBI=0.0291094;REFB=0;REVB=-0.0233274;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86212e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr11 1507703 . C T 105.15 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0268436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.414;QD=32.3524;RBI=0.0442261;REFB=0.00963121;REVB=-0.0351478;RO=2;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00957495;OID=.;OPOS=1507703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:7:4:2:0:7:4:2:0 chr11 1507731 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.785;QD=44.6898;RBI=0.0189765;REFB=0;REVB=0.00412801;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22235e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 1587021 . A C 253.35 PASS AF=0.238095;AO=38;DP=166;FAO=40;FDP=168;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=76;FSRR=52;FWDB=-0.0193088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.242;QD=6.03207;RBI=0.0193811;REFB=-0.0118574;REVB=-0.00167266;RO=127;SAF=10;SAR=28;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408738;STB=0.758696;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0338957;OID=.;OPOS=1587021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:127:128:38:40:0.238095:28:10:75:52:30:10:76:52 chr11 1619641 . AT A 46.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.088576;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.95476;QD=3.93114;RBI=0.222146;REFB=-0.0898305;REVB=0.203723;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302375;STB=0.590723;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.124399;OID=.;OPOS=1619642;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:20:47:20:47:27:9:11:8:19:46:20:12:8:5:15 chr11 1628965 . G A 199.88 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0944624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.042;QD=36.3414;RBI=0.117097;REFB=-0.0998195;REVB=0.0691991;RO=4;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314411;STB=0.517222;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0192284;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:6:12:3:1:6:12:3:1 chr11 1628992 . G A 105.03 PASS AF=0.846154;AO=8;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.133932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.199;QD=32.3156;RBI=0.13697;REFB=-0.14809;REVB=0.0286884;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0615585;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:13:2:2:8:11:0.846154:6:2:1:1:6:5:1:1 chr11 1629510 . A G 75.11 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02737;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.872;QD=33.3802;RBI=0.02737;REFB=-0.0669305;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100121;OID=.;OPOS=1629510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr11 1642883 . G GC 67.3 PASS AF=1;AO=2;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718628;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.8144;QD=33.6523;RBI=0.0927268;REFB=0;REVB=0.0924479;RO=5;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000634068;OID=.;OPOS=1642884;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:8:8:8:0:5:3:0:0:4:5:2:0:3:2 chr11 1642884 . A C 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00718724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.125;QD=28.5279;RBI=0.0807805;REFB=-0.0574263;REVB=0.0804601;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0038894;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr11 1651550 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.003764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.176;QD=23.2183;RBI=0.0896329;REFB=-0.0791818;REVB=0.0895538;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0242743;OID=.;OPOS=1651550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr11 1651830 . G T 157.49 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00222779;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.594;QD=23.3325;RBI=0.0512897;REFB=-0.0362339;REVB=0.0512412;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143451;STB=0.580545;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0305304;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:7:4:9:7:7:4 chr11 1651917 . C T 69.58 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0270017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5616;QD=16.3716;RBI=0.0342705;REFB=-0.0328218;REVB=0.0211039;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0302344;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr11 1775385 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0180001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.91;QD=8.06775;RBI=0.0180968;REFB=-0.00936405;REVB=-0.00186853;RO=33;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479068;STB=0.799467;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0217049;OID=.;OPOS=1775385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:10:2:18:15:10:2:18:15 chr11 1780205 . A G 217.78 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0113309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.73;QD=9.36666;RBI=0.0149233;REFB=-0.0158087;REVB=-0.00971165;RO=64;SAF=15;SAR=13;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318952;STB=0.523608;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0307253;OID=.;OPOS=1780205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:65:28:28:0.301075:13:15:36:28:13:15:37:28 chr11 1780867 . G A 48.62 PASS AF=0.133333;AO=4;DP=30;FAO=4;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0048953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.722;QD=6.48296;RBI=0.0228927;REFB=-0.00637609;REVB=-0.0223631;RO=22;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247236;STB=0.686511;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0302715;OID=.;OPOS=1780867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:30:30:22:22:4:4:0.133333:1:3:12:10:1:3:12:10 chr11 1782594 . G A 121.13 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00646737;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.551;QD=6.82415;RBI=0.0523807;REFB=0.00848946;REVB=-0.0519799;RO=53;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102152;STB=0.562431;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0219622;OID=.;OPOS=1782594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:8:10:25:28:8:10:25:28 chr11 1855854 . G C 551.59 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=55;FWDB=-0.00672061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.008;QD=18.3862;RBI=0.0279632;REFB=-0.0496337;REVB=0.0271435;RO=53;SAF=12;SAR=45;SRF=7;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111281;STB=0.580991;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.039649;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:53:62:57:58:0.483333:45:12:7:46:46:12:7:55 chr11 1857173 . T C 580.37 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503098;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.349;QD=61.0917;RBI=0.051264;REFB=0;REVB=0.00984508;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07755e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr11 1861760 . T C 712.75 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148353;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.663;QD=63.3555;RBI=0.0342262;REFB=0;REVB=0.0308439;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125163;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr11 1910635 . C T 279.18 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333912;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.8;QD=53.1779;RBI=0.0488483;REFB=0;REVB=0.0356537;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415135;OID=.;OPOS=1910635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr11 1911115 . T C 53.87 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416245;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.854;QD=35.9135;RBI=0.0423154;REFB=0;REVB=-0.00761564;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982311;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 1993975 . C A 811.68 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.711;QD=56.9599;RBI=0.0784883;REFB=0;REVB=0.0298276;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453269;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:39:18:0:0 chr11 2016619 . A G 191.09 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.767;QD=47.7733;RBI=0.0147554;REFB=0;REVB=-0.0127163;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65946e-05;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 2016659 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.906;QD=49.5937;RBI=0.0191873;REFB=0;REVB=0.0169368;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234991;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 2016662 . T C 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.491;QD=49.5894;RBI=0.00425199;REFB=0;REVB=-0.00313243;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16447e-06;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 2016924 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9237;QD=37.4841;RBI=0.19588;REFB=0;REVB=-0.188713;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.017702;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 2017017 . A C 754.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4188;QD=56.9229;RBI=0.0396348;REFB=0;REVB=-0.0369114;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015419;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:15:37:0:0:15:38:0:0 chr11 2017110 . C G 1231.3 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00522731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0112;QD=60.0635;RBI=0.0639873;REFB=-0.140846;REVB=-0.0637734;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00152783;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:79:81:0.987805:38:41:0:0:38:43:1:0 chr11 2017439 . C G 771.68 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4488;QD=62.9939;RBI=0.0222256;REFB=0;REVB=0.0178104;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424656;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:25:16:0:0:30:19:0:0 chr11 2018336 . A T 1350.08 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.7;QD=62.0724;RBI=0.0553081;REFB=0;REVB=0.0181639;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65387e-05;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:83:87:1:31:52:0:0:31:56:0:0 chr11 2018449 . A G 116.39 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.24;QD=33.2541;RBI=0.0308016;REFB=-0.00358492;REVB=-0.0058571;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000566328;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:14:14:2:2:10:10:0.714286:7:3:1:1:7:3:1:1 chr11 2018853 . G A 2056.63 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0407801;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.342;QD=60.9373;RBI=0.0598216;REFB=-0.0299974;REVB=0.0437677;RO=2;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133855;STB=0.507041;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000583819;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:135:2:2:133:133:0.985185:70:63:0:2:70:63:0:2 chr11 2181060 . T G 436.0 PASS AF=1;AO=23;DP=36;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506381;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.387;QD=58.1327;RBI=0.105438;REFB=0;REVB=0.0924821;RO=5;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180869;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:30:5:0:23:30:1:5:18:0:5:6:24:0:0 chr11 2190951 . C T 1197.89 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0127;QD=60.6525;RBI=0.069938;REFB=0;REVB=0.0243331;RO=0;SAF=12;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143303;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:66:12:0:0:66:13:0:0 chr11 2291982 . T A 165.8 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0149865;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7756;QD=12.2817;RBI=0.0166545;REFB=-0.0180652;REVB=-0.0072649;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186092;STB=0.573916;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0395763;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:33:20:21:0.388889:16:4:10:20:16:5:11:22 chr11 2292014 . A AC 59.2 PASS AF=0.267606;AO=21;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0274491;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.8488;QD=3.33514;RBI=0.0596732;REFB=-0.00272127;REVB=-0.0529853;RO=49;SAF=1;SAR=20;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62065;STB=0.875387;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0289357;OID=.;OPOS=2292015;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267606:21:71:19:71:52:1:18:19:33:59:49:1:20:19:30 chr11 2337218 . G A 611.15 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.130938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.994;QD=56.8513;RBI=0.140416;REFB=-0.155702;REVB=0.0507138;RO=2;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334838;STB=0.517849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00306481;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:27:13:0:2:27:14:0:2 chr11 2418102 . C T 348.37 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0183513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.29;QD=17.4186;RBI=0.0188734;REFB=-0.00912283;REVB=-0.00440823;RO=41;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880267;STB=0.531898;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0220803;OID=.;OPOS=2418102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:43:37:37:0.4625:22:15:13:28:22:15:15:28 chr11 2424684 . A C 764.49 PASS AF=1;AO=27;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.849;QD=63.7072;RBI=0.103851;REFB=0;REVB=0.0980645;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52064e-05;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:27:48:1:5:22:0:0:22:26:0:0 chr11 2436559 . C T 772.42 PASS AF=0.585366;AO=71;DP=123;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00291495;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.981;QD=25.1194;RBI=0.0075618;REFB=-0.0112266;REVB=-0.00697738;RO=49;SAF=46;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155107;STB=0.588621;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0113617;OID=.;OPOS=2436559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:49:51:71:72:0.585366:25:46:22:27:26:46:22:29 chr11 2439542 . A C,G 998.25 PASS AF=0.057971,0.942029;AO=4,64;DP=68;FAO=4,65;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=4,40;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143885,-0.00585358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.033,80.3531;QD=57.8698;RBI=0.0156531,0.00589113;REFB=0,0;REVB=-0.00616382,-0.000664064;RO=0;SAF=4,39;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.30166e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.165688,0.00327983;OID=.,.;OPOS=2439542,2439542;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:68:69:0:0:4,64:4,65:0.057971,0.942029:0,25:4,39:0:0:0,25:4,40:0:0 chr11 2439767 . T C 573.12 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0105534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.473;QD=55.9143;RBI=0.0133146;REFB=-0.0246236;REVB=0.00811815;RO=2;SAF=9;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339175;STB=0.518125;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000729711;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:30:9:1:1:30:9:1:1 chr11 2869712 . G A 1528.1 PASS AF=0.65641;AO=128;DP=197;FAO=128;FDP=195;FR=.;FRO=67;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.0165697;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.259;QD=31.3457;RBI=0.0165702;REFB=-0.0212932;REVB=0.000128729;RO=67;SAF=52;SAR=76;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521663;STB=0.528025;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0105723;OID=.;OPOS=2869712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:67:67:128:128:0.65641:76:52:22:45:76:52:22:45 chr11 2870108 . A G 1479.31 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119559;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.81;QD=63.6263;RBI=0.0205001;REFB=0;REVB=0.0166527;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85653e-06;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:57:36:0:0:57:36:0:0 chr11 2924610 . G A 156.61 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0330788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.219;QD=7.83058;RBI=0.0331765;REFB=-0.00513829;REVB=-0.00254492;RO=58;SAF=5;SAR=17;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280575;STB=0.670884;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0111556;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:17:5:25:33:17:5:25:33 chr11 2929552 . AT GG,GT 524.17 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,32;DP=34;FAO=3,33;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876722,-0.098065;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=114.81,150.371;QD=58.2408;RBI=0.0884455,0.098069;REFB=0,0;REVB=-0.0116703,-0.000893931;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0985685,-0.0047376;OID=.,.;OPOS=2929552,2929552;OREF=AT,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:34:36:0:0:2,32:3,33:0.0833333,0.916667:0,22:2,10:0:0:0,22:3,11:0:0 chr11 2999507 . G T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.54;QD=60.204;RBI=0.00969543;REFB=0;REVB=0.00470237;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55874e-05;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr11 3028140 . G A 454.23 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.264;QD=55.0579;RBI=0.0271718;REFB=-0.189652;REVB=0.00332778;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00210597;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr11 3059309 . T C 733.85 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.025135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4505;QD=35.7975;RBI=0.0296057;REFB=0.00322858;REVB=-0.0156437;RO=22;SAF=35;SAR=25;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273557;STB=0.514701;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00138827;OID=.;OPOS=3059309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:22:22:60:60:0.731707:25:35:14:8:25:35:14:8 chr11 3061780 . C G,T 1030.68 PASS AF=0.056338,0.943662;AO=4,64;DP=69;FAO=4,67;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=3,25;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638082,0.00627083;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0753,68.5357;QD=58.0665;RBI=0.0207033,0.0912947;REFB=0,0;REVB=-0.0196954,0.0910791;RO=0;SAF=3,24;SAR=1,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-5.3845e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00185804,0.00358912;OID=.,.;OPOS=3061780,3061780;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:69:71:0:0:4,64:4,67:0.056338,0.943662:1,40:3,24:0:0:1,42:3,25:0:0 chr11 3109403 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.59;QD=55.6555;RBI=0.0228426;REFB=0;REVB=-0.0218394;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54089e-05;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr11 3109408 . C G,T 417.93 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,28;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480372,0.00315516;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.3198,144.237;QD=55.7238;RBI=0.0752249,0.0199682;REFB=0,0;REVB=-0.0578896,0.0197173;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.186453,-0.00200299;OID=.,.;OPOS=3109408,3109408;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:2,28:2,28:0.0666667,0.933333:0,7:2,21:0:0:0,7:2,21:0:0 chr11 3242957 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0114811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.791;QD=14.3348;RBI=0.0115942;REFB=-0.00257829;REVB=-0.00161509;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00242709;OID=.;OPOS=3242957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:10:16:10:7:10:16 chr11 3243346 . C T 80.23 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0344979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7079;QD=16.8911;RBI=0.0462429;REFB=-0.0159542;REVB=0.0307945;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339319;STB=0.699557;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0187818;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:4:5:2:8:4:5 chr11 3243367 . G T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00733083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.553;QD=14.3352;RBI=0.0193343;REFB=-0.00929703;REVB=-0.0178906;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47116;STB=0.786112;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00454697;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:1:8:5:5:1:8:5:5 chr11 3243412 . A C 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00544943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.136;QD=9.13068;RBI=0.0081203;REFB=-0.0185739;REVB=0.00602022;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389581;STB=0.713903;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0270854;OID=.;OPOS=3243412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:10:10:0.3125:4:6:5:16:4:6:6:16 chr11 3243427 . T C 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.016559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7428;QD=23.3809;RBI=0.016762;REFB=-0.020182;REVB=0.00260098;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211811;STB=0.619696;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0116156;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:15:4:6:8:15:4:6:8 chr11 3243638 . A G 190.92 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00374257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.335;QD=11.5708;RBI=0.0100803;REFB=-0.0108945;REVB=-0.00935974;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224657;STB=0.638983;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.023781;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:23:24:0.363636:9:14:17:25:9:15:17:25 chr11 3243665 . C T 293.96 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0412054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5281;QD=15.0751;RBI=0.0457321;REFB=-0.00691655;REVB=0.0198379;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147464;STB=0.583283;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00503108;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:15:18:18:27:15:18:18:27 chr11 3243673 . G C 280.14 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.000611083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1614;QD=14.5527;RBI=0.0812925;REFB=-0.00597792;REVB=0.0812902;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802025;STB=0.545426;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0191481;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:19:26:16:16:19:26 chr11 3243832 . C A 32.38 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.038177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.723;QD=16.1916;RBI=0.0381823;REFB=-0.0143689;REVB=0.00064138;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0136589;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr11 3243909 . G A 114.48 PASS AF=0.6;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0353489;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.7144;QD=22.8966;RBI=0.0995096;REFB=-0.0958945;REVB=-0.0930194;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162954;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00807466;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:19:20:4:8:9:12:0.6:5:4:3:1:7:5:4:4 chr11 3244005 . TC T 663.95 PASS AF=1;AO=61;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142364;FXX=0.0384566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0912;QD=35.4108;RBI=0.151761;REFB=-0.022825;REVB=-0.052573;RO=6;SAF=29;SAR=32;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00777797;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:76:75:75:0:38:37:0:0:11:6:29:32:6:0 chr11 3244029 . C T 165.51 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0737052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0963;QD=8.07369;RBI=0.0920182;REFB=-0.00188084;REVB=-0.0550898;RO=59;SAF=9;SAR=14;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404209;STB=0.524208;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0022591;OID=.;OPOS=3244029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:14:9:25:34:14:9:25:34 chr11 3249552 . C T 119.5 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0202752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.218;QD=13.6569;RBI=0.0225018;REFB=-0.0219191;REVB=0.00975955;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.585244;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0280289;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:8:6:12:8:8:6:12:9 chr11 3249829 . G A 294.02 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00571884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.694;QD=12.6461;RBI=0.0172825;REFB=-0.0187575;REVB=0.0163089;RO=59;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978245;STB=0.556083;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0272714;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:16:18:26:33:16:18:26:33 chr11 3398902 . C T 471.46 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00354628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.956;QD=23.5731;RBI=0.0280904;REFB=-0.0114169;REVB=0.0278656;RO=35;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182022;STB=0.599955;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0110205;OID=.;OPOS=3398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:27:18:22:13:27:18:22:13 chr11 3436490 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.3;QD=46.0575;RBI=0.0513813;REFB=-0.0646383;REVB=0.0380088;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0148699;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr11 3436492 . A G 243.47 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125832;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.878;QD=51.2565;RBI=0.13516;REFB=0;REVB=0.0493419;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085934;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 3661140 . T C 722.37 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122162;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.273;QD=62.8144;RBI=0.0229912;REFB=0;REVB=0.0194772;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71217e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:0:0:41:46:1:21:20:0:0:25:21:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 442.69 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0404853;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=164.573;QD=52.0815;RBI=0.0412464;REFB=-0.0305753;REVB=-0.00788678;RO=2;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430732;STB=0.523545;STBP=0.368;TYPE=ins;VARB=0.000585259;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:31:35:32:34:2:7:25:1:1:9:2:7:24:1:1 chr11 3714489 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00880636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8127;QD=25.3393;RBI=0.0107522;REFB=-0.0292586;REVB=0.00616916;RO=20;SAF=25;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111639;STB=0.561755;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0235548;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:6:25:14:6:6:25:14:6 chr11 3721904 . A G 268.94 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0217853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.33;QD=16.5499;RBI=0.0597384;REFB=-0.0120678;REVB=-0.0556244;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523878;STB=0.520647;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0114144;OID=.;OPOS=3721904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:30:30:0.461538:14:16:20:14:14:16:20:15 chr11 3838910 . G C 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0257736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.532;QD=12.1809;RBI=0.0269105;REFB=-0.0280925;REVB=0.00773938;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0626195;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:3:12:8:2:3:12 chr11 3838953 . T C 39.17 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.063203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.128;QD=12.0537;RBI=0.0649028;REFB=-0.0217914;REVB=0.0147564;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0294991;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:4:1:3:4:5:1:3:4 chr11 3844161 . C T 423.7 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0267476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5826;QD=33.8959;RBI=0.0467404;REFB=-0.00371638;REVB=-0.0383306;RO=16;SAF=22;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677304;STB=0.536821;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00157802;OID=.;OPOS=3844161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:12:22:12:4:12:22:12:4 chr11 4113200 . A G 137.29 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00245404;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7995;QD=9.80638;RBI=0.011391;REFB=-0.0105541;REVB=-0.0111235;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452709;STB=0.534375;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0229309;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:10:8:15:22:10:8:15:23 chr11 4159466 . G A 257.04 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.000831926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.467;QD=11.4242;RBI=0.00975149;REFB=-0.0122009;REVB=-0.00971594;RO=59;SAF=20;SAR=11;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121509;STB=0.570524;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0312217;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:11:20:32:27:11:20:32:27 chr11 4388905 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0268224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2289;QD=25.254;RBI=0.0313364;REFB=0.013437;REVB=0.0162027;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342776;STB=0.689839;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00696638;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:1:10:7:11:1:10 chr11 4389587 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.212;QD=35.5756;RBI=0.00738007;REFB=0;REVB=0.00738007;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114884;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr11 4411241 . C T 388.83 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0588962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7826;QD=16.2012;RBI=0.0597529;REFB=0.00704576;REVB=-0.0100819;RO=54;SAF=32;SAR=9;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233415;STB=0.639925;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.010265;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:9:32:32:22:9:32:32:23 chr11 4510285 . A G 502.93 PASS AF=0.382716;AO=50;DP=150;FAO=62;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.0462895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.459;QD=12.4181;RBI=0.0479778;REFB=-0.013213;REVB=0.0126153;RO=69;SAF=30;SAR=20;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126927;STB=0.538256;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.019786;OID=.;OPOS=4510285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:162:69:100:50:62:0.382716:20:30:33:36:23:39:57:43 chr11 4510587 . C T 81.25 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0317824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.496;QD=7.9273;RBI=0.0354576;REFB=-0.0245455;REVB=-0.0157199;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997265;STB=0.590752;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0339288;OID=.;OPOS=4510587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:41:41:27:30:11:11:0.268293:5:6:17:10:5:6:20:10 chr11 4566711 . C T 423.19 PASS AF=0.362319;AO=50;DP=138;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00500689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.524;QD=12.2663;RBI=0.00662185;REFB=-0.0108348;REVB=-0.00433359;RO=88;SAF=25;SAR=25;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635077;STB=0.536218;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.026904;OID=.;OPOS=4566711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:88:88:50:50:0.362319:25:25:49:39:25:25:49:39 chr11 4567335 . C G 42.95 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0360592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3482;QD=5.54214;RBI=0.0558901;REFB=-0.00746107;REVB=0.0427017;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409201;STB=0.76656;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0385527;OID=.;OPOS=4567335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:31:23:24:7:7:0.225806:1:6:13:10:1:6:14:10 chr11 4592706 . T TAC 290.7 PASS AF=0.260606;AO=41;DP=167;FAO=43;FDP=165;FR=.;FRO=122;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=0.0052751;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.078;QD=7.04738;RBI=0.0410626;REFB=0.00550035;REVB=-0.0407224;RO=122;SAF=22;SAR=19;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456674;STB=0.508595;STBP=0.908;TYPE=ins;VARB=-0.0162687;OID=.;OPOS=4592707;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260606:41:167:43:165:122:22:21:61:61:99:122:22:19:61:61 chr11 4608542 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.065;QD=57.7117;RBI=0.014292;REFB=0;REVB=0.0139687;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31977e-05;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr11 4615390 . C T 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156488;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6561;QD=59.043;RBI=0.0300392;REFB=0;REVB=0.0256412;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134535;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr11 4615508 . C G 873.12 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6928;QD=56.3302;RBI=0.0510162;REFB=-0.15794;REVB=-0.038476;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00296087;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:24:37:0:0:24:37:1:0 chr11 4674575 . G A 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0195033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.106;QD=18.1939;RBI=0.0195069;REFB=-0.0114475;REVB=-0.000372451;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279591;STB=0.655087;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00904227;OID=.;OPOS=4674575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:15:19:9:27:15:19:9:27 chr11 4675056 . G A 201.8 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0606677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.82;QD=21.2424;RBI=0.06364;REFB=-0.0235533;REVB=0.0192219;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25042;STB=0.639219;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0162375;OID=.;OPOS=4675056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:3:15:11:9:3:15 chr11 4675158 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.95;QD=33.4285;RBI=0.012587;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317843;OID=.;OPOS=4675158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 4675784 . A T 344.96 PASS AF=0.638298;AO=27;DP=45;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0116786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.073;QD=29.3581;RBI=0.0836722;REFB=-0.024069;REVB=0.0828532;RO=18;SAF=17;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215612;STB=0.577035;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0067765;OID=.;OPOS=4675784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:18:17:27:30:0.638298:10:17:6:12:13:17:6:11 chr11 4675846 . C G 346.5 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0333442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2665;QD=26.6536;RBI=0.0388204;REFB=-0.0109741;REVB=-0.0198793;RO=19;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113457;STB=0.562024;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00522148;OID=.;OPOS=4675846;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:17:16:6:13:17:16:6:13 chr11 4703165 . C A 954.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0393;QD=58.7659;RBI=0.0739969;REFB=0;REVB=0.0554246;RO=0;SAF=58;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03349e-05;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:7:58:0:0:7:58:0:0 chr11 4730985 . C T 401.4 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0044275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6613;QD=18.8893;RBI=0.0333031;REFB=-0.0175862;REVB=-0.0330075;RO=43;SAF=5;SAR=36;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426418;STB=0.738952;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0213519;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:36:5:19:24:36:5:19:25 chr11 4731180 . G A 531.04 PASS AF=0.53;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00752535;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9988;QD=21.2416;RBI=0.0195351;REFB=-0.0224135;REVB=-0.0180275;RO=47;SAF=38;SAR=15;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793798;STB=0.543811;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0234748;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:47:53:53:0.53:15:38:30:17:15:38:30:17 chr11 4731468 . G A 411.46 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00494916;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7241;QD=26.1245;RBI=0.016111;REFB=-0.0220944;REVB=-0.015332;RO=24;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049225;STB=0.526903;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0184871;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:24:24:39:39:0.619048:20:19:10:14:20:19:10:14 chr11 4731583 . C T 640.56 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0159343;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.983;QD=23.7246;RBI=0.0300707;REFB=-0.0173604;REVB=0.0255019;RO=44;SAF=28;SAR=34;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543113;STB=0.529966;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0134795;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:44:46:62:62:0.574074:34:28:23:21:34:28:24:22 chr11 4843232 . A G 190.87 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00290565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7249;QD=11.5679;RBI=0.0323781;REFB=-0.00760596;REVB=0.0322475;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139329;STB=0.581126;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0146258;OID=.;OPOS=4843232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:7:17:25:17:7:17:25:17 chr11 4928621 . G A 490.21 PASS AF=0.363636;AO=59;DP=163;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0264679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6536;QD=11.8839;RBI=0.031983;REFB=0.0028685;REVB=-0.0179546;RO=103;SAF=42;SAR=17;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315997;STB=0.671175;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00580152;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:103:105:59:60:0.363636:17:42:45:58:18:42:46:59 chr11 4929061 . C G 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00664818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.468;QD=5.42448;RBI=0.0414727;REFB=-0.00757484;REVB=-0.0409364;RO=40;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287008;STB=0.691882;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0328374;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:2:8:24:16:2:8:24:16 chr11 4945196 . T G 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0815209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6483;QD=62.6392;RBI=0.0837298;REFB=0;REVB=-0.0191052;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139699;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr11 4964753 . A G 1558.03 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.748;QD=58.2439;RBI=0.0281289;REFB=0.0843899;REVB=-0.0184965;RO=1;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713586;STB=0.503596;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000262504;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:107:1:1:103:106:0.990654:66:37:0:1:69:37:0:1 chr11 4965301 . G T 1340.56 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224523;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1276;QD=62.3518;RBI=0.022601;REFB=0;REVB=0.00258797;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019236;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr11 4967468 . G A 1296.47 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000553959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=59.6079;RBI=0.0276792;REFB=-0.120697;REVB=0.0276737;RO=1;SAF=62;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201476;STB=0.510202;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000663549;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:23:62:0:1:24:62:0:1 chr11 4968198 . C A 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0730643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5894;QD=49.3928;RBI=0.182044;REFB=0.0334752;REVB=-0.166738;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00934639;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr11 4976811 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0356545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.892;QD=19.1331;RBI=0.0537339;REFB=0.00915238;REVB=-0.0402007;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0191972;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:2:3:0:1:2:3:0:2 chr11 5010905 . A G 611.33 PASS AF=0.670886;AO=52;DP=78;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00306034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.671;QD=30.9533;RBI=0.00560978;REFB=-0.00968733;REVB=-0.00470148;RO=26;SAF=31;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154503;STB=0.585427;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00506014;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:26:26:52:53:0.670886:21:31:9:17:21:32:9:17 chr11 5020416 . A G 579.98 PASS AF=0.439716;AO=54;DP=135;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.0511321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.961;QD=16.4534;RBI=0.0515486;REFB=-0.0258988;REVB=0.00653986;RO=77;SAF=23;SAR=31;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177932;STB=0.553174;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0273552;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:77:79:54:62:0.439716:31:23:46:31:31:31:47:32 chr11 5067984 . A G 522.03 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0171666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.405;QD=15.4675;RBI=0.0235694;REFB=-0.0200781;REVB=-0.0161501;RO=77;SAF=27;SAR=30;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203494;STB=0.50781;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0278873;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:77:78:57:57:0.422222:30:27:38:39:30:27:38:40 chr11 5068137 . G A 229.46 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0225329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.125;QD=14.1205;RBI=0.0225847;REFB=-0.0144084;REVB=0.00152911;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572927;STB=0.532622;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0272683;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:19:19:15:12:19:19 chr11 5068177 . A T 118.88 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0416255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.368;QD=13.2089;RBI=0.0416328;REFB=-0.00478376;REVB=-0.000780384;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454075;STB=0.771829;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0148744;OID=.;OPOS=5068177;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:12:2:11:11:12:2:11:11 chr11 5068198 . T C 181.5 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.128108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0912;QD=24.1996;RBI=0.128123;REFB=-0.00300547;REVB=0.00199066;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179487;STB=0.599893;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00329007;OID=.;OPOS=5068198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:3:9:9:9:3:9 chr11 5068431 . G A 443.68 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.01196;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0315;QD=17.7472;RBI=0.0392398;REFB=-0.00175689;REVB=-0.0373728;RO=53;SAF=16;SAR=31;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253534;STB=0.641318;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00162857;OID=.;OPOS=5068431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:47:47:0.47:31:16:32:21:31:16:32:21 chr11 5068661 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00582182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.909;QD=7.95467;RBI=0.0227911;REFB=-0.0138878;REVB=0.022035;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472346;STB=0.803716;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.044548;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:1:7:10:9:1:7:10:9 chr11 5079946 . C T 993.92 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116569;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.319;QD=59.3384;RBI=0.018635;REFB=0;REVB=0.0145388;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08361e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr11 5080068 . G A 107.37 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0153726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1415;QD=12.2706;RBI=0.0217346;REFB=-0.0324118;REVB=-0.0153648;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285111;STB=0.621449;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0485394;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:12:13:0.371429:6:6:5:16:7:6:6:16 chr11 5080234 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0242137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.301;QD=9.19943;RBI=0.0268893;REFB=-0.00523942;REVB=-0.0116932;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194284;STB=0.619384;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0191452;OID=.;OPOS=5080234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:5:8:3:4:5:8 chr11 5080844 . T C 61.26 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.107614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8762;QD=22.2767;RBI=0.109257;REFB=-0.0693988;REVB=0.0188739;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0238183;OID=.;OPOS=5080844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:3:4:1:2:3:5:1:2 chr11 5141902 . T C 166.66 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00285405;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.496;QD=12.8198;RBI=0.0262329;REFB=-0.0166631;REVB=0.0260772;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179536;STB=0.614057;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.021654;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:7:13:15:16:7:13:15:17 chr11 5141980 . A G 247.31 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0244589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.065;QD=13.7396;RBI=0.0259324;REFB=-0.0144975;REVB=-0.0086167;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106553;STB=0.552419;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0327333;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:15:14:16:26:15:14:17:26 chr11 5142270 . T G 295.47 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0252438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.042;QD=15.3493;RBI=0.0358382;REFB=0.00178488;REVB=0.0254387;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961323;STB=0.554422;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00239716;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:21:12:20:24:21:12:20:24 chr11 5153261 . A G 170.47 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0115608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.704;QD=9.60389;RBI=0.0656349;REFB=-0.0167317;REVB=-0.0646087;RO=48;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257881;STB=0.652093;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0271073;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:7:16:23:25:7:16:23:25 chr11 5172786 . A G 1370.02 PASS AF=1;AO=50;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.816;QD=62.9892;RBI=0.0623683;REFB=0;REVB=0.0564374;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494677;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:50:87:1:17:33:0:0:45:42:0:0 chr11 5221645 . C G 479.19 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00298088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.407;QD=53.2433;RBI=0.00630257;REFB=-0.182095;REVB=0.00555308;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.505048;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00100523;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:1:2:33:34:0.944444:14:19:0:1:14:20:1:1 chr11 5221825 . G A 207.03 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.846;QD=48.7127;RBI=0.0585627;REFB=0;REVB=0.00474486;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107213;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:11:4:0:0:12:5:0:0 chr11 5248243 . A G 1061.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.644;QD=59.798;RBI=0.0206614;REFB=0;REVB=0.00116533;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78629e-05;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr11 5255366 . C T 658.38 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00622718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.632;QD=29.5903;RBI=0.0145029;REFB=-0.0505387;REVB=-0.0130979;RO=31;SAF=36;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786845;STB=0.537969;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0299798;OID=.;OPOS=5255366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:31:32:57:57:0.640449:21:36:16:15:21:36:17:15 chr11 5269583 . GTGA AGAG 943.94 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643108;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.227;QD=58.9961;RBI=0.0118866;REFB=0;REVB=0.00999666;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.86839e-05;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr11 5322737 . A G 382.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.272;QD=54.6513;RBI=0.0123303;REFB=0;REVB=0.00553593;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114573;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr11 5323071 . C T 838.63 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000402006;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.263;QD=57.8364;RBI=0.00301561;REFB=0;REVB=-0.0029887;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67311e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr11 5344592 . A C 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00565211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7158;QD=19.3403;RBI=0.0823414;REFB=0.00824471;REVB=0.0821472;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564227;STB=0.53188;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00526247;OID=.;OPOS=5344592;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:13:5:6:12:13:5 chr11 5344681 . G A 317.85 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0128703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5575;QD=15.5049;RBI=0.0144645;REFB=0.0118102;REVB=-0.00660142;RO=47;SAF=25;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203113;STB=0.615315;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0199629;OID=.;OPOS=5344681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:10:25:25:22:10:25:25:22 chr11 5344772 . T C 1301.19 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.865;QD=60.5205;RBI=0.0577921;REFB=0;REVB=0.0332614;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544696;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:81:86:1:39:42:0:0:43:43:0:0 chr11 5344847 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2589;QD=56.9959;RBI=0.023612;REFB=0;REVB=0.00859888;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134805;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr11 5344902 . C G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.068;QD=52.1518;RBI=0.0186102;REFB=0.130547;REVB=-0.0136594;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00357889;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:0:1:11:16:0:1 chr11 5345128 . G A 113.22 PASS AF=0.52;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0077866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.374;QD=18.1155;RBI=0.00861534;REFB=-0.0106196;REVB=0.00368686;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262014;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0111091;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:12:12:11:13:0.52:6:5:9:3:7:6:9:3 chr11 5345170 . A G 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.029;QD=58.5681;RBI=0.0266644;REFB=0;REVB=0.0233537;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134817;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 5345486 . G A 774.77 PASS AF=0.982143;AO=45;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144525;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.268;QD=55.3409;RBI=0.0259883;REFB=-0.0362427;REVB=0.0215991;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00141298;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:45:55:0.982143:27:18:0:1:34:21:0:1 chr11 5364742 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0363399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.174;QD=18.8866;RBI=0.0364751;REFB=0.0100417;REVB=0.00313755;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.615111;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0081302;OID=.;OPOS=5364742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:1:4:4:4:1:4 chr11 5372863 . T A 493.03 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0136257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.045;QD=16.1648;RBI=0.0157675;REFB=-0.00772559;REVB=0.00793434;RO=68;SAF=23;SAR=31;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891439;STB=0.549829;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0126455;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:31:23:35:33:31:23:35:33 chr11 5373114 . G A 1444.71 PASS AF=0.673913;AO=116;DP=177;FAO=124;FDP=184;FR=.;FRO=60;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0117666;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1106;QD=31.4068;RBI=0.0174259;REFB=-0.0227342;REVB=0.0128534;RO=55;SAF=72;SAR=44;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359268;STB=0.518635;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00704406;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:184:55:60:116:124:0.673913:44:72:31:24:47:77:34:26 chr11 5410934 . T G 339.95 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0366533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4354;QD=29.5611;RBI=0.0371151;REFB=0.0257387;REVB=-0.00583653;RO=15;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677587;STB=0.525878;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0236119;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:17:28:29:0.630435:21:7:5:10:22:7:5:12 chr11 5411031 . C T 280.31 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0788117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2049;QD=35.0387;RBI=0.0791105;REFB=0.00858431;REVB=0.00686879;RO=8;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829984;STB=0.545416;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00072069;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:8:16:4:4:8:16:4:4 chr11 5411239 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0127368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.591;QD=19.6966;RBI=0.0198364;REFB=3.96618e-06;REVB=-0.0152072;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151158;STB=0.585503;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000255771;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:13:8:12:10:13:8:12:10 chr11 5411395 . C A 811.24 PASS AF=0.616667;AO=74;DP=120;FAO=74;FDP=120;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0145757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.86;QD=27.0412;RBI=0.0231617;REFB=-0.0308481;REVB=0.0180004;RO=46;SAF=40;SAR=34;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958316;STB=0.551884;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0207448;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:46:46:74:74:0.616667:34:40:31:15:34:40:31:15 chr11 5411398 . T G 833.78 PASS AF=0.630252;AO=75;DP=120;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0217116;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7637;QD=28.0263;RBI=0.0223669;REFB=-0.000886921;REVB=-0.00537413;RO=42;SAF=40;SAR=35;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895663;STB=0.555541;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000762871;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:42:44:75:75:0.630252:35:40:28:14:35:40:30:14 chr11 5411579 . GT AC 383.65 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00834796;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.306;QD=16.8635;RBI=0.0255013;REFB=-0.00253766;REVB=-0.0240963;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300628;STB=0.527459;STBP=0.662;TYPE=mnp;VARB=0.00312345;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:49:51:40:40:0.43956:20:20:26:23:20:20:28:23 chr11 5424050 . G A 429.06 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.019469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7248;QD=25.2388;RBI=0.029105;REFB=0.006105;REVB=0.0216347;RO=27;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104694;STB=0.551156;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00411939;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:40:41:0.602941:18:22:11:16:19:22:11:16 chr11 5443442 . G C 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.361;QD=57.1705;RBI=0.0922204;REFB=0;REVB=0.0921971;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517002;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr11 5443700 . C T 947.74 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00495215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.718;QD=55.7494;RBI=0.012374;REFB=-0.123965;REVB=0.0113398;RO=2;SAF=26;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034948;STB=0.517236;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00133077;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:68:2:2:64:66:0.970588:38:26:2:0:38:28:2:0 chr11 5443739 . T C 945.08 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0278411;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.07;QD=53.2437;RBI=0.0405825;REFB=-0.175135;REVB=0.0295264;RO=3;SAF=28;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020604;STB=0.519101;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00137932;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:3:4:67:67:0.943662:39:28:2:1:39:28:3:1 chr11 5443867 . C T 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8876;QD=58.5698;RBI=0.0489706;REFB=0;REVB=-0.0468394;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681235;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 5443887 . T C 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00353351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.73;QD=46.9615;RBI=0.045301;REFB=-0.0143259;REVB=0.045163;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00100048;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr11 5443893 . G A 255.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.271;QD=51.1453;RBI=0.0674824;REFB=0;REVB=0.0674254;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156649;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 5444061 . G A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.807;QD=56.9352;RBI=0.0185333;REFB=0;REVB=-0.00318632;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65206e-05;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr11 5444136 . C T 1897.04 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000634727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4521;QD=60.7053;RBI=0.00722106;REFB=0;REVB=0.00719311;RO=1;SAF=61;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137836;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:1:0:123:125:1:62:61:1:0:62:63:0:0 chr11 5444353 . T C 675.84 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9653;QD=60.0742;RBI=0.0233056;REFB=0.0145982;REVB=0.0113575;RO=3;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178995;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-3.70319e-05;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:3:1:42:44:0.977778:22:20:1:2:23:21:0:1 chr11 5462085 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0170068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.914;QD=15.1969;RBI=0.020394;REFB=-0.00217408;REVB=-0.0112553;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00249594;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:7:11:9:5:7:11 chr11 5462105 . T C 109.1 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000850888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.079;QD=14.0775;RBI=0.000899292;REFB=-0.0172622;REVB=-0.000291057;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.552988;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0279292;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:9:4:7:10:9:4:7:11 chr11 5462255 . C G 217.77 PASS AF=0.376623;AO=25;DP=73;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0452284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4128;QD=11.3125;RBI=0.065537;REFB=-0.0303369;REVB=-0.0474288;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353647;STB=0.708149;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0294287;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:45:48:25:29:0.376623:17:8:29:16:21:8:29:19 chr11 5462374 . C T 275.15 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00158749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2797;QD=10.8969;RBI=0.0399044;REFB=-0.00064508;REVB=0.0398728;RO=67;SAF=12;SAR=22;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181194;STB=0.6052;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0020488;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:22:12:34:33:22:12:34:33 chr11 5462702 . G A 104.55 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0202521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.32;QD=10.7228;RBI=0.0349858;REFB=-0.0167488;REVB=-0.0285283;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880921;STB=0.552763;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0288663;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:12:14:8:5:12:14 chr11 5475118 . A G 311.2 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.0342654;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.225;QD=13.8309;RBI=0.0355606;REFB=-0.00990091;REVB=0.00950978;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30564;STB=0.672164;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00924653;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:19:16:41:14:19:16:41:14 chr11 5510284 . A G 1287.91 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.39;QD=60.6077;RBI=0.0553197;REFB=-0.0548032;REVB=0.0263149;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0015036;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:1:1:82:84:0.988235:35:47:1:0:37:47:1:0 chr11 5510341 . C T 2108.35 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114678;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.592;QD=62.0102;RBI=0.0144574;REFB=-0.0760446;REVB=0.00880369;RO=0;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000110675;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:134:135:0.992647:59:75:0:0:60:75:1:0 chr11 5510423 . ATCT A 383.27 PASS AF=0.382114;AO=38;DP=117;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0158687;FXX=0.0888823;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.568;QD=12.4639;RBI=0.016578;REFB=-0.0133596;REVB=-0.00479746;RO=64;SAF=15;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200561;STB=0.527852;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.0200209;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382114:38:117:47:123:76:22:25:39:37:99:64:15:23:37:27 chr11 5510497 . T C 1510.86 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8237;QD=59.8361;RBI=0.0383105;REFB=0;REVB=0.0289015;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212748;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr11 5510626 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.267;QD=60.2035;RBI=0.0379598;REFB=0;REVB=0.0332799;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47219e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr11 5510928 . G A 594.22 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7569;QD=60.9459;RBI=0.0279471;REFB=0;REVB=-0.0273543;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275985;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 5529865 . G A 505.96 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.153;QD=57.8244;RBI=0.0281339;REFB=0;REVB=-0.0215417;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18701e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr11 5536415 . C T 748.68 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.196;QD=55.4581;RBI=0.0352293;REFB=0;REVB=0.0290268;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185746;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:22:30:0:0:22:32:0:0 chr11 5536537 . A C 1771.46 PASS AF=0.991736;AO=116;DP=117;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0475839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7204;QD=58.5607;RBI=0.0482649;REFB=0.0719498;REVB=-0.00807926;RO=1;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010436;STB=0.50505;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0079065;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:121:1:1:116:120:0.991736:45:71:0:1:49:71:0:1 chr11 5536852 . A G 2403.41 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.108;QD=61.2335;RBI=0.0311348;REFB=0;REVB=0.0297121;RO=0;SAF=66;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21196e-05;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:90:66:0:0:90:67:0:0 chr11 5537045 . T G 652.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.362;QD=62.108;RBI=0.0414968;REFB=0;REVB=0.0179811;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76549e-05;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:25:14:0:0:25:17:0:0 chr11 5537161 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.362;QD=60.7148;RBI=0.00914572;REFB=0;REVB=0.00824471;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40182e-06;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr11 5537780 . C A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.616;QD=57.1948;RBI=0.0567416;REFB=0;REVB=-0.0383379;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156926;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr11 5565906 . A G 990.47 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.61;QD=58.2628;RBI=0.0422919;REFB=0;REVB=0.0343166;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243161;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:40:28:0:0 chr11 5566030 . A G 464.56 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.29;QD=58.0697;RBI=0.0660935;REFB=0;REVB=0.0518657;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029391;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:15:17:0:0 chr11 5566365 . T C 1484.71 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140687;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.345;QD=58.2238;RBI=0.0950663;REFB=-0.0684975;REVB=0.0940196;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785679;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:103:102:0:0:100:102:1:47:53:0:0:48:54:0:0 chr11 5602275 . A G 171.72 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0176891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.408;QD=11.0788;RBI=0.0399941;REFB=-0.0198876;REVB=-0.0358695;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105509;STB=0.561348;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0368205;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:12:10:22:18:12:10:22:18 chr11 5602438 . T A 658.52 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119598;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7297;QD=52.6819;RBI=0.0175063;REFB=-0.0568083;REVB=0.0127841;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324231;STB=0.517234;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00128314;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:48:48:0.96:20:28:2:0:20:28:2:0 chr11 5602605 . G A 101.15 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000886652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.649;QD=8.4291;RBI=0.020165;REFB=-0.015769;REVB=0.0201455;RO=33;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21761;STB=0.655384;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0322022;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:35:13:13:0.270833:4:9:17:16:4:9:17:18 chr11 5602615 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.933;QD=63.5824;RBI=0.0416556;REFB=0;REVB=-0.0255288;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69092e-05;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 5602679 . T C 1190.33 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.435;QD=61.0426;RBI=0.0459402;REFB=0;REVB=-0.0360999;RO=0;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11442e-05;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:26:52:0:0:26:52:0:0 chr11 5602790 . A G 2083.89 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154784;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.253;QD=62.6734;RBI=0.0278439;REFB=0;REVB=0.0231453;RO=1;SAF=87;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217692;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:1:0:129:133:1:42:87:1:0:43:90:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1915.35 PASS AF=0.103704,0.859259;AO=20,109;DP=132;FAO=14,116;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=8,56;FSAR=6,60;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00886284,0.017945;FXX=0.0287749;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.122,203.474;QD=56.7511;RBI=0.0355662,0.036371;REFB=0.0323751,0.0344624;REVB=0.0344443,0.0316359;RO=0;SAF=13,50;SAR=7,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.618892,0.521364;STBP=0.12,0.041;TYPE=del,snp;VARB=0.00204006,-0.00194504;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.103704,0.859259:20,109:132:14,116:135:5:8,56:6,60:5:0:35:0:13,50:7,59:0:0 chr11 5602968 . G A 1977.53 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160139;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.853;QD=62.2845;RBI=0.0393096;REFB=0;REVB=0.0358999;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03621e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:67:59:0:0:68:59:0:0 chr11 5632018 . C A 390.47 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00669479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0726;QD=12.0146;RBI=0.0110511;REFB=-0.0100895;REVB=0.00879241;RO=80;SAF=12;SAR=35;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355502;STB=0.714192;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0120464;OID=.;OPOS=5632018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:80:83:47:47:0.361538:35:12:45:35:35:12:48:35 chr11 5632212 . G A 2812.06 PASS AF=0.958549;AO=183;DP=191;FAO=185;FDP=193;FR=.;FRO=8;FSAF=78;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000108621;FXX=0.0301492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.483;QD=58.281;RBI=0.0168199;REFB=-0.0570314;REVB=0.0168196;RO=8;SAF=76;SAR=107;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693542;STB=0.503327;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000533003;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:191:193:8:8:183:185:0.958549:107:76:4:4:107:78:4:4 chr11 5664684 . T G 1230.95 PASS AF=0.574257;AO=116;DP=204;FAO=116;FDP=202;FR=.;FRO=86;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.0175264;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.012;QD=24.3753;RBI=0.0194491;REFB=-0.0163219;REVB=0.00843158;RO=85;SAF=63;SAR=53;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448604;STB=0.521488;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0104744;OID=.;OPOS=5664684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:202:85:86:116:116:0.574257:53:63:51:34:53:63:51:35 chr11 5688940 . C T 307.14 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0139706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7932;QD=40.9513;RBI=0.0580715;REFB=0.00027728;REVB=-0.0563659;RO=5;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148936;STB=0.580583;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000636812;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:12:13:5:0:12:13:5:0 chr11 5691191 . C T 183.33 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.439;QD=45.8321;RBI=0.0175377;REFB=0;REVB=-0.0163873;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076565;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr11 5691214 . A C 129.29 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00563112;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.2;QD=21.5489;RBI=0.0120738;REFB=-0.00318187;REVB=0.0106802;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.526279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00200462;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:9:5:3:6:9:5:3:7 chr11 5700340 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.725;QD=63.5816;RBI=0.0427588;REFB=0;REVB=0.0365833;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69072e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 5717762 . T C 521.28 PASS AF=0.652778;AO=46;DP=73;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0023074;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1776;QD=28.9601;RBI=0.0271953;REFB=-0.0111424;REVB=-0.0270973;RO=24;SAF=13;SAR=33;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209826;STB=0.613804;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00466128;OID=.;OPOS=5717762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:24:25:46:47:0.652778:33:13:14:10:33:14:15:10 chr11 5719667 . T C 311.42 PASS AF=0.55;AO=30;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000504087;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.285;QD=20.7615;RBI=0.103552;REFB=-0.0168727;REVB=0.103551;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108909;STB=0.568487;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0170417;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:30:33:0.55:13:17:18:8:16:17:18:9 chr11 5719750 . G C 125.66 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0114179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.0645;QD=9.6661;RBI=0.0818872;REFB=-0.0177532;REVB=-0.0810873;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252834;STB=0.653269;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0439887;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:32:36:16:16:0.307692:5:11:15:17:5:11:17:19 chr11 5758062 . T C 1431.87 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0796021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.267;QD=56.1516;RBI=0.0800266;REFB=-0.147631;REVB=-0.00823203;RO=3;SAF=50;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276085;STB=0.51456;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00187513;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:3:3:99:99:0.970588:49:50:3:0:49:50:3:0 chr11 5758118 . A C 1246.26 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.374;QD=61.5436;RBI=0.0369336;REFB=0;REVB=0.0255329;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43156e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:41:40:0:0 chr11 5758230 . G A 311.99 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.010427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.45;QD=29.7135;RBI=0.0240739;REFB=-0.0138686;REVB=-0.0216986;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101006;STB=0.555514;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00798913;OID=.;OPOS=5758230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:15:12:9:6:15:12:9:6 chr11 5776287 . C T 3648.58 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891455;FXX=0.00854664;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.929;QD=62.9066;RBI=0.0171744;REFB=-0.0983022;REVB=0.0146796;RO=0;SAF=130;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194253;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:232:232:0:0:231:232:1:101:130:0:0:102:130:0:0 chr11 5776470 . T G 977.25 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1897;QD=58.343;RBI=0.0523299;REFB=0;REVB=0.0512795;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171725;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:26:39:0:0:28:39:0:0 chr11 5776595 . T G 107.47 PASS AF=0.246377;AO=16;DP=68;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.00218015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0397;QD=6.22996;RBI=0.00579766;REFB=-0.0503441;REVB=-0.00537213;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296236;STB=0.669984;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0620365;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:46:52:16:17:0.246377:8:8:34:12:8:9:39:13 chr11 5776623 . A T 1249.36 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104474;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.368;QD=61.6967;RBI=0.0465248;REFB=0;REVB=0.0453366;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06752e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:25:56:0:0:25:56:0:0 chr11 5799468 . C T 522.88 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0122449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.766;QD=23.7671;RBI=0.0218909;REFB=-0.00563222;REVB=0.0181459;RO=38;SAF=14;SAR=35;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210392;STB=0.622723;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00687008;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:39:49:49:0.556818:35:14:20:18:35:14:21:18 chr11 5809230 . G A 591.95 PASS AF=0.4;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0129592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.553;QD=13.9283;RBI=0.0129597;REFB=-0.0133249;REVB=-0.000116016;RO=102;SAF=32;SAR=36;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938547;STB=0.55278;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0196544;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:102:102:68:68:0.4:36:32:57:45:36:32:57:45 chr11 5809308 . A T 1910.88 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471939;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4365;QD=61.1481;RBI=0.047301;REFB=-0.0523012;REVB=-0.00318162;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585951;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:127:125:0:0:124:125:1:65:59:0:0:65:60:0:0 chr11 5809548 . G A 1452.7 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236896;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.55;QD=58.1081;RBI=0.0498095;REFB=0;REVB=0.0497531;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223594;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:100:0:0:98:100:1:42:56:0:0:44:56:0:0 chr11 5809811 . G T 377.18 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00711916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5798;QD=16.2227;RBI=0.0298133;REFB=-0.0115785;REVB=0.0289509;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504558;STB=0.533964;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0152611;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:18:22:26:26:18:22:26:27 chr11 5809990 . G A 149.12 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0139809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.401;QD=11.9293;RBI=0.0162899;REFB=-0.0394668;REVB=-0.0083603;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425208;STB=0.512181;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0753592;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:10:7:12:20:10:7:13:20 chr11 5841856 . C T 467.75 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00987105;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.06;QD=22.0116;RBI=0.00987118;REFB=-0.00442178;REVB=-5.07049e-05;RO=40;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422959;STB=0.523354;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00449889;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:40:40:45:45:0.529412:28:17:17:23:28:17:17:23 chr11 5842310 . T G 393.89 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00378152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.235;QD=25.4119;RBI=0.0148216;REFB=-0.0166508;REVB=-0.0143311;RO=23;SAF=24;SAR=14;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11604;STB=0.550536;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00990132;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:38:38:0.612903:14:24:18:5:14:24:18:6 chr11 5842356 . A G 293.66 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00407423;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.911;QD=20.9754;RBI=0.0257495;REFB=-0.0216358;REVB=0.0254252;RO=25;SAF=23;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759278;STB=0.510632;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00942938;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:7:23:19:6:8:23:19:6 chr11 5862532 . A C 791.35 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245814;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.73;QD=64.5999;RBI=0.0436745;REFB=0;REVB=0.0361001;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270118;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:32:15:0:0:33:16:0:0 chr11 5862653 . T C 1034.88 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452536;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.221;QD=59.9933;RBI=0.00461733;REFB=0;REVB=-0.000917007;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459655;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr11 5862731 . A G 1320.68 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.134;QD=62.1495;RBI=0.0605612;REFB=0;REVB=-0.0604531;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5335e-05;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr11 5862780 . T C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9199;QD=58.5953;RBI=0.111257;REFB=0;REVB=-0.00140023;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106032;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr11 5862845 . A G 642.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.71;QD=59.7377;RBI=0.0313508;REFB=0;REVB=-0.00793965;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992188;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:20:23:0:0 chr11 5862937 . C A 671.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.575;QD=62.4922;RBI=0.0885993;REFB=0;REVB=0.00813667;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277217;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:24:19:0:0 chr11 5862984 . G C 875.3 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337757;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.899;QD=58.3536;RBI=0.0337877;REFB=0;REVB=-0.000900038;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77668e-05;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr11 5863013 . T C 1037.71 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.771;QD=59.2976;RBI=0.0637468;REFB=0;REVB=0.05025;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204238;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:42:28:0:0 chr11 5863113 . G A 1164.87 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015514;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.962;QD=60.5125;RBI=0.0156059;REFB=0;REVB=0.0016905;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128412;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:46:29:0:0:47:30:0:0 chr11 5906048 . G A 582.46 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0520929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6186;QD=58.2461;RBI=0.0551792;REFB=-0.153883;REVB=0.0181953;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00456154;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:14:25:1:0:14:25:1:0 chr11 5906073 . G T 448.84 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0119285;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.113;QD=52.8051;RBI=0.0421558;REFB=-0.0342322;REVB=-0.040433;RO=2;SAF=22;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00134069;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:10:22:2:0:10:22:2:0 chr11 5906192 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.751;QD=55.6559;RBI=0.0203074;REFB=0;REVB=-0.0159768;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46045e-06;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 5906205 . G A 458.12 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539617;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.206;QD=57.2652;RBI=0.00544497;REFB=0;REVB=-0.000727335;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151752;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:11:19:0:0:12:20:0:0 chr11 5989293 . G A 771.84 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6379;QD=61.7475;RBI=0.0401045;REFB=-0.114216;REVB=0.0356691;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134125;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr11 5989415 . C T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00255735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.036;QD=54.823;RBI=0.0631496;REFB=-0.0646132;REVB=0.0630978;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00192388;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:1:0:27:23:1:0 chr11 6007272 . A G 887.81 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00322588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.587;QD=56.3691;RBI=0.0087926;REFB=-0.117516;REVB=-0.00817946;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000676864;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:26:36:0:1:26:36:0:1 chr11 6007613 . T G 1357.2 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.01;QD=59.0086;RBI=0.0212298;REFB=-0.0371061;REVB=-0.016893;RO=3;SAF=46;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029905;STB=0.515786;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00145637;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:43:46:3:0:43:46:3:0 chr11 6007680 . A G 1026.88 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.016;QD=59.5291;RBI=0.0440627;REFB=0;REVB=0.0434103;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213667;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr11 6007743 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6234;QD=59.0185;RBI=0.0525609;REFB=0;REVB=-0.0260696;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321751;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 6023581 . A G 412.79 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0352966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.838;QD=24.2816;RBI=0.0403156;REFB=-0.0367089;REVB=0.0194808;RO=27;SAF=17;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132635;STB=0.501503;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0187152;OID=.;OPOS=6023581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:28:40:40:0.588235:23:17:11:16:23:17:12:16 chr11 6023640 . T C 226.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0238071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.119;QD=20.6187;RBI=0.0245497;REFB=-0.0267142;REVB=0.00599248;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842361;STB=0.545413;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0224449;OID=.;OPOS=6023640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:11:10:12:9:12:10:12:10 chr11 6023818 . G A 293.15 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.018535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.27;QD=22.992;RBI=0.0400595;REFB=-0.021537;REVB=-0.0355136;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217522;STB=0.62408;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0232677;OID=.;OPOS=6023818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:14:14:17:5:15:14:17:5 chr11 6048056 . T C 176.25 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00439761;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.217;QD=13.3019;RBI=0.00601638;REFB=-0.017744;REVB=0.00410583;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781564;STB=0.5045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0324268;OID=.;OPOS=6048056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:15:17:11:10:15:17 chr11 6129152 . T C 583.21 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0195427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.477;QD=25.3571;RBI=0.0202174;REFB=-0.0127346;REVB=-0.00517966;RO=38;SAF=22;SAR=31;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160644;STB=0.502112;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00799404;OID=.;OPOS=6129152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:38:39:53:53:0.576087:31:22:15:23:31:22:16:23 chr11 6129837 . C T 150.06 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0372511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8622;QD=12.5049;RBI=0.0787911;REFB=-0.00569934;REVB=0.0694291;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288185;STB=0.669845;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0111346;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:17:14:12:5:17:14 chr11 6150568 . C T 499.41 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00744672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.979;QD=32.748;RBI=0.00868256;REFB=-0.0295494;REVB=0.00446465;RO=17;SAF=19;SAR=25;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811496;STB=0.543866;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0109868;OID=.;OPOS=6150568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:25:19:10:7:25:19:10:7 chr11 6173364 . T A 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.070867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9154;QD=16.17;RBI=0.097769;REFB=-0.0234064;REVB=-0.0673546;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255214;STB=0.514687;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0231917;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:12:8:6:10:12:8 chr11 6221169 . A G 293.23 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00137311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.995;QD=12.4777;RBI=0.00445205;REFB=-0.0136845;REVB=0.00423501;RO=58;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19056;STB=0.598446;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0292855;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:60:34:34:0.361702:14:20:24:34:14:20:26:34 chr11 6221214 . T A 378.22 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0130706;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4601;QD=12.8209;RBI=0.0455531;REFB=-0.0154432;REVB=0.0436377;RO=72;SAF=24;SAR=21;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511758;STB=0.524876;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0185005;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:73:45:45:0.381356:21:24:35:37:21:24:36:37 chr11 6221249 . A G 613.13 PASS AF=0.553719;AO=65;DP=122;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.109119;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0658;QD=20.2687;RBI=0.109981;REFB=-0.0993584;REVB=-0.01374;RO=55;SAF=38;SAR=27;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641885;STB=0.55247;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.072806;OID=.;OPOS=6221249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:55:54:65:67:0.553719:27:38:28:27:27:40:26:28 chr11 6231731 . C T 305.93 PASS AF=0.533333;AO=30;DP=58;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0451576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.619;QD=20.3954;RBI=0.047986;REFB=-0.0324313;REVB=0.016231;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133318;STB=0.573232;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0206425;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:28:30:32:0.533333:17:13:8:20:18:14:8:20 chr11 6232189 . G C 51.64 PASS AF=0.145631;AO=17;DP=105;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=15;FWDB=-0.0293392;FXX=0.08035;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.6381;QD=2.00524;RBI=0.0776525;REFB=-0.00954612;REVB=-0.0718966;RO=82;SAF=13;SAR=4;SRF=70;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181685;STB=0.616381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.188945;OID=.;OPOS=6232189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:105:103:82:88:17:15:0.145631:4:13:70:12:4:11:73:15 chr11 6238844 . C T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00734968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.671;QD=32.6196;RBI=0.020651;REFB=-0.0571753;REVB=0.0192989;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392188;STB=0.52171;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00279661;OID=.;OPOS=6238844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:9:6:2:2:9:6:2:2 chr11 6243804 . A G 241.37 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0114503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.589;QD=12.378;RBI=0.0140224;REFB=-0.0110744;REVB=0.0080944;RO=49;SAF=23;SAR=6;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147088;STB=0.585391;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0189981;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:6:23:34:15:6:23:34:15 chr11 6244387 . G A 159.41 PASS AF=0.19708;AO=28;DP=137;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0678558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1256;QD=4.65422;RBI=0.0681629;REFB=-0.00370084;REVB=-0.00646268;RO=109;SAF=11;SAR=17;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264141;STB=0.540265;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0136522;OID=.;OPOS=6244387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:109:110:28:27:0.19708:17:11:45:64:17:10:46:64 chr11 6292065 . C A 309.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00179264;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.774;QD=20.268;RBI=0.00309201;REFB=-0.0252561;REVB=-0.00251931;RO=29;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15767;STB=0.587916;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0272222;OID=.;OPOS=6292065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:29:29:32:32:0.52459:10:22:15:14:10:22:15:14 chr11 6340525 . A T 82.57 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0108218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.788;QD=9.71353;RBI=0.0135689;REFB=-0.0078548;REVB=-0.00818552;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314571;STB=0.688791;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.032862;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:8:15:4:7:8:15 chr11 6340706 . A G 330.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0337256;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.665;QD=15.7507;RBI=0.0421515;REFB=-0.0097912;REVB=-0.0252849;RO=48;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145139;STB=0.582033;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.012864;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:48:36:36:0.428571:13:23:24:24:13:23:24:24 chr11 6341684 . C G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0103;QD=40.7557;RBI=0.141745;REFB=0;REVB=0.0417577;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.005724;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 6411935 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.83;QD=57.2014;RBI=0.0365011;REFB=0;REVB=0.00670433;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243531;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 6471722 . T G 697.89 PASS AF=0.566667;AO=65;DP=117;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0669653;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.959;QD=23.2629;RBI=0.0682343;REFB=-0.0353471;REVB=0.0130982;RO=52;SAF=28;SAR=37;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223793;STB=0.503545;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0223048;OID=.;OPOS=6471722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:52:52:65:68:0.566667:37:28:21:31:40:28:21:31 chr11 6549779 . A C 884.33 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00123894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.1;QD=56.1477;RBI=0.0107418;REFB=-0.0598494;REVB=0.0106701;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000120185;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:25:36:0:1:25:37:0:1 chr11 6549995 . A G 305.0 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5727;QD=53.0442;RBI=0.0572871;REFB=0;REVB=0.0221246;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315582;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 6550004 . A G 237.74 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.907;QD=50.0501;RBI=0.0660313;REFB=0;REVB=0.0357893;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174358;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr11 6550309 . G A 994.39 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.532;QD=57.6459;RBI=0.0134815;REFB=-0.0658918;REVB=0.00732939;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126038;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-1.83886e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:31:37:1:0:31:37:1:0 chr11 6555365 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0874;QD=60.2241;RBI=0.0947811;REFB=0;REVB=0.00213509;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826815;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 568.41 PASS AF=0.738462;AO=42;DP=69;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0070643;FXX=0.0844951;HRUN=1;LEN=12;MLLD=297.199;QD=34.9789;RBI=0.0139666;REFB=-0.0292398;REVB=-0.0120483;RO=17;SAF=29;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026707;STB=0.51219;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.0108973;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.738462:42:69:48:65:17:33:15:11:6:99:17:29:13:11:6 chr11 6579106 . C A 134.04 PASS AF=0.722222;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.02838;FXX=0.09995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.6247;QD=29.7866;RBI=0.0902616;REFB=-0.00230418;REVB=-0.0856839;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518926;STB=0.540917;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000699833;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:20:18:4:4:11:13:0.722222:2:9:3:1:2:11:3:1 chr11 6585007 . G A 165.33 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00749702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6373;QD=11.4024;RBI=0.0264517;REFB=-0.0143118;REVB=0.0253671;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109313;STB=0.549085;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0314905;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:37:21:21:0.362069:15:6:10:24:15:6:13:24 chr11 6588228 . G A 737.33 PASS AF=0.6;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0157701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.125;QD=25.6463;RBI=0.0177465;REFB=-0.00208974;REVB=0.00813879;RO=46;SAF=31;SAR=38;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043317;STB=0.523535;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00102281;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:46:46:69:69:0.6:38:31:18:28:38:31:18:28 chr11 6622714 . G A 229.66 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0229219;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5595;QD=11.7774;RBI=0.0261165;REFB=-0.003853;REVB=0.0125162;RO=50;SAF=16;SAR=12;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789001;STB=0.545423;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00843567;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:50:50:28:28:0.358974:12:16:32:18:12:16:32:18 chr11 6623372 . C G 264.61 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00144805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.673;QD=19.9706;RBI=0.00362384;REFB=-0.0143706;REVB=-0.00332196;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793802;STB=0.53656;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0129675;OID=.;OPOS=6623372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:27:28:0.528302:16:11:8:17:17:11:8:17 chr11 6630028 . TC CT,T 1431.56 PASS AF=0,1;AO=9,102;DP=136;FAO=0,132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=0,72;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878375,0.211222;FXX=0.0364937;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=9.38778,14.0218;QD=43.3805;RBI=0.0403815,0.214726;REFB=0,0;REVB=-0.0394146,-0.0386358;RO=9;SAF=9,52;SAR=0,50;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=0,-0.0753522;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00193487;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:136:132:9:0:9,102:0,132:0,1:0,50:9,52:9:0:0,60:0,72:0:0 chr11 6631016 . C T 520.62 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.059004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8813;QD=19.8332;RBI=0.0618933;REFB=-0.0196976;REVB=0.0186898;RO=43;SAF=21;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251048;STB=0.560107;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0352404;OID=.;OPOS=6631016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:51:54:54:0.514286:33:21:18:25:33:21:26:25 chr11 6632450 . C T 332.77 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.000580719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.262;QD=19.0155;RBI=0.0216698;REFB=-0.00344734;REVB=-0.021662;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137864;STB=0.558107;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00349329;OID=.;OPOS=6632450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:16:19:23:10:16:19:23:12 chr11 6634149 . C T 385.13 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0153937;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.22;QD=12.5245;RBI=0.0206895;REFB=-0.00411518;REVB=0.0138235;RO=77;SAF=17;SAR=29;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195158;STB=0.611241;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00774283;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:77:46:46:0.373984:29:17:42:35:29:17:42:35 chr11 6634189 . G A 396.99 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00920908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.684;QD=12.406;RBI=0.010881;REFB=0.0005908;REVB=-0.00579555;RO=79;SAF=21;SAR=27;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341091;STB=0.515804;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000743868;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:80:48:48:0.375:27:21:37:42:27:21:37:43 chr11 6638506 . A T 137.12 PASS AF=0.243902;AO=19;DP=88;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00696394;FXX=0.0681741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.249;QD=6.68884;RBI=0.00970395;REFB=-0.00531885;REVB=-0.00675797;RO=53;SAF=14;SAR=5;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250562;STB=0.679809;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0165727;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:82:53:62:19:20:0.243902:5:14:29:24:5:15:33:29 chr11 6643976 . C T 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0275649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8975;QD=18.0206;RBI=0.0329653;REFB=-0.00189365;REVB=-0.0180801;RO=51;SAF=31;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121308;STB=0.554429;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00185209;OID=.;OPOS=6643976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:54:50:50:0.480769:19:31:25:26:19:31:28:26 chr11 6644600 . C T 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0158408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.416;QD=21.9525;RBI=0.0186952;REFB=-0.0335175;REVB=0.00992858;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118463;STB=0.565569;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0149841;OID=.;OPOS=6644600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:20:12:13:12:20:12:13:12 chr11 6647467 . C T 290.2 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00629153;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.618;QD=21.1053;RBI=0.0182957;REFB=-0.0151727;REVB=0.0171799;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797868;STB=0.567524;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0150735;OID=.;OPOS=6647467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:25:30:30:0.545455:14:16:14:8:14:16:17:8 chr11 6648424 . G A 349.44 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0182219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.635;QD=25.4139;RBI=0.0350094;REFB=-0.0502921;REVB=0.0298935;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160537;STB=0.591495;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0220961;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:21:33:34:0.618182:13:20:8:13:13:21:8:13 chr11 6652618 . C T 496.41 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0298343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.776;QD=29.2004;RBI=0.03211;REFB=-0.00331657;REVB=0.011873;RO=23;SAF=30;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153029;STB=0.583295;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00241422;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:15:30:10:13:15:30:10:13 chr11 6655433 . G A 715.75 PASS AF=0.635417;AO=61;DP=96;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0187077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.9;QD=29.8229;RBI=0.0188819;REFB=0.00827806;REVB=-0.00255896;RO=35;SAF=36;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521486;STB=0.528293;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00455191;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:35:35:61:61:0.635417:25:36:18:17:25:36:18:17 chr11 6661447 . G A 118.15 PASS AF=0.65;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00230291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3492;QD=23.6298;RBI=0.048503;REFB=-0.0535113;REVB=-0.0484483;RO=7;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418959;STB=0.749498;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0121994;OID=.;OPOS=6661447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:12:13:0.65:1:11:4:3:1:12:4:3 chr11 6735869 . A G 941.68 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126724;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7583;QD=58.855;RBI=0.0255514;REFB=0;REVB=-0.02552;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068035;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr11 6736745 . G A 238.7 PASS AF=0.543478;AO=21;DP=43;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0334305;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5375;QD=20.7568;RBI=0.0532631;REFB=-0.0362424;REVB=0.0414652;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.545419;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0399581;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:19:21:21:25:0.543478:9:12:13:6:12:13:13:8 chr11 6737138 . T C 186.55 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00379849;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.079;QD=12.4366;RBI=0.0291589;REFB=-0.0109339;REVB=-0.0289104;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880768;STB=0.505075;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0190241;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:19:18:11:12:19:18 chr11 6737258 . C T 138.38 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0384097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4456;QD=11.7772;RBI=0.0549455;REFB=0.00692628;REVB=-0.03929;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166114;STB=0.598726;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.018007;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:5:11:17:14:5:11:17:14 chr11 6737893 . C T 102.9 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0026798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.497;QD=12.1059;RBI=0.0313595;REFB=-0.0170427;REVB=0.0312448;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126972;STB=0.520516;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0327883;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:21:21:11:13:0.382353:5:6:9:12:7:6:9:12 chr11 6737927 . G A 185.38 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00965402;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.079;QD=13.7321;RBI=0.0423301;REFB=-0.00272254;REVB=-0.0412145;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287945;STB=0.665377;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00114469;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:13:19:7:15:13:19 chr11 6738291 . C T 246.16 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.00149327;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9105;QD=15.6293;RBI=0.0248773;REFB=-0.0301661;REVB=-0.0248324;RO=33;SAF=6;SAR=21;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107068;STB=0.536817;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0308442;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:27:28:0.444444:21:6:5:28:22:6:6:29 chr11 6738411 . A G 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00131055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.303;QD=18.9131;RBI=0.0720242;REFB=-0.00318149;REVB=0.0720123;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199914;STB=0.611435;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00298495;OID=.;OPOS=6738411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:12:17:10:18:12:17:10:18 chr11 6738728 . T C 613.12 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5837;QD=61.3123;RBI=0.0424729;REFB=0;REVB=-0.0400113;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255782;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr11 6738952 . G T 248.45 PASS AF=0.317308;AO=32;DP=103;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0368078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.056;QD=9.55566;RBI=0.0372122;REFB=-0.00690894;REVB=0.00547151;RO=71;SAF=15;SAR=17;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127466;STB=0.563007;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0137408;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:71:71:32:33:0.317308:17:15:41:30:17:16:41:30 chr11 6739109 . G A 610.24 PASS AF=0.62069;AO=55;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0512664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.374;QD=28.0568;RBI=0.0817634;REFB=0.00744678;REVB=-0.0636947;RO=32;SAF=28;SAR=27;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048443;STB=0.517235;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00706029;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:33:55:54:0.62069:27:28:14:18:27:27:15:18 chr11 6739407 . A G 278.87 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0354567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8299;QD=16.4042;RBI=0.0356758;REFB=-0.00100888;REVB=-0.00394786;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730492;STB=0.515906;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00270381;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:37:31:31:0.455882:10:21:26:9:10:21:26:11 chr11 6739551 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.021634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.953;QD=5.5757;RBI=0.0233261;REFB=-0.00960232;REVB=0.00872225;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42936;STB=0.775144;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.017001;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:5:2:16:8:5:2:16:8 chr11 6739809 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0385255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.939;QD=21.3762;RBI=0.0444923;REFB=0.0224908;REVB=-0.0222564;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965742;STB=0.554216;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.021507;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:10:12:10:13:10:12 chr11 6739814 . C T 644.12 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.795;QD=61.3452;RBI=0.0584074;REFB=0;REVB=0.0244891;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208692;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:19:23:0:0 chr11 6739822 . T C 185.84 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0581199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2099;QD=19.06;RBI=0.0582441;REFB=0.00410859;REVB=-0.00380122;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.563967;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00167802;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:13:7:9:10:13:7 chr11 6739841 . G A 137.19 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.032306;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6499;QD=16.6296;RBI=0.04739;REFB=-0.0116583;REVB=-0.0346719;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13486;STB=0.595613;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0328183;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:9:8:5:10:9:9 chr11 6740136 . G A 212.71 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00886501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.492;QD=14.9267;RBI=0.0545409;REFB=-0.00956219;REVB=-0.0538156;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596718;STB=0.533871;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0200496;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:16:16:14:11:16:16 chr11 6740206 . C T 103.33 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0201031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.733;QD=9.8407;RBI=0.0651131;REFB=-0.0143845;REVB=-0.0619321;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153093;STB=0.592449;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0310995;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:14:15:5:8:14:15 chr11 6740285 . G A 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00108295;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.698;QD=14.3517;RBI=0.0162873;REFB=0.00334118;REVB=-0.0162513;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219784;STB=0.62489;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00623368;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:8:22:11:10:8:22 chr11 6740462 . G C 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.263;QD=56.9968;RBI=0.0269116;REFB=0;REVB=0.0124185;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42669e-05;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr11 6790106 . T C 728.74 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00723555;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5526;QD=18.5666;RBI=0.00723908;REFB=-0.00634971;REVB=0.000226003;RO=81;SAF=49;SAR=27;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.580972;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00635394;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:81:81:76:76:0.484076:27:49:40:41:27:49:40:41 chr11 6807163 . C T 648.73 PASS AF=0.601942;AO=61;DP=104;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00878996;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.175;QD=25.1934;RBI=0.011372;REFB=-0.018796;REVB=-0.00721513;RO=39;SAF=26;SAR=35;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443401;STB=0.527716;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.015393;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:39:41:61:62:0.601942:35:26:19:20:36:26:20:21 chr11 6807243 . G A 175.37 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0237504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.778;QD=29.2286;RBI=0.0238709;REFB=-0.0422197;REVB=0.00239556;RO=7;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193882;STB=0.608554;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0131575;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:14:3:3:4:14:3:3:4 chr11 6816778 . A G 229.72 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00221369;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.577;QD=28.7153;RBI=0.0470466;REFB=-0.0175461;REVB=0.0469945;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171859;STB=0.577701;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00850092;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:32:11:11:20:21:0.65625:6:14:5:6:7:14:5:6 chr11 6891113 . A C,G 2369.14 PASS AF=0.1,0.9;AO=13,147;DP=160;FAO=16,144;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=16,52;FSAR=0,92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815442,0.0799895;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.907,51.1252;QD=59.2284;RBI=0.0220349,0.0889669;REFB=0,0;REVB=-0.0204706,0.0389458;RO=0;SAF=13,55;SAR=0,92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.16577e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.112705,0.0134611;OID=.,.;OPOS=6891113,6891113;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:160:160:0:0:13,147:16,144:0.1,0.9:0,92:13,55:0:0:0,92:16,52:0:0 chr11 6891528 . C G,T 845.32 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=55,4;DP=59;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301365,-0.0119937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.5706,144.171;QD=55.4305;RBI=0.0480501,0.0266785;REFB=0,0;REVB=-0.0374247,0.0238306;RO=0;SAF=22,2;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00217469,0.0236831;OID=.,.;OPOS=6891528,6891528;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:61:0:0:55,4:58,3:0.95082,0.0491803:33,2:22,2:0:0:34,2:24,1:0:0 chr11 6891605 . A G 1315.09 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236852;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1066;QD=61.8867;RBI=0.0395039;REFB=0;REVB=0.031616;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187949;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:37:48:0:0 chr11 6891758 . A C 563.99 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00258446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.659;QD=57.8446;RBI=0.0167793;REFB=-0.136685;REVB=0.0165791;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00106282;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:21:17:0:0:21:17:1:0 chr11 6898758 . A C 98.49 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0125268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.49;QD=7.72432;RBI=0.0255687;REFB=-0.00842133;REVB=0.0222899;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593104;STB=0.548211;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0170454;OID=.;OPOS=6898758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:8:5:16:21:8:5:17:21 chr11 6913244 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.808;QD=55.6539;RBI=0.0118918;REFB=0;REVB=-0.00800301;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54897e-06;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 6913290 . A G 90.58 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0227582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.971;QD=10.6562;RBI=0.0229193;REFB=-0.0213221;REVB=0.00271249;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543477;STB=0.77099;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0457616;OID=.;OPOS=6913290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:33:34:22:22:11:12:0.352941:2:9:7:15:3:9:7:15 chr11 6942476 . C A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0468739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2805;QD=11.4392;RBI=0.0469521;REFB=-0.00242693;REVB=0.0027101;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258276;STB=0.652832;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00617441;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:9:15:5:8:9:15 chr11 6942628 . A C 570.52 PASS AF=0.614458;AO=50;DP=84;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0178486;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.084;QD=27.4948;RBI=0.0185131;REFB=-0.0186868;REVB=-0.00491569;RO=30;SAF=24;SAR=26;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137889;STB=0.511359;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0124404;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:30:32:50:51:0.614458:26:24:15:15:27:24:16:16 chr11 6942726 . G C 252.12 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0933356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6183;QD=11.7265;RBI=0.0933366;REFB=0.00354773;REVB=0.000427444;RO=54;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504502;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0132791;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:54:55:30:31:0.360465:15:15:27:27:15:16:28:27 chr11 6942952 . T C 493.88 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.000285074;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.985;QD=19.5595;RBI=0.00352414;REFB=-0.00774044;REVB=0.00351259;RO=50;SAF=19;SAR=32;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205049;STB=0.613414;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00747036;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:32:19:30:20:32:19:30:20 chr11 6943254 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.024646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7708;QD=16.0654;RBI=0.0342133;REFB=-0.00410292;REVB=-0.0237303;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379461;STB=0.714013;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00386923;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:15:3:11:12:15:3:11:13 chr11 6953858 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00664711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6602;QD=20.0174;RBI=0.0241583;REFB=-0.0248576;REVB=-0.0232259;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0242021;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:8:9:8:10:8:9 chr11 6976988 . A T 381.61 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000906982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.773;QD=52.6353;RBI=0.103632;REFB=0.126928;REVB=0.103628;RO=1;SAF=24;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189901;STB=0.510197;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000126768;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:3:24:1:0:4:24:1:0 chr11 6976996 . C T 132.7 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0197159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.049;QD=16.0849;RBI=0.0358427;REFB=-0.0148479;REVB=-0.0299329;RO=18;SAF=13;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342738;STB=0.713914;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0173907;OID=.;OPOS=6976996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:1:13:14:4:1:14:14:4 chr11 7022038 . A G 780.94 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00562889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.745;QD=22.9687;RBI=0.0331823;REFB=-0.00275336;REVB=-0.0327014;RO=61;SAF=39;SAR=35;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388303;STB=0.524574;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00211427;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:61:62:74:74:0.544118:35:39:35:26:35:39:36:26 chr11 7022160 . A G 1860.93 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.909;QD=59.5497;RBI=0.0336026;REFB=-0.0856284;REVB=0.0312658;RO=1;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365771;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:118:125:1:0:114:125:1:58:56:0:1:67:58:0:0 chr11 7022531 . A T 1652.8 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.364;QD=59.0286;RBI=0.0396251;REFB=-0.0372196;REVB=0.0288021;RO=1;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112998;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:112:1:0:110:112:1:49:61:0:1:50:62:0:0 chr11 7022717 . T A,C 805.63 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,55;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139792,-0.0211134;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.836,158.627;QD=56.5356;RBI=0.0155831,0.0212026;REFB=0,0;REVB=-0.00688583,0.00194235;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.75811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0112002,0.00056982;OID=.,.;OPOS=7022717,7022717;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:57:0:0:2,55:2,55:0.0350877,0.964912:2,36:0,19:0:0:2,36:0,19:0:0 chr11 7059960 . A C 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.785;QD=60.5448;RBI=0.039858;REFB=0;REVB=0.0222191;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123393;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr11 7063755 . C T 2273.81 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.889;QD=63.6031;RBI=0.0142938;REFB=0;REVB=0.00756696;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82636e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:74:68:0:0:75:68:0:0 chr11 7071031 . G A 1277.12 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0197;QD=61.5479;RBI=0.0910499;REFB=0;REVB=-0.0656163;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4973e-05;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:1:0:80:83:1:48:32:0:1:49:34:0:0 chr11 7079038 . G A 2463.67 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.087;QD=60.4581;RBI=0.0745191;REFB=0;REVB=-0.00755014;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252175;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:163:0:0:157:163:1:79:78:0:0:80:83:0:0 chr11 7110363 . G A 605.51 PASS AF=0.384615;AO=69;DP=181;FAO=70;FDP=182;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.00267099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.574;QD=13.3079;RBI=0.0117806;REFB=-0.00852834;REVB=-0.0114738;RO=112;SAF=41;SAR=28;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142817;STB=0.584047;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0196563;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:112:112:69:70:0.384615:28:41:52:60:28:42:52:60 chr11 7324475 . T C 868.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.886;QD=57.8674;RBI=0.0871573;REFB=0;REVB=0.00465469;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123814;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:33:23:0:0:34:26:0:0 chr11 7489819 . A C 193.23 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.04136;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7276;QD=15.7739;RBI=0.0502381;REFB=-0.00931031;REVB=0.0285171;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475109;STB=0.772014;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117446;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:21:8:15:5:21:8 chr11 7509566 . A T 519.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.325;QD=59.3862;RBI=0.0811334;REFB=0;REVB=0.0285211;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690863;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr11 7509682 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0017;QD=42.1826;RBI=0.0276945;REFB=0;REVB=-0.0183131;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203431;OID=.;OPOS=7509682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 7619518 . T C 861.3 PASS AF=0.571429;AO=80;DP=140;FAO=80;FDP=140;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00757129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.04;QD=24.6086;RBI=0.0195646;REFB=-0.00410361;REVB=0.0180402;RO=60;SAF=44;SAR=36;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787601;STB=0.542908;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00214933;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:60:60:80:80:0.571429:36:44:27:33:36:44:27:33 chr11 7662732 . C T 129.15 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0255786;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.431;QD=11.48;RBI=0.0264691;REFB=-0.00608719;REVB=-0.00680786;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114115;STB=0.56748;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0141474;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:19:11:7:8:19:11 chr11 7670440 . A G 1897.12 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.667;QD=61.6949;RBI=0.03153;REFB=0;REVB=0.00743402;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70979e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:57:65:0:0:57:66:0:0 chr11 7673015 . G A 235.5 PASS AF=0.282051;AO=34;DP=118;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0131573;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.655;QD=8.05134;RBI=0.0132763;REFB=-0.0108173;REVB=0.00177379;RO=84;SAF=15;SAR=19;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113714;STB=0.558104;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0291603;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:84:84:34:33:0.282051:19:15:45:39:18:15:45:39 chr11 7686602 . G GTGTT 238.73 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00965569;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.916;QD=12.4018;RBI=0.0435158;REFB=-0.00753219;REVB=-0.042431;RO=48;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194125;STB=0.574616;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=0.0118284;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376623:27:77:29:77:48:19:10:26:22:99:48:19:8:26:22 chr11 7686674 . T C 376.61 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00827142;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9456;QD=15.0645;RBI=0.0102216;REFB=-0.0154814;REVB=0.0060053;RO=58;SAF=24;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385409;STB=0.521729;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0181962;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:58:58:42:42:0.42:18:24:31:27:18:24:31:27 chr11 7687715 . T C 508.57 PASS AF=0.45082;AO=53;DP=120;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.018875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.674;QD=16.6745;RBI=0.0199466;REFB=-0.017381;REVB=0.00644997;RO=67;SAF=22;SAR=31;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122678;STB=0.576131;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0152304;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:67:67:53:55:0.45082:31:22:36:31:33:22:36:31 chr11 7710877 . C T 249.33 PASS AF=0.344828;AO=29;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00613095;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.864;QD=11.4634;RBI=0.0087585;REFB=-0.0149974;REVB=-0.00625482;RO=57;SAF=9;SAR=20;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216676;STB=0.607926;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0391918;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:57:57:29:30:0.344828:20:9:28:29:20:10:28:29 chr11 7712471 . C T 357.52 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.000285649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.612;QD=14.5927;RBI=0.00354171;REFB=-0.0116443;REVB=-0.00353017;RO=59;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186118;STB=0.605624;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0181971;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:15:24:26:33:15:24:26:33 chr11 7716855 . T A 2402.77 PASS AF=0.96988;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=166;FR=.;FRO=5;FSAF=115;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0317275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4194;QD=57.898;RBI=0.0803166;REFB=0.0163346;REVB=-0.0737843;RO=3;SAF=114;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123553;STB=0.503171;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00310384;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:165:166:3:5:160:161:0.96988:46:114:3:0:46:115:4:1 chr11 7717212 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101323;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=323.551;QD=26.6016;RBI=0.0101323;REFB=-0.0212588;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00573923;OID=.;OPOS=7717212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:0:8:2:0:0:8:2:0 chr11 7717219 . A T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0030505;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=293.478;QD=46.0573;RBI=0.0569093;REFB=0.050501;REVB=0.0568275;RO=1;SAF=18;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248957;STB=0.513499;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000192224;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:1:18:1:0:1:18:1:0 chr11 7721870 . G A 2355.64 PASS AF=0.987805;AO=158;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0780774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4843;QD=57.4547;RBI=0.106062;REFB=-0.0656941;REVB=0.0717847;RO=5;SAF=95;SAR=63;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.69119e-05;STB=0.505101;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00192987;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:5:2:158:162:0.987805:63:95:3:2:65:97:2:0 chr11 7727886 . C T 698.93 PASS AF=0.594595;AO=64;DP=110;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.017179;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.33;QD=25.1866;RBI=0.0172056;REFB=-0.00926498;REVB=0.000957314;RO=45;SAF=34;SAR=30;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354768;STB=0.519357;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00734374;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:45:45:64:66:0.594595:30:34:26:19:31:35:26:19 chr11 7750373 . T A 311.19 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0239432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0838;QD=13.9859;RBI=0.0377201;REFB=-0.0105322;REVB=-0.0291466;RO=53;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201656;STB=0.620733;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0172886;OID=.;OPOS=7750373;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:54:35:35:0.393258:12:23:25:28:12:23:25:29 chr11 7750623 . G A 586.82 PASS AF=0.394286;AO=66;DP=172;FAO=69;FDP=175;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.0201863;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.825;QD=13.4131;RBI=0.0285347;REFB=-0.00532185;REVB=-0.0201678;RO=94;SAF=38;SAR=28;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445892;STB=0.502631;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0121939;OID=.;OPOS=7750623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:94:106:66:69:0.394286:28:38:58:36:29:40:61:45 chr11 7817857 . G A 250.56 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0208139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.262;QD=9.63707;RBI=0.0393176;REFB=-0.00326264;REVB=-0.0333564;RO=70;SAF=25;SAR=8;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42214;STB=0.750288;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00525533;OID=.;OPOS=7817857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:70:71:33:33:0.317308:8:25:28:42:8:25:28:43 chr11 7818471 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.019494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.495;QD=8.25462;RBI=0.0237755;REFB=-0.00637862;REVB=0.013611;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104655;STB=0.565012;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0189033;OID=.;OPOS=7818471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:9:3:2:4:9:3 chr11 7847208 . T C 370.3 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00759137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.498;QD=30.2287;RBI=0.0396149;REFB=0.0104373;REVB=-0.0388808;RO=18;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780108;STB=0.542829;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00979357;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:12:19:9:9:12:19:9:9 chr11 7847466 . A G 310.25 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145275;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.525;QD=53.9556;RBI=0.14959;REFB=0;REVB=0.0356675;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920124;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:18:3:0:0:18:5:0:0 chr11 7847472 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00387748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.647;QD=16.4255;RBI=0.00701624;REFB=-0.00515042;REVB=-0.00584746;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00541762;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:3:8:8:3:3:8 chr11 7871011 . A G,T 2009.74 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=119,7;DP=129;FAO=126,6;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=77,3;FSAR=49,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179408,-0.00673371;FXX=0.0364937;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.2891,167.554;QD=60.9012;RBI=0.0523534,0.0067473;REFB=0,0;REVB=0.0523227,0.000428095;RO=1;SAF=73,4;SAR=46,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00646281,-0.0971198;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00225425,0.0375892;OID=.,.;OPOS=7871011,7871011;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:129:132:1:0:119,7:126,6:0.954545,0.0454545:46,3:73,4:1:0:49,3:77,3:0:0 chr11 7949350 . A G 771.2 PASS AF=0.43617;AO=81;DP=189;FAO=82;FDP=188;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.00243348;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.3;QD=16.4086;RBI=0.0157191;REFB=-0.000300253;REVB=0.0155296;RO=108;SAF=46;SAR=35;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107658;STB=0.550456;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000490351;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:108:106:81:82:0.43617:35:46:50:58:36:46:50:56 chr11 7950024 . A G 132.29 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0247893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9542;QD=16.035;RBI=0.0316806;REFB=0.00713693;REVB=0.0197268;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00600905;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:6:8:8:10:7:8:8:10 chr11 7961130 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0125564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.268;QD=8.06781;RBI=0.0342116;REFB=-0.0104097;REVB=-0.0318241;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253115;STB=0.656453;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0278347;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:8:4:18:15:8:4:18:15 chr11 8014479 . C T 605.83 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00077676;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.126;QD=60.5828;RBI=0.00779385;REFB=0;REVB=0.00775504;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244696;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr11 8115699 . T C 549.76 PASS AF=0.53211;AO=55;DP=105;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0997045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.838;QD=20.1746;RBI=0.100234;REFB=-0.0428943;REVB=0.0102888;RO=45;SAF=20;SAR=35;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179288;STB=0.572274;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.02673;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:45:51:55:58:0.53211:35:20:26:19:35:23:28:23 chr11 8123499 . G A 191.12 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.000450908;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.722;QD=9.92841;RBI=0.0150243;REFB=-0.00622472;REVB=-0.0150176;RO=53;SAF=11;SAR=14;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294135;STB=0.677973;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0104225;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:53:52:25:25:0.324675:14:11:37:16:14:11:37:15 chr11 8127495 . T C 1511.19 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0038751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9783;QD=56.4932;RBI=0.0529718;REFB=-0.115188;REVB=-0.0528298;RO=2;SAF=44;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281905;STB=0.502579;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00304873;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:2:3:104:104:0.971963:60:44:1:1:60:44:1:2 chr11 8159892 . G T 335.4 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00374377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.499;QD=13.2833;RBI=0.0565272;REFB=-0.00962708;REVB=-0.0564031;RO=62;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000453428;STB=0.500258;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152453;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:22:17:27:35:22:17:27:35 chr11 8284860 . G T 128.12 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0390451;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8996;QD=20.4992;RBI=0.05173;REFB=-0.0375963;REVB=0.0339335;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204625;STB=0.59984;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0308113;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:25:9:11:13:14:0.56:2:11:6:3:2:12:8:3 chr11 8435077 . CA TC 434.31 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00152141;FXX=0.0476153;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.418;QD=14.4769;RBI=0.0105143;REFB=-0.00524206;REVB=-0.0104037;RO=71;SAF=5;SAR=44;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524184;STB=0.802923;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0124809;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:120:71:71:49:49:0.408333:44:5:33:38:44:5:33:38 chr11 8486310 . C A 677.81 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.013028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.91;QD=27.9509;RBI=0.030544;REFB=-0.0495824;REVB=0.0276262;RO=38;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143411;STB=0.577952;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0305431;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:38:59:59:0.608247:32:27:25:13:32:27:25:13 chr11 8646670 . T G 253.05 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0340709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0584;QD=15.1075;RBI=0.104226;REFB=-0.032628;REVB=-0.0985;RO=38;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317017;STB=0.680216;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0350159;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:8:21:16:22:8:21:16:22 chr11 8646763 . G C 113.44 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0125848;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.492;QD=13.3457;RBI=0.0204731;REFB=-0.0209971;REVB=0.0161484;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0377267;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:13:14:0.411765:6:7:10:10:7:7:10:10 chr11 8669609 . CA C 77.46 PASS AF=0.392157;AO=22;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.178103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1348;QD=6.07498;RBI=0.181731;REFB=-0.0631146;REVB=0.0361301;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181358;STB=0.503223;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.0744872;OID=.;OPOS=8669610;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:22:51:20:51:31:7:13:11:20:77:26:8:14:9:17 chr11 8693405 . G A 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.575;QD=60.7457;RBI=0.0246418;REFB=0;REVB=-0.0160846;RO=0;SAF=40;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04414e-05;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:74:40:0:0:74:40:0:0 chr11 8705472 . ACCCCCCCT ACCCCCCCC,ACCCCCCT 99.82 PASS AF=0.258065,0.741935;AO=2,7;DP=33;FAO=8,23;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6,13;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152548,0.231822;FXX=0.0605877;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=216.283,3.60666;QD=12.8798;RBI=0.0216915,0.537894;REFB=-0.0208009,0.163852;REVB=0.0154211,0.485375;RO=13;SAF=2,4;SAR=0,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.569211,0.115383;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0105828,0.266139;OID=.,.;OPOS=8705480,8705473;OREF=T,C;OALT=C,-;OMAPALT=ACCCCCCCC,ACCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.258065,0.741935:2,7:33:8,23:31:0:6,13:2,10:0:0:47:13:2,4:0,3:6:7 chr11 8707083 . G A 325.69 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.0218725;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7941;QD=13.8591;RBI=0.0517357;REFB=-0.0225195;REVB=0.0468847;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311906;STB=0.656135;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0173545;OID=.;OPOS=8707083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:55:58:35:36:0.382979:19:16:10:45:19:17:13:45 chr11 8707233 . C T 318.33 PASS AF=0.371134;AO=35;DP=99;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0289528;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4256;QD=13.1272;RBI=0.0332753;REFB=-0.00823495;REVB=0.0164006;RO=56;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239578;STB=0.608118;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0163148;OID=.;OPOS=8707233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:56:61:35:36:0.371134:14:21:21:35:15:21:25:36 chr11 8717003 . C T 128.63 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0339628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.511;QD=8.43498;RBI=0.0573594;REFB=-0.00804359;REVB=-0.0462237;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209188;STB=0.51251;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0226905;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:7:11:27:16:7:11:27:16 chr11 8751640 . G C 136.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0510746;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.509;QD=16.5149;RBI=0.0535379;REFB=-0.0282623;REVB=0.0160529;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165557;STB=0.595613;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0347192;OID=.;OPOS=8751640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:9:9:5:10:9:9 chr11 8788168 . A T 1224.1 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.361;QD=61.2052;RBI=0.0237514;REFB=0;REVB=0.00506679;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111851;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:27:52:0:0:27:53:0:0 chr11 8788225 . A C 770.02 PASS AF=1;AO=39;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389025;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.552;QD=57.0384;RBI=0.0729963;REFB=0;REVB=0.0617662;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389841;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:39:54:1:12:27:0:0:21:33:0:0 chr11 8866808 . C G 216.56 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0185896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6735;QD=13.3266;RBI=0.0223084;REFB=-0.0225028;REVB=-0.0123326;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.572437;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0319953;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:11:15:26:12:11:15:27:12 chr11 8938934 . C T 199.74 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0685414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9322;QD=13.5413;RBI=0.0830201;REFB=-0.0241362;REVB=-0.0468444;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273484;STB=0.655524;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0453638;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:11:24:10:14:11:24 chr11 8942015 . A G 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0344035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.983;QD=15.5737;RBI=0.042314;REFB=-0.0225042;REVB=-0.0246347;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00910033;OID=.;OPOS=8942015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:6:5:7:4:6:6 chr11 8942942 . C T 490.43 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00030538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.047;QD=12.495;RBI=0.00387007;REFB=-0.0132552;REVB=-0.003858;RO=97;SAF=26;SAR=33;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025751;STB=0.51168;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0214216;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:98:59:59:0.375796:33:26:45:52:33:26:45:53 chr11 8942999 . G A 2368.12 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.686;QD=61.1128;RBI=0.0435223;REFB=0;REVB=-0.00952177;RO=0;SAF=68;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7673e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:86:68:0:0:86:69:0:0 chr11 8947021 . A G 322.33 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00919475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3467;QD=41.5914;RBI=0.0215956;REFB=-0.0276163;REVB=-0.0195404;RO=5;SAF=5;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304641;STB=0.666523;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0128913;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:21:5:5:0:21:5:5:0 chr11 8947179 . G A 168.41 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0341931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.246;QD=8.63621;RBI=0.0434807;REFB=-0.0150134;REVB=-0.026859;RO=54;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256946;STB=0.508921;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0456349;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:55:23:23:0.294872:11:12:27:27:11:12:28:27 chr11 8947283 . G C 673.23 PASS AF=0.644444;AO=58;DP=90;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.048942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4057;QD=29.9213;RBI=0.0790637;REFB=-0.0425;REVB=0.0620947;RO=31;SAF=28;SAR=30;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835302;STB=0.53939;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0223305;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:31:32:58:58:0.644444:30:28:19:12:30:28:19:13 chr11 8948680 . A T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.00158932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2919;QD=18.9977;RBI=0.0208744;REFB=0.00620071;REVB=0.0208138;RO=30;SAF=9;SAR=22;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101833;STB=0.556417;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00468285;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:22:9:6:24:22:9:6:24 chr11 8959370 . G A 295.62 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0220833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.689;QD=15.3566;RBI=0.0346187;REFB=-0.0127584;REVB=0.0266605;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191844;STB=0.594622;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0137724;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:44:33:33:0.428571:19:14:26:16:19:14:26:18 chr11 8959511 . T G 696.29 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00804686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.202;QD=56.84;RBI=0.0149257;REFB=0.0203176;REVB=-0.0125708;RO=3;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057461;STB=0.530599;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000266587;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:23:23:0:3:23:23:0:3 chr11 8959545 . C A 365.16 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0198678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9477;QD=26.5572;RBI=0.0477346;REFB=0.00404783;REVB=-0.0434035;RO=20;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813023;STB=0.544477;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00295167;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:20:15:11:9:20:15:11:9 chr11 8968878 . GAGGACAT G 65.27 PASS AF=0.3;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0101955;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=7;MLLD=307.091;QD=8.70225;RBI=0.0138858;REFB=-0.00755456;REVB=0.00942689;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48837;STB=0.79936;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.0129792;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:9:32:9:30:21:2:7:14:7:65:21:2:7:14:7 chr11 9005036 . T A 1274.79 PASS AF=0.976744;AO=85;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0246379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.274;QD=59.2923;RBI=0.0247617;REFB=-0.0786933;REVB=0.00247264;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011992;STB=0.500835;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00057505;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:85:84:0.976744:39:46:0:1:39:45:1:1 chr11 9045960 . T A 450.02 PASS AF=0.368794;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00275604;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.12;QD=12.7666;RBI=0.00348475;REFB=-0.0135292;REVB=-0.00213253;RO=89;SAF=23;SAR=29;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330977;STB=0.518848;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0190753;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:89:89:52:52:0.368794:29:23:42:47:29:23:42:47 chr11 9052423 . A C 1082.2 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.498;QD=60.1224;RBI=0.145149;REFB=0;REVB=0.0335836;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235627;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:69:72:1:45:24:0:0:45:27:0:0 chr11 9069046 . G A 306.17 PASS AF=0.322581;AO=39;DP=123;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.031202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.238;QD=9.87635;RBI=0.045764;REFB=-0.00568489;REVB=0.033478;RO=84;SAF=14;SAR=25;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235746;STB=0.642554;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0200062;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:84:84:39:40:0.322581:25:14:47:37:26:14:47:37 chr11 9087465 . T C,TC 38.61 PASS AF=0.0588235,0.0882353;AO=4,14;DP=69;FAO=4,6;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=0,1;FSAR=4,5;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0969049,-0.0995827;FXX=0.0144907;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=47.8227,38.5022;QD=2.27114;RBI=0.11153,0.104301;REFB=-0.00355549,-0.00394929;REVB=-0.0552116,-0.0310161;RO=51;SAF=0,3;SAR=4,11;SRF=20;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487802,-0.258806;STB=0.996791,0.736286;STBP=0.061,0.298;TYPE=snp,ins;VARB=0.0267272,0.0898938;OID=.,.;OPOS=9087465,9087466;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:69:68:51:58:4,14:4,6:0.0588235,0.0882353:4,11:0,3:20:31:4,5:0,1:22:36 chr11 9225486 . C G 272.76 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0296789;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.852;QD=12.5408;RBI=0.0380645;REFB=-0.0178292;REVB=-0.0238342;RO=55;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039144;STB=0.522482;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0327242;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:18:14:26:29:18:14:26:29 chr11 9228785 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.105402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6859;QD=18.2512;RBI=0.111258;REFB=0.00277729;REVB=-0.0356194;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00787241;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:8:7:6:9:8:7 chr11 9316937 . G A 726.28 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.335;QD=63.1548;RBI=0.0495532;REFB=0;REVB=0.00856604;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224316;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr11 9406349 . T C 1415.04 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.389;QD=62.8905;RBI=0.0500979;REFB=0;REVB=0.0248667;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58779e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr11 9537904 . G C 235.68 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00755758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.255;QD=19.2395;RBI=0.00962211;REFB=-0.0182995;REVB=-0.0059555;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.503728;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0206873;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:26:23:23:0.469388:9:14:14:10:9:14:16:10 chr11 9607032 . A G 1006.26 PASS AF=0.644444;AO=87;DP=135;FAO=87;FDP=135;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0129377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7533;QD=29.8152;RBI=0.0451873;REFB=-0.0273016;REVB=-0.0432956;RO=48;SAF=37;SAR=50;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199073;STB=0.510744;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0131662;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:48:48:87:87:0.644444:50:37:19:29:50:37:19:29 chr11 9769483 . C T 360.18 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0221134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0813;QD=17.5699;RBI=0.0618894;REFB=-0.0352575;REVB=-0.0578039;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904135;STB=0.55055;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0376297;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:18:20:19:25:18:20:19:25 chr11 10521764 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.717;QD=61.3746;RBI=0.0119779;REFB=0;REVB=-0.0119184;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56567e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr11 10555589 . A G 2106.86 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000689793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5518;QD=61.0683;RBI=0.00419751;REFB=-0.00275344;REVB=0.00414044;RO=2;SAF=73;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101828;STB=0.500536;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000399991;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:2:2:136:136:0.985507:63:73:1:1:63:73:1:1 chr11 10597081 . G A 2031.08 PASS AF=1;AO=127;DP=131;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083708;FXX=0.0724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.618;QD=63.4712;RBI=0.0338314;REFB=0;REVB=0.0327795;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506677;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:128:0:0:127:128:1:54:73:0:0:54:74:0:0 chr11 10597878 . C A 433.02 PASS AF=0.518072;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0246971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.719;QD=20.8682;RBI=0.0308801;REFB=-0.00739291;REVB=0.0185374;RO=37;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452065;STB=0.516846;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00800747;OID=.;OPOS=10597878;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:40:41:43:0.518072:21:20:20:17:23:20:20:20 chr11 10647702 . G A 2901.34 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.839;QD=63.0726;RBI=0.0321005;REFB=0;REVB=0.00192532;RO=1;SAF=82;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97339e-06;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:184:1:0:176:184:1:94:82:1:0:96:88:0:0 chr11 10650329 . C T 650.65 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7772;QD=60.5258;RBI=0.115457;REFB=0;REVB=0.102849;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670028;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:15:25:0:0:18:25:0:0 chr11 10651253 . CGG CGC,CG 51.72 PASS AF=0.0740741,0.296296;AO=2,6;DP=28;FAO=2,8;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=0,2;FSAR=2,6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0362229,-0.0475347;FXX=0.0357015;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=202.386,18.6605;QD=7.66275;RBI=0.0398924,0.102722;REFB=-0.000466405,-0.0468759;REVB=-0.0167125,0.0910619;RO=17;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.4;SSSB=-0.701363,-0.657495;STB=0.99737,0.841413;STBP=0.015,0.04;TYPE=snp,del;VARB=0.0577816,0.0572984;OID=.,.;OPOS=10651255,10651254;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0740741,0.296296:2,6:28:2,8:27:17:0,2:2,6:14:3:39:17:0,1:2,5:14:3 chr11 10655609 . C T 1556.31 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8867;QD=59.8579;RBI=0.0649717;REFB=0;REVB=-0.0105643;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156401;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:55:49:0:0:55:49:0:0 chr11 10673739 . T C,G 5333.56 PASS AF=0.931624,0.0683761;AO=326,25;DP=352;FAO=327,24;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=112,24;FSAR=215,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107458,-0.0202749;FXX=0.00284083;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.498,71.7167;QD=60.7813;RBI=0.0170655,0.0365367;REFB=0.0144008,0.0276138;REVB=0.0132574,-0.030395;RO=1;SAF=112,24;SAR=214,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00424017,-0.018954;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000721627,0.0358908;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:352:351:1:0:326,25:327,24:0.931624,0.0683761:214,1:112,24:1:0:215,0:112,24:0:0 chr11 10715124 . T C 879.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.497;QD=57.658;RBI=0.0570881;REFB=0;REVB=0.0509361;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105798;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:33:25:0:0:35:26:0:0 chr11 10786142 . C T 1529.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4005;QD=63.7442;RBI=0.012743;REFB=0;REVB=-0.0115238;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77233e-05;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr11 10822350 . C T 3355.26 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155156;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.843;QD=62.4234;RBI=0.0176428;REFB=0;REVB=0.00839854;RO=0;SAF=113;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76451e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:215:0:0:215:215:1:102:113:0:0:102:113:0:0 chr11 10823079 . T C 958.53 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106079;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.517;QD=58.9863;RBI=0.0183576;REFB=0;REVB=0.0149825;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86115e-05;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr11 10828361 . C A 1241.07 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1072;QD=61.2875;RBI=0.0684364;REFB=0;REVB=-0.00458209;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482434;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:40:39:0:0:40:41:0:0 chr11 10876545 . C T 381.56 PASS AF=0.810811;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0242425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4209;QD=41.2496;RBI=0.0388537;REFB=-0.0575386;REVB=-0.030363;RO=5;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748356;STB=0.519987;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0149267;OID=.;OPOS=10876545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:37:5:7:29:30:0.810811:19:10:3:2:20:10:3:4 chr11 11373508 . T C 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1638;QD=64.4008;RBI=0.00514879;REFB=0;REVB=-0.00335225;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09915e-06;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 11373587 . A G 1950.59 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.383;QD=61.9234;RBI=0.0385505;REFB=0;REVB=0.0170756;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64861e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:126:0:0:120:126:1:68:52:0:0:69:57:0:0 chr11 11373635 . C T 2640.25 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.05;QD=62.1235;RBI=0.0198195;REFB=0;REVB=-0.00890296;RO=0;SAF=88;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42252e-05;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:82:88:0:0:82:88:0:0 chr11 11373808 . T G 2372.43 PASS AF=0.993333;AO=150;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.409;QD=63.2649;RBI=0.064047;REFB=0.0619911;REVB=-0.0597697;RO=0;SAF=80;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000932825;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:150:149:0.993333:70:80:0:0:69:80:0:1 chr11 11373925 . A C 2239.25 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0726849;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5796;QD=62.6364;RBI=0.0813314;REFB=-0.0687454;REVB=-0.0364924;RO=1;SAF=82;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410252;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:143:1:0:142:143:1:60:82:0:1:61:82:0:0 chr11 11373960 . C T 938.43 PASS AF=0.587413;AO=84;DP=144;FAO=84;FDP=143;FR=.;FRO=59;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0139833;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4852;QD=26.2499;RBI=0.030165;REFB=-0.0156839;REVB=-0.0267281;RO=59;SAF=52;SAR=32;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340969;STB=0.51854;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0138247;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:59:59:84:84:0.587413:32:52:34:25:32:52:34:25 chr11 11374016 . T A 2325.2 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.368;QD=60.7895;RBI=0.0248409;REFB=0;REVB=-0.0182454;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68148e-07;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:66:85:0:0:66:87:0:0 chr11 11374269 . A G 1283.46 PASS AF=0.498084;AO=129;DP=260;FAO=130;FDP=261;FR=.;FRO=131;FSAF=85;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.0476596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.926;QD=19.6699;RBI=0.0479323;REFB=-0.0151033;REVB=0.00510594;RO=129;SAF=84;SAR=45;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154569;STB=0.582934;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0166642;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:129:131:129:130:0.498084:45:84:63:66:45:85:65:66 chr11 11374283 . T G 4081.13 PASS AF=0.974453;AO=267;DP=276;FAO=267;FDP=274;FR=.;FRO=7;FSAF=153;FSAR=114;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.023803;FXX=0.00724611;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.867;QD=59.5785;RBI=0.0246099;REFB=-0.0158447;REVB=-0.00625005;RO=5;SAF=153;SAR=114;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061882;STB=0.500042;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370817;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:276:274:5:7:267:267:0.974453:114:153:2:3:114:153:4:3 chr11 11913585 . G T 1431.71 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.025841;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.305;QD=56.1457;RBI=0.0272862;REFB=-0.00713721;REVB=-0.00876223;RO=3;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299298;STB=0.515786;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-3.88415e-05;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:3:3:99:99:0.970588:46:53:0:3:46:53:0:3 chr11 11976628 . G A 2375.49 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0669065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0996;QD=60.139;RBI=0.0783787;REFB=-0.003084;REVB=-0.0408257;RO=0;SAF=75;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47281e-08;STB=0.503067;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000135773;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:158:0:1:156:157:0.993671:81:75:0:0:81:76:0:1 chr11 11986025 . CT C,CC 243.34 PASS AF=0.179775,0.168539;AO=11,17;DP=87;FAO=16,15;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=8,8;FSAR=8,7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00352581,-0.0078598;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.538,247.591;QD=10.9365;RBI=0.00454563,0.00829704;REFB=-0.0150658,-0.0129009;REVB=-0.00286904,-0.00265789;RO=56;SAF=6,10;SAR=5,7;SRF=25;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122181,0.174128;STB=0.526993,0.553663;STBP=0.822,0.677;TYPE=del,snp;VARB=0.016446,0.0445408;OID=.,.;OPOS=11986026,11986026;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179775,0.168539:11,17:87:16,15:89:58:8,8:8,7:27:31:50:56:6,10:5,7:25:31 chr11 11986061 . T C 1156.06 PASS AF=1;AO=64;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604722;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.181;QD=60.8452;RBI=0.0172538;REFB=0;REVB=0.0161594;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217864;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:64:76:1:33:31:0:0:46:30:0:0 chr11 12023771 . AAC A,AA,AAA 636.72 PASS AF=0.160377,0.283019,0.150943;AO=18,15,34;DP=117;FAO=17,30,16;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=15,20,10;FSAR=2,10,6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0171107,0.0154414,0.0136648;FXX=0.0619414;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=209.104,211.898,211.526;QD=24.0272;RBI=0.0266393,0.0245528,0.0223766;REFB=-0.011593,-0.00923676,-0.00725537;REVB=-0.0204176,-0.0190893,-0.0177196;RO=45;SAF=16,11,16;SAR=2,4,18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0.55102,0,0;SSEP=0.391304,0,0;SSSB=0.583326,0.355343,0.0265184;STB=0.851076,0.635422,0.632746;STBP=0.001,0.063,0.233;TYPE=del,del,snp;VARB=0.012188,0.00203267,0.013772;OID=.,.,.;OPOS=12023772,12023773,12023773;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.160377,0.283019,0.150943:18,15,34:117:17,30,16:106:43:15,20,10:2,10,6:19:24:74:45:16,11,16:2,4,18:20:25 chr11 12023779 . CA AA,C 98.21 PASS AF=0,0.427083;AO=5,27;DP=98;FAO=0,41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=0,22;FSAR=0,19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00424852,0.182943;FXX=0.0588178;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=211.567,7.23586;QD=4.09198;RBI=0.0127576,0.187509;REFB=0.00150296,-0.0812631;REVB=-0.0120294,0.0411247;RO=45;SAF=4,15;SAR=1,12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.332883,0.0485443;STB=0.5,0.515609;STBP=1,0.826;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0997228;OID=.,.;OPOS=12023779,12023780;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:98:96:45:55:5,27:0,41:0,0.427083:1,12:4,15:23:22:0,19:0,22:31:24 chr11 12225946 . T G 346.16 PASS AF=0.327586;AO=31;DP=117;FAO=38;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00046187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.849;QD=11.9364;RBI=0.0214349;REFB=-0.0200057;REVB=0.0214299;RO=73;SAF=9;SAR=22;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14259;STB=0.505492;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0396055;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:73:72:31:38:0.327586:22:9:29:44:23:15:29:43 chr11 12229655 . T G 502.06 PASS AF=0.318182;AO=63;DP=198;FAO=63;FDP=198;FR=.;FRO=135;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.0108095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.483;QD=10.1426;RBI=0.0376301;REFB=-0.010909;REVB=-0.0360441;RO=133;SAF=30;SAR=33;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588817;STB=0.528837;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0267909;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:133:135:63:63:0.318182:33:30:70:63:33:30:70:65 chr11 12246233 . G C 388.29 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.0958187;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7804;QD=14.2492;RBI=0.0963506;REFB=0.0243302;REVB=0.0101097;RO=63;SAF=15;SAR=30;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567883;STB=0.524465;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0382347;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:64:45:45:0.412844:30:15:18:45:30:15:19:45 chr11 12265542 . A G 688.15 PASS AF=0.6;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00554626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.335;QD=27.5261;RBI=0.00959846;REFB=-0.0219965;REVB=-0.00783386;RO=40;SAF=27;SAR=33;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560224;STB=0.530478;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0215738;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:40:60:60:0.6:33:27:15:25:33:27:15:25 chr11 12285090 . C T 154.5 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0175076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.765;QD=14.7145;RBI=0.020054;REFB=-0.0244517;REVB=0.00977997;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263702;STB=0.685492;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0343916;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:25:16:17:0.404762:5:11:10:13:5:12:10:15 chr11 12315186 . G A 416.91 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0140961;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.085;QD=18.3259;RBI=0.0386005;REFB=-0.0233055;REVB=-0.0359347;RO=46;SAF=11;SAR=31;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144089;STB=0.588552;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0332685;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:46:48:42:43:0.472527:31:11:18:28:32:11:19:29 chr11 12315407 . G C 393.21 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0935;QD=56.1734;RBI=0.0945304;REFB=0;REVB=0.0919985;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108771;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr11 12315716 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.284;QD=55.0987;RBI=0.0548069;REFB=0;REVB=0.0321499;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233147;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:4:22:0:0:4:22:0:0 chr11 12315848 . C T 97.59 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0118682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8084;QD=24.3977;RBI=0.0342202;REFB=-0.0315234;REVB=0.0320963;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00991007;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr11 12315891 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.508;QD=55.656;RBI=0.0712183;REFB=0;REVB=0.041595;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347106;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 12315915 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00370661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.769;QD=15.7844;RBI=0.00994552;REFB=-0.0109372;REVB=-0.009229;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552695;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0143247;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:10:7:5:9:10:7 chr11 12399232 . A AC,C 53.24 PASS AF=0.0869565,0.057971;AO=23,10;DP=141;FAO=12,8;FDP=138;FR=.;FRO=118;FSAF=3,0;FSAR=9,8;FSRF=71;FSRR=47;FWDB=-0.0482414,-0.0461919;FXX=0.0142847;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=113.992,135.673;QD=1.54326;RBI=0.124036,0.0755836;REFB=-0.0091688,-0.00615525;REVB=-0.11427,-0.0598264;RO=108;SAF=6,0;SAR=17,10;SRF=71;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.477519,-0.670191;STB=0.798105,0.99891;STBP=0.049,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.184152,0.0894643;OID=.,.;OPOS=12399233,12399232;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:141:138:108:118:23,10:12,8:0.0869565,0.057971:17,10:6,0:71:37:9,8:3,0:71:47 chr11 12534707 . G A 949.89 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00986264;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.955;QD=55.8761;RBI=0.0204181;REFB=-0.104649;REVB=-0.0178781;RO=2;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377507;STB=0.519994;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00198471;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:66:66:0.970588:24:42:0:2:24:42:0:2 chr11 12903443 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.795;QD=57.677;RBI=0.0199552;REFB=0;REVB=0.017327;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25753e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 13398129 . T A 1603.33 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000184157;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.741;QD=59.9376;RBI=0.0688686;REFB=0;REVB=0.0688683;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03861e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:102:107:1:55:47:0:0:60:47:0:0 chr11 13929046 . T A 246.42 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.509;QD=46.9372;RBI=0.0148097;REFB=-0.0361027;REVB=-0.00611579;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0044945;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr11 14101493 . G GC 622.62 PASS AF=1;AO=59;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.9509;QD=36.6247;RBI=0.0943879;REFB=0;REVB=0.0933082;RO=8;SAF=31;SAR=28;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000816753;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:70:68:68:0:36:32:0:0:13:8:31:28:4:4 chr11 14264916 . A G 1442.74 PASS AF=1;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296617;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3853;QD=63.4171;RBI=0.0316577;REFB=0;REVB=-0.0110631;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138765;OID=.;OPOS=14264916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:90:91:1:52:38:0:0:53:38:0:0 chr11 14991539 . T C 2274.16 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0606;QD=63.613;RBI=0.0285563;REFB=0;REVB=-0.025653;RO=0;SAF=90;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164326;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:53:90:0:0:53:90:0:0 chr11 15199957 . T C 617.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722645;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0575;QD=61.788;RBI=0.0723887;REFB=0;REVB=-0.00423869;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015766;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr11 15992319 . A C 668.76 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0324949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.356;QD=58.1528;RBI=0.0366687;REFB=-0.141075;REVB=0.0169905;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.535698;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000956596;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:46:1:2:44:44:0.956522:31:13:1:0:31:13:2:0 chr11 16133413 . A G 1208.86 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.976;QD=61.2083;RBI=0.064657;REFB=0;REVB=0.0485062;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107035;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:46:32:0:0:47:32:0:0 chr11 16872822 . C G 112.69 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0101246;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4026;QD=4.13536;RBI=0.0101258;REFB=-0.00454181;REVB=-0.000156216;RO=90;SAF=9;SAR=11;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105389;STB=0.572531;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0230708;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:90:89:20:20:0.183486:11:9:48:42:11:9:48:41 chr11 17096211 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000484769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.553;QD=12.7388;RBI=0.0664226;REFB=-0.00155327;REVB=0.0664209;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00591095;OID=.;OPOS=17096211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:7:3:2:6:7:3 chr11 17108868 . ACT A 160.4 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.000619864;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.617;QD=11.6658;RBI=0.0305125;REFB=0.0022422;REVB=-0.0305062;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249896;STB=0.642718;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=-0.00450702;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:20:56:20:55:35:12:8:13:22:99:33:12:8:12:21 chr11 17172133 . T C 1227.49 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.189;QD=61.3747;RBI=0.0807642;REFB=0;REVB=0.0264725;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243282;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:26:53:0:0:26:54:0:0 chr11 17191019 . A G 293.51 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00178289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4126;QD=19.8988;RBI=0.0459688;REFB=-0.00708514;REVB=-0.0459342;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109016;STB=0.50606;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00693458;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:13:15:17:14:13:15 chr11 17333663 . G A 618.89 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8121;QD=60.3792;RBI=0.0154951;REFB=0;REVB=0.00209707;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199057;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr11 17339127 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0112311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.374;QD=13.9183;RBI=0.0143597;REFB=-0.0141792;REVB=0.0089478;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107205;STB=0.553464;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.015405;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:15:11:19:17:15:11:19:18 chr11 17351683 . C G 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0348795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.959;QD=14.655;RBI=0.0353178;REFB=-0.013544;REVB=-0.00554651;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0162668;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:9:8:8:5:9:8 chr11 17393644 . A G 242.78 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0431421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4663;QD=22.5844;RBI=0.0592889;REFB=-0.0205945;REVB=0.0406685;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199922;STB=0.621411;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.024986;OID=.;OPOS=17393644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:13:10:13:6:13:10:14:6 chr11 17408404 . C T 372.76 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=44;FWDB=0.00353774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.124;QD=14.9103;RBI=0.00775912;REFB=-0.00896478;REVB=-0.00690568;RO=54;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17733;STB=0.587507;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.015339;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:59:40:41:0.41:24:16:13:41:25:16:15:44 chr11 17408630 . C T 353.16 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00213039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.546;QD=21.4034;RBI=0.0384252;REFB=-0.0110354;REVB=-0.0383661;RO=29;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169045;STB=0.585237;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.010391;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:36:36:0.545455:20:16:19:10:20:16:19:11 chr11 17409572 . T C 312.97 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00210388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.324;QD=19.5603;RBI=0.0115428;REFB=-0.0305758;REVB=0.0113494;RO=31;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359912;STB=0.519988;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0239616;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:13:20:20:11:13:20:20:11 chr11 17418477 . C A 382.2 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0149234;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.558;QD=17.1775;RBI=0.0226259;REFB=-0.0204575;REVB=-0.0170066;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828992;STB=0.546369;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.023074;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:40:40:0.449438:22:18:18:31:22:18:18:31 chr11 17419279 . C T 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00574941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.586;QD=21.5797;RBI=0.0105574;REFB=-0.0309565;REVB=0.00885454;RO=42;SAF=13;SAR=33;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144087;STB=0.579896;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0292906;OID=.;OPOS=17419279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:33:13:18:24:33:13:18:24 chr11 17449929 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0068174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.165;QD=7.27139;RBI=0.0257639;REFB=0.0131086;REVB=0.0248455;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840726;STB=0.55307;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0326488;OID=.;OPOS=17449929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:15:10:3:6:15:10 chr11 17452492 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.576;QD=61.695;RBI=0.056414;REFB=0;REVB=0.0554306;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106952;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:41:39:0:0:42:40:0:0 chr11 17542439 . T C 447.12 PASS AF=0.534091;AO=38;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.002879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.977;QD=20.3237;RBI=0.0416736;REFB=-0.0110283;REVB=0.041574;RO=34;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116793;STB=0.546272;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00909645;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:41:38:47:0.534091:15:23:16:18:24:23:16:25 chr11 17579783 . C A 420.69 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00226167;FXX=0.0198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.441;QD=16.9977;RBI=0.00540766;REFB=-0.018301;REVB=0.00491199;RO=51;SAF=29;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152159;STB=0.581857;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0212401;OID=.;OPOS=17579783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:51:54:45:45:0.454545:16:29:25:26:16:29:27:27 chr11 17593709 . T C 2409.06 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.405;QD=64.2417;RBI=0.0366281;REFB=0;REVB=0.0176567;RO=0;SAF=61;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47327e-05;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:150:0:0:147:150:1:86:61:0:0:88:62:0:0 chr11 17596313 . G A 2310.25 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110807;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.218;QD=60.796;RBI=0.0256051;REFB=0;REVB=0.0230834;RO=0;SAF=88;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25017e-05;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:150:152:1:62:88:0:0:62:90:0:0 chr11 17598187 . G A 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.158;QD=50.4012;RBI=0.0264405;REFB=0;REVB=-0.0184934;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9668e-06;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 17600033 . G A,C 3186.64 PASS AF=0.957346,0.042654;AO=196,11;DP=207;FAO=202,9;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=111,8;FSAR=91,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137121,-0.0023095;FXX=0.00471676;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.6274,43.4427;QD=60.4103;RBI=0.0499907,0.00959028;REFB=0,0;REVB=0.0480733,0.00930805;RO=0;SAF=107,9;SAR=89,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.44382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000569909,0.19829;OID=.,.;OPOS=17600033,17600033;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:207:211:0:0:196,11:202,9:0.957346,0.042654:89,2:107,9:0:0:91,1:111,8:0:0 chr11 17615203 . G A 817.58 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.633;QD=57.3738;RBI=0.0459952;REFB=0;REVB=0.045888;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33284e-05;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:25:30:0:0:26:31:0:0 chr11 17627613 . G C 974.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.873;QD=58.1972;RBI=0.0603164;REFB=0;REVB=0.025681;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023337;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:28:35:0:0:30:37:0:0 chr11 17631751 . C T 1050.58 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0630877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.4951;QD=52.5289;RBI=0.0752949;REFB=-0.196121;REVB=0.0411006;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108759;STB=0.5326;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00775305;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:80:80:1:6:74:74:0.925:31:43:1:0:31:43:6:0 chr11 17632651 . C T 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.589;QD=62.6136;RBI=0.0104581;REFB=0;REVB=0.00685243;RO=0;SAF=24;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39644e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72001e-05;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:64:24:0:0:64:24:0:0 chr11 17656686 . C T 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0596003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0121;QD=58.8004;RBI=0.0610939;REFB=-0.139437;REVB=0.0134266;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00276226;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:42:32:1:0:42:32:1:0 chr11 17663444 . C T 163.46 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00524477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.453;QD=7.51542;RBI=0.0172291;REFB=-0.00897955;REVB=-0.0164114;RO=62;SAF=17;SAR=6;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155823;STB=0.586128;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.024593;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:64:23:23:0.264368:6:17:39:23:6:17:41:23 chr11 17663742 . G C 117.09 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=67;FSRR=15;FWDB=-0.0161762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.657;QD=4.54723;RBI=0.0545342;REFB=-0.0133731;REVB=-0.0520798;RO=82;SAF=14;SAR=7;SRF=67;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243169;STB=0.647883;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0739831;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:82:21:21:0.203883:7:14:67:15:7:14:67:15 chr11 17981047 . C T 1102.11 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104315;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.339;QD=60.3894;RBI=0.0184382;REFB=0;REVB=0.0152037;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4271e-05;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr11 18159169 . A G 1516.92 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198772;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.626;QD=59.4872;RBI=0.0230682;REFB=0;REVB=-0.0117062;RO=1;SAF=61;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146893;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:1:0:100:102:1:39:61:1:0:40:62:0:0 chr11 18159254 . A G 1291.57 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0055246;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.073;QD=58.0481;RBI=0.0233821;REFB=-0.00554666;REVB=-0.02272;RO=3;SAF=43;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103784;STB=0.505229;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000696696;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:89:3:3:85:86:0.966292:42:43:2:1:42:44:2:1 chr11 18194944 . T A 802.15 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967596;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.634;QD=57.2964;RBI=0.00968398;REFB=0;REVB=0.000393984;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29446e-05;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 18195051 . T C 940.93 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0590542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.601;QD=57.0263;RBI=0.0711483;REFB=0.0574362;REVB=0.0396822;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.510635;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000369099;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:23:42:0:0:23:42:0:1 chr11 18210580 . C T 789.73 PASS AF=0.909091;AO=57;DP=64;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0808163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8152;QD=47.8626;RBI=0.181325;REFB=-0.224813;REVB=0.162319;RO=3;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448549;STB=0.541653;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0113585;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:66:3:6:57:60:0.909091:30:27:0:3:33:27:0:6 chr11 18231749 . T G 675.98 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2378;QD=60.0871;RBI=0.0675026;REFB=-0.00355504;REVB=0.0600831;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0012961;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:26:16:1:0:27:17:1:0 chr11 18253176 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.187;QD=49.5986;RBI=0.0653102;REFB=0;REVB=-0.0182208;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095299;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 18267027 . C T 1125.11 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026156;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6392;QD=60.8169;RBI=0.036535;REFB=0;REVB=0.0255083;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102786;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:34:40:0:0 chr11 18267463 . A G 52.18 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0663121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1643;QD=3.66186;RBI=0.0861109;REFB=-0.0223439;REVB=-0.0549343;RO=45;SAF=7;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248314;STB=0.670819;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0848489;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:45:48:9:9:0.157895:2:7:27:18:2:7:29:19 chr11 18267471 . A G 239.61 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0293953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.784;QD=18.084;RBI=0.0323772;REFB=-0.00373444;REVB=-0.0135721;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271598;STB=0.639899;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00592556;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:14:12:20:6:14:12:20:7 chr11 18267596 . CT AA,CTGGAAA 70.6 PASS AF=0.111111,0.388889;AO=2,5;DP=11;FAO=2,7;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,3;FSAR=2,4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0540625,-0.0237143;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=2,5;MLLD=130.717,168.859;QD=15.6891;RBI=0.0563121,0.0258642;REFB=-0.0214649,-0.0166681;REVB=-0.0157573,0.0103241;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994575,0.571224;STBP=0.187,0.714;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0223684,0.0386847;OID=.,.;OPOS=18267596,18267598;OREF=CT,-;OALT=AA,GGAAA;OMAPALT=AA,CTGGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:11:18:0:9:2,5:2,7:0.111111,0.388889:2,2:0,3:0:0:2,4:0,3:5:4 chr11 18290880 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5603;QD=37.4875;RBI=0.106027;REFB=0;REVB=-0.0888629;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00466166;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 18327684 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.494;QD=60.2303;RBI=0.0133609;REFB=0;REVB=0.000778139;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78757e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr11 18388128 . G C 436.68 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0421694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.81;QD=32.3467;RBI=0.044843;REFB=-0.0326875;REVB=0.0152524;RO=15;SAF=22;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845263;STB=0.545778;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0121019;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:17:22:6:9:17:22:6:9 chr11 18424451 . C T 698.44 PASS AF=0.716049;AO=58;DP=81;FAO=58;FDP=81;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0117279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.467;QD=34.491;RBI=0.0121688;REFB=-0.016574;REVB=-0.00324595;RO=23;SAF=30;SAR=28;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891463;STB=0.547987;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00512104;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:23:23:58:58:0.716049:28:30:8:15:28:30:8:15 chr11 18424487 . A G 587.56 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00770745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7279;QD=31.7602;RBI=0.00956475;REFB=0.00796144;REVB=0.0056639;RO=23;SAF=24;SAR=27;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965708;STB=0.552147;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00521175;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:23:23:51:51:0.689189:27:24:7:16:27:24:7:16 chr11 18467821 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.421;QD=55.6056;RBI=0.0346459;REFB=0.0359833;REVB=0.00679662;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000476008;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr11 18555901 . C G 49.29 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00365313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.447;QD=2.66454;RBI=0.0054448;REFB=-0.00282777;REVB=-0.00403739;RO=62;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387274;STB=0.763477;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0198599;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:62:64:10:10:0.135135:3:7:23:39:3:7:24:40 chr11 18555949 . T C 58.66 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00063409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.14;QD=3.35195;RBI=0.0139196;REFB=-0.0100004;REVB=0.0139052;RO=59;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298113;STB=0.699657;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0329528;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:4:7:23:36:4:7:23:36 chr11 18633897 . T C 140.25 PASS AF=0.233333;AO=20;DP=91;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0405012;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8951;QD=6.23328;RBI=0.0488831;REFB=-0.00482855;REVB=0.0273717;RO=69;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22168;STB=0.614313;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.018161;OID=.;OPOS=18633897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:69:69:20:21:0.233333:8:12:29:40:9:12:29:40 chr11 18723689 . C T 76.45 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0395897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.441;QD=5.09666;RBI=0.0544266;REFB=-0.0153069;REVB=-0.0373485;RO=44;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748442;STB=0.57132;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0647141;OID=.;OPOS=18723689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:60:60:44:47:13:13:0.216667:6:7:21:23:6:7:21:26 chr11 18724558 . CG CT,TG 729.93 PASS AF=0.0714286,0.892857;AO=3,51;DP=56;FAO=4,50;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2,26;FSAR=2,24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00732071,0.0106474;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=117.986,166.114;QD=52.1378;RBI=0.108629,0.0168407;REFB=-0.128383,-0.000745394;REVB=0.108382,0.0130477;RO=0;SAF=2,26;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.94283e-08;STB=0.66592,0.518511;STBP=0.375,0.244;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000561842,0.0002152;OID=.,.;OPOS=18724559,18724558;OREF=G,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:56:56:0:2:3,51:4,50:0.0714286,0.892857:1,25:2,26:0:0:2,24:2,26:2:0 chr11 18735396 . G T 357.93 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.033;QD=55.0664;RBI=0.0430578;REFB=0;REVB=0.0201097;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156717;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:10:14:0:0:11:15:0:0 chr11 18735947 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.823;QD=60.9737;RBI=0.0427173;REFB=0;REVB=0.0283747;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379327;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr11 18737095 . C T 1104.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508535;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.975;QD=60.5284;RBI=0.054826;REFB=0;REVB=0.0204893;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240158;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr11 18738281 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.72;QD=61.6831;RBI=0.0124058;REFB=0;REVB=-8.50161e-05;RO=0;SAF=34;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60397e-05;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:7:34:0:0:7:34:0:0 chr11 18743091 . G A 1213.18 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.931;QD=59.9099;RBI=0.108752;REFB=-0.0859778;REVB=0.100437;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116883;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000765468;OID=.;OPOS=18743091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:40:39:0:1:41:39:0:1 chr11 18955744 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4375;QD=42.1824;RBI=0.0526358;REFB=0;REVB=0.0194577;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020005;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 19167850 . A G 1590.61 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3747;QD=58.9114;RBI=0.0291909;REFB=-0.0153492;REVB=0.0208024;RO=1;SAF=43;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109089;STB=0.505617;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000171514;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:63:43:1:0:63:44:1:0 chr11 19245854 . T C 84.01 PASS AF=0.147826;AO=16;DP=114;FAO=17;FDP=115;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=63;FWDB=-0.00799159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.415;QD=2.92226;RBI=0.0411897;REFB=0.00131484;REVB=-0.040407;RO=98;SAF=5;SAR=11;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624256;STB=0.503906;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00919209;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:114:115:98:98:16:17:0.147826:11:5:35:63:11:6:35:63 chr11 19263374 . T C 35.94 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=113;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=47;FWDB=-3.23648e-05;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=135.442;QD=1.08896;RBI=0.0223991;REFB=-0.00101945;REVB=-0.0223991;RO=100;SAF=1;SAR=9;SRF=68;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603537;STB=0.858715;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0219839;OID=.;OPOS=19263374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:113:132:100:121:10:11:0.0833333:9:1:68:32:9:2:74:47 chr11 19612775 . C T 850.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8883;QD=57.6728;RBI=0.0177162;REFB=0;REVB=0.0156743;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150197;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr11 19735987 . A G 431.71 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00471053;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.488;QD=19.8486;RBI=0.011162;REFB=-0.021465;REVB=0.0101194;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175749;STB=0.585024;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00762066;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:43:43:44:0.505747:24:19:28:16:24:20:27:16 chr11 19854088 . G A 877.62 PASS AF=0.634921;AO=78;DP=124;FAO=80;FDP=126;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0199131;FXX=0.0156238;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9677;QD=27.8611;RBI=0.0238084;REFB=-0.0341535;REVB=-0.0130503;RO=46;SAF=37;SAR=41;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042241;STB=0.52723;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.021132;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:46:46:78:80:0.634921:41:37:19:27:41:39:19:27 chr11 19955500 . A G 1478.05 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000199008;FXX=0.0194156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.118;QD=58.5366;RBI=0.00519794;REFB=-0.159579;REVB=0.00519413;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000205465;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:0:1:54:46:0:1 chr11 19955559 . G A 225.15 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0159014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.31;QD=9.00582;RBI=0.0159299;REFB=-0.011326;REVB=0.000952467;RO=71;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118817;STB=0.569967;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.027374;OID=.;OPOS=19955559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:71:71:29:29:0.29:16:13:25:46:16:13:25:46 chr11 19970558 . T C 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.846;QD=63.8593;RBI=0.0200478;REFB=0;REVB=-0.0198805;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50158e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr11 19970579 . C G,T 1013.32 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=7,61;DP=68;FAO=8,64;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=8,40;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307531,-0.00520771;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.0835,99.7307;QD=56.2954;RBI=0.0970733,0.0246746;REFB=0,0;REVB=-0.0970246,-0.0241188;RO=0;SAF=7,38;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.130701,-0.000290023;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:68:72:0:0:7,61:8,64:0.111111,0.888889:0,23:7,38:0:0:0,24:8,40:0:0 chr11 20044696 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0185465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.908;QD=22.5856;RBI=0.0190201;REFB=0.0025282;REVB=0.00421804;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202199;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0026359;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:11:11:0.647059:3:8:2:3:3:8:2:4 chr11 20067064 . C T 879.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153459;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.372;QD=58.6237;RBI=0.0533981;REFB=0;REVB=0.0511455;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125061;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr11 20089792 . G C 155.32 PASS AF=0.208;AO=26;DP=124;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=0.0150547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5996;QD=4.97013;RBI=0.0167294;REFB=-0.00371315;REVB=-0.00729597;RO=98;SAF=10;SAR=16;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258291;STB=0.656095;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0190695;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:98:99:26:26:0.208:16:10:58:40:16:10:58:41 chr11 20089944 . T C 79.9 PASS AF=0.206349;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0550601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.375;QD=5.07311;RBI=0.0553082;REFB=-0.00337364;REVB=0.00523222;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407192;STB=0.561308;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0104694;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:61:63:49:50:12:13:0.206349:7:5:22:27:8:5:23:27 chr11 20099112 . A T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.566;QD=58.7802;RBI=0.0228291;REFB=0;REVB=-0.0194486;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34947e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 20099541 . C T 288.49 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7993;QD=52.4535;RBI=0.0521982;REFB=0;REVB=-0.00270077;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101428;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 20101704 . C T 1540.55 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.044;QD=59.827;RBI=0.0512997;REFB=0;REVB=0.0450698;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16886e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr11 20101744 . C A,G 1219.11 PASS AF=0.950617,0.0493827;AO=77,4;DP=81;FAO=77,4;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309478,-0.0362377;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0148,145.126;QD=60.203;RBI=0.0496554,0.0383858;REFB=0,0;REVB=-0.0388316,-0.0126608;RO=0;SAF=37,2;SAR=40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00119691,0.117522;OID=.,.;OPOS=20101744,20101744;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:81:81:0:0:77,4:77,4:0.950617,0.0493827:40,2:37,2:0:0:40,2:37,2:0:0 chr11 20104669 . G A 562.03 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0454509;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.977;QD=31.6635;RBI=0.046571;REFB=-0.0232073;REVB=-0.0101526;RO=22;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462898;STB=0.525033;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0174137;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:22:22:49:49:0.690141:24:25:13:9:24:25:13:9 chr11 20112417 . A C 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0125486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.805;QD=8.86106;RBI=0.0206044;REFB=-0.0197319;REVB=0.0163424;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38439;STB=0.726985;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0308547;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:26:7:7:6:26:7 chr11 20112492 . G A 463.13 PASS AF=0.78;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0167598;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.27;QD=37.0506;RBI=0.0232876;REFB=-0.0187467;REVB=0.0161685;RO=11;SAF=27;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264665;STB=0.514278;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.006204;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:50:11:11:39:39:0.78:12:27:7:4:12:27:7:4 chr11 20117232 . T C 1394.69 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00060009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.771;QD=62.6827;RBI=0.0370769;REFB=0;REVB=0.037072;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19357e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:39:50:0:0 chr11 20124914 . A C 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.374;QD=60.3721;RBI=0.0147667;REFB=0;REVB=-0.0143425;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.661e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr11 20404613 . T G 182.62 PASS AF=0.328767;AO=22;DP=70;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0176112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.457;QD=10.0065;RBI=0.0180009;REFB=-0.0108951;REVB=-0.00372516;RO=47;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124759;STB=0.582453;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0210597;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:47:49:22:24:0.328767:8:14:25:22:8:16:27:22 chr11 20429454 . T C 132.34 PASS AF=0.21875;AO=17;DP=93;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00692583;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.129;QD=5.51395;RBI=0.0113547;REFB=-0.00402098;REVB=0.00899795;RO=76;SAF=12;SAR=5;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324828;STB=0.601674;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0226196;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:76:75:17:21:0.21875:5:12:34:42:9:12:33:42 chr11 20486063 . C G 429.5 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00514976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5959;QD=28.164;RBI=0.00517815;REFB=-0.0369325;REVB=0.000541444;RO=21;SAF=13;SAR=27;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135432;STB=0.573921;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0170481;OID=.;OPOS=20486063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:27:13:11:10:27:13:11:10 chr11 20515448 . CT TC 48.37 PASS AF=0.0891089;AO=5;DP=97;FAO=9;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0383933;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.4957;QD=1.91572;RBI=0.0837946;REFB=-0.0444029;REVB=0.0744815;RO=80;SAF=1;SAR=4;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375632;STB=0.906386;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0469682;OID=.;OPOS=20515448;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:97:101:80:91:5:9:0.0891089:4:1:48:32:8:1:54:37 chr11 20515454 . TTA T,TT,TTT 278.44 PASS AF=0.233333,0.433333,0;AO=18,31,27;DP=110;FAO=21,39,0;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=9,22,0;FSAR=12,17,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.112369,0.0379492,-0.0729758;FXX=0.0425487;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=12.8186,8.08902,7.26426;QD=12.3753;RBI=0.19984,0.0819526,0.112675;REFB=-0.00110112,-0.15452,-0.162303;REVB=-0.165255,-0.0726367,0.0858492;RO=28;SAF=8,20,5;SAR=10,11,22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0.491525,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0957581,0.0985279,-0.379113;STB=0.542332,0.528118,0.5;STBP=0.63,0.595,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0295403,0.170504,0;OID=.,.,.;OPOS=20515455,20515456,20515456;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.233333,0.433333,0:18,31,27:110:21,39,0:90:30:9,22,0:12,17,0:15:15:84:28:8,20,5:10,11,22:15:13 chr11 20529886 . G A 1186.99 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143163;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.862;QD=60.8713;RBI=0.0327337;REFB=0;REVB=-0.029437;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165835;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:39:39:0:0 chr11 20622899 . A AG,G 78.8 PASS AF=0.55,0;AO=6,3;DP=22;FAO=11,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0120654,-0.0302482;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.9735,216.471;QD=15.7602;RBI=0.118334,0.0306267;REFB=-0.0716933,-0.00939971;REVB=0.117717,0.0048003;RO=12;SAF=0,0;SAR=6,3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725845,-0.613239;STB=0.810104,0.5;STBP=0.022,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0756157,0;OID=.,.;OPOS=20622900,20622899;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:20:12:9:6,3:11,0:0.55,0:6,3:0,0:5:7:10,0:1,0:5:4 chr11 20623023 . C T 583.02 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0333455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.067;QD=49.6184;RBI=0.0604882;REFB=-0.012257;REVB=0.0504669;RO=6;SAF=26;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837139;STB=0.504482;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00144717;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:15:26:4:2:15:26:4:2 chr11 20623042 . T C 494.82 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0270642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.271;QD=38.8095;RBI=0.0281926;REFB=-0.0461182;REVB=-0.00789606;RO=10;SAF=29;SAR=12;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321549;STB=0.501729;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0123076;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:10:10:41:41:0.803922:12:29:7:3:12:29:7:3 chr11 20623156 . C G 769.87 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9938;QD=57.0273;RBI=0.187169;REFB=0;REVB=0.186064;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024372;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:25:22:0:0:31:23:0:0 chr11 20629164 . G A 419.49 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0875464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.326;QD=22.9858;RBI=0.0883394;REFB=0.00942205;REVB=-0.01181;RO=31;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221833;STB=0.519029;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0123259;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:20:21:15:16:20:21:15:17 chr11 20639400 . A G 1342.02 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9565;QD=61.7023;RBI=0.0152287;REFB=0;REVB=-0.0122431;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298027;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:48:37:0:0:48:39:0:0 chr11 20648364 . G C 71.87 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00225628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6454;QD=4.63673;RBI=0.00622675;REFB=-0.00799881;REVB=0.00580358;RO=50;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162955;STB=0.606559;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0131174;OID=.;OPOS=20648364;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:8:4:23:27:8:4:23:27 chr11 20648380 . G A 48.73 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0304943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5698;QD=3.89808;RBI=0.053031;REFB=0.00625358;REVB=0.0433865;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288261;STB=0.701599;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.029343;OID=.;OPOS=20648380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:6:2:20:22:6:2:20:22 chr11 20673867 . G A 1201.65 PASS AF=0.69281;AO=100;DP=147;FAO=106;FDP=153;FR=.;FRO=47;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0402698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.51;QD=31.4157;RBI=0.0405611;REFB=-0.0234786;REVB=0.00485265;RO=43;SAF=60;SAR=40;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376872;STB=0.516126;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0126945;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:153:43:47:100:106:0.69281:40:60:23:20:42:64:26:21 chr11 20805286 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00883772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.163;QD=57.393;RBI=0.0336732;REFB=0.0511736;REVB=-0.0324928;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00248249;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:0:1:15:22:0:1 chr11 21305927 . T C 1044.78 PASS AF=0.719008;AO=87;DP=121;FAO=87;FDP=121;FR=.;FRO=34;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00688461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.181;QD=34.5383;RBI=0.00885268;REFB=-0.0172063;REVB=0.00556525;RO=33;SAF=47;SAR=40;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440726;STB=0.527882;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00783483;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:33:34:87:87:0.719008:40:47:15:18:40:47:15:19 chr11 21581805 . C T 1365.62 PASS AF=1;AO=65;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1193;QD=53.5538;RBI=0.0892;REFB=-0.0708279;REVB=0.0599688;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652119;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:102:0:0:65:102:1:34:31:0:0:53:49:0:0 chr11 22225330 . CTCTT C 151.43 PASS AF=0.235849;AO=16;DP=106;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00556995;FXX=0.0535666;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.707;QD=5.71449;RBI=0.00737206;REFB=-0.00591045;REVB=0.00482939;RO=61;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267932;STB=0.623975;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.0211257;OID=.;OPOS=22225331;OREF=TCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235849:16:106:25:106:81:14:11:32:49:99:61:11:5:29:32 chr11 22646571 . T C 338.13 PASS AF=0.286585;AO=47;DP=165;FAO=47;FDP=164;FR=.;FRO=117;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0119491;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.641;QD=8.24706;RBI=0.0178883;REFB=-0.00647272;REVB=0.0133119;RO=109;SAF=17;SAR=30;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533167;STB=0.543042;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.01815;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:109:117:47:47:0.286585:30:17:44:65:30:17:49:68 chr11 22647008 . G T 141.14 PASS AF=0.241379;AO=20;DP=86;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0290357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.6473;QD=6.48925;RBI=0.0313101;REFB=-0.00471572;REVB=0.0117153;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651511;STB=0.540945;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0405295;OID=.;OPOS=22647008;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:66:20:21:0.241379:10:10:25:31:10:11:31:35 chr11 22696451 . A G 934.83 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000422549;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.614;QD=58.4266;RBI=0.126748;REFB=0;REVB=0.126747;RO=0;SAF=52;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242643;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:60:64:1:8:52:0:0:11:53:0:0 chr11 22709973 . C A 2058.86 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0313931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1927;QD=60.1127;RBI=0.0432161;REFB=0.00656801;REVB=-0.0297002;RO=3;SAF=59;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186312;STB=0.509802;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000592196;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:134:134:0.978102:75:59:0:3:75:59:0:3 chr11 22834189 . C T 593.37 PASS AF=0.708333;AO=51;DP=72;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00275962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4932;QD=32.9648;RBI=0.0296749;REFB=0.00221969;REVB=-0.0295463;RO=21;SAF=25;SAR=26;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952228;STB=0.551367;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00353245;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:21:21:51:51:0.708333:26:25:14:7:26:25:14:7 chr11 22881002 . C T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.244;QD=64.1526;RBI=0.0161235;REFB=0;REVB=0.0122606;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80133e-05;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr11 24784862 . A T 1651.61 PASS AF=0.775148;AO=129;DP=167;FAO=131;FDP=169;FR=.;FRO=38;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0371854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.151;QD=39.0912;RBI=0.0406649;REFB=-0.0354773;REVB=0.0164584;RO=36;SAF=59;SAR=70;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744492;STB=0.531401;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0106064;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:36:38:129:131:0.775148:70:59:23:13:70:61:23:15 chr11 25098938 . G C 1074.19 PASS AF=0.644737;AO=83;DP=143;FAO=98;FDP=152;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0723417;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0321;QD=28.2681;RBI=0.077822;REFB=-0.0326083;REVB=-0.028687;RO=53;SAF=23;SAR=60;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145919;STB=0.524967;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00976057;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:152:53:54:83:98:0.644737:60:23:24:29:61:37:24:30 chr11 26481611 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.247;QD=51.9167;RBI=0.0191282;REFB=0;REVB=-0.0168038;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51061e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr11 26568966 . A G 2162.56 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491294;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8206;QD=63.1404;RBI=0.00521192;REFB=0;REVB=-0.00173988;RO=0;SAF=36;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217107;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:101:36:0:0:101:36:0:0 chr11 26586801 . G A 762.5 PASS AF=0.677419;AO=63;DP=93;FAO=63;FDP=93;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.00627025;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.458;QD=32.7955;RBI=0.014353;REFB=-0.0204463;REVB=0.0129109;RO=30;SAF=26;SAR=37;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156712;STB=0.584244;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0128093;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:30:30:63:63:0.677419:37:26:5:25:37:26:5:25 chr11 26587133 . T C 1396.62 PASS AF=0.709091;AO=114;DP=166;FAO=117;FDP=165;FR=.;FRO=48;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0605159;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.432;QD=33.8574;RBI=0.0641334;REFB=-0.0297309;REVB=0.021235;RO=47;SAF=63;SAR=51;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12686;STB=0.567938;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0118057;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:47:48:114:117:0.709091:51:63:15:32:53:64:15:33 chr11 26621117 . A C 325.42 PASS AF=0.236111;AO=51;DP=216;FAO=51;FDP=216;FR=.;FRO=165;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=93;FSRR=72;FWDB=-0.018458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.797;QD=6.02633;RBI=0.0236047;REFB=-0.00875633;REVB=-0.0147134;RO=165;SAF=23;SAR=28;SRF=93;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141692;STB=0.585403;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0323077;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:165:165:51:51:0.236111:28:23:93:72:28:23:93:72 chr11 26692733 . T C 68.79 PASS AF=0.130435;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=115;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0116817;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5762;QD=2.39286;RBI=0.0207667;REFB=0.00831158;REVB=0.0171695;RO=101;SAF=7;SAR=8;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474239;STB=0.537609;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0551198;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:115:101:100:15:15:0.130435:8:7:51:50:8:7:51:49 chr11 26692742 . G A 75.02 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00450672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.354;QD=2.8309;RBI=0.0183857;REFB=-0.000275174;REVB=-0.0178248;RO=91;SAF=7;SAR=8;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210816;STB=0.514483;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00151554;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:91:91:15:15:0.141509:8:7:44:47:8:7:44:47 chr11 26702664 . C T 1513.34 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9719;QD=59.9344;RBI=0.0339649;REFB=0;REVB=-0.032585;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024275;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr11 26732923 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.216;QD=61.6817;RBI=0.0620531;REFB=0;REVB=0.0270351;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487958;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr11 26734209 . C T 1261.3 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.572;QD=61.5268;RBI=0.0276954;REFB=0;REVB=0.00623848;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04567e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr11 27018019 . G A 374.14 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0101209;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.811;QD=25.8026;RBI=0.0620549;REFB=-0.0201314;REVB=-0.061224;RO=22;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685549;STB=0.53758;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0165348;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:22:22:36:36:0.62069:13:23:12:10:13:23:12:10 chr11 27077118 . C T 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.191;QD=60.3745;RBI=0.00718741;REFB=0;REVB=0.00699629;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62732e-06;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr11 27388910 . T C 1788.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315815;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.654;QD=61.1574;RBI=0.0325371;REFB=0;REVB=0.0323835;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86195e-05;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:51:66:0:0:51:66:0:0 chr11 27390089 . T C 1306.67 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024821;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.774;QD=61.4903;RBI=0.0629804;REFB=0;REVB=-0.0578831;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500124;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:37:47:0:0:38:47:0:0 chr11 27517670 . T C 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.899;QD=50.407;RBI=0.030906;REFB=0;REVB=0.0220507;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380357;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr11 27679010 . GTT GTG,G,GT,TGT 525.4 PASS AF=0.0681818,0,0.931818,0;AO=5,16,32,10;DP=92;FAO=6,0,82,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,39,0;FSAR=6,0,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0838227,-0.257047,-0.502369,-0.557076;FXX=0.063823;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=177.414,8.70401,7.50113,14.2102;QD=23.8817;RBI=0.0846206,0.259725,0.508,0.557289;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0115926,0.0371977,0.0754262,-0.0153945;RO=7;SAF=0,7,7,10;SAR=5,9,25,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.254358,0.11437,0.848352;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0191149,-0.0533853,-0.0243218,-0.182511;OID=.,.,.,.;OPOS=27679012,27679011,27679011,27679010;OREF=T,TT,T,GT;OALT=G,-,-,TG;OMAPALT=GTG,G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:19:92:88:7:0:5,16,32,10:6,0,82,0:0.0681818,0,0.931818,0:5,9,25,0:0,7,7,10:0:7:6,0,43,0:0,0,39,0:0:0 chr11 27679662 . T C 1026.71 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.388;QD=59.5195;RBI=0.0671008;REFB=0;REVB=0.0414812;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148373;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr11 27679916 . C T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.084;QD=63.0516;RBI=0.0265279;REFB=0;REVB=-0.0132815;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70862e-05;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr11 28057820 . C T 1387.85 PASS AF=0.741935;AO=113;DP=153;FAO=115;FDP=155;FR=.;FRO=40;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0126071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9239;QD=35.8155;RBI=0.0266847;REFB=-0.0203137;REVB=-0.0235188;RO=39;SAF=49;SAR=64;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038499;STB=0.519385;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00589425;OID=.;OPOS=28057820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:39:40:113:115:0.741935:64:49:20:19:66:49:20:20 chr11 28080584 . CTTTTTT CTTTT,CTTTTT,CTTTTTC 341.07 PASS AF=0,0.904762,0.0952381;AO=8,22,4;DP=63;FAO=0,57,6;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,6;FSAR=0,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887828,-0.175356,0.0250427;FXX=0.0156226;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=9.05474,7.17613,22.5482;QD=21.6555;RBI=0.312017,0.616647,0.297558;REFB=-0.00550213,-0.00369413,-0.00432379;REVB=0.299119,0.591189,0.296502;RO=25;SAF=8,7,4;SAR=0,15,0;SRF=5;SRR=20;SSEN=0.417163,0.417163,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.81641,0.136153,0.754585;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0762806,0.0292108,-0.0969238;OID=.,.,.;OPOS=28080585,28080585,28080590;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTT,CTTTTT,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.904762,0.0952381:8,22,4:63:0,57,6:63:0:0,21,6:0,36,0:0:0:23:25:8,7,4:0,15,0:5:20 chr11 28134974 . C A 867.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.417;QD=57.8248;RBI=0.0165219;REFB=0;REVB=0.00406409;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02234e-05;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:54:60:1:23:31:0:0:28:32:0:0 chr11 30255185 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.317;QD=60.2039;RBI=0.0266595;REFB=0;REVB=0.0177525;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45964e-05;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr11 30410509 . G A 32.96 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=-0.0139642;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.9905;QD=2.80501;RBI=0.0313363;REFB=0.00176941;REVB=-0.0280529;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478889;STB=0.848594;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0163284;OID=.;OPOS=30410509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:24:40:7:7:0.148936:4:3:20:4:4:3:35:5 chr11 30432220 . A T 1566.39 PASS AF=0.492212;AO=158;DP=321;FAO=158;FDP=321;FR=.;FRO=163;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=86;FSRR=77;FWDB=-0.0960219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3535;QD=19.5189;RBI=0.104902;REFB=-0.00260753;REVB=0.0422395;RO=159;SAF=77;SAR=81;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374638;STB=0.520436;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0029944;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:159:163:158:158:0.492212:81:77:84:75:81:77:86:77 chr11 30965855 . A T 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00161647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.484;QD=21.4479;RBI=0.0123302;REFB=0.000718874;REVB=-0.0122238;RO=36;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118612;STB=0.565578;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000696483;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:16:25:17:19:16:25:17:19 chr11 31327316 . C T 659.59 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0351523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9119;QD=20.1401;RBI=0.0546726;REFB=-0.0247535;REVB=0.0418738;RO=64;SAF=24;SAR=42;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140283;STB=0.581637;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0408672;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:64:65:66:66:0.503817:42:24:33:31:42:24:34:31 chr11 31458730 . T G 470.37 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268697;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9682;QD=58.7967;RBI=0.0285743;REFB=0;REVB=0.00972154;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111034;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr11 31838128 . G A 179.18 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0289158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.527;QD=13.2728;RBI=0.0303612;REFB=-0.0272758;REVB=0.00925638;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998132;STB=0.557635;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0362085;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:20:20:0.37037:10:10:13:19:10:10:13:19 chr11 32124579 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000374058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.313;QD=21.43;RBI=0.00367914;REFB=-0.00976786;REVB=-0.00366007;RO=29;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205823;STB=0.61415;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00600313;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:11:24:13:16:11:24:13:16 chr11 32124978 . T C 187.78 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00491123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.513;QD=10.8857;RBI=0.0226378;REFB=0.00447688;REVB=-0.0220986;RO=44;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484793;STB=0.533306;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0106581;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:16:8:13:31:16:8:13:32 chr11 32125961 . C T 120.29 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00112979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.156;QD=6.77667;RBI=0.0199761;REFB=-0.00547361;REVB=0.0199441;RO=53;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214489;STB=0.630864;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00966557;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:7:11:23:30:7:11:23:30 chr11 32417945 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7896;QD=63.5797;RBI=0.0325688;REFB=0;REVB=-0.0301634;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439427;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr11 32449661 . G A 945.67 PASS AF=0.907895;AO=67;DP=74;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=58;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0511956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8367;QD=49.7723;RBI=0.113462;REFB=-0.034531;REVB=0.101256;RO=6;SAF=56;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000701424;STB=0.521072;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0133309;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:74:76:6:7:67:69:0.907895:11:56:5:1:11:58:5:2 chr11 32722320 . A T 1470.87 PASS AF=0.819355;AO=95;DP=139;FAO=127;FDP=155;FR=.;FRO=28;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0753632;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.7662;QD=37.9579;RBI=0.098045;REFB=-0.0783381;REVB=0.0627152;RO=11;SAF=58;SAR=37;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241945;STB=0.519555;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00900213;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:155:11:28:95:127:0.819355:37:58:8:3:59:68:18:10 chr11 32874926 . G A 398.92 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0283807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.67;QD=26.5945;RBI=0.0332052;REFB=-0.00810721;REVB=0.0172372;RO=22;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212014;STB=0.615868;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00525797;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:24:14:15:7:24:14:15:7 chr11 32954344 . G A 819.9 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0503223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.116;QD=55.5861;RBI=0.0508454;REFB=-0.107791;REVB=-0.0072745;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00123072;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr11 32956244 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4006;QD=62.346;RBI=0.0285108;REFB=0;REVB=0.0259859;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407282;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr11 32956620 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.797;QD=59.3181;RBI=0.02103;REFB=0;REVB=0.0196828;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63193e-05;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr11 33076191 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.333;QD=57.6798;RBI=0.0265352;REFB=0;REVB=0.0244664;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244189;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 33564123 . T C 205.82 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0128429;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.266;QD=21.6647;RBI=0.0131622;REFB=-0.0107288;REVB=0.00288151;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110265;STB=0.561738;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00742121;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:13:5:8:12:13:5 chr11 33564167 . A G 288.8 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0039227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.964;QD=26.2548;RBI=0.00979694;REFB=0.00443256;REVB=-0.00897733;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962503;STB=0.538015;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00499724;OID=.;OPOS=33564167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:11:15:12:5:11:15:12:6 chr11 33604885 . C T 291.66 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00743693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.423;QD=19.4439;RBI=0.0114117;REFB=-0.0015725;REVB=0.00865551;RO=27;SAF=22;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208418;STB=0.635747;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00192261;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:29:31:31:0.516667:9:22:13:14:9:22:13:16 chr11 33604960 . C T 318.35 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0710101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.216;QD=18.1911;RBI=0.0760672;REFB=-0.0149006;REVB=0.0272726;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854893;STB=0.547798;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0198597;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:19:17:13:21:19:17 chr11 33631423 . G A 217.55 PASS AF=0.341772;AO=24;DP=76;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=0.00715388;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.676;QD=11.0153;RBI=0.0102257;REFB=-0.0114492;REVB=0.00730665;RO=51;SAF=19;SAR=5;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609452;STB=0.836932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.029568;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:51:52:24:27:0.341772:5:19:11:40:6:21:11:41 chr11 33640104 . A C 740.25 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339097;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.934;QD=56.9419;RBI=0.0391991;REFB=0;REVB=0.0196648;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279659;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr11 33667333 . A G 319.85 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0130295;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1584;QD=20.9738;RBI=0.0176734;REFB=-0.0182138;REVB=-0.0119407;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302652;STB=0.502031;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00842432;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:28:33:33:0.540984:19:14:12:14:19:14:12:16 chr11 33680371 . C T 401.2 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0611649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.017;QD=16.3754;RBI=0.0623714;REFB=-0.0107555;REVB=-0.0122085;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110449;STB=0.566007;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0171543;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:56:42:42:0.428571:23:19:19:36:23:19:19:37 chr11 33881016 . T C 96.12 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.107674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.327;QD=10.68;RBI=0.108148;REFB=-0.015782;REVB=-0.0101166;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168692;STB=0.58673;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0267479;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:36:23:23:11:13:0.361111:8:3:6:17:8:5:6:17 chr11 33886294 . A G 129.14 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0113841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.117;QD=7.07616;RBI=0.0116889;REFB=0.00128099;REVB=0.00265214;RO=54;SAF=13;SAR=6;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292676;STB=0.678072;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00442661;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:6:13:24:30:6:13:24:30 chr11 33903328 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00717138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.706;QD=9.44368;RBI=0.00832387;REFB=0.0156731;REVB=-0.00422587;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195996;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0636686;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:3:7:5:1:3:7 chr11 34093349 . AT A,TA 1123.34 PASS AF=0.991304,0.00869565;AO=89,5;DP=118;FAO=114,1;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50,1;FSAR=64,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129878,-0.0937587;FXX=0.0254216;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=12.913,10.7341;QD=39.0728;RBI=0.237711,0.124329;REFB=0,0;REVB=0.199093,0.0816524;RO=5;SAF=40,1;SAR=49,4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.368421,0;SSSB=0.0459387,0.331615;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00190126,0.00963174;OID=.,.;OPOS=34093350,34093349;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:115:5:0:89,5:114,1:0.991304,0.00869565:49,4:40,1:0:5:64,0:50,1:0:0 chr11 34122369 . G T 2221.01 PASS AF=0.972789;AO=142;DP=147;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-3.56417e-05;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.038;QD=60.4358;RBI=0.0133089;REFB=0.0012111;REVB=-0.0133088;RO=3;SAF=80;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041307;STB=0.505091;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-5.76758e-05;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:147:147:3:4:142:143:0.972789:62:80:2:1:62:81:3:1 chr11 34152939 . T C 1450.59 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126839;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.927;QD=58.6096;RBI=0.070482;REFB=-0.0949043;REVB=0.0693313;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104236;STB=0.505493;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000271258;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:1:1:98:98:0.989899:53:45:1:0:53:45:1:0 chr11 34154641 . C T 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3881;QD=55.0878;RBI=0.0259643;REFB=0;REVB=-0.0143669;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17934e-05;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr11 34378381 . G C 792.51 PASS AF=0.430769;AO=84;DP=196;FAO=84;FDP=195;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.00569079;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2336;QD=16.2566;RBI=0.00698512;REFB=-0.0177286;REVB=0.00405053;RO=109;SAF=45;SAR=39;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114881;STB=0.568704;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0351251;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:109:111:84:84:0.430769:39:45:46:63:39:45:46:65 chr11 34482908 . C T 1193.53 PASS AF=0.988095;AO=78;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.8;QD=56.8346;RBI=0.126952;REFB=-0.146523;REVB=0.0155911;RO=2;SAF=37;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248962;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0027783;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:2:1:78:83:0.988095:41:37:2:0:42:41:0:1 chr11 34501596 . A G 1103.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496153;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.05;QD=60.4555;RBI=0.0561599;REFB=0;REVB=0.0263108;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278646;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr11 34643955 . G A 905.69 PASS AF=0.556962;AO=87;DP=157;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0277509;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.884;QD=22.9287;RBI=0.0283978;REFB=-0.022015;REVB=0.00602669;RO=66;SAF=37;SAR=50;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119498;STB=0.554657;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0181915;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:66:70:87:88:0.556962:50:37:38:28:51:37:38:32 chr11 34668143 . C T 565.85 PASS AF=0.445255;AO=58;DP=134;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0280429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.478;QD=16.521;RBI=0.0280509;REFB=-0.023376;REVB=-0.000669678;RO=76;SAF=31;SAR=27;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725849;STB=0.527078;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0299477;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:76:76:58:61:0.445255:27:31:46:30:27:34:46:30 chr11 34680400 . T A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0292147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2915;QD=10.4289;RBI=0.0612014;REFB=0.0127598;REVB=-0.0537784;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281788;STB=0.654519;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0226142;OID=.;OPOS=34680400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:30:14:14:0.318182:3:11:16:12:3:11:18:12 chr11 34680634 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.905;QD=58.7816;RBI=0.0154366;REFB=0;REVB=-0.0024239;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16883e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr11 34680853 . G T 881.72 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00598998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.842;QD=55.9824;RBI=0.0242189;REFB=-0.169571;REVB=0.0234665;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000606647;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:0:1:59:62:0.984127:36:23:0:0:39:23:0:1 chr11 34909926 . T G 1604.36 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.636;QD=64.1744;RBI=0.0314067;REFB=0;REVB=0.0293558;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13613e-05;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr11 34910397 . C T 1664.45 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386141;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.783;QD=60.5255;RBI=0.0516337;REFB=0;REVB=0.0342782;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011104;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr11 34918375 . A G 1421.2 PASS AF=1;AO=90;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176645;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.819;QD=61.7911;RBI=0.0179173;REFB=-0.083584;REVB=0.00299908;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240045;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:92:0:0:90:92:1:44:46:0:0:45:47:0:0 chr11 34937813 . G A 1358.04 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.485;QD=62.4386;RBI=0.0306176;REFB=0;REVB=-0.00153272;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75039e-05;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr11 34937931 . G A 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.4;QD=52.7687;RBI=0.0281987;REFB=-0.0364168;REVB=0.0218816;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198141;STB=0.510631;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00121071;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:23:5:0:1:23:5:0:1 chr11 34938265 . C T 1914.71 PASS AF=0.955556;AO=128;DP=135;FAO=129;FDP=135;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00621261;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.291;QD=56.732;RBI=0.0240552;REFB=-0.189317;REVB=0.0232391;RO=3;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205005;STB=0.508989;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.000658207;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:135:135:3:6:128:129:0.955556:68:60:0:3:69:60:4:2 chr11 34963416 . T C 1546.3 PASS AF=0.990826;AO=85;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117778;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.178;QD=56.7451;RBI=0.0308055;REFB=-0.125359;REVB=0.0284651;RO=1;SAF=30;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155275;STB=0.50495;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000161051;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:85:108:0.990826:55:30:1:0:58:50:1:0 chr11 34991727 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0975;QD=57.5432;RBI=0.00530648;REFB=0;REVB=0.00515067;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37767e-05;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr11 34999745 . C A,G 748.04 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=2,51;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190849,0.0177524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.5333,87.195;QD=56.4558;RBI=0.0283709,0.0205486;REFB=0,0;REVB=-0.0283066,0.0103488;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0398306,-0.00114504;OID=.,.;OPOS=34999745,34999745;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:53:53:0:0:2,51:1,52:0.0188679,0.981132:1,26:1,25:0:0:0,27:1,25:0:0 chr11 35017205 . G T 1438.58 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100896;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.471;QD=63.2341;RBI=0.0227963;REFB=0;REVB=-0.0204419;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91342e-05;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr11 35017363 . C A 328.49 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.21;QD=52.5585;RBI=0.0286784;REFB=0;REVB=0.0232123;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23411e-05;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr11 35226155 . A G 1274.74 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0349482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.955;QD=59.2902;RBI=0.0395001;REFB=-0.00524349;REVB=0.0184087;RO=2;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026295;STB=0.513886;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000296873;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:35:49:0:2:35:49:0:2 chr11 35229673 . T C 1142.24 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102193;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.962;QD=60.9195;RBI=0.0243447;REFB=0;REVB=0.0220959;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43821e-05;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr11 35274829 . A G 1809.0 PASS AF=0.560403;AO=164;DP=297;FAO=167;FDP=298;FR=.;FRO=131;FSAF=69;FSAR=98;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.0225221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5392;QD=24.2818;RBI=0.0521227;REFB=-0.0277818;REVB=0.0470056;RO=130;SAF=69;SAR=95;SRF=60;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338601;STB=0.52018;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0449448;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:130:131:164:167:0.560403:95:69:60:70:98:69:60:71 chr11 35463120 . A G 682.87 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.00350918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.23;QD=14.4523;RBI=0.0105095;REFB=-0.0133945;REVB=0.00990635;RO=113;SAF=41;SAR=35;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185434;STB=0.510418;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0197823;OID=.;OPOS=35463120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:113:113:76:76:0.402116:35:41:59:54:35:41:59:54 chr11 36103228 . A G 1287.33 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.813;QD=60.5805;RBI=0.0317686;REFB=0.0420315;REVB=-0.0288819;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108888;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-7.69235e-05;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:41:43:1:0:41:43:1:0 chr11 36293048 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.528;QD=51.9167;RBI=0.0440833;REFB=0;REVB=0.0437183;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168681;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 36422792 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.104;QD=52.6132;RBI=0.0183275;REFB=0;REVB=0.0176384;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59391e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 36440836 . A G 347.85 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0724712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.669;QD=28.9874;RBI=0.0771324;REFB=-0.0178348;REVB=-0.0264073;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459782;STB=0.525264;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00967309;OID=.;OPOS=36440836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:17:13:9:9:17:13:9:9 chr11 36472800 . A G 1086.19 PASS AF=0.657143;AO=92;DP=140;FAO=92;FDP=140;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.040664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7861;QD=31.0341;RBI=0.0514819;REFB=-0.0100598;REVB=-0.0315725;RO=47;SAF=45;SAR=47;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533763;STB=0.53204;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00552991;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:47:48:92:92:0.657143:47:45:19:28:47:45:19:29 chr11 36484208 . T C 971.1 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369713;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.5;QD=57.9761;RBI=0.0576757;REFB=0;REVB=0.0442675;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735854;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:64:67:1:34:30:0:0:35:32:0:0 chr11 36595600 . A G 335.98 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8552;QD=53.7564;RBI=0.137323;REFB=0;REVB=0.0640828;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00593482;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr11 36597313 . A G 954.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7197;QD=58.7669;RBI=0.0631654;REFB=0;REVB=0.0280989;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778405;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr11 36601170 . G A 1418.52 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256237;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.944;QD=61.6746;RBI=0.0256275;REFB=-0.0792729;REVB=0.000441317;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977254;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000285936;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:90:91:0.98913:42:48:1:0:43:48:1:0 chr11 36631785 . A G 561.88 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00425059;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.386;QD=20.4319;RBI=0.031449;REFB=-0.00784791;REVB=0.0311605;RO=53;SAF=31;SAR=26;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796014;STB=0.543844;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00615834;OID=.;OPOS=36631785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:26:31:24:29:26:31:24:29 chr11 40137543 . T C 629.54 PASS AF=0.405714;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.00322557;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.087;QD=14.3894;RBI=0.0054536;REFB=-0.00847535;REVB=0.00439744;RO=106;SAF=40;SAR=31;SRF=65;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544097;STB=0.537562;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0101377;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:106:104:71:71:0.405714:31:40:65:41:31:40:65:39 chr11 41144553 . C T 3518.1 PASS AF=0.987234;AO=228;DP=235;FAO=232;FDP=235;FR=.;FRO=3;FSAF=136;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0863072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7631;QD=59.8825;RBI=0.0926166;REFB=-0.117671;REVB=0.0335991;RO=6;SAF=136;SAR=92;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300608;STB=0.507692;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00492869;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:235:235:6:3:228:232:0.987234:92:136:0:6:96:136:0:3 chr11 43391648 . C T 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.053411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.856;QD=4.50894;RBI=0.053915;REFB=-0.0011549;REVB=-0.00735426;RO=42;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234197;STB=0.657542;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00170321;OID=.;OPOS=43391648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:6:3:22:20:6:3:22:20 chr11 43911365 . T C 963.05 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.635;QD=57.4953;RBI=0.0192262;REFB=-0.0347133;REVB=0.0159887;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5649e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:66:67:1:32:34:0:1:33:34:0:0 chr11 43940602 . C G 136.73 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.011961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.334;QD=7.10274;RBI=0.131625;REFB=-0.0228246;REVB=-0.131081;RO=55;SAF=4;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331652;STB=0.695436;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0528837;OID=.;OPOS=43940602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:57:20:20:0.25974:16:4:24:31:16:4:24:33 chr11 43940644 . G T 765.46 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=91;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0139117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.005;QD=33.6465;RBI=0.0147258;REFB=-0.0210214;REVB=0.00482846;RO=28;SAF=26;SAR=37;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097716;STB=0.552567;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0101139;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:28:28:63:63:0.692308:37:26:7:21:37:26:7:21 chr11 43946967 . A G 626.39 PASS AF=0.675;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00793308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1304;QD=31.3197;RBI=0.0417369;REFB=-0.0189784;REVB=-0.040976;RO=26;SAF=20;SAR=34;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081456;STB=0.544115;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00811938;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:26:54:54:0.675:34:20:13:13:34:20:13:13 chr11 43947990 . T C 57.75 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0769428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7149;QD=15.4003;RBI=0.1865;REFB=-0.0125483;REVB=-0.169889;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344857;STB=0.639615;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00439997;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:5:7:6:7:0.466667:4:2:4:1:4:3:5:2 chr11 43963843 . C A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0230037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.951;QD=35.4873;RBI=0.0237578;REFB=-0.0454968;REVB=-0.00593827;RO=2;SAF=11;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755861;STB=0.541606;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00621496;OID=.;OPOS=43963843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:2:11:2:0:2:11:2:0 chr11 43964569 . C T 303.65 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0183616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.507;QD=39.1808;RBI=0.0671626;REFB=0.0174574;REVB=0.0646039;RO=6;SAF=20;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120789;STB=0.56517;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000407186;OID=.;OPOS=43964569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:5:20:6:0:5:20:6:0 chr11 43965636 . A AC 35.82 PASS AF=0.203125;AO=15;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.019836;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.4499;QD=2.23884;RBI=0.043355;REFB=-0.0147999;REVB=-0.0385511;RO=49;SAF=10;SAR=5;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943807;STB=0.523509;STBP=0.891;TYPE=ins;VARB=0.181981;OID=.;OPOS=43965637;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125:15:64:13:64:51:9:4:34:17:35:49:10:5:33:16 chr11 44069816 . G A 508.5 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0139437;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.573;QD=28.6478;RBI=0.0199513;REFB=-0.0464032;REVB=0.0142698;RO=25;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248522;STB=0.513508;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0292196;OID=.;OPOS=44069816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:25:25:46:46:0.647887:22:24:14:11:22:24:14:11 chr11 44074244 . G A 313.49 PASS AF=0.28;AO=42;DP=146;FAO=42;FDP=150;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.025838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0637;QD=8.35967;RBI=0.0459833;REFB=-0.0171435;REVB=0.0380376;RO=103;SAF=19;SAR=23;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400923;STB=0.540985;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0338046;OID=.;OPOS=44074244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:103:108:42:42:0.28:23:19:50:53:23:19:55:53 chr11 44080210 . T C 1208.76 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.745;QD=59.6917;RBI=0.0487097;REFB=0;REVB=-0.00121305;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58375e-05;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:81:1:0:78:81:1:43:35:1:0:44:37:0:0 chr11 44092880 . C T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00613804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.071;QD=6.21761;RBI=0.00617565;REFB=-0.00977034;REVB=0.000680497;RO=54;SAF=5;SAR=12;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361994;STB=0.72287;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0303361;OID=.;OPOS=44092880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:12:5:32:22:12:5:32:22 chr11 44096238 . G A 393.15 PASS AF=1;AO=17;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618043;FXX=0.096743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.84;QD=56.1638;RBI=0.0618095;REFB=0;REVB=-0.00080344;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148366;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:28:0:0:17:28:1:13:4:0:0:17:11:0:0 chr11 44286566 . G A 801.58 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.705;QD=57.2554;RBI=0.0846863;REFB=0;REVB=0.0673803;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300828;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:39:16:0:0:40:16:0:0 chr11 44297054 . T C 2062.12 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.418;QD=62.4885;RBI=0.0347169;REFB=0;REVB=0.032092;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30193e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:66:65:0:0:67:65:0:0 chr11 44618512 . T C 480.7 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.013026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.511;QD=31.5213;RBI=0.0502253;REFB=-0.0119508;REVB=0.0485068;RO=18;SAF=33;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051927;STB=0.52804;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00798157;OID=.;OPOS=44618512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:10:33:15:3:10:33:15:3 chr11 44636833 . G A 288.45 PASS AF=0.254438;AO=39;DP=165;FAO=43;FDP=169;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=0.00571209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.741;QD=6.82713;RBI=0.0107162;REFB=-0.00882692;REVB=0.0090669;RO=124;SAF=16;SAR=23;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733359;STB=0.519846;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0256879;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:124:126:39:43:0.254438:23:16:58:66:24:19:59:67 chr11 44636839 . C T 1481.41 PASS AF=0.728916;AO=120;DP=170;FAO=121;FDP=166;FR=.;FRO=45;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0111061;FXX=0.0292381;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.52;QD=35.6966;RBI=0.0112234;REFB=0.000820766;REVB=-0.00161842;RO=43;SAF=55;SAR=65;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337147;STB=0.502762;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.000113742;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:166:43:45:120:121:0.728916:65:55:20:23:66:55:20:25 chr11 44640268 . A G 71.17 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0230191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.884;QD=5.1757;RBI=0.0612505;REFB=-0.00292094;REVB=-0.0567604;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560195;STB=0.536358;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0126507;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:6:5:22:22:6:5:22:22 chr11 44640640 . C G 1635.15 PASS AF=0.703704;AO=132;DP=188;FAO=133;FDP=189;FR=.;FRO=56;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00741698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.553;QD=34.6063;RBI=0.0078682;REFB=-0.0156593;REVB=0.0026262;RO=55;SAF=73;SAR=59;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243461;STB=0.514576;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00627361;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:55:56:132:133:0.703704:59:73:28:27:60:73:28:28 chr11 44924950 . GC G,GG 2340.89 PASS AF=0.955696,0.0443038;AO=143,13;DP=158;FAO=151,7;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=73,0;FSAR=78,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467274,0.0345305;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.659,95.1513;QD=59.263;RBI=0.0469988,0.0345919;REFB=0,0;REVB=0.0050437,0.00205979;RO=0;SAF=70,2;SAR=73,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.12326e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000169575,0.0303966;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955696,0.0443038:143,13:158:151,7:158:0:73,0:78,7:0:0:10:0:70,2:73,11:0:0 chr11 44940828 . G A 44.59 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000150966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.739;QD=3.12908;RBI=0.0287337;REFB=-0.00328984;REVB=-0.0287333;RO=49;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210752;STB=0.648984;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.014578;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:3:5:22:27:3:5:22:27 chr11 45203818 . G A 337.35 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0167238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.723;QD=34.5995;RBI=0.0369987;REFB=-0.0288494;REVB=0.0330033;RO=11;SAF=21;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748706;STB=0.540953;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0126955;OID=.;OPOS=45203818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:7:21:7:4:7:21:7:4 chr11 45245778 . G T 103.44 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0306679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2423;QD=6.17573;RBI=0.081774;REFB=0.000753872;REVB=0.0758055;RO=51;SAF=12;SAR=4;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247279;STB=0.655254;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000461253;OID=.;OPOS=45245778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:4:12:29:22:4:12:29:22 chr11 45670395 . C T 536.05 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0677291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2331;QD=54.9795;RBI=0.0911115;REFB=-0.0590284;REVB=-0.0609431;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519265;STB=0.527763;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00110701;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:2:36:37:0.948718:19:17:2:0:20:17:2:0 chr11 45793154 . A C 497.16 PASS AF=0.807692;AO=40;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0175043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7593;QD=38.2431;RBI=0.0498222;REFB=0.0532302;REVB=-0.046646;RO=11;SAF=22;SAR=18;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722899;STB=0.525412;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0145227;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:11:10:40:42:0.807692:18:22:8:3:18:24:7:3 chr11 45793218 . G C 707.32 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0247012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3026;QD=51.4411;RBI=0.036105;REFB=-0.202946;REVB=0.0263329;RO=3;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553097;STB=0.519224;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00554394;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:3:2:52:53:0.963636:24:28:0:3:25:28:0:2 chr11 45827350 . A G 624.08 PASS AF=0.629213;AO=54;DP=87;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0383158;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.923;QD=28.0487;RBI=0.0387895;REFB=-0.0395244;REVB=0.00604411;RO=30;SAF=27;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51224;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0149015;OID=.;OPOS=45827350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:30:33:54:56:0.629213:27:27:15:15:29:27:17:16 chr11 45834197 . GT CT,GC 789.66 PASS AF=0.101695,0.881356;AO=6,29;DP=60;FAO=6,52;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=6,21;FSAR=0,31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148467,0.0201706;FXX=0.0166639;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=129.009,163.267;QD=53.5361;RBI=0.0163966,0.0206216;REFB=-0.121152,-0.0824305;REVB=-0.00695891,-0.00428912;RO=0;SAF=6,0;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.511623;STBP=1,0.278;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0437666,-0.00283389;OID=.,.;OPOS=45834197,45834198;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:60:59:0:1:6,29:6,52:0.101695,0.881356:0,29:6,0:0:0:0,31:6,21:1:0 chr11 45834201 . C T 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0219519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.488;QD=26.7673;RBI=0.030735;REFB=-0.00944555;REVB=0.0215117;RO=21;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562385;STB=0.53071;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00478074;OID=.;OPOS=45834201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:18:19:9:12:18:19:9:12 chr11 45848227 . A G 35.17 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.027617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.447;QD=1.45048;RBI=0.0348724;REFB=-0.0077152;REVB=-0.0212928;RO=88;SAF=2;SAR=7;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303756;STB=0.743395;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0483438;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:88:88:9:9:0.0927835:7:2:42:46:7:2:42:46 chr11 45848232 . T C 34.61 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.00838136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.044;QD=1.39826;RBI=0.0229005;REFB=-0.00588496;REVB=-0.0213116;RO=89;SAF=2;SAR=7;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297909;STB=0.736289;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0265692;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:89:90:9:9:0.0909091:7:2:42:47:7:2:42:48 chr11 45848271 . A G 48.85 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0152352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.549;QD=2.03523;RBI=0.0336995;REFB=-0.00300613;REVB=-0.030059;RO=85;SAF=3;SAR=8;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284612;STB=0.710036;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.024928;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:11:11:0.114583:8:3:43:42:8:3:43:42 chr11 45848275 . T C 42.8 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00252444;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.374;QD=1.84102;RBI=0.00780428;REFB=-0.00310213;REVB=0.00738471;RO=80;SAF=3;SAR=7;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281717;STB=0.695072;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0255393;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:93:80:83:10:10:0.107527:7:3:43:37:7:3:43:40 chr11 45868849 . GCGGGC CGGGGC,GCGGGG,GCGGGGC 231.05 PASS AF=0,0,0.785714;AO=2,2,18;DP=30;FAO=0,0,22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0336841,0.0526247,0.148169;FXX=0.0344709;HRUN=5,2,3;LEN=2,1,1;MLLD=15.2307,18.05,22.6544;QD=33.0075;RBI=0.0737743,0.0548231,0.156046;REFB=-0.0138293,-0.0402911,0.00252944;REVB=0.0656355,0.0153691,0.0489501;RO=7;SAF=1,0,11;SAR=1,2,7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.402818,-0.50628,0.23525;STB=0.5,0.5,0.624888;STBP=1,1,0.018;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,0.00692221;OID=.,.,.;OPOS=45868849,45868854,45868851;OREF=GC,C,-;OALT=CG,G,G;OMAPALT=CGGGGC,GCGGGG,GCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:33:30:28:7:6:2,2,18:0,0,22:0,0,0.785714:1,2,7:1,0,11:1:6:0,0,9:0,0,13:0:6 chr11 45903613 . A C 101.89 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0147868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.071;QD=8.86037;RBI=0.0158282;REFB=-0.012173;REVB=0.00564638;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222674;STB=0.635555;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0292875;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:14:19:5:8:14:19 chr11 45903814 . A AGT,T 246.73 PASS AF=0.607143,0.178571;AO=16,5;DP=33;FAO=17,5;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=6,0;FSAR=11,5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0363853,0.0127778;FXX=0.0344709;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=144.084,72.9493;QD=35.2467;RBI=0.072437,0.0321503;REFB=-0.0864418,-0.0572686;REVB=0.0626357,0.029502;RO=12;SAF=5,0;SAR=11,5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0883617,-0.699781;STB=0.585004,0.997452;STBP=0.215,0.02;TYPE=ins,snp;VARB=0.0318646,0.0193196;OID=.,.;OPOS=45903815,45903814;OREF=-,A;OALT=GT,T;OMAPALT=AGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:33:28:12:6:16,5:17,5:0.607143,0.178571:11,5:5,0:5:7:11,5:6,0:4:2 chr11 45935384 . A G 415.85 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.032127;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.687;QD=30.2435;RBI=0.0526152;REFB=-0.0126916;REVB=-0.041668;RO=17;SAF=13;SAR=25;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306651;STB=0.51664;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00991075;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:17:38:38:0.690909:25:13:5:12:25:13:5:12 chr11 45937267 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.972;QD=45.8068;RBI=0.0650361;REFB=0;REVB=-0.00602109;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889307;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 45949534 . C T 459.82 PASS AF=0.719298;AO=40;DP=56;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0430582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6226;QD=32.2678;RBI=0.0539007;REFB=-0.00936879;REVB=0.0324235;RO=16;SAF=20;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329607;STB=0.520948;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00372675;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:16:16:40:41:0.719298:20:20:7:9:20:21:7:9 chr11 45975130 . C T 95.86 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=74;FWDB=-0.0337982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.938;QD=3.16902;RBI=0.0350783;REFB=-0.00861392;REVB=-0.00938949;RO=99;SAF=4;SAR=15;SRF=28;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122286;STB=0.574079;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0575912;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:121:121:99:102:19:19:0.157025:15:4:28:71:15:4:28:74 chr11 46342081 . TG T 775.86 PASS AF=1;AO=68;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1041;QD=40.3045;RBI=0.158538;REFB=0;REVB=0.0103263;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00206718;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:77:77:77:0:41:36:0:0:14:1:36:32:0:1 chr11 46342259 . A AG 378.43 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4198;QD=43.2491;RBI=0.273014;REFB=0;REVB=0.100492;RO=4;SAF=19;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0125524;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:35:35:35:0:23:12:0:0:7:4:19:12:4:0 chr11 46401517 . A G 36.74 PASS AF=0.0892857;AO=9;DP=111;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0357365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.191;QD=1.31225;RBI=0.0390273;REFB=-0.00385269;REVB=-0.0156854;RO=102;SAF=4;SAR=5;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183371;STB=0.55625;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0428669;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:111:112:102:102:9:10:0.0892857:5:4:47:55:6:4:47:55 chr11 46702920 . T C 1530.09 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0168513;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.541;QD=56.6701;RBI=0.0168518;REFB=-0.00284955;REVB=0.0001282;RO=1;SAF=32;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145973;STB=0.500936;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-1.94122e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:108:108:1:3:105:105:0.972222:73:32:1:0:73:32:1:2 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 108.04 PASS AF=1;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307387;FXX=0.356888;HRUN=1;LEN=12;MLLD=220.551;QD=48.0189;RBI=0.0350356;REFB=0;REVB=-0.0168114;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00174214;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:14:9:9:0:4:5:0:0:3:0:4:5:0:0 chr11 46744655 . G A 78.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0225868;FXX=0.049975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.795;QD=16.4319;RBI=0.0637172;REFB=-0.0339331;REVB=-0.0595795;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378665;STB=0.768498;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0217169;OID=.;OPOS=46744655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:19:7:8:9:9:0.473684:1:8:4:3:1:8:4:4 chr11 46745003 . C T 686.46 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268039;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.505;QD=61.0188;RBI=0.0341488;REFB=-0.0696794;REVB=0.0211588;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00194419;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:45:1:1:43:44:0.977778:20:23:0:1:21:23:0:1 chr11 46789148 . G C 57.08 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00454914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.138;QD=3.74325;RBI=0.0177035;REFB=-0.00158936;REVB=0.017109;RO=49;SAF=3;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351327;STB=0.745618;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00725681;OID=.;OPOS=46789148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:61:61:49:51:10:10:0.163934:7:3:29:20:7:3:31:20 chr11 46801502 . T C 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4122;QD=44.0983;RBI=0.0295174;REFB=-0.105718;REVB=0.0242744;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00484713;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:10:7:0:0:10:7:1:0 chr11 46879990 . T C 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.035;QD=59.83;RBI=0.105438;REFB=0;REVB=0.104548;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428744;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr11 46890197 . G A 206.49 PASS AF=1;AO=11;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.354;QD=48.5864;RBI=0.220202;REFB=0;REVB=0.213317;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103011;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:11:17:1:6:5:0:0:10:7:0:0 chr11 46897446 . G A 2255.07 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.54;QD=63.523;RBI=0.0358414;REFB=0;REVB=0.0230062;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48569e-05;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:83:59:0:0:83:59:0:0 chr11 46914583 . T C 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0925699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.325;QD=57.8228;RBI=0.101302;REFB=-0.0437184;REVB=-0.0411458;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000488886;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr11 46914598 . A G 560.35 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394359;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1786;QD=60.5789;RBI=0.00831539;REFB=0;REVB=-0.00732079;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69094e-05;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr11 46969616 . T C 991.1 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.648;QD=58.2999;RBI=0.0487852;REFB=0;REVB=0.0379555;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135623;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:1:0:66:68:1:38:28:0:1:39:29:0:0 chr11 47188314 . T C 1086.12 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0757754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.847;QD=58.7094;RBI=0.0762112;REFB=-0.0323039;REVB=0.00813866;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000157323;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:0:1:70:73:0.986486:44:26:0:0:44:29:0:1 chr11 47196982 . C T 518.3 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.681;QD=59.2341;RBI=0.0220906;REFB=0;REVB=0.0195487;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153572;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 47238522 . T C 607.07 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.276;QD=60.7073;RBI=0.09224;REFB=0;REVB=0.0163425;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663061;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr11 47266808 . T G 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.591;QD=62.3491;RBI=0.063139;REFB=0;REVB=0.0559508;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163924;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:9:33:0:0:9:34:0:0 chr11 47269159 . T C 1047.88 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0216476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5217;QD=58.2158;RBI=0.0232222;REFB=0.0658143;REVB=0.00840556;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00603265;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:33:38:0:0:33:38:1:0 chr11 47270255 . C T 1425.31 PASS AF=1;AO=70;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440538;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5055;QD=61.9699;RBI=0.0513439;REFB=0;REVB=-0.0263715;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174601;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:70:92:1:35:35:0:0:36:56:0:0 chr11 47282024 . C T 505.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327522;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7561;QD=59.4559;RBI=0.0469122;REFB=0;REVB=0.0467977;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080307;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr11 47296518 . C CG 34.0 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0357979;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.3883;QD=5.03718;RBI=0.0408283;REFB=-0.0325236;REVB=0.0196332;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374923;STB=0.776955;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.212792;OID=.;OPOS=47296519;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:7:27:8:27:19:1:7:8:11:34:20:1:6:8:12 chr11 47306585 . G A 867.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.641;QD=56.9144;RBI=0.0234861;REFB=0;REVB=0.00964415;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061936;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:22:37:0:0:23:38:0:0 chr11 47331116 . T C 756.07 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.926;QD=61.7196;RBI=0.00892504;REFB=-0.13962;REVB=0.00172579;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189612;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:0:48:49:1:21:27:1:0:21:28:0:0 chr11 47346145 . G A 849.7 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.965;QD=56.6466;RBI=0.0872299;REFB=0;REVB=0.0201831;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318447;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:1:0:58:60:1:37:21:1:0:38:22:0:0 chr11 47354787 . C T 597.16 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.339;QD=59.7163;RBI=0.0368056;REFB=0;REVB=0.0178478;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42291e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:25:13:0:0:27:13:0:0 chr11 47364762 . A C,G 696.68 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=4,40;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100039,0.048298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.594,147.698;QD=61.9272;RBI=0.0336795,0.0518854;REFB=0,0;REVB=-0.0321595,0.0189578;RO=0;SAF=2,17;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00827825,0.000734958;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:45:45:0:0:4,40:2,43:0.0444444,0.955556:2,23:2,17:0:0:2,23:0,20:0:0 chr11 47364773 . T C,TC 34.45 PASS AF=0,0.195122;AO=2,7;DP=42;FAO=0,8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0116157,-0.0117838;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=159.495,93.5667;QD=3.36136;RBI=0.0121291,0.0126278;REFB=-0.00839939,-0.00465702;REVB=-0.00349155,0.00453906;RO=33;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.412208,0.00531918;STB=0.5,0.657114;STBP=1,0.391;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.157323;OID=.,.;OPOS=47364773,47364774;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:42:41:33:33:2,7:0,8:0,0.195122:2,4:0,3:14:19:0,6:0,2:14:19 chr11 47380340 . G T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.936;QD=35.5729;RBI=0.0194861;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602348;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 47431728 . A G 410.34 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0325991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4522;QD=48.2755;RBI=0.0335812;REFB=0.000940861;REVB=-0.00806191;RO=2;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016613;STB=0.529512;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00096073;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:34:2:3:30:31:0.911765:11:19:1:1:11:20:1:2 chr11 47434986 . G A 847.38 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.463;QD=56.4919;RBI=0.125313;REFB=0;REVB=0.105323;RO=1;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859117;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:41:18:0:1:42:18:0:0 chr11 47460306 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.449;QD=55.0964;RBI=0.0140706;REFB=0;REVB=0.0137195;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158579;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr11 47469439 . A G 1580.04 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.683;QD=63.8402;RBI=0.0410455;REFB=0;REVB=0.00780096;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6113e-05;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:52:46:0:0:52:47:0:0 chr11 47579103 . CCG ATA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111545;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=317.296;QD=37.4885;RBI=0.0111545;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.48185e-05;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr11 47579119 . A T 456.25 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.805;QD=57.0311;RBI=0.0212205;REFB=0;REVB=0.0204846;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58335e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:20:10:0:0:20:12:0:0 chr11 47593945 . A C 717.62 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.7;QD=55.2017;RBI=0.0767155;REFB=-0.0393758;REVB=0.0763907;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213219;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:52:1:0:50:52:1:28:22:0:1:30:22:0:0 chr11 47609867 . G A 755.02 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.177;QD=54.9107;RBI=0.035721;REFB=-0.136412;REVB=0.0333091;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000744738;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:0:1:23:31:0:1 chr11 47681370 . T G 97.12 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.551;QD=32.3724;RBI=0.0810464;REFB=-0.131644;REVB=0.0787152;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000810131;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:12:1:1:10:11:0.916667:2:8:0:1:2:9:0:1 chr11 47748509 . T C 729.29 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0414252;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3444;QD=59.5336;RBI=0.0537216;REFB=-0.189368;REVB=0.0342046;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284913;STB=0.515145;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0068891;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:49:2:2:47:47:0.959184:32:15:0:2:32:15:0:2 chr11 47772545 . T C 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0214694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.561;QD=3.83221;RBI=0.0262611;REFB=-0.00503894;REVB=0.0151231;RO=66;SAF=7;SAR=7;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760869;STB=0.555477;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0333609;OID=.;OPOS=47772545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:81:66:67:14:14:0.17284:7:7:37:29:7:7:38:29 chr11 47826090 . A C 471.96 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00281451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.411;QD=55.5246;RBI=0.0216466;REFB=-0.126119;REVB=0.0214628;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000644866;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:14:19:0:0:14:19:1:0 chr11 47834592 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.551;QD=44.6896;RBI=0.028782;REFB=0;REVB=0.0164095;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99022e-05;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 47857253 . T C,G 601.56 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=34,5;DP=39;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,4;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179702,0.0192084;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.4109,213.001;QD=57.2915;RBI=0.0440196,0.0194551;REFB=0,0;REVB=0.0401845,0.00308892;RO=0;SAF=6,4;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.73777e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00741141,0.00729278;OID=.,.;OPOS=47857253,47857253;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:39:42:0:0:34,5:38,4:0.904762,0.0952381:28,1:6,4:0:0:32,0:6,4:0:0 chr11 47869855 . C T 769.62 PASS AF=0.663462;AO=57;DP=105;FAO=69;FDP=104;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0807401;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.138;QD=29.6007;RBI=0.0819952;REFB=-0.0420628;REVB=0.0142917;RO=24;SAF=30;SAR=27;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219021;STB=0.590381;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0324608;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:24:35:57:69:0.663462:27:30:3:21:37:32:7:28 chr11 48118347 . T TA 332.43 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.246779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5796;QD=34.993;RBI=0.250574;REFB=-0.0098681;REVB=-0.0434416;RO=6;SAF=14;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00445518;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:39:38:38:0:19:19:0:0:5:6:14:18:5:1 chr11 48145247 . T C 351.27 PASS AF=0.333333;AO=43;DP=131;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00403922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.791;QD=10.6444;RBI=0.0133744;REFB=-0.00542318;REVB=0.0127499;RO=87;SAF=31;SAR=12;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289902;STB=0.658313;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0105412;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:87:88:43:44:0.333333:12:31:42:45:13:31:42:46 chr11 48145375 . A C 568.7 PASS AF=0.675676;AO=49;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0913613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.705;QD=30.7405;RBI=0.120519;REFB=0.0356191;REVB=0.0785999;RO=24;SAF=26;SAR=23;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673281;STB=0.507039;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0171832;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:24:49:50:0.675676:23:26:13:11:24:26:13:11 chr11 48146622 . G A 1108.58 PASS AF=0.745902;AO=89;DP=120;FAO=91;FDP=122;FR=.;FRO=31;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0119679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.654;QD=36.3468;RBI=0.0141284;REFB=-0.013953;REVB=-0.00750885;RO=31;SAF=49;SAR=40;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790256;STB=0.541312;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00676167;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:31:31:89:91:0.745902:40:49:12:19:41:50:12:19 chr11 48190383 . A T 1156.61 PASS AF=1;AO=60;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.294;QD=59.3135;RBI=0.00765123;REFB=0;REVB=0.00743805;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012055;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:60:78:1:30:30:0:0:38:40:0:0 chr11 48190527 . T C 1005.41 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5751;QD=59.1419;RBI=0.0508544;REFB=0;REVB=0.0435758;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156321;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr11 48238421 . T G 1512.74 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.517;QD=59.9105;RBI=0.047858;REFB=0;REVB=0.0153815;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120858;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr11 48238549 . G A 1749.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0253;QD=60.8488;RBI=0.0357723;REFB=0;REVB=0.00736043;RO=0;SAF=38;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58688e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75721e-05;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:77:38:0:0:77:38:0:0 chr11 48239182 . C A 410.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.296;QD=56.5561;RBI=0.0422461;REFB=0;REVB=0.0384578;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242311;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 48267589 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4094;QD=43.4856;RBI=0.0350542;REFB=0;REVB=-0.0349684;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015484;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr11 48285842 . A G 886.41 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.893;QD=58.1254;RBI=0.050704;REFB=0;REVB=0.0408628;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130357;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:54:61:1:29:25:0:0:31:30:0:0 chr11 48328644 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2133;QD=61.3298;RBI=0.0465429;REFB=0;REVB=0.0323322;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37117e-06;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 48346523 . C T 49.24 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.000997423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6517;QD=3.22882;RBI=0.0309037;REFB=0.00380641;REVB=-0.0308876;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382551;STB=0.782742;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0104506;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:8:1:18:34:8:1:18:34 chr11 48346535 . G C 59.48 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.171609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9822;QD=3.4991;RBI=0.172244;REFB=-0.0158746;REVB=-0.0147775;RO=53;SAF=1;SAR=10;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397155;STB=0.794304;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0482742;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:65:68:53:57:11:11:0.161765:10:1:16:37:10:1:18:39 chr11 48346541 . A T 46.68 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0594842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7199;QD=2.87277;RBI=0.0723444;REFB=-0.00720051;REVB=-0.0411746;RO=55;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378961;STB=0.779731;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0125573;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:8:1:19:36:8:1:19:37 chr11 48346547 . C T 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0240592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.889;QD=2.66933;RBI=0.0544436;REFB=-0.00735424;REVB=-0.0488391;RO=54;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312365;STB=0.740453;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0284961;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:7:1:17:37:7:1:17:37 chr11 48346579 . C A 72.31 PASS AF=0.147368;AO=12;DP=93;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.0194641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.524;QD=3.04478;RBI=0.020598;REFB=-0.00791305;REVB=-0.00673991;RO=80;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417023;STB=0.704943;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0456546;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:95:80:81:12:14:0.147368:4:8:25:55:6:8:26:55 chr11 48346588 . A C 148.73 PASS AF=0.223301;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.00673507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.401;QD=5.77594;RBI=0.0288667;REFB=-0.0126114;REVB=-0.02807;RO=80;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144771;STB=0.588679;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0349323;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:80:23:23:0.223301:13:10:26:54:13:10:26:54 chr11 48346604 . T G 203.51 PASS AF=0.266055;AO=28;DP=115;FAO=29;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.00391157;FXX=0.0521694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.194;QD=7.46811;RBI=0.0260713;REFB=-0.0123158;REVB=-0.0257762;RO=59;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573633;STB=0.565233;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0261465;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:109:59:79:28:29:0.266055:16:12:25:34:17:12:26:53 chr11 48346615 . G A 186.03 PASS AF=0.220588;AO=27;DP=137;FAO=30;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=106;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.00894254;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9389;QD=5.47142;RBI=0.112207;REFB=-0.0164387;REVB=-0.11185;RO=86;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139117;STB=0.542029;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0465254;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:86:106:27:30:0.220588:15:12:29:57:18:12:37:69 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 135.45 PASS AF=0.235669;AO=34;DP=168;FAO=37;FDP=157;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=-0.0110879;FXX=0.0426803;HRUN=5;LEN=9;MLLD=308.277;QD=3.45105;RBI=0.0226532;REFB=-0.00502288;REVB=-0.0197542;RO=115;SAF=12;SAR=22;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971193;STB=0.553007;STBP=0.467;TYPE=del;VARB=0.0176314;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235669:34:168:37:157:120:13:24:50:70:99:115:12:22:49:66 chr11 48346681 . G A 326.15 PASS AF=0.242718;AO=50;DP=206;FAO=50;FDP=206;FR=.;FRO=156;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=91;FWDB=0.0149985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.672;QD=6.33299;RBI=0.0193303;REFB=-0.00402298;REVB=-0.0121944;RO=156;SAF=21;SAR=29;SRF=65;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430878;STB=0.502592;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00881597;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:156:156:50:50:0.242718:29:21:65:91:29:21:65:91 chr11 48346729 . G C 309.33 PASS AF=0.258427;AO=42;DP=175;FAO=46;FDP=178;FR=.;FRO=132;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=-0.0111823;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.562;QD=6.95129;RBI=0.0174956;REFB=-0.00587127;REVB=-0.0134556;RO=130;SAF=8;SAR=34;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367898;STB=0.64197;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0188809;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:178:130:132:42:46:0.258427:34:8:58:72:34:12:57:75 chr11 48346791 . C T 432.21 PASS AF=0.349315;AO=47;DP=142;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.00258484;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.181;QD=11.8412;RBI=0.00983649;REFB=-0.00845942;REVB=-0.00949079;RO=94;SAF=18;SAR=29;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125432;STB=0.527835;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0165662;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:94:95:47:51:0.349315:29:18:46:48:29:22:45:50 chr11 48346822 . A C 301.58 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=116;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0183497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.403;QD=10.3103;RBI=0.0188059;REFB=-0.0171239;REVB=0.00411729;RO=77;SAF=20;SAR=18;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335451;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:77:78:38:39:0.333333:18:20:40:37:19:20:40:38 chr11 48346843 . C T 304.64 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.000787431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.524;QD=12.6933;RBI=0.00302863;REFB=-0.0111393;REVB=0.00292447;RO=59;SAF=16;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978245;STB=0.553149;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0177373;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:61:34:35:0.364583:18:16:33:26:19:16:33:28 chr11 48346916 . G C 376.24 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0235321;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.268;QD=11.3154;RBI=0.0261537;REFB=-0.00663247;REVB=-0.0114131;RO=86;SAF=28;SAR=18;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457882;STB=0.523088;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0134799;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:86:87:46:46:0.345865:18:28:49:37:18:28:50:37 chr11 48346924 . T C 400.17 PASS AF=0.358209;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0136443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5999;QD=11.9453;RBI=0.0499464;REFB=0.00296745;REVB=0.0480466;RO=85;SAF=30;SAR=18;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568619;STB=0.529399;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00543955;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:85:86:48:48:0.358209:18:30:49:36:18:30:50:36 chr11 48346932 . G A 430.54 PASS AF=0.349315;AO=51;DP=147;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=0.0159253;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.176;QD=11.7957;RBI=0.023107;REFB=-0.00753514;REVB=-0.0167427;RO=94;SAF=29;SAR=22;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439172;STB=0.527989;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0131307;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:94:95:51:51:0.349315:22:29:57:37:22:29:58:37 chr11 48346961 . AA TG 472.75 PASS AF=0.343023;AO=59;DP=172;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=-0.00775659;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.181;QD=10.9942;RBI=0.0180202;REFB=-0.0130801;REVB=-0.0162654;RO=112;SAF=33;SAR=26;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349442;STB=0.5225;STBP=0.709;TYPE=mnp;VARB=0.0251919;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:112:113:59:59:0.343023:26:33:66:46:26:33:67:46 chr11 48346999 . T G 526.11 PASS AF=0.349727;AO=64;DP=183;FAO=64;FDP=183;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=0.029393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2118;QD=11.4997;RBI=0.030262;REFB=-0.00368409;REVB=-0.00719997;RO=118;SAF=36;SAR=28;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159255;STB=0.511479;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00768195;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:118:119:64:64:0.349727:28:36:68:50:28:36:69:50 chr11 48347014 . G A 423.85 PASS AF=0.314286;AO=55;DP=178;FAO=55;FDP=175;FR=.;FRO=120;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=0.0838056;FXX=0.016853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.415;QD=9.68809;RBI=0.083818;REFB=-0.00333537;REVB=0.00144415;RO=117;SAF=27;SAR=28;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096086;STB=0.563229;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0244752;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:117:120:55:55:0.314286:28:27:67:50:28:27:70:50 chr11 48347023 . C T 424.78 PASS AF=0.343558;AO=40;DP=167;FAO=56;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.00493785;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.87;QD=10.424;RBI=0.00981739;REFB=-0.0163752;REVB=-0.00848521;RO=77;SAF=18;SAR=22;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181598;STB=0.54058;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0242519;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:163:77:107:40:56:0.343558:22:18:47:30:27:29:62:45 chr11 48347067 . C T 418.34 PASS AF=0.347222;AO=50;DP=144;FAO=50;FDP=144;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0265168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.021;QD=11.6206;RBI=0.0319614;REFB=-0.0188677;REVB=-0.0178434;RO=94;SAF=21;SAR=29;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198201;STB=0.613417;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0391053;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:94:94:50:50:0.347222:29:21:56:38:29:21:56:38 chr11 48347100 . C T 305.39 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.045097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.028;QD=10.7154;RBI=0.045569;REFB=-0.00502497;REVB=-0.00654164;RO=74;SAF=13;SAR=26;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268262;STB=0.658742;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0100466;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:74:75:39:39:0.342105:26:13:42:32:26:13:43:32 chr11 48347124 . A G 315.02 PASS AF=0.36;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0664422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7161;QD=12.6009;RBI=0.0944479;REFB=-0.0163764;REVB=-0.0671255;RO=63;SAF=15;SAR=21;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314781;STB=0.523796;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0273247;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:63:64:36:36:0.36:21:15:28:35:21:15:29:35 chr11 48347130 . C G 280.01 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0327679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8874;QD=11.9154;RBI=0.032819;REFB=0.00266582;REVB=0.0018302;RO=61;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935954;STB=0.554057;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00564115;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:20:13:29:32:20:13:29:32 chr11 48347140 . T C 1263.93 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.322;QD=61.655;RBI=0.049178;REFB=0;REVB=0.0144808;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145845;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr11 48347142 . C T 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0219934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.128;QD=12.6704;RBI=0.0226114;REFB=0.00585375;REVB=-0.0052502;RO=52;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623919;STB=0.535835;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00871807;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:19:12:23:29:19:12:23:29 chr11 48347144 . T C 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0312851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.432;QD=11.6857;RBI=0.0317116;REFB=-0.0136776;REVB=0.00518319;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600519;STB=0.548045;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0221631;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:55:30:30:0.352941:18:12:24:29:18:12:26:29 chr11 48347267 . T C 298.99 PASS AF=0.322314;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=121;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00307836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.54;QD=9.88409;RBI=0.00381594;REFB=-0.0037193;REVB=0.00225502;RO=80;SAF=20;SAR=19;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432166;STB=0.532694;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0160036;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:80:82:39:39:0.322314:19:20:44:36:19:20:46:36 chr11 48347306 . G T 194.35 PASS AF=0.24;AO=28;DP=124;FAO=30;FDP=125;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00420918;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.852;QD=6.21925;RBI=0.00507073;REFB=-0.00483204;REVB=-0.00282756;RO=96;SAF=15;SAR=13;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340127;STB=0.506771;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.01687;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:96:95:28:30:0.24:13:15:54:42:13:17:53:42 chr11 48347342 . G A 124.27 PASS AF=0.191304;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0580383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.347;QD=4.32232;RBI=0.0599273;REFB=-0.0140382;REVB=-0.014928;RO=93;SAF=10;SAR=12;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105153;STB=0.566869;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0619664;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:93:93:22:22:0.191304:12:10:50:43:12:10:50:43 chr11 48347346 . A T 101.46 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=114;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0141126;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.845;QD=3.55988;RBI=0.0391947;REFB=-0.00747043;REVB=-0.0365659;RO=94;SAF=8;SAR=10;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110266;STB=0.552431;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0579226;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:94:95:18:19:0.166667:10:8:50:44:10:9:51:44 chr11 48347358 . C T 89.38 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0465816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8853;QD=3.37265;RBI=0.0533255;REFB=0.00422531;REVB=0.0259569;RO=85;SAF=6;SAR=11;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277693;STB=0.680575;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00462511;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:106:106:85:89:17:17:0.160377:11:6:49:36:11:6:51:38 chr11 48347363 . C T 78.1 PASS AF=0.147059;AO=14;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0473197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.553;QD=3.06272;RBI=0.0485338;REFB=-0.00153188;REVB=-0.0107875;RO=87;SAF=2;SAR=12;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528857;STB=0.811855;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0091659;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:102:87:87:14:15:0.147059:12:2:50:37:12:3:50:37 chr11 48347392 . T C 50.7 PASS AF=0.140845;AO=9;DP=70;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0241568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.578;QD=2.85612;RBI=0.0458692;REFB=-0.00560912;REVB=0.0389927;RO=60;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425512;STB=0.812578;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0410405;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:71:60:61:9:10:0.140845:7:2:35:25:8:2:35:26 chr11 48347419 . A G 39.52 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.026629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8561;QD=3.03991;RBI=0.0476195;REFB=-0.00760412;REVB=0.039478;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441332;STB=0.825346;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0387528;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:43:45:7:7:0.134615:6:1:21:22:6:1:22:23 chr11 48347492 . G A 63.32 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.012002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0044;QD=8.73334;RBI=0.0519146;REFB=-0.00179743;REVB=-0.0505082;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429415;STB=0.765024;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00169911;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:12:8:7:2:12:8 chr11 48347498 . A T 57.37 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0451174;FXX=0.079968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.8;QD=9.97707;RBI=0.0459302;REFB=-0.0199102;REVB=-0.00860284;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341689;STB=0.765308;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0298857;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:23:10:15:8:8:0.347826:6:2:6:4:6:2:10:5 chr11 48366908 . C G 47.25 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0191964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9205;QD=2.39253;RBI=0.0193664;REFB=0.00176521;REVB=-0.00256041;RO=69;SAF=7;SAR=3;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285602;STB=0.704882;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0135263;OID=.;OPOS=48366908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:3:7:32:37:3:7:32:37 chr11 48366958 . T G 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0175643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.235;QD=15.9782;RBI=0.0175684;REFB=-0.00508828;REVB=0.000379594;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910268;STB=0.597315;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00187635;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:40:32:32:0.444444:22:10:14:21:22:10:19:21 chr11 48366971 . GG CA 311.24 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00872344;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=2;MLLD=303.205;QD=18.5813;RBI=0.0138426;REFB=-0.00878246;REVB=-0.010748;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449335;STB=0.50649;STBP=0.93;TYPE=mnp;VARB=0.00938897;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:34:33:33:0.492537:19:14:12:20:19:14:14:20 chr11 48367050 . T TAG 96.76 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00297639;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.292;QD=7.03744;RBI=0.00582062;REFB=-0.0157642;REVB=-0.00500207;RO=42;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907718;STB=0.545388;STBP=0.715;TYPE=ins;VARB=0.0475295;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254545:14:58:14:55:41:5:9:17:24:96:42:5:9:18:24 chr11 48367073 . A C 602.33 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0216392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.812;QD=54.757;RBI=0.0248372;REFB=-0.0436523;REVB=0.0121915;RO=3;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115442;STB=0.500616;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00034605;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:27:14:1:2:27:14:1:2 chr11 48367097 . A G 82.23 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0235731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.902;QD=8.88935;RBI=0.0330499;REFB=-0.00614233;REVB=0.0231647;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447929;STB=0.515761;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0188048;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:7:4:9:16:7:4:10:16 chr11 48367133 . C A 60.73 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0157589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4009;QD=6.39287;RBI=0.0415248;REFB=-0.00333781;REVB=-0.0384183;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902426;STB=0.578146;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0247533;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:27:29:9:9:0.236842:5:4:10:17:5:4:10:19 chr11 48367136 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0180531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.228;QD=6.80699;RBI=0.0516071;REFB=-0.0180004;REVB=-0.0483464;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721922;STB=0.556839;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0604211;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:5:4:10:16:5:4:10:17 chr11 48367155 . T A 32.31 PASS AF=0.147059;AO=5;DP=34;FAO=5;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0655833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.033;QD=3.80124;RBI=0.0656374;REFB=-0.0309397;REVB=0.00266593;RO=24;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830329;STB=0.665928;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0679729;OID=.;OPOS=48367155;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:34:34:24:28:5:5:0.147059:4:1:6:18:4:1:10:18 chr11 48367163 . A G 43.09 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0309773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.472;QD=5.74504;RBI=0.0379939;REFB=-0.0144773;REVB=-0.0219987;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331534;STB=0.68573;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.037238;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:30:21:23:7:7:0.233333:5:2:12:9:5:2:12:11 chr11 48367170 . G A 34.62 PASS AF=0.2;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0130948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.63;QD=4.61602;RBI=0.115855;REFB=-0.0182316;REVB=-0.115112;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296846;STB=0.666112;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0520014;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:30:22:24:6:6:0.2:4:2:13:9:4:2:13:11 chr11 48367190 . A T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00673517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.117;QD=5.37754;RBI=0.00842202;REFB=-0.0104434;REVB=-0.00505648;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355558;STB=0.540424;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0250466;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:4:3:11:13:4:3:12:13 chr11 48367195 . C T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0113683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.288;QD=6.02724;RBI=0.0119946;REFB=0.00509638;REVB=-0.00382526;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135046;STB=0.51973;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.03856;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:4:5:17:13:4:5:18:13 chr11 48367249 . C T 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.000435292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.676;QD=6.7815;RBI=0.00542054;REFB=-0.00616237;REVB=0.00540303;RO=44;SAF=10;SAR=6;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444153;STB=0.527863;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0121075;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:47:16:16:0.253968:6:10:29:15:6:10:31:16 chr11 48367252 . G A 115.82 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.06049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3441;QD=7.47237;RBI=0.063121;REFB=-0.0211819;REVB=-0.0180336;RO=44;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389015;STB=0.515705;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0623073;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:44:45:16:17:0.274194:5:11:29:15:6:11:30:15 chr11 48367311 . T C 280.69 PASS AF=0.354839;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00805663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3519;QD=12.0725;RBI=0.0189968;REFB=-0.018336;REVB=-0.0172037;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668432;STB=0.538439;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0257385;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:60:32:33:0.354839:14:18:36:22:14:19:38:22 chr11 48367363 . C T 308.17 PASS AF=0.393258;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0372532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3888;QD=13.8503;RBI=0.0661293;REFB=-0.03451;REVB=-0.0546377;RO=52;SAF=20;SAR=14;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299625;STB=0.50467;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0488195;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:52:54:34:35:0.393258:14:20:32:20:14:21:32:22 chr11 48367387 . C T 236.79 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0921695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1061;QD=11.8393;RBI=0.092979;REFB=-0.0275661;REVB=0.0122419;RO=51;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910875;STB=0.561696;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0506834;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:51:51:28:29:0.3625:12:16:25:26:12:17:25:26 chr11 48367419 . G A 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0178329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.958;QD=14.4059;RBI=0.02251;REFB=-0.0111085;REVB=-0.0137363;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165561;STB=0.600586;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0188917;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:12:20:21:24:12:20:21:25 chr11 48367424 . C G 280.89 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0185812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.325;QD=14.4046;RBI=0.0188686;REFB=-0.0083214;REVB=0.00328064;RO=46;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277998;STB=0.641576;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0170849;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:9:22:21:25:10:22:21:25 chr11 48367455 . G A 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00244216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.146;QD=10.3426;RBI=0.0169682;REFB=-0.00653283;REVB=-0.0167915;RO=41;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310223;STB=0.683573;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156669;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:5:16:21:20:5:16:21:20 chr11 48367469 . TG CA 153.96 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00511507;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.229;QD=11.6197;RBI=0.0316819;REFB=-0.0301738;REVB=-0.0312663;RO=33;SAF=16;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400488;STB=0.74847;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.0309709;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:3:16:18:15:3:16:18:16 chr11 48367474 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0294659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.95;QD=14.132;RBI=0.0309252;REFB=-0.000427436;REVB=-0.0093877;RO=31;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422221;STB=0.7497;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000407678;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:3:16:16:15:3:16:16:15 chr11 48367499 . A G 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0345209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.759;QD=16.2668;RBI=0.0467227;REFB=-0.0221645;REVB=-0.0314852;RO=18;SAF=14;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600528;STB=0.858281;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0627792;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:1:14:9:9:1:14:9:9 chr11 48367511 . T G 110.53 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00313817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.165;QD=15.246;RBI=0.0402802;REFB=-0.000633723;REVB=-0.0401577;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606738;STB=0.862624;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00281239;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:1:12:7:9:1:12:7:9 chr11 48373748 . C G 72.38 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0132539;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.365;QD=5.36136;RBI=0.0376862;REFB=-0.00847448;REVB=-0.0352786;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654406;STB=0.919918;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0138499;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:39:43:11:11:0.203704:10:1:25:14:10:1:28:15 chr11 48373770 . T A 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0133604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.866;QD=4.11595;RBI=0.0236429;REFB=2.04656e-05;REVB=0.0195061;RO=51;SAF=1;SAR=10;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.685817;STB=0.936049;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=6.68311e-05;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:10:1:36:15:10:1:36:15 chr11 48373797 . C T 59.39 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=-0.00127923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.724;QD=3.39391;RBI=0.0487292;REFB=-0.0016521;REVB=-0.0487124;RO=59;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455627;STB=0.792037;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0259452;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:70:59:59:11:11:0.157143:7:4:44:15:7:4:44:15 chr11 48373805 . G A 58.09 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.0271363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3542;QD=3.27291;RBI=0.0288622;REFB=0.00245182;REVB=-0.00983111;RO=59;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455627;STB=0.795407;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0075556;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:59:60:11:11:0.15493:7:4:44:15:7:4:45:15 chr11 48373815 . A G 49.82 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=15;FWDB=0.0207638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7476;QD=2.73005;RBI=0.027659;REFB=-0.00162063;REVB=0.0182725;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455051;STB=0.787444;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0105959;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:73:62:63:10:10:0.136986:6:4:48:14:6:4:48:15 chr11 48373817 . C T 49.26 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=-0.00195215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.202;QD=2.66261;RBI=0.0177721;REFB=-0.00279015;REVB=-0.0176645;RO=59;SAF=4;SAR=6;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440361;STB=0.790609;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0520088;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:59:64:10:10:0.135135:6:4:45:14:6:4:49:15 chr11 48373827 . G A 70.55 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=-0.0173253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.354;QD=3.61804;RBI=0.0176634;REFB=-0.0009419;REVB=0.00343961;RO=65;SAF=7;SAR=6;SRF=52;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361038;STB=0.726631;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00174096;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:65:65:13:13:0.166667:6:7:52:13:6:7:52:13 chr11 48373885 . A G 340.69 PASS AF=0.298013;AO=45;DP=151;FAO=45;FDP=151;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=-0.00215805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.195;QD=9.02489;RBI=0.00609632;REFB=-0.00749399;REVB=-0.00570158;RO=106;SAF=18;SAR=27;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283699;STB=0.664879;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0303027;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:106:106:45:45:0.298013:27:18:68:38:27:18:68:38 chr11 48373900 . A G 364.39 PASS AF=0.308176;AO=49;DP=159;FAO=49;FDP=159;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=39;FWDB=0.00322841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.385;QD=9.16714;RBI=0.0250361;REFB=0.0036127;REVB=-0.024827;RO=107;SAF=21;SAR=28;SRF=70;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26215;STB=0.646692;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0150553;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:107:110:49:49:0.308176:28:21:70:37:28:21:71:39 chr11 48373936 . A G 483.19 PASS AF=0.376623;AO=59;DP=155;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.0348011;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9865;QD=12.5505;RBI=0.0402672;REFB=-0.00655126;REVB=0.0202568;RO=95;SAF=23;SAR=36;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248879;STB=0.640103;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0121084;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:95:96:59:58:0.376623:36:23:59:36:35:23:60:36 chr11 48373946 . C A 999.98 PASS AF=0.601351;AO=86;DP=145;FAO=89;FDP=148;FR=.;FRO=59;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.018448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.416;QD=27.0266;RBI=0.0199912;REFB=-0.0123095;REVB=0.00770201;RO=58;SAF=54;SAR=32;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174598;STB=0.587206;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00563853;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:58:59:86:89:0.601351:32:54:23:35:35:54:23:36 chr11 48373976 . T G 446.87 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0121565;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.416;QD=14.0746;RBI=0.0169454;REFB=-0.020896;REVB=-0.0118053;RO=76;SAF=21;SAR=30;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190015;STB=0.607134;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0273629;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:76:76:51:51:0.401575:30:21:45:31:30:21:45:31 chr11 48373986 . A G 401.68 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.103405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.672;QD=13.5018;RBI=0.103679;REFB=-0.0124425;REVB=-0.00752724;RO=71;SAF=20;SAR=27;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146293;STB=0.586711;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0103642;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:72:47:47:0.394958:27:20:40:31:27:20:41:31 chr11 48374000 . C CT 111.46 PASS AF=0.380435;AO=28;DP=102;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.120591;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9827;QD=4.84594;RBI=0.158217;REFB=0.00691885;REVB=0.102423;RO=61;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149882;STB=0.532029;STBP=0.644;TYPE=ins;VARB=-0.0226373;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380435:28:102:35:92:57:16:19:29:28:99:61:12:16:34:27 chr11 48387098 . A C 73.74 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00723532;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.957;QD=4.09693;RBI=0.0155427;REFB=-0.00583036;REVB=0.0137559;RO=60;SAF=12;SAR=1;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544726;STB=0.870819;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0217523;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:73:72:60:59:13:13:0.180556:1:12:34:26:1:12:34:25 chr11 48387107 . T C 72.6 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0228271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.668;QD=4.03309;RBI=0.0501236;REFB=-4.87197e-05;REVB=-0.044624;RO=59;SAF=12;SAR=1;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550664;STB=0.877358;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-5.92596e-05;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:72:72:59:59:13:13:0.180556:1:12:33:26:1:12:33:26 chr11 48387115 . G A 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00104248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.447;QD=3.34976;RBI=0.036483;REFB=-0.0122297;REVB=-0.0364682;RO=59;SAF=10;SAR=1;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497318;STB=0.8545;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0604484;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:1:10:34:25:1:10:34:25 chr11 48387118 . G A 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0342783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.172;QD=3.34965;RBI=0.0383458;REFB=-0.000666507;REVB=-0.0171873;RO=58;SAF=10;SAR=1;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516352;STB=0.868795;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00938008;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:58:59:11:11:0.157143:1:10:32:26:1:10:32:27 chr11 48387335 . C A 59.21 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0170174;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.334;QD=4.08335;RBI=0.0182159;REFB=0.000653538;REVB=0.00649827;RO=48;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212354;STB=0.531851;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00368975;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:58:48:48:10:10:0.172414:6:4:20:28:6:4:21:27 chr11 48387370 . A G 82.61 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00366271;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.964;QD=5.4173;RBI=0.0079522;REFB=0.00138496;REVB=-0.00705847;RO=47;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130769;STB=0.575717;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00731685;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:61:47:48:13:13:0.213115:8:5:23:24:8:5:23:25 chr11 48387424 . G T 214.18 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00221863;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.646;QD=10.4479;RBI=0.00899256;REFB=0.0101229;REVB=-0.00871458;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212238;STB=0.518103;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.021803;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:54:55:27:27:0.329268:13:14:29:25:13:14:30:25 chr11 48387490 . G A 202.62 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0450649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4342;QD=10.1311;RBI=0.0453276;REFB=0.00475507;REVB=-0.0048738;RO=53;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142177;STB=0.589012;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0122961;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:15:11:29:24:15:11:30:24 chr11 48387506 . A G 174.2 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00671215;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0289;QD=9.29049;RBI=0.0301394;REFB=-0.019101;REVB=-0.0293824;RO=49;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115767;STB=0.563258;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0344743;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:49:52:23:23:0.306667:14:9:24:25:14:9:25:27 chr11 48387526 . G T 183.48 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0211089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.213;QD=9.91789;RBI=0.0212529;REFB=-0.00360621;REVB=0.00247018;RO=50;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738375;STB=0.543343;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0104775;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:14:10:24:26:14:10:24:26 chr11 48387535 . T C 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0127979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1764;QD=9.29723;RBI=0.0736507;REFB=0.0143243;REVB=0.0725303;RO=51;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421989;STB=0.524919;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.029475;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:13:10:24:27:13:10:24:27 chr11 48387540 . G T 164.08 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0375809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.166;QD=9.3761;RBI=0.0383799;REFB=-0.00322397;REVB=-0.00779065;RO=46;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022972;STB=0.526292;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0105551;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:48:22:22:0.314286:12:10:20:26:12:10:20:28 chr11 48387580 . G T 49.05 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=43;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.106709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2712;QD=4.36027;RBI=0.108272;REFB=-0.00136377;REVB=0.0183301;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102885;STB=0.599734;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00145699;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:45:36:37:7:8:0.177778:5:2:13:23:6:2:13:24 chr11 48387582 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0360494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0615;QD=4.65871;RBI=0.0607889;REFB=-0.0279506;REVB=-0.0489462;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170279;STB=0.616127;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0687295;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:6:2:13:22:6:2:13:22 chr11 48387584 . A T 41.13 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.026024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0736;QD=3.73935;RBI=0.0436382;REFB=-0.0157973;REVB=-0.0350292;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102885;STB=0.56372;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0724122;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:36:37:7:7:0.159091:5:2:13:23:5:2:13:24 chr11 48387591 . A G 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0252695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.393;QD=4.92145;RBI=0.0716388;REFB=-0.0100124;REVB=-0.0670341;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134996;STB=0.581872;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0611703;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:41:32:33:8:8:0.195122:6:2:11:21:6:2:11:22 chr11 48387604 . C T 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00917552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.264;QD=3.76495;RBI=0.0124073;REFB=0.00048327;REVB=0.00835175;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307099;STB=0.713471;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00199794;OID=.;OPOS=48387604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:29:30:6:6:0.166667:5:1:11:18:5:1:11:19 chr11 48387960 . T C 34.32 PASS AF=0.0819672;AO=9;DP=121;FAO=10;FDP=122;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.05857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5138;QD=1.1253;RBI=0.0722459;REFB=-0.000820913;REVB=0.0422969;RO=112;SAF=6;SAR=3;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173135;STB=0.583989;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00896324;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:122:112:112:9:10:0.0819672:3:6:57:55:4:6:57:55 chr11 48387978 . T A 61.76 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.00943889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.856;QD=2.14834;RBI=0.00950123;REFB=-0.00351539;REVB=-0.00108664;RO=101;SAF=7;SAR=7;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303901;STB=0.521708;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0284077;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:101:101:14:14:0.121739:7:7:48:53:7:7:48:53 chr11 48387983 . T C 55.37 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.00754119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.575;QD=1.94264;RBI=0.007588;REFB=-0.000369556;REVB=0.000841615;RO=99;SAF=7;SAR=6;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101796;STB=0.573043;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00996895;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:99:101:13:13:0.114035:6:7:45:54:6:7:46:55 chr11 48997107 . G A 1203.8 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6166;QD=60.1902;RBI=0.0553629;REFB=0;REVB=-0.0111446;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695444;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:47:32:1:0:47:33:0:0 chr11 48997334 . T G 799.15 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.033858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.107;QD=53.2764;RBI=0.0361876;REFB=0.0045214;REVB=-0.012774;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.517851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=4.33182e-05;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:57:58:0.966667:30:27:1:0:31:27:2:0 chr11 49000558 . G A 641.26 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151292;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.875;QD=61.0725;RBI=0.151671;REFB=0;REVB=0.0107175;RO=0;SAF=1;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516526;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:40:1:0:0:40:2:0:0 chr11 49197416 . A G 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00457317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.332;QD=8.09038;RBI=0.0113939;REFB=-0.0123899;REVB=-0.0104359;RO=53;SAF=14;SAR=7;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814739;STB=0.548972;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0285069;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:7:14:32:21:7:14:32:21 chr11 49207315 . A G 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00242841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.884;QD=2.03574;RBI=0.0325476;REFB=-0.00310778;REVB=-0.0324569;RO=84;SAF=10;SAR=1;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489857;STB=0.871712;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0218507;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:84:85:11:11:0.114583:1:10:46:38:1:10:47:38 chr11 49221885 . T A 189.56 PASS AF=0.222222;AO=30;DP=135;FAO=30;FDP=135;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=0.00402624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.748;QD=5.61669;RBI=0.00404595;REFB=-0.000335611;REVB=-0.000398918;RO=105;SAF=17;SAR=13;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208267;STB=0.627407;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00150358;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:105:105:30:30:0.222222:13:17:42:63:13:17:42:63 chr11 49227620 . A G 73.68 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00930764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2816;QD=4.91222;RBI=0.0154851;REFB=0.000546491;REVB=0.0123756;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327164;STB=0.709343;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000965845;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:8:4:29:19:8:4:29:19 chr11 49598178 . G A 1712.92 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502743;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5315;QD=60.6343;RBI=0.0702696;REFB=0;REVB=0.0490949;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216669;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr11 49598207 . T C 949.65 PASS AF=0.694915;AO=83;DP=118;FAO=82;FDP=118;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.048469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.876;QD=32.1914;RBI=0.0636387;REFB=-0.0515131;REVB=-0.0412388;RO=35;SAF=45;SAR=38;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00038287;STB=0.505822;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0164515;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:35:36:83:82:0.694915:38:45:19:16:38:44:20:16 chr11 49598209 . T C 1789.88 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449697;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.414;QD=61.1925;RBI=0.0465024;REFB=0;REVB=-0.0118406;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68873e-05;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr11 49830142 . G T 1217.02 PASS AF=0.679487;AO=104;DP=154;FAO=106;FDP=156;FR=.;FRO=50;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00844742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.023;QD=31.2057;RBI=0.00861058;REFB=-0.0373264;REVB=0.00166831;RO=49;SAF=60;SAR=44;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12526;STB=0.562883;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0148174;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:49:50:104:106:0.679487:44:60:18:31:45:61:19:31 chr11 49973979 . C T 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0224674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6451;QD=26.4111;RBI=0.0581832;REFB=-0.00362773;REVB=0.0536703;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137232;STB=0.575757;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00311486;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:12:5:12:13:12:5 chr11 49974371 . G A 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.387;QD=61.6763;RBI=0.0236435;REFB=0;REVB=-0.0135825;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90694e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 49974670 . C T 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0566545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3867;QD=9.4916;RBI=0.0639509;REFB=-0.0103844;REVB=-0.0296645;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081694;STB=0.549906;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0172703;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:3:8:16:8:3:8:16:8 chr11 49974931 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.255;QD=53.2766;RBI=0.0692222;REFB=0;REVB=0.0595484;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423143;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 50003191 . C A 760.13 PASS AF=0.66055;AO=66;DP=101;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0054154;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8068;QD=27.8945;RBI=0.0398523;REFB=-0.0241187;REVB=-0.0394826;RO=34;SAF=35;SAR=31;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553672;STB=0.500649;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0122301;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:109:34:37:66:72:0.66055:31:35:21:13:31:41:21:16 chr11 51411510 . C T 871.76 PASS AF=0.411523;AO=76;DP=221;FAO=100;FDP=243;FR=.;FRO=143;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=0.0208317;FXX=0.0121946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.018;QD=14.3499;RBI=0.0210253;REFB=-0.0111703;REVB=-0.00284681;RO=140;SAF=40;SAR=36;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299514;STB=0.527113;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0173072;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:243:140:143:76:100:0.411523:36:40:70:70:43:57:75:68 chr11 51412379 . T C 359.5 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0421347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.029;QD=17.3252;RBI=0.0551398;REFB=-0.0166747;REVB=-0.0355677;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832812;STB=0.546642;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0287907;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:24:21:21:17:24:21 chr11 51515460 . C T 637.22 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0118202;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.509;QD=18.8806;RBI=0.011826;REFB=-0.0314052;REVB=-0.000373078;RO=69;SAF=36;SAR=29;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436501;STB=0.512582;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0366069;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:69:70:65:65:0.481481:29:36:35:34:30:35:36:34 chr11 51515640 . A G 263.03 PASS AF=0.318182;AO=34;DP=110;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0295267;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.976;QD=9.56455;RBI=0.0359409;REFB=-0.00251979;REVB=0.0204919;RO=75;SAF=19;SAR=15;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928278;STB=0.562464;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00708134;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:75:34:35:0.318182:15:19:36:39:15:20:36:39 chr11 51515912 . C T 499.44 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0507273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2554;QD=18.3281;RBI=0.0748022;REFB=-0.0379673;REVB=-0.0549737;RO=56;SAF=34;SAR=19;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378277;STB=0.520937;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0338335;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:19:34:38:18:19:34:38:18 chr11 51516000 . C T 353.12 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00248964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1527;QD=18.833;RBI=0.0162304;REFB=-0.0393118;REVB=-0.0160383;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644927;STB=0.520162;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0426118;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:38:35:37:0.493333:19:16:20:18:19:18:20:18 chr11 51516036 . G A 298.41 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0485091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.689;QD=20.9412;RBI=0.0486383;REFB=-0.0281064;REVB=-0.00354297;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965033;STB=0.559781;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0333649;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:30:31:0.54386:15:15:10:16:15:16:10:16 chr11 55111238 . C A 385.64 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0347445;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.677;QD=14.0232;RBI=0.0372205;REFB=-0.0124355;REVB=-0.0133484;RO=64;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814051;STB=0.551296;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0239104;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:65:45:45:0.409091:17:28:35:29:17:28:35:30 chr11 55111584 . A T 736.66 PASS AF=0.627273;AO=68;DP=110;FAO=69;FDP=110;FR=.;FRO=41;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0020078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.266;QD=26.7878;RBI=0.0119622;REFB=-0.020403;REVB=0.0117925;RO=41;SAF=41;SAR=27;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115545;STB=0.558626;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0100293;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:41:41:68:69:0.627273:27:41:18:23:28:41:18:23 chr11 55135435 . C T 842.22 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=168;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00149504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.371;QD=20.0528;RBI=0.0153354;REFB=0.00257589;REVB=-0.0152624;RO=82;SAF=33;SAR=52;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914481;STB=0.553656;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00296406;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:82:83:85:85:0.505952:52:33:40:42:52:33:41:42 chr11 55322211 . A G 679.81 PASS AF=0.462025;AO=72;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00377484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.403;QD=17.2103;RBI=0.00384666;REFB=-0.000263948;REVB=-0.000739854;RO=84;SAF=28;SAR=44;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281407;STB=0.52249;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000305253;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:85:72:73:0.462025:44:28:35:49:45:28:36:49 chr11 55322298 . C T 540.12 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0482808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1556;QD=18.1553;RBI=0.0717355;REFB=-0.0170465;REVB=-0.053056;RO=62;SAF=28;SAR=29;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233903;STB=0.512967;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.020294;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:29:28:32:30:29:28:32:30 chr11 55322638 . C T 366.11 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.000848732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2655;QD=16.2717;RBI=0.0345609;REFB=-0.00903503;REVB=-0.0345504;RO=50;SAF=26;SAR=13;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380705;STB=0.525411;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00782728;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:13:26:35:15:13:26:36:15 chr11 55339652 . C T 672.42 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00564011;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2138;QD=19.9235;RBI=0.0529681;REFB=0.0298925;REVB=-0.0526669;RO=68;SAF=33;SAR=34;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127584;STB=0.570273;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0291354;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:68:68:67:67:0.496296:34:33:43:25:34:33:43:25 chr11 55339798 . C T 455.94 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=14;FWDB=0.00592592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8911;QD=15.3257;RBI=0.0109611;REFB=-0.0216759;REVB=-0.00922109;RO=68;SAF=37;SAR=14;SRF=54;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923736;STB=0.551496;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0181606;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:14:37:54:14:14:37:54:14 chr11 55339829 . A C,G 1530.02 PASS AF=0.0353982,0.920354;AO=4,104;DP=112;FAO=4,104;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=2,80;FSAR=2,24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0890988,0.0158248;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.1364,152.95;QD=54.16;RBI=0.0897735,0.0170249;REFB=-0.0774629,-0.0358941;REVB=-0.0109856,0.00627871;RO=4;SAF=2,80;SAR=2,24;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.201109,0.0498185;STB=0.665923,0.535366;STBP=0.472,0.006;TYPE=snp,snp;VARB=0.0711359,0.000265779;OID=.,.;OPOS=55339829,55339829;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:112:113:4:5:4,104:4,104:0.0353982,0.920354:2,24:2,80:1:3:2,24:2,80:1:4 chr11 55340379 . T C 713.26 PASS AF=0.576271;AO=67;DP=118;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0105772;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1467;QD=24.1785;RBI=0.0602334;REFB=-0.000393609;REVB=0.0592974;RO=50;SAF=38;SAR=29;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262953;STB=0.517761;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=4.84337e-05;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:50:50:67:68:0.576271:29:38:30:20:30:38:30:20 chr11 55406022 . C G 787.4 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0355417;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.938;QD=51.6325;RBI=0.037601;REFB=-0.176243;REVB=0.012273;RO=3;SAF=35;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00523518;STB=0.503251;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00602617;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:57:58:0.95082:22:35:2:1:23:35:2:1 chr11 55418693 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.155;QD=57.3858;RBI=0.0378989;REFB=0;REVB=0.0352868;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01793e-05;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr11 55433040 . T C 315.42 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00444462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.054;QD=22.5298;RBI=0.0287088;REFB=-0.0151981;REVB=-0.0283627;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902895;STB=0.549968;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00873529;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:10:22:14:10:10:22:14:10 chr11 55541098 . G A 1205.41 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248415;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.174;QD=61.0335;RBI=0.0336965;REFB=0;REVB=-0.0227673;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257286;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr11 55541807 . T C 411.01 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0527688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4367;QD=29.3578;RBI=0.059628;REFB=0.0460429;REVB=-0.027766;RO=18;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656753;STB=0.535696;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0219984;OID=.;OPOS=55541807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:19:19:11:7:19:19:11:7 chr11 55563336 . A T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0237987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.034;QD=21.9446;RBI=0.0310867;REFB=-0.013439;REVB=-0.0200002;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988922;STB=0.53567;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00717549;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:8:8:4:7:8:8:5:7 chr11 55563776 . T G 1475.89 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459185;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.199;QD=63.4792;RBI=0.0606688;REFB=0;REVB=0.0396508;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33456e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:42:50:0:0:43:50:0:0 chr11 55587117 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.618;QD=52.6132;RBI=0.0344315;REFB=0;REVB=-0.0141768;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269723;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr11 55587511 . A G 2132.85 PASS AF=0.960784;AO=141;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0103625;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.446;QD=55.7609;RBI=0.0103794;REFB=-0.0699881;REVB=-0.000590789;RO=6;SAF=71;SAR=70;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384973;STB=0.518985;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00114673;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:153:153:6:6:141:147:0.960784:70:71:6:0:71:76:6:0 chr11 55587914 . A G 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000344078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.035;QD=12.6186;RBI=0.0338863;REFB=-0.0270044;REVB=-0.0338845;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114959;STB=0.557593;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0432738;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:11:13:16:21:11:13:17:21 chr11 55595340 . A G 312.53 PASS AF=0.283019;AO=44;DP=159;FAO=45;FDP=159;FR=.;FRO=114;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=70;FSRR=44;FWDB=0.0268051;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.126;QD=7.86227;RBI=0.0278663;REFB=-0.0154398;REVB=0.00761711;RO=114;SAF=25;SAR=19;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577021;STB=0.526851;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0515275;OID=.;OPOS=55595340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:114:114:44:45:0.283019:19:25:70:44:19:26:70:44 chr11 55606302 . G T 1415.43 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.332;QD=62.9081;RBI=0.0280157;REFB=0;REVB=0.00786136;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58229e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:31:58:0:0:32:58:0:0 chr11 55606818 . C T 681.64 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.465;QD=61.967;RBI=0.0877442;REFB=0;REVB=0.0834984;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564344;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:11:32:0:0:12:32:0:0 chr11 55652963 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.935;QD=50.4131;RBI=0.0700627;REFB=0;REVB=0.0392626;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131199;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 55652971 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.788;QD=50.4134;RBI=0.0241453;REFB=0;REVB=0.0239578;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85692e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 55653164 . G A 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191666;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.644;QD=59.0424;RBI=0.0378699;REFB=0;REVB=0.0326615;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74838e-05;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 55656434 . TC T 50.11 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00122496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.126;QD=3.34045;RBI=0.0107213;REFB=-0.00122808;REVB=0.0106511;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435896;STB=0.799361;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0245522;OID=.;OPOS=55656435;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:9:60:9:60:51:2:7:30:21:50:51:2:7:30:21 chr11 55656483 . T A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.903;QD=62.9816;RBI=0.0466765;REFB=0;REVB=0.0308476;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61842e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 55681494 . G A 483.22 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.466;QD=55.2249;RBI=0.0424275;REFB=-0.071015;REVB=0.0317016;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00416828;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:14:19:0:0:14:20:1:0 chr11 55746891 . G A 3123.97 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4713;QD=61.2543;RBI=0.00963743;REFB=0;REVB=0.00956997;RO=0;SAF=73;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59675e-05;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:203:204:0:0:202:204:1:129:73:0:0:131:73:0:0 chr11 55761221 . C T 973.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7251;QD=58.9771;RBI=0.0275625;REFB=0;REVB=0.024615;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305184;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:24:41:0:0:25:41:0:0 chr11 55761738 . T G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.544;QD=61.049;RBI=0.0159253;REFB=0;REVB=-0.00513893;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73366e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr11 55798152 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.2;QD=58.4186;RBI=0.0412001;REFB=0;REVB=0.00471973;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5156e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr11 55872876 . C T 3898.21 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439079;FXX=0.00787371;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.384;QD=61.8763;RBI=0.0449109;REFB=-0.0749054;REVB=0.00943878;RO=1;SAF=113;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125408;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:252:1:0:252:252:1:139:113:0:1:139:113:0:0 chr11 55873024 . A G 2485.08 PASS AF=1;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107418;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.571;QD=61.7412;RBI=0.0141642;REFB=0;REVB=0.00923248;RO=0;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181748;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:161:0:0:161:161:1:84:77:0:0:84:77:0:0 chr11 55873368 . G A 905.91 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146222;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0223;QD=58.4457;RBI=0.0175714;REFB=0;REVB=-0.00974397;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235491;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr11 55890257 . C T 3250.23 PASS AF=0.960177;AO=216;DP=225;FAO=217;FDP=226;FR=.;FRO=9;FSAF=106;FSAR=111;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0134322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3161;QD=57.5262;RBI=0.0368167;REFB=0.0394552;REVB=-0.0342789;RO=9;SAF=105;SAR=111;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528849;STB=0.502672;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00101895;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:225:226:9:9:216:217:0.960177:111:105:5:4:111:106:5:4 chr11 56000403 . C G 1309.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.364;QD=61.6036;RBI=0.0351927;REFB=0;REVB=0.0312623;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137971;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:36:49:0:0 chr11 56000600 . G T 201.84 PASS AF=0.44;AO=15;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0305504;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.116;QD=16.1475;RBI=0.0359202;REFB=-0.00972004;REVB=-0.0188928;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820866;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00915248;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:28:15:22:0.44:7:8:9:11:9:13:12:16 chr11 56043604 . A G 1975.74 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456465;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.34;QD=62.2281;RBI=0.0457639;REFB=0;REVB=0.00327584;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84432e-05;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:124:127:1:57:67:0:0:58:69:0:0 chr11 56043702 . G C 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252036;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.639;QD=57.5726;RBI=0.0272521;REFB=0;REVB=-0.0103659;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89758e-05;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr11 56058197 . G A 1751.72 PASS AF=0.991453;AO=117;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00267797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.32;QD=59.888;RBI=0.0505243;REFB=0.106757;REVB=0.0504532;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000852315;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:117:116:0.991453:59:58:0:0:59:57:1:0 chr11 56086147 . T G 902.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8624;QD=58.2196;RBI=0.0669908;REFB=0;REVB=0.0117968;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449525;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr11 56113516 . T C 1241.55 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00614134;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.115;QD=58.4259;RBI=0.0998177;REFB=-0.143822;REVB=0.0996286;RO=2;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337867;STB=0.517237;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00121659;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:85:2:2:82:83:0.976471:27:55:0:2:28:55:0:2 chr11 56113575 . A G 2029.57 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00352153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.316;QD=61.5021;RBI=0.0387388;REFB=0.0891486;REVB=0.0385784;RO=1;SAF=90;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525216;STB=0.502762;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000662704;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:41:90:1:0:41:90:1:0 chr11 56113593 . C A 2281.68 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00547763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.745;QD=62.0866;RBI=0.0111569;REFB=-0.00222911;REVB=0.00971971;RO=2;SAF=98;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518197;STB=0.502725;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=1.4503e-05;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:47:98:1:1:47:98:1:1 chr11 56127746 . A G 1283.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.891;QD=61.8645;RBI=0.015232;REFB=0;REVB=0.0133593;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63759e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:30:52:0:0:30:53:0:0 chr11 56128524 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000842976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.598;QD=60.2037;RBI=0.0431228;REFB=0;REVB=0.0431146;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92132e-05;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr11 56143156 . C T 1840.74 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.568;QD=61.358;RBI=0.0296385;REFB=0;REVB=0.0235357;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86412e-05;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:67:52:0:0:67:53:0:0 chr11 56143158 . A G 1784.63 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.95;QD=61.0131;RBI=0.0408145;REFB=0;REVB=0.0215289;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146527;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr11 56143570 . A G 143.81 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.018429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7452;QD=4.45931;RBI=0.0188474;REFB=-7.61103e-05;REVB=0.00394905;RO=104;SAF=19;SAR=6;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270972;STB=0.674172;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000734504;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:104:104:25:25:0.193798:6:19:59:45:6:19:59:45 chr11 56143592 . C T 1228.81 PASS AF=0.722628;AO=99;DP=137;FAO=99;FDP=137;FR=.;FRO=38;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0173955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.975;QD=35.8776;RBI=0.0174564;REFB=-0.0549421;REVB=-0.00145702;RO=37;SAF=56;SAR=43;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085984;STB=0.548926;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0214166;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:37:38:99:99:0.722628:43:56:27:10:43:56:28:10 chr11 56143690 . C A 425.57 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=12;FWDB=0.0388075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3858;QD=15.3359;RBI=0.0405429;REFB=-0.0113074;REVB=-0.0117349;RO=59;SAF=26;SAR=22;SRF=47;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262227;STB=0.657041;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0285485;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:63:48:48:0.432432:22:26:47:12:22:26:51:12 chr11 56143696 . C T 270.5 PASS AF=0.351852;AO=35;DP=106;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=12;FWDB=0.0208054;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.15;QD=10.0185;RBI=0.0848254;REFB=-0.0383276;REVB=0.0822343;RO=66;SAF=16;SAR=19;SRF=55;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422485;STB=0.712871;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.116614;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:66:70:35:38:0.351852:19:16:55:11:19:19:58:12 chr11 56143716 . TG CA 110.57 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=15;FWDB=-0.0175004;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.399;QD=4.96922;RBI=0.0238029;REFB=-0.00800953;REVB=-0.0161343;RO=70;SAF=8;SAR=10;SRF=55;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42907;STB=0.76168;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.0356825;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:71:18:18:0.202247:10:8:55:15:10:8:56:15 chr11 56143723 . T C 83.75 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=16;FWDB=-0.0241533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.657;QD=3.85061;RBI=0.0409366;REFB=-0.00411234;REVB=-0.0330519;RO=72;SAF=7;SAR=8;SRF=56;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401149;STB=0.749741;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0259435;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:8:7:56:16:8:7:56:16 chr11 56143725 . C G 69.38 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=15;FWDB=-0.00464691;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.825;QD=3.4261;RBI=0.0291863;REFB=-0.00291563;REVB=-0.028814;RO=68;SAF=7;SAR=6;SRF=53;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329368;STB=0.709801;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0651743;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:82:81:68:68:13:13:0.160494:6:7:53:15:6:7:53:15 chr11 56143729 . CC TG 54.49 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=-0.0348934;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=242.765;QD=2.75876;RBI=0.0389927;REFB=-0.00395888;REVB=-0.0174035;RO=67;SAF=7;SAR=4;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159259;STB=0.596698;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.0260081;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:67:68:11:11:0.139241:4:7:50:17:4:7:50:18 chr11 56184888 . G A 2768.84 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.014;QD=62.5726;RBI=0.00522124;REFB=0;REVB=0.00186275;RO=0;SAF=75;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12015e-05;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:177:0:0:172:177:1:97:75:0:0:101:76:0:0 chr11 56185345 . A G 523.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223383;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.664;QD=59.8566;RBI=0.034518;REFB=0;REVB=0.0263153;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311173;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 56294338 . G A 1992.82 PASS AF=0.956522;AO=132;DP=139;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00345576;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.58;QD=57.763;RBI=0.037079;REFB=-0.126396;REVB=0.0369176;RO=6;SAF=62;SAR=70;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025143;STB=0.513243;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00135549;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:139:138:6:6:132:132:0.956522:70:62:1:5:70:62:1:5 chr11 56310222 . C T 368.94 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4152;QD=54.6572;RBI=0.0399632;REFB=0;REVB=0.0316181;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323154;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:10:15:0:0:11:16:0:0 chr11 56344993 . C A 1585.51 PASS AF=1;AO=93;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.344;QD=59.8307;RBI=0.0406409;REFB=0;REVB=0.0400323;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51556e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:93:106:1:44:49:0:0:54:52:0:0 chr11 56380134 . C G 1562.05 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.45;QD=63.113;RBI=0.0524434;REFB=0;REVB=0.0521276;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45696e-05;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:94:99:1:52:42:0:0:56:43:0:0 chr11 56431216 . C T 2368.65 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.474;QD=61.1265;RBI=0.0298834;REFB=0;REVB=0.0278817;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62785e-05;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:83:72:0:0:83:72:0:0 chr11 56467881 . T C 642.94 PASS AF=0.390374;AO=73;DP=187;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.0105023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0013;QD=13.7527;RBI=0.0260668;REFB=0.0225738;REVB=0.0238575;RO=113;SAF=44;SAR=29;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107774;STB=0.563665;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0361433;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:113:114:73:73:0.390374:29:44:57:56:29:44:57:57 chr11 56467926 . A G 768.41 PASS AF=0.366142;AO=91;DP=252;FAO=93;FDP=254;FR=.;FRO=161;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=-0.0288063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1244;QD=12.1009;RBI=0.0330455;REFB=-0.00409776;REVB=-0.0161926;RO=161;SAF=50;SAR=41;SRF=84;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313891;STB=0.534797;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00713147;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:254:161:161:91:93:0.366142:41:50:84:77:40:53:83:78 chr11 56467945 . G T 784.31 PASS AF=0.34767;AO=96;DP=278;FAO=97;FDP=279;FR=.;FRO=182;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=85;FSRR=97;FWDB=-0.00145303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.331;QD=11.2445;RBI=0.010177;REFB=-0.0147016;REVB=-0.0100727;RO=178;SAF=54;SAR=42;SRF=83;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109814;STB=0.565236;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0236053;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:178:182:96:97:0.34767:42:54:83:95:42:55:85:97 chr11 56468020 . TG CA 562.39 PASS AF=0.293893;AO=76;DP=263;FAO=77;FDP=262;FR=.;FRO=185;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=92;FSRR=93;FWDB=-0.01933;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.089;QD=8.58604;RBI=0.0198967;REFB=-0.0260777;REVB=0.00471486;RO=183;SAF=43;SAR=33;SRF=90;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899738;STB=0.552618;STBP=0.242;TYPE=mnp;VARB=0.0490129;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:183:185:76:77:0.293893:33:43:90:93:33:44:92:93 chr11 56468044 . T G 2797.16 PASS AF=0.955;AO=189;DP=199;FAO=191;FDP=200;FR=.;FRO=9;FSAF=83;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0133847;FXX=0.0099005;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.23;QD=55.9433;RBI=0.0166045;REFB=-0.0319229;REVB=-0.00982647;RO=5;SAF=83;SAR=106;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799881;STB=0.50464;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000528646;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:199:200:5:9:189:191:0.955:106:83:3:2:108:83:3:6 chr11 56468047 . AC GT 3063.55 PASS AF=1;AO=187;DP=193;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187526;FXX=0.0353517;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.938;QD=64.1581;RBI=0.0187655;REFB=0;REVB=0.00069464;RO=0;SAF=82;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.31374e-05;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:191:0:0:187:191:1:105:82:0:0:106:85:0:0 chr11 56468111 . C T 566.46 PASS AF=0.34466;AO=71;DP=206;FAO=71;FDP=206;FR=.;FRO=135;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=0.00277032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.557;QD=10.9992;RBI=0.00332624;REFB=-0.00622165;REVB=-0.00184099;RO=135;SAF=32;SAR=39;SRF=59;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158526;STB=0.509058;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0121287;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:135:135:71:71:0.34466:39:32:59:76:39:32:59:76 chr11 56468198 . A G 532.57 PASS AF=0.405229;AO=61;DP=152;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0356902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3944;QD=13.9233;RBI=0.0449725;REFB=-0.0325604;REVB=-0.0273631;RO=90;SAF=25;SAR=36;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131466;STB=0.571043;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0406515;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:90:91:61:62:0.405229:36:25:48:42:36:26:49:42 chr11 56468200 . C T 511.28 PASS AF=0.390728;AO=61;DP=151;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0182017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5169;QD=13.5439;RBI=0.0196016;REFB=-0.00891831;REVB=-0.00727462;RO=90;SAF=25;SAR=36;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142978;STB=0.583568;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0165078;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:90:92:61:59:0.390728:36:25:49:41:35:24:50:42 chr11 56468202 . G A 517.53 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=151;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.00021475;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.215;QD=13.9872;RBI=0.0270608;REFB=-0.0204362;REVB=0.0270599;RO=89;SAF=24;SAR=35;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141988;STB=0.580083;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0315749;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:89:89:59:59:0.398649:35:24:48:41:35:24:48:41 chr11 56468212 . G A 587.86 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.00887737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.016;QD=15.1705;RBI=0.0504708;REFB=-0.0273218;REVB=0.049684;RO=88;SAF=30;SAR=36;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812823;STB=0.548637;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0193043;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:88:89:66:66:0.425806:36:30:47:41:36:30:48:41 chr11 56468259 . C T 973.87 PASS AF=0.582278;AO=92;DP=158;FAO=92;FDP=158;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.00289749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.435;QD=24.6548;RBI=0.0122321;REFB=-0.0372574;REVB=0.011884;RO=60;SAF=53;SAR=39;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178862;STB=0.525974;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0180891;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:60:66:92:92:0.582278:39:53:36:24:39:53:42:24 chr11 56468368 . C T 688.8 PASS AF=0.362445;AO=83;DP=230;FAO=83;FDP=229;FR=.;FRO=146;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=87;FSRR=59;FWDB=-0.00859049;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.146;QD=12.0314;RBI=0.0663563;REFB=-0.0176908;REVB=-0.0657979;RO=142;SAF=55;SAR=28;SRF=84;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855466;STB=0.546159;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0294009;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:142:146:83:83:0.362445:28:55:84:58:28:55:87:59 chr11 56468403 . G A 569.41 PASS AF=0.338028;AO=72;DP=215;FAO=72;FDP=213;FR=.;FRO=141;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=83;FSRR=58;FWDB=-0.0200224;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.546;QD=10.693;RBI=0.020516;REFB=-0.00706162;REVB=-0.00447338;RO=140;SAF=47;SAR=25;SRF=82;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826191;STB=0.545505;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0151628;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:140:141:72:72:0.338028:25:47:82:58:25:47:83:58 chr11 56468416 . G A 462.62 PASS AF=0.30303;AO=60;DP=198;FAO=60;FDP=198;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=81;FSRR=57;FWDB=0.0572626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0674;QD=9.34578;RBI=0.0710869;REFB=-0.0192157;REVB=0.042123;RO=137;SAF=40;SAR=20;SRF=80;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106303;STB=0.559979;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.051425;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:137:138:60:60:0.30303:20:40:80:57:20:40:81:57 chr11 56468440 . G T 340.32 PASS AF=0.29375;AO=46;DP=159;FAO=47;FDP=160;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.0298732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2631;QD=8.50791;RBI=0.0305197;REFB=0.00149864;REVB=0.00624875;RO=113;SAF=27;SAR=19;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145908;STB=0.500544;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00616851;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:113:113:46:47:0.29375:19:27:65:48:20:27:65:48 chr11 56468448 . AA GT 331.71 PASS AF=0.291139;AO=46;DP=158;FAO=46;FDP=158;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0135288;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=133.8;QD=8.39773;RBI=0.0135844;REFB=0.00621953;REVB=0.00122798;RO=112;SAF=26;SAR=20;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014273;STB=0.508376;STBP=0.893;TYPE=mnp;VARB=-0.0115395;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:112:112:46:46:0.291139:20:26:62:50:20:26:62:50 chr11 56468452 . A C 321.68 PASS AF=0.278788;AO=46;DP=165;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=0.000721237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8575;QD=7.79822;RBI=0.00326895;REFB=-0.00507143;REVB=0.00318839;RO=119;SAF=27;SAR=19;SRF=68;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194712;STB=0.511497;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0135562;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:119:119:46:46:0.278788:19:27:68:51:19:27:68:51 chr11 56468493 . A G 406.7 PASS AF=0.327273;AO=53;DP=163;FAO=54;FDP=165;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=42;FWDB=0.0169174;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6201;QD=9.85929;RBI=0.0284639;REFB=-0.0257428;REVB=0.022891;RO=109;SAF=35;SAR=18;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579696;STB=0.519331;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0387336;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:109:111:53:54:0.327273:18:35:67:42:19:35:69:42 chr11 56468554 . A C 619.42 PASS AF=0.34375;AO=77;DP=224;FAO=77;FDP=224;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=85;FSRR=62;FWDB=-0.0273527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3759;QD=11.0611;RBI=0.055278;REFB=-0.0156422;REVB=-0.0480363;RO=146;SAF=51;SAR=26;SRF=84;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106706;STB=0.559306;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.032642;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:146:147:77:77:0.34375:26:51:84:62:26:51:85:62 chr11 56468560 . TA CG 599.49 PASS AF=0.340909;AO=75;DP=221;FAO=75;FDP=220;FR=.;FRO=145;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=61;FWDB=0.0145791;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.787;QD=10.8998;RBI=0.0167235;REFB=-0.0119568;REVB=-0.00819308;RO=142;SAF=50;SAR=25;SRF=84;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930762;STB=0.562075;STBP=0.172;TYPE=mnp;VARB=0.0367313;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:142:145:75:75:0.340909:25:50:84:58:25:50:84:61 chr11 56468637 . C T 557.93 PASS AF=0.284133;AO=76;DP=270;FAO=77;FDP=271;FR=.;FRO=194;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=110;FSRR=84;FWDB=-0.0250901;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.242;QD=8.23505;RBI=0.025699;REFB=-0.0200978;REVB=-0.00556113;RO=188;SAF=49;SAR=27;SRF=110;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770376;STB=0.552099;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.053344;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:188:194:76:77:0.284133:27:49:110:78:28:49:110:84 chr11 56468646 . C T 541.76 PASS AF=0.284644;AO=76;DP=268;FAO=76;FDP=267;FR=.;FRO=191;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=109;FSRR=82;FWDB=-0.0503637;FXX=0.0037312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.354;QD=8.11624;RBI=0.051446;REFB=-0.00353513;REVB=0.0104974;RO=187;SAF=47;SAR=29;SRF=107;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585573;STB=0.535562;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0102389;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:187:191:76:76:0.284644:29:47:107:80:29:47:109:82 chr11 56468694 . C T 229.98 PASS AF=0.213483;AO=38;DP=178;FAO=38;FDP=178;FR=.;FRO=140;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=-0.0426607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9535;QD=5.16797;RBI=0.0519396;REFB=-0.00344198;REVB=-0.0296274;RO=140;SAF=18;SAR=20;SRF=72;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517142;STB=0.531898;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0140075;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:140:140:38:38:0.213483:20:18:72:68:20:18:72:68 chr11 56468699 . T A 204.27 PASS AF=0.202312;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=173;FR=.;FRO=138;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=67;FWDB=-0.0137595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2775;QD=4.72293;RBI=0.0188661;REFB=-0.00730295;REVB=-0.0129077;RO=135;SAF=17;SAR=18;SRF=69;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324129;STB=0.522932;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0146895;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:135:138:35:35:0.202312:18:17:69:66:18:17:71:67 chr11 56468704 . T C 180.22 PASS AF=0.196319;AO=32;DP=163;FAO=32;FDP=163;FR=.;FRO=131;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.0254062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9108;QD=4.42265;RBI=0.0255647;REFB=-0.0223163;REVB=-0.00284237;RO=131;SAF=16;SAR=16;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014642;STB=0.509197;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0757641;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:131:131:32:32:0.196319:16:16:67:64:16:16:67:64 chr11 56468720 . T C 156.13 PASS AF=0.191489;AO=26;DP=140;FAO=27;FDP=141;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0396804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.507;QD=4.42931;RBI=0.0405274;REFB=-0.00567353;REVB=-0.00824215;RO=111;SAF=11;SAR=15;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927736;STB=0.552012;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0197334;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:111:114:26:27:0.191489:15:11:55:56:15:12:58:56 chr11 56508525 . A G 991.16 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.041554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.706;QD=55.0646;RBI=0.0717825;REFB=-0.186142;REVB=0.058532;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410516;STB=0.521733;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00229619;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:72:72:3:3:69:69:0.958333:36:33:3:0:36:33:3:0 chr11 56510672 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0819001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.296;QD=43.016;RBI=0.0819497;REFB=0.0749416;REVB=-0.00285129;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00041083;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:1:0:10:6:1:0 chr11 56756399 . G T 1452.57 PASS AF=0.944954;AO=100;DP=107;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0132696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9829;QD=53.3051;RBI=0.0193433;REFB=0.00501515;REVB=0.0140742;RO=4;SAF=52;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196938;STB=0.511077;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00021397;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:107:109:4:6:100:103:0.944954:48:52:1:3:48:55:2:4 chr11 56756664 . G A,T 1503.34 PASS AF=0.92233,0.0776699;AO=92,11;DP=103;FAO=95,8;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56,8;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488668,-0.0129608;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.3046,183.841;QD=58.382;RBI=0.0225343,0.0132552;REFB=0,0;REVB=-0.021998,-0.00277851;RO=0;SAF=53,11;SAR=39,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0103985,0.0803777;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:103:103:0:0:92,11:95,8:0.92233,0.0776699:39,0:53,11:0:0:39,0:56,8:0:0 chr11 56954846 . C T 515.91 PASS AF=0.398693;AO=60;DP=154;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00309441;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.789;QD=13.4878;RBI=0.0109557;REFB=-0.0206312;REVB=0.0105096;RO=92;SAF=26;SAR=34;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951127;STB=0.55769;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0275527;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:92:92:60:61:0.398693:34:26:48:44:35:26:48:44 chr11 56956516 . G A 597.05 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0592342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7415;QD=21.1345;RBI=0.0592694;REFB=-0.0132834;REVB=-0.00204251;RO=53;SAF=35;SAR=25;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17509;STB=0.59615;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00997421;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:25:35:20:33:25:35:20:33 chr11 57004343 . TG T,TC,TT 953.59 PASS AF=0,0.0153846,0.984615;AO=16,3,46;DP=65;FAO=0,1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,26;FSAR=0,0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308294,0.0221748,0.037329;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=263.682,247.3,285.56;QD=58.6825;RBI=0.0676726,0.0624551,0.0760249;REFB=0,0,0;REVB=0.0602422,0.058386,0.0662294;RO=0;SAF=1,3,23;SAR=15,0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0364763,0.0538399,-5.00333e-05;OID=.,.,.;OPOS=57004344,57004344,57004344;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0153846,0.984615:16,3,46:65:0,1,64:65:0:0,1,26:0,0,38:0:0:3:0:1,3,23:15,0,23:0:0 chr11 57077464 . T C 699.44 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0547167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7913;QD=25.4342;RBI=0.0549401;REFB=-0.0287757;REVB=-0.00495014;RO=44;SAF=37;SAR=29;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570074;STB=0.530977;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.01847;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:29:37:28:16:29:37:28:16 chr11 57081197 . G C 179.65 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0125457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2657;QD=12.832;RBI=0.0382737;REFB=-0.0168029;REVB=0.0361591;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326372;STB=0.506874;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0226045;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:5:17:24:8:5:17:26:8 chr11 57137371 . G A 450.58 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00482573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.782;QD=21.7149;RBI=0.0136103;REFB=-0.0109907;REVB=0.0127261;RO=38;SAF=30;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163891;STB=0.597844;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00737484;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:14:30:19:19:14:30:19:20 chr11 57137424 . C T 1481.79 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.11418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8849;QD=61.1048;RBI=0.118181;REFB=-0.280154;REVB=0.0304922;RO=2;SAF=52;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178871;STB=0.509432;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00827607;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:43:52:2:0:43:52:2:0 chr11 57147016 . A G 1870.15 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015443;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.798;QD=61.3165;RBI=0.0202274;REFB=0;REVB=0.0130638;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62075e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:49:72:0:0:50:72:0:0 chr11 57148175 . A G 1772.07 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306293;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9424;QD=60.0703;RBI=0.031776;REFB=-0.0745798;REVB=-0.00845922;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000438217;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:0:1:116:117:0.991525:56:60:0:0:57:60:0:1 chr11 57155001 . G A 3774.64 PASS AF=0.979675;AO=240;DP=248;FAO=241;FDP=246;FR=.;FRO=5;FSAF=124;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0209919;FXX=0.0120477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.895;QD=61.3763;RBI=0.0211595;REFB=-0.00233796;REVB=0.00265771;RO=3;SAF=124;SAR=116;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353353;STB=0.501739;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=4.17584e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:248:246:3:5:240:241:0.979675:116:124:2:1:117:124:3:2 chr11 57155288 . T C 4924.19 PASS AF=1;AO=314;DP=317;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235912;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.284;QD=62.5294;RBI=0.0409899;REFB=-0.0216965;REVB=0.0335205;RO=1;SAF=181;SAR=133;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45692e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:317:315:1:0:314:315:1:133:181:0:1:134:181:0:0 chr11 57157405 . A G 592.15 PASS AF=1;AO=29;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140116;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.8518;QD=56.3951;RBI=0.140291;REFB=-0.0836832;REVB=0.00700807;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00711458;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:42:2:0:29:42:1:14:15:1:1:17:25:0:0 chr11 57177579 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0064047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.176;QD=14.9786;RBI=0.0502646;REFB=-0.00281264;REVB=0.0498549;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.571292;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00303785;OID=.;OPOS=57177579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:3:8:6:4:3:8 chr11 57228311 . T TC 38.31 PASS AF=0.3;AO=4;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0792592;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.5711;QD=5.10779;RBI=0.0831804;REFB=-0.0165185;REVB=0.0252382;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353723;STB=0.858629;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0321871;OID=.;OPOS=57228312;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:4:31:9:30:21:1:8:12:9:38:23:1:3:13:10 chr11 57243769 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.076576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3862;QD=18.644;RBI=0.0804147;REFB=-0.0188274;REVB=0.0245488;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197408;STB=0.610485;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0489323;OID=.;OPOS=57243769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:1:12:11:3:1:12 chr11 57310307 . A G 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0103857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.284;QD=23.1235;RBI=0.0137201;REFB=-0.0275159;REVB=-0.00896548;RO=22;SAF=22;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271169;STB=0.650598;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0300487;OID=.;OPOS=57310307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:8:22:9:13:8:22:9:13 chr11 57353983 . T G 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.000781059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.902;QD=12.2111;RBI=0.0317807;REFB=0.000622173;REVB=-0.0317711;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525392;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157889;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:3:10:17:5:3:10:17:5 chr11 57367467 . T C 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0244859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.937;QD=25.8141;RBI=0.0266014;REFB=0.00913127;REVB=-0.0103958;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148386;STB=0.582217;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00681623;OID=.;OPOS=57367467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:16:11:12:8:16:11:12:8 chr11 57391106 . G C 435.76 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00441166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6465;QD=54.4699;RBI=0.0196038;REFB=-0.096521;REVB=-0.0191009;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0143821;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr11 57463500 . T C 1248.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.07692;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6009;QD=61.6778;RBI=0.0826674;REFB=0;REVB=0.0302855;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73884e-05;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr11 57468129 . T C 1626.95 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214453;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.884;QD=60.2573;RBI=0.0251644;REFB=0;REVB=0.013166;RO=0;SAF=36;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86699e-05;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:72:36:0:0:72:36:0:0 chr11 57509429 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.057;QD=39.206;RBI=0.0350222;REFB=0;REVB=-0.0307036;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223207;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 57571232 . C T 905.46 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375001;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.781;QD=58.4166;RBI=0.00375369;REFB=0;REVB=0.00016627;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316708;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 57585662 . C T 184.77 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0108494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4573;QD=18.4771;RBI=0.040243;REFB=-0.0164472;REVB=-0.0387529;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179952;STB=0.519979;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0257028;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:7:12:13:7:7:12:14:7 chr11 57798723 . A G 1312.67 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.882;QD=61.7726;RBI=0.0353594;REFB=0;REVB=0.0347943;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154002;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:42:43:0:0 chr11 57798942 . A G,T 810.26 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=53,3;DP=57;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=44,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193879,-0.0249189;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.003,167.734;QD=55.8799;RBI=0.0294559,0.0267998;REFB=0,0;REVB=-0.0221756,-0.00986317;RO=1;SAF=9,0;SAR=44,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494922,-0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00361664,0.0243541;OID=.,.;OPOS=57798942,57798942;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:58:1:0:53,3:55,3:0.948276,0.0517241:44,3:9,0:1:0:44,3:11,0:0:0 chr11 57947264 . C G 382.98 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0115554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.658;QD=17.4083;RBI=0.0123631;REFB=-0.0239553;REVB=-0.00439548;RO=48;SAF=27;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219075;STB=0.623014;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0361616;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:13:27:22:26:13:27:22:26 chr11 57948952 . G A 640.19 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0527765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.996;QD=59.5526;RBI=0.0548206;REFB=-0.174717;REVB=0.0148302;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00132086;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:0:1 chr11 57958775 . C T 1766.23 PASS AF=0.967742;AO=118;DP=123;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0123704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.559;QD=56.9753;RBI=0.0230142;REFB=-0.0912098;REVB=0.0194068;RO=5;SAF=75;SAR=43;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00296002;STB=0.50406;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000982935;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:124:5:4:118:120:0.967742:43:75:3:2:44:76:3:1 chr11 57958972 . C A 769.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.191;QD=57.0154;RBI=0.00539408;REFB=0;REVB=0.00287258;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45911e-05;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr11 57971171 . C T 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0508584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.346;QD=2.13931;RBI=0.0526792;REFB=-0.00781883;REVB=-0.0137305;RO=68;SAF=1;SAR=8;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456603;STB=0.849629;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0232137;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:68:68:9:9:0.116883:8:1:31:37:8:1:31:37 chr11 57971195 . G A 745.15 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.122;QD=54.1929;RBI=0.0522611;REFB=-0.0462162;REVB=0.000562284;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000370477;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:55:1:1:50:54:0.981818:24:26:1:0:24:30:1:0 chr11 57971201 . G A 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0274057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8895;QD=55.6041;RBI=0.0358684;REFB=-0.0226451;REVB=-0.0231401;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00257231;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:1:0:26:32:1:0 chr11 57982229 . A G 1484.3 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142112;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=63.1617;RBI=0.0168086;REFB=0;REVB=0.00897604;RO=0;SAF=67;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111395;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:26:67:0:0:27:67:0:0 chr11 57982584 . T C 1601.81 PASS AF=0.948718;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0613842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5559;QD=54.7629;RBI=0.0625514;REFB=-0.101976;REVB=0.0120275;RO=4;SAF=46;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395051;STB=0.513264;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00431655;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:117:117:4:6:111:111:0.948718:65:46:4:0:65:46:4:2 chr11 57982620 . A G 1589.41 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.374;QD=59.9779;RBI=0.0224758;REFB=0;REVB=-0.00351372;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31494e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:60:45:0:0:60:46:0:0 chr11 57982726 . G T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.057;QD=64.1524;RBI=0.0509131;REFB=0;REVB=-0.00928772;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100384;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr11 57982763 . A G 376.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2298;QD=55.7239;RBI=0.0469134;REFB=0;REVB=0.0119972;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979822;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:7:20:0:0 chr11 57982832 . T A 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2391;QD=62.651;RBI=0.111957;REFB=0;REVB=0.0904607;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211205;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr11 57982896 . G T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.901;QD=60.5455;RBI=0.0146983;REFB=0;REVB=0.000130686;RO=0;SAF=75;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34097e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:37:75:0:0:37:75:0:0 chr11 57983194 . A G 867.96 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589958;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.484;QD=55.9977;RBI=0.0614761;REFB=-0.0769008;REVB=-0.0172861;RO=1;SAF=20;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017062;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:59:62:1:39:20:1:0:39:23:0:0 chr11 57996312 . C G 1586.06 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224834;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.512;QD=59.8513;RBI=0.0225063;REFB=0;REVB=-0.00101477;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87105e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:106:0:0:97:106:1:46:51:0:0:47:59:0:0 chr11 58034543 . C T 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000244537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.921;QD=60.8493;RBI=0.00675582;REFB=0;REVB=0.00675139;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39806e-06;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:47:68:0:0:47:68:0:0 chr11 58123152 . T C 1531.77 PASS AF=0.931034;AO=108;DP=116;FAO=108;FDP=116;FR=.;FRO=8;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0135019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.9;QD=52.8196;RBI=0.0415603;REFB=-0.035731;REVB=0.039306;RO=8;SAF=56;SAR=52;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139308;STB=0.507356;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00193496;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:116:116:8:8:108:108:0.931034:52:56:5:3:52:56:5:3 chr11 58125620 . T C 1508.51 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0118179;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.945;QD=61.5719;RBI=0.0217631;REFB=-0.079622;REVB=0.0182749;RO=0;SAF=62;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10899e-08;STB=0.503525;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=8.01962e-05;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:0:2:95:96:0.979592:33:62:0:0:33:63:1:1 chr11 58126305 . A T 740.85 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0183893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.596;QD=47.7969;RBI=0.0209729;REFB=0.00285418;REVB=-0.0100843;RO=6;SAF=24;SAR=32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438788;STB=0.523356;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000220744;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:6:6:56:56:0.903226:32:24:4:2:32:24:4:2 chr11 58207204 . A G 1541.83 PASS AF=0.981818;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.389;QD=56.0664;RBI=0.0457084;REFB=-0.179432;REVB=0.0363066;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999073;STB=0.501198;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00101852;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:1:2:106:108:0.981818:59:47:1:0:61:47:1:1 chr11 58318619 . C G 1860.71 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0012056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.45;QD=60.511;RBI=0.00811046;REFB=-0.0437301;REVB=0.00802035;RO=1;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798408;STB=0.504201;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=4.84312e-05;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:59:63:0:1:59:63:0:1 chr11 58478084 . T C 2378.76 PASS AF=0.963855;AO=159;DP=167;FAO=160;FDP=166;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=69;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00471561;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9837;QD=57.3194;RBI=0.047482;REFB=-0.0192971;REVB=0.0472473;RO=6;SAF=90;SAR=69;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306625;STB=0.515955;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0069577;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:167:166:6:6:159:160:0.963855:69:90:6:0:69:91:6:0 chr11 58973982 . GTA G 616.26 PASS AF=0.888889;AO=39;DP=60;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0714102;FXX=0.142834;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.776;QD=45.6486;RBI=0.0788194;REFB=-0.176048;REVB=0.033363;RO=7;SAF=12;SAR=27;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169445;STB=0.568632;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.00696343;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:39:60:48:54:6:14:34:5:1:31:7:12:27:6:1 chr11 58978684 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.024736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.513;QD=19.6459;RBI=0.0291524;REFB=-0.0581437;REVB=0.0154271;RO=8;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258419;STB=0.651838;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0118122;OID=.;OPOS=58978684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:1:10:6:2:1:10:6:2 chr11 58982071 . C T 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.685;QD=62.3468;RBI=0.0235741;REFB=0;REVB=-0.0223065;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15778e-05;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr11 59058590 . C G 118.89 PASS AF=0.176;AO=22;DP=125;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=0.00256134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.7;QD=3.80439;RBI=0.0169562;REFB=0.00230295;REVB=0.0167616;RO=103;SAF=17;SAR=5;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28311;STB=0.686544;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00888579;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:103:103:22:22:0.176:5:17:59:44:5:17:59:44 chr11 59132798 . G C 50.18 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0181429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2652;QD=4.77948;RBI=0.0199177;REFB=-0.00562375;REVB=-0.00821879;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354194;STB=0.729825;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0264969;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:23:11:5:3:23:11 chr11 59132882 . A G 38.49 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00914807;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.908;QD=8.55229;RBI=0.0128867;REFB=-0.0131038;REVB=-0.00907636;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439476;STB=0.798934;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0399181;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:13:12:6:6:0.333333:1:5:6:7:1:5:5:7 chr11 59210795 . A G 950.86 PASS AF=0.752381;AO=77;DP=103;FAO=79;FDP=105;FR=.;FRO=26;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0500182;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.447;QD=36.2233;RBI=0.0511022;REFB=-0.00346938;REVB=-0.0104693;RO=25;SAF=39;SAR=38;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853308;STB=0.542709;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00114611;OID=.;OPOS=59210795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:25:26:77:79:0.752381:38:39:8:17:38:41:9:17 chr11 59211188 . G A 52.86 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00811901;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4753;QD=3.77557;RBI=0.0115697;REFB=-0.0131857;REVB=0.00824251;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023545;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.110738;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:56:47:47:9:9:0.160714:4:5:27:20:4:5:27:20 chr11 59211265 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0307128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.031;QD=9.53609;RBI=0.0318232;REFB=-8.09695e-05;REVB=-0.00833306;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105953;STB=0.563998;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000550765;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:16:11:6:6:16:11 chr11 59224464 . G C 246.75 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0157244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.769;QD=31.8392;RBI=0.0207742;REFB=-0.020193;REVB=-0.0135762;RO=8;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232973;STB=0.540945;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00702279;OID=.;OPOS=59224464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:8:9:21:22:0.709677:7:14:5:3:7:15:5:4 chr11 59224720 . A G 107.75 PASS AF=0.176991;AO=19;DP=111;FAO=20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0259412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.592;QD=3.81422;RBI=0.0259413;REFB=0.00280344;REVB=6.07806e-05;RO=92;SAF=11;SAR=8;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317181;STB=0.543434;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0111111;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:92:93:19:20:0.176991:8:11:51:41:8:12:51:42 chr11 59225382 . G T 512.96 PASS AF=0.823529;AO=41;DP=50;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00501955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.729;QD=40.2318;RBI=0.0124684;REFB=-0.0112753;REVB=0.0114134;RO=9;SAF=16;SAR=25;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018981;STB=0.507243;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00301351;OID=.;OPOS=59225382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:9:9:41:42:0.823529:25:16:4:5:25:17:4:5 chr11 59271637 . T C 160.81 PASS AF=0.233645;AO=25;DP=107;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.00651205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.433;QD=6.01171;RBI=0.0100402;REFB=-0.00987387;REVB=0.00764192;RO=82;SAF=14;SAR=11;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480317;STB=0.529388;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0348259;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:82:82:25:25:0.233645:11:14:49:33:11:14:49:33 chr11 59323951 . G A 2256.82 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=153;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00966283;FXX=0.0129862;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.477;QD=59.3901;RBI=0.00969392;REFB=-0.221871;REVB=-0.000775657;RO=2;SAF=84;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163233;STB=0.500801;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000225099;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:152:2:2:149:150:0.986842:65:84:1:1:66:84:1:1 chr11 59480951 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.822;QD=49.5992;RBI=0.0241891;REFB=0;REVB=-0.00195417;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42796e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 59573999 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0151507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.012;QD=25.8982;RBI=0.0235544;REFB=-0.0332595;REVB=-0.0180352;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14697;STB=0.581337;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0190532;OID=.;OPOS=59573999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:12:16:8:13:12:16:8:13 chr11 59814173 . G A 617.52 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00455756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.098;QD=38.0011;RBI=0.00625319;REFB=-0.0389724;REVB=0.00428148;RO=14;SAF=32;SAR=19;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112287;STB=0.560326;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00828622;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:19:32:5:9:19:32:5:9 chr11 59863104 . A G 136.06 PASS AF=0.4;AO=13;DP=37;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0607064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.797;QD=13.6064;RBI=0.0607069;REFB=-0.0283536;REVB=0.000259375;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960675;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0417629;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:24:24:13:16:0.4:6:7:15:9:8:8:15:9 chr11 59946301 . TC T,TT 775.26 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=8,41;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477938,0.00843442;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=328.49,348.749;QD=63.2864;RBI=0.0206077,0.0227924;REFB=0,0;REVB=-0.0200458,-0.0211743;RO=0;SAF=7,21;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0920011,0.00118244;OID=.,.;OPOS=59946302,59946302;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0408163,0.959184:8,41:49:2,47:49:0:1,27:1,20:0:0:7:0:7,21:1,20:0:0 chr11 59947252 . C T 1357.18 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0175675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6619;QD=59.0079;RBI=0.0249151;REFB=-0.148571;REVB=0.0176676;RO=3;SAF=36;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165734;STB=0.508841;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00229557;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:3:3:88:89:0.967391:52:36:2:1:53:36:2:1 chr11 60050125 . A G 594.97 PASS AF=0.666667;AO=51;DP=77;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0140473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.716;QD=30.511;RBI=0.0265799;REFB=-0.0177062;REVB=-0.0225646;RO=26;SAF=26;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178606;STB=0.512816;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00950937;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:26:26:51:52:0.666667:25:26:14:12:26:26:14:12 chr11 60070176 . A G 82.0 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0378956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.234;QD=4.5556;RBI=0.0506208;REFB=-0.00538088;REVB=-0.0335617;RO=57;SAF=10;SAR=4;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323316;STB=0.71398;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0421168;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:57:58:14:14:0.194444:4:10:26:31:4:10:26:32 chr11 60073597 . C T 1674.53 PASS AF=0.950413;AO=115;DP=121;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0316893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7487;QD=55.3563;RBI=0.0494258;REFB=-0.0246995;REVB=-0.0379302;RO=6;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309418;STB=0.516316;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.007344;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:121:121:6:6:115:115:0.950413:58:57:1:5:58:57:1:5 chr11 60102384 . A G 793.62 PASS AF=0.727273;AO=64;DP=88;FAO=64;FDP=88;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0436467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.235;QD=36.0736;RBI=0.0458527;REFB=-0.0222308;REVB=0.0140511;RO=23;SAF=31;SAR=33;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824555;STB=0.549595;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00718053;OID=.;OPOS=60102384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:23:24:64:64:0.727273:33:31:15:8:33:31:16:8 chr11 60102396 . A G 944.76 PASS AF=0.760417;AO=69;DP=92;FAO=73;FDP=96;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0238668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4177;QD=39.3652;RBI=0.0490327;REFB=-0.0196713;REVB=0.042832;RO=23;SAF=31;SAR=38;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114645;STB=0.554908;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00561328;OID=.;OPOS=60102396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:23:23:69:73:0.760417:38:31:16:7:39:34:16:7 chr11 60102507 . G T 541.05 PASS AF=0.723077;AO=46;DP=64;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00794652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4219;QD=33.2952;RBI=0.0224809;REFB=0.0258869;REVB=0.0210296;RO=18;SAF=19;SAR=27;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462442;STB=0.527224;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00725507;OID=.;OPOS=60102507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:18:18:46:47:0.723077:27:19:9:9:28:19:9:9 chr11 60103096 . A C 426.11 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0302825;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8674;QD=27.0548;RBI=0.0359173;REFB=0.0164354;REVB=0.0193138;RO=21;SAF=19;SAR=21;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908557;STB=0.564395;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0135483;OID=.;OPOS=60103096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:21:23:40:40:0.634921:21:19:13:8:21:19:15:8 chr11 60103112 . T C 361.71 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0357503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.158;QD=25.8365;RBI=0.0467081;REFB=-0.00191889;REVB=0.0300593;RO=21;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135922;STB=0.567612;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00189252;OID=.;OPOS=60103112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:34:35:0.625:18:16:14:7:18:17:14:7 chr11 60105366 . T C 83.42 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0066917;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.551;QD=3.74935;RBI=0.00700301;REFB=0.00129534;REVB=-0.00206477;RO=73;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248387;STB=0.661561;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0061288;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:90:89:73:74:15:15:0.168539:11:4:33:40:11:4:33:41 chr11 60152563 . T A 1593.54 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398793;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.697;QD=60.1337;RBI=0.0657024;REFB=0;REVB=0.0522154;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119112;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:49:56:0:0:50:56:0:0 chr11 60152584 . G A 1750.32 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708317;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9936;QD=60.8807;RBI=0.0812675;REFB=0;REVB=-0.0398407;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116215;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:114:115:1:60:54:0:0:60:55:0:0 chr11 60157107 . T G 713.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391066;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.711;QD=57.0665;RBI=0.0508894;REFB=0;REVB=0.0325639;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24259e-05;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 60157166 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.612;QD=59.8394;RBI=0.00995624;REFB=0;REVB=0.00262856;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15355e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr11 60165352 . ATT A 1310.85 PASS AF=1;AO=104;DP=110;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019831;FXX=0.045041;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.871;QD=49.466;RBI=0.0232968;REFB=0;REVB=-0.0122259;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.26278e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:110:106:106:0:55:51:0:0:23:0:53:51:0:0 chr11 60172087 . C T 666.17 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175187;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.547;QD=57.9281;RBI=0.0291803;REFB=-0.0708946;REVB=0.0233363;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00127568;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:46:1:1:42:45:0.978261:24:18:1:0:25:20:1:0 chr11 60173360 . A G 317.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.158;QD=52.8905;RBI=0.052544;REFB=0;REVB=-0.00952267;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318869;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:24:0:0:21:24:1:6:15:0:0:6:18:0:0 chr11 60182970 . A T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00786243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.926;QD=5.06441;RBI=0.00805941;REFB=-0.00215117;REVB=-0.00177091;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137015;STB=0.59976;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00780444;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:31:32:8:8:0.2:4:4:19:12:4:4:20:12 chr11 60184191 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0040922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.384;QD=13.5054;RBI=0.015309;REFB=-0.017907;REVB=-0.0147519;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200974;STB=0.615221;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0221739;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:15:2:3:9:15:2 chr11 60184277 . A C 273.31 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00685416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.116;QD=31.2353;RBI=0.0232948;REFB=-0.0289379;REVB=0.0222636;RO=11;SAF=19;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233631;STB=0.51281;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0191372;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:5:19:9:2:5:19:9:2 chr11 60198328 . C T 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0242235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2595;QD=2.29763;RBI=0.0262226;REFB=0.0100038;REVB=0.0100424;RO=70;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121598;STB=0.593871;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0702064;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:70:71:10:10:0.123457:6:4:35:35:6:4:36:35 chr11 60264947 . C T 88.23 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00138454;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9395;QD=6.41681;RBI=0.031348;REFB=-0.0189526;REVB=0.0313174;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140907;STB=0.581408;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0392276;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:41:42:13:13:0.236364:4:9:24:17:4:9:25:17 chr11 60265002 . C T 35.54 PASS AF=0.116667;AO=8;DP=64;FAO=7;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0237093;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.518;QD=2.36926;RBI=0.0470025;REFB=0.00453336;REVB=-0.0405845;RO=45;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191284;STB=0.51216;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0297447;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:64:60:45:53:8:7:0.116667:3:5:21:24:3:4:31:22 chr11 60285575 . A G 1896.28 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=125;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00208101;FXX=0.0820834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.573;QD=61.6676;RBI=0.00619439;REFB=-0.00133862;REVB=0.00583437;RO=1;SAF=70;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673805;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000491664;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:123:1:1:120:122:0.99187:50:70:1:0:52:70:1:0 chr11 60291413 . C T 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00600752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2119;QD=5.46114;RBI=0.0499048;REFB=-0.00753563;REVB=-0.0495419;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393022;STB=0.524851;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0173803;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:8:6:23:27:8:6:23:27 chr11 60296879 . C T 383.03 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00217846;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.51;QD=22.8675;RBI=0.0493131;REFB=-0.0269498;REVB=-0.049265;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1203;STB=0.571514;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0135142;OID=.;OPOS=60296879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:29:37:38:0.567164:23:14:7:22:23:15:7:22 chr11 60504436 . T C 129.1 PASS AF=0.538462;AO=15;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00944221;FXX=0.0370233;HRUN=16;LEN=1;MLLD=198.392;QD=19.8613;RBI=0.0122214;REFB=0.0125395;REVB=-0.00775941;RO=8;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468104;STB=0.521707;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00424172;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:8:12:15:14:0.538462:3:12:6:2:2:12:10:2 chr11 60531264 . A G 484.08 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=64;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00611147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.604;QD=29.3379;RBI=0.0265573;REFB=-0.0311282;REVB=-0.0258445;RO=22;SAF=24;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744651;STB=0.546197;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0146299;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:22:22:42:44:0.666667:18:24:10:12:18:26:10:12 chr11 60531346 . T G 88.61 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=62;FAO=14;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0022524;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.265;QD=5.62631;RBI=0.0022954;REFB=-0.00656537;REVB=-0.00044224;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378737;STB=0.532064;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0188604;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:62:63:38:49:12:14:0.222222:5:7:21:17:6:8:26:23 chr11 60559805 . A G 489.82 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0071381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.895;QD=41.687;RBI=0.0186645;REFB=-0.0253376;REVB=-0.0172456;RO=10;SAF=23;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168703;STB=0.504875;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0125072;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:10:10:36:37:0.787234:13:23:6:4:14:23:6:4 chr11 60610065 . G A 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0149617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.513;QD=21.8724;RBI=0.0174062;REFB=0.000874159;REVB=0.00889516;RO=23;SAF=3;SAR=25;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587323;STB=0.831597;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000941569;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:25:3:16:7:25:3:16:7 chr11 60620585 . A G 484.91 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342133;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.326;QD=58.7771;RBI=0.074426;REFB=0;REVB=-0.066096;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5517e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 60620590 . C G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5277;QD=56.9471;RBI=0.0265965;REFB=0.023881;REVB=-0.0162514;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00629009;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:1:0:15:21:1:0 chr11 60635091 . T C 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000707911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1147;QD=47.8021;RBI=0.00473563;REFB=0;REVB=0.00468242;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106024;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr11 60637164 . C T 39.71 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.831;QD=12.2195;RBI=0.0260137;REFB=-0.0218756;REVB=0.0260137;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155379;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:7:5:6:0.461538:5:0:0:5:6:0:0:7 chr11 60638461 . C T 637.82 PASS AF=0.670732;AO=54;DP=81;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00243839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.495;QD=31.1132;RBI=0.00340404;REFB=-0.0112602;REVB=-0.00237523;RO=25;SAF=29;SAR=25;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172659;STB=0.581468;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00715165;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:25:27:54:55:0.670732:25:29:6:19:25:30:8:19 chr11 60638470 . A G 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.151;QD=61.0437;RBI=0.0416704;REFB=0;REVB=-0.0179346;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88145e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr11 60640660 . G A 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0159086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4261;QD=24.2723;RBI=0.0432588;REFB=-0.0187977;REVB=-0.0402274;RO=19;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13823;STB=0.573501;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0227898;OID=.;OPOS=60640660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:21:31:31:0.596154:16:15:13:6:16:15:14:7 chr11 60666341 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00140327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.645;QD=5.37755;RBI=0.00431677;REFB=-0.0228573;REVB=0.00408232;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294217;STB=0.689165;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0391049;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:4:3:17:8:4:3:17:8 chr11 60673868 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0752671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.041;QD=6.92891;RBI=0.0778256;REFB=-0.0205862;REVB=-0.0197909;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493865;STB=0.818575;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.055939;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:9:6:5:1:9:6 chr11 60689445 . T C 1448.56 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.87;QD=61.641;RBI=0.175022;REFB=0;REVB=-0.00774822;RO=0;SAF=11;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497449;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:94:0:0:83:94:1:72:11:0:0:72:22:0:0 chr11 60695301 . C A 2162.55 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.821;QD=62.2317;RBI=0.0411806;REFB=0.0255147;REVB=0.0309742;RO=1;SAF=51;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923039;STB=0.504854;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-6.97654e-05;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:87:51:1:0:87:51:1:0 chr11 60698054 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0479062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.502;QD=12.0156;RBI=0.0535682;REFB=0.0106093;REVB=0.0239697;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406329;STB=0.732802;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0233176;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:0:7:4:2:0:7 chr11 60699230 . G A 212.1 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0159803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8882;QD=7.92886;RBI=0.0323583;REFB=-0.00316733;REVB=0.028137;RO=77;SAF=22;SAR=8;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346538;STB=0.706799;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00519631;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:77:77:30:30:0.280374:8:22:35:42:8:22:35:42 chr11 60701136 . C G 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0126193;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.229;QD=4.36683;RBI=0.0156023;REFB=-0.00836778;REVB=-0.00917524;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580204;STB=0.538391;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0445048;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:4:7:29:20:4:7:29:20 chr11 60703777 . G A 363.8 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.046194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.302;QD=32.338;RBI=0.0468714;REFB=-0.0219919;REVB=0.00793986;RO=12;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367247;STB=0.523349;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00506781;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:12:15:30:30:0.666667:12:18:8:4:12:18:10:5 chr11 60704213 . C T 287.62 PASS AF=0.316667;AO=38;DP=120;FAO=38;FDP=120;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00933928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1357;QD=9.58737;RBI=0.0108179;REFB=0.000988757;REVB=-0.00545944;RO=80;SAF=22;SAR=16;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102523;STB=0.504041;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0022326;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:80:82:38:38:0.316667:16:22:47:33:16:22:47:35 chr11 60705454 . A G 953.31 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8782;QD=57.7763;RBI=0.0158909;REFB=0;REVB=0.0147407;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39025e-05;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:62:66:1:41:21:0:0:42:24:0:0 chr11 60785352 . A G 89.5 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0046405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.853;QD=7.30638;RBI=0.0256722;REFB=-0.00435301;REVB=-0.0252493;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146039;STB=0.508757;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0124132;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:35:37:12:12:0.244898:5:7:20:15:5:7:22:15 chr11 60886913 . C T 121.96 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00407605;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.116;QD=6.96897;RBI=0.0189715;REFB=-0.0119064;REVB=0.0185285;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107331;STB=0.571351;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0282517;OID=.;OPOS=60886913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:51:52:18:18:0.257143:9:9:21:30:9:9:21:31 chr11 60892606 . A G 468.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716861;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9436;QD=58.6102;RBI=0.0718518;REFB=0;REVB=-0.00487693;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127686;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 60893235 . C T 521.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.125;QD=59.6167;RBI=0.0563851;REFB=0;REVB=0.0122833;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127608;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:11:21:0:0:11:24:0:0 chr11 60899767 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2969;QD=58.1376;RBI=0.0634464;REFB=0;REVB=0.0492129;RO=0;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49252e-05;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:3:29:0:0:3:29:0:0 chr11 61106892 . G C 755.51 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9994;QD=53.9651;RBI=0.0387948;REFB=-0.0264526;REVB=-2.41645e-05;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00441666;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:29:24:0:1:31:24:0:1 chr11 61108974 . G A 563.56 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4891;QD=57.8011;RBI=0.112827;REFB=-0.165495;REVB=0.11036;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00401675;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:0:1:20:18:0:1 chr11 61112802 . C T 785.78 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577732;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4563;QD=57.1473;RBI=0.0642028;REFB=0;REVB=0.0280047;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876373;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:1:0:54:55:1:24:30:1:0:25:30:0:0 chr11 61165280 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.437;QD=59.8535;RBI=0.044296;REFB=0;REVB=-0.0417027;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119206;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:22:48:0:0:22:49:0:0 chr11 61165731 . C CA 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258275;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=315.906;QD=46.848;RBI=0.0258277;REFB=0;REVB=-9.89427e-05;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000143579;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:7:8:0:0:4:0:7:8:0:0 chr11 61165741 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.273;QD=45.8068;RBI=0.0310295;REFB=0;REVB=0.0152526;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252518;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 61166306 . G A 179.98 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118781;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3836;QD=47.9956;RBI=0.118804;REFB=0;REVB=-0.00232809;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00286432;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr11 61179285 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.984;QD=60.8829;RBI=0.0125684;REFB=0;REVB=0.0110793;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56125e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr11 61204361 . A C 787.5 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0169579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9465;QD=51.6392;RBI=0.0457821;REFB=-0.103336;REVB=0.0425256;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473428;STB=0.511771;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00617728;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:61:2:3:56:58:0.95082:32:24:1:1:33:25:2:1 chr11 61249383 . C A,G 694.33 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=42,2;DP=44;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336763,-0.036121;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=72.615,7.82558;QD=61.7185;RBI=0.0360204,0.0432005;REFB=0,0;REVB=0.0127818,0.0236973;RO=0;SAF=28,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00144825,0.13563;OID=.,.;OPOS=61249383,61249383;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:45:0:0:42,2:43,2:0.955556,0.0444444:14,2:28,0:0:0:15,2:28,0:0:0 chr11 61277300 . CCG C,CCC 67.51 PASS AF=0.289474,0;AO=9,10;DP=53;FAO=11,0;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=26;FSRR=1;FWDB=0.134676,0.0397026;FXX=0.0731529;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.5713,11.9329;QD=7.10645;RBI=0.138339,0.166757;REFB=0.0203378,-0.0404586;REVB=-0.0316239,-0.161962;RO=27;SAF=7,1;SAR=2,9;SRF=27;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.592399,-0.824734;STB=0.721395,0.5;STBP=0.467,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00866104,0;OID=.,.;OPOS=61277301,61277302;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474,0:9,10:53:11,0:38:27:9,0:2,0:26:1:68:27:7,1:2,9:27:0 chr11 61277910 . A C 123.55 PASS AF=0.178082;AO=10;DP=74;FAO=13;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.0012546;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.815;QD=6.76996;RBI=0.0202655;REFB=-0.00684065;REVB=-0.0202267;RO=55;SAF=10;SAR=0;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638296;STB=0.802544;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.032568;OID=.;OPOS=61277910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:73:55:54:10:13:0.178082:0:10:39:16:1:12:38:16 chr11 61404766 . C T 119.92 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00326451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8559;QD=5.32959;RBI=0.0222991;REFB=-0.000943553;REVB=-0.0220589;RO=71;SAF=13;SAR=6;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160976;STB=0.601891;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00155231;OID=.;OPOS=61404766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:71:19:19:0.211111:6:13:40:31:6:13:40:31 chr11 61505168 . G A 575.5 PASS AF=0.653846;AO=50;DP=77;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0260872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4969;QD=29.5129;RBI=0.0558096;REFB=-0.00018962;REVB=0.0493372;RO=27;SAF=21;SAR=29;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330939;STB=0.521641;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00039674;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:27:27:50:51:0.653846:29:21:10:17:29:22:10:17 chr11 61511133 . G A 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00378026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.271;QD=10.2706;RBI=0.0178755;REFB=-0.0164602;REVB=0.0174713;RO=35;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378797;STB=0.726981;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.03577;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:12:4:20:15:12:4:20:15 chr11 61513952 . G A 259.56 PASS AF=0.272059;AO=34;DP=133;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0165237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.313;QD=7.63425;RBI=0.0168767;REFB=-0.00223062;REVB=-0.00343372;RO=98;SAF=12;SAR=22;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123864;STB=0.549849;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00509886;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:98:99:34:37:0.272059:22:12:44:54:23:14:44:55 chr11 61534872 . A C 754.26 PASS AF=0.965517;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5706;QD=52.0181;RBI=0.054415;REFB=-0.0930047;REVB=0.0473661;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.515619;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00924382;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:58:1:2:53:56:0.965517:24:29:1:0:25:31:2:0 chr11 61551356 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.741;QD=57.2022;RBI=0.0238305;REFB=0;REVB=-0.0075226;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126186;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr11 61564299 . G T 195.11 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.361;QD=43.3578;RBI=0.0212294;REFB=-0.152621;REVB=0.00194861;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339667;STB=0.518497;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00108048;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:4:13:1:0:4:13:1:0 chr11 61582708 . T C 235.09 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0178631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7516;QD=40.8857;RBI=0.0496079;REFB=-0.00486433;REVB=0.0462801;RO=3;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282854;STB=0.515403;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00723046;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:9:11:2:1:9:11:2:1 chr11 61593816 . C G,T 615.48 PASS AF=0.0454545,0.909091;AO=2,39;DP=43;FAO=2,40;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=2,23;FSAR=0,17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0293719,0.0366236;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.368,96.5524;QD=55.9527;RBI=0.0519314,0.0497692;REFB=-0.223895,-0.114501;REVB=0.0428271,0.0336999;RO=2;SAF=2,23;SAR=0,16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0390336;STB=0.5,0.520823;STBP=1,0.304;TYPE=snp,snp;VARB=0.0848443,0.00407379;OID=.,.;OPOS=61593816,61593816;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:44:2:2:2,39:2,40:0.0454545,0.909091:0,16:2,23:2:0:0,17:2,23:2:0 chr11 61633174 . C T 657.05 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=66;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00636177;FXX=0.0454477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.927;QD=41.7175;RBI=0.0291621;REFB=-0.0248629;REVB=0.0284597;RO=9;SAF=21;SAR=31;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116102;STB=0.525414;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00197648;OID=.;OPOS=61633174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:66:63:9:11:52:52:0.825397:31:21:4:5:31:21:6:5 chr11 61658800 . C T 69.56 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.140089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5647;QD=21.4032;RBI=0.144214;REFB=-0.0194644;REVB=0.0342453;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.775448;STB=0.592358;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0342594;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:13:4:4:8:9:0.692308:8:0:1:3:8:1:1:3 chr11 61669946 . G A 190.73 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0137214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.579;QD=9.53645;RBI=0.0172867;REFB=-0.00404992;REVB=0.0105144;RO=55;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808739;STB=0.547605;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00659727;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:11:14:27:28:11:14:27:28 chr11 61719360 . A AG 46.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0320892;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.4367;QD=5.45313;RBI=0.0332301;REFB=-0.0546102;REVB=-0.00863249;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486618;STB=0.8992;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.174722;OID=.;OPOS=61719361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:10:34:10:34:24:9:1:8:16:46:24:8:2:9:15 chr11 61719387 . T C 374.48 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00989093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2023;QD=49.9306;RBI=0.0347476;REFB=-0.125394;REVB=0.0333101;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.538434;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0263046;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:1:2:28:28:0.933333:16:12:1:0:16:12:2:0 chr11 61722645 . C A 54.14 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00157123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.766;QD=3.93709;RBI=0.0246797;REFB=0.00188731;REVB=0.0246297;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100361;STB=0.506834;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0158373;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:6:3:15:31:6:3:15:31 chr11 61730234 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9454;QD=52.6095;RBI=0.0904807;REFB=0;REVB=0.0893479;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153254;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 61735830 . TGGGGGT GGGGGGT,TGGGGT,TGGGGTG 35.57 PASS AF=0.0243902,0.170732,0.097561;AO=2,10,4;DP=42;FAO=1,7,4;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=1,6,4;FSAR=0,1,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0107447,-0.0131639,-0.0838672;FXX=0.0238039;HRUN=1,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=163.442,10.1655,24.3166;QD=3.47032;RBI=0.012084,0.0147748,0.11088;REFB=-0.0140089,-0.132319,-0.0810508;REVB=0.00552942,0.00670861,-0.0725311;RO=23;SAF=2,9,4;SAR=0,1,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0.392857,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.502119,0.560759,0.642669;STB=0.988895,0.79151,0.996982;STBP=0.46,0.131,0.056;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0886468,0.129908,0.161762;OID=.,.,.;OPOS=61735830,61735831,61735835;OREF=T,G,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GGGGGGT,TGGGGT,TGGGGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:42:41:23:29:2,10,4:1,7,4:0.0243902,0.170732,0.097561:0,1,0:2,9,4:11:12:0,1,0:1,6,4:16:13 chr11 62010863 . C T 1177.28 PASS AF=0.721805;AO=95;DP=132;FAO=96;FDP=133;FR=.;FRO=37;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0102083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.169;QD=35.4069;RBI=0.0102277;REFB=-0.017192;REVB=-0.000628686;RO=37;SAF=48;SAR=47;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467669;STB=0.523446;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00558098;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:37:37:95:96:0.721805:47:48:22:15:47:49:22:15 chr11 62156608 . C T 216.62 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00320526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.972;QD=29.8788;RBI=0.0222611;REFB=-0.0106449;REVB=0.0220291;RO=9;SAF=17;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350839;STB=0.643078;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00328751;OID=.;OPOS=62156608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:2:17:5:4:3:17:5:4 chr11 62160723 . C T 323.83 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00124559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.804;QD=35.009;RBI=0.0110232;REFB=-0.0340393;REVB=-0.0109526;RO=10;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731635;STB=0.539848;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0095683;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:37:10:10:27:27:0.72973:12:15:7:3:12:15:7:3 chr11 62160729 . G A 287.43 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0216181;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.051;QD=30.2553;RBI=0.0386266;REFB=-0.0203152;REVB=0.0320105;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134789;STB=0.573856;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0150391;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:10:3:11:14:10:3 chr11 62236219 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.604;QD=47.8223;RBI=0.0688368;REFB=0;REVB=0.0121124;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712746;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 62292882 . G T 1290.85 PASS AF=0.988636;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4363;QD=58.6752;RBI=0.083935;REFB=-0.195146;REVB=-0.0781965;RO=3;SAF=43;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101089;STB=0.506023;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00633476;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:3:1:84:87:0.988636:41:43:2:1:41:46:0:1 chr11 62300862 . C T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00243229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.945;QD=7.27369;RBI=0.00496745;REFB=0.00371771;REVB=-0.00433122;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234517;STB=0.648364;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00607759;OID=.;OPOS=62300862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:3:8:18:15:3:8:18:15 chr11 62361500 . C T 46.56 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0139804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4964;QD=3.44882;RBI=0.0465402;REFB=0.00266675;REVB=0.0443907;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378259;STB=0.703279;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0156149;OID=.;OPOS=62361500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:43:46:8:8:0.148148:4:4:9:34:4:4:12:34 chr11 62369747 . TG T 66.28 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.179444;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1895;QD=7.57527;RBI=0.181638;REFB=-0.109711;REVB=-0.0281474;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993111;STB=0.646851;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.112998;OID=.;OPOS=62369748;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:16:36:15:35:20:4:11:10:10:66:17:5:11:7:10 chr11 62381106 . G C 161.23 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8447;QD=40.3063;RBI=0.20119;REFB=-0.0295829;REVB=0.200146;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678272;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:16:1:0:10:16:1:2:8:1:0:4:12:0:0 chr11 62383719 . A C 52.37 PASS AF=0.179487;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00882774;FXX=0.133304;HRUN=15;LEN=1;MLLD=122.005;QD=5.37179;RBI=0.00898622;REFB=-0.00421146;REVB=-0.00168022;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544572;STB=0.884914;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0156142;OID=.;OPOS=62383719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:39:32:32:6:7:0.179487:1:5:11:21:1:6:11:21 chr11 62430659 . T A 411.75 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305923;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.944;QD=56.7935;RBI=0.0430933;REFB=0;REVB=-0.0303503;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185705;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr11 62439569 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.711;QD=60.8818;RBI=0.0509618;REFB=0;REVB=0.0441576;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010885;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr11 62559351 . T C 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0389043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.188;QD=10.3838;RBI=0.0517304;REFB=-0.00947586;REVB=0.0340953;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.583117;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0147954;OID=.;OPOS=62559351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:2:9:5:2:2:9 chr11 62563353 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.501;QD=54.5149;RBI=0.0271157;REFB=0;REVB=0.0265202;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46242e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 62609112 . A G 2591.89 PASS AF=0.785992;AO=202;DP=258;FAO=202;FDP=257;FR=.;FRO=55;FSAF=103;FSAR=99;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00347597;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6027;QD=40.3407;RBI=0.0195032;REFB=0.0118982;REVB=-0.0191909;RO=56;SAF=103;SAR=99;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00404796;STB=0.500173;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00426895;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:56:55:202:202:0.785992:99:103:28:28:99:103:28:27 chr11 62609118 . G A 118.84 PASS AF=0.108626;AO=33;DP=313;FAO=34;FDP=313;FR=.;FRO=279;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=133;FSRR=146;FWDB=-0.00791482;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.914;QD=1.51875;RBI=0.0093143;REFB=-0.00225776;REVB=-0.00491039;RO=278;SAF=21;SAR=12;SRF=133;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193956;STB=0.651335;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0181772;OID=.;OPOS=62609118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:278:279:33:34:0.108626:12:21:133:145:12:22:133:146 chr11 62609171 . TATT CTGC,TGCT 4492.1 PASS AF=0.805627,0.0485934;AO=293,16;DP=398;FAO=315,19;FDP=391;FR=.;FRO=57;FSAF=160,4;FSAR=155,15;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0114665,0.000734991;FXX=0.0200496;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=204.817,168.909;QD=45.955;RBI=0.0560036,0.0743033;REFB=-0.037985,-0.0462747;REVB=0.0548171,0.0742997;RO=52;SAF=153,4;SAR=140,12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0337833,-0.215062;STB=0.515996,0.673675;STBP=0.142,0.111;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00837703,0.00184925;OID=.,.;OPOS=62609171,62609172;OREF=TATT,AT;OALT=CTGC,GC;OMAPALT=CTGC,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:391:52:57:293,16:315,19:0.805627,0.0485934:140,12:153,4:21:31:155,15:160,4:23:34 chr11 62609220 . A G 619.53 PASS AF=0.23185;AO=97;DP=425;FAO=99;FDP=427;FR=.;FRO=328;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=142;FSRR=186;FWDB=-0.00200833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.501;QD=5.80355;RBI=0.00986049;REFB=-0.00814755;REVB=0.0096538;RO=326;SAF=61;SAR=36;SRF=141;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248508;STB=0.654561;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0252401;OID=.;OPOS=62609220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:427:326:328:97:99:0.23185:36:61:141:185:36:63:142:186 chr11 62677529 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0308896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.217;QD=5.85757;RBI=0.031605;REFB=-0.0145428;REVB=-0.00668616;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590495;STB=0.883109;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0379382;OID=.;OPOS=62677529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:1:8:13:19:1:8:13:19 chr11 62766431 . A T 398.14 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0078167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.3;QD=35.3903;RBI=0.0129304;REFB=-0.031962;REVB=0.0103003;RO=13;SAF=17;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370434;STB=0.520154;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0127343;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:15:17:6:7:15:17:6:7 chr11 62847453 . T C 695.74 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0250891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0183;QD=60.4991;RBI=0.0388111;REFB=-0.0867226;REVB=0.0296115;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00114314;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr11 62848445 . A G 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0512474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9208;QD=5.64458;RBI=0.0972043;REFB=0.00212926;REVB=-0.0825976;RO=46;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349757;STB=0.723871;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0128481;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:3:10:23:23:3:10:23:23 chr11 62848486 . CA C,CC 858.21 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=6,53;DP=60;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283214,0.0317152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.691,145.557;QD=57.2137;RBI=0.0299787,0.0372559;REFB=0,0;REVB=-0.00982973,0.0195486;RO=0;SAF=2,29;SAR=4,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00064328,0.000558499;OID=.,.;OPOS=62848487,62848487;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:6,53:60:1,59:60:0:1,31:0,28:0:0:5:0:2,29:4,24:0:0 chr11 62863518 . A G 138.69 PASS AF=0.3;AO=18;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0229068;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.5886;QD=7.92521;RBI=0.0635337;REFB=-0.0382457;REVB=0.0592606;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171279;STB=0.581314;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0337844;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:49:18:21:0.3:13:5:16:23:15:6:19:30 chr11 62886319 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1194;QD=53.9054;RBI=0.016579;REFB=0;REVB=0.0102711;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341836;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 62886467 . T C 41.46 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00865753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.332;QD=5.52754;RBI=0.0124437;REFB=-0.0119474;REVB=0.0089383;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3641;STB=0.624625;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0415469;OID=.;OPOS=62886467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:29:30:23:23:6:7:0.233333:1:5:13:10:2:5:13:10 chr11 62902172 . A C 526.83 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4276;QD=56.9547;RBI=0.0191988;REFB=-0.0840199;REVB=-0.013878;RO=1;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717645;STB=0.538439;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00097615;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:6:30:0:1:6:30:0:1 chr11 62910849 . T C 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.425;QD=59.8315;RBI=0.0220581;REFB=0;REVB=0.0207795;RO=0;SAF=69;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26818e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:33:69:0:0:33:69:0:0 chr11 62911079 . G C 820.51 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291954;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.674;QD=57.5799;RBI=0.0292302;REFB=0;REVB=-0.00142685;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41333e-05;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr11 62931484 . T C 264.3 PASS AF=0.3;AO=36;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0179775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.369;QD=8.80989;RBI=0.0202412;REFB=-0.0223982;REVB=-0.00930145;RO=84;SAF=9;SAR=27;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267897;STB=0.658784;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0462122;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:84:84:36:36:0.3:27:9:38:46:27:9:38:46 chr11 62951221 . C G 136.08 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0121843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9352;QD=9.89645;RBI=0.0329732;REFB=0.00168901;REVB=0.0306394;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455373;STB=0.526852;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00179195;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:11:7:13:24:11:7:13:24 chr11 63057925 . G A 522.15 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0282379;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.392;QD=31.6455;RBI=0.03094;REFB=-0.0142384;REVB=0.0126454;RO=20;SAF=21;SAR=25;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367986;STB=0.501991;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00832093;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:20:20:46:46:0.69697:25:21:9:11:25:21:9:11 chr11 63064823 . T C 690.67 PASS AF=0.648352;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0439682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6148;QD=30.3593;RBI=0.0497592;REFB=-0.0165975;REVB=0.0232975;RO=31;SAF=28;SAR=31;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264584;STB=0.519934;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00431055;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:31:32:59:59:0.648352:31:28:16:15:31:28:17:15 chr11 63072310 . C T 810.24 PASS AF=0.730337;AO=65;DP=89;FAO=65;FDP=89;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00226459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.589;QD=36.4153;RBI=0.0196927;REFB=-0.0182629;REVB=-0.019562;RO=24;SAF=31;SAR=34;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303546;STB=0.516303;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.005817;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:24:24:65:65:0.730337:34:31:10:14:34:31:10:14 chr11 63129876 . T G 757.67 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.671;QD=63.1395;RBI=0.0360312;REFB=0;REVB=-0.0359876;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54776e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:25:23:0:0 chr11 63138694 . G A 755.7 PASS AF=0.638889;AO=69;DP=107;FAO=69;FDP=108;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0367652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.945;QD=27.9888;RBI=0.038342;REFB=-0.0284251;REVB=0.0108823;RO=37;SAF=29;SAR=40;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610605;STB=0.54317;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0136063;OID=.;OPOS=63138694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:37:39:69:69:0.638889:40:29:19:18:40:29:21:18 chr11 63233710 . A G 95.65 PASS AF=0.159292;AO=18;DP=113;FAO=18;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.00123793;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9669;QD=3.38578;RBI=0.0315193;REFB=0.0102202;REVB=0.031495;RO=68;SAF=14;SAR=4;SRF=54;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303808;STB=0.675082;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0307231;OID=.;OPOS=63233710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:113:113:68:92:18:18:0.159292:4:14:54:14:4:14:55:37 chr11 63258416 . T C 837.74 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349269;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.743;QD=57.7751;RBI=0.0124304;REFB=0;REVB=-0.0119296;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132228;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:14:43:0:0:15:43:0:0 chr11 63313644 . T C 1443.49 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.565;QD=60.7786;RBI=0.0322934;REFB=-0.0789998;REVB=0.0300343;RO=2;SAF=56;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00424974;STB=0.502242;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000449496;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:37:56:1:1:37:56:1:1 chr11 63400493 . C T 125.22 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0153705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.062;QD=4.72526;RBI=0.037372;REFB=-0.00710152;REVB=-0.0340649;RO=85;SAF=7;SAR=14;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329692;STB=0.707127;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0300912;OID=.;OPOS=63400493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:85:85:21:21:0.198113:14:7:51:34:14:7:51:34 chr11 63413962 . AAAAT A 469.99 PASS AF=0.73913;AO=47;DP=67;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0357266;FXX=0.028165;HRUN=4;LEN=4;MLLD=250.263;QD=27.246;RBI=0.0370651;REFB=-0.0386024;REVB=0.00987088;RO=14;SAF=31;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079167;STB=0.526792;STBP=0.487;TYPE=del;VARB=0.0132634;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:47:67:51:69:18:32:19:13:5:76:14:31:16:9:5 chr11 63438836 . C T 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.0201104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.675;QD=9.885;RBI=0.0322488;REFB=0.00423831;REVB=-0.0252103;RO=39;SAF=18;SAR=1;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429205;STB=0.767386;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0100232;OID=.;OPOS=63438836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:1:18:31:8:1:18:31:8 chr11 63449125 . C A 67.59 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=46;FWDB=-0.0192929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.488;QD=3.97566;RBI=0.0234505;REFB=-0.00317814;REVB=0.0133307;RO=56;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258899;STB=0.517212;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0129981;OID=.;OPOS=63449125;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:10:2:10:46:10:2:10:46 chr11 63487386 . T C 333.97 PASS AF=0.690476;AO=27;DP=41;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00316014;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.387;QD=31.8063;RBI=0.00484286;REFB=-0.00477358;REVB=0.00366972;RO=13;SAF=5;SAR=22;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366648;STB=0.680336;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00168032;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:13:27:29:0.690476:22:5:9:4:23:6:9:4 chr11 63531175 . C G 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0165589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.664;QD=4.98622;RBI=0.0181576;REFB=-0.00545925;REVB=-0.00745;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150298;STB=0.509786;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0304136;OID=.;OPOS=63531175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:5:6:24:21:5:6:24:21 chr11 63585804 . C A 184.8 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0967532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.854;QD=26.3998;RBI=0.0975759;REFB=-0.0104339;REVB=0.012644;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748035;STB=0.504162;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00699129;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:4:6:11:7:4:6 chr11 63661820 . C T 588.26 PASS AF=0.790323;AO=48;DP=61;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0227536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.077;QD=37.9524;RBI=0.0291219;REFB=-0.0417023;REVB=0.0181758;RO=13;SAF=24;SAR=24;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152573;STB=0.505926;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00627361;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:61:62:13:13:48:49:0.790323:24:24:7:6:24:25:7:6 chr11 63673603 . CTGTG C,CTG 182.85 PASS AF=0.235294,0.705882;AO=4,10;DP=16;FAO=4,12;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4,7;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0509716,0.0780363;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=72.217,143.778;QD=43.0226;RBI=0.0766858,0.105733;REFB=-0.0615019,-0.0836176;REVB=-0.057294,0.0713436;RO=1;SAF=4,7;SAR=0,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0596689;STB=0.5,0.533278;STBP=1,0.554;TYPE=del,del;VARB=0.0891644,0.0209506;OID=.,.;OPOS=63673604,63673604;OREF=TGTG,TG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.705882:4,10:16:4,12:17:1:4,7:0,5:1:0:23:1:4,7:0,3:1:0 chr11 63681513 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4859;QD=56.9994;RBI=0.0229677;REFB=0;REVB=-0.022311;RO=0;SAF=53;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326059;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:1:53:0:0:1:53:0:0 chr11 63883985 . T C 1102.02 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701755;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.897;QD=60.3848;RBI=0.0704948;REFB=0;REVB=-0.00670171;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157343;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr11 63884027 . C T 765.1 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.218;QD=62.4568;RBI=0.043115;REFB=0;REVB=0.019172;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283453;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:24:24:1:0:24:25:0:0 chr11 63885305 . C T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.417;QD=58.1315;RBI=0.0684706;REFB=0;REVB=-0.0243727;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352578;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr11 63885632 . A G 631.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.696;QD=61.6438;RBI=0.10779;REFB=0;REVB=0.0191774;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180528;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr11 63885704 . C T 398.83 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.556;QD=55.0112;RBI=0.109075;REFB=0;REVB=0.0673725;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191907;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:6:20:0:0:9:20:0:0 chr11 63886539 . C T 1569.29 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.591;QD=62.7715;RBI=0.0194353;REFB=-0.0849488;REVB=0.0141189;RO=1;SAF=52;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912494;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:100:1:0:98:100:1:46:52:1:0:46:54:0:0 chr11 63988102 . C T 583.32 PASS AF=0.68;AO=50;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00546805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.579;QD=31.1105;RBI=0.0149055;REFB=-0.0272532;REVB=0.0138663;RO=24;SAF=22;SAR=28;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159734;STB=0.581786;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00813322;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:24:50:51:0.68:28:22:17:7:28:23:17:7 chr11 63991801 . T C 336.83 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0239033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5769;QD=40.8283;RBI=0.0539628;REFB=0.00883758;REVB=-0.04838;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129993;STB=0.570418;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00870513;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:27:27:0.818182:12:15:1:5:12:15:1:5 chr11 63994349 . G C 33.57 PASS AF=0.103896;AO=9;DP=78;FAO=8;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0021679;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.5908;QD=1.74396;RBI=0.0850318;REFB=-0.0225894;REVB=-0.0850041;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481309;STB=0.839069;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.122047;OID=.;OPOS=63994349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:78:77:50:69:9:8:0.103896:1:8:27:23:1:7:37:32 chr11 63994696 . T C 1204.9 PASS AF=0.853211;AO=94;DP=110;FAO=93;FDP=109;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0117044;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0802;QD=44.2165;RBI=0.0305564;REFB=-0.00919604;REVB=0.0282259;RO=16;SAF=32;SAR=62;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171278;STB=0.593528;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0263785;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:110:109:16:16:94:93:0.853211:62:32:15:1:62:31:15:1 chr11 63997329 . A G 2121.36 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.238;QD=62.855;RBI=0.0203915;REFB=0;REVB=-0.00264356;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.163e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:66:69:0:0:66:69:0:0 chr11 63997338 . T C 2238.83 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.364;QD=63.5129;RBI=0.0610509;REFB=0;REVB=0.0595311;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98617e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:141:0:0:135:141:1:62:73:0:0:68:73:0:0 chr11 63997578 . AAAAAAC A,AAAAACC 99.09 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=3,3;DP=25;FAO=4,9;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226918,-0.0374026;FXX=0.315623;HRUN=17,17;LEN=6,1;MLLD=33.0452,6.94599;QD=30.4878;RBI=0.179827,0.236604;REFB=0,0;REVB=-0.178389,-0.233629;RO=14;SAF=3,2;SAR=0,1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705668,0.402031;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00246277,-0.0284072;OID=.,.;OPOS=63997579,63997583;OREF=AAAAAC,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,AAAAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.307692,0.692308:3,3:25:4,9:13:0:4,0:0,9:0:0:27:14:3,2:0,1:4:10 chr11 64011441 . T C,G 714.84 PASS AF=0.890909,0.0727273;AO=49,4;DP=54;FAO=49,4;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21,1;FSAR=28,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0548247,0.00409089;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.204,91.6754;QD=51.9881;RBI=0.0578401,0.00411793;REFB=-0.181296,-0.198838;REVB=0.0184315,0.000471109;RO=0;SAF=21,1;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.502856,0.599463;STBP=0.886,0.614;TYPE=snp,snp;VARB=0.00336742,0.115218;OID=.,.;OPOS=64011441,64011441;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:54:55:0:2:49,4:49,4:0.890909,0.0727273:28,3:21,1:0:0:28,3:21,1:1:1 chr11 64012225 . G C 375.96 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.458;QD=55.697;RBI=0.114368;REFB=0;REVB=0.11136;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949877;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr11 64012784 . G A 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0168197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3925;QD=24.323;RBI=0.0320374;REFB=-0.0224396;REVB=0.0272671;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145918;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00835342;OID=.;OPOS=64012784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:0:2:5:2:0:2 chr11 64022459 . A G 1512.52 PASS AF=1;AO=81;DP=95;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440706;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.19;QD=59.9019;RBI=0.0289893;REFB=0;REVB=0.0286524;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201819;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:101:0:0:81:101:1:48:33:0:0:60:41:0:0 chr11 64026639 . G A 33.81 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0193461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0889;QD=4.22673;RBI=0.0671758;REFB=-0.0233874;REVB=0.0643297;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169074;STB=0.511589;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0655145;OID=.;OPOS=64026639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:9:17:4:2:9:17 chr11 64034866 . G A 333.25 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000230681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.541;QD=39.2062;RBI=0.055594;REFB=-0.0595434;REVB=0.0555936;RO=7;SAF=16;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635165;STB=0.534495;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0124992;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:34:7:7:27:27:0.794118:11:16:3:4:11:16:3:4 chr11 64039231 . CG C 36.81 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.163661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.09894;QD=5.88907;RBI=0.165346;REFB=-0.0396901;REVB=0.023543;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0.306452;SSEP=0;SSSB=0.0502873;STB=0.59984;STBP=0.515;TYPE=del;VARB=0.0810948;OID=.;OPOS=64039232;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:10:25:11:25:14:3:8:2:12:36:12:2:8:2:10 chr11 64068310 . C T 446.93 PASS AF=0.75;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0146884;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1854;QD=34.3795;RBI=0.0177513;REFB=-0.037778;REVB=-0.00996794;RO=13;SAF=18;SAR=21;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108516;STB=0.558529;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00706527;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:52:13:13:39:39:0.75:21:18:3:10:21:18:3:10 chr11 64081445 . G A 984.75 PASS AF=0.765306;AO=74;DP=96;FAO=75;FDP=98;FR=.;FRO=23;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00313287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.579;QD=40.1938;RBI=0.0222779;REFB=-0.0280637;REVB=0.0220565;RO=21;SAF=39;SAR=35;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184329;STB=0.510635;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00641214;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:21:23:74:75:0.765306:35:39:12:9:36:39:13:10 chr11 64083252 . T C 46.96 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0479581;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.731;QD=2.93501;RBI=0.0510014;REFB=-0.00376464;REVB=-0.0173539;RO=54;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349526;STB=0.732194;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0357995;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:64:54:55:9:9:0.140625:3:6:20:34:3:6:21:34 chr11 64083269 . G A 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0091484;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6931;QD=4.50941;RBI=0.0214496;REFB=-0.0142793;REVB=0.0194008;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263458;STB=0.674938;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0847068;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:51:40:42:9:9:0.176471:3:6:18:22:3:6:19:23 chr11 64083276 . A T 78.92 PASS AF=0.255814;AO=8;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0446189;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8288;QD=7.34146;RBI=0.0652368;REFB=-0.0132464;REVB=-0.0475919;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048886;STB=0.557416;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0252866;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:43:24:32:8:11:0.255814:4:4:11:13:4:7:18:14 chr11 64083290 . G A 69.74 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0337394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6153;QD=6.64226;RBI=0.0594209;REFB=-0.0190818;REVB=0.0489131;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212959;STB=0.63608;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0701735;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:3:7:17:15:3:7:17:15 chr11 64083293 . G T 59.29 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0210121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.216;QD=5.39044;RBI=0.0276346;REFB=-0.0103528;REVB=-0.0179489;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122235;STB=0.580461;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0947671;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:3:6:20:15:3:6:20:15 chr11 64083295 . CGGG C 39.96 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00361571;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=217.682;QD=3.99582;RBI=0.0323273;REFB=-0.028932;REVB=-0.0321244;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0.426471;SSEP=0;SSSB=0.0598522;STB=0.545351;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.057694;OID=.;OPOS=64083296;OREF=GGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:9:40:9:40:31:6:3:19:12:39:29:6:3:18:11 chr11 64083300 . G A 60.32 PASS AF=0.225;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00879943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.251;QD=6.03172;RBI=0.0577212;REFB=-0.0130661;REVB=-0.0570466;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598522;STB=0.545351;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0340904;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:40:29:31:9:9:0.225:3:6:18:11:3:6:19:12 chr11 64083318 . G A 102.46 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0131856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.462;QD=9.31408;RBI=0.0215116;REFB=-0.00904112;REVB=-0.0169967;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259418;STB=0.627399;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0391423;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:31:13:13:0.295455:7:6:20:9:7:6:20:11 chr11 64083320 . T C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0342217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.412;QD=9.85787;RBI=0.0373521;REFB=-0.033918;REVB=0.0149684;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244729;STB=0.631576;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0497085;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:7:6:19:9:7:6:19:10 chr11 64083328 . C T 92.15 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0543054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3665;QD=8.99069;RBI=0.0658556;REFB=0.00451273;REVB=0.0372542;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181326;STB=0.609582;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00717193;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:19:10:6:6:19:10 chr11 64083331 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0155165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.914;QD=10.1408;RBI=0.0633879;REFB=-0.0109571;REVB=-0.0614594;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229235;STB=0.645547;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0503264;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:7:6:18:9:7:6:19:9 chr11 64084113 . A G 1264.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6905;QD=61.69;RBI=0.0345511;REFB=0;REVB=-0.0211214;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124729;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr11 64085785 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.547;QD=62.6628;RBI=0.067009;REFB=0;REVB=0.0231136;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482009;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:27:17:0:0 chr11 64107735 . G A 71.92 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0067411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.423;QD=8.99011;RBI=0.0322574;REFB=-0.0164249;REVB=-0.0315452;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212501;STB=0.629375;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0538006;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:9:13:4:6:9:13 chr11 64110668 . G A 159.13 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0108864;FXX=0.0180164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.397;QD=5.83976;RBI=0.0313437;REFB=-0.0165899;REVB=-0.0293924;RO=73;SAF=12;SAR=13;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167772;STB=0.579193;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0614773;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:109:73:84:25:25:0.229358:13:12:45:28:13:12:49:35 chr11 64110683 . G C 212.52 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0380996;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.559;QD=8.67442;RBI=0.0487237;REFB=-0.013104;REVB=0.0303715;RO=70;SAF=13;SAR=15;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128337;STB=0.576033;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0404159;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:70:70:28:28:0.285714:15:13:40:30:15:13:40:30 chr11 64110805 . A G 172.97 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0083765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.676;QD=36.4151;RBI=0.00839368;REFB=-0.038122;REVB=-0.000536647;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143723;STB=0.578851;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00183011;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:8:8:0:3:8:8:0:3 chr11 64111928 . T C 61.76 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00828607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.364;QD=7.7201;RBI=0.0124653;REFB=-0.0239636;REVB=-0.00931256;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.608448;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0319592;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:15:23:8:9:0.28125:5:3:9:6:6:3:11:12 chr11 64112170 . C A 417.41 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00204424;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.133;QD=27.8272;RBI=0.0128181;REFB=-0.0079622;REVB=0.012654;RO=21;SAF=31;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154702;STB=0.584859;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00353641;OID=.;OPOS=64112170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:8:31:13:8:8:31:13:8 chr11 64116843 . A C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0995;QD=47.8171;RBI=0.170989;REFB=0;REVB=-0.0362414;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492431;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr11 64124515 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00705249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.095;QD=7.48179;RBI=0.0135786;REFB=-0.0229047;REVB=-0.0116034;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.024127;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:13:15:5:5:13:15 chr11 64124823 . C T 115.62 PASS AF=0.191919;AO=18;DP=98;FAO=19;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.000523899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.864;QD=4.67139;RBI=0.0364897;REFB=-0.00871564;REVB=-0.0364859;RO=77;SAF=7;SAR=11;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27409;STB=0.681635;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0273622;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:77:80:18:19:0.191919:11:7:47:30:12:7:48:32 chr11 64124940 . T G 92.27 PASS AF=0.241379;AO=10;DP=55;FAO=14;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0139739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5679;QD=6.36363;RBI=0.224409;REFB=-0.00259594;REVB=0.223974;RO=30;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501306;STB=0.804736;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0253706;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:55:58:30:44:10:14:0.241379:9:1:13:17:13:1:13:31 chr11 64127744 . A G 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0134237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9631;QD=9.19831;RBI=0.0903329;REFB=0.00394765;REVB=-0.08933;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324104;STB=0.666222;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00713594;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:4:3:9:3:4:3:9:4 chr11 64367325 . A G 1794.08 PASS AF=1;AO=98;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0208;QD=60.8162;RBI=0.0468291;REFB=0;REVB=0.0411093;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433467;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:98:118:1:49:49:0:0:57:61:0:0 chr11 64367862 . T C 113.92 PASS AF=0.257576;AO=14;DP=63;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=0.0375509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6379;QD=6.90417;RBI=0.119565;REFB=-0.0216809;REVB=-0.113515;RO=48;SAF=12;SAR=2;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210221;STB=0.668553;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.067033;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:48:49:14:17:0.257576:2:12:36:12:2:15:37:12 chr11 64496357 . G T 788.99 PASS AF=0.680412;AO=61;DP=94;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00529937;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.161;QD=32.5358;RBI=0.0750369;REFB=-0.0221269;REVB=0.0748495;RO=31;SAF=43;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203883;STB=0.501618;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0114716;OID=.;OPOS=64496357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:31:31:61:66:0.680412:18:43:21:10:21:45:21:10 chr11 64507680 . A C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.437;QD=45.8037;RBI=0.00686476;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291224;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr11 64511050 . G C 109.47 PASS AF=0.266667;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00257852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.046;QD=7.298;RBI=0.00462894;REFB=-0.0372461;REVB=-0.00384425;RO=44;SAF=3;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457197;STB=0.790926;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0593673;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:44:44:15:16:0.266667:12:3:25:19:13:3:25:19 chr11 64519062 . T C 160.05 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0152351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0502;QD=26.6757;RBI=0.0373396;REFB=-0.0239274;REVB=0.0340901;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980432;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0123933;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:24:8:8:15:16:0.666667:8:7:5:3:9:7:5:3 chr11 64527271 . G A 871.37 PASS AF=0.71875;AO=68;DP=98;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0071605;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.236;QD=36.3069;RBI=0.00869395;REFB=-0.0127443;REVB=0.00493073;RO=27;SAF=40;SAR=28;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177643;STB=0.506953;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00510346;OID=.;OPOS=64527271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:27:27:68:69:0.71875:28:40:15:12:29:40:15:12 chr11 64543927 . G GT 421.52 PASS AF=0.716418;AO=47;DP=66;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.121566;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.008;QD=25.1653;RBI=0.13419;REFB=0.0458503;REVB=0.0568196;RO=18;SAF=18;SAR=29;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091375;STB=0.55982;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=-0.0211106;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.716418:47:66:48:67:19:18:30:11:8:84:18:18:29:10:8 chr11 64559898 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.806;QD=44.6894;RBI=0.0376742;REFB=0;REVB=0.0262859;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70536e-06;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 64572018 . T C 337.05 PASS AF=0.690476;AO=26;DP=39;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0215623;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2321;QD=32.1001;RBI=0.042104;REFB=-0.0778715;REVB=0.0361637;RO=13;SAF=6;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273114;STB=0.601697;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0395787;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:13:13:26:29:0.690476:20:6:8:5:20:9:8:5 chr11 64572557 . A G 689.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.989;QD=62.6615;RBI=0.0440823;REFB=0;REVB=0.0057933;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287343;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:15:29:0:0 chr11 64591679 . G A 62.19 PASS AF=0.25;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0129838;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.454;QD=6.91026;RBI=0.0148659;REFB=-0.00906121;REVB=-0.00723991;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295185;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:27:27:9:9:0.25:4:5:15:12:4:5:15:12 chr11 64597205 . G T 89.69 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0677558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7117;QD=25.6246;RBI=0.0692711;REFB=-0.0172184;REVB=0.0144098;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526268;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00722562;OID=.;OPOS=64597205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:14:2:3:10:11:0.785714:5:5:1:1:5:6:2:1 chr11 64601933 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00633656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.007;QD=19.3436;RBI=0.00953843;REFB=-0.00386788;REVB=-0.0071295;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248975;STB=0.64135;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00693875;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:7:11:6:12:7:11 chr11 64606177 . C T 59.33 PASS AF=0.15;AO=11;DP=73;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.029172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.9911;QD=2.96659;RBI=0.0389762;REFB=-0.00734528;REVB=-0.0258484;RO=62;SAF=7;SAR=4;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103138;STB=0.509418;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0503478;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:73:80:62:68:11:12:0.15:4:7:44:18:4:8:46:22 chr11 64621856 . A G 465.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.547;QD=58.1891;RBI=0.0736073;REFB=0;REVB=0.0735377;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211099;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr11 64622869 . G C 737.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.688;QD=56.7554;RBI=0.0550522;REFB=0;REVB=-0.0461334;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318902;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr11 64645871 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.206;QD=64.1539;RBI=0.0392548;REFB=0;REVB=0.0163955;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24733e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr11 64677293 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0472;QD=39.206;RBI=0.0676946;REFB=0;REVB=-0.0263476;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225834;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 64680819 . G A 714.7 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0199489;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.594;QD=37.1274;RBI=0.0276867;REFB=-0.0350908;REVB=0.0191987;RO=19;SAF=27;SAR=31;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521527;STB=0.528005;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0150544;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:19:58:58:0.753247:31:27:11:8:31:27:11:8 chr11 64806270 . C T 700.66 PASS AF=0.678161;AO=59;DP=87;FAO=59;FDP=87;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00735315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.419;QD=32.2142;RBI=0.0316994;REFB=-0.00581603;REVB=0.0308348;RO=28;SAF=20;SAR=39;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229129;STB=0.623957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00236852;OID=.;OPOS=64806270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:28:28:59:59:0.678161:39:20:20:8:39:20:20:8 chr11 64807235 . C T 373.2 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0836441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.519;QD=28.1662;RBI=0.08373;REFB=-0.0113284;REVB=-0.00379222;RO=18;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604404;STB=0.532954;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00545121;OID=.;OPOS=64807235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:18:17:7:11:18:17:7:11 chr11 64807278 . A C 319.29 PASS AF=0.617021;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00606898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.951;QD=27.1734;RBI=0.0178566;REFB=-0.0141624;REVB=0.0167936;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564847;STB=0.51204;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00812558;OID=.;OPOS=64807278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:18:18:27:29:0.617021:17:10:8:10:17:12:8:10 chr11 64812857 . G A 211.97 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151832;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1107;QD=42.393;RBI=0.025581;REFB=0.0276726;REVB=-0.0205878;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00106965;OID=.;OPOS=64812857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:2:0:8:10:2:0 chr11 64820695 . T G 205.05 PASS AF=0.240602;AO=31;DP=131;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=-0.0179068;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.232;QD=6.16686;RBI=0.0598994;REFB=-0.00313939;REVB=-0.0571602;RO=98;SAF=18;SAR=13;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00126779;STB=0.52448;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0174344;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:98:101:31:32:0.240602:13:18:57:41:14:18:60:41 chr11 64847182 . G A 459.81 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00843938;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8859;QD=31.711;RBI=0.0106845;REFB=0.000955549;REVB=0.00655251;RO=16;SAF=26;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138752;STB=0.567652;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000204521;OID=.;OPOS=64847182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:16:17:41:41:0.706897:15:26:6:10:15:26:7:10 chr11 64852421 . T C 198.62 PASS AF=0.317073;AO=27;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0194204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3873;QD=9.68897;RBI=0.0468716;REFB=-0.000922595;REVB=-0.042659;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116306;STB=0.552889;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00104737;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:56:27:26:0.317073:11:16:25:26:11:15:28:28 chr11 64856500 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7714;QD=39.2068;RBI=0.087899;REFB=0;REVB=0.0738478;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0058146;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr11 64878660 . CT CC,C 769.32 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=48,7;DP=57;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708246,0.0816787;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=38.1426,23.6841;QD=53.9872;RBI=0.0973315,0.082208;REFB=0,0;REVB=0.066763,0.00931359;RO=1;SAF=14,1;SAR=34,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0324133,-0.2842;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00709662,0.00486918;OID=.,.;OPOS=64878661,64878661;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.982456,0.0175439:48,7:57:56,1:57:0:16,0:40,1:0:0:4:1:14,1:34,6:1:0 chr11 64884052 . G A 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00656237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.579;QD=5.809;RBI=0.0128871;REFB=-0.00914805;REVB=-0.0110911;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215943;STB=0.626659;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.037242;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:7:5:25:17:7:5:25:18 chr11 64895202 . A G 64.73 PASS AF=0.146067;AO=14;DP=88;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=-0.0318936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.43;QD=2.90917;RBI=0.041585;REFB=-0.0047238;REVB=-0.0266854;RO=70;SAF=7;SAR=7;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162914;STB=0.721007;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0419856;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:88:89:70:76:14:13:0.146067:7:7:44:26:8:5:50:26 chr11 64948277 . A C 853.21 PASS AF=0.715789;AO=68;DP=96;FAO=68;FDP=95;FR=.;FRO=27;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0151526;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.454;QD=35.9247;RBI=0.0151669;REFB=0.000946559;REVB=0.000657987;RO=27;SAF=45;SAR=23;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02499;STB=0.513425;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000392767;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:27:27:68:68:0.715789:23:45:19:8:23:45:19:8 chr11 64950970 . C T 281.34 PASS AF=0.75;AO=23;DP=31;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0607166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.7;QD=35.1677;RBI=0.0716687;REFB=-0.0341323;REVB=0.0380776;RO=8;SAF=17;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198177;STB=0.592942;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0210715;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:32:8:8:23:24:0.75:6:17:3:5:7:17:3:5 chr11 64975585 . AG A 49.61 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.189221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1193;QD=6.01307;RBI=0.265609;REFB=-0.104079;REVB=-0.186396;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0.692308;SSEP=0;SSSB=-0.600501;STB=0.872037;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0947619;OID=.;OPOS=64975586;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:12:33:13:33:20:1:12:11:9:49:18:1:11:10:8 chr11 64981522 . C A 468.58 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0012343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.925;QD=39.0486;RBI=0.0636626;REFB=-0.0590773;REVB=0.0636506;RO=12;SAF=15;SAR=21;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98505e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170455;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:21:15:5:7:21:15:5:7 chr11 64981587 . G A 384.48 PASS AF=0.738095;AO=27;DP=39;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0651701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.709;QD=36.6171;RBI=0.0654506;REFB=-0.0133059;REVB=0.00605237;RO=11;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257063;STB=0.500775;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00512661;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:39:42:11:11:27:31:0.738095:11:16:6:5:14:17:6:5 chr11 64981837 . C T 139.95 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0132981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.802;QD=20.7331;RBI=0.0163476;REFB=-0.0495823;REVB=0.00950822;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220688;STB=0.624232;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0430835;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:9:3:8:7:9:3 chr11 64990041 . G C 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0542197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.267;QD=27.6512;RBI=0.0607374;REFB=-0.0628404;REVB=0.0273725;RO=9;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187339;STB=0.604528;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0195932;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:13:5:5:4:13:5:5:4 chr11 65000719 . C T 358.21 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0279646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.598;QD=43.4199;RBI=0.0333659;REFB=-0.163355;REVB=0.0182006;RO=4;SAF=7;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204733;STB=0.631478;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00578104;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:33:33:4:5:28:28:0.848485:21:7:4:0:21:7:5:0 chr11 65004301 . G T 1020.02 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5954;QD=57.4661;RBI=0.149487;REFB=-0.12301;REVB=0.0718951;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354219;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:71:0:0:64:71:1:36:28:0:0:41:30:0:0 chr11 65089792 . G C 307.49 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.113862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3844;QD=45.5543;RBI=0.114255;REFB=-0.182016;REVB=-0.00947063;RO=3;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894972;STB=0.531225;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0214027;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:3:2:24:25:0.925926:10:14:3:0:10:15:2:0 chr11 65120391 . T C 466.58 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00628877;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=208.859;QD=22.4859;RBI=0.0109614;REFB=-0.0229972;REVB=-0.00897795;RO=13;SAF=25;SAR=20;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581087;STB=0.547924;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0131066;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:13:38:45:45:0.542169:20:25:9:4:20:25:25:13 chr11 65144075 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.762;QD=57.6805;RBI=0.0400729;REFB=0;REVB=-0.000370978;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166587;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:24:6:0:0:24:7:0:0 chr11 65167259 . C CG,CT 37.11 PASS AF=0,0.159091;AO=5,8;DP=45;FAO=0,7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.259872,0.0339734;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=14.2762,63.0414;QD=3.37371;RBI=0.26305,0.0355089;REFB=-0.0299554,0.00233191;REVB=-0.0407668,0.0103293;RO=31;SAF=4,6;SAR=1,2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.432293,0.394356;STB=0.5,0.844621;STBP=1,0.077;TYPE=ins,ins;VARB=0.0430658,0.0548821;OID=.,.;OPOS=65167260,65167260;OREF=-,-;OALT=G,T;OMAPALT=CG,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.159091:5,8:45:0,7:44:37:0,6:0,1:17:20:36:31:4,6:1,2:13:18 chr11 65180883 . A G 854.44 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0863149;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.411;QD=57.9284;RBI=0.0869222;REFB=0;REVB=0.0102573;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136346;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr11 65338944 . T G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0025167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.266;QD=4.55533;RBI=0.00651244;REFB=-0.0110353;REVB=-0.00600651;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486498;STB=0.794364;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0299874;OID=.;OPOS=65338944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:3:27:4:3:3:27 chr11 65347408 . A G 78.52 PASS AF=0.22;AO=6;DP=44;FAO=11;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00725126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.77;QD=6.2815;RBI=0.0668205;REFB=-0.0274151;REVB=-0.0664259;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179101;STB=0.691913;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.060085;OID=.;OPOS=65347408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:44:50:25:37:6:11:0.22:2:4:17:8:2:9:23:14 chr11 65347636 . G C 663.97 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1116;QD=60.3606;RBI=0.123031;REFB=-0.0544055;REVB=0.122995;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030236;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:43:44:1:11:32:0:0:12:32:0:0 chr11 65349849 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9753;QD=45.8065;RBI=0.0615842;REFB=0;REVB=0.0389443;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359949;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr11 65351074 . G A 333.09 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00972252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.285;QD=39.1872;RBI=0.0463988;REFB=-0.0372194;REVB=0.0453687;RO=7;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129456;STB=0.570125;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00942837;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:13:14:6:1:13:14:6:1 chr11 65383896 . G C 1339.71 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0562;QD=62.312;RBI=0.0696669;REFB=0;REVB=-0.0566707;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546801;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:41:45:0:0 chr11 65384727 . C T 977.11 PASS AF=0.732143;AO=82;DP=112;FAO=82;FDP=112;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0245146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.151;QD=34.8968;RBI=0.0257798;REFB=-0.0145597;REVB=0.00797699;RO=28;SAF=40;SAR=42;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057999;STB=0.505666;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00431211;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:28:30:82:82:0.732143:42:40:14:14:42:40:14:16 chr11 65385606 . A G 1434.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.644;QD=63.0484;RBI=0.0285885;REFB=0;REVB=-0.0151666;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74217e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr11 65386063 . G A 270.6 PASS AF=0.251534;AO=40;DP=163;FAO=41;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0246704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.342;QD=6.64047;RBI=0.0478112;REFB=-0.00562294;REVB=0.0409546;RO=113;SAF=15;SAR=25;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172735;STB=0.583116;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0190408;OID=.;OPOS=65386063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:122:40:41:0.251534:25:15:58:55:25:16:61:61 chr11 65387378 . T A 88.1 PASS AF=0.241379;AO=12;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0324851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4996;QD=6.07569;RBI=0.0965628;REFB=-0.0108229;REVB=0.0909346;RO=44;SAF=10;SAR=2;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155587;STB=0.633926;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0292848;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:58:58:44:44:12:14:0.241379:2:10:33:11:2:12:33:11 chr11 65405699 . C T 195.49 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00949132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2475;QD=16.6376;RBI=0.0558041;REFB=0.00142572;REVB=-0.054991;RO=25;SAF=19;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603023;STB=0.852575;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00490404;OID=.;OPOS=65405699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:20:20:0.425532:1:19:15:10:1:19:17:10 chr11 65408937 . C T 227.91 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0406749;FXX=0.0526177;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5775;QD=25.323;RBI=0.0410711;REFB=-0.0172966;REVB=0.00569089;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10729;STB=0.559941;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0180573;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:14:7:7:8:14:7:7:8 chr11 65423082 . G A 1336.29 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00955616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7127;QD=59.3908;RBI=0.016787;REFB=-0.0301219;REVB=-0.0138016;RO=1;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116972;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00129616;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:1:2:86:88:0.977778:40:46:0:1:42:46:1:1 chr11 65429235 . GT TG 41.26 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0590112;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=29.3941;QD=1.63425;RBI=0.0604998;REFB=-0.0168534;REVB=0.0133379;RO=81;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45605;STB=0.788282;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.139248;OID=.;OPOS=65429235;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:101:101:81:89:12:12:0.118812:3:9:29:52:3:9:36:53 chr11 65546857 . A C 569.44 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0219698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.42;QD=30.7804;RBI=0.023128;REFB=-0.0406617;REVB=0.00722735;RO=24;SAF=28;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135311;STB=0.573247;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0203769;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:24:50:50:0.675676:22:28:8:16:22:28:8:16 chr11 65547333 . G A 824.1 PASS AF=0.643478;AO=70;DP=114;FAO=74;FDP=115;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.000835716;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.595;QD=28.6644;RBI=0.0183437;REFB=-0.0101082;REVB=0.0183246;RO=41;SAF=39;SAR=31;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17884;STB=0.587663;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00383121;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:41:41:70:74:0.643478:31:39:12:29:34:40:12:29 chr11 65547455 . C A 409.73 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00829618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.152;QD=34.1443;RBI=0.0150348;REFB=-0.00887992;REVB=0.0125386;RO=15;SAF=21;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214198;STB=0.616787;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00185357;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:12:21:4:11:12:21:4:11 chr11 65563502 . TA T,TT 392.33 PASS AF=0.4,0.26;AO=12,17;DP=46;FAO=20,13;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=11,8;FSAR=9,5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00707182,-0.00637037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=303.007,303.28;QD=31.3863;RBI=0.0251168,0.0251248;REFB=-0.00920981,-0.00788028;REVB=0.0241007,0.0243038;RO=17;SAF=6,12;SAR=6,5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0293607,0.170902;STB=0.509527,0.550186;STBP=0.93,0.678;TYPE=del,snp;VARB=-0.0185206,0.0318774;OID=.,.;OPOS=65563503,65563503;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.26:12,17:46:20,13:50:17:11,8:9,5:9:8:82:17:6,12:6,5:9:8 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC 208.08 PASS AF=0.956522,0;AO=12,6;DP=23;FAO=22,0;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=17,0;FSAR=5,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196451,-0.234946;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.1494,35.8886;QD=36.1872;RBI=0.197977,0.235504;REFB=-0.0321145,0.00508997;REVB=-0.197,-0.0161925;RO=1;SAF=10,6;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0430526,0;STB=0.514273,0.5;STBP=0.637,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0112539,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617118;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522,0:12,6:23:22,0:23:1:17,0:5,0:1:0:4:1:10,6:2,0:1:0 chr11 65625824 . T C 91.15 PASS AF=0.143939;AO=19;DP=132;FAO=19;FDP=132;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.0292827;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.122;QD=2.76224;RBI=0.0293056;REFB=-0.00378826;REVB=-0.00115691;RO=112;SAF=6;SAR=13;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150589;STB=0.60736;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0320436;OID=.;OPOS=65625824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:132:132:112:113:19:19:0.143939:13:6:48:64:13:6:49:64 chr11 65636053 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.502;QD=56.1916;RBI=0.0236893;REFB=0;REVB=0.0114925;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129943;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 65649774 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.377;QD=60.6021;RBI=0.0260587;REFB=0;REVB=0.0162695;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02959e-05;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr11 65655393 . G C 1080.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.283;QD=60.0231;RBI=0.0167654;REFB=0;REVB=0.0151585;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50979e-05;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr11 65664346 . T C 60.64 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00668454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.843;QD=6.21938;RBI=0.029871;REFB=-0.0066203;REVB=-0.0291135;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434178;STB=0.768181;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0147297;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:7:2:17:12:7:2:17:13 chr11 65684929 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257173;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=311.432;QD=62.9829;RBI=0.0259593;REFB=0;REVB=-0.00353681;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5468e-05;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 65685225 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.464;QD=59.8384;RBI=0.0350535;REFB=0;REVB=-0.0349047;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104362;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr11 65713207 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7645;QD=53.9068;RBI=0.0316382;REFB=0;REVB=-0.0191287;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379442;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr11 65733393 . C T 643.75 PASS AF=0.714286;AO=54;DP=77;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0215581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.104;QD=33.4415;RBI=0.0229937;REFB=-0.00477424;REVB=0.0079975;RO=20;SAF=23;SAR=31;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392198;STB=0.507934;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00137079;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:20:22:54:55:0.714286:31:23:7:13:31:24:9:13 chr11 65765866 . C G 187.63 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0415199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6311;QD=20.8481;RBI=0.0648228;REFB=-0.0146193;REVB=-0.0497805;RO=17;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244459;STB=0.639832;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0209734;OID=.;OPOS=65765866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:3:16:11:6:3:16:11:6 chr11 65779523 . G T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0340344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.931;QD=27.3835;RBI=0.0638902;REFB=-0.0263534;REVB=0.0540705;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0297962;OID=.;OPOS=65779523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:2:1:7:3:2:1 chr11 65788072 . C T 40.27 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0277209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.475;QD=14.645;RBI=0.0348281;REFB=-0.037297;REVB=-0.0210843;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0282061;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:1:3:3:3:2:3 chr11 65790527 . G T 423.84 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0215233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.656;QD=31.9881;RBI=0.0215771;REFB=-0.0283241;REVB=-0.00152297;RO=15;SAF=25;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210128;STB=0.614064;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0198482;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:38:38:0.716981:13:25:4:11:13:25:4:11 chr11 65809875 . C A 589.29 PASS AF=0.769231;AO=48;DP=65;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0410669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.512;QD=36.2637;RBI=0.0424335;REFB=-0.0202239;REVB=0.0106824;RO=15;SAF=19;SAR=29;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12174;STB=0.562475;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00377234;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:15:15:48:50:0.769231:29:19:10:5:30:20:10:5 chr11 65810749 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0201535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.359;QD=24.0302;RBI=0.044628;REFB=-0.0126608;REVB=-0.0398182;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296574;STB=0.666444;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0141137;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:2:7:5:10:2:7 chr11 65820673 . A G 160.07 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.000897016;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.381;QD=6.27719;RBI=0.00244254;REFB=-0.0175383;REVB=0.00227187;RO=78;SAF=8;SAR=16;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525959;STB=0.532347;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0376614;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:78:78:24:24:0.235294:16:8:29:49:16:8:29:49 chr11 65868310 . T A 470.57 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8006;QD=55.3613;RBI=0.0716084;REFB=0.0710404;REVB=-0.0679252;RO=2;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029234;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0212724;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:2:1:32:33:0.970588:23:9:1:1:23:10:0:1 chr11 65985000 . A C 456.56 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0443154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9093;QD=45.6555;RBI=0.0754316;REFB=-0.0579024;REVB=-0.0610416;RO=5;SAF=23;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730958;STB=0.556417;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0151701;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:40:5:6:34:34:0.85:11:23:2:3:11:23:2:4 chr11 66006323 . G C 66.87 PASS AF=0.2;AO=11;DP=51;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0207083;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1506;QD=5.34987;RBI=0.0731812;REFB=-0.00937326;REVB=0.0701902;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183574;STB=0.580483;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0391264;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:50:39:40:11:10:0.2:7:4:20:19:6:4:20:20 chr11 66010633 . T C 460.24 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.168;QD=57.53;RBI=0.0109425;REFB=0;REVB=0.00966357;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106498;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:17:15:0:0 chr11 66031660 . C T 154.91 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0074853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.221;QD=22.9495;RBI=0.00952214;REFB=-0.0236512;REVB=0.0058857;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02165;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0257349;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:3:8:12:4:3:8 chr11 66035286 . CA C 363.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6145;QD=53.8779;RBI=0.0871553;REFB=0;REVB=-0.0870218;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00120307;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:16:11:0:0:4:0:16:10:0:0 chr11 66099987 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0240494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.613;QD=26.8496;RBI=0.0525209;REFB=-0.00421085;REVB=0.0466912;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137561;STB=0.507682;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00304049;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:2:5:11:4:2:5 chr11 66100152 . T C 906.12 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2833;QD=57.5312;RBI=0.0635663;REFB=0;REVB=0.0570359;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347097;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:1:0:58:63:1:29:29:1:0:33:30:0:0 chr11 66105194 . G A 579.32 PASS AF=0.8;AO=48;DP=60;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0218504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.757;QD=38.621;RBI=0.0280814;REFB=-0.0287633;REVB=-0.0176388;RO=12;SAF=32;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068068;STB=0.53657;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0053217;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:12:12:48:48:0.8:16:32:6:6:16:32:6:6 chr11 66107674 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.359;QD=50.4131;RBI=0.0478621;REFB=0;REVB=0.0170035;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024969;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr11 66131147 . TCC CTG,TCT 170.02 PASS AF=0.0909091,0.681818;AO=2,14;DP=23;FAO=2,15;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=2,7;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0414099,-0.0398145;FXX=0.0434594;HRUN=3,2;LEN=3,1;MLLD=120.424,123.194;QD=30.9123;RBI=0.0426267,0.047498;REFB=-0.0317974,-0.0324482;REVB=0.010112,0.025901;RO=5;SAF=2,7;SAR=0,7;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.2376;STB=0.5,0.631412;STBP=1,0.067;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0448272,0.0121703;OID=.,.;OPOS=66131147,66131149;OREF=TCC,C;OALT=CTG,T;OMAPALT=CTG,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:23:22:5:5:2,14:2,15:0.0909091,0.681818:0,7:2,7:5:0:0,8:2,7:5:0 chr11 66161072 . C T 386.97 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0560708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.195;QD=30.3507;RBI=0.0560734;REFB=0.00115249;REVB=0.000541269;RO=16;SAF=20;SAR=15;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690926;STB=0.537551;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-9.27771e-05;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:15:20:11:5:15:20:11:5 chr11 66272142 . A G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00114013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.894;QD=3.7645;RBI=0.0189666;REFB=-0.00169688;REVB=-0.0189323;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293231;STB=0.713471;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0243431;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:1:5:19:11:1:5:19:11 chr11 66327673 . G A 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0328081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.714;QD=10.5619;RBI=0.0382885;REFB=-0.00347928;REVB=0.0197392;RO=48;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801532;STB=0.537114;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00512219;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:49:25:25:0.337838:15:10:16:32:15:10:17:32 chr11 66328095 . T C 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0376611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.887;QD=3.89359;RBI=0.0690643;REFB=-0.00686321;REVB=-0.0578923;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215759;STB=0.636116;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0402271;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:52:53:11:11:0.171875:4:7:24:28:4:7:25:28 chr11 66328719 . T C 67.79 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0253806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.491;QD=5.42354;RBI=0.026535;REFB=7.29302e-05;REVB=0.00774172;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123216;STB=0.580483;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00143582;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:6:4:20:20:6:4:20:20 chr11 66329732 . A G 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0155911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3615;QD=4.72319;RBI=0.0211133;REFB=-0.000645588;REVB=-0.014237;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123686;STB=0.581925;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00476676;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:4:6:22:22:4:6:22:22 chr11 66331458 . A G 99.97 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0271316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.005;QD=7.40493;RBI=0.0288949;REFB=-0.00318971;REVB=-0.00993927;RO=39;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238546;STB=0.514265;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00854832;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:40:14:14:0.259259:5:9:25:14:5:9:25:15 chr11 66333598 . C T 32.76 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00193901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1795;QD=2.91199;RBI=0.0198334;REFB=0.00437385;REVB=-0.0197384;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155354;STB=0.614991;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0269726;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:18:21:4:2:18:21 chr11 66335548 . A G 90.14 PASS AF=0.241379;AO=8;DP=57;FAO=14;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0187818;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.663;QD=6.21642;RBI=0.0198119;REFB=-0.0152464;REVB=0.00630524;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151767;STB=0.534434;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0421949;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:57:58:30:44:8:14:0.241379:3:5:15:15:7:7:20:24 chr11 66358126 . C T 897.65 PASS AF=0.752688;AO=70;DP=93;FAO=70;FDP=93;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.016016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.797;QD=38.6087;RBI=0.0202165;REFB=-0.0519241;REVB=0.0123368;RO=23;SAF=30;SAR=40;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103626;STB=0.55554;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0157863;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:23:23:70:70:0.752688:40:30:15:8:40:30:15:8 chr11 66610645 . G C 123.79 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.000209464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.597;QD=6.03856;RBI=0.0444402;REFB=-0.0111926;REVB=-0.0444397;RO=63;SAF=6;SAR=13;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332132;STB=0.704707;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0545702;OID=.;OPOS=66610645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:63:19:19:0.231707:13:6:37:26:13:6:37:26 chr11 66626234 . T C 205.41 PASS AF=0.217687;AO=32;DP=149;FAO=32;FDP=147;FR=.;FRO=115;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0302578;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.287;QD=5.58942;RBI=0.0357763;REFB=-0.00937619;REVB=-0.0190894;RO=113;SAF=18;SAR=14;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073778;STB=0.545659;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0422882;OID=.;OPOS=66626234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:113:115:32:32:0.217687:14:18:57:56:14:18:58:57 chr11 66837965 . T C 330.41 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.325;QD=50.8329;RBI=0.0490397;REFB=0.0386869;REVB=0.0154044;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00442331;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr11 66838943 . A G 228.16 PASS AF=0.724138;AO=18;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0588226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.952;QD=31.4708;RBI=0.0741031;REFB=-0.0417924;REVB=-0.0450685;RO=8;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694295;STB=0.515137;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.021629;OID=.;OPOS=66838943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:18:21:0.724138:9:9:3:5:12:9:3:5 chr11 66995603 . T C 671.13 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.45;QD=59.6562;RBI=0.0147245;REFB=-0.0987793;REVB=-0.00280342;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284424;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000273808;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:16:27:0:1:16:28:0:1 chr11 67050292 . G A 342.62 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.765;QD=48.9456;RBI=0.0423319;REFB=-0.144045;REVB=0.0407366;RO=2;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713042;STB=0.538432;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00156595;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:2:2:26:26:0.928571:12:14:0:2:12:14:0:2 chr11 67068859 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.355;QD=59.0177;RBI=0.119881;REFB=0;REVB=0.00990817;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000564842;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 67071584 . C G 1387.14 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0353674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0988;QD=56.6179;RBI=0.0361241;REFB=-0.13158;REVB=-0.00735497;RO=5;SAF=35;SAR=57;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630473;STB=0.528996;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00688142;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:98:98:5:6:92:92:0.938776:57:35:5:0:57:35:5:1 chr11 67177278 . G A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8008;QD=62.6684;RBI=0.0197891;REFB=0;REVB=0.0156062;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163919;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr11 67257823 . C A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8906;QD=50.4113;RBI=0.0482591;REFB=0;REVB=-0.0310911;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191242;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 67258390 . CA C,CG 690.62 PASS AF=0.152174,0.847826;AO=8,37;DP=46;FAO=7,39;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=7,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137319,0.0217268;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.8427,79.7967;QD=60.0543;RBI=0.0498853,0.0628406;REFB=0,0;REVB=0.0479581,0.0589651;RO=0;SAF=1,15;SAR=7,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0519016,0.00106303;OID=.,.;OPOS=67258391,67258391;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.152174,0.847826:8,37:46:7,39:46:0:0,16:7,23:0:0:33:0:1,15:7,22:0:0 chr11 67263767 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.994;QD=46.848;RBI=0.0555367;REFB=0;REVB=-0.0548433;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275197;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr11 67270126 . A AC 38.6 PASS AF=0.117647;AO=13;DP=103;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=-0.0321433;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.8002;QD=1.51387;RBI=0.0325429;REFB=-0.0117828;REVB=-0.00508382;RO=87;SAF=12;SAR=1;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654654;STB=0.937232;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0752431;OID=.;OPOS=67270127;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117647:13:103:12:102:90:11:1:32:58:38:87:12:1:30:57 chr11 67288594 . C T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0096563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.848;QD=55.2223;RBI=0.0228811;REFB=-0.028198;REVB=0.0207437;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000180568;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:35:21:0:1:35:21:0:1 chr11 67351585 . C G 699.53 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297727;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2053;QD=60.8285;RBI=0.125788;REFB=0;REVB=0.122214;RO=0;SAF=39;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.15207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00602086;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:4:39:0:0:6:40:0:0 chr11 67399190 . GT TG 89.65 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0217644;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=2;MLLD=79.3724;QD=10.8664;RBI=0.0238933;REFB=-0.00632121;REVB=0.00985912;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461932;STB=0.79936;STBP=0.036;TYPE=mnp;VARB=0.257326;OID=.;OPOS=67399190;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:33:16:18:9:12:0.363636:1:8:9:7:1:11:11:7 chr11 67430698 . G A 123.42 PASS AF=0.293103;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00819728;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.32;QD=8.5119;RBI=0.0099471;REFB=-0.00511798;REVB=-0.00563466;RO=40;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142305;STB=0.53896;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0104567;OID=.;OPOS=67430698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:41:16:17:0.293103:12:4:14:26:12:5:14:27 chr11 67430762 . T C 403.62 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0162955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.404;QD=31.6565;RBI=0.0480158;REFB=-0.011742;REVB=0.0451661;RO=15;SAF=17;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331181;STB=0.517983;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00369135;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:19:17:8:7:19:17:8:7 chr11 67431914 . G A 77.18 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0152478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.714;QD=3.76505;RBI=0.0152525;REFB=-9.94822e-05;REVB=0.000380005;RO=67;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467816;STB=0.536533;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000470653;OID=.;OPOS=67431914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:82:67:68:14:14:0.170732:7:7:31:36:7:7:31:37 chr11 67432804 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.04;QD=60.6093;RBI=0.055766;REFB=0;REVB=0.042339;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218782;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 67432854 . T C 645.46 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7752;QD=60.0431;RBI=0.034835;REFB=0;REVB=0.0345054;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458837;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:14:29:0:0 chr11 67433869 . C T 97.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0765716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6753;QD=24.4105;RBI=0.0789368;REFB=0.112298;REVB=0.0191785;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0105916;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr11 67434416 . C A 252.28 PASS AF=0.69697;AO=21;DP=31;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0148305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.686;QD=30.5795;RBI=0.030738;REFB=-0.0248112;REVB=0.0269236;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072241;STB=0.523789;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0113886;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:33:10:10:21:23:0.69697:10:11:4:6:12:11:4:6 chr11 67572698 . G T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=12;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.683;QD=44.0929;RBI=0.0522938;REFB=-0.00183679;REVB=0.0441392;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000375246;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:12:17:0.944444:4:8:0:0:8:9:1:0 chr11 67663113 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.067;QD=40.7627;RBI=0.0208658;REFB=0;REVB=0.0113625;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101106;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 67663116 . T A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.546;QD=40.7616;RBI=0.00669611;REFB=0;REVB=0.00447146;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39378e-05;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 865.44 PASS AF=1,0;AO=57,3;DP=65;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0917177,0.00245003;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.5796,6.80327;QD=54.0899;RBI=0.15883,0.0227668;REFB=0,0;REVB=0.129672,-0.0226346;RO=5;SAF=36,1;SAR=21,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0689057,0.152533;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00441904,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:5:0:57,3:64,0:1,0:21,2:36,1:1:4:26,0:38,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 740.08 PASS AF=1,0;AO=46,6;DP=57;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377739,-0.198673;FXX=0.0535619;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.2567,4.65122;QD=55.8548;RBI=0.0487419,0.22911;REFB=0,0;REVB=-0.0308042,-0.114106;RO=5;SAF=12,5;SAR=34,1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0146082,0.505365;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00146008,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:53:5:0:46,6:53,0:1,0:34,1:12,5:1:4:36,0:17,0:0:0 chr11 67789138 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000277726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.137;QD=62.6696;RBI=0.0886327;REFB=0;REVB=0.0886322;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534179;OID=.;OPOS=67789138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr11 67789293 . G GC 794.67 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7973;QD=46.7451;RBI=0.0660288;REFB=0;REVB=0.0425688;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.24369e-05;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:69:68:68:0:33:35:0:0:15:1:33:35:1:0 chr11 67793508 . GC G,GG,GT 925.07 PASS AF=0,0.030303,0.954545;AO=8,3,52;DP=67;FAO=0,2,63;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,41;FSAR=0,0,22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162414,-0.0158167,0.018285;FXX=0.0149231;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=167.914,167.978,76.269;QD=56.065;RBI=0.083899,0.060265,0.0284238;REFB=-0.0988747,-0.0273358,-0.133295;REVB=0.082312,0.0581524,0.0217617;RO=1;SAF=6,3,32;SAR=2,0,20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.174483,0.727144,0.0229661;STB=0.5,0.993266,0.511108;STBP=1,0.227,0.271;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0650384,0.00754695,0.00346227;OID=.,.,.;OPOS=67793509,67793509,67793509;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.030303,0.954545:8,3,52:67:0,2,63:66:1:0,2,41:0,0,22:0:1:4:1:6,3,32:2,0,20:0:1 chr11 67793510 . G T 46.37 PASS AF=0.136364;AO=8;DP=65;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0144059;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.8968;QD=2.81006;RBI=0.0149654;REFB=0.00625734;REVB=-0.00405355;RO=57;SAF=6;SAR=2;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161815;STB=0.651454;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00535096;OID=.;OPOS=67793510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:66:57:57:8:9:0.136364:2:6:36:21:2:7:36:21 chr11 67798356 . A AGCCGGCCCTCAGGGC,C 33.81 PASS AF=0.5,0.1;AO=3,2;DP=10;FAO=5,1;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4,1;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0639933,-0.0512511;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=15,1;MLLD=196.852,97.1314;QD=13.5257;RBI=0.0647335,0.0521447;REFB=-0.0569696,-0.0657131;REVB=0.00976126,0.00961221;RO=5;SAF=3,1;SAR=0,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.576642;STB=0.666163,0.5;STBP=0.725,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0348433,0.0251967;OID=.,.;OPOS=67798357,67798356;OREF=-,A;OALT=GCCGGCCCTCAGGGC,C;OMAPALT=AGCCGGCCCTCAGGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:5:4:3,2:5,1:0.5,0.1:0,1:3,1:5:0:1,0:4,1:4:0 chr11 67798363 . T C 175.24 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.093;QD=46.7299;RBI=0.0481624;REFB=0;REVB=-0.0134289;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114581;OID=.;OPOS=67798363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:1:13:0:0:1:14:0:0 chr11 67803215 . G A 865.58 PASS AF=0.700935;AO=75;DP=107;FAO=75;FDP=107;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00530327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4849;QD=32.3583;RBI=0.0301984;REFB=-0.0299321;REVB=0.029729;RO=32;SAF=38;SAR=37;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833436;STB=0.544785;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00731499;OID=.;OPOS=67803215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:32:32:75:75:0.700935:37:38:21:11:37:38:21:11 chr11 67810297 . C T 300.15 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0526569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6384;QD=37.5183;RBI=0.0733234;REFB=0.0205539;REVB=0.0510252;RO=7;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183576;STB=0.59992;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00389548;OID=.;OPOS=67810297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:10:15:1:6:10:15:1:6 chr11 67814979 . G C,T 1259.87 PASS AF=0.952941,0.0352941;AO=77,3;DP=82;FAO=81,3;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36,0;FSAR=45,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03491,-0.0329303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.143,176.306;QD=59.2882;RBI=0.03855,0.0393809;REFB=-0.0926198,-0.124686;REVB=-0.016352,-0.0215974;RO=1;SAF=33,0;SAR=44,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0141253,-0.727144;STB=0.506848,0.994936;STBP=0.287,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.0026979,0.191301;OID=.,.;OPOS=67814979,67814979;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:85:1:1:77,3:81,3:0.952941,0.0352941:44,3:33,0:1:0:45,3:36,0:1:0 chr11 67957518 . A T 804.05 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0759865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.24;QD=55.452;RBI=0.0767731;REFB=-0.154896;REVB=0.0109618;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285458;STB=0.514281;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00119747;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:58:1:1:55:57:0.982759:39:16:1:0:40:17:1:0 chr11 68030173 . C A 271.13 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00499935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7202;QD=30.1258;RBI=0.0231906;REFB=-0.00955442;REVB=-0.0226454;RO=12;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129568;STB=0.571368;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00448237;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:15:9:7:5:15:9:7:5 chr11 68171013 . T C 1503.24 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0159512;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.258;QD=55.6757;RBI=0.0200549;REFB=-0.0158011;REVB=0.0121556;RO=4;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332636;STB=0.517541;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=1.51811e-05;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:108:4:4:104:104:0.962963:55:49:0:4:55:49:0:4 chr11 68177510 . C T 908.37 PASS AF=0.745098;AO=76;DP=103;FAO=76;FDP=102;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00595224;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.896;QD=35.6225;RBI=0.00618861;REFB=0.000653695;REVB=0.00169401;RO=26;SAF=33;SAR=43;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031698;STB=0.516985;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.000200874;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:26:26:76:76:0.745098:43:33:13:13:43:33:13:13 chr11 68192690 . G A 76.05 PASS AF=0.191176;AO=12;DP=66;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.000106462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.696;QD=4.47324;RBI=0.00388448;REFB=-0.00763558;REVB=-0.00388302;RO=54;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126548;STB=0.60121;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.017603;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:68:54:55:12:13:0.191176:7:5:28:26:8:5:28:27 chr11 68201295 . C T 212.16 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00419094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.575;QD=27.3753;RBI=0.0372151;REFB=0.00174321;REVB=0.0369784;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152088;STB=0.584331;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0010112;OID=.;OPOS=68201295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:7:4:12:8:7:4 chr11 68380510 . C T 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00932888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.056;QD=17.4328;RBI=0.00934927;REFB=-0.0210759;REVB=0.000617107;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317848;STB=0.517799;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0267433;OID=.;OPOS=68380510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:16:21:23:20:16:21:23:20 chr11 68549340 . A G 83.15 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0255272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.086;QD=5.6375;RBI=0.0255768;REFB=-0.00509975;REVB=-0.00159287;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063779;STB=0.540477;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0284639;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:8:5:20:26:8:5:20:26 chr11 68560780 . C T 955.24 PASS AF=0.808989;AO=72;DP=89;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00109221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.37;QD=42.9322;RBI=0.00212034;REFB=-0.000165751;REVB=-0.00181739;RO=16;SAF=34;SAR=38;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949218;STB=0.510941;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=4.74169e-05;OID=.;OPOS=68560780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:16:17:72:72:0.808989:38:34:8:8:38:34:9:8 chr11 68671477 . T C 208.09 PASS AF=0.730769;AO=16;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0774045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2113;QD=32.0143;RBI=0.0778723;REFB=-0.0941426;REVB=0.00852243;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229225;STB=0.533863;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0113385;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:26:26:4:6:16:19:0.730769:7:9:2:2:10:9:2:4 chr11 68678962 . T C 612.18 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.362;QD=37.6728;RBI=0.0254662;REFB=-0.0259806;REVB=0.0128268;RO=14;SAF=17;SAR=34;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107026;STB=0.505745;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00803904;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:34:17:5:9:34:17:5:9 chr11 68704270 . A G 84.08 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00361074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1522;QD=5.79893;RBI=0.0115321;REFB=0.00466292;REVB=-0.0109523;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173998;STB=0.606141;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0383298;OID=.;OPOS=68704270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:43:45:13:13:0.224138:7:6:26:17:7:6:27:18 chr11 68705674 . C A 267.73 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0209439;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2029;QD=25.4977;RBI=0.0628999;REFB=-0.0219081;REVB=0.0593107;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107798;STB=0.55995;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.019002;OID=.;OPOS=68705674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:8:10:10:14:8:10 chr11 68748003 . T C 469.75 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0692101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.809;QD=28.9079;RBI=0.0692829;REFB=-0.0340805;REVB=-0.00317623;RO=22;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355235;STB=0.519304;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0153727;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:21:22:10:12:21:22:10:12 chr11 68777183 . G T 52.05 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0882585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4359;QD=5.78374;RBI=0.0888229;REFB=-0.00754289;REVB=-0.00999711;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150496;STB=0.555418;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0240849;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:36:27:28:7:8:0.222222:4:3:15:12:4:4:16:12 chr11 68822738 . CT C,CC 854.78 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=11,49;DP=60;FAO=2,58;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692528,0.00651145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.716,248.071;QD=56.9853;RBI=0.0542443,0.0494629;REFB=0,0;REVB=0.0538004,0.0490325;RO=0;SAF=5,23;SAR=6,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.021668,0.00183027;OID=.,.;OPOS=68822739,68822739;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:11,49:60:2,58:60:0:1,27:1,31:0:0:7:0:5,23:6,26:0:0 chr11 68834968 . T C 347.35 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.52;QD=51.4595;RBI=0.0303477;REFB=-0.180732;REVB=0.00676754;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226687;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00450587;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:0:1:20:6:0:1 chr11 68840160 . A G 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0162202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.309;QD=5.17493;RBI=0.0170085;REFB=-0.00125038;REVB=-0.00511806;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111539;STB=0.572238;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00545079;OID=.;OPOS=68840160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:6:5:24:20:6:5:24:20 chr11 68851414 . T C 40.43 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.016674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.264;QD=2.04719;RBI=0.0295682;REFB=-0.00672138;REVB=-0.0244184;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302967;STB=0.706123;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0315232;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:69:70:9:9:0.113924:4:5:21:48:4:5:22:48 chr11 69462910 . G A 593.48 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00366328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5028;QD=57.9001;RBI=0.021398;REFB=-0.101118;REVB=-0.0210821;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000833849;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:39:40:0.97561:19:20:0:0:20:20:0:1 chr11 69468177 . C CT,T 33.0 PASS AF=0.269231,0;AO=20,4;DP=56;FAO=14,0;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.158922,-0.0611227;FXX=0.0188644;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=7.13196,25.7229;QD=2.53821;RBI=0.182795,0.0686259;REFB=-0.175371,-0.0437448;REVB=0.0903221,0.0312013;RO=31;SAF=12,4;SAR=8,0;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.221778,0.647995;STB=0.626851,0.5;STBP=0.286,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0926333,0;OID=.,.;OPOS=69468178,69468177;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:52:31:38:20,4:14,0:0.269231,0:8,0:12,4:12:19:8,0:6,0:23:15 chr11 69933891 . G A 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.0164538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.3;QD=3.20595;RBI=0.0445171;REFB=-0.00273318;REVB=-0.0413648;RO=43;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341624;STB=0.726225;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0262918;OID=.;OPOS=69933891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:3:4:35:8:3:4:35:8 chr11 70007311 . A G 919.68 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7785;QD=56.5959;RBI=0.047134;REFB=-0.0500845;REVB=-0.0446721;RO=0;SAF=50;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30297e-08;STB=0.50476;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0048007;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:0:1:62:64:0.984615:12:50:0:0:12:52:1:0 chr11 70007392 . A G 764.09 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509005;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.477;QD=56.5991;RBI=0.0607259;REFB=0;REVB=-0.0331175;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231707;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:14:38:0:0:14:40:0:0 chr11 70016247 . T G,TG 1126.36 PASS AF=0,1;AO=6,69;DP=98;FAO=0,95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265057,0.142898;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.25454,16.8523;QD=47.4257;RBI=0.0294582,0.189637;REFB=0,0;REVB=-0.0128543,0.124669;RO=22;SAF=0,47;SAR=6,22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719292,0.0685009;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00454134;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:98:95:22:0:6,69:0,95:0,1:6,22:0,47:12:10:0,39:0,56:0:0 chr11 70253475 . C T 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0177677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.471;QD=2.5802;RBI=0.0382528;REFB=-0.00865363;REVB=-0.033876;RO=78;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179968;STB=0.625707;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0636156;OID=.;OPOS=70253475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:78:78:12:12:0.133333:7:5:44:34:7:5:44:34 chr11 70282629 . A C 143.4 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00325032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.089;QD=9.88949;RBI=0.00351912;REFB=-0.0169186;REVB=-0.00134893;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891462;STB=0.560515;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0261714;OID=.;OPOS=70282629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:19:19:0.327586:10:9:21:17:10:9:22:17 chr11 70718429 . G A 181.89 PASS AF=0.527778;AO=16;DP=33;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.077942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6859;QD=20.2098;RBI=0.0828071;REFB=-0.0101832;REVB=-0.0279653;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349675;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0157751;OID=.;OPOS=70718429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:17:17:16:19:0.527778:10:6:7:10:10:9:7:10 chr11 70719116 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0296024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.971;QD=21.5445;RBI=0.0328701;REFB=-0.0200349;REVB=-0.0142879;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268469;STB=0.650957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0175207;OID=.;OPOS=70719116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:2:8:6:8:2:8 chr11 70789137 . C T 173.07 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0482623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.713;QD=36.4367;RBI=0.0487987;REFB=-0.0100015;REVB=-0.00721517;RO=3;SAF=15;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246253;STB=0.638085;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00506315;OID=.;OPOS=70789137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:1:15:2:1:1:15:2:1 chr11 70829901 . C T 93.22 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0170968;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.674;QD=5.10809;RBI=0.0526715;REFB=-0.0073662;REVB=-0.0498196;RO=57;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199311;STB=0.632259;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0278725;OID=.;OPOS=70829901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:75:73:57:58:15:15:0.205479:9:6:32:25:9:6:33:25 chr11 70829950 . G A 263.46 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0118669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.59;QD=10.6448;RBI=0.0119092;REFB=-0.0105468;REVB=-0.00100355;RO=67;SAF=11;SAR=21;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307281;STB=0.678573;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0228069;OID=.;OPOS=70829950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:67:32:32:0.323232:21:11:41:26:21:11:41:26 chr11 71146577 . G A 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0185244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6239;QD=8.89826;RBI=0.0363799;REFB=-0.00309108;REVB=0.0313104;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714133;STB=0.543402;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0117929;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:8:18:7:4:8:18 chr11 71146691 . A G 193.75 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0781918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.331;QD=10.1974;RBI=0.0784532;REFB=-0.00777801;REVB=-0.00639917;RO=49;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103238;STB=0.520706;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0155192;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:51:25:25:0.328947:14:11:22:27:14:11:24:27 chr11 71146952 . G A 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0093617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.476;QD=5.0003;RBI=0.0425448;REFB=-0.00727263;REVB=-0.041502;RO=35;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445556;STB=0.831517;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0235073;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:35:38:9:9:0.191489:1:8:21:14:1:8:21:17 chr11 71152461 . A G 94.88 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0350055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9974;QD=5.75028;RBI=0.0365148;REFB=-0.00992984;REVB=-0.0103897;RO=49;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985338;STB=0.542801;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0175232;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:49:51:15:15:0.227273:8:7:19:30:8:7:21:30 chr11 71155153 . A G 220.08 PASS AF=0.225806;AO=33;DP=154;FAO=35;FDP=155;FR=.;FRO=120;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.00367876;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.444;QD=5.67944;RBI=0.0204798;REFB=-0.00694087;REVB=-0.0201466;RO=120;SAF=17;SAR=16;SRF=44;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189062;STB=0.592679;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0153028;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:120:120:33:35:0.225806:16:17:44:76:18:17:44:76 chr11 71155171 . C T 148.56 PASS AF=0.185714;AO=27;DP=141;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=0.0155158;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.721;QD=4.24462;RBI=0.0156309;REFB=-0.0042643;REVB=-0.0018933;RO=114;SAF=12;SAR=15;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883957;STB=0.56978;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0202802;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:114:114:27:26:0.185714:15:12:43:71:14:12:43:71 chr11 71169547 . G C 103.36 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0276419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3337;QD=3.75844;RBI=0.0437063;REFB=-0.00233421;REVB=-0.0338551;RO=91;SAF=12;SAR=7;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12097;STB=0.579225;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0106241;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:91:91:19:19:0.172727:7:12:49:42:7:12:49:42 chr11 71183474 . C T 165.85 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0254538;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9073;QD=11.0564;RBI=0.0272512;REFB=-0.0236699;REVB=0.00973308;RO=40;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800362;STB=0.537154;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0362512;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:39:21:21:0.35:8:13:22:18:8:13:22:17 chr11 71183477 . C T 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0281785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2779;QD=11.3446;RBI=0.0508945;REFB=0.00553653;REVB=-0.0423818;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01346;STB=0.517595;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0117399;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:9:13:22:16:9:13:22:17 chr11 71184678 . A C 2781.52 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0562514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.941;QD=61.8116;RBI=0.0735169;REFB=-0.0548697;REVB=0.0473341;RO=1;SAF=91;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544061;STB=0.502857;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0002445;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:180:1:1:178:179:0.994444:87:91:0:1:87:92:0:1 chr11 71185479 . T C 218.27 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.025139;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7136;QD=9.59421;RBI=0.0251933;REFB=-0.0162542;REVB=0.00165297;RO=63;SAF=17;SAR=11;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191073;STB=0.612293;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0190803;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:63:63:28:28:0.307692:11:17:28:35:11:17:28:35 chr11 71185518 . T C 235.71 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0225352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.308;QD=8.27052;RBI=0.0307677;REFB=-0.00496759;REVB=-0.0209479;RO=80;SAF=19;SAR=14;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765399;STB=0.549809;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0158424;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:80:81:33:33:0.289474:14:19:41:39:14:19:41:40 chr11 71189436 . T C 63.62 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00297375;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.535;QD=3.34852;RBI=0.0165154;REFB=-0.00422513;REVB=-0.0162454;RO=65;SAF=1;SAR=11;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589568;STB=0.907548;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0202423;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:77:76:65:64:12:12:0.157895:11:1:35:30:11:1:35:29 chr11 71249386 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.739;QD=44.6898;RBI=0.0197666;REFB=0;REVB=-0.0147155;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99446e-05;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 71279936 . A C 39.63 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0391821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4387;QD=3.10852;RBI=0.111849;REFB=-0.000865766;REVB=-0.104761;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897906;STB=0.578733;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00604243;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:51:42:44:7:7:0.137255:4:3:15:27:4:3:15:29 chr11 71293685 . A AC 34.87 PASS AF=0.259259;AO=8;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0314739;FXX=0.0357015;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.551;QD=5.16665;RBI=0.0381102;REFB=-0.00246039;REVB=-0.021489;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257094;STB=0.631148;STBP=0.584;TYPE=ins;VARB=0.0450937;OID=.;OPOS=71293686;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:8:27:7:27:20:1:6:5:15:34:19:1:7:5:14 chr11 71293892 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0210832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5256;QD=11.1042;RBI=0.0763822;REFB=0.00223221;REVB=0.0734149;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00128204;OID=.;OPOS=71293892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:2:8:6:1:2:8 chr11 71318195 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.275;QD=51.9131;RBI=0.161213;REFB=0;REVB=0.0151523;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886735;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr11 71504475 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3603;QD=35.5759;RBI=0.0558428;REFB=0;REVB=-0.0506825;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218541;OID=.;OPOS=71504475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 71507152 . T G 105.62 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0373294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.371;QD=7.54418;RBI=0.0398577;REFB=-0.00672445;REVB=0.0139696;RO=41;SAF=4;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307153;STB=0.688961;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00397201;OID=.;OPOS=71507152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:11:4:21:20:11:4:21:20 chr11 71507157 . CA TG 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00154719;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.007;QD=8.24052;RBI=0.0126903;REFB=0.00117683;REVB=-0.0125956;RO=40;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283811;STB=0.671728;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=-0.00651811;OID=.;OPOS=71507157;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:11:5:22:18:11:5:22:18 chr11 71507186 . T C 400.43 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0383634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7722;QD=21.3564;RBI=0.042101;REFB=-0.0031466;REVB=-0.017342;RO=35;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168464;STB=0.593173;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00215057;OID=.;OPOS=71507186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:15:25:15:20:15:25:15:20 chr11 71544269 . C T 868.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3637;QD=57.8869;RBI=0.0725311;REFB=0;REVB=0.00711062;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003852;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:35:25:0:0 chr11 71548465 . A G 1066.13 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198539;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4151;QD=60.0634;RBI=0.198553;REFB=0;REVB=-0.00237258;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702581;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr11 71548492 . C T 525.0 PASS AF=0.691176;AO=45;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00209751;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6763;QD=30.8822;RBI=0.00301025;REFB=-0.026277;REVB=-0.00215918;RO=20;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756562;STB=0.546514;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00763079;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:20:21:45:47:0.691176:24:21:12:8:25:22:13:8 chr11 71548520 . A T 901.07 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.234;QD=58.1336;RBI=0.0100344;REFB=0;REVB=-0.00402773;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23043e-06;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr11 71548544 . A G 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107342;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2023;QD=63.8825;RBI=0.0108832;REFB=0;REVB=0.00179457;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134043;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr11 71707489 . T C 292.56 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00272868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.419;QD=27.2145;RBI=0.0150486;REFB=-0.0205179;REVB=-0.0147991;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373215;STB=0.520645;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0116384;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:18:8:6:11:18:8:6:11 chr11 71708013 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.0663518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.737;QD=19.3697;RBI=0.0680441;REFB=-0.0120956;REVB=0.0150811;RO=15;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304636;STB=0.66652;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0107724;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:15:1:0:15:15:1:0:15 chr11 71714526 . G C 526.8 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0102937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.242;QD=24.5022;RBI=0.034556;REFB=-0.0372922;REVB=0.0329873;RO=37;SAF=27;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134946;STB=0.573895;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0118326;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:22:27:14:23:22:27:14:23 chr11 71714528 . T G 573.76 PASS AF=0.670455;AO=58;DP=88;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0753344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6687;QD=26.0798;RBI=0.220181;REFB=-0.0668854;REVB=0.206893;RO=29;SAF=29;SAR=29;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106219;STB=0.502889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0321309;OID=.;OPOS=71714528;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:29:58:59:0.670455:29:29:14:15:30:29:14:15 chr11 71816044 . G C 107.57 PASS AF=0.160305;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=131;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.0850634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3921;QD=3.2847;RBI=0.134983;REFB=-0.00300834;REVB=-0.104807;RO=107;SAF=4;SAR=17;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323341;STB=0.717255;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0111887;OID=.;OPOS=71816044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:107:110:21:21:0.160305:17:4:44:63:17:4:45:65 chr11 71820350 . C T 48.95 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=6;FWDB=-0.00355236;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.075;QD=2.61057;RBI=0.0148369;REFB=-0.0031431;REVB=-0.0144054;RO=64;SAF=6;SAR=4;SRF=59;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542196;STB=0.812161;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0186648;OID=.;OPOS=71820350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:75:64:65:10:10:0.133333:4:6:59:5:4:6:59:6 chr11 71821236 . A G 316.64 PASS AF=0.421687;AO=30;DP=79;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0081392;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.845;QD=15.2596;RBI=0.0187177;REFB=-0.0399485;REVB=-0.0168555;RO=47;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430712;STB=0.52035;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.047892;OID=.;OPOS=71821236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:47:48:30:35:0.421687:12:18:30:17:12:23:30:18 chr11 71941212 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00162197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7638;QD=7.04856;RBI=0.0497315;REFB=-0.00849496;REVB=-0.0497051;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341461;STB=0.521684;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0327237;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:6:16:6:2:6:16 chr11 72281818 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.553;QD=56.9533;RBI=0.0124567;REFB=0;REVB=0.0100007;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98564e-05;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr11 72281884 . C T 494.42 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0574786;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.569;QD=25.3551;RBI=0.0575493;REFB=-0.0189038;REVB=0.00285191;RO=32;SAF=24;SAR=22;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226094;STB=0.623154;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0369631;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:32:46:46:0.589744:22:24:7:25:22:24:7:25 chr11 72281941 . A G 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0755902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.21;QD=13.8299;RBI=0.0756195;REFB=-0.000362141;REVB=0.00210461;RO=39;SAF=5;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395115;STB=0.728289;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000147034;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:22:5:20:19:22:5:20:19 chr11 72287350 . A G 279.36 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.415;QD=48.5837;RBI=0.0308458;REFB=-0.0819933;REVB=0.0308458;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0094784;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:23:0:0:0:22:0:0:1 chr11 72289291 . T C 172.57 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.021765;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.659;QD=32.8695;RBI=0.0363831;REFB=-0.0090199;REVB=0.029155;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105562;STB=0.558211;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00171919;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:23:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:4:1:7:9:4:1 chr11 72291927 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.208;QD=42.1826;RBI=0.0377034;REFB=0;REVB=0.0363666;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022674;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 72293602 . A G 1180.34 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.275;QD=60.5303;RBI=0.0505788;REFB=0;REVB=0.0473928;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306351;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:42:34:0:0:43:35:0:0 chr11 72295502 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.955;QD=58.7811;RBI=0.0326441;REFB=0;REVB=0.00108962;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15455e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr11 72295906 . A G 358.19 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574974;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4891;QD=55.1056;RBI=0.0699707;REFB=0;REVB=0.0398742;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501013;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:23:26:1:8:15:0:0:9:17:0:0 chr11 72301049 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTG,GGGGGGT 33.59 PASS AF=0.136364,0.0909091,0.0454545;AO=11,3,2;DP=45;FAO=6,4,2;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5,3,0;FSAR=1,1,2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0636775,-0.00948404,-0.0225095;FXX=0.0222173;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,1;MLLD=8.19363,19.7221,154.203;QD=3.05324;RBI=0.0637881,0.0539025,0.0550716;REFB=-0.100389,-0.0517768,-0.00341509;REVB=-0.003755,-0.0530616,-0.0502613;RO=23;SAF=8,3,0;SAR=3,0,2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0.4,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.334127,0.605533,-0.466394;STB=0.817088,0.748754,0.994463;STBP=0.123,0.394,0.18;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.124281,0.134588,0.254797;OID=.,.,.;OPOS=72301050,72301054,72301049;OREF=G,GT,A;OALT=-,TG,G;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTG,GGGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:44:23:32:11,3,2:6,4,2:0.136364,0.0909091,0.0454545:3,0,2:8,3,0:10:13:1,1,2:5,3,0:15:17 chr11 72301381 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.046;QD=45.1039;RBI=0.0598727;REFB=-0.00996259;REVB=0.0473816;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000615321;OID=.;OPOS=72301381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr11 72363759 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0334619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.097;QD=32.3505;RBI=0.0352978;REFB=0.0103957;REVB=0.0112352;RO=2;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43408;STB=0.74942;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000533473;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:10:1:2:0:10:1:2:0 chr11 72368986 . T G 133.83 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0878067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9399;QD=25.4923;RBI=0.0886003;REFB=-0.0262376;REVB=0.0118321;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424322;STB=0.523776;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0273295;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:3:4:7:7:3:4 chr11 72408055 . G C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.311;QD=62.3497;RBI=0.062192;REFB=0;REVB=0.0576183;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240025;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr11 72532569 . G T 554.31 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0967103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2307;QD=55.4309;RBI=0.0967243;REFB=-0.0547191;REVB=-0.00164153;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0108675;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:17:21:0:1:17:21:1:1 chr11 72532621 . T G 551.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.777;QD=59.6579;RBI=0.0350847;REFB=0;REVB=0.0133433;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10234e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:19:18:0:0 chr11 72532708 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.952;QD=57.6777;RBI=0.0348475;REFB=0;REVB=0.0160487;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107408;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 72536345 . A G 619.76 PASS AF=0.836066;AO=48;DP=59;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00236327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.562;QD=40.6398;RBI=0.00810412;REFB=-0.0072093;REVB=0.00775188;RO=10;SAF=23;SAR=25;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038882;STB=0.504834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00137821;OID=.;OPOS=72536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:59:61:10:10:48:51:0.836066:25:23:6:4:27:24:5:5 chr11 72547797 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA,ATTTTTTTAT 51.6 PASS AF=0.425532,0,0.0212766;AO=12,3,4;DP=49;FAO=20,0,1;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13,0,1;FSAR=7,0,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0353426,-0.041275,-0.0899195;FXX=0.040808;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=6.56542,22.5993,20.5701;QD=4.39123;RBI=0.0634811,0.0614325,0.101694;REFB=-0.10358,-0.0531397,-0.037943;REVB=-0.0527328,-0.0455008,-0.0474994;RO=21;SAF=7,3,4;SAR=5,0,0;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.213959,0.637716,0.686039;STB=0.609264,0.5,0.990532;STBP=0.198,1,0.253;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0710887,0.11119,0.0294962;OID=.,.,.;OPOS=72547798,72547805,72547805;OREF=T,T,TA;OALT=-,A,AT;OMAPALT=ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA,ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532,0,0.0212766:12,3,4:49:20,0,1:47:26:13,0,1:7,0,0:12:14:51:21:7,3,4:5,0,0:8:13 chr11 72945341 . C T 1838.36 PASS AF=0.93985;AO=125;DP=133;FAO=125;FDP=133;FR=.;FRO=8;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00191433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8677;QD=55.2889;RBI=0.00775134;REFB=-0.0110169;REVB=0.00751123;RO=8;SAF=69;SAR=56;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374018;STB=0.519718;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00593128;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:133:133:8:8:125:125:0.93985:56:69:7:1:56:69:7:1 chr11 72946020 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.677;QD=56.1916;RBI=0.0747344;REFB=0;REVB=0.0237192;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349037;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 72946140 . G C 161.55 PASS AF=0.833333;AO=17;DP=19;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00230734;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2362;QD=35.9008;RBI=0.0152186;REFB=-0.0685015;REVB=0.0150426;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.599866;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0175454;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:19:18:1:3:17:15:0.833333:8:9:0:1:6:9:0:3 chr11 73387057 . TTAAGTA T,TT 378.12 PASS AF=0.942857,0;AO=27,4;DP=35;FAO=33,0;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0623163,0.0738931;FXX=0.0540395;HRUN=3,2;LEN=6,5;MLLD=217.61,205.62;QD=43.2133;RBI=0.0647527,0.0765228;REFB=-0.0144465,0.0077827;REVB=-0.0175952,-0.0198885;RO=2;SAF=11,1;SAR=16,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0546421,0.210252;STB=0.524985,0.5;STBP=0.302,1;TYPE=del,del;VARB=0.000983234,0;OID=.,.;OPOS=73387058,73387059;OREF=TAAGTA,AAGTA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857,0:27,4:35:33,0:35:2:14,0:19,0:0:2:5:2:11,1:16,3:0:2 chr11 73390772 . GAA G,GAG 564.66 PASS AF=0.897436,0.102564;AO=31,6;DP=37;FAO=35,4;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109119,-0.0282194;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=35.6822,211.701;QD=57.9138;RBI=0.0686055,0.0957265;REFB=0,0;REVB=-0.0677322,-0.0914725;RO=0;SAF=23,6;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39343e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00153,0.0414615;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.897436,0.102564:31,6:37:35,4:39:0:26,4:9,0:0:0:20:0:23,6:8,0:0:0 chr11 73441772 . A C 224.25 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188254;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.136;QD=42.7146;RBI=0.029253;REFB=0.00433604;REVB=0.0223906;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656807;STB=0.535678;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-1.96682e-05;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:13:6:0:2:13:6:0:2 chr11 73670645 . T C 143.44 PASS AF=0.216981;AO=21;DP=103;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0308194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.138;QD=5.413;RBI=0.0336513;REFB=-0.00616468;REVB=-0.013512;RO=82;SAF=8;SAR=13;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757039;STB=0.508735;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.019298;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:82:83:21:23:0.216981:13:8:36:46:13:10:37:46 chr11 73681090 . C T 49.79 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0512776;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.809;QD=4.14921;RBI=0.0514269;REFB=-0.00735582;REVB=-0.00391554;RO=41;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570271;STB=0.88291;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.021212;OID=.;OPOS=73681090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:48:41:40:8:8:0.166667:7:1:25:16:7:1:24:16 chr11 73689104 . G A 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0794497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7492;QD=9.6682;RBI=0.0966092;REFB=0.0103654;REVB=0.0549644;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302749;STB=0.51784;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.022312;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:12:9:20:24:12:9:20:24 chr11 73715542 . G A 100.14 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00700852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.667;QD=8.01094;RBI=0.0241944;REFB=-0.00383585;REVB=0.0231571;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352068;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0116352;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:21:16:6:7:21:16 chr11 73765731 . A C 85.16 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0287125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9836;QD=5.0844;RBI=0.0608883;REFB=0.00395161;REVB=0.0536934;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305748;STB=0.695368;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0128834;OID=.;OPOS=73765731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:10:4:28:25:10:4:28:25 chr11 73785326 . T C 148.28 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00718435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.393;QD=7.80399;RBI=0.0208499;REFB=-0.0136823;REVB=-0.019573;RO=54;SAF=15;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269156;STB=0.669124;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0392182;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:55:21:21:0.276316:6:15:27:27:6:15:27:28 chr11 73796917 . C T 127.36 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=-0.047138;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.856;QD=5.92387;RBI=0.0471836;REFB=-0.00987516;REVB=0.00207498;RO=66;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181131;STB=0.511162;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0311893;OID=.;OPOS=73796917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:66:66:20:20:0.232558:14:6:19:47:14:6:19:47 chr11 73814438 . G C 94.38 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0472071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4685;QD=4.54852;RBI=0.0480182;REFB=-0.000792256;REVB=-0.00878832;RO=67;SAF=8;SAR=8;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160727;STB=0.602287;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00731033;OID=.;OPOS=73814438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:67:67:16:16:0.192771:8:8:42:25:8:8:42:25 chr11 73978243 . G A 522.94 PASS AF=0.8;AO=43;DP=53;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0142906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.673;QD=38.0318;RBI=0.0311505;REFB=-0.0171059;REVB=0.0276791;RO=10;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123852;STB=0.551642;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00578156;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:53:55:10:11:43:44:0.8:24:19:1:9:25:19:2:9 chr11 73988167 . C T 637.49 PASS AF=0.710526;AO=54;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0411068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.829;QD=33.5523;RBI=0.0413813;REFB=0.00328314;REVB=-0.00475782;RO=22;SAF=32;SAR=22;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998655;STB=0.553887;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00251337;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:22:22:54:54:0.710526:22:32:9:13:22:32:9:13 chr11 74043708 . G A 393.84 PASS AF=0.673469;AO=27;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0168402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8578;QD=32.15;RBI=0.0215263;REFB=-0.00140792;REVB=0.0134086;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174941;STB=0.613262;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00941674;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:27:33:0.673469:17:10:10:6:23:10:10:6 chr11 74046975 . C T 595.22 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=78;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00821332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.205;QD=30.5243;RBI=0.0194385;REFB=-0.0135583;REVB=-0.0176181;RO=26;SAF=25;SAR=27;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118541;STB=0.50642;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00716596;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:26:52:52:0.666667:27:25:12:14:27:25:12:14 chr11 74049569 . A G 909.01 PASS AF=0.745098;AO=76;DP=102;FAO=76;FDP=102;FR=.;FRO=26;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0240894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3055;QD=35.6476;RBI=0.0241635;REFB=0.00347174;REVB=0.00189052;RO=26;SAF=38;SAR=38;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915399;STB=0.549007;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00065637;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:26:26:76:76:0.745098:38:38:8:18:38:38:8:18 chr11 74053547 . C T 596.39 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00253712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.348;QD=33.5994;RBI=0.00883444;REFB=0.00561488;REVB=-0.00846229;RO=20;SAF=23;SAR=28;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15518;STB=0.583621;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0013187;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:20:51:51:0.71831:28:23:15:5:28:23:15:5 chr11 74109166 . A G 91.97 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0190443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.978;QD=19.3617;RBI=0.0479203;REFB=-0.0458973;REVB=0.0439735;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.67464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0424757;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:4:4:2:9:4:4 chr11 74110353 . A G 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00575475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.871;QD=19.9263;RBI=0.0120726;REFB=6.12471e-05;REVB=0.0106128;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-1.21041e-05;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:4:5:7:5:4:5 chr11 74167409 . T C 520.46 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.012307;FXX=0.043472;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6021;QD=31.5432;RBI=0.0129387;REFB=0.00664479;REVB=-0.0039934;RO=20;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15698;STB=0.584581;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0029837;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:20:20:46:46:0.69697:19:27:17:3:19:27:17:3 chr11 74168411 . A G 422.59 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.104475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7964;QD=33.8068;RBI=0.118447;REFB=-0.0202667;REVB=0.0558106;RO=16;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155419;STB=0.50847;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00870132;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:20:14:7:9:20:14:7:9 chr11 74203308 . T A 59.28 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0408752;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8972;QD=3.43658;RBI=0.050602;REFB=-0.00891818;REVB=0.0298292;RO=53;SAF=6;SAR=5;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214248;STB=0.523766;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0269924;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:69:53:58:11:11:0.15942:5:6:29:24:5:6:30:28 chr11 74204269 . T G 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.659;QD=62.0104;RBI=0.0446106;REFB=0;REVB=0.0435753;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227216;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr11 74208029 . C T 195.78 PASS AF=0.241935;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=124;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0305003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.519;QD=6.31543;RBI=0.0349416;REFB=-0.0060856;REVB=-0.0170483;RO=94;SAF=14;SAR=16;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653674;STB=0.539605;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0236729;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:94:94:30:30:0.241935:16:14:39:55:16:14:39:55 chr11 74208214 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0314045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.115;QD=10.379;RBI=0.0394426;REFB=-0.00548423;REVB=0.0238637;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.651856;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0089431;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:5:11:4:5:5:11 chr11 74208592 . G T 59.77 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0393077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.058;QD=5.69271;RBI=0.0489494;REFB=-0.00199765;REVB=-0.029171;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671153;STB=0.531844;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0038235;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:32:33:9:9:0.214286:4:5:16:16:4:5:17:16 chr11 74278090 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.254;QD=64.0207;RBI=0.01995;REFB=0;REVB=0.00600829;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17769e-05;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:37:61:0:0:37:61:0:0 chr11 74396330 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000234746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.088;QD=55.41;RBI=0.0142072;REFB=-0.0332264;REVB=0.0142052;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000297758;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:0:1:23:34:0:1 chr11 74419357 . C T 77.24 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0567298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4089;QD=6.05787;RBI=0.0567551;REFB=0.0153327;REVB=-0.00169383;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078491;STB=0.550468;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0528922;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:4:7:23:17:4:7:23:17 chr11 74419378 . C T 79.21 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0583244;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6198;QD=6.46648;RBI=0.0677398;REFB=-0.0057352;REVB=-0.0344521;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191689;STB=0.503993;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0145626;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:50:49:37:38:11:11:0.22449:4:7:23:14:4:7:24:14 chr11 74660631 . G A 709.81 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00845044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.721;QD=54.6009;RBI=0.0172043;REFB=-0.0965848;REVB=0.0149859;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000864681;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:30:20:1:0:31:20:1:0 chr11 74679321 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0947888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.923;QD=48.7313;RBI=0.095067;REFB=0;REVB=0.00726808;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705587;OID=.;OPOS=74679321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 74705696 . T C 375.84 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.946;QD=55.6796;RBI=0.0516397;REFB=0;REVB=0.0498219;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428161;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 74862391 . A G 160.17 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.576;QD=45.7613;RBI=0.0455474;REFB=0;REVB=0.0446689;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592851;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 74880370 . G A 74.98 PASS AF=0.151515;AO=14;DP=99;FAO=15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00970013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.35;QD=3.02957;RBI=0.014729;REFB=-0.0142394;REVB=-0.0110838;RO=84;SAF=6;SAR=8;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118403;STB=0.548323;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0549236;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:99:99:84:84:14:15:0.151515:8:6:44:40:8:7:44:40 chr11 74883577 . G A 103.07 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00730815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.356;QD=9.58799;RBI=0.04133;REFB=-0.00279734;REVB=0.0406787;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1722;STB=0.581691;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00647952;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:30:13:13:0.302326:8:5:15:13:8:5:15:15 chr11 74904362 . T C 1749.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.734;QD=60.8488;RBI=0.0455257;REFB=0;REVB=0.0326459;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01806e-07;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr11 74952977 . GA AT 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00584974;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.46;QD=26.0262;RBI=0.141412;REFB=-0.0596912;REVB=0.141291;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=mnp;VARB=0.0186259;OID=.;OPOS=74952977;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr11 74977087 . GGCC G,GGC,GG 297.21 PASS AF=0,0.571429,0.428571;AO=5,14,7;DP=36;FAO=0,20,15;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,7;FSAR=0,13,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019494,-0.108899,-0.0539062;FXX=0.0277701;HRUN=4,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=14.3579,12.3457,16.0629;QD=33.9663;RBI=0.151766,0.110624,0.0550082;REFB=-0.0072817,-0.0106062,-0.0164283;REVB=-0.150509,-0.0194596,-0.0109556;RO=1;SAF=0,7,4;SAR=5,7,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.30137,0.30137;SSSB=0,0.060556,0.124421;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.0175654,0.0115501;OID=.,.,.;OPOS=74977088,74977089,74977089;OREF=GCC,C,CC;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GGC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.571429,0.428571:5,14,7:36:0,20,15:35:0:0,7,7:0,13,8:0:0:67:1:0,7,4:5,7,3:0:1 chr11 74995350 . C T 120.95 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0379707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3356;QD=8.19979;RBI=0.0384521;REFB=-0.0135987;REVB=-0.00606533;RO=42;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450113;STB=0.770435;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0341162;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:4:13:16:26:4:13:16:26 chr11 75145952 . A G 356.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.96;QD=54.8816;RBI=0.0637433;REFB=0;REVB=0.0583505;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219517;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:3:22:0:0:4:22:0:0 chr11 75152243 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0298705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7534;QD=27.4992;RBI=0.0306358;REFB=-0.014681;REVB=-0.00680461;RO=9;SAF=15;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101359;STB=0.543993;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00798399;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:4:15:7:2:4:15:7:3 chr11 75277628 . A G 582.28 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.54;QD=59.7213;RBI=0.046198;REFB=0;REVB=0.0457333;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115375;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:39:0:0:35:39:1:20:15:0:0:21:18:0:0 chr11 75277757 . C G 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0126435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.256;QD=4.50532;RBI=0.0271822;REFB=-0.0180448;REVB=-0.0240627;RO=48;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183988;STB=0.619851;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0648881;OID=.;OPOS=75277757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:6:5:29:19:6:5:29:19 chr11 75277992 . C T 342.34 PASS AF=0.59322;AO=32;DP=56;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0461484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.241;QD=23.2094;RBI=0.0465075;REFB=-0.0135082;REVB=-0.00576789;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160376;STB=0.571387;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0068818;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:24:24:32:35:0.59322:21:11:13:11:22:13:13:11 chr11 75279846 . C T 76.94 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00100293;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.774;QD=5.39947;RBI=0.00976977;REFB=-0.0111858;REVB=-0.00971815;RO=45;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378755;STB=0.742954;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0325303;OID=.;OPOS=75279846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:58:57:45:45:12:12:0.210526:3:9:20:25:3:9:20:25 chr11 75282882 . G A 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0232859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.589;QD=4.2376;RBI=0.0245157;REFB=-0.00826881;REVB=-0.00766719;RO=49;SAF=3;SAR=8;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427312;STB=0.770077;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.024175;OID=.;OPOS=75282882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:49:50:11:11:0.180328:8:3:31:18:8:3:31:19 chr11 76207633 . G A 508.06 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273616;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.239;QD=56.4512;RBI=0.0285766;REFB=-0.079047;REVB=0.00824415;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00128539;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:21:14:0:1 chr11 76262353 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 103.04 PASS AF=0.377778,0,0;AO=12,7,2;DP=48;FAO=17,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0809314,-0.138047,-0.0623367;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=22.5704,11.9978,17.0713;QD=9.15918;RBI=0.248479,0.201403,0.10364;REFB=-0.0274711,-0.0410097,-0.0163743;REVB=-0.234929,-0.146649,0.0827972;RO=24;SAF=2,6,2;SAR=10,1,0;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.554665,0.307772,0.42499;STB=0.7978,0.5,0.5;STBP=0.006,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0352767,0.0284744,0;OID=.,.,.;OPOS=76262358,76262354,76262358;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778,0,0:12,7,2:48:17,0,0:45:28:5,0,0:12,0,0:23:5:98:24:2,6,2:10,1,0:16:8 chr11 76368553 . A G 57.09 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0131744;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6036;QD=3.8063;RBI=0.0163391;REFB=-0.0144514;REVB=-0.00966437;RO=50;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531249;STB=0.847869;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0922198;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:61:60:50:50:10:10:0.166667:2:8:17:33:2:8:17:33 chr11 76370792 . A G 667.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.24419e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.154;QD=62.1381;RBI=0.0231637;REFB=0;REVB=0.0231636;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74221e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr11 76372052 . A G 318.57 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00448232;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0059;QD=31.0803;RBI=0.0529354;REFB=-0.00185244;REVB=-0.0527453;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363062;STB=0.524398;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00154364;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:14:14:26:27:0.658537:8:18:9:5:8:19:9:5 chr11 76372418 . T C 239.56 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7347;QD=50.434;RBI=0.108683;REFB=0;REVB=0.0466567;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456761;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:13:6:0:0 chr11 76405613 . C T 744.62 PASS AF=0.797297;AO=59;DP=75;FAO=59;FDP=74;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00780383;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.989;QD=40.2496;RBI=0.0101779;REFB=-0.00492256;REVB=-0.00653376;RO=15;SAF=34;SAR=25;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921365;STB=0.50493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00275402;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:75:74:15:15:59:59:0.797297:25:34:9:6:25:34:9:6 chr11 76415209 . G A 404.28 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0968554;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.1552;QD=26.0823;RBI=0.107998;REFB=-0.0417641;REVB=0.0477757;RO=21;SAF=23;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074173;STB=0.525812;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0280345;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:23:39:39:0.629032:16:23:10:11:16:23:12:11 chr11 76418737 . A G 415.88 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0556602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4895;QD=53.662;RBI=0.0565869;REFB=-0.134349;REVB=-0.0101991;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00283748;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:0:1:13:17:0:1 chr11 76427471 . G A 101.68 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.060067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6402;QD=9.03789;RBI=0.0708449;REFB=-0.0156253;REVB=-0.0375627;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171896;STB=0.604649;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0403715;OID=.;OPOS=76427471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:15:17:5:8:15:17 chr11 76427520 . C T 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0297803;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.575;QD=3.56301;RBI=0.0324481;REFB=-0.00333909;REVB=0.0128845;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707464;STB=0.528232;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0475017;OID=.;OPOS=76427520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:55:53:43:45:8:8:0.150943:4:4:24:19:4:4:24:21 chr11 76427823 . T C 175.4 PASS AF=0.328571;AO=24;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0419111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0559;QD=10.023;RBI=0.0512916;REFB=-0.0077102;REVB=0.0295684;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253598;STB=0.661683;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0223234;OID=.;OPOS=76427823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:47:24:23:0.328571:9:15:16:25:9:14:17:30 chr11 76430585 . C T 59.74 PASS AF=0.204545;AO=8;DP=42;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00775171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9635;QD=5.43099;RBI=0.109081;REFB=-0.0102543;REVB=0.108805;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755954;STB=0.599782;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0443965;OID=.;OPOS=76430585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:44:32:35:8:9:0.204545:4:4:18:14:5:4:20:15 chr11 76430597 . A G 83.29 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.016485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.794;QD=6.2857;RBI=0.0711291;REFB=-0.00381248;REVB=-0.0691925;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101433;STB=0.574009;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0150359;OID=.;OPOS=76430597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:51:53:38:41:12:12:0.226415:7:5:19:19:7:5:21:20 chr11 76507178 . TGC CTG,TG 51.17 PASS AF=0.0294118,0.352941;AO=4,7;DP=34;FAO=1,12;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1,11;FSAR=0,1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0567914,-0.137235;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=65.6112,13.4961;QD=6.01969;RBI=0.0818038,0.140013;REFB=0.00159283,-0.105438;REVB=-0.0588778,-0.0277536;RO=20;SAF=4,7;SAR=0,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.665097,0.74688;STB=0.990169,0.862021;STBP=0.464,0.008;TYPE=mnp,del;VARB=0.0951947,0.115107;OID=.,.;OPOS=76507178,76507180;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:34:34:20:21:4,7:1,12:0.0294118,0.352941:0,0:4,7:9:11:0,1:1,11:10:11 chr11 76507692 . T A 2062.1 PASS AF=0.992593;AO=127;DP=131;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0651093;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1728;QD=61.0993;RBI=0.0716797;REFB=-0.0828668;REVB=0.0299794;RO=1;SAF=41;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549405;STB=0.502793;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00959478;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:135:1:1:127:134:0.992593:86:41:0:1:89:45:0:1 chr11 76637651 . G A 783.37 PASS AF=0.741176;AO=63;DP=85;FAO=63;FDP=85;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0407617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5485;QD=36.8645;RBI=0.0425609;REFB=0.001063;REVB=-0.0122443;RO=22;SAF=21;SAR=42;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132731;STB=0.571405;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00117962;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:22:22:63:63:0.741176:42:21:13:9:42:21:13:9 chr11 76637680 . G A 772.33 PASS AF=0.724138;AO=54;DP=79;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0956421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.556;QD=35.5095;RBI=0.0957608;REFB=-0.00171247;REVB=0.00476719;RO=24;SAF=17;SAR=37;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14089;STB=0.556399;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000743375;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:87:24:24:54:63:0.724138:37:17:13:11:41:22:13:11 chr11 76687399 . A C 358.88 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00561577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.051;QD=25.1842;RBI=0.0111002;REFB=-0.000765042;REVB=0.00957482;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151143;STB=0.582615;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000489369;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:18:17:6:16:18:17:6:16 chr11 76701606 . G A 410.15 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0106201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=26.4615;RBI=0.0146598;REFB=-0.0145077;REVB=-0.0101056;RO=23;SAF=10;SAR=28;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140697;STB=0.579957;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00945095;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:23:38:39:0.629032:28:10:10:13:29:10:10:13 chr11 76732308 . G A 438.54 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0416014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.179;QD=30.2438;RBI=0.0416188;REFB=0.0218816;REVB=-0.0012059;RO=17;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672796;STB=0.503595;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0061852;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:18:40:40:0.689655:24:16:7:10:24:16:7:11 chr11 76732949 . T C 176.17 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00749064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.335;QD=29.3612;RBI=0.024658;REFB=0.0146029;REVB=0.0234927;RO=5;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184707;STB=0.660812;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00346919;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:24:5:7:17:17:0.708333:13:4:3:2:13:4:5:2 chr11 76733024 . A G 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000813356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.203;QD=24.1899;RBI=0.0180509;REFB=-0.0020979;REVB=0.0180325;RO=6;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529426;STB=0.808166;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00156039;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:11:1:4:2:11:1:4:2 chr11 76751541 . CT C 339.12 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478588;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.7733;QD=46.7757;RBI=0.150398;REFB=0;REVB=-0.14258;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00747722;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:29:29:0:21:8:0:0:6:0:21:8:0:0 chr11 76751584 . CT C,CC 754.48 PASS AF=0.897959,0.102041;AO=42,5;DP=48;FAO=44,5;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28,3;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294344,0.0040044;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.093,200.121;QD=61.5905;RBI=0.0567306,0.0517315;REFB=0,0;REVB=-0.0566542,-0.0515763;RO=0;SAF=27,3;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.13648e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000825749,-0.0100371;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.897959,0.102041:42,5:48:44,5:49:0:28,3:16,2:0:0:23:0:27,3:15,2:0:0 chr11 76751587 . G A 436.04 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00311975;FXX=0.0727141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1406;QD=34.1992;RBI=0.0491223;REFB=-0.0284445;REVB=0.0490231;RO=13;SAF=24;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310369;STB=0.51677;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0116095;OID=.;OPOS=76751587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:54:51:13:13:38:38:0.745098:14:24:9:4:14:24:9:4 chr11 76751603 . CTTG CTG,CTGC 999.86 PASS AF=1,0;AO=66,3;DP=71;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912288,-0.109838;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=26.4631,4.717;QD=56.3302;RBI=0.136144,0.112141;REFB=0,0;REVB=-0.101057,-0.0226061;RO=0;SAF=45,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47552e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00144687,-0.00140595;OID=.,.;OPOS=76751604,76751605;OREF=T,TG;OALT=-,GC;OMAPALT=CTG,CTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:66,3:71:71,0:71:0:50,0:21,0:0:0:5:0:45,3:21,0:0:0 chr11 76796077 . G A 116.28 PASS AF=0.296296;AO=14;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0153498;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.427;QD=8.61295;RBI=0.0231435;REFB=-0.00588742;REVB=-0.0173207;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238795;STB=0.675465;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0164058;OID=.;OPOS=76796077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:14:16:0.296296:6:8:14:24:6:10:14:24 chr11 76799004 . T C 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.935;QD=60.154;RBI=0.0341391;REFB=0.0292212;REVB=0.0250515;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000903619;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:19:25:0:0:19:25:1:0 chr11 76853783 . T C 431.62 PASS AF=0.708333;AO=33;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00630134;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.865;QD=35.9686;RBI=0.0271562;REFB=-0.0597479;REVB=0.026415;RO=14;SAF=10;SAR=23;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783905;STB=0.534133;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0135877;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:33:34:0.708333:23:10:6:8:23:11:6:8 chr11 76868372 . T C 550.32 PASS AF=0.649351;AO=49;DP=78;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0223382;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9216;QD=28.588;RBI=0.0785343;REFB=-0.0522603;REVB=0.0752903;RO=28;SAF=28;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0291379;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:28:27:49:50:0.649351:21:28:16:12:22:28:16:11 chr11 76873960 . TC T 107.53 PASS AF=0.644444;AO=25;DP=47;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.160842;FXX=0.062487;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.98191;QD=9.55777;RBI=0.26968;REFB=-0.0558452;REVB=0.216465;RO=15;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184452;STB=0.660891;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0961808;OID=.;OPOS=76873961;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.644444:25:47:29:45:16:24:5:8:8:35:15:20:5:9:6 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 411.87 PASS AF=0.701493;AO=46;DP=70;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00139067;FXX=0.0563301;HRUN=3;LEN=22;MLLD=592.258;QD=24.5892;RBI=0.010543;REFB=-0.0115418;REVB=0.0104509;RO=12;SAF=25;SAR=21;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144322;STB=0.589754;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.00453939;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.701493:46:70:47:67:20:26:21:5:15:97:12:25:21:2:10 chr11 76905144 . C G 118.75 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0022813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.965;QD=7.78667;RBI=0.0104176;REFB=-0.0107619;REVB=-0.0101648;RO=43;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110555;STB=0.576521;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0326842;OID=.;OPOS=76905144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:6:11:24:19:6:11:24:20 chr11 76910699 . C T 722.16 PASS AF=0.697674;AO=60;DP=86;FAO=60;FDP=86;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000236661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.71;QD=33.589;RBI=0.0172402;REFB=-0.00136779;REVB=0.0172386;RO=25;SAF=32;SAR=28;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727123;STB=0.544877;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000773723;OID=.;OPOS=76910699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:25:26:60:60:0.697674:28:32:10:15:28:32:10:16 chr11 76910766 . C T 833.17 PASS AF=0.75;AO=66;DP=88;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0139518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.794;QD=37.8713;RBI=0.0503377;REFB=-0.0194914;REVB=0.0483656;RO=22;SAF=42;SAR=24;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672378;STB=0.536094;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00590865;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:22:22:66:66:0.75:24:42:11:11:24:42:11:11 chr11 76910816 . G A 608.34 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00985868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.847;QD=30.4172;RBI=0.0148007;REFB=-0.00106881;REVB=0.0110393;RO=27;SAF=35;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950473;STB=0.551581;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000571238;OID=.;OPOS=76910816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:27:27:53:53:0.6625:18:35:14:13:18:35:14:13 chr11 76912636 . A T 646.01 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=75;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00687193;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.595;QD=34.9196;RBI=0.0071332;REFB=-0.0400729;REVB=0.0019129;RO=19;SAF=20;SAR=34;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101092;STB=0.508544;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0175236;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:19:20:54:54:0.72973:34:20:7:12:34:20:8:12 chr11 76917220 . A G 342.76 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0215741;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2834;QD=36.0805;RBI=0.0737651;REFB=-0.0101854;REVB=0.0705397;RO=11;SAF=18;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102409;STB=0.539971;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00564012;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:38:11:10:28:28:0.736842:10:18:5:6:10:18:5:5 chr11 76919478 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0346706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2747;QD=11.9188;RBI=0.0889254;REFB=-0.0196092;REVB=-0.0818882;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0565559;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:6:3:1:6:6:3 chr11 76922946 . G A 229.81 PASS AF=0.869565;AO=17;DP=21;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.492;QD=39.9667;RBI=0.035875;REFB=-0.051245;REVB=0.0311665;RO=3;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535712;STB=0.528356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00637141;OID=.;OPOS=76922946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:23:3:3:17:20:0.869565:8:9:1:2:9:11:1:2 chr11 76923017 . G A 194.41 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00040581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.831;QD=32.4013;RBI=0.00989095;REFB=-0.0442393;REVB=0.00988262;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658029;STB=0.528271;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00855396;OID=.;OPOS=76923017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:24:24:4:6:18:18:0.75:10:8:1:3:10:8:2:4 chr11 76928025 . A G 1337.59 PASS AF=0.804688;AO=101;DP=129;FAO=103;FDP=128;FR=.;FRO=25;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0037683;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.828;QD=41.7997;RBI=0.0143359;REFB=-0.0292547;REVB=0.0138318;RO=24;SAF=50;SAR=51;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318462;STB=0.512662;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00785777;OID=.;OPOS=76928025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:24:25:101:103:0.804688:51:50:14:10:52:51:14:11 chr11 76928149 . A G 2286.03 PASS AF=0.980769;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000354241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.363;QD=58.6162;RBI=0.00874036;REFB=0.0613053;REVB=0.00873318;RO=3;SAF=56;SAR=97;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118047;STB=0.506208;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000401888;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:3:3:153:153:0.980769:97:56:2:1:97:56:2:1 chr11 76954788 . T TA 90.77 PASS AF=0.305556;AO=16;DP=73;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0481398;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0885;QD=5.043;RBI=0.0590021;REFB=-0.0233087;REVB=-0.0341145;RO=55;SAF=8;SAR=8;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788973;STB=0.630481;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.0488776;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:16:73:22:72:50:9:13:30:20:90:55:8:8:31:24 chr11 76954812 . T C 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0150874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.28;QD=8.14836;RBI=0.0304729;REFB=-0.00236844;REVB=0.0264758;RO=47;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119284;STB=0.571354;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0103348;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:10:9:27:20:10:9:27:20 chr11 76954833 . G A 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0113026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.467;QD=8.89836;RBI=0.014925;REFB=-0.0107214;REVB=-0.00974714;RO=48;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108271;STB=0.564254;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0213639;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:12:9:25:23:12:9:25:23 chr11 77033699 . A G 131.99 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0381229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.049;QD=7.6517;RBI=0.0387252;REFB=-0.0046887;REVB=-0.00680342;RO=50;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212344;STB=0.627497;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.010004;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:11:8:30:20:11:8:30:20 chr11 77340946 . TGA ATG,TG 34.97 PASS AF=0.0714286,0.142857;AO=3,10;DP=42;FAO=3,6;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=3,3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0326595,-0.124855;FXX=0.0232504;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=173.467,11.899;QD=3.33004;RBI=0.0345054,0.124862;REFB=-0.00469776,-0.0657273;REVB=-0.0111345,0.00130348;RO=28;SAF=0,5;SAR=3,5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.638932,-0.213225;STB=0.997416,0.640594;STBP=0.021,0.471;TYPE=mnp,del;VARB=0.0703097,0.0147753;OID=.,.;OPOS=77340946,77340948;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:42:42:28:33:3,10:3,6:0.0714286,0.142857:3,5:0,5:19:9:3,3:0,3:22:11 chr11 77412851 . A G 761.27 PASS AF=0.639535;AO=38;DP=87;FAO=55;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0159531;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.633;QD=35.4078;RBI=0.0180741;REFB=-0.0148528;REVB=-0.00849531;RO=23;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630409;STB=0.51656;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0153006;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:23:23:38:55:0.639535:20:18:13:10:27:28:13:10 chr11 77553638 . T C 155.08 PASS AF=0.615385;AO=12;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00330237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.479;QD=23.859;RBI=0.00577998;REFB=-0.0186593;REVB=0.00474369;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12387;STB=0.554389;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0250445;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:8:10:12:16:0.615385:5:7:6:2:7:9:7:3 chr11 77597486 . C T 353.18 PASS AF=0.659091;AO=28;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0246068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8993;QD=32.1075;RBI=0.0363784;REFB=-0.0427499;REVB=-0.0267935;RO=14;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658752;STB=0.530159;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.01258;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:28:29:0.659091:15:13:5:9:16:13:5:9 chr11 77597567 . C T 242.4 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0142248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.169;QD=29.3822;RBI=0.0159928;REFB=-0.00963198;REVB=-0.00730921;RO=10;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395155;STB=0.533304;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00705459;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:10:11:22:22:0.666667:14:8:3:7:14:8:3:8 chr11 77597794 . G C 102.6 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0229465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.693;QD=29.3148;RBI=0.0496144;REFB=-0.0204846;REVB=0.0439892;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.615181;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0151268;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:14:2:3:10:11:0.785714:5:5:2:0:6:5:3:0 chr11 77629132 . A AT 125.33 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0264863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7883;QD=29.4885;RBI=0.123422;REFB=-0.0466361;REVB=-0.120546;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200337;STB=0.610951;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.0103234;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:13:17:13:17:4:7:6:4:0:20:4:7:6:4:0 chr11 77635882 . A C 745.68 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=99;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00504286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.258;QD=30.1284;RBI=0.0156241;REFB=-0.0196128;REVB=-0.014788;RO=36;SAF=32;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117032;STB=0.56336;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0094992;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:36:36:63:63:0.636364:31:32:12:24:31:32:12:24 chr11 77639466 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0468394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6355;QD=11.6335;RBI=0.047787;REFB=0.0113172;REVB=0.00946928;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0103018;OID=.;OPOS=77639466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:11:5:4:6:11:5 chr11 77727379 . T C 60.28 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0297794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.056;QD=17.2221;RBI=0.030826;REFB=-0.0217608;REVB=-0.00796422;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0156171;OID=.;OPOS=77727379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:1:5:5:3:1:5 chr11 77734209 . T C 390.68 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0119492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.048;QD=32.5568;RBI=0.0173693;REFB=-0.0272408;REVB=0.0126059;RO=16;SAF=24;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493477;STB=0.52701;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0121307;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:8:24:11:5:8:24:11:5 chr11 77790653 . T C 1695.19 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.799;QD=60.5425;RBI=0.026002;REFB=0;REVB=-0.0228497;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78792e-05;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:70:42:0:0:70:42:0:0 chr11 77909014 . G A 469.26 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0430738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4841;QD=39.1052;RBI=0.0602392;REFB=-0.0233929;REVB=0.0421119;RO=11;SAF=8;SAR=28;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179361;STB=0.590307;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0113149;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:48:48:11:12:36:36:0.75:28:8:6:5:28:8:6:6 chr11 77920563 . G T 420.29 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00426874;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.076;QD=36.5465;RBI=0.0288127;REFB=-0.025041;REVB=0.0284947;RO=12;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335566;STB=0.528384;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00932643;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:12:13:33:33:0.717391:16:17:7:5:16:17:8:5 chr11 77920863 . C A 240.98 PASS AF=0.6875;AO=17;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.124397;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.8969;QD=30.123;RBI=0.12454;REFB=-0.0176719;REVB=0.00594833;RO=4;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13066;STB=0.5479;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0142788;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:4:10:17:22:0.6875:5:12:4:0:6:16:6:4 chr11 77920930 . A G 170.92 PASS AF=0.68;AO=14;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.000328913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.116;QD=27.3471;RBI=0.130886;REFB=-0.0463826;REVB=0.130885;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259019;STB=0.61753;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0249791;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:8:8:14:17:0.68:4:10:8:0:4:13:8:0 chr11 77921527 . G C 485.55 PASS AF=0.642857;AO=43;DP=68;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00719484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.281;QD=27.7455;RBI=0.00790168;REFB=-0.0314607;REVB=-0.00326663;RO=25;SAF=26;SAR=17;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21767;STB=0.605366;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0216544;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:25:25:43:45:0.642857:17:26:7:18:19:26:7:18 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 314.97 PASS AF=0.595745,0;AO=16,6;DP=49;FAO=28,0;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0576862,0.0419209;FXX=0.040808;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=266.859,11.062;QD=26.8058;RBI=0.0585087,0.210438;REFB=-0.0334323,-0.0838719;REVB=0.00977569,-0.20622;RO=12;SAF=6,1;SAR=10,5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=0.257456,0.190001;STB=0.648891,0.5;STBP=0.028,1;TYPE=ins,del;VARB=0.015593,-0.00893091;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595745,0:16,6:49:28,0:47:19:13,0:15,0:2:17:99:12:6,1:10,5:1:11 chr11 77930138 . T C 427.0 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0036478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.581;QD=24.7535;RBI=0.0300355;REFB=-0.0658114;REVB=-0.0298132;RO=27;SAF=31;SAR=10;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215957;STB=0.516561;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0378457;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:10:31:21:6:10:31:22:6 chr11 77930345 . T C 410.07 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0322715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.521;QD=26.456;RBI=0.032448;REFB=-0.0452746;REVB=0.00337928;RO=23;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169797;STB=0.59236;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0196237;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:18:21:18:5:18:21:18:5 chr11 77936166 . A G 412.92 PASS AF=0.820513;AO=31;DP=38;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00776645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.678;QD=42.3504;RBI=0.0362926;REFB=-0.000700348;REVB=0.0354518;RO=7;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898248;STB=0.545427;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000417276;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:7:7:31:32:0.820513:19:12:1:6:20:12:1:6 chr11 77937800 . G A 845.59 PASS AF=0.786667;AO=41;DP=71;FAO=59;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0571126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.454;QD=45.0981;RBI=0.0582589;REFB=-0.0369483;REVB=0.0114999;RO=8;SAF=7;SAR=34;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412412;STB=0.511941;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0137882;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:71:75:8:8:41:59:0.786667:34:7:2:6:39:20:2:6 chr11 78279790 . T G 201.03 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.000361434;FXX=0.0337041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.612;QD=9.35043;RBI=0.00251724;REFB=0.0022419;REVB=0.00249116;RO=60;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35958;STB=0.711615;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00724868;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:60:60:26:26:0.302326:8:18:23:37:8:18:23:37 chr11 78290350 . G A 86.75 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0251227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4382;QD=4.33747;RBI=0.025229;REFB=-0.00152633;REVB=0.00231405;RO=65;SAF=9;SAR=6;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116681;STB=0.575656;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00466148;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:6:9:33:32:6:9:33:32 chr11 78364513 . A G 172.35 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0147342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.059;QD=7.57602;RBI=0.0148614;REFB=0.00430405;REVB=-0.00194065;RO=67;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600283;STB=0.536175;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0133856;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:11:13:33:34:11:13:33:34 chr11 78372536 . G A 128.38 PASS AF=0.169014;AO=22;DP=140;FAO=24;FDP=142;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.0214611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.869;QD=3.61634;RBI=0.0249837;REFB=-0.0152755;REVB=-0.0127909;RO=118;SAF=16;SAR=6;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305859;STB=0.722437;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0621505;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:118:118:22:24:0.169014:6:16:58:60:6:18:58:60 chr11 78443586 . G A 77.8 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.03813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1968;QD=6.62157;RBI=0.0419847;REFB=-0.0288568;REVB=-0.0175732;RO=36;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378693;STB=0.75284;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.11174;OID=.;OPOS=78443586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:47:47:36:36:11:11:0.234043:10:1:10:26:10:1:10:26 chr11 78565314 . C G 127.94 PASS AF=0.165517;AO=24;DP=145;FAO=24;FDP=145;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=0.0019104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.029;QD=3.52927;RBI=0.00742663;REFB=-0.00220681;REVB=0.00717671;RO=121;SAF=14;SAR=10;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122198;STB=0.57991;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0100874;OID=.;OPOS=78565314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:121:121:24:24:0.165517:10:14:59:62:10:14:59:62 chr11 79133220 . T C 273.04 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0855199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3304;QD=31.2042;RBI=0.089614;REFB=-0.0452001;REVB=0.0267771;RO=11;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117907;STB=0.501198;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022173;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:13:10:5:6:13:11:5:6 chr11 81264998 . G C,T 735.01 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=2,50;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116646,-0.00771396;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.707,177.603;QD=56.5391;RBI=0.0160421,0.0183547;REFB=0,0;REVB=0.0159996,0.016655;RO=0;SAF=1,28;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0787073,0.000142095;OID=.,.;OPOS=81264998,81264998;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:52:0:0:2,50:1,51:0.0192308,0.980769:1,22:1,28:0:0:0,23:1,28:0:0 chr11 82443672 . C G 92.44 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00494223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7508;QD=19.462;RBI=0.00619824;REFB=-0.0270275;REVB=0.00374067;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108456;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0243919;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:9:2:2:5:9:2:3:5 chr11 82443817 . G A 231.79 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.019502;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5258;QD=29.909;RBI=0.0248009;REFB=0.0310421;REVB=-0.0153218;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072241;STB=0.539839;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0136557;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:10:10:21:21:0.677419:11:10:6:4:11:10:6:4 chr11 82535963 . C T 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000127745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.301;QD=32.4276;RBI=0.0202816;REFB=-0.0229179;REVB=0.0202812;RO=13;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.508469;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00981524;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:8:20:9:4:8:20:9:4 chr11 82668506 . GGC G,GG 108.6 PASS AF=0.5,0.0789474;AO=7,9;DP=40;FAO=19,3;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9,2;FSAR=10,1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.187645,-0.427855;FXX=0.0731529;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=15.333,7.62851;QD=11.4317;RBI=0.192653,0.509274;REFB=-0.0867678,-0.14018;REVB=0.0436386,0.276224;RO=19;SAF=2,7;SAR=5,2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0.445161,0;SSEP=0,0.625;SSSB=-0.0409635,0.495182;STB=0.540498,0.591959;STBP=0.647,0.68;TYPE=del,del;VARB=0.0928945,-0.0488378;OID=.,.;OPOS=82668507,82668508;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0789474:7,9:40:19,3:38:16:9,2:10,1:9:7:73:19:2,7:5,2:6:13 chr11 82878197 . T A 78.91 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0200882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.991;QD=6.86211;RBI=0.0990026;REFB=-0.0077846;REVB=-0.0969432;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585186;STB=0.542093;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0209206;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:46:32:35:11:11:0.23913:6:5:13:19:6:5:14:21 chr11 85195025 . A C 2684.5 PASS AF=0.928205;AO=181;DP=195;FAO=181;FDP=195;FR=.;FRO=14;FSAF=46;FSAR=135;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0340664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7221;QD=55.0666;RBI=0.0569093;REFB=0.0225479;REVB=-0.0455868;RO=14;SAF=46;SAR=135;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308305;STB=0.516251;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00214745;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:195:195:14:14:181:181:0.928205:135:46:6:8:135:46:6:8 chr11 85195075 . T C 3262.65 PASS AF=0.928571;AO=220;DP=238;FAO=221;FDP=238;FR=.;FRO=17;FSAF=55;FSAR=166;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0044715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.523;QD=54.8345;RBI=0.00752103;REFB=-0.00948964;REVB=0.00604745;RO=17;SAF=54;SAR=166;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300769;STB=0.51532;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000589568;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:238:238:17:17:220:221:0.928571:166:54:7:10:166:55:7:10 chr11 85195119 . T C 120.02 PASS AF=0.125541;AO=29;DP=231;FAO=29;FDP=231;FR=.;FRO=202;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=140;FWDB=-0.0448545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.145;QD=2.07818;RBI=0.0448796;REFB=-0.00433949;REVB=-0.00150173;RO=201;SAF=5;SAR=24;SRF=61;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220479;STB=0.662146;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0269409;OID=.;OPOS=85195119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:201:202:29:29:0.125541:24:5:61:140:24:5:62:140 chr11 85195154 . A T 2634.77 PASS AF=0.946524;AO=175;DP=187;FAO=177;FDP=187;FR=.;FRO=10;FSAF=50;FSAR=127;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0358966;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.443;QD=56.3587;RBI=0.0722279;REFB=-0.070816;REVB=0.0626761;RO=11;SAF=50;SAR=125;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229788;STB=0.514168;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00545369;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:187:187:11:10:175:177:0.946524:125:50:5:6:127:50:5:5 chr11 85195185 . T C 1630.2 PASS AF=0.949153;AO=111;DP=119;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0124385;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.185;QD=55.261;RBI=0.0163036;REFB=0.0190899;REVB=0.01054;RO=6;SAF=32;SAR=79;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438898;STB=0.523252;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00118486;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:118:6:6:111:112:0.949153:79:32:4:2:80:32:4:2 chr11 85195190 . CA GG 1285.29 PASS AF=0.945652;AO=75;DP=94;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0405512;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.258;QD=55.8824;RBI=0.0572729;REFB=-0.0365288;REVB=0.0404449;RO=5;SAF=20;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490068;STB=0.517101;STBP=0.206;TYPE=mnp;VARB=0.00159744;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:92:5:5:75:87:0.945652:55:20:3:2:59:28:3:2 chr11 85195226 . T C 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.156;QD=46.96;RBI=0.0139782;REFB=-0.0758088;REVB=0.00216166;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00458698;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr11 85435730 . C T 495.49 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00689704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3474;QD=23.317;RBI=0.0652058;REFB=-0.00535487;REVB=-0.06484;RO=38;SAF=7;SAR=39;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24251;STB=0.615272;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00648087;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:38:46:47:0.552941:39:7:13:25:39:8:13:25 chr11 85436352 . G A 957.35 PASS AF=0.713043;AO=80;DP=116;FAO=82;FDP=115;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00817376;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.692;QD=33.299;RBI=0.0095418;REFB=0.000895417;REVB=0.00492297;RO=33;SAF=37;SAR=43;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435046;STB=0.500963;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=3.35698e-05;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:33:33:80:82:0.713043:43:37:15:18:45:37:15:18 chr11 85436394 . T C 955.94 PASS AF=0.74;AO=73;DP=99;FAO=74;FDP=100;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00365063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.773;QD=38.2376;RBI=0.0119147;REFB=-0.00360908;REVB=0.0113416;RO=26;SAF=33;SAR=40;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526469;STB=0.526396;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00126314;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:26:26:73:74:0.74:40:33:9:17:41:33:9:17 chr11 85436500 . T C 305.61 PASS AF=0.722222;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00913249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.95;QD=33.9564;RBI=0.0217376;REFB=-0.0289557;REVB=0.0197262;RO=10;SAF=19;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223058;STB=0.605306;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0177079;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:10:10:25:26:0.722222:6:19:4:6:7:19:4:6 chr11 85436699 . A G 1245.97 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.209;QD=61.5294;RBI=0.0727378;REFB=0;REVB=0.066025;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36753e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr11 85436868 . G C 433.98 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0033346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4175;QD=33.3833;RBI=0.00518449;REFB=-0.0119987;REVB=0.00396981;RO=13;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143134;STB=0.507767;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00470925;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:13:13:34:34:0.653846:14:20:8:5:14:20:8:5 chr11 85436870 . A C 30.59 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0154983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0375;QD=2.35339;RBI=0.0231078;REFB=-0.0208638;REVB=0.0171397;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302564;STB=0.730991;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.161492;OID=.;OPOS=85436870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:52:45:46:6:6:0.115385:4:2:27:18:4:2:28:18 chr11 85437896 . A C,G 726.03 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=3,43;DP=46;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135803,0.0362389;FXX=0.040808;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.152,60.5778;QD=61.7895;RBI=0.0229003,0.0534421;REFB=0,0;REVB=-0.0184391,0.0392786;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0709392,-0.0266709;OID=.,.;OPOS=85437896,85437896;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:47:0:0:3,43:2,45:0.0425532,0.957447:0,21:3,22:0:0:0,22:2,23:0:0 chr11 85447611 . T C 1208.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8859;QD=61.2039;RBI=0.0705834;REFB=0;REVB=0.0244321;RO=0;SAF=55;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416568;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:24:55:0:0:24:55:0:0 chr11 85456703 . T C 1616.89 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0905;QD=59.8849;RBI=0.0188859;REFB=0;REVB=0.00210252;RO=1;SAF=57;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116933;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:106:108:1:49:57:1:0:49:59:0:0 chr11 85564802 . TACTG T 150.73 PASS AF=0.168605;AO=29;DP=173;FAO=29;FDP=172;FR=.;FRO=143;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=103;FWDB=0.0085575;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.433;QD=3.50531;RBI=0.0279179;REFB=-0.00471281;REVB=-0.026574;RO=135;SAF=7;SAR=22;SRF=37;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546861;STB=0.541615;STBP=0.672;TYPE=del;VARB=0.0258034;OID=.;OPOS=85564803;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168605:29:173:29:172:143:7:22:40:103:99:135:7:22:37:98 chr11 85565311 . T TA 60.79 PASS AF=0.223529;AO=18;DP=88;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0104748;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.3164;QD=2.86052;RBI=0.0422469;REFB=0.000467754;REVB=0.0409278;RO=68;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215116;STB=0.613382;STBP=0.288;TYPE=ins;VARB=-0.00869642;OID=.;OPOS=85565312;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223529:18:88:19:85:66:10:9:25:41:60:68:10:8:26:42 chr11 85584303 . A G 149.63 PASS AF=0.175;AO=26;DP=160;FAO=28;FDP=160;FR=.;FRO=132;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=92;FWDB=0.0205366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.056;QD=3.74086;RBI=0.022719;REFB=-0.00718263;REVB=0.00971602;RO=133;SAF=8;SAR=18;SRF=40;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104752;STB=0.517229;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0312361;OID=.;OPOS=85584303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:133:132:26:28:0.175:18:8:40:93:20:8:40:92 chr11 85630411 . C T 133.02 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0100555;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.303;QD=6.25958;RBI=0.0153728;REFB=-0.00534809;REVB=-0.011628;RO=65;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144197;STB=0.508888;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0152087;OID=.;OPOS=85630411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:65:65:20:20:0.235294:11:9:30:35:11:9:30:35 chr11 85692181 . A C 1425.73 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7012;QD=61.9881;RBI=0.0414932;REFB=0;REVB=0.00648124;RO=1;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301184;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:1:0:90:92:1:40:50:0:1:42:50:0:0 chr11 85718641 . T C 972.08 PASS AF=0.719298;AO=82;DP=114;FAO=82;FDP=114;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0439965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.152;QD=34.1081;RBI=0.0441617;REFB=-0.0188918;REVB=0.00381581;RO=32;SAF=31;SAR=51;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191813;STB=0.510286;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00541466;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:32:32:82:82:0.719298:51:31:11:21:51:31:11:21 chr11 85725937 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.756;QD=62.7621;RBI=0.0384806;REFB=0;REVB=0.0286154;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9559e-05;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr11 85968623 . C T 77.19 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0123119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0177;QD=6.05375;RBI=0.0335291;REFB=-0.0189383;REVB=-0.0311868;RO=40;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315172;STB=0.702919;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0318583;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:3:8:19:21:3:8:19:21 chr11 86098680 . T C 108.01 PASS AF=0.189474;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00274239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8954;QD=4.54767;RBI=0.00899564;REFB=-0.00801889;REVB=0.00856743;RO=75;SAF=4;SAR=14;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25825;STB=0.660916;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0245714;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:75:77:18:18:0.189474:14:4:30:45:14:4:30:47 chr11 86267633 . C T 180.9 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00252472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.347;QD=7.53768;RBI=0.0254558;REFB=-0.00617494;REVB=0.0253303;RO=71;SAF=16;SAR=9;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149572;STB=0.590484;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0163998;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:71:71:25:25:0.260417:9:16:37:34:9:16:37:34 chr11 86267714 . C A 125.64 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00548199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.363;QD=5.02542;RBI=0.0104299;REFB=-0.000527326;REVB=-0.00887302;RO=80;SAF=11;SAR=9;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110112;STB=0.569652;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00180893;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:80:20:20:0.2:9:11:37:43:9:11:37:43 chr11 86660886 . G A 1822.43 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.453;QD=61.2582;RBI=0.0277997;REFB=0;REVB=-0.0276698;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83299e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:54:64:0:0:54:65:0:0 chr11 87013438 . G A 688.85 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0179505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.752;QD=26.7513;RBI=0.0181575;REFB=-0.012138;REVB=-0.00273413;RO=39;SAF=29;SAR=35;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112886;STB=0.561252;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00689728;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:39:39:64:64:0.621359:35:29:24:15:35:29:24:15 chr11 87908448 . A G 953.06 PASS AF=0.710526;AO=81;DP=114;FAO=81;FDP=114;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0311561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9061;QD=33.4407;RBI=0.0408309;REFB=0.0134302;REVB=-0.0263906;RO=32;SAF=39;SAR=42;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262668;STB=0.518514;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00696758;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:32:33:81:81:0.710526:42:39:17:15:42:39:18:15 chr11 87908563 . G A 831.89 PASS AF=0.705263;AO=66;DP=94;FAO=67;FDP=95;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0735206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.797;QD=35.0271;RBI=0.074878;REFB=0.00460469;REVB=0.0141928;RO=28;SAF=18;SAR=48;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167602;STB=0.591629;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000808283;OID=.;OPOS=87908563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:28:28:66:67:0.705263:48:18:15:13:49:18:15:13 chr11 88045583 . A G 1227.41 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8849;QD=61.3707;RBI=0.0135066;REFB=0;REVB=-0.0129811;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100698;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr11 88645129 . T A 503.78 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0295236;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.113;QD=50.378;RBI=0.0319153;REFB=-0.157112;REVB=0.0121221;RO=2;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321959;STB=0.562463;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00153286;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:2:4:36:36:0.9:27:9:1:1:27:9:3:1 chr11 89133449 . C T 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.958;QD=63.3363;RBI=0.00583711;REFB=0;REVB=-0.000681071;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4043e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr11 89531540 . C T 1507.01 PASS AF=0.677419;AO=126;DP=186;FAO=126;FDP=186;FR=.;FRO=60;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0279654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.499;QD=32.4088;RBI=0.02835;REFB=-0.0153226;REVB=0.0046537;RO=59;SAF=59;SAR=67;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114188;STB=0.558419;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00555239;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:59:60:126:126:0.677419:67:59:39:20:67:59:39:21 chr11 89774236 . C G 160.38 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6686;QD=45.8239;RBI=0.0823701;REFB=0;REVB=-0.0643135;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486049;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr11 89774397 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4341;QD=37.4885;RBI=0.0504017;REFB=0;REVB=0.0499674;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266234;OID=.;OPOS=89774397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 89774448 . G A 182.95 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4772;QD=43.0481;RBI=0.140552;REFB=-0.037342;REVB=0.138324;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00904662;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:7:8:0:1:8:8:0:1 chr11 89868755 . G A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1873;QD=57.8798;RBI=0.0900264;REFB=0;REVB=-0.0894062;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438111;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr11 89916080 . G C 1560.81 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780395;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.056;QD=58.8985;RBI=0.00914223;REFB=0;REVB=0.00476221;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685622;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:103:106:1:43:60:0:0:44:62:0:0 chr11 89935586 . G T 149.86 PASS AF=0.191176;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=136;FR=.;FRO=110;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0288013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9802;QD=4.40773;RBI=0.0504071;REFB=-0.0119763;REVB=-0.0413686;RO=108;SAF=13;SAR=13;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117934;STB=0.507347;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0489368;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:108:110:26:26:0.191176:13:13:53:55:13:13:54:56 chr11 89939421 . C T 409.7 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0198983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.165;QD=34.1416;RBI=0.0425564;REFB=-0.0228042;REVB=-0.0376179;RO=15;SAF=14;SAR=19;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940883;STB=0.551151;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00969754;OID=.;OPOS=89939421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:19:14:4:11:19:14:4:11 chr11 89939448 . G A 133.48 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0132868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3554;QD=13.3484;RBI=0.0457539;REFB=-0.0141859;REVB=-0.0437822;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084933;STB=0.562418;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0205658;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:11:4:8:16:12:4:8:16 chr11 89955872 . A G 94.73 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0129524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7914;QD=21.0505;RBI=0.0673435;REFB=-0.0158915;REVB=0.0660862;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591802;STB=0.832591;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00977474;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:18:18:6:7:11:11:0.611111:10:1:5:1:10:1:5:2 chr11 91545212 . C G 104.06 PASS AF=0.325;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00298898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5156;QD=10.4061;RBI=0.00991005;REFB=0.000440843;REVB=0.00944855;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634537;STB=0.563122;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00039024;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:12:13:0.325:6:6:12:15:6:7:12:15 chr11 92507256 . T G 79.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0564906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.172;QD=4.20588;RBI=0.0727367;REFB=0.00310095;REVB=-0.0458196;RO=61;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718767;STB=0.552557;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0124488;OID=.;OPOS=92507256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:61:62:14:14:0.184211:7:7:34:27:7:7:35:27 chr11 92531356 . A G 659.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.177;QD=61.3159;RBI=0.025816;REFB=0;REVB=0.0245471;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673303;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:16:27:0:0 chr11 92532677 . T C 329.17 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0486631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.652;QD=50.6417;RBI=0.0782164;REFB=-0.0645968;REVB=0.0612349;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.023207;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr11 92534442 . A G 355.47 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.125;QD=50.782;RBI=0.0254888;REFB=-0.11766;REVB=-0.0229375;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000617663;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:11:15:1:0:12:15:1:0 chr11 92573911 . G T 252.15 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0248046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.628;QD=10.3979;RBI=0.0282279;REFB=-0.00778427;REVB=-0.0134739;RO=66;SAF=10;SAR=21;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197544;STB=0.615845;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0126598;OID=.;OPOS=92573911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:21:10:32:34:21:10:32:34 chr11 92590448 . A G 1510.15 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.178;QD=63.5852;RBI=0.0342862;REFB=0;REVB=0.0317203;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40618e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:39:55:0:0:39:56:0:0 chr11 92623877 . G A 1418.77 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316118;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.121;QD=63.0564;RBI=0.033001;REFB=0;REVB=0.00947421;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68078e-05;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr11 92627848 . A G 1806.08 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268318;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.498;QD=61.2229;RBI=0.0271289;REFB=0;REVB=-0.00400414;RO=0;SAF=75;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24555e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:42:75:0:0:42:76:0:0 chr11 92629305 . C T 269.26 PASS AF=0.359551;AO=30;DP=85;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0748578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.755;QD=12.1018;RBI=0.080602;REFB=-0.0356677;REVB=-0.029883;RO=54;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196108;STB=0.609841;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0490706;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:54:57:30:32:0.359551:13:17:21:33:13:19:24:33 chr11 92718127 . G C 397.59 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0238961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.175;QD=40.7787;RBI=0.0241792;REFB=-0.0199631;REVB=0.00368937;RO=8;SAF=14;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294051;STB=0.515903;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00311532;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:39:39:8:8:31:31:0.794872:17:14:3:5:17:14:3:5 chr11 93085537 . T G 1572.85 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.757;QD=59.9182;RBI=0.0199346;REFB=0;REVB=0.0195604;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91914e-05;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:45:59:0:0:46:59:0:0 chr11 93129483 . GA CG 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344326;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.153;QD=50.4128;RBI=0.0564341;REFB=0;REVB=0.0447124;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00115118;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 93141580 . C A 805.39 PASS AF=1;AO=39;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.866;QD=64.4309;RBI=0.0451643;REFB=0;REVB=0.0220822;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417267;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:39:50:1:30:9:0:0:32:18:0:0 chr11 93211764 . A G 89.88 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=0.0223684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0994;QD=3.3599;RBI=0.0302317;REFB=-0.00946744;REVB=0.0203373;RO=90;SAF=5;SAR=12;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374858;STB=0.74656;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0516798;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:107:107:90:90:17:17:0.158879:12:5:54:36:12:5:54:36 chr11 93212245 . C T 524.76 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0078992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.669;QD=41.9805;RBI=0.0321099;REFB=-0.0175629;REVB=0.0311232;RO=11;SAF=19;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505117;STB=0.527221;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00587762;OID=.;OPOS=93212245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:11:11:39:39:0.78:20:19:4:7:20:19:4:7 chr11 93212254 . C T 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0117229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.03;QD=5.40479;RBI=0.0119704;REFB=-0.0119482;REVB=-0.0024215;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895729;STB=0.557426;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0487178;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:7:5:22:23:7:5:22:23 chr11 93212348 . T C 178.99 PASS AF=0.213235;AO=29;DP=136;FAO=29;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00442655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.027;QD=5.2645;RBI=0.0203727;REFB=-0.000869014;REVB=-0.019886;RO=105;SAF=10;SAR=19;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182708;STB=0.621088;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00350528;OID=.;OPOS=93212348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:105:107:29:29:0.213235:19:10:51:54:19:10:53:54 chr11 93290199 . G A 499.39 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0145353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.602;QD=32.7468;RBI=0.0148616;REFB=0.00456391;REVB=0.00309715;RO=17;SAF=20;SAR=24;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531219;STB=0.528688;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00190959;OID=.;OPOS=93290199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:24:20:6:11:24:20:6:11 chr11 93400796 . C T 519.12 PASS AF=0.643836;AO=46;DP=72;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.061812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.272;QD=28.4448;RBI=0.0644191;REFB=-0.0256544;REVB=0.0181408;RO=26;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125295;STB=0.562289;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0127438;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:26:26:46:47:0.643836:28:18:15:11:28:19:15:11 chr11 93402006 . A G 505.92 PASS AF=0.745763;AO=43;DP=58;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.053004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.931;QD=34.2997;RBI=0.0662916;REFB=-0.0543257;REVB=0.039814;RO=15;SAF=20;SAR=23;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314224;STB=0.514012;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0170108;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:15:15:43:44:0.745763:23:20:6:9:24:20:6:9 chr11 93402096 . C A 530.35 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105938;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.307;QD=57.3355;RBI=0.0174632;REFB=-0.0250253;REVB=0.0138829;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00302076;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:24:12:0:0:24:12:0:1 chr11 93408831 . G A 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.757;QD=61.3244;RBI=0.026401;REFB=0;REVB=-0.00703672;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88801e-05;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 93425159 . C A 2008.33 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0418;QD=62.2738;RBI=0.0410867;REFB=0;REVB=0.0300555;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128656;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:63:66:0:0:63:66:0:0 chr11 93431931 . C A 414.72 PASS AF=0.595238;AO=20;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0187277;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.901;QD=39.4975;RBI=0.0190551;REFB=-0.0206841;REVB=0.00351665;RO=9;SAF=16;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107981;STB=0.532683;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0123649;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:42:9:9:20:25:0.595238:4:16:6:3:6:19:6:3 chr11 93432018 . C A 166.59 PASS AF=0.8;AO=14;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.188587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6194;QD=33.3182;RBI=0.196286;REFB=-0.101065;REVB=-0.0544348;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738428;STB=0.526994;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0391819;OID=.;OPOS=93432018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:20:20:4:4:14:16:0.8:6:8:3:1:6:10:3:1 chr11 93460160 . A C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00914838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.349;QD=25.2873;RBI=0.0100056;REFB=-0.0169594;REVB=0.00405209;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945429;STB=0.553004;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0109302;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:5:4:5:11:5:4 chr11 93462607 . A T 135.11 PASS AF=0.209524;AO=22;DP=105;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.023587;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5115;QD=5.14684;RBI=0.0351096;REFB=-0.00428032;REVB=-0.0260066;RO=82;SAF=4;SAR=18;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371582;STB=0.734457;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0221931;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:83:22:22:0.209524:18:4:36:46:18:4:36:47 chr11 93464175 . A C 48.27 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0215197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.823;QD=3.78549;RBI=0.0367579;REFB=-0.00708774;REVB=0.0298001;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423746;STB=0.529339;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0506458;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:4:4:23:20:4:4:23:20 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1319.18 PASS AF=0.0540541,0.846847;AO=6,87;DP=119;FAO=6,94;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=5,48;FSAR=1,46;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000658403,-0.0151146;FXX=0.0672212;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=76.8843,181.022;QD=47.5379;RBI=0.0238142,0.0254186;REFB=-0.0221905,-0.0461297;REVB=0.0238051,0.0204365;RO=12;SAF=5,44;SAR=1,43;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137104,-0.0558646;STB=0.605667,0.522722;STBP=0.665,0.17;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0229829,0.00734985;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:119:111:12:11:6,87:6,94:0.0540541,0.846847:1,43:5,44:9:3:1,46:5,48:8:3 chr11 93517873 . GCGA GGA,GGAG,GGGA 948.79 PASS AF=0,0.030303,0.969697;AO=10,5,50;DP=68;FAO=0,2,64;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,18;FSAR=0,0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648275,0.0364364,0.0620307;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=194.533,130.889,207.523;QD=57.5023;RBI=0.0664073,0.0366195,0.0632319;REFB=0,0,0;REVB=0.0143986,-0.00365736,0.0122665;RO=0;SAF=6,5,8;SAR=4,0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.81061e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0269407,0.0278965,0.00707236;OID=.,.,.;OPOS=93517874,93517874,93517874;OREF=C,CGA,C;OALT=-,GAG,G;OMAPALT=GGA,GGAG,GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.030303,0.969697:10,5,50:68:0,2,64:66:0:0,2,18:0,0,46:0:0:5:0:6,5,8:4,0,42:0:0 chr11 93517886 . G C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.704;QD=64.1503;RBI=0.0807882;REFB=0;REVB=-0.00349811;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169906;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr11 93797619 . A G 756.13 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0406648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8748;QD=50.4089;RBI=0.0760797;REFB=-0.0796094;REVB=0.0643001;RO=4;SAF=17;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287648;STB=0.515293;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00338094;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:39:17:2:2:39:17:2:2 chr11 93845511 . A G 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.807;QD=62.1599;RBI=0.0602855;REFB=0;REVB=0.0162092;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15655e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr11 93862493 . A C 242.91 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0308693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1071;QD=8.99648;RBI=0.0309572;REFB=0.019423;REVB=0.00233072;RO=75;SAF=21;SAR=12;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465803;STB=0.502731;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0510585;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:12:21:48:27:12:21:48:27 chr11 94225807 . C T 523.24 PASS AF=0.71875;AO=45;DP=63;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0101659;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.853;QD=32.7027;RBI=0.0139989;REFB=-0.0234437;REVB=-0.00962419;RO=18;SAF=23;SAR=22;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352141;STB=0.515618;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0111727;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:18:18:45:46:0.71875:22:23:8:10:23:23:8:10 chr11 94225920 . C T 689.96 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00111117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.191;QD=26.7948;RBI=0.0145055;REFB=-0.00173996;REVB=-0.0144629;RO=38;SAF=16;SAR=48;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581955;STB=0.54036;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00180108;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:39:64:64:0.621359:48:16:12:26:48:16:13:26 chr11 94231257 . C G 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00450811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.185;QD=11.8812;RBI=0.0316061;REFB=-0.0105714;REVB=-0.031283;RO=28;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080407;STB=0.547878;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0165611;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:3:12:21:7:3:12:21:7 chr11 94231323 . A T 586.49 PASS AF=0.634146;AO=51;DP=81;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00318214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.553;QD=28.6093;RBI=0.0168902;REFB=-0.0204318;REVB=0.0165877;RO=30;SAF=30;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106557;STB=0.55291;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00905575;OID=.;OPOS=94231323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:30:30:51:52:0.634146:21:30:13:17:22:30:13:17 chr11 94231847 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0144837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.323;QD=5.12632;RBI=0.0144864;REFB=0.00463503;REVB=0.000277977;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214257;STB=0.639515;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0183458;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:14:23:4:5:14:23 chr11 94245740 . A G 32.93 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0322845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.528;QD=2.99351;RBI=0.0494475;REFB=-0.00735061;REVB=-0.0374535;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639242;STB=0.921698;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.040605;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:44:36:38:6:6:0.136364:1:5:8:28:1:5:8:30 chr11 94261255 . C G 208.67 PASS AF=0.252033;AO=31;DP=124;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0160877;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.799;QD=6.78603;RBI=0.0209785;REFB=-0.0165078;REVB=-0.0134642;RO=91;SAF=14;SAR=17;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107243;STB=0.568399;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0389797;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:91:92:31:31:0.252033:17:14:49:42:17:14:50:42 chr11 94282014 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0227125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.023;QD=5.54338;RBI=0.0317889;REFB=-0.00852676;REVB=-0.0222414;RO=34;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546372;STB=0.862761;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0293166;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:1:8:16:18:1:8:16:18 chr11 94320237 . T C 49.74 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00367952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.248;QD=2.72554;RBI=0.0120934;REFB=-0.00377296;REVB=-0.01152;RO=61;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311558;STB=0.716555;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0495809;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:61:63:10:10:0.136986:3:7:27:34:3:7:28:35 chr11 94322352 . AG TA 42.8 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00349499;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.691;QD=2.34505;RBI=0.00518258;REFB=-0.0087951;REVB=-0.00382676;RO=63;SAF=5;SAR=4;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790189;STB=0.562365;STBP=0.699;TYPE=mnp;VARB=0.0524623;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:63:64:9:9:0.123288:4:5:39:24:4:5:40:24 chr11 94326765 . G C 83.29 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0317696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9029;QD=3.7858;RBI=0.0723678;REFB=-0.00826455;REVB=0.0650214;RO=72;SAF=6;SAR=9;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260687;STB=0.67379;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0408472;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:72:73:15:15:0.170455:9:6:44:28:9:6:45:28 chr11 94337220 . C T 151.67 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00711416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.718;QD=6.8939;RBI=0.0173236;REFB=-0.00703023;REVB=-0.0157955;RO=66;SAF=12;SAR=10;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134568;STB=0.581324;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0200706;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:66:66:22:22:0.25:10:12:43:23:10:12:43:23 chr11 94533373 . C G,T 3224.56 PASS AF=0.0598291,0.888889;AO=14,208;DP=234;FAO=14,208;FDP=234;FR=.;FRO=12;FSAF=3,108;FSAR=11,100;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0342245,0.00466228;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.3434,220.355;QD=55.1207;RBI=0.0371092,0.0203532;REFB=-0.0357941,-0.171702;REVB=0.014345,0.019812;RO=5;SAF=3,108;SAR=11,100;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119351,0.00533538;STB=0.695897,0.503502;STBP=0.06,0.696;TYPE=snp,snp;VARB=0.173646,0.00109076;OID=.,.;OPOS=94533373,94533373;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:234:234:5:12:14,208:14,208:0.0598291,0.888889:11,100:3,108:2:3:11,100:3,108:7:5 chr11 94608996 . TTA T,TT,TTT 55.92 PASS AF=0.229167,0.0208333,0;AO=11,9,4;DP=51;FAO=11,1,0;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4,1,0;FSAR=7,0,0;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.142016,0.0314806,0.178056;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.4864,9.37977,15.0737;QD=4.65992;RBI=0.173787,0.245291,0.233714;REFB=-0.050878,-0.0895646,-0.0406507;REVB=-0.100167,-0.243262,-0.151388;RO=21;SAF=4,0,0;SAR=7,9,4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0953624,-0.724129,-0.579841;STB=0.67864,0.996232,0.5;STBP=0.296,0.073,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0876726,0.0939511,0;OID=.,.,.;OPOS=94608997,94608998,94608998;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167,0.0208333,0:11,9,4:51:11,1,0:48:36:4,1,0:7,0,0:6:30:51:21:4,0,0:7,9,4:6:15 chr11 94699507 . A AT 1085.99 PASS AF=1;AO=95;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.3517;QD=42.1745;RBI=0.144963;REFB=0;REVB=0.140933;RO=5;SAF=37;SAR=58;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00119264;OID=.;OPOS=94699508;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:104:103:103:0:44:59:0:0:21:5:37:58:4:1 chr11 94759059 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.919;QD=42.1827;RBI=0.0153935;REFB=0;REVB=-0.00881006;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44031e-05;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr11 94800902 . G GC 877.25 PASS AF=1;AO=85;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.6974;QD=39.4269;RBI=0.0766911;REFB=0;REVB=-0.0133763;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00129642;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:91:89:89:0:47:42:0:0:18:2:44:41:2:0 chr11 94802776 . G C 474.66 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0112405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.918;QD=26.7412;RBI=0.0114688;REFB=-0.00710554;REVB=-0.00227687;RO=26;SAF=21;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107456;STB=0.512518;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00550171;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:44:44:0.619718:23:21:12:14:23:21:12:15 chr11 94963937 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0998141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0901;QD=35.4867;RBI=0.130285;REFB=0.00408178;REVB=0.0837336;RO=2;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698093;STB=0.538405;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00753826;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:12:1:0:2:12:1:0:2 chr11 95502128 . G C 32.64 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00997072;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2215;QD=2.66474;RBI=0.0488848;REFB=-0.00175283;REVB=-0.0478572;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225074;STB=0.657007;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0325811;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:49:40:43:6:6:0.122449:4:2:21:19:4:2:22:21 chr11 95512060 . A G,T 1292.93 PASS AF=0.952941,0.0470588;AO=80,3;DP=84;FAO=81,4;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41,3;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460414,-0.0429771;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.0354,13.2621;QD=60.844;RBI=0.0474689,0.0439756;REFB=0,0;REVB=0.0115536,-0.00931797;RO=0;SAF=41,2;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00321187,0.228699;OID=.,.;OPOS=95512060,95512060;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:84:85:0:0:80,3:81,4:0.952941,0.0470588:39,1:41,2:0:0:40,1:41,3:0:0 chr11 95521648 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9435;QD=62.9779;RBI=0.10967;REFB=0;REVB=0.0811977;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186234;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr11 95528714 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.122;QD=58.061;RBI=0.00655905;REFB=0;REVB=0.00392935;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91629e-06;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr11 95564259 . A G 125.95 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0505315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6657;QD=10.952;RBI=0.056992;REFB=0.00283478;REVB=-0.0263565;RO=29;SAF=13;SAR=2;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257074;STB=0.643342;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00564817;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:31:15:15:0.326087:2:13:21:8:2:13:23:8 chr11 95580926 . G A 270.18 PASS AF=0.260274;AO=38;DP=146;FAO=38;FDP=146;FR=.;FRO=108;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0179662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.044;QD=7.40205;RBI=0.0248121;REFB=-0.00829767;REVB=-0.017113;RO=107;SAF=18;SAR=20;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792455;STB=0.501084;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0245412;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:107:108:38:38:0.260274:20:18:50:57:20:18:51:57 chr11 95657111 . T G 112.66 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0849445;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1612;QD=6.53097;RBI=0.0911271;REFB=-0.0206871;REVB=-0.0329937;RO=48;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205431;STB=0.626792;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0454945;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:48:52:17:17:0.246377:6:11:23:25:6:11:25:27 chr11 95825383 . C T 115.99 PASS AF=0.65;AO=9;DP=17;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0717635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.03;QD=23.1979;RBI=0.26007;REFB=-0.0666127;REVB=0.249973;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550555;STB=0.836549;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0323964;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:17:20:7:7:9:13:0.65:8:1:5:2:12:1:5:2 chr11 96116444 . T C 265.4 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-5.56368e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.544;QD=27.2209;RBI=0.0175418;REFB=-0.0179114;REVB=0.0175418;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234274;STB=0.628473;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0139203;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:13:2:11:13:13:2 chr11 96126603 . ATTGAAACTACT A 62.09 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0237472;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=11;MLLD=292.931;QD=7.76063;RBI=0.0257708;REFB=-0.00460728;REVB=-0.0100103;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15055;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=del;VARB=0.0090858;OID=.;OPOS=96126604;OREF=TTGAAACTACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:11:34:11:32:21:4:7:7:14:62:17:4:7:4:13 chr11 97716872 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.776;QD=51.9167;RBI=0.100595;REFB=0;REVB=0.0530296;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515008;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr11 99690286 . T G 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00815105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.297;QD=8.52471;RBI=0.00835123;REFB=0.00170959;REVB=0.0018175;RO=38;SAF=13;SAR=3;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355892;STB=0.727684;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00431814;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:3:13:21:17:3:13:21:18 chr11 99690428 . T G 36.21 PASS AF=0.12069;AO=5;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0168971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.133;QD=2.49717;RBI=0.051118;REFB=-0.00679173;REVB=-0.0482446;RO=51;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197962;STB=0.744281;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0470526;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:5:7:0.12069:4:1:18:33:6:1:18:33 chr11 100226883 . T A 1601.92 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465529;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.809;QD=59.3303;RBI=0.0695654;REFB=-0.144793;REVB=0.0516931;RO=1;SAF=59;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103818;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:108:1:0:110:108:1:51:59:1:0:48:60:0:0 chr11 100512794 . G A 784.17 PASS AF=0.78481;AO=62;DP=79;FAO=62;FDP=79;FR=.;FRO=17;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000720145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4389;QD=39.7048;RBI=0.0116463;REFB=0.0108245;REVB=0.0116241;RO=17;SAF=32;SAR=30;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183086;STB=0.509801;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00187653;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:17:17:62:62:0.78481:30:32:8:9:30:32:8:9 chr11 100814570 . A G 1557.7 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147717;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.488;QD=64.235;RBI=0.0148112;REFB=0;REVB=-0.0010819;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08434e-06;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr11 100846936 . A G 613.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.439;QD=61.3153;RBI=0.0383214;REFB=0;REVB=-0.005042;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87178e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr11 100847050 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.849;QD=55.6533;RBI=0.0524934;REFB=0;REVB=0.0135735;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309606;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr11 100847069 . G A 213.73 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059369;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.785;QD=50.2899;RBI=0.059369;REFB=0;REVB=7.14506e-05;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913514;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 100859439 . G A 422.92 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0247082;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.752;QD=29.1671;RBI=0.0250749;REFB=-0.0234657;REVB=0.00427259;RO=19;SAF=26;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484464;STB=0.526303;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0114336;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:19:19:39:39:0.672414:13:26:14:5:13:26:14:5 chr11 100863096 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.555;QD=60.2046;RBI=0.00738108;REFB=0;REVB=-0.000262997;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86424e-06;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr11 100863152 . TC T,TT 219.58 PASS AF=0.333333,0.0777778;AO=29,7;DP=89;FAO=30,7;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=19,0;FSAR=11,7;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0443868,0.0205243;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.4961,24.5652;QD=9.75896;RBI=0.0821693,0.0403001;REFB=0.0269605,0.0159297;REVB=-0.0691492,0.0346821;RO=49;SAF=19,0;SAR=10,7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164408,-0.653934;STB=0.581417,0.998432;STBP=0.287,0.003;TYPE=del,snp;VARB=-0.0368649,0.0219482;OID=.,.;OPOS=100863153,100863153;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0777778:29,7:89:30,7:90:53:19,0:11,7:27:26:99:49:19,0:10,7:25:24 chr11 100863354 . C A 1394.68 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347529;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7543;QD=62.6824;RBI=0.0146072;REFB=0;REVB=-0.0141878;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141777;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr11 100864367 . G A 2266.58 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297048;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.731;QD=62.9605;RBI=0.0314325;REFB=-0.0582488;REVB=0.0102775;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304243;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:145:144:0:0:143:144:1:82:61:0:0:83:61:0:0 chr11 100907714 . T G 60.39 PASS AF=0.146341;AO=3;DP=84;FAO=12;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=70;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.090505;FXX=0.03529;HRUN=8;LEN=1;MLLD=22.1527;QD=2.94609;RBI=0.0957967;REFB=-0.00502918;REVB=0.0313985;RO=34;SAF=3;SAR=0;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428277;STB=0.869171;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0585281;OID=.;OPOS=100907714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:84:82:34:70:3:12:0.146341:0:3:27:7:1:11:40:30 chr11 100909991 . T C 565.37 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00568167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.112;QD=32.775;RBI=0.0155751;REFB=-0.00812621;REVB=0.0145018;RO=20;SAF=23;SAR=26;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164679;STB=0.508893;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00401198;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:20:20:49:49:0.710145:26:23:10:10:26:23:10:10 chr11 100921665 . C A 1604.17 PASS AF=0.631111;AO=119;DP=227;FAO=142;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=0.0212329;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.029;QD=28.5186;RBI=0.0302924;REFB=-0.0340172;REVB=0.0216054;RO=85;SAF=47;SAR=72;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436931;STB=0.532106;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0224105;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:85:83:119:142:0.631111:72:47:29:56:84:58:27:56 chr11 101762079 . G GT 80.24 PASS AF=0.267974;AO=39;DP=157;FAO=41;FDP=153;FR=.;FRO=112;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=67;FSRR=45;FWDB=-0.0473214;FXX=0.0254761;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.75078;QD=2.09781;RBI=0.0967494;REFB=-0.0331324;REVB=-0.0843868;RO=97;SAF=22;SAR=17;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162997;STB=0.508838;STBP=0.909;TYPE=ins;VARB=-0.0559709;OID=.;OPOS=101762080;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267974:39:157:41:153:112:25:16:67:45:80:97:22:17:56:41 chr11 101771248 . G A 580.18 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019707;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.216;QD=61.0714;RBI=0.0217996;REFB=0;REVB=0.00931966;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92041e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr11 101826949 . T C 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00838321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.246;QD=34.1531;RBI=0.00843895;REFB=-0.0428076;REVB=0.00096837;RO=5;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390915;STB=0.521449;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0107911;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:13:5:1:4:13:5:1:4 chr11 101832478 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.172214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6394;QD=33.4271;RBI=0.176007;REFB=0;REVB=-0.0363418;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0194682;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 101832708 . A T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0106525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.244;QD=5.37736;RBI=0.0383835;REFB=-0.0231218;REVB=0.0368757;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247446;STB=0.660438;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0543929;OID=.;OPOS=101832708;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:9:16:3:4:9:16 chr11 101833644 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.863;QD=60.9774;RBI=0.0109954;REFB=0;REVB=0.010046;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61006e-06;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 101834095 . G A 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0287067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0879;QD=7.26915;RBI=0.0589704;REFB=0.0116638;REVB=-0.0515115;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840726;STB=0.55307;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0285101;OID=.;OPOS=101834095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:10:15:6:3:10:15 chr11 101857758 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.228;QD=52.6078;RBI=0.0194552;REFB=0;REVB=0.00774588;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128766;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr11 102272884 . C T 828.59 PASS AF=0.654867;AO=74;DP=113;FAO=74;FDP=113;FR=.;FRO=39;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0258164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.032;QD=29.3308;RBI=0.0270078;REFB=-0.0206289;REVB=0.0079332;RO=39;SAF=45;SAR=29;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160616;STB=0.586791;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0167494;OID=.;OPOS=102272884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:39:39:74:74:0.654867:29:45:14:25:29:45:14:25 chr11 102477377 . G T 147.01 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00272892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2192;QD=7.53883;RBI=0.0837747;REFB=-0.015343;REVB=0.0837302;RO=56;SAF=7;SAR=14;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266788;STB=0.655023;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0207063;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:57:21:21:0.269231:14:7:31:25:14:7:31:26 chr11 102477395 . A G 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00602894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.696;QD=8.98893;RBI=0.00648664;REFB=-0.000475729;REVB=-0.00239341;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253029;STB=0.642824;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000434496;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:45:20:20:0.307692:13:7:25:19:13:7:25:20 chr11 102495998 . T G 755.21 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9475;QD=62.934;RBI=0.138469;REFB=0;REVB=-0.036997;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00060052;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:24:24:0:0 chr11 102563739 . C T 1151.6 PASS AF=0.940476;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00907256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.819;QD=54.838;RBI=0.028155;REFB=-0.0199785;REVB=-0.0266532;RO=5;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404666;STB=0.521417;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00042262;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:84:5:5:79:79:0.940476:35:44:1:4:35:44:1:4 chr11 102565731 . C T 907.31 PASS AF=0.786517;AO=69;DP=89;FAO=70;FDP=89;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00557996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.985;QD=40.7777;RBI=0.0190135;REFB=-0.0109545;REVB=0.0181763;RO=19;SAF=27;SAR=42;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322539;STB=0.51586;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00325396;OID=.;OPOS=102565731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:19:19:69:70:0.786517:42:27:6:13:43:27:6:13 chr11 102567207 . T A 936.64 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0281895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.407;QD=52.0356;RBI=0.0610083;REFB=-0.0134298;REVB=0.0541051;RO=4;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753758;STB=0.549005;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000606743;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:4:5:67:67:0.930556:23:44:0:4:23:44:0:5 chr11 102576358 . T C 1140.34 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000300357;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.715;QD=57.0169;RBI=0.0134529;REFB=-0.127705;REVB=0.0134495;RO=3;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378151;STB=0.519995;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000658439;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:80:3:3:77:77:0.9625:36:41:0:3:36:41:0:3 chr11 102576375 . G A 1271.06 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000251229;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0564;QD=62.0031;RBI=0.0696548;REFB=0;REVB=-0.0696544;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479588;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr11 102576382 . G A 143.45 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0445166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.776;QD=6.83091;RBI=0.046962;REFB=-0.00335802;REVB=-0.0149568;RO=63;SAF=8;SAR=13;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232066;STB=0.641123;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0163695;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:13:8:36:27:13:8:36:27 chr11 102593248 . T C 184.88 PASS AF=0.20979;AO=26;DP=144;FAO=30;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0620656;FXX=0.0137922;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4791;QD=5.17138;RBI=0.103814;REFB=0.00336514;REVB=-0.0832184;RO=94;SAF=18;SAR=8;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27399;STB=0.590001;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0176534;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:94:113:26:30:0.20979:8:18:45:49:11:19:59:54 chr11 102595492 . G A 90.13 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0127285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.824;QD=7.67035;RBI=0.0237431;REFB=-0.00370226;REVB=-0.020043;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527218;STB=0.534188;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0037398;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:28:35:12:12:0.255319:3:9:20:8:3:9:25:10 chr11 102666316 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.268;QD=57.1022;RBI=0.0519114;REFB=0;REVB=0.0389137;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205476;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr11 102738795 . G T 678.37 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0308;QD=61.6699;RBI=0.0730521;REFB=0;REVB=0.0730389;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113987;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:39:44:1:20:19:0:0:25:19:0:0 chr11 103029516 . A G 1338.83 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0511963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.47;QD=58.8499;RBI=0.0591998;REFB=-0.0927374;REVB=0.0297247;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.516125;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000505267;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:1:3:88:88:0.967033:43:45:1:0:43:45:3:0 chr11 103047007 . C A 2104.36 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0405051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7128;QD=61.8929;RBI=0.0892034;REFB=0.0510872;REVB=-0.0794769;RO=1;SAF=84;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922929;STB=0.504854;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00289767;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:51:84:0:1:51:84:0:1 chr11 103052558 . T C 1366.39 PASS AF=0.72;AO=107;DP=149;FAO=108;FDP=150;FR=.;FRO=42;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0227397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.117;QD=36.4371;RBI=0.0232375;REFB=-0.0134997;REVB=0.00478417;RO=42;SAF=60;SAR=47;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449049;STB=0.522384;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00405149;OID=.;OPOS=103052558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:42:42:107:108:0.72:47:60:20:22:48:60:20:22 chr11 103057048 . A G 150.34 PASS AF=0.191176;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=136;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.000679409;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.291;QD=4.42164;RBI=0.00199242;REFB=0.000852928;REVB=0.001873;RO=108;SAF=14;SAR=12;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725091;STB=0.538432;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00314884;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:108:110:26:26:0.191176:12:14:52:56:12:14:54:56 chr11 103058126 . C T 225.34 PASS AF=0.29;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0142928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.105;QD=9.0134;RBI=0.0145915;REFB=-0.00745543;REVB=0.00293741;RO=70;SAF=21;SAR=8;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184971;STB=0.60648;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0246961;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:70:71:29:29:0.29:8:21:41:29:8:21:42:29 chr11 103082590 . G A 2527.67 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00053444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.744;QD=61.6506;RBI=0.0173822;REFB=0;REVB=-0.017374;RO=0;SAF=69;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44341e-05;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:164:0:0:161:164:1:92:69:0:0:95:69:0:0 chr11 103229027 . T C 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0166165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.679;QD=3.89355;RBI=0.0176771;REFB=0.00233439;REVB=-0.00603084;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348308;STB=0.718554;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0127987;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:52:53:11:11:0.171875:4:7:18:34:4:7:19:34 chr11 103274171 . C T 519.18 PASS AF=0.795918;AO=35;DP=50;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00698711;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.101;QD=42.382;RBI=0.0124737;REFB=-0.00205457;REVB=0.0103331;RO=9;SAF=22;SAR=13;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616605;STB=0.523434;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00119243;OID=.;OPOS=103274171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:49:9:10:35:39:0.795918:13:22:7:2:16:23:7:3 chr11 103274902 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00739901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.449;QD=26.3989;RBI=0.0256109;REFB=-0.0150245;REVB=-0.0245188;RO=10;SAF=17;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4149;STB=0.738772;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0109368;OID=.;OPOS=103274902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:1:17:7:3:1:17:7:3 chr11 103275034 . G T 489.16 PASS AF=0.661765;AO=43;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0324575;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1688;QD=28.7742;RBI=0.0344283;REFB=-0.0691665;REVB=0.0114813;RO=24;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168323;STB=0.510748;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.025774;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:23:43:45:0.661765:24:19:10:14:26:19:9:14 chr11 103278054 . T C 812.53 PASS AF=0.771084;AO=64;DP=83;FAO=64;FDP=83;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0190226;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.985;QD=39.1581;RBI=0.019128;REFB=0.0376645;REVB=0.00200536;RO=19;SAF=21;SAR=43;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193752;STB=0.510382;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0116328;OID=.;OPOS=103278054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:19:19:64:64:0.771084:43:21:7:12:43:21:7:12 chr11 103778154 . C T 863.47 PASS AF=0.641667;AO=77;DP=120;FAO=77;FDP=120;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00522724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.022;QD=28.7823;RBI=0.00592506;REFB=-0.0119145;REVB=0.00278968;RO=43;SAF=37;SAR=40;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514101;STB=0.527789;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00716881;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:43:43:77:77:0.641667:40:37:24:19:40:37:24:19 chr11 103780455 . A G 786.77 PASS AF=0.75;AO=63;DP=84;FAO=63;FDP=84;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0623389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5285;QD=37.4653;RBI=0.0929791;REFB=-0.006981;REVB=0.0689853;RO=21;SAF=39;SAR=24;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236663;STB=0.512693;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00345443;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:21:63:63:0.75:24:39:14:7:24:39:14:7 chr11 104758035 . G A 612.9 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3175;QD=61.2897;RBI=0.00349493;REFB=0;REVB=-0.00248469;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26261e-07;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr11 104761100 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.715;QD=58.5838;RBI=0.0531127;REFB=0;REVB=0.0505072;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200054;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 104761206 . C T 748.72 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.018916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5023;QD=51.636;RBI=0.0635522;REFB=0.054272;REVB=-0.0606718;RO=2;SAF=30;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303913;STB=0.506327;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00417071;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:25:30:2:0:25:30:2:1 chr11 104763117 . G A 1574.86 PASS AF=1;AO=94;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188019;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.857;QD=64.2799;RBI=0.00188374;REFB=0;REVB=0.000115508;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15899e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:94:98:1:41:53:0:0:41:57:0:0 chr11 104763716 . A G 871.34 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.941;QD=56.2156;RBI=0.019865;REFB=-0.125464;REVB=0.00138766;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000238099;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr11 104768000 . G A,T 676.98 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=42,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216391,-0.031415;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.5019,23.4881;QD=60.1761;RBI=0.0345254,0.0314223;REFB=0,0;REVB=0.0269026,0.000674906;RO=1;SAF=10,0;SAR=32,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0144473,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000495219,0.104668;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:1:0:42,2:43,2:0.955556,0.0444444:32,2:10,0:0:1:33,2:10,0:0:0 chr11 104768098 . T C 792.87 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00562953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.01;QD=53.7537;RBI=0.0271826;REFB=-0.133122;REVB=0.0265933;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314166;STB=0.516661;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00116187;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:29:28:0:2:29:28:0:2 chr11 104819327 . T C 877.65 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000126552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.64;QD=57.5507;RBI=0.0119282;REFB=0;REVB=0.0119275;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244766;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:22:38:0:0:23:38:0:0 chr11 104839222 . A G 658.16 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00351984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.485;QD=59.833;RBI=0.0111939;REFB=-0.0149414;REVB=-0.0106261;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-2.31258e-05;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:0:1:22:21:0:1 chr11 104869708 . G C 1420.2 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675262;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1299;QD=63.1201;RBI=0.0408122;REFB=0;REVB=0.0408066;RO=0;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221327;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:60:29:0:0:61:29:0:0 chr11 104877927 . T C 368.55 PASS AF=0.323944;AO=46;DP=141;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=32;FWDB=0.00260567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.648;QD=10.3815;RBI=0.0052548;REFB=-0.00407092;REVB=-0.00456326;RO=92;SAF=24;SAR=22;SRF=61;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16589;STB=0.598969;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00662699;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:92:96:46:46:0.323944:22:24:61:31:22:24:64:32 chr11 104915232 . G T 143.83 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.0179307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1769;QD=4.45981;RBI=0.0604407;REFB=0.00587768;REVB=-0.0577197;RO=104;SAF=11;SAR=14;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945141;STB=0.505981;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0250913;OID=.;OPOS=104915232;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:104:104:25:25:0.193798:14:11:45:59:14:11:45:59 chr11 105223502 . T C 958.18 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223495;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0816;QD=58.9646;RBI=0.0335569;REFB=0;REVB=-0.0250313;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455883;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr11 105782654 . C T 3858.54 PASS AF=0.685897;AO=320;DP=468;FAO=321;FDP=468;FR=.;FRO=147;FSAF=177;FSAR=144;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=-0.00292472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.686;QD=32.979;RBI=0.0089249;REFB=-0.0150412;REVB=0.00843208;RO=145;SAF=176;SAR=144;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101648;STB=0.500121;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0053952;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:468:145:147:320:321:0.685897:144:176:80:65:144:177:81:66 chr11 105804591 . G A 160.78 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=115;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00958385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.675;QD=5.49692;RBI=0.0173988;REFB=-0.000202321;REVB=-0.0145213;RO=91;SAF=18;SAR=6;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393883;STB=0.695787;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000467762;OID=.;OPOS=105804591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:91:91:24:26:0.222222:6:18:40:51:8:18:40:51 chr11 105878844 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.219;QD=59.4355;RBI=0.016004;REFB=0;REVB=0.00679879;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43617e-05;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 105969250 . GTTTTTTTT GTTTTTTTA,GTTTTTT,GTTTTTTT 290.81 PASS AF=0.363636,0.522727,0;AO=12,9,5;DP=46;FAO=16,23,0;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=4,8,0;FSAR=12,15,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0206146,0.156649,0.313321;FXX=0.0638162;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=171.576,6.73634,3.76627;QD=26.4373;RBI=0.0211836,0.156712,0.31352;REFB=0.0158021,0.186143,0.280179;REVB=-0.00487708,-0.00442028,-0.0111791;RO=3;SAF=1,3,2;SAR=11,6,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.225452,0,0.0436878;STB=0.516109,0.529591,0.5;STBP=0.873,0.563,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0169271,0.00171363,0.095318;OID=.,.,.;OPOS=105969258,105969251,105969251;OREF=T,TT,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=GTTTTTTTA,GTTTTTT,GTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.522727,0:12,9,5:46:16,23,0:44:5:4,8,0:12,15,0:1:4:99:3:1,3,2:11,6,3:1:2 chr11 107286943 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00673928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.858;QD=3.15739;RBI=0.0488945;REFB=0.00227315;REVB=-0.0484278;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13284;STB=0.594933;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0155336;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:3:3:22:14:3:3:22:14 chr11 107299623 . A C 316.78 PASS AF=0.317829;AO=42;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=31;FWDB=0.00802671;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7562;QD=9.82265;RBI=0.0110762;REFB=-0.0121785;REVB=0.00763249;RO=86;SAF=22;SAR=20;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150121;STB=0.592887;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0299506;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:88:42:41:0.317829:20:22:56:30:20:21:57:31 chr11 107381765 . G A 157.36 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0437223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4739;QD=16.5645;RBI=0.045578;REFB=-0.0286568;REVB=-0.0128731;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631391;STB=0.536235;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0542171;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:10:11:10:7:10:11 chr11 107420530 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.677;QD=58.7812;RBI=0.060236;REFB=0;REVB=0.0352952;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139466;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr11 107462522 . G C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0251826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.46;QD=3.64932;RBI=0.0553386;REFB=-0.011962;REVB=-0.0492768;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182544;STB=0.629189;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0594578;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:15:16:4:2:15:16 chr11 107463159 . A G 211.61 PASS AF=0.280374;AO=28;DP=105;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0272728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.604;QD=7.91081;RBI=0.0293949;REFB=-0.0108808;REVB=0.0109661;RO=76;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209611;STB=0.646162;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0244944;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:76:77:28:30:0.280374:11:17:33:43:11:19:33:44 chr11 107578721 . C G 885.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.229;QD=58.0355;RBI=0.072992;REFB=0;REVB=0.00315986;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177851;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 107677399 . C A,CA 147.26 PASS AF=0,1;AO=3,10;DP=16;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382009,-0.197185;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=231.855,18.8756;QD=39.2699;RBI=0.0447837,0.20932;REFB=0,0;REVB=-0.0233723,0.0702354;RO=3;SAF=2,5;SAR=1,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.352427,-0.205201;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00791323;OID=.,.;OPOS=107677399,107677400;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:16:15:3:0:3,10:0,15:0,1:1,5:2,5:3:0:0,6:0,9:0:0 chr11 107917087 . A G 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2498;QD=58.7773;RBI=0.016181;REFB=0;REVB=-0.0109485;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70457e-06;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr11 108014696 . C CCT,T 54.93 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,3;DP=16;FAO=1,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.758305,0.0498574;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=2,1;MLLD=5.56452,7.42921;QD=16.9022;RBI=0.831744,0.0539164;REFB=-0.193041,-0.090787;REVB=0.341719,0.0205235;RO=10;SAF=2,0;SAR=0,3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.655147,-0.597037;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0371199,0.108435;OID=.,.;OPOS=108014697,108014696;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:16:13:10:0:2,3:1,12:0.0769231,0.923077:0,3:2,0:3:7:1,8:0,4:0:0 chr11 108043988 . C T 91.08 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0160874;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.233;QD=6.07193;RBI=0.0291977;REFB=-0.00453182;REVB=-0.0243661;RO=47;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190644;STB=0.62722;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.021913;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:61:60:47:46:14:14:0.233333:9:5:24:23:9:5:24:22 chr11 108093208 . A T 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.000412086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.599;QD=2.25271;RBI=0.0179409;REFB=-0.00258727;REVB=-0.0179362;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411971;STB=0.790988;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0485885;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:59:60:8:8:0.117647:6:2:36:23:6:2:36:24 chr11 108183167 . A G 670.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.354;QD=62.334;RBI=0.0520709;REFB=0;REVB=0.0177611;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163379;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr11 108345515 . G GA 49.26 PASS AF=0.189873;AO=14;DP=80;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000267468;FXX=0.0124984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.742;QD=2.49429;RBI=0.00495815;REFB=-0.00410341;REVB=0.00495093;RO=64;SAF=4;SAR=10;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32692;STB=0.728047;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0149651;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189873:14:80:15:79:64:4:11:35:29:49:64:4:10:35:29 chr11 108380335 . T C 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.258;QD=52.5388;RBI=0.0415609;REFB=-0.000918977;REVB=-0.0251504;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.52173;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=4.69159e-05;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:28:22:1:0:28:22:2:0 chr11 108383676 . A G 154.18 PASS AF=0.338983;AO=17;DP=56;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0361449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.5;QD=10.4529;RBI=0.0361675;REFB=-0.0219425;REVB=0.00127918;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340672;STB=0.575267;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0529423;OID=.;OPOS=108383676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:38:39:17:20:0.338983:8:9:19:19:8:12:19:20 chr11 108384207 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00744273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.14;QD=6.01604;RBI=0.0206832;REFB=-0.00850472;REVB=-0.0192977;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382737;STB=0.747089;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0155797;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:3:4:5:16:3:4:5:17 chr11 108464209 . T C 424.72 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0265758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.367;QD=29.8048;RBI=0.0569703;REFB=-0.0149772;REVB=-0.0503919;RO=18;SAF=15;SAR=24;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317467;STB=0.517233;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00510371;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:24:15:6:12:24:15:6:12 chr11 109296550 . A G 470.67 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0485936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6613;QD=34.8641;RBI=0.0559147;REFB=-0.0514956;REVB=-0.0276607;RO=13;SAF=13;SAR=28;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108861;STB=0.558853;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0156023;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:28:13:7:6:28:13:7:6 chr11 109298127 . T G 181.33 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0137368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.579;QD=32.9688;RBI=0.0191904;REFB=0.00580801;REVB=0.0134004;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585141;STB=0.550504;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00225478;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:4:5:17:17:0.772727:7:10:3:1:7:10:4:1 chr11 110035262 . A G 381.45 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0038034;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.562;QD=33.9069;RBI=0.0183341;REFB=0.0284463;REVB=-0.0179352;RO=15;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493748;STB=0.513505;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0120533;OID=.;OPOS=110035262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:15:14:31:31:0.688889:19:12:7:8:19:12:6:8 chr11 110035301 . A G 409.71 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0445178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.006;QD=34.1426;RBI=0.0455155;REFB=-0.0361814;REVB=0.00947784;RO=14;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149506;STB=0.588427;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.016318;OID=.;OPOS=110035301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:15:33:33:0.6875:20:13:2:12:20:13:2:13 chr11 111164651 . T C 171.33 PASS AF=0.245283;AO=26;DP=108;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.00510737;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.38;QD=6.46518;RBI=0.00511288;REFB=-0.00846043;REVB=0.000237134;RO=79;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195498;STB=0.621687;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0169705;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:79:80:26:26:0.245283:12:14:30:49:12:14:30:50 chr11 111167557 . A C 82.65 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0104618;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.068;QD=8.47716;RBI=0.0215502;REFB=-0.0136571;REVB=0.0188404;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530436;STB=0.532651;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0352414;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:14:14:6:5:14:14 chr11 111167776 . C G 39.55 PASS AF=0.2;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0185499;FXX=0.0908816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.559;QD=5.2739;RBI=0.0558417;REFB=-0.0136955;REVB=-0.0526707;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16883;STB=0.632921;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0396258;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:33:30:17:24:6:6:0.2:3:3:6:11:3:3:8:16 chr11 111167792 . T G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0262716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.461;QD=8.08919;RBI=0.0347795;REFB=-0.0202114;REVB=-0.0227908;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721645;STB=0.512168;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0507177;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:8:9:0.290323:5:3:7:15:6:3:7:15 chr11 111168767 . C T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00283586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.27;QD=5.26438;RBI=0.0497415;REFB=-0.00249371;REVB=-0.0496606;RO=55;SAF=2;SAR=13;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465511;STB=0.802743;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0114983;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:13:2:25:30:13:2:25:30 chr11 111179054 . A G 60.18 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0800462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.136;QD=16.0486;RBI=0.0803707;REFB=-0.0254851;REVB=0.0072156;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0325737;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:14:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:1:5:5:3:2:5 chr11 111325007 . C G,T 350.72 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161508,0.0204314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.996,198.248;QD=53.9569;RBI=0.0605463,0.0290641;REFB=0,0;REVB=-0.0583525,0.0206708;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0331517,-0.00265279;OID=.,.;OPOS=111325007,111325007;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:0,9:2,15:0:0:0,9:2,15:0:0 chr11 111327213 . G A 299.94 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.319;QD=52.1634;RBI=0.0628646;REFB=0;REVB=-0.00264258;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741603;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:20:23:1:10:10:0:0:10:13:0:0 chr11 111368047 . G T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.445;QD=59.3216;RBI=0.0303448;REFB=0;REVB=-0.011798;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50411e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr11 111420364 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.416;QD=57.2338;RBI=0.0571089;REFB=-0.00144517;REVB=0.0415874;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00014022;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:43:23:0:0:43:23:1:0 chr11 111431656 . GAATAAT GAAT,GAATA 752.65 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=53,7;DP=64;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423688,0.0334231;FXX=0.0302984;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=265.312,250.835;QD=47.0405;RBI=0.0437502,0.0347521;REFB=0,0;REVB=0.0109067,0.00951871;RO=0;SAF=13,4;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=4.91462e-05,0.0048396;OID=.,.;OPOS=111431657,111431661;OREF=AAT,AT;OALT=-,-;OMAPALT=GAAT,GAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.953125,0.046875:53,7:64:61,3:64:0:15,3:46,0:0:0:4:0:13,4:40,3:0:0 chr11 111553893 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.733;QD=53.2729;RBI=0.0181774;REFB=0;REVB=0.0121683;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138789;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr11 111692182 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-3.02851e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6337;QD=8.40198;RBI=0.00845019;REFB=0.000916755;REVB=-0.00845014;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448716;STB=0.777161;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00149248;OID=.;OPOS=111692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:13:8:7:2:13:8 chr11 111724133 . C T 72.91 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0185985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1036;QD=20.8315;RBI=0.0186568;REFB=-0.0396201;REVB=0.00147388;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441617;STB=0.76119;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0152148;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:3:2:8:1:3:2 chr11 111742145 . CG C 50.09 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.917;QD=33.395;RBI=0.00632525;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.82781e-05;OID=.;OPOS=111742146;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:6:6:6:0:6:0:0:0:4:0:5:0:0:0 chr11 111747297 . A G 91.43 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00343285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8555;QD=4.06355;RBI=0.0366961;REFB=0.00928361;REVB=0.0365352;RO=69;SAF=8;SAR=8;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638361;STB=0.533292;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0454354;OID=.;OPOS=111747297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:86:90:69:74:16:16:0.177778:8:8:31:38:8:8:34:40 chr11 111749349 . A T 937.3 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.211;QD=58.5815;RBI=0.0192843;REFB=0;REVB=0.00897956;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91315e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr11 111781047 . A C 93.16 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0125271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5268;QD=7.03071;RBI=0.0142757;REFB=-2.22002e-05;REVB=-0.00684605;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777007;STB=0.569624;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-9.1733e-05;OID=.;OPOS=111781047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:52:53:38:40:13:13:0.245283:5:8:21:17:5:8:21:19 chr11 111795085 . C G 43.66 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0984377;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4279;QD=17.4636;RBI=0.111185;REFB=-0.0344878;REVB=-0.0516919;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.011633;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr11 111848531 . C T 246.34 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0799159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.957;QD=24.0331;RBI=0.0838988;REFB=-0.00456154;REVB=0.0255433;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639776;STB=0.545812;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0107237;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:13:9:6:12:13:10:6:12 chr11 111853106 . G GC 398.96 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8;QD=37.9957;RBI=0.119508;REFB=0;REVB=0.109795;RO=4;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00492828;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:42:42:0:24:18:0:0:8:4:21:17:3:1 chr11 111896324 . C T 521.04 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0122476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.907;QD=26.0518;RBI=0.0169965;REFB=-0.0269532;REVB=0.0117846;RO=32;SAF=24;SAR=24;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13755;STB=0.574969;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0175432;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:24:24:22:10:24:24:22:10 chr11 111908162 . T C 272.73 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0225795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9461;QD=24.2427;RBI=0.0227365;REFB=-0.050127;REVB=-0.00266728;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115497;STB=0.564053;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0150166;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:6:14:14:11:6:14 chr11 111916647 . G A 376.6 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0593939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0402;QD=32.7481;RBI=0.0594663;REFB=-0.0504241;REVB=-0.00293348;RO=15;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902937;STB=0.549264;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0233048;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:15:16:10:5:15:16:10:5 chr11 111956989 . C A 1330.21 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.417;QD=61.8704;RBI=0.0638544;REFB=0;REVB=0.0617144;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28353e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:37:46:0:0:39:47:0:0 chr11 112065434 . T C 1171.69 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.627;QD=60.8668;RBI=0.0215699;REFB=0;REVB=0.016402;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02973e-06;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr11 112088499 . A C 1646.06 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000267074;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2196;QD=60.4057;RBI=0.124282;REFB=0;REVB=0.124282;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804837;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:47:62:0:0:47:62:0:0 chr11 112123095 . A G 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.823;QD=56.9295;RBI=0.117815;REFB=0;REVB=-0.108293;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180784;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr11 112223299 . G A 525.2 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00619376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.757;QD=56.7784;RBI=0.00702182;REFB=0.0184011;REVB=-0.00330807;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-1.67509e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:20:15:1:0:21:15:1:0 chr11 112832339 . GC G 330.04 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5665;QD=42.5861;RBI=0.0919536;REFB=0;REVB=-0.0918604;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00333795;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:31:31:31:0:22:9:0:0:6:0:19:8:0:0 chr11 112832353 . T C 345.74 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0072011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.661;QD=44.612;RBI=0.0113431;REFB=0.0393878;REVB=0.00876416;RO=3;SAF=21;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292207;STB=0.548981;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0025905;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:3:4:27:27:0.870968:6:21:2:1:6:21:2:2 chr11 112832358 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.661;QD=52.1523;RBI=0.0211794;REFB=-0.0479922;REVB=0.0169479;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00601558;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:1:0:8:19:1:0 chr11 113103996 . T G 1428.41 PASS AF=0.890756;AO=106;DP=119;FAO=106;FDP=119;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0269526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2421;QD=48.0138;RBI=0.0277179;REFB=-0.0921425;REVB=0.00646817;RO=12;SAF=45;SAR=61;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678891;STB=0.530533;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0536752;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:119:119:12:13:106:106:0.890756:61:45:1:11:61:45:2:11 chr11 113111501 . T C 695.5 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0096164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3485;QD=56.7758;RBI=0.0414479;REFB=-0.0221962;REVB=-0.0403169;RO=2;SAF=6;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605398;STB=0.56534;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0101911;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:49:2:3:46:46:0.938776:40:6:1:1:40:6:2:1 chr11 113113515 . G A 1160.43 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.507;QD=60.282;RBI=0.0434713;REFB=0;REVB=0.00183209;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79632e-05;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:35:40:0:0:37:40:0:0 chr11 113194168 . A C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.657;QD=62.3502;RBI=0.0293576;REFB=0;REVB=0.0268904;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111518;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr11 113200709 . G A 873.82 PASS AF=0.571429;AO=80;DP=140;FAO=80;FDP=140;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00513124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.543;QD=24.9663;RBI=0.00901339;REFB=-0.0227461;REVB=-0.00741023;RO=60;SAF=32;SAR=48;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553505;STB=0.530113;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0149099;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:60:60:80:80:0.571429:48:32:20:40:48:32:20:40 chr11 113212553 . T C 564.54 PASS AF=0.7;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0178924;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.311;QD=32.2596;RBI=0.0901859;REFB=-0.0314824;REVB=-0.0883932;RO=21;SAF=32;SAR=17;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992461;STB=0.553467;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.013232;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:21:21:49:49:0.7:17:32:17:4:17:32:17:4 chr11 113264272 . T C 1070.57 PASS AF=0.758621;AO=87;DP=114;FAO=88;FDP=116;FR=.;FRO=28;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00169677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.776;QD=36.9163;RBI=0.0666419;REFB=-0.0153464;REVB=0.0666203;RO=27;SAF=53;SAR=34;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585798;STB=0.528542;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00385026;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:27:28:87:88:0.758621:34:53:13:14:34:54:14:14 chr11 113264470 . A C 324.24 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0182123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.889;QD=41.8376;RBI=0.0189952;REFB=-0.0490333;REVB=0.00539739;RO=5;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124821;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00794306;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:31:5:5:25:26:0.83871:11:14:3:2:11:15:3:2 chr11 113266821 . G A 72.92 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00621289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.701;QD=9.11484;RBI=0.0108615;REFB=-0.0165665;REVB=0.00890915;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512177;STB=0.824218;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0794495;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:9:1:10:12:9:1:10:12 chr11 113270015 . G C 41.46 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0304113;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2693;QD=3.949;RBI=0.0304791;REFB=-0.0141217;REVB=-0.00203177;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849127;STB=0.549158;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0702244;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:42:36:35:7:7:0.166667:3:4:23:13:3:4:22:13 chr11 113270374 . C T 2142.35 PASS AF=1;AO=134;DP=140;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197854;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1749;QD=59.9258;RBI=0.167835;REFB=-0.122721;REVB=0.166665;RO=4;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234451;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:143:4:0:134:143:1:59:75:0:4:67:76:0:0 chr11 113270828 . G A 216.17 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0197612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1616;QD=11.0855;RBI=0.0510451;REFB=-0.0152583;REVB=0.0470648;RO=51;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181243;STB=0.605311;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0458323;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:17:10:27:24:17:10:27:24 chr11 113283477 . A G 69.09 PASS AF=0.25;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0770387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.629;QD=6.90931;RBI=0.087815;REFB=-0.0105193;REVB=-0.0421485;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312968;STB=0.682521;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0739692;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:38:40:28:30:10:10:0.25:2:8:16:12:2:8:18:12 chr11 113295137 . G A 519.05 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0278479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.611;QD=28.4409;RBI=0.0424044;REFB=-0.0152127;REVB=0.0319785;RO=26;SAF=27;SAR=20;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106743;STB=0.55789;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00941702;OID=.;OPOS=113295137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:47:47:0.643836:20:27:19:7:20:27:19:7 chr11 113561025 . G A 1277.68 PASS AF=0.78125;AO=100;DP=128;FAO=100;FDP=128;FR=.;FRO=28;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.012002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4963;QD=39.9276;RBI=0.0130017;REFB=-0.00140884;REVB=-0.00499967;RO=28;SAF=64;SAR=36;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302363;STB=0.516126;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000298486;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:28:28:100:100:0.78125:36:64:16:12:36:64:16:12 chr11 113561054 . A G 1973.7 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.445;QD=61.2001;RBI=0.0303572;REFB=-0.101868;REVB=0.010099;RO=1;SAF=75;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888165;STB=0.504672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000520122;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:53:75:0:1:53:75:0:1 chr11 113561057 . A G 1676.15 PASS AF=0.914062;AO=116;DP=128;FAO=117;FDP=128;FR=.;FRO=11;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0502455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4904;QD=52.3798;RBI=0.0509846;REFB=-0.165932;REVB=0.00864991;RO=11;SAF=64;SAR=52;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749418;STB=0.539562;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00741138;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:128:128:11:11:116:117:0.914062:52:64:11:0:53:64:11:0 chr11 113570405 . T C 223.04 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0732;QD=49.5649;RBI=0.00794679;REFB=0;REVB=0.0070063;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156307;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr11 113570852 . C T 135.11 PASS AF=0.25;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00391102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.43;QD=6.75536;RBI=0.017437;REFB=-0.00442619;REVB=-0.0169927;RO=57;SAF=13;SAR=7;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216926;STB=0.614972;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0158682;OID=.;OPOS=113570852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:57:60:20:20:0.25:7:13:27:30:7:13:30:30 chr11 113576932 . A G 665.37 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4744;QD=61.8949;RBI=0.0998153;REFB=0;REVB=0.0645862;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100277;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:25:16:0:0:27:16:0:0 chr11 113670052 . T A 600.97 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00607249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.062;QD=58.6313;RBI=0.0322374;REFB=-0.0315437;REVB=0.0316603;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000261439;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:22:18:0:0:22:18:0:1 chr11 113679119 . C T 588.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3803;QD=60.3228;RBI=0.0474594;REFB=0;REVB=0.0435301;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872235;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:15:24:0:0 chr11 113698002 . C T 40.99 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0268302;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.163;QD=3.41557;RBI=0.0378348;REFB=-0.000826676;REVB=-0.0266761;RO=41;SAF=6;SAR=0;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696044;STB=0.884252;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0091982;OID=.;OPOS=113698002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:6:7:0.145833:0:6:15:26:1:6:15:26 chr11 113803104 . G A 562.47 PASS AF=0.79661;AO=46;DP=58;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00955123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8888;QD=38.1333;RBI=0.00955554;REFB=-0.00650588;REVB=-0.000287204;RO=12;SAF=22;SAR=24;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560763;STB=0.527605;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00290795;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:12:12:46:47:0.79661:24:22:4:8:25:22:4:8 chr11 113860425 . A G 292.03 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0504119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.713;QD=21.6321;RBI=0.052702;REFB=-0.00990683;REVB=-0.0153668;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133939;STB=0.574026;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00704288;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:8:16:15:15:8:16 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 698.3 PASS AF=0.178218,0.821782,0;AO=12,18,12;DP=102;FAO=18,83,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=18,33,0;FSAR=0,50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107657,-0.182735,-0.409742;FXX=0.00980296;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=139.459,7.99764,10.064;QD=27.6554;RBI=0.132305,0.755503,0.509987;REFB=-0.039247,-0.00263265,-0.0259518;REVB=0.076906,0.733071,0.30364;RO=32;SAF=12,5,12;SAR=0,13,0;SRF=1;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.879068,0.429754,0.879068;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.119086,-0.0376577,0;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.178218,0.821782,0:12,18,12:102:18,83,0:101:0:18,33,0:0,50,0:0:0:90:32:12,5,12:0,13,0:1:31 chr11 114421857 . T C 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00970412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.839;QD=3.3317;RBI=0.0160265;REFB=0.000261131;REVB=0.0127545;RO=50;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39752;STB=0.786792;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00180838;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:50:51:9:9:0.15:8:1:18:32:8:1:18:33 chr11 114421861 . G A 44.35 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0355162;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7882;QD=3.11213;RBI=0.0367351;REFB=0.00382474;REVB=-0.00938435;RO=51;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353953;STB=0.747683;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0303709;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:59:57:51:49:8:8:0.140351:7:1:18:33:7:1:16:33 chr11 114569054 . A G 1488.57 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5857;QD=62.6766;RBI=0.0478097;REFB=0;REVB=0.0179177;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716847;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:47:46:0:0:48:47:0:0 chr11 114576626 . A T 651.83 PASS AF=0.87931;AO=50;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00555699;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.2437;QD=44.9537;RBI=0.00680654;REFB=-0.0893917;REVB=-0.00393051;RO=3;SAF=23;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220838;STB=0.566012;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0122856;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:58:3:7:50:51:0.87931:27:23:2:1:28:23:7:0 chr11 116661826 . T C 1149.93 PASS AF=1;AO=68;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.344;QD=60.5226;RBI=0.0213087;REFB=0;REVB=0.00371159;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308643;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:68:76:1:28:40:0:0:30:46:0:0 chr11 116662579 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000557601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.806;QD=61.6833;RBI=0.00287615;REFB=0;REVB=-0.00282159;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0231e-05;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr11 116692334 . C T 703.73 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.96;QD=62.554;RBI=0.131752;REFB=0;REVB=0.129733;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541245;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:17:25:0:0:19:26:0:0 chr11 116693464 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.134;QD=57.712;RBI=0.0579931;REFB=0;REVB=0.0165849;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013931;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr11 116701535 . T C 471.91 PASS AF=0.970588;AO=25;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.132;QD=55.5188;RBI=0.0396815;REFB=-0.0797624;REVB=0.0342348;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00675309;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:25:33:0.970588:18:7:0:0:21:12:0:1 chr11 116766978 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATG,TAAAATAG 79.92 PASS AF=0.23913,0.0543478,0.0434783;AO=18,5,5;DP=95;FAO=22,5,4;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=16,1,4;FSAR=6,4,0;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.165962,-0.0672119,-0.0215898;FXX=0.0315756;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,3;MLLD=7.91164,16.7148,185.248;QD=3.47462;RBI=0.16607,0.0699457,0.0242968;REFB=-0.12582,-0.0856829,-0.0174626;REVB=-0.00601097,0.019364,-0.0111452;RO=50;SAF=7,1,5;SAR=11,4,0;SRF=17;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.063492,-0.185263,0.654448;STB=0.759268,0.680678,0.998006;STBP=0.008,0.459,0.009;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.0297068,0.184918,0.132269;OID=.,.,.;OPOS=116766979,116766984,116766983;OREF=A,AT,AAT;OALT=-,TG,TAG;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATG,TAAAATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913,0.0543478,0.0434783:18,5,5:95:22,5,4:92:61:16,1,4:6,4,0:22:39:35:50:7,1,5:11,4,0:17:33 chr11 117042377 . G A 63.64 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0342381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.964;QD=3.39419;RBI=0.0344539;REFB=-0.00874696;REVB=-0.00384986;RO=61;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134008;STB=0.602479;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0574597;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:61:63:12:12:0.16:5:7:29:32:5:7:29:34 chr11 117077034 . A G 391.12 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0514478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.296;QD=27.4468;RBI=0.0521301;REFB=-0.0286327;REVB=0.00840655;RO=20;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557529;STB=0.530402;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.011708;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:18:19:12:8:18:19:12:8 chr11 117094020 . A G 102.69 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0502811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9207;QD=6.0405;RBI=0.0613645;REFB=-0.00331339;REVB=-0.0351769;RO=52;SAF=12;SAR=4;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167074;STB=0.605123;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0110322;OID=.;OPOS=117094020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:4:12:33:19:4:12:33:19 chr11 117156552 . T C 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.739;QD=60.6004;RBI=0.0402151;REFB=0;REVB=-0.0064147;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273818;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr11 117160347 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.962;QD=58.142;RBI=0.0338448;REFB=0;REVB=0.00342415;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022734;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 117161295 . G T 134.92 PASS AF=0.287879;AO=17;DP=67;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0130143;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.893;QD=8.17684;RBI=0.0148592;REFB=-0.00935322;REVB=0.00717112;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652814;STB=0.599891;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0248955;OID=.;OPOS=117161295;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:47:17:19:0.287879:11:6:17:25:13:6:21:26 chr11 117163824 . C G 1058.34 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2749;QD=59.6245;RBI=0.0859195;REFB=0;REVB=0.0788264;RO=0;SAF=50;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124665;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:18:50:0:0:20:51:0:0 chr11 117252489 . T C 308.02 PASS AF=0.236364;AO=37;DP=202;FAO=52;FDP=220;FR=.;FRO=168;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=110;FSRR=58;FWDB=-0.00247225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.038;QD=5.60037;RBI=0.00518735;REFB=-0.00972837;REVB=-0.00456032;RO=158;SAF=22;SAR=15;SRF=107;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114117;STB=0.562021;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0367104;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:220:158:168:37:52:0.236364:15:22:107:51:22:30:110:58 chr11 117267884 . A G 101.05 PASS AF=0.15748;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.000781437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7394;QD=3.18262;RBI=0.0617358;REFB=-0.0101347;REVB=-0.0617309;RO=106;SAF=14;SAR=6;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269547;STB=0.683014;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0498525;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:106:107:20:20:0.15748:6:14:52:54:6:14:52:55 chr11 117282800 . G T 89.07 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0316676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.174;QD=5.74643;RBI=0.0409197;REFB=-0.00736046;REVB=0.0259149;RO=47;SAF=9;SAR=5;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607807;STB=0.502509;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0287946;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:62:47:48:14:14:0.225806:5:9:30:17:5:9:31:17 chr11 117309989 . C T 392.36 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00240444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0584;QD=50.6268;RBI=0.0541159;REFB=-0.162903;REVB=-0.0540624;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.526298;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0051098;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:1:2:28:29:0.935484:10:18:1:0:11:18:2:0 chr11 117310022 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.141;QD=57.6806;RBI=0.0134181;REFB=0;REVB=0.0115926;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12658e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr11 117335722 . T C 1285.86 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2334;QD=59.8073;RBI=0.0889194;REFB=0;REVB=0.0653841;RO=2;SAF=38;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485619;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:86:2:0:80:86:1:42:38:1:1:43:43:0:0 chr11 117392110 . A G 476.05 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000495433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.848;QD=41.3959;RBI=0.0233333;REFB=-0.0325272;REVB=0.023328;RO=10;SAF=13;SAR=23;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141327;STB=0.576398;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0138409;OID=.;OPOS=117392110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:46:46:10:10:36:36:0.782609:23:13:7:3:23:13:7:3 chr11 117403235 . G T 544.32 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00467359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.914;QD=34.5599;RBI=0.00470277;REFB=-0.0197309;REVB=0.000523071;RO=15;SAF=9;SAR=38;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211337;STB=0.628039;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00434505;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:15:16:47:47:0.746032:38:9:8:7:38:9:9:7 chr11 117693255 . T C 1247.17 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.93;QD=61.5889;RBI=0.021521;REFB=0;REVB=0.0210609;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68957e-05;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:44:37:0:0 chr11 117772925 . G A 46.07 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0240249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.2;QD=9.21413;RBI=0.0443761;REFB=-0.0169773;REVB=-0.03731;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0253971;OID=.;OPOS=117772925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr11 117774142 . C T 381.4 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0102959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3215;QD=34.6725;RBI=0.107583;REFB=-0.0274069;REVB=0.10709;RO=13;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654885;STB=0.535691;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.013986;OID=.;OPOS=117774142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:13:18:6:7:13:18:6:7 chr11 117774291 . A C 283.6 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00689016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9587;QD=36.5941;RBI=0.0395973;REFB=-0.0103992;REVB=-0.0389933;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506253;STB=0.50276;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00236274;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:10:14:4:3:10:14:4:3 chr11 117774394 . A G 125.12 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.048659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9505;QD=8.78066;RBI=0.0490261;REFB=-0.00542735;REVB=-0.00598829;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277777;STB=0.685905;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0175615;OID=.;OPOS=117774394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:39:40:16:17:0.298246:6:10:15:24:6:11:15:25 chr11 117779376 . G A 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.01098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.213;QD=8.28226;RBI=0.0188345;REFB=-0.00374925;REVB=-0.0153029;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032414;STB=0.515478;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00929825;OID=.;OPOS=117779376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:7:5:13:18:7:5:14:18 chr11 117781435 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.455;QD=63.583;RBI=0.0836935;REFB=0;REVB=0.0614853;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197632;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 117789327 . T C 72.26 PASS AF=0.170455;AO=9;DP=82;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.036048;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4289;QD=3.28433;RBI=0.0504032;REFB=-0.0105793;REVB=0.0352282;RO=62;SAF=0;SAR=9;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.675821;STB=0.923717;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0865546;OID=.;OPOS=117789327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:82:88:62:73:9:15:0.170455:9:0:33:29:14:1:40:33 chr11 117789342 . T C 405.01 PASS AF=0.57971;AO=41;DP=71;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0668583;FXX=0.0799893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.883;QD=23.479;RBI=0.0672527;REFB=-0.0502227;REVB=-0.00727291;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314278;STB=0.682569;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0407667;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:28:29:41:40:0.57971:19:22:3:25:18:22:3:26 chr11 117789345 . G C 326.99 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.100123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.118;QD=18.1663;RBI=0.11729;REFB=-0.0675086;REVB=0.0610926;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418636;STB=0.738135;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0494843;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:33:37:34:35:0.486111:12:22:5:28:13:22:5:32 chr11 117857338 . G C 685.89 PASS AF=0.84375;AO=54;DP=64;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0110676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.325;QD=42.8684;RBI=0.0210711;REFB=-0.0038129;REVB=-0.0179304;RO=9;SAF=23;SAR=31;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050614;STB=0.511788;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00166828;OID=.;OPOS=117857338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:64:64:9:10:54:54:0.84375:31:23:4:5:31:23:5:5 chr11 117859209 . G A 220.93 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.022275;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0058;QD=27.6164;RBI=0.101816;REFB=-0.0864889;REVB=0.0993497;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612412;STB=0.540502;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0500548;OID=.;OPOS=117859209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:32:11:11:20:21:0.65625:11:9:6:5:12:9:6:5 chr11 117864047 . A G 242.19 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0246049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.779;QD=16.9956;RBI=0.0254451;REFB=-0.0473617;REVB=-0.00648454;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759229;STB=0.549501;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0492445;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:28:30:26:27:0.473684:16:10:13:15:16:11:15:15 chr11 117869591 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0112976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.191;QD=4.46054;RBI=0.0114396;REFB=-0.00127037;REVB=0.00179722;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329936;STB=0.732452;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00334508;OID=.;OPOS=117869591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:5:1:10:15:5:1:10:15 chr11 117869670 . A G 268.57 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5422;QD=51.1554;RBI=0.00563624;REFB=0;REVB=0.000915766;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41542e-06;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:13:6:0:0:14:7:0:0 chr11 117896135 . C T 292.09 PASS AF=0.164306;AO=58;DP=352;FAO=58;FDP=353;FR=.;FRO=295;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=119;FSRR=176;FWDB=-0.0149872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.628;QD=3.30983;RBI=0.0156977;REFB=-0.00486266;REVB=0.00466937;RO=293;SAF=37;SAR=21;SRF=118;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298036;STB=0.689857;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0284711;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:353:293:295:58:58:0.164306:21:37:118:175:21:37:119:176 chr11 117938177 . G A 398.01 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0204332;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.615;QD=34.6092;RBI=0.0525006;REFB=0.00683776;REVB=-0.0483612;RO=14;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751642;STB=0.540958;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00142152;OID=.;OPOS=117938177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:14:14:32:32:0.695652:18:14:8:6:18:14:8:6 chr11 117965530 . A G 78.07 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00404553;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7034;QD=12.0102;RBI=0.078523;REFB=0.0212565;REVB=0.0784187;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409094;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0195639;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:4:11:7:3:5:11 chr11 117965602 . C T 194.31 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0334318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2233;QD=24.2891;RBI=0.0417941;REFB=-0.0380426;REVB=0.025081;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739602;STB=0.541135;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0154747;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:3:10:13:6:3:10 chr11 117982495 . T G 851.48 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.408;QD=57.7277;RBI=0.0178681;REFB=0;REVB=0.0166823;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05332e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr11 118068747 . TCTTTT CTTTTT,TCTTTC 108.87 PASS AF=0,0.220779;AO=3,9;DP=76;FAO=0,17;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00398949,-0.024844;FXX=0.0128189;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=31.8163,106.893;QD=5.65558;RBI=0.10643,0.0882369;REFB=-0.00512281,-0.0192906;REVB=-0.106355,0.0846671;RO=37;SAF=1,5;SAR=2,4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101851,0.149158;STB=0.5,0.655563;STBP=1,0.168;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0710942;OID=.,.;OPOS=118068747,118068752;OREF=TC,T;OALT=CT,C;OMAPALT=CTTTTT,TCTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:77:37:60:3,9:0,17:0,0.220779:2,4:1,5:16:21:0,7:0,10:23:37 chr11 118074337 . A G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4012;QD=60.2223;RBI=0.0825666;REFB=0;REVB=0.0710238;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190042;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 118081345 . A T 659.43 PASS AF=0.743243;AO=55;DP=74;FAO=55;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00215146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.425;QD=35.6449;RBI=0.0150115;REFB=0.00223384;REVB=0.0148565;RO=19;SAF=20;SAR=35;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107386;STB=0.557819;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000836763;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:19:19:55:55:0.743243:35:20:11:8:35:20:11:8 chr11 118083664 . A G 1428.73 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0101939;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3019;QD=56.0287;RBI=0.0139718;REFB=-0.066162;REVB=0.00955488;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.508756;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00430689;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:102:0:3:99:99:0.970588:38:61:0:0:38:61:1:2 chr11 118107805 . A G 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.54;QD=60.5454;RBI=0.0451124;REFB=0;REVB=0.0444067;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51418e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr11 118110977 . T C 1573.52 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309704;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7093;QD=58.823;RBI=0.0609221;REFB=-0.0836489;REVB=-0.0524627;RO=1;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903911;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000531759;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:53:52:1:0:53:53:1:0 chr11 118179197 . A G 615.88 PASS AF=0.93617;AO=41;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.151708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.596;QD=52.4152;RBI=0.151767;REFB=-0.127092;REVB=-0.00425978;RO=5;SAF=17;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384908;STB=0.507809;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00268812;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:47:5:3:41:44:0.93617:24:17:3:2:24:20:1:2 chr11 118182829 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.815;QD=51.1842;RBI=0.0129438;REFB=0;REVB=-0.00467971;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77177e-05;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr11 118373906 . A G 353.76 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0193441;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=285.457;QD=35.3764;RBI=0.0213471;REFB=-0.00728658;REVB=0.00902796;RO=11;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675618;STB=0.536816;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00299392;OID=.;OPOS=118373906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:17:12:6:5:17:12:6:5 chr11 118393396 . A G 65.45 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0205151;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5473;QD=2.84574;RBI=0.0251037;REFB=0.002617;REVB=0.0144682;RO=79;SAF=9;SAR=4;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291879;STB=0.701185;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0172893;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:93:92:79:79:13:13:0.141304:4:9:36:43:4:9:36:43 chr11 118404804 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0414039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2914;QD=13.4555;RBI=0.0490672;REFB=-0.00824949;REVB=-0.0263307;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.620478;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0078142;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:5:10:5:6:5:10 chr11 118405068 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0262161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.382;QD=16.8975;RBI=0.0334927;REFB=0.00756353;REVB=-0.020844;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.000757792;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr11 118405305 . G A 131.53 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.119518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.079;QD=20.2354;RBI=0.12026;REFB=-0.0321495;REVB=-0.0133341;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.101689;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:4:7:7:8:4:7 chr11 118405835 . G A 195.29 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0609015;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.911;QD=35.507;RBI=0.0620652;REFB=0.00758198;REVB=0.011962;RO=4;SAF=1;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400954;STB=0.728231;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00190233;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:22:4:4:17:18:0.818182:16:1:2:2:17:1:2:2 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 73.81 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0430146;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=8;MLLD=270.338;QD=17.3671;RBI=0.0487124;REFB=-0.00364872;REVB=0.0228612;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.00302557;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:19:9:17:8:3:6:1:7:61:8:2:6:1:7 chr11 118430518 . A AT 205.75 PASS AF=0.651163;AO=5;DP=46;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.051256;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=13.8274;QD=19.1394;RBI=0.127424;REFB=-0.101459;REVB=0.11666;RO=41;SAF=5;SAR=0;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634037;STB=0.534859;STBP=0.552;TYPE=ins;VARB=0.13138;OID=.;OPOS=118430519;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651163:5:46:28:43:15:14:14:6:9:42:41:5:0:18:23 chr11 118430519 . C T 277.32 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0217913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.594;QD=25.7976;RBI=0.0223075;REFB=-0.0273656;REVB=0.00477127;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805024;STB=0.534857;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0262994;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:17:25:26:0.604651:13:12:5:9:13:13:7:10 chr11 118471423 . T C 545.35 PASS AF=0.644737;AO=48;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0528564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9412;QD=28.7028;RBI=0.0532484;REFB=3.12756e-05;REVB=0.00644968;RO=27;SAF=24;SAR=24;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159726;STB=0.58883;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00072459;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:48:49:0.644737:24:24:7:20:24:25:7:20 chr11 118472354 . C A 680.13 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=78;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0214083;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2228;QD=35.7961;RBI=0.0299449;REFB=-0.0486252;REVB=0.0209375;RO=19;SAF=22;SAR=34;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395339;STB=0.51565;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0172969;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:19:20:56:56:0.736842:34:22:9:10:34:22:9:11 chr11 118505676 . GT G,GG 1469.22 PASS AF=0.979381,0.0206186;AO=90,4;DP=96;FAO=95,2;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48,2;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189255,0.0104226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.3528,68.0024;QD=60.5863;RBI=0.11903,0.11867;REFB=0,0;REVB=-0.117515,-0.118212;RO=0;SAF=46,3;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.15792e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00182268,0.0327903;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.979381,0.0206186:90,4:96:95,2:97:0:48,2:47,0:0:0:3:0:46,3:44,1:0:0 chr11 118509668 . A G 1381.41 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.89;QD=61.3961;RBI=0.0716028;REFB=0.0129687;REVB=-0.0621313;RO=1;SAF=61;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770705;STB=0.504064;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00107385;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:28:61:1:0:28:61:1:0 chr11 118529017 . T G 137.55 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.043;QD=39.3;RBI=0.0442556;REFB=-0.154052;REVB=0.0412245;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00959507;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:5:8:0:0:5:8:0:1 chr11 118529069 . G C 246.32 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3019;QD=46.9187;RBI=0.0610245;REFB=-0.034363;REVB=0.0498313;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0328873;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr11 118529078 . G C 255.65 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.107463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.2532;QD=44.4614;RBI=0.154149;REFB=-0.124014;REVB=0.110515;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658702;STB=0.535681;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0181365;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:0:2:13:8:0:2 chr11 118529703 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5897;QD=56.1866;RBI=0.0417729;REFB=0;REVB=-0.0379972;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395938;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr11 118620858 . AAAAAT AA,A 227.16 PASS AF=0.954545,0;AO=13,8;DP=23;FAO=21,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356329,0.0303904;FXX=0.0434594;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=346.021,334.288;QD=41.3021;RBI=0.0571378,0.0508055;REFB=-0.0209822,0.00475802;REVB=0.0446657,0.0407139;RO=0;SAF=5,2;SAR=8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,-5.58669e-08;STB=0.533301,0.5;STBP=0.291,1;TYPE=del,del;VARB=0.00053087,0.00999338;OID=.,.;OPOS=118620860,118620859;OREF=AAAT,AAAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545,0:13,8:23:21,0:22:1:7,0:14,0:1:0:5:0:5,2:8,6:0:0 chr11 118621824 . AG AGT,GT 630.62 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=40,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123025,-0.00360257;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=20.6238,19.8925;QD=54.8369;RBI=0.135633,0.0902516;REFB=0,0;REVB=0.135074,0.0901797;RO=0;SAF=15,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00576741,-0.0191159;OID=.,.;OPOS=118621826,118621824;OREF=-,AG;OALT=T,GT;OMAPALT=AGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:40,2:44,2:0.956522,0.0434783:25,0:15,2:0:0:27,0:17,2:0:0 chr11 118622744 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3748;QD=57.2022;RBI=0.0281919;REFB=0;REVB=-0.0277511;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463098;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr11 118656777 . T C 112.13 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0129885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.771;QD=7.73303;RBI=0.0161158;REFB=-0.020202;REVB=-0.00954036;RO=42;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102893;STB=0.562422;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0443088;OID=.;OPOS=118656777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:9:7:22:20:9:7:22:20 chr11 118757914 . G T 80.06 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0014013;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4973;QD=17.7905;RBI=0.0446332;REFB=-0.00719132;REVB=0.0446112;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44089;STB=0.749582;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0179966;OID=.;OPOS=118757914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:8:9:10:0.555556:5:4:8:0:6:4:8:0 chr11 118765267 . G C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.081;QD=58.7812;RBI=0.0324439;REFB=0;REVB=0.00843374;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4808e-05;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr11 118767037 . G A 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.028312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9189;QD=20.7523;RBI=0.0289595;REFB=-0.00138663;REVB=0.00608985;RO=12;SAF=14;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234754;STB=0.636142;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0061905;OID=.;OPOS=118767037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:1:14:10:2:1:14:10:2 chr11 118769442 . A G 1589.24 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.701;QD=64.2118;RBI=0.0300122;REFB=0;REVB=-0.0297738;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81294e-05;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:95:99:1:49:46:0:0:49:50:0:0 chr11 118771747 . A G 453.26 PASS AF=0.719298;AO=40;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0377139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1789;QD=31.8076;RBI=0.0524766;REFB=0.0219334;REVB=-0.0364891;RO=12;SAF=22;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926737;STB=0.562629;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0186884;OID=.;OPOS=118771747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:12:16:40:41:0.719298:18:22:4:8:19:22:5:11 chr11 118772516 . T C 706.26 PASS AF=0.64;AO=62;DP=99;FAO=64;FDP=100;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0133532;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.58;QD=28.2505;RBI=0.0334603;REFB=0.00648346;REVB=-0.0306803;RO=36;SAF=44;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159191;STB=0.574152;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00255175;OID=.;OPOS=118772516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:36:36:62:64:0.64:18:44:18:18:20:44:18:18 chr11 118772825 . T C 173.1 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.020475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.011;QD=36.4424;RBI=0.0212095;REFB=-0.0610786;REVB=-0.00553327;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11358;STB=0.578851;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00704547;OID=.;OPOS=118772825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:19:2:3:15:16:0.842105:7:8:0:2:8:8:0:3 chr11 118773180 . G A 974.08 PASS AF=0.697479;AO=83;DP=119;FAO=83;FDP=119;FR=.;FRO=36;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0118158;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2824;QD=32.7422;RBI=0.0145492;REFB=-9.23702e-05;REVB=0.00848906;RO=35;SAF=57;SAR=26;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717414;STB=0.544575;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000193421;OID=.;OPOS=118773180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:35:36:83:83:0.697479:26:57:20:15:26:57:20:16 chr11 118898435 . AC A 466.39 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00367018;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2583;QD=40.5552;RBI=0.0116141;REFB=-0.0328404;REVB=-0.0110189;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551181;STB=0.527765;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.00121579;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:42:47:44:46:2:27:17:0:2:3:2:26:16:0:2 chr11 118919206 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000833215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.063;QD=54.5165;RBI=0.014993;REFB=0;REVB=-0.0149699;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126884;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 118922200 . G A 230.78 PASS AF=0.25;AO=33;DP=134;FAO=34;FDP=136;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0145396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.628;QD=6.78768;RBI=0.0178058;REFB=-0.0165013;REVB=-0.0102785;RO=98;SAF=15;SAR=18;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697391;STB=0.522238;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0423383;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:98:102:33:34:0.25:18:15:44:54:19:15:48:54 chr11 118925341 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.906;QD=51.916;RBI=0.0326778;REFB=0;REVB=0.0176211;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028149;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr11 118927013 . T C,TC 524.32 PASS AF=0,0.98;AO=2,41;DP=51;FAO=0,49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=0,28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255582,0.13975;FXX=0.019604;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=231.156,17.1914;QD=41.9457;RBI=0.0390402,0.141527;REFB=0.0267825,-0.0928226;REVB=-0.0295112,0.022354;RO=8;SAF=2,15;SAR=0,26;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.519945,-0.121319;STB=0.5,0.511623;STBP=1,0.306;TYPE=snp,ins;VARB=0.0307471,0.0231562;OID=.,.;OPOS=118927013,118927014;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:51:50:8:1:2,41:0,49:0,0.98:0,26:2,15:6:2:0,28:0,21:1:0 chr11 118947634 . C T 191.09 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.654;QD=47.7715;RBI=0.0281566;REFB=0;REVB=-5.28544e-05;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497811;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 118962230 . G T 484.62 PASS AF=0.64;AO=38;DP=74;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.119543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.7394;QD=25.8466;RBI=0.136938;REFB=-0.129442;REVB=0.0667927;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234744;STB=0.552294;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0509486;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:25:27:38:48:0.64:18:20:5:20:27:21:8:19 chr11 118963179 . C T 625.21 PASS AF=0.716216;AO=52;DP=73;FAO=53;FDP=74;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0494714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7911;QD=33.7949;RBI=0.0659321;REFB=0.015829;REVB=0.0435846;RO=20;SAF=22;SAR=30;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403018;STB=0.531417;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00345882;OID=.;OPOS=118963179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:20:21:52:53:0.716216:30:22:10:10:31:22:11:10 chr11 118967758 . T C 521.3 PASS AF=0.75;AO=45;DP=60;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00103666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.842;QD=34.7535;RBI=0.0154641;REFB=-0.0222366;REVB=0.0154293;RO=15;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723756;STB=0.539016;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00484897;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:15:15:45:45:0.75:20:25:6:9:20:25:6:9 chr11 118983434 . C T 527.47 PASS AF=0.623377;AO=46;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0240603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.441;QD=27.4013;RBI=0.0292194;REFB=-0.0271936;REVB=0.0165793;RO=26;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155473;STB=0.591679;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0103738;OID=.;OPOS=118983434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:29:46:48:0.623377:25:21:18:8:25:23:21:8 chr11 119005088 . C T 352.73 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.668;QD=54.2662;RBI=0.144575;REFB=0;REVB=0.0695255;RO=1;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444951;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:1:0:23:26:1:19:4:1:0:21:5:0:0 chr11 119043656 . C T 921.92 PASS AF=0.930556;AO=66;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00582774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.509;QD=51.2176;RBI=0.00749947;REFB=-0.0501536;REVB=0.00472011;RO=6;SAF=25;SAR=41;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020104;STB=0.516691;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000418618;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:6:5:66:67:0.930556:41:25:3:3:42:25:3:2 chr11 119052826 . C A 3558.32 PASS AF=0.99569;AO=227;DP=230;FAO=231;FDP=232;FR=.;FRO=1;FSAF=117;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0849706;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.032;QD=61.3503;RBI=0.117836;REFB=-0.297057;REVB=0.0816412;RO=2;SAF=114;SAR=113;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835846;STB=0.502183;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00227607;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:230:232:2:1:227:231:0.99569:113:114:0:2:114:117:0:1 chr11 119054488 . C T 78.29 PASS AF=0.22;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.025881;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.824;QD=6.26313;RBI=0.0304498;REFB=-0.00783437;REVB=0.0160425;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395404;STB=0.756357;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.018781;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:50:40:39:11:11:0.22:7:4:28:12:7:4:28:11 chr11 119059404 . G A 318.4 PASS AF=0.962963;AO=21;DP=25;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.7562;QD=47.1697;RBI=0.0115978;REFB=-0.0276232;REVB=0.00415904;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00512967;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:27:0:1:21:26:0.962963:4:17:0:0:6:20:1:0 chr11 119060963 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.191;QD=40.7629;RBI=0.032943;REFB=0;REVB=-0.0314159;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327935;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 119065709 . G C 505.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443112;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0313;QD=59.4457;RBI=0.0450365;REFB=0;REVB=-0.0080497;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373068;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr11 119181170 . T C 478.2 PASS AF=0.970588;AO=25;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00568754;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4775;QD=56.2591;RBI=0.0241585;REFB=-0.129901;REVB=-0.0234794;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00161488;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:25:33:0.970588:9:16:1:0:14:19:1:0 chr11 119182354 . AGGGGGG AGGGGG,AGGGGGC 37.85 PASS AF=0.347826,0.0869565;AO=8,2;DP=23;FAO=8,2;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3,0;FSAR=5,2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.153883,0.10779;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.8844,22.608;QD=6.5831;RBI=0.181767,0.181966;REFB=-0.0204664,-0.058713;REVB=0.096744,0.146605;RO=12;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.451613,0;SSSB=0.139534,-0.481962;STB=0.545344,0.992731;STBP=0.813,0.346;TYPE=del,snp;VARB=0.0120271,0.152276;OID=.,.;OPOS=119182355,119182360;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0.0869565:8,2:23:8,2:23:13:3,0:5,2:4:9:27:12:3,0:5,2:3:9 chr11 119206375 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.663;QD=58.1349;RBI=0.0663896;REFB=0;REVB=0.00739698;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500421;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 119206912 . G T 170.91 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00356246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.744;QD=25.32;RBI=0.0701836;REFB=-0.0204384;REVB=0.0700931;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262232;STB=0.504499;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0271432;OID=.;OPOS=119206912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:9:7:4:6:10:7:4:6 chr11 119213303 . C T 1460.69 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141697;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.736;QD=61.5027;RBI=0.0424426;REFB=0;REVB=0.0400075;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197128;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:95:0:0:86:95:1:32:54:0:0:37:58:0:0 chr11 119216231 . A G 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.693;QD=63.2805;RBI=0.0336937;REFB=0;REVB=-0.0193563;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43887e-05;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 119216504 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0120863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.322;QD=16.4555;RBI=0.0121714;REFB=-0.0255891;REVB=0.00143686;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0196204;OID=.;OPOS=119216504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:3:1:5:1:3:1 chr11 119229964 . G A 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.725;QD=62.159;RBI=0.0273392;REFB=0;REVB=0.00644786;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49808e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr11 119244095 . C T 598.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159215;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.835;QD=61.3762;RBI=0.0169719;REFB=0;REVB=0.0058781;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53704e-05;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 119252199 . T G 3023.29 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640321;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.052;QD=63.315;RBI=0.0857075;REFB=0;REVB=0.0569708;RO=0;SAF=97;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30267e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:191:0:0:186:191:1:89:97:0:0:89:102:0:0 chr11 119290034 . G C 120.19 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057587;FXX=0.0832639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.136;QD=43.7065;RBI=0.0459632;REFB=0;REVB=-0.0456011;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140379;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:12:11:1:1:11:0:0:1:10:0:0 chr11 119510644 . A C 3079.04 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0237423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4978;QD=62.5186;RBI=0.0258549;REFB=-0.221858;REVB=0.010236;RO=2;SAF=99;SAR=96;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981719;STB=0.505154;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00622747;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:197:2:2:195:195:0.989848:96:99:0:2:96:99:0:2 chr11 119879425 . T C 712.67 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0225;QD=55.8957;RBI=0.0705681;REFB=0;REVB=0.0636501;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271476;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:31:18:0:0:32:19:0:0 chr11 119993897 . CCTCT CCT,CCTC 731.68 PASS AF=1,0;AO=39,9;DP=53;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988105,0.0417304;FXX=0.0545355;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=241.509,223.097;QD=56.2831;RBI=0.101969,0.0468277;REFB=0,0;REVB=0.0251836,0.0212464;RO=0;SAF=11,8;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=9.02645e-05,0.0945991;OID=.,.;OPOS=119993898,119993901;OREF=CT,T;OALT=-,-;OMAPALT=CCT,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:39,9:53:52,0:52:0:21,0:31,0:0:0:4:0:11,8:28,1:0:0 chr11 119999191 . A G 1326.65 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.907;QD=60.9955;RBI=0.0492125;REFB=-0.0878927;REVB=-0.00448478;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129782;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000661338;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:36:50:0:1:36:50:0:1 chr11 120040695 . C T 555.64 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.113206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.384;QD=33.675;RBI=0.113309;REFB=-0.038831;REVB=-0.00483492;RO=18;SAF=18;SAR=30;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148625;STB=0.579801;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0166043;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:30:18:2:16:30:18:2:16 chr11 120041110 . T A 373.5 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0110281;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.963;QD=25.7583;RBI=0.0140886;REFB=-0.0129179;REVB=-0.00876766;RO=22;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189569;STB=0.603393;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00701018;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:22:22:36:36:0.62069:18:18:17:5:18:18:17:5 chr11 120041444 . C T 583.3 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00719137;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0475;QD=30.3012;RBI=0.0463375;REFB=0.018932;REVB=0.0457761;RO=26;SAF=32;SAR=19;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200988;STB=0.60901;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00798054;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:26:26:51:51:0.662338:19:32:8:18:19:32:8:18 chr11 120042081 . G A 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0164433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.748;QD=31.5147;RBI=0.0178019;REFB=0.0552499;REVB=-0.00682081;RO=10;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941651;STB=0.551901;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00284171;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:17:6:4:6:17:6:4:6 chr11 120042082 . G A 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0300865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.867;QD=8.81048;RBI=0.0437568;REFB=-0.0236865;REVB=-0.031772;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.60507;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0212846;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:20:23:10:10:0.30303:6:4:5:15:6:4:6:17 chr11 120042087 . T C 72.62 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0150962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4822;QD=8.80274;RBI=0.0179919;REFB=-0.0137475;REVB=0.00978836;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174075;STB=0.60507;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0324859;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:6:17:6:4:6:17 chr11 120175749 . A G 1331.92 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336287;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3645;QD=61.2376;RBI=0.051712;REFB=0;REVB=0.0392842;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450963;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:81:87:1:47:34:0:0:51:36:0:0 chr11 120198093 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00117223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.805;QD=24.293;RBI=0.017822;REFB=-0.00861594;REVB=-0.0177834;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273118;STB=0.515238;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0054499;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:8:5:8:11:8:5 chr11 120292570 . T A 996.67 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.441;QD=58.6277;RBI=0.0520768;REFB=0;REVB=0.0236566;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01854e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:40:24:0:0:41:27:0:0 chr11 120330019 . T G 259.0 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0354182;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.099;QD=30.4707;RBI=0.041148;REFB=0.0234309;REVB=0.0209454;RO=11;SAF=3;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238959;STB=0.63335;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0113773;OID=.;OPOS=120330019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:11:11:23:23:0.676471:20:3:4:7:20:3:4:7 chr11 120347940 . A G 448.37 PASS AF=0.727273;AO=39;DP=54;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00666745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.88;QD=32.6086;RBI=0.0241456;REFB=0.0117586;REVB=-0.0232068;RO=15;SAF=21;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264458;STB=0.502278;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00419693;OID=.;OPOS=120347940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:15:15:39:40:0.727273:18:21:8:7:19:21:8:7 chr11 120745874 . C T 547.07 PASS AF=0.662162;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00286749;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.146;QD=29.5714;RBI=0.00867148;REFB=-0.0132618;REVB=-0.00818364;RO=25;SAF=30;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145227;STB=0.573004;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00973041;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:48:49:0.662162:18:30:10:15:19:30:10:15 chr11 120776001 . G A 920.91 PASS AF=1;AO=42;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.078;QD=58.4704;RBI=0.12357;REFB=0;REVB=0.120593;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314256;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:42:63:1:9:33:0:0:30:33:0:0 chr11 120823608 . G A 71.14 PASS AF=0.2;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0593012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.486;QD=5.17411;RBI=0.0605182;REFB=-0.012025;REVB=0.0120755;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706105;STB=0.518239;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0477763;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:52:55:41:44:11:11:0.2:5:6:20:21:5:6:23:21 chr11 120827609 . A G 689.18 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5424;QD=54.0531;RBI=0.0370011;REFB=0;REVB=-0.0100358;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160962;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:2:0:49:51:1:24:25:2:0:24:27:0:0 chr11 120989335 . A G 286.81 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00467205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.512;QD=31.006;RBI=0.0179512;REFB=-0.0236321;REVB=0.0173326;RO=12;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116133;STB=0.563928;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00771772;OID=.;OPOS=120989335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:8:17:6:6:8:17:6:6 chr11 120996292 . A G 778.91 PASS AF=0.715909;AO=62;DP=88;FAO=63;FDP=88;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000108941;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.983;QD=35.4052;RBI=0.00912109;REFB=-0.0258149;REVB=0.00912044;RO=25;SAF=29;SAR=33;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148846;STB=0.510312;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00863401;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:25:25:62:63:0.715909:33:29:11:14:33:30:11:14 chr11 121000774 . T C 347.22 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00299315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.587;QD=33.8752;RBI=0.0235726;REFB=-0.0231947;REVB=-0.0233818;RO=12;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109038;STB=0.55934;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00675553;OID=.;OPOS=121000774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:12:12:29:29:0.707317:16:13:3:9:16:13:3:9 chr11 121000784 . T C 376.55 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00972847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0816;QD=32.7434;RBI=0.0463421;REFB=-0.0109033;REVB=-0.0453095;RO=15;SAF=15;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902937;STB=0.549264;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00513745;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:16:15:5:10:16:15:5:10 chr11 121032978 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.392;QD=63.5819;RBI=0.0321452;REFB=0;REVB=0.0250266;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104769;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr11 121403229 . T C 1179.17 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.601;QD=60.4704;RBI=0.0385753;REFB=0;REVB=-0.00602813;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30808e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr11 121415958 . C T 162.32 PASS AF=0.207692;AO=27;DP=130;FAO=27;FDP=130;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0180323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.526;QD=4.99444;RBI=0.0332658;REFB=-0.0106837;REVB=-0.0279544;RO=103;SAF=13;SAR=14;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911377;STB=0.556777;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0380312;OID=.;OPOS=121415958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:103:103:27:27:0.207692:14:13:57:46:14:13:57:46 chr11 121437819 . C G,T 787.7 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=54,2;DP=56;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036221,-0.0432501;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.057,52.5884;QD=56.2645;RBI=0.0365676,0.0433546;REFB=0,0;REVB=-0.00502276,-0.00300893;RO=0;SAF=32,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.64875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000142149,0.0397881;OID=.,.;OPOS=121437819,121437819;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:0:0:54,2:55,1:0.982143,0.0178571:22,1:32,1:0:0:22,1:33,0:0:0 chr11 121448090 . T G 392.85 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=46;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0238786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.347;QD=33.4338;RBI=0.0243541;REFB=-0.00792577;REVB=-0.00478912;RO=15;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502011;STB=0.531895;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00424641;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:15:31:32:0.680851:16:15:6:9:16:16:6:9 chr11 121475922 . T A 394.4 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0188576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.567;QD=28.1713;RBI=0.0188688;REFB=-0.0176623;REVB=-0.000651447;RO=19;SAF=8;SAR=29;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204698;STB=0.612356;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0184814;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:29:8:9:10:29:8:9:10 chr11 121491782 . G A 1092.89 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.518;QD=59.8844;RBI=0.0298321;REFB=0;REVB=-0.0294954;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51366e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr11 122322268 . A C 332.51 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.0181413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8541;QD=10.7262;RBI=0.020487;REFB=-0.0027592;REVB=0.0095191;RO=82;SAF=12;SAR=30;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906952;STB=0.552535;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00566399;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:82:82:42:42:0.33871:30:12:29:53:30:12:29:53 chr11 122430682 . C A 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0136947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.143;QD=2.3579;RBI=0.0166738;REFB=-0.000266919;REVB=-0.0095115;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119569;STB=0.591124;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0014281;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:2:5:33:20:2:5:33:20 chr11 122665437 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.574;QD=57.7122;RBI=0.0329049;REFB=0;REVB=0.032811;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05656e-05;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr11 122681534 . A G 402.83 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000633546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.866;QD=48.8274;RBI=0.0045604;REFB=0.0019945;REVB=-0.00451618;RO=3;SAF=21;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713531;STB=0.538435;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000265899;OID=.;OPOS=122681534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:9:21:1:2:9:21:1:2 chr11 122738261 . A G 236.78 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0322843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.65;QD=26.3091;RBI=0.0322922;REFB=-0.0064704;REVB=0.00071515;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163779;STB=0.590826;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00446218;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:5:9:9:13:5:9 chr11 122742428 . T G 82.29 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0918335;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.283;QD=19.3625;RBI=0.0924938;REFB=-0.0291808;REVB=-0.0110319;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27786;STB=0.681477;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0286158;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:6:7:10:10:0.588235:4:6:1:5:4:6:1:6 chr11 123065683 . C T 197.13 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=47;FWDB=0.0758444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2666;QD=8.96042;RBI=0.0767358;REFB=-0.022304;REVB=-0.0116621;RO=62;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191321;STB=0.611573;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0819039;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:26:26:0.295455:16:10:15:47:16:10:15:47 chr11 123596703 . A C 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00644092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.359;QD=26.559;RBI=0.00856133;REFB=-0.0260247;REVB=0.00564012;RO=20;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525715;STB=0.502875;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0145109;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:12:23:13:7:12:23:13:7 chr11 123600475 . A G 804.71 PASS AF=0.702128;AO=63;DP=91;FAO=66;FDP=94;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.01071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2396;QD=34.243;RBI=0.0195776;REFB=0.0016788;REVB=0.0163884;RO=28;SAF=27;SAR=36;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102345;STB=0.559669;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000385144;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:28:28:63:66:0.702128:36:27:17:11:39:27:17:11 chr11 123676388 . G A 427.97 PASS AF=0.74;AO=36;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0170822;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.557;QD=34.2377;RBI=0.0243715;REFB=-0.0428314;REVB=0.017383;RO=13;SAF=10;SAR=26;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787181;STB=0.546285;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0160977;OID=.;OPOS=123676388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:50:50:13:13:36:37:0.74:26:10:2:11:26:11:2:11 chr11 123753937 . A G 616.78 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0142269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.201;QD=29.3704;RBI=0.0169027;REFB=0.00779221;REVB=-0.00912663;RO=30;SAF=36;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117831;STB=0.564078;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0049408;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:30:54:54:0.642857:18:36:15:15:18:36:15:15 chr11 123754844 . T C 970.99 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.13;QD=57.1169;RBI=0.0437048;REFB=-0.129506;REVB=0.0276986;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00460867;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:34:32:1:0:35:32:1:0 chr11 123777302 . T G 448.36 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0902897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.993;QD=26.7675;RBI=0.09029;REFB=-0.0173783;REVB=-0.000223631;RO=25;SAF=19;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725699;STB=0.543613;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0144964;OID=.;OPOS=123777302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:25:41:42:0.626866:22:19:9:16:22:20:9:16 chr11 123777412 . A G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0279781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.29;QD=27.2217;RBI=0.0352602;REFB=0.00802327;REVB=-0.0214594;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20391;STB=0.612809;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00570141;OID=.;OPOS=123777412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:9:15:5:10:9:15:5:10 chr11 123777497 . G A 376.35 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0289285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7901;QD=38.5999;RBI=0.0346756;REFB=-0.0197899;REVB=0.0191191;RO=9;SAF=16;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378588;STB=0.520534;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0082238;OID=.;OPOS=123777497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:9:9:30:30:0.769231:14:16:4:5:14:16:4:5 chr11 123777536 . G A 342.58 PASS AF=0.618182;AO=32;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0130095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6736;QD=24.9151;RBI=0.044538;REFB=-0.00552801;REVB=0.0425956;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120232;STB=0.552885;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0046263;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:21:32:34:0.618182:16:16:7:14:18:16:7:14 chr11 123777861 . T C 407.17 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00596096;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.704;QD=22.6205;RBI=0.00955683;REFB=-0.0144284;REVB=0.00746994;RO=32;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813212;STB=0.544733;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00982803;OID=.;OPOS=123777861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:32:40:40:0.555556:19:21:20:12:19:21:20:12 chr11 123777986 . T C 410.34 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0278859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.326;QD=26.4737;RBI=0.0301292;REFB=-0.0298721;REVB=-0.0114081;RO=23;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040141;STB=0.515905;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0181923;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:23:38:39:0.629032:22:16:11:12:22:17:11:12 chr11 123778031 . G A 280.39 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00738266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.512;QD=21.1613;RBI=0.00798888;REFB=-0.0125457;REVB=-0.00305262;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056103;STB=0.537287;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0101454;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:17:11:11:13:18:11:11:13 chr11 123778173 . T G 118.9 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.158933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3447;QD=22.6474;RBI=0.163107;REFB=-0.0111231;REVB=0.0366633;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463935;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00535217;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:7:8:12:13:0.619048:6:6:4:3:6:7:4:4 chr11 123847541 . AG A 90.38 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0624253;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6535;QD=6.82141;RBI=0.0790388;REFB=-0.0814093;REVB=-0.0484791;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0.625;SSEP=0;SSSB=-0.416219;STB=0.719522;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0884869;OID=.;OPOS=123847542;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:21:54:22:53:31:6:16:20:11:90:28:5:16:18:10 chr11 123886308 . A G 220.23 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0273728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6689;QD=20.4861;RBI=0.0526247;REFB=-0.0164984;REVB=0.0449454;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148028;STB=0.55691;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0225087;OID=.;OPOS=123886308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:21:22:0.511628:9:12:8:12:10:12:9:12 chr11 123886320 . A G 181.15 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00266146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.645;QD=16.4679;RBI=0.024313;REFB=-0.010757;REVB=0.0241669;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.548875;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0112373;OID=.;OPOS=123886320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:18:19:0.431818:9:9:13:11:10:9:14:11 chr11 123886352 . T C 54.49 PASS AF=0.32;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.018507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.055;QD=8.71844;RBI=0.0185352;REFB=-0.0158767;REVB=-0.0010218;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109349;STB=0.516089;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0309473;OID=.;OPOS=123886352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:25:25:12:17:5:8:0.32:2:3:6:6:5:3:6:11 chr11 123886865 . T A 988.87 PASS AF=0.641791;AO=86;DP=134;FAO=86;FDP=134;FR=.;FRO=48;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0273218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3692;QD=29.5185;RBI=0.0617266;REFB=-0.0225489;REVB=0.0553506;RO=48;SAF=49;SAR=37;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918878;STB=0.504962;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0191279;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:48:48:86:86:0.641791:37:49:28:20:37:49:28:20 chr11 123887184 . T G 286.78 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0227091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.094;QD=31.0035;RBI=0.0322155;REFB=-0.0091257;REVB=0.0228503;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168154;STB=0.591859;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00524687;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:2:10:14:11:2:10 chr11 123894136 . A G 287.68 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0361055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.879;QD=18.5601;RBI=0.0393357;REFB=-0.0185909;REVB=-0.0156104;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152099;STB=0.581101;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0339719;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:31:31:31:0.5:15:16:20:9:15:16:21:10 chr11 123894234 . A G 939.06 PASS AF=0.806818;AO=69;DP=88;FAO=71;FDP=88;FR=.;FRO=17;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0240323;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.677;QD=42.6846;RBI=0.025212;REFB=-0.0124797;REVB=0.00762197;RO=18;SAF=40;SAR=29;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347565;STB=0.525613;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00226415;OID=.;OPOS=123894234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:18:17:69:71:0.806818:29:40:12:6:30:41:12:5 chr11 123894402 . A G 359.42 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0323042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4549;QD=32.6748;RBI=0.116482;REFB=-0.0320345;REVB=0.111913;RO=13;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126954;STB=0.569332;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.013865;OID=.;OPOS=123894402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:21:10:7:6:21:10:7:6 chr11 123909073 . C G 724.95 PASS AF=0.705882;AO=60;DP=85;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0733858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9396;QD=34.1153;RBI=0.0742885;REFB=0.00378724;REVB=0.0115459;RO=25;SAF=28;SAR=32;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727123;STB=0.539172;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00208781;OID=.;OPOS=123909073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:25:25:60:60:0.705882:32:28:15:10:32:28:15:10 chr11 123909172 . G A 807.48 PASS AF=0.744186;AO=63;DP=86;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0262053;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.823;QD=37.5571;RBI=0.0518711;REFB=-0.0310688;REVB=0.0447649;RO=21;SAF=35;SAR=28;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300604;STB=0.523189;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0147813;OID=.;OPOS=123909172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:21:22:63:64:0.744186:28:35:13:8:29:35:14:8 chr11 123909342 . G A 717.45 PASS AF=0.728395;AO=58;DP=81;FAO=59;FDP=81;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0183514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6451;QD=35.4298;RBI=0.050058;REFB=-0.0299311;REVB=0.0465728;RO=22;SAF=33;SAR=25;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122199;STB=0.503816;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0120437;OID=.;OPOS=123909342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:22:22:58:59:0.728395:25:33:12:10:26:33:12:10 chr11 123909648 . GCC GCG,G 582.59 PASS AF=0.649123,0.210526;AO=37,10;DP=60;FAO=37,12;FDP=57;FR=.;FRO=8;FSAF=21,0;FSAR=16,12;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0068024,-0.0238301;FXX=0.065563;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=228.714,34.9313;QD=40.8834;RBI=0.0144886,0.0258211;REFB=-0.0652947,-0.107155;REVB=-0.0127925,0.00994276;RO=8;SAF=21,0;SAR=16,10;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0.346804;SSEP=0,0;SSSB=-0.149086,-0.851555;STB=0.579959,0.998999;STBP=0.034,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0218982,0.124935;OID=.,.;OPOS=123909650,123909649;OREF=C,CC;OALT=G,-;OMAPALT=GCG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.649123,0.210526:37,10:60:37,12:57:8:21,0:16,12:8:0:80:8:21,0:16,10:8:0 chr11 123909653 . G T 366.29 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00555403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9452;QD=21.868;RBI=0.00555426;REFB=-0.00984343;REVB=5.01775e-05;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24901;STB=0.603779;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0086681;OID=.;OPOS=123909653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:26:30:37:37:0.552239:16:21:6:20:16:21:10:20 chr11 123909656 . G A 398.85 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.000836177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.3975;QD=23.8118;RBI=0.00115548;REFB=-0.00448154;REVB=-0.000797458;RO=28;SAF=23;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228609;STB=0.625315;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0102172;OID=.;OPOS=123909656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:16:23:8:20:16:23:8:20 chr11 123909695 . G C 426.52 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00649099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.301;QD=27.5172;RBI=0.0223176;REFB=-0.0173452;REVB=-0.0213528;RO=21;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122925;STB=0.574962;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00831129;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:17:23:8:13:17:23:8:14 chr11 124005698 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0485698;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.199;QD=6.57206;RBI=0.0548608;REFB=-0.00685591;REVB=0.0255083;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151985;STB=0.59672;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0161193;OID=.;OPOS=124005698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:4:7:19:18:4:7:19:18 chr11 124006972 . G T 372.18 PASS AF=0.632653;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00287633;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.06;QD=30.382;RBI=0.0181291;REFB=-0.041112;REVB=0.0178994;RO=17;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116362;STB=0.543113;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0238451;OID=.;OPOS=124006972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:30:31:0.632653:18:12:4:13:19:12:5:13 chr11 124006993 . G A 310.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0359194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8088;QD=28.8489;RBI=0.0385082;REFB=-0.0210374;REVB=0.0138809;RO=16;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650009;STB=0.535689;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0136498;OID=.;OPOS=124006993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:18:9:4:12:18:9:4:12 chr11 124015994 . C T 629.4 PASS AF=0.776119;AO=52;DP=67;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0324239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.593;QD=37.5763;RBI=0.0361069;REFB=-0.0393223;REVB=-0.0158869;RO=15;SAF=24;SAR=28;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054035;STB=0.528991;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0132682;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:15:15:52:52:0.776119:28:24:5:10:28:24:5:10 chr11 124056377 . T C 823.14 PASS AF=0.692308;AO=72;DP=104;FAO=72;FDP=104;FR=.;FRO=32;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00115097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6039;QD=31.6593;RBI=0.0390016;REFB=-0.0118157;REVB=-0.0389847;RO=32;SAF=46;SAR=26;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137901;STB=0.574341;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00474114;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:32:32:72:72:0.692308:26:46:13:19:26:46:13:19 chr11 124056566 . G A 473.34 PASS AF=0.782609;AO=34;DP=44;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0642706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8999;QD=41.1602;RBI=0.0716159;REFB=-0.0297801;REVB=0.0315932;RO=10;SAF=14;SAR=20;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379594;STB=0.525112;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00823558;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:44:46:10:10:34:36:0.782609:20:14:5:5:22:14:5:5 chr11 124056732 . T G 520.08 PASS AF=0.766667;AO=39;DP=54;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0147687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1495;QD=34.672;RBI=0.0462945;REFB=-0.021886;REVB=0.0438755;RO=13;SAF=15;SAR=24;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109538;STB=0.538334;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00883737;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:54:60:13:14:39:46:0.766667:24:15:8:5:24:22:9:5 chr11 124056787 . G A 398.14 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00430322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9606;QD=35.3904;RBI=0.00500004;REFB=-0.0178475;REVB=0.00254613;RO=13;SAF=14;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286328;STB=0.515571;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00427645;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:18:14:5:8:18:14:5:8 chr11 124095414 . C G 179.59 PASS AF=0.191617;AO=32;DP=166;FAO=32;FDP=167;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=55;FWDB=-0.0063661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.948;QD=4.30155;RBI=0.0371928;REFB=0.00121506;REVB=0.0366439;RO=134;SAF=17;SAR=15;SRF=80;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085393;STB=0.550064;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0047284;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:134:135:32:32:0.191617:15:17:80:54:15:17:80:55 chr11 124095525 . T C 72.36 PASS AF=0.140187;AO=14;DP=106;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0337655;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.075;QD=2.70489;RBI=0.0338588;REFB=-0.00629406;REVB=0.00251191;RO=92;SAF=10;SAR=4;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143996;STB=0.55398;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0657984;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:106:107:92:92:14:15:0.140187:4:10:56:36:5:10:56:36 chr11 124095647 . A C 98.8 PASS AF=0.163793;AO=19;DP=116;FAO=19;FDP=116;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0218159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7407;QD=3.40705;RBI=0.0455511;REFB=-0.0170225;REVB=-0.0399871;RO=95;SAF=6;SAR=13;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231533;STB=0.653466;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0752461;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:116:116:95:97:19:19:0.163793:13:6:47:48:13:6:48:49 chr11 124120821 . T C 214.34 PASS AF=0.285714;AO=29;DP=104;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0294665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5172;QD=8.16546;RBI=0.113041;REFB=-0.0241763;REVB=0.109133;RO=75;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182298;STB=0.594397;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0640574;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:75:75:29:30:0.285714:13:16:30:45:14:16:30:45 chr11 124121199 . G C 832.28 PASS AF=0.625;AO=75;DP=122;FAO=75;FDP=120;FR=.;FRO=45;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00160628;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.807;QD=27.7426;RBI=0.0215694;REFB=-0.019825;REVB=0.0215095;RO=43;SAF=40;SAR=35;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303407;STB=0.508359;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0124288;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:43:45:75:75:0.625:35:40:21:22:35:40:23:22 chr11 124134743 . G A 265.35 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00267393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5005;QD=34.2383;RBI=0.099767;REFB=-0.0830564;REVB=-0.0997312;RO=8;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071217;STB=0.538889;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0201021;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:31:31:8:8:23:23:0.741935:9:14:6:2:9:14:6:2 chr11 124135009 . G A 322.84 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0470913;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.602;QD=20.4975;RBI=0.0472787;REFB=0.00128437;REVB=-0.00420563;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136466;STB=0.571387;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00238972;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:33:34:0.539683:17:16:9:19:17:17:10:19 chr11 124135438 . G A 674.81 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00717303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4802;QD=28.4128;RBI=0.0492538;REFB=-0.043571;REVB=-0.0487287;RO=32;SAF=32;SAR=27;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336948;STB=0.537058;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0518713;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:32:36:59:59:0.621053:27:32:19:13:27:32:23:13 chr11 124135481 . C T 558.4 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00593698;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5614;QD=25.3818;RBI=0.00727578;REFB=-0.0387956;REVB=0.00420586;RO=37;SAF=29;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000829983;STB=0.500454;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0349722;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:37:51:51:0.579545:22:29:21:16:22:29:21:16 chr11 124179835 . C T 1066.17 PASS AF=0.727273;AO=88;DP=121;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.017857;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2218;QD=35.2453;RBI=0.0527965;REFB=-0.0191395;REVB=-0.049685;RO=33;SAF=40;SAR=48;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924696;STB=0.549538;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00858803;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:33:33:88:88:0.727273:48:40:21:12:48:40:21:12 chr11 124180082 . A G 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00141785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.456;QD=30.5521;RBI=0.00234046;REFB=-0.0294835;REVB=-0.00186212;RO=7;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219182;STB=0.622074;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0115579;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:14:4:4:3:14:4:4:3 chr11 124180282 . A C 440.28 PASS AF=0.772727;AO=33;DP=43;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0246739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.175;QD=40.0257;RBI=0.0315805;REFB=-0.0250159;REVB=0.0197111;RO=10;SAF=21;SAR=12;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127409;STB=0.565313;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00376584;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:44:10:10:33:34:0.772727:12:21:9:1:12:22:9:1 chr11 124252422 . G A 99.45 PASS AF=0.245902;AO=13;DP=62;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00459169;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.789;QD=6.52133;RBI=0.0086839;REFB=-0.00246273;REVB=-0.00737065;RO=47;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403056;STB=0.783395;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00769708;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:47:46:13:15:0.245902:3:10:21:26:3:12:20:26 chr11 124252718 . G A 65.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0550851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3225;QD=10.8872;RBI=0.0664668;REFB=0.0287398;REVB=-0.037195;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510522;STB=0.804666;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0218422;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:11:4:7:2:11:4 chr11 124253147 . A G 124.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0174836;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9129;QD=7.92328;RBI=0.025087;REFB=-0.0382906;REVB=-0.0179911;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683173;STB=0.517627;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0940515;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:45:18:18:0.285714:12:6:17:27:12:6:16:29 chr11 124253161 . G A 59.98 PASS AF=0.185185;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00417401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.6289;QD=4.44268;RBI=0.00762571;REFB=-0.0147342;REVB=-0.00638194;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176774;STB=0.647878;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0362114;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:48:54:39:44:9:10:0.185185:5:4:12:27:5:5:14:30 chr11 124253170 . G A 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0356642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.648;QD=4.50876;RBI=0.0360753;REFB=0.000599962;REVB=0.005431;RO=42;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300398;STB=0.695817;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00581605;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:4:5:13:29:4:5:13:29 chr11 124253181 . T C 91.48 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.030284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.851;QD=8.31625;RBI=0.0341471;REFB=-0.00560292;REVB=-0.0157766;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11118;STB=0.543789;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0220007;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:32:32:11:12:0.272727:7:4:9:23:8:4:9:23 chr11 124266906 . C T 53.18 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0483444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.931;QD=4.62475;RBI=0.0564983;REFB=-0.00660113;REVB=-0.0292382;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370541;STB=0.739238;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0475481;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:46:46:37:37:9:9:0.195652:6:3:24:13:6:3:24:13 chr11 124266912 . A G 680.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371632;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.139;QD=60.5096;RBI=0.0433289;REFB=0.0427763;REVB=0.0222776;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00102828;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:0:1:16:28:0:1 chr11 124267177 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0977305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.753;QD=33.4285;RBI=0.100531;REFB=0;REVB=0.0235614;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791791;OID=.;OPOS=124267177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 124294236 . A G 180.79 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0153997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.065;QD=13.9067;RBI=0.0288616;REFB=-0.0167161;REVB=0.0244099;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579029;STB=0.533301;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0185311;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:16:15:9:12:16:15 chr11 124294703 . T C 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00951587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.686;QD=24.1899;RBI=0.0107689;REFB=-0.0358312;REVB=-0.00504157;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105799;STB=0.559897;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0213494;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:3:3:4:8:3:3 chr11 124310622 . A G 303.57 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0182713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.138;QD=39.1706;RBI=0.0270272;REFB=-0.0156954;REVB=-0.0199155;RO=6;SAF=9;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531362;STB=0.528902;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00555714;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:16:9:3:3:16:9:3:3 chr11 124311012 . GA G,GG 49.62 PASS AF=0.344828,0.0689655;AO=8,4;DP=29;FAO=10,2;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4,1;FSAR=6,1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0841375,-0.0270633;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.3747,16.6152;QD=6.84423;RBI=0.118145,0.0273546;REFB=-0.105511,-0.0955245;REVB=0.0829401,-0.00398116;RO=12;SAF=5,1;SAR=3,3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126983,-0.288654;STB=0.581924,0.526055;STBP=0.522,0.874;TYPE=del,snp;VARB=0.113123,0.0963149;OID=.,.;OPOS=124311013,124311013;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828,0.0689655:8,4:29:10,2:29:17:4,1:6,1:9:8:35:12:5,1:3,3:6:6 chr11 124440362 . C G 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0280177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.451;QD=5.82259;RBI=0.0312667;REFB=-0.00938105;REVB=0.0138786;RO=45;SAF=5;SAR=8;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361873;STB=0.723311;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0283464;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:8:5:31:14:8:5:31:14 chr11 124440617 . C T 936.59 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.292;QD=58.537;RBI=0.0199874;REFB=0;REVB=0.0132722;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54095e-06;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:27:34:0:0:28:36:0:0 chr11 124742365 . G A 459.41 PASS AF=0.614286;AO=42;DP=69;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0365138;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7486;QD=26.252;RBI=0.128813;REFB=-0.0211085;REVB=0.123529;RO=27;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100192;STB=0.558113;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0204332;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:27:27:42:43:0.614286:19:23:11:16:19:24:11:16 chr11 124747837 . G A 939.73 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.174;QD=56.9531;RBI=0.0357286;REFB=-0.120051;REVB=-0.0335308;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506171;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000732817;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:0:1:40:25:0:1 chr11 124766128 . A G 1983.85 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198594;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.911;QD=62.4835;RBI=0.0293132;REFB=0;REVB=-0.0215607;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81435e-05;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:126:127:1:71:55:0:0:72:55:0:0 chr11 124767067 . T C 182.68 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.034223;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6864;QD=38.4586;RBI=0.0342694;REFB=-0.130191;REVB=-0.00178274;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761434;STB=0.538418;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0086401;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:20:19:2:2:16:17:0.894737:5:11:2:0:5:12:2:0 chr11 124767125 . G A 236.89 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7039;QD=49.872;RBI=0.0881764;REFB=0;REVB=0.0581708;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040223;OID=.;OPOS=124767125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr11 124789755 . T C 1034.53 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172993;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.262;QD=59.9729;RBI=0.0194264;REFB=0;REVB=-0.0193492;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027811;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:26:41:0:0:26:43:0:0 chr11 124793682 . T C 762.29 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.11;QD=55.4394;RBI=0.0506021;REFB=0;REVB=0.0434333;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305935;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:27:27:0:1:28:27:0:0 chr11 124951311 . T C 321.92 PASS AF=0.5;AO=28;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00567225;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=235.385;QD=18.9363;RBI=0.00724222;REFB=-0.0186386;REVB=-0.00450282;RO=11;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088787;STB=0.559406;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0107594;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:11:34:28:34:0.5:15:13:7:4:16:18:22:12 chr11 124955032 . T C 380.01 PASS AF=0.789474;AO=29;DP=37;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.015911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0698;QD=40.001;RBI=0.0419151;REFB=-0.0519307;REVB=0.0387778;RO=8;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068769;STB=0.507038;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0144323;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:8:8:29:30:0.789474:15:14:4:4:16:14:4:4 chr11 124972208 . A G 125.67 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0241532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.595;QD=10.6953;RBI=0.0263273;REFB=-0.00604666;REVB=-0.0104762;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218503;STB=0.630081;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0180533;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:9:6:19:13:9:6:19:13 chr11 124972518 . A G 160.68 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0123821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4667;QD=6.98603;RBI=0.0893535;REFB=-0.00293734;REVB=0.0884914;RO=69;SAF=16;SAR=7;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241142;STB=0.647449;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0107064;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:69:23:23:0.25:7:16:35:34:7:16:35:34 chr11 124972522 . T C 166.55 PASS AF=0.263736;AO=23;DP=90;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.000797461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.309;QD=7.32106;RBI=0.0150818;REFB=-0.0156095;REVB=-0.0150607;RO=62;SAF=17;SAR=6;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234536;STB=0.645443;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0237303;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:62:67:23:24:0.263736:6:17:35:27:7:17:35:32 chr11 125003004 . A G 515.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.816;QD=58.9458;RBI=0.053567;REFB=0;REVB=0.010377;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190091;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:27:5:0:0:29:6:0:0 chr11 125301587 . T C 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.475;QD=59.4973;RBI=0.0593707;REFB=0;REVB=-0.0585347;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121353;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr11 125351472 . A T 228.18 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00397058;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.491;QD=27.658;RBI=0.00453326;REFB=-0.0212289;REVB=0.00218746;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233173;STB=0.628456;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0181824;OID=.;OPOS=125351472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:2:10:10:11:2:10 chr11 125365285 . T C 509.22 PASS AF=0.796296;AO=29;DP=55;FAO=43;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0393482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.018;QD=37.7198;RBI=0.0629675;REFB=-0.0422492;REVB=0.0491592;RO=12;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264903;STB=0.604602;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0125184;OID=.;OPOS=125365285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:54:12:11:29:43:0.796296:17:12:11:1:26:17:10:1 chr11 125443429 . T C 38.19 PASS AF=0.148936;AO=6;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0036472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.624;QD=3.25014;RBI=0.022122;REFB=-0.0079569;REVB=0.0218193;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145565;STB=0.547038;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.037204;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:47:47:37:40:6:7:0.148936:3:3:14:23:4:3:15:25 chr11 125452300 . A AC 403.51 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.8998;QD=35.8679;RBI=0.109701;REFB=0;REVB=0.0893703;RO=6;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0055631;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:45:45:45:0:21:24:0:0:7:6:19:20:2:4 chr11 125452313 . A G 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00395651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.148;QD=4.00459;RBI=0.0269347;REFB=-0.00691839;REVB=-0.0266425;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223595;STB=0.652891;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0412503;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:3:5:18:23:3:5:18:23 chr11 125479363 . G A 56.97 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0121582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.558;QD=3.12175;RBI=0.0156161;REFB=-0.00104072;REVB=-0.00979996;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957902;STB=0.565638;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00821123;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:73:62:62:11:11:0.150685:6:5:33:29:6:5:33:29 chr11 125479496 . C T 104.2 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0333182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.457;QD=5.08286;RBI=0.0372945;REFB=-0.00902896;REVB=-0.0167565;RO=65;SAF=8;SAR=9;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656215;STB=0.541498;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0371818;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:9:8:34:31:9:8:34:31 chr11 125525195 . A G 1677.73 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0254708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.329;QD=58.3559;RBI=0.0276011;REFB=-0.0450511;REVB=-0.010633;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.508619;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00077617;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:115:0:2:113:113:0.982609:56:57:0:0:56:57:2:0 chr11 125617610 . A G 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00342569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.235;QD=11.2597;RBI=0.0148217;REFB=-0.000685582;REVB=-0.0144204;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483676;STB=0.528033;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00115808;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:13:16:28:27:13:16:28:27 chr11 125648503 . G A 1171.68 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.75;QD=60.8665;RBI=0.0406337;REFB=0;REVB=0.0204478;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91306e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:30:45:0:0:30:47:0:0 chr11 125707761 . A C 402.08 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0206117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.832;QD=29.7839;RBI=0.0242622;REFB=-0.027618;REVB=-0.0127991;RO=17;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921035;STB=0.505007;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0153384;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:19:18:8:9:19:18:8:9 chr11 125708198 . C T 387.36 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0268675;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.812;QD=53.4292;RBI=0.0268747;REFB=-0.0449422;REVB=-0.000620042;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00433716;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:0:1:28:28:0.965517:10:18:0:0:10:18:0:1 chr11 125763746 . C G 1415.64 PASS AF=0.710843;AO=118;DP=167;FAO=118;FDP=166;FR=.;FRO=48;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0375248;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8971;QD=34.1118;RBI=0.0761589;REFB=-0.0382016;REVB=0.0662726;RO=47;SAF=73;SAR=45;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13963;STB=0.578024;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.014356;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:47:48:118:118:0.710843:45:73:17:30:45:73:17:31 chr11 125766044 . C A 769.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.607;QD=56.9804;RBI=0.0156567;REFB=0;REVB=-0.0126484;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79851e-06;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:23:31:0:0 chr11 125766173 . A C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.407;QD=62.9815;RBI=0.0678912;REFB=0;REVB=0.0238352;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025386;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr11 125770425 . A C 472.48 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0287581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.825;QD=26.6187;RBI=0.0306306;REFB=-0.00758268;REVB=0.0105454;RO=26;SAF=21;SAR=23;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899977;STB=0.555101;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00506795;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:44:44:0.619718:23:21:9:17:23:21:9:18 chr11 125788678 . T C 1880.05 PASS AF=0.714286;AO=154;DP=217;FAO=155;FDP=217;FR=.;FRO=62;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0238348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.7;QD=34.6554;RBI=0.0284007;REFB=-0.00346899;REVB=0.0154435;RO=61;SAF=69;SAR=85;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117289;STB=0.5028;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00114446;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:61:62:154:155:0.714286:85:69:26:35:86:69:27:35 chr11 125828488 . T G 54.11 PASS AF=0.7;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0164796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.684;QD=21.644;RBI=0.0841835;REFB=-0.180267;REVB=-0.0825547;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0205863;OID=.;OPOS=125828488;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:9:10:2:3:7:7:0.7:3:4:0:2:3:4:1:2 chr11 125828490 . A G 64.35 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050192;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9202;QD=32.1768;RBI=0.0977504;REFB=0.0847603;REVB=0.0838802;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00158784;OID=.;OPOS=125828490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr11 125830970 . A T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.992;QD=57.5444;RBI=0.0155892;REFB=0;REVB=0.000723917;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35126e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr11 126045822 . T C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.00343856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8411;QD=4.28868;RBI=0.0352215;REFB=-0.00928012;REVB=-0.0350532;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284662;STB=0.684606;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0380882;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:3:4:25:7:3:4:25:7 chr11 126074192 . A G 234.35 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0417924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.584;QD=8.15113;RBI=0.0570016;REFB=-0.000373644;REVB=0.0387632;RO=80;SAF=11;SAR=22;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132623;STB=0.588902;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00232926;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:82:33:33:0.286957:22:11:35:45:22:11:37:45 chr11 126081403 . T C 1379.8 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.341;QD=62.0135;RBI=0.0211044;REFB=0;REVB=0.0104158;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272534;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:32:55:0:0:34:55:0:0 chr11 126081500 . AGGGG AGGG,AGGGC,GAGGG 92.67 PASS AF=0.333333,0.0588235,0;AO=15,3,2;DP=51;FAO=17,3,0;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10,2,0;FSAR=7,1,0;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=-0.066905,0.0142408,-0.20306;FXX=0.0192271;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=16.1639,24.1482,59.0465;QD=7.26798;RBI=0.138854,0.0820565,0.2087;REFB=-0.0933809,-0.063636,-0.0161139;REVB=-0.121672,-0.0808113,-0.048191;RO=28;SAF=7,2,2;SAR=8,1,0;SRF=2;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.475503,0.682515,0.777768;STB=0.793398,0.919494,0.5;STBP=0.025,0.64,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.153388,0.0744827,0;OID=.,.,.;OPOS=126081501,126081504,126081500;OREF=G,G,AG;OALT=-,C,GA;OMAPALT=AGGG,AGGGC,GAGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:28:31:15,3,2:17,3,0:0.333333,0.0588235,0:8,1,0:7,2,2:2:26:7,1,0:10,2,0:3:28 chr11 126135973 . C T 97.21 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00167341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.486;QD=5.04969;RBI=0.017764;REFB=-0.00976164;REVB=-0.017685;RO=61;SAF=7;SAR=9;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229083;STB=0.643708;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0345813;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:61:61:16:16:0.207792:9:7:38:23:9:7:38:23 chr11 126139100 . T C 905.37 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.901;QD=56.5854;RBI=0.0725145;REFB=0.0539873;REVB=0.0631838;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-7.374e-05;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:0:1:27:36:0:1 chr11 126139313 . T A 659.0 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0300735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9176;QD=56.0851;RBI=0.0303749;REFB=-0.00962621;REVB=-0.00426837;RO=2;SAF=11;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780299;STB=0.53423;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00253585;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:47:47:2:3:44:44:0.93617:33:11:2:0:33:11:2:1 chr11 126151545 . G A 404.78 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.000899248;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.312;QD=36.7982;RBI=0.00895706;REFB=-0.00792372;REVB=0.0089118;RO=12;SAF=23;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195834;STB=0.510632;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00245909;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:44:12:12:32:32:0.727273:9:23:9:3:9:23:9:3 chr11 126162468 . G A 188.69 PASS AF=0.75;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0453431;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0663;QD=31.4481;RBI=0.0453706;REFB=-0.0953238;REVB=0.00157996;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384898;STB=0.559936;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0206383;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:25:24:6:6:17:18:0.75:10:7:2:4:11:7:1:5 chr11 126174038 . C T 519.89 PASS AF=0.826087;AO=37;DP=45;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00237231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.908;QD=45.2077;RBI=0.132642;REFB=0.0319014;REVB=0.132621;RO=8;SAF=21;SAR=16;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149086;STB=0.57996;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00267762;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:46:8:8:37:38:0.826087:16:21:8:0:17:21:8:0 chr11 126174164 . C T 159.0 PASS AF=0.296875;AO=13;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.000781197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4286;QD=9.93745;RBI=0.0777047;REFB=-0.0203811;REVB=0.0777007;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336395;STB=0.566941;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0806618;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:42:13:19:0.296875:4:9:16:23:9:10:18:24 chr11 126176578 . G A 1136.84 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.941;QD=59.0566;RBI=0.0266072;REFB=-0.141292;REVB=-0.0140695;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104009;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000723694;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:45:31:0:1:45:31:0:1 chr11 126201403 . T C 227.11 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.112609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0915;QD=21.1261;RBI=0.113314;REFB=0.00595301;REVB=0.0126205;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168711;STB=0.595594;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0154228;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:17:5:8:13:17:5:8:13 chr11 126228403 . G C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0147735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.996;QD=12.3074;RBI=0.0149304;REFB=-0.00196927;REVB=-0.00215846;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136307;STB=0.578955;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00276765;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:18:7:16:25:18:7:16:25 chr11 126294817 . G A,C 508.08 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=33,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139741,0.00350216;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.1743,137.116;QD=58.0658;RBI=0.0809206,0.0210468;REFB=0,0;REVB=0.0797049,-0.0207534;RO=0;SAF=21,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00203615,0.0642126;OID=.,.;OPOS=126294817,126294817;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:35:35:0:0:33,2:33,2:0.942857,0.0571429:12,2:21,0:0:0:12,2:21,0:0:0 chr11 126310119 . A G 179.29 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0113752;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.344;QD=12.5819;RBI=0.016845;REFB=-0.0169118;REVB=0.0124241;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193169;STB=0.594684;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.028431;OID=.;OPOS=126310119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:8:14:16:19:8:14:17:18 chr11 126310299 . T C 272.0 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0631108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8558;QD=31.9995;RBI=0.070797;REFB=0.0510329;REVB=0.0320818;RO=10;SAF=20;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786727;STB=0.546833;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0178066;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:23:24:0.705882:3:20:8:2:3:21:8:2 chr11 126870418 . C T 101.38 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0264786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3855;QD=6.87338;RBI=0.0475096;REFB=-0.00275676;REVB=-0.0394468;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169646;STB=0.602815;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00594868;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:6:9:32:12:6:9:32:12 chr11 128638216 . TGGGGGGGCA TGGGGGCA,TGGGGGGCA,TGGGGGGCAG 197.03 PASS AF=0.030303,0.787879,0;AO=16,22,3;DP=65;FAO=2,52,0;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=2,15,0;FSAR=0,37,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0207946,-0.0410224,0.0177325;FXX=0.0294074;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,3;MLLD=10.9206,7.50154,10.022;QD=11.9413;RBI=0.0392442,0.0744946,0.0191986;REFB=0.0132191,0.0208609,-0.0433687;REVB=0.033282,0.0621821,-0.00735841;RO=14;SAF=6,8,0;SAR=10,14,3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0463574,-0.048372,-0.604068;STB=0.994326,0.546395,0.5;STBP=0.185,0.148,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0207798,-0.0278565,0;OID=.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638223;OREF=GG,G,GCA;OALT=-,-,CAG;OMAPALT=TGGGGGCA,TGGGGGGCA,TGGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.030303,0.787879,0:16,22,3:65:2,52,0:66:12:2,15,0:0,37,0:6:6:26:14:6,8,0:10,14,3:6:8 chr11 128675292 . T A 1685.95 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0353059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.632;QD=57.6394;RBI=0.0407993;REFB=0.00196549;REVB=0.0204469;RO=3;SAF=61;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101903;STB=0.505194;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-8.45852e-05;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:113:114:0.974359:52:61:1:2:53:61:1:2 chr11 128781339 . T C 1750.02 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311436;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.482;QD=60.8703;RBI=0.032529;REFB=0;REVB=0.00939192;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73848e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:114:115:1:51:63:0:0:51:64:0:0 chr11 128781978 . T G 834.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8319;QD=57.5266;RBI=0.0481735;REFB=0;REVB=0.0228846;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670625;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr11 128782002 . T C 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00050834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.18;QD=60.8811;RBI=0.0128699;REFB=0;REVB=0.0128599;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46797e-05;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr11 128782012 . C G 1157.35 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00450172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8048;QD=59.351;RBI=0.0426358;REFB=0.0591452;REVB=-0.0423975;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996436;STB=0.505262;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000653032;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:30:47:1:0:30:47:1:0 chr11 128787554 . C T 175.28 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2403;QD=46.7413;RBI=0.0670445;REFB=0;REVB=-0.0133471;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157056;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 128804955 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9937;QD=50.4134;RBI=0.042311;REFB=0;REVB=-0.00728244;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363143;OID=.;OPOS=128804955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:7:9:0:0:8:11:0:0 chr11 128805548 . G A 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00877749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.288;QD=5.18072;RBI=0.0202674;REFB=0.00363716;REVB=0.018268;RO=45;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169174;STB=0.601813;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0393643;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:45:49:13:13:0.209677:6:7:18:27:6:7:20:29 chr11 128805557 . T C 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0250041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.891;QD=4.67766;RBI=0.0250256;REFB=-0.0156563;REVB=0.00103869;RO=48;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226783;STB=0.627399;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0511558;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:48:53:13:13:0.19697:6:7:17:31:6:7:20:33 chr11 128814046 . C T 743.8 PASS AF=0.666667;AO=61;DP=94;FAO=62;FDP=93;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0136216;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.722;QD=31.9913;RBI=0.0191948;REFB=-0.032523;REVB=0.0135238;RO=30;SAF=35;SAR=26;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251036;STB=0.516328;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.017112;OID=.;OPOS=128814046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:30:31:61:62:0.666667:26:35:16:14:27:35:16:15 chr11 128868239 . T C 1189.37 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00490479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.241;QD=57.3192;RBI=0.00514669;REFB=0.04408;REVB=0.00155931;RO=3;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359169;STB=0.518983;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0011907;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:38:42:0:3:38:42:0:3 chr11 129072915 . C G 766.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0907;QD=63.8356;RBI=0.0235834;REFB=0;REVB=0.0227251;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359862;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr11 129312660 . C T 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4872;QD=57.1712;RBI=0.0302442;REFB=0;REVB=-0.0077734;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220089;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr11 129321066 . C T 739.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.714;QD=56.8933;RBI=0.0152696;REFB=0;REVB=0.0151931;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7892e-05;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr11 129321818 . T G 205.37 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.467;QD=48.3214;RBI=0.0448115;REFB=0;REVB=0.0211787;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249035;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:5:10:0:0:6:11:0:0 chr11 129729775 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00543447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.801;QD=20.8977;RBI=0.0311217;REFB=-0.0466261;REVB=0.0306436;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141787;STB=0.5831;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00249537;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:3:1:1:7:3:1 chr11 129746707 . G T 1051.82 PASS AF=0.758929;AO=85;DP=116;FAO=85;FDP=112;FR=.;FRO=27;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.00923426;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.018;QD=37.5651;RBI=0.0452257;REFB=-0.0219304;REVB=0.0442729;RO=24;SAF=53;SAR=32;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754357;STB=0.550321;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00885643;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:112:24:27:85:85:0.758929:32:53:19:5:32:53:22:5 chr11 129754644 . A G 401.59 PASS AF=0.695652;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0225633;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.443;QD=34.9208;RBI=0.0274435;REFB=-0.00405767;REVB=0.0156218;RO=15;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489532;STB=0.519219;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00259184;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:14:31:32:0.695652:14:17:7:8:14:18:7:7 chr11 129775599 . C T 359.61 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0382888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0743;QD=37.8533;RBI=0.0487094;REFB=-0.0236332;REVB=0.0301093;RO=9;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457866;STB=0.524821;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00639031;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:20:9:2:7:20:9:2:7 chr11 129784656 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0299975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.328;QD=10.4723;RBI=0.0331896;REFB=-0.0181037;REVB=-0.014202;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144444;STB=0.588074;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.029622;OID=.;OPOS=129784656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:6:18:10:2:6:18 chr11 129785615 . C T 525.22 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00243777;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.496;QD=51.2408;RBI=0.0100392;REFB=0.0847827;REVB=-0.00973877;RO=3;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476896;STB=0.541585;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00317275;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:41:3:4:37:37:0.902439:13:24:1:2:13:24:1:3 chr11 129794950 . T C 164.01 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0162591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9847;QD=7.62816;RBI=0.0368405;REFB=-0.00759313;REVB=0.0330585;RO=62;SAF=7;SAR=16;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299394;STB=0.675437;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0178975;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:63:23:23:0.267442:16:7:34:28:16:7:34:29 chr11 129801043 . C T 1749.7 PASS AF=0.967213;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0232104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5129;QD=57.3671;RBI=0.0232139;REFB=-0.000234041;REVB=-0.000398273;RO=3;SAF=42;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157863;STB=0.513543;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-6.48839e-05;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:122:3:4:117:118:0.967213:75:42:2:1:75:43:3:1 chr11 129817221 . A G 190.47 PASS AF=0.247863;AO=29;DP=118;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0382239;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1966;QD=6.51171;RBI=0.0383681;REFB=-0.00679419;REVB=0.00332285;RO=88;SAF=16;SAR=13;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639987;STB=0.503873;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0197476;OID=.;OPOS=129817221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:88:88:29:29:0.247863:13:16:49:39:13:16:49:39 chr11 129830796 . C T 716.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170488;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.471;QD=57.2831;RBI=0.0200848;REFB=0;REVB=0.0106177;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116221;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr11 129873028 . C T 1522.36 PASS AF=0.738095;AO=125;DP=168;FAO=124;FDP=168;FR=.;FRO=44;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.019895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7757;QD=36.2467;RBI=0.020115;REFB=-0.0615049;REVB=0.00296678;RO=42;SAF=58;SAR=67;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282708;STB=0.508473;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.020953;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:42:44:125:124:0.738095:67:58:22:20:66:58:22:22 chr11 129970126 . C T 143.3 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00774658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7094;QD=6.82383;RBI=0.0324072;REFB=-0.0169435;REVB=-0.0314677;RO=63;SAF=8;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157613;STB=0.596238;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0410831;OID=.;OPOS=129970126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:13:8:32:31:13:8:32:31 chr11 130010313 . G A 157.24 PASS AF=0.275;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0478249;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0925;QD=7.86192;RBI=0.0620437;REFB=-0.00308801;REVB=0.0395247;RO=59;SAF=5;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328687;STB=0.704574;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0107256;OID=.;OPOS=130010313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:59:58:22:22:0.275:17:5:28:31:17:5:28:30 chr11 130066335 . C T 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233287;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.564;QD=52.6748;RBI=0.0233886;REFB=0;REVB=0.00167323;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219656;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr11 130271678 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.412;QD=58.5866;RBI=0.0382821;REFB=0;REVB=0.02968;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256377;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 130281488 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.921;QD=58.1416;RBI=0.0345561;REFB=0;REVB=0.0336426;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206605;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 130339312 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.728;QD=50.4115;RBI=0.00887706;REFB=0;REVB=0.00320416;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74603e-05;OID=.;OPOS=130339312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 130542882 . C T 772.42 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.040568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5195;QD=61.7935;RBI=0.0430639;REFB=-0.0143133;REVB=0.0144477;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00289849;OID=.;OPOS=130542882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:18:31:0:1:18:31:0:1 chr11 130716926 . C T 55.03 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00852524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.411;QD=4.07602;RBI=0.0345643;REFB=-0.00547974;REVB=-0.0334965;RO=44;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205679;STB=0.654796;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0264526;OID=.;OPOS=130716926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:54:44:45:9:9:0.166667:2:7:28:16:2:7:28:17 chr11 130750642 . A C 1463.34 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000468754;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.706;QD=62.9392;RBI=0.0134371;REFB=0;REVB=0.0134289;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759676;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:90:93:1:46:44:0:0:49:44:0:0 chr11 130775688 . C T 1214.36 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.176;QD=60.7181;RBI=0.0637943;REFB=0;REVB=0.0355377;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117579;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:72:80:1:46:26:0:0:47:33:0:0 chr11 130775782 . C T 1088.95 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=84;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00665008;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.453;QD=52.4798;RBI=0.0324909;REFB=-0.0666904;REVB=0.031803;RO=7;SAF=31;SAR=45;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267818;STB=0.514198;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00209512;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:84:83:7:7:76:76:0.915663:45:31:4:3:45:31:4:3 chr11 130776524 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.431;QD=57.6763;RBI=0.0306485;REFB=0;REVB=0.00719967;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195636;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 130776613 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1375;QD=55.6522;RBI=0.00379985;REFB=0;REVB=-0.00114718;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2334e-05;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr11 130780015 . C T 989.95 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0094206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.912;QD=54.9972;RBI=0.0328616;REFB=-0.103807;REVB=0.0314824;RO=2;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606353;STB=0.502537;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00138345;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:42:27:1:1:42:27:1:2 chr11 130780225 . C A 1147.7 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2876;QD=58.1116;RBI=0.125519;REFB=-0.0107109;REVB=0.0152454;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037377;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:79:0:0:76:79:1:46:30:0:0:47:32:0:0 chr11 130784754 . C G 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143111;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8502;QD=51.26;RBI=0.0224882;REFB=0;REVB=0.0173469;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72522e-05;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr11 130784971 . C G 680.02 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.795;QD=61.8196;RBI=0.0681111;REFB=0;REVB=0.0625406;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480312;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:16:25:0:0:19:25:0:0 chr11 131531000 . T C 2293.46 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.949;QD=63.2678;RBI=0.0112207;REFB=0;REVB=0.00945473;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58777e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:145:0:0:134:145:1:70:64:0:0:75:70:0:0 chr11 131531015 . T G 2623.69 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252936;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.782;QD=62.0991;RBI=0.0314789;REFB=0;REVB=-0.0187391;RO=0;SAF=81;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12157e-06;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:168:169:1:87:81:0:0:88:81:0:0 chr11 131531223 . A G 1362.3 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0117724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8099;QD=61.2269;RBI=0.0120313;REFB=-0.0359575;REVB=-0.00248204;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108931;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00574824;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:45:43:1:0:45:43:1:0 chr11 131531564 . A T 1646.47 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132802;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.229;QD=59.3322;RBI=0.058954;REFB=-0.0190728;REVB=-0.0574388;RO=1;SAF=56;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840219;STB=0.504424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.08868e-07;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:54:56:1:0:54:56:1:0 chr11 131531720 . C T 828.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000733044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.338;QD=57.1223;RBI=0.0170728;REFB=0;REVB=0.017057;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30132e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr11 132177633 . A C 1241.24 PASS AF=1;AO=77;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.665;QD=60.5485;RBI=0.012536;REFB=0;REVB=-0.00406896;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278604;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:77:82:1:42:35:0:0:44:38:0:0 chr11 133714522 . G A 681.06 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114284;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8222;QD=61.9149;RBI=0.115092;REFB=0;REVB=0.0136156;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488589;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr11 133806061 . C CG 36.48 PASS AF=0.107143;AO=15;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0761726;FXX=0.0117633;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.2002;QD=1.73701;RBI=0.0794946;REFB=-0.00757827;REVB=-0.0227404;RO=69;SAF=5;SAR=10;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287805;STB=0.897109;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.128508;OID=.;OPOS=133806062;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107143:15:84:9:84:75:1:8:43:32:36:69:5:10:39:30 chr11 133815981 . C G 410.96 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.667;QD=56.6843;RBI=0.0863016;REFB=0;REVB=0.0756837;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289618;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:19:29:1:13:6:0:0:20:9:0:0 chr11 134018656 . T C 1645.67 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104383;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.411;QD=60.3917;RBI=0.0350136;REFB=0;REVB=0.0334215;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104302;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr11 134021477 . G T 90.67 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0115829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.611;QD=6.71601;RBI=0.0372073;REFB=-0.0113507;REVB=-0.0353584;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370897;STB=0.508293;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0385176;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:39:41:13:13:0.240741:4:9:28:11:4:9:28:13 chr11 134047243 . T C 2347.59 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6858;QD=60.9763;RBI=0.0402151;REFB=0;REVB=-0.0210886;RO=0;SAF=85;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141033;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:68:85:0:0:69:85:0:0 chr11 134073019 . A T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.014183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.849;QD=14.0438;RBI=0.0148419;REFB=0.0080645;REVB=0.00437316;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00649519;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr11 134147109 . GC G,GT 31.65 PASS AF=0.25,0.05;AO=16,2;DP=40;FAO=10,2;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4,2;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0603801,0.0175435;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.18503,97.1825;QD=3.16471;RBI=0.120841,0.0232468;REFB=-0.141644,-0.00978057;REVB=-0.104675,-0.0152526;RO=19;SAF=5,2;SAR=11,0;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16392,0.526746;STB=0.505484,0.995695;STBP=0.993,0.094;TYPE=del,snp;VARB=0.175434,-0.0139086;OID=.,.;OPOS=134147110,134147110;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.05:16,2:40:10,2:40:28:4,2:6,0:11:17:22:19:5,2:11,0:9:10 chr11 134151975 . G C 728.29 PASS AF=0.575;AO=65;DP=116;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0135507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.352;QD=24.2764;RBI=0.020712;REFB=-0.0222798;REVB=0.0156642;RO=51;SAF=33;SAR=32;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203403;STB=0.595874;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0172825;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:51:51:65:69:0.575:32:33:13:38:36:33:13:38 chr11 134182375 . G A 1071.41 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129568;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.983;QD=58.7075;RBI=0.0814535;REFB=-0.126182;REVB=0.0804164;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00103145;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:31:41:0:0:31:41:1:0 chr11 134208765 . T C 316.54 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0156535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1853;QD=38.3678;RBI=0.0508608;REFB=-0.0383076;REVB=-0.048392;RO=7;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350571;STB=0.519069;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0162757;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:17:9:3:4:17:9:3:4 chr11 134208908 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1354;QD=43.0157;RBI=0.0393125;REFB=0.0321766;REVB=-0.0190042;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00150935;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr12 92920 . C G 79.38 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0947256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4159;QD=24.4239;RBI=0.10641;REFB=-0.0796816;REVB=0.0484778;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.639689;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.027397;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:2:3:9:10:0.769231:2:7:0:2:2:8:1:2 chr12 235022 . C T 340.27 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.562;QD=48.6092;RBI=0.0176412;REFB=-0.0316136;REVB=-0.0128797;RO=2;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131832;STB=0.57137;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000186021;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:6:20:0:2:6:20:0:2 chr12 284057 . GT G,GC 372.47 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,23;DP=26;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891548,0.0786628;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.452,82.6638;QD=55.1808;RBI=0.0897709,0.0817403;REFB=0,0;REVB=-0.0104999,-0.022218;RO=0;SAF=2,4;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.133562,-0.00434523;OID=.,.;OPOS=284058,284058;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,23:26:1,26:27:0:0,6:1,20:0:0:5:0:2,4:1,19:0:0 chr12 311949 . A G 369.25 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0464767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9257;QD=22.3785;RBI=0.0465834;REFB=-0.00719868;REVB=0.00315149;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121222;STB=0.566632;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00771832;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:9:20:20:17:9:20 chr12 319111 . T C 819.94 PASS AF=0.604839;AO=74;DP=123;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0100928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.968;QD=26.4498;RBI=0.0112821;REFB=-0.0307481;REVB=0.00504195;RO=47;SAF=40;SAR=34;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399323;STB=0.526263;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0172911;OID=.;OPOS=319111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:47:49:74:75:0.604839:34:40:28:19:34:41:30:19 chr12 319125 . A G 588.47 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0140409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4017;QD=23.3056;RBI=0.0415304;REFB=0.00264804;REVB=-0.0390849;RO=44;SAF=29;SAR=28;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473538;STB=0.525904;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00190984;OID=.;OPOS=319125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:44:57:57:0.564356:28:29:25:19:28:29:25:19 chr12 368953 . T C 423.8 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.0155268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3819;QD=21.1899;RBI=0.0212774;REFB=0.00521246;REVB=0.0145481;RO=37;SAF=32;SAR=10;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940799;STB=0.555531;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00468162;OID=.;OPOS=368953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:10:32:31:6:10:32:32:6 chr12 406292 . G A 436.51 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00409504;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.802;QD=21.0368;RBI=0.0163274;REFB=-0.0281542;REVB=-0.0158055;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059557;STB=0.532898;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0214136;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:24:19:15:25:24:19:15:25 chr12 427575 . A G 592.77 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00211345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1497;QD=30.0137;RBI=0.0136601;REFB=0.0303205;REVB=-0.0134956;RO=27;SAF=20;SAR=32;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344585;STB=0.518665;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0153844;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:27:52:52:0.658228:32:20:9:18:32:20:9:18 chr12 463248 . G C 163.17 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0124985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.758;QD=8.26172;RBI=0.0331794;REFB=-0.00513954;REVB=-0.0307354;RO=54;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142102;STB=0.595987;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0281462;OID=.;OPOS=463248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:56:23:23:0.291139:10:13:24:30:10:13:24:32 chr12 496439 . A T 204.27 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00489007;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=335.835;QD=10.3427;RBI=0.00619162;REFB=0.00152322;REVB=-0.00379781;RO=53;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120778;STB=0.570245;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00315996;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:53:53:26:26:0.329114:14:12:19:34:14:12:19:34 chr12 644337 . G A 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00426096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9656;QD=15.2019;RBI=0.0141052;REFB=-0.00298952;REVB=-0.0134462;RO=58;SAF=23;SAR=17;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10651;STB=0.560013;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00336633;OID=.;OPOS=644337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:17:23:39:19:17:23:39:19 chr12 657404 . G A 88.58 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00869625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.365;QD=5.62438;RBI=0.0264629;REFB=-0.0106114;REVB=-0.0249932;RO=48;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274474;STB=0.664198;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0236812;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:62:63:48:49:14:14:0.222222:5:9:20:28:5:9:21:28 chr12 661656 . A G 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00566869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.492;QD=26.5128;RBI=0.0402529;REFB=0.0378045;REVB=0.0398518;RO=19;SAF=21;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127342;STB=0.507037;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.033991;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:6:21:15:4:6:21:15:4 chr12 662448 . T C 2052.56 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381188;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.415;QD=62.6734;RBI=0.0513257;REFB=0;REVB=0.0343699;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53348e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr12 662838 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.028605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.249;QD=10.0749;RBI=0.0295114;REFB=-0.00156709;REVB=-0.00725789;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420621;STB=0.764832;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0020534;OID=.;OPOS=662838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:6:8:7:1:6:8 chr12 862989 . T C 1227.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3282;QD=61.3708;RBI=0.0765182;REFB=0;REVB=-0.0349443;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747596;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:24:56:0:0:24:56:0:0 chr12 939302 . A G 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636543;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.722;QD=63.8821;RBI=0.0644408;REFB=0;REVB=-0.0100374;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233393;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr12 974326 . G C 171.14 PASS AF=0.244898;AO=21;DP=96;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.015674;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.041;QD=6.98517;RBI=0.0163026;REFB=-0.0146586;REVB=0.00448339;RO=72;SAF=7;SAR=14;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260927;STB=0.657402;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0577104;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:72:74:21:24:0.244898:14:7:39:33:16:8:40:34 chr12 974355 . T TC 50.89 PASS AF=0.25;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.10961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.8791;QD=2.67866;RBI=0.113122;REFB=-0.0349626;REVB=-0.0279714;RO=59;SAF=3;SAR=16;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443957;STB=0.766626;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0485688;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:19:78:19:76:57:3:16:26:31:50:59:3:16:28:31 chr12 974404 . T C 133.65 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00765659;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.835;QD=8.48569;RBI=0.0101886;REFB=-0.014926;REVB=-0.0067219;RO=46;SAF=1;SAR=17;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509186;STB=0.688231;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0381046;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:46:44:18:19:0.301587:17:1:13:33:17:2:11:33 chr12 978199 . C T 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=9.87389e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.868;QD=19.618;RBI=0.00509113;REFB=-0.0146373;REVB=0.00509017;RO=35;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146087;STB=0.587926;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0135419;OID=.;OPOS=978199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:22:15:20:15:22:15:21:15 chr12 987482 . G A 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.283;QD=58.1342;RBI=0.036253;REFB=0;REVB=-0.0316878;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68363e-05;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr12 988894 . G A 97.0 PASS AF=0.392857;AO=8;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0460243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.431;QD=13.8572;RBI=0.046652;REFB=-0.0348019;REVB=-0.00762731;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541663;STB=0.848471;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0562958;OID=.;OPOS=988894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:28:15:16:8:11:0.392857:2:6:3:12:2:9:3:13 chr12 990912 . A C 1330.02 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.145;QD=61.1501;RBI=0.0216616;REFB=0;REVB=0.0138197;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37339e-05;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:38:45:0:0:39:48:0:0 chr12 993930 . C T 261.36 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0131466;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6676;QD=24.8916;RBI=0.0131749;REFB=-0.0196132;REVB=-0.000862505;RO=17;SAF=2;SAR=21;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333153;STB=0.656096;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0141434;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:18:23:24:0.571429:21:2:5:12:21:3:6:12 chr12 994487 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.846;QD=61.3364;RBI=0.0171786;REFB=0;REVB=-0.00926476;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31766e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr12 998365 . G T 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0211904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3161;QD=13.8986;RBI=0.0229479;REFB=-0.0102838;REVB=0.00880767;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552404;STB=0.531619;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0134832;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:13:21:16:8:13:21 chr12 1017197 . C T 356.05 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4921;QD=54.777;RBI=0.0774468;REFB=0;REVB=0.00349884;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103512;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr12 1020506 . C CACTA 450.91 PASS AF=0.55;AO=42;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0134037;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=208.41;QD=22.5453;RBI=0.0176293;REFB=-0.0194156;REVB=0.0114515;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500561;STB=0.527385;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=0.0122363;OID=.;OPOS=1020507;OREF=-;OALT=ACTA;OMAPALT=CACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:42:81:44:80:36:23:21:21:15:99:36:22:20:21:15 chr12 1038978 . C CT 200.43 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00765592;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.626;QD=10.6893;RBI=0.0107884;REFB=-0.0193949;REVB=0.00760104;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01264;STB=0.548783;STBP=0.523;TYPE=ins;VARB=0.0310909;OID=.;OPOS=1038979;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426667:30:76:32:75:43:13:19:14:29:99:45:11:19:16:29 chr12 1553797 . A G 368.46 PASS AF=0.278689;AO=51;DP=185;FAO=51;FDP=183;FR=.;FRO=132;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.0124423;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0728;QD=8.05384;RBI=0.0198004;REFB=-0.00899151;REVB=0.0154027;RO=124;SAF=33;SAR=18;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163039;STB=0.598104;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0224674;OID=.;OPOS=1553797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:124:132:51:51:0.278689:18:33:64:60:18:33:68:64 chr12 1893170 . C T 1135.81 PASS AF=0.590909;AO=104;DP=176;FAO=104;FDP=176;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0221071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.636;QD=25.8138;RBI=0.0241411;REFB=-0.0134122;REVB=-0.00969894;RO=71;SAF=47;SAR=57;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970675;STB=0.502645;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00797909;OID=.;OPOS=1893170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:71:72:104:104:0.590909:57:47:33:38:57:47:33:39 chr12 1902766 . T G 862.4 PASS AF=0.475676;AO=87;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.012024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.314;QD=18.6464;RBI=0.0135987;REFB=-0.00583203;REVB=-0.00635215;RO=95;SAF=57;SAR=30;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108316;STB=0.563092;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00622472;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:95:97:87:88:0.475676:30:57:52:43:30:58:53:44 chr12 1995403 . T C 2118.32 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.46;QD=62.3036;RBI=0.0785413;REFB=0;REVB=0.0776268;RO=1;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63447e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:1:0:135:136:1:64:71:0:1:65:71:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 278.76 PASS AF=0.537037;AO=22;DP=83;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0342527;FXX=0.129011;HRUN=2;LEN=3;MLLD=120.774;QD=20.6489;RBI=0.0462498;REFB=-0.109096;REVB=0.0310773;RO=55;SAF=10;SAR=12;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215452;STB=0.645477;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0876304;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537037:22:83:29:54:25:14:15:20:5:99:55:10:12:35:20 chr12 2750919 . A G 308.12 PASS AF=0.322581;AO=39;DP=123;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00134124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.214;QD=9.93941;RBI=0.016552;REFB=0.000701815;REVB=0.0164976;RO=84;SAF=17;SAR=22;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144422;STB=0.5738;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000891145;OID=.;OPOS=2750919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:84:84:39:40:0.322581:22:17:47:37:22:18:47:37 chr12 2788879 . G A 487.1 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00111519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.035;QD=27.0612;RBI=0.0202051;REFB=-0.0351246;REVB=0.0201743;RO=27;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357198;STB=0.519472;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0130721;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:24:21:14:13:24:21:14:13 chr12 2791130 . C T 531.6 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0310338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.543;QD=22.8644;RBI=0.031304;REFB=-0.0157715;REVB=0.00410372;RO=42;SAF=28;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699187;STB=0.544024;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00868005;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:50:50:0.537634:22:28:20:22:22:28:20:23 chr12 2791132 . A G 548.05 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0138141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.535;QD=23.5722;RBI=0.0152608;REFB=-0.0139604;REVB=-0.00648541;RO=41;SAF=28;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696353;STB=0.543672;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.016886;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:23:28:19:22:23:28:19:23 chr12 2791205 . A G 1401.72 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.895;QD=59.6479;RBI=0.0253835;REFB=-0.169112;REVB=0.00605693;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000618446;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:90:93:0.989362:53:37:0:0:53:40:1:0 chr12 2801469 . C CT 167.5 PASS AF=0.406897;AO=43;DP=153;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=23;FWDB=-0.0206388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0032;QD=4.6207;RBI=0.0217701;REFB=-0.0314077;REVB=0.00692664;RO=91;SAF=36;SAR=7;SRF=64;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230383;STB=0.502816;STBP=0.972;TYPE=ins;VARB=-0.0114184;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406897:43:153:59:145:86:43:16:63:23:99:91:36:7:64:27 chr12 2929282 . G C 125.46 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0151665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9385;QD=7.06834;RBI=0.0343512;REFB=-0.0231447;REVB=0.0308217;RO=48;SAF=13;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203649;STB=0.639849;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0772978;OID=.;OPOS=2929282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:52:19:19:0.267606:6:13:25:23:6:13:26:26 chr12 2964241 . GTTTTG GTTT,GTTTG 30.65 PASS AF=0,0.333333;AO=3,7;DP=25;FAO=0,8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0550115,-0.193615;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=178.767,15.5163;QD=5.10776;RBI=0.0550277,0.206874;REFB=-0.000917309,-0.137305;REVB=0.0013354,0.0728695;RO=13;SAF=3,5;SAR=0,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.671217,0.34615;STB=0.5,0.584891;STBP=1,0.615;TYPE=del,del;VARB=0,0.14862;OID=.,.;OPOS=2964245,2964242;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:3,7:25:0,8:24:16:0,5:0,3:8:8:31:13:3,5:0,2:5:8 chr12 2968458 . T C 518.66 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0993831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.895;QD=59.2753;RBI=0.10047;REFB=0;REVB=-0.0147417;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198908;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr12 2974497 . C T 160.55 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.020985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.997;QD=18.349;RBI=0.022695;REFB=0.0107903;REVB=0.00864241;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237188;STB=0.513498;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00366941;OID=.;OPOS=2974497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:10:8:8:9:10:8 chr12 2996174 . A G 1136.76 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201824;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.226;QD=60.6274;RBI=0.031864;REFB=0;REVB=0.0246574;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54447e-05;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:72:75:1:35:37:0:0:38:37:0:0 chr12 2997397 . G A 432.17 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407538;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.655;QD=57.6223;RBI=0.0418017;REFB=0;REVB=-0.0093012;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134936;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr12 3310439 . C T 1191.99 PASS AF=1;AO=67;DP=82;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479718;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.261;QD=61.1279;RBI=0.0658488;REFB=0;REVB=0.0451084;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612891;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:78:0:0:67:78:1:36:31:0:0:45:33:0:0 chr12 3387697 . T C 385.53 PASS AF=0.34058;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0919031;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5244;QD=11.1749;RBI=0.094684;REFB=-0.00246181;REVB=-0.022779;RO=91;SAF=17;SAR=30;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118881;STB=0.568554;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00333506;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:91:91:47:47:0.34058:30:17:42:49:30:17:42:49 chr12 3391032 . T G 258.66 PASS AF=0.375;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00275643;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.171;QD=12.9328;RBI=0.0299464;REFB=-0.0266503;REVB=-0.0298192;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051282;STB=0.529392;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0283173;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:50:50:30:30:0.375:16:14:21:29:16:14:21:29 chr12 3393419 . C T 446.2 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00179768;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.82;QD=20.7536;RBI=0.0133365;REFB=-0.0201286;REVB=-0.0132148;RO=40;SAF=23;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411293;STB=0.522717;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0170692;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:42:44:44:0.511628:21:23:19:21:21:23:20:22 chr12 3409277 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.182;QD=57.7116;RBI=0.0388524;REFB=0;REVB=0.0388185;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00892e-05;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr12 3749874 . T C 652.91 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=84;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0045508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.47;QD=31.091;RBI=0.00721055;REFB=-0.0153028;REVB=0.00559306;RO=28;SAF=37;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362933;STB=0.519656;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00768627;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:28:28:56:56:0.666667:19:37:17:11:19:37:17:11 chr12 4406979 . C A 168.1 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0360977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6468;QD=17.6949;RBI=0.085311;REFB=-0.0733118;REVB=0.0772976;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287212;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0748354;OID=.;OPOS=4406979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:19:20:16:18:0.473684:6:10:6:13:8:10:7:13 chr12 4407061 . T C 175.83 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0117152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.165;QD=14.0661;RBI=0.0252429;REFB=-0.0148223;REVB=-0.0223597;RO=31;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241152;STB=0.593114;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0280777;OID=.;OPOS=4407061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:15:3:10:21:15:4:10:21 chr12 4410829 . A C 96.79 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.0172993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.235;QD=3.87175;RBI=0.0173655;REFB=-0.00336884;REVB=0.00151531;RO=83;SAF=12;SAR=5;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960809;STB=0.563681;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0306079;OID=.;OPOS=4410829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:83:83:17:17:0.17:5:12:53:30:5:12:53:30 chr12 4411085 . T G 95.36 PASS AF=0.112613;AO=26;DP=223;FAO=25;FDP=222;FR=.;FRO=197;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=94;FSRR=103;FWDB=-0.0145905;FXX=0.0044841;HRUN=11;LEN=1;MLLD=167.128;QD=1.71828;RBI=0.0368731;REFB=-0.00355137;REVB=-0.0338636;RO=196;SAF=9;SAR=17;SRF=93;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162803;STB=0.643535;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0289512;OID=.;OPOS=4411085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:223:222:196:197:26:25:0.112613:17:9:93:103:17:8:94:103 chr12 4414126 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.361;QD=45.8065;RBI=0.0634081;REFB=0;REVB=-0.011548;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802398;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:13:1:0:0 chr12 4430406 . CGGGG CGGGC,GCGGG 36.61 PASS AF=0.118812,0;AO=12,6;DP=102;FAO=12,0;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.0335128,-0.0912281;FXX=0.0194156;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=27.3143,30.7208;QD=1.44989;RBI=0.140707,0.288248;REFB=-0.077384,-0.0677232;REVB=-0.136658,-0.27343;RO=56;SAF=1,2;SAR=11,4;SRF=43;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731318,-0.481277;STB=0.923254,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.174229,0;OID=.,.;OPOS=4430410,4430406;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CGGGC,GCGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:102:101:56:89:12,6:12,0:0.118812,0:11,4:1,2:43:13:11,0:1,0:52:37 chr12 4430412 . C G 36.77 PASS AF=0.105263;AO=12;DP=114;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.0198907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7056;QD=1.29034;RBI=0.067614;REFB=-0.0104177;REVB=-0.064622;RO=95;SAF=1;SAR=11;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595832;STB=0.921193;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.185013;OID=.;OPOS=4430412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:114:95:102:12:12:0.105263:11:1:57:38:11:1:58:44 chr12 4459032 . G A 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.052745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.188;QD=26.5136;RBI=0.0528152;REFB=-0.011872;REVB=0.00272115;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159019;STB=0.588072;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00804125;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:17:10:11:8:17:10:11:8 chr12 4462161 . C T 439.46 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00340782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.408;QD=21.9732;RBI=0.0546428;REFB=-0.0201783;REVB=-0.0545364;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918182;STB=0.556832;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0208179;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:37:42:43:0.5375:25:17:18:17:25:18:20:17 chr12 4554548 . G C 1609.74 PASS AF=0.990991;AO=99;DP=101;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0749733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9151;QD=58.0086;RBI=0.0751163;REFB=-0.115105;REVB=0.00463158;RO=1;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123185;STB=0.505617;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00301604;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:101:111:1:1:99:110:0.990991:38:61:0:1:44:66:0:1 chr12 4702173 . C T 224.31 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0204316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4169;QD=13.1947;RBI=0.0364293;REFB=-0.0120662;REVB=-0.0301603;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959163;STB=0.528069;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00775179;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:26:27:0.397059:8:18:28:12:9:18:29:12 chr12 4708199 . A G 548.23 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00935126;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.051;QD=23.0833;RBI=0.0117783;REFB=-0.00859556;REVB=0.00716113;RO=44;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130143;STB=0.571401;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00679433;OID=.;OPOS=4708199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:44:44:51:51:0.536842:27:24:14:30:27:24:14:30 chr12 4716513 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00546529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.373;QD=10.7925;RBI=0.00788291;REFB=-0.0138061;REVB=-0.00568075;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234261;STB=0.637531;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0206463;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:14:21:7:11:14:21 chr12 4716572 . C A 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8914;QD=60.6014;RBI=0.0418105;REFB=0;REVB=0.00961855;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405655;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr12 4735734 . T C 456.18 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0061952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.469;QD=13.9291;RBI=0.0135442;REFB=-0.000166825;REVB=0.0120442;RO=78;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959881;STB=0.550602;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000283503;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:78:79:52:52:0.396947:22:30:38:40:22:30:39:40 chr12 4735894 . G A 238.22 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0317716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0299;QD=13.8101;RBI=0.0330554;REFB=-0.00661368;REVB=-0.00912293;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23438;STB=0.63759;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00953975;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:41:28:28:0.405797:14:14:29:11:14:14:30:11 chr12 4736086 . A G 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0120813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7354;QD=5.37605;RBI=0.0462546;REFB=0.00500249;REVB=0.044649;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348364;STB=0.522871;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0183252;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:15:10:3:4:15:10 chr12 4736495 . C T 1220.64 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111193;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.369;QD=59.5436;RBI=0.0155549;REFB=0.128821;REVB=0.0108774;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011984;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000768132;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:79:81:0.987805:40:39:1:0:42:39:1:0 chr12 4736631 . A G 2118.85 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9077;QD=60.9742;RBI=0.0301713;REFB=-0.0540051;REVB=-0.0175326;RO=2;SAF=54;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295948;STB=0.501474;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00104486;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:139:2:2:136:137:0.985612:82:54:1:1:82:55:1:1 chr12 4736677 . G C 245.94 PASS AF=0.308411;AO=32;DP=108;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00455717;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0624;QD=9.19398;RBI=0.00702014;REFB=-0.0176179;REVB=0.0053399;RO=67;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642613;STB=0.524726;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0326646;OID=.;OPOS=4736677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:67:74:32:33:0.308411:18:14:33:34:19:14:34:40 chr12 4736690 . A G 1538.88 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0355414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5457;QD=61.5551;RBI=0.0370629;REFB=-0.0159177;REVB=0.0105105;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854634;STB=0.508927;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000359574;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:55:43:0:1:55:43:0:2 chr12 4737318 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0186577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.764;QD=19.976;RBI=0.0315317;REFB=-0.0100748;REVB=-0.0254193;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133915;STB=0.575681;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00772924;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:11:9:12:8:11:9 chr12 4737459 . C T 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0137781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.051;QD=15.7907;RBI=0.0148527;REFB=-0.000446244;REVB=-0.00554667;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605841;STB=0.534174;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00062117;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:19:20:14:17:19:20 chr12 4737715 . C T 872.57 PASS AF=0.65812;AO=77;DP=118;FAO=77;FDP=117;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0172745;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.553;QD=29.8315;RBI=0.02064;REFB=-0.0300687;REVB=0.0112961;RO=39;SAF=31;SAR=46;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180535;STB=0.59326;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0159454;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:39:40:77:77:0.65812:46:31:27:12:46:31:27:13 chr12 4740515 . A T 2970.91 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483688;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.643;QD=62.8764;RBI=0.0555911;REFB=-0.0634064;REVB=0.0274014;RO=1;SAF=96;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024545;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:189:1:0:187:189:1:91:96:1:0:92:97:0:0 chr12 4763508 . C T 821.82 PASS AF=0.580153;AO=76;DP=131;FAO=76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0674767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6883;QD=25.0938;RBI=0.0703372;REFB=-0.00669139;REVB=-0.0198549;RO=55;SAF=46;SAR=30;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188271;STB=0.510253;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00523461;OID=.;OPOS=4763508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:55:55:76:76:0.580153:30:46:32:23:30:46:32:23 chr12 4794351 . A G 1576.48 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318939;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.25;QD=60.0563;RBI=0.0248077;REFB=0;REVB=0.0246019;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20132e-05;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr12 4919267 . A G 50.28 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.804;QD=33.5202;RBI=0.117369;REFB=0;REVB=0.10799;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219992;OID=.;OPOS=4919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:1:3:0:0:1:5:0:0 chr12 4921228 . T C 358.93 PASS AF=0.354839;AO=43;DP=125;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0381353;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6368;QD=11.5784;RBI=0.0489192;REFB=0.00215372;REVB=0.0306396;RO=80;SAF=21;SAR=22;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414516;STB=0.516122;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00347726;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:80:80:43:44:0.354839:22:21:42:38:22:22:42:38 chr12 4921301 . T C 72.12 PASS AF=0.196721;AO=11;DP=60;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0172717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.551;QD=4.72944;RBI=0.0318024;REFB=-0.0119367;REVB=-0.0267036;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170414;STB=0.6442;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.051971;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:60:61:48:49:11:12:0.196721:4:7:24:24:4:8:24:25 chr12 4922030 . C G 494.44 PASS AF=0.442623;AO=52;DP=121;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0104782;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.39;QD=16.2112;RBI=0.0161288;REFB=-0.0113541;REVB=-0.0122615;RO=69;SAF=16;SAR=36;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111055;STB=0.547601;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0155095;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:68:52:54:0.442623:36:16:28:41:36:18:28:40 chr12 4922734 . A G 149.62 PASS AF=0.351852;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0030494;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.401;QD=11.0832;RBI=0.00306103;REFB=-0.0073937;REVB=-0.00026664;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21732;STB=0.578229;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0131315;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:35:17:19:0.351852:12:5:17:19:12:7:17:18 chr12 4923049 . T C 163.76 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00559797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1749;QD=9.35769;RBI=0.0540136;REFB=0.0415087;REVB=0.0537228;RO=47;SAF=7;SAR=15;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362037;STB=0.705924;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0824097;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:15:7:30:17:15:7:30:18 chr12 4923364 . T C 134.44 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0197002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.057;QD=8.14777;RBI=0.0248968;REFB=-0.010819;REVB=-0.0152235;RO=47;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194859;STB=0.615997;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0324182;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:9:10:17:30:9:10:17:30 chr12 4923753 . A G 594.04 PASS AF=0.546296;AO=58;DP=107;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.010418;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.045;QD=22.0013;RBI=0.0335039;REFB=-0.0102922;REVB=0.031843;RO=47;SAF=26;SAR=32;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137209;STB=0.569798;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0126419;OID=.;OPOS=4923753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:49:58:59:0.546296:32:26:29:18:32:27:30:19 chr12 4959904 . G GA 96.88 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0319238;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.37581;QD=3.69069;RBI=0.0691252;REFB=-0.0565745;REVB=-0.061312;RO=57;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311004;STB=0.617922;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.00447884;OID=.;OPOS=4959905;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:42:106:42:105:63:25:17:25:38:96:57:27:15:19:38 chr12 4959987 . C T 417.82 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00546513;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.309;QD=17.0537;RBI=0.012261;REFB=-0.016495;REVB=0.0109757;RO=52;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280807;STB=0.649284;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0145821;OID=.;OPOS=4959987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:55:43:43:0.438776:18:25:15:37:18:25:17:38 chr12 4959993 . C A 442.15 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0125357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7914;QD=17.8646;RBI=0.0173369;REFB=-0.0215669;REVB=-0.0119761;RO=53;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227624;STB=0.631011;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.028032;OID=.;OPOS=4959993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:45:45:0.454545:19:26:18:35:19:26:18:36 chr12 4960023 . C A 480.68 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0234275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.745;QD=20.2393;RBI=0.0235616;REFB=-0.011064;REVB=0.00250957;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179856;STB=0.599515;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0150883;OID=.;OPOS=4960023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:21:26:17:31:21:26:17:31 chr12 5021984 . T A 632.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.62;QD=61.6637;RBI=0.0559646;REFB=0;REVB=0.0552971;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447846;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr12 5026471 . C T 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8208;QD=64.4131;RBI=0.0329677;REFB=0;REVB=-0.0248215;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499918;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr12 5154462 . T C 789.0 PASS AF=0.982456;AO=44;DP=60;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00893105;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7876;QD=55.3682;RBI=0.0136858;REFB=-0.0085443;REVB=0.0103701;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000957894;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:57:1:1:44:56:0.982456:15:29:0:1:21:35:0:1 chr12 5155472 . A G 335.48 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0121895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.779;QD=16.9864;RBI=0.027699;REFB=-0.010504;REVB=0.0248727;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172504;STB=0.596917;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0120336;OID=.;OPOS=5155472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:23:13:23:20:23:13:23:20 chr12 5603632 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.388;QD=59.0186;RBI=0.0480302;REFB=0;REVB=0.0461906;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125526;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr12 6030302 . T C 103.97 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0131951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.682;QD=10.3965;RBI=0.129956;REFB=-0.00356946;REVB=0.129284;RO=22;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131564;STB=0.701766;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00653944;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:27:13:13:0.325:2:11:17:5:2:11:17:10 chr12 6030405 . A G 146.87 PASS AF=0.3;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0114304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5585;QD=8.39256;RBI=0.0451372;REFB=-0.00223407;REVB=-0.0436659;RO=45;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140675;STB=0.5744;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.014338;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:49:20:21:0.3:8:12:32:13:9:12:33:16 chr12 6030437 . A G 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00316473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.024;QD=7.21182;RBI=0.0110933;REFB=-0.00396324;REVB=-0.0106323;RO=53;SAF=10;SAR=9;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142229;STB=0.585712;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0100183;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:9:10:34:19:9:10:34:19 chr12 6054395 . A G 1006.71 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.116;QD=59.2184;RBI=0.0121919;REFB=0;REVB=0.00337108;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29213e-05;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:44:22:0:0:46:22:0:0 chr12 6061069 . T G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0012602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.616;QD=9.85815;RBI=0.00188046;REFB=-0.00109022;REVB=-0.00139572;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199736;STB=0.514683;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00223393;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:12:13:0.309524:6:6:14:15:7:6:14:15 chr12 6091000 . A G 2595.41 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377211;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1798;QD=61.7954;RBI=0.0405227;REFB=0;REVB=0.0148055;RO=0;SAF=99;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147914;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:68:99:0:0:69:99:0:0 chr12 6105387 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.87;QD=63.5818;RBI=0.0402401;REFB=0;REVB=0.0379285;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145522;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr12 6127535 . T G 98.72 PASS AF=0.161017;AO=18;DP=120;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=66;FSRR=33;FWDB=-0.0204345;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.851;QD=3.34646;RBI=0.0288419;REFB=-0.00182409;REVB=-0.020354;RO=102;SAF=16;SAR=2;SRF=67;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394864;STB=0.781501;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0125893;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:120:118:102:99:18:19:0.161017:2:16:67:35:2:17:66:33 chr12 6127891 . C A 221.35 PASS AF=0.341463;AO=27;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0273706;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8212;QD=10.7974;RBI=0.0389881;REFB=-0.0401013;REVB=-0.0277655;RO=55;SAF=8;SAR=19;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236307;STB=0.611131;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0742573;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:54:27:28:0.341463:19:8:27:28:19:9:26:28 chr12 6127919 . T G 148.02 PASS AF=0.291667;AO=20;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0155684;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.092;QD=8.22355;RBI=0.0183377;REFB=-0.018603;REVB=0.00968988;RO=52;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116116;STB=0.588149;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0372859;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:51:20:21:0.291667:13:7:23:29:14:7:23:28 chr12 6127943 . A G 199.08 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0283148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.566;QD=9.36853;RBI=0.0285061;REFB=0.00300377;REVB=0.00329679;RO=59;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10732;STB=0.563586;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00518241;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:26:26:0.305882:18:8:23:36:18:8:23:36 chr12 6128443 . T C 241.13 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0620655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.202;QD=14.6138;RBI=0.0728296;REFB=-0.00707292;REVB=-0.0381054;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104974;STB=0.535689;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0177151;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:38:28:28:0.424242:13:15:15:20:13:15:18:20 chr12 6143984 . T C 1155.44 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879761;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.249;QD=60.8127;RBI=0.00913835;REFB=0;REVB=0.00247213;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177231;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:28:47:0:0:28:48:0:0 chr12 6172202 . T C 2583.83 PASS AF=0.994118;AO=163;DP=165;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.064;QD=60.796;RBI=0.0416385;REFB=-0.0829385;REVB=0.0251006;RO=1;SAF=54;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872994;STB=0.504132;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000840643;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:170:1:1:163:169:0.994118:109:54:1:0:109:60:1:0 chr12 6204902 . CA C 793.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.3336;QD=63.4907;RBI=0.0351519;REFB=0;REVB=-0.0343888;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00095633;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:50:50:50:0:27:23:0:0:4:0:27:23:0:0 chr12 6344600 . C A 228.09 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0182095;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.166;QD=11.4044;RBI=0.0206779;REFB=-0.000733131;REVB=0.00979742;RO=52;SAF=6;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257703;STB=0.638284;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00138327;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:28:28:0.35:22:6:21:31:22:6:20:32 chr12 6421495 . G A 1044.07 PASS AF=0.623288;AO=90;DP=145;FAO=91;FDP=146;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0199282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.621;QD=28.6045;RBI=0.0216102;REFB=0.0045988;REVB=0.00835868;RO=55;SAF=36;SAR=54;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190921;STB=0.599978;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00310552;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:55:55:90:91:0.623288:54:36:37:18:54:37:37:18 chr12 6427052 . C T 755.57 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=122;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0370558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2752;QD=24.7729;RBI=0.0705075;REFB=-0.0261995;REVB=0.0599848;RO=49;SAF=24;SAR=47;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575285;STB=0.524866;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0203762;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:49:51:71:71:0.581967:47:24:20:29:47:24:20:31 chr12 6428116 . T G 411.02 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.011909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.705;QD=23.8273;RBI=0.0212762;REFB=0.0193607;REVB=-0.017631;RO=29;SAF=27;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208869;STB=0.614975;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0105088;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:13:27:12:17:13:27:12:17 chr12 6439470 . A G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0209087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.44;QD=14.5325;RBI=0.0223447;REFB=-0.0163349;REVB=-0.00788121;RO=40;SAF=7;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246016;STB=0.640921;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0197821;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:22:7:18:22:22:7:18:22 chr12 6440009 . T C 371.6 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0107088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6237;QD=22.8678;RBI=0.0111974;REFB=-0.00162382;REVB=0.00327149;RO=28;SAF=25;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167934;STB=0.58135;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00118196;OID=.;OPOS=6440009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:36:37:0.569231:11:25:14:14:12:25:14:14 chr12 6442346 . A G 427.19 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0172;QD=56.9581;RBI=0.0369576;REFB=0;REVB=0.0355727;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535725;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:22:7:0:0:22:8:0:0 chr12 6450945 . T C 359.41 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0704591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.82;QD=19.967;RBI=0.0713701;REFB=-0.0466619;REVB=-0.0113673;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076034;STB=0.542146;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0524584;OID=.;OPOS=6450945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:14:21:19:18:14:21 chr12 6457062 . T C 306.67 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.121906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.414;QD=20.7912;RBI=0.122132;REFB=-0.00569393;REVB=-0.00742306;RO=24;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138272;STB=0.550694;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00111341;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:26:32:33:0.559322:13:19:10:14:14:19:12:14 chr12 6483851 . G A 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0100663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.45;QD=12.0198;RBI=0.0170921;REFB=-0.0122475;REVB=0.0138134;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251089;STB=0.656931;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0319082;OID=.;OPOS=6483851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:16:8:8:6:17:8 chr12 6484709 . T C 996.45 PASS AF=1;AO=48;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914374;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.204;QD=57.765;RBI=0.0931022;REFB=0;REVB=0.0175278;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861506;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:48:69:1:28:20:0:0:28:41:0:0 chr12 6495275 . C A 588.8 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0545763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.509;QD=51.1997;RBI=0.0652601;REFB=-0.0897325;REVB=0.0357815;RO=4;SAF=12;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408272;STB=0.539014;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00632347;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:4:5:41:41:0.891304:29:12:2:2:29:12:3:2 chr12 6500105 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.442;QD=49.5992;RBI=0.07663;REFB=0;REVB=0.0521195;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877511;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr12 6560473 . A G 336.37 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.437;QD=53.8197;RBI=0.022382;REFB=0;REVB=0.00847718;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151152;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:16:7:0:0:17:8:0:0 chr12 6562753 . A G 119.73 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00819045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4356;QD=7.98221;RBI=0.042175;REFB=-0.012431;REVB=-0.0413721;RO=42;SAF=5;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27985;STB=0.677206;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0280115;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:12:5:22:20:12:5:23:20 chr12 6562810 . A G 102.49 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0546706;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.598;QD=8.54089;RBI=0.0550705;REFB=-0.00523703;REVB=-0.00662532;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312928;STB=0.692012;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00788261;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:35:35:13:13:0.270833:9:4:20:15:9:4:20:15 chr12 6572048 . A G 203.29 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0524313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7558;QD=12.1368;RBI=0.0665036;REFB=-0.0287424;REVB=0.0409107;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842613;STB=0.50239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.018413;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:12:13:21:20:12:13:22:20 chr12 6618871 . C T 43.37 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00708398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3664;QD=6.19606;RBI=0.00714783;REFB=-0.0087355;REVB=0.000953248;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542045;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0611196;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:21:21:6:7:0.25:2:4:14:7:2:5:14:7 chr12 6619284 . C G 1083.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405942;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.865;QD=60.2078;RBI=0.0413374;REFB=0;REVB=0.00780355;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92941e-05;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr12 6619402 . T C 189.84 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.00513484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.003;QD=11.3335;RBI=0.00977141;REFB=-0.0100023;REVB=-0.00831348;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224593;STB=0.633702;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0158298;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:11:13:31:11:11:13:32:11 chr12 6631169 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2197;QD=59.8389;RBI=0.0329427;REFB=0;REVB=-0.0245367;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71026e-05;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr12 6637845 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000545016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.786;QD=59.8365;RBI=0.0162154;REFB=0;REVB=0.0162063;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13356e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 6638116 . C T 534.05 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000537402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.319;QD=28.8676;RBI=0.0130555;REFB=-0.00205962;REVB=0.0130444;RO=26;SAF=25;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134841;STB=0.507325;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00175042;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:23:25:13:13:23:25:13:13 chr12 6639088 . A G 1605.84 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9773;QD=60.0314;RBI=0.0353288;REFB=0;REVB=0.00578731;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36432e-05;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:44:59:0:0:45:62:0:0 chr12 6639981 . C G 90.91 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0518075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3707;QD=5.05042;RBI=0.0544769;REFB=0.00537161;REVB=-0.016844;RO=55;SAF=6;SAR=9;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24454;STB=0.651978;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.01583;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:55:57:15:15:0.208333:9:6:33:22:9:6:34:23 chr12 6646320 . T C 200.54 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00672044;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8814;QD=9.54949;RBI=0.0305635;REFB=-0.000726802;REVB=0.0298155;RO=58;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130603;STB=0.576864;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00438783;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:58:58:26:26:0.309524:15:11:31:27:15:11:31:27 chr12 6647109 . T C 187.29 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.12287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6297;QD=12.6975;RBI=0.123208;REFB=-0.0310161;REVB=-0.00912362;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817891;STB=0.547018;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0233575;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:20:16:12:11:20:16 chr12 6648855 . A G 156.38 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0117846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6928;QD=16.0386;RBI=0.0259355;REFB=-0.031714;REVB=0.0231036;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079434;STB=0.561337;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0380876;OID=.;OPOS=6648855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:17:18:0.461538:7:10:14:7:8:10:14:7 chr12 6747295 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0247271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2261;QD=25.2758;RBI=0.0470145;REFB=-0.0394298;REVB=-0.0399867;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22548;STB=0.625289;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0128365;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:9:3:11:8:9:3 chr12 6835068 . A G 333.49 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0441146;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4708;QD=26.1559;RBI=0.0670301;REFB=-0.044552;REVB=0.0504672;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248672;STB=0.533312;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0632073;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:9:10:18:14:10:9 chr12 6835081 . G A 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0329099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.832;QD=30.6473;RBI=0.0342722;REFB=-0.0215682;REVB=0.00956651;RO=13;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560229;STB=0.519111;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0143665;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:14:27:27:0.658537:12:15:6:7:12:15:7:7 chr12 6836852 . A G 143.26 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00162736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3737;QD=10.8121;RBI=0.0147664;REFB=-0.0117309;REVB=-0.0146765;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731003;STB=0.551063;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0241643;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:18:18:0.339623:13:5:11:22:13:5:12:23 chr12 6836913 . G T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0104811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.51;QD=15.1563;RBI=0.0251816;REFB=-0.00412636;REVB=-0.0228967;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393535;STB=0.519298;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00427163;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:14:11:12:18:14:11:13:19 chr12 6840209 . G A 183.78 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0559181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.85;QD=26.2546;RBI=0.0559217;REFB=-0.0563311;REVB=-0.000633424;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23163;STB=0.644374;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0350929;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:11:7:7:2:11:7:8:2 chr12 6926363 . T C 583.29 PASS AF=0.957447;AO=25;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116209;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1027;QD=49.6417;RBI=0.118451;REFB=-0.102432;REVB=-0.0229351;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0077285;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:0:2:25:45:0.957447:24:1:0:0:25:20:1:1 chr12 6928075 . T C 531.04 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.086;QD=59.0039;RBI=0.0507601;REFB=0;REVB=0.0264826;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242624;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:26:8:0:0:27:9:0:0 chr12 6928569 . T A 581.68 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00367114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.079;QD=20.5903;RBI=0.0176968;REFB=-0.0219578;REVB=-0.0173119;RO=52;SAF=31;SAR=28;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276227;STB=0.523357;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0194529;OID=.;OPOS=6928569;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:54:59:59:0.522124:28:31:29:23:28:31:31:23 chr12 6928586 . CA AG 1295.9 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=93;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0976551;FXX=0.0215031;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.9593;QD=56.9628;RBI=0.100414;REFB=-0.156282;REVB=0.0233783;RO=3;SAF=47;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029281;STB=0.508824;STBP=0.418;TYPE=mnp;VARB=0.0116966;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:93:91:3:4:86:87:0.956044:39:47:3:0:39:48:3:1 chr12 6932967 . G C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00177525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.948;QD=17.1002;RBI=0.00676984;REFB=-0.0157022;REVB=0.00653293;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0184684;OID=.;OPOS=6932967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:7:8:8:6:7:8 chr12 6933223 . C T 354.84 PASS AF=0.388889;AO=37;DP=102;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00711002;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.617;QD=13.1422;RBI=0.0392494;REFB=-0.0241562;REVB=0.0386001;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175668;STB=0.593051;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0389286;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:56:66:37:42:0.388889:22:15:32:24:23:19:40:26 chr12 6939850 . A G 242.11 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.124742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.473;QD=16.99;RBI=0.12475;REFB=0.00635785;REVB=-0.00140282;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197941;STB=0.531891;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00940502;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:30:27:27:0.473684:11:16:16:12:11:16:16:14 chr12 6941021 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00326349;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.633;QD=29.0932;RBI=0.0037453;REFB=-0.0305562;REVB=0.00183764;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139115;STB=0.576857;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0119436;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:16:8:7:6:16:8:7:6 chr12 6942823 . A G 658.21 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381832;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.152;QD=62.6866;RBI=0.0458968;REFB=0;REVB=0.0254667;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34326e-05;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:36:42:1:10:26:0:0:11:31:0:0 chr12 6946247 . G T 159.43 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0207998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.735;QD=26.5709;RBI=0.0407536;REFB=-0.0425926;REVB=0.035046;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115989;STB=0.564438;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0211635;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:2:6:9:7:2:6 chr12 6948468 . T C 97.32 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0156499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2493;QD=12.9757;RBI=0.038045;REFB=-0.0196739;REVB=-0.0346771;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195748;STB=0.624812;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.017835;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:7:5:4:13:7:5:4:14 chr12 6979510 . A G 38.25 PASS AF=0.121212;AO=9;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0253055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5446;QD=2.31802;RBI=0.0375684;REFB=-0.014686;REVB=0.0277672;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247204;STB=0.638753;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.145797;OID=.;OPOS=6979510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:66:54:58:9:8:0.121212:6:3:29:25:5:3:31:27 chr12 7043722 . CAA AAC,CA,CAC 255.02 PASS AF=0.190476,0.761905,0.047619;AO=7,17,2;DP=38;FAO=8,32,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=8,12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287281,0.473546,0.0347923;FXX=0;HRUN=2,6,6;LEN=3,1,1;MLLD=176.641,6.7263,179.483;QD=24.2877;RBI=0.0787745,0.563975,0.0974082;REFB=0,0,0;REVB=-0.0733493,-0.306304,-0.0909828;RO=9;SAF=0,11,0;SAR=7,6,2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.844818,-0.264654,-0.819737;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.133958,-0.101936,0.111968;OID=.,.,.;OPOS=7043722,7043723,7043724;OREF=CAA,A,A;OALT=AAC,-,C;OMAPALT=AAC,CA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:38:42:9:0:7,17,2:8,32,2:0.190476,0.761905,0.047619:7,6,2:0,11,0:9:0:8,12,2:0,20,0:0:0 chr12 7046437 . C T 478.03 PASS AF=0.394161;AO=54;DP=137;FAO=54;FDP=137;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00964143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.176;QD=13.9572;RBI=0.00964297;REFB=-0.0157853;REVB=0.000172334;RO=83;SAF=37;SAR=17;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164667;STB=0.593432;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.021064;OID=.;OPOS=7046437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:83:54:54:0.394161:17:37:45:38:17:37:45:38 chr12 7047143 . C A 229.2 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0711903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5496;QD=29.5735;RBI=0.0955357;REFB=-0.0490671;REVB=0.0637105;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243157;STB=0.63402;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0140444;OID=.;OPOS=7047143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:13:8:8:2:13:8:8:2 chr12 7047153 . GAAAA GAAA,GAAAG 50.47 PASS AF=0.32,0.08;AO=7,2;DP=25;FAO=8,2;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0690201,0.021945;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.859,26.388;QD=8.07484;RBI=0.12867,0.0236617;REFB=-0.109881,-0.0732125;REVB=-0.108592,0.00884852;RO=15;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.278858,0.554201;STB=0.604132,0.994743;STBP=0.521,0.174;TYPE=del,snp;VARB=0.0839529,0.0911152;OID=.,.;OPOS=7047154,7047157;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAA,GAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.08:7,2:25:8,2:25:15:5,2:3,0:7:8:38:15:5,2:2,0:7:8 chr12 7055860 . T C 739.63 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.527;QD=61.6354;RBI=0.0171733;REFB=0;REVB=0.0159815;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019035;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:44:48:1:20:24:0:0:23:25:0:0 chr12 7065635 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.919;QD=57.1058;RBI=0.0888491;REFB=0;REVB=0.0299192;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38671e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr12 7079215 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.138;QD=61.3356;RBI=0.0516857;REFB=0;REVB=0.00655097;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136957;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 7080212 . T C 527.87 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.499;QD=58.6517;RBI=0.078237;REFB=0;REVB=0.0751445;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487931;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:15:19:0:0:17:19:0:0 chr12 7242204 . C T 392.87 PASS AF=0.427184;AO=41;DP=100;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0345561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2141;QD=15.257;RBI=0.0962704;REFB=0.00178561;REVB=0.0898547;RO=59;SAF=26;SAR=15;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117641;STB=0.551998;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00359405;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:59:59:41:44:0.427184:15:26:31:28:17:27:31:28 chr12 7244956 . A T 655.33 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0279372;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.183;QD=25.4498;RBI=0.0570369;REFB=-0.0378611;REVB=-0.0497264;RO=39;SAF=20;SAR=42;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493886;STB=0.519428;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0201797;OID=.;OPOS=7244956;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:39:41:62:62:0.601942:42:20:15:24:42:20:15:26 chr12 7244962 . T G 539.41 PASS AF=0.544554;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0175392;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.394;QD=21.3628;RBI=0.0237643;REFB=-0.0218351;REVB=-0.0160349;RO=47;SAF=14;SAR=40;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16603;STB=0.586951;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0218207;OID=.;OPOS=7244962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:47:46:54:55:0.544554:40:14:20:27:41:14:19:27 chr12 7249598 . T C 502.37 PASS AF=0.55814;AO=45;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.013921;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.403;QD=23.3661;RBI=0.0436159;REFB=-0.0158584;REVB=0.0413346;RO=35;SAF=30;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850341;STB=0.515619;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0161129;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:35:38:45:48:0.55814:15:30:23:12:18:30:25:13 chr12 7277236 . T A 329.69 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0165365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.071;QD=37.6787;RBI=0.0217491;REFB=-0.0361095;REVB=0.0141268;RO=8;SAF=3;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223854;STB=0.62327;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0119768;OID=.;OPOS=7277236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:27:27:0.771429:24:3:3:5:24:3:3:5 chr12 7309199 . G A 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.246;QD=53.2639;RBI=0.0493294;REFB=0;REVB=0.0345187;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57884e-06;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr12 7309471 . C A 657.48 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0341817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.645;QD=50.5753;RBI=0.0372167;REFB=-0.0776424;REVB=0.0147205;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.5238;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00137335;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:1:3:49:49:0.942308:19:30:1:0:19:30:3:0 chr12 7309473 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.699;QD=56.9381;RBI=0.0140888;REFB=0;REVB=0.00672413;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78715e-05;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr12 7310570 . GC CG,GCG 41.56 PASS AF=0.0638298,0.170213;AO=4,14;DP=48;FAO=3,8;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3,6;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0437107,-0.0250922;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=29.5771,23.9611;QD=3.53661;RBI=0.0443696,0.0623687;REFB=-0.0230808,-0.0190362;REVB=-0.00761814,-0.0570985;RO=29;SAF=3,10;SAR=1,4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.398849,0.374615;STB=0.996937,0.766017;STBP=0.034,0.134;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0620024,0.166038;OID=.,.;OPOS=7310570,7310572;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:48:47:29:36:4,14:3,8:0.0638298,0.170213:1,4:3,10:11:18:0,2:3,6:15:21 chr12 7463241 . A T 1211.57 PASS AF=0.57513;AO=94;DP=193;FAO=111;FDP=193;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.0331749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.129;QD=25.1103;RBI=0.0331749;REFB=-0.0031249;REVB=-3.51824e-05;RO=65;SAF=36;SAR=58;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109875;STB=0.511222;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00225639;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:65:82:94:111:0.57513:58:36:24:41:69:42:29:53 chr12 7551022 . A T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.13;QD=57.7124;RBI=0.0269703;REFB=0;REVB=0.00656541;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40986e-05;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr12 7551050 . A C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.142;QD=58.6114;RBI=0.031922;REFB=0.117992;REVB=0.0302104;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000181202;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:1:0:35:38:1:0 chr12 7585971 . A G 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.493;QD=59.6763;RBI=0.0428865;REFB=0;REVB=0.013088;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156177;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:49:21:0:0:49:21:0:0 chr12 7649484 . T C 937.35 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000413152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.86;QD=58.5843;RBI=0.0226681;REFB=0;REVB=-0.0226644;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114229;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:22:41:0:0:23:41:0:0 chr12 7649653 . T C 75.65 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=52;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00218079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.566;QD=5.60396;RBI=0.00231069;REFB=-0.0132668;REVB=0.000763839;RO=42;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024552;STB=0.540472;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.053156;OID=.;OPOS=7649653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:54:42:42:10:12:0.222222:4:6:26:16:4:8:26:16 chr12 7655278 . T A 130.78 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.057417;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6353;QD=7.5815;RBI=0.0876519;REFB=-0.0276233;REVB=-0.066228;RO=51;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125461;STB=0.582;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0681059;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:51:50:19:19:0.275362:6:13:30:21:6:13:29:21 chr12 7779227 . A G 747.99 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5902;QD=63.659;RBI=0.136019;REFB=0;REVB=0.0191628;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123273;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:23:22:0:0:23:24:0:0 chr12 7803646 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.231;QD=63.583;RBI=0.0177111;REFB=0;REVB=0.00949827;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05902e-05;OID=.;OPOS=7803646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr12 7805236 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8993;QD=59.8391;RBI=0.0897861;REFB=0;REVB=-0.0831885;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156139;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 7818444 . C A 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0126434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2261;QD=11.1296;RBI=0.0131859;REFB=0.0150993;REVB=0.00374319;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.02286;OID=.;OPOS=7818444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr12 7967071 . G A 88.02 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0131084;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2586;QD=6.64323;RBI=0.0173135;REFB=-0.00910833;REVB=-0.0113104;RO=41;SAF=3;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335019;STB=0.702542;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0370699;OID=.;OPOS=7967071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:54:53:41:40:13:13:0.245283:10:3:20:21:10:3:19:21 chr12 8043688 . G C 1018.16 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0452943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.836;QD=56.5643;RBI=0.0485841;REFB=-0.0731956;REVB=0.0175738;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262494;STB=0.513885;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000461376;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:35:35:0:2:35:35:0:2 chr12 8083895 . ACCCC ACCC,ACCCG 79.18 PASS AF=0.52381,0;AO=10,2;DP=23;FAO=11,0;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0518479,0.0353108;FXX=0.0869187;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.5556,21.669;QD=15.082;RBI=0.140974,0.202651;REFB=-0.0249411,-0.00304252;REVB=-0.131093,-0.199551;RO=9;SAF=8,0;SAR=2,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.339319,-0.565098;STB=0.666349,0.5;STBP=0.163,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00857422,0;OID=.,.;OPOS=8083896,8083899;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCC,ACCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0:10,2:23:11,0:21:10:8,0:3,0:4:6:59:9:8,0:2,2:4:5 chr12 8249050 . C G 125.49 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0232171;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5987;QD=8.9632;RBI=0.035091;REFB=-0.022651;REVB=-0.0263125;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340672;STB=0.511565;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.035312;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:39:17:17:0.303571:9:8:19:19:9:8:19:20 chr12 8278181 . A T 351.01 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00171696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.131;QD=23.4006;RBI=0.0301442;REFB=-0.0180692;REVB=0.0300953;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257695;STB=0.641881;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0141549;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:23:12:17:8:23:12:17:8 chr12 8329652 . A G 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.354;QD=47.814;RBI=0.0619348;REFB=0;REVB=-0.0582055;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000986959;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 8329676 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.843;QD=40.7629;RBI=0.00362865;REFB=0;REVB=-0.00324701;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63734e-05;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr12 8329700 . A C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.56;QD=45.8038;RBI=0.0229586;REFB=0;REVB=-0.0178534;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212162;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 8329833 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1977;QD=43.4862;RBI=0.0663471;REFB=0;REVB=-0.061987;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00415496;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr12 8374770 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.232;QD=43.4841;RBI=0.104053;REFB=0;REVB=0.0414737;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244082;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr12 8374781 . C CACG,G 130.46 PASS AF=1,0;AO=9,2;DP=12;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472448,-0.0696709;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=3,1;MLLD=253.836,27.6034;QD=43.4866;RBI=0.00516054,0.0983331;REFB=0,0;REVB=0.00207616,0.0693928;RO=0;SAF=4,0;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=3.41203e-05,0;OID=.,.;OPOS=8374782,8374781;OREF=-,C;OALT=ACG,G;OMAPALT=CACG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9,2:12,0:1,0:5,2:4,0:0:0:8,0:4,0:0:0 chr12 8376110 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.773;QD=63.872;RBI=0.0327252;REFB=0;REVB=0.0256397;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42827e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr12 8637403 . G T 985.21 PASS AF=0.52459;AO=92;DP=181;FAO=96;FDP=183;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0296115;FXX=0.0161282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.028;QD=21.5347;RBI=0.0329648;REFB=-0.0281729;REVB=0.0144858;RO=87;SAF=59;SAR=33;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733552;STB=0.536673;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0326737;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:87:87:92:96:0.52459:33:59:49:38:37:59:47:40 chr12 8693333 . G A 246.94 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0788551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3974;QD=24.6937;RBI=0.0788723;REFB=0.0191279;REVB=-0.0016434;RO=17;SAF=3;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281196;STB=0.659178;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0200458;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:20:3:6:11:20:3:6:11 chr12 8808006 . T C 159.03 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0144611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.259;QD=19.8788;RBI=0.0174414;REFB=-0.0233702;REVB=-0.00975082;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19337;STB=0.571903;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0211122;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:15:16:17:0.53125:9:7:3:11:10:7:4:11 chr12 8926011 . T C 2932.83 PASS AF=0.994681;AO=178;DP=179;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.36;QD=62.4007;RBI=0.0621762;REFB=-0.0606778;REVB=0.0580081;RO=1;SAF=91;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520283;STB=0.50259;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000496869;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:188:1:1:178:187:0.994681:87:91:1:0:91:96:1:0 chr12 9004512 . G A 851.54 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0834;QD=57.7317;RBI=0.0178118;REFB=0;REVB=0.0029949;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90004e-05;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:18:40:0:0:19:40:0:0 chr12 9004892 . C A 614.01 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.511;QD=61.4013;RBI=0.0450009;REFB=0;REVB=0.0443819;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138819;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr12 9013755 . C T 293.49 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0120882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.557;QD=19.8976;RBI=0.0372118;REFB=-0.00954151;REVB=-0.0351937;RO=26;SAF=4;SAR=27;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397584;STB=0.715065;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0158025;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:28:31:31:0.525424:27:4:12:14:27:4:12:16 chr12 9016573 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.921;QD=59.3219;RBI=0.0191139;REFB=0;REVB=0.0152816;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15474e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr12 9020489 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000864016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.981;QD=51.9155;RBI=0.0196339;REFB=0;REVB=0.0196149;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103491;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr12 9020912 . A G 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0696186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5304;QD=56.4824;RBI=0.0703888;REFB=-0.0269321;REVB=-0.0103846;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000101391;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr12 9070366 . T A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0130581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.115;QD=13.7268;RBI=0.0135356;REFB=-0.00918713;REVB=-0.00356367;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014609;STB=0.504596;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0126439;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:13:11:17:19:13:12:17:19 chr12 9074259 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0135935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.609;QD=12.6376;RBI=0.0376544;REFB=-0.0265733;REVB=0.0351151;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765938;STB=0.545382;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0409639;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:15:6:3:10:15:6 chr12 9086898 . A G 1324.97 PASS AF=0.646067;AO=114;DP=178;FAO=115;FDP=178;FR=.;FRO=63;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.00635079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.461;QD=29.7746;RBI=0.046236;REFB=-0.00911326;REVB=0.0457978;RO=63;SAF=71;SAR=43;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655186;STB=0.536918;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00550296;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:63:63:114:115:0.646067:43:71:45:18:44:71:45:18 chr12 9093001 . G A 135.43 PASS AF=0.369863;AO=14;DP=58;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0359377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7673;QD=7.42081;RBI=0.0417353;REFB=-0.0689907;REVB=-0.0212207;RO=44;SAF=11;SAR=3;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30188;STB=0.6829;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.183667;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:73:44:46:14:27:0.369863:3:11:25:19:5:22:27:19 chr12 9142297 . T C 337.07 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0412241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.534;QD=22.8521;RBI=0.0438395;REFB=-0.00674197;REVB=-0.0149155;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173702;STB=0.529514;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0037074;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:25:34:34:0.576271:20:14:10:13:20:14:12:13 chr12 9161648 . T C 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00255432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.127;QD=20.3971;RBI=0.0304686;REFB=-0.00460992;REVB=0.0303613;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600255;STB=0.533312;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00336292;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:12:15:15:16:12:15 chr12 9246176 . CTATGG C 154.02 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=56;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0353829;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.454;QD=11.8474;RBI=0.0354731;REFB=-0.0182246;REVB=0.00252882;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100793;STB=0.564449;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=0.0301917;OID=.;OPOS=9246177;OREF=TATGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:17:56:19:52:33:10:9:14:19:99:34:8:9:13:21 chr12 9248233 . T C 2390.93 PASS AF=0.993711;AO=156;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00358741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0563;QD=60.1493;RBI=0.0256102;REFB=-0.0800603;REVB=0.0253577;RO=0;SAF=108;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06969e-08;STB=0.50505;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000287493;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:0:1:156:158:0.993711:48:108:0:0:49:109:0:1 chr12 9268473 . A C 299.22 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=6.79783e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2129;QD=13.7573;RBI=0.00780241;REFB=0.00431468;REVB=0.00780211;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932187;STB=0.553117;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00656802;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:19:15:28:25:19:15:28:25 chr12 9305473 . T C 1128.13 PASS AF=0.577778;AO=104;DP=180;FAO=104;FDP=180;FR=.;FRO=76;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.00396584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.99;QD=25.0694;RBI=0.00681;REFB=-0.00667416;REVB=0.00553608;RO=76;SAF=58;SAR=46;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481565;STB=0.526139;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00523236;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:76:76:104:104:0.577778:46:58:47:29:46:58:47:29 chr12 9307373 . T G 1359.33 PASS AF=0.960784;AO=93;DP=98;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00491769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.388;QD=53.3071;RBI=0.0563123;REFB=-0.0503722;REVB=0.0560971;RO=5;SAF=38;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019049;STB=0.502857;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00351012;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:102:5:4:93:98:0.960784:55:38:3:2:56:42:2:2 chr12 9315209 . A G 690.07 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00517506;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.858;QD=22.2602;RBI=0.00672702;REFB=0.00386634;REVB=0.00429785;RO=57;SAF=29;SAR=38;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108034;STB=0.55921;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00428028;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:57:67:67:0.540323:38:29:32:25:38:29:32:25 chr12 9316773 . T C 671.97 PASS AF=0.560345;AO=64;DP=112;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0161045;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.462;QD=23.1715;RBI=0.0400232;REFB=-0.0266515;REVB=-0.0366401;RO=48;SAF=32;SAR=32;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114594;STB=0.561385;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0183018;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:48:51:64:65:0.560345:32:32:17:31:33:32:18:33 chr12 9317784 . A G 426.26 PASS AF=0.461538;AO=46;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0706411;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9235;QD=16.3945;RBI=0.0782893;REFB=-0.0235961;REVB=0.0337499;RO=57;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919824;STB=0.56728;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0248601;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:56:46:48:0.461538:24:22:22:35:24:24:21:35 chr12 9317885 . G A 286.31 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0213543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.172;QD=18.1783;RBI=0.0214233;REFB=-0.0333716;REVB=-0.00171685;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292623;STB=0.52335;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.036385;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:32:31:31:0.492063:17:14:13:18:17:14:13:19 chr12 9321501 . C T 183.75 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0583552;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.443;QD=10.0687;RBI=0.0657695;REFB=0.00918168;REVB=-0.0303364;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116901;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0264793;OID=.;OPOS=9321501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:12:12:25:24:12:12:25:24 chr12 9334571 . C T 181.87 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00194742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3844;QD=9.5723;RBI=0.0310102;REFB=-0.014196;REVB=-0.030949;RO=51;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108381;STB=0.557474;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0232457;OID=.;OPOS=9334571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:52:24:24:0.315789:10:14:25:26:10:14:26:26 chr12 9345273 . A G 500.06 PASS AF=0.58427;AO=20;DP=90;FAO=52;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0189017;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5941;QD=22.4746;RBI=0.0218633;REFB=-0.0165355;REVB=0.0109878;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492544;STB=0.502741;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00854522;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:36:37:20:52:0.58427:4:16:13:23:32:20:14:23 chr12 9345274 . C G 256.45 PASS AF=0.340659;AO=30;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.013938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.912;QD=11.2726;RBI=0.0277018;REFB=-0.0184165;REVB=0.0239399;RO=60;SAF=1;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.738393;STB=0.896057;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01717;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:60:30:31:0.340659:29:1:32:28:29:2:32:28 chr12 9447484 . C T 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0269313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6361;QD=1.57962;RBI=0.0277321;REFB=-0.004191;REVB=-0.00661614;RO=74;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252442;STB=0.706467;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0526874;OID=.;OPOS=9447484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:74:75:8:8:0.0963855:6:2:34:40:6:2:35:40 chr12 9450357 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9646;QD=28.5407;RBI=0.0666608;REFB=-0.0895313;REVB=-0.0583459;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00760707;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr12 9571420 . C T 279.85 PASS AF=0.292308;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=130;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=65;FWDB=0.007145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.565;QD=8.61076;RBI=0.007145;REFB=-0.00835057;REVB=5.5692e-06;RO=92;SAF=9;SAR=29;SRF=27;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883901;STB=0.552352;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0221018;OID=.;OPOS=9571420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:92:92:38:38:0.292308:29:9:27:65:29:9:27:65 chr12 9572785 . G A 67.64 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0152105;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.101;QD=22.5469;RBI=0.0266531;REFB=-0.0494681;REVB=0.0218867;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251651;STB=0.642549;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0241396;OID=.;OPOS=9572785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:4:0:3:5:4:0 chr12 9573223 . C A 781.94 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0268982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6469;QD=23.1685;RBI=0.0297693;REFB=-0.0087314;REVB=-0.0127554;RO=61;SAF=48;SAR=26;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662939;STB=0.536303;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00918492;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:61:74:74:0.548148:26:48:35:26:26:48:35:26 chr12 9574002 . C T 1535.11 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.707;QD=59.6161;RBI=0.0381466;REFB=0;REVB=0.0300347;RO=0;SAF=68;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22736e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:100:103:1:32:68:0:0:33:70:0:0 chr12 9578197 . A T 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.915;QD=61.0437;RBI=0.023133;REFB=0;REVB=0.01472;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189309;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:56:22:0:0:56:22:0:0 chr12 9580280 . A G 80.44 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0228008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.063;QD=3.35169;RBI=0.0338407;REFB=-0.0022164;REVB=-0.0250063;RO=81;SAF=10;SAR=5;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160513;STB=0.608547;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0116896;OID=.;OPOS=9580280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:5:10:44:37:5:10:44:37 chr12 9580395 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.608;QD=35.5759;RBI=0.024286;REFB=0;REVB=0.0242146;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287094;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 9581791 . T C 260.13 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0201123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.002;QD=16.7826;RBI=0.0202305;REFB=-0.0126881;REVB=0.00218434;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619934;STB=0.545423;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0160455;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:10:19:19:13:10:19:19:14 chr12 9583216 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.318;QD=35.5759;RBI=0.0325857;REFB=0;REVB=0.0170264;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124319;OID=.;OPOS=9583216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr12 9590052 . G A 395.48 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0103837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3932;QD=34.3897;RBI=0.0110524;REFB=-0.0356346;REVB=0.00378633;RO=14;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114659;STB=0.562461;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0269708;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:18:14:9:5:18:14:9:5 chr12 9597776 . G A 2492.98 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.212;QD=61.5552;RBI=0.0175083;REFB=0;REVB=0.0131131;RO=0;SAF=90;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96095e-07;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:72:90:0:0:72:90:0:0 chr12 9750669 . A G 311.67 PASS AF=0.317829;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0161183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=9.66406;RBI=0.0184755;REFB=-0.00388854;REVB=-0.00903019;RO=87;SAF=19;SAR=22;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495827;STB=0.524988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00914023;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:87:88:41:41:0.317829:22:19:44:43:22:19:44:44 chr12 9760415 . A G 727.79 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0484774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=25.9924;RBI=0.0491947;REFB=-0.0347862;REVB=-0.00837023;RO=44;SAF=30;SAR=38;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428751;STB=0.523298;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0237797;OID=.;OPOS=9760415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:44:68:68:0.607143:38:30:22:22:38:30:22:22 chr12 9833524 . C G 308.04 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=124;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0314617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.735;QD=9.93674;RBI=0.0314907;REFB=-0.000289095;REVB=0.00134944;RO=84;SAF=21;SAR=19;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845749;STB=0.54905;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000633766;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:84:84:40:40:0.322581:19:21:38:46:19:21:38:46 chr12 9833628 . C T 151.5 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0142212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.956;QD=10.0997;RBI=0.0411748;REFB=-0.00504778;REVB=-0.0386409;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097837;STB=0.562441;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0106568;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:14:6:9:30:14:6:9:31 chr12 9885707 . A ATAAGT,T 95.02 PASS AF=0.203125,0.03125;AO=12,3;DP=66;FAO=13,2;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=8,2;FSAR=5,0;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0343859,-0.0307539;FXX=0.0302984;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=173.297,177.21;QD=5.93849;RBI=0.0367105,0.0309524;REFB=-0.00545949,-0.00550437;REVB=-0.0128558,0.00349949;RO=49;SAF=7,3;SAR=5,0;SRF=27;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0407192,0.451217;STB=0.552348,0.994371;STBP=0.743,0.181;TYPE=ins,snp;VARB=0.0277937,-0.0592029;OID=.,.;OPOS=9885708,9885707;OREF=-,A;OALT=TAAGT,T;OMAPALT=ATAAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:66:64:49:49:12,3:13,2:0.203125,0.03125:5,0:7,3:27:22:5,0:8,2:27:22 chr12 9905690 . A G 336.94 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0187671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.669;QD=11.3258;RBI=0.0187739;REFB=-0.013268;REVB=0.000505696;RO=77;SAF=12;SAR=30;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236066;STB=0.636296;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0379857;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:77:42:42:0.352941:30:12:37:40:30:12:37:40 chr12 9906143 . GT G,TG 438.37 PASS AF=1,0;AO=28,30;DP=74;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163942,-0.0719912;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=7.17152,13.4121;QD=22.7722;RBI=0.260018,0.271557;REFB=0,0;REVB=0.201822,-0.261841;RO=8;SAF=23,0;SAR=5,30;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.35881,-0.859589;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00488597,0;OID=.,.;OPOS=9906144,9906143;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:77:8:0:28,30:77,0:1,0:5,30:23,0:1:7:48,0:29,0:0:0 chr12 9906151 . GAAAA AGAAA,GAAA,GAAAAC,GTAAA 527.55 PASS AF=0,0.863636,0.106061,0.0151515;AO=12,30,9,3;DP=69;FAO=0,57,7,1;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11,7,1;FSAR=0,46,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.178682,0.150189,-0.0430386,-0.077298;FXX=0.0149231;HRUN=1,5,1,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=7.37835,11.5786,174.436,27.5452;QD=31.9728;RBI=0.236135,0.153142,0.0605822,0.0859317;REFB=-0.0115011,-0.0943044,0.0125042,-0.0587911;REVB=-0.154377,0.0299314,-0.0426367,0.0375404;RO=10;SAF=0,3,9,3;SAR=12,27,0,0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0.461538,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.789134,-0.114144,0.827703,0.747687;STB=0.5,0.505374,0.997454,0.989913;STBP=1,0.656,0.048,0.496;TYPE=mnp,del,ins,snp;VARB=0,0.0285442,0.0710414,-0.00251211;OID=.,.,.,.;OPOS=9906151,9906152,9906156,9906152;OREF=GA,A,-,A;OALT=AG,-,C,T;OMAPALT=AGAAA,GAAA,GAAAAC,GTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:35:69:66:10:1:12,30,9,3:0,57,7,1:0,0.863636,0.106061,0.0151515:12,27,0,0:0,3,9,3:2:8:0,46,0,0:0,11,7,1:0:1 chr12 9985915 . G T 462.37 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00211522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.849;QD=24.3352;RBI=0.00229284;REFB=-0.0186915;REVB=-0.000884861;RO=32;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216954;STB=0.610097;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0150252;OID=.;OPOS=9985915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:43:44:0.578947:29:14:19:13:29:15:19:13 chr12 9994445 . GTGT G 1036.12 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213842;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.419;QD=60.0649;RBI=0.0271144;REFB=0;REVB=0.0166705;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.35593e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:70:69:69:0:31:38:0:0:6:0:30:38:0:0 chr12 10015177 . A G 652.0 PASS AF=0.650602;AO=42;DP=82;FAO=54;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0262724;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.437;QD=31.4218;RBI=0.0275007;REFB=-0.033516;REVB=-0.00812725;RO=12;SAF=19;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148911;STB=0.518094;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0133963;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:12:25:42:54:0.650602:23:19:5:7:29:25:13:12 chr12 10041364 . G A 346.78 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0172474;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.748;QD=13.3378;RBI=0.0365319;REFB=-0.00729619;REVB=-0.0322041;RO=62;SAF=24;SAR=17;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846306;STB=0.541381;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0111725;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:63:41:41:0.394231:17:24:41:21:17:24:41:22 chr12 10136672 . G A 1519.51 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.967;QD=59.0102;RBI=0.007774;REFB=0;REVB=-0.00248469;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76121e-06;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:103:0:0:96:103:1:55:41:0:0:59:44:0:0 chr12 10137557 . A C 564.99 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00340114;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=221.306;QD=49.1298;RBI=0.00341619;REFB=-0.0600601;REVB=0.000320281;RO=3;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581256;STB=0.505811;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00143103;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:3:6:40:40:0.869565:25:15:1:2:25:15:2:4 chr12 10147850 . T C 356.5 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.039031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.732;QD=14.4042;RBI=0.0391675;REFB=-0.0204835;REVB=0.00326694;RO=59;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515182;STB=0.508666;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0323129;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:22:17:26:33:22:17:27:33 chr12 10149369 . AC AA,ACA,CA 41.7 PASS AF=0.0454545,0.181818,0.0454545;AO=2,6,3;DP=44;FAO=2,8,2;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=1,3,2;FSAR=1,5,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0109249,-0.0607816,-0.0336924;FXX=0.0222173;HRUN=1,7,6;LEN=1,1,2;MLLD=192.035,7.60955,24.2171;QD=3.7913;RBI=0.0165167,0.0979355,0.0397924;REFB=0.000611646,-0.111799,-0.0225353;REVB=0.0123875,0.0767917,0.0211721;RO=28;SAF=1,2,3;SAR=1,4,0;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0322576,-0.240096,0.541223;STB=0.529121,0.624688,0.994463;STBP=0.866,0.522,0.18;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=-0.00403531,0.0681283,-0.0466908;OID=.,.,.;OPOS=10149370,10149371,10149369;OREF=C,-,AC;OALT=A,A,CA;OMAPALT=AA,ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:44:44:28:32:2,6,3:2,8,2:0.0454545,0.181818,0.0454545:1,4,0:1,2,3:15:13:1,5,0:1,3,2:17:15 chr12 10149406 . T C 1378.6 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00668785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2851;QD=59.9392;RBI=0.0500911;REFB=-0.0490977;REVB=0.0496426;RO=2;SAF=49;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189511;STB=0.509998;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00696065;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:41:49:2:0:41:49:2:0 chr12 10149851 . C T 1764.77 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.845;QD=60.8541;RBI=0.00441232;REFB=0;REVB=-0.00305125;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76371e-06;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:55:61:0:0:55:61:0:0 chr12 10151642 . T C 2436.86 PASS AF=0.993789;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3072;QD=60.5432;RBI=0.0812308;REFB=-0.106833;REVB=0.0791796;RO=0;SAF=64;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5075e-08;STB=0.50259;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000371906;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:161:0:1:158:160:0.993789:94:64:0:0:96:64:0:1 chr12 10165469 . A G 2438.91 PASS AF=0.993789;AO=158;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0058977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.762;QD=60.5941;RBI=0.0514404;REFB=-0.063264;REVB=0.0511012;RO=1;SAF=71;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543759;STB=0.502793;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000788398;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:161:1:1:158:160:0.993789:87:71:0:1:89:71:0:1 chr12 10167277 . G C 833.59 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.892;QD=57.4891;RBI=0.0303968;REFB=0;REVB=0.0290846;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71856e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr12 10215654 . C G 245.16 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0317259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2616;QD=19.2281;RBI=0.043016;REFB=-0.00329915;REVB=0.029049;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860871;STB=0.548156;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00580868;OID=.;OPOS=10215654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:14:11:14:12:14:11 chr12 10367240 . CT C 328.55 PASS AF=0.636364;AO=41;DP=67;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0719424;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3432;QD=19.912;RBI=0.0943284;REFB=-0.0333099;REVB=-0.0610094;RO=24;SAF=15;SAR=26;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15252;STB=0.578783;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.0147049;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:41:67:42:66:24:15:27:4:20:99:24:15:26:4:20 chr12 10462052 . T G 1691.12 PASS AF=1;AO=107;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.263;QD=58.8217;RBI=0.174951;REFB=0;REVB=0.0320015;RO=2;SAF=60;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121604;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:115:2:0:107:115:1:47:60:2:0:49:66:0:0 chr12 10467533 . T A 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.209;QD=59.6776;RBI=0.0503008;REFB=0;REVB=-0.0209957;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75495e-05;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr12 10525740 . C T 1514.24 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.565;QD=59.3818;RBI=0.0251359;REFB=0;REVB=-0.0212331;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123591;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:43:58:0:0:44:58:0:0 chr12 10532111 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.088;QD=50.4135;RBI=0.0267649;REFB=0;REVB=-0.00735544;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39891e-05;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr12 10532326 . T C 940.7 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915041;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.581;QD=58.7937;RBI=0.021726;REFB=0;REVB=0.019705;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96731e-05;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr12 10560957 . T C 1305.85 PASS AF=0.988372;AO=72;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.181;QD=60.7371;RBI=0.0439575;REFB=0.00228233;REVB=0.00690951;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=4.74679e-05;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:72:85:0.988372:40:32:0:0:43:42:1:0 chr12 10562025 . C T 1952.22 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.604;QD=61.9753;RBI=0.0299456;REFB=0;REVB=0.0179872;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31744e-05;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:53:73:0:0:53:73:0:0 chr12 10562089 . A C 2402.1 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=161;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251059;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.724;QD=60.4303;RBI=0.0256667;REFB=-0.08224;REVB=0.00533585;RO=0;SAF=87;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00043504;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:159:0:1:157:158:0.993711:70:87:0:0:71:87:1:0 chr12 10570965 . C G 1896.23 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603825;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.606;QD=61.1686;RBI=0.0604144;REFB=0;REVB=0.0019639;RO=0;SAF=78;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388955;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:120:124:1:42:78:0:0:45:79:0:0 chr12 10571042 . A G 1652.26 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0311148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0419;QD=57.4701;RBI=0.0451285;REFB=-0.0114508;REVB=0.0326872;RO=3;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287472;STB=0.515149;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00111008;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:48:64:0:3:48:64:0:3 chr12 10571091 . T G 1232.53 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952977;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.738;QD=61.6267;RBI=0.0124526;REFB=0;REVB=-0.00801569;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02043e-06;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr12 10571106 . G C 1135.64 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934895;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0339;QD=60.5677;RBI=0.0404953;REFB=0;REVB=0.0394014;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20645e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr12 10572982 . A G 1693.5 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4709;QD=60.4821;RBI=0.0598597;REFB=0;REVB=0.0417606;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042217;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr12 10573094 . CA GG 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205687;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=2;MLLD=315.529;QD=57.2417;RBI=0.00435751;REFB=0;REVB=0.00384151;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.24345e-06;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr12 10587111 . A G 11739.5 PASS AF=0.978036;AO=757;DP=775;FAO=757;FDP=774;FR=.;FRO=17;FSAF=409;FSAR=348;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00191332;FXX=0.00129031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.938;QD=60.6693;RBI=0.0026692;REFB=-0.0367164;REVB=0.00186114;RO=15;SAF=409;SAR=348;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523641;STB=0.50284;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=4.88252e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:775:774:15:17:757:757:0.978036:348:409:6:9:348:409:7:10 chr12 10587631 . C T 573.67 PASS AF=0.414966;AO=60;DP=146;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.00152839;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.309;QD=15.6099;RBI=0.0138708;REFB=-0.0103336;REVB=0.0137864;RO=86;SAF=27;SAR=33;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708252;STB=0.544659;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0138962;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:86:86:60:61:0.414966:33:27:33:53:33:28:33:53 chr12 10588530 . C G 637.2 PASS AF=0.33617;AO=79;DP=236;FAO=79;FDP=235;FR=.;FRO=156;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=77;FSRR=79;FWDB=-0.0131089;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7293;QD=10.8459;RBI=0.0249958;REFB=0.00643997;REVB=0.0212826;RO=156;SAF=55;SAR=24;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245673;STB=0.641308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0146866;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:156:156:79:79:0.33617:24:55:77:79:24:55:77:79 chr12 10588581 . T C 640.17 PASS AF=0.448718;AO=69;DP=155;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.00636182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.767;QD=16.4146;RBI=0.0110272;REFB=-0.0218022;REVB=0.009007;RO=86;SAF=35;SAR=34;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856758;STB=0.543538;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0235097;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:86:86:69:70:0.448718:34:35:51:35:34:36:51:35 chr12 10603669 . G GC 3223.34 PASS AF=1;AO=27;DP=225;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109807;FXX=0.004566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.337;QD=59.1438;RBI=0.109926;REFB=-0.0178997;REVB=0.00510252;RO=194;SAF=0;SAR=27;SRF=104;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.22424e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:225:218:218:0:106:112:0:0:13:194:0:27:104:90 chr12 10603670 . T C 2605.06 PASS AF=0.855856;AO=189;DP=222;FAO=190;FDP=222;FR=.;FRO=32;FSAF=103;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0.0141701;FXX=0.0176983;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.179;QD=46.938;RBI=0.0198746;REFB=-0.0901037;REVB=0.0139358;RO=33;SAF=102;SAR=87;SRF=1;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142442;STB=0.577662;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00153988;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:33:32:189:190:0.855856:87:102:1:32:87:103:0:32 chr12 10658942 . C T 528.22 PASS AF=0.386503;AO=60;DP=163;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.00668119;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.808;QD=12.9625;RBI=0.0559742;REFB=-0.00311425;REVB=-0.0555741;RO=98;SAF=26;SAR=34;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628594;STB=0.540377;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00516827;OID=.;OPOS=10658942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:100:60:63:0.386503:34:26:37:61:35:28:38:62 chr12 10659438 . T C 3500.18 PASS AF=1;AO=221;DP=224;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323451;FXX=0.0132737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.014;QD=62.7834;RBI=0.0180617;REFB=0;REVB=0.0177697;RO=0;SAF=104;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197604;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:223:0:0:221:223:1:117:104:0:0:117:106:0:0 chr12 10659964 . C G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.902;QD=63.0523;RBI=0.0230637;REFB=0;REVB=0.0219908;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28922e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr12 10675250 . G C 740.69 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103914;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5566;QD=56.9764;RBI=0.0928397;REFB=0;REVB=-0.0922563;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000776617;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr12 10763205 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0764009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.139;QD=7.62916;RBI=0.0765676;REFB=0.00483762;REVB=0.00504841;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0162405;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:5:15:6:2:5:15 chr12 10763236 . G C 544.53 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1929;QD=58.8682;RBI=0.0491689;REFB=0;REVB=-0.0403862;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295581;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr12 10771779 . C T 1191.72 PASS AF=0.281553;AO=163;DP=606;FAO=174;FDP=618;FR=.;FRO=444;FSAF=104;FSAR=70;FSRF=244;FSRR=200;FWDB=-0.00712444;FXX=0.00802555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2011;QD=7.71342;RBI=0.0167676;REFB=-0.00919864;REVB=0.0151787;RO=438;SAF=102;SAR=61;SRF=244;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885537;STB=0.535465;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0249524;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:606:618:438:444:163:174:0.281553:61:102:244:194:70:104:244:200 chr12 10782115 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.695;QD=61.2132;RBI=0.020222;REFB=0;REVB=-0.0178486;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31607e-05;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr12 10871667 . A G 1581.01 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0381727;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4823;QD=58.0187;RBI=0.163666;REFB=-0.120299;REVB=0.159152;RO=2;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186029;STB=0.509614;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00425365;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:109:2:2:106:107:0.981651:50:56:0:2:51:56:0:2 chr12 10954383 . T A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0105294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.778;QD=23.6748;RBI=0.0141475;REFB=-0.00472206;REVB=0.00944905;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933049;STB=0.551952;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0030798;OID=.;OPOS=10954383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:11:5:9:12:11:5 chr12 10954632 . C A 320.71 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0121296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.798;QD=27.2947;RBI=0.0188533;REFB=-0.0103633;REVB=-0.0144333;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160441;STB=0.588841;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00478889;OID=.;OPOS=10954632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:19:9:10:9:19:9:10:9 chr12 10954916 . A G 427.24 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00543252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4878;QD=16.9204;RBI=0.0305086;REFB=-0.00700089;REVB=0.030021;RO=55;SAF=27;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147001;STB=0.582112;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0115539;OID=.;OPOS=10954916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:19:27:24:31:19:27:24:31 chr12 10958658 . T C 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00104585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.261;QD=17.5989;RBI=0.0362164;REFB=-0.0108752;REVB=0.0362013;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723862;STB=0.506593;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0118554;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:44:38:38:0.463415:16:22:24:18:16:22:26:18 chr12 10959438 . G A 536.8 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0678929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.176;QD=16.0239;RBI=0.0679405;REFB=-0.0439974;REVB=0.00254398;RO=76;SAF=21;SAR=36;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164379;STB=0.584876;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0569655;OID=.;OPOS=10959438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:76:76:57:58:0.432836:36:21:40:36:36:22:40:36 chr12 10961978 . C T 693.84 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00231939;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7973;QD=19.5447;RBI=0.0280453;REFB=0.0114374;REVB=-0.0279492;RO=73;SAF=42;SAR=27;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757429;STB=0.504184;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0094062;OID=.;OPOS=10961978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:73:73:69:69:0.485915:27:42:45:28:27:42:45:28 chr12 10962022 . C T 565.31 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0320395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.327;QD=16.7499;RBI=0.0321037;REFB=-0.0112488;REVB=-0.00202875;RO=74;SAF=32;SAR=28;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206509;STB=0.514906;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0140514;OID=.;OPOS=10962022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:75:60:60:0.444444:28:32:41:33:28:32:42:33 chr12 10962115 . A G 482.47 PASS AF=0.716667;AO=42;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0875408;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4913;QD=32.1644;RBI=0.0891103;REFB=-0.0341339;REVB=-0.0166512;RO=14;SAF=23;SAR=19;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447365;STB=0.508231;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00565501;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:14:17:42:43:0.716667:19:23:9:5:19:24:9:8 chr12 10978402 . G A 138.94 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0211631;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.643;QD=15.4378;RBI=0.0231606;REFB=0.00983478;REVB=-0.00940951;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241819;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0139076;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:15:16:0.444444:5:10:8:11:6:10:8:12 chr12 11001963 . ATT ATA,AT 55.85 PASS AF=0.05,0.283333;AO=3,15;DP=61;FAO=3,17;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=0,13;FSAR=3,4;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=0.0086368,0.162057;FXX=0.0322529;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=207.831,7.81178;QD=3.72348;RBI=0.0213305,0.183802;REFB=0.00144732,-0.0258742;REVB=-0.0195037,-0.0867208;RO=27;SAF=0,7;SAR=3,8;SRF=24;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.77777,-0.463586;STB=0.998297,0.535674;STBP=0.001,0.795;TYPE=snp,del;VARB=0.0815671,-0.0937572;OID=.,.;OPOS=11001965,11001964;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.283333:3,15:61:3,17:60:40:0,13:3,4:32:8:44:27:0,7:3,8:24:3 chr12 11081944 . G A 388.08 PASS AF=0.44086;AO=42;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0154474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2953;QD=16.6917;RBI=0.016219;REFB=-0.0403497;REVB=0.00494327;RO=45;SAF=9;SAR=33;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428137;STB=0.761362;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0273699;OID=.;OPOS=11081944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:52:42:41:0.44086:33:9:29:16:32:9:35:17 chr12 11083356 . A G 55.47 PASS AF=0.0980392;AO=15;DP=155;FAO=15;FDP=153;FR=.;FRO=138;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=-0.0501682;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4768;QD=1.45028;RBI=0.0502961;REFB=0.00327913;REVB=-0.00358402;RO=140;SAF=7;SAR=8;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113569;STB=0.515769;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0316687;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:155:153:140:138:15:15:0.0980392:8:7:64:76:8:7:62:76 chr12 11083677 . T C 127.75 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00464081;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.785;QD=5.26805;RBI=0.0106374;REFB=-0.00235191;REVB=0.0095717;RO=77;SAF=11;SAR=9;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184307;STB=0.615351;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00751046;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:77:20:20:0.206186:9:11:31:46:9:11:31:46 chr12 11091432 . C T 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0105257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.796;QD=6.39572;RBI=0.0122572;REFB=-0.00255736;REVB=0.00628089;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459407;STB=0.529346;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00659875;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:15:14:4:5:15:14 chr12 11091551 . T C 330.84 PASS AF=0.384615;AO=38;DP=102;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00280659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.624;QD=12.7247;RBI=0.0103856;REFB=-0.00750302;REVB=0.00999923;RO=64;SAF=23;SAR=15;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131753;STB=0.503998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0123408;OID=.;OPOS=11091551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:64:64:38:40:0.384615:15:23:38:26:16:24:38:26 chr12 11138683 . C G,T 1583.41 PASS AF=0.0442478,0.929204;AO=5,105;DP=113;FAO=5,105;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=5,63;FSAR=0,42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0204383,-0.0124617;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.3914,172.217;QD=56.05;RBI=0.0440018,0.0210528;REFB=-0.0157374,-0.157712;REVB=0.0389671,0.0169683;RO=3;SAF=5,63;SAR=0,42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.73361,-0.00366158;STB=0.996444,0.50193;STBP=0.161,0.924;TYPE=snp,snp;VARB=0.115075,0.000855472;OID=.,.;OPOS=11138683,11138683;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:113:113:3:3:5,105:5,105:0.0442478,0.929204:0,42:5,63:2:1:0,42:5,63:2:1 chr12 11138852 . C T 900.59 PASS AF=0.569444;AO=82;DP=144;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00773153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.806;QD=25.0163;RBI=0.0231104;REFB=-0.03081;REVB=-0.0217787;RO=61;SAF=38;SAR=44;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163966;STB=0.512109;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0231626;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:61:62:82:82:0.569444:44:38:27:34:44:38:27:35 chr12 11149711 . C A 1553.2 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=6.98041e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.282;QD=62.7557;RBI=0.000227607;REFB=-0.0223511;REVB=-0.000216639;RO=1;SAF=65;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724211;STB=0.503816;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-5.06826e-07;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:33:65:1:0:33:65:1:0 chr12 11149720 . A G 1449.13 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.001473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.193;QD=57.3914;RBI=0.010718;REFB=-0.0544045;REVB=0.0106163;RO=2;SAF=67;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139487;STB=0.507351;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000746318;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:32:67:2:0:32:67:2:0 chr12 11149769 . T C 1563.78 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.489;QD=59.5726;RBI=0.0702421;REFB=0;REVB=0.0662928;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385631;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:102:105:1:37:65:0:0:39:66:0:0 chr12 11150032 . TG T,TT 1173.09 PASS AF=0.0128205,0.987179;AO=14,65;DP=80;FAO=1,77;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265633,0.0231868;FXX=0.0249969;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.862,184.265;QD=60.1584;RBI=0.0401205,0.040265;REFB=0,0;REVB=0.0300673,0.0329187;RO=0;SAF=7,32;SAR=7,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0109116,0.00208402;OID=.,.;OPOS=11150033,11150033;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0128205,0.987179:14,65:80:1,77:78:0:1,38:0,39:0:0:4:0:7,32:7,33:0:0 chr12 11150046 . G T 1128.49 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00361726;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7236;QD=57.8713;RBI=0.0140208;REFB=-0.00356927;REVB=-0.0135462;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000238563;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:0:2:76:76:0.974359:38:38:0:0:38:38:0:2 chr12 11150214 . G A 601.05 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0118;QD=58.6392;RBI=0.106759;REFB=-0.11169;REVB=-0.102901;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00247329;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:24:16:0:1:24:16:0:1 chr12 11150319 . T C 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.124;QD=55.6315;RBI=0.0390767;REFB=0;REVB=0.0188912;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466039;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr12 11174276 . G A 300.0 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0499078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8671;QD=16.4384;RBI=0.0583666;REFB=-0.00896614;REVB=-0.0302635;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132281;STB=0.507242;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00770696;OID=.;OPOS=11174276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:30:30:0.410959:15:15:18:19:15:15:19:20 chr12 11174286 . C A 39.19 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0128904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9667;QD=1.91158;RBI=0.0511147;REFB=-0.0031591;REVB=-0.0494626;RO=72;SAF=6;SAR=3;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214749;STB=0.655389;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0377253;OID=.;OPOS=11174286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:82:72:73:9:9:0.109756:3:6:35:37:3:6:36:37 chr12 11174302 . A G 59.05 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00269344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.532;QD=2.71486;RBI=0.0113021;REFB=-0.000921365;REVB=-0.0109765;RO=74;SAF=8;SAR=4;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19266;STB=0.640387;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00740024;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:74:75:12:12:0.137931:4:8:38:36:4:8:38:37 chr12 11174327 . C T 85.77 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00379996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.14;QD=3.33072;RBI=0.00616138;REFB=-0.0072052;REVB=-0.00485003;RO=87;SAF=9;SAR=7;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100189;STB=0.567189;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0412553;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:87:87:16:16:0.15534:7:9:42:45:7:9:42:45 chr12 11174372 . C G 96.27 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0314476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4132;QD=3.81263;RBI=0.0958881;REFB=0.00210191;REVB=-0.0905847;RO=82;SAF=6;SAR=11;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245574;STB=0.660321;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0183087;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:82:84:17:17:0.168317:11:6:45:37:11:6:46:38 chr12 11174380 . C T 92.11 PASS AF=0.161905;AO=17;DP=105;FAO=17;FDP=105;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0161184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.402;QD=3.50885;RBI=0.0168471;REFB=-0.00560101;REVB=0.00490127;RO=84;SAF=6;SAR=11;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24416;STB=0.659814;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0409717;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:105:105:84:88:17:17:0.161905:11:6:46:38:11:6:48:40 chr12 11174390 . G A 78.7 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00513429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.711;QD=2.83599;RBI=0.0354409;REFB=-0.00124843;REVB=-0.035067;RO=93;SAF=6;SAR=10;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190188;STB=0.620616;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0276359;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:111:93:95:16:16:0.144144:10:6:49:44:10:6:49:46 chr12 11174397 . T A 69.54 PASS AF=0.131579;AO=15;DP=111;FAO=15;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00143465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.302;QD=2.44;RBI=0.0164734;REFB=0.000655897;REVB=-0.0164108;RO=96;SAF=6;SAR=9;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162663;STB=0.608248;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00624402;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:111:114:96:99:15:15:0.131579:9:6:51:45:9:6:52:47 chr12 11174416 . A G 56.36 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0154664;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0631;QD=2.01271;RBI=0.0157791;REFB=-0.00136177;REVB=-0.00312579;RO=98;SAF=6;SAR=7;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839301;STB=0.56488;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0143314;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:113:112:98:99:13:13:0.116071:7:6:52:46:7:6:53:46 chr12 11174466 . G A 39.59 PASS AF=0.0952381;AO=9;DP=106;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.00835352;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.201;QD=1.50838;RBI=0.0088057;REFB=-0.00379681;REVB=0.0027855;RO=95;SAF=3;SAR=6;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150327;STB=0.558022;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.026304;OID=.;OPOS=11174466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:105:95:95:9:10:0.0952381:6:3:44:51:6:4:44:51 chr12 11174498 . T C 252.41 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0108502;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6477;QD=10.3025;RBI=0.0409997;REFB=0.0122053;REVB=0.0395379;RO=67;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248158;STB=0.514503;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00755812;OID=.;OPOS=11174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:67:67:31:31:0.316327:16:15:31:36:16:15:31:36 chr12 11174715 . T A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0186798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4507;QD=11.992;RBI=0.0219096;REFB=-0.00217304;REVB=-0.0114497;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167152;STB=0.509793;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00328034;OID=.;OPOS=11174715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:17:16:9:9:17:16 chr12 11174753 . G A 136.47 PASS AF=0.363636;AO=14;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0038363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.175;QD=12.4063;RBI=0.00388154;REFB=-0.0283;REVB=0.000590921;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240355;STB=0.505773;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0526025;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:28:14:16:0.363636:8:6:11:16:9:7:12:16 chr12 11175087 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0257725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.296;QD=8.81124;RBI=0.0500005;REFB=-0.0454205;REVB=-0.0428466;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390901;STB=0.740006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0718497;OID=.;OPOS=11175087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:8:3:4:2:8:3 chr12 11183092 . C A 990.84 PASS AF=0.305361;AO=130;DP=429;FAO=131;FDP=429;FR=.;FRO=298;FSAF=78;FSAR=53;FSRF=148;FSRR=150;FWDB=0.00737684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.76;QD=9.23857;RBI=0.0213089;REFB=-0.00664489;REVB=-0.0199913;RO=298;SAF=78;SAR=52;SRF=148;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125779;STB=0.569312;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0161582;OID=.;OPOS=11183092;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:298:298:130:131:0.305361:52:78:148:150:53:78:148:150 chr12 11183217 . C T 32.61 PASS AF=0.0738255;AO=11;DP=148;FAO=11;FDP=149;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.00955494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.433;QD=0.8754;RBI=0.027352;REFB=-0.000461424;REVB=-0.0256288;RO=135;SAF=6;SAR=5;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216189;STB=0.51531;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00748024;OID=.;OPOS=11183217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:148:149:135:138:11:11:0.0738255:5:6:71:64:5:6:73:65 chr12 11183224 . T A 293.09 PASS AF=0.3;AO=37;DP=132;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0173228;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.698;QD=9.01809;RBI=0.0173715;REFB=-0.00891604;REVB=-0.00129877;RO=92;SAF=19;SAR=18;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319658;STB=0.505128;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0178851;OID=.;OPOS=11183224;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:92:91:37:39:0.3:18:19:47:45:20:19:45:46 chr12 11183255 . G A 206.96 PASS AF=0.28;AO=27;DP=99;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0301887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.689;QD=8.27823;RBI=0.0303569;REFB=-0.00279105;REVB=-0.00319147;RO=72;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583569;STB=0.519048;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00791266;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:72:72:27:28:0.28:16:11:29:43:16:12:29:43 chr12 11183451 . A T 508.22 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.066645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.603;QD=16.6629;RBI=0.076569;REFB=-0.00480801;REVB=-0.0376994;RO=67;SAF=33;SAR=22;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277427;STB=0.515458;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00477578;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:22:33:42:25:22:33:42:25 chr12 11183576 . T C 54.09 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.0291461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6271;QD=2.70447;RBI=0.0355467;REFB=-0.00106148;REVB=-0.0203487;RO=69;SAF=2;SAR=9;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576354;STB=0.881791;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00836717;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:69:69:11:11:0.1375:9:2:48:21:9:2:48:21 chr12 11183642 . A G 79.25 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00716364;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1711;QD=4.06427;RBI=0.00884697;REFB=0.00389978;REVB=-0.00519144;RO=64;SAF=8;SAR=6;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287232;STB=0.51877;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.016533;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:79:78:64:64:14:14:0.179487:6:8:38:26:6:8:38:26 chr12 11183676 . C T 72.64 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0112236;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.411;QD=3.92646;RBI=0.0159027;REFB=-0.00347756;REVB=0.0112661;RO=60;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998053;STB=0.556876;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0373067;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:75:74:60:61:13:13:0.175676:6:7:37:23:6:7:37:24 chr12 11183697 . C A 38.76 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0254268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6398;QD=2.31398;RBI=0.0255083;REFB=0.00648286;REVB=-0.00203857;RO=59;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223969;STB=0.668971;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0274781;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:2:6:34:25:2:6:34:25 chr12 11244070 . T C 312.19 PASS AF=0.282051;AO=44;DP=156;FAO=44;FDP=156;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0334191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8147;QD=8.00491;RBI=0.0694971;REFB=-0.010978;REVB=-0.0609345;RO=111;SAF=26;SAR=18;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180751;STB=0.603202;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0365302;OID=.;OPOS=11244070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:112:44:44:0.282051:18:26:49:62:18:26:50:62 chr12 11244166 . G C 1488.62 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00949895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.78;QD=60.1463;RBI=0.0101629;REFB=-0.0360436;REVB=0.00361322;RO=3;SAF=42;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131813;STB=0.507041;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000766062;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:99:3:3:95:96:0.969697:53:42:2:1:54:42:2:1 chr12 11244194 . T C 336.77 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0216251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.591;QD=14.8033;RBI=0.022417;REFB=0.00700966;REVB=-0.00590536;RO=54;SAF=14;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168135;STB=0.595372;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00724675;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:23:14:29:25:23:14:29:25 chr12 11244230 . C A 391.18 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00196712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.207;QD=19.3173;RBI=0.00218817;REFB=-0.019189;REVB=-0.000958388;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180837;STB=0.593334;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0191943;OID=.;OPOS=11244230;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:41:39:40:0.493827:20:19:12:29:21:19:12:29 chr12 11244319 . A C 212.28 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0055054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.466;QD=16.6491;RBI=0.0252788;REFB=-0.0103053;REVB=0.024672;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176371;STB=0.586846;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0110489;OID=.;OPOS=11244319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:11:11:9:19:12:11:9:19 chr12 11244369 . G C 122.46 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00879555;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.518;QD=14.8437;RBI=0.0217917;REFB=-0.00918377;REVB=-0.0199378;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0207087;OID=.;OPOS=11244369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:8:11:7:7:8:11 chr12 11244559 . C T 62.1 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0100784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.61;QD=7.52685;RBI=0.0101095;REFB=-0.00769136;REVB=-0.000791266;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170227;OID=.;OPOS=11244559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:10:9:0.272727:7:3:8:15:6:3:8:16 chr12 11244678 . GAGCAGTGAGAATTTGGTC G 106.65 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00867801;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=18;MLLD=510.904;QD=10.1573;RBI=0.00869655;REFB=-0.00593326;REVB=-0.000567615;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840086;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.0119643;OID=.;OPOS=11244679;OREF=AGCAGTGAGAATTTGGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524:13:45:13:42:29:7:6:14:15:99:28:7:6:13:15 chr12 11244725 . C G 318.83 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0149279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.904;QD=26.5692;RBI=0.022964;REFB=-0.00536303;REVB=-0.0174501;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101965;STB=0.55634;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00511016;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:13:15:8:12:13:15:8:12 chr12 11286088 . A C 902.79 PASS AF=0.441441;AO=92;DP=214;FAO=98;FDP=222;FR=.;FRO=124;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.00344105;FXX=0.0044841;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9233;QD=16.2664;RBI=0.0274222;REFB=0.00465798;REVB=-0.0272054;RO=120;SAF=46;SAR=46;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847128;STB=0.506901;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00482236;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:222:120:124:92:98:0.441441:46:46:61:59:51:47:61:63 chr12 11286249 . T C 253.35 PASS AF=0.37037;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0470234;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.842;QD=12.5109;RBI=0.0480166;REFB=-0.0295478;REVB=0.00971543;RO=50;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189577;STB=0.514842;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0494803;OID=.;OPOS=11286249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:51:29:30:0.37037:14:15:25:25:14:16:26:25 chr12 11286379 . T C 139.77 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00256921;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.781;QD=9.16494;RBI=0.00820377;REFB=-0.000456374;REVB=-0.00779109;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848841;STB=0.560079;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00100738;OID=.;OPOS=11286379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:41:42:19:19:0.311475:7:12:23:18:7:12:23:19 chr12 11286790 . A C 68.45 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0330943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.003;QD=6.51928;RBI=0.0347817;REFB=-0.0128889;REVB=0.0107021;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347378;STB=0.719196;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0558751;OID=.;OPOS=11286790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:42:42:32:32:10:10:0.238095:7:3:19:13:7:3:19:13 chr12 11338613 . CA GG 690.75 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141981;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.548;QD=61.4003;RBI=0.0424641;REFB=0;REVB=0.0400201;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00248692;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:19:26:0:0 chr12 11338669 . C T 265.49 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0211097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.886;QD=13.2746;RBI=0.0214575;REFB=0.000931804;REVB=-0.00384793;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108594;STB=0.568377;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0015444;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:13:18:23:25:13:18:23:26 chr12 11338750 . T C 329.52 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.010665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.689;QD=12.4346;RBI=0.0185363;REFB=-0.00598123;REVB=0.0151609;RO=66;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438301;STB=0.524988;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00860194;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:21:19:34:32:21:19:34:32 chr12 11338781 . C A 1166.91 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0015;QD=58.3453;RBI=0.025285;REFB=-0.125966;REVB=-0.0183132;RO=2;SAF=30;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030501;STB=0.50769;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00193063;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:2:1:76:79:0.9875:46:30:2:0:47:32:1:0 chr12 11338957 . A G 30.35 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.018217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0004;QD=8.67146;RBI=0.020588;REFB=-0.0781028;REVB=0.00959202;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717807;STB=0.545277;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.137143;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:9:9:5:5:0.357143:3:2:3:6:3:2:3:6 chr12 11338983 . T C 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.794;QD=39.1966;RBI=0.010111;REFB=0;REVB=0.00149393;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33845e-05;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr12 11418954 . A G 1207.91 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.202;QD=61.16;RBI=0.035569;REFB=0;REVB=0.0120112;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3399e-05;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:52:26:0:0:52:27:0:0 chr12 11421540 . AC CA 40.58 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.00794887;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=2;MLLD=43.6819;QD=1.86565;RBI=0.00833182;REFB=-0.0115317;REVB=-0.00249693;RO=74;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656611;STB=0.935728;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.130349;OID=.;OPOS=11421540;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:88:87:74:77:10:10:0.114943:1:9:21:53:1:9:24:53 chr12 11462275 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.847;QD=57.2376;RBI=0.0173994;REFB=0;REVB=0.0163917;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86837e-06;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr12 11992168 . G A 282.34 PASS AF=0.370787;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00765421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.821;QD=12.6894;RBI=0.0254561;REFB=-0.00659271;REVB=-0.0242781;RO=54;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771134;STB=0.505152;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0121671;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:56:32:33:0.370787:18:14:24:30:18:15:25:31 chr12 12044393 . T TTA 297.93 PASS AF=0.221239;AO=43;DP=300;FAO=50;FDP=226;FR=.;FRO=176;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=92;FSRR=84;FWDB=-0.0113005;FXX=0.0583309;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.584;QD=5.27305;RBI=0.0513616;REFB=-0.0164735;REVB=-0.050103;RO=249;SAF=29;SAR=14;SRF=122;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239153;STB=0.645191;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.042064;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221239:43:300:50:226:176:35:15:92:84:99:249:29:14:122:127 chr12 12044403 . AT ATA,A 202.1 PASS AF=0.209059,0;AO=56,47;DP=299;FAO=60,0;FDP=287;FR=.;FRO=227;FSAF=26,0;FSAR=34,0;FSRF=136;FSRR=91;FWDB=-0.0211276,-0.0279292;FXX=0.0620895;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=205.362,7.8021;QD=2.81673;RBI=0.0446578,0.102393;REFB=-0.00760866,-0.0890949;REVB=-0.0393439,-0.0985104;RO=167;SAF=26,21;SAR=30,26;SRF=106;SRR=61;SSEN=0,0.393701;SSEP=0,0;SSSB=-0.212355,-0.237212;STB=0.628869,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0282692,0.0713822;OID=.,.;OPOS=12044405,12044404;OREF=-,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209059,0:56,47:299:60,0:287:227:26,0:34,0:136:91:99:167:26,21:30,26:106:61 chr12 12045264 . G T 506.2 PASS AF=0.44;AO=50;DP=121;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=53;FWDB=0.0514228;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.046;QD=16.1983;RBI=0.053747;REFB=-0.0201066;REVB=0.0156342;RO=71;SAF=10;SAR=40;SRF=18;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081834;STB=0.505008;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.023444;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:71:70:50:55:0.44:40:10:18:53:42:13:17:53 chr12 12048223 . GA AA,AG 39.11 PASS AF=0.0280374,0.0560748;AO=12,5;DP=105;FAO=3,6;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=1,1;FSAR=2,5;FSRF=29;FSRR=69;FWDB=-0.00225289,0.0769016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=121.215,16.5423;QD=1.46213;RBI=0.0362784,0.174588;REFB=-0.00391088,0.0244899;REVB=-0.0362084,0.156739;RO=69;SAF=4,0;SAR=8,5;SRF=25;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0395265,-0.475157;STB=0.541716,0.668998;STBP=0.942,0.525;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0268084,-0.102615;OID=.,.;OPOS=12048223,12048223;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:105:107:69:98:12,5:3,6:0.0280374,0.0560748:8,5:4,0:25:44:2,5:1,1:29:69 chr12 12230938 . C G 234.35 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0616791;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3309;QD=46.8689;RBI=0.061725;REFB=-0.150692;REVB=0.00238;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00477608;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:1:0 chr12 12301898 . C T 932.97 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00842615;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0494;QD=57.4138;RBI=0.0160382;REFB=-0.0601236;REVB=-0.0136464;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00387101;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:40:24:0:1:40:24:0:1 chr12 12483134 . T A 400.91 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00177054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.966;QD=36.4466;RBI=0.00182038;REFB=-0.0247142;REVB=-0.000423048;RO=12;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836652;STB=0.545426;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00734413;OID=.;OPOS=12483134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:12:12:32:32:0.727273:16:16:8:4:16:16:8:4 chr12 12483275 . G A 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0180327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8439;QD=11.4534;RBI=0.0540573;REFB=-0.00337952;REVB=0.0509609;RO=64;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154131;STB=0.508923;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00930835;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:19:14:28:36:19:14:28:36 chr12 12483713 . A G 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0116214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9447;QD=11.6631;RBI=0.0223747;REFB=-0.00918183;REVB=-0.0191199;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764117;STB=0.545388;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00717044;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:11:15:9:5:11:15 chr12 12510097 . C T 582.17 PASS AF=0.379888;AO=68;DP=179;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.0325318;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8978;QD=13.0094;RBI=0.0327763;REFB=-0.00525357;REVB=0.00399674;RO=110;SAF=37;SAR=31;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977175;STB=0.552405;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00604273;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:110:111:68:68:0.379888:31:37:50:60:31:37:51:60 chr12 12618690 . G A 120.54 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0280753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.957;QD=24.1075;RBI=0.028183;REFB=0.00640539;REVB=0.00246204;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78806e-08;STB=0.526274;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00442016;OID=.;OPOS=12618690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:6:7:12:13:0.65:10:2:1:5:10:3:2:5 chr12 12814818 . C T 1350.41 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228533;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.671;QD=60.6927;RBI=0.0252853;REFB=0.0160822;REVB=-0.01082;RO=1;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085381;STB=0.504424;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000133988;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:89:1:1:87:88:0.988764:55:32:0:1:56:32:0:1 chr12 12879254 . T G 481.44 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.056472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.403;QD=53.4937;RBI=0.058085;REFB=0.0768583;REVB=0.0135933;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00425045;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:18:16:2:0:18:16:2:0 chr12 12941884 . C T 1372.0 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290774;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.948;QD=62.3638;RBI=0.0265065;REFB=0;REVB=-0.0263466;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92432e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:43:45:0:0 chr12 12967127 . C T 388.07 PASS AF=0.322148;AO=48;DP=148;FAO=48;FDP=149;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0390393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3588;QD=10.4179;RBI=0.0398653;REFB=0.000137339;REVB=0.00807335;RO=100;SAF=28;SAR=20;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178065;STB=0.599514;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00036538;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:100:101:48:48:0.322148:20:28:43:57:20:28:44:57 chr12 13028653 . A G 510.87 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.406;QD=58.385;RBI=0.0716684;REFB=0;REVB=0.00413838;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151371;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:26:5:0:0:26:9:0:0 chr12 13061294 . C T 173.51 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00373903;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.268;QD=24.7875;RBI=0.016287;REFB=-0.00610566;REVB=-0.015852;RO=10;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338917;STB=0.70883;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00266093;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:28:10:11:17:17:0.607143:4:13:3:7:4:13:3:8 chr12 13102605 . G A 176.74 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000467086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.975;QD=24.3776;RBI=0.0124548;REFB=-0.0113435;REVB=0.0124461;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254005;STB=0.647968;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0131599;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:11:11:17:18:0.62069:13:4:6:5:14:4:6:5 chr12 13136623 . T C 412.97 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0115872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6565;QD=24.2924;RBI=0.036814;REFB=0.0199734;REVB=-0.0349429;RO=21;SAF=17;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230829;STB=0.513588;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0191603;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:28:40:40:0.588235:23:17:9:12:23:17:11:17 chr12 13208552 . C T 285.5 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.0204301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2924;QD=10.3817;RBI=0.0561425;REFB=-0.000849391;REVB=-0.0522933;RO=71;SAF=28;SAR=9;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133781;STB=0.592092;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00116964;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:73:37:37:0.336364:9:28:47:24:9:28:47:26 chr12 13214537 . A G 558.18 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0050704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.277;QD=23.0175;RBI=0.0265144;REFB=-0.0307032;REVB=-0.0260251;RO=44;SAF=25;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409557;STB=0.516892;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0222143;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:45:52:52:0.536082:27:25:19:25:27:25:20:25 chr12 13221606 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.013;QD=58.0593;RBI=0.0427278;REFB=0;REVB=-0.0206265;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240037;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr12 13349823 . C T 708.94 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0271226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.217;QD=28.9363;RBI=0.0297199;REFB=-0.0053822;REVB=0.0121504;RO=36;SAF=23;SAR=38;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321117;STB=0.510376;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00487774;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:37:61:61:0.622449:38:23:12:24:38:23:13:24 chr12 13369196 . C T 367.0 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0407481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9034;QD=18.8203;RBI=0.0603894;REFB=0.00449938;REVB=-0.0445699;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100939;STB=0.511105;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00841995;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:40:38:38:0.487179:16:22:23:16:16:22:24:16 chr12 13527882 . G A 749.86 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.891;QD=63.8181;RBI=0.0614275;REFB=0;REVB=0.0137543;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666054;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:21:20:0:0:23:24:0:0 chr12 13593879 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0384851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.472;QD=20.8989;RBI=0.0385448;REFB=-0.0177096;REVB=0.00214503;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26205;STB=0.645062;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0264452;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:12:16:6:18:12:16:6:18 chr12 13717508 . G A 355.4 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.000209325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.857;QD=14.3595;RBI=0.00896624;REFB=-0.0127571;REVB=0.0089638;RO=59;SAF=24;SAR=14;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511671;STB=0.500821;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228095;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:60:38:39:0.393939:14:24:37:22:15:24:37:23 chr12 14018777 . G C 455.68 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0278678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.4971;QD=21.1945;RBI=0.0333857;REFB=-0.0449463;REVB=0.0183846;RO=38;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547835;STB=0.515693;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0509137;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:38:41:44:45:0.523256:19:25:24:14:19:26:25:16 chr12 14019128 . C T 429.44 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00123139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.568;QD=28.1601;RBI=0.0217194;REFB=-0.0217939;REVB=0.0216844;RO=21;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308731;STB=0.516809;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.013218;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:21:19:11:10:21:19:11:10 chr12 14587301 . A G 676.7 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.417;QD=60.151;RBI=0.0154036;REFB=0.145337;REVB=-0.00285065;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000491902;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr12 14688644 . C T 1495.61 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0295563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.84;QD=62.3172;RBI=0.0339542;REFB=0.0223035;REVB=-0.0167127;RO=1;SAF=29;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160683;STB=0.508473;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.000286326;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:66:29:1:0:66:29:1:0 chr12 14794062 . G A 1399.0 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0248934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4196;QD=57.6905;RBI=0.0255535;REFB=0.0303798;REVB=-0.00577089;RO=5;SAF=43;SAR=49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660581;STB=0.50156;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0157237;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:97:97:5:4:92:93:0.958763:49:43:2:3:50:43:2:2 chr12 14827463 . AATC A 1300.73 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942432;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=314.374;QD=48.6254;RBI=0.0100109;REFB=0;REVB=-0.00337654;RO=0;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000334211;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:103:107:107:0:66:41:0:0:23:0:63:38:0:0 chr12 14829893 . A C 4617.77 PASS AF=0.980583;AO=298;DP=306;FAO=303;FDP=309;FR=.;FRO=6;FSAF=131;FSAR=172;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0788318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3251;QD=59.7769;RBI=0.0916868;REFB=-0.223949;REVB=0.0468189;RO=8;SAF=130;SAR=168;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310309;STB=0.501338;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00345241;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:306:309:8:6:298:303:0.980583:168:130:3:5:172:131:3:3 chr12 14929619 . G C 103.92 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00768219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8922;QD=10.3921;RBI=0.0198875;REFB=0.000676505;REVB=-0.0183439;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640667;STB=0.538402;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00321375;OID=.;OPOS=14929619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:13:14:6:7:13:14 chr12 14929721 . C T 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7748;QD=64.4071;RBI=0.0558874;REFB=0;REVB=-0.0328609;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598462;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr12 14929872 . A G 1452.33 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418339;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.214;QD=58.6799;RBI=0.047882;REFB=-0.102206;REVB=0.023294;RO=1;SAF=44;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106569;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00068227;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:1:1:97:98:0.989899:53:44:1:0:54:44:1:0 chr12 15081897 . A C 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.712;QD=61.8502;RBI=0.0787472;REFB=0;REVB=-0.0765103;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146995;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr12 15095558 . C G 583.07 PASS AF=0.576087;AO=48;DP=87;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0339393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.431;QD=25.351;RBI=0.0469901;REFB=-0.0366693;REVB=0.0324991;RO=39;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764442;STB=0.548341;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0288491;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:39:39:48:53:0.576087:19:29:20:19:20:33:20:19 chr12 15103605 . A G 2276.14 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517683;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9907;QD=63.6682;RBI=0.052994;REFB=0;REVB=0.0113314;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026053;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:72:69:0:0:72:71:0:0 chr12 15262179 . G A 311.03 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00693853;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.308;QD=16.8123;RBI=0.0160207;REFB=-0.0257361;REVB=0.0144402;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125652;STB=0.56958;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0249285;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:74:39:40:33:34:0.459459:16:17:15:24:16:18:16:24 chr12 16064651 . CA C,CC 31.62 PASS AF=0.2,0.05;AO=10,2;DP=40;FAO=8,2;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3,2;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0453199,0.0861555;FXX=0.0243843;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.04098,18.361;QD=3.16231;RBI=0.0903621,0.11438;REFB=-0.118774,-0.0782478;REVB=0.0781756,0.0752324;RO=21;SAF=5,2;SAR=5,0;SRF=3;SRR=18;SSEN=0.353952,0;SSEP=0,0;SSSB=0.414375,0.717465;STB=0.565062,0.996578;STBP=0.753,0.057;TYPE=del,snp;VARB=0.141893,0.0197355;OID=.,.;OPOS=16064652,16064652;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.05:10,2:40:8,2:40:30:3,2:5,0:9:21:24:21:5,2:5,0:3:18 chr12 16189694 . T A 556.21 PASS AF=0.345361;AO=67;DP=194;FAO=67;FDP=194;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.0144446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.598;QD=11.4683;RBI=0.0173733;REFB=0.00542552;REVB=-0.00965321;RO=126;SAF=30;SAR=37;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533108;STB=0.505903;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0113916;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:126:127:67:67:0.345361:37:30:57:69:37:30:58:69 chr12 16347308 . G A 1116.76 PASS AF=0.660131;AO=98;DP=153;FAO=101;FDP=153;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0110845;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5891;QD=29.1963;RBI=0.022927;REFB=0.0013905;REVB=-0.0200694;RO=49;SAF=37;SAR=61;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059502;STB=0.536364;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000655173;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:49:52:98:101:0.660131:61:37:23:26:61:40:26:26 chr12 16369828 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.263;QD=62.6711;RBI=0.0309596;REFB=0;REVB=0.0305547;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18112e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr12 16397677 . G A 2894.35 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=187;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00462452;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.649;QD=61.9112;RBI=0.0112067;REFB=-0.073087;REVB=-0.010208;RO=2;SAF=99;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000719038;STB=0.500378;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=5.1663e-06;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:187:2:2:185:185:0.989305:86:99:1:1:86:99:1:1 chr12 16397734 . C A 610.07 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0271639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7094;QD=21.4059;RBI=0.0445203;REFB=0.00852194;REVB=-0.0352729;RO=53;SAF=33;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375802;STB=0.520621;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00729661;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:28:33:31:22:28:33:31:22 chr12 16430284 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.66;QD=57.0004;RBI=0.0679586;REFB=0;REVB=0.00770005;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141207;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 64.87 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0389968;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=3;MLLD=50.9509;QD=8.94749;RBI=0.0395191;REFB=0.00105819;REVB=-0.0064042;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.0487512;STB=0.506318;STBP=0.967;TYPE=del;VARB=-0.00242738;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:10:30:11:29:18:5:6:8:10:64:18:4:6:8:10 chr12 18435452 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0216958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.974;QD=11.8306;RBI=0.0221724;REFB=-0.00802148;REVB=-0.0045729;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0234306;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:8:10:7:4:8:10 chr12 18473928 . T C 591.1 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0128892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.144;QD=17.1334;RBI=0.0221169;REFB=-0.00702871;REVB=-0.0179729;RO=76;SAF=29;SAR=33;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597106;STB=0.533228;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00809738;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:76:62:62:0.449275:33:29:31:45:33:29:31:45 chr12 18499636 . C T 845.59 PASS AF=0.633333;AO=76;DP=120;FAO=76;FDP=120;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.000287877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.853;QD=28.1862;RBI=0.0141802;REFB=-0.0100582;REVB=0.0141773;RO=44;SAF=35;SAR=41;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103482;STB=0.555978;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00651536;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:44:44:76:76:0.633333:41:35:27:17:41:35:27:17 chr12 18511315 . T C 580.76 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0171634;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.17;QD=21.7107;RBI=0.0250308;REFB=0.000557362;REVB=0.0182198;RO=49;SAF=22;SAR=36;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746477;STB=0.504097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.000253351;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:36:22:19:30:36:22:19:30 chr12 18649057 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0004669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.511;QD=19.4401;RBI=0.000715449;REFB=-0.00896103;REVB=-0.000542099;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119095;STB=0.564314;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0083765;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:30:31:0.516667:18:12:15:13:19:12:15:14 chr12 19329493 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.188;QD=49.5982;RBI=0.0243414;REFB=0;REVB=0.0242901;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339482;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr12 19456594 . G C 153.44 PASS AF=0.361702;AO=15;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000433308;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.212;QD=13.0588;RBI=0.0164684;REFB=-0.000863923;REVB=0.0164627;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530746;STB=0.623624;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00141593;OID=.;OPOS=19456594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:30:15:17:0.361702:7:8:14:10:9:8:20:10 chr12 19522649 . T G 201.37 PASS AF=0.325;AO=25;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00423799;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.184;QD=10.0686;RBI=0.00433205;REFB=-0.00714087;REVB=-0.000897787;RO=55;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477706;STB=0.510861;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0137599;OID=.;OPOS=19522649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:54:25:26:0.325:14:11:22:33:15:11:22:32 chr12 19598956 . C A 286.02 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0976503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2246;QD=20.43;RBI=0.100835;REFB=-0.0269828;REVB=-0.0251419;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148776;STB=0.582678;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0248268;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:11:15:12:18:11:15 chr12 19877449 . A G 877.5 PASS AF=0.389313;AO=102;DP=262;FAO=102;FDP=262;FR=.;FRO=160;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=-0.00590687;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.271;QD=13.397;RBI=0.00773868;REFB=-0.00925526;REVB=-0.00499962;RO=158;SAF=42;SAR=60;SRF=75;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692026;STB=0.535462;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0136001;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:158:160:102:102:0.389313:60:42:75:83:60:42:75:85 chr12 20704509 . T G 722.2 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=176;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=69;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.043337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.332;QD=16.2293;RBI=0.0609839;REFB=-0.0110586;REVB=-0.0429062;RO=96;SAF=9;SAR=69;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546589;STB=0.807599;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0533194;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:96:100:78:78:0.438202:69:9:53:43:69:9:54:46 chr12 20766559 . C T 1173.01 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250598;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.99;QD=59.3927;RBI=0.0272525;REFB=0.0122716;REVB=-0.0107099;RO=1;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837783;STB=0.504347;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.000157963;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:77:78:0.987342:56:21:0:1:57:21:0:1 chr12 20864356 . C T 244.26 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0286953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.663;QD=13.0272;RBI=0.0287083;REFB=-0.0193293;REVB=0.000863847;RO=46;SAF=17;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00082753;STB=0.500474;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0322107;OID=.;OPOS=20864356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:12:17:27:19:12:17:27:19 chr12 20903757 . T C 464.95 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0304843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.438;QD=22.1402;RBI=0.0331023;REFB=-0.0515238;REVB=-0.0129024;RO=33;SAF=25;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158146;STB=0.540523;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0314191;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:33:39:45:45:0.535714:20:25:19:14:20:25:25:14 chr12 20905250 . C T 820.32 PASS AF=0.567164;AO=75;DP=133;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00668351;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.304;QD=24.4871;RBI=0.00782932;REFB=-0.00260773;REVB=-0.00407786;RO=57;SAF=36;SAR=39;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119688;STB=0.557783;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00206463;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:57:58:75:76:0.567164:39:36:36:21:39:37:36:22 chr12 21011480 . T G 685.37 PASS AF=0.531746;AO=65;DP=124;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00678023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.14;QD=21.7579;RBI=0.0307572;REFB=-0.00222929;REVB=0.0300005;RO=59;SAF=25;SAR=40;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655807;STB=0.526308;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00208591;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:59:59:65:67:0.531746:40:25:27:32:40:27:27:32 chr12 21011792 . A G 138.17 PASS AF=0.209091;AO=23;DP=110;FAO=23;FDP=110;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=-0.00182891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.647;QD=5.02452;RBI=0.0161756;REFB=-0.0107507;REVB=-0.0160718;RO=84;SAF=17;SAR=6;SRF=58;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752821;STB=0.569315;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0301165;OID=.;OPOS=21011792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:87:23:23:0.209091:6:17:58:26:6:17:58:29 chr12 21011813 . C T 171.73 PASS AF=0.230159;AO=27;DP=125;FAO=29;FDP=126;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.0869463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8958;QD=5.45173;RBI=0.0989947;REFB=-0.0223819;REVB=-0.0473317;RO=97;SAF=17;SAR=10;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149059;STB=0.506701;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0729981;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:97:97:27:29:0.230159:10:17:60:37:11:18:61:36 chr12 21013948 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0404551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8585;QD=13.5752;RBI=0.0879;REFB=-0.0108079;REVB=-0.0780372;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118539;STB=0.569272;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.027335;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:8:11:6:7:8:11 chr12 21015760 . G A 551.74 PASS AF=0.338164;AO=69;DP=207;FAO=70;FDP=207;FR=.;FRO=137;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=-0.00921455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2495;QD=10.6617;RBI=0.0131057;REFB=-0.00837869;REVB=-0.00931941;RO=135;SAF=35;SAR=34;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387202;STB=0.521985;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0093078;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:135:137:69:70:0.338164:34:35:73:62:34:36:75:62 chr12 21036411 . A G 337.26 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.020682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.428;QD=12.4911;RBI=0.048963;REFB=-0.0152697;REVB=-0.0443805;RO=64;SAF=18;SAR=23;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824453;STB=0.533408;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0301876;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:67:41:41:0.37963:23:18:33:31:23:18:33:34 chr12 21054369 . G A 825.1 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0149176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.945;QD=21.4311;RBI=0.0163638;REFB=-0.0260805;REVB=0.00672581;RO=71;SAF=38;SAR=44;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108437;STB=0.502389;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0223211;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:71:72:82:82:0.532468:44:38:32:39:44:38:33:39 chr12 21176135 . T C 2716.57 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203947;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5099;QD=62.45;RBI=0.158786;REFB=0;REVB=0.157471;RO=1;SAF=97;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103816;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:1:0:170:174:1:73:97:0:1:76:98:0:0 chr12 21201663 . G A 1794.64 PASS AF=0.568627;AO=164;DP=297;FAO=174;FDP=306;FR=.;FRO=132;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=0.0144142;FXX=0.0192302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.21;QD=23.4593;RBI=0.038621;REFB=-0.0163883;REVB=0.0358304;RO=131;SAF=72;SAR=92;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408504;STB=0.509147;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0141876;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:306:131:132:164:174:0.568627:92:72:64:67:92:82:65:67 chr12 21243001 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0484542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.787;QD=12.1428;RBI=0.0484588;REFB=-0.00595764;REVB=0.000663245;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194363;STB=0.613376;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0107018;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:18:15:12:7:18:15 chr12 21329738 . A G 580.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739546;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1485;QD=61.1117;RBI=0.0991195;REFB=0;REVB=0.0659954;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361729;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr12 21331625 . C T 643.28 PASS AF=0.376812;AO=76;DP=205;FAO=78;FDP=207;FR=.;FRO=129;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0206327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.126;QD=12.4305;RBI=0.0224744;REFB=-0.00206542;REVB=-0.00891006;RO=129;SAF=35;SAR=41;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653746;STB=0.54409;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0032553;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:129:129:76:78:0.376812:41:35:67:62:43:35:67:62 chr12 21428246 . A C 1629.26 PASS AF=0.56;AO=154;DP=276;FAO=154;FDP=275;FR=.;FRO=121;FSAF=87;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=0.0388517;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7839;QD=23.6984;RBI=0.075893;REFB=-0.042228;REVB=0.0651942;RO=97;SAF=87;SAR=67;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058062;STB=0.563138;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0358758;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:97:121:154:154:0.56:67:87:47:50:67:87:51:70 chr12 21654831 . G T 1172.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.356;QD=60.912;RBI=0.0586633;REFB=0;REVB=0.0310599;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47877e-05;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:51:25:0:0:51:26:0:0 chr12 21712574 . C T 902.23 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5949;QD=58.2086;RBI=0.0496387;REFB=0;REVB=-0.0387271;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332415;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr12 21713402 . T C 1378.09 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.422;QD=62.6405;RBI=0.0147476;REFB=0;REVB=-0.00451578;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78398e-06;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:37:49:0:0:38:50:0:0 chr12 21797029 . A G 638.37 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.938;QD=60.7974;RBI=0.0708261;REFB=0;REVB=0.0525719;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464035;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:24:16:0:0:26:16:0:0 chr12 22017422 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.949;QD=57.6806;RBI=0.0336138;REFB=0;REVB=0.0167428;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206853;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 22063115 . A G 1594.38 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.031;QD=63.775;RBI=0.0662518;REFB=0;REVB=0.0655407;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179738;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:46:52:0:0:48:52:0:0 chr12 22213786 . C T 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.981;QD=63.7504;RBI=0.010491;REFB=0;REVB=0.0074936;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19675e-05;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr12 22348500 . A G 2474.03 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.288;QD=61.4666;RBI=0.0504667;REFB=0;REVB=0.00102166;RO=0;SAF=80;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15605e-05;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:80:80:0:0:81:80:0:0 chr12 22353854 . GGAA G 82.48 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00642446;FXX=0.0930016;HRUN=2;LEN=3;MLLD=213.87;QD=8.45936;RBI=0.013432;REFB=-0.00712563;REVB=-0.0117959;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335604;STB=0.718031;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.0189563;OID=.;OPOS=22353855;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:13:36:14:39:25:11:3:12:13:82:21:10:3:10:11 chr12 22354921 . A G 546.85 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00960108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.434;QD=53.3516;RBI=0.0260004;REFB=-0.0133178;REVB=0.0241628;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227983;STB=0.512189;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000941707;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:19:19:1:2:19:19:1:2 chr12 22478425 . A G 1398.14 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0228175;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.85;QD=54.8291;RBI=0.0237735;REFB=-0.0749689;REVB=0.00667401;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104236;STB=0.508268;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000499604;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:102:1:4:98:98:0.960784:53:45:1:0:53:45:1:3 chr12 22814036 . A G 473.72 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00536096;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6811;QD=16.9187;RBI=0.0283091;REFB=-0.0410448;REVB=-0.0277969;RO=60;SAF=28;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690797;STB=0.538447;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0732281;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:60:52:52:0.464286:24:28:28:32:24:28:28:32 chr12 22843129 . G C 934.35 PASS AF=0.583333;AO=84;DP=143;FAO=84;FDP=144;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.028208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5352;QD=25.9543;RBI=0.0293468;REFB=-0.0624555;REVB=-0.00809613;RO=58;SAF=34;SAR=50;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472598;STB=0.523886;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0415386;OID=.;OPOS=22843129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:58:60:84:84:0.583333:50:34:20:38:50:34:21:39 chr12 23757453 . G T 807.93 PASS AF=0.422535;AO=90;DP=214;FAO=90;FDP=213;FR=.;FRO=123;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.00971848;FXX=0.00467268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.051;QD=15.1725;RBI=0.0174455;REFB=-0.0177333;REVB=-0.0144878;RO=123;SAF=39;SAR=51;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598668;STB=0.503342;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0263123;OID=.;OPOS=23757453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:123:123:90:90:0.422535:51:39:54:69:51:39:54:69 chr12 24859899 . G A 1534.42 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.929;QD=62.6292;RBI=0.0399089;REFB=-0.114513;REVB=0.0373406;RO=1;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735372;STB=0.503875;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000101642;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:64:33:0:1:64:33:0:1 chr12 24964383 . T C 769.57 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0625;QD=57.0053;RBI=0.0516304;REFB=0;REVB=0.0473309;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174903;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr12 24964523 . C T 822.8 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144412;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7164;QD=55.7828;RBI=0.0170249;REFB=0.00644004;REVB=-0.00901642;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00119197;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:59:58:0.983051:28:31:1:0:28:30:1:0 chr12 24970708 . G A 170.84 PASS AF=0.261364;AO=20;DP=86;FAO=23;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0175774;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4877;QD=7.76563;RBI=0.0969533;REFB=-0.00310339;REVB=-0.0953466;RO=42;SAF=16;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3123;STB=0.734468;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0136515;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:42:64:20:23:0.261364:4:16:24:18:6:17:27:37 chr12 25054891 . G A 1213.59 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.055658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6593;QD=59.9304;RBI=0.0677455;REFB=-0.118592;REVB=-0.0386217;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00161111;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:0:1:80:80:0.987654:39:41:0:0:39:41:0:1 chr12 25148755 . C G 1219.44 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.035;QD=58.7681;RBI=0.0665061;REFB=-0.05934;REVB=0.0655108;RO=3;SAF=58;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602895;STB=0.510202;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00100584;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:3:1:80:82:0.987952:22:58:0:3:24:58:0:1 chr12 25242595 . C G,T 1517.32 PASS AF=0.958763,0.0412371;AO=93,4;DP=97;FAO=93,4;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49,4;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297282,-0.0317714;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=61.7506,11.4102;QD=62.5699;RBI=0.0297286,0.0317829;REFB=0,0;REVB=-0.000148299,-0.0008536;RO=0;SAF=49,4;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00403859,0.145703;OID=.,.;OPOS=25242595,25242595;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:97:97:0:0:93,4:93,4:0.958763,0.0412371:44,0:49,4:0:0:44,0:49,4:0:0 chr12 25243115 . G C 364.3 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.009;QD=53.971;RBI=0.0256312;REFB=0;REVB=0.0141464;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012909;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:20:7:0:0 chr12 25260901 . C T 818.01 PASS AF=0.627119;AO=74;DP=119;FAO=74;FDP=118;FR=.;FRO=44;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0099275;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.263;QD=27.7291;RBI=0.0131923;REFB=-0.0453188;REVB=0.00868805;RO=44;SAF=44;SAR=30;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113422;STB=0.561468;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.020234;OID=.;OPOS=25260901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:44:44:74:74:0.627119:30:44:19:25:30:44:19:25 chr12 25261735 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2797;QD=47.8221;RBI=0.0350247;REFB=0;REVB=-0.0256567;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62111e-05;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr12 25343516 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3789;QD=48.7358;RBI=0.0490204;REFB=0;REVB=-0.0202975;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411688;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 25357574 . CAA C 721.34 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244622;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.012;QD=48.0892;RBI=0.0268924;REFB=0;REVB=0.0111715;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.73658e-05;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:60:60:0:30:30:0:0:13:0:30:30:0:0 chr12 25357628 . TAC TC,TCT 524.75 PASS AF=1,0;AO=33,2;DP=36;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313333,0.00411785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=75.0152,58.8909;QD=58.3058;RBI=0.0488345,0.0139514;REFB=0,0;REVB=0.037457,0.0133298;RO=0;SAF=16,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000149915,0;OID=.,.;OPOS=25357629,25357629;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:33,2:36:36,0:36:0:16,0:20,0:0:0:4:0:16,0:17,2:0:0 chr12 25361091 . T C 2262.26 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00141553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.394;QD=61.9799;RBI=0.0517196;REFB=-0.062213;REVB=0.0517002;RO=2;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141902;STB=0.507462;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00160889;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:2:144:144:0.986301:66:78:0:2:66:78:0:2 chr12 25362217 . A G 1350.61 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224816;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.867;QD=61.3914;RBI=0.0310487;REFB=-0.159434;REVB=0.0214148;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123032;STB=0.506171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000724719;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:88:1:1:85:87:0.988636:38:47:0:1:40:47:0:1 chr12 25362465 . G A 293.51 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155003;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.851;QD=53.3652;RBI=0.0707002;REFB=0;REVB=0.0689801;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53972e-05;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:22:0:0:18:22:1:5:13:0:0:9:13:0:0 chr12 25362552 . A C 446.39 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9946;QD=57.5991;RBI=0.0257183;REFB=0;REVB=-0.0162279;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0059e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 25368462 . C T 1644.72 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405967;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.143;QD=60.3567;RBI=0.040762;REFB=0;REVB=-0.00366703;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22325e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr12 25671759 . T A 2059.91 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240826;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8075;QD=61.9521;RBI=0.111373;REFB=0;REVB=0.108738;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831764;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:0:0:126:133:1:47:79:0:0:54:79:0:0 chr12 26383994 . C A 370.4 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0226313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.555;QD=22.4486;RBI=0.0227392;REFB=0.0074543;REVB=-0.00221265;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087473;STB=0.555526;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00533221;OID=.;OPOS=26383994;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:20:17:16:12:20:17:17:12 chr12 26491838 . GC AC,AT 773.54 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=52,2;DP=54;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551258,-0.0375319;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=120.094,34.8817;QD=56.2574;RBI=0.0254434,0.0377345;REFB=0,0;REVB=0.0248391,-0.00390439;RO=0;SAF=21,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000902662,0.00183356;OID=.,.;OPOS=26491838,26491838;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:0:0:52,2:53,2:0.963636,0.0363636:31,2:21,0:0:0:31,2:22,0:0:0 chr12 26648092 . C T 208.53 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0318741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9319;QD=18.1332;RBI=0.0327898;REFB=-0.00776136;REVB=0.00769485;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236878;STB=0.634023;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0130242;OID=.;OPOS=26648092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:8:17:9:12:8:17 chr12 26732987 . G A 237.59 PASS AF=0.358025;AO=27;DP=79;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0452783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3683;QD=11.7327;RBI=0.0583582;REFB=-0.0116017;REVB=-0.036818;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209724;STB=0.53331;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0205901;OID=.;OPOS=26732987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:52:52:27:29:0.358025:14:13:26:26:16:13:26:26 chr12 26733062 . T C 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00780974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.415;QD=11.0827;RBI=0.0236753;REFB=-0.00582065;REVB=-0.0223501;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022791;STB=0.513262;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.010275;OID=.;OPOS=26733062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:21:19:10:12:21:19 chr12 26749831 . G A 365.82 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0450007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.539;QD=12.6143;RBI=0.0481385;REFB=-0.0183284;REVB=-0.0170955;RO=72;SAF=21;SAR=23;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852214;STB=0.548453;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0246652;OID=.;OPOS=26749831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:23:21:40:32:23:21:40:32 chr12 26755546 . C T 6469.63 PASS AF=1;AO=411;DP=412;FAO=412;FDP=412;FR=.;FRO=0;FSAF=216;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136899;FXX=0.00242125;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.192;QD=62.812;RBI=0.0170884;REFB=0;REVB=0.0102275;RO=0;SAF=215;SAR=196;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06882e-05;OID=.;OPOS=26755546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:412:412:0:0:411:412:1:196:215:0:0:196:216:0:0 chr12 26784850 . G A 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00687301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.525;QD=12.868;RBI=0.0810271;REFB=-0.0216887;REVB=0.0807351;RO=51;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577617;STB=0.503309;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0401593;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:12:19:31:20:12:19:31:20 chr12 26806955 . G A 378.3 PASS AF=0.41573;AO=33;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.000647986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.905;QD=17.0021;RBI=0.00967896;REFB=-0.0118738;REVB=-0.00965724;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231504;STB=0.654172;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0113963;OID=.;OPOS=26806955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:44:33:37:0.41573:12:21:14:22:13:24:16:28 chr12 26834804 . T TACTC 748.4 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00885815;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=4;MLLD=299.643;QD=23.2061;RBI=0.0106756;REFB=-0.0138285;REVB=-0.00595841;RO=59;SAF=45;SAR=26;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505687;STB=0.530873;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.0104188;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.550388:71:133:71:129:58:45:26:33:25:99:59:45:26:34:25 chr12 26868322 . T C 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00278015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.236;QD=15.341;RBI=0.0124756;REFB=-0.00801078;REVB=0.0121619;RO=63;SAF=32;SAR=16;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871487;STB=0.548999;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.010283;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:16:32:37:26:16:32:37:26 chr12 27064232 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.535;QD=61.5363;RBI=0.0258921;REFB=0;REVB=0.00834498;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96501e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr12 27175640 . A G 1643.06 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0532355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4897;QD=58.6806;RBI=0.0831491;REFB=0.0683917;REVB=-0.0638729;RO=1;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978793;STB=0.505154;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00127249;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:48:63:0:1:48:63:0:1 chr12 27470866 . G A 583.09 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.711;QD=59.8037;RBI=0.0074778;REFB=0;REVB=0.00504603;RO=0;SAF=34;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333827;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:4:34:0:0:5:34:0:0 chr12 27627805 . G A 1049.83 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925747;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.687;QD=59.9902;RBI=0.018913;REFB=0;REVB=0.0164925;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277339;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr12 27788021 . G A 140.23 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.016092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9324;QD=13.355;RBI=0.0235657;REFB=0.025604;REVB=-0.017216;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136903;STB=0.52378;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0423726;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:26:16:16:0.380952:8:8:8:14:8:8:12:14 chr12 27800746 . G T 2284.8 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00335244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1448;QD=59.3454;RBI=0.09582;REFB=-0.156685;REVB=0.0957613;RO=1;SAF=60;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786182;STB=0.504132;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00294656;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:154:154:1:1:152:153:0.993506:92:60:1:0:93:60:1:0 chr12 27826778 . T G 49.62 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0283024;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.0416;QD=4.41057;RBI=0.0383339;REFB=-0.0119179;REVB=0.0258546;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216581;STB=0.688484;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.157826;OID=.;OPOS=27826778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:34:37:7:8:0.177778:3:4:25:9:4:4:27:10 chr12 27849795 . CA TG 488.37 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567682;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.552;QD=59.1959;RBI=0.0569407;REFB=0;REVB=0.00442936;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.41295e-05;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 27867706 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.369;QD=61.3298;RBI=0.0300983;REFB=0;REVB=-0.0112213;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99294e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr12 27915718 . A T 755.44 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022805;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.165;QD=57.0143;RBI=0.0281052;REFB=0;REVB=0.0164266;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519559;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:26:27:0:0 chr12 28122893 . A G 224.96 PASS AF=0.29703;AO=28;DP=99;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0191143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.621;QD=8.90919;RBI=0.0191598;REFB=-0.0114342;REVB=-0.00131945;RO=71;SAF=18;SAR=10;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167624;STB=0.590878;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0349323;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:71:71:28:30:0.29703:10:18:36:35:11:19:36:35 chr12 28457618 . A C 2180.28 PASS AF=1;AO=144;DP=150;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289004;FXX=0.0264883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4564;QD=59.3272;RBI=0.0340527;REFB=-0.145487;REVB=0.0180099;RO=2;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181282;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:147:2:0:144:147:1:65:79:0:2:68:79:0:0 chr12 28658350 . C T 202.86 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0100626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.065;QD=8.28003;RBI=0.0103202;REFB=-0.00414895;REVB=-0.00229154;RO=71;SAF=15;SAR=12;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445117;STB=0.526539;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0127535;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:71:27:27:0.27551:12:15:42:29:12:15:42:29 chr12 29423460 . G A 174.69 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00349714;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8031;QD=7.94025;RBI=0.0311408;REFB=0.00992197;REVB=0.0309438;RO=65;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467515;STB=0.522708;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0167395;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:65:64:24:24:0.272727:12:12:30:35:12:12:30:34 chr12 29521193 . A G 744.78 PASS AF=0.616071;AO=69;DP=112;FAO=69;FDP=112;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.035328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.617;QD=26.5993;RBI=0.0367891;REFB=-0.00164381;REVB=0.0102652;RO=43;SAF=28;SAR=41;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597784;STB=0.532458;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00100098;OID=.;OPOS=29521193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:43:43:69:69:0.616071:41:28:21:22:41:28:21:22 chr12 29630081 . G A 739.01 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2821;QD=61.5842;RBI=0.0124363;REFB=-0.0604246;REVB=-0.00870558;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128046;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr12 29639186 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.634;QD=55.4105;RBI=0.0542099;REFB=0.0180834;REVB=0.0463506;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=4.10424e-05;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:34:23:1:0:34:23:1:0 chr12 29642573 . A C 915.29 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8053;QD=58.1135;RBI=0.020828;REFB=0;REVB=0.0207092;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566472;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:56:63:1:23:33:0:0:26:37:0:0 chr12 29648275 . G A 1557.98 PASS AF=0.939655;AO=109;DP=116;FAO=109;FDP=116;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0246471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.908;QD=53.7233;RBI=0.0376932;REFB=-0.00474455;REVB=0.0285183;RO=7;SAF=44;SAR=65;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532283;STB=0.528107;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000442848;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:116:116:7:7:109:109:0.939655:65:44:6:1:65:44:6:1 chr12 29653884 . T TAG 975.92 PASS AF=0.315271;AO=127;DP=418;FAO=128;FDP=406;FR=.;FRO=278;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=113;FSRR=165;FWDB=-0.000488746;FXX=0.00975586;HRUN=3;LEN=2;MLLD=267.758;QD=9.61493;RBI=0.0187675;REFB=-0.0132373;REVB=-0.0187611;RO=280;SAF=60;SAR=67;SRF=111;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917861;STB=0.548307;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=0.0264162;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315271:127:418:128:406:278:61:67:113:165:99:280:60:67:111:169 chr12 29670504 . G A 338.38 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.020234;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.7;QD=28.1981;RBI=0.0495427;REFB=-0.0176793;REVB=0.0452224;RO=19;SAF=4;SAR=25;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515359;STB=0.528283;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00971077;OID=.;OPOS=29670504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:25:4:2:17:25:4:2:17 chr12 29736427 . A G 199.54 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0112915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.966;QD=19.9543;RBI=0.0850851;REFB=-0.0168896;REVB=0.0843326;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218818;STB=0.623034;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0293861;OID=.;OPOS=29736427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:14:6:11:9:14:6 chr12 31107131 . A G 186.4 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00419059;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.921;QD=14.0678;RBI=0.0089336;REFB=-0.0103937;REVB=0.00788975;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313664;STB=0.678773;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0114213;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:21:10:14:8:21:10 chr12 31107955 . G A 781.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.492;QD=56.8593;RBI=0.00392742;REFB=0;REVB=-0.00314571;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77991e-07;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:41:12:0:0:43:12:0:0 chr12 31135478 . T C 2558.56 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349107;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4252;QD=61.652;RBI=0.0532876;REFB=0;REVB=-0.0402593;RO=0;SAF=77;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248231;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:88:77:0:0:88:78:0:0 chr12 31135579 . T C 1572.38 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385901;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.365;QD=64.1787;RBI=0.0432201;REFB=0;REVB=0.0194622;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207311;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr12 31237700 . G A 636.5 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372348;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.767;QD=62.0971;RBI=0.0372351;REFB=0;REVB=0.00013615;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132203;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr12 31240862 . A T 937.35 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4031;QD=58.5845;RBI=0.0857911;REFB=0;REVB=0.0828651;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801577;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr12 31240925 . A G 1917.77 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00288186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.606;QD=60.8816;RBI=0.0360147;REFB=-0.0221938;REVB=0.0358992;RO=1;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646449;STB=0.503355;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00013849;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:1:1:124:125:0.992063:73:51:0:1:74:51:0:1 chr12 31242399 . T C 2477.65 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000187988;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.834;QD=61.5566;RBI=0.00953695;REFB=0;REVB=-0.0095351;RO=0;SAF=67;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21236e-05;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:94:67:0:0:94:67:0:0 chr12 31244748 . G A 779.95 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0303064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4667;QD=49.5208;RBI=0.0730888;REFB=-0.0417169;REVB=0.0665094;RO=5;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499877;STB=0.526566;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00753884;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:27:31:1:4:27:31:1:4 chr12 31249861 . C G 1134.0 PASS AF=0.939759;AO=77;DP=82;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0808737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6525;QD=54.6504;RBI=0.0824729;REFB=-0.105091;REVB=-0.0161627;RO=5;SAF=64;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355534;STB=0.518514;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00728427;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:82:83:5:5:77:78:0.939759:13:64:5:0:13:65:5:0 chr12 31253995 . C T 1097.85 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.521;QD=60.1559;RBI=0.0991608;REFB=0;REVB=0.00195436;RO=0;SAF=19;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167493;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:54:19:0:0:54:19:0:0 chr12 31255262 . G GA 685.7 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183433;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.163;QD=51.7511;RBI=0.18875;REFB=0;REVB=-0.0444831;RO=46;SAF=0;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000230842;OID=.;OPOS=31255263;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:53:53:0:17:36:0:0:4:46:0:6:17:29 chr12 31255263 . G A 536.57 PASS AF=0.833333;AO=44;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0485749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.413;QD=39.746;RBI=0.0624764;REFB=-0.152597;REVB=0.039291;RO=8;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116996;STB=0.545603;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00456135;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:54:54:8:9:44:45:0.833333:28:16:0:8:29:16:1:8 chr12 31256905 . T C 1152.71 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.981;QD=60.6692;RBI=0.0278749;REFB=0;REVB=0.0256541;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105567;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr12 31267744 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.562;QD=63.8719;RBI=0.0297826;REFB=0;REVB=0.019057;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44048e-05;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 31282765 . A T 403.15 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0100195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.139;QD=48.8665;RBI=0.014142;REFB=-0.0363857;REVB=-0.00998017;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388389;STB=0.530593;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00125301;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:2:3:30:30:0.909091:23:7:0:2:23:7:0:3 chr12 31282784 . A G 526.52 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00443338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.715;QD=56.9205;RBI=0.0576121;REFB=-0.0411033;REVB=0.0574413;RO=1;SAF=8;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549407;STB=0.529395;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00322969;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:28:8:1:0:28:8:1:0 chr12 31285214 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.085;QD=57.1755;RBI=0.041828;REFB=0;REVB=0.0341244;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621687;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr12 31291163 . G A 1942.11 PASS AF=0.948905;AO=128;DP=136;FAO=130;FDP=137;FR=.;FRO=7;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0117088;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.467;QD=56.704;RBI=0.0171489;REFB=0.0755103;REVB=0.0125295;RO=7;SAF=71;SAR=57;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445765;STB=0.522872;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000338464;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:136:137:7:7:128:130:0.948905:57:71:7:0:57:73:7:0 chr12 31562249 . A C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0108902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.811;QD=15.6194;RBI=0.0108902;REFB=-0.0141991;REVB=-5.04567e-06;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117513;STB=0.506768;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0157269;OID=.;OPOS=31562249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:15:10:7:11:15:10 chr12 31604928 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.699;QD=59.1432;RBI=0.0233373;REFB=0;REVB=0.0179639;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86166e-05;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr12 31605044 . G T 785.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.805;QD=57.1148;RBI=0.0107055;REFB=0;REVB=0.00218971;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1268e-05;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:19:35:0:0:19:36:0:0 chr12 31659332 . A T 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6122;QD=56.9331;RBI=0.025997;REFB=0;REVB=-0.00991184;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388312;OID=.;OPOS=31659332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 31944332 . T C 420.13 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00989554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3202;QD=32.9516;RBI=0.010471;REFB=0.00419375;REVB=0.00342357;RO=14;SAF=21;SAR=16;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142379;STB=0.577125;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00096109;OID=.;OPOS=31944332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:16:21:4:10:16:21:4:10 chr12 31944691 . A C 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0154608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.68;QD=25.6409;RBI=0.0215094;REFB=-0.0270537;REVB=-0.0149539;RO=30;SAF=19;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331158;STB=0.518108;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0188051;OID=.;OPOS=31944691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:26:19:14:16:26:19:14:16 chr12 32134240 . C T 482.13 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00871672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.448;QD=23.2353;RBI=0.00966971;REFB=0.0213128;REVB=-0.00418595;RO=36;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123335;STB=0.572391;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0116334;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:37:46:46:0.554217:21:25:25:11:21:25:26:11 chr12 32134638 . T C 227.19 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00423627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.484;QD=28.3992;RBI=0.00438491;REFB=0.0182966;REVB=0.00113202;RO=9;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129287;STB=0.54541;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00775643;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:9:11:21:21:0.65625:14:7:5:4:14:7:5:6 chr12 32135441 . T C 360.38 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.756;QD=53.3901;RBI=0.0654896;REFB=0;REVB=0.0298917;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184178;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:22:27:1:14:8:0:0:17:10:0:0 chr12 32260876 . G C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0115592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6997;QD=19.275;RBI=0.0570477;REFB=0.00930416;REVB=-0.0558643;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974748;STB=0.555112;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0124053;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:12:14:10:13:12:14 chr12 32261173 . TA T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00304176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.01;QD=14.0438;RBI=0.039311;REFB=-0.0107328;REVB=0.0391932;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=del;VARB=0.0122166;OID=.;OPOS=32261174;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:9:5:9:4:2:3:2:2:22:4:2:3:2:2 chr12 32261252 . A C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00582998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.429;QD=25.7114;RBI=0.0237488;REFB=-0.00300392;REVB=-0.023022;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114837;STB=0.564417;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000935393;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:4:2:7:6:4:2 chr12 32261435 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00997629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.143;QD=20.7546;RBI=0.0100232;REFB=-0.00256842;REVB=-0.00096887;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351671;STB=0.701457;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00142492;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:3:12:5:7:3:12:5:7 chr12 32481093 . G C 219.58 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.000571907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.505;QD=17.5663;RBI=0.0325069;REFB=-0.00547682;REVB=0.0325019;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911027;STB=0.551678;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.010992;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:19:9:9:13:19:9 chr12 32552769 . C G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0056531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.069;QD=20.2097;RBI=0.036476;REFB=-0.00457666;REVB=-0.0360353;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090647;STB=0.551643;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00305123;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:5:5:5:8:5:5 chr12 32735236 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0427804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8525;QD=12.0517;RBI=0.0444725;REFB=-0.0137706;REVB=0.0121507;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0241647;OID=.;OPOS=32735236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr12 32858414 . A G 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00947818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.087;QD=7.54497;RBI=0.0137401;REFB=0.00289195;REVB=0.00994757;RO=41;SAF=1;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621355;STB=0.892989;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0099504;OID=.;OPOS=32858414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:14:1:20:21:14:1:20:21 chr12 32943927 . C T 739.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.196;QD=62.9703;RBI=0.0180044;REFB=0;REVB=0.0114453;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14639e-05;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:23:21:0:0:25:22:0:0 chr12 33030995 . C T 180.93 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0031145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.514;QD=16.4485;RBI=0.0218609;REFB=-0.004546;REVB=-0.0216379;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276375;STB=0.659508;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00418331;OID=.;OPOS=33030995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:13:12:14:5:13:12 chr12 33560286 . C A 162.04 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=22;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.041535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.918;QD=28.181;RBI=0.0714115;REFB=-0.00955754;REVB=0.0580899;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359305;STB=0.547428;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00288913;OID=.;OPOS=33560286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:6:7:15:16:0.695652:6:9:4:2:7:9:5:2 chr12 38710819 . C T 634.4 PASS AF=0.395604;AO=72;DP=183;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.035415;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9276;QD=13.9428;RBI=0.0744458;REFB=0.0140703;REVB=0.0654825;RO=110;SAF=45;SAR=27;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194146;STB=0.609388;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.017049;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:110:110:72:72:0.395604:27:45:49:61:27:45:49:61 chr12 38712142 . C G 3800.99 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.959;QD=63.6149;RBI=0.0135702;REFB=0;REVB=0.00814282;RO=0;SAF=122;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62869e-07;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:239:0:0:239:239:1:117:122:0:0:117:122:0:0 chr12 39087609 . G A 688.99 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00931286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5921;QD=27.8379;RBI=0.0453147;REFB=-0.0377347;REVB=0.0443475;RO=37;SAF=28;SAR=32;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818642;STB=0.553116;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0309627;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:39:60:60:0.606061:32:28:13:24:32:28:13:26 chr12 39096664 . T A 1754.33 PASS AF=0.498592;AO=175;DP=354;FAO=177;FDP=355;FR=.;FRO=178;FSAF=88;FSAR=89;FSRF=85;FSRR=93;FWDB=0.00107756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.265;QD=19.7671;RBI=0.00108808;REFB=-0.00717954;REVB=-0.000150961;RO=178;SAF=87;SAR=88;SRF=85;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180459;STB=0.509852;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00638265;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:178:178:175:177:0.498592:88:87:85:93:89:88:85:93 chr12 39233771 . A G 396.17 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0175023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.303;QD=23.652;RBI=0.0179939;REFB=-0.0196607;REVB=0.00417714;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293558;STB=0.516121;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0161864;OID=.;OPOS=39233771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:21:18:14:14:21:18:14:14 chr12 39695445 . G A 230.63 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0630944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7958;QD=15.1232;RBI=0.0656363;REFB=-0.0144924;REVB=-0.018089;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214724;STB=0.631484;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0188673;OID=.;OPOS=39695445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:61:29:34:26:27:0.442623:15:11:19:10:16:11:22:12 chr12 39711878 . TC CT,T 130.47 PASS AF=0.166667,0.416667;AO=6,9;DP=31;FAO=6,15;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6,14;FSAR=0,1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0436772,-0.169907;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=58.39,13.7956;QD=14.4962;RBI=0.0440565,0.171966;REFB=-0.0324813,-0.00122823;REVB=-0.00576843,0.0265363;RO=13;SAF=6,8;SAR=0,1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687665,0.227484;STB=0.997137,0.682616;STBP=0.146,0.22;TYPE=mnp,del;VARB=0.0898228,0.0510852;OID=.,.;OPOS=39711878,39711879;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:31:36:13:15:6,9:6,15:0.166667,0.416667:0,1:6,8:10:3:0,1:6,14:12:3 chr12 40012677 . T G 1012.46 PASS AF=0.507463;AO=100;DP=199;FAO=102;FDP=201;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0160601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.535;QD=20.1485;RBI=0.0344472;REFB=-0.00848046;REVB=0.0304743;RO=99;SAF=46;SAR=54;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682682;STB=0.536735;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00857801;OID=.;OPOS=40012677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:99:99:100:102:0.507463:54:46:53:46:55:47:53:46 chr12 40152900 . G A 1598.64 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00952023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.54;QD=58.6656;RBI=0.012615;REFB=-0.0618159;REVB=0.00827663;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.503936;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000133002;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:63:45:0:0:63:45:0:1 chr12 40619082 . G A 1716.25 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00072433;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.614;QD=60.7523;RBI=0.0394781;REFB=0;REVB=-0.0394715;RO=0;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73771e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:46:67:0:0:46:67:0:0 chr12 40631791 . T C 252.19 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00983034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.643;QD=10.3996;RBI=0.01018;REFB=-0.012982;REVB=0.00264531;RO=65;SAF=13;SAR=18;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854444;STB=0.545058;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0278254;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:65:66:31:31:0.319588:18:13:32:33:18:13:32:34 chr12 40645257 . C A 336.26 PASS AF=0.35;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0225241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.772;QD=11.2087;RBI=0.0226772;REFB=-0.0025427;REVB=-0.0026312;RO=78;SAF=19;SAR=23;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063254;STB=0.536273;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0044452;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:78:42:42:0.35:23:19:31:47:23:19:31:47 chr12 40713834 . C A 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00587771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.849;QD=5.26795;RBI=0.00832074;REFB=-0.0161717;REVB=-0.00588958;RO=40;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251364;STB=0.656819;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0581264;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:40:41:10:10:0.196078:7:3:20:20:7:3:20:21 chr12 40713845 . G C 72.46 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00959464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4323;QD=5.36751;RBI=0.0129982;REFB=-0.00284007;REVB=0.00876905;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155928;STB=0.601188;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00643963;OID=.;OPOS=40713845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:7:4:21:22:7:4:21:22 chr12 40713873 . A G 142.39 PASS AF=0.210526;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.051297;FXX=0.0338926;HRUN=8;LEN=1;MLLD=323.267;QD=9.99259;RBI=0.0513705;REFB=-0.0155824;REVB=0.0027463;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245766;STB=0.691124;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0164545;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:57:23:30:11:12:0.210526:9:2:8:15:10:2:11:19 chr12 40713901 . T A 131.94 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0212159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.597;QD=7.64851;RBI=0.0272804;REFB=-0.00368664;REVB=-0.0171494;RO=50;SAF=6;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250882;STB=0.651874;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0202447;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:13:6:26:24:13:6:26:24 chr12 40716260 . T C 436.89 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.0727338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0215;QD=14.2079;RBI=0.0816448;REFB=-0.0254838;REVB=0.0370901;RO=72;SAF=17;SAR=33;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024389;STB=0.510611;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0400291;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:73:50:50:0.406504:33:17:26:46:33:17:26:47 chr12 40742254 . G A 324.24 PASS AF=0.413793;AO=33;DP=84;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00910024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.824;QD=14.9076;RBI=0.00988682;REFB=-0.00376008;REVB=-0.00386456;RO=50;SAF=17;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689035;STB=0.51947;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00559951;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:50:51:33:36:0.413793:16:17:29:21:16:20:30:21 chr12 40758652 . T C 212.55 PASS AF=0.313953;AO=25;DP=85;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00498418;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.492;QD=9.8858;RBI=0.0140943;REFB=-0.0056117;REVB=0.0131836;RO=58;SAF=14;SAR=11;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990185;STB=0.516396;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0132934;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:58:59:25:27:0.313953:11:14:32:26:13:14:32:27 chr12 40805462 . A G 154.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0442242;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.174;QD=12.3958;RBI=0.0445262;REFB=-0.00300059;REVB=0.00517778;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903685;STB=0.552575;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00611244;OID=.;OPOS=40805462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:11:7:10:22:11:7:10:22 chr12 40805948 . G C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000204059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.251;QD=6.52646;RBI=0.0205954;REFB=-0.0173663;REVB=-0.0205944;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357767;STB=0.728523;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0357543;OID=.;OPOS=40805948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:12:8:5:2:12:8 chr12 40820208 . G A 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0274826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.108;QD=7.35785;RBI=0.0294491;REFB=-0.00151159;REVB=-0.0105809;RO=49;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285734;STB=0.673076;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00707508;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:6:12:21:28:6:12:21:28 chr12 40821176 . G A 208.81 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0114969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0293;QD=6.96036;RBI=0.0159272;REFB=-0.00122639;REVB=-0.0110226;RO=88;SAF=17;SAR=14;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104982;STB=0.501628;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00316234;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:88:89:31:31:0.258333:14:17:49:39:14:17:49:40 chr12 40821867 . G A 408.86 PASS AF=0.337662;AO=50;DP=153;FAO=52;FDP=154;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=74;FWDB=-0.00339336;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.123;QD=10.6197;RBI=0.0222855;REFB=-0.00697673;REVB=0.0220257;RO=99;SAF=12;SAR=38;SRF=26;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349379;STB=0.539068;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0195468;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:99:102:50:52:0.337662:38:12:26:73:40:12:28:74 chr12 40825463 . G A 248.03 PASS AF=0.23494;AO=39;DP=166;FAO=39;FDP=166;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=-0.0309202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.295;QD=5.9766;RBI=0.0317615;REFB=-0.00785635;REVB=-0.00726177;RO=126;SAF=15;SAR=24;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471749;STB=0.526099;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0291512;OID=.;OPOS=40825463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:126:127:39:39:0.23494:24:15:53:73:24:15:53:74 chr12 40832126 . C T 975.2 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281035;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.221;QD=59.1029;RBI=0.0283939;REFB=0;REVB=0.00405027;RO=0;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78053e-07;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:46:20:0:0:46:20:0:0 chr12 40832161 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0781989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.073;QD=61.511;RBI=0.0792204;REFB=-0.0573332;REVB=0.0126808;RO=1;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119136;STB=0.506326;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.002477;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:39:9:0:1:39:9:0:1 chr12 40834376 . C G 1061.84 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.968;QD=59.8221;RBI=0.0480443;REFB=0;REVB=0.0335585;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026192;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:62:71:1:33:29:0:0:36:35:0:0 chr12 40834955 . C A 3444.28 PASS AF=1;AO=218;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145845;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.982;QD=62.6232;RBI=0.0366398;REFB=0;REVB=0.033612;RO=0;SAF=112;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32176e-05;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:220:0:0:218:220:1:106:112:0:0:108:112:0:0 chr12 40835734 . C G 2279.74 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5389;QD=63.3262;RBI=0.0185304;REFB=0;REVB=0.00124679;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19507e-05;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:84:59:0:0:84:60:0:0 chr12 40838216 . T C 2444.26 PASS AF=0.981928;AO=161;DP=166;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0490848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.816;QD=58.8978;RBI=0.11604;REFB=-0.138959;REVB=0.105147;RO=4;SAF=99;SAR=62;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658645;STB=0.507462;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00180867;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:166:166:4:3:161:163:0.981928:62:99:3:1:64:99:3:0 chr12 40840325 . T C 2702.65 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2732;QD=62.1298;RBI=0.0271155;REFB=0;REVB=-0.0159127;RO=0;SAF=71;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368934;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:102:71:0:0:102:72:0:0 chr12 40841938 . G T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.596;QD=59.9376;RBI=0.0230402;REFB=0;REVB=0.0207929;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.651e-05;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr12 40843503 . C T 188.66 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0176975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4458;QD=9.09201;RBI=0.07799;REFB=0.000432144;REVB=-0.0759555;RO=58;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913463;STB=0.554011;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00352911;OID=.;OPOS=40843503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:14:11:30:28:14:11:30:28 chr12 40857943 . A C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.793;QD=56.0077;RBI=0.0332816;REFB=-0.0197028;REVB=0.0273101;RO=1;SAF=14;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325115;STB=0.517236;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=7.58872e-05;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:46:14:1:0:46:14:1:0 chr12 40930709 . G C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0105;QD=59.4294;RBI=0.0406811;REFB=0;REVB=-0.0221185;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000693022;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr12 40931655 . G A 397.7 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0405412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.159;QD=18.0773;RBI=0.0406013;REFB=-0.0150334;REVB=-0.00220881;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239863;STB=0.502506;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0154302;OID=.;OPOS=40931655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:47:41:41:0.465909:22:19:22:23:22:19:22:25 chr12 40932661 . G A 534.82 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.014383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.751;QD=31.9297;RBI=0.0152364;REFB=-0.0263604;REVB=0.00502766;RO=20;SAF=22;SAR=25;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010028;STB=0.505422;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00811362;OID=.;OPOS=40932661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:25:22:9:11:25:22:9:11 chr12 40933367 . G A 1068.16 PASS AF=0.345646;AO=129;DP=378;FAO=131;FDP=379;FR=.;FRO=248;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=95;FSRR=153;FWDB=0.0096813;FXX=0.00263151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.98;QD=11.2734;RBI=0.00995274;REFB=-0.011112;REVB=-0.00230857;RO=241;SAF=73;SAR=56;SRF=92;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20871;STB=0.622129;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0209567;OID=.;OPOS=40933367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:379:241:248:129:131:0.345646:56:73:92:149:56:75:95:153 chr12 40943970 . G A 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00730931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2532;QD=18.7944;RBI=0.0156552;REFB=-0.00752942;REVB=-0.0138441;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491802;STB=0.527754;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0128837;OID=.;OPOS=40943970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:6:17:21:6:6:17:21:6 chr12 40951596 . A G 458.56 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00856353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.851;QD=16.9839;RBI=0.0564184;REFB=-0.0136005;REVB=0.0557647;RO=58;SAF=29;SAR=21;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614669;STB=0.503423;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0135286;OID=.;OPOS=40951596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:21:29:34:24:21:29:34:24 chr12 40951605 . G A 488.68 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00497437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.448;QD=16.9975;RBI=0.00507603;REFB=-0.00819444;REVB=0.00101078;RO=62;SAF=27;SAR=25;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601834;STB=0.528391;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0102051;OID=.;OPOS=40951605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:62:62:52:53:0.46087:25:27:36:26:25:28:36:26 chr12 40951950 . G A 398.92 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00773392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2388;QD=26.5944;RBI=0.0354598;REFB=0.0145597;REVB=0.0346061;RO=22;SAF=21;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186184;STB=0.60151;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00484767;OID=.;OPOS=40951950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:17:21:6:16:17:21:6:16 chr12 40957320 . T C 643.18 PASS AF=0.528926;AO=62;DP=120;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00637616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.594;QD=21.262;RBI=0.0088613;REFB=-0.0143812;REVB=-0.00615364;RO=57;SAF=35;SAR=27;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489909;STB=0.525539;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0193561;OID=.;OPOS=40957320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:57:57:62:64:0.528926:27:35:29:28:28:36:29:28 chr12 41587972 . T C 455.92 PASS AF=0.349693;AO=57;DP=163;FAO=57;FDP=163;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=-0.042209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.915;QD=11.1883;RBI=0.0443088;REFB=-0.00849404;REVB=-0.0134787;RO=105;SAF=31;SAR=26;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12042;STB=0.564699;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0165599;OID=.;OPOS=41587972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:105:106:57:57:0.349693:26:31:68:37:26:31:68:38 chr12 42481545 . T C 311.25 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00596462;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.705;QD=15.5623;RBI=0.021511;REFB=-0.022907;REVB=0.0206675;RO=45;SAF=27;SAR=7;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464235;STB=0.768297;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024895;OID=.;OPOS=42481545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:7:27:16:29:7:27:16:30 chr12 42481732 . G A 80.46 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0201434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.891;QD=7.48479;RBI=0.0319182;REFB=-0.00747167;REVB=-0.0247591;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676989;STB=0.541982;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0231903;OID=.;OPOS=42481732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:10:22:7:4:10:22 chr12 42503467 . T C 465.5 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.024543;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.804;QD=19.1959;RBI=0.025168;REFB=0.0132107;REVB=-0.00557397;RO=51;SAF=15;SAR=31;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088649;STB=0.549461;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0109527;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:51:46:46:0.474227:31:15:21:30:31:15:21:30 chr12 42554505 . A G 332.88 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0436796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0045;QD=19.0216;RBI=0.0486806;REFB=-0.00861633;REVB=0.0214919;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277082;STB=0.51541;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0101505;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:22:13:12:23:22:13:12:23 chr12 42599696 . T A 171.05 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00615833;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.811;QD=12.4403;RBI=0.0104069;REFB=-0.0090928;REVB=0.0083892;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454545;STB=0.526291;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0149727;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:18:16:9:12:18:16 chr12 42629550 . T C 1171.89 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.152;QD=60.8775;RBI=0.0295955;REFB=0;REVB=0.0253592;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00153e-05;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr12 42636124 . A G 785.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.338;QD=64.1122;RBI=0.039444;REFB=0;REVB=0.00399714;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104627;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:19:30:0:0 chr12 42737665 . G A 196.24 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0159809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.053;QD=10.7527;RBI=0.0159811;REFB=0.00471383;REVB=7.87832e-05;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318281;STB=0.525946;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00799924;OID=.;OPOS=42737665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:25:25:0.342466:14:11:22:25:14:11:23:25 chr12 42839836 . A C 1237.87 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0278028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.49;QD=57.5753;RBI=0.0284064;REFB=-0.159763;REVB=-0.00582462;RO=3;SAF=32;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436757;STB=0.502754;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00636294;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:3:3:81:83:0.965116:49:32:1:2:49:34:1:2 chr12 42853084 . C A 156.83 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0103541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.975;QD=9.65104;RBI=0.0103898;REFB=-0.0107683;REVB=0.000860854;RO=44;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197756;STB=0.616907;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0163367;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:14:7:22:22:14:7:22:22 chr12 42853520 . A G 663.46 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00742016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.699;QD=49.1453;RBI=0.00828102;REFB=-0.203183;REVB=0.00367649;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.501483;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00139997;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:54:54:1:4:49:50:0.925926:24:25:0:1:24:26:2:2 chr12 43860526 . A G 605.37 PASS AF=0.563107;AO=47;DP=105;FAO=58;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00356917;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.979;QD=23.5094;RBI=0.00405834;REFB=0.00164598;REVB=-0.00193162;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132889;STB=0.522177;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0026339;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:44:43:47:58:0.563107:26:21:19:25:28:30:20:23 chr12 44148259 . T C 784.36 PASS AF=0.439153;AO=82;DP=190;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.000754405;FXX=0.00526288;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.4513;QD=16.6003;RBI=0.0163896;REFB=-0.00573842;REVB=-0.0163723;RO=106;SAF=39;SAR=43;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723313;STB=0.543269;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00631288;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:106:106:82:83:0.439153:43:39:58:48:44:39:58:48 chr12 44148801 . C A 275.95 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0241074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.536;QD=10.1267;RBI=0.0241175;REFB=-0.0109102;REVB=0.000696746;RO=72;SAF=11;SAR=25;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203928;STB=0.623911;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0154543;OID=.;OPOS=44148801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:72:73:36:36:0.330275:25:11:34:38:25:11:35:38 chr12 44176213 . G A 127.77 PASS AF=0.2;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0570025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.505;QD=4.64606;RBI=0.057099;REFB=-0.0038958;REVB=-0.00331768;RO=87;SAF=14;SAR=8;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195467;STB=0.619256;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0348171;OID=.;OPOS=44176213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:88:22:22:0.2:8:14:42:45:8:14:43:45 chr12 44180295 . G A 562.01 PASS AF=0.401235;AO=64;DP=161;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.0311471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.924;QD=13.8767;RBI=0.0313257;REFB=-0.000329568;REVB=-0.00334024;RO=97;SAF=28;SAR=36;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213151;STB=0.614024;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000403152;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:97:97:64:65:0.401235:36:28:62:35:36:29:62:35 chr12 44196125 . T C 87.05 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0081358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.303;QD=7.10625;RBI=0.0265301;REFB=-0.0179037;REVB=-0.0252518;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699692;STB=0.551518;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0440699;OID=.;OPOS=44196125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:48:49:36:37:12:12:0.244898:5:7:23:13:5:7:24:13 chr12 44404074 . A G 198.13 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0201403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0798;QD=16.1735;RBI=0.0480944;REFB=-0.058913;REVB=0.0436743;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334077;STB=0.589309;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.063559;OID=.;OPOS=44404074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:28:19:21:0.428571:11:8:2:19:11:10:9:19 chr12 45269284 . C T 1438.29 PASS AF=0.96;AO=94;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0366801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6446;QD=57.5318;RBI=0.0663036;REFB=-0.112377;REVB=-0.0552335;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104202;STB=0.520404;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00873299;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:100:1:4:94:96:0.96:45:49:0:1:47:49:0:4 chr12 45410075 . A G 2004.4 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110327;FXX=0.0375912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.077;QD=62.6375;RBI=0.0395963;REFB=0;REVB=0.0380282;RO=0;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417082;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:52:75:0:0:53:75:0:0 chr12 45417666 . T C 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.674;QD=61.6803;RBI=0.0163992;REFB=0;REVB=-0.0080021;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.507e-05;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr12 45609945 . CG C 38.33 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.154866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5382;QD=8.07006;RBI=0.264355;REFB=-0.0540239;REVB=0.214243;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.277806;SSSB=0.424693;STB=0.786112;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.0821877;OID=.;OPOS=45609946;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:8:19:9:19:10:8:1:5:5:38:11:7:1:6:5 chr12 45610426 . C T 293.62 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.000697845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.223;QD=19.9062;RBI=0.00765999;REFB=-0.00977984;REVB=0.00762813;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112633;STB=0.55502;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00875672;OID=.;OPOS=45610426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:12:19:13:14:12:19:14:14 chr12 45610529 . C A 1136.77 PASS AF=0.554974;AO=104;DP=191;FAO=106;FDP=191;FR=.;FRO=85;FSAF=71;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00956794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2723;QD=23.8066;RBI=0.0419776;REFB=-0.0469195;REVB=0.0408727;RO=82;SAF=71;SAR=33;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208157;STB=0.6092;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0417992;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:82:85:104:106:0.554974:33:71:36:46:35:71:37:48 chr12 45824840 . A T 689.56 PASS AF=0.54918;AO=68;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.016691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4417;QD=22.6086;RBI=0.0167079;REFB=-0.00427902;REVB=-0.00075233;RO=54;SAF=32;SAR=36;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537925;STB=0.522381;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00484025;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:55:68:67:0.54918:36:32:29:25:35:32:29:26 chr12 45825730 . C G 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0131997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.752;QD=19.4062;RBI=0.0227505;REFB=-9.63614e-05;REVB=-0.0185298;RO=28;SAF=4;SAR=26;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306677;STB=0.673937;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=9.12196e-05;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:26:4:10:18:26:4:10:18 chr12 46300128 . C T 345.65 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0105407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.495;QD=11.2405;RBI=0.0108968;REFB=-0.00245625;REVB=-0.00276318;RO=80;SAF=30;SAR=13;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222143;STB=0.62821;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00756593;OID=.;OPOS=46300128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:13:30:41:39:13:30:41:39 chr12 46321514 . A T 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0238973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.031;QD=17.5859;RBI=0.0357294;REFB=-0.00880929;REVB=-0.0265614;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814537;STB=0.546515;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0167309;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:17:11:7:15:17:11 chr12 46367939 . G T 192.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00737265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.862;QD=9.85785;RBI=0.00817743;REFB=-0.0127854;REVB=-0.00353756;RO=52;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914088;STB=0.559952;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00962878;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:14:11:27:25:14:11:28:25 chr12 46367944 . A G 597.85 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00818857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.79;QD=31.0569;RBI=0.0107869;REFB=-0.00618316;REVB=0.0070217;RO=25;SAF=27;SAR=25;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474916;STB=0.525702;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00379051;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:25:52:52:0.675325:25:27:11:14:25:27:11:14 chr12 46385815 . C T 429.81 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0366063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.894;QD=13.2249;RBI=0.0554041;REFB=-0.0209941;REVB=0.0415885;RO=78;SAF=30;SAR=20;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136354;STB=0.570065;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0351427;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:80:50:50:0.384615:20:30:37:41:20:30:39:41 chr12 46758493 . GAG GA,GGG,GG 129.26 PASS AF=0,0.114286,0.314286;AO=4,8,7;DP=35;FAO=0,4,11;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=0,1,7;FSAR=0,3,4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.16053,-0.00844609,-0.0086089;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=12.8064,294.142,292.719;QD=14.7722;RBI=0.327966,0.0390407,0.0323114;REFB=-0.0440932,-0.0037655,-0.00539295;REVB=0.285993,-0.0381162,-0.0311434;RO=14;SAF=4,3,5;SAR=0,5,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.638343,-0.274631,0.0885977;STB=0.5,0.806314,0.509537;STBP=1,0.255,0.975;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0455317,-0.014305;OID=.,.,.;OPOS=46758495,46758494,46758494;OREF=G,A,A;OALT=-,G,-;OMAPALT=GA,GGG,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.114286,0.314286:4,8,7:35:0,4,11:35:20:0,1,7:0,3,4:13:7:50:14:4,3,5:0,5,2:9:5 chr12 46759017 . T A 322.11 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000757536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.112;QD=28.0091;RBI=0.0190822;REFB=-0.016399;REVB=-0.0190671;RO=18;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659433;STB=0.536397;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0100575;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:10:18:10:8:10:18:10:8 chr12 46761127 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.010543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.937;QD=16.1192;RBI=0.0129541;REFB=-0.0142669;REVB=-0.00752683;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.017804;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr12 47168898 . G A 1261.97 PASS AF=0.896907;AO=87;DP=97;FAO=87;FDP=97;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0319307;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.853;QD=52.0401;RBI=0.0369342;REFB=-0.0100087;REVB=0.0185626;RO=10;SAF=40;SAR=47;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787068;STB=0.504171;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000574991;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:97:97:10:10:87:87:0.896907:47:40:5:5:47:40:5:5 chr12 47186770 . C T 226.38 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0375887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.715;QD=11.1794;RBI=0.0395764;REFB=-0.00514174;REVB=-0.0123848;RO=49;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237688;STB=0.662081;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0071631;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:53:28:28:0.345679:19:9:26:23:19:9:30:23 chr12 47470223 . T TTACTA 421.7 PASS AF=0.494118;AO=37;DP=92;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00566965;FXX=0.0555494;HRUN=3;LEN=5;MLLD=281.207;QD=19.8446;RBI=0.00917198;REFB=-0.00292103;REVB=0.00720974;RO=52;SAF=10;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258452;STB=0.624937;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.00229188;OID=.;OPOS=47470224;OREF=-;OALT=TACTA;OMAPALT=TTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494118:37:92:42:85:43:12:30:22:21:99:52:10:27:26:26 chr12 47581629 . T C 1696.48 PASS AF=0.991304;AO=107;DP=110;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.043733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.598;QD=59.008;RBI=0.0468636;REFB=-0.050835;REVB=0.0168411;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102062;STB=0.505262;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000260298;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:115:1:1:107:114:0.991304:61:46:1:0:67:47:1:0 chr12 47629368 . G T 1360.29 PASS AF=0.586047;AO=126;DP=215;FAO=126;FDP=215;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=81;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0111403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.236;QD=25.3077;RBI=0.0114591;REFB=-0.00737434;REVB=0.00268412;RO=89;SAF=45;SAR=81;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127357;STB=0.569134;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00538359;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:89:89:126:126:0.586047:81:45:46:43:81:45:46:43 chr12 47629864 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00801008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3999;QD=20.8373;RBI=0.0619352;REFB=-0.01327;REVB=-0.0614151;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202228;STB=0.511602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174434;OID=.;OPOS=47629864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:1:4:7:2:1:4 chr12 47740069 . C A 2148.49 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.274;QD=62.7297;RBI=0.0596594;REFB=0;REVB=0.05626;RO=0;SAF=91;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103286;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:137:0:0:132:137:1:41:91:0:0:45:92:0:0 chr12 48144925 . T C 1312.26 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.555;QD=61.7533;RBI=0.0614888;REFB=0;REVB=0.0549914;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56612e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:29:50:0:0:31:54:0:0 chr12 48152385 . T TG 39.11 PASS AF=0.521739;AO=9;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00815358;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.70614;QD=6.80256;RBI=0.0158289;REFB=-0.036715;REVB=0.0135673;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868934;STB=0.638036;STBP=0.294;TYPE=ins;VARB=0.0428747;OID=.;OPOS=48152386;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:9:24:12:23:11:2:10:4:7:34:14:2:7:4:10 chr12 48176792 . C T 1434.05 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8064;QD=63.035;RBI=0.0537327;REFB=0;REVB=0.0514297;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340004;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr12 48176900 . T G 354.35 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00230327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.822;QD=50.6218;RBI=0.0430607;REFB=-0.0246741;REVB=0.042999;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223251;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00393771;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:2:1:26:27:0.964286:9:17:1:1:10:17:1:0 chr12 48177170 . C G 804.64 PASS AF=0.895522;AO=61;DP=68;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0106008;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.062;QD=48.0383;RBI=0.0140979;REFB=-0.131182;REVB=-0.00929376;RO=4;SAF=35;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209587;STB=0.529706;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000706868;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:68:67:4:7:61:60:0.895522:26:35:3:1:25:35:6:1 chr12 48177238 . A G 1682.1 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.704;QD=60.075;RBI=0.0251412;REFB=0;REVB=0.0245746;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66414e-05;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:112:0:0:103:112:1:44:59:0:0:44:68:0:0 chr12 48185115 . G A 94.59 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0364815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.117;QD=21.0208;RBI=0.0373098;REFB=-0.00676562;REVB=0.00781826;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385297;OID=.;OPOS=48185115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:3:8:4:2:3:8:5:2 chr12 48191200 . C CG 36.58 PASS AF=0.213333;AO=12;DP=71;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0171143;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.959;QD=1.95117;RBI=0.0172442;REFB=-0.00352279;REVB=-0.00211297;RO=57;SAF=9;SAR=3;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331292;STB=0.633336;STBP=0.242;TYPE=ins;VARB=0.0149507;OID=.;OPOS=48191201;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213333:12:71:16:75:59:11:5:31:28:36:57:9:3:28:29 chr12 48272895 . A G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.136;QD=63.4758;RBI=0.0138751;REFB=0;REVB=-0.000384109;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20983e-05;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr12 48359984 . C T 426.37 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0167574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4981;QD=16.3987;RBI=0.0305718;REFB=0.00841028;REVB=0.02557;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302468;STB=0.507304;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0104205;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:57:47:47:0.451923:27:20:24:32:27:20:25:32 chr12 48367976 . C T 989.26 PASS AF=0.608392;AO=87;DP=143;FAO=87;FDP=143;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0028565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.485;QD=27.6717;RBI=0.0030436;REFB=-0.00950759;REVB=-0.00105068;RO=55;SAF=41;SAR=46;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776425;STB=0.545061;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00733123;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:55:56:87:87:0.608392:46:41:20:35:46:41:20:36 chr12 48375568 . A G 162.78 PASS AF=0.35;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.047003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.084;QD=10.8517;RBI=0.047126;REFB=-0.00373256;REVB=-0.00340265;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160637;STB=0.502519;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00754111;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:39:21:21:0.35:8:13:23:15:8:13:24:15 chr12 48375965 . C T 146.25 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0335023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8609;QD=16.2494;RBI=0.0348832;REFB=-0.0387709;REVB=0.00971763;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792681;STB=0.545399;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0537259;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:6:14:10:6:6:14 chr12 48376291 . G A 160.9 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00041388;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4743;QD=16.9363;RBI=0.0160155;REFB=-0.0116707;REVB=0.0160102;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279864;STB=0.658063;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0328647;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:4:17:9:8:4:17 chr12 48380682 . G A 438.12 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00650197;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.264;QD=15.7882;RBI=0.00894159;REFB=-0.020402;REVB=-0.00613812;RO=63;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413277;STB=0.502856;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0253441;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:62:48:49:0.441441:28:20:26:37:29:20:25:37 chr12 48389643 . A C 820.14 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.062;QD=55.603;RBI=0.0504028;REFB=0.0447813;REVB=0.0484114;RO=1;SAF=12;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376859;STB=0.519993;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00014843;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:46:12:1:0:46:12:1:0 chr12 48391416 . G T 470.01 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0199262;FXX=0.039996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=125.569;QD=19.5836;RBI=0.0208217;REFB=-0.00267502;REVB=0.00604062;RO=43;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069732;STB=0.531901;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00168608;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:43:49:46:47:0.489583:24:22:24:19:25:22:26:23 chr12 48398080 . T A,G 1454.82 PASS AF=0.915094,0.0660377;AO=94,5;DP=104;FAO=97,7;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=48,0;FSAR=49,7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0111572,-0.0360391;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.9847,49.7332;QD=54.899;RBI=0.0477945,0.0418863;REFB=-0.0281826,0.0228274;REVB=0.046474,-0.0213458;RO=0;SAF=46,0;SAR=48,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.73299e-08,0;STB=0.500104,0.997414;STBP=0.871,0.096;TYPE=snp,snp;VARB=0.00103845,0.261717;OID=.,.;OPOS=48398080,48398080;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:104:106:0:2:94,5:97,7:0.915094,0.0660377:48,5:46,0:0:0:49,7:48,0:1:1 chr12 48413875 . G A 462.31 PASS AF=0.416;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0179533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.44;QD=14.7938;RBI=0.0235243;REFB=-0.0149266;REVB=-0.0152011;RO=71;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20439;STB=0.613097;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0104829;OID=.;OPOS=48413875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:71:73:52:52:0.416:24:28:24:47:24:28:25:48 chr12 48413944 . C T 947.29 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0150895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7804;QD=54.1309;RBI=0.0196023;REFB=-0.0449184;REVB=0.0125122;RO=3;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286232;STB=0.515147;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00665609;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:48:19:0:3:48:19:0:3 chr12 48413950 . A C 875.0 PASS AF=0.969697;AO=56;DP=61;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.135289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7711;QD=53.03;RBI=0.176616;REFB=-0.192879;REVB=0.113535;RO=4;SAF=13;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313532;STB=0.509022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.014499;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:66:4:2:56:64:0.969697:43:13:1:3:47:17:1:1 chr12 48418710 . T C 279.54 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=7;FWDB=0.0228137;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7399;QD=13.4718;RBI=0.0393762;REFB=0.010848;REVB=0.032094;RO=51;SAF=30;SAR=2;SRF=44;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248207;STB=0.645821;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0196696;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:2:30:44:7:2:30:44:7 chr12 48438140 . CAT CATAC,C 423.11 PASS AF=0.516129,0.483871;AO=13,13;DP=32;FAO=16,15;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8,6;FSAR=8,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412212,0.0128961;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=61.4253,89.2986;QD=54.5947;RBI=0.100887,0.0859169;REFB=0,0;REVB=0.0920812,0.0849435;RO=0;SAF=6,6;SAR=7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0703166,0.0978449;OID=.,.;OPOS=48438143,48438141;OREF=-,AT;OALT=AC,-;OMAPALT=CATAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.516129,0.483871:13,13:32:16,15:31:0:8,6:8,9:0:0:99:0:6,6:7,7:0:0 chr12 48458912 . T C 306.94 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0173886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.783;QD=11.693;RBI=0.017461;REFB=-0.00743766;REVB=0.00158835;RO=65;SAF=24;SAR=14;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721207;STB=0.543135;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0077878;OID=.;OPOS=48458912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:67:38:38:0.361905:14:24:37:28:14:24:38:29 chr12 48501161 . A T 163.58 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=0.00255375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.657;QD=8.60968;RBI=0.0332392;REFB=0.00267501;REVB=0.0331409;RO=53;SAF=13;SAR=9;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26745;STB=0.64275;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00435214;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:53:53:22:23:0.302632:9:13:42:11:9:14:42:11 chr12 48512285 . C A 1166.89 PASS AF=1;AO=68;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.606;QD=60.6175;RBI=0.0440059;REFB=0;REVB=0.0418853;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343922;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:68:77:1:30:38:0:0:39:38:0:0 chr12 48527186 . C T 645.11 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0441803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.983;QD=21.326;RBI=0.0497981;REFB=-0.0266464;REVB=-0.0229773;RO=56;SAF=28;SAR=36;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687157;STB=0.533808;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.022898;OID=.;OPOS=48527186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:36:28:29:27:36:28:29:28 chr12 48578325 . A C 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0148433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.323;QD=22.9029;RBI=0.0278375;REFB=-0.0475166;REVB=0.02355;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210514;STB=0.618066;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0301852;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:10:7:14:7:10:7 chr12 48578442 . C T 224.56 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00830413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9349;QD=17.6123;RBI=0.0110035;REFB=-0.016439;REVB=-0.00721927;RO=27;SAF=4;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373193;STB=0.714082;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.026354;OID=.;OPOS=48578442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:20:4:13:14:20:4:13:14 chr12 48578809 . T C 457.02 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00588107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.741;QD=23.1404;RBI=0.00627234;REFB=-0.00122813;REVB=0.00218065;RO=35;SAF=12;SAR=32;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685716;STB=0.537797;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000772444;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:32:12:12:23:32:12:12:23 chr12 48579226 . C G 195.07 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0145711;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3464;QD=15.2997;RBI=0.0239161;REFB=-0.0286571;REVB=0.0189647;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.503594;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.035626;OID=.;OPOS=48579226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:29:22:22:0.431373:10:12:16:14:10:12:16:13 chr12 48596875 . C CA 600.6 PASS AF=0.564935;AO=84;DP=159;FAO=87;FDP=154;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0435815;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5089;QD=15.6001;RBI=0.0471699;REFB=-0.054366;REVB=0.0180457;RO=70;SAF=48;SAR=36;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361684;STB=0.519382;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=0.0408556;OID=.;OPOS=48596876;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564935:84:159:87:154:67:48:39:34:33:99:70:48:36:37:33 chr12 48723595 . G A 269.43 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.000301481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.543;QD=18.9073;RBI=0.0388718;REFB=-0.0401473;REVB=0.0388707;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229766;STB=0.512812;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0362423;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:10:19:19:9:10:19:19:9 chr12 48723784 . C T 926.85 PASS AF=0.55625;AO=62;DP=162;FAO=89;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0637494;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7029;QD=23.1712;RBI=0.145896;REFB=-0.0443377;REVB=0.131231;RO=68;SAF=43;SAR=19;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300269;STB=0.555543;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0387239;OID=.;OPOS=48723784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:68:71:62:89:0.55625:19:43:26:42:44:45:27:44 chr12 48866585 . A C 557.87 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00788292;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.899;QD=18.9107;RBI=0.0159725;REFB=-0.00357411;REVB=0.0138917;RO=60;SAF=28;SAR=29;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692079;STB=0.542358;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00261017;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:60:57:58:0.491525:29:28:25:35:29:29:25:35 chr12 48866792 . C T 294.18 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0477698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.939;QD=17.5631;RBI=0.0479223;REFB=-0.00139505;REVB=-0.00381972;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.504741;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00126553;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:32:32:0.477612:18:14:15:18:18:14:15:20 chr12 48879951 . T G 696.48 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0082972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.679;QD=23.4109;RBI=0.0101729;REFB=-0.0108114;REVB=0.00588599;RO=51;SAF=30;SAR=37;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257511;STB=0.506077;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00909823;OID=.;OPOS=48879951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:52:67:67:0.563025:37:30:23:28:37:30:24:28 chr12 48888689 . C G 273.83 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00907482;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.248;QD=30.425;RBI=0.0437997;REFB=0.025076;REVB=0.0428493;RO=12;SAF=16;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159856;STB=0.58816;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00710974;OID=.;OPOS=48888689;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:12:12:24:24:0.666667:8:16:5:7:8:16:5:7 chr12 48919556 . A G 1172.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.169;QD=60.9028;RBI=0.047888;REFB=0;REVB=-0.00329472;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016491;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr12 48919793 . T C 107.13 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0223738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.701;QD=12.2437;RBI=0.0230702;REFB=-0.00842637;REVB=0.00562562;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418302;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00854507;OID=.;OPOS=48919793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:7:5:10:12:7:6:10:12 chr12 48919796 . C T 238.55 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00963253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.627;QD=27.2626;RBI=0.0134859;REFB=-0.00890032;REVB=-0.00943847;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472495;STB=0.502615;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00413745;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:6:7:12:10:6:7 chr12 48954040 . A G 299.85 PASS AF=0.5;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0112764;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.333;QD=18.1728;RBI=0.0193357;REFB=-0.0242744;REVB=-0.0157072;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210997;STB=0.609003;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0192193;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:33:33:32:33:0.5:15:17:25:8:15:18:25:8 chr12 48954225 . G C 218.85 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00676203;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9178;QD=15.6322;RBI=0.0285282;REFB=-0.0292436;REVB=0.0277152;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145834;STB=0.582667;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0275199;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:14:17:10:15:14:17 chr12 48962869 . A G 492.79 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0116265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1697;QD=31.2879;RBI=0.0460713;REFB=-0.0192155;REVB=0.0445802;RO=19;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984383;STB=0.55329;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0103818;OID=.;OPOS=48962869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:24:20:12:7:24:20:12:7 chr12 48963021 . T C 95.23 PASS AF=0.213333;AO=14;DP=73;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.010685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.744;QD=5.0788;RBI=0.0130098;REFB=-0.00570942;REVB=0.00742196;RO=59;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190755;STB=0.657918;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0131646;OID=.;OPOS=48963021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:73:75:59:59:14:16:0.213333:9:5:30:29:11:5:30:29 chr12 49048738 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.924;QD=57.3857;RBI=0.0129637;REFB=0;REVB=0.0128451;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48453e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr12 49075811 . T G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.46;QD=63.5793;RBI=0.0274903;REFB=0;REVB=0.0188577;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152207;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:12:35:0:0:12:35:0:0 chr12 49086963 . G A 1043.35 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420555;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.766;QD=57.9637;RBI=0.0422458;REFB=-0.180616;REVB=0.00400579;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145478;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000668468;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:0:1:32:39:0:1 chr12 49222217 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.77;QD=42.1826;RBI=0.0626444;REFB=0;REVB=0.0149925;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102009;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr12 49255798 . G C 326.74 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0153492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4689;QD=17.6614;RBI=0.0174553;REFB=-0.023035;REVB=-0.00831201;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713544;STB=0.539869;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0210499;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:23:16:17:18:23:16 chr12 49332451 . T A,TGA 139.4 PASS AF=0.0333333,0.5;AO=4,11;DP=32;FAO=1,15;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=1,3;FSAR=0,12;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.123103,0.0361991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=36.5305,163.35;QD=18.5862;RBI=0.125323,0.105638;REFB=-0.0472838,-0.0322268;REVB=0.0234842,0.0992421;RO=17;SAF=1,3;SAR=3,8;SRF=15;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.650839,-0.569026;STB=0.981588,0.830757;STBP=0.619,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0.0936182,0.0173398;OID=.,.;OPOS=49332451,49332452;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:32:30:17:14:4,11:1,15:0.0333333,0.5:3,8:1,3:15:2:0,12:1,3:13:1 chr12 49334762 . G C 1194.43 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.679;QD=60.4773;RBI=0.0518126;REFB=0;REVB=0.051575;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135476;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:0:0:71:79:1:32:39:0:0:38:41:0:0 chr12 49390677 . T C 216.98 PASS AF=0.242647;AO=30;DP=133;FAO=33;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.011496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.081;QD=6.38188;RBI=0.0116699;REFB=-0.00706671;REVB=-0.00200705;RO=102;SAF=15;SAR=15;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370542;STB=0.508743;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0227772;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:102:103:30:33:0.242647:15:15:48:54:18:15:48:55 chr12 49424534 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0179209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.371;QD=15.1969;RBI=0.0264501;REFB=-0.0186775;REVB=0.0194537;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295851;STB=0.670813;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0167828;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:12:6:9:5:12:6 chr12 49425978 . T C 167.38 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0220678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.332;QD=7.97022;RBI=0.0224362;REFB=0.000475841;REVB=-0.0040493;RO=61;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186233;STB=0.611357;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00154294;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:10:13:25:36:10:13:25:36 chr12 49427652 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00075643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.018;QD=16.4573;RBI=0.0389506;REFB=0.00151924;REVB=-0.0389433;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0021113;OID=.;OPOS=49427652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr12 49432277 . AC A,AG 120.14 PASS AF=0.72,0;AO=12,2;DP=24;FAO=18,0;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=15,0;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.134315,-0.0525986;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.0842,105.722;QD=19.2217;RBI=0.135899,0.0698744;REFB=-0.136194,0.0192359;REVB=-0.0206874,-0.045998;RO=7;SAF=10,2;SAR=2,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.45679,0;SSSB=0.495778,0.732272;STB=0.737405,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0878997,0.0941689;OID=.,.;OPOS=49432278,49432278;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72,0:12,2:24:18,0:25:7:15,0:3,0:1:6:29:7:10,2:2,0:1:6 chr12 49434074 . C A 76.26 PASS AF=0.324324;AO=6;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.135317;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=23.8358;QD=8.24388;RBI=0.135601;REFB=-0.00679428;REVB=-0.00877687;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334106;STB=0.596253;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0110248;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:17:25:6:12:0.324324:3:3:8:9:5:7:11:14 chr12 49444545 . G A 194.01 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0472524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.808;QD=16.8707;RBI=0.0510662;REFB=-0.0252594;REVB=0.0193641;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418209;STB=0.50239;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0382447;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:9:17:13:7:9:17 chr12 49500398 . G A 1553.43 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789015;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.042;QD=59.7475;RBI=0.00792684;REFB=0;REVB=0.000761699;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4705e-05;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:41:62:0:0:41:63:0:0 chr12 49500509 . C T 792.36 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172151;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.547;QD=57.6265;RBI=0.0172177;REFB=0;REVB=-0.000297894;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80882e-05;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr12 49522578 . T C,G 388.35 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=24,2;DP=26;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457749,-0.0103983;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.208,68.1062;QD=55.4792;RBI=0.123156,0.0381633;REFB=0,0;REVB=0.12307,0.0367194;RO=0;SAF=10,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0015449,0.0324223;OID=.,.;OPOS=49522578,49522578;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:28:0:0:24,2:27,1:0.964286,0.0357143:14,0:10,2:0:0:16,0:11,1:0:0 chr12 49522605 . C T 593.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3455;QD=60.8885;RBI=0.0365989;REFB=0;REVB=0.0356587;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322333;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr12 49579696 . C G 769.76 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.072;QD=57.0189;RBI=0.0507729;REFB=0;REVB=0.0316624;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103042;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:21:31:0:0:22:32:0:0 chr12 49580180 . T C 1569.8 PASS AF=0.964286;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0607836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4083;QD=56.0643;RBI=0.0695514;REFB=-0.0734487;REVB=-0.0338046;RO=5;SAF=50;SAR=57;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282172;STB=0.509939;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00169971;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:5:4:107:108:0.964286:57:50:4:1:57:51:3:1 chr12 49667103 . A T 1018.48 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00550669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.651;QD=56.5822;RBI=0.00574572;REFB=-0.119004;REVB=0.00164;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000559306;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:34:36:0:1:34:36:1:1 chr12 49937813 . A G 534.46 PASS AF=0.701493;AO=46;DP=66;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0253811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.778;QD=31.9079;RBI=0.029293;REFB=-0.0378283;REVB=-0.0146246;RO=20;SAF=17;SAR=29;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476223;STB=0.520949;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0139852;OID=.;OPOS=49937813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:20:20:46:47:0.701493:29:17:9:11:29:18:9:11 chr12 49951232 . T C 391.09 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0109614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.974;QD=27.4446;RBI=0.0400509;REFB=-0.0241011;REVB=-0.0385217;RO=18;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748097;STB=0.539751;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00931581;OID=.;OPOS=49951232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:20:37:37:0.649123:19:18:11:7:19:18:12:8 chr12 49952666 . CAG ACA,CAA 115.01 PASS AF=0,0.565217;AO=2,10;DP=23;FAO=0,13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0116017,0.0148965;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=164.888,181.77;QD=20.0024;RBI=0.0582278,0.050149;REFB=-0.0540336,-0.048522;REVB=0.0570603,0.0478854;RO=10;SAF=2,6;SAR=0,4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.487131,-0.188678;STB=0.5,0.588109;STBP=1,0.4;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.036576;OID=.,.;OPOS=49952666,49952668;OREF=CAG,G;OALT=ACA,A;OMAPALT=ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:23:23:10:10:2,10:0,13:0,0.565217:0,4:2,6:8:2:0,5:0,8:8:2 chr12 49960551 . C A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0199653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.475;QD=15.1658;RBI=0.0207087;REFB=-0.0182811;REVB=-0.00549877;RO=29;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832732;STB=0.540302;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0283308;OID=.;OPOS=49960551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:16:7:11:18:16:7:11:19 chr12 49993678 . C T 530.16 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0101337;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0222;QD=22.3225;RBI=0.0884281;REFB=0.00336348;REVB=-0.0878455;RO=45;SAF=22;SAR=28;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19293;STB=0.60612;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00606528;OID=.;OPOS=49993678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:45:50:50:0.526316:28:22:30:15:28:22:30:15 chr12 50026423 . C T 536.19 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00684386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.146;QD=23.8305;RBI=0.00687362;REFB=0.000806859;REVB=-0.00063893;RO=40;SAF=21;SAR=29;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415074;STB=0.502278;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.000736046;OID=.;OPOS=50026423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:29:21:17:23:29:21:17:23 chr12 50037745 . G A 242.13 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.012257;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.145;QD=26.1757;RBI=0.0129296;REFB=-0.054052;REVB=0.00411574;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183875;STB=0.522368;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0411515;OID=.;OPOS=50037745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:14:15:22:22:0.594595:12:10:6:8:12:10:6:9 chr12 50152193 . G A 570.41 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0180812;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.814;QD=22.5906;RBI=0.0186736;REFB=-0.0247054;REVB=0.00466593;RO=45;SAF=22;SAR=34;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906846;STB=0.549566;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0225935;OID=.;OPOS=50152193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:34:22:13:32:34:22:13:32 chr12 50158434 . C CT 328.63 PASS AF=0.701149;AO=53;DP=92;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.132467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6117;QD=15.1095;RBI=0.137701;REFB=0.0287627;REVB=0.037601;RO=34;SAF=21;SAR=32;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07636;STB=0.544524;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=0.00556796;OID=.;OPOS=50158435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.701149:53:92:61:87:26:24:37:14:12:73:34:21:32:17:17 chr12 50158505 . AG AA,GA 418.84 PASS AF=0.367347,0.612245;AO=10,7;DP=41;FAO=18,30;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=1,14;FSAR=17,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00129951,0.093429;FXX=0;HRUN=1,12;LEN=1,2;MLLD=151.187,17.437;QD=34.1908;RBI=0.0812071,0.931527;REFB=-0.00846439,0.0191194;REVB=0.0811967,0.92683;RO=19;SAF=1,7;SAR=9,0;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.382247,0.781746;STB=0.66643,0.51723;STBP=0.044,0.336;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0380499,0.0575035;OID=.,.;OPOS=50158506,50158505;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:49:19:1:10,7:18,30:0.367347,0.612245:9,0:1,7:6:13:17,16:1,14:1:0 chr12 50158514 . A G 33.45 PASS AF=0.136364;AO=7;DP=45;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.00580721;FXX=0.0222173;HRUN=13;LEN=1;MLLD=217.679;QD=3.04107;RBI=0.00692398;REFB=-0.0010544;REVB=-0.00377065;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584286;STB=0.84132;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0080174;OID=.;OPOS=50158514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:44:37:38:7:6:0.136364:2:5:7:30:2:4:8:30 chr12 50185334 . A G 275.87 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400706;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.915;QD=52.546;RBI=0.0415026;REFB=0;REVB=-0.0108083;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111613;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:18:21:1:13:5:0:0:14:7:0:0 chr12 50189602 . A G 1071.88 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.52;QD=59.5489;RBI=0.0705329;REFB=0;REVB=-0.00286258;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65027e-05;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:72:0:0:65:72:1:48:17:0:0:49:23:0:0 chr12 50189807 . C A 222.21 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4629;QD=49.3799;RBI=0.0735683;REFB=0;REVB=0.0635977;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837326;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr12 50189834 . T G 246.45 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00773722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.607;QD=46.9434;RBI=0.0310614;REFB=-0.150637;REVB=0.0300823;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00075824;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:5:14:1:0:6:14:1:0 chr12 50190653 . C T 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.051;QD=56.6654;RBI=0.0741432;REFB=0;REVB=0.073231;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255324;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr12 50190667 . A T 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=6.88621e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.2;QD=8.23016;RBI=0.0223745;REFB=-0.00390476;REVB=-0.0223744;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174193;STB=0.608469;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0126015;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:11:14:7:3:11:14 chr12 50192207 . C CG,G 76.1 PASS AF=0.4,0;AO=10,3;DP=30;FAO=12,0;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00967498,-0.047523;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=19.1212,182.063;QD=10.1463;RBI=0.165225,0.058148;REFB=-0.103533,-0.00709033;REVB=-0.164941,-0.0335075;RO=15;SAF=4,3;SAR=6,0;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.656613;STB=0.583194,0.5;STBP=0.498,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.160741,0;OID=.,.;OPOS=50192208,50192207;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:30:15:18:10,3:12,0:0.4,0:6,0:4,3:6:9:5,0:7,0:8:10 chr12 50232169 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.03;QD=48.7373;RBI=0.0419841;REFB=0;REVB=0.0376531;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80851e-05;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:4:9:0:0:4:13:0:0 chr12 50348078 . T C 553.08 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00853582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.474;QD=24.5812;RBI=0.0241536;REFB=-0.03996;REVB=-0.022595;RO=39;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842087;STB=0.504614;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0276801;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:23:28:21:18:23:28:21:18 chr12 50352393 . G C 94.65 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0994928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1637;QD=21.0326;RBI=0.119799;REFB=0.0168807;REVB=0.0667302;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.012771;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:4:3:5:6:4:3 chr12 50452708 . C G 1910.47 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0377697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.735;QD=59.2395;RBI=0.0458219;REFB=-0.165304;REVB=0.0259441;RO=2;SAF=66;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000708389;STB=0.50333;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000431715;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:129:2:3:126:126:0.976744:60:66:1:1:60:66:2:1 chr12 50476158 . G T 2853.23 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149566;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.631;QD=61.6914;RBI=0.0153461;REFB=-0.163713;REVB=0.00343553;RO=1;SAF=100;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570174;STB=0.500506;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-1.06723e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:1:2:183:183:0.989189:83:100:0:1:83:100:1:1 chr12 50523947 . A G 732.76 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0108473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6585;QD=58.621;RBI=0.0235018;REFB=-0.0315888;REVB=0.0208487;RO=2;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119379;STB=0.506349;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0291699;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:31:17:1:1:31:17:1:1 chr12 50523964 . T C 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.757;QD=61.3228;RBI=0.0615233;REFB=0;REVB=0.00609211;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194492;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr12 50526814 . G A 629.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.543;QD=61.3851;RBI=0.0478962;REFB=0;REVB=0.0404245;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104568;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr12 50537815 . A G 970.66 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.974;QD=58.8276;RBI=0.0230083;REFB=0;REVB=0.0185031;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33472e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr12 50650041 . A C 118.14 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0962968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6849;QD=13.1268;RBI=0.101482;REFB=-0.0215725;REVB=-0.032023;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258549;STB=0.640815;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0285927;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:4:10:10:11:4:10:11:11 chr12 50650057 . T C 563.68 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00692262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9718;QD=57.8133;RBI=0.0318076;REFB=0.0066442;REVB=0.0310452;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000326045;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr12 50744119 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.402;QD=59.8381;RBI=0.0357531;REFB=0;REVB=-0.00841459;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177812;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 50744171 . T C 882.98 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.259;QD=57.9005;RBI=0.029958;REFB=0;REVB=0.0149849;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72593e-05;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr12 50744753 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000775661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.22;QD=59.8384;RBI=0.00112435;REFB=0;REVB=0.000813949;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17117e-06;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr12 50749221 . G C 490.85 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0384171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8913;QD=51.6685;RBI=0.0875521;REFB=-0.0412334;REVB=0.0786734;RO=3;SAF=23;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169195;STB=0.530595;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.048621;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:3:3:34:35:0.921053:11:23:2:1:12:23:3:0 chr12 50749227 . T G 485.98 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0229287;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=129.135;QD=49.8436;RBI=0.0255459;REFB=-0.134313;REVB=0.0112635;RO=2;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931601;STB=0.590854;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00165969;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:2:4:35:35:0.897436:9:26:0:2:9:26:0:4 chr12 50754563 . T G 490.21 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.951;QD=56.0242;RBI=0.0299715;REFB=-0.122955;REVB=0.0209799;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00037418;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:0:1:23:11:0:1 chr12 50870145 . G A 3716.71 PASS AF=0.97619;AO=244;DP=250;FAO=246;FDP=252;FR=.;FRO=6;FSAF=132;FSAR=114;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.03092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.134;QD=58.9953;RBI=0.032287;REFB=-0.103577;REVB=0.00929541;RO=5;SAF=131;SAR=113;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101296;STB=0.503115;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00139258;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:250:252:5:6:244:246:0.97619:113:131:4:1:114:132:4:2 chr12 51135275 . T C 848.95 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0178418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6603;QD=53.0592;RBI=0.0838078;REFB=-0.0323676;REVB=0.0818866;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.508194;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00580283;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:1:3:61:61:0.953125:30:31:1:0:30:31:1:2 chr12 51141883 . A G 876.93 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.889;QD=54.8082;RBI=0.0240718;REFB=-0.0201224;REVB=-0.0202741;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362762;STB=0.519225;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00187886;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:37:25:2:0:37:25:2:0 chr12 51142351 . G A 127.19 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00579858;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.956;QD=9.24997;RBI=0.0448428;REFB=-0.00878328;REVB=-0.0444663;RO=35;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134255;STB=0.615243;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00609093;OID=.;OPOS=51142351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:35:38:17:17:0.309091:5:12:21:14:5:12:21:17 chr12 51235317 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.455;QD=63.2819;RBI=0.018697;REFB=0;REVB=-0.0171915;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85342e-05;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr12 51236802 . T C 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0498536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0707;QD=14.9754;RBI=0.0629807;REFB=-0.00628498;REVB=-0.0384861;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00174933;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:6:5:5:5:6:5 chr12 51236931 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.591;QD=43.4862;RBI=0.0841235;REFB=0;REVB=0.0677566;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 51333796 . C A,CA 656.68 PASS AF=0,1;AO=2,41;DP=46;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321052,0.0328315;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.32,27.2652;QD=59.6983;RBI=0.0662298,0.0729893;REFB=0,0;REVB=-0.057928,-0.0651885;RO=3;SAF=2,15;SAR=0,26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0850202;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000754697;OID=.,.;OPOS=51333796,51333797;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:46:44:3:0:2,41:0,44:0,1:0,26:2,15:3:0:0,26:0,18:0:0 chr12 51402905 . T A,G 771.03 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,52;DP=54;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158907,0.0272012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.784,126.618;QD=56.0747;RBI=0.0176891,0.131796;REFB=0,0;REVB=0.00777115,0.128959;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.123598,0.000902845;OID=.,.;OPOS=51402905,51402905;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:0:0:2,52:2,53:0.0363636,0.963636:0,22:2,30:0:0:0,23:2,30:0:0 chr12 51442944 . G A 2312.6 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.273;QD=63.7958;RBI=0.0549906;REFB=0;REVB=0.0361087;RO=0;SAF=55;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71848e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:90:55:0:0:90:55:0:0 chr12 51518787 . C G 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0215365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.28;QD=27.2773;RBI=0.0469722;REFB=-0.0113048;REVB=0.0417441;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248769;STB=0.637085;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00773638;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:11:17:5:14:11:17:5:14 chr12 51636259 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.245;QD=59.1432;RBI=0.0466453;REFB=0;REVB=0.00794836;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79066e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr12 51681903 . T C 1475.38 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0270473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.738;QD=57.2963;RBI=0.030794;REFB=-0.122942;REVB=0.0147211;RO=1;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797385;STB=0.50168;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000558241;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:59:42:0:1:59:42:1:1 chr12 51685831 . T C 93.82 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0136349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.03;QD=10.1423;RBI=0.0187422;REFB=-0.0128069;REVB=-0.0128593;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974616;STB=0.56861;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0310335;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:8:16:7:5:8:17 chr12 51696500 . G A 117.2 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0668503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0501;QD=8.5239;RBI=0.0789295;REFB=-0.00655133;REVB=-0.0419631;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249928;STB=0.654371;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0119991;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:39:16:16:0.290909:8:8:27:11:8:8:28:11 chr12 51707626 . C T 250.11 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0256429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.967;QD=14.4993;RBI=0.025656;REFB=-0.0105018;REVB=-0.00081672;RO=40;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462369;STB=0.526297;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0138211;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:20:9:14:26:20:9:14:26 chr12 51722311 . C T 1171.06 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.849;QD=60.834;RBI=0.0262684;REFB=0;REVB=-0.00861598;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92144e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr12 51722409 . G GT 62.67 PASS AF=0.25;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0342834;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8244;QD=3.91675;RBI=0.0550013;REFB=0.0125866;REVB=0.0430093;RO=54;SAF=3;SAR=13;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381425;STB=0.721914;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=-0.0349487;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:16:70:16:64:48:3:13:21:27:62:54:3:13:25:29 chr12 51723499 . T C 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000745295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.972;QD=5.22793;RBI=0.0235115;REFB=0.00437433;REVB=-0.0234997;RO=43;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283655;STB=0.678928;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.010985;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:57:58:43:46:12:12:0.206897:3:9:23:20:3:9:25:21 chr12 51723598 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC,AGGGGG 158.61 PASS AF=0.870968,0,0.0322581,0;AO=7,9,2,4;DP=37;FAO=27,0,1,0;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=12,0,1,0;FSAR=15,0,0,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.100372,0.243788,0.330588,-0.360853;FXX=0.0882094;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=10.7495,6.11948,6.32422,6.46819;QD=20.4653;RBI=0.178489,0.450622,0.681123,0.890082;REFB=-0.104153,-0.0227136,0.0747148,-0.162345;REVB=0.147593,-0.378982,-0.595517,0.813653;RO=6;SAF=7,2,0,4;SAR=0,7,2,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0.344828;SSEP=0,0,0,0.305556;SSSB=0.74229,-0.436534,-0.719959,0.65814;STB=0.545421,0.5,0.994936,0.5;STBP=0.147,1,0.102,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0185973,0.0432032,0.0374879,0.0400563;OID=.,.,.,.;OPOS=51723603,51723599,51723603,51723604;OREF=GC,G,G,C;OALT=-,-,C,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870968,0,0.0322581,0:7,9,2,4:37:27,0,1,0:31:3:12,0,1,0:15,0,0,0:0:3:10:6:7,2,0,4:0,7,2,0:5:1 chr12 51733734 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0237719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1131;QD=15.7908;RBI=0.0297117;REFB=-0.000524575;REVB=0.0178236;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357656;STB=0.526785;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000429213;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:15:16:21:17:15:16:22:17 chr12 51737607 . G A 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0265879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.607;QD=15.1711;RBI=0.0624856;REFB=-0.0167872;REVB=-0.0565468;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37406;STB=0.717521;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0306744;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:14:10:13:4:14:10 chr12 51739648 . C G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0250544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0647;QD=14.2617;RBI=0.0251082;REFB=0.00715614;REVB=0.00164322;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0142378;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:15:9:8:8:15:9 chr12 51740388 . C A 645.32 PASS AF=0.944444;AO=46;DP=49;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0267725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.243;QD=47.8018;RBI=0.0465966;REFB=-0.0545869;REVB=0.0381376;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.5294;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00466275;OID=.;OPOS=51740388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:54:2:3:46:51:0.944444:22:24:0:2:24:27:0:3 chr12 51740409 . TA GG 45.58 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0072455;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.827;QD=3.315;RBI=0.00728575;REFB=0.00329829;REVB=-0.000764754;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288882;STB=0.71373;STBP=0.214;TYPE=mnp;VARB=-0.0161116;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:55:46:47:8:8:0.145455:2:6:24:22:2:6:24:23 chr12 51771040 . T C 493.11 PASS AF=0.52;AO=50;DP=103;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0243741;FXX=0.0476145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9725;QD=19.7244;RBI=0.0462569;REFB=-0.0227547;REVB=0.0393142;RO=45;SAF=32;SAR=18;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315042;STB=0.670596;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0128515;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:45:48:50:52:0.52:18:32:12:33:20:32:12:36 chr12 51899658 . TA T 53.8 PASS AF=0.327273;AO=20;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0460757;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2954;QD=3.91281;RBI=0.108769;REFB=-0.115794;REVB=-0.0985276;RO=34;SAF=17;SAR=3;SRF=22;SRR=12;SSEN=0.378049;SSEP=0;SSSB=0.31186;STB=0.863868;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.151111;OID=.;OPOS=51899659;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:20:56:18:55:37:17:1:23:14:53:34:17:3:22:12 chr12 51901390 . A G 1484.15 PASS AF=1;AO=73;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6943;QD=63.1553;RBI=0.196957;REFB=0;REVB=-0.0201578;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124374;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:73:94:1:47:26:0:0:51:43:0:0 chr12 51902249 . C T 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8547;QD=59.6727;RBI=0.0274148;REFB=0;REVB=0.00936161;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130306;OID=.;OPOS=51902249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr12 52080965 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.48;QD=61.852;RBI=0.0162432;REFB=0;REVB=0.00686081;RO=0;SAF=22;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00231e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:61:22:0:0:61:22:0:0 chr12 52184271 . T C 141.8 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0269731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.209;QD=14.9267;RBI=0.0289143;REFB=-0.00777185;REVB=-0.010416;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250838;STB=0.661549;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00660876;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:12:4:10:11:12:4:11:11 chr12 52200742 . C A 37.2 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.103156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2033;QD=8.75322;RBI=0.109908;REFB=-0.0464527;REVB=-0.0379267;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0718356;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:3:3:6:4:3:3:6:5 chr12 52204246 . T C 350.02 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0190408;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.288;QD=17.5011;RBI=0.0368219;REFB=-0.0236595;REVB=0.0315167;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072386;STB=0.540519;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0204132;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:17:20:20:23:17:20:20:23 chr12 52211942 . G A 104.89 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00505873;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.538;QD=7.361;RBI=0.00550766;REFB=-0.00889759;REVB=-0.00217798;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101293;STB=0.593845;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0216822;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:42:15:15:0.263158:7:8:17:21:7:8:17:25 chr12 52284233 . T C 796.21 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.765;QD=63.6972;RBI=0.017928;REFB=0;REVB=-0.0113511;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165152;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr12 52448157 . G A 641.64 PASS AF=0.547826;AO=62;DP=117;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0262193;FXX=0.0416632;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.316;QD=22.318;RBI=0.0263049;REFB=-0.00473129;REVB=-0.00212144;RO=49;SAF=22;SAR=40;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195492;STB=0.606197;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00593868;OID=.;OPOS=52448157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:49:52:62:63:0.547826:40:22:29:20:40:23:31:21 chr12 52564449 . C T 134.27 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0865316;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3744;QD=17.3248;RBI=0.24679;REFB=-0.00267714;REVB=0.231123;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413111;STB=0.601846;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.015511;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:10:16:12:15:0.483871:1:11:9:1:4:11:9:7 chr12 52565321 . A AT 686.68 PASS AF=0.979592;AO=6;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446412;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=252.291;QD=56.0552;RBI=0.0461239;REFB=-0.0782608;REVB=0.0116007;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=41;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53399;STB=0.505492;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=0.00137193;OID=.;OPOS=52565322;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979592:6:49:48:49:1:45:3:1:0:5:42:5:1:41:1 chr12 52585570 . C T 370.45 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.032292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.619;QD=29.0546;RBI=0.0323107;REFB=0.00284852;REVB=-0.00109752;RO=17;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122216;STB=0.566888;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00150609;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:24:10:8:9:24:10:8:9 chr12 52602013 . C T 1868.11 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.4;QD=59.7794;RBI=0.0480804;REFB=-0.152504;REVB=0.0343514;RO=2;SAF=52;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179191;STB=0.509432;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000391766;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:2:2:123:123:0.984:71:52:2:0:71:52:2:0 chr12 52631313 . A G 406.35 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0364892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4427;QD=17.2914;RBI=0.0379323;REFB=-0.0221466;REVB=0.0103632;RO=49;SAF=36;SAR=6;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298713;STB=0.684828;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0251805;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:52:42:42:0.446809:6:36:32:17:6:36:33:19 chr12 52639302 . G C 450.42 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0317728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.411;QD=30.5367;RBI=0.0354999;REFB=-0.0276274;REVB=-0.0158344;RO=18;SAF=15;SAR=26;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895462;STB=0.548423;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00969385;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:26:15:4:14:26:15:4:14 chr12 52642518 . G A 115.91 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0349093;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6723;QD=5.86904;RBI=0.0657144;REFB=-0.00362839;REVB=0.0556751;RO=60;SAF=13;SAR=5;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322685;STB=0.706491;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0158454;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:60:61:18:18:0.227848:5:13:28:32:5:13:28:33 chr12 52649887 . T C 1029.8 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0700732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.939;QD=58.0171;RBI=0.0702568;REFB=-0.034672;REVB=0.00507539;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.507244;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000532657;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:0:1:34:36:0:1 chr12 52661192 . A G 1469.89 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.059831;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1282;QD=61.89;RBI=0.087515;REFB=-0.114691;REVB=-0.0638681;RO=0;SAF=69;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15453e-08;STB=0.503545;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000712527;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:93:94:0.989474:24:69:0:0:24:70:1:0 chr12 52661209 . T C 1362.01 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0720115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.577;QD=61.2138;RBI=0.0726596;REFB=-0.0865113;REVB=0.00968343;RO=1;SAF=59;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796515;STB=0.504201;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000207971;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:29:59:1:0:29:59:1:0 chr12 52661302 . C A 582.15 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0514;QD=58.2151;RBI=0.0212508;REFB=-0.102234;REVB=0.00778763;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00473849;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:13:26:0:1:13:26:0:1 chr12 52679937 . C G 48.85 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0143253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.842;QD=13.9568;RBI=0.0266484;REFB=-0.0304528;REVB=-0.0224705;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0258342;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:6:7:0.5:2:4:5:2:2:5:5:2 chr12 52681056 . C T 210.16 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0058985;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.495;QD=12.009;RBI=0.0152597;REFB=-0.0275544;REVB=-0.0140736;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845258;STB=0.548743;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0459587;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:44:26:26:0.371429:11:15:22:22:11:15:22:22 chr12 52681080 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0303903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.753;QD=12.0714;RBI=0.0400132;REFB=-0.00479618;REVB=-0.0260285;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117821;STB=0.568006;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00798659;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:19:21:10:14:19:21 chr12 52681416 . T C 465.31 PASS AF=0.349398;AO=58;DP=166;FAO=58;FDP=166;FR=.;FRO=108;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.00649592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.914;QD=11.2122;RBI=0.0146333;REFB=-0.0154542;REVB=0.0131125;RO=108;SAF=31;SAR=27;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112567;STB=0.564314;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0273661;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:108:108:58:58:0.349398:27:31:47:61:27:31:47:61 chr12 52681437 . A G 540.73 PASS AF=0.369318;AO=64;DP=172;FAO=65;FDP=176;FR=.;FRO=111;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.00619227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.257;QD=12.2893;RBI=0.0126139;REFB=-0.0216646;REVB=-0.0109894;RO=107;SAF=31;SAR=33;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395848;STB=0.53211;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.049705;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:107:111:64:65:0.369318:33:31:48:59:33:32:49:62 chr12 52681925 . A C,G 1553.94 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=102,4;DP=106;FAO=102,4;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=39,3;FSAR=63,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237693,0.0174992;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.3915,116.339;QD=58.6392;RBI=0.0243765,0.022437;REFB=0,0;REVB=-0.00540674,-0.0140428;RO=0;SAF=39,3;SAR=63,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00917219,0.0751799;OID=.,.;OPOS=52681925,52681925;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:106:106:0:0:102,4:102,4:0.962264,0.0377358:63,1:39,3:0:0:63,1:39,3:0:0 chr12 52699548 . T C 789.67 PASS AF=0.415459;AO=60;DP=209;FAO=86;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.0265629;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.268;QD=15.2593;RBI=0.0268127;REFB=-0.0475108;REVB=-0.00365091;RO=115;SAF=25;SAR=35;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000854507;STB=0.586517;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0695799;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:115:118:60:86:0.415459:35:25:48:67:61:25:50:68 chr12 52708420 . G A 1901.98 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829642;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.266;QD=61.8531;RBI=0.0318958;REFB=0;REVB=0.0307979;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02002e-06;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr12 52708565 . A G 688.32 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.976;QD=53.9855;RBI=0.050245;REFB=-0.0888825;REVB=0.0309826;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000433381;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:51:1:1:47:50:0.980392:17:30:0:1:17:33:0:1 chr12 52709880 . A G 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0245939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.711;QD=20.1557;RBI=0.0246214;REFB=-0.0329104;REVB=-0.00116381;RO=25;SAF=7;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190199;STB=0.60666;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0393137;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:21:7:11:14:21:7:11:14 chr12 52709883 . T C 268.47 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.101638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.45;QD=20.262;RBI=0.108805;REFB=-0.0187053;REVB=-0.0388359;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166082;STB=0.60666;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0118735;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:21:7:10:14:21:7:11:14 chr12 52710309 . G A 1687.66 PASS AF=0.646018;AO=144;DP=224;FAO=146;FDP=226;FR=.;FRO=80;FSAF=59;FSAR=87;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.0138402;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.8;QD=29.8701;RBI=0.0146106;REFB=-0.0499564;REVB=0.00468191;RO=78;SAF=59;SAR=85;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831037;STB=0.501511;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0263433;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:78:80:144:146:0.646018:85:59:31:47:87:59:32:48 chr12 52710715 . G A 912.25 PASS AF=0.56051;AO=88;DP=158;FAO=88;FDP=157;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0189784;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.109;QD=23.242;RBI=0.0192511;REFB=-0.00197462;REVB=0.00322907;RO=69;SAF=40;SAR=48;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891683;STB=0.5486;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00161123;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:69:69:88:88:0.56051:48:40:39:30:48:40:39:30 chr12 52710721 . G C 941.59 PASS AF=0.56962;AO=90;DP=158;FAO=90;FDP=158;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00519946;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.655;QD=23.8376;RBI=0.0488629;REFB=-0.00142777;REVB=-0.0485854;RO=68;SAF=42;SAR=48;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084349;STB=0.53962;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00104292;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:68:68:90:90:0.56962:48:42:39:29:48:42:38:30 chr12 52711549 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0198378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.32;QD=16.1152;RBI=0.0210258;REFB=-0.00198467;REVB=-0.00696728;RO=28;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163164;STB=0.586131;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00225394;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:6:18:17:11:6:18:18:11 chr12 52712975 . G A 264.28 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0224735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.359;QD=10.6779;RBI=0.0356012;REFB=-0.0198974;REVB=-0.0276113;RO=65;SAF=20;SAR=12;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155417;STB=0.581344;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0429807;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:67:32:32:0.323232:12:20:32:33:12:20:34:33 chr12 52753861 . C T 1743.98 PASS AF=1;AO=112;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346511;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3029;QD=60.1373;RBI=0.073683;REFB=0;REVB=0.0650268;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597469;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:112:116:1:50:62:0:0:52:64:0:0 chr12 52774235 . A G 778.73 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9723;QD=56.6348;RBI=0.0323852;REFB=0;REVB=0.00825426;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294642;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:33:22:0:0 chr12 52777502 . A G 275.89 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00188537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.518;QD=9.19621;RBI=0.00698577;REFB=-0.00303918;REVB=-0.00672655;RO=82;SAF=18;SAR=19;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734268;STB=0.546737;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00683457;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:82:83:37:37:0.308333:19:18:45:37:19:18:46:37 chr12 52788928 . G A 534.83 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00485619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5951;QD=31.9298;RBI=0.00900107;REFB=-0.00495024;REVB=0.00757869;RO=20;SAF=23;SAR=24;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885496;STB=0.547855;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00282263;OID=.;OPOS=52788928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:24:23:13:7:24:23:13:7 chr12 52789509 . T C 754.63 PASS AF=0.981818;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.343;QD=54.8819;RBI=0.0358229;REFB=-0.165306;REVB=-0.000760083;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000690085;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:55:0:1:49:54:0.981818:31:18:0:0:33:21:1:0 chr12 52789597 . A G 554.77 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0127674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.095;QD=55.4772;RBI=0.0131886;REFB=-0.0913516;REVB=0.00330628;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.531233;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000354993;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:23:15:1:0:23:15:2:0 chr12 52789605 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.832;QD=60.9786;RBI=0.0123348;REFB=0;REVB=0.00440513;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44197e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr12 52818504 . T G 413.26 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0218009;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.521;QD=16.8679;RBI=0.0261746;REFB=-0.0428256;REVB=-0.0144855;RO=42;SAF=13;SAR=28;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375951;STB=0.657267;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0298262;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:42:54:41:42:0.428571:28:13:31:11:28:14:33:21 chr12 52822258 . A G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00105863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.769;QD=21.2934;RBI=0.00449238;REFB=-0.0165665;REVB=0.00436587;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729235;STB=0.54095;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0154374;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:12:13:15:10:12:13 chr12 52824352 . G A 458.43 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00568171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.44;QD=14.2147;RBI=0.0360257;REFB=-0.0141323;REVB=0.0355748;RO=77;SAF=25;SAR=27;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134866;STB=0.507607;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.025731;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:27:25:38:39:27:25:38:39 chr12 52825363 . G A 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0159094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.66;QD=16.5719;RBI=0.0404402;REFB=-0.0190395;REVB=-0.0371794;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556409;STB=0.523062;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0255724;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:30:30:0.461538:15:15:19:15:15:15:19:16 chr12 52827818 . T C 256.4 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0319231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.759;QD=11.2702;RBI=0.0345116;REFB=-0.0133414;REVB=-0.0131134;RO=60;SAF=9;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178873;STB=0.604325;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0296094;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:22:9:26:34:22:9:26:34 chr12 52841765 . G A 265.97 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00206011;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.159;QD=15.6455;RBI=0.0212231;REFB=-0.00122425;REVB=-0.0211229;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194254;STB=0.609424;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00128884;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:14:24:13:17:14:24 chr12 52842736 . T C 76.79 PASS AF=0.206897;AO=9;DP=54;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0627657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3352;QD=5.29577;RBI=0.119033;REFB=-0.0229174;REVB=0.101141;RO=45;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556001;STB=0.898651;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.108989;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:54:58:45:46:9:12:0.206897:1:8:20:25:1:11:21:25 chr12 52843779 . T C 119.89 PASS AF=0.150289;AO=23;DP=172;FAO=26;FDP=173;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=-0.00575611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.124;QD=2.77192;RBI=0.0264862;REFB=-0.00597953;REVB=0.0258531;RO=145;SAF=16;SAR=7;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24705;STB=0.695074;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.031352;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:145:147:23:26:0.150289:7:16:73:72:7:19:75:72 chr12 52844265 . T C 356.58 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=164;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=-0.0234195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.029;QD=8.59239;RBI=0.0246994;REFB=-0.0101707;REVB=-0.00784781;RO=114;SAF=20;SAR=29;SRF=42;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498868;STB=0.517279;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.02495;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:114:117:49:49:0.295181:29:20:42:72:29:20:45:72 chr12 52844378 . C G 336.88 PASS AF=0.296774;AO=46;DP=155;FAO=46;FDP=155;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=72;FWDB=-0.0386723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.372;QD=8.69365;RBI=0.0411508;REFB=-0.0010596;REVB=0.0140658;RO=107;SAF=34;SAR=12;SRF=36;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46611;STB=0.770114;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00553173;OID=.;OPOS=52844378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:107:109:46:46:0.296774:12:34:36:71:12:34:37:72 chr12 52845801 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0078686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.152;QD=12.403;RBI=0.0311922;REFB=-0.0306522;REVB=-0.0301834;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499272;STB=0.529375;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0484307;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:15:14:7:9:15:14 chr12 52863038 . G A 249.57 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0133339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.537;QD=12.4787;RBI=0.0497079;REFB=-0.011814;REVB=0.0478862;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134885;STB=0.585558;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0169827;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:50:30:30:0.375:11:19:24:23:11:19:25:25 chr12 52863213 . C T 277.3 PASS AF=0.263158;AO=40;DP=151;FAO=40;FDP=152;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.0373671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.472;QD=7.29749;RBI=0.0431367;REFB=-0.0104702;REVB=-0.0215516;RO=111;SAF=15;SAR=25;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256671;STB=0.649277;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0246188;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:111:112:40:40:0.263158:25:15:65:46:25:15:65:47 chr12 52863621 . T G 150.26 PASS AF=0.304348;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0402382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.549;QD=8.71088;RBI=0.0419298;REFB=-0.0171189;REVB=-0.0117896;RO=48;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132353;STB=0.559778;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0351871;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:48:20:21:0.304348:11:9:27:21:11:10:27:21 chr12 52866060 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.587;QD=60.3767;RBI=0.0156891;REFB=0;REVB=-0.00284875;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10448e-05;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr12 52885316 . A G 112.82 PASS AF=0.158273;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=139;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.0126794;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3645;QD=3.24663;RBI=0.0466881;REFB=-0.00511121;REVB=-0.0449335;RO=118;SAF=14;SAR=8;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133297;STB=0.584827;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0327943;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:118:117:22:22:0.158273:8:14:63:55:8:14:63:54 chr12 52885339 . CC TT 51.68 PASS AF=0.09375;AO=14;DP=154;FAO=15;FDP=160;FR=.;FRO=145;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=59;FWDB=0.0224173;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.344;QD=1.29201;RBI=0.0430611;REFB=-0.00510459;REVB=-0.0367658;RO=138;SAF=8;SAR=6;SRF=86;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632023;STB=0.554735;STBP=0.677;TYPE=mnp;VARB=0.0545862;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:154:160:138:145:14:15:0.09375:6:8:86:52:7:8:86:59 chr12 52885344 . G C 57.13 PASS AF=0.0969697;AO=16;DP=165;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=63;FWDB=-0.0198493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.418;QD=1.38497;RBI=0.0639878;REFB=0.000805072;REVB=-0.0608313;RO=149;SAF=9;SAR=7;SRF=86;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178077;STB=0.513497;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0126778;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:165:165:149:149:16:16:0.0969697:7:9:86:63:7:9:86:63 chr12 52885350 . T C 55.98 PASS AF=0.0952381;AO=16;DP=168;FAO=16;FDP=168;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=66;FWDB=-0.00490349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.146;QD=1.33294;RBI=0.0157613;REFB=-0.000589143;REVB=-0.0149791;RO=148;SAF=9;SAR=7;SRF=84;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061347;STB=0.503022;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00292238;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:168:168:148:152:16:16:0.0952381:7:9:84:64:7:9:86:66 chr12 52886478 . T C 124.9 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.000516902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.264;QD=6.24487;RBI=0.000534399;REFB=-0.0192677;REVB=-0.000135627;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198508;STB=0.511217;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0392249;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:61:19:19:0.2375:10:9:27:32:10:9:28:33 chr12 52886490 . A G 126.71 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0173326;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.29;QD=6.10642;RBI=0.0281336;REFB=-0.0251413;REVB=-0.0221603;RO=63;SAF=9;SAR=10;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228249;STB=0.508251;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0550021;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:63:64:19:19:0.228916:10:9:31:32:10:9:31:33 chr12 52912906 . G T 269.92 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.045913;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5529;QD=9.5546;RBI=0.0803275;REFB=0.0162446;REVB=-0.0659128;RO=78;SAF=17;SAR=19;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107498;STB=0.558517;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0332958;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:78:77:36:36:0.318584:19:17:44:34:19:17:43:34 chr12 52912909 . G T 270.25 PASS AF=0.318584;AO=35;DP=112;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00209185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.413;QD=9.56648;RBI=0.00871764;REFB=0.00110012;REVB=0.00846294;RO=76;SAF=16;SAR=19;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111673;STB=0.558517;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00186333;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:76:77:35:36:0.318584:19:16:42:34:19:17:43:34 chr12 52938320 . C T 372.07 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0112842;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.328;QD=14.3102;RBI=0.0329027;REFB=-0.00455667;REVB=-0.0309072;RO=61;SAF=31;SAR=12;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609105;STB=0.534466;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00715116;OID=.;OPOS=52938320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:61:61:43:43:0.413462:12:31:41:20:12:31:41:20 chr12 52938364 . T C 618.57 PASS AF=0.529915;AO=60;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00348997;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.275;QD=21.1478;RBI=0.0134672;REFB=-0.0153889;REVB=0.0130072;RO=55;SAF=39;SAR=21;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300592;STB=0.513735;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00960249;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:60:62:0.529915:21:39:34:21:22:40:34:21 chr12 52938497 . A C 277.49 PASS AF=0.553191;AO=23;DP=44;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0110354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5379;QD=23.6158;RBI=0.0190282;REFB=-0.0228098;REVB=-0.0155014;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154712;STB=0.548982;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0386792;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:21:21:23:26:0.553191:14:9:12:9:14:12:12:9 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA 236.61 PASS AF=0.730769,0.0769231;AO=18,2;DP=25;FAO=19,2;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=7,1;FSAR=12,1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00279862,0.0163967;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=259.522,29.1633;QD=36.4008;RBI=0.0213488,0.0196875;REFB=-0.0342938,0.0282484;REVB=0.0211646,-0.010897;RO=5;SAF=6,2;SAR=12,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0292823,0.64233;STB=0.507035,0.57073;STBP=0.892,0.909;TYPE=del,snp;VARB=0.0135798,-0.0585403;OID=.,.;OPOS=52939408,52939411;OREF=GAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769,0.0769231:18,2:25:19,2:26:5:7,1:12,1:2:3:29:5:6,2:12,0:2:3 chr12 52943144 . G A 389.03 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000180574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8792;QD=23.9405;RBI=0.0628991;REFB=-0.0201363;REVB=0.0628989;RO=26;SAF=9;SAR=29;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23148;STB=0.638199;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0127668;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:27:38:38:0.584615:29:9:13:13:29:9:14:13 chr12 52965173 . T G 1438.55 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0035656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.363;QD=61.873;RBI=0.00867539;REFB=-0.114775;REVB=-0.00790879;RO=1;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129856;STB=0.506848;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-2.04515e-05;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:36:56:0:1:36:56:0:1 chr12 52965722 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.83;QD=60.7162;RBI=0.0428675;REFB=0;REVB=0.0165513;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09389e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr12 52965761 . C T 1308.67 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0219427;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.792;QD=59.485;RBI=0.0510489;REFB=-0.109707;REVB=0.0460923;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108888;STB=0.511109;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.004358;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:1:2:84:86:0.977273:41:43:1:0:42:44:2:0 chr12 52965782 . T C 1178.09 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0628993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9074;QD=58.1771;RBI=0.0751336;REFB=0.0337312;REVB=-0.0410943;RO=2;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888511;STB=0.500469;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00753435;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:41:38:1:1:41:38:1:1 chr12 52966249 . T A 368.25 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0389479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9705;QD=16.7386;RBI=0.0390362;REFB=-0.0230268;REVB=-0.0026244;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799854;STB=0.583291;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0293558;OID=.;OPOS=52966249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:49:39:39:0.443182:21:18:23:19:21:18:30:19 chr12 52966390 . A T 212.48 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00960182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.649;QD=10.2401;RBI=0.0162275;REFB=-0.0174674;REVB=0.0130819;RO=55;SAF=9;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187921;STB=0.604962;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0362473;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:56:27:27:0.325301:18:9:27:28:18:9:27:29 chr12 52967436 . G A 662.56 PASS AF=0.598131;AO=62;DP=108;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00152306;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.252;QD=24.7684;RBI=0.00625069;REFB=-0.0287654;REVB=0.0060623;RO=39;SAF=40;SAR=22;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167789;STB=0.518658;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0197209;OID=.;OPOS=52967436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:39:43:62:64:0.598131:22:40:26:13:22:42:30:13 chr12 52980761 . C T 466.48 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00527975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1905;QD=38.0802;RBI=0.0491435;REFB=-0.0604145;REVB=-0.0488591;RO=13;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083852;STB=0.545429;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0196014;OID=.;OPOS=52980761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:49:49:13:13:36:36:0.734694:20:16:8:5:20:16:8:5 chr12 52985293 . A G 1556.06 PASS AF=0.990476;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177012;FXX=0.0366939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6096;QD=59.2783;RBI=0.0380932;REFB=-0.0600575;REVB=-0.0337307;RO=1;SAF=64;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126487;STB=0.506665;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00406745;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:105:1:1:101:104:0.990476:37:64:0:1:37:67:0:1 chr12 52986187 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.806;QD=56.9569;RBI=0.0470681;REFB=0;REVB=0.045952;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47448e-05;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:14:38:0:0:14:38:0:0 chr12 52992812 . T C 1305.96 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5344;QD=60.7423;RBI=0.0467998;REFB=-0.0273481;REVB=0.036804;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.1193e-05;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:39:46:1:0:39:46:1:0 chr12 52994871 . G A 444.61 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00183017;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.936;QD=13.6802;RBI=0.0018976;REFB=-0.0250665;REVB=0.000501365;RO=79;SAF=32;SAR=18;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802403;STB=0.536864;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0361476;OID=.;OPOS=52994871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:79:50:51:0.392308:18:32:45:34:19:32:45:34 chr12 52994955 . G A 241.56 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0127857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.134;QD=21.9598;RBI=0.0152383;REFB=-0.00567406;REVB=0.00829033;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356536;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00599769;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:10:11:13:10:10:11 chr12 53011955 . G A 789.68 PASS AF=0.531915;AO=74;DP=140;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0047935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.799;QD=22.4022;RBI=0.0334312;REFB=0.00145251;REVB=0.0330858;RO=65;SAF=39;SAR=35;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978867;STB=0.501424;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00120025;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:65:66:74:75:0.531915:35:39:35:30:35:40:35:31 chr12 53045626 . T C 154.99 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00194037;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.672;QD=21.378;RBI=0.016205;REFB=-0.0260789;REVB=-0.0160884;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248947;STB=0.641074;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0151831;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:8:5:11:5:8:5 chr12 53045777 . G A 133.05 PASS AF=0.424242;AO=10;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0213929;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6798;QD=16.1267;RBI=0.0221427;REFB=-0.0091462;REVB=0.00571337;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.560418;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0487518;OID=.;OPOS=53045777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:10:17:10:14:0.424242:7:3:3:7:11:3:5:12 chr12 53069014 . T C 613.71 PASS AF=0.54955;AO=60;DP=110;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0120644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.228;QD=22.1156;RBI=0.0120665;REFB=-0.0256597;REVB=0.000225995;RO=50;SAF=36;SAR=24;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198259;STB=0.594484;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0269147;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:50:50:60:61:0.54955:24:36:18:32:25:36:19:31 chr12 53070121 . T G 1010.64 PASS AF=0.972222;AO=71;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4559;QD=56.1464;RBI=0.0504417;REFB=-0.0484171;REVB=-0.0465255;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.501607;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00650976;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:71:70:0.972222:39:32:0:1:39:31:1:1 chr12 53070145 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0393969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3309;QD=10.1674;RBI=0.0420671;REFB=-0.00741024;REVB=0.0147488;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19328;STB=0.604287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0162314;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:8:11:15:22:8:11:16:22 chr12 53085086 . T TC 152.52 PASS AF=1;AO=4;DP=32;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.140337;FXX=0.41365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8241;QD=35.8859;RBI=0.207412;REFB=0;REVB=-0.152725;RO=28;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0240232;OID=.;OPOS=53085087;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:32:17:17:0:9:8:0:0:3:28:2:2:11:17 chr12 53085089 . T C 410.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.02;QD=56.6308;RBI=0.0351403;REFB=0;REVB=-0.000362408;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160756;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 53086645 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0488868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.076;QD=10.1675;RBI=0.0536815;REFB=-0.0252846;REVB=0.022176;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600118;STB=0.535279;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0460298;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:16:22:10:9:16:22 chr12 53088484 . C T 695.54 PASS AF=0.598214;AO=65;DP=110;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0210228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6203;QD=24.8405;RBI=0.0253249;REFB=-0.0170521;REVB=-0.0141205;RO=45;SAF=36;SAR=29;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323413;STB=0.510567;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0108127;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:45:45:65:67:0.598214:29:36:23:22:31:36:23:22 chr12 53090190 . C T 216.58 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0726887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4891;QD=13.3279;RBI=0.0865154;REFB=0.00206016;REVB=-0.0469178;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121228;STB=0.569342;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00251487;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:18:21:11:15:18:21 chr12 53091566 . C A 280.48 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00117597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.545;QD=10.9991;RBI=0.00953617;REFB=-0.011564;REVB=-0.00946339;RO=67;SAF=16;SAR=19;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17477;STB=0.600609;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0259879;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:19:16:41:26:19:16:41:26 chr12 53096913 . G A 134.38 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.836;QD=44.7922;RBI=0.011702;REFB=0;REVB=0.011702;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248853;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr12 53162528 . G A 1555.2 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.519;QD=59.8153;RBI=0.0561951;REFB=0;REVB=0.0518252;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39701e-05;OID=.;OPOS=53162528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr12 53162773 . A G 658.38 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312902;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.057;QD=62.7032;RBI=0.0563214;REFB=0;REVB=-0.0468297;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668362;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr12 53165940 . C T 696.76 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0521283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3144;QD=52.5856;RBI=0.0527119;REFB=-0.131186;REVB=-0.00782203;RO=2;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522191;STB=0.527767;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00368058;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:17:34:0:2:17:34:0:2 chr12 53166592 . C T 269.18 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00871267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2071;QD=12.0979;RBI=0.0343763;REFB=-0.010508;REVB=0.0332539;RO=56;SAF=11;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223737;STB=0.640791;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0237372;OID=.;OPOS=53166592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:31:32:0.359551:20:11:31:25:21:11:32:25 chr12 53167395 . C T 850.14 PASS AF=0.96875;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.174458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9716;QD=53.1335;RBI=0.174637;REFB=-0.18344;REVB=0.00790867;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017801;STB=0.518513;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00604044;OID=.;OPOS=53167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:64:1:2:59:62:0.96875:26:33:0:1:26:36:0:2 chr12 53185492 . C T 353.32 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0321486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7006;QD=18.5959;RBI=0.0325623;REFB=0.00404009;REVB=0.00517435;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849511;STB=0.538779;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00455656;OID=.;OPOS=53185492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:21:16:13:25:21:16:14:25 chr12 53186122 . G A 299.44 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0498402;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.387;QD=15.7602;RBI=0.0498421;REFB=-0.00974323;REVB=0.000433198;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019877;STB=0.503266;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0113238;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:14:19:25:17:14:19:25:18 chr12 53204614 . C T 193.94 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00564967;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.1;QD=11.5787;RBI=0.00598627;REFB=-0.0117967;REVB=-0.00197907;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350381;STB=0.664917;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0271229;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:35:43:24:24:0.358209:11:13:7:28:11:13:12:31 chr12 53238347 . G A 120.39 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00346089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.84;QD=24.0769;RBI=0.0355937;REFB=-0.0102397;REVB=0.0354251;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155171;STB=0.58809;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00343057;OID=.;OPOS=53238347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:4:3:3:10:4:3 chr12 53240584 . A G 278.18 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0335314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.789;QD=33.7184;RBI=0.0440649;REFB=-0.0137224;REVB=-0.0285896;RO=9;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115154;STB=0.562652;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00447847;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:17:7:1:8:17:7:1:8 chr12 53242579 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00404499;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.061;QD=12.0157;RBI=0.00412778;REFB=-0.00226781;REVB=0.000822555;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00427217;OID=.;OPOS=53242579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:4:3:5:1:4:3 chr12 53343493 . G A 139.0 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0183137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5368;QD=12.3554;RBI=0.0188697;REFB=-0.0224213;REVB=-0.00454697;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566555;STB=0.533292;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0361904;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:16:13:8:8:16:13 chr12 53433089 . C A 1399.83 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00262629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.005;QD=61.531;RBI=0.0421279;REFB=-0.0774913;REVB=0.0420459;RO=1;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920269;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000357079;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:51:38:0:1:51:39:0:1 chr12 53433486 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.3;QD=63.5829;RBI=0.0254323;REFB=0;REVB=-0.00171464;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07244e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr12 53434105 . C A 483.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1971;QD=58.5627;RBI=0.0189486;REFB=0;REVB=-0.0053355;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246539;OID=.;OPOS=53434105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 349.36 PASS AF=0.730769;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=34;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00306131;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=11;MLLD=282.574;QD=26.874;RBI=0.0199588;REFB=-0.0706544;REVB=0.0197227;RO=0;SAF=34;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=3.093e-08;STB=0.569338;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.0273729;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769:37:44:38:52:14:34:4:11:3:65:0:34:3:0:0 chr12 53456921 . G GC 66.19 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.190587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.89;QD=15.5746;RBI=0.289743;REFB=-0.0780745;REVB=0.218238;RO=8;SAF=0;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.782425;STB=0.571283;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.103518;OID=.;OPOS=53456922;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:9:19:11:17:6:1:10:1:5:20:8:0:9:3:5 chr12 53473083 . A AC 34.8 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.010729;FXX=0.0434594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.789;QD=6.32815;RBI=0.0308441;REFB=-0.00167296;REVB=-0.0289179;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399996;STB=0.742119;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=0.0502281;OID=.;OPOS=53473084;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:6:22:6:22:16:2:4:11:5:34:14:2:4:10:4 chr12 53497402 . A G 917.2 PASS AF=0.955882;AO=67;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0430787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0026;QD=53.9529;RBI=0.101781;REFB=0.0855716;REVB=-0.0922152;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.510576;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0407955;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:1:3:67:65:0.955882:30:37:1:0:28:37:1:2 chr12 53497927 . C G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00464075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.973;QD=54.4816;RBI=0.0307328;REFB=-0.128584;REVB=0.0303804;RO=1;SAF=29;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158243;STB=0.508469;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000163744;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:2:29:1:0:2:29:1:0 chr12 53509933 . C T 1507.09 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410555;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.616;QD=58.5278;RBI=0.0483411;REFB=-0.0877587;REVB=0.0255208;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000197167;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:0:1:102:102:0.990291:57:45:0:0:57:45:0:1 chr12 53563865 . G A 288.9 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0195647;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.755;QD=16.0502;RBI=0.0261474;REFB=-0.0240464;REVB=-0.0173466;RO=38;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149044;STB=0.571383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0300242;OID=.;OPOS=53563865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:40:32:32:0.444444:12:20:18:20:12:20:20:20 chr12 53574366 . C T 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=1;FWDB=-0.00653701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.259;QD=6.02909;RBI=0.0511684;REFB=-0.015383;REVB=-0.0507491;RO=48;SAF=14;SAR=1;SRF=47;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319759;STB=0.688724;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0512526;OID=.;OPOS=53574366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:48:49:15:15:0.234375:1:14:47:1:1:14:48:1 chr12 53582196 . T G 43.51 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.187947;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=19.5831;QD=5.43923;RBI=0.19835;REFB=-0.0701872;REVB=-0.0633922;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61859;STB=0.832224;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0752084;OID=.;OPOS=53582196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:31:32:11:24:6:6:0.1875:1:5:2:9:1:5:10:14 chr12 53604768 . A G 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.000345209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.171;QD=13.4562;RBI=0.00405393;REFB=-0.0145507;REVB=-0.0040392;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387176;STB=0.736458;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0109323;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:11:3:7:4:12:3 chr12 53607263 . AG A,GA 59.83 PASS AF=0.238095,0.119048;AO=14,5;DP=42;FAO=10,5;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9,0;FSAR=1,5;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0915216,-0.0196968;FXX=0.0454442;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.00301,78.9497;QD=5.69848;RBI=0.22886,0.102578;REFB=-0.145288,-0.014795;REVB=-0.209763,-0.100669;RO=17;SAF=14,0;SAR=0,5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.773592,-0.816701;STB=0.584225,0.998875;STBP=0.719,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.136503,-0.0128635;OID=.,.;OPOS=53607264,53607263;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:42:42:17:27:14,5:10,5:0.238095,0.119048:0,5:14,0:15:2:1,5:9,0:23:4 chr12 53647373 . T C 751.35 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887989;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.289;QD=63.9443;RBI=0.018751;REFB=0;REVB=-0.0165151;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148972;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr12 53662624 . C A,G 1007.63 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=65,3;DP=68;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46,2;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243383,0.0254464;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=216.13,16.3653;QD=58.4132;RBI=0.0306421,0.0307605;REFB=0,0;REVB=-0.0186168,0.0172826;RO=0;SAF=46,2;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.91737e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00154619,-0.00460162;OID=.,.;OPOS=53662624,53662624;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:68:69:0:0:65,3:66,3:0.956522,0.0434783:19,1:46,2:0:0:20,1:46,2:0:0 chr12 53670545 . C A 159.95 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0326789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.8146;QD=8.53064;RBI=0.0327328;REFB=0.00128508;REVB=0.00187801;RO=52;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503786;STB=0.538426;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00262033;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:52:53:22:22:0.293333:8:14:31:21:8:14:31:22 chr12 53681883 . A T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.123;QD=60.6066;RBI=0.0137428;REFB=0;REVB=0.0107408;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1431e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr12 53682326 . G A 498.68 PASS AF=0.375;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=160;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=35;FWDB=0.0669166;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1244;QD=12.4669;RBI=0.0915948;REFB=-0.0129618;REVB=0.0625443;RO=97;SAF=42;SAR=18;SRF=65;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380907;STB=0.536115;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0173224;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:97:100:60:60:0.375:18:42:65:32:18:42:65:35 chr12 53682986 . C T 803.52 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.928;QD=55.4148;RBI=0.0570113;REFB=-0.0377212;REVB=0.0397073;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0004424;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:1:0:27:30:1:0 chr12 53686703 . G A 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8802;QD=61.3249;RBI=0.128525;REFB=0;REVB=0.100964;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220122;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 53693532 . AA GC 164.64 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940142;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.464;QD=47.0389;RBI=0.00970805;REFB=0;REVB=-0.00242066;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000323528;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 53700848 . C T 1736.87 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703605;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0205;QD=59.3801;RBI=0.0190123;REFB=-0.0772778;REVB=0.0176624;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152398;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:117:0:0:114:117:1:46:68:0:0:49:68:0:0 chr12 53700860 . A G 1730.0 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00293854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.491;QD=59.6553;RBI=0.0573994;REFB=-0.0993686;REVB=0.0573241;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503596;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000202142;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:46:69:0:0:46:69:1:0 chr12 53703021 . G A 733.49 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0043;QD=53.3443;RBI=0.0656753;REFB=-0.156551;REVB=0.0542703;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00907982;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:29:25:0:0:29:25:0:1 chr12 53722098 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.889;QD=56.706;RBI=0.0495131;REFB=0;REVB=-0.0347631;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12287e-06;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr12 53722128 . G A 76.01 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0972235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8621;QD=12.1619;RBI=0.097673;REFB=-0.0292346;REVB=0.00935886;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306545;STB=0.682555;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0501744;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:6:9:3:7:6:9 chr12 53819644 . CG C 30.98 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.160081;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.73324;QD=3.44271;RBI=0.160465;REFB=-0.0198186;REVB=0.0110915;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372622;STB=0.638633;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.00517088;OID=.;OPOS=53819645;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:10:35:10:36:26:5:5:18:8:30:20:4:6:15:5 chr12 53822734 . C T 269.83 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00257242;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7823;QD=18.9352;RBI=0.0355226;REFB=-0.0205023;REVB=0.0354293;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197024;STB=0.60045;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0255719;OID=.;OPOS=53822734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:28:28:29:0.508772:19:9:14:12:20:9:14:14 chr12 53925540 . AG A,CA,GA 108.95 PASS AF=0.5,0,0;AO=21,2,2;DP=55;FAO=27,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=4,0,0;FSAR=23,0,0;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.191288,0.102471,-0.0107632;FXX=0.0181785;HRUN=4,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.3149,28.2213,78.6218;QD=8.07005;RBI=0.218895,0.103044,0.131981;REFB=-0.163377,-0.0522709,-0.0072616;REVB=-0.106413,-0.0108559,-0.131541;RO=28;SAF=2,0,0;SAR=19,2,2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.631877,-0.538454,-0.538454;STB=0.771582,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.149411,0,0;OID=.,.,.;OPOS=53925541,53925540,53925540;OREF=G,AG,AG;OALT=-,CA,GA;OMAPALT=A,CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:27:21,2,2:27,0,0:0.5,0,0:19,2,2:2,0,0:18:10:23,0,0:4,0,0:16:11 chr12 53928407 . TGG TG,TGT 43.58 PASS AF=0.160494,0.0493827;AO=21,4;DP=87;FAO=13,4;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=2,0;FSAR=11,4;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0350952,-0.0114665;FXX=0.0689576;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.44892,172.324;QD=2.15197;RBI=0.219571,0.0816836;REFB=-0.0850195,-0.011726;REVB=-0.216748,-0.0808747;RO=50;SAF=3,0;SAR=18,4;SRF=33;SRR=17;SSEN=0.425926,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.605927,-0.612466;STB=0.848972,0.997728;STBP=0.005,0.026;TYPE=del,snp;VARB=-0.0593395,0.117619;OID=.,.;OPOS=53928408,53928409;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.160494,0.0493827:21,4:87:13,4:81:64:2,0:11,4:37:27:25:50:3,0:18,4:33:17 chr12 54067544 . A G 358.1 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6806;QD=55.0923;RBI=0.0286614;REFB=0;REVB=-0.00524842;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456247;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:18:8:0:0 chr12 54105074 . T C 957.37 PASS AF=0.620438;AO=84;DP=136;FAO=85;FDP=137;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0218171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.137;QD=27.9523;RBI=0.0308855;REFB=-0.0211613;REVB=0.0218616;RO=51;SAF=42;SAR=42;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088999;STB=0.548914;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0106607;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:51:52:84:85:0.620438:42:42:19:32:43:42:19:33 chr12 54109659 . C T 296.3 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0702057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8789;QD=11.3962;RBI=0.108106;REFB=-0.0134673;REVB=0.0822075;RO=66;SAF=16;SAR=21;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191961;STB=0.614101;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0347194;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:66:67:37:37:0.355769:21:16:40:26:21:16:41:26 chr12 54109733 . A G 2510.5 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7974;QD=61.6074;RBI=0.0694435;REFB=0;REVB=-0.0687236;RO=0;SAF=81;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215869;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:82:81:0:0:82:81:0:0 chr12 54115875 . C T 280.88 PASS AF=0.8;AO=23;DP=29;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0757123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.917;QD=37.4501;RBI=0.0787042;REFB=-0.0268324;REVB=0.0214944;RO=6;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071359;STB=0.541632;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00989322;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:6:6:23:24:0.8:11:12:2:4:11:13:2:4 chr12 54117972 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0952392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.326;QD=11.0923;RBI=0.103732;REFB=-0.00703223;REVB=-0.0411067;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00925924;OID=.;OPOS=54117972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr12 54117981 . G A 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.025919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.373;QD=12.8627;RBI=0.0312454;REFB=-0.0080927;REVB=-0.0174494;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402505;STB=0.740074;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0155575;OID=.;OPOS=54117981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:2:6:2:5:2:6 chr12 54340077 . G A 1580.84 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.414;QD=59.6544;RBI=0.0112791;REFB=0;REVB=-0.00506606;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100409;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:41:64:0:0:41:65:0:0 chr12 54340209 . TTA T,TTT 48.1 PASS AF=0.138298,0;AO=14,8;DP=112;FAO=13,0;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00965544,0.158637;FXX=0.0208312;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=21.7374,19.2215;QD=2.0469;RBI=0.0290049,0.158917;REFB=-0.0197325,0.0077858;REVB=-0.0273506,-0.00942657;RO=73;SAF=8,0;SAR=6,8;SRF=33;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14868,-0.600526;STB=0.559452,0.5;STBP=0.706,1;TYPE=del,snp;VARB=0.101741,0;OID=.,.;OPOS=54340210,54340211;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138298,0:14,8:112:13,0:94:81:7,0:6,0:38:43:48:73:8,0:6,8:33:40 chr12 54367061 . T G 1098.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.205;QD=60.1999;RBI=0.0258033;REFB=0;REVB=0.00375843;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72896e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr12 54369664 . C CTA 36.11 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00999569;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=2;MLLD=278.202;QD=5.34921;RBI=0.0125961;REFB=-0.00460296;REVB=0.00766476;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658431;STB=0.908099;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=0.00951838;OID=.;OPOS=54369665;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:6:28:6:27:21:5:1:4:17:36:21:5:1:4:17 chr12 54369667 . T TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGG,TTAGGGG 282.01 PASS AF=0.952381,0,0.047619;AO=9,3,4;DP=28;FAO=20,0,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,1;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021086,-0.0754515,-0.0569537;FXX=0.249911;HRUN=1,2,2;LEN=18,5,6;MLLD=347.209,85.6426,98.169;QD=53.717;RBI=0.0551115,0.110902,0.0852008;REFB=0,0,0;REVB=0.0509181,0.0812794,0.0633677;RO=1;SAF=0,2,4;SAR=9,1,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.266641,0.749895;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-3.01338e-05,0,0.014688;OID=.,.,.;OPOS=54369668,54369668,54369668;OREF=-,-,-;OALT=GCCCCACTACTTTAGGGG,TAGGG,TAGGGG;OMAPALT=TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGG,TTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.952381,0,0.047619:9,3,4:28:20,0,1:21:0:3,0,1:17,0,0:0:0:7:1:0,2,4:9,1,0:0:1 chr12 54385599 . C T 1231.71 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00100508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.277;QD=60.0832;RBI=0.011382;REFB=-0.13968;REVB=0.0113375;RO=1;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078279;STB=0.504131;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000270985;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:60:21:0:1:60:21:0:1 chr12 54406124 . CAAAAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAAAGAA,CAAAAAAAAAAGAAAG 125.21 PASS AF=0.606061,0.0606061,0.0909091,0.242424;AO=5,2,3,2;DP=33;FAO=20,2,3,8;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1,2,7;FSAR=12,1,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.29737,-0.930305,-0.508489,-0.165134;FXX=0.0294031;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,2,3,1;MLLD=2.35897,8.51482,18.6297,179.793;QD=15.1769;RBI=1.29749,0.930305,0.50849,0.165134;REFB=-0.456149,-0.212215,-0.127632,-0.0371867;REVB=0.0179739,0.0006377,0.000230694,-8.497e-05;RO=2;SAF=1,0,2,1;SAR=4,2,1,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.171367,0,0.39997,0.390188;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,snp;VARB=-0.224516,0.114219,0.0448565,0.0978747;OID=.,.,.,.;OPOS=54406125,54406138,54406137,54406135;OREF=A,AG,AAG,A;OALT=-,GA,GAA,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAAAGAA,CAAAAAAAAAAGAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.606061,0.0606061,0.0909091,0.242424:5,2,3,2:33:20,2,3,8:33:0:8,1,2,7:12,1,1,1:0:0:54:2:1,0,2,1:4,2,1,1:0:2 chr12 54496166 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.572;QD=62.9825;RBI=0.030797;REFB=0;REVB=-0.0295817;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173272;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr12 54496219 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.016926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.778;QD=17.3212;RBI=0.0234439;REFB=0.00926464;REVB=-0.0162211;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259586;STB=0.646891;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00623412;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:14:4:8:8:14:4 chr12 54711574 . A G 54.69 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0468593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0756;QD=24.3088;RBI=0.0716895;REFB=-0.165338;REVB=-0.0542548;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0561969;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chr12 54795212 . C T 502.03 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=118;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00616864;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.987;QD=17.462;RBI=0.0282644;REFB=-0.00961151;REVB=0.027583;RO=56;SAF=37;SAR=16;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113258;STB=0.565162;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00935884;OID=.;OPOS=54795212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:56:61:53:54:0.469565:16:37:33:23:17:37:35:26 chr12 54799450 . A G 692.93 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122141;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.784;QD=62.9939;RBI=0.0267548;REFB=0;REVB=-0.0238041;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97931e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr12 54905815 . C G 1032.26 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807217;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0048;QD=59.8414;RBI=0.081052;REFB=0;REVB=-0.00730997;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246372;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:58:69:1:36:22:0:0:38:31:0:0 chr12 54970454 . T C 423.94 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0405518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.654;QD=18.6347;RBI=0.042653;REFB=-0.0251331;REVB=-0.0132221;RO=47;SAF=17;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498273;STB=0.53423;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0358571;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:26:17:21:26:26:17:22:26 chr12 54972992 . T C 378.84 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0526316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.252;QD=29.1417;RBI=0.0537866;REFB=-0.0185201;REVB=-0.0110864;RO=17;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216635;STB=0.616383;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00615724;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:28:7:0:17:28:7:0:17 chr12 54973623 . T C 726.98 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.552;QD=63.2161;RBI=0.0442926;REFB=0;REVB=-0.0405107;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78998e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr12 54975837 . T C 2243.16 PASS AF=0.966667;AO=146;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=113;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0622602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0894;QD=59.8177;RBI=0.0737588;REFB=-0.24079;REVB=-0.0395478;RO=3;SAF=33;SAR=113;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412841;STB=0.536227;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0074249;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:150:150:3:5:146:145:0.966667:113:33:3:0:113:32:5:0 chr12 55038744 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCA 83.15 PASS AF=0.5,0.166667;AO=7,3;DP=18;FAO=9,3;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7,3;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0745098,0.0715571;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.35581,17.829;QD=18.4778;RBI=0.0747094,0.0740963;REFB=-0.080225,-0.0951976;REVB=-0.0054573,0.0192313;RO=6;SAF=6,3;SAR=1,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.372308,0.672276;STB=0.636032,0.99556;STBP=0.256,0.109;TYPE=del,mnp;VARB=0.0133274,0.0980569;OID=.,.;OPOS=55038745,55038749;OREF=G,GC;OALT=-,CA;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.166667:7,3:18:9,3:18:6:7,3:2,0:3:3:15:6:6,3:1,0:3:3 chr12 55248357 . G T 1649.59 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.049893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.162;QD=58.9139;RBI=0.056667;REFB=0.0790675;REVB=0.0268671;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825611;STB=0.504347;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00149941;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:110:111:0.991071:53:57:1:0:54:57:1:0 chr12 55250612 . A G 1434.17 PASS AF=0.98;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113215;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.673;QD=57.3668;RBI=0.0223621;REFB=-0.0501035;REVB=0.0192843;RO=2;SAF=59;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158058;STB=0.508332;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000162037;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:100:2:2:98:98:0.98:39:59:2:0:39:59:2:0 chr12 55344024 . G A 720.51 PASS AF=0.65;AO=62;DP=99;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0226436;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7776;QD=28.8204;RBI=0.0789456;REFB=-0.0150029;REVB=0.0756286;RO=35;SAF=41;SAR=21;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620324;STB=0.543047;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.01396;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:35:35:62:65:0.65:21:41:26:9:24:41:26:9 chr12 55344133 . C G 1058.3 PASS AF=0.627451;AO=96;DP=153;FAO=96;FDP=153;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0140072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.716;QD=27.6679;RBI=0.0145588;REFB=-0.0118364;REVB=0.00396951;RO=57;SAF=47;SAR=49;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736271;STB=0.539771;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00873928;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:57:57:96:96:0.627451:49:47:34:23:49:47:34:23 chr12 55355033 . C T 880.3 PASS AF=0.530488;AO=86;DP=163;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.0196296;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4959;QD=21.4707;RBI=0.0197327;REFB=0.0113676;REVB=-0.00201426;RO=77;SAF=32;SAR=54;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199065;STB=0.508704;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0101737;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:77:77:86:87:0.530488:54:32:27:50:55:32:27:50 chr12 55357635 . G T 555.05 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0180328;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.655;QD=14.6066;RBI=0.0492469;REFB=-0.0106805;REVB=-0.0458266;RO=87;SAF=24;SAR=39;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178228;STB=0.593879;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0171229;OID=.;OPOS=55357635;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:87:89:63:63:0.414474:39:24:48:39:39:24:48:41 chr12 55368245 . G A 1439.07 PASS AF=0.581498;AO=132;DP=227;FAO=132;FDP=227;FR=.;FRO=95;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0204997;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.464;QD=25.358;RBI=0.0220327;REFB=-0.0205244;REVB=0.00807478;RO=94;SAF=77;SAR=55;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153484;STB=0.506404;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0148491;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:94:95:132:132:0.581498:55:77:53:41:55:77:54:41 chr12 55523586 . AT A 302.74 PASS AF=0.542553;AO=47;DP=96;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.166727;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5149;QD=12.8825;RBI=0.166803;REFB=0.0258737;REVB=-0.00502589;RO=43;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563414;STB=0.508152;STBP=0.88;TYPE=del;VARB=-0.00944383;OID=.;OPOS=55523587;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542553:47:96:51:94:43:24:27:21:22:99:43:21:26:22:21 chr12 55523685 . C T 1026.16 PASS AF=0.581818;AO=96;DP=166;FAO=96;FDP=165;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.00203283;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.582;QD=24.8766;RBI=0.0215396;REFB=-0.010504;REVB=-0.0214434;RO=68;SAF=40;SAR=56;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387919;STB=0.517238;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00774837;OID=.;OPOS=55523685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:68:69:96:96:0.581818:56:40:25:43:56:40:26:43 chr12 55523860 . A C 347.43 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00918635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.502;QD=17.1569;RBI=0.0260452;REFB=-0.030477;REVB=-0.0243714;RO=41;SAF=24;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637988;STB=0.520596;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0315573;OID=.;OPOS=55523860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:41:44:37:37:0.45679:13:24:24:17:13:24:27:17 chr12 55524172 . G A 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0369627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5792;QD=16.8818;RBI=0.0493885;REFB=-0.0463698;REVB=-0.0327564;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0520349;OID=.;OPOS=55524172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:3:12:12:5:3:12:12:5 chr12 55524314 . T C 312.57 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0276489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5434;QD=21.935;RBI=0.0311329;REFB=-0.00368498;REVB=-0.0143107;RO=25;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210163;STB=0.511621;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00280393;OID=.;OPOS=55524314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:12:20:15:10:12:20:15:10 chr12 55641075 . A G 351.83 PASS AF=0.603448;AO=29;DP=59;FAO=35;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00945679;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.256;QD=24.264;RBI=0.0997043;REFB=-0.0257965;REVB=0.0992548;RO=23;SAF=25;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349389;STB=0.584564;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0184247;OID=.;OPOS=55641075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:23:23:29:35:0.603448:4:25:13:10:9:26:13:10 chr12 55641255 . C T 607.98 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00739143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.137;QD=23.611;RBI=0.0238815;REFB=-0.0237971;REVB=-0.0227088;RO=43;SAF=38;SAR=21;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247113;STB=0.630556;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0160349;OID=.;OPOS=55641255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:43:44:59:59:0.572816:21:38:14:29:21:38:15:29 chr12 55641295 . A G 694.68 PASS AF=0.589286;AO=65;DP=111;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0076266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.54;QD=24.81;RBI=0.0462452;REFB=-0.0101793;REVB=0.045612;RO=46;SAF=39;SAR=26;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207241;STB=0.614521;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00989471;OID=.;OPOS=55641295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:46:46:65:66:0.589286:26:39:15:31:26:40:15:31 chr12 55641328 . G A 662.43 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0301166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0549;QD=23.6583;RBI=0.0638257;REFB=0.0233115;REVB=-0.0562735;RO=47;SAF=39;SAR=25;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176612;STB=0.600809;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0209159;OID=.;OPOS=55641328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:48:64:64:0.571429:25:39:18:29:25:39:18:30 chr12 55641920 . G A 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00985259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.026;QD=17.8364;RBI=0.0121378;REFB=-0.0103008;REVB=-0.007089;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926398;STB=0.574359;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0071588;OID=.;OPOS=55641920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:9:5:6:7:9:5:7:7 chr12 55642071 . G A 131.28 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00218983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3745;QD=8.90017;RBI=0.026216;REFB=-0.00466279;REVB=-0.0261244;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09419;STB=0.555924;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0149194;OID=.;OPOS=55642071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:8:10:26:15:8:10:26:15 chr12 55688267 . G A 873.69 PASS AF=1;AO=53;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730369;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.293;QD=58.2459;RBI=0.0177506;REFB=0;REVB=0.0161784;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29048e-05;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:53:60:1:31:22:0:0:31:29:0:0 chr12 55714772 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0319893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3604;QD=12.9421;RBI=0.0331608;REFB=-0.00333134;REVB=-0.00873626;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273808;STB=0.666388;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00487047;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:14:1:4:21:14:1:4:21 chr12 55714876 . C G 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0139005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5718;QD=8.82012;RBI=0.0284009;REFB=0.00331314;REVB=0.0247667;RO=54;SAF=8;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225835;STB=0.634168;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0075953;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:15:8:29:25:15:8:29:25 chr12 55715119 . G A 204.24 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000324792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.4;QD=12.5684;RBI=0.00272132;REFB=-0.0087203;REVB=-0.00270186;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108527;STB=0.56245;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0121964;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:20:20:15:10:20:20 chr12 55725746 . A T 610.21 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0144102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.003;QD=22.8117;RBI=0.0146015;REFB=0.00172527;REVB=-0.00235599;RO=47;SAF=25;SAR=35;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102666;STB=0.505616;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00115212;OID=.;OPOS=55725746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:35:25:19:28:35:25:19:28 chr12 55794976 . A G 237.33 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00940112;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.925;QD=13.3706;RBI=0.0101372;REFB=-0.00669529;REVB=-0.00379231;RO=43;SAF=22;SAR=6;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490636;STB=0.780731;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0179305;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:43:28:28:0.394366:6:22:14:29:6:22:14:29 chr12 55805617 . A C 830.28 PASS AF=0.44335;AO=89;DP=202;FAO=90;FDP=203;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=73;FSRR=40;FWDB=0.00144464;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.238;QD=16.3603;RBI=0.0288177;REFB=-0.0275397;REVB=0.0287814;RO=112;SAF=29;SAR=60;SRF=72;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317253;STB=0.679886;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0195936;OID=.;OPOS=55805617;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:112:113:89:90:0.44335:60:29:72:40:61:29:73:40 chr12 55805787 . C A 364.33 PASS AF=0.312925;AO=45;DP=146;FAO=46;FDP=147;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-6.37525e-05;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.936;QD=9.91376;RBI=0.000603107;REFB=0.00176504;REVB=-0.000599728;RO=100;SAF=18;SAR=27;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245161;STB=0.50198;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00348419;OID=.;OPOS=55805787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:100:101:45:46:0.312925:27:18:42:58:27:19:42:59 chr12 55805864 . T A 981.81 PASS AF=0.630435;AO=85;DP=137;FAO=87;FDP=138;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00791202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.058;QD=28.4581;RBI=0.0124918;REFB=-0.0148167;REVB=0.00966669;RO=50;SAF=33;SAR=52;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650445;STB=0.537923;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00787552;OID=.;OPOS=55805864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:50:51:85:87:0.630435:52:33:24:26:53:34:25:26 chr12 55806238 . A G 239.74 PASS AF=0.319149;AO=29;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00254732;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.18;QD=10.2018;RBI=0.0193142;REFB=-0.0117795;REVB=-0.0191454;RO=62;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134718;STB=0.597685;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0219886;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:64:29:30:0.319149:13:16:27:35:13:17:27:37 chr12 55806437 . T C 864.06 PASS AF=0.488889;AO=87;DP=179;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.00392251;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.199;QD=19.2014;RBI=0.0187387;REFB=-0.0102811;REVB=0.0183235;RO=92;SAF=49;SAR=38;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122113;STB=0.509998;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0113829;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:92:92:87:88:0.488889:38:49:53:39:39:49:53:39 chr12 55806558 . A G 470.12 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00466224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0666;QD=26.1177;RBI=0.0055254;REFB=-0.023439;REVB=0.00296541;RO=28;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254229;STB=0.513883;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0125917;OID=.;OPOS=55806558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:22:22:15:13:22:22:15:13 chr12 55806629 . G C 492.92 PASS AF=0.580247;AO=43;DP=78;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0764211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2143;QD=24.3419;RBI=0.0790064;REFB=0.00532835;REVB=0.0200455;RO=34;SAF=27;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165338;STB=0.53144;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0093786;OID=.;OPOS=55806629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:34:34:43:47:0.580247:16:27:22:12:20:27:22:12 chr12 55807293 . A G 149.93 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.104534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4536;QD=28.5581;RBI=0.115758;REFB=-0.0128116;REVB=0.0497252;RO=6;SAF=1;SAR=14;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656205;STB=0.874374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0058301;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:21:6:6:15:15:0.714286:14:1:6:0:14:1:6:0 chr12 55807493 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0158527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.804;QD=18.4269;RBI=0.0161467;REFB=-0.0302098;REVB=0.00306746;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343208;STB=0.519217;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0249747;OID=.;OPOS=55807493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:10:18:17:11:10:18:17:11 chr12 55808469 . C G 1839.74 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237687;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0113;QD=61.3246;RBI=0.066615;REFB=0;REVB=-0.0622303;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99637e-05;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:47:72:0:0:48:72:0:0 chr12 55820121 . C T 1291.49 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0250583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2137;QD=59.3787;RBI=0.0250604;REFB=0.0107833;REVB=-0.000325333;RO=2;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205873;STB=0.510867;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00682924;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:45:40:0:2:45:40:0:2 chr12 55863381 . A G 480.76 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0242235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6512;QD=53.4177;RBI=0.0261273;REFB=-0.0194011;REVB=0.00979074;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466996;STB=0.524985;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0097338;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:15:19:2:0:15:19:2:0 chr12 55863537 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0110723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.376;QD=17.8275;RBI=0.0189591;REFB=-0.000175524;REVB=0.01539;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000343341;OID=.;OPOS=55863537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr12 55886294 . G A 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0489219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.689;QD=17.5382;RBI=0.0543554;REFB=-0.0199674;REVB=-0.0236888;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124555;STB=0.590784;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0224318;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:5:10:8:7:5:10:8:8 chr12 55886379 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0321572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.605;QD=26.5503;RBI=0.0327518;REFB=-0.0169324;REVB=-0.00621269;RO=19;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103928;STB=0.5057;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0117943;OID=.;OPOS=55886379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:13:19:11:8:13:19:11:8 chr12 55945119 . A G 890.68 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.695;QD=57.4633;RBI=0.0460282;REFB=0;REVB=0.0322649;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013216;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:54:62:1:34:20:0:0:34:28:0:0 chr12 55945258 . T C 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00369949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.191;QD=33.9185;RBI=0.0149308;REFB=0.00712934;REVB=-0.0144652;RO=4;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697671;STB=0.538414;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00127951;OID=.;OPOS=55945258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:9:7:1:3:9:7:1:3 chr12 55945856 . A G 304.99 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00756263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.587;QD=22.592;RBI=0.0425445;REFB=-0.0161497;REVB=0.0418669;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13417;STB=0.574233;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00962326;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:20:11:12:11:20:11:12:11 chr12 56089357 . C T 1439.44 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0828609;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.797;QD=61.253;RBI=0.0869387;REFB=-0.100089;REVB=0.0263135;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00095129;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:91:93:0.989362:49:42:1:0:50:43:0:1 chr12 56115585 . C T 394.27 PASS AF=0.693878;AO=30;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0458976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.179;QD=32.1849;RBI=0.0522955;REFB=-0.0420029;REVB=0.0250645;RO=13;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458274;STB=0.50372;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0140396;OID=.;OPOS=56115585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:15:30:34:0.693878:14:16:8:5:14:20:9:6 chr12 56233518 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0108071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2877;QD=18.4437;RBI=0.0277663;REFB=-0.0148097;REVB=-0.0255768;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0126524;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr12 56236531 . A G 2497.52 PASS AF=0.993939;AO=159;DP=161;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=131;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.793;QD=60.546;RBI=0.0563059;REFB=-0.0843801;REVB=0.0528898;RO=0;SAF=127;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19267e-08;STB=0.501901;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000188455;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:165:0:1:159:164:0.993939:32:127:0:0:33:131:1:0 chr12 56330572 . G A 613.77 PASS AF=0.578947;AO=54;DP=96;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0268997;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.225;QD=25.843;RBI=0.0509914;REFB=-0.0372705;REVB=0.0433189;RO=40;SAF=9;SAR=45;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303924;STB=0.669832;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0331935;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:40:40:54:55:0.578947:45:9:18:22:46:9:18:22 chr12 56335107 . A G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0172263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.702;QD=25.8143;RBI=0.0183923;REFB=-0.0304575;REVB=0.00644437;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242295;STB=0.513418;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0164721;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:13:14:11:9:13:14:11:9 chr12 56348028 . G A 385.24 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00983514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2689;QD=23.3478;RBI=0.0249477;REFB=-0.000358568;REVB=-0.0229273;RO=27;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235253;STB=0.523548;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000172102;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:13:25:17:10:13:25:17:11 chr12 56351277 . G A 297.37 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=103;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=0.00404495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.304;QD=11.4375;RBI=0.00565959;REFB=-0.0134129;REVB=-0.00395845;RO=67;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650016;STB=0.54927;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0222724;OID=.;OPOS=56351277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:67:67:36:37:0.355769:24:12:19:48:24:13:19:48 chr12 56351346 . G A 398.84 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.02644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.195;QD=20.9918;RBI=0.0286854;REFB=-0.0113677;REVB=-0.0111256;RO=36;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862334;STB=0.547802;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0163697;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:27:13:15:21:27:13:15:21 chr12 56388479 . A G 127.64 PASS AF=0.157191;AO=53;DP=311;FAO=47;FDP=299;FR=.,HEALED;FRO=252;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=127;FSRR=125;FWDB=-0.0574062;FXX=0.044727;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.1534;QD=1.70751;RBI=0.0849129;REFB=-0.0512796;REVB=-0.0625678;RO=181;SAF=17;SAR=36;SRF=85;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197391;STB=0.658578;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.198551;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:299:181:252:53:47:0.157191:36:17:85:96:32:15:127:125 chr12 56398454 . G C 1011.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0246;QD=57.8056;RBI=0.0279158;REFB=0.0915793;REVB=-0.0247147;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00230953;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:1:0:29:40:1:0 chr12 56435929 . C G 428.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7085;QD=57.1573;RBI=0.0760335;REFB=0;REVB=0.0637523;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134949;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr12 56495720 . C G 493.77 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.000313295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=136.423;QD=25.6501;RBI=0.00432939;REFB=-0.0288601;REVB=0.00431804;RO=25;SAF=17;SAR=29;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127335;STB=0.612044;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0215499;OID=.;OPOS=56495720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:31:46:46:0.597403:29:17:14:11:29:17:20:11 chr12 56516156 . A G 189.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000185416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.763;QD=15.1742;RBI=0.0655581;REFB=-0.00406516;REVB=-0.0655578;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346842;STB=0.51998;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00387765;OID=.;OPOS=56516156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:16:14:10:10:16:14 chr12 56551339 . C A,CAA 191.81 PASS AF=0.0566038,0.509434;AO=12,6;DP=56;FAO=3,27;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=2,17;FSAR=1,10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0258417,-0.252656;FXX=0.0185151;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=213.472,10.9389;QD=14.4761;RBI=0.0507052,0.260514;REFB=-0.00600016,0.118298;REVB=-0.043626,0.0635036;RO=18;SAF=9,4;SAR=3,2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105263,0;STB=0.630688,0.551738;STBP=0.695,0.461;TYPE=snp,ins;VARB=-0.021807,-0.134729;OID=.,.;OPOS=56551339,56551340;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:56:53:18:23:12,6:3,27:0.0566038,0.509434:3,2:9,4:12:6:1,10:2,17:12:11 chr12 56628694 . A C 237.01 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0144421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.398;QD=19.7505;RBI=0.0249617;REFB=-0.0439535;REVB=-0.0203595;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25812;STB=0.652042;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0183376;OID=.;OPOS=56628694;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:14:8:16:9:15:8:16:9 chr12 56630764 . G A 239.92 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.018519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.21;QD=14.3237;RBI=0.0194935;REFB=-0.0131971;REVB=0.00608616;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189246;STB=0.607765;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0156764;OID=.;OPOS=56630764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:18:10:21:18:18:10:21:18 chr12 56635080 . G C 201.68 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00786286;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6774;QD=18.7612;RBI=0.0941646;REFB=-0.0235386;REVB=-0.0938358;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179119;STB=0.612793;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0626647;OID=.;OPOS=56635080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:22:17:21:0.488372:10:7:11:7:14:7:12:10 chr12 56636975 . C G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0708704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.84;QD=12.3289;RBI=0.0709425;REFB=0.00020875;REVB=0.00319876;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852384;STB=0.550922;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=8.63919e-05;OID=.;OPOS=56636975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:4:13:9:2:4:13 chr12 56647911 . G C 199.4 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0764349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2545;QD=15.6395;RBI=0.0833444;REFB=-0.0109104;REVB=0.0332265;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222721;STB=0.637579;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00928238;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:22:22:0.431373:15:7:15:13:15:7:16:13 chr12 56649601 . A G 1250.66 PASS AF=0.643275;AO=98;DP=159;FAO=110;FDP=171;FR=.;FRO=61;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0438137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.776;QD=29.2553;RBI=0.0474094;REFB=-0.0481241;REVB=0.0181111;RO=60;SAF=49;SAR=49;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468211;STB=0.536004;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0289771;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:171:60:61:98:110:0.643275:49:49:26:34:52:58:26:35 chr12 56663299 . GCC GC,G,TAG 769.22 PASS AF=0.525641,0.24359,0.230769;AO=20,18,9;DP=77;FAO=41,19,18;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2,0;FSAR=1,17,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.384558,0.196301,0.0749094;FXX=0.0126566;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=12.9294,19.4651,104.544;QD=39.4471;RBI=0.395041,0.201716,0.0827028;REFB=-0.0321479,-0.0399549,-0.018487;REVB=0.0904033,0.0464249,0.0350476;RO=17;SAF=20,1,0;SAR=0,17,9;SRF=17;SRR=0;SSEN=0.551402,0.551402,0;SSEP=0.483906,0.483906,0;SSSB=0,-0.792744,-0.869314;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0158514,0.0230893,0.105963;OID=.,.,.;OPOS=56663300,56663300,56663299;OREF=C,CC,GCC;OALT=-,-,TAG;OMAPALT=GC,G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:77:78:17:0:20,18,9:41,19,18:0.525641,0.24359,0.230769:0,17,9:20,1,0:17:0:1,17,18:40,2,0:0:0 chr12 56679751 . A G 283.58 PASS AF=0.370787;AO=17;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0701085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7354;QD=12.745;RBI=0.0845944;REFB=0.0126356;REVB=0.0473392;RO=56;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152747;STB=0.609651;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0162875;OID=.;OPOS=56679751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:56:56:17:33:0.370787:7:10:26:30:23:10:26:30 chr12 56711371 . C T 622.17 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0121843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.858;QD=19.9096;RBI=0.0188334;REFB=-0.0270518;REVB=-0.0143611;RO=61;SAF=35;SAR=28;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164966;STB=0.504503;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0254723;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:62:63:63:0.504:28:35:35:26:28:35:35:27 chr12 56718422 . T C 221.42 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0376527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.986;QD=12.301;RBI=0.0388215;REFB=-0.0316797;REVB=-0.00945421;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803296;STB=0.546167;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0549853;OID=.;OPOS=56718422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:14:13:25:20:14:13:25:20 chr12 56722060 . T G 1089.01 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0692125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0779;QD=57.3161;RBI=0.0817925;REFB=-0.182477;REVB=0.0435849;RO=2;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197053;STB=0.510414;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00347379;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:2:74:74:0.973684:47:27:0:2:47:27:0:2 chr12 56733531 . G A 242.56 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0107089;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.126;QD=10.3219;RBI=0.0214496;REFB=0.00133348;REVB=-0.0185851;RO=64;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416872;STB=0.524374;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00279934;OID=.;OPOS=56733531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:64:64:30:30:0.319149:17:13:30:34:17:13:30:34 chr12 56740276 . T TG 37.53 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0281269;FXX=0.0158705;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.3264;QD=2.42111;RBI=0.0444845;REFB=-0.0538766;REVB=0.0344638;RO=48;SAF=13;SAR=2;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486718;STB=0.729593;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.169277;OID=.;OPOS=56740277;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241935:15:63:15:62:47:12:3:25:22:37:48:13:2:25:23 chr12 56740682 . C G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0188041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.969;QD=13.9117;RBI=0.0206129;REFB=-0.014209;REVB=0.00844379;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222346;STB=0.628614;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0212797;OID=.;OPOS=56740682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:15:6:15:16:15:6:15:16 chr12 56743367 . T C 315.46 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=130;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0193071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.921;QD=9.70655;RBI=0.0193685;REFB=-0.019433;REVB=0.00154078;RO=89;SAF=16;SAR=25;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312167;STB=0.518176;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.040143;OID=.;OPOS=56743367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:89:89:41:41:0.315385:25:16:37:52:25:16:37:52 chr12 56755457 . G C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0243008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.222;QD=14.7938;RBI=0.0278602;REFB=-0.0148085;REVB=-0.0136257;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317494;STB=0.675122;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0316796;OID=.;OPOS=56755457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:5:13:11:15:5:13:12:15 chr12 56755489 . C G 153.62 PASS AF=0.386364;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0431449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3057;QD=13.9651;RBI=0.0478514;REFB=-0.0176195;REVB=0.020695;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101276;STB=0.601645;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0393091;OID=.;OPOS=56755489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:27:27:14:17:0.386364:5:9:15:12:5:12:15:12 chr12 56814653 . G A 569.96 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0151472;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7713;QD=22.5728;RBI=0.0155661;REFB=-0.0166167;REVB=-0.00358685;RO=45;SAF=32;SAR=24;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991917;STB=0.554233;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0106462;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:24:32:31:14:24:32:31:14 chr12 56815922 . C T 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0281148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.091;QD=13.0528;RBI=0.0383397;REFB=-0.00487966;REVB=-0.0260671;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582431;STB=0.546034;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00984824;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:35:23:23:0.396552:7:16:20:11:7:16:22:13 chr12 56818922 . C T 97.12 PASS AF=0.259259;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.00688203;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.877;QD=7.19424;RBI=0.00708379;REFB=-0.0172315;REVB=-0.00167858;RO=41;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220654;STB=0.557745;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.054794;OID=.;OPOS=56818922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:54:41:40:13:14:0.259259:10:3:10:31:10:4:9:31 chr12 56822378 . T A 124.05 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0554728;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2774;QD=16.0069;RBI=0.0778531;REFB=-0.0293769;REVB=0.0546248;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258764;STB=0.678337;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0299875;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:5:12:6:8:4:13 chr12 56825311 . C T 142.03 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00639701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.392;QD=17.754;RBI=0.00716235;REFB=-0.0168767;REVB=-0.00322143;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462923;STB=0.537338;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0212718;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:16:15:16:0.5:10:5:4:10:11:5:4:12 chr12 56827694 . C G 166.81 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0280751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7709;QD=23.0079;RBI=0.0282528;REFB=2.19456e-05;REVB=-0.00316378;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207419;STB=0.62796;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000705935;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:11:12:17:17:0.586207:8:9:9:2:8:9:10:2 chr12 56862886 . T C,G 715.62 PASS AF=0.916667,0.0625;AO=45,2;DP=48;FAO=44,3;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00550739,-0.0034654;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.837,69.802;QD=59.6347;RBI=0.0445961,0.00619703;REFB=-0.0238583,0.0903042;REVB=-0.0442547,-0.00513753;RO=1;SAF=24,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0218529,0;STB=0.51219,0.5;STBP=0.318,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00151169,0.0334375;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:1:1:45,2:44,3:0.916667,0.0625:21,2:24,0:0:1:20,3:24,0:0:1 chr12 56863671 . TGGGGT TGGGT,TGGGTC 31.66 PASS AF=0.219512,0;AO=6,3;DP=41;FAO=9,0;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0972632,0.0137929;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.6833,32.8644;QD=3.08876;RBI=0.104267,0.014531;REFB=-0.0282548,-0.00423394;REVB=-0.0375707,-0.00457222;RO=30;SAF=5,3;SAR=1,0;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.385965,0;SSSB=0.501667,0.591044;STB=0.872688,0.5;STBP=0.028,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0925308,0.134776;OID=.,.;OPOS=56863672,56863675;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=TGGGT,TGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512,0:6,3:41:9,0:41:32:8,0:1,0:14:18:28:30:5,3:1,0:12:18 chr12 56956213 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.055;QD=58.5856;RBI=0.0231775;REFB=0;REVB=0.000568052;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182924;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr12 56989729 . GTT G,GT 240.48 PASS AF=0,1;AO=12,24;DP=43;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522314,-0.0997985;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.5877,8.60715;QD=21.8617;RBI=0.10694,0.20801;REFB=-0.00814728,-0.0114589;REVB=-0.0933168,-0.182506;RO=5;SAF=5,13;SAR=7,11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00896755,0.0450504;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00195987;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:12,24:43:0,44:44:0:0,22:0,22:0:0:3:5:5,13:7,11:2:3 chr12 56993862 . AG AA,A 37.9 PASS AF=0.0625,0.21875;AO=2,11;DP=32;FAO=2,7;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2,1;FSAR=0,6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00615979,-0.00552675;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=27.6469,11.9587;QD=4.7372;RBI=0.0127443,0.0623114;REFB=-0.0579633,-0.11354;REVB=-0.0111568,-0.0620658;RO=18;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.499987,-0.201747;STB=0.994056,0.838986;STBP=0.178,0.052;TYPE=snp,del;VARB=-0.0252805,0.111144;OID=.,.;OPOS=56993863,56993863;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.21875:2,11:32:2,7:32:23:2,1:0,6:13:10:28:18:2,4:0,7:10:8 chr12 57106660 . A T 321.41 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0297544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.769;QD=27.9486;RBI=0.0369151;REFB=-0.0178132;REVB=-0.0218495;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447855;STB=0.524654;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0201987;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:17:11:6:12:17:11:6:12 chr12 57108203 . A G 632.31 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0210792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.749;QD=22.7859;RBI=0.0238518;REFB=-0.0176935;REVB=0.0111614;RO=49;SAF=42;SAR=20;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406113;STB=0.522244;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00873279;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:20:42:31:18:20:42:31:18 chr12 57109792 . A G 214.18 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00415476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.796;QD=28.5578;RBI=0.00463363;REFB=-0.00151346;REVB=0.00205146;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294488;STB=0.662182;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000819243;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:8:12:1:9:8:12:1:9 chr12 57114100 . A G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00828954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.696;QD=26.3058;RBI=0.00867832;REFB=-0.0159669;REVB=-0.0025684;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267081;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0091598;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:5:8:13:8:5:8 chr12 57114307 . A T 267.15 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0198914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9116;QD=28.121;RBI=0.0238375;REFB=0.0221765;REVB=0.0131361;RO=14;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789386;STB=0.555512;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0108598;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:5:18:12:2:6:18:12:2 chr12 57133140 . T G 192.23 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.016914;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7209;QD=21.9686;RBI=0.0482145;REFB=-0.0125126;REVB=-0.0451503;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108875;STB=0.561395;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00852714;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:7:9:13:6:7:9 chr12 57137828 . T A 445.13 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00395479;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.778;QD=25.4358;RBI=0.0176973;REFB=-0.011541;REVB=0.0172498;RO=28;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138519;STB=0.575742;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0119945;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:23:19:18:10:23:19:18:10 chr12 57441476 . GA G 54.46 PASS AF=0.285714;AO=21;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0783705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.6943;QD=3.89016;RBI=0.102715;REFB=-0.045849;REVB=-0.0663962;RO=33;SAF=1;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721312;STB=0.8994;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.191679;OID=.;OPOS=57441477;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:21:56:16:56:40:1:15:20:20:54:33:1:20:20:13 chr12 57489648 . C T 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2231;QD=59.8286;RBI=0.0715254;REFB=0;REVB=-0.0617089;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127967;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr12 57489709 . T C 707.2 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00155148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2736;QD=28.2881;RBI=0.010241;REFB=-0.00724978;REVB=-0.0101228;RO=39;SAF=32;SAR=29;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469672;STB=0.525527;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00565839;OID=.;OPOS=57489709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:29:32:23:16:29:32:23:16 chr12 57548466 . C T 393.03 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0209686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.089;QD=19.9001;RBI=0.0210251;REFB=-0.00814686;REVB=0.00154081;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787796;STB=0.543704;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00711934;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:21:18:22:18:21:18 chr12 57588433 . G A 757.75 PASS AF=0.42;AO=84;DP=200;FAO=84;FDP=200;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=-0.0115608;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.721;QD=15.155;RBI=0.0128521;REFB=-0.00835887;REVB=0.00561475;RO=116;SAF=39;SAR=45;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620184;STB=0.534624;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0116172;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:116:116:84:84:0.42:45:39:47:69:45:39:47:69 chr12 57589659 . C T 295.68 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0768778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.558;QD=12.9968;RBI=0.0769213;REFB=-0.00995187;REVB=0.00258773;RO=55;SAF=24;SAR=10;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264441;STB=0.662974;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0270407;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:57:34:34:0.373626:10:24:26:29:10:24:26:31 chr12 57589784 . A C 439.42 PASS AF=0.944444;AO=30;DP=32;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.047695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6746;QD=48.8246;RBI=0.0495804;REFB=-0.135847;REVB=-0.0135429;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581794;STB=0.524985;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0280075;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:36:2:2:30:34:0.944444:15:15:2:0:15:19:2:0 chr12 57590797 . C T 510.67 PASS AF=0.323383;AO=64;DP=200;FAO=65;FDP=201;FR=.;FRO=136;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=0.00915074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.294;QD=10.1626;RBI=0.0247825;REFB=-0.0179713;REVB=-0.0230312;RO=134;SAF=36;SAR=28;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117004;STB=0.576512;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0376823;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:134:136:64:65:0.323383:28:36:62:72:28:37:62:74 chr12 57590869 . T C 3968.7 PASS AF=1;AO=253;DP=253;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.087;QD=62.0109;RBI=0.0143987;REFB=0;REVB=-0.000650003;RO=0;SAF=118;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81331e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:256:0:0:253:256:1:135:118:0:0:137:119:0:0 chr12 57593101 . G A 348.99 PASS AF=0.40625;AO=37;DP=93;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0799835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4241;QD=14.5411;RBI=0.083626;REFB=-0.0127425;REVB=-0.0244121;RO=53;SAF=33;SAR=4;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496668;STB=0.733195;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0270534;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:53:57:37:39:0.40625:4:33:29:24:6:33:31:26 chr12 57619362 . G A 1437.93 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.539;QD=61.8465;RBI=0.0346669;REFB=-0.053232;REVB=0.000831608;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000202591;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:47:45:0:1:47:45:0:1 chr12 57627074 . G T 724.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104695;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.661;QD=55.7655;RBI=0.111119;REFB=0;REVB=0.0372348;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459863;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:35:15:0:0:35:17:0:0 chr12 57627081 . GGC G,GCC 86.08 PASS AF=0.324324,0;AO=9,2;DP=42;FAO=12,0;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.0365361,0.0682003;FXX=0.0263089;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=25.0052,16.1781;QD=9.30599;RBI=0.161659,0.0874533;REFB=-0.0102113,0.0422684;REVB=0.157476,-0.054743;RO=26;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=2;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.509804,0;SSSB=0.575486,0.773574;STB=0.835044,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0491786,0;OID=.,.;OPOS=57627082,57627082;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324,0:9,2:42:12,0:37:25:7,0:5,0:1:24:86:26:5,2:4,0:2:24 chr12 57866322 . T C 482.78 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0365412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.859;QD=26.096;RBI=0.0712205;REFB=-0.00802104;REVB=-0.0611318;RO=29;SAF=37;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208601;STB=0.614991;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00396007;OID=.;OPOS=57866322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:8:37:18:11:8:37:18:11 chr12 57873042 . T C 718.4 PASS AF=0.705882;AO=58;DP=81;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0257547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.548;QD=33.8071;RBI=0.0257553;REFB=-0.01704;REVB=-0.000172338;RO=23;SAF=21;SAR=37;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165913;STB=0.522928;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00626318;OID=.;OPOS=57873042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:23:25:58:60:0.705882:37:21:9:14:38:22:11:14 chr12 57911160 . G A 447.2 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.000411766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6283;QD=21.0446;RBI=0.0223528;REFB=-0.00790419;REVB=0.022349;RO=38;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284668;STB=0.507556;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00707496;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:41:44:44:0.517647:20:24:22:16:20:24:23:18 chr12 57958313 . A G 1297.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.671;QD=61.7823;RBI=0.0410998;REFB=0;REVB=0.0282768;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58954e-05;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:78:84:1:46:32:0:0:50:34:0:0 chr12 57963828 . G A 144.91 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00028707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.426;QD=17.5649;RBI=0.0109226;REFB=-0.0342971;REVB=0.0109189;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322033;STB=0.610548;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0552787;OID=.;OPOS=57963828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:16:17:14:16:0.484848:4:10:6:10:6:10:7:10 chr12 57994679 . C G 1428.7 PASS AF=0.970874;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00899811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.557;QD=55.4834;RBI=0.0428564;REFB=-0.205199;REVB=0.0419011;RO=1;SAF=41;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114277;STB=0.517238;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000586984;OID=.;OPOS=57994679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:103:1:3:98:100:0.970874:57:41:1:0:58:42:3:0 chr12 57994743 . T G 2067.27 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0272275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0765;QD=61.7094;RBI=0.0465413;REFB=-0.0213111;REVB=-0.037746;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.503759;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-9.56233e-05;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:0:1:133:133:0.992537:67:66:0:0:67:66:1:0 chr12 57995089 . T C 758.53 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.261;QD=63.2106;RBI=0.0276767;REFB=0;REVB=0.0271781;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42759e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr12 58001003 . C T 54.24 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0992972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4255;QD=27.1211;RBI=0.100974;REFB=-0.0775455;REVB=0.0183265;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0234343;OID=.;OPOS=58001003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:6:7:0.875:2:4:1:0:3:4:1:0 chr12 58015494 . G A 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0553;QD=59.137;RBI=0.110305;REFB=0;REVB=0.0444916;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920705;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr12 58019472 . T G 428.5 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5866;QD=57.1336;RBI=0.145332;REFB=0;REVB=-0.0815109;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00408815;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr12 58026001 . G A 742.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1629;QD=63.2204;RBI=0.0951813;REFB=0;REVB=0.0832856;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156615;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:22:21:0:0:24:23:0:0 chr12 58112189 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.656;QD=57.3932;RBI=0.0234565;REFB=-0.0443763;REVB=0.00154729;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0014567;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:0:1:24:13:0:1 chr12 58119044 . TG AT,T 82.68 PASS AF=0,0.414894;AO=5,34;DP=95;FAO=0,39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=0,13;FSAR=0,26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.049936,0.200359;FXX=0.0408122;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=20.66,7.17485;QD=3.51814;RBI=0.0548751,0.208094;REFB=-0.0448432,-0.0954348;REVB=-0.0227524,-0.0562058;RO=36;SAF=0,8;SAR=5,26;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.647686,-0.327219;STB=0.5,0.575718;STBP=1,0.233;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0859513;OID=.,.;OPOS=58119044,58119045;OREF=TG,G;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:95:94:36:55:5,34:0,39:0,0.414894:5,26:0,8:20:16:0,26:0,13:25:30 chr12 58126234 . C A 406.36 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0113806;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.849;QD=17.1098;RBI=0.0197506;REFB=-0.0158131;REVB=-0.0161421;RO=52;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365166;STB=0.508028;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0197019;OID=.;OPOS=58126234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:41:42:0.442105:22:19:26:26:22:20:26:27 chr12 58153059 . A G 491.38 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0372687;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.231;QD=21.3644;RBI=0.0378795;REFB=-0.00656905;REVB=-0.00677512;RO=45;SAF=28;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19204;STB=0.606127;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00587259;OID=.;OPOS=58153059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:19:28:17:28:19:28:17:28 chr12 58174306 . T C 508.16 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.012063;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.937;QD=25.4077;RBI=0.0294131;REFB=-0.00428003;REVB=0.0268256;RO=33;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589387;STB=0.503224;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00293759;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:33:33:47:47:0.5875:26:21:15:18:26:21:15:18 chr12 58176614 . T C 393.75 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0787399;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3365;QD=35.795;RBI=0.0872589;REFB=0.00124304;REVB=-0.0376051;RO=13;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707417;STB=0.529052;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00160272;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:13:12:32:32:0.727273:14:18:9:4:14:18:8:4 chr12 58177437 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0694742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5963;QD=16.8983;RBI=0.0708614;REFB=0.0355969;REVB=-0.0139526;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456945;STB=0.761894;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.017543;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:8:1:7:3:8:1 chr12 58204283 . T C 1512.97 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0915857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7513;QD=60.5189;RBI=0.0928534;REFB=-0.00749375;REVB=0.0152912;RO=1;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114268;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-9.77324e-05;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:1:2:97:98:0.98:41:56:0:1:41:57:0:2 chr12 58204606 . C T 270.1 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0148295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2075;QD=12.0043;RBI=0.0165856;REFB=8.69294e-05;REVB=-0.00742741;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893484;STB=0.5515;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-4.6656e-05;OID=.;OPOS=58204606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:14:18:28:30:14:18:28:30 chr12 58335515 . GGC G,GG 73.26 PASS AF=0.48,0;AO=6,8;DP=29;FAO=12,0;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10,0;FSAR=2,0;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0347882,-0.17408;FXX=0.0384468;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.7652,12.3728;QD=11.7211;RBI=0.131689,0.176741;REFB=-0.0587398,-0.0666472;REVB=-0.12701,0.0305544;RO=12;SAF=4,8;SAR=2,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.594203,0;SSEP=0,0.509542;SSSB=0,0.749985;STB=0.512175,0.5;STBP=0.928,1;TYPE=del,del;VARB=0.0603193,0;OID=.,.;OPOS=58335516,58335517;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0:6,8:29:12,0:25:13:10,0:2,0:11:2:68:12:4,8:2,0:8:4 chr12 58335626 . A T 939.6 PASS AF=0.62406;AO=83;DP=133;FAO=83;FDP=133;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.015956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.14;QD=28.2586;RBI=0.0301179;REFB=-0.018892;REVB=0.0255439;RO=50;SAF=43;SAR=40;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152583;STB=0.508257;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00935096;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:50:50:83:83:0.62406:40:43:27:23:40:43:27:23 chr12 58350631 . C T 830.5 PASS AF=0.598425;AO=76;DP=127;FAO=76;FDP=127;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0402443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5154;QD=26.1574;RBI=0.0428079;REFB=-0.00913963;REVB=-0.0145916;RO=49;SAF=30;SAR=46;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681228;STB=0.543035;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00604271;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:49:51:76:76:0.598425:46:30:15:34:46:30:15:36 chr12 59266456 . T C 767.09 PASS AF=0.565891;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00621061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3168;QD=23.7856;RBI=0.00793073;REFB=-0.0439169;REVB=0.00493202;RO=56;SAF=42;SAR=31;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318382;STB=0.501737;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0244838;OID=.;OPOS=59266456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:73:73:0.565891:31:42:32:24:31:42:32:24 chr12 59282648 . C T 255.71 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0412908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.472;QD=13.4582;RBI=0.0414623;REFB=-0.010176;REVB=0.00376676;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786737;STB=0.553661;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0146621;OID=.;OPOS=59282648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:46:29:30:0.394737:16:13:23:21:17:13:24:22 chr12 59980579 . T A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0168483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.161;QD=22.5809;RBI=0.0301774;REFB=-0.00375668;REVB=-0.0250362;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191823;STB=0.608516;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00426119;OID=.;OPOS=59980579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:5:2:7:5:5:2 chr12 60127590 . A T 149.63 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00205547;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.32;QD=9.6535;RBI=0.0114129;REFB=-0.00954521;REVB=-0.0112263;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273173;STB=0.516113;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0192268;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:42:42:20:20:0.322581:10:10:22:20:10:10:22:20 chr12 60169111 . ATTTTTTG ATTTTGGT,ATTTTTG,ATTTTTGG 712.05 PASS AF=0.162602,0.837398,0;AO=7,16,5;DP=127;FAO=20,103,0;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=20,37,0;FSAR=0,66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026073,-0.0520341,0.121156;FXX=0.0159987;HRUN=6,6,6;LEN=3,1,1;MLLD=167.116,7.65624,13.485;QD=23.1561;RBI=0.117187,1.07694,0.548984;REFB=-0.00809385,0.0094319,-0.0323205;REVB=0.11425,1.07568,0.535448;RO=55;SAF=7,13,5;SAR=0,3,0;SRF=4;SRR=51;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.44898,0;SSSB=0.844909,0.759367,0.82524;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.161362,-0.0597363,0;OID=.,.,.;OPOS=60169116,60169112,60169117;OREF=TTG,T,T;OALT=GGT,-,G;OMAPALT=ATTTTGGT,ATTTTTG,ATTTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.162602,0.837398,0:7,16,5:127:20,103,0:123:0:20,37,0:0,66,0:0:0:72:55:7,13,5:0,3,0:4:51 chr12 60173356 . A T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0509931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.539;QD=16.0652;RBI=0.0570587;REFB=0.0131274;REVB=0.0256008;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242514;STB=0.647513;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0133136;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:10:8:16:7:10:8:17:7 chr12 60735645 . A G 419.75 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0235696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.65;QD=18.2501;RBI=0.0247448;REFB=-0.0210816;REVB=0.0075351;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101211;STB=0.556425;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0241045;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:23:20:28:21:23:20:28:21 chr12 62104219 . A C 219.77 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0869488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8285;QD=11.8793;RBI=0.100235;REFB=-0.0220915;REVB=0.0498685;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730315;STB=0.542137;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0410259;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:24:23:15:12:24:23 chr12 62114671 . T C 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0621237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5488;QD=14.6649;RBI=0.0930119;REFB=-0.00863572;REVB=0.0692233;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0128225;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:8:13:9:6:8:13 chr12 62696599 . C T 271.94 PASS AF=0.296;AO=37;DP=123;FAO=37;FDP=125;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.0236325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.126;QD=8.70221;RBI=0.0378734;REFB=-0.00944225;REVB=-0.0295956;RO=86;SAF=20;SAR=17;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106283;STB=0.552211;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0239505;OID=.;OPOS=62696599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:86:88:37:37:0.296:17:20:54:32:17:20:54:34 chr12 62778065 . A G 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196841;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5421;QD=57.0079;RBI=0.0410364;REFB=0;REVB=0.0360072;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626254;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr12 62810961 . AG A,AA 2133.0 PASS AF=0.417266,0.582734;AO=53,75;DP=128;FAO=58,81;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=33,44;FSAR=25,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409792,-0.00325335;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=280.222,280.388;QD=61.3813;RBI=0.0121847,0.0119107;REFB=0,0;REVB=0.0114749,0.0114578;RO=0;SAF=28,43;SAR=25,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0106925,0.0106686;OID=.,.;OPOS=62810962,62810962;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.417266,0.582734:53,75:128:58,81:139:0:33,44:25,37:0:0:99:0:28,43:25,32:0:0 chr12 62918962 . TCCCCCCT TCCCCCCC,TCCCCCTC 30.6 PASS AF=0.0888889,0.0444444;AO=2,2;DP=46;FAO=4,2;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=3,1;FSAR=1,1;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00850137,-0.11067;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=277.838,41.7871;QD=2.72027;RBI=0.0126394,0.110672;REFB=-0.007074,-0.00988242;REVB=-0.00935311,0.000645829;RO=23;SAF=1,1;SAR=1,1;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0618654,0.0618654;STB=0.766992,0.552115;STBP=0.346,0.851;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0360705,0.138005;OID=.,.;OPOS=62918969,62918968;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=TCCCCCCC,TCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0888889,0.0444444:2,2:46:4,2:45:36:3,1:1,1:16:20:19:23:1,1:1,1:10:13 chr12 62926398 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.555;QD=59.0184;RBI=0.0374733;REFB=0;REVB=0.0372527;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163914;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr12 62928633 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.22206e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.007;QD=62.0082;RBI=0.00620398;REFB=0;REVB=0.00620376;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38872e-06;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr12 62986620 . G A 1535.01 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.024;QD=63.2995;RBI=0.0992632;REFB=0;REVB=-0.000338688;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165153;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:97:0:0:88:97:1:41:47:0:0:41:56:0:0 chr12 62990871 . C A 870.48 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00719562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.271;QD=56.1598;RBI=0.00983275;REFB=-0.0602501;REVB=0.00670118;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000167826;OID=.;OPOS=62990871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:32:28:0:0:33:28:0:1 chr12 63083521 . G A 363.29 PASS AF=0.37931;AO=43;DP=115;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0506606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.779;QD=12.5271;RBI=0.0532284;REFB=-0.0132338;REVB=-0.0163329;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088937;STB=0.557006;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0197578;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:72:72:43:44:0.37931:22:21:41:31:23:21:41:31 chr12 63359168 . G A 390.53 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00140583;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.393;QD=11.8343;RBI=0.0129547;REFB=-0.0033575;REVB=-0.0128782;RO=84;SAF=23;SAR=24;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025267;STB=0.510634;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00583948;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:84:85:47:47:0.356061:24:23:43:41:24:23:43:42 chr12 63359409 . C A 175.15 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0184874;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.103;QD=13.2191;RBI=0.115801;REFB=-0.0123609;REVB=-0.114316;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.5045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0229881;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:32:21:21:0.396226:10:11:16:12:10:11:17:15 chr12 63544209 . A G 851.62 PASS AF=0.52795;AO=84;DP=158;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0246593;FXX=0.0122692;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5104;QD=21.1581;RBI=0.0253183;REFB=-0.0173503;REVB=0.00573911;RO=74;SAF=46;SAR=38;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144003;STB=0.580397;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0138545;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:74:76:84:85:0.52795:38:46:28:46:38:47:29:47 chr12 64062023 . A C 193.08 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.071884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.269;QD=10.1623;RBI=0.0721644;REFB=-0.00704789;REVB=-0.00635545;RO=46;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189364;STB=0.573856;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0159593;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:51:24:25:0.328947:14:10:12:34:14:11:17:34 chr12 64062052 . G A 254.05 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.00840728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.299;QD=10.8106;RBI=0.00912774;REFB=0.000592335;REVB=-0.00355432;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138653;STB=0.592327;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00200268;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:63:31:31:0.329787:17:14:20:40:17:14:20:43 chr12 64062065 . T C 293.89 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0139022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.698;QD=12.6404;RBI=0.0237963;REFB=-0.00554678;REVB=-0.0193131;RO=59;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206953;STB=0.617696;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00837355;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:18:16:17:42:18:16:17:42 chr12 64472803 . A T 1592.66 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337618;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0208;QD=60.1002;RBI=0.0338286;REFB=0;REVB=0.00212461;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242316;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:38:67:0:0:39:67:0:0 chr12 64587633 . C A 530.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200935;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.942;QD=60.6586;RBI=0.0118384;REFB=0;REVB=0.0116666;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743878;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr12 64609562 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.65;QD=57.8837;RBI=0.0433458;REFB=0;REVB=0.0247459;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130685;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr12 64669090 . C A 3885.9 PASS AF=1;AO=250;DP=254;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562752;FXX=0.0157474;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3732;QD=62.1744;RBI=0.113258;REFB=0;REVB=-0.0982879;RO=0;SAF=108;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308476;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:254:250:0:0:250:250:1:142:108:0:0:142:108:0:0 chr12 64712511 . A G 785.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.726;QD=57.0958;RBI=0.0265691;REFB=0;REVB=0.0143083;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61624e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 307.98 PASS AF=0.6;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00831312;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.152;QD=24.6384;RBI=0.0389978;REFB=-0.030378;REVB=0.0381015;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114349;STB=0.576129;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=0.0338491;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:30:52:30:50:20:17:13:15:5:99:21:17:13:15:6 chr12 64803798 . A C 145.11 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0425514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.737;QD=8.79477;RBI=0.0425964;REFB=-0.00679389;REVB=-0.00195622;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587164;STB=0.534919;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0170952;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:11:9:23:23:11:9:23:23 chr12 65108160 . G C 947.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.247;QD=57.4292;RBI=0.0299709;REFB=0;REVB=0.0166265;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128007;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:28:34:0:0:29:37:0:0 chr12 65146532 . C T 1470.14 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.066784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1248;QD=58.2234;RBI=0.0676257;REFB=0.0470718;REVB=-0.0106365;RO=1;SAF=44;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106585;STB=0.505493;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000566585;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:55:44:1:0:55:45:1:0 chr12 65150485 . C T 707.18 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3683;QD=60.1854;RBI=0.149454;REFB=0;REVB=0.148787;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038868;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:22:25:0:0 chr12 65154730 . C G 885.41 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0266;QD=58.0595;RBI=0.00979284;REFB=0;REVB=0.00273329;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47958e-05;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:41:19:0:0:41:20:0:0 chr12 65448986 . G A 346.73 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0205021;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1026;QD=21.6704;RBI=0.0225244;REFB=-0.0128222;REVB=-0.00932797;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122925;STB=0.567751;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0119757;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:29:35:35:0.546875:19:16:9:20:19:16:9:20 chr12 65514266 . T C 1309.04 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0490578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1498;QD=57.5403;RBI=0.0634595;REFB=-0.164655;REVB=0.0402547;RO=3;SAF=54;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255955;STB=0.506052;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00404213;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:87:87:0.956044:33:54:3:0:33:54:3:1 chr12 65641020 . G T 276.0 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00887964;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.302;QD=14.7201;RBI=0.0426915;REFB=-0.00515818;REVB=-0.0417579;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303629;STB=0.51723;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0108904;OID=.;OPOS=65641020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:44:44:31:31:0.413333:15:16:24:20:15:16:24:20 chr12 65641985 . C T 750.18 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0292723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5813;QD=18.8724;RBI=0.0309628;REFB=-0.00897578;REVB=-0.0100909;RO=81;SAF=52;SAR=26;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133786;STB=0.573972;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0105809;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:26:52:43:38:26:52:43:38 chr12 65858631 . T C 245.7 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00721747;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.829;QD=15.3561;RBI=0.201246;REFB=-0.019231;REVB=-0.201116;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243285;STB=0.527008;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0216404;OID=.;OPOS=65858631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:36:19:28:0.4375:8:11:15:12:15:13:15:21 chr12 66358347 . C T 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4973;QD=62.6083;RBI=0.0475868;REFB=0;REVB=-0.00233862;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022484;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr12 66359752 . C A 1281.49 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.823;QD=61.7583;RBI=0.0356152;REFB=0;REVB=0.0284449;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77107e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr12 66532493 . A G 174.42 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00268751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.742;QD=9.82625;RBI=0.0143939;REFB=-0.0174239;REVB=0.0141408;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14451;STB=0.584581;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0377887;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:12:11:29:19:12:11:29:19 chr12 66546100 . A G 180.64 PASS AF=0.413043;AO=16;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0240147;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.42;QD=15.7077;RBI=0.0261874;REFB=0.00968626;REVB=0.0104438;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648571;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0167529;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:27:16:19:0.413043:9:7:12:12:12:7:13:14 chr12 66605228 . A G 258.38 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0183048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.587;QD=16.4052;RBI=0.0542854;REFB=-0.0319613;REVB=-0.0511062;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776803;STB=0.54385;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0489753;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:9:20:21:13:9:20:21:13 chr12 66725160 . C T 1244.23 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00967517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.65;QD=55.9205;RBI=0.00997608;REFB=-0.0999889;REVB=0.00243169;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.520384;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000569941;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:1:5:84:84:0.94382:47:37:0:1:47:37:4:1 chr12 66731864 . C A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.576;QD=61.3342;RBI=0.0651485;REFB=0;REVB=0.0164552;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194315;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 66739539 . A G 1007.29 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000349347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.179;QD=59.2522;RBI=0.0252605;REFB=0;REVB=-0.0252581;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129252;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr12 66786091 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=18;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000611959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.478;QD=57.6783;RBI=0.00846991;REFB=0;REVB=0.00844777;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21974e-05;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:18:31:1:15:3:0:0:15:16:0:0 chr12 66814487 . C A 814.5 PASS AF=0.621849;AO=74;DP=118;FAO=74;FDP=119;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.012995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.513;QD=27.3782;RBI=0.0139457;REFB=-0.0114294;REVB=0.00506067;RO=44;SAF=36;SAR=38;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534141;STB=0.532778;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00640292;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:44:45:74:74:0.621849:38:36:18:26:38:36:18:27 chr12 67663571 . G A 816.94 PASS AF=0.421296;AO=91;DP=216;FAO=91;FDP=216;FR=.;FRO=125;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.0107331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.771;QD=15.1285;RBI=0.0113217;REFB=-0.0187241;REVB=0.003603;RO=123;SAF=48;SAR=43;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101549;STB=0.504951;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0220982;OID=.;OPOS=67663571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:123:125:91:91:0.421296:43:48:65:58:43:48:67:58 chr12 67675791 . T TA 82.9 PASS AF=0.160494;AO=22;DP=168;FAO=26;FDP=162;FR=.;FRO=136;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=69;FSRR=67;FWDB=-0.0155224;FXX=0.0299383;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.2908;QD=2.04696;RBI=0.0524753;REFB=-0.00230764;REVB=-0.0501269;RO=139;SAF=0;SAR=22;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707498;STB=0.949666;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0790894;OID=.;OPOS=67675792;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.160494:22:168:26:162:136:1:25:69:67:82:139:0:22:71:68 chr12 68045403 . G A 1520.53 PASS AF=0.540741;AO=146;DP=270;FAO=146;FDP=270;FR=.;FRO=124;FSAF=59;FSAR=87;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.0171743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.307;QD=22.5263;RBI=0.0174532;REFB=-0.0127664;REVB=-0.00310734;RO=124;SAF=59;SAR=87;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550085;STB=0.529987;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0123356;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:124:124:146:146:0.540741:87:59:58:66:87:59:58:66 chr12 68052178 . G T 810.82 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0092957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.405;QD=52.3109;RBI=0.0358714;REFB=0.141085;REVB=0.0346461;RO=3;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015969;STB=0.508472;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.000918185;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:59:59:0.951613:30:29:2:1:30:29:2:1 chr12 68595787 . A G 126.03 PASS AF=0.285714;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00290891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.758;QD=8.00166;RBI=0.0136348;REFB=-0.0104915;REVB=0.0133208;RO=45;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167656;STB=0.568104;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0277511;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:45:45:17:18:0.285714:5:12:26:19:6:12:26:19 chr12 69082805 . G A 127.19 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0411174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8038;QD=9.24998;RBI=0.0413707;REFB=0.0182087;REVB=0.00457136;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172328;STB=0.60427;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0384385;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:38:17:17:0.309091:6:11:18:18:6:11:19:19 chr12 69115698 . G A 551.81 PASS AF=0.410959;AO=59;DP=143;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.05128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4759;QD=15.1181;RBI=0.0842611;REFB=-0.0086617;REVB=-0.0668603;RO=83;SAF=29;SAR=30;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476834;STB=0.524488;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0117448;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:83:86:59:60:0.410959:30:29:37:46:31:29:38:48 chr12 69186904 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0269805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.58;QD=17.0333;RBI=0.0508756;REFB=0.00490709;REVB=0.0431322;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316784;STB=0.679918;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00423861;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:6:16:7:11:6:16 chr12 69187427 . T A,G 587.99 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=36,2;DP=38;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359286,0.0421973;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.468,146.223;QD=60.3067;RBI=0.0468185,0.0479517;REFB=0,0;REVB=0.0300185,-0.022776;RO=0;SAF=17,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0014546,-0.0565479;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:38:39:0:0:36,2:38,1:0.974359,0.025641:19,2:17,0:0:0:21,1:17,0:0:0 chr12 69187585 . G A,GA 999.55 PASS AF=0,1;AO=4,62;DP=68;FAO=0,69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507713,-0.0134445;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=209.08,61.5787;QD=57.9452;RBI=0.0150401,0.0194199;REFB=0,0;REVB=-0.0141573,-0.0140135;RO=1;SAF=2,37;SAR=2,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166656,-0.0125907;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00114467;OID=.,.;OPOS=69187585,69187586;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:68:69:1:0:4,62:0,69:0,1:2,25:2,37:1:0:0,28:0,41:0:0 chr12 69645863 . CA C,CG 134.87 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,4;DP=13;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526609,0.0520391;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.719,229.897;QD=44.9578;RBI=0.0543525,0.0526411;REFB=0,0;REVB=-0.0134546,-0.00793786;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0111838,0.0059745;OID=.,.;OPOS=69645864,69645864;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:3,4:13:1,11:12:0:1,6:0,5:0:0:6:0:3,1:0,3:0:0 chr12 69646914 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.852;QD=52.5385;RBI=0.0175037;REFB=0.0635584;REVB=0.0133406;RO=2;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170932;STB=0.509087;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.000112208;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:35:15:1:1:35:15:1:1 chr12 69794856 . G A 413.92 PASS AF=0.639344;AO=40;DP=62;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0132486;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5416;QD=27.1421;RBI=0.01338;REFB=-0.0127752;REVB=-0.00187108;RO=22;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591809;STB=0.553664;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0130771;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:22:22:40:39:0.639344:20:20:13:9:20:19:14:8 chr12 69967862 . G A 778.93 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=164;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0289981;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.258;QD=19.1148;RBI=0.0329124;REFB=-0.0338471;REVB=-0.015567;RO=80;SAF=29;SAR=51;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140823;STB=0.58182;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0349631;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:80:83:80:80:0.490798:51:29:41:39:51:29:43:40 chr12 69971499 . TC T,TT 203.38 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029518,0.026524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.487,233.985;QD=47.8546;RBI=0.0359618,0.0346727;REFB=0,0;REVB=0.0205411,0.0223309;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0448999,0.0049869;OID=.,.;OPOS=69971500,69971500;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:2,15:17:2,15:17:0:1,9:1,6:0:0:8:0:1,9:1,6:0:0 chr12 69971713 . C T 473.91 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0108612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.7;QD=16.3419;RBI=0.0117349;REFB=-0.0220594;REVB=-0.00444302;RO=64;SAF=28;SAR=24;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867857;STB=0.548369;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0259592;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:24:28:40:24:24:28:40:24 chr12 69972227 . A T 770.09 PASS AF=0.65;AO=64;DP=92;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0048942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.223;QD=30.8037;RBI=0.0211454;REFB=-0.0544097;REVB=0.0205712;RO=28;SAF=51;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964016;STB=0.534954;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0258146;OID=.;OPOS=69972227;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:100:28:35:64:65:0.65:13:51:19:9:14:51:25:10 chr12 69972381 . G A 410.65 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7256;QD=56.6407;RBI=0.0525869;REFB=0;REVB=0.0503045;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115022;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr12 69973204 . A G 472.46 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00660506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.335;QD=29.5286;RBI=0.0191427;REFB=-0.0102245;REVB=0.0179671;RO=21;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568015;STB=0.530792;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00603054;OID=.;OPOS=69973204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:16:27:15:6:16:27:15:6 chr12 70064295 . C T 578.64 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00250805;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.576;QD=26.6042;RBI=0.00490761;REFB=-0.0209897;REVB=-0.00421834;RO=33;SAF=27;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460664;STB=0.513484;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0135381;OID=.;OPOS=70064295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:33:35:52:52:0.597701:25:27:15:18:25:27:17:18 chr12 70091432 . T C 924.42 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017915;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.625;QD=58.6936;RBI=0.0226861;REFB=0;REVB=0.0139181;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102266;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr12 70210263 . T C 287.91 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0297246;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.181;QD=30.3061;RBI=0.0298881;REFB=-0.0160173;REVB=-0.00312252;RO=13;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387811;STB=0.511618;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00743837;OID=.;OPOS=70210263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:23:25:0.657895:17:6:4:9:18:7:4:9 chr12 70321450 . C T 644.01 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253146;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.391;QD=62.8301;RBI=0.0270889;REFB=0;REVB=0.0096426;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119914;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:41:1:0:37:41:1:15:22:1:0:20:21:0:0 chr12 70330087 . A G 816.65 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.221;QD=57.3085;RBI=0.0308189;REFB=0;REVB=0.0125063;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011269;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:23:32:0:0:24:33:0:0 chr12 70351684 . C A 538.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.273;QD=59.8253;RBI=0.0173941;REFB=0;REVB=-0.0118073;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64623e-06;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr12 70352021 . C T 1556.28 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.606;QD=58.7274;RBI=0.0272336;REFB=-0.0441333;REVB=-0.0237666;RO=1;SAF=57;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082534;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000673946;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:48:57:1:0:48:57:1:0 chr12 70912510 . C T 1820.44 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683468;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.408;QD=61.1914;RBI=0.0213283;REFB=0;REVB=0.0202036;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149751;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:66:52:0:0:66:53:0:0 chr12 70928616 . G A 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0340131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.44;QD=58.031;RBI=0.0359942;REFB=-0.0820366;REVB=0.0117766;RO=1;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.511625;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00220475;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:21:49:0:1:21:49:0:1 chr12 70928724 . A G 786.95 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00597507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.108;QD=55.2245;RBI=0.00634813;REFB=-0.0486277;REVB=-0.00214413;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-2.22347e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:25:31:0:0:25:31:1:0 chr12 70954547 . G A 282.18 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0046554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.007;QD=22.5742;RBI=0.029865;REFB=-0.00307241;REVB=0.0294999;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864516;STB=0.548137;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00331766;OID=.;OPOS=70954547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:17:7:10:16:17:7 chr12 71016340 . C T 291.08 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00585093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.642;QD=26.4619;RBI=0.0141659;REFB=-0.0317365;REVB=0.0129012;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.56245;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.024009;OID=.;OPOS=71016340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:18:8:8:9:18:8:8:10 chr12 71029680 . A G 749.62 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0421329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2132;QD=22.2109;RBI=0.0782096;REFB=-0.0128497;REVB=-0.0658905;RO=61;SAF=41;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380685;STB=0.514103;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0121416;OID=.;OPOS=71029680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:63:72:72:0.533333:31:41:32:29:31:41:34:29 chr12 71078528 . C T 368.0 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00163508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.418;QD=21.9701;RBI=0.052128;REFB=-0.00504683;REVB=-0.0521024;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140337;STB=0.577344;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00302398;OID=.;OPOS=71078528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:17:20:11:19:17:20:11:19 chr12 71139664 . T C 565.0 PASS AF=0.547368;AO=50;DP=96;FAO=52;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.000855413;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.778;QD=23.7893;RBI=0.0519224;REFB=-0.0805147;REVB=-0.0519154;RO=24;SAF=25;SAR=25;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998753;STB=0.536828;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0463855;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:24:43:50:52:0.547368:25:25:16:8:26:26:18:25 chr12 71509652 . T A 861.98 PASS AF=0.427928;AO=93;DP=220;FAO=95;FDP=222;FR=.;FRO=127;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=0.00795551;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1495;QD=15.5311;RBI=0.0367672;REFB=-0.0113691;REVB=-0.0358962;RO=124;SAF=50;SAR=43;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469215;STB=0.538417;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0209756;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:124:127:93:95:0.427928:43:50:61:63:43:52:61:66 chr12 71519096 . G C 289.73 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00325462;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.403;QD=13.4757;RBI=0.00555589;REFB=-0.0162509;REVB=-0.00450282;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249586;STB=0.501065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244696;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:53:33:33:0.383721:15:18:29:22:15:18:29:24 chr12 71523134 . A C 250.43 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0225852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.257;QD=14.5178;RBI=0.0230847;REFB=-0.0128361;REVB=0.00477623;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736995;STB=0.533578;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0188293;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:15:14:16:23:15:14:17:23 chr12 71533534 . C G 290.94 PASS AF=0.295455;AO=39;DP=132;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0117081;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.477;QD=8.81629;RBI=0.0184445;REFB=-0.0113637;REVB=-0.014252;RO=93;SAF=20;SAR=19;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862461;STB=0.550575;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0253289;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:93:93:39:39:0.295455:19:20:41:52:19:20:41:52 chr12 71960208 . G A 770.6 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137285;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.916;QD=64.2169;RBI=0.0156512;REFB=0;REVB=0.00751598;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61552e-06;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chr12 72013832 . A G 275.39 PASS AF=0.568182;AO=21;DP=40;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0648454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.314;QD=25.0358;RBI=0.0661284;REFB=-0.0309585;REVB=0.0129631;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.559952;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0233293;OID=.;OPOS=72013832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:19:19:21:25:0.568182:10:11:8:11:11:14:8:11 chr12 72033252 . TAGTC T 812.51 PASS AF=0.551471;AO=74;DP=154;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0229524;FXX=0.0810756;HRUN=1;LEN=4;MLLD=264.365;QD=23.8974;RBI=0.0230544;REFB=-0.0162727;REVB=0.00216614;RO=64;SAF=27;SAR=47;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921295;STB=0.569306;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.0125066;OID=.;OPOS=72033253;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551471:74:154:75:136:61:27:48:31:30:99:64:27:47:30:34 chr12 72071045 . A G 217.85 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00605905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.139;QD=13.6156;RBI=0.00679495;REFB=-0.0128285;REVB=-0.00307561;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874112;STB=0.526972;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.019195;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:10:16:25:11:10:16:25:13 chr12 72307616 . A G 671.47 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00541458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0189;QD=52.664;RBI=0.0255828;REFB=-0.0725282;REVB=0.0250032;RO=2;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324327;STB=0.517234;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00991102;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:28:21:0:2:28:21:0:2 chr12 72307637 . C G 815.48 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0016613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.952;QD=52.6118;RBI=0.0108166;REFB=-0.00661694;REVB=0.0106883;RO=3;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039829;STB=0.52112;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000140553;OID=.;OPOS=72307637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:59:59:0.951613:34:25:0:3:34:25:0:3 chr12 72372862 . A G 347.68 PASS AF=0.614035;AO=33;DP=55;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00626661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.549;QD=24.3989;RBI=0.0189542;REFB=-0.00651559;REVB=0.0178883;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13139;STB=0.581108;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0035239;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:22:22:33:35:0.614035:20:13:5:17:20:15:5:17 chr12 73058186 . G A 3005.41 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195748;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.154;QD=63.6065;RBI=0.019597;REFB=0;REVB=-0.000931534;RO=0;SAF=118;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6647e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:71:118:0:0:71:118:0:0 chr12 74932159 . G C 834.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.183;QD=57.5429;RBI=0.0250761;REFB=0;REVB=0.0204002;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63041e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr12 74932565 . T C 1330.77 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0390938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4221;QD=59.81;RBI=0.0409076;REFB=0.00512476;REVB=-0.012046;RO=2;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000734801;STB=0.500388;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00154851;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:45:42:1:1:45:42:1:1 chr12 74933166 . G A 1189.5 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0138592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.923;QD=57.3254;RBI=0.0289957;REFB=-0.0943567;REVB=0.025469;RO=3;SAF=49;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390485;STB=0.502064;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00454879;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:80:80:0.963855:31:49:2:1:31:49:2:1 chr12 74934634 . G A 705.26 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.07;QD=62.69;RBI=0.0322123;REFB=0;REVB=0.0147913;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427356;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr12 74934637 . T C 657.84 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00870031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.085;QD=59.8039;RBI=0.0151036;REFB=-0.199918;REVB=0.0123459;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000936382;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr12 74934743 . G C,T 722.07 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,48;DP=50;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056201,0.00565018;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.036,242.14;QD=55.5441;RBI=0.0206783,0.0436057;REFB=0,0;REVB=0.0198999,0.0432381;RO=0;SAF=2,28;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.56477e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0387782,-0.00186946;OID=.,.;OPOS=74934743,74934743;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:52:0:0:2,48:2,50:0.0384615,0.961538:0,20:2,28:0:0:0,22:2,28:0:0 chr12 74934946 . G A 87.17 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0693471;FXX=0.105235;HRUN=8;LEN=1;MLLD=17.4218;QD=10.2558;RBI=0.165916;REFB=-0.103745;REVB=0.150729;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43557;STB=0.702267;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0190617;OID=.;OPOS=74934946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:34:34:15:15:8:9:0.264706:2:6:5:10:3:6:5:10 chr12 75698635 . C T 370.75 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0119249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.519;QD=14.9796;RBI=0.0153146;REFB=-0.0108233;REVB=-0.00960905;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147936;STB=0.535252;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0153903;OID=.;OPOS=75698635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:52:59:40:40:0.40404:25:15:27:25:24:16:27:32 chr12 75717011 . C A 504.87 PASS AF=0.324742;AO=63;DP=194;FAO=63;FDP=194;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.0115806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.449;QD=10.4096;RBI=0.0134987;REFB=-0.00845809;REVB=0.00693574;RO=130;SAF=37;SAR=26;SRF=75;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124804;STB=0.510256;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0193476;OID=.;OPOS=75717011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:130:131:63:63:0.324742:26:37:75:55:26:37:75:56 chr12 75760742 . G A 1062.36 PASS AF=0.558659;AO=98;DP=179;FAO=100;FDP=179;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=69;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0489441;FXX=0.0110491;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.1751;QD=23.7398;RBI=0.0544561;REFB=-0.0199889;REVB=-0.0238734;RO=73;SAF=29;SAR=69;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137595;STB=0.559284;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0180225;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:73:79:98:100:0.558659:69:29:33:40:69:31:34:45 chr12 76351726 . C G 116.91 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0168671;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4156;QD=7.42288;RBI=0.0397232;REFB=-0.00705186;REVB=0.0359643;RO=46;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169811;STB=0.510307;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0316808;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:9:8:21:25:9:8:21:25 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 425.05 PASS AF=0.193548,0.677419,0.129032;AO=8,15,4;DP=29;FAO=6,21,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7,1;FSAR=2,14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543625,0.0203904,0.0437316;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=181.749,152.38,78.4855;QD=54.8455;RBI=0.0822685,0.0623179,0.0469179;REFB=0,0,0;REVB=0.0617481,0.0588876,0.0169951;RO=0;SAF=4,5,1;SAR=4,10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0539241,0.025099,0.0490088;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:29:31:0:0:8,15,4:6,21,4:0.193548,0.677419,0.129032:4,10,3:4,5,1:0:0:2,14,3:4,7,1:0:0 chr12 76426110 . GGA G 253.44 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0140099;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.174;QD=15.5962;RBI=0.0168072;REFB=-0.0433766;REVB=0.00928458;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210469;STB=0.511085;STBP=0.861;TYPE=del;VARB=0.0322684;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:34:63:35:65:30:16:19:13:17:99:27:16:18:12:15 chr12 76426877 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00432559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.823;QD=11.0207;RBI=0.00461283;REFB=0.00650473;REVB=0.00160232;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00701866;OID=.;OPOS=76426877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:5:3:2:4:5:3 chr12 76427547 . C CTTAAT 134.61 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554573;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=5;MLLD=235.448;QD=44.8704;RBI=0.00918451;REFB=0;REVB=0.00732121;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.00171e-06;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:14:12:12:0:7:5:0:0:4:2:7:3:0:2 chr12 76449900 . T C 701.69 PASS AF=0.959184;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0682706;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.6115;QD=57.2812;RBI=0.0685984;REFB=-0.00450432;REVB=-0.00669882;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03755;STB=0.519992;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0011512;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:49:2:2:44:47:0.959184:24:20:0:2:24:23:0:2 chr12 76453966 . G A 1093.12 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223455;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2076;QD=59.0877;RBI=0.02384;REFB=-0.136463;REVB=-0.00830809;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00253393;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:38:35:1:0:38:35:1:0 chr12 76709606 . T C 1356.61 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.346;QD=61.664;RBI=0.019917;REFB=0;REVB=0.0183957;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16976e-05;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:85:88:1:39:46:0:0:40:48:0:0 chr12 76709610 . T C 1387.77 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201137;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.135;QD=63.0806;RBI=0.0325162;REFB=0;REVB=0.0255488;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89603e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr12 76746592 . CAAAAT CAAA,CAAAT 40.59 PASS AF=0.257143,0.114286;AO=7,4;DP=35;FAO=9,4;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6,4;FSAR=3,0;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0743087,-0.0928327;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=24.817,12.9825;QD=4.63924;RBI=0.0786432,0.0940409;REFB=-0.0574212,-0.08674;REVB=-0.0257481,0.0150258;RO=22;SAF=4,4;SAR=3,0;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0307537,0.624481;STB=0.590701,0.996934;STBP=0.537,0.054;TYPE=del,del;VARB=0.131991,0.0889633;OID=.,.;OPOS=76746596,76746593;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAA,CAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143,0.114286:7,4:35:9,4:35:22:6,4:3,0:12:10:29:22:4,4:3,0:12:10 chr12 76747084 . T G 53.96 PASS AF=0.186047;AO=2;DP=38;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00348609;FXX=0.0444346;HRUN=16;LEN=1;MLLD=45.5107;QD=5.01958;RBI=0.0714672;REFB=-0.13223;REVB=-0.0713822;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.717737;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00794499;OID=.;OPOS=76747084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:38:43:0:35:2:8:0.186047:1:1:0:0:3:5:12:23 chr12 77256681 . T G 157.45 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0324704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1393;QD=11.2466;RBI=0.0584714;REFB=0.00491829;REVB=0.0486269;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120447;STB=0.576849;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00614812;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:9:11:23:12:9:11:24:12 chr12 77417509 . G T 436.86 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00206004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.828;QD=18.7895;RBI=0.00207288;REFB=0.00802168;REVB=0.000230413;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919942;STB=0.549334;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00931103;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:41:48:44:45:0.483871:21:23:21:20:21:24:21:27 chr12 77438435 . CT C,CC 1523.6 PASS AF=0.192,0.808;AO=31,85;DP=127;FAO=24,101;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=0,69;FSAR=24,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725851,-0.00236591;FXX=0.0310053;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.3338,103.669;QD=48.7551;RBI=0.00861702,0.285454;REFB=-0.0688261,-0.063597;REVB=-0.00464405,0.285444;RO=2;SAF=2,66;SAR=29,19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169327,0.0171548;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0188528,0.00315929;OID=.,.;OPOS=77438436,77438436;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192,0.808:31,85:127:24,101:125:0:0,69:24,32:0:0:26:2:2,66:29,19:1:1 chr12 77449790 . A G 2253.13 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000562727;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.846;QD=59.2929;RBI=0.0175882;REFB=-0.0528524;REVB=0.0175792;RO=0;SAF=84;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507462;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-1.34664e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:152:0:2:150:150:0.986842:66:84:0:0:66:84:0:2 chr12 78225374 . A G 1034.25 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367825;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2392;QD=58.2675;RBI=0.0416721;REFB=-0.111584;REVB=-0.0195859;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00157807;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:39:31:1:0:39:31:1:0 chr12 78334179 . A G 638.62 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0140302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1125;QD=18.783;RBI=0.0140472;REFB=-0.0002712;REVB=-0.000690758;RO=71;SAF=35;SAR=30;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016413;STB=0.509088;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.000429869;OID=.;OPOS=78334179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:30:35:37:34:30:35:37:34 chr12 78530979 . G A 156.37 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0110683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.383;QD=14.5459;RBI=0.0194463;REFB=-0.0250908;REVB=0.0159891;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267971;STB=0.634375;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0191632;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:21:25:16:18:0.418605:7:9:6:15:8:10:8:17 chr12 78605628 . C T 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0329267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.62;QD=17.2391;RBI=0.0610937;REFB=0.00464703;REVB=-0.0514614;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163611;STB=0.591196;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00906817;OID=.;OPOS=78605628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:18:21:33:14:18:21:33:14 chr12 79685913 . C A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9492;QD=63.5822;RBI=0.0149073;REFB=0;REVB=-0.00111926;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64741e-05;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr12 80014907 . A T 519.98 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0183886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.478;QD=15.1817;RBI=0.0202246;REFB=-0.00827897;REVB=-0.00841994;RO=78;SAF=30;SAR=27;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524664;STB=0.521228;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0112357;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:78:80:57:57:0.416058:27:30:45:33:27:30:45:35 chr12 80168461 . ATGG A 628.57 PASS AF=0.588235;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00870156;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=3;MLLD=180.528;QD=24.6496;RBI=0.00972856;REFB=-0.019139;REVB=0.00435059;RO=39;SAF=26;SAR=33;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154274;STB=0.507965;STBP=0.859;TYPE=del;VARB=0.0122193;OID=.;OPOS=80168462;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:59:103:60:102:42:26:34:19:23:99:39:26:33:18:21 chr12 80712420 . G A 2335.63 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.662;QD=61.0623;RBI=0.026612;REFB=0;REVB=0.00542516;RO=0;SAF=78;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64338e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:75:78:0:0:75:78:0:0 chr12 80735771 . T C 673.89 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612408;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.679;QD=62.6876;RBI=0.0338505;REFB=0;REVB=0.0332919;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54667e-05;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr12 80737521 . C T 1684.18 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00388934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.509;QD=56.1394;RBI=0.00412941;REFB=-0.0917293;REVB=-0.00138746;RO=5;SAF=60;SAR=55;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379389;STB=0.519997;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000740159;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:120:5:5:115:115:0.958333:55:60:5:0:55:60:5:0 chr12 80747242 . A G 870.23 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135538;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3762;QD=58.0151;RBI=0.135558;REFB=0;REVB=0.00230907;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011579;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr12 80752660 . A G 1399.61 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6448;QD=61.5215;RBI=0.0539249;REFB=-0.125038;REVB=0.000291157;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000640629;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:51:39:0:0:51:39:1:0 chr12 80761430 . G A 1317.6 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00616593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.479;QD=60.5795;RBI=0.0116541;REFB=-0.0453;REVB=0.00988941;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.506848;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000385125;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:84:86:0.988506:48:36:1:0:50:36:1:0 chr12 80761465 . G A 1245.95 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0588;QD=61.5284;RBI=0.0339068;REFB=0;REVB=-0.0335116;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104764;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:48:32:0:0:49:32:0:0 chr12 80765800 . A G 1047.74 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313486;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.294;QD=59.8711;RBI=0.0317045;REFB=0;REVB=0.00473702;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15479e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr12 80771813 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.949;QD=60.3765;RBI=0.0304815;REFB=0;REVB=-0.0299338;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89477e-05;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr12 80816492 . C T 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5408;QD=58.5982;RBI=0.052049;REFB=0;REVB=-0.0348322;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576861;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 80818876 . A G 2886.3 PASS AF=0.974093;AO=186;DP=192;FAO=188;FDP=193;FR=.;FRO=5;FSAF=89;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0243012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1708;QD=59.8197;RBI=0.0247163;REFB=-0.010913;REVB=-0.00451077;RO=3;SAF=88;SAR=98;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586346;STB=0.503287;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.000183793;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:192:193:3:5:186:188:0.974093:98:88:2:1:99:89:3:2 chr12 80889829 . T A 791.43 PASS AF=0.458564;AO=81;DP=179;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.00133796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.595;QD=17.4901;RBI=0.00962124;REFB=-0.0102715;REVB=-0.00952776;RO=97;SAF=38;SAR=43;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514543;STB=0.5068;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0136718;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:97:98:81:83:0.458564:43:38:45:52:43:40:46:52 chr12 80899901 . C A 101.11 PASS AF=0.282609;AO=10;DP=43;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0117215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.121;QD=8.79196;RBI=0.0166677;REFB=-0.0125267;REVB=-0.0118499;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213629;STB=0.635555;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0274746;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:31:33:10:13:0.282609:4:6:13:18:5:8:14:19 chr12 80900397 . C G 393.08 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0298678;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2688;QD=17.6666;RBI=0.06282;REFB=-0.0213747;REVB=-0.0552654;RO=46;SAF=26;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1077;STB=0.563574;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0207023;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:48:40:41:0.460674:14:26:25:21:15:26:25:23 chr12 80935345 . T C 1611.81 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00783784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9278;QD=58.0832;RBI=0.0125937;REFB=-0.181109;REVB=0.00985746;RO=1;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120152;STB=0.512498;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000864911;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:39:70:0:1:39:70:0:2 chr12 80936026 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0152365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.406;QD=15.1658;RBI=0.0158902;REFB=0.00368929;REVB=0.00451061;RO=29;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188239;STB=0.599909;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00473956;OID=.;OPOS=80936026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:16:7:14:15:16:7:14:16 chr12 80936082 . C T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.442;QD=57.1747;RBI=0.0278673;REFB=0;REVB=0.0116679;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85921e-05;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr12 81329536 . A C 285.32 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0480699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0209;QD=10.9737;RBI=0.0750086;REFB=-0.0389067;REVB=0.057581;RO=67;SAF=22;SAR=14;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368251;STB=0.514698;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0479466;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:68:36:36:0.346154:14:22:43:24:14:22:43:25 chr12 81661039 . G A 169.03 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00630306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1512;QD=19.3182;RBI=0.0195162;REFB=-0.0573599;REVB=-0.0184703;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064699;STB=0.510626;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0543881;OID=.;OPOS=81661039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:17:17:18:0.514286:6:11:8:6:6:12:11:6 chr12 81696487 . G A 625.4 PASS AF=0.504;AO=64;DP=126;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00894051;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.121;QD=20.0127;RBI=0.0126865;REFB=-0.0202531;REVB=-0.00900075;RO=59;SAF=28;SAR=36;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281425;STB=0.504671;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0211823;OID=.;OPOS=81696487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:59:62:64:63:0.504:36:28:26:33:36:27:26:36 chr12 81769581 . C T 127.2 PASS AF=0.25;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0416024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3859;QD=6.69448;RBI=0.0448202;REFB=0.000688738;REVB=-0.016676;RO=55;SAF=13;SAR=6;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134746;STB=0.585492;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0039793;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:55:57:19:19:0.25:6:13:32:23:6:13:33:24 chr12 81833745 . G T 311.21 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.000820948;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.788;QD=13.8317;RBI=0.00589478;REFB=-0.00641232;REVB=-0.00583733;RO=55;SAF=19;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422863;STB=0.524071;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0110486;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:55:35:35:0.388889:16:19:32:23:16:19:32:23 chr12 82617454 . T G 628.33 PASS AF=0.592233;AO=54;DP=96;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0143065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.324;QD=24.4012;RBI=0.0537963;REFB=-0.0456363;REVB=0.0518591;RO=42;SAF=20;SAR=34;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145247;STB=0.57899;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0362041;OID=.;OPOS=82617454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:103:42:42:54:61:0.592233:34:20:23:19:39:22:23:19 chr12 82783668 . C T 833.15 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.214;QD=56.4844;RBI=0.0523862;REFB=0;REVB=-0.0381614;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793095;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:28:28:0:0:28:31:0:0 chr12 82792787 . C A 443.56 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.51;QD=57.234;RBI=0.0306914;REFB=0;REVB=0.0233678;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147001;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:25:4:0:0:26:5:0:0 chr12 83415719 . G C 390.99 PASS AF=0.59375;AO=31;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0194235;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8733;QD=24.4368;RBI=0.0291211;REFB=0.0254272;REVB=-0.0216971;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159811;STB=0.5868;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0238597;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:19:26:31:38:0.59375:17:14:13:6:24:14:15:11 chr12 85449465 . T A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0191824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.059;QD=12.9417;RBI=0.0333248;REFB=-0.0224929;REVB=-0.0272503;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142432;STB=0.50835;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0368699;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:12:13:8:7:12:13 chr12 88380094 . T C 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0110455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.441;QD=8.22862;RBI=0.0124612;REFB=-0.0124938;REVB=-0.00576875;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297389;STB=0.68326;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0165062;OID=.;OPOS=88380094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:9:4:20:16:9:4:20:16 chr12 88391850 . GTTTTTA GTTTT,GTTTTA,GTTTTAA 45.26 PASS AF=0.121212,0,0;AO=13,16,5;DP=102;FAO=12,0,0;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=2,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.198204,-0.3359,-0.12368;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=25.6059,12.2366,21.2816;QD=1.8286;RBI=0.20701,0.342325,0.123854;REFB=-0.0198055,-0.0181098,0.00355241;REVB=-0.0597348,-0.0660127,-0.00656045;RO=61;SAF=1,14,5;SAR=12,2,0;SRF=22;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.489972,0.618885,0.616324;STB=0.785998,0.5,0.5;STBP=0.048,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.120766,0.012937,0;OID=.,.,.;OPOS=88391855,88391851,88391855;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTT,GTTTTA,GTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121212,0,0:13,16,5:102:12,0,0:99:87:2,0,0:10,0,0:40:47:44:61:1,14,5:12,2,0:22:39 chr12 88440676 . G C 871.01 PASS AF=0.56338;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0130485;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.833;QD=24.5356;RBI=0.0181627;REFB=-0.0142673;REVB=0.0126341;RO=61;SAF=40;SAR=40;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195149;STB=0.507041;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0106931;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:61:62:80:80:0.56338:40:40:32:29:40:40:32:30 chr12 88505078 . T C 241.96 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0259916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2804;QD=16.9794;RBI=0.0261201;REFB=-0.0339582;REVB=-0.00258761;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141102;STB=0.578892;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0361613;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:22:8:11:16:22:8 chr12 88523494 . C G 300.18 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=97;FAO=35;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00392249;FXX=0.124988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3717;QD=13.1946;RBI=0.00737725;REFB=-0.00774154;REVB=-0.00624803;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309773;STB=0.650225;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0160461;OID=.;OPOS=88523494;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:91:38:56:29:35:0.384615:19:10:25:13:20:15:38:18 chr12 88525005 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAAAT 100.66 PASS AF=0.0833333,0.416667,0,0.375;AO=3,3,3,4;DP=27;FAO=2,10,0,9;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=0,8,0,4;FSAR=2,2,0,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.513094,-0.253601,-0.168712,-0.0889623;FXX=0.172354;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,2,3,1;MLLD=2.14982,5.74992,8.3468,201.899;QD=16.776;RBI=0.513889,0.254334,0.169105,0.0894061;REFB=0.216527,-0.10966,-0.0834553,-0.00842778;REVB=-0.028572,0.0192937,0.01152,0.00889757;RO=2;SAF=0,2,3,2;SAR=3,1,0,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.39997,0.74993,0.277405;STB=0.5,0.713813,0.5,0.615147;STBP=1,0.027,1,0.237;TYPE=ins,del,del,snp;VARB=0.223018,0.0271206,0.034556,0.0209405;OID=.,.,.,.;OPOS=88525006,88525006,88525006,88525014;OREF=-,AA,AAA,A;OALT=A,-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0833333,0.416667,0,0.375:3,3,3,4:27:2,10,0,9:24:3:0,8,0,4:2,2,0,5:0:3:43:2:0,2,3,2:3,1,0,2:0:2 chr12 88547277 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.436;QD=61.5355;RBI=0.0369435;REFB=0;REVB=0.0363598;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125654;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr12 88589256 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.047891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.092;QD=12.975;RBI=0.0478945;REFB=-0.0189606;REVB=0.000581418;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490867;STB=0.792157;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0132253;OID=.;OPOS=88589256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:11:7:10:2:11:7 chr12 89743223 . G A 2314.56 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038567;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.97;QD=63.85;RBI=0.0388591;REFB=0;REVB=0.00475525;RO=0;SAF=54;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418085;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:89:54:0:0:91:54:0:0 chr12 89745477 . C A 447.42 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0149266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6211;QD=20.8103;RBI=0.0380659;REFB=-0.0154682;REVB=0.0350173;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410522;STB=0.522717;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0184118;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:23:21:22:20:23:21:22:20 chr12 89853407 . CG AA,CA 465.38 PASS AF=0,0.404412;AO=5,48;DP=138;FAO=0,55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=0,11;FSAR=0,44;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0241211,-0.034451;FXX=0.0354585;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=77.6944,65.573;QD=13.6877;RBI=0.0305149,0.0422256;REFB=0.00487087,0.000868501;REVB=-0.0186904,-0.0244158;RO=75;SAF=2,9;SAR=3,39;SRF=30;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.292185;STB=0.5,0.641164;STBP=1,0.018;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00803127;OID=.,.;OPOS=89853407,89853408;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:138:136:75:81:5,48:0,55:0,0.404412:3,39:2,9:30:45:0,44:0,11:31:50 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 85.75 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0122804;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=10;MLLD=267.734;QD=9.52748;RBI=0.0129297;REFB=0.00455983;REVB=0.00404569;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201317;STB=0.502727;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00771666;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:10:37:11:36:25:7:4:16:9:85:19:7:3:13:6 chr12 89917037 . G A 382.12 PASS AF=0.360825;AO=32;DP=94;FAO=35;FDP=97;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=50;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0263236;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.084;QD=15.7576;RBI=0.0269226;REFB=-0.00935068;REVB=-0.00564746;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112583;STB=0.513506;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0111754;OID=.;OPOS=89917037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:28:50:32:35:0.360825:14:18:12:16:16:19:26:24 chr12 89917518 . A G 119.76 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0454265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2345;QD=7.98408;RBI=0.0455004;REFB=0.0032375;REVB=-0.00259267;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104094;STB=0.588131;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.010982;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:43:17:17:0.283333:7:10:20:20:7:10:20:23 chr12 91348786 . G T 1235.31 PASS AF=0.904255;AO=85;DP=94;FAO=85;FDP=94;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0252474;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.309;QD=52.5665;RBI=0.0253013;REFB=-0.215436;REVB=0.00164941;RO=8;SAF=53;SAR=32;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440323;STB=0.527419;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0018657;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:94:94:8:9:85:85:0.904255:32:53:7:1:32:53:8:1 chr12 91449990 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.004;QD=58.142;RBI=0.0160288;REFB=0;REVB=0.00732232;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12901e-05;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr12 92818482 . C T 161.39 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0148667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1132;QD=18.9875;RBI=0.0501962;REFB=-0.0390417;REVB=-0.0479441;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154133;STB=0.561969;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0368823;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:11:5:8:9:11:6:8:9 chr12 92818786 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0130008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.394;QD=15.8821;RBI=0.0130396;REFB=0.0131948;REVB=-0.00100532;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0139886;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr12 92818999 . G T 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0691434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.019;QD=8.09015;RBI=0.0692157;REFB=-0.00469314;REVB=-0.00316394;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21781;STB=0.631328;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00958183;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:4:18:6:3:4:18 chr12 92819139 . A C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0692539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4831;QD=5.00513;RBI=0.116963;REFB=0.013309;REVB=0.0942563;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390845;STB=0.526227;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0347059;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:8:14:4:2:8:14 chr12 92819699 . A G 182.33 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00744256;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.593;QD=23.5261;RBI=0.00854632;REFB=-0.0231227;REVB=0.00420095;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596025;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0154756;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:12:13:18:18:0.580645:9:9:7:5:9:9:7:6 chr12 92821860 . CT C 559.23 PASS AF=0.404908;AO=64;DP=165;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.0129257;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2758;QD=13.7235;RBI=0.0335841;REFB=0.00577423;REVB=-0.0309971;RO=96;SAF=35;SAR=29;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280846;STB=0.52817;STBP=0.542;TYPE=del;VARB=-0.0098965;OID=.;OPOS=92821861;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404908:64:165:66:163:97:35:31:56:41:99:96:35:29:55:41 chr12 92822903 . G C 52.71 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.104633;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9136;QD=5.69823;RBI=0.106964;REFB=0.00375449;REVB=-0.0222121;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620516;STB=0.54044;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0314201;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:13:16:4:4:13:16 chr12 93102295 . G A 562.75 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00130812;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9719;QD=23.448;RBI=0.0504222;REFB=0.0266184;REVB=-0.0504053;RO=42;SAF=23;SAR=29;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666544;STB=0.547371;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0166455;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:44:52:52:0.541667:29:23:22:20:29:23:24:20 chr12 93147907 . A T 907.78 PASS AF=0.568627;AO=87;DP=153;FAO=87;FDP=153;FR=.;FRO=66;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.025688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.296;QD=23.7328;RBI=0.0325767;REFB=-0.0270113;REVB=0.0200341;RO=65;SAF=51;SAR=36;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989944;STB=0.557364;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0179135;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:65:66:87:87:0.568627:36:51:30:35:36:51:30:36 chr12 93150102 . T C 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0163539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.303;QD=15.668;RBI=0.0182909;REFB=-0.00544142;REVB=0.00819185;RO=49;SAF=14;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136094;STB=0.582971;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00966068;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:50:37:37:0.425287:23:14:25:24:23:14:26:24 chr12 93155535 . G A 1232.24 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.065;QD=60.8511;RBI=0.0374602;REFB=0;REVB=0.0367731;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109919;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:40:41:0:0 chr12 93166538 . A G 1436.68 PASS AF=0.93578;AO=102;DP=109;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00474911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.761;QD=52.7222;RBI=0.0200727;REFB=-0.210877;REVB=0.0195028;RO=4;SAF=49;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371641;STB=0.533327;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000949885;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:109:109:4:7:102:102:0.93578:53:49:4:0:53:49:7:0 chr12 93166928 . T A 102.46 PASS AF=0.240506;AO=17;DP=64;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0252492;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=44.8958;QD=5.18803;RBI=0.0300197;REFB=-0.00536982;REVB=-0.0162376;RO=40;SAF=17;SAR=0;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.821678;STB=0.934215;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.10258;OID=.;OPOS=93166928;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:79:40:60:17:19:0.240506:0:17:14:26:1:18:26:34 chr12 93166929 . A T 46.01 PASS AF=0.141026;AO=8;DP=60;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.051667;FXX=0.0126566;HRUN=7;LEN=1;MLLD=50.2792;QD=2.35926;RBI=0.0520971;REFB=-0.0108967;REVB=0.00668046;RO=50;SAF=1;SAR=7;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567942;STB=0.924027;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0208916;OID=.;OPOS=93166929;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:60:78:50:67:8:11:0.141026:7:1:31:19:10:1:42:25 chr12 93181768 . C A 331.14 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.00429969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.376;QD=11.7219;RBI=0.0046348;REFB=-0.0122747;REVB=0.00173033;RO=72;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148093;STB=0.584319;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0232529;OID=.;OPOS=93181768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:22:19:24:48:22:19:24:48 chr12 93196422 . T G 398.88 PASS AF=0.775;AO=33;DP=42;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0180486;FXX=0.0476077;HRUN=9;LEN=1;MLLD=208.152;QD=39.8878;RBI=0.0181895;REFB=-0.0615119;REVB=-0.00225911;RO=6;SAF=18;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606995;STB=0.565874;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00282103;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:42:40:6:9:33:31:0.775:15:18:2:4:15:16:2:7 chr12 93202801 . C T 820.52 PASS AF=0.534247;AO=72;DP=141;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.00445236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.802;QD=22.4801;RBI=0.00678031;REFB=-0.0147004;REVB=0.00511361;RO=68;SAF=49;SAR=23;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189321;STB=0.510554;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0133228;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:146:68:68:72:78:0.534247:23:49:45:23:28:50:45:23 chr12 93870771 . C T 209.15 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0424315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6855;QD=11.6196;RBI=0.0857886;REFB=-0.0179284;REVB=-0.0745604;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642229;STB=0.547424;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.027972;OID=.;OPOS=93870771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:43:46:26:26:0.361111:10:16:24:19:10:16:25:21 chr12 93967035 . A G 526.51 PASS AF=0.338542;AO=62;DP=190;FAO=65;FDP=192;FR=.;FRO=127;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=0.0039839;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.47;QD=10.9689;RBI=0.015815;REFB=-0.0177269;REVB=0.015305;RO=128;SAF=23;SAR=39;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117899;STB=0.565356;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0314907;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:128:127:62:65:0.338542:39:23:60:68:41:24:59:68 chr12 93967426 . G A,GA 30.23 PASS AF=0,0.179104;AO=4,9;DP=65;FAO=0,12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00760139,0.225556;FXX=0.0147037;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=291.061,6.60955;QD=1.80477;RBI=0.00878267,0.240688;REFB=0.00255612,-0.0879962;REVB=-0.00439934,-0.0839967;RO=48;SAF=3,4;SAR=1,5;SRF=31;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123127,-0.24532;STB=0.5,0.560641;STBP=1,0.699;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0531656;OID=.,.;OPOS=93967426,93967427;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:65:67:48:55:4,9:0,12:0,0.179104:1,5:3,4:31:17:0,3:0,9:38:17 chr12 93967755 . T C 72.37 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00588291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.895;QD=9.33853;RBI=0.0167443;REFB=-0.0192977;REVB=0.0156768;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0455561;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:11:10:5:5:11:10 chr12 93968197 . T C 150.39 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.02102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.703;QD=8.2404;RBI=0.0229751;REFB=-0.00746508;REVB=0.00927436;RO=52;SAF=7;SAR=14;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369878;STB=0.719101;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.008818;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:14:7:34:18:14:7:34:18 chr12 93968256 . GAT AAT,TGA 226.98 PASS AF=0.363636,0;AO=20,4;DP=74;FAO=28,0;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.00668108,-0.119839;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=149.446,20.8716;QD=11.7912;RBI=0.0201199,0.137382;REFB=-0.00908528,-0.0268963;REVB=-0.0189782,-0.0671749;RO=34;SAF=12,4;SAR=8,0;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159775,0.510186;STB=0.624918,0.5;STBP=0.117,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0277468,0;OID=.,.;OPOS=93968256,93968256;OREF=G,GAT;OALT=A,TGA;OMAPALT=AAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:34:48:20,4:28,0:0.363636,0:8,0:12,4:25:9:13,0:15,0:35:13 chr12 93968288 . C A 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00434662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.42;QD=16.9852;RBI=0.0151698;REFB=0.00078611;REVB=-0.0145338;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118886;STB=0.566438;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00092403;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:29:14:16:20:29:14 chr12 93968353 . C CT,T 190.3 PASS AF=0.337662,0.0519481;AO=24,5;DP=79;FAO=26,4;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=16,1;FSAR=10,3;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.103546,-0.104321;FXX=0.0253133;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=66.493,72.0416;QD=9.88586;RBI=0.103562,0.104329;REFB=-0.0169207,-0.0122801;REVB=0.00180288,-0.00134109;RO=49;SAF=15,1;SAR=9,4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.157295,-0.328128;STB=0.59567,0.710244;STBP=0.247,0.446;TYPE=ins,snp;VARB=0.0451063,0.0154266;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:49:47:24,5:26,4:0.337662,0.0519481:9,4:15,1:24:25:10,3:16,1:22:25 chr12 93968378 . CTTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT 359.94 PASS AF=0.0597015,0.731343,0.104478,0.104478;AO=9,15,17,3;DP=66;FAO=4,49,7,7;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28,3,3;FSAR=2,21,4,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1777,0.280781,0.534683,0.25002;FXX=0.0289813;HRUN=12,12,12,12;LEN=3,2,1,2;MLLD=9.73234,8.35801,4.77851,7.41234;QD=21.4891;RBI=0.177761,0.280819,0.534683,0.250648;REFB=-0.0282726,-0.0522276,-0.0989124,-0.0810109;REVB=-0.00464192,-0.0046715,2.4681e-05,-0.0177257;RO=6;SAF=5,5,11,2;SAR=4,10,6,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0787225,-0.178952,-0.0101573,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.0399056,0.0128932,0.12581,-0.0340778;OID=.,.,.,.;OPOS=93968379,93968379,93968379,93968390;OREF=TTT,TT,T,TC;OALT=-,-,-,CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0597015,0.731343,0.104478,0.104478:9,15,17,3:66:4,49,7,7:67:0:2,28,3,3:2,21,4,4:0:0:16:6:5,5,11,2:4,10,6,1:4:2 chr12 94132186 . T A 239.63 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0154619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.842;QD=18.0855;RBI=0.0169196;REFB=-0.0213127;REVB=-0.00687042;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839273;STB=0.547023;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0206663;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:17:10:12:14:17:10 chr12 94243853 . C T 1227.74 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.303;QD=61.3872;RBI=0.0301361;REFB=0;REVB=0.0289248;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6894e-05;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:27:50:0:0:29:51:0:0 chr12 94645255 . A G 1773.11 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000481978;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.577;QD=60.1054;RBI=0.00365565;REFB=-0.00534513;REVB=0.00362374;RO=1;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104366;STB=0.505494;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=3.30999e-05;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:45:72:0:1:45:72:0:1 chr12 94671743 . G C 1541.89 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0535319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.566;QD=57.6407;RBI=0.0552606;REFB=-0.0636427;REVB=0.0137137;RO=2;SAF=50;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000846349;STB=0.500446;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00196796;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:55:50:1:1:55:50:1:1 chr12 94673508 . TGCCCCCA CTGCCCCA,TGCCCCA,TGCCCCCAC 94.99 PASS AF=0,0.705882,0;AO=2,10,2;DP=17;FAO=0,12,0;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8,0;FSAR=0,4,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0124918,0.0972354,-0.225164;FXX=0.0555247;HRUN=1,5,2;LEN=3,1,1;MLLD=58.1606,14.5524,15.1166;QD=22.351;RBI=0.0167721,0.107572,0.305711;REFB=-0.0427833,0.0431249,-0.191965;REVB=-0.0111919,-0.0460101,-0.206785;RO=3;SAF=2,6,0;SAR=0,4,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.365854,0;SSSB=0.599865,-0.0285311,-0.666583;STB=0.5,0.58319,0.5;STBP=1,0.364,1;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0,-0.00915548,0;OID=.,.,.;OPOS=94673508,94673510,94673516;OREF=TGC,C,-;OALT=CTG,-,C;OMAPALT=CTGCCCCA,TGCCCCA,TGCCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:17:17:3:5:2,10,2:0,12,0:0,0.705882,0:0,4,2:2,6,0:2:1:0,4,0:0,8,0:2:3 chr12 94769758 . A G 1343.02 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436951;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.227;QD=62.4662;RBI=0.00806624;REFB=0;REVB=-0.00678024;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35365e-06;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr12 94909304 . A G 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000190859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.061;QD=25.2542;RBI=0.0447642;REFB=-0.0274175;REVB=0.0447638;RO=10;SAF=1;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496675;STB=0.77939;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0271254;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:17:1:4:6:17:1:4:7 chr12 94955585 . T C 246.68 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0106588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3561;QD=31.8295;RBI=0.0429332;REFB=0.00219857;REVB=-0.0415891;RO=7;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115585;STB=0.535682;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0027123;OID=.;OPOS=94955585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:7:9:22:22:0.709677:12:10:3:4:12:10:3:6 chr12 94955607 . G T 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00510973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.139;QD=28.0218;RBI=0.0139672;REFB=-0.0184682;REVB=-0.012999;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108673;STB=0.559958;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00886026;OID=.;OPOS=94955607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:18:11:10:9:18:11:10:9 chr12 94955644 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.121;QD=56.9559;RBI=0.0325105;REFB=0;REVB=-0.00939932;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164951;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 94963611 . C T 67.91 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00151472;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7749;QD=12.3468;RBI=0.0327245;REFB=0.000890885;REVB=-0.0326894;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268092;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00385728;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:14:13:9:9:0.409091:3:6:9:5:3:6:8:5 chr12 94972290 . C T 173.1 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0660269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4472;QD=9.75207;RBI=0.0691438;REFB=-0.0209926;REVB=0.0205259;RO=48;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991497;STB=0.558231;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0618128;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:13:10:25:23:13:10:25:23 chr12 94975799 . G A 415.91 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00410957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.763;QD=17.3294;RBI=0.0317218;REFB=-0.00159583;REVB=0.0314545;RO=52;SAF=17;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132939;STB=0.574339;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00253505;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:42:43:0.447917:25:17:28:24:26:17:28:25 chr12 94976084 . T C 249.25 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0203933;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.657;QD=13.6575;RBI=0.0314542;REFB=-0.00931989;REVB=-0.0239474;RO=45;SAF=20;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201341;STB=0.621156;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0151376;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:45:44:29:29:0.39726:9:20:23:22:9:20:22:22 chr12 94976159 . T C 125.24 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00626471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.902;QD=13.1832;RBI=0.0157091;REFB=-0.00254636;REVB=0.0144058;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.636165;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0202836;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:12:13:0.342105:6:6:7:15:6:7:7:15 chr12 95470600 . A ATCTT 320.67 PASS AF=0.454545;AO=32;DP=91;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0178681;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.272;QD=16.658;RBI=0.0178726;REFB=-0.0182175;REVB=-0.000403795;RO=54;SAF=8;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299196;STB=0.601599;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.0179242;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:32:91:35:77:42:10:25:19:23:99:54:8:24:27:27 chr12 95500727 . C G 709.76 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0959845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9586;QD=54.5969;RBI=0.124796;REFB=0.00388817;REVB=0.0797562;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00203589;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:24:27:0:0:24:27:0:1 chr12 95604290 . T C 377.95 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0169413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.421;QD=26.9963;RBI=0.0372927;REFB=-0.00922151;REVB=-0.0332226;RO=20;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806028;STB=0.543976;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00378061;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:17:19:13:7:17:19:13:7 chr12 95637234 . C T 95.13 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0313729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3382;QD=11.1914;RBI=0.0317892;REFB=-0.0130792;REVB=0.00512749;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.545382;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0320709;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:8:4:5:16:8:4:6:16 chr12 95694394 . G A 421.72 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00952438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.596;QD=26.3575;RBI=0.0100897;REFB=0.000958375;REVB=-0.00332977;RO=24;SAF=27;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129717;STB=0.571029;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000576054;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:13:27:12:12:13:27:12:12 chr12 95695804 . C A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0431648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.177;QD=12.5694;RBI=0.0460772;REFB=-0.0144812;REVB=-0.0161218;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359716;STB=0.521144;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0288016;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:13:13:7:8:13:13 chr12 95906603 . C A 311.91 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0315001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.421;QD=14.1777;RBI=0.0398421;REFB=-0.00626769;REVB=-0.0243953;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105537;STB=0.565293;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0119906;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:16:19:23:29:16:19:23:30 chr12 95927762 . T C 1290.49 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0764166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0881;QD=57.3549;RBI=0.0816529;REFB=-0.146308;REVB=0.0287697;RO=4;SAF=44;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411364;STB=0.521272;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0042362;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:90:90:4:4:85:86:0.955556:41:44:4:0:41:45:4:0 chr12 96266035 . T C 321.13 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.00928977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.365;QD=10.4433;RBI=0.00938905;REFB=-0.0102722;REVB=-0.00136177;RO=81;SAF=16;SAR=25;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498472;STB=0.533645;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0195994;OID=.;OPOS=96266035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:82:41:41:0.333333:25:16:35:46:25:16:36:46 chr12 96284650 . A G 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0250079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.322;QD=16.7851;RBI=0.0626567;REFB=-0.0214176;REVB=-0.0574497;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192832;STB=0.503368;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0319148;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:16:13:15:17:16:13:15:18 chr12 96288860 . T C 1687.97 PASS AF=0.665138;AO=144;DP=217;FAO=145;FDP=218;FR=.;FRO=73;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.0399259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.211;QD=30.972;RBI=0.0432702;REFB=-0.0190974;REVB=0.0166804;RO=72;SAF=78;SAR=66;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07877;STB=0.540525;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00756393;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:72:73:144:145:0.665138:66:78:48:24:67:78:48:25 chr12 96346594 . T C 197.22 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0146009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7174;QD=18.783;RBI=0.0307661;REFB=-0.0220042;REVB=0.0270808;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238541;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0177929;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:9:11:11:10:9:11:11:11 chr12 96374563 . T C 1057.77 PASS AF=0.936709;AO=73;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00844236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.872;QD=53.558;RBI=0.00996907;REFB=0.0336769;REVB=0.00530178;RO=5;SAF=34;SAR=39;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016299;STB=0.508054;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000329477;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:79:79:5:5:73:74:0.936709:39:34:3:2:39:35:3:2 chr12 96374614 . C T 740.51 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.605;QD=56.9624;RBI=0.0318562;REFB=0;REVB=0.0205846;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00832e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:30:22:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T,TAAAAT 200.54 PASS AF=0.44898,0.0204082;AO=21,2;DP=53;FAO=22,1;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11,1;FSAR=11,0;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00230801,-0.0569161;FXX=0.0754575;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=234.935,52.6252;QD=16.3706;RBI=0.00644538,0.0597521;REFB=-0.00173498,0.00736998;REVB=-0.00601798,-0.0181898;RO=24;SAF=11,1;SAR=10,1;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0223937,0;STB=0.541629,0.988396;STBP=0.632,0.468;TYPE=del,snp;VARB=0.00391477,-0.000119771;OID=.,.;OPOS=96661611,96661615;OREF=AAAAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898,0.0204082:21,2:53:22,1:49:26:11,1:11,0:15:11:99:24:11,1:10,1:12:12 chr12 96673764 . T C 286.65 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0120003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2208;QD=30.9886;RBI=0.0527807;REFB=-0.0332634;REVB=0.0513984;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140041;STB=0.507686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0166342;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:11:14:7:5:11:14:7:5 chr12 96676330 . C A 273.69 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0191389;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.299;QD=19.9049;RBI=0.0223072;REFB=-0.0233871;REVB=0.0114591;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278756;STB=0.612346;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0211917;OID=.;OPOS=96676330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:27:29:0.527273:10:17:8:18:12:17:9:17 chr12 96697149 . C T 289.89 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0785642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6473;QD=16.5652;RBI=0.0907491;REFB=-0.000608524;REVB=0.0454209;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664649;STB=0.537385;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000133773;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:13:19:20:18:13:19:20:18 chr12 96821251 . A T 1008.56 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.014585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2461;QD=55.2638;RBI=0.073614;REFB=-0.146156;REVB=0.0721546;RO=2;SAF=28;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325738;STB=0.51136;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00646412;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:73:73:2:3:70:70:0.958904:42:28:2:0:42:28:2:1 chr12 96927972 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4673;QD=43.485;RBI=0.0902129;REFB=0;REVB=0.0490641;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519887;OID=.;OPOS=96927972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 96927986 . A T 87.72 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213172;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=49.0147;QD=35.0883;RBI=0.214932;REFB=-0.0753157;REVB=-0.0274436;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00892921;OID=.;OPOS=96927986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:1:0:8:10:1:5:3:1:0:6:4:0:0 chr12 96974751 . A G 1151.04 PASS AF=0.59322;AO=105;DP=177;FAO=105;FDP=177;FR=.;FRO=72;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00212831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.608;QD=26.0121;RBI=0.0104056;REFB=-0.00939148;REVB=-0.0101856;RO=72;SAF=51;SAR=54;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731534;STB=0.539644;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00639012;OID=.;OPOS=96974751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:72:72:105:105:0.59322:54:51:42:30:54:51:42:30 chr12 97098549 . T C 738.47 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4958;QD=62.848;RBI=0.0499486;REFB=0;REVB=0.0498252;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782564;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr12 97102578 . G A 507.86 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00255283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9604;QD=56.4284;RBI=0.0569071;REFB=-0.031472;REVB=-0.0568498;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.508767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0078849;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:28:7:0:1:28:7:0:1 chr12 97133737 . T G 2252.35 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.559;QD=63.4466;RBI=0.0361929;REFB=0;REVB=0.0256274;RO=0;SAF=88;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23726e-05;OID=.;OPOS=97133737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:53:88:0:0:53:89:0:0 chr12 97136218 . T C 783.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0059;QD=56.9697;RBI=0.144026;REFB=0;REVB=0.136714;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904475;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr12 97136239 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.893;QD=58.4195;RBI=0.00856138;REFB=0;REVB=0.00242589;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80921e-06;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr12 97254620 . G A 1804.7 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.984;QD=61.1761;RBI=0.0280376;REFB=0;REVB=0.0279054;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45093e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:60:57:0:0:60:58:0:0 chr12 98115538 . A T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0568346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3848;QD=18.0504;RBI=0.059207;REFB=0.0322085;REVB=0.0165923;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0162545;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr12 98332904 . TCA T 333.13 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0244699;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.861;QD=26.6506;RBI=0.0249687;REFB=-0.0266487;REVB=0.00496559;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231646;STB=0.500732;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0193974;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58:29:50:29:50:21:18:11:13:8:99:20:18:11:13:7 chr12 98897361 . C G 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0356534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.84;QD=7.96464;RBI=0.0534086;REFB=0.00500865;REVB=-0.0397658;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187387;STB=0.511605;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0266414;OID=.;OPOS=98897361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:10:16:6:4:10:16 chr12 98897364 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0127748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.048;QD=7.96547;RBI=0.0513144;REFB=0.00287203;REVB=-0.0496988;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187387;STB=0.511605;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0138656;OID=.;OPOS=98897364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:10:16:6:4:10:16 chr12 99007623 . C T 273.19 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0101576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7431;QD=12.7065;RBI=0.0447874;REFB=-0.0166525;REVB=-0.0436204;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222345;STB=0.52707;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0219196;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:54:31:32:0.372093:14:17:29:22:15:17:31:23 chr12 99145259 . G A 153.34 PASS AF=0.166667;AO=29;DP=177;FAO=30;FDP=180;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=94;FWDB=0.00378075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.139;QD=3.4076;RBI=0.0128459;REFB=-0.0112673;REVB=0.0122769;RO=145;SAF=14;SAR=15;SRF=54;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143785;STB=0.578897;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0431005;OID=.;OPOS=99145259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:145:150:29:30:0.166667:15:14:54:91:16:14:56:94 chr12 99477625 . T C 1475.11 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3021;QD=62.1101;RBI=0.0520371;REFB=-0.0830192;REVB=-0.0479514;RO=1;SAF=40;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117049;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000953294;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:53:40:1:0:53:41:1:0 chr12 99640428 . T C 1664.37 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00786681;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.803;QD=59.4418;RBI=0.0172024;REFB=0.0271789;REVB=0.0152982;RO=1;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887364;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-1.73728e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:53:58:0:1:53:58:0:1 chr12 99640557 . T C 1636.06 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.899;QD=60.0389;RBI=0.0532208;REFB=0;REVB=0.0287925;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.702e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:67:39:0:0:67:42:0:0 chr12 100042040 . C G 312.65 PASS AF=0.363636;AO=26;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00224457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.296;QD=12.6323;RBI=0.0186718;REFB=-0.0131025;REVB=-0.0185364;RO=63;SAF=18;SAR=8;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282028;STB=0.634407;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0223713;OID=.;OPOS=100042040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:26:36:0.363636:8:18:29:34:12:24:29:34 chr12 100042163 . A G 228.8 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00808275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.991;QD=11.7334;RBI=0.036938;REFB=-0.0170413;REVB=-0.0360428;RO=49;SAF=22;SAR=6;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187831;STB=0.619625;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0293532;OID=.;OPOS=100042163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:50:28:28:0.358974:6:22:32:17:6:22:32:18 chr12 100433407 . A C 234.69 PASS AF=0.32967;AO=29;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=8;FWDB=0.0171531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4682;QD=10.3158;RBI=0.0257282;REFB=-0.00869129;REVB=-0.0191759;RO=60;SAF=24;SAR=5;SRF=52;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850212;STB=0.545426;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0196849;OID=.;OPOS=100433407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:29:30:0.32967:5:24:52:8:5:25:53:8 chr12 100814410 . T C 170.4 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0136982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.836;QD=17.0399;RBI=0.0137732;REFB=-0.00895596;REVB=-0.0014357;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968595;STB=0.538417;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00896593;OID=.;OPOS=100814410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:22:18:18:0.45:4:14:14:6:4:14:16:6 chr12 100893636 . C T 350.81 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.025493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8044;QD=11.8919;RBI=0.0655619;REFB=-0.000967891;REVB=-0.0604025;RO=75;SAF=28;SAR=15;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002658;STB=0.501519;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.000583401;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:75:75:43:43:0.364407:15:28:49:26:15:28:49:26 chr12 101017445 . T C 1865.99 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0240843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.664;QD=59.7118;RBI=0.0761308;REFB=-0.0532338;REVB=0.0722209;RO=2;SAF=60;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000370849;STB=0.500195;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00123749;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:63:60:1:1:63:60:1:1 chr12 101018014 . T C 238.18 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0033811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8157;QD=20.2704;RBI=0.0134017;REFB=0.00151566;REVB=-0.0129682;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132543;STB=0.574522;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0024073;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:9:15:11:12:9:15 chr12 101295602 . C G 255.02 PASS AF=0.483333;AO=26;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0245494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8049;QD=17.001;RBI=0.0245866;REFB=-0.0018688;REVB=-0.00135364;RO=29;SAF=5;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360824;STB=0.661318;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00260473;OID=.;OPOS=101295602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:31:26:29:0.483333:21:5:15:14:22:7:16:15 chr12 101552075 . G A 284.62 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0290014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4349;QD=9.2559;RBI=0.0370284;REFB=-0.00913876;REVB=-0.0230222;RO=84;SAF=22;SAR=16;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937846;STB=0.55897;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0236875;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:84:85:38:38:0.308943:16:22:42:42:16:22:42:43 chr12 101560328 . C A 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0241915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9978;QD=14.5317;RBI=0.0374746;REFB=-0.000746996;REVB=-0.0286203;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179901;STB=0.601215;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000985802;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:10:30:17:12:10:30 chr12 101561940 . A T 115.23 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0215778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.048;QD=8.23041;RBI=0.0242671;REFB=-0.010809;REVB=0.0111037;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045242;STB=0.53567;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0290824;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:8:8:18:21:8:8:18:22 chr12 101587518 . C T 263.41 PASS AF=0.373494;AO=29;DP=81;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0118837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.577;QD=12.6945;RBI=0.0134903;REFB=-0.00668814;REVB=0.00638469;RO=51;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248535;STB=0.538982;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00901821;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:51:52:29:31:0.373494:13:16:27:24:13:18:27:25 chr12 101683929 . C T 976.07 PASS AF=0.985294;AO=49;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.917;QD=57.4156;RBI=0.0141686;REFB=0.0119411;REVB=0.00668156;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-3.75641e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:49:67:0.985294:21:28:0:0:29:38:1:0 chr12 101750814 . T A 1171.77 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.006;QD=60.871;RBI=0.0164939;REFB=0;REVB=-0.0132829;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67184e-06;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr12 101755809 . T C 871.47 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.739;QD=56.2236;RBI=0.0301023;REFB=-0.102802;REVB=0.0296767;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185022;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000322433;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:35:25:1:0:35:26:1:0 chr12 101787091 . A T 73.65 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0039859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.781;QD=9.20665;RBI=0.0374259;REFB=-0.0017197;REVB=-0.037213;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048854;STB=0.522683;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00249876;OID=.;OPOS=101787091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:32:19:22:10:10:0.3125:7:3:5:14:7:3:6:16 chr12 101790119 . G A 190.91 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0378447;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.288;QD=14.6852;RBI=0.0653739;REFB=-0.0067106;REVB=-0.053306;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278013;STB=0.657401;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.013712;OID=.;OPOS=101790119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:22:8:12:10:22:8 chr12 101866174 . C A 985.35 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594438;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6333;QD=58.8269;RBI=0.0132722;REFB=0;REVB=-0.0118666;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696867;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr12 102036305 . C T 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0260433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.009;QD=17.0349;RBI=0.0401572;REFB=-0.0291852;REVB=-0.0305672;RO=51;SAF=12;SAR=30;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140295;STB=0.570899;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0362321;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:53:42:42:0.442105:30:12:21:30:30:12:21:32 chr12 102064118 . T C 1536.72 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00584919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2505;QD=57.4476;RBI=0.0238542;REFB=0.0243951;REVB=-0.023126;RO=2;SAF=41;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225814;STB=0.511903;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00177618;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:2:2:104:105:0.981308:63:41:2:0:64:41:2:0 chr12 102079418 . G A 1494.65 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221611;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.177;QD=63.6021;RBI=0.0326539;REFB=0;REVB=0.0239825;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97906e-06;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr12 102113252 . T C 326.83 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00817683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=344.199;QD=11.1735;RBI=0.00947929;REFB=-0.00598585;REVB=0.00479545;RO=75;SAF=15;SAR=26;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176514;STB=0.60588;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00966165;OID=.;OPOS=102113252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:76:41:41:0.350427:26:15:39:36:26:15:40:36 chr12 102117589 . C T 1846.67 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.22;QD=61.0469;RBI=0.046713;REFB=0;REVB=-0.0466949;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04055e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:61:58:0:0:61:60:0:0 chr12 102140675 . CCT CC,C 50.78 PASS AF=0.411765,0;AO=9,8;DP=34;FAO=14,0;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.133352,-0.183877;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=11.535,22.8969;QD=5.97364;RBI=0.137016,0.259451;REFB=-0.0544861,0.0225554;REVB=-0.0314723,-0.183042;RO=17;SAF=7,2;SAR=2,6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502527,-0.0617149;STB=0.517217,0.5;STBP=0.889,1;TYPE=del,del;VARB=0.0704795,0;OID=.,.;OPOS=102140677,102140676;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0:9,8:34:14,0:34:20:6,0:8,0:8:12:51:17:7,2:2,6:5:12 chr12 102158763 . T C 755.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.517;QD=62.9176;RBI=0.0642198;REFB=0;REVB=0.0200156;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511288;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chr12 102173654 . T C 1087.44 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0530275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2233;QD=55.0603;RBI=0.0664804;REFB=-0.000686953;REVB=0.0400965;RO=2;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500338;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.000156883;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:2:4:74:75:0.949367:37:37:1:1:38:37:2:2 chr12 102173975 . T C 400.15 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00679168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.055;QD=14.5509;RBI=0.00895499;REFB=-0.00479715;REVB=0.00583651;RO=64;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833608;STB=0.552463;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00756854;OID=.;OPOS=102173975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:45:46:0.418182:21:24:29:35:21:25:29:35 chr12 102279193 . G A 1101.85 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108022;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4206;QD=60.3756;RBI=0.0270981;REFB=0;REVB=-0.0248519;RO=0;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206657;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:21:52:0:0:21:52:0:0 chr12 102315357 . TTG T,TT,TTT 713.5 PASS AF=0,0.956522,0.0434783;AO=6,14,29;DP=49;FAO=0,44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,1;FSAR=0,22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760523,-0.0815539,-0.0797685;FXX=0.0212721;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=222.732,225.337,222.899;QD=62.0431;RBI=0.0781365,0.0833537,0.0816323;REFB=0,0,0;REVB=-0.0179264,-0.0172279,-0.0173444;RO=0;SAF=3,6,15;SAR=3,8,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0075743,-0.00690347,-0.00410785;OID=.,.,.;OPOS=102315358,102315359,102315359;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.956522,0.0434783:6,14,29:49:0,44,2:46:0:0,22,1:0,22,1:0:0:12:0:3,6,15:3,8,14:0:0 chr12 102321186 . CTTTT CTTTC,CT,CTT,CTTT,TCTTT 442.45 PASS AF=0.171429,0.190476,0.485714,0.114286,0.00952381;AO=10,24,15,13,4;DP=106;FAO=18,20,51,12,1;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=1,14,37,11,1;FSAR=17,6,14,1,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0233246,-0.134142,-0.200727,-0.39629,-0.246823;FXX=0.0707902;HRUN=15,15,15,15,1;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=218.858,10.95,8.94684,5.33078,10.521;QD=16.8551;RBI=0.0363076,0.140254,0.205998,0.399963,0.27277;REFB=0.0165329,0.110792,0.159633,0.263205,0.154068;REVB=-0.0278246,-0.0409514,-0.0462991,-0.0540785,-0.116112;RO=4;SAF=0,20,14,13,1;SAR=10,4,1,0,3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.823065,0.0383086,0.216573,0.819633,-0.397043;STB=0.799541,0.548341,0.519473,0.559908,0.5;STBP=0.001,0.338,0.305,0.66,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.0527718,0.0600745,0.0453538,-0.0485046,-0.247594;OID=.,.,.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187,102321187,102321186;OREF=T,TTT,TT,T,CT;OALT=C,-,-,-,TC;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT,CTTT,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:106:105:4:3:10,24,15,13,4:18,20,51,12,1:0.171429,0.190476,0.485714,0.114286,0.00952381:10,4,1,0,3:0,20,14,13,1:3:1:17,6,14,1,0:1,14,37,11,1:3:0 chr12 102321583 . C T 319.51 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0425229;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7111;QD=20.9516;RBI=0.0600326;REFB=-0.0360244;REVB=-0.0423759;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130636;STB=0.572234;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0419608;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:10:18:16:17:10:18 chr12 102455729 . G A 417.42 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0201568;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.396;QD=17.0377;RBI=0.0245041;REFB=0.00432057;REVB=0.013934;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570438;STB=0.531991;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00490751;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:22:21:30:25:22:21:30:25 chr12 102517804 . G A 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0238584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.873;QD=21.8375;RBI=0.027296;REFB=-0.00992884;REVB=-0.0132606;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299936;STB=0.667605;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0187143;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:9:16:7:17:9:16:7:17 chr12 102545563 . A G 254.62 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00202929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.275;QD=16.9744;RBI=0.00442134;REFB=-0.0164524;REVB=-0.00392813;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117192;STB=0.572387;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0200865;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:11:17:15:16:11:18:15:16 chr12 102611371 . T G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0627479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6079;QD=10.1702;RBI=0.0642363;REFB=0.00510021;REVB=0.0137477;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00570774;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:14:8:4:7:14:8 chr12 103237468 . G C 1012.14 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00213347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.502;QD=57.8365;RBI=0.0594662;REFB=-0.0945714;REVB=-0.0594279;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000173068;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:37:31:1:0:38:31:1:0 chr12 103246700 . C T 248.13 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000334816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.296;QD=16.2709;RBI=0.00159072;REFB=-0.02947;REVB=-0.00155509;RO=33;SAF=6;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238689;STB=0.611565;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0471361;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:27:28:0.459016:21:6:14:19:21:7:14:19 chr12 103248924 . C T 747.92 PASS AF=0.415385;AO=80;DP=194;FAO=81;FDP=195;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.0022396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.71;QD=15.342;RBI=0.00225414;REFB=-0.0148559;REVB=0.000255653;RO=112;SAF=38;SAR=42;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299134;STB=0.507632;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0182187;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:112:114:80:81:0.415385:42:38:50:62:43:38:52:62 chr12 103307583 . A G 481.1 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00852537;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.834;QD=19.839;RBI=0.0729964;REFB=0.00234941;REVB=0.0724969;RO=49;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017666;STB=0.514557;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00200002;OID=.;OPOS=103307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:49:50:47:47:0.484536:25:22:22:27:25:22:22:28 chr12 103670917 . A G 405.43 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0591609;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.617;QD=22.2152;RBI=0.0599056;REFB=-0.00316312;REVB=0.00941603;RO=33;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372603;STB=0.520538;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00308703;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:40:40:0.547945:20:20:18:15:20:20:18:15 chr12 103696182 . T G 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=-0.00390863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.368;QD=16.6314;RBI=0.00432526;REFB=-0.014401;REVB=-0.00185214;RO=40;SAF=26;SAR=8;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852613;STB=0.551696;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0233955;OID=.;OPOS=103696182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:34:34:0.453333:8:26:33:7:8:26:34:7 chr12 104067812 . C T 423.13 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00608033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.461;QD=23.8383;RBI=0.00676215;REFB=-0.010391;REVB=-0.00295909;RO=30;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104809;STB=0.557506;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00925672;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:19:22:12:18:19:22:12:18 chr12 104086631 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0220171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.12;QD=17.0592;RBI=0.0254744;REFB=-0.00522191;REVB=-0.0128138;RO=38;SAF=5;SAR=28;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482462;STB=0.774402;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0027419;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:28:5:22:16:28:5:22:16 chr12 104092996 . T C 912.7 PASS AF=0.461905;AO=96;DP=210;FAO=97;FDP=210;FR=.;FRO=113;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.018919;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5044;QD=17.3847;RBI=0.0205782;REFB=-0.0266836;REVB=0.00809518;RO=112;SAF=48;SAR=48;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173723;STB=0.509914;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0296918;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:112:113:96:97:0.461905:48:48:54:58:48:49:55:58 chr12 104100617 . C T 1714.44 PASS AF=0.521605;AO=168;DP=322;FAO=169;FDP=324;FR=.;FRO=155;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=-0.00601439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9694;QD=21.1659;RBI=0.0135168;REFB=-0.0222578;REVB=-0.012105;RO=154;SAF=94;SAR=74;SRF=82;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239601;STB=0.512904;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0194072;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:324:154:155:168:169:0.521605:74:94:82:72:74:95:83:72 chr12 104136316 . C T 801.32 PASS AF=0.437186;AO=86;DP=199;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0241801;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.331;QD=16.1069;RBI=0.0259987;REFB=-0.0264844;REVB=0.00955264;RO=109;SAF=34;SAR=52;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174805;STB=0.603961;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0342831;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:109:112:86:87:0.437186:52:34:62:47:54:33:63:49 chr12 104153004 . C G 1261.22 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234003;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.827;QD=61.5228;RBI=0.0253075;REFB=0;REVB=0.00963822;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64586e-05;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:39:40:0:0:39:43:0:0 chr12 104186946 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.306;QD=60.2301;RBI=0.0410739;REFB=0;REVB=-0.0363013;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329787;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr12 104235300 . C G 305.67 PASS AF=0.435897;AO=31;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=0.0898391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3515;QD=15.6753;RBI=0.0899321;REFB=-0.0334617;REVB=-0.00408904;RO=45;SAF=22;SAR=9;SRF=37;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154302;STB=0.56362;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0495222;OID=.;OPOS=104235300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:44:31:34:0.435897:9:22:37:8:9:25:36:8 chr12 104235308 . C G 406.93 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0115918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.755;QD=20.0954;RBI=0.021647;REFB=-0.052982;REVB=-0.0182818;RO=38;SAF=33;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119129;STB=0.574874;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0504516;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:40:41:41:0.506173:8:33:27:11:8:33:28:12 chr12 104254932 . G A 1267.94 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00159583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4401;QD=60.3782;RBI=0.0751297;REFB=-0.104491;REVB=-0.0751128;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.505375;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000560827;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:37:46:0:0:37:46:1:0 chr12 104254975 . C G 360.87 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0111519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.212;QD=14.292;RBI=0.0181286;REFB=-0.0115143;REVB=0.0142927;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287534;STB=0.501941;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0231112;OID=.;OPOS=104254975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:60:41:41:0.405941:19:22:29:28:19:22:32:28 chr12 104260208 . C T 381.83 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0252166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.481;QD=17.1609;RBI=0.0378883;REFB=-0.00941355;REVB=-0.028278;RO=49;SAF=26;SAR=14;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348658;STB=0.694563;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0208636;OID=.;OPOS=104260208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:14:26:14:35:14:26:14:35 chr12 104309383 . C T 446.37 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0249286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9528;QD=18.4071;RBI=0.0588769;REFB=-0.0266696;REVB=-0.053339;RO=51;SAF=35;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279788;STB=0.663877;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0392699;OID=.;OPOS=104309383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:10:35:27:24:10:35:27:25 chr12 104309428 . G C 608.83 PASS AF=0.5;AO=62;DP=120;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.01091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8705;QD=19.328;RBI=0.112951;REFB=-0.0319669;REVB=-0.112423;RO=58;SAF=27;SAR=35;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176423;STB=0.571155;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0234369;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:126:58:63:62:63:0.5:35:27:37:21:35:28:37:26 chr12 104325459 . G C 852.26 PASS AF=0.505882;AO=84;DP=168;FAO=86;FDP=170;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0202766;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8966;QD=20.0531;RBI=0.079876;REFB=0.00318791;REVB=0.0772595;RO=84;SAF=37;SAR=47;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218759;STB=0.517075;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.001553;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:84:84:84:86:0.505882:47:37:39:45:49:37:39:45 chr12 104327979 . C T 706.89 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0145906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.475;QD=17.7833;RBI=0.0146863;REFB=-0.00420052;REVB=0.00167369;RO=83;SAF=32;SAR=43;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283563;STB=0.511865;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00459525;OID=.;OPOS=104327979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:84:75:75:0.471698:43:32:33:50:43:32:34:50 chr12 104341103 . C T 482.46 PASS AF=0.547619;AO=42;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0146152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.536;QD=22.9742;RBI=0.0219921;REFB=-0.037423;REVB=-0.0164332;RO=29;SAF=33;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162769;STB=0.613982;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0279879;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:38:42:46:0.547619:9:33:18:11:11:35:21:17 chr12 104341187 . TGAA T 192.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00295275;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.6;QD=15.0939;RBI=0.0183449;REFB=-0.0249488;REVB=0.0181058;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.503594;STBP=0.978;TYPE=del;VARB=0.0330228;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:22:54:22:51:29:12:10:16:13:99:26:12:10:13:13 chr12 104349519 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00203356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.777;QD=14.7343;RBI=0.0139655;REFB=-0.0060134;REVB=0.0138166;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561771;STB=0.531891;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00802148;OID=.;OPOS=104349519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:18:18:12:15:18:18 chr12 104359779 . C T 275.05 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0152703;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.888;QD=17.7449;RBI=0.0152896;REFB=-0.0275794;REVB=-0.00076725;RO=32;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244669;STB=0.637269;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0197227;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:32:32:30:30:0.483871:10:20:13:19:10:20:13:19 chr12 104366815 . G A 158.23 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0255943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5268;QD=17.5809;RBI=0.0596173;REFB=-0.0453697;REVB=-0.0538438;RO=19;SAF=15;SAR=2;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168908;STB=0.5945;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0487831;OID=.;OPOS=104366815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:2:15:18:1:2:15:18:1 chr12 104380734 . G A 224.82 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00489055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.899;QD=7.88845;RBI=0.0255586;REFB=-0.00161642;REVB=-0.0250864;RO=82;SAF=16;SAR=16;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443462;STB=0.526299;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00803086;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:16:16:44:38:16:16:44:38 chr12 104408794 . C T 150.3 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0442032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2752;QD=9.85567;RBI=0.0444919;REFB=-0.0224103;REVB=0.00505989;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21054;STB=0.622835;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0301464;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:10:10:28:13:10:10:28:13 chr12 104492191 . TTA T,TT,TTT 44.47 PASS AF=0.175676,0,0;AO=10,11,4;DP=85;FAO=13,0,0;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=4,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00623293,0.0392605,0.0339175;FXX=0.0512755;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.9994,12.2346,19.969;QD=2.40388;RBI=0.0582201,0.0971012,0.0472673;REFB=-0.0338725,-0.0451669,-0.0116366;REVB=-0.0578855,-0.0888102,-0.0329211;RO=54;SAF=3,2,0;SAR=7,9,4;SRF=34;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.39043,-0.529105,-0.584367;STB=0.714545,0.5,0.5;STBP=0.121,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.18337,0.0331911,0;OID=.,.,.;OPOS=104492192,104492193,104492193;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676,0,0:10,11,4:85:13,0,0:74:61:4,0,0:9,0,0:35:26:41:54:3,2,0:7,9,4:34:20 chr12 104512832 . G A 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0479195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1114;QD=14.9019;RBI=0.096367;REFB=0.00760642;REVB=-0.0836082;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384718;STB=0.521834;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0107272;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:17:17:14:12:17:17 chr12 104512918 . T G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00349491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.724;QD=17.3203;RBI=0.0116331;REFB=-0.022858;REVB=-0.0110957;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581634;STB=0.533291;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0259553;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:9:9:7:9:9:9 chr12 104645363 . G A 1189.44 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.015107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.047;QD=57.3224;RBI=0.0382254;REFB=-0.0242197;REVB=0.0351136;RO=3;SAF=52;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125277;STB=0.500662;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000657586;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:28:52:2:1:28:52:2:1 chr12 104645405 . T C 1182.29 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013299;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.87;QD=59.8626;RBI=0.0310445;REFB=-0.148094;REVB=0.0280516;RO=1;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166011;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000829801;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:79:1:1:77:78:0.987342:28:49:0:1:29:49:0:1 chr12 104698582 . A G 725.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.934;QD=54.7235;RBI=0.0408063;REFB=-0.132362;REVB=0.0384554;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000366154;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr12 105245665 . T C 382.15 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0647862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.761;QD=19.8521;RBI=0.0649649;REFB=-0.0118188;REVB=0.00481476;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103916;STB=0.557675;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0142764;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:17:22:17:21:17:22:17:21 chr12 105433523 . T A 1340.07 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193075;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.989;QD=60.9122;RBI=0.0211184;REFB=-0.0395993;REVB=-0.00855616;RO=1;SAF=29;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160535;STB=0.508195;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000639042;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:88:1:1:85:87:0.988636:56:29:1:0:57:30:1:0 chr12 105434467 . C T 1475.86 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514133;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.612;QD=63.4778;RBI=0.052565;REFB=0;REVB=-0.0109434;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03834e-05;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:58:35:0:0:58:35:0:0 chr12 105440719 . C T 735.43 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0066293;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9149;QD=17.203;RBI=0.0288012;REFB=-0.00122554;REVB=-0.0280279;RO=87;SAF=44;SAR=34;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996346;STB=0.555441;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0017349;OID=.;OPOS=105440719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:87:93:78:78:0.45614:34:44:40:47:34:44:43:50 chr12 105546172 . G A 2642.97 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433187;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.879;QD=62.1874;RBI=0.00562328;REFB=0;REVB=0.00358555;RO=0;SAF=91;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2599e-06;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:79:91:0:0:79:91:0:0 chr12 105561664 . C T 715.78 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648039;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.371;QD=57.2627;RBI=0.00710367;REFB=0;REVB=0.00290975;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016372;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr12 105567068 . T A 1566.8 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0075173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6978;QD=58.572;RBI=0.0240135;REFB=-0.00400514;REVB=-0.0228066;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000302499;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:0:1:105:106:0.990654:52:53:0:0:53:53:0:1 chr12 105567070 . T A 1590.8 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.332;QD=59.4693;RBI=0.0353204;REFB=0;REVB=0.0047763;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43781e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:52:52:0:0:54:53:0:0 chr12 105567089 . T A 1382.91 PASS AF=0.93578;AO=97;DP=105;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000554361;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.8978;QD=50.7491;RBI=0.00940008;REFB=-0.181559;REVB=0.00938372;RO=8;SAF=50;SAR=47;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202444;STB=0.515673;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0135398;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:105:109:8:7:97:102:0.93578:47:50:3:5:48:54:2:5 chr12 105567131 . C T 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0127085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.241;QD=15.7886;RBI=0.0127212;REFB=-0.00581377;REVB=-0.000569521;RO=57;SAF=18;SAR=23;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23163;STB=0.630076;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00836823;OID=.;OPOS=105567131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:23:18:38:19:23:18:38:19 chr12 105568122 . G A 3947.57 PASS AF=1;AO=253;DP=262;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611829;FXX=0.0413518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3368;QD=61.9226;RBI=0.0611846;REFB=0.0336215;REVB=-0.000455418;RO=1;SAF=135;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573575;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:262:255:1:0:253:255:1:118:135:0:1:120:135:0:0 chr12 105568176 . G A 3332.37 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220261;FXX=0.0183478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.57;QD=62.2873;RBI=0.0243441;REFB=0;REVB=-0.0103674;RO=0;SAF=108;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507393;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:214:0:0:210:214:1:102:108:0:0:103:111:0:0 chr12 105583877 . G A 592.15 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0468874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.133;QD=21.9315;RBI=0.0480364;REFB=0.00584319;REVB=-0.0104439;RO=49;SAF=28;SAR=31;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463522;STB=0.525415;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00421467;OID=.;OPOS=105583877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:31:28:26:23:31:28:26:23 chr12 105589363 . CTCT C,CTCA 433.14 PASS AF=0.517647,0;AO=36,8;DP=96;FAO=44,0;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=16,0;FSAR=28,0;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0116482,-0.0134365;FXX=0.0957345;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=224.506,108.415;QD=20.3829;RBI=0.0130499,0.0161695;REFB=0.00426952,0.00101736;REVB=-0.00588381,0.0089952;RO=40;SAF=11,0;SAR=25,8;SRF=11;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0344494,-0.635358;STB=0.564565,0.5;STBP=0.298,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00457287,0;OID=.,.;OPOS=105589364,105589366;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517647,0:36,8:96:44,0:85:41:16,0:28,0:10:31:99:40:11,0:25,8:11:29 chr12 105600935 . G A 383.6 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0293543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.837;QD=14.7539;RBI=0.0294466;REFB=-0.0186089;REVB=0.00233061;RO=60;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467357;STB=0.526304;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0295213;OID=.;OPOS=105600935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:20:24:30:30:20:24:30:30 chr12 106460938 . G C 1938.1 PASS AF=0.977273;AO=128;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0320353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0752;QD=58.7303;RBI=0.039056;REFB=-0.129832;REVB=0.0223408;RO=4;SAF=82;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395401;STB=0.515462;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00153446;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:4:3:128:129:0.977273:46:82:0:4:47:82:0:3 chr12 106633569 . C T 501.99 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0149303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6411;QD=17.3099;RBI=0.0551332;REFB=-0.0172499;REVB=0.0530731;RO=62;SAF=20;SAR=34;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972985;STB=0.554204;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0237349;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:34:20:29:33:34:20:29:33 chr12 106647842 . C T 320.61 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0219449;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5406;QD=18.5859;RBI=0.0229417;REFB=-0.0102705;REVB=-0.00668924;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713565;STB=0.552646;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00627795;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:35:33:34:0.492754:14:19:18:18:14:20:17:18 chr12 106704974 . G A 388.79 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=111;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0380633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.17;QD=13.8852;RBI=0.0381017;REFB=0.00196751;REVB=-0.00171167;RO=66;SAF=31;SAR=14;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341207;STB=0.695567;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00391656;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:66:66:45:46:0.410714:14:31:24:42:14:32:24:42 chr12 106838340 . T C 1510.65 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.28;QD=59.2412;RBI=0.0172831;REFB=0;REVB=0.0119804;RO=0;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118317;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:38:63:0:0:38:64:0:0 chr12 106893863 . G T 1425.42 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0635816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.743;QD=60.6561;RBI=0.0687166;REFB=-0.0467204;REVB=0.0260644;RO=1;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104184;STB=0.500231;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00037862;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:1:2:92:92:0.978723:45:47:0:1:45:47:1:1 chr12 106893930 . A T 1282.88 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.237;QD=61.8253;RBI=0.00863416;REFB=0;REVB=-0.00148778;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01082e-05;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr12 106903321 . T C 978.31 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.997;QD=57.5475;RBI=0.0176806;REFB=-0.154506;REVB=0.0123219;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000595806;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr12 107090201 . T C 506.68 PASS AF=0.387097;AO=60;DP=156;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=-0.0210211;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1861;QD=13.0757;RBI=0.0217301;REFB=-0.018339;REVB=-0.00550551;RO=95;SAF=28;SAR=32;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143459;STB=0.58076;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0262855;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:95:95:60:60:0.387097:32:28:32:63:32:28:32:63 chr12 107264738 . ATTTTTTG ATTTTTGT 52.79 PASS AF=0.1;AO=16;DP=143;FAO=14;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=123;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=84;FSRR=39;FWDB=-0.0360571;FXX=0.0209776;HRUN=6;LEN=2;MLLD=105.912;QD=1.50816;RBI=0.036407;REFB=-0.0111033;REVB=-0.00503558;RO=89;SAF=16;SAR=0;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66431;STB=0.84216;STBP=0.032;TYPE=mnp;VARB=0.126057;OID=.;OPOS=107264744;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1:16:143:14:140:123:13:1:84:39:43:89:16:0:60:29 chr12 107395106 . A G,T 719.8 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357398,0.00163854;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.757,67.5484;QD=56.4545;RBI=0.0495926,0.0259082;REFB=0,0;REVB=-0.0343816,-0.0258563;RO=0;SAF=28,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000121002,0.113239;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:21,0:28,2:0:0:21,0:29,1:0:0 chr12 107713696 . G A 148.58 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0232132;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.135;QD=11.6534;RBI=0.0245645;REFB=-0.013589;REVB=-0.00803506;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205391;STB=0.620257;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0256487;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:33:18:18:0.352941:7:11:14:19:7:11:14:19 chr12 107937768 . G A,C 804.42 PASS AF=0.918033,0.0491803;AO=55,3;DP=60;FAO=56,3;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=45,0;FSAR=11,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00719584,-0.0288432;FXX=0.0161264;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=138.606,24.5852;QD=52.7488;RBI=0.0193279,0.0508844;REFB=-0.0805001,0.0578809;REVB=0.0179384,-0.0419201;RO=1;SAF=44,0;SAR=11,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0105957,-0.727144;STB=0.510866,0.995982;STBP=0.597,0.069;TYPE=snp,snp;VARB=0.00080489,0.162165;OID=.,.;OPOS=107937768,107937768;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:60:61:1:2:55,3:56,3:0.918033,0.0491803:11,3:44,0:1:0:11,3:45,0:2:0 chr12 108011124 . C T 1239.09 PASS AF=0.577114;AO=116;DP=201;FAO=116;FDP=201;FR=.;FRO=85;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.00889299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.37;QD=24.6585;RBI=0.0109825;REFB=-0.0099588;REVB=0.00644445;RO=85;SAF=53;SAR=63;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823083;STB=0.544624;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00733999;OID=.;OPOS=108011124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:85:85:116:116:0.577114:63:53:30:55:63:53:30:55 chr12 108618630 . C T 1220.37 PASS AF=0.569231;AO=109;DP=193;FAO=111;FDP=195;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0370978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.726;QD=25.0331;RBI=0.0392345;REFB=-0.0152439;REVB=0.012771;RO=81;SAF=42;SAR=67;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582762;STB=0.538588;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0124062;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:81:84:109:111:0.569231:67:42:37:44:69:42:39:45 chr12 108643553 . C T 539.54 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.013598;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.885;QD=26.6438;RBI=0.0243931;REFB=-0.00916927;REVB=0.0202513;RO=32;SAF=29;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449492;STB=0.524538;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00600696;OID=.;OPOS=108643553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:32:32:49:49:0.604938:20:29:17:15:20:29:17:15 chr12 108918146 . C T 3205.36 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105835;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.471;QD=61.6415;RBI=0.0155023;REFB=-0.0152922;REVB=0.0113274;RO=1;SAF=116;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38453e-05;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:208:1:0:208:208:1:92:116:0:1:92:116:0:0 chr12 108923950 . A G 792.41 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340803;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.93;QD=64.6861;RBI=0.0342752;REFB=0;REVB=0.00365051;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214183;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr12 108954823 . C T 1044.1 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1068;QD=59.663;RBI=0.0359811;REFB=0;REVB=0.0309374;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358936;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr12 108955106 . C CT 601.83 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309811;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0551;QD=45.421;RBI=0.0521995;REFB=0;REVB=0.0420114;RO=7;SAF=19;SAR=32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000875072;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:59:53:53:0:19:34:0:0:11:7:19:32:5:2 chr12 108955158 . T A 460.96 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.803;QD=54.2302;RBI=0.0181708;REFB=-0.0731385;REVB=0.0138381;RO=1;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229709;OID=.;OPOS=108955158;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:0:32:34:1:24:8:0:1:26:8:0:0 chr12 109040689 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAC 89.09 PASS AF=0.280488,0.0609756;AO=24,5;DP=83;FAO=23,5;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=9,0;FSAR=14,5;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0330442,0.0604632;FXX=0.0238067;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.91272,25.8919;QD=4.34598;RBI=0.0674368,0.0828074;REFB=-0.0758043,-0.0531837;REVB=0.0587861,0.0565798;RO=46;SAF=9,0;SAR=15,5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11953,-0.585211;STB=0.551519,0.997703;STBP=0.566,0.02;TYPE=del,snp;VARB=0.0600519,0.051389;OID=.,.;OPOS=109040690,109040697;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280488,0.0609756:24,5:83:23,5:82:54:9,0:14,5:25:29:66:46:9,0:15,5:22:24 chr12 109182049 . T C 184.8 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0720162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.947;QD=12.1178;RBI=0.0734285;REFB=-0.0166428;REVB=-0.0143321;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157553;STB=0.50224;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0306455;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:9:14:22:15:9:14:23:15 chr12 109219903 . C G 839.97 PASS AF=0.436019;AO=93;DP=213;FAO=92;FDP=211;FR=.;FRO=119;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.0192861;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.208;QD=15.9236;RBI=0.0192956;REFB=-0.0100968;REVB=0.000605063;RO=118;SAF=45;SAR=48;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000825801;STB=0.500979;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0131558;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:118:119:93:92:0.436019:48:45:57:61:47:45:58:61 chr12 109277492 . C A 249.8 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0290886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.69;QD=13.5028;RBI=0.0291001;REFB=-0.0136596;REVB=-0.000819148;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116558;STB=0.575819;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0169624;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:29:30:0.405405:16:13:15:29:16:14:15:29 chr12 109309571 . C T 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00223105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.607;QD=25.3391;RBI=0.00397637;REFB=-0.00656638;REVB=-0.0032915;RO=24;SAF=19;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201155;STB=0.502805;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00333892;OID=.;OPOS=109309571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:25:39:39:0.609375:20:19:11:13:20:19:12:13 chr12 109511256 . T C 1346.16 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.199;QD=61.8922;RBI=0.052599;REFB=0;REVB=0.0456511;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74325e-05;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:81:87:1:41:40:0:0:46:41:0:0 chr12 109520769 . A G 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.049448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4176;QD=19.3861;RBI=0.0586527;REFB=0.00440807;REVB=-0.0315442;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939993;STB=0.552159;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00382839;OID=.;OPOS=109520769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:16:19:22:12:16:19:22:12 chr12 109634834 . A G 267.38 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0232601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.623;QD=21.8269;RBI=0.023336;REFB=-0.0216221;REVB=-0.0018797;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388652;STB=0.51063;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0199336;OID=.;OPOS=109634834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:12:13:13:10:12:13:13:11 chr12 109675029 . T C 1671.1 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0107017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.005;QD=57.6242;RBI=0.0249485;REFB=0.0336133;REVB=0.0225367;RO=3;SAF=48;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459559;STB=0.502421;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00056035;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:65:48:1:2:65:48:1:2 chr12 109693982 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000818447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.398;QD=59.3229;RBI=0.0327162;REFB=0;REVB=-0.0327059;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46377e-05;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr12 109696838 . G A 2193.02 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316938;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.859;QD=62.6577;RBI=0.0420298;REFB=0;REVB=0.0276046;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00307e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:138:140:1:74:64:0:0:75:65:0:0 chr12 109717697 . A G 1120.81 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.674;QD=58.9898;RBI=0.0377739;REFB=-0.151059;REVB=0.0352203;RO=1;SAF=53;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884516;STB=0.504672;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0028516;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:22:53:1:0:22:53:1:0 chr12 110226796 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5457;QD=64.147;RBI=0.0434014;REFB=0;REVB=-0.0373073;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736447;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 110240838 . T G 598.18 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510333;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.11;QD=61.3521;RBI=0.0519037;REFB=0;REVB=0.00946535;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239209;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr12 111348926 . G A 194.39 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00636206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.34;QD=12.3424;RBI=0.00637561;REFB=-0.0106992;REVB=0.000415366;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184707;STB=0.510629;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0166098;OID=.;OPOS=111348926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:14:25:15:9:14:25 chr12 111375170 . A G 374.07 PASS AF=0.247826;AO=57;DP=231;FAO=57;FDP=230;FR=.;FRO=173;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=105;FWDB=0.00711944;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0071;QD=6.5055;RBI=0.0136327;REFB=-0.0169012;REVB=-0.011626;RO=166;SAF=19;SAR=38;SRF=61;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469401;STB=0.534109;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0249905;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:166:173:57:57:0.247826:38:19:61:105:37:20:68:105 chr12 111375172 . C T 369.28 PASS AF=0.245614;AO=56;DP=228;FAO=56;FDP=228;FR=.;FRO=172;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=105;FWDB=0.000395795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.195;QD=6.47852;RBI=0.000521172;REFB=-0.00650392;REVB=0.000339067;RO=171;SAF=21;SAR=35;SRF=66;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146234;STB=0.511624;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0213919;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:171:172:56:56:0.245614:35:21:66:105:35:21:67:105 chr12 111747963 . C T 345.72 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00481774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.189;QD=16.8645;RBI=0.0129626;REFB=-0.0148283;REVB=0.0120341;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025341;STB=0.51581;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00617234;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:45:37:37:0.45122:15:22:23:14:15:22:28:17 chr12 111760251 . G C 209.65 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0430524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8504;QD=11.9799;RBI=0.0896361;REFB=-0.0222671;REVB=-0.0786201;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413396;STB=0.523791;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0297727;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:17:27:15:11:17:27 chr12 111785586 . T C 130.81 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0129033;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.546;QD=13.081;RBI=0.0364229;REFB=-0.020838;REVB=0.0340607;RO=25;SAF=13;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133596;STB=0.5795;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0334798;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:2:13:20:5:2:13:20:5 chr12 111786082 . G C 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.874;QD=52.5945;RBI=0.0597717;REFB=0;REVB=0.0322755;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010505;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr12 111786892 . T C 331.26 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00410008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.61;QD=13.6604;RBI=0.00431423;REFB=-0.0182824;REVB=-0.00134234;RO=60;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311694;STB=0.517786;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0293178;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:22:15:26:34:22:15:26:34 chr12 111798553 . A G 709.94 PASS AF=0.4375;AO=75;DP=167;FAO=77;FDP=176;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0193775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6757;QD=16.135;RBI=0.0220487;REFB=-0.0287234;REVB=-0.0105194;RO=90;SAF=43;SAR=32;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179883;STB=0.57141;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0324132;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:176:90:99:75:77:0.4375:32:43:35:55:33:44:44:55 chr12 111884608 . T C 1568.58 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.879;QD=63.3771;RBI=0.018424;REFB=0;REVB=-0.00777669;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004707;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:51:45:0:0:52:47:0:0 chr12 112375990 . A C 1388.17 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.061005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1915;QD=53.9095;RBI=0.0645258;REFB=-0.143286;REVB=0.0210232;RO=5;SAF=58;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181845;STB=0.509602;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00708747;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:103:103:5:5:98:98:0.951456:40:58:2:3:40:58:2:3 chr12 112416586 . C T 358.1 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3429;QD=53.0513;RBI=0.147989;REFB=0;REVB=0.0994718;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600472;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:25:27:1:13:12:1:0:14:13:0:0 chr12 112451325 . TG TC,TCG,T 33.05 PASS AF=0,0.147059,0.0588235;AO=8,8,11;DP=68;FAO=0,10,4;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=0,9,4;FSAR=0,1,0;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.124654,-0.0808814,-0.247194;FXX=0;HRUN=3,0,3;LEN=1,1,1;MLLD=99.2575,88.5509,15.635;QD=1.94421;RBI=0.134164,0.0883491,0.329942;REFB=-0.0145432,-0.00672705,-0.126791;REVB=-0.0496126,-0.0355495,-0.218533;RO=37;SAF=8,7,9;SAR=0,1,2;SRF=5;SRR=32;SSEN=0,0,0.406915;SSEP=0,0,0.288557;SSSB=0.829806,0.747488,0.707259;STB=0.5,0.928628,0.998194;STBP=1,0.011,0.003;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0695337,0.142296,0.122259;OID=.,.,.;OPOS=112451326,112451326,112451326;OREF=G,-,G;OALT=C,C,-;OMAPALT=TC,TCG,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.147059,0.0588235:8,8,11:68:0,10,4:68:54:0,9,4:0,1,0:17:37:26:37:8,7,9:0,1,2:5:32 chr12 112460749 . A G 2765.78 PASS AF=1;AO=174;DP=181;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721342;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.529;QD=62.5036;RBI=0.00848056;REFB=0.0312662;REVB=0.00445942;RO=1;SAF=74;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29668e-05;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:177:1:0:174:177:1:100:74:1:0:101:76:0:0 chr12 112464893 . C T 1095.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.175;QD=60.002;RBI=0.027993;REFB=0;REVB=0.0230743;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102474;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:38:32:0:0:39:34:0:0 chr12 112580071 . C T 1349.23 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00600767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.45;QD=59.9656;RBI=0.0294395;REFB=-0.152329;REVB=-0.02882;RO=2;SAF=23;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03943;STB=0.520828;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000880158;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:88:88:0.977778:65:23:2:0:65:23:2:0 chr12 112598321 . G A 1181.24 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9947;QD=60.5766;RBI=0.0185525;REFB=0;REVB=-0.0100608;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131972;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:35:42:0:0:36:42:0:0 chr12 112622554 . TG T 30.6 PASS AF=0.189655;AO=17;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0403907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.0417;QD=2.11002;RBI=0.0995265;REFB=-0.0509516;REVB=-0.0909621;RO=37;SAF=14;SAR=3;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298958;STB=0.702709;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.0753574;OID=.;OPOS=112622555;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189655:17:58:11:58:47:9:2:29:18:30:37:14:3:23:14 chr12 112667675 . T G 1289.19 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.408;QD=60.6677;RBI=0.0378066;REFB=-0.118793;REVB=0.03061;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000556584;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:85:0:1:81:84:0.988235:39:42:0:0:41:43:0:1 chr12 113313470 . C T 5593.4 PASS AF=0.963351;AO=367;DP=382;FAO=368;FDP=382;FR=.;FRO=14;FSAF=213;FSAR=155;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0369046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3853;QD=58.5697;RBI=0.0660394;REFB=-0.144649;REVB=0.0547655;RO=7;SAF=212;SAR=155;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500243;STB=0.5051;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0109629;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:382:382:7:14:367:368:0.963351:155:212:5:2:155:213:10:4 chr12 113319600 . C T 1384.26 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609003;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8287;QD=62.2138;RBI=0.00799818;REFB=0;REVB=0.00518483;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193977;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:35:52:0:0:35:54:0:0 chr12 113325629 . T C 1802.73 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237713;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.748;QD=61.1095;RBI=0.0242592;REFB=0;REVB=0.00484064;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79304e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:68:50:0:0:68:50:0:0 chr12 113338145 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG 174.15 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=6,3;DP=41;FAO=30,9;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104782,0.0166785;FXX=0.0487686;HRUN=17,17;LEN=2,1;MLLD=6.96494,188.798;QD=17.8612;RBI=0.129548,0.0167074;REFB=0.0371891,-0.00814156;REVB=-0.129123,-0.000981082;RO=4;SAF=1,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.248791,0.782218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0271267,0.0355874;OID=.,.;OPOS=113338146,113338158;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.230769:6,3:41:30,9:39:0:2,9:28,0:0:0:50:4:1,3:5,0:0:4 chr12 113348870 . G A 823.54 PASS AF=0.542254;AO=77;DP=141;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00737551;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.915;QD=23.1983;RBI=0.00738053;REFB=-0.00461931;REVB=0.000272228;RO=64;SAF=41;SAR=36;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512911;STB=0.531161;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00266667;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:64:65:77:77:0.542254:36:41:38:26:36:41:39:26 chr12 113357193 . G A 271.25 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0252794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5826;QD=19.3747;RBI=0.0628357;REFB=-0.0357212;REVB=-0.0575263;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076687;STB=0.533969;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0316475;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:29:29:0.517857:13:16:12:14:13:16:13:14 chr12 113357209 . G A 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0114787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.926;QD=21.4752;RBI=0.0172002;REFB=-0.0273875;REVB=0.0128096;RO=30;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184544;STB=0.510198;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.017785;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:20:16:14:16:20:16:14:16 chr12 113357237 . G C 672.06 PASS AF=0.61165;AO=63;DP=103;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00271982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9019;QD=26.0992;RBI=0.0554585;REFB=-0.0399852;REVB=-0.0553918;RO=40;SAF=36;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516532;STB=0.528081;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0135014;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:40:40:63:63:0.61165:27:36:20:20:27:36:20:20 chr12 113357442 . G A 515.5 PASS AF=0.578313;AO=47;DP=82;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0492041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7817;QD=24.8435;RBI=0.0527982;REFB=-0.0195272;REVB=0.019147;RO=35;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638441;STB=0.538831;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0147665;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:35:35:47:48:0.578313:23:24:15:20:23:25:15:20 chr12 113369715 . TA T 256.4 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00512448;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.338;QD=11.0281;RBI=0.00512769;REFB=0.000304518;REVB=0.000181434;RO=63;SAF=18;SAR=13;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651171;STB=0.533456;STBP=0.66;TYPE=del;VARB=-0.000878024;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:31:97:31:93:62:18:13:39:23:99:63:18:13:40:23 chr12 113369759 . G C 313.7 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.018005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8142;QD=14.5905;RBI=0.0180155;REFB=-0.0105002;REVB=-0.000615132;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298696;STB=0.501694;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0143203;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:15:20:29:22:15:20:29:22 chr12 113376388 . G A 666.02 PASS AF=0.721519;AO=55;DP=73;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00584867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1078;QD=33.7225;RBI=0.083541;REFB=-0.122936;REVB=0.083336;RO=18;SAF=21;SAR=34;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565553;STB=0.558575;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0438043;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:18:22:55:57:0.721519:34:21:9:9:35:22:13:9 chr12 113376452 . C T 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0463017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.379;QD=37.3615;RBI=0.0640756;REFB=0.000843419;REVB=0.0442925;RO=5;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278687;STB=0.653682;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000139364;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:17:4:4:1:17:4:4:1 chr12 113386950 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.165;QD=62.908;RBI=0.0214365;REFB=0;REVB=0.00351185;RO=0;SAF=14;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85811e-06;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:76:14:0:0:76:14:0:0 chr12 113398918 . CG C,CA 1137.86 PASS AF=0.192308,0.807692;AO=15,63;DP=78;FAO=15,63;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=15,32;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899218,0.0463326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.4948,111.831;QD=58.352;RBI=0.0164458,0.04848;REFB=0,0;REVB=-0.0137697,-0.0142688;RO=0;SAF=15,32;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.015368,0.00039066;OID=.,.;OPOS=113398919,113398919;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192308,0.807692:15,63:78:15,63:78:0:15,32:0,31:0:0:74:0:15,32:0,31:0:0 chr12 113425154 . C G 239.78 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.555;QD=50.4804;RBI=0.0286364;REFB=0;REVB=0.00334678;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79159e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:15:4:0:0 chr12 113435450 . A T 2566.46 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.519;QD=61.8424;RBI=0.0288187;REFB=0;REVB=0.0257064;RO=0;SAF=91;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23867e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:74:91:0:0:75:91:0:0 chr12 113448288 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.647;QD=64.154;RBI=0.0198607;REFB=0;REVB=0.0180122;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05311e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr12 113553481 . C T 143.14 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0247744;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.348;QD=8.29769;RBI=0.0265711;REFB=-0.00653974;REVB=0.00960463;RO=49;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595776;STB=0.535678;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0186803;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:12:8:22:27:12:8:22:27 chr12 113565889 . G A 270.63 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0147812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.249;QD=16.9143;RBI=0.0194257;REFB=-0.0147485;REVB=0.0126045;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195691;STB=0.609306;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0124425;OID=.;OPOS=113565889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:15:15:10:24:15:15:10:24 chr12 113603515 . AC CA 33.98 PASS AF=0.10084;AO=14;DP=121;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=72;FSRR=35;FWDB=-0.0141159;FXX=0.0165276;HRUN=4;LEN=2;MLLD=128.32;QD=1.14209;RBI=0.0325284;REFB=-0.00718919;REVB=-0.029306;RO=95;SAF=11;SAR=3;SRF=68;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113719;STB=0.692516;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=0.220497;OID=.;OPOS=113603515;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:121:119:95:107:14:12:0.10084:3:11:68:27:2:10:72:35 chr12 113724816 . C T 357.04 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00642871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.42;QD=26.9462;RBI=0.00937441;REFB=-0.0273121;REVB=0.00682285;RO=19;SAF=27;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551775;STB=0.53026;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0156153;OID=.;OPOS=113724816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:7:27:14:5:7:27:14:5 chr12 113737736 . AG A 80.03 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.109285;FXX=0.0731529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.1491;QD=8.42441;RBI=0.113186;REFB=-0.15264;REVB=-0.0294608;RO=18;SAF=15;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.226804;SSSB=0.261169;STB=0.520638;STBP=0.838;TYPE=del;VARB=0.114666;OID=.;OPOS=113737737;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:17:37:18:38:20:14:4:15:5:79:18:15:2:13:5 chr12 113753245 . C T 334.84 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00217795;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.658;QD=14.4019;RBI=0.00764962;REFB=-0.00977178;REVB=-0.00733302;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253003;STB=0.520478;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0136593;OID=.;OPOS=113753245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:46:56:36:37:0.397849:14:22:28:18:14:23:33:23 chr12 113796566 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.915;QD=43.4862;RBI=0.0590358;REFB=0;REVB=0.0529506;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217796;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 113821964 . C T 436.8 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0119583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.09;QD=18.7869;RBI=0.0151734;REFB=-0.00881736;REVB=-0.00933968;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164885;STB=0.509186;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00977981;OID=.;OPOS=113821964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:25:19:22:27:25:19:22:27 chr12 114362483 . C T 1330.9 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.675;QD=61.191;RBI=0.00711795;REFB=-0.0556623;REVB=0.00511581;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85155e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:43:44:0:0 chr12 114374887 . T C 1102.56 PASS AF=0.60119;AO=102;DP=169;FAO=101;FDP=168;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=69;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=-0.0047991;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4455;QD=26.2514;RBI=0.0183523;REFB=-0.0300041;REVB=0.0177137;RO=67;SAF=32;SAR=70;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389554;STB=0.522553;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0216388;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:67:67:102:101:0.60119:70:32:18:49:69:32:18:49 chr12 114377835 . A G 804.72 PASS AF=0.621849;AO=73;DP=118;FAO=74;FDP=119;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.000761867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.692;QD=27.0494;RBI=0.0117679;REFB=-0.0209649;REVB=-0.0117432;RO=44;SAF=35;SAR=38;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142719;STB=0.514438;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0108867;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:44:45:73:74:0.621849:38:35:22:22:39:35:23:22 chr12 114377877 . T C 922.56 PASS AF=0.718182;AO=79;DP=111;FAO=79;FDP=110;FR=.;FRO=31;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0016729;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.225;QD=33.5475;RBI=0.0127089;REFB=-0.00184178;REVB=0.0125983;RO=31;SAF=41;SAR=38;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184485;STB=0.509901;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000802478;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:31:31:79:79:0.718182:38:41:15:16:38:41:15:16 chr12 114377899 . G C 1714.83 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.168;QD=59.6461;RBI=0.0449448;REFB=-0.117751;REVB=0.0428808;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092192;STB=0.504761;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000255498;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:115:1:1:113:114:0.991304:51:62:0:1:52:62:0:1 chr12 114383651 . C T 661.89 PASS AF=0.528;AO=63;DP=122;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0072879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.335;QD=21.1805;RBI=0.0105799;REFB=-0.0112298;REVB=-0.00766949;RO=58;SAF=27;SAR=36;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107224;STB=0.565339;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00927193;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:58:59:63:66:0.528:36:27:18:40:37:29:18:41 chr12 114386572 . C T 423.96 PASS AF=0.525;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0148986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.019;QD=21.198;RBI=0.0305981;REFB=-0.0136495;REVB=-0.026726;RO=38;SAF=30;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178843;STB=0.602726;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0205707;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:41:42:0.525:11:30:21:17:11:31:21:17 chr12 114386639 . A G 578.66 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00496536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.269;QD=20.1274;RBI=0.0278035;REFB=-0.00605767;REVB=-0.0273566;RO=56;SAF=38;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965876;STB=0.55624;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0106643;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:56:58:59:0.513043:20:38:31:25:20:39:31:25 chr12 114395651 . T C 1084.99 PASS AF=0.52657;AO=103;DP=200;FAO=109;FDP=207;FR=.;FRO=98;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=33;FWDB=0.0144469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5748;QD=20.9659;RBI=0.0178577;REFB=-0.0113444;REVB=0.0104969;RO=97;SAF=60;SAR=43;SRF=64;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713104;STB=0.546153;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0114972;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:207:97:98:103:109:0.52657:43:60:64:33:47:62:65:33 chr12 114793240 . C T 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0217262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.056;QD=25.1998;RBI=0.0231632;REFB=-0.0135952;REVB=-0.00803157;RO=30;SAF=31;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125452;STB=0.563607;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0105733;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:31:45:45:0.592105:14:31:16:14:14:31:17:14 chr12 114793297 . T C 166.94 PASS AF=0.42;AO=15;DP=56;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0237745;FXX=0.0908926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.555;QD=13.3549;RBI=0.0324739;REFB=-0.089619;REVB=-0.0221209;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521023;STB=0.60293;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.106705;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:50:35:29:15:21:0.42:12:3:23:12:11:10:19:10 chr12 114942966 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0132853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.863;QD=10.1416;RBI=0.0268308;REFB=-0.0129244;REVB=0.0233107;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789597;STB=0.547095;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0248273;OID=.;OPOS=114942966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:5:20:9:3:5:20 chr12 115108136 . T C 163.43 PASS AF=0.377358;AO=14;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.029346;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.661;QD=12.3346;RBI=0.0293577;REFB=-0.0327794;REVB=0.000830802;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816695;STB=0.559263;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0543455;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:33:14:20:0.377358:6:8:15:15:9:11:15:18 chr12 116155595 . G A 788.38 PASS AF=0.451087;AO=83;DP=184;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0390848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2077;QD=17.1386;RBI=0.0496302;REFB=0.000606445;REVB=0.0305866;RO=100;SAF=45;SAR=38;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119859;STB=0.563659;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000478388;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:100:101:83:83:0.451087:38:45:42:58:38:45:43:58 chr12 116866107 . ACCCCCCA ACCCCCA,ACCCCCC,ACCCCCCC 260.95 PASS AF=0.193548,0.419355,0.225806;AO=4,13,6;DP=31;FAO=6,13,7;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,0;FSAR=6,13,7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=10.1512,267.96,269.218;QD=33.6705;RBI=0.0622992,0.0194113,0.0173651;REFB=-0.102495,-0.0283834,-0.0251664;REVB=0.0622992,0.0194113,0.0173651;RO=5;SAF=0,0,0;SAR=4,13,6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.461538,0,0;SSEP=0.645161,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0231506,-0.00224157,0.0173706;OID=.,.,.;OPOS=116866108,116866114,116866114;OREF=C,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=ACCCCCA,ACCCCCC,ACCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.193548,0.419355,0.225806:4,13,6:31:6,13,7:31:5:0,0,0:6,13,7:0:5:35:5:0,0,0:4,13,6:0:5 chr12 116866116 . C A 203.22 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00341765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.588;QD=21.9693;RBI=0.0156685;REFB=-0.0255478;REVB=-0.0152913;RO=17;SAF=1;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415885;STB=0.747693;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0115461;OID=.;OPOS=116866116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:19:20:0.540541:18:1:4:13:19:1:4:13 chr12 117014131 . G GA 42.56 PASS AF=0.26087;AO=25;DP=98;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.0286061;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.22692;QD=1.85051;RBI=0.0325457;REFB=-0.0490733;REVB=-0.0155213;RO=64;SAF=6;SAR=19;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132066;STB=0.50819;STBP=0.95;TYPE=ins;VARB=-0.0157263;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:25:98:24:92:68:8:16:22:46:42:64:6:19:21:43 chr12 117187919 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=2;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.040419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4791;QD=16.4544;RBI=0.0469107;REFB=0.00460997;REVB=-0.0238101;RO=3;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473628;STB=0.642482;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00178589;OID=.;OPOS=117187919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:2:6:0.6:1:1:3:0:1:5:4:0 chr12 117217141 . T C 582.92 PASS AF=0.576087;AO=51;DP=90;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00793915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.299;QD=25.3445;RBI=0.00869335;REFB=-0.0126041;REVB=-0.00354178;RO=39;SAF=22;SAR=29;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446536;STB=0.531121;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0104102;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:39:39:51:53:0.576087:29:22:19:20:31:22:19:20 chr12 117289603 . A G 230.87 PASS AF=0.369565;AO=18;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0751545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8217;QD=20.0759;RBI=0.0777369;REFB=0.0256404;REVB=-0.0198699;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.615243;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.022182;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:46:46:19:23:18:17:0.369565:13:5:8:11:12:5:11:12 chr12 117402583 . G C 794.05 PASS AF=0.512658;AO=78;DP=157;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.044396;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9791;QD=20.1024;RBI=0.0555262;REFB=-0.0233713;REVB=0.033349;RO=77;SAF=40;SAR=38;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291497;STB=0.506486;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0219643;OID=.;OPOS=117402583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:77:77:78:81:0.512658:38:40:37:40:41:40:37:40 chr12 117465857 . T C 2083.79 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.521;QD=62.6703;RBI=0.0231616;REFB=0;REVB=0.0207139;RO=0;SAF=92;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39942e-06;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:41:92:0:0:41:92:0:0 chr12 117584066 . G A 540.09 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.010054;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.113;QD=20.5749;RBI=0.0157608;REFB=-0.015758;REVB=0.0121376;RO=50;SAF=34;SAR=21;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387225;STB=0.521297;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0106612;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:50:50:55:55:0.52381:21:34:33:17:21:34:33:17 chr12 117593387 . G A 1242.37 PASS AF=0.460714;AO=129;DP=279;FAO=129;FDP=280;FR=.;FRO=151;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=-0.00130702;FXX=0.014084;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.173;QD=17.7481;RBI=0.00171258;REFB=-0.0346846;REVB=0.00110663;RO=146;SAF=53;SAR=76;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145559;STB=0.571736;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0181433;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:146:151:129:129:0.460714:76:53:82:64:76:53:82:69 chr12 117593391 . A G 1357.55 PASS AF=0.482394;AO=137;DP=285;FAO=137;FDP=284;FR=.;FRO=147;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.0643024;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.924;QD=19.1204;RBI=0.0649115;REFB=-0.00494311;REVB=-0.00887138;RO=147;SAF=59;SAR=78;SRF=78;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944792;STB=0.551984;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0060254;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:147:147:137:137:0.482394:78:59:78:69:78:59:78:69 chr12 117665264 . A G 444.71 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0312118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.587;QD=20.4465;RBI=0.0314625;REFB=-0.0275227;REVB=0.00396382;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388727;STB=0.521499;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0252798;OID=.;OPOS=117665264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:29:15:13:30:29:15:13:30 chr12 117685270 . G A 458.51 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0130964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.327;QD=18.3406;RBI=0.0210626;REFB=-0.00628443;REVB=0.016496;RO=54;SAF=29;SAR=17;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057911;STB=0.532244;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00816154;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:17:29:37:17:17:29:37:17 chr12 117693817 . G A 166.62 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0577693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9698;QD=10.0984;RBI=0.058535;REFB=-0.0117543;REVB=0.00943664;RO=42;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209821;STB=0.61329;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0288624;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:44:22:22:0.333333:17:5:16:26:17:5:16:28 chr12 117701714 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.385;QD=64.0207;RBI=0.079602;REFB=0;REVB=-0.0795563;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64014e-05;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:40:58:0:0:40:58:0:0 chr12 117890844 . A G 329.96 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0236736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.075;QD=18.3312;RBI=0.0281375;REFB=-0.0133565;REVB=-0.0152079;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651299;STB=0.542833;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0147456;OID=.;OPOS=117890844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:18:16:20:17:19:16:20:17 chr12 117890947 . T C 1543.01 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241909;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.245;QD=59.9229;RBI=0.0252619;REFB=0;REVB=0.00727783;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90072e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:61:42:0:0:61:42:0:0 chr12 117891102 . C T 506.35 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0021694;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5445;QD=22.7575;RBI=0.0299595;REFB=-0.0291152;REVB=-0.0298809;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182146;STB=0.595467;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0241413;OID=.;OPOS=117891102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:41:48:48:0.539326:24:24:12:30:24:24:12:29 chr12 117894232 . C G 969.89 PASS AF=0.560241;AO=92;DP=167;FAO=93;FDP=166;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.0213131;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.891;QD=23.3708;RBI=0.0219736;REFB=-0.0204894;REVB=0.0053471;RO=72;SAF=40;SAR=52;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174401;STB=0.59334;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0164883;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:72:73:92:93:0.560241:52:40:47:25:53:40:47:26 chr12 117964947 . G A 385.31 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0219415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.395;QD=22.0177;RBI=0.0219473;REFB=-0.0175312;REVB=-0.000504937;RO=30;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450305;STB=0.522086;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0126079;OID=.;OPOS=117964947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:31:38:39:0.557143:22:16:11:19:22:17:12:19 chr12 118020115 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0493001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.278;QD=17.3788;RBI=0.0494628;REFB=-0.0128944;REVB=-0.00400891;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256493;STB=0.642775;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0122926;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:27:10:18:15:27:10 chr12 118199286 . C A,G 686.29 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,42;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239063,-0.00144592;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.578,108.654;QD=61.0031;RBI=0.0297429,0.00824491;REFB=0,0;REVB=-0.0176954,-0.00811713;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00965493,0.000431012;OID=.,.;OPOS=118199286,118199286;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:2,42:2,43:0.0444444,0.955556:2,24:0,18:0:0:2,24:0,19:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1420.71 PASS AF=0.776596,0.223404;AO=73,16;DP=89;FAO=73,21;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35,14;FSAR=38,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371715,0.0172457;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.493,47.8886;QD=60.456;RBI=0.0374574,0.0175229;REFB=0,0;REVB=-0.00461947,0.00310398;RO=0;SAF=35,9;SAR=38,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.90268e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000207699,0.0566885;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:89:94:0:0:73,16:73,21:0.776596,0.223404:38,7:35,9:0:0:38,7:35,14:0:0 chr12 118473054 . T C 938.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.325;QD=58.6258;RBI=0.0251074;REFB=0;REVB=0.018531;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12386e-05;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:33:31:0:0 chr12 118506186 . A T 1454.76 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00460266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.471;QD=61.9047;RBI=0.0230128;REFB=-0.166586;REVB=0.0225478;RO=1;SAF=55;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854209;STB=0.504504;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000365966;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:37:55:1:0:38:55:1:0 chr12 118839771 . T C 873.72 PASS AF=0.54;AO=81;DP=150;FAO=81;FDP=150;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0530765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.128;QD=23.2993;RBI=0.0536562;REFB=0.00540393;REVB=0.00786582;RO=67;SAF=34;SAR=47;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735639;STB=0.54076;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00349977;OID=.;OPOS=118839771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:67:69:81:81:0.54:47:34:34:33:47:34:35:34 chr12 118855405 . A G 1715.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00217398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.3;QD=59.6659;RBI=0.0251771;REFB=-0.0253108;REVB=0.0250831;RO=1;SAF=72;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655013;STB=0.503448;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000268681;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:42:72:1:0:42:72:1:0 chr12 119431750 . G T 228.94 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00236944;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.872;QD=11.4472;RBI=0.00826037;REFB=-0.00575913;REVB=0.00791324;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431654;STB=0.524982;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0116936;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:28:28:0.35:14:14:24:28:14:14:24:28 chr12 119563206 . A C 63.65 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0390203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.625;QD=4.62945;RBI=0.0562046;REFB=-0.00962512;REVB=-0.0404522;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280982;STB=0.672474;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.118109;OID=.;OPOS=119563206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:55:40:43:12:12:0.218182:6:6:11:29:6:6:12:31 chr12 119866533 . A G 515.96 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0205567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.518;QD=49.1391;RBI=0.0318457;REFB=-0.176516;REVB=0.0243222;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.558109;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00299165;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:42:42:1:5:37:37:0.880952:19:18:0:1:19:18:0:5 chr12 119871266 . C T 347.64 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00296228;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8363;QD=11.3981;RBI=0.016151;REFB=0.00546209;REVB=-0.015877;RO=78;SAF=17;SAR=26;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105089;STB=0.564748;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0116916;OID=.;OPOS=119871266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:78:79:43:43:0.352459:26:17:38:40:26:17:39:40 chr12 119966535 . G T 176.58 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00970409;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9784;QD=11.7717;RBI=0.0182112;REFB=-0.00217608;REVB=-0.0154103;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276134;STB=0.666519;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00458109;OID=.;OPOS=119966535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:37:38:22:22:0.366667:8:14:14:23:8:14:14:24 chr12 120067561 . T C 933.16 PASS AF=0.570513;AO=89;DP=156;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=-0.0426691;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.144;QD=23.9273;RBI=0.0428059;REFB=0.00254562;REVB=-0.00341968;RO=66;SAF=50;SAR=39;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223357;STB=0.62391;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00148824;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:66:67:89:89:0.570513:39:50:18:48:39:50:18:49 chr12 120114420 . CT CTC,TC 43.66 PASS AF=0.151899,0.0126582;AO=12,3;DP=81;FAO=12,1;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=2,1;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=59;FWDB=-0.198256,-0.157251;FXX=0.0124984;HRUN=0,5;LEN=1,2;MLLD=83.289,90.7292;QD=2.21049;RBI=0.198735,0.157888;REFB=-0.00374982,-0.00584271;REVB=-0.0137884,-0.0141776;RO=64;SAF=3,2;SAR=9,1;SRF=6;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.343223,0.610275;STB=0.605116,0.997616;STBP=0.641,0.041;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0994243,0.0334761;OID=.,.;OPOS=120114422,120114420;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:81:79:64:66:12,3:12,1:0.151899,0.0126582:9,1:3,2:6:58:10,0:2,1:7:59 chr12 120171995 . T C 309.13 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0160242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5594;QD=16.0586;RBI=0.026765;REFB=-0.0173923;REVB=-0.0214381;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1039;STB=0.558408;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0201153;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:26:17:17:17:26:17 chr12 120189879 . A G 414.45 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00613171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=24.7431;RBI=0.0209451;REFB=-0.0569278;REVB=0.0200275;RO=27;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407522;STB=0.517389;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0372289;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:21:18:11:16:22:18:11:16 chr12 120189888 . T C 414.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=60;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00806377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0035;QD=25.9292;RBI=0.103653;REFB=-0.0534362;REVB=0.103339;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721513;STB=0.512652;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0466815;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:24:24:35:40:0.625:17:18:10:14:22:18:10:14 chr12 120534974 . TCCCCC TCCCCA,TCCCC 30.52 PASS AF=0.0869565,0.217391;AO=2,7;DP=23;FAO=2,5;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2,2;FSAR=0,3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.047759,-0.0238625;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=131.995,13.5236;QD=5.30736;RBI=0.0487114,0.194415;REFB=0.00145752,-0.013392;REVB=0.00958538,0.192945;RO=13;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0.355556;SSEP=0,0;SSSB=0.569211,-0.0350874;STB=0.995033,0.529293;STBP=0.18,0.956;TYPE=snp,del;VARB=0.0722428,0.0568698;OID=.,.;OPOS=120534979,120534975;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TCCCCA,TCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.217391:2,7:23:2,5:23:16:2,2:0,3:7:9:21:13:2,3:0,4:6:7 chr12 120575549 . A C 1952.17 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.248;QD=61.9737;RBI=0.0299479;REFB=0;REVB=0.020997;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42093e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:53:73:0:0:53:73:0:0 chr12 120589064 . G C 2000.67 PASS AF=0.977612;AO=129;DP=132;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0300305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1942;QD=59.7214;RBI=0.0329039;REFB=0.0548702;REVB=-0.0134476;RO=3;SAF=46;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168652;STB=0.508874;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00308294;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:134:3:3:129:131:0.977612:83:46:0:3:83:48:0:3 chr12 120589160 . A G 1054.01 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0302365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.734;QD=56.9734;RBI=0.0318381;REFB=-0.0218094;REVB=0.00997104;RO=2;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000434739;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:35:37:0:2:35:37:0:2 chr12 120591143 . A G 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436061;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.649;QD=62.168;RBI=0.0437312;REFB=0;REVB=0.00330433;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57553e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr12 120608031 . A G 1256.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.381;QD=61.2961;RBI=0.0052081;REFB=0;REVB=-0.0037323;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55065e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:34:46:0:0:34:48:0:0 chr12 120636549 . C A 1041.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7279;QD=59.5019;RBI=0.0169005;REFB=0;REVB=-0.0127388;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155973;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr12 120661977 . T C 428.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.444;QD=57.1727;RBI=0.0125484;REFB=0;REVB=0.0103213;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15304e-05;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr12 120662505 . T C 359.56 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0929702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.891;QD=17.3283;RBI=0.0990425;REFB=-0.0236654;REVB=-0.0341462;RO=41;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142584;STB=0.583677;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0239528;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:45:38:38:0.457831:13:25:21:20:13:25:23:22 chr12 120729579 . T C 425.11 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0022523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.701;QD=24.2921;RBI=0.0461492;REFB=-0.00510245;REVB=-0.0460942;RO=29;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086941;STB=0.504767;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0035388;OID=.;OPOS=120729579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:16:25:18:11:16:25:18:11 chr12 120730904 . C T 176.62 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0124222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.009;QD=14.1295;RBI=0.0161755;REFB=-0.00524563;REVB=0.0103603;RO=31;SAF=14;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05314;STB=0.530695;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00604514;OID=.;OPOS=120730904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:5:14:24:7:5:14:24:7 chr12 120882217 . G T 233.5 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00784321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.477;QD=12.9724;RBI=0.00784354;REFB=-0.00933834;REVB=7.16962e-05;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183758;STB=0.504164;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0148974;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:44:27:28:0.388889:10:17:27:17:11:17:27:17 chr12 120882259 . GAAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAAG 155.8 PASS AF=0.35,0;AO=21,10;DP=82;FAO=28,0;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0326324,-0.188363;FXX=0.0243873;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=224.018,8.83774;QD=7.78982;RBI=0.0335028,0.188782;REFB=0.00103288,-0.00849254;REVB=-0.00758692,0.0125732;RO=37;SAF=12,8;SAR=9,2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0640825,0.376721;STB=0.523239,0.5;STBP=0.771,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00229562,0.00724974;OID=.,.;OPOS=120882265,120882260;OREF=AAG,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0:21,10:82:28,0:80:52:15,0:13,0:26:26:99:37:12,8:9,2:19:18 chr12 120884328 . C T 41.37 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00550308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8652;QD=3.94014;RBI=0.00806884;REFB=-0.0049026;REVB=0.00590104;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295724;STB=0.683731;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0222959;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:34:35:7:7:0.166667:4:3:23:11:4:3:23:12 chr12 120934407 . C T 306.75 PASS AF=0.375;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0074593;FXX=0.0103082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.305;QD=12.7813;RBI=0.127969;REFB=-0.0317186;REVB=0.127752;RO=53;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117365;STB=0.521265;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0546385;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:96:53:60:35:36:0.375:14:21:26:27:15:21:33:27 chr12 120934624 . A C 113.27 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00578146;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.263;QD=16.1813;RBI=0.00776325;REFB=-1.64835e-06;REVB=0.00518101;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159492;STB=0.592666;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-1.64993e-05;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:8:7:4:9:8:7 chr12 120941818 . C T 225.37 PASS AF=0.358974;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00955217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.877;QD=11.5572;RBI=0.0100403;REFB=-0.0070029;REVB=0.00309267;RO=48;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155344;STB=0.50276;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0123252;OID=.;OPOS=120941818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:48:50:27:28:0.358974:15:12:22:26:15:13:23:27 chr12 121015011 . C T 648.27 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0102789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.043;QD=27.5861;RBI=0.0519638;REFB=-0.00366792;REVB=-0.050937;RO=37;SAF=38;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573013;STB=0.531239;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00204152;OID=.;OPOS=121015011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:19:38:22:15:19:38:22:15 chr12 121017171 . A G 1574.44 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506204;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6376;QD=59.9787;RBI=0.0531589;REFB=0;REVB=-0.0162309;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424722;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr12 121093629 . CGTGCGT C,CGTGTGT 63.49 PASS AF=0.315789,0.157895;AO=6,3;DP=22;FAO=6,3;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4,2;FSAR=2,1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000902501,-0.0291058;FXX=0.136302;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=132.295,48.8366;QD=13.3672;RBI=0.144446,0.166391;REFB=-0.0500643,-0.0727501;REVB=-0.144443,-0.163826;RO=9;SAF=4,2;SAR=2,1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.523731,0.52922;STBP=0.952,0.966;TYPE=del,snp;VARB=0.0885339,0.141506;OID=.,.;OPOS=121093630,121093633;OREF=GTGCGT,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789,0.157895:6,3:22:6,3:19:10:4,2:2,1:7:3:40:9:4,2:2,1:6:3 chr12 121131891 . C T 304.43 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=22;FWDB=0.00111361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.749;QD=10.589;RBI=0.0355277;REFB=-0.00638698;REVB=-0.0355103;RO=74;SAF=26;SAR=13;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651822;STB=0.533317;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0118498;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:76:39:39:0.33913:13:26:53:21:13:26:54:22 chr12 121174899 . T C 618.82 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0721872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2082;QD=16.3925;RBI=0.0725195;REFB=-0.0167601;REVB=-0.00693359;RO=84;SAF=38;SAR=29;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911807;STB=0.550819;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0201918;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:29:38:40:44:29:38:40:44 chr12 121175984 . T C 93.55 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0202094;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.207;QD=9.35499;RBI=0.0369913;REFB=-0.00801015;REVB=0.0309828;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02836;STB=0.517213;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0122496;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:28:28:12:12:0.3:7:5:11:17:7:5:11:17 chr12 121176083 . G A 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00598692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.406;QD=3.76571;RBI=0.03725;REFB=-0.00686137;REVB=-0.0367657;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359652;STB=0.759901;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.037042;OID=.;OPOS=121176083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:1:5:17:13:1:5:17:13 chr12 121176679 . C T 291.72 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0180005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.766;QD=16.911;RBI=0.0281841;REFB=-0.0280683;REVB=-0.021687;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491935;STB=0.502761;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0314151;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:16:21:18:14:16:21 chr12 121416622 . C G 350.1 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.000894518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.671;QD=13.5963;RBI=0.00268837;REFB=-0.0426578;REVB=0.00253518;RO=62;SAF=23;SAR=18;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013538;STB=0.507674;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0437355;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:18:23:34:28:18:23:34:28 chr12 121416650 . A C 373.82 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00116106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.943;QD=14.8047;RBI=0.0256143;REFB=-0.0139433;REVB=-0.025588;RO=56;SAF=24;SAR=18;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731368;STB=0.527208;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0271837;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:59:42:42:0.415842:18:24:28:28:18:24:31:28 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 411.09 PASS AF=0.705882,0.0196078;AO=35,4;DP=53;FAO=36,1;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=23,1;FSAR=13,0;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0256577,-0.0159992;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=173.457,98.5898;QD=32.2421;RBI=0.0259915,0.0341742;REFB=-0.0564706,-0.0109768;REVB=-0.00415199,0.0301977;RO=13;SAF=22,4;SAR=13,0;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120669,0.59866;STB=0.568714,0.983058;STBP=0.192,0.585;TYPE=ins,snp;VARB=0.0141242,0.0402293;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:13:14:35,4:36,1:0.705882,0.0196078:13,0:22,4:11:2:13,0:23,1:12:2 chr12 121435427 . G A 120.0 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.012948;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.85;QD=13.3334;RBI=0.0146366;REFB=-0.00577179;REVB=0.00682475;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232621;STB=0.624844;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0110777;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:21:22:13:14:0.388889:5:8:17:4:5:9:18:4 chr12 121435475 . G A 223.51 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00371012;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.359;QD=16.2555;RBI=0.00642073;REFB=-0.0304368;REVB=0.0052403;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227797;STB=0.618697;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.039933;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:24:26:0.472727:13:11:19:8:14:12:20:9 chr12 121435587 . G T 358.25 PASS AF=0.422222;AO=24;DP=93;FAO=38;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00440669;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.045;QD=15.9222;RBI=0.0430651;REFB=-0.0152365;REVB=0.0428391;RO=52;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812452;STB=0.632578;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0297583;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:52:51:24:38:0.422222:15:9:23:29:29:9:22:29 chr12 121437221 . T C 1989.07 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0586288;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6288;QD=59.8216;RBI=0.0620054;REFB=0.0791891;REVB=0.0201825;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.511449;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00429417;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:133:0:3:130:130:0.977444:66:64:0:0:66:64:3:0 chr12 121437382 . A G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.028;QD=52.6081;RBI=0.064786;REFB=0;REVB=0.0119149;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450192;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr12 121442064 . G A 718.11 PASS AF=0.510949;AO=69;DP=138;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0157353;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.461;QD=20.9668;RBI=0.0220783;REFB=0.0144641;REVB=0.0154871;RO=66;SAF=33;SAR=36;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005861;STB=0.510342;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0153025;OID=.;OPOS=121442064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:66:67:69:70:0.510949:36:33:32:34:37:33:33:34 chr12 121454257 . T A 1397.9 PASS AF=0.958333;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0212248;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7439;QD=58.2458;RBI=0.044368;REFB=-0.189317;REVB=0.0389619;RO=1;SAF=38;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123103;STB=0.524994;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00658524;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:96:96:1:4:91:92:0.958333:53:38:1:0:54:38:4:0 chr12 121471337 . G A 277.68 PASS AF=0.263158;AO=39;DP=152;FAO=40;FDP=152;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.00369976;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.067;QD=7.30731;RBI=0.0407176;REFB=-0.00482737;REVB=0.0405492;RO=113;SAF=19;SAR=20;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335815;STB=0.507917;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.015151;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:113:112:39:40:0.263158:20:19:52:61:21:19:52:60 chr12 121605355 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00789911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.805;QD=19.8255;RBI=0.0110306;REFB=-0.00708782;REVB=-0.00769917;RO=25;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345373;STB=0.693666;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00295078;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:7:20:9:16:7:20:9:16 chr12 121605383 . C T 285.48 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0113785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.548;QD=20.3917;RBI=0.0174521;REFB=-0.00188807;REVB=0.0132327;RO=26;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387069;STB=0.714648;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00102023;OID=.;OPOS=121605383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:21:9:20:6:21:9:20:6 chr12 121622304 . A C 304.54 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0423604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.27;QD=23.8857;RBI=0.0425209;REFB=-0.0329274;REVB=0.00369082;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151582;STB=0.501996;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0217851;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:29:30:0.588235:13:16:12:9:13:17:12:9 chr12 121622520 . A T 747.04 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00255344;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.914;QD=53.36;RBI=0.0152298;REFB=-0.0225504;REVB=0.0150142;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.503419;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000658793;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:1:2:54:54:0.964286:22:32:1:0:22:32:1:1 chr12 121701681 . G A 230.11 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=72;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00469606;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.6859;QD=12.4381;RBI=0.00782927;REFB=-0.00675368;REVB=-0.00626454;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065632;STB=0.554309;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00699799;OID=.;OPOS=121701681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:45:46:27:28:0.378378:11:16:24:21:11:17:24:22 chr12 121712077 . T A 281.34 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0395511;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8404;QD=16.7962;RBI=0.0395635;REFB=-0.00711216;REVB=-0.00099142;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20795;STB=0.610164;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0125722;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:20:11:20:15:20:11:20:16 chr12 122042844 . A G 365.26 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00572592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6727;QD=52.1801;RBI=0.116064;REFB=-0.17392;REVB=0.115922;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00986067;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr12 122079189 . C T 207.99 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00405424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.262;QD=15.1265;RBI=0.0106025;REFB=-0.0111018;REVB=0.00979677;RO=29;SAF=3;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506071;STB=0.768982;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0122706;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:31:23:24:0.436364:20:3:16:13:20:4:18:13 chr12 122079441 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.06044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.671;QD=9.84372;RBI=0.0604695;REFB=-0.00295781;REVB=0.00188635;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0102669;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:11:9:6:4:11:9 chr12 122079682 . A AT 70.3 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.108426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1368;QD=5.20757;RBI=0.121369;REFB=-0.0383945;REVB=0.0545374;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125114;STB=0.589834;STBP=0.273;TYPE=ins;VARB=-0.0144476;OID=.;OPOS=122079683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:20:54:24:54:30:11:13:9:21:70:28:8:12:8:20 chr12 122107255 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0115304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4692;QD=18.1537;RBI=0.0116099;REFB=0.0167462;REVB=-0.00135675;RO=25;SAF=18;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385934;STB=0.723887;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00909604;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:3:18:14:11:3:18:14:11 chr12 122186268 . C T 295.95 PASS AF=0.54;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0220915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7739;QD=23.6762;RBI=0.0269836;REFB=-0.0233927;REVB=0.0154946;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200167;STB=0.622124;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0375781;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:23:25:27:0.54:19:6:10:13:21:6:10:13 chr12 122186317 . G A 393.87 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0126365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4185;QD=25.4111;RBI=0.0383878;REFB=-0.00151631;REVB=0.0362483;RO=24;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148289;STB=0.581351;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00150093;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:25:13:13:11:25:13:13:11 chr12 122234089 . T A 1361.75 PASS AF=0.989011;AO=86;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00356943;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2987;QD=59.857;RBI=0.0607086;REFB=0.0240553;REVB=0.0606035;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01373;STB=0.507041;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00219405;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:86:90:0.989011:34:52:0:1:35:55:0:1 chr12 122234191 . C A 432.17 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0158306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.028;QD=17.8213;RBI=0.0280336;REFB=-0.002914;REVB=-0.023136;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528178;STB=0.534134;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00364297;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:53:44:44:0.453608:21:23:30:22:21:23:31:22 chr12 122243905 . C T 2299.59 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.932;QD=60.5155;RBI=0.0774648;REFB=0;REVB=0.0205303;RO=0;SAF=87;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21497e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:152:0:0:144:152:1:57:87:0:0:58:94:0:0 chr12 122248582 . C G 747.22 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000490405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.52;QD=59.7775;RBI=0.0172073;REFB=-0.0807736;REVB=0.0172003;RO=0;SAF=4;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63106e-08;STB=0.505492;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=9.75587e-05;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:50:0:1:48:49:0.98:44:4:0:0:45:4:0:1 chr12 122261456 . G A 3622.74 PASS AF=0.99187;AO=225;DP=228;FAO=244;FDP=246;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0502042;FXX=0.00404842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.89;QD=58.9064;RBI=0.0569107;REFB=-0.0244452;REVB=0.0268024;RO=2;SAF=109;SAR=116;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814399;STB=0.504273;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00358304;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:246:2:2:225:244:0.99187:116:109:0:2:116:128:0:2 chr12 122261457 . G A 36.68 PASS AF=0.0688259;AO=19;DP=247;FAO=17;FDP=247;FR=.;FRO=230;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=112;FSRR=118;FWDB=-0.0702662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5795;QD=0.594045;RBI=0.0711262;REFB=-0.00747794;REVB=0.0110268;RO=228;SAF=18;SAR=1;SRF=110;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536221;STB=0.936478;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0810961;OID=.;OPOS=122261457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:247:247:228:230:19:17:0.0688259:1:18:110:118:1:16:112:118 chr12 122295335 . T C 865.77 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.423;QD=57.7179;RBI=0.0178993;REFB=0;REVB=0.0155709;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43853e-05;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr12 122326812 . T C 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.769;QD=57.2284;RBI=0.0737556;REFB=0;REVB=-0.0217814;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000829876;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:14:42:0:0:14:42:0:0 chr12 122353795 . GA G,GG 729.8 PASS AF=0.047619,0.936508;AO=8,46;DP=64;FAO=3,59;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=2,31;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.311262,-0.102055;FXX=0.0156226;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.8496,18.7242;QD=46.3365;RBI=0.311564,0.108038;REFB=-0.0652469,-0.0682606;REVB=0.0137127,0.0354552;RO=0;SAF=4,22;SAR=4,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665547,0.508769;STBP=0.558,0.335;TYPE=del,snp;VARB=-0.124106,0.0319715;OID=.,.;OPOS=122353796,122353796;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.936508:8,46:64:3,59:63:1:2,31:1,28:0:1:9:0:4,22:4,24:0:0 chr12 122355716 . C T 756.58 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.182;QD=56.0427;RBI=0.0350909;REFB=0;REVB=0.0314444;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163218;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:39:12:0:0:42:12:0:0 chr12 122369762 . C T 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7123;QD=59.8543;RBI=0.0382458;REFB=0;REVB=-0.0115433;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429923;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr12 122396395 . C T 1971.46 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.634;QD=61.1305;RBI=0.0204823;REFB=0;REVB=-0.00549776;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94595e-05;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:129:0:0:121:129:1:59:62:0:0:62:67:0:0 chr12 122405912 . G T 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3882;QD=57.2282;RBI=0.0652124;REFB=0;REVB=-0.0304398;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100368;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr12 122497001 . T C 837.5 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=155;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0112514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.103;QD=21.6129;RBI=0.0134587;REFB=-0.0291627;REVB=0.00738527;RO=72;SAF=39;SAR=44;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373893;STB=0.520462;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0198325;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:72:72:83:83:0.535484:44:39:37:35:44:39:37:35 chr12 122614202 . ACCCCCACT ACCCCACT,ACCCCCAC,ACCCCCCAC 78.03 PASS AF=0,0.238095,0.047619;AO=5,8,2;DP=42;FAO=0,10,2;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=0,5,1;FSAR=0,5,1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.216863,-0.159275,-0.20184;FXX=0;HRUN=5,3,1;LEN=1,1,3;MLLD=13.6113,20.1994,24.5814;QD=7.43175;RBI=0.245456,0.199778,0.202452;REFB=0.0299644,0.00140703,-0.0126042;REVB=-0.114974,-0.120592,-0.0157251;RO=21;SAF=1,5,1;SAR=4,3,1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.1954,0.325608,0.167057;STB=0.5,0.599808,0.623837;STBP=1,0.51,0.761;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,-0.0231561,-0.0284361;OID=.,.,.;OPOS=122614203,122614210,122614208;OREF=C,T,ACT;OALT=-,-,CAC;OMAPALT=ACCCCACT,ACCCCCAC,ACCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.238095,0.047619:5,8,2:42:0,10,2:42:30:0,5,1:0,5,1:11:19:64:21:1,5,1:4,3,1:7:14 chr12 122623000 . T C 337.08 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00210507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.532;QD=28.6877;RBI=0.0193611;REFB=-0.00588592;REVB=-0.0192463;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781195;STB=0.547912;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00388154;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:18:28:29:0.617021:11:17:9:9:11:18:9:9 chr12 122626842 . G A 877.21 PASS AF=0.559211;AO=85;DP=153;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00661704;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.651;QD=23.0845;RBI=0.0352057;REFB=0.00863431;REVB=0.0345782;RO=67;SAF=48;SAR=37;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102307;STB=0.50558;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00823748;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:67:67:85:85:0.559211:37:48:37:30:37:48:37:30 chr12 122627371 . G A 609.16 PASS AF=0.56701;AO=53;DP=95;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.016717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.441;QD=25.1201;RBI=0.0168387;REFB=-0.00481306;REVB=0.00202129;RO=39;SAF=19;SAR=34;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658372;STB=0.533671;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00450105;OID=.;OPOS=122627371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:39:42:53:55:0.56701:34:19:11:28:34:21:13:29 chr12 122628219 . T C 848.04 PASS AF=0.573529;AO=78;DP=136;FAO=78;FDP=136;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0101208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.428;QD=24.9424;RBI=0.0103415;REFB=-0.0111566;REVB=0.00212509;RO=56;SAF=35;SAR=43;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148276;STB=0.58019;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00641429;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:56:58:78:78:0.573529:43:35:36:20:43:35:37:21 chr12 122628516 . A T 1027.42 PASS AF=0.62069;AO=89;DP=144;FAO=90;FDP=145;FR=.;FRO=55;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00630623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6771;QD=28.3427;RBI=0.0410351;REFB=-0.00157738;REVB=-0.0405476;RO=54;SAF=49;SAR=40;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870377;STB=0.552136;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000713542;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:54:55:89:90:0.62069:40:49:23:31:40:50:23:32 chr12 122657271 . G C 363.21 PASS AF=0.681818;AO=28;DP=43;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00278328;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.778;QD=33.0193;RBI=0.0302809;REFB=-0.0159108;REVB=0.0301527;RO=15;SAF=20;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175912;STB=0.594934;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00592367;OID=.;OPOS=122657271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:15:14:28:30:0.681818:8:20:7:8:9:21:6:8 chr12 122674032 . C T 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.308;QD=56.945;RBI=0.0135039;REFB=0;REVB=0.0105902;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08706e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr12 122674758 . G A,C 1124.16 PASS AF=0.948052,0.0519481;AO=73,4;DP=77;FAO=73,4;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=57,4;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133567,-0.0733022;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=59.7067,9.97344;QD=58.398;RBI=0.0445101,0.0918928;REFB=0,0;REVB=0.0424587,-0.0554172;RO=0;SAF=57,4;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.69141e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00338895,0.230085;OID=.,.;OPOS=122674758,122674758;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:77:77:0:0:73,4:73,4:0.948052,0.0519481:16,0:57,4:0:0:16,0:57,4:0:0 chr12 122676013 . A C 1754.19 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.584;QD=59.9722;RBI=0.0147507;REFB=0;REVB=-0.0105196;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01488e-05;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:117:0:0:111:117:1:55:56:0:0:55:62:0:0 chr12 122689161 . C G 663.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1513;QD=61.749;RBI=0.0902921;REFB=0;REVB=0.0878589;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012878;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:17:26:0:0 chr12 122689181 . C G 670.08 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6849;QD=50.5717;RBI=0.0484986;REFB=-0.0173971;REVB=-0.0428612;RO=2;SAF=26;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348399;STB=0.527262;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00324982;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:2:3:50:50:0.943396:24:26:2:0:24:26:3:0 chr12 122689244 . C T 1064.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8035;QD=59.1176;RBI=0.0951869;REFB=0;REVB=0.0757119;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823226;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:32:33:0:0:35:37:0:0 chr12 122691738 . C A 703.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653366;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.348;QD=57.4446;RBI=0.0845262;REFB=0;REVB=0.0536265;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452909;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 122692820 . T C 306.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.714;QD=53.3143;RBI=0.0395557;REFB=0;REVB=0.0332014;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98412e-05;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr12 122756342 . G A 1581.68 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.537;QD=63.2672;RBI=0.0479857;REFB=0;REVB=0.0478309;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85771e-05;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:95:100:1:41:54:0:0:46:54:0:0 chr12 122757369 . TTG T 586.05 PASS AF=0.5;AO=85;DP=172;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0111438;FXX=0.0116272;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.788;QD=13.7895;RBI=0.0112375;REFB=-0.0240421;REVB=0.0014481;RO=81;SAF=41;SAR=44;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448002;STB=0.511819;STBP=0.762;TYPE=del;VARB=0.0232708;OID=.;OPOS=122757370;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:85:172:85:170:85:40:45:38:47:99:81:41:44:35:46 chr12 122812503 . G C 294.45 PASS AF=0.619048;AO=20;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.055567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4707;QD=28.0427;RBI=0.0677158;REFB=-0.0154646;REVB=-0.0387006;RO=14;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104235;STB=0.598644;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00855127;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:16:20:26:0.619048:17:3:2:12:17:9:2:14 chr12 122860987 . A G 189.58 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0425789;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.679;QD=15.1667;RBI=0.0426559;REFB=0.00240473;REVB=0.00256037;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125592;STB=0.501009;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293885;OID=.;OPOS=122860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:21:21:0.42:8:13:17:11:8:13:18:11 chr12 122985263 . T C 45.01 PASS AF=0.115385;AO=11;DP=104;FAO=12;FDP=104;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0435303;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.832;QD=1.73113;RBI=0.0505473;REFB=-0.00173799;REVB=-0.0256934;RO=91;SAF=11;SAR=0;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639677;STB=0.896441;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0855389;OID=.;OPOS=122985263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:104:104:91:92:11:12:0.115385:0:11:47:44:1:11:47:45 chr12 122989235 . A C 819.86 PASS AF=0.336601;AO=89;DP=294;FAO=103;FDP=306;FR=.;FRO=203;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=96;FSRR=107;FWDB=0.0110758;FXX=0.0192302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0259;QD=10.7171;RBI=0.07221;REFB=-0.0184758;REVB=0.0713555;RO=202;SAF=47;SAR=42;SRF=94;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751293;STB=0.517582;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0267549;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:306:202:203:89:103:0.336601:42:47:94:108:57:46:96:107 chr12 123087442 . AT GG,GT 1066.53 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=3,52;DP=72;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752101,0.108395;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.295,152.474;QD=59.2517;RBI=0.0752656,0.108683;REFB=0,0;REVB=-0.00289105,-0.00789925;RO=0;SAF=2,4;SAR=1,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33967e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.056531,-0.00110375;OID=.,.;OPOS=123087442,123087442;OREF=AT,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:72:72:0:0:3,52:2,70:0.0277778,0.972222:1,48:2,4:0:0:1,49:1,21:0:0 chr12 123103014 . TTG T,TTT 107.09 PASS AF=0.259259,0.222222;AO=5,5;DP=29;FAO=7,6;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3,3;FSAR=4,3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0336357,0.0312804;FXX=0.0357015;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=203.783,205.702;QD=15.8651;RBI=0.0338574,0.0313856;REFB=-0.0280425,-0.0220799;REVB=0.00386872,0.002568;RO=16;SAF=2,3;SAR=3,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107678,0.319494;STB=0.549158,0.59968;STBP=0.83,0.589;TYPE=del,snp;VARB=0.0242974,0.0486033;OID=.,.;OPOS=123103015,123103016;OREF=TG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0.222222:5,5:29:7,6:27:14:3,3:4,3:5:9:35:16:2,3:3,2:5:11 chr12 123105143 . C T 541.62 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0167779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.725;QD=24.9021;RBI=0.0191139;REFB=-0.0154392;REVB=0.00915661;RO=37;SAF=23;SAR=27;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128944;STB=0.570399;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00803023;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:27:23:11:26:27:23:11:26 chr12 123185864 . A G 829.3 PASS AF=0.427907;AO=92;DP=216;FAO=92;FDP=215;FR=.;FRO=123;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.00413373;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.885;QD=15.4289;RBI=0.0134896;REFB=-0.00766793;REVB=-0.0128406;RO=122;SAF=49;SAR=43;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585099;STB=0.534916;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00967671;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:122:123:92:92:0.427907:43:49:58:64:43:49:58:65 chr12 123200247 . G C 2153.25 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277683;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.409;QD=61.9641;RBI=0.028204;REFB=-0.0968524;REVB=0.0049379;RO=1;SAF=83;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872215;STB=0.504587;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=9.75815e-05;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:137:138:0.992806:54:83:0:1:54:84:0:1 chr12 123200334 . T C 62.07 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0529533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6422;QD=3.14293;RBI=0.0557652;REFB=-0.000320645;REVB=0.0174846;RO=64;SAF=11;SAR=1;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60543;STB=0.90997;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00175219;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:64:67:12:12:0.151899:1:11:28:36:1:11:30:37 chr12 123200693 . A G 189.15 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0150696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3747;QD=13.045;RBI=0.0491375;REFB=-0.00785016;REVB=-0.0467697;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231033;STB=0.633774;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.021468;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:6:17:19:16:6:17:19:16 chr12 123200768 . T G 410.23 PASS AF=0.438095;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.00434636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.718;QD=15.628;RBI=0.00691642;REFB=-0.00654744;REVB=-0.00538015;RO=59;SAF=30;SAR=15;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129113;STB=0.502594;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00828411;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:59:45:46:0.438095:15:30:40:19:15:31:40:19 chr12 123200937 . T G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0648287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0007;QD=15.2376;RBI=0.0660489;REFB=0.00793525;REVB=-0.0126374;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373917;STB=0.531228;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0167441;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:27:28:0.4375:13:14:20:16:14:14:20:16 chr12 123253852 . T C 105.19 PASS AF=0.181818;AO=17;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0149688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2823;QD=4.24999;RBI=0.0989986;REFB=-0.00359481;REVB=0.0978604;RO=82;SAF=14;SAR=3;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374581;STB=0.694422;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0130454;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:82:81:17:18:0.181818:3:14:46:36:4:14:46:35 chr12 123253856 . C CAT,T 1327.92 PASS AF=0.582609,0.304348;AO=66,36;DP=115;FAO=67,35;FDP=115;FR=.;FRO=13;FSAF=42,26;FSAR=25,9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00534988,-0.0318851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.601,62.5449;QD=46.1884;RBI=0.00628833,0.0958003;REFB=-0.11772,-0.0396528;REVB=-0.00330481,-0.0903384;RO=13;SAF=42,26;SAR=24,10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106053,0.224444;STB=0.553901,0.634064;STBP=0.033,0.007;TYPE=ins,snp;VARB=0.0489251,0.0262327;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:115:115:13:13:66,36:67,35:0.582609,0.304348:24,10:42,26:4:9:25,9:42,26:4:9 chr12 123333065 . C T 811.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3384;QD=55.9364;RBI=0.0383166;REFB=0;REVB=0.029061;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328542;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:39:17:0:0:41:17:0:0 chr12 123340453 . G GC 421.79 PASS AF=1;AO=23;DP=49;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478885;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.7969;QD=43.261;RBI=0.059853;REFB=0;REVB=0.0359037;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00195068;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:49:39:39:0:21:18:0:0:8:24:12:11:11:13 chr12 123340454 . C CCG 34.38 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.018561;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=22.3811;QD=4.04509;RBI=0.0227349;REFB=-0.0340974;REVB=-0.0131288;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101153;STB=0.571225;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.0876493;OID=.;OPOS=123340455;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:7:48:7:34:27:4:3:13:14:34:39:4:3:19:20 chr12 123340455 . G C 31.38 PASS AF=0.139535;AO=7;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00470163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1059;QD=2.91909;RBI=0.0743751;REFB=0.0146863;REVB=0.0742263;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529396;STB=0.534768;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0631233;OID=.;OPOS=123340455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:43:43:36:37:7:6:0.139535:3:4:19:17:3:3:20:17 chr12 123342706 . C T 223.15 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=1.13549e-05;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.917;QD=12.572;RBI=0.021477;REFB=-0.0201645;REVB=0.021477;RO=38;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210207;STB=0.595066;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0419246;OID=.;OPOS=123342706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:44:26:27:0.380282:21:5:13:25:21:6:15:29 chr12 123345736 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.393;QD=55.6561;RBI=0.0417329;REFB=0;REVB=0.0413985;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142087;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr12 123350154 . CCTTT C 442.75 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148642;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=4;MLLD=123.093;QD=49.1941;RBI=0.0162816;REFB=0;REVB=0.0066444;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00176851;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:36:36:0:21:15:0:0:8:0:21:13:0:0 chr12 123351684 . C CG 45.05 PASS AF=0.170732;AO=11;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0559221;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.2443;QD=2.1978;RBI=0.0737842;REFB=-0.00828852;REVB=-0.0481334;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010088;STB=0.548711;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.277968;OID=.;OPOS=123351685;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732:11:82:14:82:68:7:7:30:38:45:67:5:6:31:36 chr12 123460823 . A G 691.31 PASS AF=0.459627;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=63;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=-0.00672272;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.175;QD=17.1755;RBI=0.00882856;REFB=-0.0531233;REVB=-0.00572262;RO=81;SAF=63;SAR=11;SRF=60;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175941;STB=0.614;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0582663;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:81:87:74:74:0.459627:11:63:60:21:11:63:63:24 chr12 123469647 . G T 389.68 PASS AF=0.322785;AO=51;DP=158;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.00425652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.733;QD=9.86527;RBI=0.00526302;REFB=-0.0148315;REVB=0.00309538;RO=101;SAF=18;SAR=33;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234166;STB=0.652759;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0282047;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:101:107:51:51:0.322785:33:18:56:45:33:18:62:45 chr12 123645803 . G A 2817.27 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780442;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.167;QD=62.9558;RBI=0.00787802;REFB=0;REVB=0.00107441;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240987;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:176:179:1:93:83:0:0:93:86:0:0 chr12 123664514 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0315967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.944;QD=12.6376;RBI=0.03187;REFB=0.000406574;REVB=0.0041647;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.624816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00112964;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:7:14:6:7:7:14 chr12 123665695 . A G 879.79 PASS AF=0.857143;AO=64;DP=77;FAO=66;FDP=77;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00393741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.798;QD=45.7035;RBI=0.0221551;REFB=0.000104599;REVB=0.0218024;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.564687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=3.05719e-05;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:0:11:64:66:0.857143:27:37:0:0:29:37:11:0 chr12 123705962 . C T 349.3 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0072065;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.982;QD=32.493;RBI=0.00762005;REFB=-0.0095704;REVB=0.00247618;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323157;STB=0.517673;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0063568;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:14:14:29:29:0.674419:14:15:8:6:14:15:8:6 chr12 123738494 . C T 159.81 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0011044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.126;QD=26.635;RBI=0.0224879;REFB=0.0180335;REVB=-0.0224608;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377081;STB=0.521026;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0114705;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:4:4:9:7:4:4 chr12 123746357 . C A,G 1096.49 PASS AF=0.0405405,0.959459;AO=3,71;DP=74;FAO=3,71;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631426,-0.112366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.663,58.8335;QD=59.2697;RBI=0.0654557,0.113759;REFB=0,0;REVB=-0.0172471,-0.0177536;RO=0;SAF=0,36;SAR=3,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11607e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00858831,-0.022339;OID=.,.;OPOS=123746357,123746357;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:74:74:0:0:3,71:3,71:0.0405405,0.959459:3,35:0,36:0:0:3,35:0,36:0:0 chr12 123789056 . T G 735.41 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=116;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0168934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.748;QD=25.3591;RBI=0.0187911;REFB=-0.0120497;REVB=-0.00822912;RO=47;SAF=25;SAR=44;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165579;STB=0.50901;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00618738;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:47:69:69:0.594828:44:25:18:29:44:25:18:29 chr12 123794104 . G T 587.48 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0244016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.8;QD=16.9058;RBI=0.0264137;REFB=-0.0253443;REVB=-0.0101117;RO=76;SAF=32;SAR=29;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506176;STB=0.526893;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0207911;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:77:61:62:0.446043:29:32:36:40:30:32:36:41 chr12 123799938 . C T 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0118106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0404;QD=19.9925;RBI=0.0291085;REFB=-0.00718617;REVB=-0.0266048;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128803;STB=0.571328;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00491027;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:29:17:23:22:29:17 chr12 123799974 . A G 1374.35 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501565;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9879;QD=60.411;RBI=0.0649379;REFB=-0.0278278;REVB=0.0412463;RO=2;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255956;STB=0.506665;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000461917;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:2:1:88:90:0.989011:36:52:0:2:37:53:0:1 chr12 123810873 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00390733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.77;QD=14.0471;RBI=0.00401419;REFB=-0.00723625;REVB=0.000920045;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136399;STB=0.507928;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00849588;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:10:19:12:6:10:19 chr12 123879666 . A G 129.85 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00290423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.158;QD=7.21367;RBI=0.00494901;REFB=-0.00533536;REVB=0.00400726;RO=53;SAF=7;SAR=12;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363832;STB=0.717454;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0190211;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:12:7:36:17:12:7:36:17 chr12 123879668 . G C 151.06 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.017889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5958;QD=8.39208;RBI=0.0260271;REFB=-0.0037661;REVB=-0.0189049;RO=51;SAF=8;SAR=13;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350751;STB=0.706519;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000844876;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:13:8:35:16:13:8:35:16 chr12 123879768 . AA CG 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.03591;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.876;QD=7.48173;RBI=0.0483432;REFB=0.0204746;REVB=0.0323656;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31959;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=-0.0345762;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:7:3:16:12:7:3:16:12 chr12 123889492 . A C 38.79 PASS AF=0.0827586;AO=11;DP=144;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=-0.0366771;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.076;QD=1.07009;RBI=0.0367621;REFB=-3.16893e-05;REVB=-0.00249893;RO=131;SAF=1;SAR=10;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487537;STB=0.910539;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000524311;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:144:145:131:133:11:12:0.0827586:10:1:69:62:11:1:69:64 chr12 123892095 . T C 87.49 PASS AF=0.147541;AO=18;DP=121;FAO=18;FDP=122;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.026829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.334;QD=2.86844;RBI=0.0283476;REFB=-0.00338765;REVB=0.00915381;RO=102;SAF=8;SAR=10;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824108;STB=0.547392;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0108697;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:121:122:102:104:18:18:0.147541:10:8:52:50:10:8:52:52 chr12 123892186 . T C 39.85 PASS AF=0.123077;AO=7;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00653503;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.413;QD=2.45214;RBI=0.0144707;REFB=-0.00473335;REVB=-0.012911;RO=57;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297953;STB=0.766267;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0317724;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:7:8:0.123077:2:5:26:31:2:6:25:32 chr12 123892590 . C T 179.06 PASS AF=0.25;AO=27;DP=108;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0220261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.446;QD=6.63177;RBI=0.0337832;REFB=-0.0113096;REVB=-0.0256155;RO=81;SAF=9;SAR=18;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17483;STB=0.606371;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0351955;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:81:81:27:27:0.25:18:9:38:43:18:9:38:43 chr12 123892824 . C T 290.76 PASS AF=0.96;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.19;QD=46.5209;RBI=0.0428101;REFB=-0.202382;REVB=0.0273403;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0052754;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:22:24:0.96:14:8:1:0:15:9:1:0 chr12 123893051 . TAAAAAAAAC AAAAAAAAAC,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAC 43.75 PASS AF=0,0.0465116,0.325581;AO=2,2,13;DP=47;FAO=0,2,14;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=0,0,3;FSAR=0,2,11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00950281,-0.183068,0.215154;FXX=0.0652032;HRUN=1,2,8;LEN=1,1,1;MLLD=223.946,30.6391,9.67;QD=4.06962;RBI=0.0181712,0.210467,0.237144;REFB=0.0017843,0.0318654,-0.0754348;REVB=-0.0154883,-0.103838,0.0997298;RO=25;SAF=2,0,3;SAR=0,2,10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.574267,-0.415184,-0.125906;STB=0.5,0.993179,0.60258;STBP=1,0.317,0.393;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,0.200513,0.191394;OID=.,.,.;OPOS=123893051,123893060,123893052;OREF=T,C,A;OALT=A,A,-;OMAPALT=AAAAAAAAAC,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:42:47:43:25:27:2,2,13:0,2,14:0,0.0465116,0.325581:0,2,10:2,0,3:8:17:0,2,11:0,0,3:9:18 chr12 123893830 . C T 179.69 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0252339;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.883;QD=14.974;RBI=0.0256731;REFB=-0.0177135;REVB=-0.00472861;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169303;STB=0.509794;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0277473;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:14:5:8:21:14:5:8:21 chr12 123997920 . TG T 31.08 PASS AF=0.388889;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0885525;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5816;QD=6.90776;RBI=0.0968589;REFB=-0.123259;REVB=-0.0392443;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=del;VARB=0.17142;OID=.;OPOS=123997921;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:8:19:7:18:11:4:3:5:6:31:9:5:3:3:6 chr12 124008073 . A G 1546.15 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0118119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4624;QD=56.7395;RBI=0.044746;REFB=-0.0094749;REVB=-0.0431589;RO=2;SAF=70;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133664;STB=0.510488;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-4.72631e-05;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:2:3:106:106:0.972477:36:70:2:0:36:70:3:0 chr12 124069213 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4246;QD=50.4103;RBI=0.0927686;REFB=0;REVB=-0.0588294;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00396704;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr12 124090453 . A G 2201.98 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185547;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.364;QD=63.3663;RBI=0.0189698;REFB=0;REVB=-0.00394708;RO=0;SAF=51;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179983;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:88:51:0:0:88:51:0:0 chr12 124144572 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT 199.88 PASS AF=0,0.858491,0.141509,0;AO=17,31,9,4;DP=109;FAO=0,91,15,0;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,3,0;FSAR=0,54,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244484,0.07398,0.0601888,0.030395;FXX=0.045041;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=5.9294,3.20667,17.7209,13.2856;QD=7.54254;RBI=0.0474595,0.13027,0.0661065,0.0694197;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0406777,0.107225,0.027338,0.0624118;RO=25;SAF=8,14,1,2;SAR=9,17,8,2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.11529,0.0752358,-0.409075,0.161625;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0,-0.00137561,0.0609322,0.0531846;OID=.,.,.,.;OPOS=124144573,124144573,124144583,124144572;OREF=TT,T,T,CT;OALT=-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:38:109:106:25:0:17,31,9,4:0,91,15,0:0,0.858491,0.141509,0:9,17,8,2:8,14,1,2:9:16:0,54,12,0:0,37,3,0:0:0 chr12 124209332 . T C 211.4 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664177;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8852;QD=49.7411;RBI=0.0198889;REFB=0;REVB=0.0187471;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490326;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr12 124210782 . T C 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.411;QD=56.993;RBI=0.0497171;REFB=0;REVB=0.0311853;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221493;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:14:40:0:0:14:40:0:0 chr12 124212411 . C T 291.98 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.010981;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.742;QD=11.5637;RBI=0.0189193;REFB=-0.00331816;REVB=-0.0154064;RO=66;SAF=20;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626948;STB=0.550633;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00746872;OID=.;OPOS=124212411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:66:65:36:36:0.356436:16:20:33:33:16:20:31:34 chr12 124229429 . T C 1749.41 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.901;QD=60.849;RBI=0.0164585;REFB=0;REVB=0.0162803;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10847e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr12 124243577 . T C 950.42 PASS AF=0.525424;AO=92;DP=175;FAO=93;FDP=177;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0333783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0015;QD=21.4783;RBI=0.0355657;REFB=-0.0236349;REVB=0.0122805;RO=83;SAF=45;SAR=47;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419769;STB=0.502551;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0253594;OID=.;OPOS=124243577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:83:84:92:93:0.525424:47:45:41:42:47:46:42:42 chr12 124243707 . T C 1550.43 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0589094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9855;QD=62.6438;RBI=0.059671;REFB=-0.0682496;REVB=0.00950361;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854634;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00022015;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:55:43:0:1:55:43:0:1 chr12 124265687 . T C 1556.37 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.508;QD=58.7308;RBI=0.0520386;REFB=-0.0375715;REVB=0.0455893;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000189974;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:46:59:0:0:46:59:1:0 chr12 124267703 . T C 2287.02 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.001;QD=63.0903;RBI=0.0222225;REFB=0;REVB=-0.00395444;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97409e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:142:145:1:74:68:0:0:74:71:0:0 chr12 124274474 . A G 2144.34 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107296;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.587;QD=62.6085;RBI=0.0252762;REFB=0;REVB=0.0252535;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134064;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:60:75:0:0:61:76:0:0 chr12 124798801 . C T 1418.67 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.61;QD=61.6814;RBI=0.0456622;REFB=-0.0823727;REVB=0.0383543;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957612;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000336333;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:49:42:0:1:49:42:0:1 chr12 124824721 . C T 125.18 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.043865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.8029;QD=21.7703;RBI=0.0460967;REFB=-0.0205067;REVB=-0.0141693;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0831809;OID=.;OPOS=124824721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:23:9:9:7:7:0.304348:3:4:4:5:3:4:4:5 chr12 124826598 . T C 127.3 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.667;QD=42.4323;RBI=0.0363441;REFB=0;REVB=0.0328757;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428691;OID=.;OPOS=124826598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr12 124856660 . T A 412.19 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00231907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.083;QD=17.3556;RBI=0.0130082;REFB=-0.0550014;REVB=0.0127999;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550057;STB=0.504163;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0625145;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:52:42:43:0.452632:22:20:24:27:22:21:25:27 chr12 124887049 . CGGGGC CGGGCG 34.59 PASS AF=0.147059;AO=6;DP=35;FAO=5;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.099081;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=54.1098;QD=4.06889;RBI=0.115348;REFB=-0.0167821;REVB=-0.0590605;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677355;STB=0.766002;STBP=0.281;TYPE=mnp;VARB=0.162496;OID=.;OPOS=124887053;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:6:35:5:34:26:4:1:13:13:22:15:5:1:2:13 chr12 124968359 . C T 176.27 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00145365;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6972;QD=11.5587;RBI=0.0358844;REFB=-0.0217152;REVB=-0.035855;RO=37;SAF=18;SAR=4;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132641;STB=0.549248;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0574462;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:37:39:22:22:0.360656:4:18:30:7:4:18:30:9 chr12 124979789 . T G 471.13 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0165457;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.386;QD=14.1693;RBI=0.0229662;REFB=-0.00887672;REVB=-0.0159276;RO=75;SAF=29;SAR=24;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11134;STB=0.580461;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00907562;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:75:80:53:53:0.398496:24:29:33:42:24:29:33:47 chr12 125270773 . A G 1641.47 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.91;QD=60.2373;RBI=0.0559391;REFB=0;REVB=0.0490384;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12905e-05;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:66:41:0:0:66:43:0:0 chr12 125284748 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.057;QD=63.2859;RBI=0.00582487;REFB=0;REVB=-0.00375473;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8548e-06;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 125292413 . G A 795.19 PASS AF=0.535211;AO=74;DP=140;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.000179903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.086;QD=22.3997;RBI=0.0290111;REFB=-0.0098014;REVB=0.0290106;RO=62;SAF=33;SAR=41;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453036;STB=0.530856;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0131507;OID=.;OPOS=125292413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:62:66:74:76:0.535211:41:33:31:31:43:33:33:33 chr12 125324553 . C T 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00551694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.001;QD=46.0558;RBI=0.018973;REFB=-0.0824811;REVB=-0.0181532;RO=1;SAF=17;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263155;STB=0.514271;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00451626;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:2:17:1:0:2:17:1:0 chr12 125324566 . G A 90.44 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0261995;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.496;QD=14.4705;RBI=0.0283878;REFB=-0.0100852;REVB=-0.0109296;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716338;STB=0.529356;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0136753;OID=.;OPOS=125324566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:25:13:14:11:11:0.44:2:9:10:3:2:9:11:3 chr12 125324570 . C T 341.18 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00638658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.599;QD=50.5447;RBI=0.174015;REFB=-0.0543585;REVB=0.173897;RO=2;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615555;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00285091;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:2:1:25:26:0.962963:5:20:1:1:6:20:1:0 chr12 125386076 . T C 595.27 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.172;QD=61.0535;RBI=0.0794825;REFB=0;REVB=0.0791885;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488199;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr12 125386091 . A G 168.89 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0286728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0799;QD=16.4768;RBI=0.0481557;REFB=-0.0455839;REVB=0.038689;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231808;STB=0.633182;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0631822;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:13:10:12:6:13:10 chr12 125386114 . T A 184.68 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0307754;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.907;QD=17.5887;RBI=0.0432623;REFB=-0.0178451;REVB=0.0304056;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138241;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0109672;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:13:10:11:8:13:10 chr12 125396183 . A C 160.56 PASS AF=0.64;AO=17;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0222062;FXX=0.0384468;HRUN=20;LEN=1;MLLD=173.62;QD=25.6902;RBI=0.0222094;REFB=-0.0101881;REVB=0.000377305;RO=9;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248522;STB=0.636165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00332944;OID=.;OPOS=125396183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:9:9:17:16:0.64:15:2:3:6:14:2:3:6 chr12 125396185 . A C 199.46 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0498946;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=46.3741;QD=27.511;RBI=0.0615675;REFB=-0.023442;REVB=0.0360705;RO=10;SAF=3;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301927;STB=0.66995;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0130103;OID=.;OPOS=125396185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:29:10:10:19:19:0.655172:16:3:5:5:16:3:5:5 chr12 125396377 . A G 178.86 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00752681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.742;QD=12.7759;RBI=0.0193885;REFB=-0.0135537;REVB=0.0178678;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667556;STB=0.531006;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0216453;OID=.;OPOS=125396377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:8:14:19:14:8:14:20:14 chr12 125397750 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.649;QD=56.7046;RBI=0.0897537;REFB=0;REVB=-0.0895137;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205461;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr12 125398319 . G A 237.79 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0318883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.502;QD=18.6505;RBI=0.0321291;REFB=-0.0358095;REVB=-0.00392654;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896956;STB=0.557811;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.015711;OID=.;OPOS=125398319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:16:8:11:15:17:8:11:15 chr12 125398517 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=19;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.551;QD=45.1041;RBI=0.0246214;REFB=-0.0274199;REVB=-0.00683297;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00296613;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:19:18:0.947368:10:9:0:0:10:8:1:0 chr12 125398723 . G T 152.44 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0194936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.781;QD=13.2555;RBI=0.0365669;REFB=-0.0257961;REVB=-0.0309376;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319844;STB=0.687276;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0351092;OID=.;OPOS=125398723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:27:29:17:17:0.369565:5:12:11:16:5:12:12:17 chr12 125398731 . T C 127.52 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.180368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7086;QD=12.4411;RBI=0.18071;REFB=-0.00926554;REVB=-0.0111228;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416665;STB=0.738786;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.012611;OID=.;OPOS=125398731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:3:12:11:14:3:12:12:14 chr12 125399068 . C T 814.7 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0557482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0352;QD=50.1351;RBI=0.058794;REFB=-0.0702725;REVB=0.0186782;RO=5;SAF=44;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597702;STB=0.531796;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0387345;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:5:5:60:60:0.923077:16:44:2:3:16:44:2:3 chr12 125399150 . G A 1004.85 PASS AF=0.572289;AO=94;DP=165;FAO=95;FDP=166;FR=.;FRO=71;FSAF=71;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0161362;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.895;QD=24.2132;RBI=0.0449441;REFB=-0.0272779;REVB=-0.0419476;RO=70;SAF=70;SAR=24;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198236;STB=0.613685;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0137074;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:70:71:94:95:0.572289:24:70:37:33:24:71:37:34 chr12 125399171 . AC A 263.24 PASS AF=0.363184;AO=69;DP=204;FAO=73;FDP=201;FR=.;FRO=128;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=78;FSRR=50;FWDB=-0.00398214;FXX=0.0195112;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.839;QD=5.2386;RBI=0.0679073;REFB=-0.0251915;REVB=-0.0677904;RO=112;SAF=33;SAR=36;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199001;STB=0.556912;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.0396153;OID=.;OPOS=125399172;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363184:69:204:73:201:128:38:35:78:50:99:112:33:36:74:38 chr12 125424184 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.939;QD=62.9818;RBI=0.0821616;REFB=0;REVB=-0.0752609;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143689;OID=.;OPOS=125424184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr12 125424189 . C G 599.35 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0713772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.868;QD=54.4861;RBI=0.165466;REFB=-0.0974595;REVB=0.14928;RO=4;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124383;STB=0.531235;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0178682;OID=.;OPOS=125424189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:4:2:40:42:0.954545:13:27:0:4:15:27:0:2 chr12 125424510 . T A 776.2 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130443;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.739;QD=56.4511;RBI=0.0177821;REFB=0;REVB=0.0120852;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73554e-05;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:32:23:0:0 chr12 125434580 . C G,T 1134.68 PASS AF=0.0519481,0.948052;AO=4,73;DP=77;FAO=4,73;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=3,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326838,0.0253193;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.1757,219.773;QD=58.9445;RBI=0.0636328,0.0488258;REFB=0,0;REVB=-0.0545977,0.041748;RO=0;SAF=2,40;SAR=2,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.93225e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.153112,0.000470766;OID=.,.;OPOS=125434580,125434580;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:77:77:0:0:4,73:4,73:0.0519481,0.948052:2,33:2,40:0:0:3,32:1,41:0:0 chr12 125434716 . G A 204.13 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00570225;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.226;QD=11.0339;RBI=0.0636428;REFB=-0.0375122;REVB=-0.0633868;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.532234;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0649159;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:48:25:26:0.351351:14:11:15:17:15:11:18:30 chr12 125437019 . T C 1301.21 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3116;QD=61.9623;RBI=0.0132673;REFB=0;REVB=-0.0106328;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44862e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:41:41:0:0:41:43:0:0 chr12 125438516 . T C 1519.74 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.904;QD=59.5976;RBI=0.0133756;REFB=0;REVB=-0.0133318;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68043e-05;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:62:39:0:0:63:39:0:0 chr12 125438523 . C T 1605.97 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.19;QD=60.0361;RBI=0.112081;REFB=0;REVB=0.106066;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193283;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:107:0:0:102:107:1:64:38:0:0:64:43:0:0 chr12 125438544 . T TG 661.24 PASS AF=1;AO=12;DP=112;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377261;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.1735;QD=24.4902;RBI=0.0697631;REFB=-0.0896259;REVB=-0.0586824;RO=97;SAF=1;SAR=11;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0344117;OID=.;OPOS=125438545;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:112:108:108:0:39:69:0:0:7:97:1:11:39:58 chr12 125467158 . C T 558.43 PASS AF=0.579545;AO=52;DP=89;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00634555;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.559;QD=25.3833;RBI=0.0325765;REFB=-0.0251997;REVB=-0.0319525;RO=37;SAF=24;SAR=28;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601257;STB=0.5294;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0179983;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:37:52:51:0.579545:28:24:20:17:27:24:20:17 chr12 125562809 . G A 1098.72 PASS AF=0.962025;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00661127;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.134;QD=55.6312;RBI=0.0162277;REFB=-0.145976;REVB=-0.0148199;RO=3;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051507;STB=0.526309;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00123914;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:79:3:3:74:76:0.962025:26:48:0:3:27:49:0:3 chr12 125834395 . T C 1287.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475535;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9687;QD=62.0367;RBI=0.0560147;REFB=0;REVB=-0.0296026;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027515;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr12 126004147 . C T 995.34 PASS AF=0.536313;AO=96;DP=179;FAO=96;FDP=179;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=0.0384829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.805;QD=22.2422;RBI=0.0387188;REFB=-0.00122992;REVB=-0.00426788;RO=83;SAF=35;SAR=61;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363837;STB=0.519864;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00116692;OID=.;OPOS=126004147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:83:83:96:96:0.536313:61:35:27:56:61:35:27:56 chr12 126068417 . T C 936.47 PASS AF=0.41502;AO=104;DP=253;FAO=105;FDP=253;FR=.;FRO=148;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=83;FSRR=65;FWDB=-0.0101993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.911;QD=14.8058;RBI=0.0163382;REFB=-0.00387557;REVB=-0.0127636;RO=148;SAF=70;SAR=34;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126987;STB=0.57308;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00548461;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:148:148:104:105:0.41502:34:70:83:65:34:71:83:65 chr12 126139525 . G A 392.71 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00120127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.866;QD=23.4452;RBI=0.0289795;REFB=-0.0309715;REVB=-0.0289546;RO=28;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122883;STB=0.56061;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0161948;OID=.;OPOS=126139525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:28:38:39:0.58209:17:21:11:17:18:21:11:17 chr12 127067930 . CAA CA,CAG 107.73 PASS AF=0.285714,0.642857;AO=2,8;DP=13;FAO=4,9;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2,4;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0709207,-0.148201;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.2551,58.8896;QD=30.7805;RBI=0.0857059,0.148234;REFB=-0.0711212,-0.113487;REVB=0.0481223,0.00312423;RO=2;SAF=2,4;SAR=0,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727176,0.175673;STB=0.599516,0.545355;STBP=0.523,0.528;TYPE=del,snp;VARB=0.153103,0.00283135;OID=.,.;OPOS=127067931,127067932;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.642857:2,8:13:4,9:14:1:2,4:2,5:0:1:16:2:2,4:0,4:0:2 chr12 127068865 . A G 405.55 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.195;QD=52.3287;RBI=0.0452649;REFB=-0.119765;REVB=0.0180249;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00217267;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:11:18:0:1:11:19:0:1 chr12 127068892 . C T 957.46 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018532;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.138;QD=58.9207;RBI=0.0826732;REFB=0;REVB=-0.0805693;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328702;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr12 127650467 . G C 6165.87 PASS AF=0.959906;AO=407;DP=425;FAO=407;FDP=424;FR=.;FRO=17;FSAF=198;FSAR=209;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0125054;FXX=0.00235289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2581;QD=58.1685;RBI=0.0164629;REFB=-0.0455359;REVB=0.0107071;RO=16;SAF=198;SAR=209;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00097496;STB=0.501722;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000778339;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:425:424:16:17:407:407:0.959906:209:198:8:8:209:198:9:8 chr12 127650471 . AT GG 6869.06 PASS AF=0.970085;AO=416;DP=432;FAO=454;FDP=468;FR=.;FRO=14;FSAF=244;FSAR=210;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0239709;FXX=0.00425523;HRUN=1;LEN=2;MLLD=322.434;QD=58.7099;RBI=0.0310701;REFB=-0.00468348;REVB=0.0197674;RO=14;SAF=220;SAR=196;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179644;STB=0.501126;STBP=0.789;TYPE=mnp;VARB=0.00247937;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:432:468:14:14:416:454:0.970085:196:220:7:7:210:244:7:7 chr12 127650538 . A G 12266.8 PASS AF=0.957194;AO=805;DP=841;FAO=805;FDP=841;FR=.;FRO=36;FSAF=353;FSAR=452;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0353792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5524;QD=58.3441;RBI=0.0731358;REFB=-0.0091037;REVB=-0.064009;RO=33;SAF=353;SAR=452;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127591;STB=0.506285;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000707307;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:841:841:33:36:805:805:0.957194:452:353:20:13:452:353:21:15 chr12 127650583 . T G 10667.9 PASS AF=0.966805;AO=687;DP=714;FAO=699;FDP=723;FR=.;FRO=24;FSAF=310;FSAR=389;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0442099;FXX=0.00823034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9229;QD=59.02;RBI=0.0449903;REFB=0.0166014;REVB=0.00834306;RO=24;SAF=304;SAR=383;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103306;STB=0.500499;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00147637;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:714:723:24:24:687:699:0.966805:383:304:11:13:389:310:11:13 chr12 127650599 . A G 8419.16 PASS AF=0.978417;AO=368;DP=565;FAO=544;FDP=556;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=251;FSAR=293;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0824298;FXX=0.0159289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.603;QD=60.5695;RBI=0.0857744;REFB=-0.0864987;REVB=0.0237186;RO=17;SAF=91;SAR=277;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248824;STB=0.500971;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00178568;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:565:556:17:12:368:544:0.978417:277:91:8:9:293:251:5:7 chr12 127650616 . G A 1573.7 PASS AF=0.371769;AO=186;DP=502;FAO=187;FDP=503;FR=.;FRO=316;FSAF=81;FSAR=106;FSRF=128;FSRR=188;FWDB=0.00193228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.486;QD=12.5145;RBI=0.00816813;REFB=-0.0076436;REVB=0.00793629;RO=315;SAF=80;SAR=106;SRF=127;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308235;STB=0.518054;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0179418;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:503:315:316:186:187:0.371769:106:80:127:188:106:81:128:188 chr12 127650639 . A G 3952.45 PASS AF=0.961165;AO=187;DP=300;FAO=297;FDP=309;FR=.;FRO=12;FSAF=86;FSAR=211;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0380258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.915;QD=51.1645;RBI=0.0474888;REFB=-0.0426314;REVB=0.0284468;RO=8;SAF=74;SAR=113;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848825;STB=0.505968;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00351428;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:300:309:8:12:187:297:0.961165:113:74:4:4:211:86:5:7 chr12 127650662 . TG CC,CG 724.19 PASS AF=0.0862069,0.862069;AO=6,49;DP=58;FAO=5,50;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=0,8;FSAR=5,42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00472368,-0.00985057;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=114.19,109.107;QD=49.9438;RBI=0.00659431,0.00986051;REFB=-0.00694849,-0.0166893;REVB=-0.00460128,-0.00044269;RO=3;SAF=0,7;SAR=6,42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.754681,-0.0407681;STB=0.996444,0.517801;STBP=0.184,0.406;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00233804,0.00266889;OID=.,.;OPOS=127650662,127650662;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:58:58:3:3:6,49:5,50:0.0862069,0.862069:6,42:0,7:1:2:5,42:0,8:1:2 chr12 127650669 . A G 196.48 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0195;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.462;QD=41.3638;RBI=0.0227935;REFB=-0.0297673;REVB=-0.0118023;RO=2;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273766;STB=0.652835;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00440433;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:19:2:2:17:17:0.894737:16:1:1:1:16:1:1:1 chr12 127650890 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.039;QD=35.5759;RBI=0.00711208;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33916e-05;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr12 128778703 . G A 598.23 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.045095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5017;QD=19.7762;RBI=0.0461665;REFB=-0.000285007;REVB=0.00988878;RO=60;SAF=28;SAR=33;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689811;STB=0.538006;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000163333;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:33:28:23:37:33:28:23:37 chr12 128900005 . G A 738.71 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.623;QD=56.8238;RBI=0.0451377;REFB=0;REVB=0.0224972;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112839;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr12 129181810 . A G 4191.14 PASS AF=0.989011;AO=270;DP=273;FAO=270;FDP=273;FR=.;FRO=3;FSAF=145;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.018093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.207;QD=61.4087;RBI=0.0482351;REFB=0.0156135;REVB=-0.0447132;RO=3;SAF=145;SAR=125;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428993;STB=0.50225;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.000133514;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:273:273:3:3:270:270:0.989011:125:145:1:2:125:145:1:2 chr12 129181834 . A G 4829.47 PASS AF=1;AO=309;DP=310;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262413;FXX=0.00961508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6898;QD=62.5174;RBI=0.0272454;REFB=-0.0625872;REVB=0.00732869;RO=0;SAF=160;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221249;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:310:309:0:0:309:309:1:149:160:0:0:149:160:0:0 chr12 129189941 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00830933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.495;QD=25.3153;RBI=0.0170114;REFB=-0.00831406;REVB=-0.014844;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996226;STB=0.555499;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.005466;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:7:6:12:8:7:6 chr12 129190021 . A G 510.39 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000376197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3582;QD=52.3474;RBI=0.0332585;REFB=-0.0573312;REVB=0.0332564;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406473;STB=0.559965;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00332205;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:1:3:36:36:0.923077:11:25:0:1:11:25:0:3 chr12 129190474 . G A 1175.9 PASS AF=0.560209;AO=107;DP=199;FAO=107;FDP=191;FR=.;FRO=84;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0218776;FXX=0.040199;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.471;QD=24.6262;RBI=0.0220448;REFB=-0.0213201;REVB=0.00271032;RO=81;SAF=67;SAR=40;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137734;STB=0.578383;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0131923;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:191:81:84:107:107:0.560209:40:67:37:44:40:67:38:46 chr12 129293346 . C T 436.23 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.618;QD=54.5291;RBI=0.0583277;REFB=-0.105751;REVB=0.0419613;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000921498;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:0:1:11:20:0:1 chr12 129298735 . C G 2489.06 PASS AF=0.910526;AO=165;DP=183;FAO=173;FDP=190;FR=.;FRO=17;FSAF=118;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.109001;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.399;QD=52.4012;RBI=0.115016;REFB=-0.12384;REVB=0.0367104;RO=18;SAF=111;SAR=54;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474442;STB=0.527326;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0174304;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:183:190:18:17:165:173:0.910526:54:111:8:10:55:118:7:10 chr12 129298775 . C G 46.39 PASS AF=0.0837696;AO=16;DP=187;FAO=16;FDP=191;FR=.;FRO=175;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=90;FSRR=85;FWDB=-0.00958711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.416;QD=0.971475;RBI=0.0281015;REFB=-0.0071305;REVB=-0.0264156;RO=171;SAF=8;SAR=8;SRF=90;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304406;STB=0.513073;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.117903;OID=.;OPOS=129298775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:187:191:171:175:16:16:0.0837696:8:8:90:81:8:8:90:85 chr12 129298777 . G A 109.7 PASS AF=0.142077;AO=26;DP=184;FAO=26;FDP=183;FR=.;FRO=157;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=84;FSRR=73;FWDB=-0.0276685;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1225;QD=2.39779;RBI=0.0296369;REFB=-0.0152608;REVB=-0.0106207;RO=153;SAF=9;SAR=17;SRF=84;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255768;STB=0.661106;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.142896;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:153:157:26:26:0.142077:17:9:84:69:17:9:84:73 chr12 129298797 . G A 219.51 PASS AF=0.2;AO=38;DP=191;FAO=38;FDP=190;FR=.;FRO=152;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=88;FWDB=-0.0229755;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9973;QD=4.62122;RBI=0.0323017;REFB=-0.0280475;REVB=0.0227052;RO=148;SAF=12;SAR=26;SRF=64;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158854;STB=0.59086;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0755331;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:148:152:38:38:0.2:26:12:64:84:26:12:64:88 chr12 129298799 . T C 278.08 PASS AF=0.22335;AO=45;DP=198;FAO=44;FDP=197;FR=.;FRO=153;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=0.00285778;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2936;QD=5.64623;RBI=0.0531829;REFB=-0.0351114;REVB=-0.0531061;RO=151;SAF=13;SAR=32;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21889;STB=0.624723;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0687771;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:151:153:45:44:0.22335:32:13:68:83:31:13:68:85 chr12 129298819 . C T 1083.91 PASS AF=0.725806;AO=89;DP=124;FAO=90;FDP=124;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0432899;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.628;QD=34.9647;RBI=0.0465068;REFB=-0.0728232;REVB=0.016996;RO=30;SAF=37;SAR=52;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123807;STB=0.568029;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0248158;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:30:34:89:90:0.725806:52:37:5:25:53:37:6:28 chr12 129559421 . C T 3156.26 PASS AF=0.985714;AO=207;DP=211;FAO=207;FDP=210;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0175609;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.864;QD=60.1192;RBI=0.025376;REFB=-0.110443;REVB=0.0183182;RO=1;SAF=112;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423436;STB=0.501807;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000150032;OID=.;OPOS=129559421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:211:210:1:3:207:207:0.985714:95:112:1:0:95:112:2:1 chr12 129566340 . G A 713.77 PASS AF=0.466258;AO=76;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0105832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.117;QD=17.5158;RBI=0.0183183;REFB=0.00570476;REVB=-0.0149518;RO=86;SAF=33;SAR=43;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967896;STB=0.550643;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00845994;OID=.;OPOS=129566340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:87:76:76:0.466258:43:33:46:40:43:33:46:41 chr12 129566469 . C T 603.39 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0563736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.595;QD=18.1471;RBI=0.0582036;REFB=-0.00714911;REVB=-0.0144804;RO=69;SAF=24;SAR=39;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187372;STB=0.505326;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0127348;OID=.;OPOS=129566469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:70:63:63:0.473684:39:24:25:44:39:24:26:44 chr12 130647607 . G A 640.83 PASS AF=0.277439;AO=90;DP=327;FAO=91;FDP=328;FR=.;FRO=237;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=146;FSRR=91;FWDB=-0.00407432;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9827;QD=7.81505;RBI=0.0465625;REFB=-0.000128241;REVB=0.046384;RO=235;SAF=48;SAR=42;SRF=144;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994165;STB=0.564627;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00070241;OID=.;OPOS=130647607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:328:235:237:90:91:0.277439:42:48:144:91:43:48:146:91 chr12 130649319 . T C 102.83 PASS AF=0.151079;AO=21;DP=124;FAO=21;FDP=139;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.0203449;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=161.261;QD=2.95918;RBI=0.0366444;REFB=-0.00110233;REVB=-0.0304778;RO=102;SAF=3;SAR=18;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504445;STB=0.819714;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00681012;OID=.;OPOS=130649319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:139:102:118:21:21:0.151079:18:3:53:49:18:3:57:61 chr12 130649327 . T A 45.56 PASS AF=0.0915493;AO=12;DP=142;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=82;FWDB=-0.0179631;FXX=0.00699252;HRUN=13;LEN=1;MLLD=188.115;QD=1.28349;RBI=0.0270828;REFB=-0.000932487;REVB=-0.0202684;RO=125;SAF=11;SAR=1;SRF=44;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596185;STB=0.88795;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.012865;OID=.;OPOS=130649327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:142:142:125:129:12:13:0.0915493:1:11:44:81:2:11:47:82 chr12 130649328 . T A 75.37 PASS AF=0.126761;AO=16;DP=137;FAO=18;FDP=142;FR=.;FRO=124;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=81;FWDB=-0.0227268;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=181.168;QD=2.12319;RBI=0.0271312;REFB=-0.0017134;REVB=-0.0148187;RO=116;SAF=14;SAR=2;SRF=35;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633348;STB=0.838884;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0185336;OID=.;OPOS=130649328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:137:142:116:124:16:18:0.126761:2:14:35:81:4:14:43:81 chr12 130649543 . C G 1502.06 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.946;QD=56.1517;RBI=0.0377895;REFB=0.0547503;REVB=0.029758;RO=2;SAF=50;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000526678;STB=0.500089;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-6.10236e-05;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:103:105:0.981308:53:50:1:1:53:52:1:1 chr12 130649687 . T C 587.99 PASS AF=0.62069;AO=51;DP=84;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0204403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0075;QD=27.0338;RBI=0.024987;REFB=-0.0144725;REVB=-0.0143718;RO=30;SAF=22;SAR=29;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925907;STB=0.561533;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00621063;OID=.;OPOS=130649687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:30:33:51:54:0.62069:29:22:9:21:29:25:10:23 chr12 130650016 . G C 1553.69 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122091;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.358;QD=62.7752;RBI=0.127624;REFB=0;REVB=0.0371719;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823546;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:99:0:0:88:99:1:54:34:0:0:61:38:0:0 chr12 130650180 . A G 1451.94 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.034;QD=63.1278;RBI=0.0333848;REFB=0;REVB=0.00816051;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001188;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr12 130912757 . C T 130.01 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0246304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.787;QD=8.66718;RBI=0.0432674;REFB=-0.0140778;REVB=-0.0355727;RO=42;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764331;STB=0.54575;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0511519;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:7:11:23:19:7:11:23:19 chr12 130935796 . C G 363.53 PASS AF=0.421053;AO=34;DP=89;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00482086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.987;QD=15.3065;RBI=0.00561201;REFB=-0.0180748;REVB=0.00287297;RO=54;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103067;STB=0.530232;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0221929;OID=.;OPOS=130935796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:54:55:34:40:0.421053:19:15:29:25:21:19:29:26 chr12 131275484 . G A 1581.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378255;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.764;QD=59.6943;RBI=0.0394743;REFB=0;REVB=0.0112894;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29383e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:56:49:0:0:57:49:0:0 chr12 131276448 . G T 2178.52 PASS AF=0.97351;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00079053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.118;QD=57.7092;RBI=0.00256087;REFB=-0.0837212;REVB=-0.00243579;RO=4;SAF=74;SAR=73;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012418;STB=0.506532;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00103721;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:151:151:4:4:147:147:0.97351:73:74:3:1:73:74:3:1 chr12 131299974 . A G 1556.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.403;QD=59.8626;RBI=0.0253095;REFB=0;REVB=-0.0145489;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33985e-05;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr12 131306314 . C G 1744.19 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198783;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6845;QD=60.6674;RBI=0.0204848;REFB=0;REVB=0.00494761;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122409;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:63:50:0:0:65:50:0:0 chr12 131360715 . A G 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0145304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.514;QD=16.7506;RBI=0.014621;REFB=0.00944236;REVB=-0.00162497;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259075;STB=0.645075;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0101749;OID=.;OPOS=131360715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:13:26:13:20:13:26 chr12 131466562 . T C 1925.73 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.020299;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1617;QD=60.179;RBI=0.0226744;REFB=-0.0412643;REVB=0.0101034;RO=2;SAF=73;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241604;STB=0.501271;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000542143;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:128:2:2:126:126:0.984375:53:73:1:1:53:73:1:1 chr12 131473974 . C T 1030.94 PASS AF=0.563953;AO=97;DP=158;FAO=97;FDP=172;FR=.;FRO=75;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00324287;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.824;QD=23.9753;RBI=0.00327074;REFB=-0.0185348;REVB=0.000426103;RO=59;SAF=58;SAR=39;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590034;STB=0.528956;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.017714;OID=.;OPOS=131473974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:172:59:75:97:97:0.563953:39:58:40:19:39:58:40:35 chr12 131474114 . T C 2056.06 PASS AF=0.555874;AO=191;DP=348;FAO=194;FDP=349;FR=.;FRO=155;FSAF=83;FSAR=111;FSRF=69;FSRR=86;FWDB=-0.00264886;FXX=0.00569784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.4;QD=23.5651;RBI=0.0103931;REFB=-0.0199753;REVB=-0.0100498;RO=154;SAF=81;SAR=110;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146606;STB=0.50784;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0143912;OID=.;OPOS=131474114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:349:154:155:191:194:0.555874:110:81:68:86:111:83:69:86 chr12 131590404 . G A 1061.32 PASS AF=0.636364;AO=90;DP=142;FAO=91;FDP=143;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0182365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.922;QD=29.6872;RBI=0.0184;REFB=-0.018271;REVB=0.00244749;RO=51;SAF=42;SAR=48;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289528;STB=0.510007;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0098539;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:51:52:90:91:0.636364:48:42:26:25:48:43:26:26 chr12 131620588 . A G 754.61 PASS AF=0.527027;AO=76;DP=143;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.000804945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3307;QD=20.3947;RBI=0.0121133;REFB=-0.0343306;REVB=0.0120865;RO=66;SAF=38;SAR=38;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507456;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0274663;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:148:66:70:76:78:0.527027:38:38:33:33:40:38:33:37 chr12 131622735 . T C 742.45 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178514;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.845;QD=57.1115;RBI=0.0244754;REFB=0;REVB=-0.0167443;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138063;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr12 132237848 . T C 594.37 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.389;QD=60.9615;RBI=0.0526143;REFB=0;REVB=0.0101706;RO=0;SAF=5;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121481;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:33:5:0:0:34:5:0:0 chr12 132271113 . T C 2277.62 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023106;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.416;QD=63.7096;RBI=0.0233381;REFB=0;REVB=-0.00328374;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.472e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:141:143:1:69:72:0:0:70:73:0:0 chr12 132285934 . G A 391.15 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0205242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6208;QD=27.4488;RBI=0.0390498;REFB=-0.00797663;REVB=-0.0332211;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153723;STB=0.583759;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00362902;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:20:17:14:6:20:17:14:6 chr12 132325239 . G A 1325.15 PASS AF=0.591346;AO=123;DP=208;FAO=123;FDP=208;FR=.;FRO=85;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0110386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.312;QD=25.4837;RBI=0.0367836;REFB=-0.0112487;REVB=0.0350882;RO=85;SAF=58;SAR=65;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036428;STB=0.519726;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00796391;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:85:85:123:123:0.591346:65:58:36:49:65:58:36:49 chr12 132325298 . C T 613.06 PASS AF=0.410405;AO=69;DP=171;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0534896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.814;QD=14.1748;RBI=0.0545006;REFB=-0.00314375;REVB=0.0104484;RO=99;SAF=39;SAR=30;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742055;STB=0.529173;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00515848;OID=.;OPOS=132325298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:99:102:69:71:0.410405:30:39:49:50:32:39:51:51 chr12 132396603 . C T 1691.21 PASS AF=0.550523;AO=155;DP=287;FAO=158;FDP=287;FR=.;FRO=129;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=0.0111285;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.473;QD=23.5708;RBI=0.0346736;REFB=-0.0322811;REVB=0.0328392;RO=125;SAF=60;SAR=95;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124754;STB=0.565645;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0282572;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:125:129:155:158:0.550523:95:60:67:58:95:63:70:59 chr12 132401566 . C T 302.37 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0116403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.073;QD=14.3984;RBI=0.0128609;REFB=-0.0167585;REVB=0.00546876;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106931;STB=0.607083;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0228769;OID=.;OPOS=132401566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:50:34:34:0.404762:17:17:25:16:17:17:34:16 chr12 132403161 . A G 1330.91 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183762;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.486;QD=62.631;RBI=0.0191809;REFB=0;REVB=-0.00549761;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98188e-06;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:61:24:0:0:61:24:0:0 chr12 132562074 . G A 1866.72 PASS AF=0.517241;AO=178;DP=347;FAO=180;FDP=348;FR=.;FRO=168;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=0.0107201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3808;QD=21.4565;RBI=0.0316734;REFB=-0.0267166;REVB=0.0298041;RO=168;SAF=87;SAR=91;SRF=85;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152735;STB=0.508238;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0248286;OID=.;OPOS=132562074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:348:168:168:178:180:0.517241:91:87:85:83:92:88:85:83 chr12 132625431 . T C 567.52 PASS AF=0.621951;AO=50;DP=81;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00874392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1723;QD=27.6841;RBI=0.0156926;REFB=-0.00817805;REVB=-0.0130308;RO=30;SAF=29;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141754;STB=0.502957;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00243774;OID=.;OPOS=132625431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:30:31:50:51:0.621951:21:29:18:12:21:30:18:13 chr12 132625437 . C T 538.09 PASS AF=0.619048;AO=46;DP=75;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00373689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.487;QD=25.6235;RBI=0.00819201;REFB=-0.0621951;REVB=-0.00729004;RO=29;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213061;STB=0.517717;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0370382;OID=.;OPOS=132625437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:84:29:32:46:52:0.619048:22:24:16:13:22:30:17:15 chr12 132625438 . C T 31.8 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0519548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.376;QD=1.47909;RBI=0.0608732;REFB=-0.0140673;REVB=-0.0317215;RO=78;SAF=6;SAR=2;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264582;STB=0.712861;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0734459;OID=.;OPOS=132625438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:2:6:41:37:2:6:41:37 chr12 132626668 . T C,G 869.57 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=55,3;DP=59;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=31,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127289,0.0130675;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.252,127.768;QD=57.0212;RBI=0.0562083,0.0662671;REFB=0,0;REVB=0.0547481,0.0649659;RO=0;SAF=27,0;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.4002e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00155237,0.0319471;OID=.,.;OPOS=132626668,132626668;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:59:61:0:0:55,3:58,3:0.95082,0.0491803:28,3:27,0:0:0:31,3:27,0:0:0 chr12 132630822 . C T 779.73 PASS AF=0.528169;AO=60;DP=125;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0095479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.421;QD=21.9642;RBI=0.0333788;REFB=-0.0198028;REVB=0.0319841;RO=63;SAF=29;SAR=31;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080481;STB=0.504226;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0170014;OID=.;OPOS=132630822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:142:63:67:60:75:0.528169:31:29:25:38:43:32:28:39 chr12 132633369 . A G 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0181609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.697;QD=12.7844;RBI=0.0301456;REFB=-0.013902;REVB=-0.0240612;RO=43;SAF=21;SAR=6;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828486;STB=0.547789;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0204566;OID=.;OPOS=132633369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:6:21:31:12:6:21:31:12 chr12 132635521 . T C 610.81 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00874274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.764;QD=56.8198;RBI=0.0607024;REFB=-0.089694;REVB=0.0600695;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585266;STB=0.531235;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000466118;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:15:26:0:2:15:26:0:2 chr12 132635524 . AGGGGGGGC AGGGGGG,AGGGGGGC 44.98 PASS AF=0.0512821,0.410256;AO=6,14;DP=39;FAO=2,16;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=1,11;FSAR=1,5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0695738,0.0955885;FXX=0.0714116;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=18.0049,7.32519;QD=4.61283;RBI=0.0749627,0.100538;REFB=-0.0026809,-0.0635382;REVB=-0.0279086,-0.0311564;RO=11;SAF=5,8;SAR=1,6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165502,-0.126338;STB=0.607667,0.54367;STBP=0.775,0.661;TYPE=del,del;VARB=-0.070756,0.13377;OID=.,.;OPOS=132635531,132635525;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGGGG,AGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0512821,0.410256:6,14:39:2,16:39:21:1,11:1,5:13:8:35:11:5,8:1,6:8:3 chr12 132682481 . T G 3575.96 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152639;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.079;QD=62.7361;RBI=0.0322307;REFB=-0.00496471;REVB=0.0283871;RO=0;SAF=114;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172645;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:224:228:0:0:222:228:1:108:114:0:0:112:116:0:0 chr12 132682484 . A G 3536.13 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921928;FXX=0.0174665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.466;QD=62.8644;RBI=0.093227;REFB=0;REVB=0.0138477;RO=0;SAF=111;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228352;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:225:0:0:221:225:1:110:111:0:0:110:115:0:0 chr12 132688137 . A G 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00623967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.773;QD=13.2585;RBI=0.0182842;REFB=-0.0273421;REVB=-0.0171866;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12764;STB=0.572983;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0412832;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:12:17:21:24:12:17:21:24 chr12 132824431 . A AC,C 71.01 PASS AF=0.3,0;AO=15,2;DP=51;FAO=15,0;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=14,0;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0245001,-0.0222858;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.8893,246.879;QD=5.68099;RBI=0.0668443,0.0437483;REFB=-0.0881719,-0.00612904;REVB=-0.0621925,-0.0376464;RO=34;SAF=1,0;SAR=14,2;SRF=11;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.504223,-0.372754;STB=0.797397,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.116267,0;OID=.,.;OPOS=132824432,132824431;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:51:50:34:35:15,2:15,0:0.3,0:14,2:1,0:11:23:14,0:1,0:10:25 chr12 132862976 . G A 371.49 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00271662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.07;QD=20.0805;RBI=0.0224429;REFB=-0.00309935;REVB=0.0222779;RO=35;SAF=14;SAR=24;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788592;STB=0.53342;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00300445;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:24:14:10:25:24:14:11:25 chr12 133127989 . C A 728.67 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0351647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.374;QD=25.1267;RBI=0.0389028;REFB=-0.00324753;REVB=0.0166395;RO=46;SAF=33;SAR=36;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211402;STB=0.603745;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00227299;OID=.;OPOS=133127989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:46:47:69:69:0.594828:36:33:9:37:37:32:10:37 chr12 133181399 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00800426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.345;QD=23.0011;RBI=0.0181301;REFB=-0.00646732;REVB=-0.0162675;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100176;STB=0.561361;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00541884;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:13:15:9:13:13:16:9:13 chr12 133196596 . T C 280.18 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00405117;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.15;QD=29.4922;RBI=0.0622644;REFB=-0.0143333;REVB=0.0621325;RO=11;SAF=16;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403577;STB=0.536883;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0082273;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:11:13:23:25:0.657895:7:16:7:4:9:16:7:6 chr12 133201947 . T C 341.3 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0453366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.034;QD=25.7581;RBI=0.0481538;REFB=-0.0403628;REVB=-0.016229;RO=20;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315375;STB=0.501729;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0184042;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:18:15:9:11:18:15:9:11 chr12 133208979 . T C 944.41 PASS AF=0.617647;AO=83;DP=134;FAO=84;FDP=136;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0227748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.867;QD=27.7767;RBI=0.0228233;REFB=-0.0202846;REVB=-0.00148636;RO=50;SAF=37;SAR=46;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518259;STB=0.537654;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.010095;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:50:52:83:84:0.617647:46:37:26:24:47:37:28:24 chr12 133212582 . G A 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0319862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.386;QD=21.0793;RBI=0.0348262;REFB=-0.00637557;REVB=0.0137748;RO=39;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132852;STB=0.606127;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0062864;OID=.;OPOS=133212582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:45:47:47:0.51087:28:19:22:17:28:19:28:17 chr12 133219103 . G A 242.79 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0161642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.145;QD=25.5573;RBI=0.086326;REFB=-0.00932747;REVB=0.0847991;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326612;STB=0.646105;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00885161;OID=.;OPOS=133219103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:38:9:14:17:18:0.473684:9:8:9:0:10:8:11:3 chr12 133242016 . C T 244.22 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.102423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.121;QD=23.259;RBI=0.102476;REFB=0.0021487;REVB=-0.00326957;RO=19;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318352;STB=0.680262;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000735751;OID=.;OPOS=133242016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:19:4:9:10:19:4:9:10 chr12 133253995 . G A 645.42 PASS AF=0.524194;AO=54;DP=112;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00806136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.272;QD=20.8199;RBI=0.00836215;REFB=-0.00245038;REVB=0.0022226;RO=58;SAF=17;SAR=37;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168488;STB=0.568728;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00206717;OID=.;OPOS=133253995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:124:58:59:54:65:0.524194:37:17:28:30:42:23:29:30 chr12 133272470 . G T 254.05 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00993089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1132;QD=22.0913;RBI=0.0427062;REFB=0.00101537;REVB=-0.0415355;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150783;STB=0.539649;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00379537;OID=.;OPOS=133272470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:23:24:0.521739:8:15:14:8:8:16:13:9 chr12 133279107 . C T 884.99 PASS AF=0.655462;AO=77;DP=119;FAO=78;FDP=119;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0245461;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.003;QD=29.7475;RBI=0.027516;REFB=0.00171742;REVB=-0.0124345;RO=41;SAF=27;SAR=50;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125777;STB=0.564063;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.000725166;OID=.;OPOS=133279107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:41:41:77:78:0.655462:50:27:22:19:50:28:22:19 chr12 133294333 . C T 949.63 PASS AF=0.565217;AO=91;DP=161;FAO=91;FDP=161;FR=.;FRO=70;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0403918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5755;QD=23.5932;RBI=0.0502149;REFB=-0.0125281;REVB=-0.0298334;RO=69;SAF=55;SAR=36;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904749;STB=0.546526;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0134283;OID=.;OPOS=133294333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:69:70:91:91:0.565217:36:55:34:35:36:55:35:35 chr12 133303973 . C G 296.26 PASS AF=0.568627;AO=19;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00136414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2538;QD=23.2357;RBI=0.0494142;REFB=-0.0169036;REVB=0.0493954;RO=21;SAF=17;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361984;STB=0.766801;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0144336;OID=.;OPOS=133303973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:22:19:29:0.568627:2:17:14:7:2:27:14:8 chr12 133306589 . C T 333.36 PASS AF=0.416667;AO=37;DP=98;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00700013;FXX=0.0857061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.376;QD=13.8898;RBI=0.0127561;REFB=-0.00503917;REVB=-0.0106638;RO=44;SAF=26;SAR=11;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289039;STB=0.509429;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00947055;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:44:56:37:40:0.416667:11:26:32:12:13:27:37:19 chr12 133306710 . C T 178.31 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0436969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1448;QD=11.3213;RBI=0.0930131;REFB=-0.000514496;REVB=0.0821098;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331469;STB=0.506324;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00572695;OID=.;OPOS=133306710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:40:22:23:0.365079:12:10:17:23:13:10:17:23 chr12 133331537 . G A 538.56 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=150;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0203602;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.573;QD=14.4579;RBI=0.0203649;REFB=-0.0280089;REVB=-0.000440122;RO=90;SAF=27;SAR=32;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927907;STB=0.552333;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0427048;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:90:90:59:59:0.395973:32:27:49:41:32:27:49:41 chr12 133363374 . C T 447.11 PASS AF=0.571429;AO=38;DP=71;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0020764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.475;QD=23.2265;RBI=0.00660411;REFB=-0.0259307;REVB=0.0062692;RO=30;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23861;STB=0.582347;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0235463;OID=.;OPOS=133363374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:30:33:38:44:0.571429:27:11:17:13:27:17:19:14 chr12 133363376 . G T 1166.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.102;QD=60.6149;RBI=0.0485555;REFB=0;REVB=-0.00475005;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76724e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:41:33:0:0:41:36:0:0 chr12 133378440 . C T 984.81 PASS AF=0.601307;AO=90;DP=154;FAO=92;FDP=153;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0301261;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.832;QD=25.7466;RBI=0.0301986;REFB=-0.0119747;REVB=0.00209141;RO=60;SAF=37;SAR=53;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00847617;STB=0.503624;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00604514;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:60:61:90:92:0.601307:53:37:24:36:55:37:24:37 chr12 133411987 . G C 2243.38 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0286005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.541;QD=61.8863;RBI=0.0316686;REFB=-0.0936377;REVB=-0.0135981;RO=2;SAF=56;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109291;STB=0.505746;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000139282;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:145:2:2:142:143:0.986207:86:56:0:2:86:57:0:2 chr12 133417981 . GT AA,GTAA 63.06 PASS AF=0.0465116,0.186047;AO=2,7;DP=42;FAO=2,8;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2,3;FSAR=0,5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0358594,0.107604;FXX=0.0444346;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=195.939,28.6759;QD=5.86579;RBI=0.0430433,0.118537;REFB=-0.00631915,0.00487155;REVB=-0.0238082,-0.0497241;RO=28;SAF=2,2;SAR=0,5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.424235,-0.374365;STB=0.993221,0.722042;STBP=0.313,0.207;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0155618,-0.0209925;OID=.,.;OPOS=133417981,133417983;OREF=GT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,GTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:42:43:28:33:2,7:2,8:0.0465116,0.186047:0,5:2,2:17:11:0,5:2,3:22:11 chr12 133433173 . T C 722.29 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0578474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2981;QD=58.9621;RBI=0.0726775;REFB=-0.114626;REVB=-0.0439966;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.519223;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00547629;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:1:2:47:47:0.959184:22:25:1:0:22:25:2:0 chr12 133433240 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.103629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.392;QD=17.1004;RBI=0.109497;REFB=-0.0220737;REVB=0.0353639;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429736;STB=0.748317;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0195285;OID=.;OPOS=133433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:10:5:11:3:10:5 chr12 133587980 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.39;QD=61.2125;RBI=0.0219306;REFB=0;REVB=-0.0173534;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00273e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr12 133634450 . A C 255.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.604;QD=51.0713;RBI=0.0192304;REFB=0;REVB=-0.00076814;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26284e-05;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr12 133660718 . A G 134.66 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360489;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.831;QD=44.8866;RBI=0.0391438;REFB=0;REVB=0.0152548;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020061;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr12 133781231 . GA G 880.84 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.8004;QD=44.5997;RBI=0.123427;REFB=0;REVB=0.0942822;RO=5;SAF=31;SAR=38;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00325712;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:79:79:79:0:37:42:0:0:15:5:31:38:3:2 chr12 133781428 . A C 1867.18 PASS AF=0.947368;AO=126;DP=133;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.034632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.187;QD=56.1556;RBI=0.0346428;REFB=-0.0707813;REVB=0.000866339;RO=3;SAF=67;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00879402;STB=0.505448;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.000743543;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:133:133:3:7:126:126:0.947368:59:67:1:2:59:67:3:4 chr12 133781605 . A G 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142988;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.002;QD=58.4387;RBI=0.0145182;REFB=0;REVB=-0.00251397;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60462e-05;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 133795885 . G A 3536.42 PASS AF=0.954733;AO=232;DP=246;FAO=232;FDP=243;FR=.;FRO=11;FSAF=112;FSAR=120;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0324634;FXX=0.0121946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.825;QD=58.2127;RBI=0.0327748;REFB=-0.15138;REVB=0.00450766;RO=4;SAF=112;SAR=120;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752711;STB=0.506958;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0014167;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:246:243:4:11:232:232:0.954733:120:112:1:3:120:112:7:4 chr12 133795960 . A G 1964.78 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.125;QD=59.5389;RBI=0.0251467;REFB=0.0016805;REVB=0.00763554;RO=3;SAF=56;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443056;STB=0.502332;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-1.37984e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:73:56:1:2:73:56:1:2 chr13 19600126 . G A 417.9 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0095562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.276;QD=53.9228;RBI=0.0394857;REFB=-0.0549865;REVB=-0.0383118;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000494096;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:0:1:13:17:0:1 chr13 19600200 . C A,T 340.27 PASS AF=0.0740741,0.888889;AO=2,24;DP=27;FAO=2,24;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=2,9;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231048,0.0021186;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.037,81.8515;QD=50.4102;RBI=0.0332067,0.0222841;REFB=-0.129767,-0.180731;REVB=-0.0238506,-0.0221832;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.526294;STBP=1,0.293;TYPE=snp,snp;VARB=0.0443063,0.0102756;OID=.,.;OPOS=19600200,19600200;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:1:2,24:2,24:0.0740741,0.888889:0,15:2,9:0:0:0,15:2,9:1:0 chr13 19600475 . C A 2513.5 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00132567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0708;QD=60.9334;RBI=0.0232882;REFB=-0.0994015;REVB=0.0232505;RO=1;SAF=84;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563146;STB=0.502958;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-4.50421e-05;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:1:1:163:164:0.993939:79:84:1:0:80:84:1:0 chr13 19751262 . G A 35.83 PASS AF=0.0814815;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=86;FSRR=38;FWDB=0.0152271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.641;QD=1.06151;RBI=0.0313451;REFB=-0.000857401;REVB=-0.027398;RO=123;SAF=10;SAR=1;SRF=85;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34029;STB=0.80178;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0121484;OID=.;OPOS=19751262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:135:135:123:124:11:11:0.0814815:1:10:85:38:1:10:86:38 chr13 19761359 . T G 476.88 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00397304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.7;QD=24.7732;RBI=0.0232157;REFB=-0.0173212;REVB=0.0228732;RO=32;SAF=29;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036081;STB=0.519737;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0121833;OID=.;OPOS=19761359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:16:29:22:10:16:29:22:10 chr13 19761398 . G A 371.88 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00737203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.18;QD=20.3772;RBI=0.0157373;REFB=-0.0333047;REVB=0.0139039;RO=32;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332787;STB=0.544605;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0260498;OID=.;OPOS=19761398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:35:38:38:0.520548:14:24:19:13:14:24:19:16 chr13 19761432 . T C 407.0 PASS AF=0.629032;AO=37;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0143225;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.817;QD=26.2579;RBI=0.0153081;REFB=-0.0331686;REVB=0.0054043;RO=21;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799564;STB=0.548148;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0125993;OID=.;OPOS=19761432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:21:23:37:39:0.629032:22:15:11:10:22:17:13:10 chr13 19999927 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.712;QD=33.4282;RBI=0.0529945;REFB=0;REVB=0.0529945;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148459;OID=.;OPOS=19999927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr13 19999954 . T TGCGA,TGCGAA 75.52 PASS AF=0,1;AO=3,4;DP=8;FAO=0,8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=257.229,281.417;QD=37.761;RBI=0.0127287,0.0251063;REFB=0,0;REVB=0.0127287,0.0251063;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000410629;OID=.,.;OPOS=19999955,19999955;OREF=-,-;OALT=GCGA,GCGAA;OMAPALT=TGCGA,TGCGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,4:8:0,8:8:0:0,0:0,8:0:0:4:0:0,0:3,4:0:0 chr13 20000630 . T C 714.83 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333994;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.841;QD=53.949;RBI=0.033463;REFB=-0.159199;REVB=-0.0020621;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000793356;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr13 20038584 . A G 1306.13 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.436;QD=60.75;RBI=0.0304494;REFB=-0.0824891;REVB=-0.0123038;RO=1;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160535;STB=0.508473;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00011275;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:29:56:0:1:29:56:0:1 chr13 20277413 . T C 247.04 PASS AF=0.273438;AO=35;DP=127;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.0446748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.708;QD=7.72;RBI=0.0446759;REFB=-0.0260331;REVB=-0.000317051;RO=89;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279162;STB=0.646209;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0559492;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:89:93:35:35:0.273438:15:20:30:59:15:20:34:59 chr13 20398669 . T C 428.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2331;QD=57.1398;RBI=0.152019;REFB=0;REVB=0.0893882;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428871;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr13 20398742 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.48;QD=52.6131;RBI=0.0363838;REFB=0;REVB=-0.00815362;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428117;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr13 20716533 . G T 655.87 PASS AF=0.960784;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.101736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.783;QD=51.4409;RBI=0.12967;REFB=-0.168106;REVB=0.080399;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.50202;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00482898;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:51:1:2:46:49:0.960784:26:20:0:1:27:22:1:1 chr13 21063524 . A G 292.2 PASS AF=0.584906;AO=26;DP=49;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0266916;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.731;QD=22.0528;RBI=0.0295445;REFB=-0.0373038;REVB=0.0126663;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.506695;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.02302;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:21:22:26:31:0.584906:11:15:10:11:16:15:11:11 chr13 21205192 . G A 1280.77 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.227;QD=61.7236;RBI=0.0282606;REFB=0;REVB=0.0105415;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70055e-05;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr13 21356650 . T A 4506.78 PASS AF=1;AO=283;DP=284;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.689;QD=63.4758;RBI=0.046536;REFB=0;REVB=-0.0459424;RO=0;SAF=133;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.51502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34435e-05;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:284:284:0:0:283:284:1:150:133:0:0:151:133:0:0 chr13 21562832 . C T 471.96 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00771506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.994;QD=55.5244;RBI=0.0380779;REFB=0.0382399;REVB=0.0372881;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000244746;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr13 21620085 . T C 1253.12 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108373;FXX=0.0459717;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.173;QD=60.3914;RBI=0.0140138;REFB=-0.0515798;REVB=0.00888476;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000477537;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:36:45:0:1:36:46:0:1 chr13 21732094 . C T 1012.03 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914933;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.59;QD=59.5314;RBI=0.0122158;REFB=0;REVB=-0.00809414;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57491e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr13 21735998 . T C 181.37 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00636252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.747;QD=8.24423;RBI=0.0459816;REFB=-0.00560577;REVB=0.0455393;RO=63;SAF=12;SAR=13;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715814;STB=0.542616;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.015959;OID=.;OPOS=21735998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:25:25:0.284091:13:12:34:29:13:12:34:29 chr13 21752154 . G A 911.58 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.887;QD=57.8783;RBI=0.0158965;REFB=0;REVB=0.0158547;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75524e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr13 22275394 . A G 2223.75 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0179363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.173;QD=60.9247;RBI=0.0554351;REFB=-0.0822071;REVB=0.0524532;RO=3;SAF=82;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170761;STB=0.508981;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000411107;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:146:3:3:142:143:0.979452:60:82:3:0:61:82:3:0 chr13 22275583 . G A 1580.81 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239836;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145;QD=59.653;RBI=0.0154258;REFB=0;REVB=-0.0152382;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185719;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:103:106:1:43:60:0:0:46:60:0:0 chr13 23251016 . CT C 91.83 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.214876;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4537;QD=10.8039;RBI=0.216763;REFB=-0.00829347;REVB=0.0285388;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=del;VARB=-0.0279787;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:16:35:16:34:18:6:10:6:12:87:17:6:10:5:12 chr13 23253313 . T C 846.78 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379437;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.65;QD=57.4088;RBI=0.0668888;REFB=0;REVB=0.0550853;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910863;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:21:38:0:0 chr13 23824783 . T G 1566.84 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7332;QD=63.9525;RBI=0.0438522;REFB=0;REVB=0.0364798;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60019e-05;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr13 23898509 . T C 669.94 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0278649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9868;QD=21.438;RBI=0.0331798;REFB=-0.0239429;REVB=0.0180125;RO=58;SAF=37;SAR=29;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222145;STB=0.515678;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0121669;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:59:66:66:0.528:29:37:34:24:29:37:35:24 chr13 23898664 . A G 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327066;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.563;QD=58.4387;RBI=0.0330504;REFB=0;REVB=-0.00475473;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8907e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr13 23907677 . C T 1394.32 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.643;QD=62.666;RBI=0.0136249;REFB=0;REVB=-0.000861356;RO=0;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54045e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:29:59:0:0:29:60:0:0 chr13 23908034 . A G 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0344672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3112;QD=14.1717;RBI=0.0408677;REFB=-0.00570483;REVB=0.0219587;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660307;STB=0.537526;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00882533;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:25:22:17:15:25:22 chr13 23910100 . TA T 45.6 PASS AF=0.407407;AO=6;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.012352;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.7955;QD=6.75554;RBI=0.0223554;REFB=-0.117019;REVB=-0.0186331;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623591;STB=0.517211;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.155967;OID=.;OPOS=23910101;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:6:25:11:27:16:8:3:12:4:45:15:5:1:12:3 chr13 23911748 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00325404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.632;QD=25.4983;RBI=0.0127893;REFB=-0.0166462;REVB=0.0123684;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252838;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019647;OID=.;OPOS=23911748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:13:10:6:9:13:10:7:9 chr13 23913827 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0316987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.654;QD=13.7478;RBI=0.0350027;REFB=-0.0115871;REVB=-0.0148455;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197551;STB=0.613772;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0103442;OID=.;OPOS=23913827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:16:16:7:15:16:16 chr13 23929842 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0136055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.71;QD=20.9025;RBI=0.0170742;REFB=-0.00342289;REVB=0.0103158;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125917;STB=0.569691;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00272537;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:15:18:11:17:15:18:11:17 chr13 23985391 . T C 354.64 PASS AF=0.44186;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0240192;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.929;QD=16.4949;RBI=0.0240404;REFB=-0.0100359;REVB=0.00100999;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121403;STB=0.564133;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0102166;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:46:48:36:38:0.44186:23:13:22:24:24:14:23:25 chr13 24234517 . A G 227.44 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00701641;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7901;QD=12.9966;RBI=0.0449821;REFB=-0.0197312;REVB=-0.0444315;RO=43;SAF=19;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170834;STB=0.598523;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.031644;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:8:19:24:19:8:19:24:19 chr13 24243200 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.248;QD=57.3845;RBI=0.0063084;REFB=0;REVB=-0.00189806;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85294e-05;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr13 24243204 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.000446473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.431;QD=23.0011;RBI=0.0171049;REFB=0.00477963;REVB=-0.0170991;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227438;STB=0.62979;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00461211;OID=.;OPOS=24243204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:11:17:7:15:11:18:7:15 chr13 24411772 . T C 937.49 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.048;QD=58.593;RBI=0.0460817;REFB=0;REVB=0.0405447;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56377e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr13 24465717 . A G 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0129585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2198;QD=6.02692;RBI=0.0394778;REFB=-0.00456264;REVB=-0.0372904;RO=31;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43071;STB=0.777161;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0126343;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:2:7:13:18:2:7:13:18 chr13 24465743 . A G 435.96 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.486;QD=54.4949;RBI=0.0431105;REFB=-0.145367;REVB=0.00759025;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00223145;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:0:1 chr13 24468704 . G A 639.8 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0334282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5409;QD=16.8369;RBI=0.0834978;REFB=-0.00432788;REVB=0.0765142;RO=82;SAF=36;SAR=33;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688379;STB=0.534847;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00682991;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:83:69:69:0.453947:33:36:37:45:33:36:38:45 chr13 24471039 . T G 261.97 PASS AF=0.246914;AO=40;DP=162;FAO=40;FDP=162;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=81;FWDB=-0.0066396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.142;QD=6.46836;RBI=0.0198615;REFB=0.0008766;REVB=-0.0187188;RO=121;SAF=17;SAR=23;SRF=40;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124249;STB=0.569921;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00325409;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:121:122:40:40:0.246914:23:17:40:81:23:17:41:81 chr13 24471048 . C T 304.98 PASS AF=0.273292;AO=44;DP=158;FAO=44;FDP=161;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=76;FWDB=-0.0176948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.745;QD=7.57709;RBI=0.0200406;REFB=-0.013776;REVB=-0.00940845;RO=114;SAF=19;SAR=25;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914752;STB=0.561248;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0154446;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:114:117:44:44:0.273292:25:19:41:73:25:19:41:76 chr13 24876752 . T C 426.2 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.494;QD=56.8268;RBI=0.0358502;REFB=0;REVB=-0.0232466;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19964e-05;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr13 24895559 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1672;QD=53.2738;RBI=0.0956907;REFB=0;REVB=0.0954579;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224854;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr13 24895684 . A G 846.03 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0142641;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1429;QD=49.7667;RBI=0.050904;REFB=0.0176973;REVB=0.0488647;RO=6;SAF=39;SAR=23;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672976;STB=0.535703;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00119028;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:6:6:62:62:0.911765:23:39:6:0:23:39:6:0 chr13 25000617 . C G 950.98 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.186;QD=58.522;RBI=0.0385081;REFB=0;REVB=-0.000776177;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5436e-05;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:24:37:0:0:24:41:0:0 chr13 25008588 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.619;QD=61.8521;RBI=0.0158295;REFB=0;REVB=-0.0135005;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65921e-05;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr13 25008630 . A G 1521.99 PASS AF=0.990385;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.75;QD=58.538;RBI=0.0457856;REFB=-0.126158;REVB=0.04418;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.50495;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00199712;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:104:0:1:99:103:0.990385:47:52:0:0:50:53:0:1 chr13 25008903 . G T 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.763;QD=57.1836;RBI=0.0806957;REFB=0;REVB=0.0396396;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750642;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr13 25009099 . A C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7681;QD=59.8379;RBI=0.0534297;REFB=0;REVB=-0.0483744;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705451;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr13 25009297 . G T 803.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192396;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.389;QD=64.2422;RBI=0.0274276;REFB=0;REVB=0.0195477;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166652;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:14:36:0:0:14:36:0:0 chr13 25009441 . C G 923.16 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418186;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.187;QD=58.6134;RBI=0.0459115;REFB=0;REVB=0.0189492;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177916;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr13 25009485 . C G 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6149;QD=60.9636;RBI=0.079637;REFB=0;REVB=0.0452135;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307282;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr13 25016008 . C T 798.17 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124381;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.425;QD=54.1134;RBI=0.0166075;REFB=0.21392;REVB=0.0110047;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000308478;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:1:1:55:58:0.983051:28:27:0:1:31:27:0:1 chr13 25016092 . C T 410.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9614;QD=56.6826;RBI=0.0473249;REFB=0;REVB=0.0367591;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143763;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr13 25020863 . G A 590.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.328;QD=60.6139;RBI=0.0186573;REFB=0;REVB=-0.014635;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208467;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:28:8:0:0:30:9:0:0 chr13 25020906 . TGGGG TGGG,TGGGA 332.02 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=4,14;DP=26;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668128,0.245792;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.126,26.3933;QD=49.1876;RBI=0.0931813,0.293536;REFB=0,0;REVB=-0.0649523,-0.160466;RO=1;SAF=3,2;SAR=1,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119989,-0.179609;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0589241,0.0105956;OID=.,.;OPOS=25020907,25020910;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:4,14:26:3,24:27:0:0,8:3,16:0:0:8:1:3,2:1,12:1:0 chr13 25021200 . A C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0583181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.841;QD=47.8145;RBI=0.0595332;REFB=0.00371402;REVB=0.0119671;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000275805;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:0:1:10:11:0:1 chr13 25021211 . C T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00437884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.23;QD=47.8146;RBI=0.0272;REFB=0.026057;REVB=0.0268452;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00192895;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:0:1:10:11:0:1 chr13 25021245 . A G 330.26 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2861;QD=50.8091;RBI=0.031487;REFB=-0.0306524;REVB=-0.0283683;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00102611;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr13 25027744 . A G 1044.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1681;QD=59.67;RBI=0.0364853;REFB=0;REVB=-0.035498;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212379;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr13 25029218 . C T 833.9 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5228;QD=57.5106;RBI=0.0403538;REFB=0;REVB=-0.0396826;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418851;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr13 25356053 . T C 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6185;QD=63.2789;RBI=0.0146955;REFB=0;REVB=0.0122004;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133773;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr13 25367301 . C T 119.09 PASS AF=0.35;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0246021;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3831;QD=11.9091;RBI=0.0845281;REFB=-0.0253384;REVB=-0.0808686;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0637683;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:25:26:14:14:0.35:7:7:11:14:7:7:13:13 chr13 25367324 . TC AT 280.71 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0167277;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.165;QD=28.0712;RBI=0.0315512;REFB=-0.0219226;REVB=-0.0267519;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362204;STB=0.519984;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=0.0130337;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:13:12:8:7:13:12:8:7 chr13 25419176 . A G 1226.67 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00530913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.305;QD=59.8376;RBI=0.0213695;REFB=-0.105161;REVB=0.0206995;RO=1;SAF=31;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150268;STB=0.50769;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00059467;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:82:1:1:80:81:0.987805:49:31:1:0:49:32:1:0 chr13 25424583 . T C 287.24 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.024052;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.692;QD=20.517;RBI=0.0258922;REFB=0.000130618;REVB=0.00958685;RO=26;SAF=9;SAR=21;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113167;STB=0.562461;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.000224431;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:26:26:30:30:0.535714:21:9:5:21:21:9:5:21 chr13 25428002 . C A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0261812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8661;QD=14.9779;RBI=0.0635953;REFB=-0.00170756;REVB=0.0579561;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122798;STB=0.571292;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00475281;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:8:3:4:6:8:3 chr13 25453420 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00636588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.656;QD=16.7547;RBI=0.00894791;REFB=-0.0352846;REVB=-0.00628814;RO=27;SAF=6;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311816;STB=0.687335;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0310332;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:18:6:15:12:18:6:16:12 chr13 25460428 . A G 480.57 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.384;QD=54.9227;RBI=0.0305569;REFB=-0.033734;REVB=0.0114918;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518507;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000401673;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:0:1:32:33:0.942857:12:20:0:0:13:20:0:1 chr13 25466955 . T C 305.13 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00619429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.589;QD=15.0681;RBI=0.0261432;REFB=-0.0249675;REVB=-0.0253988;RO=46;SAF=27;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327238;STB=0.687965;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0351907;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:47:33:34:0.419753:6:27:26:20:6:28:27:20 chr13 25487103 . T A 297.94 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.01237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.049;QD=20.9077;RBI=0.0126832;REFB=-0.0163546;REVB=0.00280114;RO=26;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295027;STB=0.516345;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00880911;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:18:13:10:16:18:13:10:16 chr13 25670919 . A G 40.77 PASS AF=0.0777778;AO=14;DP=180;FAO=14;FDP=180;FR=.;FRO=166;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=76;FSRR=90;FWDB=0.0220708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.593;QD=0.906041;RBI=0.0222363;REFB=0.000137085;REVB=0.00270805;RO=164;SAF=5;SAR=9;SRF=76;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12197;STB=0.595449;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00170188;OID=.;OPOS=25670919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:180:180:164:166:14:14:0.0777778:9:5:76:88:9:5:76:90 chr13 25670953 . G A 31.91 PASS AF=0.0689655;AO=12;DP=174;FAO=12;FDP=174;FR=.;FRO=162;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=89;FWDB=-0.0107792;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5975;QD=0.733461;RBI=0.0130891;REFB=0.00155472;REVB=0.00742522;RO=161;SAF=3;SAR=9;SRF=72;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223241;STB=0.699038;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0266859;OID=.;OPOS=25670953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:174:174:161:162:12:12:0.0689655:9:3:72:89:9:3:73:89 chr13 25670988 . T G 36.25 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=-0.0345461;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8312;QD=1.09842;RBI=0.0352631;REFB=-0.00398423;REVB=0.00707468;RO=121;SAF=2;SAR=9;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283513;STB=0.738649;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0127567;OID=.;OPOS=25670988;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:121:121:11:11:0.0833333:9:2:49:72:9:2:49:72 chr13 25671008 . C T 41.23 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=-0.0146996;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.701;QD=1.40951;RBI=0.0289391;REFB=-0.00228765;REVB=-0.0249277;RO=106;SAF=3;SAR=8;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113299;STB=0.589756;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0261557;OID=.;OPOS=25671008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:118:117:106:106:11:11:0.0940171:8:3:38:68:8:3:38:68 chr13 25671015 . A G 31.62 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=-0.00581012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8272;QD=1.14985;RBI=0.0267098;REFB=0.00217017;REVB=0.0260702;RO=101;SAF=3;SAR=6;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633367;STB=0.552512;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0288275;OID=.;OPOS=25671015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:101:101:9:9:0.0818182:6:3:39:62:6:3:39:62 chr13 25671122 . C T 30.17 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0308761;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.587;QD=2.15529;RBI=0.0455509;REFB=-0.00747277;REVB=-0.0334896;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106584;STB=0.571196;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0211892;OID=.;OPOS=25671122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:49:50:6:6:0.107143:3:3:29:20:3:3:29:21 chr13 25671214 . T G 51.07 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0140784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7402;QD=1.92703;RBI=0.0623046;REFB=-0.0145669;REVB=-0.0606931;RO=91;SAF=3;SAR=9;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292506;STB=0.712503;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.108089;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:103:106:91:94:12:12:0.113208:9:3:44:47:9:3:45:49 chr13 25671271 . A G 489.46 PASS AF=0.30137;AO=66;DP=219;FAO=66;FDP=219;FR=.;FRO=153;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=-0.00879865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.405;QD=8.93991;RBI=0.0189007;REFB=-0.00987078;REVB=-0.0167278;RO=153;SAF=40;SAR=26;SRF=78;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117382;STB=0.568353;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0229057;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:153:153:66:66:0.30137:26:40:78:75:26:40:78:75 chr13 25671274 . C T 504.29 PASS AF=0.308756;AO=64;DP=214;FAO=67;FDP=217;FR=.;FRO=150;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.00627306;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.755;QD=9.29563;RBI=0.0210386;REFB=-0.00057343;REVB=-0.0200816;RO=146;SAF=39;SAR=25;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148659;STB=0.589447;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00177798;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:217:146:150:64:67:0.308756:25:39:71:75:25:42:75:75 chr13 25671292 . C T 623.17 PASS AF=0.318725;AO=79;DP=249;FAO=80;FDP=251;FR=.;FRO=171;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=87;FSRR=84;FWDB=-0.0126989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4045;QD=9.93104;RBI=0.083209;REFB=-0.00936574;REVB=-0.0822343;RO=169;SAF=47;SAR=32;SRF=86;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103025;STB=0.554265;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0240512;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:169:171:79:80:0.318725:32:47:86:83:33:47:87:84 chr13 25671310 . TTATGA T 356.47 PASS AF=0.302326;AO=70;DP=259;FAO=78;FDP=258;FR=.;FRO=180;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=0.00284439;FXX=0.0114938;HRUN=2;LEN=5;MLLD=313.102;QD=5.52667;RBI=0.00676469;REFB=-0.0141824;REVB=-0.00613763;RO=174;SAF=39;SAR=31;SRF=94;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208221;STB=0.549387;STBP=0.276;TYPE=del;VARB=0.0326838;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:70:259:78:258:180:47:31:96:84:99:174:39:31:94:80 chr13 25671320 . A G 524.12 PASS AF=0.280303;AO=73;DP=263;FAO=74;FDP=264;FR=.;FRO=190;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=105;FSRR=85;FWDB=0.0181535;FXX=0.00377344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6398;QD=7.94117;RBI=0.0183603;REFB=-0.0292078;REVB=-0.00274807;RO=187;SAF=42;SAR=31;SRF=104;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023966;STB=0.501035;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0743793;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:187:190:73:74:0.280303:31:42:104:83:33:41:105:85 chr13 25671332 . CA C 266.05 PASS AF=0.287273;AO=73;DP=274;FAO=79;FDP=275;FR=.;FRO=196;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=101;FSRR=95;FWDB=0.0212408;FXX=0.00362306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.618;QD=3.86988;RBI=0.0603911;REFB=0.0337715;REVB=-0.0565324;RO=182;SAF=44;SAR=29;SRF=92;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120125;STB=0.557575;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=-0.0765506;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287273:73:274:79:275:196:47:32:101:95:99:182:44:29:92:90 chr13 25671369 . G T 509.91 PASS AF=0.271062;AO=74;DP=273;FAO=74;FDP=273;FR=.;FRO=199;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=98;FSRR=101;FWDB=-0.00348863;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4693;QD=7.47115;RBI=0.0148205;REFB=-0.0188609;REVB=-0.0144041;RO=191;SAF=45;SAR=29;SRF=98;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118524;STB=0.585152;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0325698;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:191:199:74:74:0.271062:29:45:98:93:29:45:98:101 chr13 25671398 . C T 394.31 PASS AF=0.242798;AO=59;DP=242;FAO=59;FDP=243;FR=.;FRO=184;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=89;FSRR=95;FWDB=-0.00369698;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.756;QD=6.49073;RBI=0.00373555;REFB=-0.00706857;REVB=0.000535381;RO=180;SAF=37;SAR=22;SRF=87;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18228;STB=0.609595;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0200507;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:180:184:59:59:0.242798:22:37:87:93:22:37:89:95 chr13 25671429 . G T 137.04 PASS AF=0.156757;AO=27;DP=185;FAO=29;FDP=185;FR=.;FRO=156;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=89;FWDB=0.0128351;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.756;QD=2.96302;RBI=0.01339;REFB=-0.00164223;REVB=-0.00381468;RO=151;SAF=17;SAR=10;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250617;STB=0.686121;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0089754;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:151:156:27:29:0.156757:10:17:65:86:10:19:67:89 chr13 25671451 . A G 38.98 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=-0.00182121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9984;QD=1.07536;RBI=0.0274983;REFB=0.00189778;REVB=0.0274379;RO=132;SAF=8;SAR=4;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254533;STB=0.705028;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0209617;OID=.;OPOS=25671451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:144:145:132:133:12:12:0.0827586:4:8:58:74:4:8:58:75 chr13 25745106 . GCCCC GCCC,GCCCT 39.37 PASS AF=0.32,0.08;AO=7,2;DP=25;FAO=8,2;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=3,2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00557647,0.0644725;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.9462,25.3755;QD=6.29904;RBI=0.0588039,0.0752943;REFB=-0.0781491,-0.0589792;REVB=-0.0585389,0.0388912;RO=16;SAF=5,0;SAR=2,2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.248764,-0.534299;STB=0.561641,0.994743;STBP=0.777,0.173;TYPE=del,snp;VARB=0.0994837,0.103588;OID=.,.;OPOS=25745107,25745110;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCC,GCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.08:7,2:25:8,2:25:15:5,0:3,2:8:7:31:16:5,0:2,2:8:8 chr13 25802676 . A G 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000749291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.263;QD=8.79704;RBI=0.0257669;REFB=-0.00069001;REVB=0.025756;RO=45;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143107;STB=0.590821;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00236244;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:10:10:17:28:10:10:17:29 chr13 25825889 . T C 1474.23 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6194;QD=62.073;RBI=0.0330749;REFB=-0.115597;REVB=0.00228609;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977519;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00159504;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:48:45:0:1:48:46:0:1 chr13 25831888 . T C 1729.26 PASS AF=0.951613;AO=117;DP=123;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00473666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7098;QD=55.7827;RBI=0.027581;REFB=-0.0507539;REVB=-0.0271712;RO=2;SAF=74;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454135;STB=0.515079;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00339622;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:123:124:2:6:117:118:0.951613:43:74:1:1:44:74:2:4 chr13 25876011 . G A 1230.73 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724415;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.999;QD=61.5366;RBI=0.0736753;REFB=0;REVB=0.0134269;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619245;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:51:28:0:0:52:28:0:0 chr13 26273385 . G C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3085;QD=60.7159;RBI=0.0155007;REFB=0;REVB=0.0082939;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160557;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr13 26273403 . C A 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00834463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.062;QD=18.6193;RBI=0.0240953;REFB=-0.00239669;REVB=0.0226043;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327301;STB=0.681505;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00247081;OID=.;OPOS=26273403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:23:14:29:10:23:14:29:10 chr13 26518801 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00895733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.101;QD=15.5715;RBI=0.0103163;REFB=-0.0106544;REVB=0.0051178;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.015945;OID=.;OPOS=26518801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr13 26620777 . G A,C 1209.7 PASS AF=0.975,0.025;AO=77,3;DP=81;FAO=78,2;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166558,0.032195;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.994,30.5569;QD=60.485;RBI=0.0213351,0.0924904;REFB=0,0;REVB=-0.013333,-0.0867061;RO=0;SAF=45,0;SAR=32,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00134596,0.0738005;OID=.,.;OPOS=26620777,26620777;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:81:80:0:0:77,3:78,2:0.975,0.025:32,3:45,0:0:0:33,2:45,0:0:0 chr13 26620924 . G A 1263.04 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.686;QD=60.8696;RBI=0.0638074;REFB=0;REVB=0.0558867;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018304;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:37:42:0:0:37:46:0:0 chr13 26620978 . G T 1119.21 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2604;QD=57.3954;RBI=0.117248;REFB=-0.186872;REVB=0.0572079;RO=2;SAF=40;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230653;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00856355;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:2:1:74:77:0.987179:34:40:2:0:35:42:1:0 chr13 27250823 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00985825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.472;QD=17.0591;RBI=0.0364989;REFB=-0.00964698;REVB=0.0351424;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114673;STB=0.564217;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0151033;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:16:17:15:23:16:17:15:23 chr13 27257004 . C T 129.04 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00965305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6059;QD=12.2897;RBI=0.109655;REFB=-0.0119254;REVB=0.109229;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418167;STB=0.749722;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.037629;OID=.;OPOS=27257004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:8:6:22:5:9:6:22:5 chr13 28009851 . G A 165.42 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0139944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.864;QD=11.4086;RBI=0.0195825;REFB=-0.00404822;REVB=-0.0136978;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259128;STB=0.506573;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00923422;OID=.;OPOS=28009851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:10:11:18:18:10:11:19:18 chr13 28009920 . G C 260.05 PASS AF=0.424658;AO=29;DP=71;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00235707;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5787;QD=14.2494;RBI=0.00295497;REFB=-0.00936781;REVB=0.00178215;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105488;STB=0.563836;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0262863;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:41:42:29:31:0.424658:15:14:24:17:16:15:25:17 chr13 28537242 . A C 111.66 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.105176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0877;QD=16.5419;RBI=0.183788;REFB=-0.0205033;REVB=-0.150718;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125598;STB=0.513493;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0208354;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:10:14:12:13:0.481481:4:8:8:2:4:9:10:4 chr13 28537317 . G A 57.79 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0294669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.541;QD=13.5986;RBI=0.0988244;REFB=-0.0897527;REVB=0.094329;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0567968;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:3:5:3:5:3:6 chr13 28610183 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.948;QD=59.6788;RBI=0.00903309;REFB=0;REVB=-0.00332654;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73759e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr13 28624294 . G A 864.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.897;QD=57.6007;RBI=0.023999;REFB=0;REVB=-0.00502658;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60582e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr13 28636084 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.831;QD=57.0007;RBI=0.0261656;REFB=0;REVB=0.0181715;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46425e-07;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr13 28835527 . T C,TC 1598.34 PASS AF=0.00917431,0.981651;AO=4,101;DP=113;FAO=1,107;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=1,65;FSAR=0,42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00977691,0.0182176;FXX=0.0267833;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=236.725,258.605;QD=58.6548;RBI=0.016346,0.0221469;REFB=-0.1382,-0.0872211;REVB=-0.0130998,-0.0125938;RO=7;SAF=4,61;SAR=0,40;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694548,0.00416737;STB=0.5,0.503816;STBP=1,0.515;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0498189,0.000832588;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:113:109:7:1:4,101:1,107:0.00917431,0.981651:0,40:4,61:4:3:0,42:1,65:1:0 chr13 28883061 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.314;QD=57.2026;RBI=0.0333254;REFB=0;REVB=0.0198099;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102712;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr13 28970917 . C T 175.8 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1231;QD=46.8806;RBI=0.240965;REFB=0;REVB=0.218938;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00515007;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:0:12:0:0:2:13:0:0 chr13 29274977 . T TA 40.15 PASS AF=0.294118;AO=8;DP=36;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.125751;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6691;QD=4.72348;RBI=0.168356;REFB=0.0254809;REVB=0.11194;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201514;STB=0.685302;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=-0.0739843;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:8:36:10:34:24:8:2:14:10:40:25:6:2:15:10 chr13 29275102 . T A,C 351.86 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=3,22;DP=25;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192618,0.0307298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.822,170.621;QD=54.1316;RBI=0.0214505,0.0477538;REFB=0,0;REVB=0.00943974,0.0365528;RO=0;SAF=2,11;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0543211,-0.00511104;OID=.,.;OPOS=29275102,29275102;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:26:0:0:3,22:2,24:0.0769231,0.923077:1,11:2,11:0:0:0,13:2,11:0:0 chr13 29275129 . C T 36.6 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0140184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7726;QD=7.3208;RBI=0.0331587;REFB=-0.0188211;REVB=0.0300497;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383897;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr13 29898768 . A C 773.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.606;QD=63.1247;RBI=0.021376;REFB=0;REVB=0.020905;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294453;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr13 30083865 . CAAAAAAAT CAAAAAATA 45.47 PASS AF=0.25;AO=3;DP=18;FAO=4;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.112994;FXX=0.0587889;HRUN=7;LEN=2;MLLD=24.0716;QD=11.3664;RBI=0.151441;REFB=-0.043013;REVB=0.10083;RO=7;SAF=2;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240731;STB=0.545229;STBP=0.91;TYPE=mnp;VARB=0.0794187;OID=.;OPOS=30083872;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=CAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:3:18:4:16:7:2:2:3:4:23:7:2:1:3:4 chr13 30084173 . G A 1976.28 PASS AF=1;AO=124;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411824;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.85;QD=62.2451;RBI=0.0416977;REFB=0;REVB=-0.006535;RO=0;SAF=86;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264851;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:124:127:1:38:86:0:0:39:88:0:0 chr13 30087778 . T A 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.969;QD=64.4116;RBI=0.0173903;REFB=0;REVB=0.00423023;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9084e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr13 30091714 . G A 2739.98 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.498;QD=62.2722;RBI=0.0246474;REFB=0;REVB=0.0241999;RO=0;SAF=93;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05643e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:176:0:0:173:176:1:80:93:0:0:81:95:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 3773.15 PASS AF=0.119403,0.160448,0.720149;AO=59,44,156;DP=272;FAO=32,43,193;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=30,40,54;FSAR=2,3,139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710787,0.107661,0.100099;FXX=0.0110697;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=172.296,181.77,187.164;QD=56.3156;RBI=0.071105,0.107668,0.100105;REFB=0,0,0;REVB=-0.00193351,-0.00119036,-0.00101961;RO=1;SAF=52,36,32;SAR=7,8,124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00898996,-0.012875,-0.014632;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0253485,-0.00530272,0.0059794;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.119403,0.160448,0.720149:59,44,156:272:32,43,193:268:0:30,40,54:2,3,139:0:0:58:1:52,36,32:7,8,124:1:0 chr13 30107067 . G C 466.4 PASS AF=0.292237;AO=61;DP=215;FAO=64;FDP=219;FR=.;FRO=155;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=-0.0162181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.451;QD=8.51872;RBI=0.0197784;REFB=-0.00484624;REVB=0.0113207;RO=151;SAF=26;SAR=35;SRF=67;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216379;STB=0.51031;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0129696;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:219:151:155:61:64:0.292237:35:26:67:84:35:29:68:87 chr13 30340910 . A G 803.48 PASS AF=0.752941;AO=64;DP=85;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00669214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.294;QD=37.8109;RBI=0.00810814;REFB=-0.00820981;REVB=0.00457791;RO=21;SAF=24;SAR=40;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292128;STB=0.501567;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00274553;OID=.;OPOS=30340910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:21:21:64:64:0.752941:40:24:8:13:40:24:8:13 chr13 30438728 . G A 42.28 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0157853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5794;QD=6.04016;RBI=0.0185018;REFB=-0.00550051;REVB=-0.00965091;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835743;STB=0.605762;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.023259;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:27:28:21:21:6:7:0.25:3:3:9:12:3:4:9:12 chr13 31036681 . A G 1095.86 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195628;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.88;QD=59.2355;RBI=0.0197043;REFB=-0.0534127;REVB=-0.00235688;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000800813;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:70:73:0.986486:38:32:0:1:39:34:0:1 chr13 31231806 . T C 249.48 PASS AF=0.277778;AO=35;DP=128;FAO=35;FDP=126;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0139402;FXX=0.0156238;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0105;QD=7.91992;RBI=0.0345466;REFB=-0.01668;REVB=0.0316092;RO=91;SAF=22;SAR=13;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.62106;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0351704;OID=.;OPOS=31231806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:91:91:35:35:0.277778:13:22:42:49:13:22:42:49 chr13 31233063 . G A 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0105232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7436;QD=7.54511;RBI=0.020417;REFB=0.00772928;REVB=-0.0174962;RO=41;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480217;STB=0.529372;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0114416;OID=.;OPOS=31233063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:9:6:18:23:9:6:18:23 chr13 31287978 . G GGTGT 715.23 PASS AF=0.688889;AO=54;DP=111;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000556834;FXX=0.1089;HRUN=2;LEN=4;MLLD=170.374;QD=31.788;RBI=0.0384585;REFB=-0.0933862;REVB=0.0384545;RO=40;SAF=23;SAR=31;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154409;STB=0.564495;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.0357176;OID=.;OPOS=31287979;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=GGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.688889:54:111:62:90:28:27:35:18:10:99:40:23:31:25:15 chr13 31531009 . G A 398.06 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.028017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9632;QD=19.9029;RBI=0.0313013;REFB=-0.0238271;REVB=-0.0139578;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134529;STB=0.585915;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0364019;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:39:40:41:0.5125:21:19:25:15:22:19:25:14 chr13 31728703 . T C 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.000546993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.669;QD=10.594;RBI=0.0292789;REFB=-0.00107832;REVB=-0.0292738;RO=42;SAF=18;SAR=4;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260786;STB=0.655014;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00162701;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:4:18:27:15:4:18:27:15 chr13 31821240 . C T 1521.78 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2655;QD=63.4073;RBI=0.0224331;REFB=0;REVB=-0.0151954;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14288e-06;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr13 31821992 . T C 1538.87 PASS AF=0.972973;AO=103;DP=107;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204294;FXX=0.0430997;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.286;QD=55.4546;RBI=0.0213984;REFB=-0.119049;REVB=-0.00636653;RO=3;SAF=65;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170735;STB=0.501329;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00134038;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:111:3:3:103:108:0.972973:38:65:1:2:41:67:2:1 chr13 31891746 . G A 213.38 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=53;FWDB=0.00504479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.106;QD=8.53538;RBI=0.015138;REFB=-0.0183637;REVB=-0.0142727;RO=72;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129422;STB=0.576248;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0690679;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:18:10:19:53:18:10:19:53 chr13 32360547 . A G 249.1 PASS AF=0.28;AO=35;DP=125;FAO=35;FDP=125;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0125145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.988;QD=7.97105;RBI=0.0130734;REFB=-0.000793407;REVB=0.00378182;RO=89;SAF=16;SAR=19;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993967;STB=0.562607;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00189046;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:89:90:35:35:0.28:19:16:48:41:19:16:49:41 chr13 32360583 . A G 248.05 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.0529834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.719;QD=8.78066;RBI=0.0531648;REFB=-0.00723067;REVB=-0.00438836;RO=79;SAF=12;SAR=22;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257279;STB=0.651002;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0120371;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:79:79:34:34:0.300885:22:12:45:34:22:12:45:34 chr13 32371361 . A G 590.3 PASS AF=0.290323;AO=79;DP=277;FAO=81;FDP=279;FR=.;FRO=198;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=104;FSRR=94;FWDB=-0.00425021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9421;QD=8.46308;RBI=0.0124351;REFB=-0.00572889;REVB=0.0116863;RO=197;SAF=37;SAR=42;SRF=104;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726449;STB=0.531027;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0119929;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:197:198:79:81:0.290323:42:37:104:93:42:39:104:94 chr13 32376718 . A G 129.66 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00490711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2227;QD=7.20331;RBI=0.00922172;REFB=0.00283755;REVB=0.00780772;RO=53;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218781;STB=0.632049;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00524449;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:8:11:21:32:8:11:21:32 chr13 32832149 . T C 841.19 PASS AF=0.592308;AO=76;DP=129;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0145392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.208;QD=25.8827;RBI=0.0393311;REFB=-0.00457487;REVB=0.0365452;RO=53;SAF=39;SAR=37;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313101;STB=0.519475;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00262586;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:53:53:76:77:0.592308:37:39:25:28:37:40:25:28 chr13 32885654 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.408;QD=55.6544;RBI=0.00545103;REFB=0;REVB=-0.00297393;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45148e-05;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr13 32885658 . G A 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0543683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.472;QD=30.5519;RBI=0.0599015;REFB=-0.0252382;REVB=-0.0251451;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181538;STB=0.599893;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0115894;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:9:9:6:1:9:9:6:1 chr13 32911888 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00726842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.093;QD=11.9168;RBI=0.0122028;REFB=-0.006166;REVB=0.009802;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014446;STB=0.508354;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0109598;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:14:8:13:24:14:8:13:24 chr13 32912299 . T C 374.86 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00995298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.884;QD=26.306;RBI=0.0283972;REFB=-0.0228052;REVB=0.0265958;RO=21;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103882;STB=0.55693;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0146743;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:24:12:10:11:24:12:10:11 chr13 32913055 . A G 2457.87 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.047833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0695;QD=60.688;RBI=0.0481938;REFB=0.0419398;REVB=-0.00588642;RO=0;SAF=80;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2572e-08;STB=0.503067;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000389737;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:0:1:161:161:0.993827:81:80:0:0:81:80:0:1 chr13 32915005 . G C 1208.35 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.539;QD=61.1823;RBI=0.0189703;REFB=0;REVB=-0.0145302;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147017;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:32:45:0:0:32:47:0:0 chr13 32929232 . A G 177.31 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0507486;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1968;QD=8.54484;RBI=0.0764402;REFB=-0.00994088;REVB=0.0571637;RO=59;SAF=8;SAR=16;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175625;STB=0.604952;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0264093;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:16:8:28:31:16:8:28:31 chr13 32929387 . T C 285.25 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.923;QD=51.8632;RBI=0.0378932;REFB=0;REVB=0.0179363;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438419;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr13 32976608 . A G 628.71 PASS AF=0.321429;AO=64;DP=252;FAO=81;FDP=252;FR=.;FRO=171;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=87;FSRR=84;FWDB=0.064439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.761;QD=9.97959;RBI=0.0648083;REFB=-0.001723;REVB=0.00690938;RO=133;SAF=39;SAR=25;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099455;STB=0.540418;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00631841;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:133:171:64:81:0.321429:25:39:70:63:35:46:87:84 chr13 32976640 . TTTG T 121.59 PASS AF=0.248062;AO=30;DP=131;FAO=32;FDP=129;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.00340781;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=3;MLLD=196.399;QD=3.77031;RBI=0.0137567;REFB=0.00220733;REVB=-0.0133279;RO=99;SAF=10;SAR=20;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146709;STB=0.563136;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=-0.00427894;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.248062:30:131:32:129:97:11:21:41:56:99:99:10:20:44:55 chr13 32976645 . T A 212.02 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.00387041;FXX=0.039367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.553;QD=6.95145;RBI=0.0077377;REFB=0.000562587;REVB=-0.00670015;RO=95;SAF=11;SAR=20;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073523;STB=0.523902;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00211313;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:122:95:91:31:31:0.254098:20:11:39:56:20:11:35:56 chr13 32976648 . G C 208.05 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=123;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=0.0147022;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2988;QD=6.82134;RBI=0.0454786;REFB=0.00192097;REVB=-0.0430366;RO=89;SAF=11;SAR=20;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213037;STB=0.523902;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0098795;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:89:91:31:31:0.254098:20:11:33:56:20:11:35:56 chr13 32981142 . C T 50.71 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00462077;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8539;QD=4.82976;RBI=0.00845937;REFB=-0.00105207;REVB=0.00708587;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945574;STB=0.506313;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00777512;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:34:34:8:8:0.190476:3:5:21:13:3:5:21:13 chr13 32981279 . T A 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0116411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.977;QD=3.63778;RBI=0.0471894;REFB=-0.00282191;REVB=-0.045731;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205397;STB=0.645822;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0124292;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:17:21:5:2:17:21 chr13 33590851 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.13;QD=60.2289;RBI=0.0836841;REFB=0;REVB=-0.083048;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719017;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr13 33629393 . C T 456.87 PASS AF=0.372414;AO=51;DP=136;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0269826;FXX=0.00684885;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.6926;QD=12.6032;RBI=0.0269836;REFB=-0.0397944;REVB=-0.000233662;RO=85;SAF=27;SAR=24;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517768;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0238512;OID=.;OPOS=33629393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:145:85:91:51:54:0.372414:24:27:45:40:24:30:48:43 chr13 33634983 . C T 364.66 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0048521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.84;QD=12.4671;RBI=0.00896415;REFB=-0.00501265;REVB=0.00753744;RO=70;SAF=24;SAR=20;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284032;STB=0.518859;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00776958;OID=.;OPOS=33634983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:73:44:44:0.376068:20:24:40:30:20:24:42:31 chr13 33635463 . T C 344.65 PASS AF=0.431818;AO=35;DP=86;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=41;FWDB=0.00210585;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.229;QD=15.6661;RBI=0.00223706;REFB=-0.0246261;REVB=0.000754885;RO=51;SAF=11;SAR=24;SRF=10;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154152;STB=0.580707;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0353239;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:50:35:38:0.431818:24:11:10:41:27:11:9:41 chr13 33635835 . T C 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6654;QD=63.5754;RBI=0.0293238;REFB=0;REVB=0.00866673;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275432;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr13 33678505 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0274845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.056;QD=13.4576;RBI=0.0276468;REFB=-0.00992603;REVB=-0.00299136;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225901;STB=0.60228;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0271609;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:5:10:12:14:6:10:12:14 chr13 33700374 . T G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0499329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.799;QD=9.19972;RBI=0.0511256;REFB=-0.0153416;REVB=0.0109789;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157892;STB=0.599679;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0286286;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:3:10:6:1:3:10 chr13 33703656 . T C 302.3 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00502095;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.249;QD=12.8639;RBI=0.00535453;REFB=-0.0169189;REVB=-0.0018604;RO=58;SAF=20;SAR=14;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00230059;STB=0.51541;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0170571;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:59:34:35:0.37234:14:20:34:24:14:21:34:25 chr13 33703752 . G A 52.33 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00821048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.438;QD=6.54175;RBI=0.0125872;REFB=0.00544726;REVB=-0.0095407;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.593524;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0232553;OID=.;OPOS=33703752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:4:4:14:9:4:4:15:9 chr13 34674900 . C T 675.48 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.000811665;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.036;QD=20.3151;RBI=0.00165411;REFB=-0.0104346;REVB=-0.00144128;RO=63;SAF=37;SAR=30;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252393;STB=0.5034;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0127182;OID=.;OPOS=34674900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:63:66:67:67:0.503759:30:37:33:30:30:37:36:30 chr13 36048509 . TTAAA T 252.99 PASS AF=0.568966;AO=31;DP=61;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0324132;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=4;MLLD=239.51;QD=17.4477;RBI=0.0353992;REFB=-0.0365069;REVB=0.01423;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210809;STB=0.564848;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=0.0343279;OID=.;OPOS=36048510;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966:31:61:33:58:25:14:19:7:18:99:25:14:17:5:20 chr13 36385031 . G T 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0016894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.023;QD=12.1624;RBI=0.0110593;REFB=-0.00473953;REVB=-0.0109295;RO=66;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640327;STB=0.536567;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.007656;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:20:19:36:30:20:19:36:30 chr13 36639771 . A C 1141.29 PASS AF=1;AO=67;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5958;QD=59.2877;RBI=0.184052;REFB=-0.0368586;REVB=0.104474;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276968;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:0:67:77:1:39:28:1:0:44:33:0:0 chr13 36700098 . A C 427.29 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00394913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.354;QD=15.5376;RBI=0.0154841;REFB=-0.0106893;REVB=-0.014972;RO=62;SAF=33;SAR=15;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101278;STB=0.556938;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0147197;OID=.;OPOS=36700098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:15:33:37:25:15:33:37:25 chr13 36939688 . C T 1343.68 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9631;QD=61.0762;RBI=0.0375548;REFB=0.0327763;REVB=-0.0216096;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997538;STB=0.505262;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000595378;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:47:40:0:1:47:40:0:1 chr13 36939758 . A G 1852.78 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135116;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.47;QD=61.249;RBI=0.0147723;REFB=0;REVB=0.00597121;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657983;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:67:53:0:0:67:54:0:0 chr13 37269835 . G A 1120.5 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.435;QD=58.9739;RBI=0.0255979;REFB=-0.036167;REVB=-0.00183464;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00132946;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:42:33:0:1:42:33:0:1 chr13 37271163 . C A 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5724;QD=62.3456;RBI=0.0475012;REFB=0;REVB=-0.00591416;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473784;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 228.13 PASS AF=0.789474,0.210526;AO=10,4;DP=18;FAO=15,4;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758888,0.0463748;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=155.985,137.764;QD=48.027;RBI=0.0988844,0.0485492;REFB=0,0;REVB=0.0633958,0.0143666;RO=0;SAF=2,0;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-5.81862e-05,-0.0111725;OID=.,.;OPOS=37271429,37271445;OREF=CA,CAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.789474,0.210526:10,4:18:15,4:19:0:3,0:12,4:0:0:19:0:2,0:8,4:0:0 chr13 37372429 . T C 317.15 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00460531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5441;QD=45.3072;RBI=0.14117;REFB=-0.00752017;REVB=0.141095;RO=3;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957196;STB=0.551683;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0209742;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:12:13:3:0:12:13:3:0 chr13 37580139 . G A 1340.04 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.568;QD=61.6111;RBI=0.0197356;REFB=0;REVB=0.0165848;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18426e-06;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr13 37583831 . G A 473.22 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0422638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.424;QD=51.1591;RBI=0.0424574;REFB=-0.0645361;REVB=0.00404997;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.504213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00754617;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:37:1:3:33:34:0.918919:13:20:1:0:13:21:2:1 chr13 37625601 . T C 382.45 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.628;QD=52.7512;RBI=0.0313285;REFB=-0.0443669;REVB=0.0130635;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000625637;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:10:18:0:0:10:18:1:0 chr13 37679268 . G T 599.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1271;QD=59.9357;RBI=0.0697731;REFB=0;REVB=0.006293;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204969;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:10:28:0:0:10:30:0:0 chr13 37679535 . G C 922.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607738;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.722;QD=58.565;RBI=0.0138811;REFB=0;REVB=0.0124801;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64017e-05;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr13 37679729 . C T 379.39 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282567;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0013;QD=56.206;RBI=0.0341571;REFB=0;REVB=0.0191903;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327524;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr13 37679776 . G A 139.48 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6735;QD=42.9154;RBI=0.0137687;REFB=0;REVB=0.0136704;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040563;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:4:9:0:0 chr13 38357471 . G A 420.57 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00269871;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.081;QD=19.3366;RBI=0.00533669;REFB=-0.0172293;REVB=0.00460405;RO=43;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230379;STB=0.507443;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0123995;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:43:45:41:42:0.482759:22:19:21:22:23:19:21:24 chr13 38924083 . A T 1845.31 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000251799;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1572;QD=61.5102;RBI=0.0226817;REFB=0;REVB=0.0226803;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471457;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:51:68:0:0:52:68:0:0 chr13 38924263 . T C 1952.82 PASS AF=0.992366;AO=124;DP=128;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309714;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5226;QD=59.6282;RBI=0.0800397;REFB=-0.123491;REVB=-0.0738046;RO=2;SAF=56;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147268;STB=0.504201;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0018304;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:131:2:1:124:130:0.992366:68:56:1:1:71:59:1:0 chr13 38932206 . A T 358.62 PASS AF=0.347518;AO=30;DP=128;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=2;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=0.00339915;FXX=0.0408136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.601;QD=10.1735;RBI=0.0544482;REFB=-0.0102589;REVB=-0.054342;RO=87;SAF=30;SAR=0;SRF=60;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.760768;STB=0.881681;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0246251;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:141:87:92:30:49:0.347518:0:30:60:27:2:47:60:32 chr13 38932208 . A T 318.66 PASS AF=0.243056;AO=23;DP=126;FAO=35;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=0.0146106;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.694;QD=8.85161;RBI=0.0418676;REFB=-0.020381;REVB=0.0392355;RO=80;SAF=21;SAR=2;SRF=62;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332859;STB=0.745118;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0467406;OID=.;OPOS=38932208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:144:80:100:23:35:0.243056:2:21:62:18:4:31:67:33 chr13 38932284 . TAA TA,TAT 1535.76 PASS AF=0.802548,0.197452;AO=17,31;DP=158;FAO=126,31;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=94,0;FSAR=32,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.951304,0.140562;FXX=0.00632871;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.2805,177.273;QD=39.1276;RBI=0.957709,0.146264;REFB=0.00837367,0.0152399;REVB=-0.110585,-0.0404394;RO=87;SAF=4,0;SAR=13,31;SRF=87;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.830991,-0.905219;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0606658,0.199778;OID=.,.;OPOS=38932285,38932286;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.802548,0.197452:17,31:158:126,31:157:0:94,0:32,31:0:0:99:87:4,0:13,31:87:0 chr13 39262057 . G A 1561.49 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.03672;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.836;QD=57.8329;RBI=0.0413424;REFB=0.128928;REVB=0.0189958;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.000616528;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:108:0:2:105:106:0.981481:53:52:0:0:53:53:0:2 chr13 39262166 . C T 228.76 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00238992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.739;QD=23.4629;RBI=0.0172877;REFB=-0.0335587;REVB=0.0171217;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189967;STB=0.603155;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0121789;OID=.;OPOS=39262166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:21:22:0.564103:13:8:10:6:13:9:11:6 chr13 39263713 . GT G,GC 463.74 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=19,12;DP=34;FAO=29,5;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561526,-0.0677047;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.88,39.3438;QD=54.5572;RBI=0.065901,0.174925;REFB=0,0;REVB=0.0344938,-0.161291;RO=0;SAF=16,8;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000508851,-0.0154901;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.852941,0.147059:19,12:34:29,5:34:0:21,4:8,1:0:0:18:0:16,8:3,4:0:0 chr13 39266484 . G A 294.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.046286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.098;QD=17.5626;RBI=0.0466686;REFB=-0.00473649;REVB=0.00596365;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846987;STB=0.504741;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00617218;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:15:20:18:14:15:20 chr13 39343822 . C T 114.39 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.003167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7997;QD=10.1675;RBI=0.0225939;REFB=-0.0074053;REVB=0.0223709;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164757;STB=0.596738;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0251881;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:4:27:11:3:4:27 chr13 39430314 . C T 708.58 PASS AF=0.535433;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.00503096;FXX=0.0522349;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.81;QD=22.3176;RBI=0.0531279;REFB=-0.0121716;REVB=-0.0528891;RO=59;SAF=43;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217695;STB=0.613821;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00918648;OID=.;OPOS=39430314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:127:59:59:67:68:0.535433:24:43:23:36:25:43:23:36 chr13 39433606 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0567619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.349;QD=17.9422;RBI=0.0568762;REFB=-0.0232675;REVB=0.00360375;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048118;STB=0.526957;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0159065;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:14:15:13:15:14:15 chr13 39540589 . TC T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0059733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.032;QD=12.7982;RBI=0.00674017;REFB=-0.0176287;REVB=-0.00312244;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702703;STB=0.540438;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.0294721;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:26:67:26:67:41:8:18:15:26:99:41:8:18:15:26 chr13 39586343 . G C 399.01 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-2.16456e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.579;QD=15.3463;RBI=0.0386827;REFB=-0.012444;REVB=0.0386827;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196987;STB=0.614815;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0159591;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:59:44:45:0.432692:25:19:37:22:26:19:37:22 chr13 39587865 . A C 73.41 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0186298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.295;QD=9.47221;RBI=0.0278978;REFB=-0.0239192;REVB=-0.0207658;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280897;STB=0.685898;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0737714;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:3:7:9:11:3:7:9:12 chr13 39587889 . T C 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00270882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.535;QD=7.67851;RBI=0.0213598;REFB=-0.0144414;REVB=-0.0211874;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145797;STB=0.590943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0423432;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:4:7:16:15:4:7:16:15 chr13 39917888 . TTC T 30.21 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=42;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0481854;FXX=0.0249938;HRUN=8;LEN=2;MLLD=16.2912;QD=3.0984;RBI=0.157804;REFB=-0.0533489;REVB=-0.150267;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164126;STB=0.642575;STBP=0.368;TYPE=del;VARB=0.068525;OID=.;OPOS=39917889;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:11:42:9:39:30:4:5:8:22:30:25:3:8:10:15 chr13 40229847 . G T 157.91 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.057264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.9818;QD=25.2651;RBI=0.0627857;REFB=-0.0228192;REVB=0.0257464;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198323;STB=0.633335;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0366176;OID=.;OPOS=40229847;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:5:11:3:5:5:11:3:6 chr13 40298624 . T C 93.22 PASS AF=0.785714;AO=4;DP=8;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155386;FXX=0.0666222;HRUN=18;LEN=1;MLLD=70.5675;QD=26.6329;RBI=0.140485;REFB=-0.0169426;REVB=0.139623;RO=3;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.588086;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.014368;OID=.;OPOS=40298624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:8:14:3:3:4:11:0.785714:0:4:3:0:4:7:3:0 chr13 41331026 . C G 377.58 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0681345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.15;QD=21.5757;RBI=0.0699446;REFB=0.00787447;REVB=-0.0158091;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231308;STB=0.504564;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0115763;OID=.;OPOS=41331026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:17:21:18:13:17:21:18:14 chr13 41382711 . A T 242.98 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00149814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.556;QD=22.6024;RBI=0.00212012;REFB=-0.000316083;REVB=-0.00150016;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128376;STB=0.507181;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.000247813;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:9:11:13:10:9:11 chr13 41634954 . G A 288.23 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0196871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.703;QD=21.7531;RBI=0.0659236;REFB=-0.00627906;REVB=-0.0629153;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121526;STB=0.557339;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00620227;OID=.;OPOS=41634954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:17:12:13:10:17:13:13:10 chr13 41656960 . T A 457.16 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0286639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3726;QD=15.4969;RBI=0.0532126;REFB=0.00453142;REVB=-0.0448326;RO=66;SAF=18;SAR=33;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138441;STB=0.582521;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00669951;OID=.;OPOS=41656960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:33:18:32:34:33:18:33:34 chr13 41705495 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.321;QD=59.8394;RBI=0.040785;REFB=0;REVB=0.0342516;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154973;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr13 41706800 . A G 646.41 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.031346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.364;QD=50.6985;RBI=0.031444;REFB=-0.0611074;REVB=0.00248033;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.513642;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0016034;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:1:3:48:48:0.941176:21:27:1:0:21:27:1:2 chr13 41814556 . A T 362.44 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0165544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.239;QD=17.8984;RBI=0.0166198;REFB=-0.00377635;REVB=-0.00147344;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131337;STB=0.57946;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0066975;OID=.;OPOS=41814556;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:43:37:38:0.469136:20:17:14:29:20:18:14:29 chr13 41834744 . C T 1098.59 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4929;QD=60.1968;RBI=0.0361604;REFB=0;REVB=0.00582746;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247221;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:41:31:1:0:41:32:0:0 chr13 41902939 . T C 822.85 PASS AF=0.983051;AO=46;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124824;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4036;QD=55.7861;RBI=0.0176677;REFB=0.0279582;REVB=0.0125034;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00113257;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:46:58:0.983051:25:21:0:0:29:29:1:0 chr13 42032572 . T C 900.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.897;QD=58.1263;RBI=0.0720148;REFB=0;REVB=0.0112558;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018211;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr13 42264380 . C T 645.58 PASS AF=0.577982;AO=60;DP=106;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0129257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.212;QD=23.6911;RBI=0.0144091;REFB=-0.0340863;REVB=0.00636777;RO=42;SAF=18;SAR=42;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166091;STB=0.593518;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0151079;OID=.;OPOS=42264380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:42:46:60:63:0.577982:42:18:21:21:42:21:25:21 chr13 42265489 . T G 618.15 PASS AF=0.467153;AO=50;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00312803;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2375;QD=18.0483;RBI=0.0143977;REFB=0.000562682;REVB=0.0140538;RO=72;SAF=34;SAR=16;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266922;STB=0.54937;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000419647;OID=.;OPOS=42265489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:73:50:64:0.467153:16:34:31:41:30:34:32:41 chr13 42381889 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00927569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.442;QD=20.2743;RBI=0.0205559;REFB=-0.0122671;REVB=0.0183441;RO=24;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300212;STB=0.67089;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00933026;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:5:18:12:12:5:18:12:12 chr13 42385446 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0259284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.729;QD=16.4078;RBI=0.0309101;REFB=-0.00329921;REVB=-0.016827;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174197;STB=0.59146;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00381754;OID=.;OPOS=42385446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:14:14:7:14:15:14 chr13 42734176 . C T 353.97 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0100231;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.999;QD=18.1524;RBI=0.0145699;REFB=-0.0154918;REVB=0.0105744;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373268;STB=0.520822;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.015882;OID=.;OPOS=42734176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:41:41:37:37:0.474359:14:23:27:14:14:23:27:14 chr13 42772730 . G A 192.02 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00323726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.685;QD=11.8163;RBI=0.0172516;REFB=-0.00671514;REVB=0.0169452;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30977;STB=0.677282;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00894781;OID=.;OPOS=42772730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:12:29:10:14:12:29 chr13 42780279 . T C 202.62 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00589186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.653;QD=12.2799;RBI=0.0142398;REFB=-0.0157811;REVB=-0.0129638;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395344;STB=0.512573;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0346501;OID=.;OPOS=42780279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:41:24:25:0.378788:15:9:14:27:16:9:14:27 chr13 42784867 . C T 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0222899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.63;QD=12.12;RBI=0.0236435;REFB=-0.00133809;REVB=-0.00788521;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169511;STB=0.59814;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00203943;OID=.;OPOS=42784867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:19:19:15:8:19:19 chr13 42803341 . T C 2646.45 PASS AF=0.966851;AO=175;DP=181;FAO=175;FDP=181;FR=.;FRO=6;FSAF=93;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00938034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9522;QD=58.4851;RBI=0.0104471;REFB=-0.143483;REVB=0.00459905;RO=4;SAF=93;SAR=82;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134149;STB=0.504503;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00382201;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:181:181:4:6:175:175:0.966851:82:93:2:2:82:93:4:2 chr13 43469157 . G A 1020.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.875;QD=59.1461;RBI=0.0382317;REFB=0;REVB=-0.0379106;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132128;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr13 43469211 . G A 1190.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.784;QD=61.041;RBI=0.0160664;REFB=0;REVB=-0.0154062;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51219e-05;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr13 43597865 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0101916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.843;QD=21.9722;RBI=0.0211109;REFB=-0.0377596;REVB=0.0184878;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.54434;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0332077;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:12:9:12:11:12:9 chr13 43788158 . G A 238.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0216155;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.548;QD=13.8324;RBI=0.0308466;REFB=-0.0128487;REVB=-0.0220064;RO=41;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755124;STB=0.55763;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0208572;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:11:17:22:19:11:17:21:20 chr13 44457925 . A G 555.18 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0740086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.114;QD=16.9521;RBI=0.0752753;REFB=-0.0208759;REVB=-0.0137512;RO=71;SAF=39;SAR=20;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212067;STB=0.615036;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0344383;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:72:59:59:0.450382:20:39:32:39:20:39:33:39 chr13 45492146 . G A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0196697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4109;QD=24.5882;RBI=0.0208408;REFB=0.00764894;REVB=-0.00688783;RO=21;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108735;STB=0.55955;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0109689;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:12:20:16:5:12:20:16:5 chr13 45515395 . G A 125.8 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00556302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.48;QD=9.67714;RBI=0.00556984;REFB=-0.00666751;REVB=0.000275557;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122801;STB=0.574537;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00755532;OID=.;OPOS=45515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:36:16:16:0.307692:7:9:22:11:7:9:24:12 chr13 45563464 . G C 749.89 PASS AF=0.5;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.000635666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.204;QD=20.545;RBI=0.010672;REFB=-0.0251031;REVB=0.010653;RO=73;SAF=32;SAR=41;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226269;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:73:73:73:73:0.5:41:32:32:41:41:32:32:41 chr13 45580346 . GA G 38.23 PASS AF=0.388889;AO=9;DP=20;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.136371;FXX=0.09995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9229;QD=8.49518;RBI=0.234927;REFB=-0.125619;REVB=-0.191295;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.314286;SSSB=0;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.110247;OID=.;OPOS=45580347;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:9:20:7:18:11:4:3:4:7:38:9:4:5:4:5 chr13 45697437 . C G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0238143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.465;QD=19.6972;RBI=0.0242311;REFB=-0.0107267;REVB=0.00447494;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211772;STB=0.620317;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0125277;OID=.;OPOS=45697437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:11:11:6:15:11:11 chr13 45910570 . C G 125.01 PASS AF=0.636364;AO=12;DP=20;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0481266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0673;QD=22.7294;RBI=0.0554658;REFB=0.0538951;REVB=0.0275732;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677961;STB=0.543418;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00929289;OID=.;OPOS=45910570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:22:8:8:12:14:0.636364:8:4:2:6:9:5:2:6 chr13 46039407 . G T 234.43 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0309423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.976;QD=26.0474;RBI=0.033041;REFB=-0.00966438;REVB=-0.0115879;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131376;STB=0.572799;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00851819;OID=.;OPOS=46039407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:5:9:10:12:5:9 chr13 46077381 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00594089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.582;QD=14.9787;RBI=0.0152088;REFB=0.0076406;REVB=0.0140005;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355177;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00808912;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:6:5:8:2:6:5 chr13 46103935 . A G 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.014344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.048;QD=16.4183;RBI=0.075975;REFB=-0.0142735;REVB=0.0746087;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683008;STB=0.54385;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0136734;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:29:29:0.460317:9:20:20:12:9:20:21:13 chr13 46108853 . TG CA,CG 1055.38 PASS AF=0.410959,0.589041;AO=30,42;DP=76;FAO=30,43;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=14,20;FSAR=16,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135332,-0.0255101;FXX=0.0394685;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=101.297,76.1461;QD=57.8288;RBI=0.0156497,0.0272869;REFB=0,0;REVB=0.00785902,0.00968552;RO=0;SAF=14,20;SAR=16,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00420993,-0.00509279;OID=.,.;OPOS=46108853,46108853;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:73:0:0:30,42:30,43:0.410959,0.589041:16,22:14,20:0:0:16,23:14,20:0:0 chr13 46154128 . AATT A 92.8 PASS AF=0.321429;AO=13;DP=49;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00852646;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=3;MLLD=288.382;QD=6.62889;RBI=0.0117271;REFB=-0.000691858;REVB=-0.00805142;RO=31;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321331;STB=0.693461;STBP=0.069;TYPE=del;VARB=0.0018811;OID=.;OPOS=46154129;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:13:49:18:56:38:14:4:20:18:92:31:10:3:16:15 chr13 46154749 . A G 430.14 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00984337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.789;QD=17.3794;RBI=0.0098635;REFB=-0.0251185;REVB=-0.000629923;RO=54;SAF=26;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874917;STB=0.546197;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0317424;OID=.;OPOS=46154749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:55:43:44:0.444444:17:26:28:26:18:26:28:27 chr13 46170609 . C T 550.36 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=80;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0432632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.38;QD=27.1781;RBI=0.0439573;REFB=-0.0256213;REVB=0.0077808;RO=31;SAF=24;SAR=25;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421217;STB=0.50617;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0151639;OID=.;OPOS=46170609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:31:31:49:50:0.617284:25:24:15:16:25:25:15:16 chr13 46170621 . A T 318.56 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000781742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2159;QD=15.1696;RBI=0.0302768;REFB=-0.0101913;REVB=-0.0302667;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143856;STB=0.515885;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0136969;OID=.;OPOS=46170621;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:48:35:36:0.428571:17:18:23:23:17:19:24:24 chr13 46170726 . A G 55.92 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.08328;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.36;QD=9.31972;RBI=0.08354;REFB=-0.0093385;REVB=0.00658575;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0859077;OID=.;OPOS=46170726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:4:12:6:2:4:12 chr13 46170737 . T C 35.78 PASS AF=0.375;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0802642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.36;QD=8.94459;RBI=0.0860557;REFB=-0.0520903;REVB=0.0310361;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067076;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.116603;OID=.;OPOS=46170737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:16:10:10:4:6:0.375:3:1:3:7:5:1:3:7 chr13 46288145 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.144264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.41;QD=10.034;RBI=0.154399;REFB=0.00876074;REVB=-0.055017;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569741;STB=0.847251;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0322863;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:6:1:4:1:6:1 chr13 46541673 . T A 766.1 PASS AF=0.95;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0279259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.385;QD=51.073;RBI=0.0302114;REFB=-0.0583981;REVB=0.0115269;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376775;STB=0.51254;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000219459;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:60:2:3:56:57:0.95:32:24:2:0:33:24:2:1 chr13 46562935 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.977;QD=61.2127;RBI=0.0242127;REFB=0;REVB=0.0208465;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40611e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr13 46629944 . A G 953.39 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0579933;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.618;QD=54.4793;RBI=0.058048;REFB=-0.0228815;REVB=-0.00251978;RO=3;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284723;STB=0.514255;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000776126;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:70:3:3:66:67:0.957143:23:43:1:2:24:43:1:2 chr13 46641466 . A G 354.17 PASS AF=0.39;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0134627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.782;QD=14.1669;RBI=0.0292463;REFB=-0.0173612;REVB=0.0259635;RO=60;SAF=27;SAR=11;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.567306;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0268171;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:60:61:38:39:0.39:11:27:37:23:11:28:38:23 chr13 46641481 . T C 1560.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.427;QD=63.6803;RBI=0.0246839;REFB=0;REVB=0.000929302;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95812e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:35:62:0:0:36:62:0:0 chr13 46648094 . C T 233.0 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00881771;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.168;QD=14.7938;RBI=0.0090986;REFB=0.00515897;REVB=0.00224334;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634844;STB=0.553659;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00509797;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:27:27:0.428571:11:16:18:16:11:16:18:18 chr13 46656669 . A G 2319.32 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347634;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.82;QD=63.1107;RBI=0.0352185;REFB=-0.0877387;REVB=0.00564346;RO=0;SAF=58;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000258287;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:0:1:145:146:0.993197:87:58:0:0:88:58:1:0 chr13 46700642 . G T 136.66 PASS AF=0.304348;AO=16;DP=64;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00134294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.356;QD=7.92239;RBI=0.0161184;REFB=-0.00182022;REVB=0.0160624;RO=46;SAF=11;SAR=5;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234215;STB=0.584188;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00401392;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:46:48:16:21:0.304348:5:11:23:23:8:13:24:24 chr13 46708291 . T C 915.3 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0136956;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.639;QD=55.4729;RBI=0.0212476;REFB=-0.184451;REVB=0.0162448;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513885;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=2.22563e-05;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:0:2:64:64:0.969697:35:29:0:0:35:29:0:2 chr13 46946157 . C T 556.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.915;QD=60.1077;RBI=0.0330238;REFB=0;REVB=0.0310736;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01754e-05;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr13 46948548 . G A 648.1 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0280244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.992;QD=55.1571;RBI=0.0280508;REFB=-0.156845;REVB=-0.00121572;RO=2;SAF=18;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493531;STB=0.516891;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00125211;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:47:2:3:43:44:0.93617:25:18:2:0:26:18:2:1 chr13 46948660 . A G 67.7 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00805413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.046;QD=5.41589;RBI=0.0229005;REFB=-0.0206189;REVB=0.0214374;RO=40;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697118;STB=0.545777;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0342005;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:7:3:14:26:7:3:14:26 chr13 47127813 . C T 439.71 PASS AF=0.914286;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00933457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0451;QD=50.2524;RBI=0.112745;REFB=-0.200546;REVB=0.112357;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163014;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:35:2:2:30:32:0.914286:14:16:1:1:16:16:1:1 chr13 47260054 . T C 1252.08 PASS AF=0.954545;AO=83;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00105052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9402;QD=56.9129;RBI=0.0440961;REFB=-0.0228712;REVB=-0.0440836;RO=4;SAF=45;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369207;STB=0.501631;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00159956;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:83:84:0.954545:38:45:2:2:39:45:2:2 chr13 47273458 . G C 1236.58 PASS AF=1;AO=79;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581564;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.627;QD=61.0656;RBI=0.0182185;REFB=0;REVB=0.0172653;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448481;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:79:81:1:39:40:0:0:40:41:0:0 chr13 47279454 . A G 1697.21 PASS AF=0.991228;AO=114;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00220449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.8;QD=59.5513;RBI=0.0205288;REFB=0.0562492;REVB=0.0204101;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=1.84603e-05;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:114:113:0.991228:45:69:0:0:45:68:1:0 chr13 47308109 . A G 521.87 PASS AF=0.328431;AO=67;DP=204;FAO=67;FDP=204;FR=.;FRO=137;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=-0.0135414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.696;QD=10.2327;RBI=0.0135465;REFB=0.00594268;REVB=-0.000369359;RO=134;SAF=30;SAR=37;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261857;STB=0.508194;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00818054;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:134:137:67:67:0.328431:37:30:63:71:37:30:63:74 chr13 47315984 . T C 342.13 PASS AF=0.506849;AO=33;DP=70;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0298005;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.61;QD=18.7469;RBI=0.0354256;REFB=-0.0202872;REVB=-0.0191548;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950429;STB=0.519806;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.027593;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:36:36:33:37:0.506849:15:18:20:16:15:22:20:16 chr13 47354101 . C T 313.03 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00864268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8944;QD=16.9205;RBI=0.0438952;REFB=-0.00452677;REVB=0.0430359;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230586;STB=0.512946;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0061303;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:15:25:22:12:15:25 chr13 47469940 . G A 1400.44 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00722149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.295;QD=61.5576;RBI=0.0146403;REFB=-0.0729286;REVB=0.0127353;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.505746;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000131937;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:43:47:0:0:43:47:0:1 chr13 47470824 . C T 688.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1108;QD=62.6183;RBI=0.0839127;REFB=0;REVB=0.0838987;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124016;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr13 48033224 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.115;QD=59.4347;RBI=0.0145281;REFB=0;REVB=0.0103639;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39303e-06;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr13 48547467 . A T 596.9 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663955;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8627;QD=61.22;RBI=0.0684105;REFB=0;REVB=-0.0164813;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664071;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr13 48916895 . C T 161.45 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00279918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.513;QD=8.84635;RBI=0.00282811;REFB=-0.00189675;REVB=0.000403472;RO=51;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835373;STB=0.549692;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00271663;OID=.;OPOS=48916895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:14:8:22:29:14:8:22:29 chr13 48954246 . A AAT,T 42.33 PASS AF=0.136364,0;AO=10,5;DP=95;FAO=12,0;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0378892,-0.0704426;FXX=0.0112347;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.665,17.2878;QD=1.92413;RBI=0.0382976,0.0863485;REFB=-0.0089411,0.00500457;REVB=-0.00557777,0.049939;RO=69;SAF=4,3;SAR=6,2;SRF=33;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0959052,0.123461;STB=0.666389,0.5;STBP=0.25,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0189633,0.0490174;OID=.,.;OPOS=48954247,48954246;OREF=-,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:88:69:76:10,5:12,0:0.136364,0:6,2:4,3:33:36:8,0:4,0:40:36 chr13 49051481 . T A 158.68 PASS AF=0.377049;AO=18;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.032602;FXX=0.0161264;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.5951;QD=10.4051;RBI=0.0463767;REFB=-0.05294;REVB=0.0329835;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436846;STB=0.542486;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0832835;OID=.;OPOS=49051481;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:22:38:18:23:0.377049:9:9:12:10:13:10:14:24 chr13 49107241 . T C,G 419.45 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463594,-0.0643706;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.8212,61.2906;QD=55.9264;RBI=0.0469855,0.0665475;REFB=0,0;REVB=-0.00764502,0.0168821;RO=0;SAF=9,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00155696,0.121337;OID=.,.;OPOS=49107241,49107241;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:19,0:9,2:0:0:19,0:9,2:0:0 chr13 49283031 . C T 184.53 PASS AF=0.383333;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0096351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.971;QD=12.3017;RBI=0.00965041;REFB=-0.0217304;REVB=0.000543479;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275843;STB=0.655188;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0255404;OID=.;OPOS=49283031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:21:23:0.383333:8:13:13:23:9:14:13:24 chr13 49794650 . C A 273.35 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00332313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.017;QD=12.7138;RBI=0.0199996;REFB=-0.0114608;REVB=0.0197215;RO=53;SAF=14;SAR=18;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259099;STB=0.651899;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0151316;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:18:14:36:17:18:14:37:17 chr13 49833526 . T C 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0137296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.047;QD=21.1906;RBI=0.0148635;REFB=-0.0208624;REVB=0.00569398;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171852;OID=.;OPOS=49833526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:21:21:19:18:21:21:19:19 chr13 49840024 . A G 1003.0 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5493;QD=59.0001;RBI=0.0286015;REFB=0;REVB=0.0265555;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143939;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:23:43:0:0:25:43:0:0 chr13 49866869 . G C 505.64 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00485188;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1791;QD=17.5875;RBI=0.0101019;REFB=-0.0146887;REVB=-0.00886047;RO=54;SAF=30;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133475;STB=0.551238;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00960904;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:61:54:54:0.469565:24:30:22:32:24:30:28:33 chr13 50008301 . A G 1008.25 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.662;QD=59.3089;RBI=0.0270005;REFB=0;REVB=0.0198709;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9174e-06;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr13 50050620 . A G 871.78 PASS AF=0.940299;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0805345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4725;QD=52.0466;RBI=0.0843148;REFB=-0.0866321;REVB=0.0249633;RO=4;SAF=38;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135404;STB=0.506415;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0122873;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:66:67:4:4:62:63:0.940299:24:38:2:2:25:38:2:2 chr13 50057097 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1028;QD=59.8373;RBI=0.0463037;REFB=0;REVB=-0.0414286;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348624;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr13 50057633 . A G 787.83 PASS AF=0.424242;AO=83;DP=197;FAO=84;FDP=198;FR=.;FRO=114;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=0.00228288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.055;QD=15.9157;RBI=0.00473649;REFB=-0.0248741;REVB=0.00415003;RO=110;SAF=44;SAR=39;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438477;STB=0.519995;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0304615;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:110:114:83:84:0.424242:39:44:63:47:39:45:65:49 chr13 50080847 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.996;QD=57.1763;RBI=0.0543848;REFB=0;REVB=-0.0124294;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123995;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr13 50106550 . GA G 80.03 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0461041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9586;QD=16.8493;RBI=0.0910284;REFB=0.0305391;REVB=0.0784894;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=del;VARB=-0.011373;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:10:19:10:19:9:4:6:5:4:67:9:4:6:5:4 chr13 50106561 . T G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.021144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.87;QD=13.486;RBI=0.0335095;REFB=-0.00262959;REVB=0.0259966;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00327887;OID=.;OPOS=50106561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr13 50106584 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0210053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.561;QD=19.646;RBI=0.0210056;REFB=-0.0210221;REVB=0.000101329;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0166026;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:7:4:3:4:7:4:4:4 chr13 50123622 . G C 289.37 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0182013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2615;QD=18.9751;RBI=0.0423867;REFB=-0.0173711;REVB=-0.0382798;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103844;STB=0.557997;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0207082;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:11:20:16:14:11:20:16:14 chr13 50123649 . G A 287.1 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.008176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2988;QD=15.9501;RBI=0.0546714;REFB=-0.0262078;REVB=0.0540566;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250234;STB=0.633252;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0386368;OID=.;OPOS=50123649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:19:13:26:13:19:13:26:14 chr13 50123688 . G T 264.03 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0141433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.865;QD=15.3061;RBI=0.016996;REFB=-0.0239821;REVB=0.00942495;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22293;STB=0.619918;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0285852;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:39:30:30:0.434783:20:10:21:17:20:10:21:18 chr13 50126382 . G A 160.28 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3329;QD=45.793;RBI=0.142531;REFB=0;REVB=0.134875;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399175;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr13 50134099 . T C 146.27 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0515442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.022;QD=11.2514;RBI=0.0519002;REFB=-0.0183015;REVB=-0.00606862;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265565;STB=0.515608;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0299671;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:14:20:11:7:14:20 chr13 50134150 . A G 126.83 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00722182;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8254;QD=10.7942;RBI=0.018826;REFB=-0.0119621;REVB=0.0173857;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696487;STB=0.541493;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0196424;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:13:19:8:7:13:19 chr13 50141345 . G A 246.18 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0714254;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.848;QD=23.4457;RBI=0.0717931;REFB=-0.0163593;REVB=0.00725691;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191248;STB=0.605975;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0100779;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:4:15:13:10:4:15 chr13 50141362 . G A 166.99 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0315173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.374;QD=15.1811;RBI=0.031532;REFB=-0.0175176;REVB=0.000964555;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245614;STB=0.64269;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0382337;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:13:13:13:5:13:13 chr13 50204880 . G A 215.06 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0116952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.214;QD=21.5064;RBI=0.0348882;REFB=-0.0263548;REVB=0.0328695;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236463;STB=0.513262;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0225572;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:14:5:6:15:14:5 chr13 50206059 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC 101.84 PASS AF=0.270073,0.0218978;AO=31,8;DP=143;FAO=37,3;FDP=137;FR=.;FRO=97;FSAF=29,0;FSAR=8,3;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.119586,-0.0615054;FXX=0.0486077;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=8.47651,24.3222;QD=2.9734;RBI=0.120648,0.11626;REFB=-0.113131,-0.0258301;REVB=0.0159706,-0.0986586;RO=75;SAF=21,1;SAR=10,7;SRF=36;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.242123,-0.43214;STB=0.757227,0.996225;STBP=0,0.098;TYPE=del,mnp;VARB=0.133908,0.0392461;OID=.,.;OPOS=50206060,50206063;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270073,0.0218978:31,8:143:37,3:137:97:29,0:8,3:43:54:95:75:21,1:10,7:36:39 chr13 50207657 . T C 255.38 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00179572;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.768;QD=19.2739;RBI=0.0054324;REFB=-0.0257485;REVB=-0.00512702;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732228;STB=0.576271;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0209388;OID=.;OPOS=50207657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:21:26:27:27:0.509434:10:17:15:6:10:17:20:6 chr13 50273831 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1083;QD=57.1766;RBI=0.0800089;REFB=0;REVB=0.0262298;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974406;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr13 50273970 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000152354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.96;QD=63.5806;RBI=0.0172995;REFB=0;REVB=0.0172988;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63019e-05;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr13 50283819 . T C 1434.23 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.722;QD=63.0429;RBI=0.0305728;REFB=0;REVB=0.0280185;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57871e-05;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr13 50296115 . C T 404.64 PASS AF=1;AO=18;DP=34;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559853;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4464;QD=55.8125;RBI=0.0572882;REFB=0;REVB=-0.0121482;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843583;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:29:0:0:18:29:1:5:13:0:0:7:22:0:0 chr13 50296116 . G T 105.88 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0255488;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.866;QD=11.4469;RBI=0.0959475;REFB=0.0112783;REVB=0.0924834;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591131;STB=0.512296;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00373371;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:3:9:17:7:4:9:17:7 chr13 50467031 . TCCCCCCCTA TCCCCCCCA,TCCCCCCTA,TCCCCCCTAC 118.67 PASS AF=0.205882,0.441176,0;AO=8,7,2;DP=34;FAO=7,15,0;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=0,5,0;FSAR=7,10,0;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0212584,0.0743282,-0.00506697;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=1,1,3;MLLD=133.575,7.93305,12.3121;QD=13.9609;RBI=0.0233819,0.247723,0.0856869;REFB=0.00404365,-0.0774966,-0.0720415;REVB=0.00973627,0.236309,0.085537;RO=9;SAF=1,1,1;SAR=7,6,1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.298237,-0.267754,0.174857;STB=0.997894,0.540485,0.5;STBP=0.022,0.66,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00924526,0.0967167,0;OID=.,.,.;OPOS=50467039,50467032,50467038;OREF=T,C,CTA;OALT=-,-,TAC;OMAPALT=TCCCCCCCA,TCCCCCCTA,TCCCCCCTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.205882,0.441176,0:8,7,2:34:7,15,0:34:12:0,5,0:7,10,0:5:7:49:9:1,1,1:7,6,1:3:6 chr13 50467044 . G C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00847614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.724;QD=21.7452;RBI=0.010974;REFB=-0.0143062;REVB=0.00697015;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176086;STB=0.599886;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00724194;OID=.;OPOS=50467044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:15:4:6:10:15:4:6:10 chr13 50588492 . T C 35.48 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0408827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9232;QD=5.91299;RBI=0.18286;REFB=-0.0349103;REVB=-0.178231;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255546;STB=0.672417;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.094063;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:12:6:1:5:12:6 chr13 50588494 . T C 309.91 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0447348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1652;QD=44.2726;RBI=0.092065;REFB=-0.134575;REVB=0.0804658;RO=3;SAF=20;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161665;STB=0.571367;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.018748;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:28:3:3:24:25:0.892857:4:20:1:2:5:20:1:2 chr13 50588496 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7004;QD=56.7039;RBI=0.0678756;REFB=0;REVB=-0.0674314;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108523;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr13 50590423 . G C 150.51 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0695408;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.164;QD=11.1487;RBI=0.0700767;REFB=-0.00875012;REVB=-0.00864975;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280443;STB=0.674859;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0198617;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:35:19:19:0.351852:5:14:17:17:5:14:17:18 chr13 50591480 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.538;QD=59.0106;RBI=0.0884684;REFB=0;REVB=0.0881376;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440257;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr13 50656582 . T A 517.0 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0206388;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.251;QD=22.2364;RBI=0.0217092;REFB=-0.0217659;REVB=-0.00673279;RO=44;SAF=26;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103985;STB=0.557282;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0242507;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:44:49:49:0.526882:23:26:18:26:23:26:18:26 chr13 50656601 . A T 451.41 PASS AF=0.485437;AO=44;DP=97;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00216412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.744;QD=17.5304;RBI=0.00590105;REFB=-0.00688551;REVB=-0.00548989;RO=49;SAF=17;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119566;STB=0.565717;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00876144;OID=.;OPOS=50656601;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:49:53:44:50:0.485437:27:17:25:24:29:21:29:24 chr13 51594741 . T G 254.71 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0110054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8164;QD=13.5844;RBI=0.0281179;REFB=0.000705257;REVB=-0.0258747;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00565567;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:45:30:30:0.4:16:14:18:20:16:14:21:24 chr13 51603768 . T C 102.38 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0275616;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.21;QD=6.11203;RBI=0.0283091;REFB=0.00126584;REVB=0.00646221;RO=50;SAF=6;SAR=10;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155019;STB=0.58924;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00418708;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:50:51:16:16:0.238806:10:6:25:25:10:6:25:26 chr13 52440130 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.681;QD=58.1421;RBI=0.0273058;REFB=0;REVB=0.0252637;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26857e-05;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr13 52515353 . GAC GC,GCG,GGC 1034.94 PASS AF=0.0555556,0,0.930556;AO=13,3,53;DP=72;FAO=4,0,67;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0,33;FSAR=3,0,34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00260604,-0.139188,0.0659501;FXX=0.0136968;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=119.379,56.7736,129.236;QD=57.4968;RBI=0.0205831,0.139203,0.0687822;REFB=-0.115072,-0.0895706,-0.103788;REVB=0.0204174,0.00202977,0.0195338;RO=0;SAF=3,3,26;SAR=10,0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.665771,0.5,0.50746;STBP=0.27,1,0.528;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0433926,0,0.000341949;OID=.,.,.;OPOS=52515354,52515354,52515354;OREF=A,AC,A;OALT=-,CG,G;OMAPALT=GC,GCG,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0555556,0,0.930556:13,3,53:72:4,0,67:72:1:1,0,33:3,0,34:1:0:10:0:3,3,26:10,0,27:0:0 chr13 52515982 . A AAC 990.27 PASS AF=0.933333;AO=68;DP=79;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00775836;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.619;QD=52.8144;RBI=0.0136351;REFB=-0.0207265;REVB=0.0112127;RO=10;SAF=32;SAR=36;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170894;STB=0.522929;STBP=0.146;TYPE=ins;VARB=0.000483013;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:68:79:70:75:5:32:38:4:1:17:10:32:36:4:6 chr13 52523808 . C T 431.07 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.965;QD=57.4766;RBI=0.0379034;REFB=0;REVB=0.0169866;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336334;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:8:16:0:0:11:19:0:0 chr13 52524488 . T C 899.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7505;QD=58.046;RBI=0.0454103;REFB=0;REVB=-0.0446196;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518114;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:43:18:0:0:43:19:0:0 chr13 52544805 . C G 517.41 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0117681;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3919;QD=17.6892;RBI=0.0146271;REFB=0.0118596;REVB=0.00868704;RO=61;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286493;STB=0.511232;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0135514;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:61:62:55:55:0.470085:26:29:34:27:26:29:34:28 chr13 52548140 . A C 500.48 PASS AF=0.468254;AO=51;DP=118;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0242476;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3032;QD=15.8883;RBI=0.10193;REFB=-0.0215568;REVB=0.0990044;RO=62;SAF=28;SAR=23;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000627543;STB=0.525415;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0276428;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:126:62:67:51:59:0.468254:23:28:34:28:31:28:35:32 chr13 52548141 . G C 37.47 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=125;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=-0.0191461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5118;QD=1.162;RBI=0.0257596;REFB=-0.0165677;REVB=-0.0172332;RO=114;SAF=3;SAR=8;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307587;STB=0.735977;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0657946;OID=.;OPOS=52548141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:125:129:114:118:11:11:0.0852713:8:3:62:52:8:3:63:55 chr13 52603194 . G T 560.84 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00769086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.93;QD=21.7802;RBI=0.00770238;REFB=-0.00723616;REVB=-0.000421012;RO=45;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135711;STB=0.57279;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00841809;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:47:56:56:0.543689:28:28:15:30:28:28:16:31 chr13 52603241 . A G 306.19 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.030358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3823;QD=15.5034;RBI=0.0424112;REFB=-0.0213933;REVB=0.0296159;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194657;STB=0.620187;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0236771;OID=.;OPOS=52603241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:45:33:34:0.43038:16:17:13:28:17:17:13:32 chr13 52603775 . C T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0222211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.524;QD=15.7832;RBI=0.0403652;REFB=-0.019768;REVB=-0.0336982;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0178068;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:10:7:6:8:10:7 chr13 52605675 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0187009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.811;QD=13.0911;RBI=0.0196768;REFB=-0.0105218;REVB=0.00611995;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.017624;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:11:9:7:6:11:9 chr13 52607169 . T C 197.54 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00746102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.972;QD=26.3384;RBI=0.010923;REFB=-0.0377287;REVB=0.00797775;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106918;STB=0.559378;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0183099;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:4:7:9:10:4:7 chr13 52676275 . T G 138.17 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00596624;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.961;QD=17.8286;RBI=0.0239406;REFB=-0.0384197;REVB=-0.0231852;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420983;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.040106;OID=.;OPOS=52676275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:13:16:15:15:0.483871:7:8:7:6:7:8:8:8 chr13 52971893 . G A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0179041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4326;QD=13.5744;RBI=0.0438056;REFB=0.00977236;REVB=0.0399796;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294597;STB=0.505609;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00989242;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:9:4:6:12:9:4:6:13 chr13 53035783 . T C 604.56 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3234;QD=60.456;RBI=0.0505795;REFB=0;REVB=0.00492213;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837133;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:27:11:0:0:27:13:0:0 chr13 53035925 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.081;QD=56.1916;RBI=0.0176036;REFB=0;REVB=0.0107757;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00354e-05;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr13 53050479 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0973235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.987;QD=16.0923;RBI=0.098812;REFB=-0.0175026;REVB=-0.0170862;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054744;STB=0.523349;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.020902;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:16:15:20:17:16:15:20:18 chr13 53422553 . A G 908.68 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0835421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7979;QD=55.9185;RBI=0.0852378;REFB=-0.00035185;REVB=-0.0169176;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00268307;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:65:0:1:60:64:0.984615:28:32:0:0:30:34:0:1 chr13 53608632 . C T 396.49 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0445252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.63;QD=48.0591;RBI=0.0471454;REFB=-0.00237662;REVB=-0.0154983;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.520593;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.000604944;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:33:1:3:28:29:0.878788:16:12:1:0:16:13:2:1 chr13 53624380 . A C 389.31 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0288243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4208;QD=24.3318;RBI=0.0331248;REFB=0.00244679;REVB=0.0163221;RO=26;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095894;STB=0.552604;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00300385;OID=.;OPOS=53624380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:17:21:11:15:17:21:11:15 chr13 55748673 . T C 1691.95 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171725;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4236;QD=60.4267;RBI=0.074343;REFB=0;REVB=0.0723325;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587835;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr13 60348894 . C T 660.97 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00425771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.306;QD=25.9204;RBI=0.0137642;REFB=-0.0185492;REVB=0.0130891;RO=39;SAF=35;SAR=27;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557534;STB=0.524264;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0116776;OID=.;OPOS=60348894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:39:40:62:62:0.607843:27:35:25:14:27:35:25:15 chr13 64413891 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.627;QD=33.4284;RBI=0.132841;REFB=0;REVB=0.0551373;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00232227;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr13 64415672 . AT A 669.0 PASS AF=0.544944;AO=94;DP=178;FAO=97;FDP=178;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0309455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0076;QD=15.0338;RBI=0.0426137;REFB=-0.0121484;REVB=-0.0292969;RO=81;SAF=43;SAR=51;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933991;STB=0.551945;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.00996758;OID=.;OPOS=64415673;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544944:94:178:97:178:81:44:53:46:35:99:81:43:51:46:35 chr13 64417500 . C G 336.66 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0162228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.947;QD=17.2649;RBI=0.0181719;REFB=-0.00502143;REVB=-0.00818774;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401422;STB=0.531897;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00562706;OID=.;OPOS=64417500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:35:36:0.461538:13:22:28:14:14:22:28:14 chr13 67800935 . G A 267.81 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00358326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.863;QD=11.5186;RBI=0.0103651;REFB=-0.00351539;REVB=-0.00972603;RO=59;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171611;STB=0.609151;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00586473;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:61:32:32:0.344086:13:19:26:33:13:19:26:35 chr13 67802339 . A T 1534.34 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.747;QD=62.6261;RBI=0.0148593;REFB=-0.13675;REVB=-0.00475579;RO=1;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998338;STB=0.505262;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000102957;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:47:49:0:1:47:50:0:1 chr13 69267981 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.924;QD=56.1916;RBI=0.0280826;REFB=0;REVB=0.0208258;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21866e-05;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:2:25:0:0:2:26:0:0 chr13 70377107 . A G 349.14 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0596175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2406;QD=20.24;RBI=0.0720368;REFB=7.18686e-05;REVB=0.0404357;RO=33;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235726;STB=0.501307;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00162429;OID=.;OPOS=70377107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:23:13:12:21:23:13:12:21 chr13 70377165 . C T 198.66 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00130359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.121;QD=13.2437;RBI=0.0201682;REFB=-0.0162312;REVB=-0.0201261;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027935;STB=0.509992;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0224946;OID=.;OPOS=70377165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:17:7:11:24:17:7:11:25 chr13 70681598 . T C 260.79 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0043674;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.58;QD=18.9664;RBI=0.0207564;REFB=-0.00509909;REVB=-0.0202917;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141965;STB=0.507931;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0119395;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:15:12:12:16:15:12 chr13 71033601 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.707;QD=52.6132;RBI=0.0173842;REFB=0;REVB=0.00881173;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52622e-05;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr13 73280182 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.938;QD=59.8394;RBI=0.0290521;REFB=0;REVB=0.0203122;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155281;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr13 73301655 . A C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=354.688;QD=59.8394;RBI=0.0294174;REFB=0;REVB=0.0193873;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99226e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr13 73301728 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8383;QD=43.4862;RBI=0.0524576;REFB=0;REVB=-0.049288;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183429;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr13 73319171 . T C 502.54 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0229188;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.675;QD=21.6147;RBI=0.0272099;REFB=-0.0198663;REVB=0.0146665;RO=41;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1124;STB=0.580612;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0198125;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:41:45:48:48:0.516129:24:24:26:15:24:24:30:15 chr13 73329358 . G A 145.44 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0160219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.34;QD=16.1604;RBI=0.0251395;REFB=-0.0173744;REVB=-0.0193725;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19014;STB=0.628859;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0347408;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:4:12:11:8:4:12:11:9 chr13 73343039 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0192786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.236;QD=18.8281;RBI=0.0211867;REFB=-0.0119997;REVB=-0.00878696;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041964;STB=0.523786;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0165106;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:10:12:10:10:10:12 chr13 73349359 . G C 417.14 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=-0.0057117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.842;QD=17.2018;RBI=0.02827;REFB=-0.0189416;REVB=-0.027687;RO=53;SAF=15;SAR=27;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364608;STB=0.709585;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0430719;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:42:43:0.443299:27:15:39:14:28:15:40:14 chr13 73369642 . A G 467.96 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0444289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3993;QD=22.8274;RBI=0.065706;REFB=0.0227588;REVB=0.0484082;RO=36;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994415;STB=0.562115;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0150257;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:29:16:17:19:29:16:18:19 chr13 73649915 . GC G 92.36 PASS AF=0.431818;AO=16;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0640756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2753;QD=8.39629;RBI=0.173003;REFB=-0.0372677;REVB=0.1607;RO=23;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696949;STB=0.854327;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0631866;OID=.;OPOS=73649916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:16:44:19:44:25:17:2:9:16:92:23:15:1:8:15 chr13 73650112 . C A 425.39 PASS AF=1;AO=5;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.514;QD=54.8886;RBI=0.0161231;REFB=0;REVB=-0.00956165;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135082;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:5:31:1:4:1:0:0:17:14:0:0 chr13 73650117 . G A 592.71 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.258;QD=60.7908;RBI=0.0152083;REFB=0;REVB=0.00961631;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55599e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr13 74339104 . G T 242.57 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00226873;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.162;QD=15.9062;RBI=0.0064589;REFB=-0.00816756;REVB=0.00604733;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228198;STB=0.579652;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.018929;OID=.;OPOS=74339104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:34:26:27:0.442623:15:11:20:10:15:12:20:14 chr13 74863339 . C A,T 787.76 PASS AF=0.96,0.04;AO=46,3;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157858,-0.0322274;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=164.729,21.7453;QD=63.0205;RBI=0.0224131,0.032237;REFB=0,0;REVB=-0.015911,0.000788986;RO=0;SAF=18,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.06241e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000862893,0.0787006;OID=.,.;OPOS=74863339,74863339;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:0:0:46,3:48,2:0.96,0.04:28,2:18,1:0:0:29,2:19,0:0:0 chr13 74988714 . C T 1561.62 PASS AF=0.458333;AO=165;DP=362;FAO=165;FDP=360;FR=.;FRO=195;FSAF=93;FSAR=72;FSRF=84;FSRR=111;FWDB=-0.00961557;FXX=0.00552471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.403;QD=17.3513;RBI=0.0583776;REFB=-0.0425458;REVB=-0.0575803;RO=181;SAF=93;SAR=72;SRF=84;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949157;STB=0.571809;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0429907;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:360:181:195:165:165:0.458333:72:93:84:97:72:93:84:111 chr13 75814018 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.68;QD=52.6132;RBI=0.0304786;REFB=0;REVB=0.0304526;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80383e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr13 75814384 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.802;QD=59.8391;RBI=0.0532114;REFB=0;REVB=-0.0151848;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483659;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr13 75876389 . G A 229.11 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0265513;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.253;QD=13.8854;RBI=0.0265616;REFB=0.00174485;REVB=0.000742062;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11015;STB=0.555514;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00251344;OID=.;OPOS=75876389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:39:27:27:0.409091:12:15:18:22:12:15:18:21 chr13 75884216 . C T 918.9 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548363;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.857;QD=56.5478;RBI=0.0566254;REFB=0;REVB=0.0141216;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149557;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:33:28:0:0:33:32:0:0 chr13 75936519 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.278;QD=57.6807;RBI=0.0396881;REFB=0;REVB=0.0376836;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72525e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr13 76143572 . T C 222.67 PASS AF=0.42623;AO=27;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0103341;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9561;QD=14.6012;RBI=0.0319572;REFB=0.00578792;REVB=0.0302402;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610438;STB=0.524571;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0163103;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:27:26:0.42623:14:13:19:16:13:13:19:16 chr13 76164073 . GTCC G 272.62 PASS AF=0.527273;AO=25;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00833688;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.483;QD=19.8267;RBI=0.0289486;REFB=-0.00940394;REVB=-0.0277221;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103358;STB=0.520534;STBP=0.774;TYPE=del;VARB=0.00939979;OID=.;OPOS=76164074;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273:25:54:29:55:26:19:10:16:10:99:27:16:9:17:10 chr13 76335109 . A G 506.85 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000839628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.555;QD=23.0384;RBI=0.0443009;REFB=-0.0103487;REVB=0.0442929;RO=39;SAF=15;SAR=32;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252073;STB=0.646996;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130958;OID=.;OPOS=76335109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:40:47:48:0.545455:32:15:24:15:33:15:25:15 chr13 76378459 . T C 2162.28 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.198;QD=62.2238;RBI=0.0279537;REFB=-0.0426066;REVB=0.00611093;RO=1;SAF=72;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655764;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000117913;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:66:72:1:0:66:72:1:0 chr13 76395342 . C T 245.16 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0134357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.176;QD=13.2521;RBI=0.0363058;REFB=0.00224598;REVB=-0.0337282;RO=45;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719581;STB=0.541193;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00513132;OID=.;OPOS=76395342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:11:18:25:20:11:18:25:20 chr13 76397731 . G A 209.34 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0108721;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.103;QD=15.5069;RBI=0.0259171;REFB=-0.0197006;REVB=-0.0235264;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172815;STB=0.607386;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0233524;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:15:9:16:13:15:9:17:13 chr13 76423248 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8098;QD=56.953;RBI=0.0067566;REFB=0;REVB=0.00627311;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29375e-05;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr13 76445316 . C T 273.34 PASS AF=0.336538;AO=36;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0455186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4574;QD=10.5131;RBI=0.0455274;REFB=-0.0124423;REVB=-0.000895603;RO=68;SAF=12;SAR=24;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211691;STB=0.642651;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0308166;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:36:35:0.336538:24:12:35:33:24:11:36:33 chr13 76457183 . T C 302.79 PASS AF=0.419753;AO=28;DP=74;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0130737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.728;QD=14.9524;RBI=0.0205499;REFB=-0.0158033;REVB=0.0158549;RO=46;SAF=17;SAR=11;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266153;STB=0.56384;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.015278;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:46:47:28:34:0.419753:11:17:29:17:16:18:30:17 chr13 76709108 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.485;QD=57.0007;RBI=0.0414701;REFB=0;REVB=0.0281604;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37443e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr13 76709223 . C A 1931.35 PASS AF=0.976923;AO=72;DP=131;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0161586;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1404;QD=59.4261;RBI=0.041455;REFB=-0.13021;REVB=0.0381761;RO=0;SAF=68;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76878e-08;STB=0.512395;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00451856;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:130:0:3:72:127:0.976923:4:68:0:0:59:68:0:3 chr13 77458008 . C G 239.3 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0195048;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0657;QD=14.9564;RBI=0.0276194;REFB=-0.0065975;REVB=0.0195548;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281902;STB=0.504481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0145239;OID=.;OPOS=77458008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:36:36:27:28:0.4375:15:12:17:19:15:13:17:19 chr13 77570078 . T G 481.46 PASS AF=0.49505;AO=51;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0136876;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.449;QD=19.0677;RBI=0.0401314;REFB=-0.00223453;REVB=0.0377251;RO=49;SAF=34;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915938;STB=0.55125;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.002384;OID=.;OPOS=77570078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:51:51:50:0.49505:17:34:28:21:16:34:30:21 chr13 77574983 . A G 891.69 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154216;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.302;QD=56.6152;RBI=0.0391829;REFB=0.0124108;REVB=-0.0360205;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000327498;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:1:0:31:31:1:0 chr13 77736025 . AC CA 31.81 PASS AF=0.0940171;AO=11;DP=117;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0474128;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.8935;QD=1.08745;RBI=0.0561592;REFB=-0.00460427;REVB=-0.0300979;RO=105;SAF=10;SAR=1;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435789;STB=0.861302;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0268763;OID=.;OPOS=77736025;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:117:117:105:106:11:11:0.0940171:1:10:62:43:1:10:62:44 chr13 77738664 . A G 395.66 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0131433;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.55;QD=20.0333;RBI=0.013196;REFB=-0.00324471;REVB=0.00117815;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00060869;STB=0.518978;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00258015;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:39:39:40:0.506329:19:20:19:18:20:20:21:18 chr13 77751892 . C T 623.68 PASS AF=0.580952;AO=60;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00125191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.096;QD=23.7594;RBI=0.0199559;REFB=-0.016146;REVB=0.0199166;RO=43;SAF=37;SAR=23;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281245;STB=0.523283;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0110097;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:44:60:61:0.580952:23:37:28:15:24:37:29:15 chr13 77834627 . A C 372.53 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0156536;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.355;QD=17.3268;RBI=0.0158675;REFB=-0.0192836;REVB=-0.00259668;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410188;STB=0.527677;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.020671;OID=.;OPOS=77834627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:16:23:29:17:16:23:30:17 chr13 78146301 . C T 1518.0 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0671468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8399;QD=55.7063;RBI=0.0817915;REFB=-0.165183;REVB=-0.046703;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921453;STB=0.500525;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00524554;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:109:109:1:4:105:105:0.963303:54:51:1:0:54:51:2:2 chr13 78178550 . G A 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.14984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1367;QD=12.2092;RBI=0.152499;REFB=0.0134631;REVB=-0.0283569;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653501;STB=0.879479;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0304734;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:11:2:18:4:11:2:18:4 chr13 78192207 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0114402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.207;QD=14.0975;RBI=0.0124722;REFB=-0.00583081;REVB=0.00496782;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00775571;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:8:10:5:8:8:10 chr13 78216873 . A G 329.55 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.0156245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.901;QD=13.3151;RBI=0.017218;REFB=-0.00673388;REVB=-0.00723428;RO=62;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172535;STB=0.59794;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0132637;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:20:17:19:43:20:17:19:43 chr13 78475313 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0290263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4051;QD=14.2704;RBI=0.0297273;REFB=-0.00225534;REVB=-0.00641762;RO=32;SAF=4;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524692;STB=0.795914;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00307811;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:20:4:21:11:20:4:21:12 chr13 78477674 . A G 709.42 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0489355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.018;QD=54.5707;RBI=0.0518543;REFB=-0.0833908;REVB=-0.0171516;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0017798;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr13 78521806 . T A 258.34 PASS AF=0.384615;AO=28;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0342224;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.209;QD=13.2481;RBI=0.0376236;REFB=-0.019029;REVB=0.015632;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321898;STB=0.502607;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0463357;OID=.;OPOS=78521806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:48:28:30:0.384615:15:13:20:26:17:13:21:27 chr13 78521890 . C A 83.42 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0488237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.134;QD=15.8901;RBI=0.0492505;REFB=-0.011595;REVB=0.00647025;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548441;STB=0.832592;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0280071;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:10:11:0.52381:1:9:4:6:1:10:4:6 chr13 80910786 . C A 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0234196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3536;QD=12.0231;RBI=0.0267299;REFB=0.0354582;REVB=-0.0128843;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176841;STB=0.577644;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.061659;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:32:18:20:12:12:0.375:4:8:9:9:4:8:11:9 chr13 86367009 . C A 421.45 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00273502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.141;QD=18.7311;RBI=0.0331743;REFB=-0.00449649;REVB=0.0330614;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663726;STB=0.534075;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00896618;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:34:42:0.466667:17:17:26:20:21:21:26:20 chr13 86367969 . GTTTCT GTTCT,GTTTC 84.64 PASS AF=0.185185,0.481481;AO=3,12;DP=27;FAO=5,13;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=4,10;FSAR=1,3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00665807,-0.124936;FXX=0;HRUN=3,5;LEN=1,1;MLLD=14.8439,14.2286;QD=12.5389;RBI=0.179765,0.127665;REFB=-0.107086,0.0018289;REVB=0.179642,-0.0262567;RO=8;SAF=3,9;SAR=0,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.630366,0.10909;STB=0.614877,0.555466;STBP=0.67,0.571;TYPE=del,del;VARB=0.250812,0.0280155;OID=.,.;OPOS=86367970,86367974;OREF=T,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTCT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.185185,0.481481:3,12:27:5,13:27:9:4,10:1,3:6:3:48:8:3,9:0,3:5:3 chr13 86369120 . C T 152.48 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0168617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.732;QD=19.0597;RBI=0.0180152;REFB=-0.0141187;REVB=-0.00634261;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304877;STB=0.68212;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0166169;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:15:15:17:0.53125:8:7:2:13:8:9:2:13 chr13 88331241 . T TTGTA 194.21 PASS AF=0.75;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0155908;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=4;MLLD=324.384;QD=32.3688;RBI=0.0156075;REFB=-0.0199413;REVB=0.000723155;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948483;STB=0.528814;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=0.00645196;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:18:26:18:24:6:11:7:3:3:34:7:11:7:3:4 chr13 95034749 . G A 262.78 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00308402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.811;QD=23.3578;RBI=0.0224188;REFB=-0.0462777;REVB=0.0222056;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215716;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0442151;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:9:15:12:8:10:15:12:8 chr13 95034763 . G A 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00142446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.741;QD=16.0646;RBI=0.00151366;REFB=-0.00820095;REVB=0.000511939;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530323;STB=0.540496;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00989042;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:14:9:8:10:15:9 chr13 95097956 . C T 442.59 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.097869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.928;QD=23.6046;RBI=0.0983834;REFB=-0.0445644;REVB=0.0100483;RO=32;SAF=9;SAR=33;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137253;STB=0.530791;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0364117;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:32:42:43:0.573333:33:9:11:21:32:11:10:22 chr13 95364046 . C G 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.00303479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.865;QD=13.9458;RBI=0.0208528;REFB=-0.0057471;REVB=-0.0206308;RO=48;SAF=27;SAR=5;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191304;STB=0.610475;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0113227;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:5:27:35:13:5:27:35:13 chr13 95672950 . A G 267.16 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00435476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.681;QD=28.122;RBI=0.0224242;REFB=-0.00193026;REVB=0.0219973;RO=14;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421178;STB=0.73409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00037996;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:19:5:11:3:19:5:11:3 chr13 95673135 . C T 235.53 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0132915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.075;QD=19.2265;RBI=0.0137373;REFB=-0.00242705;REVB=-0.00347094;RO=25;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416553;STB=0.729517;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00216055;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:5:18:9:16:5:18:10:16 chr13 95673518 . T C 2351.96 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.689;QD=61.0898;RBI=0.00577701;REFB=0;REVB=-0.00235626;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41016e-06;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:82:72:0:0:82:72:0:0 chr13 95673938 . TA T,TG 1418.77 PASS AF=0.234043,0.765957;AO=22,72;DP=94;FAO=22,72;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=12,42;FSAR=10,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459834,0.046975;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.4995,104.341;QD=60.373;RBI=0.0459992,0.0481638;REFB=0,0;REVB=0.00120413,0.0106349;RO=0;SAF=12,42;SAR=10,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1178e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0102274,-0.00346098;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.234043,0.765957:22,72:94:22,72:94:0:12,42:10,30:0:0:99:0:12,42:10,30:0:0 chr13 95714976 . C T 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00202781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.672;QD=12.9513;RBI=0.00687884;REFB=0.00580851;REVB=-0.00657316;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336207;STB=0.519259;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0083974;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:14:19:30:25:14:19:30:25 chr13 95726541 . A G 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00661918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.417;QD=16.3497;RBI=0.0228929;REFB=-0.0135557;REVB=0.0219151;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064419;STB=0.536256;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0220014;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:20:22:20:14:20:22 chr13 95727780 . T C 307.16 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0305632;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5473;QD=18.9023;RBI=0.0317957;REFB=-0.020979;REVB=-0.00876699;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114161;STB=0.576569;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0216221;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:32:32:33:0.507692:20:12:8:23:20:13:8:24 chr13 95861804 . A G 238.26 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0107378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.963;QD=20.277;RBI=0.0122833;REFB=-0.030534;REVB=-0.00596492;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228762;STB=0.616689;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0399032;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:13:10:16:7:13:10:16:8 chr13 95988412 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.687;QD=59.0187;RBI=0.0304117;REFB=0;REVB=0.0144083;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59739e-05;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr13 96540141 . T C 4345.06 PASS AF=0.972414;AO=280;DP=289;FAO=282;FDP=290;FR=.;FRO=8;FSAF=142;FSAR=140;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00350082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4742;QD=59.9319;RBI=0.0283241;REFB=-0.0357705;REVB=0.0281069;RO=8;SAF=142;SAR=138;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699442;STB=0.503546;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00535627;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:289:290:8:8:280:282:0.972414:138:142:3:5:140:142:3:5 chr13 96540143 . T C 4584.03 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211448;FXX=0.0136982;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.704;QD=63.6671;RBI=0.0589621;REFB=0;REVB=0.0589241;RO=0;SAF=145;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79642e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:284:288:0:0:284:288:1:139:145:0:0:143:145:0:0 chr13 96638636 . A C 356.8 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0153926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.407;QD=12.6301;RBI=0.0166266;REFB=-0.00843147;REVB=0.00628578;RO=69;SAF=19;SAR=24;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133177;STB=0.579816;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0116099;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:69:70:43:43:0.380531:24:19:39:30:24:19:40:30 chr13 96821982 . G T 348.61 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00640789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.557;QD=33.2006;RBI=0.0142335;REFB=-0.0342045;REVB=0.0127095;RO=13;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366094;STB=0.519986;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0179495;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:16:13:5:8:16:13:5:8 chr13 97489457 . G A 305.35 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00400612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0087;QD=17.7012;RBI=0.0137196;REFB=0.00227331;REVB=0.0131217;RO=36;SAF=9;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154837;STB=0.5871;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00329632;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:24:9:15:21:24:9:15:21 chr13 97639414 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0212249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.789;QD=13.7412;RBI=0.0219865;REFB=-0.0152412;REVB=-0.00573689;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151154;STB=0.586147;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0155097;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:17:12:24:19:17:12:24:19 chr13 98045158 . A G 434.88 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0199166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3056;QD=15.259;RBI=0.0211871;REFB=-0.0172513;REVB=0.00722646;RO=65;SAF=31;SAR=18;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678078;STB=0.538097;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0318654;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:18:31:37:28:18:31:37:28 chr13 98645253 . A G 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0172183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.505;QD=23.1622;RBI=0.0221264;REFB=-0.00251995;REVB=0.0138963;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870711;STB=0.548552;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00306339;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:10:13:12:14:10:13 chr13 98829176 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.663;QD=61.6817;RBI=0.0109267;REFB=0;REVB=-0.00701999;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47719e-06;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr13 98896776 . C T 93.34 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0221861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2313;QD=9.82556;RBI=0.0282258;REFB=-0.00731031;REVB=-0.017449;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311901;STB=0.683945;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0497497;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:20:6:6:6:20:6 chr13 99090040 . T G 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00199132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3482;QD=18.9971;RBI=0.00199374;REFB=0.00741653;REVB=9.81227e-05;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133907;STB=0.574421;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00712796;OID=.;OPOS=99090040;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:20:10:15:16:20:10 chr13 99100547 . T C 515.44 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.000852903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.907;QD=24.8403;RBI=0.0252921;REFB=0.0047351;REVB=-0.0252777;RO=35;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335066;STB=0.501835;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00359837;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:19:29:21:14:19:29:21:14 chr13 99112680 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5953;QD=43.4831;RBI=0.0949618;REFB=0;REVB=-0.00223242;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00458286;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr13 99324524 . T C 742.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7856;QD=63.1559;RBI=0.0409245;REFB=0;REVB=0.0370715;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573653;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:18:26:0:0:19:28:0:0 chr13 99356611 . CA CG,TG 1608.92 PASS AF=0.522523,0.477477;AO=57,53;DP=110;FAO=58,53;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=21,15;FSAR=37,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448334,-0.00596984;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=151.155,111.37;QD=57.979;RBI=0.0482583,0.00855947;REFB=0,0;REVB=0.0178558,0.00613397;RO=0;SAF=20,15;SAR=37,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00510666,-0.00924939;OID=.,.;OPOS=99356612,99356611;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:110:111:0:0:57,53:58,53:0.522523,0.477477:37,38:20,15:0:0:37,38:21,15:0:0 chr13 99358401 . C G 183.49 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0651987;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5919;QD=11.838;RBI=0.0930569;REFB=-0.00388004;REVB=0.0663981;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027703;STB=0.537782;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00654124;OID=.;OPOS=99358401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:39:22:23:0.370968:11:11:19:21:11:12:18:21 chr13 99373505 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0207062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.588;QD=15.881;RBI=0.0232793;REFB=-0.0143816;REVB=0.0106385;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0128518;OID=.;OPOS=99373505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr13 99376181 . C T 395.57 PASS AF=0.573529;AO=35;DP=64;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00639769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.101;QD=23.2688;RBI=0.0559309;REFB=-0.0257027;REVB=0.0555638;RO=29;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188959;STB=0.57572;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0137535;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:29:29:35:39:0.573529:16:19:9:20:20:19:9:20 chr13 99447005 . T C 1212.04 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9081;QD=59.8536;RBI=0.0317326;REFB=-0.012071;REVB=0.00686646;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141304;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000246703;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:47:33:1:0:47:33:1:0 chr13 99448441 . T A 414.43 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210187;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.862;QD=57.1627;RBI=0.0123804;REFB=0;REVB=-0.0122006;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9014e-06;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr13 99567583 . CT CC,C 36.08 PASS AF=0.04,0.0933333;AO=3,10;DP=75;FAO=3,7;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=3,6;FSAR=0,1;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0972247,-0.206379;FXX=0.0131562;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=37.3059,19.9567;QD=1.92452;RBI=0.0980685,0.212303;REFB=0.0233955,0.01716;REVB=0.0128371,-0.0498025;RO=61;SAF=3,9;SAR=0,1;SRF=21;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.518622,0.629248;STB=0.997267,0.887099;STBP=0.04,0.048;TYPE=snp,del;VARB=-0.0521331,-0.186087;OID=.,.;OPOS=99567584,99567584;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.04,0.0933333:3,10:75:3,7:75:65:3,6:0,1:25:40:21:61:3,9:0,1:21:40 chr13 99853443 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7455;QD=42.1822;RBI=0.0348966;REFB=0;REVB=-0.0348966;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175824;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr13 99857984 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8429;QD=59.8308;RBI=0.0564083;REFB=0;REVB=0.0472711;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116245;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr13 99948178 . C A 373.92 PASS AF=0.558824;AO=34;DP=65;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0235802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.755;QD=21.9954;RBI=0.0302327;REFB=-0.00591975;REVB=-0.0189207;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316729;STB=0.505544;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00356779;OID=.;OPOS=99948178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:30:30:34:38:0.558824:16:18:17:13:16:22:17:13 chr13 100188585 . A T 218.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00972308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.527;QD=17.5053;RBI=0.010041;REFB=-3.59932e-05;REVB=-0.00250648;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583119;STB=0.533302;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-2.98221e-05;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:9:19:16:6:9:19 chr13 100436131 . CAT C 1007.83 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225813;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.289;QD=59.2842;RBI=0.0354197;REFB=0;REVB=0.0272881;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000174421;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:68:68:68:0:43:25:0:0:6:0:43:23:0:0 chr13 100436228 . G C 334.35 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00590316;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5648;QD=15.9215;RBI=0.0222752;REFB=-0.0182101;REVB=-0.0214787;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599369;STB=0.539608;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.022424;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:48:36:36:0.428571:19:17:25:22:19:17:26:22 chr13 100517195 . CTG C 253.99 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=72;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0273559;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.998;QD=14.7241;RBI=0.0419548;REFB=-0.0356959;REVB=-0.0318097;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181351;STB=0.605988;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.045597;OID=.;OPOS=100517196;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:72:30:69:39:10:20:20:19:99:27:3:7:12:15 chr13 100518580 . A G 1479.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000367807;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2119;QD=59.1643;RBI=0.0266111;REFB=-0.103439;REVB=-0.0266086;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774452;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr13 100537232 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.233;QD=58.6006;RBI=0.033281;REFB=0;REVB=0.0190451;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39091e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr13 100615984 . CT C 253.26 PASS AF=0.419643;AO=40;DP=108;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.00205329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.9829;QD=9.04509;RBI=0.0928266;REFB=0.00354242;REVB=0.0928039;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197524;STB=0.57624;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.00286344;OID=.;OPOS=100615985;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419643:40:108:47:112:65:25:22:43:22:99:63:20:20:43:20 chr13 100945533 . G A 1498.82 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288419;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.011;QD=59.9529;RBI=0.0331766;REFB=0;REVB=-0.016396;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71082e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr13 101287340 . C T 834.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.055;QD=57.5733;RBI=0.0156362;REFB=0;REVB=0.014154;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28592e-05;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:34:24:0:0 chr13 101287365 . T C 955.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6279;QD=58.7701;RBI=0.0266368;REFB=0;REVB=-0.0223562;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74959e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chr13 101322622 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.961;QD=63.8712;RBI=0.0647036;REFB=0;REVB=0.0571593;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92036e-05;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr13 101720300 . T G 375.93 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.00480674;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.745;QD=15.0373;RBI=0.0107253;REFB=-0.0108696;REVB=0.00958786;RO=57;SAF=23;SAR=19;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143726;STB=0.584434;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0172867;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:58:42:42:0.42:19:23:39:18:19:23:40:18 chr13 101736075 . A G 484.53 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.046892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2369;QD=21.0665;RBI=0.130764;REFB=-0.0210646;REVB=-0.122067;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161585;STB=0.588973;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0174991;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:22:25:32:13:22:25:32:13 chr13 101747984 . G A 252.34 PASS AF=0.483333;AO=24;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00179387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.664;QD=16.8229;RBI=0.0139457;REFB=-0.02226;REVB=0.0138299;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204622;STB=0.586147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0207236;OID=.;OPOS=101747984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:31:31:24:29:0.483333:15:9:18:13:17:12:18:13 chr13 101795317 . A C,T 659.89 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=40,4;DP=44;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297338,-0.0169632;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.0396,172.739;QD=59.9896;RBI=0.045371,0.0173853;REFB=0,0;REVB=0.0452734,0.0038075;RO=0;SAF=18,4;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00212084,0.203227;OID=.,.;OPOS=101795317,101795317;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:44:44:0:0:40,4:41,3:0.931818,0.0681818:22,0:18,4:0:0:22,0:19,3:0:0 chr13 101795422 . A G 936.93 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.01;QD=58.558;RBI=0.0171905;REFB=0;REVB=0.00038834;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02991e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:39:25:0:0 chr13 102220193 . G T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00150521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.16;QD=19.6924;RBI=0.019591;REFB=-0.0300995;REVB=0.019533;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222689;STB=0.624529;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.02643;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:16:9:16:10:16:9 chr13 102366825 . A G 284.55 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0209148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1266;QD=17.7845;RBI=0.0229505;REFB=-0.0121423;REVB=0.00944963;RO=33;SAF=28;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388308;STB=0.723067;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0167738;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:3:28:22:11:3:28:22:11 chr13 102431351 . G C 293.96 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00624803;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.522;QD=19.5971;RBI=0.0312306;REFB=-0.00360408;REVB=-0.0305992;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.564314;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00431306;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:29:29:30:31:0.516667:18:12:15:14:19:12:15:14 chr13 103275386 . T C 205.55 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0160385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.76;QD=17.1291;RBI=0.0163539;REFB=-0.00511516;REVB=0.00319624;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028018;STB=0.533711;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0090408;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:9:12:15:10:9:12:17:10 chr13 103328660 . A G 388.53 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0118184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.865;QD=21.2891;RBI=0.0119137;REFB=-0.0286924;REVB=-0.00150447;RO=34;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653102;STB=0.527458;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0258012;OID=.;OPOS=103328660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:38:39:0.534247:14:24:19:15:15:24:19:15 chr13 103339365 . A G 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00927189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.208;QD=9.9923;RBI=0.00941848;REFB=-0.00333565;REVB=0.00165524;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114127;STB=0.557455;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00597588;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:9:8:20:15:9:8:20:16 chr13 103346806 . C G 164.07 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000864567;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.155;QD=29.8315;RBI=0.00209168;REFB=-0.000394986;REVB=0.00190464;RO=4;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531212;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=2.85567e-05;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:4:6:16:16:0.727273:12:4:1:3:12:4:1:5 chr13 103383417 . T C 226.34 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00137722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.092;QD=11.1771;RBI=0.00496982;REFB=-0.00875517;REVB=-0.00477518;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202632;STB=0.626546;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0125729;OID=.;OPOS=103383417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:53:28:28:0.345679:15:13:33:18:15:13:35:18 chr13 103384824 . G A 140.74 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0122416;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.803;QD=12.5104;RBI=0.0262508;REFB=-0.0117862;REVB=-0.0232217;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194986;STB=0.59988;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0164645;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:8:8:19:9:8:8:19:10 chr13 103385014 . TA T,TG 1215.87 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=16,66;DP=82;FAO=6,75;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,37;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115113,0.01554;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.166,187.209;QD=60.043;RBI=0.0452233,0.069045;REFB=0,0;REVB=0.0437337,0.0672734;RO=0;SAF=3,37;SAR=13,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0326479,0.002059;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.925926:16,66:82:6,75:81:0:3,37:3,38:0:0:13:0:3,37:13,29:0:0 chr13 103385299 . A C 908.69 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260816;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.549;QD=58.625;RBI=0.0270213;REFB=0;REVB=0.00706391;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86628e-06;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr13 103385798 . T C 838.85 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228969;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3521;QD=57.8514;RBI=0.036804;REFB=0;REVB=0.0288144;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416333;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr13 103386116 . C G 726.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.549;QD=63.1809;RBI=0.0385414;REFB=0;REVB=0.025963;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128779;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr13 103386283 . A G 2648.09 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606439;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.782;QD=62.308;RBI=0.0060905;REFB=0;REVB=0.00056334;RO=0;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78706e-06;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:169:170:1:84:85:0:0:85:85:0:0 chr13 103388220 . A G 795.9 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164008;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.402;QD=53.9595;RBI=0.0167046;REFB=-0.0183321;REVB=0.00317094;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000333695;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:56:57:0.966102:28:28:1:1:28:29:1:1 chr13 103388370 . C T 175.18 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0496902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5839;QD=12.0814;RBI=0.0532477;REFB=0.00202789;REVB=0.0191364;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34171;STB=0.727066;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0030138;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:36:22:22:0.37931:16:6:19:13:16:6:23:13 chr13 103392562 . C A 477.35 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00746685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.96;QD=18.0132;RBI=0.0180507;REFB=-0.00863158;REVB=-0.0164339;RO=55;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200571;STB=0.501113;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00677259;OID=.;OPOS=103392562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:27:24:26:29:27:24:26:29 chr13 103394003 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0392597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.83;QD=22.6785;RBI=0.0400066;REFB=0.00440948;REVB=0.00769459;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299059;STB=0.670882;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000424874;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:4:1:7:3:4:1 chr13 103394239 . C T 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0342674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.479;QD=15.3986;RBI=0.0386123;REFB=-0.00963707;REVB=-0.0177948;RO=55;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608218;STB=0.534626;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0148187;OID=.;OPOS=103394239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:57:40:40:0.412371:18:22:27:28:18:22:28:29 chr13 103394613 . T G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0167945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3531;QD=14.0437;RBI=0.0378583;REFB=0.0107483;REVB=0.0339293;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0025293;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr13 103394716 . T C 178.64 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0150084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.545;QD=10.8268;RBI=0.0252585;REFB=-0.0036475;REVB=0.0203159;RO=43;SAF=21;SAR=2;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548487;STB=0.830152;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00387026;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:2:21:24:19:2:21:24:19 chr13 103395819 . C T 773.0 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00492676;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.604;QD=55.2143;RBI=0.00581152;REFB=0.0469907;REVB=-0.00308234;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000319973;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr13 103396716 . C G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0115165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.536;QD=14.2704;RBI=0.0208827;REFB=-0.0082819;REVB=0.0174201;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328319;STB=0.684078;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00930593;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:6:27:12:12:6:27 chr13 103397387 . T G 202.84 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0225091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0996;QD=14.4887;RBI=0.0253415;REFB=0.0117737;REVB=0.0116418;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130802;STB=0.589214;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0126001;OID=.;OPOS=103397387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:12:12:19:11:12:12:21:11 chr13 103397583 . C G 231.43 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0199766;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9751;QD=12.1803;RBI=0.0208893;REFB=0.00553373;REVB=0.00610736;RO=48;SAF=9;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268769;STB=0.65506;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00877506;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:48:28:28:0.368421:19:9:27:21:19:9:27:21 chr13 103397937 . T G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0249629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.427;QD=18.2512;RBI=0.0264645;REFB=-0.00739956;REVB=-0.00878777;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.666444;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00960725;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:5:10:5:10:5:10 chr13 103400729 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000794196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.486;QD=14.6983;RBI=0.0077725;REFB=-0.0110336;REVB=0.00773181;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152684;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0114967;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:7:9:9:13:7:9:10:13 chr13 103402522 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00315187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.279;QD=17.6721;RBI=0.0192563;REFB=-0.0139044;REVB=-0.0189966;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631344;STB=0.530592;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0110983;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:32:30:30:0.483871:12:18:20:10:12:18:21:11 chr13 103420680 . C A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0212386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4421;QD=15.5773;RBI=0.0217977;REFB=-0.0213208;REVB=-0.00490521;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142702;STB=0.565163;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0179948;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:9:14:14:16:10:14:14:16 chr13 103449202 . T C 610.64 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=-0.00679161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.305;QD=16.616;RBI=0.00789671;REFB=-0.0129824;REVB=-0.0040289;RO=83;SAF=32;SAR=32;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164995;STB=0.591809;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0140717;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:32:32:55:28:32:32:55:28 chr13 103527849 . G C 630.79 PASS AF=0.94;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0015128;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.936;QD=50.4631;RBI=0.0620562;REFB=-0.0243149;REVB=0.0620377;RO=2;SAF=29;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313349;STB=0.503155;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00189431;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:50:2:3:47:47:0.94:18:29:2:0:18:29:2:1 chr13 103527930 . G C 657.37 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00395645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.549;QD=50.5667;RBI=0.0344788;REFB=-0.0277496;REVB=0.034251;RO=3;SAF=20;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654868;STB=0.534869;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00389171;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:52:3:3:48:49:0.942308:28:20:3:0:29:20:3:0 chr13 103528002 . G C 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0575074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3802;QD=20.5619;RBI=0.0645502;REFB=-0.012691;REVB=0.0293194;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230367;STB=0.627294;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0145054;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:6:19:14:15:6:19 chr13 103528337 . G A 314.85 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0282029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.059;QD=14.8164;RBI=0.0282716;REFB=-0.00134987;REVB=0.00196974;RO=49;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021386;STB=0.506845;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00153406;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:50:35:35:0.411765:20:15:22:27:20:15:22:28 chr13 103705044 . A C 629.37 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00705044;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.436;QD=28.9364;RBI=0.0254175;REFB=-0.0472728;REVB=0.0244201;RO=32;SAF=23;SAR=32;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11949;STB=0.56492;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0244545;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:32:55:55:0.632184:32:23:19:13:32:23:19:13 chr13 107144320 . G A 309.18 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.000809152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.632;QD=13.5903;RBI=0.00787704;REFB=-0.0105171;REVB=-0.00783537;RO=56;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065527;STB=0.537376;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0177029;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:16:19:27:29:16:19:27:29 chr13 107145463 . G C 1731.93 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.845;QD=60.7693;RBI=0.0208247;REFB=0;REVB=0.0133344;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49327e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:66:47:0:0:67:47:0:0 chr13 108863591 . G A 235.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00399421;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.52;QD=15.1923;RBI=0.00712638;REFB=-0.0104615;REVB=-0.00590183;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901007;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0147351;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:35:27:27:0.435484:14:13:12:19:14:13:14:21 chr13 108885972 . G T 443.47 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0135995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.72;QD=25.7083;RBI=0.0144261;REFB=-0.0200923;REVB=-0.00481307;RO=27;SAF=18;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787431;STB=0.547413;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0108899;OID=.;OPOS=108885972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:27:27:41:42:0.608696:23:18:9:18:23:19:9:18 chr13 109438084 . T A 615.28 PASS AF=0.477273;AO=61;DP=135;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0142539;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.871;QD=18.6448;RBI=0.0224099;REFB=-0.00982279;REVB=0.0172924;RO=66;SAF=27;SAR=34;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082456;STB=0.555538;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0110093;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:66:69:61:63:0.477273:34:27:35:31:35:28:38:31 chr13 109518578 . T C 621.93 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0104911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.598;QD=25.1283;RBI=0.0156102;REFB=-0.0133867;REVB=0.0115592;RO=43;SAF=36;SAR=20;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00719328;STB=0.503936;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00920681;OID=.;OPOS=109518578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:20:36:28:15:20:36:28:15 chr13 109661359 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.239;QD=64.1534;RBI=0.014763;REFB=0;REVB=-0.00167071;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62191e-05;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr13 109717928 . A G 35.56 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0171351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.193;QD=6.4662;RBI=0.0194627;REFB=-0.00173023;REVB=-0.00922968;RO=16;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.718364;STB=0.805374;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00718652;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:16:16:5:6:0.272727:0:5:7:9:1:5:7:9 chr13 109779906 . C T 641.2 PASS AF=0.962264;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.051313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.3732;QD=48.3926;RBI=0.0513131;REFB=-0.196008;REVB=-0.000106539;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229468;STB=0.504259;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00522815;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:1:2:49:51:0.962264:20:29:0:1:20:31:1:1 chr13 109793474 . T C 631.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.034;QD=61.6548;RBI=0.0883187;REFB=0;REVB=-0.0202791;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000897504;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr13 109793720 . A C 2618.65 PASS AF=0.994186;AO=165;DP=166;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0464047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.925;QD=60.8989;RBI=0.0548072;REFB=-0.079047;REVB=0.0291621;RO=1;SAF=47;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100164;STB=0.505154;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000103926;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:172:1:1:165:171:0.994186:118:47:1:0:123:48:1:0 chr13 110408608 . C T 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.49;QD=62.7594;RBI=0.0138727;REFB=0;REVB=0.00284676;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3834e-05;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:52:37:0:0:52:37:0:0 chr13 110435953 . A G 420.43 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.178;QD=56.0572;RBI=0.0635167;REFB=0;REVB=-0.0621411;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166695;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr13 110436232 . G A 428.68 PASS AF=1;AO=18;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.289;QD=57.1576;RBI=0.0603511;REFB=0;REVB=0.000238082;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241351;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:18:30:1:14:4:0:0:26:4:0:0 chr13 110813709 . G A 1157.43 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00279356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.637;QD=59.3551;RBI=0.0297195;REFB=-0.00898458;REVB=0.0295879;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000184299;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:1:0:40:37:1:0 chr13 110818598 . T G 422.53 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00472902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.091;QD=18.1733;RBI=0.0195663;REFB=-0.00907081;REVB=0.0189862;RO=50;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464423;STB=0.518788;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0106641;OID=.;OPOS=110818598;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:50:42:43:0.462366:23:19:25:25:23:20:25:25 chr13 110819586 . G A 261.61 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.00699588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.593;QD=13.5903;RBI=0.0178251;REFB=-0.0181555;REVB=0.0163949;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286863;STB=0.667658;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0212657;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:30:31:0.402597:14:16:12:34:14:17:12:34 chr13 110827574 . T A 1214.49 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135314;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.537;QD=59.975;RBI=0.0654677;REFB=0;REVB=0.064054;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545593;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:81:1:0:80:81:1:48:32:0:1:49:32:0:0 chr13 110827580 . C T 1330.46 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.245;QD=59.796;RBI=0.0440575;REFB=-0.0637342;REVB=0.00228495;RO=2;SAF=32;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286904;STB=0.515148;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000502872;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:55:32:2:0:55:32:2:0 chr13 110833702 . C T 1150.71 PASS AF=0.941176;AO=78;DP=84;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00990434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.8807;QD=54.1509;RBI=0.0120274;REFB=-0.0954887;REVB=0.00682366;RO=1;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919194;STB=0.50975;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00191486;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:84:85:1:5:78:80:0.941176:51:27:0:1:52:28:1:4 chr13 110838814 . A G 128.65 PASS AF=0.289855;AO=13;DP=64;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0133232;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.668;QD=7.45786;RBI=0.0204945;REFB=-0.0274135;REVB=0.015573;RO=42;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990097;STB=0.550245;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0736697;OID=.;OPOS=110838814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:42:49:13:20:0.289855:4:9:26:16:8:12:26:23 chr13 110839550 . T G 1519.32 PASS AF=1;AO=94;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614096;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7626;QD=57.3328;RBI=0.0653838;REFB=0;REVB=0.0224476;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0074815;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:94:106:1:59:35:0:0:60:46:0:0 chr13 110843985 . T C 954.46 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0176903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.81;QD=54.5407;RBI=0.0317743;REFB=-0.0962377;REVB=0.0263943;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.525416;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000446471;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:0:3:67:67:0.957143:39:28:0:0:39:28:3:0 chr13 110857895 . A G 208.31 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00540723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8079;QD=11.414;RBI=0.00862235;REFB=-0.0182835;REVB=-0.00671615;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281056;STB=0.661421;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0186506;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:11:15:15:32:11:15:15:32 chr13 110859069 . G C 324.22 PASS AF=0.425287;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0698077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1963;QD=14.9068;RBI=0.0698679;REFB=-0.0146363;REVB=0.00289978;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148318;STB=0.523352;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00747412;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:50:35:37:0.425287:17:18:25:25:17:20:25:25 chr13 110861785 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.75;QD=56.9562;RBI=0.0495442;REFB=0;REVB=0.0420623;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154239;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr13 110862161 . C T 224.11 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0122141;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.244;QD=12.8065;RBI=0.0286381;REFB=0.00624152;REVB=-0.0259028;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122467;STB=0.569569;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00906308;OID=.;OPOS=110862161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:43:27:27:0.385714:15:12:23:18:15:12:24:19 chr13 110864225 . A T 804.84 PASS AF=0.482558;AO=83;DP=172;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0197166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.104;QD=18.7173;RBI=0.0231168;REFB=-0.0109772;REVB=0.0120682;RO=89;SAF=47;SAR=36;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573544;STB=0.531667;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0131327;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:89:89:83:83:0.482558:36:47:45:44:36:47:45:44 chr13 110864264 . C T 615.73 PASS AF=0.451389;AO=56;DP=139;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0133574;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.929;QD=17.1036;RBI=0.0161849;REFB=-0.0232821;REVB=0.00913965;RO=83;SAF=30;SAR=26;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697073;STB=0.528499;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0221355;OID=.;OPOS=110864264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:83:79:56:65:0.451389:26:30:39:44:32:33:36:43 chr13 111077197 . G A 2155.84 PASS AF=0.972414;AO=138;DP=144;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0290845;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.304;QD=59.4714;RBI=0.046704;REFB=-0.170194;REVB=0.0365425;RO=2;SAF=74;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126747;STB=0.500686;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00132429;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:145:2:4:138:141:0.972414:64:74:2:0:67:74:2:2 chr13 111088456 . A T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0111491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.701;QD=16.0642;RBI=0.0284358;REFB=0.0057969;REVB=0.026159;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776654;STB=0.543826;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0108472;OID=.;OPOS=111088456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:13:18:13:13:13:18 chr13 111090909 . T C 181.17 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00691108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2776;QD=11.3232;RBI=0.00714208;REFB=0.000877413;REVB=-0.00180176;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160009;STB=0.593137;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000835356;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:15:8:20:21:15:8:20:21 chr13 111090924 . G A 268.85 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.017356;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.803;QD=15.5856;RBI=0.0182062;REFB=-0.0084953;REVB=-0.00549873;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326598;STB=0.543255;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0133935;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:39:30:30:0.434783:17:13:14:21:17:13:14:25 chr13 111098226 . C T 334.29 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0167077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.593;QD=16.7147;RBI=0.0201869;REFB=-0.0142296;REVB=-0.0113298;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118421;STB=0.566629;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0186713;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:13:23:23:21:13:23:23:21 chr13 111102042 . G A 205.19 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0365186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.914;QD=15.7836;RBI=0.0365408;REFB=-0.00830398;REVB=-0.00127425;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210125;STB=0.511935;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0106293;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:12:17:13:10:12:17 chr13 111109157 . G A 354.3 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0152536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.099;QD=21.473;RBI=0.0426293;REFB=-0.0248639;REVB=0.0398069;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548329;STB=0.530286;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0225901;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:18:18:17:13:18:18:17:13 chr13 111109618 . G C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0275993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4293;QD=9.91648;RBI=0.0645479;REFB=-0.00763152;REVB=0.0583499;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154634;STB=0.594378;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.01779;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:9:8:3:6:9:8 chr13 111109670 . A C 272.64 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00310145;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.477;QD=16.7775;RBI=0.0118883;REFB=-0.0267429;REVB=0.0114766;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140364;STB=0.502755;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0227466;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:35:30:30:0.461538:11:19:22:12:11:19:22:13 chr13 111109859 . A G 387.37 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0152203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2609;QD=12.9124;RBI=0.0168576;REFB=-0.00637216;REVB=-0.00724712;RO=74;SAF=31;SAR=15;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939911;STB=0.553548;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00753789;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:46:46:0.383333:15:31:44:30:15:31:44:30 chr13 111111173 . G A 293.07 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00462758;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.134;QD=16.7466;RBI=0.0124887;REFB=-0.00833021;REVB=0.0115997;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761808;STB=0.51699;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0103797;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:31:32:0.457143:10:21:26:12:11:21:26:12 chr13 111111235 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00991774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.195;QD=19.4209;RBI=0.0163606;REFB=-0.0331037;REVB=0.0130118;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068717;STB=0.538242;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0261776;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:17:10:13:16:17:10 chr13 111119396 . G C 128.74 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00946786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.699;QD=12.5597;RBI=0.00954892;REFB=-0.0180291;REVB=0.00124158;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323715;STB=0.535666;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0340285;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:14:15:0.365854:9:5:10:16:10:5:10:16 chr13 111154058 . T A 715.95 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000375035;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.237;QD=63.6399;RBI=0.0190942;REFB=0;REVB=-0.0190906;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288443;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr13 111154061 . T C 722.25 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8886;QD=61.4677;RBI=0.057522;REFB=-0.0588658;REVB=0.0052688;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205093;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr13 111155773 . T C,G 885.55 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=56,6;DP=62;FAO=57,6;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223756,0.0212601;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.19,147.675;QD=56.2257;RBI=0.0246942,0.0246188;REFB=0,0;REVB=0.0104467,0.0124134;RO=0;SAF=25,4;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00235543,0.0332867;OID=.,.;OPOS=111155773,111155773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:62:63:0:0:56,6:57,6:0.904762,0.0952381:31,2:25,4:0:0:31,2:26,4:0:0 chr13 111156499 . C T 2071.39 PASS AF=0.948387;AO=135;DP=143;FAO=147;FDP=155;FR=.;FRO=8;FSAF=91;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0931459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6826;QD=53.4551;RBI=0.0932424;REFB=-0.00845379;REVB=-0.00424077;RO=8;SAF=79;SAR=56;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632167;STB=0.533329;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0102719;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:143:155:8:8:135:147:0.948387:56:79:0:8:56:91:0:8 chr13 111158874 . A G 275.34 PASS AF=0.47619;AO=23;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0565249;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0089;QD=17.482;RBI=0.0565493;REFB=-0.0104796;REVB=0.00166088;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423433;STB=0.67989;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0109235;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:25:33:23:30:0.47619:17:6:18:7:17:13:26:7 chr13 111164380 . G A 305.44 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.02566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3894;QD=21.0645;RBI=0.0614213;REFB=-0.0496931;REVB=0.0558045;RO=25;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164958;STB=0.573412;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0299405;OID=.;OPOS=111164380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:25:26:30:32:0.551724:22:8:11:14:22:10:12:14 chr13 111176393 . A G 525.57 PASS AF=0.973684;AO=32;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.985;QD=55.3228;RBI=0.0314312;REFB=0.0590822;REVB=0.000150352;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000850169;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:32:37:0.973684:14:18:0:0:19:18:1:0 chr13 111268387 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000954559;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.566;QD=16.1989;RBI=0.0543318;REFB=0.0328687;REVB=-0.0543234;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0166206;OID=.;OPOS=111268387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr13 111319754 . T C 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00533488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.271;QD=57.6364;RBI=0.012839;REFB=-0.080396;REVB=-0.0116782;RO=1;SAF=26;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178302;STB=0.509431;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0011332;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:42:26:1:0:42:26:1:0 chr13 111365104 . A G 1133.52 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.331;QD=60.4542;RBI=0.0215592;REFB=0;REVB=0.0211317;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48192e-05;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:29:44:0:0:30:45:0:0 chr13 111368164 . T G 74.88 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.494;QD=37.4387;RBI=0.0196985;REFB=0;REVB=0.0196083;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381933;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr13 111531885 . C A 776.1 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455969;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.634;QD=56.4435;RBI=0.0456816;REFB=0;REVB=0.00277983;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196469;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:47:55:1:19:28:0:0:22:33:0:0 chr13 111806245 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.078;QD=58.1419;RBI=0.0727268;REFB=0;REVB=0.0345251;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258898;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr13 111870037 . T C 575.44 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.804;QD=60.5724;RBI=0.0339796;REFB=0;REVB=-0.00319452;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161974;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr13 111980537 . C T 1344.04 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172675;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.853;QD=62.5135;RBI=0.0202461;REFB=0;REVB=0.0105706;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28962e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:41:45:0:0 chr13 112725791 . G A 146.91 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0936519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3426;QD=11.9929;RBI=0.0938478;REFB=-0.00539017;REVB=-0.0060613;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359155;STB=0.542324;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0218586;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:9:7:13:19:9:8:13:19 chr13 113479820 . A G 1573.56 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402967;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7513;QD=59.9453;RBI=0.0330006;REFB=0;REVB=0.0327536;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86604e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr13 113530199 . G A 427.7 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00330171;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.74;QD=19.0088;RBI=0.00474878;REFB=-0.00333771;REVB=0.00341315;RO=46;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899603;STB=0.543345;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00310075;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:23:20:17:29:23:20:18:29 chr13 113534907 . T C 846.27 PASS AF=0.536913;AO=76;DP=147;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0186689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.354;QD=22.7186;RBI=0.0266289;REFB=-0.0169506;REVB=-0.0189888;RO=67;SAF=22;SAR=54;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833385;STB=0.563649;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0210338;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:67:69:76:80:0.536913:54:22:25:42:58:22:27:42 chr13 113536132 . T C 83.72 PASS AF=0.526316;AO=8;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0339918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.823;QD=17.6257;RBI=0.0500193;REFB=-0.0133205;REVB=-0.0366946;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194344;STB=0.642515;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00642948;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:19:8:8:8:10:0.526316:7:1:2:6:9:1:2:6 chr13 113540649 . G T 195.32 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0029447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.135;QD=14.468;RBI=0.00743424;REFB=-0.0110251;REVB=-0.00682617;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821832;STB=0.546885;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0138968;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:15:16:10:13:15:16 chr13 113656216 . C T 405.72 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0063259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.296;QD=18.6539;RBI=0.0256665;REFB=-0.0142188;REVB=0.0248748;RO=41;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135971;STB=0.604991;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0163908;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:45:41:42:0.482759:26:15:21:20:27:15:25:20 chr13 113720476 . C T 289.18 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8057;QD=52.5775;RBI=0.0264303;REFB=0;REVB=0.0193153;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820625;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr13 113728781 . G A 1940.61 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119386;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.002;QD=61.1217;RBI=0.0158931;REFB=-0.113901;REVB=0.0104909;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=4.61587e-05;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:127:0:1:126:126:0.992126:67:59:0:0:67:59:0:1 chr13 113732718 . G A 955.8 PASS AF=0.418699;AO=102;DP=246;FAO=103;FDP=246;FR=.;FRO=143;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=91;FSRR=52;FWDB=0.00585501;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.586;QD=15.5415;RBI=0.0559617;REFB=-0.0201797;REVB=0.0556546;RO=141;SAF=41;SAR=61;SRF=91;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249467;STB=0.630895;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0315159;OID=.;OPOS=113732718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:141:143:102:103:0.418699:61:41:91:50:61:42:91:52 chr13 113747124 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.504;QD=63.284;RBI=0.0064652;REFB=0;REVB=0.00255175;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91923e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:15:30:0:0:16:30:0:0 chr13 113747135 . T C 678.88 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2005;QD=60.3445;RBI=0.0768661;REFB=0;REVB=0.0760822;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414693;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:13:29:0:0:15:30:0:0 chr13 113752279 . A G 31.06 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=101;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=34;FWDB=-0.155192;FXX=0.00892777;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.2743;QD=1.1194;RBI=0.155202;REFB=-0.0128539;REVB=0.00172816;RO=55;SAF=1;SAR=9;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587423;STB=0.933653;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.128925;OID=.;OPOS=113752279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:112:111:55:101:10:10:0.0900901:9:1:32:23:9:1:67:34 chr13 113752348 . C CT,T 55.69 PASS AF=0.225806,0;AO=20,4;DP=98;FAO=21,0;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=13,0;FSAR=8,0;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0873713,-0.117738;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.1426,21.6361;QD=2.39506;RBI=0.101402,0.123073;REFB=-0.0581655,-0.029418;REVB=0.0514656,0.0358424;RO=72;SAF=12,4;SAR=8,0;SRF=29;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243373,0.519416;STB=0.673149,0.5;STBP=0.091,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.106986,0;OID=.,.;OPOS=113752349,113752348;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:98:93:72:72:20,4:21,0:0.225806,0:8,0:12,4:29:43:8,0:13,0:28:44 chr13 113792754 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00321071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.678;QD=10.7542;RBI=0.00352882;REFB=-0.00945034;REVB=0.00146421;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289337;STB=0.527385;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0156413;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:5:8:16:9:5:8:17:9 chr13 113801737 . C T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00792173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.322;QD=12.9138;RBI=0.00979397;REFB=0.00715085;REVB=0.00575917;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633934;STB=0.53645;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0108895;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:21:16:9:15:21:16 chr13 113818900 . A G 979.81 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191905;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9615;QD=59.3822;RBI=0.0234469;REFB=0;REVB=0.0134716;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:40:26:0:0 chr13 113897320 . C A,T 1523.76 PASS AF=0.0412371,0.958763;AO=4,93;DP=97;FAO=4,93;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=4,50;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990885,-0.00621694;FXX=0.0202;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.824,142.01;QD=62.8353;RBI=0.0252079,0.027032;REFB=0,0;REVB=0.0231788,0.0263074;RO=0;SAF=4,50;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0790197,0.000808914;OID=.,.;OPOS=113897320,113897320;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:97:0:0:4,93:4,93:0.0412371,0.958763:0,43:4,50:0:0:0,43:4,50:0:0 chr13 113909339 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.357;QD=62.022;RBI=0.0374891;REFB=0;REVB=-0.00435451;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81261e-05;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr13 114154277 . AGGG AGGA,AGG 36.65 PASS AF=0.0540541,0.216216;AO=2,10;DP=37;FAO=2,8;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2,6;FSAR=0,2;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.000846468,0.125136;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=302.413,12.0233;QD=3.96244;RBI=0.0546792,0.163247;REFB=-0.00415103,-0.072078;REVB=-0.0546727,-0.104835;RO=22;SAF=2,7;SAR=0,3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404544,-0.103333;STB=0.992841,0.545337;STBP=0.349,0.871;TYPE=snp,del;VARB=0.0184753,0.136911;OID=.,.;OPOS=114154280,114154278;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0540541,0.216216:2,10:37:2,8:37:27:2,6:0,2:19:8:27:22:2,7:0,3:17:5 chr13 114309226 . G A 345.11 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0197301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.199;QD=16.6319;RBI=0.0241351;REFB=-0.0189978;REVB=-0.0139007;RO=44;SAF=25;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159161;STB=0.597217;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0281634;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:46:36:37:0.445783:11:25:24:20:11:26:25:21 chr13 114312354 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.01;QD=60.2299;RBI=0.0623457;REFB=0;REVB=-0.0120911;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175161;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr13 114322289 . A G 224.49 PASS AF=0.35443;AO=26;DP=75;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0131038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.003;QD=11.3666;RBI=0.015795;REFB=-0.00833674;REVB=-0.00881886;RO=49;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514068;STB=0.501844;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0129597;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:49:51:26:28:0.35443:10:16:28:21:12:16:29:22 chr13 114453873 . G C 63.57 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0474328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1585;QD=8.76812;RBI=0.0631054;REFB=-0.00915953;REVB=0.0416224;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137716;STB=0.585171;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0261469;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:11:9:3:6:11:9 chr13 114453912 . C T 76.43 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00249886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.701;QD=7.64254;RBI=0.0102101;REFB=-0.0127671;REVB=-0.00989956;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216774;STB=0.545372;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0345169;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:39:40:27:29:10:11:0.275:5:5:13:14:6:5:15:14 chr13 114524944 . A G 2182.49 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313098;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.533;QD=63.2606;RBI=0.0378111;REFB=0;REVB=0.0211986;RO=0;SAF=64;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88024e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:136:138:1:72:64:0:0:73:65:0:0 chr13 114530114 . G A 213.72 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0121824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.574;QD=14.7393;RBI=0.0121852;REFB=-0.0121095;REVB=-0.000257344;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363691;STB=0.520693;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0152537;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:13:20:16:9:13:20 chr13 114531565 . C G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0314355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3528;QD=19.6659;RBI=0.0860869;REFB=0.0355459;REVB=-0.0801422;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788144;STB=0.543802;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0364632;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:17:15:19:15:17:15 chr13 114545925 . A G 356.21 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00868781;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.585;QD=11.1315;RBI=0.0152375;REFB=-0.00660092;REVB=-0.0125182;RO=80;SAF=5;SAR=39;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558094;STB=0.823773;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0248552;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:80:84:44:44:0.34375:39:5:42:38:39:5:43:41 chr13 114623880 . G A 778.03 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.817;QD=63.5128;RBI=0.0700812;REFB=0;REVB=0.017124;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461771;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:25:20:0:0:25:24:0:0 chr13 114780764 . A G 637.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523896;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.536;QD=62.1875;RBI=0.006799;REFB=0;REVB=0.00433356;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719055;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr13 115004914 . C T 201.26 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00643196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.437;QD=28.7507;RBI=0.0144382;REFB=-0.0228172;REVB=-0.0129264;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619832;STB=0.506487;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0213293;OID=.;OPOS=115004914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:28:7:9:19:19:0.678571:13:6:3:4:13:6:3:6 chr13 115004935 . T C 157.56 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0555312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2579;QD=25.2098;RBI=0.0617562;REFB=-0.0522816;REVB=0.0270206;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288507;STB=0.516109;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0249988;OID=.;OPOS=115004935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:3:6:10:6:3:6 chr13 115052069 . TGGGGGA TGGGGA,TGGGGAG 42.15 PASS AF=0.285714,0.0285714;AO=9,3;DP=37;FAO=10,1;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9,1;FSAR=1,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0182037,-0.0476581;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.3122,31.1081;QD=4.81709;RBI=0.0601855,0.0480307;REFB=-0.0590001,-0.0264769;REVB=0.0573666,0.00597051;RO=23;SAF=8,3;SAR=1,0;SRF=15;SRR=8;SSEN=0.650794,0;SSEP=0,0;SSSB=0.395364,0.525763;STB=0.788757,0.987486;STBP=0.076,0.473;TYPE=del,mnp;VARB=0.125151,0.00789788;OID=.,.;OPOS=115052070,115052074;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=TGGGGA,TGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.0285714:9,3:37:10,1:35:24:9,1:1,0:15:9:34:23:8,3:1,0:15:8 chr14 19378020 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0346383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.652;QD=12.8607;RBI=0.0346393;REFB=-0.0175612;REVB=0.00026521;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.599679;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0190236;OID=.;OPOS=19378020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:6:2:1:6:6:2 chr14 19378030 . T A 207.1 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00337561;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.419;QD=39.4483;RBI=0.0476291;REFB=0.0174311;REVB=0.0475093;RO=3;SAF=15;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073705;STB=0.540493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00291347;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:22:21:3:3:18:18:0.857143:3:15:2:1:3:15:2:1 chr14 19553722 . CT C,CC 62.41 PASS AF=1,0;AO=3,2;DP=7;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.6483,61.469;QD=35.6641;RBI=0.130178,0.0394935;REFB=0,0;REVB=0.130178,0.0394935;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00535869,0;OID=.,.;OPOS=19553723,19553723;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,2:7:7,0:7:0:0,0:7,0:0:0:4:0:0,0:3,2:0:0 chr14 20002286 . A G 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=-0.0124893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.412;QD=4.90474;RBI=0.0138201;REFB=-0.00209727;REVB=0.00591714;RO=43;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275157;STB=0.518037;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00810325;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:8:2:8:35:8:2:8:35 chr14 20181502 . C T 98.32 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00602946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1504;QD=7.7111;RBI=0.0589858;REFB=0.0211571;REVB=-0.0586768;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106264;STB=0.564962;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0508623;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:4:9:29:9:4:9:29:9 chr14 20216298 . T C 1760.18 PASS AF=0.762431;AO=137;DP=180;FAO=138;FDP=181;FR=.;FRO=43;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0139141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7129;QD=38.899;RBI=0.0836998;REFB=-0.0182433;REVB=0.0825352;RO=43;SAF=78;SAR=59;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577599;STB=0.529579;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00536491;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:43:43:137:138:0.762431:59:78:19:24:60:78:19:24 chr14 20295834 . T C 1867.48 PASS AF=0.701357;AO=150;DP=218;FAO=155;FDP=221;FR=.;FRO=66;FSAF=73;FSAR=82;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00878131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.121;QD=33.8005;RBI=0.019712;REFB=-0.00231702;REVB=0.017648;RO=66;SAF=70;SAR=80;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243633;STB=0.514022;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00105569;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:221:66:66:150:155:0.701357:80:70:28:38:82:73:28:38 chr14 20296278 . G A 652.49 PASS AF=0.376812;AO=78;DP=207;FAO=78;FDP=207;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=73;FSRR=56;FWDB=-0.0139235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3376;QD=12.6085;RBI=0.0207576;REFB=-0.0155533;REVB=-0.0153953;RO=128;SAF=40;SAR=38;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634047;STB=0.533143;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0283282;OID=.;OPOS=20296278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:128:129:78:78:0.376812:38:40:73:55:38:40:73:56 chr14 20389606 . G A 398.57 PASS AF=0.40708;AO=39;DP=115;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0239758;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.507;QD=14.1085;RBI=0.0257212;REFB=-0.00834262;REVB=-0.00931344;RO=47;SAF=10;SAR=29;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100972;STB=0.511502;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0162086;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:47:67:39:46:0.40708:29:10:16:31:31:15:23:44 chr14 20389721 . G A 178.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00160467;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.733;QD=13.7586;RBI=0.012416;REFB=-0.0151497;REVB=-0.0123118;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707152;STB=0.523969;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0199328;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:31:21:21:0.403846:13:8:13:16:13:8:13:18 chr14 20404091 . G A 180.82 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000580586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7234;QD=12.916;RBI=0.0221997;REFB=-0.00759435;REVB=-0.0221921;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.517841;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.025176;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:11:11:18:14:11:11:18:16 chr14 20404238 . G A 362.16 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0268245;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.049;QD=19.8443;RBI=0.0294377;REFB=-0.00198344;REVB=0.0121253;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877859;STB=0.560853;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00137354;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:36:37:0.506849:17:19:15:20:17:20:15:21 chr14 20404614 . C A 275.39 PASS AF=0.245614;AO=42;DP=171;FAO=42;FDP=171;FR=.;FRO=129;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=-0.0182757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.556;QD=6.4418;RBI=0.020044;REFB=-0.00490025;REVB=0.00823184;RO=128;SAF=24;SAR=18;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311749;STB=0.516121;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0178635;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:128:129:42:42:0.245614:18:24:70:58:18:24:71:58 chr14 20404735 . C T 125.82 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0288382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.279;QD=7.86386;RBI=0.0365126;REFB=0.00022653;REVB=-0.0223949;RO=46;SAF=5;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301599;STB=0.682761;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000910719;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:13:5:24:22:13:5:24:22 chr14 20404736 . G A 220.56 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00689882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.473;QD=14.2295;RBI=0.0150699;REFB=0.00792903;REVB=0.0133981;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222127;STB=0.512648;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0113308;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:16:20:15:11:16:20 chr14 20404767 . A G 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000634917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.499;QD=13.6982;RBI=0.00574993;REFB=-0.00425608;REVB=0.00571477;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486333;STB=0.528271;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00631638;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:12:18:10:8:12:18 chr14 20444490 . C T 747.2 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.518;QD=56.3922;RBI=0.0227241;REFB=0;REVB=0.0144415;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224195;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:33:20:0:0 chr14 20470399 . G A 303.26 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0233407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.365;QD=12.3781;RBI=0.0255469;REFB=-0.00690874;REVB=-0.0103854;RO=62;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243406;STB=0.508231;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0126287;OID=.;OPOS=20470399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:63:35:35:0.357143:19:16:27:35:19:16:28:35 chr14 20470737 . G A 616.68 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00572425;FXX=0.00757518;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.53;QD=18.8299;RBI=0.00717086;REFB=-0.00337988;REVB=-0.00431906;RO=61;SAF=30;SAR=33;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116016;STB=0.542802;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00389255;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:61:68:63:63:0.480916:33:30:37:24:33:30:38:30 chr14 20470903 . T C 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0222906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.469;QD=16.5647;RBI=0.0250923;REFB=0.0022581;REVB=0.0115218;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242765;STB=0.636573;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00305992;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:13:25:20:28:13:25:20:28 chr14 20482471 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000358806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.117;QD=48.7359;RBI=0.0409309;REFB=0;REVB=0.0409293;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238228;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr14 20502120 . C T 312.82 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0224817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.83;QD=19.551;RBI=0.0292799;REFB=0.000799462;REVB=0.0187586;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149722;STB=0.576423;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000952165;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:12:21:14:16:12:21:15:16 chr14 20528207 . G A 67.82 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=0.0141037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1562;QD=5.53623;RBI=0.0931973;REFB=-0.0158351;REVB=-0.092124;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447497;STB=0.754725;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0694891;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:49:38:39:10:10:0.204082:5:5:32:6:5:5:32:7 chr14 20528321 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.020348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.879;QD=9.49151;RBI=0.0291996;REFB=0.0101919;REVB=0.0209422;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00953931;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:12:6:3:6:12:6 chr14 20528359 . G T 262.95 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8473;QD=47.8099;RBI=0.0953036;REFB=0.0701188;REVB=-0.0932421;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0261562;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:1:0:7:14:1:0 chr14 20528362 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00986977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.352;QD=8.69805;RBI=0.0168597;REFB=-0.00749161;REVB=-0.0136688;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319625;STB=0.70519;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0159174;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:9:5:1:6:9:5 chr14 20528505 . T A 118.61 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00606958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.442;QD=7.77753;RBI=0.0831976;REFB=-0.00166235;REVB=0.0829759;RO=44;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989104;STB=0.560009;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00726302;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:6:11:25:19:6:11:25:19 chr14 20528528 . G A 131.33 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00474815;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.275;QD=7.5045;RBI=0.00717888;REFB=-0.00736311;REVB=-0.00538437;RO=51;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102999;STB=0.562433;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0184676;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:7:12:28:23:7:12:28:23 chr14 20529019 . C T 380.48 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0192268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.031;QD=11.9835;RBI=0.0194227;REFB=-0.00783778;REVB=0.00275207;RO=80;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934725;STB=0.556972;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0157161;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:81:46:46:0.362205:22:24:35:45:22:24:35:46 chr14 20529043 . C G 239.96 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0130828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.163;QD=9.99849;RBI=0.031832;REFB=-0.0123849;REVB=0.0290192;RO=65;SAF=12;SAR=18;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735129;STB=0.548903;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.023804;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:66:30:30:0.3125:18:12:30:35:18:12:31:35 chr14 20586042 . G C 248.97 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=73;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0136535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183;QD=12.7675;RBI=0.0144226;REFB=-0.00960264;REVB=-0.0046468;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866373;STB=0.551248;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0150289;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:44:48:25:30:0.384615:11:14:28:16:15:15:28:20 chr14 20586432 . C T 388.86 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00555167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.644;QD=16.5474;RBI=0.0357743;REFB=-0.0119226;REVB=0.0353409;RO=53;SAF=15;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184807;STB=0.603961;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0168633;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:26:15:29:24:26:15:29:24 chr14 20665887 . G C 182.81 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.023378;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5078;QD=9.49658;RBI=0.0254669;REFB=-0.00807913;REVB=-0.0101012;RO=52;SAF=8;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178443;STB=0.599914;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0236413;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:52:53:24:24:0.311688:16:8:25:27:16:8:25:28 chr14 20697600 . T G 1970.53 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.024243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5995;QD=60.1688;RBI=0.0274216;REFB=-0.0282048;REVB=0.0128149;RO=2;SAF=69;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135743;STB=0.507142;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00463037;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:60:69:2:0:60:69:2:0 chr14 20757804 . C A 214.12 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00392882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1039;QD=14.7672;RBI=0.0446523;REFB=-0.0148865;REVB=0.0444791;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152177;STB=0.508654;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0302652;OID=.;OPOS=20757804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:8:17:22:11:8:17:22:11 chr14 20764585 . A C 604.6 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00552961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7468;QD=24.4281;RBI=0.0238889;REFB=-0.036794;REVB=-0.0232401;RO=43;SAF=22;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015464;STB=0.5042;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.021178;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:44:55:55:0.555556:33:22:18:25:33:22:18:26 chr14 20784431 . G A 504.79 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0216005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.808;QD=31.0639;RBI=0.0265611;REFB=-0.00421486;REVB=0.0154566;RO=20;SAF=31;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118732;STB=0.564462;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00206655;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:20:45:45:0.692308:14:31:10:10:14:31:10:10 chr14 20784718 . G T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.922;QD=39.3177;RBI=0.0499216;REFB=-0.0347942;REVB=0.0245885;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00378147;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr14 20811442 . C T 1052.36 PASS AF=0.638298;AO=80;DP=143;FAO=90;FDP=141;FR=.;FRO=51;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0108688;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.983;QD=29.8541;RBI=0.0109717;REFB=-0.0434549;REVB=0.00149914;RO=36;SAF=39;SAR=41;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882015;STB=0.508537;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.02008;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:36:51:80:90:0.638298:41:39:17:19:42:48:26:25 chr14 20815013 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00816357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.679;QD=18.6371;RBI=0.0084513;REFB=-0.0226736;REVB=-0.00218644;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277497;STB=0.656074;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0346812;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:3:13:8:8:3:13 chr14 20824181 . T C 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.201;QD=60.851;RBI=0.0408494;REFB=-0.00524565;REVB=-0.00127611;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000274293;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr14 20837701 . G C 386.7 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0171697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.047;QD=20.9026;RBI=0.0189691;REFB=-0.027243;REVB=-0.00806403;RO=35;SAF=14;SAR=24;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239422;STB=0.508316;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0202965;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:38:39:0.527027:24:14:12:23:25:14:12:23 chr14 20841707 . C T 566.86 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00284627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.309;QD=35.9913;RBI=0.0293896;REFB=-0.0289453;REVB=-0.0292515;RO=15;SAF=32;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647294;STB=0.534869;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00922748;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:16:32:8:7:16:32:8:7 chr14 20847202 . A G 416.79 PASS AF=0.606061;AO=38;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00919881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.398;QD=25.2598;RBI=0.0192538;REFB=0.00700509;REVB=0.0169142;RO=25;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19546;STB=0.599952;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00274711;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:38:40:0.606061:21:17:18:7:21:19:19:7 chr14 20850093 . C T 546.84 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0144914;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.58;QD=20.2531;RBI=0.0457987;REFB=-0.00982337;REVB=0.0434456;RO=52;SAF=40;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254794;STB=0.640973;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00792675;OID=.;OPOS=20850093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:52:56:56:0.518519:16:40:23:29:16:40:23:29 chr14 20850156 . C G 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00479371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.02;QD=20.0273;RBI=0.0114457;REFB=-0.0196608;REVB=-0.0103934;RO=50;SAF=33;SAR=20;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213912;STB=0.618024;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.021074;OID=.;OPOS=20850156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:20:33:19:31:20:33:19:31 chr14 20852029 . A G 130.8 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0275781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.335;QD=20.1231;RBI=0.0283788;REFB=-0.0156458;REVB=0.00669356;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482827;STB=0.773812;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00420625;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:9:2:12:3:9:2 chr14 20852770 . G T 315.15 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0146816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.947;QD=25.2121;RBI=0.0241417;REFB=-0.0329764;REVB=0.0191643;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360531;STB=0.519986;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0243452;OID=.;OPOS=20852770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:14:14:12:10:14:14:12:10 chr14 20852817 . G A 200.22 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0783257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5778;QD=19.0689;RBI=0.081638;REFB=-0.028837;REVB=-0.0230187;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.524115;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0675031;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:10:11:12:9:10:11 chr14 20854734 . A G 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.003;QD=60.2004;RBI=0.0225706;REFB=0;REVB=-0.011756;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74977e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:49:24:0:0:49:24:0:0 chr14 20872881 . G T 266.67 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00571964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.931;QD=15.9204;RBI=0.00581635;REFB=-0.00834038;REVB=-0.00105623;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713018;STB=0.522373;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0107037;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:29:30:0.447761:15:14:20:16:15:15:20:17 chr14 20897064 . C T 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.258;QD=52.6043;RBI=0.0288314;REFB=0;REVB=0.0260029;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314152;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr14 20897676 . T C 1568.96 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.926;QD=59.7697;RBI=0.0530637;REFB=0;REVB=0.0372966;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84984e-05;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:105:0:0:98:105:1:43:55:0:0:48:57:0:0 chr14 21081996 . C T 2176.38 PASS AF=0.96732;AO=146;DP=151;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0153102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.872;QD=56.8987;RBI=0.0534183;REFB=-0.127113;REVB=0.0511773;RO=5;SAF=87;SAR=59;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386069;STB=0.519682;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00140907;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:153:5:5:146:148:0.96732:59:87:0:5:61:87:0:5 chr14 21099310 . C T 385.68 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0550004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8134;QD=22.358;RBI=0.0563933;REFB=0.00829405;REVB=0.0124562;RO=31;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478732;STB=0.537018;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0063955;OID=.;OPOS=21099310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:30:38:39:0.565217:23:15:14:17:24:15:14:16 chr14 21099313 . C T 352.21 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00907973;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.173;QD=20.7181;RBI=0.0319637;REFB=-0.0311789;REVB=-0.0306469;RO=31;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798342;STB=0.553234;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0193038;OID=.;OPOS=21099313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:32:36:36:0.529412:23:13:14:17:23:13:15:17 chr14 21099400 . G A 307.2 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0173831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.003;QD=22.7554;RBI=0.0174119;REFB=-0.0232529;REVB=0.00100026;RO=22;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258253;STB=0.532689;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0153257;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:30:31:0.574074:20:10:8:14:21:10:9:14 chr14 21101155 . C T 264.69 PASS AF=0.441176;AO=27;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00739786;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.871;QD=15.5698;RBI=0.00740795;REFB=-0.0159567;REVB=0.000386444;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213433;STB=0.595268;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0194129;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:38:27:30:0.441176:11:16:15:24:13:17:15:23 chr14 21101236 . CCTTTA C,CCTTTC 321.07 PASS AF=0.44,0.04;AO=28,3;DP=78;FAO=33,3;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15,1;FSAR=18,2;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0142707,-0.0312184;FXX=0.0384566;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=258.215,91.5036;QD=17.1238;RBI=0.030813,0.0358418;REFB=-0.00785403,-0.0106529;REVB=0.0273091,-0.0176082;RO=37;SAF=13,1;SAR=15,2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494606,-0.178293;STB=0.517756,0.644185;STBP=0.804,0.645;TYPE=del,snp;VARB=0.0122499,0.012286;OID=.,.;OPOS=21101237,21101241;OREF=CTTTA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44,0.04:28,3:78:33,3:75:39:15,1:18,2:19:20:99:37:13,1:15,2:19:18 chr14 21109141 . C T 186.22 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=9.12808e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2276;QD=14.6056;RBI=0.0324574;REFB=-0.0129273;REVB=-0.0324573;RO=30;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286432;STB=0.636227;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0167976;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:5:15:15:15:6:15:15:15 chr14 21109170 . T A 973.71 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188489;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4867;QD=59.0127;RBI=0.0413479;REFB=0;REVB=-0.0368018;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000789098;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:32:34:0:0 chr14 21109278 . A T 785.88 PASS AF=0.741176;AO=63;DP=86;FAO=63;FDP=85;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0136469;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.031;QD=36.9828;RBI=0.0136724;REFB=-0.0298789;REVB=0.00083443;RO=22;SAF=25;SAR=38;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735381;STB=0.539512;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00833511;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:22:22:63:63:0.741176:38:25:12:10:38:25:12:10 chr14 21109385 . C T 184.78 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0154382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.383;QD=26.3975;RBI=0.0155542;REFB=-0.00951097;REVB=-0.00189555;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997564;STB=0.555494;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00599541;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:4:6:8:10:4:6 chr14 21109671 . A G 420.08 PASS AF=0.552632;AO=40;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00413231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.817;QD=22.1093;RBI=0.00435031;REFB=-0.00559256;REVB=0.00135988;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214463;STB=0.601943;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00303128;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:32:34:40:42:0.552632:18:22:9:23:20:22:10:24 chr14 21109726 . G A 469.55 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0320926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.67;QD=28.8954;RBI=0.03567;REFB=-0.0316566;REVB=-0.0155696;RO=20;SAF=22;SAR=21;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152838;STB=0.580562;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0183136;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:22:43:43:0.661538:21:22:5:15:21:22:6:16 chr14 21149930 . T C 694.13 PASS AF=0.627451;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0196002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.573;QD=27.2206;RBI=0.0285466;REFB=-0.0185116;REVB=0.0207544;RO=38;SAF=32;SAR=32;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361435;STB=0.519602;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00852627;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:64:64:0.627451:32:32:21:17:32:32:21:17 chr14 21151483 . T G 1878.41 PASS AF=0.559375;AO=167;DP=308;FAO=179;FDP=320;FR=.;FRO=141;FSAF=92;FSAR=87;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=0.0696768;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5598;QD=23.4801;RBI=0.072888;REFB=-0.0417547;REVB=0.0213962;RO=141;SAF=83;SAR=84;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532098;STB=0.520446;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.027848;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:320:141:141:167:179:0.559375:84:83:79:62:87:92:79:62 chr14 21152167 . G C 468.03 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00228319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.532;QD=22.8305;RBI=0.0562507;REFB=-0.00233159;REVB=0.0562043;RO=37;SAF=27;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160249;STB=0.588196;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00175624;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:18:27:15:22:18:27:15:22 chr14 21167561 . C T 257.04 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0147856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.783;QD=14.28;RBI=0.0184904;REFB=-0.0267381;REVB=-0.0111033;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565174;STB=0.522373;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0445587;OID=.;OPOS=21167561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:14:15:24:18:14:16:24:18 chr14 21215923 . G T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0100565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.226;QD=14.6502;RBI=0.0406714;REFB=-0.0026809;REVB=-0.0394085;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193691;STB=0.61101;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00249931;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:16:15:7:16:16:15 chr14 21216499 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.684;QD=61.3362;RBI=0.00744417;REFB=0;REVB=0.00547736;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18901e-06;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr14 21238318 . G A 142.23 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0605484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5401;QD=14.5872;RBI=0.0667299;REFB=-0.0270608;REVB=0.0280495;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138257;STB=0.599867;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0725546;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:12:4:8:14:12:4:9:14 chr14 21238322 . C G 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0213215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2978;QD=25.4976;RBI=0.0724914;REFB=-0.0290812;REVB=0.0692849;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148878;STB=0.562448;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00543175;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:14:9:3:12:14:9:4:12 chr14 21238767 . A G 514.15 PASS AF=0.725806;AO=44;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0364524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.058;QD=33.1707;RBI=0.0398122;REFB=-0.0271657;REVB=-0.0160071;RO=16;SAF=27;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150845;STB=0.57559;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.021392;OID=.;OPOS=21238767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:17:44:45:0.725806:17:27:5:11:17:28:6:11 chr14 21238798 . T C 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0320821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.263;QD=8.1196;RBI=0.0320891;REFB=-0.0113408;REVB=-0.000669767;RO=59;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254214;STB=0.652042;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0382927;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:15:8:33:26:15:8:33:26 chr14 21238862 . A G 512.67 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00797828;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.622;QD=26.2907;RBI=0.0259814;REFB=0.00217772;REVB=0.0247261;RO=31;SAF=20;SAR=27;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113246;STB=0.561857;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.000686917;OID=.;OPOS=21238862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:31:31:47:47:0.602564:27:20:18:13:27:20:18:13 chr14 21239007 . A T 426.77 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00263225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.039;QD=27.5338;RBI=0.00850475;REFB=-0.0143052;REVB=0.00808716;RO=21;SAF=21;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00075429;STB=0.507278;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.008117;OID=.;OPOS=21239007;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:19:21:11:10:19:21:12:10 chr14 21239104 . G C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0098954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.044;QD=24.8032;RBI=0.0121552;REFB=-0.0390877;REVB=-0.00705906;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0153092;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:2:2:6:4:2:2 chr14 21250366 . T C 1797.72 PASS AF=0.961832;AO=118;DP=126;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0026357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.538;QD=54.8922;RBI=0.0490813;REFB=-0.0860138;REVB=0.0490105;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075994;STB=0.503515;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00516673;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:126:131:1:5:118:126:0.961832:56:62:1:0:64:62:2:3 chr14 21360215 . AC A,AG 700.43 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=13,36;DP=49;FAO=44,4;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=15,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0859848,-0.141469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.934,169.34;QD=58.3689;RBI=0.0893675,0.148507;REFB=0,0;REVB=0.0243552,0.0451775;RO=0;SAF=0,29;SAR=13,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000472555,-0.0131285;OID=.,.;OPOS=21360216,21360216;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:13,36:49:44,4:48:0:29,0:15,4:0:0:15:0:0,29:13,7:0:0 chr14 21387994 . A G 752.17 PASS AF=0.568;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00178325;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.746;QD=24.0695;RBI=0.00784948;REFB=-0.00225395;REVB=-0.00764424;RO=54;SAF=37;SAR=34;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027341;STB=0.514914;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00219996;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:54:54:71:71:0.568:34:37:30:24:34:37:30:24 chr14 21388266 . G C 544.3 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000190476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.584;QD=31.1029;RBI=0.00960566;REFB=-0.0344972;REVB=-0.00960378;RO=21;SAF=23;SAR=25;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785634;STB=0.535063;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0186506;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:22:48:48:0.685714:25:23:13:8:25:23:13:9 chr14 21458320 . CCCCG C 698.14 PASS AF=0.492891;AO=82;DP=205;FAO=104;FDP=211;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0497537;FXX=0.0186038;HRUN=5;LEN=4;MLLD=242.988;QD=13.2349;RBI=0.0498277;REFB=0.00248572;REVB=0.00271404;RO=90;SAF=37;SAR=45;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600286;STB=0.541828;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=-0.00158403;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492891:82:205:104:211:107:44:60:54:53:99:90:37:45:35:55 chr14 21463050 . G C 470.12 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0142434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.223;QD=14.3549;RBI=0.0202475;REFB=-0.00317206;REVB=-0.0143904;RO=77;SAF=20;SAR=33;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111628;STB=0.559632;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00479535;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:78:53:53:0.40458:33:20:37:40:33:20:37:41 chr14 21467913 . T G 182.05 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00848873;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.712;QD=9.45718;RBI=0.0236013;REFB=-0.00654345;REVB=0.0220219;RO=53;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037733;STB=0.52224;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.015741;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:53:53:24:24:0.311688:13:11:26:27:13:11:26:27 chr14 21469268 . C T 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00205133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.534;QD=13.7837;RBI=0.0400349;REFB=-0.00963464;REVB=0.0399823;RO=33;SAF=17;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543775;STB=0.531222;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0109925;OID=.;OPOS=21469268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:6:17:23:10:6:17:23:10 chr14 21486137 . G C 1336.96 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426422;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9142;QD=60.7708;RBI=0.052868;REFB=0;REVB=-0.0312518;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107343;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:81:88:1:40:41:0:0:41:47:0:0 chr14 21486373 . TGGGG TGGG,TGGGGA 40.21 PASS AF=0.391304,0.0434783;AO=7,2;DP=20;FAO=9,1;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1,1;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0467727,0.0144365;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=14.4936,28.7781;QD=6.99219;RBI=0.0612363,0.0529552;REFB=-0.124726,-0.0145797;REVB=-0.0395247,-0.0509493;RO=10;SAF=2,2;SAR=5,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.358824,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.310426,0.542827;STB=0.84619,0.987405;STBP=0.016,0.5;TYPE=del,ins;VARB=0.14171,0.109829;OID=.,.;OPOS=21486374,21486378;OREF=G,-;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0.0434783:7,2:20:9,1:23:13:1,1:8,0:8:5:39:10:2,2:5,0:6:4 chr14 21488068 . C T 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0047486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.938;QD=12.5632;RBI=0.00478689;REFB=-0.0112266;REVB=0.000604259;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358273;STB=0.513504;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0181392;OID=.;OPOS=21488068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:14:14:21:24:14:14:22:24 chr14 21500541 . T TA 91.74 PASS AF=0.413793;AO=20;DP=60;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000292925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1028;QD=6.32677;RBI=0.0614076;REFB=-0.0300565;REVB=0.0614069;RO=38;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1184;STB=0.561003;STBP=0.49;TYPE=ins;VARB=0.018732;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:20:60:24:58:34:7:17:13:21:91:38:6:14:15:23 chr14 21501095 . T C 137.87 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0330575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.855;QD=11.4889;RBI=0.068155;REFB=-0.00677731;REVB=0.0596013;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242692;STB=0.642687;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0202594;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:21:11:9:7:21:11 chr14 21501151 . G T 367.61 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0232755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9853;QD=29.4086;RBI=0.0250522;REFB=0.0215525;REVB=0.00926625;RO=19;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620596;STB=0.534114;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0160139;OID=.;OPOS=21501151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:12:19:10:9:12:19:10:9 chr14 21501195 . G A 70.91 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0034353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7754;QD=7.46384;RBI=0.01553;REFB=-0.0228293;REVB=-0.0151453;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187504;STB=0.619455;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0847405;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:2:8:19:9:2:8:19:9 chr14 21502345 . A G 834.52 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0134961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0363;QD=51.3553;RBI=0.0146723;REFB=-0.0882014;REVB=0.00575587;RO=4;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538511;STB=0.528562;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0341068;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:33:28:0:4:33:28:0:4 chr14 21511458 . G C 400.44 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8914;QD=51.6699;RBI=0.104353;REFB=-0.0337399;REVB=0.0228499;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00259131;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:1:1:29:30:0.967742:9:20:0:1:9:21:0:1 chr14 21511497 . C T 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.253;QD=58.7754;RBI=0.00508342;REFB=0;REVB=-0.0024772;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10573e-06;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr14 21511789 . G A 833.74 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1944;QD=57.4995;RBI=0.0482841;REFB=0;REVB=0.0481704;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542623;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr14 21526079 . C T 74.7 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00119799;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.84;QD=10.6714;RBI=0.00941911;REFB=-0.0176183;REVB=-0.00934261;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0308152;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr14 21542753 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0293258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.897;QD=13.7475;RBI=0.0293352;REFB=-0.0255893;REVB=-0.000742736;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117201;STB=0.566951;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0351548;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:21:11:10:12:21:11 chr14 21549893 . G C 139.12 PASS AF=0.535714;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0066685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.635;QD=19.8737;RBI=0.0325156;REFB=-0.0571761;REVB=0.0318244;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.049921;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:13:15:0.535714:7:6:6:7:9:6:6:7 chr14 21551058 . G A 316.94 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00169709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.731;QD=17.8555;RBI=0.00200112;REFB=-0.00845453;REVB=-0.00106036;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033969;STB=0.518976;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0078956;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:15:22:19:15:15:22 chr14 21551069 . T C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00789144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.72;QD=16.5724;RBI=0.0195229;REFB=-0.0175332;REVB=-0.0178569;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754039;STB=0.512999;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0150133;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:17:13:15:19:17:13:16:19 chr14 21556963 . A AT,T 222.11 PASS AF=0.490566,0;AO=19,2;DP=54;FAO=26,0;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=6,0;FSAR=20,0;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.079487,0.0583792;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=24.4869,26.5727;QD=16.7629;RBI=0.14853,0.0774795;REFB=-0.0250659,-0.012091;REVB=0.125471,0.0509406;RO=31;SAF=5,0;SAR=14,2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.290002,-0.459502;STB=0.668756,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0368374,0;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:27:19,2:26,0:0.490566,0:14,2:5,0:16:15:20,0:6,0:14:13 chr14 21562560 . T C 222.98 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0144883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1101;QD=16.517;RBI=0.0178671;REFB=-0.00185313;REVB=0.0104558;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29601;STB=0.611679;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00165577;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:24:25:0.462963:13:11:21:6:13:12:20:9 chr14 21570273 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0205597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.249;QD=12.4027;RBI=0.0206139;REFB=-0.00063434;REVB=0.00149311;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035663;STB=0.520932;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00102341;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:19:10:6:10:19:10 chr14 21570614 . A C 419.36 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00613862;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.379;QD=17.293;RBI=0.00848732;REFB=-0.0151608;REVB=-0.00586105;RO=53;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049036;STB=0.528233;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0158606;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:42:43:0.443299:25:17:24:29:26:17:24:30 chr14 21623290 . T C 320.16 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0212052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.758;QD=10.3277;RBI=0.0248694;REFB=-0.00310386;REVB=-0.0129933;RO=83;SAF=24;SAR=17;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226439;STB=0.513104;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00661288;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:83:83:41:41:0.330645:17:24:47:36:17:24:47:36 chr14 21623303 . G T 356.75 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0123994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.75;QD=11.4159;RBI=0.0246791;REFB=-0.0203688;REVB=-0.0213381;RO=81;SAF=28;SAR=16;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812174;STB=0.546686;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0372494;OID=.;OPOS=21623303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:81:44:44:0.352:16:28:46:35:16:28:46:35 chr14 21623489 . C T 337.89 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00568691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.32;QD=28.7567;RBI=0.0270492;REFB=-0.0275365;REVB=-0.0264446;RO=17;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130866;STB=0.563138;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0327999;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:18:29:29:0.617021:19:10:9:8:19:10:9:9 chr14 21623648 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0604632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.788;QD=10.0339;RBI=0.0612225;REFB=-0.00521678;REVB=0.00961204;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00659765;OID=.;OPOS=21623648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr14 21623836 . G A 289.63 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0379906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0864;QD=14.3029;RBI=0.0574245;REFB=-0.0258881;REVB=-0.0430615;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666596;STB=0.552936;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0350467;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:43:48:33:33:0.407407:17:16:18:25:17:16:19:29 chr14 21770730 . A G 407.31 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0145593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.173;QD=33.2496;RBI=0.0148731;REFB=-0.0106367;REVB=0.00303906;RO=16;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273406;STB=0.514916;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00364796;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:18:15:8:8:18:15:8:8 chr14 21778792 . T C 453.98 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.5;QD=55.0282;RBI=0.0442675;REFB=-0.163762;REVB=0.0317828;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0010789;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:12:20:0:0:12:20:1:0 chr14 21793513 . C G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0161359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.986;QD=13.5765;RBI=0.0212306;REFB=-0.00255195;REVB=-0.0137975;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523916;STB=0.810011;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0070373;OID=.;OPOS=21793513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:12:7:11:2:12:7 chr14 21796784 . G C 108.99 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0653556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1754;QD=36.3312;RBI=0.0679303;REFB=-0.0653259;REVB=-0.0185249;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00502848;OID=.;OPOS=21796784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:0:1:5:6:0:1 chr14 21829129 . C G 1924.95 PASS AF=0.984375;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00735903;FXX=0.022899;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.27;QD=60.1546;RBI=0.00974237;REFB=-0.0678735;REVB=-0.00638424;RO=2;SAF=67;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122378;STB=0.500498;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00143598;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:128:2:2:124:126:0.984375:57:67:1:1:59:67:1:1 chr14 21831052 . T C 924.05 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156492;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.631;QD=56.8647;RBI=0.113932;REFB=-0.138836;REVB=0.112852;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000805786;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:63:64:0.984615:31:32:0:0:32:32:1:0 chr14 21851834 . G A 597.91 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00927527;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.334;QD=20.7968;RBI=0.0155439;REFB=-0.0169646;REVB=0.0124733;RO=55;SAF=33;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830187;STB=0.545677;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0104242;OID=.;OPOS=21851834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:55:55:60:60:0.521739:27:33:25:30:27:33:25:30 chr14 21871653 . C T 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8576;QD=59.1388;RBI=0.0386636;REFB=0;REVB=0.0281383;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389714;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr14 21960816 . T C 909.08 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239394;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.831;QD=56.8174;RBI=0.0246962;REFB=0.00371346;REVB=-0.00606667;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-3.01431e-05;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:1:0:31:32:1:0 chr14 21960969 . G A 374.64 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0513847;FXX=0.0333278;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.093;QD=25.8373;RBI=0.0545813;REFB=0.00158628;REVB=-0.0184045;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.577777;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000363385;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:0:22:36:36:0.62069:14:22:0:0:14:22:9:13 chr14 21990555 . G A 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00638938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.239;QD=20.403;RBI=0.0238393;REFB=-0.0271475;REVB=0.0229671;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115952;STB=0.564276;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0172589;OID=.;OPOS=21990555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:17:11:17:15:17:11 chr14 21993498 . G A 525.35 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0412318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5695;QD=53.8815;RBI=0.0416373;REFB=-0.125596;REVB=0.00579691;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003913;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0361588;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:17:20:1:1:17:20:1:1 chr14 22038450 . G A 90.65 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0173683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.376;QD=6.71481;RBI=0.0282127;REFB=-0.00277106;REVB=0.0222328;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268591;STB=0.66642;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0119367;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:5:8:16:25:5:8:16:25 chr14 22038525 . G T 726.28 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350304;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.893;QD=56.963;RBI=0.0369244;REFB=0;REVB=-0.0116741;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12928e-05;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr14 22038659 . T C 341.96 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.589;QD=54.7139;RBI=0.123213;REFB=0;REVB=0.108013;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113833;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:4:18:0:0:7:18:0:0 chr14 22102374 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.139;QD=53.9112;RBI=0.0104343;REFB=0;REVB=0.000172792;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22234e-05;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr14 22102439 . C G 191.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.596;QD=47.8937;RBI=0.0544483;REFB=0;REVB=-0.0100443;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258422;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr14 22102592 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.503;QD=44.6896;RBI=0.0625154;REFB=0;REVB=0.0386504;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100085;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr14 22102612 . T C 186.2 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.96;QD=46.5501;RBI=0.152827;REFB=0;REVB=0.151677;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490611;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr14 22102745 . C A 100.32 PASS AF=0.26;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0186495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.399;QD=8.02517;RBI=0.0189486;REFB=-0.0160647;REVB=-0.0033531;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368782;STB=0.504878;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0340852;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:37:12:13:0.26:4:8:23:13:5:8:23:14 chr14 22236771 . C T 343.62 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00905067;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.102;QD=14.3173;RBI=0.00933046;REFB=-0.01032;REVB=0.00226781;RO=57;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553822;STB=0.51677;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.017517;OID=.;OPOS=22236771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:58:37:38:0.395833:15:22:31:26:16:22:32:26 chr14 22237127 . C T 1679.36 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0099457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.469;QD=59.4464;RBI=0.023692;REFB=-0.0888365;REVB=0.0215033;RO=1;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825711;STB=0.504347;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=6.17073e-06;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:57:55:0:1:57:55:0:1 chr14 22237187 . C T 302.94 PASS AF=0.464789;AO=34;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00631035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.356;QD=17.0671;RBI=0.00690033;REFB=-0.014055;REVB=-0.00279178;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598768;STB=0.516232;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00989778;OID=.;OPOS=22237187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:34:33:0.464789:15:19:23:14:14:19:23:15 chr14 22320728 . T C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00447359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.802;QD=12.3464;RBI=0.00758435;REFB=-0.00460455;REVB=-0.00612449;RO=47;SAF=21;SAR=7;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196661;STB=0.614086;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00735143;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:7:21:28:19:7:21:28:19 chr14 22321124 . T C 272.44 PASS AF=0.354839;AO=31;DP=91;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-4.98295e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.075;QD=11.7179;RBI=0.0126893;REFB=-0.00980552;REVB=-0.0126892;RO=60;SAF=19;SAR=12;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045159;STB=0.507183;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.014717;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:60:60:31:33:0.354839:12:19:37:23:13:20:37:23 chr14 22322690 . G A 117.09 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0360021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2198;QD=6.16282;RBI=0.0366213;REFB=0.00197996;REVB=-0.00670592;RO=58;SAF=7;SAR=11;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26042;STB=0.659828;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00515092;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:11:7:35:23:11:7:35:23 chr14 22337393 . G A 809.84 PASS AF=0.705882;AO=60;DP=92;FAO=72;FDP=102;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.121284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9258;QD=31.7584;RBI=0.121751;REFB=-0.000206106;REVB=-0.0106513;RO=29;SAF=17;SAR=43;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044627;STB=0.513154;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00156957;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:102:29:30:60:72:0.705882:43:17:10:19:45:27:10:20 chr14 22386449 . C T 3051.39 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.266;QD=63.5706;RBI=0.00428184;REFB=0;REVB=-0.0012538;RO=0;SAF=75;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44378e-06;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:191:192:1:116:75:0:0:116:76:0:0 chr14 22392304 . G A 700.09 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0208656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6935;QD=49.1289;RBI=0.0213219;REFB=0.0200051;REVB=0.00438767;RO=4;SAF=38;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786641;STB=0.538992;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0332242;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:57:4:4:52:53:0.929825:14:38:1:3:15:38:1:3 chr14 22392366 . C T 891.96 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156563;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.683;QD=58.4894;RBI=0.0339472;REFB=0;REVB=0.0301213;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66137e-06;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr14 22392626 . A C 1202.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371728;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4432;QD=60.1166;RBI=0.0371824;REFB=0.0410318;REVB=0.000846939;RO=1;SAF=34;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137195;STB=0.507245;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000217089;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:45:34:1:0:45:34:1:0 chr14 22392703 . G C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.958;QD=58.9621;RBI=0.032473;REFB=0;REVB=0.0280733;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23816e-05;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr14 22447248 . A G 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.000977069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.659;QD=7.71909;RBI=0.00169416;REFB=0.00196467;REVB=-0.00138402;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777007;STB=0.548211;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00485136;OID=.;OPOS=22447248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:21:17:5:8:21:17 chr14 22509188 . T C 803.25 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00714657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.501;QD=55.3963;RBI=0.0075372;REFB=0.0387703;REVB=0.00239499;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00032221;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:31:26:0:0:31:26:0:1 chr14 22555013 . T C 532.56 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=57;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0238879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9585;QD=37.3726;RBI=0.0449796;REFB=-0.0486302;REVB=-0.0381121;RO=11;SAF=27;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138955;STB=0.503648;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0131767;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:11:12:45:45:0.789474:18:27:7:4:18:27:7:5 chr14 22564330 . C T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.000771716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.45;QD=5.37246;RBI=0.00302168;REFB=-0.00859374;REVB=-0.00292147;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12098;STB=0.580432;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0306243;OID=.;OPOS=22564330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:20:10:2:6:20:10 chr14 22591988 . C A 541.11 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00022552;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.397;QD=33.2991;RBI=0.00812112;REFB=-0.00351881;REVB=0.00811799;RO=17;SAF=31;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256274;STB=0.519549;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00134274;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:18:47:47:0.723077:16:31:12:5:16:31:13:5 chr14 22600863 . G A 1139.71 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825941;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.458;QD=60.7843;RBI=0.00963412;REFB=0;REVB=0.00495969;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54939e-05;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr14 22616547 . A G 48.26 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00707892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.793;QD=3.78492;RBI=0.0312795;REFB=-0.00653563;REVB=-0.030468;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289192;STB=0.509779;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0499151;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:42:43:8:8:0.156863:4:4:22:20:4:4:22:21 chr14 22631678 . C T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00135011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.099;QD=5.26467;RBI=0.00803653;REFB=-0.0131274;REVB=0.00792231;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178482;STB=0.617552;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0334932;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:8:7:33:21:8:7:34:21 chr14 22636784 . A C 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00492725;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.156;QD=4.11611;RBI=0.00588258;REFB=-0.00140393;REVB=-0.00321356;RO=51;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188872;STB=0.624061;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00529044;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:5:6:20:31:5:6:20:31 chr14 22670458 . C T 131.37 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0145746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5225;QD=6.03996;RBI=0.055396;REFB=-0.000104452;REVB=0.0534443;RO=67;SAF=16;SAR=4;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451004;STB=0.780662;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00153715;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:4:16:30:37:4:16:30:37 chr14 22670975 . G A 44.6 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0328065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1725;QD=7.43345;RBI=0.0728644;REFB=-0.0378827;REVB=-0.0650612;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475485;STB=0.530034;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0811363;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:8:9:4:3:8:9 chr14 22690209 . A C 104.05 PASS AF=0.2125;AO=18;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0695648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8352;QD=5.20264;RBI=0.0697943;REFB=-0.0222336;REVB=0.00565562;RO=61;SAF=14;SAR=4;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248999;STB=0.648692;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0862821;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:63:18:17:0.2125:4:14:37:24:4:13:38:25 chr14 22695084 . C T 78.31 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0445721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1062;QD=5.59377;RBI=0.0474069;REFB=-0.0142529;REVB=0.0161476;RO=44;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099655;STB=0.563993;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0485681;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:4:8:26:18:4:8:26:18 chr14 22739862 . A T 93.06 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0135117;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1823;QD=5.39503;RBI=0.0222757;REFB=0.021187;REVB=-0.01771;RO=54;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1891;STB=0.619836;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0911629;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:70:69:54:54:15:15:0.217391:10:5:26:28:10:5:26:28 chr14 22740245 . A G 110.09 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0265211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.343;QD=7.21889;RBI=0.0325471;REFB=0.000593553;REVB=0.0188665;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670788;STB=0.540933;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00106293;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:8:8:20:25:8:8:20:25 chr14 22740270 . G A 136.27 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0157603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.591;QD=8.51663;RBI=0.0190926;REFB=0.00112473;REVB=-0.0107768;RO=45;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148158;STB=0.588144;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00362024;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:9:10:18:27:9:10:18:27 chr14 22788610 . T C 51.58 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.0221196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.077;QD=2.37147;RBI=0.0271091;REFB=-0.00174213;REVB=-0.0156725;RO=75;SAF=7;SAR=4;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00480699;STB=0.507922;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.01481;OID=.;OPOS=22788610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:87:75:76:11:11:0.126437:4:7:48:27:4:7:49:27 chr14 22887459 . CG C 403.96 PASS AF=0.702703;AO=50;DP=75;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0593648;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.4546;QD=21.8359;RBI=0.0594177;REFB=0.00624419;REVB=0.00250682;RO=19;SAF=19;SAR=31;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.0500518;STB=0.513899;STBP=0.729;TYPE=del;VARB=0.00499734;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.702703:50:75:52:74:22:19:33:9:13:88:19:19:31:9:10 chr14 22891883 . G C 472.41 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0105963;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1257;QD=32.0276;RBI=0.0105964;REFB=0.00714702;REVB=4.50169e-05;RO=16;SAF=23;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563347;STB=0.539189;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00439014;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:16:17:42:42:0.711864:19:23:7:9:19:23:7:10 chr14 22942890 . G T 924.54 PASS AF=0.705357;AO=79;DP=113;FAO=79;FDP=112;FR=.;FRO=33;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0147465;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.581;QD=33.0192;RBI=0.0161231;REFB=-0.00781294;REVB=0.00651889;RO=33;SAF=47;SAR=32;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128061;STB=0.568834;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00332408;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:33:33:79:79:0.705357:32:47:12:21:32:47:12:21 chr14 22961854 . A G 866.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0656;QD=57.7891;RBI=0.0927527;REFB=0;REVB=-0.0671962;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113092;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr14 22971293 . A T 983.88 PASS AF=0.804348;AO=74;DP=93;FAO=74;FDP=92;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0285219;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5084;QD=42.7774;RBI=0.0595187;REFB=-0.0244855;REVB=-0.0522396;RO=17;SAF=27;SAR=47;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451119;STB=0.505056;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00602731;OID=.;OPOS=22971293;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:17:18:74:74:0.804348:47:27:6:11:47:27:7:11 chr14 22972742 . G A 1621.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192931;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.245;QD=60.0525;RBI=0.0251339;REFB=0;REVB=0.0161087;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237774;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr14 22972783 . ACC AC,ACA 1372.03 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=85,4;DP=91;FAO=90,2;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387659,0.0112459;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.1106,4.6613;QD=59.6533;RBI=0.118996,0.128117;REFB=0,0;REVB=-0.112505,-0.127623;RO=0;SAF=42,1;SAR=43,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00149776,-0.0758045;OID=.,.;OPOS=22972784,22972785;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978261,0.0217391:85,4:91:90,2:92:0:43,1:47,1:0:0:4:0:42,1:43,3:0:0 chr14 22972815 . C T 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00856018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.582;QD=60.2416;RBI=0.0160247;REFB=-0.037327;REVB=0.0135467;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000380807;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:0:1:41:41:0:1 chr14 22975700 . T G 1516.01 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00272113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.604;QD=56.6734;RBI=0.00472574;REFB=-0.0613774;REVB=0.00386369;RO=3;SAF=44;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132365;STB=0.501362;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000313337;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:3:2:104:105:0.981308:60:44:2:1:60:45:1:1 chr14 22978335 . C T 2322.62 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8253;QD=60.3278;RBI=0.0262258;REFB=0;REVB=0.0121409;RO=0;SAF=81;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138727;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:154:0:0:149:154:1:68:81:0:0:69:85:0:0 chr14 22984586 . A C 1899.24 PASS AF=0.992424;AO=99;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000447264;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.217;QD=57.5529;RBI=0.0304137;REFB=-0.0896415;REVB=0.0304105;RO=0;SAF=80;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=7.68907e-05;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:132:0:1:99:131:0.992424:19:80:0:0:50:81:1:0 chr14 22988972 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.452;QD=60.5473;RBI=0.00930508;REFB=0;REVB=-0.00651834;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47016e-06;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr14 22993278 . A AG 575.62 PASS AF=1;AO=58;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.0815;QD=33.8602;RBI=0.100597;REFB=0;REVB=-0.0183454;RO=5;SAF=23;SAR=35;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00246547;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:68:68:68:0:27:41:0:0:12:5:23:35:4:1 chr14 22997524 . A G 2190.07 PASS AF=0.980132;AO=133;DP=138;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0817895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.535;QD=58.0151;RBI=0.0828918;REFB=-0.0164222;REVB=0.0134733;RO=4;SAF=59;SAR=74;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316639;STB=0.504432;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00348552;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:138:151:4:3:133:148:0.980132:74:59:2:2:82:66:2:1 chr14 22998590 . AG A 1142.94 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109445;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.1263;QD=48.6358;RBI=0.0125576;REFB=0;REVB=-0.00615713;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000109085;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:95:94:94:0:52:42:0:0:20:0:51:41:0:0 chr14 22998619 . AC A 1038.09 PASS AF=1;AO=84;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.3375;QD=46.1372;RBI=0.106918;REFB=0;REVB=0.00462502;RO=1;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00126945;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:90:90:90:0:52:38:0:0:19:1:49:35:0:1 chr14 23000062 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.032;QD=59.1416;RBI=0.0460347;REFB=0;REVB=0.00954098;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162824;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr14 23025932 . A T 2559.45 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492123;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.36;QD=61.6734;RBI=0.05164;REFB=0;REVB=0.0156473;RO=0;SAF=56;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7194e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:166:166:0:0:165:166:1:109:56:0:0:109:57:0:0 chr14 23044002 . G T 346.49 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00380088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.155;QD=26.6533;RBI=0.00708811;REFB=-0.0121307;REVB=0.00598286;RO=19;SAF=17;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976925;STB=0.553456;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0048547;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:16:17:7:12:16:17:7:12 chr14 23067042 . A G 445.77 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00592626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.065;QD=31.841;RBI=0.013303;REFB=-0.0519234;REVB=0.0119101;RO=16;SAF=27;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045923;STB=0.524833;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0149155;OID=.;OPOS=23067042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:13:27:12:4:13:27:12:4 chr14 23074750 . AT A,TA 50.73 PASS AF=0.348837,0.0232558;AO=18,2;DP=42;FAO=15,1;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=13,1;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0474746,0.00796537;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.8134,124.392;QD=4.71869;RBI=0.0504681,0.0428737;REFB=-0.151092,-0.0223758;REVB=-0.0171227,-0.0421272;RO=21;SAF=15,2;SAR=3,0;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.51061,0.585199;STB=0.815027,0.990864;STBP=0.004,0.277;TYPE=del,mnp;VARB=0.191708,0.063237;OID=.,.;OPOS=23074751,23074750;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:42:43:21:27:18,2:15,1:0.348837,0.0232558:3,0:15,2:7:14:2,0:13,1:12:15 chr14 23081223 . T C 662.73 PASS AF=0.898305;AO=52;DP=58;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0790731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6922;QD=44.9306;RBI=0.0890553;REFB=-0.028156;REVB=0.040967;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.508583;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0223423;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:59:1:6:52:53:0.898305:31:21:0:1:31:22:2:4 chr14 23102784 . A G 264.09 PASS AF=0.685714;AO=21;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0232297;FXX=0.124969;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.267;QD=30.1822;RBI=0.0955957;REFB=-0.0244708;REVB=0.0927303;RO=6;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020604;STB=0.530096;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0300684;OID=.;OPOS=23102784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:35:35:6:11:21:24:0.685714:8:13:4:2:11:13:7:4 chr14 23102882 . C A 579.54 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0158006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.309;QD=41.3959;RBI=0.0161541;REFB=-0.0549324;REVB=-0.00336082;RO=9;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579802;STB=0.503104;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00983973;OID=.;OPOS=23102882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:27:20:4:5:27:20:4:5 chr14 23102896 . A G 491.52 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=54;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00364696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.408;QD=36.409;RBI=0.00372352;REFB=0.0137582;REVB=-0.000751159;RO=12;SAF=19;SAR=23;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197794;STB=0.510652;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00393638;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:12:12:42:42:0.777778:23:19:6:6:23:19:6:6 chr14 23102969 . G A 336.85 PASS AF=0.8;AO=21;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0203018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7292;QD=38.4971;RBI=0.0842895;REFB=-0.0349458;REVB=0.081808;RO=7;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06572;STB=0.514275;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0201213;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:21:28:0.8:9:12:3:4:14:14:3:4 chr14 23103040 . C T 367.55 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0257751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.242;QD=35.0044;RBI=0.0257861;REFB=-0.0142795;REVB=0.000755651;RO=12;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994708;STB=0.554063;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0100197;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:13:17:9:3:13:17:9:3 chr14 23103282 . T C 225.97 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000455252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6274;QD=20.5424;RBI=0.0211228;REFB=-0.0121059;REVB=0.0211179;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181635;STB=0.590826;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00595282;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:9:13:8:13:9:13:9:13 chr14 23103347 . T C 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0124533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.037;QD=21.5096;RBI=0.0231058;REFB=-0.00654393;REVB=0.0194627;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247883;STB=0.628102;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00739763;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:5:13:6:8:5:13:7:8 chr14 23103354 . AC GT 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0223673;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.438;QD=24.1271;RBI=0.0248459;REFB=-0.0176576;REVB=-0.0108177;RO=10;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033726;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=mnp;VARB=0.0117484;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:6:11:6:4:6:11:7:4 chr14 23235808 . G A 854.41 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340753;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.291;QD=57.926;RBI=0.0428169;REFB=0;REVB=0.025926;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253503;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr14 23236524 . C T 743.46 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.811;QD=59.4767;RBI=0.0252461;REFB=-0.162151;REVB=-0.000100342;RO=2;SAF=35;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215708;STB=0.511477;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000471595;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:13:35:1:1:13:35:1:1 chr14 23242828 . T C 485.62 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0168431;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7251;QD=53.9574;RBI=0.0352783;REFB=0.0597133;REVB=-0.0309978;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582943;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00341596;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:33:34:0.944444:15:18:0:2:15:19:0:2 chr14 23282110 . A G 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0167489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.584;QD=43.6826;RBI=0.0273919;REFB=-0.0344591;REVB=0.0216746;RO=2;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11466;STB=0.562436;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0050721;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:7:13:0:2:7:13:0:2 chr14 23282449 . C T 492.73 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0188735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.252;QD=46.9262;RBI=0.0285986;REFB=-0.0557858;REVB=0.0214866;RO=6;SAF=19;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371189;STB=0.519936;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00586163;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:6:6:36:36:0.857143:17:19:4:2:17:19:4:2 chr14 23299135 . G T 536.88 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=53;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0140686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.486;QD=40.5191;RBI=0.0269484;REFB=-0.00252292;REVB=-0.0229846;RO=9;SAF=27;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017783;STB=0.509532;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00035321;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:9:9:44:44:0.830189:17:27:6:3:17:27:6:3 chr14 23299286 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.938;QD=59.0185;RBI=0.033979;REFB=0;REVB=-0.00614364;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227155;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 23303641 . A C 673.16 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.787;QD=57.2901;RBI=0.0432522;REFB=0;REVB=0.0304048;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001561;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:38:47:1:20:18:0:0:24:23:0:0 chr14 23306048 . C T 234.13 PASS AF=0.833333;AO=21;DP=25;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0049935;FXX=0.039984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=262.186;QD=39.0222;RBI=0.0230698;REFB=-0.0542211;REVB=0.0225229;RO=4;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878949;STB=0.547575;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000530349;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:25:24:4:4:21:20:0.833333:19:2:0:4:19:1:0:4 chr14 23312923 . T C 404.46 PASS AF=0.72;AO=26;DP=48;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0295094;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6698;QD=32.3567;RBI=0.0347191;REFB=-0.0664049;REVB=0.0182923;RO=9;SAF=6;SAR=20;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297094;STB=0.543894;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0284671;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:9:14:26:36:0.72:20:6:7:2:21:15:8:6 chr14 23321900 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.681;QD=55.0976;RBI=0.0375048;REFB=0;REVB=0.0283994;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264781;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 23346615 . GCCCCCCT GCCCCCTC 40.57 PASS AF=0.0925926;AO=6;DP=57;FAO=5;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0165018;FXX=0.0357079;HRUN=6;LEN=2;MLLD=127.552;QD=3.00549;RBI=0.0249369;REFB=-0.0129053;REVB=-0.0186961;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474883;STB=0.77761;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.192461;OID=.;OPOS=23346621;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0925926:6:57:5:54:42:4:1:21:21:20:30:5:1:13:17 chr14 23371268 . A G 37.2 PASS AF=0.352941;AO=7;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0422488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.689;QD=8.75392;RBI=0.058867;REFB=-0.034701;REVB=-0.0409923;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0859363;OID=.;OPOS=23371268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:7:6:0.352941:3:4:6:4:2:4:6:5 chr14 23371285 . T C 35.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0107005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.195;QD=6.24939;RBI=0.0736699;REFB=0.00191826;REVB=-0.0728886;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467764;STB=0.792598;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0213512;OID=.;OPOS=23371285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:1:5:7:9:1:5:8:9 chr14 23374435 . G A 1158.0 PASS AF=1;AO=66;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.574;QD=60.9476;RBI=0.0438631;REFB=0;REVB=0.0416784;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188103;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:66:76:1:32:34:0:0:42:34:0:0 chr14 23374862 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.801;QD=55.6557;RBI=0.0566792;REFB=0;REVB=0.0566355;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240053;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr14 23398902 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.412;QD=61.6838;RBI=0.0780417;REFB=0;REVB=0.0549514;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353628;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr14 23398990 . T G 688.93 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.45;QD=62.6301;RBI=0.027744;REFB=0;REVB=0.0240445;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99185e-05;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr14 23426182 . C A 318.14 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4267;QD=53.0236;RBI=0.101375;REFB=0;REVB=0.0450123;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125694;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:6:15:0:0:6:18:0:0 chr14 23512922 . G A 34.27 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00661429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9254;QD=3.91671;RBI=0.00701227;REFB=-0.00892506;REVB=0.00232875;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336576;STB=0.7462;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.039109;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:27:29:6:6:0.171429:1:5:16:11:1:5:17:12 chr14 23521255 . A G 36.79 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=0.00477673;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8659;QD=1.59947;RBI=0.0591646;REFB=-0.00813563;REVB=-0.0589714;RO=82;SAF=6;SAR=3;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413732;STB=0.527937;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0054787;OID=.;OPOS=23521255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:94:92:82:83:9:9:0.0978261:3:6:52:30:3:6:53:30 chr14 23521258 . A T 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0257453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.987;QD=1.52886;RBI=0.0267944;REFB=-0.00589803;REVB=0.00742437;RO=80;SAF=6;SAR=3;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680587;STB=0.564738;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0437077;OID=.;OPOS=23521258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:80:85:9:9:0.0957447:3:6:49:31:3:6:51:34 chr14 23521261 . TA CC 51.37 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.0106499;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.251;QD=2.30871;RBI=0.0285624;REFB=-0.00202561;REVB=-0.0265026;RO=73;SAF=6;SAR=5;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161672;STB=0.585625;STBP=0.564;TYPE=mnp;VARB=0.0242749;OID=.;OPOS=23521261;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:91:89:73:78:11:11:0.123596:5:6:49:24:5:6:50:28 chr14 23521269 . C T 44.52 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00881482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.864;QD=2.04674;RBI=0.0112965;REFB=-0.00350915;REVB=-0.00706462;RO=75;SAF=6;SAR=4;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016816;STB=0.502388;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0212362;OID=.;OPOS=23521269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:87:75:77:10:10:0.114943:4:6:46:29:4:6:46:31 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 1323.27 PASS AF=0.654545,0.254545;AO=71,24;DP=111;FAO=72,28;FDP=110;FR=.;FRO=10;FSAF=42,8;FSAR=30,20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00316844,-0.0320047;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=224.367,72.8996;QD=48.119;RBI=0.010637,0.061991;REFB=-0.0550869,-0.0578993;REVB=0.0101541,0.0530903;RO=11;SAF=40,8;SAR=31,16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00459133,-0.129652;STB=0.510414,0.565169;STBP=0.642,0.21;TYPE=ins,snp;VARB=0.0194542,0.0214167;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:111:110:11:10:71,24:72,28:0.654545,0.254545:31,16:40,8:6:5:30,20:42,8:5:5 chr14 23549285 . G A 690.09 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.144;QD=60.0077;RBI=0.0212683;REFB=-0.00443209;REVB=-0.00362995;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.517234;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000127312;OID=.;OPOS=23549285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:46:1:1:42:45:0.978261:14:28:0:1:14:31:0:1 chr14 23549319 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.728;QD=63.2861;RBI=0.0158048;REFB=0;REVB=0.006132;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32272e-05;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr14 23549379 . C G 684.24 PASS AF=0.978261;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0883465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.898;QD=59.4992;RBI=0.18196;REFB=-0.0837093;REVB=0.159073;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00310482;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:46:1:1:41:45:0.978261:17:24:1:0:19:26:1:0 chr14 23549383 . G GT,T 742.69 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=5,42;DP=48;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266768,0.031309;FXX=0.040808;HRUN=0,5;LEN=1,1;MLLD=274.691,282.936;QD=63.2076;RBI=0.0266777,0.031327;REFB=0,0;REVB=0.000212745,0.00106125;RO=0;SAF=5,22;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00654823,0.000243575;OID=.,.;OPOS=23549384,23549383;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:47:0:0:5,42:1,46:0.0212766,0.978723:0,20:5,22:0:0:0,19:1,27:0:0 chr14 23549785 . T C 1461.69 PASS AF=0.989474;AO=72;DP=99;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0707655;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.994;QD=61.5447;RBI=0.0780888;REFB=-0.0884538;REVB=0.0330167;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000397417;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:95:0:1:72:94:0.989474:45:27:0:0:48:46:0:1 chr14 23549878 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT,TTCTTCCTCCTCCTCCTCC 716.88 PASS AF=0.653061,0.244898,0.102041;AO=24,12,7;DP=49;FAO=32,12,5;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12,9,3;FSAR=20,3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496788,0.117256,-0.0291304;FXX=0.019996;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=131.635,44.3548,45.1958;QD=58.5211;RBI=0.0560572,0.126474,0.0543125;REFB=0,0,0;REVB=0.0259696,-0.0473992,0.0458395;RO=0;SAF=8,9,5;SAR=16,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.027139,0.0758441,0.063664;OID=.,.,.;OPOS=23549879,23549896,23549881;OREF=TCC,C,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT,TTCTTCCTCCTCCTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.653061,0.244898,0.102041:24,12,7:49:32,12,5:49:0:12,9,3:20,3,2:0:0:87:0:8,9,5:16,3,2:0:0 chr14 23567991 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.208;QD=35.5759;RBI=0.0160203;REFB=0;REVB=-0.00279971;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430101;OID=.;OPOS=23567991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 23568286 . A G 542.4 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735012;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.161;QD=60.2668;RBI=0.0458568;REFB=0;REVB=0.0452639;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56542e-05;OID=.;OPOS=23568286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr14 23568376 . G A 846.11 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00102315;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.226;QD=53.7212;RBI=0.0142304;REFB=-0.150851;REVB=0.0141936;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00212667;OID=.;OPOS=23568376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:63:0:2:59:61:0.968254:29:30:0:0:30:31:0:2 chr14 23569026 . C G 525.76 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7596;QD=58.4182;RBI=0.0752512;REFB=0;REVB=0.0102698;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211639;OID=.;OPOS=23569026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:21:11:0:0:21:15:0:0 chr14 23569106 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.91;QD=60.2284;RBI=0.041229;REFB=0;REVB=-0.010918;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62816e-05;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr14 23571371 . G A 871.09 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9892;QD=58.073;RBI=0.225749;REFB=0;REVB=0.225291;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978735;OID=.;OPOS=23571371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:50:60:1:16:34:0:0:26:34:0:0 chr14 23571609 . G A 794.42 PASS AF=0.95082;AO=54;DP=57;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.123722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0524;QD=52.0928;RBI=0.131304;REFB=-0.0199785;REVB=0.043973;RO=3;SAF=28;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147023;STB=0.506536;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0044872;OID=.;OPOS=23571609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:61:3:3:54:58:0.95082:26:28:2:1:27:31:2:1 chr14 23571671 . A T 717.6 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113265;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.819;QD=57.4082;RBI=0.0124961;REFB=0;REVB=0.00527844;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106496;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr14 23595721 . A G 403.81 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0451851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.183;QD=37.5638;RBI=0.0499612;REFB=-0.00939578;REVB=-0.0213173;RO=11;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066178;STB=0.535856;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00505705;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:13:19:8:3:13:19:8:3 chr14 23598952 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.822;QD=56.937;RBI=0.0529162;REFB=0;REVB=0.0195423;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230341;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr14 23598976 . G A 77.96 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00698884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6265;QD=6.23693;RBI=0.06244;REFB=-0.0156887;REVB=0.0620477;RO=39;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356986;STB=0.733433;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0787714;OID=.;OPOS=23598976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:39:39:11:11:0.22:9:2:17:22:9:2:17:22 chr14 23744800 . ACATCATCATCATCATCATCATCA ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT 283.62 PASS AF=0.695652,0.304348;AO=10,7;DP=24;FAO=16,7;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729343,-0.0457832;FXX=0.0416493;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=81.2916,143.649;QD=49.3246;RBI=0.0892259,0.048298;REFB=0,0;REVB=0.0513989,0.0153817;RO=0;SAF=0,5;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0175586,0.0455461;OID=.,.;OPOS=23744801,23744823;OREF=CAT,A;OALT=-,T;OMAPALT=ACATCATCATCATCATCATCA,ACATCATCATCATCATCATCATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.695652,0.304348:10,7:24:16,7:23:0:3,5:13,2:0:0:42:0:0,5:10,2:0:0 chr14 23744826 . T C 45.92 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0582927;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.325;QD=7.98523;RBI=0.0683428;REFB=-0.0488377;REVB=-0.0356748;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675471;STB=0.917476;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0591405;OID=.;OPOS=23744826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:23:17:16:7:7:0.304348:1:6:3:14:1:6:2:14 chr14 23744932 . C T 137.92 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0109989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5062;QD=29.0353;RBI=0.0576061;REFB=0.009204;REVB=-0.0565464;RO=5;SAF=12;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525103;STB=0.529368;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00367762;OID=.;OPOS=23744932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:2:12:4:1:2:12:4:1 chr14 23745533 . C T 1313.38 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000434182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7055;QD=61.0876;RBI=0.0177031;REFB=0;REVB=0.0176978;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012808;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:59:26:0:0:59:27:0:0 chr14 23777374 . A G 1284.39 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.987;QD=60.4419;RBI=0.0188307;REFB=-0.0159271;REVB=0.0048417;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000426253;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:83:84:0.988235:40:43:0:0:40:44:0:1 chr14 23829041 . TG GT 53.63 PASS AF=0.213333;AO=5;DP=79;FAO=16;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00763532;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=2;MLLD=59.2071;QD=2.86022;RBI=0.110905;REFB=-0.000768202;REVB=-0.110642;RO=53;SAF=1;SAR=4;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419942;STB=0.928637;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.0397611;OID=.;OPOS=23829041;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:79:75:53:59:5:16:0.213333:4:1:32:21:15:1:34:25 chr14 23902753 . G A 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.000294761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.162;QD=6.04593;RBI=0.0138064;REFB=-0.00341453;REVB=0.0138032;RO=52;SAF=5;SAR=11;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423529;STB=0.758327;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0245465;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:11:5:35:17:11:5:35:17 chr14 23944505 . G A 522.62 PASS AF=0.707692;AO=46;DP=65;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0243897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0404;QD=32.1611;RBI=0.0247431;REFB=-0.0470107;REVB=0.00416701;RO=19;SAF=21;SAR=25;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772781;STB=0.541734;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0199513;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:19:46:46:0.707692:25:21:6:13:25:21:6:13 chr14 23944514 . C A 492.05 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0233748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.234;QD=33.9347;RBI=0.027738;REFB=0.0150928;REVB=0.0149336;RO=15;SAF=20;SAR=23;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963326;STB=0.551924;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0041801;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:43:43:0.741379:23:20:4:11:23:20:4:11 chr14 23947374 . G A 862.51 PASS AF=0.647059;AO=76;DP=119;FAO=77;FDP=119;FR=.;FRO=42;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.010521;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.478;QD=28.992;RBI=0.0105219;REFB=0.00160533;REVB=-0.000130499;RO=40;SAF=44;SAR=32;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512248;STB=0.525541;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000855096;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:40:42:76:77:0.647059:32:44:20:20:33:44:21:21 chr14 23992742 . T G 601.66 PASS AF=0.78125;AO=50;DP=64;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00505052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.476;QD=37.604;RBI=0.0146097;REFB=-0.0158829;REVB=-0.0137089;RO=14;SAF=25;SAR=25;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581956;STB=0.531238;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00412048;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:14:14:50:50:0.78125:25:25:9:5:25:25:9:5 chr14 23992753 . G T 98.39 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0330007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.119;QD=5.24772;RBI=0.0338969;REFB=-0.00309778;REVB=0.00774309;RO=59;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171528;STB=0.607776;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0213416;OID=.;OPOS=23992753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:7:9:25:34:7:9:25:34 chr14 23994517 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.497;QD=63.283;RBI=0.0168614;REFB=0;REVB=0.00605222;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36863e-05;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr14 24004353 . A AC 49.88 PASS AF=0.4;AO=12;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00450456;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.0559;QD=7.98042;RBI=0.0244696;REFB=-0.0645725;REVB=-0.0240514;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=ins;VARB=0.192577;OID=.;OPOS=24004354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:26:10:25:15:5:5:11:4:49:13:7:5:9:4 chr14 24026493 . A G 140.56 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0834515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.946;QD=31.2364;RBI=0.0893434;REFB=0.0660988;REVB=-0.0319076;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164838;STB=0.590789;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00706892;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:9:5:0:4:9:5:0:4 chr14 24028159 . C G 158.5 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0190847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.88;QD=6.81705;RBI=0.0192897;REFB=-0.014534;REVB=0.00280473;RO=70;SAF=4;SAR=19;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442975;STB=0.774035;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0350878;OID=.;OPOS=24028159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:70:70:23:23:0.247312:19:4:35:35:19:4:35:35 chr14 24028906 . GGC G,GG,GGG 435.93 PASS AF=0,1,0;AO=10,35,5;DP=75;FAO=0,73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116342,0.0632796,-0.0400403;FXX=0.0266631;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=8.09028,8.41144,4.6489;QD=23.8864;RBI=0.188304,0.283378,0.391849;REFB=0.0557059,-0.0160206,-0.0759691;REVB=-0.148065,0.276222,0.389798;RO=12;SAF=1,21,4;SAR=9,14,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.557933,0.00816445,0.27779;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00227368,0;OID=.,.,.;OPOS=24028907,24028908,24028908;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:10,35,5:75:0,73,0:73:0:0,44,0:0,29,0:0:0:3:12:1,21,4:9,14,1:7:5 chr14 24042065 . C A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0280956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.067;QD=6.10462;RBI=0.0378532;REFB=-0.00721493;REVB=-0.0253674;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190026;STB=0.507793;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0206045;OID=.;OPOS=24042065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:9:16:5:3:10:16 chr14 24458162 . G C 94.88 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0242746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3635;QD=5.75031;RBI=0.0853752;REFB=0.002334;REVB=-0.0818515;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101273;STB=0.563296;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0124702;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:8:7:28:23:8:7:28:23 chr14 24526206 . TG CG,T,TGG 120.4 PASS AF=0.363636,0.454545,0;AO=6,5,2;DP=20;FAO=8,10,0;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=6,5,0;FSAR=2,5,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0248591,0.0616087,-0.0790269;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=172.862,7.60844,10.9213;QD=21.8905;RBI=0.0345427,0.604931,0.527011;REFB=-0.0130595,-0.084569,0.0440684;REVB=0.0239838,0.601786,-0.521052;RO=7;SAF=4,5,0;SAR=2,0,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0.252469,0;SSEP=0,0.208773,0;SSSB=0.32987,0.772338,-0.539624;STB=0.599732,0.5,0.5;STBP=0.441,1,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0262571,0.190878,0;OID=.,.,.;OPOS=24526206,24526207,24526207;OREF=T,G,-;OALT=C,-,G;OMAPALT=CG,T,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:20:22:7:4:6,5,2:8,10,0:0.363636,0.454545,0:2,0,2:4,5,0:2:5:2,5,0:6,5,0:2:2 chr14 24529890 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.999;QD=37.4885;RBI=0.102637;REFB=0;REVB=-0.00560615;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139587;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:6:2:0:0 chr14 24543808 . G C 671.81 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.01616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.583;QD=52.6906;RBI=0.0309353;REFB=0.0438177;REVB=0.0263789;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869726;STB=0.504624;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00175892;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:19:30:1:1:19:30:1:1 chr14 24545366 . T C 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0322484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1559;QD=48.6213;RBI=0.0733454;REFB=0.159733;REVB=-0.0658755;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00703371;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:19:3:0:0:19:3:0:1 chr14 24545835 . C T 315.52 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.115148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.27;QD=25.2416;RBI=0.117827;REFB=-0.0266911;REVB=0.024987;RO=22;SAF=20;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151441;STB=0.584352;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0269311;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:8:20:12:10:8:20:12:10 chr14 24551796 . A C 50.9 PASS AF=0.0769231;AO=8;DP=122;FAO=9;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.134606;FXX=0.0249979;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2823;QD=1.74007;RBI=0.134606;REFB=-0.0071161;REVB=-0.000263514;RO=87;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320945;STB=0.792607;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.115765;OID=.;OPOS=24551796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:122:117:87:100:8:9:0.0769231:2:6:40:47:2:7:45:55 chr14 24567498 . A C 1479.25 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8765;QD=62.9468;RBI=0.0491888;REFB=0;REVB=-0.0488677;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265964;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:37:56:0:0:38:56:0:0 chr14 24567508 . T C 160.18 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.00821942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9328;QD=6.88965;RBI=0.0146042;REFB=0.00295518;REVB=-0.0120716;RO=67;SAF=9;SAR=14;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351445;STB=0.711064;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00733213;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:70:23:23:0.247312:14:9:46:21:14:9:48:22 chr14 24569418 . A G 221.93 PASS AF=0.295238;AO=22;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0591251;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.758;QD=8.45437;RBI=0.0636556;REFB=-0.0123614;REVB=-0.0235851;RO=53;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291731;STB=0.501929;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0294236;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:72:22:31:0.295238:9:13:18:35:18:13:30:42 chr14 24587639 . G A 1105.8 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00552537;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.039;QD=58.9762;RBI=0.012447;REFB=-0.0128304;REVB=0.0111534;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000161047;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:30:44:0:1:30:44:0:1 chr14 24587667 . C T 1139.64 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.074;QD=59.2022;RBI=0.0409031;REFB=-0.0119008;REVB=0.0178787;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171975;STB=0.509089;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000178249;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:74:76:0.987013:27:47:0:1:27:49:0:1 chr14 24612645 . C T 74.9 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0166424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.029;QD=3.40463;RBI=0.0484883;REFB=0.00638293;REVB=-0.0455428;RO=73;SAF=9;SAR=5;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013349;STB=0.507032;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0390847;OID=.;OPOS=24612645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:73:74:14:14:0.159091:5:9:47:26:5:9:47:27 chr14 24612843 . G A 308.34 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.013919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.878;QD=28.0306;RBI=0.0154545;REFB=-0.00901059;REVB=0.00671594;RO=17;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145766;STB=0.580584;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00574885;OID=.;OPOS=24612843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:9:18:8:9:9:18:8:9 chr14 24614361 . T G 1320.68 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.697;QD=60.7207;RBI=0.0445551;REFB=-0.0700753;REVB=0.0404405;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011146;STB=0.505881;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000444005;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:42:43:0:1:42:44:0:1 chr14 24615435 . T C 1226.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.032;QD=61.3395;RBI=0.0143839;REFB=0;REVB=-0.00917797;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62409e-06;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:38:42:0:0 chr14 24617238 . C T 713.22 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0210109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.576;QD=52.8314;RBI=0.085108;REFB=-0.154573;REVB=0.0824737;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.51666;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00157796;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:54:1:2:51:52:0.962963:28:23:0:1:29:23:0:2 chr14 24629744 . G A 65.52 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00768357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.534;QD=2.88021;RBI=0.0307316;REFB=0.00264512;REVB=-0.0297555;RO=77;SAF=6;SAR=7;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879682;STB=0.554722;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0191779;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:77:78:13:13:0.142857:7:6:41:36:7:6:41:37 chr14 24646406 . G A,GGAA 445.76 PASS AF=0.135135,0.783784;AO=6,24;DP=39;FAO=5,29;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=5,15;FSAR=0,14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0475762,-0.0120047;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=56.3461,227.984;QD=48.1899;RBI=0.0577401,0.0215669;REFB=-0.0366827,-0.0381638;REVB=-0.0327172,0.0179169;RO=8;SAF=6,11;SAR=0,13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.718972,-0.132813;STB=0.5,0.545424;STBP=1,0.134;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0301791,0.00641055;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:39:37:8:3:6,24:5,29:0.135135,0.783784:0,13:6,11:6:2:0,14:5,15:3:0 chr14 24653965 . C T 51.66 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0548472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.65;QD=5.90414;RBI=0.0554032;REFB=-0.00826792;REVB=0.00782904;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23231;STB=0.656789;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0287969;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:26:27:8:8:0.228571:4:4:8:18:4:4:8:19 chr14 24654489 . T C 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00144398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.312;QD=7.37393;RBI=0.0187354;REFB=-0.00870029;REVB=-0.0186797;RO=55;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227959;STB=0.513798;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0279004;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:8:12:32:23:8:12:32:23 chr14 24657407 . T G 83.51 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=80;FAO=14;FDP=86;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=71;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0116144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.91;QD=3.88402;RBI=0.11097;REFB=-0.00768185;REVB=0.110361;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.72891;STB=0.541118;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0441197;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:80:86:35:71:7:14:0.162791:3:4:35:0:7:7:39:32 chr14 24682767 . C T 209.17 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0205249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7499;QD=11.6203;RBI=0.0439604;REFB=-0.0211096;REVB=0.0388747;RO=46;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129721;STB=0.575105;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0360665;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:10:16:23:23:10:16:23:23 chr14 24702789 . C T 231.5 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.00976238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.238;QD=8.57399;RBI=0.0158449;REFB=-0.00501304;REVB=-0.0124802;RO=76;SAF=19;SAR=13;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203418;STB=0.501198;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0125052;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:76:32:32:0.296296:13:19:45:31:13:19:45:31 chr14 24728294 . G T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0153973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.035;QD=9.85814;RBI=0.0154451;REFB=0.008586;REVB=-0.00121398;RO=29;SAF=12;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54391;STB=0.842577;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0165127;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:1:12:17:12:1:12:17:12 chr14 24771256 . T C 1623.04 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.192;QD=60.1125;RBI=0.0383918;REFB=0;REVB=0.0345604;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21736e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:51:54:0:0:52:56:0:0 chr14 24786060 . G A 754.74 PASS AF=0.704545;AO=62;DP=88;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00617167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.4;QD=34.3062;RBI=0.00792261;REFB=-0.0827496;REVB=0.00496771;RO=25;SAF=31;SAR=31;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106741;STB=0.51136;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0380979;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:25:26:62:62:0.704545:31:31:13:12:31:31:14:12 chr14 24786293 . T G 423.13 PASS AF=0.820513;AO=31;DP=44;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0220371;FXX=0.113611;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.932;QD=43.3981;RBI=0.0328293;REFB=0.0160883;REVB=0.0243337;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.59901;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00362611;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:44:39:0:7:31:32:0.820513:25:6:0:0:26:6:4:3 chr14 24786976 . T C 817.44 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.891;QD=57.3642;RBI=0.0478863;REFB=0;REVB=0.043209;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210591;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:22:33:0:0:24:33:0:0 chr14 24793600 . G A 191.17 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.072;QD=47.7931;RBI=0.0256852;REFB=0;REVB=0.0143519;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134232;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr14 24801956 . G C 412.66 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0319976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.804;QD=31.7434;RBI=0.0337259;REFB=-0.029933;REVB=0.010658;RO=13;SAF=23;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419426;STB=0.546411;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0129455;OID=.;OPOS=24801956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:15:37:37:0.711538:14:23:7:6:14:23:7:8 chr14 24808168 . G A 520.62 PASS AF=0.84;AO=40;DP=48;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0167133;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.549;QD=41.6497;RBI=0.0482687;REFB=0.00352377;REVB=0.0452828;RO=8;SAF=26;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849801;STB=0.50101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107589;OID=.;OPOS=24808168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:48:50:8:8:40:42:0.84:14:26:5:3:16:26:5:3 chr14 24839083 . G C 305.6 PASS AF=0.787879;AO=27;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0341646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.8247;QD=37.0419;RBI=0.051254;REFB=0.0172024;REVB=-0.0382068;RO=5;SAF=19;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338598;STB=0.504421;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00535123;OID=.;OPOS=24839083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:33:33:5:7:27:26:0.787879:8:19:4:1:7:19:5:2 chr14 24839090 . TG T 85.36 PASS AF=0.71875;AO=16;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.121511;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.73156;QD=10.6696;RBI=0.165272;REFB=-0.107048;REVB=0.112026;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102808;STB=0.584758;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.10209;OID=.;OPOS=24839091;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875:16:32:23:32:9:18:5:5:4:20:11:12:4:7:4 chr14 24839165 . C T 165.51 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0359165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.844;QD=9.73581;RBI=0.0728141;REFB=-0.00325518;REVB=-0.0633395;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600352;STB=0.535378;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00700373;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:8:14:27:19:8:14:27:19 chr14 24843620 . T C 390.0 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0015007;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.533;QD=29.4343;RBI=0.0241601;REFB=-0.00355431;REVB=-0.0241134;RO=17;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119812;STB=0.565274;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00235265;OID=.;OPOS=24843620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:17:17:36:36:0.679245:22:14:10:7:22:14:10:7 chr14 24845841 . T C 44.79 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.586;QD=25.5946;RBI=0.039479;REFB=-0.0212036;REVB=0.0305234;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00272559;OID=.;OPOS=24845841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:4:1:1:0:5:1:1:0 chr14 24846757 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000148968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.664;QD=56.7035;RBI=0.0277665;REFB=0;REVB=0.0277661;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112526;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr14 24878370 . C T 120.94 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0211599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.929;QD=6.91091;RBI=0.0311341;REFB=-0.00511829;REVB=-0.0228383;RO=52;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251492;STB=0.653674;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0245156;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:6:12:24:28:6:12:24:28 chr14 24883887 . G A 440.8 PASS AF=0.772727;AO=33;DP=43;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00810643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2425;QD=40.0725;RBI=0.0240739;REFB=-0.025067;REVB=0.022668;RO=9;SAF=21;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342118;STB=0.535795;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0127322;OID=.;OPOS=24883887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:44:9:10:33:34:0.772727:12:21:5:4:12:22:5:5 chr14 24888335 . T C 157.26 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=-0.00641749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5584;QD=6.35394;RBI=0.0172012;REFB=-0.00619596;REVB=-0.0159592;RO=75;SAF=3;SAR=20;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288958;STB=0.680664;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0235139;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:76:23:23:0.232323:20:3:21:54:20:3:21:55 chr14 24898558 . C T 1190.01 PASS AF=0.964286;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0359759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.733;QD=56.6674;RBI=0.0366407;REFB=-0.142642;REVB=-0.00694789;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.520543;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00138521;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:84:0:3:79:81:0.964286:44:35:0:0:46:35:3:0 chr14 24901248 . A AC 348.35 PASS AF=1;AO=7;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.38;QD=42.2241;RBI=0.121667;REFB=0;REVB=-0.00560877;RO=25;SAF=7;SAR=0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.746555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000417907;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:34:33:33:0:19:14:0:0:7:25:7:0:10:15 chr14 24901249 . A C 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0272466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.56;QD=34.6083;RBI=0.0509667;REFB=-0.0156901;REVB=0.0430724;RO=9;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284773;STB=0.655053;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00495238;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:15:10:9:0:15:10:9:0 chr14 24901273 . A AT 187.33 PASS AF=1;AO=4;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729778;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1698;QD=37.4659;RBI=0.286947;REFB=-0.0180137;REVB=0.277511;RO=17;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0219556;OID=.;OPOS=24901274;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:21:20:20:0:15:5:0:0:3:17:4:0:12:5 chr14 24901276 . G T 176.86 PASS AF=0.818182;AO=15;DP=21;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0429674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.4231;QD=32.1565;RBI=0.0696728;REFB=-0.129477;REVB=-0.0548462;RO=5;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392154;STB=0.571354;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0218363;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:22:5:4:15:18:0.818182:4:11:4:1:6:12:4:0 chr14 24909362 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.884;QD=58.061;RBI=0.0444337;REFB=0;REVB=-0.00528637;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15191e-05;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 24909475 . C G 331.86 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0133282;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.702;QD=44.248;RBI=0.151316;REFB=0.00233871;REVB=-0.150728;RO=3;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11091;STB=0.538432;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000722901;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:30:3:4:25:26:0.866667:11:14:0:3:12:14:1:3 chr14 24909476 . A G 135.64 PASS AF=0.933333;AO=3;DP=31;FAO=14;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0526939;FXX=0.499833;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.201;QD=36.1703;RBI=0.103874;REFB=-0.159369;REVB=0.0895161;RO=20;SAF=0;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679095;STB=0.666367;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0419375;OID=.;OPOS=24909476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:15:20:1:3:14:0.933333:3:0:14:6:13:1:1:0 chr14 24909731 . C T 572.13 PASS AF=0.930233;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00544539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1588;QD=53.2215;RBI=0.00598331;REFB=-0.0385551;REVB=-0.00247946;RO=2;SAF=10;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.505077;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0210962;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:43:2:3:38:40:0.930233:28:10:2:0:29:11:1:2 chr14 24910210 . C A 1644.84 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=117;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.027035;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.208;QD=56.7187;RBI=0.0344331;REFB=-0.134401;REVB=0.0213248;RO=1;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747729;STB=0.510915;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00035518;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:116:1:4:112:112:0.965517:63:49:0:1:63:49:3:1 chr14 24910973 . TT GA 747.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162968;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=109.4;QD=63.6174;RBI=0.0630013;REFB=0;REVB=0.0608571;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000278899;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:23:24:0:0 chr14 24970942 . A G 446.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2045;QD=57.6426;RBI=0.119386;REFB=0;REVB=-0.0350249;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300031;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr14 24975435 . G T 152.5 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0025792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.706;QD=40.6657;RBI=0.0127087;REFB=-0.117249;REVB=0.0124442;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00160045;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:10:4:0:0:10:4:0:1 chr14 24976622 . AAT A 84.92 PASS AF=0.3;AO=18;DP=89;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.109439;FXX=0.0243873;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.8305;QD=4.24615;RBI=0.213806;REFB=-0.052912;REVB=-0.183674;RO=62;SAF=15;SAR=3;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117229;STB=0.592021;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=0.150179;OID=.;OPOS=24976623;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:89:24:80:56:20:4:42:14:84:62:15:3:48:14 chr14 25076836 . G A 67.02 PASS AF=0.0917031;AO=21;DP=229;FAO=21;FDP=229;FR=.;FRO=208;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=115;FSRR=93;FWDB=0.00273107;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6064;QD=1.17069;RBI=0.0367465;REFB=-0.000880002;REVB=-0.0366449;RO=205;SAF=8;SAR=13;SRF=113;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200263;STB=0.653311;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0106571;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:229:229:205:208:21:21:0.0917031:13:8:113:92:13:8:115:93 chr14 25100282 . A G 161.52 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00303133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.373;QD=38.0044;RBI=0.0147481;REFB=-0.0379953;REVB=0.0144333;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347762;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0103595;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:17:2:2:14:15:0.882353:9:5:1:1:10:5:1:1 chr14 25101589 . G C 104.98 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00848225;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.595;QD=6.36255;RBI=0.0405199;REFB=-0.00247378;REVB=-0.0396222;RO=49;SAF=14;SAR=2;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440999;STB=0.788791;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00800851;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:49:50:16:16:0.242424:2:14:29:20:2:14:29:21 chr14 25101629 . T C 230.28 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.020797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7076;QD=12.1202;RBI=0.0364238;REFB=-0.0112045;REVB=0.0299028;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235079;STB=0.642755;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0180986;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:48:27:28:0.368421:10:17:20:28:10:18:20:28 chr14 25101878 . C CT 575.95 PASS AF=0.741573;AO=64;DP=90;FAO=66;FDP=89;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0469753;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7886;QD=25.8854;RBI=0.0794943;REFB=0.0191194;REVB=0.0641301;RO=26;SAF=30;SAR=34;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580543;STB=0.539865;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=-0.00523035;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741573:64:90:66:89:23:30:36:14:9:96:26:30:34:15:11 chr14 25102160 . C T 124.04 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0483274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5932;QD=7.51779;RBI=0.0544863;REFB=-0.00339367;REVB=-0.0251637;RO=48;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534331;STB=0.824374;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00846448;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:3:15:19:29:3:15:19:29 chr14 25103409 . T C 739.66 PASS AF=0.786667;AO=49;DP=75;FAO=59;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.019063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.009;QD=39.4482;RBI=0.0337001;REFB=-0.0628544;REVB=0.0277903;RO=16;SAF=12;SAR=37;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362396;STB=0.514897;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0148147;OID=.;OPOS=25103409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:75:75:16:16:49:59:0.786667:37:12:3:13:45:14:3:13 chr14 25103414 . G A 707.39 PASS AF=0.780822;AO=57;DP=74;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0156624;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.594;QD=38.7609;RBI=0.0186358;REFB=-0.0150566;REVB=0.0100987;RO=16;SAF=13;SAR=44;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239009;STB=0.512798;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0020852;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:16:16:57:57:0.780822:44:13:3:13:44:13:3:13 chr14 30066929 . A G 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00755194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.167;QD=36.4666;RBI=0.0101007;REFB=-0.043252;REVB=-0.00670756;RO=6;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147736;STB=0.58091;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00798096;OID=.;OPOS=30066929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:15:7:4:2:15:7:4:2 chr14 30125660 . A G 427.81 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0329451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3874;QD=35.6508;RBI=0.0355697;REFB=-0.0233371;REVB=-0.0134096;RO=14;SAF=14;SAR=20;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708376;STB=0.538439;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0127564;OID=.;OPOS=30125660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:20:14:4:10:20:14:4:10 chr14 31059969 . G A 708.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1888;QD=62.9747;RBI=0.0368746;REFB=0;REVB=-0.0216498;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85899e-05;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr14 31099738 . A G 1532.24 PASS AF=1;AO=83;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0611;QD=63.8431;RBI=0.104842;REFB=0;REVB=0.0492778;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105429;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:83:96:1:53:30:0:0:57:39:0:0 chr14 31108977 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.933;QD=57.3858;RBI=0.013066;REFB=0;REVB=0.00946844;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47555e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr14 31191772 . T C 480.54 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00560056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.863;QD=24.9633;RBI=0.00563975;REFB=-0.00603348;REVB=0.000663629;RO=31;SAF=18;SAR=28;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325423;STB=0.501779;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00397947;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:28:18:12:19:28:18:12:19 chr14 31355096 . C G 85.13 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00869778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.047;QD=5.08209;RBI=0.0171235;REFB=-0.0074627;REVB=-0.01475;RO=52;SAF=8;SAR=6;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01731;STB=0.519453;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0310057;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:52:53:14:14:0.208955:6:8:29:23:6:8:29:24 chr14 31359847 . T A 867.51 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8344;QD=57.8341;RBI=0.0330287;REFB=0;REVB=-0.00476583;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151533;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr14 31582380 . A G 463.04 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4022;QD=52.9193;RBI=0.0521331;REFB=-0.0468468;REVB=0.0463325;RO=2;SAF=24;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030063;STB=0.516119;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0412349;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:9:24:1:1:9:24:1:1 chr14 31598301 . T C 323.69 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00714329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.627;QD=34.9937;RBI=0.014353;REFB=-0.00973039;REVB=0.0124492;RO=10;SAF=20;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863285;STB=0.547227;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00887428;OID=.;OPOS=31598301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:7:20:6:4:7:20:6:4 chr14 31819046 . AC A,AT 721.84 PASS AF=0.109091,0.890909;AO=7,48;DP=57;FAO=6,49;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=5,31;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271036,0.0109472;FXX=0.0350816;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.5905,93.7404;QD=52.4976;RBI=0.027141,0.0141934;REFB=0,0;REVB=0.00142537,0.00903393;RO=0;SAF=6,30;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.73384e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0348601,0.00103896;OID=.,.;OPOS=31819047,31819047;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109091,0.890909:7,48:57:6,49:55:0:5,31:1,18:0:0:21:0:6,30:1,18:0:0 chr14 31819913 . A G 469.4 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131924;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7968;QD=58.6753;RBI=0.0696081;REFB=0;REVB=0.0695956;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112938;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:29:32:1:10:19:0:0:13:19:0:0 chr14 31858209 . C T 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00982802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0787;QD=8.73619;RBI=0.0149983;REFB=-0.0112539;REVB=0.0113295;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10924;STB=0.566785;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0421164;OID=.;OPOS=31858209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:7:13:5:4:7:13 chr14 31864485 . G C 1533.97 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00730118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.639;QD=62.6112;RBI=0.0491729;REFB=-0.0568734;REVB=0.0486278;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.504347;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000482015;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:57:40:0:0:57:40:0:1 chr14 31926435 . GA G,GG 209.6 PASS AF=0.32,0.226667;AO=23,16;DP=74;FAO=24,17;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=18,2;FSAR=6,15;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0127407,-0.0446908;FXX=0.0131562;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.53229,18.3395;QD=11.1785;RBI=0.0298367,0.0676067;REFB=-0.100182,-0.0804548;REVB=-0.0269797,0.0507286;RO=31;SAF=19,2;SAR=4,14;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.322289,0;SSSB=0.174649,-0.643197;STB=0.511354,0.893598;STBP=0.916,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0600984,0.0986996;OID=.,.;OPOS=31926436,31926436;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.226667:23,16:74:24,17:75:34:18,2:6,15:25:9:87:31:19,2:4,14:22:9 chr14 31952257 . A G 69.93 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0137705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.968;QD=6.66035;RBI=0.0147439;REFB=0.000502462;REVB=-0.00526831;RO=32;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315568;STB=0.51996;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00182836;OID=.;OPOS=31952257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:6:4:12:20:6:4:12:20 chr14 32071665 . G A 1847.52 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198987;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.175;QD=61.5841;RBI=0.0202005;REFB=0;REVB=-0.00347931;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38862e-05;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr14 32414145 . C A 683.4 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015222;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.419;QD=54.6721;RBI=0.041848;REFB=-0.0793236;REVB=0.0389813;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000641205;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:0:1:49:49:0.98:18:31:0:0:18:31:0:1 chr14 32419330 . AC A,AT 1191.07 PASS AF=0.0875,0.9125;AO=10,72;DP=82;FAO=7,73;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=6,38;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000325058,0.00746902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.154,144.71;QD=59.5536;RBI=0.00484058,0.0186472;REFB=0,0;REVB=-0.00482966,0.017086;RO=0;SAF=10,34;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0407957,0.00523348;OID=.,.;OPOS=32419331,32419331;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0875,0.9125:10,72:82:7,73:80:0:6,38:1,35:0:0:18:0:10,34:0,38:0:0 chr14 32960254 . G A 1279.85 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8294;QD=61.6794;RBI=0.0232871;REFB=0;REVB=0.0229039;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011949;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:52:30:0:0:53:30:0:0 chr14 33014869 . C T 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00955383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.943;QD=46.3204;RBI=0.0530173;REFB=-0.0214702;REVB=0.0521494;RO=2;SAF=20;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440955;STB=0.523789;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00287022;OID=.;OPOS=33014869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:3:20:2:0:3:20:2:0 chr14 33015014 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0516184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.579;QD=18.7441;RBI=0.0786117;REFB=-0.00570881;REVB=-0.0592904;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290716;STB=0.66626;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.000551095;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:4:0:3:4:4:0 chr14 33015082 . A G 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.016709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.677;QD=22.5781;RBI=0.0840131;REFB=-0.0325588;REVB=0.0823347;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367574;STB=0.705576;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0298339;OID=.;OPOS=33015082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:7:0:7:5:7:0 chr14 33015694 . G A 201.96 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00123725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7763;QD=12.0573;RBI=0.0246362;REFB=-0.0105618;REVB=-0.0246051;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176561;STB=0.601345;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0205308;OID=.;OPOS=33015694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:12:13:15:27:12:13:15:27 chr14 33046388 . A G 798.41 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00557868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.495;QD=49.9006;RBI=0.0291786;REFB=0.0450329;REVB=0.0286404;RO=5;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429068;STB=0.522792;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000328572;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:5:5:59:59:0.921875:30:29:1:4:30:29:1:4 chr14 33299153 . C A 201.75 PASS AF=0.27;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00792899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.516;QD=8.06982;RBI=0.0103311;REFB=-0.00373065;REVB=0.00662291;RO=73;SAF=8;SAR=19;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219304;STB=0.632227;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00912855;OID=.;OPOS=33299153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:73:27:27:0.27:19:8:34:39:19:8:34:39 chr14 34393602 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4092;QD=53.2728;RBI=0.116424;REFB=0;REVB=0.0550214;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264603;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr14 34394733 . C T 620.81 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00095669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.089;QD=55.1833;RBI=0.0104304;REFB=-0.0375331;REVB=-0.0103864;RO=3;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302082;STB=0.516121;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00462527;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:18:24:1:2:18:24:1:2 chr14 35099099 . A G 446.74 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0542;QD=57.6435;RBI=0.0446436;REFB=0;REVB=0.00286066;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000842892;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:16:14:0:1:17:14:0:0 chr14 35591174 . T C 1055.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209698;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1967;QD=57.0338;RBI=0.0537858;REFB=-0.032527;REVB=-0.0495296;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.515147;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00343532;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:72:72:0.972973:32:40:0:2:32:40:0:2 chr14 35592538 . C G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5928;QD=59.8381;RBI=0.0188304;REFB=0;REVB=0.0185475;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200979;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr14 35592668 . G A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0340272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.475;QD=30.5651;RBI=0.03405;REFB=-0.0333269;REVB=0.00124642;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113629;STB=0.562444;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0143177;OID=.;OPOS=35592668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:3:7:11:11:3:7 chr14 35761675 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000899556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.815;QD=62.9827;RBI=0.0312297;REFB=0;REVB=0.0312167;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130522;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr14 35871217 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0104651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.014;QD=21.353;RBI=0.0446424;REFB=-0.0129123;REVB=0.0433984;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109699;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00973405;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:6:7:3:5:6:7:4:5 chr14 35873770 . G A 2987.33 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190875;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1114;QD=63.2239;RBI=0.0580216;REFB=0;REVB=0.0547921;RO=1;SAF=93;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9353e-05;OID=.;OPOS=35873770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:189:1:0:188:189:1:95:93:1:0:95:94:0:0 chr14 36004075 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.893;QD=45.8008;RBI=0.0536335;REFB=0;REVB=0.0328866;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105994;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr14 36004247 . C CG 85.67 PASS AF=0.236364;AO=28;DP=117;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0341946;FXX=0.0350846;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.4337;QD=3.11535;RBI=0.0995497;REFB=-0.00831996;REVB=-0.0934927;RO=86;SAF=20;SAR=8;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35299;STB=0.850562;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0352255;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236364:28:117:26:110:84:22:4:32:52:85:86:20:8:37:49 chr14 36789729 . T G 1389.65 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.572;QD=62.4562;RBI=0.0666044;REFB=0;REVB=0.0099336;RO=1;SAF=32;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55422e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:89:1:0:81:89:1:49:32:1:0:51:38:0:0 chr14 36789775 . A T 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.813;QD=63.575;RBI=0.0239659;REFB=0;REVB=-0.0110807;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9661e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr14 36789795 . G A 428.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.525;QD=57.1763;RBI=0.0867805;REFB=0;REVB=-0.0223977;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453495;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:22:7:0:0:22:8:0:0 chr14 36840650 . A C,T 1483.52 PASS AF=0.049505,0.950495;AO=5,96;DP=101;FAO=5,96;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=5,51;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237616,0.00759292;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6815,152.631;QD=58.7531;RBI=0.0684191,0.0146324;REFB=0,0;REVB=-0.0641604,0.0125082;RO=0;SAF=5,51;SAR=0,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00417395,-0.00206596;OID=.,.;OPOS=36840650,36840650;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:101:101:0:0:5,96:5,96:0.049505,0.950495:0,45:5,51:0:0:0,45:5,51:0:0 chr14 36947081 . C T 803.86 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150031;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.085;QD=57.4182;RBI=0.022847;REFB=0;REVB=0.0172305;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79166e-05;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr14 37051517 . C G 359.45 PASS AF=0.636364;AO=31;DP=51;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00186823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.523;QD=26.1419;RBI=0.0477739;REFB=-0.0392157;REVB=0.0477373;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829417;STB=0.515649;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0228739;OID=.;OPOS=37051517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:20:20:31:35:0.636364:12:19:10:10:16:19:10:10 chr14 37063123 . C T 697.84 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.688;QD=62.0305;RBI=0.0342146;REFB=0;REVB=0.0341488;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100158;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr14 37063294 . A G 435.76 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00544186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.515;QD=54.4696;RBI=0.0313259;REFB=-0.00762268;REVB=0.0308496;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00013658;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:12:18:1:0:13:18:1:0 chr14 37135753 . G C 815.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.623;QD=56.2513;RBI=0.0613841;REFB=0;REVB=0.0181151;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101827;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:38:20:0:0 chr14 37180685 . T C 1396.54 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.438;QD=62.7659;RBI=0.0627624;REFB=0;REVB=0.0174083;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143992;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:44:45:0:0 chr14 37203697 . G A 455.71 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0162869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9692;QD=25.6739;RBI=0.020707;REFB=-0.0257341;REVB=-0.0127873;RO=27;SAF=20;SAR=23;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410857;STB=0.528738;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0189345;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:28:43:43:0.605634:23:20:11:16:23:20:11:17 chr14 37344229 . A AG 692.51 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375302;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=163.162;QD=61.5568;RBI=0.0379048;REFB=0;REVB=-0.00531612;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.46052e-05;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:45:45:0:24:21:0:0:4:1:24:19:1:0 chr14 37641880 . C A 44.86 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.101597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3439;QD=7.47701;RBI=0.120206;REFB=-0.0391717;REVB=-0.064247;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0990043;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:24:16:17:6:7:0.291667:3:3:8:8:3:4:8:9 chr14 38019882 . G A 122.26 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0394205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.024;QD=5.75317;RBI=0.0413133;REFB=-0.00642632;REVB=0.0123619;RO=66;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117464;STB=0.573124;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0196919;OID=.;OPOS=38019882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:66:66:19:19:0.223529:11:8:34:32:11:8:34:32 chr14 38061742 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.018325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.568;QD=5.68911;RBI=0.0401188;REFB=-0.00978865;REVB=-0.0356891;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107663;STB=0.571184;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0674858;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:11:8:2:4:11:8 chr14 38218343 . A G 446.05 PASS AF=0.714286;AO=34;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00131515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.722;QD=36.4122;RBI=0.0199173;REFB=0.013341;REVB=-0.0198738;RO=14;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046004;STB=0.528909;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0046407;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:34:35:0.714286:15:19:9:5:16:19:9:5 chr14 38260034 . T C 2139.01 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.125;QD=62.9121;RBI=0.0440572;REFB=0;REVB=0.0376193;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7309e-05;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:65:69:0:0:66:70:0:0 chr14 38679047 . C A 127.67 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0405524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.785;QD=8.23675;RBI=0.0410984;REFB=-0.0192963;REVB=0.00667712;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151426;STB=0.509081;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0479078;OID=.;OPOS=38679047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:8:10:25:19:8:10:25:19 chr14 38680759 . GC CG,G 74.47 PASS AF=0,0.372881;AO=3,26;DP=60;FAO=0,22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=0,2;FSAR=0,20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0383492,0.0125366;FXX=0.0166639;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=87.9486,11.2667;QD=5.04901;RBI=0.137601,0.157688;REFB=-0.0134136,-0.159659;REVB=-0.132149,-0.157188;RO=24;SAF=0,1;SAR=3,25;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.591043,-0.701056;STB=0.5,0.825722;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0.0622949,0.130726;OID=.,.;OPOS=38680759,38680760;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:60:59:24:37:3,26:0,22:0,0.372881:3,25:0,1:13:11:0,20:0,2:17:20 chr14 39556185 . G C 126.09 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0981412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8975;QD=6.4663;RBI=0.0988323;REFB=0.00617531;REVB=-0.0116676;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105175;STB=0.564449;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.024868;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:10:9:33:26:10:9:33:26 chr14 39648629 . C T 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0045381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.177;QD=4.00458;RBI=0.0128903;REFB=-0.00295146;REVB=-0.012065;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307311;STB=0.706839;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0165701;OID=.;OPOS=39648629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:26:15:5:3:26:15 chr14 39650234 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.388;QD=35.5755;RBI=0.00533176;REFB=0;REVB=0.00398324;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98054e-05;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 39650924 . A G 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0251488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.601;QD=25.2544;RBI=0.0257239;REFB=-0.026999;REVB=0.00540913;RO=11;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127109;STB=0.571344;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0285542;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:14:4:4:7:14:4:4:7 chr14 39703324 . A G 1509.89 PASS AF=0.963636;AO=105;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0313115;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.922;QD=54.905;RBI=0.0363702;REFB=-0.0322112;REVB=-0.0185035;RO=4;SAF=49;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197719;STB=0.510139;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00182814;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:110:110:4:4:105:106:0.963636:56:49:3:1:56:50:3:1 chr14 39716201 . A G 650.19 PASS AF=0.705128;AO=55;DP=78;FAO=55;FDP=78;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0233038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.593;QD=33.3432;RBI=0.027396;REFB=-0.00971168;REVB=0.0144038;RO=23;SAF=25;SAR=30;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060615;STB=0.532698;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00351325;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:23:23:55:55:0.705128:30:25:13:10:30:25:13:10 chr14 39722023 . G C 398.07 PASS AF=0.711111;AO=31;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.011812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.327;QD=35.3841;RBI=0.0195063;REFB=-0.0471577;REVB=0.0155233;RO=13;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112759;STB=0.564275;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0190488;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:31:32:0.711111:15:16:4:9:15:17:4:9 chr14 39736680 . T C 620.84 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0358861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.404;QD=55.1861;RBI=0.0406985;REFB=-0.00901507;REVB=0.0191979;RO=3;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137229;STB=0.508018;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000894223;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:45:3:3:41:42:0.933333:23:18:1:2:23:19:1:2 chr14 39777676 . G C 502.7 PASS AF=0.274809;AO=72;DP=257;FAO=72;FDP=262;FR=.;FRO=190;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=73;FSRR=117;FWDB=-0.0313526;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.781;QD=7.67485;RBI=0.0316102;REFB=-0.0143562;REVB=0.00402794;RO=184;SAF=33;SAR=39;SRF=67;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118113;STB=0.554607;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0389563;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:262:184:190:72:72:0.274809:39:33:67:117:39:33:73:117 chr14 39784012 . A G 108.02 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0278143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4332;QD=7.08351;RBI=0.0391938;REFB=-0.0226472;REVB=0.0276138;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940213;STB=0.557306;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0492395;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:8:8:19:26:8:8:19:26 chr14 39784014 . A G 638.87 PASS AF=0.892857;AO=49;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0769799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9667;QD=45.6337;RBI=0.0931368;REFB=-0.0497107;REVB=0.0524267;RO=5;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823232;STB=0.54998;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00383529;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:5:6:49:50:0.892857:26:23:0:5:27:23:0:6 chr14 39818028 . A G 612.03 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0181621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.229;QD=34.0017;RBI=0.0194062;REFB=0.0103548;REVB=0.0068368;RO=20;SAF=28;SAR=24;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147796;STB=0.579588;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00332488;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:20:52:52:0.722222:24:28:5:15:24:28:5:15 chr14 39819734 . T G 704.43 PASS AF=0.645161;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0253967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.674;QD=30.2979;RBI=0.0261066;REFB=-0.0361329;REVB=0.00604654;RO=31;SAF=39;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110586;STB=0.550956;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0239516;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:31:33:60:60:0.645161:21:39:15:16:21:39:17:16 chr14 39868646 . C A 313.26 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.018132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.7;QD=36.8535;RBI=0.0201668;REFB=-0.0523998;REVB=-0.00882783;RO=8;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879631;STB=0.547908;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0126506;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:15:11:5:3:15:11:5:3 chr14 39870944 . T G 138.4 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0161544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2875;QD=9.07537;RBI=0.0370058;REFB=-0.0146938;REVB=0.0332936;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443864;STB=0.518116;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0505362;OID=.;OPOS=39870944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:10:9:21:20:10:9:21:21 chr14 42360633 . T C 137.7 PASS AF=0.28169;AO=18;DP=70;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.00228929;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.274;QD=7.75768;RBI=0.0259114;REFB=-0.00481433;REVB=0.02581;RO=52;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190079;STB=0.578533;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00983745;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:52:51:18:20:0.28169:11:7:13:39:13:7:13:38 chr14 42997963 . A G 524.28 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0589294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2456;QD=36.1575;RBI=0.0589355;REFB=0.0144213;REVB=0.000849493;RO=13;SAF=20;SAR=25;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581087;STB=0.531236;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00666695;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:13:13:45:45:0.775862:25:20:4:9:25:20:4:9 chr14 42998026 . T C 638.76 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.254;QD=59.4192;RBI=0.04268;REFB=0.00854457;REVB=0.0194429;RO=1;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159086;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00025033;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:29:12:0:1:30:12:0:1 chr14 44974922 . A T 831.58 PASS AF=0.785714;AO=64;DP=82;FAO=66;FDP=84;FR=.;FRO=18;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0111854;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.403;QD=39.5988;RBI=0.0154508;REFB=0.00764706;REVB=-0.010659;RO=18;SAF=39;SAR=25;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069802;STB=0.535703;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00216213;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:18:18:64:66:0.785714:25:39:8:10:26:40:8:10 chr14 44975510 . CG CA,TG 344.06 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,21;DP=30;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142115,0.0125373;FXX=0.166611;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=130.317,211.932;QD=55.0489;RBI=0.0173812,0.0201673;REFB=0,0;REVB=0.010007,0.0157967;RO=0;SAF=2,10;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0293593,0.00254659;OID=.,.;OPOS=44975511,44975510;OREF=G,C;OALT=A,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:30:25:0:0:3,21:3,22:0.12,0.88:1,11:2,10:0:0:1,11:2,11:0:0 chr14 47309496 . G T 1419.33 PASS AF=1;AO=63;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7346;QD=61.0464;RBI=0.0643573;REFB=0;REVB=-0.0641803;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128339;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:93:0:0:63:93:1:33:30:0:0:48:45:0:0 chr14 47341131 . C G 145.28 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.597;QD=44.7013;RBI=0.0181896;REFB=0;REVB=0.0146868;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46857e-05;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr14 47528470 . T C 1120.24 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6365;QD=58.9602;RBI=0.033388;REFB=0.0129091;REVB=0.0252123;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000125717;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:45:30:1:0:45:30:1:0 chr14 47528551 . T A 177.0 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00376765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.249;QD=8.63413;RBI=0.00408537;REFB=-0.00754106;REVB=-0.00157956;RO=57;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150049;STB=0.5926;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0156756;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:58:24:24:0.292683:14:10:17:40:14:10:17:41 chr14 48143852 . C T 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00477692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.358;QD=7.81282;RBI=0.00512473;REFB=-0.00805715;REVB=0.00185576;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286719;STB=0.674467;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0271779;OID=.;OPOS=48143852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:10:5:23:17:10:5:23:17 chr14 50088128 . CGGGGT CGGGT,CGGGTC 62.79 PASS AF=0.35,0;AO=15,3;DP=40;FAO=14,0;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0172281,-0.0423847;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.2582,77.5798;QD=6.27935;RBI=0.0554374,0.0535322;REFB=-0.0890045,-0.00159076;REVB=-0.0526925,-0.0326991;RO=20;SAF=11,0;SAR=4,3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251865,-0.594329;STB=0.574895,0.5;STBP=0.491,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.118989,0.074973;OID=.,.;OPOS=50088129,50088132;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=CGGGT,CGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0:15,3:40:14,0:40:26:7,0:7,0:16:10:55:20:11,0:4,3:10:10 chr14 50195679 . A G 1399.68 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660922;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.206;QD=62.907;RBI=0.0138349;REFB=0;REVB=0.0121541;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7088e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr14 50251369 . A G,T 795.36 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=54,2;DP=56;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404219,-0.0324429;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.469,119.833;QD=55.815;RBI=0.00503827,0.0332965;REFB=0,0;REVB=-0.00300747,-0.00749077;RO=0;SAF=31,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.6027e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000123962,0.120652;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:57:0:0:54,2:54,3:0.947368,0.0526316:23,0:31,2:0:0:23,0:31,3:0:0 chr14 50298962 . T A 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00563039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.183;QD=52.5377;RBI=0.0143997;REFB=-0.0796331;REVB=0.0132533;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361769;STB=0.519223;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00281014;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:25:25:0:2:25:25:0:2 chr14 50320391 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.358;QD=39.2067;RBI=0.173801;REFB=0;REVB=-0.169033;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132713;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr14 50477643 . G C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.544;QD=63.2841;RBI=0.133802;REFB=0;REVB=-0.131417;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613807;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr14 50575408 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8952;QD=53.2751;RBI=0.078031;REFB=0;REVB=-0.0561117;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239387;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 50575411 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.409;QD=53.2771;RBI=0.0313788;REFB=0;REVB=0.000443172;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100831;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 50583083 . G T 186.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00834039;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8805;QD=43.9558;RBI=0.0122344;REFB=0.085628;REVB=0.00895093;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00283174;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr14 50585248 . C T 1609.62 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211252;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.178;QD=60.1729;RBI=0.0365047;REFB=0;REVB=0.0297711;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30323e-06;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr14 50623657 . G A 1233.06 PASS AF=0.862385;AO=94;DP=109;FAO=94;FDP=109;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0173573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2273;QD=45.2499;RBI=0.047607;REFB=-0.0676302;REVB=-0.04433;RO=15;SAF=39;SAR=55;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137901;STB=0.507317;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00871003;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:15:15:94:94:0.862385:55:39:7:8:55:39:7:8 chr14 50623669 . G A 95.34 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0940429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.517;QD=3.73886;RBI=0.104863;REFB=-0.00632913;REVB=-0.0463918;RO=84;SAF=7;SAR=10;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521769;STB=0.53;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.06308;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:84:85:17:17:0.166667:10:7:38:46:10:7:38:47 chr14 50623679 . G A 727.4 PASS AF=0.709302;AO=61;DP=86;FAO=61;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000191271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9694;QD=33.8324;RBI=0.0155519;REFB=-0.0867098;REVB=0.0155507;RO=25;SAF=29;SAR=32;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845238;STB=0.545475;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0435351;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:25:25:61:61:0.709302:32:29:8:17:32:29:8:17 chr14 50623683 . A G 669.63 PASS AF=0.703704;AO=55;DP=81;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0382932;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0423;QD=33.0679;RBI=0.0557586;REFB=-0.0781944;REVB=0.0405296;RO=26;SAF=27;SAR=28;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109144;STB=0.55925;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0282052;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:26:24:55:57:0.703704:28:27:8:18:29:28:7:17 chr14 50704331 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.211;QD=49.5955;RBI=0.0738502;REFB=0;REVB=-0.00153253;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010699;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr14 50713677 . ACT ACG,CGA 295.66 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=17,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214858,-0.0259637;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=119.727,100.363;QD=51.4189;RBI=0.0396701,0.0306714;REFB=0,0;REVB=-0.0333478,-0.0163284;RO=0;SAF=7,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00111917,0.130728;OID=.,.;OPOS=50713679,50713677;OREF=T,ACT;OALT=G,CGA;OMAPALT=ACG,CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:23:0:0:17,2:21,2:0.913043,0.0869565:10,0:7,2:0:0:11,0:10,2:0:0 chr14 50769717 . G A 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7248;QD=56.6914;RBI=0.010201;REFB=0;REVB=-0.00494606;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25963e-05;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr14 50778815 . AA AC,CC 685.26 PASS AF=0.960784,0.0196078;AO=46,2;DP=53;FAO=49,1;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34,0;FSAR=15,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281701,0.0219994;FXX=0.0377287;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=168.768,138.156;QD=53.7458;RBI=0.0446694,0.0294209;REFB=-0.126512,-0.0910775;REVB=0.034667,0.019535;RO=0;SAF=34,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.12678e-08,0;STB=0.507243,0.989913;STBP=0.612,0.496;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00210852,0.00411459;OID=.,.;OPOS=50778816,50778815;OREF=A,AA;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:51:0:1:46,2:49,1:0.960784,0.0196078:12,2:34,0:0:0:15,1:34,0:1:0 chr14 50786004 . A G 352.76 PASS AF=1;AO=18;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.418;QD=54.2706;RBI=0.166189;REFB=0;REVB=0.160009;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290884;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:18:26:1:12:6:0:0:20:6:0:0 chr14 50788213 . C T 755.81 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146202;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.046;QD=57.0421;RBI=0.0224858;REFB=0;REVB=-0.017084;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72167e-05;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr14 50798742 . T TA 337.66 PASS AF=1;AO=5;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509144;FXX=0.0810592;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.56;QD=39.7241;RBI=0.0520561;REFB=0;REVB=0.0108427;RO=31;SAF=0;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.91983e-05;OID=.;OPOS=50798743;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:37:34:34:0:18:16:0:0:7:31:0:5:18:13 chr14 50798743 . GGA ACG,AGA,CGA 491.2 PASS AF=0,0.852941,0.147059;AO=2,29,6;DP=37;FAO=0,29,5;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,11,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228308,0.0167259,0.0190859;FXX=0.0810592;HRUN=2,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=140.018,167.623,118.021;QD=57.7879;RBI=0.0231624,0.0168621,0.019486;REFB=0,0,0;REVB=-0.00390503,0.00213828,0.00392856;RO=0;SAF=0,18,1;SAR=2,11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,-0.000899605,0.129189;OID=.,.,.;OPOS=50798743,50798743,50798743;OREF=GGA,G,G;OALT=ACG,A,C;OMAPALT=ACG,AGA,CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:27:37:34:0:0:2,29,6:0,29,5:0,0.852941,0.147059:2,11,5:0,18,1:0:0:0,11,5:0,18,0:0:0 chr14 50799126 . G C 898.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2306;QD=57.9409;RBI=0.0216866;REFB=0;REVB=-0.0180293;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019008;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:37:25:0:0 chr14 50802727 . A C 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082341;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.5178;QD=59.861;RBI=0.0283228;REFB=0;REVB=-0.0270995;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288136;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:6:29:0:0:6:29:0:0 chr14 50802840 . A G 575.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6992;QD=60.5794;RBI=0.0213343;REFB=0;REVB=-0.0185463;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282535;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr14 50824839 . G A 474.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7498;QD=57.4546;RBI=0.00962397;REFB=0;REVB=0.00786748;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118259;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr14 50935150 . A G 757.03 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116178;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.558;QD=55.0566;RBI=0.017104;REFB=-0.138388;REVB=0.0125528;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000549089;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:0:1:23:31:0:1 chr14 51057727 . G A 1024.94 PASS AF=0.986111;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031718;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.539;QD=56.9409;RBI=0.0541764;REFB=-0.0478676;REVB=0.0439209;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00110151;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:72:1:1:67:71:0.986111:33:34:0:1:36:35:0:1 chr14 51202311 . G C 227.78 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00966621;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.589;QD=27.6102;RBI=0.0135616;REFB=-0.0280415;REVB=-0.00951223;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150404;STB=0.583014;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0142566;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:12:12:21:21:0.636364:10:11:9:3:10:11:9:3 chr14 51223789 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.708;QD=64.1538;RBI=0.0200275;REFB=0;REVB=-0.0019939;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42958e-05;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr14 51224374 . T G 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00972625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.742;QD=52.7677;RBI=0.0326537;REFB=-0.125368;REVB=0.0311715;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00119017;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:1:0:11:17:1:0 chr14 51224658 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.198;QD=52.6132;RBI=0.018071;REFB=0;REVB=0.000697678;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011496;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr14 51225132 . G T 688.69 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.896;QD=54.0145;RBI=0.0382639;REFB=-0.128872;REVB=-0.00246116;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0047649;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:31:18:0:1:31:19:0:1 chr14 51237701 . A G 1199.9 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0739624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.666;QD=58.5318;RBI=0.0740099;REFB=-0.149575;REVB=-0.00265006;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00180468;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:1:2:79:80:0.97561:41:38:0:1:41:39:1:1 chr14 51239067 . C G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6615;QD=58.5996;RBI=0.0351496;REFB=0;REVB=-0.0134864;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374623;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr14 51352345 . G A 641.34 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0191226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7959;QD=28.8241;RBI=0.0378245;REFB=-0.00865243;REVB=0.0326346;RO=30;SAF=28;SAR=28;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858521;STB=0.561776;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00521939;OID=.;OPOS=51352345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:33:56:56:0.629213:28:28:19:11:28:28:22:11 chr14 51368610 . A G 1493.61 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331572;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.247;QD=58.5729;RBI=0.0403905;REFB=-0.0111277;REVB=0.0230649;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=8.29992e-05;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:101:101:0.990196:47:54:0:0:47:54:1:0 chr14 51378589 . CCTTT CCTT,CCTTG,CTT 1546.47 PASS AF=0.942623,0.057377,0;AO=72,14,16;DP=123;FAO=115,7,0;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64,3,0;FSAR=51,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118478,-0.0736972,-0.00641131;FXX=0.0239981;HRUN=3,3,2;LEN=1,1,2;MLLD=19.8293,9.32286,5.71668;QD=50.7038;RBI=0.0358218,0.12355,0.263581;REFB=0,0,0;REVB=-0.0338058,-0.0991634,-0.263503;RO=0;SAF=59,8,0;SAR=13,6,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.38229e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00908647,0.0737868,0;OID=.,.,.;OPOS=51378591,51378593,51378590;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,-;OMAPALT=CCTT,CCTTG,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.942623,0.057377,0:72,14,16:123:115,7,0:122:0:64,3,0:51,4,0:0:0:12:0:59,8,0:13,6,16:0:0 chr14 51383432 . G A 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.643;QD=59.8492;RBI=0.0345534;REFB=0;REVB=-0.017287;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150751;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr14 51449708 . A G 38.56 PASS AF=0.132075;AO=6;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0147832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.151;QD=2.91049;RBI=0.0243218;REFB=-0.00238488;REVB=-0.0193134;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364001;STB=0.796515;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0492438;OID=.;OPOS=51449708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:44:46:6:7:0.132075:5:1:20:24:6:1:20:26 chr14 51716188 . T G 646.61 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0648081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.838;QD=50.7148;RBI=0.0665436;REFB=-0.0989935;REVB=0.0150984;RO=3;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139244;STB=0.50741;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000798479;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:48:48:0.941176:26:22:1:2:26:22:1:2 chr14 51716467 . G A 556.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2971;QD=60.2136;RBI=0.0229152;REFB=0;REVB=0.010013;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65651e-05;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr14 52384093 . G C 400.89 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0310978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.408;QD=36.4446;RBI=0.0318583;REFB=-0.0293784;REVB=-0.00691932;RO=12;SAF=20;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682556;STB=0.537014;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00802473;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:12:12:32:32:0.727273:12:20:9:3:12:20:9:3 chr14 52418655 . G A 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0526284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.82;QD=34.9986;RBI=0.0545623;REFB=-0.0132507;REVB=0.0143976;RO=10;SAF=14;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107982;STB=0.558839;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0061228;OID=.;OPOS=52418655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:13:14:3:7:13:14:3:7 chr14 52478315 . A G 1203.18 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.16;QD=58.6918;RBI=0.0192756;REFB=-0.0404888;REVB=0.0137428;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010407;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-5.62247e-05;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:45:36:0:1:46:35:1:0 chr14 52481916 . C CT 441.51 PASS AF=1;AO=6;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370877;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.931;QD=47.731;RBI=0.104305;REFB=0;REVB=-0.0974885;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000509226;OID=.;OPOS=52481917;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:39:37:37:0:21:16:0:0:4:31:5:1:16:15 chr14 52481917 . C T 404.87 PASS AF=0.837838;AO=30;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0268029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.69;QD=43.7697;RBI=0.0268442;REFB=-0.000337171;REVB=-0.00148761;RO=6;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102902;STB=0.551631;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=7.27935e-05;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:30:31:0.837838:15:15:5:1:15:16:5:1 chr14 52496387 . C A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.538;QD=58.8007;RBI=0.0248104;REFB=0.00161554;REVB=0.0205926;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=2.26997e-06;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:73:74:0.986667:41:32:0:0:41:33:1:0 chr14 52496407 . C T 964.24 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0352549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4813;QD=55.8977;RBI=0.0643692;REFB=-0.0238773;REVB=-0.0538562;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289069;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00419006;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:37:30:1:1:37:30:1:1 chr14 52505517 . G A 197.34 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0200509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2965;QD=8.96989;RBI=0.0200597;REFB=-0.0125037;REVB=-0.000594244;RO=57;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220251;STB=0.609778;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0341873;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:62:26:26:0.295455:11:15:22:35:11:15:26:36 chr14 52507429 . A G 357.64 PASS AF=0.237069;AO=55;DP=234;FAO=55;FDP=232;FR=.;FRO=177;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=96;FSRR=81;FWDB=-0.0199834;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.996;QD=6.16628;RBI=0.0461004;REFB=-0.0119592;REVB=-0.0415441;RO=177;SAF=31;SAR=24;SRF=98;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127786;STB=0.516415;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0364115;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:177:177:55:55:0.237069:24:31:98:79:24:31:96:81 chr14 52509501 . T C 131.76 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.036405;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6264;QD=4.42894;RBI=0.0390837;REFB=-0.021833;REVB=0.01422;RO=92;SAF=13;SAR=10;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828772;STB=0.544414;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0873194;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:92:96:23:23:0.193277:10:13:46:46:10:13:49:47 chr14 52520368 . C T 661.47 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0157338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.03;QD=30.067;RBI=0.0477969;REFB=-0.0444767;REVB=0.045133;RO=31;SAF=27;SAR=30;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069421;STB=0.537621;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0263395;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:31:57:57:0.647727:30:27:18:13:30:27:18:13 chr14 52520853 . A G 1530.82 PASS AF=0.989899;AO=94;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.633;QD=61.8512;RBI=0.0383642;REFB=-0.127374;REVB=0.0113446;RO=2;SAF=37;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439596;STB=0.504347;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00146896;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:99:2:1:94:98:0.989899:57:37:1:1:57:41:0:1 chr14 52535648 . G T 802.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.555;QD=64.2293;RBI=0.051781;REFB=0;REVB=0.019902;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001891;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:33:17:0:0 chr14 52536512 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5833;QD=58.7803;RBI=0.0290105;REFB=0;REVB=0.00492474;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188605;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr14 52782000 . CCG C,CCC,CGG 126.05 PASS AF=0.485714,0,0;AO=7,2,2;DP=40;FAO=17,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.00252942,0.441634,-0.400462;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=21.5279,16.7535,16.3028;QD=14.406;RBI=0.0407003,0.46307,0.429583;REFB=-0.0966274,-0.0723203,0.0846658;REVB=0.0406216,-0.13926,0.155473;RO=27;SAF=0,0,2;SAR=7,2,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.662655,-0.397179,0.580472;STB=0.702416,0.5,0.5;STBP=0.083,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.10684,0,0;OID=.,.,.;OPOS=52782001,52782002,52782001;OREF=CG,G,C;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CCC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714,0,0:7,2,2:40:17,0,0:35:18:7,0,0:10,0,0:1:17:99:27:0,0,2:7,2,0:8:19 chr14 52906081 . T G 105.92 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0264297;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.954;QD=6.51828;RBI=0.0265886;REFB=0.00127536;REVB=0.00290202;RO=48;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151338;STB=0.599877;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00749424;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:48:49:16:16:0.246154:7:9:21:27:7:9:21:28 chr14 52907353 . C T 146.56 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0206779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9741;QD=5.28138;RBI=0.0237288;REFB=-0.00642189;REVB=0.0116397;RO=83;SAF=13;SAR=11;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899121;STB=0.546098;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0307937;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:83:87:24:24:0.216216:11:13:39:44:11:13:42:45 chr14 52937255 . C T 120.97 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00521422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.055;QD=6.91255;RBI=0.00730158;REFB=-0.00918507;REVB=-0.00511125;RO=49;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548908;STB=0.512806;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0151439;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:52:18:18:0.257143:10:8:24:25:10:8:24:28 chr14 53098902 . G A 953.41 PASS AF=0.733945;AO=80;DP=110;FAO=80;FDP=109;FR=.;FRO=29;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0129863;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6169;QD=34.9876;RBI=0.0187636;REFB=0.00370902;REVB=-0.0135435;RO=28;SAF=43;SAR=37;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339931;STB=0.522327;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.000831401;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:28:29:80:80:0.733945:37:43:17:11:37:43:18:11 chr14 53124807 . C T 42.44 PASS AF=0.2;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.039881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.25;QD=4.84979;RBI=0.0420848;REFB=-0.000775357;REVB=-0.01344;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356515;STB=0.779086;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0343665;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:28:28:6:7:0.2:5:1:12:16:6:1:12:16 chr14 53130507 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00479949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.832;QD=21.6304;RBI=0.090965;REFB=-0.0123205;REVB=0.0908383;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164199;STB=0.582034;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00735653;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:12:18:9:14:12:18:10:14 chr14 53224103 . GT G 56.56 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0312097;FXX=0.058812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.9846;QD=4.71315;RBI=0.200918;REFB=-0.0982909;REVB=-0.19848;RO=24;SAF=1;SAR=18;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.735537;STB=0.791742;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.117997;OID=.;OPOS=53224104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:19:51:19:48:29:3:16:17:12:56:24:1:18:17:7 chr14 53238110 . A G 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0624656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3926;QD=11.4911;RBI=0.0646852;REFB=0.0113745;REVB=0.0167996;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0270538;OID=.;OPOS=53238110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:18:14:7:9:18:14 chr14 53345378 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.942;QD=56.1905;RBI=0.0463021;REFB=0;REVB=0.00533476;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416105;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr14 53394707 . TTA T,TT,TTT 187.11 PASS AF=0.588235,0,0;AO=12,6,8;DP=60;FAO=30,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=11,0,0;FSAR=19,0,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.110064,0.0587714,-0.0512645;FXX=0.0192271;HRUN=6,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.912,8.57781,9.52518;QD=14.6756;RBI=0.170741,0.115026,0.0575773;REFB=-0.0574399,-0.00707562,0.0502515;REVB=0.130531,0.0988787,-0.0262127;RO=22;SAF=4,2,0;SAR=8,4,8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.408843,-0.439403,-0.799996;STB=0.624095,0.5,0.5;STBP=0.032,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0821249,0.0250324,0;OID=.,.,.;OPOS=53394708,53394709,53394709;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235,0,0:12,6,8:60:30,0,0:51:21:11,0,0:19,0,0:14:7:99:22:4,2,0:8,4,8:16:6 chr14 53529669 . A T 914.37 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.908;QD=58.0552;RBI=0.0166009;REFB=0;REVB=0.00500254;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95241e-06;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:23:37:0:0:25:38:0:0 chr14 53619463 . G A 219.25 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0518548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.75;QD=39.8644;RBI=0.0563921;REFB=-0.108561;REVB=0.0221619;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723358;STB=0.524449;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00922679;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:19:19:0.863636:4:15:1:1:4:15:2:1 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 272.28 PASS AF=0.0769231,0.807692;AO=2,19;DP=26;FAO=2,21;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=2,15;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0373627,-0.0551416;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=88.4783,173.252;QD=41.8892;RBI=0.0491893,0.0551518;REFB=-0.0206322,-0.0787455;REVB=-0.0319941,0.00105905;RO=3;SAF=2,14;SAR=0,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0889538;STB=0.5,0.545413;STBP=1,0.281;TYPE=snp,ins;VARB=0.00675725,0.0173122;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:26:26:3:3:2,19:2,21:0.0769231,0.807692:0,5:2,14:3:0:0,6:2,15:3:0 chr14 53619500 . C G 101.13 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00143691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8868;QD=8.42718;RBI=0.130436;REFB=-0.00324176;REVB=-0.130428;RO=33;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260302;STB=0.685612;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00494737;OID=.;OPOS=53619500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:33:35:13:13:0.270833:3:10:19:14:3:10:19:16 chr14 53619544 . G A 706.03 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0548733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.918;QD=49.5457;RBI=0.0731933;REFB=-0.0955384;REVB=0.0484374;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.532246;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00238348;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:1:4:53:53:0.929825:24:29:1:0:24:29:4:0 chr14 54417522 . A G 499.77 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.868;QD=58.7967;RBI=0.046207;REFB=0;REVB=-0.000333476;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217209;OID=.;OPOS=54417522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr14 54875276 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0617;QD=55.0978;RBI=0.0654003;REFB=0;REVB=-0.0287552;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011324;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 54875514 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.983;QD=53.2769;RBI=0.0691572;REFB=0;REVB=0.0282337;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114573;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr14 55255673 . C T 293.42 PASS AF=0.263804;AO=43;DP=155;FAO=43;FDP=163;FR=.;FRO=120;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.00105212;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.472;QD=7.20055;RBI=0.0253461;REFB=-0.0258496;REVB=-0.0253242;RO=109;SAF=21;SAR=22;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420042;STB=0.50985;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0694328;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:163:109:120:43:43:0.263804:22:21:57:52:22:21:57:63 chr14 55308770 . C A 1605.12 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0773426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6998;QD=56.3198;RBI=0.0773612;REFB=-0.0238698;REVB=-0.00169527;RO=2;SAF=63;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251737;STB=0.502605;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00444838;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:114:2:4:110:110:0.964912:47:63:1:1:47:63:2:2 chr14 55408294 . C T 70.48 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00948622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.532;QD=3.61439;RBI=0.0243624;REFB=-0.00558253;REVB=-0.0224397;RO=63;SAF=8;SAR=7;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028038;STB=0.588907;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0259849;OID=.;OPOS=55408294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:63:65:15:13:0.166667:7:8:35:28:7:6:37:28 chr14 55511364 . T TTTTTC 725.88 PASS AF=0.67033;AO=50;DP=107;FAO=61;FDP=91;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00765619;FXX=0.0421008;HRUN=5;LEN=5;MLLD=223.985;QD=31.9067;RBI=0.0122209;REFB=-0.00332902;REVB=-0.00952546;RO=50;SAF=24;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181101;STB=0.579414;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.00212976;OID=.;OPOS=55511365;OREF=-;OALT=TTTTC;OMAPALT=TTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.67033:50:107:61:91:30:31:30:8:22:99:50:24:26:23:27 chr14 55512273 . C A 223.55 PASS AF=0.8;AO=18;DP=27;FAO=20;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0267944;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4884;QD=35.7686;RBI=0.0718201;REFB=0.0764478;REVB=-0.0666348;RO=5;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138916;STB=0.571363;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0101986;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:27:25:5:5:18:20:0.8:14:4:0:5:15:5:0:5 chr14 55513848 . G C 410.28 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00756671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.797;QD=40.0271;RBI=0.0210301;REFB=-0.0324263;REVB=0.0196217;RO=9;SAF=13;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619045;STB=0.53352;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00586393;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:9:9:32:32:0.780488:19:13:5:4:19:13:5:4 chr14 55604935 . C A 909.82 PASS AF=0.745098;AO=76;DP=102;FAO=76;FDP=102;FR=.;FRO=26;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0242929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.778;QD=35.6792;RBI=0.0311251;REFB=-0.0328933;REVB=0.0194583;RO=26;SAF=51;SAR=25;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12711;STB=0.568227;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00929776;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:26:26:76:76:0.745098:25:51:11:15:25:51:11:15 chr14 55605036 . A C 990.47 PASS AF=1;AO=50;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.18;QD=59.1324;RBI=0.0691869;REFB=0;REVB=-0.00925781;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288872;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:50:67:1:29:21:0:0:33:34:0:0 chr14 55619311 . A G 152.59 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=21;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0482938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.696;QD=27.7431;RBI=0.0566896;REFB=0.0628039;REVB=0.0296888;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00283398;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:6:6:14:16:0.727273:8:6:3:3:8:8:3:3 chr14 55625368 . GC AA 149.01 PASS AF=0.3;AO=18;DP=68;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00344366;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.954;QD=8.51482;RBI=0.0134416;REFB=-0.00386607;REVB=-0.012993;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500638;STB=0.571361;STBP=0.469;TYPE=mnp;VARB=0.0113079;OID=.;OPOS=55625368;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:48:49:18:21:0.3:9:9:26:22:12:9:26:23 chr14 55643908 . A G 156.0 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0408776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2269;QD=7.70366;RBI=0.044722;REFB=-0.0205514;REVB=0.0181406;RO=59;SAF=11;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102533;STB=0.506167;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0427452;OID=.;OPOS=55643908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:22:22:0.271605:11:11:30:29:11:11:30:29 chr14 55655692 . C T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0128326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.695;QD=8.23107;RBI=0.041364;REFB=-0.00600016;REVB=-0.0393231;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270486;STB=0.516745;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0117224;OID=.;OPOS=55655692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:17:8:3:7:17:8 chr14 55817708 . T C 148.61 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0364803;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.339;QD=24.7682;RBI=0.0396499;REFB=-0.0143792;REVB=-0.0155338;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228246;STB=0.628396;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0109005;OID=.;OPOS=55817708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:24:9:9:15:15:0.625:5:10:3:6:5:10:3:6 chr14 55818517 . T A 585.57 PASS AF=0.765625;AO=48;DP=64;FAO=49;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0103164;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.2151;QD=36.5984;RBI=0.0346536;REFB=0.0789406;REVB=0.0330824;RO=16;SAF=24;SAR=24;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580291;STB=0.541384;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0149026;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:16:15:48:49:0.765625:24:24:6:10:24:25:5:10 chr14 55818706 . T C 529.48 PASS AF=0.741935;AO=45;DP=62;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00232459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.843;QD=34.1603;RBI=0.00376102;REFB=-0.00597046;REVB=0.0029566;RO=16;SAF=20;SAR=25;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147772;STB=0.580971;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00205527;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:16:45:46:0.741935:25:20:12:4:26:20:12:4 chr14 55834828 . T A,TAA,TAAA 321.32 PASS AF=0.05,0.025,0.625;AO=5,5,15;DP=45;FAO=2,1,25;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0,15;FSAR=1,1,10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0223398,-0.0806935,-0.0554678;FXX=0.0243843;HRUN=1,3,3;LEN=1,2,3;MLLD=195.147,30.7767,38.6391;QD=32.1323;RBI=0.0225792,0.0808305,0.0555395;REFB=0.000678663,-0.0294419,-0.0199262;REVB=-0.00327887,-0.00470309,-0.00282113;RO=17;SAF=4,4,6;SAR=1,1,9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.217272,0.217272,-0.226093;STB=0.570733,0.990896,0.505613;STBP=0.88,0.272,0.942;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0180926,-0.0526278,0.0451678;OID=.,.,.;OPOS=55834828,55834829,55834829;OREF=T,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,TAA,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:85:45:40:17:12:5,5,15:2,1,25:0.05,0.025,0.625:1,1,9:4,4,6:11:6:1,1,10:1,0,15:7:5 chr14 55835773 . A AAAT 311.92 PASS AF=0.551724;AO=27;DP=66;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0115728;FXX=0.0491723;HRUN=4;LEN=3;MLLD=247.186;QD=21.5117;RBI=0.0120711;REFB=-0.0206863;REVB=0.00343218;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944603;STB=0.560006;STBP=0.333;TYPE=ins;VARB=0.0151879;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:27:66:32:58:26:13:19:14:12:99:36:11:16:18:18 chr14 55836545 . A C 53.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0553277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1602;QD=7.62728;RBI=0.0554753;REFB=-0.0103878;REVB=-0.00404379;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326369;STB=0.721649;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0126841;OID=.;OPOS=55836545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:6:2:10:9:6:2:11:9 chr14 55864130 . A G 714.01 PASS AF=0.710843;AO=59;DP=84;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0392267;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.102;QD=34.4101;RBI=0.0433893;REFB=-0.0022636;REVB=0.0185444;RO=23;SAF=30;SAR=29;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151516;STB=0.586529;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00112822;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:23:24:59:59:0.710843:29:30:5:18:29:30:5:19 chr14 55907172 . C G 94.68 PASS AF=0.128655;AO=22;DP=171;FAO=22;FDP=171;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=107;FSRR=42;FWDB=-0.0371367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2191;QD=2.21474;RBI=0.0372357;REFB=0.00121231;REVB=0.00271356;RO=148;SAF=11;SAR=11;SRF=107;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291936;STB=0.689911;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0144835;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:171:171:148:149:22:22:0.128655:11:11:107:41:11:11:107:42 chr14 56105922 . CAGA C 507.89 PASS AF=0.714286;AO=44;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00734389;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.418;QD=32.2467;RBI=0.0126064;REFB=-0.0223039;REVB=0.0102464;RO=17;SAF=23;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571619;STB=0.525412;STBP=0.538;TYPE=del;VARB=0.00901626;OID=.;OPOS=56105923;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:44:63:45:63:18:24:21:8:10:99:17:23:21:7:10 chr14 56763886 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0109939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.307;QD=6.80682;RBI=0.0258506;REFB=0.000366491;REVB=-0.0233964;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307477;STB=0.726653;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00457924;OID=.;OPOS=56763886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:8:1:7:19:8:1:8:19 chr14 56958247 . C T 810.05 PASS AF=0.9375;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0299965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7943;QD=50.6281;RBI=0.0331245;REFB=-0.0200834;REVB=0.0140514;RO=4;SAF=24;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723857;STB=0.537025;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0146091;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:64:4:4:59:60:0.9375:35:24:4:0:35:25:4:0 chr14 57072338 . C T 229.41 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0248338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.907;QD=7.77666;RBI=0.0328926;REFB=-0.00507117;REVB=-0.0215686;RO=85;SAF=19;SAR=14;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303056;STB=0.51796;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0186431;OID=.;OPOS=57072338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:85:85:33:33:0.279661:14:19:51:34:14:19:51:34 chr14 57099858 . AG A,AA 769.06 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=6,49;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263969,0.00814879;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.6632,97.0084;QD=55.932;RBI=0.0309771,0.0164831;REFB=0,0;REVB=-0.0162107,-0.0143279;RO=0;SAF=3,24;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0141646,0.00209418;OID=.,.;OPOS=57099859,57099859;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0363636,0.963636:6,49:55:2,53:55:0:1,26:1,27:0:0:7:0:3,24:3,25:0:0 chr14 57101682 . A G 927.87 PASS AF=0.711712;AO=79;DP=112;FAO=79;FDP=111;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.055592;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.082;QD=33.4366;RBI=0.0567537;REFB=-0.0163859;REVB=0.0114243;RO=32;SAF=35;SAR=44;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543922;STB=0.529186;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00729384;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:32:32:79:79:0.711712:44:35:11:21:44:35:11:21 chr14 57115622 . C G 84.06 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=47;FAO=11;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0455251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0171;QD=7.47163;RBI=0.0512667;REFB=-0.00175932;REVB=-0.023574;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360211;STB=0.696872;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00513682;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:45:31:33:10:11:0.244444:4:6:9:22:4:7:12:21 chr14 57673740 . G A 242.97 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0100155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6852;QD=8.99871;RBI=0.0242312;REFB=0.0134853;REVB=0.0220645;RO=75;SAF=19;SAR=14;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293513;STB=0.501721;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.043635;OID=.;OPOS=57673740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:14:19:43:32:14:19:43:32 chr14 57866623 . A G 797.99 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139927;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1114;QD=54.1012;RBI=0.0166789;REFB=0.0284784;REVB=-0.00907699;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.502111;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000397553;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:59:1:2:57:57:0.966102:32:25:0:1:32:25:1:1 chr14 57876265 . G A 1837.26 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302828;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3609;QD=61.2419;RBI=0.0336848;REFB=0;REVB=0.0147518;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141782;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:45:75:0:0:45:75:0:0 chr14 57876743 . GA G 34.34 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0185775;FXX=0.0416493;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.30293;QD=5.97284;RBI=0.157703;REFB=-0.0894596;REVB=-0.156605;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213307;STB=0.56511;STBP=0.528;TYPE=del;VARB=0.0674766;OID=.;OPOS=57876744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:12:24:12:23:11:6:6:7:4:34:9:7:5:5:4 chr14 57938124 . C T 710.13 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000672619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9638;QD=54.6256;RBI=0.00228766;REFB=-0.0426362;REVB=0.00218654;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0062758;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:26:24:1:0:26:25:0:1 chr14 57938260 . T C 711.72 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679606;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2028;QD=56.9378;RBI=0.0152168;REFB=0;REVB=0.0136149;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310465;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr14 57945689 . G A 766.06 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.91;QD=63.8379;RBI=0.0465371;REFB=0;REVB=0.0188636;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26169e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr14 57948380 . T C 820.39 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576743;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.542;QD=57.5712;RBI=0.0711211;REFB=0;REVB=0.041616;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285377;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:40:17:0:0 chr14 57957664 . T A 1843.54 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00632711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=352.298;QD=60.4438;RBI=0.00819859;REFB=-0.104651;REVB=0.00521388;RO=0;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-5.4051e-06;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:47:74:0:0:47:74:1:0 chr14 58706609 . C T 1829.42 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00546153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.935;QD=59.4933;RBI=0.0136792;REFB=-0.154799;REVB=0.0125416;RO=2;SAF=57;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016374;STB=0.508619;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000222933;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:64:57:2:0:64:57:2:0 chr14 58766617 . A G 113.18 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0357612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2191;QD=5.52079;RBI=0.0418281;REFB=-0.00145551;REVB=0.0216962;RO=58;SAF=9;SAR=9;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852928;STB=0.536545;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00356588;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:82:58:64:18:18:0.219512:9:9:25:33:9:9:29:35 chr14 58831142 . A G 258.58 PASS AF=0.676471;AO=18;DP=36;FAO=23;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0136014;FXX=0.0555401;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.715;QD=30.4209;RBI=0.0171133;REFB=-0.0172456;REVB=-0.0103859;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371736;STB=0.652041;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0108095;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:34:7:11:18:23:0.676471:5:13:0:7:8:15:2:9 chr14 58838668 . A G 85.42 PASS AF=0.235294;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.011641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.121;QD=6.69969;RBI=0.0231631;REFB=-0.00255748;REVB=-0.0200254;RO=39;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406905;STB=0.708527;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0250428;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:51:39:39:11:12:0.235294:3:8:15:24:4:8:15:24 chr14 58838701 . C T 80.68 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0311523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7383;QD=7.68361;RBI=0.0436836;REFB=-0.00631055;REVB=-0.0306233;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324797;STB=0.699657;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0187731;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:4:7:11:20:4:7:11:20 chr14 58839339 . A C 688.31 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.702;QD=62.5738;RBI=0.0282966;REFB=0;REVB=0.0149172;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70812e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr14 58917454 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.585;QD=59.6788;RBI=0.0507219;REFB=0;REVB=0.0114527;RO=0;SAF=15;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249377;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:55:15:0:0:55:15:0:0 chr14 58937416 . T C 769.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2957;QD=56.9933;RBI=0.0153566;REFB=0;REVB=0.0135462;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235013;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr14 58953746 . C G 737.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6511;QD=62.7628;RBI=0.0284756;REFB=0;REVB=0.0129003;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371013;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:23:24:0:0 chr14 58958923 . A G 499.47 PASS AF=0.733333;AO=43;DP=59;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00659162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.73;QD=33.2978;RBI=0.0772371;REFB=0.00708307;REVB=0.0769553;RO=16;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920557;STB=0.551727;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00310406;OID=.;OPOS=58958923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:16:16:43:44:0.733333:24:19:10:6:25:19:10:6 chr14 59010649 . T C 75.84 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.019837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.205;QD=4.46142;RBI=0.0203221;REFB=-0.0013989;REVB=-0.00441359;RO=55;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013986;STB=0.509077;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00822841;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:7:6:26:29:7:6:26:29 chr14 59112475 . C T 456.04 PASS AF=0.666667;AO=41;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0133616;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8409;QD=28.9551;RBI=0.0189231;REFB=-0.0283061;REVB=0.0133996;RO=21;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084105;STB=0.549273;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00822063;OID=.;OPOS=59112475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:41:42:0.666667:17:24:15:6:18:24:15:6 chr14 59113430 . G A 593.36 PASS AF=0.708333;AO=51;DP=72;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00199388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.625;QD=32.9643;RBI=0.0284743;REFB=-0.0357542;REVB=0.0284044;RO=21;SAF=21;SAR=30;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616959;STB=0.53332;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00644271;OID=.;OPOS=59113430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:21:21:51:51:0.708333:30:21:11:10:30:21:11:10 chr14 59114770 . C G 921.31 PASS AF=0.735849;AO=78;DP=106;FAO=78;FDP=106;FR=.;FRO=28;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000973619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.868;QD=34.7663;RBI=0.00275715;REFB=-0.0262915;REVB=-0.00257953;RO=28;SAF=43;SAR=35;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774526;STB=0.504151;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0096997;OID=.;OPOS=59114770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:28:28:78:78:0.735849:35:43:15:13:35:43:15:13 chr14 59789727 . G A 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0819859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5298;QD=57.8762;RBI=0.0954874;REFB=0;REVB=-0.0489504;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126398;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr14 59797235 . A G 828.59 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.296;QD=54.3336;RBI=0.0337765;REFB=-0.177375;REVB=0.00729345;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00106634;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:0:1:59:60:0.983607:23:36:0:0:24:36:0:1 chr14 59814321 . C G 205.36 PASS AF=0.730769;AO=14;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00990863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6617;QD=31.5939;RBI=0.0835829;REFB=-0.104166;REVB=-0.0829935;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214765;STB=0.564449;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0325318;OID=.;OPOS=59814321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:26:7:7:14:19:0.730769:9:5:5:2:10:9:5:2 chr14 59835972 . A C 428.37 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0292802;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=224.792;QD=51.9231;RBI=0.0311999;REFB=-0.121668;REVB=0.0107751;RO=2;SAF=4;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863446;STB=0.546527;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000685646;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:33:2:2:31:31:0.939394:27:4:1:1:27:4:1:1 chr14 60004844 . C T 484.75 PASS AF=0.944444;AO=35;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00433714;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4686;QD=53.8615;RBI=0.0120371;REFB=-0.0190936;REVB=-0.0112286;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00986518;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:1:2:35:34:0.944444:18:17:0:1:18:16:1:1 chr14 60011904 . CAAAAAAGC CAAAAAGC,CAAAAAGCT,CAAAAATGC 103.35 PASS AF=0.413333,0.0133333,0;AO=28,3,3;DP=78;FAO=31,1,0;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16,0,0;FSAR=15,1,0;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0123387,0.0488217,-0.0522708;FXX=0.0384566;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,1;MLLD=9.99478,14.6868,150.156;QD=5.51173;RBI=0.0133081,0.0621759,0.0533339;REFB=-0.129373,-0.0935338,-0.00321098;REVB=-0.00498613,-0.0385004,-0.0105956;RO=33;SAF=11,0,3;SAR=17,3,0;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0.466667,0,0;SSSB=0.0608692,-0.471293,0.614168;STB=0.583281,0.98757,0.5;STBP=0.23,0.497,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.127511,-0.0155403,0;OID=.,.,.;OPOS=60011905,60011910,60011910;OREF=A,AGC,A;OALT=-,GCT,T;OMAPALT=CAAAAAGC,CAAAAAGCT,CAAAAATGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413333,0.0133333,0:28,3,3:78:31,1,0:75:43:16,0,0:15,1,0:16:27:93:33:11,0,3:17,3,0:11:22 chr14 60031996 . G A 1510.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.259;QD=63.6115;RBI=0.0160851;REFB=0;REVB=0.0106443;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24884e-05;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr14 60043422 . A G 1524.51 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.506;QD=59.7846;RBI=0.0365006;REFB=0;REVB=-0.0117113;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43273e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:47:55:0:0 chr14 60063472 . A G 1917.54 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9188;QD=60.8743;RBI=0.0256049;REFB=-0.0331302;REVB=-0.00867007;RO=1;SAF=60;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785333;STB=0.504132;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=5.86082e-05;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:65:60:1:0:65:60:1:0 chr14 60574448 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000383972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.19;QD=60.3767;RBI=0.00806837;REFB=0;REVB=0.00805923;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09528e-06;OID=.;OPOS=60574448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr14 60574539 . A G 911.7 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0025884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.132;QD=55.2543;RBI=0.0310248;REFB=-0.0815353;REVB=-0.0309167;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.500474;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00065314;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:33:31:1:0:33:31:1:1 chr14 60575801 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.313;QD=62.1608;RBI=0.0338165;REFB=0;REVB=0.016755;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40197e-05;OID=.;OPOS=60575801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr14 60575831 . G T 1262.53 PASS AF=0.944444;AO=86;DP=90;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0173454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9254;QD=56.1126;RBI=0.0354605;REFB=-0.036646;REVB=-0.0309288;RO=4;SAF=41;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195978;STB=0.504581;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0144117;OID=.;OPOS=60575831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:90:4:5:86:85:0.944444:45:41:2:2:44:41:2:3 chr14 60581863 . G A 980.45 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00766179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.731;QD=53.7231;RBI=0.00915824;REFB=-0.0129589;REVB=0.005017;RO=2;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337299;STB=0.52044;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000464355;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:2:4:69:69:0.945205:27:42:0:2:27:42:1:3 chr14 60581935 . C T 1328.93 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.886;QD=61.8109;RBI=0.0232359;REFB=0;REVB=0.00968608;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448375;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:33:50:0:0:34:52:0:0 chr14 60585131 . A G 1119.32 PASS AF=0.987952;AO=43;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446544;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=86.6301;QD=53.943;RBI=0.116111;REFB=-0.151109;REVB=0.107181;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.506171;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00742161;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:83:1:1:43:82:0.987952:21:22:1:0:40:42:0:1 chr14 60591829 . T C 1349.9 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00595935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.439;QD=59.9957;RBI=0.00978245;REFB=-0.047312;REVB=-0.00775774;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977072;STB=0.501018;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00254223;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:40:48:1:0:40:48:1:1 chr14 60591887 . G A 1053.04 PASS AF=0.96;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0262055;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.818;QD=56.1623;RBI=0.0371858;REFB=-0.0658304;REVB=0.0263828;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648567;STB=0.503432;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000263766;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:77:75:3:3:72:72:0.96:30:42:2:1:30:42:2:1 chr14 60601308 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=51;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.712;QD=52.5382;RBI=0.0247578;REFB=-0.000595424;REVB=-0.0071635;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.52173;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=3.9612e-05;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:51:50:0.961538:28:23:1:0:28:22:2:0 chr14 60611585 . T C 771.38 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221219;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.453;QD=64.2819;RBI=0.0421927;REFB=0;REVB=0.0359283;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824907;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr14 60611648 . C T 1162.26 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.382;QD=59.6031;RBI=0.0520341;REFB=0;REVB=0.0502942;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4476e-05;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:78:0:0:66:78:1:23:43:0:0:33:45:0:0 chr14 60611675 . G A 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.837;QD=62.1591;RBI=0.0340603;REFB=0;REVB=-0.027863;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86165e-05;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr14 60615914 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7813;QD=37.4865;RBI=0.0769276;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00501266;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr14 60616042 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.858;QD=56.9986;RBI=0.0160823;REFB=0;REVB=-0.00360718;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120352;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr14 60923783 . C T 1040.98 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3652;QD=59.4847;RBI=0.0460191;REFB=0;REVB=0.00191376;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225383;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr14 60976537 . C A 2606.59 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450289;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.516;QD=62.0616;RBI=0.0588457;REFB=0;REVB=0.0378843;RO=0;SAF=94;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81366e-05;OID=.;OPOS=60976537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:165:168:1:71:94:0:0:71:97:0:0 chr14 61013237 . G T 309.89 PASS AF=0.607843;AO=26;DP=46;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00969818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.04;QD=24.3049;RBI=0.0105023;REFB=-0.0326901;REVB=0.00403022;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300658;STB=0.642324;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0184825;OID=.;OPOS=61013237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:20:20:26:31:0.607843:14:12:17:3:16:15:17:3 chr14 61124940 . A G 118.91 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0086153;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.821;QD=7.79715;RBI=0.00925996;REFB=-0.0010519;REVB=-0.0033946;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204953;STB=0.624846;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0022766;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:44:44:17:17:0.278689:12:5:20:24:12:5:20:24 chr14 61176485 . T C 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0032123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.455;QD=6.20596;RBI=0.0118603;REFB=-0.0139506;REVB=0.011417;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106226;STB=0.568031;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0169611;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:16:14:5:4:16:14 chr14 61180657 . T G 192.33 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=0.0140807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.578;QD=7.25785;RBI=0.0204;REFB=-0.00916875;REVB=-0.0147613;RO=78;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131282;STB=0.57805;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0203249;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:17:11:23:55:17:11:23:55 chr14 61184730 . AAAAT AA,A 100.49 PASS AF=0.538462,0;AO=10,3;DP=27;FAO=14,0;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0667697,-0.0565426;FXX=0.0370233;HRUN=5,5;LEN=3,4;MLLD=161.238,158.092;QD=15.4603;RBI=0.0735826,0.0641156;REFB=-0.0707591,-0.0741204;REVB=0.0309227,0.0302283;RO=3;SAF=3,0;SAR=7,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160541,-0.664835;STB=0.713979,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=del,del;VARB=0.0384467,0.0625367;OID=.,.;OPOS=61184732,61184731;OREF=AAT,AAAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0:10,3:27:14,0:26:12:4,0:10,0:9:3:77:3:3,0:7,3:1:2 chr14 61445967 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.509;QD=57.5434;RBI=0.0468322;REFB=0;REVB=0.0404234;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233187;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr14 61449328 . T A 1885.32 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=131;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0171877;FXX=0.015266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.433;QD=58.4594;RBI=0.0175299;REFB=-0.0670677;REVB=0.00344703;RO=1;SAF=45;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590274;STB=0.504697;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000575177;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:129:1:4:125:125:0.968992:80:45:0:1:80:45:2:2 chr14 61453742 . CT TC,TT 48.17 PASS AF=0.228571,0;AO=6,3;DP=35;FAO=8,0;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0300978,-0.0214012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.2919,206.927;QD=5.50518;RBI=0.104311,0.0348882;REFB=-0.0383219,-0.00303468;REVB=0.0998744,-0.0275531;RO=24;SAF=3,1;SAR=3,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0987067,-0.262052;STB=0.637955,0.5;STBP=0.447,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0174155,0;OID=.,.;OPOS=61453742,61453742;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:35:35:24:27:6,3:8,0:0.228571,0:3,2:3,1:14:10:5,0:3,0:15:12 chr14 61509924 . T C 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.576;QD=59.4465;RBI=0.0222393;REFB=0.0447769;REVB=0.0058741;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817205;STB=0.504346;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000227928;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:29:19:1:1:29:19:1:1 chr14 61512802 . T C 594.76 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0026919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2715;QD=39.0005;RBI=0.011783;REFB=-0.0167831;REVB=-0.0114714;RO=12;SAF=25;SAR=24;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648063;STB=0.534745;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00261057;OID=.;OPOS=61512802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:12:12:49:49:0.803279:24:25:4:8:24:25:4:8 chr14 61517256 . G A 917.52 PASS AF=0.692308;AO=75;DP=111;FAO=81;FDP=117;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0526009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7681;QD=31.3683;RBI=0.057152;REFB=-0.0321729;REVB=-0.0223495;RO=35;SAF=34;SAR=41;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153209;STB=0.576541;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0145272;OID=.;OPOS=61517256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:35:36:75:81:0.692308:41:34:25:10:45:36:25:11 chr14 61997226 . C T 1668.65 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.712;QD=60.1314;RBI=0.0157368;REFB=0;REVB=-0.00224339;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026587;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:58:52:0:0:58:53:0:0 chr14 62207557 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00327526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.169;QD=18.8194;RBI=0.0666337;REFB=-0.0329661;REVB=-0.0665532;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371805;STB=0.713914;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00525758;OID=.;OPOS=62207557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:3:7:3:9:3:7 chr14 62213848 . T C 139.42 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0304296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.51;QD=9.14252;RBI=0.0332748;REFB=-0.0103469;REVB=-0.0134629;RO=41;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076233;STB=0.539572;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0285935;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:42:19:19:0.311475:14:5:13:28:14:5:13:29 chr14 62262148 . G C 187.25 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0383631;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3347;QD=26.7493;RBI=0.0420697;REFB=-0.0518643;REVB=-0.0172666;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114781;STB=0.564029;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0269792;OID=.;OPOS=62262148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:10:10:18:18:0.642857:12:6:5:5:12:6:5:5 chr14 62462766 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.485;QD=61.684;RBI=0.0393364;REFB=0;REVB=-0.0360282;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10324e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr14 62463129 . G T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.208;QD=62.6701;RBI=0.029095;REFB=0;REVB=-0.0200979;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31763e-06;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr14 62463214 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.768;QD=55.6558;RBI=0.0114515;REFB=0;REVB=-0.00881742;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04578e-05;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr14 63174616 . T C 1441.01 PASS AF=0.970874;AO=86;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00940898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.398;QD=55.9616;RBI=0.0290205;REFB=-0.0985532;REVB=-0.0274529;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506051;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0027181;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:0:3:86:100:0.970874:43:43:0:0:54:46:2:1 chr14 63784407 . A AG,G 1036.32 PASS AF=0.72,0.28;AO=47,22;DP=77;FAO=54,21;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44,4;FSAR=10,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434227,-0.00155282;FXX=0.0259707;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.8198,23.3582;QD=55.2702;RBI=0.0701036,0.12127;REFB=0,0;REVB=-0.0550362,-0.12126;RO=8;SAF=41,4;SAR=6,18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241889,-0.141078;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0156546,0.00300312;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:77:75:8:0:47,22:54,21:0.72,0.28:6,18:41,4:3:5:10,17:44,4:0:0 chr14 64423187 . C A 669.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.033;QD=62.2816;RBI=0.0100577;REFB=0;REVB=-0.00189319;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43232e-05;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:26:17:0:0 chr14 64491695 . T C 806.72 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139601;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.59;QD=57.6227;RBI=0.0640059;REFB=0;REVB=0.0624649;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27844e-05;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr14 64494278 . C T 1312.64 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.998;QD=61.7714;RBI=0.00700713;REFB=0;REVB=-0.00528915;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99699e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:29:55:0:0:30:55:0:0 chr14 64496749 . C T 797.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.926;QD=56.987;RBI=0.0694415;REFB=0;REVB=0.00736157;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133515;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr14 64497930 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.973;QD=52.6124;RBI=0.0276091;REFB=0;REVB=0.0271378;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64827e-05;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr14 64498037 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.488;QD=51.1846;RBI=0.0480211;REFB=0;REVB=0.0400953;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80657e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr14 64519035 . A G 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6313;QD=46.8402;RBI=0.104578;REFB=0;REVB=0.031964;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334642;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr14 64519455 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.328;QD=39.2062;RBI=0.184122;REFB=0;REVB=0.181044;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243472;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr14 64522674 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0815;QD=59.0176;RBI=0.0139605;REFB=0;REVB=0.0139138;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020382;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr14 64522843 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1795;QD=58.5973;RBI=0.0705014;REFB=0;REVB=0.0599699;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688139;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr14 64540823 . A G 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0114322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.882;QD=4.36702;RBI=0.0120315;REFB=-0.00469419;REVB=0.00374985;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184582;STB=0.512173;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0209121;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:5:6:26:23:5:6:26:23 chr14 64551688 . C T 1415.17 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.11;QD=62.8965;RBI=0.034256;REFB=0;REVB=0.0125648;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119447;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr14 64565582 . T C 50.42 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00941069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.359;QD=4.91949;RBI=0.0111456;REFB=-0.0121961;REVB=-0.00597194;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244182;STB=0.65818;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0435784;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:4:4:10:23:4:4:10:23 chr14 64612845 . C T 33.41 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00209173;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.353;QD=3.03737;RBI=0.0203568;REFB=0.000886064;REVB=0.0202491;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352273;STB=0.757966;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00551376;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:44:37:38:6:6:0.136364:1:5:21:16:1:5:22:16 chr14 64637147 . C A 64.98 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0244276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4515;QD=4.90436;RBI=0.0394351;REFB=-0.000664246;REVB=0.0309583;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428885;STB=0.528246;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00320951;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:20:23:5:5:20:23 chr14 64640665 . C G 464.98 PASS AF=0.228659;AO=74;DP=329;FAO=75;FDP=328;FR=.;FRO=253;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=139;FSRR=114;FWDB=-0.100459;FXX=0.00606042;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6155;QD=5.67044;RBI=0.10355;REFB=-0.00368044;REVB=-0.0251117;RO=221;SAF=40;SAR=34;SRF=117;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140559;STB=0.512471;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00910572;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:328:221:253:74:75:0.228659:34:40:117:104:35:40:139:114 chr14 64657684 . C A 109.85 PASS AF=0.176991;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=-0.0128272;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.592;QD=3.88841;RBI=0.0168799;REFB=-0.00107544;REVB=-0.0109723;RO=87;SAF=10;SAR=10;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199358;STB=0.610514;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0052861;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:87:93:20:20:0.176991:10:10:57:30:10:10:59:34 chr14 64686125 . G T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00463339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.217;QD=7.27143;RBI=0.0141816;REFB=-0.0259354;REVB=-0.0134034;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840726;STB=0.55307;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0607379;OID=.;OPOS=64686125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:15:10:3:6:15:10 chr14 64804961 . G C 42.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0616995;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.2539;QD=6.8042;RBI=0.0708586;REFB=-0.0437072;REVB=0.0348441;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528175;STB=0.799041;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0928451;OID=.;OPOS=64804961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:25:25:11:18:7:7:0.28:1:6:4:7:1:6:9:9 chr14 64882380 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0420775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.774;QD=4.30364;RBI=0.0420781;REFB=-0.00908049;REVB=0.000232228;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242818;STB=0.666112;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0412852;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:14:12:4:2:14:12 chr14 64908845 . G A 141.94 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0108415;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.227;QD=6.23916;RBI=0.0182049;REFB=-0.00664833;REVB=-0.0146247;RO=70;SAF=8;SAR=13;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251517;STB=0.654532;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0196108;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:70:70:21:21:0.230769:13:8:41:29:13:8:41:29 chr14 64935720 . C T 120.33 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423475;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.711;QD=43.7578;RBI=0.00429773;REFB=0;REVB=-0.00073305;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108515;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr14 64988279 . A G 309.8 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0160887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.514;QD=28.8182;RBI=0.0164252;REFB=-0.0240625;REVB=0.00330783;RO=15;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938296;STB=0.566616;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0166495;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:9:18:8:7:9:18:8:8 chr14 64988924 . T C 683.76 PASS AF=0.785714;AO=56;DP=71;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0176124;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.39;QD=39.0723;RBI=0.0257391;REFB=-0.000872085;REVB=0.0187698;RO=15;SAF=35;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653442;STB=0.533826;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00091049;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:71:70:15:15:56:55:0.785714:21:35:7:8:21:34:7:8 chr14 65008251 . C T 607.39 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.839;QD=60.7389;RBI=0.0278188;REFB=0;REVB=0.0154651;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194285;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr14 65016702 . T G 238.25 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.796;QD=50.1582;RBI=0.00980592;REFB=0;REVB=0.00551179;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26952e-05;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr14 65197791 . C A 399.19 PASS AF=0.685185;AO=35;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.016066;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.603;QD=29.5696;RBI=0.0161494;REFB=-0.0234318;REVB=0.00163977;RO=16;SAF=16;SAR=19;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479184;STB=0.542146;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0165018;OID=.;OPOS=65197791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:17:35:37:0.685185:19:16:6:10:19:18:6:11 chr14 65216120 . C T 681.49 PASS AF=0.797101;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0409857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.503;QD=39.5064;RBI=0.0690035;REFB=-0.0836946;REVB=0.0555127;RO=13;SAF=31;SAR=24;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188334;STB=0.516401;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0128477;OID=.;OPOS=65216120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:13:14:55:55:0.797101:24:31:8:5:24:31:9:5 chr14 65246623 . T C 58.39 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=-0.163783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5446;QD=4.96976;RBI=0.183888;REFB=-0.00251966;REVB=-0.0836052;RO=31;SAF=7;SAR=2;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117135;STB=0.619933;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00346443;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:31:38:9:9:0.191489:2:7:26:5:2:7:33:5 chr14 65253232 . T C 100.06 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0389892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9542;QD=5.55871;RBI=0.0423141;REFB=-0.0742631;REVB=-0.0164415;RO=55;SAF=7;SAR=9;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199199;STB=0.629537;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0845559;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:56:16:16:0.222222:9:7:33:22:9:7:34:22 chr14 65260227 . T G 689.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.82334e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.774;QD=62.6533;RBI=0.00790161;REFB=0;REVB=0.0079014;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28168e-05;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr14 65263300 . C T 874.94 PASS AF=0.71875;AO=67;DP=94;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0116056;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.15;QD=36.4557;RBI=0.0165552;REFB=-0.0293488;REVB=0.0118061;RO=27;SAF=37;SAR=30;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179095;STB=0.501373;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.016644;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:27:27:67:69:0.71875:30:37:15:12:31:38:15:12 chr14 65263347 . C T 903.78 PASS AF=0.696429;AO=78;DP=112;FAO=78;FDP=112;FR=.;FRO=34;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0201232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.299;QD=32.278;RBI=0.0226561;REFB=-0.0230422;REVB=0.0104093;RO=33;SAF=42;SAR=36;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389189;STB=0.506222;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0114772;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:33:34:78:78:0.696429:36:42:18:15:36:42:19:15 chr14 65412748 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.848;QD=57.0007;RBI=0.0187038;REFB=0;REVB=0.00256726;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60255e-05;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:24:30:0:0 chr14 65417070 . C A 111.64 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0359199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6418;QD=5.5132;RBI=0.04989;REFB=-0.0209913;REVB=0.0346233;RO=62;SAF=7;SAR=11;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216495;STB=0.639901;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0554014;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:62:63:18:18:0.222222:11:7:35:27:11:7:36:27 chr14 65419293 . A G 51.14 PASS AF=0.2;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0465085;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0045;QD=5.11425;RBI=0.0516727;REFB=-0.00875568;REVB=0.0225174;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298624;STB=0.68869;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0405474;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:41:40:33:32:8:8:0.2:6:2:16:17:6:2:15:17 chr14 65494255 . A G 455.24 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.00239549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.757;QD=28.4523;RBI=0.00491552;REFB=0.00616918;REVB=0.00429231;RO=21;SAF=7;SAR=35;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840475;STB=0.549978;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00355997;OID=.;OPOS=65494255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:22:42:42:0.65625:35:7:2:19:35:7:2:20 chr14 65511429 . G A 99.55 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0198975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.394;QD=5.45506;RBI=0.031807;REFB=-0.00876522;REVB=0.0248148;RO=56;SAF=4;SAR=12;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30588;STB=0.700467;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0438117;OID=.;OPOS=65511429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:56:57:16:16:0.219178:12:4:27:29:12:4:28:29 chr14 65520040 . CG C 66.24 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=24;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0604286;FXX=0.124948;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.79308;QD=12.6165;RBI=0.278976;REFB=-0.0437635;REVB=0.272352;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.574359;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.0616865;OID=.;OPOS=65520041;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:24:14:21:7:5:9:4:3:25:8:4:7:4:4 chr14 65544367 . C A 85.2 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00602721;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.421;QD=17.9372;RBI=0.0125506;REFB=-0.031425;REVB=0.0110087;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283851;STB=0.648318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.014132;OID=.;OPOS=65544367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:19:19:8:9:10:10:0.526316:2:8:4:4:2:8:5:4 chr14 65878807 . C T 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00861893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.221;QD=5.48001;RBI=0.0178422;REFB=-0.0144424;REVB=-0.0156224;RO=47;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717298;STB=0.545386;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0503239;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:6:7:28:19:6:7:28:19 chr14 66028446 . A AG,G 1364.74 PASS AF=0.0108696,0.978261;AO=13,71;DP=90;FAO=1,90;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=0,63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117929,0.194097;FXX=0.0107515;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=196.812,210.665;QD=59.3363;RBI=0.118156,0.194317;REFB=-0.095408,-0.0739804;REVB=0.00732293,0.00924177;RO=4;SAF=13,10;SAR=0,61;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.828998,-0.0704909;STB=0.989913,0.503936;STBP=0.496,0.596;TYPE=ins,snp;VARB=0.124107,0.000927952;OID=.,.;OPOS=66028447,66028446;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:90:92:4:1:13,71:1,90:0.0108696,0.978261:0,61:13,10:2:2:0,63:1,27:0:1 chr14 67850103 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0228752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.043;QD=16.0341;RBI=0.0258078;REFB=-0.0183;REVB=-0.0119485;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157788;STB=0.590816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0243295;OID=.;OPOS=67850103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:14:14:7:13:14:14 chr14 67938818 . G A 305.79 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0263023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.176;QD=47.0445;RBI=0.0266696;REFB=-0.00396086;REVB=0.00441076;RO=1;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.583258;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000608857;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:1:2:24:24:0.923077:6:18:0:1:5:19:0:2 chr14 67939483 . T C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0266542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1004;QD=52.7682;RBI=0.0267023;REFB=0.024886;REVB=-0.00160303;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00193396;OID=.;OPOS=67939483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:1:0 chr14 68035879 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.555;QD=57.7109;RBI=0.0235712;REFB=0;REVB=-0.0234042;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84673e-05;OID=.;OPOS=68035879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr14 68042255 . A G 692.92 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065242;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4154;QD=62.9923;RBI=0.0663333;REFB=0;REVB=0.0119826;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000740446;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr14 68045935 . G A 862.86 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0922029;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.887;QD=54.7848;RBI=0.0932053;REFB=-0.0597862;REVB=0.0136333;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00100705;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:0:2:61:61:0.968254:33:28:0:0:33:28:2:0 chr14 68053802 . T C 464.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3613;QD=58.0858;RBI=0.0513362;REFB=0;REVB=-0.0391327;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00089596;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr14 68053977 . A C 1569.81 PASS AF=0.964286;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0591148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4945;QD=56.0648;RBI=0.059717;REFB=0.0432659;REVB=-0.00845933;RO=0;SAF=36;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513511;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0131977;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:111:112:0:4:108:108:0.964286:72:36:0:0:72:36:0:4 chr14 68055613 . C A,G 729.33 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=3,44;DP=47;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193693,0.0427708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.742,115.132;QD=62.0706;RBI=0.0217903,0.0432378;REFB=0,0;REVB=0.00998222,0.0063378;RO=0;SAF=3,28;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0349154,-0.000438366;OID=.,.;OPOS=68055613,68055613;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:47:47:0:0:3,44:3,44:0.0638298,0.93617:0,16:3,28:0:0:0,16:3,28:0:0 chr14 68213744 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.457;QD=59.4342;RBI=0.0371375;REFB=0;REVB=-0.00103291;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141098;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr14 68214788 . T A,C 425.17 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=4,26;DP=30;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324794,0.00513018;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.629,144.841;QD=54.8612;RBI=0.00805934,0.0288413;REFB=0,0;REVB=0.00737589,0.0283814;RO=0;SAF=2,14;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0487833,0.00100024;OID=.,.;OPOS=68214788,68214788;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:30:31:0:0:4,26:3,28:0.0967742,0.903226:2,12:2,14:0:0:1,14:2,14:0:0 chr14 68218165 . G A 207.34 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.021579;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.149;QD=39.4927;RBI=0.0276405;REFB=-0.000939936;REVB=-0.0172726;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434848;STB=0.523783;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00076071;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:22:21:3:3:18:18:0.857143:9:9:1:2:9:9:1:2 chr14 68234539 . T C 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.271;QD=57.1035;RBI=0.0497524;REFB=0;REVB=0.0293052;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85549e-05;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr14 68264867 . A G 175.03 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.869;QD=46.6741;RBI=0.0949972;REFB=0;REVB=0.0186404;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154339;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:8:3:0:0:10:5:0:0 chr14 68616597 . G A 105.71 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0731283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9365;QD=21.1427;RBI=0.0930815;REFB=-0.00463454;REVB=-0.0575883;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793731;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00369332;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:5:7:4:3:5:7:5:3 chr14 68703076 . C T 197.67 PASS AF=0.273585;AO=28;DP=104;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.00194732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.127;QD=7.45921;RBI=0.00217226;REFB=-0.00276936;REVB=0.000962632;RO=76;SAF=16;SAR=12;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110366;STB=0.572715;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00812385;OID=.;OPOS=68703076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:76:77:28:29:0.273585:12:16:50:26:13:16:50:27 chr14 68935789 . T C 1377.03 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5242;QD=62.5925;RBI=0.00958226;REFB=0;REVB=-0.00907484;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5159e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr14 69012355 . C G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.399;QD=57.7109;RBI=0.0370886;REFB=0;REVB=0.00953661;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.482e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr14 69117512 . T C 107.13 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0363135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1267;QD=6.91165;RBI=0.0364552;REFB=-0.00221382;REVB=-0.00321116;RO=45;SAF=13;SAR=3;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231415;STB=0.63915;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0215632;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:46:16:16:0.258065:3:13:30:15:3:13:31:15 chr14 69262441 . A G 820.14 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2056;QD=55.6026;RBI=0.0286065;REFB=-0.01321;REVB=-0.0262052;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-3.79443e-05;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:0:1:35:23:0:1 chr14 69263074 . G A 192.65 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0306479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0584;QD=40.5586;RBI=0.0333158;REFB=-0.029185;REVB=-0.0130631;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465783;STB=0.525517;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0494181;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:12:5:1:1:12:5:1:1 chr14 69347632 . C T 93.42 PASS AF=0.213333;AO=14;DP=73;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0125339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.596;QD=4.98214;RBI=0.0136129;REFB=-0.00431578;REVB=0.00531144;RO=58;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215145;STB=0.54266;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0155352;OID=.;OPOS=69347632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:73:75:58:59:14:16:0.213333:7:7:28:30:9:7:29:30 chr14 69676257 . C CG 33.37 PASS AF=0.183333;AO=12;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0196722;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.2842;QD=2.2249;RBI=0.0196735;REFB=-0.00569535;REVB=-0.00022774;RO=47;SAF=11;SAR=1;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639754;STB=0.908348;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.138296;OID=.;OPOS=69676258;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183333:12:60:11:60:49:10:1:20:29:33:47:11:1:19:28 chr14 69695792 . G A 332.31 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0408483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3446;QD=34.0836;RBI=0.0758322;REFB=-0.0257261;REVB=0.06389;RO=11;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244569;STB=0.633002;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0109357;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:12:16:1:10:12:16:1:10 chr14 69703158 . A G 1472.12 PASS AF=0.728916;AO=121;DP=166;FAO=121;FDP=166;FR=.;FRO=45;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00846833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.686;QD=35.4727;RBI=0.00883725;REFB=0.0149275;REVB=-0.00252672;RO=45;SAF=64;SAR=57;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224309;STB=0.501199;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0070579;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:45:45:121:121:0.728916:57:64:24:21:57:64:24:21 chr14 69704553 . G T 1303.84 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149975;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.921;QD=59.9468;RBI=0.0474736;REFB=-0.119475;REVB=0.0450424;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997334;STB=0.50123;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000897413;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:87:1:2:85:85:0.977011:47:38:0:1:47:38:1:1 chr14 69795199 . G A 194.05 PASS AF=0.27957;AO=26;DP=92;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0236514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.602;QD=8.34641;RBI=0.026025;REFB=-0.0139447;REVB=-0.0108587;RO=65;SAF=7;SAR=19;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267539;STB=0.662067;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0272935;OID=.;OPOS=69795199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:65:67:26:26:0.27957:19:7:31:34:19:7:32:35 chr14 69799892 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0236534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.969;QD=8.8111;RBI=0.0320941;REFB=-0.00780391;REVB=0.021692;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303669;STB=0.675005;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0128485;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:4:6:5:1:4:7 chr14 70037611 . A T 831.44 PASS AF=0.705263;AO=67;DP=95;FAO=67;FDP=95;FR=.;FRO=28;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00011987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.999;QD=35.008;RBI=0.00925833;REFB=0.00802644;REVB=0.00925755;RO=28;SAF=49;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210142;STB=0.61356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00292014;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:28:28:67:67:0.705263:18:49:11:17:18:49:11:17 chr14 70038786 . A G 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0816272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9899;QD=56.6862;RBI=0.0823641;REFB=0;REVB=-0.0109928;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142228;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 70180778 . C G 573.55 PASS AF=0.694444;AO=48;DP=71;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0220382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9118;QD=31.864;RBI=0.0227642;REFB=-0.0242123;REVB=0.00570358;RO=22;SAF=19;SAR=29;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476653;STB=0.532245;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0121074;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:22:22:48:50:0.694444:29:19:7:15:29:21:7:15 chr14 70263648 . C T 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0246794;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.112;QD=6.24884;RBI=0.0271908;REFB=-0.00456356;REVB=-0.0114134;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413297;STB=0.76002;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.01812;OID=.;OPOS=70263648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:60:59:44:45:14:14:0.237288:10:4:28:16:10:4:29:16 chr14 70634087 . A G 1627.85 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216861;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.104;QD=59.1944;RBI=0.0814333;REFB=-0.105978;REVB=-0.0784927;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00030219;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:0:1:109:109:0.990909:58:51:0:0:58:51:1:0 chr14 70634801 . T C 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0194937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.687;QD=10.1401;RBI=0.0313781;REFB=0.00481073;REVB=-0.0245882;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336519;STB=0.701429;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0105869;OID=.;OPOS=70634801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:9:16:4:8:9:16 chr14 70712880 . A C 246.56 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.835;QD=46.9628;RBI=0.0394474;REFB=-0.0640678;REVB=0.0284316;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00119559;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr14 70713156 . G A 1100.65 PASS AF=0.833333;AO=79;DP=96;FAO=80;FDP=96;FR=.;FRO=16;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00345589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.742;QD=45.8606;RBI=0.00737556;REFB=-0.030457;REVB=-0.00651581;RO=14;SAF=45;SAR=34;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404557;STB=0.533747;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00619354;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:14:16:79:80:0.833333:34:45:6:8:34:46:6:10 chr14 70713858 . T C 199.44 PASS AF=0.27;AO=22;DP=95;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.00970646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.935;QD=7.97763;RBI=0.0223474;REFB=-0.00916061;REVB=0.0201294;RO=73;SAF=3;SAR=19;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426528;STB=0.592703;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.032391;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:73:73:22:27:0.27:19:3:30:43:19:8:30:43 chr14 70827773 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4674;QD=62.314;RBI=0.0624149;REFB=0;REVB=-0.0511687;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01367e-05;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:35:50:0:0:35:51:0:0 chr14 70839389 . A C 250.22 PASS AF=0.605263;AO=18;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0110344;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.265;QD=26.3387;RBI=0.0243185;REFB=-0.0144691;REVB=-0.021671;RO=12;SAF=17;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857132;STB=0.502956;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00941401;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:15:18:23:0.605263:1:17:11:1:6:17:11:4 chr14 70924249 . A G 469.96 PASS AF=0.616438;AO=41;DP=71;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0139378;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.904;QD=25.7514;RBI=0.0153882;REFB=-0.0205065;REVB=0.0065219;RO=28;SAF=29;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253814;STB=0.504598;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0132962;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:28:28:41:45:0.616438:12:29:19:9:14:31:19:9 chr14 70924462 . A G 135.16 PASS AF=0.25;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0108573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.971;QD=6.7582;RBI=0.0150588;REFB=-0.00199147;REVB=0.0104349;RO=59;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093604;STB=0.562438;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0110343;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:59:60:20:20:0.25:10:10:25:34:10:10:25:35 chr14 70924501 . C G 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00956751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.167;QD=58.2271;RBI=0.0220362;REFB=-0.0975944;REVB=-0.0198508;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00069674;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:40:31:1:0:40:31:1:0 chr14 70924507 . A C 224.54 PASS AF=0.380282;AO=23;DP=67;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00277242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.708;QD=12.6499;RBI=0.0316757;REFB=-0.0215815;REVB=0.0315542;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671449;STB=0.515563;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0566432;OID=.;OPOS=70924507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:43:44:23:27:0.380282:12:11:18:25:16:11:19:25 chr14 70924566 . CA GT 164.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.01981;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.599;QD=12.3903;RBI=0.0234504;REFB=-0.0141;REVB=-0.0125492;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700342;STB=0.540602;STBP=0.65;TYPE=mnp;VARB=0.0219584;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:16:17:9:11:16:17 chr14 70924693 . T C 225.93 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0108488;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.085;QD=15.3171;RBI=0.0111852;REFB=-0.033407;REVB=0.00272266;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223781;STB=0.62558;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0150372;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:25:8:12:14:25:8 chr14 70924696 . GA AG 34.07 PASS AF=0.131579;AO=19;DP=58;FAO=5;FDP=38;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0022617;FXX=0.355872;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.421;QD=3.58579;RBI=0.0152763;REFB=-0.0172328;REVB=0.0151079;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155972;STB=0.785539;STBP=0.298;TYPE=mnp;VARB=0.0379619;OID=.;OPOS=70924696;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:58:38:33:33:19:5:0.131579:7:12:25:8:3:2:25:8 chr14 70924955 . A C 693.15 PASS AF=0.655556;AO=58;DP=90;FAO=59;FDP=90;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0244415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8341;QD=30.8065;RBI=0.0547008;REFB=-0.0437815;REVB=0.0489366;RO=30;SAF=27;SAR=31;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628725;STB=0.524563;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0208995;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:30:31:58:59:0.655556:31:27:11:19:32:27:12:19 chr14 70925257 . A G 306.13 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.188;QD=53.2393;RBI=0.0615554;REFB=0;REVB=0.0346698;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127501;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr14 70991650 . A C 108.64 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0752755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8665;QD=20.6929;RBI=0.0932046;REFB=-0.0524737;REVB=-0.0549608;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299998;STB=0.653654;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0456923;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:8:8:12:13:0.619048:4:8:8:0:4:9:8:0 chr14 71109153 . C G 167.52 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.487;QD=41.879;RBI=0.0333539;REFB=-0.0264659;REVB=-0.00342449;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000296425;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr14 71199452 . G A 312.19 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.006867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.267;QD=29.7321;RBI=0.0139481;REFB=-0.0104239;REVB=0.0121406;RO=15;SAF=22;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822524;STB=0.545419;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00527021;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:5:22:11:4:5:22:11:4 chr14 71204973 . C T 437.86 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0139292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.274;QD=38.9211;RBI=0.0157428;REFB=-0.0634598;REVB=0.00733577;RO=10;SAF=27;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580578;STB=0.524257;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0200703;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:10:11:34:34:0.755556:7:27:7:3:7:27:8:3 chr14 71374702 . G A 157.4 PASS AF=0.208;AO=26;DP=125;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.0423692;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2231;QD=5.03665;RBI=0.0438487;REFB=-0.00707087;REVB=0.0112943;RO=94;SAF=15;SAR=11;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666795;STB=0.523791;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0218568;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:94:99:26:26:0.208:11:15:59:35:11:15:60:39 chr14 71444788 . G A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0204934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.187;QD=30.5651;RBI=0.0213749;REFB=-0.0217964;REVB=0.0060751;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170751;STB=0.593668;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.010855;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:8:2:11:11:8:2 chr14 71492869 . T C 727.45 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00798596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.611;QD=29.3919;RBI=0.0108483;REFB=-0.00938207;REVB=0.00734238;RO=37;SAF=37;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114638;STB=0.562253;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00609629;OID=.;OPOS=71492869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:37:62:62:0.626263:25:37:16:21:25:37:16:21 chr14 71577480 . G A 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0317322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.056;QD=5.15556;RBI=0.0338775;REFB=-0.00730224;REVB=-0.0118641;RO=56;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571722;STB=0.852382;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0242678;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:3:12:17:39:3:12:17:39 chr14 71915415 . T G,TGTG 237.61 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=3,16;DP=20;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654504,0.0115571;FXX=0.049975;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=66.0153,236.941;QD=50.0221;RBI=0.0660402,0.0199773;REFB=0,0;REVB=0.00880603,0.016295;RO=0;SAF=2,13;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.78418e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00180165,-7.66854e-05;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:20:19:0:0:3,16:2,17:0.105263,0.894737:1,3:2,13:0:0:1,3:1,14:0:0 chr14 72055468 . A C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.171;QD=58.1388;RBI=0.0473141;REFB=0;REVB=0.0414716;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102283;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr14 72117156 . T C 896.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1426;QD=57.8363;RBI=0.051204;REFB=0;REVB=0.0210925;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240506;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr14 73006865 . CTTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTCC,CTTTTTTTTTTTTTC 194.81 PASS AF=0.2,0.457143,0.0285714,0.0571429,0.142857;AO=5,5,7,2,2;DP=36;FAO=7,16,1,2,5;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=3,1,0,2,2;FSAR=4,15,1,0,3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00486761,0.0080057,0.0190497,0.0565383,0.108582;FXX=0.0540395;HRUN=14,14,14,14,14;LEN=1,3,2,2,1;MLLD=175.586,7.93616,5.69236,17.0447,12.5547;QD=22.2638;RBI=0.0478787,0.0739146,0.11901,0.0882887,0.175704;REFB=-0.00329052,0.0206419,-0.00220003,0.0398779,0.0664945;REVB=-0.0476306,-0.0734798,-0.117475,-0.0678109,-0.138137;RO=2;SAF=2,1,1,2,1;SAR=3,4,6,0,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0491618,-0.190062,-0.223089,0.639851,0;STB=0.615061,0.788984,0.992027,0.991616,0.651584;STBP=0.395,0.006,0.234,0.422,0.387;TYPE=snp,del,del,mnp,snp;VARB=0.00371488,0.0792308,-0.0269485,-0.0118195,-0.395223;OID=.,.,.,.,.;OPOS=73006868,73006866,73006866,73006878,73006879;OREF=T,TTT,TT,TT,T;OALT=C,-,-,CC,C;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTCC,CTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.457143,0.0285714,0.0571429,0.142857:5,5,7,2,2:36:7,16,1,2,5:35:4:3,1,0,2,2:4,15,1,0,3:3:1:55:2:2,1,1,2,1:3,4,6,0,1:1:1 chr14 73079291 . G GA,GAA 245.03 PASS AF=0,1;AO=7,13;DP=26;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.321988,0.18347;FXX=0.0434594;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=22.0623,33.3692;QD=44.5504;RBI=0.357001,0.201176;REFB=0,0;REVB=0.154186,0.0825244;RO=4;SAF=3,3;SAR=4,10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.346644,-0.355515;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.014253;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,13:26:0,22:22:0:0,7:0,15:0:0:4:4:3,3:4,10:4:0 chr14 73220020 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0408937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5484;QD=23.3813;RBI=0.052866;REFB=0.0418847;REVB=-0.033504;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946752;STB=0.553134;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0355949;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:6:8:13:6:6:8 chr14 73358945 . A C 2124.5 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360009;FXX=0.0349626;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.767;QD=61.5798;RBI=0.0372926;REFB=-0.120314;REVB=-0.00973005;RO=2;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144001;STB=0.503703;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000411547;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:2:1:135:137:0.992754:65:70:0:2:67:70:0:1 chr14 73360819 . T TTGTC 508.31 PASS AF=0.811321;AO=40;DP=55;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0358382;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=4;MLLD=285.528;QD=38.3627;RBI=0.0440628;REFB=-0.0186733;REVB=0.0256351;RO=11;SAF=2;SAR=38;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393167;STB=0.680954;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.00393892;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811321:40:55:43:53:10:2:41:3:7:64:11:2:38:4:7 chr14 73404752 . G C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00406083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.632;QD=5.21461;RBI=0.032379;REFB=-0.0151101;REVB=-0.0321233;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238903;STB=0.592295;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0463792;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:27:17:21:6:6:0.222222:3:3:12:5:3:3:13:8 chr14 73422259 . C G 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=-0.0184622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4044;QD=5.86366;RBI=0.0420943;REFB=4.94989e-06;REVB=-0.0378295;RO=57;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526774;STB=0.815562;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00163762;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:5:12:14:43:5:12:14:43 chr14 73425436 . C T 463.76 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00838239;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.613;QD=44.1677;RBI=0.065471;REFB=-0.115595;REVB=0.0649322;RO=8;SAF=11;SAR=23;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160962;STB=0.587034;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0138933;OID=.;OPOS=73425436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:44:42:8:8:34:34:0.809524:23:11:6:2:23:11:6:2 chr14 73425462 . G A 467.35 PASS AF=0.857143;AO=34;DP=41;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0192022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.803;QD=44.5091;RBI=0.048721;REFB=0.00927221;REVB=0.0447774;RO=7;SAF=8;SAR=26;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135807;STB=0.538195;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000259558;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:41:42:7:6:34:36:0.857143:26:8:4:3:26:10:3:3 chr14 73440864 . C T 670.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.461;QD=62.3331;RBI=0.0139021;REFB=0;REVB=0.00507568;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0082e-05;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr14 73448583 . G A 131.81 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0519624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5045;QD=14.6451;RBI=0.0561154;REFB=-0.00626949;REVB=-0.0211859;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050373;STB=0.550496;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0131234;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:8:6:8:13:8:7:8:13 chr14 73459917 . C T 1246.25 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.985;QD=61.543;RBI=0.0415319;REFB=0;REVB=0.040091;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68087e-05;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:37:44:0:0 chr14 73465003 . A G 630.33 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0802328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.934;QD=57.3028;RBI=0.108163;REFB=0.250382;REVB=0.0725385;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.522716;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00174027;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:1:2:42:42:0.954545:21:21:1:0:21:21:2:0 chr14 73711394 . A G 569.72 PASS AF=0.836735;AO=38;DP=46;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0322135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.035;QD=46.5081;RBI=0.0349387;REFB=-0.0316109;REVB=0.0135279;RO=8;SAF=16;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153111;STB=0.510633;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00540538;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:49:8:8:38:41:0.836735:22:16:3:5:23:18:3:5 chr14 73727509 . T G 144.25 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000203567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.694;QD=24.042;RBI=0.0225893;REFB=-0.0160331;REVB=-0.0225884;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137561;STB=0.521711;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0136215;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:7:9:15:15:0.625:11:4:2:5:11:4:2:7 chr14 73730695 . A G 34.35 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0221302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.099;QD=6.24521;RBI=0.0262982;REFB=-0.00437627;REVB=-0.0142073;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637348;STB=0.832823;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0247096;OID=.;OPOS=73730695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:22:16:16:5:6:0.272727:2:3:16:0:2:4:16:0 chr14 73730712 . T TC 56.76 PASS AF=0.4;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00963114;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.4456;QD=9.0809;RBI=0.0182821;REFB=-0.00645508;REVB=-0.0155396;RO=18;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741465;STB=0.834255;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.051613;OID=.;OPOS=73730713;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:25:10:25:15:9:1:7:8:56:18:7:0:9:9 chr14 73957772 . A G 198.17 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3233;QD=44.0368;RBI=0.15003;REFB=-0.0760469;REVB=-0.110895;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1013;STB=0.555487;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0141389;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:4:13:0:1:4:13:0:1 chr14 73958375 . T C 400.1 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00072454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.204;QD=53.347;RBI=0.00825406;REFB=-0.12097;REVB=0.0082222;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000764434;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:18:11:0:0:18:11:1:0 chr14 73958812 . T C 68.33 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.01926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.537;QD=5.69448;RBI=0.0230135;REFB=-0.0200448;REVB=0.0125967;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27981;STB=0.681834;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0573315;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:18:20:3:7:18:20 chr14 73963383 . T C 1172.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.949;QD=60.9121;RBI=0.0766394;REFB=0;REVB=0.0654695;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92609e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:1:0:75:77:1:33:42:0:1:35:42:0:0 chr14 73989859 . C T 418.47 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00454055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.066;QD=28.3706;RBI=0.0188267;REFB=-0.0298921;REVB=0.018271;RO=20;SAF=20;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101193;STB=0.555046;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00994933;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:19:20:7:13:19:20:7:13 chr14 74060487 . G C 59.75 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0262427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8192;QD=2.81197;RBI=0.0286586;REFB=-0.00324345;REVB=0.0115167;RO=72;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187346;STB=0.633695;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0108321;OID=.;OPOS=74060487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:72:73:12:12:0.141176:5:7:31:41:5:7:31:42 chr14 74168625 . G A 111.04 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00388988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.437;QD=6.34524;RBI=0.012685;REFB=-0.00563795;REVB=-0.0120739;RO=52;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222804;STB=0.642342;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0208433;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:52:53:17:17:0.242857:7:10:21:31:7:10:21:32 chr14 74196686 . T C 98.24 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0517585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0124;QD=6.3382;RBI=0.0670546;REFB=-0.00420444;REVB=-0.0426306;RO=47;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537025;STB=0.533289;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0120156;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:8:7:24:23:8:7:24:23 chr14 74196792 . T C 80.76 PASS AF=0.255319;AO=9;DP=43;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0109885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5915;QD=6.87343;RBI=0.0225117;REFB=-0.0209776;REVB=0.0196476;RO=34;SAF=0;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.674414;STB=0.631331;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.106526;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:47:34:35:9:12:0.255319:9:0:9:25:10:2:10:25 chr14 74196844 . T C 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0073315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.831;QD=6.25192;RBI=0.00854999;REFB=-0.00317842;REVB=-0.00439901;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411375;STB=0.777802;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0113282;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:10:1:12:27:10:1:12:27 chr14 74196872 . G C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0122701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.365;QD=4.16606;RBI=0.0192021;REFB=0.00461391;REVB=-0.0147704;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270845;STB=0.694084;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0235538;OID=.;OPOS=74196872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:6:1:10:23:6:1:10:23 chr14 74203789 . G A 37.04 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000145306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2611;QD=8.23174;RBI=0.018784;REFB=0.010839;REVB=-0.0187834;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0217622;OID=.;OPOS=74203789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:7:5:3:3:7:5 chr14 74203983 . T G 597.59 PASS AF=0.71831;AO=49;DP=70;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00207632;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.706;QD=33.667;RBI=0.00578881;REFB=-0.0115031;REVB=0.00540363;RO=19;SAF=9;SAR=40;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227909;STB=0.523395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00434984;OID=.;OPOS=74203983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:19:20:49:51:0.71831:40:9:4:15:41:10:5:15 chr14 74206481 . T C 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0123342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9859;QD=3.88729;RBI=0.0130731;REFB=-0.00225664;REVB=0.00433285;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593294;STB=0.541525;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00932105;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:18:11:2:4:18:11 chr14 74324807 . G A 855.93 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0579;QD=55.2213;RBI=0.023368;REFB=-0.148921;REVB=0.0206184;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192485;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00241917;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:1:1:58:61:0.983871:24:34:0:1:26:35:0:1 chr14 74489735 . G A 1451.37 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0571757;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.696;QD=59.8503;RBI=0.0582431;REFB=0.026833;REVB=0.0110996;RO=2;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182293;STB=0.514283;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00119352;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:2:3:94:94:0.969072:51:43:0:2:51:43:0:3 chr14 74514674 . A T 770.58 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0025351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.863;QD=55.0412;RBI=0.0211978;REFB=0.0180421;REVB=-0.0210456;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000549668;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:23:32:0:0:23:32:1:0 chr14 74539323 . AAC A,AA,AAA 203.6 PASS AF=0.0833333,0.666667,0;AO=5,14,9;DP=44;FAO=2,16,0;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=0,7,0;FSAR=2,9,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00146013,-0.00550496,-0.00813711;FXX=0.249922;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=208.637,213.986,211.566;QD=33.9335;RBI=0.0121879,0.0135266,0.014758;REFB=0.00873351,0.00630932,0.00453301;REVB=-0.0121001,-0.0123558,-0.012312;RO=8;SAF=0,8,4;SAR=5,6,5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.672922,0.282875,0.274707;STB=0.991203,0.576379,0.5;STBP=0.461,0.28,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00763068,4.71186e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=74539324,74539325,74539325;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.666667,0:5,14,9:44:2,16,0:24:6:0,7,0:2,9,0:1:5:36:8:0,8,4:5,6,5:1:7 chr14 74759006 . C T 817.44 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.511;QD=57.3642;RBI=0.0706733;REFB=0;REVB=0.00379748;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101319;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr14 74759301 . G T 306.6 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.715;QD=53.3221;RBI=0.150285;REFB=0;REVB=0.149583;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121841;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:4:18:0:0:5:18:0:0 chr14 74759477 . C T 991.97 PASS AF=0.959459;AO=68;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0046366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4219;QD=53.6202;RBI=0.00942142;REFB=-0.143843;REVB=0.00820153;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.503708;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00644496;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:74:1:3:68:71:0.959459:38:30:1:0:41:30:1:2 chr14 74766352 . A G 831.41 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00189658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7184;QD=52.7877;RBI=0.027943;REFB=-0.0329875;REVB=0.0278786;RO=4;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523399;STB=0.520541;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0181058;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:4:3:59:60:0.952381:34:25:0:4:35:25:0:3 chr14 74825925 . AGGGGGT GAGGGGT,GTAGGGG 30.9 PASS AF=0.16,0;AO=3,2;DP=50;FAO=8,0;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=-0.0142539,-0.00965996;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=2,7;MLLD=115.173,222.303;QD=2.47217;RBI=0.078722,0.182298;REFB=-0.00951288,-0.00529626;REVB=-0.0774208,-0.182042;RO=30;SAF=1,0;SAR=2,2;SRF=28;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.691837,-0.781503;STB=0.949964,0.5;STBP=0.086,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.195109,0.179983;OID=.,.;OPOS=74825925,74825925;OREF=AG,AGGGGGT;OALT=GA,GTAGGGG;OMAPALT=GAGGGGT,GTAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:50:50:30:37:3,2:8,0:0.16,0:2,2:1,0:28:2:7,0:1,0:32:5 chr14 74876181 . T G 2177.84 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9692;QD=63.1259;RBI=0.0457198;REFB=0;REVB=0.0417514;RO=0;SAF=87;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245612;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:51:87:0:0:51:87:0:0 chr14 74991855 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00224042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4897;QD=6.01616;RBI=0.0360894;REFB=-0.0320006;REVB=-0.0360198;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352443;STB=0.727514;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0702512;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:9:13:2:5:9:13 chr14 75159007 . G A 757.86 PASS AF=0.684783;AO=61;DP=90;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00832665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5751;QD=32.9505;RBI=0.0340063;REFB=-0.0122943;REVB=0.0329712;RO=29;SAF=34;SAR=27;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808647;STB=0.53845;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00442236;OID=.;OPOS=75159007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:29:29:61:63:0.684783:27:34:20:9:27:36:20:9 chr14 75179734 . C G 597.33 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0687019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.07;QD=28.4444;RBI=0.0695349;REFB=-0.00523357;REVB=-0.0107313;RO=29;SAF=27;SAR=26;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197043;STB=0.592443;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00318978;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:31:53:53:0.630952:26:27:6:23:26:27:8:23 chr14 75245368 . C T 420.4 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.107716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9809;QD=49.4585;RBI=0.112133;REFB=-0.073533;REVB=0.0311642;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961756;STB=0.551691;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0108985;OID=.;OPOS=75245368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:18:13:3:0:18:13:3:0 chr14 75248669 . G T 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0134041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.869;QD=33.8153;RBI=0.0158316;REFB=-0.0105967;REVB=-0.00842432;RO=3;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180627;STB=0.599859;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000721855;OID=.;OPOS=75248669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:8:6:3:0:8:6:3:0 chr14 75279395 . T A 1085.4 PASS AF=1;AO=54;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.897;QD=59.4742;RBI=0.0450632;REFB=0;REVB=0.0437062;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256811;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:54:73:1:28:26:0:0:31:42:0:0 chr14 75359670 . G A 368.85 PASS AF=0.660377;AO=34;DP=52;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0413708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.082;QD=27.8375;RBI=0.0416121;REFB=-0.0145057;REVB=0.00447437;RO=18;SAF=9;SAR=25;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134506;STB=0.577424;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00391164;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:18:18:34:35:0.660377:25:9:2:16:25:10:2:16 chr14 75373245 . A G 360.11 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00208374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.561;QD=32.0098;RBI=0.0314885;REFB=-0.0135914;REVB=-0.0314195;RO=15;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220169;STB=0.622868;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00939411;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:29:30:0.666667:18:11:11:4:19:11:11:4 chr14 75373475 . T C 467.2 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0019566;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.631;QD=30.6363;RBI=0.0167664;REFB=-0.0034901;REVB=0.0166518;RO=19;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146445;STB=0.579401;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00130136;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:19:19:42:42:0.688525:24:18:13:6:24:18:13:6 chr14 75386576 . G A 91.84 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0268578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1239;QD=8.7471;RBI=0.0281729;REFB=-0.0389429;REVB=-0.00850709;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717067;STB=0.512275;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.064653;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:28:30:12:12:0.285714:5:7:18:10:5:7:18:12 chr14 75412908 . A C,G 1074.29 PASS AF=0.108108,0.891892;AO=8,66;DP=74;FAO=8,66;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=7,17;FSAR=1,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165568,-0.0132653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.343,77.3539;QD=58.0699;RBI=0.0580512,0.048263;REFB=0,0;REVB=-0.05564,-0.0464042;RO=0;SAF=7,17;SAR=1,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-6.21173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.146511,0.000267666;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:74:74:0:0:8,66:8,66:0.108108,0.891892:1,49:7,17:0:0:1,49:7,17:0:0 chr14 75483812 . T C 178.81 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=118;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0489714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.497;QD=6.01035;RBI=0.0507452;REFB=-0.00864164;REVB=-0.0132995;RO=90;SAF=17;SAR=11;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121559;STB=0.570419;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0294947;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:90:91:28:28:0.235294:11:17:46:44:11:17:47:44 chr14 75513828 . G A 289.27 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0175309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3671;QD=25.7128;RBI=0.0880107;REFB=0.0173204;REVB=-0.086247;RO=19;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185948;STB=0.510311;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0187968;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:9:17:12:7:9:17:12:7 chr14 75513883 . T C 834.18 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.327;QD=57.5298;RBI=0.0447671;REFB=0;REVB=0.016225;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175291;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:17:40:0:0:17:41:0:0 chr14 75590846 . A T 836.56 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.972;QD=55.7705;RBI=0.0640591;REFB=0.0231205;REVB=0.0174532;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.13893e-05;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr14 75746690 . C T 81.6 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00893785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4537;QD=8.36954;RBI=0.012475;REFB=-0.0142774;REVB=0.00870285;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279152;STB=0.67093;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0579018;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:17:11:7:4:17:11 chr14 75758885 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4519;QD=59.4301;RBI=0.0580029;REFB=0;REVB=0.0203748;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641174;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr14 75759060 . C T 56.8 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00910446;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.639;QD=4.36897;RBI=0.0137586;REFB=-0.00370314;REVB=-0.0103155;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355466;STB=0.734609;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0332399;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:52:40:43:9:9:0.173077:2:7:20:20:2:7:22:21 chr14 75904660 . A G 457.44 PASS AF=0.277056;AO=64;DP=232;FAO=64;FDP=231;FR=.;FRO=167;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=109;FSRR=58;FWDB=-0.00279667;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.877;QD=7.92101;RBI=0.0729289;REFB=-0.0212045;REVB=-0.0728753;RO=166;SAF=41;SAR=23;SRF=108;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133649;STB=0.509523;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0523435;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:166:167:64:64:0.277056:23:41:108:58:23:41:109:58 chr14 76045362 . T C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0248167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.949;QD=34.4522;RBI=0.0301351;REFB=-0.0433138;REVB=0.0170954;RO=6;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874237;STB=0.54778;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0179657;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:13:7:1:5:13:7:1:5 chr14 76045691 . C T 102.21 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0423975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1714;QD=9.08493;RBI=0.0424145;REFB=-0.0024182;REVB=0.00119929;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443215;STB=0.776606;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0123058;OID=.;OPOS=76045691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:10:3:19:12:10:3:20:12 chr14 76045858 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0223528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.742;QD=28.226;RBI=0.0314438;REFB=0.024175;REVB=0.0221148;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378887;STB=0.521241;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00238766;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:5:7:2:2:5:7:2:2 chr14 76045963 . C G 122.08 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00337627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9327;QD=25.7002;RBI=0.00967743;REFB=-0.0173147;REVB=0.00906936;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167666;STB=0.509419;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00906503;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:2:4:9:4:2:4 chr14 76156609 . C T 233.3 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00875087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.704;QD=25.222;RBI=0.00879872;REFB=-0.00775733;REVB=0.000916365;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10307;STB=0.577821;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00322534;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:13:15:20:22:0.594595:11:9:4:9:12:10:4:11 chr14 76175565 . C A 410.18 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0133685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.971;QD=26.4632;RBI=0.0134115;REFB=0.00135881;REVB=0.00107313;RO=23;SAF=19;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950292;STB=0.551841;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000921794;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:20:19:8:15:20:19:8:15 chr14 76175594 . G A 299.29 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0184349;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.02;QD=23.0223;RBI=0.0203662;REFB=-0.0260435;REVB=0.00865662;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144754;STB=0.590272;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0211278;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:22:30:30:0.576923:14:16:8:15:14:16:7:15 chr14 76224153 . T A 645.67 PASS AF=0.643678;AO=56;DP=87;FAO=56;FDP=87;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0060772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.23;QD=29.6858;RBI=0.0251532;REFB=-0.00343074;REVB=0.024408;RO=31;SAF=28;SAR=28;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317822;STB=0.517235;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00298159;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:31:31:56:56:0.643678:28:28:14:17:28:28:14:17 chr14 76330181 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0360086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.693;QD=6.48195;RBI=0.0364642;REFB=-0.00803924;REVB=-0.00574574;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067096;STB=0.542771;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0244334;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:6:4:15:18:6:4:15:18 chr14 76368544 . T C 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0165589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.808;QD=26.14;RBI=0.0355946;REFB=-0.0229273;REVB=0.0315083;RO=20;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116234;STB=0.56372;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0135305;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:21:13:11:9:21:13:11:9 chr14 76370530 . T C 105.98 PASS AF=0.220779;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0267871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.369;QD=5.50558;RBI=0.0301715;REFB=-0.0255391;REVB=-0.0138843;RO=59;SAF=7;SAR=9;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046518;STB=0.503064;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0858532;OID=.;OPOS=76370530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:59:60:16:17:0.220779:9:7:28:31:9:8:28:32 chr14 76662370 . T C 556.15 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00446398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.866;QD=22.6999;RBI=0.0313731;REFB=-0.0132047;REVB=0.0310539;RO=46;SAF=39;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206535;STB=0.614411;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0118064;OID=.;OPOS=76662370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:13:39:25:21:13:39:25:21 chr14 76662376 . G GT 94.66 PASS AF=0.372093;AO=23;DP=93;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0736689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2249;QD=4.40289;RBI=0.0929694;REFB=-0.0729415;REVB=0.0567115;RO=66;SAF=14;SAR=9;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117973;STB=0.515041;STBP=0.863;TYPE=ins;VARB=0.0707415;OID=.;OPOS=76662377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:23:93:32:86:54:22:10:36:18:94:66:14:9:46:20 chr14 76662446 . C T 269.51 PASS AF=0.508772;AO=24;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=-0.0686818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4384;QD=18.9128;RBI=0.0700183;REFB=-0.00764441;REVB=0.0136149;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518453;STB=0.751545;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00214207;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:28:24:29:0.508772:17:7:22:2:18:11:26:2 chr14 76777257 . C T 159.09 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0431158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.747;QD=28.9258;RBI=0.0431316;REFB=-0.0512731;REVB=-0.0011665;RO=5;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817984;STB=0.583223;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0195622;OID=.;OPOS=76777257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:5:6:16:16:0.727273:12:4:2:3:12:4:3:3 chr14 76957887 . T C 1091.36 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2964;QD=59.8008;RBI=0.0139921;REFB=0;REVB=-0.0130006;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6177e-05;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr14 77236380 . C T 756.44 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180612;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.391;QD=57.0896;RBI=0.0210324;REFB=0;REVB=-0.0107775;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22218e-05;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr14 77245286 . C T 3258.44 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670449;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3466;QD=62.0656;RBI=0.08274;REFB=0;REVB=0.0484859;RO=0;SAF=117;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138627;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:209:210:1:92:117:0:0:92:118:0:0 chr14 77269788 . A C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00359687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.395;QD=56.0117;RBI=0.0229631;REFB=0.125185;REVB=0.0226797;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00119376;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr14 77293072 . C A 116.06 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000878256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.793;QD=42.2032;RBI=0.0236871;REFB=0;REVB=0.0236708;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168652;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr14 77294876 . T C 799.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.031;QD=63.9247;RBI=0.0201761;REFB=0;REVB=0.00645328;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09931e-05;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr14 77323782 . G A 194.21 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0416092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.634;QD=25.0594;RBI=0.0470924;REFB=-0.0291141;REVB=-0.0220538;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188515;STB=0.604215;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0336934;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:2:10:11:8:2:10 chr14 77332367 . C T 95.62 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=48;FWDB=-0.0290114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.007;QD=4.84168;RBI=0.0534907;REFB=0.00177892;REVB=0.0449398;RO=63;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201697;STB=0.512805;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00750946;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:79:79:63:63:16:16:0.202532:12:4:15:48:12:4:15:48 chr14 77493647 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.074;QD=39.2055;RBI=0.011632;REFB=0;REVB=0.00460138;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001092;OID=.;OPOS=77493647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr14 77580242 . T TC 30.28 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0192285;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8658;QD=3.10526;RBI=0.165583;REFB=-0.042689;REVB=0.164463;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34012;STB=0.64412;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.0848823;OID=.;OPOS=77580243;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:11:41:12:39:27:7:5:10:17:30:27:7:4:9:18 chr14 77697967 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.726;QD=59.1427;RBI=0.057644;REFB=0;REVB=-0.0565109;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029506;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr14 77708804 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0350541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.673;QD=8.40109;RBI=0.0363473;REFB=-0.0209834;REVB=0.00960907;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195762;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0367187;OID=.;OPOS=77708804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:8:13:4:5:8:13 chr14 77723259 . G C 650.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.8677;QD=61.9378;RBI=0.0300415;REFB=0;REVB=0.0288151;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101284;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr14 77745193 . A C 1062.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.316;QD=59.8361;RBI=0.0233379;REFB=0;REVB=-0.00578447;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92101e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr14 77746812 . T C 353.73 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0847526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.315;QD=35.373;RBI=0.0867429;REFB=-0.0365723;REVB=0.0184748;RO=11;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222408;STB=0.621485;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00657476;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:20:9:8:3:20:9:8:3 chr14 77751332 . T C 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00756599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9743;QD=5.62075;RBI=0.0260505;REFB=-0.00595458;REVB=0.0249276;RO=52;SAF=5;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276047;STB=0.673038;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0209029;OID=.;OPOS=77751332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:10:5:29:23:10:5:29:23 chr14 77751925 . C T 1547.01 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6763;QD=62.5056;RBI=0.0484498;REFB=0.0478484;REVB=-0.0101866;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007972;STB=0.504201;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0104093;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:59:39:0:1:59:39:0:1 chr14 77794283 . T C 1080.05 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6607;QD=60.0027;RBI=0.0423114;REFB=0;REVB=-0.0407162;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170921;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr14 77843814 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00857946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.218;QD=22.9154;RBI=0.0343538;REFB=-0.0147819;REVB=0.0332653;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00914042;OID=.;OPOS=77843814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr14 77844869 . A G 148.03 PASS AF=0.5;AO=10;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0567731;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.5872;QD=18.5043;RBI=0.072133;REFB=-0.0608551;REVB=-0.044497;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483458;STB=0.700947;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.036985;OID=.;OPOS=77844869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:11:15:10:16:0.5:8:2:8:3:11:5:11:4 chr14 77845121 . A G 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0198089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.676;QD=21.509;RBI=0.0660581;REFB=-0.00657044;REVB=0.0630181;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34338;STB=0.693243;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0130231;OID=.;OPOS=77845121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:13:6:15:6:13:6 chr14 77926011 . C T 41.47 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0156825;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6788;QD=3.68651;RBI=0.026127;REFB=0.004576;REVB=-0.0208968;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117188;STB=0.560336;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0499279;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:18:20:3:4:19:19 chr14 77928525 . A G 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00848054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.534;QD=54.6366;RBI=0.00848061;REFB=-0.0412153;REVB=-3.5899e-05;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-5.4928e-05;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:29:22:0:0:29:22:0:1 chr14 77935520 . G A 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0040284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.96;QD=3.06112;RBI=0.024922;REFB=-0.00128245;REVB=-0.0245943;RO=63;SAF=3;SAR=8;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129906;STB=0.590735;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00670707;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:8:3:23:40:8:3:23:40 chr14 77951124 . C T 97.42 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0261616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.907;QD=7.0849;RBI=0.0261833;REFB=0.00068656;REVB=0.00106733;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548544;STB=0.526424;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00411247;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:5:9:24:16:5:9:25:16 chr14 77973270 . T C 177.58 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=104;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0551171;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.715;QD=6.89613;RBI=0.0617671;REFB=-0.00107585;REVB=0.0278797;RO=77;SAF=10;SAR=16;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182839;STB=0.610693;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00412251;OID=.;OPOS=77973270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:77:77:26:26:0.252427:16:10:41:36:16:10:41:36 chr14 77976325 . T C 159.88 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.65;QD=45.681;RBI=0.161523;REFB=0;REVB=0.159972;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115155;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 77978621 . A C 820.0 PASS AF=0.685714;AO=72;DP=106;FAO=72;FDP=105;FR=.;FRO=33;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0180127;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.348;QD=31.238;RBI=0.0192737;REFB=-0.0167354;REVB=-0.00685698;RO=33;SAF=51;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495973;STB=0.526753;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00778759;OID=.;OPOS=77978621;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:33:33:72:72:0.685714:21:51:21:12:21:51:21:12 chr14 77987958 . C A 629.48 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.912;QD=61.4128;RBI=0.0437255;REFB=0;REVB=-0.0424356;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51035e-05;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:20:21:0:0 chr14 78028803 . A G 428.85 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.863;QD=57.1795;RBI=0.0220739;REFB=0;REVB=-0.0166235;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03122e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr14 78174473 . A C 1208.56 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7327;QD=61.1927;RBI=0.0450337;REFB=0;REVB=-0.0352516;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03035e-05;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr14 78184566 . C A 466.51 PASS AF=0.765957;AO=34;DP=45;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0168264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.561;QD=39.703;RBI=0.0239307;REFB=-0.0201866;REVB=-0.0170162;RO=11;SAF=13;SAR=21;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531388;STB=0.522685;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0055791;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:47:11:11:34:36:0.765957:21:13:3:8:23:13:3:8 chr14 78197365 . C T 329.82 PASS AF=0.771429;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0377327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.599;QD=37.694;RBI=0.0384504;REFB=-0.0593127;REVB=-0.0073941;RO=7;SAF=18;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781472;STB=0.548778;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0155169;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:7:8:26:27:0.771429:8:18:6:1:8:19:7:1 chr14 78287414 . T C 492.04 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0289835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8966;QD=33.9335;RBI=0.0838143;REFB=-0.0423382;REVB=0.0786435;RO=14;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123807;STB=0.575045;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00724575;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:14:15:43:43:0.741379:24:19:10:4:24:19:11:4 chr14 78366967 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0392;QD=19.134;RBI=0.133017;REFB=0.0322121;REVB=-0.133017;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0293021;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr14 78709814 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.125;QD=62.3463;RBI=0.0550008;REFB=0;REVB=0.042107;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442974;OID=.;OPOS=78709814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:33:10:0:0:33:10:0:0 chr14 79081400 . T C 2592.18 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405534;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0479;QD=61.3534;RBI=0.0436212;REFB=-0.121233;REVB=0.0160696;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.502762;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000310329;OID=.;OPOS=79081400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:169:0:1:167:168:0.994083:89:78:0:0:90:78:0:1 chr14 80669580 . T C 109.14 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00324754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.298;QD=4.6442;RBI=0.0151884;REFB=-0.00866303;REVB=-0.0148372;RO=74;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170903;STB=0.60736;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0324955;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:76:18:18:0.191489:8:10:31:43:8:10:32:44 chr14 80963383 . A AGC 760.93 PASS AF=0.934426;AO=37;DP=79;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.001612;FXX=0.186642;HRUN=0;LEN=2;MLLD=263.186;QD=49.8971;RBI=0.0039832;REFB=-0.0548932;REVB=0.00364244;RO=20;SAF=27;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203545;STB=0.521961;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=0.000572777;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934426:37:79:57:61:4:33:24:1:3:17:20:27:10:9:11 chr14 81251255 . T C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00705557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.177;QD=9.21733;RBI=0.0104665;REFB=-0.0146927;REVB=-0.00773094;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223098;STB=0.633636;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0199096;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:6:10:16:21:6:10:16:21 chr14 81296559 . T A 43.42 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0084897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5426;QD=5.78998;RBI=0.0723559;REFB=-0.00184579;REVB=0.0718561;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215907;STB=0.645671;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00847878;OID=.;OPOS=81296559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:17:6:1:6:17:6 chr14 81380682 . G A 1048.63 PASS AF=0.698413;AO=88;DP=126;FAO=88;FDP=126;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00775559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.294;QD=33.2897;RBI=0.0304458;REFB=-0.0356123;REVB=-0.0294414;RO=38;SAF=39;SAR=49;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470033;STB=0.525249;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0169228;OID=.;OPOS=81380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:38:38:88:88:0.698413:49:39:20:18:49:39:20:18 chr14 81422178 . C A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0437198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9596;QD=6.30226;RBI=0.0453673;REFB=-0.01536;REVB=0.0121148;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446934;STB=0.528255;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0550134;OID=.;OPOS=81422178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:22:19:6:6:22:19 chr14 81574959 . A G 613.43 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.015244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.421;QD=31.4578;RBI=0.0160292;REFB=-0.00353821;REVB=-0.00495526;RO=25;SAF=26;SAR=27;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174358;STB=0.50943;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00171192;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:25:25:53:53:0.679487:27:26:13:12:27:26:13:12 chr14 81575005 . C A 377.53 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0221942;FXX=0.0869376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.291;QD=35.9555;RBI=0.02303;REFB=-0.0373662;REVB=-0.0061479;RO=16;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231017;STB=0.576219;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.012792;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:46:42:16:12:30:30:0.714286:20:10:11:5:20:10:7:5 chr14 81610583 . G C 688.87 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5816;QD=62.6246;RBI=0.0438252;REFB=0;REVB=-0.000223721;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536574;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr14 84642753 . G A 397.73 PASS AF=0.711111;AO=29;DP=41;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0263998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.182;QD=35.354;RBI=0.044063;REFB=-0.0278705;REVB=0.0352789;RO=12;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112915;STB=0.599933;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.010308;OID=.;OPOS=84642753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:12:13:29:32:0.711111:20:9:6:6:24:8:7:6 chr14 86088056 . T C 1098.59 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.045;QD=60.1965;RBI=0.0246353;REFB=0;REVB=-0.00264124;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5793e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr14 86091415 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7955;QD=60.2306;RBI=0.0275531;REFB=0;REVB=-0.0220868;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376064;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr14 86091614 . G A 188.61 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0547564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5602;QD=29.0172;RBI=0.132888;REFB=-0.0343953;REVB=-0.121083;RO=6;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245108;STB=0.608565;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0337605;OID=.;OPOS=86091614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:6:8:18:18:0.692308:4:14:2:4:4:14:4:4 chr14 86092246 . A G 547.58 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0102161;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0208;QD=26.0752;RBI=0.0294772;REFB=-0.0246901;REVB=0.0276503;RO=33;SAF=31;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166932;STB=0.597263;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.010453;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:34:50:50:0.595238:19:31:13:20:19:31:13:21 chr14 86093344 . C T 626.41 PASS AF=0.675;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0157538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7061;QD=31.3207;RBI=0.0184563;REFB=-0.0110854;REVB=-0.00961521;RO=26;SAF=32;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972443;STB=0.505261;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.006062;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:26:54:54:0.675:22:32:15:11:22:32:15:11 chr14 86093378 . C T 796.79 PASS AF=0.686275;AO=70;DP=103;FAO=70;FDP=102;FR=.;FRO=32;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00929416;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.101;QD=31.2467;RBI=0.00991653;REFB=-0.014296;REVB=0.00345778;RO=32;SAF=41;SAR=29;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013885;STB=0.507482;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00846208;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:32:32:70:70:0.686275:29:41:18:14:29:41:18:14 chr14 86094035 . G A 541.03 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00155031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0554;QD=33.2941;RBI=0.0200966;REFB=-0.028222;REVB=-0.0200367;RO=18;SAF=22;SAR=25;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448995;STB=0.524236;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0104741;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:25:22:10:8:25:22:10:8 chr14 88400353 . C T 404.84 PASS AF=0.66;AO=26;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00453923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3792;QD=32.3871;RBI=0.0238444;REFB=-0.00601147;REVB=-0.0234083;RO=14;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11837;STB=0.555523;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00283009;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:17:26:33:0.66:16:10:3:11:18:15:5:12 chr14 88400449 . TG CA,CG 759.79 PASS AF=0.72,0.28;AO=36,12;DP=49;FAO=36,14;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=18,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248884,0.0311119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=192.823,86.3095;QD=60.7831;RBI=0.0249123,0.0409965;REFB=0,0;REVB=-0.00109042,0.0266976;RO=0;SAF=18,3;SAR=18,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0195293,0.0300664;OID=.,.;OPOS=88400449,88400449;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:50:0:0:36,12:36,14:0.72,0.28:18,9:18,3:0:0:18,11:18,3:0:0 chr14 88400486 . A G 102.11 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0108495;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.943;QD=8.50936;RBI=0.0225273;REFB=-0.00218139;REVB=-0.0197425;RO=33;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467426;STB=0.783273;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0106661;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:35:13:13:0.270833:10:3:21:12:10:3:22:13 chr14 88401213 . T C 1039.61 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1052;QD=59.4064;RBI=0.136341;REFB=0;REVB=0.133034;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864028;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:39:31:0:0 chr14 88407875 . T A 1382.84 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.195;QD=62.1499;RBI=0.0290559;REFB=0;REVB=0.0161648;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43629e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:37:49:0:0:38:51:0:0 chr14 88407888 . A G 834.86 PASS AF=0.792683;AO=65;DP=82;FAO=65;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0744701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1239;QD=40.7251;RBI=0.0767825;REFB=-0.0152646;REVB=0.0187017;RO=17;SAF=35;SAR=30;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425049;STB=0.52272;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00926781;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:17:17:65:65:0.792683:30:35:11:6:30:35:11:6 chr14 88411947 . T C 2287.34 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.879;QD=63.5371;RBI=0.0260155;REFB=0;REVB=0.0251912;RO=0;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27355e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:65:78:0:0:66:78:0:0 chr14 88412062 . CTA ACT,CAT,CT 45.32 PASS AF=0,0,0.225;AO=4,3,20;DP=84;FAO=0,0,18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,11;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0273901,0.00111513,0.0507181;FXX=0.0588166;HRUN=1,1,6;LEN=3,2,1;MLLD=23.3344,101.837,8.71108;QD=2.26622;RBI=0.0659222,0.139998,0.100206;REFB=-0.062567,-0.00771868,-0.128243;REVB=-0.0599627,-0.139994,-0.0864233;RO=40;SAF=0,0,9;SAR=4,3,11;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.649481,-0.594689,-0.252225;STB=0.5,0.5,0.646016;STBP=1,1,0.177;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.0432951,0,0.159161;OID=.,.,.;OPOS=88412062,88412063,88412064;OREF=CTA,TA,A;OALT=ACT,AT,-;OMAPALT=ACT,CAT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:44:84:80:40:62:4,3,20:0,0,18:0,0,0.225:4,3,11:0,0,9:27:13:0,0,11:0,0,7:36:26 chr14 88414211 . G A 623.1 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=81;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0949178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4482;QD=30.7704;RBI=0.0950449;REFB=-0.00026745;REVB=-0.00491321;RO=27;SAF=7;SAR=47;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711276;STB=0.538667;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00167419;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:27:54:54:0.666667:47:7:5:22:47:7:5:22 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 250.79 PASS AF=0,1,0;AO=3,9,9;DP=23;FAO=0,22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,0;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179526,-0.0593295,-0.0772411;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=14.9786,17.186,13.7158;QD=45.5976;RBI=0.168705,0.143894,0.325383;REFB=0,0,0;REVB=0.167747,-0.131094,-0.316082;RO=0;SAF=1,1,1;SAR=2,8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0732641,-0.00470257,-0.0523065;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,9,9:23:0,22,0:22:0:0,3,0:0,19,0:0:0:3:0:1,1,1:2,8,8:0:0 chr14 88477413 . C T 1452.81 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0823;QD=63.1656;RBI=0.0576601;REFB=0;REVB=-0.0362415;RO=0;SAF=28;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491783;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:64:28:0:0:64:28:0:0 chr14 88477882 . A C 446.45 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0176485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.513;QD=29.2754;RBI=0.0177886;REFB=-0.0212852;REVB=-0.00222814;RO=20;SAF=21;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735828;STB=0.503998;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0124436;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:20:21:10:10:20:21:10:10 chr14 88652389 . C T 291.85 PASS AF=0.262195;AO=43;DP=165;FAO=43;FDP=164;FR=.;FRO=121;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=86;FSRR=35;FWDB=-0.0124443;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.054;QD=7.1184;RBI=0.036559;REFB=-0.0122906;REVB=-0.0343759;RO=120;SAF=24;SAR=19;SRF=86;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207064;STB=0.617197;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0450169;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:120:121:43:43:0.262195:19:24:86:34:19:24:86:35 chr14 88693725 . G C 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0171613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7997;QD=4.2223;RBI=0.0567056;REFB=-0.00800797;REVB=-0.0540464;RO=44;SAF=8;SAR=1;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384503;STB=0.775012;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0355719;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:1:8:29:15:1:8:29:15 chr14 88792816 . T G 169.19 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00281573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.232;QD=6.97671;RBI=0.0097721;REFB=-0.00649562;REVB=-0.00935765;RO=73;SAF=11;SAR=13;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922724;STB=0.505613;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0205623;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:73:24:24:0.247423:13:11:34:39:13:11:34:39 chr14 88852279 . TG T,TT 502.37 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=32,4;DP=40;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156526,0.0511447;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.6523,9.81145;QD=49.0116;RBI=0.0485163,0.0511871;REFB=0,0;REVB=-0.0459219,0.00208274;RO=1;SAF=21,1;SAR=11,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0217181,-0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000753761,0.0227062;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.926829,0.0731707:32,4:40:38,3:41:0:23,1:15,2:0:0:9:1:21,1:11,3:1:0 chr14 88963577 . T C 404.69 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0470161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8751;QD=32.3756;RBI=0.0488491;REFB=-0.0272672;REVB=-0.0132562;RO=17;SAF=21;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180014;STB=0.598452;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.014761;OID=.;OPOS=88963577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:12:21:6:11:12:21:6:11 chr14 89094243 . G C 39.79 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0541102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9764;QD=1.96487;RBI=0.0546465;REFB=-0.00532852;REVB=-0.00763776;RO=67;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931001;STB=0.549341;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0439088;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:67:72:9:9:0.111111:4:5:32:35:4:5:36:36 chr14 89154624 . T C 367.38 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00166526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.472;QD=34.9887;RBI=0.0164594;REFB=-0.00130651;REVB=-0.016375;RO=12;SAF=22;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316982;STB=0.673348;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00158003;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:8:22:2:10:8:22:2:10 chr14 89445481 . C T 69.21 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0398235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4944;QD=3.4179;RBI=0.0523939;REFB=-0.0131036;REVB=-0.0340472;RO=66;SAF=10;SAR=3;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394896;STB=0.755413;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0614733;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:66:68:13:13:0.160494:3:10:30:36:3:10:32:36 chr14 89626896 . T C 75.23 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00488244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.172;QD=4.36098;RBI=0.00660094;REFB=-0.00317271;REVB=0.00444232;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155773;STB=0.594448;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0111394;OID=.;OPOS=89626896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:55:56:13:13:0.188406:8:5:28:27:8:5:28:28 chr14 89627942 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.054;QD=35.5759;RBI=0.0771785;REFB=0;REVB=0.0250606;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222031;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 89750819 . A G 493.71 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00549508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.37;QD=28.6207;RBI=0.0445196;REFB=-0.0202166;REVB=0.0441792;RO=24;SAF=23;SAR=22;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462833;STB=0.52515;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.011588;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:22:23:14:10:22:23:14:10 chr14 89867978 . T C 1496.88 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5939;QD=58.1314;RBI=0.0413809;REFB=-0.128554;REVB=0.01138;RO=2;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169364;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00131299;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:2:1:100:102:0.990291:55:45:0:2:57:45:0:1 chr14 90178913 . T C 192.79 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0272195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0764;QD=40.5872;RBI=0.027263;REFB=-0.116843;REVB=0.00153931;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091435;STB=0.549942;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00589375;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:2:0:8:9:2:0 chr14 90303383 . A G 392.01 PASS AF=0.673077;AO=26;DP=53;FAO=35;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00334283;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.677;QD=30.1544;RBI=0.060941;REFB=-0.0391399;REVB=0.0608492;RO=14;SAF=19;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120386;STB=0.532239;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0159348;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:14:16:26:35:0.673077:7:19:8:6:14:21:8:8 chr14 90303435 . T A 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00417663;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=358.115;QD=27.5323;RBI=0.0051179;REFB=-0.00834767;REVB=-0.00295781;RO=22;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196022;STB=0.510685;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00434331;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:17:23:12:10:17:23:12:10 chr14 90303445 . T C 472.48 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00549169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.6;QD=29.5297;RBI=0.0157722;REFB=0.00455034;REVB=-0.0147852;RO=21;SAF=25;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061775;STB=0.503354;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0043378;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:21:43:43:0.671875:18:25:12:9:18:25:12:9 chr14 90341494 . G A 695.11 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0701416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2048;QD=60.4446;RBI=0.0830622;REFB=0.0150389;REVB=-0.0444915;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000157712;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:0:1:27:18:0:1 chr14 90390968 . T A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00103151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.171;QD=5.00566;RBI=0.0199431;REFB=0.00727305;REVB=0.0199164;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390845;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0363904;OID=.;OPOS=90390968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:14:8:2:4:14:8 chr14 90398907 . G A 259.0 PASS AF=0.283465;AO=36;DP=127;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0163106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.538;QD=8.15748;RBI=0.0177643;REFB=-0.00463044;REVB=0.007038;RO=91;SAF=18;SAR=18;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140371;STB=0.582632;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.013933;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:91:91:36:36:0.283465:18:18:35:56:18:18:35:56 chr14 90450863 . A G 84.39 PASS AF=0.153153;AO=16;DP=111;FAO=17;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0578096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7627;QD=3.04101;RBI=0.0582786;REFB=-0.000695094;REVB=0.00737891;RO=93;SAF=5;SAR=11;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305664;STB=0.723987;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00253058;OID=.;OPOS=90450863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:111:111:93:94:16:17:0.153153:11:5:52:41:12:5:53:41 chr14 90730071 . C T 217.13 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0272459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0004;QD=9.23948;RBI=0.0299913;REFB=-0.000549662;REVB=0.0125356;RO=66;SAF=13;SAR=15;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114106;STB=0.567275;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0012161;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:15:13:37:29:15:13:37:29 chr14 90744546 . C T 87.67 PASS AF=0.153061;AO=15;DP=98;FAO=15;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.022986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.563;QD=3.57846;RBI=0.0510648;REFB=-0.0183071;REVB=-0.0455989;RO=64;SAF=8;SAR=7;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312042;STB=0.565375;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.047005;OID=.;OPOS=90744546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:98:98:64:82:15:15:0.153061:7:8:49:15:7:8:50:32 chr14 90745422 . T C 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00408142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.223;QD=22.557;RBI=0.0207147;REFB=-0.0155406;REVB=0.0203086;RO=39;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107879;STB=0.5594;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00609114;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:26:20:22:17:26:20:22:17 chr14 90756760 . A T 87.59 PASS AF=0.212121;AO=11;DP=67;FAO=14;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0189513;FXX=0.0149231;HRUN=6;LEN=1;MLLD=306.389;QD=5.30854;RBI=0.0210242;REFB=-0.00306209;REVB=-0.00910291;RO=38;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646884;STB=0.575652;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0112525;OID=.;OPOS=90756760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:67:66:38:52:11:14:0.212121:7:4:12:26:7:7:21:31 chr14 90767607 . C T 1202.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6267;QD=60.1437;RBI=0.0838839;REFB=0;REVB=0.0838348;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687142;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:80:0:0:77:80:1:43:34:0:0:45:35:0:0 chr14 90865462 . C G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.512;QD=57.3855;RBI=0.0420936;REFB=0;REVB=0.00134787;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88047e-05;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr14 90871478 . T C 374.68 PASS AF=0.647059;AO=32;DP=52;FAO=33;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.000521723;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.284;QD=29.387;RBI=0.0126882;REFB=-0.00103013;REVB=0.0126775;RO=16;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264353;STB=0.63484;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000465617;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:16:16:32:33:0.647059:20:12:13:3:20:13:13:3 chr14 91123575 . T C 432.94 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975231;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.666;QD=57.7251;RBI=0.0162562;REFB=0;REVB=0.013006;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017491;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 91161862 . C T 7482.1 PASS AF=1;AO=466;DP=471;FAO=472;FDP=472;FR=.;FRO=0;FSAF=272;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.181;QD=63.4076;RBI=0.0257148;REFB=0;REVB=0.0242939;RO=0;SAF=269;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21574e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91481e-06;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:471:472:0:0:466:472:1:197:269:0:0:200:272:0:0 chr14 91165572 . G A 1462.88 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7084;QD=62.9195;RBI=0.031826;REFB=0;REVB=0.000432154;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104171;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:49:43:0:0:50:43:0:0 chr14 91316481 . A G 184.23 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00244574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1059;QD=8.18809;RBI=0.0185816;REFB=-0.0151388;REVB=0.0184199;RO=65;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687168;STB=0.540951;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0181356;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:14:11:25:40:14:11:25:40 chr14 91316521 . T C 140.55 PASS AF=0.25;AO=20;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00763808;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.381;QD=6.69268;RBI=0.0108797;REFB=-0.00412682;REVB=0.00774774;RO=63;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102175;STB=0.537154;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0122442;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:20:21:0.25:13:7:27:36:13:8:27:36 chr14 91666162 . G A 70.09 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0272484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.613;QD=3.54896;RBI=0.0360665;REFB=-0.00643112;REVB=-0.0236287;RO=65;SAF=6;SAR=7;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134024;STB=0.594452;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0340964;OID=.;OPOS=91666162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:65:66:13:13:0.164557:7:6:37:28:7:6:38:28 chr14 91717334 . C T 605.91 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0058007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.462;QD=29.9215;RBI=0.0091252;REFB=-0.0101936;REVB=0.00704423;RO=28;SAF=21;SAR=32;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448457;STB=0.524328;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00451731;OID=.;OPOS=91717334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:32:21:13:15:32:21:13:15 chr14 91773568 . T C 465.88 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00454529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.926;QD=25.1825;RBI=0.00794211;REFB=-0.0215055;REVB=0.00651287;RO=30;SAF=25;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241069;STB=0.513185;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00885394;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:19:25:18:12:19:25:18:12 chr14 91792386 . A G 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.034705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0503;QD=32.4308;RBI=0.0407775;REFB=-0.0356365;REVB=0.0214095;RO=10;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539237;STB=0.502956;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0216428;OID=.;OPOS=91792386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:17:7:3:7:17:7:3:7 chr14 91883499 . G A 357.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5833;QD=54.9329;RBI=0.0340765;REFB=0;REVB=0.0236225;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046301;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr14 91942087 . AG A,AA 230.46 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=14,4;DP=19;FAO=18,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197742,-0.115632;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.9427,17.3902;QD=48.5177;RBI=0.105131,0.139246;REFB=0,0;REVB=-0.103254,-0.0775802;RO=0;SAF=8,4;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0116848,-0.00602685;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316:14,4:19:18,1:19:0:12,1:6,0:0:0:6:0:8,4:6,0:0:0 chr14 92040793 . C G 1514.82 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3512;QD=62.467;RBI=0.0700146;REFB=-0.107985;REVB=0.0630789;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.507245;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00141725;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:34:62:0:0:34:62:0:1 chr14 92084004 . C A,G 753.07 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102548,0.0254542;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.9377,80.5149;QD=62.7556;RBI=0.0134388,0.0290289;REFB=0,0;REVB=-0.00868556,-0.0139556;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0396691,0.00158101;OID=.,.;OPOS=92084004,92084004;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:0,19:2,27:0:0:0,19:2,27:0:0 chr14 92088016 . G A 1134.76 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.353;QD=60.5206;RBI=0.0234489;REFB=0;REVB=-0.0177559;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16388e-06;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr14 92181405 . G A 668.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.302;QD=62.2208;RBI=0.0416549;REFB=0;REVB=0.013424;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205169;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:28:15:0:0 chr14 92249101 . T C 908.18 PASS AF=0.681034;AO=76;DP=114;FAO=79;FDP=116;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00741316;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.503;QD=31.3165;RBI=0.0200178;REFB=-0.0270733;REVB=0.0185946;RO=37;SAF=30;SAR=46;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123353;STB=0.56124;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0112725;OID=.;OPOS=92249101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:37:37:76:79:0.681034:46:30:22:15:47:32:22:15 chr14 92249126 . G A 1471.4 PASS AF=1;AO=78;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.393;QD=62.6129;RBI=0.0353508;REFB=0;REVB=0.0274417;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116472;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:78:94:1:43:35:0:0:55:39:0:0 chr14 92268615 . T G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.11;QD=57.1748;RBI=0.0763856;REFB=0;REVB=0.0572179;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398282;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr14 92280037 . T C 131.56 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00707036;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.005;QD=10.963;RBI=0.0074973;REFB=0.00482682;REVB=0.00249391;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167729;STB=0.582799;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0297607;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:32:15:16:0.333333:9:6:17:14:9:7:18:14 chr14 92347680 . A G 66.45 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.032415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.15;QD=4.50534;RBI=0.0324321;REFB=-0.00298211;REVB=0.00105213;RO=47;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199653;STB=0.636128;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.01182;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:11:11:0.186441:6:5:29:18:6:5:30:18 chr14 92441066 . C T 1362.47 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.817;QD=61.2347;RBI=0.0326099;REFB=0.00331616;REVB=0.00924902;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=4.5881e-05;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:44:44:0:0:44:44:0:1 chr14 92530513 . C T 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.831;QD=58.4141;RBI=0.0203294;REFB=0;REVB=-0.000872484;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84971e-05;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr14 92537223 . G T 1120.87 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2327;QD=59.7797;RBI=0.0636515;REFB=0;REVB=-0.0038266;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463643;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr14 92537354 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.429;QD=53.2772;RBI=0.063844;REFB=0;REVB=0.0346864;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208181;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:23:0:0:15:23:1:11:4:0:0:14:9:0:0 chr14 92537379 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.023079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.189;QD=18.7441;RBI=0.0329786;REFB=-0.00604344;REVB=0.0235572;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0126827;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr14 92548785 . C T 746.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4617;QD=63.5711;RBI=0.0287565;REFB=0;REVB=-0.0054018;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230177;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr14 92549586 . G A 752.57 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.923;QD=56.7974;RBI=0.0436693;REFB=0;REVB=-0.0433371;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7423e-05;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr14 92559678 . G C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.165;QD=57.1062;RBI=0.0346375;REFB=0;REVB=0.0129789;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8715e-05;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr14 92588002 . T G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0432209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3764;QD=24.4132;RBI=0.0589904;REFB=-0.0385191;REVB=-0.0401476;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195527;STB=0.608529;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00739633;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:9:2:0:5:9:2:0:5 chr14 92792255 . G A 1163.14 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0220749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8671;QD=58.157;RBI=0.0370277;REFB=-0.0817066;REVB=0.0297278;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122936;STB=0.500321;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00134483;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:38:40:0:1:38:40:1:1 chr14 92909073 . T C,G 796.07 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=52,3;DP=56;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451465,-0.00692506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.002,137.134;QD=55.8647;RBI=0.0724932,0.0241238;REFB=0,0;REVB=0.0723525,-0.0231085;RO=0;SAF=32,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.00761e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00308722,0.0553046;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:57:0:0:52,3:56,1:0.982456,0.0175439:20,0:32,3:0:0:22,0:34,1:0:0 chr14 92920371 . C T 2205.15 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.292;QD=61.6826;RBI=0.0231926;REFB=0.0144418;REVB=-0.000862123;RO=1;SAF=57;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562729;STB=0.505881;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-2.10367e-05;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:1:2:141:141:0.986014:84:57:0:1:84:57:0:2 chr14 92958522 . A C 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0225028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.136;QD=10.8308;RBI=0.0594565;REFB=-0.0129849;REVB=-0.0550336;RO=50;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109964;STB=0.563975;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0313617;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:15:11:26:24:15:11:26:24 chr14 93118198 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.029748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.069;QD=11.9212;RBI=0.030289;REFB=-0.00255553;REVB=-0.00569926;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.622323;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00355445;OID=.;OPOS=93118198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:9:7:7:0.4375:4:3:1:6:4:3:2:7 chr14 93118668 . C T 190.96 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.000241046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.148;QD=30.5528;RBI=0.0306584;REFB=-0.0146913;REVB=0.0306575;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814684;STB=0.504499;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000918156;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:3:4:10:8:3:4 chr14 93170693 . T C 48.35 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0555593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6893;QD=4.49794;RBI=0.0576156;REFB=-0.0121937;REVB=-0.0152552;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43064;STB=0.77462;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0558658;OID=.;OPOS=93170693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:42:43:34:35:8:8:0.186047:6:2:21:13:6:2:21:14 chr14 93178191 . A G 1368.23 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0235714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5859;QD=60.1419;RBI=0.0240839;REFB=-0.0121941;REVB=-0.00494186;RO=2;SAF=45;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205952;STB=0.510867;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000752464;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:44:45:2:0:44:45:2:0 chr14 93180727 . A G 49.8 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0176806;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.526;QD=4.15026;RBI=0.0403784;REFB=-0.00460728;REVB=-0.0363017;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631189;STB=0.543368;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0261995;OID=.;OPOS=93180727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:17:23:5:3:17:23 chr14 93263982 . C G 534.93 PASS AF=0.701493;AO=45;DP=65;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0134768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5462;QD=31.9361;RBI=0.0351068;REFB=-0.0221719;REVB=0.032417;RO=20;SAF=24;SAR=21;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103846;STB=0.547855;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0120821;OID=.;OPOS=93263982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:20:20:45:47:0.701493:21:24:7:13:23:24:7:13 chr14 93275841 . A G 154.97 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.039068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2037;QD=22.9592;RBI=0.0573445;REFB=-0.0100922;REVB=0.0419772;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437595;STB=0.748351;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0105147;OID=.;OPOS=93275841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:3:8:3:13:3:8 chr14 93276654 . T C 536.33 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00845538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.633;QD=55.0079;RBI=0.0234048;REFB=-0.0301638;REVB=-0.0218241;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000654733;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:1:1:19:18:1:1 chr14 93398031 . G C 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.807;QD=58.1126;RBI=0.0606731;REFB=0;REVB=0.0571121;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289342;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 93401178 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6864;QD=45.8037;RBI=0.0670122;REFB=0;REVB=0.0519495;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397725;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr14 93407062 . A G 622.88 PASS AF=0.90566;AO=46;DP=51;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0215769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.719;QD=47.0101;RBI=0.046143;REFB=-0.0545923;REVB=0.0407874;RO=5;SAF=22;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223744;STB=0.513422;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0156372;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:53:5:5:46:48:0.90566:24:22:3:2:26:22:3:2 chr14 93412743 . G A 78.77 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=-0.00467968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4182;QD=4.03937;RBI=0.0399363;REFB=-0.0114042;REVB=0.0396612;RO=64;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451324;STB=0.782281;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0327595;OID=.;OPOS=93412743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:5:9:17:47:5:9:17:47 chr14 93673655 . G A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0138743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.153;QD=4.46073;RBI=0.0770305;REFB=-0.00546122;REVB=0.0757707;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04918;STB=0.548228;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0204472;OID=.;OPOS=93673655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:13:11:3:3:14:11 chr14 93694159 . G A 180.32 PASS AF=0.257732;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0229955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.142;QD=7.43584;RBI=0.0246519;REFB=-0.00292731;REVB=-0.00888387;RO=69;SAF=11;SAR=14;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169218;STB=0.595182;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00605644;OID=.;OPOS=93694159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:69:72:25:25:0.257732:14:11:40:29:14:11:41:31 chr14 93943998 . G A 1530.02 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222643;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7578;QD=60.0008;RBI=0.0250773;REFB=0;REVB=0.01154;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991063;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr14 94069644 . A C 119.63 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0266581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3698;QD=5.14558;RBI=0.0309587;REFB=0.00583194;REVB=0.0157412;RO=72;SAF=9;SAR=10;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102589;STB=0.563631;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0236069;OID=.;OPOS=94069644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:72:74:19:19:0.204301:10:9:40:32:10:9:41:33 chr14 94184981 . A T 85.31 PASS AF=0.461538;AO=2;DP=15;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0930663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.425;QD=13.1243;RBI=0.130003;REFB=-0.13579;REVB=0.0907719;RO=13;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601607;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.196625;OID=.;OPOS=94184981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:15:26:13:14:2:12:0.461538:2:0:8:5:7:5:8:6 chr14 94187832 . C T 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0445;QD=57.386;RBI=0.0432832;REFB=-0.0736217;REVB=-0.0351653;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00180176;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:0:1:23:14:0:1 chr14 94401102 . C T 899.57 PASS AF=0.690265;AO=78;DP=113;FAO=78;FDP=113;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00373786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.639;QD=31.8432;RBI=0.00651668;REFB=-0.0164783;REVB=0.00533812;RO=35;SAF=34;SAR=44;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037942;STB=0.520403;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0108497;OID=.;OPOS=94401102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:35:35:78:78:0.690265:44:34:13:22:44:34:13:22 chr14 94405871 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.265;QD=35.5759;RBI=0.0220637;REFB=0;REVB=-0.0154739;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201999;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 94417541 . A G 376.62 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0139346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.7;QD=32.7491;RBI=0.0187723;REFB=-0.0205159;REVB=-0.0125788;RO=15;SAF=20;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151747;STB=0.583036;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0110945;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:11:20:6:9:11:20:6:9 chr14 94421488 . C T 566.29 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000174144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.502;QD=27.2911;RBI=0.00926506;REFB=-0.0134653;REVB=0.00926342;RO=32;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511291;STB=0.527846;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00735676;OID=.;OPOS=94421488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:26:25:18:14:26:25:18:14 chr14 94510964 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1811;QD=57.6763;RBI=0.0394862;REFB=0;REVB=0.0299859;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59753e-05;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr14 94524216 . T C 240.22 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00596985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.894;QD=28.2613;RBI=0.00895665;REFB=-0.0308428;REVB=0.00667701;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082203;STB=0.545413;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0126552;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:5:7:10:12:5:7 chr14 94564035 . A G 771.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119584;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9211;QD=64.3143;RBI=0.0272924;REFB=0;REVB=-0.0245331;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200577;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr14 94564039 . A G 58.33 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0115068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.02;QD=4.76122;RBI=0.0483695;REFB=-0.0141568;REVB=-0.0469809;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318597;STB=0.710079;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0534406;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:6:3:24:16:6:3:24:16 chr14 94564058 . G A 41.05 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0714754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6619;QD=3.73184;RBI=0.0962724;REFB=-0.00628259;REVB=0.0644952;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362067;STB=0.749319;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0394132;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:5:2:22:15:5:2:22:15 chr14 94568224 . C T 86.29 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0115308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7802;QD=4.26104;RBI=0.0205637;REFB=-7.40312e-05;REVB=0.0170266;RO=66;SAF=5;SAR=10;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139597;STB=0.591179;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000706144;OID=.;OPOS=94568224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:10:5:29:37:10:5:29:37 chr14 94582130 . T C,TGGCCATGGC 388.2 PASS AF=0.0857143,0.8;AO=3,27;DP=35;FAO=3,28;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=3,19;FSAR=0,9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0340821,-0.0108303;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,9;MLLD=140.107,246.202;QD=44.3659;RBI=0.0341371,0.0113472;REFB=-0.0789924,-0.0811939;REVB=0.00193578,0.0033856;RO=5;SAF=3,18;SAR=0,9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622974,-0.0440363;STB=0.99422,0.510302;STBP=0.295,0.837;TYPE=snp,ins;VARB=0.0859245,0.0140801;OID=.,.;OPOS=94582130,94582131;OREF=T,-;OALT=C,GGCCATGGC;OMAPALT=C,TGGCCATGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:35:35:5:4:3,27:3,28:0.0857143,0.8:0,9:3,18:4:1:0,9:3,19:3:1 chr14 94582926 . C G 947.04 PASS AF=0.760417;AO=73;DP=96;FAO=73;FDP=96;FR=.;FRO=23;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0346731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1829;QD=39.46;RBI=0.0439742;REFB=-0.0593607;REVB=0.0270464;RO=17;SAF=38;SAR=35;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659437;STB=0.563201;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0149463;OID=.;OPOS=94582926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:17:23:73:73:0.760417:35:38:12:5:35:38:18:5 chr14 94756450 . T A 91.02 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0201758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.711;QD=6.0682;RBI=0.0212078;REFB=-0.0216477;REVB=0.00653521;RO=45;SAF=12;SAR=2;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49533;STB=0.810321;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0314237;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:45:46:14:14:0.233333:2:12:22:23:2:12:23:23 chr14 94756750 . T C 121.53 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.025062;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.33;QD=6.847;RBI=0.0366657;REFB=-0.0191354;REVB=-0.0267633;RO=49;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070016;STB=0.536701;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0669463;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:53:18:18:0.253521:10:8:19:30:10:8:21:32 chr14 94756794 . T C 141.87 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0173449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9995;QD=9.6183;RBI=0.0223429;REFB=-0.0155276;REVB=0.0140841;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195175;STB=0.623525;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0416243;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:40:19:19:0.322034:12:7:21:18:12:7:22:18 chr14 94776221 . A C 1667.12 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183494;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.093;QD=59.5401;RBI=0.0190834;REFB=-0.102682;REVB=0.00524146;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.504761;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000214657;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:112:0:1:111:111:0.991071:52:59:0:0:52:59:0:1 chr14 94844843 . T G 888.39 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0907134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3161;QD=56.4056;RBI=0.0915887;REFB=-0.0851466;REVB=-0.0126325;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00270691;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:1:0:28:34:1:0 chr14 94914578 . C T 97.55 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00828345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.907;QD=3.98168;RBI=0.0250262;REFB=-0.00748173;REVB=-0.0236156;RO=79;SAF=13;SAR=4;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25726;STB=0.682138;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0310192;OID=.;OPOS=94914578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:96:98:79:81:17:17:0.173469:4:13:46:33:4:13:46:35 chr14 94929541 . G A 672.12 PASS AF=0.630435;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.031865;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.406;QD=29.2227;RBI=0.0445333;REFB=-0.0154251;REVB=-0.03111;RO=34;SAF=22;SAR=36;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164643;STB=0.589458;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0116148;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:34:34:58:58:0.630435:36:22:21:13:36:22:21:13 chr14 94931105 . A G 438.52 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00855433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.547;QD=30.243;RBI=0.0287388;REFB=0.0216257;REVB=0.0274361;RO=18;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753676;STB=0.54092;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0063902;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:17:23:8:10:17:23:8:10 chr14 94933473 . C A 556.46 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0160903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.511;QD=30.9145;RBI=0.0161395;REFB=-0.000397164;REVB=0.00125898;RO=23;SAF=19;SAR=30;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814892;STB=0.54416;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000250513;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:30:19:12:11:30:19:12:11 chr14 94933640 . A T 493.12 PASS AF=0.733333;AO=43;DP=59;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0116778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.854;QD=32.8746;RBI=0.0150644;REFB=-0.0225377;REVB=-0.00951658;RO=16;SAF=11;SAR=32;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214485;STB=0.61759;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00381281;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:16:16:43:44:0.733333:32:11:10:6:33:11:10:6 chr14 94933695 . G A 417.24 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00863064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6754;QD=37.0876;RBI=0.0195491;REFB=-0.00604259;REVB=0.0175408;RO=12;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250756;STB=0.636279;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00197271;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:45:45:12:12:33:33:0.733333:22:11:10:2:22:11:10:2 chr14 95033356 . C T 179.85 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0194406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.075;QD=7.34088;RBI=0.0216719;REFB=0.00602973;REVB=-0.00957777;RO=73;SAF=7;SAR=18;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244209;STB=0.648951;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0137707;OID=.;OPOS=95033356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:73:25:25:0.255102:18:7:34:39:18:7:34:39 chr14 95080803 . G A 256.43 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5781;QD=51.2851;RBI=0.125755;REFB=0;REVB=0.123864;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472454;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:7:10:0:0:9:11:0:0 chr14 95107973 . C T 376.44 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.056859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6536;QD=32.7339;RBI=0.0591379;REFB=-0.0563764;REVB=0.0162586;RO=15;SAF=18;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186165;STB=0.601606;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0297908;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:13:18:4:11:13:18:4:11 chr14 95555205 . C T 1263.88 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00877648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5902;QD=59.4766;RBI=0.0371956;REFB=0.0173971;REVB=0.0361453;RO=1;SAF=37;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126284;STB=0.506492;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00131385;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:46:37:1:0:46:38:1:0 chr14 95660242 . A G 435.85 PASS AF=0.714286;AO=34;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0115337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.367;QD=35.5799;RBI=0.0447176;REFB=-0.0104613;REVB=0.0432046;RO=14;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104365;STB=0.559288;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00655585;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:34:35:0.714286:21:13:8:6:22:13:8:6 chr14 95884323 . G A 236.66 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0215957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.185;QD=35.0609;RBI=0.0404797;REFB=-0.001779;REVB=0.0342379;RO=6;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294417;STB=0.516114;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00166545;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:12:9:3:3:12:9:3:3 chr14 95906321 . G A 4074.23 PASS AF=1;AO=255;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240063;FXX=0.0188672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.197;QD=62.6805;RBI=0.0336528;REFB=0;REVB=0.0235841;RO=0;SAF=77;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04589e-05;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:260:0:0:255:260:1:178:77:0:0:179:81:0:0 chr14 95918625 . T C 84.16 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0177665;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3265;QD=4.74124;RBI=0.0192162;REFB=-0.00214709;REVB=-0.00732222;RO=57;SAF=11;SAR=3;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560693;STB=0.848767;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00742155;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:71:71:57:57:14:14:0.197183:3:11:17:40:3:11:17:40 chr14 95921741 . C T 105.45 PASS AF=0.277778;AO=13;DP=52;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00311989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.564;QD=7.81112;RBI=0.0152554;REFB=-0.0150607;REVB=-0.014933;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195846;STB=0.653837;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0444786;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:39:39:13:15:0.277778:4:9:21:18:4:11:21:18 chr14 95923670 . A C 80.72 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0125293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.818;QD=10.7633;RBI=0.0148447;REFB=-0.0111097;REVB=-0.00796122;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144092;STB=0.538391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0261143;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:29:30:19:19:10:11:0.366667:7:3:8:11:7:4:8:11 chr14 95999820 . T C 1418.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058875;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.468;QD=63.0417;RBI=0.00635012;REFB=0;REVB=-0.00237937;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3258e-05;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr14 96131432 . A G 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0342452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2459;QD=11.1268;RBI=0.0435852;REFB=-0.0149812;REVB=-0.0269617;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295802;STB=0.676859;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.022651;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:13:4:16:18:13:4:16:18 chr14 96505876 . TCCCCCCCA TCCCCCCA,TCCCCCCAC 120.21 PASS AF=0.642857,0;AO=33,4;DP=77;FAO=45,0;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=21,0;FSAR=24,0;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0304751,-0.031053;FXX=0.11391;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.99071,15.3968;QD=6.86939;RBI=0.0867758,0.0669977;REFB=-0.122107,-0.0830721;REVB=0.0812484,-0.0593667;RO=23;SAF=16,0;SAR=17,4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0275134,-0.642669;STB=0.533319,0.5;STBP=0.471,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.159648,0.136351;OID=.,.;OPOS=96505877,96505883;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCCCCCA,TCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857,0:33,4:77:45,0:70:25:21,0:24,0:14:11:74:23:16,0:17,4:12:11 chr14 96556914 . T C 1107.35 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.744;QD=59.0587;RBI=0.0495815;REFB=-0.0890795;REVB=0.0495482;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708921;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr14 96557121 . T C 437.09 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0962;QD=56.3985;RBI=0.0580633;REFB=0;REVB=-0.0231132;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143717;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr14 96557873 . G T 986.73 PASS AF=0.972603;AO=66;DP=69;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0403537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1331;QD=54.0676;RBI=0.0723925;REFB=-0.121682;REVB=0.060102;RO=3;SAF=34;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398792;STB=0.513885;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00584023;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:73:3:2:66:71:0.972603:32:34:3:0:36:35:2:0 chr14 96558235 . T C 716.37 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=2.82607e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0876;QD=51.1692;RBI=0.0385091;REFB=0.02768;REVB=0.0385091;RO=3;SAF=34;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275857;STB=0.501466;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00720263;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:19:34:2:1:19:34:2:1 chr14 96558881 . C G 1555.83 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115504;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.097;QD=64.1579;RBI=0.0212932;REFB=0;REVB=0.0178882;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66129e-06;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr14 96559723 . G A 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.775;QD=62.0197;RBI=0.0317063;REFB=0.0521883;REVB=0.0202128;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977519;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-3.43137e-05;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:48:45:0:1:48:45:0:1 chr14 96559791 . C T 805.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.502;QD=64.4017;RBI=0.0453215;REFB=0;REVB=0.00036018;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97896e-05;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr14 96560092 . G A 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8388;QD=59.14;RBI=0.0366354;REFB=0;REVB=-0.0242998;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376832;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGACGGTGGGGAC GGGTGGGGACG,GGGTGGGGAC 926.44 PASS AF=0.0128205,0.974359;AO=9,52;DP=90;FAO=1,76;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=1,44;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280758,0.0382828;FXX=0.18748;HRUN=2,2;LEN=8,9;MLLD=203.86,214.571;QD=47.5097;RBI=0.0449181,0.0566696;REFB=-0.0227195,-0.042037;REVB=0.0350625,0.0417836;RO=0;SAF=6,28;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.989913,0.50769;STBP=0.496,0.304;TYPE=del,del;VARB=-0.00485255,0.000480692;OID=.,.;OPOS=96671218,96671208;OREF=GTGGGGAC,GGTGGGGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GGGTGGGGACG,GGGTGGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0128205,0.974359:9,52:90:1,76:78:1:1,44:0,32:0:1:6:0:6,28:3,24:0:0 chr14 96707457 . A G 808.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9151;QD=56.7069;RBI=0.0247659;REFB=0;REVB=0.0101286;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218041;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr14 96708667 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.939;QD=56.9566;RBI=0.0272798;REFB=0;REVB=0.0158049;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76763e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr14 96709230 . G A 989.99 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5372;QD=59.1039;RBI=0.0138973;REFB=0;REVB=-0.00826552;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131561;OID=.;OPOS=96709230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:23:42:0:0:25:42:0:0 chr14 96709359 . A AC 469.05 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4439;QD=43.6329;RBI=0.100944;REFB=-0.0336273;REVB=0.0886132;RO=7;SAF=17;SAR=24;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00884748;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:49:43:43:0:17:26:0:0:7:7:17:24:4:3 chr14 96730142 . A G 2409.64 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.363;QD=61.0036;RBI=0.025386;REFB=0;REVB=-0.0230025;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66279e-05;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:158:0:0:155:158:1:89:66:0:0:90:68:0:0 chr14 96734831 . G T 349.25 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00807789;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.182;QD=17.247;RBI=0.0156778;REFB=-0.00338196;REVB=-0.0134365;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120863;STB=0.573578;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00477086;OID=.;OPOS=96734831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:44:36:37:0.45679:16:20:19:25:16:21:19:25 chr14 96742603 . G A 655.91 PASS AF=0.556522;AO=63;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0454999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7895;QD=22.8143;RBI=0.0756929;REFB=0.01049;REVB=0.0604911;RO=51;SAF=19;SAR=44;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030345;STB=0.519058;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00837941;OID=.;OPOS=96742603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:63:64:0.556522:44:19:17:34:45:19:17:34 chr14 96751010 . T C 356.51 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0317908;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.453;QD=16.0231;RBI=0.0385462;REFB=-0.0190576;REVB=-0.021798;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170222;STB=0.505465;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0250745;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:51:38:38:0.426966:16:22:28:19:16:22:30:21 chr14 96771959 . A G 1592.39 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102194;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6553;QD=60.0901;RBI=0.0293601;REFB=0;REVB=0.0275241;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49725e-05;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:47:59:0:0:47:59:0:0 chr14 96777468 . G C 1180.73 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212504;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.606;QD=61.3366;RBI=0.0280249;REFB=0;REVB=0.0182706;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84212e-05;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:31:45:0:0:31:46:0:0 chr14 96781912 . T C 1871.88 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1451;QD=60.3833;RBI=0.0478632;REFB=-0.0204764;REVB=-0.0420224;RO=1;SAF=56;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840784;STB=0.504424;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000726214;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:122:123:0.991935:66:56:1:0:67:56:1:0 chr14 96797724 . G A 1714.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.649;QD=60.1488;RBI=0.0155574;REFB=0;REVB=0.00623298;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151537;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:56:56:0:0:56:58:0:0 chr14 96829290 . G A 1620.02 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0036413;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.403;QD=57.3459;RBI=0.00733718;REFB=0.03574;REVB=-0.00636987;RO=2;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148309;STB=0.502549;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000472716;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:2:3:110:110:0.973451:63:47:0:2:63:47:1:2 chr14 96922752 . C G 1510.47 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.471;QD=63.5988;RBI=0.0673616;REFB=0;REVB=0.0669983;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85349e-05;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr14 97033344 . T C 364.71 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0406121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8717;QD=11.3089;RBI=0.0542326;REFB=-0.0204559;REVB=0.035942;RO=83;SAF=26;SAR=19;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546216;STB=0.535599;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0385734;OID=.;OPOS=97033344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:84:45:45:0.348837:19:26:44:39:19:26:44:40 chr14 97104758 . A G 152.5 PASS AF=0.225225;AO=21;DP=107;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.00464925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.962;QD=5.4955;RBI=0.00615593;REFB=-0.00874968;REVB=0.00403485;RO=86;SAF=5;SAR=16;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394911;STB=0.742975;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0383115;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:86:86:21:25:0.225225:16:5:47:39:19:6:47:39 chr14 97299853 . A G 423.85 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00242285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8495;QD=23.8788;RBI=0.041485;REFB=-0.0171684;REVB=-0.0414142;RO=30;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454676;STB=0.529559;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0156719;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:30:30:40:41:0.577465:21:19:16:14:22:19:16:14 chr14 97321689 . C T 636.3 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0156538;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8035;QD=18.1801;RBI=0.0513664;REFB=-0.0017532;REVB=-0.048923;RO=75;SAF=31;SAR=34;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158536;STB=0.5088;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00102826;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:75:65:65:0.464286:34:31:37:38:34:31:37:38 chr14 97410013 . T C 103.89 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0145361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.327;QD=10.1357;RBI=0.0147933;REFB=-0.00166356;REVB=0.00274653;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043696;STB=0.526275;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00422454;OID=.;OPOS=97410013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:14:14:7:6:14:14 chr14 98112541 . T G 787.61 PASS AF=0.429268;AO=87;DP=203;FAO=88;FDP=205;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=0.0227203;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.582;QD=15.368;RBI=0.022752;REFB=-0.0196361;REVB=0.00119999;RO=116;SAF=43;SAR=44;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058867;STB=0.5317;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0226438;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:116:117:87:88:0.429268:44:43:64:52:44:44:65:52 chr14 98218276 . G A 218.53 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0168172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5094;QD=31.2192;RBI=0.0280393;REFB=-0.0216769;REVB=-0.0224363;RO=8;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306118;STB=0.668944;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0181834;OID=.;OPOS=98218276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:6:14:1:7:6:14:1:7 chr14 98435696 . T C 4684.51 PASS AF=1;AO=299;DP=303;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135716;FXX=0.0162861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.521;QD=62.0465;RBI=0.0551983;REFB=-0.0160533;REVB=0.0535039;RO=0;SAF=129;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39142e-05;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:303:302:0:0:299:302:1:170:129:0:0:171:131:0:0 chr14 98444369 . T C 1617.2 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00558719;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.16;QD=59.3469;RBI=0.00611427;REFB=0.040186;REVB=0.00248345;RO=1;SAF=60;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784589;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-4.22734e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:48:60:1:0:48:60:1:0 chr14 98817896 . T C 389.65 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0432528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.395;QD=13.2085;RBI=0.0474748;REFB=0.00342264;REVB=0.0195719;RO=71;SAF=32;SAR=14;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200059;STB=0.610443;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00468868;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:71:72:46:46:0.389831:14:32:37:34:14:32:38:34 chr14 99638736 . ATTTTTTTTTTTTTTAC ATTTTTTTTTTAC,ATTTTTTTTTTATTTAC,ATTTTTTTTTTTAC,ATTTTTTTTTTTATTCT,ATTTTTTTTTTTTAC,ATTTTTTTTTTTTATCT,ATTTTTTTTTTTTATTC 354.08 PASS AF=0.0208333,0,0.333333,0,0.291667,0.0833333,0.270833;AO=7,2,7,2,7,2,2;DP=49;FAO=1,0,16,0,14,4,13;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3,0,7,4,13;FSAR=1,0,13,0,7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.200533,-0.175859,-0.267644,-0.217705,-0.398589,-0.304292,-0.26465;FXX=0.058812;HRUN=14,14,14,14,14,14,14;LEN=4,1,3,5,2,4,3;MLLD=8.28115,105.227,7.41276,107.191,5.56443,102.318,99.0379;QD=29.5067;RBI=0.200784,0.175899,0.26793,0.217716,0.399187,0.304299,0.264659;REFB=-0.103961,-0.0962486,-0.120015,-0.119355,-0.130133,-0.138011,-0.137761;REVB=0.0100472,0.00374324,0.0123783,0.00215767,0.0218432,0.00213194,0.00213628;RO=0;SAF=0,2,3,2,1,2,2;SAR=7,0,4,0,6,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.0234219,0.114066,0.0822299,0.101635,0.0472498,0.0340726,-0.19354;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=99638737,99638747,99638737,99638748,99638737,99638749,99638749;OREF=TTTT,T,TTT,TTTAC,TT,TTAC,TTA;OALT=-,A,-,ATTCT,-,ATCT,ATT;OMAPALT=ATTTTTTTTTTAC,ATTTTTTTTTTATTTAC,ATTTTTTTTTTTAC,ATTTTTTTTTTTATTCT,ATTTTTTTTTTTTAC,ATTTTTTTTTTTTATCT,ATTTTTTTTTTTTATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/7:0.0208333,0,0.333333,0,0.291667,0.0833333,0.270833:7,2,7,2,7,2,2:49:1,0,16,0,14,4,13:48:0:0,0,3,0,7,4,13:1,0,13,0,7,0,0:0:0:52:0:0,2,3,2,1,2,2:7,0,4,0,6,0,0:0:0 chr14 99642360 . C G 140.47 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00126327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4238;QD=21.6103;RBI=0.00625789;REFB=-0.00782079;REVB=0.00612905;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593147;STB=0.571334;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00848546;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:9:11:15:15:0.576923:8:7:5:4:8:7:7:4 chr14 100039109 . C G 320.26 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0117594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.861;QD=10.3308;RBI=0.0195637;REFB=-0.00933811;REVB=-0.0156351;RO=79;SAF=24;SAR=17;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768266;STB=0.537582;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0188124;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:79:83:41:41:0.330645:17:24:41:38:17:24:44:39 chr14 100070030 . G A 116.05 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0374532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.004;QD=14.0664;RBI=0.126562;REFB=-0.0372224;REVB=0.120893;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.507032;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0417617;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:19:19:12:14:0.424242:5:7:12:7:5:9:12:7 chr14 100141689 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.3;QD=56.7057;RBI=0.0492035;REFB=0;REVB=0.0468285;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367834;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr14 100331876 . T C 62.29 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0343244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.563;QD=3.95495;RBI=0.0632746;REFB=-0.00130503;REVB=0.0531555;RO=52;SAF=8;SAR=3;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247054;STB=0.66635;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00887524;OID=.;OPOS=100331876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:52:52:11:11:0.174603:3:8:28:24:3:8:28:24 chr14 100375707 . C T 1047.79 PASS AF=0.715447;AO=87;DP=123;FAO=88;FDP=123;FR=.;FRO=35;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0379175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2938;QD=34.0744;RBI=0.0415981;REFB=-0.000850576;REVB=-0.0171074;RO=35;SAF=41;SAR=46;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114295;STB=0.559103;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-1.69221e-05;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:35:35:87:88:0.715447:46:41:24:11:46:42:24:11 chr14 100380948 . T C 621.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.081;QD=60.6095;RBI=0.0511282;REFB=0;REVB=0.0108592;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211586;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr14 100411774 . G A 618.53 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183616;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.69;QD=61.853;RBI=0.0184104;REFB=0;REVB=0.0013401;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253271;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr14 100563943 . G A 800.21 PASS AF=0.6875;AO=64;DP=95;FAO=66;FDP=96;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00296457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.679;QD=33.3421;RBI=0.010363;REFB=0.000524069;REVB=-0.00992991;RO=29;SAF=26;SAR=38;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045401;STB=0.524047;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000223854;OID=.;OPOS=100563943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:29:30:64:66:0.6875:38:26:14:15:38:28:15:15 chr14 100615665 . T C 1517.15 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0294776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.128;QD=55.6753;RBI=0.0454142;REFB=-0.116945;REVB=0.0345474;RO=4;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332658;STB=0.517541;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000660297;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:55:50:0:4:55:50:0:4 chr14 100625902 . C T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0986;QD=56.6972;RBI=0.0587517;REFB=0;REVB=0.0584394;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804779;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr14 100758502 . G A 1485.56 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339817;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.368;QD=58.2572;RBI=0.0359952;REFB=0.0253314;REVB=-0.0118701;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.506172;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000312613;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:102:0:1:99:101:0.990196:39:60:0:0:40:61:0:1 chr14 100759046 . C A 55.57 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0267832;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.075;QD=9.66452;RBI=0.0271433;REFB=-0.0152947;REVB=-0.00440679;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379089;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0111642;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:9:6:6:2:9:6 chr14 100765153 . GA G,GG 59.01 PASS AF=0.357143,0.142857;AO=9,4;DP=27;FAO=10,4;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6,1;FSAR=4,3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.173647,0.159974;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.34033,26.6129;QD=8.42986;RBI=0.190199,0.219719;REFB=-0.0919957,-0.0656198;REVB=0.0776038,0.150615;RO=12;SAF=6,1;SAR=3,3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.438863;STB=0.526264,0.788121;STBP=0.86,0.254;TYPE=del,snp;VARB=0.0900428,0.0127038;OID=.,.;OPOS=100765154,100765154;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.142857:9,4:27:10,4:28:14:6,1:4,3:9:5:32:12:6,1:3,3:8:4 chr14 100785617 . C T 37.71 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00520597;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4342;QD=2.79333;RBI=0.0259186;REFB=-0.0172136;REVB=0.0253904;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247801;STB=0.682524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.126056;OID=.;OPOS=100785617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:54:47:47:7:7:0.12963:2:5:24:23:2:5:24:23 chr14 100792482 . C A 1140.25 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.287;QD=60.0134;RBI=0.0571813;REFB=0;REVB=0.0247328;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163934;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:38:36:0:0:40:36:0:0 chr14 100795139 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.705;QD=49.5992;RBI=0.0632004;REFB=0;REVB=0.0219367;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583576;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr14 100808812 . CGCCCT CGCCCC,CGCCT,CGCT,GCGCCT 183.94 PASS AF=0.0882353,0.411765,0.147059,0;AO=3,6,6,3;DP=31;FAO=3,14,5,0;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=3,13,5,0;FSAR=0,1,0,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0432655,-0.207776,-0.107623,-0.25322;FXX=0;HRUN=1,3,3,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=54.9656,15.8609,24.0248,20.5242;QD=21.64;RBI=0.0450728,0.214509,0.111487,0.262179;REFB=0.0108489,-0.0960284,-0.0517727,-0.0402999;REVB=0.0126356,-0.0533226,-0.0290992,-0.0679549;RO=12;SAF=3,5,6,3;SAR=0,1,0,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.725474,0.583773,0.792717,0.725474;STB=0.997336,0.889752,0.998118,0.5;STBP=0.018,0,0.003,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.0902006,-0.0836387,0.0819692,0;OID=.,.,.,.;OPOS=100808817,100808814,100808814,100808812;OREF=T,C,CC,CGC;OALT=C,-,-,GCG;OMAPALT=CGCCCC,CGCCT,CGCT,GCGCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:31:34:12:12:3,6,6,3:3,14,5,0:0.0882353,0.411765,0.147059,0:0,1,0,0:3,5,6,3:3:9:0,1,0,0:3,13,5,0:3:9 chr14 100808845 . G A 875.89 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728781;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.853;QD=58.3924;RBI=0.0560416;REFB=0;REVB=0.0555657;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350322;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:58:60:1:31:27:0:0:33:27:0:0 chr14 100832391 . T C 958.56 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.318;QD=57.2275;RBI=0.0412455;REFB=0.0447073;REVB=0.0385725;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000109532;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:41:24:0:1:42:24:0:1 chr14 100847523 . T C 449.96 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000227765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6198;QD=48.6443;RBI=0.0268142;REFB=-0.0208717;REVB=-0.0268132;RO=4;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305474;STB=0.516398;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00567098;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:20:13:1:3:20:13:1:3 chr14 100847707 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.124;QD=61.6948;RBI=0.0107164;REFB=0;REVB=0.000906762;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29168e-05;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:38:44:0:0 chr14 100847930 . A G 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.689;QD=64.1472;RBI=0.0284703;REFB=0;REVB=0.00183624;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103951;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr14 100996312 . T C 76.99 PASS AF=0.314286;AO=9;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0141352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.278;QD=8.79911;RBI=0.0199769;REFB=-0.0201317;REVB=-0.0141163;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115465;STB=0.675404;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0445217;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:34:35:24:24:9:11:0.314286:6:3:6:18:6:5:5:19 chr14 101005215 . T C 33.04 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0101697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.154;QD=2.87346;RBI=0.0529424;REFB=-0.0155145;REVB=-0.0519565;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284016;STB=0.646563;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.107826;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:26:40:6:6:0.130435:3:3:19:7:2:4:20:20 chr14 101138230 . A C 765.92 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0143955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3029;QD=51.927;RBI=0.0605513;REFB=-0.00941638;REVB=0.0588152;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376775;STB=0.519993;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00328685;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:58:59:2:2:56:57:0.966102:32:24:2:0:33:24:2:0 chr14 101198417 . A G 1553.73 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141152;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.213;QD=64.0715;RBI=0.0207609;REFB=0;REVB=0.0152242;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79824e-06;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:40:55:0:0:40:57:0:0 chr14 101200645 . T C 394.85 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.577;QD=52.6463;RBI=0.012047;REFB=-0.0466887;REVB=-0.00339161;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00138231;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:27:28:0.933333:19:8:0:1:19:9:0:1 chr14 101349017 . A G 248.46 PASS AF=0.276923;AO=36;DP=129;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.00702713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6021;QD=7.645;RBI=0.0320535;REFB=-0.00689342;REVB=-0.0312737;RO=93;SAF=15;SAR=21;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336027;STB=0.506575;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0149925;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:93:94:36:36:0.276923:21:15:39:54:21:15:40:54 chr14 101349764 . C T 47.23 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.00262992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.989;QD=2.95175;RBI=0.00793006;REFB=-0.000495465;REVB=0.00748127;RO=55;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232773;STB=0.660685;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00835793;OID=.;OPOS=101349764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:5:4:35:20:5:4:35:20 chr14 101350298 . T C 184.71 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0369369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7624;QD=12.1124;RBI=0.037188;REFB=0.00386033;REVB=-0.00431438;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497535;STB=0.502855;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0074332;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:38:22:23:0.377049:10:12:19:19:11:12:20:18 chr14 101350670 . C CTCT,T 112.21 PASS AF=0.175439,0.00877193;AO=16,4;DP=113;FAO=20,1;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=4,1;FSAR=16,0;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0460939,-0.0169515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=122.696,202.613;QD=3.93733;RBI=0.0460973,0.019747;REFB=-0.0068914,-0.00504535;REVB=-0.000555034,-0.0101287;RO=93;SAF=4,1;SAR=12,3;SRF=51;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.373015,-0.245104;STB=0.791071,0.989166;STBP=0.007,0.498;TYPE=ins,snp;VARB=0.0218518,0.0270386;OID=.,.;OPOS=101350671,101350670;OREF=-,C;OALT=TCT,T;OMAPALT=CTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:93:93:16,4:20,1:0.175439,0.00877193:12,3:4,1:51:42:16,0:4,1:51:42 chr14 101350856 . A G 119.98 PASS AF=0.158228;AO=22;DP=155;FAO=25;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.0136719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.321;QD=3.03747;RBI=0.0192427;REFB=-0.00481496;REVB=-0.0135411;RO=132;SAF=16;SAR=6;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310819;STB=0.634039;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0388453;OID=.;OPOS=101350856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:132:133:22:25:0.158228:6:16:64:68:9:16:64:69 chr14 101522556 . T C 1668.97 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210176;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.866;QD=60.143;RBI=0.0385344;REFB=0;REVB=-0.038477;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28529e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:56:54:0:0:56:55:0:0 chr14 102029358 . C CT 167.49 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0569812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0448;QD=23.102;RBI=0.0570639;REFB=0.0394933;REVB=0.00306971;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25187;STB=0.654516;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=-0.0169819;OID=.;OPOS=102029359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:19:31:20:29:9:14:6:2:7:47:12:13:6:4:8 chr14 102198187 . C T 707.22 PASS AF=0.74359;AO=57;DP=78;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0904766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5186;QD=36.2675;RBI=0.105009;REFB=-0.00445128;REVB=0.0532994;RO=21;SAF=8;SAR=49;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271155;STB=0.652113;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00232023;OID=.;OPOS=102198187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:21:20:57:58:0.74359:49:8:10:11:50:8:10:10 chr14 102391577 . G C 174.92 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0446182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.404;QD=9.455;RBI=0.0750057;REFB=-0.0311745;REVB=-0.0602916;RO=50;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148877;STB=0.586399;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0742683;OID=.;OPOS=102391577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:15:9:13:37:15:9:13:37 chr14 102463407 . A G 2130.06 PASS AF=0.942675;AO=148;DP=157;FAO=148;FDP=157;FR=.;FRO=9;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0148435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.801;QD=54.269;RBI=0.0151434;REFB=-0.142376;REVB=-0.00299851;RO=0;SAF=61;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534346;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00116333;OID=.;OPOS=102463407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:157:157:0:9:148:148:0.942675:87:61:0:0:87:61:9:0 chr14 102493761 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3157;QD=57.1025;RBI=0.0522596;REFB=0;REVB=0.00586396;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364422;OID=.;OPOS=102493761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr14 102514227 . T C 578.34 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549001;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.672;QD=57.8336;RBI=0.0571646;REFB=-0.163031;REVB=0.0159303;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00414209;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:13:25:1:0:13:26:1:0 chr14 102550803 . G A 338.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4106;QD=54.143;RBI=0.0436028;REFB=0;REVB=0.0424258;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633615;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr14 102568296 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0954;QD=60.376;RBI=0.0531361;REFB=0;REVB=-0.0527611;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232997;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr14 102568367 . T A 791.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.192;QD=56.5467;RBI=0.0570188;REFB=0;REVB=0.0526998;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123458;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:29:27:0:0 chr14 102808655 . G C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00121134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.051;QD=6.39442;RBI=0.00779957;REFB=-0.0160783;REVB=-0.00770493;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200736;STB=0.666297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0511567;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:26:29:9:9:0.236842:3:6:13:13:3:6:13:16 chr14 102814945 . G A 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00829607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.793;QD=8.61269;RBI=0.0308442;REFB=-0.00422264;REVB=0.0297076;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138278;STB=0.58201;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0094634;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:10:10:18:29:10:10:18:29 chr14 102815042 . C T 443.16 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0504968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.374;QD=35.4527;RBI=0.0512319;REFB=-0.00408417;REVB=-0.00864771;RO=15;SAF=17;SAR=18;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121591;STB=0.565979;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00263075;OID=.;OPOS=102815042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:18:17:4:11:18:17:4:11 chr14 102894593 . G A,T 455.07 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164046,0.00158717;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.3924,32.7646;QD=56.8836;RBI=0.0550517,0.00795149;REFB=0,0;REVB=0.0525507,0.00779148;RO=0;SAF=16,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000234742,0.101683;OID=.,.;OPOS=102894593,102894593;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:14,0:16,2:0:0:14,0:16,2:0:0 chr14 102901201 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.277;QD=19.1341;RBI=0.0282184;REFB=-0.0344821;REVB=0.0282184;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155144;OID=.;OPOS=102901201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr14 103161736 . A AG,G 767.97 PASS AF=1,0;AO=51,6;DP=60;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407464,-0.0231254;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.1384,4.55772;QD=51.1976;RBI=0.10127,0.181282;REFB=0,0;REVB=-0.0927112,-0.179801;RO=2;SAF=29,1;SAR=22,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00496269,-0.209294;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00256787,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:2:0:51,6:60,0:1,0:22,5:29,1:1:1:28,0:32,0:0:0 chr14 103195365 . G C 140.9 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0163405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.918;QD=5.21855;RBI=0.0405242;REFB=-0.0108955;REVB=-0.0370837;RO=84;SAF=15;SAR=8;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319216;STB=0.700768;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0450378;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:84:85:23:23:0.212963:8:15:33:51:8:15:33:52 chr14 103342049 . T C 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00798481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.677;QD=2.28955;RBI=0.0080173;REFB=-0.00408161;REVB=0.000721044;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130803;STB=0.59503;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0367721;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:4:5:29:36:4:5:29:36 chr14 103370114 . CGGGGC CGC,CGGGC,CGGGGT 321.26 PASS AF=0.125,0.4375,0.25;AO=6,16,11;DP=48;FAO=6,21,12;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=6,12,5;FSAR=0,9,7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0184489,-0.0532293,0.00556634;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=3,1,1;MLLD=33.8039,10.9234,149.858;QD=26.7714;RBI=0.0196896,0.0562205,0.0138168;REFB=-0.0811451,-0.20484,-0.0627445;REVB=0.00687874,0.0180938,-0.0126459;RO=10;SAF=6,8,4;SAR=0,8,7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.823519,0.277055,0.25877;STB=0.998443,0.635389,0.640819;STBP=0,0.044,0.212;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0856715,0.0147342,0.0343733;OID=.,.,.;OPOS=103370115,103370115,103370119;OREF=GGG,G,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=CGC,CGGGC,CGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.125,0.4375,0.25:6,16,11:48:6,21,12:48:9:6,12,5:0,9,7:1:8:99:10:6,8,4:0,8,7:1:9 chr14 103370163 . C T 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0026147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.948;QD=6.0144;RBI=0.0592126;REFB=-0.0202927;REVB=0.0591548;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242332;STB=0.653389;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0309453;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:9:4:22:22:9:4:22:22 chr14 103566785 . C T 195.48 PASS AF=0.215278;AO=31;DP=144;FAO=31;FDP=144;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=0.00427003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.052;QD=5.43007;RBI=0.00581233;REFB=-0.00790818;REVB=0.00394335;RO=112;SAF=17;SAR=14;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527574;STB=0.535497;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0354962;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:112:113:31:31:0.215278:14:17:66:46:14:17:67:46 chr14 103566835 . C G 162.46 PASS AF=0.225;AO=23;DP=116;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.00393702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.414;QD=5.41533;RBI=0.00717153;REFB=-0.0102045;REVB=-0.00599422;RO=92;SAF=10;SAR=13;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218041;STB=0.573595;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0456907;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:92:93:23:27:0.225:13:10:56:36:13:14:57:36 chr14 103566904 . G A 831.56 PASS AF=0.738636;AO=65;DP=92;FAO=65;FDP=88;FR=.;FRO=23;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00591417;FXX=0.063823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.067;QD=37.7983;RBI=0.0529591;REFB=-0.0352307;REVB=0.0526279;RO=23;SAF=43;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739194;STB=0.539736;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0129811;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:23:23:65:65:0.738636:22:43:12:11:22:43:12:11 chr14 103568614 . T A 351.59 PASS AF=0.305195;AO=47;DP=150;FAO=47;FDP=154;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=76;FWDB=0.00501665;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.821;QD=9.13217;RBI=0.00513761;REFB=-0.0106664;REVB=-0.00110827;RO=101;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352976;STB=0.716154;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0212837;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:101:107:47:47:0.305195:18:29:31:70:18:29:31:76 chr14 103576395 . G A 1375.83 PASS AF=0.785185;AO=105;DP=136;FAO=106;FDP=135;FR=.;FRO=29;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0135993;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9788;QD=40.7654;RBI=0.101042;REFB=-0.0189624;REVB=0.100123;RO=29;SAF=58;SAR=47;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139131;STB=0.508473;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00511796;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:29:29:105:106:0.785185:47:58:17:12:48:58:17:12 chr14 103576415 . A G 148.61 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0527696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7596;QD=4.95368;RBI=0.0600349;REFB=-0.0286709;REVB=-0.0286279;RO=95;SAF=13;SAR=12;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452846;STB=0.528292;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0963553;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:95:95:25:25:0.208333:12:13:46:49:12:13:46:49 chr14 103576443 . TC CG 934.42 PASS AF=0.757895;AO=70;DP=94;FAO=72;FDP=95;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0138307;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.913;QD=39.3441;RBI=0.0192425;REFB=-0.0158626;REVB=0.0133786;RO=23;SAF=34;SAR=36;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166273;STB=0.512006;STBP=0.702;TYPE=mnp;VARB=0.00539434;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:23:23:70:72:0.757895:36:34:12:11:38:34:12:11 chr14 103576775 . C T 323.2 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00171546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.952;QD=25.3491;RBI=0.00464013;REFB=-0.0275041;REVB=0.00431138;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512657;STB=0.52816;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0115857;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:18:13:7:13:18:13:7:13 chr14 103602278 . A G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0125354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.148;QD=5.21556;RBI=0.0153205;REFB=0.000148499;REVB=0.00880803;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4812;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.000668821;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:12:9:5:1:12:9 chr14 103808153 . A G 606.76 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0118716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.324;QD=27.5801;RBI=0.022954;REFB=-0.0498503;REVB=0.0196457;RO=32;SAF=30;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144296;STB=0.58894;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0273318;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:34:54:54:0.613636:24:30:11:21:24:30:11:23 chr14 103808199 . T TAAAC 227.63 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0263873;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=4;MLLD=274.909;QD=14.4524;RBI=0.0382204;REFB=-0.00238537;REVB=-0.0276498;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169828;STB=0.589409;STBP=0.243;TYPE=ins;VARB=0.00422299;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:26:69:27:63:36:14:13:13:23:99:41:13:13:14:27 chr14 103808472 . C T 251.92 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.116581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3122;QD=34.7477;RBI=0.119097;REFB=0.00304198;REVB=-0.0243491;RO=7;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886294;STB=0.50485;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0117929;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:13:9:3:4:13:9:3:4 chr14 103852725 . C T 510.63 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.068007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.93;QD=35.2158;RBI=0.0681165;REFB=0.00505246;REVB=-0.00386212;RO=14;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092017;STB=0.549483;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00400403;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:26:18:3:11:26:18:3:11 chr14 103923475 . A G 51.2 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0262861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1568;QD=5.53529;RBI=0.0262875;REFB=-0.0438359;REVB=-0.000264486;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217095;STB=0.621336;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0563779;OID=.;OPOS=103923475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:4:4:19:9:4:4:19:10 chr14 103934488 . T C 1324.9 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00215772;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.797;QD=60.9147;RBI=0.00825841;REFB=-0.0736777;REVB=-0.00797155;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-5.04933e-06;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:45:41:0:0:45:41:1:0 chr14 103986255 . C T 954.49 PASS AF=0.845238;AO=64;DP=77;FAO=71;FDP=84;FR=.;FRO=13;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0410304;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.975;QD=45.4519;RBI=0.071088;REFB=-0.0250431;REVB=0.0580518;RO=13;SAF=43;SAR=21;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641038;STB=0.530692;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00495223;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:77:84:13:13:64:71:0.845238:21:43:11:2:23:48:11:2 chr14 103996396 . G A 1145.91 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785076;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.71;QD=60.311;RBI=0.0805822;REFB=0;REVB=0.0181671;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418079;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:76:0:0:74:76:1:37:37:0:0:39:37:0:0 chr14 104001517 . G A 314.2 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00610854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.111;QD=30.6533;RBI=0.0199748;REFB=-0.0221017;REVB=-0.0190178;RO=13;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476576;STB=0.534496;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00987633;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:14:27:27:0.658537:8:19:10:3:8:19:11:3 chr14 104158686 . C T 144.59 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00153926;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.281;QD=6.96823;RBI=0.00548093;REFB=-0.00136754;REVB=0.00526035;RO=57;SAF=12;SAR=9;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930954;STB=0.507036;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00395735;OID=.;OPOS=104158686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:57:62:21:21:0.253012:9:12:33:24:9:12:36:26 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 348.45 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495881;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=12;MLLD=438.814;QD=55.7527;RBI=0.020799;REFB=0;REVB=0.0201992;RO=9;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.6992e-05;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:35:25:25:0:13:12:0:0:3:9:13:11:9:0 chr14 104194196 . C G 2511.08 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.19;QD=61.6215;RBI=0.0335124;REFB=0;REVB=0.0326428;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26669e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:76:87:0:0:76:87:0:0 chr14 104201549 . C T 100.64 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0270868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5179;QD=4.47307;RBI=0.0282776;REFB=-0.0111021;REVB=0.00811956;RO=73;SAF=8;SAR=9;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011189;STB=0.5072;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0506165;OID=.;OPOS=104201549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:9:8:35:38:9:8:35:38 chr14 104429453 . A G 1098.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.854;QD=60.1816;RBI=0.055091;REFB=0;REVB=0.0529288;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120265;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr14 104465037 . T C 1170.67 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0216042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.004;QD=57.1057;RBI=0.10134;REFB=0.0407379;REVB=0.09901;RO=3;SAF=32;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423298;STB=0.522382;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0176303;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:47:32:3:0:47:32:3:0 chr14 104480201 . C A 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.06;QD=59.8484;RBI=0.0248289;REFB=0;REVB=-0.00115466;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97689e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr14 104559552 . G C 476.36 PASS AF=0.784314;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0410914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.393;QD=37.3613;RBI=0.0478848;REFB=-0.0339051;REVB=-0.0245856;RO=10;SAF=34;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211901;STB=0.635436;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.015592;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:51:51:10:11:40:40:0.784314:6:34:5:5:6:34:5:6 chr14 104559623 . T C 1342.91 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514564;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.666;QD=62.4611;RBI=0.0752375;REFB=0;REVB=0.0750613;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209576;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:82:86:1:27:55:0:0:30:56:0:0 chr14 104559852 . T C 448.45 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0775962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3884;QD=37.3707;RBI=0.0786635;REFB=-0.0341898;REVB=-0.0129142;RO=13;SAF=22;SAR=13;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120669;STB=0.565182;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0110911;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:13:22:11:2:13:22:11:2 chr14 104559919 . T C 241.66 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0580466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1861;QD=31.1821;RBI=0.0619005;REFB=-0.00410152;REVB=-0.0215004;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125611;STB=0.568802;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00714715;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:10:12:7:2:10:12:7:2 chr14 104559922 . C G 231.28 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0424056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.647;QD=30.8372;RBI=0.0424062;REFB=-0.0413649;REVB=-0.000225076;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117167;STB=0.564297;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0287295;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:7:2:9:12:7:2 chr14 104563932 . G T 718.41 PASS AF=0.773333;AO=51;DP=69;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0120065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.807;QD=38.3151;RBI=0.041327;REFB=-0.0279483;REVB=0.0395445;RO=17;SAF=16;SAR=35;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209623;STB=0.506364;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00639879;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:17:17:51:58:0.773333:35:16:6:11:36:22:6:11 chr14 104571054 . C G 256.67 PASS AF=0.246667;AO=37;DP=146;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0598006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5711;QD=6.84459;RBI=0.121112;REFB=-0.00273743;REVB=-0.105319;RO=109;SAF=17;SAR=20;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447719;STB=0.520596;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00662767;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:109:113:37:37:0.246667:20:17:54:55:20:17:55:58 chr14 104639699 . G A 900.22 PASS AF=0.712963;AO=76;DP=108;FAO=77;FDP=108;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000967373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.601;QD=33.3414;RBI=0.00196018;REFB=-0.0493164;REVB=0.00170484;RO=29;SAF=32;SAR=44;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323754;STB=0.525463;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.012989;OID=.;OPOS=104639699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:29:31:76:77:0.712963:44:32:14:15:44:33:16:15 chr14 104641612 . T C 850.34 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.332;QD=56.6893;RBI=0.0284387;REFB=0;REVB=0.0222194;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23027e-05;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:54:60:1:44:10:0:0:48:12:0:0 chr14 104642341 . A G 1726.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.004;QD=60.5692;RBI=0.0549435;REFB=0;REVB=0.0138658;RO=0;SAF=28;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48858e-05;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:84:28:0:0:84:30:0:0 chr14 104642422 . A G 410.31 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.856;QD=56.595;RBI=0.102154;REFB=0;REVB=-0.00169604;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017699;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:14:15:0:0 chr14 104643409 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.694;QD=35.5759;RBI=0.0411008;REFB=0;REVB=0.0132928;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100513;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 104644147 . C T 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1799;QD=39.1903;RBI=0.129975;REFB=0;REVB=0.0733221;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113791;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr14 104646326 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.639;QD=60.9781;RBI=0.0297226;REFB=0;REVB=0.026642;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09511e-05;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr14 104646771 . T C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.431;QD=60.5924;RBI=0.0836225;REFB=0;REVB=-0.0833751;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147279;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 104647224 . C T 1097.41 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8706;QD=60.1322;RBI=0.0181469;REFB=0;REVB=-0.00474251;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163339;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr14 104710651 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7912;QD=44.6897;RBI=0.0479913;REFB=0;REVB=-0.037876;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291681;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 105054934 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.456;QD=46.8462;RBI=0.105753;REFB=0;REVB=0.104732;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763183;OID=.;OPOS=105054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 166.36 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0276014;FXX=0.210471;HRUN=1;LEN=9;MLLD=247.472;QD=22.1812;RBI=0.0276568;REFB=-0.0190225;REVB=0.00174963;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.683952;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0149611;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:16:24:16:30:14:13:3:7:7:99:0:13:3:0:0 chr14 105167807 . C T 756.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150759;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.342;QD=56.0119;RBI=0.0270724;REFB=0;REVB=0.0224862;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8545e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr14 105177351 . CA C,CG 2025.9 PASS AF=0.955224,0.0447761;AO=113,19;DP=132;FAO=128,6;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=66,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728365,0.00833989;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.3092,80.9622;QD=60.4745;RBI=0.0179369,0.0182747;REFB=0,0;REVB=-0.0163915,-0.0162608;RO=0;SAF=57,3;SAR=56,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.28685e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00117418,0.002576;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955224,0.0447761:113,19:132:128,6:134:0:62,0:66,6:0:0:15:0:57,3:56,16:0:0 chr14 105179194 . T C 1633.62 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.506;QD=59.9494;RBI=0.0437654;REFB=0;REVB=0.0418876;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2412e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:49:58:0:0:51:58:0:0 chr14 105180565 . T C 1046.92 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518282;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4072;QD=58.9815;RBI=0.0560611;REFB=0;REVB=-0.0213701;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294661;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:36:30:0:0:37:34:0:0 chr14 105180706 . A C 1125.0 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.71;QD=60.0001;RBI=0.00753179;REFB=0;REVB=-0.00411473;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49727e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:38:35:0:0:38:37:0:0 chr14 105196230 . A C 125.97 PASS AF=0.684211;AO=8;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0373908;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.773;QD=26.5192;RBI=0.130083;REFB=-0.0514845;REVB=0.124594;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246937;STB=0.639787;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0199748;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:19:6:6:8:13:0.684211:4:4:5:1:8:5:5:1 chr14 105196235 . G A 141.36 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00338877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.512;QD=21.7469;RBI=0.0647593;REFB=-0.00340558;REVB=0.0646706;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413394;STB=0.73142;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00445079;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:10:1:10:5:10:1 chr14 105196365 . T C 1127.79 PASS AF=0.809091;AO=89;DP=110;FAO=89;FDP=110;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0329715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4394;QD=41.0107;RBI=0.0403094;REFB=-0.0166045;REVB=-0.0231889;RO=21;SAF=37;SAR=52;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305742;STB=0.516275;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00349938;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:21:21:89:89:0.809091:52:37:7:14:52:37:7:14 chr14 105211221 . C T 443.16 PASS AF=0.7;AO=34;DP=49;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00199732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.822;QD=35.4526;RBI=0.00514334;REFB=0.00517168;REVB=0.00473969;RO=15;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695597;STB=0.531774;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00319071;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:15:15:34:35:0.7:20:14:8:7:20:15:8:7 chr14 105213343 . A G 467.59 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0636812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5395;QD=28.7749;RBI=0.0637021;REFB=-0.0226178;REVB=0.00163022;RO=22;SAF=21;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779014;STB=0.542305;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00979782;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:22:21:8:14:22:21:8:14 chr14 105220209 . G GA 1061.93 PASS AF=0.75188;AO=39;DP=147;FAO=100;FDP=133;FR=.;FRO=33;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0280917;FXX=0.0633758;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.068;QD=31.9377;RBI=0.0425588;REFB=0.0297632;REVB=-0.0319703;RO=104;SAF=22;SAR=17;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228763;STB=0.549372;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=-0.0128199;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75188:39:147:100:133:33:41:59:20:13:99:104:22:17:39:65 chr14 105220210 . G A 687.46 PASS AF=0.469388;AO=67;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.0295391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.816;QD=18.7064;RBI=0.0363321;REFB=-0.0323744;REVB=0.0211534;RO=74;SAF=17;SAR=50;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332919;STB=0.679945;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0189314;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:78:67:69:0.469388:50:17:43:31:51:18:45:33 chr14 105222037 . C T 1899.2 PASS AF=0.768421;AO=146;DP=192;FAO=146;FDP=190;FR=.;FRO=44;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0225826;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.658;QD=39.9833;RBI=0.0273401;REFB=-0.0272875;REVB=0.0154113;RO=44;SAF=78;SAR=68;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148482;STB=0.507903;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00771838;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:44:44:146:146:0.768421:68:78:25:19:68:78:25:19 chr14 105239894 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.402;QD=39.3175;RBI=0.0734631;REFB=-0.0409188;REVB=0.0656792;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00245098;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:0:1:10:3:0:1 chr14 105268228 . G A 62.02 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00604253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.77;QD=7.51755;RBI=0.065134;REFB=-0.0128699;REVB=0.0648532;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439044;STB=0.7415;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0292519;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:5:4:19:4:5:4:19:5 chr14 105269779 . T C 107.74 PASS AF=0.259259;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0119042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.039;QD=7.98103;RBI=0.0133716;REFB=-0.00785638;REVB=-0.00609006;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134771;STB=0.541487;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0367281;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:13:14:0.259259:9:4:16:23:9:5:16:23 chr14 105270485 . G T 55.09 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.143736;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.406;QD=14.6911;RBI=0.143955;REFB=-0.0257515;REVB=-0.00791943;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324961;STB=0.683871;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0362289;OID=.;OPOS=105270485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:6:1:0:7:6:2:0:7 chr14 105309608 . C T 34.09 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.876;QD=22.7256;RBI=0.0282273;REFB=-0.0223054;REVB=0.0282273;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010067;OID=.;OPOS=105309608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:4:0:0:1:5:0:0:1 chr14 105309966 . G A 89.99 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4258;QD=29.9953;RBI=0.00576213;REFB=-0.0195628;REVB=0.00576213;RO=2;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186136;OID=.;OPOS=105309966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:2:2:9:10:0.833333:9:0:0:2:10:0:0:2 chr14 105310163 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6157;QD=38.2039;RBI=0.0718523;REFB=-0.0168918;REVB=0.0678356;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714946;STB=0.503932;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0064068;OID=.;OPOS=105310163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:7:8:1:1:7:8:1:1 chr14 105310498 . T C 441.47 PASS AF=0.683333;AO=40;DP=59;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0356539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.722;QD=29.431;RBI=0.0659612;REFB=-0.000688155;REVB=-0.0554948;RO=19;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000781567;STB=0.503266;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.000486934;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:19:19:40:41:0.683333:21:19:9:10:22:19:9:10 chr14 105310677 . T G 166.93 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0592109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.396;QD=31.7957;RBI=0.0594591;REFB=-0.0170278;REVB=0.00542746;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216717;STB=0.622483;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00547149;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:21:5:5:15:16:0.761905:5:10:1:4:5:11:1:4 chr14 105312054 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0155441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.023;QD=19.1085;RBI=0.0165018;REFB=0.000862587;REVB=0.00554015;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620348;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:2:4:6:3:2:4 chr14 105312067 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0169663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.49;QD=24.4133;RBI=0.0216002;REFB=0.00675347;REVB=0.0133683;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144298;STB=0.581253;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0023735;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:1:4:6:5:1:4 chr14 105344293 . C T 374.19 PASS AF=0.688889;AO=29;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0772478;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=33.2613;RBI=0.078382;REFB=-0.00900148;REVB=0.0132859;RO=14;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308412;STB=0.502939;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00432478;OID=.;OPOS=105344293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:29:31:0.688889:18:11:6:8:18:13:6:8 chr14 105344761 . C T 314.13 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0394122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.008;QD=30.6466;RBI=0.0443843;REFB=-0.0279207;REVB=0.0204119;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034818;STB=0.519111;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0159961;OID=.;OPOS=105344761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:12:15:7:7:12:15:7:7 chr14 105349388 . A C 248.24 PASS AF=0.605263;AO=19;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0500534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.939;QD=26.1302;RBI=0.0501387;REFB=-0.0147027;REVB=-0.00292264;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356576;STB=0.541141;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0152089;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:19:23:0.605263:13:6:5:9:13:10:5:10 chr14 105350355 . A G 671.46 PASS AF=0.84375;AO=45;DP=64;FAO=54;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0220826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.039;QD=41.9664;RBI=0.0310616;REFB=-0.0440899;REVB=0.0218445;RO=10;SAF=29;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877808;STB=0.524466;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00709643;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:64:64:10:10:45:54:0.84375:16:29:4:6:24:30:4:6 chr14 105350564 . C T 123.74 PASS AF=0.923077;AO=9;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4567;QD=38.0738;RBI=0.273825;REFB=-0.0888547;REVB=0.27191;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0264001;OID=.;OPOS=105350564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:9:12:0.923077:4:5:0:1:7:5:0:1 chr14 105354293 . A G 440.76 PASS AF=0.790698;AO=33;DP=42;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0169268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.961;QD=41.0009;RBI=0.0277823;REFB=-0.0465253;REVB=0.0220305;RO=9;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182879;STB=0.59289;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0175471;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:43:9:9:33:34:0.790698:14:19:1:8:15:19:1:8 chr14 105361934 . T C 149.06 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0617252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.605;QD=27.1017;RBI=0.0632656;REFB=-0.0198795;REVB=0.0138759;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030782;STB=0.571328;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00992001;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:5:7:13:14:0.636364:6:7:3:2:7:7:5:2 chr14 105396428 . CG C 544.24 PASS AF=0.811594;AO=55;DP=69;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0106021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.0686;QD=31.55;RBI=0.0452871;REFB=0.00206942;REVB=-0.0440286;RO=12;SAF=18;SAR=37;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230179;STB=0.506664;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=-0.00278789;OID=.;OPOS=105396429;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811594:55:69:56:69:13:19:37:4:9:41:12:18:37:4:8 chr14 105405599 . G C 1018.2 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.867;QD=56.5669;RBI=0.0199286;REFB=-0.14238;REVB=0.00712543;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040402;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:35:35:1:0:35:35:1:1 chr14 105405942 . G A 901.57 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.066;QD=58.1661;RBI=0.107956;REFB=0;REVB=0.0294237;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195926;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:30:28:0:0:32:30:0:0 chr14 105406238 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.257;QD=47.8224;RBI=0.0251291;REFB=0;REVB=-0.0169971;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65642e-06;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr14 105406372 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0151893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.951;QD=18.0506;RBI=0.0224846;REFB=-0.0310047;REVB=0.0165784;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0222473;OID=.;OPOS=105406372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr14 105407031 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.328;QD=50.4135;RBI=0.0301515;REFB=0;REVB=0.0301323;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98981e-05;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr14 105407208 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1988;QD=51.9154;RBI=0.0260558;REFB=0;REVB=0.0260355;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052325;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr14 105407798 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.173;QD=56.7062;RBI=0.0109106;REFB=0;REVB=0.00946908;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25918e-05;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr14 105408030 . A G 745.47 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.334;QD=63.4441;RBI=0.017364;REFB=0;REVB=-0.0171695;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09098e-05;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr14 105408182 . T G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.3;QD=59.0118;RBI=0.0498265;REFB=0;REVB=0.0315814;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248576;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 105408315 . T C 1110.57 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1465;QD=58.4508;RBI=0.0342763;REFB=-0.156364;REVB=0.00879994;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00111153;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:73:75:0.986842:42:31:0:0:42:33:0:1 chr14 105408811 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.288;QD=62.9804;RBI=0.0459795;REFB=0;REVB=-0.0146217;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184104;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr14 105408827 . A C 607.8 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0389742;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.39;QD=46.7539;RBI=0.0525668;REFB=-0.0818358;REVB=-0.0352744;RO=6;SAF=29;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111652;STB=0.518769;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0488987;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:52:6:5:47:47:0.903846:18:29:4:2:18:29:4:1 chr14 105408955 . A G 959.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351208;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.195;QD=59.0745;RBI=0.0351843;REFB=0;REVB=0.00211317;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379871;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr14 105409518 . A G 43.06 PASS AF=0.11236;AO=8;DP=87;FAO=10;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0320976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.729;QD=1.93539;RBI=0.0428424;REFB=-0.00292536;REVB=-0.0283763;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446142;STB=0.657592;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0302208;OID=.;OPOS=105409518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:87:89:56:79:8:10:0.11236:5:3:23:33:6:4:46:33 chr14 105409907 . T C 865.14 PASS AF=0.788235;AO=67;DP=85;FAO=67;FDP=85;FR=.;FRO=18;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.000269757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.424;QD=40.7126;RBI=0.0304405;REFB=-0.0250272;REVB=0.0304393;RO=18;SAF=47;SAR=20;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366685;STB=0.519585;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0067525;OID=.;OPOS=105409907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:18:18:67:67:0.788235:20:47:14:4:20:47:14:4 chr14 105409959 . G T 1468.93 PASS AF=0.971963;AO=94;DP=98;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.13088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0466;QD=54.9132;RBI=0.165036;REFB=-0.0210664;REVB=0.100535;RO=4;SAF=63;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147993;STB=0.511703;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00579575;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:107:4:3:94:104:0.971963:31:63:2:2:32:72:1:2 chr14 105410183 . T C 578.94 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0587555;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.063;QD=56.4824;RBI=0.0590521;REFB=-0.00322164;REVB=0.00591152;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-1.74487e-05;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:41:2:2:39:39:0.95122:17:22:2:0:17:22:2:0 chr14 105410411 . C T 625.93 PASS AF=0.914894;AO=40;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0189213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.437;QD=53.2708;RBI=0.0213088;REFB=-0.00467515;REVB=0.00980043;RO=4;SAF=25;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225152;STB=0.507096;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000593146;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:40:43:0.914894:15:25:2:2:18:25:2:2 chr14 105410775 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.107;QD=57.6807;RBI=0.0337196;REFB=0;REVB=-0.0336089;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172437;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr14 105410827 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.194;QD=58.1421;RBI=0.0383776;REFB=0;REVB=0.0368262;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91523e-05;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 105411153 . G A 452.27 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0368007;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5623;QD=38.4914;RBI=0.0382833;REFB=-0.0380498;REVB=0.0105509;RO=12;SAF=22;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226695;STB=0.512283;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0224843;OID=.;OPOS=105411153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:47:12:12:35:35:0.744681:13:22:7:5:13:22:7:5 chr14 105411700 . A G 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3055;QD=56.9448;RBI=0.0230073;REFB=0;REVB=0.0227434;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227483;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr14 105411781 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2096;QD=57.5441;RBI=0.061041;REFB=0;REVB=0.0607396;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437825;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr14 105411957 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00902729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.722;QD=8.81112;RBI=0.0253861;REFB=0.0092396;REVB=0.0237268;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0106952;OID=.;OPOS=105411957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:6:5:4:2:6:5 chr14 105412005 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0122813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.402;QD=11.0924;RBI=0.0125809;REFB=-0.0244481;REVB=-0.0027294;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0433899;OID=.;OPOS=105412005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr14 105412009 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0573863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.841;QD=11.0926;RBI=0.0623755;REFB=-0.0492729;REVB=0.024444;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0301958;OID=.;OPOS=105412009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr14 105412066 . C T 136.01 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0532542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.191;QD=28.6328;RBI=0.0533891;REFB=-0.0228105;REVB=-0.00379336;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215386;STB=0.618892;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0269583;OID=.;OPOS=105412066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:19:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:0:5:8:6:0:5 chr14 105412259 . GG CC 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218233;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=94.9502;QD=51.9167;RBI=0.0346728;REFB=0;REVB=0.0269434;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000333168;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr14 105412541 . CA TG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204384;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=395.406;QD=35.5759;RBI=0.0243953;REFB=0;REVB=0.0133193;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000187663;OID=.;OPOS=105412541;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 105412703 . C G 690.76 PASS AF=0.767123;AO=56;DP=73;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0192207;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0416;QD=37.8499;RBI=0.0219367;REFB=-0.0361478;REVB=-0.0105728;RO=17;SAF=24;SAR=32;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699224;STB=0.537536;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0117406;OID=.;OPOS=105412703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:17:17:56:56:0.767123:32:24:10:7:32:24:10:7 chr14 105413204 . G T 1406.11 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0279996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.571;QD=60.4777;RBI=0.0546726;REFB=-0.157512;REVB=0.0469587;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.500118;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000713673;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:1:2:90:91:0.978495:45:45:1:0:45:46:1:1 chr14 105413223 . A G 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.32;QD=63.6148;RBI=0.01452;REFB=0;REVB=0.0136261;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53655e-06;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr14 105413790 . G A 686.82 PASS AF=0.77027;AO=55;DP=74;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0120772;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.457;QD=37.1255;RBI=0.0244301;REFB=-0.0114507;REVB=0.021236;RO=17;SAF=26;SAR=29;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507796;STB=0.522267;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00491099;OID=.;OPOS=105413790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:17:55:57:0.77027:29:26:10:7:29:28:10:7 chr14 105414230 . A G 311.41 PASS AF=0.742857;AO=24;DP=32;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.011276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.992;QD=35.5892;RBI=0.0131621;REFB=-7.47566e-05;REVB=-0.0067891;RO=8;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534494;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=2.86199e-05;OID=.;OPOS=105414230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:35:8:9:24:26:0.742857:12:12:4:4:11:15:4:5 chr14 105414238 . C A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.018127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.072;QD=7.71662;RBI=0.0302009;REFB=-0.0165801;REVB=0.0241558;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108765;STB=0.567435;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0511042;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:16:11:5:5:16:11 chr14 105414252 . C T 69.29 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.216825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0883;QD=6.44604;RBI=0.223356;REFB=0.0121726;REVB=0.0536194;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447464;STB=0.534814;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0222721;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:26:33:10:10:0.232558:5:5:12:14:5:5:18:15 chr14 105414280 . T G 689.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8229;QD=62.6486;RBI=0.0507892;REFB=0;REVB=-0.0503609;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358771;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr14 105414629 . G A 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.886;QD=60.2308;RBI=0.0163035;REFB=0;REVB=0.0137319;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52614e-05;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr14 105414790 . A G 831.78 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4308;QD=52.8116;RBI=0.0280276;REFB=-0.00254419;REVB=-0.0189623;RO=3;SAF=36;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624161;STB=0.50331;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00164553;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:24:36:2:1:24:36:2:1 chr14 105414810 . C G 954.9 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.852;QD=58.7633;RBI=0.0684804;REFB=0;REVB=0.0208658;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280539;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:27:38:0:0 chr14 105415200 . G C 269.49 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0178391;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5409;QD=28.3675;RBI=0.0345413;REFB=-0.00125502;REVB=0.0295781;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127526;STB=0.507036;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000560444;OID=.;OPOS=105415200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:5:9:15:9:5:9 chr14 105415229 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0252479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.553;QD=11.3693;RBI=0.0295809;REFB=-0.00254231;REVB=-0.0154135;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.642612;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00392676;OID=.;OPOS=105415229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:6:13:5:6:6:13 chr14 105415250 . G C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0531558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.119;QD=6.78766;RBI=0.0537711;REFB=-0.0076962;REVB=-0.00811141;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232136;STB=0.644829;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0265722;OID=.;OPOS=105415250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:7:16:4:4:7:16 chr14 105415253 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0180033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.485;QD=4.4611;RBI=0.0452992;REFB=-0.00115665;REVB=-0.041568;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435824;STB=0.783523;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00554203;OID=.;OPOS=105415253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:7:18:2:4:7:18 chr14 105415422 . G A 258.77 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0146756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.662;QD=38.3357;RBI=0.0203705;REFB=-0.0657535;REVB=0.0141274;RO=4;SAF=15;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577615;STB=0.557567;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00330689;OID=.;OPOS=105415422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:4:5:22:22:0.814815:7:15:2:2:7:15:2:3 chr14 105415431 . C G 34.7 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.01188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.975;QD=4.62732;RBI=0.0416586;REFB=0.00463113;REVB=0.0399287;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334469;STB=0.722705;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0653572;OID=.;OPOS=105415431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:15:9:4:2:15:9 chr14 105415433 . T C 34.86 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0241772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.773;QD=4.80844;RBI=0.0334058;REFB=-0.0109785;REVB=-0.0230524;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362177;STB=0.7384;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0454448;OID=.;OPOS=105415433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:15:8:4:2:15:8 chr14 105415469 . T C 464.76 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0304;QD=58.0955;RBI=0.0456787;REFB=0;REVB=-0.045503;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354155;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr14 105415497 . T C 87.43 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00103558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.9;QD=13.4513;RBI=0.00530727;REFB=-0.0167552;REVB=0.00520526;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0196451;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr14 105415577 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0475197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4873;QD=12.8606;RBI=0.0501863;REFB=0.0439084;REVB=0.0161415;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.047716;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr14 105415587 . G A 39.52 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0480024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.912;QD=13.1722;RBI=0.0487462;REFB=0.00136479;REVB=0.00848327;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.000785477;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:4:6:6:6:0.5:3:3:0:4:3:3:2:4 chr14 105415608 . G C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0532359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.001;QD=27.3839;RBI=0.0793242;REFB=-0.0250375;REVB=0.0588071;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244374;STB=0.639689;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00711226;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:8:2:2:1:8:2:2:1 chr14 105415659 . G A 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.011986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.377;QD=16.8204;RBI=0.104887;REFB=-0.00457856;REVB=0.1042;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518377;STB=0.809829;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.036078;OID=.;OPOS=105415659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:4:1:6:1:4:1 chr14 105415933 . G A 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0379276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.211;QD=4.98688;RBI=0.0539233;REFB=-0.0130716;REVB=-0.0383304;RO=45;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968783;STB=0.562993;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0602713;OID=.;OPOS=105415933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:6:5:24:21:6:5:24:21 chr14 105416010 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.249;QD=64.4146;RBI=0.0108459;REFB=0;REVB=-0.010388;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66851e-06;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr14 105416087 . C T 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0781261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7662;QD=8.22861;RBI=0.0850823;REFB=0.00639326;REVB=0.0336943;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300877;STB=0.530061;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0279752;OID=.;OPOS=105416087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:24:25:10:10:0.285714:4:6:15:9:4:6:16:9 chr14 105416220 . T A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00279015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.725;QD=58.6486;RBI=0.0302794;REFB=0.0346325;REVB=0.0301506;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-9.5213e-05;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr14 105416269 . T C 432.27 PASS AF=0.709091;AO=39;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0815145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0836;QD=31.4377;RBI=0.0815193;REFB=0.00523679;REVB=-0.000883046;RO=16;SAF=24;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131579;STB=0.571391;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00338216;OID=.;OPOS=105416269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:16:39:39:0.709091:15:24:6:10:15:24:6:10 chr14 105416649 . G A 525.38 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0239284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.729;QD=35.619;RBI=0.0735049;REFB=-0.0165039;REVB=0.0695011;RO=14;SAF=18;SAR=27;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197546;STB=0.510634;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00269179;OID=.;OPOS=105416649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:14:14:45:45:0.762712:27:18:5:9:27:18:5:9 chr14 105416685 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0374;QD=56.9562;RBI=0.0630019;REFB=0;REVB=-0.0623283;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563767;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr14 105416784 . A G 716.96 PASS AF=0.835821;AO=56;DP=68;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0265379;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7208;QD=42.8035;RBI=0.0291758;REFB=-0.0091158;REVB=-0.012123;RO=11;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108419;STB=0.557896;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000991843;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:68:67:11:11:56:56:0.835821:26:30:2:9:26:30:2:9 chr14 105416959 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1456;QD=45.8067;RBI=0.0461409;REFB=0;REVB=0.0227666;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000735943;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr14 105416971 . T G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0228568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.111;QD=14.6548;RBI=0.0379563;REFB=0.00154619;REVB=0.0303025;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00054373;OID=.;OPOS=105416971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr14 105417009 . C G 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.138838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6855;QD=11.1019;RBI=0.165787;REFB=-0.0180408;REVB=-0.0906043;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00666245;OID=.;OPOS=105417009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr14 105417054 . T C 186.75 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0247669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3114;QD=19.6579;RBI=0.0259636;REFB=0.0081184;REVB=0.00779162;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00676224;OID=.;OPOS=105417054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:10:9:9:10:10:9 chr14 105417102 . TG CA,CG 589.15 PASS AF=0.725,0.275;AO=29,11;DP=40;FAO=29,11;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=13,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218954,0.0256449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.238,148.2;QD=58.9145;RBI=0.027586,0.0274364;REFB=0,0;REVB=0.0167803,-0.00975185;RO=0;SAF=16,5;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0134238,0.0555766;OID=.,.;OPOS=105417102,105417102;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:40:40:0:0:29,11:29,11:0.725,0.275:13,6:16,5:0:0:13,6:16,5:0:0 chr14 105417147 . A G 766.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.098;QD=63.8872;RBI=0.0427024;REFB=0;REVB=0.0419229;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03338e-05;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:21:25:0:0:21:27:0:0 chr14 105417222 . C T 64.35 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0817864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5367;QD=6.77417;RBI=0.0818337;REFB=0.000814033;REVB=0.00278391;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24363;STB=0.628945;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.000194624;OID=.;OPOS=105417222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:38:38:25:28:9:10:0.263158:7:2:10:15:7:3:13:15 chr14 105417225 . C G 62.51 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00860326;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.054;QD=6.57954;RBI=0.00984732;REFB=0.00176659;REVB=-0.00479099;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315976;STB=0.694895;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00257531;OID=.;OPOS=105417225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:38:38:28:29:9:9:0.236842:7:2:13:15:7:2:13:16 chr14 105417228 . C T 61.4 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0959338;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.544;QD=6.29719;RBI=0.0965275;REFB=0.00220295;REVB=-0.0106894;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335616;STB=0.72952;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0046522;OID=.;OPOS=105417228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:29:30:9:9:0.230769:7:2:14:15:7:2:15:15 chr14 105417243 . T C 50.26 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0400126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.006;QD=4.7871;RBI=0.0489216;REFB=-0.00607535;REVB=-0.0281482;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377048;STB=0.749376;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0170916;OID=.;OPOS=105417243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:42:32:34:8:8:0.190476:6:2:18:14:6:2:19:15 chr14 105417766 . G A 87.06 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.567;QD=38.6928;RBI=0.177918;REFB=0;REVB=0.164345;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260045;OID=.;OPOS=105417766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:2:9:1:0:2:0:0:1:8:0:0 chr14 105417768 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.336;QD=39.2068;RBI=0.0437548;REFB=0;REVB=0.0409695;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211844;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:1:0:8:9:1:1:7:1:0:1:8:0:0 chr14 105417774 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00098386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.157;QD=39.2066;RBI=0.0012476;REFB=0;REVB=-0.000767156;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01204e-06;OID=.;OPOS=105417774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr14 105417837 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.337;QD=40.763;RBI=0.0499649;REFB=0;REVB=0.0483057;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368765;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr14 105417894 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.219;QD=40.7629;RBI=0.0713547;REFB=0;REVB=0.0163558;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640292;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr14 105418194 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00127914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.792;QD=9.09979;RBI=0.0262781;REFB=0.00111445;REVB=-0.026247;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147874;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0046891;OID=.;OPOS=105418194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:8:11:4:5:8:11 chr14 105418260 . T C 283.11 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00754114;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.953;QD=27.6204;RBI=0.028541;REFB=-0.0114586;REVB=-0.0275267;RO=16;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116251;STB=0.564304;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00514613;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:16:16:25:25:0.609756:10:15:7:9:10:15:7:9 chr14 105418264 . G A 605.66 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00874511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.94;QD=52.6661;RBI=0.0121201;REFB=-0.159798;REVB=-0.00839158;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555529;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00388224;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:45:46:0:4:41:42:0.913043:15:26:0:0:16:26:0:4 chr14 105418272 . C G 291.07 PASS AF=0.577778;AO=28;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0332995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.485;QD=25.8725;RBI=0.039773;REFB=-0.0403258;REVB=0.0217492;RO=17;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123429;STB=0.621721;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0124736;OID=.;OPOS=105418272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:28:26:0.577778:10:18:8:9:8:18:8:11 chr14 105418275 . T G 335.83 PASS AF=0.644444;AO=24;DP=43;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.019117;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.486;QD=29.8516;RBI=0.0324446;REFB=-0.0106776;REVB=0.0262143;RO=16;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167045;STB=0.574271;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0101723;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:16:16:24:29:0.644444:7:17:8:8:9:20:8:8 chr14 105418344 . T G 542.35 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0144032;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6353;QD=51.6526;RBI=0.0182535;REFB=0.0153221;REVB=0.0112132;RO=4;SAF=26;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136148;STB=0.507285;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00947202;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:42:4:4:38:38:0.904762:12:26:3:1:12:26:3:1 chr14 105418390 . A AT 577.5 PASS AF=1;AO=8;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229629;FXX=0.041658;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.329;QD=50.2178;RBI=0.0663749;REFB=0;REVB=0.0622763;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00263658;OID=.;OPOS=105418391;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:48:46:46:0:37:9:0:0:3:37:5:3:30:7 chr14 105418391 . C T 559.88 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=47;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0421956;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.035;QD=50.8981;RBI=0.0421961;REFB=-0.208024;REVB=0.000214474;RO=5;SAF=30;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117277;STB=0.563602;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00491471;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:47:44:5:5:38:39:0.886364:8:30:2:3:8:31:2:3 chr14 105418504 . G T 58.3 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0280294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0808;QD=4.75924;RBI=0.0334871;REFB=0.00458697;REVB=0.0183231;RO=40;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373045;STB=0.743097;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0554345;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:6:3:26:14:6:3:26:14 chr14 105418521 . G C 36.8 PASS AF=0.134615;AO=6;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0210689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2791;QD=2.83045;RBI=0.02107;REFB=-0.00900291;REVB=0.000213476;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497436;STB=0.890107;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0247597;OID=.;OPOS=105418521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:52:52:41:45:6:7:0.134615:5:1:25:16:6:1:29:16 chr14 105418638 . A G 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0268058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.278;QD=7.27361;RBI=0.0354043;REFB=-0.00937676;REVB=-0.0231282;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536704;STB=0.547738;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0294725;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:7:4:13:19:7:4:14:19 chr14 105419234 . T C 194.3 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00971503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.479;QD=12.3363;RBI=0.0196365;REFB=-0.00027475;REVB=-0.0170649;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295464;STB=0.675535;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000291954;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:15:9:25:13:15:9:26:13 chr14 105419557 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0173497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.756;QD=14.6539;RBI=0.0174984;REFB=-0.0119049;REVB=0.00227626;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507765;STB=0.806804;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0100268;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:3:5:1:7:3:5 chr14 105419568 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00945456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4428;QD=14.9795;RBI=0.0507537;REFB=-0.0064246;REVB=-0.0498653;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422378;STB=0.749464;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00867128;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:4:7:2:8:4:7 chr14 105420215 . T C 137.98 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00688952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.361;QD=10.035;RBI=0.0100701;REFB=-0.0260698;REVB=-0.00734447;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289162;STB=0.66976;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.021957;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:7:11:13:24:7:11:13:24 chr14 105420927 . A G 966.38 PASS AF=0.68595;AO=76;DP=113;FAO=83;FDP=121;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0234608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5822;QD=31.9465;RBI=0.0607334;REFB=-0.016665;REVB=0.0560191;RO=37;SAF=42;SAR=34;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258532;STB=0.519165;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0114683;OID=.;OPOS=105420927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:37:38:76:83:0.68595:34:42:22:15:40:43:22:16 chr14 105421050 . T G 270.47 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00379799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4845;QD=23.0189;RBI=0.00380715;REFB=-0.0187171;REVB=0.000263946;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.64404;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0283113;OID=.;OPOS=105421050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:21:24:26:0.553191:16:8:11:8:17:9:14:7 chr14 105461067 . C T 678.96 PASS AF=0.746667;AO=56;DP=75;FAO=56;FDP=75;FR=.;FRO=19;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0087083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.067;QD=36.2114;RBI=0.012022;REFB=0.000954392;REVB=-0.00828813;RO=19;SAF=33;SAR=23;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201949;STB=0.608472;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000600721;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:19:19:56:56:0.746667:23:33:3:16:23:33:3:16 chr14 105478102 . G A 445.78 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0229341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.198;QD=31.8417;RBI=0.0265247;REFB=-0.0159446;REVB=-0.0133261;RO=15;SAF=24;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135768;STB=0.582692;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00802641;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:16:40:40:0.714286:16:24:5:10:16:24:5:11 chr14 105609335 . A G 275.84 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00833518;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.185;QD=31.525;RBI=0.0891005;REFB=-0.0123297;REVB=-0.0887098;RO=11;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166763;STB=0.59084;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00893046;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:11:11:24:24:0.685714:8:16:10:1:8:16:10:1 chr14 105611282 . A G 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.002615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.723;QD=27.3089;RBI=0.0390067;REFB=-0.0235388;REVB=0.038919;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496776;STB=0.527407;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0193815;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:11:9:15:14:11:9 chr14 105615648 . C T 496.07 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0133894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.208;QD=32.0044;RBI=0.0222239;REFB=0.0112414;REVB=-0.0177377;RO=18;SAF=21;SAR=23;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476449;STB=0.525762;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00563176;OID=.;OPOS=105615648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:18:44:44:0.709677:23:21:7:11:23:21:7:11 chr14 105643619 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0298492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.876;QD=24.4133;RBI=0.0313383;REFB=-0.0198076;REVB=0.00954541;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801957;STB=0.545372;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00706523;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:3:2:6:5:3:2 chr14 105643652 . A C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0987556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.432;QD=18.7442;RBI=0.107291;REFB=-0.076092;REVB=0.0419374;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0140274;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr14 105683996 . TGC CTG,TCG,TG 83.13 PASS AF=0,0.0666667,0.35;AO=3,4,24;DP=60;FAO=0,4,21;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=0,2,12;FSAR=0,2,9;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.00932535,-0.0287347,-0.090814;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,1;MLLD=29.6434,45.9057,7.88931;QD=5.54168;RBI=0.0509418,0.131651,0.14294;REFB=-0.0197582,-0.0293667,-0.157385;REVB=0.0500809,-0.128477,-0.110384;RO=24;SAF=0,1,16;SAR=3,3,8;SRF=20;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.742961,-0.611934,-0.179908;STB=0.5,0.742662,0.632319;STBP=1,0.438,0.178;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.201842,0.12876;OID=.,.,.;OPOS=105683996,105683997,105683998;OREF=TGC,GC,C;OALT=CTG,CG,-;OMAPALT=CTG,TCG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:70:60:60:24:35:3,4,24:0,4,21:0,0.0666667,0.35:3,3,8:0,1,16:20:4:0,2,9:0,2,12:27:8 chr14 105916420 . C T 1270.92 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555191;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.0015;QD=60.5202;RBI=0.0731031;REFB=-0.025641;REVB=0.0475572;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101845;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000332367;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:46:36:0:1:47:36:0:1 chr14 105930406 . G A 1125.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528296;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.38;QD=59.2582;RBI=0.0529501;REFB=0;REVB=-0.00356942;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035315;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:33:43:0:0 chr14 105935824 . G A 733.0 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00187338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.565;QD=61.0832;RBI=0.00872327;REFB=-0.0641406;REVB=0.00851973;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0029675;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:17:29:0:1:17:30:0:1 chr14 105953595 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2327;QD=45.8062;RBI=0.115824;REFB=0;REVB=-0.071924;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280061;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr14 105962234 . T C 731.31 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286249;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.107;QD=55.1933;RBI=0.0385446;REFB=0;REVB=-0.0258128;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276778;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:47:53:1:10:37:0:0:13:40:0:0 chr14 105962369 . A G 846.22 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.478;QD=57.3707;RBI=0.0359053;REFB=0;REVB=0.0358912;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223333;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:39:18:0:0:41:18:0:0 chr14 105995534 . G A 146.13 PASS AF=0.75;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0238042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0372;QD=29.2264;RBI=0.100692;REFB=-0.111252;REVB=0.0978378;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264922;STB=0.631412;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.046695;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:20:5:5:14:15:0.75:8:6:5:0:8:7:5:0 chr14 106053491 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00538946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7673;QD=53.9322;RBI=0.0337819;REFB=-0.0572664;REVB=0.0333493;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0015477;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:10:20:0:0:10:20:1:0 chr14 106053975 . G A 743.25 PASS AF=0.759494;AO=60;DP=79;FAO=60;FDP=79;FR=.;FRO=19;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0171179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8777;QD=37.6326;RBI=0.0333898;REFB=-0.0469483;REVB=0.0286681;RO=16;SAF=34;SAR=26;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100253;STB=0.560419;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.01871;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:16:19:60:60:0.759494:26:34:5:11:26:34:6:13 chr14 106054568 . A G 880.48 PASS AF=0.703704;AO=75;DP=107;FAO=76;FDP=108;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0329565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.331;QD=32.6102;RBI=0.033663;REFB=-0.0494271;REVB=-0.00686034;RO=31;SAF=24;SAR=51;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161201;STB=0.505539;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0221836;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:31:32:75:76:0.703704:51:24:10:21:51:25:10:22 chr14 106066454 . T C 888.28 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00757515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.09;QD=56.3988;RBI=0.019877;REFB=-0.0636083;REVB=0.0183769;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016002;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000357755;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:0:1:29:33:0:1 chr14 106066690 . A C 62.83 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0249738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.09;QD=20.9443;RBI=0.0356053;REFB=-0.00446557;REVB=0.025378;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346644;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00371032;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:3:4:0:4:4:4:0:4 chr14 106067298 . T C 803.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3628;QD=64.3075;RBI=0.0238651;REFB=0;REVB=0.0235856;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116323;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr14 106067958 . C G,T 2580.81 PASS AF=0.0523256,0.94186;AO=9,163;DP=174;FAO=9,162;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=1,66;FSAR=8,96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0538032,0.0169983;FXX=0.0114936;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.0326,238.798;QD=60.0189;RBI=0.0593741,0.0173645;REFB=-0.0980032,-0.0563867;REVB=-0.0251098,0.00354759;RO=1;SAF=1,67;SAR=8,96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0524171,0.00493136;STB=0.529348,0.50259;STBP=0.657,0.49;TYPE=snp,snp;VARB=0.259085,-1.60414e-06;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:174:172:1:1:9,163:9,162:0.0523256,0.94186:8,96:1,67:0:1:8,96:1,66:0:1 chr14 106090846 . T C 2277.43 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349087;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.414;QD=63.7042;RBI=0.0390342;REFB=0;REVB=0.0174658;RO=0;SAF=91;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32856e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:52:91:0:0:52:91:0:0 chr14 106090927 . G T 3603.8 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.738;QD=62.9484;RBI=0.0185958;REFB=0;REVB=0.000443002;RO=0;SAF=141;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4013e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:227:229:1:86:141:0:0:88:141:0:0 chr14 106091329 . G C 2282.14 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259111;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7715;QD=62.9555;RBI=0.0282001;REFB=-0.134269;REVB=0.0111293;RO=0;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000467542;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:0:1:143:144:0.993103:80:63:0:0:80:64:0:1 chr14 106091504 . A G 1116.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.297;QD=60.35;RBI=0.0305537;REFB=0;REVB=0.0256413;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76918e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:33:41:0:0 chr14 106091555 . C T 600.84 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.549;QD=60.0839;RBI=0.0882949;REFB=0;REVB=0.0680393;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243274;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:20:18:0:0:22:18:0:0 chr14 106091696 . A AC 340.74 PASS AF=1;AO=8;DP=42;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931242;FXX=0.166627;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.1814;QD=38.9412;RBI=0.104508;REFB=0;REVB=-0.0474311;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00274626;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:42:35:35:0:31:4:0:0:3:34:5:3:26:8 chr14 106091697 . T C,G 626.84 PASS AF=0.809524,0.190476;AO=34,8;DP=42;FAO=34,8;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26,5;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570232,0.00349664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.021,202.841;QD=59.6992;RBI=0.0633452,0.0256411;REFB=0,0;REVB=0.0275857,0.0254015;RO=0;SAF=26,5;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0250434,-0.0126989;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:42:42:0:0:34,8:34,8:0.809524,0.190476:8,3:26,5:0:0:8,3:26,5:0:0 chr14 106091743 . CA C,GC 447.05 PASS AF=1,0;AO=27,3;DP=31;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235065,-0.0718361;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=138.189,13.5505;QD=57.684;RBI=0.0532165,0.0847023;REFB=0,0;REVB=0.0477435,-0.0448783;RO=0;SAF=21,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000129342,0;OID=.,.;OPOS=106091744,106091743;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27,3:31,0:1,0:6,0:21,3:0:0:6,0:25,0:0:0 chr14 106092152 . G A 2291.12 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541713;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.7;QD=61.0965;RBI=0.0532343;REFB=0;REVB=0.0529579;RO=0;SAF=84;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32527e-05;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:149:150:1:65:84:0:0:66:84:0:0 chr14 106109752 . A C 2195.45 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480223;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0568;QD=62.727;RBI=0.0480305;REFB=0;REVB=-0.000882843;RO=0;SAF=79;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113363;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:137:140:1:58:79:0:0:58:82:0:0 chr14 106110137 . C T 2496.36 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0070838;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7626;QD=60.8868;RBI=0.0331869;REFB=-0.0159762;REVB=0.032422;RO=1;SAF=74;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638689;STB=0.503311;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=9.03591e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:162:163:0.993902:88:74:1:0:88:75:1:0 chr14 106110914 . G T 2191.11 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166863;FXX=0.0138879;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.428;QD=61.7214;RBI=0.0497462;REFB=-0.122514;REVB=0.0468642;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.507142;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000292202;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:142:0:2:140:140:0.985915:69:71:0:0:69:71:0:2 chr14 106173790 . A G 594.97 PASS AF=0.73913;AO=50;DP=68;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.016841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8409;QD=34.4912;RBI=0.0204297;REFB=-0.028533;REVB=-0.0115652;RO=18;SAF=20;SAR=30;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929691;STB=0.547427;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00909159;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:18:18:50:51:0.73913:30:20:4:14:31:20:4:14 chr14 106188230 . C T 477.94 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.123;QD=56.2281;RBI=0.114093;REFB=0;REVB=-0.0104888;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822425;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:32:34:1:16:16:1:0:16:18:0:0 chr14 106204113 . C T 2126.86 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.224;QD=61.2046;RBI=0.0215938;REFB=-0.0975696;REVB=-0.0014711;RO=0;SAF=53;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501714;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000152656;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:0:2:137:137:0.985612:84:53:0:0:84:53:1:1 chr14 106207843 . T C 945.02 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0130877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.045;QD=53.2406;RBI=0.0419732;REFB=-0.0482748;REVB=0.0398806;RO=4;SAF=31;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398651;STB=0.502113;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00316099;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:36:31:2:2:36:31:2:2 chr14 106209119 . T C 972.01 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0106898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.856;QD=54.761;RBI=0.0337442;REFB=0.00513487;REVB=0.0320062;RO=3;SAF=47;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329657;STB=0.517467;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.000100964;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:21:47:1:2:21:47:1:2 chr14 106209289 . C T 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00740266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.801;QD=5.67701;RBI=0.00895046;REFB=-0.00252943;REVB=-0.00503103;RO=55;SAF=1;SAR=15;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533327;STB=0.85412;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0111056;OID=.;OPOS=106209289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:15:1:19:36:15:1:19:36 chr14 106209340 . T C 1355.41 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133725;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.536;QD=61.6095;RBI=0.0309096;REFB=0;REVB=0.0278672;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219216;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:84:88:1:43:41:0:0:43:45:0:0 chr14 106209362 . T C 62.02 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.00627521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2888;QD=2.17626;RBI=0.00770089;REFB=0.00864931;REVB=-0.00446378;RO=100;SAF=7;SAR=7;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368813;STB=0.526278;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0688452;OID=.;OPOS=106209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:100:100:14:14:0.122807:7:7:53:47:7:7:53:47 chr14 106209368 . G C 60.65 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0083138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.769;QD=2.07356;RBI=0.0311458;REFB=-0.00266418;REVB=-0.0300157;RO=103;SAF=8;SAR=6;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817379;STB=0.558739;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0690643;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:117:103:103:14:14:0.119658:6:8:52:51:6:8:52:51 chr14 106209373 . T C 60.75 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0256098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.925;QD=2.07686;RBI=0.0389218;REFB=-0.00860582;REVB=-0.0293094;RO=101;SAF=8;SAR=6;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938051;STB=0.558739;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0728071;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:117:101:103:14:14:0.119658:6:8:50:51:6:8:52:51 chr14 106237499 . G A 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0218176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.103;QD=22.9246;RBI=0.0241274;REFB=-0.0309729;REVB=0.0103017;RO=25;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279969;STB=0.51541;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0277098;OID=.;OPOS=106237499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:12:22:17:8:12:22:17:8 chr14 106237624 . C T 305.32 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.526;QD=53.0998;RBI=0.0218126;REFB=0;REVB=0.0111978;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28501e-05;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr14 106237642 . T G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.111;QD=52.1516;RBI=0.0139076;REFB=-0.0460674;REVB=-0.00427627;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000253683;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:1:1:25:27:0.964286:11:14:0:1:11:16:0:1 chr14 106303846 . C T 672.45 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.136;QD=61.1316;RBI=0.057839;REFB=0;REVB=0.0465687;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927866;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:18:24:0:0:20:24:0:0 chr14 106307418 . G A 2030.79 PASS AF=0.697479;AO=163;DP=249;FAO=166;FDP=238;FR=.;FRO=72;FSAF=99;FSAR=67;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0223408;FXX=0.0479981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.198;QD=34.1309;RBI=0.0232239;REFB=-0.0231034;REVB=0.00634337;RO=71;SAF=96;SAR=67;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515417;STB=0.522269;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00929264;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:238:71:72:163:166:0.697479:67:96:48:23:67:99:48:24 chr14 106321590 . C A 1416.9 PASS AF=0.949495;AO=92;DP=98;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0225537;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.622;QD=57.2483;RBI=0.106616;REFB=0.0111984;REVB=0.104203;RO=5;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583919;STB=0.529405;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000118571;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:98:99:5:5:92:94:0.949495:38:54:0:5:40:54:0:5 chr14 106321913 . G A 278.78 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0384227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.974;QD=27.1981;RBI=0.0506869;REFB=-0.030549;REVB=0.0330584;RO=16;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17357;STB=0.600748;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0190588;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:16:8:9:7:17:8:9:7 chr14 106329435 . T G 870.84 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4459;QD=56.1835;RBI=0.039091;REFB=0.0178002;REVB=-0.02871;RO=1;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000420321;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:39:22:0:1:39:22:0:1 chr14 106329451 . GTA ACC 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683824;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=186.284;QD=57.5453;RBI=0.00689111;REFB=0;REVB=0.000851997;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.1918e-05;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr14 106370603 . G C 910.79 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.139713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1355;QD=55.1993;RBI=0.139716;REFB=-0.0628699;REVB=-0.000927406;RO=2;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269723;STB=0.514281;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0215846;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:34:30:0:2:34:30:0:2 chr14 106385332 . G C 1507.45 PASS AF=0.97;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0046055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7136;QD=60.2981;RBI=0.0148393;REFB=-0.220756;REVB=-0.0141065;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514848;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00339369;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:100:0:3:96:97:0.97:48:48:0:0:48:49:3:0 chr14 106436780 . A G 668.6 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.889;QD=62.1951;RBI=0.0253596;REFB=0;REVB=0.0214446;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99376e-05;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:11:31:0:0:12:31:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T 70.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00971674;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=38;MLLD=1135.71;QD=14.7468;RBI=0.0106191;REFB=0.00132483;REVB=-0.0042838;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123876;STB=0.603575;STBP=0.546;TYPE=del;VARB=-0.00154367;OID=.;OPOS=106437037;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:20:9:19:10:2:7:1:9:69:8:2:7:1:7 chr14 106452690 . G A 233.61 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0369153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6606;QD=32.2218;RBI=0.0370549;REFB=-0.0333312;REVB=0.00321371;RO=7;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190197;STB=0.60902;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0101475;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:7:8:20:21:0.724138:9:11:1:6:10:11:1:7 chr14 106452766 . T A 131.97 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0101937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.83;QD=7.65037;RBI=0.0119884;REFB=-0.00970817;REVB=0.00630958;RO=50;SAF=6;SAR=13;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438618;STB=0.760095;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0549597;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:13:6:35:15:13:6:35:15 chr14 106452817 . A G 658.65 PASS AF=0.723684;AO=55;DP=76;FAO=55;FDP=76;FR=.;FRO=21;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0157196;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8292;QD=34.6656;RBI=0.0200691;REFB=-0.00472724;REVB=-0.0124766;RO=21;SAF=41;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110336;STB=0.559621;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00239961;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:21:21:55:55:0.723684:14:41:12:9:14:41:12:9 chr14 106471268 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.017;QD=58.1419;RBI=0.0148092;REFB=0;REVB=-0.00695573;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71919e-05;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 106471273 . C T 499.33 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0715341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9142;QD=53.9821;RBI=0.0715565;REFB=-0.0268813;REVB=-0.00179169;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.527762;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00925605;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:17:18:0:2:17:18:0:2 chr14 106471353 . C T 1491.61 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9009;QD=63.4729;RBI=0.00863011;REFB=0;REVB=-0.00762837;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19418e-05;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:1:0:93:94:1:46:47:1:0:46:48:0:0 chr14 106471388 . C A 1418.53 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0276788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.402;QD=56.1795;RBI=0.041893;REFB=-0.0819239;REVB=0.0314469;RO=2;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175604;STB=0.513759;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000380399;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:2:3:98:98:0.970297:45:53:2:0:45:53:3:0 chr14 106471528 . C A 400.06 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0792625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0533;QD=53.3411;RBI=0.079807;REFB=0.0318863;REVB=0.00930651;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000123955;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chr14 106471534 . A G 332.34 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0402703;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6531;QD=51.1291;RBI=0.0869236;REFB=-0.0280562;REVB=0.0770326;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00304377;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:0:1:25:25:0.961538:8:17:0:0:9:16:1:0 chr14 106471547 . A G 272.85 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8978;QD=51.9705;RBI=0.144089;REFB=0;REVB=0.139013;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300038;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:3:16:0:0:5:16:0:0 chr14 106471685 . G A 678.82 PASS AF=0.746667;AO=56;DP=75;FAO=56;FDP=75;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0239879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.125;QD=36.2036;RBI=0.0375144;REFB=-0.0175174;REVB=0.0288429;RO=19;SAF=23;SAR=33;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105268;STB=0.556606;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00491128;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:19:19:56:56:0.746667:33:23:12:7:33:23:12:7 chr14 106471689 . A C 124.18 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0018068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.861;QD=6.45071;RBI=0.0392378;REFB=-0.0114106;REVB=-0.0391962;RO=58;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263987;STB=0.661124;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0284431;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:7:12:24:34:7:12:24:34 chr14 106478120 . T C 34.64 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0457234;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4845;QD=1.7764;RBI=0.0481674;REFB=0.00696266;REVB=-0.0151483;RO=67;SAF=6;SAR=2;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349253;STB=0.768098;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0337458;OID=.;OPOS=106478120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:67:70:8:8:0.102564:2:6:30:37:2:6:31:39 chr14 106478137 . C T 1131.02 PASS AF=0.879121;AO=80;DP=92;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00360674;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.872;QD=49.715;RBI=0.00797914;REFB=-0.0442437;REVB=0.00711745;RO=11;SAF=32;SAR=48;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970753;STB=0.551556;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0111989;OID=.;OPOS=106478137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:91:11:11:80:80:0.879121:48:32:9:2:48:32:9:2 chr14 106478194 . C T 2488.23 PASS AF=1;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326963;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.812;QD=61.8195;RBI=0.047057;REFB=0;REVB=0.0338425;RO=0;SAF=74;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652594;OID=.;OPOS=106478194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:161:0:0:160:161:1:86:74:0:0:86:75:0:0 chr14 106478311 . A ACCACTG 1141.12 PASS AF=0.766667;AO=88;DP=122;FAO=92;FDP=120;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00135271;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=6;MLLD=272.322;QD=38.0375;RBI=0.0134804;REFB=-0.0407502;REVB=0.0134124;RO=28;SAF=34;SAR=54;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166047;STB=0.578835;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0104696;OID=.;OPOS=106478312;OREF=-;OALT=CCACTG;OMAPALT=ACCACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:88:122:92:120:28:38:54:21:7:99:28:34:54:21:7 chr14 106478355 . CC GT 496.58 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0305794;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.085;QD=47.2936;RBI=0.0306871;REFB=-0.0107301;REVB=0.00256847;RO=6;SAF=12;SAR=24;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050812;STB=0.527258;STBP=0.444;TYPE=mnp;VARB=0.00281768;OID=.;OPOS=106478355;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:42:6:6:36:36:0.857143:24:12:1:5:24:12:1:5 chr14 106478401 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00407738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.917;QD=27.1542;RBI=0.0205783;REFB=-0.040281;REVB=0.0201703;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810806;STB=0.545388;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0234447;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:3:3:9:5:3:3 chr14 106478513 . C G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.131;QD=60.2279;RBI=0.0561005;REFB=0;REVB=0.0189062;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146419;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:32:5:0:0:32:5:0:0 chr14 106494269 . T C 1522.19 PASS AF=1;AO=79;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.22336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9088;QD=62.7708;RBI=0.223407;REFB=0;REVB=-0.00460968;RO=0;SAF=23;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216775;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:79:97:1:56:23:0:0:58:39:0:0 chr14 106552493 . T C 406.04 PASS AF=0.690909;AO=37;DP=54;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.039625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.382;QD=29.5301;RBI=0.0436663;REFB=0.00411321;REVB=-0.018347;RO=17;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317148;STB=0.521728;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00329042;OID=.;OPOS=106552493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:17:17:37:38:0.690909:15:22:11:6:16:22:11:6 chr14 106573248 . C A 30.42 PASS AF=0.109091;AO=7;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0114999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.452;QD=2.21226;RBI=0.0205736;REFB=-0.0031672;REVB=-0.0170595;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410342;STB=0.781287;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0247738;OID=.;OPOS=106573248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:7:6:0.109091:1:6:26:22:1:5:27:22 chr14 106573251 . G A 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0127426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.078;QD=2.75771;RBI=0.039796;REFB=-0.0053435;REVB=-0.0377008;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410342;STB=0.810785;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0406048;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:1:6:26:22:1:6:26:22 chr14 106573311 . C T 53.58 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0267583;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.116;QD=2.49225;RBI=0.0844846;REFB=-0.00662706;REVB=-0.0801352;RO=60;SAF=9;SAR=2;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382317;STB=0.803354;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0437043;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:88:86:60:75:11:11:0.127907:2:9:32:28:2:9:36:39 chr14 106610570 . C T 270.79 PASS AF=0.793103;AO=17;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.030967;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.9512;QD=37.3507;RBI=0.0387521;REFB=0.00637556;REVB=0.0232973;RO=2;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573138;STB=0.560385;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000627887;OID=.;OPOS=106610570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:2:6:17:23:0.793103:15:2:0:2:17:6:3:3 chr14 106780586 . G C 32.34 PASS AF=0.0787402;AO=10;DP=127;FAO=10;FDP=127;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.0307269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.161;QD=1.01867;RBI=0.0389959;REFB=-0.0022747;REVB=-0.0240112;RO=117;SAF=7;SAR=3;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219631;STB=0.682829;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.054826;OID=.;OPOS=106780586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:127:127:117:117:10:10:0.0787402:3:7:59:58:3:7:59:58 chr14 106780597 . C T 33.35 PASS AF=0.0748299;AO=11;DP=145;FAO=11;FDP=147;FR=.;FRO=136;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=67;FWDB=0.00130116;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.535;QD=0.907409;RBI=0.078151;REFB=-0.00179666;REVB=-0.0781401;RO=130;SAF=8;SAR=3;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240421;STB=0.70758;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0226926;OID=.;OPOS=106780597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:145:147:130:136:11:11:0.0748299:3:8:67:63:3:8:69:67 chr14 106780634 . G A 253.73 PASS AF=0.24375;AO=39;DP=160;FAO=39;FDP=160;FR=.;FRO=121;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.017795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.52;QD=6.34334;RBI=0.0208374;REFB=-0.0103864;REVB=-0.0108413;RO=120;SAF=18;SAR=21;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064508;STB=0.507243;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0310329;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:120:121:39:39:0.24375:21:18:56:64:21:18:57:64 chr14 106780647 . A G 36.98 PASS AF=0.0779221;AO=12;DP=152;FAO=12;FDP=154;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=-0.0322769;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0393;QD=0.960477;RBI=0.0335202;REFB=-0.00130108;REVB=-0.00904433;RO=139;SAF=8;SAR=4;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259579;STB=0.700099;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0168136;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:152:154:139:142:12:12:0.0779221:4:8:60:79:4:8:63:79 chr14 106780816 . CA C,CC 769.91 PASS AF=1,0;AO=8,38;DP=47;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145406,-0.0713784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.84,199.356;QD=65.5238;RBI=0.0553806,0.0978982;REFB=0,0;REVB=-0.0534377,-0.0670013;RO=0;SAF=7,20;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000139623,0;OID=.,.;OPOS=106780817,106780817;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,38:47:47,0:47:0:28,0:19,0:0:0:4:0:7,20:1,18:0:0 chr14 106780956 . AG A 38.09 PASS AF=0.211538;AO=10;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.070687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7127;QD=2.92994;RBI=0.11635;REFB=0.01282;REVB=0.0924162;RO=40;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279137;STB=0.546871;STBP=0.825;TYPE=del;VARB=-0.0367508;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211538:10:52:11:52:41:2:9:9:32:38:40:1:9:9:31 chr14 106791006 . C T 779.12 PASS AF=0.688172;AO=64;DP=93;FAO=64;FDP=93;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00230584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.712;QD=33.5105;RBI=0.00427786;REFB=-0.0241041;REVB=-0.00360321;RO=29;SAF=41;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548297;STB=0.529592;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0114328;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:29:29:64:64:0.688172:23:41:16:13:23:41:16:13 chr14 106791119 . A G 411.0 PASS AF=0.329193;AO=53;DP=161;FAO=53;FDP=161;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.0258776;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.741;QD=10.2111;RBI=0.026025;REFB=-0.00944237;REVB=0.0027668;RO=104;SAF=29;SAR=24;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101094;STB=0.500591;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0169299;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:104:108:53:53:0.329193:24:29:56:48:24:29:59:49 chr14 106791131 . A G 239.38 PASS AF=0.238095;AO=35;DP=150;FAO=35;FDP=147;FR=.;FRO=112;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0237877;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4569;QD=6.51385;RBI=0.0262151;REFB=-0.0114982;REVB=-0.0110171;RO=111;SAF=18;SAR=17;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021659;STB=0.516346;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0336453;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:111:112:35:35:0.238095:17:18:59:52:17:18:60:52 chr14 106791200 . GC AG 238.07 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.026281;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.692;QD=11.6133;RBI=0.0273802;REFB=-0.0167644;REVB=-0.00768013;RO=52;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11461;STB=0.561282;STBP=0.435;TYPE=mnp;VARB=0.0296452;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:19:10:23:29:19:10:23:30 chr14 106805212 . C G 193.66 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0594206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0067;QD=10.1924;RBI=0.0597162;REFB=-0.0220234;REVB=0.00593437;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153398;STB=0.589948;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.020912;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:25:26:16:9:25:26 chr14 106805236 . C T 311.67 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0363012;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.134;QD=10.2186;RBI=0.0372539;REFB=-0.0230653;REVB=-0.00837116;RO=79;SAF=11;SAR=29;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138989;STB=0.597887;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0446761;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:79:82:40:40:0.327869:29:11:30:49:29:11:33:49 chr14 106805278 . A G 633.22 PASS AF=0.376238;AO=75;DP=206;FAO=76;FDP=202;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=-0.00689044;FXX=0.0194165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.457;QD=12.5389;RBI=0.0151889;REFB=-0.0114104;REVB=-0.013536;RO=128;SAF=22;SAR=53;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14069;STB=0.581554;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0116735;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:202:128:126:75:76:0.376238:53:22:52:76:53:23:53:73 chr14 106805341 . G A 45.38 PASS AF=0.0701107;AO=19;DP=271;FAO=19;FDP=271;FR=.;FRO=252;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=100;FSRR=152;FWDB=-0.0405771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.136;QD=0.669774;RBI=0.0406307;REFB=-0.000590689;REVB=0.00208686;RO=250;SAF=8;SAR=11;SRF=99;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286429;STB=0.52325;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0147363;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:271:271:250:252:19:19:0.0701107:11:8:99:151:11:8:100:152 chr14 106805343 . A G 46.8 PASS AF=0.071161;AO=18;DP=266;FAO=19;FDP=267;FR=.;FRO=248;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=96;FSRR=152;FWDB=-0.00944262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.624;QD=0.701097;RBI=0.00948615;REFB=0.00113809;REVB=-0.000907703;RO=247;SAF=8;SAR=10;SRF=95;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674053;STB=0.532646;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0328188;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:266:267:247:248:18:19:0.071161:10:8:95:152:11:8:96:152 chr14 106805380 . GT GG,TG 773.01 PASS AF=0.327434,0.0840708;AO=72,18;DP=226;FAO=74,19;FDP=226;FR=.;FRO=133;FSAF=28,8;FSAR=46,11;FSRF=51;FSRR=82;FWDB=0.025975,-0.104895;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=282.798,35.277;QD=13.6816;RBI=0.0272079,0.107723;REFB=-0.0135563,-0.0154804;REVB=-0.00809731,-0.0245242;RO=125;SAF=26,8;SAR=46,10;SRF=44;SRR=81;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0110749,0.120079;STB=0.503463,0.534064;STBP=0.959,0.778;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0279012,-0.00257681;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:125:133:72,18:74,19:0.327434,0.0840708:46,10:26,8:44:81:46,11:28,8:51:82 chr14 106805386 . G C 88.26 PASS AF=0.107623;AO=24;DP=223;FAO=24;FDP=223;FR=.;FRO=199;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=121;FWDB=-0.0114436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6866;QD=1.58318;RBI=0.0251171;REFB=-0.00103197;REVB=0.0223587;RO=199;SAF=9;SAR=15;SRF=78;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219415;STB=0.516001;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00544522;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:223:223:199:199:24:24:0.107623:15:9:78:121:15:9:78:121 chr14 106805395 . G A 512.16 PASS AF=0.308036;AO=68;DP=222;FAO=69;FDP=224;FR=.;FRO=155;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=96;FWDB=-0.0233339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.136;QD=9.14575;RBI=0.0275806;REFB=-0.00368671;REVB=0.0147043;RO=153;SAF=28;SAR=40;SRF=58;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406622;STB=0.518163;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0140551;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:153:155:68:69:0.308036:40:28:58:95:41:28:59:96 chr14 106805402 . T G 94.91 PASS AF=0.112108;AO=25;DP=223;FAO=25;FDP=223;FR=.;FRO=198;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=81;FSRR=117;FWDB=-0.0175158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.023;QD=1.70247;RBI=0.0175208;REFB=-4.98187e-05;REVB=0.000415696;RO=197;SAF=10;SAR=15;SRF=81;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142978;STB=0.508373;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000215529;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:223:223:197:198:25:25:0.112108:15:10:81:116:15:10:81:117 chr14 106805408 . C T 432.94 PASS AF=0.289855;AO=60;DP=206;FAO=60;FDP=207;FR=.;FRO=147;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=86;FWDB=0.00458703;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.626;QD=8.36595;RBI=0.00962501;REFB=-0.00462189;REVB=0.00846168;RO=144;SAF=27;SAR=33;SRF=58;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581298;STB=0.525249;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00939468;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:144:147:60:60:0.289855:33:27:58:86:33:27:61:86 chr14 106805439 . TA CG,TG 2254.37 PASS AF=0.169935,0.830065;AO=26,123;DP=154;FAO=26,127;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=12,63;FSAR=14,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781935,0.00562686;FXX=0.00649309;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=58.0096,119.599;QD=58.9377;RBI=0.0129769,0.00590163;REFB=0,0;REVB=-0.0103565,-0.0017798;RO=0;SAF=12,59;SAR=14,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0116655,0.00345582;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:154:153:0:0:26,123:26,127:0.169935,0.830065:14,64:12,59:0:0:14,64:12,63:0:0 chr14 106805481 . G A 35.72 PASS AF=0.114286;AO=7;DP=71;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00594745;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.532;QD=2.04141;RBI=0.0375273;REFB=-0.00554655;REVB=-0.037053;RO=61;SAF=2;SAR=5;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391349;STB=0.725845;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0574313;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:71:70:61:62:7:8:0.114286:5:2:39:22:5:3:40:22 chr14 106805485 . C G 47.28 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0300402;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7607;QD=2.95518;RBI=0.0300459;REFB=0.00472814;REVB=0.000583661;RO=54;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247525;STB=0.67532;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0412001;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:65:64:54:55:9:9:0.140625:5:4:35:19:5:4:36:19 chr14 106805508 . G A 589.64 PASS AF=0.84;AO=41;DP=49;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0283442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9513;QD=47.1712;RBI=0.0449736;REFB=-0.190549;REVB=-0.0349175;RO=3;SAF=28;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239422;STB=0.515144;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0345056;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:50:3:8:41:42:0.84:13:28:2:1:14:28:6:2 chr14 106866565 . C A 121.53 PASS AF=0.190909;AO=18;DP=105;FAO=21;FDP=110;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=-0.0652546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.007;QD=4.41925;RBI=0.0655272;REFB=-0.0125257;REVB=0.00597016;RO=69;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116418;STB=0.533301;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0480433;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:69:89:18:21:0.190909:11:7:21:48:14:7:33:56 chr14 106877551 . A C 686.2 PASS AF=1;AO=32;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363177;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9748;QD=60.9959;RBI=0.200198;REFB=0;REVB=0.196876;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029923;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:45:0:0:32:45:1:12:20:0:0:22:23:0:0 chr14 106926328 . A C 867.71 PASS AF=0.969231;AO=59;DP=62;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00743808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2178;QD=53.3978;RBI=0.0584626;REFB=-0.0387517;REVB=0.0579875;RO=3;SAF=19;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354739;STB=0.524992;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00580514;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:65:3:2:59:63:0.969231:40:19:2:1:44:19:2:0 chr14 106926362 . C T 647.72 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0161919;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.283;QD=52.8751;RBI=0.0177888;REFB=-0.22753;REVB=0.00736627;RO=2;SAF=14;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624851;STB=0.575722;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00235955;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:49:2:5:44:44:0.897959:30:14:2:0:30:14:5:0 chr14 106926388 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.804;QD=62.0217;RBI=0.0262858;REFB=0;REVB=-0.021584;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16962e-05;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr14 106926456 . A C 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00149754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3443;QD=46.062;RBI=0.041114;REFB=-0.063391;REVB=0.0410868;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519979;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00214302;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:7:12:0:0:7:12:1:0 chr14 106926649 . C A 402.67 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.110797;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.228;QD=53.6892;RBI=0.110797;REFB=-0.0252301;REVB=0.000150497;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00205707;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr14 106963101 . C T 1344.52 PASS AF=0.863248;AO=98;DP=116;FAO=101;FDP=117;FR=.;FRO=16;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0134633;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.567;QD=45.9666;RBI=0.0241583;REFB=0.0181979;REVB=0.020059;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.572015;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00371835;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:116:117:0:16:98:101:0.863248:64:34:0:0:64:37:14:2 chr14 106993886 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.322;QD=43.4862;RBI=0.0333411;REFB=0;REVB=0.0276202;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372963;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr14 106993945 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.039;QD=59.8385;RBI=0.0916454;REFB=0;REVB=0.0789563;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161891;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr14 106994009 . GCT TTC 482.75 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864912;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.434;QD=58.5152;RBI=0.0913262;REFB=0;REVB=0.0293216;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000313291;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:20:6:0:0:22:11:0:0 chr14 106994015 . G A 483.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.655;QD=58.6445;RBI=0.0897181;REFB=0;REVB=0.00411169;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373679;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr14 106994063 . C T 208.48 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0291091;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.393;QD=41.696;RBI=0.0316565;REFB=-0.0838182;REVB=0.0124416;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151898;STB=0.583236;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000481714;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:13:5:2:0:13:5:2:0 chr14 107013129 . A C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1307;QD=55.6463;RBI=0.128069;REFB=0;REVB=-0.026697;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235522;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr14 107048702 . G A,T 793.61 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280605,0.00720761;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=147.5,73.3797;QD=55.6916;RBI=0.0453268,0.0425212;REFB=0,0;REVB=0.0355968,-0.0419059;RO=0;SAF=37,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.85968e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000418619,0.188089;OID=.,.;OPOS=107048702,107048702;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:18,2:37,0:0:0:18,2:37,0:0:0 chr14 107048749 . C G 813.59 PASS AF=0.828947;AO=62;DP=75;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0588917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.174;QD=42.8206;RBI=0.060215;REFB=0.0147754;REVB=0.0125541;RO=13;SAF=35;SAR=27;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168329;STB=0.510382;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00158359;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:76:13:13:62:63:0.828947:27:35:8:5:28:35:8:5 chr14 107048885 . C T 90.03 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0854306;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.3;QD=14.4043;RBI=0.0858578;REFB=-0.0116715;REVB=-0.00855413;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240656;STB=0.63887;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0217794;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:3:11:6:5:3:11 chr14 107095294 . T C 122.07 PASS AF=0.923077;AO=4;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.187;QD=37.5589;RBI=0.098623;REFB=0.025185;REVB=0.0809208;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.749895;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000423183;OID=.;OPOS=107095294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:4:12:0.923077:4:0:1:0:9:3:1:0 chr14 107095296 . G C,GC 111.83 PASS AF=0.666667,0.25;AO=7,2;DP=13;FAO=8,3;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137334,-0.0215445;FXX=0.076864;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=257.834,260.234;QD=37.2752;RBI=0.031746,0.0309952;REFB=-0.210802,-0.063004;REVB=0.0286217,0.0222831;RO=3;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0505826,-0.599865;STB=0.545344,0.5;STBP=0.621,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00779384,0.030487;OID=.,.;OPOS=107095296,107095297;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:13:12:3:1:7,2:8,3:0.666667,0.25:4,2:3,0:1:2:5,3:3,0:0:1 chr14 107095326 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.081;QD=39.318;RBI=0.0193443;REFB=0.0740455;REVB=0.0149377;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00285217;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr14 107095338 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1545;QD=45.8068;RBI=0.0743691;REFB=0;REVB=-0.0133819;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259311;OID=.;OPOS=107095338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr14 107095377 . CC GT 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261472;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.395;QD=44.6898;RBI=0.0349042;REFB=0;REVB=0.023122;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.15886e-05;OID=.;OPOS=107095377;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr14 107095553 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=360.019;QD=33.4285;RBI=0.00271055;REFB=0;REVB=-0.00271055;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72103e-05;OID=.;OPOS=107095553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr14 107113851 . C T 708.88 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0824359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.573;QD=54.5289;RBI=0.0853243;REFB=-0.0783138;REVB=0.0220128;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00158166;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:48:51:0.980769:30:18:0:1:30:21:0:1 chr14 107114009 . T C 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4153;QD=51.9029;RBI=0.0905211;REFB=0;REVB=-0.0114343;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142691;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr14 107114193 . A G 763.93 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.924;QD=62.3612;RBI=0.0906195;REFB=0;REVB=0.0528371;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302289;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:46:49:1:26:20:0:0:28:21:0:0 chr14 107131164 . A C 224.21 PASS AF=0.904762;AO=20;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0247425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.474;QD=42.7064;RBI=0.0288486;REFB=-0.000190006;REVB=-0.014834;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571351;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000142089;OID=.;OPOS=107131164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:20:19:0.904762:13:7:0:0:13:6:2:0 chr14 107131410 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4128;QD=55.6556;RBI=0.0504591;REFB=0;REVB=-0.0376192;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08489e-05;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr14 107170055 . G A 976.66 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00676687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.462;QD=57.4503;RBI=0.0101042;REFB=-0.0595999;REVB=0.00750368;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00016753;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:32:35:0:0:32:35:1:0 chr14 107170062 . A G 939.14 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4832;QD=56.9177;RBI=0.0753874;REFB=-0.117722;REVB=-0.035042;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.010504;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:30:35:0:0:30:35:1:0 chr14 107170077 . C T 890.16 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8647;QD=55.6348;RBI=0.124018;REFB=-0.0821685;REVB=0.00786343;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490829;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:62:64:1:29:33:1:0:29:35:0:0 chr14 107170128 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.737;QD=57.5444;RBI=0.0258123;REFB=0;REVB=-0.00714572;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46899e-05;OID=.;OPOS=107170128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr14 107170207 . C T 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0135;QD=61.6756;RBI=0.0561941;REFB=0;REVB=0.0554372;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516669;OID=.;OPOS=107170207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr14 107170219 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.9843e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.746;QD=60.9786;RBI=0.0168627;REFB=0;REVB=-0.0168624;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86451e-05;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr14 107178832 . A G 2332.08 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8485;QD=60.1826;RBI=0.0997438;REFB=0.0135151;REVB=-0.096076;RO=1;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638536;STB=0.503355;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000395598;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:74:80:0:1:74:80:0:1 chr14 107178941 . T A 1524.64 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8931;QD=61.6014;RBI=0.144752;REFB=0;REVB=0.0280579;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010747;OID=.;OPOS=107178941;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:91:99:1:47:44:0:0:48:51:0:0 chr14 107178965 . A C 899.15 PASS AF=0.956522;AO=64;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.101704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.419;QD=52.1249;RBI=0.101826;REFB=-0.154617;REVB=0.00498034;RO=3;SAF=28;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479518;STB=0.523802;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00247773;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:69:69:3:3:64:66:0.956522:36:28:3:0:36:30:3:0 chr14 107179013 . A G 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0801;QD=61.6708;RBI=0.0704833;REFB=0;REVB=0.0503315;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015094;OID=.;OPOS=107179013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr14 107179017 . A G 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.228;QD=62.6511;RBI=0.0207263;REFB=0;REVB=-0.00834648;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3221e-05;OID=.;OPOS=107179017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr14 107179106 . C T 736.19 PASS AF=0.918033;AO=55;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0345352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9828;QD=48.2747;RBI=0.0446733;REFB=-0.134787;REVB=0.0283375;RO=6;SAF=28;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291352;STB=0.506742;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0123936;OID=.;OPOS=107179106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:61:61:6:5:55:56:0.918033:27:28:4:2:27:29:3:2 chr14 107211211 . G A 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000353972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.765;QD=52.1519;RBI=0.0161102;REFB=-0.0956205;REVB=0.0161063;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00294291;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr14 107282846 . G A 30.45 PASS AF=0.0662983;AO=12;DP=181;FAO=12;FDP=181;FR=.;FRO=169;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=-0.00597207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.409;QD=0.672868;RBI=0.0187411;REFB=-0.00307813;REVB=-0.0177641;RO=160;SAF=7;SAR=5;SRF=82;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769322;STB=0.591217;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0497454;OID=.;OPOS=107282846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:181:181:160:169:12:12:0.0662983:5:7:82:78:5:7:82:87 chr14 107282852 . T C 33.44 PASS AF=0.0684211;AO=13;DP=190;FAO=13;FDP=190;FR=.;FRO=177;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=88;FWDB=0.0183381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.584;QD=0.703943;RBI=0.0280728;REFB=-0.00198661;REVB=-0.0212555;RO=176;SAF=8;SAR=5;SRF=88;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124942;STB=0.605208;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0453176;OID=.;OPOS=107282852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:190:190:176:177:13:13:0.0684211:5:8:88:88:5:8:89:88 chr14 107282859 . G A 37.77 PASS AF=0.0725389;AO=14;DP=193;FAO=14;FDP=193;FR=.;FRO=179;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=88;FWDB=0.0269545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7696;QD=0.78287;RBI=0.027558;REFB=-0.00620624;REVB=-0.00573556;RO=179;SAF=9;SAR=5;SRF=91;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149025;STB=0.625847;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.085815;OID=.;OPOS=107282859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:193:193:179:179:14:14:0.0725389:5:9:91:88:5:9:91:88 chr14 107282872 . T A 41.61 PASS AF=0.075;AO=15;DP=200;FAO=15;FDP=200;FR=.;FRO=185;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=98;FSRR=87;FWDB=-0.00105717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.571;QD=0.832242;RBI=0.0159964;REFB=-3.0549e-06;REVB=-0.0159614;RO=183;SAF=9;SAR=6;SRF=98;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729377;STB=0.565834;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0225027;OID=.;OPOS=107282872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:200:200:183:185:15:15:0.075:6:9:98:85:6:9:98:87 chr14 107282909 . T C 45.02 PASS AF=0.0810811;AO=15;DP=185;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=84;FWDB=-0.00830014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7699;QD=0.973431;RBI=0.0179051;REFB=2.09244e-05;REVB=0.0158651;RO=169;SAF=8;SAR=7;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346278;STB=0.525219;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000693258;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:185:185:169:170:15:15:0.0810811:7:8:85:84:7:8:86:84 chr14 107282926 . A T 48.65 PASS AF=0.0872093;AO=15;DP=172;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=78;FWDB=-0.0109651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.819;QD=1.1315;RBI=0.0210774;REFB=-0.00287284;REVB=-0.0180007;RO=155;SAF=8;SAR=7;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349961;STB=0.527504;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0359337;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:172:172:155:157:15:15:0.0872093:7:8:78:77:7:8:79:78 chr14 107282935 . A T 49.55 PASS AF=0.0887574;AO=15;DP=170;FAO=15;FDP=169;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.0594276;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4942;QD=1.17285;RBI=0.0601237;REFB=-0.00223448;REVB=-0.00912234;RO=149;SAF=8;SAR=7;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429702;STB=0.530346;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0267212;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:170:169:149:154:15:15:0.0887574:7:8:74:75:7:8:77:77 chr14 107283156 . A G 583.75 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0165801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.677;QD=54.3027;RBI=0.0176327;REFB=-0.00819622;REVB=0.00600103;RO=2;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155033;STB=0.576428;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000539603;OID=.;OPOS=107283156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:2:3:40:40:0.930233:5:35:0:2:5:35:1:2 chr14 107283160 . C T 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.429;QD=61.6794;RBI=0.0376862;REFB=0;REVB=0.0259887;RO=0;SAF=37;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214444;OID=.;OPOS=107283160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:4:37:0:0:4:37:0:0 chr15 20301177 . A G 395.56 PASS AF=0.244898;AO=58;DP=242;FAO=60;FDP=245;FR=.;FRO=185;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=94;FSRR=91;FWDB=0.0636149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8709;QD=6.4581;RBI=0.0681685;REFB=-0.0055385;REVB=0.0244967;RO=183;SAF=34;SAR=24;SRF=93;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992956;STB=0.570224;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0224424;OID=.;OPOS=20301177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:183:185:58:60:0.244898:24:34:93:90:24:36:94:91 chr15 20462603 . G T 146.15 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.023389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.609;QD=5.84615;RBI=0.0277559;REFB=0.000586981;REVB=0.0149447;RO=78;SAF=11;SAR=11;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145676;STB=0.589921;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00149723;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:11:11:48:30:11:11:48:30 chr15 20476906 . T C 505.18 PASS AF=0.311628;AO=66;DP=214;FAO=67;FDP=215;FR=.;FRO=148;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=-0.00180265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.901;QD=9.39865;RBI=0.0257089;REFB=-0.00471275;REVB=0.0256457;RO=145;SAF=35;SAR=31;SRF=83;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050401;STB=0.531241;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0111904;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:145:148:66:67:0.311628:31:35:83:62:32:35:84:64 chr15 20476981 . G T 725.76 PASS AF=0.417989;AO=79;DP=191;FAO=79;FDP=189;FR=.;FRO=110;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.00678985;FXX=0.0104707;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.521;QD=15.3599;RBI=0.0100973;REFB=-0.00415119;REVB=0.00747345;RO=106;SAF=36;SAR=43;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103327;STB=0.557382;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00515069;OID=.;OPOS=20476981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:106:110:79:79:0.417989:43:36:59:47:43:36:61:49 chr15 20588705 . C A 683.57 PASS AF=0.393035;AO=79;DP=201;FAO=79;FDP=201;FR=.;FRO=122;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.012653;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4514;QD=13.6033;RBI=0.0307057;REFB=-0.012083;REVB=-0.0279775;RO=119;SAF=40;SAR=39;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651469;STB=0.54359;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0166045;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:119:122:79:79:0.393035:39:40:53:66:39:40:53:69 chr15 20643927 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0734256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3652;QD=14.6524;RBI=0.0741471;REFB=0.0517691;REVB=0.0103186;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333798;STB=0.691819;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0481682;OID=.;OPOS=20643927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:5:0:2:4:5:0 chr15 20645827 . A G 101.42 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=0.0563508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.879;QD=4.60988;RBI=0.0602018;REFB=-0.00861213;REVB=-0.0211859;RO=68;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492476;STB=0.56318;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0333554;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:71:17:17:0.193182:13:4:18:50:13:4:21:50 chr15 20874897 . A G 7814.09 PASS AF=1;AO=483;DP=489;FAO=490;FDP=490;FR=.;FRO=0;FSAF=251;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455503;FXX=0.0101008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.455;QD=63.7885;RBI=0.0456201;REFB=-0.0217449;REVB=-0.002522;RO=1;SAF=251;SAR=232;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35378e-06;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:489:490:1:0:483:490:1:232:251:1:0:239:251:0:0 chr15 20874927 . T A 802.38 PASS AF=0.246964;AO=117;DP=493;FAO=122;FDP=494;FR=.;FRO=372;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=183;FSRR=189;FWDB=-0.00844448;FXX=0.0139718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.466;QD=6.49699;RBI=0.0142305;REFB=-0.00316292;REVB=0.0114541;RO=354;SAF=55;SAR=62;SRF=170;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012842;STB=0.537301;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00970247;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:493:494:354:372:117:122:0.246964:62:55:170:184:68:54:183:189 chr15 20876515 . A G 5419.96 PASS AF=0.988764;AO=350;DP=357;FAO=352;FDP=356;FR=.;FRO=4;FSAF=196;FSAR=156;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0258325;FXX=0.00835631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.3;QD=60.8984;RBI=0.039316;REFB=-0.15139;REVB=0.0296383;RO=5;SAF=195;SAR=155;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661675;STB=0.50505;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000352717;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:357:356:5:4:350:352:0.988764:155:195:4:1:156:196:4:0 chr15 22016194 . G A 134.4 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0116702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.677;QD=25.5998;RBI=0.0376427;REFB=-0.0309952;REVB=0.035788;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.571328;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.011368;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:21:7:7:12:14:0.666667:5:7:2:5:7:7:2:5 chr15 22368862 . G A 3139.26 PASS AF=0.740299;AO=248;DP=335;FAO=248;FDP=335;FR=.;FRO=87;FSAF=123;FSAR=125;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0339981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7625;QD=37.4838;RBI=0.0484931;REFB=-0.0118555;REVB=-0.0345791;RO=85;SAF=123;SAR=125;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234663;STB=0.509402;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00386852;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:85:87:248:248:0.740299:125:123:38:47:125:123:40:47 chr15 22368905 . G A 2161.95 PASS AF=0.733051;AO=171;DP=234;FAO=173;FDP=236;FR=.;FRO=63;FSAF=94;FSAR=79;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0208282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.392;QD=36.6431;RBI=0.0244101;REFB=-0.0330201;REVB=0.0127295;RO=61;SAF=94;SAR=77;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610866;STB=0.526478;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0118047;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:61:63:171:173:0.733051:77:94:26:35:79:94:28:35 chr15 22369248 . T C 1217.94 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.521;QD=58.6961;RBI=0.0240692;REFB=-0.0152002;REVB=0.0100616;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141304;STB=0.514282;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000800562;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:1:2:80:81:0.975904:47:33:1:0:47:34:2:0 chr15 22369290 . A G 405.19 PASS AF=0.280788;AO=56;DP=205;FAO=57;FDP=203;FR=.;FRO=146;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=-0.00686085;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1169;QD=7.98396;RBI=0.0422079;REFB=-0.0027845;REVB=0.0416466;RO=142;SAF=26;SAR=30;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092471;STB=0.511903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0067969;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:142:146:56:57:0.280788:30:26:67:75:31:26:69:77 chr15 22369426 . G A 4387.87 PASS AF=0.842105;AO=320;DP=380;FAO=320;FDP=380;FR=.;FRO=60;FSAF=172;FSAR=148;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00533637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.95;QD=46.1881;RBI=0.0237203;REFB=-0.0135169;REVB=-0.0231122;RO=60;SAF=172;SAR=148;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262442;STB=0.513864;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0020283;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:60:60:320:320:0.842105:148:172:27:33:148:172:27:33 chr15 22382655 . A C 263.12 PASS AF=0.242424;AO=38;DP=166;FAO=40;FDP=165;FR=.;FRO=125;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.00449394;FXX=0.0350857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.304;QD=6.37854;RBI=0.0198736;REFB=-0.00959446;REVB=-0.0193588;RO=117;SAF=17;SAR=21;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393291;STB=0.540963;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0461802;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:117:125:38:40:0.242424:21:17:56:61:22:18:63:62 chr15 22382728 . C T 212.91 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0317936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5661;QD=6.55094;RBI=0.0356141;REFB=-0.0137726;REVB=-0.0160477;RO=98;SAF=10;SAR=22;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228995;STB=0.639189;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0526425;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:98:98:32:32:0.246154:22:10:48:50:22:10:48:50 chr15 22382739 . A G 1629.97 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00975556;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.697;QD=58.2133;RBI=0.0247261;REFB=-0.0492516;REVB=0.0227202;RO=2;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172556;STB=0.509089;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=3.32964e-05;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:54:56:0:2:54:56:0:2 chr15 22382821 . G C 234.64 PASS AF=0.192661;AO=42;DP=218;FAO=42;FDP=218;FR=.;FRO=176;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=102;FSRR=74;FWDB=-0.00950651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.376;QD=4.30529;RBI=0.0107351;REFB=-0.00496027;REVB=0.00498679;RO=173;SAF=22;SAR=20;SRF=100;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703076;STB=0.545273;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0101768;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:173:176:42:42:0.192661:20:22:100:73:20:22:102:74 chr15 22382828 . C A 284.22 PASS AF=0.206009;AO=48;DP=233;FAO=48;FDP=233;FR=.;FRO=185;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=109;FSRR=76;FWDB=0.0222054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.702;QD=4.8793;RBI=0.0292267;REFB=0.00366115;REVB=0.0190032;RO=185;SAF=27;SAR=21;SRF=109;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350222;STB=0.521635;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0152151;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:185:185:48:48:0.206009:21:27:109:76:21:27:109:76 chr15 22383064 . C A 197.09 PASS AF=0.201183;AO=34;DP=170;FAO=34;FDP=169;FR=.;FRO=135;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=0.0117921;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5477;QD=4.66477;RBI=0.0311415;REFB=-0.00151818;REVB=0.0288225;RO=134;SAF=12;SAR=22;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244405;STB=0.655034;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00705294;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:134:135:34:34:0.201183:22:12:73:61:22:12:74:61 chr15 22383066 . A G 2565.66 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0961;QD=61.8231;RBI=0.00776549;REFB=0;REVB=0.00706831;RO=0;SAF=84;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7071e-06;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:82:84:0:0:82:84:0:0 chr15 22383189 . G A 1550.52 PASS AF=0.713483;AO=127;DP=178;FAO=127;FDP=178;FR=.;FRO=51;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0286916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.725;QD=34.8432;RBI=0.0343211;REFB=-0.0228211;REVB=0.0188343;RO=51;SAF=62;SAR=65;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515328;STB=0.527562;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00990329;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:51:51:127:127:0.713483:65:62:20:31:65:62:20:31 chr15 22383482 . GA G 728.12 PASS AF=0.740741;AO=58;DP=80;FAO=60;FDP=81;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00326054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.857;QD=35.9566;RBI=0.00565365;REFB=-0.00795137;REVB=0.00461872;RO=21;SAF=20;SAR=38;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700617;STB=0.530068;STBP=0.374;TYPE=del;VARB=0.00250557;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741:58:80:60:81:21:22:38:10:11:99:21:20:38:10:11 chr15 22413700 . A G 2152.67 PASS AF=0.97351;AO=146;DP=151;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00869446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0574;QD=57.0244;RBI=0.00908546;REFB=-0.0197887;REVB=-0.00263665;RO=5;SAF=70;SAR=76;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017626;STB=0.506008;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00445091;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:151:151:5:4:146:147:0.97351:76:70:1:4:77:70:1:3 chr15 22413825 . C T 2240.36 PASS AF=0.525301;AO=217;DP=415;FAO=218;FDP=415;FR=.;FRO=197;FSAF=134;FSAR=84;FSRF=109;FSRR=88;FWDB=-0.00919274;FXX=0.00240379;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.675;QD=21.5938;RBI=0.0681452;REFB=-0.0169132;REVB=-0.0675223;RO=197;SAF=134;SAR=83;SRF=109;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583723;STB=0.530324;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0154681;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:197:197:217:218:0.525301:83:134:109:88:84:134:109:88 chr15 22413940 . T C 991.32 PASS AF=0.283058;AO=136;DP=483;FAO=137;FDP=484;FR=.;FRO=347;FSAF=80;FSAR=57;FSRF=181;FSRR=166;FWDB=-0.00955523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.879;QD=8.19276;RBI=0.0126891;REFB=-0.0136364;REVB=-0.00834934;RO=344;SAF=79;SAR=57;SRF=180;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716603;STB=0.545276;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0303351;OID=.;OPOS=22413940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:484:344:347:136:137:0.283058:57:79:180:164:57:80:181:166 chr15 22414262 . C T 314.25 PASS AF=0.258427;AO=46;DP=179;FAO=46;FDP=178;FR=.;FRO=132;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.0449823;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.111;QD=7.0617;RBI=0.0453425;REFB=-0.00537074;REVB=-0.0057037;RO=129;SAF=24;SAR=22;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221324;STB=0.50489;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0160543;OID=.;OPOS=22414262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:129:132:46:46:0.258427:22:24:65:64:22:24:68:64 chr15 22440297 . A G 310.35 PASS AF=0.426829;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00683495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.536;QD=15.1391;RBI=0.0277056;REFB=-0.0393261;REVB=0.0268492;RO=47;SAF=21;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676691;STB=0.550868;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0456584;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:47:33:35:0.426829:12:21:27:20:12:23:27:20 chr15 22440322 . A G 38.16 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0114917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.046;QD=1.77475;RBI=0.04957;REFB=-0.00488281;REVB=-0.0482196;RO=77;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146815;STB=0.612646;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0355564;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:77:77:9:9:0.104651:3:6:42:35:3:6:42:35 chr15 22440816 . A G 212.25 PASS AF=0.186275;AO=38;DP=205;FAO=38;FDP=204;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=88;FSRR=78;FWDB=-0.0239496;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.09;QD=4.16173;RBI=0.0292878;REFB=-0.0115565;REVB=-0.0168579;RO=161;SAF=15;SAR=23;SRF=83;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15557;STB=0.609881;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0485649;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:161:166:38:38:0.186275:23:15:83:78:23:15:88:78 chr15 22448405 . C T 71.98 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0270382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.286;QD=3.83887;RBI=0.0313814;REFB=-0.00581553;REVB=-0.0159289;RO=62;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260344;STB=0.670407;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0296948;OID=.;OPOS=22448405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:5:8:25:37:5:8:25:37 chr15 22840279 . G T 378.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225136;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.083;QD=56.0472;RBI=0.0308876;REFB=0;REVB=-0.0211466;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6473e-05;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr15 22873784 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.967;QD=57.7111;RBI=0.0361671;REFB=0;REVB=0.0361226;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137523;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr15 22926229 . G A 924.57 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000903027;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.587;QD=58.7031;RBI=0.0346888;REFB=0;REVB=-0.034677;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30419e-05;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr15 22956299 . ACCCC ACCCCG,ACCCG,ACCC 69.55 PASS AF=0.181818,0,0;AO=10,4,19;DP=77;FAO=14,0,0;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=2,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0675712,-0.339402,-0.649655;FXX=0;HRUN=0,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=21.0295,29.0889,14.1005;QD=3.61289;RBI=0.0742216,0.343968,0.655468;REFB=0.00901394,-0.00361431,-0.0190934;REVB=-0.030708,-0.0558603,-0.0871042;RO=41;SAF=1,3,19;SAR=9,1,0;SRF=18;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.309091;SSSB=-0.501261,0.325644,0.813601;STB=0.877546,0.5,0.5;STBP=0.004,1,1;TYPE=ins,snp,del;VARB=0.0749537,0,0;OID=.,.,.;OPOS=22956304,22956303,22956300;OREF=-,C,C;OALT=G,G,-;OMAPALT=ACCCCG,ACCCG,ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0,0:10,4,19:77:14,0,0:77:63:2,0,0:12,0,0:40:23:69:41:1,3,19:9,1,0:18:23 chr15 23006358 . CT C 52.68 PASS AF=0.348837;AO=17;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.263761;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.416;QD=4.90028;RBI=0.265485;REFB=-0.0494952;REVB=0.0302059;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.301724;SSSB=0.236387;STB=0.544832;STBP=0.664;TYPE=del;VARB=0.0525246;OID=.;OPOS=23006359;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:17:44:15:43:28:8:7:13:15:52:23:10:7:8:15 chr15 23052632 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.973;QD=57.3835;RBI=0.0106118;REFB=0;REVB=0.00644466;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74178e-06;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:42:14:0:0:42:15:0:0 chr15 23059394 . C T 669.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.064;QD=62.2963;RBI=0.0264534;REFB=0;REVB=0.0263174;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103038;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr15 23098401 . C T 1060.98 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.197;QD=59.7738;RBI=0.0708849;REFB=0;REVB=0.0701491;RO=0;SAF=66;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.54253e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195751;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:3:66:0:0:3:68:0:0 chr15 23098449 . C T 1415.52 PASS AF=0.896552;AO=103;DP=116;FAO=104;FDP=116;FR=.;FRO=12;FSAF=92;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.017123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.263;QD=48.8112;RBI=0.051598;REFB=-0.0709811;REVB=0.048674;RO=12;SAF=91;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606041;STB=0.550888;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00709326;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:116:116:12:12:103:104:0.896552:12:91:9:3:12:92:8:4 chr15 23098502 . CG CT,TC 38.89 PASS AF=0.0726257,0;AO=11,8;DP=178;FAO=13,0;FDP=179;FR=.,HEALED;FRO=166;FSAF=11,0;FSAR=2,0;FSRF=131;FSRR=35;FWDB=-0.0204581,-0.0300412;FXX=0.0110491;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=198.89,31.2737;QD=0.869046;RBI=0.0698981,0.108316;REFB=-0.00691574,-0.0252594;REVB=0.0668372,0.104066;RO=106;SAF=9,8;SAR=2,0;SRF=78;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133783,0.46933;STB=0.58885,0.5;STBP=0.616,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0179919,0;OID=.,.;OPOS=23098503,23098502;OREF=G,CG;OALT=T,TC;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:178:179:106:166:11,8:13,0:0.0726257,0:2,0:9,8:78:28:2,0:11,0:131:35 chr15 23098518 . G A 47.13 PASS AF=0.0847458;AO=15;DP=177;FAO=15;FDP=177;FR=.;FRO=162;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=129;FSRR=33;FWDB=0.00216305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3771;QD=1.06511;RBI=0.0022192;REFB=-0.00504577;REVB=-0.000496081;RO=160;SAF=11;SAR=4;SRF=128;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110065;STB=0.579015;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0308784;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:177:177:160:162:15:15:0.0847458:4:11:128:32:4:11:129:33 chr15 23158293 . A C 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00401488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.89;QD=24.7804;RBI=0.0248339;REFB=-0.00511956;REVB=-0.0245073;RO=27;SAF=27;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124492;STB=0.568386;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00401869;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:13:27:14:13:13:27:14:13 chr15 23158339 . G C 378.18 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0560646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6904;QD=16.808;RBI=0.182206;REFB=-0.0601379;REVB=-0.173367;RO=45;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153041;STB=0.571392;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0703974;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:45:50:40:40:0.444444:25:15:24:21:25:15:25:25 chr15 23261950 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5145;QD=58.1311;RBI=0.0348073;REFB=0;REVB=-0.0208404;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77999e-05;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr15 23326356 . G C 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=-0.000499818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.078;QD=6.71698;RBI=0.0352732;REFB=0.0053403;REVB=0.0352696;RO=41;SAF=7;SAR=6;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386304;STB=0.729701;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00912872;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:6:7:34:7:6:7:34:7 chr15 23686598 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4392;QD=44.6898;RBI=0.0204054;REFB=0;REVB=-0.00570555;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104867;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr15 23686673 . G A 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5196;QD=54.5019;RBI=0.0629719;REFB=0;REVB=-0.0600643;RO=0;SAF=23;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788708;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:2:23:0:0:2:23:0:0 chr15 23687214 . C G 1268.65 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0946;QD=59.007;RBI=0.031247;REFB=-0.106361;REVB=-0.0257334;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507691;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00111069;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:83:85:0.988372:51:32:0:0:53:32:1:0 chr15 23688944 . A G 1526.99 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985573;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2623;QD=59.8819;RBI=0.00989605;REFB=0;REVB=-0.000892388;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79335e-05;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr15 23690543 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0323243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.841;QD=32.822;RBI=0.0328878;REFB=-0.0131533;REVB=0.0060619;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00139561;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:0:1:8:1:0:1 chr15 23811592 . C T 739.75 PASS AF=0.932203;AO=47;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00263542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.645;QD=50.1526;RBI=0.00286063;REFB=-0.0537863;REVB=-0.00111255;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51288;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000562514;OID=.;OPOS=23811592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:0:4:47:55:0.932203:26:21:0:0:31:24:1:3 chr15 23889033 . G T 120.3 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00055893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.537;QD=14.5818;RBI=0.0141593;REFB=-0.0160378;REVB=-0.0141483;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383131;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0332007;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:13:14:0.424242:6:7:9:9:6:8:10:9 chr15 23931507 . G A 510.21 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0214985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.256;QD=52.329;RBI=0.0234649;REFB=-0.0646341;REVB=0.00940297;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.517232;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000569095;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:0:3:36:36:0.923077:20:16:0:0:20:16:2:1 chr15 24921359 . GA G,GC 87.62 PASS AF=0.305085,0.0338983;AO=48,10;DP=118;FAO=36,4;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=1,0;FSAR=35,4;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0356356,-0.0242034;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.1972,119.696;QD=2.97024;RBI=0.035979,0.0300696;REFB=-0.0143349,-0.0477486;REVB=-0.00495901,-0.0178432;RO=49;SAF=0,0;SAR=48,10;SRF=34;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.876215,-0.77207;STB=0.941379,0.997148;STBP=0,0.055;TYPE=del,snp;VARB=0.261642,0.265475;OID=.,.;OPOS=24921360,24921360;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085,0.0338983:48,10:118:36,4:118:78:1,0:35,4:35:43:88:49:0,0:48,10:34:15 chr15 24921771 . G C 300.27 PASS AF=0.542373;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00326477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1318;QD=20.3574;RBI=0.00429477;REFB=-0.0312331;REVB=-0.00279039;RO=23;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12175;STB=0.584362;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.024029;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:23:27:30:32:0.542373:20:10:11:12:20:12:15:12 chr15 24922208 . C G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.011863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.767;QD=9.21743;RBI=0.0195471;REFB=-0.0183333;REVB=0.0155357;RO=37;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268774;STB=0.66294;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0309483;OID=.;OPOS=24922208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:4:12:20:17:4:12:20:17 chr15 24922230 . C G 133.47 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0239064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.527;QD=15.7019;RBI=0.0370913;REFB=-0.0195645;REVB=0.0283593;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312891;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.035764;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:5:10:6:12:5:10:7:12 chr15 24923390 . C T 232.85 PASS AF=0.3625;AO=26;DP=76;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.024041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4986;QD=11.6427;RBI=0.0742378;REFB=-0.013768;REVB=0.0702373;RO=50;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650873;STB=0.507767;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0223421;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:50:51:26:29:0.3625:15:11:24:26:15:14:24:27 chr15 24924663 . T C 147.42 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0251686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.234;QD=9.21364;RBI=0.0262983;REFB=-0.0180322;REVB=-0.00762532;RO=44;SAF=15;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250993;STB=0.661238;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0466728;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:44:44:19:20:0.3125:4:15:27:17:4:16:27:17 chr15 24924729 . T C 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0170501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.991;QD=18.642;RBI=0.0334442;REFB=-0.020413;REVB=0.0287717;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148206;STB=0.590176;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0124189;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:11:14:18:7:11:14:19:7 chr15 24925753 . GTTTGTGTG GTGTGTGTT,GTTGTGTG,GTT 46.35 PASS AF=0.0740741,0,0.185185;AO=2,3,4;DP=26;FAO=2,0,5;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0,3;FSAR=1,0,2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0719686,-0.246607,-0.000560632;FXX=0.0999667;HRUN=3,3,3;LEN=7,1,6;MLLD=63.8532,15.9192,153.361;QD=6.86619;RBI=0.0987741,0.347234,0.0296651;REFB=-0.0208176,-0.0685412,-0.0367286;REVB=-0.0676523,-0.244451,-0.0296598;RO=7;SAF=1,0,2;SAR=1,3,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0720733,-0.649962,0.0699385;STB=0.545007,0.5,0.540818;STBP=0.872,1,0.939;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.09667,0,0.147665;OID=.,.,.;OPOS=24925755,24925754,24925756;OREF=TTGTGTG,T,TGTGTG;OALT=GTGTGTT,-,-;OMAPALT=GTGTGTGTT,GTTGTGTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0740741,0,0.185185:2,3,4:26:2,0,5:27:20:1,0,3:1,0,2:11:9:32:7:1,0,2:1,3,2:3:4 chr15 24926402 . A G 93.23 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0614961;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0655;QD=9.09535;RBI=0.0775242;REFB=-0.0118038;REVB=-0.0472041;RO=29;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304017;STB=0.518488;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0157165;OID=.;OPOS=24926402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:29:29:12:12:0.292683:8:4:9:20:8:4:9:20 chr15 24926526 . TGATA T 48.92 PASS AF=0.235294;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0402535;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=4;MLLD=240.954;QD=5.75481;RBI=0.061725;REFB=-0.0216786;REVB=-0.0467935;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137716;STB=0.558679;STBP=0.736;TYPE=del;VARB=0.0831681;OID=.;OPOS=24926527;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:7:36:8:34:26:4:4:11:15:48:25:3:4:11:14 chr15 24926963 . T TA 39.5 PASS AF=0.179487;AO=8;DP=63;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0791836;FXX=0.0249938;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.263;QD=4.05156;RBI=0.115942;REFB=-0.0385295;REVB=-0.0846907;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384819;STB=0.904719;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.132797;OID=.;OPOS=24926964;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179487:8:63:7:39:32:1:6:23:9:39:52:2:6:30:22 chr15 25307562 . A G 931.72 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.646;QD=58.2327;RBI=0.0221257;REFB=0;REVB=0.00768018;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88087e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr15 25328575 . G A 915.56 PASS AF=0.451613;AO=98;DP=217;FAO=98;FDP=217;FR=.;FRO=119;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.0254245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.435;QD=16.8768;RBI=0.029018;REFB=-0.0129612;REVB=-0.0139871;RO=119;SAF=57;SAR=41;SRF=71;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152936;STB=0.508476;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0203719;OID=.;OPOS=25328575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:119:119:98:98:0.451613:41:57:71:48:41:57:71:48 chr15 25328802 . C T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0388476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.701;QD=26.3719;RBI=0.0411877;REFB=-0.0168836;REVB=0.0136855;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176784;STB=0.597269;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0129803;OID=.;OPOS=25328802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:3:13:14:10:3:13 chr15 25330550 . T A 267.2 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0222232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.043;QD=13.7027;RBI=0.02237;REFB=-0.0201278;REVB=0.00255869;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113886;STB=0.555239;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0279805;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:47:30:31:0.397436:16:14:17:30:17:14:17:30 chr15 25924539 . T C 1325.51 PASS AF=0.498182;AO=114;DP=257;FAO=137;FDP=275;FR=.;FRO=138;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=77;FSRR=61;FWDB=0.021961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4637;QD=19.2802;RBI=0.0277374;REFB=0.00851155;REVB=0.0169434;RO=137;SAF=61;SAR=53;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267699;STB=0.549158;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00665758;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:275:137:138:114:137:0.498182:53:61:77:60:74:63:77:61 chr15 25926179 . C T 769.51 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=132;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00729749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.04;QD=23.3186;RBI=0.00733036;REFB=-0.0161718;REVB=0.000693372;RO=57;SAF=37;SAR=36;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407049;STB=0.514418;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0228679;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:57:59:73:73:0.55303:36:37:26:31:36:37:28:31 chr15 25926186 . G A 716.35 PASS AF=0.576271;AO=67;DP=117;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0141369;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.873;QD=24.2831;RBI=0.0149461;REFB=-0.0059314;REVB=-0.00485132;RO=49;SAF=34;SAR=33;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768626;STB=0.533888;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00496022;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:49:50:67:68:0.576271:33:34:20:29:34:34:21:29 chr15 25961964 . A G 1555.45 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.551;QD=59.8251;RBI=0.0464602;REFB=0;REVB=0.0463973;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39205e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:48:55:0:0:49:55:0:0 chr15 27017536 . G A 1291.88 PASS AF=0.75;AO=102;DP=136;FAO=102;FDP=136;FR=.;FRO=34;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0136338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.556;QD=37.9965;RBI=0.022219;REFB=-0.0427679;REVB=0.0175443;RO=34;SAF=47;SAR=55;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923898;STB=0.504935;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0117823;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:34:34:102:102:0.75:55:47:15:19:55:47:15:19 chr15 27018797 . G A 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0167046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.067;QD=21.3877;RBI=0.0186734;REFB=-0.0255678;REVB=0.00834562;RO=27;SAF=25;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228209;STB=0.627157;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0192247;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:8:25:14:13:8:25:14:13 chr15 27182357 . T C 315.62 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0140894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.439;QD=22.5442;RBI=0.0191229;REFB=-0.000674365;REVB=0.0129297;RO=23;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223091;STB=0.522921;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000589403;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:13:19:13:10:13:19:13:11 chr15 27184435 . C T 292.65 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0409526;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.767;QD=12.1939;RBI=0.0425776;REFB=0.0167998;REVB=0.0116505;RO=63;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126787;STB=0.567861;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0195741;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:63:62:34:34:0.354167:20:14:33:30:20:14:32:30 chr15 27184482 . C T 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0471031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.15;QD=8.09803;RBI=0.0508507;REFB=-0.00932059;REVB=-0.0191597;RO=56;SAF=7;SAR=15;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264999;STB=0.658998;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0162389;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:15:7:30:26:15:7:30:26 chr15 27184517 . G A 105.9 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.000329649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.901;QD=6.61874;RBI=0.00858204;REFB=-0.000603445;REVB=0.00857571;RO=48;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200957;STB=0.622928;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00221979;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:9:7:29:19:9:7:29:19 chr15 27188459 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0425503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.153;QD=13.1191;RBI=0.0557655;REFB=-0.0175248;REVB=0.0360454;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097799;STB=0.549889;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0252632;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:8:17:22:15:8:17:23:15 chr15 27516740 . GAGTC G 354.68 PASS AF=0.580645;AO=32;DP=64;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.011645;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.683;QD=22.8824;RBI=0.0127435;REFB=-0.00726338;REVB=0.00517589;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496535;STB=0.509086;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.00371703;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:32:64:36:62:26:16:20:11:15:99:24:14:18:9:15 chr15 27772676 . C T 541.74 PASS AF=0.361111;AO=64;DP=179;FAO=65;FDP=180;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0158932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.448;QD=12.0388;RBI=0.0180302;REFB=-0.00852291;REVB=0.00851436;RO=114;SAF=34;SAR=30;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843077;STB=0.53967;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0160211;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:114:115:64:65:0.361111:30:34:52:62:31:34:53:62 chr15 28090173 . C T 2356.79 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.619;QD=60.8205;RBI=0.0342538;REFB=0;REVB=0.0222259;RO=0;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57854e-05;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:77:77:0:0:78:77:0:0 chr15 28211921 . G A 346.5 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00671991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.388;QD=26.6541;RBI=0.00762405;REFB=-0.0186182;REVB=-0.00360124;RO=19;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138266;STB=0.575712;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0106326;OID=.;OPOS=28211921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:19:14:12:7:19:14:12:7 chr15 28231793 . T C,G 1187.21 PASS AF=0.939024,0.0365854;AO=76,3;DP=82;FAO=77,3;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=29,0;FSAR=48,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00835679,0.00151598;FXX=0.0238067;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.947,183.166;QD=57.9126;RBI=0.0158001,0.0155732;REFB=-0.109758,-0.176508;REVB=0.0134092,-0.0154992;RO=1;SAF=28,0;SAR=48,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00975781,0;STB=0.510201,0.5;STBP=0.307,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.98954e-05,0.0960007;OID=.,.;OPOS=28231793,28231793;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:82:1:2:76,3:77,3:0.939024,0.0365854:48,3:28,0:0:1:48,3:29,0:0:2 chr15 28235773 . C T 346.07 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00792621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.015;QD=24.7193;RBI=0.0489641;REFB=-0.00653517;REVB=0.0483183;RO=22;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567127;STB=0.531098;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00503046;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:15:19:14:8:15:19:14:8 chr15 28356557 . G A,GA,GAA 279.0 PASS AF=0.0116279,0.906977,0.0116279;AO=5,41,13;DP=92;FAO=1,78,1;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=0,38,0;FSAR=1,40,1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00245523,-0.14054,-0.0687707;FXX=0.0227247;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=278.843,6.6033,8.85923;QD=12.9765;RBI=0.00538077,0.142074,0.0695056;REFB=-0.00142148,-0.0242072,-0.011444;REVB=0.00478796,0.0208239,0.0100802;RO=31;SAF=0,17,9;SAR=5,24,4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.628015,-0.0296529,0.283349;STB=0.985953,0.511,0.985953;STBP=0.51,0.499,0.51;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0557384,0.0260783,-0.114604;OID=.,.,.;OPOS=28356557,28356558,28356558;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:92:86:31:6:5,41,13:1,78,1:0.0116279,0.906977,0.0116279:5,24,4:0,17,9:14:17:1,40,1:0,38,0:2:4 chr15 28362459 . G A 730.86 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.963;QD=54.1375;RBI=0.0349747;REFB=0.0163058;REVB=0.0154349;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000462498;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:51:53:0.981481:27:24:0:0:28:25:0:1 chr15 28414665 . T C 1568.38 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3623;QD=64.0157;RBI=0.0794749;REFB=0;REVB=0.0587572;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053777;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr15 28419587 . G A 202.64 PASS AF=0.213333;AO=32;DP=146;FAO=32;FDP=150;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.00608465;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.617;QD=5.4037;RBI=0.0624833;REFB=-0.0112844;REVB=-0.0621864;RO=113;SAF=12;SAR=20;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197687;STB=0.612345;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0468067;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:113:118:32:32:0.213333:20:12:60:53:20:12:61:57 chr15 28419746 . G A 629.74 PASS AF=0.445161;AO=67;DP=154;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.0602893;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.617;QD=16.2513;RBI=0.0603027;REFB=-0.0108745;REVB=0.00126917;RO=85;SAF=34;SAR=33;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11687;STB=0.55278;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0106576;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:85:86:67:69:0.445161:33:34:53:32:33:36:53:33 chr15 28502279 . A G 965.95 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362312;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.545;QD=57.6686;RBI=0.0363993;REFB=-0.19182;REVB=0.00349414;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011667;STB=0.506171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00178342;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:1:0:26:40:1:0 chr15 28517436 . T C 521.2 PASS AF=0.393548;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0062096;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.927;QD=13.4503;RBI=0.014385;REFB=-0.00800698;REVB=-0.0129757;RO=86;SAF=32;SAR=29;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619185;STB=0.521364;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0106951;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:86:94:61:61:0.393548:29:32:40:46:29:32:46:48 chr15 28517454 . G T 204.25 PASS AF=0.2125;AO=34;DP=160;FAO=34;FDP=160;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=0.0145444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.701;QD=5.10635;RBI=0.0190707;REFB=-0.00685954;REVB=-0.012335;RO=126;SAF=19;SAR=15;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649916;STB=0.540227;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.026298;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:126:126:34:34:0.2125:15:19:64:62:15:19:64:62 chr15 28632793 . G A 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0199151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.841;QD=6.59527;RBI=0.0212645;REFB=-0.0126126;REVB=-0.00745425;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451889;STB=0.786355;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0569149;OID=.;OPOS=28632793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:17:11:7:2:17:11 chr15 29034198 . C T 206.07 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.000368063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.365;QD=16.822;RBI=0.00254161;REFB=-0.0092003;REVB=0.00251481;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291511;STB=0.665881;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.014567;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:9:19:8:13:9:19 chr15 29368316 . T C 1010.4 PASS AF=0.535912;AO=97;DP=181;FAO=97;FDP=181;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00361567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.131;QD=22.3292;RBI=0.00362199;REFB=-0.0185561;REVB=-0.000213949;RO=80;SAF=52;SAR=45;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506508;STB=0.516789;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0154172;OID=.;OPOS=29368316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:80:84:97:97:0.535912:45:52:38:42:45:52:42:42 chr15 29415560 . G A 674.6 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0594656;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.077;QD=59.9643;RBI=0.0690417;REFB=-0.10332;REVB=0.0350799;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0012611;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:23:20:0:1:23:21:0:1 chr15 29415698 . A G 1643.47 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.139;QD=59.2243;RBI=0.0224402;REFB=0.0205504;REVB=-0.0154539;RO=1;SAF=60;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784689;STB=0.504131;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000139177;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:50:60:1:0:50:60:1:0 chr15 29418520 . C T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2138;QD=62.3464;RBI=0.0406749;REFB=0;REVB=0.0267698;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493334;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr15 29418573 . AT GC 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102429;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.462;QD=59.0442;RBI=0.0375367;REFB=0;REVB=0.0361122;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.77218e-05;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr15 29544656 . T C 790.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.983;QD=56.4369;RBI=0.0419608;REFB=0;REVB=0.0287531;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188453;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr15 30008856 . C A 860.29 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.352;QD=57.3526;RBI=0.0374274;REFB=0;REVB=0.0266502;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137505;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:25:35:0:0 chr15 30008889 . G A 969.95 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00996214;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7058;QD=54.6451;RBI=0.0107116;REFB=-0.0751239;REVB=-0.00393621;RO=3;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410453;STB=0.521733;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00275938;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:73:71:3:3:68:68:0.957746:33:35:0:3:33:35:0:3 chr15 30011145 . C T 607.24 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0292122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.346;QD=17.7297;RBI=0.0303438;REFB=-0.0168009;REVB=0.00820943;RO=74;SAF=31;SAR=32;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112716;STB=0.562553;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0185124;OID=.;OPOS=30011145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:74:63:63:0.459854:32:31:45:29:32:31:45:29 chr15 30018627 . T C 1052.93 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.232;QD=56.915;RBI=0.0133989;REFB=0.0682265;REVB=0.000376339;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.515147;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000345566;OID=.;OPOS=30018627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:32:40:0:2:32:40:0:2 chr15 30516460 . GA G,GC 283.08 PASS AF=1,0;AO=6,17;DP=23;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299559,-0.111617;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.9781,28.9432;QD=49.2319;RBI=0.0769909,0.471019;REFB=0,0;REVB=-0.0709242,-0.457603;RO=0;SAF=6,2;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00234437,0;OID=.,.;OPOS=30516461,30516461;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:6,17:23:23,0:23:0:8,0:15,0:0:0:4:0:6,2:0,15:0:0 chr15 30516531 . A G 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0255795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6615;QD=12.4548;RBI=0.0388415;REFB=0.0016839;REVB=0.0292293;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250192;STB=0.644309;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00595897;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:13:21:8:13:13:21 chr15 30664453 . C T 180.69 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9668;QD=42.5158;RBI=0.0844397;REFB=-0.10132;REVB=0.0718383;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.008944;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:15:16:0.941176:12:3:0:0:12:4:0:1 chr15 30888946 . T A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0036098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5467;QD=13.2051;RBI=0.0230532;REFB=-0.00623489;REVB=-0.0227689;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00481604;OID=.;OPOS=30888946;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr15 30966044 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAATATATATATA 76.24 PASS AF=0,0.631579,0.263158;AO=4,3,4;DP=21;FAO=0,12,5;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,0;FSAR=0,12,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0,0,0;FXX=0.136302;HRUN=17,17,17;LEN=1,2,10;MLLD=2.93791,5.89721,513.616;QD=16.0506;RBI=0.0987185,0.0515958,0.00790951;REFB=-0.0692788,-0.0463865,-0.00672328;REVB=-0.0987185,-0.0515958,-0.00790951;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=4,3,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00718156,0.0331132,0.00238469;OID=.,.,.;OPOS=30966045,30966045,30966053;OREF=A,AA,AAAAAAAAAC;OALT=-,-,TATATATATA;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAATATATATATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.631579,0.263158:4,3,4:21:0,12,5:19:2:0,0,0:0,12,5:0:2:36:2:0,0,0:4,3,4:0:2 chr15 31197564 . G A 266.97 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0654019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5728;QD=20.149;RBI=0.0850873;REFB=-0.0306557;REVB=-0.0544283;RO=25;SAF=4;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390943;STB=0.721618;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0400474;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:24:4:12:13:24:4:12:13 chr15 31229420 . T C 702.12 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00921415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6846;QD=19.2361;RBI=0.0388749;REFB=0.0114862;REVB=0.0377672;RO=76;SAF=39;SAR=31;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664401;STB=0.536757;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0103688;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:76:70:70:0.479452:31:39:37:39:31:39:37:39 chr15 31231190 . T C 685.27 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0151336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.47;QD=50.7608;RBI=0.015183;REFB=-0.00131871;REVB=-0.00122346;RO=3;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143996;STB=0.507656;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=9.71155e-05;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:27:24:1:2:27:24:1:2 chr15 31267123 . A T 406.8 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.063348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6255;QD=22.9185;RBI=0.0644689;REFB=0.023479;REVB=-0.0119693;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526681;STB=0.528981;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0151521;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:18:22:15:16:18:22:15:16 chr15 31267147 . C T 258.37 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0127896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.97;QD=13.9657;RBI=0.016053;REFB=-0.00320345;REVB=-0.00970183;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791611;STB=0.539901;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00501664;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:44:29:30:0.405405:17:12:21:22:17:13:22:22 chr15 31294654 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5108;QD=44.6889;RBI=0.104497;REFB=0;REVB=-0.0999328;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290866;OID=.;OPOS=31294654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr15 31330280 . A G 2289.1 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118392;FXX=0.0337815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.966;QD=64.0307;RBI=0.0332959;REFB=0;REVB=0.0311199;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200142;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:141:143:1:69:72:0:0:70:73:0:0 chr15 31342744 . C T 1666.69 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.042865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.798;QD=56.0232;RBI=0.0606673;REFB=-0.125209;REVB=-0.0429315;RO=5;SAF=46;SAR=68;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488595;STB=0.525769;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00126475;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:119:5:5:114:114:0.957983:68:46:5:0:68:46:5:0 chr15 31362352 . C T 796.16 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.975;QD=56.8687;RBI=0.0677646;REFB=0;REVB=0.036118;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150528;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:46:56:1:27:19:0:0:28:28:0:0 chr15 31362654 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.506;QD=57.2376;RBI=0.0307971;REFB=0;REVB=0.0269912;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59929e-05;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr15 31369123 . A G 1700.04 PASS AF=0.991228;AO=110;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0570213;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3283;QD=59.6506;RBI=0.0578994;REFB=-0.0656885;REVB=0.0100452;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000498097;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:0:1:110:113:0.991228:48:62:0:0:49:64:0:1 chr15 32450704 . G A 222.63 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.00816939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.043;QD=12.5427;RBI=0.0151213;REFB=-0.0167177;REVB=-0.0127245;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146473;STB=0.583373;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0331428;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:10:17:33:11:10:17:33:11 chr15 32450712 . A G 238.44 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0163863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.137;QD=14.2355;RBI=0.0168355;REFB=-0.0157163;REVB=-0.00386338;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130665;STB=0.56622;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0359759;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:10:18:28:9:10:18:29:10 chr15 32890282 . C T 91.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0149204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.482;QD=8.50743;RBI=0.0314852;REFB=0.00230753;REVB=-0.0277255;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142917;STB=0.508757;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00845298;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:21:10:4:8:21:10 chr15 33010412 . G A 653.25 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417964;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4085;QD=62.2141;RBI=0.0510978;REFB=0;REVB=0.0293947;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060048;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr15 33010736 . G A 62.27 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.948;QD=35.5847;RBI=0.0839017;REFB=0;REVB=-0.00580001;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089725;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr15 33023670 . C T 752.73 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00956672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9321;QD=61.4476;RBI=0.0245024;REFB=0.0505034;REVB=-0.0225576;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00196243;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr15 33023685 . A C 787.15 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619827;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6252;QD=57.2469;RBI=0.0668909;REFB=0;REVB=0.0251503;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208939;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:30:25:0:0 chr15 33023951 . T C 868.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2871;QD=57.8671;RBI=0.0889831;REFB=0;REVB=0.0807435;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070412;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr15 33023985 . A G 716.05 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115916;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7123;QD=57.2843;RBI=0.166574;REFB=0;REVB=0.119626;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296319;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:43:50:1:28:15:0:0:29:21:0:0 chr15 33025627 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.633;QD=62.9829;RBI=0.0188985;REFB=0;REVB=-0.0187331;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86938e-05;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr15 33025979 . C T 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0899052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4856;QD=56.0086;RBI=0.104114;REFB=-0.200373;REVB=-0.0525041;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00578251;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr15 33187448 . T A 751.24 PASS AF=0.446927;AO=80;DP=180;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.00937367;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0974;QD=16.7875;RBI=0.0138489;REFB=-0.0261743;REVB=0.0101944;RO=99;SAF=46;SAR=34;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110203;STB=0.561275;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0403998;OID=.;OPOS=33187448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:99:99:80:80:0.446927:34:46:46:53:34:46:46:53 chr15 33191023 . A G 1381.19 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287954;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.458;QD=62.7815;RBI=0.0287964;REFB=0;REVB=0.000235446;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0236e-05;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:46:39:0:0:48:40:0:0 chr15 33261232 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.693;QD=35.5755;RBI=0.0117353;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196224;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr15 33359574 . C A 753.93 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3074;QD=56.9001;RBI=0.075707;REFB=0;REVB=0.0281381;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117982;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:25:28:0:0 chr15 33840414 . A G 1485.04 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0534927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9449;QD=53.037;RBI=0.0535047;REFB=-0.0395613;REVB=-0.00113472;RO=7;SAF=48;SAR=57;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064339;STB=0.533974;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0134141;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:112:7:7:105:105:0.9375:57:48:7:0:57:48:7:0 chr15 33872177 . C T 180.25 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0113218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4137;QD=11.6288;RBI=0.0430184;REFB=0.00732462;REVB=0.0415018;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207359;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0171949;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:22:23:0.370968:12:10:17:22:13:10:17:22 chr15 33954652 . C T 1036.36 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0534326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.101;QD=56.7868;RBI=0.0582566;REFB=-0.0916497;REVB=0.0232118;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509997;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00105857;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:0:2:71:71:0.972603:22:49:0:0:22:49:2:0 chr15 34014753 . T C 1171.65 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0220595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8572;QD=57.1535;RBI=0.0231753;REFB=-0.19035;REVB=0.00710459;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519476;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00494196;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:81:82:0:3:79:79:0.963415:37:42:0:0:37:42:0:3 chr15 34014913 . C T 745.8 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.906;QD=56.2871;RBI=0.0363834;REFB=0;REVB=0.0357132;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204451;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr15 34016274 . G A 902.38 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00392453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.698;QD=53.8737;RBI=0.0309598;REFB=-0.155741;REVB=0.0307101;RO=3;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508906;STB=0.502697;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000904627;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:64:64:0.955224:39:25:1:2:39:25:1:2 chr15 34032131 . G A 955.84 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248233;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.753;QD=58.8206;RBI=0.0386579;REFB=0;REVB=-0.029635;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451414;OID=.;OPOS=34032131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:49:15:0:0:49:16:0:0 chr15 34113536 . A G 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.004;QD=62.9066;RBI=0.0190154;REFB=0;REVB=0.00634025;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53267e-05;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr15 34158266 . A G 1505.18 PASS AF=0.962963;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0341485;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0535;QD=55.7473;RBI=0.0649922;REFB=-0.235417;REVB=0.0552979;RO=1;SAF=55;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854954;STB=0.508224;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.004525;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:1:4:103:104:0.962963:48:55:1:0:49:55:3:1 chr15 34356988 . G A 1152.86 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.787;QD=60.6766;RBI=0.0384776;REFB=0;REVB=0.0376813;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01864e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:33:40:0:0:36:40:0:0 chr15 34357259 . T A 791.77 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.044478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.332;QD=53.6794;RBI=0.0449072;REFB=-0.123384;REVB=0.00619344;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.523801;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000316481;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:37:20:1:0:37:20:2:0 chr15 34522985 . C G 1141.95 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257624;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=60.9042;RBI=0.0377601;REFB=0;REVB=0.0276065;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185171;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr15 34524995 . G T 1276.67 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.794;QD=61.5261;RBI=0.00852983;REFB=0;REVB=0.00162037;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18148e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:39:39:0:0:43:40:0:0 chr15 34525035 . T C 964.31 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0304313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7083;QD=55.9021;RBI=0.0304372;REFB=-0.080486;REVB=0.000599824;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.515147;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00208098;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:32:35:0:1:32:35:0:2 chr15 34528948 . G A 790.93 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9049;QD=53.6223;RBI=0.0586352;REFB=-0.087437;REVB=0.0543603;RO=2;SAF=34;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639463;STB=0.503392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.027083;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:23:34:1:1:23:34:1:1 chr15 34640218 . C T 1555.25 PASS AF=0.964286;AO=107;DP=113;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00404666;FXX=0.0260847;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.53;QD=55.5446;RBI=0.0284339;REFB=-0.177894;REVB=0.0281445;RO=2;SAF=64;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146002;STB=0.505531;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0011408;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:112:2:4:107:108:0.964286:43:64:2:0:43:65:3:1 chr15 34640378 . T C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.968;QD=50.835;RBI=0.027093;REFB=-0.00141108;REVB=0.0206746;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000100929;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:11:13:0:1:11:14:0:1 chr15 34640536 . G A 50.34 PASS AF=0.2;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0310216;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.017;QD=5.0342;RBI=0.0566014;REFB=-0.00998633;REVB=-0.0473432;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513414;STB=0.624688;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.039715;OID=.;OPOS=34640536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:40:21:32:7:8:0.2:5:2:16:5:5:3:17:15 chr15 34649247 . C G 461.15 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0442959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1223;QD=29.7519;RBI=0.050525;REFB=-0.0774469;REVB=-0.0243033;RO=20;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118948;STB=0.564486;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0335929;OID=.;OPOS=34649247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:21:21:14:6:21:21:14:6 chr15 34654971 . C T 110.15 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00037177;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.756;QD=13.769;RBI=0.0186239;REFB=-0.00416414;REVB=0.0186202;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19204;STB=0.60224;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00647799;OID=.;OPOS=34654971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:19:13:13:0.40625:3:10:11:7:3:10:12:7 chr15 34673722 . C T 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00866402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.353;QD=8.74426;RBI=0.00916833;REFB=-0.00436135;REVB=-0.00299884;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161275;STB=0.599822;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00984239;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:3:9:19:11:3:9:19:11 chr15 35045276 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000912197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.401;QD=12.6374;RBI=0.0135915;REFB=-0.00489834;REVB=0.0135609;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430884;STB=0.772499;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00982909;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:11:2:10:10:11:2:11:10 chr15 35045312 . T A 169.44 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0156869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.095;QD=16.5308;RBI=0.0160882;REFB=-0.00556624;REVB=-0.00357074;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402396;STB=0.732285;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00663806;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:14:9:14:4:14:9 chr15 35149008 . C T 1087.81 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=85;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.012179;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.411;QD=52.4244;RBI=0.0197733;REFB=-0.000253926;REVB=-0.0155774;RO=6;SAF=27;SAR=49;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330903;STB=0.50672;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=1.37947e-05;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:85:83:6:7:76:76:0.915663:49:27:2:4:49:27:3:4 chr15 35230931 . A AT 43.22 PASS AF=0.2;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0135541;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.825;QD=4.93942;RBI=0.0171335;REFB=-0.00605438;REVB=-0.0104807;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369861;STB=0.75704;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.0180681;OID=.;OPOS=35230932;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:7:36:7:35:28:6:1:17:11:43:28:6:1:17:11 chr15 35230934 . A ATAGT,T 487.58 PASS AF=0.777778,0.194444;AO=26,8;DP=36;FAO=28,7;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18,6;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00916845,-0.00186668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=188.398,86.2028;QD=54.1758;RBI=0.0366315,0.0154431;REFB=0.00821399,0.0331945;REVB=0.0354656,0.0153299;RO=1;SAF=16,7;SAR=10,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0441872,0.286738;STB=0.523792,0.666107;STBP=0.268,0.137;TYPE=ins,snp;VARB=0.00236349,-0.0291928;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:36:36:1:1:26,8:28,7:0.777778,0.194444:10,1:16,7:0:1:10,1:18,6:0:1 chr15 35256624 . C G 804.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000396738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.644;QD=64.3684;RBI=0.00992044;REFB=0;REVB=-0.0099125;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38522e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr15 35272234 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.748;QD=33.4275;RBI=0.129099;REFB=0;REVB=-0.0296983;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101836;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr15 35664406 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG,TAAAAAAAA 721.19 PASS AF=0.931034,0.045977,0.0229885;AO=81,9,38;DP=174;FAO=162,8,4;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=111,5,3;FSAR=51,3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297891,0.0324191,-0.0209728;FXX=0.00571396;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,2;MLLD=6.03066,11.4386,7.97799;QD=16.5791;RBI=0.308013,0.1735,0.162251;REFB=0.0700745,-0.00499491,0.0646011;REVB=-0.306569,-0.170445,-0.16089;RO=17;SAF=61,4,23;SAR=20,5,15;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00510392,-0.340276,-0.0972541;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0127487,-0.0500414,-0.0795112;OID=.,.,.;OPOS=35664407,35664416,35664407;OREF=A,A,AA;OALT=-,G,-;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG,TAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931034,0.045977,0.0229885:81,9,38:174:162,8,4:174:0:111,5,3:51,3,1:0:0:10:17:61,4,23:20,5,15:13:4 chr15 36946303 . C G 938.79 PASS AF=0.472362;AO=94;DP=200;FAO=94;FDP=199;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=38;FWDB=-0.0279685;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.586;QD=18.8702;RBI=0.029052;REFB=-0.0340474;REVB=0.00786048;RO=104;SAF=47;SAR=47;SRF=66;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128282;STB=0.572849;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0315907;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:104:105:94:94:0.472362:47:47:66:38:47:47:67:38 chr15 36983962 . T C 547.17 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0049858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.823;QD=26.0558;RBI=0.0112358;REFB=-0.00966416;REVB=0.010069;RO=34;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069872;STB=0.503815;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00623687;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:26:24:16:18:26:24:16:18 chr15 37183609 . CTTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT 1062.6 PASS AF=0,1,0;AO=29,121,10;DP=186;FAO=0,184,0;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=0,87,0;FSAR=0,97,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416199,0.0930914,0.0041322;FXX=0.0160419;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=8.31193,7.72448,13.8347;QD=23.1;RBI=0.0875028,0.182267,0.0780169;REFB=0,0,0;REVB=-0.076971,-0.156701,-0.0779074;RO=16;SAF=3,61,9;SAR=26,60,1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.462058,-0.012886,0.483663;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,-0.000253481,-0.0199957;OID=.,.,.;OPOS=37183610,37183610,37183617;OREF=TT,T,TG;OALT=-,-,GT;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:29,121,10:186:0,184,0:184:0:0,87,0:0,97,0:0:0:5:16:3,61,9:26,60,1:9:7 chr15 37343040 . C G 1052.73 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6794;QD=59.3086;RBI=0.0372245;REFB=0;REVB=-0.0326449;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62421e-05;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:34:37:0:0 chr15 38233869 . T C 1495.7 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197882;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.059;QD=59.8279;RBI=0.0208112;REFB=0;REVB=0.00644444;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150389;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:59:39:0:0:59:41:0:0 chr15 38614525 . G A 1654.79 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.873;QD=59.6319;RBI=0.0200597;REFB=0;REVB=0.000202109;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08388e-06;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:56:51:0:0:58:53:0:0 chr15 38643574 . T C 1011.73 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151538;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.157;QD=59.5133;RBI=0.0223805;REFB=0;REVB=0.0164696;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110016;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr15 39545032 . T G 2040.18 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0234695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.791;QD=60.0053;RBI=0.0335739;REFB=-0.103666;REVB=0.0240081;RO=3;SAF=90;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320057;STB=0.516851;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000615859;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:3:3:133:133:0.977941:43:90:0:3:43:90:0:3 chr15 39545148 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00784448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.081;QD=22.1885;RBI=0.00784855;REFB=0.00126455;REVB=0.000252965;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081208;STB=0.545412;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000957722;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:12:6:9:12:12:6 chr15 39545268 . G A 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.717;QD=57.5404;RBI=0.00949803;REFB=0;REVB=-0.00754434;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53045e-06;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr15 39546114 . A G 135.95 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00813512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0555;QD=9.71058;RBI=0.00815783;REFB=0.00561151;REVB=0.00060827;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348817;STB=0.709001;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0138961;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:19:19:14:4:19:19 chr15 40226495 . T C 1501.65 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0164453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.961;QD=61.2919;RBI=0.0164553;REFB=-0.0635784;REVB=0.000574058;RO=1;SAF=54;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870172;STB=0.501295;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00142059;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:42:54:1:0:42:54:1:1 chr15 40259848 . A C 497.47 PASS AF=0.580247;AO=45;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0114541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.496;QD=24.5666;RBI=0.0132589;REFB=-0.00343935;REVB=0.00667847;RO=34;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206998;STB=0.519223;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00700891;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:45:47:0.580247:25:20:16:18:27:20:16:18 chr15 40265799 . A G 769.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4728;QD=56.9874;RBI=0.0418426;REFB=0;REVB=-0.0216119;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657079;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr15 40268998 . G C,GGACGAC 290.08 PASS AF=0.0699301,0.223776;AO=10,31;DP=141;FAO=10,32;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=0,14;FSAR=10,18;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0680181,-0.0271867;FXX=0.00694396;HRUN=2,2;LEN=1,6;MLLD=88.2698,197.336;QD=8.11405;RBI=0.082842,0.0491068;REFB=-0.00268671,-0.012838;REVB=-0.0472898,-0.0408946;RO=98;SAF=0,14;SAR=10,17;SRF=47;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.607401,-0.0351457;STB=0.998903,0.543882;STBP=0.001,0.56;TYPE=snp,ins;VARB=0.00787906,0.0445738;OID=.,.;OPOS=40268998,40268999;OREF=G,-;OALT=C,GACGAC;OMAPALT=C,GGACGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:141:143:98:101:10,31:10,32:0.0699301,0.223776:10,17:0,14:47:51:10,18:0,14:50:51 chr15 40327290 . A G 1789.41 PASS AF=0.510264;AO=174;DP=339;FAO=174;FDP=341;FR=.;FRO=167;FSAF=105;FSAR=69;FSRF=111;FSRR=56;FWDB=0.00911548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.747;QD=20.9902;RBI=0.00942929;REFB=-0.0152601;REVB=0.00241239;RO=164;SAF=105;SAR=69;SRF=110;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634025;STB=0.531731;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0145908;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:341:164:167:174:174:0.510264:69:105:110:54:69:105:111:56 chr15 40327301 . G A 1688.48 PASS AF=0.517134;AO=165;DP=320;FAO=166;FDP=321;FR=.;FRO=155;FSAF=94;FSAR=72;FSRF=105;FSRR=50;FWDB=-0.0273914;FXX=0.00925897;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.951;QD=21.0402;RBI=0.0531228;REFB=-0.0185733;REVB=-0.0455164;RO=153;SAF=94;SAR=71;SRF=103;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944986;STB=0.555428;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0132962;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:321:153:155:165:166:0.517134:71:94:103:50:72:94:105:50 chr15 40327793 . CCTG C 123.38 PASS AF=0.195238;AO=52;DP=209;FAO=41;FDP=210;FR=.;FRO=169;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=90;FSRR=79;FWDB=-0.00611862;FXX=0.0186907;HRUN=2;LEN=3;MLLD=310.164;QD=2.35009;RBI=0.0322806;REFB=-0.00545556;REVB=-0.0316955;RO=131;SAF=29;SAR=23;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193289;STB=0.594536;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.0227995;OID=.;OPOS=40327794;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195238:52:209:41:210:169:17:24:90:79:99:131:29:23:71:60 chr15 40328575 . G C,T 1096.66 PASS AF=0.960526,0.0263158;AO=72,4;DP=76;FAO=73,2;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42,2;FSAR=31,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435191,-0.0351423;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.59,10.629;QD=57.7192;RBI=0.0614356,0.0351794;REFB=-0.0775197,0.0657445;REVB=0.0433638,0.00161576;RO=0;SAF=41,4;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505881,0.5;STBP=0.502,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00269404,0.185027;OID=.,.;OPOS=40328575,40328575;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:76:76:0:1:72,4:73,2:0.960526,0.0263158:31,0:41,4:0:0:31,0:42,2:1:0 chr15 40328665 . G A 163.26 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.00820714;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.422;QD=8.37204;RBI=0.0397834;REFB=-0.0117036;REVB=-0.0389276;RO=52;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26045;STB=0.623325;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0226158;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:56:22:22:0.282051:13:9:11:41:13:9:14:42 chr15 40330564 . C T 557.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5085;QD=60.2168;RBI=0.0689401;REFB=0;REVB=-0.0666177;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456124;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr15 40383347 . T C 1102.22 PASS AF=0.974026;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.020268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.018;QD=57.2582;RBI=0.0229634;REFB=-0.0426317;REVB=0.0107948;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521733;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000548128;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:77:0:2:72:75:0.974026:22:50:0:0:22:53:0:2 chr15 40383779 . A C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00126874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.898;QD=18.4834;RBI=0.0012749;REFB=-0.00197181;REVB=0.000125134;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.551127;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00238103;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:12:9:10:9:12:9 chr15 40426913 . C A 1154.47 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000735884;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.521;QD=60.7614;RBI=0.00861537;REFB=0;REVB=0.00858388;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14777e-05;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr15 40462780 . G A 166.4 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-9.03214e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.666;QD=10.0851;RBI=0.0683231;REFB=-0.0134367;REVB=0.068323;RO=44;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355215;STB=0.707363;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0349683;OID=.;OPOS=40462780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:7:15:16:28:7:15:16:28 chr15 40477831 . G A 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1386;QD=58.7788;RBI=0.0324364;REFB=0;REVB=-0.0261594;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88543e-05;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr15 40488851 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0261082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.7;QD=21.4301;RBI=0.0262604;REFB=-0.0134309;REVB=-0.00282321;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043672;STB=0.512986;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0145765;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:22:13:9:19:22:13:10:19 chr15 40544493 . A G 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0106489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.949;QD=11.1851;RBI=0.0164231;REFB=-0.0104616;REVB=-0.0125027;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134633;STB=0.56686;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0169294;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:10:9:12:22:10:9:13:22 chr15 40544520 . G C 117.09 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0375293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6019;QD=12.0093;RBI=0.0378542;REFB=-0.00254072;REVB=-0.00494852;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196687;STB=0.615228;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00297117;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:8:17:7:7:8:17 chr15 40544617 . G A 118.97 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0350286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3286;QD=13.2184;RBI=0.0357683;REFB=-0.00781997;REVB=-0.0072366;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948902;STB=0.555477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.013599;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:9:13:7:7:9:13 chr15 40558064 . A G 174.88 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0106722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.327;QD=9.99307;RBI=0.0620896;REFB=-0.0293412;REVB=-0.0611655;RO=43;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186537;STB=0.608601;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0506486;OID=.;OPOS=40558064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:43:47:23:23:0.328571:9:14:19:24:9:14:21:26 chr15 40558482 . A G 177.0 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.0181438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.966;QD=10.412;RBI=0.0183479;REFB=-0.00526459;REVB=-0.00272939;RO=44;SAF=17;SAR=6;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160189;STB=0.514273;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0102378;OID=.;OPOS=40558482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:6:17:33:11:6:17:34:11 chr15 40564576 . C T 210.47 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.033985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.179;QD=26.3088;RBI=0.0357226;REFB=-0.0444517;REVB=-0.0110056;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315393;STB=0.54995;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0320452;OID=.;OPOS=40564576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:9:12:20:20:0.625:11:9:4:5:11:9:7:5 chr15 40568685 . A T 607.71 PASS AF=0.613636;AO=53;DP=87;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00611608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.916;QD=27.6233;RBI=0.0377017;REFB=-0.0291307;REVB=0.0372023;RO=34;SAF=33;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697362;STB=0.53271;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0145883;OID=.;OPOS=40568685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:34:34:53:54:0.613636:20:33:18:16:21:33:18:16 chr15 40568823 . C A 357.21 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00914509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3129;QD=19.573;RBI=0.0318123;REFB=-0.00914487;REVB=0.0304695;RO=36;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606862;STB=0.53371;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0108849;OID=.;OPOS=40568823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:17:20:17:19:17:20:17:19 chr15 40573716 . A G 937.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8554;QD=58.5839;RBI=0.0262399;REFB=0;REVB=-0.0095742;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13293e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr15 40583876 . T G 575.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5584;QD=60.5951;RBI=0.0401647;REFB=0;REVB=0.0326718;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157933;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr15 40589002 . A G 340.12 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00448489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.089;QD=12.8346;RBI=0.00584179;REFB=-0.00602743;REVB=-0.00374329;RO=64;SAF=20;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676146;STB=0.525575;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00928344;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:64:65:40:41:0.386792:20:20:36:28:20:21:36:29 chr15 40590134 . G A 1184.51 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.355;QD=60.7442;RBI=0.00829864;REFB=0;REVB=0.00720628;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61145e-06;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:44:34:0:0 chr15 40655845 . C G 96.97 PASS AF=0.4;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0339046;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.711;QD=12.9299;RBI=0.0468101;REFB=-0.020765;REVB=-0.0322749;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14276;STB=0.555457;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0215644;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:13:18:10:12:0.4:8:2:4:9:10:2:4:14 chr15 40655873 . G C 116.12 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.000818524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3086;QD=11.3288;RBI=0.0271654;REFB=-0.00210334;REVB=-0.027153;RO=27;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152911;STB=0.592445;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00331145;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:12:2:6:21:12:2:6:21 chr15 40659476 . G A 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0240558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.819;QD=14.4552;RBI=0.0279915;REFB=-0.0206244;REVB=-0.0143123;RO=61;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478105;STB=0.515247;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0296941;OID=.;OPOS=40659476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:63:45:45:0.416667:26:19:23:38:26:19:25:38 chr15 40660037 . CG C,GC 46.65 PASS AF=0.25,0.0576923;AO=18,4;DP=53;FAO=13,3;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6,0;FSAR=7,3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.133431,0.0130907;FXX=0.0188644;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.84934,167.504;QD=3.58809;RBI=0.140214,0.0589934;REFB=-0.0364201,-0.00171283;REVB=0.0430838,-0.0575226;RO=24;SAF=6,0;SAR=12,4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213163,-0.645662;STB=0.512639,0.996093;STBP=0.919,0.084;TYPE=del,mnp;VARB=-0.026717,0.0101191;OID=.,.;OPOS=40660038,40660037;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:53:52:24:36:18,4:13,3:0.25,0.0576923:12,4:6,0:13:11:7,3:6,0:16:20 chr15 40662052 . C T 81.42 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0171908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.018;QD=8.35109;RBI=0.0179354;REFB=-0.0131812;REVB=0.00511428;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164556;STB=0.632797;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0228553;OID=.;OPOS=40662052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:25:28:11:11:0.282051:6:5:15:10:6:5:18:10 chr15 40750740 . A G 359.67 PASS AF=0.580645;AO=33;DP=59;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0732107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9224;QD=23.2045;RBI=0.083594;REFB=-0.0722803;REVB=-0.0403502;RO=25;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151301;STB=0.571088;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0408779;OID=.;OPOS=40750740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:25:26:33:36:0.580645:9:24:14:11:10:26:15:11 chr15 40751555 . C A 141.55 PASS AF=0.380952;AO=14;DP=40;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.038331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3403;QD=13.4812;RBI=0.043091;REFB=-0.00385119;REVB=0.0196867;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186027;STB=0.60857;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0106377;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:26:26:14:16:0.380952:6:8:19:7:7:9:19:7 chr15 40758374 . C CG 41.05 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0452148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8914;QD=10.2617;RBI=0.0691404;REFB=0.0335494;REVB=0.0523069;RO=11;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39117;STB=0.82253;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=-0.0717896;OID=.;OPOS=40758375;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:17:7:16:9:6:1:3:6:40:11:4:1:5:6 chr15 40820934 . C T 265.62 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00924159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.37;QD=13.281;RBI=0.0206263;REFB=-0.00413159;REVB=0.0184401;RO=49;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763316;STB=0.543645;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00322383;OID=.;OPOS=40820934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:13:18:25:24:13:18:25:24 chr15 40849408 . C T 413.13 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0214379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2324;QD=21.461;RBI=0.0675749;REFB=0.00543173;REVB=-0.0640842;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907903;STB=0.555879;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00641632;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:33:36:41:41:0.532468:22:19:19:14:22:19:21:15 chr15 40856989 . C T 373.86 PASS AF=0.931034;AO=24;DP=31;FAO=27;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235272;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.662;QD=51.5664;RBI=0.0423821;REFB=-0.201165;REVB=0.0352522;RO=3;SAF=8;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747184;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00215704;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:29:3:1:24:27:0.931034:16:8:2:1:16:11:1:0 chr15 40861965 . G C 391.81 PASS AF=0.301136;AO=53;DP=177;FAO=53;FDP=176;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=52;FWDB=-0.0397742;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6317;QD=8.90479;RBI=0.0405295;REFB=-0.000216988;REVB=0.0077878;RO=117;SAF=24;SAR=29;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141316;STB=0.586263;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00119862;OID=.;OPOS=40861965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:117:123:53:53:0.301136:29:24:67:50:29:24:71:52 chr15 40886017 . C T 119.51 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0100882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.343;QD=13.6586;RBI=0.0398987;REFB=-0.010899;REVB=-0.0386023;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386799;STB=0.725488;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0124924;OID=.;OPOS=40886017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:7:14:4:10:7:14 chr15 40886020 . C G 117.78 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0629145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8495;QD=12.3982;RBI=0.0749984;REFB=-0.00406759;REVB=-0.0408231;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436554;STB=0.75505;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00739299;OID=.;OPOS=40886020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:7:17:4:10:7:17 chr15 40897300 . T C 33.87 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0425568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.92;QD=1.53952;RBI=0.0427069;REFB=-0.0217151;REVB=0.00357717;RO=65;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186001;STB=0.599782;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.202582;OID=.;OPOS=40897300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:88:88:65:79:9:9:0.102273:5:4:39:26:5:4:44:35 chr15 40898643 . G C 62.22 PASS AF=0.181818;AO=9;DP=56;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0308592;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.11;QD=4.52532;RBI=0.0308873;REFB=-0.00119226;REVB=-0.00131573;RO=45;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318795;STB=0.736389;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0081508;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:56:55:45:45:9:10:0.181818:3:6:18:27:3:7:18:27 chr15 40903684 . A G 240.84 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.00780502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.203;QD=7.96148;RBI=0.00993105;REFB=-0.00264385;REVB=-0.00614064;RO=85;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14989;STB=0.594987;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0100398;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:85:87:34:34:0.280992:17:17:32:53:17:17:32:55 chr15 40913840 . G T 417.84 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0126742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.843;QD=12.9562;RBI=0.0253311;REFB=-0.00203803;REVB=-0.0219324;RO=78;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306379;STB=0.509179;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00309404;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:80:49:49:0.379845:25:24:36:42:25:24:38:42 chr15 40914177 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.00244967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.768;QD=7.3277;RBI=0.0385408;REFB=-0.00126093;REVB=0.0384629;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621881;STB=0.8689;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00185388;OID=.;OPOS=40914177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:3:18:2:6:3:18 chr15 40914772 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0465579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.523;QD=12.6376;RBI=0.0473014;REFB=0.000783653;REVB=-0.00835373;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33535;STB=0.695372;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0020758;OID=.;OPOS=40914772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:15:6:8:5:15:6 chr15 40915045 . T G 94.44 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0104702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.435;QD=10.7934;RBI=0.0124053;REFB=-0.0157482;REVB=0.00665342;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792193;STB=0.547187;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0234859;OID=.;OPOS=40915045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:8:15:7:5:8:15 chr15 40915894 . T C 205.44 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.019036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.915;QD=14.6743;RBI=0.0191715;REFB=-0.0281207;REVB=-0.002275;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218708;STB=0.594318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0333437;OID=.;OPOS=40915894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:32:21:24:0.428571:11:10:7:20:11:13:12:20 chr15 41036410 . G T 204.06 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0363673;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.833;QD=16.6582;RBI=0.0369502;REFB=-0.00821169;REVB=-0.00653722;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639924;STB=0.5362;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0220578;OID=.;OPOS=41036410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:21:6:6:16:21:6 chr15 41063244 . C T 250.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000482086;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.271;QD=47.717;RBI=0.0243347;REFB=-0.103793;REVB=0.0243299;RO=1;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300595;STB=0.666453;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00278031;OID=.;OPOS=41063244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:1:19:0:1:1:19:0:1 chr15 41102101 . G A 254.18 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.103897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.709;QD=15.4049;RBI=0.115937;REFB=-0.000699491;REVB=-0.0514484;RO=33;SAF=22;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134887;STB=0.501424;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00313447;OID=.;OPOS=41102101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:33:37:29:29:0.439394:7:22:25:8:7:22:28:9 chr15 41105926 . T G 121.03 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00591536;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.867;QD=13.8314;RBI=0.0300173;REFB=-0.0194404;REVB=-0.0294286;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.599863;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0231042;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:7:7:7:14:7:7:7:14 chr15 41148163 . C T 155.95 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.031065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6756;QD=15.5952;RBI=0.0389073;REFB=-0.0151786;REVB=0.0234253;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211591;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0344826;OID=.;OPOS=41148163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:14:9:7:10:14:9 chr15 41148199 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.017;QD=55.6561;RBI=0.0274418;REFB=0;REVB=0.00948006;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027931;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr15 41148250 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0414127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2893;QD=16.8226;RBI=0.046901;REFB=0.0423614;REVB=-0.0220158;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0357626;OID=.;OPOS=41148250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:2:3:6:1:2:3 chr15 41149161 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.65;QD=49.5992;RBI=0.032374;REFB=0;REVB=0.0124543;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141108;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr15 41186990 . C T 779.43 PASS AF=0.369048;AO=93;DP=252;FAO=93;FDP=252;FR=.;FRO=159;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=74;FSRR=85;FWDB=-0.00777868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.258;QD=12.372;RBI=0.00796639;REFB=-0.0104833;REVB=0.0017192;RO=159;SAF=46;SAR=47;SRF=74;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325911;STB=0.518439;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0194111;OID=.;OPOS=41186990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:159:159:93:93:0.369048:47:46:74:85:47:46:74:85 chr15 41190989 . A G 184.46 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00620547;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.309;QD=33.5378;RBI=0.0112221;REFB=-0.0136053;REVB=-0.00935024;RO=5;SAF=14;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24425;STB=0.636183;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00372402;OID=.;OPOS=41190989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:23:22:5:5:17:17:0.772727:3:14:2:3:3:14:2:3 chr15 41192558 . T C 302.79 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-8.21428e-05;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.092;QD=16.5914;RBI=0.0121059;REFB=-0.0294571;REVB=-0.0121056;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691462;STB=0.556579;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.028523;OID=.;OPOS=41192558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:42:40:33:33:0.452055:14:19:27:15:14:19:27:13 chr15 41271718 . C T 2028.98 PASS AF=0.992481;AO=125;DP=125;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00194098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.125;QD=61.0218;RBI=0.0299827;REFB=-0.0894061;REVB=0.0299198;RO=0;SAF=46;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78502e-08;STB=0.50495;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000100774;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:133:0:1:125:132:0.992481:79:46:0:0:82:50:1:0 chr15 41476209 . T C 348.58 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0146525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9082;QD=23.6322;RBI=0.0515979;REFB=0.0229906;REVB=0.0494737;RO=24;SAF=10;SAR=24;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706759;STB=0.542832;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0117151;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:24:10:9:15:25:10:9:15 chr15 41476465 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0114175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.516;QD=10.1855;RBI=0.0119003;REFB=-0.00774703;REVB=-0.00335511;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230513;STB=0.638701;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0132634;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:16:18:5:10:16:18 chr15 41484287 . C A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0119897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.171;QD=22.3411;RBI=0.0137141;REFB=-0.0335942;REVB=0.00665763;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322033;STB=0.518096;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0253409;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:6:8:11:7:6:8 chr15 41509288 . T A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0484247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.003;QD=8.25462;RBI=0.0493518;REFB=-0.0171558;REVB=-0.00952134;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025027;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:6:6:3:3:6:6 chr15 41564393 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0126026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.393;QD=9.19978;RBI=0.0133794;REFB=0.00191489;REVB=0.00449265;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00183367;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr15 41805237 . C T 160.49 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0137817;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.235;QD=25.6775;RBI=0.0190527;REFB=0.00708989;REVB=-0.0131556;RO=8;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777866;STB=0.526282;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.003853;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:8:9:16:16:0.64:6:10:4:4:6:10:5:4 chr15 41815516 . G C 1549.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.48;QD=63.8992;RBI=0.0370936;REFB=0;REVB=0.00780691;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49842e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:52:42:0:0:54:43:0:0 chr15 41819716 . C T 547.19 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=132;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0168794;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4451;QD=17.0998;RBI=0.0208833;REFB=-0.0267536;REVB=0.0122963;RO=73;SAF=28;SAR=29;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256636;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:128:73:70:57:58:0.453125:29:28:38:35:29:29:35:35 chr15 41820200 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0109408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.485;QD=16.4446;RBI=0.0136642;REFB=-0.00904026;REVB=-0.00818588;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668974;STB=0.503223;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00922196;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:27:20:20:0.425532:9:11:10:11:9:11:15:12 chr15 41821752 . T C 166.54 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0107771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4011;QD=15.1395;RBI=0.027765;REFB=0.0100209;REVB=-0.0255881;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149134;STB=0.557312;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0174726;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:12:5:11:15:12:6:11:15 chr15 41829230 . A G 119.43 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00970594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.608;QD=13.6495;RBI=0.039982;REFB=-0.0232973;REVB=-0.038786;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221397;STB=0.629443;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0458655;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:9:12:5:9:9:12 chr15 41857303 . T C 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0033364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.66;QD=25.6503;RBI=0.0117871;REFB=-0.0035233;REVB=0.0113051;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269005;STB=0.514913;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00320589;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:13:12:8:10:13:12:8:10 chr15 41991315 . A T 391.26 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00498668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4074;QD=24.8418;RBI=0.0183006;REFB=-0.0079053;REVB=0.0176081;RO=23;SAF=11;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477285;STB=0.550993;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00487084;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:25:38:38:0.603175:27:11:8:15:27:11:10:15 chr15 42026764 . C T 893.58 PASS AF=0.550633;AO=86;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.000714502;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.968;QD=22.6222;RBI=0.0109441;REFB=-0.0271304;REVB=0.0109207;RO=70;SAF=46;SAR=40;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872362;STB=0.541324;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0193232;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:71:86:87:0.550633:40:46:30:40:41:46:31:40 chr15 42041712 . G A 55.76 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0852815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.27;QD=13.121;RBI=0.0853643;REFB=-0.0416949;REVB=0.00375729;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131013;STB=0.599716;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0460081;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:17:9:9:7:8:0.470588:6:1:2:7:7:1:2:7 chr15 42103822 . C T 892.74 PASS AF=0.582734;AO=81;DP=139;FAO=81;FDP=139;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0412729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7598;QD=25.6904;RBI=0.0427047;REFB=-0.0128019;REVB=0.0109654;RO=57;SAF=33;SAR=48;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157348;STB=0.582109;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00754597;OID=.;OPOS=42103822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:57:58:81:81:0.582734:48:33:35:22:48:33:35:23 chr15 42105918 . C G 875.7 PASS AF=0.7;AO=70;DP=100;FAO=70;FDP=100;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0119001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.544;QD=35.0279;RBI=0.021284;REFB=-0.000301843;REVB=0.0176464;RO=30;SAF=37;SAR=33;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530806;STB=0.528563;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000125032;OID=.;OPOS=42105918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:30:30:70:70:0.7:33:37:13:17:33:37:13:17 chr15 42109223 . T C 492.09 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.024762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5233;QD=51.7987;RBI=0.0386492;REFB=-0.0125965;REVB=-0.029675;RO=2;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406472;STB=0.531897;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00685362;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:13:22:2:0:13:22:3:0 chr15 42117783 . G C 109.56 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00735599;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=159.986;QD=13.2803;RBI=0.0134924;REFB=-0.0422834;REVB=0.0113108;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0328535;OID=.;OPOS=42117783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:14:15:8:10:0.30303:5:3:5:9:6:4:6:9 chr15 42119900 . T C 806.89 PASS AF=0.966667;AO=40;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.956;QD=53.7927;RBI=0.0177371;REFB=0.0417526;REVB=0.00656519;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.511901;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00678237;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:0:2:40:58:0.966667:33:7:0:0:41:17:0:2 chr15 42135988 . C T 1603.97 PASS AF=0.636364;AO=141;DP=224;FAO=140;FDP=220;FR=.;FRO=80;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=0.0124876;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.317;QD=29.163;RBI=0.0164379;REFB=-0.0212184;REVB=0.0106895;RO=80;SAF=55;SAR=86;SRF=58;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224107;STB=0.62006;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0105577;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:220:80:80:141:140:0.636364:86:55:58:22:85:55:58:22 chr15 42138456 . G A 611.63 PASS AF=0.582524;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.01051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8476;QD=23.7526;RBI=0.0277192;REFB=0.000755629;REVB=0.0256495;RO=41;SAF=38;SAR=21;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094882;STB=0.55566;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00208539;OID=.;OPOS=42138456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:43:59:60:0.582524:21:38:31:10:21:39:33:10 chr15 42143533 . T G 1035.9 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0973764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9196;QD=56.7614;RBI=0.104806;REFB=0.0368186;REVB=-0.0387566;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000364693;STB=0.500193;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00236518;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:35:36:1:1:35:36:1:1 chr15 42145936 . G C 820.64 PASS AF=0.575758;AO=76;DP=133;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0225229;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8448;QD=24.8679;RBI=0.0735124;REFB=-0.0773283;REVB=0.0699771;RO=56;SAF=29;SAR=47;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543546;STB=0.50296;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0552861;OID=.;OPOS=42145936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:56:56:76:76:0.575758:47:29:21:35:47:29:21:35 chr15 42149472 . T C 469.13 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=147;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0267137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.716;QD=12.7655;RBI=0.029344;REFB=-0.0208304;REVB=0.012143;RO=89;SAF=24;SAR=30;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427092;STB=0.518286;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0334666;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:89:93:54:54:0.367347:30:24:43:46:30:24:44:49 chr15 42149506 . G C 1478.48 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0241372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.73;QD=56.3231;RBI=0.0248393;REFB=-0.101974;REVB=0.00586392;RO=3;SAF=42;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014214;STB=0.507496;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000631382;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:60:42:2:1:60:42:2:1 chr15 42149596 . C G 816.67 PASS AF=0.595238;AO=73;DP=126;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=59;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0203446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.4906;QD=25.926;RBI=0.0221452;REFB=-0.0208013;REVB=-0.00874683;RO=45;SAF=16;SAR=57;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18389;STB=0.640075;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0109824;OID=.;OPOS=42149596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:45:51:73:75:0.595238:57:16:19:26:59:16:25:26 chr15 42159290 . C T 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0292232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.155;QD=31.85;RBI=0.029389;REFB=-0.027013;REVB=0.00311682;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.502956;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00508787;OID=.;OPOS=42159290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:12:10:4:4:12:10:4:5 chr15 42166500 . C T 592.56 PASS AF=0.336323;AO=75;DP=223;FAO=75;FDP=223;FR=.;FRO=148;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=90;FSRR=58;FWDB=-0.0331593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.191;QD=10.6289;RBI=0.0378795;REFB=-0.0263351;REVB=-0.0183116;RO=144;SAF=45;SAR=30;SRF=88;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133549;STB=0.505616;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0554346;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:144:148:75:75:0.336323:30:45:88:56:30:45:90:58 chr15 42168400 . C T 451.4 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.101745;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.122;QD=27.3574;RBI=0.101775;REFB=-0.00640617;REVB=-0.00247574;RO=24;SAF=24;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103625;STB=0.556495;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00417199;OID=.;OPOS=42168400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:24:24:42:42:0.636364:18:24:10:14:18:24:10:14 chr15 42171462 . C T 1114.23 PASS AF=0.585227;AO=103;DP=176;FAO=103;FDP=176;FR=.;FRO=73;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.00476387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.198;QD=25.3234;RBI=0.00996111;REFB=-0.0161834;REVB=-0.0087481;RO=72;SAF=61;SAR=42;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154645;STB=0.586716;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0142157;OID=.;OPOS=42171462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:72:73:103:103:0.585227:42:61:28:44:42:61:28:45 chr15 42171537 . A G 3490.21 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209982;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.232;QD=62.3251;RBI=0.0821712;REFB=-0.0210952;REVB=0.0794429;RO=0;SAF=124;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160731;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:224:0:0:217:224:1:93:124:0:0:96:128:0:0 chr15 42178155 . T C 2083.74 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7179;QD=62.6688;RBI=0.0123129;REFB=0;REVB=0.00969338;RO=0;SAF=70;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82808e-05;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:63:70:0:0:63:70:0:0 chr15 42187492 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0806157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.342;QD=18.9483;RBI=0.0806658;REFB=-0.00570977;REVB=-0.0028425;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813953;STB=0.545422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00488507;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:16:11:14:14:16:11 chr15 42211486 . A G 763.6 PASS AF=0.682692;AO=67;DP=95;FAO=71;FDP=104;FR=.;FRO=33;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0133762;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.253;QD=29.3693;RBI=0.113383;REFB=-0.0292237;REVB=-0.112592;RO=27;SAF=46;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141298;STB=0.593355;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00786533;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:104:27:33:67:71:0.682692:21:46:12:15:25:46:12:21 chr15 42281719 . G A 1052.41 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.673;QD=58.4673;RBI=0.0128576;REFB=-0.0946711;REVB=0.0125897;RO=0;SAF=52;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391477;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:0:0:71:72:1:19:52:0:0:20:52:0:0 chr15 42284974 . G A 579.96 PASS AF=0.576087;AO=50;DP=90;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0422535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0994;QD=25.2158;RBI=0.0422842;REFB=-0.0168858;REVB=0.00160982;RO=39;SAF=29;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115694;STB=0.555306;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00541817;OID=.;OPOS=42284974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:39:39:50:53:0.576087:21:29:17:22:23:30:17:22 chr15 42287578 . G A 246.29 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0194217;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8011;QD=13.3127;RBI=0.0297439;REFB=-0.00276916;REVB=0.0225276;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646747;STB=0.536925;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0109477;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:45:29:29:0.391892:14:15:26:19:14:15:26:19 chr15 42287606 . T C 570.54 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0314838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.883;QD=28.1748;RBI=0.0402795;REFB=-0.018656;REVB=-0.0251239;RO=30;SAF=31;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983783;STB=0.55355;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0127008;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:30:51:51:0.62963:20:31:14:16:20:31:14:16 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG,GGCCC 1248.71 PASS AF=0.949495,0.020202,0.030303;AO=70,7,16;DP=99;FAO=94,2,3;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53,2,2;FSAR=41,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494013,-0.0738754,-0.0119265;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=18.668,6.63055,9.08419;QD=50.4528;RBI=0.0496718,0.095884,0.0218354;REFB=0,0,0;REVB=0.00517686,-0.0611241,-0.0182905;RO=3;SAF=43,5,5;SAR=27,2,11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00429461,0.0295447,-0.112355;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00290861,0.0298327,-0.0485812;OID=.,.,.;OPOS=42297113,42297116,42297113;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG,GGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.949495,0.020202,0.030303:70,7,16:99:94,2,3:99:0:53,2,2:41,0,1:0:0:5:3:43,5,5:27,2,11:2:1 chr15 42302338 . A C 307.97 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246232;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.941;QD=53.5598;RBI=0.0313995;REFB=0;REVB=0.0194841;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83655e-05;OID=.;OPOS=42302338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:21:23:1:17:4:0:0:19:4:0:0 chr15 42302433 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0907;QD=48.7355;RBI=0.0326453;REFB=0;REVB=0.0282834;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383009;OID=.;OPOS=42302433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 42302437 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1338;QD=47.8219;RBI=0.0294844;REFB=0;REVB=0.0286495;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621192;OID=.;OPOS=42302437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 42371752 . A T 464.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1455;QD=58.1205;RBI=0.0266711;REFB=0;REVB=-0.00350238;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342253;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:9:22:0:0:9:23:0:0 chr15 42373810 . G C 3914.3 PASS AF=0.970149;AO=253;DP=263;FAO=260;FDP=268;FR=.;FRO=8;FSAF=125;FSAR=135;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0204063;FXX=0.00740713;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.987;QD=58.4223;RBI=0.0550168;REFB=-0.147322;REVB=0.0510924;RO=9;SAF=125;SAR=128;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112897;STB=0.508043;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000873501;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:263:268:9:8:253:260:0.970149:128:125:6:3:135:125:6:2 chr15 42377744 . C G 784.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025338;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.028;QD=57.0277;RBI=0.0260183;REFB=0;REVB=0.00591086;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06474e-05;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:22:33:0:0 chr15 42434254 . G A 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.24;QD=57.8764;RBI=0.0131047;REFB=0;REVB=0.00442893;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34302e-05;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr15 42434336 . G C 815.47 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00449702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.052;QD=52.6109;RBI=0.0134212;REFB=-0.0236167;REVB=0.0126454;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.508472;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000148603;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:2:3:59:59:0.951613:29:30:1:1:29:30:1:2 chr15 42434837 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.485;QD=57.2019;RBI=0.0459053;REFB=0;REVB=0.029001;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02054e-05;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr15 42439376 . G A 1258.0 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0142685;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.99;QD=57.182;RBI=0.0956356;REFB=-0.12152;REVB=0.0945652;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.507318;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00235558;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:89:88:1:4:84:84:0.954545:50:34:0:1:50:34:1:3 chr15 42529739 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0113965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.748;QD=14.4117;RBI=0.0318945;REFB=-0.0184582;REVB=0.0297889;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585465;STB=0.533943;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0288124;OID=.;OPOS=42529739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:14:14:8:10:14:14 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 671.6 PASS AF=1,0,0;AO=12,24,7;DP=44;FAO=43,0,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=25,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232478,0.0265046,0.0256948;FXX=0.0444346;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=316.781,313.772,308.223;QD=62.4746;RBI=0.0445952,0.049364,0.0510883;REFB=0,0,0;REVB=-0.0380561,-0.041645,-0.0441564;RO=1;SAF=10,4,1;SAR=2,20,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.178334,0.0226226,0.0674964;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00030366,0.00154873,0;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:12,24,7:44:43,0,0:43:0:18,0,0:25,0,0:0:0:4:1:10,4,1:2,20,6:0:1 chr15 42568547 . C G 742.13 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182223;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.428;QD=57.0865;RBI=0.0323329;REFB=0;REVB=0.0267089;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87479e-05;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr15 42570718 . A G 766.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.304;QD=63.9123;RBI=0.049936;REFB=0;REVB=0.0315374;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215589;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:35:12:0:0:35:13:0:0 chr15 42575963 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.46;QD=64.4143;RBI=0.0535909;REFB=0;REVB=0.0527408;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200394;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr15 42579948 . T C 1191.14 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188558;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.453;QD=61.0839;RBI=0.0200225;REFB=0;REVB=0.00673504;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4653e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:41:37:0:0 chr15 42834962 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0282501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.995;QD=12.1432;RBI=0.0287615;REFB=-0.00800645;REVB=-0.00539978;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702086;STB=0.54094;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.014948;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:16:17:11:8:16:17 chr15 42957532 . T G 406.69 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0809136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8075;QD=17.4919;RBI=0.0810646;REFB=-0.0252939;REVB=0.00494556;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158846;STB=0.588385;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0198926;OID=.;OPOS=42957532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:24:18:14:37:24:18:14:37 chr15 42961460 . C T 390.17 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0066007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.039;QD=19.0329;RBI=0.0189016;REFB=0.00301758;REVB=0.0177117;RO=42;SAF=13;SAR=27;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807919;STB=0.545064;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00337468;OID=.;OPOS=42961460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:27:13:17:25:27:13:17:25 chr15 42977526 . A C 114.62 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0733167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6805;QD=10.4204;RBI=0.0740669;REFB=-0.00951906;REVB=0.0105154;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202554;STB=0.621535;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0171125;OID=.;OPOS=42977526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:16:14:9:5:16:14 chr15 42977676 . G A 110.96 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000675342;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.267;QD=13.87;RBI=0.0589978;REFB=-0.0237106;REVB=-0.0589939;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574349;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0306652;OID=.;OPOS=42977676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:19:12:13:0.40625:3:9:9:3:4:9:11:8 chr15 42979146 . A G 328.45 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0726346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5356;QD=12.8805;RBI=0.0843089;REFB=-0.00920272;REVB=0.0428043;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637395;STB=0.536272;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0137836;OID=.;OPOS=42979146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:20:19:27:36:20:19:27:36 chr15 42981022 . A G 462.25 PASS AF=0.451327;AO=49;DP=110;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.000201453;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.496;QD=16.3629;RBI=0.0109072;REFB=-0.0142139;REVB=-0.0109053;RO=60;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126568;STB=0.50429;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0175097;OID=.;OPOS=42981022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:60:62:49:51:0.451327:30:19:24:36:30:21:26:36 chr15 42981806 . G A 166.5 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0343971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.749;QD=9.94012;RBI=0.0359126;REFB=0.0018053;REVB=-0.0103226;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818651;STB=0.553601;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00441058;OID=.;OPOS=42981806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:13:9:15:29:13:9:15:30 chr15 42982340 . C T 251.7 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00836044;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9621;QD=16.7802;RBI=0.0227063;REFB=0.00228162;REVB=-0.0211111;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219164;OID=.;OPOS=42982340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:16:16:14:14:16:16 chr15 42983923 . A G 176.12 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0141863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0268;QD=10.2099;RBI=0.0226692;REFB=-0.0210987;REVB=0.0176817;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220175;STB=0.601681;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0410647;OID=.;OPOS=42983923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:46:22:23:0.333333:14:8:25:20:14:9:25:21 chr15 43017426 . T G 301.37 PASS AF=0.336134;AO=39;DP=117;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0176635;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0364;QD=10.13;RBI=0.0322258;REFB=-0.0134378;REVB=-0.0269538;RO=75;SAF=17;SAR=22;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107228;STB=0.513185;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0238406;OID=.;OPOS=43017426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:75:79:39:40:0.336134:22:17:32:43:22:18:34:45 chr15 43020236 . G A 214.3 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.011287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.986;QD=37.2691;RBI=0.0329249;REFB=-0.0459338;REVB=0.0309298;RO=4;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828586;STB=0.53913;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0184382;OID=.;OPOS=43020236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:23:4:4:18:19:0.826087:9:9:3:1:9:10:3:1 chr15 43020983 . G A 43.2 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0183443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.382;QD=5.57478;RBI=0.0493904;REFB=0.000274431;REVB=-0.0458574;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464903;STB=0.811518;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00283954;OID=.;OPOS=43020983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:12:12:6:1:12:12 chr15 43023482 . T C 129.53 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00117962;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.673;QD=6.64228;RBI=0.00289782;REFB=-0.00187495;REVB=0.00264685;RO=59;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214104;STB=0.643282;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00510219;OID=.;OPOS=43023482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:59:59:19:19:0.24359:7:12:27:32:7:12:26:33 chr15 43028592 . G A 113.67 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0616554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.217;QD=18.1868;RBI=0.0618864;REFB=-0.00714881;REVB=0.00534158;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991777;STB=0.556873;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0101494;OID=.;OPOS=43028592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:6:6:5:8:6:6 chr15 43170793 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.737;QD=53.9045;RBI=0.0814285;REFB=0;REVB=-0.0794406;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470904;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr15 43170823 . C T 190.8 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00104035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9711;QD=30.5282;RBI=0.0108986;REFB=-0.0754057;REVB=0.0108489;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302563;STB=0.666489;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0324522;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:7:0:11:7:7:0 chr15 43237572 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0366417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.773;QD=12.8685;RBI=0.0400201;REFB=-0.0048001;REVB=-0.0160933;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309638;STB=0.676768;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0078921;OID=.;OPOS=43237572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:9:24:9:12:9:24 chr15 43308032 . TC CT,TCT 59.82 PASS AF=0,0.32;AO=2,11;DP=50;FAO=0,16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.117655,0.222962;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=20.002,12.0749;QD=4.78536;RBI=0.151116,0.224071;REFB=-0.048704,-0.0546861;REVB=0.0948332,-0.0222631;RO=31;SAF=2,2;SAR=0,9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.490705,-0.335965;STB=0.5,0.614214;STBP=1,0.281;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.115868;OID=.,.;OPOS=43308032,43308034;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:50:50:31:34:2,11:0,16:0,0.32:0,9:2,2:13:18:0,11:0,5:16:18 chr15 43486262 . T C 34.12 PASS AF=0.105263;AO=6;DP=75;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00566074;FXX=0.0129853;HRUN=30;LEN=1;MLLD=156.783;QD=1.79557;RBI=0.00687006;REFB=0.0009372;REVB=-0.00389277;RO=66;SAF=0;SAR=6;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623335;STB=0.900301;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0139807;OID=.;OPOS=43486262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:75:76:66:68:6:8:0.105263:6:0:40:26:7:1:42:26 chr15 43545728 . G A 349.51 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000281778;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.352;QD=20.2616;RBI=0.0212909;REFB=-0.0197394;REVB=0.0212891;RO=31;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153763;STB=0.590669;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0175;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:33:35:36:0.521739:12:23:15:16:13:23:15:18 chr15 43552360 . G A 356.14 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0049138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.43;QD=21.9161;RBI=0.00561112;REFB=-0.00856077;REVB=0.00270911;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696902;STB=0.53844;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00711495;OID=.;OPOS=43552360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:17:12:18:18:17:12 chr15 43571390 . C G 821.55 PASS AF=0.643478;AO=74;DP=115;FAO=74;FDP=115;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0784517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0503;QD=28.5757;RBI=0.0819151;REFB=0.00745072;REVB=0.023567;RO=41;SAF=36;SAR=38;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474819;STB=0.525664;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00319;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:41:41:74:74:0.643478:38:36:17:24:38:36:17:24 chr15 43579566 . A G 255.67 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0246884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.848;QD=29.2194;RBI=0.0337607;REFB=-0.00345737;REVB=-0.0230275;RO=12;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143532;STB=0.578881;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00190593;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:11:12:9:3:11:12:9:3 chr15 43621947 . A G 820.73 PASS AF=0.567164;AO=74;DP=133;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00676838;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.079;QD=24.4993;RBI=0.0210315;REFB=-0.0168726;REVB=0.0199126;RO=57;SAF=36;SAR=38;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317497;STB=0.518863;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0136855;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:57:58:74:76:0.567164:38:36:30:27:40:36:30:28 chr15 43632549 . T C 508.77 PASS AF=0.571429;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00463285;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.332;QD=24.2272;RBI=0.0141694;REFB=-0.0119086;REVB=0.0133906;RO=36;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494618;STB=0.518029;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0111087;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:36:36:46:48:0.571429:24:22:15:21:26:22:15:21 chr15 43650384 . G A 105.19 PASS AF=0.35;AO=10;DP=37;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00518333;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.108;QD=10.5187;RBI=0.0214194;REFB=-0.0306399;REVB=-0.0207827;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151628;STB=0.564429;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0744385;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:25:26:10:14:0.35:6:4:7:18:9:5:7:19 chr15 43661802 . T C 267.38 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00673645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.84;QD=18.4399;RBI=0.0253602;REFB=-0.0157888;REVB=-0.0244491;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618617;STB=0.534582;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0126116;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:14:15:13:16:14:15 chr15 43712876 . T C 506.66 PASS AF=0.630137;AO=44;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0177847;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.328;QD=27.762;RBI=0.0416091;REFB=-0.0140932;REVB=-0.0376168;RO=27;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710149;STB=0.504503;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00826705;OID=.;OPOS=43712876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:27:44:46:0.630137:24:20:12:15:25:21:12:15 chr15 43724646 . T G 528.49 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00795534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.175;QD=22.2524;RBI=0.0122493;REFB=-0.0120285;REVB=0.00931437;RO=44;SAF=33;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181597;STB=0.605991;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0249619;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:50:50:0.526316:17:33:20:24:17:33:20:25 chr15 43748304 . A G 426.32 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0134648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.586;QD=34.8019;RBI=0.0190058;REFB=-0.0174787;REVB=0.0134135;RO=15;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620352;STB=0.533723;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00998677;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:19:15:5:10:19:15:5:10 chr15 43762196 . C T 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00140542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.11;QD=22.9468;RBI=0.0062831;REFB=-0.0184251;REVB=0.0061239;RO=31;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241109;STB=0.513254;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0114084;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:14:26:21:10:14:26:21:10 chr15 43767774 . G C 267.54 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0034683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0258;QD=16.7215;RBI=0.025946;REFB=-0.0195489;REVB=0.0257132;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578922;STB=0.532586;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0396028;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:9:21:22:12:9:21:22:12 chr15 43816917 . G A 350.17 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00358711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.413;QD=28.0136;RBI=0.0200856;REFB=-0.0117543;REVB=0.0197627;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247283;STB=0.513615;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00646864;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:8:12:17:13:8:12 chr15 43817406 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0310559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.693;QD=17.8403;RBI=0.0482471;REFB=-0.00915501;REVB=-0.0369232;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0104075;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:7:7:4:10:7:7 chr15 43818052 . G A 49.45 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.02556;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2368;QD=12.3628;RBI=0.0484689;REFB=-0.0122061;REVB=-0.0411815;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.067376;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:10:9:7:7:0.4375:5:2:5:5:5:2:5:4 chr15 43821125 . C G 31.55 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00110786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.193;QD=2.62897;RBI=0.0194906;REFB=-0.000506577;REVB=-0.0194591;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212266;STB=0.666112;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0311606;OID=.;OPOS=43821125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:48:39:42:6:6:0.125:2:4:19:20:2:4:20:22 chr15 43892847 . G C 1168.43 PASS AF=0.725191;AO=94;DP=130;FAO=95;FDP=131;FR=.;FRO=36;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0167298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.862;QD=35.6774;RBI=0.0171128;REFB=-0.0307512;REVB=0.00360019;RO=36;SAF=49;SAR=45;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540378;STB=0.530114;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0143646;OID=.;OPOS=43892847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:36:36:94:95:0.725191:45:49:15:21:45:50:15:21 chr15 43893072 . G A 207.01 PASS AF=0.645161;AO=16;DP=27;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00577435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.062;QD=26.7111;RBI=0.0259335;REFB=-0.0395835;REVB=0.0252825;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516113;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0203681;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:31:10:11:16:20:0.645161:8:8:5:5:10:10:6:5 chr15 43897499 . T C 441.47 PASS AF=0.787234;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0124354;FXX=0.113186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5744;QD=37.5718;RBI=0.0320592;REFB=-0.0309396;REVB=0.0295492;RO=9;SAF=17;SAR=20;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15495;STB=0.572044;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00429716;OID=.;OPOS=43897499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:47:9:10:37:37:0.787234:20:17:8:1:20:17:8:2 chr15 43939642 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0100178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.486;QD=18.1597;RBI=0.0207146;REFB=-0.000259751;REVB=-0.0181311;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368779;STB=0.519989;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00028857;OID=.;OPOS=43939642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:18:18:20:17:18:18:21:18 chr15 44038899 . C T 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00964599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.051;QD=10.5059;RBI=0.0108966;REFB=-0.0251045;REVB=-0.00506854;RO=57;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249655;STB=0.644638;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.037921;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:12:16:20:37:12:16:20:37 chr15 44043793 . C G 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00343774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.596;QD=21.8936;RBI=0.0131495;REFB=-0.00456764;REVB=-0.0126922;RO=36;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581983;STB=0.53206;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0036852;OID=.;OPOS=44043793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:18:24:23:13:18:24:23:13 chr15 44061802 . C T 144.1 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0363255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4753;QD=7.02943;RBI=0.0408481;REFB=-0.00974805;REVB=0.0186823;RO=61;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157256;STB=0.595678;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0402194;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:61:61:21:21:0.256098:13:8:31:30:13:8:31:30 chr15 44063612 . A AT 47.18 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0543756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.345;QD=6.50754;RBI=0.107662;REFB=0.0156221;REVB=-0.0929216;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246752;STB=0.681419;STBP=0.205;TYPE=ins;VARB=-0.0491623;OID=.;OPOS=44063613;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:8:30:9:29:20:3:6:12:8:47:22:3:5:13:9 chr15 44069069 . G C 748.18 PASS AF=0.647619;AO=68;DP=105;FAO=68;FDP=105;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.010057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2737;QD=28.502;RBI=0.0173052;REFB=-0.0299153;REVB=-0.0140829;RO=37;SAF=30;SAR=38;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298034;STB=0.516124;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.015686;OID=.;OPOS=44069069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:37:37:68:68:0.647619:38:30:18:19:38:30:18:19 chr15 44089414 . A AAG 393.08 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00770054;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=90.0944;QD=22.1454;RBI=0.0220418;REFB=-0.00451736;REVB=0.0206529;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138856;STB=0.579061;STBP=0.162;TYPE=ins;VARB=0.00679366;OID=.;OPOS=44089415;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.549296:39:73:39:71:32:20:19:22:10:99:34:20:19:23:11 chr15 44093927 . T C 334.07 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00834716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.629;QD=27.2709;RBI=0.0692995;REFB=-0.0281209;REVB=0.0687949;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689789;STB=0.54772;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0161985;OID=.;OPOS=44093927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:20:29:29:0.591837:14:15:8:11:14:15:8:12 chr15 44102010 . A C 776.3 PASS AF=0.556391;AO=73;DP=133;FAO=74;FDP=133;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0180665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.724;QD=23.3474;RBI=0.022533;REFB=-0.0216319;REVB=0.0134662;RO=59;SAF=45;SAR=28;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925671;STB=0.502594;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0200193;OID=.;OPOS=44102010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:59:59:73:74:0.556391:28:45:37:22:28:46:37:22 chr15 44120559 . T G 1076.97 PASS AF=1;AO=50;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.714;QD=59.0121;RBI=0.136988;REFB=0;REVB=0.0386622;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394276;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:50:73:1:17:33:0:0:35:38:0:0 chr15 44120560 . C G 150.05 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0328299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0919;QD=8.22188;RBI=0.0695079;REFB=-0.0491061;REVB=0.0612662;RO=52;SAF=3;SAR=18;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616421;STB=0.866581;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0409113;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:18:3:35:17:18:3:35:17 chr15 44198049 . A G 507.17 PASS AF=0.514563;AO=51;DP=101;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0137072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.634;QD=19.6958;RBI=0.0193113;REFB=-0.0226433;REVB=-0.0136029;RO=49;SAF=19;SAR=32;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522945;STB=0.511995;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.019667;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:49:50:51:53:0.514563:32:19:21:28:32:21:21:29 chr15 44751350 . C T 559.76 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0211777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.171;QD=28.7056;RBI=0.024808;REFB=0.00932898;REVB=-0.0129206;RO=27;SAF=23;SAR=27;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109225;STB=0.565347;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00605668;OID=.;OPOS=44751350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:28:50:50:0.641026:27:23:17:10:27:23:18:10 chr15 44912607 . TGAAAAAAAAC ATGAAAAAAAC,TGAAAAAAAAA,TGAAAAAAAC,TGAAAAAACAC 62.91 PASS AF=0,0.0147059,0.338235,0.0588235;AO=4,3,24,3;DP=72;FAO=0,1,23,4;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=0,1,5,4;FSAR=0,0,18,0;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.042641,-0.0185272,-0.0240654,-0.018923;FXX=0.0285673;HRUN=1,1,8,8;LEN=3,1,1,1;MLLD=17.2947,252.222,6.54238,215.77;QD=3.70078;RBI=0.0604732,0.0186352,0.0269368,0.019805;REFB=-0.0636129,-0.00450006,-0.11894,-0.0115205;REVB=-0.0428807,-0.00200302,-0.0121015,-0.00584437;RO=24;SAF=0,1,5,3;SAR=4,2,19,0;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.58992,-0.0482269,-0.193913,0.627715;STB=0.5,0.992777,0.608438,0.99796;STBP=1,0.262,0.245,0.012;TYPE=mnp,snp,del,snp;VARB=0,-0.0692208,0.0751401,0.0839643;OID=.,.,.,.;OPOS=44912607,44912617,44912609,44912615;OREF=TGA,C,A,A;OALT=ATG,A,-,C;OMAPALT=ATGAAAAAAAC,TGAAAAAAAAA,TGAAAAAAAC,TGAAAAAACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:41:72:68:24:40:4,3,24,3:0,1,23,4:0,0.0147059,0.338235,0.0588235:4,2,19,0:0,1,5,3:9:15:0,0,18,0:0,1,5,4:14:26 chr15 44944341 . G A 275.14 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00730722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1269;QD=18.0421;RBI=0.0270829;REFB=-0.0164232;REVB=0.0260785;RO=31;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011036;STB=0.506169;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0262931;OID=.;OPOS=44944341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:20:10:10:21:20:10:10:21 chr15 44949329 . T C 607.68 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00429972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.282;QD=23.5991;RBI=0.0219239;REFB=-0.00818717;REVB=-0.0214981;RO=44;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104701;STB=0.55706;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00663923;OID=.;OPOS=44949329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:25:34:31:13:25:34:31:13 chr15 44966389 . T C 272.39 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.998;QD=51.883;RBI=0.0590548;REFB=0;REVB=-0.0484363;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235655;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr15 44967847 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0060887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.866;QD=20.8978;RBI=0.0144135;REFB=-0.0335125;REVB=0.0130643;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212516;OID=.;OPOS=44967847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:1:3:6:2:1:3 chr15 45047573 . C T 695.15 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133351;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.26;QD=63.1958;RBI=0.134065;REFB=0;REVB=0.0138136;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130077;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr15 45176978 . T TG 561.42 PASS AF=1;AO=13;DP=93;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310155;FXX=0.0833234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.78;QD=29.1645;RBI=0.231149;REFB=0;REVB=0.229059;RO=76;SAF=10;SAR=3;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00323338;OID=.;OPOS=45176979;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:93:77:77:0:40:37:0:0:9:76:10:3:33:43 chr15 45361180 . A T 260.8 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00925978;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.423;QD=11.9907;RBI=0.0160102;REFB=-0.000375389;REVB=-0.0130607;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541589;STB=0.53123;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000217687;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:14:17:28:28:14:17:28:28 chr15 45364534 . A C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.04791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1186;QD=21.168;RBI=0.198135;REFB=-0.106348;REVB=-0.192256;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0141702;OID=.;OPOS=45364534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:2:5:0:2:2:5:1:2 chr15 45365638 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0136491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.84;QD=5.00556;RBI=0.0253509;REFB=-0.00191906;REVB=-0.0213628;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248483;STB=0.666112;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.020125;OID=.;OPOS=45365638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:10:12:2:4:10:12 chr15 45365683 . G A 70.23 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0202916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.861;QD=6.85165;RBI=0.0230654;REFB=-0.0147164;REVB=-0.0109665;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966674;STB=0.560856;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0248931;OID=.;OPOS=45365683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:13:18:5:5:13:18 chr15 45365696 . C A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0299347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.5;QD=6.48169;RBI=0.0334998;REFB=0.000242301;REVB=0.0150383;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128438;STB=0.581237;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00109132;OID=.;OPOS=45365696;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:13:20:5:5:13:20 chr15 45365724 . C T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00297211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.036;QD=5.7034;RBI=0.0163155;REFB=-0.00635779;REVB=-0.0160425;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195435;STB=0.624766;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0230472;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:13:25:5:5:13:25 chr15 45365730 . G A 67.8 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0176277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1077;QD=5.4243;RBI=0.0181086;REFB=0.00571626;REVB=-0.00414561;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218247;STB=0.639742;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0372783;OID=.;OPOS=45365730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:5:5:13:27:5:5:13:27 chr15 45392075 . G A 1102.06 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0519199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6608;QD=58.7765;RBI=0.0561706;REFB=-0.0889461;REVB=0.0214351;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.511108;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00839552;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:22:52:0:0:22:52:0:1 chr15 45400358 . C G 738.71 PASS AF=0.981481;AO=43;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00392972;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.364;QD=54.7195;RBI=0.0220936;REFB=-0.0376413;REVB=0.0217413;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=9.46732e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:43:53:0.981481:16:27:0:0:19:34:1:0 chr15 45404066 . G A 1677.05 PASS AF=0.92126;AO=117;DP=127;FAO=117;FDP=127;FR=.;FRO=10;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0289357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.345;QD=52.8203;RBI=0.0308726;REFB=-0.00868289;REVB=0.0107632;RO=8;SAF=64;SAR=53;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249012;STB=0.520171;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=4.30112e-05;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:127:127:8:10:117:117:0.92126:53:64:6:2:53:64:8:2 chr15 45408414 . C G 693.07 PASS AF=1;AO=30;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301796;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0623;QD=63.0066;RBI=0.236088;REFB=0;REVB=0.234151;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181999;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:30:44:1:5:25:0:0:18:26:0:0 chr15 45408933 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.536;QD=61.2124;RBI=0.0239831;REFB=0;REVB=0.0194389;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22274e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr15 45444518 . A G 807.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5233;QD=56.6888;RBI=0.0419136;REFB=0;REVB=0.0227088;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494864;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:19:36:0:0:19:38:0:0 chr15 45446155 . GC G,GT 1363.07 PASS AF=0.0879121,0.912088;AO=10,76;DP=91;FAO=8,83;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=3,36;FSAR=5,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015138,-0.0119684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.0254,73.3396;QD=59.9154;RBI=0.069141,0.0593437;REFB=0,0;REVB=0.0674634,0.0581243;RO=0;SAF=4,34;SAR=6,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.6391e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.79826e-05,0.000706509;OID=.,.;OPOS=45446156,45446156;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0879121,0.912088:10,76:91:8,83:91:0:3,36:5,47:0:0:16:0:4,34:6,42:0:0 chr15 45446158 . C T 34.7 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0457355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.9572;QD=1.50871;RBI=0.0629355;REFB=-0.011294;REVB=-0.0432336;RO=82;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474963;STB=0.535642;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.2064;OID=.;OPOS=45446158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:92:92:82:82:10:10:0.108696:6:4:36:46:6:4:36:46 chr15 45457519 . T G 2049.55 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0686546;FXX=0.0359686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9128;QD=61.1807;RBI=0.0896016;REFB=-0.118339;REVB=0.057576;RO=0;SAF=38;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00119601;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:0:1:131:133:0.992537:93:38:0:0:93:40:0:1 chr15 45467540 . C G 632.04 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.345;QD=61.6626;RBI=0.0508724;REFB=0;REVB=0.0248331;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32484e-05;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr15 45545478 . C G,T 599.96 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802536,-0.0262859;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.117,122.824;QD=59.9959;RBI=0.00802662,0.0306175;REFB=0,0;REVB=-0.000141979,0.0156997;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0543049,0.000387325;OID=.,.;OPOS=45545478,45545478;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:0,22:2,16:0:0:0,22:2,16:0:0 chr15 45554267 . C A 1961.66 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134358;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.397;QD=62.2749;RBI=0.0143511;REFB=0;REVB=0.00504305;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391389;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:73:52:0:0:74:52:0:0 chr15 45654327 . A G 1436.91 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00480544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9364;QD=58.6495;RBI=0.0262114;REFB=-0.0464022;REVB=0.0257671;RO=4;SAF=49;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016476;STB=0.50087;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0104733;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:45:49:2:2:45:49:2:2 chr15 45661678 . T A 1704.93 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00806804;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.312;QD=58.7905;RBI=0.0330731;REFB=-0.0546196;REVB=0.0320739;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172597;STB=0.509089;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00217986;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:2:2:114:114:0.982759:54:60:0:2:54:60:0:2 chr15 45694768 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.41;QD=47.8212;RBI=0.0574452;REFB=0;REVB=0.0484701;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109959;OID=.;OPOS=45694768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr15 45695612 . C T 2792.19 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356406;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.702;QD=62.7458;RBI=0.0354999;REFB=0;REVB=0.0353205;RO=0;SAF=91;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66506e-05;OID=.;OPOS=45695612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:178:0:0:174:178:1:83:91:0:0:84:94:0:0 chr15 45695695 . G A 2464.54 PASS AF=0.954023;AO=166;DP=176;FAO=166;FDP=174;FR=.;FRO=8;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0562319;FXX=0.011363;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7493;QD=56.6561;RBI=0.0932651;REFB=-0.0601566;REVB=0.0744067;RO=5;SAF=82;SAR=84;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170145;STB=0.506023;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00334238;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:176:174:5:8:166:166:0.954023:84:82:4:1:84:82:5:3 chr15 45968435 . T C 308.36 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0105281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.934;QD=28.0328;RBI=0.028687;REFB=-0.0152246;REVB=-0.0266852;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184913;STB=0.510197;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00844726;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:12:15:9:8:12:15:9:8 chr15 48053229 . C A 196.29 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0524902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3322;QD=12.8715;RBI=0.0656445;REFB=-0.0153943;REVB=-0.0394204;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176729;STB=0.601574;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0212511;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:17:20:9:15:17:20 chr15 48058071 . G A 315.67 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0457516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.566;QD=16.6144;RBI=0.0457526;REFB=-0.0410677;REVB=-0.000293367;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160194;STB=0.595238;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0492493;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:41:34:35:0.460526:22:12:21:20:23:12:21:20 chr15 48063076 . T C 499.76 PASS AF=0.371951;AO=59;DP=164;FAO=61;FDP=164;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.00376324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.17;QD=12.1892;RBI=0.0203912;REFB=-0.0189172;REVB=-0.020041;RO=102;SAF=34;SAR=25;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869973;STB=0.511213;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0321796;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:102:103:59:61:0.371951:25:34:58:44:25:36:59:44 chr15 48426484 . A G 770.15 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124291;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.829;QD=64.1792;RBI=0.0402556;REFB=0;REVB=0.0402365;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154852;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr15 48441554 . T C 598.68 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0130339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.925;QD=19.791;RBI=0.0134196;REFB=-0.0224689;REVB=0.00319395;RO=60;SAF=29;SAR=32;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713524;STB=0.503936;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0154156;OID=.;OPOS=48441554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:32:29:29:31:32:29:29:31 chr15 48443699 . T C 1324.44 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298116;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.264;QD=62.3264;RBI=0.0555253;REFB=0;REVB=-0.0468436;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717468;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr15 48460927 . C T 2215.96 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.276;QD=63.3131;RBI=0.0411364;REFB=0;REVB=-0.0261727;RO=0;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56564e-05;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:78:62:0:0:78:62:0:0 chr15 48495508 . C T 475.03 PASS AF=0.584416;AO=44;DP=76;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00420569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.964;QD=24.677;RBI=0.00914733;REFB=-0.0266325;REVB=-0.00812317;RO=31;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222544;STB=0.500869;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.018978;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:32:44:45:0.584416:20:24:16:15:21:24:17:15 chr15 48539587 . T C 326.2 PASS AF=0.366972;AO=39;DP=112;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0122356;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.768;QD=11.9705;RBI=0.0252744;REFB=-0.00711144;REVB=0.0221153;RO=68;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347953;STB=0.516344;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0120757;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:68:69:39:40:0.366972:20:19:31:37:21:19:31:38 chr15 48580713 . T C 497.11 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0475346;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.559;QD=50.9854;RBI=0.0477069;REFB=0.0112249;REVB=0.00405089;RO=3;SAF=8;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866162;STB=0.570015;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-2.22895e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:42:39:3:4:35:35:0.897436:27:8:2:1:27:8:3:1 chr15 48595192 . G T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1022;QD=63.8702;RBI=0.0457916;REFB=0;REVB=-0.0315202;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710235;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr15 48701029 . C T 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000701501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.059;QD=26.1243;RBI=0.00698416;REFB=-0.0236844;REVB=0.00694884;RO=22;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153149;STB=0.508375;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0126061;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:21:16:10:12:21:16:10:12 chr15 48702457 . C A 642.69 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00469338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.598;QD=26.5027;RBI=0.00831141;REFB=-0.0152221;REVB=0.00685942;RO=40;SAF=20;SAR=37;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799343;STB=0.543681;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0110149;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:37:20:18:22:37:20:18:22 chr15 48797307 . A G 352.81 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00342391;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.924;QD=11.859;RBI=0.0159696;REFB=-0.0012142;REVB=-0.0155982;RO=71;SAF=21;SAR=22;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097313;STB=0.557696;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00135565;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:71:76:43:43:0.361345:22:21:41:30:22:21:44:32 chr15 48807637 . C T 2067.35 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028625;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.59;QD=61.7119;RBI=0.0476143;REFB=-0.0547688;REVB=0.038049;RO=1;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693874;STB=0.503649;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000769166;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:132:133:0.992537:68:64:0:1:68:65:0:1 chr15 49057853 . T C 33.73 PASS AF=0.24;AO=4;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00406462;FXX=0.0384468;HRUN=33;LEN=1;MLLD=94.6769;QD=5.39689;RBI=0.00451898;REFB=0.00280931;REVB=0.00197485;RO=18;SAF=3;SAR=1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144429;STB=0.512155;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00439528;OID=.;OPOS=49057853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:25:18:19:4:6:0.24:1:3:15:3:1:5:16:3 chr15 49118087 . C T 378.69 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00275315;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.03;QD=24.8323;RBI=0.015229;REFB=-0.0257376;REVB=-0.0149781;RO=23;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203332;STB=0.6232;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0242988;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:24:36:37:0.606557:24:12:14:9:25:12:15:9 chr15 49160089 . G C 267.73 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.010201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.141;QD=23.2808;RBI=0.010885;REFB=-0.0115242;REVB=-0.0037975;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208682;STB=0.519984;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00632323;OID=.;OPOS=49160089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:21:24:25:0.543478:12:12:10:9:13:12:11:10 chr15 49168841 . G A 2360.14 PASS AF=0.546117;AO=224;DP=407;FAO=225;FDP=412;FR=.;FRO=187;FSAF=142;FSAR=83;FSRF=103;FSRR=84;FWDB=0.0184291;FXX=0.0260041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5564;QD=22.914;RBI=0.0215131;REFB=-0.0193113;REVB=0.0110986;RO=181;SAF=141;SAR=83;SRF=101;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618815;STB=0.538352;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0189664;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:412:181:187:224:225:0.546117:83:141:101:80:83:142:103:84 chr15 49172317 . T G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00354909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.411;QD=14.334;RBI=0.0186176;REFB=-0.00313717;REVB=0.0182762;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00490463;OID=.;OPOS=49172317;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:3:7:6:3:3:7 chr15 49288160 . A G 365.57 PASS AF=0.37931;AO=45;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.01015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7403;QD=12.6057;RBI=0.0527909;REFB=-0.0137619;REVB=0.051806;RO=71;SAF=19;SAR=26;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000345853;STB=0.513703;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0229597;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:72:45:44:0.37931:26:19:30:41:26:18:31:41 chr15 49491143 . G A 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.858;QD=60.3752;RBI=0.102428;REFB=0;REVB=0.0982419;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257726;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr15 49716845 . T C 869.4 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7764;QD=56.0906;RBI=0.0905888;REFB=-0.147166;REVB=0.0898195;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00178371;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:40:21:0:1:40:21:0:1 chr15 49777126 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.875;QD=33.4285;RBI=0.0514642;REFB=0;REVB=-0.032519;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106844;OID=.;OPOS=49777126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr15 49777900 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.57;QD=42.177;RBI=0.0444533;REFB=0;REVB=0.00808765;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518558;OID=.;OPOS=49777900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr15 50152583 . G T 1787.15 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145605;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.844;QD=61.0991;RBI=0.0149225;REFB=0;REVB=-0.00326672;RO=0;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15316e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:116:117:1:45:71:0:0:45:72:0:0 chr15 50189448 . C A 348.33 PASS AF=0.515152;AO=36;DP=92;FAO=34;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0060189;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.365;QD=21.1111;RBI=0.00664176;REFB=-0.0110931;REVB=-0.00280818;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682836;STB=0.511668;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0158934;OID=.;OPOS=50189448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:66:35:27:36:34:0.515152:15:21:23:12:13:21:16:11 chr15 50311135 . C A 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6246;QD=57.8817;RBI=0.0315762;REFB=0;REVB=0.022732;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025199;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr15 50311148 . A G 859.7 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00512425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.567;QD=54.5838;RBI=0.00568802;REFB=-0.0237788;REVB=-0.00246894;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294805;STB=0.51562;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000160209;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:30:31:2:0:30:31:2:0 chr15 50474766 . A C 194.37 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0199385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.106;QD=24.2967;RBI=0.0220883;REFB=-0.0349016;REVB=-0.00950526;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116022;STB=0.565146;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0303698;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:13:18:19:0.59375:5:13:7:5:6:13:7:6 chr15 50534454 . T G 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.000385287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.307;QD=12.9077;RBI=0.00838865;REFB=-0.0150199;REVB=-0.0083798;RO=53;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581431;STB=0.533312;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0235991;OID=.;OPOS=50534454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:18:14:26:27:18:14:26:27 chr15 50534514 . T G 259.19 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0257119;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.262;QD=9.87371;RBI=0.0442515;REFB=-0.00500955;REVB=-0.0360152;RO=70;SAF=16;SAR=18;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116372;STB=0.562464;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0126069;OID=.;OPOS=50534514;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:70:71:34:34:0.32381:18:16:40:30:18:16:40:31 chr15 50534703 . C T 234.71 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00144161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.317;QD=18.7764;RBI=0.004164;REFB=-0.00972742;REVB=-0.00390649;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452756;STB=0.518203;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0091588;OID=.;OPOS=50534703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:7:16:17:9:7:16:18:9 chr15 50534832 . A G 362.04 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0129633;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.313;QD=14.9297;RBI=0.0166544;REFB=0.0140382;REVB=-0.0104557;RO=54;SAF=28;SAR=11;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186079;STB=0.621067;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0211664;OID=.;OPOS=50534832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:58:39:39:0.402062:11:28:30:24:11:28:31:27 chr15 50773755 . G A 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.823;QD=61.0475;RBI=0.0171317;REFB=0;REVB=0.00893579;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45248e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr15 50853015 . G A 599.45 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00591031;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0599;QD=25.5085;RBI=0.0164932;REFB=-0.0049992;REVB=0.0153978;RO=38;SAF=27;SAR=27;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00470751;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:38:40:54:54:0.574468:27:27:19:19:27:27:21:19 chr15 50867082 . G A 163.68 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0703245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9853;QD=20.4597;RBI=0.0705635;REFB=0.012475;REVB=-0.00580314;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100831;STB=0.505697;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0364236;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:6:9:10:7:6:9 chr15 50981098 . T C 123.94 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.001992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.506;QD=17.0953;RBI=0.101033;REFB=-0.0337214;REVB=-0.101014;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866803;STB=0.538404;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0395914;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:3:11:10:4:3:11:11:4 chr15 51217361 . T C 1677.1 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199742;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.64;QD=59.3664;RBI=0.0229439;REFB=-0.0507109;REVB=0.0112897;RO=1;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78179e-05;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:113:1:0:103:113:1:59:44:0:1:66:47:0:0 chr15 51294832 . G A 440.14 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0124954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5736;QD=16.9284;RBI=0.0325827;REFB=-0.00434485;REVB=-0.0300914;RO=56;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011794;STB=0.506576;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00608481;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:56:48:48:0.461538:28:20:24:32:28:20:24:32 chr15 51295934 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0181246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.046;QD=14.1709;RBI=0.0181694;REFB=-0.0199318;REVB=-0.00127598;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393982;STB=0.734184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.013618;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:7:5:8:2:7:5 chr15 51349946 . C T 504.35 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00143178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.809;QD=25.2175;RBI=0.00177378;REFB=-0.0239765;REVB=0.00104705;RO=33;SAF=19;SAR=28;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807059;STB=0.544058;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0162433;OID=.;OPOS=51349946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:28:19:10:23:28:19:10:23 chr15 51397262 . C T 648.05 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.000797245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.478;QD=18.5157;RBI=0.0328689;REFB=-0.0109927;REVB=-0.0328593;RO=72;SAF=28;SAR=38;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721366;STB=0.540469;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0130716;OID=.;OPOS=51397262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:74:66:66:0.471429:38:28:36:36:38:28:37:37 chr15 51502844 . A C 3057.14 PASS AF=0.95814;AO=204;DP=213;FAO=206;FDP=215;FR=.;FRO=9;FSAF=108;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0383429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1166;QD=56.877;RBI=0.129436;REFB=-0.222282;REVB=0.123626;RO=9;SAF=106;SAR=98;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417536;STB=0.521949;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00994465;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:213:215:9:9:204:206:0.95814:98:106:0:9:98:108:0:9 chr15 51502986 . G A 3284.61 PASS AF=0.990698;AO=213;DP=215;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00266493;FXX=0.00921617;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.297;QD=61.109;RBI=0.0152874;REFB=-0.130717;REVB=0.0150533;RO=1;SAF=101;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423484;STB=0.500241;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000308655;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:215:215:1:2:213:213:0.990698:112:101:0:1:112:101:1:1 chr15 51503880 . AT A,AA 596.98 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=5,36;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248612,-0.00282212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.0256,102.515;QD=58.2419;RBI=0.0246557,0.0789542;REFB=0,0;REVB=0.0245301,0.0789038;RO=0;SAF=0,16;SAR=5,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0442848,0.0040011;OID=.,.;OPOS=51503881,51503881;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122:5,36:41:2,39:41:0:0,16:2,23:0:0:7:0:0,16:5,20:0:0 chr15 51503897 . G A 501.59 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.595;QD=59.0102;RBI=0.032183;REFB=0;REVB=-0.00462644;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75924e-05;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr15 51529112 . T C 1787.65 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2931;QD=60.0889;RBI=0.0255256;REFB=-0.0132527;REVB=0.018626;RO=1;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959426;STB=0.50505;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000334861;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:49:69:0:1:49:69:0:1 chr15 51675625 . C T 811.68 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=130;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00694532;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.715;QD=25.1683;RBI=0.00695224;REFB=0.00200292;REVB=0.000309933;RO=54;SAF=31;SAR=44;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124352;STB=0.567724;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00145438;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:54:54:75:75:0.581395:44:31:31:23:44:31:31:23 chr15 51689772 . G A 1646.11 PASS AF=0.59375;AO=151;DP=256;FAO=152;FDP=256;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=95;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.0330645;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.935;QD=25.7205;RBI=0.0332544;REFB=-0.00979403;REVB=0.00354957;RO=100;SAF=57;SAR=94;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115796;STB=0.560598;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00575892;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:100:104:151:152:0.59375:94:57:53:47:95:57:54:50 chr15 51696856 . G A 312.49 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00692751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.329;QD=12.1357;RBI=0.0101871;REFB=-0.0166429;REVB=-0.00746907;RO=65;SAF=27;SAR=11;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222777;STB=0.628184;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0395314;OID=.;OPOS=51696856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:11:27:34:31:11:27:34:31 chr15 51698922 . C T 386.54 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0109876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.456;QD=18.1899;RBI=0.0110171;REFB=-0.00821333;REVB=0.000806304;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407599;STB=0.528076;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00615421;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:21:19:19:25:21:19:19:26 chr15 51783820 . T C 951.45 PASS AF=0.584906;AO=85;DP=151;FAO=93;FDP=159;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0208044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0197;QD=23.9357;RBI=0.0294864;REFB=-0.0448035;REVB=0.0208956;RO=63;SAF=26;SAR=59;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391804;STB=0.505885;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0399387;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:159:63:66:85:93:0.584906:59:26:22:41:59:34:25:41 chr15 51795172 . G A 702.47 PASS AF=0.625;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00145419;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.962;QD=27.0181;RBI=0.00745042;REFB=-0.0017739;REVB=0.00730712;RO=38;SAF=28;SAR=37;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834426;STB=0.550252;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00137692;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:38:39:65:65:0.625:37:28:21:17:37:28:22:17 chr15 51868373 . A G 90.14 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0125825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.245;QD=16.3889;RBI=0.0186226;REFB=0.00359334;REVB=0.0137289;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373023;STB=0.719552;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00671055;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:2:9:5:6:2:9:5:6 chr15 51914662 . G A 2004.73 PASS AF=0.567164;AO=178;DP=317;FAO=190;FDP=335;FR=.;FRO=145;FSAF=95;FSAR=95;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=0.0670741;FXX=0.00887548;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.2035;QD=23.9371;RBI=0.0764113;REFB=-0.0402888;REVB=0.0366026;RO=137;SAF=92;SAR=86;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398313;STB=0.510447;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0335839;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:335:137:145:178:190:0.567164:86:92:64:73:95:95:69:76 chr15 51914716 . T C 1493.57 PASS AF=0.565217;AO=134;DP=244;FAO=143;FDP=253;FR=.;FRO=110;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.0287278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.12;QD=23.6138;RBI=0.0331433;REFB=-0.0283745;REVB=-0.0165285;RO=110;SAF=52;SAR=82;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102753;STB=0.536272;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0201472;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:253:110:110:134:143:0.565217:82:52:56:54:82:61:56:54 chr15 52186094 . T G 509.04 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.026488;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0997;QD=23.4041;RBI=0.035894;REFB=-0.0233774;REVB=0.0242232;RO=36;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569452;STB=0.540523;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0222627;OID=.;OPOS=52186094;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:36:39:48:48:0.551724:30:18:16:20:30:18:18:21 chr15 52539673 . C T 1568.95 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8098;QD=59.7695;RBI=0.0901731;REFB=0;REVB=0.0862739;RO=1;SAF=32;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360963;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:1:0:100:105:1:68:32:0:1:71:34:0:0 chr15 52556429 . A G 1514.72 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00658653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2187;QD=61.8252;RBI=0.0106198;REFB=0.0914093;REVB=0.00833048;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.506492;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000320279;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:0:1:95:97:0.989796:58:37:0:0:59:38:1:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCAT,ATTTGTCATT 369.12 PASS AF=0,1;AO=4,19;DP=38;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481153,0.0431267;FXX=0.103413;HRUN=3,3;LEN=8,9;MLLD=277.189,289.931;QD=56.7876;RBI=0.0518037,0.0473053;REFB=0,0;REVB=0.0191973,0.0194393;RO=12;SAF=3,6;SAR=1,13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.110794,-0.25187;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00051182;OID=.,.;OPOS=52604137,52604137;OREF=-,-;OALT=TTTGTCAT,TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCAT,ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,19:38:0,26:26:0:0,11:0,15:0:0:3:12:3,6:1,13:8:4 chr15 52611451 . A G 3341.67 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485819;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.807;QD=61.8827;RBI=0.0509771;REFB=0;REVB=0.015442;RO=0;SAF=120;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67161e-05;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:214:216:1:94:120:0:0:96:120:0:0 chr15 52667552 . G A 1749.23 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.401;QD=60.8428;RBI=0.0257095;REFB=0;REVB=-0.0185328;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4231e-07;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chr15 52689526 . T C 1175.78 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.182;QD=59.5334;RBI=0.0357181;REFB=0.220499;REVB=0.00265725;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00148808;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:1:0:39:39:1:0 chr15 52689631 . T G 1241.37 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8345;QD=61.3021;RBI=0.0717952;REFB=0;REVB=-0.071238;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638309;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:42:39:0:0 chr15 52901283 . TT CC 769.82 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495647;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=85.1461;QD=57.0234;RBI=0.0775133;REFB=0;REVB=0.0595957;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000313703;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:26:26:0:0:27:27:0:0 chr15 53994493 . A G 628.95 PASS AF=0.580952;AO=57;DP=102;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0323489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.505;QD=23.9598;RBI=0.0328829;REFB=-0.0408573;REVB=-0.00590181;RO=44;SAF=29;SAR=28;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115424;STB=0.560454;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0435362;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:44:44:57:61:0.580952:28:29:16:28:30:31:16:28 chr15 54003091 . G A 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0434222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3135;QD=10.2985;RBI=0.0537623;REFB=0.00559795;REVB=0.0317001;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108268;STB=0.506324;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0165082;OID=.;OPOS=54003091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:13:13:27:26:13:13:27:26 chr15 54008795 . T C 355.0 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0289134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2766;QD=18.9332;RBI=0.0967808;REFB=0.00364854;REVB=0.0923609;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863188;STB=0.54792;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00137195;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:15:22:26:12:15:22:26:12 chr15 54008845 . T C 1358.37 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.33;QD=62.454;RBI=0.0243906;REFB=0;REVB=-0.0168456;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73376e-06;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr15 54008889 . GA G 204.81 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0625662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0932;QD=11.8729;RBI=0.070049;REFB=-0.013523;REVB=-0.0315013;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765032;STB=0.505001;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0195881;OID=.;OPOS=54008890;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463768:31:68:32:69:37:17:15:20:17:99:37:17:14:20:17 chr15 54306925 . G A 836.98 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575169;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8481;QD=57.7231;RBI=0.0613008;REFB=0;REVB=-0.0212035;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307741;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr15 54307378 . T A 94.01 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0264081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.953;QD=10.4452;RBI=0.0264976;REFB=-0.0157955;REVB=-0.00217535;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457925;STB=0.780737;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0399774;OID=.;OPOS=54307378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:22:24:12:12:0.333333:2:10:10:12:2:10:11:13 chr15 54709083 . G A 348.89 PASS AF=0.314286;AO=44;DP=142;FAO=44;FDP=140;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0115105;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.437;QD=9.96816;RBI=0.0271558;REFB=-0.00184422;REVB=-0.0245956;RO=95;SAF=22;SAR=22;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185728;STB=0.50714;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0036944;OID=.;OPOS=54709083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:95:96:44:44:0.314286:22:22:49:46:22:22:49:47 chr15 54786879 . T C 241.53 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.012268;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.937;QD=14.4196;RBI=0.0176362;REFB=0.0153167;REVB=-0.0126701;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266812;STB=0.507457;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0271197;OID=.;OPOS=54786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:14:14:18:20:14:14:19:20 chr15 54841874 . A G 132.01 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00913137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.719;QD=9.96265;RBI=0.0219101;REFB=-0.0049231;REVB=0.0199166;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606771;STB=0.535921;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0107973;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:13:23:10:7:13:23 chr15 54847677 . C T 547.59 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0219121;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1912;QD=15.5346;RBI=0.0256958;REFB=-0.00689244;REVB=-0.0134215;RO=82;SAF=32;SAR=27;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187326;STB=0.510511;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00669769;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:82:82:59:59:0.41844:27:32:43:39:27:32:43:39 chr15 54919047 . A G 526.96 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0227622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1052;QD=21.9567;RBI=0.0344554;REFB=0.00166996;REVB=0.0258662;RO=45;SAF=33;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148058;STB=0.515619;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00213972;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:17:33:29:16:17:33:29:17 chr15 55489065 . G A 322.96 PASS AF=0.366972;AO=36;DP=105;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.000697029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.305;QD=11.8518;RBI=0.000941192;REFB=-0.00961376;REVB=0.000632451;RO=62;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496263;STB=0.543285;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0153034;OID=.;OPOS=55489065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:62:69:36:40:0.366972:19:17:29:33:23:17:34:35 chr15 55619796 . T C 1062.85 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.668;QD=59.8791;RBI=0.0287582;REFB=0;REVB=0.00299313;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65206e-05;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:44:27:0:0 chr15 55632859 . G T 999.16 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00182769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0908;QD=56.2908;RBI=0.024918;REFB=0.0238648;REVB=-0.0248509;RO=2;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325689;STB=0.517236;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000383343;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:28:41:0:2:28:41:0:2 chr15 55759193 . T C 596.75 PASS AF=0.875;AO=45;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0221761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2967;QD=49.729;RBI=0.027651;REFB=-0.0805182;REVB=0.0165165;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.538904;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0103368;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:48:2:6:45:42:0.875:20:25:1:1:20:22:5:1 chr15 55970041 . A G 153.97 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00921979;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9098;QD=10.6185;RBI=0.0300676;REFB=-0.0187048;REVB=0.0286192;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114441;STB=0.566944;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0434997;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:21:17:11:9:21:17 chr15 55972797 . T C 633.18 PASS AF=0.368687;AO=73;DP=198;FAO=73;FDP=198;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0126374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.636;QD=12.7915;RBI=0.018906;REFB=-0.00694362;REVB=0.0140617;RO=125;SAF=42;SAR=31;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10655;STB=0.56045;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00996862;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:125:125:73:73:0.368687:31:42:60:65:31:42:60:65 chr15 56120962 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00432488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.383;QD=21.7449;RBI=0.00746436;REFB=-0.0194591;REVB=-0.00608375;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.536547;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0173093;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:8:8:11:8:8:8 chr15 56122741 . A C 544.51 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=59;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00444275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.639;QD=36.9162;RBI=0.00554247;REFB=-0.0288614;REVB=0.00331375;RO=13;SAF=20;SAR=26;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861718;STB=0.546263;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00790582;OID=.;OPOS=56122741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:13:13:46:46:0.779661:26:20:3:10:26:20:3:10 chr15 56134300 . T C 752.6 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00757317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.5;QD=31.3585;RBI=0.00949665;REFB=-0.00440651;REVB=-0.00573006;RO=32;SAF=29;SAR=34;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442945;STB=0.518906;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00242427;OID=.;OPOS=56134300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:32:33:63:63:0.65625:34:29:17:15:34:29:17:16 chr15 56139153 . T C 736.9 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473612;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.578;QD=61.4087;RBI=0.123997;REFB=-0.120145;REVB=0.114596;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00133308;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:46:47:0.979167:16:30:0:0:17:30:1:0 chr15 56152729 . T C 331.37 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0138187;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.321;QD=18.4095;RBI=0.0195229;REFB=-0.0131826;REVB=-0.0137908;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101054;STB=0.556182;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.01348;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:21:14:11:26:21:14:11:26 chr15 56152872 . C T 667.99 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0238134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.525;QD=25.6918;RBI=0.0313043;REFB=0.0102881;REVB=-0.0203195;RO=40;SAF=26;SAR=37;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937506;STB=0.509157;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00397236;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:41:63:63:0.605769:37:26:16:24:37:26:16:25 chr15 56207811 . T G 155.38 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0129597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.346;QD=7.57967;RBI=0.0186168;REFB=-0.00656293;REVB=0.0133653;RO=58;SAF=5;SAR=17;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219705;STB=0.637933;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0222776;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:60:22:22:0.268293:17:5:22:36:17:5:23:37 chr15 56207983 . C T 432.34 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0268782;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.062;QD=22.7549;RBI=0.0298599;REFB=-0.00542723;REVB=0.0130066;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199444;STB=0.609614;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00301923;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:34:42:42:0.552632:24:18:23:11:24:18:23:11 chr15 56208535 . G A 259.95 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0119814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.865;QD=16.5047;RBI=0.012068;REFB=-0.000261187;REVB=-0.00144285;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120936;STB=0.512812;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.000371104;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:34:29:29:0.460317:19:10:11:22:19:10:11:23 chr15 56258659 . A T 373.45 PASS AF=0.470588;AO=38;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0203914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.299;QD=17.5739;RBI=0.0260337;REFB=-0.0273134;REVB=-0.0161847;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114514;STB=0.573981;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0324181;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:45:38:40:0.470588:15:23:22:23:15:25:22:23 chr15 56285721 . G A 305.81 PASS AF=0.425;AO=30;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.064363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.985;QD=15.2904;RBI=0.0735897;REFB=0.0200887;REVB=0.0356769;RO=50;SAF=22;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167535;STB=0.503224;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0258705;OID=.;OPOS=56285721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:46:30:34:0.425:8:22:30:20:12:22:30:16 chr15 56322148 . C T 135.09 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0130457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8151;QD=16.886;RBI=0.0233864;REFB=-0.0125929;REVB=0.0194097;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104939;STB=0.559923;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00715331;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:5:12:9:6:5:12 chr15 56322156 . T C 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0694213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7075;QD=19.0138;RBI=0.0787754;REFB=0.00472226;REVB=0.0372322;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171792;STB=0.596895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000240601;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:3:11:9:6:3:11 chr15 56386577 . T G 1541.8 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.82;QD=57.6373;RBI=0.0197396;REFB=0.127779;REVB=0.000411764;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811238;STB=0.50099;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000383913;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:58:47:0:1:58:47:1:1 chr15 56387859 . T C 1460.74 PASS AF=0.979381;AO=92;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031454;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.948;QD=60.2366;RBI=0.0335586;REFB=-0.188871;REVB=0.0116973;RO=3;SAF=30;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229734;STB=0.50406;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000781937;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:3:2:92:95:0.979381:62:30:2:1:64:31:1:1 chr15 56387931 . C T 997.49 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0442982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3142;QD=53.9183;RBI=0.0502806;REFB=-0.0310468;REVB=-0.0237868;RO=3;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862308;STB=0.510585;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0086834;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:3:4:70:70:0.945946:39:31:1:2:39:31:1:3 chr15 56388033 . T C 1254.7 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00309225;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.859;QD=59.7474;RBI=0.0341916;REFB=-0.13787;REVB=0.0340515;RO=2;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350356;STB=0.509089;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0017487;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:84:2:1:82:83:0.988095:26:56:0:2:27:56:0:1 chr15 56471449 . T G 1219.27 PASS AF=0.970588;AO=86;DP=90;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0247719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1904;QD=47.8144;RBI=0.108844;REFB=-0.301634;REVB=0.105987;RO=3;SAF=64;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337988;STB=0.510469;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0492226;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:102:3:3:86:99:0.970588:22:64:1:2:34:65:1:2 chr15 56721264 . G A 635.51 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185261;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7612;QD=62.001;RBI=0.023949;REFB=0;REVB=-0.0151769;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43533e-05;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr15 56923714 . G A 1339.68 PASS AF=0.988636;AO=81;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.421;QD=60.8947;RBI=0.0237484;REFB=-0.0946172;REVB=0.00919982;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010407;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000508737;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:81:87:0.988636:36:45:1:0:40:47:1:0 chr15 56946980 . T G 653.83 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00493444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8849;QD=25.3914;RBI=0.0455176;REFB=-0.00808171;REVB=0.0452493;RO=40;SAF=26;SAR=36;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771006;STB=0.537472;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00827274;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:40:41:62:62:0.601942:36:26:21:19:36:26:21:20 chr15 56959028 . C T 435.16 PASS AF=0.34375;AO=55;DP=160;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0297955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.438;QD=10.879;RBI=0.03255;REFB=-0.0101802;REVB=-0.0131045;RO=105;SAF=27;SAR=28;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277691;STB=0.515918;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0149293;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:105:105:55:55:0.34375:28:27:49:56:28:27:49:56 chr15 57731335 . A C 525.51 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7038;QD=56.8119;RBI=0.104605;REFB=0.00333115;REVB=0.0950236;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.518508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000718134;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:22:13:0:0:23:13:1:0 chr15 57731573 . C T 64.81 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0925143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9806;QD=10.3701;RBI=0.153479;REFB=-0.0508641;REVB=0.122462;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117295;STB=0.571265;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.100591;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:7:9:6:3:7:9 chr15 57731728 . A G 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0189119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.175;QD=19.0368;RBI=0.0234432;REFB=-0.0166887;REVB=0.0138538;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977782;STB=0.554429;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0144816;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:24:18:24:21:24:18:24:21 chr15 57918069 . A G 658.11 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0211667;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.803;QD=22.8908;RBI=0.0280994;REFB=-0.000210923;REVB=-0.0184811;RO=51;SAF=41;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12698;STB=0.569584;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000196075;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:23:41:25:26:23:41:25:26 chr15 57918090 . A G 1501.94 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8949;QD=61.3037;RBI=0.0377219;REFB=-0.0154529;REVB=0.011107;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957941;STB=0.509802;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00154298;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:95:96:0.979592:46:49:1:0:46:50:2:0 chr15 57925836 . C T 173.53 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00516704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1476;QD=9.64078;RBI=0.0746838;REFB=-0.00124291;REVB=-0.0745049;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14451;STB=0.576857;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000825857;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:23:23:0.319444:12:11:29:19:12:11:29:20 chr15 57967219 . T C 1529.93 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.82;QD=63.7471;RBI=0.0221581;REFB=0;REVB=0.0146177;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58445e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:40:55:0:0:40:56:0:0 chr15 58256127 . C T 344.13 PASS AF=0.344;AO=42;DP=124;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0191327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.658;QD=11.0121;RBI=0.0294853;REFB=-0.0138732;REVB=-0.0224348;RO=82;SAF=22;SAR=20;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412789;STB=0.515618;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0169328;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:82:82:42:43:0.344:20:22:40:42:21:22:40:42 chr15 58444720 . A T 721.24 PASS AF=0.522388;AO=69;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.00854066;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.786;QD=21.5294;RBI=0.0113857;REFB=-0.00638517;REVB=-0.0075294;RO=65;SAF=37;SAR=32;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126313;STB=0.562727;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0061881;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:64:69:70:0.522388:32:37:44:21:32:38:43:21 chr15 58471368 . C T 1679.11 PASS AF=0.99115;AO=107;DP=107;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00541789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.819;QD=59.4376;RBI=0.0115299;REFB=0.0127408;REVB=0.0101776;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.504761;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-9.91612e-06;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:113:0:1:107:112:0.99115:50:57:0:0:52:60:0:1 chr15 58476281 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.204;QD=58.0578;RBI=0.0281801;REFB=0;REVB=0.0232742;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64335e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr15 58834741 . G T 653.82 PASS AF=0.602041;AO=57;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0410079;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.849;QD=26.6864;RBI=0.0439245;REFB=-0.0303046;REVB=0.0157388;RO=39;SAF=29;SAR=28;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054254;STB=0.522153;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0206225;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:57:59:0.602041:28:29:17:22:30:29:17:22 chr15 58837957 . A G 2045.38 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0789;QD=61.9812;RBI=0.0238591;REFB=0;REVB=0.0208633;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24149e-05;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:132:0:0:124:132:1:63:61:0:0:65:67:0:0 chr15 58838010 . A G 1863.54 PASS AF=0.878205;AO=132;DP=157;FAO=137;FDP=156;FR=.;FRO=19;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00752191;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.514;QD=47.783;RBI=0.00868932;REFB=-0.00585971;REVB=0.00435031;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.528314;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00138876;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:156:0:19:132:137:0.878205:60:72:0:0:62:75:6:13 chr15 58853079 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.386;QD=62.0219;RBI=0.0378322;REFB=0;REVB=0.0291883;RO=0;SAF=39;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101182;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:2:39:0:0:2:40:0:0 chr15 58853109 . A G 436.03 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00604646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.882;QD=54.5033;RBI=0.109969;REFB=-0.140902;REVB=0.109803;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.538436;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000987772;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:6:25:0:0:6:25:0:1 chr15 58983318 . G C 739.36 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00289743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.328;QD=54.7677;RBI=0.0208744;REFB=-0.124169;REVB=-0.0206723;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00120854;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:1:0:22:31:1:0 chr15 58983425 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.973;QD=57.1055;RBI=0.0263328;REFB=0;REVB=-0.00801365;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78589e-05;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr15 58983588 . T A 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1856;QD=59.8651;RBI=0.035305;REFB=0;REVB=-0.0191663;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33441e-05;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr15 58985163 . GT GG,G 1191.44 PASS AF=0,1;AO=41,37;DP=89;FAO=0,86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.345312,-0.0404076;FXX=0.0337041;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.3664,20.8073;QD=55.4158;RBI=0.349428,0.040458;REFB=0,0;REVB=-0.0534739,-0.00202009;RO=0;SAF=32,4;SAR=9,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40541e-08,4.7801e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00265707,-0.000257118;OID=.,.;OPOS=58985164,58985164;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:41,37:89:0,86:86:0:0,42:0,44:0:0:7:0:32,4:9,33:0:0 chr15 59147037 . A T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3033;QD=57.2003;RBI=0.0564424;REFB=0;REVB=0.0480591;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981255;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr15 59147413 . T A 742.61 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.953;QD=60.6208;RBI=0.0391372;REFB=-0.133786;REVB=0.0356214;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000787136;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:47:48:0.979592:26:21:0:0:27:21:0:1 chr15 59347929 . C A 1511.79 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0554288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3444;QD=56.5156;RBI=0.0555156;REFB=0.0129226;REVB=0.00310288;RO=2;SAF=61;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015303;STB=0.502317;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00239919;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:2:3:104:104:0.971963:43:61:2:0:43:61:2:1 chr15 59368167 . G A 1033.38 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0415883;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8102;QD=58.2187;RBI=0.0501908;REFB=0.186544;REVB=0.0280986;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.506022;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00162997;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:71:1:1:69:70:0.985915:29:40:1:0:29:41:1:0 chr15 59499179 . G A 695.4 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0317843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.349;QD=31.2538;RBI=0.0337444;REFB=-0.0517269;REVB=0.0113333;RO=30;SAF=23;SAR=36;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664641;STB=0.503596;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0225675;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:30:59:59:0.662921:36:23:12:18:36:23:12:18 chr15 59499228 . C T 710.96 PASS AF=0.622642;AO=66;DP=106;FAO=66;FDP=106;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00342966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.36;QD=26.8287;RBI=0.00372535;REFB=-0.0203024;REVB=-0.00145455;RO=40;SAF=30;SAR=36;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317673;STB=0.517236;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0110469;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:40:40:66:66:0.622642:36:30:20:20:36:30:20:20 chr15 59499274 . C A 711.33 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0101275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.186;QD=25.4046;RBI=0.0125604;REFB=-0.0181978;REVB=0.00742951;RO=45;SAF=32;SAR=35;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245764;STB=0.513365;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0110134;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:45:67:67:0.598214:35:32:20:25:35:32:20:25 chr15 59500116 . T C 354.3 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00852399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4795;QD=21.4729;RBI=0.0222079;REFB=-0.00773446;REVB=0.0205069;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150737;STB=0.583287;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00434792;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:15:21:12:18:15:21:12:18 chr15 59510189 . G A 646.7 PASS AF=0.590476;AO=61;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.000338184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.908;QD=24.6363;RBI=0.0153809;REFB=-0.00419089;REVB=0.0153772;RO=42;SAF=33;SAR=28;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500034;STB=0.504034;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00303434;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:43:61:62:0.590476:28:33:23:19:28:34:24:19 chr15 59682428 . G A 984.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.392;QD=58.778;RBI=0.0275757;REFB=0;REVB=0.0140568;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121506;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr15 59682486 . G GT 646.55 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607289;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3941;QD=43.8338;RBI=0.0643297;REFB=0;REVB=-0.0212206;RO=7;SAF=28;SAR=25;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000439032;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:61:59:59:0:29:30:0:0:12:7:28:25:2:5 chr15 59784493 . C T 1256.56 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0336634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.894;QD=57.7727;RBI=0.0339441;REFB=-0.0250729;REVB=-0.00435591;RO=3;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103251;STB=0.505746;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000688421;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:82:84:0.965517:42:40:1:2:42:42:1:2 chr15 59911892 . G T 1319.46 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.086;QD=60.665;RBI=0.0320772;REFB=-0.118991;REVB=0.0281898;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000577909;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:0:1:85:86:0.988506:40:45:0:0:41:45:0:1 chr15 59912253 . A C 757.24 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647696;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6693;QD=63.1033;RBI=0.0229452;REFB=-0.0608156;REVB=0.0220121;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980341;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 59912625 . G A 456.84 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.112;QD=57.1046;RBI=0.0836013;REFB=0;REVB=0.0835913;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293387;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:32:0:0:28:32:1:12:16:0:0:14:18:0:0 chr15 59961519 . A C 836.69 PASS AF=0.518519;AO=84;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.000671801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.956;QD=20.659;RBI=0.0099041;REFB=-0.013711;REVB=0.00988129;RO=78;SAF=39;SAR=45;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201585;STB=0.511059;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0118055;OID=.;OPOS=59961519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:78:78:84:84:0.518519:45:39:38:40:45:39:38:40 chr15 59963488 . A G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.014484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.464;QD=17.4271;RBI=0.0222563;REFB=-0.0206004;REVB=0.0168984;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710901;STB=0.531773;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.028518;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:19:19:0.452381:11:8:9:12:11:8:11:12 chr15 60678298 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.621;QD=51.9167;RBI=0.0354136;REFB=0;REVB=0.0102988;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80615e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr15 60715800 . T G 522.51 PASS AF=0.888889;AO=36;DP=42;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0335388;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=51.6048;QD=46.4453;RBI=0.108193;REFB=-0.0641096;REVB=0.102863;RO=6;SAF=20;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059362;STB=0.519764;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00724987;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:42:45:6:5:36:40:0.888889:16:20:2:4:17:23:2:3 chr15 60724118 . C G 457.51 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00376901;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.213;QD=55.4556;RBI=0.00419845;REFB=-0.0331297;REVB=0.00184974;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000197466;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:0:1:10:22:0:1 chr15 60734697 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.829;QD=60.6099;RBI=0.0392482;REFB=0;REVB=0.0127713;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124783;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr15 60789798 . G T 976.47 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00562815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7112;QD=57.4393;RBI=0.00567574;REFB=-0.0623634;REVB=0.000733439;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000336727;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:0:1:33:34:0:1 chr15 62165553 . T C 156.63 PASS AF=0.275;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0383143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9497;QD=7.83141;RBI=0.0453446;REFB=-0.00761626;REVB=0.0242519;RO=57;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193893;STB=0.504583;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0191181;OID=.;OPOS=62165553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:57:58:22:22:0.275:12:10:25:32:12:10:26:32 chr15 62165577 . G A 147.8 PASS AF=0.291667;AO=20;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0207654;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.466;QD=8.21083;RBI=0.029394;REFB=-0.00378835;REVB=-0.0208039;RO=50;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249917;STB=0.526506;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00851933;OID=.;OPOS=62165577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:20:21:0.291667:12:8:19:31:12:9:20:31 chr15 62172907 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0110703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.744;QD=13.314;RBI=0.0464358;REFB=-0.000569135;REVB=0.045097;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161765;STB=0.593134;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00131619;OID=.;OPOS=62172907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:17:16:14:8:17:16 chr15 62174894 . A G 167.69 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0106412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.574;QD=8.38455;RBI=0.0479583;REFB=-0.00648191;REVB=-0.0467628;RO=57;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272727;STB=0.660886;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0141238;OID=.;OPOS=62174894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:10:13:19:38:10:13:19:38 chr15 62202482 . C T 2404.14 PASS AF=0.511879;AO=236;DP=460;FAO=237;FDP=463;FR=.;FRO=226;FSAF=97;FSAR=140;FSRF=124;FSRR=102;FWDB=0.0208977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.247;QD=20.7701;RBI=0.0210149;REFB=0.0159495;REVB=-0.0022167;RO=214;SAF=96;SAR=140;SRF=115;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115208;STB=0.568598;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0122997;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:463:214:226:236:237:0.511879:140:96:115:99:140:97:124:102 chr15 62214607 . C T 247.42 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.00395542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.183;QD=13.7453;RBI=0.0188009;REFB=-0.0135488;REVB=-0.0183801;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233871;STB=0.631498;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0207614;OID=.;OPOS=62214607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:12:17:34:9:12:17:34:9 chr15 62243197 . T C 576.93 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0118264;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.746;QD=16.9685;RBI=0.0403252;REFB=-0.01202;REVB=0.0385521;RO=75;SAF=30;SAR=31;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542597;STB=0.530224;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0196802;OID=.;OPOS=62243197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:75:75:61:61:0.448529:31:30:41:34:31:30:41:34 chr15 62253791 . T C 186.09 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0065074;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.125;QD=10.1967;RBI=0.0150718;REFB=-0.00404898;REVB=0.0135946;RO=47;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154441;STB=0.589902;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00718835;OID=.;OPOS=62253791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:49:24:24:0.328767:10:14:21:26:10:14:22:27 chr15 62259637 . C T 910.79 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.035912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1062;QD=55.1995;RBI=0.0439181;REFB=-0.0122503;REVB=-0.0252809;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262196;STB=0.513885;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00375466;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:63:64:0.969697:35:28:0:2:35:29:0:2 chr15 62359914 . C T 480.14 PASS AF=0.357576;AO=59;DP=165;FAO=59;FDP=165;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0248068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.003;QD=11.6398;RBI=0.0254967;REFB=-0.0274142;REVB=-0.00589095;RO=106;SAF=32;SAR=27;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265864;STB=0.515165;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0486315;OID=.;OPOS=62359914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:106:106:59:59:0.357576:27:32:55:51:27:32:55:51 chr15 62539781 . A G 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00119937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.812;QD=14.7923;RBI=0.0279953;REFB=-0.00647231;REVB=-0.0279696;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373159;STB=0.513662;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0120298;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:5:13:18:8:5:13:19:8 chr15 63009804 . C T 613.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.391;QD=61.3141;RBI=0.0651726;REFB=0;REVB=0.0493114;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399417;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr15 63047778 . C T 261.05 PASS AF=0.336842;AO=31;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0408535;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2991;QD=10.9914;RBI=0.0585297;REFB=-0.0162338;REVB=0.0419131;RO=62;SAF=21;SAR=10;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229054;STB=0.622144;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0238951;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:63:31:32:0.336842:10:21:30:32:11:21:30:33 chr15 63047793 . C T 690.44 PASS AF=0.648352;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0703525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.302;QD=30.3488;RBI=0.0706834;REFB=-0.0309608;REVB=0.00683225;RO=32;SAF=25;SAR=34;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110849;STB=0.560069;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.013011;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:32:59:59:0.648352:34:25:19:13:34:25:19:13 chr15 63341073 . C A 409.14 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0092389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.978;QD=23.3796;RBI=0.0235878;REFB=-0.0215745;REVB=-0.0217031;RO=30;SAF=30;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25179;STB=0.63927;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0269467;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:10:30:14:16:10:30:14:16 chr15 63351840 . C A 69.93 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0122178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6859;QD=6.66033;RBI=0.0150751;REFB=0.0110363;REVB=0.00883088;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325466;STB=0.710647;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0431989;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:2:8:18:14:2:8:18:14 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=51;DP=148;LEN=5;RO=97;SAF=29;SAR=32;SRF=54;SRR=33;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:148:97:51:32:29:54:33 chr15 63433766 . G A 1495.28 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.531;QD=62.3034;RBI=0.0543798;REFB=-0.0795086;REVB=-0.0275194;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957862;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0119838;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:45:49:1:0:46:49:1:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 659.96 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080103;FXX=0.0535619;HRUN=4;LEN=6;MLLD=295.018;QD=49.8079;RBI=0.0149091;REFB=0;REVB=0.0125744;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.26294e-07;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:53:53:0:22:31:0:0:11:0:22:28:0:0 chr15 63548787 . G A 667.83 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0452675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.986;QD=58.0725;RBI=0.0471243;REFB=-0.217308;REVB=0.0130978;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000867295;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:24:20:1:0:24:20:2:0 chr15 64200675 . C T 403.64 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.023266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.862;QD=19.4526;RBI=0.0394124;REFB=-0.020495;REVB=0.0318124;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877072;STB=0.542551;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0195934;OID=.;OPOS=64200675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:22:19:23:18:22:19:23:19 chr15 64214954 . G C 133.31 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0317234;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.55;QD=13.6726;RBI=0.0317242;REFB=0.014197;REVB=-0.0002171;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381199;STB=0.721033;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0268791;OID=.;OPOS=64214954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:7:17:5:10:7:17 chr15 64214993 . G C 216.29 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00527704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.52;QD=15.1785;RBI=0.0154931;REFB=-0.0163081;REVB=0.0145667;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330614;STB=0.687438;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0153124;OID=.;OPOS=64214993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:8:17:11:21:8:17:11:21 chr15 64215375 . G C 1038.65 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5939;QD=59.3513;RBI=0.0550558;REFB=0;REVB=-0.0074694;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033048;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr15 64385851 . T C 660.96 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6734;QD=61.4845;RBI=0.0308471;REFB=0;REVB=0.029891;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335164;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:24:19:0:0 chr15 64418397 . G A 99.89 PASS AF=0.4;AO=9;DP=28;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0604131;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2594;QD=13.3182;RBI=0.0604337;REFB=-0.0285341;REVB=0.00157804;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397303;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:11:18:9:12:0.4:8:1:1:10:10:2:3:15 chr15 64446697 . C A 128.28 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0129197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.621;QD=12.2175;RBI=0.0168893;REFB=-0.0122976;REVB=0.0108778;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15482;STB=0.611511;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0222959;OID=.;OPOS=64446697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:14:15:0.357143:8:6:8:19:8:7:8:19 chr15 64462643 . C T 252.54 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0156794;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1025;QD=19.0592;RBI=0.0253976;REFB=-0.0135568;REVB=0.0199799;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374625;STB=0.523792;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0243933;OID=.;OPOS=64462643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:25:27:0.509434:15:10:9:16:16:11:9:16 chr15 64508763 . G A 177.04 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0067636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.936;QD=10.4142;RBI=0.0251978;REFB=-0.0027897;REVB=-0.0242731;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371804;STB=0.52172;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00542995;OID=.;OPOS=64508763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:11:12:22:23:11:12:22:23 chr15 64634884 . C A 662.47 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7738;QD=60.2245;RBI=0.0483751;REFB=-0.0774605;REVB=-0.045215;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928125;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:44:0:0:42:44:1:26:16:0:0:27:17:0:0 chr15 64710827 . T C 545.0 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00321006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.903;QD=22.9473;RBI=0.00963774;REFB=-0.0135835;REVB=-0.00908745;RO=42;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160367;STB=0.597015;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131499;OID=.;OPOS=64710827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:42:44:51:51:0.536842:27:24:28:14:27:24:30:14 chr15 64737225 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.567;QD=62.671;RBI=0.0106254;REFB=0;REVB=-0.00390965;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90027e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr15 64792896 . G A 1417.83 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.629;QD=56.1518;RBI=0.0204278;REFB=-0.113782;REVB=0.0167821;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333194;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:101:0:0:90:101:1:51:39:0:0:54:47:0:0 chr15 64793617 . A G 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0781836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.335;QD=64.4044;RBI=0.0782079;REFB=0;REVB=-0.00195064;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269863;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr15 64915106 . C T 867.55 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8662;QD=57.8365;RBI=0.0636478;REFB=0;REVB=0.0635099;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687235;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr15 64980215 . CCA C 40.72 PASS AF=0.185567;AO=14;DP=103;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0685029;FXX=0.029997;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.4928;QD=1.67938;RBI=0.0734217;REFB=-0.0374386;REVB=-0.0264216;RO=77;SAF=1;SAR=13;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583724;STB=0.868698;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.154681;OID=.;OPOS=64980216;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185567:14:103:18:97:79:2:16:42:37:40:77:1:13:38:39 chr15 65041622 . C A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0140366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.031;QD=14.1696;RBI=0.0279963;REFB=-0.0176766;REVB=0.0242232;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151473;STB=0.58807;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0301502;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:9:3:4:6:9:3 chr15 65042560 . G A 207.68 PASS AF=0.3;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00720966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.968;QD=9.23023;RBI=0.0576205;REFB=0.000669151;REVB=0.0571677;RO=61;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175861;STB=0.603203;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000890605;OID=.;OPOS=65042560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:61:63:27:27:0.3:11:16:27:34:11:16:28:35 chr15 65160135 . G A 174.47 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00146242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8605;QD=8.02136;RBI=0.0282045;REFB=-0.00890501;REVB=0.0281666;RO=63;SAF=9;SAR=15;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674956;STB=0.540506;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0322206;OID=.;OPOS=65160135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:15:9:27:36:15:9:27:36 chr15 65235776 . A G 164.04 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0289025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.081;QD=29.8256;RBI=0.0301243;REFB=0.00544415;REVB=0.00849233;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206219;OID=.;OPOS=65235776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:3:3:8:8:3:3 chr15 65236875 . T C 1510.87 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000918115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.76;QD=59.25;RBI=0.0390072;REFB=0;REVB=0.0389964;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127924;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:59:41:0:0:60:42:0:0 chr15 65294903 . A G 141.48 PASS AF=0.6;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0114812;FXX=0.0384468;HRUN=9;LEN=1;MLLD=279.881;QD=22.6368;RBI=0.0118919;REFB=-0.0122003;REVB=-0.00309817;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205918;STB=0.61889;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0117711;OID=.;OPOS=65294903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:26:25:5:10:13:15:0.6:5:8:1:4:6:9:3:7 chr15 65295505 . C T 276.52 PASS AF=0.358696;AO=23;DP=94;FAO=33;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.013232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.133;QD=12.0227;RBI=0.0132368;REFB=-0.0104353;REVB=-0.000353636;RO=61;SAF=11;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163902;STB=0.534632;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0262696;OID=.;OPOS=65295505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:61:59:23:33:0.358696:12:11:30:31:18:15:30:29 chr15 65313896 . C T 159.0 PASS AF=0.278481;AO=21;DP=80;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00435817;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.774;QD=8.05064;RBI=0.0172147;REFB=-0.00150453;REVB=-0.0166539;RO=57;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187822;STB=0.594854;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00678507;OID=.;OPOS=65313896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:57:57:21:22:0.278481:10:11:21:36:11:11:21:36 chr15 65369951 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00911756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2819;QD=26.6006;RBI=0.0708962;REFB=0.048795;REVB=-0.0703075;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.041089;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:0:2:8:8:0.8:4:4:0:0:4:4:1:1 chr15 65370353 . T C 1785.27 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1448;QD=61.0348;RBI=0.0351064;REFB=0;REVB=-0.0107561;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79258e-05;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:52:65:0:0:52:65:0:0 chr15 65448070 . T C 585.72 PASS AF=0.582418;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0177709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9696;QD=25.7458;RBI=0.0217359;REFB=0.00589657;REVB=-0.0125158;RO=38;SAF=34;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125331;STB=0.571212;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00388134;OID=.;OPOS=65448070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:38:38:52:53:0.582418:18:34:19:19:18:35:19:19 chr15 65449169 . C T 1269.82 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140193;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1033;QD=61.9423;RBI=0.0167556;REFB=0;REVB=0.00917648;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875247;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr15 65489128 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.574;QD=59.4356;RBI=0.0545124;REFB=0;REVB=0.0410675;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193198;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr15 65489688 . T C 1008.72 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.849;QD=58.4768;RBI=0.0264251;REFB=0;REVB=-0.0243884;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24472e-05;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:66:69:1:29:37:0:0:30:39:0:0 chr15 65490901 . T C 1201.04 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.127;QD=58.5873;RBI=0.0349139;REFB=-0.0199952;REVB=-0.0325616;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174064;STB=0.500919;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000143533;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:37:43:1:1:37:43:1:1 chr15 65619427 . T A 88.34 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.463;QD=39.2604;RBI=0.091668;REFB=0;REVB=0.0498438;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295516;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:4:9:1:4:0:0:0:7:2:0:0 chr15 65620156 . C T 573.59 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0517118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5359;QD=55.9602;RBI=0.0907371;REFB=-0.0994505;REVB=0.0745595;RO=2;SAF=11;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242832;STB=0.51297;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.002983;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:2:2:39:39:0.95122:28:11:1:1:28:11:1:1 chr15 65621441 . C A 631.8 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054126;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.137;QD=61.6387;RBI=0.109251;REFB=0;REVB=0.0949012;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838201;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:28:11:0:0:29:12:0:0 chr15 65621857 . T C 692.59 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0922727;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3992;QD=62.9623;RBI=0.10076;REFB=0;REVB=0.0404771;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433218;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr15 65667724 . A G 902.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.054;QD=58.226;RBI=0.0507475;REFB=0;REVB=-0.000202503;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139003;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr15 65676617 . T C 74.71 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00349433;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.322;QD=9.63967;RBI=0.0180848;REFB=-0.010377;REVB=0.017744;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207796;STB=0.627321;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0175239;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:10:11:7:3:10:11 chr15 65916527 . A T 2255.26 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.057;QD=63.5286;RBI=0.0215726;REFB=0;REVB=0.00133709;RO=0;SAF=84;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48775e-05;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:57:84:0:0:57:85:0:0 chr15 66011630 . A G 1357.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.297;QD=62.4037;RBI=0.0518716;REFB=0;REVB=0.0264876;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65617e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr15 66023799 . G T 639.66 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.403;QD=60.9202;RBI=0.00821528;REFB=0;REVB=-0.0037591;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775261;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr15 66214762 . AG A 32.68 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0336131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0948;QD=2.6676;RBI=0.121347;REFB=-0.0609147;REVB=0.116599;RO=32;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0.323944;SSEP=0;SSSB=0.439214;STB=0.646826;STBP=0.267;TYPE=del;VARB=0.13424;OID=.;OPOS=66214763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306:12:49:13:49:36:9:4:18:18:32:32:10:2:16:16 chr15 66257408 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0915;QD=56.9341;RBI=0.0820702;REFB=0;REVB=0.045112;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163012;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr15 66274690 . T C 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.647;QD=54.5085;RBI=0.0436744;REFB=0;REVB=-0.0120946;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000878551;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr15 66629403 . C A 303.03 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00575606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.091;QD=14.604;RBI=0.0150541;REFB=-0.00410444;REVB=0.0139102;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822316;STB=0.504663;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00640806;OID=.;OPOS=66629403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:15:19:27:22:15:19:27:22 chr15 66640619 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372;QD=57.2026;RBI=0.00961998;REFB=0;REVB=-0.00445051;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73296e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr15 66641732 . G C 286.19 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=40;FAO=22;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00327644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.814;QD=26.6226;RBI=0.0259328;REFB=-0.0496836;REVB=-0.025725;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355148;STB=0.673427;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0183481;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:43:9:12:19:22:0.511628:7:12:0:9:9:13:1:11 chr15 66644521 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.719;QD=51.9164;RBI=0.0135824;REFB=0;REVB=0.0124636;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103022;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr15 66850204 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0135564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.359;QD=14.0962;RBI=0.021047;REFB=0.00510643;REVB=0.0160997;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00607299;OID=.;OPOS=66850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:9:5:5:6:9:5 chr15 66850362 . C T 129.46 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00595534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3887;QD=12.9461;RBI=0.0578652;REFB=0.0102315;REVB=-0.057558;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978192;STB=0.56748;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0103087;OID=.;OPOS=66850362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:8:7:9:15:8:7:9:16 chr15 67234251 . A G 2008.37 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.675;QD=62.2751;RBI=0.0545107;REFB=0;REVB=0.0289128;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55788e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:60:68:0:0:61:68:0:0 chr15 67457335 . A G 1460.79 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.416;QD=62.8296;RBI=0.0229341;REFB=0;REVB=0.00949707;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91902e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:50:41:0:0:50:43:0:0 chr15 67484297 . C T 458.92 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00677693;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.547;QD=18.1751;RBI=0.00773069;REFB=-0.0145826;REVB=0.00371978;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11047;STB=0.534907;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0141792;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:52:49:49:0.485149:25:24:30:19:25:24:29:23 chr15 67486032 . ATTTTTTTTTTTTTA ATTA,ATTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTAT,TATTTTTTTTTTTAT 168.84 PASS AF=0.189189,0.162162,0.216216,0.108108,0.216216,0.0810811;AO=7,4,4,5,3,2;DP=38;FAO=7,6,8,4,8,3;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,4,4,8,3;FSAR=7,6,4,0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196887,0.0450232,0.0735688,0.200404,0.131225,0.0415014;FXX=0.119019;HRUN=13,13,13,13,13,1;LEN=11,4,2,1,2,15;MLLD=61.8405,15.3124,5.42668,2.28191,14.1738,30.8641;QD=18.2532;RBI=0.0354742,0.0903233,0.160671,0.364313,0.194256,0.114686;REFB=-0.0489627,-0.124965,-0.198601,-0.218354,-0.241672,-0.170118;REVB=-0.0295088,-0.0783021,-0.142839,-0.30424,-0.143233,-0.106913;RO=2;SAF=0,0,3,4,3,2;SAR=7,4,1,1,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.804017,-0.767801,-0.210252,-0.171367,0,0;STB=0.997454,0.997093,0.555418,0.5,0.5,0.5;STBP=0.045,0.043,0.503,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,mnp,mnp;VARB=0.0220067,0.0258144,-0.0493802,-0.401768,0.28967,0.0328749;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=67486033,67486033,67486033,67486033,67486045,67486032;OREF=TTTTTTTTTTT,TTTT,TT,T,TA,ATTTTTTTTTTTTTA;OALT=-,-,-,-,AT,TATTTTTTTTTTTAT;OMAPALT=ATTA,ATTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTAT,TATTTTTTTTTTTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/5:48:38:37:2:1:7,4,4,5,3,2:7,6,8,4,8,3:0.189189,0.162162,0.216216,0.108108,0.216216,0.0810811:7,4,1,1,0,0:0,0,3,4,3,2:2:0:7,6,4,0,0,0:0,0,4,4,8,3:1:0 chr15 67528374 . T G 1061.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5557;QD=59.7954;RBI=0.104711;REFB=0;REVB=0.084644;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107677;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr15 67547301 . C A 532.48 PASS AF=0.357143;AO=64;DP=175;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=-0.0104866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.6438;QD=11.7029;RBI=0.0153875;REFB=-0.0282123;REVB=0.0112608;RO=111;SAF=30;SAR=34;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109918;STB=0.566742;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0302689;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:182:111:117:64:65:0.357143:34:30:63:48:34:31:68:49 chr15 67574440 . C G 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00276745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.851;QD=60.8509;RBI=0.0235823;REFB=-0.0677824;REVB=0.0234194;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000475;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr15 67692502 . T C 2302.64 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0479;QD=58.6661;RBI=0.0241158;REFB=-0.0276121;REVB=-0.0163209;RO=3;SAF=56;SAR=98;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119009;STB=0.500626;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.000528964;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:3:3:154:154:0.980892:98:56:1:2:98:56:1:2 chr15 67768151 . G C 1996.52 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024972;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.86;QD=62.3914;RBI=0.0650011;REFB=0;REVB=0.0600129;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5761e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:63:65:0:0:63:65:0:0 chr15 67951150 . G T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.546;QD=62.6703;RBI=0.0212629;REFB=0;REVB=-0.00984517;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21309e-05;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr15 68117300 . T A 1449.95 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.243;QD=63.0415;RBI=0.0227804;REFB=0;REVB=0.0128263;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29263e-06;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:45:47:0:0 chr15 68583175 . T C 1445.74 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.238;QD=61.5209;RBI=0.0558814;REFB=-0.109474;REVB=0.0494638;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607421;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:0:0:92:94:1:49:43:0:0:51:43:0:0 chr15 68603625 . C T 1426.06 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0371739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.993;QD=60.6836;RBI=0.063915;REFB=-0.164518;REVB=0.0519926;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502973;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000726694;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:0:2:92:92:0.978723:34:58:0:0:34:58:1:1 chr15 68603681 . C T 332.45 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.000689545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5531;QD=11.8733;RBI=0.0349163;REFB=-0.0148855;REVB=-0.0349095;RO=70;SAF=20;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764544;STB=0.547803;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0295369;OID=.;OPOS=68603681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:71:41:41:0.366071:21:20:39:31:21:20:40:31 chr15 68605169 . G A 672.97 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0368373;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.851;QD=51.767;RBI=0.037962;REFB=-0.0398931;REVB=0.00917215;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427252;STB=0.522718;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00132247;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:2:2:49:50:0.961538:21:28:0:2:21:29:0:2 chr15 68612556 . T C 1838.18 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014141;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.341;QD=61.2727;RBI=0.0284422;REFB=0;REVB=0.0246778;RO=0;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340073;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:50:70:0:0:51:69:0:0 chr15 68624290 . G A 1065.66 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0844066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.266;QD=58.3921;RBI=0.0878488;REFB=-0.0735217;REVB=0.0243501;RO=1;SAF=16;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852186;STB=0.504424;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=6.66462e-05;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:55:16:0:1:56:16:0:1 chr15 68624396 . A C 320.02 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.89;QD=51.2024;RBI=0.040167;REFB=0;REVB=0.00670048;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703955;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:13:12:0:0 chr15 68628143 . C T 1816.58 PASS AF=0.919708;AO=125;DP=137;FAO=126;FDP=137;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=87;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0556965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.459;QD=53.039;RBI=0.0591426;REFB=-0.0743524;REVB=0.0198934;RO=7;SAF=38;SAR=87;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477509;STB=0.546089;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00118954;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:137:137:7:11:125:126:0.919708:87:38:5:2:87:39:9:2 chr15 68649587 . G A 975.01 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196245;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.799;QD=59.0916;RBI=0.0848166;REFB=0;REVB=0.082515;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866855;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:63:66:1:26:37:0:0:29:37:0:0 chr15 69019582 . G C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0173221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.02;QD=21.3532;RBI=0.0663396;REFB=-0.017098;REVB=-0.0640382;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972524;STB=0.555466;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.011147;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:6:3:3:10:6:3 chr15 69238445 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0571708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.803;QD=25.711;RBI=0.0593349;REFB=-0.0210705;REVB=0.0158787;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306968;STB=0.517215;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0129377;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:2:4:8:5:2:4 chr15 69325581 . C T 1415.08 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.809;QD=62.8926;RBI=0.0952089;REFB=0;REVB=0.0920369;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798793;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr15 69327825 . C T 1005.18 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00337896;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.975;QD=56.63;RBI=0.00746722;REFB=-0.202951;REVB=0.00665898;RO=1;SAF=54;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867559;STB=0.504503;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00175056;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:15:54:1:0:15:55:1:0 chr15 69328226 . C T 257.08 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00694116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6476;QD=13.896;RBI=0.0141103;REFB=-0.0328508;REVB=-0.0122849;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148872;STB=0.508469;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0476869;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:27:17:12:18:27:17 chr15 69548414 . GC CT 37.44 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0321941;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=34.2511;QD=2.72288;RBI=0.137742;REFB=-0.013549;REVB=0.133927;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109262;STB=0.580082;STBP=0.698;TYPE=mnp;VARB=0.107672;OID=.;OPOS=69548414;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:4:3:25:23:4:3:25:23 chr15 69548417 . T G 36.25 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0061064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.28;QD=2.54351;RBI=0.0801474;REFB=-0.00317725;REVB=-0.0799144;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120454;STB=0.596741;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0834837;OID=.;OPOS=69548417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:4:3:26:23:4:3:27:23 chr15 69683945 . C G 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7506;QD=59.499;RBI=0.0345185;REFB=0;REVB=-0.0335749;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387643;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr15 69697756 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.043;QD=62.3507;RBI=0.0202835;REFB=0;REVB=0.0034085;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31461e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr15 69728949 . A G 2360.35 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000438561;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.521;QD=61.3078;RBI=0.0101969;REFB=0;REVB=-0.0101875;RO=0;SAF=76;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232921;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:77:76:0:0:78:76:0:0 chr15 69732736 . C T 828.05 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00239472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1121;QD=54.2984;RBI=0.0337398;REFB=-0.219273;REVB=0.0336547;RO=1;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269414;STB=0.508403;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00527709;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:1:2:59:59:0.967213:17:42:0:1:17:42:1:1 chr15 69740350 . A G 816.08 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2851;QD=56.2812;RBI=0.108346;REFB=0;REVB=0.0422825;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153844;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:1:0:56:58:1:30:26:1:0:30:28:0:0 chr15 70345626 . C T 222.91 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0276829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.32;QD=7.68662;RBI=0.0294433;REFB=-0.00541592;REVB=-0.0100282;RO=82;SAF=17;SAR=15;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111415;STB=0.56541;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.017267;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:84:32:32:0.275862:15:17:36:46:15:17:37:47 chr15 70346922 . GC CG,GT 149.55 PASS AF=0,0.377778;AO=2,14;DP=45;FAO=0,17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0723719,-0.0110791;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=34.6276,45.8336;QD=13.2937;RBI=0.0993913,0.0230712;REFB=0.00335367,-0.0248285;REVB=-0.0681244,0.020237;RO=23;SAF=2,4;SAR=0,10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592955,-0.0237927;STB=0.5,0.535478;STBP=1,0.706;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0412696;OID=.,.;OPOS=70346922,70346923;OREF=GC,C;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:23:28:2,14:0,17:0,0.377778:0,10:2,4:7:16:0,10:0,7:10:18 chr15 70347362 . C A 223.13 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.983;QD=49.5853;RBI=0.0674474;REFB=0;REVB=0.0440057;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733579;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 70347816 . A AG 499.91 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=39;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262893;FXX=0.0526177;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.463;QD=55.5457;RBI=0.026549;REFB=-0.0147729;REVB=0.00370459;RO=4;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416761;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.000806549;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972222:33:39:35:36:1:16:19:0:1:5:4:15:18:1:3 chr15 70347920 . T C 1438.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018543;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.66;QD=63.2249;RBI=0.0597593;REFB=0;REVB=-0.0568096;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56044e-06;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr15 70351788 . T C 432.57 PASS AF=0.4;AO=46;DP=122;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00512753;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.424;QD=13.8421;RBI=0.00722361;REFB=-0.0153052;REVB=0.00508813;RO=76;SAF=26;SAR=20;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285335;STB=0.528462;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0241662;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:76:75:46:50:0.4:20:26:41:35:21:29:40:35 chr15 70368432 . T C 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00842222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.105;QD=24.493;RBI=0.0786302;REFB=0.00310323;REVB=-0.0781779;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239452;STB=0.522367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00319229;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:5:16:11:3:5:16:12:3 chr15 70960068 . G A 54.35 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00559948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.875;QD=8.69587;RBI=0.0202452;REFB=-0.00181147;REVB=0.0194555;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00269356;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:8:8:0.32:4:4:9:6:4:4:10:7 chr15 70991925 . G C 291.51 PASS AF=0.238095;AO=44;DP=187;FAO=45;FDP=189;FR=.;FRO=144;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=65;FWDB=0.00239646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.358;QD=6.16945;RBI=0.0237412;REFB=-0.00306076;REVB=-0.0236199;RO=141;SAF=21;SAR=23;SRF=77;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865858;STB=0.545413;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0100254;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:141:144:44:45:0.238095:23:21:77:64:23:22:79:65 chr15 71125093 . G A 151.16 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0292859;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3969;QD=11.6278;RBI=0.0764281;REFB=-0.0161493;REVB=0.0705946;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10715;STB=0.575139;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00559818;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:32:33:19:19:0.365385:6:13:19:13:6:13:19:14 chr15 71125204 . A G 153.25 PASS AF=0.322581;AO=18;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0596691;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.4213;QD=9.88689;RBI=0.0613598;REFB=0.0164768;REVB=0.0143046;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945082;STB=0.516113;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0298188;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:42:18:20:0.322581:10:8:18:16:10:10:22:20 chr15 71184278 . G T 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=0.0445994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5334;QD=19.4998;RBI=0.0519886;REFB=0.0191666;REVB=0.0267153;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298971;STB=0.662422;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0160183;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:24:8:1:29:24:8:1:29 chr15 71184495 . A G 323.07 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00813879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.131;QD=14.2009;RBI=0.0481574;REFB=-0.0504137;REVB=-0.0474647;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086004;STB=0.517232;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0396687;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:23:55:36:36:0.395604:16:20:10:13:16:20:29:26 chr15 71276480 . GCAA G 493.75 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237724;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.089;QD=58.0883;RBI=0.0399078;REFB=0;REVB=0.0320547;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000137421;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:31:34:34:0:16:18:0:0:4:0:15:13:0:0 chr15 71535345 . TG T 41.65 PASS AF=0.315789;AO=14;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0606602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.4632;QD=4.38398;RBI=0.230006;REFB=-0.0514242;REVB=-0.221862;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19746;STB=0.888161;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0193786;OID=.;OPOS=71535346;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:14:37:12:38:26:1:11:15:11:41:20:5:9:11:9 chr15 71953045 . G A 300.7 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.00671109;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.877;QD=13.8252;RBI=0.011766;REFB=-0.0114021;REVB=0.00966439;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289905;STB=0.663721;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.018008;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:53:53:34:34:0.390805:15:19:15:38:15:19:15:38 chr15 72070075 . G A 598.19 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249402;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6453;QD=61.3527;RBI=0.0391266;REFB=0;REVB=0.0301476;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385129;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr15 72105928 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAC 1194.64 PASS AF=1,0;AO=83,4;DP=94;FAO=95,0;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362813,-0.00142978;FXX=0.0104156;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=17.6262,5.77352;QD=50.3007;RBI=0.0840899,0.0596828;REFB=0,0;REVB=-0.0758603,-0.0596656;RO=1;SAF=37,3;SAR=46,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0126284,-0.119989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00117371,0;OID=.,.;OPOS=72105929,72105933;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:83,4:94:95,0:95:0:44,0:51,0:0:0:7:1:37,3:46,1:1:0 chr15 72191073 . T C 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-3.56412e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.018;QD=9.62342;RBI=0.0435144;REFB=-0.0097728;REVB=-0.0435144;RO=42;SAF=13;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089714;STB=0.505295;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0199343;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:7:13:27:15:7:13:27:15 chr15 72191266 . C T 1950.1 PASS AF=0.969925;AO=127;DP=131;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0324791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9069;QD=58.6496;RBI=0.0597956;REFB=-0.118131;REVB=0.0502058;RO=4;SAF=65;SAR=62;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151819;STB=0.508107;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00583169;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:131:133:4:4:127:129:0.969925:62:65:1:3:62:67:1:3 chr15 72432583 . A G 507.03 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829766;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9896;QD=59.6506;RBI=0.0945889;REFB=0;REVB=-0.0454087;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119026;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:5:29:0:0:5:29:0:0 chr15 72433144 . A G 165.04 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00549173;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.015;QD=9.43063;RBI=0.0118131;REFB=-0.0160012;REVB=0.0104589;RO=48;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350232;STB=0.705924;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0422937;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:48:48:22:22:0.314286:7:15:18:30:7:15:18:30 chr15 72433182 . C T 400.55 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00904094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.851;QD=27.1559;RBI=0.0177263;REFB=-0.0227484;REVB=0.0152474;RO=20;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278416;STB=0.661732;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0150147;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:20:21:37:38:0.644068:25:12:15:5:26:12:16:5 chr15 72502141 . G A 519.15 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0266642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.466;QD=25.637;RBI=0.0316714;REFB=0.00129999;REVB=-0.0170909;RO=32;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505492;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00163539;OID=.;OPOS=72502141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:33:48:48:0.592593:27:21:14:18:27:21:14:19 chr15 72637795 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.374;QD=57.1056;RBI=0.018375;REFB=0;REVB=-0.0104013;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24002e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr15 72638892 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.391;QD=59.6794;RBI=0.0306232;REFB=0;REVB=0.0123591;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58186e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr15 72668305 . G A 340.08 PASS AF=0.64;AO=29;DP=48;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0512884;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.356;QD=27.2062;RBI=0.0575765;REFB=-0.0386981;REVB=0.026164;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28938;STB=0.631693;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00934011;OID=.;OPOS=72668305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:19:18:29:32:0.64:18:11:15:4:19:13:14:4 chr15 72879653 . A ATTG 473.84 PASS AF=0.784314;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00554413;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=3;MLLD=274.953;QD=37.164;RBI=0.00837757;REFB=0.00667623;REVB=-0.00628064;RO=11;SAF=16;SAR=24;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16797;STB=0.590506;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=-0.000487665;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.784314:40:53:40:51:11:16:24:9:2:71:11:16:24:9:2 chr15 72987588 . G T 901.98 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3913;QD=58.1924;RBI=0.148177;REFB=0;REVB=-0.0736623;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208433;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr15 73002035 . G A 854.42 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113133;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.662;QD=57.9268;RBI=0.0226505;REFB=0;REVB=0.0196229;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238979;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr15 73023937 . T C 1436.14 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1438;QD=61.7693;RBI=0.0581376;REFB=-0.117846;REVB=0.0541583;RO=1;SAF=22;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672534;STB=0.503545;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00127046;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:70:22:0:1:70:22:0:1 chr15 73027478 . T C 259.53 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0275597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7286;QD=12.66;RBI=0.0289601;REFB=-0.00127627;REVB=0.0088966;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431293;STB=0.511878;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00197299;OID=.;OPOS=73027478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:30:31:0.378049:16:14:24:27:17:14:24:27 chr15 73043765 . TA T 52.88 PASS AF=0.314286;AO=34;DP=107;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.113446;FXX=0.0277752;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.9717;QD=2.01456;RBI=0.133398;REFB=-0.09967;REVB=0.070178;RO=56;SAF=11;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162663;STB=0.605197;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.124608;OID=.;OPOS=73043766;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:34:107:33:105:72:10:23:32:40:52:56:11:23:26:30 chr15 73044575 . G A 335.6 PASS AF=0.37963;AO=40;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00816015;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.693;QD=12.4297;RBI=0.00817813;REFB=-0.00975826;REVB=0.000542003;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267537;STB=0.506326;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0132154;OID=.;OPOS=73044575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:67:40:41:0.37963:20:20:31:28:21:20:32:35 chr15 73067234 . T C 714.92 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761052;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.827;QD=63.5488;RBI=0.14978;REFB=0;REVB=0.149586;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449877;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:42:45:1:15:27:0:0:18:27:0:0 chr15 73414888 . A G 144.59 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00116135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.488;QD=7.05296;RBI=0.00634401;REFB=-0.00153393;REVB=-0.0062368;RO=60;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14718;STB=0.595678;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0042482;OID=.;OPOS=73414888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:61:21:21:0.256098:8:13:30:30:8:13:30:31 chr15 73545732 . T C 510.36 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0240819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.965;QD=52.3447;RBI=0.0664425;REFB=-0.0546;REVB=0.0619247;RO=3;SAF=11;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595043;STB=0.531897;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00196916;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:25:11:2:1:25:11:2:1 chr15 73614114 . T C 564.78 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370286;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9065;QD=61.0574;RBI=0.0655844;REFB=0;REVB=0.0541312;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220711;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr15 73614834 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.883;QD=35.5759;RBI=0.0344772;REFB=0;REVB=-0.0172445;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305058;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr15 74006160 . T C 272.82 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0283567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8984;QD=19.8416;RBI=0.0286157;REFB=-0.0334045;REVB=-0.00384137;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305519;STB=0.678714;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0281272;OID=.;OPOS=74006160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:23:26:28:29:0.527273:18:10:17:6:18:11:20:6 chr15 74032783 . A G 386.88 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0163493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1834;QD=36.8452;RBI=0.0196022;REFB=-0.0554254;REVB=0.0108143;RO=11;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733843;STB=0.539852;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0166575;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:16:15:7:4:16:15:7:4 chr15 74177199 . C T 251.09 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0561134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7081;QD=12.1006;RBI=0.0569761;REFB=-0.0128974;REVB=-0.0098772;RO=53;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101927;STB=0.558784;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0187938;OID=.;OPOS=74177199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:12:18:27:26:12:18:27:26 chr15 74244278 . C G 994.09 PASS AF=0.985714;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.634;QD=56.8049;RBI=0.0708323;REFB=-0.0143177;REVB=0.0604587;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515147;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000303198;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:0:1:65:69:0.985714:49:16:0:0:53:16:1:0 chr15 74244344 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.424;QD=59.8377;RBI=0.0140853;REFB=0;REVB=0.0137178;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78104e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr15 74277795 . T C 2888.45 PASS AF=1;AO=181;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596172;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.609;QD=63.1356;RBI=0.0606549;REFB=0;REVB=-0.0111719;RO=0;SAF=82;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42967e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:181:183:1:99:82:0:0:99:84:0:0 chr15 74328116 . A G 697.46 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.115418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6151;QD=59.3587;RBI=0.119832;REFB=-0.0836614;REVB=-0.0322273;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000727528;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:0:1:24:22:0:1 chr15 74328141 . G T 179.66 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0282658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7283;QD=15.623;RBI=0.0469524;REFB=0.00154374;REVB=0.0374909;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281497;STB=0.66316;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00466577;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:14:13:14:5:14:13 chr15 74328206 . G C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0720193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.16;QD=17.8265;RBI=0.0724135;REFB=-0.0235897;REVB=-0.00754493;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0241889;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:4:7:8:4:4:7 chr15 74368293 . A G 623.12 PASS AF=0.619565;AO=54;DP=93;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00428052;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1025;QD=27.0923;RBI=0.0590367;REFB=0.010593;REVB=-0.0588814;RO=34;SAF=30;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122613;STB=0.558702;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.000769194;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:34:35:54:57:0.619565:24:30:13:21:27:30:13:22 chr15 74368297 . C G 729.34 PASS AF=0.632653;AO=61;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00231822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.581;QD=29.7688;RBI=0.0364709;REFB=0.0277606;REVB=0.0363971;RO=36;SAF=32;SAR=29;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925893;STB=0.552511;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.023032;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:61:62:0.632653:29:32:14:22:29:33:14:22 chr15 74467856 . G A 530.39 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140268;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=57.339;RBI=0.0192128;REFB=-0.00229757;REVB=0.0131294;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00024517;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr15 74536400 . TAAG T 212.83 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00683573;FXX=0.0617208;HRUN=2;LEN=3;MLLD=287.561;QD=11.2015;RBI=0.0128522;REFB=-0.0157271;REVB=-0.0108836;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427779;STB=0.545427;STBP=0.497;TYPE=del;VARB=0.0206656;OID=.;OPOS=74536401;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434211:32:78:33:76:43:18:15:20:23:99:37:17:15:18:19 chr15 74703929 . T C 471.58 PASS AF=0.505263;AO=46;DP=92;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0134472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8052;QD=19.8561;RBI=0.0228477;REFB=-0.0254204;REVB=0.0184713;RO=45;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488791;STB=0.505261;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0314711;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:45:47:46:48:0.505263:25:21:23:22:24:24:24:23 chr15 74710593 . C T 271.39 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0030145;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.07;QD=23.5995;RBI=0.0070039;REFB=-0.0310156;REVB=0.00632198;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221795;STB=0.623192;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0215687;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:6:15:11:14:6:15 chr15 74749015 . A G 491.75 PASS AF=0.632353;AO=32;DP=70;FAO=43;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0768378;FXX=0.0285673;HRUN=7;LEN=1;MLLD=103.979;QD=28.9264;RBI=0.0785045;REFB=0.00777596;REVB=-0.0160904;RO=10;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154265;STB=0.562328;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00693319;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:10:18:32:43:0.632353:14:18:9:1:21:22:13:5 chr15 74783370 . C T 212.19 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0192256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5566;QD=20.2083;RBI=0.0216025;REFB=-0.00808968;REVB=-0.00985101;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268331;STB=0.652023;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00714609;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:15:6:12:9:15:6:12:9 chr15 74836316 . A G 146.23 PASS AF=0.75;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0625408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.843;QD=29.245;RBI=0.0629078;REFB=-0.0775642;REVB=0.00678557;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181793;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:20:5:5:14:15:0.75:3:11:4:1:3:12:4:1 chr15 74888196 . A G 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0215262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6702;QD=12.3935;RBI=0.0216487;REFB=-0.00101225;REVB=0.00230012;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887419;STB=0.534835;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00183864;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:6:8:15:8:6:8:15:9 chr15 74889163 . C T 558.34 PASS AF=0.518182;AO=55;DP=113;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0526102;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6239;QD=20.3031;RBI=0.0527887;REFB=-0.000131527;REVB=0.0043378;RO=50;SAF=36;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511626;STB=0.514281;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000175886;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:50:53:55:57:0.518182:19:36:30:20:21:36:32:21 chr15 75012985 . T C 577.38 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00103795;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.589;QD=26.546;RBI=0.0632384;REFB=-0.0308207;REVB=-0.0632299;RO=33;SAF=26;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107948;STB=0.505745;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0202288;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:35:52:52:0.597701:26:26:16:17:26:26:17:18 chr15 75091247 . C T 404.6 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0047137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.504;QD=27.9035;RBI=0.0196939;REFB=-0.0233475;REVB=0.0191215;RO=20;SAF=17;SAR=21;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12774;STB=0.569584;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00965769;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:21:17:13:7:21:17:13:7 chr15 75091664 . G A 530.39 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00407548;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.336;QD=24.9595;RBI=0.0354208;REFB=-0.0322981;REVB=0.0351855;RO=36;SAF=27;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082508;STB=0.545174;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.022087;OID=.;OPOS=75091664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:36:36:49:49:0.576471:22:27:16:20:22:27:16:20 chr15 75131661 . A G 81.83 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0161311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.654;QD=8.61325;RBI=0.0166111;REFB=-0.0054027;REVB=-0.00396421;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164556;STB=0.596983;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0130787;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:38:25:27:11:11:0.289474:6:5:15:10:6:5:16:11 chr15 75336729 . A G 1736.0 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355332;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.4;QD=60.9124;RBI=0.0371821;REFB=0;REVB=-0.0109496;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691111;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr15 75498548 . A G 1364.4 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.442;QD=62.0183;RBI=0.0226432;REFB=0;REVB=0.0155775;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77357e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:84:88:1:57:27:0:0:58:30:0:0 chr15 75499602 . C A 923.19 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056056;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.901;QD=57.6994;RBI=0.0598543;REFB=0;REVB=0.0209824;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42828e-05;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:61:64:1:39:22:0:0:40:24:0:0 chr15 75499619 . T C 829.84 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.79;QD=57.2304;RBI=0.0196816;REFB=0;REVB=-0.0135365;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79946e-07;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:36:20:0:0:36:22:0:0 chr15 75499861 . G A 471.72 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00558881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1592;QD=55.4963;RBI=0.00683765;REFB=-0.0610129;REVB=0.00393937;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0114106;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr15 75499995 . T G 137.24 PASS AF=0.207207;AO=23;DP=112;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0330136;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.871;QD=4.94556;RBI=0.0346055;REFB=-0.0107453;REVB=-0.0103751;RO=86;SAF=15;SAR=8;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222852;STB=0.639688;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0372057;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:86:88:23:23:0.207207:8:15:41:45:8:15:42:46 chr15 75503147 . G A 1363.69 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0361909;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.561;QD=59.291;RBI=0.0410562;REFB=-0.0950603;REVB=0.0193862;RO=3;SAF=39;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142993;STB=0.50755;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00515756;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:92:3:3:89:89:0.967391:50:39:2:1:50:39:2:1 chr15 75650836 . G A 288.65 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0254967;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.736;QD=20.6177;RBI=0.0256654;REFB=-0.0183396;REVB=-0.002938;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680038;STB=0.504851;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.017003;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:26:30:30:0.535714:13:17:10:11:13:17:15:11 chr15 75932129 . G T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0259648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.994;QD=10.7925;RBI=0.0275457;REFB=0.00265098;REVB=0.00919772;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264328;STB=0.654864;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00594065;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:13:22:7:11:13:22 chr15 75970070 . C T 88.06 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.01869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.46;QD=14.09;RBI=0.0294975;REFB=-0.0357289;REVB=0.0228208;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0333023;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr15 75971505 . T C 88.91 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00798493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.713;QD=7.11287;RBI=0.0445939;REFB=-0.00781041;REVB=-0.0438732;RO=38;SAF=10;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312068;STB=0.701369;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0214458;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:2:10:24:14:2:10:24:14 chr15 75971676 . G T 333.82 PASS AF=0.30137;AO=43;DP=146;FAO=44;FDP=146;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=72;FWDB=-0.0692774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.17;QD=9.14574;RBI=0.072916;REFB=-0.0148464;REVB=-0.022746;RO=99;SAF=9;SAR=34;SRF=29;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135223;STB=0.561954;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0360767;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:99:102:43:44:0.30137:34:9:29:70:34:10:30:72 chr15 75977920 . A G 306.66 PASS AF=0.345133;AO=38;DP=112;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00591411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2835;QD=10.8554;RBI=0.0403492;REFB=-0.00218105;REVB=-0.0399135;RO=71;SAF=24;SAR=14;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112829;STB=0.577517;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00378374;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:71:74:38:39:0.345133:14:24:38:33:14:25:39:35 chr15 75979782 . G T 378.5 PASS AF=0.362205;AO=45;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0574936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.834;QD=11.9214;RBI=0.0664769;REFB=-0.0332442;REVB=0.0333717;RO=79;SAF=22;SAR=23;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758077;STB=0.543288;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0460599;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:81:45:46:0.362205:23:22:44:35:23:23:46:35 chr15 75980112 . A G 113.08 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0133764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.104;QD=7.29548;RBI=0.0151504;REFB=-0.00813863;REVB=-0.00711383;RO=45;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074254;STB=0.525662;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0149748;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:45:45:16:17:0.274194:9:7:17:28:10:7:17:28 chr15 75981507 . A G 170.16 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0387872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.998;QD=13.0896;RBI=0.0387878;REFB=-0.0287057;REVB=-0.000223127;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360501;STB=0.596061;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0282636;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:32:20:20:0.384615:10:10:2:18:10:10:11:21 chr15 75982058 . T A 175.38 PASS AF=0.142336;AO=39;DP=274;FAO=39;FDP=274;FR=.;FRO=235;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=93;FSRR=142;FWDB=-0.0300459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.118;QD=2.56026;RBI=0.0409281;REFB=-0.00739974;REVB=-0.0277911;RO=230;SAF=10;SAR=29;SRF=93;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210444;STB=0.635863;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0475678;OID=.;OPOS=75982058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:230:235:39:39:0.142336:29:10:93:137:29:10:93:142 chr15 75982428 . C T 30.56 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0694266;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.219;QD=11.1117;RBI=0.0934668;REFB=-0.0191086;REVB=-0.0625779;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.7681;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0361629;OID=.;OPOS=75982428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:6:5:5:0.454545:1:4:2:3:1:4:2:4 chr15 76030993 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0611705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.141;QD=14.1698;RBI=0.0643761;REFB=-0.0247898;REVB=0.0200611;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370239;STB=0.725242;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0233416;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:4:8:9:1:4:8 chr15 76031008 . C T 103.95 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00810824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3063;QD=21.8851;RBI=0.0519356;REFB=-0.0804561;REVB=0.0512988;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251249;STB=0.639784;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.029962;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:19:7:7:10:10:0.526316:9:1:0:7:9:1:0:7 chr15 76067987 . A G 61.52 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0338822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9252;QD=7.03051;RBI=0.0510911;REFB=-0.00320097;REVB=0.03824;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216692;STB=0.631341;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0134344;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:7:2:3:23:7:2:3:23 chr15 76073218 . C A 621.76 PASS AF=0.416667;AO=69;DP=168;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=0.00862657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.654;QD=14.8038;RBI=0.0235169;REFB=-0.0173859;REVB=-0.0218775;RO=97;SAF=37;SAR=32;SRF=63;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120184;STB=0.559347;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0255535;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:97:98:69:70:0.416667:32:37:63:34:32:38:63:35 chr15 76074518 . T G 41.43 PASS AF=0.194444;AO=6;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0115522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.191;QD=4.60348;RBI=0.0359873;REFB=-0.0220024;REVB=0.0340827;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187708;STB=0.676458;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0496988;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:36:29:29:6:7:0.194444:3:3:10:19:3:4:10:19 chr15 76191802 . G A 1305.32 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995067;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.939;QD=62.1581;RBI=0.0169531;REFB=0;REVB=-0.0137255;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01692e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr15 76222227 . C G 354.19 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00615804;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.914;QD=15.072;RBI=0.00671834;REFB=-0.00196532;REVB=0.00268601;RO=53;SAF=26;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15238;STB=0.595129;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00553837;OID=.;OPOS=76222227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:56:38:38:0.404255:12:26:29:24:12:26:30:26 chr15 76430225 . C T 190.42 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0122496;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.42;QD=11.3681;RBI=0.0126883;REFB=-0.0112486;REVB=0.00330772;RO=43;SAF=6;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31268;STB=0.682765;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0329233;OID=.;OPOS=76430225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:24:24:0.358209:18:6:22:21:18:6:22:21 chr15 76496232 . G A 126.45 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0920644;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6982;QD=13.6702;RBI=0.0925982;REFB=-0.049379;REVB=-0.0099287;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197408;STB=0.628382;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0793402;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:22:22:14:15:0.405405:11:3:8:14:12:3:8:14 chr15 76496977 . G C 1525.75 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.104;QD=59.8332;RBI=0.0193329;REFB=0;REVB=-0.0116463;RO=1;SAF=52;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58735e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:1:0:101:102:1:49:52:1:0:49:53:0:0 chr15 76630303 . T C 361.16 PASS AF=0.260204;AO=50;DP=198;FAO=51;FDP=196;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=85;FWDB=-0.0374403;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.572;QD=7.37055;RBI=0.0375895;REFB=-0.00739554;REVB=-0.00334543;RO=137;SAF=15;SAR=35;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119683;STB=0.580753;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0273813;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:137:145:50:51:0.260204:35:15:53:84:35:16:60:85 chr15 76630717 . C T 177.83 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0237995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.082;QD=21.5554;RBI=0.0253434;REFB=-0.0314594;REVB=-0.00871039;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.570392;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.020296;OID=.;OPOS=76630717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:8:9:6:9:8:10:6:9 chr15 76634680 . T C 329.7 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00727229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.109;QD=15.6999;RBI=0.0147882;REFB=-0.000295639;REVB=0.0128765;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492282;STB=0.527762;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000531485;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:23:25:17:19:23:25 chr15 76673716 . T C 613.63 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0078243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.803;QD=20.2852;RBI=0.00920011;REFB=-0.0173169;REVB=-0.00483966;RO=58;SAF=34;SAR=28;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123046;STB=0.502958;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0175753;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:59:62:62:0.512397:28:34:31:27:28:34:32:27 chr15 76726465 . G T 346.68 PASS AF=0.292683;AO=48;DP=164;FAO=48;FDP=164;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.0550328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9191;QD=8.45551;RBI=0.0790121;REFB=-0.00282222;REVB=-0.0566949;RO=113;SAF=27;SAR=21;SRF=69;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592964;STB=0.523355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00438509;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:113:116:48:48:0.292683:21:27:69:44:21:27:69:47 chr15 77907145 . G A 166.53 PASS AF=0.298701;AO=18;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.000121184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.059;QD=8.65081;RBI=0.0159901;REFB=-0.00299767;REVB=-0.0159896;RO=47;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637006;STB=0.536858;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00812601;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:54:18:23:0.298701:9:9:21:26:12:11:23:31 chr15 77907535 . C G 440.47 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00841893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.702;QD=16.941;RBI=0.0271515;REFB=-0.0085796;REVB=-0.0258133;RO=52;SAF=16;SAR=32;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272905;STB=0.507243;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0106765;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:56:48:48:0.461538:32:16:16:36:32:16:18:38 chr15 77907775 . T C 229.95 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0139787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.359;QD=9.89055;RBI=0.0187974;REFB=-0.00750639;REVB=0.0125673;RO=64;SAF=21;SAR=8;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261634;STB=0.654564;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0247922;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:8:21:33:31:8:21:33:31 chr15 77907784 . G A 246.09 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00664176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.466;QD=9.65052;RBI=0.00670003;REFB=-0.0187957;REVB=-0.000881663;RO=67;SAF=21;SAR=11;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227865;STB=0.629131;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.032238;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:70:32:32:0.313725:11:21:31:36:11:21:33:37 chr15 78207625 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.989;QD=35.5752;RBI=0.0118899;REFB=0;REVB=0.0118899;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106557;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr15 78208880 . G A 1356.17 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0276473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0711;QD=58.9638;RBI=0.0488097;REFB=-0.170989;REVB=0.0402245;RO=3;SAF=39;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658241;STB=0.503475;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0046294;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:50:39:1:2:50:39:1:2 chr15 78209131 . T C 175.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4878;QD=46.8247;RBI=0.0178335;REFB=0;REVB=0.0160702;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340977;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr15 78209436 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.103;QD=57.2375;RBI=0.00538707;REFB=0;REVB=0.00324596;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09901e-06;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr15 78211345 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0206;QD=62.981;RBI=0.00752029;REFB=0;REVB=-0.00686844;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4156e-05;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr15 78233843 . C T 458.69 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0330387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2006;QD=23.5227;RBI=0.0332533;REFB=-0.00203854;REVB=-0.00377196;RO=34;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128153;STB=0.507039;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00195179;OID=.;OPOS=78233843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:24:20:16:18:24:20:16:18 chr15 78276594 . AC CA 122.3 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0158786;FXX=0.0370302;HRUN=4;LEN=2;MLLD=202.97;QD=9.40757;RBI=0.0167111;REFB=0.00229419;REVB=0.00520893;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164125;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=mnp;VARB=-0.00591203;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:35:36:16:16:0.307692:8:8:17:18:8:8:17:19 chr15 78276660 . A G 919.68 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.703;QD=58.3922;RBI=0.0012126;REFB=0;REVB=-0.000282117;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5096e-06;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr15 78369815 . G A 232.7 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0313049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.814;QD=15.013;RBI=0.0343674;REFB=-0.0125325;REVB=0.0141817;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205198;STB=0.623287;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0115746;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:15:11:22:13:16:11:22:13 chr15 78384967 . C CG,G 47.19 PASS AF=0.142857,0;AO=17,4;DP=113;FAO=16,0;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=-0.0354725,-0.0210106;FXX=0.00884877;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=77.4779,89.3947;QD=1.68541;RBI=0.0501098,0.0458775;REFB=-0.0023131,3.60155e-05;REVB=-0.0353935,-0.0407836;RO=91;SAF=3,4;SAR=14,0;SRF=59;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.558019,0.370273;STB=0.704891,0.5;STBP=0.104,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0880584,0.0314994;OID=.,.;OPOS=78384968,78384967;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:113:112:91:96:17,4:16,0:0.142857,0:14,0:3,4:59:32:10,0:6,0:60:36 chr15 78403004 . A G 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.564;QD=63.8652;RBI=0.0198961;REFB=0;REVB=-0.000312283;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24267e-05;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr15 78456078 . A G 373.55 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00121398;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9837;QD=12.2474;RBI=0.0299388;REFB=0.00748188;REVB=0.0299141;RO=76;SAF=24;SAR=21;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137595;STB=0.58194;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0124811;OID=.;OPOS=78456078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:76:77:45:45:0.368852:21:24:31:45:21:24:31:46 chr15 78466127 . T C 275.78 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0176732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.971;QD=18.0841;RBI=0.0176781;REFB=-0.012885;REVB=-0.000416523;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241229;STB=0.513504;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0134636;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:21:9:10:21:21:9:10:21 chr15 78474476 . C T 579.41 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.010088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.136;QD=27.5908;RBI=0.0184448;REFB=-0.0317485;REVB=-0.0154416;RO=31;SAF=20;SAR=32;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930318;STB=0.557416;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0252125;OID=.;OPOS=78474476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:32:52:52:0.619048:32:20:16:15:32:20:17:15 chr15 78565478 . C T 286.92 PASS AF=0.4125;AO=31;DP=78;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00335528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.379;QD=14.3461;RBI=0.0107847;REFB=-0.0168736;REVB=-0.0102495;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217555;STB=0.60205;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0217657;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:47:47:31:33:0.4125:14:17:16:31:16:17:16:31 chr15 78573619 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0428564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.031;QD=10.885;RBI=0.0553301;REFB=-0.0410623;REVB=-0.0349963;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288614;STB=0.666387;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0591165;OID=.;OPOS=78573619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:14:1:2:7:14:1 chr15 78587910 . A G 1950.54 PASS AF=0.992188;AO=124;DP=125;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.46;QD=60.9545;RBI=0.0247507;REFB=-0.0914636;REVB=0.020405;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000186392;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:128:0:1:124:127:0.992188:55:69:0:0:58:69:1:0 chr15 78633595 . T G 147.21 PASS AF=0.3125;AO=18;DP=62;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0111236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.845;QD=9.20068;RBI=0.0162524;REFB=-0.0195392;REVB=0.0118493;RO=42;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229729;STB=0.672564;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0366637;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:42:44:18:20:0.3125:10:8:27:15:12:8:29:15 chr15 78758677 . G C 1418.79 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346884;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.044;QD=63.0572;RBI=0.00719552;REFB=0;REVB=-0.00630418;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45762e-05;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr15 78780104 . T C 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.024;QD=59.1391;RBI=0.0292875;REFB=0;REVB=0.0106948;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52285e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr15 78834965 . GA G 86.18 PASS AF=0.642857;AO=12;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0359884;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2918;QD=12.3119;RBI=0.0988787;REFB=-0.0592335;REVB=-0.0920969;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.387255;SSSB=-0.146341;STB=0.599886;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.0453891;OID=.;OPOS=78834966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:12:27:18:28:10:6:12:6:4:35:8:5:7:5:3 chr15 78841220 . T C 835.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.6;QD=57.5863;RBI=0.0427629;REFB=0;REVB=0.0182981;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112165;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:24:34:0:0 chr15 78873119 . C T 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6207;QD=61.6729;RBI=0.0311832;REFB=0;REVB=-0.0240634;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488642;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr15 78887709 . G GTCTC 1403.59 PASS AF=0.901786;AO=101;DP=122;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0299518;FXX=0.0508431;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.895;QD=50.1282;RBI=0.0355167;REFB=-0.0254259;REVB=0.0190873;RO=15;SAF=44;SAR=57;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089254;STB=0.555544;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00110812;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901786:101:122:101:112:11:44:57:11:0:42:15:44:57:12:3 chr15 78893893 . C T 232.59 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=119;FAO=33;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=-0.00557355;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6333;QD=7.88429;RBI=0.12059;REFB=-0.0144654;REVB=-0.120461;RO=66;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887938;STB=0.601208;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0405628;OID=.;OPOS=78893893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:66:85:33:33:0.279661:18:15:25:41:18:15:27:58 chr15 78909452 . T C 401.09 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0314;QD=53.4787;RBI=0.0511715;REFB=-0.0798646;REVB=0.048098;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00337907;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:30:1:1:27:29:0.966667:17:10:1:0:19:10:1:0 chr15 78917399 . A G 1190.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.222;QD=61.0531;RBI=0.0274017;REFB=0;REVB=0.0214503;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24233e-05;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:26:50:0:0:26:52:0:0 chr15 78923512 . G T 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0264302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.843;QD=9.14803;RBI=0.0389741;REFB=0.00128569;REVB=0.0286432;RO=40;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109123;STB=0.506486;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0028185;OID=.;OPOS=78923512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:12:6:13:27:12:6:13:27 chr15 79045517 . G A 70.55 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0315611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.29;QD=3.61774;RBI=0.0531187;REFB=0.01369;REVB=0.0427258;RO=65;SAF=7;SAR=6;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958244;STB=0.563753;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0301367;OID=.;OPOS=79045517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:65:65:13:13:0.166667:6:7:30:35:6:7:30:35 chr15 79045521 . T C 59.85 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.050877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.637;QD=2.81644;RBI=0.0675075;REFB=-0.0112125;REVB=-0.044371;RO=72;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204086;STB=0.633695;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.060284;OID=.;OPOS=79045521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:84:85:72:73:12:12:0.141176:5:7:30:42:5:7:31:42 chr15 79051721 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0193243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.153;QD=20.8368;RBI=0.0323292;REFB=-0.0358077;REVB=-0.0259182;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313638;STB=0.685212;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0234703;OID=.;OPOS=79051721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:3:2:1:8:3:2 chr15 79054900 . C G 108.12 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.043517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3877;QD=13.9515;RBI=0.0453613;REFB=-0.0331963;REVB=0.0128032;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279999;STB=0.659955;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0498609;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:19:18:11:13:0.419355:7:4:12:7:8:5:12:6 chr15 79058013 . C T 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.0369702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.536;QD=8.12707;RBI=0.0371574;REFB=-0.00566386;REVB=0.00372552;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18725;STB=0.638503;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0305808;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:20:29:11:11:0.275:8:3:3:17:8:3:4:25 chr15 79058106 . CG C,GC 38.64 PASS AF=0.243902,0;AO=10,2;DP=41;FAO=10,0;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.137691,-0.0935935;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=15.3453,24.6734;QD=3.7695;RBI=0.155768,0.128312;REFB=-0.0126158,0.00720569;REVB=-0.0728334,-0.0877739;RO=29;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105027,-0.414459;STB=0.82275,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00387096,-0.00555957;OID=.,.;OPOS=79058107,79058106;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:41:41:29:31:10,2:10,0:0.243902,0:7,2:3,0:11:18:9,0:1,0:13:18 chr15 79058572 . T G 175.36 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9533;QD=46.7633;RBI=0.0253994;REFB=0;REVB=0.0212022;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394347;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr15 79058923 . G A 601.76 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0109692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.6027;QD=54.7056;RBI=0.053619;REFB=-0.0859476;REVB=0.052485;RO=3;SAF=31;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153397;STB=0.508193;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00251412;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:10:31:2:1:10:31:2:1 chr15 79083120 . G A 92.18 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0599768;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9616;QD=16.7599;RBI=0.0781759;REFB=0.0120329;REVB=0.0501422;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246576;STB=0.640795;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00619943;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:6:5:2:9:6:5:2:9 chr15 79089007 . T C 334.46 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00823933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6721;QD=27.303;RBI=0.0118112;REFB=-0.0369427;REVB=0.00846267;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101697;STB=0.556149;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0214331;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:9:11:12:17:9:11 chr15 79152897 . T C 134.61 PASS AF=0.221053;AO=20;DP=94;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.00294245;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.716;QD=5.66792;RBI=0.0194677;REFB=-0.00998406;REVB=-0.0192441;RO=72;SAF=16;SAR=4;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2495;STB=0.629938;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0332984;OID=.;OPOS=79152897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:72:74:20:21:0.221053:4:16:46:26:5:16:46:28 chr15 79152963 . C T 195.65 PASS AF=0.24;AO=30;DP=118;FAO=30;FDP=125;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.0132898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.764;QD=6.26078;RBI=0.0359007;REFB=-0.00818818;REVB=-0.0333503;RO=88;SAF=19;SAR=11;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553525;STB=0.535187;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0268939;OID=.;OPOS=79152963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:88:95:30:30:0.24:11:19:52:36:11:19:56:39 chr15 79189578 . T C 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00103537;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.63;QD=2.56886;RBI=0.0310558;REFB=-0.00242403;REVB=-0.0310385;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263786;STB=0.700986;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00949174;OID=.;OPOS=79189578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:1:5:28:15:1:5:29:15 chr15 79189580 . C CTT,T 163.88 PASS AF=0.285714,0.163265;AO=10,10;DP=54;FAO=14,8;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10,7;FSAR=4,1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0471836,0.00238812;FXX=0.0754575;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=26.8015,252.509;QD=13.3777;RBI=0.077885,0.0156714;REFB=-0.018474,-0.00307458;REVB=-0.061966,-0.0154883;RO=27;SAF=8,8;SAR=2,2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247248,0.247248;STB=0.63889,0.822617;STBP=0.225,0.072;TYPE=ins,snp;VARB=0.0121797,0.0160332;OID=.,.;OPOS=79189581,79189580;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:49:27:27:10,10:14,8:0.285714,0.163265:2,2:8,8:17:10:4,1:10,7:14:13 chr15 79191209 . C T 222.93 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0147739;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.419;QD=16.513;RBI=0.0165223;REFB=-0.0133384;REVB=-0.00739715;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145168;STB=0.582023;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0157037;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:16:13:15:10:16:13 chr15 79217690 . G C 714.64 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2069;QD=62.1426;RBI=0.0292441;REFB=0;REVB=-0.0187881;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55167e-05;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:1:0:43:46:1:22:21:0:1:23:23:0:0 chr15 79224743 . C T 308.47 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0338367;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.606;QD=15.6187;RBI=0.0353062;REFB=-0.0161234;REVB=-0.0100801;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019445;STB=0.51097;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0165633;OID=.;OPOS=79224743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:26:19:15:19:26:19 chr15 79231478 . T C 308.3 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0101733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.769;QD=13.4044;RBI=0.0133704;REFB=-0.00639342;REVB=0.00867584;RO=57;SAF=11;SAR=24;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126521;STB=0.572554;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0099771;OID=.;OPOS=79231478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:24:11:24:33:24:11:24:33 chr15 79231518 . A G 490.94 PASS AF=0.613333;AO=45;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.010158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.132;QD=26.1833;RBI=0.0102836;REFB=-0.00619363;REVB=-0.00160218;RO=28;SAF=21;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778286;STB=0.530228;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00299147;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:29:45:46:0.613333:24:21:10:18:25:21:11:18 chr15 79231526 . A AG 374.64 PASS AF=0.695652;AO=25;DP=61;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0121542;FXX=0.079984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=217.36;QD=32.577;RBI=0.0145241;REFB=-0.0116395;REVB=-0.00795141;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243239;STB=0.529394;STBP=0.583;TYPE=ins;VARB=0.00534528;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:25:61:32:46:14:12:20:4:10:99:34:9:16:13:21 chr15 79231527 . A G 35.4 PASS AF=0.116667;AO=8;DP=61;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00385662;FXX=0.0163908;HRUN=10;LEN=1;MLLD=145.655;QD=2.36009;RBI=0.0145417;REFB=-0.00270747;REVB=0.014021;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021369;STB=0.573551;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0113615;OID=.;OPOS=79231527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:61:60:53:53:8:7:0.116667:5:3:19:34:5:2:19:34 chr15 79237293 . C T 90.07 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0119971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.798;QD=7.6654;RBI=0.0147194;REFB=-0.0104845;REVB=-0.00852813;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2754;STB=0.638085;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0354577;OID=.;OPOS=79237293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:33:35:12:12:0.255319:6:6:9:24:6:6:11:24 chr15 79271213 . G A 209.31 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.021195;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4453;QD=17.8135;RBI=0.0237402;REFB=-0.0186457;REVB=0.0106945;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11837;STB=0.567502;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0247007;OID=.;OPOS=79271213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:13:13:8:13:13:13 chr15 79277247 . A C 2586.83 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190056;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.345;QD=61.2268;RBI=0.0201406;REFB=0;REVB=0.00666555;RO=0;SAF=97;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130928;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:169:0:0:166:169:1:69:97:0:0:69:100:0:0 chr15 79277298 . T C 485.94 PASS AF=0.370968;AO=43;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00306482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.908;QD=15.6753;RBI=0.0107935;REFB=-0.0077182;REVB=-0.0103493;RO=65;SAF=17;SAR=26;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389549;STB=0.521062;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0251022;OID=.;OPOS=79277298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:67:43:46:0.370968:26:17:28:37:27:19:30:37 chr15 79277511 . A G 349.1 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00506794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.77;QD=27.9282;RBI=0.0460903;REFB=-0.00831769;REVB=0.0458108;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496776;STB=0.533311;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00833579;OID=.;OPOS=79277511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:20:29:30:0.6:14:15:9:11:14:16:9:11 chr15 79296172 . G A 273.93 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0156238;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.652;QD=19.5665;RBI=0.0171437;REFB=-0.0168598;REVB=0.00705702;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096892;STB=0.554213;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0169392;OID=.;OPOS=79296172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:8:21:17:10:8:21:17:10 chr15 79586361 . T C 476.12 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.222;QD=57.7117;RBI=0.0215789;REFB=0;REVB=0.0200782;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47046e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:8:23:0:0:8:25:0:0 chr15 79588710 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.936;QD=60.0294;RBI=0.0331847;REFB=0;REVB=-0.0053643;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49948e-05;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr15 79589174 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.819;QD=55.0985;RBI=0.06336;REFB=0;REVB=0.0601786;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132952;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr15 79590208 . A G 526.3 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136197;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.893;QD=60.1489;RBI=0.01382;REFB=0;REVB=-0.00234391;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72272e-05;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:32:35:1:12:20:0:0:11:24:0:0 chr15 79606137 . G A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.218;QD=60.0288;RBI=0.0206287;REFB=0;REVB=0.0205943;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29821e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr15 79614418 . A G 1549.02 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.658;QD=63.8772;RBI=0.0135603;REFB=0;REVB=0.0105398;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93576e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr15 79749155 . C T 411.88 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00394289;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.393;QD=16.4751;RBI=0.00752347;REFB=-0.0253783;REVB=0.00640752;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723272;STB=0.501111;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0309759;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:22:23:28:26:22:23:28:27 chr15 79750127 . A G 183.1 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00786259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.921;QD=15.258;RBI=0.0215544;REFB=-0.0160009;REVB=0.0200692;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0252007;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:28:28:16:20:0.416667:8:8:14:14:12:8:14:14 chr15 79750256 . A G 62.05 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00585352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.889;QD=7.52122;RBI=0.0692291;REFB=-0.00311735;REVB=-0.0689812;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255346;STB=0.657567;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00407713;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:16:8:5:4:16:8 chr15 79750307 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.34;QD=60.2268;RBI=0.0210361;REFB=0;REVB=-0.0076952;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106298;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr15 79761231 . T C 489.2 PASS AF=0.582278;AO=45;DP=78;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00230356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.868;QD=24.7695;RBI=0.00801777;REFB=-0.0336931;REVB=0.00767973;RO=33;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433909;STB=0.517759;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0196482;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:33:33:45:46:0.582278:18:27:18:15:19:27:18:15 chr15 79764056 . G T 159.89 PASS AF=0.301587;AO=5;DP=53;FAO=19;FDP=63;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00188191;FXX=0.0869439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.898;QD=10.1518;RBI=0.0668311;REFB=-0.0163175;REVB=0.0668046;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362145;STB=0.698234;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0188441;OID=.;OPOS=79764056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:63:14:41:5:19:0.301587:1:4:7:7:6:13:16:25 chr15 79764365 . AGT A 505.88 PASS AF=0.391608;AO=55;DP=147;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.020271;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.125;QD=14.1505;RBI=0.0214607;REFB=-0.0142753;REVB=-0.00704605;RO=87;SAF=29;SAR=26;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729647;STB=0.546118;STBP=0.398;TYPE=del;VARB=0.0235494;OID=.;OPOS=79764366;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391608:55:147:56:143:87:30:26:40:47:99:87:29:26:40:47 chr15 80215146 . C T 564.16 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00734469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4205;QD=57.8621;RBI=0.0426488;REFB=-0.18604;REVB=0.0420116;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00685382;OID=.;OPOS=80215146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:1:0:21:17:1:0 chr15 80216015 . C A 1730.98 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4427;QD=59.6889;RBI=0.0611897;REFB=-0.0795186;REVB=0.0483338;RO=1;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798107;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00179125;OID=.;OPOS=80216015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:59:56:0:1:59:56:0:1 chr15 80216199 . G A 602.92 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0778142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.719;QD=58.8211;RBI=0.0785305;REFB=-0.0375999;REVB=-0.0105821;RO=1;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158799;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000409913;OID=.;OPOS=80216199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:41:1:1:37:40:0.97561:29:8:0:1:30:10:0:1 chr15 80259964 . C T 803.04 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9833;QD=55.3823;RBI=0.0506839;REFB=0.0120911;REVB=-0.0377176;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122514;STB=0.506491;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00179556;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:38:19:0:1:38:19:0:1 chr15 80260014 . T C 787.39 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242602;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9807;QD=57.2646;RBI=0.0274163;REFB=0;REVB=-0.0127708;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35007e-05;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr15 80263345 . A C,T 1005.39 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=63,6;DP=70;FAO=63,6;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152487,-0.0197271;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.746,205.212;QD=58.2835;RBI=0.017986,0.025616;REFB=0,0;REVB=-0.00953798,-0.0163408;RO=0;SAF=30,4;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00358725,0.0425695;OID=.,.;OPOS=80263345,80263345;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:70:69:0:0:63,6:63,6:0.913043,0.0869565:33,2:30,4:0:0:33,2:30,4:0:0 chr15 80263406 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6439;QD=60.9747;RBI=0.0691893;REFB=0;REVB=-0.0375296;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136692;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr15 80454707 . G A 594.81 PASS AF=0.616279;AO=51;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0556639;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6724;QD=27.6657;RBI=0.0556696;REFB=0.0147643;REVB=0.000794422;RO=33;SAF=18;SAR=33;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166033;STB=0.594819;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00831815;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:33:51:53:0.616279:33:18:19:14:35:18:19:14 chr15 80672506 . T C 273.92 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0180606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9081;QD=15.218;RBI=0.0320136;REFB=-0.0121056;REVB=-0.0264327;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128141;STB=0.572555;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0134809;OID=.;OPOS=80672506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:19:12:21:20:19:12:21:20 chr15 80690335 . C T 202.85 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.027;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.884;QD=12.1103;RBI=0.0272601;REFB=-0.00854054;REVB=0.00375689;RO=42;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230542;STB=0.632987;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0174293;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:16:9:24:18:16:9:24:18 chr15 81212608 . G A 931.62 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00237717;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.128;QD=51.7564;RBI=0.0157722;REFB=-0.153995;REVB=-0.015592;RO=5;SAF=30;SAR=37;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201039;STB=0.510662;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00105999;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:72:72:5:5:67:67:0.930556:37:30:3:2:37:30:3:2 chr15 81271557 . C A 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0109306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.495;QD=29.8325;RBI=0.0171219;REFB=-0.0526567;REVB=0.0131788;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121516;STB=0.567204;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0259074;OID=.;OPOS=81271557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:7:13:4:5:7:13:4:5 chr15 81429012 . C T 268.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0647152;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1813;QD=13.5984;RBI=0.0715669;REFB=-0.00495753;REVB=-0.0305576;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268501;STB=0.66027;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00438849;OID=.;OPOS=81429012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:22:9:25:22:22:9:26:22 chr15 81440818 . C T 212.08 PASS AF=0.267241;AO=31;DP=116;FAO=31;FDP=116;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=63;FWDB=0.00656166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.029;QD=7.31314;RBI=0.00997328;REFB=-0.0187097;REVB=-0.00751072;RO=85;SAF=8;SAR=23;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121306;STB=0.500725;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0380253;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:85:85:31:31:0.267241:23:8:22:63:23:8:22:63 chr15 81575077 . G C 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00476484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.448;QD=7.0554;RBI=0.014772;REFB=-0.00757688;REVB=-0.0139825;RO=50;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12136;STB=0.579624;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0202189;OID=.;OPOS=81575077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:51:18:18:0.26087:9:9:30:20:9:9:31:20 chr15 81578133 . C A 969.31 PASS AF=0.597222;AO=86;DP=143;FAO=86;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.017918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2616;QD=26.9252;RBI=0.0238315;REFB=-0.00468817;REVB=-0.0157126;RO=57;SAF=40;SAR=46;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192486;STB=0.507132;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00265248;OID=.;OPOS=81578133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:57:58:86:86:0.597222:46:40:28:29:46:40:28:30 chr15 81578139 . C T 2026.11 PASS AF=0.957143;AO=134;DP=140;FAO=134;FDP=140;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0202816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.111;QD=57.8888;RBI=0.021174;REFB=-0.0573105;REVB=0.00608246;RO=5;SAF=62;SAR=72;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023126;STB=0.515933;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000202604;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:140:140:5:6:134:134:0.957143:72:62:4:1:72:62:5:1 chr15 81582868 . G A 1687.87 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.365;QD=60.2811;RBI=0.04713;REFB=0;REVB=0.0405657;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78131e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:61:47:0:0:61:51:0:0 chr15 81584925 . C T 217.62 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00910693;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.026;QD=13.3918;RBI=0.0135265;REFB=-0.0123186;REVB=0.0100015;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462359;STB=0.531077;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0102432;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:39:26:26:0.4:14:12:15:21:14:12:16:23 chr15 81600995 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.304;QD=59.8552;RBI=0.0308812;REFB=0;REVB=-0.00730061;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52295e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr15 81624768 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00896694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.457;QD=17.7534;RBI=0.0341646;REFB=-0.00239695;REVB=0.0329669;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110845;STB=0.56245;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00227729;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:13:14:10:15:13:14 chr15 81625385 . C T 344.26 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00723612;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.05;QD=24.1586;RBI=0.0088419;REFB=-0.0329639;REVB=-0.00508113;RO=23;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161289;STB=0.588812;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0195463;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:22:12:13:10:22:12:13:10 chr15 81636267 . C T 1051.92 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.196;QD=59.2631;RBI=0.0394714;REFB=0;REVB=0.0115818;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72949e-05;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:28:43:0:0 chr15 81637284 . G A 1296.83 PASS AF=0.55157;AO=123;DP=223;FAO=123;FDP=223;FR=.;FRO=100;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.00348153;FXX=0.00446409;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.642;QD=23.2615;RBI=0.00375334;REFB=-0.0194741;REVB=-0.00140233;RO=99;SAF=72;SAR=51;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165761;STB=0.507079;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0151664;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:99:100:123:123:0.55157:51:72:56:43:51:72:57:43 chr15 81650500 . G A 386.28 PASS AF=0.612903;AO=31;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00586489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.351;QD=24.9213;RBI=0.0155275;REFB=-0.00332216;REVB=0.0143772;RO=22;SAF=23;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978701;STB=0.508845;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.007985;OID=.;OPOS=81650500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:24:31:38:0.612903:8:23:14:8:15:23:14:10 chr15 82387862 . G C 219.77 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0316637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3233;QD=17.5819;RBI=0.0330529;REFB=-0.0527629;REVB=-0.00948174;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713905;STB=0.551613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0539566;OID=.;OPOS=82387862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:13:9:13:14:13:9:14:14 chr15 82443939 . G A 228.76 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0173924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1659;QD=11.7315;RBI=0.0272159;REFB=-0.0022538;REVB=0.0209334;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287306;STB=0.51204;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00527325;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:50:28:28:0.358974:10:18:32:16:10:18:33:17 chr15 82444437 . A G 1069.21 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255623;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.387;QD=60.2369;RBI=0.0255826;REFB=0;REVB=-0.00101816;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227731;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:37:34:0:0 chr15 82512118 . G A 335.66 PASS AF=0.376147;AO=39;DP=107;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0238613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.353;QD=12.3178;RBI=0.0240497;REFB=-0.00972026;REVB=0.00300377;RO=68;SAF=13;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223221;STB=0.603774;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0179884;OID=.;OPOS=82512118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:68:68:39:41:0.376147:26:13:36:32:26:15:36:32 chr15 82512429 . C G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.677;QD=56.9995;RBI=0.0867048;REFB=0;REVB=-0.0857971;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270175;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr15 82533686 . T G 286.94 PASS AF=0.34;AO=33;DP=99;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00719879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.082;QD=11.4777;RBI=0.0243135;REFB=-0.0110306;REVB=0.0232234;RO=65;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267228;STB=0.510632;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0207736;OID=.;OPOS=82533686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:65:66:33:34:0.34:16:17:35:30:16:18:36:30 chr15 82558034 . G C 123.41 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00442499;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.311;QD=7.25947;RBI=0.0090104;REFB=-0.00234233;REVB=-0.007849;RO=52;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702638;STB=0.529379;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00738594;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:52:50:18:18:0.264706:9:9:23:29:9:9:23:27 chr15 82563991 . C T 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0232595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.309;QD=14.8328;RBI=0.0267141;REFB=-0.00722173;REVB=-0.0131393;RO=48;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127147;STB=0.5072;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00961132;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:16:18:26:22:16:18:26:22 chr15 82637060 . C CT 216.54 PASS AF=1;AO=5;DP=31;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594865;FXX=0.451467;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.4806;QD=50.9493;RBI=0.0780108;REFB=0;REVB=0.0504682;RO=26;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00254908;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:31:17:17:0:15:2:0:0:3:26:5:0:10:16 chr15 82637061 . C T 325.66 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0571708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9244;QD=42.0205;RBI=0.123165;REFB=-0.220936;REVB=0.109092;RO=5;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184371;STB=0.599922;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0178701;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:31:31:5:5:26:26:0.83871:16:10:5:0:16:10:5:0 chr15 82637078 . C CT 312.21 PASS AF=1;AO=7;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903987;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.482;QD=48.0318;RBI=0.133489;REFB=0;REVB=-0.133183;RO=22;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0112069;OID=.;OPOS=82637079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:29:26:26:0:13:13:0:0:3:22:7:0:7:15 chr15 82637079 . C T 218.96 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0345216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.725;QD=31.2796;RBI=0.0373548;REFB=-0.185358;REVB=0.0142702;RO=7;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334488;STB=0.668944;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0113322;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:28:28:7:8:20:20:0.714286:14:6:7:0:14:6:7:1 chr15 83215251 . T C 86.58 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0105066;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=10.8225;RBI=0.0118221;REFB=-0.00745855;REVB=-0.00541981;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132937;STB=0.549045;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0715218;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:21:21:10:11:0.34375:5:5:13:8:5:6:13:8 chr15 83224696 . C T 2255.47 PASS AF=0.993333;AO=147;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106294;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.756;QD=60.1458;RBI=0.0135574;REFB=-0.126601;REVB=0.00841551;RO=1;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726061;STB=0.503759;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000165086;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:1:1:147:149:0.993333:65:82:0:1:66:83:0:1 chr15 83297138 . C T 302.15 PASS AF=0.409639;AO=31;DP=81;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000625303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.161;QD=14.5614;RBI=0.0295996;REFB=-0.0280641;REVB=0.029593;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233635;STB=0.66035;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0396384;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:47:49:31:34:0.409639:20:11:27:20:23:11:29:20 chr15 83677269 . TCAAA ATAAA,ATCAA,TCAA,TCA,TC 96.21 PASS AF=0,0.296296,0.703704,0,0;AO=2,2,4,7,4;DP=30;FAO=0,8,19,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,4,0,0;FSAR=0,2,15,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355648,-0.044286,-1.01736,-0.560588,-0.333957;FXX=0.0999667;HRUN=1,1,14,14,14;LEN=2,3,1,2,3;MLLD=90.7921,44.824,3.36939,5.92891,8.84332;QD=14.2539;RBI=0.036052,0.0442968,1.03055,0.567324,0.340555;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.00590643,-0.000974435,-0.164365,-0.0871687,-0.0667137;RO=4;SAF=0,0,1,4,2;SAR=2,2,3,3,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.569412,-0.569412,0,0.197383,0.201109;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,del,del;VARB=0,0.0947623,0.0488649,-0.175254,0.049523;OID=.,.,.,.,.;OPOS=83677269,83677269,83677271,83677271,83677271;OREF=TC,TCA,A,AA,AAA;OALT=AT,ATC,-,-,-;OMAPALT=ATAAA,ATCAA,TCAA,TCA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:32:30:27:4:0:2,2,4,7,4:0,8,19,0,0:0,0.296296,0.703704,0,0:2,2,3,3,2:0,0,1,4,2:1:3:0,2,15,0,0:0,6,4,0,0:0:0 chr15 83680287 . A G 2954.78 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409479;FXX=0.0209413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.668;QD=63.2038;RBI=0.04145;REFB=-0.103162;REVB=0.00643192;RO=1;SAF=96;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03349e-05;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:189:187:1:0:187:187:1:91:96:1:0:91:96:0:0 chr15 83698984 . C T 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0345227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9876;QD=12.7807;RBI=0.097897;REFB=0.0145521;REVB=-0.0916079;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217831;STB=0.636145;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0269865;OID=.;OPOS=83698984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:2:8:12:1:2:8:13:1 chr15 83781598 . CT TG 520.57 PASS AF=0.36;AO=63;DP=174;FAO=63;FDP=175;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.0270059;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.2149;QD=11.8986;RBI=0.0281715;REFB=-0.00529706;REVB=-0.00801964;RO=108;SAF=35;SAR=28;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501285;STBP=0.989;TYPE=mnp;VARB=0.00804996;OID=.;OPOS=83781598;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:108:112:63:63:0.36:28:35:60:48:28:35:62:50 chr15 84488636 . A G 1507.05 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.178;QD=59.6852;RBI=0.0259315;REFB=0;REVB=-0.00685023;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66218e-05;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:47:54:0:0 chr15 84493651 . T C 2387.01 PASS AF=0.987654;AO=157;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0643035;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.821;QD=58.9386;RBI=0.0662706;REFB=-0.115952;REVB=0.0160268;RO=3;SAF=91;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02113;STB=0.507245;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00504499;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:162:3:2:157:160:0.987654:66:91:0:3:68:92:0:2 chr15 84539619 . C G 1370.19 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0289675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2537;QD=58.9329;RBI=0.0446639;REFB=-0.127294;REVB=0.0339963;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108942;STB=0.51648;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00330026;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:93:1:3:89:90:0.967742:43:46:0:1:44:46:0:3 chr15 84581889 . G A 404.78 PASS AF=0.66;AO=32;DP=48;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0448188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9751;QD=32.3823;RBI=0.0463076;REFB=-0.0227076;REVB=0.0116477;RO=15;SAF=25;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162114;STB=0.511621;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0176595;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:15:17:32:33:0.66:7:25:12:3:7:26:13:4 chr15 84581904 . T C 784.39 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5216;QD=57.0465;RBI=0.120026;REFB=0;REVB=0.11752;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910504;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:12:43:0:0:12:43:0:0 chr15 84582124 . G T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.848;QD=56.9985;RBI=0.0271047;REFB=0;REVB=0.0269885;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22771e-05;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr15 84651185 . C A 359.4 PASS AF=0.457831;AO=29;DP=81;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00996003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.646;QD=17.3205;RBI=0.0212656;REFB=0.00341644;REVB=0.018789;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620681;STB=0.62234;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00488253;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:38:45:29:38:0.457831:15:14:16:22:15:23:17:28 chr15 84651290 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.394;QD=59.0182;RBI=0.0742875;REFB=0;REVB=0.0242305;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97526e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr15 84651381 . C T 203.59 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00429846;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5462;QD=23.2678;RBI=0.0931561;REFB=-0.00515536;REVB=0.0930569;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200963;STB=0.646896;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00934335;OID=.;OPOS=84651381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:15:18:20:0.571429:14:4:6:8:16:4:7:8 chr15 84706461 . C T 315.83 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00221958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.596;QD=15.2208;RBI=0.0231265;REFB=-0.00780749;REVB=-0.0230197;RO=48;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146189;STB=0.582862;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0170895;OID=.;OPOS=84706461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:12:23:25:23:12:23:25:23 chr15 84909385 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0417484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2172;QD=32.352;RBI=0.0418257;REFB=-0.0817789;REVB=0.00254192;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0197512;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr15 84911311 . G C 32.6 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0219221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8473;QD=1.97569;RBI=0.0409604;REFB=0.000629347;REVB=0.0346002;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312085;STB=0.737736;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000549219;OID=.;OPOS=84911311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:2:5:26:33:2:5:26:33 chr15 84958359 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0324838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8876;QD=5.7167;RBI=0.0350792;REFB=0.00195607;REVB=-0.0132422;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151162;STB=0.599733;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00638714;OID=.;OPOS=84958359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:10:18:6:2:10:18 chr15 84958367 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00666692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.976;QD=5.71704;RBI=0.00696661;REFB=-0.00182165;REVB=-0.00202134;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151162;STB=0.599733;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00748044;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:10:18:6:2:10:18 chr15 85149771 . G T 1149.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6742;QD=60.5236;RBI=0.0454915;REFB=0;REVB=0.0436492;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138743;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:40:34:0:0:42:34:0:0 chr15 85163998 . G C 913.5 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.342;QD=58.0002;RBI=0.0663593;REFB=0;REVB=0.0662015;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74372e-05;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:20:37:0:0:25:38:0:0 chr15 85188994 . T C 727.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5757;QD=57.0517;RBI=0.0276945;REFB=0;REVB=0.00927758;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012586;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr15 85198362 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.028;QD=45.8068;RBI=0.00839916;REFB=0;REVB=0.000241945;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34278e-05;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr15 85333953 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.95;QD=63.0524;RBI=0.0153757;REFB=0;REVB=0.0148717;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02504e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr15 85341859 . G A 475.63 PASS AF=0.521739;AO=46;DP=90;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0308995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.833;QD=20.6796;RBI=0.0347223;REFB=-0.0237343;REVB=0.0158385;RO=43;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115177;STB=0.500907;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0209694;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:43:44:46:48:0.521739:24:22:20:23:25:23:21:23 chr15 85360101 . T C 1547.15 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.044;QD=58.3829;RBI=0.017778;REFB=-0.110912;REVB=0.00118328;RO=1;SAF=50;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939623;STB=0.504853;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000447027;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:104:105:0.990566:54:50:1:0:54:51:1:0 chr15 85383839 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.107;QD=62.4653;RBI=0.0295826;REFB=0;REVB=0.00738099;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91183e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr15 85401259 . C T 1875.34 PASS AF=0.961832;AO=126;DP=132;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0135506;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9415;QD=57.2624;RBI=0.0277653;REFB=-0.102802;REVB=0.0242341;RO=3;SAF=47;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187464;STB=0.517729;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.011138;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:132:131:3:5:126:126:0.961832:79:47:1:2:80:46:4:1 chr15 85401419 . T C 1514.31 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.489;QD=59.9729;RBI=0.0318363;REFB=0;REVB=0.024435;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53109e-06;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:35:63:0:0:38:63:0:0 chr15 85411941 . A G 1171.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.274;QD=60.8796;RBI=0.0434085;REFB=0;REVB=-0.0151426;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80439e-05;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr15 85467275 . C T 922.62 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3733;QD=56.7763;RBI=0.0187113;REFB=-0.0955332;REVB=-0.0143552;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122662;STB=0.506491;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00113208;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:38:25:0:1:38:26:0:1 chr15 85476441 . G A 597.01 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.536;QD=58.2446;RBI=0.168309;REFB=0;REVB=0.0569712;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249132;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:41:0:0:35:41:1:34:1:0:0:38:3:0:0 chr15 85478410 . A G 715.44 PASS AF=1;AO=38;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.283;QD=56.1129;RBI=0.135992;REFB=0;REVB=-0.0603912;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867159;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:38:51:1:19:19:0:0:20:31:0:0 chr15 85478696 . C T 1060.86 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9663;QD=59.7668;RBI=0.0419007;REFB=0;REVB=0.02035;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356042;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:37:34:0:0 chr15 85607670 . G T 254.19 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0361116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3561;QD=13.0352;RBI=0.0405193;REFB=-0.00491367;REVB=-0.0183784;RO=48;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164609;STB=0.59453;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00651223;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:20:10:23:25:20:10:23:25 chr15 86087309 . T C 551.01 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00085047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.02;QD=26.8787;RBI=0.00602744;REFB=-0.0214176;REVB=0.00596714;RO=31;SAF=12;SAR=38;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156425;STB=0.59514;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0177918;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:32:50:50:0.609756:38:12:13:18:38:12:14:18 chr15 86122654 . T C,G 299.01 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=20,3;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305172,-0.0177232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.8017,114.65;QD=52.0012;RBI=0.0386917,0.0186381;REFB=0,0;REVB=-0.0385711,0.00576753;RO=0;SAF=7,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00594123,-0.0325464;OID=.,.;OPOS=86122654,86122654;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:20,3:21,2:0.913043,0.0869565:13,1:7,2:0:0:13,1:8,1:0:0 chr15 86122779 . T C 923.53 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.852;QD=56.8327;RBI=0.0252105;REFB=-0.153389;REVB=0.0179508;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000731353;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:34:30:0:0:34:30:1:0 chr15 86122916 . T C 1120.78 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.595;QD=58.9884;RBI=0.0463938;REFB=0.087614;REVB=0.0174421;RO=1;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108773;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00013801;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:43:32:0:1:43:32:0:1 chr15 86123019 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.452;QD=60.2302;RBI=0.0661783;REFB=0;REVB=0.0343294;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21614e-05;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr15 86123170 . G T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.043523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.468;QD=11.9536;RBI=0.0453967;REFB=-0.0282628;REVB=-0.0129078;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110679;STB=0.567382;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0441841;OID=.;OPOS=86123170;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:2:9:7:1:2:9 chr15 86123462 . T C 126.66 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00441988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.778;QD=11.259;RBI=0.0052868;REFB=-0.00253333;REVB=-0.00290085;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119572;STB=0.571331;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0058223;OID=.;OPOS=86123462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:5:10:17:13:5:10:17:13 chr15 86123833 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.271;QD=63.5825;RBI=0.0264306;REFB=0;REVB=0.0245622;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80168e-05;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr15 86123924 . C T 685.91 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.008;QD=58.3756;RBI=0.0684153;REFB=-0.0813449;REVB=0.0674313;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000503758;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:23:22:1:0:23:22:1:1 chr15 86123988 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0764;QD=57.5444;RBI=0.0433836;REFB=0;REVB=0.00897753;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034134;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr15 86124419 . C T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.475;QD=63.2843;RBI=0.0238712;REFB=0;REVB=-0.00136814;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109506;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr15 86124483 . C G 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0999;QD=56.9969;RBI=0.0609157;REFB=0;REVB=-0.0279314;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919015;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr15 86124555 . G A 1025.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.877;QD=59.4353;RBI=0.0474321;REFB=0;REVB=0.0108597;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94659e-05;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr15 86124946 . T C 505.82 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302585;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.428;QD=59.5082;RBI=0.0302845;REFB=0;REVB=0.00125266;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235296;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr15 86124968 . G A 619.97 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.247;QD=59.0449;RBI=0.037992;REFB=-0.034484;REVB=0.0358643;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000260488;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:0:1:21:20:0:1 chr15 86125031 . G A 1034.16 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0234649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.357;QD=54.4296;RBI=0.0280601;REFB=-0.161168;REVB=0.0153872;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.52777;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00167026;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:1:4:72:72:0.947368:38:34:1:0:38:34:4:0 chr15 86207863 . C T 476.84 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=-0.000936225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.877;QD=16.7311;RBI=0.0134547;REFB=-0.00920078;REVB=-0.0134221;RO=60;SAF=18;SAR=34;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125808;STB=0.575636;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0111799;OID=.;OPOS=86207863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:62:52:52:0.45614:34:18:14:46:34:18:14:48 chr15 86278309 . G A 966.52 PASS AF=0.615942;AO=85;DP=138;FAO=85;FDP=138;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0101046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.755;QD=28.0151;RBI=0.0170146;REFB=-0.0387837;REVB=0.0136892;RO=51;SAF=37;SAR=48;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247822;STB=0.506836;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0236052;OID=.;OPOS=86278309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:51:53:85:85:0.615942:48:37:24:27:48:37:24:29 chr15 86284577 . C T 193.9 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0311506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0715;QD=12.311;RBI=0.0315567;REFB=-0.0211185;REVB=0.00504596;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211741;STB=0.615286;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0127712;OID=.;OPOS=86284577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:8:16:18:20:8:16:19:20 chr15 86287867 . G A 337.93 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0408656;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7898;QD=22.5283;RBI=0.0417564;REFB=-0.0559328;REVB=0.00857881;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113333;STB=0.562464;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0419482;OID=.;OPOS=86287867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:26:26:34:34:0.566667:18:16:16:10:18:16:16:10 chr15 86288518 . G C 415.85 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.016272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6614;QD=23.4283;RBI=0.0993563;REFB=-0.074125;REVB=-0.0980148;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360016;STB=0.504321;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0338808;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:29:30:40:41:0.577465:17:23:18:11:16:25:18:12 chr15 86290940 . A C 423.81 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00599588;FXX=0.0270234;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.946;QD=23.5451;RBI=0.00840259;REFB=-0.0240778;REVB=-0.00588667;RO=28;SAF=13;SAR=28;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274422;STB=0.645629;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0220982;OID=.;OPOS=86290940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:31:41:41:0.569444:28:13:19:9:28:13:20:11 chr15 86292324 . G C 132.71 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00876359;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.045;QD=5.96463;RBI=0.0101685;REFB=-0.00325784;REVB=0.00515729;RO=68;SAF=8;SAR=12;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711014;STB=0.539131;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0102202;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:69:20:20:0.224719:12:8:31:37:12:8:31:38 chr15 86311695 . G A 662.94 PASS AF=0.609524;AO=55;DP=96;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0097747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.108;QD=25.255;RBI=0.0202035;REFB=-0.0143014;REVB=0.0176816;RO=40;SAF=36;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456836;STB=0.500156;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00913429;OID=.;OPOS=86311695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:105:40:41:55:64:0.609524:19:36:24:16:25:39:25:16 chr15 86312681 . G A 650.87 PASS AF=0.705128;AO=54;DP=77;FAO=55;FDP=78;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0229168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.258;QD=33.3777;RBI=0.0256947;REFB=-0.0196711;REVB=-0.0116208;RO=22;SAF=28;SAR=26;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107259;STB=0.552747;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0103908;OID=.;OPOS=86312681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:22:23:54:55:0.705128:26:28:7:15:26:29:8:15 chr15 86313048 . T C 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.116;QD=59.8452;RBI=0.0415306;REFB=0;REVB=-0.0125368;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73414e-05;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr15 86368898 . G A 157.66 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00596194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.39;QD=12.1279;RBI=0.0266855;REFB=-0.00195793;REVB=-0.026011;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063848;STB=0.537274;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00483264;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:19:14:7:12:19:14 chr15 86368959 . A T 327.34 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0419368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3696;QD=12.8368;RBI=0.076069;REFB=0.00818398;REVB=0.0634649;RO=60;SAF=16;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096881;STB=0.560944;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0116974;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:63:39:39:0.382353:23:16:30:30:23:16:32:31 chr15 86807761 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00988765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.546;QD=18.3009;RBI=0.00995399;REFB=-0.00793498;REVB=-0.00114733;RO=23;SAF=1;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59207;STB=0.851533;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0113359;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:19:1:9:14:19:1:9:14 chr15 86814866 . A G 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0328012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3388;QD=10.6664;RBI=0.0352496;REFB=-0.00860724;REVB=0.0129082;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0224061;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:28:28:0.333333:15:13:26:29:15:13:26:30 chr15 86940622 . T C 1966.36 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.72;QD=61.9326;RBI=0.0207616;REFB=0;REVB=0.0191711;RO=0;SAF=80;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.71351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206649;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:46:80:0:0:47:80:0:0 chr15 87217613 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.25;QD=57.3827;RBI=0.0319794;REFB=0;REVB=-0.0275285;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79112e-05;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 87531281 . A C 1606.39 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9027;QD=60.0519;RBI=0.0617796;REFB=0;REVB=0.059492;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219245;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr15 88476365 . G A 541.03 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=73;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.017822;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.101;QD=30.0572;RBI=0.0298434;REFB=-0.0229271;REVB=0.0239376;RO=24;SAF=24;SAR=24;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102508;STB=0.555533;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0131464;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:24:24:48:48:0.666667:24:24:16:8:24:24:16:8 chr15 88679785 . G A 1558.53 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918724;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.441;QD=59.9434;RBI=0.0562192;REFB=0;REVB=0.0554635;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7612e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr15 88680684 . G A 518.77 PASS AF=0.519608;AO=40;DP=104;FAO=53;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0275524;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.431;QD=20.3441;RBI=0.131463;REFB=-0.043103;REVB=0.128543;RO=49;SAF=26;SAR=14;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330725;STB=0.577831;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0465088;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:49:49:40:53:0.519608:14:26:32:17:27:26:32:17 chr15 89074337 . G A 207.1 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0225554;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6091;QD=22.3894;RBI=0.0227745;REFB=-0.0179068;REVB=0.00315145;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117295;STB=0.528273;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0114268;OID=.;OPOS=89074337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:6:14:11:5:6:14:11:6 chr15 89169858 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.831;QD=58.1417;RBI=0.020623;REFB=0;REVB=-0.0185325;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131379;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr15 89172558 . G C 1256.95 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018428;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.923;QD=62.0714;RBI=0.0187387;REFB=0;REVB=0.00339789;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47146e-05;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr15 89173657 . A G,T 727.54 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,47;DP=51;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,37;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204855,0.00258131;FXX=0.0535619;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.052,153.434;QD=54.9088;RBI=0.0517642,0.0661739;REFB=0,0;REVB=0.0517236,0.0661235;RO=0;SAF=2,35;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.04037e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0870085,0.00205243;OID=.,.;OPOS=89173657,89173657;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:51:53:0:0:3,47:3,50:0.0566038,0.943396:1,12:2,35:0:0:1,13:2,37:0:0 chr15 89173732 . T C 1444.01 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0540829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4151;QD=60.8003;RBI=0.0654572;REFB=-0.131204;REVB=0.0368738;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0031226;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:0:2:92:93:0.978947:37:55:0:0:38:55:2:0 chr15 89174748 . G C 785.83 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7579;QD=64.1492;RBI=0.0127995;REFB=0;REVB=-0.00108755;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140808;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr15 89193497 . A T 741.6 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0255125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.743;QD=52.9712;RBI=0.0262176;REFB=-0.0997362;REVB=0.00603963;RO=2;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303841;STB=0.516123;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0030328;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:30:24:0:2:30:24:0:2 chr15 89195178 . G C 1168.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.239;QD=60.7232;RBI=0.0226919;REFB=0;REVB=0.0191972;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50229e-05;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr15 89195245 . C T 968.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1219;QD=58.7139;RBI=0.0332732;REFB=0;REVB=0.0129979;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309333;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr15 89195526 . A G 1065.72 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170513;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.066;QD=60.0404;RBI=0.0175649;REFB=0;REVB=-0.0042162;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18103e-05;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr15 89386652 . G A 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00682643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9822;QD=7.04928;RBI=0.0160876;REFB=-0.0132211;REVB=-0.0145674;RO=30;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245358;STB=0.657876;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0531997;OID=.;OPOS=89386652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:2:8:19:11:2:8:19:11 chr15 89391160 . C A 374.42 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.013054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.793;QD=15.6008;RBI=0.0131685;REFB=-0.00240202;REVB=0.00173253;RO=56;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601084;STB=0.533882;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00304217;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:22:18:22:34:22:18:22:34 chr15 89392745 . T C 3552.86 PASS AF=1;AO=223;DP=228;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384551;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8192;QD=62.8824;RBI=0.0407448;REFB=0;REVB=-0.0134664;RO=0;SAF=110;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49896e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:226:0:0:223:226:1:113:110:0:0:114:112:0:0 chr15 89398105 . C T 131.27 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00630623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.104;QD=8.89987;RBI=0.00741569;REFB=-0.0121076;REVB=-0.00390179;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639674;STB=0.503813;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0258799;OID=.;OPOS=89398105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:10:8:18:23:10:8:18:23 chr15 89398330 . G A 43.81 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00261538;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.039;QD=5.65283;RBI=0.0244276;REFB=-0.000965268;REVB=0.0242872;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307772;STB=0.709819;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00245061;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:8:16:6:1:8:16 chr15 89398605 . G T 260.67 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00839915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.541;QD=14.2831;RBI=0.0116646;REFB=-0.026881;REVB=0.00809431;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268036;STB=0.652113;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0281517;OID=.;OPOS=89398605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:19:11:27:16:19:11:27:16 chr15 89398631 . T A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=19;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00394298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.933;QD=12.5627;RBI=0.00744856;REFB=-0.00502326;REVB=-0.00631933;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.664974;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0117388;OID=.;OPOS=89398631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:35:19:22:0.385965:10:9:21:8:13:9:24:11 chr15 89400339 . A C 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0287114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.368;QD=12.7979;RBI=0.0311225;REFB=-0.0171944;REVB=-0.0120111;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264382;STB=0.522371;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0277788;OID=.;OPOS=89400339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:26:26:0.38806:13:13:21:19:13:13:22:19 chr15 89401109 . A G 535.99 PASS AF=0.402597;AO=61;DP=153;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.00767794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.331;QD=13.9219;RBI=0.0103441;REFB=0.00186251;REVB=0.00693184;RO=87;SAF=30;SAR=31;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086707;STB=0.554934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00263267;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:87:92:61:62:0.402597:31:30:50:37:32:30:53:39 chr15 89401615 . T G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0479892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.097;QD=9.65109;RBI=0.0480314;REFB=-0.027235;REVB=0.00201225;RO=33;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355428;STB=0.66854;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0319998;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:33:13:14:0.297872:10:3:17:16:10:4:17:16 chr15 89402051 . A G 67.92 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00069387;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.723;QD=12.3496;RBI=0.00278213;REFB=0.005206;REVB=0.00269422;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0072455;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:3:10:6:3:3:10 chr15 89402239 . T C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0385947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.092;QD=8.37074;RBI=0.0386462;REFB=-0.00420375;REVB=-0.0019955;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.558034;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0109429;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:13:15:5:6:13:15 chr15 89402596 . T G 250.9 PASS AF=0.37037;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0035582;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.327;QD=12.3901;RBI=0.0173934;REFB=-0.0195998;REVB=-0.0170256;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781862;STB=0.559961;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0544218;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:44:51:29:30:0.37037:15:14:18:26:16:14:19:32 chr15 89417238 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0125708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.185;QD=24.1066;RBI=0.0167664;REFB=-0.0138631;REVB=-0.0110945;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246997;STB=0.635663;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00965899;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:2:17:15:9:2:17 chr15 89421327 . A G 301.26 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0256707;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2869;QD=14.0118;RBI=0.0307414;REFB=-0.0146444;REVB=-0.016913;RO=50;SAF=7;SAR=27;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161321;STB=0.598828;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0183245;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:52:34:34:0.395349:27:7:16:34:27:7:17:35 chr15 89422286 . C T 195.32 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0062602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.73;QD=13.9514;RBI=0.0522882;REFB=-0.0293279;REVB=0.0519121;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234333;STB=0.618798;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0431398;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:10:13:25:7:10:13:25:8 chr15 89430506 . C T 343.3 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0809155;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.651;QD=17.3822;RBI=0.0826154;REFB=-0.0167331;REVB=0.016673;RO=40;SAF=9;SAR=27;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143316;STB=0.595363;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0200306;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:43:36:36:0.455696:27:9:15:25:27:9:17:26 chr15 89436244 . T C 258.91 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0169705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4094;QD=14.1868;RBI=0.0342616;REFB=-0.00788234;REVB=-0.0297634;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176005;STB=0.599934;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0177273;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:29:30:0.410959:13:16:16:26:13:17:17:26 chr15 89436295 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.000108038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.737;QD=13.8305;RBI=0.00461179;REFB=-0.00425555;REVB=0.00461052;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218097;STB=0.623521;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00547841;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:12:27:13:14:12:27 chr15 89450003 . G A 138.58 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0720992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6804;QD=19.7964;RBI=0.0723082;REFB=0.00888771;REVB=0.00549472;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148635;STB=0.585459;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0162698;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:3:10:13:2:3:10 chr15 89450546 . C T 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00199888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.816;QD=18.4876;RBI=0.0418901;REFB=-0.0116626;REVB=0.0418423;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152576;STB=0.586389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0126741;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:16:10:12:10:16:10 chr15 89450587 . G T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0128935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.737;QD=10.1405;RBI=0.0326186;REFB=-0.011746;REVB=-0.0299622;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107077;STB=0.56475;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0257813;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:17:11:4:9:17:11 chr15 89739259 . G C 101.18 PASS AF=0.225352;AO=17;DP=72;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0899721;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.275;QD=5.70038;RBI=0.0899731;REFB=-0.00204019;REVB=0.000420028;RO=54;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117361;STB=0.549388;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0134052;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:54:55:17:16:0.225352:11:6:24:30:10:6:24:31 chr15 89740094 . G A 571.71 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0260365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1501;QD=23.0994;RBI=0.0262204;REFB=-0.0127505;REVB=-0.00310014;RO=44;SAF=36;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195878;STB=0.609389;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0102763;OID=.;OPOS=89740094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:46:53:53:0.535354:17:36:20:24:17:36:21:25 chr15 89740373 . G C 489.74 PASS AF=0.741379;AO=38;DP=53;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0268225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.058;QD=33.7753;RBI=0.038424;REFB=-0.0473057;REVB=0.0275129;RO=15;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196231;STB=0.611598;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00577735;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:15:15:38:43:0.741379:22:16:12:3:27:16:12:3 chr15 89740384 . T G 652.94 PASS AF=0.743243;AO=51;DP=72;FAO=55;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0326432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0473;QD=35.2942;RBI=0.041302;REFB=-0.0375495;REVB=0.0253037;RO=19;SAF=24;SAR=27;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159712;STB=0.590011;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00521195;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:19:19:51:55:0.743243:27:24:15:4:31:24:15:4 chr15 89740469 . T C 699.38 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0216831;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.673;QD=31.4329;RBI=0.0228945;REFB=-0.0243726;REVB=-0.00734855;RO=30;SAF=30;SAR=29;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988434;STB=0.553417;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0135423;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:30:59:59:0.662921:29:30:20:10:29:30:20:10 chr15 89740616 . G A,T 2026.68 PASS AF=0.955882,0.0367647;AO=123,5;DP=131;FAO=130,5;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=73,2;FSAR=57,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263948,-0.00141458;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.6971,14.3697;QD=59.6083;RBI=0.0264735,0.0297098;REFB=0.0260286,-0.0990007;REVB=-0.00204,-0.0296761;RO=0;SAF=70,2;SAR=53,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.66488e-08,0;STB=0.504347,0.571154;STBP=0.297,0.616;TYPE=snp,snp;VARB=0.00378864,0.0871987;OID=.,.;OPOS=89740616,89740616;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:131:136:0:1:123,5:130,5:0.955882,0.0367647:53,3:70,2:0:0:57,3:73,2:0:1 chr15 89744476 . G T 2419.18 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.283;QD=61.245;RBI=0.0327278;REFB=0;REVB=0.00252294;RO=0;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6709e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:158:0:0:153:158:1:80:73:0:0:81:77:0:0 chr15 89804043 . C T 1026.29 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6637;QD=59.4949;RBI=0.0671647;REFB=0;REVB=-0.024271;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702103;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr15 89806710 . C T 637.57 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0842764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2558;QD=47.2275;RBI=0.0846967;REFB=-0.182822;REVB=0.00842703;RO=5;SAF=21;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997335;STB=0.55317;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00739733;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:54:54:5:5:49:49:0.907407:28:21:5:0:28:21:5:0 chr15 89836228 . G C 715.37 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1755;QD=62.206;RBI=0.0471114;REFB=0;REVB=0.00196321;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994599;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr15 89838236 . G A 1483.66 PASS AF=0.989583;AO=90;DP=91;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0523506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8475;QD=61.8191;RBI=0.0586116;REFB=0.00573302;REVB=-0.0263579;RO=1;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014145;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000487949;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:96:1:1:90:95:0.989583:33:57:0:1:38:57:0:1 chr15 89838318 . A T 455.73 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00889212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.884;QD=25.675;RBI=0.00991491;REFB=0.00526643;REVB=-0.00438585;RO=28;SAF=15;SAR=28;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618969;STB=0.533882;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00380179;OID=.;OPOS=89838318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:28:15:12:16:28:15:12:16 chr15 89858602 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.145;QD=58.7797;RBI=0.0413939;REFB=0;REVB=0.0329679;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160409;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr15 89878377 . A T 1972.32 PASS AF=0.956204;AO=131;DP=138;FAO=131;FDP=137;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0366151;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.32;QD=57.586;RBI=0.0603691;REFB=0.0650481;REVB=-0.0479975;RO=6;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412647;STB=0.521736;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00100955;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:138:137:6:6:131:131:0.956204:66:65:0:6:66:65:0:6 chr15 90167658 . G A 167.3 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0406628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9161;QD=11.7405;RBI=0.0411212;REFB=-0.0032902;REVB=0.00612347;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085668;STB=0.532523;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00760218;OID=.;OPOS=90167658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:11:9:19:17:11:10:19:17 chr15 90210257 . G A 529.54 PASS AF=0.365169;AO=62;DP=177;FAO=65;FDP=178;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=0.00859127;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.012;QD=11.8998;RBI=0.0087663;REFB=-0.0256715;REVB=-0.00174305;RO=114;SAF=34;SAR=28;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163224;STB=0.597813;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0317695;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:114:113:62:65:0.365169:28:34:46:68:29:36:45:68 chr15 90210263 . A G 497.08 PASS AF=0.355932;AO=53;DP=167;FAO=63;FDP=177;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=0.0029656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.275;QD=11.2334;RBI=0.0125267;REFB=-0.0403314;REVB=0.0121705;RO=107;SAF=34;SAR=19;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265621;STB=0.591503;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.022676;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:177:107:114:53:63:0.355932:19:34:44:63:28:35:47:67 chr15 90213229 . G C 153.41 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00647275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.564;QD=8.89359;RBI=0.0085909;REFB=-0.023383;REVB=0.00564864;RO=48;SAF=14;SAR=7;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0487553;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:7:14:32:16:7:14:32:16 chr15 90226947 . C A 214.85 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.00142228;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1859;QD=10.6098;RBI=0.00349832;REFB=0.00325535;REVB=0.00319615;RO=54;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271495;STB=0.656728;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00962027;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:12:15:17:37:12:15:17:37 chr15 90320496 . T C 713.43 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0809343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6892;QD=20.6791;RBI=0.082863;REFB=-0.0142527;REVB=-0.0177743;RO=67;SAF=32;SAR=38;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844631;STB=0.542845;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0107999;OID=.;OPOS=90320496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:67:68:70:70:0.507246:38:32:37:30:38:32:37:31 chr15 90344352 . T C 212.05 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0116097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8681;QD=27.3606;RBI=0.0254223;REFB=0.00745639;REVB=-0.0226166;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947799;STB=0.552578;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00846395;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:6:5:12:8:6:5 chr15 90346861 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0528766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.001;QD=14.658;RBI=0.0557499;REFB=-0.0659091;REVB=-0.0176666;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330187;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0177104;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:11:6:9:4:11:6 chr15 90349558 . C T 477.1 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.0197927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.151;QD=13.829;RBI=0.0199257;REFB=-0.00836533;REVB=0.00229878;RO=82;SAF=28;SAR=26;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1379;STB=0.583529;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0123181;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:84:54:54:0.391304:26:28:53:29:26:28:55:29 chr15 90623052 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.386;QD=59.0182;RBI=0.0194147;REFB=0;REVB=0.0157695;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49606e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr15 90628537 . G A 370.86 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4094;QD=52.9794;RBI=0.104458;REFB=-0.0973498;REVB=0.0756087;RO=1;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838952;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:28:1:0:26:28:1:5:21:0:1:7:21:0:0 chr15 90673809 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0100278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.398;QD=18.2506;RBI=0.0223346;REFB=-0.00149375;REVB=0.0199569;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199128;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:4:11:11:4:4:11:11:4 chr15 90760991 . T C 359.41 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00113185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.028;QD=19.9671;RBI=0.0113548;REFB=-0.0324276;REVB=-0.0112982;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219626;STB=0.512188;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0274301;OID=.;OPOS=90760991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:21:16:16:19:21:16:16:19 chr15 90768320 . C T 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=49;FWDB=0.00257451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.126;QD=9.81293;RBI=0.0126265;REFB=-0.00764093;REVB=0.0123612;RO=56;SAF=3;SAR=23;SRF=7;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266335;STB=0.515683;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0145983;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:23:3:7:49:23:3:7:49 chr15 90768959 . A C 767.3 PASS AF=0.595041;AO=72;DP=121;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0191099;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.81;QD=25.3652;RBI=0.0249142;REFB=-0.00935895;REVB=-0.0159852;RO=48;SAF=42;SAR=30;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158191;STB=0.512088;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00778719;OID=.;OPOS=90768959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:48:49:72:72:0.595041:30:42:29:19:30:42:30:19 chr15 90771704 . G A 334.11 PASS AF=0.7;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00285937;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.525;QD=33.4112;RBI=0.00822269;REFB=-0.0194403;REVB=0.00770952;RO=12;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212181;STB=0.616711;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00426262;OID=.;OPOS=90771704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:40:12:12:27:28:0.7:12:15:11:1:13:15:11:1 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 1193.26 PASS AF=0.365854,0,0.634146;AO=17,19,45;DP=81;FAO=30,0,52;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,38;FSAR=18,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795262,0.00454659,0.00724063;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=107.955,93.2994,111.634;QD=58.2077;RBI=0.0153823,0.00914514,0.0175913;REFB=0,0,0;REVB=0.0131671,0.00793487,0.0160321;RO=0;SAF=2,16,31;SAR=15,3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.95117e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0264562,0,-0.00377691;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.365854,0,0.634146:17,19,45:81:30,0,52:82:0:12,0,38:18,0,14:0:0:99:0:2,16,31:15,3,14:0:0 chr15 90772156 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00576107;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=340.421;QD=15.419;RBI=0.00668143;REFB=-0.00187311;REVB=0.00338402;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911207;STB=0.551597;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00218691;OID=.;OPOS=90772156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:18:24:21:11:18:24 chr15 90772200 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000102985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.453;QD=17.6173;RBI=0.00169637;REFB=-0.034987;REVB=-0.00169324;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0349849;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:11:16:13:11:11:16 chr15 90772831 . C T 772.01 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7896;QD=61.7607;RBI=0.0305024;REFB=-0.153538;REVB=-0.0277974;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136428;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00406312;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:34:15:0:1:34:15:0:1 chr15 90774259 . G C 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00815781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.821;QD=7.48043;RBI=0.00891407;REFB=-0.00880952;REVB=0.00359316;RO=34;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345585;STB=0.69965;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0343128;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:34:36:12:12:0.25:9:3:18:16:9:3:18:18 chr15 90774447 . TAGAG T 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042956;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.299;QD=55.6969;RBI=0.0539641;REFB=0;REVB=0.0326635;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000249502;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:26:26:0:13:13:0:0:4:0:13:13:0:0 chr15 90784207 . A G 1870.93 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.988;QD=60.8432;RBI=0.0281318;REFB=0;REVB=0.0179905;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80289e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:123:0:0:112:123:1:44:68:0:0:51:72:0:0 chr15 90784250 . T C 1662.19 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159489;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.033;QD=60.4433;RBI=0.0389879;REFB=0;REVB=0.0355765;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15441e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr15 90794102 . G A 174.86 PASS AF=0.514286;AO=13;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0039468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.151;QD=19.9838;RBI=0.048682;REFB=-0.0308922;REVB=0.0485218;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.627306;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0341188;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:17:13:18:0.514286:8:5:10:8:12:6:10:7 chr15 90794757 . T G 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0195509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.448;QD=23.1236;RBI=0.0489423;REFB=0.00720066;REVB=0.0448678;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708028;STB=0.539163;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00161979;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:11:19:12:10:11:19:12:10 chr15 90794845 . G A 294.14 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0477985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.656;QD=28.0132;RBI=0.047799;REFB=-0.0150759;REVB=0.000216255;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096893;STB=0.553464;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0103192;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:11:15:7:9:11:15:7:9 chr15 90796558 . G A 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00917713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3377;QD=14.7943;RBI=0.0306165;REFB=0.0114775;REVB=0.0292088;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136183;STB=0.578859;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0137575;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:14:13:11:7:14:13 chr15 90800408 . C G 132.2 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.019138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6093;QD=9.61464;RBI=0.0194161;REFB=0.00152942;REVB=-0.00327455;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281712;STB=0.667999;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000522487;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:16:16:0.290909:6:10:14:23:6:10:14:23 chr15 90800449 . C T 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0501359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.542;QD=10.8099;RBI=0.058445;REFB=-0.00699373;REVB=-0.0300369;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641151;STB=0.537533;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00938204;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:10:9:15:21:10:9:15:21 chr15 90809633 . G A 549.32 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5109;QD=59.3855;RBI=0.0329087;REFB=0;REVB=0.00512516;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139016;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:14:21:0:0:15:22:0:0 chr15 90818400 . A T 39.59 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00711502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6622;QD=13.1959;RBI=0.0257746;REFB=-0.00163485;REVB=-0.0247731;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045125;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr15 90818469 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0329227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.97;QD=6.92929;RBI=0.0423542;REFB=-0.015888;REVB=-0.0266453;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0301495;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:9:6:2:4:9:6 chr15 90818641 . G C 44.49 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.022432;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.496;QD=5.23464;RBI=0.0392513;REFB=-0.0178865;REVB=-0.0322098;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192232;STB=0.512784;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0363248;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:35:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:12:15:4:3:12:15 chr15 90818827 . G A 59.82 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0127594;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.589;QD=7.47748;RBI=0.0343076;REFB=-0.0158296;REVB=0.0318467;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283241;STB=0.671209;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.10412;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:33:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:18:5:4:5:18:5 chr15 90819132 . C T 95.07 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00166294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.206;QD=10.8648;RBI=0.0144967;REFB=-0.0266724;REVB=-0.014401;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267055;STB=0.677145;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0233028;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:35:23:23:11:12:0.342857:5:6:7:16:5:7:7:16 chr15 90819641 . A C 888.49 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3336;QD=56.412;RBI=0.0270022;REFB=-0.0360947;REVB=-0.0229987;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00217454;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:22:40:0:0:22:40:0:1 chr15 90819876 . TG CG,CT 367.83 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251295,0.000329365;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.4084,130.246;QD=54.4935;RBI=0.0730408,0.0223328;REFB=0,0;REVB=0.0685818,0.0223304;RO=0;SAF=16,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00940741,0.0437924;OID=.,.;OPOS=90819876,90819876;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:9,2:16,0:0:0:9,2:16,0:0:0 chr15 90820063 . T C 270.71 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00499652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.945;QD=30.9387;RBI=0.041113;REFB=-0.0198168;REVB=-0.0408082;RO=11;SAF=18;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238728;STB=0.635134;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0106547;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:23:24:0.685714:5:18:5:6:5:19:5:6 chr15 90820721 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0184551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.049;QD=12.9748;RBI=0.0227679;REFB=-0.00143314;REVB=-0.0133335;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228726;STB=0.633127;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00173829;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:13:5:6:6:13:5 chr15 90892293 . C T 2511.12 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6907;QD=61.6227;RBI=0.0266001;REFB=0;REVB=0.0216089;RO=0;SAF=58;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115558;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:162:163:1:104:58:0:0:104:59:0:0 chr15 90903311 . A G 558.37 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0132033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.398;QD=51.9417;RBI=0.0170544;REFB=-0.0728884;REVB=0.0107948;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.50605;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00518784;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:1:4:39:39:0.906977:17:22:0:1:17:22:2:2 chr15 91185971 . G A 152.48 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.017455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5651;QD=11.959;RBI=0.0300091;REFB=-0.020851;REVB=0.0244104;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174736;STB=0.509793;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0382982;OID=.;OPOS=91185971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:31:33:18:18:0.352941:9:9:15:16:9:9:17:16 chr15 91185994 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.803;QD=64.4107;RBI=0.0269264;REFB=0;REVB=-0.0240347;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52402e-05;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr15 91428290 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.673;QD=63.2865;RBI=0.0451926;REFB=0;REVB=0.0389509;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148018;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr15 91428589 . T G 1148.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.93;QD=60.4524;RBI=0.0215439;REFB=0;REVB=0.0155387;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99408e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:33:40:0:0:33:43:0:0 chr15 91428636 . G A 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.57;QD=59.8508;RBI=0.0740747;REFB=0;REVB=0.0716501;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195383;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr15 91430436 . T C 1416.26 PASS AF=0.98913;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.655;QD=61.5767;RBI=0.02888;REFB=0.00123507;REVB=0.0269959;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.506328;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=5.7102e-06;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:92:0:1:87:91:0.98913:48:39:0:0:52:39:1:0 chr15 91452595 . A G 692.16 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00227803;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.553;QD=32.96;RBI=0.0116454;REFB=0.00156404;REVB=-0.0114204;RO=25;SAF=21;SAR=37;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697061;STB=0.545045;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0011389;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:25:26:58:58:0.690476:37:21:12:13:37:21:13:13 chr15 91474236 . T C 244.73 PASS AF=0.519231;AO=23;DP=49;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.015922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.446;QD=18.8251;RBI=0.0159223;REFB=-0.0187777;REVB=9.46915e-05;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217165;STB=0.574413;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0203559;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:24:25:23:27:0.519231:8:15:10:14:12:15:10:15 chr15 91474738 . G C 895.5 PASS AF=0.554054;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=148;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0104134;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.402;QD=24.2027;RBI=0.0117186;REFB=-0.0243043;REVB=0.00537459;RO=64;SAF=50;SAR=32;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523864;STB=0.529726;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0202074;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:64:66:82:82:0.554054:32:50:35:29:32:50:36:30 chr15 91478544 . A C 68.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0355023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4545;QD=14.3262;RBI=0.0490552;REFB=-0.0157941;REVB=-0.0338527;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0181276;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:6:3:3:6:7:3 chr15 91509592 . T C 403.17 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.105087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1837;QD=24.8103;RBI=0.107181;REFB=0.0119828;REVB=-0.0210823;RO=26;SAF=14;SAR=25;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072925;STB=0.539857;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0147493;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:25:14:7:19:25:14:7:19 chr15 91524841 . G T 1438.46 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224131;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.148;QD=62.5417;RBI=0.00326433;REFB=0;REVB=-0.00237327;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03557e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:92:0:0:90:92:1:47:43:0:0:47:45:0:0 chr15 91525197 . C T 233.52 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0583032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.077;QD=24.5813;RBI=0.0618718;REFB=-0.0446691;REVB=-0.0207088;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345072;STB=0.519213;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0282747;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:8:8:12:10:8:8 chr15 91543761 . C T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0269992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.214;QD=22.8294;RBI=0.034995;REFB=-0.00648487;REVB=0.0222643;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753894;STB=0.542318;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00258696;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:3:7:9:6:3:7 chr15 91548601 . G A 203.07 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00986532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.995;QD=14.2502;RBI=0.017201;REFB=-0.00213648;REVB=0.0140908;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204465;STB=0.616642;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00218032;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:9:15:14:19:9:15:14:19 chr15 91795124 . G A 619.83 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00897407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.446;QD=24.5478;RBI=0.0423568;REFB=-0.0350864;REVB=0.0413952;RO=42;SAF=30;SAR=29;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084474;STB=0.54605;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0171628;OID=.;OPOS=91795124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:29:30:26:16:29:30:26:16 chr15 91825027 . C T 340.41 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0150516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.637;QD=18.1551;RBI=0.0191883;REFB=-0.00187749;REVB=0.0119013;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131588;STB=0.573293;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00122417;OID=.;OPOS=91825027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:14:25:18:18:14:25 chr15 91827264 . C T 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0148589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.708;QD=18.6865;RBI=0.0209566;REFB=-0.000457869;REVB=-0.0147781;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164659;STB=0.602386;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000255445;OID=.;OPOS=91827264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:51:45:45:0.46875:17:28:22:27:17:28:22:29 chr15 91836645 . G A 819.98 PASS AF=0.580153;AO=75;DP=132;FAO=76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0373023;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.487;QD=25.0376;RBI=0.0435146;REFB=0.00230366;REVB=-0.0224067;RO=53;SAF=37;SAR=38;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102881;STB=0.557237;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00303244;OID=.;OPOS=91836645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:53:55:75:76:0.580153:38:37:19:34:38:38:20:35 chr15 91836683 . T C 1640.38 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.546;QD=60.1976;RBI=0.0456701;REFB=0;REVB=0.0385;RO=0;SAF=43;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42487e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:66:43:0:0:66:43:0:0 chr15 92638193 . G A 840.71 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0240803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.364;QD=22.419;RBI=0.0245985;REFB=-0.0216322;REVB=-0.00502231;RO=69;SAF=34;SAR=45;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163571;STB=0.516528;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0199498;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:69:71:79:79:0.526667:45:34:31:38:45:34:33:38 chr15 92647645 . G C 739.97 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.341;QD=62.9761;RBI=0.104021;REFB=0;REVB=-0.0116264;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340573;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:39:47:1:33:6:0:0:37:10:0:0 chr15 93015427 . G A 333.96 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.01584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0855;QD=14.2109;RBI=0.0337629;REFB=0.0049695;REVB=-0.0298166;RO=57;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818301;STB=0.546533;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00894504;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:16:21:28:29:16:21:28:29 chr15 93198671 . A G 845.55 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.046;QD=57.3254;RBI=0.0603176;REFB=0;REVB=-0.00279601;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000634494;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 683.31 PASS AF=0.822222,0.177778;AO=28,8;DP=44;FAO=37,8;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=19,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322527,-0.02048;FXX=0.09998;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=213.562,122.049;QD=60.7382;RBI=0.0381447,0.0243598;REFB=0,0;REVB=0.0203663,-0.0131897;RO=0;SAF=10,1;SAR=18,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00464782,-0.00703394;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.822222,0.177778:28,8:44:37,8:45:0:18,1:19,7:0:0:52:0:10,1:18,7:0:0 chr15 93447631 . T G 897.58 PASS AF=1;AO=40;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193712;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.284;QD=56.0986;RBI=0.0228976;REFB=0;REVB=-0.0122089;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278653;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:40:64:1:16:24:0:0:27:37:0:0 chr15 93510603 . A G 1349.4 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.647;QD=59.9735;RBI=0.0358689;REFB=-0.139722;REVB=0.0129968;RO=1;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885716;STB=0.502369;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000293967;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:1:2:87:88:0.977778:53:34:0:1:53:35:1:1 chr15 93521604 . A G 1379.04 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0174939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.633;QD=53.0401;RBI=0.0177642;REFB=0.0180391;REVB=0.00308724;RO=6;SAF=60;SAR=38;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506043;STB=0.52674;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000221905;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:104:104:6:6:98:98:0.942308:38:60:1:5:38:60:1:5 chr15 93536197 . C T 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00883976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.491;QD=20.8906;RBI=0.0248947;REFB=-0.0346325;REVB=-0.0232724;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124781;STB=0.576225;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0305281;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:16:16:9:17:16:16:9:18 chr15 93567864 . A C 811.21 PASS AF=0.616667;AO=74;DP=120;FAO=74;FDP=120;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=67;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0212178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.956;QD=27.0402;RBI=0.02167;REFB=-0.00246862;REVB=-0.00440433;RO=45;SAF=7;SAR=67;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263846;STB=0.642883;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00123984;OID=.;OPOS=93567864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:45:46:74:74:0.616667:67:7:12:33:67:7:12:34 chr15 93570241 . T C 2881.9 PASS AF=0.978947;AO=186;DP=190;FAO=186;FDP=190;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=114;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0130489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.933;QD=60.6716;RBI=0.0153384;REFB=-0.140755;REVB=0.00806183;RO=0;SAF=72;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508021;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000289778;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:190:190:0:4:186:186:0.978947:114:72:0:0:114:72:3:1 chr15 93586633 . G A 1047.61 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317007;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.897;QD=59.8636;RBI=0.0330015;REFB=0;REVB=0.00917423;RO=0;SAF=50;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20945e-05;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:18:50:0:0:18:52:0:0 chr15 93588289 . G A 316.27 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0376273;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=131.43;QD=45.1808;RBI=0.115585;REFB=-0.0737507;REVB=0.109289;RO=1;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617183;STB=0.507037;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00159264;OID=.;OPOS=93588289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:1:3:25:25:0.892857:7:18:0:1:7:18:2:1 chr15 93588336 . A C 1171.89 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.914;QD=60.8776;RBI=0.038913;REFB=0;REVB=0.0331736;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220256;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr15 93609460 . A T 1716.99 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.425;QD=59.7213;RBI=0.0392948;REFB=0;REVB=-0.0381233;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003657;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:115:0:0:112:115:1:56:56:0:0:58:57:0:0 chr15 93616933 . C G 1085.12 PASS AF=0.573864;AO=101;DP=176;FAO=101;FDP=176;FR=.;FRO=75;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00651992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2037;QD=24.6618;RBI=0.0238198;REFB=0.000235852;REVB=0.0229101;RO=75;SAF=64;SAR=37;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206397;STB=0.612278;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-9.24978e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:75:75:101:101:0.573864:37:64:28:47:37:64:28:47 chr15 93616975 . A G 614.76 PASS AF=0.571429;AO=53;DP=95;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0034535;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.407;QD=25.0921;RBI=0.00467288;REFB=-0.00332433;REVB=-0.00314788;RO=42;SAF=33;SAR=20;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355821;STB=0.689591;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00560208;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:42:42:53:56:0.571429:20:33:7:35:21:35:7:35 chr15 93632123 . T C 74.87 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0147;QD=37.4344;RBI=0.0448808;REFB=0;REVB=-0.0395858;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373637;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr15 93750256 . G T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.51;QD=57.2016;RBI=0.0158507;REFB=0;REVB=0.00652732;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57505e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr15 94304132 . C T 125.55 PASS AF=0.298246;AO=12;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0209768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8841;QD=8.81057;RBI=0.0467088;REFB=-0.000580351;REVB=-0.0417335;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159385;STB=0.617331;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00199459;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:39:12:17:0.298246:5:7:22:9:9:8:25:14 chr15 94304189 . T C 246.29 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0228204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.199;QD=11.1949;RBI=0.0260075;REFB=-0.0246043;REVB=0.0124748;RO=54;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511356;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0676661;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:58:30:30:0.340909:15:15:27:27:15:15:30:28 chr15 94841691 . G A 360.12 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=55;FWDB=-0.0842443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.338;QD=15.0049;RBI=0.0851699;REFB=-0.00260126;REVB=0.012523;RO=57;SAF=3;SAR=36;SRF=2;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185239;STB=0.602606;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00435506;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:36:3:2:55:36:3:2:55 chr15 94884108 . G C 802.17 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0340658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1;QD=21.1096;RBI=0.0390909;REFB=0.00867009;REVB=0.0191734;RO=70;SAF=45;SAR=35;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779615;STB=0.542964;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00816723;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:70:72:80:80:0.526316:35:45:33:37:35:45:34:38 chr15 94945704 . A G 293.72 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00968809;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1211;QD=14.686;RBI=0.0168405;REFB=-0.00984011;REVB=0.0137748;RO=44;SAF=24;SAR=9;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560769;STB=0.547915;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0312684;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:47:33:33:0.4125:9:24:30:14:9:24:31:16 chr15 94945719 . G T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.363;QD=62.1622;RBI=0.0189233;REFB=0;REVB=0.00797849;RO=0;SAF=60;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52903e-05;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:25:60:0:0:25:60:0:0 chr15 97896933 . A C 362.62 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00501619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.65;QD=20.7213;RBI=0.0115497;REFB=-0.00794977;REVB=0.0104035;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191119;STB=0.510583;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00719988;OID=.;OPOS=97896933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:21:16:15:18:21:16:15:18 chr15 98015489 . A G 940.74 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334191;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.634;QD=58.7963;RBI=0.0335144;REFB=0;REVB=0.00252593;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144235;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr15 98513845 . T C 1689.65 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.079;QD=60.3447;RBI=0.0425315;REFB=0;REVB=0.0307466;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95004e-05;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:50:60:0:0:51:61:0:0 chr15 98995081 . A G 1881.99 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=121;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00149503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.351;QD=60.7094;RBI=0.0406266;REFB=-0.0266791;REVB=0.0405991;RO=0;SAF=72;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=3.21887e-05;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:124:0:1:120:123:0.991935:48:72:0:0:49:74:0:1 chr15 99023968 . T G 225.0 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-6.4726e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.393;QD=15.2542;RBI=0.00484721;REFB=-0.0127603;REVB=0.00484678;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891358;STB=0.53498;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00832197;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:33:26:26:0.440678:15:11:12:17:15:11:16:17 chr15 99478225 . G A 300.25 PASS AF=0.37234;AO=33;DP=92;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0114458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.069;QD=12.7766;RBI=0.0178002;REFB=-0.0241889;REVB=0.0136324;RO=58;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655838;STB=0.529214;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0356204;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:58:59:33:35:0.37234:19:14:28:30:20:15:28:31 chr15 99503199 . GGT G 88.01 PASS AF=0.375;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.010367;FXX=0.0908884;HRUN=3;LEN=2;MLLD=113.898;QD=8.80057;RBI=0.012354;REFB=-0.0456661;REVB=0.00671919;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374395;STB=0.60259;STBP=0.386;TYPE=del;VARB=0.0844367;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:14:43:15:40:25:12:3:17:8:88:22:12:2:13:9 chr15 99504437 . C T 1066.88 PASS AF=0.552486;AO=99;DP=180;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.00589095;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.127;QD=23.5775;RBI=0.00814071;REFB=-0.00479719;REVB=-0.00561853;RO=77;SAF=49;SAR=50;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847863;STB=0.553662;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00234767;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:77:81:99:100:0.552486:50:49:30:47:51:49:30:51 chr15 99504671 . C T 284.98 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=112;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.000943336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4884;QD=9.99919;RBI=0.0282806;REFB=-0.00574805;REVB=0.0282649;RO=75;SAF=22;SAR=14;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135306;STB=0.527844;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00762211;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:75:76:36:38:0.333333:14:22:45:30:14:24:45:31 chr15 99511793 . C G 358.51 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00705729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.86;QD=11.6589;RBI=0.0218419;REFB=-0.0110644;REVB=-0.0206704;RO=79;SAF=25;SAR=19;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698585;STB=0.540019;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0212641;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:19:25:40:39:19:25:40:39 chr15 99511804 . A AC 133.56 PASS AF=0.291262;AO=29;DP=111;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.034445;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0772;QD=5.18667;RBI=0.0524215;REFB=-0.0139496;REVB=0.0395165;RO=80;SAF=13;SAR=16;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329257;STB=0.51041;STBP=0.894;TYPE=ins;VARB=0.0342112;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291262:29:111:30:103:73:14:16:33:40:99:80:13:16:38:42 chr15 99511873 . G A 284.66 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0193603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.541;QD=29.9646;RBI=0.0317719;REFB=-0.0296746;REVB=-0.0251919;RO=13;SAF=6;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114542;STB=0.563289;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0217682;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:19:6:5:8:19:6:5:8 chr15 99653800 . T C 593.82 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00602869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7424;QD=20.8357;RBI=0.131482;REFB=-0.0140371;REVB=0.131344;RO=54;SAF=34;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258764;STB=0.51423;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0201163;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:26:34:29:25:26:34:29:25 chr15 99670989 . T C 209.62 PASS AF=0.588235;AO=12;DP=36;FAO=20;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0280022;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.47;QD=24.6607;RBI=0.0395314;REFB=-0.0555848;REVB=0.0279036;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.542126;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0478344;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:13:14:12:20:0.588235:7:5:6:7:12:8:7:7 chr15 99671760 . T C 772.8 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00513423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.936;QD=21.9233;RBI=0.0382163;REFB=-0.024385;REVB=-0.0378698;RO=67;SAF=37;SAR=37;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452393;STB=0.524816;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0194055;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:67:67:74:74:0.524823:37:37:37:30:37:37:37:30 chr15 99672722 . A G 534.32 PASS AF=0.741935;AO=42;DP=58;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00455621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.626;QD=34.4725;RBI=0.0499778;REFB=-0.038005;REVB=0.0497696;RO=16;SAF=22;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121619;STB=0.517038;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0149144;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:16:16:42:46:0.741935:20:22:8:8:20:26:8:8 chr15 99715352 . A G 1566.85 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.872;QD=59.6894;RBI=0.0381211;REFB=0;REVB=-0.0359446;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1449e-05;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:68:35:0:0:70:35:0:0 chr15 99826004 . GAAAAAAAT AGAAAAAAT,GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT 261.26 PASS AF=0,0.62069,0.0862069,0;AO=3,9,13,13;DP=78;FAO=0,36,5,0;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=0,19,2,0;FSAR=0,17,3,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0297064,-0.100424,-0.206074,-0.109526;FXX=0.0645057;HRUN=1,7,7,7;LEN=2,2,1,1;MLLD=75.16,16.8963,9.47753,6.45896;QD=18.0179;RBI=0.0301764,0.246886,0.307341,0.114163;REFB=0.00965879,0.00868699,-0.0629474,-0.0750574;REVB=-0.0053049,0.225539,0.228018,0.0322071;RO=16;SAF=1,2,10,11;SAR=2,7,3,2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0496198,-0.198652,0.394106,0.501311;STB=0.5,0.519483,0.642301,0.5;STBP=1,0.687,0.47,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0338253,0.052455,0.144999,0;OID=.,.,.,.;OPOS=99826004,99826011,99826005,99826011;OREF=GA,AT,A,A;OALT=AG,-,-,T;OMAPALT=AGAAAAAAT,GAAAAAA,GAAAAAAT,GAAAAAATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:78:58:16:17:3,9,13,13:0,36,5,0:0,0.62069,0.0862069,0:2,7,3,2:1,2,10,11:6:10:0,17,3,0:0,19,2,0:10:7 chr15 100230790 . A G 151.2 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0155719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.806;QD=12.5997;RBI=0.0316378;REFB=-0.0151458;REVB=0.0275403;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375915;STB=0.523781;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0193052;OID=.;OPOS=100230790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:31:17:17:0.354167:11:6:8:17:11:6:12:19 chr15 100246936 . T C 1080.27 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.783;QD=60.0147;RBI=0.0338194;REFB=0;REVB=0.0157601;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112906;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr15 100246942 . G A 1054.55 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.229;QD=59.4111;RBI=0.0240748;REFB=0;REVB=0.0239637;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33293e-05;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:24:45:0:0:26:45:0:0 chr15 100257596 . T G 261.43 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00989066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7247;QD=14.7287;RBI=0.0530655;REFB=-0.0099846;REVB=0.0521356;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199846;STB=0.613409;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0179949;OID=.;OPOS=100257596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:19:11:23:18:19:11:23:18 chr15 100257841 . GC G 43.05 PASS AF=0.225352;AO=20;DP=70;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0472205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.0929;QD=2.42549;RBI=0.0760238;REFB=-0.0252398;REVB=-0.0595806;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169014;STB=0.55961;STBP=0.612;TYPE=del;VARB=0.0528368;OID=.;OPOS=100257842;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225352:20:70:16:71:55:11:5:34:21:43:48:11:9:33:15 chr15 100269796 . A G 678.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.162;QD=61.6503;RBI=0.00506736;REFB=0;REVB=0.0021141;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326862;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:33:10:0:0:34:10:0:0 chr15 100332877 . T C 103.13 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=52;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00796386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3252;QD=7.5006;RBI=0.00971237;REFB=-0.0194732;REVB=-0.00555941;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288434;STB=0.524239;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0604244;OID=.;OPOS=100332877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:40:40:11:15:0.272727:8:3:20:20:8:7:20:20 chr15 100512047 . A G 90.9 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0649667;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.895;QD=7.57538;RBI=0.0658289;REFB=-0.0173673;REVB=0.0106192;RO=36;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676097;STB=0.542183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.022319;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:48:36:36:12:12:0.25:7:5:17:19:7:5:17:19 chr15 100512079 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0291205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.16;QD=3.64948;RBI=0.029923;REFB=-0.00743699;REVB=-0.00688359;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119677;STB=0.567347;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0219955;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:3:3:12:18:3:3:13:18 chr15 100513117 . G A 238.18 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0131158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.313;QD=20.2709;RBI=0.033039;REFB=-0.0268004;REVB=-0.0303241;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170108;STB=0.595507;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0252331;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:8:16:11:12:8:16 chr15 100514417 . CC TG 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00150729;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.141;QD=12.005;RBI=0.00165984;REFB=0.0101705;REVB=0.000695106;RO=58;SAF=19;SAR=13;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868606;STB=0.55011;STBP=0.51;TYPE=mnp;VARB=-0.0236139;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:13:19:30:28:13:19:30:28 chr15 100514614 . T C 257.48 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0255415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.11;QD=23.4071;RBI=0.0281732;REFB=-0.0344661;REVB=-0.0118895;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151734;STB=0.508467;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0293642;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:8:16:13:7:8:16:13:7 chr15 100672237 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.798;QD=58.5875;RBI=0.0168907;REFB=0;REVB=-0.0124966;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01303e-06;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr15 100794363 . C T 581.36 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0576983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4544;QD=58.1362;RBI=0.0608266;REFB=-0.0159413;REVB=-0.0192558;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00251144;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr15 100801698 . G A 273.77 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0103639;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.994;QD=12.5872;RBI=0.0151368;REFB=-0.00928962;REVB=-0.0110323;RO=55;SAF=22;SAR=10;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437506;STB=0.502511;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0185636;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:55:32:32:0.367816:10:22:38:17:10:22:38:17 chr15 100821467 . G A 528.39 PASS AF=0.329897;AO=63;DP=180;FAO=64;FDP=194;FR=.;FRO=130;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=82;FSRR=48;FWDB=-0.0424742;FXX=0.020201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.533;QD=10.8946;RBI=0.0472915;REFB=-0.0216736;REVB=0.0207949;RO=116;SAF=30;SAR=33;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124493;STB=0.607498;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0530354;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:194:116:130:63:64:0.329897:33:30:68:48:34:30:82:48 chr15 100821576 . G A 332.88 PASS AF=0.384615;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0317843;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.155;QD=12.8031;RBI=0.0329758;REFB=-0.0178249;REVB=-0.00878414;RO=54;SAF=14;SAR=25;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344896;STB=0.633905;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0333349;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:54:64:39:40:0.384615:25:14:38:16:25:15:38:26 chr15 100942961 . CT C,CC,CG 472.71 PASS AF=0,0.970588,0.0294118;AO=6,26,2;DP=34;FAO=0,33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,1;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326099,0.0801092,0.0287171;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=85.4569,96.5804,63.3357;QD=55.6134;RBI=0.0360611,0.0811603,0.0312642;REFB=0,0,0;REVB=0.0153949,0.01302,0.0123604;RO=0;SAF=4,17,2;SAR=2,9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0171068,0.00606234,0.124263;OID=.,.,.;OPOS=100942962,100942962,100942962;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.970588,0.0294118:6,26,2:34:0,33,1:34:0:0,22,1:0,11,0:0:0:4:0:4,17,2:2,9,0:0:0 chr15 101041896 . T C 753.75 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8502;QD=56.887;RBI=0.0617611;REFB=0;REVB=0.0609888;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474308;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr15 101109818 . G A 137.22 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0549206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.139;QD=8.71228;RBI=0.0563835;REFB=-0.00847866;REVB=0.0127602;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079161;STB=0.555497;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0310956;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:44:19:19:0.301587:11:8:21:22:11:8:22:22 chr15 101110096 . T C 380.79 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0627153;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.113;QD=16.7381;RBI=0.0640756;REFB=-0.00844586;REVB=0.0131327;RO=51;SAF=13;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115053;STB=0.56482;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0207293;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:27:13:22:29:27:13:22:29 chr15 101113862 . C T 2720.26 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000713851;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.763;QD=62.5348;RBI=0.0146586;REFB=0;REVB=0.0146412;RO=0;SAF=84;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127725;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:174:0:0:170:174:1:86:84:0:0:88:86:0:0 chr15 101324497 . A T 215.68 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0240634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2591;QD=26.1429;RBI=0.0252985;REFB=0.0359072;REVB=0.00780814;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125126;STB=0.556468;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00805205;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:12:12:20:21:0.636364:8:12:5:7:9:12:5:7 chr15 101421673 . G A 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00999709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.94;QD=19.1478;RBI=0.016961;REFB=-0.017086;REVB=-0.0137017;RO=36;SAF=12;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814688;STB=0.545429;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0176881;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:24:12:15:21:24:12:15:21 chr15 101528954 . C T 106.14 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00717497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5242;QD=7.7196;RBI=0.00750062;REFB=-0.0221721;REVB=-0.00218612;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134765;STB=0.573431;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.077775;OID=.;OPOS=101528954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:15:15:0.272727:9:6:20:19:9:6:20:20 chr15 101562793 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0131249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1019;QD=21.5107;RBI=0.0344219;REFB=0.0261599;REVB=0.0318214;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0150825;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:10:5:6:12:10:5 chr15 101565121 . G A 254.9 PASS AF=0.336957;AO=29;DP=90;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0140568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.799;QD=11.0825;RBI=0.0688095;REFB=-0.00714029;REVB=0.0673584;RO=61;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14336;STB=0.560216;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00961722;OID=.;OPOS=101565121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:61:61:29:31:0.336957:14:15:24:37:16:15:24:37 chr15 101591923 . A G 1077.87 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.21159e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.825;QD=59.8817;RBI=0.0405437;REFB=0;REVB=0.0405436;RO=0;SAF=51;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60164e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:21:51:0:0:21:51:0:0 chr15 101595257 . G A 1660.07 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.037;QD=60.3664;RBI=0.059565;REFB=0;REVB=0.0198341;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66708e-05;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:61:47:0:0:61:49:0:0 chr15 101606261 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.156;QD=51.1846;RBI=0.045916;REFB=0;REVB=0.0174778;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287606;OID=.;OPOS=101606261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr15 101607450 . T C 902.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.058;QD=58.2076;RBI=0.0113699;REFB=0;REVB=-0.00460913;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59739e-05;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:43:18:0:0:44:18:0:0 chr15 101607535 . C G 236.09 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0812933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.762;QD=17.4883;RBI=0.0812933;REFB=-0.0186264;REVB=-0.000110264;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174826;STB=0.597415;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0189544;OID=.;OPOS=101607535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:16:10:6:22:16:10:6:22 chr15 101716224 . CAT C 255.05 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00356702;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.826;QD=16.4547;RBI=0.0040308;REFB=-0.00510485;REVB=0.00187716;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285689;STB=0.633012;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0045229;OID=.;OPOS=101716225;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467742:28:64:29:62:33:17:12:27:6:99:29:16:12:25:4 chr15 101716287 . TAAG T,TGAG 271.7 PASS AF=0.590909,0;AO=23,2;DP=51;FAO=26,0;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00914991,-0.00166165;FXX=0.137228;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=194.915,46.5448;QD=24.7003;RBI=0.0193284,0.0181103;REFB=-0.0209391,0.00500729;REVB=0.0170255,0.0180339;RO=20;SAF=14,1;SAR=9,1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127731,-0.26745;STB=0.547135,0.5;STBP=0.5,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0140584,0;OID=.,.;OPOS=101716288,101716288;OREF=AAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909,0:23,2:51:26,0:44:18:16,0:10,0:13:5:99:20:14,1:9,1:15:5 chr15 101717680 . G T 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.581;QD=58.8218;RBI=0.0329755;REFB=-0.0374785;REVB=0.00866223;RO=1;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999073;STB=0.505262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000268503;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:47:59:0:1:47:59:0:1 chr15 101718106 . G A 260.51 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0249692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4788;QD=24.8103;RBI=0.0480807;REFB=0.00955792;REVB=0.0410889;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107873;STB=0.505995;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00455137;OID=.;OPOS=101718106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:8:10:13:11:8:10 chr15 101718529 . T C 598.44 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0291136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6164;QD=21.373;RBI=0.0299302;REFB=-0.019889;REVB=-0.00694369;RO=52;SAF=33;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424873;STB=0.523332;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0184614;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:27:33:26:26:27:33:26:26 chr15 101775569 . T C 242.38 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0130348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.23;QD=22.0346;RBI=0.0317829;REFB=-0.0070438;REVB=0.0289871;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181635;STB=0.608601;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00853273;OID=.;OPOS=101775569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:13:9:13:8:14:9:13:8 chr15 101827855 . C T 679.87 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00873185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.55;QD=28.328;RBI=0.0126551;REFB=-0.00591585;REVB=-0.00916001;RO=37;SAF=29;SAR=30;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155824;STB=0.508472;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00379328;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:37:59:59:0.614583:30:29:19:18:30:29:19:18 chr15 101910550 . G A 1740.94 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.428;QD=60.5544;RBI=0.0216562;REFB=0;REVB=-0.0111115;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13954e-06;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:111:115:1:59:52:0:0:62:53:0:0 chr15 102192548 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.403;QD=47.8224;RBI=0.0511073;REFB=0;REVB=0.00161628;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450654;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 102223771 . G A 1370.78 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.095802;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0296;QD=61.6082;RBI=0.0972493;REFB=-0.0913999;REVB=0.0167155;RO=0;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16754e-08;STB=0.509089;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=7.29355e-05;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:89:0:1:88:88:0.988764:27:61:0:0:27:61:0:1 chr15 102224341 . G A 1433.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.224;QD=63.0078;RBI=0.0115355;REFB=0;REVB=0.00218404;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39622e-05;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr15 102516350 . G A 39.99 PASS AF=0.103448;AO=8;DP=84;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0497798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9281;QD=1.83845;RBI=0.0857956;REFB=-0.0010342;REVB=0.0698774;RO=76;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265326;STB=0.629627;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0121751;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:84:87:76:78:8:9:0.103448:2:6:40:36:3:6:41:37 chr16 103517 . A C 839.78 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753404;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.122;QD=57.9158;RBI=0.0298042;REFB=0;REVB=-0.0288362;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156454;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr16 108585 . T C 218.45 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0108747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.155;QD=22.995;RBI=0.0122002;REFB=-0.0158598;REVB=-0.00553043;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107478;STB=0.545411;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0120728;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:8:12:8:9:9:12:8:9 chr16 113042 . G A 208.74 PASS AF=0.9;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0754203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.347;QD=41.7476;RBI=0.0777711;REFB=0.0410621;REVB=0.0189769;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091435;STB=0.549945;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00314187;OID=.;OPOS=113042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:17:18:0.9:9:8:0:2:9:9:0:2 chr16 113883 . G GCC 186.92 PASS AF=1;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150862;FXX=0.237982;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.1183;QD=46.7308;RBI=0.124083;REFB=0;REVB=0.123163;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00392824;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:23:16:16:0:11:5:0:0:3:8:10:5:4:4 chr16 113885 . TGCC CCTG,TGC 212.56 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,14;DP=21;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435576,0.117129;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=35.6457,14.6322;QD=40.4869;RBI=0.0991826,0.121658;REFB=0,0;REVB=0.0891062,0.0328863;RO=0;SAF=1,10;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.110174,-0.0384821;OID=.,.;OPOS=113885,113887;OREF=TGCC,C;OALT=CCTG,-;OMAPALT=CCTG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:21:21:0:0:3,14:3,18:0.142857,0.857143:2,4:1,10:0:0:2,5:1,13:0:0 chr16 133274 . C CG 31.42 PASS AF=0.314815;AO=21;DP=62;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.137272;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.12283;QD=2.32744;RBI=0.13929;REFB=-0.103701;REVB=-0.0236276;RO=38;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22415;STB=0.576218;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.111204;OID=.;OPOS=133275;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:21:62:17:54:37:11:6:20:17:31:38:15:6:20:18 chr16 310601 . C T 525.84 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0532505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.603;QD=42.9255;RBI=0.0572875;REFB=0.0621737;REVB=0.0211243;RO=10;SAF=25;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171773;STB=0.592624;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00869944;OID=.;OPOS=310601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:10:10:39:39:0.795918:14:25:2:8:14:25:2:8 chr16 322934 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.577;QD=55.6543;RBI=0.0622078;REFB=0;REVB=0.0153745;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473975;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 324052 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.257;QD=46.8479;RBI=0.052826;REFB=0;REVB=0.0522834;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221102;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr16 336660 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.442;QD=57.6801;RBI=0.0361725;REFB=0;REVB=0.00977771;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214799;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr16 419092 . A G 969.9 PASS AF=0.8875;AO=69;DP=78;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0475572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.787;QD=48.4951;RBI=0.0476126;REFB=-0.0501206;REVB=0.00229488;RO=9;SAF=34;SAR=35;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377403;STB=0.521121;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0026487;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:80:9:9:69:71:0.8875:35:34:6:3:37:34:6:3 chr16 449345 . G C 570.1 PASS AF=0.824561;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0555441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8335;QD=40.0071;RBI=0.0595778;REFB=0.0159351;REVB=0.0215491;RO=10;SAF=23;SAR=24;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034828;STB=0.501866;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00365983;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:10:10:47:47:0.824561:24:23:5:5:24:23:5:5 chr16 449659 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00617744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.546;QD=28.1411;RBI=0.0102691;REFB=-0.0311495;REVB=0.00820323;RO=7;SAF=14;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447028;STB=0.753465;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.013388;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:2:14:2:5:2:14:2:5 chr16 450165 . T C 242.84 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0284134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8795;QD=37.3595;RBI=0.0421368;REFB=-0.11261;REVB=-0.0311157;RO=5;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083318;STB=0.545412;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0187361;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:9:12:4:1:9:12:4:1 chr16 450309 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00504588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.269;QD=22.9148;RBI=0.0488797;REFB=0.0143942;REVB=0.0486186;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154191;STB=0.63128;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00393738;OID=.;OPOS=450309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:3:6:1:2:3:6:1:3 chr16 456416 . T G 55.86 PASS AF=0.174603;AO=9;DP=61;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.00532595;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.653;QD=3.54677;RBI=0.00538586;REFB=0.00147725;REVB=0.000801108;RO=50;SAF=8;SAR=1;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31413;STB=0.535146;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00126858;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:61:63:50:52:9:11:0.174603:1:8:36:14:3:8:36:16 chr16 547297 . T C 343.41 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0121803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.82;QD=31.9454;RBI=0.0232437;REFB=-0.0137328;REVB=0.0197967;RO=13;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194295;STB=0.504947;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00990399;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:14:28:29:0.674419:16:12:6:7:17:12:6:8 chr16 570557 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.608;QD=58.1421;RBI=0.0154253;REFB=0;REVB=0.00642543;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30502e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr16 601632 . T C 2265.73 PASS AF=1;AO=114;DP=145;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141864;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3072;QD=63.8235;RBI=0.0163134;REFB=0;REVB=-0.00805428;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156234;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:142:0:0:114:142:1:54:60:0:0:59:83:0:0 chr16 602313 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.286;QD=63.8717;RBI=0.027898;REFB=0;REVB=0.0276743;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201177;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr16 603471 . A G 461.14 PASS AF=0.706897;AO=26;DP=61;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0172341;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.07;QD=31.8025;RBI=0.0192866;REFB=-0.00169985;REVB=0.00865796;RO=9;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832048;STB=0.551464;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000370986;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:9:17:26:41:0.706897:16:10:5:4:24:17:10:7 chr16 622565 . A G 694.62 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7399;QD=53.4321;RBI=0.0416835;REFB=-0.0491522;REVB=0.00660949;RO=2;SAF=42;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515434;STB=0.53332;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00127491;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:2:1:49:51:0.980769:7:42:1:1:7:44:0:1 chr16 624114 . A G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9065;QD=39.1985;RBI=0.109135;REFB=0;REVB=-0.105315;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00802991;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 624713 . C T 1324.8 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.874;QD=60.9103;RBI=0.0412739;REFB=-0.0676739;REVB=0.0197328;RO=1;SAF=18;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255879;STB=0.51351;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000110579;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:68:18:1:0:68:18:1:0 chr16 632073 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.908;QD=62.9803;RBI=0.02167;REFB=0;REVB=0.0181514;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57401e-05;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr16 632115 . G A 992.67 PASS AF=1;AO=52;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290764;FXX=0.042851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.133;QD=59.264;RBI=0.0504723;REFB=0;REVB=0.0412555;RO=2;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440256;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:2:0:52:67:1:19:33:0:2:27:40:0:0 chr16 632138 . C T 1162.33 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389028;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.867;QD=61.1753;RBI=0.0588754;REFB=0;REVB=0.0441915;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241586;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr16 632180 . G C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.565;QD=62.0065;RBI=0.0245535;REFB=0;REVB=-7.37811e-05;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23729e-05;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr16 632198 . T A 1155.68 PASS AF=1;AO=62;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052239;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9703;QD=60.8255;RBI=0.0523453;REFB=0;REVB=0.00333401;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34059e-05;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:62:76:1:45:17:0:0:45:31:0:0 chr16 632225 . T C 796.71 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8622;QD=56.9076;RBI=0.0831025;REFB=0;REVB=0.0356949;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432232;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:52:56:1:35:17:0:0:35:21:0:0 chr16 632230 . CG C,CC 775.35 PASS AF=1,0;AO=45,9;DP=54;FAO=55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695758,0.0270236;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.4,214.122;QD=56.389;RBI=0.0697855,0.0271061;REFB=0,0;REVB=0.00540537,0.00211297;RO=0;SAF=13,7;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00185446,-0.0513719;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:45,9:54:55,0:55:0:20,0:35,0:0:0:4:0:13,7:32,2:0:0 chr16 632233 . T C 745.77 PASS AF=0.981818;AO=49;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0604318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2915;QD=54.2378;RBI=0.0623724;REFB=-0.076455;REVB=-0.0154373;RO=6;SAF=15;SAR=34;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120248;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.010586;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:6:1:49:54:0.981818:34:15:5:1:35:19:1:0 chr16 633125 . T C 3479.39 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.063;QD=62.4106;RBI=0.0725837;REFB=0;REVB=0.0702081;RO=0;SAF=132;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33593e-05;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:216:223:0:0:216:223:1:84:132:0:0:91:132:0:0 chr16 633353 . TG CA 2298.99 PASS AF=1;AO=143;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266539;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.346;QD=63.4203;RBI=0.0271189;REFB=0;REVB=-0.00500019;RO=0;SAF=64;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.63842e-05;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:143:145:1:79:64:0:0:79:66:0:0 chr16 633764 . G A 2007.16 PASS AF=0.977612;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00522345;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.954;QD=59.9151;RBI=0.0160816;REFB=0.0393615;REVB=0.0152096;RO=3;SAF=42;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000502297;STB=0.500327;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000802938;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:134:3:3:130:131:0.977612:88:42:1:2:89:42:1:2 chr16 678843 . C T 2239.49 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0862245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.855;QD=62.6431;RBI=0.0890311;REFB=-0.0871955;REVB=0.022178;RO=1;SAF=77;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613526;STB=0.503184;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000513701;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:143:1:1:140:142:0.993007:63:77:1:0:64:78:1:0 chr16 679814 . T C 2326.73 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786184;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2127;QD=60.8295;RBI=0.00822017;REFB=0;REVB=-0.00240055;RO=0;SAF=55;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72911e-05;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:153:0:0:147:153:1:92:55:0:0:95:58:0:0 chr16 681280 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.648;QD=51.1846;RBI=0.0361114;REFB=0;REVB=-0.00954278;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160694;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr16 701656 . C T 845.91 PASS AF=0.887324;AO=63;DP=72;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00961438;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.383;QD=47.6569;RBI=0.0140977;REFB=0.0183944;REVB=0.0103107;RO=8;SAF=41;SAR=22;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599724;STB=0.50319;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00172644;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:72:71:8:8:63:63:0.887324:22:41:5:3:22:41:5:3 chr16 705360 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2841;QD=51.1843;RBI=0.0167261;REFB=0;REVB=-0.000490398;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205024;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr16 705844 . T C 703.31 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0149081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6497;QD=58.609;RBI=0.0466589;REFB=-0.00987953;REVB=-0.0442131;RO=2;SAF=19;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469419;STB=0.524989;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00343989;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:27:19:2:0:27:19:2:0 chr16 705920 . G C 619.57 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00966013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1509;QD=59.0065;RBI=0.0487366;REFB=0.0110298;REVB=-0.0477697;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00121106;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:1:0:23:18:1:0 chr16 706010 . C CA 163.37 PASS AF=1;AO=11;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.4131;QD=40.8423;RBI=0.0404624;REFB=0;REVB=-0.0403845;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00464663;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:17:16:16:0:5:11:0:0:4:6:3:8:3:3 chr16 708275 . C A 2314.7 PASS AF=0.986577;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0624344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6046;QD=62.1395;RBI=0.0824629;REFB=-0.118937;REVB=0.053871;RO=0;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01877e-08;STB=0.506409;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00444837;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:149:0:2:145:147:0.986577:69:76:0:0:70:77:2:0 chr16 709001 . C A 465.15 PASS AF=0.942857;AO=28;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0871265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.904;QD=53.1596;RBI=0.0978916;REFB=-0.080416;REVB=0.0446288;RO=2;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580911;STB=0.523795;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.006245;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:28:33:0.942857:13:15:2:0:13:20:2:0 chr16 711712 . C T 2631.83 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.303;QD=60.8515;RBI=0.154141;REFB=0;REVB=0.0988439;RO=3;SAF=90;SAR=80;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328149;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:173:3:0:170:173:1:80:90:0:3:83:90:0:0 chr16 711905 . A G 1245.94 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.09;QD=60.7775;RBI=0.0148096;REFB=0;REVB=-0.0087033;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131276;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:37:43:0:0:38:44:0:0 chr16 712867 . A G 739.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.28;QD=56.9218;RBI=0.031978;REFB=0;REVB=0.0267708;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98437e-05;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:16:35:0:0:17:35:0:0 chr16 715990 . G A,C 1235.6 PASS AF=0.903614,0.0963855;AO=74,7;DP=81;FAO=75,8;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27,8;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593018,0.00565213;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.113,219.044;QD=59.5469;RBI=0.133236,0.0293795;REFB=0,0;REVB=0.119311,-0.0288307;RO=0;SAF=27,7;SAR=47,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.09191e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00187803,0.132281;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:81:83:0:0:74,7:75,8:0.903614,0.0963855:47,0:27,7:0:0:48,0:27,8:0:0 chr16 717523 . G T 1443.54 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.831;QD=62.0878;RBI=0.0470472;REFB=0;REVB=0.0426592;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110293;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:93:0:0:90:93:1:40:50:0:0:41:52:0:0 chr16 720986 . G A 546.47 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.029;QD=57.523;RBI=0.0663507;REFB=-0.113448;REVB=0.05403;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00144897;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:14:23:0:0:14:23:1:0 chr16 722331 . C T 438.1 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0464725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.84;QD=51.5407;RBI=0.047314;REFB=-0.147791;REVB=0.00888378;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00658373;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:1:2:30:31:0.911765:14:16:1:0:16:15:2:0 chr16 722548 . A G 573.89 PASS AF=0.975;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.744;QD=57.3893;RBI=0.048127;REFB=0.00689041;REVB=0.0202579;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.51999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000150438;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:40:0:1:36:39:0.975:25:11:0:0:27:12:1:0 chr16 727318 . CG C 112.13 PASS AF=0.5;AO=20;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.24755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9852;QD=9.34402;RBI=0.253266;REFB=-0.0272449;REVB=-0.0535057;RO=24;SAF=0;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.81395;STB=0.841057;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0377833;OID=.;OPOS=727319;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:48:24:48:24:1:23:8:16:99:24:0:20:8:16 chr16 735921 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8936;QD=56.1857;RBI=0.0614054;REFB=0;REVB=0.0479427;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013432;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 740404 . C G 599.24 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528973;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4602;QD=61.4605;RBI=0.0716526;REFB=0;REVB=0.0483319;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00597442;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr16 746884 . A C 4640.26 PASS AF=1;AO=291;DP=295;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167574;FXX=0.0098036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0089;QD=61.2575;RBI=0.0250321;REFB=0.0237274;REVB=0.0185956;RO=4;SAF=142;SAR=149;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126278;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130051;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:295:303:4:0:291:303:1:149:142:0:4:157:146:0:0 chr16 746914 . G A 4661.04 PASS AF=1;AO=302;DP=306;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143681;FXX=0.0130289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.569;QD=61.5319;RBI=0.0144713;REFB=-0.0329636;REVB=0.00172493;RO=4;SAF=142;SAR=160;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63129e-05;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:306:303:4:0:302:303:1:160:142:3:1:160:143:0:0 chr16 772061 . C T 1127.87 PASS AF=0.84466;AO=87;DP=105;FAO=87;FDP=103;FR=.;FRO=16;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00501259;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.834;QD=43.8006;RBI=0.0207144;REFB=0.0148121;REVB=0.0200988;RO=14;SAF=42;SAR=45;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975291;STB=0.541434;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00191761;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:105:103:14:16:87:87:0.84466:45:42:12:2:45:42:12:4 chr16 772062 . G T 66.63 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.00424596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.355;QD=2.4908;RBI=0.0148079;REFB=0.0069902;REVB=-0.0141861;RO=93;SAF=12;SAR=2;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495449;STB=0.849627;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00517481;OID=.;OPOS=772062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:107:107:93:93:14:14:0.130841:2:12:43:50:2:12:43:50 chr16 772141 . G C 1057.88 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.358;QD=55.6781;RBI=0.0322189;REFB=-0.21237;REVB=0.026223;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00181374;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:76:0:1:71:75:0.986842:33:38:0:0:34:41:0:1 chr16 773291 . GCC GC,G 66.07 PASS AF=0.823529,0;AO=7,2;DP=15;FAO=14,0;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.133577,-0.0754908;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.00957,9.50959;QD=15.5468;RBI=0.136398,0.0769052;REFB=-0.00263937,-0.00103056;REVB=0.0275986,0.0146813;RO=4;SAF=2,1;SAR=5,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0275654,0.237547;STB=0.56513,0.5;STBP=0.382,1;TYPE=del,del;VARB=0.00765025,0.00590314;OID=.,.;OPOS=773292,773292;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529,0:7,2:15:14,0:17:3:4,0:10,0:0:3:10:4:2,1:5,1:1:3 chr16 773341 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8388;QD=57.2007;RBI=0.0310677;REFB=0;REVB=0.0280079;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172579;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr16 774520 . C T 79.24 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134207;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.452;QD=39.6214;RBI=0.0279971;REFB=0;REVB=0.0245707;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723702;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 774692 . A G 1555.66 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00883754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2887;QD=58.7042;RBI=0.01176;REFB=-0.116021;REVB=-0.0077585;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000940429;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:0:1:105:105:0.990566:52:53:0:0:52:53:1:0 chr16 774760 . T C 59.42 PASS AF=0.154545;AO=9;DP=117;FAO=17;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=77;FWDB=-0.00441701;FXX=0.0598239;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.6135;QD=2.16072;RBI=0.105278;REFB=-0.0547262;REVB=-0.105185;RO=67;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.777117;STB=0.927619;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.178461;OID=.;OPOS=774760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:117:110:67:92:9:17:0.154545:2:7:4:63:3:14:15:77 chr16 778024 . T C 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.242;QD=58.9559;RBI=0.0702804;REFB=0;REVB=-0.0108561;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019752;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr16 778820 . G A 1048.75 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2867;QD=59.0847;RBI=0.0306949;REFB=0;REVB=0.0253249;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048061;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:22:47:0:0:22:49:0:0 chr16 780575 . C T 2842.37 PASS AF=0.84127;AO=212;DP=253;FAO=212;FDP=252;FR=.;FRO=40;FSAF=87;FSAR=125;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.033986;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3029;QD=45.1169;RBI=0.0364077;REFB=-0.0162444;REVB=0.0130565;RO=39;SAF=87;SAR=125;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232067;STB=0.51462;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00299826;OID=.;OPOS=780575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:39:40:212:212:0.84127:125:87:19:20:125:87:20:20 chr16 781633 . G A 822.66 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0741407;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.968;QD=55.7738;RBI=0.101837;REFB=0.063678;REVB=0.0698136;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-3.99129e-05;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:1:0:32:26:1:0 chr16 783353 . G A 1025.85 PASS AF=0.679688;AO=87;DP=129;FAO=87;FDP=128;FR=.;FRO=41;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00549665;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.285;QD=32.0579;RBI=0.0165344;REFB=0.00590154;REVB=0.015594;RO=41;SAF=56;SAR=31;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617181;STB=0.503321;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00207602;OID=.;OPOS=783353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:41:41:87:87:0.679688:31:56:26:15:31:56:26:15 chr16 784765 . C T 545.16 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.145907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.123;QD=57.3852;RBI=0.153529;REFB=-0.0515218;REVB=-0.0477711;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406685;STB=0.521727;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00241623;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:26:11:1:0:26:11:1:0 chr16 813650 . G A 2906.88 PASS AF=0.877637;AO=203;DP=235;FAO=208;FDP=237;FR=.;FRO=29;FSAF=116;FSAR=92;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00436642;FXX=0.0326517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.491;QD=49.0612;RBI=0.0343313;REFB=-0.0571942;REVB=0.0340525;RO=24;SAF=115;SAR=88;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472559;STB=0.517771;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00773145;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:24:29:203:208:0.877637:88:115:8:16:92:116:12:17 chr16 818559 . A G 406.9 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0517036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6492;QD=38.7526;RBI=0.0658854;REFB=-0.0218661;REVB=-0.0408365;RO=9;SAF=10;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434005;STB=0.50347;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00503765;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:9:10:32:32:0.761905:22:10:2:7:22:10:3:7 chr16 818802 . G A 435.22 PASS AF=0.825;AO=32;DP=39;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0074567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.796;QD=43.5219;RBI=0.0158405;REFB=-0.0116192;REVB=0.0139757;RO=6;SAF=23;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761813;STB=0.562123;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000998624;OID=.;OPOS=818802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:6:7:32:33:0.825:9:23:3:3:9:24:3:4 chr16 820143 . T C 49.66 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.442;QD=33.1067;RBI=0.173648;REFB=0;REVB=0.173592;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394393;OID=.;OPOS=820143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:4:2:0:0 chr16 820622 . G A 54.75 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0369345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.06;QD=24.3326;RBI=0.157043;REFB=-0.0651586;REVB=0.152638;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.036361;OID=.;OPOS=820622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:1:2:7:7:0.777778:3:4:1:0:3:4:1:1 chr16 820888 . T C 1579.71 PASS AF=0.815068;AO=83;DP=150;FAO=119;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0287303;FXX=0.0266649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.939;QD=43.2796;RBI=0.0340958;REFB=-0.0556267;REVB=0.0183601;RO=27;SAF=71;SAR=12;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401351;STB=0.571817;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0149592;OID=.;OPOS=820888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:146:27:27:83:119:0.815068:12:71:6:21:47:72:6:21 chr16 820944 . T A 1498.29 PASS AF=0.757764;AO=119;DP=162;FAO=122;FDP=161;FR=.;FRO=39;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0318774;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2353;QD=37.2245;RBI=0.0392639;REFB=-0.0342382;REVB=0.0229234;RO=38;SAF=53;SAR=66;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072263;STB=0.53337;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00739872;OID=.;OPOS=820944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:38:39:119:122:0.757764:66:53:11:27:68:54:12:27 chr16 835298 . C T 553.06 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0128666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.766;QD=33.0188;RBI=0.0289156;REFB=-0.0215071;REVB=0.0258952;RO=19;SAF=23;SAR=25;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247703;STB=0.513373;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00845148;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:48:48:0.716418:25:23:10:9:25:23:10:9 chr16 839084 . A C 207.35 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00306605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.546;QD=24.3942;RBI=0.0318739;REFB=0.00526168;REVB=-0.0317261;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268697;STB=0.64985;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.003035;OID=.;OPOS=839084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:4:10:7:13:4:10 chr16 839262 . A G 2974.01 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106325;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.245;QD=62.9419;RBI=0.108176;REFB=0;REVB=-0.0199248;RO=0;SAF=91;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427242;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:189:0:0:178:189:1:87:91:0:0:87:102:0:0 chr16 839704 . CCG C,CGG 53.87 PASS AF=0.268293,0;AO=9,4;DP=48;FAO=11,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0789373,-0.0577344;FXX=0.0465008;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.6598,16.5349;QD=5.25594;RBI=0.149415,0.0848805;REFB=-0.0608362,-0.0143605;REVB=0.126861,-0.062221;RO=32;SAF=4,0;SAR=5,4;SRF=8;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253312,-0.514844;STB=0.765593,0.5;STBP=0.096,1;TYPE=del,snp;VARB=0.189906,0;OID=.,.;OPOS=839705,839705;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293,0:9,4:48:11,0:41:30:6,0:5,0:5:25:54:32:4,0:5,4:8:24 chr16 839996 . T C 269.37 PASS AF=0.625;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0106435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5016;QD=26.9365;RBI=0.0793301;REFB=-0.0837811;REVB=-0.0786129;RO=13;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363425;STB=0.519984;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.049445;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:13:15:25:25:0.625:13:12:7:6:13:12:8:7 chr16 840014 . A C 397.91 PASS AF=0.653061;AO=28;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00169584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.586;QD=32.4822;RBI=0.0109992;REFB=-0.0157037;REVB=-0.0108677;RO=16;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307017;STB=0.510465;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00632913;OID=.;OPOS=840014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:28:32:0.653061:11:17:9:7:15:17:9:7 chr16 840378 . A G 353.62 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0893337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.866;QD=35.3621;RBI=0.0916149;REFB=-0.00730084;REVB=-0.020317;RO=11;SAF=13;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031967;STB=0.501741;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00470701;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:16:13:5:6:16:13:5:6 chr16 840409 . T C 296.94 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000175969;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.956;QD=34.9335;RBI=0.0301453;REFB=-0.0389003;REVB=-0.0301448;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528196;STB=0.528823;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00955962;OID=.;OPOS=840409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:9:9:25:25:0.735294:14:11:3:6:14:11:3:6 chr16 842450 . C T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.175;QD=50.1326;RBI=0.0447331;REFB=0.0185163;REVB=0.0292938;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000196906;OID=.;OPOS=842450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr16 847743 . C T 646.75 PASS AF=0.864407;AO=39;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0293886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.056;QD=43.8478;RBI=0.0310466;REFB=-0.00523159;REVB=-0.0100099;RO=7;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19713;STB=0.568939;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00118523;OID=.;OPOS=847743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:7:8:39:51:0.864407:13:26:0:7:25:26:0:8 chr16 855514 . TGGGGCAGCT TGG,TGGG,TGGGCAGCT 148.04 PASS AF=0,0.708333,0;AO=4,13,4;DP=28;FAO=0,17,0;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=0,11,0;FSAR=0,6,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00959959,0.0200216,-0.278333;FXX=0.142806;HRUN=4,4,4;LEN=7,6,1;MLLD=251.825,260.334,9.94719;QD=24.6737;RBI=0.0168755,0.0225509,0.297385;REFB=-0.0315359,-0.0271504,-0.215055;REVB=0.0138791,0.0103767,0.104733;RO=3;SAF=4,7,4;SAR=0,6,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.705357,-0.0436406,0.705357;STB=0.5,0.569755,0.5;STBP=1,0.378,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.00935742,0;OID=.,.,.;OPOS=855517,855518,855515;OREF=GGCAGCT,GCAGCT,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGCAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.708333,0:4,13,4:28:0,17,0:24:7:0,11,0:0,6,0:6:1:37:3:4,7,4:0,6,0:2:1 chr16 855676 . A G 612.67 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=70;FAO=54;FDP=69;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0216917;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.793;QD=35.5169;RBI=0.0326327;REFB=-0.0212668;REVB=-0.0243796;RO=13;SAF=24;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184093;STB=0.57729;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00911611;OID=.;OPOS=855676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:70:69:13:15:36:54:0.782609:12:24:4:9:18:36:5:10 chr16 855717 . C G 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0479388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.499;QD=33.0925;RBI=0.048033;REFB=-0.0128472;REVB=0.00300543;RO=14;SAF=26;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174493;STB=0.594719;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00791973;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:12:26:5:9:12:26:5:9 chr16 863336 . T C 417.82 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.135;QD=53.9117;RBI=0.0545415;REFB=0.0491739;REVB=0.00149071;RO=1;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714849;STB=0.538435;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000329126;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:6:24:0:1:6:24:0:1 chr16 929711 . C T 56.63 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00815409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.056;QD=3.06134;RBI=0.00845893;REFB=-0.0013529;REVB=-0.0022504;RO=62;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111886;STB=0.571296;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00840506;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:74:62:63:11:11:0.148649:4:7:34:28:4:7:35:28 chr16 943317 . C CT 72.56 PASS AF=0.240964;AO=17;DP=86;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=0.0688457;FXX=0.0348797;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.2265;QD=3.49674;RBI=0.0737;REFB=0.00474476;REVB=0.0263052;RO=66;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134849;STB=0.61376;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=-0.00330866;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240964:17:86:20:83:63:7:13:14:49:72:66:5:12:14:52 chr16 943361 . T C 186.95 PASS AF=0.214286;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=89;FWDB=-0.0402359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1853;QD=5.34129;RBI=0.0514253;REFB=-0.0104451;REVB=-0.0320255;RO=107;SAF=6;SAR=24;SRF=20;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264696;STB=0.511305;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0505316;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:107:110:30:30:0.214286:24:6:20:87:24:6:21:89 chr16 952432 . G A 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00998321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.175;QD=4.8592;RBI=0.00999991;REFB=-0.0117271;REVB=0.000577727;RO=54;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223515;STB=0.649272;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0367511;OID=.;OPOS=952432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:54:55:14:14:0.202899:5:9:25:29:5:9:25:30 chr16 952552 . G A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0132656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.478;QD=4.46118;RBI=0.0220513;REFB=-0.00320587;REVB=-0.0176148;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167716;STB=0.612546;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0110133;OID=.;OPOS=952552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:9:16:3:3:9:16 chr16 961051 . C T 60.21 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.010092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.9038;QD=4.22529;RBI=0.0388172;REFB=-0.00346944;REVB=0.0374823;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136613;STB=0.591366;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0121065;OID=.;OPOS=961051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:4:6:23:24:4:6:23:24 chr16 961054 . C T 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0321688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.407;QD=4.55131;RBI=0.0326091;REFB=-0.00208692;REVB=0.00534072;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163612;STB=0.608479;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0121562;OID=.;OPOS=961054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:4:6:21:24:4:6:21:24 chr16 984113 . C A 88.22 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00600711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.883;QD=5.60107;RBI=0.0248052;REFB=-0.0136714;REVB=-0.0240668;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370918;STB=0.516106;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0447304;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:48:49:14:14:0.222222:6:8:26:22:6:8:27:22 chr16 1004554 . C T 149.92 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0245015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.544;QD=6.51835;RBI=0.0279605;REFB=-0.018879;REVB=-0.0134709;RO=70;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196749;STB=0.619778;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0533274;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:70:70:22:22:0.23913:10:12:27:43:10:12:27:43 chr16 1034834 . T C 1194.62 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0216901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4665;QD=59.7308;RBI=0.0299699;REFB=-0.127119;REVB=-0.0206817;RO=1;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937386;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00287857;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:50:28:0:1:51:28:0:1 chr16 1035456 . A G 243.12 PASS AF=0.344444;AO=27;DP=87;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=4;FWDB=-0.0153964;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.203;QD=10.8053;RBI=0.0787108;REFB=-0.0119217;REVB=0.0771902;RO=60;SAF=26;SAR=1;SRF=55;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258418;STB=0.559516;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0207013;OID=.;OPOS=1035456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:60:59:27:31:0.344444:1:26:55:5:3:28:55:4 chr16 1115495 . T C 243.16 PASS AF=0.75;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00763909;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.421;QD=34.7374;RBI=0.0317573;REFB=-0.0556471;REVB=0.0308248;RO=5;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480677;STB=0.542127;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0127337;OID=.;OPOS=1115495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:30:28:5:7:21:21:0.75:15:6:2:3:15:6:3:4 chr16 1116169 . A G 489.69 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0374755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6777;QD=40.8078;RBI=0.0479744;REFB=-0.0292762;REVB=0.0299521;RO=11;SAF=20;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365974;STB=0.519763;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0119408;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:11:11:37:37:0.770833:17:20:5:6:17:20:5:6 chr16 1116445 . A G 318.72 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.284;QD=53.1206;RBI=0.0975193;REFB=0;REVB=0.096927;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597569;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr16 1129872 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0218966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.664;QD=30.821;RBI=0.070366;REFB=0.0773104;REVB=0.0668724;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206702;STB=0.615195;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00381066;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:5:7:0:3:5:7:0:3 chr16 1129912 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.199;QD=42.1826;RBI=0.0623434;REFB=0;REVB=-0.0566659;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288059;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 1131181 . C T 1042.85 PASS AF=0.787879;AO=78;DP=99;FAO=78;FDP=99;FR=.;FRO=21;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0460741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.819;QD=42.1353;RBI=0.0473437;REFB=0.018144;REVB=0.0108908;RO=21;SAF=46;SAR=32;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717164;STB=0.538243;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00187118;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:21:21:78:78:0.787879:32:46:16:5:32:46:16:5 chr16 1131373 . G A 126.91 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0104975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.73;QD=19.5249;RBI=0.0317395;REFB=-0.0310656;REVB=0.0299533;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499849;STB=0.789004;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0201629;OID=.;OPOS=1131373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:2:12:4:8:2:12:4:8 chr16 1131393 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00170561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2043;QD=12.7297;RBI=0.0368528;REFB=0.00214935;REVB=-0.0368133;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33333;STB=0.723608;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00973009;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:5:6:2:7:5:7 chr16 1252369 . C T 646.53 PASS AF=0.8125;AO=52;DP=66;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0107485;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.521;QD=40.4083;RBI=0.0515146;REFB=-0.0458918;REVB=0.0503808;RO=11;SAF=29;SAR=23;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636378;STB=0.542203;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00747632;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:66:64:11:12:52:52:0.8125:23:29:4:7:23:29:4:8 chr16 1254210 . C T 1200.4 PASS AF=0.778689;AO=94;DP=121;FAO=95;FDP=122;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0311358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.342;QD=39.3572;RBI=0.0337489;REFB=-0.0334913;REVB=0.0130212;RO=27;SAF=19;SAR=75;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110655;STB=0.508517;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00724495;OID=.;OPOS=1254210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:27:27:94:95:0.778689:75:19:5:22:75:20:5:22 chr16 1260481 . T C 766.61 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.978;QD=63.8838;RBI=0.0266402;REFB=0;REVB=-0.019319;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75596e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr16 1261219 . A G 972.81 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.895;QD=58.958;RBI=0.0619701;REFB=0;REVB=0.0034395;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243415;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr16 1261222 . A G 972.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1618;QD=58.9566;RBI=0.0502702;REFB=0;REVB=-0.0492491;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058432;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr16 1261282 . T C 657.43 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00828325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.411;QD=50.5716;RBI=0.0139313;REFB=-0.02764;REVB=0.0112012;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226552;STB=0.511404;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00106483;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:26:23:1:1:26:23:2:1 chr16 1265600 . G A 307.61 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0278851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.079;QD=34.179;RBI=0.0370172;REFB=-0.0670395;REVB=0.0243454;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964714;STB=0.565907;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0124197;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:9:10:26:26:0.722222:14:12:6:3:14:12:7:3 chr16 1268494 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0609482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.158;QD=46.9596;RBI=0.0609486;REFB=-0.0657901;REVB=0.000209156;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515137;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00167397;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:16:4:0:0:16:4:0:1 chr16 1269029 . T C 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.683;QD=56.1822;RBI=0.0413515;REFB=0;REVB=0.0184295;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123637;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr16 1270162 . G A 1135.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.523;QD=60.5378;RBI=0.0493279;REFB=0;REVB=0.0492109;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431827;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr16 1270349 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.454;QD=48.7372;RBI=0.00866235;REFB=0;REVB=-0.004663;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86751e-05;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 1271890 . G T 781.75 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0595177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9377;QD=51.2623;RBI=0.115165;REFB=-0.179496;REVB=0.0985926;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523801;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00537881;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:60:61:0:3:57:58:0.95082:29:28:0:0:30:28:0:3 chr16 1272038 . G A,C 638.26 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=36,2;DP=40;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10064,-0.045076;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.3103,30.2441;QD=60.7865;RBI=0.10067,0.0572166;REFB=0,0;REVB=-0.00245871,-0.0352405;RO=0;SAF=11,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.58193e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00227054,0.0734956;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:42:0:0:36,2:41,1:0.97619,0.0238095:25,0:11,2:0:0:25,0:16,1:0:0 chr16 1272865 . G A 4181.77 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.287;QD=62.6483;RBI=0.016886;REFB=0;REVB=0.0163753;RO=0;SAF=119;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83454e-06;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:267:0:0:265:267:1:146:119:0:0:147:120:0:0 chr16 1278683 . G C 278.26 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0178257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6975;QD=33.7281;RBI=0.079333;REFB=-0.0805774;REVB=0.0773044;RO=8;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019155;STB=0.503814;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0332089;OID=.;OPOS=1278683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:8:9:24:24:0.727273:13:11:4:4:13:11:4:5 chr16 1278744 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0315521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.066;QD=26.8499;RBI=0.0629571;REFB=-0.0629974;REVB=0.0544799;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595398;STB=0.533288;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0255034;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:3:4:10:5:3:4 chr16 1278767 . C T 99.65 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0469694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.707;QD=26.5732;RBI=0.0505522;REFB=0.00206962;REVB=0.0186923;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215993;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000137598;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:2:2:6:5:2:2 chr16 1279295 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0024783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.035;QD=16.1995;RBI=0.0024783;REFB=0.0163368;REVB=0;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00528605;OID=.;OPOS=1279295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:0:5:3:0:0:5:3:0 chr16 1279574 . C G 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00519238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.452;QD=17.6409;RBI=0.0176325;REFB=-0.0208395;REVB=-0.0168507;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174375;STB=0.599799;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0117697;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:1:6:6:3:1:6 chr16 1279584 . T C 116.99 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0408396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.437;QD=21.2714;RBI=0.0488843;REFB=-0.0530351;REVB=0.0268664;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155545;STB=0.572413;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.031765;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:7:5:2:7:8:5:2:7 chr16 1279623 . G A 332.56 PASS AF=0.651163;AO=19;DP=44;FAO=28;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0751677;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4384;QD=30.9356;RBI=0.0754968;REFB=-0.00210908;REVB=0.00704127;RO=9;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893046;STB=0.553535;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00227717;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:44:43:9:13:19:28:0.651163:17:2:1:8:20:8:2:11 chr16 1279704 . A G 192.43 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00981269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7636;QD=18.3267;RBI=0.0389836;REFB=-0.0198061;REVB=-0.0377284;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228552;STB=0.638938;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0105797;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:19:20:0.47619:16:3:7:15:17:3:7:15 chr16 1279710 . G A 178.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0253277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.98;QD=17.8794;RBI=0.0350544;REFB=-0.021341;REVB=0.0242347;RO=21;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186545;STB=0.607468;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00705578;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:16:3:6:15:16:3:6:15 chr16 1279714 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0103277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.079;QD=17.1569;RBI=0.0311016;REFB=0.00419714;REVB=-0.0293368;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.59987;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0180339;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:14:3:6:14:14:3:6:14 chr16 1279717 . C T 146.05 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.123289;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.291;QD=16.2278;RBI=0.123711;REFB=-0.024385;REVB=-0.0102094;RO=20;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24928;STB=0.590785;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0223796;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:14:16:0.444444:12:2:6:14:13:3:6:14 chr16 1279732 . C A 134.85 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0859772;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.395;QD=15.8644;RBI=0.0871666;REFB=-0.0201558;REVB=0.0143501;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171517;STB=0.590033;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0319294;OID=.;OPOS=1279732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:12:3:6:12:12:3:6:13 chr16 1291188 . C T 303.45 PASS AF=0.764706;AO=24;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00828718;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8842;QD=35.6994;RBI=0.0425007;REFB=0.016022;REVB=-0.041685;RO=8;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967236;STB=0.544877;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000105259;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:34:8:8:24:26:0.764706:7:17:7:1:7:19:7:1 chr16 1291597 . C G 296.21 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0182062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.087;QD=28.8986;RBI=0.0218177;REFB=-0.00273427;REVB=0.0120228;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739929;STB=0.540765;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00199607;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:8:7:15:11:8:7 chr16 1291639 . A G 33.99 PASS AF=0.113636;AO=5;DP=46;FAO=5;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.034928;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.928;QD=3.08991;RBI=0.0389605;REFB=-0.00493378;REVB=-0.0172613;RO=36;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428208;STB=0.798803;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0244951;OID=.;OPOS=1291639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:46:44:36:37:5:5:0.113636:1:4:15:21:1:4:17:20 chr16 1292145 . G C 178.39 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0120718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.511;QD=31.0244;RBI=0.0148845;REFB=-0.0698751;REVB=-0.00870746;RO=6;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425578;STB=0.523532;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.016975;OID=.;OPOS=1292145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:7:10:3:3:7:10:3:3 chr16 1306559 . AG A 52.81 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=55;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0884751;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5928;QD=3.98544;RBI=0.0904869;REFB=0.00987875;REVB=-0.0189746;RO=39;SAF=12;SAR=0;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.72099;STB=0.825046;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=-0.0315715;OID=.;OPOS=1306560;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283:12:55:13:53:40:12:1:26:14:52:39:12:0:26:13 chr16 1306671 . G A 586.95 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0554078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6255;QD=34.5263;RBI=0.0579117;REFB=0.00820598;REVB=0.0168446;RO=18;SAF=30;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078185;STB=0.542152;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0018572;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:18:18:50:50:0.735294:20:30:8:10:20:30:8:10 chr16 1306680 . C T 94.87 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0460389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2131;QD=5.74948;RBI=0.0493098;REFB=-0.00511512;REVB=-0.01766;RO=50;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24243;STB=0.642672;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0141703;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:50:51:15:15:0.227273:9:6:30:20:9:6:30:21 chr16 1306681 . G A 598.43 PASS AF=0.769231;AO=49;DP=64;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0183891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.166;QD=36.8262;RBI=0.0267735;REFB=0.00480914;REVB=0.0194592;RO=15;SAF=29;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085003;STB=0.542039;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00141512;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:64:65:15:15:49:50:0.769231:20:29:6:9:21:29:6:9 chr16 1306918 . C T 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00236104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.344;QD=9.22832;RBI=0.00525641;REFB=0.000732018;REVB=-0.00469631;RO=55;SAF=20;SAR=6;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331074;STB=0.674701;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00247327;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:60:26:26:0.302326:6:20:28:27:6:20:33:27 chr16 1306921 . G A 184.86 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00541986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.592;QD=8.30844;RBI=0.0116934;REFB=-0.000231309;REVB=-0.0103616;RO=64;SAF=20;SAR=5;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365579;STB=0.721455;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000833149;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:5:20:34:30:5:20:34:30 chr16 1306927 . C T 195.67 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0240594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.326;QD=8.6964;RBI=0.0361561;REFB=-0.00649261;REVB=0.026989;RO=64;SAF=20;SAR=6;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29847;STB=0.679462;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00412063;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:6:20:35:29:6:20:35:29 chr16 1306971 . A G 214.45 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.000748214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.909;QD=8.93549;RBI=0.0352649;REFB=-0.0147837;REVB=-0.035257;RO=66;SAF=23;SAR=5;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443019;STB=0.766459;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0828677;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:68:28:28:0.291667:5:23:32:34:5:23:33:35 chr16 1306973 . A G 215.73 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00712857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3545;QD=8.9886;RBI=0.0181395;REFB=-0.0100986;REVB=-0.0166801;RO=66;SAF=23;SAR=5;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443019;STB=0.766459;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.045755;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:66:68:28:28:0.291667:5:23:32:34:5:23:33:35 chr16 1306981 . G A 35.38 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=0.00913777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.387;QD=1.47433;RBI=0.0119498;REFB=0.00129327;REVB=0.00770053;RO=87;SAF=4;SAR=5;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162732;STB=0.626153;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0322533;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:87:87:9:9:0.09375:5:4:51:36:5:4:51:36 chr16 1306986 . C T 205.96 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0361908;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.239;QD=8.76434;RBI=0.0363549;REFB=0.0114337;REVB=0.00345022;RO=67;SAF=22;SAR=5;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454341;STB=0.772706;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.02157;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:67:67:27:27:0.287234:5:22:31:36:5:22:31:36 chr16 1307050 . C T 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=2.21425e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.813;QD=4.72373;RBI=0.0128605;REFB=0.00545381;REVB=-0.0128604;RO=43;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461039;STB=0.785216;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0211514;OID=.;OPOS=1307050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:43:44:10:10:0.185185:3:7:13:30:3:7:14:30 chr16 1307060 . A G 56.77 PASS AF=0.173077;AO=8;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0032163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.511;QD=4.36696;RBI=0.049153;REFB=0.000111708;REVB=-0.0490476;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353587;STB=0.761393;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00129277;OID=.;OPOS=1307060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:8:9:0.173077:3:5:14:29:3:6:14:29 chr16 1308336 . G A 492.54 PASS AF=0.787234;AO=35;DP=45;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0668071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5529;QD=41.9186;RBI=0.0816051;REFB=0.0385493;REVB=0.0468636;RO=10;SAF=19;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177176;STB=0.514578;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0055269;OID=.;OPOS=1308336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:47:10:10:35:37:0.787234:16:19:5:5:16:21:5:5 chr16 1311333 . A G 1038.22 PASS AF=0.844444;AO=73;DP=87;FAO=76;FDP=90;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0679908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.377;QD=46.143;RBI=0.069801;REFB=-0.0503539;REVB=0.0157932;RO=14;SAF=41;SAR=32;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622107;STB=0.530544;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00921288;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:87:90:14:14:73:76:0.844444:32:41:5:9:34:42:5:9 chr16 1311361 . C T 52.25 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0205358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.076;QD=2.45903;RBI=0.0364389;REFB=-0.00280886;REVB=0.0301011;RO=72;SAF=2;SAR=9;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443163;STB=0.821076;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0297639;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:72:74:11:11:0.129412:9:2:39:33:9:2:41:33 chr16 1312546 . T A 486.45 PASS AF=0.763636;AO=42;DP=55;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00850718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.214;QD=35.3779;RBI=0.0198731;REFB=-0.00536215;REVB=0.0179602;RO=13;SAF=16;SAR=26;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139344;STB=0.575185;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000991125;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:13:13:42:42:0.763636:26:16:9:4:26:16:9:4 chr16 1312826 . A G 923.16 PASS AF=0.768421;AO=70;DP=92;FAO=73;FDP=95;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0125059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.28;QD=38.8698;RBI=0.0144667;REFB=-0.0304392;REVB=0.00727253;RO=22;SAF=33;SAR=37;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127862;STB=0.511179;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0110132;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:22:22:70:73:0.768421:37:33:11:11:40:33:11:11 chr16 1370597 . G C 752.85 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.97;QD=61.4567;RBI=0.037;REFB=-0.240762;REVB=0.00469268;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00213289;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr16 1370614 . C G 538.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.763;QD=59.8006;RBI=0.0416818;REFB=0;REVB=0.0368605;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191113;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr16 1370630 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000973814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.767;QD=55.0887;RBI=0.0318213;REFB=0;REVB=-0.0318064;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359408;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr16 1374818 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.136;QD=56.9383;RBI=0.00973448;REFB=0;REVB=0.00896389;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55685e-05;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr16 1389153 . C A 1110.78 PASS AF=0.939759;AO=75;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0584971;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4104;QD=53.5318;RBI=0.125447;REFB=-0.233801;REVB=0.110973;RO=5;SAF=53;SAR=22;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133656;STB=0.506909;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0106691;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:83:83:5:5:75:78:0.939759:22:53:4:1:23:55:4:1 chr16 1389196 . C T 77.8 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=0.0098921;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.44;QD=3.05079;RBI=0.0176948;REFB=-0.00339123;REVB=-0.0146714;RO=79;SAF=10;SAR=5;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159335;STB=0.573326;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0259693;OID=.;OPOS=1389196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:102:102:79:87:15:15:0.147059:5:10:43:36:5:10:51:36 chr16 1391871 . C G 820.39 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5493;QD=55.6193;RBI=0.04148;REFB=-0.0899483;REVB=-0.0137707;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000475323;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:34:24:0:0:34:24:1:0 chr16 1394507 . A C 1533.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.635;QD=58.9701;RBI=0.0603985;REFB=0;REVB=0.0401198;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186141;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:104:0:0:97:104:1:38:59:0:0:41:63:0:0 chr16 1398122 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0484089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.469;QD=12.0153;RBI=0.0655262;REFB=-0.0140979;REVB=0.0441618;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465896;STB=0.76859;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0247263;OID=.;OPOS=1398122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:7:0:3:3:7:0 chr16 1419947 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.638;QD=57.678;RBI=0.00283004;REFB=0;REVB=-0.00106583;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16249e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr16 1433766 . T C 2188.56 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=139;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.07;QD=62.0868;RBI=0.0460514;REFB=0.0139784;REVB=0.043372;RO=1;SAF=87;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941266;STB=0.504854;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=6.46829e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:141:1:1:137:140:0.992908:50:87:0:1:51:89:0:1 chr16 1447278 . A G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.743;QD=64.1493;RBI=0.0513456;REFB=0;REVB=-0.0461996;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67276e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr16 1484392 . G C 695.72 PASS AF=0.75;AO=57;DP=77;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0019236;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3109;QD=36.6167;RBI=0.0639384;REFB=-0.0360149;REVB=0.0639094;RO=19;SAF=34;SAR=23;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095287;STB=0.551083;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0157277;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:19:19:57:57:0.75:23:34:15:4:23:34:15:4 chr16 1484473 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.387;QD=60.3767;RBI=0.00300584;REFB=0;REVB=0.00273764;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8418e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr16 1484528 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0191107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.908;QD=9.18855;RBI=0.0218281;REFB=-0.00747685;REVB=0.0105473;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472135;STB=0.691913;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0134874;OID=.;OPOS=1484528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:25:25:10:11:0.305556:1:9:15:10:2:9:15:10 chr16 1484791 . C T 114.79 PASS AF=0.151724;AO=22;DP=145;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.110402;FXX=0.0333311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.129;QD=3.16669;RBI=0.113005;REFB=-0.00831911;REVB=-0.0241121;RO=121;SAF=10;SAR=12;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212386;STB=0.513296;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0417151;OID=.;OPOS=1484791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:121:123:22:22:0.151724:12:10:53:68:12:10:54:69 chr16 1488646 . A G 80.56 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0729874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6341;QD=4.29633;RBI=0.0904424;REFB=0.00167465;REVB=-0.0534103;RO=61;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160024;STB=0.603627;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0149625;OID=.;OPOS=1488646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:8:6:34:27:8:6:34:27 chr16 1536323 . A G 50.93 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0219175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4667;QD=5.50546;RBI=0.0459087;REFB=-0.0117894;REVB=-0.0403389;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258351;STB=0.671185;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.059226;OID=.;OPOS=1536323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:37:29:29:8:8:0.216216:6:2:13:16:6:2:13:16 chr16 1536380 . G T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00859244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.916;QD=5.95777;RBI=0.00859481;REFB=-0.00838498;REVB=-0.000202132;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254478;STB=0.666112;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0334395;OID=.;OPOS=1536380;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:10:8:4:2:10:8 chr16 1536499 . G T 49.66 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0127453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.798;QD=4.41429;RBI=0.0577558;REFB=-0.00185599;REVB=0.0563319;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253382;STB=0.666296;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0129656;OID=.;OPOS=1536499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:26:11:4:4:26:11 chr16 1536535 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.020814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6999;QD=4.01753;RBI=0.0336573;REFB=0.0167594;REVB=0.0264498;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263397;STB=0.675956;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0171331;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:20:8:3:3:20:8 chr16 1537839 . G A 139.43 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=109;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=24;FWDB=0.0140522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.787;QD=5.11672;RBI=0.0286887;REFB=-0.000298165;REVB=0.0250115;RO=86;SAF=9;SAR=14;SRF=62;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402093;STB=0.743831;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00131796;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:86:86:23:23:0.211009:14:9:62:24:14:9:62:24 chr16 1538363 . C A 91.45 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0509999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.383;QD=4.06452;RBI=0.052194;REFB=-0.00964864;REVB=-0.0111007;RO=74;SAF=12;SAR=4;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251243;STB=0.666445;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0598864;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:4:12:42:32:4:12:42:32 chr16 1538433 . A G 81.43 PASS AF=0.191781;AO=15;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0379147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6888;QD=4.46217;RBI=0.0380986;REFB=-0.0212072;REVB=0.00373913;RO=57;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180444;STB=0.673213;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.064269;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:57:59:15:14:0.191781:5:10:30:27:4:10:30:29 chr16 1538464 . C T 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0205038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.092;QD=5.82261;RBI=0.0211927;REFB=-0.00813849;REVB=-0.00535957;RO=45;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208518;STB=0.631378;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0293288;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:5:8:20:25:5:8:20:25 chr16 1544301 . GA CG 80.22 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0122237;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.78;QD=6.82742;RBI=0.0136973;REFB=-0.00601291;REVB=0.00618055;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465256;STB=0.77741;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0136068;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:48:47:36:36:11:11:0.234043:5:6:6:30:5:6:6:30 chr16 1545448 . A G 2628.22 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468048;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1469;QD=61.4789;RBI=0.0121964;REFB=-0.0229746;REVB=-0.0112625;RO=1;SAF=91;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357242;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:0:169:171:1:78:91:1:0:79:92:0:0 chr16 1555589 . A G 527.23 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167947;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.799;QD=60.2543;RBI=0.016866;REFB=0;REVB=0.00154875;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4802e-05;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr16 1559838 . T C 1794.18 PASS AF=0.983607;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.319;QD=58.8255;RBI=0.0723744;REFB=-0.0673811;REVB=0.0710297;RO=0;SAF=78;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502697;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000744048;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:122:0:2:117:120:0.983607:39:78:0:0:42:78:1:1 chr16 1574863 . G A 1243.88 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0908497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2195;QD=55.9045;RBI=0.0918164;REFB=-0.0586873;REVB=-0.013289;RO=5;SAF=47;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171494;STB=0.509069;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0123095;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:84:84:0.94382:37:47:2:3:37:47:2:3 chr16 1591962 . G A 1996.39 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00554534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.889;QD=60.4965;RBI=0.0228202;REFB=-0.0274051;REVB=0.0221362;RO=2;SAF=78;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120293;STB=0.506328;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000638804;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:52:78:2:0:52:78:2:0 chr16 1608082 . A G 1353.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.946;QD=62.2408;RBI=0.00941004;REFB=0;REVB=-1.1931e-05;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24793e-06;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:47:38:0:0:48:39:0:0 chr16 1614097 . A G 1666.66 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.749;QD=60.0598;RBI=0.0573247;REFB=0;REVB=0.00859874;RO=0;SAF=69;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08771e-05;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:41:69:0:0:42:69:0:0 chr16 1682281 . A G 310.28 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314582;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3995;QD=53.962;RBI=0.0505129;REFB=0;REVB=0.0395213;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985333;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr16 1706692 . GC CG,G 58.7 PASS AF=0.0588235,0.470588;AO=2,7;DP=18;FAO=1,8;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=1,3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0422617,-0.223234;FXX=0.0555247;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=139.25,16.72;QD=13.8115;RBI=0.0506219,0.234853;REFB=-0.000846096,-0.0723704;REVB=-0.0278663,0.0729578;RO=7;SAF=0,5;SAR=2,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.395939;SSSB=-0.50628,0.456174;STB=0.984745,0.681384;STBP=0.54,0.195;TYPE=mnp,del;VARB=0.0655405,0.0269329;OID=.,.;OPOS=1706692,1706693;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:18:17:7:8:2,7:1,8:0.0588235,0.470588:2,2:0,5:1:6:1,3:0,5:2:6 chr16 1706698 . CG C 83.57 PASS AF=0.764706;AO=9;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.254557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8872;QD=19.6638;RBI=0.256897;REFB=-0.0755981;REVB=0.034598;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.567464;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=0.0585174;OID=.;OPOS=1706699;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:9:17:13:17:4:7:6:1:3:16:6:3:6:3:3 chr16 1797138 . G A 736.54 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0229822;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.502;QD=43.9726;RBI=0.0230547;REFB=-0.0398573;REVB=0.001826;RO=10;SAF=23;SAR=34;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101931;STB=0.500544;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0043629;OID=.;OPOS=1797138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:10:10:57:57:0.850746:34:23:4:6:34:23:4:6 chr16 1812972 . G C 448.01 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.067106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6637;QD=34.4624;RBI=0.0726184;REFB=0.0193048;REVB=0.0277528;RO=13;SAF=23;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024384;STB=0.513178;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0169871;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:13:13:39:39:0.75:16:23:7:6:16:23:7:6 chr16 1814391 . T C 290.42 PASS AF=0.642857;AO=21;DP=38;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00604337;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.102;QD=27.6589;RBI=0.0229556;REFB=-0.0551415;REVB=0.0221459;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.529182;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0244965;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:15:15:21:27:0.642857:11:10:8:7:13:14:9:6 chr16 1814440 . A G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.036368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.45;QD=10.4387;RBI=0.0464524;REFB=-0.0202663;REVB=-0.0288998;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429136;STB=0.513493;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0453745;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:6:7:13:13:6:7:14:13 chr16 1815986 . C T 1888.21 PASS AF=0.719626;AO=152;DP=222;FAO=154;FDP=214;FR=.;FRO=60;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.000731118;FXX=0.0488867;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.162;QD=35.2936;RBI=0.00675272;REFB=-0.0280401;REVB=0.00671302;RO=52;SAF=79;SAR=73;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101143;STB=0.563104;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00716902;OID=.;OPOS=1815986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:214:52:60:152:154:0.719626:73:79:16:36:73:81:18:42 chr16 1818503 . G C 33.74 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.006658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.643;QD=3.64781;RBI=0.00800479;REFB=0.00452507;REVB=0.00444383;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175342;STB=0.621241;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0359519;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:11:20:3:3:11:20 chr16 1827836 . T C 492.64 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0084325;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.184;QD=30.7902;RBI=0.0261714;REFB=-0.0287264;REVB=0.0247756;RO=20;SAF=16;SAR=28;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169154;STB=0.591794;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0119596;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:20:20:44:44:0.6875:28:16:13:7:28:16:13:7 chr16 1838037 . C G 414.93 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0385148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.741;QD=36.0807;RBI=0.0437177;REFB=-0.0440837;REVB=0.0206844;RO=12;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224547;STB=0.501991;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0168335;OID=.;OPOS=1838037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:12:13:33:33:0.717391:18:15:6:6:18:15:6:7 chr16 1838640 . T C 1787.84 PASS AF=0.756614;AO=132;DP=188;FAO=143;FDP=189;FR=.;FRO=46;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0104069;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.42;QD=37.8378;RBI=0.0122942;REFB=-0.0289957;REVB=0.00654552;RO=43;SAF=61;SAR=71;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336282;STB=0.514704;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00910329;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:43:46:132:143:0.756614:71:61:23:20:77:66:24:22 chr16 1841618 . C T 379.94 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0138944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5499;QD=46.0532;RBI=0.0418841;REFB=-0.0230633;REVB=0.0395123;RO=4;SAF=19;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237844;STB=0.512812;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00487056;OID=.;OPOS=1841618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:10:19:3:1:10:19:3:1 chr16 1842209 . A G 564.82 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0163429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.685;QD=41.0774;RBI=0.0491466;REFB=-0.0744329;REVB=-0.0463497;RO=9;SAF=23;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169652;STB=0.509087;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.010457;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:23:23:4:5:23:23:4:5 chr16 1859432 . G C 255.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0046;QD=51.1551;RBI=0.026958;REFB=0;REVB=0.00061111;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774007;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 1859440 . C A 162.35 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0290461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5518;QD=38.2007;RBI=0.106712;REFB=0.00131127;REVB=0.102683;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11358;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00250343;OID=.;OPOS=1859440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:2:0:8:7:2:0 chr16 1869077 . A AT 142.68 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=26;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.147093;FXX=0.0768935;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.5846;QD=23.7792;RBI=0.150394;REFB=-0.145138;REVB=0.0313378;RO=23;SAF=0;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713833;STB=0.523779;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=0.0536967;OID=.;OPOS=1869078;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:3:26:16:24:8:11:5:5:3:47:23:0:3:18:5 chr16 1869078 . C T 141.28 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0404991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7394;QD=21.7352;RBI=0.0767775;REFB=-0.0247155;REVB=0.0652274;RO=11;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420667;STB=0.742472;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00492301;OID=.;OPOS=1869078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:11:11:15:15:0.576923:2:13:5:6:2:13:5:6 chr16 1872312 . G A 385.7 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0189631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.44;QD=26.1494;RBI=0.0260894;REFB=-0.0400408;REVB=0.0179181;RO=22;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173533;STB=0.597652;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.023668;OID=.;OPOS=1872312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:36:37:0.627119:15:21:18:4:16:21:18:4 chr16 1872922 . C G 452.63 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0156953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.572;QD=30.6866;RBI=0.0176059;REFB=0.00585449;REVB=0.00797653;RO=18;SAF=32;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164958;STB=0.589974;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00336037;OID=.;OPOS=1872922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:9:32:10:8:9:32:10:8 chr16 1888037 . G A 219.02 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0220446;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9277;QD=30.2095;RBI=0.0248634;REFB=-0.0208922;REVB=0.0114989;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154571;STB=0.600584;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00866923;OID=.;OPOS=1888037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:8:9:20:20:0.689655:11:9:6:2:11:9:7:2 chr16 1894912 . C T 402.91 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000936835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9858;QD=48.8372;RBI=0.0381199;REFB=0.0804633;REVB=-0.0381084;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202746;STB=0.509272;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00783188;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:29:30:0.909091:16:13:1:2:17:13:1:2 chr16 1912021 . T G 839.76 PASS AF=0.875;AO=63;DP=72;FAO=63;FDP=72;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0774032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7247;QD=46.6533;RBI=0.0820213;REFB=0.0379687;REVB=0.0271338;RO=9;SAF=36;SAR=27;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826245;STB=0.543986;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0151961;OID=.;OPOS=1912021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:9:9:63:63:0.875:27:36:2:7:27:36:2:7 chr16 1918125 . T G 1789.91 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505314;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.778;QD=61.1934;RBI=0.0505314;REFB=0;REVB=-5.88671e-05;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11866e-05;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:62:54:0:0:62:55:0:0 chr16 1961674 . G C 412.46 PASS AF=0.717391;AO=32;DP=45;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0252049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.115;QD=35.8662;RBI=0.0263487;REFB=-0.0215846;REVB=0.00767921;RO=13;SAF=10;SAR=22;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516321;STB=0.533314;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0117625;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:13:13:32:33:0.717391:22:10:3:10:22:11:3:10 chr16 1962046 . CG TA 112.89 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0453284;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.655;QD=28.2223;RBI=0.105893;REFB=0.103652;REVB=0.0957012;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308588;STB=0.543407;STBP=0.661;TYPE=mnp;VARB=-0.0205992;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:3:4:12:12:0.75:7:5:1:2:7:5:1:3 chr16 1990994 . T C 666.32 PASS AF=0.753425;AO=55;DP=73;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00962251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.713;QD=36.5104;RBI=0.0112473;REFB=-0.014085;REVB=-0.00582313;RO=18;SAF=28;SAR=27;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805615;STB=0.543268;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00359318;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:18:18:55:55:0.753425:27:28:6:12:27:28:6:12 chr16 2018860 . TGC GTG,TG 44.83 PASS AF=0.0172414,0.224138;AO=3,9;DP=62;FAO=1,13;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=1,11;FSAR=0,2;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0562737,-0.0943457;FXX=0.0645057;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=170.207,14.4706;QD=3.09177;RBI=0.0727306,0.0987239;REFB=-0.00511549,-0.0872334;REVB=-0.0460761,0.0290739;RO=40;SAF=3,6;SAR=0,3;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0.350515;SSEP=0,0;SSSB=0.49448,0.178122;STB=0.989969,0.799495;STBP=0.488,0.024;TYPE=mnp,del;VARB=0.160993,0.15141;OID=.,.;OPOS=2018860,2018862;OREF=TGC,C;OALT=GTG,-;OMAPALT=GTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:62:58:40:44:3,9:1,13:0.0172414,0.224138:0,3:3,6:21:19:0,2:1,11:22:22 chr16 2024131 . T C 156.21 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00079411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1898;QD=34.714;RBI=0.117958;REFB=-0.0466423;REVB=-0.117955;RO=3;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118465;STB=0.559925;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00775841;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:14:15:0.833333:4:10:3:0:4:11:3:0 chr16 2024389 . G T 553.55 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0489586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8966;QD=38.8459;RBI=0.0612229;REFB=0.0199585;REVB=-0.03676;RO=11;SAF=23;SAR=23;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817387;STB=0.543841;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00505815;OID=.;OPOS=2024389;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:23:23:3:8:23:23:3:8 chr16 2027994 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00221619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.69;QD=23.0939;RBI=0.00582126;REFB=-0.00581361;REVB=0.00538289;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34499;STB=0.692695;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00631549;OID=.;OPOS=2027994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:2:10:6:11:2:10 chr16 2257105 . C G 1158.98 PASS AF=0.930233;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00469774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.08;QD=53.9062;RBI=0.0145884;REFB=-0.124117;REVB=-0.0138113;RO=2;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000577374;STB=0.500872;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00208402;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:86:2:6:80:80:0.930233:41:39:1:1:41:39:3:3 chr16 2260567 . C T 2006.78 PASS AF=0.958042;AO=127;DP=136;FAO=137;FDP=143;FR=.;FRO=6;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0298814;FXX=0.0137922;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.9388;QD=56.1338;RBI=0.0608088;REFB=-0.0151364;REVB=0.0529605;RO=6;SAF=85;SAR=42;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000253766;STB=0.501432;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00255735;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:136:143:6:6:127:137:0.958042:42:85:4:2:50:87:4:2 chr16 2260612 . T C 1289.05 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.459;QD=61.3834;RBI=0.023482;REFB=0;REVB=0.0174084;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10992e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:81:84:1:37:44:0:0:38:46:0:0 chr16 2263146 . A G 952.71 PASS AF=1;AO=53;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000410988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0257;QD=57.74;RBI=0.205621;REFB=0;REVB=0.20562;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372505;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:53:66:1:20:33:0:0:28:38:0:0 chr16 2263516 . A G 296.34 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0093;QD=49.3898;RBI=0.129418;REFB=-0.0708451;REVB=0.0150589;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225969;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0232895;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:20:3:0:1:20:3:0:1 chr16 2285357 . C T 1047.49 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.895;QD=58.194;RBI=0.0340821;REFB=-0.0645893;REVB=0.027818;RO=1;SAF=46;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101688;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000365419;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:24:46:1:0:25:46:1:0 chr16 2331430 . A G 955.62 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.466;QD=58.8074;RBI=0.0266523;REFB=0;REVB=0.0225617;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98928e-06;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr16 2511134 . AC A 42.98 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0765663;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.76014;QD=3.82004;RBI=0.0900881;REFB=-0.0370504;REVB=0.0474708;RO=20;SAF=15;SAR=1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0.37037;SSEP=0;SSSB=0.256336;STB=0.697355;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=0.0566773;OID=.;OPOS=2511135;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:16:45:16:45:29:15:1:24:5:42:20:15:1:17:3 chr16 2512523 . G A 240.0 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0325407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.844;QD=43.6369;RBI=0.0719955;REFB=-0.157005;REVB=0.0642219;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656807;STB=0.533301;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00516154;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:19:20:0.909091:13:6:0:2:14:6:0:2 chr16 2578131 . C T 45.51 PASS AF=0.190476;AO=6;DP=40;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00251055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.385;QD=4.33448;RBI=0.0249406;REFB=-0.00755154;REVB=0.0248139;RO=32;SAF=6;SAR=0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653727;STB=0.648251;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.032262;OID=.;OPOS=2578131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:40:42:32:34:6:8:0.190476:0:6:18:14:2:6:20:14 chr16 2766484 . G C 127.81 PASS AF=0.592593;AO=11;DP=22;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0675773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3535;QD=18.9351;RBI=0.0731438;REFB=-0.0341091;REVB=-0.027988;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373023;STB=0.638112;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0576416;OID=.;OPOS=2766484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:27:11:11:11:16:0.592593:9:2:6:5:12:4:6:5 chr16 2812647 . C T 764.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.853;QD=63.7055;RBI=0.0462273;REFB=0;REVB=0.0346144;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140875;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:21:24:0:0:23:25:0:0 chr16 2815237 . A C 742.52 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.45;QD=53.0369;RBI=0.0406722;REFB=0.0448438;REVB=0.0386262;RO=2;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074118;STB=0.503419;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000282621;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:21:32:1:1:22:32:1:1 chr16 2815594 . C T 979.56 PASS AF=0.804348;AO=74;DP=92;FAO=74;FDP=92;FR=.;FRO=18;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0476902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9741;QD=42.5897;RBI=0.0645057;REFB=0.0202258;REVB=0.0434353;RO=18;SAF=41;SAR=33;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810914;STB=0.543275;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0039708;OID=.;OPOS=2815594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:18:18:74:74:0.804348:33:41:6:12:33:41:6:12 chr16 2819886 . A C 63.95 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.493;QD=8.82058;RBI=0.00376371;REFB=-0.129766;REVB=-0.00376371;RO=17;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.253215;OID=.;OPOS=2819886;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:17:17:12:12:0.413793:12:0:0:17:12:0:0:17 chr16 2891212 . G A 36.92 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0401145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8821;QD=2.5906;RBI=0.0426215;REFB=-0.0033838;REVB=-0.0144021;RO=50;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360408;STB=0.761206;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0174507;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:5:2:30:20:5:2:30:20 chr16 2983483 . C G 763.62 PASS AF=0.729412;AO=62;DP=85;FAO=62;FDP=85;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0529507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3739;QD=35.9351;RBI=0.0547493;REFB=-0.00984767;REVB=0.0139177;RO=22;SAF=21;SAR=41;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130734;STB=0.577439;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00328436;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:22:23:62:62:0.729412:41:21:13:9:41:21:14:9 chr16 2986840 . G C 164.56 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0596101;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5511;QD=28.6194;RBI=0.0640813;REFB=-0.028942;REVB=-0.0235171;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714671;STB=0.539826;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00488982;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:4:3:5:11:4:3 chr16 2988244 . G A 156.8 PASS AF=0.227273;AO=24;DP=110;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.0112238;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2549;QD=5.70173;RBI=0.0137177;REFB=0.000323446;REVB=0.00788682;RO=86;SAF=10;SAR=14;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586042;STB=0.550371;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.000801182;OID=.;OPOS=2988244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:85:24:25:0.227273:14:10:32:54:14:11:32:53 chr16 3017852 . G A 780.58 PASS AF=0.813333;AO=61;DP=75;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0159042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.45;QD=41.6309;RBI=0.0163672;REFB=-0.0245641;REVB=-0.00386532;RO=11;SAF=37;SAR=24;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896223;STB=0.507118;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0034881;OID=.;OPOS=3017852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:11:14:61:61:0.813333:24:37:7:4:24:37:9:5 chr16 3065455 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCG 76.49 PASS AF=0.255952,0.0238095;AO=37,8;DP=162;FAO=43,4;FDP=168;FR=.;FRO=121;FSAF=15,1;FSAR=28,3;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=0.185341,0.0880823;FXX=0.0344808;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.6563,18.097;QD=1.82123;RBI=0.185756,0.0927012;REFB=-0.103533,-0.0462058;REVB=-0.0124108,-0.0288967;RO=87;SAF=19,0;SAR=18,8;SRF=53;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115203,-0.638201;STB=0.65661,0.785728;STBP=0.021,0.325;TYPE=del,snp;VARB=0.0885777,0.126557;OID=.,.;OPOS=3065456,3065462;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255952,0.0238095:37,8:162:43,4:168:121:15,1:28,3:68:53:67:87:19,0:18,8:53:34 chr16 3065924 . G A 1491.33 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6952;QD=63.461;RBI=0.0170903;REFB=0;REVB=0.0150974;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96391e-05;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr16 3071847 . CG CC,C 39.41 PASS AF=0.08,0.28;AO=2,4;DP=23;FAO=2,7;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2,2;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0482007,-0.0612213;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.277,14.3395;QD=6.30481;RBI=0.0482532,0.0916948;REFB=-0.0581074,-0.0521791;REVB=-0.00224976,-0.0682634;RO=15;SAF=2,1;SAR=0,3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650927,-0.0244365;STB=0.996127,0.522323;STBP=0.059,0.971;TYPE=snp,del;VARB=0.0896845,0.0673637;OID=.,.;OPOS=3071848,3071848;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.08,0.28:2,4:23:2,7:25:16:2,2:0,5:5:11:28:15:2,1:0,3:4:11 chr16 3132197 . A G 67.67 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0259574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7319;QD=3.18436;RBI=0.0389682;REFB=-0.00902321;REVB=-0.0290643;RO=69;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23999;STB=0.664067;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0452419;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:69:72:13:13:0.152941:5:8:29:40:5:8:30:42 chr16 3170188 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5921;QD=39.2033;RBI=0.163006;REFB=0;REVB=0.0355644;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118343;OID=.;OPOS=3170188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr16 3207446 . G A 1524.91 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.674;QD=57.5438;RBI=0.0272464;REFB=0.00860702;REVB=-0.001613;RO=2;SAF=63;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395993;STB=0.502087;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000106094;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:41:63:1:1:41:63:1:1 chr16 3208911 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.421;QD=55.65;RBI=0.0266705;REFB=0;REVB=0.0232358;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242876;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr16 3208914 . T C 362.19 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01026;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.543;QD=55.7208;RBI=0.0113741;REFB=0;REVB=0.0049093;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41592e-05;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr16 3230588 . G A 214.94 PASS AF=0.826087;AO=16;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0175483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.171;QD=37.3813;RBI=0.0313741;REFB=-0.060589;REVB=0.0260075;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906511;STB=0.530774;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0116022;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:16:19:0.826087:8:8:1:3:11:8:1:3 chr16 3254470 . T C 366.31 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0042428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3607;QD=40.7016;RBI=0.0655049;REFB=-0.0877993;REVB=-0.0653674;RO=7;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194869;STB=0.510549;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0168667;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:36:36:7:7:29:29:0.805556:15:14:3:4:15:14:3:4 chr16 3254972 . T C 887.14 PASS AF=0.8375;AO=67;DP=80;FAO=67;FDP=80;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00103666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.916;QD=44.3571;RBI=0.00861363;REFB=-0.0378204;REVB=-0.00855102;RO=12;SAF=39;SAR=28;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239444;STB=0.507266;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00522922;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:12:13:67:67:0.8375:28:39:6:6:28:39:7:6 chr16 3266071 . A G 487.87 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0100802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9915;QD=45.3833;RBI=0.012895;REFB=-0.0876395;REVB=0.00804181;RO=7;SAF=22;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331123;STB=0.517798;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0226876;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:14:22:5:2:14:22:5:2 chr16 3293888 . C T 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0116807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.015;QD=3.93887;RBI=0.0158829;REFB=-0.00309531;REVB=0.0107623;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425893;STB=0.785436;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0196483;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:23:12:5:2:23:12 chr16 3293922 . A T 57.5 PASS AF=0.163934;AO=5;DP=60;FAO=10;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=49;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0283132;FXX=0.0161264;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.4349;QD=3.77032;RBI=0.100623;REFB=-0.0027002;REVB=0.0965573;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243714;STB=0.576122;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0498215;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:61:31:49:5:10:0.163934:3:2:19:12:5:5:29:20 chr16 3297073 . A G 483.61 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00532488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.408;QD=43.9643;RBI=0.00668681;REFB=-0.0343699;REVB=0.00404464;RO=6;SAF=24;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00314131;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:6:8:36:36:0.818182:12:24:4:2:12:24:5:3 chr16 3297175 . T C 1175.88 PASS AF=0.873684;AO=83;DP=95;FAO=83;FDP=95;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.038824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1123;QD=49.5106;RBI=0.0425734;REFB=-0.00416189;REVB=-0.0174699;RO=12;SAF=36;SAR=47;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360387;STB=0.519132;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000183566;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:12:12:83:83:0.873684:47:36:7:5:47:36:7:5 chr16 3297181 . C T 1205.54 PASS AF=0.868687;AO=84;DP=98;FAO=86;FDP=99;FR=.;FRO=13;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00584898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7801;QD=48.7086;RBI=0.0430941;REFB=-0.0273805;REVB=0.0426953;RO=13;SAF=36;SAR=48;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477639;STB=0.52631;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00680884;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:99:13:13:84:86:0.868687:48:36:8:5:50:36:8:5 chr16 3299749 . G A 620.89 PASS AF=0.706667;AO=52;DP=74;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00537029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.162;QD=33.1144;RBI=0.0413099;REFB=-0.0303677;REVB=0.0409594;RO=22;SAF=32;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141766;STB=0.509852;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.013418;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:22:22:52:53:0.706667:20:32:13:9:20:33:13:9 chr16 3405994 . A G 1110.9 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.667;QD=59.2478;RBI=0.0353888;REFB=0;REVB=0.0307614;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26225e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:72:75:1:36:36:0:0:38:37:0:0 chr16 3406387 . C G 484.35 PASS AF=0.972973;AO=29;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025878;FXX=0.0749813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5938;QD=52.3618;RBI=0.0777726;REFB=0.00786532;REVB=-0.073341;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000781921;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:37:0:1:29:36:0.972973:4:25:0:0:12:24:1:0 chr16 3419934 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.616;QD=61.684;RBI=0.0187933;REFB=0;REVB=-0.00688378;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86456e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr16 3452193 . T C,G 1286.07 PASS AF=0.0705882,0.929412;AO=5,80;DP=85;FAO=6,79;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=6,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244264,-0.0480173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.577,53.5258;QD=60.5209;RBI=0.026259,0.0526653;REFB=0,0;REVB=-0.00963777,-0.0216326;RO=0;SAF=0,50;SAR=5,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.16546,-0.00181577;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:85:85:0:0:5,80:6,79:0.0705882,0.929412:5,30:0,50:0:0:6,29:0,50:0:0 chr16 3486285 . C A 1519.0 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387602;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.806;QD=58.9904;RBI=0.0498197;REFB=0;REVB=0.0312994;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9236e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:55:48:0:0 chr16 3490922 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1073;QD=58.1418;RBI=0.0253947;REFB=0;REVB=-0.0246004;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359958;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr16 3533576 . GC G,GG 881.74 PASS AF=1,0;AO=29,39;DP=73;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125747,-0.30772;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.7153,4.34429;QD=48.3147;RBI=0.084874,0.349001;REFB=0,0;REVB=0.0839373,-0.164651;RO=0;SAF=11,28;SAR=18,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000961313,0;OID=.,.;OPOS=3533577,3533577;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,39:73:73,0:73:0:42,0:31,0:0:0:6:0:11,28:18,11:0:0 chr16 3534892 . G A 396.02 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0807733;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.804;QD=49.5025;RBI=0.0835041;REFB=-0.0968708;REVB=0.0211801;RO=2;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321341;STB=0.51723;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.007575;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:32:32:2:2:29:30:0.9375:28:1:0:2:28:2:0:2 chr16 3535116 . T C 2603.09 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564492;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7649;QD=61.9783;RBI=0.0567355;REFB=0;REVB=-0.00569313;RO=0;SAF=93;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165324;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:166:168:1:73:93:0:0:75:93:0:0 chr16 3535540 . G A 930.88 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237683;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.357;QD=58.1797;RBI=0.0338263;REFB=0;REVB=0.0337427;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204449;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:24:38:0:0:24:40:0:0 chr16 3536872 . G A 483.17 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.901;QD=58.5658;RBI=0.0368957;REFB=0;REVB=0.0356481;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234993;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:21:10:0:0:22:11:0:0 chr16 3586230 . C T 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00553431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.484;QD=4.12596;RBI=0.0141;REFB=-0.0142952;REVB=-0.0129685;RO=62;SAF=3;SAR=11;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375672;STB=0.743171;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0320956;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:62:63:14:14:0.181818:11:3:31:31:11:3:31:32 chr16 3602227 . AG A 646.32 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.172608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.3487;QD=47.0051;RBI=0.277462;REFB=0;REVB=-0.217236;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00821891;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:54:55:55:0:29:26:0:0:12:0:27:25:0:0 chr16 3613150 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0840219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.829;QD=10.0334;RBI=0.0927114;REFB=-0.00774986;REVB=-0.0391883;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00541796;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:6:1:3:2:6:1 chr16 3639139 . A G 124.21 PASS AF=0.169118;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=136;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=-0.00647932;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.73;QD=3.65313;RBI=0.0340174;REFB=-0.0105899;REVB=-0.0333946;RO=110;SAF=6;SAR=17;SRF=38;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126927;STB=0.599308;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0334994;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:110:113:23:23:0.169118:17:6:38:72:17:6:41:72 chr16 3640853 . G A 478.45 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0357048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.889;QD=30.868;RBI=0.0447793;REFB=-0.0442902;REVB=0.0270251;RO=15;SAF=11;SAR=32;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863009;STB=0.580723;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0058869;OID=.;OPOS=3640853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:15:19:43:43:0.693548:32:11:6:9:32:11:9:10 chr16 3707747 . G A 948.61 PASS AF=0.831461;AO=68;DP=83;FAO=74;FDP=89;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0263627;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0705;QD=42.6341;RBI=0.0664106;REFB=-0.0294577;REVB=0.0609538;RO=15;SAF=30;SAR=38;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083783;STB=0.538354;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00939719;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:83:89:15:15:68:74:0.831461:38:30:3:12:43:31:3:12 chr16 3721773 . G C 1265.12 PASS AF=0.757576;AO=100;DP=132;FAO=100;FDP=132;FR=.;FRO=32;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.023861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.998;QD=38.337;RBI=0.0315436;REFB=-0.0238064;REVB=0.0206314;RO=31;SAF=49;SAR=51;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170298;STB=0.512736;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00821851;OID=.;OPOS=3721773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:31:32:100:100:0.757576:51:49:14:17:51:49:14:18 chr16 3724465 . G C 207.47 PASS AF=0.22695;AO=32;DP=140;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=0.0109537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7085;QD=5.88558;RBI=0.0213647;REFB=0.00518575;REVB=0.018343;RO=108;SAF=14;SAR=18;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227817;STB=0.634384;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0184601;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:108:109:32:32:0.22695:18:14:67:41:18:14:67:42 chr16 3781313 . G A 879.99 PASS AF=0.732673;AO=74;DP=101;FAO=74;FDP=101;FR=.;FRO=27;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0257707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.404;QD=34.8509;RBI=0.0315723;REFB=-0.0481889;REVB=0.0182394;RO=27;SAF=45;SAR=29;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065142;STB=0.534964;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0189413;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:27:27:74:74:0.732673:29:45:13:14:29:45:13:14 chr16 4013467 . C T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=54;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00426175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.699;QD=9.26198;RBI=0.0047004;REFB=-0.00474475;REVB=0.00198272;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365088;STB=0.687287;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00659698;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:38:16:17:0.309091:11:5:24:14:11:6:24:14 chr16 4015313 . A G 417.83 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.869;QD=53.9129;RBI=0.0545069;REFB=-0.234748;REVB=0.0248735;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00295372;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:31:0:1:28:30:0.967742:17:11:0:0:18:12:0:1 chr16 4015316 . A G 388.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9286;QD=55.4713;RBI=0.0931027;REFB=0;REVB=-0.0863702;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00265573;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 4016676 . A G 1343.05 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954544;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.158;QD=62.4675;RBI=0.0272752;REFB=0;REVB=-0.0255504;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40513e-05;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr16 4027605 . C T 49.33 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0170162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8364;QD=4.19792;RBI=0.0170181;REFB=-0.00639428;REVB=-0.000254994;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582436;STB=0.552353;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0328012;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:38:39:8:8:0.170213:3:5:22:16:3:5:22:17 chr16 4164364 . C T 554.48 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5024;QD=55.4484;RBI=0.0178561;REFB=-0.104117;REVB=-0.00512948;RO=2;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281422;STB=0.515042;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00675397;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:10:28:1:1:10:28:1:1 chr16 4165432 . TG CG,GC 621.47 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=42;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401244,0.0564303;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.9385,46.8105;QD=60.6312;RBI=0.0652432,0.088189;REFB=0,0;REVB=0.0514461,0.0677711;RO=0;SAF=22,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000131262,0.0754409;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:17,1:22,1:0:0:17,1:22,1:0:0 chr16 4242028 . A T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.113;QD=61.3333;RBI=0.0355329;REFB=0;REVB=0.0224847;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134039;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr16 4242093 . C T 506.42 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.170973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1682;QD=54.7482;RBI=0.171461;REFB=-0.106402;REVB=-0.0129271;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00865991;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:35:36:0.972973:22:13:1:0:22:14:1:0 chr16 4245607 . A G 439.15 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.013324;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.878;QD=43.9149;RBI=0.0448943;REFB=-0.0588519;REVB=0.0428715;RO=6;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266921;STB=0.524985;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0133928;OID=.;OPOS=4245607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:40:6:7:33:33:0.825:14:19:4:2:14:19:5:2 chr16 4245693 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.019;QD=57.1061;RBI=0.0462788;REFB=0;REVB=0.0462312;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37041e-05;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:24:31:0:0 chr16 4257729 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0104135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.916;QD=6.81378;RBI=0.0277001;REFB=-0.000291378;REVB=0.0256682;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.60839;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000655902;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:11:8:4:3:11:8 chr16 4307646 . A G 1082.71 PASS AF=0.905882;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0842722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1927;QD=50.9513;RBI=0.0867587;REFB=-0.0355328;REVB=0.0206223;RO=6;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051545;STB=0.535705;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0745877;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:85:6:8:77:77:0.905882:52:25:0:6:52:25:0:8 chr16 4310468 . C G 1890.1 PASS AF=0.992;AO=120;DP=122;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.444;QD=60.4831;RBI=0.0483495;REFB=-0.130176;REVB=0.0307401;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683504;STB=0.503546;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000368306;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:125:1:1:120:124:0.992:69:51:0:1:70:54:0:1 chr16 4386814 . T C 1641.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.193;QD=60.233;RBI=0.0231908;REFB=0;REVB=0.0160405;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.681e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:52:56:0:0:52:57:0:0 chr16 4411206 . C G 346.18 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0267718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.98;QD=38.4645;RBI=0.109097;REFB=-0.0289455;REVB=-0.105761;RO=8;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102362;STB=0.555516;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0110569;OID=.;OPOS=4411206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:14:14:6:2:14:14:6:2 chr16 4411974 . TG CT,T 30.12 PASS AF=0.0425532,0.212766;AO=3,9;DP=46;FAO=2,10;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=0,2;FSAR=2,8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0258471,-0.0573537;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=79.6669,12.8477;QD=2.563;RBI=0.0596455,0.138488;REFB=-0.00855685,-0.0990056;REVB=-0.0537542,-0.126053;RO=32;SAF=0,3;SAR=3,6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.512653,-0.132251;STB=0.994379,0.726777;STBP=0.189,0.133;TYPE=mnp,del;VARB=0.0855385,0.155537;OID=.,.;OPOS=4411974,4411975;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:46:47:32:35:3,9:2,10:0.0425532,0.212766:3,6:0,3:14:18:2,8:0,2:16:19 chr16 4414987 . G A 275.86 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0171393;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.254;QD=31.5267;RBI=0.021506;REFB=-0.028849;REVB=-0.0129904;RO=12;SAF=20;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2245;STB=0.596925;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0401344;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:12:11:24:24:0.685714:4:20:7:5:4:20:7:4 chr16 4431202 . A G 1756.19 PASS AF=0.795322;AO=135;DP=170;FAO=136;FDP=171;FR=.;FRO=35;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0912025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.752;QD=41.0804;RBI=0.0912228;REFB=-0.0217185;REVB=-0.00192143;RO=35;SAF=60;SAR=75;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161492;STB=0.507679;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0062352;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:35:35:135:136:0.795322:75:60:17:18:75:61:17:18 chr16 4432029 . A C 441.8 PASS AF=0.735849;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0138125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.726;QD=33.3435;RBI=0.0151453;REFB=-0.0370496;REVB=-0.00621241;RO=13;SAF=8;SAR=31;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097005;STB=0.557817;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0144057;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:13:14:39:39:0.735849:31:8:1:12:31:8:1:13 chr16 4432738 . GC G 52.95 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.225468;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8837;QD=11.1474;RBI=0.276064;REFB=-0.0135378;REVB=-0.159297;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.816908;STB=0.885149;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0269072;OID=.;OPOS=4432739;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:7:20:8:19:11:1:7:9:2:52:11:0:7:9:2 chr16 4445327 . C T 484.47 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00670511;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.562;QD=31.2561;RBI=0.0161126;REFB=-0.00657918;REVB=0.0146512;RO=18;SAF=21;SAR=22;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970251;STB=0.5438;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00301302;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:18:19:43:43:0.693548:22:21:12:6:22:21:12:7 chr16 4476089 . T C 574.56 PASS AF=0.684932;AO=49;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00232028;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.388;QD=31.4827;RBI=0.0164812;REFB=-0.00819231;REVB=0.016317;RO=23;SAF=18;SAR=31;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196351;STB=0.600402;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00374794;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:49:50:0.684932:31:18:16:7:31:19:16:7 chr16 4484396 . A T 218.86 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0196955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3156;QD=30.1869;RBI=0.0267647;REFB=-0.0105057;REVB=-0.0181228;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148599;STB=0.60132;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00399057;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:29:8:9:20:20:0.689655:7:13:3:5:7:13:3:6 chr16 4496973 . T A 801.16 PASS AF=0.706522;AO=65;DP=92;FAO=65;FDP=92;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0162503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.922;QD=34.8331;RBI=0.0189914;REFB=0.00780925;REVB=-0.0098285;RO=27;SAF=32;SAR=33;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463356;STB=0.524934;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00361959;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:27:27:65:65:0.706522:33:32:11:16:33:32:11:16 chr16 4564092 . TGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG 55.16 PASS AF=0.32,0,0.12;AO=3,4,3;DP=25;FAO=8,0,3;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0,2;FSAR=7,0,1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00861019,0.298895,-0.235932;FXX=0;HRUN=4,4,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.1616,12.4216,9.64023;QD=8.82606;RBI=0.106121,0.325807,0.49679;REFB=-0.0802692,-0.0246068,-0.144455;REVB=0.105771,-0.129663,0.437191;RO=10;SAF=0,0,3;SAR=3,4,0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0.509542,0.509542,0;SSEP=0,0,0.305263;SSSB=-0.573898,-0.630393,0.747687;STB=0.672562,0.5,0.784132;STBP=0.306,1,0.418;TYPE=del,del,del;VARB=0.127137,0,0.084575;OID=.,.,.;OPOS=4564096,4564093,4564097;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0,0.12:3,4,3:25:8,0,3:25:14:1,0,2:7,0,1:4:10:33:10:0,0,3:3,4,0:2:8 chr16 4625470 . C G 656.83 PASS AF=0.852459;AO=52;DP=61;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0341452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5383;QD=43.0708;RBI=0.0357131;REFB=-0.0162917;REVB=-0.0104657;RO=9;SAF=33;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431849;STB=0.523047;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00249143;OID=.;OPOS=4625470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:61:61:9:9:52:52:0.852459:19:33:7:2:19:33:7:2 chr16 4708959 . G C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00605485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1964;QD=30.5926;RBI=0.0784463;REFB=-0.0486076;REVB=0.0782123;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154191;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0164528;OID=.;OPOS=4708959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:3:2:9:10:0.833333:3:6:1:2:4:6:1:1 chr16 4709131 . C A 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0339001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1986;QD=38.4676;RBI=0.0634285;REFB=0.0342463;REVB=-0.0536094;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048209;STB=0.52629;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00838682;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:12:8:1:3:12:8:1:3 chr16 4721468 . T C 762.57 PASS AF=0.833333;AO=59;DP=72;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00781306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.259;QD=42.365;RBI=0.0157995;REFB=-0.0361725;REVB=0.0137324;RO=12;SAF=24;SAR=35;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109981;STB=0.559302;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00458766;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:12:12:59:60:0.833333:35:24:9:3:36:24:9:3 chr16 4736316 . C T 1161.1 PASS AF=0.748031;AO=94;DP=126;FAO=95;FDP=127;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0571423;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5282;QD=36.5702;RBI=0.0575698;REFB=-0.0370604;REVB=0.00700349;RO=32;SAF=42;SAR=52;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403656;STB=0.514732;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0126931;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:32:32:94:95:0.748031:52:42:17:15:53:42:16:16 chr16 4748825 . C T 429.06 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0118194;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8881;QD=28.1352;RBI=0.0422919;REFB=-0.0823143;REVB=-0.0406067;RO=19;SAF=21;SAR=20;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206332;STB=0.601863;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0928101;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:19:20:41:41:0.672131:20:21:3:16:20:21:4:16 chr16 4751045 . C T 122.49 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0479106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.968;QD=25.7882;RBI=0.0482281;REFB=-0.0122736;REVB=0.00552559;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119706;STB=0.56746;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0044766;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:19:6:6:13:13:0.684211:9:4:3:3:9:4:3:3 chr16 4752134 . A G 645.97 PASS AF=0.72973;AO=53;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00998092;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.876;QD=34.9171;RBI=0.0210516;REFB=-0.0444776;REVB=-0.0185351;RO=20;SAF=20;SAR=33;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122051;STB=0.503153;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0170315;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:20:20:53:54:0.72973:33:20:8:12:33:21:8:12 chr16 4790273 . G A 496.34 PASS AF=0.792453;AO=41;DP=52;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0444332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5606;QD=37.4594;RBI=0.0836512;REFB=0.0380383;REVB=0.0708746;RO=11;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148296;STB=0.575478;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00730355;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:53:11:11:41:42:0.792453:18:23:2:9:19:23:2:9 chr16 4790503 . C T 107.79 PASS AF=0.179245;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=106;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0146616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.818;QD=4.06767;RBI=0.0231764;REFB=-0.010578;REVB=-0.0179495;RO=86;SAF=8;SAR=11;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15799;STB=0.606189;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.050138;OID=.;OPOS=4790503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:86:87:19:19:0.179245:11:8:47:39:11:8:48:39 chr16 4794873 . C T 676.65 PASS AF=0.695122;AO=57;DP=82;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00182802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.908;QD=33.0074;RBI=0.0157022;REFB=-0.0300425;REVB=-0.0155955;RO=25;SAF=28;SAR=29;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151684;STB=0.581705;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0163922;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:25:25:57:57:0.695122:29:28:19:6:29:28:19:6 chr16 4796393 . A G 1225.86 PASS AF=0.878788;AO=84;DP=96;FAO=87;FDP=99;FR=.;FRO=12;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00484552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.088;QD=49.5296;RBI=0.0406151;REFB=-0.0398649;REVB=0.040325;RO=9;SAF=59;SAR=25;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100152;STB=0.570091;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00899289;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:96:99:9:12:84:87:0.878788:25:59:2:7:27:60:2:10 chr16 4797457 . C T 1679.48 PASS AF=0.790419;AO=131;DP=167;FAO=132;FDP=167;FR=.;FRO=35;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00824412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3176;QD=40.227;RBI=0.00908919;REFB=-0.0182291;REVB=-0.00382726;RO=35;SAF=71;SAR=60;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000348297;STB=0.507078;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00461734;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:35:35:131:132:0.790419:60:71:19:16:61:71:20:15 chr16 4802386 . G T 1213.9 PASS AF=0.769841;AO=94;DP=122;FAO=97;FDP=126;FR=.;FRO=29;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0154243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6338;QD=38.5364;RBI=0.0155297;REFB=-0.0343667;REVB=0.00180603;RO=28;SAF=51;SAR=43;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797132;STB=0.546382;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.011081;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:28:29:94:97:0.769841:43:51:10:18:44:53:10:19 chr16 4815608 . A G 393.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8346;QD=56.1553;RBI=0.0844328;REFB=0;REVB=-0.0831557;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132214;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 4861709 . G C 1008.84 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.317;QD=59.3433;RBI=0.0346837;REFB=0;REVB=0.0316294;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87967e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr16 4933938 . TG CC,TC 594.79 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,26;DP=40;FAO=4,36;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469339,0.0633262;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=152.494,176.008;QD=59.4794;RBI=0.0589566,0.0709392;REFB=0,0;REVB=0.0356804,0.0319714;RO=0;SAF=4,8;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.28381e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0233784,-0.000207537;OID=.,.;OPOS=4933938,4933939;OREF=TG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:40:40:0:0:4,26:4,36:0.1,0.9:0,18:4,8:0:0:0,27:4,9:0:0 chr16 4934549 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.978;QD=37.4885;RBI=0.124915;REFB=0;REVB=0.0502259;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253357;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr16 4934564 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.278;QD=39.2055;RBI=0.0842871;REFB=0;REVB=0.0343318;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166636;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 4938160 . T G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.62;QD=59.6785;RBI=0.0156381;REFB=0;REVB=-0.00185935;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40112e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr16 4940809 . A G 2743.83 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539192;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5134;QD=62.3598;RBI=0.0209602;REFB=0;REVB=-0.0202548;RO=0;SAF=84;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89632e-05;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:174:176:1:90:84:0:0:90:86:0:0 chr16 4942099 . C T 947.06 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=74;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0162035;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.136;QD=53.3555;RBI=0.0205206;REFB=-0.0565775;REVB=0.0125913;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000408629;STB=0.513669;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000280973;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:74:71:2:4:67:67:0.943662:33:34:1:1:33:34:3:1 chr16 4944518 . C G 681.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.582;QD=61.9123;RBI=0.0231125;REFB=0;REVB=0.012092;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15638e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:18:26:0:0 chr16 5068152 . C T 214.51 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00841334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6078;QD=28.6017;RBI=0.0468225;REFB=0.016986;REVB=0.0460604;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322616;STB=0.679563;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00410762;OID=.;OPOS=5068152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:12:7:9:1:13:7:9:1 chr16 5074952 . C T 520.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.451;QD=59.4716;RBI=0.0231591;REFB=0;REVB=0.0225846;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70429e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr16 5075542 . G A 864.74 PASS AF=0.761364;AO=65;DP=88;FAO=67;FDP=88;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0171481;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.942;QD=39.3062;RBI=0.0174814;REFB=0.00724336;REVB=-0.0033972;RO=21;SAF=31;SAR=34;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000334326;STB=0.50034;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00232343;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:21:21:65:67:0.761364:34:31:10:11:35:32:10:11 chr16 5075633 . G A 87.36 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0221989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7679;QD=5.4601;RBI=0.025373;REFB=-0.004543;REVB=0.0122882;RO=49;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125565;STB=0.571327;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0167578;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:49:50:14:14:0.21875:6:8:23:26:6:8:24:26 chr16 5097947 . A G 82.6 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0155027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5545;QD=4.65364;RBI=0.0812498;REFB=0.0043889;REVB=0.0797571;RO=56;SAF=12;SAR=2;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485513;STB=0.813987;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0211452;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:70:71:56:57:14:14:0.197183:2:12:28:28:2:12:29:28 chr16 5106184 . C T 174.0 PASS AF=0.179245;AO=17;DP=112;FAO=19;FDP=106;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=72;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0184686;FXX=0.045041;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.7819;QD=6.56606;RBI=0.0359809;REFB=-0.0159596;REVB=-0.0308794;RO=49;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127617;STB=0.607689;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00214934;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:106:49:72:17:19:0.179245:9:8:18:31:9:10:28:44 chr16 5132636 . C G,T 694.41 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,43;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870635,-0.0223965;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.29,149.641;QD=61.7255;RBI=0.0958183,0.0391225;REFB=0,0;REVB=0.0400139,0.0320775;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.048086,0.000394137;OID=.,.;OPOS=5132636,5132636;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:45:45:0:0:2,43:2,43:0.0444444,0.955556:0,23:2,20:0:0:0,23:2,20:0:0 chr16 5139217 . C G 299.95 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00129829;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.955;QD=49.9908;RBI=0.0360508;REFB=-0.0769906;REVB=0.0360274;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00300969;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:0:1:9:14:0:1 chr16 5649140 . T A,TTAGGAAA 545.53 PASS AF=0,1;AO=2,33;DP=53;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278182,0.03519;FXX=0.099975;HRUN=1,1;LEN=1,7;MLLD=58.9451,278.118;QD=60.6148;RBI=0.0293009,0.0386082;REFB=0,0;REVB=0.00920258,0.0158827;RO=17;SAF=1,15;SAR=1,18;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.216821,-0.155412;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,7.11501e-05;OID=.,.;OPOS=5649140,5649141;OREF=T,-;OALT=A,TAGGAAA;OMAPALT=A,TTAGGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:53:36:17:0:2,33:0,36:0,1:1,18:1,15:12:5:0,19:0,17:0:0 chr16 6533549 . C A 196.02 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0733708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.374;QD=17.8204;RBI=0.0740746;REFB=-0.0344511;REVB=-0.0101868;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248915;STB=0.621501;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0262662;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:12:7:15:9:12:8:15:9 chr16 6923966 . A G 837.57 PASS AF=0.783133;AO=65;DP=84;FAO=65;FDP=83;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0386731;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.512;QD=40.3646;RBI=0.0402495;REFB=-0.0429697;REVB=0.0111541;RO=18;SAF=37;SAR=28;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960373;STB=0.5514;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00875122;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:18:18:65:65:0.783133:28:37:6:12:28:37:6:12 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 1189.13 PASS AF=0.0309278,0.958763,0.0103093;AO=10,63,4;DP=98;FAO=3,93,1;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=3,55,0;FSAR=0,38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541164,0.00530278,0.036723;FXX=0.010203;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=8.28911,18.2532,6.49485;QD=49.0362;RBI=0.218535,0.273664,0.0404812;REFB=0,0,0;REVB=0.211728,0.273612,0.0170339;RO=5;SAF=5,50,0;SAR=5,13,4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.295997,0.151229,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0447097,0.00411764,-0.042824;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0309278,0.958763,0.0103093:10,63,4:98:3,93,1:97:0:3,55,0:0,38,1:0:0:7:5:5,50,0:5,13,4:0:5 chr16 7760884 . T G 647.02 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=81;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000703068;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4941;QD=32.3511;RBI=0.0144756;REFB=0.00242741;REVB=0.0144585;RO=25;SAF=16;SAR=39;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149195;STB=0.580863;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000310236;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:25:25:55:55:0.6875:39:16:13:12:39:16:13:12 chr16 7761529 . C T 538.48 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.931;QD=59.8312;RBI=0.0377552;REFB=0;REVB=0.0307971;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151553;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr16 8728953 . C T 1510.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.821;QD=63.6113;RBI=0.0323731;REFB=0;REVB=-0.0146461;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07069e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr16 8736028 . T C 1743.31 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7396;QD=60.6368;RBI=0.0408371;REFB=0;REVB=-0.0395645;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243064;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:56:57:0:0:56:59:0:0 chr16 8738427 . T C 700.81 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0269363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.735;QD=50.9679;RBI=0.0535273;REFB=0.0118604;REVB=0.0462558;RO=2;SAF=36;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174612;STB=0.501639;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00060534;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:55:2:3:51:52:0.945455:15:36:1:1:16:36:2:1 chr16 8738499 . G A 1139.13 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889171;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.499;QD=60.7536;RBI=0.0889741;REFB=0;REVB=0.00318432;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042101;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr16 8738579 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.753;QD=60.9786;RBI=0.0330312;REFB=0;REVB=0.0166215;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106006;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr16 8739954 . G A,T 1077.59 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=67,6;DP=74;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=38,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165671,-0.00574857;FXX=0.0263123;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.7581,216.025;QD=58.2479;RBI=0.0177048,0.0105201;REFB=0,0;REVB=0.00624434,-0.00881059;RO=0;SAF=31,0;SAR=36,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0203034,0.0484687;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:74:74:0:0:67,6:70,4:0.945946,0.0540541:36,6:31,0:0:0:38,4:32,0:0:0 chr16 8740015 . A C 987.96 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0232789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4886;QD=54.8864;RBI=0.0529129;REFB=-0.0103835;REVB=-0.047517;RO=3;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333387;STB=0.517642;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.000172351;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:41:28:0:3:41:28:0:3 chr16 8740138 . A G 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0114187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.915;QD=5.62096;RBI=0.0237447;REFB=-0.000929986;REVB=-0.0208188;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772416;STB=0.540701;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0018772;OID=.;OPOS=8740138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:67:51:52:15:15:0.223881:8:7:27:24:8:7:27:25 chr16 8740418 . T C 754.59 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0299671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3923;QD=54.8792;RBI=0.0616605;REFB=0.0523613;REVB=-0.0538886;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00564841;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:0:1:23:31:0:1 chr16 8740503 . G A 831.16 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.989;QD=57.3214;RBI=0.0632564;REFB=0;REVB=0.0452613;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452389;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:50:58:1:27:23:0:0:34:24:0:0 chr16 8839954 . A G 648.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.542;QD=61.7784;RBI=0.0178882;REFB=0;REVB=0.0170852;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51136e-05;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:27:15:0:0 chr16 8841960 . T C 1213.22 PASS AF=1;AO=71;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.908;QD=61.4289;RBI=0.0762297;REFB=0;REVB=0.0655648;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249629;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:71:79:1:36:35:0:0:43:36:0:0 chr16 8868776 . C A 579.54 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00701625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.325;QD=41.3958;RBI=0.0321005;REFB=-0.0348084;REVB=0.0313243;RO=9;SAF=27;SAR=20;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579802;STB=0.503104;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00694495;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:20:27:5:4:20:27:5:4 chr16 8875171 . G T 506.33 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0189239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7837;QD=28.5254;RBI=0.0490925;REFB=-0.047726;REVB=0.0452986;RO=25;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089952;STB=0.548828;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0297306;OID=.;OPOS=8875171;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:21:25:17:8:21:25:17:8 chr16 8877832 . C T 241.36 PASS AF=0.5;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00512051;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.397;QD=25.4059;RBI=0.00887094;REFB=0.00559397;REVB=0.00724389;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121635;STB=0.541622;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00214926;OID=.;OPOS=8877832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:17:19:0.5:5:12:8:6:6:13:9:6 chr16 8877854 . C G 524.67 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014297;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7742;QD=59.962;RBI=0.0575247;REFB=0;REVB=-0.0557197;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391289;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr16 8952247 . GA G,GG 457.81 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=5,27;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028547,0.0267906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.099,230.541;QD=57.2258;RBI=0.0368241,0.0290593;REFB=0,0;REVB=0.0232611,0.0112563;RO=0;SAF=4,12;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.080235,-0.00149048;OID=.,.;OPOS=8952248,8952248;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:5,27:32:1,31:32:0:0,16:1,15:0:0:6:0:4,12:1,15:0:0 chr16 8953081 . C G 1461.54 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.888;QD=60.8973;RBI=0.0285932;REFB=-0.0335592;REVB=0.0260127;RO=2;SAF=59;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158007;STB=0.508332;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000504299;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:35:59:2:0:35:59:2:0 chr16 8979046 . A G 1067.64 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.606;QD=59.3133;RBI=0.0959038;REFB=0;REVB=-0.0936109;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114954;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:24:47:0:0:24:48:0:0 chr16 9030444 . C G 494.27 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00864853;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9222;QD=56.488;RBI=0.0207743;REFB=0.0672351;REVB=0.0188884;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000637704;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:10:24:0:0:10:24:0:1 chr16 9916204 . C G 190.71 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00755534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.074;QD=7.70534;RBI=0.0120682;REFB=-0.00404907;REVB=-0.00941051;RO=73;SAF=16;SAR=10;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262899;STB=0.657417;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0114024;OID=.;OPOS=9916204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:10:16:29:44:10:16:29:44 chr16 9943666 . C T 146.56 PASS AF=0.216216;AO=22;DP=109;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00822129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.403;QD=5.28149;RBI=0.00825081;REFB=-0.00459429;REVB=-0.000697375;RO=86;SAF=12;SAR=10;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575299;STB=0.56122;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0226359;OID=.;OPOS=9943666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:86:87:22:24:0.216216:10:12:43:43:10:14:44:43 chr16 10315905 . C T 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0163492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.253;QD=27.5914;RBI=0.0300219;REFB=0.010793;REVB=-0.0251797;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217954;STB=0.512177;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00412923;OID=.;OPOS=10315905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:10:3:1:4:10:3:1:4 chr16 10524656 . GGAC G 416.11 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370034;FXX=0.146306;HRUN=2;LEN=3;MLLD=225.58;QD=47.5557;RBI=0.0652952;REFB=0;REVB=0.0537978;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000309695;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:39:35:35:0:12:23:0:0:7:0:12:22:0:0 chr16 10531964 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.020475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.217;QD=15.9167;RBI=0.022395;REFB=0.0014171;REVB=-0.0090724;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00165438;OID=.;OPOS=10531964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr16 10574796 . C T 591.87 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000673163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.227;QD=56.3687;RBI=0.00787588;REFB=-0.0634941;REVB=0.00784706;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.504948;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000215272;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:24:16:0:1:24:16:1:1 chr16 10574813 . G A 487.71 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162038;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.793;QD=59.1164;RBI=0.00162046;REFB=0;REVB=-1.63114e-05;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153782;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr16 10769958 . T C 646.88 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.275;QD=61.608;RBI=0.0710824;REFB=0;REVB=0.0698259;RO=0;SAF=34;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189111;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:7:34:0:0:8:34:0:0 chr16 10775855 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0262602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.179;QD=29.1641;RBI=0.0739712;REFB=0.0381927;REVB=0.0691531;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901728;STB=0.550922;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0103053;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:2:1:2:9:2:1 chr16 10788406 . G T 280.74 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00815336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.861;QD=29.5519;RBI=0.0200048;REFB=-0.0599396;REVB=-0.0182678;RO=13;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065562;STB=0.535952;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0291649;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:8:17:10:3:8:17:10:3 chr16 10788464 . A AG 42.1 PASS AF=0.258621;AO=17;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0317494;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.3582;QD=2.90328;RBI=0.127268;REFB=-0.0683527;REVB=-0.123244;RO=42;SAF=13;SAR=4;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260317;STB=0.70937;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.111955;OID=.;OPOS=10788465;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258621:17:59:15:58:43:12:3:24:19:42:42:13:4:24:18 chr16 10788558 . A G 792.8 PASS AF=0.727273;AO=64;DP=88;FAO=64;FDP=88;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0361536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.362;QD=36.0365;RBI=0.0412267;REFB=-0.0239224;REVB=0.019813;RO=24;SAF=34;SAR=30;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479218;STB=0.525743;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00531023;OID=.;OPOS=10788558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:24:24:64:64:0.727273:30:34:15:9:30:34:15:9 chr16 10813648 . C T 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0129602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.374;QD=8.52469;RBI=0.0134959;REFB=-0.00617078;REVB=-0.00376478;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074463;STB=0.544967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0200732;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:17:22:10:6:17:22 chr16 10862964 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2528;QD=58.1346;RBI=0.0593293;REFB=0;REVB=0.0553121;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572261;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr16 10867272 . T C 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.027639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9059;QD=35.2727;RBI=0.0284124;REFB=-0.00356693;REVB=0.00658413;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687825;STB=0.537738;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00182132;OID=.;OPOS=10867272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:11:8:3:2:11:8:3:2 chr16 10989219 . C G 472.83 PASS AF=0.724138;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0650821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.27;QD=32.6092;RBI=0.0666592;REFB=-0.0487602;REVB=0.0144145;RO=12;SAF=22;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078448;STB=0.558074;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0158152;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:12:16:42:42:0.724138:20:22:4:8:20:22:5:11 chr16 10995933 . A G 374.79 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.168;QD=55.5246;RBI=0.0606689;REFB=0;REVB=0.0574293;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260921;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:11:16:0:0 chr16 11002133 . C G 496.95 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0473;QD=58.4646;RBI=0.0374267;REFB=0;REVB=-0.0347017;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308936;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr16 11002904 . G A 1519.72 PASS AF=0.989796;AO=92;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2859;QD=62.0296;RBI=0.0846512;REFB=0.0966992;REVB=0.0827693;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000267189;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:98:1:1:92:97:0.989796:44:48:0:1:49:48:0:1 chr16 11002927 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.758;QD=59.9958;RBI=0.0232961;REFB=0;REVB=0.0232367;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31344e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr16 11016045 . C T 854.52 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.654;QD=56.0339;RBI=0.044408;REFB=-0.156118;REVB=0.0420399;RO=1;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.512816;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000634976;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:19:41:0:1:19:41:0:1 chr16 11056378 . C T 170.98 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=116;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.00812822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.598;QD=5.89588;RBI=0.00872384;REFB=-0.0060504;REVB=-0.0031682;RO=89;SAF=15;SAR=12;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109887;STB=0.566881;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0176499;OID=.;OPOS=11056378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:89:27:27:0.232759:12:15:57:32:12:15:57:32 chr16 11154770 . G A 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0230886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.345;QD=4.22245;RBI=0.0290003;REFB=-0.0147405;REVB=-0.017548;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347728;STB=0.725386;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0345847;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:32:12:5:4:32:12 chr16 11361895 . C G 81.49 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00234118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.195;QD=3.50505;RBI=0.0296513;REFB=-0.00710808;REVB=-0.0295587;RO=76;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830283;STB=0.569136;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0352764;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:93:76:78:15:15:0.16129:10:5:30:46:10:5:32:46 chr16 11362729 . G A 42.56 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0123532;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.076;QD=2.54063;RBI=0.0168967;REFB=0.000836979;REVB=0.011528;RO=58;SAF=3;SAR=6;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376249;STB=0.75875;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0102513;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:68:67:58:58:9:9:0.134328:6:3:38:20:6:3:38:20 chr16 11367143 . G A 508.44 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.898;QD=56.4928;RBI=0.0413736;REFB=-0.0121212;REVB=0.023097;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000107311;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:0:1 chr16 11367154 . C T 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00755759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3077;QD=5.53977;RBI=0.0712565;REFB=-0.00629326;REVB=-0.0708546;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383762;STB=0.75936;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.01642;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:2:6:12:16:2:6:12:17 chr16 11374866 . G T 109.74 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0149268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6612;QD=6.09648;RBI=0.0603833;REFB=0.00330037;REVB=0.0585093;RO=55;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.640865;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00859184;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:7:10:22:33:7:10:22:33 chr16 11387117 . A G 1825.02 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.846;QD=60.3311;RBI=0.0287581;REFB=-0.0363781;REVB=-0.0147803;RO=1;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703708;STB=0.503703;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.42825e-05;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:67:52:0:1:67:53:0:1 chr16 11387129 . C A 181.07 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00751893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.435;QD=6.2436;RBI=0.0197481;REFB=-0.00303966;REVB=-0.0182608;RO=88;SAF=15;SAR=13;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185249;STB=0.611981;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0092565;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:28:28:0.241379:13:15:34:54:13:15:34:54 chr16 11387164 . T C 1055.76 PASS AF=0.79;AO=78;DP=99;FAO=79;FDP=100;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00257716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.156;QD=42.2303;RBI=0.0227331;REFB=-0.00356557;REVB=0.0225865;RO=21;SAF=28;SAR=50;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10842;STB=0.555247;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00145904;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:21:21:78:79:0.79:50:28:13:8:50:29:13:8 chr16 11540712 . T C 542.84 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.186;QD=60.3156;RBI=0.100571;REFB=0;REVB=0.0139606;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005844;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:20:9:0:0:21:15:0:0 chr16 11541896 . G A 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3807;QD=56.1832;RBI=0.06496;REFB=0;REVB=0.0282655;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184445;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr16 11542894 . C T 174.3 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00331372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.642;QD=9.96001;RBI=0.00501401;REFB=-0.0132556;REVB=-0.00376291;RO=47;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628929;STB=0.536889;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0304556;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:10:13:24:23:10:13:24:23 chr16 11544509 . C G 103.9 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0146946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.221;QD=7.29148;RBI=0.0169896;REFB=-0.0120137;REVB=-0.00852749;RO=42;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017277;STB=0.510574;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0280936;OID=.;OPOS=11544509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:8:7:19:23:8:7:19:23 chr16 11769948 . C T 238.56 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.107751;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.962;QD=26.5068;RBI=0.112669;REFB=-0.0237129;REVB=0.0329262;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601851;STB=0.533304;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00725409;OID=.;OPOS=11769948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:4:10:14:8:4:10 chr16 11769963 . C T 328.28 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0418144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.654;QD=30.5376;RBI=0.0488878;REFB=-0.0190932;REVB=0.0253294;RO=15;SAF=8;SAR=19;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778654;STB=0.537789;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0103436;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:15:27:28:0.651163:19:8:3:12:20:8:3:12 chr16 11770777 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0210649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.014;QD=25.2551;RBI=0.0223118;REFB=0.0141207;REVB=-0.0073541;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129979;STB=0.572439;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0114187;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:7:4:10:8:7:4 chr16 11771094 . C G 157.54 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0673438;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0306;QD=33.1652;RBI=0.0710457;REFB=-0.0937874;REVB=-0.0226341;RO=4;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265519;STB=0.648428;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0246105;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:20:19:4:4:15:15:0.789474:12:3:3:1:12:3:3:1 chr16 11771353 . C A 447.02 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0155242;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.6451;QD=41.5828;RBI=0.0178124;REFB=0.0359323;REVB=0.00873401;RO=7;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867365;STB=0.547297;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00558876;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:43:7:9:34:34:0.790698:19:15:5:2:19:15:6:3 chr16 11772600 . T TTCTGA 401.84 PASS AF=0.733333;AO=25;DP=47;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00614627;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=5;MLLD=313.857;QD=35.7192;RBI=0.0249827;REFB=-0.00949626;REVB=-0.0242149;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358603;STB=0.518208;STBP=0.745;TYPE=ins;VARB=0.00429014;OID=.;OPOS=11772601;OREF=-;OALT=TCTGA;OMAPALT=TTCTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:25:47:33:45:12:16:17:5:7:92:21:13:12:10:11 chr16 11772601 . T TCTGA 36.07 PASS AF=0.136364;AO=7;DP=48;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0182821;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.369;QD=3.27941;RBI=0.020128;REFB=-0.00248606;REVB=-0.00842023;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300657;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.0151839;OID=.;OPOS=11772602;OREF=-;OALT=CTGA;OMAPALT=TCTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136364:7:48:6:44:38:2:4:20:18:36:41:2:5:22:19 chr16 11773662 . C G 142.17 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00829728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.16;QD=24.7248;RBI=0.011117;REFB=-0.0403549;REVB=0.00739881;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.590783;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0344714;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:23:7:8:13:14:0.608696:6:7:5:2:7:7:6:2 chr16 11852354 . A C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.101935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7969;QD=5.21521;RBI=0.102023;REFB=0.0138115;REVB=-0.00423827;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442528;STB=0.798935;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0394773;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:11:10:5:1:11:10 chr16 11940390 . T C 211.26 PASS AF=0.76;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00397443;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.524;QD=33.8018;RBI=0.0160191;REFB=-0.0386585;REVB=-0.0155183;RO=6;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386061;STB=0.521254;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00934533;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:6:6:19:19:0.76:5:14:4:2:5:14:4:2 chr16 11969724 . G C 60.34 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0174793;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.171;QD=2.87315;RBI=0.0180953;REFB=0.00147933;REVB=-0.00468149;RO=72;SAF=4;SAR=8;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126327;STB=0.588084;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00739827;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:8:4:31:41:8:4:31:41 chr16 12027474 . CAT C,CGT 267.59 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=19,2;DP=21;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034978,0.0435311;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=179.355,48.6625;QD=50.969;RBI=0.0282154,0.0802665;REFB=0,0;REVB=0.0279977,0.0674371;RO=0;SAF=5,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000744079,0.121411;OID=.,.;OPOS=12027475,12027475;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.952381,0.047619:19,2:21:20,1:21:0:6,1:14,0:0:0:6:0:5,2:14,0:0:0 chr16 12031448 . T C 45.59 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0614267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.177;QD=26.0508;RBI=0.0614267;REFB=-0.125504;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00854738;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr16 12060163 . A G 724.82 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.246;QD=55.7556;RBI=0.0368701;REFB=0;REVB=0.0234893;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119098;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:29:22:1:0:29:23:0:0 chr16 12162969 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000866718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.785;QD=58.9627;RBI=0.00178333;REFB=0;REVB=0.00155855;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54397e-07;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr16 12621176 . C G 838.45 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.733;QD=55.8968;RBI=0.0465138;REFB=-0.122688;REVB=0.00466477;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00108662;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:42:16:1:0:42:17:1:0 chr16 12662487 . C G 72.74 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0795055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.821;QD=4.76972;RBI=0.0796366;REFB=-0.0139139;REVB=0.00456772;RO=48;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353185;STB=0.528045;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0468381;OID=.;OPOS=12662487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:9:3:11:37:9:3:11:38 chr16 12666984 . T A 483.26 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.568;QD=58.5772;RBI=0.00632276;REFB=0;REVB=0.00476961;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85861e-05;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr16 12758966 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0118159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.739;QD=4.00457;RBI=0.0212387;REFB=-0.00169371;REVB=-0.0176485;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195527;STB=0.634184;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00945686;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:22:19:5:3:22:19 chr16 12897578 . G T 1448.33 PASS AF=0.764706;AO=117;DP=154;FAO=117;FDP=153;FR=.;FRO=36;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00640003;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.31;QD=37.8648;RBI=0.0190599;REFB=-0.00866032;REVB=0.0179533;RO=31;SAF=62;SAR=55;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181634;STB=0.500504;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00160832;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:31:36:117:117:0.764706:55:62:15:16:55:62:19:17 chr16 13002359 . T C 895.54 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213455;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.149;QD=57.7768;RBI=0.0214348;REFB=0;REVB=-0.00195483;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137401;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr16 14041958 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.985;QD=63.2865;RBI=0.0185783;REFB=0;REVB=-0.0178268;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112935;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr16 14046149 . ATTTTTTTTG ATTTTTTT,ATTTTTTTG 440.9 PASS AF=0,1;AO=8,48;DP=71;FAO=0,68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011228,-0.0467223;FXX=0.0422476;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=266.362,10.5546;QD=25.9355;RBI=0.0164014,0.0503263;REFB=-0.0147214,-0.0292657;REVB=-0.0119556,-0.018702;RO=5;SAF=8,32;SAR=0,16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782212,0.0131984;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0083266;OID=.,.;OPOS=14046157,14046150;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,48:71:0,68:68:0:0,48:0,20:0:0:4:5:8,32:0,16:3:2 chr16 14742400 . T G 666.55 PASS AF=0.727273;AO=53;DP=74;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00726818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.011;QD=34.6258;RBI=0.0732016;REFB=-0.0485433;REVB=0.0728398;RO=18;SAF=29;SAR=24;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126481;STB=0.572722;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0107528;OID=.;OPOS=14742400;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:18:21:53:56:0.727273:24:29:5:13:25:31:6:15 chr16 14749034 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00508346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.686;QD=26.514;RBI=0.0124753;REFB=-0.010255;REVB=0.0113926;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134155;STB=0.518505;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00875066;OID=.;OPOS=14749034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:13:14:9:9:13:14:9:10 chr16 15095675 . C A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0142669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8622;QD=7.27144;RBI=0.0214177;REFB=-0.00735297;REVB=0.0159741;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903792;STB=0.557387;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0086524;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:7:18:7:2:7:18 chr16 15098047 . C G 69.43 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00567871;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.264;QD=5.90917;RBI=0.0175992;REFB=-0.00458419;REVB=-0.0166578;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229612;STB=0.651836;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0191975;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:47:37:37:10:10:0.212766:8:2:13:24:8:2:13:24 chr16 15111218 . C T 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0517427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.812;QD=3.37588;RBI=0.135805;REFB=-0.00602021;REVB=-0.125561;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026115;STB=0.518467;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0331248;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:2:5:30:11:2:5:30:11 chr16 15129970 . A G 68.67 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0161819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9263;QD=5.84439;RBI=0.0425419;REFB=-0.00593855;REVB=-0.039344;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361884;STB=0.723047;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00928339;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:5:5:8:29:5:5:8:29 chr16 15131962 . A G 34.7 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0147417;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7943;QD=1.37433;RBI=0.076624;REFB=0.00300744;REVB=-0.0751926;RO=85;SAF=4;SAR=5;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111454;STB=0.550548;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0360404;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:94:101:85:92:9:9:0.0891089:5:4:46:39:5:4:46:46 chr16 15131974 . G T 34.19 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.029661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8199;QD=1.35419;RBI=0.0296611;REFB=0.00100071;REVB=7.04729e-05;RO=92;SAF=4;SAR=5;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632901;STB=0.550548;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00901036;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:92:92:9:9:0.0891089:5:4:46:46:5:4:46:46 chr16 15133889 . T G 123.34 PASS AF=0.17037;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=135;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.000649443;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.008;QD=3.65454;RBI=0.00426885;REFB=-0.00257368;REVB=-0.00421916;RO=112;SAF=13;SAR=10;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606969;STB=0.532136;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0113945;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:112:112:23:23:0.17037:10:13:58:54:10:13:59:53 chr16 15178499 . G A 138.89 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0154155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.577;QD=5.97364;RBI=0.0496065;REFB=-0.00906604;REVB=-0.0471505;RO=72;SAF=16;SAR=5;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284546;STB=0.678716;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0229994;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:72:72:21:21:0.225806:5:16:40:32:5:16:40:32 chr16 15680686 . GC G 31.79 PASS AF=0.322581;AO=11;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.21299;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2012;QD=4.1015;RBI=0.213136;REFB=-0.0755215;REVB=-0.00789715;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=16;SSEN=0.309091;SSEP=0;SSSB=0.39022;STB=0.594871;STBP=0.546;TYPE=del;VARB=0.102007;OID=.;OPOS=15680687;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:11:31:10:31:21:3:7:4:17:31:18:5:6:2:16 chr16 15820863 . C T 1212.28 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564982;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.878;QD=61.3811;RBI=0.0564993;REFB=0;REVB=-0.000344949;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104098;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr16 15839034 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1103;QD=43.4861;RBI=0.0630241;REFB=0;REVB=0.0154347;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343988;OID=.;OPOS=15839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 15843899 . G A 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=346.778;QD=53.2581;RBI=0.0104353;REFB=0;REVB=0.00794528;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39061e-05;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr16 15850204 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.836;QD=63.2864;RBI=0.0172741;REFB=0;REVB=0.0146684;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16382e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 15959756 . G A 255.55 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0427628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3831;QD=29.2053;RBI=0.0431971;REFB=-0.00161946;REVB=-0.00610975;RO=12;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119203;STB=0.565498;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00565639;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:10:13:9:3:10:13:9:3 chr16 15959776 . G T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0071564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.565;QD=31.2366;RBI=0.0187404;REFB=-0.00667937;REVB=0.0173202;RO=11;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086199;STB=0.547225;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00280043;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:10:14:8:3:10:14:8:3 chr16 15961351 . T C 470.92 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0127842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.696;QD=23.5458;RBI=0.0167283;REFB=-0.0217635;REVB=-0.0107889;RO=35;SAF=32;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174484;STB=0.596228;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0238461;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:13:32:18:17:13:32:18:17 chr16 15961356 . C T 269.45 PASS AF=0.407895;AO=37;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0649894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1888;QD=14.1818;RBI=0.0656661;REFB=-0.00280776;REVB=0.00940285;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277554;STB=0.59122;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00719025;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:45:37:31:0.407895:10:27:17:21:10:21:24:21 chr16 15961369 . G A 269.03 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00446981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.42;QD=16.5557;RBI=0.0147976;REFB=-0.0159207;REVB=-0.0141064;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137881;STB=0.577588;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0255487;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:12:18:16:19:12:18:16:19 chr16 15967361 . T A,TCTA 273.41 PASS AF=0.138889,0.555556;AO=5,19;DP=36;FAO=5,20;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=2,14;FSAR=3,6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0420878,-0.00429576;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=78.9123,211.759;QD=30.3792;RBI=0.044173,0.0120472;REFB=-0.0429354,-0.0619232;REVB=0.0134116,-0.0112553;RO=11;SAF=2,14;SAR=3,5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.154572,0.148936;STB=0.5996,0.561979;STBP=0.678,0.365;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0520687,0.0297945;OID=.,.;OPOS=15967361,15967362;OREF=T,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,TCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:90:36:36:11:11:5,19:5,20:0.138889,0.555556:3,5:2,14:6:5:3,6:2,14:6:5 chr16 15971028 . C G 642.02 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107749;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5881;QD=61.1443;RBI=0.0764942;REFB=0;REVB=0.0757315;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192876;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr16 15973654 . G T 254.75 PASS AF=1;AO=6;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.898;QD=50.9496;RBI=0.243235;REFB=0;REVB=0.204459;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129463;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:6:20:1:3:3:0:0:10:10:0:0 chr16 16162019 . T C 479.54 PASS AF=0.75;AO=39;DP=54;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0740435;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6609;QD=34.2525;RBI=0.134691;REFB=-0.0631325;REVB=0.112513;RO=14;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10876;STB=0.549272;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0426327;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:54:56:14:14:39:42:0.75:25:14:8:6:26:16:8:6 chr16 16236650 . T C 119.47 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0138499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.198;QD=5.2514;RBI=0.0154911;REFB=-0.00119847;REVB=0.00693934;RO=72;SAF=13;SAR=6;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187594;STB=0.618918;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00602136;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:72:19:19:0.208791:6:13:39:33:6:13:39:33 chr16 16236889 . TAAAAAA TAAAAA,TAAAA,TAAAAAT 141.89 PASS AF=0.333333,0.166667,0.119048;AO=11,7,5;DP=44;FAO=14,7,5;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0,1;FSAR=7,7,4;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.104064,0.0553231,0.0188171;FXX=0.0869376;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.31176,12.3394,126.542;QD=13.5134;RBI=0.182728,0.0977449,0.0383384;REFB=-0.127137,-0.0649283,-0.0394328;REVB=-0.150201,-0.0805817,-0.0334029;RO=15;SAF=7,0,1;SAR=4,7,4;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.363541,-0.845155,-0.70967;STB=0.733072,0.999005,0.92659;STBP=0.049,0,0.239;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.028552,0.0233591,0.0385236;OID=.,.,.;OPOS=16236890,16236890,16236895;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAA,TAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.166667,0.119048:11,7,5:44:14,7,5:42:16:7,0,1:7,7,4:15:1:39:15:7,0,1:4,7,4:14:1 chr16 16263663 . G A 165.9 PASS AF=0.3125;AO=18;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.010223;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.284;QD=10.3689;RBI=0.0366527;REFB=-0.0240268;REVB=-0.0351982;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223878;STB=0.622835;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0415636;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:41:18:20:0.3125:9:9:7:18:10:10:13:28 chr16 16271357 . T C 1112.98 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.157;QD=60.161;RBI=0.0157295;REFB=0;REVB=0.0156346;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80883e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr16 16272670 . T C 871.68 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355076;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.332;QD=57.1592;RBI=0.148944;REFB=-0.0775268;REVB=0.14465;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154086;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:61:0:0:50:61:1:14:36:0:0:23:38:0:0 chr16 16291983 . A G 1648.86 PASS AF=0.767442;AO=129;DP=170;FAO=132;FDP=172;FR=.;FRO=40;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.022433;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.499;QD=38.3456;RBI=0.0225902;REFB=-0.0110438;REVB=0.00265991;RO=40;SAF=76;SAR=53;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151071;STB=0.581591;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00398457;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:40:40:129:132:0.767442:53:76:10:30:53:79:10:30 chr16 16468294 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0357204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.719;QD=12.3948;RBI=0.0370045;REFB=-0.0199184;REVB=0.00966357;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242189;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0199369;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:10:14:5:9:10:14 chr16 17196433 . G C 184.51 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00862238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3735;QD=35.1455;RBI=0.0089292;REFB=-0.0166653;REVB=0.00232057;RO=4;SAF=15;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247364;STB=0.638106;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00378869;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:2:15:2:2:2:15:2:2 chr16 17196622 . T TTC 151.76 PASS AF=0.75;AO=13;DP=22;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0101962;FXX=0.0475964;HRUN=8;LEN=2;MLLD=311.767;QD=30.3526;RBI=0.0279111;REFB=-0.000591532;REVB=0.0259821;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107729;STB=0.592482;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=0.000335612;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:13:22:15:20:5:11:4:5:0:28:8:10:3:7:1 chr16 18823379 . T C 837.61 PASS AF=0.983333;AO=42;DP=56;FAO=59;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031414;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=205.481;QD=55.8406;RBI=0.031415;REFB=-0.138237;REVB=0.000253436;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000365712;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:60:0:1:42:59:0.983333:20:22:0:0:30:29:0:1 chr16 18844389 . C T 418.33 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00284548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.118;QD=28.3612;RBI=0.0411123;REFB=-0.00713629;REVB=-0.0410137;RO=20;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240288;STB=0.513082;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00322444;OID=.;OPOS=18844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:18:21:10:10:18:21:10:10 chr16 19041595 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.722;QD=56.9569;RBI=0.0125601;REFB=0;REVB=0.0117959;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50567e-05;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr16 19067933 . G A,C 1010.07 PASS AF=0.916667,0.0694444;AO=65,5;DP=72;FAO=66,5;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35,5;FSAR=31,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00982297,-0.0677881;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.2709,8.46226;QD=56.1152;RBI=0.021248,0.0756729;REFB=0.108488,0.0534854;REVB=0.0188411,-0.0336328;RO=1;SAF=34,5;SAR=31,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.013692,0;STB=0.50704,0.5;STBP=0.504,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000521536,0.0462614;OID=.,.;OPOS=19067933,19067933;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:72:72:1:1:65,5:66,5:0.916667,0.0694444:31,0:34,5:1:0:31,0:35,5:1:0 chr16 19080184 . C T 728.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6548;QD=57.1586;RBI=0.00668073;REFB=0;REVB=-0.00526373;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18728e-05;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr16 19080225 . AAC AACTG,CTG 615.93 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=35,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466226,0.00683091;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=2,3;MLLD=312.62,276.149;QD=58.6597;RBI=0.0160276,0.01578;REFB=0,0;REVB=0.0153346,0.0142248;RO=0;SAF=13,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.39865e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00168269,-0.0284078;OID=.,.;OPOS=19080228,19080225;OREF=-,AAC;OALT=TG,CTG;OMAPALT=AACTG,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:0:0:35,2:40,2:0.952381,0.047619:22,2:13,0:0:0:25,2:15,0:0:0 chr16 19085298 . C T 1825.83 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000282534;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.442;QD=61.3725;RBI=0.00722833;REFB=0;REVB=0.0072228;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.177e-06;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:51:67:0:0:52:67:0:0 chr16 19131105 . G A 142.41 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00529676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7292;QD=8.25577;RBI=0.0166695;REFB=-0.00470677;REVB=-0.0158056;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122598;STB=0.557106;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0174291;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:49:20:20:0.289855:11:9:25:20:11:9:26:23 chr16 19297219 . T G 923.17 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408844;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4477;QD=58.6137;RBI=0.0540713;REFB=0;REVB=-0.035386;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86561e-05;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr16 19310092 . T C 77.66 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.035834;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.317;QD=5.54702;RBI=0.0386648;REFB=-0.0104298;REVB=-0.0145222;RO=43;SAF=2;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412735;STB=0.77652;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0302393;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:58:56:43:44:12:12:0.214286:10:2:20:23:10:2:21:23 chr16 19509937 . TG CA,TGCA 755.78 PASS AF=0.0535714,0.928571;AO=3,52;DP=56;FAO=3,52;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=2,33;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-6.74827e-05,0.0142226;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=128.037,227.81;QD=53.9846;RBI=0.0159588,0.0218228;REFB=-0.0502937,-0.0473204;REVB=0.0159586,0.0165515;RO=1;SAF=2,33;SAR=1,19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0241422;STB=0.665547,0.512816;STBP=0.558,0.304;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00642038,0.00237106;OID=.,.;OPOS=19509937,19509939;OREF=TG,-;OALT=CA,CA;OMAPALT=CA,TGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:56:1:1:3,52:3,52:0.0535714,0.928571:1,19:2,33:0:1:1,19:2,33:0:1 chr16 19514483 . C T 451.03 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00588437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6982;QD=31.1052;RBI=0.0137669;REFB=-0.0352401;REVB=-0.0124459;RO=17;SAF=17;SAR=24;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126407;STB=0.568494;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00911441;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:24:17:11:6:24:17:11:6 chr16 19547357 . A G 138.03 PASS AF=0.221053;AO=20;DP=94;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0101046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.712;QD=5.81169;RBI=0.040237;REFB=-0.00196868;REVB=0.0389476;RO=72;SAF=4;SAR=16;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360167;STB=0.730304;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0114322;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:72:74:20:21:0.221053:16:4:33:39:17:4:33:41 chr16 19547503 . C T 186.98 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00464743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.682;QD=10.6845;RBI=0.00488325;REFB=-0.00619766;REVB=0.00149915;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490245;STB=0.528548;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0116782;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:21:25:12:12:21:25 chr16 19548740 . A G 257.77 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00601774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0104;QD=30.3253;RBI=0.0475255;REFB=-0.0406715;REVB=0.0471429;RO=10;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076547;STB=0.554044;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0196977;OID=.;OPOS=19548740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:10:11:23:23:0.676471:10:13:7:3:10:13:8:3 chr16 19627443 . T C 503.84 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00317852;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.102;QD=21.6705;RBI=0.00598596;REFB=-0.000130438;REVB=0.00507235;RO=44;SAF=18;SAR=30;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18896;STB=0.60971;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000285343;OID=.;OPOS=19627443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:45:48:48:0.516129:30:18:26:18:30:18:27:18 chr16 19868687 . G C 1319.51 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00569735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.642;QD=58.645;RBI=0.0149042;REFB=-0.0176457;REVB=-0.0137723;RO=3;SAF=33;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411405;STB=0.521734;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000811385;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:54:33:3:0:54:33:3:0 chr16 20043330 . T C 783.2 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3592;QD=63.9347;RBI=0.0255533;REFB=0;REVB=0.0120215;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208348;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr16 20334679 . C T 1559.63 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.251;QD=56.7139;RBI=0.0137335;REFB=-0.0769227;REVB=0.0133109;RO=1;SAF=34;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782308;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:110:1:0:102:110:1:68:34:1:0:70:40:0:0 chr16 20376817 . G A 1416.62 PASS AF=0.69186;AO=117;DP=170;FAO=119;FDP=172;FR=.;FRO=53;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.000523193;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.42;QD=32.9446;RBI=0.00331158;REFB=-0.00939718;REVB=-0.00326999;RO=51;SAF=61;SAR=56;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156984;STB=0.505494;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00398546;OID=.;OPOS=20376817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:51:53:117:119:0.69186:56:61:28:23:56:63:29:24 chr16 20439199 . G A 176.76 PASS AF=0.285714;AO=23;DP=83;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0367047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.511;QD=8.41725;RBI=0.0368497;REFB=0.0016475;REVB=0.00326569;RO=60;SAF=12;SAR=11;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342172;STB=0.535685;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00523461;OID=.;OPOS=20439199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:60:60:23:24:0.285714:11:12:33:27:12:12:33:27 chr16 20441020 . G A 42.16 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0472973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9056;QD=2.95878;RBI=0.0804676;REFB=-0.0272902;REVB=0.0651;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440843;STB=0.80419;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.170276;OID=.;OPOS=20441020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:57:57:49:49:8:8:0.140351:6:2:31:18:6:2:31:18 chr16 20441077 . A G 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0496157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4372;QD=2.28713;RBI=0.107934;REFB=0.000246247;REVB=-0.0958538;RO=50;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357181;STB=0.805481;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0173885;OID=.;OPOS=20441077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:50:54:7:7:0.114754:6:1:20:30:6:1:24:30 chr16 20441084 . T C 35.31 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0458963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.548;QD=2.35431;RBI=0.0513692;REFB=-0.00136679;REVB=-0.023072;RO=52;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407913;STB=0.809833;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0189056;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:52:53:7:7:0.116667:6:1:24:28:6:1:24:29 chr16 20476852 . T C 51.27 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00814141;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.579;QD=2.92968;RBI=0.0427949;REFB=-0.00364655;REVB=-0.0420133;RO=59;SAF=6;SAR=4;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351084;STB=0.545366;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0293709;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:59:60:10:10:0.142857:4:6:37:22:4:6:39:21 chr16 20494408 . C T 273.26 PASS AF=0.254658;AO=41;DP=162;FAO=41;FDP=161;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=47;FWDB=0.00923258;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.676;QD=6.78914;RBI=0.0112357;REFB=-0.00952915;REVB=-0.00640322;RO=119;SAF=20;SAR=21;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145746;STB=0.589454;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0325812;OID=.;OPOS=20494408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:119:120:41:41:0.254658:21:20:72:47:21:20:73:47 chr16 20552075 . G T 919.12 PASS AF=0.699115;AO=79;DP=113;FAO=79;FDP=113;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00845632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.649;QD=32.5353;RBI=0.00880542;REFB=-0.0209737;REVB=0.00245483;RO=31;SAF=31;SAR=48;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134711;STB=0.577637;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0102981;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:31:34:79:79:0.699115:48:31:20:11:48:31:22:12 chr16 20570661 . T C 62.38 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.872;QD=35.6463;RBI=0.0303002;REFB=0;REVB=0.0250561;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123587;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr16 20576048 . C A 270.92 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0402464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.374;QD=30.1018;RBI=0.0448684;REFB=-0.00224989;REVB=0.0198344;RO=12;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788774;STB=0.543441;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00247597;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:9:15:6:6:9:15:6:6 chr16 20635418 . C T 1369.37 PASS AF=1;AO=75;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112936;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8238;QD=61.5447;RBI=0.211121;REFB=0;REVB=0.210818;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798691;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:75:89:1:37:38:0:0:46:43:0:0 chr16 20636814 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.147;QD=57.2015;RBI=0.0333191;REFB=0;REVB=0.0287248;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010338;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr16 20638576 . A T 1299.02 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7651;QD=61.858;RBI=0.0718217;REFB=0;REVB=0.0479343;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419656;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:42:42:0:0 chr16 20748331 . C A 418.76 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0113396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7565;QD=25.7699;RBI=0.0237505;REFB=-0.0460322;REVB=0.0208687;RO=24;SAF=11;SAR=29;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591986;STB=0.53737;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0241595;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:40:40:0.615385:29:11:5:19:29:11:5:20 chr16 20753123 . T C 1659.55 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.174;QD=60.3474;RBI=0.0204518;REFB=0;REVB=0.0189751;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63139e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:56:54:0:0:56:54:0:0 chr16 20796387 . G C 773.52 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=84;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0318463;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7894;QD=37.278;RBI=0.0330556;REFB=0.0275802;REVB=0.00885927;RO=20;SAF=34;SAR=28;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000740116;STB=0.50589;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00833051;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:20:21:62:62:0.746988:28:34:11:9:28:34:12:9 chr16 20809283 . C A 742.8 PASS AF=0.729412;AO=60;DP=84;FAO=62;FDP=85;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000276061;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.934;QD=34.9553;RBI=0.00904637;REFB=-0.0251475;REVB=0.00904216;RO=23;SAF=33;SAR=27;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595308;STB=0.526387;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00773189;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:23:23:60:62:0.729412:27:33:10:13:29:33:10:13 chr16 20811681 . C T 280.98 PASS AF=0.648649;AO=20;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00588736;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.736;QD=30.3766;RBI=0.0753816;REFB=-0.016201;REVB=0.0751514;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691896;STB=0.528822;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0235968;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:37:13:12:20:24:0.648649:8:12:9:4:10:14:8:4 chr16 20855309 . A G 1327.49 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0496451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0681;QD=59.6626;RBI=0.0497253;REFB=-0.05039;REVB=-0.00282347;RO=2;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169177;STB=0.508927;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00569356;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:55:32:0:2:55:32:0:2 chr16 20873767 . T G 282.0 PASS AF=0.705882;AO=17;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00398048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.928;QD=33.1763;RBI=0.0496737;REFB=-0.0117005;REVB=0.049514;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159885;STB=0.581126;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00784898;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:34:5:9:17:24:0.705882:10:7:4:1:17:7:5:4 chr16 21008690 . T C 712.65 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0135736;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.179;QD=52.7888;RBI=0.0158307;REFB=-0.119058;REVB=0.00814652;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.507244;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000401153;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:35:17:1:0:35:17:1:1 chr16 21181926 . G A 67.21 PASS AF=0.193548;AO=11;DP=61;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0455731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1736;QD=4.33622;RBI=0.0776229;REFB=-0.0155648;REVB=0.0628363;RO=50;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122512;STB=0.53546;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0518647;OID=.;OPOS=21181926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:61:62:50:50:11:12:0.193548:7:4:23:27:7:5:23:27 chr16 21190853 . A C 296.17 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0159327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.649;QD=42.3106;RBI=0.0425917;REFB=-0.0710088;REVB=-0.0394993;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013656;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:26:28:2:4:24:24:0.857143:12:12:2:0:12:12:2:2 chr16 21215672 . A G 117.17 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0214941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.21;QD=12.0174;RBI=0.0494279;REFB=-0.000341321;REVB=0.0445098;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00164156;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:12:13:7:7:12:13 chr16 21217061 . G A 492.96 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00829516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4218;QD=31.2988;RBI=0.0142195;REFB=-0.00301146;REVB=0.0115492;RO=19;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984383;STB=0.55329;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00163012;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:24:20:12:7:24:20:12:7 chr16 21222672 . C A 466.93 PASS AF=0.7;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00674871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.857;QD=31.1286;RBI=0.0106939;REFB=-0.011285;REVB=-0.00829549;RO=18;SAF=24;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225066;STB=0.512189;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00399824;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:18:42:42:0.7:18:24:11:7:18:24:11:7 chr16 21222941 . C A 90.11 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00200168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.26;QD=8.5822;RBI=0.00200922;REFB=-0.01069;REVB=-0.00017382;RO=30;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406762;STB=0.754241;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0752683;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:42:42:30:30:12:12:0.285714:10:2:14:16:10:2:14:16 chr16 21272591 . G C 146.51 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0174294;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4739;QD=7.32548;RBI=0.03009;REFB=0.0185203;REVB=0.024528;RO=60;SAF=17;SAR=4;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3463;STB=0.707097;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0484147;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:60:59:21:21:0.2625:4:17:34:26:4:17:34:25 chr16 21531133 . C G 205.43 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00852834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9845;QD=9.33764;RBI=0.00860074;REFB=-0.0321601;REVB=0.00111359;RO=60;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260327;STB=0.656703;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0790791;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:61:27:27:0.306818:11:16:22:38:11:16:22:39 chr16 21531154 . G C 260.54 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=112;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0130403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.571;QD=9.30481;RBI=0.0145897;REFB=-0.0103389;REVB=-0.00654279;RO=77;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116013;STB=0.567612;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0305968;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:77:77:35:35:0.3125:17:18:32:45:17:18:32:45 chr16 21531457 . T C 122.58 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0158136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1162;QD=10.0064;RBI=0.0730695;REFB=-0.0366348;REVB=-0.0713378;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144939;STB=0.538411;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0646614;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:32:34:14:15:0.306122:7:7:20:12:7:8:20:14 chr16 21531473 . G A 169.9 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0127032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9995;QD=12.1358;RBI=0.0131018;REFB=-0.0546989;REVB=-0.00320705;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109233;STB=0.506323;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0270959;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:22:13:8:13:22:13 chr16 21531494 . T C 912.11 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.346;QD=57.9116;RBI=0.058496;REFB=0;REVB=0.0315584;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032306;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:22:38:0:0:22:41:0:0 chr16 21531609 . C T 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.103066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2104;QD=20.4839;RBI=0.104841;REFB=-0.00624114;REVB=0.0192118;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173528;STB=0.59984;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00450098;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:3:8:12:2:3:8 chr16 21658389 . G A 291.5 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00459314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.588;QD=33.3144;RBI=0.0603801;REFB=-0.0289589;REVB=-0.0602051;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106093;STB=0.558093;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0107282;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:10:15:4:6:10:15:4:6 chr16 21666714 . C T 137.58 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00199901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.488;QD=7.24106;RBI=0.0115913;REFB=-0.0184556;REVB=-0.0114176;RO=56;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309175;STB=0.685107;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0353141;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:8:12:19:37:8:12:19:37 chr16 21690225 . C A 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0121573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.244;QD=4.70058;RBI=0.0121786;REFB=-9.92754e-05;REVB=-0.000719826;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.58533;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000338128;OID=.;OPOS=21690225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:2:5:18:10:2:5:18:11 chr16 21690559 . G A 145.84 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0133845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0329;QD=25.3627;RBI=0.0574945;REFB=-0.0953347;REVB=-0.0559149;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388347;STB=0.55484;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0533532;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:6:8:14:15:0.652174:6:8:3:3:7:8:3:5 chr16 21730449 . C T 64.98 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.046097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.996;QD=4.9045;RBI=0.0467538;REFB=-0.0119572;REVB=-0.00780887;RO=43;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357336;STB=0.728174;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0523246;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:6:4:30:13:6:4:30:13 chr16 21742188 . G A 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00225501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.382;QD=31.2417;RBI=0.0367416;REFB=-0.0296624;REVB=-0.0366723;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608722;STB=0.533849;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0103264;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:9:5:2:2:9:5:2:2 chr16 21747633 . A C 174.3 PASS AF=0.282353;AO=21;DP=82;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0111391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.614;QD=8.2025;RBI=0.015781;REFB=-0.012576;REVB=-0.0111786;RO=61;SAF=10;SAR=11;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791587;STB=0.529387;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0390973;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:61:61:21:24:0.282353:11:10:33:28:12:12:33:28 chr16 21747639 . G T 184.13 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00304276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7403;QD=8.09363;RBI=0.0439236;REFB=-0.0093357;REVB=-0.0438181;RO=64;SAF=13;SAR=12;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013581;STB=0.518504;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0054519;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:66:25:25:0.274725:12:13:34:30:12:13:36:30 chr16 21747662 . G A 258.98 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0401277;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.817;QD=9.86606;RBI=0.0441928;REFB=-0.0168351;REVB=-0.018514;RO=71;SAF=20;SAR=14;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953347;STB=0.564933;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0410138;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:71:71:34:34:0.32381:14:20:36:35:14:20:35:36 chr16 22111704 . G A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0265137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.343;QD=28.5594;RBI=0.0267788;REFB=-0.00953172;REVB=0.00375819;RO=10;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198019;STB=0.608596;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00642618;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:12:8:1:9:12:8:1:9 chr16 22144318 . C T 199.88 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.145613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.66;QD=38.0716;RBI=0.155396;REFB=-0.105243;REVB=0.0542652;RO=4;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174168;STB=0.551665;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0239375;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:21:21:4:3:17:18:0.857143:12:5:3:1:12:6:2:1 chr16 22155629 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0660298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.198;QD=10.7923;RBI=0.0666459;REFB=0.00138096;REVB=0.00904093;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905118;STB=0.55299;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00163995;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:24:11:7:11:24:11 chr16 22161136 . T C 656.87 PASS AF=0.977778;AO=22;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.170286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.599;QD=58.3882;RBI=0.170286;REFB=-0.144343;REVB=-7.08228e-05;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225693;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00225425;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:22:44:0.977778:20:2:0:1:21:23:0:1 chr16 22178256 . G A 608.58 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0234462;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1465;QD=46.8135;RBI=0.061417;REFB=-0.159745;REVB=0.0567655;RO=5;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160888;STB=0.586168;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0104268;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:52:52:5:5:46:47:0.903846:12:34:0:5:12:35:0:5 chr16 22189497 . C T 179.06 PASS AF=0.73913;AO=14;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0275525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3937;QD=31.1413;RBI=0.198477;REFB=-0.0180725;REVB=0.196555;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.585004;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0123539;OID=.;OPOS=22189497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:14:17:0.73913:8:6:4:2:11:6:4:2 chr16 22192896 . G A 99.2 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0110271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9384;QD=6.50467;RBI=0.0112237;REFB=-0.0016963;REVB=0.00209172;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221838;STB=0.637758;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00382901;OID=.;OPOS=22192896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:46:15:15:0.245902:7:8:15:28:7:8:16:30 chr16 22207121 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0248164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.152;QD=7.32272;RBI=0.0252166;REFB=-0.00532649;REVB=0.00447489;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00774842;OID=.;OPOS=22207121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:6:8:2:4:6:8 chr16 22237118 . A G 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0162624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2682;QD=11.1303;RBI=0.0189999;REFB=-0.0122795;REVB=-0.009825;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190347;STB=0.610915;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0131183;OID=.;OPOS=22237118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:8:13:17:21:8:13:17:21 chr16 22237273 . C G 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0179578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.841;QD=10.4728;RBI=0.0278293;REFB=-0.00247458;REVB=-0.0212599;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186868;STB=0.610978;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00613413;OID=.;OPOS=22237273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:6:11:17:18:6:11:17:18 chr16 22262514 . C A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.967;QD=57.2015;RBI=0.059058;REFB=0;REVB=0.000790635;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328558;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 22269867 . A G 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.892;QD=57.8832;RBI=0.0309771;REFB=0;REVB=0.0157527;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74066e-05;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr16 22319555 . GC G 51.83 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00705811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9539;QD=8.63883;RBI=0.026455;REFB=-0.0586258;REVB=-0.0254961;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0.355556;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=del;VARB=0.0756194;OID=.;OPOS=22319556;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:10:24:10:24:14:3:7:4:10:51:11:3:7:2:9 chr16 22357850 . C CAG 723.75 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225567;FXX=0.0727141;HRUN=0;LEN=2;MLLD=251.669;QD=56.7646;RBI=0.0233922;REFB=0;REVB=0.00619569;RO=3;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.53498e-05;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:51:51:0:21:30:0:0:4:3:20:30:0:3 chr16 22563785 . G A 73.05 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=159;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=-0.00732147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7741;QD=1.83779;RBI=0.0190074;REFB=-0.0061365;REVB=0.0175407;RO=139;SAF=12;SAR=6;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16913;STB=0.623236;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0157948;OID=.;OPOS=22563785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:159:159:139:141:18:18:0.113208:6:12:74:65:6:12:75:66 chr16 22826339 . A G 81.43 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0313625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.162;QD=3.65962;RBI=0.043046;REFB=-0.0181032;REVB=-0.0294849;RO=72;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196219;STB=0.619991;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0612048;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:87:89:72:74:15:15:0.168539:5:10:37:35:5:10:39:35 chr16 23080634 . C A 55.92 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0120462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.846;QD=4.22026;RBI=0.0127444;REFB=-0.00524607;REVB=-0.0041603;RO=43;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22038;STB=0.640708;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0267976;OID=.;OPOS=23080634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:43:44:9:9:0.169811:3:6:21:22:3:6:22:22 chr16 23102027 . C A 1299.74 PASS AF=0.707483;AO=104;DP=145;FAO=104;FDP=147;FR=.;FRO=43;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00165626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.331;QD=35.3672;RBI=0.00244246;REFB=-0.0139224;REVB=0.00179511;RO=40;SAF=57;SAR=47;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897976;STB=0.551435;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00277139;OID=.;OPOS=23102027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:40:43:104:104:0.707483:47:57:15:25:47:57:16:27 chr16 23224416 . G A 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0276544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1512;QD=3.83334;RBI=0.0288611;REFB=-0.00926057;REVB=0.00825811;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272491;STB=0.670515;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0368396;OID=.;OPOS=23224416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:43:35:36:7:7:0.162791:3:4:12:23:3:4:13:23 chr16 23360199 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.52;QD=52.6122;RBI=0.0952878;REFB=0;REVB=-0.0392888;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181966;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr16 23477997 . CCA C 42.21 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00880607;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.893;QD=3.75237;RBI=0.052622;REFB=-0.0108014;REVB=-0.0518799;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195349;STB=0.666296;STBP=0.284;TYPE=del;VARB=0.0297023;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:9:46:10:45:35:8:2:22:13:42:28:7:2:18:10 chr16 23489711 . C G 262.4 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0114446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.189;QD=32.8004;RBI=0.0475937;REFB=-0.0157188;REVB=-0.0461972;RO=9;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224381;STB=0.62316;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00663451;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:15:8:7:2:15:8:7:2 chr16 23536684 . T C 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.003727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.782;QD=31.6788;RBI=0.00574881;REFB=-0.0374812;REVB=0.00437703;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477228;STB=0.526288;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0122257;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:4:3:10:9:4:3 chr16 23546561 . G C 284.01 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00018901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7806;QD=36.6465;RBI=0.00136126;REFB=-0.0354438;REVB=0.00134807;RO=7;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919611;STB=0.54996;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0106843;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:8:16:6:1:8:16:6:1 chr16 23563501 . C T 1315.25 PASS AF=0.737589;AO=104;DP=141;FAO=104;FDP=141;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=34;FWDB=0.0250883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7363;QD=37.312;RBI=0.0256194;REFB=-0.0226783;REVB=0.0051894;RO=36;SAF=23;SAR=81;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102544;STB=0.556715;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00792217;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:36:37:104:104:0.737589:81:23:3:33:81:23:3:34 chr16 23582153 . G A 107.07 PASS AF=0.253968;AO=15;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0372025;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9274;QD=6.79807;RBI=0.0543078;REFB=-0.00770542;REVB=-0.039564;RO=48;SAF=12;SAR=3;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37571;STB=0.739989;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0131595;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:48:47:15:16:0.253968:3:12:25:23:3:13:25:22 chr16 23585061 . T C 678.44 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0101774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9706;QD=56.5368;RBI=0.0101877;REFB=-0.218305;REVB=-0.000457756;RO=1;SAF=7;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012211;STB=0.518979;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00237405;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:48:1:3:45:45:0.9375:38:7:0:1:38:7:0:3 chr16 23607504 . G C 42.15 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0244248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9007;QD=5.81404;RBI=0.0612131;REFB=0.00161088;REVB=-0.0561291;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390845;STB=0.550878;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00762718;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:29:22:22:6:7:0.241379:2:4:14:8:3:4:14:8 chr16 23646191 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.027122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3633;QD=4.00454;RBI=0.0292807;REFB=-0.00256335;REVB=-0.0110342;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430478;STB=0.81505;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0173036;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:1:7:23:17:1:7:23:18 chr16 23677006 . A G 65.82 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00845136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.315;QD=2.92552;RBI=0.026147;REFB=-0.00246292;REVB=-0.0247435;RO=77;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229222;STB=0.656382;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0258766;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:77:77:13:13:0.144444:5:8:33:44:5:8:33:44 chr16 23701538 . A G 42.99 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0159748;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.172;QD=4.77683;RBI=0.0198552;REFB=-0.0102242;REVB=-0.0117913;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440454;STB=0.51216;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0355217;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:36:28:29:7:7:0.194444:3:4:17:11:3:4:17:12 chr16 23711925 . C G 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00381123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.819;QD=6.47689;RBI=0.0443467;REFB=-1.72352e-05;REVB=-0.0441826;RO=52;SAF=6;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183287;STB=0.613105;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000953386;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:11:6:26:26:11:6:26:26 chr16 24166130 . T C 797.47 PASS AF=0.735632;AO=63;DP=87;FAO=64;FDP=87;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00375721;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.982;QD=36.6652;RBI=0.00987996;REFB=-0.0265147;REVB=-0.00913767;RO=20;SAF=26;SAR=37;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589119;STB=0.507793;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00814533;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:20:23:63:64:0.735632:37:26:8:12:38:26:10:13 chr16 24564879 . GTA G 40.44 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0152046;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.286;QD=11.5539;RBI=0.0169181;REFB=-0.0698015;REVB=0.00741887;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=del;VARB=0.0772605;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:15:6:14:8:1:5:3:5:40:6:1:5:1:5 chr16 24581031 . G A 499.28 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0105383;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.645;QD=31.7006;RBI=0.0187942;REFB=-0.0477189;REVB=0.0155617;RO=20;SAF=20;SAR=24;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318102;STB=0.510199;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0183339;OID=.;OPOS=24581031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:20:19:44:44:0.698413:24:20:8:12:24:20:8:11 chr16 24582299 . C G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00486296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3762;QD=5.19171;RBI=0.0598985;REFB=0.0138017;REVB=0.0597007;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130174;STB=0.585962;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0250505;OID=.;OPOS=24582299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:12:14:3:4:12:14 chr16 24583406 . A G 60.71 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0186496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0676;QD=6.39075;RBI=0.0498446;REFB=-0.0107544;REVB=-0.0462242;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562967;STB=0.865366;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0359551;OID=.;OPOS=24583406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:8:1:16:13:8:1:16:13 chr16 24788434 . C A 86.9 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00161397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.675;QD=24.8278;RBI=0.0245012;REFB=-0.0877547;REVB=0.0244479;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125976;STB=0.571288;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00982616;OID=.;OPOS=24788434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:5:5:3:1:5:5:3:1 chr16 24788645 . T A 509.15 PASS AF=0.64;AO=27;DP=49;FAO=32;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00142072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.872;QD=40.7316;RBI=0.0127168;REFB=0.000124059;REVB=0.0126372;RO=9;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693538;STB=0.512736;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00509925;OID=.;OPOS=24788645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:49:50:9:11:27:32:0.64:11:16:4:5:13:19:6:5 chr16 24801737 . G A 287.25 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00247308;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0663;QD=44.1924;RBI=0.0262144;REFB=-0.0305872;REVB=-0.0260974;RO=3;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707008;STB=0.532843;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0115466;OID=.;OPOS=24801737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:26:3:3:22:23:0.884615:8:14:1:2:9:14:1:2 chr16 24802325 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0137235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261;QD=12.3961;RBI=0.0157545;REFB=-0.00253497;REVB=-0.00773759;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226949;OID=.;OPOS=24802325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr16 24902194 . T C 1266.44 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.076;QD=60.3068;RBI=0.0662957;REFB=-0.12032;REVB=0.0207166;RO=1;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141351;STB=0.507461;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000367344;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:33:50:0:1:33:50:0:1 chr16 25043277 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0159118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4936;QD=24.4929;RBI=0.0412669;REFB=0.0193831;REVB=0.0380759;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297709;STB=0.666502;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00603441;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:5:10:6:15:5:10 chr16 25137289 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.67;QD=54.5176;RBI=0.038411;REFB=0;REVB=0.00322882;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016493;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr16 25137385 . G A 237.38 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0138772;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.172;QD=13.5646;RBI=0.0158253;REFB=-0.00801151;REVB=-0.0076069;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150778;STB=0.592041;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0165179;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:42:28:28:0.4:13:15:16:25:13:15:16:26 chr16 25137449 . A T 90.93 PASS AF=0.205479;AO=14;DP=71;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00018902;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.306;QD=4.98271;RBI=0.0101987;REFB=-0.00747197;REVB=-0.0101969;RO=56;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225903;STB=0.553001;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0321662;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:73:56:58:14:15:0.205479:8:6:25:31:9:6:27:31 chr16 25239805 . G C 316.54 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0345136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7656;QD=38.3687;RBI=0.046844;REFB=0.0379637;REVB=0.0316728;RO=7;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278587;STB=0.51514;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0104648;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:13:13:3:4:13:13:3:4 chr16 25255506 . C T 352.16 PASS AF=0.707317;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00540327;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.263;QD=34.3568;RBI=0.0340355;REFB=-0.0176944;REVB=-0.0336039;RO=13;SAF=25;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237148;STB=0.64073;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00692959;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:41:13:12:28:29:0.707317:3:25:9:4:3:26:8:4 chr16 25258035 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00607188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.057;QD=24.8032;RBI=0.0461541;REFB=-0.0578179;REVB=0.045753;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0220132;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:2:2:4:6:2:2 chr16 25263278 . G A 656.89 PASS AF=0.771429;AO=54;DP=70;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0349082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1078;QD=37.5364;RBI=0.0352824;REFB=-0.0297302;REVB=-0.00512438;RO=16;SAF=21;SAR=33;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762695;STB=0.540968;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0089889;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:16:16:54:54:0.771429:33:21:9:7:33:21:9:7 chr16 27238110 . C T 1154.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.212;QD=60.7456;RBI=0.0170068;REFB=0;REVB=-0.005525;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14059e-05;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:33:43:0:0 chr16 27356203 . A G 544.46 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=55;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0191799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0766;QD=39.5972;RBI=0.0544844;REFB=-0.0696975;REVB=0.0509969;RO=10;SAF=18;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069483;STB=0.537297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0149328;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:10:10:45:45:0.818182:27:18:6:4:27:18:6:4 chr16 27371158 . C T 700.49 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0712908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4255;QD=53.8839;RBI=0.0757354;REFB=-0.0747539;REVB=-0.0255631;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408723;STB=0.519992;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00192035;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:39:11:1:0:39:12:1:0 chr16 27475972 . G A 707.66 PASS AF=0.720721;AO=46;DP=111;FAO=80;FDP=111;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=1.08341e-05;FXX=0.0263135;HRUN=7;LEN=1;MLLD=78.4331;QD=25.5014;RBI=0.0986894;REFB=-0.0312062;REVB=0.0986894;RO=14;SAF=15;SAR=31;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829412;STB=0.54914;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.028403;OID=.;OPOS=27475972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:14:31:46:80:0.720721:31:15:7:7:45:35:19:12 chr16 27476065 . G A 235.36 PASS AF=0.234899;AO=35;DP=148;FAO=35;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.00142796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.437;QD=6.31829;RBI=0.0261878;REFB=-0.012311;REVB=-0.0261488;RO=113;SAF=20;SAR=15;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139336;STB=0.581216;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0372498;OID=.;OPOS=27476065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:113:114:35:35:0.234899:15:20:52:61:15:20:53:61 chr16 27585240 . C A 61.45 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0083258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.577;QD=4.38933;RBI=0.0125584;REFB=-0.00493065;REVB=-0.00940181;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175734;STB=0.616789;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0237487;OID=.;OPOS=27585240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:4:6:21:25:4:6:21:25 chr16 27763110 . T C 1326.21 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340103;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.702;QD=61.684;RBI=0.0471268;REFB=0;REVB=0.0326226;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106678;OID=.;OPOS=27763110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:43:41:0:0:44:42:0:0 chr16 27772901 . G A 610.45 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0292469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.797;QD=56.7859;RBI=0.0293845;REFB=-0.0495116;REVB=-0.00284046;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.527764;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000316736;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:24:17:1:0:24:17:2:0 chr16 27789278 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.252;QD=48.7371;RBI=0.0237236;REFB=0;REVB=0.017798;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196728;OID=.;OPOS=27789278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 27974487 . T C 542.25 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309014;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.294;QD=60.2504;RBI=0.0330236;REFB=0;REVB=0.0116474;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37184e-05;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr16 28354087 . T C 59.77 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=14;FWDB=-0.0329268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.686;QD=2.25566;RBI=0.037817;REFB=-0.0125977;REVB=-0.0185997;RO=88;SAF=6;SAR=7;SRF=74;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501308;STB=0.824939;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0936688;OID=.;OPOS=28354087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:105:106:88:93:13:13:0.122642:7:6:74:14:7:6:79:14 chr16 28354089 . TC GG,TG 115.4 PASS AF=0,0.192308;AO=6,17;DP=106;FAO=0,20;FDP=104;FR=.;FRO=84;FSAF=0,10;FSAR=0,10;FSRF=73;FSRR=11;FWDB=-0.0772312,-0.109259;FXX=0.0188661;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=97.2924,77.4661;QD=4.43863;RBI=0.0778274,0.109262;REFB=-0.00738879,-0.016792;REVB=-0.00961461,-0.000762161;RO=81;SAF=4,9;SAR=2,8;SRF=70;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.314385,-0.478062;STB=0.5,0.797885;STBP=1,0.046;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0311039;OID=.,.;OPOS=28354089,28354090;OREF=TC,C;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:104:81:84:6,17:0,20:0,0.192308:2,8:4,9:70:11:0,10:0,10:73:11 chr16 28354093 . T C 91.49 PASS AF=0.163462;AO=16;DP=104;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=10;FWDB=0.0144209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4121;QD=3.51902;RBI=0.0278362;REFB=-0.00768916;REVB=-0.0238095;RO=85;SAF=6;SAR=10;SRF=75;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625387;STB=0.856907;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0451726;OID=.;OPOS=28354093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:104:104:85:87:16:17:0.163462:10:6:75:10:10:7:77:10 chr16 28503036 . C T 61.45 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00417997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4498;QD=7.02286;RBI=0.00581299;REFB=-0.023058;REVB=-0.00403964;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255439;STB=0.516093;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0779996;OID=.;OPOS=28503036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:11:15:5:4:11:15 chr16 28508447 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0013596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.58;QD=12.8607;RBI=0.00850336;REFB=-0.00528719;REVB=0.00839396;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00669172;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr16 28508716 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.584;QD=46.848;RBI=0.0958629;REFB=0;REVB=0.0641319;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374308;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr16 28603393 . T C 309.77 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0397213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.987;QD=44.2529;RBI=0.0471388;REFB=-0.0259776;REVB=-0.0253828;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102757;STB=0.555511;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0139496;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:13:12:3:0:13:12:3:0 chr16 28603655 . T G 85.93 PASS AF=0.15;AO=16;DP=117;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0384509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1809;QD=2.86422;RBI=0.0768307;REFB=-0.00695069;REVB=0.0665167;RO=101;SAF=5;SAR=11;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231838;STB=0.586981;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0393209;OID=.;OPOS=28603655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:117:120:101:102:16:18:0.15:11:5:50:51:11:7:50:52 chr16 28617485 . C T 1673.47 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000483407;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.163;QD=57.7059;RBI=0.0115113;REFB=-0.129229;REVB=0.0115011;RO=2;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197731;STB=0.515461;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000946096;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:2:3:113:113:0.974138:47:66:0:2:47:66:0:3 chr16 28617507 . C T 36.54 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0291235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.792;QD=1.10737;RBI=0.04961;REFB=0.000124384;REVB=-0.0401618;RO=121;SAF=9;SAR=2;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33597;STB=0.778564;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00463419;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:121:121:11:11:0.0833333:2:9:65:56:2:9:65:56 chr16 28617552 . C G 64.74 PASS AF=0.108108;AO=15;DP=148;FAO=16;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=132;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.00826977;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.352;QD=1.74978;RBI=0.0115214;REFB=-0.00253047;REVB=-0.00802207;RO=108;SAF=10;SAR=5;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217774;STB=0.657511;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0205851;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:148:148:108:132:15:16:0.108108:5:10:53:55:5:11:68:64 chr16 28621311 . T C 425.88 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00532717;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.376;QD=14.3151;RBI=0.0208921;REFB=-0.0230203;REVB=-0.0202015;RO=68;SAF=27;SAR=18;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129844;STB=0.536003;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.035522;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:45:51:0.428571:18:27:40:28:18:33:40:28 chr16 28649787 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00314773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.622;QD=9.76075;RBI=0.0125297;REFB=-0.00549027;REVB=-0.0121278;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0113177;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr16 28734477 . G T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0138195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.062;QD=20.4858;RBI=0.0285799;REFB=-0.0223298;REVB=0.0250166;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731378;STB=0.541344;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0213413;OID=.;OPOS=28734477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:8:3:5:9:8:3 chr16 28842311 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.654;QD=49.5992;RBI=0.0345171;REFB=0;REVB=0.0299339;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83029e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 28844448 . C A 84.11 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8045;QD=37.3808;RBI=0.260192;REFB=0;REVB=0.260169;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00699068;OID=.;OPOS=28844448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:1:0:8:9:1:2:6:0:1:3:6:0:0 chr16 28846866 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.606;QD=33.4285;RBI=0.0761166;REFB=0;REVB=0.0760183;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404683;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 28847568 . G C 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.009759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.768;QD=52.1504;RBI=0.0516977;REFB=-0.0300296;REVB=0.0507683;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00163942;OID=.;OPOS=28847568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr16 28883241 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00819403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.264;QD=32.8218;RBI=0.00836875;REFB=-0.0246493;REVB=-0.00170111;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000182709;OID=.;OPOS=28883241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:8:1:0:0:8:1:0:1 chr16 28898793 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.907;QD=59.0185;RBI=0.0673573;REFB=0;REVB=0.0671901;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117988;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr16 28915046 . C CTT,T 376.02 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=19,6;DP=30;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116477,-0.0436205;FXX=0.0689417;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=40.6249,178.802;QD=55.7062;RBI=0.116526,0.0446589;REFB=0,0;REVB=0.00339959,-0.00957441;RO=2;SAF=6,2;SAR=13,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0366475,-0.0772509;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00117288,0.0375661;OID=.,.;OPOS=28915047,28915046;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:30:27:2:0:19,6:25,2:0.925926,0.0740741:13,4:6,2:1:1:15,2:10,0:0:0 chr16 28915527 . G A 680.35 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.414;QD=60.4754;RBI=0.0301574;REFB=-0.103939;REVB=0.0297318;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946306;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:45:1:0:43:45:1:23:20:1:0:24:21:0:0 chr16 28944396 . C G 686.61 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3854;QD=61.0323;RBI=0.0477977;REFB=0;REVB=-0.00501939;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365788;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:23:22:0:0 chr16 28962562 . AGC AG,CAG 30.66 PASS AF=0.190476,0.047619;AO=12,2;DP=42;FAO=8,2;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2,2;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.139831,-0.0394124;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=12.2174,217.261;QD=2.91983;RBI=0.222581,0.0405829;REFB=-0.0657595,-0.00491489;REVB=0.173175,-0.00967648;RO=27;SAF=5,2;SAR=7,0;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157931,0.448702;STB=0.749376,0.994175;STBP=0.159,0.185;TYPE=del,mnp;VARB=0.130083,0.145061;OID=.,.;OPOS=28962564,28962562;OREF=C,AGC;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:27:32:12,2:8,2:0.190476,0.047619:7,0:5,2:15:12:6,0:2,2:18:14 chr16 28995757 . C A 334.99 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764632;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.463;QD=53.5985;RBI=0.00764691;REFB=0;REVB=9.4742e-05;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16949e-05;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:12:13:0:0 chr16 28997075 . A G 570.29 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.866;QD=60.0304;RBI=0.0168676;REFB=0;REVB=-0.00356034;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08301e-05;OID=.;OPOS=28997075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:12:26:0:0 chr16 29057392 . A G 467.83 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0542556;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.922;QD=38.1901;RBI=0.0582233;REFB=0.013169;REVB=0.0211254;RO=13;SAF=21;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224941;STB=0.512188;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00372796;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:36:36:0.734694:15:21:7:6:15:21:7:6 chr16 29124421 . T C 1498.7 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234645;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.445;QD=59.9481;RBI=0.0282631;REFB=0;REVB=0.0157549;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96834e-05;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr16 29580611 . G A 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0837066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3717;QD=52.6037;RBI=0.0840302;REFB=0;REVB=-0.00736746;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173344;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr16 29624734 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7331;QD=52.612;RBI=0.0375293;REFB=0;REVB=-0.0319519;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130679;OID=.;OPOS=29624734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr16 29679239 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.819;QD=43.4862;RBI=0.0871552;REFB=0;REVB=0.043973;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162674;OID=.;OPOS=29679239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr16 29679989 . A G 766.7 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.44;QD=55.7603;RBI=0.064181;REFB=0;REVB=0.0163765;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682825;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:24:29:0:0:26:29:0:0 chr16 29680256 . T G 144.98 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8565;QD=44.6093;RBI=0.0903494;REFB=0;REVB=0.0194457;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227449;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:11:1:0:0:11:2:0:0 chr16 29680463 . TA T,TT 2289.14 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=44,123;DP=177;FAO=7,154;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=6,89;FSAR=1,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138991,0.0134491;FXX=0.024241;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=274.825,282.169;QD=56.873;RBI=0.036213,0.0399625;REFB=0,0;REVB=0.0334395,0.0376314;RO=7;SAF=23,78;SAR=21,45;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0971609,0.0532089;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00776578,0.00215256;OID=.,.;OPOS=29680464,29680464;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:44,123:177:7,154:161:0:6,89:1,65:0:0:10:7:23,78:21,45:1:6 chr16 29708350 . A G 383.51 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00497219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.734;QD=52.8976;RBI=0.087486;REFB=-0.18898;REVB=-0.0873446;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00879784;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr16 29790864 . G A 992.94 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00943822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7118;QD=57.5618;RBI=0.103072;REFB=-0.0522541;REVB=0.102639;RO=0;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6764e-08;STB=0.505153;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00644517;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:0:1:67:68:0.985507:19:48:0:0:20:48:1:0 chr16 29791561 . T G 1018.79 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3419;QD=57.3967;RBI=0.0264784;REFB=-0.157579;REVB=-0.023629;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171851;STB=0.508769;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00470487;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:27:42:0:1:28:42:0:1 chr16 29791721 . G C 284.97 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9514;QD=51.8129;RBI=0.0475601;REFB=0;REVB=-0.0416304;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143931;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr16 29811319 . C T 250.65 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000196277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.863;QD=50.1305;RBI=0.02727;REFB=0;REVB=0.0272693;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222787;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr16 29814234 . G A 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.313;QD=59.1386;RBI=0.0612129;REFB=0;REVB=0.0430898;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015359;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr16 29821744 . G A 1206.85 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.196;QD=58.8708;RBI=0.024069;REFB=-0.170292;REVB=-0.0149188;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101677;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:2:0:80:82:1:37:43:2:0:37:45:0:0 chr16 29825126 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2412;QD=57.5439;RBI=0.0153517;REFB=0;REVB=-0.0114463;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56954e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr16 29826537 . AT AC,CA 91.19 PASS AF=0.75,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=9,2;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6,0;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.139615,-0.130859;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,2;MLLD=84.2451,44.186;QD=30.396;RBI=0.140432,0.138391;REFB=-0.0968548,-0.226228;REVB=0.0151179,0.0450332;RO=0;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.571265,0.5;STBP=0.286,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0127212,0.190828;OID=.,.;OPOS=29826538,29826537;OREF=T,AT;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:12:12:0:1:10,2:9,2:0.75,0.166667:4,2:6,0:0:0:3,2:6,0:0:1 chr16 29908433 . C G 125.69 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0485079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1119;QD=9.66825;RBI=0.0555029;REFB=-0.0327439;REVB=0.0269732;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205912;STB=0.574537;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0163606;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:36:15:16:0.307692:8:7:9:22:9:7:12:24 chr16 29994922 . C T 329.72 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0125919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.222;QD=37.6824;RBI=0.0335998;REFB=-0.0617747;REVB=0.0311511;RO=7;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447888;STB=0.509084;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0156585;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:7:8:27:27:0.771429:21:6:1:6:21:6:2:6 chr16 30002744 . GCCCCCAG GCCCCAGC,GCCCCAG 63.58 PASS AF=0.0952381,0.47619;AO=2,4;DP=23;FAO=2,10;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2,3;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.153855,0.132495;FXX=0.0869187;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=12.5247,10.8586;QD=12.111;RBI=0.287584,0.27573;REFB=-0.101855,-0.099358;REVB=0.242968,0.24181;RO=8;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.684179,0.260267;STB=0.996368,0.545367;STBP=0.05,0.775;TYPE=mnp,del;VARB=0.0567496,0.135912;OID=.,.;OPOS=30002749,30002745;OREF=CAG,C;OALT=AGC,-;OMAPALT=GCCCCAGC,GCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.47619:2,4:23:2,10:21:9:2,3:0,7:2:7:42:8:2,2:0,2:2:6 chr16 30016548 . G GC 38.29 PASS AF=0.191304;AO=24;DP=120;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.0874248;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.8551;QD=1.33178;RBI=0.0910937;REFB=-0.0153989;REVB=-0.0255923;RO=94;SAF=22;SAR=2;SRF=29;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.709493;STB=0.755905;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0466955;OID=.;OPOS=30016549;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191304:24:120:22:115:93:15:7:32:61:38:94:22:2:29:65 chr16 30034986 . G A 84.01 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0120153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1847;QD=10.5015;RBI=0.017503;REFB=-0.0593745;REVB=0.0127274;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315314;STB=0.729264;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0548881;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:2:9:11:8:2:9:11:10 chr16 30081367 . G T 503.14 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0214655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.488;QD=34.1113;RBI=0.0214733;REFB=-0.0477606;REVB=0.000576343;RO=15;SAF=24;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372893;STB=0.520115;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0171781;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:20:24:7:8:20:24:7:8 chr16 30097630 . C T 235.15 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0169834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6662;QD=40.8951;RBI=0.0780932;REFB=-0.0886947;REVB=0.0762241;RO=3;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520434;STB=0.528356;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00471955;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:9:11:1:2:9:11:1:2 chr16 30119525 . C A 405.05 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.039;QD=55.8684;RBI=0.04914;REFB=0;REVB=0.0238809;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229581;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr16 30198151 . A G 175.78 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.249;QD=46.8754;RBI=0.037452;REFB=0;REVB=-0.0189172;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56761e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr16 30393660 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.927;QD=52.8649;RBI=0.0148131;REFB=-0.113395;REVB=0.002988;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348675;STB=0.518512;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000377119;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:26:27:0:2:26:27:0:2 chr16 30408765 . C T 791.72 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1894;QD=53.6757;RBI=0.0647748;REFB=-0.162521;REVB=-0.0608998;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.502741;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00413352;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:1:2:56:57:0.966102:24:32:1:0:24:33:1:1 chr16 30456937 . AG A 54.36 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.130522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2723;QD=12.0798;RBI=0.229608;REFB=-0.071956;REVB=-0.188902;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0.651332;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.775174;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0533702;OID=.;OPOS=30456938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:8:18:10:18:8:1:9:4:4:45:8:1:7:4:4 chr16 30536672 . A G 479.57 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000396376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.689;QD=42.6283;RBI=0.00374617;REFB=-0.0176864;REVB=-0.00372514;RO=9;SAF=13;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331257;STB=0.517871;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0018034;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:23:13:4:5:23:13:4:5 chr16 30676703 . AG A 51.57 PASS AF=0.545455;AO=8;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0243773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8914;QD=9.37721;RBI=0.209229;REFB=-0.0541657;REVB=0.207804;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.315789;SSSB=-0.466517;STB=0.674689;STBP=0.086;TYPE=del;VARB=0.0953179;OID=.;OPOS=30676704;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:8:22:12:22:10:3:9:6:4:47:12:1:7:6:6 chr16 30724070 . G T 1495.59 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00551721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9691;QD=62.3162;RBI=0.0129144;REFB=-0.023263;REVB=-0.0116766;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109;STB=0.505746;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000118936;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:52:43:1:0:52:43:1:0 chr16 30734963 . C A 399.68 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.11;QD=51.571;RBI=0.0509052;REFB=-0.0668658;REVB=0.0133398;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00050647;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:1:1:29:30:0.967742:12:17:1:0:12:18:1:0 chr16 30762640 . C T 713.36 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266347;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.587;QD=59.4467;RBI=0.0272808;REFB=0.0445112;REVB=-0.00590241;RO=2;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700837;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000647421;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:27:19:1:1:27:20:0:1 chr16 30779713 . TTCA TCGG 3659.86 PASS AF=1;AO=10;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17533;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=196.575;QD=65.6477;RBI=0.241941;REFB=0;REVB=0.166717;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000376581;OID=.;OPOS=30779714;OREF=TCA;OALT=CGG;OMAPALT=TCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:223:223:223:0:59:164:0:0:19:0:0:10:0:0 chr16 30780828 . A G 763.76 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.368;QD=63.6463;RBI=0.0206219;REFB=0;REVB=0.00266726;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68916e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr16 30793621 . C T 137.89 PASS AF=0.14218;AO=30;DP=211;FAO=30;FDP=211;FR=.;FRO=181;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=-0.00500773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.217;QD=2.61402;RBI=0.00888045;REFB=2.76544e-05;REVB=0.00733383;RO=180;SAF=20;SAR=10;SRF=89;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221601;STB=0.651655;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000142365;OID=.;OPOS=30793621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:180:181:30:30:0.14218:10:20:89:91:10:20:89:92 chr16 30936081 . G A 826.68 PASS AF=0.545455;AO=79;DP=142;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0688911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.2586;QD=23.1239;RBI=0.0697995;REFB=-0.00198079;REVB=0.0112246;RO=60;SAF=28;SAR=51;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528781;STB=0.54869;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00118401;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:60:65:79:78:0.545455:51:28:25:35:51:27:29:36 chr16 30964940 . A G 665.27 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.080875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2051;QD=56.6187;RBI=0.0809519;REFB=-0.129371;REVB=0.00352637;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391107;STB=0.519991;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0276012;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:44:45:0.957447:21:23:2:0:21:24:2:0 chr16 30999462 . T C 78.84 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0250699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4898;QD=6.56975;RBI=0.0265964;REFB=-0.00899769;REVB=-0.00888058;RO=36;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224885;STB=0.635722;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0264767;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:3:8:20:16:3:8:21:16 chr16 31075175 . G A 59.27 PASS AF=0.183673;AO=7;DP=48;FAO=9;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00349101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7115;QD=4.83845;RBI=0.00392563;REFB=0.00760114;REVB=-0.00179539;RO=32;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534578;STB=0.743097;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0234727;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:48:49:32:40:7:9:0.183673:1:6:13:19:3:6:14:26 chr16 31075708 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.421;QD=39.2067;RBI=0.0248958;REFB=0;REVB=0.0116674;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182521;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 31088347 . G A 184.16 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0114001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9185;QD=8.18486;RBI=0.0148298;REFB=-0.00639019;REVB=0.00948475;RO=64;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190021;STB=0.619166;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0158257;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:64:65:25:25:0.277778:16:9:33:31:16:9:34:31 chr16 31090407 . G C 395.53 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.000355811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.098;QD=34.3943;RBI=0.0182039;REFB=-0.0423934;REVB=0.0182004;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171989;STB=0.593691;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0134755;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:19:13:10:4:19:13:10:4 chr16 31091209 . T C 51.56 PASS AF=0.636364;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0119932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.52;QD=18.7484;RBI=0.103442;REFB=-0.0682469;REVB=0.102744;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161039;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.039417;OID=.;OPOS=31091209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:2:4:4:7:0.636364:3:1:1:1:6:1:2:2 chr16 31092075 . G A 35.87 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0174086;FXX=0.214133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7418;QD=13.0452;RBI=0.0197971;REFB=-0.0268042;REVB=0.00942673;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0155365;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:2:4 chr16 31093892 . A G 593.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.468;QD=60.8776;RBI=0.0439478;REFB=0;REVB=0.0271071;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365509;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr16 31093954 . C T 575.06 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0105302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.72;QD=34.8519;RBI=0.0184952;REFB=-0.0351502;REVB=0.0152049;RO=17;SAF=26;SAR=23;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287451;STB=0.515483;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0111547;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:49:49:0.742424:23:26:8:9:23:26:8:9 chr16 31096164 . G C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0162601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.758;QD=28.1411;RBI=0.0215064;REFB=-0.0101881;REVB=0.014076;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196226;STB=0.608566;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00834541;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:1:6:8:8:1:6 chr16 31097688 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC,GGCCCCA 42.94 PASS AF=0.25641,0,0.025641;AO=9,4,2;DP=39;FAO=10,0,1;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9,0,0;FSAR=1,0,1;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.109993,-0.150964,-0.0300695;FXX=0.0487686;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.4175,21.1645,16.0048;QD=4.40412;RBI=0.235246,0.151195,0.0917698;REFB=-0.0419359,-0.00619568,-0.0208243;REVB=0.207947,-0.00834083,0.0867036;RO=20;SAF=8,4,1;SAR=1,0,1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.326531,0,0;SSSB=0.339117,0.589199,-0.206011;STB=0.735773,0.5,0.993853;STBP=0.158,1,0.144;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.081777,0.105731,0.056112;OID=.,.,.;OPOS=31097689,31097693,31097689;OREF=C,CA,C;OALT=-,AC,G;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC,GGCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0,0.025641:9,4,2:39:10,0,1:39:28:9,0,0:1,0,1:20:8:29:20:8,4,1:1,0,1:14:6 chr16 31099011 . T C 80.81 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0242066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.669;QD=8.73667;RBI=0.101038;REFB=0.000265659;REVB=-0.0980956;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167471;STB=0.574458;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00234009;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:37:26:26:10:11:0.297297:4:6:19:7:4:7:19:7 chr16 31102321 . C T 509.76 PASS AF=0.714286;AO=43;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.037046;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3887;QD=32.3657;RBI=0.045572;REFB=-0.0558166;REVB=-0.0265406;RO=18;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014423;STB=0.506491;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0205794;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:18:43:45:0.714286:25:18:8:10:26:19:8:10 chr16 31141826 . A G 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.253;QD=60.5953;RBI=0.0408319;REFB=0;REVB=0.0405871;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426433;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr16 31141880 . A G 501.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.067;QD=59.0323;RBI=0.0319452;REFB=0;REVB=0.0317397;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111067;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr16 31153105 . A G 629.18 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00038164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3188;QD=57.1981;RBI=0.0420256;REFB=-0.0584916;REVB=-0.0420239;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360825;STB=0.519222;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00195189;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:25:17:0:2:25:17:0:2 chr16 31193942 . C A 337.34 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0162689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.879;QD=34.5993;RBI=0.0186055;REFB=-0.00326573;REVB=0.00902703;RO=11;SAF=6;SAR=22;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106455;STB=0.558331;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00148068;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:22:6:4:7:22:6:4:7 chr16 31195279 . C T 42.09 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0286753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.656;QD=4.31642;RBI=0.0287101;REFB=-0.0127997;REVB=0.00141301;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44576;STB=0.781589;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0411088;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:39:31:32:7:7:0.179487:2:5:10:21:2:5:11:21 chr16 31336719 . G A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.00701919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.719;QD=3.45918;RBI=0.025209;REFB=0.00162656;REVB=-0.024212;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160654;STB=0.618172;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00588769;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:6:1:9:31:6:1:9:31 chr16 31336888 . C T 503.61 PASS AF=0.76;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0118583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.697;QD=40.2884;RBI=0.0134741;REFB=-0.00935125;REVB=0.00639768;RO=12;SAF=20;SAR=18;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158969;STB=0.58573;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00470202;OID=.;OPOS=31336888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:12:12:38:38:0.76:18:20:2:10:18:20:2:10 chr16 31343005 . C T 444.75 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.097542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.2782;QD=21.1786;RBI=0.14341;REFB=-0.0460587;REVB=0.105128;RO=39;SAF=19;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503;STB=0.50331;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0316453;OID=.;OPOS=31343005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:39:40:43:44:0.52381:24:19:15:24:25:19:17:23 chr16 31422429 . T C 330.41 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1134;QD=50.8326;RBI=0.0504956;REFB=0.0644503;REVB=0.0453678;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0012329;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr16 31476259 . T TC 37.51 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0190017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.12531;QD=7.89722;RBI=0.127427;REFB=-0.0818796;REVB=0.126002;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.100351;OID=.;OPOS=31476260;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:7:20:9:19:10:4:5:3:7:35:11:4:3:4:7 chr16 31476458 . C T 107.36 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0611645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.165;QD=5.72598;RBI=0.0611808;REFB=-0.00163306;REVB=-0.00141209;RO=58;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282996;STB=0.677206;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0073703;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:5:12:28:30:5:12:28:30 chr16 31477460 . G A 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0255228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.793;QD=29.8272;RBI=0.033658;REFB=-0.0224224;REVB=0.021942;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00799937;OID=.;OPOS=31477460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:4:2:6:10:4:2 chr16 31539934 . G T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0359764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4154;QD=32.3676;RBI=0.0390956;REFB=0.0254213;REVB=-0.0153025;RO=3;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018345;STB=0.510188;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00901597;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:8:5:1:2:8:5:1:2 chr16 31724836 . T C 103.34 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0382388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.077;QD=18.789;RBI=0.0944817;REFB=-0.00132925;REVB=-0.0863979;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163889;STB=0.595062;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00199682;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:7:3:2:10:7:3 chr16 31765840 . G T 231.75 PASS AF=0.75;AO=14;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00956154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3727;QD=33.1069;RBI=0.138551;REFB=0.0233992;REVB=-0.13822;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0118507;OID=.;OPOS=31765840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:14:21:0.75:9:5:4:3:9:12:4:3 chr16 31770723 . T A 371.81 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0207506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5025;QD=25.6419;RBI=0.0209218;REFB=-0.0188826;REVB=0.00267096;RO=22;SAF=29;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114325;STB=0.544772;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0109749;OID=.;OPOS=31770723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:22:35:36:0.62069:6:29:16:6:7:29:16:6 chr16 31926619 . G A 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372219;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.675;QD=42.4474;RBI=0.0456036;REFB=0;REVB=0.026348;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306848;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr16 32077537 . G T 745.21 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=28;FWDB=-0.00492048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.909;QD=17.3304;RBI=0.00543956;REFB=-0.0162921;REVB=-0.002319;RO=93;SAF=57;SAR=22;SRF=65;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027007;STB=0.514994;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0188857;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:93:79:79:0.459302:22:57:65:28:22:57:65:28 chr16 32077580 . A G 642.02 PASS AF=0.401099;AO=73;DP=181;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=37;FWDB=0.00498827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4661;QD=14.1103;RBI=0.0251984;REFB=-0.0244442;REVB=0.0246998;RO=107;SAF=50;SAR=23;SRF=71;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259039;STB=0.516702;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0354117;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:107:109:73:73:0.401099:23:50:71:36:23:50:72:37 chr16 32889057 . T G 34.46 PASS AF=0.0714286;AO=13;DP=179;FAO=13;FDP=182;FR=.;FRO=169;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=92;FSRR=77;FWDB=-0.0601482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.095;QD=0.757363;RBI=0.068411;REFB=-0.000324776;REVB=-0.0325923;RO=165;SAF=2;SAR=11;SRF=91;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429874;STB=0.854014;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0304548;OID=.;OPOS=32889057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:179:182:165:169:13:13:0.0714286:11:2:91:74:11:2:92:77 chr16 33020706 . A T 153.67 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0123186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.516;QD=21.9524;RBI=0.0128184;REFB=-0.0167428;REVB=-0.00354441;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341381;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00414785;OID=.;OPOS=33020706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:4:8:10:6:4:8 chr16 33629700 . G A 644.82 PASS AF=0.416185;AO=70;DP=164;FAO=72;FDP=173;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00112428;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.789;QD=14.909;RBI=0.00113792;REFB=-0.0111699;REVB=-0.000175642;RO=94;SAF=30;SAR=40;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629459;STB=0.51813;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0167697;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:173:94:101:70:72:0.416185:40:30:46:48:40:32:48:53 chr16 33629846 . T A 422.04 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00904156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.518;QD=20.8414;RBI=0.0323918;REFB=-0.0231643;REVB=0.0311043;RO=39;SAF=29;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121577;STB=0.567481;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0245493;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:13:29:22:17:13:29:22:17 chr16 33629950 . G T 573.72 PASS AF=0.5;AO=58;DP=117;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=5;FWDB=0.00201068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.937;QD=19.448;RBI=0.00620249;REFB=-0.00309858;REVB=0.00586754;RO=59;SAF=26;SAR=32;SRF=54;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416985;STB=0.727609;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00424893;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:59:59:58:59:0.5:32:26:54:5:33:26:54:5 chr16 33629973 . G A 591.46 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=10;FWDB=-0.0246768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.29;QD=18.7764;RBI=0.0276892;REFB=-0.0186754;REVB=0.0125598;RO=65;SAF=23;SAR=38;SRF=55;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417342;STB=0.728547;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00851265;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:38:23:55:10:38:23:55:10 chr16 33630022 . A T 532.22 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=152;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0014319;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.886;QD=14.0987;RBI=0.020084;REFB=-0.00508203;REVB=-0.0200328;RO=87;SAF=26;SAR=35;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131303;STB=0.570505;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00757101;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:87:90:61:61:0.403974:35:26:48:39:35:26:49:41 chr16 33961238 . C A 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0310941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.899;QD=2.42214;RBI=0.0314181;REFB=-0.00619653;REVB=0.00450015;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097701;STB=0.575085;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0317836;OID=.;OPOS=33961238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:19:27:4:2:19:27 chr16 33961249 . CC CG,TG 60.45 PASS AF=0.0784314,0.117647;AO=4,6;DP=51;FAO=4,6;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=1,1;FSAR=3,5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0765662,-0.0110075;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=48.4732,173.477;QD=4.74109;RBI=0.0775009,0.0110098;REFB=-0.0100324,-0.00674995;REVB=-0.0120001,0.000226258;RO=41;SAF=1,1;SAR=3,5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.189686,-0.331289;STB=0.665781,0.755348;STBP=0.571,0.252;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0105536,0.0331513;OID=.,.;OPOS=33961250,33961249;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:51:51:41:41:4,6:4,6:0.0784314,0.117647:3,5:1,1:17:24:3,5:1,1:17:24 chr16 33961317 . G A 63.97 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0456542;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7813;QD=8.52898;RBI=0.0564241;REFB=0.0144316;REVB=0.0331569;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182291;STB=0.511253;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0187903;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:30:21:21:9:9:0.3:5:4:9:12:5:4:9:12 chr16 33961327 . G T 73.38 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0234541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.332;QD=9.78386;RBI=0.0291288;REFB=-0.00157471;REVB=-0.017274;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110149;STB=0.566536;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00384335;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:8:12:5:5:8:12 chr16 33961370 . A C 58.25 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0361763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.279;QD=14.5628;RBI=0.0362004;REFB=-0.0168331;REVB=0.00132017;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0189018;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:7:8:7:8:0.5:2:5:3:4:2:6:3:5 chr16 33961386 . G A 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00608326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7495;QD=11.0163;RBI=0.0281513;REFB=-0.0195681;REVB=-0.0274862;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.044483;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:4:4:1:5:4:4 chr16 33961880 . CA CG,TG 40.15 PASS AF=0.3,0.3;AO=3,3;DP=10;FAO=3,3;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1,1;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0711151,-0.0088662;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=105.744,107.183;QD=16.0619;RBI=0.0897826,0.031909;REFB=-0.0426012,-0.0553919;REVB=-0.0548047,-0.0306525;RO=4;SAF=1,1;SAR=2,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0848588,0.0848588;STB=0.555201,0.555201;STBP=0.867,0.867;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0316888,0.0291764;OID=.,.;OPOS=33961881,33961880;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:10:10:4:4:3,3:3,3:0.3,0.3:2,2:1,1:1:3:2,2:1,1:1:3 chr16 33962412 . A C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00758831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.776;QD=26.0262;RBI=0.0309234;REFB=-0.0255832;REVB=0.0299779;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0111123;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr16 33962416 . G A 45.45 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.425;QD=25.9741;RBI=0.0818371;REFB=-0.0677652;REVB=0.0745762;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00598649;OID=.;OPOS=33962416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:1:4:1:0:2:4:1:0 chr16 33962422 . C A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00149427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.845;QD=26.0265;RBI=0.0237367;REFB=-0.086919;REVB=0.0236896;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00427148;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr16 33962434 . CG C,CA 77.3 PASS AF=0.181818,0.636364;AO=2,7;DP=12;FAO=2,7;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1,4;FSAR=1,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00986746,0.0281291;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.877,87.9596;QD=28.1074;RBI=0.0650567,0.164333;REFB=-0.0283572,-0.0169703;REVB=-0.064304,0.161907;RO=3;SAF=1,4;SAR=1,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473628,-0.2378;STB=0.748096,0.599732;STBP=0.689,0.399;TYPE=del,snp;VARB=0.0258531,0.0275586;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.636364:2,7:12:2,7:11:2:1,4:1,3:2:0:12:3:1,4:1,3:3:0 chr16 33962542 . T A 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0124787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6673;QD=3.02347;RBI=0.0332885;REFB=0.00377456;REVB=0.0308611;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128354;STB=0.591872;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0247624;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:3:5:26:24:3:5:26:24 chr16 33962561 . GG CA 594.76 PASS AF=0.836364;AO=47;DP=56;FAO=46;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00914946;FXX=0.0833194;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.362;QD=43.2553;RBI=0.0105876;REFB=-0.059754;REVB=0.00532764;RO=5;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486816;STB=0.506576;STBP=0.834;TYPE=mnp;VARB=0.00597767;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:56:55:5:7:47:46:0.836364:25:22:1:4:24:22:3:4 chr16 33962570 . G A 463.75 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0240762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.205;QD=30.4099;RBI=0.0241717;REFB=0.00990581;REVB=-0.00214691;RO=18;SAF=19;SAR=23;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572786;STB=0.539465;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00341869;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:18:19:42:42:0.688525:23:19:10:8:23:19:11:8 chr16 33962582 . C T 30.66 PASS AF=0.107692;AO=5;DP=63;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0189418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8598;QD=1.88661;RBI=0.0193592;REFB=-0.00747552;REVB=-0.00399854;RO=57;SAF=3;SAR=2;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152537;STB=0.732109;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0258429;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:63:65:57:58:5:7:0.107692:2:3:26:31:2:5:26:32 chr16 33962619 . G A 387.55 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00902285;FXX=0.145803;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.709;QD=37.8097;RBI=0.0103717;REFB=-0.0234324;REVB=-0.00511463;RO=11;SAF=15;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224083;STB=0.512187;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00623067;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:47:41:11:11:30:30:0.731707:15:15:6:5:15:15:6:5 chr16 33962621 . C T 33.28 PASS AF=0.12766;AO=7;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0770383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6665;QD=2.8327;RBI=0.0813224;REFB=-0.00186817;REVB=-0.0260468;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45429;STB=0.80046;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0123879;OID=.;OPOS=33962621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:47:40:41:7:6:0.12766:6:1:20:20:5:1:20:21 chr16 33962641 . G T 203.22 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0368444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6858;QD=21.9701;RBI=0.0504938;REFB=0.00513672;REVB=-0.034527;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165394;STB=0.581318;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00970043;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:19:20:0.540541:11:8:4:13:12:8:4:13 chr16 33962669 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.011296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.902;QD=6.01587;RBI=0.023771;REFB=-0.00242472;REVB=0.0209156;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188175;STB=0.512161;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0109395;OID=.;OPOS=33962669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:6:16:5:2:6:16 chr16 33962682 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.150548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.023;QD=25.3614;RBI=0.150671;REFB=-0.00804229;REVB=0.00607518;RO=8;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133274;STB=0.507453;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00315892;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:11:4:2:6:11:4:2:6 chr16 33962697 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0804222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9571;QD=13.6314;RBI=0.0820903;REFB=0.0146528;REVB=0.0164646;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0102826;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:3:6:6:2:3:6 chr16 33962709 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0355011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.577;QD=11.9536;RBI=0.0378066;REFB=-0.00364158;REVB=0.0130006;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344702;STB=0.71364;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0030081;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:4:7:7:1:4:7 chr16 33962867 . C T 72.58 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0230425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.336;QD=8.798;RBI=0.03169;REFB=-0.0168695;REVB=0.0217554;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0252367;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:12:11:5:5:12:11 chr16 33962891 . A T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0335442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.58;QD=21.3761;RBI=0.0378677;REFB=-0.0247083;REVB=0.0175714;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056904;STB=0.531972;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0288576;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:10:12:14:9:10:12 chr16 33962907 . AGGA CAAG,TGGG 229.27 PASS AF=0.148936,0.319149;AO=7,15;DP=48;FAO=7,15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3,5;FSAR=4,10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0117573,-0.00443183;FXX=0.020829;HRUN=2,2;LEN=4,4;MLLD=135.145,170.66;QD=19.5125;RBI=0.0164113,0.00571701;REFB=-0.0134577,-0.0150126;REVB=0.0114498,0.00361152;RO=22;SAF=3,5;SAR=4,10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0233486,-0.083897;STB=0.529329,0.538409;STBP=0.894,0.72;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.010214,0.0193919;OID=.,.;OPOS=33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA;OALT=CAAG,TGGG;OMAPALT=CAAG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:47:22:23:7,15:7,15:0.148936,0.319149:4,10:3,5:9:13:4,10:3,5:9:14 chr16 33962923 . G A 108.92 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=7.05773e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.318;QD=7.5114;RBI=0.0117992;REFB=0.00396826;REVB=-0.011799;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142369;STB=0.620548;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00635632;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:40:42:15:16:0.275862:8:7:14:26:8:8:14:28 chr16 33962930 . G T 128.83 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0054123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.047;QD=8.44781;RBI=0.0090412;REFB=-0.0027181;REVB=-0.00724225;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11627;STB=0.569214;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.012973;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:10:8:15:28:10:8:15:28 chr16 33962996 . TG CG,CT 570.32 PASS AF=0.56,0.16;AO=41,15;DP=76;FAO=42,12;FDP=75;FR=.;FRO=21;FSAF=14,7;FSAR=28,5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00927951,0.00740582;FXX=0.0384566;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=243.421,146.487;QD=30.4171;RBI=0.0127246,0.0285946;REFB=-0.0243878,-0.00707533;REVB=0.00870671,0.027619;RO=20;SAF=13,7;SAR=28,8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.01195,0.168441;STB=0.518064,0.682645;STBP=0.719,0.134;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00393487,0.0544648;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:20:21:41,15:42,12:0.56,0.16:28,8:13,7:6:14:28,5:14,7:6:15 chr16 33963000 . T C 423.01 PASS AF=0.569444;AO=37;DP=69;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0170912;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.649;QD=23.5006;RBI=0.0332548;REFB=-0.0139677;REVB=0.0285267;RO=31;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319769;STB=0.521535;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0137731;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:31:31:37:41:0.569444:24:13:12:19:27:14:12:19 chr16 33963003 . A G 347.01 PASS AF=0.54;AO=22;DP=73;FAO=27;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00836503;FXX=0.315025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.642;QD=27.7611;RBI=0.0420035;REFB=-0.0326477;REVB=0.0411621;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177949;STB=0.568479;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0238938;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:50:23:18:22:27:0.54:11:11:7:16:15:12:5:13 chr16 33963015 . T C 1254.87 PASS AF=0.689189;AO=102;DP=148;FAO=102;FDP=148;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=75;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00729423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.507;QD=33.9154;RBI=0.0319548;REFB=-0.0202081;REVB=0.0311111;RO=46;SAF=27;SAR=75;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118469;STB=0.563806;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.012988;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:46:46:102:102:0.689189:75:27:20:26:75:27:20:26 chr16 33963020 . C A 1995.95 PASS AF=0.824176;AO=127;DP=185;FAO=150;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=45;FSAR=105;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0259345;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.25;QD=43.8671;RBI=0.0299231;REFB=-0.0226657;REVB=0.0149262;RO=32;SAF=33;SAR=94;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693556;STB=0.521848;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00886375;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:182:32:32:127:150:0.824176:94:33:13:19:105:45:13:19 chr16 33963024 . A C 44.46 PASS AF=0.0703125;AO=18;DP=260;FAO=18;FDP=256;FR=.;FRO=238;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=164;FWDB=0.0213524;FXX=0.015384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9446;QD=0.694662;RBI=0.0315901;REFB=-0.00270586;REVB=0.0232811;RO=239;SAF=9;SAR=9;SRF=74;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220271;STB=0.67561;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0367205;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:260:256:239:238:18:18:0.0703125:9:9:74:165:9:9:74:164 chr16 33963046 . T C 5659.24 PASS AF=0.929019;AO=376;DP=480;FAO=445;FDP=479;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=185;FSAR=260;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0205885;FXX=0.00622394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5057;QD=47.2588;RBI=0.0794821;REFB=-0.0149528;REVB=0.0767693;RO=36;SAF=179;SAR=197;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191596;STB=0.50244;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00437929;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:480:479:36:34:376:445:0.929019:197:179:13:23:260:185:13:21 chr16 33963086 . A G 8382.79 PASS AF=0.956747;AO=555;DP=578;FAO=553;FDP=578;FR=.;FRO=25;FSAF=233;FSAR=320;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0518634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1064;QD=58.0124;RBI=0.0528669;REFB=-0.0238299;REVB=0.0102516;RO=21;SAF=234;SAR=321;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029005;STB=0.500827;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00493554;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:578:578:21:25:555:553:0.956747:321:234:8:13:320:233:11:14 chr16 33963106 . T C 8533.18 PASS AF=0.975352;AO=551;DP=567;FAO=554;FDP=568;FR=.;FRO=14;FSAF=234;FSAR=320;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0192447;FXX=0.00175744;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.701;QD=60.0928;RBI=0.0245494;REFB=-0.106434;REVB=0.0152419;RO=9;SAF=233;SAR=318;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000678016;STB=0.500156;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.000835739;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:567:568:9:14:551:554:0.975352:318:233:4:5:320:234:6:8 chr16 33963108 . A G 8318.71 PASS AF=0.968085;AO=541;DP=558;FAO=546;FDP=564;FR=.;FRO=18;FSAF=235;FSAR=311;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00994706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.648;QD=58.9979;RBI=0.0110043;REFB=-0.0380761;REVB=0.00470645;RO=16;SAF=230;SAR=311;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632096;STB=0.503162;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.002435;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:558:564:16:18:541:546:0.968085:311:230:5:11:311:235:6:12 chr16 33963175 . C G 6569.65 PASS AF=0.964045;AO=427;DP=446;FAO=429;FDP=445;FR=.;FRO=16;FSAF=200;FSAR=229;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0171767;FXX=0.0022421;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.536;QD=59.0531;RBI=0.0218665;REFB=-0.0238403;REVB=-0.0135316;RO=16;SAF=198;SAR=229;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614288;STB=0.503295;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00161771;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:446:445:16:16:427:429:0.964045:229:198:6:10:229:200:6:10 chr16 33963202 . A G 4292.39 PASS AF=0.985765;AO=275;DP=279;FAO=277;FDP=281;FR=.;FRO=4;FSAF=135;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0102963;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.891;QD=61.1016;RBI=0.0225635;REFB=-0.0214887;REVB=0.0200772;RO=4;SAF=134;SAR=141;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.506944;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000487389;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:279:281:4:4:275:277:0.985765:141:134:0:4:142:135:0:4 chr16 33963210 . AT GC 3275.53 PASS AF=0.981651;AO=214;DP=220;FAO=214;FDP=218;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00463742;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.672;QD=60.1015;RBI=0.0155176;REFB=-0.0666633;REVB=-0.0148084;RO=4;SAF=104;SAR=110;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170053;STB=0.508928;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.000557242;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:220:218:4:4:214:214:0.981651:110:104:0:4:110:104:0:4 chr16 33963224 . T C 2536.86 PASS AF=0.971098;AO=167;DP=171;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00369361;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4094;QD=58.6557;RBI=0.0175451;REFB=-0.030269;REVB=-0.0171519;RO=3;SAF=85;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170896;STB=0.508841;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000282236;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:171:173:3:5:167:168:0.971098:82:85:0:3:83:85:1:4 chr16 33963248 . T C 1568.98 PASS AF=0.917355;AO=111;DP=121;FAO=111;FDP=121;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00767601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.393;QD=51.8672;RBI=0.0285037;REFB=-0.0321807;REVB=0.0274507;RO=10;SAF=60;SAR=51;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220815;STB=0.511668;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00311768;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:121:121:10:10:111:111:0.917355:51:60:4:6:51:60:4:6 chr16 33963279 . T C 1564.42 PASS AF=0.870229;AO=116;DP=130;FAO=114;FDP=131;FR=.;FRO=17;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.020759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0772;QD=47.7684;RBI=0.041128;REFB=0.00810166;REVB=0.0355046;RO=12;SAF=59;SAR=57;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152936;STB=0.514881;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00327478;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:130:131:12:17:116:114:0.870229:57:59:6:6:54:60:7:10 chr16 33963283 . C CGG,G 1621.85 PASS AF=0.925,0.0166667;AO=92,5;DP=140;FAO=111,2;FDP=120;FR=.;FRO=7;FSAF=56,2;FSAR=55,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0322515,-0.0111444;FXX=0.069762;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=36.5848,193.395;QD=54.0616;RBI=0.0533454,0.0115281;REFB=-0.0402147,-0.013369;REVB=0.0424919,-0.00294976;RO=32;SAF=44,3;SAR=48,2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0856907,-0.0699575;STB=0.512975,0.995565;STBP=0.296,0.09;TYPE=ins,snp;VARB=0.00310827,0.0046748;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:140:120:32:7:92,5:111,2:0.925,0.0166667:48,2:44,3:21:11:55,0:56,2:2:5 chr16 33963289 . A G 1668.98 PASS AF=0.887218;AO=115;DP=132;FAO=118;FDP=133;FR=.;FRO=15;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00566149;FXX=0.0220572;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.804;QD=50.1948;RBI=0.0145032;REFB=0.00481209;REVB=0.0133525;RO=15;SAF=59;SAR=56;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536775;STB=0.529167;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000133264;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:133:15:15:115:118:0.887218:56:59:4:11:56:62:4:11 chr16 33963329 . T C 1883.1 PASS AF=0.884615;AO=136;DP=154;FAO=138;FDP=156;FR=.;FRO=18;FSAF=84;FSAR=54;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00517857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9432;QD=48.2847;RBI=0.018469;REFB=0.00253052;REVB=-0.0177281;RO=18;SAF=84;SAR=52;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152893;STB=0.500293;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00057974;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:154:156:18:18:136:138:0.884615:52:84:11:7:54:84:11:7 chr16 33963332 . A G 2053.58 PASS AF=0.9125;AO=146;DP=161;FAO=146;FDP=160;FR=.;FRO=14;FSAF=91;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0264145;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2031;QD=51.3394;RBI=0.0264866;REFB=0.0274998;REVB=0.00195245;RO=14;SAF=91;SAR=55;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216375;STB=0.51142;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000946374;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:161:160:14:14:146:146:0.9125:55:91:7:7:55:91:7:7 chr16 33963395 . AT TC 1309.23 PASS AF=0.827869;AO=81;DP=126;FAO=101;FDP=122;FR=.;FRO=21;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0276448;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.957;QD=42.9254;RBI=0.0514397;REFB=-0.0439974;REVB=0.0433799;RO=21;SAF=47;SAR=34;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778387;STB=0.526482;STBP=0.201;TYPE=mnp;VARB=0.00806234;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:122:21:21:81:101:0.827869:34:47:8:13:47:54:8:13 chr16 33963424 . A G 903.59 PASS AF=0.737864;AO=72;DP=101;FAO=76;FDP=103;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00842359;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.127;QD=35.091;RBI=0.015384;REFB=-0.0266081;REVB=-0.0128728;RO=27;SAF=31;SAR=41;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507759;STB=0.533721;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00347894;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:27:27:72:76:0.737864:41:31:9:18:41:35:9:18 chr16 33963427 . T C 695.81 PASS AF=0.69;AO=55;DP=90;FAO=69;FDP=100;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00536104;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.756;QD=27.8323;RBI=0.0249783;REFB=-0.0449552;REVB=0.0243962;RO=24;SAF=25;SAR=30;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215378;STB=0.52975;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0105649;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:100:24:31:55:69:0.69:30:25:10:14:38:31:11:20 chr16 33963437 . T C 1217.23 PASS AF=0.757812;AO=97;DP=128;FAO=97;FDP=128;FR=.;FRO=31;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0180511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0014;QD=38.0384;RBI=0.0215508;REFB=0.000472107;REVB=-0.0117727;RO=29;SAF=37;SAR=60;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000974888;STB=0.506848;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000844559;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:29:31:97:97:0.757812:60:37:11:18:60:37:11:20 chr16 33963445 . A G 1593.08 PASS AF=0.819444;AO=116;DP=142;FAO=118;FDP=144;FR=.;FRO=26;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00098725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2769;QD=44.2521;RBI=0.025431;REFB=0.0117736;REVB=-0.0254118;RO=26;SAF=42;SAR=74;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594701;STB=0.501927;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00204161;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:26:26:116:118:0.819444:74:42:9:17:76:42:9:17 chr16 33963468 . A G 41.89 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=154;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=88;FWDB=-0.0456875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3172;QD=1.06715;RBI=0.0457473;REFB=-0.00658887;REVB=-0.0023377;RO=141;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102027;STB=0.581766;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0297848;OID=.;OPOS=33963468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:154:157:141:144:13:13:0.0828025:9:4:55:86:9:4:56:88 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1178.55 PASS AF=0.604651,0.155039;AO=75,19;DP=131;FAO=78,20;FDP=129;FR=.;FRO=31;FSAF=18,9;FSAR=60,11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00250981,-0.00359011;FXX=0.0227256;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=206.224,104.225;QD=36.5443;RBI=0.0253492,0.0321198;REFB=0.00338504,0.00404618;REVB=0.0252247,0.0319186;RO=28;SAF=18,9;SAR=57,10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0998776,0.0842517;STB=0.558643,0.538884;STBP=0.092,0.669;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000258146,-0.0104535;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:28:31:75,19:78,20:0.604651,0.155039:57,10:18,9:11:17:60,11:18,9:12:19 chr16 33963490 . T C 819.14 PASS AF=0.59375;AO=75;DP=128;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0321397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0909;QD=25.598;RBI=0.0576654;REFB=0.00349697;REVB=0.0478783;RO=51;SAF=18;SAR=57;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142047;STB=0.567942;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00256187;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:51:52:75:76:0.59375:57:18:20:31:57:19:20:32 chr16 33963528 . T C 809.36 PASS AF=0.738636;AO=63;DP=87;FAO=65;FDP=88;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00842577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.365;QD=36.7888;RBI=0.011246;REFB=-0.00340555;REVB=0.00744844;RO=23;SAF=20;SAR=43;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111883;STB=0.556944;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00136181;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:23:23:63:65:0.738636:43:20:12:11:44:21:12:11 chr16 33963560 . C A 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0142061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.167;QD=2.49577;RBI=0.0216034;REFB=-0.000856251;REVB=-0.0162756;RO=67;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907757;STB=0.506481;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00684694;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:5:5:34:33:5:5:34:33 chr16 33963563 . G C 534.08 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00376035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.518;QD=28.8692;RBI=0.0101564;REFB=-0.00226295;REVB=0.00943462;RO=26;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125913;STB=0.568357;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000734271;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:26:22:17:9:26:22:17:9 chr16 33963571 . T C 496.58 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00622402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.729;QD=29.2107;RBI=0.0091311;REFB=-0.00853029;REVB=0.00668121;RO=23;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10502;STB=0.556894;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00636779;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:19:26:17:6:19:26:17:6 chr16 33963588 . G A 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=0.00231155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.705;QD=4.22251;RBI=0.00616054;REFB=-0.00439413;REVB=0.00571043;RO=43;SAF=6;SAR=3;SRF=37;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32599;STB=0.70934;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0188096;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:43:44:9:9:0.169811:3:6:37:6:3:6:38:6 chr16 33963591 . T C 116.65 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00397348;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.293;QD=10.8508;RBI=0.0147604;REFB=-0.00126222;REVB=-0.0142155;RO=29;SAF=12;SAR=2;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128852;STB=0.57819;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00260777;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:29:14:14:0.325581:2:12:23:6:2:12:23:6 chr16 33963595 . A G 185.79 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0239874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.892;QD=19.0557;RBI=0.0250639;REFB=-0.00626785;REVB=-0.00726672;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185549;STB=0.607013;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0041562;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:2:17:16:4:2:17:16:4 chr16 33963597 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0255274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6005;QD=19.0586;RBI=0.0278181;REFB=0.05147;REVB=-0.0110543;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185549;STB=0.607013;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0159198;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:2:17:16:4:2:17:16:4 chr16 33963599 . T C 53.27 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0220029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8851;QD=5.46323;RBI=0.0626559;REFB=-0.0102909;REVB=0.0586654;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890924;STB=0.59236;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0308267;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:39:39:31:30:8:9:0.230769:1:7:26:5:1:8:25:5 chr16 33963605 . T C 276.71 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.029008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4973;QD=25.1553;RBI=0.0357917;REFB=-0.0156938;REVB=-0.0209662;RO=19;SAF=21;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688523;STB=0.538429;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0119947;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:4:21:15:4:4:21:15:4 chr16 33963624 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00341963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.515;QD=12.2756;RBI=0.0293438;REFB=0.000690643;REVB=0.0291439;RO=29;SAF=14;SAR=3;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109151;STB=0.544692;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000677389;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:32:17:17:0.346939:3:14:22:7:3:14:25:7 chr16 33963636 . AA GG 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0113663;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.195;QD=9.21742;RBI=0.0255462;REFB=-0.00481996;REVB=-0.0228782;RO=37;SAF=13;SAR=3;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248292;STB=0.651825;STBP=0.184;TYPE=mnp;VARB=0.00868762;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:3:13:24:13:3:13:24:13 chr16 33963643 . CAA C,TAA 74.19 PASS AF=0.155556,0.0888889;AO=7,4;DP=48;FAO=7,4;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4,1;FSAR=3,3;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.00499667,-0.00687143;FXX=0.062487;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=40.397,253.831;QD=6.59481;RBI=0.0379509,0.013988;REFB=-0.00402515,0.000156944;REVB=-0.0376205,-0.012184;RO=32;SAF=4,1;SAR=3,3;SRF=27;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.387083,-0.622162;STB=0.698795,0.892384;STBP=0.328,0.347;TYPE=del,snp;VARB=0.0213979,0.00475851;OID=.,.;OPOS=33963644,33963643;OREF=AA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:48:45:32:34:7,4:7,4:0.155556,0.0888889:3,3:4,1:27:5:3,3:4,1:27:7 chr16 33963678 . C T 538.82 PASS AF=0.8;AO=37;DP=48;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000686661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.757;QD=43.1054;RBI=0.0144541;REFB=0.00234708;REVB=-0.0144378;RO=9;SAF=14;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253095;STB=0.526302;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000498911;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:48:50:9:10:37:40:0.8:23:14:4:5:25:15:5:5 chr16 33963708 . GT AC 40.55 PASS AF=0.14;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0126627;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.866;QD=3.24432;RBI=0.0138394;REFB=-0.000718743;REVB=-0.00558438;RO=43;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369728;STB=0.760172;STBP=0.166;TYPE=mnp;VARB=0.00832836;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:52:50:43:43:7:7:0.14:2:5:17:26:2:5:17:26 chr16 33963722 . C G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00509238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.759;QD=12.0147;RBI=0.039066;REFB=0.000547033;REVB=-0.0387326;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258019;STB=0.64985;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00242242;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:20:14:13:7:20:14 chr16 33963732 . A C 135.95 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0293858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.304;QD=10.6626;RBI=0.0295481;REFB=-0.00341328;REVB=-0.00309276;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323073;STB=0.693082;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00784358;OID=.;OPOS=33963732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:15:15:0.294118:10:5:21:13:10:5:21:13 chr16 33963737 . GC AT 295.18 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0070288;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.354;QD=23.151;RBI=0.0138943;REFB=0.00513571;REVB=0.0119853;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379481;STB=0.70564;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=-0.00887119;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:17:17:0.333333:12:5:14:6:12:5:14:7 chr16 33963758 . T C 48.33 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00376228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.85;QD=3.7903;RBI=0.00422928;REFB=-0.00502937;REVB=0.00193186;RO=43;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324689;STB=0.72669;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0201846;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:2:6:21:22:2:6:21:22 chr16 33963769 . C A 401.35 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000224575;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.367;QD=36.4865;RBI=0.0116714;REFB=0.0030842;REVB=0.0116692;RO=12;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101465;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:44:44:12:12:32:32:0.727273:16:16:6:6:16:16:6:6 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 361.51 PASS AF=0.225,0.6;AO=6,22;DP=50;FAO=9,24;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=3,7;FSAR=6,17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0461206,0.0760047;FXX=0.245237;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.6653,27.5438;QD=36.1505;RBI=0.0462752,0.0762741;REFB=-0.0602746,-0.0234082;REVB=0.00377911,0.00640516;RO=8;SAF=1,7;SAR=5,15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46433,-0.160305;STB=0.608447,0.571803;STBP=0.39,0.183;TYPE=del,snp;VARB=-0.00549348,-0.00297814;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.225,0.6:6,22:50:9,24:40:7:3,7:6,17:4:3:54:8:1,7:5,15:5:3 chr16 33963783 . G C,T 787.89 PASS AF=0.362319,0.536232;AO=25,37;DP=69;FAO=25,37;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=4,19;FSAR=21,18;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00318883,0.007402;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=114.343,146.325;QD=45.6746;RBI=0.00357662,0.0132199;REFB=-0.0285623,-0.0299598;REVB=0.00161974,-0.0109533;RO=7;SAF=4,19;SAR=21,18;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.312967,-0.0595679;STB=0.672439,0.532002;STBP=0.01,0.35;TYPE=snp,snp;VARB=0.00918958,0.000252172;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:69:69:7:7:25,37:25,37:0.362319,0.536232:21,18:4,19:5:2:21,18:4,19:5:2 chr16 33963788 . A C 90.67 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=-0.0141166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.463;QD=3.94238;RBI=0.0197811;REFB=-0.00461905;REVB=-0.0138569;RO=76;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254987;STB=0.662861;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0202967;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:76:76:16:16:0.173913:8:8:23:53:8:8:23:53 chr16 33963809 . G C 1080.66 PASS AF=0.776786;AO=87;DP=113;FAO=87;FDP=112;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=67;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00185351;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.036;QD=38.5948;RBI=0.0863103;REFB=-0.0486382;REVB=0.0862904;RO=25;SAF=20;SAR=67;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155195;STB=0.583203;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0109463;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:25:25:87:87:0.776786:67:20:13:12:67:20:13:12 chr16 33963816 . TG GA 989.47 PASS AF=0.614286;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=65;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00116042;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.841;QD=28.2706;RBI=0.00369726;REFB=-0.0279073;REVB=0.00351044;RO=54;SAF=21;SAR=65;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215807;STB=0.617548;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0193811;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:54:54:86:86:0.614286:65:21:27:27:65:21:27:27 chr16 33963822 . A G 1515.55 PASS AF=0.706215;AO=124;DP=177;FAO=125;FDP=177;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=91;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00614355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.416;QD=34.2497;RBI=0.038598;REFB=-0.0211722;REVB=-0.0381059;RO=52;SAF=34;SAR=90;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167646;STB=0.590646;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0068671;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:52:52:124:125:0.706215:90:34:28:24:91:34:28:24 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 2805.14 PASS AF=0.730769,0.0454545;AO=200,13;DP=291;FAO=209,13;FDP=286;FR=.;FRO=64;FSAF=58,13;FSAR=151,0;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.000758677,-0.00313961;FXX=0.0137926;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=189.994,99.293;QD=39.2328;RBI=0.00245445,0.0375516;REFB=-0.0259369,-0.00835689;REVB=-0.00233425,-0.0374202;RO=66;SAF=53,13;SAR=147,0;SRF=34;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13881,0.712954;STB=0.569571,0.999062;STBP=0,0.001;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00872704,-0.0300638;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:286:66:64:200,13:209,13:0.730769,0.0454545:147,0:53,13:34:32:151,0:58,13:34:30 chr16 33963855 . T C 5404.39 PASS AF=0.849138;AO=394;DP=465;FAO=394;FDP=464;FR=.;FRO=70;FSAF=126;FSAR=268;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0210644;FXX=0.00215049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4671;QD=46.5896;RBI=0.0481393;REFB=0.00801815;REVB=0.0432861;RO=67;SAF=126;SAR=268;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670274;STB=0.532919;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00116771;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:464:67:70:394:394:0.849138:268:126:36:31:268:126:36:34 chr16 33963875 . A G 9445.85 PASS AF=0.976038;AO=603;DP=618;FAO=611;FDP=626;FR=.;FRO=15;FSAF=235;FSAR=376;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0229961;FXX=0.00634911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2997;QD=60.3568;RBI=0.0824646;REFB=0.0325943;REVB=-0.0791934;RO=15;SAF=230;SAR=373;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000911429;STB=0.500389;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.000594571;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:618:626:15:15:603:611:0.976038:373:230:6:9:376:235:6:9 chr16 33963881 . C G 8775.8 PASS AF=0.899557;AO=608;DP=676;FAO=609;FDP=677;FR=.;FRO=68;FSAF=228;FSAR=381;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00134733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6324;QD=51.8511;RBI=0.0580595;REFB=0.00893275;REVB=-0.0580438;RO=67;SAF=228;SAR=380;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353362;STB=0.519579;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000716641;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:676:677:67:68:608:609:0.899557:380:228:37:30:381:228:38:30 chr16 33963912 . T C 11394.0 PASS AF=0.946584;AO=760;DP=805;FAO=762;FDP=805;FR=.;FRO=43;FSAF=310;FSAR=452;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0183885;FXX=0.00247828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5742;QD=56.6164;RBI=0.0228739;REFB=-0.033999;REVB=0.0136044;RO=40;SAF=309;SAR=451;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165809;STB=0.507068;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00131398;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:805:805:40:43:760:762:0.946584:451:309:23:17:452:310:23:20 chr16 33963961 . C G 12403.3 PASS AF=0.932373;AO=839;DP=904;FAO=841;FDP=902;FR=.;FRO=61;FSAF=324;FSAR=517;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0488229;FXX=0.00221236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.157;QD=55.0034;RBI=0.0489675;REFB=-0.0537506;REVB=-0.00376049;RO=55;SAF=322;SAR=517;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132319;STB=0.506417;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00251891;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:904:902:55:61:839:841:0.932373:517:322:27:28:517:324:29:32 chr16 33963975 . A G 11449.3 PASS AF=0.917056;AO=784;DP=856;FAO=785;FDP=856;FR=.;FRO=71;FSAF=308;FSAR=477;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0113111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.071;QD=53.5016;RBI=0.0126003;REFB=-0.0133187;REVB=0.0055521;RO=70;SAF=307;SAR=477;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153573;STB=0.508717;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000822012;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:856:856:70:71:784:785:0.917056:477:307:34:36:477:308:35:36 chr16 33963991 . A G 11154.6 PASS AF=0.93875;AO=747;DP=801;FAO=751;FDP=800;FR=.;FRO=49;FSAF=316;FSAR=435;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0387007;FXX=0.00497506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.323;QD=55.7732;RBI=0.0387614;REFB=-0.00634408;REVB=0.00216893;RO=50;SAF=313;SAR=434;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000121648;STB=0.500792;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000375548;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:801:800:50:49:747:751:0.93875:434:313:21:29:435:316:20:29 chr16 33964017 . A G 9208.13 PASS AF=0.921397;AO=612;DP=672;FAO=633;FDP=687;FR=.;FRO=54;FSAF=269;FSAR=364;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.035796;FXX=0.00290272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1011;QD=53.6136;RBI=0.0359056;REFB=0.0042185;REVB=-0.00280364;RO=53;SAF=258;SAR=354;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192691;STB=0.501566;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000180905;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:672:687:53:54:612:633:0.921397:354:258:23:30:364:269:24:30 chr16 33964048 . G A 50.93 PASS AF=0.0579439;AO=31;DP=535;FAO=31;FDP=535;FR=.;FRO=504;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=207;FSRR=297;FWDB=0.00875731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9034;QD=0.38081;RBI=0.0189304;REFB=0.00153754;REVB=0.0167831;RO=503;SAF=17;SAR=14;SRF=207;SRR=296;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142906;STB=0.627607;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0190807;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:535:535:503:504:31:31:0.0579439:14:17:207:296:14:17:207:297 chr16 33964050 . G A 53.45 PASS AF=0.0596154;AO=31;DP=520;FAO=31;FDP=520;FR=.;FRO=489;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=195;FSRR=294;FWDB=-0.00209743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.215;QD=0.411135;RBI=0.0021354;REFB=5.38634e-07;REVB=0.000400868;RO=489;SAF=17;SAR=14;SRF=195;SRR=294;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158084;STB=0.638141;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00730586;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:520:520:489:489:31:31:0.0596154:14:17:195:294:14:17:195:294 chr16 33964062 . C T 53.36 PASS AF=0.0668449;AO=25;DP=374;FAO=25;FDP=374;FR=.;FRO=349;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=86;FSRR=263;FWDB=-0.0697579;FXX=0.0026666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.161;QD=0.570694;RBI=0.071919;REFB=-0.0125409;REVB=0.0174979;RO=347;SAF=7;SAR=18;SRF=86;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457337;STB=0.540205;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0630981;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:374:374:347:349:25:25:0.0668449:18:7:86:261:18:7:86:263 chr16 33964064 . TG CC,CG 3454.25 PASS AF=0.0401146,0.73639;AO=14,256;DP=350;FAO=14,257;FDP=349;FR=.;FRO=78;FSAF=3,46;FSAR=11,211;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0280172,0.0472637;FXX=0.00285706;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.6146,83.8059;QD=39.5902;RBI=0.0284004,0.0480654;REFB=-0.0415907,-0.0615111;REVB=-0.00464951,-0.0087422;RO=76;SAF=3,45;SAR=11,211;SRF=30;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.259859,-0.145702;STB=0.682196,0.57787;STBP=0.161,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0260753,0.00840081;OID=.,.;OPOS=33964064,33964064;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:350:349:76:78:14,256:14,257:0.0401146,0.73639:11,211:3,45:30:46:11,211:3,46:31:47 chr16 33964070 . AG GC 3021.18 PASS AF=0.753165;AO=237;DP=326;FAO=238;FDP=316;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=194;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00261499;FXX=0.0306739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.504;QD=38.2427;RBI=0.0163742;REFB=-0.0623282;REVB=0.016164;RO=75;SAF=44;SAR=193;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144057;STB=0.586855;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.01964;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:316:75:78:237:238:0.753165:193:44:30:45:194:44:33:45 chr16 33964082 . T C 2751.37 PASS AF=0.734694;AO=215;DP=297;FAO=216;FDP=294;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=169;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.00808337;FXX=0.0134224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.436;QD=37.4336;RBI=0.00838663;REFB=-0.0104933;REVB=0.00223487;RO=78;SAF=46;SAR=169;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109015;STB=0.556253;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00589481;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:294:78:78:215:216:0.734694:169:46:29:49:169:47:29:49 chr16 33964091 . T C 3838.78 PASS AF=0.922807;AO=228;DP=287;FAO=263;FDP=285;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=72;FSAR=191;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0839065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.83;QD=53.8776;RBI=0.083911;REFB=-0.0181141;REVB=0.000868039;RO=23;SAF=36;SAR=192;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593297;STB=0.508654;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0023443;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:287:285:23:22:228:263:0.922807:192:36:8:15:191:72:8:14 chr16 33964108 . G C 1811.15 PASS AF=0.637795;AO=159;DP=246;FAO=162;FDP=254;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=120;FSRF=34;FSRR=58;FWDB=0.00687627;FXX=0.00392141;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.272;QD=28.5221;RBI=0.0249291;REFB=-0.0189679;REVB=0.023962;RO=87;SAF=41;SAR=118;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625968;STB=0.549524;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00646462;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:254:87:92:159:162:0.637795:118:41:29:58:120:42:34:58 chr16 33964119 . A G 114.26 PASS AF=0.129353;AO=26;DP=201;FAO=26;FDP=201;FR=.;FRO=175;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=123;FWDB=-0.00315217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.856;QD=2.27385;RBI=0.00533791;REFB=-0.00159673;REVB=0.00430779;RO=170;SAF=12;SAR=14;SRF=50;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224195;STB=0.647143;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0156873;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:170:175:26:26:0.129353:14:12:50:120:14:12:52:123 chr16 33964134 . G C 778.58 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0391443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.932;QD=21.0426;RBI=0.0392291;REFB=0.000449841;REVB=0.00257781;RO=72;SAF=24;SAR=51;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171111;STB=0.598357;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00181177;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:72:73:75:75:0.506757:51:24:36:36:51:24:37:36 chr16 33964143 . T C 510.47 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0521662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6939;QD=15.4689;RBI=0.102025;REFB=-0.0121793;REVB=-0.0876801;RO=76;SAF=19;SAR=37;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224019;STB=0.625855;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0117364;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:37:19:42:34:37:19:42:34 chr16 33964153 . G T 153.25 PASS AF=0.20155;AO=26;DP=129;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00934879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.402;QD=4.75206;RBI=0.0149537;REFB=-0.00438528;REVB=-0.011671;RO=99;SAF=18;SAR=8;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346773;STB=0.70842;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0159563;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:103:26:26:0.20155:8:18:41:58:8:18:44:59 chr16 33964154 . C T 130.84 PASS AF=0.188976;AO=23;DP=127;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0129405;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.527;QD=4.12106;RBI=0.02297;REFB=-0.0079343;REVB=-0.0189779;RO=95;SAF=8;SAR=15;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21499;STB=0.613766;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0244615;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:103:23:24:0.188976:15:8:49:46:15:9:53:50 chr16 33964168 . G A 179.49 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.026946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.723;QD=7.25208;RBI=0.0274962;REFB=-0.00431106;REVB=0.00547319;RO=73;SAF=9;SAR=16;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354403;STB=0.706822;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00934786;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:73:74:25:25:0.252525:16:9:48:25:16:9:48:26 chr16 33964196 . T C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00290305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.896;QD=12.059;RBI=0.00814409;REFB=-0.00685725;REVB=-0.00760911;RO=41;SAF=18;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190607;STB=0.619766;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0120878;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:7:18:23:18:7:18:23:19 chr16 33964202 . C T 429.4 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00747554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.847;QD=28.1573;RBI=0.00773629;REFB=-0.010434;REVB=-0.00199162;RO=21;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613012;STB=0.533317;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00760545;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:15:25:15:6:15:25:15:6 chr16 33964204 . T G 100.23 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0309423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.062;QD=6.68215;RBI=0.0310431;REFB=-0.00635036;REVB=0.00250028;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224669;STB=0.636198;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0430124;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:7:8:32:13:7:8:32:13 chr16 33964233 . CC TA,TC 150.0 PASS AF=0.14,0.22;AO=7,11;DP=49;FAO=7,11;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5,9;FSAR=2,2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0103019,0.00239189;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=200.865,156.255;QD=12.0002;RBI=0.0220469,0.00330155;REFB=-0.0110573,-0.00906726;REVB=-0.019492,0.00227576;RO=31;SAF=5,9;SAR=2,2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0949143,0.263988;STB=0.583084,0.684403;STBP=0.677,0.194;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0208477,0.00808613;OID=.,.;OPOS=33964233,33964233;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:49:50:31:32:7,11:7,11:0.14,0.22:2,2:5,9:20:11:2,2:5,9:20:12 chr16 33964237 . CT CG,TG 225.94 PASS AF=0.377778,0.133333;AO=17,6;DP=45;FAO=17,6;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13,2;FSAR=4,4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0062979,0.00130414;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=167.158,186.668;QD=20.0836;RBI=0.0157721,0.00194991;REFB=-0.0180798,-0.0129992;REVB=-0.0144602,-0.0014496;RO=20;SAF=13,2;SAR=4,4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0190375,-0.458712;STB=0.560709,0.754797;STBP=0.513,0.219;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0210546,-0.00123239;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:22:17,6:17,6:0.377778,0.133333:4,4:13,2:15:5:4,4:13,2:15:7 chr16 33964242 . CA CG,GG 101.22 PASS AF=0.232558,0.0930233;AO=10,3;DP=41;FAO=10,4;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8,2;FSAR=2,2;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00024617,-0.00443788;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=136.714,197.301;QD=9.4159;RBI=0.00916032,0.00526621;REFB=-0.0193803,-0.0118409;REVB=0.00915701,-0.00283517;RO=27;SAF=8,2;SAR=2,1;SRF=19;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152902,-0.0454539;STB=0.610867,0.665928;STBP=0.485,0.58;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0124582,0.0622591;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:41:43:27:29:10,3:10,4:0.232558,0.0930233:2,1:8,2:19:8:2,2:8,2:20:9 chr16 33964249 . G A 146.08 PASS AF=0.4;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0101228;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5514;QD=14.6078;RBI=0.0113886;REFB=-0.0128246;REVB=0.00521827;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659381;STB=0.51437;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0126836;OID=.;OPOS=33964249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:22:24:16:16:0.4:5:11:15:7:5:11:16:8 chr16 33964276 . A G 84.21 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0101954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.099;QD=10.5268;RBI=0.0285064;REFB=-0.0218624;REVB=-0.0266209;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.544827;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0340549;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:10:11:0.34375:4:6:11:9:4:7:12:9 chr16 33964293 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00987246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9009;QD=5.00558;RBI=0.0239719;REFB=0.0013167;REVB=-0.0218446;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533155;STB=0.535596;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00161227;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:12:10:3:3:12:10 chr16 33965449 . G C 156.42 PASS AF=0.214876;AO=26;DP=124;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0221324;FXX=0.0241916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1876;QD=5.17093;RBI=0.0235352;REFB=-0.0146436;REVB=0.00800411;RO=97;SAF=9;SAR=17;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115418;STB=0.579096;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0555207;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:97:95:26:26:0.214876:17:9:42:55:17:9:42:53 chr16 33965456 . T C 422.85 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0160203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4482;QD=13.6402;RBI=0.0171886;REFB=-0.0177119;REVB=-0.00622878;RO=75;SAF=17;SAR=32;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105459;STB=0.559807;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0322457;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:75:49:49:0.395161:32:17:33:42:32:17:33:42 chr16 33965459 . C T 176.09 PASS AF=0.227642;AO=28;DP=122;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.0166002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9377;QD=5.72661;RBI=0.0213155;REFB=-0.00181641;REVB=-0.0133711;RO=94;SAF=9;SAR=19;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153041;STB=0.591096;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00628814;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:94:95:28:28:0.227642:19:9:41:53:19:9:41:54 chr16 33965460 . G A 78.92 PASS AF=0.137097;AO=17;DP=124;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0317517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7996;QD=2.5457;RBI=0.0333151;REFB=0.00431289;REVB=0.0100859;RO=106;SAF=4;SAR=13;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260175;STB=0.686868;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.015196;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:124:124:106:107:17:17:0.137097:13:4:45:61:13:4:46:61 chr16 33965489 . A T 40.52 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.0554614;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1235;QD=1.36215;RBI=0.101201;REFB=0.0070341;REVB=0.0846506;RO=108;SAF=2;SAR=9;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328824;STB=0.764784;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0598248;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:120:119:108:108:11:11:0.092437:9:2:48:60:9:2:48:60 chr16 33965493 . T C 44.83 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.021265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4625;QD=1.44599;RBI=0.0418456;REFB=-0.00171423;REVB=-0.0360396;RO=111;SAF=3;SAR=9;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229799;STB=0.683886;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00760836;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:111:112:12:12:0.0967742:9:3:48:63:9:3:49:63 chr16 33965505 . C T 95.38 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.000400067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.489;QD=3.1271;RBI=0.01093;REFB=-0.00474539;REVB=-0.0109227;RO=103;SAF=5;SAR=14;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225432;STB=0.652541;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0223996;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:122:122:103:103:19:19:0.155738:14:5:44:59:14:5:44:59 chr16 33965507 . G C 322.89 PASS AF=0.338843;AO=41;DP=121;FAO=41;FDP=121;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0170958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.996;QD=10.6739;RBI=0.0335148;REFB=-0.0164591;REVB=-0.0288266;RO=80;SAF=17;SAR=24;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173397;STB=0.509995;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.043306;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:80:80:41:41:0.338843:24:17:32:48:24:17:32:48 chr16 33965533 . A C 350.76 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0163681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1173;QD=15.4182;RBI=0.0205366;REFB=-0.0114237;REVB=-0.0124031;RO=53;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949758;STB=0.553605;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0116495;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:18:20:23:30:18:20:23:30 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 267.71 PASS AF=0.317073,0.0731707;AO=26,7;DP=83;FAO=26,6;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=12,3;FSAR=14,3;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00830165,0.0165456;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.661,109.03;QD=13.0592;RBI=0.0220966,0.0327187;REFB=-0.0220204,-0.021154;REVB=-0.0204779,-0.0282269;RO=34;SAF=13,3;SAR=13,4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117647,-0.225178;STB=0.50209,0.536915;STBP=0.975,0.844;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000695826,-0.00835641;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073,0.0731707:26,7:83:26,6:82:48:12,3:14,3:22:26:99:34:13,3:13,4:21:13 chr16 33965539 . G GC 43.83 PASS AF=0.183099;AO=16;DP=81;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0463414;FXX=0.123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.34;QD=2.46908;RBI=0.133878;REFB=-0.080992;REVB=-0.125602;RO=64;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26923;STB=0.792887;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0611662;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183099:16:81:13:71:58:10:3:23:35:43:64:10:6:26:38 chr16 33965542 . C T 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0191101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.788;QD=1.45426;RBI=0.0191196;REFB=0.000164687;REVB=-0.000603156;RO=75;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218142;STB=0.688941;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00155003;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:75:79:8:8:0.091954:6:2:32:43:6:2:35:44 chr16 33965554 . A G 292.65 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=79;FAO=24;FDP=76;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=-0.00150716;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.318;QD=15.4025;RBI=0.00987584;REFB=-0.00646771;REVB=-0.00976016;RO=34;SAF=0;SAR=17;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74346;STB=0.64235;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0324269;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:34:35:17:24:0.315789:17:0:3:31:17:7:4:31 chr16 33965560 . TT AC,AT 321.29 PASS AF=0.333333,0.146667;AO=25,11;DP=76;FAO=25,11;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=10,3;FSAR=15,8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0114161,-0.00800202;FXX=0.0131562;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=263.58,282.217;QD=17.1352;RBI=0.0120239,0.00989612;REFB=-0.0109202,-0.0113329;REVB=0.00377433,0.00582245;RO=38;SAF=10,3;SAR=15,8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00577642,-0.166733;STB=0.506488,0.620177;STBP=0.96,0.363;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0108636,0.0119084;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:39:25,11:25,11:0.333333,0.146667:15,8:10,3:15:23:15,8:10,3:16:23 chr16 46565019 . T G 905.82 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00557836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.26;QD=56.6135;RBI=0.0192606;REFB=-0.0117234;REVB=0.0184351;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=4.62166e-05;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:0:1:27:36:0:1 chr16 46590024 . T C 723.9 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.024391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3037;QD=54.6336;RBI=0.0589017;REFB=-0.022703;REVB=-0.0536143;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.51428;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00262305;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:35:17:1:0:35:17:1:0 chr16 46602819 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.137066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5203;QD=6.25114;RBI=0.138798;REFB=0.0147242;REVB=0.021861;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443236;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0215109;OID=.;OPOS=46602819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:9:8:5:1:9:8 chr16 46655210 . A G 673.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390402;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4531;QD=62.685;RBI=0.00650053;REFB=0;REVB=-0.00519765;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.427e-06;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:13:30:0:0 chr16 46696284 . G A 877.59 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251637;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.409;QD=58.5063;RBI=0.00456778;REFB=0;REVB=-0.00381215;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13091e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr16 46723079 . C T 101.94 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=32;FWDB=-0.0471499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5338;QD=8.86429;RBI=0.0473185;REFB=-0.0048432;REVB=-0.00399006;RO=32;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244043;STB=0.646892;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0246333;OID=.;OPOS=46723079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:32:33:13:13:0.282609:12:1:1:31:12:1:1:32 chr16 46773999 . C A 100.11 PASS AF=0.25;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.053031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2175;QD=6.67383;RBI=0.053057;REFB=0.00613515;REVB=-0.00166009;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873312;STB=0.550496;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0237967;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:43:45:15:15:0.25:7:8:26:17:7:8:27:18 chr16 47347646 . C T 495.22 PASS AF=0.681818;AO=43;DP=64;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0137388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.897;QD=30.0132;RBI=0.0282038;REFB=-0.0301508;REVB=-0.0246313;RO=21;SAF=24;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498537;STB=0.532772;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0110928;OID=.;OPOS=47347646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:21:21:43:45:0.681818:19:24:10:11:19:26:10:11 chr16 47486705 . CA C 254.16 PASS AF=0.764706;AO=35;DP=66;FAO=52;FDP=68;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0517271;FXX=0.0144907;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.145;QD=14.9507;RBI=0.201359;REFB=-0.031334;REVB=0.194601;RO=18;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.469697;SSSB=0.132768;STB=0.501146;STBP=0.998;TYPE=del;VARB=0.0751251;OID=.;OPOS=47486706;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:35:66:52:68:16:23:29:7:9:31:18:21:14:7:11 chr16 48122582 . G A 101.83 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0152291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6877;QD=3.84268;RBI=0.0206065;REFB=-0.00884274;REVB=0.0138818;RO=84;SAF=10;SAR=8;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129902;STB=0.592414;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0547748;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:84:88:18:18:0.169811:8:10:38:46:8:10:39:49 chr16 48145742 . T A 970.57 PASS AF=0.743119;AO=81;DP=109;FAO=81;FDP=109;FR=.;FRO=28;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0623315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.009;QD=35.6171;RBI=0.0651623;REFB=-0.0386196;REVB=0.0189976;RO=28;SAF=44;SAR=37;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309905;STB=0.51659;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0129089;OID=.;OPOS=48145742;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:28:28:81:81:0.743119:37:44:17:11:37:44:17:11 chr16 48180286 . C T 582.36 PASS AF=0.671053;AO=51;DP=76;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.010547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.148;QD=30.6503;RBI=0.0709183;REFB=-0.0171326;REVB=-0.0701296;RO=25;SAF=39;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209828;STB=0.614318;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00544555;OID=.;OPOS=48180286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:25:51:51:0.671053:12:39:12:13:12:39:12:13 chr16 48201432 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00982688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1504;QD=13.3138;RBI=0.025827;REFB=-0.016557;REVB=-0.0238844;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791366;STB=0.545414;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0289597;OID=.;OPOS=48201432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:14:19:11:11:14:19 chr16 48204051 . G T 689.95 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0154068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.521;QD=32.8547;RBI=0.0946882;REFB=-0.0371629;REVB=0.0934264;RO=26;SAF=28;SAR=30;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978998;STB=0.552807;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0207296;OID=.;OPOS=48204051;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:30:28:17:9:30:28:17:9 chr16 48226479 . C T 602.64 PASS AF=0.73913;AO=52;DP=69;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0181432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.164;QD=34.9353;RBI=0.0295258;REFB=-0.0198962;REVB=-0.0232937;RO=16;SAF=33;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336866;STB=0.525725;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00778353;OID=.;OPOS=48226479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:16:18:52:51:0.73913:19:33:9:7:18:33:10:8 chr16 48227862 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0209853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5631;QD=12.2123;RBI=0.0324723;REFB=-0.00352881;REVB=0.0247804;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138413;STB=0.570619;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00905189;OID=.;OPOS=48227862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:4:9:12:9:4:9:13:9 chr16 48248918 . T C 367.02 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.0139106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.997;QD=12.7657;RBI=0.020222;REFB=-0.0089815;REVB=-0.0146773;RO=71;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137654;STB=0.577947;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0115222;OID=.;OPOS=48248918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:23:21:25:46:23:21:25:46 chr16 48256602 . T C 213.21 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0269315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9445;QD=8.36113;RBI=0.0368027;REFB=0.000105502;REVB=0.0250825;RO=72;SAF=8;SAR=21;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821792;STB=0.556586;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000312979;OID=.;OPOS=48256602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:72:73:29:29:0.284314:21:8:24:48:21:8:25:48 chr16 48265777 . C T 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0134008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.78;QD=13.7203;RBI=0.0137569;REFB=-0.00224519;REVB=-0.0031097;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249858;STB=0.642763;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00446507;OID=.;OPOS=48265777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:21:10:26:21:21:10:26:21 chr16 48575878 . G A 513.96 PASS AF=0.676471;AO=45;DP=66;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0323677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6898;QD=30.2329;RBI=0.0338389;REFB=0.00302646;REVB=0.0098693;RO=21;SAF=24;SAR=21;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791129;STB=0.545435;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00169567;OID=.;OPOS=48575878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:21:22:45:46:0.676471:21:24:14:7:21:25:15:7 chr16 49671177 . T C 108.15 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.089178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.244;QD=13.5188;RBI=0.0916637;REFB=0.00421643;REVB=0.0212018;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979377;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00552401;OID=.;OPOS=49671177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:8:4:8:11:8:5:8:11 chr16 49671218 . C T 58.5 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0199207;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.952;QD=12.3167;RBI=0.0323438;REFB=0.00145942;REVB=-0.0254811;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00234663;OID=.;OPOS=49671218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr16 49672520 . A G 402.06 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2966;QD=55.4564;RBI=0.0428103;REFB=0;REVB=0.0176037;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198565;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr16 50059279 . C A 144.41 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.083;QD=44.4345;RBI=0.0546445;REFB=0;REVB=0.00224713;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621859;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:13:2:0:12:13:1:9:3:2:0:8:5:0:0 chr16 50069312 . C G 770.01 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666236;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.371;QD=64.1679;RBI=0.0136292;REFB=0;REVB=-0.0118898;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7803e-05;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr16 50069772 . A G 958.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535586;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.033;QD=58.9712;RBI=0.0341698;REFB=0;REVB=-0.0337474;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65075e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 174.41 PASS AF=0.68;AO=13;DP=26;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0146163;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=5;MLLD=234.532;QD=27.905;RBI=0.0159074;REFB=-0.0184379;REVB=0.00627773;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234885;STB=0.612316;STBP=0.126;TYPE=ins;VARB=0.00333625;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68:13:26:17:25:8:9:8:7:1:56:8:7:6:7:1 chr16 50106594 . T C 1236.1 PASS AF=0.897196;AO=89;DP=106;FAO=96;FDP=107;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.10015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3903;QD=46.2095;RBI=0.107031;REFB=-0.202926;REVB=-0.0377576;RO=1;SAF=21;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691977;STB=0.506939;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0333442;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:106:107:1:11:89:96:0.897196:68:21:0:1:74:22:2:9 chr16 50263762 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.907;QD=46.848;RBI=0.0408381;REFB=0;REVB=0.0389545;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282053;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr16 50265818 . C T 631.69 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.716;QD=61.6279;RBI=0.0168666;REFB=0;REVB=-0.000715156;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165367;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr16 50326661 . A G 1552.57 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344455;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.149;QD=64.0237;RBI=0.0348305;REFB=0;REVB=0.00516434;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98903e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:54:42:0:0:55:42:0:0 chr16 50357569 . C T 585.83 PASS AF=0.634146;AO=51;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.022841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5239;QD=28.5771;RBI=0.0581403;REFB=-0.0137169;REVB=-0.0534657;RO=30;SAF=35;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908555;STB=0.542899;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00676547;OID=.;OPOS=50357569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:51:52:0.634146:16:35:17:13:17:35:17:13 chr16 50368663 . G A 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0165978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.82;QD=32.2487;RBI=0.0212145;REFB=-0.00147235;REVB=0.0132125;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151457;STB=0.583243;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000897048;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:9:9:1:5:9:9:1:5 chr16 50642201 . G C 752.57 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.38;QD=61.4342;RBI=0.0734408;REFB=-0.126503;REVB=-0.0306057;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00276389;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr16 51171175 . C T 1717.81 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0177504;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.064;QD=59.7499;RBI=0.0385238;REFB=-0.088237;REVB=-0.0341907;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000361704;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:115:0:1:114:114:0.991304:59:55:0:0:59:55:1:0 chr16 51173559 . G A 940.53 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.61441e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.758;QD=56.1511;RBI=0.0969971;REFB=0;REVB=0.0969971;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013431;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:67:0:0:60:67:1:38:22:0:0:43:24:0:0 chr16 51705448 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.234;QD=56.936;RBI=0.0123167;REFB=0;REVB=0.010662;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13521e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 719.05 PASS AF=0.848485;AO=51;DP=71;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0149993;FXX=0.0704126;HRUN=3;LEN=5;MLLD=266.377;QD=43.5786;RBI=0.0151366;REFB=-0.0139932;REVB=-0.00203349;RO=13;SAF=28;SAR=23;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850503;STB=0.5251;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.00130764;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485:51:71:56:66:10:30:26:7:3:52:13:28:23:10:3 chr16 52478206 . C T 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.005993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.88;QD=3.47864;RBI=0.0137673;REFB=-0.00418969;REVB=-0.0123945;RO=62;SAF=4;SAR=8;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152915;STB=0.603596;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0248278;OID=.;OPOS=52478206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:8:4:28:34:8:4:28:34 chr16 52478215 . C T 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.011997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.435;QD=3.83788;RBI=0.013342;REFB=-0.0031286;REVB=-0.00583787;RO=62;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857383;STB=0.556873;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0158915;OID=.;OPOS=52478215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:8:5:28:34:8:5:28:34 chr16 53242291 . AGG AGA,AG 661.02 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=8,17;DP=66;FAO=11,55;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=11,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393751,0.749559;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=247.087,14.0496;QD=40.0618;RBI=0.0585818,0.75291;REFB=0,0;REVB=-0.0433754,-0.0709573;RO=36;SAF=0,12;SAR=8,5;SRF=36;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.887322,-0.54702;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.11346,-0.0318986;OID=.,.;OPOS=53242293,53242292;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:8,17:66:11,55:66:0:0,49:11,6:0:0:47:36:0,12:8,5:36:0 chr16 53243678 . CA AC,C 58.54 PASS AF=0.09375,0.3125;AO=3,8;DP=34;FAO=3,10;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6;FSAR=3,4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0448689,-0.115719;FXX=0.0856898;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=106.706,8.10772;QD=7.31777;RBI=0.0474864,0.11606;REFB=-0.0170627,-0.107845;REVB=-0.0155479,-0.0088929;RO=17;SAF=0,6;SAR=3,2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.514261,0.573669;STB=0.994877,0.710148;STBP=0.243,0.119;TYPE=mnp,del;VARB=0.149421,0.0939383;OID=.,.;OPOS=53243678,53243679;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:34:32:17:19:3,8:3,10:0.09375,0.3125:3,2:0,6:3:14:3,4:0,6:5:14 chr16 53341748 . T G 566.42 PASS AF=0.793103;AO=34;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0473392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4868;QD=39.0637;RBI=0.0488901;REFB=-0.0267776;REVB=0.0122163;RO=10;SAF=10;SAR=24;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297095;STB=0.517234;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00433466;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:58:10:10:34:46:0.793103:24:10:3:7:28:18:3:7 chr16 53396356 . T C 894.53 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2799;QD=57.7118;RBI=0.0436337;REFB=0;REVB=0.0423148;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668648;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr16 53404203 . C A 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5086;QD=64.414;RBI=0.0867126;REFB=0;REVB=-0.0812063;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135918;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr16 53476647 . A G 116.47 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0090847;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.61;QD=5.9728;RBI=0.0103533;REFB=6.89489e-05;REVB=0.00496584;RO=61;SAF=11;SAR=7;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155372;STB=0.518107;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000176053;OID=.;OPOS=53476647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:61:60:18:18:0.230769:7:11:38:23:7:11:38:22 chr16 53503934 . G A 676.91 PASS AF=0.818182;AO=54;DP=67;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0137097;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5756;QD=41.025;RBI=0.024063;REFB=-0.00477772;REVB=0.0197755;RO=12;SAF=33;SAR=21;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683052;STB=0.536572;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000791377;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:66:12:12:54:54:0.818182:21:33:5:7:21:33:5:7 chr16 53504721 . T C 713.6 PASS AF=0.802817;AO=57;DP=71;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00904138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.71;QD=40.2028;RBI=0.0269085;REFB=0.0108679;REVB=0.0253441;RO=14;SAF=29;SAR=28;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108356;STB=0.557947;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0015475;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:14:14:57:57:0.802817:28:29:3:11:28:29:3:11 chr16 53513055 . T C 306.98 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00516753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3107;QD=34.1092;RBI=0.0740962;REFB=-0.0122339;REVB=0.0739158;RO=10;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336702;STB=0.684537;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0247102;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:19:7:9:1:19:7:9:1 chr16 53634202 . A C 41.97 PASS AF=0.104167;AO=5;DP=46;FAO=5;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.106662;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.1833;QD=3.49732;RBI=0.132404;REFB=-0.0576139;REVB=0.0784465;RO=26;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117216;STB=0.675015;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.118456;OID=.;OPOS=53634202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:46:48:26:38:5:5:0.104167:3:2:13:13:3:2:23:15 chr16 53639438 . C T 1004.49 PASS AF=0.77551;AO=76;DP=98;FAO=76;FDP=98;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0345072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4656;QD=40.9997;RBI=0.0348645;REFB=0.036994;REVB=0.00497865;RO=22;SAF=27;SAR=49;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383252;STB=0.502049;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00733092;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:22:22:76:76:0.77551:49:27:8:14:49:27:8:14 chr16 53945351 . G A 148.41 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=0.0367024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.118;QD=6.24883;RBI=0.0373765;REFB=-0.0053469;REVB=-0.00706652;RO=72;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036522;STB=0.525903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0400792;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:72:73:22:22:0.231579:16:6:18:54:16:6:18:55 chr16 54319098 . T C,TC 41.08 PASS AF=0.0333333,0.233333;AO=2,6;DP=30;FAO=1,7;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1,2;FSAR=0,5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-4.42772e-05,0.0511697;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=186.278,14.8029;QD=5.47698;RBI=0.00810865,0.0528177;REFB=-0.0156696,-0.0408888;REVB=-0.00810853,-0.0130911;RO=20;SAF=2,1;SAR=0,5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.489708,-0.463449;STB=0.988916,0.699421;STBP=0.494,0.258;TYPE=snp,ins;VARB=0.0356001,0.093615;OID=.,.;OPOS=54319098,54319099;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:30:30:20:22:2,6:1,7:0.0333333,0.233333:0,5:2,1:11:9:0,5:1,2:12:10 chr16 54967096 . C A 97.34 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00910959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.521;QD=6.18054;RBI=0.025681;REFB=0.00174926;REVB=0.024011;RO=48;SAF=1;SAR=14;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545027;STB=0.857452;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00372948;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:14:1:18:30:14:1:18:30 chr16 55325460 . T C 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=34;FWDB=-0.000649534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.708;QD=10.1034;RBI=0.0017529;REFB=0.00965411;REVB=0.00162812;RO=40;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955054;STB=0.555504;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0115316;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:16:4:6:34:16:4:6:34 chr16 55361727 . A C 149.15 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.000214889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4349;QD=14.2047;RBI=0.0296437;REFB=0.00148521;REVB=-0.0296429;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674181;STB=0.531879;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00651869;OID=.;OPOS=55361727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:23:24:17:18:0.428571:7:10:12:11:8:10:12:12 chr16 55519607 . C T 489.95 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00974985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.851;QD=30.622;RBI=0.0228583;REFB=0.0285121;REVB=0.0206747;RO=20;SAF=26;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535852;STB=0.529056;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00926888;OID=.;OPOS=55519607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:18:26:10:10:18:26:10:10 chr16 55523705 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.583;QD=58.9604;RBI=0.00807844;REFB=0;REVB=0.00472632;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95281e-05;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr16 55527113 . G A 278.7 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0214643;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.478;QD=31.8512;RBI=0.0231375;REFB=-0.0221499;REVB=-0.00863856;RO=11;SAF=16;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129652;STB=0.571367;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00482813;OID=.;OPOS=55527113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:37:35:11:11:24:24:0.685714:8:16:5:6:8:16:5:6 chr16 55536727 . C T 84.69 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.103402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7396;QD=6.51437;RBI=0.142753;REFB=-0.0030535;REVB=0.0984198;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232844;STB=0.669911;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0221858;OID=.;OPOS=55536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:51:52:40:40:11:12:0.230769:8:3:18:22:9:3:18:22 chr16 55562466 . G A 337.72 PASS AF=0.248731;AO=49;DP=195;FAO=49;FDP=197;FR=.;FRO=148;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=91;FWDB=-0.0423697;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.459;QD=6.85734;RBI=0.0492706;REFB=-0.0099141;REVB=-0.0251475;RO=146;SAF=18;SAR=31;SRF=56;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216369;STB=0.514261;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0285464;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:146:148:49:49:0.248731:31:18:56:90:31:18:57:91 chr16 55601388 . A G 463.63 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0217462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.191;QD=33.1162;RBI=0.0217469;REFB=-0.0398965;REVB=-0.000182253;RO=15;SAF=20;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104791;STB=0.505664;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0115372;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:15:41:41:0.732143:21:20:7:8:21:20:7:8 chr16 55844927 . A C 253.36 PASS AF=1;AO=3;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906863;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=188.654;QD=50.6725;RBI=0.0984454;REFB=0;REVB=0.0383077;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201479;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:3:20:1:2:1:0:0:9:11:0:0 chr16 55880480 . A C 138.55 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=8;FWDB=0.0401866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.8527;QD=7.48917;RBI=0.0600652;REFB=-0.00505627;REVB=0.0446415;RO=53;SAF=17;SAR=3;SRF=45;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022219;STB=0.502657;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0243779;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:20:20:0.27027:3:17:45:8:3:17:46:8 chr16 55880534 . G C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0434713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.154;QD=8.45108;RBI=0.0630204;REFB=-0.00741174;REVB=-0.0456269;RO=43;SAF=15;SAR=3;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123742;STB=0.57513;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0155116;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:3:15:33:10:3:15:33:10 chr16 55883618 . T C 916.89 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138876;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2783;QD=58.215;RBI=0.0437853;REFB=0;REVB=0.0415245;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529342;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr16 55897289 . C T 968.72 PASS AF=0.444444;AO=59;DP=154;FAO=68;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=16;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0571051;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1906;QD=25.3259;RBI=0.0683214;REFB=-0.00752619;REVB=0.0375076;RO=51;SAF=9;SAR=50;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42722;STB=0.652919;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.029755;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:51:52:59:68:0.444444:50:9:28:23:52:16:28:24 chr16 55905636 . A G 1199.31 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9018;QD=60.7245;RBI=0.0404373;REFB=0;REVB=-0.0102267;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129702;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:26:53:0:0:26:53:0:0 chr16 56228066 . A G 985.81 PASS AF=0.985294;AO=51;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0437535;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.678;QD=57.989;RBI=0.0455871;REFB=-0.0507978;REVB=-0.0127991;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000117145;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:68:1:1:51:67:0.985294:29:22:1:0:40:27:1:0 chr16 56368689 . C T 644.48 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0287539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.551;QD=52.6106;RBI=0.0459511;REFB=-0.00467013;REVB=0.035843;RO=5;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416532;STB=0.522234;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000246739;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:49:49:5:5:44:44:0.897959:26:18:1:4:26:18:1:4 chr16 56395610 . G A 1170.82 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0157013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.765;QD=57.1131;RBI=0.0514051;REFB=-0.0203428;REVB=0.0489484;RO=3;SAF=32;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515479;STB=0.502725;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00132682;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:47:32:1:2:47:32:1:2 chr16 56396486 . C T 352.59 PASS AF=0.777778;AO=27;DP=37;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00993385;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.813;QD=39.1769;RBI=0.0196308;REFB=-0.0454431;REVB=-0.0169318;RO=8;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112559;STB=0.563196;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0124655;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:8:8:27:28:0.777778:13:14:2:6:13:15:2:6 chr16 56401352 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0200241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.015;QD=12.7823;RBI=0.0233766;REFB=-0.01441;REVB=-0.0120625;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0286839;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr16 56485554 . C G 555.5 PASS AF=0.862069;AO=46;DP=55;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0698085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7237;QD=38.3104;RBI=0.188726;REFB=-0.0747878;REVB=0.175341;RO=9;SAF=40;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587216;STB=0.516477;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0381402;OID=.;OPOS=56485554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:55:58:9:8:46:50:0.862069:6:40:7:2:10:40:7:1 chr16 56500132 . C T 228.99 PASS AF=0.232258;AO=37;DP=158;FAO=36;FDP=155;FR=.;FRO=119;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=-0.0333453;FXX=0.0189861;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9469;QD=5.90944;RBI=0.0333459;REFB=-0.0123443;REVB=0.000205995;RO=121;SAF=19;SAR=18;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717979;STB=0.548361;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0411801;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:121:119:37:36:0.232258:18:19:69:52:18:18:67:52 chr16 56500176 . T A 304.27 PASS AF=0.278912;AO=41;DP=147;FAO=41;FDP=147;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.0158344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8234;QD=8.27945;RBI=0.0192454;REFB=0.0055907;REVB=-0.0109389;RO=103;SAF=22;SAR=19;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324497;STB=0.521409;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0138737;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:103:106:41:41:0.278912:19:22:58:45:19:22:60:46 chr16 56510299 . A C 458.82 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0394132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0952;QD=52.436;RBI=0.0483224;REFB=-0.0852185;REVB=-0.027958;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118058;STB=0.506325;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0206844;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:13:20:1:1:13:20:1:1 chr16 56548501 . C T 610.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00065022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.418;QD=61.012;RBI=0.0581456;REFB=0;REVB=0.058142;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180541;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr16 56601720 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.77;QD=63.5826;RBI=0.0521765;REFB=0;REVB=0.000474429;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015648;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr16 56601722 . T C 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.591;QD=63.5748;RBI=0.00946016;REFB=0;REVB=0.00480196;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21905e-05;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr16 56667282 . C A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0199314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.324;QD=25.3158;RBI=0.0209526;REFB=-0.0193713;REVB=0.00646128;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816629;STB=0.545409;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0120898;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:5:8:10:10:5:8 chr16 56673227 . C A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.11284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0335;QD=28.141;RBI=0.114246;REFB=-0.00680335;REVB=-0.0178735;RO=7;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120742;STB=0.567478;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00154525;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:12:4:3:4:12:4:3:4 chr16 56673249 . T C 75.6 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0265602;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7907;QD=21.6011;RBI=0.0505808;REFB=0.00486303;REVB=0.0430462;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000807367;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:3:2:6:3:3:2 chr16 56673828 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0249756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.808;QD=3.88785;RBI=0.0508723;REFB=-0.00763929;REVB=-0.0443194;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572591;STB=0.881274;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0753766;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:5:1:20:9:5:1:20:9 chr16 56686470 . C T 747.91 PASS AF=1;AO=42;DP=65;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513348;FXX=0.215351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0263;QD=58.6592;RBI=0.229283;REFB=0;REVB=0.223462;RO=14;SAF=31;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00877646;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:51:14:0:42:51:1:11:31:6:8:19:32:0:0 chr16 56686471 . G T 86.5 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0244885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.503;QD=5.32284;RBI=0.0249391;REFB=-0.000733682;REVB=-0.00471915;RO=51;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242879;STB=0.652154;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0572557;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:8:6:32:19:8:6:32:19 chr16 56686901 . GC G 43.51 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0436241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5304;QD=6.96222;RBI=0.0765478;REFB=-0.109697;REVB=0.0629007;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.168154;OID=.;OPOS=56686902;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:25:10:25:15:6:4:8:7:43:15:6:4:8:7 chr16 56839439 . C T 64.98 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0196949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0598;QD=4.90429;RBI=0.0408104;REFB=-0.0112552;REVB=-0.0357435;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428885;STB=0.528246;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0505725;OID=.;OPOS=56839439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:20:23:5:5:20:23 chr16 56855496 . C G 727.92 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.835;QD=57.0915;RBI=0.0625372;REFB=0;REVB=0.052567;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408073;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:36:13:0:0:36:15:0:0 chr16 56868700 . A G 421.32 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0867668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1888;QD=29.0564;RBI=0.0867775;REFB=-0.0229117;REVB=-0.00136192;RO=19;SAF=19;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398951;STB=0.52169;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00921929;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:20:19:8:11:20:19:8:11 chr16 56904587 . C G 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0619;QD=57.1845;RBI=0.0466312;REFB=0;REVB=-0.0465754;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000851167;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr16 56918023 . G A 246.79 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0283886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.493;QD=31.8444;RBI=0.0390224;REFB=-0.0415631;REVB=-0.0267738;RO=9;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273515;STB=0.651418;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00889661;OID=.;OPOS=56918023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:17:5:6:3:17:5:6:3 chr16 56966011 . G A 456.91 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0142258;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.297;QD=38.8859;RBI=0.0270838;REFB=-0.0409846;REVB=0.0230469;RO=12;SAF=14;SAR=21;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00816445;STB=0.504422;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.010078;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:47:47:12:12:35:35:0.744681:21:14:5:7:21:14:5:7 chr16 56966071 . T G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0246914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.26;QD=26.3981;RBI=0.031376;REFB=-0.0328784;REVB=-0.0193593;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100244;STB=0.555497;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0173444;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:12:6:2:8:12:6:2:8 chr16 57015545 . C T 362.63 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=37;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00141678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.728;QD=34.5364;RBI=0.00277458;REFB=-0.0150748;REVB=-0.00238558;RO=11;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314199;STB=0.504947;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00353136;OID=.;OPOS=57015545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:37:42:11:12:25:30:0.714286:10:15:6:5:12:18:7:5 chr16 57016092 . G A 346.66 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0114079;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1012;QD=31.5148;RBI=0.0514884;REFB=-0.0126277;REVB=0.0502087;RO=15;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989195;STB=0.554257;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0092437;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:11:18:7:8:11:18:7:8 chr16 57060340 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0141;QD=56.1899;RBI=0.0539056;REFB=0;REVB=0.00695666;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000956969;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 57060353 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.433;QD=52.6131;RBI=0.0539827;REFB=0;REVB=0.0290985;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646626;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr16 57068106 . AC GT 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105771;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.916;QD=63.583;RBI=0.025515;REFB=0;REVB=-0.0232194;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.29494e-05;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr16 57071113 . TA CG,TG 558.75 PASS AF=0.289474,0.710526;AO=11,27;DP=39;FAO=11,27;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7,13;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000954035,-0.00666286;FXX=0.0256345;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=77.7222,113.9;QD=58.8154;RBI=0.0850715,0.0269489;REFB=0,0;REVB=-0.0850661,-0.0261123;RO=0;SAF=7,13;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.022168,-0.0146972;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:39:38:0:0:11,27:11,27:0.289474,0.710526:4,14:7,13:0:0:4,14:7,13:0:0 chr16 57073683 . G C 836.92 PASS AF=1;AO=41;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638607;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.174;QD=57.7188;RBI=0.0207789;REFB=0;REVB=-0.0197733;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81573e-05;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:41:58:1:21:20:0:0:25:33:0:0 chr16 57091977 . T C 126.62 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0151099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1985;QD=6.57772;RBI=0.0342833;REFB=-0.00946878;REVB=-0.030774;RO=57;SAF=7;SAR=12;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353605;STB=0.717606;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0395943;OID=.;OPOS=57091977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:57:58:19:19:0.246753:12:7:38:19:12:7:39:19 chr16 57096110 . T C 454.98 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0212401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.235;QD=33.7024;RBI=0.0226223;REFB=-0.0478706;REVB=0.00778622;RO=12;SAF=28;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578294;STB=0.538442;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0207115;OID=.;OPOS=57096110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:54:54:12:14:40:40:0.740741:12:28:7:5:12:28:8:6 chr16 57101340 . T C 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0431373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.653;QD=28.9124;RBI=0.0586688;REFB=-0.016729;REVB=0.0397643;RO=15;SAF=19;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19903;STB=0.610188;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00812227;OID=.;OPOS=57101340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:7:19:7:8:7:19:7:8 chr16 57101373 . A G 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.020347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.935;QD=28.0293;RBI=0.0390161;REFB=-0.033934;REVB=0.0332905;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735494;STB=0.540605;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0191791;OID=.;OPOS=57101373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:9:8:10:17:9:8 chr16 57111232 . C T 181.54 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0223754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.389;QD=24.2051;RBI=0.0373404;REFB=-0.000408102;REVB=0.0298939;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596025;STB=0.533296;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000432816;OID=.;OPOS=57111232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:7:5:9:9:7:5 chr16 57392733 . A C 247.23 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00787686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.529;QD=47.0915;RBI=0.0907714;REFB=-0.096575;REVB=0.090429;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0035748;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:18:20:0.952381:10:8:0:0:12:8:1:0 chr16 57595999 . A G 715.48 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00329149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=60.8917;RBI=0.011763;REFB=-0.102991;REVB=-0.0112931;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000455949;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:1:0 chr16 57601792 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00420326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.671;QD=24.0275;RBI=0.00509395;REFB=-0.00173457;REVB=0.00287766;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355542;STB=0.519972;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000765689;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:5:3:6:8:5:3 chr16 57689385 . C G 1092.71 PASS AF=1;AO=59;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.991;QD=59.8746;RBI=0.0504915;REFB=0;REVB=0.0292333;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495694;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:59:73:1:32:27:0:0:36:37:0:0 chr16 57689883 . T C 688.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8351;QD=61.2254;RBI=0.0490249;REFB=0;REVB=-0.0468204;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683736;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:23:20:0:0:23:22:0:0 chr16 57702274 . G T 190.97 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0414885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.489;QD=30.5554;RBI=0.0527447;REFB=-0.00726653;REVB=0.0325685;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13611;STB=0.575138;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00279611;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:5:2:10:8:5:2 chr16 57722328 . C T 532.66 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0744422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0564;QD=39.4562;RBI=0.0760287;REFB=-0.0438357;REVB=0.0154505;RO=9;SAF=24;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388496;STB=0.528997;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0323143;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:54:54:9:10:44:44:0.814815:20:24:6:3:20:24:7:3 chr16 57723752 . A G 101.84 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0192023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6208;QD=5.90403;RBI=0.0718371;REFB=-0.0187695;REVB=-0.0692231;RO=53;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815629;STB=0.550662;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.060805;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:8:8:30:23:8:8:30:23 chr16 57786711 . C T 135.95 PASS AF=0.7;AO=12;DP=18;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0566488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.804;QD=27.1896;RBI=0.0624065;REFB=-0.0238599;REVB=0.0261817;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00570306;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:20:6:6:12:14:0.7:6:6:3:3:8:6:3:3 chr16 57787906 . C T 1921.43 PASS AF=0.992308;AO=125;DP=129;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.353;QD=59.1209;RBI=0.017209;REFB=-0.0816737;REVB=0.00788361;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000630683;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:129:130:0:1:125:129:0.992308:60:65:0:0:63:66:1:0 chr16 57795394 . G A 593.06 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.556;QD=56.4816;RBI=0.0681811;REFB=-0.0445137;REVB=0.0636109;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.51999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000496138;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:41:42:1:2:40:40:0.952381:16:24:1:0:16:24:2:0 chr16 57805176 . A G 740.47 PASS AF=0.903226;AO=55;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00884498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.946;QD=47.7723;RBI=0.0509533;REFB=-0.152414;REVB=0.0501797;RO=6;SAF=36;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247759;STB=0.500642;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0148575;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:6:6:55:56:0.903226:19:36:4:2:19:37:4:2 chr16 57937856 . G C 848.03 PASS AF=0.926471;AO=62;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.119688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7098;QD=49.8842;RBI=0.126519;REFB=-0.134074;REVB=0.0410092;RO=6;SAF=37;SAR=25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706488;STB=0.530855;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0117594;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:68:68:6:5:62:63:0.926471:25:37:6:0:25:38:5:0 chr16 57945668 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.011544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.889;QD=7.3276;RBI=0.0127684;REFB=-0.00884719;REVB=-0.00545592;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362117;STB=0.758262;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0223973;OID=.;OPOS=57945668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:1:7:13:7:1:7:13:8 chr16 57996932 . G A 310.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180356;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.712;QD=53.9607;RBI=0.0202324;REFB=0;REVB=0.00916887;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120052;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 57996960 . C T 159.3 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982601;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.654;QD=45.5147;RBI=0.0987561;REFB=0;REVB=0.00988605;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144385;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr16 58019396 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.045;QD=57.0007;RBI=0.0391478;REFB=0;REVB=-0.00292569;RO=0;SAF=2;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28289e-05;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:52:2:0:0:52:2:0:0 chr16 58030634 . C T 755.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.386;QD=57.0405;RBI=0.105197;REFB=0;REVB=0.0195039;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140971;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:38:12:0:0:38:15:0:0 chr16 58075530 . A AC 45.49 PASS AF=0.4;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0262397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5589;QD=9.0986;RBI=0.130055;REFB=-0.0662878;REVB=0.127381;RO=14;SAF=7;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.76724;STB=0.822616;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.128133;OID=.;OPOS=58075531;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:21:8:20:12:7:1:5:7:45:14:7:0:6:8 chr16 58191966 . C T 464.76 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3149;QD=58.095;RBI=0.0693557;REFB=0;REVB=0.054502;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181129;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr16 58318604 . T C 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00569377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.667;QD=2.19407;RBI=0.0196023;REFB=-0.0054601;REVB=-0.0187571;RO=61;SAF=1;SAR=7;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446857;STB=0.84244;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.039421;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:7:1:29:32:7:1:29:32 chr16 58327646 . A G 81.56 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00202194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.548;QD=6.04119;RBI=0.0601404;REFB=-0.02354;REVB=-0.0601064;RO=42;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393337;STB=0.749584;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0327311;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:3:9:18:24:3:9:18:24 chr16 58545426 . A G 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.96;QD=61.5687;RBI=0.0210736;REFB=0;REVB=0.00899644;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7332e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:63:59:0:0:63:59:0:0 chr16 58549932 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.063;QD=33.4284;RBI=0.117951;REFB=0;REVB=0.0786039;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00952909;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr16 58552921 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.072;QD=57.1772;RBI=0.0436741;REFB=0;REVB=0.0130252;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122951;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:16:34:0:0:17:34:0:0 chr16 58568302 . A T 239.48 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0041438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.719;QD=35.4785;RBI=0.0296713;REFB=-0.0305349;REVB=0.0293805;RO=6;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784938;STB=0.542818;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00537943;OID=.;OPOS=58568302;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:7:14:5:1:7:14:5:1 chr16 58577421 . C T 761.62 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150781;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.09;QD=63.4679;RBI=0.0342266;REFB=0;REVB=0.0307264;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36203e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr16 58579274 . C T 1717.73 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.344;QD=60.2712;RBI=0.0459078;REFB=0;REVB=0.0422115;RO=0;SAF=76;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115857;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:114:0:0:108:114:1:32:76:0:0:33:81:0:0 chr16 58743454 . A C 85.85 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0185196;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.14;QD=7.00805;RBI=0.0220837;REFB=-0.00651219;REVB=0.0120297;RO=37;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500782;STB=0.757151;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0342503;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:48:49:37:37:11:12:0.244898:2:9:15:22:3:9:15:22 chr16 58757668 . A C 117.89 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00300692;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.349;QD=7.60584;RBI=0.0086077;REFB=-0.0114129;REVB=-0.00806542;RO=45;SAF=3;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460072;STB=0.782252;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0192063;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:45:45:17:17:0.274194:14:3:24:21:14:3:24:21 chr16 58757683 . A G 110.03 PASS AF=0.236111;AO=16;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0120991;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.045;QD=6.11291;RBI=0.0122286;REFB=-0.00207216;REVB=0.00177532;RO=54;SAF=3;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451736;STB=0.788371;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00538532;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:55:16:17:0.236111:13:3:29:25:14:3:29:26 chr16 58778177 . A G 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0331347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.791;QD=6.81284;RBI=0.0346827;REFB=-0.00852311;REVB=-0.0102458;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459736;STB=0.813829;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0356579;OID=.;OPOS=58778177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:6:1:9:9:6:1:10:9 chr16 61777311 . C A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0280073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.393;QD=3.45942;RBI=0.0327922;REFB=-0.00260815;REVB=0.0170564;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45429;STB=0.827944;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0503814;OID=.;OPOS=61777311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:6:1:20:20:6:1:20:20 chr16 64980818 . C T 82.91 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.00499718;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.345;QD=3.68475;RBI=0.0050036;REFB=-0.00217144;REVB=-0.000253451;RO=72;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117808;STB=0.578846;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0131228;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:90:72:75:15:15:0.166667:7:8:45:27:7:8:47:28 chr16 65016087 . A C 122.86 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0247785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7862;QD=5.85054;RBI=0.0308394;REFB=-0.0147115;REVB=-0.0183601;RO=63;SAF=7;SAR=12;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117371;STB=0.562433;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0497338;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:63:65:19:19:0.22619:12:7:29:34:12:7:29:36 chr16 66420885 . C T 790.48 PASS AF=0.78481;AO=62;DP=81;FAO=62;FDP=79;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.014198;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9105;QD=40.0243;RBI=0.0145436;REFB=0.00562175;REVB=-0.00315149;RO=17;SAF=17;SAR=45;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389592;STB=0.520879;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000585004;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:17:17:62:62:0.78481:45:17:6:11:45:17:6:11 chr16 66432423 . TC CT 443.0 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.033404;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=98.4317;QD=45.436;RBI=0.0348749;REFB=-0.029499;REVB=-0.0100218;RO=6;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132879;STB=0.571387;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.0290944;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:40:39:6:6:33:33:0.846154:18:15:0:6:18:15:0:6 chr16 66519419 . G A 53.93 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0120441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.988;QD=3.31886;RBI=0.0281448;REFB=-0.00145715;REVB=0.0254375;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507677;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0194822;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:54:55:10:10:0.153846:5:5:27:27:5:5:28:27 chr16 66654738 . TTA T,TAA 82.17 PASS AF=0.282609,0;AO=7,9;DP=60;FAO=13,0;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0078144,0.0281782;FXX=0.09802;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=26.866,17.6565;QD=7.14533;RBI=0.118505,0.12472;REFB=-0.00751509,-0.0175107;REVB=0.118247,0.121495;RO=38;SAF=4,9;SAR=3,0;SRF=25;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.431373,0;SSSB=-0.109752,0.679648;STB=0.545383,0.5;STBP=0.742,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0315056,0;OID=.,.;OPOS=66654739,66654739;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282609,0:7,9:60:13,0:46:33:9,0:4,0:21:12:82:38:4,9:3,0:25:13 chr16 66765067 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.671;QD=62.022;RBI=0.0540975;REFB=0;REVB=0.0430434;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179671;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr16 66792714 . T C 246.48 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.958;QD=46.9486;RBI=0.0508814;REFB=-0.105614;REVB=-0.0405357;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00783209;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:0:1 chr16 66812797 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.152;QD=59.8374;RBI=0.0830043;REFB=0;REVB=-0.00533973;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024808;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 66946471 . G A 60.41 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0363359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.075;QD=4.23915;RBI=0.0436229;REFB=-0.00740077;REVB=-0.0241385;RO=46;SAF=7;SAR=3;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597032;STB=0.545368;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0425175;OID=.;OPOS=66946471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:46:47:10:10:0.175439:3:7:34:12:3:7:35:12 chr16 67070577 . GTTTT AGTTT,GTTTC,GTTT 276.93 PASS AF=0,0.314286,0.685714;AO=2,2,12;DP=36;FAO=0,11,24;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,3;FSAR=0,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.189113,-0.0655411,-0.351607;FXX=0.0277701;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=10.8693,184.553,9.25798;QD=31.649;RBI=0.312641,0.0884799,0.547475;REFB=0,0,0;REVB=0.248959,0.0594396,0.419645;RO=7;SAF=0,2,0;SAR=2,0,12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0.448276;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.804017,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0.0654949,-0.0842947;OID=.,.,.;OPOS=67070577,67070581,67070578;OREF=GT,T,T;OALT=AG,C,-;OMAPALT=AGTTT,GTTTC,GTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:70:36:35:7:0:2,2,12:0,11,24:0,0.314286,0.685714:2,0,12:0,2,0:0:7:0,0,21:0,11,3:0:0 chr16 67181999 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.592;QD=51.5087;RBI=0.0565709;REFB=-0.0834957;REVB=0.0473702;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00136447;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr16 67233266 . A C 1362.63 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0298208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2173;QD=58.6076;RBI=0.100621;REFB=0.0270059;REVB=-0.0961;RO=3;SAF=30;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225851;STB=0.511997;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00424004;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:89:90:0.967742:59:30:2:1:60:30:2:1 chr16 67691194 . C T 188.03 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.176649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5753;QD=37.6063;RBI=0.184301;REFB=-0.132176;REVB=0.0525545;RO=3;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786008;STB=0.54281;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00917791;OID=.;OPOS=67691194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:16:1:0:3:16:1:0:3 chr16 67691668 . A G 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.581;QD=58.9584;RBI=0.104325;REFB=0;REVB=-0.00400858;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318601;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr16 67700088 . CA AG 37.97 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0160507;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.787;QD=2.30144;RBI=0.0227723;REFB=-0.00140296;REVB=-0.016154;RO=54;SAF=7;SAR=1;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47479;STB=0.836678;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.0625084;OID=.;OPOS=67700088;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:66:66:54:58:8:8:0.121212:1:7:27:27:1:7:31:27 chr16 67759871 . ATTTT ATTTA,ATTT 59.51 PASS AF=0.1,0.55;AO=3,7;DP=21;FAO=2,11;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=2,5;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0985264,-0.0504964;FXX=0.0475964;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=181.575,9.09178;QD=11.9018;RBI=0.0985264,0.237308;REFB=-0.00472903,-0.155722;REVB=-0.00010136,0.231874;RO=8;SAF=3,4;SAR=0,3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.73181,0.280299;STB=0.995565,0.566892;STBP=0.09,0.492;TYPE=snp,del;VARB=0.165881,0.104396;OID=.,.;OPOS=67759875,67759872;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.55:3,7:21:2,11:20:7:2,5:0,6:2:5:25:8:3,4:0,3:2:6 chr16 67854805 . AT AA,A 124.64 PASS AF=0,0.511111;AO=3,18;DP=45;FAO=0,23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=0,9;FSAR=0,14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0766479,0.129696;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.5958,11.0524;QD=11.0791;RBI=0.0806714,0.129741;REFB=-0.041969,-0.113002;REVB=-0.0251589,0.00338536;RO=21;SAF=0,8;SAR=3,10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.547547,0.0611687;STB=0.5,0.514273;STBP=1,0.886;TYPE=snp,del;VARB=0,0.138166;OID=.,.;OPOS=67854806,67854806;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.511111:3,18:45:0,23:45:22:0,9:0,14:8:14:99:21:0,8:3,10:8:13 chr16 68025801 . G C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1101;QD=59.8307;RBI=0.0657248;REFB=0;REVB=-0.0024773;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100783;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr16 68057096 . T C 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0710973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5204;QD=54.6491;RBI=0.0717367;REFB=0.119373;REVB=0.00955659;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00387963;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chr16 68100461 . C T 684.89 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.014446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8273;QD=50.7326;RBI=0.0384603;REFB=-0.0564229;REVB=0.0356442;RO=3;SAF=32;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042124;STB=0.522379;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0154916;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:19:32:3:0:19:32:3:0 chr16 68156563 . A G 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0297516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220;QD=12.0227;RBI=0.0345607;REFB=-0.012987;REVB=0.0175865;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378983;STB=0.725419;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0204025;OID=.;OPOS=68156563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:12:8:9:3:12:8 chr16 68344696 . C T 139.55 PASS AF=0.355556;AO=12;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0254015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.828;QD=12.404;RBI=0.0265115;REFB=-0.0212715;REVB=-0.0075909;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105953;STB=0.614381;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0205855;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:12:16:0.355556:6:6:11:16:6:10:13:16 chr16 68398924 . C T 81.09 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.01092;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1613;QD=7.20789;RBI=0.0300045;REFB=-0.00180233;REVB=-0.0279468;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13934;STB=0.538391;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0156161;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:45:45:27:34:10:11:0.244444:4:6:13:14:4:7:20:14 chr16 68569440 . T G 34.86 PASS AF=0.2;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0098334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.928;QD=4.64788;RBI=0.0158528;REFB=-0.00292982;REVB=0.0124344;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835743;STB=0.59968;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0171176;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:30:21:24:6:6:0.2:3:3:12:9:3:3:15:9 chr16 68569459 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0209438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.476;QD=5.37737;RBI=0.0247182;REFB=-0.0143937;REVB=-0.0131282;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655922;STB=0.555401;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0542726;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:3:4:15:9:3:4:16:9 chr16 68573745 . T A 1111.86 PASS AF=0.733871;AO=86;DP=119;FAO=91;FDP=124;FR=.;FRO=33;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0162139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.666;QD=35.8665;RBI=0.0545614;REFB=-0.0393193;REVB=0.0520966;RO=31;SAF=57;SAR=29;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160532;STB=0.586851;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00795676;OID=.;OPOS=68573745;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:31:33:86:91:0.733871:29:57:11:20:30:61:12:21 chr16 68598007 . A G 100.73 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0420564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5031;QD=8.22289;RBI=0.0495863;REFB=0.009322;REVB=0.0262689;RO=36;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743825;STB=0.546144;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0267409;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:10:3:10:26:10:3:10:26 chr16 68732049 . A C 104.61 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0191564;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.07;QD=18.1928;RBI=0.0242024;REFB=-0.0245857;REVB=-0.0147915;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0183142;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:7:4:5:7:7:4 chr16 68847376 . A G 506.25 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00854041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.706;QD=25.6328;RBI=0.00900188;REFB=-0.00999144;REVB=0.00284523;RO=32;SAF=25;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148878;STB=0.575758;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00570758;OID=.;OPOS=68847376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:46:47:0.594937:21:25:11:21:22:25:11:21 chr16 68857441 . T C 779.47 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.562;QD=63.6298;RBI=0.0529062;REFB=0;REVB=0.0515112;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244269;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr16 68867222 . A AC 30.69 PASS AF=0.212766;AO=14;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0199862;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.9999;QD=2.61213;RBI=0.0697793;REFB=-0.0127706;REVB=-0.0668558;RO=33;SAF=13;SAR=1;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687524;STB=0.887079;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.14863;OID=.;OPOS=68867223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766:14:47:10:47:37:9:1:16:21:30:33:13:1:12:21 chr16 68869448 . C CG 180.16 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113315;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.951;QD=45.0405;RBI=0.113374;REFB=0;REVB=0.00366678;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000470194;OID=.;OPOS=68869449;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:16:16:0:6:10:0:0:4:14:0:2:6:8 chr16 68869449 . A G 147.66 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0360543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.865;QD=36.9154;RBI=0.0365579;REFB=0.0147212;REVB=-0.00604702;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000270295;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:0:2:8:6:0:2 chr16 68919559 . T C 488.23 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0235373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.209;QD=33.1001;RBI=0.0257696;REFB=-0.0347835;REVB=0.0104912;RO=16;SAF=26;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859286;STB=0.546462;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0123272;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:17:26:7:9:17:26:7:9 chr16 69143577 . A G 66.39 PASS AF=0.212766;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00990037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8627;QD=5.65009;RBI=0.0119474;REFB=-0.0161904;REVB=-0.00668762;RO=37;SAF=8;SAR=1;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425132;STB=0.80763;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0809465;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:46:47:37:37:9:10:0.212766:1:8:23:14:1:9:23:14 chr16 69153251 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2283;QD=33.4283;RBI=0.106297;REFB=0;REVB=0.0874713;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236898;OID=.;OPOS=69153251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr16 69499731 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.301;QD=46.0576;RBI=0.0288623;REFB=-0.119794;REVB=-0.0235841;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00433422;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr16 69704122 . C CTG 303.73 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177025;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=284.205;QD=52.8218;RBI=0.0208735;REFB=0;REVB=0.0110599;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.37022e-05;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:25:23:23:0:13:10:0:0:4:2:12:9:2:0 chr16 69733460 . G A 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8726;QD=58.7729;RBI=0.0370199;REFB=0;REVB=-0.0169853;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309443;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr16 69733665 . T G 756.76 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362664;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.681;QD=61.7761;RBI=0.0418503;REFB=-0.121099;REVB=0.0208853;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00115531;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr16 69735271 . T A 1175.56 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0073;QD=59.5221;RBI=0.0612463;REFB=-0.028943;REVB=0.0506354;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000348782;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:78:78:0.987342:39:39:0:0:39:39:1:0 chr16 69748869 . G A 481.85 PASS AF=0.857143;AO=23;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0125703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.38;QD=45.8909;RBI=0.0127729;REFB=-0.0406336;REVB=0.00226622;RO=1;SAF=0;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.865825;STB=0.599943;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00215436;OID=.;OPOS=69748869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:42:1:6:23:36:0.857143:23:0:1:0:24:12:6:0 chr16 69963355 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.642;QD=55.6561;RBI=0.02627;REFB=0;REVB=0.0145917;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88585e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr16 69967897 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.453;QD=62.0218;RBI=0.0415208;REFB=0;REVB=-0.0148792;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110091;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr16 69970329 . A G 289.04 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.025;QD=52.5535;RBI=0.0524301;REFB=0;REVB=0.0438476;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141308;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr16 69973297 . C T 112.37 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0042583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.491;QD=5.28804;RBI=0.00467467;REFB=-0.00427073;REVB=0.00192858;RO=66;SAF=6;SAR=12;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316329;STB=0.702073;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0160962;OID=.;OPOS=69973297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:66:67:18:18:0.211765:12:6:39:27:12:6:40:27 chr16 69988373 . T C 654.83 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344011;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0645;QD=62.365;RBI=0.0368127;REFB=0;REVB=0.0131049;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309898;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr16 69988472 . C T 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0768064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.737;QD=34.7809;RBI=0.0768688;REFB=-0.0454253;REVB=-0.00309652;RO=7;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278129;STB=0.652037;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0121508;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:8:14:0:7:8:14:0:7 chr16 70010589 . T C 501.01 PASS AF=0.551724;AO=46;DP=86;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0046577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.486;QD=23.0351;RBI=0.00769433;REFB=-0.0234774;REVB=0.00612442;RO=38;SAF=12;SAR=34;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201465;STB=0.585539;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0342374;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:39:46:48:0.551724:34:12:18:20:34:14:18:21 chr16 70010610 . C T 579.66 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0244164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.718;QD=24.6662;RBI=0.0261314;REFB=0.005204;REVB=-0.00931055;RO=41;SAF=16;SAR=37;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142547;STB=0.578352;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00401499;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:37:16:19:22:37:16:19:22 chr16 70016573 . G A 1769.72 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.755;QD=59.9906;RBI=0.0390043;REFB=-0.0492727;REVB=0.0373049;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00067457;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:61:56:0:1:61:56:0:1 chr16 70161263 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00876122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.931;QD=4.15608;RBI=0.0087686;REFB=-0.00389082;REVB=-0.000359611;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226953;STB=0.684226;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0195638;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:1:5:18:8:1:5:18:9 chr16 70164334 . A G 428.78 PASS AF=0.327586;AO=47;DP=164;FAO=57;FDP=174;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=0.00171725;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.057;QD=9.8569;RBI=0.00594075;REFB=-0.00876869;REVB=0.00568714;RO=117;SAF=26;SAR=21;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239637;STB=0.528957;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0159678;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:174:117:117:47:57:0.327586:21:26:67:50:22:35:67:50 chr16 70165914 . T C 134.11 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0170073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3444;QD=9.41141;RBI=0.017192;REFB=-0.00749802;REVB=-0.00251307;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327232;STB=0.519459;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0441196;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:12:6:14:25:12:6:14:25 chr16 70170222 . G T 487.12 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0293597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.592;QD=13.7217;RBI=0.0299282;REFB=-0.0088383;REVB=0.00580561;RO=87;SAF=29;SAR=26;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110067;STB=0.562222;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0160758;OID=.;OPOS=70170222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:26:29:37:50:26:29:37:50 chr16 70172890 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00701248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.637;QD=12.0244;RBI=0.00938332;REFB=-0.0159481;REVB=0.00623473;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454259;STB=0.773306;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0262308;OID=.;OPOS=70172890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:11:9:10:2:11:9 chr16 70180088 . A T 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0012529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.763;QD=24.7735;RBI=0.014173;REFB=-0.00916867;REVB=0.0141175;RO=32;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130356;STB=0.571397;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00534291;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:19:26:13:19:19:26:13:19 chr16 70191029 . T G 265.08 PASS AF=0.276119;AO=37;DP=134;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0343879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.582;QD=7.91272;RBI=0.0451754;REFB=-0.0197061;REVB=-0.0292966;RO=95;SAF=21;SAR=16;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139243;STB=0.574839;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0429628;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:95:97:37:37:0.276119:16:21:43:52:16:21:45:52 chr16 70191161 . C T 213.08 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.0331243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5534;QD=7.41156;RBI=0.0331298;REFB=-0.00588314;REVB=-0.000607177;RO=84;SAF=6;SAR=25;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28382;STB=0.67268;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0216202;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:84:84:31:31:0.269565:25:6:32:52:25:6:32:52 chr16 70191333 . T C 553.05 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00626169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.251;QD=24.5798;RBI=0.00843166;REFB=-0.0302878;REVB=-0.0056466;RO=39;SAF=18;SAR=33;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111782;STB=0.561355;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0210746;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:33:18:19:20:33:18:19:20 chr16 70191566 . A G 422.04 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0263594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.597;QD=16.7146;RBI=0.0266632;REFB=-0.0055825;REVB=-0.00401332;RO=55;SAF=14;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123428;STB=0.5692;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0059629;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:32:14:23:32:32:14:23:32 chr16 70287172 . T TG 226.85 PASS AF=1;AO=8;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117033;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.96112;QD=25.2055;RBI=0.293777;REFB=-0.0230689;REVB=-0.26946;RO=29;SAF=0;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00486089;OID=.;OPOS=70287173;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:37:36:36:0:14:22:0:0:3:29:0:8:15:14 chr16 70287177 . A G 541.85 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.6215e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5856;QD=58.5785;RBI=0.0223347;REFB=0;REVB=-0.0223346;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457689;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:21:10:0:0:22:15:0:0 chr16 70298943 . G A 824.47 PASS AF=0.70297;AO=71;DP=101;FAO=71;FDP=101;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0567143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9645;QD=32.6524;RBI=0.0672898;REFB=-0.0379344;REVB=-0.0362133;RO=30;SAF=28;SAR=43;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136118;STB=0.572957;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00959505;OID=.;OPOS=70298943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:30:30:71:71:0.70297:43:28:5:25:43:28:5:25 chr16 70432197 . G A 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0184673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.434;QD=7.20364;RBI=0.0260905;REFB=1.61931e-05;REVB=-0.0184303;RO=50;SAF=15;SAR=3;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350822;STB=0.718472;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-8.73682e-05;OID=.;OPOS=70432197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:3:15:30:20:3:15:30:20 chr16 70506907 . T C 725.25 PASS AF=0.805556;AO=56;DP=71;FAO=58;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000333276;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.909;QD=40.2917;RBI=0.0248178;REFB=-0.0249279;REVB=0.0248155;RO=14;SAF=30;SAR=26;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01339;STB=0.506728;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00343294;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:72:14:14:56:58:0.805556:26:30:7:7:27:31:7:7 chr16 70546234 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.546;QD=51.9167;RBI=0.00696513;REFB=0;REVB=0.00428784;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41165e-05;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr16 70548296 . AG A,AA 759.0 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=17,37;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484119,-0.00814012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.1458,66.4169;QD=55.2;RBI=0.0270858,0.141882;REFB=0,0;REVB=-0.0266496,0.141648;RO=0;SAF=0,25;SAR=17,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0395105,0.0249684;OID=.,.;OPOS=70548297,70548297;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0181818,0.981818:17,37:55:1,54:55:0:0,25:1,29:0:0:3:0:0,25:17,12:0:0 chr16 70569215 . A T 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.636;QD=62.4634;RBI=0.0183535;REFB=0;REVB=-0.00248414;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42563e-05;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr16 70602221 . C T 1023.8 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00706376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6213;QD=56.0987;RBI=0.0619567;REFB=-0.181661;REVB=-0.0615527;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.500969;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0108956;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:73:0:2:71:71:0.972603:34:37:0:0:33:38:1:1 chr16 70680887 . TGGGGGGTC TGGGGGGGTC,TGGGGGGGT,TGGGGGGT 89.66 PASS AF=0,0,1;AO=2,5,2;DP=15;FAO=0,0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.59077,-0.328869,-0.0529281;FXX=0;HRUN=6,1,3;LEN=1,2,1;MLLD=6.95015,3.43208,9.10957;QD=23.9095;RBI=0.957209,0.624364,0.225784;REFB=-0.0528352,-0.0663921,-0.0216435;REVB=0.753153,0.530732,0.219492;RO=0;SAF=2,5,2;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,del;VARB=0.0740624,0,0.0251368;OID=.,.,.;OPOS=70680888,70680894,70680895;OREF=-,TC,C;OALT=G,GT,-;OMAPALT=TGGGGGGGTC,TGGGGGGGT,TGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1:2,5,2:15:0,0,15:15:0:0,0,11:0,0,4:0:0:3:0:2,5,2:0,0,0:0:0 chr16 70690989 . G C 644.27 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0356253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.476;QD=54.8315;RBI=0.0429654;REFB=0.0795965;REVB=0.0240179;RO=3;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344024;STB=0.540522;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00375945;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:43:44:0.93617:26:17:2:1:27:17:3:0 chr16 70694000 . C A 72.75 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00945183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2051;QD=8.81868;RBI=0.0118863;REFB=-0.0107812;REVB=-0.00720742;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390753;STB=0.741662;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0225577;OID=.;OPOS=70694000;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:22:23:10:10:0.30303:9:1:7:15:9:1:7:16 chr16 70697414 . T G 85.14 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0106987;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.564;QD=9.20445;RBI=0.0107727;REFB=-0.000985145;REVB=0.00126014;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443341;STB=0.763232;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00155386;OID=.;OPOS=70697414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:20:6:7:4:20:6 chr16 70710858 . C T 58.39 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0219586;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.263;QD=4.76669;RBI=0.0316169;REFB=-0.00715291;REVB=-0.0227475;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158612;STB=0.605152;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0348555;OID=.;OPOS=70710858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:4:5:17:23:4:5:17:23 chr16 70726795 . C A 1413.82 PASS AF=0.821705;AO=106;DP=131;FAO=106;FDP=129;FR=.;FRO=23;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0174999;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.32;QD=43.8393;RBI=0.042704;REFB=-0.0498071;REVB=0.0389536;RO=23;SAF=55;SAR=51;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427801;STB=0.522733;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00905032;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:23:23:106:106:0.821705:51:55:9:14:51:55:9:14 chr16 70796515 . G A 990.59 PASS AF=0.752294;AO=82;DP=109;FAO=82;FDP=109;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00904271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.082;QD=36.3518;RBI=0.013268;REFB=-0.0268274;REVB=0.00970924;RO=27;SAF=36;SAR=46;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714637;STB=0.538244;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00732621;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:27:27:82:82:0.752294:46:36:16:11:46:36:16:11 chr16 70818759 . A G 1219.02 PASS AF=0.701987;AO=96;DP=141;FAO=106;FDP=151;FR=.;FRO=45;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00944552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.133;QD=32.292;RBI=0.0264717;REFB=-0.0477213;REVB=0.0247292;RO=43;SAF=45;SAR=51;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155643;STB=0.512021;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0188483;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:151:43:45:96:106:0.701987:51:45:19:24:57:49:19:26 chr16 70883694 . G A 375.77 PASS AF=0.235537;AO=57;DP=244;FAO=57;FDP=242;FR=.;FRO=185;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=85;FSRR=100;FWDB=-0.0297609;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.197;QD=6.21103;RBI=0.0303192;REFB=-0.00823712;REVB=-0.00579155;RO=184;SAF=25;SAR=32;SRF=85;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298668;STB=0.516123;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0281555;OID=.;OPOS=70883694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:242:184:185:57:57:0.235537:32:25:85:99:32:25:85:100 chr16 70884524 . C G 524.87 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00496572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.777;QD=15.9052;RBI=0.0161809;REFB=-0.00862198;REVB=-0.0154001;RO=75;SAF=33;SAR=24;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583732;STB=0.503267;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0121918;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:24:33:43:32:24:33:43:32 chr16 70884534 . T A 492.12 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0192409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8453;QD=16.2684;RBI=0.0207603;REFB=0.0021875;REVB=-0.00779602;RO=67;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025955;STB=0.514497;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00162084;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:22:32:38:29:22:32:38:29 chr16 70886630 . C T 415.29 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0463467;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1739;QD=19.5428;RBI=0.061354;REFB=-0.0252097;REVB=0.0402032;RO=43;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242799;STB=0.518762;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.023972;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:43:41:42:0.494118:23:18:20:23:24:18:20:23 chr16 70889147 . A G 1049.73 PASS AF=0.602484;AO=97;DP=160;FAO=97;FDP=161;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0105166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.766;QD=26.0802;RBI=0.0175744;REFB=-0.012764;REVB=-0.0140806;RO=63;SAF=42;SAR=55;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201642;STB=0.514416;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0113892;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:63:64:97:97:0.602484:55:42:29:34:55:42:30:34 chr16 70894087 . T C 773.56 PASS AF=0.418269;AO=87;DP=208;FAO=87;FDP=208;FR=.;FRO=121;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.012344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.844;QD=14.8762;RBI=0.032044;REFB=-0.00508245;REVB=0.029571;RO=120;SAF=39;SAR=48;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279277;STB=0.518193;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0110183;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:120:121:87:87:0.418269:48:39:57:63:48:39:58:63 chr16 70896015 . GA G 522.71 PASS AF=0.523179;AO=78;DP=152;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.202336;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2442;QD=13.8467;RBI=0.205489;REFB=-0.0183034;REVB=-0.0358585;RO=68;SAF=51;SAR=27;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246224;STB=0.624646;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00933627;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523179:78:152:79:151:72:52:27:29:43:99:68:51:27:25:43 chr16 70896118 . A G 678.4 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.010002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1869;QD=16.3469;RBI=0.0377814;REFB=-0.0260617;REVB=-0.0364334;RO=91;SAF=34;SAR=40;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864882;STB=0.544392;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0255166;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:91:92:74:74:0.445783:40:34:34:57:40:34:35:57 chr16 70896122 . A C 282.19 PASS AF=0.257669;AO=41;DP=162;FAO=42;FDP=163;FR=.;FRO=121;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=0.0112222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8909;QD=6.92488;RBI=0.0113901;REFB=-0.0173195;REVB=0.0019485;RO=120;SAF=23;SAR=18;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248836;STB=0.640109;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0349109;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:120:121:41:42:0.257669:18:23:43:77:19:23:43:78 chr16 70897039 . C G 706.44 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=0.00821458;FXX=0.0230751;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.497;QD=22.2499;RBI=0.0251429;REFB=-0.0123289;REVB=0.0237631;RO=59;SAF=37;SAR=31;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145722;STB=0.579622;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0125008;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:31:37:42:17:31:37:42:17 chr16 70902541 . G A 445.02 PASS AF=0.215339;AO=73;DP=338;FAO=73;FDP=339;FR=.;FRO=266;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=112;FSRR=154;FWDB=-0.00637389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.774;QD=5.25093;RBI=0.0200466;REFB=-0.00381109;REVB=-0.0190063;RO=265;SAF=33;SAR=40;SRF=112;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383185;STB=0.524661;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0110206;OID=.;OPOS=70902541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:339:265:266:73:73:0.215339:40:33:112:153:40:33:112:154 chr16 70902559 . C T 1467.11 PASS AF=0.493197;AO=145;DP=294;FAO=145;FDP=294;FR=.;FRO=149;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=0.00729188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.388;QD=19.9607;RBI=0.0118621;REFB=-0.0150323;REVB=-0.00935622;RO=146;SAF=60;SAR=85;SRF=60;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267363;STB=0.504706;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0119044;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:146:149:145:145:0.493197:85:60:60:86:85:60:63:86 chr16 70902568 . C T 1462.46 PASS AF=0.516245;AO=143;DP=278;FAO=143;FDP=277;FR=.;FRO=134;FSAF=61;FSAR=82;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=-0.0015162;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.924;QD=21.1186;RBI=0.00187281;REFB=0.00512066;REVB=-0.00109935;RO=134;SAF=61;SAR=82;SRF=51;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418755;STB=0.522881;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00404313;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:134:134:143:143:0.516245:82:61:51:83:82:61:51:83 chr16 70902683 . G A 106.98 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00586224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.663;QD=12.2261;RBI=0.00990344;REFB=-0.0239287;REVB=0.007982;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257142;STB=0.655353;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0151171;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:11:2:7:15:11:2:7:15 chr16 70908239 . G A 115.46 PASS AF=0.165414;AO=22;DP=133;FAO=22;FDP=133;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.0136895;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7359;QD=3.47236;RBI=0.0142056;REFB=-0.00075003;REVB=0.00379436;RO=110;SAF=8;SAR=14;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960972;STB=0.567505;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00587508;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:110:111:22:22:0.165414:14:8:48:62:14:8:49:62 chr16 70908736 . A G 255.31 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.00332746;FXX=0.0515411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.945;QD=11.1005;RBI=0.00929942;REFB=-0.0076104;REVB=-0.00868373;RO=58;SAF=21;SAR=9;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576968;STB=0.503814;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.01665;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:61:30:31:0.336957:9:21:43:15:9:22:43:18 chr16 70913386 . G A 766.07 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0132774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.374;QD=22.6984;RBI=0.0142039;REFB=-0.0182354;REVB=0.00504596;RO=62;SAF=35;SAR=38;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030768;STB=0.516845;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0152943;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:62:73:73:0.540741:38:35:32:30:38:35:32:30 chr16 70917855 . A G 627.51 PASS AF=0.405714;AO=71;DP=175;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=71;FWDB=0.021619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6684;QD=14.343;RBI=0.0233053;REFB=-0.00598456;REVB=-0.00870398;RO=103;SAF=29;SAR=42;SRF=33;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983423;STB=0.557203;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00844142;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:103:104:71:71:0.405714:42:29:33:70:42:29:33:71 chr16 70917931 . C G 766.84 PASS AF=0.5;AO=74;DP=154;FAO=80;FDP=160;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=0.0221341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.266;QD=19.1711;RBI=0.0253093;REFB=-0.00957368;REVB=0.0122736;RO=80;SAF=30;SAR=44;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798507;STB=0.545845;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0114602;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:160:80:80:74:80:0.5:44:30:26:54:47:33:26:54 chr16 70926334 . G C 213.14 PASS AF=0.162264;AO=43;DP=266;FAO=43;FDP=265;FR=.;FRO=222;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=124;FSRR=98;FWDB=0.00334663;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.8;QD=3.2172;RBI=0.0160253;REFB=-0.00459094;REVB=0.015672;RO=220;SAF=17;SAR=26;SRF=124;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21481;STB=0.634853;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0299177;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:220:222:43:43:0.162264:26:17:124:96:26:17:124:98 chr16 70934974 . T C 139.73 PASS AF=0.216981;AO=21;DP=104;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00323123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.905;QD=5.27291;RBI=0.00685291;REFB=-0.00994994;REVB=-0.0060433;RO=83;SAF=11;SAR=10;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725885;STB=0.53112;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0272055;OID=.;OPOS=70934974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:83:83:21:23:0.216981:10:11:43:40:12:11:43:40 chr16 70937582 . G A 221.0 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0176441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.357;QD=8.18524;RBI=0.0178771;REFB=0.00318933;REVB=-0.00287723;RO=77;SAF=16;SAR=15;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116051;STB=0.506869;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00868587;OID=.;OPOS=70937582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:15:16:39:38:15:16:39:38 chr16 70942688 . A C 1078.51 PASS AF=0.480349;AO=110;DP=229;FAO=110;FDP=229;FR=.;FRO=119;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=43;FWDB=-0.0368029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1537;QD=18.8386;RBI=0.0395254;REFB=-0.0105083;REVB=-0.0144153;RO=119;SAF=66;SAR=44;SRF=76;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383288;STB=0.521097;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0122915;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:119:119:110:110:0.480349:44:66:76:43:44:66:76:43 chr16 70954513 . T C 340.15 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00197523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9139;QD=15.639;RBI=0.0570327;REFB=-0.0370098;REVB=-0.0569985;RO=49;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145597;STB=0.588718;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0447409;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:50:37:37:0.425287:13:24:25:24:13:24:25:25 chr16 70954571 . CT TA 144.13 PASS AF=0.241379;AO=19;DP=85;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00262873;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.357;QD=6.62677;RBI=0.021853;REFB=-0.0102079;REVB=0.0216943;RO=63;SAF=15;SAR=4;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438184;STB=0.775161;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0199438;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:63:66:19:21:0.241379:4:15:28:35:4:17:31:35 chr16 70954606 . C T 125.45 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0326994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.819;QD=6.35193;RBI=0.0379989;REFB=-0.0212626;REVB=-0.0193563;RO=60;SAF=16;SAR=3;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509467;STB=0.816669;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0760131;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:3:16:27:33:3:16:27:33 chr16 70954691 . T C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0644468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4299;QD=12.6365;RBI=0.0791471;REFB=-0.0119796;REVB=-0.0459443;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.676295;STB=0.903841;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0146494;OID=.;OPOS=70954691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:1:12:7:14:1:12:7:14 chr16 70954717 . GT AG 30.42 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=22;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0548378;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.611;QD=5.53152;RBI=0.0575776;REFB=-0.0244809;REVB=-0.01755;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443561;STB=0.798801;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0855354;OID=.;OPOS=70954717;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:22:22:17:17:5:5:0.227273:1:4:7:10:1:4:7:10 chr16 70954774 . A G 118.87 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0179646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.703;QD=13.2082;RBI=0.206497;REFB=-0.0179745;REVB=-0.205714;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112232;STB=0.585457;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0244037;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:4:10:13:8:4:10:13:9 chr16 70954809 . C A 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0151204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.258;QD=13.7736;RBI=0.01656;REFB=-0.00192056;REVB=-0.00675333;RO=31;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391857;STB=0.727039;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00495942;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:5:15:12:19:5:15:12:19 chr16 70954915 . G T 1238.57 PASS AF=0.955056;AO=83;DP=87;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.018906;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.502;QD=55.666;RBI=0.019273;REFB=-0.0739722;REVB=0.00374305;RO=4;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371042;STB=0.519603;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000847988;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:89:4:4:83:85:0.955056:49:34:0:4:49:36:0:4 chr16 70954945 . T A 469.49 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0249557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.734;QD=20.4128;RBI=0.0252835;REFB=-0.0208519;REVB=-0.00405829;RO=46;SAF=15;SAR=30;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147622;STB=0.512255;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0191625;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:46:45:46:0.5:30:15:16:30:31:15:16:30 chr16 70972595 . T C 354.05 PASS AF=0.34375;AO=45;DP=128;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0116147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7184;QD=11.064;RBI=0.0123144;REFB=0.00556382;REVB=0.00409164;RO=83;SAF=27;SAR=18;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942471;STB=0.568183;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0136384;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:83:84:45:44:0.34375:18:27:43:40:17:27:43:41 chr16 70972615 . GA AT,GAT 34.76 PASS AF=0.0505051,0.0707071;AO=8,11;DP=104;FAO=5,7;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=5,6;FSAR=0,1;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0785639,-0.0657572;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=90.4844,83.4751;QD=1.40438;RBI=0.0786036,0.0657678;REFB=2.04483e-05,-0.00148552;REVB=-0.00249652,-0.00118461;RO=84;SAF=8,9;SAR=0,2;SRF=38;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.615751,0.439186;STB=0.998006,0.856124;STBP=0.011,0.064;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0822205,0.0986267;OID=.,.;OPOS=70972615,70972617;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:104:99:84:87:8,11:5,7:0.0505051,0.0707071:0,2:8,9:38:46:0,1:5,6:41:46 chr16 70972620 . G C 430.58 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.027059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.515;QD=17.3972;RBI=0.0285506;REFB=-0.0226375;REVB=-0.00910759;RO=55;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156607;STB=0.50253;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.026113;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:55:43:44:0.444444:21:22:29:26:21:23:29:26 chr16 70975565 . T C 197.43 PASS AF=0.19337;AO=34;DP=181;FAO=35;FDP=181;FR=.;FRO=146;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=-0.000688467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.064;QD=4.36312;RBI=0.00665692;REFB=-0.00469171;REVB=0.00662122;RO=142;SAF=21;SAR=13;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13454;STB=0.564985;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0187153;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:142:146:34:35:0.19337:13:21:73:69:14:21:76:70 chr16 70975667 . T C 894.8 PASS AF=0.55414;AO=86;DP=156;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=65;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0156794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.788;QD=22.7974;RBI=0.0173443;REFB=-0.0208469;REVB=0.00741484;RO=69;SAF=65;SAR=21;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271726;STB=0.640092;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0175993;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:69:70:86:87:0.55414:21:65:32:37:22:65:33:37 chr16 70986480 . G A 1290.53 PASS AF=0.54386;AO=121;DP=225;FAO=124;FDP=228;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0320525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1981;QD=22.6409;RBI=0.0321088;REFB=0.0113084;REVB=0.00190092;RO=104;SAF=45;SAR=76;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542242;STB=0.529697;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0136848;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:104:104:121:124:0.54386:76:45:45:59:78:46:45:59 chr16 70989299 . C T 1014.8 PASS AF=0.52973;AO=97;DP=182;FAO=98;FDP=185;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00615845;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.244;QD=21.9417;RBI=0.0426298;REFB=-0.0124338;REVB=0.0421827;RO=82;SAF=43;SAR=54;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683031;STB=0.542975;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0112423;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:82:87:97:98:0.52973:54:43:43:39:54:44:47:40 chr16 70989335 . G A 959.33 PASS AF=0.513661;AO=92;DP=178;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00727968;FXX=0.0161282;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.205;QD=20.9688;RBI=0.00740262;REFB=-0.0193767;REVB=-0.00134352;RO=85;SAF=51;SAR=41;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838272;STB=0.534397;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0162614;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:183:85:89:92:94:0.513661:41:51:39:46:43:51:42:47 chr16 70993566 . A G 1692.06 PASS AF=0.636364;AO=147;DP=231;FAO=147;FDP=231;FR=.;FRO=84;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.000990043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2138;QD=29.2998;RBI=0.00369453;REFB=-0.00624703;REVB=-0.0035594;RO=84;SAF=79;SAR=68;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115479;STB=0.500622;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00281307;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:84:84:147:147:0.636364:68:79:45:39:68:79:45:39 chr16 71008169 . T C 833.73 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=174;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.0164543;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.717;QD=19.1661;RBI=0.0194135;REFB=-0.0128492;REVB=0.0103024;RO=87;SAF=34;SAR=51;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564191;STB=0.537727;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0131341;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:89:85:85:0.488506:51:34:40:47:51:34:42:47 chr16 71012855 . T C 487.99 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00502418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.568;QD=15.3698;RBI=0.0216511;REFB=-0.00549422;REVB=0.0210601;RO=73;SAF=21;SAR=33;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123075;STB=0.569109;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00860096;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:33:21:37:36:33:21:37:36 chr16 71015329 . G T 87.58 PASS AF=0.0903427;AO=29;DP=322;FAO=29;FDP=321;FR=.;FRO=292;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=142;FSRR=150;FWDB=-0.00844695;FXX=0.00310549;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.951;QD=1.09134;RBI=0.00853018;REFB=-0.00123864;REVB=0.00118873;RO=288;SAF=13;SAR=16;SRF=139;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410761;STB=0.534689;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0158299;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:322:321:288:292:29:29:0.0903427:16:13:139:149:16:13:142:150 chr16 71025245 . CG GT,TG 212.97 PASS AF=0.0361446,0.301205;AO=3,18;DP=75;FAO=3,25;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=1,18;FSAR=2,7;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.000943991,-0.00380558;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=150.669,158.539;QD=10.2637;RBI=0.00102916,0.00388474;REFB=-0.000110527,0.000595189;REVB=0.000409932,-0.000780271;RO=37;SAF=1,14;SAR=2,4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0754092,0.434721;STB=0.601712,0.699224;STBP=0.734,0.024;TYPE=mnp,snp;VARB=0.125134,-0.00077984;OID=.,.;OPOS=71025245,71025245;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:83:37:55:3,18:3,25:0.0361446,0.301205:2,4:1,14:15:22:2,7:1,18:24:31 chr16 71026076 . C G 363.68 PASS AF=0.536232;AO=35;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0874979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8738;QD=21.083;RBI=0.0891197;REFB=0.0104185;REVB=-0.0169241;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853921;STB=0.536416;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00579979;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:32:35:37:0.536232:13:22:23:9:13:24:23:9 chr16 71026098 . C T 92.56 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0242264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.848;QD=9.25633;RBI=0.0276065;REFB=-0.00177046;REVB=0.0132363;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509031;STB=0.818417;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00207906;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:25:28:12:12:0.3:10:2:15:10:10:2:17:11 chr16 71054178 . T C 625.5 PASS AF=0.442177;AO=65;DP=147;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00561765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.622;QD=17.0204;RBI=0.010748;REFB=-0.00826218;REVB=0.00916308;RO=81;SAF=30;SAR=35;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475703;STB=0.501052;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00775962;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:82:65:65:0.442177:35:30:37:44:35:30:38:44 chr16 71061495 . A G 1596.07 PASS AF=0.577519;AO=149;DP=258;FAO=149;FDP=258;FR=.;FRO=109;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.00318174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.095;QD=24.7453;RBI=0.0113212;REFB=-0.0293058;REVB=0.0108649;RO=108;SAF=84;SAR=65;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013736;STB=0.505703;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.025504;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:108:109:149:149:0.577519:65:84:59:49:65:84:60:49 chr16 71098649 . T C 1060.1 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=182;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00298703;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3844;QD=23.4276;RBI=0.00445315;REFB=-0.00236019;REVB=-0.00330276;RO=79;SAF=39;SAR=61;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147392;STB=0.575263;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00173035;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:79:81:100:100:0.552486:61:39:45:34:61:39:45:36 chr16 71100830 . T C 167.58 PASS AF=0.291139;AO=22;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00220147;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.54;QD=8.48518;RBI=0.00981326;REFB=-0.013683;REVB=0.00956314;RO=54;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272133;STB=0.640409;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0370796;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:56:22:23:0.291139:10:12:17:37:11:12:18:38 chr16 71100838 . T C 301.53 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0125831;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.59;QD=16.5224;RBI=0.012618;REFB=0.00186867;REVB=0.000937389;RO=39;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215524;STB=0.615998;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00229266;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:40:33:33:0.452055:23:10:20:19:23:10:20:20 chr16 71101200 . T C 469.05 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00504839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.452;QD=20.3934;RBI=0.00924641;REFB=0.00300065;REVB=0.0077466;RO=45;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502846;STB=0.532749;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00302902;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:24:22:19:26:24:22:19:27 chr16 71101270 . C T 479.01 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0173096;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.469;QD=22.0234;RBI=0.0182959;REFB=-0.00311805;REVB=0.00592602;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127125;STB=0.507011;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00371519;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:24:22:19:22:24:22:19:22 chr16 71103269 . T C 1584.82 PASS AF=0.432225;AO=169;DP=391;FAO=169;FDP=391;FR=.;FRO=222;FSAF=76;FSAR=93;FSRF=99;FSRR=123;FWDB=0.00622026;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.647;QD=16.213;RBI=0.00625994;REFB=-0.0057293;REVB=-0.00070363;RO=217;SAF=76;SAR=93;SRF=97;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027666;STB=0.502156;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00713492;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:217:222:169:169:0.432225:93:76:97:120:93:76:99:123 chr16 71103393 . G T 397.79 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=137;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.0314975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7166;QD=11.6142;RBI=0.0338844;REFB=-0.00592263;REVB=0.0124923;RO=89;SAF=20;SAR=28;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675817;STB=0.538641;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00987844;OID=.;OPOS=71103393;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:89:48:48:0.350365:28:20:32:57:28:20:32:57 chr16 71109904 . C A 949.1 PASS AF=0.558282;AO=91;DP=165;FAO=91;FDP=163;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.0232884;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.864;QD=23.2909;RBI=0.0243295;REFB=-0.0189146;REVB=0.00704093;RO=71;SAF=28;SAR=63;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204333;STB=0.506063;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.01354;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:71:72:91:91:0.558282:63:28:22:49:63:28:23:49 chr16 71113780 . C T 239.21 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0272919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.802;QD=14.2814;RBI=0.0275421;REFB=-0.0177882;REVB=-0.0037039;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221299;STB=0.630826;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0251324;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:15:13:26:12:15:13:27:12 chr16 71122408 . C T 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0827125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3772;QD=17.0632;RBI=0.092983;REFB=0.0144416;REVB=-0.0424793;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447531;STB=0.512306;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0204572;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:12:16:17:13:12:16:17:14 chr16 71163579 . C T 536.78 PASS AF=0.456693;AO=56;DP=126;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0230541;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.94;QD=16.9064;RBI=0.0570553;REFB=-0.00974768;REVB=0.0521902;RO=68;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831311;STB=0.500549;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0102218;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:69:56:58:0.456693:30:26:31:37:32:26:31:38 chr16 71163606 . C T 488.37 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00364223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.992;QD=15.3816;RBI=0.023255;REFB=-0.0216641;REVB=-0.022968;RO=72;SAF=27;SAR=27;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056656;STB=0.53542;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0351787;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:73:54:54:0.425197:27:27:32:40:27:27:32:41 chr16 71318577 . T C 441.77 PASS AF=0.735849;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0230129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.152;QD=33.341;RBI=0.0384654;REFB=-0.00164831;REVB=0.030822;RO=14;SAF=23;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101019;STB=0.554509;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000753838;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:14:39:39:0.735849:16:23:11:3:16:23:11:3 chr16 71319539 . C T 216.75 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0288615;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.597;QD=28.8996;RBI=0.0288765;REFB=0.00583448;REVB=-0.0009306;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13157;STB=0.55097;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00514007;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:30:9:10:20:20:0.666667:11:9:2:7:11:9:3:7 chr16 71319646 . G A 742.53 PASS AF=0.704545;AO=58;DP=87;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.034126;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3742;QD=33.7515;RBI=0.0351059;REFB=-0.0169999;REVB=-0.00823618;RO=25;SAF=38;SAR=20;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214784;STB=0.602376;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00605289;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:25:26:58:62:0.704545:20:38:7:18:22:40:8:18 chr16 71570753 . TG T 96.2 PASS AF=0.408163;AO=22;DP=51;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0310715;FXX=0.039208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9535;QD=7.85326;RBI=0.0721914;REFB=-0.0531395;REVB=-0.0651626;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40035;STB=0.793091;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0487843;OID=.;OPOS=71570754;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:22:51:20:49:29:4:16:20:9:96:26:6:16:18:8 chr16 71678932 . T C 90.29 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00484227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.653;QD=7.85125;RBI=0.0135277;REFB=0.00180895;REVB=0.0126314;RO=34;SAF=9;SAR=3;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229713;STB=0.514262;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.006401;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:3:9:25:9:3:9:25:9 chr16 71679057 . C T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00603221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.362;QD=15.7837;RBI=0.0691822;REFB=0.0178327;REVB=-0.0689187;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339042;STB=0.698104;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0307198;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:9:8:11:3:9:8 chr16 71681891 . T A,TA 100.04 PASS AF=0,0.5;AO=5,13;DP=42;FAO=0,22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00226815,0.0539054;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=263.449,11.9202;QD=9.09472;RBI=0.00361409,0.105767;REFB=0.00244208,-0.109983;REVB=0.00281374,0.0909994;RO=24;SAF=3,5;SAR=2,8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.139757,-0.342312;STB=0.5,0.63403;STBP=1,0.099;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.144834;OID=.,.;OPOS=71681891,71681892;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:44:24:22:5,13:0,22:0,0.5:2,8:3,5:17:7:0,12:0,10:16:6 chr16 71800384 . T A 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0179769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.356;QD=6.78826;RBI=0.0201049;REFB=-0.0108228;REVB=0.00900201;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306466;STB=0.683723;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0268929;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:22:23:8:8:0.258065:6:2:11:11:6:2:11:12 chr16 71885482 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0419917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.496;QD=16.199;RBI=0.0436734;REFB=-0.0097358;REVB=-0.0120024;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0215802;OID=.;OPOS=71885482;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr16 71889173 . C T 160.36 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0150019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.115;QD=10.3455;RBI=0.0161611;REFB=-0.00680775;REVB=0.00601025;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680506;STB=0.539839;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0124885;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:10:11:19:22:10:11:19:22 chr16 71890489 . C G 83.35 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=16;FWDB=-0.0123512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.183;QD=3.78855;RBI=0.0181524;REFB=-0.00616408;REVB=-0.0133026;RO=73;SAF=12;SAR=3;SRF=57;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363128;STB=0.524105;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.027582;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:15:15:0.170455:3:12:57:16:3:12:57:16 chr16 71981414 . C CTTTG 102.58 PASS AF=0.223684;AO=16;DP=77;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00308584;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=4;MLLD=298.043;QD=5.39909;RBI=0.00311452;REFB=-0.00336924;REVB=-0.000421686;RO=58;SAF=6;SAR=10;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157214;STB=0.562426;STBP=0.571;TYPE=ins;VARB=0.0109576;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.223684:16:77:17:76:59:7:10:29:30:99:58:6:10:29:29 chr16 71983772 . G C 98.99 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0349516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.759;QD=6.49089;RBI=0.0349539;REFB=-0.0025129;REVB=0.000402645;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379586;STB=0.589904;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0107122;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:46:15:15:0.245902:7:8:7:27:7:8:19:27 chr16 71986946 . A G 49.03 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0780984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.301;QD=4.00232;RBI=0.0812238;REFB=-0.00638731;REVB=0.0223148;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165191;STB=0.611979;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0411054;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:4:4:26:15:4:4:26:15 chr16 71988106 . C T 106.29 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.029759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.432;QD=6.74826;RBI=0.0338598;REFB=-0.0136446;REVB=0.0161519;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179386;STB=0.616297;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0415769;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:46:47:16:16:0.253968:9:7:27:19:9:7:28:19 chr16 72007232 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.188;QD=56.9569;RBI=0.00879948;REFB=0;REVB=0.00861433;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43848e-05;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr16 72032231 . T A 68.82 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0117704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.056;QD=5.98455;RBI=0.0206912;REFB=-0.00683644;REVB=-0.0170171;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838961;STB=0.554343;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0258108;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:3:7:23:13:3:7:23:13 chr16 72042682 . A C 93.39 PASS AF=0.234375;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.000103888;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.459;QD=5.83668;RBI=0.0270659;REFB=-0.0174958;REVB=-0.0270657;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101023;STB=0.548792;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0698775;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:61:64:45:49:14:15:0.234375:6:8:22:23:7:8:23:26 chr16 72162610 . G C 666.84 PASS AF=0.630435;AO=55;DP=89;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0548577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2413;QD=28.9931;RBI=0.0736135;REFB=-0.017782;REVB=0.0490875;RO=34;SAF=19;SAR=36;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171253;STB=0.522116;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.010656;OID=.;OPOS=72162610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:34:34:55:58:0.630435:36:19:11:23:36:22:11:23 chr16 72818965 . T TA 58.24 PASS AF=0.22;AO=21;DP=101;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=21;FWDB=-0.0397386;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2253;QD=2.32959;RBI=0.0413563;REFB=-0.0211445;REVB=0.0114537;RO=78;SAF=9;SAR=12;SRF=57;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374232;STB=0.736931;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0336132;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22:21:101:22:100:78:9:13:57:21:58:78:9:12:57:21 chr16 72827758 . T C 606.98 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.198;QD=60.6976;RBI=0.0247771;REFB=0;REVB=-0.00136182;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93204e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr16 72828403 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0671314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6833;QD=4.30387;RBI=0.071533;REFB=0.00497325;REVB=-0.0247052;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348573;STB=0.523732;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0231681;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:8:18:4:2:8:18 chr16 72829630 . A G 99.21 PASS AF=0.263158;AO=13;DP=55;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0158655;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0163;QD=6.96237;RBI=0.0159315;REFB=-0.0310718;REVB=-0.00144891;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593104;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0550001;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:37:42:13:15:0.263158:5:8:21:16:6:9:24:18 chr16 72831357 . CTTGTTG C 107.78 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0553258;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=172.253;QD=15.9681;RBI=0.0553785;REFB=-0.0566364;REVB=-0.00241544;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166735;STB=0.522358;STBP=0.811;TYPE=del;VARB=0.0464977;OID=.;OPOS=72831358;OREF=TTGTTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:13:25:15:27:12:7:8:5:7:77:5:6:7:4:1 chr16 72831652 . G A 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00524556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.35;QD=3.88719;RBI=0.0290326;REFB=-0.00166022;REVB=0.0285547;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031286;STB=0.521668;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0185693;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:9:20:4:2:9:20 chr16 72832135 . T A 899.68 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.611;QD=58.0436;RBI=0.0372234;REFB=0;REVB=0.0217784;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29182e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr16 72991660 . C G 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7459;QD=59.4209;RBI=0.0237758;REFB=0;REVB=0.0236357;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142531;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr16 72991715 . A G 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317288;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5507;QD=39.6133;RBI=0.0394558;REFB=0;REVB=0.023453;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124733;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 73143402 . C A,CAGA 371.2 PASS AF=0.0540541,0.756757;AO=2,27;DP=37;FAO=2,28;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=2,15;FSAR=0,13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00718195,-0.00289032;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=112.431,140.55;QD=40.1295;RBI=0.00726893,0.005766;REFB=0.021806,0.00129193;REVB=-0.00112115,0.00498927;RO=6;SAF=2,15;SAR=0,12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658493,0.0747445;STB=0.994469,0.521457;STBP=0.176,0.609;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0448341,-0.00891574;OID=.,.;OPOS=73143402,73143403;OREF=C,-;OALT=A,AGA;OMAPALT=A,CAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:37:37:6:7:2,27:2,28:0.0540541,0.756757:0,12:2,15:2:4:0,13:2,15:3:4 chr16 74366531 . A C 230.69 PASS AF=0.628571;AO=18;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0291459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.388;QD=26.3643;RBI=0.0320127;REFB=-0.0219102;REVB=0.0132412;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.531222;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0156008;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:18:22:0.628571:11:7:7:6:12:10:7:6 chr16 74372357 . C T 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00199925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.564;QD=2.60638;RBI=0.0140055;REFB=0.000733881;REVB=-0.013862;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131561;STB=0.593395;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0055781;OID=.;OPOS=74372357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:4:6:32:33:4:6:32:33 chr16 74394671 . T C 118.95 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0219291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.074;QD=6.51767;RBI=0.0219393;REFB=-0.00621689;REVB=0.000668494;RO=55;SAF=11;SAR=7;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14851;STB=0.591296;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0228073;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:7:11:27:28:7:11:27:28 chr16 74394745 . A G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0071719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.609;QD=2.70713;RBI=0.00729168;REFB=0.00505537;REVB=-0.00131622;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225074;STB=0.684326;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0637568;OID=.;OPOS=74394745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:40:42:6:6:0.125:2:4:19:21:2:4:19:23 chr16 74425358 . G A 74.82 PASS AF=0.110526;AO=18;DP=187;FAO=21;FDP=190;FR=.;FRO=169;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=142;FSRR=27;FWDB=-0.00506866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.73;QD=1.5752;RBI=0.0437602;REFB=-0.00150259;REVB=-0.0434657;RO=169;SAF=10;SAR=8;SRF=142;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413127;STB=0.731407;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0127751;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:187:190:169:169:18:21:0.110526:8:10:142:27:8:13:142:27 chr16 74425548 . A G 747.16 PASS AF=0.506667;AO=74;DP=151;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=-0.025168;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6464;QD=19.9243;RBI=0.0580345;REFB=-0.0203175;REVB=0.0522932;RO=71;SAF=44;SAR=30;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090092;STB=0.550487;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0242195;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:71:74:74:76:0.506667:30:44:49:22:31:45:51:23 chr16 74425702 . GG AA 146.92 PASS AF=0.162304;AO=13;DP=174;FAO=31;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=160;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=87;FWDB=-0.0127471;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.887;QD=3.07674;RBI=0.0339683;REFB=-0.00806765;REVB=0.0314858;RO=128;SAF=7;SAR=6;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994213;STB=0.61735;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=0.0481367;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:191:128:160:13:31:0.162304:6:7:58:70:21:10:73:87 chr16 74425732 . G T 287.61 PASS AF=0.237838;AO=42;DP=185;FAO=44;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=140;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=-0.0203158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.444;QD=6.21857;RBI=0.0674682;REFB=-0.0234013;REVB=-0.0643368;RO=116;SAF=16;SAR=26;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230209;STB=0.548171;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0726983;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:116:140:42:44:0.237838:26:16:66:50:26:18:66:74 chr16 74425769 . C T 268.32 PASS AF=0.25641;AO=40;DP=157;FAO=40;FDP=156;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.00330051;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2066;QD=6.87989;RBI=0.0204937;REFB=-0.0216942;REVB=-0.0202262;RO=115;SAF=15;SAR=25;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109565;STB=0.569272;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0751394;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:115:116:40:40:0.25641:25:15:53:62:25:15:54:62 chr16 74425787 . G T 273.36 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=123;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0128345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.334;QD=8.88984;RBI=0.0142746;REFB=-0.0120052;REVB=-0.00624823;RO=86;SAF=16;SAR=21;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809403;STB=0.547477;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0203057;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:86:37:37:0.300813:21:16:43:43:21:16:43:43 chr16 74425793 . T C 230.77 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00220803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.207;QD=8.4686;RBI=0.0142892;REFB=-0.0201096;REVB=-0.0141175;RO=72;SAF=12;SAR=20;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150129;STB=0.594346;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.037484;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:77:32:32:0.293578:20:12:36:36:20:12:39:38 chr16 74425795 . G A 222.33 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00321478;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1447;QD=8.31132;RBI=0.00901126;REFB=-0.0430883;REVB=-0.00841831;RO=68;SAF=12;SAR=19;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100246;STB=0.590435;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0251157;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:68:76:31:31:0.28972:19:12:32:36:19:12:39:37 chr16 74425826 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0203323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.04;QD=10.9729;RBI=0.0221706;REFB=-0.0128781;REVB=-0.00883945;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230414;STB=0.638514;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0438441;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:4:11:17:14:4:11:17:14 chr16 74443542 . G C 271.19 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00693687;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.343;QD=14.2732;RBI=0.0211143;REFB=-0.0111653;REVB=0.0199422;RO=45;SAF=5;SAR=26;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376911;STB=0.71807;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0134395;OID=.;OPOS=74443542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:26:5:20:25:26:5:20:25 chr16 74499589 . G A 109.3 PASS AF=0.239437;AO=16;DP=70;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00383644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.202;QD=6.15764;RBI=0.0396712;REFB=-0.0140478;REVB=-0.0394853;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181744;STB=0.529377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0315372;OID=.;OPOS=74499589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:54:54:16:17:0.239437:6:10:33:21:6:11:33:21 chr16 74537591 . C T 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00513582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.061;QD=34.2032;RBI=0.00598109;REFB=-0.0365991;REVB=-0.00306543;RO=7;SAF=15;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.575154;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00973467;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:7:8:23:23:0.741935:8:15:3:4:8:15:3:5 chr16 74664810 . A T 520.52 PASS AF=0.737705;AO=45;DP=61;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.127379;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7439;QD=34.1323;RBI=0.127409;REFB=-0.0288409;REVB=-0.00274774;RO=15;SAF=18;SAR=27;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634696;STB=0.527015;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0102198;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:15:16:45:45:0.737705:27:18:8:7:27:18:8:8 chr16 74670458 . C T 400.66 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0193299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.18;QD=42.175;RBI=0.0557819;REFB=0.009614;REVB=-0.0523257;RO=7;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898248;STB=0.548416;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00239737;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:19:12:1:6:19:12:1:6 chr16 74695079 . G T 567.06 PASS AF=0.742424;AO=48;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00232441;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1984;QD=34.3672;RBI=0.0312096;REFB=-0.00374981;REVB=-0.0311229;RO=17;SAF=30;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189197;STB=0.506491;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00249766;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:48:49:0.742424:18:30:10:7:19:30:10:7 chr16 74750405 . G A 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.016989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5699;QD=11.331;RBI=0.0347782;REFB=-0.0229067;REVB=-0.0303462;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764117;STB=0.560351;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0543656;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:14:14:0.341463:9:5:11:15:9:5:12:15 chr16 75238103 . C T 817.51 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4007;QD=57.3691;RBI=0.0308454;REFB=0;REVB=-0.0111302;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151035;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr16 75269003 . G A 84.82 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0310929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.753;QD=14.1366;RBI=0.0389456;REFB=-0.0256953;REVB=0.0234519;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452513;STB=0.526269;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0727712;OID=.;OPOS=75269003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:2:11:9:2:2:11 chr16 75269267 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.214;QD=61.3332;RBI=0.0164325;REFB=0;REVB=-0.0105239;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44933e-06;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr16 75269534 . C T 273.27 PASS AF=0.793103;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0440579;FXX=0.121175;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.105;QD=37.6919;RBI=0.0648592;REFB=-0.0608807;REVB=0.0475985;RO=6;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102244;STB=0.548151;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0176243;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:32:29:6:6:22:23:0.793103:9:13:2:4:10:13:2:4 chr16 75271146 . CCG CC,C 86.65 PASS AF=0.142857,0.153061;AO=14,12;DP=105;FAO=14,15;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=0,10;FSAR=14,5;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.054739,-0.0993335;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.5274,18.9056;QD=3.53671;RBI=0.155767,0.139928;REFB=-0.103512,-0.0793147;REVB=-0.145832,-0.0985533;RO=67;SAF=1,10;SAR=13,2;SRF=41;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.661361,0.329005;STB=0.999277,0.564015;STBP=0,0.602;TYPE=del,del;VARB=0.08207,0.192213;OID=.,.;OPOS=75271148,75271147;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.153061:14,12:105:14,15:98:69:0,10:14,5:41:28:29:67:1,10:13,2:41:26 chr16 75281964 . A C 233.86 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0235584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.508;QD=32.2562;RBI=0.0574244;REFB=-0.0204841;REVB=0.0523695;RO=8;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989936;STB=0.554403;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00739016;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:9:12:3:5:9:12:3:5 chr16 75327916 . A G 804.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.912;QD=64.3816;RBI=0.0733568;REFB=0;REVB=-0.00463999;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497861;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr16 75481528 . G A 191.67 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=131;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.00244542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.144;QD=5.8525;RBI=0.0175929;REFB=-0.0110595;REVB=-0.0174222;RO=101;SAF=13;SAR=17;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035338;STB=0.521612;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0355491;OID=.;OPOS=75481528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:101:101:30:30:0.229008:17:13:41:60:17:13:41:60 chr16 75563408 . A G 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0174361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.116;QD=31.2253;RBI=0.0177161;REFB=-0.0498308;REVB=0.00313746;RO=7;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101116;STB=0.571359;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0201168;OID=.;OPOS=75563408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:20:20:0.714286:10:10:2:5:10:10:2:6 chr16 75565284 . G A 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.927;QD=49.5862;RBI=0.0680307;REFB=0;REVB=0.0676714;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472377;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr16 75565420 . A G 539.84 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00992629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.517;QD=51.4135;RBI=0.0635455;REFB=-0.0102844;REVB=-0.0627654;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261207;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:3:4:38:38:0.904762:19:19:2:1:19:19:2:2 chr16 75574030 . C T 703.47 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.241;QD=61.1713;RBI=0.0448812;REFB=-0.0368016;REVB=0.0208109;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410005;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr16 75590092 . G C 88.4 PASS AF=0.173913;AO=17;DP=86;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.00340251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9259;QD=3.84335;RBI=0.0798065;REFB=-0.0313313;REVB=-0.079734;RO=69;SAF=11;SAR=6;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905552;STB=0.527828;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0939472;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:86:92:69:76:17:16:0.173913:6:11:49:20:5:11:50:26 chr16 75590113 . C G 907.39 PASS AF=0.811765;AO=69;DP=85;FAO=69;FDP=85;FR=.;FRO=16;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0108974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7825;QD=42.7005;RBI=0.0256877;REFB=-0.0387812;REVB=0.0232616;RO=16;SAF=44;SAR=25;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019121;STB=0.510201;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00770947;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:16:16:69:69:0.811765:25:44:11:5:25:44:11:5 chr16 75646576 . G T 242.11 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.012135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5873;QD=14.8993;RBI=0.037608;REFB=-0.0318803;REVB=-0.0355964;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140073;STB=0.59382;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0243888;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:37:28:28:0.430769:12:16:15:20:12:16:15:22 chr16 75728368 . A G 98.59 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00503674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0542;QD=6.36034;RBI=0.0193268;REFB=-0.00290644;REVB=-0.018659;RO=46;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.57461;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00637274;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:61:62:46:47:14:15:0.241935:9:5:19:27:10:5:20:27 chr16 76311602 . G GT 434.47 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4029;QD=46.9695;RBI=0.0596507;REFB=0;REVB=0.059551;RO=4;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00228995;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:38:37:37:0:17:20:0:0:8:4:16:18:2:2 chr16 76486581 . A G 949.14 PASS AF=0.774194;AO=57;DP=93;FAO=72;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00967883;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.713;QD=40.8233;RBI=0.0128504;REFB=-0.0367449;REVB=-0.00845294;RO=17;SAF=28;SAR=29;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666711;STB=0.516479;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0132199;OID=.;OPOS=76486581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:17:19:57:72:0.774194:29:28:11:6:36:36:11:8 chr16 76532583 . A G 229.06 PASS AF=0.292929;AO=26;DP=95;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00669091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.615;QD=9.25475;RBI=0.0115397;REFB=-0.00573977;REVB=-0.00940193;RO=59;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16688;STB=0.659612;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00947433;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:59:70:26:29:0.292929:10:16:28:31:10:19:30:40 chr16 76587202 . T G 809.01 PASS AF=0.6875;AO=66;DP=96;FAO=66;FDP=96;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0107926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.582;QD=33.7088;RBI=0.0514283;REFB=-0.0190725;REVB=-0.0502831;RO=30;SAF=45;SAR=21;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122057;STB=0.506577;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00700191;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:30:30:66:66:0.6875:21:45:21:9:21:45:21:9 chr16 76587331 . T C 1301.72 PASS AF=0.695652;AO=111;DP=160;FAO=112;FDP=161;FR=.;FRO=49;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0674463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.72;QD=32.341;RBI=0.0675008;REFB=0.0217667;REVB=-0.00271078;RO=47;SAF=54;SAR=57;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959081;STB=0.55541;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0097265;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:47:49:111:112:0.695652:57:54:31:16:57:55:33:16 chr16 76902847 . T C 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0253983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.873;QD=24.3826;RBI=0.0469798;REFB=0.00191528;REVB=0.0395225;RO=22;SAF=25;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972367;STB=0.533962;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000995236;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:22:25:37:37:0.596774:12:25:12:10:12:25:15:10 chr16 76902850 . G A 370.99 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0029098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.294;QD=23.9346;RBI=0.00749653;REFB=0.00275197;REVB=0.00690877;RO=24;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336968;STB=0.533962;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00167441;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:25:36:37:0.596774:12:24:15:9:12:25:15:10 chr16 77228389 . A T 283.39 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0146336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.745;QD=26.9896;RBI=0.0149912;REFB=-0.0252933;REVB=-0.00325472;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560647;STB=0.512039;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0174061;OID=.;OPOS=77228389;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:16:25:26:0.619048:9:16:11:6:9:17:10:6 chr16 77228629 . A G 263.0 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0657926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3541;QD=47.8185;RBI=0.0762744;REFB=-0.120411;REVB=-0.0385892;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00922474;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr16 77228866 . T C 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.795;QD=57.2332;RBI=0.164931;REFB=0;REVB=0.0242671;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348594;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr16 77232746 . A C 366.13 PASS AF=0.6;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0118978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.385;QD=24.4089;RBI=0.013116;REFB=-0.0286267;REVB=0.00551996;RO=23;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167481;STB=0.60235;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0214347;OID=.;OPOS=77232746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:24:36:36:0.6:25:11:12:11:25:11:13:11 chr16 77233338 . C T 618.68 PASS AF=0.244156;AO=94;DP=385;FAO=94;FDP=385;FR=.;FRO=291;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=138;FSRR=153;FWDB=-0.0222324;FXX=0.00259061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.918;QD=6.42784;RBI=0.0223469;REFB=-0.00788637;REVB=0.0022587;RO=289;SAF=45;SAR=49;SRF=137;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592191;STB=0.503405;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0267841;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:289:291:94:94:0.244156:49:45:137:152:49:45:138:153 chr16 77233394 . A G 4047.4 PASS AF=1;AO=258;DP=260;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450532;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.798;QD=62.0292;RBI=0.0534724;REFB=0.102838;REVB=0.0288011;RO=0;SAF=107;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243409;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:260:261:0:0:258:261:1:151:107:0:0:153:108:0:0 chr16 77246795 . C G 281.15 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0655944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5313;QD=21.2191;RBI=0.0674561;REFB=-0.00369196;REVB=-0.0157385;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371465;STB=0.520625;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00122348;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:13:11:12:17:13:11 chr16 77316023 . T C 1007.98 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4054;QD=59.2926;RBI=0.0895349;REFB=0;REVB=0.0845527;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352453;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:27:39:0:0:29:39:0:0 chr16 77317591 . T C 923.24 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0863656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8134;QD=56.8147;RBI=0.115886;REFB=-0.0690927;REVB=0.0772699;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00228201;OID=.;OPOS=77317591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:36:28:0:0:36:28:0:1 chr16 77323235 . C G 1179.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.774;QD=60.5124;RBI=0.00831854;REFB=0;REVB=0.00520891;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217315;OID=.;OPOS=77323235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr16 77389956 . A G 754.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.432;QD=56.9286;RBI=0.0290481;REFB=0;REVB=0.000703017;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00614e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:34:18:0:0:34:19:0:0 chr16 77769369 . C T 3192.94 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562622;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.97;QD=61.6994;RBI=0.0603492;REFB=0;REVB=0.021831;RO=0;SAF=82;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34251e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:207:0:0:204:207:1:122:82:0:0:123:84:0:0 chr16 77769834 . G A 166.36 PASS AF=0.24;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00219237;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.957;QD=6.65456;RBI=0.00289525;REFB=-0.0121778;REVB=0.00189104;RO=75;SAF=13;SAR=11;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566479;STB=0.538819;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.022396;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:75:76:24:24:0.24:11:13:44:31:11:13:45:31 chr16 78013123 . C T 1227.41 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000707017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.547;QD=61.3706;RBI=0.000990802;REFB=0;REVB=0.00069413;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28828e-06;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr16 78063000 . T C 815.19 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0502632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9921;QD=52.5928;RBI=0.0579134;REFB=-0.0893365;REVB=0.0287677;RO=3;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191632;STB=0.510167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00716599;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:27:32:1:2:27:32:1:2 chr16 78063064 . G T 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8187;QD=58.555;RBI=0.0232084;REFB=0;REVB=-0.0229181;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034713;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr16 78065139 . A G 997.26 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132022;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.924;QD=57.812;RBI=0.0133077;REFB=-0.00338828;REVB=-0.0016723;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=3.60223e-06;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:1:0:33:35:1:0 chr16 78312497 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.596;QD=63.2868;RBI=0.0133546;REFB=0;REVB=0.013242;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83191e-05;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr16 78420775 . G A 122.28 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00561975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8462;QD=5.75413;RBI=0.0134862;REFB=-0.00550873;REVB=-0.0122595;RO=65;SAF=10;SAR=9;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080491;STB=0.555497;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0220514;OID=.;OPOS=78420775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:65:66:19:19:0.223529:9:10:30:35:9:10:30:36 chr16 78458915 . C G 1296.68 PASS AF=0.782946;AO=101;DP=129;FAO=101;FDP=129;FR=.;FRO=28;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0268682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.204;QD=40.2071;RBI=0.033126;REFB=-0.0635714;REVB=0.019376;RO=28;SAF=62;SAR=39;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181382;STB=0.509669;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.022113;OID=.;OPOS=78458915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:28:28:101:101:0.782946:39:62:16:12:39:62:16:12 chr16 78466437 . C G 1163.95 PASS AF=0.666667;AO=102;DP=153;FAO=102;FDP=153;FR=.;FRO=51;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0041528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.231;QD=30.43;RBI=0.00768826;REFB=0.00370753;REVB=0.00647021;RO=51;SAF=65;SAR=37;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453253;STB=0.524404;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00196368;OID=.;OPOS=78466437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:51:51:102:102:0.666667:37:65:29:22:37:65:29:22 chr16 78586531 . T C 1320.11 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0132549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8728;QD=58.6715;RBI=0.0138592;REFB=-0.0998068;REVB=-0.00404781;RO=3;SAF=40;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342108;STB=0.517643;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00292718;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:90:3:3:86:87:0.966667:46:40:3:0:46:41:3:0 chr16 79245956 . C G 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=15;FWDB=-0.00837315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.003;QD=1.84564;RBI=0.031897;REFB=-0.000691056;REVB=-0.0307784;RO=68;SAF=7;SAR=1;SRF=53;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185937;STB=0.650719;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00574582;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:1:7:53:15:1:7:53:15 chr16 79630802 . G A 323.63 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0612926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1751;QD=34.9867;RBI=0.061832;REFB=0.0168619;REVB=0.00814965;RO=10;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015656;STB=0.508541;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00693927;OID=.;OPOS=79630802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:17:10:4:6:17:10:4:6 chr16 79630983 . A G 1071.76 PASS AF=0.671642;AO=90;DP=138;FAO=90;FDP=134;FR=.;FRO=44;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0521862;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1372;QD=31.9929;RBI=0.0880012;REFB=0.0237225;REVB=0.0708577;RO=43;SAF=53;SAR=37;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684647;STB=0.53186;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0131464;OID=.;OPOS=79630983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:134:43:44:90:90:0.671642:37:53:30:13:37:53:30:14 chr16 79633805 . TGCC T 224.84 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914991;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.85;QD=49.9641;RBI=0.108007;REFB=0;REVB=0.0573887;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000659161;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:20:18:18:0:1:17:0:0:4:0:1:14:0:0 chr16 79634579 . A C 143.93 PASS AF=0.25;AO=20;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0599386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6917;QD=6.8537;RBI=0.0631001;REFB=-0.0145718;REVB=0.0197228;RO=63;SAF=13;SAR=7;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618988;STB=0.512533;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0517815;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:63:63:20:21:0.25:7:13:38:25:8:13:38:25 chr16 80718879 . A G 129.52 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0300944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.162;QD=5.69307;RBI=0.0302395;REFB=-0.0047258;REVB=-0.00295859;RO=70;SAF=12;SAR=8;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728715;STB=0.551517;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0176926;OID=.;OPOS=80718879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:70:71:20:20:0.21978:8:12:38:32:8:12:38:33 chr16 81050965 . A T 753.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.099;QD=56.8679;RBI=0.0298388;REFB=0;REVB=-0.0295804;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61214e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr16 81061827 . G A 1144.89 PASS AF=0.974684;AO=78;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0201798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6536;QD=57.9693;RBI=0.0260044;REFB=0.0117695;REVB=-0.0164014;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.509089;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00152434;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:0:2:78:77:0.974684:55:23:0:0:54:23:0:2 chr16 81062171 . C T 840.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170586;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.214;QD=56.965;RBI=0.0267317;REFB=0;REVB=0.0205813;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011443;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:21:38:0:0 chr16 81077915 . T C 199.51 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.455;QD=46.9428;RBI=0.0703428;REFB=0;REVB=-0.0240799;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00984982;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:8:9:0:0 chr16 81095363 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.923;QD=51.9167;RBI=0.0254401;REFB=0;REVB=-0.0252379;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140916;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 81142257 . T C 754.96 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7306;QD=61.6295;RBI=0.0389558;REFB=0;REVB=0.0367789;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247139;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:42:49:1:22:20:0:0:25:24:0:0 chr16 81145807 . C G 156.49 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.014858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1191;QD=6.01902;RBI=0.052219;REFB=0.00905241;REVB=0.0500606;RO=77;SAF=9;SAR=15;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196381;STB=0.615845;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0316774;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:80:24:24:0.230769:15:9:41:36:15:9:42:38 chr16 81151122 . A C 817.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.743;QD=57.3695;RBI=0.0108753;REFB=0;REVB=0.0101498;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11505e-05;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr16 81157324 . G A 482.98 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8666;QD=58.5435;RBI=0.0757861;REFB=0;REVB=0.035279;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194123;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr16 81157385 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2771;QD=53.2764;RBI=0.10132;REFB=0;REVB=0.0835975;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679513;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 99.56 PASS AF=0.4;AO=8;DP=34;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0205482;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=22;MLLD=291.578;QD=13.275;RBI=0.0426259;REFB=-0.0208464;REVB=0.0373462;RO=19;SAF=8;SAR=0;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.683348;STB=0.642672;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.0185333;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:34:12:30:18:10:2:17:1:99:19:8:0:17:2 chr16 81161552 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.901;QD=53.9097;RBI=0.00818345;REFB=0;REVB=-0.00630466;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82857e-05;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 81161569 . T G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.74;QD=51.1802;RBI=0.0617899;REFB=0;REVB=-0.0532872;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393072;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr16 81161571 . T C 255.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1029;QD=51.1553;RBI=0.0281787;REFB=0;REVB=0.0250173;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577653;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr16 81161578 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.623;QD=50.4103;RBI=0.0710673;REFB=0;REVB=0.0693352;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641381;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr16 81161608 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.544;QD=45.8053;RBI=0.0461034;REFB=0;REVB=0.00278724;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250784;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr16 81164065 . T TG 32.68 PASS AF=0.482759;AO=8;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.14397;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.93282;QD=4.50782;RBI=0.146596;REFB=-0.061684;REVB=0.0276219;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180179;STB=0.624838;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=0.0650714;OID=.;OPOS=81164066;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:8:30:14:29:15:8:6:12:3:32:18:6:2:11:7 chr16 81173136 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6864;QD=56.996;RBI=0.0424179;REFB=0;REVB=-0.0146786;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502348;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr16 81174978 . A G 928.15 PASS AF=0.75;AO=72;DP=95;FAO=72;FDP=96;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00693509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.086;QD=38.673;RBI=0.0225951;REFB=-0.0492001;REVB=0.0215045;RO=23;SAF=33;SAR=39;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287832;STB=0.510468;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0135639;OID=.;OPOS=81174978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:23:24:72:72:0.75:39:33:12:11:39:33:12:12 chr16 81174992 . G T 874.05 PASS AF=0.734043;AO=69;DP=94;FAO=69;FDP=94;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0161923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.434;QD=37.1935;RBI=0.049477;REFB=-0.0318894;REVB=0.0467523;RO=25;SAF=27;SAR=42;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858906;STB=0.546133;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00677589;OID=.;OPOS=81174992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:25:25:69:69:0.734043:42:27:14:11:42:27:14:11 chr16 81174999 . A G 985.56 PASS AF=0.773196;AO=72;DP=94;FAO=75;FDP=97;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00271453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.572;QD=40.6417;RBI=0.00761259;REFB=-0.0205235;REVB=0.00711216;RO=22;SAF=26;SAR=46;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436599;STB=0.522962;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0073795;OID=.;OPOS=81174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:22:22:72:75:0.773196:46:26:10:12:48:27:10:12 chr16 81181097 . G T 119.66 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0696213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.281;QD=8.11234;RBI=0.0744813;REFB=-0.01199;REVB=-0.0264641;RO=42;SAF=12;SAR=5;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200998;STB=0.62188;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.037415;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:5:12:23:19:5:12:23:19 chr16 81183325 . T A 113.86 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00674301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.003;QD=5.55391;RBI=0.00859268;REFB=-0.000753859;REVB=0.00532598;RO=62;SAF=4;SAR=14;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504273;STB=0.809445;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00320834;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:64:18:18:0.219512:14:4:40:22:14:4:41:23 chr16 81185416 . A G 739.69 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9446;QD=60.3827;RBI=0.0576661;REFB=-0.122979;REVB=0.0316022;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00270595;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:47:48:0.979592:24:23:0:0:25:23:0:1 chr16 81187568 . C T 203.82 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0276265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.167;QD=30.1954;RBI=0.0295946;REFB=-0.0263137;REVB=-0.0106121;RO=8;SAF=16;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862547;STB=0.547891;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00502641;OID=.;OPOS=81187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:27:27:8:8:19:19:0.703704:3:16:6:2:3:16:6:2 chr16 81187571 . T A 187.76 PASS AF=0.678571;AO=17;DP=25;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0310059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.198;QD=26.8227;RBI=0.0888917;REFB=-0.00707799;REVB=0.0833089;RO=8;SAF=15;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156775;STB=0.505612;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00383747;OID=.;OPOS=81187571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:28:8:9:17:19:0.678571:2:15:6:2:4:15:7:2 chr16 81187634 . GG CT 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00939299;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=215.933;QD=30.1499;RBI=0.0302508;REFB=-0.0207259;REVB=0.0287556;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430588;STB=0.523784;STBP=0.763;TYPE=mnp;VARB=0.00899749;OID=.;OPOS=81187634;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:8:11:4:4:8:11:4:4 chr16 81187709 . T A 330.23 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00545398;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7667;QD=30.7187;RBI=0.101081;REFB=-0.0420475;REVB=0.100934;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126092;STB=0.573303;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0267933;OID=.;OPOS=81187709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:15:27:28:0.651163:16:11:9:6:17:11:9:6 chr16 81190601 . T C 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.78;QD=56.9807;RBI=0.0366781;REFB=0;REVB=0.0348083;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178227;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr16 81190613 . A G 795.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7705;QD=56.793;RBI=0.0850975;REFB=0;REVB=0.0815968;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112811;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:21:35:0:0 chr16 81194382 . T C 90.85 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.00599755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.565;QD=3.13273;RBI=0.0110017;REFB=0.000164289;REVB=-0.00922314;RO=95;SAF=12;SAR=6;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280804;STB=0.696417;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000706428;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:95:98:18:18:0.155172:6:12:42:53:6:12:42:56 chr16 81198306 . C A 406.27 PASS AF=0.673469;AO=32;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00886613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.299;QD=33.1652;RBI=0.0128064;REFB=-0.0255392;REVB=0.00924097;RO=15;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175958;STB=0.597702;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00992936;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:16:32:33:0.673469:16:16:12:3:16:17:13:3 chr16 81199520 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4379;QD=56.706;RBI=0.0487931;REFB=0;REVB=-0.0455119;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127643;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr16 81199538 . T C 393.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1625;QD=56.1556;RBI=0.0285142;REFB=0;REVB=-0.024694;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185891;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr16 81199544 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.485;QD=55.6524;RBI=0.0512953;REFB=0;REVB=0.0187466;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036884;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr16 81199554 . CA TG 285.19 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116795;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.1;QD=51.8518;RBI=0.127589;REFB=0;REVB=0.0513593;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00147365;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:12:10:0:0 chr16 81208175 . C T 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0282026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.023;QD=16.1132;RBI=0.0311979;REFB=-0.00356643;REVB=0.0133387;RO=28;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163164;STB=0.586131;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00462036;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:6:18:17:11:6:18:18:11 chr16 81209207 . T C 223.93 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0303362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.082;QD=34.4514;RBI=0.0410715;REFB=-0.0345008;REVB=0.0276871;RO=6;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874237;STB=0.54778;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00884088;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:7:13:5:1:7:13:5:1 chr16 81213378 . A G 501.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.423;QD=58.9956;RBI=0.0410134;REFB=0;REVB=0.0407167;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23009e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr16 81224271 . C G 316.46 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0100752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9869;QD=38.3593;RBI=0.0538786;REFB=0.0351636;REVB=0.0529282;RO=7;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586493;STB=0.53189;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00612106;OID=.;OPOS=81224271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:11:15:3:4:11:15:3:4 chr16 81232275 . G A 173.78 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.264;QD=46.3407;RBI=0.0411494;REFB=0;REVB=0.0349265;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394704;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr16 81232564 . T G 1981.51 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129751;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0835;QD=60.5042;RBI=0.0298029;REFB=-0.192879;REVB=-0.0268302;RO=2;SAF=62;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150813;STB=0.507935;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00135195;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:67:62:2:0:67:62:2:0 chr16 81241098 . C T 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.449;QD=56.826;RBI=0.0191403;REFB=-0.0902453;REVB=0.0143688;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000550562;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:1:0:30:34:1:0 chr16 81241100 . G C 938.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632484;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.798;QD=58.6608;RBI=0.0317801;REFB=0;REVB=0.0311444;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66701e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr16 81242102 . G A 215.15 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.028;QD=43.029;RBI=0.0150664;REFB=-0.0024476;REVB=-0.0065969;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101506;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000591099;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:4:14:0:1:5:14:0:1 chr16 81242194 . T C 373.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.493;QD=55.356;RBI=0.0500195;REFB=0;REVB=0.0316615;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177001;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:10:17:0:0 chr16 81248716 . C T 1891.18 PASS AF=0.734597;AO=154;DP=209;FAO=155;FDP=211;FR=.;FRO=56;FSAF=88;FSAR=67;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0181429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6966;QD=35.8518;RBI=0.019052;REFB=-0.0105342;REVB=0.00581486;RO=53;SAF=88;SAR=66;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393895;STB=0.522996;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00386447;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:53:56:154:155:0.734597:66:88:26:27:67:88:27:29 chr16 81248745 . A G 280.46 PASS AF=0.236264;AO=43;DP=180;FAO=43;FDP=182;FR=.;FRO=139;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=82;FSRR=57;FWDB=-0.057589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.232;QD=6.16405;RBI=0.0576324;REFB=-0.0165627;REVB=-0.00223767;RO=134;SAF=21;SAR=22;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10827;STB=0.57729;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0440181;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:134:139:43:43:0.236264:22:21:77:57:22:21:82:57 chr16 81249954 . T A 97.25 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0413315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.963;QD=5.05199;RBI=0.0452687;REFB=-0.00991809;REVB=-0.0184652;RO=61;SAF=8;SAR=8;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923587;STB=0.55837;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0416245;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:61:61:16:16:0.207792:8:8:35:26:8:8:35:26 chr16 81253745 . C G 112.59 PASS AF=0.257576;AO=16;DP=64;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00938039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.291;QD=6.8237;RBI=0.013412;REFB=-0.0171821;REVB=-0.00958596;RO=48;SAF=9;SAR=7;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5282;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.048465;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:48:49:16:17:0.257576:7:9:27:21:7:10:27:22 chr16 81253759 . A G 108.73 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00519896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7384;QD=7.12971;RBI=0.00725352;REFB=-0.000354502;REVB=0.00505809;RO=45;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867043;STB=0.553124;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000996635;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:6:10:25:20:6:10:25:20 chr16 81253917 . A G 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00591675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.898;QD=9.26198;RBI=0.0113262;REFB=-0.00616352;REVB=0.00965786;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578368;STB=0.534443;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0140864;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:22:16:8:9:22:16 chr16 81314496 . C T 77.08 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0280706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1181;QD=3.76008;RBI=0.0286612;REFB=-0.00585696;REVB=0.00578863;RO=67;SAF=8;SAR=6;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544588;STB=0.501777;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0375393;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:67:68:14:14:0.170732:6:8:38:29:6:8:39:29 chr16 81497952 . A G 524.68 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00282146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.432;QD=38.1583;RBI=0.0143236;REFB=-0.0326502;REVB=0.014043;RO=11;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138618;STB=0.574292;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00875506;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:44:44:0.8:24:20:1:10:24:20:1:10 chr16 81679151 . A G 744.01 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116648;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.81;QD=63.3203;RBI=0.0160244;REFB=0;REVB=0.0109869;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61329e-05;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr16 81819676 . A T 927.39 PASS AF=0.754902;AO=77;DP=101;FAO=77;FDP=102;FR=.;FRO=25;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00264658;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6259;QD=36.3682;RBI=0.0033924;REFB=-0.0178629;REVB=-0.00212226;RO=24;SAF=49;SAR=28;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641377;STB=0.530295;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00712539;OID=.;OPOS=81819676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:24:25:77:77:0.754902:28:49:12:12:28:49:13:12 chr16 81819768 . T C 329.69 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.016241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.868;QD=37.6784;RBI=0.0163937;REFB=-0.0437773;REVB=-0.00223197;RO=8;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128017;STB=0.569569;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0191192;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:27:27:0.771429:12:15:2:6:12:15:2:6 chr16 81892708 . T A 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0215775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.078;QD=27.6514;RBI=0.0252801;REFB=-0.0187223;REVB=0.0131718;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16792;STB=0.593256;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00685446;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:3:6:7:11:3:6 chr16 81902079 . T C 707.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2816;QD=62.9245;RBI=0.0455776;REFB=0;REVB=0.0450293;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394526;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr16 81902139 . G C 833.9 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8903;QD=57.5102;RBI=0.0600726;REFB=0;REVB=-0.0198584;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399096;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr16 81929488 . C T 2030.0 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417512;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.639;QD=62.4615;RBI=0.0418765;REFB=0;REVB=-0.00323684;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95285e-05;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr16 81941319 . C T 545.71 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000653875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.57;QD=57.4431;RBI=0.0151397;REFB=-0.163376;REVB=0.0151256;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000208993;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:14:23:0:0:14:23:1:0 chr16 81971403 . T C 335.52 PASS AF=0.75;AO=27;DP=38;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0397107;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1691;QD=33.5519;RBI=0.0565475;REFB=-0.0314922;REVB=0.0402577;RO=9;SAF=16;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01753;STB=0.508356;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00822181;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:40:9:10:27:30:0.75:11:16:5:4:14:16:5:5 chr16 82487990 . C G 752.27 PASS AF=0.724138;AO=60;DP=84;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00638534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.495;QD=34.5871;RBI=0.016165;REFB=-0.019722;REVB=-0.0148504;RO=23;SAF=43;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140726;STB=0.555717;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00529387;OID=.;OPOS=82487990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:23:24:60:63:0.724138:17:43:11:12:20:43:12:12 chr16 82673047 . C T 1139.17 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00848056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.55;QD=59.1774;RBI=0.0441516;REFB=-0.128116;REVB=0.0433295;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000348432;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:0:1:37:39:0:1 chr16 82903030 . A C 116.91 PASS AF=0.75;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0560131;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4304;QD=29.227;RBI=0.0573127;REFB=0.0202503;REVB=-0.0121356;RO=4;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807907;STB=0.545377;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000761891;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:17:16:4:4:12:12:0.75:8:4:2:2:8:4:2:2 chr16 83065664 . G A 1482.24 PASS AF=0.702857;AO=122;DP=174;FAO=123;FDP=175;FR=.;FRO=52;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0154073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.014;QD=33.8798;RBI=0.027798;REFB=-0.0273028;REVB=0.0231375;RO=51;SAF=67;SAR=55;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768896;STB=0.538709;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00704559;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:51:52:122:123:0.702857:55:67:35:16:56:67:35:17 chr16 83983071 . C T 276.22 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0139403;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.527;QD=25.111;RBI=0.0350786;REFB=-0.0676108;REVB=0.0321896;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.582213;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.047982;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:24:25:0.568182:13:11:12:7:14:11:12:7 chr16 83984776 . A C 451.34 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0156064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4243;QD=30.5992;RBI=0.0426295;REFB=-0.0340696;REVB=-0.0396701;RO=16;SAF=9;SAR=32;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246113;STB=0.524152;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0145094;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:18:41:41:0.694915:32:9:3:13:32:9:3:15 chr16 83984844 . A C 417.31 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00351284;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.154;QD=30.3502;RBI=0.0172869;REFB=-0.0208877;REVB=-0.0169262;RO=16;SAF=14;SAR=24;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109801;STB=0.54524;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00914972;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:16:17:38:38:0.690909:24:14:3:13:24:14:4:13 chr16 83984850 . C G 449.92 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00146809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.162;QD=32.7215;RBI=0.00458961;REFB=0.000633176;REVB=0.00434848;RO=15;SAF=14;SAR=26;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469078;STB=0.525343;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.000226077;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:26:14:4:11:26:14:4:11 chr16 83984888 . C CG,G 34.16 PASS AF=0.113208,0.0377358;AO=6,3;DP=56;FAO=6,2;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.109089,-0.100865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=21.7967,55.6237;QD=2.5778;RBI=0.142731,0.108482;REFB=-0.018229,0.000526309;REVB=-0.0920425,-0.0399336;RO=47;SAF=2,0;SAR=4,3;SRF=14;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0476942,-0.404252;STB=0.694907,0.993273;STBP=0.384,0.307;TYPE=ins,snp;VARB=0.0445754,0.15346;OID=.,.;OPOS=83984889,83984888;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:53:47:45:6,3:6,2:0.113208,0.0377358:4,3:2,0:14:33:5,2:1,0:15:30 chr16 83999033 . A G 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0293555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.548;QD=11.0869;RBI=0.0343688;REFB=-0.0215701;REVB=-0.0178737;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218069;STB=0.590024;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0246363;OID=.;OPOS=83999033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:25:13:13:0.342105:5:8:9:13:5:8:12:13 chr16 84012104 . T C 202.79 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0333892;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.821;QD=11.9286;RBI=0.0365235;REFB=-0.00743247;REVB=-0.014803;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144863;STB=0.583873;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0110237;OID=.;OPOS=84012104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:9:16:22:21:9:16:22:21 chr16 84014482 . C G 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.02509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.509;QD=5.25887;RBI=0.0308479;REFB=-0.015063;REVB=-0.0179467;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677036;STB=0.544455;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0582011;OID=.;OPOS=84014482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:18:18:5:4:18:18 chr16 84035446 . C G 1023.29 PASS AF=0.661654;AO=88;DP=133;FAO=88;FDP=133;FR=.;FRO=45;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00431706;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.697;QD=30.7757;RBI=0.0102374;REFB=-0.0068535;REVB=0.00928263;RO=44;SAF=54;SAR=34;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10113;STB=0.558738;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00609359;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:44:45:88:88:0.661654:34:54:20:24:34:54:20:25 chr16 84067004 . C T 129.0 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0194252;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.27;QD=19.8467;RBI=0.0453023;REFB=-0.0379236;REVB=0.0409263;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234295;STB=0.608543;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0267687;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:13:14:0.538462:8:5:8:4:8:6:8:4 chr16 84070500 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4499;QD=63.2859;RBI=0.0716578;REFB=0;REVB=0.00700403;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407939;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr16 84100173 . C T 575.31 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.871;QD=60.5593;RBI=0.0376142;REFB=0;REVB=0.0137053;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001215;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:13:22:0:0:14:24:0:0 chr16 84115483 . G A 1573.74 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.156;QD=58.8316;RBI=0.0264967;REFB=-0.0629011;REVB=0.00987735;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-7.01247e-05;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:1:0:57:49:1:0 chr16 84208256 . G A 157.75 PASS AF=0.214876;AO=26;DP=120;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00507178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.717;QD=5.21502;RBI=0.0145267;REFB=-0.0151247;REVB=0.0136126;RO=94;SAF=15;SAR=11;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708906;STB=0.548391;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0600702;OID=.;OPOS=84208256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:94:95:26:26:0.214876:11:15:49:45:11:15:49:46 chr16 84217062 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.694;QD=51.9141;RBI=0.0355294;REFB=0;REVB=0.0139325;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333521;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr16 84228199 . G T 466.54 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0162325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.402;QD=51.8376;RBI=0.0527464;REFB=-0.0798203;REVB=0.0501866;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00162054;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:33:34:0.944444:10:23:0:1:11:23:0:2 chr16 84228237 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.255;QD=50.4117;RBI=0.0320988;REFB=0;REVB=0.0202116;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178367;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 84228305 . C G 87.73 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.85;QD=38.992;RBI=0.146943;REFB=0;REVB=-0.038645;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00428395;OID=.;OPOS=84228305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:8:1:0:0 chr16 84228770 . G C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00109102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.139;QD=59.0422;RBI=0.0202551;REFB=-0.0343951;REVB=0.0202257;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000179223;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:1:0:25:16:1:0 chr16 84229559 . T C 451.2 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658509;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6239;QD=58.2188;RBI=0.0659295;REFB=0;REVB=0.00321739;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00334991;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr16 84230376 . T C 392.94 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.875;QD=56.1346;RBI=0.0616198;REFB=0;REVB=-0.0134832;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254735;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chr16 84230500 . A C 1787.53 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.614;QD=60.5943;RBI=0.0342811;REFB=0;REVB=0.0243578;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331303;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:115:118:1:57:58:0:0:60:58:0:0 chr16 84256433 . G C 105.7 PASS AF=0.154362;AO=25;DP=151;FAO=23;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=82;FSRR=38;FWDB=-0.095735;FXX=0.0132442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.5906;QD=2.83748;RBI=0.151354;REFB=-0.0676498;REVB=-0.11723;RO=88;SAF=2;SAR=23;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.723068;STB=0.936979;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.156316;OID=.;OPOS=84256433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:151:149:88:120:25:23:0.154362:23:2:62:26:21:2:82:38 chr16 84402275 . G C 148.76 PASS AF=0.233333;AO=16;DP=91;FAO=21;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0487077;FXX=0.0109878;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.474;QD=6.61167;RBI=0.0601584;REFB=-0.0153276;REVB=-0.0353071;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271106;STB=0.54752;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0370015;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:55:68:16:21:0.233333:7:9:42:13:8:13:46:22 chr16 84438505 . C T 510.79 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00542714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3868;QD=37.8364;RBI=0.0571598;REFB=-0.0286975;REVB=-0.0569016;RO=10;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14603;STB=0.563245;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00424697;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:54:54:10:11:43:43:0.796296:27:16:0:10:27:16:1:10 chr16 84438512 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2596;QD=57.2363;RBI=0.0112376;REFB=0;REVB=-0.0109888;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8247e-05;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr16 84444349 . A C 770.1 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396812;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.338;QD=64.1748;RBI=0.0215429;REFB=0;REVB=0.0211743;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75814e-06;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 84476200 . A T 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0158157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.412;QD=26.6371;RBI=0.0256356;REFB=-0.0120314;REVB=0.0201754;RO=8;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260758;STB=0.64793;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00587828;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:14:2:3:5:14:2:3:5 chr16 84485573 . C A 955.03 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5658;QD=58.7709;RBI=0.13699;REFB=0;REVB=0.133514;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776899;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr16 84493144 . C G 787.93 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221881;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.107;QD=57.3042;RBI=0.027306;REFB=0;REVB=0.0159156;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74257e-05;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr16 84494020 . G T 540.12 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0029848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.071;QD=51.4404;RBI=0.00298484;REFB=-0.15011;REVB=1.57551e-05;RO=4;SAF=19;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444653;STB=0.523797;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00224097;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:42:4:4:38:38:0.904762:19:19:3:1:19:19:3:1 chr16 84494275 . C T 121.33 PASS AF=0.296296;AO=14;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0304567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.114;QD=8.98731;RBI=0.052447;REFB=-0.01665;REVB=0.0426975;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430982;STB=0.718204;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0303186;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:38:14:16:0.296296:5:9:7:22:5:11:14:24 chr16 84494362 . C G 291.11 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0260059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.474;QD=33.27;RBI=0.0385257;REFB=-0.00527126;REVB=-0.028424;RO=10;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275225;STB=0.651584;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00169851;OID=.;OPOS=84494362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:19:6:7:3:19:6:7:3 chr16 84516309 . G A 819.33 PASS AF=1;AO=46;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2657;QD=56.5052;RBI=0.0482965;REFB=0;REVB=0.00577639;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294909;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:46:58:1:33:13:0:0:34:24:0:0 chr16 84516310 . T A 59.45 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00773085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.136;QD=4.0997;RBI=0.00920247;REFB=-0.0284671;REVB=0.00499194;RO=48;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.660839;STB=0.926545;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0103044;OID=.;OPOS=84516310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:1:9:15:33:1:9:15:33 chr16 84520324 . GT CC,GC 242.45 PASS AF=0.15,0.85;AO=2,10;DP=20;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783289,-0.0162354;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=31.8533,48.6213;QD=48.4892;RBI=0.0430214,0.0540064;REFB=0,0;REVB=-0.0423023,-0.0515083;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0830769,-0.00450826;OID=.,.;OPOS=84520324,84520325;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:20:20:0:0:2,10:3,17:0.15,0.85:0,3:2,7:0:0:1,9:2,8:0:0 chr16 84520396 . A G 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000145082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.621;QD=62.3368;RBI=0.00550213;REFB=0;REVB=-0.00550021;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92428e-05;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr16 84520537 . T C 851.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.044;QD=57.7376;RBI=0.0295845;REFB=0;REVB=0.0021871;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125484;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:30:29:0:0 chr16 84522897 . G C 557.1 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.339;QD=60.2265;RBI=0.012027;REFB=0;REVB=-0.00598418;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123113;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:12:25:0:0 chr16 84778685 . A G 242.37 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00932473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.266;QD=29.3783;RBI=0.0138859;REFB=-9.67964e-05;REVB=0.0102892;RO=11;SAF=17;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232988;STB=0.629501;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000128349;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:5:17:5:6:5:17:5:6 chr16 84779248 . T G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0435877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.851;QD=8.81111;RBI=0.0601335;REFB=-0.00509819;REVB=-0.0414265;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340216;STB=0.705311;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0045312;OID=.;OPOS=84779248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:9:2:3:3:9:2 chr16 84796603 . A G 68.36 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0724942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3506;QD=5.69686;RBI=0.0725371;REFB=-0.0122059;REVB=0.00249399;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966624;STB=0.562377;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0432329;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:22:16:5:5:22:16 chr16 84879464 . A G 135.15 PASS AF=0.1875;AO=24;DP=128;FAO=24;FDP=128;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0167416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.173;QD=4.22331;RBI=0.0260117;REFB=-0.00586388;REVB=-0.019908;RO=102;SAF=16;SAR=8;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273286;STB=0.673431;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0309368;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:102:104:24:24:0.1875:8:16:46:56:8:16:47:57 chr16 84883102 . C T 521.5 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.022822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.873;QD=50.8777;RBI=0.0233314;REFB=-0.0299253;REVB=0.00484894;RO=4;SAF=12;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854225;STB=0.545826;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00125935;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:25:12:3:1:25:12:3:1 chr16 84906098 . C G 2368.74 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.603;QD=61.1287;RBI=0.0028257;REFB=0;REVB=0.00186531;RO=0;SAF=81;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75448e-06;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:74:81:0:0:74:81:0:0 chr16 84922859 . C T 680.84 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0103729;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.759;QD=56.7364;RBI=0.0366156;REFB=-0.11597;REVB=0.0351156;RO=3;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292202;STB=0.515574;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00778334;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:48:3:3:45:45:0.9375:19:26:1:2:19:26:1:2 chr16 84942638 . T G 318.6 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0205257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.201;QD=32.6769;RBI=0.0409414;REFB=-0.0188595;REVB=0.0354245;RO=12;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637894;STB=0.534858;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00761609;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:12:15:8:4:12:15:8:4 chr16 85009463 . T C 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=-0.0196286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.731;QD=5.17479;RBI=0.0198104;REFB=-0.000886357;REVB=-0.00267744;RO=44;SAF=9;SAR=2;SRF=38;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104206;STB=0.566156;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00609029;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:2:9:38:6:2:9:38:6 chr16 85009970 . A G 115.41 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=10;FWDB=0.019289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.967;QD=5.84329;RBI=0.0248885;REFB=0.00131668;REVB=-0.0157281;RO=59;SAF=9;SAR=9;SRF=49;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429993;STB=0.759283;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00494801;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:61:18:18:0.227848:9:9:49:10:9:9:51:10 chr16 85015541 . G A 108.77 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0152892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.451;QD=7.13215;RBI=0.0191143;REFB=-0.00360174;REVB=-0.0114715;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273146;STB=0.524559;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0150432;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:44:45:16:16:0.262295:8:8:21:23:8:8:21:24 chr16 85112002 . T G 78.47 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0499552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6029;QD=3.97308;RBI=0.0499881;REFB=-0.000517556;REVB=0.00181469;RO=65;SAF=1;SAR=13;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639378;STB=0.922741;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000171791;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:13:1:37:28:13:1:37:28 chr16 85705880 . C T 600.17 PASS AF=0.769231;AO=50;DP=66;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0102;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.922;QD=36.9333;RBI=0.0103287;REFB=-0.029747;REVB=0.00162538;RO=15;SAF=20;SAR=30;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913679;STB=0.549001;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0121874;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:66:65:15:15:50:50:0.769231:30:20:3:12:30:20:3:12 chr16 85705901 . G A 730.07 PASS AF=0.75641;AO=59;DP=78;FAO=59;FDP=78;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00621714;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.961;QD=37.4392;RBI=0.00733865;REFB=-0.00802523;REVB=-0.00389911;RO=19;SAF=27;SAR=32;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139031;STB=0.574444;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00197017;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:19:19:59:59:0.75641:32:27:3:16:32:27:3:16 chr16 85706047 . A C 648.25 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0210793;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9954;QD=35.5206;RBI=0.0217565;REFB=-0.0174499;REVB=-0.00538608;RO=16;SAF=15;SAR=39;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148479;STB=0.50476;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00510437;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:16:19:54:54:0.739726:39:15:4:12:39:15:5:14 chr16 85707289 . C G 275.78 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0110069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.354;QD=25.654;RBI=0.0174357;REFB=-0.00684102;REVB=0.0135223;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226004;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0038785;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:14:11:8:9:14:11:9:9 chr16 85813231 . A C 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0343894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0936;QD=2.84354;RBI=0.0709173;REFB=0.0153662;REVB=0.0620212;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279013;STB=0.70357;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0944385;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:4:2:23:17:4:2:23:17 chr16 85814899 . T TAGTC 421.33 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00397054;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=287.503;QD=49.5686;RBI=0.00599579;REFB=-0.0481983;REVB=-0.00449269;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172477;STB=0.507807;STBP=0.79;TYPE=ins;VARB=0.00429266;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:30:34:31:34:3:18:13:2:1:14:3:17:13:2:1 chr16 85834818 . G A 640.48 PASS AF=0.72;AO=54;DP=75;FAO=54;FDP=75;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0272336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.891;QD=34.1587;RBI=0.0281481;REFB=0.00128539;REVB=0.00711669;RO=21;SAF=25;SAR=29;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179912;STB=0.509693;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.000578836;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:21:21:54:54:0.72:29:25:9:12:29:25:9:12 chr16 85838653 . T C 1733.43 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00637981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.401;QD=59.7736;RBI=0.0310087;REFB=-0.0610847;REVB=0.0303453;RO=1;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078492;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00024044;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:60:55:0:1:60:55:0:1 chr16 86069722 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9042;QD=56.7063;RBI=0.0807741;REFB=0;REVB=-0.0373954;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716602;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr16 86069738 . C G 490.89 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.122;QD=57.7514;RBI=0.0348566;REFB=0;REVB=0.0150059;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100992;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr16 86069788 . GT TG 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383617;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.667;QD=55.6543;RBI=0.045932;REFB=0;REVB=-0.0252612;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.51512e-05;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 86069827 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.205;QD=58.5874;RBI=0.0173699;REFB=0;REVB=0.0171604;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06073e-05;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr16 86546789 . A G 340.69 PASS AF=0.298013;AO=44;DP=151;FAO=45;FDP=151;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=39;FWDB=-0.00228274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.291;QD=9.02486;RBI=0.0124566;REFB=-0.00133494;REVB=-0.0122456;RO=105;SAF=26;SAR=18;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595542;STB=0.539525;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00323974;OID=.;OPOS=86546789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:105:106:44:45:0.298013:18:26:67:38:19:26:67:39 chr16 86547496 . C T 90.74 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0083934;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2364;QD=3.82069;RBI=0.0294203;REFB=-0.00339862;REVB=0.0281976;RO=80;SAF=7;SAR=9;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187407;STB=0.618533;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0155208;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:96:95:80:79:16:16:0.168421:9:7:47:33:9:7:46:33 chr16 86564671 . G T 389.97 PASS AF=0.660714;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00183606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7863;QD=27.855;RBI=0.011568;REFB=-0.0491608;REVB=0.0114214;RO=19;SAF=21;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201013;STB=0.60224;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0259057;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:36:37:0.660714:15:21:5:14:16:21:5:14 chr16 86565826 . C G 1025.81 PASS AF=1;AO=56;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275981;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.4336;QD=55.4491;RBI=0.166257;REFB=0;REVB=-0.163951;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438641;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:56:74:1:14:42:0:0:20:54:0:0 chr16 86566039 . C T 352.83 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0585816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.672;QD=26.1358;RBI=0.0597242;REFB=-0.0116699;REVB=-0.0116267;RO=20;SAF=6;SAR=28;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129481;STB=0.571383;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0260604;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:28:6:6:14:28:6:6:14 chr16 86566042 . G A 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0233587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.665;QD=26.9541;RBI=0.0242714;REFB=-0.0262179;REVB=0.00659328;RO=19;SAF=6;SAR=28;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140282;STB=0.57727;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0278666;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:28:6:6:13:28:6:6:13 chr16 86574818 . C G 92.3 PASS AF=0.307692;AO=9;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0130749;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.491;QD=9.46628;RBI=0.0132802;REFB=-0.0174835;REVB=-0.00232606;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431551;STB=0.699677;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0347132;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:39:18:27:9:12:0.307692:2:7:7:11:4:8:10:17 chr16 86575737 . C T 57.72 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0384347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.895;QD=13.5805;RBI=0.0395004;REFB=-0.00912858;REVB=-0.00911323;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295251;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0165466;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:4:5:2:6:4:5 chr16 86614583 . C T 74.4 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.014708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.652;QD=15.6632;RBI=0.0163244;REFB=-0.00772893;REVB=0.0070825;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0147131;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:19:19:5:9:9:10:0.526316:5:4:2:3:6:4:5:4 chr16 87350773 . C A 1309.63 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.936;QD=59.5286;RBI=0.208929;REFB=0;REVB=0.0397833;RO=6;SAF=39;SAR=36;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00771648;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:6:0:75:88:1:36:39:6:0:36:52:0:0 chr16 87417621 . G A 1557.54 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000680656;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.101;QD=58.7752;RBI=0.0039691;REFB=-0.0540999;REVB=0.0039103;RO=1;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126505;STB=0.506665;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=2.19874e-06;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:103:105:0.990566:37:66:0:1:37:68:0:1 chr16 87436720 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.893;QD=62.3507;RBI=0.0290612;REFB=0;REVB=-0.0081772;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100058;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr16 87436764 . A G 743.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.497;QD=63.2507;RBI=0.0309123;REFB=0;REVB=-0.0137688;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15646e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:15:32:0:0 chr16 87493737 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1151;QD=63.2836;RBI=0.0304394;REFB=0;REVB=0.018762;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75971e-05;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr16 87723838 . T C 1259.71 PASS AF=0.681818;AO=84;DP=154;FAO=105;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.00303088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.316;QD=32.7197;RBI=0.0154348;REFB=-0.0145277;REVB=0.0151343;RO=38;SAF=52;SAR=32;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570517;STB=0.542397;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0117341;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:38:44:84:105:0.681818:32:52:27:11:43:62:32:12 chr16 87729334 . C CA 168.18 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0172131;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=260.137;QD=23.1976;RBI=0.0217122;REFB=-0.0534431;REVB=0.0132336;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258924;STB=0.614328;STBP=0.174;TYPE=ins;VARB=0.0290511;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:16:31:17:29:12:9:8:3:9:93:13:9:7:3:10 chr16 87729699 . C T 353.73 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.030131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5202;QD=35.3727;RBI=0.0303627;REFB=-0.0207982;REVB=0.00374383;RO=11;SAF=10;SAR=19;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599403;STB=0.532687;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00899346;OID=.;OPOS=87729699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:19:10:5:6:19:10:5:6 chr16 87729743 . T C 155.17 PASS AF=0.75;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00799597;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.485;QD=31.0329;RBI=0.0280282;REFB=-0.0306541;REVB=0.0268634;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156987;STB=0.56748;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00742227;OID=.;OPOS=87729743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:21:20:6:5:15:15:0.75:7:8:5:1:7:8:4:1 chr16 87735527 . G A 658.65 PASS AF=0.703704;AO=54;DP=80;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.023224;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0975;QD=32.5259;RBI=0.0298548;REFB=-0.0391798;REVB=0.0187604;RO=22;SAF=27;SAR=27;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732059;STB=0.522108;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00631989;OID=.;OPOS=87735527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:22:24:54:57:0.703704:27:27:14:8:28:29:14:10 chr16 87737628 . C G 334.41 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0565822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.792;QD=27.8672;RBI=0.0598024;REFB=-0.0263414;REVB=0.0193591;RO=19;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592377;STB=0.532687;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0202758;OID=.;OPOS=87737628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:10:19:11:8:10:19:11:8 chr16 87738853 . T C 280.78 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0424464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.801;QD=28.0776;RBI=0.0486434;REFB=-0.00971275;REVB=0.023759;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240083;STB=0.631482;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00939065;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:13:12:2:13:13:12:2:13 chr16 87741662 . C A 80.18 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.128264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.469;QD=16.8799;RBI=0.129258;REFB=-0.0321236;REVB=-0.016001;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0287249;OID=.;OPOS=87741662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:6:3:5:5:6:3 chr16 87788864 . G A 443.03 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00229633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.711;QD=35.4424;RBI=0.00948342;REFB=-0.0317177;REVB=0.00920121;RO=15;SAF=16;SAR=19;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693119;STB=0.537638;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0157165;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:19:16:5:10:19:16:5:10 chr16 88052161 . C A 1647.34 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00856383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=58.3129;RBI=0.00949966;REFB=-0.0490531;REVB=-0.00411148;RO=1;SAF=51;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921809;STB=0.500722;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=4.41365e-06;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:113:1:2:111:111:0.982301:60:51:1:0:60:51:1:1 chr16 88061150 . C T 84.8 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000531861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2091;QD=10.9416;RBI=0.0837704;REFB=0.0013778;REVB=0.0837687;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.509537;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-6.9069e-06;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:6:4:7:13:7:4:7:13 chr16 88066717 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.056402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0485;QD=30.5924;RBI=0.0915401;REFB=0.0515138;REVB=0.0721;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00344351;OID=.;OPOS=88066717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:1:1:4:6:1:1 chr16 88105725 . G A 1290.39 PASS AF=0.926316;AO=87;DP=95;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0388954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.719;QD=54.3321;RBI=0.0907715;REFB=-0.107092;REVB=0.0820159;RO=7;SAF=51;SAR=36;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227616;STB=0.523057;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00236349;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:95:95:7:7:87:88:0.926316:36:51:3:4:36:52:2:5 chr16 88123598 . C G 1117.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389832;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5315;QD=60.4305;RBI=0.0390463;REFB=0;REVB=0.00221938;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053252;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr16 88123697 . C A 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1143;QD=59.4286;RBI=0.0541811;REFB=0;REVB=0.0517519;RO=0;SAF=31;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011431;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:4:31:0:0:4:31:0:0 chr16 88124525 . A G 175.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.699;QD=46.8274;RBI=0.181854;REFB=0;REVB=-0.174256;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161809;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr16 88134285 . A G 658.92 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0102;QD=57.2977;RBI=0.0858421;REFB=0;REVB=0.0458759;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174558;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:46:0:0:40:46:1:25:15:0:0:30:16:0:0 chr16 88494947 . T C 961.73 PASS AF=1;AO=48;DP=71;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114979;FXX=0.0704126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.1182;QD=58.2865;RBI=0.135416;REFB=0;REVB=-0.134927;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198853;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:66:0:0:48:66:1:22:26:0:0:35:31:0:0 chr16 88494976 . A C 1420.49 PASS AF=1;AO=80;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.823;QD=62.4391;RBI=0.0299604;REFB=0;REVB=0.00484464;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969712;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:80:91:1:43:37:0:0:50:41:0:0 chr16 88495367 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0270416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.076;QD=22.7194;RBI=0.0270798;REFB=-0.0108739;REVB=0.00143795;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193534;STB=0.608548;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00692043;OID=.;OPOS=88495367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:7:2:7:7:7:2 chr16 88495654 . A G 309.24 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217454;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.179;QD=53.7804;RBI=0.0313424;REFB=0;REVB=0.0225717;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165405;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr16 88496007 . CT C,CC 939.65 PASS AF=0.984375,0.015625;AO=27,37;DP=64;FAO=63,1;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711766,0.0573706;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.468,221.101;QD=58.7279;RBI=0.102264,0.10761;REFB=0,0;REVB=-0.0734291,-0.091041;RO=0;SAF=21,3;SAR=6,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.093e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000460381,0.00927444;OID=.,.;OPOS=88496008,88496008;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984375,0.015625:27,37:64:63,1:64:0:23,1:40,0:0:0:5:0:21,3:6,34:0:0 chr16 88497446 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.798;QD=37.4885;RBI=0.0477567;REFB=0;REVB=0.0361764;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116413;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr16 88498221 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.387;QD=56.7066;RBI=0.0417187;REFB=0;REVB=0.0379225;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187902;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 88498297 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.276;QD=42.1826;RBI=0.10704;REFB=0;REVB=-0.0597114;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262201;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 88499539 . C G 1913.38 PASS AF=0.941606;AO=129;DP=137;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0212949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.465;QD=55.8651;RBI=0.0215927;REFB=-0.118949;REVB=0.00357357;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518836;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000689109;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:137:137:0:8:129:129:0.941606:72:57:0:0:72:57:1:7 chr16 88501034 . G C 190.5 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4427;QD=47.6245;RBI=0.0830328;REFB=0;REVB=-0.00733453;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297595;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:5:11:0:0 chr16 88501971 . T A,G 669.85 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=39,2;DP=42;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188886,-0.00841295;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.2686,165.692;QD=59.5421;RBI=0.0252321,0.0101531;REFB=0,0;REVB=0.0167296,-0.00568405;RO=0;SAF=21,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00456159,0.0558095;OID=.,.;OPOS=88501971,88501971;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:45:0:0:39,2:44,1:0.977778,0.0222222:18,2:21,0:0:0:22,1:22,0:0:0 chr16 88502505 . A G 365.36 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0292327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.117;QD=52.1944;RBI=0.0302525;REFB=-0.149409;REVB=0.00778853;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00216846;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:9:18:0:0:9:18:1:0 chr16 88504849 . T TC 567.95 PASS AF=0.983871;AO=23;DP=77;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151921;FXX=0.150664;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.2093;QD=36.6419;RBI=0.0420117;REFB=0.0302038;REVB=-0.0391687;RO=50;SAF=0;SAR=23;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78423;STB=0.505616;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.00533922;OID=.;OPOS=88504850;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983871:23:77:61:62:1:17:44:0:1:7:50:0:23:17:33 chr16 88504850 . G C 485.85 PASS AF=0.630137;AO=42;DP=70;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0.0272819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9901;QD=26.6219;RBI=0.0784564;REFB=-0.105252;REVB=0.0735603;RO=26;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317678;STB=0.658766;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0399205;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:26:27:42:46:0.630137:25:17:0:26:29:17:0:27 chr16 88504868 . A G 1490.46 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.672;QD=63.4238;RBI=0.0652706;REFB=0;REVB=-0.0504947;RO=0;SAF=9;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85037e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:85:9:0:0:85:9:0:0 chr16 88505734 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.88;QD=59.836;RBI=0.0105892;REFB=0;REVB=0.0034392;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51058e-05;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr16 88620148 . C G 458.46 PASS AF=0.777778;AO=35;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0137462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.841;QD=40.7515;RBI=0.0447559;REFB=0.00606625;REVB=-0.0425927;RO=10;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087965;STB=0.547502;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00212143;OID=.;OPOS=88620148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:10:10:35:35:0.777778:18:17:7:3:18:17:7:3 chr16 88620195 . T G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.683;QD=58.9627;RBI=0.0444237;REFB=0;REVB=0.044279;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43326e-05;OID=.;OPOS=88620195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr16 88620312 . T C 118.08 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.051338;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0226;QD=7.61801;RBI=0.0516163;REFB=-0.00810553;REVB=-0.00535288;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196964;STB=0.634174;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0179913;OID=.;OPOS=88620312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:45:45:17:17:0.274194:7:10:19:26:7:10:18:27 chr16 88633052 . G C 1036.97 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.413;QD=59.2557;RBI=0.0384548;REFB=0;REVB=0.0131517;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87531e-05;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:43:27:0:0 chr16 88644005 . A G 455.41 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6555;QD=53.5779;RBI=0.0625919;REFB=-0.100251;REVB=0.0461761;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686715;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:2:0:32:34:1:14:18:2:0:14:20:0:0 chr16 88691096 . C T 107.7 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0076486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.102;QD=4.4874;RBI=0.00945968;REFB=-0.00820345;REVB=-0.00556635;RO=75;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573375;STB=0.538964;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0554026;OID=.;OPOS=88691096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:78:18:18:0.1875:10:8:30:45:10:8:31:47 chr16 88713236 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.178;QD=60.9783;RBI=0.0196375;REFB=0;REVB=-0.00990772;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37904e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr16 88717386 . T C 1238.16 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.016;QD=60.3979;RBI=0.0170459;REFB=0;REVB=-0.00345929;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38862e-05;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:1:0:80:82:1:43:37:1:0:43:39:0:0 chr16 88724347 . G T 510.61 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00978922;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.167;QD=37.1352;RBI=0.0409094;REFB=-0.0763758;REVB=0.0397209;RO=12;SAF=24;SAR=19;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103645;STB=0.505577;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0172174;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:57:55:12:12:43:43:0.781818:19:24:7:5:19:24:7:5 chr16 88767769 . G C 615.94 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825636;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6961;QD=61.5944;RBI=0.0266681;REFB=0;REVB=-0.0253578;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694702;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr16 88778615 . G A 81.47 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=93;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0191998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.465;QD=3.5042;RBI=0.0302889;REFB=-0.0132815;REVB=-0.0234262;RO=77;SAF=7;SAR=8;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180298;STB=0.623073;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0603681;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:93:93:77:78:15:15:0.16129:8:7:47:30:8:7:48:30 chr16 88779739 . A G 204.65 PASS AF=0.272727;AO=28;DP=108;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00266873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.616;QD=7.44189;RBI=0.0337337;REFB=-0.00384943;REVB=-0.0336279;RO=75;SAF=16;SAR=12;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868375;STB=0.509499;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.018857;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:75:80:28:30:0.272727:12:16:48:27:12:18:49:31 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 277.88 PASS AF=0.681818,0.318182;AO=15,6;DP=22;FAO=15,7;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179356,0.0373768;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=217.515,57.598;QD=50.5228;RBI=0.0573582,0.041853;REFB=0,0;REVB=0.0544819,0.018832;RO=0;SAF=7,3;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0115794,0.115845;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.681818,0.318182:15,6:22:15,7:22:0:7,3:8,4:0:0:44:0:7,3:8,3:0:0 chr16 88781040 . A G 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0158254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.113;QD=3.73358;RBI=0.0422686;REFB=-0.00147273;REVB=-0.0391943;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398835;STB=0.789759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0101585;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:44:35:37:7:7:0.159091:1:6:20:15:1:6:21:16 chr16 88781125 . T C 379.21 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015173;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.663;QD=56.1793;RBI=0.0478391;REFB=0;REVB=0.0453692;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381666;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr16 88781614 . G C 563.2 PASS AF=0.75;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.00989235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.345;QD=35.1997;RBI=0.0100855;REFB=-0.0286315;REVB=-0.00196415;RO=16;SAF=25;SAR=23;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196153;STB=0.605222;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00726153;OID=.;OPOS=88781614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:16:16:48:48:0.75:23:25:15:1:23:25:15:1 chr16 88782247 . G A 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00333737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.85;QD=4.15608;RBI=0.00587425;REFB=0.00138621;REVB=-0.00483412;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659999;STB=0.545305;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00523933;OID=.;OPOS=88782247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:15:12:3:3:15:12 chr16 88782676 . A G 1178.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.087;QD=60.4536;RBI=0.0123673;REFB=0;REVB=0.0121242;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91158e-05;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr16 88783100 . T C 511.65 PASS AF=0.703125;AO=44;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0158634;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.237;QD=31.9779;RBI=0.0269746;REFB=-0.0384051;REVB=0.0218171;RO=18;SAF=21;SAR=23;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176656;STB=0.504515;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0118634;OID=.;OPOS=88783100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:19:44:45:0.703125:23:21:8:10:23:22:9:10 chr16 88783449 . C G 125.98 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.019426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5965;QD=11.1982;RBI=0.0784622;REFB=-0.00881249;REVB=0.0760194;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530746;STB=0.54432;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0195569;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:30:15:15:0.333333:7:8:14:10:7:8:14:16 chr16 88783521 . T C 767.27 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8148;QD=56.8348;RBI=0.0262165;REFB=0;REVB=-0.000464999;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149559;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:29:23:0:0:30:24:0:0 chr16 88787607 . CCTT CCTC,C 232.11 PASS AF=0,0.488889;AO=3,21;DP=52;FAO=0,22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00865191,0.0109902;FXX=0.062487;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=35.8952,252.117;QD=20.6317;RBI=0.0148498,0.017855;REFB=-0.0118429,-0.0206754;REVB=-0.012069,0.0140718;RO=24;SAF=1,12;SAR=2,9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220637,0.0284033;STB=0.5,0.532757;STBP=1,0.676;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0187491;OID=.,.;OPOS=88787610,88787608;OREF=T,CTT;OALT=C,-;OMAPALT=CCTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.488889:3,21:52:0,22:45:23:0,12:0,10:14:9:99:24:1,12:2,9:13:11 chr16 88787673 . G A 456.3 PASS AF=0.556962;AO=40;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0489318;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.591;QD=23.1037;RBI=0.0489414;REFB=-0.0446711;REVB=-0.000970708;RO=28;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247877;STB=0.513121;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0173646;OID=.;OPOS=88787673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:33:40:44:0.556962:17:23:17:11:20:24:19:14 chr16 88787704 . G C 1208.8 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.257;QD=61.2051;RBI=0.0409803;REFB=0;REVB=0.0383518;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45569e-05;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr16 88787727 . C T 390.16 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0272994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.841;QD=22.2949;RBI=0.0382663;REFB=-0.0322277;REVB=0.0268151;RO=31;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562216;STB=0.535775;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0221775;OID=.;OPOS=88787727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:21:17:16:15:22:17:16:15 chr16 88787781 . C T 256.4 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0328979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.27;QD=22.7912;RBI=0.0394182;REFB=-0.0273863;REVB=0.0217147;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683815;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0271199;OID=.;OPOS=88787781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:13:11:9:11:13:11:9:12 chr16 88791458 . G A 423.24 PASS AF=0.634921;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0999616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6028;QD=26.8723;RBI=0.10767;REFB=-0.0491885;REVB=0.0400068;RO=22;SAF=24;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481734;STB=0.539399;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0275149;OID=.;OPOS=88791458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:22:23:39:40:0.634921:15:24:12:10:15:25:12:11 chr16 88792047 . A G 1114.88 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3245;QD=60.2639;RBI=0.074613;REFB=0;REVB=-0.0724726;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738294;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:29:45:0:0 chr16 88792097 . A G 738.5 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.873;QD=62.8509;RBI=0.0227372;REFB=0;REVB=0.0060517;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8865e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:15:29:0:0:15:32:0:0 chr16 88803124 . T C 557.75 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.027712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8154;QD=23.734;RBI=0.0530706;REFB=-0.00546831;REVB=-0.0452608;RO=40;SAF=18;SAR=34;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410632;STB=0.50635;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00621283;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:42:52:52:0.553191:34:18:12:28:34:18:14:28 chr16 88804734 . A G 538.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.638;QD=59.8064;RBI=0.0296017;REFB=0;REVB=0.00992782;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028541;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr16 88804924 . TC T 210.81 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4517;QD=36.6623;RBI=0.206699;REFB=-0.0342846;REVB=0.0859095;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0179195;OID=.;OPOS=88804925;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:23:23:23:0:12:11:0:0:3:3:9:9:2:1 chr16 88808743 . A G 554.5 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0380369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.427;QD=55.4504;RBI=0.0410314;REFB=-0.109775;REVB=0.0153872;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445524;STB=0.522715;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00341788;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:17:20:2:0:17:21:2:0 chr16 88809368 . G T 503.79 PASS AF=0.638889;AO=45;DP=71;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0370379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.594;QD=27.9883;RBI=0.0409071;REFB=0.00796839;REVB=-0.0173662;RO=25;SAF=11;SAR=34;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340232;STB=0.681676;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00243307;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:25:26:45:46:0.638889:34:11:18:7:34:12:19:7 chr16 88809434 . A G 761.81 PASS AF=0.666667;AO=63;DP=95;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0153587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.917;QD=31.7419;RBI=0.0527364;REFB=-0.0376785;REVB=-0.0504504;RO=31;SAF=12;SAR=51;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304111;STB=0.662281;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0499877;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:31:32:63:64:0.666667:51:12:18:13:51:13:19:13 chr16 88809480 . A G 616.12 PASS AF=0.757143;AO=51;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0156917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5238;QD=35.2065;RBI=0.0307569;REFB=-0.0394066;REVB=-0.0264529;RO=17;SAF=5;SAR=46;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208216;STB=0.576169;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.020814;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:17:51:53:0.757143:46:5:5:12:46:7:5:12 chr16 88809686 . T C 662.64 PASS AF=0.655172;AO=56;DP=85;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0310495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1454;QD=30.4662;RBI=0.0425608;REFB=0.0050913;REVB=-0.0291094;RO=29;SAF=42;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152017;STB=0.583302;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00495857;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:29:30:56:57:0.655172:14:42:16:13:15:42:16:14 chr16 88809773 . G C 1241.16 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.524;QD=61.2917;RBI=0.0759541;REFB=0;REVB=0.0407158;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124794;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:37:44:0:0 chr16 88809893 . GG AC 379.84 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00664021;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=270.943;QD=39.9829;RBI=0.00824707;REFB=-0.0125329;REVB=0.004891;RO=8;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134938;STB=0.572907;STBP=0.115;TYPE=mnp;VARB=0.00272612;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:8:8:30:30:0.789474:16:14:1:7:16:14:1:7 chr16 88872145 . T C 728.36 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0591;QD=57.1265;RBI=0.0782801;REFB=0;REVB=0.0288054;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530782;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:14:37:0:0:14:37:0:0 chr16 88872229 . A G 472.98 PASS AF=0.724138;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0558081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3592;QD=32.6195;RBI=0.0610037;REFB=-0.00431235;REVB=-0.0246355;RO=16;SAF=28;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584255;STB=0.53163;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00287299;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:16:16:42:42:0.724138:14:28:9:7:14:28:9:7 chr16 88872511 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.377;QD=60.9781;RBI=0.0201385;REFB=0;REVB=0.00433436;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24607e-05;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr16 88874632 . C G 1162.31 PASS AF=0.647799;AO=103;DP=159;FAO=103;FDP=159;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0101021;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9116;QD=29.2405;RBI=0.0102408;REFB=-0.00518363;REVB=-0.00168017;RO=54;SAF=44;SAR=59;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618868;STB=0.531917;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00303816;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:54:56:103:103:0.647799:59:44:18:36:59:44:19:37 chr16 88884435 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00351362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.787;QD=9.82166;RBI=0.025191;REFB=-0.00905958;REVB=-0.0249448;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821074;STB=0.549211;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0134301;OID=.;OPOS=88884435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:18:5:3:8:18:5 chr16 88884466 . C T 453.67 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1186;QD=54.9898;RBI=0.0649277;REFB=-0.0531911;REVB=0.0382579;RO=1;SAF=25;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183157;STB=0.509798;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00424579;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:7:25:1:0:7:25:1:0 chr16 88902183 . G A 650.27 PASS AF=0.75;AO=54;DP=72;FAO=54;FDP=72;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.017613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.401;QD=36.126;RBI=0.0423122;REFB=-0.0359016;REVB=0.0384721;RO=18;SAF=28;SAR=26;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172547;STB=0.509275;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0112681;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:18:18:54:54:0.75:26:28:10:8:26:28:10:8 chr16 88921634 . C G 407.28 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0192502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.421;QD=33.2471;RBI=0.0530236;REFB=-0.00450833;REVB=0.0494057;RO=16;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133878;STB=0.572722;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00291869;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:13:20:13:3:13:20:13:3 chr16 88945792 . C T 781.84 PASS AF=0.84507;AO=60;DP=71;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0429861;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6325;QD=44.0471;RBI=0.0793029;REFB=-0.0360053;REVB=0.0666419;RO=11;SAF=41;SAR=19;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453832;STB=0.524233;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00786985;OID=.;OPOS=88945792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:71:11:11:60:60:0.84507:19:41:6:5:19:41:6:5 chr16 89167094 . T C 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0137826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.395;QD=3.80263;RBI=0.0453801;REFB=-0.00283342;REVB=-0.0432364;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408829;STB=0.534173;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0270851;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:3:6:32:14:3:6:33:14 chr16 89167140 . G C 72.24 PASS AF=0.191176;AO=11;DP=65;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00102225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.704;QD=4.24934;RBI=0.0388457;REFB=-0.0185457;REVB=0.0388322;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316182;STB=0.552966;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.124277;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:65:68:50:55:11:13:0.191176:5:6:26:24:7:6:29:26 chr16 89167395 . C T 54.62 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0439816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4025;QD=2.80095;RBI=0.058708;REFB=-0.00218565;REVB=0.0388876;RO=67;SAF=7;SAR=4;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698933;STB=0.548929;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00900192;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:4:7:39:28:4:7:39:28 chr16 89167404 . T C 60.92 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0193898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.368;QD=2.97182;RBI=0.0282131;REFB=-0.000974061;REVB=0.0204943;RO=65;SAF=8;SAR=4;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14607;STB=0.609981;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00624891;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:81:82:65:70:12:12:0.146341:4:8:36:29:4:8:38:32 chr16 89167431 . G C 100.17 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0390423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.086;QD=4.35518;RBI=0.070375;REFB=-0.00540763;REVB=0.058552;RO=71;SAF=8;SAR=9;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635073;STB=0.540183;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0119704;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:71:75:17:17:0.184783:9:8:37:34:9:8:39:36 chr16 89167443 . T C 156.81 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0172534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.624;QD=6.27249;RBI=0.018525;REFB=-0.00579561;REVB=0.00674493;RO=74;SAF=11;SAR=12;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438225;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0172472;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:74:77:23:23:0.23:12:11:38:36:12:11:39:38 chr16 89167458 . C A 182.37 PASS AF=0.268817;AO=19;DP=96;FAO=25;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00147092;FXX=0.0312467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.539;QD=7.84376;RBI=0.0724035;REFB=-0.0210266;REVB=-0.0723885;RO=55;SAF=13;SAR=6;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156955;STB=0.533307;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0327499;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:55:68:19:25:0.268817:6:13:31:24:11:14:35:33 chr16 89180883 . G A 644.64 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.78;QD=58.604;RBI=0.0232667;REFB=-0.0817329;REVB=0.00610177;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0024755;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:27:15:0:0:27:16:1:0 chr16 89211662 . C G 125.24 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0217712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.031;QD=10.4362;RBI=0.0218819;REFB=-0.00485518;REVB=0.00219814;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398487;STB=0.523778;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0080436;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:10:23:10:5:10:23 chr16 89217507 . C T 78.3 PASS AF=0.22;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.017963;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.712;QD=6.26404;RBI=0.0179631;REFB=-0.00217372;REVB=5.53207e-05;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860077;STB=0.545372;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00800391;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:50:40:39:11:11:0.22:6:5:21:19:6:5:20:19 chr16 89235184 . T G 109.53 PASS AF=0.266667;AO=15;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0332797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.37;QD=7.3017;RBI=0.0410005;REFB=-0.00791378;REVB=-0.0239479;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258035;STB=0.61749;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0188362;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:44:15:16:0.266667:12:3:15:25:12:4:17:27 chr16 89245890 . G T 39.02 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0111594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.4263;QD=3.06059;RBI=0.0684623;REFB=-0.0252328;REVB=-0.0675467;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580381;STB=0.878294;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.154606;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:51:32:43:7:8:0.156863:6:1:21:11:7:1:25:18 chr16 89246670 . T C 41.33 PASS AF=0.152174;AO=8;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0274484;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.239;QD=3.59365;RBI=0.0739872;REFB=-0.00665047;REVB=-0.0687073;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292761;STB=0.747825;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0390414;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:37:39:8:7:0.152174:3:5:14:23:2:5:16:23 chr16 89256695 . G A 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0176331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.406;QD=7.98292;RBI=0.0289756;REFB=-0.016009;REVB=-0.0229926;RO=41;SAF=13;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398731;STB=0.7453;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0304361;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:3:13:21:20:3:13:21:20 chr16 89259993 . A G 109.94 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.101401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9105;QD=7.32904;RBI=0.103155;REFB=-0.0300177;REVB=-0.0189422;RO=42;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379248;STB=0.534784;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0390234;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:44:16:16:0.266667:11:5:12:30:11:5:12:32 chr16 89262431 . G A 370.19 PASS AF=0.659574;AO=30;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.107606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5434;QD=31.5057;RBI=0.107681;REFB=-0.051557;REVB=-0.00401836;RO=16;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193037;STB=0.608623;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0112014;OID=.;OPOS=89262431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:16:16:30:31:0.659574:20:10:10:6:21:10:10:6 chr16 89265087 . A G 54.76 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.016399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0617;QD=2.80816;RBI=0.0219104;REFB=0.000181009;REVB=-0.0145306;RO=67;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270736;STB=0.518834;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00053575;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:5:6:38:29:5:6:38:29 chr16 89265100 . GC AT 48.33 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0150336;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=2;MLLD=230.617;QD=2.51067;RBI=0.0162908;REFB=-0.00186234;REVB=0.00627556;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506481;STBP=0.936;TYPE=mnp;VARB=0.0118844;OID=.;OPOS=89265100;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:66:67:10:10:0.12987:5:5:33:33:5:5:34:33 chr16 89291210 . G A,GGTGA 606.95 PASS AF=0,0.872727;AO=2,42;DP=56;FAO=0,48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=0,20;FSAR=0,28;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0335023,0.0179328;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=23.5862,264.852;QD=44.1416;RBI=0.0457825,0.0228623;REFB=-0.0500946,-0.0311283;REVB=-0.031203,0.014181;RO=9;SAF=1,16;SAR=1,26;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174857,-0.0969509;STB=0.5,0.538445;STBP=1,0.125;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0029727;OID=.,.;OPOS=89291210,89291211;OREF=G,-;OALT=A,GTGA;OMAPALT=A,GGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:56:55:9:7:2,42:0,48:0,0.872727:1,26:1,16:6:3:0,28:0,20:5:2 chr16 89291951 . C T 516.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.039;QD=59.0427;RBI=0.0069831;REFB=0;REVB=0.00546097;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06926e-05;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr16 89293271 . A C 1271.99 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0161392;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.489;QD=60.5708;RBI=0.042399;REFB=0.023337;REVB=0.0392071;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-1.63779e-05;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:35:48:1:0:35:48:1:0 chr16 89293614 . A G 636.0 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118181;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.998;QD=62.0489;RBI=0.011885;REFB=0;REVB=-0.00125934;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56463e-05;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 89294184 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.857;QD=61.6802;RBI=0.0349881;REFB=0;REVB=0.0344491;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215293;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:12:29:0:0 chr16 89294381 . T C 205.18 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7893;QD=48.2766;RBI=0.0947724;REFB=0;REVB=0.0933756;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366822;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr16 89294439 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.489;QD=43.4861;RBI=0.0560394;REFB=0;REVB=-0.0501082;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136432;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr16 89294511 . C T 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.817;QD=44.0889;RBI=0.0156564;REFB=-0.00977086;REVB=0.00984618;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00018967;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr16 89294595 . C T 181.5 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0178918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.444;QD=24.2004;RBI=0.0279544;REFB=-0.034823;REVB=0.0214787;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00926552;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:8:4:6:12:8:4 chr16 89294697 . C T 519.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7207;QD=59.4162;RBI=0.034445;REFB=0;REVB=0.0111222;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450135;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr16 89299200 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.193;QD=49.5992;RBI=0.0387806;REFB=0;REVB=0.0286116;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466964;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr16 89299227 . C T 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.854;QD=44.0919;RBI=0.0389343;REFB=0.0368662;REVB=0.0157467;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339667;STB=0.518497;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000452528;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:4:13:1:0:4:13:1:0 chr16 89299280 . T A 229.01 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000799065;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6287;QD=50.8909;RBI=0.00666531;REFB=0;REVB=0.00661724;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012388;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr16 89299890 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6754;QD=33.4284;RBI=0.0859589;REFB=0;REVB=-0.0717784;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221005;OID=.;OPOS=89299890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 89299899 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7363;QD=33.4285;RBI=0.0682755;REFB=0;REVB=-0.0123876;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00505585;OID=.;OPOS=89299899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 89300147 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1293;QD=42.1778;RBI=0.0559139;REFB=0;REVB=0.0380644;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301133;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 89345122 . G A 188.3 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00972963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.545;QD=37.66;RBI=0.0433812;REFB=-0.118708;REVB=0.042276;RO=2;SAF=14;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989038;STB=0.538414;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00478426;OID=.;OPOS=89345122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:2:3:17:17:0.85:3:14:1:1:3:14:2:1 chr16 89345408 . G A 267.11 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0159068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9104;QD=28.1173;RBI=0.0828403;REFB=-0.0232905;REVB=0.0812987;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244419;STB=0.618952;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0267458;OID=.;OPOS=89345408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:13:11:11:2:13:11:11:3 chr16 89350038 . G A 220.96 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0250804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.932;QD=32.7347;RBI=0.0265024;REFB=-0.0879479;REVB=0.00856433;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149199;STB=0.581671;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0218776;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:11:9:1:6:11:9:1:6 chr16 89350178 . G A 691.09 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0632387;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.459;QD=57.591;RBI=0.0633137;REFB=-0.0562969;REVB=0.00308008;RO=2;SAF=12;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720805;STB=0.535698;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000588299;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:45:46:0.958333:33:12:2:0:33:13:2:0 chr16 89760652 . C T 842.05 PASS AF=0.741573;AO=66;DP=91;FAO=66;FDP=89;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.025168;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.258;QD=37.8449;RBI=0.0345845;REFB=-0.0295499;REVB=0.0237205;RO=23;SAF=35;SAR=31;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591477;STB=0.531723;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00707963;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:23:23:66:66:0.741573:31:35:15:8:31:35:15:8 chr16 89760712 . G A 362.79 PASS AF=0.681818;AO=29;DP=43;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0286292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.431;QD=32.9814;RBI=0.0437197;REFB=-0.0323786;REVB=0.0330421;RO=13;SAF=21;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740748;STB=0.521262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0176632;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:14:29:30:0.681818:8:21:8:5:9:21:9:5 chr16 89763214 . T C 400.99 PASS AF=0.705882;AO=32;DP=47;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0103078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1929;QD=31.4498;RBI=0.0424867;REFB=-0.0179643;REVB=0.0412174;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936857;STB=0.563439;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0119032;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:14:15:32:36:0.705882:19:13:8:6:22:14:9:6 chr16 89764237 . C T 91.68 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.055522;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.035;QD=28.2081;RBI=0.0555256;REFB=-0.0012937;REVB=-0.000632439;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178335;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00229094;OID=.;OPOS=89764237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:14:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:0:3:6:4:0:3 chr16 89777761 . C T 982.57 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.666;QD=58.6609;RBI=0.0329482;REFB=0;REVB=0.02845;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033665;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:42:23:0:0:43:24:0:0 chr16 89782989 . A G 643.48 PASS AF=0.941176;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0804417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4364;QD=50.469;RBI=0.0824493;REFB=0.0142653;REVB=0.0180838;RO=3;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654026;STB=0.5294;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0259438;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:51:3:3:44:48:0.941176:20:24:0:3:24:24:0:3 chr16 89783187 . C T 739.87 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.39;QD=56.9132;RBI=0.0419628;REFB=0;REVB=0.0378969;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151562;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr16 89789897 . A AC 373.0 PASS AF=1;AO=13;DP=109;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118074;FXX=0.490337;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.2595;QD=28.1506;RBI=0.11832;REFB=0;REVB=0.00762247;RO=92;SAF=12;SAR=1;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00693885;OID=.;OPOS=89789898;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:109:53:53:0:53:0:0:0:3:92:12:1:45:47 chr16 89789898 . T C,G 1491.24 PASS AF=0.893204,0.106796;AO=90,12;DP=102;FAO=92,11;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44,10;FSAR=48,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385043,0.0049488;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.4901,130.441;QD=57.9122;RBI=0.0402078,0.00712304;REFB=0,0;REVB=0.0115798,0.00512319;RO=0;SAF=43,11;SAR=47,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.16558e-08,3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00388849,0.0742449;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:102:103:0:0:90,12:92,11:0.893204,0.106796:47,1:43,11:0:0:48,1:44,10:0:0 chr16 89805967 . A G 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00581143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.475;QD=7.73068;RBI=0.0210711;REFB=-0.0124588;REVB=-0.0202538;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1389;STB=0.584788;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0279333;OID=.;OPOS=89805967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:7:7:15:24:7:7:15:24 chr16 89806347 . A T 818.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.395;QD=57.4033;RBI=0.0414306;REFB=0;REVB=0.0308941;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44705e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:21:36:0:0 chr16 89836323 . C T 468.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184634;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.52;QD=58.6105;RBI=0.0491232;REFB=0;REVB=0.0455214;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226734;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr16 89845194 . A G 368.32 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0593749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.315;QD=47.5251;RBI=0.0596646;REFB=-0.0820241;REVB=-0.00587326;RO=2;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444442;STB=0.512752;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00355588;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:28:28:0.903226:13:15:1:1:13:15:2:1 chr16 89849480 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.729;QD=42.1799;RBI=0.012612;REFB=0;REVB=0.00508709;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382724;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 89866043 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3131;QD=56.7065;RBI=0.0367813;REFB=0;REVB=0.0358674;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507881;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 89971345 . GCCA CGCA,GCCC,GCCCA 58.42 PASS AF=0.0083682,0,0.138075;AO=9,9,54;DP=245;FAO=2,0,33;FDP=239;FR=.;FRO=204;FSAF=2,0,4;FSAR=0,0,29;FSRF=115;FSRR=89;FWDB=-0.0637762,0.0427359,0.136392;FXX=0.020491;HRUN=1,1,2;LEN=2,1,1;MLLD=49.5418,78.8394,15.2785;QD=0.97781;RBI=0.0637763,0.0571832,0.145195;REFB=0.0164252,-0.0129987,-0.0811467;REVB=-7.84373e-05,-0.0379942,-0.0497879;RO=167;SAF=9,0,4;SAR=0,9,50;SRF=105;SRR=62;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.440673,-0.558502,-0.704668;STB=0.994384,0.5,0.879455;STBP=0.184,1,0;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.19846,0,0.14249;OID=.,.,.;OPOS=89971345,89971348,89971346;OREF=GC,A,-;OALT=CG,C,C;OMAPALT=CGCA,GCCC,GCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:60:245:239:167:204:9,9,54:2,0,33:0.0083682,0,0.138075:0,9,50:9,0,4:105:62:0,0,29:2,0,4:115:89 chr16 89986154 . G A 697.17 PASS AF=0.979167;AO=43;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.11042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6832;QD=58.0975;RBI=0.138857;REFB=-0.0724058;REVB=0.084194;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00296232;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:1:1:43:47:0.979167:20:23:1:0:21:26:1:0 chr16 90037828 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.628;QD=62.3499;RBI=0.0288708;REFB=0;REVB=0.0168005;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28472e-05;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 90038786 . C A 769.15 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.81;QD=56.9739;RBI=0.0337682;REFB=0;REVB=0.00602158;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92249e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:42:12:0:0:42:12:0:0 chr16 90095484 . C T 1291.25 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0266799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.251;QD=57.3889;RBI=0.0364457;REFB=-0.0238677;REVB=0.0248289;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.508659;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000409281;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:1:4:86:86:0.955556:48:38:0:1:48:38:1:3 chr16 90096052 . CCTT C 709.16 PASS AF=1;AO=57;DP=70;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545236;FXX=0.15712;HRUN=2;LEN=3;MLLD=199.129;QD=48.0788;RBI=0.0545305;REFB=0;REVB=-0.000868161;RO=0;SAF=12;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000265929;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:70:59:59:0:13:46:0:0:12:0:12:45:0:0 chr16 90097748 . C T 179.3 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159016;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.896;QD=47.8136;RBI=0.116428;REFB=0;REVB=0.115337;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136521;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr16 90109711 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5223;QD=42.1819;RBI=0.0493054;REFB=0;REVB=-0.0455527;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030608;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 90110027 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.582;QD=56.1916;RBI=0.0321295;REFB=0;REVB=0.0305798;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101145;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 90110284 . G A 201.32 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0174103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.731;QD=28.7603;RBI=0.0195671;REFB=-0.00900347;REVB=-0.00893036;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046701;STB=0.525869;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00255511;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:7:12:5:4:7:12:5:4 chr16 90110289 . C A 299.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.735;QD=52.1462;RBI=0.0838441;REFB=0;REVB=0.0375093;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837871;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:23:0:0:20:23:1:6:14:0:0:8:15:0:0 chr16 90110950 . C T 112.16 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00526541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.783;QD=8.46492;RBI=0.0138693;REFB=-0.0164188;REVB=0.012831;RO=38;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405894;STB=0.753865;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0289268;OID=.;OPOS=90110950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:13:2:15:23:13:2:15:23 chr16 90130136 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00214462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.955;QD=11.8818;RBI=0.0127424;REFB=-0.0062651;REVB=-0.0125606;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082336;STB=0.548526;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0122456;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:17:11:7:8:17:11 chr16 90141355 . A C 466.25 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0169025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.717;QD=38.0616;RBI=0.090288;REFB=-0.0363746;REVB=-0.0886918;RO=12;SAF=28;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380256;STB=0.503266;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0186673;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:49:49:12:13:36:36:0.734694:8:28:10:2:8:28:10:3 chr16 90160140 . A G 88.37 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.19;QD=39.2754;RBI=0.0715648;REFB=0;REVB=0.0519346;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863129;OID=.;OPOS=90160140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr16 90160238 . C T 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3076;QD=48.7188;RBI=0.0525017;REFB=0;REVB=0.0481135;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062409;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr16 90160246 . G A 236.06 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000297168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.293;QD=49.696;RBI=0.0394249;REFB=0;REVB=-0.0394238;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106745;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 90160793 . G C 35.69 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.114621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7662;QD=5.94758;RBI=0.115362;REFB=-0.0244678;REVB=-0.0130525;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368509;STB=0.736115;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.057597;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:12:6:4:2:12:6 chr16 90160953 . T C 101.99 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.141;QD=40.7944;RBI=0.039577;REFB=0;REVB=0.0270665;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053948;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:3:7:0:0 chr16 90161034 . C A 426.93 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.883;QD=56.9242;RBI=0.0694381;REFB=0;REVB=0.067472;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733073;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:9:16:0:0:12:18:0:0 chr16 90161065 . A T 618.5 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316591;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3747;QD=61.8504;RBI=0.0328746;REFB=0;REVB=0.00885691;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07652e-05;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr16 90161231 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1746;QD=53.9099;RBI=0.0822989;REFB=0;REVB=-0.0680228;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00277454;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr16 90161578 . G A 69.22 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1026;QD=30.7631;RBI=0.116208;REFB=-0.171364;REVB=0.113873;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0171213;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:4:4:0:0:4:4:1:0 chr16 90161585 . C A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.102;QD=40.7618;RBI=0.0611915;REFB=0;REVB=-0.0480026;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169629;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr16 90161590 . G A 101.75 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.629;QD=40.7015;RBI=0.0697953;REFB=0;REVB=0.0158511;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173269;OID=.;OPOS=90161590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr16 90161592 . G A 101.68 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8903;QD=40.6707;RBI=0.111614;REFB=0;REVB=-0.110936;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0038753;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr16 90232832 . A C 459.8 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0177313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.815;QD=26.655;RBI=0.0179953;REFB=-0.057972;REVB=0.00307152;RO=26;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610836;STB=0.533318;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0250609;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:22:21:15:11:22:21:15:11 chr17 6115 . G C 138.89 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0174639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.181;QD=5.9739;RBI=0.0204687;REFB=-0.0063078;REVB=-0.0106761;RO=72;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642581;STB=0.539898;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0251058;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:72:72:21:21:0.225806:13:8:31:41:13:8:31:41 chr17 6157 . A G 77.89 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.000180414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.5;QD=4.79316;RBI=0.00709854;REFB=-0.00161645;REVB=-0.00709625;RO=52;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142665;STB=0.591411;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00741655;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:6:7:22:30:6:7:22:30 chr17 171098 . T G 76.69 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00124687;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.069;QD=4.57834;RBI=0.0384476;REFB=-0.0200282;REVB=-0.0384274;RO=53;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17605;STB=0.618872;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0622373;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:68:67:53:54:13:13:0.19403:6:7:21:32:6:7:21:33 chr17 181474 . T C 1606.62 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.134;QD=60.0605;RBI=0.0393424;REFB=0;REVB=-0.0272959;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07469e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr17 182956 . T G 40.76 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0300403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.006;QD=14.8232;RBI=0.078738;REFB=-0.143916;REVB=0.0727822;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.113557;OID=.;OPOS=182956;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:10:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:3:1:3:3:4:1 chr17 182990 . A C 69.26 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0022;QD=30.7826;RBI=0.111614;REFB=0.0948919;REVB=-0.110397;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0224165;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:3:5:0:0:3:5:1:0 chr17 292759 . C T 74.66 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0499631;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.003;QD=9.63359;RBI=0.0501973;REFB=0.00390793;REVB=0.00484377;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547852;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00633996;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:21:21:9:10:0.322581:6:3:7:14:6:4:7:14 chr17 505129 . A C 61.19 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0295916;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.659;QD=2.9847;RBI=0.0297694;REFB=-0.00224578;REVB=-0.00324939;RO=70;SAF=5;SAR=7;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172774;STB=0.61828;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0110612;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:83:82:70:70:12:12:0.146341:7:5:39:31:7:5:39:31 chr17 636320 . T TCTC 155.71 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0040036;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.634;QD=41.5213;RBI=0.0336997;REFB=-0.0694701;REVB=0.033461;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180146;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.00398402;OID=.;OPOS=636321;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:13:18:14:15:1:8:6:0:1:6:3:7:6:0:3 chr17 644986 . A C 414.91 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00358546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.954;QD=30.1754;RBI=0.00927178;REFB=-0.00479812;REVB=0.00855046;RO=16;SAF=14;SAR=24;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109801;STB=0.565924;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00134783;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:17:38:38:0.690909:24:14:3:13:24:14:3:14 chr17 648157 . G A 190.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0142527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.204;QD=30.5471;RBI=0.111146;REFB=-0.0303818;REVB=0.110228;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814684;STB=0.504499;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0129256;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:8:10:4:3:8:10:4:3 chr17 648186 . G A 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000691193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7845;QD=10.4377;RBI=0.119262;REFB=-0.000288076;REVB=0.11926;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695362;STB=0.541767;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00373439;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:12:15:8:5:12:15 chr17 648498 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.146;QD=55.654;RBI=0.0248913;REFB=0;REVB=-0.0232181;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103609;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 649232 . C T 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.024678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.324;QD=7.37404;RBI=0.0249397;REFB=-0.00175745;REVB=0.00360405;RO=52;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199593;STB=0.638735;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00313474;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:55:20:20:0.266667:16:4:17:35:16:4:19:36 chr17 649505 . T A 291.51 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0167591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.793;QD=33.3154;RBI=0.017961;REFB=-0.0156319;REVB=-0.00645974;RO=10;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13526;STB=0.573973;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00413758;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:11:14:3:7:11:14:3:7 chr17 649935 . G C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6996;QD=42.1797;RBI=0.120538;REFB=0;REVB=-0.120404;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00452667;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 650206 . C T 56.75 PASS AF=0.32;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0578477;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5457;QD=9.08078;RBI=0.0583093;REFB=-0.0114623;REVB=0.00732239;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163863;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0187252;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:25:18:17:8:8:0.32:3:5:11:7:3:5:10:7 chr17 685752 . G A 192.88 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0536389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8067;QD=23.3798;RBI=0.13717;REFB=0.0661103;REVB=0.126248;RO=14;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752186;STB=0.542326;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.043241;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:3:16:11:3:3:16:11:3 chr17 704017 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6049;QD=57.1981;RBI=0.095588;REFB=0;REVB=-0.0722664;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00258369;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:4:26:0:0:4:26:0:0 chr17 908502 . A G 242.37 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0301026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.473;QD=29.3782;RBI=0.0426019;REFB=-0.0184975;REVB=-0.0301457;RO=11;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338955;STB=0.688288;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00782413;OID=.;OPOS=908502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:17:5:8:3:17:5:8:3 chr17 908529 . A G 130.42 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00719261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.151;QD=20.8668;RBI=0.00727728;REFB=-0.0342603;REVB=-0.00110689;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378329;STB=0.717096;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0363978;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:10:10:14:15:0.6:10:4:8:2:11:4:8:2 chr17 925764 . A G 139.22 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0358099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.912;QD=6.05316;RBI=0.0375605;REFB=-0.000707426;REVB=-0.0113333;RO=67;SAF=7;SAR=14;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254316;STB=0.646917;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0011857;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:71:21:21:0.228261:14:7:36:31:14:7:37:34 chr17 970413 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.043;QD=51.9141;RBI=0.0195953;REFB=0;REVB=-0.0111661;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94742e-05;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr17 1174750 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG 70.43 PASS AF=0.418605,0;AO=16,2;DP=46;FAO=18,0;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3,0;FSAR=15,0;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0530364,-0.0797945;FXX=0.0444346;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.4455,56.5354;QD=6.55138;RBI=0.0736771,0.0824061;REFB=-0.0844944,-0.00709584;REVB=0.0511416,-0.0205818;RO=22;SAF=2,2;SAR=14,0;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.311124,0.589202;STB=0.659139,0.5;STBP=0.112,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.120032,0.0514382;OID=.,.;OPOS=1174751,1174754;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605,0:16,2:46:18,0:43:25:3,0:15,0:9:16:69:22:2,2:14,0:7:15 chr17 1368684 . TTA T,TT,TTT 34.49 PASS AF=0.25641,0,0;AO=5,7,8;DP=43;FAO=10,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.162951,0.243289,0.0813433;FXX=0.0249938;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=18.6045,9.41722,14.1538;QD=3.53705;RBI=0.222569,0.267385,0.0857554;REFB=-0.0378624,-0.0557183,-0.0232389;REVB=-0.151604,-0.110928,0.0271523;RO=16;SAF=1,2,1;SAR=4,5,7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0226714,0.146322,-0.132461;STB=0.571293,0.5,0.5;STBP=0.66,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.149676,0,0;OID=.,.,.;OPOS=1368685,1368686,1368686;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0,0:5,7,8:43:10,0,0:39:29:4,0,0:6,0,0:9:20:34:16:1,2,1:4,5,7:3:13 chr17 1384066 . A G 687.19 PASS AF=1;AO=33;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370907;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.257;QD=56.0971;RBI=0.0994557;REFB=0;REVB=-0.0922806;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84958e-05;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:33:49:1:14:19:0:0:23:26:0:0 chr17 1388271 . CA AC,CAC 39.2 PASS AF=0.0576923,0.192308;AO=4,9;DP=53;FAO=3,10;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=3,9;FSAR=0,1;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0495253,-0.0644955;FXX=0.0188644;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=94.1026,91.3188;QD=3.01532;RBI=0.0707477,0.079473;REFB=-0.00605719,-0.00623997;REVB=-0.050522,-0.0464358;RO=35;SAF=4,7;SAR=0,2;SRF=25;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.512113,0.101645;STB=0.995117,0.744216;STBP=0.184,0.179;TYPE=mnp,ins;VARB=0.114354,0.162676;OID=.,.;OPOS=1388271,1388273;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:53:52:35:39:4,9:3,10:0.0576923,0.192308:0,2:4,7:25:10:0,1:3,9:28:11 chr17 1424947 . A AG 670.2 PASS AF=1;AO=6;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556803;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.438;QD=48.7415;RBI=0.0848428;REFB=0;REVB=-0.0640156;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000457698;OID=.;OPOS=1424948;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:55:55:55:0:24:31:0:0:12:49:3:3:22:27 chr17 1424948 . A G 602.0 PASS AF=0.830508;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00947985;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.987;QD=40.8138;RBI=0.0129294;REFB=-0.0141029;REVB=0.00879211;RO=10;SAF=22;SAR=27;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156933;STB=0.5084;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000788863;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:10:10:49:49:0.830508:27:22:4:6:27:22:4:6 chr17 1479895 . A AC,C 70.54 PASS AF=0.222222,0;AO=8,7;DP=57;FAO=12,0;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0136641,0.00565207;FXX=0.0181785;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=79.4786,158.811;QD=5.22525;RBI=0.0197659,0.00907299;REFB=-0.00731771,-0.008461;REVB=-0.0142822,-0.00709741;RO=41;SAF=2,0;SAR=6,7;SRF=16;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.192567,-0.638054;STB=0.657595,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.148225,0;OID=.,.;OPOS=1479896,1479895;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:57:54:41:42:8,7:12,0:0.222222,0:6,7:2,0:16:25:10,0:2,0:13:29 chr17 1489088 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.006;QD=59.017;RBI=0.0475207;REFB=0;REVB=-0.015513;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244095;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr17 1516480 . T C 956.72 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.021;QD=57.1174;RBI=0.06213;REFB=0;REVB=0.0165302;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222208;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:62:67:1:32:30:0:0:34:33:0:0 chr17 1538302 . C A 323.76 PASS AF=0.288462;AO=45;DP=156;FAO=45;FDP=156;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.0294884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5533;QD=8.3014;RBI=0.0300925;REFB=-0.00808998;REVB=0.00599947;RO=111;SAF=34;SAR=11;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417605;STB=0.745848;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0210026;OID=.;OPOS=1538302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:111:111:45:45:0.288462:11:34:46:65:11:34:46:65 chr17 1538546 . C T 1096.86 PASS AF=0.725806;AO=90;DP=126;FAO=90;FDP=124;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00739741;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.051;QD=35.3825;RBI=0.0318708;REFB=-0.0366453;REVB=0.0310004;RO=33;SAF=37;SAR=53;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678328;STB=0.508485;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0141398;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:33:34:90:90:0.725806:53:37:14:19:53:37:15:19 chr17 1538628 . C G 1258.89 PASS AF=0.796748;AO=96;DP=121;FAO=98;FDP=123;FR=.;FRO=25;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0236827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.277;QD=40.9397;RBI=0.0428073;REFB=-0.049956;REVB=-0.0356594;RO=25;SAF=50;SAR=46;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313511;STB=0.518441;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00915834;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:25:25:96:98:0.796748:46:50:11:14:46:52:11:14 chr17 1542153 . G A 212.23 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0219942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8417;QD=27.3845;RBI=0.0280501;REFB=-0.000404887;REVB=-0.0174087;RO=10;SAF=2;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469167;STB=0.786052;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000374076;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:10:11:20:20:0.645161:18:2:6:4:18:2:7:4 chr17 1542190 . G A 196.32 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0225672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.195;QD=34.1428;RBI=0.0402415;REFB=-0.039406;REVB=0.0333181;RO=5;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.650979;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00738234;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:14:4:4:1:14:4:4:1 chr17 1552171 . C T 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0552617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9966;QD=47.1176;RBI=0.0569145;REFB=0.0341792;REVB=0.0136163;RO=2;SAF=4;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080086;STB=0.54344;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00179873;OID=.;OPOS=1552171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:20:4:1:1:20:4:1:1 chr17 1554770 . A G 728.76 PASS AF=0.705882;AO=56;DP=82;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0022609;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.801;QD=34.2946;RBI=0.00340589;REFB=-0.0137121;REVB=0.00254724;RO=25;SAF=18;SAR=38;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300049;STB=0.664177;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0061263;OID=.;OPOS=1554770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:25:25:56:60:0.705882:38:18:21:4:42:18:21:4 chr17 1578939 . C T 159.18 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0273577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9055;QD=21.9563;RBI=0.0508129;REFB=0.0131147;REVB=-0.0428195;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182627;STB=0.519208;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0111477;OID=.;OPOS=1578939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:12:12:16:17:0.586207:5:11:8:4:5:12:8:4 chr17 1580929 . G C 374.99 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2178;QD=55.5533;RBI=0.0298932;REFB=0;REVB=0.000735021;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522645;OID=.;OPOS=1580929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:22:27:1:5:17:0:0:8:19:0:0 chr17 1584324 . A G 694.35 PASS AF=0.788732;AO=54;DP=70;FAO=56;FDP=71;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0717224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.398;QD=39.1182;RBI=0.0743664;REFB=-0.0189597;REVB=0.0196537;RO=15;SAF=22;SAR=32;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311019;STB=0.506171;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00795792;OID=.;OPOS=1584324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:70:71:15:15:54:56:0.788732:32:22:6:9:32:24:6:9 chr17 1585130 . A G 614.3 PASS AF=0.86;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0593199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.34;QD=49.144;RBI=0.0608801;REFB=-0.064216;REVB=0.0136943;RO=7;SAF=23;SAR=20;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472999;STB=0.525317;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0112104;OID=.;OPOS=1585130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:7:7:43:43:0.86:20:23:5:2:20:23:5:2 chr17 1611433 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.054;QD=37.4874;RBI=0.0697202;REFB=0;REVB=-0.000561216;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120698;OID=.;OPOS=1611433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 1630950 . C T 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0079047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.265;QD=30.5914;RBI=0.0248192;REFB=-0.0090116;REVB=0.0235268;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000984823;OID=.;OPOS=1630950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:2:0:5:5:2:0 chr17 1637074 . A G 129.77 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0639289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8042;QD=7.31083;RBI=0.0774367;REFB=-0.0129788;REVB=-0.0436983;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813643;STB=0.54897;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0482373;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:7:12:36:16:7:12:36:16 chr17 1637302 . A G 110.5 PASS AF=0.182692;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0830363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1248;QD=4.25;RBI=0.0963956;REFB=-0.00315021;REVB=-0.0489601;RO=82;SAF=11;SAR=8;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17559;STB=0.597484;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0115156;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:82:85:19:19:0.182692:8:11:36:46:8:11:39:46 chr17 1648635 . C T 39.59 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0403472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6379;QD=13.1983;RBI=0.0800265;REFB=-0.0264898;REVB=0.069111;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0305803;OID=.;OPOS=1648635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:3:3:4:1:3:3:4:2 chr17 1673276 . C T 481.75 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0350185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3559;QD=53.5275;RBI=0.0572723;REFB=-0.0695103;REVB=0.0453192;RO=2;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311656;STB=0.516657;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00185177;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:29:5:0:2:29:5:0:2 chr17 1680002 . T C 44.29 PASS AF=0.28;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0519198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.071;QD=7.08669;RBI=0.0526053;REFB=-0.0236526;REVB=0.00846436;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475485;STB=0.551576;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0258028;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:17:18:7:7:0.28:4:3:8:9:4:3:9:9 chr17 1686410 . T C 141.9 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0567958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.911;QD=13.844;RBI=0.0658675;REFB=-0.0106315;REVB=-0.0333582;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140771;STB=0.508187;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0294911;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:6:19:12:4:6:19 chr17 1703543 . G C 82.28 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00568645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.197;QD=19.3592;RBI=0.0132336;REFB=-0.0113861;REVB=-0.0119496;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222514;STB=0.627655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0242609;OID=.;OPOS=1703543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:5:2:6:4:5:2 chr17 1704296 . C A 35.04 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0395472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3735;QD=4.83298;RBI=0.0518071;REFB=0.00838597;REVB=-0.0334663;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496966;STB=0.841583;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0402211;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:29:22:23:6:6:0.206897:5:1:13:9:5:1:14:9 chr17 1731268 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.195;QD=56.9383;RBI=0.0250852;REFB=0;REVB=0.0147509;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20955e-05;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr17 1801144 . C T 99.52 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.000529767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.138;QD=3.4614;RBI=0.0119575;REFB=-0.00177762;REVB=-0.0119458;RO=96;SAF=16;SAR=3;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443348;STB=0.798029;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00594866;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:96:96:19:19:0.165217:3:16:50:46:3:16:50:46 chr17 1839674 . G C 1061.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2561;QD=59.8151;RBI=0.021572;REFB=0;REVB=0.00370539;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150691;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:35:35:1:0:35:36:0:0 chr17 1840468 . C T 1479.37 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00303625;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.693;QD=58.5889;RBI=0.0388721;REFB=-0.118244;REVB=0.0387533;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000197653;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:101:0:1:100:100:0.990099:49:51:0:0:49:51:0:1 chr17 1940232 . A G 172.32 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0164145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.145;QD=7.57459;RBI=0.023316;REFB=-0.011635;REVB=-0.0165589;RO=65;SAF=7;SAR=17;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107158;STB=0.580075;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0326671;OID=.;OPOS=1940232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:67:24:24:0.263736:17:7:24:41:17:7:26:41 chr17 1943888 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.046;QD=48.7373;RBI=0.125258;REFB=0;REVB=0.0149587;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579904;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr17 1962682 . CAA CA,CAC,CCA 1164.5 PASS AF=0.687075,0,0;AO=87,7,7;DP=148;FAO=101,0,0;FDP=147;FR=.;FRO=46;FSAF=50,0,0;FSAR=51,0,0;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0493066,-0.0649614,-0.0569329;FXX=0.0067563;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=25.5136,20.9723,19.4439;QD=31.6872;RBI=0.0607529,0.0654323,0.0593065;REFB=-0.0200824,0.00819444,-0.00646141;REVB=-0.0354932,0.00783596,-0.0166105;RO=45;SAF=43,7,0;SAR=44,0,7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00339218,0.664952,-0.657358;STB=0.501549,0.5,0.5;STBP=0.977,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00800341,0,0;OID=.,.,.;OPOS=1962683,1962684,1962683;OREF=A,A,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.687075,0,0:87,7,7:148:101,0,0:147:46:50,0,0:51,0,0:23:23:99:45:43,7,0:44,0,7:22:23 chr17 2091765 . C T 658.0 PASS AF=0.682927;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.069493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.512;QD=32.0975;RBI=0.069607;REFB=-0.0094827;REVB=-0.00398233;RO=25;SAF=27;SAR=29;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112808;STB=0.554281;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00402808;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:25:26:56:56:0.682927:29:27:17:8:29:27:17:9 chr17 2203025 . T G 712.45 PASS AF=0.979592;AO=30;DP=45;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.156081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.7846;QD=58.1595;RBI=0.156433;REFB=-0.0613479;REVB=0.0104875;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.513508;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0047533;OID=.;OPOS=2203025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:49:0:1:30:48:0.979592:28:2:0:0:30:18:1:0 chr17 2203167 . T G 564.77 PASS AF=0.836364;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0138976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.784;QD=41.0745;RBI=0.0216897;REFB=-0.0289496;REVB=-0.0166523;RO=9;SAF=16;SAR=30;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488565;STB=0.502617;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00989096;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:46:46:0.836364:30:16:3:6:30:16:3:6 chr17 2203175 . C G 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00317742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.383;QD=3.11676;RBI=0.0123135;REFB=-0.00147763;REVB=-0.0118964;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076017;STB=0.555391;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00818876;OID=.;OPOS=2203175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:5:2:15:29:5:2:15:29 chr17 2203348 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.555;QD=39.2065;RBI=0.0374103;REFB=0;REVB=-0.0371389;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527457;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 2238152 . T C 562.04 PASS AF=0.7;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0575043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7804;QD=32.1165;RBI=0.0644612;REFB=0.0112917;REVB=0.0291292;RO=20;SAF=24;SAR=25;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482649;STB=0.518381;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00384747;OID=.;OPOS=2238152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:20:21:49:49:0.7:25:24:8:12:25:24:9:12 chr17 2266799 . G A 1139.02 PASS AF=0.738095;AO=88;DP=121;FAO=93;FDP=126;FR=.;FRO=33;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0711932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0451;QD=36.1593;RBI=0.179413;REFB=-0.0289446;REVB=0.164683;RO=33;SAF=43;SAR=45;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482888;STB=0.52084;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0121654;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:33:33:88:93:0.738095:45:43:13:20:49:44:13:20 chr17 2266812 . T C 1168.48 PASS AF=0.725191;AO=95;DP=131;FAO=95;FDP=131;FR=.;FRO=36;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0614945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.56;QD=35.6787;RBI=0.0621772;REFB=-0.0491876;REVB=-0.00918837;RO=36;SAF=46;SAR=49;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633841;STB=0.533928;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0208833;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:36:36:95:95:0.725191:49:46:13:23:49:46:13:23 chr17 2268311 . G A 1187.82 PASS AF=0.688742;AO=102;DP=145;FAO=104;FDP=151;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0186943;FXX=0.0194793;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.279;QD=31.4653;RBI=0.0251501;REFB=-0.0264283;REVB=0.0168241;RO=41;SAF=46;SAR=56;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196797;STB=0.504614;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0117136;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:41:47:102:104:0.688742:56:46:17:24:56:48:21:26 chr17 2275734 . C G 570.53 PASS AF=0.774194;AO=48;DP=62;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0679801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1722;QD=36.8084;RBI=0.0695704;REFB=0.00478553;REVB=0.01479;RO=9;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762253;STB=0.548367;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.000633193;OID=.;OPOS=2275734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:62:62:9:14:48:48:0.774194:25:23:2:7:24:24:4:10 chr17 2289610 . TGA T,TG,TGG 292.42 PASS AF=0.266667,0.433333,0.133333;AO=7,12,6;DP=30;FAO=8,13,4;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=3,3,4;FSAR=5,10,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00631145,-0.0030768,-0.00890159;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=121.617,130.452,122.452;QD=38.9889;RBI=0.083806,0.0998842,0.0775113;REFB=-0.0364353,-0.029872,-0.0238409;REVB=0.083568,0.0998368,0.0769985;RO=5;SAF=1,3,6;SAR=6,9,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.413035,-0.212555,0.751961;STB=0.588011,0.624791,0.996097;STBP=0.525,0.139,0.119;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00768009,0.0240452,0.0281129;OID=.,.,.;OPOS=2289611,2289612,2289612;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=T,TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.266667,0.433333,0.133333:7,12,6:30:8,13,4:30:5:3,3,4:5,10,0:3:2:27:5:1,3,6:6,9,0:3:2 chr17 2297571 . G A,GCA 330.98 PASS AF=0.62069,0.275862;AO=20,5;DP=35;FAO=18,8;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=3,2;FSAR=15,6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0258893,0.0214364;FXX=0.19439;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.6361,48.3104;QD=45.6517;RBI=0.0499793,0.0241504;REFB=-0.0714285,-0.10232;REVB=0.0427513,0.0111232;RO=9;SAF=3,2;SAR=17,3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.493286,-0.480172;STB=0.60962,0.631225;STBP=0.078,0.288;TYPE=snp,ins;VARB=0.0245206,0.184911;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:35:29:9:3:20,5:18,8:0.62069,0.275862:17,3:3,2:8:1:15,6:3,2:2:1 chr17 2298615 . T C 129.74 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000634458;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6736;QD=30.526;RBI=0.000634458;REFB=0.00497871;REVB=0;RO=4;SAF=13;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114046;OID=.;OPOS=2298615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:17:17:4:4:13:13:0.764706:0:13:4:0:0:13:4:0 chr17 2541638 . TA T,TT 122.42 PASS AF=0.534483,0.0517241;AO=25,3;DP=57;FAO=31,3;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=13,0;FSAR=18,3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.108431,0.0973451;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.40159,17.957;QD=8.44284;RBI=0.157759,0.123034;REFB=-0.0218988,-0.0572783;REVB=0.11459,0.0752409;RO=22;SAF=13,0;SAR=12,3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168597,-0.522113;STB=0.519987,0.995583;STBP=0.75,0.134;TYPE=del,snp;VARB=0.0760261,-0.0440168;OID=.,.;OPOS=2541639,2541639;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534483,0.0517241:25,3:57:31,3:58:24:13,0:18,3:9:15:65:22:13,0:12,3:7:15 chr17 2606715 . G A 2505.39 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118509;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.151;QD=61.1072;RBI=0.0204116;REFB=0.0211063;REVB=0.0166189;RO=0;SAF=78;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000202131;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:164:0:1:163:163:0.993902:85:78:0:0:85:78:0:1 chr17 2868935 . T C 540.0 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00846637;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.478;QD=32.7272;RBI=0.017676;REFB=-0.0388464;REVB=0.0155165;RO=19;SAF=26;SAR=21;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138998;STB=0.507508;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0160273;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:19:19:47:47:0.712121:21:26:11:8:21:26:11:8 chr17 2883588 . C A 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0120408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.211;QD=5.46137;RBI=0.0265305;REFB=-0.00713646;REVB=0.0236407;RO=49;SAF=12;SAR=2;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527525;STB=0.832031;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0191755;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:49:50:14:14:0.21875:2:12:22:27:2:12:23:27 chr17 2929392 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00230964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.082;QD=6.85048;RBI=0.0573927;REFB=-0.009093;REVB=-0.0573462;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285524;STB=0.673627;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0374044;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:4:6:25:6:4:6:25:6 chr17 2929674 . T C 59.06 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0562841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=2.71557;RBI=0.0568993;REFB=-0.00583487;REVB=0.00834495;RO=72;SAF=7;SAR=5;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522817;STB=0.543616;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.038167;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:72:75:12:12:0.137931:5:7:39:33:5:7:40:35 chr17 2930339 . G A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0312746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.611;QD=8.62774;RBI=0.0313348;REFB=-0.00855764;REVB=-0.00194123;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03129;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0259756;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:13:14:6:5:13:14 chr17 2930344 . T TC 34.94 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00722652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7394;QD=3.99358;RBI=0.0142239;REFB=-0.0353728;REVB=-0.0122514;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612792;STB=0.893554;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0592823;OID=.;OPOS=2930345;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:9:36:9:35:26:8:1:9:17:34:27:8:1:10:17 chr17 2937698 . AG A,GA 57.47 PASS AF=0.283582,0;AO=20,13;DP=68;FAO=19,0;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.184161,-0.265281;FXX=0.0147037;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.66032,15.9353;QD=3.43131;RBI=0.186292,0.273207;REFB=-0.11212,-0.0327822;REVB=-0.0280972,-0.0653316;RO=31;SAF=3,13;SAR=17,0;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.270633,0.816548;STB=0.608577,0.5;STBP=0.283,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.140706,0;OID=.,.;OPOS=2937699,2937698;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:68:67:31:48:20,13:19,0:0.283582,0:17,0:3,13:10:21:13,0:6,0:22:26 chr17 2940720 . C A 66.97 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0459443;FXX=0.0370302;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.909;QD=5.15131;RBI=0.0484699;REFB=-0.0254125;REVB=-0.0154417;RO=32;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355473;STB=0.70663;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0546975;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:54:52:32:42:10:10:0.192308:9:1:9:23:9:1:10:32 chr17 2940759 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.296;QD=60.2034;RBI=0.0126649;REFB=0;REVB=0.00118436;RO=0;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00901e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:53:20:0:0:53:20:0:0 chr17 2966032 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7076;QD=45.8066;RBI=0.0343193;REFB=0;REVB=-0.0315523;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754654;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 2966545 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0161646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.039;QD=9.47498;RBI=0.0181522;REFB=-0.010584;REVB=-0.00825889;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559005;STB=0.849582;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0204044;OID=.;OPOS=2966545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:10:11:1:9:10:11 chr17 3100827 . T C 872.81 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246914;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.317;QD=58.187;RBI=0.00832056;REFB=0;REVB=0.00794576;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03818e-06;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr17 3101076 . G C 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000644768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.714;QD=52.702;RBI=0.0187566;REFB=-0.0717226;REVB=0.0187456;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00294316;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:0:2:23:29:0:2 chr17 3101578 . G T 1227.51 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.925;QD=61.3756;RBI=0.0386698;REFB=0;REVB=-0.0171121;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06074e-05;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:46:34:0:0 chr17 3101691 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.238;QD=55.0987;RBI=0.00620627;REFB=0;REVB=0.00589624;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69387e-05;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr17 3119008 . T C 820.51 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00764079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1639;QD=55.6278;RBI=0.0128113;REFB=-0.163125;REVB=-0.0102833;RO=1;SAF=43;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108465;STB=0.505745;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00310596;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:15:43:1:0:15:43:1:0 chr17 3195503 . C T 945.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.44;QD=58.2015;RBI=0.0273586;REFB=0;REVB=0.0114729;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37602e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr17 3300934 . A T 1251.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030239;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.449;QD=61.7837;RBI=0.0501984;REFB=0;REVB=0.0400684;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186056;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr17 3337057 . A G 483.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2092;QD=58.5603;RBI=0.0173503;REFB=0;REVB=-0.00563343;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184581;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr17 3343519 . T C 76.78 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0146123;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.383;QD=3.65628;RBI=0.0150853;REFB=-0.00312695;REVB=-0.00374791;RO=70;SAF=7;SAR=7;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358102;STB=0.523776;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0182917;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:85:84:70:70:14:14:0.166667:7:7:37:33:7:7:37:33 chr17 3352294 . A G 155.75 PASS AF=0.208;AO=26;DP=126;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0150652;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.874;QD=4.98397;RBI=0.0206952;REFB=-0.00520775;REVB=-0.0141892;RO=97;SAF=12;SAR=14;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101072;STB=0.502473;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0204492;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:97:99:26:26:0.208:14:12:44:53:14:12:46:53 chr17 3352331 . C T 109.11 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0307351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6607;QD=4.15645;RBI=0.0309513;REFB=0.00527599;REVB=-0.00365137;RO=82;SAF=8;SAR=11;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100196;STB=0.583496;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0287644;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:86:19:19:0.180952:11:8:41:41:11:8:45:41 chr17 3416555 . C A 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0356727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9639;QD=6.52375;RBI=0.0368735;REFB=-0.0239918;REVB=-0.00933346;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308427;STB=0.693379;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0652931;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:6:14:3:4:6:14 chr17 3422032 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.591;QD=61.6946;RBI=0.0267978;REFB=0;REVB=0.0121171;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58501e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr17 3422077 . G A 205.02 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0302571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.084;QD=10.7906;RBI=0.0318465;REFB=-0.0143937;REVB=0.00993541;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770862;STB=0.504481;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.033443;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:17:9:17:33:17:9:17:33 chr17 3436080 . C T 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00031284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6655;QD=6.04293;RBI=0.0451881;REFB=0.00214779;REVB=0.045187;RO=42;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876389;STB=0.555464;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0061769;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:6:6:18:24:6:6:18:24 chr17 3445901 . T G 741.31 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274947;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.19;QD=57.024;RBI=0.0477327;REFB=0;REVB=0.0390186;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976422;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr17 3446884 . CT C,CC 485.9 PASS AF=0.205882,0.794118;AO=4,27;DP=31;FAO=7,27;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6,9;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344935,0.0372776;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.344,253.345;QD=57.1652;RBI=0.0362689,0.037964;REFB=0,0;REVB=0.0112087,0.00718645;RO=0;SAF=4,9;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0062625,3.70692e-06;OID=.,.;OPOS=3446885,3446885;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205882,0.794118:4,27:31:7,27:34:0:6,9:1,18:0:0:28:0:4,9:0,18:0:0 chr17 3447914 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3587;QD=21.1695;RBI=0.0273334;REFB=-0.101873;REVB=0.0208903;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0467642;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr17 3458072 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.851;QD=60.61;RBI=0.0221851;REFB=0;REVB=-0.00508441;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84403e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 3486701 . AG A,AA,AT 217.8 PASS AF=0,0.888889,0.111111;AO=4,12,2;DP=18;FAO=0,16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,1;FSAR=0,14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461533,-0.00341422,-0.00516335;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=192.637,214.681,186.44;QD=48.3998;RBI=0.00526922,0.00690726,0.0124796;REFB=0,0,0;REVB=-0.00254231,-0.00600444,0.0113613;RO=0;SAF=0,2,1;SAR=4,10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0360494,-0.00899964,0.0383729;OID=.,.,.;OPOS=3486702,3486702,3486702;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.888889,0.111111:4,12,2:18:0,16,2:18:0:0,2,1:0,14,1:0:0:8:0:0,2,1:4,10,1:0:0 chr17 3493200 . C G 108.48 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0324843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.076;QD=5.86359;RBI=0.0325164;REFB=0.00131086;REVB=0.00144492;RO=57;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255693;STB=0.515905;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0135268;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:9:8:28:29:9:8:28:29 chr17 3494310 . C T 469.09 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0107329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.106;QD=39.0908;RBI=0.0125563;REFB=-0.0152887;REVB=0.00651666;RO=12;SAF=23;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566349;STB=0.530596;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00568063;OID=.;OPOS=3494310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:13:23:9:3:13:23:9:3 chr17 3494361 . G A 90.63 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0418545;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2944;QD=5.94312;RBI=0.044415;REFB=-0.0107672;REVB=0.0148626;RO=47;SAF=11;SAR=3;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165178;STB=0.605341;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0354428;OID=.;OPOS=3494361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:61:47:47:14:14:0.229508:3:11:32:15:3:11:32:15 chr17 3514028 . G C 115.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8174;QD=42.1573;RBI=0.0974401;REFB=0;REVB=-0.0939075;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00397476;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 3526637 . C T 79.35 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0106959;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.473;QD=6.47751;RBI=0.0107119;REFB=-0.0148918;REVB=-0.000583872;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198084;STB=0.645493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0440794;OID=.;OPOS=3526637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:51:49:40:38:11:11:0.22449:7:4:21:19:7:4:21:17 chr17 3553526 . A G 670.98 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5547;QD=52.6261;RBI=0.0175563;REFB=-0.0216834;REVB=0.00355898;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0085522;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:24:24:1:0:26:24:1:0 chr17 3559823 . G A 195.37 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.000851186;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4735;QD=8.6833;RBI=0.0518901;REFB=-0.00752568;REVB=-0.0518831;RO=57;SAF=17;SAR=9;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112296;STB=0.501889;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0147834;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:57:64:26:26:0.288889:9:17:42:15:9:17:42:22 chr17 3561396 . C T 1007.54 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00263515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.218;QD=53.0282;RBI=0.00575157;REFB=-0.0457142;REVB=0.00511239;RO=5;SAF=31;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455519;STB=0.524141;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00066317;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:5:5:71:71:0.934211:40:31:4:1:40:31:4:1 chr17 3563963 . C G 205.7 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00806369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.982;QD=31.6455;RBI=0.0230799;REFB=-0.0522952;REVB=-0.0216255;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477228;STB=0.526288;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0271788;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:10:9:4:3:10:9:4:3 chr17 3564084 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0018058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.401;QD=5.44306;RBI=0.0213993;REFB=-0.00694989;REVB=-0.0213229;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19752;STB=0.631132;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0210104;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:10:10:2:4:10:10 chr17 3564378 . C T 32.69 PASS AF=0.1875;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00384155;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.302;QD=4.0868;RBI=0.0331265;REFB=-0.0161762;REVB=-0.032903;RO=27;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446707;STB=0.832224;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.078543;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:32:32:27:26:5:6:0.1875:1:4:11:16:1:5:11:15 chr17 3564400 . TT AG,TG 399.66 PASS AF=0.862069,0.137931;AO=25,4;DP=29;FAO=25,4;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152325,-0.0226258;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=97.4444,68.4962;QD=55.1256;RBI=0.0437847,0.0359786;REFB=0,0;REVB=0.0410496,0.0279738;RO=0;SAF=9,4;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0102267,0.078477;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:29:29:0:0:25,4:25,4:0.862069,0.137931:16,0:9,4:0:0:16,0:9,4:0:0 chr17 3568012 . A G 170.08 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00816425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.89;QD=25.1976;RBI=0.0158429;REFB=-0.0444398;REVB=0.0135772;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470477;STB=0.518497;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0226521;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:10:10:16:17:0.62963:12:4:2:8:13:4:2:8 chr17 3627473 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.638;QD=42.1824;RBI=0.123806;REFB=0;REVB=0.0516581;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230611;OID=.;OPOS=3627473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 3627840 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.091;QD=62.0218;RBI=0.0379633;REFB=0;REVB=0.00815886;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175042;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr17 3628212 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.959;QD=46.8461;RBI=0.0901468;REFB=0;REVB=0.0111953;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208175;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr17 3628362 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.51;QD=42.1818;RBI=0.0362002;REFB=0;REVB=-0.0157088;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386085;OID=.;OPOS=3628362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 3629698 . A G 1065.68 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147211;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.303;QD=60.0381;RBI=0.0186247;REFB=0;REVB=0.0114091;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61243e-06;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr17 3629848 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5215;QD=59.8373;RBI=0.0267688;REFB=0;REVB=-0.0259192;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175613;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr17 3629867 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.842;QD=54.5167;RBI=0.0477948;REFB=0;REVB=-0.0477209;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336235;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr17 3632836 . G A 410.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.526;QD=56.6408;RBI=0.0744992;REFB=0;REVB=-0.00482538;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457426;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:9:18:0:0:9:20:0:0 chr17 3818788 . G A,C 581.98 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492868,0.0922705;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=190.111,12.0135;QD=59.6906;RBI=0.0516716,0.100516;REFB=0,0;REVB=0.0155168,0.0398697;RO=0;SAF=19,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00053985,0.0465485;OID=.,.;OPOS=3818788,3818788;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:18,0:19,2:0:0:18,0:19,2:0:0 chr17 3818829 . CA CG,TG 675.69 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870826,-0.00644336;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=72.2256,110.76;QD=61.4261;RBI=0.0158075,0.0155017;REFB=0,0;REVB=-0.0131926,-0.0140991;RO=0;SAF=16,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00282167,0.0338585;OID=.,.;OPOS=3818830,3818829;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:26,0:16,2:0:0:26,0:16,2:0:0 chr17 3819002 . T C 622.49 PASS AF=1;AO=28;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.091;QD=60.7306;RBI=0.0819474;REFB=0;REVB=0.0817922;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627133;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:28:41:1:8:20:0:0:13:28:0:0 chr17 3909404 . C A 493.71 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0243545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.678;QD=31.3468;RBI=0.0442775;REFB=-0.0236247;REVB=0.0369777;RO=18;SAF=27;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934198;STB=0.543604;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0162918;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:19:44:44:0.698413:17:27:8:10:17:27:9:10 chr17 3916823 . G A 235.1 PASS AF=0.733333;AO=19;DP=27;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0101088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.623;QD=31.3466;RBI=0.0256021;REFB=-0.0495138;REVB=-0.0235219;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143169;STB=0.57226;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0259779;OID=.;OPOS=3916823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:30:7:8:19:22:0.733333:8:11:2:5:8:14:3:5 chr17 3926110 . C G 308.91 PASS AF=0.787879;AO=24;DP=31;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.036396;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8965;QD=37.4437;RBI=0.0408805;REFB=-0.0163405;REVB=0.0186158;RO=6;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316742;STB=0.537707;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0108243;OID=.;OPOS=3926110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:33:6:7:24:26:0.787879:14:10:2:4:14:12:2:5 chr17 3947644 . T C 861.68 PASS AF=0.839506;AO=62;DP=74;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0535577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.499;QD=42.5519;RBI=0.0538135;REFB=-0.0946593;REVB=-0.00524108;RO=12;SAF=27;SAR=35;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582001;STB=0.516183;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0197252;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:74:81:12:13:62:68:0.839506:35:27:5:7:35:33:5:8 chr17 3953083 . T C 580.72 PASS AF=0.735294;AO=49;DP=67;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00417196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.633;QD=34.1598;RBI=0.00438072;REFB=-0.0177585;REVB=-0.00133622;RO=18;SAF=28;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118849;STB=0.559976;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0047214;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:18:18:49:50:0.735294:21:28:6:12:22:28:6:12 chr17 3953102 . A G 536.46 PASS AF=0.676056;AO=45;DP=67;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00470142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.332;QD=30.2231;RBI=0.0164864;REFB=-0.0251405;REVB=0.0158018;RO=21;SAF=23;SAR=22;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132077;STB=0.549275;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00935748;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:21:23:45:48:0.676056:22:23:6:15:24:24:8:15 chr17 3966064 . A G 563.13 PASS AF=0.75;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0129955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.325;QD=35.1957;RBI=0.0133725;REFB=-0.0236311;REVB=0.00315293;RO=16;SAF=26;SAR=22;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686314;STB=0.536924;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00627244;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:16:16:48:48:0.75:22:26:11:5:22:26:11:5 chr17 3981290 . A G 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0184775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.387;QD=34.4522;RBI=0.023996;REFB=-0.0137382;REVB=-0.0153099;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252653;STB=0.639845;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0109193;OID=.;OPOS=3981290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:16:4:4:2:16:4:4:2 chr17 4015997 . A G 176.18 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00503743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.221;QD=29.3635;RBI=0.0558484;REFB=-0.00764855;REVB=0.0556207;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120543;STB=0.56693;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00365834;OID=.;OPOS=4015997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:6:11:3:4:6:11:3:4 chr17 4067315 . G A 258.92 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00632296;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.627;QD=36.9891;RBI=0.024377;REFB=-0.0275443;REVB=0.0235427;RO=6;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147736;STB=0.58091;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00828506;OID=.;OPOS=4067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:28:6:6:22:22:0.785714:15:7:4:2:15:7:4:2 chr17 4088291 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.986;QD=52.6053;RBI=0.0406579;REFB=0;REVB=0.0105454;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526841;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 4440907 . A G 123.18 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.054181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.024;QD=7.35427;RBI=0.0545169;REFB=-0.0249171;REVB=-0.00604262;RO=49;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615377;STB=0.537272;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0463119;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:9:9:27:22:9:9:27:22 chr17 4446457 . G A 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0297042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.018;QD=27.6514;RBI=0.0405309;REFB=-0.0146219;REVB=0.0275756;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141679;STB=0.578857;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00801414;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:5:4:12:6:5:4 chr17 4449007 . G A 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0100015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.728;QD=34.2043;RBI=0.0134979;REFB=-0.0573127;REVB=0.00906448;RO=7;SAF=15;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374794;STB=0.507686;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0206472;OID=.;OPOS=4449007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:7:8:23:23:0.741935:8:15:4:3:8:15:5:3 chr17 4451453 . C T 975.41 PASS AF=0.709402;AO=82;DP=117;FAO=83;FDP=117;FR=.;FRO=34;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0445131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.08;QD=33.3473;RBI=0.057426;REFB=-0.0595259;REVB=0.0362812;RO=34;SAF=50;SAR=32;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559015;STB=0.528395;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0181294;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:34:34:82:83:0.709402:32:50:24:10:32:51:24:10 chr17 4452651 . T G 280.52 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00119329;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.151;QD=11.6883;RBI=0.0130202;REFB=-0.00940672;REVB=-0.0129654;RO=62;SAF=14;SAR=19;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140052;STB=0.585851;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0187708;OID=.;OPOS=4452651;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:62:63:33:33:0.34375:19:14:34:28:19:14:35:28 chr17 4455500 . T C 834.17 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.575;QD=57.5286;RBI=0.0175777;REFB=0;REVB=0.0160408;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9489e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr17 4458598 . G C 40.71 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0560093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.08;QD=3.32366;RBI=0.0564893;REFB=-0.00846893;REVB=-0.00734808;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419892;STB=0.520651;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0568132;OID=.;OPOS=4458598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:49:38:42:7:7:0.142857:4:3:15:23:4:3:19:23 chr17 4461748 . G A 93.58 PASS AF=0.857143;AO=8;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0619525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.377;QD=26.7376;RBI=0.0655922;REFB=-0.183927;REVB=0.0215459;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.576783;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0111108;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:14:14:0:2:8:12:0.857143:2:6:0:0:2:10:1:1 chr17 4461872 . A AG 33.71 PASS AF=0.538462;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0726918;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.5673;QD=10.3723;RBI=0.0755617;REFB=-0.0374915;REVB=0.0206271;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371228;STB=0.713812;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=0.139855;OID=.;OPOS=4461873;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:5:15:7:13:6:3:4:0:6:29:9:3:2:2:7 chr17 4463023 . G A 836.47 PASS AF=0.608;AO=76;DP=126;FAO=76;FDP=125;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0164547;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.308;QD=26.7669;RBI=0.029621;REFB=-0.0213751;REVB=0.0246302;RO=47;SAF=34;SAR=42;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896542;STB=0.556569;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0125887;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:47:49:76:76:0.608:42:34:27:20:42:34:29:20 chr17 4463024 . C A 32.91 PASS AF=0.08;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.000817564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.197;QD=1.05309;RBI=0.0279224;REFB=-0.0111874;REVB=0.0279105;RO=114;SAF=8;SAR=2;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364722;STB=0.796831;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0367289;OID=.;OPOS=4463024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:124:125:114:115:10:10:0.08:2:8:54:60:2:8:55:60 chr17 4463699 . G A 110.16 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.012022;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.77;QD=4.68756;RBI=0.0134424;REFB=0.00173042;REVB=-0.00601422;RO=73;SAF=15;SAR=3;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407493;STB=0.772024;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00788645;OID=.;OPOS=4463699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:73:76:18:18:0.191489:3:15:40:33:3:15:41:35 chr17 4495682 . G A 78.74 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0125943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6299;QD=6.56175;RBI=0.0654647;REFB=0.00672691;REVB=0.0642418;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465826;STB=0.52936;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0206587;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:3:8:28:9:3:8:28:9 chr17 4495740 . G A 332.59 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0168152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.098;QD=39.1279;RBI=0.120494;REFB=-0.051867;REVB=0.119315;RO=5;SAF=18;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440363;STB=0.545422;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0120573;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:5:7:27:27:0.794118:9:18:4:1:9:18:6:1 chr17 4497160 . T C 373.74 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0149456;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.256;QD=36.4619;RBI=0.0188632;REFB=-0.0178594;REVB=0.0115087;RO=9;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927877;STB=0.54436;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00323987;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:41:9:11:30:30:0.731707:13:17:7:2:13:17:8:3 chr17 4498611 . G A 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00620837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.564;QD=5.78655;RBI=0.0221907;REFB=-0.0141655;REVB=0.0213046;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045161;STB=0.529329;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0451169;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:14:9:3:4:14:9 chr17 4545580 . G GT 361.17 PASS AF=1;AO=4;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139196;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.1991;QD=49.8171;RBI=0.141069;REFB=0;REVB=0.0229122;RO=24;SAF=4;SAR=0;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000977804;OID=.;OPOS=4545581;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:29:29:29:0:13:16:0:0:4:24:4:0:8:16 chr17 4545581 . C T 317.4 PASS AF=0.862069;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.141762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.345;QD=43.7795;RBI=0.142906;REFB=-0.23353;REVB=0.0180405;RO=4;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183856;STB=0.590835;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00893729;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:29:4:4:24:25:0.862069:16:8:4:0:16:9:4:0 chr17 4575283 . A G 340.23 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.99;QD=54.4374;RBI=0.00683057;REFB=0;REVB=0.00565336;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5334e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr17 4620497 . C T 420.01 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0646653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4042;QD=49.4135;RBI=0.064752;REFB=-0.0220936;REVB=-0.00334989;RO=3;SAF=22;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085307;STB=0.504584;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0161637;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:9:22:2:1:9:22:2:1 chr17 4622638 . C T 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5739;QD=58.1327;RBI=0.0225878;REFB=0;REVB=0.00690187;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244428;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr17 4637886 . G A 367.25 PASS AF=0.648148;AO=32;DP=52;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0113285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.519;QD=27.204;RBI=0.0116337;REFB=-0.0319476;REVB=-0.00264714;RO=19;SAF=23;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186413;STB=0.581267;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0199928;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:19:19:32:35:0.648148:9:23:9:10:11:24:9:10 chr17 4638484 . T C 547.71 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.128;QD=59.2116;RBI=0.0276377;REFB=0;REVB=0.0268912;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815236;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:24:13:0:0 chr17 4638563 . G A 785.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.744;QD=57.0958;RBI=0.00325934;REFB=0;REVB=-0.00253475;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28602e-05;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr17 4638737 . A G 441.95 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393216;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.053;QD=57.026;RBI=0.00393771;REFB=0;REVB=-0.000209044;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011466;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr17 4641755 . C T 631.72 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058376;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.989;QD=61.6311;RBI=0.0235258;REFB=0;REVB=0.02279;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28963e-05;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr17 4645324 . T C 578.12 PASS AF=0.786885;AO=47;DP=60;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0344931;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9723;QD=37.9097;RBI=0.0350059;REFB=0.0131629;REVB=0.00596974;RO=13;SAF=23;SAR=24;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112229;STB=0.508193;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00449744;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:61:13:13:47:48:0.786885:24:23:6:7:24:24:6:7 chr17 4684095 . G A 413.95 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00559527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.283;QD=41.3945;RBI=0.0253581;REFB=-0.00882834;REVB=0.0247331;RO=8;SAF=21;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127494;STB=0.506892;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0020028;OID=.;OPOS=4684095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:8:8:32:32:0.8:11:21:5:3:11:21:5:3 chr17 4686414 . A C 808.15 PASS AF=0.983051;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.069339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.553;QD=54.7896;RBI=0.073233;REFB=-0.171456;REVB=0.0235623;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000745723;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:59:0:1:54:58:0.983051:26:28:0:0:29:29:1:0 chr17 4686463 . A ACGCCTACCTGGCT 101.62 PASS AF=0.342105;AO=9;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0613535;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=13;MLLD=295.453;QD=10.6969;RBI=0.063916;REFB=-0.0284662;REVB=0.0179166;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641691;STB=0.914587;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0362263;OID=.;OPOS=4686464;OREF=-;OALT=CGCCTACCTGGCT;OMAPALT=ACGCCTACCTGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:9:39:13:38:25:1:12:17:8:99:25:1:8:17:8 chr17 4689572 . T C 517.69 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.47;QD=57.5212;RBI=0.0774873;REFB=0;REVB=-0.00452426;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143874;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:20:14:0:0:22:14:0:0 chr17 4692559 . G T 35.47 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.000868181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.352;QD=5.91201;RBI=0.0483303;REFB=-0.0159485;REVB=0.0483226;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576055;STB=0.736115;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0218803;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:5:1:12:5:4:2:12:6 chr17 4693170 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.455;QD=43.4841;RBI=0.0611738;REFB=0;REVB=-0.013904;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148251;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 4699552 . G A 300.99 PASS AF=0.722222;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0173532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.969;QD=33.4437;RBI=0.0286879;REFB=-0.0245456;REVB=0.0228443;RO=8;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046837;STB=0.517228;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00838393;OID=.;OPOS=4699552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:8:10:25:26:0.722222:13:12:3:5:14:12:4:6 chr17 4718776 . G A 315.25 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0179137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7954;QD=30.7562;RBI=0.0286558;REFB=-0.0366895;REVB=0.0223664;RO=12;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043533;STB=0.517878;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0243219;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:12:14:27:27:0.658537:16:11:4:8:16:11:5:9 chr17 4720469 . C T 130.61 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0416171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9025;QD=22.7143;RBI=0.0821261;REFB=0.0102734;REVB=0.0708006;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282875;STB=0.674468;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00228753;OID=.;OPOS=4720469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:6:8:1:7:6:8:1:8 chr17 4796274 . T C 766.19 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9883;QD=63.8493;RBI=0.0330922;REFB=0;REVB=-0.0265371;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34398e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr17 4796286 . C T 734.52 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.295;QD=61.2098;RBI=0.0420737;REFB=-0.143366;REVB=0.0235413;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000414938;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:46:47:0.979167:28:18:0:1:28:19:0:1 chr17 4797305 . G A 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0119501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.783;QD=31.8545;RBI=0.0130683;REFB=-0.00183469;REVB=0.00528916;RO=12;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222357;STB=0.512186;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00126091;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:14:12:6:6:14:12:6:6 chr17 4801163 . C A,CA 128.14 PASS AF=0.75,0.25;AO=6,4;DP=12;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=1,1;MLLD=159.536,153.616;QD=42.7142;RBI=0.0135487,0.00965441;REFB=0,0;REVB=0.0135487,0.00965441;RO=0;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.000977394,0.0713071;OID=.,.;OPOS=4801163,4801164;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:6,4:9,3:0.75,0.25:6,4:0,0:0:0:9,3:0,0:0:0 chr17 4836973 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0024541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.588;QD=9.75993;RBI=0.0249829;REFB=-0.038659;REVB=0.0248621;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0617613;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr17 4849284 . G A 92.45 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0382961;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0657;QD=8.21791;RBI=0.0795765;REFB=-0.00271832;REVB=0.0697555;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183812;STB=0.59394;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0127991;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:47:45:35:33:12:12:0.266667:7:5:20:15:7:5:18:15 chr17 4856376 . A G 110.74 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0583416;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9416;QD=6.23873;RBI=0.0603216;REFB=-0.015158;REVB=-0.0153281;RO=54;SAF=11;SAR=6;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711455;STB=0.544117;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0516596;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:54:54:17:17:0.239437:6:11:32:22:6:11:32:22 chr17 4862630 . T A,TCA 143.35 PASS AF=0.137931,0.413793;AO=4,12;DP=31;FAO=4,12;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=0,8;FSAR=4,4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0413215,0.0227431;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=47.3541,91.0394;QD=19.7723;RBI=0.0658429,0.032565;REFB=-0.0656762,-0.11867;REVB=0.0512622,-0.0233074;RO=15;SAF=0,8;SAR=4,4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.681029,0.134759;STB=0.996772,0.610921;STBP=0.063,0.309;TYPE=snp,ins;VARB=0.188525,0.140337;OID=.,.;OPOS=4862630,4862631;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:31:29:15:13:4,12:4,12:0.137931,0.413793:4,4:0,8:8:7:4,4:0,8:6:7 chr17 4862810 . A AC,C 43.91 PASS AF=0.15625,0.125;AO=5,4;DP=34;FAO=5,4;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4,4;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0200915,-0.0242825;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=57.2644,73.2943;QD=5.48873;RBI=0.0434362,0.0336982;REFB=-0.00480438,-0.00468739;REVB=0.0385102,0.0233652;RO=25;SAF=4,4;SAR=1,0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.454542,0.664048;STB=0.840872,0.997783;STBP=0.168,0.017;TYPE=ins,snp;VARB=0.098692,0.193704;OID=.,.;OPOS=4862811,4862810;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:32:25:23:5,4:5,4:0.15625,0.125:1,0:4,4:10:15:1,0:4,4:8:15 chr17 4863410 . A G 45.05 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0471989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7324;QD=8.19099;RBI=0.0549781;REFB=-0.0218673;REVB=-0.0281933;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0381584;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:9:6:3:4:9:6 chr17 4926882 . A G 1108.86 PASS AF=0.787611;AO=88;DP=114;FAO=89;FDP=113;FR=.;FRO=24;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00521489;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.076;QD=39.2518;RBI=0.00583271;REFB=-0.0593802;REVB=0.00261256;RO=24;SAF=43;SAR=45;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212983;STB=0.51004;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0113945;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:24:24:88:89:0.787611:45:43:13:11:45:44:13:11 chr17 4927255 . C CG 33.66 PASS AF=0.4;AO=4;DP=20;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0261241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9539;QD=8.97553;RBI=0.0532537;REFB=-0.0773659;REVB=0.0464057;RO=15;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324872;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=0.125114;OID=.;OPOS=4927256;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:4:20:6:15:9:3:3:3:6:33:15:3:1:7:8 chr17 4937575 . T C 95.96 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0617971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.124;QD=22.5783;RBI=0.0942207;REFB=-0.194183;REVB=-0.0711242;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138703;STB=0.57818;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0695492;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:5:1:4:7:5:1 chr17 4996915 . AC A 301.72 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1675;QD=52.4728;RBI=0.074214;REFB=0;REVB=-0.046898;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000108292;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:22:23:23:0:8:15:0:0:4:0:7:14:0:0 chr17 4997039 . G C 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0351961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3483;QD=24.707;RBI=0.0352297;REFB=0.00250478;REVB=-0.00153877;RO=17;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152755;STB=0.584315;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00274594;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:8:15:14:3:8:15:14:3 chr17 4997433 . G A 256.38 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0401045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4494;QD=22.7892;RBI=0.0439066;REFB=-0.0154466;REVB=0.0178723;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219971;STB=0.622126;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0104718;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:16:5:12:12:16:5 chr17 4997787 . A G 669.43 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.498;QD=62.2728;RBI=0.0129578;REFB=0;REVB=0.0114583;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25912e-06;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr17 4998586 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.535;QD=60.2276;RBI=0.0317705;REFB=0;REVB=0.0224975;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198314;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr17 4998852 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.888;QD=57.6807;RBI=0.0109467;REFB=0;REVB=0.0089569;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28033e-06;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr17 5037281 . T C 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0422818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.671;QD=2.91664;RBI=0.0614837;REFB=0.000154803;REVB=-0.0446374;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960816;STB=0.571184;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00665086;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:16:23:4:2:16:23 chr17 5042422 . G A 407.43 PASS AF=0.820513;AO=31;DP=38;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0458943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.765;QD=41.7875;RBI=0.0543295;REFB=-0.014293;REVB=-0.029076;RO=7;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298365;STB=0.512812;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0031178;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:39:7:7:31:32:0.820513:15:16:3:4:16:16:3:4 chr17 5042894 . T C 1682.4 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109826;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.852;QD=60.6272;RBI=0.015241;REFB=0;REVB=0.0105675;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55242e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr17 5044794 . G A 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00556331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.106;QD=4.78734;RBI=0.0121485;REFB=-0.00386275;REVB=-0.0107998;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827322;STB=0.555415;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0154905;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:15:19:5:3:15:19 chr17 5071261 . G A 93.25 PASS AF=0.163462;AO=17;DP=104;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0477579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.633;QD=3.58639;RBI=0.0512874;REFB=-0.00251479;REVB=-0.0186971;RO=87;SAF=10;SAR=7;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11891;STB=0.578795;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0148312;OID=.;OPOS=5071261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:104:87:87:17:17:0.163462:7:10:43:44:7:10:43:44 chr17 5074195 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.057368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.793;QD=12.0207;RBI=0.0597837;REFB=0.00627624;REVB=0.0168227;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375679;STB=0.71405;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0109342;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:3:22:8:6:3:22 chr17 5084763 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0544;QD=55.6532;RBI=0.0222011;REFB=0;REVB=-0.0120294;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465583;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 5085857 . C T 745.25 PASS AF=0.726027;AO=49;DP=74;FAO=53;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0120631;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.965;QD=40.8358;RBI=0.0126138;REFB=-0.0293939;REVB=0.00368637;RO=12;SAF=18;SAR=31;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811486;STB=0.547978;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00619707;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:74:73:12:12:49:53:0.726027:31:18:2:10:31:22:2:10 chr17 5126674 . A G 91.23 PASS AF=0.375;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0270347;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.708;QD=11.4035;RBI=0.0288888;REFB=-0.0115169;REVB=0.0101827;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522142;STB=0.545377;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0157654;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:33:32:17:20:11:12:0.375:4:7:10:7:4:8:12:8 chr17 5280440 . T C 901.13 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3059;QD=58.1372;RBI=0.0499215;REFB=0;REVB=0.0455167;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676483;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:17:44:0:0:17:45:0:0 chr17 5284698 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.803;QD=54.5176;RBI=0.0441676;REFB=0;REVB=0.0132638;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145694;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr17 5284719 . T C 342.59 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.056;QD=52.7065;RBI=0.044893;REFB=0;REVB=0.0433394;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012557;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:18:6:0:0:20:6:0:0 chr17 5284770 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.08;QD=53.9324;RBI=0.0275615;REFB=0.0567197;REVB=0.01051;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000205518;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:23:7:0:0:23:7:0:1 chr17 5287297 . AG A 611.53 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.2828;QD=46.153;RBI=0.168626;REFB=0;REVB=-0.104798;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00517745;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:53:53:53:0:22:31:0:0:11:0:22:31:0:0 chr17 5288760 . A G 488.79 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860654;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.129;QD=59.2478;RBI=0.0899627;REFB=0;REVB=0.0261921;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944333;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:19:14:0:0 chr17 5288769 . CA C 500.2 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01304;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.538;QD=57.1659;RBI=0.0131526;REFB=0;REVB=0.00171696;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00134436;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:35:35:0:16:19:0:0:4:0:15:19:0:0 chr17 5288794 . G C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1952;QD=60.6054;RBI=0.106498;REFB=0;REVB=-0.0923974;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651661;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 5289580 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6662;QD=53.2771;RBI=0.0763713;REFB=0;REVB=0.0218307;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123582;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 5290033 . T C 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8874;QD=60.5999;RBI=0.031334;REFB=0;REVB=-0.0301692;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599057;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr17 5290703 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.871;QD=59.1429;RBI=0.0150739;REFB=0;REVB=0.0145668;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86612e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr17 5294976 . T A 726.75 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.212;QD=55.9038;RBI=0.02492;REFB=0;REVB=0.0200388;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61582e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr17 5308377 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00064697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.525;QD=57.1775;RBI=0.0267167;REFB=0;REVB=0.0267088;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61785e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr17 5326089 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.444;QD=59.8394;RBI=0.0327843;REFB=0;REVB=0.0292824;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125978;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr17 5326145 . C G 317.73 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0466541;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.366;QD=50.8373;RBI=0.0487643;REFB=-0.0891736;REVB=0.0141898;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00170281;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr17 5326162 . G A 322.43 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.158;QD=53.7385;RBI=0.011455;REFB=0;REVB=-0.00738059;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211728;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr17 5328633 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.263;QD=49.5991;RBI=0.0325376;REFB=0;REVB=0.0224258;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73984e-06;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr17 5334850 . G A 453.59 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.317;QD=54.9803;RBI=0.0344331;REFB=-0.166889;REVB=0.0144379;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0038354;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:22:10:1:0:22:10:1:0 chr17 5334873 . GA G,GG 570.33 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=36,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346096,-0.0253725;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=28.5057,7.05105;QD=58.4956;RBI=0.040256,0.0563666;REFB=0,0;REVB=-0.0205602,0.0503331;RO=0;SAF=15,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00479974,0.0490175;OID=.,.;OPOS=5334874,5334874;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.948718,0.0512821:36,2:39:37,2:39:0:15,1:22,1:0:0:8:0:15,1:21,1:0:0 chr17 5347576 . G A 1114.94 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0231882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7938;QD=56.4526;RBI=0.0233146;REFB=-0.178364;REVB=0.00242527;RO=3;SAF=39;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350108;STB=0.518068;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00377096;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:78:79:3:3:75:76:0.962025:36:39:3:0:36:40:3:0 chr17 5359323 . GGC G,GG,GGG 201.07 PASS AF=0,0.96,0;AO=3,14,5;DP=26;FAO=0,24,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13,0;FSAR=0,11,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251507,-0.0178054,-0.0496296;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.88645,15.1893,7.05472;QD=32.1708;RBI=0.645423,0.207537,0.808421;REFB=-0.0434641,-0.0761538,-0.0806714;REVB=-0.644933,0.206771,0.806896;RO=4;SAF=0,13,0;SAR=3,1,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.347962,0,0;SSEP=0,0.466357,0;SSSB=-0.642277,0.501569,-0.719385;STB=0.5,0.518503,0.5;STBP=1,0.509,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0201388,0.0222515;OID=.,.,.;OPOS=5359324,5359325,5359325;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.96,0:3,14,5:26:0,24,0:25:1:0,13,0:0,11,0:1:0:5:4:0,13,0:3,1,5:1:3 chr17 5487164 . C G 2631.57 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0564951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8169;QD=60.1502;RBI=0.0808356;REFB=-0.065154;REVB=0.0578161;RO=3;SAF=94;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700991;STB=0.503683;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000918155;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:3:3:172:172:0.982857:78:94:1:2:78:94:1:2 chr17 5991344 . C T 949.47 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246089;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.698;QD=55.8511;RBI=0.0580183;REFB=-0.196501;REVB=0.0525407;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.514281;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00216792;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:0:2:66:66:0.970588:34:32:0:0:34:32:0:2 chr17 6014176 . A G 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.642;QD=57.7077;RBI=0.0445706;REFB=0;REVB=0.0156234;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207173;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr17 6110582 . AC A,AA 266.4 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,18;DP=21;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328518,0.00270418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=274.432,294.409;QD=50.7425;RBI=0.0049232,0.00306801;REFB=0,0;REVB=0.00366681,0.00144916;RO=0;SAF=2,14;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00296951,8.36045e-05;OID=.,.;OPOS=6110583,6110583;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:3,18:21:3,18:21:0:2,14:1,4:0:0:13:0:2,14:1,4:0:0 chr17 6110584 . ATT AAT,A 68.39 PASS AF=0.285714,0.5;AO=3,7;DP=14;FAO=4,7;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3,5;FSAR=1,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0742493,0.105136;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,2;MLLD=16.8343,8.77479;QD=19.541;RBI=0.0743638,0.105191;REFB=-0.0851193,-0.0789915;REVB=0.00412447,0.0033781;RO=3;SAF=2,5;SAR=1,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0295447;STB=0.545217,0.517191;STBP=0.984,0.975;TYPE=snp,del;VARB=0.198979,0.0100214;OID=.,.;OPOS=6110585,6110585;OREF=T,TT;OALT=A,-;OMAPALT=AAT,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.5:3,7:14:4,7:14:3:3,5:1,2:2:1:22:3:2,5:1,2:2:1 chr17 6330068 . T C 45.9 PASS AF=0.25;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0248567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.419;QD=5.737;RBI=0.0275612;REFB=-0.0252483;REVB=0.0119063;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181028;STB=0.653469;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0435315;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:32:24:24:7:8:0.25:3:4:10:14:3:5:10:14 chr17 6353679 . A C 357.11 PASS AF=0.652174;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0147464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.544;QD=31.0532;RBI=0.0235578;REFB=-0.0367691;REVB=0.0183715;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465771;STB=0.520491;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0218256;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:29:30:0.652174:11:18:11:5:11:19:11:5 chr17 6364753 . A G 629.47 PASS AF=0.632184;AO=37;DP=89;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0315286;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.18;QD=28.9411;RBI=0.0605757;REFB=-0.0336168;REVB=-0.0517239;RO=24;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992362;STB=0.516402;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0205599;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:24:32:37:55:0.632184:22:15:13:11:23:32:20:12 chr17 6381939 . G A 63.31 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.010423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.498;QD=8.73221;RBI=0.0298995;REFB=-0.0104109;REVB=-0.028024;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.027285;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:10:10:4:5:10:10 chr17 6406883 . C T 748.1 PASS AF=0.688172;AO=60;DP=89;FAO=64;FDP=93;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00862681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.745;QD=32.1764;RBI=0.00863939;REFB=-0.0139144;REVB=-0.000466115;RO=29;SAF=18;SAR=42;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787238;STB=0.54891;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00658977;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:29:29:60:64:0.688172:42:18:12:17:46:18:12:17 chr17 6483046 . T C 136.34 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=-0.00109144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.712;QD=6.99161;RBI=0.023833;REFB=0.000857982;REVB=-0.023808;RO=58;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156404;STB=0.593664;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00225684;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:13:7:14:44:13:7:14:44 chr17 6493198 . T C 293.37 PASS AF=0.227053;AO=45;DP=206;FAO=47;FDP=207;FR=.;FRO=160;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=82;FSRR=78;FWDB=0.014146;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7445;QD=5.66903;RBI=0.0153862;REFB=-0.00216088;REVB=0.00605189;RO=156;SAF=20;SAR=25;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103069;STB=0.534305;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00848956;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:156:160:45:47:0.227053:25:20:82:74:25:22:82:78 chr17 6511781 . A G 209.69 PASS AF=0.310345;AO=26;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00894953;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.116;QD=9.64106;RBI=0.0195916;REFB=-0.0111165;REVB=0.0174281;RO=60;SAF=10;SAR=16;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214051;STB=0.634875;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0318811;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:26:27:0.310345:16:10:34:26:17:10:34:26 chr17 6515387 . A G 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0113888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.549;QD=6.16397;RBI=0.0117358;REFB=-0.00837582;REVB=0.00283265;RO=58;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25738;STB=0.65698;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0249257;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:8:10:20:38:8:10:20:38 chr17 6515454 . C T 49.31 PASS AF=0.15625;AO=7;DP=61;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0169612;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.231;QD=3.0819;RBI=0.0210186;REFB=-0.00933103;REVB=0.0124136;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133577;STB=0.538384;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0458864;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:64:48:54:7:10:0.15625:3:4:22:26:6:4:24:30 chr17 6531648 . A G 439.04 PASS AF=0.292929;AO=57;DP=198;FAO=58;FDP=198;FR=.;FRO=140;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.043813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.195;QD=8.86939;RBI=0.0444292;REFB=-0.00550378;REVB=-0.00737416;RO=141;SAF=34;SAR=23;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799057;STB=0.554054;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0144935;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:141:140:57:58:0.292929:23:34:75:66:23:35:74:66 chr17 6538355 . G A 979.15 PASS AF=0.732143;AO=82;DP=112;FAO=82;FDP=112;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00453371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7127;QD=34.9697;RBI=0.038914;REFB=-0.0450913;REVB=0.038649;RO=29;SAF=45;SAR=37;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355493;STB=0.513885;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0180091;OID=.;OPOS=6538355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:29:30:82:82:0.732143:37:45:18:11:37:45:18:12 chr17 6546259 . T C 697.55 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139108;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.374;QD=54.71;RBI=0.0139124;REFB=-0.0587481;REVB=-0.000216644;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000146071;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:0:1 chr17 6556022 . A G 210.23 PASS AF=0.282828;AO=24;DP=95;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.00116235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.063;QD=8.49414;RBI=0.00379826;REFB=-0.00480448;REVB=-0.00361604;RO=71;SAF=12;SAR=12;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165952;STB=0.546236;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0110711;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:71:71:24:28:0.282828:12:12:45:26:12:16:45:26 chr17 6556194 . T TAGAAG 104.88 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0222859;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=5;MLLD=277.714;QD=4.11303;RBI=0.0227435;REFB=-0.00148734;REVB=0.00453929;RO=84;SAF=12;SAR=6;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141977;STB=0.592997;STBP=0.41;TYPE=ins;VARB=0.00742325;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:18:103:18:102:84:12:6:47:37:99:84:12:6:47:37 chr17 6556326 . G A 66.21 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0155236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.741;QD=2.97591;RBI=0.0167632;REFB=-0.0017661;REVB=-0.00632618;RO=74;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160786;STB=0.620505;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0219384;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:74:76:13:13:0.146067:8:5:38:36:8:5:40:36 chr17 6556538 . G C 150.11 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00317754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4211;QD=6.59814;RBI=0.00482338;REFB=-0.0242451;REVB=-0.0036288;RO=68;SAF=10;SAR=12;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562711;STB=0.539964;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0746412;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:69:22:22:0.241758:12:10:34:34:12:10:35:34 chr17 6556541 . A T 149.92 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00125973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.484;QD=6.51839;RBI=0.00198109;REFB=-0.00881871;REVB=0.00152898;RO=70;SAF=10;SAR=12;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740953;STB=0.545413;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0363891;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:70:70:22:22:0.23913:12:10:36:34:12:10:36:34 chr17 6558768 . C T 32.26 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0343203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0019;QD=4.77911;RBI=0.0465554;REFB=-0.0040162;REVB=0.0314566;RO=21;SAF=2;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41463;STB=0.703137;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0220464;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:26:27:21:21:5:6:0.222222:3:2:16:5:3:3:16:5 chr17 6663895 . C G 69.64 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00862066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.7;QD=4.28562;RBI=0.0148752;REFB=0.00221619;REVB=-0.0121226;RO=52;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145682;STB=0.599301;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.010667;OID=.;OPOS=6663895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:52:53:12:12:0.184615:7:5:16:36:7:5:16:37 chr17 6683215 . C T 44.77 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00346328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.2597;QD=7.46208;RBI=0.0470794;REFB=0.000186952;REVB=-0.0469518;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00419331;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:11:6:3:4:11:6 chr17 6683991 . C A 69.02 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0162572;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7629;QD=4.18278;RBI=0.0227868;REFB=-0.00643914;REVB=-0.0159669;RO=53;SAF=6;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586591;STB=0.545379;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0352192;OID=.;OPOS=6683991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:67:66:53:54:12:12:0.181818:6:6:29:24:6:6:30:24 chr17 6690161 . C T 78.48 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0228124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8007;QD=3.9738;RBI=0.0229267;REFB=-0.00782869;REVB=-0.00228668;RO=65;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675501;STB=0.544241;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.025177;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:7:7:29:36:7:7:29:36 chr17 6716242 . G A 81.58 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0300661;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.013;QD=6.15696;RBI=0.030349;REFB=-0.0198951;REVB=0.00413455;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.517655;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0639183;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:55:53:40:41:12:12:0.226415:5:7:23:17:5:7:23:18 chr17 6733672 . T C 97.9 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=99;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0356289;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3337;QD=3.99604;RBI=0.0459399;REFB=-0.00138121;REVB=0.029001;RO=81;SAF=7;SAR=10;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134735;STB=0.588132;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0103467;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:99:98:81:81:17:17:0.173469:10:7:42:39:10:7:42:39 chr17 6902743 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00589411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.348;QD=4.8109;RBI=0.00748791;REFB=-0.0121149;REVB=-0.00461826;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169742;STB=0.610783;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.035509;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:5:18:4:2:5:18 chr17 6902760 . A G 35.76 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0187214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.697;QD=7.15267;RBI=0.0348286;REFB=-0.0138419;REVB=0.0293691;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130656;STB=0.538337;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0600591;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:20:14:14:5:6:0.3:4:1:4:10:4:2:4:10 chr17 6904934 . A G 421.41 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0203628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.187;QD=29.0629;RBI=0.0306088;REFB=-0.0248862;REVB=0.0228528;RO=18;SAF=20;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168559;STB=0.581457;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00957345;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:19:39:39:0.672414:19:20:4:14:19:20:5:14 chr17 6919093 . T C 255.66 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889413;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.048;QD=51.1317;RBI=0.0549738;REFB=0;REVB=0.0542495;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141226;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 6929924 . T C 797.56 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.444;QD=56.9684;RBI=0.048057;REFB=0;REVB=-0.0335557;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161591;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr17 6942108 . C T 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0146415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.531;QD=4.87882;RBI=0.0167591;REFB=-0.00808544;REVB=-0.00815443;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426303;STB=0.52824;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0379628;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:4:5:23:16:4:5:23:16 chr17 6943266 . G A 602.01 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0519295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.524;QD=56.0013;RBI=0.0523035;REFB=-0.268307;REVB=-0.00624333;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.51999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00175416;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:1:2:41:41:0.953488:24:17:0:1:24:17:0:2 chr17 7011144 . G A 341.52 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6059;QD=54.6434;RBI=0.103905;REFB=0;REVB=0.0440223;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383361;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:4:18:0:0:4:21:0:0 chr17 7120419 . C T 34.74 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.021413;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.1564;QD=6.31553;RBI=0.132019;REFB=-0.0234368;REVB=-0.130271;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.545304;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0540369;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:20:22:14:16:6:6:0.272727:3:3:5:9:3:3:7:9 chr17 7128727 . C T 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0274041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.446;QD=5.39765;RBI=0.0295039;REFB=0.000149322;REVB=-0.0109313;RO=35;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369547;STB=0.744113;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0005617;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:7:2:18:17:7:2:18:17 chr17 7132556 . C T 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0124422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.103;QD=6.50667;RBI=0.0210337;REFB=-0.00837418;REVB=0.016959;RO=46;SAF=3;SAR=12;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305247;STB=0.692629;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0336102;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:12:3:19:27:12:3:19:27 chr17 7134129 . A G 80.28 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.03947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1887;QD=7.46756;RBI=0.039471;REFB=0.00987157;REVB=0.000281925;RO=32;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31621;STB=0.698319;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0367934;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:3:8:15:17:3:8:15:17 chr17 7147350 . T TC 421.39 PASS AF=0.666667;AO=55;DP=93;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00283135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5056;QD=18.7286;RBI=0.0628563;REFB=0.0827724;REVB=-0.0627925;RO=35;SAF=21;SAR=34;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158158;STB=0.545439;STBP=0.252;TYPE=ins;VARB=-0.043297;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:55:93:60:90:30:24:36:16:14:99:35:21:34:21:14 chr17 7154534 . G A 168.41 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00805247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.606;QD=8.52688;RBI=0.0153786;REFB=-0.00726363;REVB=-0.0131019;RO=56;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284668;STB=0.66906;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0209783;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:15:8:33:23:15:8:33:23 chr17 7163723 . A C 67.28 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0347285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.201;QD=5.17558;RBI=0.0427583;REFB=0.00274755;REVB=-0.0249441;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368572;STB=0.76039;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00823892;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:53:52:36:42:10:10:0.192308:3:7:14:22:3:7:15:27 chr17 7163739 . A G 83.14 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0017817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.062;QD=6.27506;RBI=0.00680358;REFB=0.000448792;REVB=0.00656614;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232539;STB=0.64592;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00160616;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:5:7:16:25:5:7:16:25 chr17 7185788 . T C 340.21 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110578;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.953;QD=54.433;RBI=0.0152801;REFB=0;REVB=0.0105455;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71608e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr17 7187123 . T C,G 524.99 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=32,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288292,-0.0218842;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.378,107.558;QD=58.332;RBI=0.0419148,0.0323777;REFB=0,0;REVB=0.0304257,-0.023862;RO=0;SAF=10,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000715647,0.183197;OID=.,.;OPOS=7187123,7187123;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:36:36:0:0:32,2:34,2:0.944444,0.0555556:22,2:10,0:0:0:23,2:11,0:0:0 chr17 7213773 . GGT G,TGT 290.98 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=24;FAO=22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864163,-0.0764429;FXX=0.119952;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=292.916,44.5429;QD=52.9054;RBI=0.0390004,0.0764649;REFB=-0.00528262,-0.0444704;REVB=0.0380309,-0.00183413;RO=0;SAF=6,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000233173,0;OID=.,.;OPOS=7213774,7213773;OREF=GT,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:22:0:0:18,2:22,0:1,0:12,1:6,1:0:0:13,0:9,0:0:0 chr17 7216540 . G A 316.67 PASS AF=0.892857;AO=22;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.035422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.219;QD=45.238;RBI=0.0436312;REFB=-0.00962547;REVB=0.0254747;RO=3;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161939;STB=0.588161;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00167441;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:22:25:0.892857:7:15:0:3:7:18:0:3 chr17 7219230 . A G 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5565;QD=60.2163;RBI=0.0479405;REFB=0;REVB=-0.0224787;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314182;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr17 7220881 . C G,T 881.53 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=3,57;DP=60;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136281,0.00618502;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.528,88.708;QD=55.9701;RBI=0.030347,0.0259096;REFB=0,0;REVB=-0.0271148,-0.0251605;RO=0;SAF=2,25;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.060889,0.00266458;OID=.,.;OPOS=7220881,7220881;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:60:63:0:0:3,57:1,62:0.015873,0.984127:1,32:2,25:0:0:1,33:0,29:0:0 chr17 7221385 . G A 739.39 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.908;QD=54.7695;RBI=0.0388471;REFB=-0.160881;REVB=0.0347182;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000521355;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:1:0 chr17 7226957 . G A 860.19 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.756;QD=55.4961;RBI=0.0381287;REFB=-0.0959196;REVB=0.0264227;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00336942;OID=.;OPOS=7226957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:59:61:0.983871:24:35:0:1:25:36:0:1 chr17 7246851 . C T 366.93 PASS AF=0.697674;AO=29;DP=42;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0916097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.508;QD=34.1334;RBI=0.0925897;REFB=-0.0349798;REVB=0.0134357;RO=13;SAF=9;SAR=20;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053927;STB=0.525407;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.016546;OID=.;OPOS=7246851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:42:43:13:13:29:30:0.697674:20:9:3:10:21:9:3:10 chr17 7257185 . C T 314.25 PASS AF=0.735294;AO=23;DP=36;FAO=25;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0779406;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.69;QD=36.9711;RBI=0.0779651;REFB=-0.0581157;REVB=0.00195603;RO=8;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488904;STB=0.516037;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0175131;OID=.;OPOS=7257185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:34:8:8:23:25:0.735294:11:12:5:3:11:14:5:3 chr17 7257669 . C A 568.34 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00170502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.85;QD=39.1961;RBI=0.0097809;REFB=0.00838142;REVB=0.00963115;RO=10;SAF=21;SAR=26;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488926;STB=0.516002;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00201447;OID=.;OPOS=7257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:10:11:47:47:0.810345:26:21:3:7:26:21:4:7 chr17 7286266 . C T 167.49 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.634;QD=41.8718;RBI=0.0802884;REFB=-0.0878839;REVB=0.0734767;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00132696;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr17 7290695 . A G 101.14 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00612582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.819;QD=28.8972;RBI=0.00941112;REFB=-0.0875093;REVB=0.00714448;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808542;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0284407;OID=.;OPOS=7290695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:6:5:2:1:6:5:2:1 chr17 7292107 . G A 359.45 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0243849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.931;QD=37.8364;RBI=0.111565;REFB=-0.023102;REVB=0.108868;RO=8;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351585;STB=0.507457;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00748375;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:8:9:29:29:0.763158:12:17:4:4:12:17:5:4 chr17 7318396 . C T 617.1 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488984;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3272;QD=61.7098;RBI=0.0290406;REFB=0;REVB=0.028626;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13357e-05;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr17 7320581 . C T 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0178692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.768;QD=3.638;RBI=0.0224744;REFB=-0.0127884;REVB=-0.0136305;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548838;STB=0.552703;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0470793;OID=.;OPOS=7320581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:36:38:7:7:0.155556:2:5:27:9:2:5:29:9 chr17 7322087 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.036742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.87;QD=12.8688;RBI=0.078492;REFB=-0.0124879;REVB=0.0693615;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304135;STB=0.680509;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00590449;OID=.;OPOS=7322087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:7:9:3:8:7:9 chr17 7322245 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.945;QD=59.0145;RBI=0.0402509;REFB=0;REVB=0.0287587;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45128e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr17 7329632 . T G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.02904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6429;QD=5.37705;RBI=0.0298498;REFB=-0.00774624;REVB=-0.00690534;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.509065;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0268755;OID=.;OPOS=7329632;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:14:11:3:4:14:11 chr17 7363088 . T C 53.02 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00267615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.19;QD=7.31272;RBI=0.0508752;REFB=0.00213082;REVB=-0.0508048;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188786;STB=0.615139;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00554842;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:18:3:2:6:18:3 chr17 7363430 . ATTTTTTTTTTTG ATTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTGTG,ATTTTTTTTTGTT,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTGT 119.74 PASS AF=0.205128,0.0512821,0.025641,0.487179,0.205128;AO=8,2,2,11,2;DP=39;FAO=8,2,1,19,8;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0,1,6,8;FSAR=5,2,0,13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.114893,-0.0603886,-0.0668069,-0.208824,-0.120747;FXX=0.0487686;HRUN=11,11,11,11,11;LEN=2,1,3,1,2;MLLD=6.60848,186.25,28.6065,3.98186,15.7334;QD=12.2815;RBI=0.189861,0.0633282,0.11836,0.350848,0.220575;REFB=-0.116424,-0.015359,-0.0884092,-0.168072,-0.145679;REVB=-0.151151,-0.0190701,-0.0977031,-0.281934,-0.184591;RO=2;SAF=1,0,2,5,2;SAR=7,2,0,6,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.233526,-0.639851,0.639851,-0.012578,0.639851;STB=0.571246,0.993266,0.5,0.53842,0.5;STBP=0.319,0.232,1,0.297,1;TYPE=del,snp,mnp,del,mnp;VARB=0.105214,0.00559895,0.0708674,-0.0474997,-0.0113037;OID=.,.,.,.,.;OPOS=7363431,7363440,7363440,7363431,7363441;OREF=TT,T,TTG,T,TG;OALT=-,G,GTT,-,GT;OMAPALT=ATTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTGTG,ATTTTTTTTTGTT,ATTTTTTTTTTG,ATTTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/5:0.205128,0.0512821,0.025641,0.487179,0.205128:8,2,2,11,2:39:8,2,1,19,8:39:1:3,0,1,6,8:5,2,0,13,0:1:0:27:2:1,0,2,5,2:7,2,0,6,0:1:1 chr17 7385454 . G A 89.77 PASS AF=0.24;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000798017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.497;QD=7.18166;RBI=0.00681698;REFB=-0.0150006;REVB=-0.00677011;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214621;STB=0.648398;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.041967;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:50:37:38:11:12:0.24:4:7:17:20:4:8:18:20 chr17 7386055 . C T 1686.93 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0146066;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.463;QD=58.6759;RBI=0.0245009;REFB=-0.187933;REVB=0.0196708;RO=2;SAF=45;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206318;STB=0.510868;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000381143;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:115:2:2:113:113:0.982609:68:45:2:0:68:45:2:0 chr17 7386279 . TG CA 726.95 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895604;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.917;QD=57.0155;RBI=0.0270521;REFB=0;REVB=0.0255265;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.31343e-05;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr17 7400137 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.403;QD=60.9772;RBI=0.0201845;REFB=0;REVB=0.0135289;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224979;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr17 7402600 . T C 474.47 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127057;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.733;QD=55.8196;RBI=0.0465353;REFB=-0.0415775;REVB=0.0447671;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00102378;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:1:0:14:19:1:0 chr17 7404107 . T C 1211.98 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108306;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4697;QD=61.3658;RBI=0.00380993;REFB=0;REVB=0.00365274;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43327e-06;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:80:79:1:41:39:0:0:40:39:0:0 chr17 7404991 . T C 854.21 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00646152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2479;QD=56.0139;RBI=0.0124093;REFB=-0.0976482;REVB=0.0105944;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00120617;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:33:27:0:0:33:27:1:0 chr17 7405937 . C T 105.15 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0240236;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.314;QD=10.2588;RBI=0.0267876;REFB=-0.00202033;REVB=-0.0118508;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792852;STB=0.538401;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00411848;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:28:13:13:0.317073:4:9:17:10:4:9:18:10 chr17 7416104 . ACCCCA ACCC,ACCCA 32.68 PASS AF=0,0.25;AO=4,8;DP=39;FAO=0,9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.021325,-0.0886405;FXX=0.0769034;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=96.5,13.6358;QD=3.6315;RBI=0.0349126,0.088664;REFB=-0.0114656,-0.104591;REVB=-0.027643,-0.00204059;RO=25;SAF=3,7;SAR=1,1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.492063,0.492063;SSSB=0.384338,0.570089;STB=0.5,0.876546;STBP=1,0.017;TYPE=del,del;VARB=0,0.0815749;OID=.,.;OPOS=7416108,7416105;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=ACCC,ACCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.25:4,8:39:0,9:36:27:0,8:0,1:11:16:33:25:3,7:1,1:10:15 chr17 7416683 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.003;QD=39.2067;RBI=0.0526393;REFB=0;REVB=-0.031682;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221991;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr17 7417086 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6263;QD=35.5744;RBI=0.050086;REFB=0;REVB=-0.050086;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00377201;OID=.;OPOS=7417086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr17 7460517 . G C 745.34 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8841;QD=63.4328;RBI=0.0832953;REFB=0;REVB=-0.0386883;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002242;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:28:19:0:0 chr17 7460559 . T G 424.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.078;QD=56.6496;RBI=0.0267487;REFB=0;REVB=0.0256861;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125614;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr17 7462555 . G A 1378.96 PASS AF=0.807692;AO=105;DP=130;FAO=105;FDP=130;FR=.;FRO=25;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0213837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.421;QD=42.4295;RBI=0.0274918;REFB=-0.0662009;REVB=0.0172782;RO=21;SAF=38;SAR=67;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973493;STB=0.516111;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0111224;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:21:25:105:105:0.807692:67:38:7:14:67:38:11:14 chr17 7462969 . A G 442.54 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0443567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9776;QD=40.2305;RBI=0.0547899;REFB=0.00941515;REVB=-0.0321624;RO=10;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123864;STB=0.506698;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00838409;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:44:44:10:10:34:34:0.772727:16:18:5:5:16:18:5:5 chr17 7470285 . CA C 1354.61 PASS AF=1;AO=104;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.7406;QD=46.7107;RBI=0.0543249;REFB=-0.0344299;REVB=-0.0485893;RO=1;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000652317;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:115:116:116:0:61:55:0:0:21:1:58:46:0:1 chr17 7477938 . G C 518.95 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00337482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.312;QD=45.1262;RBI=0.065143;REFB=-0.0230351;REVB=0.0650555;RO=8;SAF=11;SAR=27;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330699;STB=0.517799;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00657594;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:8:8:38:38:0.826087:27:11:3:5:27:11:3:5 chr17 7484101 . C A 1039.59 PASS AF=0.682171;AO=87;DP=129;FAO=88;FDP=129;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.013461;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.573;QD=32.2355;RBI=0.0223101;REFB=-0.0065936;REVB=0.0177917;RO=40;SAF=38;SAR=49;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139116;STB=0.56825;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00314171;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:40:41:87:88:0.682171:49:38:27:13:49:39:27:14 chr17 7490379 . G C 39.19 PASS AF=0.75;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0493132;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=157.549;QD=19.5956;RBI=0.0572157;REFB=-0.123248;REVB=0.0290144;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00476939;OID=.;OPOS=7490379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:8:0:2:3:6:0.75:0:3:0:0:3:3:2:0 chr17 7490810 . G A 139.83 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00778723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.277;QD=24.3175;RBI=0.0417465;REFB=-0.00992993;REVB=0.0410138;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208803;STB=0.621152;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0101628;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:8:8:14:15:0.652174:6:8:7:1:7:8:7:1 chr17 7530132 . CA C 34.52 PASS AF=0.375;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0468357;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.94098;QD=3.4515;RBI=0.0674047;REFB=-0.0500176;REVB=0.0484747;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.344828;SSSB=-0.298151;STB=0.537262;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.0131627;OID=.;OPOS=7530133;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:13:37:15:40:25:3:12:6:19:34:16:2:11:6:10 chr17 7536527 . G A 134.87 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0426368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.411;QD=25.6894;RBI=0.0433799;REFB=-0.0510203;REVB=0.00799484;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41657;STB=0.620515;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0205231;OID=.;OPOS=7536527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:21:21:7:7:11:14:0.666667:9:2:5:2:9:5:5:2 chr17 7557419 . A G 133.97 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0189299;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9347;QD=10.3055;RBI=0.0208454;REFB=-0.0131942;REVB=0.00872862;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121796;STB=0.580054;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0313604;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:35:17:17:0.326923:5:12:22:14:5:12:21:14 chr17 7560835 . T G 356.62 PASS AF=0.625;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.024891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.782;QD=29.7186;RBI=0.0382493;REFB=-0.0288356;REVB=0.0290422;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708204;STB=0.520819;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0218975;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:18:29:30:0.625:15:14:10:7:15:15:10:8 chr17 7577121 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0084203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.958;QD=9.91631;RBI=0.0484363;REFB=-0.00878904;REVB=-0.0476988;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250529;STB=0.514254;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0141257;OID=.;OPOS=7577121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:3:6:11:5:3:6:11:6 chr17 7578115 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.978;QD=55.0982;RBI=0.0379042;REFB=0;REVB=-0.0265683;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10482e-06;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr17 7579472 . G C 74.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0072726;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.635;QD=10.6699;RBI=0.00859448;REFB=-0.00590471;REVB=-0.00457977;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255027;STB=0.666349;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00813907;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:4:6:6:11:4:6:6:12 chr17 7592168 . C G 120.25 PASS AF=0.611111;AO=3;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0700918;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6366;QD=26.722;RBI=0.251696;REFB=0.137161;REVB=0.24174;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52936;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0227583;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:18:0:5:3:11:0.611111:3:0:0:0:8:3:1:4 chr17 7592560 . C T 483.61 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00190848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.298;QD=43.9645;RBI=0.0256202;REFB=-0.00898138;REVB=0.025549;RO=8;SAF=10;SAR=26;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117516;STB=0.506326;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00198767;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:26:10:2:6:26:10:2:6 chr17 7605662 . CAAAAAAGC AAAAAAAGC,CAAAAAGC,CAAAAAGCA 32.15 PASS AF=0.0487805,0.170732,0.0487805;AO=2,11,2;DP=42;FAO=2,7,2;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2,6,2;FSAR=0,1,0;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0197702,0.058402,0.081208;FXX=0.0238039;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,3;MLLD=150.275,7.59428,27.5362;QD=3.13629;RBI=0.0254345,0.101504,0.0875405;REFB=0.00590373,-0.0503062,-0.0359698;REVB=-0.0160018,0.0830193,0.0326893;RO=21;SAF=2,7,2;SAR=0,4,0;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.571429,0;SSSB=0.559416,0.274871,0.559416;STB=0.995347,0.849375,0.995347;STBP=0.106,0.052,0.106;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0187431,0.0770433,0.0441681;OID=.,.,.;OPOS=7605662,7605663,7605668;OREF=C,A,AGC;OALT=A,-,GCA;OMAPALT=AAAAAAAGC,CAAAAAGC,CAAAAAGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:42:41:21:30:2,11,2:2,7,2:0.0487805,0.170732,0.0487805:0,4,0:2,7,2:8:13:0,1,0:2,6,2:13:17 chr17 7606722 . C G 242.26 PASS AF=0.807692;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0457994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.5;QD=37.2704;RBI=0.0476983;REFB=-0.0198821;REVB=0.0133243;RO=3;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780688;STB=0.505613;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00350134;OID=.;OPOS=7606722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:26:3:5:19:21:0.807692:7:12:1:2:9:12:3:2 chr17 7612855 . GC G,GG 31.3 PASS AF=0.145833,0.0625;AO=6,3;DP=45;FAO=7,3;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=3,2;FSAR=4,1;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.173842,0.18427;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.72562,21.2344;QD=2.60813;RBI=0.191057,0.225625;REFB=-0.0979067,-0.0489023;REVB=0.0792563,0.130197;RO=31;SAF=3,2;SAR=3,1;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216181,0.347133;STB=0.599734,0.792528;STBP=0.624,0.471;TYPE=del,snp;VARB=0.0827633,0.0706993;OID=.,.;OPOS=7612856,7612856;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145833,0.0625:6,3:45:7,3:48:38:3,2:4,1:12:26:19:31:3,2:3,1:10:21 chr17 7673928 . C G 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0430772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.217;QD=57.8226;RBI=0.0511788;REFB=-0.0532548;REVB=0.0276338;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000827719;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr17 7681412 . C G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4474;QD=62.9816;RBI=0.0196158;REFB=0;REVB=0.0195898;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213365;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr17 7722047 . C A 1577.66 PASS AF=0.668367;AO=131;DP=196;FAO=131;FDP=196;FR=.;FRO=65;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0124045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.07;QD=32.1971;RBI=0.0165429;REFB=-0.0231919;REVB=0.0109452;RO=65;SAF=60;SAR=71;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403034;STB=0.521647;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00855106;OID=.;OPOS=7722047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:65:65:131:131:0.668367:71:60:34:31:71:60:34:31 chr17 7722365 . C T 181.26 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.017119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.811;QD=7.79624;RBI=0.017216;REFB=-0.00631239;REVB=0.00182523;RO=68;SAF=15;SAR=10;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122869;STB=0.573853;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.016413;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:25:25:0.268817:10:15:34:34:10:15:34:34 chr17 7735063 . T G 470.82 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=47;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0056993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.881;QD=40.07;RBI=0.0446906;REFB=-0.0390585;REVB=0.0443257;RO=11;SAF=16;SAR=20;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442419;STB=0.502391;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0128274;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:47:11:11:36:36:0.765957:20:16:5:6:20:16:5:6 chr17 7735934 . G A 1106.26 PASS AF=0.722222;AO=91;DP=125;FAO=91;FDP=126;FR=.;FRO=35;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0145266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.641;QD=35.1193;RBI=0.0192482;REFB=-0.0228949;REVB=0.0126282;RO=34;SAF=59;SAR=32;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323852;STB=0.520321;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00690872;OID=.;OPOS=7735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:34:35:91:91:0.722222:32:59:24:10:32:59:25:10 chr17 7750232 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.121;QD=43.4825;RBI=0.0843975;REFB=0;REVB=0.0793341;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185434;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 7751778 . G A 69.91 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0340006;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.783;QD=27.9645;RBI=0.035702;REFB=0.0232438;REVB=0.0108899;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278747;STB=0.526249;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00780393;OID=.;OPOS=7751778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:10:2:2:7:8:0.8:4:3:1:1:5:3:1:1 chr17 7760397 . G A 1144.86 PASS AF=0.766667;AO=93;DP=120;FAO=92;FDP=120;FR=.;FRO=28;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0557206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6126;QD=38.162;RBI=0.0597077;REFB=-0.0278694;REVB=0.0214529;RO=26;SAF=59;SAR=34;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746103;STB=0.543769;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0122647;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:26:28:93:92:0.766667:34:59:12:14:33:59:13:15 chr17 7760704 . A G 1355.3 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.536;QD=61.6043;RBI=0.0592329;REFB=0;REVB=0.00102252;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221368;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:57:29:0:0:58:30:0:0 chr17 7761512 . C A 327.39 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00933553;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.736;QD=26.1912;RBI=0.0238125;REFB=0.00192059;REVB=0.0219062;RO=19;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052715;STB=0.528907;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00164509;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:19:31:31:0.62:12:19:13:6:12:19:13:6 chr17 7794033 . AAG A,AAA 43.1 PASS AF=0.296296,0;AO=8,2;DP=38;FAO=8,0;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0197144,-5.24269e-05;FXX=0.0999667;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.0675,19.0462;QD=6.38538;RBI=0.0575589,0.118453;REFB=-0.0560253,0.00938132;REVB=-0.0540774,0.118453;RO=25;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.333333,0;SSSB=-0.369839,-0.509229;STB=0.673008,0.5;STBP=0.261,1;TYPE=del,snp;VARB=0.101189,0;OID=.,.;OPOS=7794034,7794035;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0:8,2:38:8,0:27:19:2,0:6,0:9:10:43:25:2,0:6,2:14:11 chr17 7843053 . C T 57.09 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.043;QD=28.5458;RBI=0.0489411;REFB=-0.123378;REVB=0.0248867;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0143595;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr17 7847955 . C A 296.44 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1964;QD=49.4074;RBI=0.0140918;REFB=-0.156994;REVB=-0.0140918;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594669;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:23:0:0:0:23:0:0:1 chr17 7849087 . C G 1646.94 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0423698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1158;QD=58.2988;RBI=0.0441469;REFB=-0.138234;REVB=-0.0123998;RO=2;SAF=63;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231145;STB=0.501218;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0024228;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:48:63:1:1:48:63:1:1 chr17 7948175 . C T 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.013872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.994;QD=5.37932;RBI=0.0354086;REFB=-0.00372503;REVB=-0.0325782;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395044;STB=0.748034;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0111982;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:7:4:30:13:7:4:30:13 chr17 7951819 . A G 120.31 PASS AF=0.213483;AO=18;DP=88;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00646244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.431;QD=5.40702;RBI=0.00995453;REFB=-0.0069748;REVB=-0.00757164;RO=66;SAF=7;SAR=11;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650495;STB=0.506047;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0334602;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:66:70:18:19:0.213483:11:7:29:37:11:8:30:40 chr17 7951878 . A G 82.38 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0247158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.272;QD=3.66124;RBI=0.0275932;REFB=-0.00527882;REVB=0.0122684;RO=74;SAF=7;SAR=8;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588211;STB=0.54432;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0281199;OID=.;OPOS=7951878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:74:75:15:15:0.166667:8:7:38:36:8:7:39:36 chr17 7983681 . G A 59.13 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0514016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8565;QD=5.2556;RBI=0.0546106;REFB=-0.00838842;REVB=-0.0184442;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107853;STB=0.571265;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0282263;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:6:3:15:21:6:3:15:21 chr17 7983799 . A G 54.63 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0237737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.729;QD=3.41448;RBI=0.0269991;REFB=-0.00126251;REVB=-0.012797;RO=54;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130151;STB=0.591106;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00556538;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:8:2:15:39:8:2:15:39 chr17 7983969 . G C 215.27 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0215591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.751;QD=8.877;RBI=0.032433;REFB=-0.0130377;REVB=-0.0242303;RO=69;SAF=19;SAR=9;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229539;STB=0.63661;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0353762;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:69:28:28:0.28866:9:19:34:35:9:19:34:35 chr17 8023057 . A C 710.92 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.66;QD=63.193;RBI=0.0881656;REFB=0;REVB=0.0877613;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99337e-05;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:14:26:0:0:19:26:0:0 chr17 8023059 . A C 748.87 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.01;QD=63.7332;RBI=0.0709697;REFB=0;REVB=0.0685189;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116988;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr17 8023061 . C T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.576;QD=61.1861;RBI=0.0346064;REFB=-0.0406108;REVB=0.0285361;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000348203;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:19:28:0:0:19:28:1:0 chr17 8023143 . G A 889.88 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168422;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.825;QD=58.3526;RBI=0.0185552;REFB=0;REVB=-0.00778679;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6001e-05;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:28:33:0:0 chr17 8024237 . T C 1027.64 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0447336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6859;QD=57.0909;RBI=0.0692678;REFB=-0.0133196;REVB=-0.052886;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000820789;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:72:0:1:69:71:0.986111:44:25:0:0:46:25:0:1 chr17 8045707 . GC G,GT 83.63 PASS AF=0.809524,0;AO=11,3;DP=24;FAO=17,0;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10,0;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.230583,-0.00429103;FXX=0.124948;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.81966,118.971;QD=15.9289;RBI=0.238353,0.101875;REFB=0.00318612,0.0323411;REVB=0.0603632,-0.101785;RO=7;SAF=7,0;SAR=4,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0469824,-0.684179;STB=0.564895,0.5;STBP=0.238,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0572891,0;OID=.,.;OPOS=8045708,8045708;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524,0:11,3:24:17,0:21:4:10,0:7,0:1:3:15:7:7,0:4,3:4:3 chr17 8062583 . A G 126.85 PASS AF=0.253333;AO=18;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00792844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.286;QD=6.7653;RBI=0.0127699;REFB=-0.000347969;REVB=0.0100105;RO=56;SAF=12;SAR=6;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146108;STB=0.560519;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00116653;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:18:19:0.253333:6:12:31:25:7:12:31:25 chr17 8076778 . C T 132.48 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0105882;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.777;QD=8.832;RBI=0.012575;REFB=-0.0032885;REVB=0.00678385;RO=42;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22734;STB=0.636209;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0073444;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:42:42:18:18:0.3:6:12:20:22:6:12:20:22 chr17 8076802 . T A 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00805181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2065;QD=9.4016;RBI=0.0497104;REFB=0.00621722;REVB=-0.0490539;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164573;STB=0.597601;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0114819;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:7:13:22:21:7:13:22:21 chr17 8076898 . C T 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0628208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.07;QD=8.81142;RBI=0.0628724;REFB=-0.00673256;REVB=-0.0025477;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390753;STB=0.770752;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0183282;OID=.;OPOS=8076898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:22:23:10:10:0.30303:9:1:7:15:9:1:8:15 chr17 8090908 . A G 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0311009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.413;QD=9.66855;RBI=0.0360708;REFB=0.011554;REVB=-0.0182713;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040465;STB=0.516114;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0173663;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:10:11:21:22:10:11:22:22 chr17 8092694 . T G 41.94 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.07077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1419;QD=4.4147;RBI=0.0812623;REFB=0.00730608;REVB=-0.0399396;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253124;STB=0.671079;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0446564;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:28:31:7:7:0.184211:3:4:10:18:3:4:11:20 chr17 8126230 . G A 203.18 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00306287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.841;QD=28.0248;RBI=0.0237123;REFB=-0.0342038;REVB=0.0235137;RO=9;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126003;STB=0.574389;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0147291;OID=.;OPOS=8126230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:29:9:9:19:20:0.689655:14:5:4:5:15:5:4:5 chr17 8135061 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.664;QD=57.6805;RBI=0.0289376;REFB=0;REVB=0.00386426;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108447;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr17 8141707 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8863;QD=62.0189;RBI=0.0128848;REFB=0;REVB=0.0126615;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71011e-05;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 8157310 . C T 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.000400395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.184;QD=2.82991;RBI=0.00239444;REFB=-0.00257176;REVB=0.00236073;RO=86;SAF=7;SAR=7;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871369;STB=0.559916;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0162035;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:7:7:49:37:7:7:49:37 chr17 8161149 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00576262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.758;QD=9.26746;RBI=0.0067828;REFB=-0.00525661;REVB=-0.00357751;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734709;STB=0.504344;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0111608;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:9:12:26:20:9:12:26:20 chr17 8172732 . A G 68.86 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.082372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4643;QD=6.12092;RBI=0.0844285;REFB=-0.0106198;REVB=0.018521;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355449;STB=0.511089;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0515292;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:44:45:34:35:10:10:0.222222:5:5:16:18:5:5:17:18 chr17 8215534 . C T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261078;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.62;QD=19.135;RBI=0.0281511;REFB=-0.0546378;REVB=-0.0105294;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00816303;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr17 8216468 . T C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00496673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.671;QD=29.5807;RBI=0.00503684;REFB=-0.0148007;REVB=0.000837454;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422983;STB=0.523342;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00650229;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:5:5:12:9:5:5 chr17 8224276 . T C 283.05 PASS AF=0.774194;AO=23;DP=30;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00368438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5667;QD=36.5227;RBI=0.0499023;REFB=-0.000423427;REVB=0.0497661;RO=7;SAF=3;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129629;STB=0.573703;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00171857;OID=.;OPOS=8224276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:7:7:23:24:0.774194:20:3:2:5:21:3:2:5 chr17 8232989 . TGA GAT,TGAT 477.4 PASS AF=0,0.681159;AO=4,40;DP=69;FAO=0,47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=0,25;FSAR=0,22;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0419914,-0.0912333;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=3,1;MLLD=16.0266,20.3188;QD=27.6754;RBI=0.0716279,0.105258;REFB=0.0573974,0.0179086;REVB=-0.0580282,-0.052495;RO=21;SAF=0,23;SAR=4,17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567294,0.210673;STB=0.5,0.59629;STBP=1,0.032;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.013634;OID=.,.;OPOS=8232989,8232992;OREF=TGA,-;OALT=GAT,T;OMAPALT=GAT,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:69:21:22:4,40:0,47:0,0.681159:4,17:0,23:5:16:0,22:0,25:5:17 chr17 8243469 . T C 300.15 PASS AF=0.793103;AO=22;DP=28;FAO=23;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00195838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.432;QD=41.3999;RBI=0.0588055;REFB=0.00186602;REVB=0.0587729;RO=2;SAF=19;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10782;STB=0.519109;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00766047;OID=.;OPOS=8243469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:29:2:4:22:23:0.793103:3:19:1:1:4:19:3:1 chr17 8243661 . G A 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0296819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.339;QD=24.4919;RBI=0.0326244;REFB=-0.0071297;REVB=-0.0135402;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158859;STB=0.588154;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00613473;OID=.;OPOS=8243661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:4:11:11:10:4:11 chr17 8243785 . A G 271.14 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0114008;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.424;QD=28.5413;RBI=0.0149357;REFB=-0.0258922;REVB=0.00964878;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122609;STB=0.56763;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00806757;OID=.;OPOS=8243785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:13:11:9:5:13:11:9:5 chr17 8272719 . C A 60.26 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0457829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.645;QD=6.02593;RBI=0.0458107;REFB=0.00106306;REVB=0.00159547;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280827;STB=0.643743;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00534698;OID=.;OPOS=8272719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:28:31:9:9:0.225:3:6:12:16:3:6:15:16 chr17 8296440 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0037232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.413;QD=26.0262;RBI=0.0130721;REFB=0.00107363;REVB=0.0125306;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-4.63153e-05;OID=.;OPOS=8296440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr17 8339283 . C T 411.7 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.222;QD=56.7859;RBI=0.107714;REFB=0;REVB=0.0709651;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793901;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:17:12:0:0 chr17 8339307 . G A 424.73 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.277;QD=54.8042;RBI=0.09794;REFB=-0.0575194;REVB=0.0884046;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028902;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr17 8378932 . A G 1825.52 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119643;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9784;QD=61.3622;RBI=0.0511427;REFB=0;REVB=0.0497235;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52533e-05;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:47:72:0:0:47:72:0:0 chr17 8383894 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.744;QD=60.6046;RBI=0.032952;REFB=0;REVB=0.0122883;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266074;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr17 8402669 . C T 251.04 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.164306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6927;QD=33.4715;RBI=0.165315;REFB=-0.0702185;REVB=-0.0182315;RO=7;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375629;STB=0.533304;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.039682;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:30:30:7:8:22:22:0.733333:14:8:2:5:14:8:2:6 chr17 8416901 . C T 1061.59 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5123;QD=59.8078;RBI=0.100182;REFB=0;REVB=0.0731074;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995273;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:21:50:0:0:21:50:0:0 chr17 8424270 . G A 798.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194942;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.071;QD=57.0143;RBI=0.0288843;REFB=0;REVB=0.0213139;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297155;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr17 8450357 . C A 833.65 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.31;QD=57.4929;RBI=0.0132212;REFB=0;REVB=0.00372259;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32941e-05;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 8701116 . G A 290.21 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0442014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.753;QD=32.2459;RBI=0.0527935;REFB=-0.00271824;REVB=0.0288686;RO=9;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120006;STB=0.581547;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00066959;OID=.;OPOS=8701116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:35:36:9:11:24:25:0.694444:13:11:2:7:14:11:2:9 chr17 8701799 . G T 400.5 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00906732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0682;QD=42.158;RBI=0.0473258;REFB=-0.0252022;REVB=0.0464491;RO=7;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898248;STB=0.548416;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00966293;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:12:19:6:1:12:19:6:1 chr17 8725214 . A AG 245.88 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.844;QD=49.1767;RBI=0.072867;REFB=0;REVB=0.0364233;RO=3;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00606469;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:22:20:20:0:8:12:0:0:4:3:7:12:2:1 chr17 8792029 . A G 188.24 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0755002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7441;QD=37.6474;RBI=0.0878914;REFB=0.0433823;REVB=0.0449958;RO=3;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909087;STB=0.54994;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00526021;OID=.;OPOS=8792029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:6:11:1:2:6:11:1:2 chr17 8792514 . G A 374.82 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00859484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4997;QD=31.8994;RBI=0.0184766;REFB=-0.00661642;REVB=0.0163558;RO=14;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192694;STB=0.58757;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00418574;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:16:31:31:0.659574:21:10:9:5:21:10:9:7 chr17 9066248 . C T 479.34 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.02272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.017;QD=28.6171;RBI=0.0345462;REFB=-0.0310938;REVB=0.0260239;RO=22;SAF=22;SAR=22;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278935;STB=0.522378;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0178158;OID=.;OPOS=9066248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:23:44:44:0.656716:22:22:10:12:22:22:10:13 chr17 9066254 . T C 455.28 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0159261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.413;QD=28.4549;RBI=0.021405;REFB=-0.0467462;REVB=-0.0143016;RO=22;SAF=20;SAR=22;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425894;STB=0.523158;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0162407;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:22:20:9:13:22:20:9:13 chr17 9086712 . C T 99.8 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0159244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.378;QD=26.6134;RBI=0.0161393;REFB=-0.0107505;REVB=0.00262471;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000243795;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:3:1:4:7:3:1 chr17 9395231 . G A 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.32;QD=41.68;RBI=0.0169117;REFB=-0.0692267;REVB=0.00698163;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493825;STB=0.526996;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00836307;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:13:5:1:1:13:5:1:1 chr17 9471711 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.612;QD=46.8474;RBI=0.0520397;REFB=0;REVB=0.0146803;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332072;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr17 9479098 . C A 289.65 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.583;QD=46.3441;RBI=0.0539353;REFB=-0.122837;REVB=0.0523034;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.531223;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00168689;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:15:8:0:1:15:8:0:2 chr17 9515777 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3688;QD=60.9782;RBI=0.0822112;REFB=0;REVB=-0.0200164;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007842;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr17 9586165 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0222122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.978;QD=3.64932;RBI=0.0298669;REFB=-0.00577258;REVB=0.0199662;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596219;STB=0.541533;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0268454;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:22:9:2:4:22:9 chr17 9632247 . A G 571.68 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=67;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00402355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.346;QD=34.1303;RBI=0.0138752;REFB=-0.0270565;REVB=0.013279;RO=18;SAF=29;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468845;STB=0.525286;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00865536;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:18:49:49:0.731343:20:29:9:9:20:29:9:9 chr17 9674922 . A G 130.95 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00618217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.212;QD=5.95215;RBI=0.00621333;REFB=-0.00153577;REVB=0.000621458;RO=68;SAF=15;SAR=5;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431969;STB=0.766407;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00279299;OID=.;OPOS=9674922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:68:20:20:0.227273:5:15:27:41:5:15:27:41 chr17 9705939 . G C 57.56 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.168412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.402;QD=3.83762;RBI=0.168433;REFB=-0.00866127;REVB=0.00263973;RO=47;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400244;STB=0.777284;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0314406;OID=.;OPOS=9705939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:57:60:47:50:10:10:0.166667:7:3:30:17:7:3:33:17 chr17 9725101 . G A 341.3 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0039579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.934;QD=25.7584;RBI=0.0071011;REFB=-0.0355644;REVB=0.00589582;RO=20;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233461;STB=0.512813;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0173199;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:9:24:14:6:9:24:14:6 chr17 9725338 . G A 731.32 PASS AF=0.766234;AO=59;DP=77;FAO=59;FDP=77;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00574235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.507;QD=37.9904;RBI=0.0643123;REFB=-0.0345636;REVB=0.0640554;RO=17;SAF=23;SAR=36;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959539;STB=0.500231;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566329;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:17:18:59:59:0.766234:36:23:7:10:36:23:7:11 chr17 9725347 . A G 721.41 PASS AF=0.805556;AO=56;DP=70;FAO=58;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0262786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.214;QD=40.0784;RBI=0.0411163;REFB=-0.0644398;REVB=0.0316226;RO=11;SAF=21;SAR=35;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338417;STB=0.516208;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0149243;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:70:72:11:14:56:58:0.805556:35:21:3:8:37:21:4:10 chr17 9813948 . AT A 55.45 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0152453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.895;QD=10.0818;RBI=0.0246159;REFB=-0.0130602;REVB=0.0193268;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0247322;OID=.;OPOS=9813949;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:4:4:7:7:55:14:4:4:7:7 chr17 10216510 . G A 2317.68 PASS AF=0.993197;AO=143;DP=144;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.239;QD=63.0661;RBI=0.0716656;REFB=-0.0848401;REVB=0.044676;RO=0;SAF=79;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1673e-08;STB=0.503816;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000210222;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:147:0:1:143:146:0.993197:64:79:0:0:65:81:0:1 chr17 10223714 . T C 700.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187251;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.957;QD=63.6555;RBI=0.0918891;REFB=0;REVB=0.089961;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875023;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr17 10236465 . G A 737.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.262;QD=56.7021;RBI=0.0479762;REFB=0;REVB=-0.0289228;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00989e-05;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr17 10243717 . G A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7302;QD=56.935;RBI=0.0567235;REFB=0;REVB=-0.0148836;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452629;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr17 10309612 . T C 55.83 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00714937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.381;QD=4.21386;RBI=0.0225697;REFB=-0.0161527;REVB=-0.0214074;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308848;STB=0.706875;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0612204;OID=.;OPOS=10309612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:3:6:18:26:3:6:18:26 chr17 10312472 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0269955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6659;QD=9.11063;RBI=0.0552531;REFB=-0.016569;REVB=-0.0482093;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0320055;OID=.;OPOS=10312472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:5:3:9:6:5:3:9:7 chr17 10318636 . A G 1457.33 PASS AF=0.989583;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.974;QD=60.7221;RBI=0.0568031;REFB=-0.0741624;REVB=0.0462966;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00104501;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:96:0:1:90:95:0.989583:49:41:0:0:49:46:0:1 chr17 10346781 . T C 825.48 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0602292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.729;QD=54.1296;RBI=0.0612507;REFB=-0.0926756;REVB=0.0111395;RO=2;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235832;STB=0.512496;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00069779;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:39:20:0:2:39:20:0:2 chr17 10348354 . T C 359.66 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00256188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.477;QD=37.8592;RBI=0.00843489;REFB=-0.0616115;REVB=0.00803642;RO=8;SAF=17;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853083;STB=0.534172;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0217046;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:8:9:29:29:0.763158:12:17:3:5:12:17:4:5 chr17 10355371 . C T 414.83 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1821;QD=51.8531;RBI=0.167435;REFB=-0.174481;REVB=0.165425;RO=2;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204508;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0129149;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:2:1:29:31:0.96875:10:19:1:1:11:20:0:1 chr17 10355763 . T C 2020.9 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186207;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.796;QD=62.1816;RBI=0.0260546;REFB=0;REVB=0.025988;RO=1;SAF=53;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54403e-05;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:1:0:129:130:1:76:53:1:0:76:54:0:0 chr17 10363410 . A G 3855.05 PASS AF=1;AO=243;DP=245;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426561;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.631;QD=61.9285;RBI=0.0481037;REFB=0;REVB=-0.0222356;RO=0;SAF=128;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10943e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:249:0:0:243:249:1:115:128:0:0:117:132:0:0 chr17 10402142 . G A 557.46 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.092643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.646;QD=28.226;RBI=0.0928169;REFB=-0.0085683;REVB=0.00567891;RO=29;SAF=16;SAR=34;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034726;STB=0.51886;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00542831;OID=.;OPOS=10402142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:29:50:50:0.632911:34:16:8:21:34:16:8:21 chr17 10415840 . A G 912.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.717;QD=57.0381;RBI=0.0189202;REFB=0;REVB=0.00104995;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200264;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:40:22:0:0:40:24:0:0 chr17 10417429 . G A 241.55 PASS AF=0.302752;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00773583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.097;QD=8.86408;RBI=0.0210504;REFB=-0.0211211;REVB=-0.0195774;RO=74;SAF=20;SAR=13;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126751;STB=0.574926;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0358081;OID=.;OPOS=10417429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:76:33:33:0.302752:13:20:37:37:13:20:38:38 chr17 10427924 . G A 267.16 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0238155;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.891;QD=20.1632;RBI=0.0238633;REFB=-0.026294;REVB=0.00150885;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232173;STB=0.613562;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0180506;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:25:28:28:0.528302:16:12:4:20:16:12:5:20 chr17 10438464 . G A 241.56 PASS AF=0.302752;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0145124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.555;QD=8.86445;RBI=0.0147581;REFB=-0.0117208;REVB=0.0026819;RO=74;SAF=15;SAR=18;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696441;STB=0.531753;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0319909;OID=.;OPOS=10438464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:76:33:33:0.302752:18:15:38:36:18:15:38:38 chr17 10448769 . A T 1172.2 PASS AF=0.758065;AO=94;DP=124;FAO=94;FDP=124;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0115047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.043;QD=37.8127;RBI=0.024908;REFB=-0.0182956;REVB=-0.0220919;RO=30;SAF=34;SAR=60;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243228;STB=0.501299;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00545069;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:30:30:94:94:0.758065:60:34:11:19:60:34:11:19 chr17 10450816 . T C 2626.24 PASS AF=0.988439;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0152455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.281;QD=60.7224;RBI=0.0152458;REFB=-0.0130978;REVB=9.95768e-05;RO=2;SAF=83;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000321979;STB=0.500169;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000232512;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:173:2:2:171:171:0.988439:88:83:1:1:88:83:1:1 chr17 10533647 . C G 63.11 PASS AF=0.176471;AO=11;DP=67;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00971029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.316;QD=3.71235;RBI=0.0225349;REFB=-0.0130082;REVB=0.0203355;RO=55;SAF=2;SAR=9;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472835;STB=0.749584;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0587192;OID=.;OPOS=10533647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:67:68:55:56:11:12:0.176471:9:2:31:24:9:3:31:25 chr17 10533659 . G A 67.16 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0236639;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.762;QD=3.89325;RBI=0.0354515;REFB=-0.02491;REVB=0.0263976;RO=57;SAF=2;SAR=10;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494544;STB=0.828715;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.123349;OID=.;OPOS=10533659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:70:69:57:57:12:12:0.173913:10:2:32:25:10:2:32:25 chr17 10533674 . A G 84.97 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0344194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.031;QD=4.046;RBI=0.0516019;REFB=-0.00662745;REVB=-0.0384455;RO=66;SAF=3;SAR=12;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521988;STB=0.835144;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0468159;OID=.;OPOS=10533674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:81:84:66:69:15:15:0.178571:12:3:42:24:12:3:44:25 chr17 10537389 . G A 127.76 PASS AF=0.25;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00711509;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.006;QD=6.72395;RBI=0.00774676;REFB=-0.000378255;REVB=0.00306395;RO=57;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33872;STB=0.706309;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0014109;OID=.;OPOS=10537389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:57:57:19:19:0.25:6:13:23:34:6:13:23:34 chr17 10538701 . T C 145.02 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=-0.0370368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5835;QD=5.52456;RBI=0.0371743;REFB=0.00276975;REVB=-0.00319441;RO=82;SAF=11;SAR=12;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258565;STB=0.657812;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0107404;OID=.;OPOS=10538701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:82:23:23:0.219048:12:11:56:26:12:11:56:26 chr17 10539089 . G A 208.28 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=143;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0187596;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.974;QD=5.86693;RBI=0.0194957;REFB=-0.00671756;REVB=0.00530672;RO=105;SAF=18;SAR=14;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096542;STB=0.562461;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.019126;OID=.;OPOS=10539089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:105:110:32:32:0.225352:14:18:51:54:14:18:53:57 chr17 10541515 . C T 82.05 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0610493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3816;QD=5.47024;RBI=0.0611325;REFB=-0.0109826;REVB=-0.00318857;RO=47;SAF=3;SAR=10;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269769;STB=0.674197;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.044375;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:10:3:20:27:10:3:20:27 chr17 10541741 . A G 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.100629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6017;QD=31.2402;RBI=0.106829;REFB=0.00993816;REVB=-0.0358629;RO=4;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995427;STB=0.555473;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0093726;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:10:4:2:2:10:4:2:2 chr17 10542471 . T G 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.012961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.777;QD=6.44;RBI=0.0775916;REFB=-0.00553718;REVB=0.0765014;RO=44;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296014;STB=0.685008;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0152577;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:4:10:21:23:4:10:21:23 chr17 10542765 . A G 113.86 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0348696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.219;QD=5.55391;RBI=0.0352364;REFB=0.00172113;REVB=0.00507073;RO=64;SAF=5;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287576;STB=0.681095;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00629462;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:13:5:32:32:13:5:32:32 chr17 10542886 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0263566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.681;QD=7.34912;RBI=0.0413036;REFB=-0.0208869;REVB=0.0318012;RO=39;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926156;STB=0.557434;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.053352;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:6:7:18:21:6:7:18:21 chr17 10543463 . T C 282.94 PASS AF=0.277778;AO=37;DP=139;FAO=40;FDP=144;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=0.0115075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.79;QD=7.85954;RBI=0.0232944;REFB=-0.0171811;REVB=-0.0202535;RO=100;SAF=21;SAR=16;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281753;STB=0.522879;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0810891;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:100:104:37:40:0.277778:16:21:59:41:17:23:63:41 chr17 10544416 . G T 51.38 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.00051009;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7244;QD=3.54356;RBI=0.028621;REFB=-0.00456553;REVB=0.0286165;RO=47;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223781;STB=0.675585;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0599063;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:58:47:49:9:9:0.155172:8:1:10:37:8:1:11:38 chr17 10727999 . C CT,T 390.52 PASS AF=0.677966,0.0508475;AO=32,3;DP=61;FAO=40,3;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=24,3;FSAR=16,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.131856,-0.0253682;FXX=0.0166639;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=16.9711,14.7525;QD=26.4761;RBI=0.145797,0.0255255;REFB=-0.0207128,-0.0366502;REVB=0.0622147,-0.0028295;RO=17;SAF=18,3;SAR=14,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0586982,0.620678;STB=0.547421,0.996505;STBP=0.252,0.063;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000759987,0.0374486;OID=.,.;OPOS=10728000,10727999;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:61:59:17:16:32,3:40,3:0.677966,0.0508475:14,0:18,3:8:9:16,0:24,3:7:9 chr17 11502123 . T C 31.89 PASS AF=0.0925926;AO=7;DP=55;FAO=5;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.033328;FXX=0.0181785;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.178;QD=2.36247;RBI=0.239067;REFB=-0.0684446;REVB=-0.236732;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413041;STB=0.508164;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.184146;OID=.;OPOS=11502123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:55:54:23:46:7:5:0.0925926:4:3:18:5:2:3:28:18 chr17 11511457 . C T 379.84 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00629094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.144;QD=39.9835;RBI=0.0104015;REFB=-0.0468939;REVB=0.00828344;RO=8;SAF=11;SAR=19;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054824;STB=0.52972;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.010319;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:8:8:30:30:0.789474:19:11:4:4:19:11:4:4 chr17 11523082 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.879;QD=62.0197;RBI=0.0144472;REFB=0;REVB=0.00295541;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79164e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr17 11532835 . A G 427.99 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0241959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7754;QD=30.5709;RBI=0.0468213;REFB=0.00807032;REVB=-0.0400848;RO=17;SAF=24;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159662;STB=0.508666;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0119058;OID=.;OPOS=11532835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:15:24:10:7:15:24:10:7 chr17 11554476 . G A 271.19 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0640909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6606;QD=23.5814;RBI=0.0641483;REFB=0.00805636;REVB=-0.00271367;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141453;STB=0.578884;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.005133;OID=.;OPOS=11554476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:10:15:9:12:10:15:9:12 chr17 11583089 . T C 1305.48 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218264;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.114;QD=62.1656;RBI=0.0623804;REFB=0;REVB=0.0584373;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86455e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr17 11648332 . C T 690.58 PASS AF=0.947368;AO=49;DP=53;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0874809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4275;QD=48.4618;RBI=0.0875323;REFB=-0.0660513;REVB=-0.00299863;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521895;STB=0.533321;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0025128;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:57:2:3:49:54:0.947368:32:17:2:0:33:21:3:0 chr17 11672607 . G T 320.87 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0105544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.135;QD=33.7759;RBI=0.0258569;REFB=0.0136785;REVB=-0.0236048;RO=11;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142941;STB=0.507807;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00612724;OID=.;OPOS=11672607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:13:14:6:5:13:14:6:5 chr17 11757556 . C G 561.95 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0250903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8264;QD=32.1114;RBI=0.0613358;REFB=0.0294952;REVB=0.0559693;RO=21;SAF=27;SAR=22;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943621;STB=0.551;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00896216;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:22:27:8:13:22:27:8:13 chr17 11786951 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.722;QD=56.9564;RBI=0.0298379;REFB=0;REVB=-0.0286012;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92348e-05;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr17 11787936 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.561;QD=62.0197;RBI=0.0178299;REFB=0;REVB=-0.00139645;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53005e-05;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr17 11833287 . A G 72.35 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00185549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.098;QD=8.77007;RBI=0.00712405;REFB=-0.007842;REVB=-0.00687817;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0173952;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:11:12:4:6:11:12 chr17 11835331 . G A 127.3 PASS AF=0.208333;AO=20;DP=96;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0149307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3656;QD=5.30395;RBI=0.017179;REFB=0.00607622;REVB=-0.00849659;RO=74;SAF=7;SAR=13;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347146;STB=0.704625;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.02642;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:76:20:20:0.208333:13:7:47:27:13:7:47:29 chr17 12898295 . T C 100.15 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0224297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.853;QD=5.56364;RBI=0.024187;REFB=-0.00745223;REVB=0.00905092;RO=56;SAF=5;SAR=11;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375826;STB=0.733057;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0231464;OID=.;OPOS=12898295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:11:5:35:21:11:5:35:21 chr17 12899963 . T C 143.64 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00852801;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2943;QD=6.68097;RBI=0.0193863;REFB=0.00420559;REVB=-0.0174098;RO=65;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181504;STB=0.511101;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0139115;OID=.;OPOS=12899963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:65:65:21:21:0.244186:11:10:30:35:11:10:30:35 chr17 12915009 . G A 222.27 PASS AF=0.273504;AO=32;DP=118;FAO=32;FDP=117;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0219825;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6089;QD=7.599;RBI=0.0220368;REFB=-0.00112348;REVB=0.001546;RO=82;SAF=23;SAR=9;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208818;STB=0.631708;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00828161;OID=.;OPOS=12915009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:82:85:32:32:0.273504:9:23:46:36:9:23:47:38 chr17 12916606 . A G 68.64 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0709396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5183;QD=5.8417;RBI=0.0711845;REFB=-0.00739269;REVB=-0.00589972;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824745;STB=0.553086;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0572071;OID=.;OPOS=12916606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:5:5:16:21:5:5:16:21 chr17 12920260 . A G 45.23 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=66;FSRR=30;FWDB=-0.00211989;FXX=0.0092584;HRUN=6;LEN=1;MLLD=302.838;QD=1.69068;RBI=0.014373;REFB=-0.000893788;REVB=-0.0142158;RO=65;SAF=9;SAR=2;SRF=49;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116431;STB=0.657212;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0062744;OID=.;OPOS=12920260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:105:107:65:96:11:11:0.102804:2:9:49:16:2:9:66:30 chr17 13399616 . A T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.71;QD=61.6809;RBI=0.0242026;REFB=0;REVB=-0.0102131;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46774e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 13980350 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.482;QD=46.848;RBI=0.0143161;REFB=0;REVB=0.0132216;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021521;OID=.;OPOS=13980350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr17 14005439 . G A 301.4 PASS AF=0.330508;AO=39;DP=118;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0210327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1547;QD=10.2168;RBI=0.0560599;REFB=-0.000227992;REVB=0.0519647;RO=79;SAF=24;SAR=15;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948325;STB=0.505492;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00068662;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:79:79:39:39:0.330508:15:24:48:31:15:24:48:31 chr17 14095309 . A G 253.23 PASS AF=0.289256;AO=36;DP=120;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0332237;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.585;QD=8.37117;RBI=0.0476345;REFB=-0.0117623;REVB=-0.0341355;RO=71;SAF=20;SAR=16;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151624;STB=0.563258;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.029441;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:86:36:35:0.289256:16:20:30:41:16:19:39:47 chr17 14139891 . A C 145.14 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.036;QD=44.6573;RBI=0.0133381;REFB=0;REVB=0.00817767;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020041;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 14140103 . A G 991.22 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0469;QD=59.1772;RBI=0.0366159;REFB=0;REVB=0.00280106;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001726;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr17 14248423 . T C 44.58 PASS AF=0.186047;AO=5;DP=40;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00925215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.007;QD=4.14695;RBI=0.0157602;REFB=-0.0183741;REVB=-0.0127586;RO=34;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24411;STB=0.581197;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0334591;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:40:43:34:35:5:8:0.186047:4:1:13:21:4:4:14:21 chr17 14249167 . C T 123.73 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0178477;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.253;QD=8.68271;RBI=0.0178925;REFB=-0.0147633;REVB=0.00126545;RO=41;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961368;STB=0.545399;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0377335;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:41:40:17:17:0.298246:5:12:26:15:5:12:26:14 chr17 15207364 . T G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.953;QD=58.9627;RBI=0.0473702;REFB=0;REVB=0.0274364;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91901e-05;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr17 15215660 . T C 1002.36 PASS AF=0.96;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000795064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5036;QD=53.4591;RBI=0.00350828;REFB=-0.0546965;REVB=0.003417;RO=4;SAF=21;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533615;STB=0.515785;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.012458;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:74:75:4:3:70:72:0.96:49:21:3:1:49:23:2:1 chr17 15311975 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6828;QD=51.9164;RBI=0.0422007;REFB=0;REVB=-0.0238244;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103565;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 15341183 . A C 928.28 PASS AF=0.75;AO=72;DP=96;FAO=72;FDP=96;FR=.;FRO=24;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0211146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.673;QD=38.6783;RBI=0.0266003;REFB=-0.0353313;REVB=0.0161786;RO=24;SAF=44;SAR=28;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131917;STB=0.570735;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00560392;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:24:72:72:0.75:28:44:8:16:28:44:8:16 chr17 15343524 . C CCTT,T 596.01 PASS AF=1,0;AO=38,6;DP=44;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02814,0.063212;FXX=0.136333;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=189.59,67.2623;QD=62.7378;RBI=0.0286301,0.0632968;REFB=0,0;REVB=0.0052745,-0.0032741;RO=0;SAF=1,6;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.26946e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000100505,0;OID=.,.;OPOS=15343525,15343524;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:38:0:0:38,6:38,0:1,0:37,0:1,6:0:0:37,0:1,0:0:0 chr17 15441485 . AG A,AA 784.14 PASS AF=0.3,0.7;AO=22,27;DP=49;FAO=15,35;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6,13;FSAR=9,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056331,0.0599378;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.624,292.252;QD=62.7312;RBI=0.0565165,0.0601207;REFB=0,0;REVB=0.00457579,0.00468528;RO=0;SAF=9,9;SAR=13,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0108048,0.0103672;OID=.,.;OPOS=15441486,15441486;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.7:22,27:49:15,35:50:0:6,13:9,22:0:0:31:0:9,9:13,18:0:0 chr17 15443733 . CA C,CG 418.34 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,27;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116706,0.00185184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.297,276.023;QD=55.7788;RBI=0.0205501,0.0230854;REFB=0,0;REVB=0.0205169,0.023011;RO=0;SAF=1,14;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0205803,-0.00196902;OID=.,.;OPOS=15443734,15443734;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:3,27:30:3,27:30:0:1,14:2,13:0:0:14:0:1,14:2,13:0:0 chr17 15443742 . C G 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.03;QD=60.2158;RBI=0.042534;REFB=0;REVB=0.0343213;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.554e-05;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 15477417 . A G 154.25 PASS AF=0.592593;AO=13;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00285455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.557;QD=22.8512;RBI=0.0748513;REFB=-0.0219468;REVB=0.0747969;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155247;STB=0.569294;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0233816;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:11:11:13:16:0.592593:6:7:8:3:7:9:8:3 chr17 15492426 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0308539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2875;QD=14.6525;RBI=0.0448374;REFB=-0.0296484;REVB=-0.0325335;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0122785;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr17 15496730 . A G 168.93 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0171877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5543;QD=6.96601;RBI=0.0175443;REFB=-0.011732;REVB=-0.00351931;RO=73;SAF=13;SAR=11;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768452;STB=0.546605;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0347511;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:73:24:24:0.247423:11:13:44:29:11:13:44:29 chr17 15498181 . A G 48.5 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00975598;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.254;QD=3.80429;RBI=0.0179374;REFB=-0.00368709;REVB=-0.0150522;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425076;STB=0.784375;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0188751;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:51:44:43:8:8:0.156863:2:6:17:27:2:6:17:26 chr17 15532147 . G A 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00896528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.247;QD=6.06107;RBI=0.0103345;REFB=-0.0061198;REVB=0.00514068;RO=40;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288434;STB=0.686216;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.013294;OID=.;OPOS=15532147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:3:8:20:20:3:8:20:20 chr17 15554561 . C A 62.56 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0210005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.388;QD=4.54962;RBI=0.0235156;REFB=0.00467835;REVB=-0.0105813;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07781;STB=0.538386;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0166625;OID=.;OPOS=15554561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:4:6:29:15:4:6:29:16 chr17 15611495 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.173;QD=61.6953;RBI=0.0360301;REFB=0;REVB=0.0314103;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27277e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr17 15620647 . G A 647.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0531;QD=61.6231;RBI=0.0425169;REFB=0;REVB=-0.0379555;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256741;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr17 15644506 . C T 111.47 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0113908;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.458;QD=6.36954;RBI=0.0115478;REFB=-0.000447767;REVB=0.00189775;RO=53;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194724;STB=0.606768;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00115216;OID=.;OPOS=15644506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:53:53:17:17:0.242857:6:11:26:27:6:11:27:26 chr17 15645289 . G A 65.67 PASS AF=0.238095;AO=8;DP=40;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0233599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7312;QD=6.25404;RBI=0.0252954;REFB=-0.0271097;REVB=0.0097041;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281406;STB=0.63608;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.110291;OID=.;OPOS=15645289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:40:42:32:32:8:10:0.238095:6:2:15:17:7:3:15:17 chr17 15690281 . C T 34.75 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00706227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1321;QD=1.93054;RBI=0.0154716;REFB=-0.00787699;REVB=-0.0137657;RO=62;SAF=6;SAR=2;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19986;STB=0.668781;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0665616;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:71:72:62:64:8:8:0.111111:2:6:37:25:2:6:37:27 chr17 15690793 . T C 2108.67 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355163;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.782;QD=62.0198;RBI=0.0370628;REFB=0.0231196;REVB=0.0105945;RO=0;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000582747;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:0:1:135:135:0.992647:79:56:0:0:79:56:0:1 chr17 15690863 . T A 655.13 PASS AF=0.717949;AO=52;DP=75;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0287945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.196;QD=33.5961;RBI=0.0504828;REFB=-0.0570467;REVB=0.0414655;RO=21;SAF=30;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079888;STB=0.540849;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0233683;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:21:22:52:56:0.717949:22:30:9:12:25:31:9:13 chr17 16068340 . C T 236.7 PASS AF=0.213115;AO=35;DP=181;FAO=39;FDP=183;FR=.;FRO=144;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=-0.0106431;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.135;QD=5.17375;RBI=0.0204121;REFB=-0.00770918;REVB=-0.0174177;RO=138;SAF=25;SAR=10;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282763;STB=0.623166;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0311024;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:138:144:35:39:0.213115:10:25:69:69:14:25:70:74 chr17 16068343 . G A 236.84 PASS AF=0.211957;AO=39;DP=182;FAO=39;FDP=184;FR=.;FRO=145;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=77;FWDB=-0.0200523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.248;QD=5.14877;RBI=0.0219775;REFB=-0.010941;REVB=-0.00899522;RO=142;SAF=25;SAR=14;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22475;STB=0.635938;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0273812;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:142:145:39:39:0.211957:14:25:66:76:14:25:68:77 chr17 16068362 . C T 304.76 PASS AF=0.23301;AO=48;DP=208;FAO=48;FDP=206;FR=.;FRO=158;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=86;FWDB=-0.000740324;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.457;QD=5.91765;RBI=0.0297781;REFB=-0.00836981;REVB=-0.0297689;RO=160;SAF=27;SAR=21;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126366;STB=0.581488;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0255488;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:160:158:48:48:0.23301:21:27:74:86:21:27:72:86 chr17 16068377 . C G 283.17 PASS AF=0.222222;AO=46;DP=211;FAO=46;FDP=207;FR=.;FRO=161;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=75;FSRR=86;FWDB=-0.00866285;FXX=0.0189564;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.436;QD=5.47197;RBI=0.0126906;REFB=-0.00213453;REVB=-0.00927399;RO=150;SAF=28;SAR=18;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179443;STB=0.610946;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00634561;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:207:150:161:46:46:0.222222:18:28:70:80:18:28:75:86 chr17 16068383 . G A 386.85 PASS AF=0.269231;AO=55;DP=209;FAO=56;FDP=208;FR=.;FRO=152;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=83;FWDB=-0.00958965;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.942;QD=7.43936;RBI=0.0115687;REFB=-0.00423854;REVB=0.00647098;RO=154;SAF=32;SAR=23;SRF=71;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14958;STB=0.585469;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0111262;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:154:152:55:56:0.269231:23:32:71:83:24:32:69:83 chr17 16068396 . G A 437.48 PASS AF=0.287037;AO=59;DP=212;FAO=62;FDP=216;FR=.;FRO=154;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=70;FSRR=84;FWDB=-0.0281893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.557;QD=8.10152;RBI=0.0344061;REFB=-0.00188023;REVB=0.0197267;RO=149;SAF=34;SAR=25;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137938;STB=0.5781;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00985717;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:216:149:154:59:62:0.287037:25:34:69:80:27:35:70:84 chr17 16068463 . C T 78.76 PASS AF=0.113636;AO=20;DP=176;FAO=20;FDP=176;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=-0.0454937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.173;QD=1.78997;RBI=0.04673;REFB=-0.0053705;REVB=-0.0106781;RO=156;SAF=10;SAR=10;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553125;STB=0.539733;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0440945;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:176:176:156:156:20:20:0.113636:10:10:71:85:10:10:71:85 chr17 16097825 . T G 42.98 PASS AF=0.0813953;AO=14;DP=172;FAO=14;FDP=172;FR=.;FRO=158;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=103;FWDB=-0.0367069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7481;QD=0.999451;RBI=0.052082;REFB=-0.00107584;REVB=-0.0369478;RO=153;SAF=3;SAR=11;SRF=53;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179688;STB=0.650784;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0094737;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:172:172:153:158:14:14:0.0813953:11:3:53:100:11:3:55:103 chr17 16097870 . C A 67.17 PASS AF=0.125984;AO=14;DP=125;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=75;FWDB=-0.0214003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2672;QD=2.11552;RBI=0.0295903;REFB=0.00240353;REVB=-0.0204356;RO=111;SAF=3;SAR=11;SRF=36;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165118;STB=0.579605;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0196671;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:125:127:111:111:14:16:0.125984:11:3:36:75:12:4:36:75 chr17 16350239 . A G 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0166523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.524;QD=10.0763;RBI=0.0183414;REFB=0.00136842;REVB=-0.00768825;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103271;STB=0.562351;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00222036;OID=.;OPOS=16350239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:10:4:3:5:10:4 chr17 16524929 . C A 811.97 PASS AF=0.84;AO=62;DP=74;FAO=63;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000319588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.225;QD=43.3053;RBI=0.00197817;REFB=-0.0200857;REVB=-0.00195219;RO=12;SAF=34;SAR=28;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148191;STB=0.508979;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00292806;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:75:12:12:62:63:0.84:28:34:6:6:28:35:6:6 chr17 16537207 . C T 143.46 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0242708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.35;QD=6.83126;RBI=0.0307661;REFB=-0.010567;REVB=-0.0189072;RO=63;SAF=13;SAR=8;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100135;STB=0.561201;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0249453;OID=.;OPOS=16537207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:8:13:34:29:8:13:34:29 chr17 16635962 . A G 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0454254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9708;QD=32.6182;RBI=0.129923;REFB=0.0683314;REVB=0.121723;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127122;STB=0.507033;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0168064;OID=.;OPOS=16635962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:2:2:8:7:2:2 chr17 16635980 . G A 151.18 PASS AF=0.875;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0274099;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.447;QD=37.7949;RBI=0.0801327;REFB=0.0116687;REVB=-0.0752991;RO=3;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764114;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00650995;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:16:3:2:14:14:0.875:8:6:2:1:8:6:1:1 chr17 16692262 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00771004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5546;QD=6.25131;RBI=0.0403967;REFB=0.00297455;REVB=0.0396541;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286369;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00473089;OID=.;OPOS=16692262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:10:7:4:2:10:7 chr17 16735618 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.781;QD=47.8221;RBI=0.0487967;REFB=0;REVB=0.0222862;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287341;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 16746358 . G A 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000108554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.508;QD=59.4282;RBI=0.00136131;REFB=0;REVB=-0.00135698;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18365e-06;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 16829159 . C T 260.07 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0333831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.175;QD=23.6428;RBI=0.0374738;REFB=-0.00977656;REVB=-0.0170251;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19248;STB=0.604758;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00820155;OID=.;OPOS=16829159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:17:20:24:24:0.545455:14:10:3:14:14:10:4:16 chr17 16842912 . A G 298.62 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.010421;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.564;QD=29.134;RBI=0.035743;REFB=-0.00200841;REVB=0.0341901;RO=15;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156487;STB=0.585736;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00110775;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:11:15:12:3:11:15:12:3 chr17 16855878 . C T 753.19 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440709;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.305;QD=60.2553;RBI=0.0480398;REFB=-0.104831;REVB=0.01912;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.516122;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00180518;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:15:34:0:0:15:34:0:1 chr17 16892265 . G A 200.45 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0258393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3451;QD=9.65998;RBI=0.0290762;REFB=0.0075229;REVB=0.0133326;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270293;STB=0.515876;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0172225;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:14:12:25:32:14:12:25:32 chr17 16892273 . A G 169.06 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0253538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0537;QD=8.66947;RBI=0.0294292;REFB=-0.00642051;REVB=0.0149419;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282282;STB=0.516764;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0186555;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:12:11:25:30:12:11:25:30 chr17 17046024 . C A 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0872;QD=56.9344;RBI=0.116289;REFB=0;REVB=-0.0400893;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765595;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr17 17062241 . C G 4501.89 PASS AF=0.895775;AO=319;DP=356;FAO=318;FDP=355;FR=.;FRO=37;FSAF=176;FSAR=142;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.00816531;FXX=0.00280891;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.868;QD=50.7255;RBI=0.0213226;REFB=-0.152698;REVB=0.0196972;RO=29;SAF=177;SAR=142;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495584;STB=0.527289;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00188949;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:29:37:319:318:0.895775:142:177:25:4:142:176:30:7 chr17 17069105 . G A 591.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.905;QD=60.6898;RBI=0.00423296;REFB=0;REVB=0.00396863;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106497;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:14:25:0:0 chr17 17168164 . G A 537.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.326;QD=59.7209;RBI=0.0746318;REFB=0;REVB=0.00114778;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128871;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 17179481 . G A 642.3 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0791984;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.684;QD=59.7491;RBI=0.0798461;REFB=0.0140259;REVB=0.0101497;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153937;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00145371;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:30:12:0:1:30:12:0:1 chr17 17326363 . G A 452.72 PASS AF=0.837209;AO=20;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00582553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.624;QD=42.1137;RBI=0.0176533;REFB=-0.0353587;REVB=0.0166644;RO=7;SAF=1;SAR=19;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359964;STB=0.526301;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00750052;OID=.;OPOS=17326363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:43:43:7:7:20:36:0.837209:19:1:2:5:20:16:2:5 chr17 17326604 . CA TG 435.46 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00316947;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.206;QD=29.5229;RBI=0.0356666;REFB=-0.047321;REVB=0.0355255;RO=18;SAF=22;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920859;STB=0.541575;STBP=0.377;TYPE=mnp;VARB=0.0194645;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:19:40:40:0.677966:18:22:7:11:18:22:8:11 chr17 17363784 . A C 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.041119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.351;QD=30.565;RBI=0.0435662;REFB=-0.0376605;REVB=0.0143959;RO=10;SAF=17;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308103;STB=0.670884;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0120872;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:5:17:3:7:5:17:3:7 chr17 17394611 . G A 86.16 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0325096;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.406;QD=4.20279;RBI=0.0345422;REFB=-0.00756428;REVB=0.0116742;RO=66;SAF=6;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126179;STB=0.576252;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0296773;OID=.;OPOS=17394611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:82:82:66:67:15:15:0.182927:9:6:33:33:9:6:33:34 chr17 17397818 . G C 97.35 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0509559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3757;QD=5.05736;RBI=0.0606954;REFB=-0.0153451;REVB=-0.0329762;RO=60;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083317;STB=0.55837;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0408933;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:60:61:16:16:0.207792:8:8:26:34:8:8:26:35 chr17 17397982 . T C 1268.79 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=92;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0343662;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.246;QD=56.3904;RBI=0.0343944;REFB=-0.0432444;REVB=-0.00139268;RO=3;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033404;STB=0.50654;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000797066;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:90:3:5:85:85:0.944444:41:44:0:3:41:44:2:3 chr17 17682484 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.648;QD=57.2021;RBI=0.0296063;REFB=0;REVB=0.00983423;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.174e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 17696531 . G C 630.23 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0341214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4619;QD=53.6367;RBI=0.0349023;REFB=-0.178776;REVB=0.00734183;RO=3;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247089;STB=0.502981;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0122505;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:47:47:3:4:43:43:0.914894:23:20:2:1:23:20:2:2 chr17 17696755 . C A 1158.49 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302511;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.126;QD=59.4096;RBI=0.0313176;REFB=0.051871;REVB=-0.0081034;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101785;STB=0.505375;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000189832;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:46:31:0:1:46:31:0:1 chr17 17715101 . G A 737.71 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4694;QD=54.6449;RBI=0.0424489;REFB=-0.165429;REVB=0.0397217;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00139294;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:0:1 chr17 17896089 . TC T,TT 647.5 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=43,4;DP=49;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111523,0.146053;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.6846,6.07849;QD=50.7843;RBI=0.117212,0.434609;REFB=0,0;REVB=-0.0360736,-0.409333;RO=0;SAF=43,1;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00387209,-0.098961;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.980392,0.0196078:43,4:49:50,1:51:0:47,1:3,0:0:0:5:0:43,1:0,3:0:0 chr17 17896205 . C T 1263.51 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0590461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.662;QD=58.0925;RBI=0.0727388;REFB=-0.0401657;REVB=0.0424793;RO=3;SAF=32;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364052;STB=0.501742;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000789709;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:83:84:0.965517:51:32:1:2:52:32:1:2 chr17 18003671 . T G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0175972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.297;QD=9.18858;RBI=0.0249356;REFB=-0.00883596;REVB=-0.017667;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110421;STB=0.566892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.022653;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:16:9:5:6:16:9 chr17 18041507 . C T 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0156482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.76;QD=9.62165;RBI=0.0463544;REFB=0.0050993;REVB=0.0436333;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728911;STB=0.550308;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0147436;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:9:10:23:16:9:10:24:16 chr17 18047189 . G A 38.4 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0145124;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.507;QD=2.84415;RBI=0.034895;REFB=-0.00582093;REVB=-0.0317341;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219961;STB=0.516083;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0320818;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:55:54:47:47:7:7:0.12963:3:4:26:21:3:4:26:21 chr17 18052867 . T C 753.88 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0725971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2993;QD=61.5409;RBI=0.0769214;REFB=-0.102145;REVB=0.0254275;RO=1;SAF=42;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721289;STB=0.538445;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00213622;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:6:42:0:1:6:42:0:1 chr17 18077175 . T C 81.15 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0454068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.063;QD=3.4533;RBI=0.0459433;REFB=0.00170769;REVB=-0.00700117;RO=77;SAF=6;SAR=9;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102235;STB=0.579293;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0184025;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:94:77:79:15:15:0.159574:9:6:37:40:9:6:39:40 chr17 18082164 . A G 94.21 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0039365;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.614;QD=5.54161;RBI=0.00394526;REFB=-0.00289854;REVB=0.000262799;RO=52;SAF=2;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503963;STB=0.819345;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00728168;OID=.;OPOS=18082164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:68:68:52:53:15:15:0.220588:13:2:26:26:13:2:26:27 chr17 18137141 . A G 2345.61 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.744;QD=63.8262;RBI=0.0503384;REFB=0;REVB=0.0240694;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11604e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:81:64:0:0:81:66:0:0 chr17 18148050 . A G 138.89 PASS AF=0.823529;AO=12;DP=15;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0496058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.046;QD=32.6801;RBI=0.0496058;REFB=-0.0516213;REVB=0;RO=3;SAF=12;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115149;OID=.;OPOS=18148050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:17:3:3:12:14:0.823529:0:12:3:0:0:14:3:0 chr17 18243407 . G A 110.38 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0630022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.916;QD=9.19858;RBI=0.0659676;REFB=-0.00117898;REVB=-0.0195561;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205621;STB=0.645643;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00423516;OID=.;OPOS=18243407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:34:34:13:14:0.291667:7:6:10:24:7:7:10:24 chr17 18380154 . A G 428.36 PASS AF=0.344595;AO=51;DP=148;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0154233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.752;QD=11.5772;RBI=0.0244423;REFB=-0.0181301;REVB=-0.0189617;RO=97;SAF=33;SAR=18;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476521;STB=0.527386;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0357008;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:97:97:51:51:0.344595:18:33:59:38:18:33:59:38 chr17 18390993 . C T 61.08 PASS AF=0.171875;AO=9;DP=62;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=0.018619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8027;QD=3.81735;RBI=0.0370786;REFB=-0.00574962;REVB=0.0320648;RO=52;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223617;STB=0.595177;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0259209;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:62:64:52:53:9:11:0.171875:6:3:10:42:8:3:10:43 chr17 18391003 . G A 63.93 PASS AF=0.157895;AO=11;DP=75;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=0.00574852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.294;QD=3.36458;RBI=0.00720258;REFB=-0.00498972;REVB=-0.00433955;RO=64;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190927;STB=0.59985;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0241604;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:76:64:64:11:12:0.157895:7:4:15:49:8:4:15:49 chr17 18528623 . A G 1448.56 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00808734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0165;QD=57.3685;RBI=0.0436039;REFB=0.0146735;REVB=-0.0428474;RO=4;SAF=56;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593726;STB=0.501534;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00412296;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:4:2:97:99:0.980198:41:56:2:2:42:57:1:1 chr17 18542519 . T G 224.45 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0521119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9172;QD=19.517;RBI=0.0692743;REFB=-0.0653484;REVB=-0.045643;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239256;STB=0.504078;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.048437;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:9:13:13:10:9:13:14:10 chr17 18565915 . G A 41.99 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0137391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.556;QD=2.75359;RBI=0.0137426;REFB=-0.00556343;REVB=-0.000312525;RO=51;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185438;STB=0.61699;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0371098;OID=.;OPOS=18565915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:59:61:51:53:8:8:0.131148:5:3:27:24:5:3:27:26 chr17 18566055 . C T 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0308348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.946;QD=4.92224;RBI=0.0312476;REFB=0.00205585;REVB=0.00506252;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239671;STB=0.658296;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00856086;OID=.;OPOS=18566055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:14:19:3:5:14:19 chr17 18566386 . G A 132.47 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.0332096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.059;QD=4.52882;RBI=0.0334158;REFB=7.72945e-06;REVB=-0.00370602;RO=94;SAF=13;SAR=10;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820859;STB=0.55168;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.000348774;OID=.;OPOS=18566386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:94:94:23:23:0.196581:10:13:59:35:10:13:59:35 chr17 18584106 . T C 157.01 PASS AF=0.23301;AO=23;DP=102;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0190343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4598;QD=6.09748;RBI=0.0240056;REFB=-0.0142913;REVB=-0.0146275;RO=79;SAF=15;SAR=8;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124637;STB=0.55411;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0584244;OID=.;OPOS=18584106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:79:79:23:24:0.23301:8:15:44:35:9:15:44:35 chr17 18610134 . T G 596.25 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0174732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6173;QD=33.5914;RBI=0.0315007;REFB=-0.0588902;REVB=0.0262104;RO=20;SAF=22;SAR=29;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436068;STB=0.523504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0238533;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:20:51:51:0.71831:29:22:7:13:29:22:7:13 chr17 18630995 . G A 133.92 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0135044;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0975;QD=6.45402;RBI=0.0135234;REFB=-0.00704325;REVB=-0.000716607;RO=64;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324845;STB=0.704832;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0212773;OID=.;OPOS=18630995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:64:63:20:20:0.240964:6:14:28:36:6:14:27:36 chr17 18675965 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00153691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.116;QD=22.9154;RBI=0.0122385;REFB=-0.0208578;REVB=-0.0121417;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.561271;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00518943;OID=.;OPOS=18675965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:4:5:3:0:4:5:3:1 chr17 18681913 . G A 68.07 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0888922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.216;QD=5.5565;RBI=0.0889668;REFB=-0.011582;REVB=-0.00364307;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172914;STB=0.616497;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0380451;OID=.;OPOS=18681913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:37:39:10:10:0.204082:7:3:16:21:7:3:17:22 chr17 18694277 . G A 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.767;QD=53.9353;RBI=0.0391446;REFB=-0.148961;REVB=0.0294964;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00126266;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:1:0 chr17 18702220 . T C 1410.37 PASS AF=0.758621;AO=107;DP=142;FAO=110;FDP=145;FR=.;FRO=35;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0401227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6302;QD=38.9066;RBI=0.060077;REFB=0.0194655;REVB=0.0447148;RO=35;SAF=42;SAR=65;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017372;STB=0.504853;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00570823;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:35:35:107:110:0.758621:65:42:15:20:65:45:15:20 chr17 18855611 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0150202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.887;QD=18.8865;RBI=0.0162783;REFB=-0.00438602;REVB=-0.00627507;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293689;STB=0.666323;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00314165;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:5:0:3:5:5:0 chr17 18874720 . C G 61.44 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00379442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5535;QD=4.38834;RBI=0.0374449;REFB=-0.00234416;REVB=0.0372521;RO=46;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670717;STB=0.544989;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0165263;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:3:7:30:16:3:7:30:16 chr17 18880268 . C A 126.61 PASS AF=0.246753;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0387594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.083;QD=6.57713;RBI=0.0388528;REFB=-0.00637641;REVB=-0.00269288;RO=59;SAF=10;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164616;STB=0.519211;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0157692;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:58:18:19:0.246753:8:10:32:27:9:10:32:26 chr17 18880986 . C T 262.42 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.01199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.82;QD=32.8022;RBI=0.012572;REFB=-0.0157098;REVB=0.00378101;RO=8;SAF=17;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135107;STB=0.597354;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00587051;OID=.;OPOS=18880986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:8:9:23:23:0.71875:6:17:4:4:6:17:4:5 chr17 18907029 . A G 770.29 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8558;QD=62.8808;RBI=0.0441771;REFB=0;REVB=-0.0392561;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443113;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr17 18918396 . G C 122.1 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00955737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6463;QD=9.21519;RBI=0.032496;REFB=-0.0190899;REVB=0.0310587;RO=37;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163105;STB=0.597962;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0505967;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:10:6:19:18:10:6:19:18 chr17 18923124 . G A 154.19 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00491097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.114;QD=7.34251;RBI=0.0544679;REFB=-0.00680539;REVB=0.054246;RO=61;SAF=14;SAR=8;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798539;STB=0.555504;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0162342;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:62:22:22:0.261905:8:14:35:26:8:14:35:27 chr17 18997015 . T C 105.3 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8149;QD=38.2892;RBI=0.0504516;REFB=0;REVB=0.0503143;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131726;OID=.;OPOS=18997015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:8:11:1:1:7:0:0:1:10:0:0 chr17 19216917 . T C 160.41 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3288;QD=45.8318;RBI=0.158308;REFB=0;REVB=0.0167011;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123931;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:8:2:0:0:11:3:0:0 chr17 19232078 . TA AC,CA 789.82 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,47;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109906,0.00766399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.841,80.2852;QD=63.1859;RBI=0.0129431,0.0488747;REFB=0,0;REVB=-0.00683591,-0.0482701;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.103077,-0.00310525;OID=.,.;OPOS=19232078,19232078;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,47:2,48:0.04,0.96:2,23:0,24:0:0:2,24:0,24:0:0 chr17 19238078 . G A 61.62 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0571836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3466;QD=3.79206;RBI=0.0616688;REFB=0.00195818;REVB=-0.0230885;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198971;STB=0.668336;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0228796;OID=.;OPOS=19238078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:62:65:50:54:11:11:0.169231:8:3:21:29:8:3:25:29 chr17 19238179 . G A 50.33 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0263723;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.198;QD=2.72074;RBI=0.0355774;REFB=-0.00206398;REVB=-0.02388;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199289;STB=0.638028;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00533709;OID=.;OPOS=19238179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:76:74:62:64:10:10:0.135135:6:4:35:27:6:4:36:28 chr17 19240997 . C A 75.59 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0101547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.275;QD=5.81442;RBI=0.0294049;REFB=-0.0123905;REVB=-0.0275958;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211832;STB=0.636116;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0367348;OID=.;OPOS=19240997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:7:4:22:19:7:4:22:19 chr17 19265992 . C T 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=40;FWDB=-0.0136383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.08;QD=9.9229;RBI=0.0146079;REFB=-0.00605026;REVB=0.00523333;RO=50;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810159;STB=0.547133;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00941045;OID=.;OPOS=19265992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:18:6:10:40:18:6:10:40 chr17 19284071 . G C 271.42 PASS AF=0.251534;AO=41;DP=163;FAO=41;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.00130223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8801;QD=6.66053;RBI=0.018834;REFB=0.00449273;REVB=-0.0187889;RO=122;SAF=29;SAR=12;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277923;STB=0.667619;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0145131;OID=.;OPOS=19284071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:122:122:41:41:0.251534:12:29:60:62:12:29:60:62 chr17 19284650 . C T 58.54 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0257381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2609;QD=4.87854;RBI=0.0268147;REFB=0.0012145;REVB=0.00752199;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278973;STB=0.684527;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00233582;OID=.;OPOS=19284650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:22:17:6:3:22:17 chr17 19286463 . C T 124.79 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0356304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.958;QD=10.1868;RBI=0.0357086;REFB=-0.0184209;REVB=-0.00236078;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261922;STB=0.657323;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0344284;OID=.;OPOS=19286463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:10:5:19:15:10:5:19:15 chr17 19290440 . T C,TC 61.95 PASS AF=0,0.261364;AO=7,33;DP=124;FAO=0,23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=0,14;FSAR=0,9;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0896399,-0.0848642;FXX=0.278666;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=31.1281,9.55695;QD=2.81592;RBI=0.0908407,0.1287;REFB=-0.0287975,-0.141342;REVB=-0.0147215,0.0967568;RO=77;SAF=6,26;SAR=1,7;SRF=26;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.530984,0.522192;STB=0.5,0.619366;STBP=1,0.201;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0945189;OID=.,.;OPOS=19290440,19290441;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:124:88:77:65:7,33:0,23:0,0.261364:1,7:6,26:26:51:0,9:0,14:29:36 chr17 19290446 . G C 237.3 PASS AF=0.276423;AO=29;DP=119;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0141121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.961;QD=7.71719;RBI=0.029558;REFB=-0.0167447;REVB=-0.0259716;RO=87;SAF=18;SAR=11;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172227;STB=0.56836;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0299677;OID=.;OPOS=19290446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:87:89:29:34:0.276423:11:18:42:45:14:20:44:45 chr17 19411482 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00869474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.386;QD=36.8926;RBI=0.0297336;REFB=-0.0798662;REVB=0.0284339;RO=2;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08263;STB=0.545392;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00392047;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:4:10:2:0:4:10:2:0 chr17 19454725 . G C 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0366298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.219;QD=6.07071;RBI=0.0537969;REFB=-0.00666153;REVB=-0.0394001;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878256;STB=0.554945;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0239679;OID=.;OPOS=19454725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:6:8:23:23:6:8:23:23 chr17 19454733 . G A 95.78 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0129849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.245;QD=6.17907;RBI=0.0130996;REFB=-0.0116925;REVB=-0.00172988;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703197;STB=0.552561;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0348338;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:62:62:46:47:15:15:0.241935:6:9:25:21:6:9:25:22 chr17 19460972 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00908024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.931;QD=8.06781;RBI=0.00911217;REFB=-0.00266493;REVB=-0.000762152;RO=32;SAF=11;SAR=1;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587616;STB=0.86904;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0122168;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:1:11:16:16:1:11:17:16 chr17 19578873 . A T 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.324;QD=59.5015;RBI=0.00675142;REFB=0;REVB=-0.00350604;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19242e-06;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:29:40:0:0 chr17 19608773 . G A 786.7 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438546;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.458;QD=57.2146;RBI=0.0618819;REFB=0;REVB=0.0436594;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210563;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr17 19617236 . G T 643.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303714;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.157;QD=61.2432;RBI=0.0624715;REFB=0;REVB=0.0545919;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492275;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr17 19642952 . G C 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00875593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.989;QD=27.859;RBI=0.0208364;REFB=-0.0126668;REVB=-0.0189074;RO=8;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116692;STB=0.506486;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00645944;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:4:13:6:2:4:13:6:2 chr17 19644472 . A T 95.46 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00473185;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.476;QD=5.61558;RBI=0.00661205;REFB=-0.00179916;REVB=-0.00461831;RO=50;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188015;STB=0.59132;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00483679;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:68:68:50:53:15:15:0.220588:7:8:19:31:7:8:22:31 chr17 19645938 . A C 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.164;QD=62.9739;RBI=0.030357;REFB=0;REVB=-0.0156934;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98745e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr17 19678475 . G A 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.988;QD=57.6746;RBI=0.0138941;REFB=0;REVB=-0.0130227;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23013e-05;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr17 19713740 . C T 2131.08 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.885;QD=62.2214;RBI=0.0640024;REFB=0;REVB=-0.00363265;RO=0;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434491;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:137:0:0:134:137:1:79:55:0:0:82:55:0:0 chr17 19729495 . T C 397.49 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000724398;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.387;QD=20.384;RBI=0.00457098;REFB=-0.00420401;REVB=0.00451322;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434276;STB=0.524076;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00564368;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:40:40:0.512821:23:17:18:20:23:17:18:20 chr17 20107773 . T C 976.1 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00506825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9581;QD=57.4178;RBI=0.0462184;REFB=-0.139567;REVB=-0.0459397;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00329682;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:1:0:36:31:1:0 chr17 20108239 . A T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.77;QD=53.9107;RBI=0.032145;REFB=0;REVB=0.0150781;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112058;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr17 20109189 . C T 719.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0594;QD=56.3954;RBI=0.0474112;REFB=0;REVB=0.0440175;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236978;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:34:17:0:0 chr17 20163529 . A G 714.09 PASS AF=1;AO=37;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.294064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.878;QD=56.0068;RBI=0.29467;REFB=0;REVB=0.018897;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299963;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:37:51:1:25:12:0:0:25:26:0:0 chr17 20244264 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.952;QD=51.1846;RBI=0.0651947;REFB=0;REVB=0.0645441;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371161;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 20268754 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000361427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.857;QD=39.2064;RBI=0.0279127;REFB=0;REVB=0.0279103;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640881;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 20361493 . T C 35.6 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0385109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.141;QD=5.6959;RBI=0.086847;REFB=-0.00350392;REVB=-0.0778416;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185824;STB=0.512155;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00584054;OID=.;OPOS=20361493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:3:16:5:1:3:16 chr17 20769862 . T A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0163084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.242;QD=6.48195;RBI=0.060835;REFB=-0.00669627;REVB=-0.0586083;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472521;STB=0.746202;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0429488;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:29:33:10:10:0.232558:3:7:8:21:3:7:12:21 chr17 20769866 . G A 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0113412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4055;QD=5.84473;RBI=0.0166354;REFB=0.0111116;REVB=-0.0121702;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475768;STB=0.806118;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0475692;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:2:8:15:22:2:8:15:22 chr17 20769896 . G T 130.03 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0131993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.067;QD=8.66881;RBI=0.0375497;REFB=-0.00143051;REVB=-0.0351533;RO=42;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324112;STB=0.694435;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00146651;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:5:13:19:23:5:13:19:23 chr17 20769899 . G T 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00049394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.994;QD=8.66929;RBI=0.0208043;REFB=-0.0148386;REVB=-0.0207985;RO=42;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324112;STB=0.694435;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0270052;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:5:13:19:23:5:13:19:23 chr17 20769904 . G A 200.9 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0109069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4694;QD=11.9938;RBI=0.025735;REFB=-0.00648786;REVB=0.0233094;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142163;STB=0.581883;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0107358;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:11:14:18:24:11:14:18:24 chr17 20769954 . T G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0455756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.136;QD=13.9955;RBI=0.0494615;REFB=-0.0216247;REVB=-0.0192174;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103611;STB=0.559077;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0275097;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:18:11:20:22:18:11:20:22 chr17 20769964 . C A 189.75 PASS AF=0.358209;AO=25;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.103542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4952;QD=11.3281;RBI=0.104702;REFB=-0.012244;REVB=0.0155421;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142283;STB=0.574649;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0253347;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:43:25:24:0.358209:16:9:20:21:15:9:21:22 chr17 20769968 . G A 205.36 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0272352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4407;QD=12.8352;RBI=0.0277119;REFB=-0.00157936;REVB=-0.00511751;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166153;STB=0.595558;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00251876;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:16:9:20:19:16:9:20:19 chr17 20769995 . C T 209.21 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0630367;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3677;QD=18.1925;RBI=0.0681752;REFB=-0.0260934;REVB=0.025966;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222482;STB=0.626742;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.034865;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:14:11:14:7:14:11 chr17 20770002 . CC AG 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0146832;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.617;QD=19.156;RBI=0.0152119;REFB=-0.0214362;REVB=-0.00397548;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272552;STB=0.655018;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.030717;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:13:10:15:6:13:10 chr17 20770017 . C T 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00675609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.393;QD=4.04933;RBI=0.0229018;REFB=-0.00116547;REVB=0.0218825;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199094;STB=0.638682;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0155317;OID=.;OPOS=20770017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:5:2:15:19:5:2:15:19 chr17 20797873 . G GCAT 282.48 PASS AF=0.438356;AO=28;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00295431;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.885;QD=15.4784;RBI=0.0258165;REFB=-0.0173944;REVB=0.0256469;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210647;STB=0.613354;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.0196161;OID=.;OPOS=20797874;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438356:28:74:32:73:41:13:19:25:16:99:37:13:15:25:12 chr17 20799119 . A G 803.9 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.664;QD=64.3117;RBI=0.0892379;REFB=0;REVB=0.0691852;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113785;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:44:50:1:29:15:0:0:34:16:0:0 chr17 20799194 . A G 43.63 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0374969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5057;QD=2.45809;RBI=0.0384357;REFB=0.00124899;REVB=0.00844306;RO=62;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453958;STB=0.806189;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0128711;OID=.;OPOS=20799194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:3:6:17:45:3:6:17:45 chr17 20903068 . C A 331.76 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00640841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8409;QD=24.5748;RBI=0.00642172;REFB=0.00484316;REVB=0.000413239;RO=21;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189657;STB=0.517311;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00228409;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:21:32:33:0.611111:19:13:8:13:19:14:8:13 chr17 20911204 . G T 89.21 PASS AF=0.24;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0241333;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.728;QD=7.13649;RBI=0.0285565;REFB=-0.0144961;REVB=0.0152662;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163747;STB=0.602479;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0231126;OID=.;OPOS=20911204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:51:50:38:38:12:12:0.24:7:5:21:17:7:5:21:17 chr17 20924523 . G A 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377431;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.838;QD=64.1659;RBI=0.0377461;REFB=0;REVB=0.000480091;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42156e-05;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr17 21117589 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0982084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5577;QD=11.0197;RBI=0.0987024;REFB=0.00470384;REVB=-0.00986294;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613938;STB=0.868462;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00135169;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:1:7:1:5:1:7 chr17 21144074 . G A 185.44 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0131012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.996;QD=8.42895;RBI=0.0186953;REFB=0.00214629;REVB=0.0133368;RO=63;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16773;STB=0.59992;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00723865;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:25:25:0.284091:10:15:29:34:10:15:29:34 chr17 21144352 . G A 122.45 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0101927;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.519;QD=14.8427;RBI=0.0128304;REFB=0.00173211;REVB=-0.00779273;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.556441;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00269582;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:10:9:8:6:10:9 chr17 21194769 . C T 93.46 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0161312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5357;QD=5.49743;RBI=0.0274097;REFB=-0.0232784;REVB=-0.0221602;RO=51;SAF=4;SAR=11;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310774;STB=0.68439;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0324636;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:66:68:51:53:15:15:0.220588:11:4:26:25:11:4:26:27 chr17 21194785 . T C 102.46 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00625656;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.318;QD=5.93982;RBI=0.0172661;REFB=-0.00664071;REVB=-0.0160927;RO=52;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2819;STB=0.684794;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0218902;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:52:53:16:16:0.231884:12:4:24:28:12:4:25:28 chr17 21194820 . G A 86.18 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.018947;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.998;QD=5.14533;RBI=0.0198777;REFB=-0.00237798;REVB=-0.00601105;RO=52;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137351;STB=0.582401;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.012154;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:67:67:52:53:14:14:0.208955:10:4:20:32:10:4:20:33 chr17 21194843 . T C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0806238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.248;QD=9.41562;RBI=0.0807;REFB=-0.0166484;REVB=0.00350562;RO=38;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081967;STB=0.577228;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0513405;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:39:17:18:0.315789:13:4:11:27:14:4:12:27 chr17 21194852 . G A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0121923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.065;QD=10.7924;RBI=0.0165671;REFB=-0.0083487;REVB=-0.0112168;RO=35;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198437;STB=0.618899;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0165086;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:15:3:10:25:15:3:10:25 chr17 21194859 . G A 129.01 PASS AF=0.32;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00767477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9133;QD=10.3204;RBI=0.00780865;REFB=-0.000791411;REVB=-0.00143976;RO=34;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149176;STB=0.603429;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00250649;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:15:16:0.32:12:3:10:24:13:3:10:24 chr17 21199037 . G A 73.97 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0393716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3831;QD=9.86298;RBI=0.0494481;REFB=0.00281085;REVB=-0.0299164;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128484;STB=0.640553;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0089166;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:18:20:9:10:0.333333:6:3:8:10:7:3:10:10 chr17 21201719 . T C 484.7 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0654819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.85;QD=21.0738;RBI=0.071266;REFB=-0.0294641;REVB=-0.028124;RO=44;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106084;STB=0.553169;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0424257;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:45:47:47:0.51087:21:26:19:25:21:26:20:25 chr17 21202191 . C A 393.54 PASS AF=0.416667;AO=37;DP=102;FAO=40;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0860649;FXX=0.0588178;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.1734;QD=16.3976;RBI=0.139946;REFB=-0.0357379;REVB=0.110352;RO=33;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092376;STB=0.550372;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00640206;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:96:33:45:37:40:0.416667:22:15:10:23:23:17:15:30 chr17 21202237 . G C 387.67 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0235103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6849;QD=18.4606;RBI=0.0272422;REFB=-0.0268578;REVB=-0.0137624;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193315;STB=0.607386;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0452782;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:19:21:14:30:19:21:14:30 chr17 21203893 . T C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00270043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.623;QD=18.6759;RBI=0.00966785;REFB=-0.00523137;REVB=0.00928304;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196988;STB=0.60931;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00554597;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:9:23:16:16:9:23 chr17 21203907 . T C 300.62 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=0.00892171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.238;QD=21.4726;RBI=0.0100009;REFB=0.0141265;REVB=-0.004519;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353466;STB=0.692298;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00693591;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:17:14:1:24:17:14:1:24 chr17 21203934 . G A 315.54 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=-0.00240628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.915;QD=25.2434;RBI=0.00709767;REFB=-0.0117381;REVB=0.00667732;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337706;STB=0.690152;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00987032;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:15:13:1:20:15:13:1:21 chr17 21203941 . G A 234.22 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.112203;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3383;QD=21.2928;RBI=0.11251;REFB=-0.000818533;REVB=0.00830368;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452347;STB=0.755625;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.016482;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:21:22:22:22:0.5:9:13:1:20:9:13:1:21 chr17 21203949 . C T 254.84 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.0521667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.626;QD=21.6885;RBI=0.0801899;REFB=-0.0545507;REVB=0.060902;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418387;STB=0.718449;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0560995;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:11:13:1:21:12:13:1:21 chr17 21204187 . G T 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0109803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.342;QD=5.60078;RBI=0.0110704;REFB=-0.0113767;REVB=0.00140996;RO=49;SAF=3;SAR=11;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462105;STB=0.7906;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0395835;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:11:3:29:20:11:3:29:20 chr17 21204192 . C T 113.63 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0072647;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.13;QD=6.78377;RBI=0.0135922;REFB=0.00490335;REVB=-0.0114879;RO=48;SAF=4;SAR=13;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443219;STB=0.758985;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0232777;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:48:50:17:17:0.253731:13:4:29:19:13:4:29:21 chr17 21204210 . C T 119.43 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0207901;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.39;QD=6.54404;RBI=0.0457642;REFB=0.00711114;REVB=0.0407692;RO=55;SAF=6;SAR=12;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281301;STB=0.672536;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0162852;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:55:55:18:18:0.246575:12:6:31:24:12:6:31:24 chr17 21204257 . G A 140.83 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00840612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.882;QD=6.32955;RBI=0.00857774;REFB=-0.0022129;REVB=0.00170726;RO=67;SAF=9;SAR=12;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079703;STB=0.543648;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00565061;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:67:68:21:21:0.235955:12:9:33:34:12:9:33:35 chr17 21204266 . T C 121.37 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0108176;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.892;QD=5.45497;RBI=0.0209438;REFB=-0.000909829;REVB=-0.0179338;RO=66;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801678;STB=0.540077;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0012266;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:66:70:19:19:0.213483:11:8:32:34:11:8:33:37 chr17 21204290 . G C 103.72 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0495518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.482;QD=4.9985;RBI=0.0643857;REFB=-0.00522391;REVB=-0.0411113;RO=66;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393747;STB=0.524935;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0282293;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:9:8:29:37:9:8:29:37 chr17 21204308 . G T 81.35 PASS AF=0.194444;AO=13;DP=71;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0200377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.591;QD=4.51935;RBI=0.024036;REFB=-0.00188413;REVB=0.0132748;RO=58;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154892;STB=0.569347;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00727904;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:71:72:58:58:13:14:0.194444:6:7:24:34:7:7:24:34 chr17 21205460 . C T 172.37 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.01028;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.884;QD=14.0711;RBI=0.0141433;REFB=-0.0298927;REVB=0.00971353;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409627;STB=0.546052;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0316841;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:18:19:0.387755:6:12:21:9:7:12:21:9 chr17 21206556 . C T 254.84 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=52;FWDB=0.00524419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0465;QD=10.961;RBI=0.0107246;REFB=-0.00210598;REVB=0.00935497;RO=60;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315267;STB=0.670776;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00352171;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:62:31:31:0.333333:19:12:9:51:19:12:10:52 chr17 21207813 . T G 45.12 PASS AF=0.097561;AO=12;DP=123;FAO=12;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.0562582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2565;QD=1.46745;RBI=0.0564776;REFB=0.00151547;REVB=0.00497291;RO=110;SAF=3;SAR=9;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326801;STB=0.746526;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0178991;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:123:123:110:111:12:12:0.097561:9:3:58:52:9:3:58:53 chr17 21207834 . C T 610.32 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00373926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.815;QD=20.1758;RBI=0.0162441;REFB=-0.0285404;REVB=0.0158078;RO=57;SAF=28;SAR=34;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651845;STB=0.536065;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0230122;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:59:62:62:0.512397:34:28:30:27:34:28:31:28 chr17 21207835 . G A 52.25 PASS AF=0.107438;AO=12;DP=120;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0112203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.543;QD=1.72722;RBI=0.01976;REFB=-0.00253414;REVB=-0.0162653;RO=104;SAF=4;SAR=8;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17841;STB=0.681361;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0569274;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:121:104:108:12:13:0.107438:8:4:50:54:9:4:55:53 chr17 21208413 . C T 121.49 PASS AF=0.22093;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0014107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.575;QD=5.65054;RBI=0.0016295;REFB=0.00203016;REVB=0.000815601;RO=67;SAF=12;SAR=7;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837148;STB=0.552374;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00748644;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:67:67:19:19:0.22093:7:12:38:29:7:12:38:29 chr17 21208449 . G T 110.85 PASS AF=0.266667;AO=14;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.012798;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.737;QD=7.38974;RBI=0.0409604;REFB=-0.011193;REVB=-0.0389097;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12338;STB=0.526994;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0344522;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:44:14:16:0.266667:6:8:17:8:6:10:29:15 chr17 21215483 . C T 651.02 PASS AF=0.449367;AO=70;DP=157;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00866997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.449;QD=16.4815;RBI=0.00991686;REFB=-0.0217206;REVB=-0.00481411;RO=86;SAF=25;SAR=45;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224405;STB=0.615961;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.026348;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:86:87:70:71:0.449367:45:25:50:36:45:26:50:37 chr17 21215537 . C A 450.92 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.00242736;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.741;QD=13.1655;RBI=0.00323804;REFB=-0.00958245;REVB=-0.00214309;RO=84;SAF=23;SAR=29;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241685;STB=0.510356;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.012927;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:84:85:52:52:0.379562:29:23:39:45:29:23:39:46 chr17 21215552 . C T 538.02 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00336231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.066;QD=17.7858;RBI=0.0332064;REFB=-0.0136363;REVB=0.0330357;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036072;STB=0.541387;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0159;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:63:57:58:0.479339:33:24:28:33:34:24:31:32 chr17 21215557 . G A 549.37 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=110;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.000782981;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.802;QD=20.3471;RBI=0.00249207;REFB=-0.00926046;REVB=-0.00236588;RO=46;SAF=20;SAR=35;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135671;STB=0.581014;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00958071;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:46:52:55:56:0.518519:35:20:24:22:36:20:27:25 chr17 21216788 . C T 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0059984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.875;QD=23.6165;RBI=0.00679014;REFB=-0.00989604;REVB=-0.00318203;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115048;STB=0.517425;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00896388;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:20:13:9:13:20:13:10:13 chr17 21216846 . G C 360.31 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0199805;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6154;QD=31.3309;RBI=0.0815409;REFB=-0.00369717;REVB=0.0790551;RO=16;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885973;STB=0.548599;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00394954;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:16:16:30:30:0.652174:19:11:8:8:19:11:8:8 chr17 21217513 . G A 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0230258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0966;QD=15.2185;RBI=0.0539551;REFB=-0.00312681;REVB=0.0487951;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119736;STB=0.567525;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00657948;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:15:26:16:15:15:26 chr17 21217547 . T C 230.37 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0131972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.859;QD=11.9671;RBI=0.0164296;REFB=-0.00318886;REVB=-0.00978601;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320818;STB=0.502241;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00874457;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:27:29:0.376623:13:14:23:24:15:14:23:25 chr17 21217586 . G T 269.85 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00883972;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.761;QD=13.6633;RBI=0.00946265;REFB=-0.0185863;REVB=-0.00337656;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516809;STB=0.528237;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0190543;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:46:48:31:31:0.392405:15:16:26:20:15:16:27:21 chr17 21217596 . C G 292.94 PASS AF=0.421687;AO=24;DP=76;FAO=35;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00683662;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.588;QD=14.1177;RBI=0.00711415;REFB=-0.0365624;REVB=-0.00196768;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207623;STB=0.556287;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0441973;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:34:48:24:35:0.421687:16:8:18:16:18:17:28:20 chr17 21217660 . C T 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00199465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.713;QD=17.7376;RBI=0.0186643;REFB=-0.0170789;REVB=0.0185574;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835635;STB=0.551136;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.02067;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:19:23:31:18:19:23:32:18 chr17 21217690 . C T 316.86 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0441313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2558;QD=15.2701;RBI=0.0502675;REFB=0.000680906;REVB=0.0240675;RO=48;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709092;STB=0.540033;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000253279;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:17:18:28:20:17:18:28:20 chr17 21217727 . T C 133.83 PASS AF=0.283582;AO=18;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.100623;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.644;QD=7.99;RBI=0.100623;REFB=-0.020982;REVB=-0.000111551;RO=42;SAF=6;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278688;STB=0.665469;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0301344;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:48:18:19:0.283582:12:6:24:18:12:7:29:19 chr17 21217749 . G C 175.89 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0121116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.266;QD=16.751;RBI=0.0185429;REFB=-0.0231312;REVB=-0.014041;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207579;STB=0.618918;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0280364;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:12:11:13:6:12:11 chr17 21318663 . G A 95.62 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00481178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.663;QD=11.59;RBI=0.0242272;REFB=-0.0107115;REVB=-0.0237445;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0206219;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:9:12:5:7:9:12 chr17 21318698 . C T 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0196536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5822;QD=6.45722;RBI=0.062023;REFB=-0.00161704;REVB=0.0588267;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469043;STB=0.529366;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00403042;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:6:7:21:21:6:7:21:21 chr17 21318782 . G A 165.19 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0184143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.26;QD=7.8664;RBI=0.0414681;REFB=-0.0165683;REVB=0.0371553;RO=60;SAF=11;SAR=12;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663244;STB=0.545415;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0336152;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:61:23:23:0.27381:12:11:32:28:12:11:33:28 chr17 21318821 . A C 203.96 PASS AF=0.28125;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00448119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.845;QD=8.49845;RBI=0.0222556;REFB=-0.0140741;REVB=-0.0217998;RO=69;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100862;STB=0.559956;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0326602;OID=.;OPOS=21318821;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:69:69:27:27:0.28125:13:14:30:39:13:14:30:39 chr17 21318867 . G A 146.52 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=111;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0296354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1862;QD=5.27998;RBI=0.0298539;REFB=0.00482315;REVB=-0.00360567;RO=87;SAF=10;SAR=14;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141038;STB=0.587633;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0140643;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:87:87:24:24:0.216216:14:10:46:41:14:10:46:41 chr17 21318897 . G C 311.94 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0106597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.303;QD=11.4474;RBI=0.0526162;REFB=-0.016728;REVB=-0.0515251;RO=70;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11015;STB=0.563084;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0239814;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:70:70:39:39:0.357798:19:20:29:41:19:20:29:41 chr17 21318918 . G A 137.26 PASS AF=0.207207;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0639473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8458;QD=4.94619;RBI=0.0700004;REFB=-0.00258228;REVB=0.0284745;RO=88;SAF=10;SAR=13;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684032;STB=0.54291;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0119911;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:88:88:23:23:0.207207:13:10:43:45:13:10:43:45 chr17 21318948 . C T 194.03 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0553283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8426;QD=7.39168;RBI=0.0591044;REFB=-0.0163237;REVB=-0.0207873;RO=76;SAF=13;SAR=15;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275921;STB=0.511937;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0502381;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:77:28:28:0.266667:15:13:37:39:15:13:37:40 chr17 21318951 . CA CG,TG 574.49 PASS AF=0.317757,0.252336;AO=32,27;DP=108;FAO=34,27;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=20,13;FSAR=14,14;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0516538,-0.0234511;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.7972,198.991;QD=21.4762;RBI=0.0534552,0.0236742;REFB=-0.0208624,-0.0102793;REVB=-0.0137601,-0.00324243;RO=46;SAF=20,13;SAR=12,14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.19863,0.0512746;STB=0.588183,0.52951;STBP=0.195,0.709;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0248351,0.0164404;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:46:46:32,27:34,27:0.317757,0.252336:12,14:20,13:20:26:14,14:20,13:20:26 chr17 21318969 . C T 192.18 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0181889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7157;QD=7.53629;RBI=0.0190691;REFB=0.000129278;REVB=-0.00572674;RO=72;SAF=12;SAR=15;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171386;STB=0.506603;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.000448503;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:75:27:27:0.264706:15:12:31:41:15:12:34:41 chr17 21318981 . C T 277.41 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00942975;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8938;QD=10.0878;RBI=0.010969;REFB=-0.0258567;REVB=-0.00560354;RO=72;SAF=21;SAR=15;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143809;STB=0.583287;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0304437;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:72:74:36:36:0.327273:15:21:33:39:15:21:34:40 chr17 21319007 . GG AC,GC 662.39 PASS AF=0.311111,0.355556;AO=28,31;DP=91;FAO=28,32;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=14,17;FSAR=14,15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00463978,-0.0111712;FXX=0.0109878;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=204.264,205.849;QD=29.4394;RBI=0.0342068,0.0354784;REFB=-0.0169502,-0.0199215;REVB=0.0338907,0.0336738;RO=30;SAF=14,17;SAR=14,14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0922441,-0.0462129;STB=0.551688,0.533516;STBP=0.467,0.608;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0126589,0.011442;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:90:30:30:28,31:28,32:0.311111,0.355556:14,14:14,17:18:12:14,15:14,17:18:12 chr17 21319069 . G A 218.01 PASS AF=0.284404;AO=30;DP=108;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0352249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4006;QD=8.00047;RBI=0.0365623;REFB=-0.00669168;REVB=0.00979859;RO=78;SAF=18;SAR=12;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122511;STB=0.581929;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0238192;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:78:78:30:31:0.284404:12:18:39:39:12:19:39:39 chr17 21319079 . C A 225.82 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00437375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.661;QD=7.99372;RBI=0.0173466;REFB=-0.00508982;REVB=0.0167862;RO=81;SAF=20;SAR=12;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160766;STB=0.595445;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0126961;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:81:81:32:32:0.283186:12:20:40:41:12:20:40:41 chr17 21319087 . G A 215.01 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00217928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.226;QD=7.6109;RBI=0.014668;REFB=-0.00238217;REVB=0.0145052;RO=82;SAF=19;SAR=12;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15366;STB=0.591636;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00519204;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:82:82:31:31:0.274336:12:19:40:42:12:19:40:42 chr17 21319110 . G A 213.39 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.061151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3932;QD=8.05256;RBI=0.063262;REFB=-0.0123251;REVB=-0.0162058;RO=76;SAF=18;SAR=12;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153003;STB=0.590848;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0185576;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:12:18:36:40:12:18:36:40 chr17 21319121 . C T 316.88 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0277415;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3982;QD=11.8459;RBI=0.0456367;REFB=0.00262815;REVB=-0.0362369;RO=68;SAF=17;SAR=22;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167887;STB=0.595959;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00440691;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:68:68:39:39:0.364486:22:17:40:28:22:17:40:28 chr17 21319171 . G A 164.65 PASS AF=0.27381;AO=22;DP=82;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0192304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9027;QD=7.84071;RBI=0.0229629;REFB=0.00298765;REVB=-0.0125494;RO=60;SAF=15;SAR=7;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227661;STB=0.60758;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00850079;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:60:61:22:23:0.27381:7:15:30:30:8:15:31:30 chr17 21319208 . C T 130.11 PASS AF=0.240964;AO=19;DP=82;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0182952;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.268;QD=6.27033;RBI=0.0246174;REFB=-0.0210817;REVB=0.0164713;RO=63;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155958;STB=0.610518;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0356322;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:63:63:19:20:0.240964:7:12:32:31:7:13:32:31 chr17 21319230 . G C 256.32 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0439768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.095;QD=13.4905;RBI=0.0468889;REFB=-0.0186402;REVB=-0.0162666;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235345;STB=0.519422;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0373302;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:14:16:25:20:14:16:26:20 chr17 21319251 . C T 108.38 PASS AF=0.226667;AO=18;DP=76;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.012522;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.987;QD=5.78;RBI=0.0277993;REFB=-0.00582473;REVB=0.0248193;RO=58;SAF=12;SAR=6;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148901;STB=0.628221;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0130199;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:58:58:18:17:0.226667:6:12:32:26:5:12:32:26 chr17 21319272 . C T 107.63 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0276532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.868;QD=5.74043;RBI=0.0314295;REFB=-0.00583118;REVB=-0.0149371;RO=56;SAF=11;SAR=6;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756335;STB=0.54994;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0517772;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:56:58:17:17:0.226667:6:11:33:23:6:11:34:24 chr17 21319285 . C T 120.51 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0597365;FXX=0.0421008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7046;QD=5.29711;RBI=0.0599231;REFB=-0.0093175;REVB=-0.00472558;RO=75;SAF=13;SAR=6;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132241;STB=0.563706;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0299935;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:75:72:19:19:0.208791:6:13:44:31:6:13:44:28 chr17 21319302 . T C 609.46 PASS AF=0.604396;AO=43;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0268318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2082;QD=26.7894;RBI=0.0356254;REFB=-0.00933129;REVB=-0.0234356;RO=34;SAF=32;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17582;STB=0.529401;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00785757;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:34:36:43:55:0.604396:11:32:19:15:22:33:19:17 chr17 21319311 . C T 138.88 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0111811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.233;QD=5.97319;RBI=0.0261848;REFB=-0.00581717;REVB=0.0236776;RO=71;SAF=12;SAR=9;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456889;STB=0.523342;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0192899;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:72:21:21:0.225806:9:12:38:33:9:12:39:33 chr17 21319369 . G A 85.03 PASS AF=0.150442;AO=17;DP=113;FAO=17;FDP=113;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.00708026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.923;QD=3.00982;RBI=0.00708509;REFB=-0.00542765;REVB=0.000261542;RO=96;SAF=8;SAR=9;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168125;STB=0.612244;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0296251;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:113:113:96:96:17:17:0.150442:9:8:58:38:9:8:58:38 chr17 21319392 . G A 79.84 PASS AF=0.139344;AO=17;DP=122;FAO=17;FDP=122;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.0200046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.002;QD=2.61774;RBI=0.0200103;REFB=-0.00420724;REVB=0.000479024;RO=105;SAF=8;SAR=9;SRF=63;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16216;STB=0.61019;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0415108;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:122:122:105:105:17:17:0.139344:9:8:63:42:9:8:63:42 chr17 21319407 . C T 72.93 PASS AF=0.132231;AO=16;DP=121;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.0362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1416;QD=2.41095;RBI=0.0394492;REFB=0.00734288;REVB=-0.0156781;RO=105;SAF=6;SAR=10;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263437;STB=0.681146;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0324365;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:121:121:105:105:16:16:0.132231:10:6:62:43:10:6:62:43 chr17 21319436 . G A 51.98 PASS AF=0.115385;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=104;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0027655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.005;QD=1.99917;RBI=0.0232052;REFB=-0.0016767;REVB=-0.0230398;RO=92;SAF=3;SAR=9;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363782;STB=0.76372;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0179649;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:104:104:92:92:12:12:0.115385:9:3:51:41:9:3:51:41 chr17 21319439 . T G 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.00664528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.998;QD=2.02125;RBI=0.0112815;REFB=-0.00527097;REVB=0.00911664;RO=93;SAF=3;SAR=9;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367979;STB=0.767008;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0235427;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:9:3:52:41:9:3:52:41 chr17 21319452 . G A 47.73 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0140095;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9132;QD=1.92865;RBI=0.0506465;REFB=-0.00268352;REVB=-0.0486704;RO=84;SAF=3;SAR=8;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340635;STB=0.746421;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0179751;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:99:84:88:11:11:0.111111:8:3:47:37:8:3:49:39 chr17 21319465 . T C 56.74 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0910357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3298;QD=2.38901;RBI=0.0959746;REFB=-0.00300027;REVB=-0.0303911;RO=82;SAF=3;SAR=9;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399906;STB=0.783472;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0087494;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:82:83:12:12:0.126316:9:3:48:34:9:3:49:34 chr17 21319470 . T C 42.46 PASS AF=0.106383;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0160809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3588;QD=1.80697;RBI=0.0161242;REFB=-0.0027139;REVB=-0.00118076;RO=84;SAF=3;SAR=7;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327724;STB=0.742397;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00738423;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:94:84:84:10:10:0.106383:7:3:49:35:7:3:49:35 chr17 21319473 . G A 471.27 PASS AF=0.489362;AO=44;DP=96;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0104396;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.846;QD=20.0541;RBI=0.0106024;REFB=-0.0114792;REVB=-0.00185089;RO=51;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603577;STB=0.546126;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0119086;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:51:48:44:46:0.489362:18:26:27:24:18:28:25:23 chr17 21319488 . C T 48.71 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.00996807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.919;QD=2.00867;RBI=0.0105904;REFB=-0.00351358;REVB=0.00357694;RO=85;SAF=4;SAR=7;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332771;STB=0.739051;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.029105;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:97:85:86:11:11:0.113402:7:4:55:30:7:4:56:30 chr17 21319519 . G C 79.56 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=-0.0411482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.417;QD=2.89291;RBI=0.0439839;REFB=-0.00635718;REVB=0.0155374;RO=94;SAF=9;SAR=7;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990442;STB=0.566821;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.055817;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:94:94:16:16:0.145455:7:9:60:34:7:9:60:34 chr17 21319523 . C T 59.23 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=-0.0073507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.197;QD=2.21418;RBI=0.011348;REFB=0.00117682;REVB=-0.00864549;RO=91;SAF=8;SAR=5;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435712;STB=0.52144;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0153579;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:107:91:94:13:13:0.121495:5:8:59:32:5:8:60:34 chr17 21319527 . C T 61.76 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.0059909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.268;QD=2.14821;RBI=0.0226286;REFB=0.00129289;REVB=-0.0218211;RO=101;SAF=9;SAR=5;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037991;STB=0.527257;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00847077;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:101:101:14:14:0.121739:5:9:62:39:5:9:62:39 chr17 21319543 . G A 70.02 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=113;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=0.00428949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.808;QD=2.47852;RBI=0.0269484;REFB=-0.00776602;REVB=-0.0266048;RO=97;SAF=11;SAR=4;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173009;STB=0.619134;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0564856;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:113:113:97:98:15:15:0.132743:4:11:59:38:4:11:60:38 chr17 21319560 . G T 101.48 PASS AF=0.15873;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.0121326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1335;QD=3.22171;RBI=0.0587545;REFB=0.00891135;REVB=0.0574882;RO=106;SAF=13;SAR=7;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123002;STB=0.582006;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0455779;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:106:106:20:20:0.15873:7:13:59:47:7:13:59:47 chr17 21319650 . CGAG C 263.36 PASS AF=0.235632;AO=35;DP=168;FAO=41;FDP=174;FR=.;FRO=133;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=-0.00741175;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.219;QD=6.05422;RBI=0.00876455;REFB=-0.0112244;REVB=0.00467796;RO=132;SAF=19;SAR=16;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130853;STB=0.503552;STBP=0.961;TYPE=del;VARB=0.0395029;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235632:35:168:41:174:133:23:18:74:59:99:132:19:16:73:59 chr17 21319682 . C T 257.55 PASS AF=0.222826;AO=41;DP=185;FAO=41;FDP=184;FR=.;FRO=143;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.00187194;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4493;QD=5.59883;RBI=0.00187276;REFB=-0.00508032;REVB=5.53494e-05;RO=143;SAF=22;SAR=19;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154373;STB=0.509444;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0136124;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:143:143:41:41:0.222826:19:22:75:68:19:22:75:68 chr17 21319716 . G A 224.17 PASS AF=0.228758;AO=35;DP=155;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=-0.00659875;FXX=0.0316436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5163;QD=5.86067;RBI=0.0206702;REFB=-0.00718972;REVB=0.0195886;RO=114;SAF=19;SAR=16;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235666;STB=0.506211;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0126673;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:114:118:35:35:0.228758:16:19:64:50:16:19:65:53 chr17 21319728 . T C 244.57 PASS AF=0.244898;AO=36;DP=148;FAO=36;FDP=147;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.080027;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4716;QD=6.65483;RBI=0.0800341;REFB=-0.0241609;REVB=-0.0010682;RO=104;SAF=19;SAR=17;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106113;STB=0.516512;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0405147;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:104:111:36:36:0.244898:17:19:54:50:17:19:61:50 chr17 21319743 . A G 226.98 PASS AF=0.236111;AO=34;DP=144;FAO=34;FDP=144;FR=.;FRO=110;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0189232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.887;QD=6.30501;RBI=0.0339095;REFB=-0.0117633;REVB=-0.0281384;RO=109;SAF=19;SAR=15;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106225;STB=0.503309;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0301692;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:109:110:34:34:0.236111:15:19:60:49:15:19:61:49 chr17 21319767 . C T 581.39 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0403323;FXX=0.272707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.055;QD=24.2247;RBI=0.0403697;REFB=-0.00822312;REVB=-0.00173666;RO=42;SAF=30;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255803;STB=0.514013;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00491765;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:96:42:42:54:54:0.5625:24:30:22:20:24:30:22:20 chr17 21319785 . C T 427.27 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0366493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.172;QD=14.2424;RBI=0.038019;REFB=-0.00611693;REVB=-0.0101133;RO=71;SAF=28;SAR=21;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975254;STB=0.555001;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00798483;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:21:28:34:37:21:28:34:37 chr17 21319786 . G A 220.49 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0225251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.453;QD=7.41148;RBI=0.0281691;REFB=0.0102276;REVB=-0.016915;RO=87;SAF=16;SAR=16;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211078;STB=0.512597;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0285966;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:87:87:32:32:0.268908:16:16:45:42:16:16:45:42 chr17 21319845 . C T 137.49 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00974923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.142;QD=7.23627;RBI=0.0230703;REFB=-0.00460384;REVB=0.0209091;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108797;STB=0.565725;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0089358;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:10:10:33:23:10:10:33:23 chr17 21319860 . C T 350.63 PASS AF=0.64;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0494915;FXX=0.264667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6919;QD=28.0507;RBI=0.101688;REFB=-0.0477223;REVB=0.0888313;RO=17;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041887;STB=0.514166;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.081839;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:50:17:18:32:32:0.64:13:19:9:8:13:19:10:8 chr17 21319868 . G T 120.37 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0180387;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.325;QD=7.52326;RBI=0.019145;REFB=-0.00789705;REVB=-0.00641377;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162183;STB=0.586112;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0362913;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:32:46:18:18:0.28125:10:8:19:13:10:8:26:20 chr17 21319908 . C T 145.22 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0762332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.646;QD=11.6179;RBI=0.0774585;REFB=-0.0333014;REVB=0.0137231;RO=32;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257685;STB=0.646222;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0173469;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:13:4:14:18:13:4:14:19 chr17 21319943 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00644273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.379;QD=13.0912;RBI=0.0140733;REFB=-0.015042;REVB=-0.012512;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064306;STB=0.537678;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0213537;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:8:12:7:6:8:12 chr17 21319955 . G A 109.2 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0238027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3845;QD=14.09;RBI=0.0633919;REFB=-0.0249534;REVB=0.0587535;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421697;STB=0.751109;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0309481;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:9:9:11:2:9:9 chr17 21319984 . ACCCCC ACCCCA,ACCCC,ACCCCT 124.83 PASS AF=0.35,0,0.4;AO=5,3,6;DP=20;FAO=7,0,8;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,1;FSAR=7,0,7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.133942,-0.277639,-0.0823522;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=78.6758,7.51091,112.005;QD=24.9664;RBI=0.134573,0.291445,0.0828709;REFB=-0.0383546,-0.122479,-0.0317152;REVB=0.0130146,0.0886384,0.00925739;RO=2;SAF=0,3,1;SAR=5,0,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.555556,0;SSSB=-0.78221,0,-0.418591;STB=0.99833,0.5,0.856199;STBP=0.001,1,0.006;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00850161,0,-0.00736731;OID=.,.,.;OPOS=21319989,21319985,21319989;OREF=C,C,C;OALT=A,-,T;OMAPALT=ACCCCA,ACCCC,ACCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.35,0,0.4:5,3,6:20:7,0,8:20:5:0,0,1:7,0,7:5:0:45:2:0,3,1:5,0,5:2:0 chr17 21319993 . T C 161.8 PASS AF=0.727273;AO=15;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00937282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.34;QD=29.4176;RBI=0.0244409;REFB=0.00794557;REVB=-0.0225723;RO=4;SAF=0;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.854467;STB=0.874402;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00270681;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:4:6:15:16:0.727273:15:0:4:0:15:1:6:0 chr17 21320025 . C T 64.89 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0357145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.325;QD=10.3829;RBI=0.0362413;REFB=-0.00921319;REVB=0.00615731;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265763;STB=0.666221;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00725071;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:4:12:8:1:4:12 chr17 21320102 . C A 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00041155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.369;QD=6.7173;RBI=0.00722059;REFB=-0.0115947;REVB=-0.00720885;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323241;STB=0.504498;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0300709;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:39:41:13:13:0.240741:8:5:16:23:8:5:16:25 chr17 21320114 . T G 63.5 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.045034;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0565;QD=4.70346;RBI=0.134703;REFB=0.00279617;REVB=-0.126952;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198889;STB=0.629388;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0311819;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:5:5:15:29:5:5:15:29 chr17 21320197 . G C 201.96 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00223304;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.836;QD=12.0571;RBI=0.0216771;REFB=-0.00309242;REVB=0.0215618;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15391;STB=0.589143;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00493337;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:17:8:19:23:17:8:19:23 chr17 21320210 . C T 206.97 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00636591;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.259;QD=12.5437;RBI=0.00713815;REFB=0.00696862;REVB=0.00322931;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180047;STB=0.6115;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00588692;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:40:41:25:25:0.378788:16:9:21:19:16:9:22:19 chr17 21320212 . A G 454.12 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0125072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.82;QD=25.2287;RBI=0.0156112;REFB=-0.00259668;REVB=-0.00934229;RO=28;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434902;STB=0.521026;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00196742;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:29:42:43:0.597222:22:20:15:13:23:20:15:14 chr17 21320252 . G T 356.12 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.000662602;FXX=0.0170926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.954;QD=12.3868;RBI=0.0153346;REFB=-0.0104437;REVB=0.0153203;RO=71;SAF=16;SAR=27;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195285;STB=0.623777;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0220916;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:71:72:43:43:0.373913:27:16:39:32:27:16:41:31 chr17 21320263 . T C 161.07 PASS AF=0.209302;AO=26;DP=129;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.00334534;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.749;QD=4.9945;RBI=0.0389909;REFB=-0.0161701;REVB=-0.0388472;RO=102;SAF=15;SAR=11;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980721;STB=0.573687;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.057274;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:102:102:26:27:0.209302:11:15:51:51:11:16:51:51 chr17 21320279 . C T 492.72 PASS AF=0.407407;AO=54;DP=133;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0143632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7664;QD=14.5991;RBI=0.0275219;REFB=0.00184696;REVB=-0.0234767;RO=79;SAF=23;SAR=31;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202783;STB=0.603269;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00503224;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:79:80:54:55:0.407407:31:23:49:30:31:24:49:31 chr17 21320350 . G A 341.5 PASS AF=0.335938;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.000394363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.538;QD=10.6719;RBI=0.0211662;REFB=-0.000951178;REVB=-0.0211626;RO=85;SAF=18;SAR=25;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180505;STB=0.603991;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00192997;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:43:43:0.335938:25:18:49:36:25:18:49:36 chr17 21320365 . T C 191.3 PASS AF=0.25;AO=29;DP=116;FAO=29;FDP=116;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.000785884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6794;QD=6.59645;RBI=0.00227068;REFB=0.00299865;REVB=-0.00213034;RO=87;SAF=14;SAR=15;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427328;STB=0.525829;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0159548;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:87:87:29:29:0.25:15:14:45:42:15:14:45:42 chr17 21320787 . G A 414.59 PASS AF=0.33557;AO=50;DP=149;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=71;FWDB=-0.0405468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.835;QD=11.13;RBI=0.0424267;REFB=-0.00821318;REVB=-0.0124893;RO=98;SAF=6;SAR=44;SRF=27;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30132;STB=0.684267;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0186777;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:98:99:50:50:0.33557:44:6:27:71:44:6:28:71 chr17 21320796 . C T 978.94 PASS AF=0.598684;AO=91;DP=152;FAO=91;FDP=152;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=74;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.00578341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.899;QD=25.7617;RBI=0.0085682;REFB=-0.0113563;REVB=-0.00632188;RO=60;SAF=17;SAR=74;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107339;STB=0.56561;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00746894;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:60:61:91:91:0.598684:74:17:17:43:74:17:18:43 chr17 21320798 . G C 868.75 PASS AF=0.615894;AO=89;DP=149;FAO=93;FDP=151;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=75;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=0.0721559;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.693;QD=23.0133;RBI=0.0915194;REFB=-0.0788553;REVB=0.0562968;RO=57;SAF=17;SAR=72;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131776;STB=0.54767;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0771891;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:57:58:89:93:0.615894:72:17:18:39:75:18:16:42 chr17 21320980 . C G 603.17 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0034153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.631;QD=21.9336;RBI=0.0101059;REFB=-0.0168716;REVB=-0.00951126;RO=49;SAF=24;SAR=36;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063753;STB=0.538449;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0136266;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:50:60:60:0.545455:36:24:16:33:36:24:16:34 chr17 21320991 . C T 143.0 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.00309003;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.438;QD=6.65111;RBI=0.00791354;REFB=-0.0140403;REVB=-0.00728532;RO=62;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560148;STB=0.547375;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0442036;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:62:65:21:21:0.244186:13:8:21:41:13:8:21:44 chr17 21320993 . G T 515.42 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0377518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.613;QD=24.8393;RBI=0.0379145;REFB=-0.0264399;REVB=0.00350947;RO=35;SAF=19;SAR=29;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114948;STB=0.562711;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0183909;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:29:19:9:26:29:19:9:26 chr17 21321005 . C A 89.78 PASS AF=0.2;AO=14;DP=76;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.0737844;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3482;QD=4.78803;RBI=0.079957;REFB=-0.00729443;REVB=0.0308056;RO=60;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215462;STB=0.530572;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0346057;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:76:75:60:60:14:15:0.2:10:4:18:42:10:5:18:42 chr17 21321016 . T C 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0544509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.026;QD=22.4373;RBI=0.0546133;REFB=-0.0222846;REVB=0.00420938;RO=25;SAF=10;SAR=23;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141314;STB=0.577385;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0181978;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:23:10:4:21:23:10:4:21 chr17 21322972 . GT CC 88.14 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.012833;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.665;QD=14.1031;RBI=0.0175269;REFB=-0.00282364;REVB=-0.0119376;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=mnp;VARB=0.00688082;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:12:14:11:11:0.44:5:6:8:4:5:6:9:5 chr17 21323001 . C T 149.21 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0238244;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.402;QD=16.5791;RBI=0.0261078;REFB=-0.00078284;REVB=-0.0106778;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332511;STB=0.657342;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0016974;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:16:17:0.472222:4:12:8:11:5:12:8:11 chr17 21323049 . C T 148.96 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0629954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.396;QD=7.94441;RBI=0.0632704;REFB=-0.00775737;REVB=-0.00589211;RO=54;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635702;STB=0.503813;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0264602;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:11:10:26:28:11:10:26:28 chr17 21323096 . G A 248.79 PASS AF=0.348837;AO=27;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0234016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.279;QD=11.5718;RBI=0.0237951;REFB=-0.00858474;REVB=0.00430926;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166706;STB=0.578001;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0159963;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:56:27:30:0.348837:14:13:28:16:17:13:31:25 chr17 21323107 . A G 183.04 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0273;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.929;QD=8.92877;RBI=0.0273026;REFB=-0.0139348;REVB=-0.00037541;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141534;STB=0.595063;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0368612;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:52:58:24:24:0.292683:14:10:28:24:14:10:32:26 chr17 21825565 . G T 415.3 PASS AF=0.302198;AO=55;DP=176;FAO=55;FDP=182;FR=.;FRO=127;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=-0.0263401;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.928;QD=9.12754;RBI=0.0271296;REFB=-0.00962915;REVB=0.0064973;RO=118;SAF=28;SAR=27;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794187;STB=0.562478;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0228131;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:182:118:127:55:55:0.302198:27:28:68:50:27:28:76:51 chr17 21826256 . A G 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0137631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.009;QD=7.40492;RBI=0.0231183;REFB=-0.0130326;REVB=-0.0185751;RO=46;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873903;STB=0.553011;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.031689;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:9:8:25:21:9:8:25:21 chr17 22023528 . G C 124.33 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=30;FWDB=0.00498227;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.031;QD=4.69151;RBI=0.00930392;REFB=-0.00088842;REVB=-0.00785747;RO=86;SAF=9;SAR=12;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248944;STB=0.670006;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00325116;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:86:85:21:21:0.198113:12:9:54:32:12:9:55:30 chr17 22023591 . T C 68.04 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0100105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.076;QD=3.24009;RBI=0.0128633;REFB=-0.00306871;REVB=-0.00807813;RO=69;SAF=2;SAR=11;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414135;STB=0.780162;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0214637;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:69:71:13:13:0.154762:11:2:31:38:11:2:31:40 chr17 22023598 . C T 906.97 PASS AF=0.802326;AO=69;DP=87;FAO=69;FDP=86;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.048389;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.524;QD=42.1845;RBI=0.0531672;REFB=-0.0397212;REVB=0.0220286;RO=16;SAF=31;SAR=38;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071605;STB=0.5431;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0174556;OID=.;OPOS=22023598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:16:17:69:69:0.802326:38:31:4:12:38:31:4:13 chr17 25909816 . C T 323.01 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0847695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9704;QD=28.0876;RBI=0.0879472;REFB=-0.0107029;REVB=0.0234274;RO=17;SAF=1;SAR=26;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955406;STB=0.653086;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00916406;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:18:27:28:0.608696:26:1:1:16:27:1:2:16 chr17 25932609 . C T 1364.92 PASS AF=0.732484;AO=107;DP=151;FAO=115;FDP=157;FR=.;FRO=42;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0635501;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.578;QD=34.7749;RBI=0.0665309;REFB=-0.0203265;REVB=0.0196915;RO=41;SAF=53;SAR=54;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.507531;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00760728;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:157:41:42:107:115:0.732484:54:53:19:22:57:58:20:22 chr17 25958304 . G A 668.68 PASS AF=0.670588;AO=57;DP=85;FAO=57;FDP=85;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.059006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.605;QD=31.4675;RBI=0.0624787;REFB=-0.0305013;REVB=0.0205398;RO=28;SAF=36;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159088;STB=0.508606;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0100028;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:28:28:57:57:0.670588:21:36:17:11:21:36:17:11 chr17 25970633 . G A 698.52 PASS AF=0.716049;AO=58;DP=81;FAO=58;FDP=81;FR=.;FRO=23;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00787092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.535;QD=34.4947;RBI=0.0115044;REFB=-0.0144816;REVB=0.0083904;RO=22;SAF=36;SAR=22;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879749;STB=0.554558;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00581733;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:22:23:58:58:0.716049:22:36:10:12:22:36:10:13 chr17 26089867 . T C 1484.2 PASS AF=0.980769;AO=103;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0243812;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.918;QD=57.0847;RBI=0.0382575;REFB=-0.0194552;REVB=-0.0294822;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000604348;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:0:2:103:102:0.980769:45:58:0:0:43:59:0:2 chr17 26092631 . A G 1201.3 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316305;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.519;QD=61.6052;RBI=0.032698;REFB=0;REVB=-0.00828658;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36792e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr17 26116637 . G A 165.64 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00291344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.606;QD=11.4231;RBI=0.0131578;REFB=-0.00719217;REVB=-0.0128312;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216091;STB=0.609107;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0213278;OID=.;OPOS=26116637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:37:20:21:0.362069:4:16:22:12:5:16:23:14 chr17 26654991 . A C 429.15 PASS AF=0.703704;AO=33;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0107976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.206;QD=31.789;RBI=0.010986;REFB=-0.0106001;REVB=-0.00202564;RO=15;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203687;STB=0.518315;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0204989;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:33:38:0.703704:10:23:10:5:15:23:10:5 chr17 26671945 . A AG,G 976.22 PASS AF=1,0;AO=60,6;DP=79;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.237771,0.103007;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.1783,6.55801;QD=50.7128;RBI=0.29267,0.108097;REFB=0,0;REVB=0.170647,0.0327817;RO=13;SAF=41,2;SAR=19,4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0258803,-0.30002;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00663496,0;OID=.,.;OPOS=26671946,26671945;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:77:13:0:60,6:77,0:1,0:19,4:41,2:8:5:28,0:49,0:0:0 chr17 26672360 . G GC 197.85 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5697;QD=46.5526;RBI=0.145849;REFB=0;REVB=-0.0599636;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0132519;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:19:17:17:0:9:8:0:0:4:3:9:7:1:2 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 83.5 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0204058;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=334.346;QD=9.82333;RBI=0.0214747;REFB=0.00689714;REVB=0.00669084;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.550468;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=-0.0130121;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:11:34:11:34:23:7:4:13:10:83:22:7:4:12:10 chr17 26674151 . CTG C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.000317509;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.655;QD=10.1699;RBI=0.010001;REFB=-0.00883535;REVB=-0.00999594;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831883;STB=0.563101;STBP=0.66;TYPE=del;VARB=0.0125955;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:34:11:33:22:7:4:12:10:83:23:7:4:13:10 chr17 26676135 . C T 239.65 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0375615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0424;QD=11.9823;RBI=0.0391941;REFB=-0.0163123;REVB=0.0111941;RO=51;SAF=22;SAR=7;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37931;STB=0.719842;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0418488;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:7:22:22:29:7:22:22:29 chr17 26684394 . T G 34.99 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.112603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5642;QD=23.3259;RBI=0.113052;REFB=0.0129329;REVB=0.0100597;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0139643;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr17 26686416 . G A 632.05 PASS AF=0.647059;AO=54;DP=84;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0309399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.1;QD=29.7434;RBI=0.0310982;REFB=-0.0140875;REVB=0.0031336;RO=30;SAF=35;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343157;STB=0.521001;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00815219;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:30:30:54:55:0.647059:19:35:18:12:19:36:18:12 chr17 26691916 . T C 323.73 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.075842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.42;QD=34.9982;RBI=0.0758648;REFB=-0.00185322;REVB=0.00186203;RO=10;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230748;STB=0.624915;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000666538;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:15:12:0:10:15:12:0:10 chr17 26692224 . A AG,G 756.63 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=49,2;DP=56;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.28089,-0.0359749;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.4886,235.962;QD=54.0447;RBI=0.281884,0.0393848;REFB=0,0;REVB=0.0236457,-0.0160303;RO=5;SAF=26,1;SAR=23,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0471167,-0.306614;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0127438,0.0133508;OID=.,.;OPOS=26692225,26692224;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:5:0:49,2:55,1:0.982143,0.0178571:23,1:26,1:4:1:25,0:30,1:0:0 chr17 26694483 . A G 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00354336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.254;QD=27.5323;RBI=0.00855658;REFB=0.00129948;REVB=-0.00778843;RO=21;SAF=15;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03574;STB=0.512814;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.000769423;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:25:15:9:12:25:15:9:13 chr17 26694861 . G A 146.63 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0222662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2025;QD=9.16452;RBI=0.036098;REFB=-0.00142248;REVB=0.0284128;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492243;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:44:19:20:0.3125:9:10:22:20:10:10:22:22 chr17 26708300 . T C 1283.18 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.05;QD=61.8399;RBI=0.025453;REFB=0;REVB=0.0253921;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92487e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:57:26:0:0:57:26:0:0 chr17 26708302 . G T 1231.86 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.501;QD=60.0908;RBI=0.0590882;REFB=-0.0204171;REVB=0.0243358;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.509802;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000123124;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:80:81:0.987805:56:24:0:0:56:25:1:0 chr17 26727721 . GA G 648.33 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.1478;QD=48.0246;RBI=0.142517;REFB=0;REVB=-0.0581387;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0040429;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:52:54:54:0:28:26:0:0:12:0:26:24:0:0 chr17 26824156 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.298;QD=56.1915;RBI=0.0142731;REFB=0;REVB=0.00852158;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08036e-05;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 26851602 . C T 556.04 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00833153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.037;QD=33.6991;RBI=0.00906826;REFB=-0.0146299;REVB=0.00358035;RO=13;SAF=36;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140456;STB=0.583296;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00479454;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:13:18:48:48:0.727273:12:36:6:7:12:36:9:9 chr17 26857788 . T C 341.66 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0231195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2971;QD=30.37;RBI=0.0775547;REFB=-0.0201467;REVB=0.0740285;RO=15;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516534;STB=0.538435;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0113353;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:29:29:0.644444:14:15:9:6:14:15:10:6 chr17 26864302 . G C 414.72 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.631;QD=55.2953;RBI=0.0508814;REFB=0;REVB=0.0498479;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106698;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr17 26965551 . T C 111.92 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.000209868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.654;QD=5.20546;RBI=0.0317001;REFB=-0.00474264;REVB=-0.0316994;RO=68;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330285;STB=0.706546;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0126047;OID=.;OPOS=26965551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:68:18:18:0.209302:6:12:27:41:6:12:27:41 chr17 27065211 . T C 98.12 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0132616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.032;QD=5.2333;RBI=0.0336986;REFB=-0.0111028;REVB=-0.0309794;RO=59;SAF=10;SAR=6;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632432;STB=0.540019;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0459984;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:6:10:34:25:6:10:34:25 chr17 27185827 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4081;QD=56.9344;RBI=0.00928212;REFB=0;REVB=-0.00262431;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89649e-05;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 27207571 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.76;QD=57.5449;RBI=0.0229239;REFB=0;REVB=0.00694391;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43775e-05;OID=.;OPOS=27207571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 27284443 . A G 823.74 PASS AF=0.725275;AO=66;DP=91;FAO=66;FDP=91;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.024225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.212;QD=36.2081;RBI=0.0260174;REFB=-0.0130194;REVB=0.00948972;RO=24;SAF=25;SAR=41;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241379;STB=0.505497;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00387958;OID=.;OPOS=27284443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:24:25:66:66:0.725275:41:25:8:16:41:25:9:16 chr17 27286750 . G A 94.22 PASS AF=0.192771;AO=13;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00721284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.391;QD=4.5407;RBI=0.0294039;REFB=-0.00312505;REVB=0.0285055;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13249;STB=0.61585;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0220156;OID=.;OPOS=27286750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:51:67:13:16:0.192771:8:5:25:26:11:5:30:37 chr17 27286851 . T C 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1451;QD=63.3347;RBI=0.0230651;REFB=0;REVB=0.0024587;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134745;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr17 27290968 . CT CTG,TG 546.85 PASS AF=1,0;AO=37,4;DP=61;FAO=61,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189779,-0.0188665;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,2;MLLD=13.2513,7.92129;QD=35.8589;RBI=0.194385,0.0820287;REFB=-0.00730352,-0.0409956;REVB=0.0420648,0.0798296;RO=9;SAF=14,3;SAR=23,1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.187173,-0.233048;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00786953,-0.0359791;OID=.,.;OPOS=27290970,27290968;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:9:0:37,4:61,0:1,0:23,1:14,3:8:1:31,0:30,0:0:0 chr17 27422053 . C T 644.13 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.065;QD=59.9187;RBI=0.164119;REFB=-0.0423738;REVB=0.00418478;RO=1;SAF=9;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147297;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:41:43:1:32:9:1:0:32:11:0:0 chr17 27424316 . G A 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000256855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.421;QD=30.1267;RBI=0.0106432;REFB=-0.0120095;REVB=0.0106401;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566955;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:6:6:12:12:6:6 chr17 27438469 . G A,GA,T 350.17 PASS AF=0.892857,0.0357143,0.0714286;AO=22,3,2;DP=28;FAO=25,1,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1,0;FSAR=14,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395782,0.0367913,0.0221701;FXX=0;HRUN=6,0,6;LEN=1,1,1;MLLD=106.211,102.111,24.932;QD=50.0237;RBI=0.0449372,0.0395114,0.0510599;REFB=-0.0376545,-0.0530979,-0.121119;REVB=0.0212818,0.0144066,0.0459956;RO=0;SAF=9,2,0;SAR=13,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=5.2029e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,snp;VARB=0.000726037,0.0210239,0.0714283;OID=.,.,.;OPOS=27438469,27438470,27438469;OREF=G,-,G;OALT=A,A,T;OMAPALT=A,GA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:8:28:28:0:0:22,3,2:25,1,2:0.892857,0.0357143,0.0714286:13,1,2:9,2,0:0:0:14,0,2:11,1,0:0:0 chr17 27441077 . C G 455.54 PASS AF=1;AO=19;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.624;QD=56.943;RBI=0.0583095;REFB=0;REVB=0.0229387;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82056e-05;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:19:32:1:11:8:0:0:20:12:0:0 chr17 27446418 . G T 118.15 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0235437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6036;QD=7.74743;RBI=0.0237394;REFB=-0.00163777;REVB=-0.00304201;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798998;STB=0.50483;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0060318;OID=.;OPOS=27446418;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:9:8:21:23:9:8:21:23 chr17 27580756 . C T 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00117503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.928;QD=2.44626;RBI=0.0215118;REFB=-0.00375499;REVB=-0.0214797;RO=56;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231723;STB=0.659987;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0337756;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:3:5:24:32:3:5:25:32 chr17 27588806 . C A 270.13 PASS AF=0.851852;AO=21;DP=26;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0113285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.7588;QD=40.0187;RBI=0.0149837;REFB=-0.0249295;REVB=0.00980685;RO=4;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667856;STB=0.528029;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00163435;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:27:4:4:21:23:0.851852:10:11:3:1:10:13:3:1 chr17 27835138 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.991;QD=48.7373;RBI=0.00489753;REFB=0;REVB=-0.00195755;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37153e-05;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr17 27889578 . T C 551.68 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00215123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.688;QD=29.8206;RBI=0.0132296;REFB=-0.0150011;REVB=0.0130535;RO=25;SAF=33;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509435;STB=0.527664;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00726301;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:16:33:15:10:16:33:15:10 chr17 27889986 . T C 422.77 PASS AF=0.634921;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0163134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.375;QD=26.8423;RBI=0.0427421;REFB=-0.00347463;REVB=0.0395064;RO=23;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182908;STB=0.59231;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00287711;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:23:23:39:40:0.634921:24:15:15:8:24:16:15:8 chr17 27901975 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.605;QD=55.6541;RBI=0.106633;REFB=0;REVB=-0.103792;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614228;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 27904711 . G A 786.76 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0379525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.977;QD=55.2114;RBI=0.0522664;REFB=-0.0523793;REVB=0.0359358;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00167158;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:1:0:32:24:1:0 chr17 27944292 . A AC,G 31.16 PASS AF=0.12766,0.0638298;AO=8,3;DP=50;FAO=6,3;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=1,0;FSAR=5,3;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.125528,-0.0456662;FXX=0.040808;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=11.8433,96.6895;QD=2.65199;RBI=0.134562,0.0460964;REFB=-0.0262892,0.000298796;REVB=0.0484714,0.00628289;RO=36;SAF=2,0;SAR=6,3;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.223999,-0.487509;STB=0.739835,0.995801;STBP=0.304,0.117;TYPE=ins,snp;VARB=0.121519,0.0812868;OID=.,.;OPOS=27944293,27944292;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:47:36:38:8,3:6,3:0.12766,0.0638298:6,3:2,0:15:21:5,3:1,0:15:23 chr17 28268800 . A C 870.81 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280326;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0193;QD=58.0541;RBI=0.0352282;REFB=0;REVB=0.0213354;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497635;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:1:0:60:60:1:29:31:0:1:29:31:0:0 chr17 28296327 . T G 424.27 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.156987;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8966;QD=53.0341;RBI=0.158034;REFB=-0.154623;REVB=-0.0181636;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207078;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0120933;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:2:1:29:31:0.96875:15:14:1:1:15:16:0:1 chr17 28320248 . T A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.598;QD=62.4654;RBI=0.0230158;REFB=0;REVB=0.00914873;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85359e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr17 28444183 . A C 363.16 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9746;QD=51.8797;RBI=0.0619769;REFB=-0.065638;REVB=-0.0583324;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00225614;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:18:8:1:0:19:8:1:0 chr17 28511978 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.145;QD=49.5992;RBI=0.0112084;REFB=0;REVB=-0.00983492;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54116e-05;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr17 28576076 . T C 693.47 PASS AF=0.75;AO=57;DP=76;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00709894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6731;QD=36.4986;RBI=0.0334576;REFB=0.000483182;REVB=0.0326958;RO=19;SAF=32;SAR=25;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657014;STB=0.535304;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-7.99736e-05;OID=.;OPOS=28576076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:19:57:57:0.75:25:32:8:11:25:32:8:11 chr17 28612448 . G C 827.73 PASS AF=0.697917;AO=67;DP=96;FAO=67;FDP=96;FR=.;FRO=29;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0123488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6125;QD=34.4889;RBI=0.0181429;REFB=0.0338001;REVB=-0.0132918;RO=29;SAF=40;SAR=27;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962819;STB=0.551732;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0143551;OID=.;OPOS=28612448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:29:29:67:67:0.697917:27:40:22:7:27:40:22:7 chr17 28687518 . G T 355.27 PASS AF=0.9;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0428993;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.769;QD=47.3691;RBI=0.0492066;REFB=-0.0740336;REVB=-0.0241027;RO=3;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275229;STB=0.51484;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00524159;OID=.;OPOS=28687518;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:30:3:3:27:27:0.9:13:14:2:1:13:14:2:1 chr17 28712037 . C T 916.39 PASS AF=0.692982;AO=79;DP=113;FAO=79;FDP=114;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00660939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.478;QD=32.1541;RBI=0.00766081;REFB=-0.014138;REVB=0.0038735;RO=34;SAF=35;SAR=44;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978075;STB=0.548274;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.005265;OID=.;OPOS=28712037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:34:35:79:79:0.692982:44:35:21:13:44:35:21:14 chr17 28794020 . A G 142.31 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0260381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9889;QD=6.6968;RBI=0.0291309;REFB=-0.011082;REVB=0.0130623;RO=62;SAF=10;SAR=11;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883923;STB=0.564671;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0495236;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:64:21:21:0.247059:11:10:34:28:11:10:36:28 chr17 28900708 . G T 263.0 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00278482;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.001;QD=47.818;RBI=0.0208268;REFB=-0.143471;REVB=0.0206398;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00106773;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:13:8:0:0:13:8:0:1 chr17 29486152 . G A 783.95 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.046;QD=57.0147;RBI=0.0428929;REFB=0;REVB=0.000152848;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124312;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr17 29496819 . C T 483.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7726;QD=58.574;RBI=0.0468427;REFB=0;REVB=0.00982296;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650928;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr17 29508775 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=57.0007;RBI=0.0426864;REFB=0;REVB=0.00486842;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87021e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr17 29552200 . A G 661.01 PASS AF=0.782609;AO=53;DP=68;FAO=54;FDP=69;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0102093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.764;QD=38.3194;RBI=0.0113143;REFB=0.0057203;REVB=-0.00487693;RO=15;SAF=27;SAR=26;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372671;STB=0.517754;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00120747;OID=.;OPOS=29552200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:68:69:15:15:53:54:0.782609:26:27:9:6:26:28:9:6 chr17 29646032 . G A 1937.38 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.787;QD=61.9963;RBI=0.0250077;REFB=0;REVB=0.00391066;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174248;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:74:50:0:0:75:50:0:0 chr17 29705947 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.35;QD=56.9979;RBI=0.00975477;REFB=0;REVB=-0.00969809;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88925e-05;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr17 29859016 . G A 462.95 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.022945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0266;QD=33.0675;RBI=0.0229609;REFB=-0.0396469;REVB=0.000853337;RO=14;SAF=22;SAR=19;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119354;STB=0.553373;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0351954;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:14:15:41:41:0.732143:19:22:11:3:19:22:11:4 chr17 29859506 . G T 127.06 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0261733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6846;QD=19.547;RBI=0.0499729;REFB=-0.0204401;REVB=0.0425705;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361458;STB=0.520519;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0185174;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:9:3:4:10:9:3 chr17 29890808 . C T 376.6 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0382574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.273;QD=32.7475;RBI=0.046587;REFB=-0.0229912;REVB=-0.0265843;RO=15;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953199;STB=0.551944;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0135081;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:13:18:11:4:13:18:11:4 chr17 30040819 . T G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00163111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.78;QD=7.08575;RBI=0.00167261;REFB=-0.00490829;REVB=0.00037029;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193791;STB=0.512173;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.014327;OID=.;OPOS=30040819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:5:6:18:16:5:6:18:16 chr17 30183857 . T C 464.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.27;QD=58.1028;RBI=0.0925944;REFB=0;REVB=0.027675;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032714;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 30625205 . G A 84.98 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0124609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.046;QD=4.04646;RBI=0.0296662;REFB=-0.00395156;REVB=0.0269222;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170664;STB=0.603639;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0122903;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:68:69:15:15:0.178571:7:8:27:41:7:8:28:41 chr17 31268378 . C T 152.59 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0369687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.507;QD=7.01581;RBI=0.04642;REFB=-0.00548189;REVB=-0.0280736;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366987;STB=0.516791;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0135937;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:65:22:22:0.252874:10:12:33:31:10:12:34:31 chr17 31340682 . C T 762.47 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6013;QD=60.9976;RBI=0.0761373;REFB=0;REVB=0.0611382;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260502;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:45:50:1:22:23:0:0:27:23:0:0 chr17 31340747 . T C 131.53 PASS AF=0.203704;AO=22;DP=108;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=-0.00595363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8413;QD=4.8714;RBI=0.0326734;REFB=0.0021617;REVB=0.0321264;RO=84;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357905;STB=0.714353;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00612316;OID=.;OPOS=31340747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:84:86:22:22:0.203704:10:12:22:62:10:12:23:63 chr17 31438951 . G C 141.23 PASS AF=0.301587;AO=4;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=44;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.00254783;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2912;QD=8.96708;RBI=0.068843;REFB=-0.00791886;REVB=-0.0687958;RO=29;SAF=0;SAR=4;SRF=29;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.878435;STB=0.913583;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0466157;OID=.;OPOS=31438951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:44:4:19:0.301587:4:0:29:0:17:2:33:11 chr17 31618732 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00446384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.277;QD=16.3856;RBI=0.00589129;REFB=0.00353694;REVB=-0.00384466;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.65587;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00362944;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:2:6:4:4:2:7:4:4 chr17 32483237 . A G 596.35 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0095569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.151;QD=33.5971;RBI=0.0242444;REFB=-0.00798777;REVB=-0.0222813;RO=20;SAF=10;SAR=41;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811654;STB=0.543929;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00421086;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:20:51:51:0.71831:41:10:6:14:41:10:6:14 chr17 32483270 . C G 493.07 PASS AF=0.698413;AO=43;DP=62;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0641243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4616;QD=31.3061;RBI=0.0642095;REFB=0.0117496;REVB=-0.00330659;RO=17;SAF=13;SAR=30;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997281;STB=0.543839;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00619835;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:17:19:43:44:0.698413:30:13:8:9:31:13:8:11 chr17 32583269 . T C 525.38 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0215247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.419;QD=35.6191;RBI=0.0238185;REFB=-0.0334281;REVB=0.0101983;RO=14;SAF=21;SAR=24;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168773;STB=0.509087;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0106716;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:14:14:45:45:0.762712:24:21:6:8:24:21:6:8 chr17 32583911 . C T 620.07 PASS AF=0.697368;AO=54;DP=75;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00444757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1933;QD=32.6353;RBI=0.00643657;REFB=-0.00733478;REVB=-0.0046528;RO=21;SAF=34;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133156;STB=0.558726;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00303198;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:21:23:54:53:0.697368:20:34:8:13:20:33:10:13 chr17 32612894 . G A 35.54 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0623955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2424;QD=5.68602;RBI=0.085403;REFB=-0.0154062;REVB=0.0583135;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829805;STB=0.555358;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0449613;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:4:15:5:1:4:15 chr17 32904586 . C T 884.03 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0122925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7528;QD=53.5776;RBI=0.0602013;REFB=0.0168866;REVB=-0.0589329;RO=2;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138569;STB=0.508668;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00455857;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:30:33:1:1:30:33:1:2 chr17 32906008 . C G 773.52 PASS AF=0.756098;AO=61;DP=82;FAO=62;FDP=82;FR=.;FRO=20;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0241696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5454;QD=37.7326;RBI=0.0374005;REFB=0.0138266;REVB=0.0285417;RO=18;SAF=37;SAR=24;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469117;STB=0.524284;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00342664;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:18:20:61:62:0.756098:24:37:9:9:25:37:10:10 chr17 32906089 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 34.7 PASS AF=0.0610687,0.0916031;AO=10,34;DP=136;FAO=8,12;FDP=131;FR=.;FRO=111;FSAF=8,7;FSAR=0,5;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=-0.0770787,-0.191165;FXX=0.036762;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=52.1881,10.176;QD=1.05954;RBI=0.083915,0.194411;REFB=-0.0197083,-0.125203;REVB=-0.0331753,-0.0353791;RO=76;SAF=10,21;SAR=0,13;SRF=16;SRR=60;SSEN=0,0.34;SSEP=0,0;SSSB=0.778028,0.457496;STB=0.998993,0.693318;STBP=0,0.202;TYPE=snp,del;VARB=0.0828253,0.147505;OID=.,.;OPOS=32906094,32906090;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0610687,0.0916031:10,34:136:8,12:131:111:8,7:0,5:40:71:12:76:10,21:0,13:16:60 chr17 32953258 . G A 493.67 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0537;QD=56.4193;RBI=0.256718;REFB=0;REVB=0.239948;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00715044;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:27:35:1:7:20:0:1:12:23:0:0 chr17 33286664 . A G 395.55 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0313998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.753;QD=34.3959;RBI=0.0316902;REFB=-0.0235767;REVB=-0.00428008;RO=14;SAF=18;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153798;STB=0.583732;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00988425;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:14:18:4:10:14:18:4:10 chr17 33288363 . C T 3369.85 PASS AF=0.945833;AO=223;DP=241;FAO=227;FDP=240;FR=.;FRO=13;FSAF=92;FSAR=135;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0195153;FXX=0.00826412;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.819;QD=56.1641;RBI=0.0195635;REFB=-0.0757715;REVB=0.00137175;RO=12;SAF=91;SAR=132;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341335;STB=0.520288;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000707902;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:241:240:12:13:223:227:0.945833:132:91:9:3:135:92:10:3 chr17 33288649 . C A 952.62 PASS AF=0.752381;AO=79;DP=106;FAO=79;FDP=105;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0125332;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.612;QD=36.2903;RBI=0.0142524;REFB=-0.0186196;REVB=0.0067861;RO=26;SAF=26;SAR=53;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865207;STB=0.54638;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00548266;OID=.;OPOS=33288649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:26:26:79:79:0.752381:53:26:13:13:53:26:13:13 chr17 33288882 . T G 1315.25 PASS AF=1;AO=79;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487365;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.647;QD=60.4712;RBI=0.0487524;REFB=0;REVB=-0.00124276;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:79:87:1:52:27:0:0:52:35:0:0 chr17 33289046 . G C 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0183587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0976;QD=4.85319;RBI=0.0355514;REFB=0.00897032;REVB=-0.0304444;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324794;STB=0.677443;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0562167;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:25:28:7:7:0.2:2:5:11:14:2:5:14:14 chr17 33289113 . AAG A 58.17 PASS AF=0.37931;AO=7;DP=35;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.225153;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=25.3233;QD=8.02364;RBI=0.225474;REFB=-0.0332351;REVB=-0.0120201;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216323;STB=0.69481;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=0.0757033;OID=.;OPOS=33289114;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:7:35:11:29:18:6:5:4:14:58:24:2:5:11:13 chr17 33289937 . A T 787.3 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.395;QD=54.2966;RBI=0.0195495;REFB=-0.123686;REVB=0.0100677;RO=2;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495172;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000712001;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:58:2:1:54:57:0.982759:18:36:0:2:20:37:0:1 chr17 33336914 . T G 127.08 PASS AF=0.2;AO=20;DP=108;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0158264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.817;QD=4.62114;RBI=0.0810075;REFB=-0.00246156;REVB=0.0794465;RO=88;SAF=13;SAR=7;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233265;STB=0.63624;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00893949;OID=.;OPOS=33336914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:88:88:20:22:0.2:7:13:41:47:8:14:41:47 chr17 33448818 . T C 971.77 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.063498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0005;QD=55.5297;RBI=0.0640379;REFB=0.000398731;REVB=-0.00829805;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188791;STB=0.50127;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00065833;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:70:3:2:66:68:0.971429:37:29:2:1:37:31:1:1 chr17 33454415 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.549;QD=58.5878;RBI=0.0421735;REFB=0;REVB=0.00690513;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133761;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr17 33464864 . C T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5896;QD=56.9548;RBI=0.0887765;REFB=0;REVB=0.0878332;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116863;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr17 33469279 . G C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3034;QD=52.6032;RBI=0.132631;REFB=0;REVB=-0.0670622;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00482624;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr17 33592621 . C T 68.89 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00500231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.357;QD=5.99028;RBI=0.0055875;REFB=-0.00430207;REVB=-0.00248939;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402772;STB=0.754174;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0161171;OID=.;OPOS=33592621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:8:2:18:17:8:2:18:18 chr17 33680807 . G A 124.34 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1337;QD=41.4474;RBI=0.0371391;REFB=0;REVB=0.0314473;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152382;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr17 33680811 . C A 74.51 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00502626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.255;QD=22.9257;RBI=0.0919374;REFB=-0.103617;REVB=0.0917999;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228994;STB=0.63128;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0221741;OID=.;OPOS=33680811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:1:3:3:6:1:3 chr17 33680840 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9109;QD=53.2729;RBI=0.0544294;REFB=0;REVB=0.0404704;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195609;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr17 33689926 . T C 2169.03 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7044;QD=62.8705;RBI=0.0497647;REFB=0;REVB=-0.0085204;RO=0;SAF=91;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236233;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:47:91:0:0:47:91:0:0 chr17 33690466 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00973606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.663;QD=8.69141;RBI=0.01599;REFB=-0.0113335;REVB=0.0126843;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098437;STB=0.560295;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0228893;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:5:12:5:3:5:12 chr17 33749546 . A G 584.09 PASS AF=0.827586;AO=45;DP=55;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0371019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.791;QD=40.2819;RBI=0.0386513;REFB=0.00677415;REVB=0.0108337;RO=10;SAF=27;SAR=18;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350107;STB=0.518621;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.000946542;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:55:58:10:10:45:48:0.827586:18:27:5:5:19:29:5:5 chr17 33749919 . A C 348.61 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0348994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.329;QD=33.2006;RBI=0.0364199;REFB=-0.0187483;REVB=-0.0104134;RO=13;SAF=8;SAR=21;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907007;STB=0.549324;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00961337;OID=.;OPOS=33749919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:21:8:2:11:21:8:2:11 chr17 33768334 . T G 580.88 PASS AF=0.724638;AO=49;DP=66;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.01773;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.777;QD=33.6743;RBI=0.0177401;REFB=-0.0175953;REVB=0.000598713;RO=15;SAF=25;SAR=24;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391844;STB=0.512756;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00340899;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:15:19:49:50:0.724638:24:25:9:6:24:26:9:10 chr17 33768354 . C T 435.3 PASS AF=0.701754;AO=38;DP=55;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0657027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5734;QD=30.5476;RBI=0.104037;REFB=-0.00898588;REVB=0.0806655;RO=17;SAF=17;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205305;STB=0.504041;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00421689;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:17:17:38:40:0.701754:21:17:7:10:23:17:7:10 chr17 33769034 . G A 599.45 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=50;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0181056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7728;QD=47.0155;RBI=0.0358115;REFB=-0.00162039;REVB=-0.0308975;RO=5;SAF=25;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466185;STB=0.52355;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000106648;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:51:5:5:45:46:0.901961:20:25:4:1:20:26:4:1 chr17 33769038 . C A 562.08 PASS AF=0.884615;AO=44;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.025728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.309;QD=43.2366;RBI=0.0712851;REFB=-0.0671404;REVB=0.0664803;RO=8;SAF=26;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268395;STB=0.51194;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00694611;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:8:6:44:46:0.884615:18:26:4:4:20:26:4:2 chr17 33771996 . G A 334.98 PASS AF=0.717949;AO=27;DP=38;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0262264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.016;QD=34.3574;RBI=0.0412574;REFB=-0.0240883;REVB=0.0318488;RO=11;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537951;STB=0.533309;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00901165;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:11:11:27:28:0.717949:15:12:6:5:16:12:6:5 chr17 33805150 . T C 910.31 PASS AF=0.709091;AO=77;DP=109;FAO=78;FDP=110;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00151525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7732;QD=33.1022;RBI=0.0531917;REFB=-0.0429653;REVB=0.0531701;RO=32;SAF=19;SAR=58;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446725;STB=0.526969;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0064278;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:32:32:77:78:0.709091:58:19:6:26:58:20:6:26 chr17 33880003 . C G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0185265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.73;QD=10.1697;RBI=0.0278097;REFB=-0.0179575;REVB=-0.0207399;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170215;STB=0.603574;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0181838;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:9:13:8:3:9:13 chr17 33881631 . T C 1482.09 PASS AF=0.979381;AO=79;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0323569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.943;QD=61.1172;RBI=0.0323719;REFB=0.00992434;REVB=-0.000985106;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-4.37254e-05;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:79:95:0.979381:48:31:0:0:49:46:0:2 chr17 33881718 . G A 1406.4 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0807523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6426;QD=60.4901;RBI=0.0880858;REFB=-0.157014;REVB=-0.0351876;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.501073;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00358752;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:1:2:91:91:0.978495:50:41:0:1:50:41:1:1 chr17 33884804 . T C 88.2 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00107835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.919;QD=4.58179;RBI=0.00173662;REFB=-0.00241416;REVB=0.00136126;RO=62;SAF=11;SAR=4;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28468;STB=0.684725;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0104759;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:62:62:15:15:0.194805:4:11:32:30:4:11:32:30 chr17 33901917 . TTAAG T 241.91 PASS AF=0.722222;AO=24;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00310954;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=308.433;QD=26.8787;RBI=0.0094279;REFB=-0.00841666;REVB=0.00890034;RO=9;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101726;STB=0.564684;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.00386283;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:24:36:26:36:10:15:11:8:2:47:9:14:10:7:2 chr17 33901965 . C G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0121382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.017;QD=7.03221;RBI=0.0126895;REFB=-0.0195817;REVB=0.00369946;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328842;STB=0.69952;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0222909;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:2:7:13:12:2:7:14:12 chr17 33954527 . C G 68.32 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00272455;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4275;QD=4.79447;RBI=0.0216869;REFB=-0.0162735;REVB=-0.021515;RO=46;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640915;STB=0.54201;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0510638;OID=.;OPOS=33954527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:57:46:46:11:11:0.192982:7:4:19:27:7:4:19:27 chr17 33998802 . G C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0212252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.113;QD=29.5805;RBI=0.0247844;REFB=-0.0315452;REVB=0.0127968;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483279;STB=0.526723;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0154251;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:5:16:7:3:5:16:7:3 chr17 34072898 . C T 104.38 PASS AF=0.197802;AO=17;DP=89;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0149526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.273;QD=4.58832;RBI=0.0263897;REFB=-0.00422651;REVB=-0.0217448;RO=72;SAF=10;SAR=7;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105242;STB=0.595859;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0286123;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:72:73:17:18:0.197802:7:10:48:24:8:10:49:24 chr17 34100350 . G C,GC 481.33 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=4,27;DP=36;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482486,0.0279198;FXX=0.0294031;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=165.619,185.363;QD=58.3426;RBI=0.0528078,0.0462379;REFB=0,0;REVB=0.0214648,0.0368568;RO=2;SAF=2,9;SAR=2,18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277405,-0.0926354;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0241267,0.000235842;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:33:2:0:4,27:2,31:0.0606061,0.939394:2,18:2,9:2:0:0,21:2,10:0:0 chr17 34303693 . T C 47.63 PASS AF=0.150943;AO=9;DP=43;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00420584;FXX=0.0185151;HRUN=14;LEN=1;MLLD=101.531;QD=3.59452;RBI=0.0308023;REFB=0.00202941;REVB=-0.0305139;RO=34;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205825;STB=0.667796;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00434775;OID=.;OPOS=34303693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:43:53:34:45:9:8:0.150943:3:6:17:17:3:5:19:26 chr17 34304605 . C A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00331706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.625;QD=11.0866;RBI=0.00982453;REFB=-0.000799205;REVB=0.00924763;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157906;STB=0.509419;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00222406;OID=.;OPOS=34304605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:17:8:4:9:17:8 chr17 34304680 . C T 84.16 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=68;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00711747;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.013;QD=5.10063;RBI=0.0963572;REFB=-0.00501318;REVB=-0.096094;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464631;STB=0.570033;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0175006;OID=.;OPOS=34304680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:66:44:52:13:14:0.212121:4:9:29:15:5:9:29:23 chr17 34328461 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.178;QD=62.9827;RBI=0.0547199;REFB=0;REVB=-0.020902;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48116e-05;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr17 34340284 . C T 507.79 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000829108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.34;QD=31.7366;RBI=0.00663735;REFB=-0.0288049;REVB=0.00658536;RO=19;SAF=30;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214714;STB=0.511623;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0105884;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:15:30:12:7:15:30:12:7 chr17 34416537 . G A 1608.21 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00107976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.183;QD=59.0168;RBI=0.030453;REFB=-0.0418853;REVB=0.0304339;RO=1;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747538;STB=0.503936;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=3.55583e-05;OID=.;OPOS=34416537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:63:45:0:1:63:45:0:1 chr17 34431287 . G T 1366.27 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.143;QD=62.1034;RBI=0.0407844;REFB=0;REVB=0.0390387;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111076;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:82:88:1:39:43:0:0:42:46:0:0 chr17 34431961 . T C 168.22 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0013967;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.215;QD=42.0539;RBI=0.0306545;REFB=-0.0701168;REVB=0.0306226;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00127764;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr17 34432663 . AT GA 179.94 PASS AF=0.214815;AO=29;DP=136;FAO=29;FDP=135;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.00715847;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.027;QD=5.33166;RBI=0.0108945;REFB=0.000175556;REVB=-0.0082126;RO=103;SAF=7;SAR=22;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349197;STB=0.715292;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=-0.0011054;OID=.;OPOS=34432663;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:103:106:29:29:0.214815:22:7:52:51:22:7:53:53 chr17 34437572 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0230245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.326;QD=12.0517;RBI=0.0801355;REFB=-0.0116985;REVB=-0.0767566;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568639;STB=0.84619;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0234209;OID=.;OPOS=34437572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:8:5:8:1:8:5 chr17 34854280 . G A 213.19 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00440766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8615;QD=10.3993;RBI=0.0876349;REFB=-0.00415091;REVB=0.087524;RO=55;SAF=14;SAR=13;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052051;STB=0.530349;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0114958;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:13:14:31:24:13:14:31:24 chr17 34956585 . CCA C 72.09 PASS AF=0.227848;AO=17;DP=81;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.000236908;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.447;QD=3.64991;RBI=0.01373;REFB=-0.00383083;REVB=-0.013728;RO=58;SAF=5;SAR=12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=-0.30197;STB=0.706491;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0114532;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227848:17:81:18:79:61:5:13:33:28:72:58:5:12:31:27 chr17 35444172 . A T 904.58 PASS AF=0.755319;AO=65;DP=88;FAO=71;FDP=94;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0102135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.162;QD=38.4926;RBI=0.0139998;REFB=-0.0118226;REVB=-0.00957493;RO=21;SAF=31;SAR=34;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000334326;STB=0.503596;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00162288;OID=.;OPOS=35444172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:94:21:23:65:71:0.755319:34:31:10:11:36:35:11:12 chr17 35478362 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.208;QD=57.1772;RBI=0.00464772;REFB=0;REVB=0.00123472;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76751e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr17 35609866 . C T 560.95 PASS AF=0.836364;AO=42;DP=53;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0124775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.745;QD=40.7962;RBI=0.0235714;REFB=-0.0624538;REVB=0.0199981;RO=9;SAF=23;SAR=19;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396488;STB=0.513508;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0121559;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:53:55:9:9:42:46:0.836364:19:23:6:3:19:27:6:3 chr17 35696804 . G A 96.74 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0272283;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.725;QD=21.4984;RBI=0.0371273;REFB=-0.011689;REVB=-0.0252399;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00496844;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:7:7:10:11:0.611111:5:5:2:5:6:5:2:5 chr17 35771468 . C T 311.56 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1503;QD=49.8493;RBI=0.0305175;REFB=0.00835874;REVB=0.0277892;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000551531;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:17:6:0:1:18:6:0:1 chr17 35873399 . TA T 1281.2 PASS AF=1;AO=104;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4163;QD=46.5889;RBI=0.019915;REFB=0;REVB=-0.0159878;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000138647;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:110:110:110:0:49:61:0:0:23:0:44:60:0:0 chr17 35896123 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.151;QD=60.0304;RBI=0.0275912;REFB=0;REVB=0.0270507;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22689e-05;OID=.;OPOS=35896123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr17 35956391 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.156;QD=56.1916;RBI=0.00876929;REFB=0;REVB=-0.00624429;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08084e-05;OID=.;OPOS=35956391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 35984410 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.773;QD=54.5158;RBI=0.0174092;REFB=0;REVB=0.00907742;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76616e-05;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr17 35988672 . C T 919.82 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6935;QD=58.4009;RBI=0.0110253;REFB=0;REVB=-0.0021766;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133748;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 35995638 . T A 1536.52 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156937;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.138;QD=62.7151;RBI=0.0233511;REFB=-0.0621772;REVB=0.0172911;RO=1;SAF=61;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771231;STB=0.504064;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000140563;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:97:97:0.989796:36:61:1:0:36:61:1:0 chr17 36003359 . A G 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.244;QD=62.6615;RBI=0.0281387;REFB=0;REVB=0.0153545;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4082e-05;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr17 36358847 . T A 7975.81 PASS AF=0.988439;AO=507;DP=516;FAO=513;FDP=519;FR=.;FRO=6;FSAF=314;FSAR=199;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0364099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1346;QD=61.4706;RBI=0.0562198;REFB=-0.171623;REVB=0.0428367;RO=9;SAF=313;SAR=194;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173797;STB=0.502696;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00162924;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:516:519:9:6:507:513:0.988439:194:313:6:3:199:314:5:1 chr17 36365172 . C T 113.24 PASS AF=0.138122;AO=24;DP=181;FAO=25;FDP=181;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=94;FSRR=62;FWDB=-0.0233788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.075;QD=2.50247;RBI=0.0234626;REFB=-0.000776065;REVB=-0.00198126;RO=153;SAF=10;SAR=14;SRF=92;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230286;STB=0.637362;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00377049;OID=.;OPOS=36365172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:153:156:24:25:0.138122:14:10:92:61:14:11:94:62 chr17 36482903 . GCA CAC,GCAC 68.22 PASS AF=0.0694444,0.194444;AO=5,8;DP=73;FAO=5,14;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=5,13;FSAR=0,1;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0568623,-0.0337402;FXX=0.0270234;HRUN=3,0;LEN=3,1;MLLD=79.3062,68.2004;QD=3.78977;RBI=0.0989356,0.110876;REFB=-0.0124017,-0.0174881;REVB=-0.0809626,-0.105618;RO=48;SAF=5,7;SAR=0,1;SRF=29;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.548478,0.396888;STB=0.99739,0.855156;STBP=0.044,0.009;TYPE=mnp,ins;VARB=0.189568,0.175951;OID=.,.;OPOS=36482903,36482906;OREF=GCA,-;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,GCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:73:72:48:53:5,8:5,14:0.0694444,0.194444:0,1:5,7:29:19:0,1:5,13:33:20 chr17 36617210 . A G 1066.62 PASS AF=0.817308;AO=84;DP=103;FAO=85;FDP=104;FR=.;FRO=19;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0270258;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.269;QD=41.0238;RBI=0.0275591;REFB=-0.0422892;REVB=0.00539508;RO=17;SAF=44;SAR=40;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767118;STB=0.547934;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0115243;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:17:19:84:85:0.817308:40:44:13:4:40:45:15:4 chr17 36635721 . C T 1066.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4903;QD=59.2469;RBI=0.0530187;REFB=0;REVB=0.052696;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710183;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:36:36:0:0 chr17 36646386 . A G 2076.0 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.461;QD=61.9702;RBI=0.0387474;REFB=0;REVB=0.033481;RO=0;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49045e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:71:62:0:0:72:62:0:0 chr17 36830727 . G A 69.02 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.6709;QD=30.6753;RBI=0.2723;REFB=-0.056433;REVB=0.270028;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0284964;OID=.;OPOS=36830727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:2:1:7:8:0.888889:1:6:1:1:2:6:1:0 chr17 36861983 . T C 708.3 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8071;QD=62.9601;RBI=0.0408955;REFB=0;REVB=-0.0249567;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737983;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr17 36890949 . T C 54.01 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0588928;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.026;QD=6.00066;RBI=0.0591367;REFB=-0.00493454;REVB=-0.00536517;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048886;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121555;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:38:36:24:28:8:8:0.222222:4:4:11:13:4:4:14:14 chr17 36894839 . G A 71.34 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0419814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.681;QD=7.71254;RBI=0.042053;REFB=-0.00578202;REVB=0.00245325;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187387;STB=0.505607;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0336941;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:6:4:10:16:6:4:11:16 chr17 36906480 . G A 537.87 PASS AF=0.836735;AO=36;DP=44;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.176957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1134;QD=43.9081;RBI=0.180487;REFB=-0.0933113;REVB=0.0355249;RO=8;SAF=7;SAR=29;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029304;STB=0.50847;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0169792;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:49:8:8:36:41:0.836735:29:7:2:6:29:12:2:6 chr17 36909061 . A G 729.47 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.662;QD=63.4324;RBI=0.0914123;REFB=0;REVB=-0.0267426;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133734;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:24:19:0:0:24:22:0:0 chr17 36922196 . A G 149.24 PASS AF=0.28;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0249808;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.208;QD=7.95944;RBI=0.0252908;REFB=-0.00517247;REVB=0.00394801;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627173;STB=0.525073;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0130453;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:52:54:21:21:0.28:9:12:27:25:9:12:29:25 chr17 36922839 . C G 690.43 PASS AF=0.820896;AO=55;DP=67;FAO=55;FDP=67;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00726225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.181;QD=41.2197;RBI=0.0209581;REFB=-0.0214282;REVB=-0.0196597;RO=12;SAF=32;SAR=23;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117829;STB=0.562869;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00423756;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:12:12:55:55:0.820896:23:32:11:1:23:32:11:1 chr17 36926731 . T G 387.79 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0445643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7694;QD=26.7439;RBI=0.0571366;REFB=-0.0249134;REVB=0.0357577;RO=19;SAF=11;SAR=26;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123748;STB=0.554341;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0152299;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:21:37:37:0.637931:26:11:9:10:26:11:9:12 chr17 36926767 . G A 387.98 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0178107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.645;QD=31.6715;RBI=0.0178167;REFB=-0.00145207;REVB=0.000463903;RO=17;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101378;STB=0.55552;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000642719;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:20:12:9:8:20:12:9:8 chr17 37017969 . T G 742.36 PASS AF=0.964286;AO=55;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0299977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.436;QD=53.0256;RBI=0.0531417;REFB=-0.0870819;REVB=0.0438655;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00910342;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:55:54:0.964286:25:30:0:1:25:29:1:1 chr17 37023895 . AG A,AA 382.26 PASS AF=0.178571,0.821429;AO=7,19;DP=27;FAO=5,23;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5,14;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910575,0.00956826;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.275,268.024;QD=54.6083;RBI=0.110138,0.107522;REFB=0,0;REVB=0.109761,0.107096;RO=1;SAF=7,12;SAR=0,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.794046,0.0612242;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0333153,0.0108857;OID=.,.;OPOS=37023896,37023896;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.178571,0.821429:7,19:27:5,23:28:0:5,14:0,9:0:0:23:1:7,12:0,7:0:1 chr17 37054772 . C T 519.97 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.23;QD=59.4253;RBI=0.057676;REFB=0;REVB=0.032376;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469306;OID=.;OPOS=37054772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr17 37054884 . A G 440.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.091;QD=56.9015;RBI=0.00343331;REFB=0;REVB=-0.0013333;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352579;OID=.;OPOS=37054884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr17 37070658 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8193;QD=59.8389;RBI=0.0456773;REFB=0;REVB=0.00935225;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049734;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr17 37074932 . C T 339.95 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00601953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.136;QD=29.5611;RBI=0.00855849;REFB=0.0155772;REVB=-0.00608384;RO=17;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237398;STB=0.630821;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0044448;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:20:9:11:6:20:9:11:6 chr17 37076331 . G A 545.09 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7643;QD=57.3778;RBI=0.0326161;REFB=-0.0732667;REVB=0.00230888;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.509086;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00151832;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:27:10:0:0:27:10:0:1 chr17 37101380 . T C 652.07 PASS AF=0.918367;AO=40;DP=48;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0112201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.177;QD=53.2298;RBI=0.0325228;REFB=-0.0164082;REVB=0.0305261;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514466;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000155531;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:49:0:4:40:45:0.918367:14:26:0:0:19:26:3:1 chr17 37213317 . C A 106.32 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0138405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7832;QD=11.494;RBI=0.0762463;REFB=-0.0159496;REVB=0.0749796;RO=23;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372289;STB=0.73637;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0652052;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:12:13:0.351351:11:1:6:17:12:1:6:18 chr17 37224211 . C T 252.58 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0170977;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.897;QD=26.5875;RBI=0.0387785;REFB=-0.0410895;REVB=-0.0348058;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229993;STB=0.51275;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0284887;OID=.;OPOS=37224211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:8:7:10:13:8:7 chr17 37228765 . A G 306.74 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2748;QD=53.3454;RBI=0.0859804;REFB=0;REVB=-0.0371673;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987048;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr17 37243927 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0328658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.656;QD=4.46127;RBI=0.0329251;REFB=-0.00223896;REVB=-0.00197439;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177959;STB=0.621806;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00859619;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:12:13:4:2:12:13 chr17 37316988 . T C 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0113079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.436;QD=7.71923;RBI=0.0148867;REFB=-0.00832297;REVB=-0.00968216;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260953;STB=0.660527;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0250698;OID=.;OPOS=37316988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:15:23:5:8:15:23 chr17 37319029 . T G 50.11 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00386658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.299;QD=3.34043;RBI=0.014624;REFB=-0.00373711;REVB=-0.0141036;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229047;STB=0.651345;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0240577;OID=.;OPOS=37319029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:60:60:50:51:9:9:0.15:3:6:24:26:3:6:25:26 chr17 37319065 . C T 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0132076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.789;QD=3.37568;RBI=0.0206235;REFB=-2.45453e-05;REVB=0.0158395;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45429;STB=0.822532;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00065068;OID=.;OPOS=37319065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:48:40:41:7:7:0.145833:1:6:20:20:1:6:21:20 chr17 37321961 . C T 90.12 PASS AF=0.266667;AO=10;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.00118736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.088;QD=8.01026;RBI=0.0190128;REFB=-0.0247839;REVB=-0.0189757;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421083;STB=0.749687;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0440249;OID=.;OPOS=37321961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:45:45:28:32:10:12:0.266667:6:4:3:25:6:6:5:27 chr17 37410892 . C G 941.44 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352531;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.075;QD=58.84;RBI=0.0364716;REFB=0;REVB=-0.00934881;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06861e-05;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr17 37830900 . A G 424.11 PASS AF=0.716981;AO=34;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00529543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.935;QD=32.0084;RBI=0.0428142;REFB=0.00583462;REVB=0.0424854;RO=10;SAF=19;SAR=15;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104288;STB=0.565455;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00130208;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:10:15:34:38:0.716981:15:19:8:2:16:22:12:3 chr17 37879588 . A G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0253734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.629;QD=29.9651;RBI=0.0271555;REFB=-0.0360751;REVB=0.00967537;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135587;STB=0.507457;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0369195;OID=.;OPOS=37879588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:7:6:11:14:7:6 chr17 37884037 . C G 614.72 PASS AF=0.877551;AO=41;DP=47;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0953178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6204;QD=50.1809;RBI=0.0958696;REFB=-0.0422747;REVB=0.0102712;RO=6;SAF=10;SAR=31;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126576;STB=0.568932;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00796741;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:49:6:6:41:43:0.877551:31:10:4:2:33:10:4:2 chr17 37898543 . T C 428.25 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.261;QD=57.1003;RBI=0.113818;REFB=0;REVB=0.0390032;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271379;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 37922259 . G A 691.82 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0440945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.679;QD=51.2462;RBI=0.0604487;REFB=-0.167785;REVB=0.0413488;RO=3;SAF=29;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104534;STB=0.502914;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00266175;OID=.;OPOS=37922259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:3:2:51:52:0.962963:22:29:2:1:22:30:1:1 chr17 38020419 . T C 533.5 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.194;QD=59.2775;RBI=0.054755;REFB=0;REVB=0.0286532;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015831;OID=.;OPOS=38020419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:12:21:0:0:13:23:0:0 chr17 38024626 . C T 2142.87 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5029;QD=62.1122;RBI=0.0698189;REFB=-0.0707046;REVB=0.0451004;RO=1;SAF=84;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562645;STB=0.502958;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00231054;OID=.;OPOS=38024626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:53:84:1:0:53:84:1:0 chr17 38028634 . G T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.624;QD=57.1762;RBI=0.0100762;REFB=0;REVB=0.00467238;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09286e-05;OID=.;OPOS=38028634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr17 38031674 . C T 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924403;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.417;QD=60.9959;RBI=0.0930929;REFB=0;REVB=-0.0110028;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332972;OID=.;OPOS=38031674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 38033277 . A C 425.27 PASS AF=0.967742;AO=23;DP=33;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00692368;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.069;QD=54.8733;RBI=0.0109681;REFB=-0.0177109;REVB=0.00850659;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00109928;OID=.;OPOS=38033277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:31:0:1:23:30:0.967742:10:13:0:0:17:13:0:1 chr17 38062196 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.449;QD=63.2868;RBI=0.0096154;REFB=0;REVB=-0.00816658;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77939e-06;OID=.;OPOS=38062196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr17 38062217 . C T 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0109862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.8121;QD=59.1084;RBI=0.0166403;REFB=-0.248115;REVB=0.0124981;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00397523;OID=.;OPOS=38062217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:0:2:47:47:0.959184:17:30:0:0:17:30:2:0 chr17 38064405 . C T 431.94 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106612;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.464;QD=57.5913;RBI=0.0111062;REFB=0;REVB=0.00311254;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7352e-05;OID=.;OPOS=38064405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr17 38064469 . T A,C 616.2 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175109,0.020077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.773,197.821;QD=60.1169;RBI=0.0532963,0.0555595;REFB=0,0;REVB=0.0503375,0.0518051;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0367912,0.000258246;OID=.,.;OPOS=38064469,38064469;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:2,23:0,16:0:0:2,23:0,16:0:0 chr17 38121993 . G A 146.77 PASS AF=0.222222;AO=23;DP=106;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0521539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7191;QD=5.43578;RBI=0.0560456;REFB=-0.00502968;REVB=0.0205202;RO=83;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112058;STB=0.580251;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0345651;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:83:84:23:24:0.222222:13:10:29:54:13:11:30:54 chr17 38122680 . G T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0338801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.945;QD=28.7621;RBI=0.0429665;REFB=-0.0449588;REVB=0.0264245;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12128;STB=0.566861;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0194853;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:11:8:2:7:11:8:2:7 chr17 38122686 . G A 198.68 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.117342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5803;QD=27.4046;RBI=0.11761;REFB=-0.0488099;REVB=-0.00793893;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145096;STB=0.580072;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0576357;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:2:8:11:8:2:8 chr17 38137364 . G A 539.41 PASS AF=0.952381;AO=37;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.182699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8652;QD=51.372;RBI=0.200039;REFB=-0.17771;REVB=0.0814661;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.520823;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0219271;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:1:2:37:40:0.952381:17:20:1:0:17:23:2:0 chr17 38146154 . T C 127.84 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0193893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.107;QD=6.81787;RBI=0.0211275;REFB=0.00198638;REVB=-0.00839216;RO=55;SAF=3;SAR=16;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547271;STB=0.838167;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00487662;OID=.;OPOS=38146154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:56:19:19:0.253333:16:3:33:22:16:3:34:22 chr17 38154084 . G C 33.31 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0297933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.742;QD=3.41605;RBI=0.0561093;REFB=-0.0107392;REVB=-0.0475459;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201684;STB=0.615021;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0703692;OID=.;OPOS=38154084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:27:33:6:6:0.153846:3:3:18:9:3:3:21:12 chr17 38173143 . G A 480.0 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00498626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.604;QD=47.9997;RBI=0.0373254;REFB=-0.0334442;REVB=0.0369908;RO=5;SAF=21;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261282;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:14:21:3:2:14:21:3:2 chr17 38175866 . G A 222.99 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00979987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.924;QD=7.68921;RBI=0.0138168;REFB=-0.00230425;REVB=0.00973995;RO=84;SAF=12;SAR=20;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053123;STB=0.531654;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00785934;OID=.;OPOS=38175866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:84:84:32:32:0.275862:20:12:35:49:20:12:35:49 chr17 38176256 . A T 32.41 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0086037;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.388;QD=11.7851;RBI=0.00998179;REFB=-0.00701738;REVB=0.00506089;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.036518;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:5:1:1:4:5:1 chr17 38179492 . A G 617.52 PASS AF=0.732394;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=6.50442e-05;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.949;QD=34.79;RBI=0.00374022;REFB=0.0204676;REVB=-0.00373966;RO=19;SAF=18;SAR=34;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121637;STB=0.506553;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00647697;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:19:19:52:52:0.732394:34:18:7:12:34:18:7:12 chr17 38186106 . C T 158.22 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=109;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0349215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.035;QD=5.80626;RBI=0.0349221;REFB=-0.0130379;REVB=-0.000198169;RO=84;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761517;STB=0.54665;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0504043;OID=.;OPOS=38186106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:84:84:25:25:0.229358:14:11:32:52:14:11:32:52 chr17 38245789 . ACCCCCCCA ACACCCCCA,ACCCCCCA,ACCCCCCAC 94.51 PASS AF=0.304348,0.304348,0.173913;AO=4,4,5;DP=24;FAO=7,7,4;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=5,2,2;FSAR=2,5,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0140142,0.0241057,-0.0254323;FXX=0.0416493;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=184.872,6.0958,11.5061;QD=16.4361;RBI=0.0322406,0.226545,0.141242;REFB=-0.0109084,-0.0500904,-0.123227;REVB=0.0290355,0.225259,-0.138934;RO=3;SAF=4,1,2;SAR=0,3,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.490704,-0.361596;STB=0.55539,0.640603,0.555281;STBP=0.694,0.331,0.807;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0382285,0.0780545,0.145981;OID=.,.,.;OPOS=38245791,38245790,38245796;OREF=C,C,CA;OALT=A,-,AC;OMAPALT=ACACCCCCA,ACCCCCCA,ACCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.304348,0.304348,0.173913:4,4,5:24:7,7,4:23:5:5,2,2:2,5,2:3:2:35:3:4,1,2:0,3,3:3:0 chr17 38246286 . A G 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00423397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.827;QD=36.0056;RBI=0.0802039;REFB=-0.0311899;REVB=0.080092;RO=8;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102952;STB=0.556053;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00940428;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:12:13:6:2:12:13:6:2 chr17 38273561 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0129084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.43;QD=9.44487;RBI=0.0129116;REFB=-0.0119719;REVB=-0.000287298;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0192604;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr17 38319901 . G C 155.89 PASS AF=0.190141;AO=27;DP=141;FAO=27;FDP=142;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.0339138;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.6631;QD=4.39133;RBI=0.0943508;REFB=-0.00490895;REVB=0.088045;RO=111;SAF=8;SAR=19;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342504;STB=0.71516;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0190566;OID=.;OPOS=38319901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:111:115:27:27:0.190141:19:8:63:48:19:8:65:50 chr17 38435156 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0222907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.198;QD=14.0437;RBI=0.0763358;REFB=0.00971425;REVB=0.0730088;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0224177;OID=.;OPOS=38435156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr17 38513802 . GGGGCC G,GG,GGGC 543.25 PASS AF=0.45283,0.245283,0.301887;AO=15,13,8;DP=65;FAO=24,13,16;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24,12,3;FSAR=0,1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637098,0.0874274,0.177236;FXX=0.220556;HRUN=4,4,4;LEN=5,4,2;MLLD=32.3993,33.0183,25.0329;QD=40.9999;RBI=0.0730292,0.0954571,0.194496;REFB=0,0,0;REVB=-0.0356977,-0.0383212,-0.0801013;RO=1;SAF=15,12,1;SAR=0,1,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.445946,0.445946,0.445946;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0363094,-0.286738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0353302,-0.0203598,-0.0444626;OID=.,.,.;OPOS=38513803,38513804,38513805;OREF=GGGCC,GGCC,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GG,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.45283,0.245283,0.301887:15,13,8:65:24,13,16:53:0:24,12,3:0,1,13:0:0:78:1:15,12,1:0,1,7:1:0 chr17 38609244 . C T 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00670541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.276;QD=6.31115;RBI=0.0197023;REFB=-0.0143442;REVB=-0.0185261;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20955;STB=0.621381;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0493239;OID=.;OPOS=38609244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:4:6:14:19:4:6:15:19 chr17 38634605 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0059581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.498;QD=4.1561;RBI=0.0218558;REFB=-0.0119424;REVB=0.021028;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176135;STB=0.614955;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0318001;OID=.;OPOS=38634605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:1:5:19:7:1:5:20:7 chr17 38784927 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.301;QD=51.91;RBI=0.0253936;REFB=0;REVB=0.022777;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017247;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr17 38855772 . T C 1009.1 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00683451;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8662;QD=55.2932;RBI=0.0743454;REFB=-0.121007;REVB=0.0740306;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141118;STB=0.521733;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0026278;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:73:1:3:70:70:0.958904:33:37:0:1:33:37:0:3 chr17 38857446 . C A 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.403;QD=60.3747;RBI=0.0232124;REFB=0;REVB=0.014693;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62108e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr17 38858134 . CA C 968.3 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782347;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.124;QD=54.5519;RBI=0.0787133;REFB=0;REVB=-0.00866706;RO=1;SAF=25;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000113858;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:72:71:71:0:26:45:0:0:5:1:25:44:1:0 chr17 38911212 . G A 87.74 PASS AF=0.240741;AO=12;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0144451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.91;QD=6.49941;RBI=0.0384895;REFB=0.00938706;REVB=-0.0356761;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161577;STB=0.615207;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.019248;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:54:54:40:41:12:13:0.240741:5:7:18:22:5:8:19:22 chr17 38911327 . C G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0333256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3845;QD=4.55617;RBI=0.0534936;REFB=0.00525378;REVB=0.0418445;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227745;STB=0.655275;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0225509;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:16:14:2:5:16:14 chr17 38928014 . A G 153.88 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0113663;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.086;QD=6.83888;RBI=0.0185399;REFB=-0.000458454;REVB=0.014647;RO=68;SAF=8;SAR=14;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117886;STB=0.57226;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0011841;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:14:8:31:37:14:8:31:37 chr17 38935812 . A G 134.44 PASS AF=0.315789;AO=19;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.000890428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3828;QD=9.4344;RBI=0.0200708;REFB=0.00576266;REVB=-0.020051;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245191;STB=0.685385;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0119384;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:19:18:0.315789:13:6:20:18:13:5:21:18 chr17 38938557 . G A 281.39 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=29;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00276483;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.957;QD=41.6875;RBI=0.0142173;REFB=-0.00812851;REVB=0.0139459;RO=4;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410884;STB=0.516764;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0020429;OID=.;OPOS=38938557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:27:4:4:22:23:0.851852:14:8:2:2:14:9:2:2 chr17 38938591 . C G 235.02 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00121271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.452;QD=40.8728;RBI=0.031302;REFB=-0.0113868;REVB=0.0312785;RO=3;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950419;STB=0.551674;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000427604;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:23:3:3:19:20:0.869565:13:6:0:3:13:7:0:3 chr17 38950272 . T C 1232.28 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0457147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.121;QD=58.6801;RBI=0.0497722;REFB=-0.111392;REVB=0.0196834;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.512817;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000564478;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:84:0:2:81:82:0.97619:38:43:0:0:38:44:0:2 chr17 38955961 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0190529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.06;QD=12.7299;RBI=0.0212915;REFB=-0.0163657;REVB=-0.00950349;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225785;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0174961;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:5:7:7:2:5:7 chr17 38978536 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.399;QD=52.6132;RBI=0.0243498;REFB=0;REVB=0.0143092;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38161e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr17 38978643 . GC G 30.6 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.173972;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4532;QD=4.37201;RBI=0.184062;REFB=-0.101814;REVB=-0.0601043;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0.340909;SSEP=0;SSSB=0.0947921;STB=0.785232;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.124564;OID=.;OPOS=38978644;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:27:8:28:20:4:4:2:18:30:14:2:8:2:12 chr17 38990834 . G C 1341.26 PASS AF=1;AO=66;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103713;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.475;QD=62.3841;RBI=0.068926;REFB=0;REVB=0.0681413;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461788;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:66:86:1:21:45:0:0:35:51:0:0 chr17 38991003 . T C 258.53 PASS AF=0.25;AO=39;DP=160;FAO=40;FDP=160;FR=.;FRO=120;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.00570255;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.669;QD=6.46318;RBI=0.00621702;REFB=-0.00146759;REVB=0.00247635;RO=121;SAF=14;SAR=25;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134354;STB=0.584702;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00402959;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:121:120:39:40:0.25:25:14:56:65:26:14:55:65 chr17 38991032 . T A 246.72 PASS AF=0.232143;AO=39;DP=170;FAO=39;FDP=168;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=0.0463222;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.57;QD=5.87434;RBI=0.0501141;REFB=-0.0050288;REVB=0.0191228;RO=128;SAF=13;SAR=26;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251689;STB=0.650524;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0151567;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:128:129:39:39:0.232143:26:13:68:60:26:13:68:61 chr17 39081713 . A G 142.33 PASS AF=0.206897;AO=24;DP=115;FAO=24;FDP=116;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0524836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.135;QD=4.90808;RBI=0.0559216;REFB=-0.00073481;REVB=-0.0193052;RO=89;SAF=9;SAR=15;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942227;STB=0.513687;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00257267;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:89:92:24:24:0.206897:15:9:34:55:15:9:36:56 chr17 39084504 . T C 164.24 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00503966;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.839;QD=9.66109;RBI=0.0262053;REFB=-0.024888;REVB=0.0257161;RO=47;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339492;STB=0.513501;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0525192;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:46:22:22:0.323529:12:10:20:27:12:10:20:26 chr17 39135205 . A G 495.75 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0191024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.507;QD=31.984;RBI=0.0283266;REFB=-0.0278271;REVB=0.0209164;RO=18;SAF=29;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283415;STB=0.51534;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0181552;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:18:44:44:0.709677:15:29:11:7:15:29:11:7 chr17 39135207 . A G 492.93 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00380569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.773;QD=31.297;RBI=0.00689502;REFB=-0.0202759;REVB=0.0057496;RO=19;SAF=29;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487593;STB=0.526428;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00343619;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:15:29:11:8:15:29:11:8 chr17 39137297 . C T 258.84 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=2.33392e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.779;QD=38.3468;RBI=0.0302244;REFB=0.00226534;REVB=-0.0302244;RO=5;SAF=15;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471806;STB=0.525669;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000883999;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:27:27:5:5:22:22:0.814815:7:15:4:1:7:15:4:1 chr17 39150167 . G A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.022127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.397;QD=25.2857;RBI=0.0223064;REFB=-0.0102548;REVB=-0.0028229;RO=8;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161363;STB=0.627408;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00159642;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:3:13:5:3:3:13:5:4 chr17 39150284 . A G 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0123713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.455;QD=19.3795;RBI=0.0805251;REFB=-0.0420293;REVB=-0.0795691;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234192;STB=0.646002;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0307417;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:6:14:9:11:6:14:9:12 chr17 39150357 . A G 307.9 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0283519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.201;QD=24.149;RBI=0.0289179;REFB=-0.045003;REVB=0.00569308;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216182;STB=0.627823;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0401986;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:12:18:6:14:12:18:6:15 chr17 39156027 . G A 289.83 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0164141;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.821;QD=25.2029;RBI=0.0201467;REFB=-0.0254788;REVB=0.0116819;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999618;STB=0.555513;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0233193;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:11:9:15:11:11:9 chr17 39186031 . C T 613.34 PASS AF=0.706667;AO=51;DP=75;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0305117;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.974;QD=32.7114;RBI=0.0628325;REFB=-0.0202019;REVB=0.0549268;RO=21;SAF=27;SAR=24;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303579;STB=0.502767;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00918971;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:21:22:51:53:0.706667:24:27:11:10:26:27:11:11 chr17 39186168 . A C 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0226633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6108;QD=34.6081;RBI=0.0230241;REFB=-0.0428891;REVB=-0.00405981;RO=9;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153312;STB=0.583873;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00830036;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:16:9:6:3:16:9:6:3 chr17 39186220 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00644244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.441;QD=18.7119;RBI=0.00669438;REFB=-0.0100069;REVB=-0.00181926;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172572;STB=0.598078;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0114274;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:11:8:11:7:11:8 chr17 39190758 . T C 366.6 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00925308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.661;QD=40.7328;RBI=0.0325566;REFB=-0.00880138;REVB=-0.031214;RO=7;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546045;STB=0.502957;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0020514;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:17:12:3:4:17:12:3:4 chr17 39197176 . G A 81.31 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0455825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.76;QD=10.1641;RBI=0.0485165;REFB=-0.0182627;REVB=0.0166159;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276589;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0663813;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:32:18:21:11:11:0.34375:5:6:5:13:5:6:6:15 chr17 39197499 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.506;QD=23.2183;RBI=0.0570943;REFB=-0.0985356;REVB=0.0150917;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0287161;OID=.;OPOS=39197499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr17 39203490 . G C 183.48 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00974851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.691;QD=34.9494;RBI=0.0830954;REFB=0.00249571;REVB=0.0825216;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.583241;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-7.40881e-05;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:7:10:4:0:7:10:4:0 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 217.35 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00485554;FXX=0.181763;HRUN=1;LEN=13;MLLD=304.749;QD=32.2003;RBI=0.0274412;REFB=-0.0377082;REVB=-0.0270082;RO=6;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715229;STB=0.603651;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=0.0144776;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.703704:19:31:19:27:8:16:3:5:3:57:6:16:3:5:1 chr17 39216302 . T G,TG 228.7 PASS AF=0.0487805,0.560976;AO=4,18;DP=40;FAO=2,23;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=2,18;FSAR=0,5;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0208948,-0.162983;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=157.494,23.8342;QD=22.3117;RBI=0.0860248,0.185579;REFB=-0.00109171,-0.00243501;REVB=-0.0834486,-0.088748;RO=17;SAF=2,17;SAR=2,1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.399502,0.319405;STB=0.991165,0.559393;STBP=0.448,0.515;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0240495,-0.0204474;OID=.,.;OPOS=39216302,39216303;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:40:41:17:16:4,18:2,23:0.0487805,0.560976:2,1:2,17:14:3:0,5:2,18:14:2 chr17 39240661 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.062513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.249;QD=14.6525;RBI=0.0626784;REFB=-0.0150182;REVB=-0.00454988;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00949477;OID=.;OPOS=39240661;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr17 39254335 . A AT 150.15 PASS AF=0.248447;AO=40;DP=164;FAO=40;FDP=161;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=0.0758882;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1903;QD=3.7305;RBI=0.140069;REFB=0.00397748;REVB=0.11773;RO=122;SAF=25;SAR=15;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217249;STB=0.633628;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=-0.00559482;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.248447:40:164:40:161:121:25:15:54:67:99:122:25:15:55:67 chr17 39274518 . C T 189.47 PASS AF=0.245763;AO=29;DP=118;FAO=29;FDP=118;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.000529916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5635;QD=6.42288;RBI=0.0320959;REFB=-0.00315822;REVB=0.0320915;RO=88;SAF=15;SAR=14;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918546;STB=0.5594;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0073491;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:88:89:29:29:0.245763:14:15:39:49:14:15:39:50 chr17 39334456 . G A 486.96 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0620178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.459;QD=29.9665;RBI=0.0810275;REFB=-0.0161341;REVB=0.0521465;RO=21;SAF=21;SAR=23;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173129;STB=0.593599;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0170321;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:23:21:4:17:23:21:4:17 chr17 39340707 . C T 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0277242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.891;QD=31.224;RBI=0.0907422;REFB=-0.0342874;REVB=-0.0864032;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141672;STB=0.507805;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0166302;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:7:13:5:3:7:13:5:3 chr17 39341158 . G A 566.65 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.018321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.65;QD=35.9775;RBI=0.0223369;REFB=-0.00807516;REVB=-0.0127779;RO=15;SAF=28;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226536;STB=0.51219;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00255424;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:20:28:8:7:20:28:8:7 chr17 39341266 . A G 203.51 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0127359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.05;QD=30.1498;RBI=0.0132894;REFB=0.021169;REVB=0.00379539;RO=8;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113405;STB=0.541018;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0263637;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:18:19:0.703704:4:14:5:3:5:14:5:3 chr17 39341294 . T A 171.23 PASS AF=0.8;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00848228;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.008;QD=34.2462;RBI=0.0329865;REFB=0.00513903;REVB=0.0318773;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917426;STB=0.562422;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000660436;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:20:20:5:4:15:16:0.8:9:6:3:2:9:7:3:1 chr17 39341473 . G C 334.64 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0418495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2271;QD=33.4638;RBI=0.0431165;REFB=0.00439152;REVB=-0.0103754;RO=12;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196707;STB=0.510745;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00209171;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:13:15:6:6:13:15:6:6 chr17 39346518 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.505;QD=28.5377;RBI=0.111719;REFB=0.00809955;REVB=0.0376885;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0033598;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr17 39382942 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5229;QD=10.0339;RBI=0.0717511;REFB=0.0194549;REVB=0.0717511;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0175242;OID=.;OPOS=39382942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr17 39383223 . G A 77.14 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00117985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.147;QD=13.416;RBI=0.0243795;REFB=-0.0108809;REVB=-0.0243509;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227183;STB=0.636061;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0051459;OID=.;OPOS=39383223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:8:5:2:8:8:5 chr17 39383335 . C G 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0166472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.262;QD=27.1517;RBI=0.0172774;REFB=-0.0663956;REVB=0.0046239;RO=5;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137942;STB=0.52937;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0140702;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:5:6:14:14:0.7:6:8:3:2:6:8:4:2 chr17 39388905 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0391782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.535;QD=12.3961;RBI=0.107085;REFB=0.0108501;REVB=0.099661;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0138197;OID=.;OPOS=39388905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr17 39394674 . A G 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0499063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.914;QD=16.8825;RBI=0.0499421;REFB=-0.0271376;REVB=0.00188939;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277356;STB=0.658333;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.02485;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:12:5:9:6:12:5 chr17 39406291 . T C 163.9 PASS AF=0.212598;AO=27;DP=127;FAO=27;FDP=127;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0116331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.981;QD=5.16215;RBI=0.0320439;REFB=-0.00271166;REVB=-0.0298577;RO=100;SAF=13;SAR=14;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992896;STB=0.561583;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00946749;OID=.;OPOS=39406291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:100:100:27:27:0.212598:14:13:56:44:14:13:56:44 chr17 39406299 . A G 488.31 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.019971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.045;QD=15.3799;RBI=0.0278842;REFB=-0.0154664;REVB=0.0194599;RO=73;SAF=27;SAR=27;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772599;STB=0.543291;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0264393;OID=.;OPOS=39406299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:27:27:42:31:27:27:42:31 chr17 39406343 . A G 405.02 PASS AF=0.333333;AO=52;DP=156;FAO=52;FDP=156;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.000794719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.03;QD=10.3851;RBI=0.00397529;REFB=-0.0157741;REVB=0.00389505;RO=104;SAF=17;SAR=35;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249767;STB=0.644169;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0240515;OID=.;OPOS=39406343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:104:104:52:52:0.333333:35:17:56:48:35:17:56:48 chr17 39406409 . C A 2047.72 PASS AF=0.789744;AO=154;DP=196;FAO=154;FDP=195;FR=.;FRO=41;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00160447;FXX=0.0101518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9188;QD=42.0044;RBI=0.0670078;REFB=-0.072256;REVB=0.0669885;RO=40;SAF=69;SAR=85;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000764203;STB=0.503263;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0213192;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:40:41:154:154:0.789744:85:69:18:22:85:69:19:22 chr17 39406419 . T C 567.85 PASS AF=0.346939;AO=68;DP=195;FAO=68;FDP=196;FR=.;FRO=128;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=-0.0261894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5868;QD=11.5887;RBI=0.0270457;REFB=-0.00138036;REVB=-0.00675178;RO=126;SAF=27;SAR=41;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109816;STB=0.56821;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00683848;OID=.;OPOS=39406419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:126:128:68:68:0.346939:41:27:62:64:41:27:64:64 chr17 39406427 . T C 501.35 PASS AF=0.316583;AO=62;DP=198;FAO=63;FDP=199;FR=.;FRO=136;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=0.0189521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.057;QD=10.0773;RBI=0.0192351;REFB=-0.00815059;REVB=0.00328762;RO=136;SAF=25;SAR=37;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107389;STB=0.555251;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0191624;OID=.;OPOS=39406427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:136:136:62:63:0.316583:37:25:67:69:37:26:67:69 chr17 39406447 . A G 948.76 PASS AF=0.489583;AO=93;DP=193;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.0105163;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.753;QD=19.7658;RBI=0.0123117;REFB=-0.00966029;REVB=0.00640212;RO=97;SAF=50;SAR=43;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778224;STB=0.542266;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00996027;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:97:98:93:94:0.489583:43:50:44:53:44:50:44:54 chr17 39406461 . C A 290.47 PASS AF=0.244444;AO=44;DP=180;FAO=44;FDP=180;FR=.;FRO=136;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=76;FSRR=60;FWDB=-0.0350499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.779;QD=6.45485;RBI=0.0439286;REFB=-0.00909255;REVB=-0.0264806;RO=136;SAF=15;SAR=29;SRF=76;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272581;STB=0.663992;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0349821;OID=.;OPOS=39406461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:136:136:44:44:0.244444:29:15:76:60:29:15:76:60 chr17 39406474 . C A 246.64 PASS AF=0.223464;AO=40;DP=181;FAO=40;FDP=179;FR=.;FRO=139;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=0.0337317;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.338;QD=5.5115;RBI=0.0380835;REFB=-0.00318682;REVB=-0.0176785;RO=135;SAF=13;SAR=27;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274352;STB=0.672458;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0106625;OID=.;OPOS=39406474;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:135:139:40:40:0.223464:27:13:73:62:27:13:76:63 chr17 39406492 . T C 204.89 PASS AF=0.204678;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=171;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=58;FWDB=-0.0179949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.276;QD=4.79266;RBI=0.0242974;REFB=0.000358833;REVB=-0.0163263;RO=136;SAF=12;SAR=23;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290903;STB=0.680372;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00325034;OID=.;OPOS=39406492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:136:136:35:35:0.204678:23:12:78:58:23:12:78:58 chr17 39406539 . C T 40.96 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.00945761;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.831;QD=1.14562;RBI=0.0181033;REFB=-0.00396424;REVB=-0.0154364;RO=132;SAF=7;SAR=5;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882567;STB=0.510138;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0411424;OID=.;OPOS=39406539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:144:143:132:131:12:12:0.0839161:5:7:76:56:5:7:75:56 chr17 39406567 . C A 1142.44 PASS AF=0.678571;AO=95;DP=140;FAO=95;FDP=140;FR=.;FRO=45;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0214562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.296;QD=32.6411;RBI=0.021807;REFB=-0.0145772;REVB=0.00389566;RO=45;SAF=48;SAR=47;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699998;STB=0.53762;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00533192;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:45:45:95:95:0.678571:47:48:28:17:47:48:28:17 chr17 39406589 . A G 1058.26 PASS AF=0.661765;AO=90;DP=136;FAO=90;FDP=136;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0433822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.004;QD=31.1253;RBI=0.0460487;REFB=-0.0200643;REVB=0.0154423;RO=45;SAF=42;SAR=48;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687314;STB=0.540637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00655707;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:45:46:90:90:0.661765:48:42:26:19:48:42:27:19 chr17 39412372 . G C 378.84 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0304981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2765;QD=29.1413;RBI=0.0459006;REFB=0.00398829;REVB=-0.0343036;RO=17;SAF=18;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131774;STB=0.571701;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00373863;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:17:18:5:12:17:18:5:12 chr17 39422677 . C T 305.28 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.285;QD=53.0927;RBI=0.123935;REFB=0;REVB=0.0150088;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174009;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:10:11:0:0:10:13:0:0 chr17 39432562 . A T 329.14 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00327426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.518;QD=43.8854;RBI=0.0235512;REFB=-0.0186532;REVB=0.0233224;RO=3;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319132;STB=0.533308;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00180367;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:3:4:26:26:0.866667:13:13:1:2:13:13:1:3 chr17 39458765 . A G 306.53 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.964;QD=53.3087;RBI=0.0853639;REFB=0;REVB=0.0833832;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688618;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:8:15:0:0 chr17 39535859 . A G 2322.74 PASS AF=0.96319;AO=154;DP=164;FAO=157;FDP=163;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0263932;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.472;QD=56.9997;RBI=0.0269393;REFB=-0.00545624;REVB=0.0053969;RO=6;SAF=76;SAR=78;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123388;STB=0.506018;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000225589;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:164:163:6:6:154:157:0.96319:78:76:4:2:78:79:4:2 chr17 39580559 . T A 40.09 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00329883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.973;QD=2.00471;RBI=0.00515265;REFB=-0.000361458;REVB=0.00395823;RO=66;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.608448;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0061334;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:66:71:9:9:0.1125:6:3:30:36:6:3:32:39 chr17 39580562 . T C 40.1 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00281985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.824;QD=2.00483;RBI=0.00612108;REFB=-0.000958445;REVB=0.00543287;RO=71;SAF=3;SAR=6;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14423;STB=0.608448;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0135336;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:71:71:9:9:0.1125:6:3:32:39:6:3:32:39 chr17 39580739 . C A 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0311598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.723;QD=4.15608;RBI=0.038543;REFB=-0.0140356;REVB=-0.0226855;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161852;STB=0.614955;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0672278;OID=.;OPOS=39580739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:20:7:1:5:20:7 chr17 39593768 . A G 638.78 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.31;QD=59.4215;RBI=0.0278803;REFB=0.303636;REVB=-0.00902951;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00471164;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:0:1:18:24:0:1 chr17 39616430 . G T 249.58 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0231102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1278;QD=41.5966;RBI=0.02315;REFB=-0.0851586;REVB=-0.00135781;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.516113;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0142465;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:0:3:21:21:0.875:5:16:0:0:5:16:2:1 chr17 39619093 . GT AC 446.02 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00423317;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.555;QD=36.4095;RBI=0.00887847;REFB=-0.0508264;REVB=0.00780432;RO=13;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120832;STB=0.504082;STBP=0.944;TYPE=mnp;VARB=0.022031;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:14:35:35:0.714286:17:18:7:6:17:18:7:7 chr17 39619115 . G A 484.75 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0079556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.776;QD=32.3163;RBI=0.0252144;REFB=-0.0189107;REVB=0.0239264;RO=16;SAF=23;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175631;STB=0.501557;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00564581;OID=.;OPOS=39619115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:16:17:43:43:0.716667:20:23:8:8:20:23:9:8 chr17 39619219 . G A 625.27 PASS AF=0.697368;AO=51;DP=77;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.017735;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.835;QD=32.9092;RBI=0.0209673;REFB=-0.0278931;REVB=0.0111846;RO=22;SAF=20;SAR=31;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987939;STB=0.50612;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0109902;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:22:23:51:53:0.697368:31:20:9:13:31:22:10:13 chr17 39620399 . C T 556.5 PASS AF=0.7;AO=48;DP=69;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0366048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.484;QD=31.7998;RBI=0.0398402;REFB=-0.0164535;REVB=0.0157268;RO=21;SAF=23;SAR=25;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109703;STB=0.561379;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00778586;OID=.;OPOS=39620399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:21:21:48:49:0.7:25:23:6:15:25:24:6:15 chr17 39620565 . C T 146.83 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00418399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.328;QD=11.2943;RBI=0.0150648;REFB=-0.00431557;REVB=-0.0144721;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501683;STB=0.519209;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0109696;OID=.;OPOS=39620565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:9:9:15:18:9:9:16:18 chr17 39622068 . G T 267.84 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.021173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5845;QD=9.23578;RBI=0.0628879;REFB=-0.010205;REVB=-0.0592164;RO=78;SAF=20;SAR=16;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654003;STB=0.546999;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0172337;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:80:36:36:0.310345:16:20:39:39:16:20:39:41 chr17 39623363 . T C 127.8 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00296874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.177;QD=6.81615;RBI=0.010209;REFB=-0.00761946;REVB=0.00976781;RO=56;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544282;STB=0.533298;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0223931;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:12:7:23:33:12:7:23:33 chr17 39624240 . G C 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0117113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.994;QD=4.36796;RBI=0.0522122;REFB=-0.000899026;REVB=-0.0508818;RO=42;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981355;STB=0.517203;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00198036;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:4:5:23:19:4:5:23:20 chr17 39624326 . G C 65.36 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00907767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.439;QD=3.63095;RBI=0.00984516;REFB=-0.00584577;REVB=0.00381093;RO=60;SAF=4;SAR=8;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267708;STB=0.678604;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0270861;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:8:4:33:27:8:4:33:27 chr17 39633317 . A G 87.16 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00830575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6523;QD=10.2546;RBI=0.0535321;REFB=-0.0233483;REVB=-0.0528838;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368419;STB=0.755336;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0424868;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:32:34:20:22:10:12:0.352941:2:8:10:10:2:10:11:11 chr17 39633349 . G C 102.7 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00571708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.132;QD=9.33592;RBI=0.00595179;REFB=-0.00733629;REVB=0.00165492;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266707;STB=0.655478;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0273469;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:3:10:17:13:3:10:18:13 chr17 39637244 . A G 195.61 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=75;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0133288;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.969;QD=10.2953;RBI=0.0276742;REFB=-0.0303379;REVB=0.0242529;RO=51;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031524;STB=0.505878;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0630154;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:51:51:24:25:0.328947:13:11:22:29:14:11:22:29 chr17 39646021 . A G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0103546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.457;QD=3.76459;RBI=0.0191603;REFB=-0.0135951;REVB=-0.0161213;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240096;STB=0.666112;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.124633;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:2:4:13:15:2:4:14:16 chr17 39659194 . T C 733.82 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.878;QD=61.1512;RBI=0.0254966;REFB=0.00889395;REVB=0.00259703;RO=1;SAF=36;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128881;STB=0.506846;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00132971;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:11:36:1:0:11:36:1:0 chr17 39659913 . G A 1090.08 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=4.44024e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2277;QD=58.1377;RBI=0.0121779;REFB=-0.0906416;REVB=0.0121778;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012613;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00190834;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:37:36:0:1:37:37:0:1 chr17 39661689 . G A 230.66 PASS AF=0.909091;AO=13;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00257426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.783;QD=41.9376;RBI=0.0416618;REFB=-0.00719824;REVB=0.0415822;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.541626;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00107697;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:13:20:0.909091:6:7:0:1:11:9:0:2 chr17 39670912 . G C 836.41 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0496507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4906;QD=55.7608;RBI=0.0642922;REFB=0.0295989;REVB=-0.0408448;RO=1;SAF=7;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898996;STB=0.50476;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00445382;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:52:7:0:1:52:7:0:1 chr17 39674641 . T C 1380.74 PASS AF=0.925234;AO=99;DP=109;FAO=99;FDP=107;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=4.83395e-05;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.905;QD=51.6163;RBI=0.0125808;REFB=-0.0269849;REVB=-0.0125807;RO=8;SAF=41;SAR=58;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840346;STB=0.544435;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00459354;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:109:107:8:8:99:99:0.925234:58:41:8:0:58:41:8:0 chr17 39681475 . A G 730.33 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397501;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.262;QD=57.2807;RBI=0.0409578;REFB=0;REVB=0.00987254;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499945;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr17 39723990 . T A 304.56 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0307461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7292;QD=48.7299;RBI=0.0334274;REFB=-0.0768938;REVB=0.0131175;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00543713;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:23:24:0.96:15:8:1:0:15:9:1:0 chr17 39727816 . T G 587.1 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7277;QD=58.7097;RBI=0.109284;REFB=0;REVB=0.00177461;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091362;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:19:20:1:0:19:21:0:0 chr17 39728050 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8659;QD=53.2685;RBI=0.0336227;REFB=0;REVB=-0.0336227;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000851474;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:23:0:0:0:23:0:0:0 chr17 39742718 . A G 1050.93 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069969;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.517;QD=60.0529;RBI=0.0163922;REFB=0;REVB=-0.0148239;RO=0;SAF=17;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106824;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:53:17:0:0:53:17:0:0 chr17 39742894 . G A 305.88 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.673;QD=53.1965;RBI=0.00982121;REFB=0;REVB=0.00965287;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14975e-05;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:20:2:0:0:20:3:0:0 chr17 39742898 . GC AT 284.32 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107635;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.0751;QD=51.694;RBI=0.115154;REFB=0;REVB=0.0409292;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00377539;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:19:2:0:0:19:3:0:0 chr17 39743081 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.264;QD=57.8848;RBI=0.0708264;REFB=0;REVB=0.0612308;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211424;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr17 39767744 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3319;QD=50.4095;RBI=0.0141155;REFB=0;REVB=-0.0122565;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235817;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr17 39786865 . G A 377.88 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.014693;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.921;QD=32.1597;RBI=0.0378318;REFB=-0.0270673;REVB=0.0348621;RO=14;SAF=2;SAR=18;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580721;STB=0.900347;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0272624;OID=.;OPOS=39786865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:14:14:20:20:0.425532:18:2:10:4:19:1:10:4 chr17 39871700 . G A 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6738;QD=55.6421;RBI=0.0478083;REFB=0;REVB=0.0343581;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113865;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 39874267 . T A 879.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016688;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.443;QD=57.6572;RBI=0.0211567;REFB=0;REVB=0.0130045;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028792;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr17 39874283 . T A 919.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8415;QD=58.3526;RBI=0.0405715;REFB=0;REVB=-0.0363151;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051111;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 39879729 . CAGA C 185.51 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196832;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.021;QD=46.3783;RBI=0.020669;REFB=0;REVB=-0.00630735;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.43172e-05;OID=.;OPOS=39879730;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:17:16:16:0:10:6:0:0:4:0:8:4:0:0 chr17 39880340 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.112;QD=45.8068;RBI=0.0351523;REFB=0;REVB=0.00816953;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243303;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr17 39880545 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.158;QD=58.7804;RBI=0.0413731;REFB=0;REVB=0.0150154;RO=0;SAF=12;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84195e-05;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:53:12:0:0:53:12:0:0 chr17 39880573 . G A 716.89 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184457;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.345;QD=61.0116;RBI=0.0196907;REFB=0.0504418;REVB=0.00689058;RO=1;SAF=2;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108083;STB=0.505616;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-3.77538e-05;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:43:2:0:1:44:2:0:1 chr17 39881289 . G C 569.38 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.489;QD=59.9343;RBI=0.0723287;REFB=0;REVB=0.0710846;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367527;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr17 39883559 . G A 91.96 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.000901184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.866;QD=18.3921;RBI=0.10679;REFB=0.00070944;REVB=0.106786;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249998;STB=0.642612;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00231367;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:7:2:6:5:7:2 chr17 39883595 . T C 132.83 PASS AF=0.6;AO=11;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0193163;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.591;QD=21.2521;RBI=0.0414508;REFB=-0.00889821;REVB=0.0366749;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154763;STB=0.631413;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00756286;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:8:10:11:15:0.6:5:6:6:2:8:7:8:2 chr17 39883672 . G A 36.19 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0152782;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.667;QD=5.36113;RBI=0.0205463;REFB=-0.0132253;REVB=0.0137378;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329408;STB=0.71347;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0481999;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:27:20:21:6:6:0.222222:1:5:12:8:1:5:13:8 chr17 39884091 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.9;QD=51.9167;RBI=0.0295985;REFB=0;REVB=0.0188768;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34605e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 39884583 . G A 706.44 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0581;QD=54.3412;RBI=0.0853334;REFB=-0.116517;REVB=0.0595496;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371138;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:52:0:0:50:52:1:33:17:0:0:34:18:0:0 chr17 39890715 . A T 873.92 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038226;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.706;QD=58.2611;RBI=0.0444476;REFB=0;REVB=0.0226795;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225671;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:30:28:0:0:31:29:0:0 chr17 39890876 . T C 66.38 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0747963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.588;QD=26.5508;RBI=0.0803242;REFB=0.0277976;REVB=0.0292827;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0481241;OID=.;OPOS=39890876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:7:8:0.8:4:3:0:2:5:3:0:2 chr17 39914037 . C CG 58.66 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0457586;FXX=0.020404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.653;QD=4.88814;RBI=0.0457893;REFB=-0.0288984;REVB=0.00167657;RO=34;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400584;STB=0.686592;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.16974;OID=.;OPOS=39914038;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:14:50:15:48:33:3:12:14:19:58:34:2:12:14:20 chr17 39925925 . A G 81.38 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0339438;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2712;QD=7.07617;RBI=0.0356904;REFB=-0.00249448;REVB=-0.0110284;RO=38;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364286;STB=0.690999;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0107907;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:48:46:38:35:10:11:0.23913:2:8:20:18:3:8:17:18 chr17 39959189 . C G 755.18 PASS AF=1;AO=38;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160121;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.188;QD=64.2705;RBI=0.0260298;REFB=0;REVB=0.0205222;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297459;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:38:47:1:25:13:0:0:25:22:0:0 chr17 39981432 . CT C 54.12 PASS AF=0.64;AO=12;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.114892;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.77248;QD=8.65867;RBI=0.17053;REFB=-0.103025;REVB=0.126017;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.566925;STBP=0.373;TYPE=del;VARB=0.124636;OID=.;OPOS=39981433;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:12:25:16:25:9:6:10:5:4:21:11:5:7:4:7 chr17 39983808 . G C 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7016;QD=64.4003;RBI=0.0362415;REFB=0;REVB=0.0185896;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102666;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr17 39983820 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.602;QD=63.8667;RBI=0.0110306;REFB=0;REVB=0.00708444;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58327e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr17 39983849 . G C 493.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.958;QD=58.0143;RBI=0.100217;REFB=0;REVB=0.0357061;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.007801;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr17 39987130 . T C 712.13 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0154702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7294;QD=52.7506;RBI=0.0154809;REFB=-0.111652;REVB=-0.000575289;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.5147;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0200917;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:33:19:0:1:33:19:0:2 chr17 39991867 . A ATATC 849.5 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140224;FXX=0.0483793;HRUN=0;LEN=4;MLLD=317.451;QD=57.5933;RBI=0.0142394;REFB=0;REVB=-0.00247687;RO=3;SAF=27;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000252742;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:65:59:59:0:28:31:0:0:5:3:27:29:3:0 chr17 39998141 . C T 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0553578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.832;QD=53.3684;RBI=0.0553579;REFB=-0.137588;REVB=0.000140575;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00119186;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:15:14:0:0:15:14:1:0 chr17 40010979 . G A 611.2 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.447;QD=61.1204;RBI=0.0293797;REFB=0;REVB=0.0248539;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99921e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:36:40:1:16:20:0:0:19:21:0:0 chr17 40048613 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.468;QD=58.7814;RBI=0.0100539;REFB=0;REVB=0.00805002;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1471e-06;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr17 40054075 . C T 52.84 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0440399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6078;QD=7.54865;RBI=0.0440877;REFB=-0.0105471;REVB=-0.00205259;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599921;STB=0.862963;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0227028;OID=.;OPOS=40054075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:27:28:19:20:8:8:0.285714:2:6:3:16:2:6:3:17 chr17 40125864 . G A 138.36 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.746;QD=39.531;RBI=0.0235228;REFB=-0.203027;REVB=-0.00549739;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00223953;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:7:6:0:0:7:6:0:1 chr17 40126133 . G A 895.42 PASS AF=0.71;AO=71;DP=100;FAO=71;FDP=100;FR=.;FRO=29;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00774831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.486;QD=35.8166;RBI=0.00815625;REFB=-0.0291541;REVB=0.00254719;RO=29;SAF=45;SAR=26;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1044;STB=0.556193;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00941614;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:29:29:71:71:0.71:26:45:13:16:26:45:13:16 chr17 40146970 . G A 296.52 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0520483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.759;QD=49.4201;RBI=0.0545583;REFB=-0.132286;REVB=-0.0163577;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00204249;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:10:13:0:0:10:13:0:1 chr17 40173851 . A C 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.786;QD=58.1197;RBI=0.0496745;REFB=0;REVB=0.0431724;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178138;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 40322252 . T C 372.28 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.014532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3572;QD=26.1249;RBI=0.0633501;REFB=-0.0358988;REVB=-0.0616608;RO=21;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140588;STB=0.56855;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0299005;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:35:36:0.631579:13:22:9:12:14:22:9:12 chr17 40344455 . C T 296.02 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.074883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8199;QD=28.8801;RBI=0.0750467;REFB=-0.0351103;REVB=-0.00495355;RO=15;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21734;STB=0.619868;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0209491;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:17:9:10:5:17:9:10:5 chr17 40459562 . A G 739.33 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.891;QD=56.8714;RBI=0.0242231;REFB=0;REVB=0.0157184;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61026e-05;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:14:37:0:0:14:38:0:0 chr17 40459737 . C T 449.45 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6456;QD=54.4782;RBI=0.0293015;REFB=-0.113182;REVB=0.0262023;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0031595;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:16:15:1:0:17:15:1:0 chr17 40475650 . G GA 372.46 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669912;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7431;QD=39.206;RBI=0.0713047;REFB=0;REVB=0.0244242;RO=6;SAF=13;SAR=19;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00364863;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:39:38:38:0:15:23:0:0:7:6:13:19:3:3 chr17 40689455 . T C 835.28 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0788627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.063;QD=55.6851;RBI=0.0795002;REFB=0.057066;REVB=0.0100472;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00208973;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:27:32:0:0:27:32:1:0 chr17 40699291 . G A 595.62 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.256;QD=61.089;RBI=0.14557;REFB=0;REVB=0.14404;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077714;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:7:29:0:0:10:29:0:0 chr17 40699332 . T C,G 780.97 PASS AF=0.98,0.02;AO=48,2;DP=50;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160007,0.00664807;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.613,145.992;QD=62.4777;RBI=0.00367832,0.0315712;REFB=0,0;REVB=0.00331207,-0.0308633;RO=0;SAF=33,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.10527e-05,0.189734;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:0:48,2:49,1:0.98,0.02:15,2:33,0:0:0:16,1:33,0:0:0 chr17 40705100 . C T 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0375134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.999;QD=31.5146;RBI=0.0386768;REFB=-0.0494356;REVB=0.0094149;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535888;STB=0.529387;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0278242;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:3:7:14:9:3:7 chr17 40706906 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0492207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.96;QD=35.4873;RBI=0.0512008;REFB=-0.0300677;REVB=-0.0141013;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128919;STB=0.571319;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0102022;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:6:7:0:2:6:7:0:2 chr17 40714804 . C A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00346362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2453;QD=16.4537;RBI=0.0270513;REFB=-0.0531931;REVB=0.0268286;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0401795;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr17 40716235 . C T 40.61 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.772;QD=23.2062;RBI=0.0566371;REFB=0.0030703;REVB=0.000827877;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00313714;OID=.;OPOS=40716235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:7:1:1:5:6:0.857143:1:4:1:0:1:5:1:0 chr17 40716520 . A G 657.46 PASS AF=0.771429;AO=54;DP=70;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0372306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.026;QD=37.5691;RBI=0.0393235;REFB=-0.0381303;REVB=0.0126576;RO=16;SAF=24;SAR=30;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847639;STB=0.545438;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0152672;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:16:16:54:54:0.771429:30:24:4:12:30:24:4:12 chr17 40722029 . A G 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00153624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.643;QD=27.6972;RBI=0.00549366;REFB=-0.00207831;REVB=0.00527449;RO=21;SAF=26;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123867;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:13:26:14:7:13:26:14:7 chr17 40722162 . G A 231.3 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.000481622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9657;QD=10.1669;RBI=0.00197533;REFB=-0.0014726;REVB=-0.00191572;RO=61;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644998;STB=0.530366;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00299045;OID=.;OPOS=40722162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:62:29:29:0.318681:17:12:22:39:17:12:23:39 chr17 40731597 . T A 993.02 PASS AF=0.794118;AO=79;DP=102;FAO=81;FDP=102;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00990797;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.077;QD=38.9419;RBI=0.0161147;REFB=-0.00412332;REVB=-0.0127089;RO=20;SAF=37;SAR=42;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260319;STB=0.510914;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000814573;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:20:21:79:81:0.794118:42:37:8:12:42:39:9:12 chr17 40766546 . C G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0179469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.469;QD=13.2053;RBI=0.030731;REFB=-0.00124899;REVB=0.0249459;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550714;STB=0.83222;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000800999;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:5:1:5:1:5:1 chr17 40811919 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0322146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2408;QD=19.6459;RBI=0.056708;REFB=0.00567231;REVB=-0.0466692;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276816;STB=0.659488;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00574277;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:3:5:3:8:3:5 chr17 40818451 . G A 162.46 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00339055;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.422;QD=27.076;RBI=0.0211683;REFB=-0.0486096;REVB=0.020895;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323738;STB=0.681577;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0210691;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:8:8:16:16:0.666667:4:12:2:6:4:12:2:6 chr17 40818699 . A G 707.82 PASS AF=0.74359;AO=58;DP=78;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0013521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.241;QD=36.2985;RBI=0.0207281;REFB=-0.00929447;REVB=-0.0206839;RO=20;SAF=25;SAR=33;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151276;STB=0.508127;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00309403;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:20:20:58:58:0.74359:33:25:8:12:33:25:8:12 chr17 40835922 . A C 1459.51 PASS AF=0.675824;AO=124;DP=184;FAO=123;FDP=182;FR=.;FRO=59;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0385677;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7206;QD=32.0772;RBI=0.0708546;REFB=-0.036891;REVB=-0.0594383;RO=57;SAF=64;SAR=60;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454908;STB=0.517682;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0142986;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:57:59:124:123:0.675824:60:64:25:32:60:63:27:32 chr17 40854534 . G GT 402.94 PASS AF=0.766667;AO=38;DP=61;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.150466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.51;QD=26.8628;RBI=0.177821;REFB=-0.0097591;REVB=0.0947628;RO=21;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155262;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00885731;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:38:61:46:60:14:23:23:7:7:50:21:19:19:11:10 chr17 40947908 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 66.99 PASS AF=0.666667,0;AO=7,2;DP=15;FAO=10,0;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0715804,0.0823248;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.4751,16.165;QD=17.8643;RBI=0.0726877,0.102831;REFB=-0.103823,-0.0455734;REVB=0.0126391,-0.0616177;RO=5;SAF=4,0;SAR=3,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.258094,-0.544828;STB=0.599808,0.5;STBP=0.354,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0827471,0;OID=.,.;OPOS=40947909,40947913;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:7,2:15:10,0:15:5:5,0:5,0:1:4:20:5:4,0:3,2:1:4 chr17 41020775 . A T 454.6 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00474802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.84;QD=33.6742;RBI=0.0434075;REFB=-0.024049;REVB=-0.043147;RO=14;SAF=18;SAR=22;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924768;STB=0.549975;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00661172;OID=.;OPOS=41020775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:22:18:9:5:22:18:9:5 chr17 41116234 . G A 545.19 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.103;QD=57.3885;RBI=0.0293728;REFB=0.00736581;REVB=0.0180956;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000388447;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:27:10:0:1:27:10:0:1 chr17 41121209 . GGC G,GG,GGG 401.01 PASS AF=0.896552,0.0689655,0.0344828;AO=13,3,11;DP=28;FAO=26,2,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,1;FSAR=18,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128158,0.0165344,0.0162933;FXX=0.0937207;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=239.082,237.776,234.259;QD=55.3114;RBI=0.0323257,0.0320001,0.029789;REFB=0,0,0;REVB=0.0296767,0.0273974,0.0249381;RO=0;SAF=1,1,6;SAR=12,2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.00075e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00330757,-0.0260492,0.0087612;OID=.,.,.;OPOS=41121210,41121211,41121211;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.896552,0.0689655,0.0344828:13,3,11:28:26,2,1:29:0:8,0,1:18,2,0:0:0:11:0:1,1,6:12,2,5:0:0 chr17 41121217 . G A 197.0 PASS AF=0.59375;AO=20;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0188743;FXX=0.0302939;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.074;QD=24.6247;RBI=0.0191125;REFB=-0.0156572;REVB=0.00300809;RO=12;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272526;STB=0.675842;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00478178;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:20:19:0.59375:17:3:5:7:16:3:6:7 chr17 41133071 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.241;QD=45.8057;RBI=0.0219788;REFB=0;REVB=-0.0134617;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110744;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 41150021 . A G 179.96 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0447756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.445;QD=6.98875;RBI=0.0447855;REFB=-0.000840122;REVB=0.000937325;RO=76;SAF=15;SAR=11;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158864;STB=0.591008;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00359525;OID=.;OPOS=41150021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:76:77:26:26:0.252427:11:15:34:42:11:15:35:42 chr17 41154708 . C G 197.72 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00183182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.81;QD=14.6459;RBI=0.00930286;REFB=0.00100489;REVB=-0.00912073;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128134;STB=0.57341;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00187963;OID=.;OPOS=41154708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:18:13:7:16:18:13 chr17 41165491 . A AG 137.38 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308087;FXX=0.428449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.9086;QD=27.4754;RBI=0.0588255;REFB=0;REVB=-0.0501125;RO=31;SAF=2;SAR=2;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00765967;OID=.;OPOS=41165492;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:20:20:0:15:5:0:0:3:31:2:2:21:10 chr17 41165493 . A C,G 494.72 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=35;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340756,0.0396672;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.4791,93.868;QD=58.2025;RBI=0.0370354,0.0430202;REFB=0,0;REVB=0.0145076,0.016651;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00175059,0.00139556;OID=.,.;OPOS=41165493,41165493;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:2,10:0,22:0:0:2,10:0,22:0:0 chr17 41165878 . C T 296.79 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7732;QD=51.6164;RBI=0.0318515;REFB=0;REVB=0.00814703;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152804;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr17 41196408 . G A 81.9 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00013117;FXX=0.0444346;HRUN=7;LEN=1;MLLD=115.944;QD=7.61904;RBI=0.00333712;REFB=-0.00460227;REVB=-0.00333455;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709828;STB=0.536015;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0477484;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:43:31:32:11:11:0.255814:3:8:21:10:3:8:22:10 chr17 41223094 . T C 128.55 PASS AF=0.260274;AO=16;DP=70;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00296239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.309;QD=7.04368;RBI=0.00474823;REFB=-0.0143436;REVB=0.00371078;RO=53;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112926;STB=0.530455;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0383027;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:53:54:16:19:0.260274:11:5:21:32:12:7:22:32 chr17 41234470 . A G 94.1 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0285865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7752;QD=5.61797;RBI=0.0286042;REFB=0.000206907;REVB=-0.00100503;RO=52;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787146;STB=0.549231;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000588215;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:8:7:21:31:8:7:21:31 chr17 41244000 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0106457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.403;QD=12.216;RBI=0.0131364;REFB=-0.0151728;REVB=0.00769635;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101276;STB=0.529372;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0311334;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:14:15:0.357143:5:9:15:12:6:9:15:12 chr17 41244435 . T C 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0712475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0168;QD=4.55415;RBI=0.0800557;REFB=-0.0179162;REVB=0.0365064;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581892;STB=0.503926;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.079476;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:13:17:4:3:13:17 chr17 41244936 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0179023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.116;QD=7.79796;RBI=0.0196113;REFB=-0.000383797;REVB=-0.00800695;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411622;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660518;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:9:13:5:4:10:13 chr17 41245237 . A G 148.72 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0187164;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6459;QD=11.6646;RBI=0.0625185;REFB=-0.0118876;REVB=0.0596512;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527664;STB=0.517302;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0154714;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:11:21:11:7:12:21 chr17 41245466 . G A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00664304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6191;QD=4.77039;RBI=0.0312906;REFB=0.00192954;REVB=-0.0305773;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639538;STB=0.541243;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0102636;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:5:7:31:18:5:7:31:18 chr17 41245711 . T C 119.14 PASS AF=0.8;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0705089;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.787;QD=31.7713;RBI=0.0742229;REFB=-0.0381897;REVB=0.0231847;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163937;STB=0.571306;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0107376;OID=.;OPOS=41245711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:15:3:3:10:12:0.8:3:7:1:2:4:8:1:2 chr17 41262604 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAA 308.32 PASS AF=0.0227273,0,0.204545,0.159091,0.613636;AO=5,7,7,2,7;DP=47;FAO=1,0,9,7,27;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,5,7,12;FSAR=0,0,4,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.199307,-0.103454,-0.0694597,-0.0363461,-0.0418282;FXX=0.0638162;HRUN=17,17,17,17,17;LEN=1,2,3,1,5;MLLD=2.4932,5.22866,8.04809,131.087,11.965;QD=28.0294;RBI=1.7154,0.900222,0.605728,0.0842658,0.365165;REFB=0.294117,0.319261,0.271774,0.0728545,0.190001;REVB=1.70379,0.894258,0.601732,0.0760242,0.362762;RO=1;SAF=2,1,4,2,6;SAR=3,6,3,0,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.121807,0.0674964,0.124421,0.697199,0.2842;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,del;VARB=0.477928,0.40604,0.20058,-0.0358884,0.116014;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41262605,41262605,41262605,41262618,41262605;OREF=A,AA,AAA,A,AAAAA;OALT=-,-,-,G,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/5:0.0227273,0,0.204545,0.159091,0.613636:5,7,7,2,7:47:1,0,9,7,27:44:0:1,0,5,7,12:0,0,4,0,15:0:0:41:1:2,1,4,2,6:3,6,3,0,1:0:1 chr17 41291953 . C G 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.011895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1549;QD=5.83155;RBI=0.116383;REFB=-0.0181121;REVB=-0.115774;RO=39;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122933;STB=0.599815;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.069389;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:39:41:11:11:0.211538:4:7:21:18:4:7:21:20 chr17 41330024 . T C 117.58 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0280246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3261;QD=7.58586;RBI=0.029091;REFB=-0.0103011;REVB=0.00780431;RO=43;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918918;STB=0.572433;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0375099;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:45:17:17:0.274194:10:7:21:22:10:7:23:22 chr17 41331460 . G A 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0511477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.907;QD=5.21382;RBI=0.0512042;REFB=0.00440805;REVB=-0.0024051;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244404;STB=0.659987;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0249432;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:3:5:13:18:3:5:13:18 chr17 41332804 . T C 279.4 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0594973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.553;QD=48.5904;RBI=0.131704;REFB=-0.0586501;REVB=0.117499;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00845281;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:11:11:0:0:11:11:1:0 chr17 41361960 . A G 57.95 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0342647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.28;QD=4.6362;RBI=0.0344658;REFB=-0.00802017;REVB=0.00371724;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260439;STB=0.670647;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0274869;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:5:4:27:14:5:4:27:14 chr17 41362272 . C G 65.38 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0106305;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5965;QD=4.35874;RBI=0.0121022;REFB=-0.00703386;REVB=0.00578412;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561472;STB=0.528823;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0308753;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:61:60:46:49:11:11:0.183333:6:5:23:23:6:5:24:25 chr17 41478004 . TAAAAAT AAAAATT,TAAAA,TAAAAT,TAAAATT 91.91 PASS AF=0.0487805,0.195122,0.243902,0;AO=2,12,10,5;DP=46;FAO=2,8,10,0;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=2,7,6,0;FSAR=0,1,4,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00163957,-0.0434392,-0.0110527,0.0323048;FXX=0.0681663;HRUN=1,5,5,5;LEN=6,2,1,1;MLLD=165.441,17.5356,9.79428,12.1932;QD=8.96648;RBI=0.0332902,0.109309,0.0314945,0.0775489;REFB=-0.00305589,-0.0692961,-0.182149,-0.118556;REVB=0.0332498,-0.100307,-0.0294914,0.0704998;RO=13;SAF=2,7,7,5;SAR=0,5,3,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.569211,0.109955,0.239425,0.722799;STB=0.994396,0.809634,0.552525,0.5;STBP=0.191,0.071,0.658,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.134597,0.0947588,0.181369,0;OID=.,.,.,.;OPOS=41478004,41478009,41478005,41478009;OREF=TAAAAA,AT,A,A;OALT=AAAAAT,-,-,T;OMAPALT=AAAAATT,TAAAA,TAAAAT,TAAAATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:46:41:13:21:2,12,10,5:2,8,10,0:0.0487805,0.195122,0.243902,0:0,5,3,0:2,7,7,5:6:7:0,1,4,0:2,7,6,0:11:10 chr17 41489846 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00541997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.533;QD=12.0517;RBI=0.0170885;REFB=-0.00322344;REVB=0.0162062;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666262;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00838922;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:6:7:7:2:6:7 chr17 41522213 . T A 654.72 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720127;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6386;QD=62.3545;RBI=0.0231766;REFB=0;REVB=0.0220294;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00068561;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr17 41603882 . T C 123.25 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.0227645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.041;QD=7.35797;RBI=0.0232321;REFB=-0.00329328;REVB=-0.00463783;RO=49;SAF=13;SAR=5;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844137;STB=0.550703;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00907499;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:5:13:38:11:5:13:38:11 chr17 41843979 . C G 337.62 PASS AF=0.690476;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0124859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2129;QD=32.1545;RBI=0.031342;REFB=-0.0422982;REVB=0.0287475;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224022;STB=0.624911;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0290755;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:13:28:29:0.690476:9:19:4:9:9:20:4:9 chr17 41846508 . A G 796.4 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113326;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.033;QD=56.8858;RBI=0.0530901;REFB=0;REVB=0.0518665;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131726;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:50:56:1:17:33:0:0:17:39:0:0 chr17 41891437 . G A 59.17 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0193134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.973;QD=3.43002;RBI=0.0274893;REFB=-0.0180339;REVB=0.0195615;RO=58;SAF=9;SAR=2;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162654;STB=0.613407;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0745007;OID=.;OPOS=41891437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:2:9:42:16:2:9:42:16 chr17 41959808 . T C 4064.91 PASS AF=0.977941;AO=262;DP=269;FAO=266;FDP=272;FR=.;FRO=6;FSAF=130;FSAR=136;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00438562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.53;QD=59.778;RBI=0.0121615;REFB=-0.0868253;REVB=-0.0113432;RO=6;SAF=127;SAR=135;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219856;STB=0.511277;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00199542;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:269:272:6:6:262:266:0.977941:135:127:6:0:136:130:6:0 chr17 41960343 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.033;QD=54.517;RBI=0.0224404;REFB=0;REVB=0.0171148;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268275;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1839.16 PASS AF=1;AO=118;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344296;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.693;QD=61.3053;RBI=0.035701;REFB=0;REVB=0.00944276;RO=0;SAF=72;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.26091e-05;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:118:120:1:46:72:0:0:47:73:0:0 chr17 41961451 . T C 404.7 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00896873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.777;QD=52.2194;RBI=0.0314511;REFB=-0.00938775;REVB=0.0301452;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00111584;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:31:0:1:27:30:0.967742:12:15:0:0:13:17:1:0 chr17 41994793 . AC AT,GT 657.25 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=40,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167248,0.016775;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.623,131.123;QD=61.1399;RBI=0.0617002,0.0248106;REFB=0,0;REVB=0.0593902,0.0182802;RO=0;SAF=22,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00331097,-0.0298867;OID=.,.;OPOS=41994794,41994793;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:40,2:41,2:0.953488,0.0465116:18,0:22,2:0:0:18,0:23,2:0:0 chr17 42030531 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.938;QD=54.5165;RBI=0.0230124;REFB=0;REVB=0.0182299;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011089;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 42030743 . G C 876.38 PASS AF=0.942029;AO=62;DP=68;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00431934;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.9408;QD=50.8044;RBI=0.0845882;REFB=-0.147748;REVB=0.0844779;RO=5;SAF=33;SAR=29;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378897;STB=0.512356;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00911488;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:69:5:4:62:65:0.942029:29:33:4:1:30:35:3:1 chr17 42152103 . G A 135.96 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0905491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.409;QD=17.5437;RBI=0.0911479;REFB=-0.00304144;REVB=0.0104304;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254966;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00459681;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:5:11:6:9:5:11 chr17 42155403 . CGGGGG CGGGGA,CGGG,CGGGG 119.05 PASS AF=0.238095,0.238095,0.333333;AO=5,6,5;DP=24;FAO=5,5,7;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=1,0,2;FSAR=4,5,5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0141825,0.177069,0.305187;FXX=0.192234;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=193.504,12.6188,7.60833;QD=22.6755;RBI=0.0398248,0.18626,0.3253;REFB=-0.000396885,0.0346652,0.0528632;REVB=-0.0372139,-0.0577864,-0.112609;RO=3;SAF=1,0,2;SAR=4,6,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0.611111,0.611111;SSEP=0,0.408163,0.408163;SSSB=-0.496916,-0.804025,-0.361596;STB=0.832095,0.997773,0.749316;STBP=0.058,0.002,0.08;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0228145,0.079372,-0.134749;OID=.,.,.;OPOS=42155408,42155404,42155404;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGG,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.238095,0.238095,0.333333:5,6,5:24:5,5,7:21:4:1,0,2:4,5,5:4:0:42:3:1,0,2:4,6,3:3:0 chr17 42164885 . G C 59.58 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.115194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9895;QD=5.54272;RBI=0.119365;REFB=-0.0156492;REVB=-0.0312768;RO=34;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372411;STB=0.755209;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0471867;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:8:1:11:23:8:1:11:23 chr17 42213347 . G A 1009.03 PASS AF=0.850575;AO=74;DP=87;FAO=74;FDP=87;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0132645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.598;QD=46.3922;RBI=0.022983;REFB=-0.031383;REVB=0.0187688;RO=13;SAF=33;SAR=41;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442734;STB=0.502356;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00544162;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:13:13:74:74:0.850575:41:33:6:7:41:33:6:7 chr17 42225547 . A C 177.3 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.032425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.302;QD=39.3988;RBI=0.0336251;REFB=-0.0348944;REVB=0.00890306;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151283;STB=0.583225;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0115294;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:11:5:2:0:11:5:2:0 chr17 42248346 . A T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0777;QD=59.8372;RBI=0.0147227;REFB=0;REVB=0.00976993;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172699;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr17 42254527 . T G 209.51 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0175872;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.884;QD=23.9441;RBI=0.0723995;REFB=-0.00298819;REVB=-0.0702309;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717531;STB=0.530091;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.004279;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:19:20:0.571429:8:11:10:5:8:12:10:5 chr17 42255097 . T C 180.91 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0124961;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.464;QD=22.6137;RBI=0.0215081;REFB=-0.0378591;REVB=-0.0175056;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0337004;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:8:6:8:10:8:6 chr17 42270291 . A G 507.25 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00312568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.922;QD=41.4084;RBI=0.0568571;REFB=-0.0104212;REVB=0.0567711;RO=11;SAF=21;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410486;STB=0.52215;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00282902;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:17:21:5:6:17:21:5:6 chr17 42287519 . C T 840.92 PASS AF=0.704082;AO=69;DP=98;FAO=69;FDP=98;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00182861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9643;QD=34.3231;RBI=0.0237377;REFB=-0.0518788;REVB=-0.0236671;RO=26;SAF=41;SAR=28;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492414;STB=0.523397;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0340336;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:26:29:69:69:0.704082:28:41:13:13:28:41:15:14 chr17 42338998 . T G 1346.72 PASS AF=0.811024;AO=103;DP=127;FAO=103;FDP=127;FR=.;FRO=24;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0190488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0578;QD=42.4164;RBI=0.023104;REFB=-0.0166163;REVB=0.0130743;RO=23;SAF=56;SAR=47;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376695;STB=0.515523;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00419503;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:23:24:103:103:0.811024:47:56:15:8:47:56:15:9 chr17 42392622 . T C 1163.91 PASS AF=0.690647;AO=96;DP=139;FAO=96;FDP=139;FR=.;FRO=43;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00118565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.076;QD=33.4938;RBI=0.0288923;REFB=-0.0325317;REVB=-0.028868;RO=43;SAF=59;SAR=37;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615832;STB=0.533098;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0129976;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:43:43:96:96:0.690647:37:59:22:21:37:59:22:21 chr17 42395117 . G T 74.6 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0434459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5234;QD=2.78871;RBI=0.0457879;REFB=-0.00448893;REVB=-0.0144564;RO=90;SAF=6;SAR=9;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125467;STB=0.58635;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0288721;OID=.;OPOS=42395117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:106:107:90:92:15:15:0.140187:9:6:45:45:9:6:46:46 chr17 42398052 . A G 86.68 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0465833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.365;QD=24.7644;RBI=0.0520536;REFB=-0.0088399;REVB=0.0232287;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.545366;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00359944;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:9:10:0.714286:3:6:3:1:4:6:3:1 chr17 42398757 . C A 99.35 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0122724;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.742;QD=23.3763;RBI=0.0285761;REFB=-0.0757535;REVB=0.0258067;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0417743;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:3:3:5:6:3:3 chr17 42427630 . T C 555.14 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0119554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2803;QD=36.4027;RBI=0.0126309;REFB=-0.0198437;REVB=0.00407525;RO=14;SAF=24;SAR=23;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871482;STB=0.546833;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00381044;OID=.;OPOS=42427630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:14:14:47:47:0.770492:23:24:10:4:23:24:10:4 chr17 42458266 . G C 122.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0273717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.581;QD=9.21635;RBI=0.0315513;REFB=-0.00523439;REVB=0.015693;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181195;STB=0.608259;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.013208;OID=.;OPOS=42458266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:22:15:9:7:22:15 chr17 42475983 . G C 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0193188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.732;QD=29.5625;RBI=0.0193352;REFB=-0.0158777;REVB=0.000797947;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104042;STB=0.557235;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0119601;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:11:18:8:9:11:18:8:9 chr17 42744238 . A C 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00530398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7964;QD=6.41538;RBI=0.0311388;REFB=-0.00382756;REVB=0.0306837;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234162;STB=0.654284;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00607216;OID=.;OPOS=42744238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:6:5:24:13:6:5:25:13 chr17 42745385 . A G 231.44 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00951218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1136;QD=30.8587;RBI=0.0325239;REFB=0.00181962;REVB=-0.0311018;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103448;STB=0.556908;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00136465;OID=.;OPOS=42745385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:11:10:6:3:11:10:6:3 chr17 42829321 . G A 291.47 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.032751;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.086;QD=25.345;RBI=0.0405549;REFB=-0.0222064;REVB=0.023918;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332099;STB=0.501844;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0226666;OID=.;OPOS=42829321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:20:20:26:26:0.565217:17:9:7:13:17:9:7:13 chr17 42851729 . C T 182.99 PASS AF=0.85;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0349841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.768;QD=36.5975;RBI=0.0352379;REFB=-0.018187;REVB=-0.00422142;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304901;STB=0.520686;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0112964;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:16:17:0.85:9:7:1:2:9:8:1:2 chr17 42852061 . C T 41.12 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0999956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1949;QD=4.11225;RBI=0.109317;REFB=-0.00637442;REVB=0.0441715;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436193;STB=0.799042;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0361108;OID=.;OPOS=42852061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:32:33:7:7:0.175:6:1:15:17:6:1:15:18 chr17 42852604 . G T 441.19 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0252417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5716;QD=35.2951;RBI=0.0610572;REFB=-0.0336194;REVB=0.0555953;RO=15;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112028;STB=0.56094;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0178287;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:21:14:9:6:21:14:9:6 chr17 42852610 . T C 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.089;QD=64.1415;RBI=0.0124597;REFB=0;REVB=0.00374433;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61989e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr17 42854610 . T C 297.0 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00736556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2419;QD=36.0002;RBI=0.0340363;REFB=0.0554275;REVB=0.0332298;RO=8;SAF=17;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277435;STB=0.515139;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00895209;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:8:17:5:3:8:17:5:3 chr17 42855554 . T C 385.17 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0479278;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7585;QD=34.2377;RBI=0.065607;REFB=-0.0377071;REVB=0.0448018;RO=12;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827544;STB=0.505018;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0212519;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:12:14:31:31:0.688889:15:16:6:6:15:16:7:7 chr17 42857332 . A AC 32.73 PASS AF=0.197183;AO=16;DP=73;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0587473;FXX=0.013887;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.0623;QD=1.84373;RBI=0.0821125;REFB=-0.00491627;REVB=-0.0573691;RO=57;SAF=2;SAR=14;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468585;STB=0.775667;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.105971;OID=.;OPOS=42857333;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197183:16:73:14:71:57:2:12:24:33:32:57:2:14:25:32 chr17 42857430 . G A 555.3 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0224274;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.269;QD=50.4817;RBI=0.051365;REFB=-0.0455055;REVB=0.0462101;RO=5;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185118;STB=0.509913;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0107262;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:39:39:0.886364:20:19:2:3:20:19:2:3 chr17 42857517 . C T 249.65 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0291041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.664;QD=29.3701;RBI=0.0430442;REFB=-0.00318657;REVB=0.0317136;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825197;STB=0.545413;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00163707;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:34:11:11:21:21:0.617647:6:15:9:2:6:15:9:2 chr17 42880753 . C T 451.24 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00769559;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4032;QD=42.9751;RBI=0.0261365;REFB=0.0404983;REVB=-0.0249778;RO=8;SAF=16;SAR=18;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14208;STB=0.576557;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00815361;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:43:42:8:8:34:34:0.809524:18:16:7:1:18:16:7:1 chr17 42925559 . C T 117.06 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0123691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.911;QD=12.0062;RBI=0.0125502;REFB=-0.00850583;REVB=-0.0021244;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244389;STB=0.634719;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0183017;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:4:10:12:12:4:10:13:12 chr17 42927721 . G A 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0173259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.709;QD=6.01497;RBI=0.0689184;REFB=-0.00515713;REVB=-0.066705;RO=44;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862217;STB=0.505426;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0162401;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:6:7:24:20:6:7:24:20 chr17 42937821 . G A 1168.99 PASS AF=0.8;AO=92;DP=115;FAO=92;FDP=115;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00853401;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.197;QD=40.6604;RBI=0.0244901;REFB=-0.0206693;REVB=-0.0229551;RO=23;SAF=52;SAR=40;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165619;STB=0.508824;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00689316;OID=.;OPOS=42937821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:23:23:92:92:0.8:40:52:12:11:40:52:12:11 chr17 42983095 . G A 46.64 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0496167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.982;QD=10.3642;RBI=0.0618478;REFB=-0.0246122;REVB=0.0369232;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0470554;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr17 43003484 . T C 122.17 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0455982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.713;QD=8.42527;RBI=0.0463494;REFB=-0.0200548;REVB=-0.00831129;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185407;STB=0.610187;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0607649;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:28:13:8:9:28:13 chr17 43011906 . G A 148.58 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.022359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4368;QD=4.30666;RBI=0.085059;REFB=-0.00334757;REVB=0.0820678;RO=111;SAF=16;SAR=10;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746419;STB=0.544371;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0228655;OID=.;OPOS=43011906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:111:112:26:26:0.188406:10:16:62:49:10:16:63:49 chr17 43011908 . G A 147.37 PASS AF=0.183099;AO=26;DP=142;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.00326591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.213;QD=4.15118;RBI=0.0138911;REFB=-0.00595433;REVB=-0.0135017;RO=115;SAF=16;SAR=10;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661357;STB=0.546436;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0322366;OID=.;OPOS=43011908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:115:116:26:26:0.183099:10:16:65:50:10:16:65:51 chr17 43111688 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0661157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.692;QD=26.3127;RBI=0.0671315;REFB=-0.00397968;REVB=0.0116344;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357967;STB=0.69979;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00193983;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:15:5:9:3:15:5:9:3 chr17 43171154 . C T 103.63 PASS AF=0.238806;AO=15;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0156124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9318;QD=6.1867;RBI=0.0235605;REFB=-0.00755653;REVB=-0.0176451;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221903;STB=0.611807;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00967334;OID=.;OPOS=43171154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:15:16:0.238806:8:7:33:18:8:8:33:18 chr17 43176804 . C T 424.0 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0314915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.372;QD=39.4418;RBI=0.0463118;REFB=-0.0101958;REVB=0.0339568;RO=10;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762372;STB=0.541285;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00328454;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:14:19:4:6:14:19:4:6 chr17 43181287 . A G 818.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.914;QD=57.4154;RBI=0.0402162;REFB=0;REVB=0.0369607;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81114e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:23:32:0:0:23:34:0:0 chr17 43183028 . G A 851.2 PASS AF=0.698113;AO=74;DP=106;FAO=74;FDP=106;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00573124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.938;QD=32.1207;RBI=0.0153059;REFB=-0.010063;REVB=0.0141924;RO=32;SAF=29;SAR=45;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285394;STB=0.515343;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00240527;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:32:32:74:74:0.698113:45:29:11:21:45:29:11:21 chr17 43183108 . G A 1166.94 PASS AF=0.690647;AO=96;DP=138;FAO=96;FDP=139;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0130614;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.426;QD=33.5811;RBI=0.013153;REFB=-0.00886646;REVB=-0.00155037;RO=40;SAF=39;SAR=57;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061187;STB=0.533735;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00433816;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:40:43:96:96:0.690647:57:39:12:28:57:39:13:30 chr17 43183420 . C T 218.88 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=104;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0177522;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.928;QD=8.50035;RBI=0.0409939;REFB=-0.00381978;REVB=0.0369508;RO=73;SAF=14;SAR=16;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481687;STB=0.528478;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0116734;OID=.;OPOS=43183420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:73:73:30:30:0.291262:16:14:37:36:16:14:37:36 chr17 43192821 . A G 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0220884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1385;QD=37.4107;RBI=0.0221235;REFB=0.00265105;REVB=-0.00124636;RO=6;SAF=18;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061953;STB=0.533868;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00123646;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:5:18:4:2:5:18:4:2 chr17 43198430 . ACCCCCG ACCCC,ACCCCG 37.03 PASS AF=0,0.421053;AO=5,4;DP=20;FAO=0,8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0454725,0.0548759;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=97.6222,11.8174;QD=7.79631;RBI=0.0560023,0.0615279;REFB=0.000697081,-0.00933875;REVB=-0.0326882,0.0278266;RO=9;SAF=4,4;SAR=1,0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.47111,0.738373;STB=0.5,0.802399;STBP=1,0.059;TYPE=del,del;VARB=0,0.0602841;OID=.,.;OPOS=43198435,43198431;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.421053:5,4:20:0,8:19:11:0,7:0,1:5:6:38:9:4,4:1,0:3:6 chr17 43227766 . T TTTGG 720.52 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116533;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=283.654;QD=56.5111;RBI=0.020011;REFB=0;REVB=-0.0162678;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.71945e-06;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:51:51:51:0:32:19:0:0:4:0:29:14:0:0 chr17 43229063 . C CG 34.24 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0496781;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.471;QD=1.98489;RBI=0.0608515;REFB=-0.0120718;REVB=-0.0351424;RO=58;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319983;STB=0.713878;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=0.0371832;OID=.;OPOS=43229064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130435:9:69:9:69:60:4:5:42:18:34:58:6:3:40:18 chr17 43316360 . G A 141.3 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.000389377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.593;QD=6.42262;RBI=0.00715071;REFB=-0.0106643;REVB=-0.0071401;RO=67;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110713;STB=0.567506;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0331372;OID=.;OPOS=43316360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:12:9:23:44:12:9:23:44 chr17 43318778 . GC CG,GCG 150.14 PASS AF=0.866667,0.0666667;AO=12,2;DP=15;FAO=13,1;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00271006,-0.000439951;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=201.546,197.746;QD=40.0385;RBI=0.0107747,0.00581125;REFB=-0.153737,-0.07056;REVB=0.0104283,0.00579457;RO=1;SAF=6,1;SAR=6,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.069361,0.25849;STB=0.538402,0.5;STBP=0.559,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00130236,0.00633878;OID=.,.;OPOS=43318778,43318780;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:15:15:1:1:12,2:13,1:0.866667,0.0666667:6,1:6,1:0:1:6,1:7,0:0:1 chr17 43364293 . C CG 396.63 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8269;QD=45.3287;RBI=0.137653;REFB=0;REVB=-0.0373982;RO=3;SAF=20;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00565079;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:35:35:0:22:13:0:0:7:3:20:12:2:1 chr17 43923180 . G A 712.19 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04453;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.304;QD=63.3055;RBI=0.0622013;REFB=0;REVB=0.0434291;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212056;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:10:35:0:0:10:35:0:0 chr17 43923898 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.858;QD=51.9167;RBI=0.0556229;REFB=0;REVB=0.0352362;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599339;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr17 43924412 . T C 1306.09 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.928;QD=60.7483;RBI=0.0276953;REFB=0.0504707;REVB=0.00870348;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-6.9773e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:0:1:48:37:0:1 chr17 44067382 . T C 289.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0427;QD=52.5821;RBI=0.0546674;REFB=0;REVB=0.0352687;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145715;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr17 44077044 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9303;QD=40.7602;RBI=0.0475465;REFB=0;REVB=0.035198;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74837e-05;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 44101441 . T C 1229.62 PASS AF=0.719424;AO=99;DP=138;FAO=100;FDP=139;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00451362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6028;QD=35.3847;RBI=0.0312533;REFB=-0.026028;REVB=-0.0309257;RO=39;SAF=31;SAR=68;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729478;STB=0.536374;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00815222;OID=.;OPOS=44101441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:39:39:99:100:0.719424:68:31:17:22:68:32:17:22 chr17 44107321 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT 194.27 PASS AF=0,0.888889,0.0123457,0.0617284;AO=17,30,3,3;DP=81;FAO=0,72,1,5;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=0,23,0,2;FSAR=0,49,1,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0439113,0.0742582,0.0737323,0.0185619;FXX=0.0240935;HRUN=12,12,12,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=8.13375,4.5104,19.2242,18.8783;QD=9.59347;RBI=0.0702845,0.120664,0.0930386,0.0653607;REFB=-0.00988142,-0.0534746,-0.022765,-0.0425712;REVB=-0.0548791,-0.0951082,-0.0567426,-0.0626696;RO=18;SAF=3,14,2,1;SAR=14,16,1,2;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0154138,0.210009,0.53926,0.249249;STB=0.5,0.515785,0.990053,0.599599;STBP=1,0.205,0.474,0.601;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0106912,0.0310332,-0.0530946,0.0269933;OID=.,.,.,.;OPOS=44107322,44107322,44107333,44107321;OREF=TT,T,T,CT;OALT=-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:14:81:81:18:3:17,30,3,3:0,72,1,5:0,0.888889,0.0123457,0.0617284:14,16,1,2:3,14,2,1:3:15:0,49,1,3:0,23,0,2:2:1 chr17 44109474 . G A 362.34 PASS AF=0.666667;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0193357;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.85;QD=32.2081;RBI=0.0251993;REFB=-0.042539;REVB=0.0161597;RO=14;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798519;STB=0.534224;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0202257;OID=.;OPOS=44109474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:15:29:30:0.666667:12:17:10:4:13:17:10:5 chr17 44144993 . C G 557.89 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.112;QD=60.3125;RBI=0.0905449;REFB=0;REVB=0.0889475;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289823;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:29:37:1:11:18:0:0:14:23:0:0 chr17 44606164 . G T 46.05 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0226915;FXX=0.114735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.24;QD=3.41091;RBI=0.0285632;REFB=0.00637346;REVB=0.017348;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139482;STB=0.599734;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0124119;OID=.;OPOS=44606164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:61:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:16:30:6:2:16:30 chr17 44998563 . G A 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7843;QD=63.4732;RBI=0.0569331;REFB=0;REVB=-0.0376395;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527988;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr17 45000547 . G C 883.6 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.015567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7516;QD=53.5513;RBI=0.0418936;REFB=0.0217271;REVB=-0.038894;RO=3;SAF=28;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479435;STB=0.525416;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00151357;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:35:28:3:0:35:28:3:0 chr17 45234343 . T G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00631225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.711;QD=12.213;RBI=0.00964326;REFB=-0.00922906;REVB=0.00729027;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156584;STB=0.591793;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0130904;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:15:7:6:7:15:7 chr17 45234360 . A C 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000919037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.684;QD=12.0211;RBI=0.0219004;REFB=-0.0216232;REVB=0.0218811;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309742;STB=0.680614;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0260558;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:18:7:8:6:18:7 chr17 45234403 . TT GG 73.13 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00989941;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.138;QD=9.14145;RBI=0.0135554;REFB=0.00350752;REVB=-0.00926019;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339836;STB=0.713903;STBP=0.125;TYPE=mnp;VARB=-0.00848288;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:21:22:10:10:0.3125:6:4:15:6:6:4:16:6 chr17 45234406 . CA C 42.58 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0376378;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.883;QD=5.67792;RBI=0.0376399;REFB=0.00547398;REVB=0.000397882;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104477;STB=0.591124;STBP=0.642;TYPE=del;VARB=-0.0103256;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:6:32:7:30:23:5:2:14:9:42:24:4:2:14:10 chr17 45234416 . A G 63.04 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00743029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.522;QD=8.40475;RBI=0.013586;REFB=0.00401063;REVB=-0.0113741;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302029;STB=0.683085;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0251186;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:15:6:5:4:15:6 chr17 45234417 . A G 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0380075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.62;QD=5.00506;RBI=0.0386931;REFB=-0.00503842;REVB=-0.00725171;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390845;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0200646;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:14:8:2:4:14:8 chr17 45234420 . T G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0115777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1911;QD=18.6447;RBI=0.0149973;REFB=-0.00876873;REVB=0.00953286;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.599867;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0108531;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:6:8:9:3:6:8:10:3 chr17 45234430 . A G 42.15 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-2.78328e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.614;QD=6.48395;RBI=0.0263501;REFB=0.000421842;REVB=-0.0263501;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35024;STB=0.670177;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00154286;OID=.;OPOS=45234430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:25:26:19:19:6:7:0.269231:3:3:15:4:3:4:15:4 chr17 45234434 . A G 44.24 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0458727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6814;QD=6.80613;RBI=0.0462752;REFB=-0.0234459;REVB=0.00609014;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276205;STB=0.670177;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0846838;OID=.;OPOS=45234434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:15:4:3:4:15:4 chr17 45249330 . T G 35.17 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0133495;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.847;QD=4.0199;RBI=0.0144294;REFB=-0.002986;REVB=-0.00547724;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443048;STB=0.792307;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0115777;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:35:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:21:8:4:2:21:8 chr17 45266522 . T C 97.7 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00598727;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.173;QD=9.53123;RBI=0.0742599;REFB=-0.0431147;REVB=-0.0740181;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283427;STB=0.681536;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0935491;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:42:41:29:28:13:13:0.317073:9:4:16:13:9:4:16:12 chr17 45266535 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00604733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.492;QD=14.3348;RBI=0.0292294;REFB=-0.00126927;REVB=-0.028597;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135825;STB=0.591957;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00406598;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:11:6:12:13:11:6:13:13 chr17 45266571 . T A 111.9 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.027997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7056;QD=10.1724;RBI=0.031156;REFB=-0.00721688;REVB=-0.0136698;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803216;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.115139;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:30:14:14:0.318182:8:6:14:14:8:6:16:14 chr17 45388586 . T A 1388.67 PASS AF=0.948454;AO=91;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00716725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.48;QD=57.2649;RBI=0.0249711;REFB=-0.0853691;REVB=0.0239204;RO=5;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705407;STB=0.537305;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00185172;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:5:5:91:92:0.948454:31:60:0:5:31:61:0:5 chr17 45447832 . A G 825.92 PASS AF=0.675926;AO=73;DP=108;FAO=73;FDP=108;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0325821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4106;QD=30.5898;RBI=0.0549179;REFB=-0.0495785;REVB=0.0442083;RO=35;SAF=34;SAR=39;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398372;STB=0.521467;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0218354;OID=.;OPOS=45447832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:35:35:73:73:0.675926:39:34:14:21:39:34:14:21 chr17 45451894 . G A 1103.71 PASS AF=0.773913;AO=89;DP=115;FAO=89;FDP=115;FR=.;FRO=26;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0899039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3061;QD=38.39;RBI=0.0907722;REFB=0.00297882;REVB=-0.0125252;RO=25;SAF=52;SAR=37;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768207;STB=0.545732;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00125823;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:25:26:89:89:0.773913:37:52:10:15:37:52:10:16 chr17 45468842 . A T 346.54 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00951492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.221;QD=26.657;RBI=0.0167446;REFB=-0.00397775;REVB=0.0137785;RO=18;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119629;STB=0.572285;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00196485;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:19:33:33:0.634615:13:20:14:4:13:20:15:4 chr17 45490251 . C T 673.09 PASS AF=0.736842;AO=54;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0463773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9738;QD=35.4255;RBI=0.046676;REFB=0.0159075;REVB=-0.0052718;RO=19;SAF=21;SAR=33;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944192;STB=0.542538;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00618643;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:20:54:56:0.736842:33:21:11:8:34:22:11:9 chr17 45569814 . GAG GA,GG,GGG 275.48 PASS AF=0.178571,0,0.714286;AO=5,4,14;DP=28;FAO=5,0,20;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=5,0,11;FSAR=0,0,9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0455441,0.00386884,0.00504263;FXX=0.0344709;HRUN=3,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=13.8396,182.9,191.835;QD=39.3548;RBI=0.050595,0.0232236,0.0191145;REFB=0.170189,-0.0486608,-0.0561678;REVB=0.0220361,0.0228991,0.0184373;RO=2;SAF=5,1,8;SAR=0,3,6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.460204,0,0;SSEP=0.485036,0,0;SSSB=0.749526,-0.161039,0.0164511;STB=0.996984,0.5,0.528356;STBP=0.029,1,0.474;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0238145,0.0176952,0.0159047;OID=.,.,.;OPOS=45569816,45569815,45569815;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.178571,0,0.714286:5,4,14:28:5,0,20:28:3:5,0,11:0,0,9:1:2:29:2:5,1,8:0,3,6:1:1 chr17 45663702 . C A 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00640116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.897;QD=16.895;RBI=0.0222155;REFB=-0.00915651;REVB=-0.0212733;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00621005;OID=.;OPOS=45663702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr17 45669367 . A G 247.11 PASS AF=0.158879;AO=51;DP=321;FAO=51;FDP=321;FR=.;FRO=270;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=155;FSRR=115;FWDB=-0.0235598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.687;QD=3.07921;RBI=0.0270958;REFB=-0.00894008;REVB=-0.0133834;RO=270;SAF=33;SAR=18;SRF=155;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987801;STB=0.564621;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0467673;OID=.;OPOS=45669367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:270:270:51:51:0.158879:18:33:155:115:18:33:155:115 chr17 45700384 . C CCTA 600.99 PASS AF=0.78125;AO=48;DP=65;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0260828;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=236.14;QD=37.5616;RBI=0.0263436;REFB=-0.0505922;REVB=-0.00369793;RO=16;SAF=23;SAR=25;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182922;STB=0.578094;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.0246257;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78125:48:65:50:64:14:25:25:12:2:87:16:23:25:14:2 chr17 45700388 . A C 78.44 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0308986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.127;QD=4.90234;RBI=0.0309002;REFB=-0.00838429;REVB=-0.000314995;RO=51;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457993;STB=0.800034;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.088827;OID=.;OPOS=45700388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:2:11:26:25:2:11:26:25 chr17 45735975 . G A 433.62 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000652246;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2601;QD=36.1352;RBI=0.00690703;REFB=-0.0150951;REVB=-0.00687616;RO=14;SAF=16;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226506;STB=0.512308;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00366863;OID=.;OPOS=45735975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:14:14:34:34:0.708333:18:16:6:8:18:16:6:8 chr17 45750468 . T C 753.86 PASS AF=0.789474;AO=57;DP=73;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0206221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.348;QD=39.6769;RBI=0.0206221;REFB=-0.0258019;REVB=-6.36701e-06;RO=15;SAF=30;SAR=27;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100708;STB=0.539461;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00778985;OID=.;OPOS=45750468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:73:76:15:16:57:60:0.789474:27:30:4:11:30:30:5:11 chr17 45760349 . T C 715.27 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.642;QD=60.8744;RBI=0.0295478;REFB=-0.156861;REVB=0.00694595;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00044176;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:19:27:0:0:19:27:1:0 chr17 45760429 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00790471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.305;QD=50.8367;RBI=0.0174238;REFB=0.0855274;REVB=0.0155276;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238057;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.000813082;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:1:0:6:19:1:0 chr17 45760433 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.766;QD=53.9112;RBI=0.0244243;REFB=0;REVB=0.0223853;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114702;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr17 45885687 . A G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.937;QD=61.2121;RBI=0.0240169;REFB=0;REVB=0.00309929;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23546e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr17 45885756 . C T 189.28 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00718082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.53;QD=7.01044;RBI=0.0109085;REFB=-0.0109179;REVB=-0.00821164;RO=78;SAF=12;SAR=16;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056666;STB=0.543968;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.032288;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:80:28:28:0.259259:16:12:37:41:16:12:39:41 chr17 45901689 . T C 544.18 PASS AF=0.705882;AO=45;DP=65;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0218338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.846;QD=32.0108;RBI=0.0219363;REFB=-0.0340734;REVB=-0.00211754;RO=19;SAF=26;SAR=19;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115358;STB=0.54795;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.012129;OID=.;OPOS=45901689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:19:20:45:48:0.705882:19:26:7:12:21:27:8:12 chr17 45915788 . T C 664.41 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4572;QD=61.8059;RBI=0.049504;REFB=0;REVB=0.0114834;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146941;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr17 45994044 . C T 637.72 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028615;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0246;QD=62.2167;RBI=0.124752;REFB=0;REVB=0.121426;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271023;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:9:31:0:0:10:31:0:0 chr17 45994094 . T C 923.39 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0763204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8773;QD=56.8239;RBI=0.0777205;REFB=0.0817586;REVB=0.0146858;RO=1;SAF=41;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113822;STB=0.506022;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00471816;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:23:41:1:0:23:41:1:0 chr17 45994115 . GGC G,GG,GGG 247.41 PASS AF=0.449275,0.173913,0;AO=15,10,4;DP=66;FAO=31,12,0;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25,7,0;FSAR=6,5,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.157876,-0.0964821,0.0430257;FXX=0.028165;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=16.6408,9.62247,11.9265;QD=14.3423;RBI=0.159947,0.175653,0.0955116;REFB=-0.0530763,-0.126524,-0.0763208;REVB=-0.0256532,-0.146783,-0.0852716;RO=24;SAF=11,5,1;SAR=4,5,3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0.435374,0.360215,0;SSEP=0,0.466357,0;SSSB=0.265523,0,-0.290777;STB=0.708353,0.608517,0.5;STBP=0.004,0.39,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0404995,0.0769626,0;OID=.,.,.;OPOS=45994116,45994117,45994117;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275,0.173913,0:15,10,4:66:31,12,0:69:26:25,7,0:6,5,0:11:15:99:24:11,5,1:4,5,3:12:12 chr17 45994154 . G A 635.75 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501173;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.939;QD=62.0248;RBI=0.0527375;REFB=0;REVB=-0.0164166;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147587;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:32:8:0:0:33:8:0:0 chr17 46002744 . G T 1050.75 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.631;QD=59.1974;RBI=0.0386263;REFB=0;REVB=0.0381029;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64087e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:30:37:0:0:32:39:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1037.22 PASS AF=0.892857;AO=74;DP=86;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0151552;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.381;QD=49.3913;RBI=0.0182769;REFB=-0.0511628;REVB=0.0102159;RO=10;SAF=43;SAR=31;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508568;STB=0.52126;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=0.00735717;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:74:86:75:84:9:44:31:7:2:40:10:43:31:8:2 chr17 46026156 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.746;QD=58.5877;RBI=0.0782888;REFB=0;REVB=-0.0779504;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140111;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr17 46029962 . ACTCT A 83.3 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0107795;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=273.387;QD=5.64733;RBI=0.0145401;REFB=-0.0133599;REVB=-0.00975792;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242332;STB=0.654742;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=0.045862;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:13:59:13:59:46:9:4:23:23:83:44:9:4:22:22 chr17 46059071 . T C 41.68 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0170473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.876;QD=4.16776;RBI=0.0217856;REFB=-0.00491894;REVB=-0.0135648;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429905;STB=0.529329;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.014731;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:13:20:4:3:13:20 chr17 46136133 . G C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0721391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.897;QD=24.0732;RBI=0.0735269;REFB=0.0187752;REVB=-0.0142182;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.59984;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0129241;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:9:4:4:3:9:4:4:3 chr17 46137055 . GCTGGAC G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00833513;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=261.507;QD=17.7311;RBI=0.0220699;REFB=-0.0494331;REVB=0.0204354;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19995;STB=0.614753;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.0461945;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:16:32:17:36:19:10:7:7:12:99:13:9:7:4:9 chr17 46166073 . G A 768.62 PASS AF=0.544776;AO=72;DP=131;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.000400284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.354;QD=22.944;RBI=0.0122721;REFB=-0.0161407;REVB=0.0122655;RO=58;SAF=30;SAR=42;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111021;STB=0.55241;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0109701;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:58:61:72:73:0.544776:42:30:32:26:43:30:32:29 chr17 46262171 . C T 211.11 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0115464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.635;QD=11.8935;RBI=0.0123468;REFB=-0.000506884;REVB=0.00437335;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140969;STB=0.553806;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-1.35861e-05;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:45:26:26:0.366197:14:12:14:28:14:12:17:28 chr17 46607021 . T C 1468.79 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0108722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3088;QD=52.4567;RBI=0.0120197;REFB=-0.0419835;REVB=0.00512512;RO=6;SAF=53;SAR=52;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017552;STB=0.504761;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0231696;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:112:112:6:7:105:105:0.9375:52:53:2:4:52:53:3:4 chr17 46607817 . C T 934.85 PASS AF=0.744898;AO=69;DP=94;FAO=73;FDP=98;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0110416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.297;QD=38.1573;RBI=0.0585333;REFB=-0.031051;REVB=0.0574824;RO=25;SAF=33;SAR=36;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206967;STB=0.513873;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00951365;OID=.;OPOS=46607817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:25:25:69:73:0.744898:36:33:13:12:39:34:13:12 chr17 46607958 . T A 319.34 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=33;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.049966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.558;QD=37.5689;RBI=0.0643714;REFB=-0.0139668;REVB=-0.0405841;RO=7;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219387;STB=0.504501;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00674741;OID=.;OPOS=46607958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:34:7:7:26:27:0.794118:15:11:3:4:16:11:3:4 chr17 46608030 . G A 109.13 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0103449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.295;QD=21.8255;RBI=0.0136984;REFB=-0.0306738;REVB=0.00897933;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067621;STB=0.516104;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0128957;OID=.;OPOS=46608030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:20:7:7:12:13:0.65:4:8:4:3:5:8:4:3 chr17 46608183 . TG GT,TGGGGCGCTGT 331.73 PASS AF=0.135135,0.527027;AO=10,33;DP=72;FAO=10,39;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=10,31;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0140335,-0.0139254;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=2,9;MLLD=239.79,152.319;QD=17.9314;RBI=0.0180556,0.014278;REFB=-0.0200512,-0.0293539;REVB=-0.0113608,-0.00315357;RO=18;SAF=10,27;SAR=0,6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782437,0.275113;STB=0.998629,0.620585;STBP=0.003,0.033;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0312815,0.0226087;OID=.,.;OPOS=46608183,46608185;OREF=TG,-;OALT=GT,GGGCGCTGT;OMAPALT=GT,TGGGGCGCTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:74:18:25:10,33:10,39:0.135135,0.527027:0,6:10,27:9:9:0,8:10,31:14:11 chr17 46608184 . G GGGGCGCTGT 50.0 PASS AO=43;DP=104;LEN=9;RO=61;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=19;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=46608185;OREF=-;OALT=GGGCGCTGT;OMAPALT=GGGGCGCTGT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:104:61:43:26:27:32:19 chr17 46620095 . G T 495.5 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0198865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5016;QD=26.0788;RBI=0.0200184;REFB=-0.0197394;REVB=-0.00229469;RO=30;SAF=25;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103457;STB=0.556482;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00869597;OID=.;OPOS=46620095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:21:25:12:18:21:25:12:18 chr17 46620111 . T C 375.37 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0762725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.533;QD=23.8333;RBI=0.0769126;REFB=-0.0156144;REVB=0.00990209;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796659;STB=0.537255;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0146913;OID=.;OPOS=46620111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:26:36:37:0.587302:17:19:11:15:18:19:11:15 chr17 46626811 . G GGACA 188.24 PASS AF=0.85;AO=15;DP=21;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000449739;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=341.806;QD=37.6482;RBI=0.0180681;REFB=-0.0182877;REVB=-0.0180625;RO=4;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225948;STB=0.578856;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.00284603;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85:15:21:17:20:3:9:8:0:3:14:4:9:6:0:4 chr17 46629593 . G T 119.77 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0403412;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.0207;QD=13.3082;RBI=0.0486119;REFB=-0.0168026;REVB=-0.0271239;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299292;STB=0.650958;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0516593;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:22:14:14:0.388889:6:8:5:14:6:8:7:15 chr17 46670520 . T C 834.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.088;QD=57.5334;RBI=0.0249572;REFB=0;REVB=0.0167797;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18722e-05;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:13:45:0:0:13:45:0:0 chr17 46688256 . T C 632.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7109;QD=61.714;RBI=0.0729759;REFB=0;REVB=0.0645529;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144548;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr17 46877063 . G A 1327.78 PASS AF=0.734266;AO=104;DP=142;FAO=105;FDP=143;FR=.;FRO=38;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00305813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.544;QD=37.1407;RBI=0.00885055;REFB=-0.00885507;REVB=-0.00830543;RO=38;SAF=57;SAR=47;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423622;STB=0.523844;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00336985;OID=.;OPOS=46877063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:38:38:104:105:0.734266:47:57:24:14:48:57:24:14 chr17 46881748 . T C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0201309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.314;QD=8.74519;RBI=0.0223053;REFB=-0.00356098;REVB=0.00960597;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156521;STB=0.595085;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00738439;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:19:11:6:6:19:11 chr17 46923384 . G A 1321.03 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350452;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.113;QD=62.166;RBI=0.0350631;REFB=0;REVB=-0.00112121;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125928;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr17 46926615 . G A 435.67 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0187589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4278;QD=51.2557;RBI=0.0848797;REFB=-0.167;REVB=0.0827808;RO=3;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111446;STB=0.538437;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0140042;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:3:2:31:32:0.941176:11:20:0:3:12:20:0:2 chr17 46934007 . A C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.351;QD=52.6112;RBI=0.0359058;REFB=0;REVB=0.0267149;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484191;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr17 46970836 . A G 867.17 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.447;QD=57.8114;RBI=0.0477122;REFB=0;REVB=0.0452187;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03674e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:35:21:0:0:38:22:0:0 chr17 46971140 . G A 150.33 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2732;QD=42.952;RBI=0.145447;REFB=0;REVB=0.0227396;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00777896;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 555.61 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394273;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.626;QD=60.066;RBI=0.0535391;REFB=0;REVB=0.0362204;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00026446;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:39:37:37:0:18:19:0:0:4:0:16:19:0:0 chr17 47000251 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.396;QD=60.3765;RBI=0.0225603;REFB=0;REVB=-0.000279656;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90466e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr17 47014675 . C T 237.36 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9081;QD=49.9696;RBI=0.0401808;REFB=0;REVB=0.0169359;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287874;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:10:6:0:0:12:7:0:0 chr17 47026800 . G A 46.21 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.033149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.523;QD=8.03597;RBI=0.0346732;REFB=-0.018436;REVB=-0.0101675;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108749;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0424087;OID=.;OPOS=47026800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:5:10:4:3:6:10 chr17 47026836 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9052;QD=51.9161;RBI=0.00924208;REFB=0;REVB=-0.00604295;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06941e-05;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 47039132 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000959229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.879;QD=53.2765;RBI=0.0786296;REFB=0;REVB=-0.0786237;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403874;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr17 47128722 . GC G,GG 180.24 PASS AF=1,0;AO=13,4;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198502,-0.0526321;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.047,6.96649;QD=36.0485;RBI=0.205944,0.171178;REFB=0,0;REVB=0.0548633,0.162886;RO=3;SAF=7,4;SAR=6,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0436406,0.705357;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0180132,0.0274717;OID=.,.;OPOS=47128723,47128723;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,4:20:20,0:20:0:13,0:7,0:0:0:3:3:7,4:6,0:2:1 chr17 47210429 . A G 746.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6242;QD=63.5643;RBI=0.11067;REFB=0;REVB=-0.10687;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174495;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr17 47210469 . G A 124.72 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00938863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8603;QD=10.1815;RBI=0.0659588;REFB=-0.00934186;REVB=0.0652872;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169816;STB=0.60098;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0256447;OID=.;OPOS=47210469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:11:23:8:7:11:23 chr17 47241604 . T C 804.76 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.327;QD=64.3805;RBI=0.00369943;REFB=0;REVB=-0.00138963;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24032e-06;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr17 47297297 . T C 1182.1 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.105;QD=58.3752;RBI=0.027615;REFB=-0.126563;REVB=-0.00347348;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.501102;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000334806;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:78:79:0.975309:36:42:1:0:36:43:1:1 chr17 47297537 . C A 753.06 PASS AF=0.657143;AO=68;DP=105;FAO=69;FDP=105;FR=.;FRO=36;FSAF=63;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0134746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.286;QD=28.6878;RBI=0.0155717;REFB=-0.0288671;REVB=0.00780476;RO=36;SAF=63;SAR=5;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326324;STB=0.653642;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0113818;OID=.;OPOS=47297537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:36:36:68:69:0.657143:5:63:26:10:6:63:26:10 chr17 47888852 . A G 389.21 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.138;QD=55.6018;RBI=0.0369128;REFB=0;REVB=0.0139997;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448815;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr17 47903381 . C T 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0337859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.709;QD=28.913;RBI=0.0339562;REFB=0.00246403;REVB=-0.0033967;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412641;STB=0.52271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00150391;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:14:12:6:9:14:12:6:9 chr17 48067439 . G A 351.13 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0156203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7727;QD=46.8172;RBI=0.0269188;REFB=-0.173712;REVB=0.0219232;RO=3;SAF=18;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714284;STB=0.538434;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0073034;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:30:3:3:27:27:0.9:9:18:3:0:9:18:3:0 chr17 48067953 . T C 995.63 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.954;QD=55.3126;RBI=0.0472867;REFB=-0.155602;REVB=0.0436644;RO=1;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.509431;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00133266;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:1:69:71:0.986111:24:45:0:1:26:45:0:1 chr17 48149386 . C T 1071.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7465;QD=59.5205;RBI=0.0212717;REFB=0;REVB=0.0131471;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231688;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:27:42:0:0:28:44:0:0 chr17 48151353 . T C 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00348959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5657;QD=59.42;RBI=0.0177345;REFB=0.0457765;REVB=0.0173877;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00630386;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr17 48155425 . G A 997.72 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9808;QD=58.6894;RBI=0.0502011;REFB=0;REVB=0.0041032;RO=1;SAF=49;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433731;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:18:49:1:0:18:50:0:0 chr17 48166980 . C T 559.38 PASS AF=0.95;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00300593;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.843;QD=55.9378;RBI=0.0130863;REFB=-0.0612529;REVB=0.0127364;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.521728;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000451447;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:40:1:2:38:38:0.95:16:22:1:0:16:22:2:0 chr17 48174908 . C T 1437.46 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0547254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.456;QD=56.929;RBI=0.0682925;REFB=-0.183358;REVB=0.0408534;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093921;STB=0.509802;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00146673;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:98:99:0.980198:48:50:1:0:49:50:2:0 chr17 48194991 . CGGGGACCCC CGGGACCCC,CGGGGACCC,CGGGGACCCG 109.62 PASS AF=0.214286,0.357143,0.428571;AO=2,2,5;DP=15;FAO=3,5,6;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,6;FSAR=3,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.222705,0.229283,0.139321;FXX=0.0666222;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=14.4385,15.1184,23.2766;QD=31.3184;RBI=0.332376,0.25813,0.176674;REFB=0.00682051,-0.0924582,-0.149181;REVB=-0.246731,-0.118575,0.108642;RO=2;SAF=0,2,5;SAR=2,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.333333,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727176,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0685723,0.0979205,0.036623;OID=.,.,.;OPOS=48194992,48194997,48195000;OREF=G,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=CGGGACCCC,CGGGGACCC,CGGGGACCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.214286,0.357143,0.428571:2,2,5:15:3,5,6:14:0:0,5,6:3,0,0:0:0:22:2:0,2,5:2,0,0:2:0 chr17 48211533 . T G 257.61 PASS AF=1;AO=13;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.88;QD=51.5222;RBI=0.0290416;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551099;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:13:20:1:0:13:0:0:0:20:0:0 chr17 48226811 . C T 317.42 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.061516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.055;QD=45.3455;RBI=0.0626364;REFB=-0.172491;REVB=-0.0117936;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142411;STB=0.507457;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00476093;OID=.;OPOS=48226811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:28:28:2:3:25:25:0.892857:10:15:1:1:10:15:2:1 chr17 48258140 . T C 739.01 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.876;QD=54.7412;RBI=0.0308018;REFB=0.0249409;REVB=0.0188831;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.513508;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-2.07339e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:18:35:0:1:18:35:0:1 chr17 48258321 . C G,T 637.94 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151645,-0.00775252;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.4362,165.431;QD=60.7562;RBI=0.112855,0.0243357;REFB=0,0;REVB=-0.111831,0.0230678;RO=0;SAF=2,38;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0792363,0.000779981;OID=.,.;OPOS=48258321,48258321;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:0,2:2,38:0:0:0,2:2,38:0:0 chr17 48265495 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.018;QD=44.6894;RBI=0.0252834;REFB=0;REVB=0.0102792;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206454;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr17 48267291 . G C 192.8 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.013618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.293;QD=40.5901;RBI=0.0175656;REFB=-0.0079192;REVB=0.011095;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114072;STB=0.562426;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00249843;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:10:7:2:0:10:7:2:0 chr17 48268223 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.299;QD=62.3509;RBI=0.0134062;REFB=0;REVB=0.00951161;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26066e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr17 48276971 . G C 78.66 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.011111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.405;QD=4.91594;RBI=0.0232246;REFB=-0.00671888;REVB=-0.0203943;RO=51;SAF=2;SAR=11;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440593;STB=0.789561;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0226796;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:11:2:24:27:11:2:24:27 chr17 48356260 . G C 58.34 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00682937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.899;QD=4.76241;RBI=0.0097537;REFB=-0.0161912;REVB=0.00696379;RO=36;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.6003;STB=0.883925;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0453695;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:49:36:40:9:9:0.183673:1:8:14:22:1:8:17:23 chr17 48431032 . G A 60.51 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0301384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9512;QD=4.24646;RBI=0.0786717;REFB=-0.026575;REVB=-0.0726699;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177906;STB=0.624753;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.104876;OID=.;OPOS=48431032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:54:57:44:47:10:10:0.175439:6:4:24:20:6:4:26:21 chr17 48431197 . C T 41.9 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00590368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.43;QD=4.29723;RBI=0.0206861;REFB=-0.00496122;REVB=-0.0198258;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167243;STB=0.583084;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0282026;OID=.;OPOS=48431197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:29:32:7:7:0.179487:2:5:17:12:2:5:20:12 chr17 48432324 . G C 80.28 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.020069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1513;QD=7.46823;RBI=0.0204559;REFB=-0.0165763;REVB=-0.00395972;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165071;STB=0.603258;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0587313;OID=.;OPOS=48432324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:7:4:16:16:7:4:16:16 chr17 48433958 . T C 119.92 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0242113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.964;QD=5.32957;RBI=0.0290132;REFB=-0.00728617;REVB=-0.0159869;RO=69;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962231;STB=0.559379;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0216147;OID=.;OPOS=48433958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:69:71:19:19:0.211111:9:10:31:38:9:10:32:39 chr17 48437456 . C G 313.28 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0234882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7271;QD=36.8568;RBI=0.048289;REFB=-0.0283554;REVB=0.0421915;RO=8;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776838;STB=0.542222;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00866625;OID=.;OPOS=48437456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:11:15:6:2:11:15:6:2 chr17 48452776 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.371;QD=51.9167;RBI=0.00700627;REFB=0;REVB=0.00597736;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05863e-05;OID=.;OPOS=48452776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 48452978 . A AAGC 135.17 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00167766;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=353.686;QD=17.4411;RBI=0.0178394;REFB=-0.00266872;REVB=0.0177603;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=0.00261947;OID=.;OPOS=48452979;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:14:35:15:31:16:6:9:5:11:99:20:6:8:9:11 chr17 48455985 . A T 188.51 PASS AF=0.290698;AO=24;DP=84;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0171577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.599;QD=8.76791;RBI=0.0180465;REFB=-0.00538983;REVB=-0.00559379;RO=59;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607972;STB=0.507241;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0108265;OID=.;OPOS=48455985;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:59:61:24:25:0.290698:15:9:25:34:15:10:25:36 chr17 48456193 . T C 230.61 PASS AF=0.275;AO=33;DP=120;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00656524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.451;QD=7.68704;RBI=0.0172365;REFB=-0.0100467;REVB=-0.0159372;RO=86;SAF=11;SAR=22;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22172;STB=0.628492;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0323666;OID=.;OPOS=48456193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:86:87:33:33:0.275:22:11:44:42:22:11:44:43 chr17 48458184 . C T 462.05 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0641632;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1247;QD=33.0036;RBI=0.0751529;REFB=-0.0334687;REVB=0.0391286;RO=15;SAF=20;SAR=21;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555302;STB=0.530011;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0146366;OID=.;OPOS=48458184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:15:15:41:41:0.732143:21:20:9:6:21:20:9:6 chr17 48472270 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000524444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7565;QD=58.5804;RBI=0.0692148;REFB=0;REVB=-0.0692128;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107777;OID=.;OPOS=48472270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr17 48539035 . T C 196.3 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00526155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1474;QD=34.1396;RBI=0.0215387;REFB=0.0145508;REVB=0.0208861;RO=5;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198372;STB=0.60858;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00331161;OID=.;OPOS=48539035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:9:9:0:5:9:9:0:5 chr17 48557326 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0210437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2764;QD=25.4666;RBI=0.0213196;REFB=0.0481421;REVB=0.00341879;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154191;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.010376;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:2:1:6:3:2:1 chr17 48557348 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0214929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.044;QD=23.3999;RBI=0.0239214;REFB=0.00111198;REVB=-0.0105018;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790568;STB=0.545342;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.000811184;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:2:1:4:4:2:1 chr17 48559559 . A G 188.12 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00450541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.021;QD=31.3537;RBI=0.00651348;REFB=-0.0195331;REVB=0.0047039;RO=6;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384898;STB=0.528271;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00767005;OID=.;OPOS=48559559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:7:10:4:2:8:10:4:2 chr17 48585922 . CG C 31.74 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.2458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1384;QD=7.46731;RBI=0.25207;REFB=-0.118132;REVB=-0.0558725;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887268;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=del;VARB=0.128412;OID=.;OPOS=48585923;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:6:17:7:17:10:2:5:3:7:31:9:1:5:2:7 chr17 48595017 . C T 149.16 PASS AF=0.28;AO=20;DP=74;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0656037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3828;QD=7.95502;RBI=0.0656301;REFB=-0.000638724;REVB=-0.00186066;RO=54;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291622;STB=0.686093;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00429421;OID=.;OPOS=48595017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:54:54:20:21:0.28:6:14:25:29:6:15:25:29 chr17 48595988 . G C 75.35 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0144455;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.125;QD=7.35111;RBI=0.0144757;REFB=-0.0198713;REVB=0.000934407;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503789;STB=0.754918;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0476179;OID=.;OPOS=48595988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:42:41:30:30:10:11:0.268293:8:2:19:11:8:3:19:11 chr17 48597114 . C T 97.41 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.00507331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0722;QD=5.12705;RBI=0.0553682;REFB=-0.0113067;REVB=0.0551352;RO=59;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222549;STB=0.627442;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.054152;OID=.;OPOS=48597114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:59:60:16:16:0.210526:9:7:16:43:9:7:17:43 chr17 48598785 . G A 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0364128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.866;QD=8.38238;RBI=0.0370151;REFB=-0.0109864;REVB=-0.00665012;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280731;STB=0.671979;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0299621;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:54:22:22:0.289474:8:14:21:32:8:14:21:33 chr17 48608717 . T C 71.68 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0108294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.864;QD=2.95604;RBI=0.0189658;REFB=-0.00154459;REVB=-0.01557;RO=83;SAF=8;SAR=6;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214635;STB=0.645335;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00770066;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:97:97:83:83:14:14:0.14433:6:8:33:50:6:8:33:50 chr17 48610272 . G C 52.07 PASS AF=0.146667;AO=7;DP=72;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0344768;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.239;QD=2.77722;RBI=0.0348017;REFB=-0.00696611;REVB=0.00474418;RO=65;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451311;STB=0.578173;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0491073;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:72:75:65:64:7:11:0.146667:1:6:30:35:5:6:29:35 chr17 48613837 . A G 766.78 PASS AF=0.606838;AO=71;DP=117;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.00913107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.553;QD=26.2147;RBI=0.0100895;REFB=-0.0196699;REVB=0.00429208;RO=46;SAF=27;SAR=44;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257352;STB=0.639618;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0071754;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:46:46:71:71:0.606838:44:27:34:12:44:27:34:12 chr17 48628160 . A G 94.53 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0113246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.365;QD=21.0061;RBI=0.0114626;REFB=-0.00905515;REVB=0.00177298;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117729;STB=0.566892;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00794114;OID=.;OPOS=48628160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:5:2:5:6:5:2 chr17 48628470 . T A 797.03 PASS AF=0.691489;AO=65;DP=95;FAO=65;FDP=94;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0303342;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6767;QD=33.916;RBI=0.0340359;REFB=-0.0505048;REVB=-0.0154364;RO=28;SAF=30;SAR=35;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101102;STB=0.549005;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0339914;OID=.;OPOS=48628470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:28:29:65:65:0.691489:35:30:18:10:35:30:18:11 chr17 48629458 . A G 1083.87 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.067341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5971;QD=58.5877;RBI=0.10027;REFB=-0.0840914;REVB=-0.0742916;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000191487;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:72:73:0.986486:27:45:0:0:28:45:1:0 chr17 48653354 . C A 59.42 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0207902;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2226;QD=5.05698;RBI=0.0235605;REFB=-0.00267152;REVB=0.0110844;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254373;STB=0.63737;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00697085;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:48:47:35:38:9:9:0.191489:6:3:19:16:6:3:19:19 chr17 48703752 . T C 860.91 PASS AF=0.77907;AO=67;DP=86;FAO=67;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00542677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4537;QD=40.0422;RBI=0.00752307;REFB=-0.0276078;REVB=0.00521025;RO=19;SAF=28;SAR=39;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132128;STB=0.570711;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00722569;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:19:19:67:67:0.77907:39:28:14:5:39:28:14:5 chr17 48712705 . G A 725.73 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1706;QD=54.772;RBI=0.0719301;REFB=-0.0551061;REVB=0.0550222;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00250333;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chr17 48712710 . CC CG,TG 757.88 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103517,0.00144644;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=73.0811,12.9415;QD=56.1392;RBI=0.0187518,0.0166163;REFB=0,0;REVB=0.0156356,0.0165532;RO=0;SAF=25,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000880596,0.0118437;OID=.,.;OPOS=48712711,48712710;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:27,2:25,0:0:0:27,2:25,0:0:0 chr17 48738377 . GA CG,G 294.54 PASS AF=0,0.543478;AO=4,49;DP=92;FAO=0,50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=0,7;FSAR=0,43;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.088823,0.0596195;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=30.4271,12.4799;QD=12.8062;RBI=0.125376,0.209982;REFB=-0.0924729,-0.147304;REVB=-0.0884847,-0.201341;RO=31;SAF=4,2;SAR=0,47;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0.302273;SSEP=0,0;SSSB=0.693785,-0.512623;STB=0.5,0.563907;STBP=1,0.339;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0897728;OID=.,.;OPOS=48738377,48738378;OREF=GA,A;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:92:31:42:4,49:0,50:0,0.543478:0,47:4,2:9:22:0,43:0,7:9:33 chr17 48753423 . C T 403.54 PASS AF=0.673469;AO=32;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00733714;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8316;QD=32.9422;RBI=0.0136414;REFB=-0.0257547;REVB=0.0115002;RO=16;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762832;STB=0.535958;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0162602;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:32:33:0.673469:16:16:10:6:16:17:10:6 chr17 48755388 . C T 639.89 PASS AF=0.670213;AO=53;DP=89;FAO=63;FDP=94;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00209866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.2926;QD=27.2294;RBI=0.122556;REFB=-0.077526;REVB=0.122538;RO=35;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148183;STB=0.566074;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0840703;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:35:31:53:63:0.670213:29:24:23:12:33:30:21:10 chr17 48761105 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00738881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.736;QD=36.8926;RBI=0.0134976;REFB=-0.0291061;REVB=0.0112956;RO=2;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347762;STB=0.519203;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.009353;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:5:9:1:1:5:9:1:1 chr17 48801314 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0337877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.011;QD=19.1318;RBI=0.0464437;REFB=-0.00188548;REVB=-0.0318654;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.000839123;OID=.;OPOS=48801314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr17 48917333 . C T 75.11 PASS AF=0.185714;AO=14;DP=71;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.00399113;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.183;QD=4.29187;RBI=0.00978113;REFB=-0.00527679;REVB=0.00892981;RO=53;SAF=7;SAR=7;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.690729;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0334902;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:71:70:53:57:14:13:0.185714:7:7:38:15:7:6:40:17 chr17 48940422 . T C 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.549;QD=58.1201;RBI=0.0620111;REFB=0;REVB=0.0581608;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181674;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 49042105 . T C 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0217415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.915;QD=3.9377;RBI=0.0475651;REFB=-0.00195013;REVB=0.0423054;RO=35;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372569;STB=0.768345;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00773892;OID=.;OPOS=49042105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:6:1:14:21:6:1:14:21 chr17 49052135 . G A 132.68 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0790764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.828;QD=24.1244;RBI=0.0790764;REFB=-0.165975;REVB=0;RO=8;SAF=14;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230311;OID=.;OPOS=49052135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:22:22:8:8:14:14:0.636364:0:14:8:0:0:14:8:0 chr17 49082554 . T G 103.47 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0171915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0718;QD=9.8545;RBI=0.0183883;REFB=-0.00116301;REVB=-0.00652565;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190822;STB=0.649101;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0028494;OID=.;OPOS=49082554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:10:3:10:17:10:3:12:17 chr17 49233036 . C A 1011.19 PASS AF=0.68254;AO=86;DP=126;FAO=86;FDP=126;FR=.;FRO=40;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00449254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.48;QD=32.1012;RBI=0.0103346;REFB=-0.00837552;REVB=-0.009307;RO=36;SAF=42;SAR=44;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369067;STB=0.519553;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00391485;OID=.;OPOS=49233036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:36:40:86:86:0.68254:44:42:20:16:44:42:22:18 chr17 49255306 . TTAATAATAATAATA TTAATAATAATA,TTAATAATAATAAT 68.25 PASS AF=0.387097,0;AO=7,3;DP=29;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00839837,-0.062599;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=3,1;MLLD=241.905,13.6919;QD=8.80619;RBI=0.00950963,0.112638;REFB=-0.00782744,-0.0805446;REVB=-0.00446099,-0.0936416;RO=12;SAF=6,3;SAR=1,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.286112,0.590401;STB=0.550932,0.5;STBP=0.661,1;TYPE=del,del;VARB=0.00869959,0;OID=.,.;OPOS=49255307,49255320;OREF=TAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=TTAATAATAATA,TTAATAATAATAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0:7,3:29:12,0:31:19:9,0:3,0:13:6:68:12:6,3:1,0:8:4 chr17 49338257 . C T 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00189206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.461;QD=3.72516;RBI=0.00512744;REFB=-0.00223193;REVB=-0.00476558;RO=51;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195594;STB=0.633868;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0216304;OID=.;OPOS=49338257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:7:3:23:28:7:3:23:28 chr17 49365941 . C T 559.62 PASS AF=0.783333;AO=47;DP=60;FAO=47;FDP=60;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00189121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.329;QD=37.3078;RBI=0.0160624;REFB=0.00409386;REVB=-0.0159507;RO=12;SAF=28;SAR=19;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614787;STB=0.539595;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000905516;OID=.;OPOS=49365941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:12:13:47:47:0.783333:19:28:9:3:19:28:10:3 chr17 49713300 . G A 140.08 PASS AF=0.183824;AO=25;DP=133;FAO=25;FDP=136;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=-0.0501789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.24;QD=4.11989;RBI=0.0520074;REFB=-0.014044;REVB=0.013669;RO=105;SAF=13;SAR=12;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906097;STB=0.576112;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0428439;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:105:111:25:25:0.183824:12:13:62:43:12:13:68:43 chr17 51901084 . A G 359.7 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184141;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.257;QD=53.2886;RBI=0.0212889;REFB=-0.127996;REVB=-0.0106835;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00116783;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr17 51901385 . C T 837.39 PASS AF=0.672727;AO=74;DP=110;FAO=74;FDP=110;FR=.;FRO=36;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.010055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.255;QD=30.4506;RBI=0.0158816;REFB=-0.0239679;REVB=0.0122931;RO=35;SAF=41;SAR=33;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108703;STB=0.554039;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00910725;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:35:36:74:74:0.672727:33:41:13:22:33:41:14:22 chr17 51901643 . C T 977.94 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.726;QD=57.5258;RBI=0.020841;REFB=-0.00495703;REVB=-0.00473519;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000188175;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:38:29:0:0:38:29:1:0 chr17 51901703 . C G 483.19 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.656;QD=58.5688;RBI=0.047088;REFB=0;REVB=0.0432279;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183422;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:15:18:0:0 chr17 51902252 . C T 1491.73 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.109;QD=63.4779;RBI=0.0374329;REFB=0;REVB=0.0355868;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58194e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:57:37:0:0 chr17 51902492 . A AAAT 49.82 PASS AF=1;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307757;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=270.801;QD=33.2152;RBI=0.0433353;REFB=0;REVB=-0.0305091;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000560591;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:12:6:6:0:4:2:0:0:4:6:3:2:6:0 chr17 53038654 . A C 242.34 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0392652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7905;QD=29.3746;RBI=0.0470516;REFB=-0.00957772;REVB=0.0259249;RO=11;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400132;STB=0.719808;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0037115;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:15:7:11:0:15:7:11:0 chr17 53076799 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00479179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.995;QD=11.8818;RBI=0.00555373;REFB=-0.00844333;REVB=-0.00280761;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410956;STB=0.548526;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0179284;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:14:15:0.348837:8:6:11:17:8:7:11:17 chr17 53121020 . A G 284.47 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00785113;FXX=0.0408122;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4284;QD=12.1051;RBI=0.0427501;REFB=-0.00763985;REVB=-0.042023;RO=60;SAF=12;SAR=21;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156425;STB=0.585604;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0158609;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:94:60:61:33:33:0.351064:21:12:30:30:21:12:30:31 chr17 53158492 . G A 159.78 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00165435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.201;QD=11.6203;RBI=0.00547498;REFB=-0.0148498;REVB=0.00521906;RO=35;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106253;STB=0.572957;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.021081;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:14:5:12:23:15:5:12:23 chr17 53238728 . G A 808.47 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0247059;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1931;QD=23.4339;RBI=0.0506656;REFB=-0.0140853;REVB=0.0442337;RO=63;SAF=38;SAR=38;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592133;STB=0.528978;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0125424;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:63:62:76:76:0.550725:38:38:27:36:38:38:27:35 chr17 53851228 . C T 760.33 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.819;QD=56.3204;RBI=0.0491179;REFB=0;REVB=0.0259274;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378537;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr17 54450038 . C A 356.04 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.301;QD=54.7746;RBI=0.114449;REFB=0;REVB=0.113793;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313876;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:23:26:1:10:13:0:0:11:15:0:0 chr17 54450134 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.233;QD=62.0192;RBI=0.0606488;REFB=0;REVB=0.0302353;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015954;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr17 54534634 . G A,T 730.27 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019949,0.0195274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.242,86.7968;QD=62.1502;RBI=0.0512249,0.0253194;REFB=0,0;REVB=-0.0511861,-0.0161168;RO=0;SAF=32,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00223468,0.0496894;OID=.,.;OPOS=54534634,54534634;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:13,1:32,1:0:0:13,1:32,1:0:0 chr17 54921494 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.897;QD=57.6798;RBI=0.0293723;REFB=0;REVB=0.00539037;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118217;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 55027850 . T C 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.47773e-05;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1156;QD=60.9969;RBI=0.00679159;REFB=0;REVB=0.00679155;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73255e-05;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr17 55062822 . C T 696.0 PASS AF=0.75;AO=56;DP=77;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0205662;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.834;QD=36.6314;RBI=0.0262889;REFB=-0.00421607;REVB=0.0163749;RO=18;SAF=24;SAR=32;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328393;STB=0.522137;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00134367;OID=.;OPOS=55062822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:18:19:56:57:0.75:32:24:9:9:32:25:10:9 chr17 55182811 . CTT CT,CTC 636.45 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=48;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833837,0.0047839;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.8768,5.77926;QD=53.0376;RBI=0.124885,0.0777301;REFB=0,0;REVB=0.0929703,0.0775827;RO=1;SAF=28,1;SAR=15,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0164792,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00419912,0;OID=.,.;OPOS=55182812,55182813;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:43,2:48:48,0:48:0:31,0:17,0:0:0:3:1:28,1:15,1:1:0 chr17 55183203 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.8;QD=57.106;RBI=0.020023;REFB=0;REVB=0.00386275;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03215e-05;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr17 55183716 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.655;QD=58.2361;RBI=0.0130885;REFB=0;REVB=0.0119688;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31882e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:20:40:0:0:20:42:0:0 chr17 56270442 . A G 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0399653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.345;QD=3.51368;RBI=0.0472806;REFB=-0.0148064;REVB=-0.0252632;RO=71;SAF=5;SAR=9;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103546;STB=0.564366;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0743807;OID=.;OPOS=56270442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:71:72:14:14:0.162791:9:5:31:40:9:5:31:41 chr17 56272390 . A G 142.01 PASS AF=0.192053;AO=17;DP=139;FAO=29;FDP=151;FR=.;FRO=122;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0126842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.132;QD=3.76179;RBI=0.0319321;REFB=-0.016353;REVB=0.0293048;RO=118;SAF=15;SAR=2;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508386;STB=0.513924;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0688457;OID=.;OPOS=56272390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:151:118:122:17:29:0.192053:2:15:58:60:14:15:61:61 chr17 56344867 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00364747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.611;QD=5.71677;RBI=0.0119155;REFB=-0.00582094;REVB=0.0113435;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240151;OID=.;OPOS=56344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:4:4:13:14:4:4:14:14 chr17 56357818 . C A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0183035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.632;QD=5.32585;RBI=0.0183932;REFB=-8.03041e-05;REVB=-0.00181498;RO=48;SAF=3;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489964;STB=0.807161;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=9.61535e-05;OID=.;OPOS=56357818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:10:3:31:17:10:3:31:17 chr17 56382234 . GC CG 68.54 PASS AF=0.182927;AO=16;DP=83;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.020234;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=2;MLLD=97.5701;QD=3.34359;RBI=0.0308183;REFB=-0.00124095;REVB=-0.0232455;RO=62;SAF=14;SAR=2;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505465;STB=0.821086;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0929513;OID=.;OPOS=56382234;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:82:62:67:16:15:0.182927:2:14:32:30:2:13:35:32 chr17 56383744 . T C 207.36 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0194239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3832;QD=11.2089;RBI=0.0198059;REFB=-0.0134314;REVB=0.00387101;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127048;STB=0.591683;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0287804;OID=.;OPOS=56383744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:48:26:26:0.351351:12:14:19:26:12:14:19:29 chr17 56386118 . A G 142.72 PASS AF=0.19084;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=131;FR=.;FRO=106;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=-0.023549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.677;QD=4.35786;RBI=0.0254238;REFB=-0.0242288;REVB=-0.00958193;RO=103;SAF=15;SAR=10;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730685;STB=0.536021;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0921459;OID=.;OPOS=56386118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:103:106:25:25:0.19084:10:15:56:47:10:15:59:47 chr17 56386358 . T A 189.33 PASS AF=0.183784;AO=32;DP=188;FAO=34;FDP=185;FR=.;FRO=151;FSAF=33;FSAR=1;FSRF=130;FSRR=21;FWDB=-0.00672515;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.213;QD=4.09353;RBI=0.035638;REFB=0.000561478;REVB=-0.0349977;RO=151;SAF=31;SAR=1;SRF=130;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435372;STB=0.816372;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00198605;OID=.;OPOS=56386358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:185:151:151:32:34:0.183784:1:31:130:21:1:33:130:21 chr17 56388238 . C G 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0549219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.68;QD=6.07049;RBI=0.0715415;REFB=0.0105719;REVB=-0.0458451;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407372;STB=0.516643;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0554314;OID=.;OPOS=56388238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:60:45:46:14:14:0.233333:7:7:24:21:7:7:24:22 chr17 56388303 . T A 101.74 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00871879;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0181;QD=8.30534;RBI=0.0354535;REFB=0.00395967;REVB=0.0343647;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205486;STB=0.512639;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0164132;OID=.;OPOS=56388303;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:36:36:13:13:0.265306:7:6:16:20:7:6:16:20 chr17 56389631 . A G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00957146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.865;QD=4.01777;RBI=0.0240671;REFB=-0.000325301;REVB=-0.022082;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355248;STB=0.740007;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00157489;OID=.;OPOS=56389631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:10:18:2:4:10:18 chr17 56389732 . T C 84.14 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0305417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.021;QD=3.91344;RBI=0.0315369;REFB=0.0018239;REVB=-0.00785992;RO=70;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301435;STB=0.513243;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0185556;OID=.;OPOS=56389732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:70:71:15:15:0.174419:7:8:39:31:7:8:39:32 chr17 56389836 . C T 71.49 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00914015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.158;QD=3.76277;RBI=0.0111459;REFB=-0.00556429;REVB=0.0063788;RO=61;SAF=7;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446227;STB=0.514264;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0320183;OID=.;OPOS=56389836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:61:63:13:13:0.171053:6:7:35:26:6:7:35:28 chr17 56396587 . T C 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.010312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.33;QD=3.79127;RBI=0.0500115;REFB=-0.00430418;REVB=-0.0489369;RO=54;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571094;STB=0.538391;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0151286;OID=.;OPOS=56396587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:4:7:32:22:4:7:32:22 chr17 56435160 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCT 33.57 PASS AF=0.28,0.08;AO=8,2;DP=23;FAO=7,2;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5,2;FSAR=2,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.134168,0.00769688;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.48654,205.217;QD=5.37137;RBI=0.134955,0.00853154;REFB=-0.162796,-0.00738637;REVB=0.0145501,0.00368038;RO=12;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102563,0.505787;STB=0.522323,0.992848;STBP=0.969,0.333;TYPE=del,snp;VARB=0.190775,0.0199759;OID=.,.;OPOS=56435161,56435167;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0.08:8,2:23:7,2:25:16:5,2:2,0:11:5:23:12:6,2:2,0:8:4 chr17 56435885 . G T 548.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.271;QD=59.3417;RBI=0.131731;REFB=0;REVB=0.131651;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517867;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:17:20:0:0 chr17 56435954 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0133922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9824;QD=8.08943;RBI=0.021148;REFB=0.0149179;REVB=0.0163673;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411622;STB=0.525491;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0087494;OID=.;OPOS=56435954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:13:9:4:5:13:9 chr17 56492800 . T C 63.78 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0175273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6858;QD=2.65752;RBI=0.0432637;REFB=0.00431968;REVB=0.0395542;RO=82;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107725;STB=0.569272;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0247776;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:82:83:13:13:0.135417:6:7:37:45:6:7:38:45 chr17 56540267 . C T 1376.63 PASS AF=0.758865;AO=107;DP=141;FAO=107;FDP=141;FR=.;FRO=34;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00392349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.01;QD=39.0534;RBI=0.00622834;REFB=-0.000442161;REVB=0.0048372;RO=32;SAF=65;SAR=42;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061853;STB=0.534094;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00010909;OID=.;OPOS=56540267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:32:34:107:107:0.758865:42:65:15:17:42:65:16:18 chr17 56544280 . T G 835.05 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0156852;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7651;QD=53.0191;RBI=0.0219391;REFB=0.036282;REVB=0.0153394;RO=2;SAF=36;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632896;STB=0.50331;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0038824;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:24:36:1:1:24:36:2:1 chr17 56568680 . C T 866.43 PASS AF=0.755556;AO=68;DP=90;FAO=68;FDP=90;FR=.;FRO=22;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0194767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5665;QD=38.5081;RBI=0.0711586;REFB=-0.0122407;REVB=-0.0684412;RO=22;SAF=47;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752971;STB=0.540418;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0114972;OID=.;OPOS=56568680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:22:22:68:68:0.755556:21:47:12:10:21:47:12:10 chr17 56584205 . A C 106.69 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0127422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.729;QD=8.70907;RBI=0.0255067;REFB=-0.0125089;REVB=0.0220959;RO=35;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541287;STB=0.553768;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.026419;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:13:14:0.285714:8:5:15:20:9:5:15:20 chr17 56585872 . G C 179.51 PASS AF=0.237288;AO=28;DP=118;FAO=28;FDP=118;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0133983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.535;QD=6.08515;RBI=0.0159602;REFB=-0.00460196;REVB=-0.00867254;RO=90;SAF=7;SAR=21;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267263;STB=0.664968;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0208402;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:90:28:28:0.237288:21:7:40:50:21:7:40:50 chr17 56598439 . T C 148.28 PASS AF=0.206612;AO=25;DP=121;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=-0.0140782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.696;QD=4.90181;RBI=0.0163724;REFB=-0.0062996;REVB=0.00835813;RO=95;SAF=11;SAR=14;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226832;STB=0.643673;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0188503;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:96:25:25:0.206612:14:11:59:36:14:11:60:36 chr17 56620167 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.039069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.378;QD=28.7634;RBI=0.0493382;REFB=-0.0476312;REVB=0.030131;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215022;STB=0.618204;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0103247;OID=.;OPOS=56620167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:1:8:10:9:1:8 chr17 56620501 . A G 1496.03 PASS AF=0.765101;AO=114;DP=149;FAO=114;FDP=149;FR=.;FRO=35;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0176056;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.107;QD=40.162;RBI=0.0207545;REFB=-0.019975;REVB=0.0109905;RO=35;SAF=59;SAR=55;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490691;STB=0.526156;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00533837;OID=.;OPOS=56620501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:35:35:114:114:0.765101:55:59:22:13:55:59:22:13 chr17 56621286 . G T 720.16 PASS AF=0.887097;AO=55;DP=63;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0346766;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6992;QD=46.4621;RBI=0.0439542;REFB=-0.0273663;REVB=0.0270093;RO=5;SAF=35;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395109;STB=0.507884;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00393126;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:62:5:7:55:55:0.887097:20:35:2:3:20:35:4:3 chr17 56621359 . T C,G 1018.37 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=63,3;DP=66;FAO=68,2;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272422,-0.0187543;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.91,94.7817;QD=58.1927;RBI=0.0932906,0.078998;REFB=0,0;REVB=0.0932508,0.0767396;RO=0;SAF=38,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-3.37291e-05,0.0663327;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:66:70:0:0:63,3:68,2:0.971429,0.0285714:25,0:38,3:0:0:28,0:40,2:0:0 chr17 56636854 . T C 791.89 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.07;QD=53.6875;RBI=0.0375646;REFB=-0.0783678;REVB=0.0347246;RO=2;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336561;STB=0.517851;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000364378;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:27:30:0:2:27:30:0:2 chr17 56643109 . A G 656.82 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0419923;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.345;QD=42.3754;RBI=0.0420285;REFB=-0.0101913;REVB=0.00174459;RO=9;SAF=26;SAR=26;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153391;STB=0.516123;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00283762;OID=.;OPOS=56643109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:62:9:10:52:52:0.83871:26:26:4:5:26:26:4:6 chr17 56659018 . C T 957.0 PASS AF=0.845238;AO=70;DP=83;FAO=71;FDP=84;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0281286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.255;QD=45.5713;RBI=0.0318319;REFB=-0.0212497;REVB=0.0149013;RO=13;SAF=40;SAR=30;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122973;STB=0.563362;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00244693;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:83:84:13:13:70:71:0.845238:30:40:2:11:31:40:2:11 chr17 56709034 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0150677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.644;QD=16.4266;RBI=0.0207978;REFB=-0.0197622;REVB=-0.0143357;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155766;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0171253;OID=.;OPOS=56709034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:7:4:6:5:7:4 chr17 56709058 . G C 123.22 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0394854;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.414;QD=15.4029;RBI=0.0413033;REFB=-0.00860112;REVB=-0.0121187;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.540482;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0281767;OID=.;OPOS=56709058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:9:8:8:6:9:9 chr17 56709077 . A G 216.26 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00127734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.49;QD=22.1809;RBI=0.0859566;REFB=0.00360663;REVB=0.0859471;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.510992;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0024758;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:9:8:11:10:9:9 chr17 56709103 . CAAAT C 180.45 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0188484;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=4;MLLD=236.503;QD=18.9947;RBI=0.0202017;REFB=-0.00493321;REVB=-0.00726951;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00251619;OID=.;OPOS=56709104;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:22:40:22:38:16:11:11:8:8:99:14:11:11:6:8 chr17 56736547 . G A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0340454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.428;QD=36.3416;RBI=0.0353594;REFB=0.013349;REVB=-0.00954969;RO=5;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444008;STB=0.524248;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00318513;OID=.;OPOS=56736547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:6:14:4:1:6:14:4:1 chr17 56755092 . TA T 355.0 PASS AF=0.8125;AO=37;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.121654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4549;QD=29.583;RBI=0.132656;REFB=-0.00133162;REVB=-0.0528951;RO=9;SAF=18;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250715;STB=0.512814;STBP=0.738;TYPE=del;VARB=-0.00387261;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:37:48:39:48:9:19:20:5:4:30:9:18:19:5:4 chr17 56756977 . A G 518.99 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00190537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1712;QD=45.1295;RBI=0.0950519;REFB=0.0248609;REVB=0.0950328;RO=8;SAF=24;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228347;STB=0.501228;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00329173;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:8:8:38:38:0.826087:14:24:5:3:14:24:5:3 chr17 56771096 . C T 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0482334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.422;QD=30.5509;RBI=0.0562137;REFB=-0.026753;REVB=-0.0288709;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210188;STB=0.511615;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0239327;OID=.;OPOS=56771096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:3:4:11:7:3:4 chr17 56833490 . GT AC 30.63 PASS AF=0.153846;AO=5;DP=38;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00577948;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.327;QD=3.14147;RBI=0.0347405;REFB=-0.00986309;REVB=-0.0342564;RO=31;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346245;STB=0.606777;STBP=0.62;TYPE=mnp;VARB=0.063374;OID=.;OPOS=56833490;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:38:39:31:33:5:6:0.153846:4:1:15:16:4:2:15:18 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1197.54 PASS AF=0.965116,0.0348837;AO=63,16;DP=84;FAO=83,3;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42,3;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141856,-0.0939747;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.7313,14.7482;QD=55.6995;RBI=0.14428,0.167923;REFB=0,0;REVB=-0.026334,-0.139165;RO=0;SAF=38,5;SAR=25,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-4.80583e-05,-0.00769158;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965116,0.0348837:63,16:84:83,3:86:0:42,3:41,0:0:0:9:0:38,5:25,11:0:0 chr17 57287454 . A G 925.42 PASS AF=0.795455;AO=69;DP=89;FAO=70;FDP=88;FR=.;FRO=18;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0101555;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.309;QD=42.0647;RBI=0.0114523;REFB=-0.0103868;REVB=0.00529338;RO=18;SAF=45;SAR=24;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860186;STB=0.546839;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00293149;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:18:18:69:70:0.795455:24:45:8:10:24:46:8:10 chr17 57290383 . G A 485.06 PASS AF=0.788462;AO=40;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00957181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.667;QD=37.3124;RBI=0.0140188;REFB=-0.0137912;REVB=-0.0102424;RO=11;SAF=14;SAR=26;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120807;STB=0.559657;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00605862;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:40:41:0.788462:26:14:7:4:26:15:7:4 chr17 57477235 . T G 55.32 PASS AF=0.16129;AO=9;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0189439;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8613;QD=3.56884;RBI=0.0351221;REFB=0.000753527;REVB=0.0295751;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131261;STB=0.551901;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00732581;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:53:52:9:10:0.16129:3:6:40:13:3:7:39:13 chr17 57477616 . G A 1589.61 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.743;QD=59.4248;RBI=0.0234614;REFB=0;REVB=0.00968654;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48073e-05;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:55:49:0:0:55:52:0:0 chr17 57478276 . T A 104.09 PASS AF=0.148936;AO=20;DP=138;FAO=21;FDP=141;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.014619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.881;QD=2.95297;RBI=0.0150495;REFB=-0.00180547;REVB=0.00357398;RO=117;SAF=10;SAR=10;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270008;STB=0.501015;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0083955;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:117:120:20:21:0.148936:10:10:61:56:10:11:63:57 chr17 57951973 . G A 327.66 PASS AF=0.72973;AO=26;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0186316;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.649;QD=35.4228;RBI=0.0210231;REFB=-0.0511984;REVB=-0.00973835;RO=9;SAF=6;SAR=20;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652566;STB=0.514128;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0241739;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:9:10:26:27:0.72973:20:6:3:6:20:7:3:7 chr17 57963537 . A G 590.78 PASS AF=0.765625;AO=49;DP=65;FAO=49;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0133406;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7053;QD=36.9238;RBI=0.0133876;REFB=0.0374519;REVB=-0.00112055;RO=13;SAF=20;SAR=29;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953562;STB=0.518265;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0109931;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:65:64:13:15:49:49:0.765625:29:20:5:8:29:20:5:10 chr17 58024275 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0092613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.257;QD=21.7436;RBI=0.0120836;REFB=-0.0244053;REVB=-0.00776148;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0253598;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:4:7:9:6:4:7 chr17 58024324 . A G 192.09 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00865191;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=229.128;QD=11.6415;RBI=0.019492;REFB=-0.00322168;REVB=0.0174666;RO=9;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485391;STB=0.503814;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00328189;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:9:42:24:24:0.363636:11:13:4:5:11:13:23:19 chr17 58031412 . A G 424.0 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000137206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.913;QD=39.4419;RBI=0.0074103;REFB=-0.0161314;REVB=-0.00740903;RO=10;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331006;STB=0.517923;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0039471;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:19:14:5:5:19:14:5:5 chr17 58180009 . C T 45.82 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0120243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.175;QD=2.20815;RBI=0.0141928;REFB=0.000175396;REVB=-0.00753997;RO=68;SAF=3;SAR=7;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214028;STB=0.673719;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000582049;OID=.;OPOS=58180009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:68:73:10:10:0.120482:7:3:32:36:7:3:36:37 chr17 58508618 . T C 389.05 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00647533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.875;QD=45.7702;RBI=0.0305365;REFB=-0.0485853;REVB=0.0298421;RO=4;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159516;STB=0.507038;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00630317;OID=.;OPOS=58508618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:34:4:4:29:30:0.882353:20:9:1:3:21:9:1:3 chr17 58773889 . A G 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0292668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.376;QD=41.6793;RBI=0.0296784;REFB=-0.00604703;REVB=0.00492531;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493825;STB=0.526996;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0010287;OID=.;OPOS=58773889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:13:5:1:1:13:5:1:1 chr17 58786625 . A G 190.78 PASS AF=0.261682;AO=28;DP=107;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00622328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6763;QD=7.13212;RBI=0.00631108;REFB=-0.00999604;REVB=0.00104906;RO=79;SAF=23;SAR=5;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36684;STB=0.724961;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0220314;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:79:28:28:0.261682:5:23:45:34:5:23:45:34 chr17 58824567 . T C 784.49 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0721;QD=57.0536;RBI=0.0863082;REFB=0;REVB=0.0255209;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123044;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr17 58969056 . T C 1150.68 PASS AF=0.798246;AO=91;DP=114;FAO=91;FDP=114;FR=.;FRO=23;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00938425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.289;QD=40.3747;RBI=0.0094609;REFB=-0.0227;REVB=-0.00120188;RO=21;SAF=41;SAR=50;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910948;STB=0.505639;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00540472;OID=.;OPOS=58969056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:21:23:91:91:0.798246:50:41:10:11:50:41:11:12 chr17 58969070 . A G 1163.04 PASS AF=0.793103;AO=92;DP=116;FAO=92;FDP=116;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00931308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4485;QD=40.1048;RBI=0.0158236;REFB=-0.0118249;REVB=-0.0127927;RO=24;SAF=41;SAR=51;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278457;STB=0.514837;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00640209;OID=.;OPOS=58969070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:24:24:92:92:0.793103:51:41:9:15:51:41:9:15 chr17 58977482 . A T 192.8 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0842791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8316;QD=40.5888;RBI=0.088937;REFB=-0.10349;REVB=0.0284047;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114072;STB=0.562426;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0109394;OID=.;OPOS=58977482;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:0:2:7:10:0:2 chr17 59477903 . C A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00375793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.913;QD=8.24618;RBI=0.0232771;REFB=-0.0128811;REVB=-0.0229717;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342331;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0187275;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:6:9:2:5:6:9 chr17 59482169 . C G 560.65 PASS AF=0.851852;AO=46;DP=55;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0550946;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.942;QD=41.5297;RBI=0.129064;REFB=-0.063877;REVB=0.116713;RO=8;SAF=43;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173678;STB=0.593875;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0199594;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:55:54:8:8:46:46:0.851852:3:43:6:2:3:43:6:2 chr17 59482173 . G A 426.17 PASS AF=0.672414;AO=42;DP=61;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00400483;FXX=0.0491723;HRUN=6;LEN=1;MLLD=300.003;QD=29.3908;RBI=0.0107293;REFB=-0.0200409;REVB=-0.00995387;RO=14;SAF=37;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962385;STB=0.635653;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00783153;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:14:19:42:39:0.672414:5:37:11:3:2:37:16:3 chr17 59482300 . G C 125.3 PASS AF=0.15847;AO=24;DP=178;FAO=29;FDP=183;FR=.;FRO=154;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=102;FSRR=52;FWDB=0.0277794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0489;QD=2.73877;RBI=0.029971;REFB=-0.0207244;REVB=-0.0112502;RO=154;SAF=19;SAR=5;SRF=102;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200976;STB=0.640009;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0570665;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:183:154:154:24:29:0.15847:5:19:102:52:6:23:102:52 chr17 59485555 . C T 239.39 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0102213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.838;QD=35.4657;RBI=0.0161939;REFB=-0.028297;REVB=0.0125606;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126996;STB=0.569331;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00777047;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:10:11:5:1:10:11:5:1 chr17 59490235 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0641278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.593;QD=21.1692;RBI=0.0656957;REFB=-0.0376387;REVB=-0.014267;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0261436;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:0:3:4:3:0:3 chr17 59533868 . G C 2084.32 PASS AF=0.724138;AO=168;DP=232;FAO=168;FDP=232;FR=.;FRO=64;FSAF=67;FSAR=101;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0098353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1992;QD=35.9365;RBI=0.0423027;REFB=-0.054619;REVB=0.0411434;RO=63;SAF=67;SAR=101;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241823;STB=0.515523;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.018848;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:63:64:168:168:0.724138:101:67:28:35:101:67:29:35 chr17 59534987 . T G 431.14 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0147317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.579;QD=42.0626;RBI=0.0406094;REFB=-0.00308785;REVB=0.0378431;RO=7;SAF=17;SAR=16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648204;STB=0.545967;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00114309;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:7:8:33:33:0.804878:16:17:5:2:16:17:6:2 chr17 59557600 . C T 528.55 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0483926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1843;QD=48.0497;RBI=0.0515104;REFB=-0.0190952;REVB=0.0176488;RO=6;SAF=12;SAR=26;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098901;STB=0.553163;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00386067;OID=.;OPOS=59557600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:26:12:4:2:26:12:4:2 chr17 59560463 . C T 426.9 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0285085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8319;QD=46.1517;RBI=0.0396439;REFB=-0.0195099;REVB=0.0275482;RO=5;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610881;STB=0.532852;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00345997;OID=.;OPOS=59560463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:37:5:5:32:32:0.864865:18:14:1:4:18:14:1:4 chr17 59561204 . G A 406.42 PASS AF=0.56338;AO=37;DP=68;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0085984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.849;QD=22.8971;RBI=0.0152023;REFB=-0.0261926;REVB=0.0125371;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109215;STB=0.563349;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0165439;OID=.;OPOS=59561204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:31:31:37:40:0.56338:19:18:11:20:20:20:11:20 chr17 59763465 . T C 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00933765;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.317;QD=56.4081;RBI=0.0325346;REFB=-0.0362409;REVB=0.0311658;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000264211;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:1:0:28:33:1:0 chr17 59955426 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.92;QD=57.3845;RBI=0.0223145;REFB=0;REVB=0.00316246;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70032e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr17 59969000 . T C 770.24 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3159;QD=55.0171;RBI=0.0237278;REFB=0.00322149;REVB=0.0128796;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.513509;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000133021;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:18:37:0:1:18:37:0:1 chr17 60020136 . AAAAG A,AA,AAA 211.28 PASS AF=0,1,0;AO=4,11,3;DP=18;FAO=0,17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225192,-0.0267775,-0.0280316;FXX=0.0555247;HRUN=5,5,5;LEN=4,3,2;MLLD=183.14,190.808,182.936;QD=49.7119;RBI=0.0432897,0.0468363,0.0470003;REFB=0,0,0;REVB=0.0369714,0.0384266,0.0377261;RO=0;SAF=1,8,3;SAR=3,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.044555,-0.000915138,0;OID=.,.,.;OPOS=60020137,60020138,60020139;OREF=AAAG,AAG,AG;OALT=-,-,-;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,11,3:18:0,17,0:17:0:0,11,0:0,6,0:0:0:4:0:1,8,3:3,3,0:0:0 chr17 60043884 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.737;QD=60.716;RBI=0.0177527;REFB=0;REVB=-0.0171768;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37338e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr17 60045419 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA 32.27 PASS AF=0.230769,0;AO=15,3;DP=66;FAO=15,0;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=13,0;FSAR=2,0;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0479624,-0.0347543;FXX=0.0151492;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.1648,50.8272;QD=1.98586;RBI=0.112468,0.0457084;REFB=-0.0808925,-0.00664049;REVB=0.101728,0.0296883;RO=40;SAF=14,3;SAR=1,0;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.642342,0.516227;STB=0.79143,0.5;STBP=0.03,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0731289,0.0633727;OID=.,.;OPOS=60045420,60045425;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0:15,3:66:15,0:65:50:13,0:2,0:28:22:30:40:14,3:1,0:19:21 chr17 60348325 . G A 1558.28 PASS AF=0.729885;AO=126;DP=175;FAO=127;FDP=174;FR=.;FRO=47;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00140794;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4024;QD=35.8226;RBI=0.0170559;REFB=0.0198612;REVB=0.0169977;RO=47;SAF=48;SAR=78;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463711;STB=0.52319;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00589707;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:47:47:126:127:0.729885:78:48:22:25:78:49:22:25 chr17 60351433 . C A 215.06 PASS AF=0.186603;AO=39;DP=209;FAO=39;FDP=209;FR=.;FRO=170;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=74;FSRR=96;FWDB=0.0293534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9307;QD=4.11597;RBI=0.0873055;REFB=-0.00315961;REVB=0.0822231;RO=170;SAF=21;SAR=18;SRF=74;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132213;STB=0.583291;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0139276;OID=.;OPOS=60351433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:170:170:39:39:0.186603:18:21:74:96:18:21:74:96 chr17 60351457 . G A 2377.16 PASS AF=0.792208;AO=179;DP=233;FAO=183;FDP=231;FR=.;FRO=48;FSAF=78;FSAR=105;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0227583;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.729;QD=41.1629;RBI=0.0300349;REFB=-0.0569596;REVB=-0.0195999;RO=46;SAF=78;SAR=101;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03351;STB=0.519975;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0153003;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:231:46:48:179:183:0.792208:101:78:24:22:105:78:25:23 chr17 60503892 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.821;QD=33.4282;RBI=0.0199224;REFB=0;REVB=0.0156615;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088956;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 60525047 . C T 91.05 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00500199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.041;QD=3.43579;RBI=0.0698633;REFB=-0.00235989;REVB=-0.069684;RO=89;SAF=8;SAR=9;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268508;STB=0.517836;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0121055;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:89:89:17:17:0.160377:9:8:40:49:9:8:40:49 chr17 60683503 . A G 1513.17 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.279;QD=59.9275;RBI=0.044197;REFB=0;REVB=0.0414323;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31023e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr17 60753904 . A C 400.76 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0558492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4296;QD=36.4323;RBI=0.0628355;REFB=0.0203888;REVB=-0.0287952;RO=12;SAF=19;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172445;STB=0.593691;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00988907;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:12:12:32:32:0.727273:13:19:3:9:13:19:3:9 chr17 60758273 . G C 1025.22 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0132452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9728;QD=55.4172;RBI=0.0186208;REFB=0.0362597;REVB=-0.013088;RO=3;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368007;STB=0.519475;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0097081;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:73:74:3:3:70:71:0.959459:37:33:0:3:37:34:0:3 chr17 60766224 . A G 1676.18 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0464;QD=60.4029;RBI=0.0335927;REFB=0;REVB=0.0282787;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17153e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr17 60767015 . G A 1179.5 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245049;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.296;QD=59.7214;RBI=0.0830104;REFB=-0.133322;REVB=0.079311;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000387904;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:33:45:0:0:33:45:0:1 chr17 60769803 . A G 666.98 PASS AF=0.84375;AO=53;DP=64;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0148447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.757;QD=41.6864;RBI=0.0149454;REFB=-0.0613646;REVB=-0.00173148;RO=11;SAF=27;SAR=26;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995052;STB=0.54417;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0104341;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:64:64:11:10:53:54:0.84375:26:27:9:2:26:28:8:2 chr17 61559923 . C T 407.7 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0155616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.517;QD=28.6106;RBI=0.020079;REFB=-0.045277;REVB=0.0126887;RO=19;SAF=18;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209813;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:20:18:9:10:20:18:9:10 chr17 61562309 . C T 307.62 PASS AF=0.833333;AO=24;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0224705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.262;QD=41.0159;RBI=0.0225446;REFB=-0.0119637;REVB=-0.00182678;RO=5;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544238;STB=0.50677;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00250996;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:24:25:0.833333:10:14:3:2:11:14:3:2 chr17 61562774 . T C 346.25 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00622072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3545;QD=38.4726;RBI=0.00673242;REFB=-0.0486985;REVB=-0.00257452;RO=8;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114853;STB=0.562454;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0143118;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:18:10:5:3:18:10:5:3 chr17 61564052 . A G 544.32 PASS AF=0.846154;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0182301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.033;QD=41.8704;RBI=0.0280127;REFB=-0.0503643;REVB=0.0212691;RO=8;SAF=22;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358863;STB=0.519222;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00553255;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:8:8:44:44:0.846154:22:22:3:5:22:22:3:5 chr17 61566031 . G A 918.41 PASS AF=0.795455;AO=70;DP=89;FAO=70;FDP=88;FR=.;FRO=18;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0182871;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.604;QD=41.7459;RBI=0.0486537;REFB=-0.0213331;REVB=0.0450862;RO=17;SAF=45;SAR=25;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044552;STB=0.531241;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00395118;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:17:18:70:70:0.795455:25:45:9:8:25:45:9:9 chr17 61568374 . GCCCCCT GCCCCTC 36.04 PASS AF=0.0943396;AO=5;DP=56;FAO=5;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0373393;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.9041;QD=2.71978;RBI=0.0552458;REFB=-0.0378929;REVB=-0.0407171;RO=31;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134714;STB=0.785155;STBP=0.238;TYPE=mnp;VARB=0.092434;OID=.;OPOS=61568379;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0943396:5:56:5:53:43:4:1:21:22:15:31:3:2:15:16 chr17 61573761 . T C 258.75 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0417105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7634;QD=38.3339;RBI=0.0576617;REFB=0.0395851;REVB=-0.0398134;RO=5;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01328;STB=0.50724;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0120648;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:8:14:3:2:8:14:3:2 chr17 61607708 . T C 59.25 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=-0.0113491;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.832;QD=4.08606;RBI=0.0311152;REFB=-0.0175125;REVB=-0.0289715;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132497;STB=0.573777;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0767601;OID=.;OPOS=61607708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:58:46:48:10:10:0.172414:7:3:10:36:7:3:11:37 chr17 61611423 . T C 110.33 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0222239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.915;QD=6.21557;RBI=0.0238348;REFB=-0.0109799;REVB=-0.00861378;RO=53;SAF=7;SAR=10;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187812;STB=0.62179;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0294071;OID=.;OPOS=61611423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:53:54:17:17:0.239437:10:7:30:23:10:7:31:23 chr17 61766211 . G A 99.21 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0110955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.692;QD=6.50579;RBI=0.0113347;REFB=-0.0141885;REVB=-0.0023161;RO=46;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328542;STB=0.701867;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.052085;OID=.;OPOS=61766211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:5:10:18:28:5:10:18:28 chr17 61805747 . G A 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0357491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.894;QD=34.2036;RBI=0.041487;REFB=-0.0612173;REVB=-0.0210518;RO=8;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170144;STB=0.593139;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0232115;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:14:9:6:2:14:9:6:2 chr17 61838259 . G A 436.66 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0397915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5153;QD=32.3449;RBI=0.0629042;REFB=-0.0213133;REVB=-0.0487193;RO=15;SAF=15;SAR=24;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788806;STB=0.542751;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00618329;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:24:15:8:7:24:15:8:7 chr17 61896606 . G A 405.35 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0185482;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.522;QD=24.5665;RBI=0.0189886;REFB=-0.00151066;REVB=0.00406549;RO=27;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387196;STB=0.521257;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00125268;OID=.;OPOS=61896606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:27:27:39:39:0.590909:14:25:16:11:14:25:16:11 chr17 61901197 . T A 776.21 PASS AF=0.802632;AO=61;DP=76;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0296613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.154;QD=40.8529;RBI=0.036206;REFB=-0.00134874;REVB=0.0207625;RO=15;SAF=30;SAR=31;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00927853;STB=0.504962;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00026672;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:15:15:61:61:0.802632:31:30:7:8:31:30:7:8 chr17 61903445 . G C 1120.74 PASS AF=0.661972;AO=94;DP=143;FAO=94;FDP=142;FR=.;FRO=48;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00933932;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.773;QD=31.5703;RBI=0.0217284;REFB=0.00415713;REVB=-0.0196189;RO=49;SAF=45;SAR=49;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319989;STB=0.513974;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00193592;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:49:48:94:94:0.661972:49:45:21:28:49:45:21:27 chr17 61906846 . T C 661.14 PASS AF=0.782609;AO=52;DP=67;FAO=54;FDP=69;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0385604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.822;QD=38.3268;RBI=0.0393729;REFB=-0.0205927;REVB=0.00795759;RO=15;SAF=30;SAR=22;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745841;STB=0.533968;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00612668;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:67:69:15:15:52:54:0.782609:22:30:6:9:24:30:6:9 chr17 61908271 . C T 810.48 PASS AF=0.871429;AO=49;DP=70;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0141506;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.23;QD=46.3132;RBI=0.018161;REFB=-0.0234859;REVB=-0.0113834;RO=9;SAF=26;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250399;STB=0.500237;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317541;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:70:70:9:9:49:61:0.871429:23:26:4:5:34:27:4:5 chr17 61908556 . C T 733.15 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0326342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.203;QD=43.7703;RBI=0.032844;REFB=-0.020251;REVB=0.00370627;RO=10;SAF=23;SAR=34;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278552;STB=0.514868;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00317004;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:10:10:57:57:0.850746:34:23:5:5:34:23:5:5 chr17 61908770 . ACCCCCC ACCCCC,ACCCCCA 43.15 PASS AF=0.217391,0.0289855;AO=18,4;DP=71;FAO=15,2;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=7,1;FSAR=8,1;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.19452,0.0932752;FXX=0.0416609;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.83967,23.5883;QD=2.50157;RBI=0.194668,0.0970525;REFB=-0.0717154,-0.0425639;REVB=0.00759173,-0.0268127;RO=41;SAF=8,1;SAR=10,3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.73913,0;SSSB=-0.022292,-0.236315;STB=0.519013,0.555012;STBP=0.915,0.85;TYPE=del,snp;VARB=0.0981447,0.0767674;OID=.,.;OPOS=61908771,61908776;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACCCCC,ACCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391,0.0289855:18,4:71:15,2:69:52:7,1:8,1:23:29:37:41:8,1:10,3:19:22 chr17 61910167 . G A 1116.44 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.646;QD=60.3481;RBI=0.0369;REFB=0;REVB=0.0314363;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8676e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:24:49:0:0:24:50:0:0 chr17 61986988 . A G 119.97 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0366119;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9;QD=7.9983;RBI=0.037623;REFB=0.00545222;REVB=0.00866358;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151288;STB=0.598577;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0141557;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:44:43:17:17:0.283333:12:5:18:26:12:5:18:25 chr17 61987570 . G T 119.92 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0322173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0291;QD=5.32958;RBI=0.037654;REFB=-0.000207854;REVB=0.0194901;RO=71;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709719;STB=0.544737;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.000418471;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:71:19:19:0.211111:12:7:30:41:12:7:30:41 chr17 61987576 . G A 115.05 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0110771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6408;QD=5.61239;RBI=0.019088;REFB=0.00696194;REVB=0.0155452;RO=63;SAF=6;SAR=12;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164666;STB=0.610044;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0240532;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:64:18:18:0.219512:12:6:29:34:12:6:30:34 chr17 61988014 . G A 71.03 PASS AF=0.2;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0183099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1223;QD=5.16564;RBI=0.0192969;REFB=-0.00824528;REVB=-0.00609261;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848838;STB=0.536358;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.031396;OID=.;OPOS=61988014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:54:55:42:44:11:11:0.2:6:5:22:20:6:5:22:22 chr17 62007498 . A G 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0416181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.606;QD=5.04473;RBI=0.0459946;REFB=-1.10775e-05;REVB=-0.0195815;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119974;STB=0.576994;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000842207;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:5:8:26:24:5:8:26:24 chr17 62018773 . T C 193.36 PASS AF=0.234375;AO=30;DP=128;FAO=30;FDP=128;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.0474952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.543;QD=6.04234;RBI=0.0477198;REFB=-0.00724107;REVB=-0.00462419;RO=95;SAF=13;SAR=17;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564389;STB=0.535844;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0270386;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:95:98:30:30:0.234375:17:13:37:58:17:13:38:60 chr17 62020348 . T C 68.83 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0124135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.941;QD=2.67299;RBI=0.0130042;REFB=-0.00769529;REVB=0.00387496;RO=89;SAF=5;SAR=9;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185427;STB=0.629185;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0410523;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:103:103:89:89:14:14:0.135922:9:5:45:44:9:5:45:44 chr17 62041068 . T C 1986.62 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214816;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.512;QD=62.0819;RBI=0.0515919;REFB=0;REVB=0.046907;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308429;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:126:128:1:63:63:0:0:65:63:0:0 chr17 62076077 . C G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0279936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.723;QD=25.4671;RBI=0.0606572;REFB=-0.0374547;REVB=0.0538113;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00908112;OID=.;OPOS=62076077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:0:3:6:3:0:3 chr17 62079286 . G A 92.15 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0242787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.656;QD=6.24765;RBI=0.0303838;REFB=-0.00624844;REVB=-0.018268;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858082;STB=0.58634;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0231942;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:40:45:14:14:0.237288:5:9:23:17:5:9:24:21 chr17 62079334 . A G 454.56 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0160035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.827;QD=33.6714;RBI=0.0170913;REFB=-0.00776141;REVB=-0.00600013;RO=14;SAF=24;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493857;STB=0.526704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00279542;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:16:24:7:7:16:24:7:7 chr17 62121480 . T A,C 655.5 PASS AF=0.113636,0.886364;AO=4,39;DP=43;FAO=5,39;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=5,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165023,0.019237;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.5944,151.185;QD=59.5913;RBI=0.0183386,0.044259;REFB=0,0;REVB=-0.00799879,0.0398596;RO=0;SAF=0,24;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.131756,0.0127981;OID=.,.;OPOS=62121480,62121480;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:43:44:0:0:4,39:5,39:0.113636,0.886364:4,15:0,24:0:0:5,15:0,24:0:0 chr17 62125272 . A G 1970.38 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.615;QD=62.0591;RBI=0.0350797;REFB=0;REVB=-0.0348797;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69171e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr17 62141455 . A G 1739.99 PASS AF=0.967213;AO=115;DP=120;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0448018;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9142;QD=57.0488;RBI=0.0460891;REFB=0.0288441;REVB=-0.0108168;RO=4;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344943;STB=0.517854;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00821115;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:122:4:4:115:118:0.967213:53:62:0:4:54:64:0:4 chr17 62782689 . T C 1701.17 PASS AF=0.982906;AO=112;DP=115;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0161066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2969;QD=58.1598;RBI=0.0462712;REFB=-0.0277606;REVB=0.0433775;RO=3;SAF=43;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264911;STB=0.502299;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00248284;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:117:3:2:112:115:0.982906:69:43:1:2:72:43:1:1 chr17 63533789 . T C,G 525.88 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=32,4;DP=36;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164179,0.00172321;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.705,158.664;QD=58.4313;RBI=0.0358504,0.0216301;REFB=0,0;REVB=0.0318701,0.0215613;RO=0;SAF=12,1;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000541916,0.0635832;OID=.,.;OPOS=63533789,63533789;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:36:36:0:0:32,4:33,3:0.916667,0.0833333:20,3:12,1:0:0:21,2:12,1:0:0 chr17 63534250 . T C 1133.69 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.17;QD=60.4637;RBI=0.0616014;REFB=0;REVB=0.0614859;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121595;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:32:43:0:0 chr17 64023642 . A G 227.18 PASS AF=0.220238;AO=37;DP=171;FAO=37;FDP=168;FR=.;FRO=131;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=0.00585197;FXX=0.0232545;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.277;QD=5.40896;RBI=0.0105371;REFB=-0.00740825;REVB=-0.0087627;RO=129;SAF=23;SAR=14;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632705;STB=0.545946;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0268173;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:129:131:37:37:0.220238:14:23:74:55:14:23:74:57 chr17 64208230 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.626;QD=59.8554;RBI=0.0218633;REFB=0;REVB=-0.00125498;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13113e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr17 64210757 . C A 55.59 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00824939;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.131;QD=4.1958;RBI=0.0269125;REFB=0.0068129;REVB=-0.025617;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157446;STB=0.601905;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0648077;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:55:53:43:44:9:9:0.169811:7:2:14:29:7:2:14:30 chr17 64222164 . C T 455.2 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0284292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1738;QD=28.45;RBI=0.0345654;REFB=-0.0246293;REVB=-0.0196609;RO=22;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100931;STB=0.55487;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0149246;OID=.;OPOS=64222164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:22:20:14:8:22:20:14:8 chr17 64783081 . G A 1722.26 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933997;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0243;QD=60.965;RBI=0.00957754;REFB=0;REVB=-0.00211996;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141184;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr17 64801021 . A G 660.85 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0963321;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6246;QD=60.0777;RBI=0.0965515;REFB=-0.101025;REVB=0.00650442;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203384;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00309457;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:2:1:42:43:0.977273:22:20:1:1:22:21:0:1 chr17 64881075 . A G 139.74 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0367261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9338;QD=5.42658;RBI=0.0538363;REFB=-0.00948296;REVB=-0.0393642;RO=71;SAF=19;SAR=3;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534312;STB=0.80694;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0433131;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:81:22:22:0.213592:3:19:33:38:3:19:43:38 chr17 65027740 . G C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00780352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.288;QD=50.8367;RBI=0.0078321;REFB=-0.0171152;REVB=-0.000668471;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=9.49539e-05;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:1:0:11:14:1:0 chr17 65066879 . A G 771.56 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596997;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.525;QD=57.1528;RBI=0.0268227;REFB=0;REVB=0.0261499;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18359e-06;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr17 65104666 . T G 1592.84 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321077;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.373;QD=60.1073;RBI=0.0375382;REFB=0;REVB=0.0194477;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57624e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr17 65104743 . G A 1446.84 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.464;QD=62.9059;RBI=0.0771386;REFB=0;REVB=0.0516907;RO=1;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164256;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:1:0:85:92:1:52:33:0:1:58:34:0:0 chr17 65353523 . G A 529.6 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0121281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.238;QD=36.524;RBI=0.0331155;REFB=0.0111034;REVB=-0.0308147;RO=13;SAF=25;SAR=20;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124644;STB=0.5669;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00503984;OID=.;OPOS=65353523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:13:13:45:45:0.775862:20:25:11:2:20:25:11:2 chr17 65404916 . AAG A 261.06 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341309;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=34.2115;QD=43.5099;RBI=0.0495676;REFB=0;REVB=0.0359447;RO=2;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00287649;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:24:24:0:16:8:0:0:5:2:15:7:1:1 chr17 65453288 . C T 69.29 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0267833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4999;QD=2.69097;RBI=0.0270549;REFB=0.00845954;REVB=0.00382407;RO=86;SAF=8;SAR=6;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887686;STB=0.561874;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0604515;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:86:89:14:14:0.135922:6:8:55:31:6:8:57:32 chr17 65574283 . A G,T 1040.05 PASS AF=0.884615,0.0641026;AO=68,5;DP=77;FAO=69,5;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=44,4;FSAR=25,1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0139282,-0.0175918;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=79.2977,20.7549;QD=53.3358;RBI=0.0292291,0.0176002;REFB=-0.110542,0.0222705;REVB=0.0256971,0.000544282;RO=4;SAF=44,4;SAR=24,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0410515,-0.28673;STB=0.521733,0.666163;STBP=0.15,0.725;TYPE=snp,snp;VARB=0.00320684,0.0715672;OID=.,.;OPOS=65574283,65574283;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:77:78:4:4:68,5:69,5:0.884615,0.0641026:24,1:44,4:4:0:25,1:44,4:4:0 chr17 65739627 . A G 766.29 PASS AF=0.842857;AO=59;DP=70;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00594541;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.787;QD=43.7882;RBI=0.00979539;REFB=-0.0365026;REVB=0.00778471;RO=11;SAF=34;SAR=25;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364604;STB=0.519461;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0020222;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:11:11:59:59:0.842857:25:34:5:6:25:34:5:6 chr17 65907814 . G A 412.81 PASS AF=0.711538;AO=36;DP=51;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00866328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.357;QD=31.7548;RBI=0.00915456;REFB=0.00315209;REVB=-0.00295863;RO=14;SAF=11;SAR=25;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309227;STB=0.512309;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00101089;OID=.;OPOS=65907814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:14:15:36:37:0.711538:25:11:5:9:26:11:5:10 chr17 65978851 . T G 438.37 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0992468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9185;QD=50.0994;RBI=0.121333;REFB=-0.0157442;REVB=0.0697981;RO=3;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962375;STB=0.551691;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00407058;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:13:19:0:3:13:19:0:3 chr17 65988049 . T C 102.33 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00728335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8631;QD=4.75935;RBI=0.025202;REFB=-0.00897613;REVB=-0.0241266;RO=68;SAF=9;SAR=8;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99536e-08;STB=0.506166;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0332524;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:68:69:17:17:0.197674:8:9:36:32:8:9:36:33 chr17 65989048 . T C 414.88 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4164;QD=51.8601;RBI=0.0210804;REFB=-0.0156867;REVB=-0.0192475;RO=3;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541016;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:3:0:29:32:1:14:15:0:3:17:15:0:0 chr17 66016006 . T C 639.64 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000156752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.741;QD=31.2019;RBI=0.0122462;REFB=-0.0169279;REVB=-0.0122452;RO=27;SAF=42;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489895;STB=0.526557;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00826044;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:27:55:55:0.670732:13:42:19:8:13:42:19:8 chr17 66016096 . C T 465.86 PASS AF=0.651515;AO=41;DP=65;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0457099;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0014;QD=28.2341;RBI=0.0457931;REFB=-0.0238231;REVB=0.00275938;RO=24;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882229;STB=0.536066;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.010865;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:24:23:41:43:0.651515:13:28:19:5:13:30:18:5 chr17 66039350 . A G 116.6 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0250358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1686;QD=4.39983;RBI=0.0277028;REFB=-0.00249399;REVB=0.0118597;RO=84;SAF=10;SAR=10;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452114;STB=0.518849;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0144336;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:84:86:20:20:0.188679:10:10:45:39:10:10:45:41 chr17 66246416 . A G 1133.16 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000643614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.687;QD=60.435;RBI=0.00616606;REFB=0;REVB=0.00613238;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88524e-06;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr17 66253095 . T A 467.8 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.057256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.239;QD=49.2421;RBI=0.0604076;REFB=-0.0151226;REVB=-0.0192569;RO=4;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069156;STB=0.537016;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00125768;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:25:9:0:4:25:9:0:4 chr17 66264567 . TTA T 570.8 PASS AF=0.494565;AO=73;DP=109;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0396086;FXX=0.119612;HRUN=2;LEN=2;MLLD=118.09;QD=12.4087;RBI=0.0470408;REFB=-0.0612771;REVB=0.025377;RO=2;SAF=25;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879128;STB=0.570024;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.0883656;OID=.;OPOS=66264568;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494565:73:109:91:184:93:27:64:39:54:99:2:25:48:1:1 chr17 66265072 . C A,CA 70.7 PASS AF=0.0222222,0.355556;AO=8,5;DP=45;FAO=1,16;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=1,7;FSAR=0,9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00634157,-0.0964258;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=174.775,11.2016;QD=6.28444;RBI=0.0220306,0.227301;REFB=-0.00688943,-0.0903329;REVB=0.0210982,0.205834;RO=31;SAF=5,2;SAR=3,3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.170787,-0.0981268;STB=0.989844,0.53995;STBP=0.459,0.695;TYPE=snp,ins;VARB=0.00574264,0.0948231;OID=.,.;OPOS=66265072,66265073;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:45:45:31:28:8,5:1,16:0.0222222,0.355556:3,3:5,2:15:16:0,9:1,7:14:14 chr17 66265082 . G A,GA 43.5 PASS AF=0.0188679,0.169811;AO=6,6;DP=53;FAO=1,9;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=1,5;FSAR=0,4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0768225,-0.0672304;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=138.096,58.8067;QD=3.2833;RBI=0.0777153,0.113946;REFB=-0.00689105,-0.00201667;REVB=-0.0117459,-0.0919992;RO=38;SAF=3,1;SAR=3,5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0621912,-0.454872;STB=0.989746,0.536399;STBP=0.478,0.791;TYPE=snp,ins;VARB=0.161466,-0.0337249;OID=.,.;OPOS=66265082,66265083;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:53:53:38:43:6,6:1,9:0.0188679,0.169811:3,5:3,1:21:17:0,4:1,5:22:21 chr17 66267650 . T G 617.58 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00191078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.883;QD=38.0049;RBI=0.0269891;REFB=-0.0152994;REVB=0.0269214;RO=14;SAF=29;SAR=22;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00114562;STB=0.500615;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00378716;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:22:29:8:6:22:29:8:6 chr17 66267691 . A T 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00622085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.896;QD=4.17439;RBI=0.0309647;REFB=-0.00879398;REVB=-0.0303333;RO=54;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210493;STB=0.638939;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0332619;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:4:8:27:27:4:8:27:27 chr17 66270082 . A G 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00891494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.178;QD=34.7811;RBI=0.015446;REFB=-0.0124455;REVB=0.0126136;RO=7;SAF=16;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152589;STB=0.583861;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00287387;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:6:16:3:4:6:16:3:4 chr17 66390978 . C T 183.11 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00236715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.51;QD=7.96133;RBI=0.025984;REFB=-0.00854292;REVB=-0.025876;RO=67;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112845;STB=0.567373;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0231331;OID=.;OPOS=66390978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:13:12:26:41:13:12:26:41 chr17 66449122 . G A 86.71 PASS AF=0.156863;AO=16;DP=102;FAO=16;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.00614086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.832;QD=3.40036;RBI=0.0126942;REFB=-0.00312496;REVB=-0.01111;RO=86;SAF=4;SAR=12;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219851;STB=0.649799;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0180415;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:102:102:86:86:16:16:0.156863:12:4:35:51:12:4:35:51 chr17 66533655 . A G 540.33 PASS AF=0.766667;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0102624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.152;QD=36.0219;RBI=0.0104595;REFB=-0.0171886;REVB=-0.00202095;RO=14;SAF=23;SAR=23;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619357;STB=0.533319;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00304417;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:14:14:46:46:0.766667:23:23:5:9:23:23:5:9 chr17 66537003 . G A 99.84 PASS AF=0.182796;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00224311;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.573;QD=4.29402;RBI=0.0407261;REFB=0.00125473;REVB=0.0406643;RO=74;SAF=6;SAR=11;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524577;STB=0.525209;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00614587;OID=.;OPOS=66537003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:74:76:17:17:0.182796:11:6:29:45:11:6:29:47 chr17 66538239 . G T 589.29 PASS AF=0.746269;AO=50;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0273904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9817;QD=35.1817;RBI=0.0655813;REFB=-0.0795975;REVB=0.0595875;RO=17;SAF=18;SAR=32;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140339;STB=0.575651;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.02496;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:17:17:50:50:0.746269:32:18:11:6:32:18:11:6 chr17 66596463 . C T 2454.35 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=60.9776;RBI=0.0555813;REFB=0;REVB=0.0519529;RO=1;SAF=79;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121621;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:161:1:0:160:161:1:81:79:1:0:81:80:0:0 chr17 66872802 . G C 1825.79 PASS AF=0.983871;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00658044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1422;QD=58.8965;RBI=0.0217788;REFB=-0.0977227;REVB=-0.0207609;RO=2;SAF=58;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000519508;STB=0.500265;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000573176;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:124:2:2:120:122:0.983871:62:58:1:1:63:59:1:1 chr17 66873743 . G A 1001.26 PASS AF=0.858824;AO=73;DP=85;FAO=73;FDP=85;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0110462;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.588;QD=47.1182;RBI=0.0167057;REFB=-0.00490134;REVB=0.0125324;RO=12;SAF=18;SAR=55;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290103;STB=0.515414;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000701935;OID=.;OPOS=66873743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:12:12:73:73:0.858824:55:18:2:10:55:18:2:10 chr17 67031457 . C T 1212.78 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00389447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.707;QD=59.8905;RBI=0.0329432;REFB=0.0166319;REVB=-0.0327122;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.505375;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000297504;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:46:34:0:0:46:34:0:1 chr17 67081830 . T C 1342.88 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00562879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.347;QD=61.0402;RBI=0.00683718;REFB=-0.0631016;REVB=-0.00388121;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.505493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000224908;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:45:42:0:0:45:42:0:1 chr17 67101718 . C T 238.89 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0408936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6016;QD=8.60849;RBI=0.0475294;REFB=-0.0154414;REVB=-0.0242231;RO=78;SAF=17;SAR=16;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895851;STB=0.5526;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0397415;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:78:33:33:0.297297:16:17:46:32:16:17:46:32 chr17 67108362 . C G 431.1 PASS AF=0.785714;AO=29;DP=43;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00358982;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0771;QD=41.0571;RBI=0.0136755;REFB=0.0214898;REVB=0.013196;RO=6;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081288;STB=0.502182;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00243306;OID=.;OPOS=67108362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:43:42:6:9:29:33:0.785714:17:12:4:2:18:15:4:5 chr17 67109833 . T A 1373.9 PASS AF=0.730769;AO=114;DP=156;FAO=114;FDP=156;FR=.;FRO=42;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0811317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3736;QD=35.2282;RBI=0.0838723;REFB=0.0156279;REVB=-0.021265;RO=41;SAF=48;SAR=66;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910669;STB=0.508625;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00529444;OID=.;OPOS=67109833;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:41:42:114:114:0.730769:66:48:18:23:66:48:19:23 chr17 67125840 . C T 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.417;QD=53.9031;RBI=0.038441;REFB=0;REVB=0.0144737;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237825;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 67145190 . TGA T 763.5 PASS AF=0.712644;AO=61;DP=90;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0145412;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.459;QD=35.1033;RBI=0.0175984;REFB=-0.0224114;REVB=-0.00991251;RO=23;SAF=20;SAR=41;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130159;STB=0.562023;STBP=0.097;TYPE=del;VARB=0.0122468;OID=.;OPOS=67145191;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.712644:61:90:62:87:25:20:42:13:12:99:23:20:41:13:10 chr17 67145241 . G A 848.45 PASS AF=0.723404;AO=59;DP=86;FAO=68;FDP=94;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000688266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.028;QD=36.1044;RBI=0.0125394;REFB=-0.0107959;REVB=0.0125205;RO=25;SAF=15;SAR=44;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198092;STB=0.600405;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00297736;OID=.;OPOS=67145241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:94:25:26:59:68:0.723404:44:15:14:11:50:18:15:11 chr17 67149973 . G A 1030.87 PASS AF=0.793814;AO=77;DP=98;FAO=77;FDP=97;FR=.;FRO=20;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0246859;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0821;QD=42.5101;RBI=0.0947696;REFB=0.00687548;REVB=-0.091498;RO=20;SAF=52;SAR=25;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327376;STB=0.517486;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00201703;OID=.;OPOS=67149973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:20:20:77:77:0.793814:25:52:12:8:25:52:12:8 chr17 67150118 . C T 1352.55 PASS AF=0.746479;AO=106;DP=142;FAO=106;FDP=142;FR=.;FRO=36;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0436085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9664;QD=38.0999;RBI=0.0439406;REFB=-0.0297804;REVB=0.00539208;RO=35;SAF=63;SAR=43;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272954;STB=0.50289;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00833873;OID=.;OPOS=67150118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:35:36:106:106:0.746479:43:63:21:14:43:63:21:15 chr17 67178316 . A G 1405.74 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432881;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.507;QD=61.119;RBI=0.0536406;REFB=-0.0475652;REVB=0.0316773;RO=2;SAF=36;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415772;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:92:2:0:86:92:1:50:36:2:0:51:41:0:0 chr17 67189973 . T C 637.45 PASS AF=0.710526;AO=54;DP=76;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00195943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.486;QD=33.5499;RBI=0.0079889;REFB=-0.0150455;REVB=0.00774488;RO=19;SAF=27;SAR=27;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052315;OID=.;OPOS=67189973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:22:54:54:0.710526:27:27:10:9:27:27:11:11 chr17 67190536 . AACAG A 425.89 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0105084;FXX=0.0384566;HRUN=3;LEN=4;MLLD=308.252;QD=22.7142;RBI=0.0129574;REFB=-0.0164942;REVB=0.00758074;RO=25;SAF=23;SAR=26;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435117;STB=0.543091;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.00926218;OID=.;OPOS=67190537;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653333:49:79:49:75:26:23:26:9:17:99:25:23:26:10:15 chr17 67210992 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0565607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.27;QD=7.46494;RBI=0.0586046;REFB=-0.0135749;REVB=0.0153424;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447664;STB=0.777058;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0391093;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:5:12:2:5:5:12 chr17 67212031 . A G 73.36 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0144476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.547;QD=4.07558;RBI=0.0243206;REFB=-0.00318075;REVB=-0.0195643;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175656;STB=0.615207;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0531858;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:5:8:28:31:5:8:28:31 chr17 67212423 . G A 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0116384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.697;QD=5.79506;RBI=0.0137553;REFB=-0.0030767;REVB=-0.00733186;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687155;STB=0.542804;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0119018;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:8:8:30:24:8:8:30:24 chr17 67215712 . C T 132.5 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00875366;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.707;QD=6.16288;RBI=0.0205983;REFB=-0.00517837;REVB=-0.0186457;RO=67;SAF=9;SAR=11;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181579;STB=0.606792;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0218026;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:67:66:20:20:0.232558:11:9:40:27:11:9:39:27 chr17 67219768 . C T 137.06 PASS AF=0.193548;AO=24;DP=124;FAO=24;FDP=124;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.00775963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.434;QD=4.4214;RBI=0.0131119;REFB=-0.00213119;REVB=-0.0105693;RO=100;SAF=14;SAR=10;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173581;STB=0.51101;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00777891;OID=.;OPOS=67219768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:100:100:24:24:0.193548:10:14:57:43:10:14:57:43 chr17 67260926 . A G 1462.39 PASS AF=0.753333;AO=113;DP=150;FAO=113;FDP=150;FR=.;FRO=37;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0440057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6613;QD=38.997;RBI=0.0834849;REFB=-0.0508154;REVB=0.0709452;RO=34;SAF=56;SAR=57;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103969;STB=0.55104;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.023296;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:34:37:113:113:0.753333:57:56:25:9:57:56:26:11 chr17 67273882 . C A 1381.71 PASS AF=0.80916;AO=105;DP=130;FAO=106;FDP=131;FR=.;FRO=25;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00211972;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.08;QD=42.1896;RBI=0.00234339;REFB=-0.0287272;REVB=-0.000999116;RO=24;SAF=57;SAR=48;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290325;STB=0.519682;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00639864;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:24:25:105:106:0.80916:48:57:15:9:49:57:16:9 chr17 67290840 . T C 269.12 PASS AF=0.232044;AO=42;DP=181;FAO=42;FDP=181;FR=.;FRO=139;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=-0.00406062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.669;QD=5.94746;RBI=0.00410145;REFB=-0.0142856;REVB=-0.000577251;RO=137;SAF=23;SAR=19;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372213;STB=0.522855;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0445892;OID=.;OPOS=67290840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:137:139:42:42:0.232044:19:23:71:66:19:23:72:67 chr17 67304447 . C T 171.28 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00509696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.655;QD=7.36678;RBI=0.0202049;REFB=-0.00684779;REVB=-0.0195514;RO=67;SAF=13;SAR=11;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023639;STB=0.525585;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0185866;OID=.;OPOS=67304447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:69:24:24:0.258065:11:13:35:32:11:13:35:34 chr17 67982157 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.643;QD=59.6794;RBI=0.0276128;REFB=0;REVB=0.0123277;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16054e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr17 68173731 . A G 99.93 PASS AF=0.26;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0197908;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.414;QD=7.9947;RBI=0.0812993;REFB=-0.0096788;REVB=0.0788537;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682179;STB=0.541992;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0567064;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:37:37:13:13:0.26:7:6:15:22:7:6:15:22 chr17 70120206 . GC CG,G 70.79 PASS AF=0,0.419355;AO=2,11;DP=31;FAO=0,13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=0,12;FSAR=0,1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.147517,-0.133234;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=23.7615,15.9791;QD=9.13407;RBI=0.167271,0.137249;REFB=-0.0423109,-0.113752;REVB=-0.0788556,-0.0329564;RO=18;SAF=2,10;SAR=0,1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.218718;SSSB=0.521726,0.553037;STB=0.5,0.850389;STBP=1,0.007;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.112501;OID=.,.;OPOS=70120206,70120207;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:31:31:18:18:2,11:0,13:0,0.419355:0,1:2,10:9:9:0,1:0,12:9:9 chr17 70660158 . T C 132.57 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0515883;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4979;QD=7.46864;RBI=0.0528278;REFB=-0.00412673;REVB=-0.0113764;RO=50;SAF=6;SAR=13;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272822;STB=0.665486;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00829626;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:50:52:19:19:0.267606:13:6:27:23:13:6:28:24 chr17 70943990 . T C 704.8 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.414;QD=62.6486;RBI=0.0268863;REFB=0;REVB=0.0241677;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51138e-05;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:30:15:0:0 chr17 71166701 . A G 64.54 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0185771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7968;QD=2.74621;RBI=0.0548986;REFB=-0.00307144;REVB=-0.0516599;RO=80;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477194;STB=0.527826;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0180502;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:80:81:13:13:0.138298:6:7:40:40:6:7:41:40 chr17 71167102 . T C 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0128449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2512;QD=12.0197;RBI=0.0219081;REFB=0.00810242;REVB=0.0177475;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179997;STB=0.606587;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00970257;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:13:12:9:5:13:12 chr17 71167133 . T C 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.191872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.936;QD=9.56775;RBI=0.192013;REFB=0.0077512;REVB=0.00734526;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748347;STB=0.545346;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0388073;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:3:12:6:2:3:12 chr17 71232804 . C A 1043.12 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0389;QD=57.9512;RBI=0.0151749;REFB=-0.0821348;REVB=-0.00947733;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000764892;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:0:1:69:71:0.986111:26:43:0:0:27:44:1:0 chr17 71239087 . G T 1231.85 PASS AF=0.688312;AO=106;DP=154;FAO=106;FDP=154;FR=.;FRO=48;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00218978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.974;QD=31.9961;RBI=0.0138185;REFB=0.00510955;REVB=-0.0136439;RO=46;SAF=56;SAR=50;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456416;STB=0.523782;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00230847;OID=.;OPOS=71239087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:46:48:106:106:0.688312:50:56:28:18:50:56:29:19 chr17 71244630 . C T 693.23 PASS AF=0.788732;AO=56;DP=71;FAO=56;FDP=71;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0196102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.971;QD=39.0555;RBI=0.0264537;REFB=-0.0468331;REVB=0.017755;RO=15;SAF=22;SAR=34;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294871;STB=0.50158;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0115821;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:15:15:56:56:0.788732:34:22:6:9:34:22:6:9 chr17 71354114 . C T 80.3 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0276955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.282;QD=7.47022;RBI=0.0279263;REFB=-0.00210554;REVB=-0.00358289;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386257;STB=0.745848;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00969047;OID=.;OPOS=71354114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:17:15:2:9:17:15 chr17 71365314 . A G 2008.44 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.318;QD=62.2772;RBI=0.0219334;REFB=0;REVB=0.00306648;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59233e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:72:55:0:0:74:55:0:0 chr17 71386577 . G T 1572.44 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=113;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0232233;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.126;QD=57.1795;RBI=0.0399802;REFB=-0.162096;REVB=0.0325437;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102062;STB=0.515787;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000748924;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:110:1:3:107:107:0.972727:61:46:1:0:61:46:3:0 chr17 71410891 . C T 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00490546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.936;QD=5.40482;RBI=0.0265657;REFB=-0.00505515;REVB=-0.0261089;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623666;STB=0.539992;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0281036;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:7:5:21:24:7:5:21:24 chr17 71746427 . G A 372.14 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.028008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.9;QD=31.0114;RBI=0.0284979;REFB=0.0238567;REVB=0.00526117;RO=15;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689319;STB=0.518507;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00251254;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:17:31:31:0.645833:18:13:8:7:18:13:8:9 chr17 71746435 . C T 367.62 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0346586;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.355;QD=28.8327;RBI=0.0384101;REFB=-0.0377852;REVB=-0.0165564;RO=17;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179622;STB=0.509798;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0159671;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:17:17:34:34:0.666667:17:17:8:9:17:17:8:9 chr17 71746479 . C G 796.76 PASS AF=0.735632;AO=64;DP=87;FAO=64;FDP=87;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0132462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2402;QD=36.6327;RBI=0.0206288;REFB=-0.0138643;REVB=0.0158141;RO=22;SAF=35;SAR=29;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441808;STB=0.52972;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0049653;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:22:23:64:64:0.735632:29:35:10:12:29:35:10:13 chr17 71746508 . T C 979.47 PASS AF=0.757576;AO=70;DP=94;FAO=75;FDP=99;FR=.;FRO=24;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00497075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.259;QD=39.5747;RBI=0.0145706;REFB=-0.023444;REVB=0.0136965;RO=24;SAF=39;SAR=31;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473751;STB=0.514952;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00803745;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:24:24:70:75:0.757576:31:39:11:13:36:39:11:13 chr17 71746796 . A G 714.11 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0233618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8475;QD=32.095;RBI=0.0264061;REFB=-0.0177981;REVB=0.0123088;RO=28;SAF=28;SAR=32;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617192;STB=0.527727;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00613928;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:28:29:60:60:0.674157:32:28:16:12:32:28:16:13 chr17 71747278 . G C 1513.02 PASS AF=0.775641;AO=121;DP=156;FAO=121;FDP=156;FR=.;FRO=35;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00480786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.54;QD=38.7953;RBI=0.00864871;REFB=-0.0131452;REVB=-0.00718921;RO=35;SAF=73;SAR=48;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111453;STB=0.505935;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00319959;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:35:35:121:121:0.775641:48:73:22:13:48:73:22:13 chr17 71747323 . T C 878.12 PASS AF=0.742574;AO=68;DP=96;FAO=75;FDP=101;FR=.;FRO=26;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.011788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.463;QD=34.7772;RBI=0.013435;REFB=-0.0277882;REVB=0.0064453;RO=25;SAF=38;SAR=30;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414393;STB=0.511096;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0112058;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:101:25:26:68:75:0.742574:30:38:16:9:32:43:16:10 chr17 71747336 . G A 1053.03 PASS AF=0.8125;AO=74;DP=92;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0179597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1944;QD=43.8762;RBI=0.0180487;REFB=-0.0278418;REVB=0.00179;RO=17;SAF=41;SAR=33;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121305;STB=0.50898;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0037147;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:17:18:74:78:0.8125:33:41:10:7:34:44:11:7 chr17 71747394 . C T 868.06 PASS AF=0.755556;AO=65;DP=87;FAO=68;FDP=90;FR=.;FRO=22;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00563744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.745;QD=38.5805;RBI=0.0258885;REFB=0.00643352;REVB=0.0252673;RO=22;SAF=39;SAR=26;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063398;STB=0.532148;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000716236;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:22:22:65:68:0.755556:26:39:16:6:27:41:16:6 chr17 71747397 . G A 940.97 PASS AF=0.806818;AO=71;DP=88;FAO=71;FDP=88;FR=.;FRO=17;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000282217;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5161;QD=42.7714;RBI=0.0184398;REFB=-0.0492541;REVB=0.0184377;RO=16;SAF=43;SAR=28;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297489;STB=0.52044;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00742362;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:16:17:71:71:0.806818:28:43:11:5:28:43:12:5 chr17 71752500 . C CT 1843.8 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206578;FXX=0.0158718;HRUN=0;LEN=1;MLLD=214.41;QD=59.4774;RBI=0.0207082;REFB=0.0216615;REVB=-0.00144438;RO=2;SAF=75;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124978;STB=0.503225;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=6.37342e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991935:120:124:123:124:1:77:46:1:0:6:2:75:45:2:0 chr17 72209858 . A G 925.71 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.297;QD=57.8568;RBI=0.0367795;REFB=0;REVB=-0.00374625;RO=0;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5806e-05;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:61:64:1:47:14:0:0:47:17:0:0 chr17 72301432 . A G 264.38 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0187425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.502;QD=13.0557;RBI=0.019691;REFB=-0.00932157;REVB=0.00603767;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134868;STB=0.576875;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0140675;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:15:16:32:18:15:16:32:18 chr17 72303449 . G A 183.22 PASS AF=0.201342;AO=30;DP=149;FAO=30;FDP=149;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=0.000438195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.831;QD=4.91859;RBI=0.00158107;REFB=-0.0074702;REVB=0.00151913;RO=119;SAF=10;SAR=20;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180943;STB=0.613876;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0266409;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:119:119:30:30:0.201342:20:10:56:63:20:10:56:63 chr17 72305534 . C T 64.57 PASS AF=0.125;AO=15;DP=121;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00132559;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.279;QD=2.15235;RBI=0.00371619;REFB=-0.00399447;REVB=-0.00347172;RO=104;SAF=8;SAR=7;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530379;STB=0.541565;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0333156;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:121:120:104:105:15:15:0.125:7:8:51:53:7:8:51:54 chr17 72308307 . G A 1082.8 PASS AF=0.831579;AO=79;DP=95;FAO=79;FDP=95;FR=.;FRO=16;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0010782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.889;QD=45.5916;RBI=0.00216759;REFB=-0.0011724;REVB=-0.00188041;RO=16;SAF=46;SAR=33;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642249;STB=0.503419;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000296675;OID=.;OPOS=72308307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:16:16:79:79:0.831579:33:46:9:7:33:46:9:7 chr17 72308319 . G A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00199992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2213;QD=60.5818;RBI=0.0119573;REFB=-0.084979;REVB=0.0117888;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.507245;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000926087;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:34:50:0:0:34:50:0:1 chr17 72349040 . C T 49.43 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00228662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.048;QD=2.10331;RBI=0.0392138;REFB=0.00042006;REVB=0.039147;RO=83;SAF=4;SAR=7;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282521;STB=0.702256;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00395951;OID=.;OPOS=72349040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:83:83:11:11:0.117021:7:4:50:33:7:4:50:33 chr17 72351406 . C T 181.17 PASS AF=0.198718;AO=31;DP=156;FAO=31;FDP=156;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.0348261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.008;QD=4.64526;RBI=0.0602057;REFB=-0.00466349;REVB=0.0491108;RO=114;SAF=9;SAR=22;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37154;STB=0.714794;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0321817;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:114:125:31:31:0.198718:22:9:67:47:22:9:70:55 chr17 72351761 . A G 127.6 PASS AF=0.179688;AO=23;DP=128;FAO=23;FDP=128;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.0269421;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.345;QD=3.9874;RBI=0.0283953;REFB=-0.00799737;REVB=-0.00896763;RO=104;SAF=8;SAR=15;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298302;STB=0.693365;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0315962;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:104:105:23:23:0.179688:15:8:61:43:15:8:62:43 chr17 72366695 . C A 611.39 PASS AF=0.888889;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0181668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.968;QD=45.2878;RBI=0.0642927;REFB=-0.229562;REVB=0.0616727;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.539275;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0323128;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:54:54:1:6:48:48:0.888889:25:23:0:1:25:23:5:1 chr17 72368550 . T C 183.59 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00154194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2565;QD=10.3431;RBI=0.00602965;REFB=0.00620239;REVB=-0.00582917;RO=47;SAF=3;SAR=20;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241508;STB=0.592508;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0144658;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:47:23:24:0.338028:20:3:12:35:20:4:12:35 chr17 72429869 . C T 860.4 PASS AF=0.814815;AO=66;DP=81;FAO=66;FDP=81;FR=.;FRO=15;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0591482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.489;QD=42.4891;RBI=0.0702637;REFB=-0.0279582;REVB=-0.0379272;RO=14;SAF=44;SAR=22;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044665;STB=0.514014;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00466384;OID=.;OPOS=72429869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:14:15:66:66:0.814815:22:44:11:3:22:44:11:4 chr17 72439700 . T G 127.11 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.395;QD=42.3701;RBI=0.0151117;REFB=0;REVB=0.0144408;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934573;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr17 72439773 . AGGGGG AGGG,AGGGG,AGGGGC 372.56 PASS AF=0.214286,0.761905,0.0238095;AO=7,21,2;DP=41;FAO=9,32,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,21,1;FSAR=4,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123141,-0.226421,0.0898963;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=11.0582,11.1423,4.85005;QD=35.482;RBI=0.12576,0.232738,0.167195;REFB=0,0,0;REVB=-0.0255307,-0.0538535,-0.14097;RO=0;SAF=4,11,1;SAR=3,10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.414179,0.414179,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0260781,-0.0291454,-0.0298509;OID=.,.,.;OPOS=72439774,72439774,72439778;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.761905,0.0238095:7,21,2:41:9,32,1:42:0:5,21,1:4,11,0:0:0:31:0:4,11,1:3,10,1:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGC,TTG 1200.6 PASS AF=0.987952,0,0.0120482;AO=71,5,4;DP=84;FAO=82,0,1;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,1;FSAR=44,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.203615,-0.200706,-0.0895789;FXX=0.0119033;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=24.5339,5.53513,4.27304;QD=57.8605;RBI=0.211529,0.20276,0.0902814;REFB=0,0,0;REVB=-0.0573177,-0.0287817,-0.0112409;RO=0;SAF=29,5,2;SAR=42,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00449711,0.0195897,-0.0426704;OID=.,.,.;OPOS=72439809,72439810,72439809;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=TG,TGC,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987952,0,0.0120482:71,5,4:84:82,0,1:83:0:38,0,1:44,0,0:0:0:4:0:29,5,2:42,0,2:0:0 chr17 72439875 . A G 1170.52 PASS AF=0.827273;AO=90;DP=108;FAO=91;FDP=110;FR=.;FRO=19;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0281856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.532;QD=42.5644;RBI=0.0292487;REFB=-0.0065586;REVB=0.00781407;RO=18;SAF=40;SAR=50;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351063;STB=0.524284;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00077008;OID=.;OPOS=72439875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:18:19:90:91:0.827273:50:40:10:8:51:40:11:8 chr17 72469958 . A G 361.42 PASS AF=0.287356;AO=48;DP=174;FAO=50;FDP=174;FR=.;FRO=124;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0438216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0518;QD=8.30846;RBI=0.054523;REFB=-0.00730111;REVB=-0.0324411;RO=124;SAF=26;SAR=22;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706265;STB=0.525725;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0261482;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:124:124:48:50:0.287356:22:26:60:64:24:26:60:64 chr17 72519798 . C T 1156.73 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512903;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6289;QD=60.8803;RBI=0.0577219;REFB=0;REVB=0.0264787;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149287;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr17 72521897 . G A 1085.9 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015942;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.403;QD=60.3277;RBI=0.0364828;REFB=0;REVB=-0.0328153;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286815;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr17 72588326 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.165;QD=63.2861;RBI=0.0289038;REFB=0;REVB=0.0277096;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37906e-05;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 72589196 . T C 503.87 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0221047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.366;QD=50.3868;RBI=0.0316427;REFB=-0.12063;REVB=0.0226416;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.576879;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000895546;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:1:4:36:36:0.9:25:11:1:0:25:11:4:0 chr17 72589264 . G T 611.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.409;QD=61.1346;RBI=0.0219676;REFB=0;REVB=0.0153513;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113779;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:24:16:0:0 chr17 72590267 . T C 595.11 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.022716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.29;QD=52.8983;RBI=0.0228578;REFB=-0.0315588;REVB=0.00254238;RO=4;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.506915;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00402245;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:28:13:1:3:28:13:1:3 chr17 72613589 . T G 108.01 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00302537;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.681;QD=19.6374;RBI=0.00347389;REFB=-0.0237035;REVB=0.00170736;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177265;STB=0.599854;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0168823;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:1:9:9:3:1:9 chr17 72615293 . C T 296.99 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.120331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4669;QD=35.9986;RBI=0.120333;REFB=-0.0276426;REVB=-0.000534143;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706094;STB=0.538431;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0100422;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:15:10:2:6:15:10:2:6 chr17 72691928 . T C 1542.93 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00814;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.1789;QD=58.7782;RBI=0.00815649;REFB=-0.13064;REVB=0.000518299;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.506023;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-6.00948e-05;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:0:1:104:104:0.990476:41:63:0:0:41:63:0:1 chr17 72700943 . A G 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0357946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2348;QD=38.4681;RBI=0.0358103;REFB=-0.00153769;REVB=0.00106004;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153754;STB=0.508395;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00140181;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:11:9:2:2:11:9:2:2 chr17 72815981 . C T 66.25 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0303216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.487;QD=3.78545;RBI=0.0448438;REFB=-0.00842652;REVB=-0.0330389;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157401;STB=0.596995;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0724876;OID=.;OPOS=72815981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:69:70:57:58:12:12:0.171429:5:7:26:31:5:7:27:31 chr17 72889696 . A G 285.98 PASS AF=0.535714;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=-0.0340268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7808;QD=20.4268;RBI=0.0644994;REFB=-0.0279735;REVB=-0.0547937;RO=26;SAF=26;SAR=2;SRF=1;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.767899;STB=0.874467;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0395502;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:26:28:30:0.535714:2:26:1:25:4:26:1:25 chr17 72927123 . G T 643.07 PASS AF=0.943396;AO=46;DP=49;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0446816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.549;QD=48.5336;RBI=0.0461661;REFB=-0.0122334;REVB=0.0116129;RO=3;SAF=7;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.518511;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000514983;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:53:3:3:46:50:0.943396:39:7:0:3:39:11:0:3 chr17 72937605 . G A 118.79 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0201806;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.441;QD=5.10908;RBI=0.0202337;REFB=-0.00866734;REVB=-0.00146472;RO=74;SAF=9;SAR=10;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161287;STB=0.510193;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0384603;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:10:9:36:38:10:9:36:38 chr17 72937851 . G A 674.58 PASS AF=0.797101;AO=54;DP=68;FAO=55;FDP=69;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0360462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6181;QD=39.1062;RBI=0.037401;REFB=0.0101853;REVB=-0.00997524;RO=14;SAF=25;SAR=29;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688736;STB=0.538203;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00113965;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:68:69:14:14:54:55:0.797101:29:25:4:10:29:26:4:10 chr17 72938100 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.787;QD=62.6711;RBI=0.0502105;REFB=0;REVB=0.0478683;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175169;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr17 72939446 . C T 110.97 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00478992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.899;QD=26.1104;RBI=0.0417568;REFB=0.0115754;REVB=0.0414811;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101007;STB=0.545381;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00776254;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:7:4:1:4:8:4:1:4 chr17 72948369 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8225;QD=53.9112;RBI=0.045485;REFB=0;REVB=0.0401687;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101857;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 72949167 . T C 193.47 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0400475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.986;QD=32.2447;RBI=0.0535412;REFB=-0.036853;REVB=-0.0355367;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755808;STB=0.541621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0246694;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:9:9:2:4:9:9:2:4 chr17 72949649 . C T 821.66 PASS AF=0.807692;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0192164;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.89;QD=42.1362;RBI=0.0612485;REFB=-0.0436702;REVB=0.0581559;RO=13;SAF=28;SAR=35;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796444;STB=0.542843;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0138582;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:81:78:13:15:63:63:0.807692:35:28:9:4:35:28:10:5 chr17 72952017 . A G 1375.22 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.854;QD=62.5101;RBI=0.0356432;REFB=0;REVB=-0.00502389;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12458e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:50:36:0:0:50:38:0:0 chr17 73000061 . A G 185.54 PASS AF=0.233871;AO=29;DP=124;FAO=29;FDP=124;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=0.00397819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.057;QD=5.98532;RBI=0.0165627;REFB=-0.00422035;REVB=-0.0160778;RO=95;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130927;STB=0.579376;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0149269;OID=.;OPOS=73000061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:95:95:29:29:0.233871:16:13:33:62:16:13:33:62 chr17 73001049 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC,GCCCCCAC 41.56 PASS AF=0,0.047619,0.380952;AO=3,3,6;DP=21;FAO=0,1,8;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,1;FSAR=0,1,7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.1773,-0.0817541,-0.064665;FXX=0;HRUN=5,5,0;LEN=1,2,1;MLLD=8.38574,49.9143,48.3931;QD=7.91659;RBI=0.182534,0.0852991,0.0701195;REFB=0.0183078,-0.00381881,-0.0010357;REVB=0.0433971,0.0243353,0.0271143;RO=6;SAF=0,1,0;SAR=3,2,6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0.388489,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.606014,0.208152,-0.721447;STB=0.5,0.981786,0.562358;STBP=1,0.611,0.815;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0107906,0.140853,0.145469;OID=.,.,.;OPOS=73001050,73001054,73001056;OREF=C,CA,-;OALT=-,AC,C;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC,GCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.047619,0.380952:3,3,6:21:0,1,8:21:12:0,0,1:0,1,7:1:11:32:6:0,1,0:3,2,6:1:5 chr17 73016621 . C T 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0153843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.449;QD=3.4369;RBI=0.0161884;REFB=-0.00376352;REVB=-0.00503874;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202464;STB=0.640594;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0173142;OID=.;OPOS=73016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:3:3:22:11:3:3:22:11 chr17 73037868 . C G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.669;QD=58.1308;RBI=0.0101917;REFB=0;REVB=0.00532669;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15156e-05;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr17 73085975 . G A 546.66 PASS AF=0.866667;AO=38;DP=44;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00333389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.879;QD=48.592;RBI=0.0177027;REFB=-0.0505163;REVB=0.0173859;RO=6;SAF=21;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294011;STB=0.517233;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0087268;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:6:6:38:39:0.866667:17:21:4:2:18:21:4:2 chr17 73089524 . G A 74.52 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=0.00573085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.87;QD=4.25835;RBI=0.067167;REFB=-0.00295058;REVB=0.0669221;RO=57;SAF=9;SAR=4;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040492;STB=0.526276;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0247837;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:57:57:13:13:0.185714:4:9:41:16:4:9:41:16 chr17 73089852 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0628065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2991;QD=9.10032;RBI=0.0631749;REFB=-0.0122706;REVB=0.00681287;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0293085;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr17 73110279 . C T 1450.24 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352206;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.892;QD=59.8036;RBI=0.0413093;REFB=0;REVB=0.0215862;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417024;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:54:42:0:0:54:43:0:0 chr17 73127217 . G C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6589;QD=53.2743;RBI=0.0365869;REFB=0;REVB=0.00608057;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000762936;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 73221439 . C T 1384.91 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690821;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.55;QD=62.9503;RBI=0.0178261;REFB=0;REVB=0.016433;RO=0;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05331e-05;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:57:31:0:0:57:31:0:0 chr17 73222847 . C T 747.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.848;QD=56.4095;RBI=0.0468721;REFB=0;REVB=0.0363971;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493069;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr17 73222865 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.936;QD=62.6711;RBI=0.0304195;REFB=0;REVB=0.0143417;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70377e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr17 73230856 . C T 2062.31 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=138;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0147569;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.544;QD=60.2136;RBI=0.0343531;REFB=-0.200509;REVB=0.0310221;RO=2;SAF=76;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123437;STB=0.50222;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00139527;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:137:2:3:134:134:0.978102:58:76:2:0:58:76:2:1 chr17 73258479 . C T 1250.2 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00871718;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.847;QD=60.2504;RBI=0.0387958;REFB=-0.0872508;REVB=0.0378038;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097636;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000704561;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:48:33:0:1:48:34:0:1 chr17 73269530 . A G 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2078;QD=60.7131;RBI=0.0791153;REFB=0;REVB=-0.077013;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307441;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr17 73269676 . C T 921.54 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0657;QD=58.5102;RBI=0.031723;REFB=0;REVB=-0.0157854;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19744e-05;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:25:35:0:0:26:37:0:0 chr17 73279624 . A G 839.03 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015729;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.144;QD=57.8642;RBI=0.018762;REFB=0;REVB=-0.010228;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299657;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr17 73315368 . C T 1168.95 PASS AF=0.963415;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0131227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.99;QD=57.0218;RBI=0.0133973;REFB=0.00455959;REVB=0.00269844;RO=3;SAF=50;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134872;STB=0.500844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=2.38834e-05;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:82:3:3:77:79:0.963415:27:50:2:1:28:51:2:1 chr17 73402246 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7858;QD=33.4274;RBI=0.00603178;REFB=0;REVB=0.00300302;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224331;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 73488794 . C T 722.56 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939712;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.076;QD=62.831;RBI=0.0948497;REFB=0;REVB=0.0128794;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392437;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr17 73495692 . C G 1558.34 PASS AF=1;AO=62;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4391;QD=62.9631;RBI=0.161248;REFB=0;REVB=-0.0188966;RO=0;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129915;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:62:99:1:47:15:0:0:54:45:0:0 chr17 73496522 . A G 531.18 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=55;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0164656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.509;QD=38.6309;RBI=0.0243442;REFB=-0.0322986;REVB=0.0179312;RO=9;SAF=16;SAR=29;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755576;STB=0.511086;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00360193;OID=.;OPOS=73496522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:9:10:45:45:0.818182:29:16:3:6:29:16:3:7 chr17 73498245 . CG C,GG 35.12 PASS AF=0.28,0.08;AO=6,2;DP=25;FAO=7,2;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6,2;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.060437,0.00758072;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=12.197,271.067;QD=5.61904;RBI=0.111881,0.00857579;REFB=-0.101425,-0.00745973;REVB=-0.0941524,0.0040096;RO=15;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.48,0;SSSB=0.0623591,0.444178;STB=0.624592,0.992298;STBP=0.579,0.355;TYPE=del,snp;VARB=0.125787,0.0827587;OID=.,.;OPOS=73498246,73498245;OREF=G,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:15:16:6,2:7,2:0.28,0.08:1,0:5,2:12:3:1,0:6,2:12:4 chr17 73498483 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0619063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.889;QD=29.1641;RBI=0.0619074;REFB=-0.0179467;REVB=-0.000383296;RO=3;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128506;STB=0.571311;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0106993;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:9:2:0:3:9:2:0:3 chr17 73498623 . A G 436.66 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00632445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.245;QD=32.3453;RBI=0.125093;REFB=-0.0271056;REVB=-0.124933;RO=15;SAF=31;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943113;STB=0.551272;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0134153;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:8:31:10:5:8:31:10:5 chr17 73518203 . G C 78.48 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0371423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.455;QD=3.97389;RBI=0.0387883;REFB=-0.0132447;REVB=-0.0111796;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13708;STB=0.589801;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.059999;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:8:6:35:30:8:6:35:30 chr17 73518284 . G C 63.77 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0286536;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.246;QD=4.1142;RBI=0.0319839;REFB=-0.00833694;REVB=0.0142106;RO=51;SAF=2;SAR=9;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444407;STB=0.797603;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0631181;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:62:51:51:11:11:0.177419:9:2:27:24:9:2:27:24 chr17 73519413 . C T 66.46 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0524543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5875;QD=3.79763;RBI=0.0696922;REFB=-0.00582014;REVB=0.0458863;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250168;STB=0.540994;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0155753;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:67:70:55:58:12:12:0.171429:7:5:24:31:7:5:27:31 chr17 73519798 . C T 158.89 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.00776112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.742;QD=6.17047;RBI=0.00831679;REFB=-0.00544262;REVB=0.002989;RO=76;SAF=7;SAR=17;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175479;STB=0.616167;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0313505;OID=.;OPOS=73519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:79:24:24:0.23301:17:7:32:44:17:7:34:45 chr17 73565171 . T C 461.37 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0749263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0155;QD=47.3201;RBI=0.0899152;REFB=-0.0505462;REVB=-0.0497071;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309017;STB=0.516607;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00497542;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:18:16:3:2:18:16:3:2 chr17 73566561 . G A 227.08 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0528867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.698;QD=36.3329;RBI=0.0664378;REFB=-0.00167086;REVB=0.0402117;RO=5;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444008;STB=0.524248;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000610861;OID=.;OPOS=73566561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:14:6:1:4:14:6:1:4 chr17 73567846 . C T 1737.55 PASS AF=0.781609;AO=135;DP=173;FAO=136;FDP=174;FR=.;FRO=38;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0107862;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.095;QD=39.9438;RBI=0.0257452;REFB=-0.0521148;REVB=0.0233767;RO=37;SAF=64;SAR=71;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487343;STB=0.527788;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00836973;OID=.;OPOS=73567846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:37:38:135:136:0.781609:71:64:22:15:71:65:23:15 chr17 73568055 . C T 691.08 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.040104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.029;QD=49.3626;RBI=0.0458441;REFB=0.000946406;REVB=-0.0222116;RO=4;SAF=30;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238933;STB=0.512707;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=1.81381e-05;OID=.;OPOS=73568055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:22:30:3:1:22:30:3:1 chr17 73570718 . C G 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4423;QD=52.6065;RBI=0.161838;REFB=0;REVB=-0.158191;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00332806;OID=.;OPOS=73570718;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr17 73570756 . G T 307.56 PASS AF=0.833333;AO=24;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0293975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.103;QD=41.008;RBI=0.0521228;REFB=-0.0481209;REVB=0.0430415;RO=4;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108753;STB=0.571374;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00384887;OID=.;OPOS=73570756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:4:5:24:25:0.833333:15:9:0:4:15:10:0:5 chr17 73571030 . A G 343.03 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0435071;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.251;QD=41.5794;RBI=0.0435075;REFB=-0.0501481;REVB=-0.000179185;RO=5;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102611;STB=0.570418;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00138038;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:35:33:5:6:27:27:0.818182:15:12:4:1:15:12:5:1 chr17 73587268 . C T 188.19 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.014075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7897;QD=37.6382;RBI=0.0658639;REFB=0.0360006;REVB=0.0643424;RO=3;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377357;STB=0.520686;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00566055;OID=.;OPOS=73587268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:9:8:1:2:9:8:1:2 chr17 73587784 . A G 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277069;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.534;QD=61.5432;RBI=0.0194356;REFB=0;REVB=0.0192371;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02702e-05;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:1:0:80:80:1:41:39:1:0:41:39:0:0 chr17 73588058 . G T 781.86 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1768;QD=56.8625;RBI=0.0182357;REFB=0;REVB=0.00642759;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105906;OID=.;OPOS=73588058;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr17 73588067 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3354;QD=57.8828;RBI=0.0307347;REFB=0;REVB=-0.0288546;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312782;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr17 73590817 . C T 820.35 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.002502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.127;QD=55.6169;RBI=0.0112048;REFB=-0.154974;REVB=0.0109219;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-4.88282e-05;OID=.;OPOS=73590817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr17 73590830 . T G 854.38 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276567;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.332;QD=57.924;RBI=0.0283317;REFB=0;REVB=0.00614731;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71684e-06;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:28:31:0:0 chr17 73597544 . A G 801.08 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4444;QD=64.0865;RBI=0.0846791;REFB=0;REVB=-0.0183955;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007487;OID=.;OPOS=73597544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr17 73602081 . G A 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1064;QD=59.4255;RBI=0.0731059;REFB=0;REVB=0.0118749;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134843;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr17 73609112 . G A 582.29 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5628;QD=58.2287;RBI=0.0737561;REFB=-0.0771979;REVB=0.0658489;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00208974;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:0:1 chr17 73612642 . A AT 262.24 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.8449;QD=37.4633;RBI=0.176073;REFB=-0.036744;REVB=0.172929;RO=6;SAF=21;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0221862;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:29:28:28:0:25:3:0:0:4:6:21:2:5:1 chr17 73625430 . G A 1068.56 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156098;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6444;QD=56.9897;RBI=0.0565905;REFB=-0.0526365;REVB=0.054395;RO=3;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039915;STB=0.513885;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000560527;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:75:3:2:72:73:0.973333:34:38:0:3:35:38:0:2 chr17 73625478 . T C 1769.98 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.427;QD=59.9993;RBI=0.0287254;REFB=-0.105855;REVB=-0.00621936;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000195998;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:116:117:0.991525:59:57:0:0:59:58:1:0 chr17 73626923 . G T 109.5 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00935155;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=222.284;QD=14.6004;RBI=0.0201985;REFB=-0.0216627;REVB=0.0179034;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24623;STB=0.63982;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0173207;OID=.;OPOS=73626923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:15:2:4:9:15:2 chr17 73626924 . G T 85.31 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00470799;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=225.248;QD=11.3751;RBI=0.00504304;REFB=-0.0221607;REVB=-0.0018075;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489507;STB=0.529356;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0177912;OID=.;OPOS=73626924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:15:4:2:9:15:4 chr17 73626925 . G T 44.54 PASS AF=0.241379;AO=8;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.00441443;FXX=0.0333222;HRUN=12;LEN=1;MLLD=191.183;QD=6.14393;RBI=0.00457647;REFB=-0.0145601;REVB=-0.001207;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512192;STB=0.83578;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0404857;OID=.;OPOS=73626925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:22:22:8:7:0.241379:4:4:20:2:4:3:20:2 chr17 73627565 . A G 978.03 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134103;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.783;QD=59.2746;RBI=0.0138143;REFB=0;REVB=-0.0033167;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124202;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:42:24:0:0 chr17 73698557 . C T 922.97 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00727343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4451;QD=56.798;RBI=0.0248296;REFB=-0.00303929;REVB=-0.0237404;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000141115;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:39:25:0:0:39:25:0:1 chr17 73724501 . T C 187.73 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0217458;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.34;QD=35.7589;RBI=0.0483751;REFB=0.0191516;REVB=-0.0432119;RO=4;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823487;STB=0.545399;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00433944;OID=.;OPOS=73724501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:21:4:4:17:17:0.809524:5:12:2:2:5:12:2:2 chr17 73750859 . C G 184.51 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0186447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.133;QD=35.1442;RBI=0.0193739;REFB=0.0299809;REVB=0.00526521;RO=3;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128205;STB=0.510192;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00897434;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:3:4:17:17:0.809524:12:5:1:2:12:5:1:3 chr17 73773735 . ACC AC,ACA,CAC 855.23 PASS AF=0.896104,0,0;AO=57,4,3;DP=80;FAO=69,0,0;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=28,0,0;FSAR=41,0,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000272939,0.0575755,-0.0417116;FXX=0.0374953;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,2;MLLD=23.0106,8.41947,9.66026;QD=44.4273;RBI=0.000709824,0.0698243,0.0597443;REFB=-0.0326413,-0.057308,0.0115289;REVB=-0.000655252,-0.0395031,-0.0427728;RO=10;SAF=22,0,1;SAR=35,4,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0621339,-0.71899,-0.280663;STB=0.510106,0.5,0.5;STBP=0.602,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00661864,0,0;OID=.,.,.;OPOS=73773736,73773737,73773735;OREF=C,C,AC;OALT=-,A,CA;OMAPALT=AC,ACA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:80:77:10:8:57,4,3:69,0,0:0.896104,0,0:35,4,2:22,0,1:6:4:41,0,0:28,0,0:4:4 chr17 73812909 . A G 325.85 PASS AF=0.202128;AO=55;DP=280;FAO=57;FDP=282;FR=.;FRO=225;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=119;FSRR=106;FWDB=0.00110037;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9518;QD=4.622;RBI=0.0236494;REFB=-0.00311746;REVB=-0.0236238;RO=223;SAF=31;SAR=24;SRF=119;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390373;STB=0.512008;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0127885;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:223:225:55:57:0.202128:24:31:119:104:26:31:119:106 chr17 73819525 . C T 962.7 PASS AF=0.755102;AO=74;DP=98;FAO=74;FDP=98;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0342922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.322;QD=39.2938;RBI=0.038572;REFB=-0.0528535;REVB=0.0176591;RO=23;SAF=31;SAR=43;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850253;STB=0.540794;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0122996;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:23:24:74:74:0.755102:43:31:14:9:43:31:14:10 chr17 73824121 . T C 1791.02 PASS AF=0.766304;AO=139;DP=182;FAO=141;FDP=184;FR=.;FRO=43;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0807119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9691;QD=38.9352;RBI=0.0816142;REFB=-0.046199;REVB=-0.0121029;RO=43;SAF=59;SAR=80;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703972;STB=0.538624;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0143723;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:43:43:139:141:0.766304:80:59:25:18:82:59:25:18 chr17 73827205 . T C 1798.12 PASS AF=0.745;AO=144;DP=200;FAO=149;FDP=200;FR=.;FRO=51;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.065929;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.342;QD=35.9624;RBI=0.0664396;REFB=-0.0294068;REVB=0.00822127;RO=46;SAF=76;SAR=68;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521325;STB=0.536908;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0108648;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:46:51:144:149:0.745:68:76:19:27:69:80:20:31 chr17 73831016 . G A 542.36 PASS AF=0.766667;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=60;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00151269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.319;QD=36.1571;RBI=0.0249894;REFB=0.00702649;REVB=0.0249436;RO=13;SAF=32;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107839;STB=0.569548;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00307544;OID=.;OPOS=73831016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:60:60:13:14:46:46:0.766667:14:32:6:7:14:32:6:8 chr17 73836162 . C G 51.51 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0497252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3314;QD=18.7302;RBI=0.0780171;REFB=-0.0459807;REVB=0.0601171;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0281676;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:4:3:2:1:4:3:3:1 chr17 73839137 . G A 89.06 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0442655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.568;QD=27.4041;RBI=0.0485898;REFB=0.0192333;REVB=-0.0200383;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079881;STB=0.545359;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00160912;OID=.;OPOS=73839137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:8:2:1:2:8:2:1:2 chr17 73840320 . C CG,G 38.03 PASS AF=0.2,0.0222222;AO=7,6;DP=47;FAO=9,1;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5,1;FSAR=4,0;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0224045,0.00239764;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=10.897,284.47;QD=3.3802;RBI=0.136744,0.0380875;REFB=-0.0981104,-0.00278672;REVB=-0.134896,-0.038012;RO=34;SAF=2,4;SAR=5,2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.295322,0.167012;STB=0.577718,0.990715;STBP=0.667,0.267;TYPE=ins,snp;VARB=0.159897,-0.00961706;OID=.,.;OPOS=73840321,73840320;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:47:45:34:35:7,6:9,1:0.2,0.0222222:5,2:2,4:18:16:4,0:5,1:16:19 chr17 73923579 . AGACGGAAGT A 453.72 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114637;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=9;MLLD=283.11;QD=58.5444;RBI=0.0187006;REFB=0;REVB=0.0147748;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.67482e-05;OID=.;OPOS=73923580;OREF=GACGGAAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:31:31:0:16:15:0:0:4:0:16:12:0:0 chr17 73949540 . G C 909.98 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0221;QD=57.7766;RBI=0.0695343;REFB=0;REVB=-0.0694768;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38262e-05;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr17 73997474 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.391;QD=60.6099;RBI=0.0245399;REFB=0;REVB=0.0159517;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34675e-05;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr17 74014628 . G A 1001.73 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163412;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3031;QD=57.2419;RBI=0.037842;REFB=-0.0903702;REVB=0.0341319;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00156604;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:35:34:0:0:35:34:0:1 chr17 74014668 . T C 748.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000910048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.584;QD=56.4987;RBI=0.0126084;REFB=0;REVB=0.0125755;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12088e-05;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr17 74017554 . G T 139.34 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0177399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.143;QD=6.05835;RBI=0.0349529;REFB=0.0026756;REVB=0.0301165;RO=70;SAF=14;SAR=7;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328251;STB=0.516114;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0070747;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:70:71:21:21:0.228261:7:14:45:25:7:14:46:25 chr17 74017573 . C G 93.52 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0339226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.553;QD=4.40071;RBI=0.0346638;REFB=-0.00740744;REVB=0.00712978;RO=68;SAF=9;SAR=7;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110709;STB=0.562898;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0325767;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:68:69:16:16:0.188235:7:9:44:24:7:9:44:25 chr17 74017594 . A G 82.4 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0550985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.224;QD=3.87742;RBI=0.0561577;REFB=-0.0131437;REVB=-0.0108559;RO=70;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141369;STB=0.59159;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0400973;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:85:85:70:70:15:15:0.176471:7:8:45:25:7:8:45:25 chr17 74076415 . G A 666.65 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3135;QD=62.0139;RBI=0.0522366;REFB=0;REVB=0.0522149;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698346;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:7:36:0:0:7:36:0:0 chr17 74076642 . G A 137.57 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.274;QD=39.3065;RBI=0.0372345;REFB=-0.029233;REVB=-0.0311347;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00869151;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:0:1:3:10:0:1 chr17 74383475 . T C 482.3 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00146446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4527;QD=38.5841;RBI=0.0171718;REFB=-0.0688644;REVB=0.0171092;RO=13;SAF=24;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569076;STB=0.530833;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.030419;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:13:24:7:6:13:24:7:6 chr17 74387284 . C T 100.64 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0154868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.037;QD=4.47277;RBI=0.025611;REFB=-0.00907297;REVB=-0.0203981;RO=73;SAF=8;SAR=9;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131603;STB=0.584318;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0404745;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:73:73:17:17:0.188889:9:8:42:31:9:8:42:31 chr17 74465813 . G A 792.74 PASS AF=0.719101;AO=64;DP=89;FAO=64;FDP=89;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00187706;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7759;QD=35.6289;RBI=0.0492347;REFB=-0.0757334;REVB=0.0491989;RO=25;SAF=27;SAR=37;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937999;STB=0.550462;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0341712;OID=.;OPOS=74465813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:25:25:64:64:0.719101:37:27:15:10:37:27:15:10 chr17 74467017 . G C 58.55 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=0.0136039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.606;QD=3.34564;RBI=0.0207067;REFB=-0.00544917;REVB=-0.015611;RO=59;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32106;STB=0.71;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0231203;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:6:5:42:17:6:5:42:17 chr17 74472998 . G A 2927.14 PASS AF=0.815498;AO=221;DP=272;FAO=221;FDP=271;FR=.;FRO=50;FSAF=145;FSAR=76;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0447321;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6385;QD=43.205;RBI=0.071165;REFB=-0.069682;REVB=0.0553489;RO=50;SAF=145;SAR=76;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290745;STB=0.515408;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0115422;OID=.;OPOS=74472998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:50:50:221:221:0.815498:76:145:29:21:76:145:29:21 chr17 74475024 . G A 45.6 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0173104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.977;QD=9.11906;RBI=0.0403841;REFB=-0.0302844;REVB=0.036486;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196632;STB=0.581866;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0827869;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:3:4:9:3:3:4:9:4 chr17 74475849 . G A 283.97 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00700878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.887;QD=36.6414;RBI=0.0802688;REFB=-0.0165705;REVB=0.0799622;RO=7;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105786;STB=0.557476;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00677984;OID=.;OPOS=74475849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:9:15:6:1:9:15:6:1 chr17 74475975 . C A 100.59 PASS AF=0.219178;AO=15;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00343916;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.019;QD=5.51185;RBI=0.03015;REFB=-0.0233183;REVB=0.0299532;RO=56;SAF=10;SAR=5;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312743;STB=0.704639;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0696889;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:57:15:16:0.219178:5:10:23:33:5:11:24:33 chr17 74540917 . A C 341.02 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0321504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.774;QD=42.6274;RBI=0.0339844;REFB=0.0106985;REVB=-0.0110135;RO=5;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451957;STB=0.524457;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00186832;OID=.;OPOS=74540917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:12:15:2:3:12:15:2:3 chr17 74541129 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00998172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.877;QD=7.76256;RBI=0.00998172;REFB=-0.0506488;REVB=0;RO=13;SAF=6;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0477119;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:0:6:13:0:0:6:13:0 chr17 74541137 . C T 111.73 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00224181;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.119;QD=24.8278;RBI=0.00224181;REFB=-0.0130103;REVB=0;RO=6;SAF=12;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374953;OID=.;OPOS=74541137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:6:6:12:12:0.666667:0:12:6:0:0:12:6:0 chr17 74541171 . T C 116.25 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.000864904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.847;QD=22.1427;RBI=0.0591336;REFB=-0.0226599;REVB=-0.0591273;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551717;STB=0.521707;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.014867;OID=.;OPOS=74541171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:2:10:7:1:2:11:7:1 chr17 74555106 . T C 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00706005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.813;QD=25.3391;RBI=0.0392667;REFB=-0.00293729;REVB=0.0386268;RO=25;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604567;STB=0.533101;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0017743;OID=.;OPOS=74555106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:17:22:12:13:17:22:12:13 chr17 74574826 . C T 464.45 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0204323;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1639;QD=29.9642;RBI=0.0249856;REFB=-0.0015643;REVB=0.0143806;RO=20;SAF=26;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844482;STB=0.545736;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00298872;OID=.;OPOS=74574826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:16:26:15:5:16:26:15:5 chr17 74621953 . C CG 138.77 PASS AF=0.301887;AO=30;DP=108;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0133348;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5599;QD=5.23642;RBI=0.0644687;REFB=-0.0130148;REVB=-0.0630745;RO=74;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250627;STB=0.537712;STBP=0.624;TYPE=ins;VARB=0.0142829;OID=.;OPOS=74621954;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887:30:108:32:106:74:16:16:33:41:99:74:14:16:33:41 chr17 74622400 . C T 579.35 PASS AF=0.8;AO=47;DP=59;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0144353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.545;QD=38.6233;RBI=0.0182914;REFB=-0.0149188;REVB=0.0112338;RO=12;SAF=31;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987902;STB=0.554194;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0040845;OID=.;OPOS=74622400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:59:60:12:12:47:48:0.8:16:31:5:7:16:32:5:7 chr17 74732507 . A G 727.27 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.063;QD=63.2411;RBI=0.00751874;REFB=0;REVB=0.00650175;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06119e-05;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr17 74733099 . G A 4374.68 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415528;FXX=0.0035841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.06;QD=62.945;RBI=0.0513213;REFB=-0.0841066;REVB=0.0301205;RO=1;SAF=115;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9307e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:279:278:1:0:278:278:1:163:115:1:0:163:115:0:0 chr17 74857676 . A G 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.778;QD=63.1915;RBI=0.0415269;REFB=0;REVB=0.00463578;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80881e-05;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr17 74878259 . G A 2537.94 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134734;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.326;QD=61.5257;RBI=0.0443153;REFB=0;REVB=0.0422175;RO=0;SAF=91;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67072e-06;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:162:165:1:71:91:0:0:74:91:0:0 chr17 74922706 . C T 1637.27 PASS AF=0.982456;AO=108;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0406014;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.892;QD=57.448;RBI=0.0713227;REFB=-0.138094;REVB=0.0586383;RO=3;SAF=52;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950428;STB=0.500314;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00630843;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:3:2:108:112:0.982456:56:52:2:1:58:54:1:1 chr17 74928758 . C T 794.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.416;QD=56.7683;RBI=0.0172646;REFB=0;REVB=0.0168734;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95089e-05;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:22:34:0:0 chr17 74936576 . G A 100.78 PASS AF=0.236111;AO=15;DP=67;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0334289;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0639;QD=5.59897;RBI=0.0452674;REFB=-0.0328862;REVB=0.0305228;RO=50;SAF=4;SAR=11;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232447;STB=0.580823;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0630532;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:50:55:15:17:0.236111:11:4:22:28:11:6:25:30 chr17 74942478 . C T 161.81 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0121496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.252;QD=7.19173;RBI=0.0127451;REFB=-0.00525194;REVB=0.00385026;RO=67;SAF=9;SAR=14;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895895;STB=0.554408;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.012624;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:14:9:31:36:14:9:31:36 chr17 75085434 . G A 902.8 PASS AF=0.719626;AO=77;DP=107;FAO=77;FDP=107;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00218681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.92;QD=33.7496;RBI=0.00776047;REFB=-0.0297005;REVB=-0.00744599;RO=30;SAF=41;SAR=36;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355153;STB=0.519057;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0102321;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:30:30:77:77:0.719626:36:41:18:12:36:41:18:12 chr17 75085441 . G C 902.93 PASS AF=0.719626;AO=76;DP=106;FAO=77;FDP=107;FR=.;FRO=30;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.054784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.454;QD=33.7543;RBI=0.0682489;REFB=-0.040924;REVB=0.0407015;RO=30;SAF=39;SAR=37;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458681;STB=0.526232;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0182518;OID=.;OPOS=75085441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:30:30:76:77:0.719626:37:39:18:12:38:39:18:12 chr17 75158213 . T G 126.66 PASS AF=0.181102;AO=23;DP=127;FAO=23;FDP=127;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0196431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.394;QD=3.98938;RBI=0.0297665;REFB=-0.00571059;REVB=-0.0223651;RO=104;SAF=17;SAR=6;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315122;STB=0.704102;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0309209;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:104:104:23:23:0.181102:6:17:52:52:6:17:52:52 chr17 75158256 . C T 71.03 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0202932;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.859;QD=3.64275;RBI=0.0296399;REFB=-0.00612365;REVB=0.0216035;RO=63;SAF=11;SAR=2;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455487;STB=0.800818;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0222214;OID=.;OPOS=75158256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:80:78:63:65:13:13:0.166667:2:11:32:31:2:11:34:31 chr17 75158261 . C G 93.15 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00821391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.577;QD=4.38358;RBI=0.05044;REFB=-0.0315621;REVB=-0.0497667;RO=69;SAF=14;SAR=2;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510083;STB=0.836744;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.05415;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:69:69:16:16:0.188235:2:14:35:34:2:14:35:34 chr17 75190846 . A C 849.99 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.312;QD=57.6262;RBI=0.0712803;REFB=0;REVB=0.0622759;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207282;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:25:34:0:0 chr17 75190962 . C T 280.11 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0133592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.468;QD=28.0106;RBI=0.0140968;REFB=-0.0495178;REVB=0.00450023;RO=13;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669798;STB=0.567794;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0178766;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:15:25:25:0.625:16:9:6:7:16:9:8:7 chr17 75209816 . G C 57.58 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0423375;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.91;QD=4.51586;RBI=0.045527;REFB=-0.0171718;REVB=-0.0167403;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349403;STB=0.724531;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0597489;OID=.;OPOS=75209816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:51:43:42:9:9:0.176471:6:3:27:16:6:3:26:16 chr17 75303298 . T C 1055.04 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.262;QD=59.4388;RBI=0.0417338;REFB=0;REVB=0.015978;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91362e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:42:26:0:0:45:26:0:0 chr17 75316450 . C T 241.71 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0253233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.377;QD=21.9737;RBI=0.0355516;REFB=-0.0228024;REVB=0.024953;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28125;STB=0.656126;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0126959;OID=.;OPOS=75316450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:4:17:11:12:4:17 chr17 75425836 . AG A 46.76 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.159552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.63973;QD=8.90582;RBI=0.22188;REFB=-0.0857479;REVB=0.154188;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276935;STB=0.514259;STBP=0.989;TYPE=del;VARB=0.133247;OID=.;OPOS=75425837;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:10:20:11:21:10:9:2:8:2:39:9:8:2:7:2 chr17 75443144 . C T 42.19 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.131153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.598;QD=1.77653;RBI=0.131173;REFB=0.00126443;REVB=0.00227216;RO=84;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310223;STB=0.792204;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0194549;OID=.;OPOS=75443144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:84:85:8:10:0.105263:3:5:29:55:3:7:29:56 chr17 75494705 . A G 1267.49 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222049;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8341;QD=60.3567;RBI=0.0410709;REFB=-0.125691;REVB=0.0345509;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000710803;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:41:42:1:0:41:42:1:0 chr17 75495065 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.339;QD=53.2771;RBI=0.0583968;REFB=0;REVB=0.0517267;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221222;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 75495397 . T C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.765;QD=46.8379;RBI=0.0180891;REFB=0;REVB=0.013697;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18741e-05;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr17 75559019 . C T 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00494239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.647;QD=3.96485;RBI=0.0210798;REFB=8.82517e-05;REVB=-0.0204922;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155924;STB=0.602752;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.000674314;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:4:6:35:14:4:6:35:14 chr17 76121318 . G A 775.3 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0628207;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.232;QD=55.3784;RBI=0.0738441;REFB=-0.144003;REVB=0.0388139;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000942694;OID=.;OPOS=76121318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:56:0:1:52:55:0.982143:32:20:0:0:34:21:0:1 chr17 76130575 . A T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.592;QD=62.3501;RBI=0.034236;REFB=0;REVB=0.0330615;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43665e-05;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr17 76131070 . G A 954.3 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9943;QD=58.7259;RBI=0.0402238;REFB=0;REVB=0.0318728;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420107;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr17 76134828 . C A 625.2 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0665493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.284;QD=54.3653;RBI=0.070437;REFB=-0.00504076;REVB=0.0230773;RO=2;SAF=8;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411114;STB=0.514724;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000317423;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:2:3:41:41:0.891304:33:8:1:1:33:8:1:2 chr17 76135148 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.072;QD=60.6092;RBI=0.0312785;REFB=0;REVB=0.00342279;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158915;OID=.;OPOS=76135148;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 76157266 . T C 669.74 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.206;QD=60.8852;RBI=0.0538717;REFB=0;REVB=0.0483224;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136641;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:40:44:1:25:15:0:0:28:16:0:0 chr17 76157271 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.687;QD=62.3503;RBI=0.0218871;REFB=0;REVB=0.0137364;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96086e-05;OID=.;OPOS=76157271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr17 76166939 . C G 645.02 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.713;QD=61.4304;RBI=0.0429532;REFB=0;REVB=0.00335922;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23149e-05;OID=.;OPOS=76166939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:19:19:0:0:19:23:0:0 chr17 76178748 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.090459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.436;QD=62.3502;RBI=0.0976139;REFB=0;REVB=0.036683;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181905;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr17 76178751 . C T 510.23 PASS AF=0.860465;AO=39;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0432291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3166;QD=47.463;RBI=0.0473289;REFB=-0.0746827;REVB=0.0192683;RO=4;SAF=12;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385661;STB=0.532925;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0556289;OID=.;OPOS=76178751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:43:43:4:6:39:37:0.860465:27:12:2:2:26:11:3:3 chr17 76183043 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.618;QD=55.0892;RBI=0.0175007;REFB=0;REVB=0.0120242;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31012e-05;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr17 76210367 . G C 1430.53 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9117;QD=60.8738;RBI=0.0460814;REFB=-0.169139;REVB=-0.0257342;RO=2;SAF=53;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175518;STB=0.504586;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00275621;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:92:93:0.989362:39:53:2:0:39:54:1:0 chr17 76219591 . G A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0933;QD=56.9549;RBI=0.0469819;REFB=0;REVB=0.0451195;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350502;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr17 76230428 . G A 445.86 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.033194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.39;QD=52.454;RBI=0.0472704;REFB=-0.154303;REVB=0.0336547;RO=2;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106312;STB=0.5057;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00110108;OID=.;OPOS=76230428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:2:2:32:32:0.941176:19:13:1:1:19:13:1:1 chr17 76354380 . T G 190.33 PASS AF=0.187845;AO=34;DP=179;FAO=34;FDP=181;FR=.;FRO=147;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=90;FSRR=57;FWDB=-0.00464769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.348;QD=4.20607;RBI=0.0172585;REFB=-0.0039809;REVB=-0.0166209;RO=144;SAF=20;SAR=14;SRF=88;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030528;STB=0.520258;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0168502;OID=.;OPOS=76354380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:144:147:34:34:0.187845:14:20:88:56:14:20:90:57 chr17 76367106 . G A 702.18 PASS AF=0.811594;AO=56;DP=69;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0102789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5996;QD=40.7059;RBI=0.011075;REFB=-0.0174787;REVB=-0.00412295;RO=12;SAF=25;SAR=31;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178445;STB=0.517469;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0064728;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:12:13:56:56:0.811594:31:25:6:6:31:25:7:6 chr17 76367136 . C T 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0499133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.522;QD=3.83365;RBI=0.0590985;REFB=-0.00753359;REVB=-0.0316433;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510175;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0271205;OID=.;OPOS=76367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:15:20:4:3:15:21 chr17 76394195 . T C 85.83 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0180845;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.051;QD=4.13619;RBI=0.018179;REFB=-0.00247847;REVB=0.00185061;RO=66;SAF=8;SAR=7;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538119;STB=0.533181;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0149598;OID=.;OPOS=76394195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:84:83:66:68:15:15:0.180723:7:8:38:28:7:8:39:29 chr17 76395430 . C T 960.66 PASS AF=0.694915;AO=82;DP=115;FAO=82;FDP=118;FR=.;FRO=36;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00121014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8696;QD=32.5647;RBI=0.0402539;REFB=-0.0299769;REVB=-0.0402357;RO=32;SAF=51;SAR=31;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665943;STB=0.547433;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0112264;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:32:36:82:82:0.694915:31:51:16:16:31:51:17:19 chr17 76415702 . C T 546.67 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00671902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.293;QD=48.5929;RBI=0.0254253;REFB=-0.0254868;REVB=0.0245214;RO=6;SAF=18;SAR=21;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321506;STB=0.517233;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00369713;OID=.;OPOS=76415702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:21:18:2:4:21:18:2:4 chr17 76423097 . G A 1848.35 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696347;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.74;QD=61.6116;RBI=0.0186413;REFB=0;REVB=-0.0172918;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75962e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:119:120:1:51:68:0:0:52:68:0:0 chr17 76433898 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.288;QD=64.1527;RBI=0.0375425;REFB=0;REVB=0.0360861;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017528;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr17 76449505 . G C 800.26 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00076211;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.404;QD=55.1904;RBI=0.0211392;REFB=-0.161833;REVB=0.0211254;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000317482;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:1:0:25:32:1:0 chr17 76451921 . A G 757.78 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.837;QD=55.1111;RBI=0.0403636;REFB=-0.128861;REVB=0.00421828;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690671;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:27:27:1:0:27:28:0:0 chr17 76462770 . G A 1549.73 PASS AF=0.981651;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.913;QD=56.8706;RBI=0.0410253;REFB=-0.150371;REVB=0.0365774;RO=2;SAF=48;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193589;STB=0.509614;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0010725;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:109:2:2:104:107:0.981651:56:48:2:0:56:51:2:0 chr17 76468839 . C T 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0331983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.933;QD=38.3349;RBI=0.0332432;REFB=-0.057811;REVB=0.00172671;RO=5;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124646;STB=0.567511;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0204266;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:16:6:0:5:16:6:0:5 chr17 76468842 . C CT 97.74 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=26;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0544093;FXX=0.422914;HRUN=0;LEN=1;MLLD=202.278;QD=26.0651;RBI=0.0643118;REFB=-0.0133745;REVB=-0.0342876;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530917;STB=0.691952;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.0134381;OID=.;OPOS=76468843;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:3:26:10:15:5:6:4:0:5:38:23:2:1:4:19 chr17 76468843 . C T 188.72 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0734387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.404;QD=29.0337;RBI=0.0738136;REFB=-0.0357457;REVB=-0.00742945;RO=8;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219732;STB=0.512181;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0304826;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:14:4:2:6:14:4:2:6 chr17 76471366 . G A 353.74 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0136003;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.433;QD=27.7446;RBI=0.0357537;REFB=-0.0219146;REVB=0.033066;RO=16;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049792;STB=0.556416;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00898008;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:16:18:33:33:0.647059:10:23:10:6:10:23:10:8 chr17 76472768 . G A 951.37 PASS AF=0.793478;AO=72;DP=91;FAO=73;FDP=92;FR=.;FRO=19;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.020158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.399;QD=41.3638;RBI=0.0245864;REFB=-0.0165529;REVB=-0.0140764;RO=19;SAF=40;SAR=32;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322605;STB=0.518357;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00557503;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:19:19:72:73:0.793478:32:40:9:10:32:41:9:10 chr17 76481693 . C G 634.5 PASS AF=0.654762;AO=55;DP=84;FAO=55;FDP=84;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0473698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4817;QD=30.2142;RBI=0.0765463;REFB=0.0378092;REVB=0.0601285;RO=29;SAF=31;SAR=24;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128831;STB=0.569613;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0146879;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:29:55:55:0.654762:24:31:22:7:24:31:22:7 chr17 76482432 . A G 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0018;QD=63.8646;RBI=0.0163205;REFB=0;REVB=0.00879284;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37485e-05;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr17 76491127 . TG CC 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161165;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.322;QD=61.2133;RBI=0.0250228;REFB=0;REVB=-0.0191415;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.52596e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr17 76496492 . A G 2200.84 PASS AF=1;AO=109;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.661;QD=61.9954;RBI=0.0744509;REFB=0;REVB=0.0484321;RO=0;SAF=23;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823553;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:109:142:1:86:23:0:0:105:37:0:0 chr17 76497920 . C A 1053.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3311;QD=59.3437;RBI=0.0336917;REFB=0;REVB=0.0336217;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291563;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr17 76498406 . A G 594.01 PASS AF=0.886792;AO=48;DP=52;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0536219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4337;QD=44.8312;RBI=0.0539165;REFB=-0.0365191;REVB=0.00562875;RO=3;SAF=8;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323366;STB=0.570581;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0521701;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:52:53:3:6:48:47:0.886792:40:8:1:2:40:7:3:3 chr17 76498692 . C T 631.41 PASS AF=0.976744;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0860608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.557;QD=58.7353;RBI=0.0862128;REFB=-0.101712;REVB=-0.00511743;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00158545;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:43:1:1:38:42:0.976744:21:17:1:0:21:21:1:0 chr17 76503624 . C T 1317.34 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.463;QD=60.5674;RBI=0.0426868;REFB=-0.11955;REVB=0.0283149;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000252913;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:87:0:1:83:86:0.988506:55:28:0:0:56:30:1:0 chr17 76525565 . A G 695.34 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8499;QD=61.8076;RBI=0.131403;REFB=0;REVB=-0.125256;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720087;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:1:0:42:45:1:23:19:0:1:24:21:0:0 chr17 76528591 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00956321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.705;QD=7.52629;RBI=0.0300294;REFB=-0.0115609;REVB=-0.0284659;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529808;STB=0.533258;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0366772;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:15:9:3:6:15:9 chr17 76528790 . A G 191.79 PASS AF=0.268041;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00665158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.922;QD=7.90882;RBI=0.0284507;REFB=-0.00750357;REVB=-0.0276622;RO=71;SAF=17;SAR=9;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200018;STB=0.620344;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0199017;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:71:71:26:26:0.268041:9:17:35:36:9:17:35:36 chr17 76535948 . T C 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00664876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.236;QD=3.07319;RBI=0.0367925;REFB=-0.00176282;REVB=0.0361868;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352273;STB=0.764784;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0142497;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:1:5:21:16:1:5:21:16 chr17 76547634 . T C 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.00289247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.122;QD=3.88686;RBI=0.00551564;REFB=-0.000498083;REVB=0.00469637;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519644;STB=0.83254;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0172444;OID=.;OPOS=76547634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:6:23:2:4:6:23 chr17 76557862 . T C 1116.94 PASS AF=0.733871;AO=91;DP=123;FAO=91;FDP=124;FR=.;FRO=33;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00814795;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.905;QD=36.0304;RBI=0.0262781;REFB=-0.00949829;REVB=-0.024983;RO=32;SAF=54;SAR=37;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465881;STB=0.529598;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00423387;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:32:33:91:91:0.733871:37:54:16:16:37:54:16:17 chr17 76557875 . G A 760.7 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0155183;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6185;QD=23.7719;RBI=0.0341471;REFB=-0.0121035;REVB=0.0304172;RO=49;SAF=44;SAR=28;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927986;STB=0.573301;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00971197;OID=.;OPOS=76557875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:49:56:72:72:0.5625:28:44:24:25:28:44:25:31 chr17 76557943 . G A 1278.66 PASS AF=0.793651;AO=99;DP=127;FAO=100;FDP=126;FR=.;FRO=26;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0376364;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.539;QD=40.5923;RBI=0.0415875;REFB=-0.0387736;REVB=0.0176924;RO=25;SAF=53;SAR=46;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583872;STB=0.501752;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.011202;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:25:26:99:100:0.793651:46:53:13:12:47:53:14:12 chr17 76567707 . T C 450.85 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308219;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.297;QD=58.1742;RBI=0.0652159;REFB=0;REVB=-0.0574729;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118899;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr17 76795804 . AG AC,GC 491.29 PASS AF=0.770833,0;AO=37,2;DP=50;FAO=37,0;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=24,0;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0405024,-0.0350549;FXX=0.039992;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.0167,88.9232;QD=40.9406;RBI=0.0887901,0.0560069;REFB=-0.0303103,-0.0444709;REVB=-0.0790141,-0.0436799;RO=9;SAF=24,0;SAR=13,2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.200028,-0.476258;STB=0.629348,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00983295,0;OID=.,.;OPOS=76795805,76795804;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:50:48:9:11:37,2:37,0:0.770833,0:13,2:24,0:1:8:13,0:24,0:1:10 chr17 76798554 . C T 65.86 PASS AF=0.171875;AO=3;DP=50;FAO=11;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00338007;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.643;QD=4.11617;RBI=0.0103221;REFB=-0.000277862;REVB=-0.009753;RO=36;SAF=0;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533039;STB=0.780806;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.155668;OID=.;OPOS=76798554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:64:36:50:3:11:0.171875:3:0:19:17:9:2:25:25 chr17 76798560 . C T 33.82 PASS AF=0.125;AO=2;DP=48;FAO=7;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0284012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.003;QD=2.41543;RBI=0.0289464;REFB=-0.00747435;REVB=0.0055919;RO=42;SAF=0;SAR=2;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351952;STB=0.770433;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0837897;OID=.;OPOS=76798560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:48:56:42:47:2:7:0.125:2:0:15:27:2:5:18:29 chr17 76799795 . G A 137.2 PASS AF=0.166667;AO=26;DP=156;FAO=26;FDP=156;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=73;FWDB=-0.0251468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.035;QD=3.51782;RBI=0.06449;REFB=-0.00839951;REVB=0.0593852;RO=128;SAF=11;SAR=15;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018796;STB=0.513068;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0475772;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:128:130:26:26:0.166667:15:11:56:72:15:11:57:73 chr17 76799835 . C A 1499.54 PASS AF=0.791667;AO=97;DP=145;FAO=114;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.126988;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6507;QD=41.654;RBI=0.169257;REFB=-0.0526466;REVB=0.111902;RO=30;SAF=37;SAR=60;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693955;STB=0.506134;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0223892;OID=.;OPOS=76799835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:30:30:97:114:0.791667:60:37:11:19:69:45:11:19 chr17 76799836 . T A 63.83 PASS AF=0.108108;AO=15;DP=140;FAO=16;FDP=148;FR=.;FRO=132;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=83;FWDB=-0.0105476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.6753;QD=1.72507;RBI=0.0430215;REFB=-0.0151553;REVB=0.0417085;RO=125;SAF=8;SAR=7;SRF=48;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181058;STB=0.614729;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0189978;OID=.;OPOS=76799836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:140:148:125:132:15:16:0.108108:7:8:48:77:8:8:49:83 chr17 76799859 . CT CC,CG 1905.3 PASS AF=0.784615,0.215385;AO=81,28;DP=131;FAO=102,28;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36,10;FSAR=66,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156514,0.0163913;FXX=0.00763301;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.201,119.135;QD=58.6246;RBI=0.0172726,0.0167623;REFB=0,0;REVB=-0.00730595,-0.00350719;RO=0;SAF=26,10;SAR=55,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00186431,-0.000651996;OID=.,.;OPOS=76799860,76799860;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.784615,0.215385:81,28:131:102,28:130:0:36,10:66,18:0:0:99:0:26,10:55,18:0:0 chr17 76799861 . G C 106.78 PASS AF=0.166667;AO=21;DP=131;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=74;FWDB=-0.0154751;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=94.6096;QD=3.23588;RBI=0.0273796;REFB=-0.0028855;REVB=-0.0225869;RO=110;SAF=10;SAR=11;SRF=36;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195442;STB=0.643819;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.12167;OID=.;OPOS=76799861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:110:110:21:22:0.166667:11:10:36:74:11:11:36:74 chr17 76799898 . A G 1894.96 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.892;QD=61.6248;RBI=0.0273741;REFB=0;REVB=-0.00392801;RO=0;SAF=38;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18911e-05;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:84:38:0:0:84:39:0:0 chr17 76823227 . T G 542.94 PASS AF=0.866667;AO=37;DP=44;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.130591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.559;QD=48.2609;RBI=0.13189;REFB=-0.0240748;REVB=0.0184642;RO=6;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711287;STB=0.536824;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00726926;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:6:6:37:39:0.866667:21:16:1:5:22:17:1:5 chr17 76823260 . A C 439.47 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0127143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6741;QD=45.0735;RBI=0.0127491;REFB=0.00722686;REVB=-0.000941642;RO=5;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769604;STB=0.553456;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00349088;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:5:6:33:33:0.846154:16:17:1:4:16:17:1:5 chr17 76867017 . C T 50.06 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0294275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4253;QD=4.65715;RBI=0.0305024;REFB=-0.00725704;REVB=0.00802598;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136094;STB=0.591484;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.044842;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:18:17:3:5:18:17 chr17 76970879 . A G 1507.75 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1263;QD=59.713;RBI=0.023102;REFB=0;REVB=0.019527;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13061e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:38:62:0:0:38:63:0:0 chr17 76989782 . G A 64.22 PASS AF=0.136842;AO=12;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0352883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8426;QD=2.70396;RBI=0.035311;REFB=-0.00603102;REVB=-0.00126547;RO=81;SAF=3;SAR=9;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419716;STB=0.739187;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0290835;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:81:82:12:13:0.136842:9:3:49:32:9:4:49:33 chr17 77039835 . G A 44.48 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.000313809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9204;QD=2.57844;RBI=0.0622258;REFB=0.000196852;REVB=0.062225;RO=60;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406736;STB=0.778237;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0017046;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:3:6:19:41:3:6:19:41 chr17 77039852 . G A 76.34 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0021184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.095;QD=3.63512;RBI=0.0188243;REFB=-0.0088692;REVB=-0.0187047;RO=69;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357521;STB=0.735274;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0460529;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:69:70:14:14:0.166667:5:9:24:45:5:9:24:46 chr17 77040128 . T C 52.02 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0973053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.423;QD=6.30514;RBI=0.0973177;REFB=-0.0159127;REVB=-0.00154959;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153322;STB=0.599733;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0666596;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:9:16:6:2:9:16 chr17 77042718 . C T 67.58 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=7.5116e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.681;QD=3.97541;RBI=0.0453588;REFB=-0.00286536;REVB=0.0453587;RO=56;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599894;STB=0.539734;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0252114;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:7:5:26:30:7:5:26:30 chr17 77073566 . G A 185.48 PASS AF=0.190751;AO=33;DP=174;FAO=33;FDP=173;FR=.;FRO=140;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=0.00182389;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.791;QD=4.28846;RBI=0.00527647;REFB=-0.00186603;REVB=0.00495122;RO=138;SAF=22;SAR=11;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191015;STB=0.626906;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00841214;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:138:140:33:33:0.190751:11:22:72:66:11:22:72:68 chr17 77075670 . C T 121.31 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0179998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.675;QD=5.57733;RBI=0.0184883;REFB=-0.00300331;REVB=-0.00422214;RO=67;SAF=13;SAR=6;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155716;STB=0.593119;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0070082;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:68:19:19:0.218391:6:13:38:29:6:13:39:29 chr17 77075673 . A G 123.82 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0145768;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.075;QD=5.96712;RBI=0.0168487;REFB=-0.00130052;REVB=-0.00844969;RO=62;SAF=14;SAR=5;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214992;STB=0.637115;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0143462;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:62:64:19:19:0.228916:5:14:36:26:5:14:37:27 chr17 77076440 . G T 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0126696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.71;QD=2.59136;RBI=0.020016;REFB=-0.00163092;REVB=-0.0154958;RO=55;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387493;STB=0.777961;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0156129;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:2:6:23:32:2:6:23:32 chr17 77078109 . A G 188.81 PASS AF=0.201183;AO=31;DP=166;FAO=34;FDP=169;FR=.;FRO=135;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=-0.0263891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.341;QD=4.46897;RBI=0.0289035;REFB=-0.0122849;REVB=-0.0117911;RO=123;SAF=20;SAR=11;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805354;STB=0.608087;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0460649;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:123:135:31:34:0.201183:11:20:72:51:11:23:74:61 chr17 77081423 . C T 149.55 PASS AF=0.141026;AO=33;DP=234;FAO=33;FDP=234;FR=.;FRO=201;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=113;FSRR=88;FWDB=0.0034513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.833;QD=2.55642;RBI=0.00839042;REFB=0.000482042;REVB=0.00764772;RO=201;SAF=17;SAR=16;SRF=113;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603265;STB=0.540516;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00263683;OID=.;OPOS=77081423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:201:201:33:33:0.141026:16:17:113:88:16:17:113:88 chr17 77087005 . C CA 104.54 PASS AF=0.153846;AO=15;DP=149;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=-0.01018;FXX=0.00694396;HRUN=0;LEN=1;MLLD=199.158;QD=2.92414;RBI=0.0230832;REFB=-0.005825;REVB=-0.0207171;RO=111;SAF=6;SAR=9;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520167;STB=0.60072;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.0399424;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:15:149:22:143:121:7:15:52:69:99:111:6:9:49:62 chr17 77093768 . T C 40.17 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=-0.0857176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0772;QD=2.29562;RBI=0.162728;REFB=-0.022341;REVB=-0.138322;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542633;STB=0.627662;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.139331;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:66:70:57:61:9:9:0.128571:7:2:11:46:6:3:13:48 chr17 77680988 . AGGGGGA AGGG,AGGGA,AGGGGA 287.82 PASS AF=0,0.166667,0.362745;AO=11,16,22;DP=109;FAO=0,17,37;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=0,17,30;FSAR=0,0,7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.03052,-0.0617378,-0.114688;FXX=0.0642143;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=154.079,22.7153,12.8105;QD=11.287;RBI=0.0336264,0.0621804,0.115933;REFB=-0.00855916,-0.0531342,-0.101088;REVB=0.0141161,-0.00740597,-0.0169449;RO=43;SAF=11,16,17;SAR=0,0,5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.717135,0.767695,0.253958;STB=0.5,0.99915,0.64094;STBP=1,0.001,0.044;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.050339,-0.0271426;OID=.,.,.;OPOS=77680992,77680989,77680989;OREF=GGA,GG,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGA,AGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.166667,0.362745:11,16,22:109:0,17,37:102:48:0,17,30:0,0,7:30:18:99:43:11,16,17:0,0,5:25:18 chr17 77758620 . G A 1899.6 PASS AF=0.808989;AO=144;DP=178;FAO=144;FDP=178;FR=.;FRO=34;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0191931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.244;QD=42.6875;RBI=0.0991467;REFB=-0.0408814;REVB=0.0972712;RO=33;SAF=56;SAR=88;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678994;STB=0.53363;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0102195;OID=.;OPOS=77758620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:33:34:144:144:0.808989:88:56:19:14:88:56:19:15 chr17 77758691 . G A 1703.73 PASS AF=0.794118;AO=130;DP=167;FAO=135;FDP=170;FR=.;FRO=35;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00148069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5499;QD=40.0877;RBI=0.0082301;REFB=0.00494934;REVB=0.00809581;RO=33;SAF=51;SAR=79;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836654;STB=0.553472;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000202251;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:33:35:130:135:0.794118:79:51:20:13:84:51:22:13 chr17 77768654 . C A 1400.4 PASS AF=0.575342;AO=79;DP=151;FAO=84;FDP=146;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00905268;FXX=0.0201329;HRUN=8;LEN=1;MLLD=249.85;QD=38.367;RBI=0.00956944;REFB=-0.00275051;REVB=0.00310211;RO=32;SAF=57;SAR=22;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022461;STB=0.511136;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00806112;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:146:32:30:79:84:0.575342:22:57:22:10:25:59:20:10 chr17 77772068 . G A 389.9 PASS AF=0.679245;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0158212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.622;QD=29.4262;RBI=0.0225989;REFB=-0.0325396;REVB=0.0161369;RO=17;SAF=11;SAR=24;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563211;STB=0.536212;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0135479;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:17:17:35:36:0.679245:24:11:4:13:24:12:4:13 chr17 77917849 . C T 516.9 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=53;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0143111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.166;QD=39.0116;RBI=0.0274539;REFB=-0.00183881;REVB=0.0234288;RO=10;SAF=16;SAR=27;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835775;STB=0.544933;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000334224;OID=.;OPOS=77917849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:10:10:43:43:0.811321:27:16:6:4:27:16:6:4 chr17 77925393 . G A 846.81 PASS AF=0.731183;AO=66;DP=92;FAO=68;FDP=93;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0769973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6856;QD=36.4219;RBI=0.0784581;REFB=-0.0444341;REVB=0.0150695;RO=24;SAF=33;SAR=33;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103519;STB=0.548373;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0222941;OID=.;OPOS=77925393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:24:25:66:68:0.731183:33:33:7:17:34:34:8:17 chr17 78013724 . G C 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0126488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.377;QD=2.67179;RBI=0.0142608;REFB=-0.000921242;REVB=-0.00658627;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289969;STB=0.713675;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00533168;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:2:5:23:26:2:5:23:26 chr17 78041353 . C T 711.66 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00384578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.61;QD=31.6291;RBI=0.00541078;REFB=-0.0235827;REVB=0.00380612;RO=28;SAF=45;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129868;STB=0.575316;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0118763;OID=.;OPOS=78041353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:28:30:60:60:0.666667:15:45:16:12:15:45:17:13 chr17 78064015 . G C 307.44 PASS AF=0.717949;AO=25;DP=37;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.054285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4134;QD=31.5322;RBI=0.0594442;REFB=-0.135766;REVB=-0.0242228;RO=8;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362856;STB=0.52939;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0530487;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:37:39:8:11:25:28:0.717949:8:17:6:2:10:18:6:5 chr17 78071052 . T C 496.7 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0231438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.834;QD=29.2174;RBI=0.0288347;REFB=-0.0661359;REVB=-0.017199;RO=23;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724641;STB=0.503935;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.017408;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:24:21:11:12:24:21:11:12 chr17 78078709 . T C 1000.12 PASS AF=0.786408;AO=81;DP=102;FAO=81;FDP=103;FR=.;FRO=22;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00203064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.578;QD=38.8398;RBI=0.00564818;REFB=-0.041052;REVB=-0.00527052;RO=21;SAF=55;SAR=26;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157097;STB=0.511922;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0110323;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:21:22:81:81:0.786408:26:55:15:6:26:55:16:6 chr17 78091405 . G A 912.95 PASS AF=0.686957;AO=78;DP=115;FAO=79;FDP=115;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000945355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.706;QD=31.7546;RBI=0.0215485;REFB=-0.0447193;REVB=0.0215277;RO=35;SAF=22;SAR=56;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219913;STB=0.624814;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0136316;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:35:36:78:79:0.686957:56:22:22:13:57:22:23:13 chr17 78091513 . G A 1380.82 PASS AF=0.753521;AO=107;DP=144;FAO=107;FDP=142;FR=.;FRO=35;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0252595;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0955;QD=38.8965;RBI=0.0253739;REFB=-0.00497008;REVB=0.00240679;RO=33;SAF=47;SAR=60;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607135;STB=0.525752;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00124744;OID=.;OPOS=78091513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:33:35:107:107:0.753521:60:47:19:14:60:47:19:16 chr17 78092132 . A T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00858826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0486;QD=24.2929;RBI=0.0120069;REFB=0.0341848;REVB=0.00839084;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860085;STB=0.547896;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00636084;OID=.;OPOS=78092132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:9:4:8:11:9:4 chr17 78093133 . G A 804.88 PASS AF=0.752941;AO=61;DP=82;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.118418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8615;QD=37.8765;RBI=0.122349;REFB=-0.0617102;REVB=0.030766;RO=21;SAF=21;SAR=40;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578209;STB=0.502856;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.01205;OID=.;OPOS=78093133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:21:21:61:64:0.752941:40:21:7:14:42:22:7:14 chr17 78157995 . G A 560.06 PASS AF=0.7;AO=46;DP=67;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0400305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.327;QD=32.0036;RBI=0.0404329;REFB=-0.0367111;REVB=0.00569005;RO=21;SAF=27;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927689;STB=0.549743;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0133477;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:21:21:46:49:0.7:19:27:9:12:20:29:9:12 chr17 78162170 . G A 73.14 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0322245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4027;QD=3.17996;RBI=0.0329733;REFB=-0.0043607;REVB=0.00698731;RO=78;SAF=6;SAR=8;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168199;STB=0.613338;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0317902;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:78:78:14:14:0.152174:8:6:44:34:8:6:44:34 chr17 78178893 . C T 32.09 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=38;FWDB=0.0231028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1302;QD=2.56707;RBI=0.0238692;REFB=-9.39982e-05;REVB=0.00599991;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617879;STB=0.551124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00394113;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:5:1:6:37:5:1:6:38 chr17 78184393 . C T 1973.8 PASS AF=0.792553;AO=149;DP=191;FAO=149;FDP=188;FR=.;FRO=39;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0551363;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1424;QD=41.9956;RBI=0.057705;REFB=-0.0240822;REVB=-0.0170251;RO=37;SAF=69;SAR=80;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290995;STB=0.515683;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00485669;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:188:37:39:149:149:0.792553:80:69:20:17:80:69:21:18 chr17 78187954 . A G 261.9 PASS AF=0.846154;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00503429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.736;QD=40.2918;RBI=0.0216657;REFB=-0.105443;REVB=0.0210727;RO=3;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654458;STB=0.553143;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00844457;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:26:3:4:20:22:0.846154:12:8:2:1:13:9:3:1 chr17 78215566 . T G 399.85 PASS AF=0.711538;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00763254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.221;QD=30.7574;RBI=0.0231472;REFB=-0.0171964;REVB=0.0218526;RO=15;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12651;STB=0.570947;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00742817;OID=.;OPOS=78215566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:36:37:0.711538:18:18:4:11:18:19:4:11 chr17 78219065 . C A 610.46 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0286295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5204;QD=53.0837;RBI=0.039762;REFB=-0.160022;REVB=0.0275929;RO=4;SAF=21;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0245979;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:21:21:2:2:21:21:2:2 chr17 78293189 . A T 1491.55 PASS AF=0.846154;AO=110;DP=131;FAO=110;FDP=130;FR=.;FRO=20;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00462931;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.065;QD=45.8939;RBI=0.0209098;REFB=0.0230241;REVB=0.0203909;RO=20;SAF=64;SAR=46;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946366;STB=0.505021;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00216907;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:20:20:110:110:0.846154:46:64:11:9:46:64:11:9 chr17 78298938 . A G 1175.83 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0235;QD=60.2988;RBI=0.043704;REFB=0;REVB=-0.0284466;RO=0;SAF=19;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217694;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:59:19:0:0:59:19:0:0 chr17 78444161 . G A 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000884484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.897;QD=37.4176;RBI=0.0244622;REFB=-0.0159738;REVB=-0.0244462;RO=4;SAF=14;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920049;STB=0.550506;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00309832;OID=.;OPOS=78444161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:5:14:2:2:5:14:2:2 chr17 78444658 . T G 634.97 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514299;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1224;QD=61.9482;RBI=0.0540658;REFB=0;REVB=0.0166758;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322564;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr17 78445702 . A G 80.43 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00739593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.884;QD=4.28934;RBI=0.0306237;REFB=-0.00149625;REVB=-0.0297172;RO=61;SAF=5;SAR=9;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209963;STB=0.636515;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00991189;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:9:5:32:29:9:5:32:29 chr17 78820329 . C T 115.47 PASS AF=0.181034;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=116;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.00288874;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.424;QD=3.98181;RBI=0.0152227;REFB=-0.00328014;REVB=-0.0149461;RO=95;SAF=17;SAR=4;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451319;STB=0.792758;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0342357;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:95:95:21:21:0.181034:4:17:44:51:4:17:44:51 chr17 78865546 . T C 871.19 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.753;QD=56.206;RBI=0.033036;REFB=-0.0119798;REVB=0.0276203;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000532525;OID=.;OPOS=78865546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr17 78865630 . A G 919.81 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000792294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4499;QD=58.4008;RBI=0.0688528;REFB=0;REVB=-0.0688483;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488708;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr17 78919558 . C T 1683.39 PASS AF=0.79878;AO=131;DP=164;FAO=131;FDP=164;FR=.;FRO=33;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00383517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0154;QD=41.0584;RBI=0.0131269;REFB=-0.00265922;REVB=0.0125541;RO=33;SAF=68;SAR=63;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035901;STB=0.519081;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00069328;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:33:33:131:131:0.79878:63:68:14:19:63:68:14:19 chr17 78938134 . C T 1039.47 PASS AF=0.844444;AO=76;DP=90;FAO=76;FDP=90;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0388499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.829;QD=46.1986;RBI=0.0403914;REFB=-0.0199927;REVB=0.0110522;RO=14;SAF=42;SAR=34;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155262;STB=0.508262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00425948;OID=.;OPOS=78938134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:14:14:76:76:0.844444:34:42:7:7:34:42:7:7 chr17 78978285 . C T 115.9 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.922;QD=42.1435;RBI=0.0689144;REFB=0;REVB=0.0680707;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029548;OID=.;OPOS=78978285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 78978654 . A G 657.49 PASS AF=0.791045;AO=53;DP=70;FAO=53;FDP=67;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00394106;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.88;QD=39.2534;RBI=0.00457945;REFB=-0.0491837;REVB=0.00233225;RO=13;SAF=20;SAR=33;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174776;STB=0.586886;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00938305;OID=.;OPOS=78978654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:70:67:13:14:53:53:0.791045:33:20:11:2:33:20:11:3 chr17 79006850 . T C 798.16 PASS AF=0.777778;AO=61;DP=79;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00413433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.907;QD=39.4154;RBI=0.0286898;REFB=-0.0389101;REVB=0.0283903;RO=18;SAF=40;SAR=21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120354;STB=0.55713;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0100133;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:18:18:61:63:0.777778:21:40:7:11:23:40:7:11 chr17 79059230 . C T 2781.59 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129951;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.143;QD=62.8607;RBI=0.0213929;REFB=0;REVB=0.0169936;RO=0;SAF=73;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12066e-05;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:177:0:0:177:177:1:104:73:0:0:104:73:0:0 chr17 79077498 . C T 120.17 PASS AF=0.211765;AO=15;DP=88;FAO=18;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0146554;FXX=0.034087;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.123;QD=5.65498;RBI=0.0251344;REFB=-0.0127798;REVB=-0.0204195;RO=39;SAF=12;SAR=3;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171426;STB=0.697648;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0158157;OID=.;OPOS=79077498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:39:65:15:18:0.211765:3:12:27:12:4:14:36:29 chr17 79077808 . ATCCCT ATCCCCT,ATCCCTC,TCCCCT 40.22 PASS AF=0.291667,0.0833333,0.0416667;AO=6,3,2;DP=25;FAO=7,2,1;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3,2,1;FSAR=4,0,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0504051,-0.275959,0.0329061;FXX=0.039984;HRUN=3,0,3;LEN=1,1,2;MLLD=13.4805,32.1348,31.8521;QD=6.70332;RBI=0.113947,0.276081,0.0346046;REFB=-0.0734973,-0.0208089,-0.0955621;REVB=-0.102192,-0.00819287,-0.0107084;RO=12;SAF=3,3,1;SAR=3,0,1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.177981,0.590401,-0.175485;STB=0.68373,0.992568,0.985671;STBP=0.282,0.331,0.541;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.149663,0.130557,0.0384746;OID=.,.,.;OPOS=79077810,79077814,79077808;OREF=-,-,AT;OALT=C,C,TC;OMAPALT=ATCCCCT,ATCCCTC,TCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:25:24:12:14:6,3,2:7,2,1:0.291667,0.0833333,0.0416667:3,0,1:3,3,1:8:4:4,0,0:3,2,1:10:4 chr17 79082862 . G A 618.3 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8854;QD=60.322;RBI=0.0446221;REFB=0;REVB=0.0278312;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142145;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:36:41:1:22:14:0:0:25:16:0:0 chr17 79091103 . G T 430.67 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.161;QD=57.4225;RBI=0.0264036;REFB=0;REVB=0.0140396;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319355;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:13:12:0:0:14:16:0:0 chr17 79093822 . A G 374.41 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0065795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7616;QD=49.9213;RBI=0.00874821;REFB=0.0209662;REVB=-0.00576553;RO=2;SAF=9;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092715;STB=0.549963;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00705525;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:19:9:2:0:19:9:2:0 chr17 79095144 . G A 858.87 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.04;QD=54.5315;RBI=0.0663906;REFB=-0.0480823;REVB=0.0618654;RO=2;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428473;STB=0.52272;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0026452;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:21:40:0:2:21:40:0:2 chr17 79095629 . C A 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.503;QD=59.833;RBI=0.111813;REFB=0;REVB=0.0483545;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100679;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 79139473 . C G 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.24226e-05;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.143;QD=55.6971;RBI=0.0283751;REFB=0;REVB=0.0283751;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04337e-05;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr17 79140505 . C G 623.78 PASS AF=0.789474;AO=31;DP=58;FAO=45;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0254243;FXX=0.0172384;HRUN=7;LEN=1;MLLD=117.963;QD=43.7743;RBI=0.0371057;REFB=-0.18849;REVB=-0.0270266;RO=10;SAF=23;SAR=8;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979412;STB=0.50617;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0133698;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:57:10:6:31:45:0.789474:8:23:9:1:9:36:5:1 chr17 79154978 . A C 34.38 PASS AF=0.0574713;AO=18;DP=270;FAO=15;FDP=261;FR=.,HEALED;FRO=243;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=117;FSRR=126;FWDB=-0.10535;FXX=0.0113632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8625;QD=0.526839;RBI=0.110431;REFB=-0.00662349;REVB=-0.0331127;RO=214;SAF=17;SAR=1;SRF=88;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575263;STB=0.930795;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0955211;OID=.;OPOS=79154978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:270:261:214:243:18:15:0.0574713:1:17:88:126:1:14:117:126 chr17 79171967 . A G 888.28 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243865;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.18;QD=58.248;RBI=0.108249;REFB=0;REVB=-0.105466;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232259;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr17 79173184 . T C 548.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8307;QD=59.2658;RBI=0.0232021;REFB=0;REVB=0.00433258;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204607;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:11:26:0:0 chr17 79173223 . G GC 343.03 PASS AF=1;AO=9;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140038;FXX=0.0888691;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.5438;QD=33.4669;RBI=0.0141471;REFB=0;REVB=0.00200825;RO=36;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000303314;OID=.;OPOS=79173224;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:45:41:41:0:23:18:0:0:3:36:1:8:24:12 chr17 79173224 . T C,G 674.76 PASS AF=0.76087,0.23913;AO=35,11;DP=46;FAO=35,11;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=11,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000812044,-0.0441422;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.3114,169.419;QD=58.6749;RBI=0.0263604,0.0455249;REFB=0,0;REVB=0.0263479,0.0111348;RO=0;SAF=24,2;SAR=11,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.016139,0.162763;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:77:46:46:0:0:35,11:35,11:0.76087,0.23913:11,9:24,2:0:0:11,9:24,2:0:0 chr17 79174221 . T C 2840.14 PASS AF=1;AO=181;DP=185;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335155;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.294;QD=62.7655;RBI=0.034788;REFB=-0.0174497;REVB=0.009323;RO=1;SAF=61;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62642e-05;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:181:1:0:181:181:1:120:61:0:1:120:61:0:0 chr17 79182778 . T C 786.86 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00152125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4518;QD=55.2185;RBI=0.0298578;REFB=-0.00178151;REVB=0.029819;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000619591;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr17 79202955 . CT C,CC 634.24 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=7,34;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296166,0.0384937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.439,183.985;QD=60.4036;RBI=0.029757,0.0386631;REFB=0,0;REVB=0.00288702,0.00361581;RO=0;SAF=3,6;SAR=4,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.73777e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0202295,0.00315822;OID=.,.;OPOS=79202956,79202956;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:7,34:42:1,41:42:0:0,9:1,32:0:0:5:0:3,6:4,28:0:0 chr17 79219500 . AATG A 1378.62 PASS AF=0.875;AO=123;DP=160;FAO=133;FDP=152;FR=.;FRO=19;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0209176;FXX=0.0843323;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.87;QD=36.2795;RBI=0.0213279;REFB=0.0170284;REVB=-0.0041638;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.500944;STBP=0.958;TYPE=del;VARB=-0.00304187;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:123:160:133:152:19:62:71:9:10:36:0:49:74:0:0 chr17 79220224 . G C 795.41 PASS AF=0.983051;AO=46;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0918564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4674;QD=53.9258;RBI=0.19192;REFB=-0.13783;REVB=0.168511;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00701561;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:46:58:0.983051:25:21:0:1:32:26:0:1 chr17 79279017 . C G 66.1 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0332571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3766;QD=5.0845;RBI=0.0366747;REFB=-0.00811461;REVB=-0.0154594;RO=41;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401632;STB=0.759779;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0379238;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:41:42:10:10:0.192308:8:2:21:20:8:2:21:21 chr17 79409309 . A G 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354891;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.355;QD=38.0145;RBI=0.038565;REFB=0;REVB=-0.0384013;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110917;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 79427932 . G A 32.71 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0277294;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.55;QD=2.78389;RBI=0.0277717;REFB=-0.00506082;REVB=-0.00153219;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231221;STB=0.73823;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0179473;OID=.;OPOS=79427932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:47:35:41:6:6:0.12766:5:1:11:24:5:1:16:25 chr17 79477356 . C T 415.37 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00586277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6129;QD=27.6912;RBI=0.0676011;REFB=-0.0134235;REVB=0.0673464;RO=20;SAF=14;SAR=25;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124025;STB=0.560506;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.012353;OID=.;OPOS=79477356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:25:14:11:9:25:14:11:10 chr17 79478019 . G A 958.61 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.77;QD=57.2303;RBI=0.0125027;REFB=-0.107994;REVB=0.00718965;RO=1;SAF=44;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106189;STB=0.505616;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000553065;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:22:44:1:0:22:44:1:0 chr17 79507107 . CGGG CCGG,CGG,CGGC 442.59 PASS AF=0.277778,0.638889,0.0833333;AO=15,6,9;DP=31;FAO=10,23,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10,1;FSAR=8,13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132501,0.00995369,-0.0519931;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=17.3037,18.0658,8.1597;QD=49.1767;RBI=0.139326,0.0810481,0.0528108;REFB=0,0,0;REVB=0.0430725,0.0804345,0.00925767;RO=1;SAF=2,3,5;SAR=13,3,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0338159,0.123249,0.0984833;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0340211,-0.0113209,0.0992156;OID=.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCGG,CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.277778,0.638889,0.0833333:15,6,9:31:10,23,3:36:0:2,10,1:8,13,2:0:0:25:1:2,3,5:13,3,4:0:1 chr17 79507170 . T C 323.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.203;QD=53.926;RBI=0.0568265;REFB=0;REVB=0.0548751;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179104;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:9:15:0:0 chr17 79508400 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.159;QD=63.2861;RBI=0.0212997;REFB=0;REVB=0.0118792;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07488e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr17 79511135 . A G 1157.41 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.526;QD=59.3546;RBI=0.013131;REFB=0.0206737;REVB=-0.00652665;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000371598;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:1:0:40:37:1:0 chr17 79514129 . G A 248.77 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.352;QD=45.2313;RBI=0.033082;REFB=-0.062466;REVB=0.0292418;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00140447;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:22:1:1:20:21:0.954545:11:9:1:0:11:10:1:0 chr17 79514832 . G A 752.68 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.723;QD=55.7539;RBI=0.0335395;REFB=0;REVB=0.0306624;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152073;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:29:24:0:1:30:24:0:0 chr17 79525118 . T G 674.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490662;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.35;QD=62.7529;RBI=0.00653873;REFB=0;REVB=0.00432204;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267364;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr17 79589242 . G A 1552.78 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027423;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.428;QD=58.5956;RBI=0.0331289;REFB=-0.104416;REVB=0.0185876;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304071;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:0:105:106:1:50:55:1:0:50:56:0:0 chr17 79596811 . C T 661.3 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00929433;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.72;QD=60.1185;RBI=0.0271796;REFB=-0.0739468;REVB=0.025541;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323574;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=4.40374e-05;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:29:14:1:0:29:14:1:0 chr17 79609410 . G T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.478;QD=53.9315;RBI=0.0512695;REFB=-0.119232;REVB=0.0170346;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00340592;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:21:8:0:1:21:9:0:1 chr17 79612160 . C CT 1253.4 PASS AF=1;AO=9;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643605;FXX=0.0224694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.209;QD=57.6274;RBI=0.0872698;REFB=0;REVB=-0.0589385;RO=78;SAF=7;SAR=2;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00574774;OID=.;OPOS=79612161;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:87:87:87:0:58:29:0:0:7:78:7:2:49:29 chr17 79612161 . C T 1071.83 PASS AF=0.875;AO=77;DP=89;FAO=77;FDP=88;FR=.;FRO=11;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0077315;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.818;QD=48.7195;RBI=0.0427653;REFB=-0.136677;REVB=0.0420607;RO=11;SAF=49;SAR=28;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468911;STB=0.524881;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00158487;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:89:88:11:11:77:77:0.875:28:49:9:2:28:49:9:2 chr17 79612333 . G A 302.56 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.04;QD=52.6196;RBI=0.0712508;REFB=0;REVB=0.0705382;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186292;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:8:10:0:0:9:14:0:0 chr17 79612382 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3323;QD=47.8108;RBI=0.057836;REFB=0;REVB=0.0163535;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152774;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr17 79612397 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.892;QD=44.6897;RBI=0.038388;REFB=0;REVB=-0.0342621;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000821211;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr17 79612413 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.524;QD=56.7063;RBI=0.0484109;REFB=0;REVB=0.0302017;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19251e-05;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr17 79612443 . T C 541.36 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828313;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.1;QD=60.1515;RBI=0.0160829;REFB=0;REVB=0.0137858;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637563;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:32:36:1:22:10:0:0:25:11:0:0 chr17 79614481 . A G 239.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.964;QD=50.335;RBI=0.0628563;REFB=0;REVB=0.0551597;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353727;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr17 79614931 . TTTAAC T,TT 255.4 PASS AF=0,0.958333;AO=3,19;DP=27;FAO=0,23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00874961,0.0133302;FXX=0.142806;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=189.554,206.584;QD=42.5672;RBI=0.0379934,0.0336758;REFB=-0.0297966,-0.0298412;REVB=-0.0369722,-0.0309251;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.533304;STBP=1,0.256;TYPE=del,del;VARB=0,0.00107567;OID=.,.;OPOS=79614932,79614933;OREF=TTAAC,TAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.958333:3,19:27:0,23:24:1:0,16:0,7:0:1:4:0:3,12:0,7:0:0 chr17 79637349 . T C,G 2142.06 PASS AF=0.935252,0.0647482;AO=129,10;DP=139;FAO=130,9;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65,7;FSAR=65,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257759,-0.0346523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.433,178.424;QD=61.6421;RBI=0.0258992,0.0351604;REFB=0,0;REVB=-0.00252419,-0.00595594;RO=0;SAF=64,8;SAR=65,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.05633e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000582331,0.0416428;OID=.,.;OPOS=79637349,79637349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:139:139:0:0:129,10:130,9:0.935252,0.0647482:65,2:64,8:0:0:65,2:65,7:0:0 chr17 79660569 . GCCCCCCGA GCCCCCGAC 31.77 PASS AF=0.142857;AO=3;DP=34;FAO=5;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0836174;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=3;MLLD=56.4391;QD=3.63129;RBI=0.142717;REFB=-0.0217251;REVB=0.115656;RO=19;SAF=0;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590079;STB=0.766002;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=0.181762;OID=.;OPOS=79660575;OREF=CGA;OALT=GAC;OMAPALT=GCCCCCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:3:34:5:35:26:1:4:13:13:18:19:0:3:9:10 chr17 79682558 . T C 59.73 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0557735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.411;QD=2.81077;RBI=0.0575858;REFB=-0.00724897;REVB=-0.0143331;RO=72;SAF=9;SAR=3;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141713;STB=0.595575;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0440054;OID=.;OPOS=79682558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:72:73:12:12:0.141176:3:9:47:25:3:9:48:25 chr17 79825897 . A G 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362495;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.364;QD=56.2291;RBI=0.0430836;REFB=0;REVB=0.0232846;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187769;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr17 79826124 . C CG 106.5 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0868906;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.3035;QD=10.3904;RBI=0.0870396;REFB=-0.0172846;REVB=-0.00509012;RO=23;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702843;STB=0.836172;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.183406;OID=.;OPOS=79826125;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:17:41:18:41:23:16:2:9:14:99:23:16:1:8:15 chr17 79872241 . A G 804.37 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.941;QD=55.4738;RBI=0.0442428;REFB=-0.187458;REVB=0.0181458;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192399;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000560321;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:56:57:0.982759:24:32:0:1:24:33:0:1 chr17 79891147 . T C 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.632;QD=57.8814;RBI=0.0562867;REFB=0;REVB=-0.0533039;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149163;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr17 79892901 . C T 186.04 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0125781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0222;QD=7.15548;RBI=0.0401576;REFB=-0.0172408;REVB=-0.0381369;RO=77;SAF=17;SAR=10;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122705;STB=0.5741;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0479482;OID=.;OPOS=79892901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:10:17:41:36:10:17:41:36 chr17 79954543 . CTG CAG,GCA 1247.15 PASS AF=0.804878,0;AO=71,6;DP=124;FAO=99,0;FDP=123;FR=.;FRO=24;FSAF=32,0;FSAR=67,0;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0108778,0.00570468;FXX=0.0159987;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=134.223,200.06;QD=40.5579;RBI=0.0563141,0.00779393;REFB=-0.00701202,-0.0116493;REVB=0.0552535,-0.00531055;RO=16;SAF=19,6;SAR=52,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121468,0.713886;STB=0.547078,0.5;STBP=0.049,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00447899,0.000552487;OID=.,.;OPOS=79954544,79954543;OREF=T,CTG;OALT=A,GCA;OMAPALT=CAG,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:16:24:71,6:99,0:0.804878,0:52,0:19,6:9:7:67,0:32,0:13:11 chr17 79974731 . T C 373.23 PASS AF=0.75;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0189774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.358;QD=37.3228;RBI=0.0402278;REFB=-0.0346374;REVB=0.0354702;RO=10;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888639;STB=0.541918;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00886048;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:40:10:10:29:30:0.75:17:12:6:4:17:13:6:4 chr17 79980756 . C A 625.9 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0499271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.098;QD=52.1579;RBI=0.0731061;REFB=-0.132153;REVB=0.0534022;RO=5;SAF=10;SAR=33;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141685;STB=0.576022;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0191001;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:48:48:5:5:43:43:0.895833:33:10:4:1:33:10:4:1 chr17 80006957 . A C 653.12 PASS AF=0.828125;AO=52;DP=64;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000175759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.253;QD=40.8199;RBI=0.00179829;REFB=-0.0559193;REVB=0.00178968;RO=10;SAF=33;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431957;STB=0.51776;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00995925;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:10:11:52:53:0.828125:19:33:5:5:19:34:6:5 chr17 80013235 . A G 2235.54 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.724;QD=63.4197;RBI=0.048939;REFB=0;REVB=-0.00434751;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91432e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chr17 80045086 . G C 372.46 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.067412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5541;QD=37.2459;RBI=0.0712756;REFB=0.000189687;REVB=0.023148;RO=10;SAF=17;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771552;STB=0.541918;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.000985499;OID=.;OPOS=80045086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:13:17:4:6:13:17:4:6 chr17 80099639 . C A 836.47 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00562567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.893;QD=55.765;RBI=0.0577819;REFB=0.0247589;REVB=-0.0575074;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00259644;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:28:31:0:0:28:31:1:0 chr17 80103737 . T C 982.33 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00931741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.674;QD=56.1329;RBI=0.0302673;REFB=-0.0315644;REVB=0.0287975;RO=2;SAF=14;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000212413;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:54:14:0:2:54:14:0:2 chr17 80136418 . C T 699.42 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.078545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4884;QD=54.8567;RBI=0.0966622;REFB=-0.0246742;REVB=0.0563405;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00180779;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:49:50:0.980392:27:22:0:0:27:23:0:1 chr17 80151881 . G A 2147.13 PASS AF=0.985816;AO=137;DP=142;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127909;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.03;QD=60.9115;RBI=0.062615;REFB=-0.0348057;REVB=0.0612946;RO=2;SAF=84;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325895;STB=0.501783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00141976;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:141:2:2:137:139:0.985816:53:84:1:1:53:86:1:1 chr17 80159566 . T C 816.51 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0640446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0181;QD=55.3568;RBI=0.0652859;REFB=0.0111682;REVB=-0.0126701;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254817;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00358193;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:40:18:1:0:40:18:1:0 chr17 80195581 . G GC 523.19 PASS AF=1;AO=6;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780192;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.5153;QD=48.6691;RBI=0.080271;REFB=0;REVB=0.0188794;RO=38;SAF=0;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000378554;OID=.;OPOS=80195582;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:45:43:43:0:19:24:0:0:4:38:0:6:20:18 chr17 80195582 . T C 523.69 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0157145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.533;QD=46.5501;RBI=0.0197674;REFB=-0.120922;REVB=0.0119919;RO=7;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158986;STB=0.585321;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00361466;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:7:7:38:38:0.844444:17:21:0:7:17:21:0:7 chr17 80320561 . G A 53.98 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=76;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0697208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.746;QD=2.80426;RBI=0.0799839;REFB=-0.00363829;REVB=0.0391973;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149793;STB=0.630094;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0651242;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:76:77:65:66:10:11:0.142857:4:6:31:34:4:7:32:34 chr17 80350331 . G A 205.81 PASS AF=0.181818;AO=38;DP=211;FAO=38;FDP=209;FR=.;FRO=171;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=83;FWDB=0.0296515;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0728;QD=3.93898;RBI=0.0363492;REFB=-0.0096036;REVB=0.0210251;RO=172;SAF=28;SAR=10;SRF=87;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308892;STB=0.691712;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0586908;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:172:171:38:38:0.181818:10:28:87:85:10:28:88:83 chr17 80373452 . C T 71.67 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0526596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8945;QD=3.82241;RBI=0.0528373;REFB=-0.0245308;REVB=0.0043295;RO=61;SAF=6;SAR=7;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119256;STB=0.57132;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.117798;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:74:75:61:62:13:13:0.173333:7:6:34:27:7:6:34:28 chr17 80391684 . A G 155.52 PASS AF=0.216667;AO=26;DP=120;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.102355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8836;QD=5.1841;RBI=0.110239;REFB=-0.0132092;REVB=-0.0409388;RO=93;SAF=6;SAR=20;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203178;STB=0.633582;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0386519;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:93:94:26:26:0.216667:20:6:34:59:20:6:35:59 chr17 80394530 . G T 43.79 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0361307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.394;QD=6.25553;RBI=0.0759168;REFB=-0.0173896;REVB=0.0667678;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203368;STB=0.651721;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0482279;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:5:2:9:11:5:2:10:11 chr17 80573681 . A G 283.62 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00116755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7145;QD=36.5959;RBI=0.0254643;REFB=-0.0430344;REVB=0.0254375;RO=6;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312849;STB=0.535489;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0105654;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:6:7:24:24:0.774194:10:14:3:3:10:14:3:4 chr17 80575231 . G A 62.69 PASS AF=0.13;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00449707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.441;QD=2.50759;RBI=0.00480157;REFB=-0.00127202;REVB=0.00168268;RO=87;SAF=6;SAR=7;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967503;STB=0.568043;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00848071;OID=.;OPOS=80575231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:100:87:87:13:13:0.13:7:6:47:40:7:6:47:40 chr17 80614933 . T C 34.17 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0303232;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5772;QD=3.59665;RBI=0.0575496;REFB=0.00866879;REVB=-0.0489127;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146684;STB=0.550858;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0600762;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:38:30:32:6:6:0.157895:2:4:23:7:2:4:23:9 chr17 80615040 . A C 817.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.327;QD=57.3739;RBI=0.0701097;REFB=0;REVB=-0.0114495;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176171;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr17 80674643 . C G 614.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580823;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.43;QD=61.4239;RBI=0.0801039;REFB=0;REVB=-0.0798931;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344699;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr17 80696410 . A C,G 580.53 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=36,3;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175329,-0.0238327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.321,118.727;QD=59.541;RBI=0.0315161,0.0295409;REFB=0,0;REVB=0.026189,0.0174548;RO=0;SAF=17,2;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000396,0.0990431;OID=.,.;OPOS=80696410,80696410;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:39:39:0:0:36,3:37,2:0.948718,0.0512821:19,1:17,2:0:0:20,0:17,2:0:0 chr17 80700592 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.664;QD=60.2046;RBI=0.0653508;REFB=0;REVB=0.00867587;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82472e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr17 80706928 . G A 208.61 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0328905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.456;QD=33.3773;RBI=0.0330458;REFB=0.00210868;REVB=0.00320002;RO=6;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395441;STB=0.521716;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00100647;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:8:11:4:2:8:11:4:2 chr17 80708601 . C G 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00106442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.426;QD=45.3481;RBI=0.0123698;REFB=-0.0386237;REVB=0.0123239;RO=3;SAF=10;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593321;STB=0.519217;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0024202;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:3:4:28:28:0.875:18:10:2:1:18:10:2:2 chr17 80789628 . T C 279.34 PASS AF=0.742857;AO=23;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0160606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2781;QD=31.9242;RBI=0.0333987;REFB=-0.0113245;REVB=0.0292836;RO=9;SAF=18;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277371;STB=0.657984;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0149011;OID=.;OPOS=80789628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:35:9:9:23:26:0.742857:5:18:3:6:5:21:3:6 chr17 80887451 . A G 68.44 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0436467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.924;QD=3.29835;RBI=0.0562988;REFB=-0.0139899;REVB=-0.0355601;RO=70;SAF=6;SAR=7;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208175;STB=0.638485;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0495727;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:7:6:44:26:7:6:44:26 chr17 80895745 . T C 162.89 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=114;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0152666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.346;QD=5.7155;RBI=0.0186755;REFB=-0.00505499;REVB=0.0107566;RO=87;SAF=14;SAR=12;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222958;STB=0.505431;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0193598;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:87:88:26:26:0.22807:12:14:47:40:12:14:48:40 chr17 80895769 . A G 117.82 PASS AF=0.185841;AO=21;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.00815667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2299;QD=4.17069;RBI=0.0559169;REFB=0.000746927;REVB=-0.0553188;RO=92;SAF=12;SAR=9;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00604209;STB=0.503872;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00560868;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:92:92:21:21:0.185841:9:12:53:39:9:12:53:39 chr17 80895933 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.022979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.519;QD=8.69142;RBI=0.0255707;REFB=-0.0242556;REVB=0.0112173;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0556765;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:10:7:4:4:10:7 chr17 80923536 . C T 208.45 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.122115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5184;QD=25.267;RBI=0.133056;REFB=-0.0770106;REVB=0.0528371;RO=13;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117913;STB=0.565968;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.053263;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:5:15:8:5:5:15:8:5 chr17 80992932 . A C 72.24 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0182004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.075;QD=3.07395;RBI=0.0298774;REFB=-0.00157339;REVB=-0.023694;RO=78;SAF=3;SAR=11;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384132;STB=0.75521;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0173928;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:78:80:14:14:0.148936:11:3:40:38:11:3:40:40 chr17 81006629 . C T 75.74 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0104352;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.706;QD=3.52268;RBI=0.0129463;REFB=-0.00129278;REVB=-0.00766237;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34684;STB=0.714001;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00574301;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:86:70:72:14:14:0.162791:9:5:45:25:9:5:45:27 chr17 81043039 . A G 314.16 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.895;QD=52.3606;RBI=0.0549339;REFB=0;REVB=0.0375285;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58229e-06;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:21:24:1:14:7:0:0:17:7:0:0 chr17 81050982 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.577;QD=58.4193;RBI=0.0585632;REFB=0;REVB=0.0452565;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211507;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr18 48104 . T C 80.42 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.016735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.54;QD=4.2888;RBI=0.0646246;REFB=0.000141926;REVB=0.0624202;RO=60;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271699;STB=0.511611;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00271883;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:60:61:14:14:0.186667:8:6:27:33:8:6:27:34 chr18 224131 . G A 837.37 PASS AF=0.68;AO=68;DP=99;FAO=68;FDP=100;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00568731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.768;QD=33.4946;RBI=0.00691802;REFB=-0.0575734;REVB=-0.00393873;RO=29;SAF=27;SAR=41;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715019;STB=0.539315;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0204557;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:29:32:68:68:0.68:41:27:8:21:41:27:9:23 chr18 252559 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.798;QD=62.9811;RBI=0.0187349;REFB=0;REVB=-0.00685693;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89797e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr18 319446 . C A 2140.94 PASS AF=0.980132;AO=137;DP=140;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0819102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9202;QD=56.7137;RBI=0.094379;REFB=-0.0792895;REVB=0.0468841;RO=3;SAF=66;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060536;STB=0.503045;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00269512;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:140:151:3:3:137:148:0.980132:71:66:1:2:76:72:1:2 chr18 334758 . T C 1533.44 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107558;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.386;QD=58.4167;RBI=0.0511577;REFB=0;REVB=0.0500142;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288349;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:105:0:0:97:105:1:61:36:0:0:64:41:0:0 chr18 334994 . A G 118.17 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=20;FWDB=-0.0283628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.787;QD=5.02862;RBI=0.0288247;REFB=-0.00852735;REVB=-0.00513968;RO=72;SAF=14;SAR=5;SRF=55;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452304;STB=0.503593;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0347398;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:75:19:19:0.202128:5:14:55:17:5:14:55:20 chr18 346821 . C T 1047.37 PASS AF=0.795918;AO=78;DP=98;FAO=78;FDP=98;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0016475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0104;QD=42.7499;RBI=0.00441635;REFB=-0.0304703;REVB=-0.00409754;RO=20;SAF=27;SAR=51;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225626;STB=0.512045;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00787535;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:20:20:78:78:0.795918:51:27:8:12:51:27:8:12 chr18 580623 . T C 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0271235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4322;QD=7.32311;RBI=0.027213;REFB=0.00318325;REVB=0.00220531;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279695;STB=0.658351;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0157506;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:43:44:16:16:0.266667:7:9:14:29:7:9:15:29 chr18 581201 . T A 155.51 PASS AF=0.168539;AO=30;DP=177;FAO=30;FDP=178;FR=.;FRO=148;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=0.0583202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5119;QD=3.49458;RBI=0.0646533;REFB=0.00450339;REVB=0.0279071;RO=147;SAF=19;SAR=11;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151632;STB=0.595956;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0168903;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:147:148:30:30:0.168539:11:19:76:71:11:19:77:71 chr18 581203 . TT GA 148.48 PASS AF=0.165714;AO=29;DP=175;FAO=29;FDP=175;FR=.;FRO=146;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=0.00850734;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.459;QD=3.39382;RBI=0.0122333;REFB=-8.60472e-05;REVB=-0.00879081;RO=145;SAF=19;SAR=10;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171982;STB=0.615304;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=0.000292107;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:145:146:29:29:0.165714:10:19:76:69:10:19:76:70 chr18 586700 . T C 557.29 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0432296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5392;QD=28.2174;RBI=0.0433967;REFB=-0.010379;REVB=-0.00380511;RO=29;SAF=28;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525068;STB=0.52856;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00718557;OID=.;OPOS=586700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:29:50:50:0.632911:22:28:14:15:22:28:14:15 chr18 586714 . A G 414.37 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00121997;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.422;QD=24.0212;RBI=0.00696295;REFB=-0.0189875;REVB=-0.00685524;RO=29;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594952;STB=0.503266;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0141796;OID=.;OPOS=586714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:29:29:40:40:0.57971:21:19:14:15:21:19:14:15 chr18 586736 . C T 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.838;QD=57.2352;RBI=0.0196082;REFB=0;REVB=-0.0159882;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72761e-05;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr18 658064 . G C 620.05 PASS AF=0.589474;AO=55;DP=94;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=4;FWDB=-0.00105202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.563;QD=26.1074;RBI=0.0157964;REFB=-0.0199659;REVB=-0.0157613;RO=38;SAF=27;SAR=28;SRF=34;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303217;STB=0.674225;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0168821;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:38:39:55:56:0.589474:28:27:34:4:30:26:35:4 chr18 722009 . TAA T 257.13 PASS AF=0.673913;AO=29;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0121;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.226;QD=22.359;RBI=0.0128685;REFB=-0.0195304;REVB=0.0043805;RO=15;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754768;STB=0.537671;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.0108066;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673913:29:46:31:46:15:13:18:8:7:79:15:12:17:8:7 chr18 722402 . T C 250.11 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.033151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.999;QD=26.3269;RBI=0.0511851;REFB=-0.068786;REVB=0.038999;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124332;STB=0.568663;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0226149;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:13:10:4:11:13:10:4:11 chr18 724612 . A G 428.75 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2848;QD=57.1671;RBI=0.0513499;REFB=0;REVB=0.0485964;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080294;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr18 907675 . G A 198.64 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00124981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5085;QD=9.34802;RBI=0.0177479;REFB=-0.0319168;REVB=0.0177038;RO=59;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479076;STB=0.52828;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0619348;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:26:26:0.305882:16:10:25:34:16:10:25:34 chr18 907710 . A G 452.67 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.000679397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3833;QD=27.8564;RBI=0.00224532;REFB=0.00114774;REVB=0.00214007;RO=23;SAF=14;SAR=28;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540924;STB=0.529398;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00061338;OID=.;OPOS=907710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:28:14:6:17:28:14:6:17 chr18 2538644 . G A 275.73 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00654667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8418;QD=25.6488;RBI=0.0109605;REFB=-0.0184139;REVB=0.00879052;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264738;STB=0.632923;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00607895;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:24:25:0.581395:15:9:13:5:15:10:13:5 chr18 2539016 . C G 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00488252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5975;QD=61.5098;RBI=0.0572567;REFB=-0.104632;REVB=0.0570481;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.507039;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00258076;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:35:13:0:0:35:13:0:1 chr18 2547500 . G T 49.04 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.00495244;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.646;QD=2.04327;RBI=0.0324839;REFB=4.95665e-05;REVB=0.0321041;RO=86;SAF=4;SAR=7;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403595;STB=0.534074;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.000144482;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:97:96:86:85:11:11:0.114583:7:4:34:52:7:4:34:51 chr18 2578995 . G A 931.66 PASS AF=0.757895;AO=72;DP=95;FAO=72;FDP=95;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0192065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.681;QD=39.2279;RBI=0.0206592;REFB=-0.0272159;REVB=0.0076102;RO=23;SAF=32;SAR=40;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939991;STB=0.550337;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00775397;OID=.;OPOS=2578995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:23:23:72:72:0.757895:40:32:15:8:40:32:15:8 chr18 2595443 . G T 374.56 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0167099;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8296;QD=24.1653;RBI=0.0407789;REFB=-0.0257953;REVB=0.0371981;RO=24;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613913;STB=0.524216;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0194213;OID=.;OPOS=2595443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:25:37:37:0.596774:20:17:9:15:20:17:10:15 chr18 2616457 . G C 327.84 PASS AF=0.239437;AO=51;DP=213;FAO=51;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.0101642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.818;QD=6.15667;RBI=0.0161201;REFB=-0.00996374;REVB=0.0125118;RO=160;SAF=28;SAR=23;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108698;STB=0.565216;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0268423;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:160:162:51:51:0.239437:23:28:74:86:23:28:75:87 chr18 2705700 . A G 369.43 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4243;QD=54.7309;RBI=0.0192432;REFB=0;REVB=-0.00136286;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290571;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr18 2707619 . G A 1524.52 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.124;QD=63.5219;RBI=0.0224765;REFB=0;REVB=-0.0019459;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2957e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:45:50:0:0:45:51:0:0 chr18 2724930 . A T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.04;QD=62.349;RBI=0.0416128;REFB=0;REVB=-0.0363371;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1439e-05;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr18 2763697 . C T 1573.9 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.922;QD=63.5918;RBI=0.0198685;REFB=0;REVB=0.0166035;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44392e-06;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:92:99:1:39:53:0:0:45:54:0:0 chr18 2778979 . G T 1011.54 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.110757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0741;QD=57.8025;RBI=0.110927;REFB=-0.0669209;REVB=-0.00614706;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00950408;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr18 2891847 . C T 448.86 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0310612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.387;QD=37.4052;RBI=0.031089;REFB=-0.0213939;REVB=0.00131411;RO=13;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789928;STB=0.542833;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00391971;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:19:16:8:5:19:16:8:5 chr18 2909700 . C T 108.53 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0149205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6364;QD=4.61808;RBI=0.03475;REFB=-0.00282692;REVB=-0.0313837;RO=76;SAF=13;SAR=5;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318205;STB=0.704588;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0142139;OID=.;OPOS=2909700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:5:13:36:40:5:13:36:40 chr18 2913431 . T C 743.3 PASS AF=0.650485;AO=67;DP=106;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0219774;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5872;QD=28.8659;RBI=0.0250221;REFB=0.0258577;REVB=0.0119625;RO=35;SAF=25;SAR=42;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560585;STB=0.526276;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0083552;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:35:36:67:67:0.650485:42:25:16:19:42:25:16:20 chr18 2914073 . TA T 136.7 PASS AF=0.6875;AO=19;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0511508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0831;QD=17.0874;RBI=0.0539962;REFB=-0.0403664;REVB=0.017297;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196231;STB=0.636753;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0351349;OID=.;OPOS=2914074;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:19:32:22:32:10:12:10:1:9:57:11:9:10:2:9 chr18 2920288 . G A 106.8 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.0107684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.208;QD=6.78124;RBI=0.0128386;REFB=-0.00244863;REVB=-0.00699087;RO=47;SAF=14;SAR=2;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262132;STB=0.66642;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00762019;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:2:14:35:12:2:14:35:12 chr18 2946163 . G A 2971.66 PASS AF=0.984456;AO=188;DP=191;FAO=190;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=110;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0128529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.41;QD=61.5888;RBI=0.0202673;REFB=-0.0257854;REVB=0.0156705;RO=2;SAF=108;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152613;STB=0.501399;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000180541;OID=.;OPOS=2946163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:193:2:3:188:190:0.984456:80:108:1:1:80:110:2:1 chr18 2946291 . C T 1916.65 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0362178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4597;QD=60.8461;RBI=0.0676915;REFB=-0.049182;REVB=-0.0571875;RO=1;SAF=53;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888041;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00150892;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:72:53:1:0:72:53:1:0 chr18 3025464 . A G 1293.77 PASS AF=0.947917;AO=84;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.14865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.681;QD=53.9071;RBI=0.149227;REFB=-0.203473;REVB=-0.0131062;RO=10;SAF=37;SAR=47;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072483;STB=0.50607;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00507126;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:96:96:10:5:84:91:0.947917:47:37:8:2:47:44:3:2 chr18 3067278 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00706573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.077;QD=15.1962;RBI=0.075226;REFB=-0.0148182;REVB=-0.0748934;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192366;STB=0.610988;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0196213;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:11:15:7:11:11:15 chr18 3075503 . C A,CAAA 826.88 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=4,53;DP=63;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0974111,0.00134399;FXX=0.0645057;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=51.4745,233.773;QD=57.0264;RBI=0.0983514,0.0244896;REFB=0,0;REVB=0.0135672,0.0244527;RO=5;SAF=4,30;SAR=0,23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.732272,0.0272509;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.15839,0.00118085;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:63:58:5:0:4,53:3,55:0.0517241,0.948276:0,23:4,30:2:3:0,23:3,32:0:0 chr18 3075712 . C A 68.42 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0291762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1472;QD=3.29726;RBI=0.0358762;REFB=-0.00619238;REVB=-0.0208771;RO=70;SAF=6;SAR=7;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480042;STB=0.532418;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0315588;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:7:6:35:35:7:6:35:35 chr18 3075746 . G A 56.4 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.109404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6135;QD=3.04873;RBI=0.109644;REFB=-0.0113177;REVB=0.00725974;RO=63;SAF=4;SAR=7;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122375;STB=0.584653;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0637597;OID=.;OPOS=3075746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:7:4:29:34:7:4:29:34 chr18 3075778 . A C 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.000390345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.707;QD=2.93558;RBI=0.00617625;REFB=-0.00342499;REVB=-0.00616391;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101481;STB=0.572834;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0295014;OID=.;OPOS=3075778;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:4:3:16:30:4:3:16:30 chr18 3089522 . G T 905.88 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.379;QD=56.6175;RBI=0.0289223;REFB=0.0715681;REVB=-0.00434949;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00188944;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:0:1:27:36:0:1 chr18 3126811 . A G 177.23 PASS AF=0.229508;AO=28;DP=123;FAO=28;FDP=122;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0304867;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.055;QD=5.81077;RBI=0.0304999;REFB=-0.00375842;REVB=0.000896295;RO=91;SAF=16;SAR=12;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110114;STB=0.571378;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0180926;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:91:94:28:28:0.229508:12:16:44:47:12:16:45:49 chr18 3126888 . T C 93.36 PASS AF=0.197531;AO=15;DP=80;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00856432;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5056;QD=4.61044;RBI=0.00981724;REFB=-0.00654544;REVB=-0.00479904;RO=61;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133488;STB=0.543156;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00879591;OID=.;OPOS=3126888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:80:81:61:65:15:16:0.197531:7:8:26:35:8:8:29:36 chr18 3176040 . C G 1022.7 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463189;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.359;QD=59.2868;RBI=0.0224217;REFB=0;REVB=0.0219381;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08845e-07;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:37:32:0:0 chr18 3188976 . A G 1558.62 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343243;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.194;QD=58.8159;RBI=0.042652;REFB=-0.0462528;REVB=0.0253187;RO=2;SAF=33;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307744;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:106:2:0:102:106:1:69:33:0:2:71:35:0:0 chr18 3571217 . T C 566.83 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0037836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9093;QD=35.989;RBI=0.0591568;REFB=-0.0246455;REVB=0.0590357;RO=13;SAF=32;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120211;STB=0.584233;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00665804;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:63:63:13:15:48:48:0.761905:16:32:5:8:16:32:5:10 chr18 3597864 . A G 436.68 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.031229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.828;QD=32.3468;RBI=0.0314029;REFB=0.00861466;REVB=0.00330001;RO=14;SAF=23;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269428;STB=0.522244;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00377893;OID=.;OPOS=3597864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:15:39:39:0.722222:16:23:9:5:16:23:10:5 chr18 5233105 . C G 263.37 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0262169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.9122;QD=27.0119;RBI=0.0527409;REFB=-0.0390392;REVB=-0.0457632;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189602;STB=0.604566;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0196631;OID=.;OPOS=5233105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:4:11:11:13:4:11 chr18 5237575 . G T 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0155037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2975;QD=17.5401;RBI=0.0200878;REFB=0.010139;REVB=-0.0127732;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.552561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.024983;OID=.;OPOS=5237575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:9:6:8:7:9:6:8:8 chr18 5237612 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0225447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.203;QD=18.2489;RBI=0.0334044;REFB=-0.0326126;REVB=0.0246494;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0215399;OID=.;OPOS=5237612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:6:6:9:4:6:6 chr18 5292030 . A G 535.8 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0190037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3337;QD=26.4592;RBI=0.0208875;REFB=0.0218273;REVB=0.00866881;RO=31;SAF=25;SAR=24;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421217;STB=0.504031;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0139259;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:32:49:49:0.604938:24:25:16:15:24:25:16:16 chr18 5396258 . G A 726.94 PASS AF=0.647059;AO=66;DP=103;FAO=66;FDP=102;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000516091;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.828;QD=28.5076;RBI=0.00150259;REFB=-0.00371012;REVB=0.00141117;RO=35;SAF=21;SAR=45;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983956;STB=0.559903;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00281716;OID=.;OPOS=5396258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:35:36:66:66:0.647059:45:21:16:19:45:21:17:19 chr18 5397378 . G A 519.56 PASS AF=0.785714;AO=44;DP=56;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0400378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4865;QD=37.1116;RBI=0.0462471;REFB=-0.00291492;REVB=0.0231467;RO=12;SAF=22;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944128;OID=.;OPOS=5397378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:12:12:44:44:0.785714:22:22:6:6:22:22:6:6 chr18 5410574 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.778;QD=58.9622;RBI=0.0219353;REFB=0;REVB=1.00716e-05;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99832e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr18 5630531 . G A 1491.35 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=114;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0316593;FXX=0.0175423;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.447;QD=53.2627;RBI=0.0399579;REFB=-0.0477661;REVB=0.0243788;RO=7;SAF=57;SAR=48;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034074;STB=0.501799;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00135082;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:114:112:7:7:105:105:0.9375:48:57:4:3:48:57:4:3 chr18 5960165 . G A 1371.53 PASS AF=0.672414;AO=117;DP=173;FAO=117;FDP=174;FR=.;FRO=57;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00720023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.074;QD=31.5295;RBI=0.0206567;REFB=-0.0415053;REVB=-0.0193611;RO=56;SAF=56;SAR=61;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558889;STB=0.532824;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0200493;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:56:57:117:117:0.672414:61:56:32:24:61:56:33:24 chr18 6046717 . T C 1520.39 PASS AF=0.725146;AO=124;DP=174;FAO=124;FDP=171;FR=.;FRO=47;FSAF=85;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00551382;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9837;QD=35.5647;RBI=0.0111828;REFB=-0.0117167;REVB=0.00972892;RO=45;SAF=85;SAR=39;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154498;STB=0.584029;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00286947;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:171:45:47:124:124:0.725146:39:85:18:27:39:85:19:28 chr18 6455000 . C T 1120.87 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.397;QD=58.9929;RBI=0.0313538;REFB=-0.133709;REVB=0.0290076;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000951507;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:38:37:0:0:38:37:0:1 chr18 6455037 . T C 1096.08 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287749;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.938;QD=60.059;RBI=0.0473136;REFB=0;REVB=0.0375577;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203511;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr18 6887193 . C A 356.09 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0132339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2558;QD=16.5623;RBI=0.0277676;REFB=-0.0105217;REVB=-0.0244111;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14306;STB=0.580602;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0129016;OID=.;OPOS=6887193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:13:25:25:23:13:25:25:23 chr18 6928138 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.519;QD=57.2024;RBI=0.0332799;REFB=0;REVB=-0.0297566;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93845e-05;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr18 6928180 . G T 348.03 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.043099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.087;QD=51.5596;RBI=0.0563626;REFB=-0.185291;REVB=-0.036321;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00320935;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr18 6943264 . G A 1713.21 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.385;QD=60.6445;RBI=0.0384572;REFB=0;REVB=0.0136935;RO=0;SAF=31;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50401e-05;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:81:31:0:0:82:31:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 108.28 PASS AF=0.325;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0324156;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=12;MLLD=338.476;QD=10.8275;RBI=0.0346511;REFB=-0.00358847;REVB=0.0122445;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.563122;STBP=0.584;TYPE=del;VARB=0.00825108;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:13:34:13:40:27:7:6:12:15:99:12:7:6:4:8 chr18 6980523 . T C 884.3 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.015632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.186;QD=53.5941;RBI=0.0165692;REFB=-0.155071;REVB=0.00549354;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.510201;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00220562;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:1:3:63:63:0.954545:35:28:0:1:35:28:2:1 chr18 6983194 . G T 454.38 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0716922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3167;QD=33.6579;RBI=0.0759069;REFB=0.0222511;REVB=0.0249418;RO=14;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709724;STB=0.53837;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0180936;OID=.;OPOS=6983194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:23:17:8:6:23:17:8:6 chr18 6985270 . C T 629.4 PASS AF=0.776119;AO=52;DP=67;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0186629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.679;QD=37.5763;RBI=0.0217651;REFB=0.00590099;REVB=-0.011199;RO=15;SAF=30;SAR=22;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385862;STB=0.520702;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00192893;OID=.;OPOS=6985270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:15:15:52:52:0.776119:22:30:10:5:22:30:10:5 chr18 6986259 . G A 836.81 PASS AF=0.695238;AO=72;DP=104;FAO=73;FDP=105;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00126423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.464;QD=31.8786;RBI=0.0218856;REFB=0.00708934;REVB=0.0218491;RO=30;SAF=30;SAR=42;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939156;STB=0.503999;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00188573;OID=.;OPOS=6986259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:30:32:72:73:0.695238:42:30:12:18:42:31:14:18 chr18 7567803 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.54;QD=37.4885;RBI=0.0691736;REFB=0;REVB=0.0605406;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676564;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr18 8069868 . C T 103.43 PASS AF=0.351351;AO=9;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00211917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5914;QD=11.1816;RBI=0.0964734;REFB=-0.0307805;REVB=0.0964501;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152022;STB=0.700909;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0625365;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:25:24:9:13:0.351351:4:5:17:8:8:5:17:7 chr18 8387195 . G A 146.58 PASS AF=0.222222;AO=22;DP=99;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00937562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.646;QD=5.92236;RBI=0.0154145;REFB=-0.013696;REVB=0.0122353;RO=75;SAF=14;SAR=8;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992805;STB=0.552938;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0442593;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:77:22:22:0.222222:8:14:42:33:8:14:44:33 chr18 8387219 . G C 1264.52 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4987;QD=61.6837;RBI=0.0596809;REFB=0;REVB=0.0072919;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227634;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:37:45:0:0:37:45:0:0 chr18 8471976 . A G 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7921;QD=57.192;RBI=0.0252193;REFB=0;REVB=-0.00289697;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494008;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr18 8545736 . A G 74.55 PASS AF=0.2;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0321172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.38;QD=4.58761;RBI=0.061397;REFB=-0.0178944;REVB=-0.0523266;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131886;STB=0.515489;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0685567;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:64:65:51:52:13:13:0.2:7:6:23:28:7:6:23:29 chr18 8545785 . A G 66.41 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0551165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0505;QD=4.50212;RBI=0.0841879;REFB=-0.00285324;REVB=-0.0636378;RO=48;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143528;STB=0.595561;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00552636;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:48:48:11:11:0.186441:8:3:18:30:8:3:18:30 chr18 8545823 . T C 64.96 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0100924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1776;QD=4.9023;RBI=0.0481671;REFB=-0.0123118;REVB=-0.0470979;RO=43;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589317;STB=0.539244;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0502007;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:8:2:10:33:8:2:10:33 chr18 8545859 . A G 159.65 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.025296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6526;QD=11.6108;RBI=0.0271529;REFB=-0.00660499;REVB=-0.00986897;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780279;STB=0.569765;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0141309;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:19:20:0.363636:11:8:12:22:11:9:12:23 chr18 8720368 . C T 454.56 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0140748;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.314;QD=27.9726;RBI=0.015941;REFB=-0.0170539;REVB=0.00748447;RO=23;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129279;STB=0.570353;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00905003;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:23:19:15:8:23:19:15:8 chr18 8783835 . T C 181.4 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0371816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.784;QD=24.1866;RBI=0.0372542;REFB=-0.0137445;REVB=-0.00232456;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992905;STB=0.555494;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.013182;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:7:5:10:8:7:5 chr18 8784370 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.352;QD=60.2046;RBI=0.0282375;REFB=0;REVB=-0.0277723;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34404e-05;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr18 8786106 . AAT A,ACT 73.3 PASS AF=0.363636,0.454545;AO=3,4;DP=11;FAO=4,5;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0;FSAR=4,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=151.624,36.6036;QD=26.6563;RBI=0.0393303,0.101109;REFB=-0.0659654,-0.0591805;REVB=0.0393303,0.101109;RO=1;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0218651,0.0340685;OID=.,.;OPOS=8786107,8786107;OREF=AT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.454545:3,4:11:4,5:11:2:0,0:4,5:0:2:23:1:0,0:3,4:0:1 chr18 8809445 . G C 1846.06 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.19;QD=61.0267;RBI=0.0830009;REFB=0;REVB=0.0806239;RO=0;SAF=80;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181045;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:39:80:0:0:41:80:0:0 chr18 8813046 . A C 680.8 PASS AF=0.703704;AO=56;DP=82;FAO=57;FDP=81;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00446278;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.833;QD=33.6196;RBI=0.0236953;REFB=-0.0450058;REVB=0.0232712;RO=22;SAF=31;SAR=25;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758202;STB=0.525415;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0251906;OID=.;OPOS=8813046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:22:24:56:57:0.703704:25:31:9:13:26:31:11:13 chr18 8826083 . G C 497.87 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.047;QD=56.8999;RBI=0.0600112;REFB=-0.126099;REVB=0.0315251;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351622;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:14:21:0:0 chr18 9117867 . T C 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.767;QD=59.5554;RBI=0.0257398;REFB=-0.00936126;REVB=0.0199922;RO=1;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959154;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000102474;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:49:64:0:1:49:64:0:1 chr18 9255718 . G A 95.67 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.100895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.865;QD=22.5096;RBI=0.105626;REFB=-0.0236027;REVB=-0.0312553;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256073;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0223155;OID=.;OPOS=9255718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:7:3:2:4:7:4:2:4 chr18 9255982 . A G 69.19 PASS AF=0.138614;AO=11;DP=101;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0240123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4169;QD=2.74027;RBI=0.0347997;REFB=0.0017497;REVB=-0.0251879;RO=71;SAF=8;SAR=3;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380038;STB=0.614365;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0143856;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:101:101:71:87:11:14:0.138614:3:8:29:42:6:8:38:49 chr18 9518126 . G A 167.42 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.000337427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6054;QD=5.53443;RBI=0.0157631;REFB=-0.00186126;REVB=0.0157595;RO=94;SAF=14;SAR=13;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981673;STB=0.560301;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00725115;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:94:94:27:27:0.22314:13:14:56:38:13:14:56:38 chr18 9618005 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1305;QD=53.9084;RBI=0.0877851;REFB=0;REVB=0.0826767;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026514;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr18 9618049 . C T 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.403;QD=52.602;RBI=0.0181293;REFB=0;REVB=-0.00896536;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75585e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr18 9844829 . AGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT A 84.27 PASS AF=0.55;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0332307;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=20;MLLD=342.304;QD=16.8542;RBI=0.0332645;REFB=-0.0048111;REVB=0.00149955;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53839;STBP=0.763;TYPE=del;VARB=0.00360861;OID=.;OPOS=9844830;OREF=GTTTTGTTTTGTTTTGTTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:10:10:11:20:9:4:7:4:5:71:0:3:7:0:0 chr18 9888069 . A G 1038.57 PASS AF=0.902439;AO=74;DP=82;FAO=74;FDP=82;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.012462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0085;QD=50.6622;RBI=0.0145303;REFB=0.0141365;REVB=-0.00747173;RO=8;SAF=28;SAR=46;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236143;STB=0.512531;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0261578;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:8:8:74:74:0.902439:46:28:4:4:46:28:4:4 chr18 9955960 . A G 1495.46 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0740581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7502;QD=60.4227;RBI=0.0740614;REFB=-0.102915;REVB=-0.000695524;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.510202;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00159623;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:99:99:1:2:96:97:0.979798:48:48:0:1:49:48:2:0 chr18 10454960 . C G 564.54 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.7561;QD=57.9011;RBI=0.156026;REFB=0;REVB=0.144651;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00764766;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:23:12:0:0:27:12:0:0 chr18 10487918 . C T 783.21 PASS AF=0.656566;AO=64;DP=98;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00585878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4063;QD=31.6447;RBI=0.0247192;REFB=-0.0112583;REVB=0.0240149;RO=34;SAF=37;SAR=27;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318302;STB=0.513885;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0069229;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:34:34:64:65:0.656566:27:37:18:16:28:37:18:16 chr18 10696400 . CA C,CC 48.63 PASS AF=0.245614,0.0350877;AO=12,2;DP=55;FAO=14,2;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=2,0;FSAR=12,2;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0312795,0.0553478;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.4605,22.4489;QD=3.41262;RBI=0.0319952,0.0558789;REFB=-0.0399215,-0.0366327;REVB=-0.00672963,0.00768602;RO=37;SAF=0,0;SAR=12,2;SRF=26;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.808678,-0.539334;STB=0.869493,0.996301;STBP=0.002,0.053;TYPE=del,snp;VARB=0.0693259,0.00676517;OID=.,.;OPOS=10696401,10696401;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245614,0.0350877:12,2:55:14,2:57:41:2,0:12,2:27:14:41:37:0,0:12,2:26:11 chr18 10741011 . G A 884.19 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0136861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.801;QD=51.2572;RBI=0.0151339;REFB=-0.0590802;REVB=0.00645957;RO=5;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349941;STB=0.518564;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000444987;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:64:64:0.927536:35:29:1:4:35:29:1:4 chr18 10748603 . A T 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303154;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.155;QD=63.8838;RBI=0.0357138;REFB=0;REVB=0.01888;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00306e-05;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr18 10752666 . C T 624.2 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304691;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.263;QD=59.4479;RBI=0.0365285;REFB=-0.115829;REVB=-0.0201484;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00151026;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:18:22:1:0:18:23:1:0 chr18 10758023 . G A 1533.88 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000525438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.809;QD=62.6072;RBI=0.00456049;REFB=0.11769;REVB=-0.00453012;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-7.94187e-06;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:47:50:1:0:47:50:1:0 chr18 10762962 . G A 1052.54 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0273861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7468;QD=56.894;RBI=0.0463625;REFB=-0.0331525;REVB=0.0374097;RO=2;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337447;STB=0.517852;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0112241;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:27:45:0:2:27:45:0:2 chr18 10763007 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5896;QD=59.6779;RBI=0.0171563;REFB=0;REVB=-0.0127143;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75915e-06;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr18 10787047 . G A 635.87 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170625;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.88;QD=62.0361;RBI=0.0144325;REFB=0;REVB=0.0143312;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83569e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr18 11609904 . A G 234.66 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0162677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.325;QD=7.22036;RBI=0.0564666;REFB=-0.01138;REVB=-0.0540725;RO=96;SAF=21;SAR=13;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134384;STB=0.580597;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0286442;OID=.;OPOS=11609904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:96:96:34:34:0.261538:13:21:49:47:13:21:49:47 chr18 11610162 . G A 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00269086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.173;QD=6.7763;RBI=0.0497455;REFB=-0.00336821;REVB=0.0496727;RO=53;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410498;STB=0.749353;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00603612;OID=.;OPOS=11610162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:5:13:20:33:5:13:20:33 chr18 11610349 . G A 84.39 PASS AF=0.158416;AO=11;DP=95;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0509344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8008;QD=3.3423;RBI=0.123817;REFB=-0.00618663;REVB=0.112856;RO=82;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180051;STB=0.504944;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.029684;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:95:101:82:85:11:16:0.158416:4:7:40:42:8:8:43:42 chr18 11610382 . C A 41.17 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00562344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0042;QD=2.1388;RBI=0.0426929;REFB=0.0063043;REVB=0.0423209;RO=68;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354748;STB=0.763414;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0466984;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:68:68:9:9:0.116883:7:2:35:33:7:2:35:33 chr18 11619552 . C T 222.47 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.305;QD=49.4371;RBI=0.0593893;REFB=0;REVB=0.0409645;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00671174;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:11:18:1:4:7:0:0:7:11:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 927.02 PASS AF=1;AO=59;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932943;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.753;QD=57.939;RBI=0.0406025;REFB=0;REVB=0.0395162;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.056e-05;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:65:64:64:0:31:33:0:0:5:0:27:32:0:0 chr18 11621447 . A G 34.42 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.441;QD=22.9491;RBI=0.0908641;REFB=-0.128387;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0574456;OID=.;OPOS=11621447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:0:5:0:0:0:5:1:0 chr18 11625886 . T C 1548.53 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5267;QD=63.857;RBI=0.0151904;REFB=0;REVB=-0.0121464;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118662;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:45:52:0:0 chr18 11639356 . G C 185.39 PASS AF=0.176166;AO=34;DP=194;FAO=34;FDP=193;FR=.;FRO=159;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=76;FSRR=83;FWDB=-0.00679495;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.202;QD=3.84227;RBI=0.0105696;REFB=-0.00628306;REVB=-0.008096;RO=158;SAF=15;SAR=19;SRF=76;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514679;STB=0.530513;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0272418;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:158:159:34:34:0.176166:19:15:76:82:19:15:76:83 chr18 11853053 . A G 556.03 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.089;QD=60.1109;RBI=0.0626296;REFB=0;REVB=0.0321098;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85497e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:15:19:0:0:18:19:0:0 chr18 11853731 . A G 1357.9 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000874042;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.011;QD=62.4323;RBI=0.00400914;REFB=0;REVB=0.0039127;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123436;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:30:56:0:0:31:56:0:0 chr18 11886563 . C G 840.58 PASS AF=0.767442;AO=66;DP=86;FAO=66;FDP=86;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0353077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.3;QD=39.0968;RBI=0.0397221;REFB=-0.0685063;REVB=-0.0181993;RO=20;SAF=35;SAR=31;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096425;STB=0.551586;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0178041;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:20:20:66:66:0.767442:31:35:15:5:31:35:15:5 chr18 12122400 . C A,CA 37.07 PASS AF=0.0408163,0.204082;AO=2,10;DP=51;FAO=2,10;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=2,8;FSAR=0,2;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00211083,-0.0143123;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=182.649,8.73529;QD=3.02575;RBI=0.00929223,0.0424731;REFB=0.00449795,-0.114387;REVB=0.00904931,0.039989;RO=38;SAF=2,9;SAR=0,1;SRF=26;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.353842,0.39336;STB=0.992907,0.604422;STBP=0.333,0.545;TYPE=snp,ins;VARB=0.00831019,0.109531;OID=.,.;OPOS=12122400,12122401;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:51:49:38:37:2,10:2,10:0.0408163,0.204082:0,1:2,9:26:12:0,2:2,8:26:11 chr18 12274104 . G T 475.84 PASS AF=0.767857;AO=39;DP=51;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0216384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.543;QD=33.9888;RBI=0.0413402;REFB=-0.0162052;REVB=0.0352248;RO=12;SAF=30;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605778;STB=0.515567;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000865192;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:51:56:12:13:39:43:0.767857:9:30:8:4:11:32:9:4 chr18 12304091 . TA AT,T 185.45 PASS AF=0,0.96;AO=2,5;DP=12;FAO=0,24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,14;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0743716,0.0257395;FXX=0.0384468;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=80.8143,15.8151;QD=29.6716;RBI=0.0864234,0.063693;REFB=0.0272506,-0.0844078;REVB=-0.0440212,0.0582604;RO=3;SAF=2,2;SAR=0,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666583,0.0436878;STB=0.5,0.52379;STBP=1,0.31;TYPE=mnp,del;VARB=0.0719228,0.0425204;OID=.,.;OPOS=12304091,12304092;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:12:25:3:1:2,5:0,24:0,0.96:0,3:2,2:1:2:0,10:0,14:0:1 chr18 12348285 . T C 105.89 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0255614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.738;QD=6.61838;RBI=0.0472541;REFB=0.00482691;REVB=-0.0397437;RO=48;SAF=5;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326689;STB=0.700524;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0184964;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:11:5:28:20:11:5:28:20 chr18 12351342 . C T 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00515202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.196;QD=11.477;RBI=0.0165368;REFB=-0.00626735;REVB=0.0157138;RO=48;SAF=20;SAR=7;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369264;STB=0.719833;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0099218;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:7:20:20:28:7:20:20:29 chr18 12760740 . T A 524.24 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0542033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3477;QD=41.9395;RBI=0.0666351;REFB=-0.0309971;REVB=-0.0387587;RO=11;SAF=27;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264665;STB=0.514278;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0091758;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:11:11:39:39:0.78:12:27:7:4:12:27:7:4 chr18 12984144 . C A 587.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4323;QD=60.2568;RBI=0.12995;REFB=0;REVB=0.00945324;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141519;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:29:7:0:0:30:9:0:0 chr18 13042261 . T G 1113.06 PASS AF=0.826531;AO=81;DP=98;FAO=81;FDP=98;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0376156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2293;QD=45.4308;RBI=0.0505326;REFB=-0.0294756;REVB=0.0337433;RO=17;SAF=35;SAR=46;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675554;STB=0.503596;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00819584;OID=.;OPOS=13042261;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:17:17:81:81:0.826531:46:35:7:10:46:35:7:10 chr18 13056682 . G A 79.12 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0495321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.994;QD=6.73393;RBI=0.0501863;REFB=-0.00778235;REVB=0.00807726;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330888;STB=0.702256;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0122113;OID=.;OPOS=13056682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:47:34:36:11:11:0.234043:7:4:22:12:7:4:23:13 chr18 13068109 . G A 134.56 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00400613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.766;QD=5.32923;RBI=0.00893641;REFB=0.00589529;REVB=0.00798814;RO=80;SAF=10;SAR=11;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10856;STB=0.568011;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0286145;OID=.;OPOS=13068109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:80:80:21:21:0.207921:11:10:45:35:11:10:45:35 chr18 13068132 . T C 1558.74 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.081;QD=63.6222;RBI=0.0788859;REFB=0;REVB=0.0249317;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124642;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:98:0:0:92:98:1:49:43:0:0:49:49:0:0 chr18 13069782 . C T 561.83 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.573;QD=59.1395;RBI=0.0497335;REFB=0;REVB=0.0266289;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364761;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:18:20:0:0 chr18 13095591 . G A 156.73 PASS AF=0.1875;AO=27;DP=140;FAO=27;FDP=144;FR=.;FRO=117;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=42;FWDB=-0.0453388;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9894;QD=4.3537;RBI=0.0458922;REFB=-0.0129749;REVB=-0.00710565;RO=113;SAF=13;SAR=14;SRF=72;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199204;STB=0.628482;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0465642;OID=.;OPOS=13095591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:113:117:27:27:0.1875:14:13:72:41:14:13:75:42 chr18 13095609 . T C 1797.24 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0477956;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.234;QD=59.413;RBI=0.059746;REFB=0.00534148;REVB=0.0358492;RO=1;SAF=71;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664352;STB=0.507041;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-3.42424e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:48:71:1:0:49:70:2:0 chr18 13116432 . G T 3065.98 PASS AF=0.989796;AO=194;DP=197;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0057179;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.134;QD=62.571;RBI=0.00622296;REFB=-0.0344178;REVB=-0.00245578;RO=2;SAF=99;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000200405;STB=0.500105;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=5.02857e-05;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:196:2:2:194:194:0.989796:95:99:1:1:95:99:1:1 chr18 13666602 . C A 602.29 PASS AF=0.78125;AO=49;DP=63;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.014215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.709;QD=37.6433;RBI=0.0178315;REFB=-0.0210271;REVB=0.0107655;RO=14;SAF=25;SAR=24;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253433;STB=0.515619;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00476245;OID=.;OPOS=13666602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:64:14:14:49:50:0.78125:24:25:8:6:25:25:8:6 chr18 13681750 . C T 769.49 PASS AF=0.828947;AO=40;DP=77;FAO=63;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0443725;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2599;QD=40.4996;RBI=0.0495381;REFB=0.0722399;REVB=-0.0220251;RO=9;SAF=21;SAR=19;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486492;STB=0.505222;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0115856;OID=.;OPOS=13681750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:77:76:9:13:40:63:0.828947:19:21:6:3:31:32:7:6 chr18 13760290 . T C 824.7 PASS AF=0.649123;AO=74;DP=114;FAO=74;FDP=114;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0117726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5608;QD=28.9367;RBI=0.0194575;REFB=-0.0506447;REVB=-0.0154919;RO=40;SAF=39;SAR=35;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175774;STB=0.509499;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0184485;OID=.;OPOS=13760290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:40:40:74:74:0.649123:35:39:20:20:35:39:20:20 chr18 13826088 . C T 374.18 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00551332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.659;QD=31.8454;RBI=0.0123552;REFB=-0.0104607;REVB=0.0110569;RO=16;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111664;STB=0.561141;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00702657;OID=.;OPOS=13826088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:19:12:9:7:19:12:9:7 chr18 13826391 . C G 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0152607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.914;QD=24.1899;RBI=0.026533;REFB=-0.0261901;REVB=0.0217051;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0117745;OID=.;OPOS=13826391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:3:3:5:7:3:3 chr18 13826508 . C T 673.17 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=91;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.018872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.118;QD=29.59;RBI=0.0202981;REFB=-0.0261212;REVB=0.00747417;RO=32;SAF=26;SAR=32;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112333;STB=0.553816;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0152091;OID=.;OPOS=13826508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:33:58:58:0.637363:32:26:9:23:32:26:10:23 chr18 13826837 . A C 142.76 PASS AF=0.47619;AO=7;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0346946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.829;QD=27.1926;RBI=0.0388087;REFB=-0.0339914;REVB=0.0173896;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518377;STB=0.644436;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0245992;OID=.;OPOS=13826837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:21:21:5:6:7:10:0.47619:6:1:4:1:7:3:4:2 chr18 14105016 . C A 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00488817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.725;QD=57.8256;RBI=0.0194472;REFB=-0.0969717;REVB=-0.0188228;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000892641;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:13:25:0:0:13:25:1:0 chr18 14105853 . C A 952.33 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4712;QD=58.6051;RBI=0.0123495;REFB=0;REVB=-2.32474e-05;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11063e-05;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr18 14105923 . T C 806.62 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0117338;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=297.856;QD=51.2137;RBI=0.0123853;REFB=-0.176846;REVB=-0.00396394;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.500538;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000636706;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:2:4:59:59:0.936508:29:30:1:1:29:30:2:2 chr18 14183978 . TG CA 62.19 PASS AF=0.25;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0346641;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.845;QD=6.91028;RBI=0.0533517;REFB=-0.00256094;REVB=-0.0405562;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332621;STB=0.713776;STBP=0.179;TYPE=mnp;VARB=0.0197351;OID=.;OPOS=14183978;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:27:27:9:9:0.25:7:2:13:14:7:2:13:14 chr18 14184006 . G C 31.14 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0426995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.921;QD=2.35017;RBI=0.0430414;REFB=0.00355867;REVB=0.00541449;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036924;STB=0.528208;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0382753;OID=.;OPOS=14184006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:3:3:22:25:3:3:22:25 chr18 14184079 . A C 39.76 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00290927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.165;QD=2.44654;RBI=0.0146217;REFB=-0.000319909;REVB=-0.0143294;RO=57;SAF=1;SAR=7;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46423;STB=0.848435;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0026252;OID=.;OPOS=14184079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:7:1:28:29:7:1:28:29 chr18 14186497 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.147;QD=59.8393;RBI=0.00982343;REFB=0;REVB=-0.00854926;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56866e-06;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr18 14187255 . A T 210.73 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0474812;FXX=0.133304;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3418;QD=21.6138;RBI=0.0474828;REFB=-0.0224821;REVB=-0.000390698;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242331;STB=0.63623;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0324865;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:13:6:12:8:13:6 chr18 14187262 . G C 40.31 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0165585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.522;QD=3.29081;RBI=0.0261922;REFB=-0.00689771;REVB=-0.020294;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293387;STB=0.520899;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0405586;OID=.;OPOS=14187262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:3:4:25:17:3:4:25:17 chr18 14187273 . C G 286.75 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00462589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.353;QD=20.4824;RBI=0.00507637;REFB=-0.00864566;REVB=-0.0020906;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168521;STB=0.593161;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00951067;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:19:7:14:16:19:7 chr18 14187304 . G A 291.52 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00818985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.809;QD=19.4345;RBI=0.00885287;REFB=-0.00194277;REVB=-0.00336149;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121602;STB=0.567525;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0015038;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:19:10:15:16:19:10 chr18 14187309 . C T 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0103055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.36;QD=3.33224;RBI=0.0107707;REFB=-0.00272964;REVB=0.00313122;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125719;STB=0.588034;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0192744;OID=.;OPOS=14187309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:3:6:29:22:3:6:29:22 chr18 14187312 . G T 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0153891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2495;QD=3.33212;RBI=0.0226512;REFB=-0.00780177;REVB=0.0166209;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125719;STB=0.588034;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0490715;OID=.;OPOS=14187312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:3:6:29:22:3:6:29:22 chr18 14187327 . T G 142.39 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0169726;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.49;QD=9.65386;RBI=0.0172977;REFB=-0.00706271;REVB=0.00333753;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258017;STB=0.651416;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0196751;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:26:14:11:8:26:14 chr18 14524966 . T C 94.5 PASS AF=0.106122;AO=26;DP=245;FAO=26;FDP=245;FR=.;FRO=219;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=122;FWDB=0.0317336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5342;QD=1.54289;RBI=0.0483736;REFB=0.00486074;REVB=0.03651;RO=217;SAF=8;SAR=18;SRF=97;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178268;STB=0.627805;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0341653;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:245:245:217:219:26:26:0.106122:18:8:97:120:18:8:97:122 chr18 14537949 . A G 56.47 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.00267613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.467;QD=2.37778;RBI=0.00997044;REFB=-0.0016999;REVB=-0.00960458;RO=78;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337075;STB=0.715874;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0087271;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:78:83:12:12:0.126316:4:8:30:48:4:8:34:49 chr18 14543057 . T G 81.65 PASS AF=0.215385;AO=11;DP=61;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000925026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.798;QD=5.02454;RBI=0.0165791;REFB=-0.00534617;REVB=-0.0165532;RO=50;SAF=8;SAR=3;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24543;STB=0.722286;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0217929;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:65:50:51:11:14:0.215385:3:8:27:23:3:11:27:24 chr18 14543098 . C T 86.07 PASS AF=0.194805;AO=14;DP=76;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00963089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.763;QD=4.4713;RBI=0.0211104;REFB=-0.00778178;REVB=-0.0187855;RO=62;SAF=10;SAR=4;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275582;STB=0.695932;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0310216;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:76:77:62:62:14:15:0.194805:4:10:31:31:4:11:31:31 chr18 14543139 . T C 63.85 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0234124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9994;QD=3.40512;RBI=0.0354372;REFB=-0.00258831;REVB=-0.0266017;RO=63;SAF=8;SAR=4;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200871;STB=0.636132;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0135214;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:63:63:12:12:0.16:4:8:32:31:4:8:32:31 chr18 14752957 . G A 121.13 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00487032;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.782;QD=8.21193;RBI=0.00489613;REFB=-0.00342894;REVB=-0.000502115;RO=42;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115621;STB=0.57005;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00811726;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:42:42:17:17:0.288136:12:5:16:26:12:5:16:26 chr18 14779969 . C G 795.57 PASS AF=0.871429;AO=59;DP=69;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00225418;FXX=0.0410903;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.204;QD=45.4614;RBI=0.0272663;REFB=-0.00851624;REVB=0.0271729;RO=9;SAF=33;SAR=26;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000948468;STB=0.501886;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00141628;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:70:9:9:59:61:0.871429:26:33:5:4:28:33:5:4 chr18 14779986 . G A 40.08 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0166063;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.441;QD=1.95514;RBI=0.0324554;REFB=-0.00529134;REVB=-0.0278852;RO=74;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498324;STB=0.543382;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0478085;OID=.;OPOS=14779986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:83:82:74:73:9:9:0.109756:4:5:38:36:4:5:37:36 chr18 14780019 . G T 39.18 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.012621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.409;QD=1.88834;RBI=0.0305743;REFB=-0.00504808;REVB=-0.0278478;RO=73;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041627;STB=0.525549;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0509631;OID=.;OPOS=14780019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:73:74:9:9:0.108434:4:5:38:35:4:5:39:35 chr18 14780024 . T C 45.49 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0568066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.234;QD=2.16606;RBI=0.0621211;REFB=-0.000292437;REVB=0.0251404;RO=74;SAF=6;SAR=4;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104935;STB=0.576768;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00207694;OID=.;OPOS=14780024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:74:74:10:10:0.119048:4:6:38:36:4:6:38:36 chr18 14780037 . C A 54.09 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0483271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.892;QD=2.70446;RBI=0.0487795;REFB=-0.0029572;REVB=0.00662838;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739251;STB=0.557718;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0323071;OID=.;OPOS=14780037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:80:68:69:11:11:0.1375:5:6:33:35:5:6:33:36 chr18 14796214 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.615;QD=58.4194;RBI=0.0173289;REFB=0;REVB=0.000487338;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23865e-05;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr18 14848821 . G A 337.7 PASS AF=0.9;AO=20;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00615253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.162;QD=45.0266;RBI=0.0517397;REFB=0.019334;REVB=-0.0513726;RO=3;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12337;STB=0.531227;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00465736;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:20:27:0.9:15:5:2:1:17:10:2:1 chr18 14850375 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.122;QD=49.5992;RBI=0.0316705;REFB=0;REVB=-0.00490355;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2362e-05;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr18 18529872 . A G 314.14 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00506809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.536;QD=22.4385;RBI=0.0207802;REFB=-0.0301174;REVB=0.0201527;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175247;STB=0.573348;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0269507;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:24:24:30:32:0.571429:10:20:11:13:12:20:11:13 chr18 18529880 . G A 370.77 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00310112;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.325;QD=25.1371;RBI=0.00501252;REFB=-0.0190546;REVB=-0.00393806;RO=23;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14978;STB=0.582232;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00811702;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:13:23:10:13:13:23:10:13 chr18 19034556 . T C 1579.32 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.705;QD=59.5969;RBI=0.0826586;REFB=0;REVB=-0.0037868;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162384;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:56:48:0:0:56:50:0:0 chr18 19048751 . T G 404.85 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0411043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.6;QD=43.7677;RBI=0.0505414;REFB=-0.0398528;REVB=0.0294086;RO=6;SAF=17;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360151;STB=0.519422;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0131508;OID=.;OPOS=19048751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:14:17:4:2:14:17:4:2 chr18 19079853 . A G 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.133;QD=58.9868;RBI=0.015299;REFB=-0.0339223;REVB=0.00938795;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.505375;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000863688;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:46:29:0:0:46:29:0:1 chr18 19100758 . A ATCT 267.34 PASS AF=0.568182;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0192233;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.327;QD=24.3037;RBI=0.0205398;REFB=-0.0369474;REVB=-0.00723525;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322902;STB=0.663592;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0293101;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568182:22:46:25:44:19:10:15:15:4:99:20:9:13:16:4 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 639.54 PASS AF=0.86,0.14;AO=31,7;DP=50;FAO=43,7;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21,5;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184855,-0.0168478;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.9355,65.2539;QD=51.163;RBI=0.204208,0.0255681;REFB=0,0;REVB=0.0867742,0.0192322;RO=3;SAF=15,4;SAR=16,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.030003,-0.0505826;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0333998,0.0782599;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.86,0.14:31,7:50:43,7:50:0:21,5:22,2:0:0:37:3:15,4:16,3:2:1 chr18 19153494 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3542;QD=56.9557;RBI=0.0309125;REFB=0;REVB=-0.0298657;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018286;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr18 19154143 . G A 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.878;QD=56.1824;RBI=0.0220392;REFB=0;REVB=0.00650604;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39115e-05;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr18 19373962 . T TATG 738.33 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417127;FXX=0.0714158;HRUN=0;LEN=3;MLLD=228.769;QD=56.7944;RBI=0.0057164;REFB=0;REVB=0.00390868;RO=1;SAF=14;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000219112;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:57:52:52:0:14:38:0:0:4:1:14:36:1:0 chr18 19450386 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.4522;QD=55.655;RBI=0.024455;REFB=0;REVB=0.018542;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0399e-05;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr18 19508949 . G A 293.63 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854597;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.935;QD=53.3875;RBI=0.0110847;REFB=0;REVB=-0.00705961;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102583;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr18 19710668 . A C 477.56 PASS AF=0.773585;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.03694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3565;QD=36.0422;RBI=0.0441308;REFB=-0.0342099;REVB=0.0241446;RO=11;SAF=23;SAR=18;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061831;STB=0.51396;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0152866;OID=.;OPOS=19710668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:11:12:41:41:0.773585:18:23:6:5:18:23:6:6 chr18 19840623 . A G 972.68 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.493;QD=58.0706;RBI=0.0631471;REFB=0;REVB=0.030224;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645771;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:39:28:0:0 chr18 19995740 . C T 117.62 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00361796;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.321;QD=6.19035;RBI=0.00947314;REFB=-0.00691308;REVB=0.00875504;RO=58;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168039;STB=0.510374;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0200793;OID=.;OPOS=19995740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:58:58:18:18:0.236842:10:8:25:33:10:8:25:33 chr18 19995753 . T C 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00342453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.052;QD=10.4706;RBI=0.0113644;REFB=0.00302074;REVB=-0.0108362;RO=51;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207721;STB=0.626119;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0073187;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:11:15:20:31:11:15:20:32 chr18 20584764 . G T 348.55 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0457086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9162;QD=33.1955;RBI=0.0640896;REFB=-0.0019043;REVB=0.0449244;RO=13;SAF=7;SAR=22;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824466;STB=0.504501;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00263563;OID=.;OPOS=20584764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:22:7:3:10:22:7:3:10 chr18 20838286 . G T 113.74 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.15826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0346;QD=6.89359;RBI=0.163126;REFB=-0.00561587;REVB=-0.0395448;RO=47;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993462;STB=0.574382;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00843338;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:49:17:17:0.257576:9:8:26:21:9:8:28:21 chr18 20953720 . G A 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3079;QD=58.5797;RBI=0.125711;REFB=0;REVB=0.121314;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284032;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr18 21017836 . T C 408.03 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.061;QD=52.6495;RBI=0.0254949;REFB=-0.00934441;REVB=0.00706509;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238509;STB=0.512187;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000404864;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:31:1:1:27:30:0.967742:19:8:0:1:20:10:0:1 chr18 21100240 . C T 1637.21 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0204288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.018;QD=57.4459;RBI=0.0224592;REFB=-0.229237;REVB=0.00933149;RO=1;SAF=61;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771984;STB=0.511998;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00182017;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:114:1:3:111:111:0.973684:50:61:1:0:50:61:3:0 chr18 21109250 . T C 649.76 PASS AF=1;AO=18;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.704;QD=61.8819;RBI=0.0313163;REFB=0;REVB=0.0258724;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176475;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:18:42:1:9:9:0:0:9:33:0:0 chr18 21119777 . G A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.38;QD=57.8801;RBI=0.0172453;REFB=0;REVB=0.0115864;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8826e-06;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr18 21120444 . T C 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3138;QD=57.6684;RBI=0.021175;REFB=0;REVB=0.0185587;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12285e-05;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr18 21124945 . C G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5522;QD=62.0208;RBI=0.0205326;REFB=0;REVB=-0.00418202;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347885;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr18 21140432 . T C 223.49 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.206;QD=49.6642;RBI=0.0248929;REFB=0;REVB=0.00587876;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219938;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:6:12:0:0 chr18 21413869 . T C 253.6 PASS AF=0.268657;AO=33;DP=132;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0133585;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.31;QD=7.5702;RBI=0.0154358;REFB=-0.0173536;REVB=-0.00773396;RO=98;SAF=20;SAR=13;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828555;STB=0.510882;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0440964;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:98:98:33:36:0.268657:13:20:53:45:16:20:53:45 chr18 21481233 . C G 310.92 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0343435;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.241;QD=41.4562;RBI=0.0369077;REFB=-0.0548115;REVB=-0.0135168;RO=5;SAF=8;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278884;STB=0.515139;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00726562;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:30:5:5:25:25:0.833333:17:8:2:3:17:8:2:3 chr18 21511034 . C A 546.53 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0135979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7298;QD=26.0252;RBI=0.0212674;REFB=0.00308569;REVB=-0.0163523;RO=33;SAF=17;SAR=33;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157202;STB=0.592776;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00282419;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:33:34:50:50:0.595238:33:17:18:15:33:17:19:15 chr18 21511089 . A G 1397.08 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061611;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.838;QD=62.0925;RBI=0.0616868;REFB=0;REVB=-0.00305844;RO=0;SAF=26;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298489;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:62:26:0:0:62:28:0:0 chr18 21513768 . C T 512.68 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0302017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.824;QD=20.3041;RBI=0.0314672;REFB=-0.00798369;REVB=0.00883412;RO=49;SAF=21;SAR=31;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130518;STB=0.57206;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00687084;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:31:21:27:22:31:21:27:22 chr18 21710321 . C T 1226.52 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.886;QD=61.3261;RBI=0.017408;REFB=0;REVB=-0.0163381;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1415e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr18 21736933 . T G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.015;QD=60.0308;RBI=0.00651579;REFB=0;REVB=-0.00497785;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70948e-06;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr18 21739725 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00473208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.491;QD=20.4561;RBI=0.00784323;REFB=-0.00107885;REVB=-0.00625489;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302788;STB=0.689557;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000761265;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:13:4:8:6:13:4:9:6 chr18 21759055 . G C 767.82 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.793;QD=56.8755;RBI=0.090038;REFB=0;REVB=0.0530133;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113051;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:44:54:1:11:33:0:0:19:35:0:0 chr18 21759190 . G C 233.18 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2828;QD=46.6354;RBI=0.0508806;REFB=-0.0961986;REVB=0.0371874;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519169;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:20:1:0:18:20:1:7:11:1:0:8:12:0:0 chr18 22009559 . CTTAA C 52.28 PASS AF=0.232143;AO=11;DP=57;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00594486;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.894;QD=3.73402;RBI=0.0274208;REFB=-0.00716406;REVB=0.0267686;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413491;STB=0.569728;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=0.0094751;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232143:11:57:13:56:43:6:7:16:27:52:38:5:6:16:22 chr18 22020543 . C G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0242564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.749;QD=11.336;RBI=0.0246316;REFB=-0.00874474;REVB=0.00428305;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140233;STB=0.574649;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0128657;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:15:9:21:21:15:9:21:22 chr18 22775185 . C T 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00192643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.617;QD=8.22966;RBI=0.0709115;REFB=0.00100302;REVB=-0.0708854;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213753;STB=0.608469;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00252015;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:23:25:10:10:0.285714:3:7:12:11:3:7:14:11 chr18 22932061 . AGGGGGC ACGGGGC,AGGGG,AGGGGC 32.97 PASS AF=0.00746269,0,0.126866;AO=5,15,21;DP=138;FAO=1,0,17;FDP=134;FR=.;FRO=116;FSAF=0,0,9;FSAR=1,0,8;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.0168818,-0.0464409,-0.108499;FXX=0.00740686;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=133.725,29.3596,13.521;QD=0.984182;RBI=0.01775,0.10108,0.108583;REFB=-0.00531099,-0.0482908,-0.0967757;REVB=-0.00548316,-0.08978,0.00425243;RO=82;SAF=2,0,15;SAR=3,15,6;SRF=42;SRR=40;SSEN=0,0.366667,0.366667;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.108182,-0.717018,0.265302;STB=0.988794,0.5,0.585139;STBP=0.483,1,0.503;TYPE=snp,del,del;VARB=0.117372,0.0381807,0.182783;OID=.,.,.;OPOS=22932062,22932066,22932062;OREF=G,GC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACGGGGC,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.00746269,0,0.126866:5,15,21:138:1,0,17:134:116:0,0,9:1,0,8:50:66:30:82:2,0,15:3,15,6:42:40 chr18 23597811 . T C 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.157;QD=55.5209;RBI=0.0706434;REFB=-0.0820957;REVB=0.0643923;RO=1;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0011286;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:9:24:0:1:9:24:0:1 chr18 23854692 . C T 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0264789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.036;QD=5.06447;RBI=0.0553087;REFB=-0.010162;REVB=-0.0485585;RO=47;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221976;STB=0.643435;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0371407;OID=.;OPOS=23854692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:8:4:24:23:8:4:24:23 chr18 23873463 . T C 957.01 PASS AF=0.613139;AO=84;DP=137;FAO=84;FDP=137;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0145345;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.148;QD=27.942;RBI=0.0537037;REFB=-0.00606987;REVB=0.0516995;RO=53;SAF=35;SAR=49;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714352;STB=0.538647;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00388244;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:53:53:84:84:0.613139:49:35:17:36:49:35:17:36 chr18 23879134 . T C 71.91 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0132499;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=286.23;QD=22.1273;RBI=0.0147849;REFB=-0.00148277;REVB=-0.00655994;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000765585;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:8:9:0.692308:4:4:2:2:4:5:2:2 chr18 23879142 . T A 49.51 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0226455;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.785;QD=15.2324;RBI=0.188918;REFB=-0.0040201;REVB=0.187555;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0243819;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:4:3:3:2:4:3:4:2 chr18 24035399 . A G 439.27 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.639;QD=56.6796;RBI=0.0788998;REFB=0;REVB=-0.0782822;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122763;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr18 24269386 . G A 253.41 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0507796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3892;QD=15.1289;RBI=0.0515549;REFB=-0.0158594;REVB=-0.00890751;RO=36;SAF=4;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297087;STB=0.696434;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0328179;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:36:38:29:29:0.432836:25:4:12:24:25:4:14:24 chr18 25543387 . G A 208.31 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0581235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.996;QD=9.36243;RBI=0.0595632;REFB=-0.0194672;REVB=-0.0130165;RO=61;SAF=13;SAR=14;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506955;STB=0.535302;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0397488;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:62:27:27:0.303371:14:13:32:29:14:13:33:29 chr18 25565082 . A G 1695.01 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.724;QD=60.5361;RBI=0.0122261;REFB=0;REVB=0.00492395;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06241e-05;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr18 25570228 . G C 1124.44 PASS AF=0.897727;AO=79;DP=88;FAO=79;FDP=88;FR=.;FRO=9;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00142477;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.241;QD=51.1109;RBI=0.0121447;REFB=-0.0848833;REVB=0.0120609;RO=8;SAF=45;SAR=34;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560504;STB=0.524469;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000762569;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:88:88:8:9:79:79:0.897727:34:45:2:6:34:45:3:6 chr18 25616451 . A T 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00932697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.414;QD=31.0047;RBI=0.0180005;REFB=-0.0230339;REVB=0.0153956;RO=12;SAF=4;SAR=21;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340319;STB=0.689377;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00983701;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:21:4:7:5:21:4:7:5 chr18 28570025 . G T 727.4 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7221;QD=57.0511;RBI=0.0282085;REFB=0;REVB=0.0035517;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146064;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr18 28586964 . A G 1395.23 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.434;QD=62.7069;RBI=0.0399303;REFB=0;REVB=0.0328389;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101515;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:40:46:0:0:42:47:0:0 chr18 28610988 . C T 621.84 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0174797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1474;QD=44.4169;RBI=0.0393394;REFB=0.0121249;REVB=-0.0352427;RO=3;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262345;STB=0.518127;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.026415;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:3:7:49:49:0.875:21:28:1:2:21:28:3:4 chr18 28611061 . A T 1276.03 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.078;QD=60.7634;RBI=0.0568132;REFB=0;REVB=0.0188357;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291272;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:81:84:1:33:48:0:0:34:50:0:0 chr18 28611139 . A C 518.03 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00437201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.591;QD=54.5293;RBI=0.0308766;REFB=-0.0262013;REVB=0.0305655;RO=2;SAF=11;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077714;STB=0.541643;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00055322;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:35:36:0.947368:24:11:2:0:25:11:2:0 chr18 28720147 . C T 1863.88 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132402;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.803;QD=61.1108;RBI=0.0190538;REFB=0;REVB=-0.0137019;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505451;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:61:60:0:0:61:61:0:0 chr18 28722039 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4367;QD=57.2371;RBI=0.0474523;REFB=0;REVB=0.0119992;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354503;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr18 28722103 . T C 1025.29 PASS AF=1;AO=62;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.928;QD=59.4369;RBI=0.0431952;REFB=0;REVB=0.0368431;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812857;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:62:69:1:36:26:0:0:37:32:0:0 chr18 28722104 . A C 31.04 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0337628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3751;QD=1.77349;RBI=0.0433905;REFB=-0.00261512;REVB=0.0272545;RO=63;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479571;STB=0.869576;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00213952;OID=.;OPOS=28722104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:63:63:7:7:0.1:1:6:27:36:1:6:27:36 chr18 28734749 . A G 844.73 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352181;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.472;QD=57.2697;RBI=0.0473777;REFB=0;REVB=0.0316912;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280909;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:30:29:0:0 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 10845.9 PASS AF=0.0264993,0.973501;AO=122,570;DP=719;FAO=19,698;FDP=717;FR=.;FRO=0;FSAF=14,348;FSAR=5,350;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265004,-0.0238675;FXX=0.00554777;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.0065,39.1115;QD=60.5072;RBI=0.0864506,0.192021;REFB=0,0;REVB=0.0822888,0.190532;RO=2;SAF=13,340;SAR=109,230;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00863744,0.00413431;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0547134,0.00186878;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0264993,0.973501:122,570:719:19,698:717:0:14,348:5,350:0:0:6:2:13,340:109,230:0:2 chr18 28968959 . C T 5424.32 PASS AF=1;AO=347;DP=351;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05429;FXX=0.00849834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7682;QD=61.9922;RBI=0.0661306;REFB=-0.0586371;REVB=0.0377604;RO=2;SAF=145;SAR=202;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000922895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297121;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:351:350:2:0:347:350:1:202:145:1:1:204:146:0:0 chr18 28986333 . A C 3545.67 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393424;FXX=0.0255308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.544;QD=61.933;RBI=0.039361;REFB=0;REVB=-0.00121044;RO=0;SAF=98;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636706;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:229:0:0:220:229:1:122:98:0:0:123:106:0:0 chr18 28986334 . T C 33.93 PASS AF=0.0638298;AO=13;DP=233;FAO=15;FDP=235;FR=.;FRO=220;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=98;FSRR=122;FWDB=-0.00113302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7026;QD=0.577497;RBI=0.0250681;REFB=0.000143034;REVB=-0.0250425;RO=220;SAF=12;SAR=1;SRF=98;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469216;STB=0.87847;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000633243;OID=.;OPOS=28986334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:233:235:220:220:13:15:0.0638298:1:12:98:122:2:13:98:122 chr18 28993183 . A G,T 2056.29 PASS AF=0.962687,0.0373134;AO=129,5;DP=134;FAO=129,5;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=86,1;FSAR=43,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122994,0.0111873;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.9265,31.9383;QD=61.3818;RBI=0.0127084,0.0162348;REFB=0,0;REVB=0.00319791,-0.011765;RO=0;SAF=86,1;SAR=43,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00275146,0.237578;OID=.,.;OPOS=28993183,28993183;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:134:134:0:0:129,5:129,5:0.962687,0.0373134:43,4:86,1:0:0:43,4:86,1:0:0 chr18 28993501 . C A,CA 579.94 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=35,4;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134751,-0.0242071;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=39.6364,26.188;QD=59.4814;RBI=0.0309575,0.0349602;REFB=0,0;REVB=0.027871,-0.0252236;RO=0;SAF=18,2;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0157424,-0.168479;OID=.,.;OPOS=28993501,28993502;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:39:39:0:0:35,4:37,2:0.948718,0.0512821:17,2:18,2:0:0:19,0:18,2:0:0 chr18 29055957 . A G 7198.71 PASS AF=1;AO=456;DP=463;FAO=459;FDP=459;FR=.;FRO=0;FSAF=258;FSAR=201;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226117;FXX=0.0107756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4642;QD=62.7338;RBI=0.0360881;REFB=0.0167135;REVB=0.0281258;RO=0;SAF=255;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246473;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:463:459:0:0:456:459:1:201:255:0:0:201:258:0:0 chr18 29104698 . C T 2205.44 PASS AF=0.846561;AO=160;DP=189;FAO=160;FDP=189;FR=.;FRO=29;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0365605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.04;QD=46.676;RBI=0.0424984;REFB=0.00389351;REVB=0.0216667;RO=29;SAF=89;SAR=71;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416038;STB=0.522026;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000976945;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:29:29:160:160:0.846561:71:89:12:17:71:89:12:17 chr18 29122799 . G A 68.37 PASS AF=0.156627;AO=9;DP=84;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00526023;FXX=0.0568117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.472;QD=3.2947;RBI=0.0278597;REFB=-0.00948172;REVB=0.0273586;RO=67;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192966;STB=0.508367;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0473695;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:83:67:70:9:13:0.156627:3:6:34:33:6:7:37:33 chr18 29125854 . A G 2051.25 PASS AF=0.886228;AO=148;DP=168;FAO=148;FDP=167;FR=.;FRO=19;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00177074;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.403;QD=49.1317;RBI=0.00778146;REFB=-0.0069471;REVB=0.00757731;RO=18;SAF=75;SAR=73;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024191;STB=0.515733;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000787777;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:168:167:18:19:148:148:0.886228:73:75:7:11:73:75:7:12 chr18 29126670 . T C 2620.08 PASS AF=0.982857;AO=171;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0188985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.59;QD=59.8875;RBI=0.0410087;REFB=-0.126126;REVB=0.0363945;RO=1;SAF=84;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543957;STB=0.508379;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000348214;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:1:3:171:172:0.982857:87:84:0:1:88:84:0:3 chr18 29178554 . C T 4045.71 PASS AF=0.812332;AO=301;DP=374;FAO=303;FDP=373;FR=.;FRO=70;FSAF=124;FSAR=179;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0156726;FXX=0.00267373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.488;QD=43.3856;RBI=0.0214599;REFB=-0.0293021;REVB=0.0146594;RO=50;SAF=124;SAR=177;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013344;STB=0.536526;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00355105;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:50:70:301:303:0.812332:177:124:23:27:179:124:42:28 chr18 29339910 . G A,T 716.52 PASS AF=0.0163934,0.885246;AO=5,54;DP=61;FAO=1,54;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=1,32;FSAR=0,22;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00411247,0.00707913;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.1214,226.971;QD=46.9851;RBI=0.0573036,0.00735534;REFB=-0.0295655,-0.0057917;REVB=-0.0571559,-0.00199676;RO=1;SAF=5,32;SAR=0,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0145012;STB=0.5,0.542842;STBP=1,0.057;TYPE=snp,snp;VARB=0.202198,-0.000718366;OID=.,.;OPOS=29339910,29339910;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:61:61:1:6:5,54:1,54:0.0163934,0.885246:0,22:5,32:1:0:0,22:1,32:6:0 chr18 29410479 . T A 163.15 PASS AF=0.132404;AO=37;DP=287;FAO=38;FDP=287;FR=.;FRO=249;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=101;FSRR=148;FWDB=0.00261376;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.395;QD=2.27384;RBI=0.0127114;REFB=-0.00160353;REVB=0.0124397;RO=248;SAF=13;SAR=24;SRF=100;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069724;STB=0.558901;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00932389;OID=.;OPOS=29410479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:248:249:37:38:0.132404:24:13:100:148:25:13:101:148 chr18 29497573 . A G 4075.69 PASS AF=1;AO=261;DP=265;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117394;FXX=0.0112355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.802;QD=61.7529;RBI=0.0379161;REFB=-0.102094;REVB=0.036053;RO=2;SAF=155;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262424;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:265:264:2:0:261:264:1:106:155:1:1:108:156:0:0 chr18 29710879 . T A 34.21 PASS AF=0.0647249;AO=23;DP=314;FAO=20;FDP=309;FR=.;FRO=289;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=140;FSRR=149;FWDB=-0.0192628;FXX=0.0159231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.3472;QD=0.442802;RBI=0.050039;REFB=-0.013846;REVB=0.0461828;RO=271;SAF=17;SAR=6;SRF=134;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281332;STB=0.701156;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.194561;OID=.;OPOS=29710879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:314:309:271:289:23:20:0.0647249:6:17:134:137:6:14:140:149 chr18 29710880 . A AAG,G 3436.43 PASS AF=0.880137,0;AO=217,20;DP=312;FAO=257,0;FDP=292;FR=.;FRO=35;FSAF=128,0;FSAR=129,0;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0234055,0.0276814;FXX=0.0331115;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=298.125,178.571;QD=47.0743;RBI=0.0234491,0.0278954;REFB=-0.0153201,-0.0107569;REVB=0.00142933,-0.00344913;RO=45;SAF=107,5;SAR=110,15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0130588,-0.346592;STB=0.50537,0.5;STBP=0.653,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00587316,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:292:45:35:217,20:257,0:0.880137,0:110,15:107,5:24:21:129,0:128,0:19:16 chr18 29788107 . G A 144.79 PASS AF=0.105;AO=41;DP=400;FAO=42;FDP=400;FR=.;FRO=358;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=180;FSRR=178;FWDB=-0.000919073;FXX=0.0024937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.149;QD=1.44793;RBI=0.0412641;REFB=-0.000529765;REVB=-0.0412539;RO=349;SAF=17;SAR=24;SRF=176;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110624;STB=0.566492;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00380492;OID=.;OPOS=29788107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:400:349:358:41:42:0.105:24:17:176:173:24:18:180:178 chr18 29795076 . T C 3052.5 PASS AF=0.824818;AO=223;DP=278;FAO=226;FDP=274;FR=.;FRO=48;FSAF=121;FSAR=105;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00371745;FXX=0.0249101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.751;QD=44.562;RBI=0.0181798;REFB=0.00770089;REVB=0.0177957;RO=47;SAF=120;SAR=103;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261579;STB=0.512127;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00171597;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:274:47:48:223:226:0.824818:103:120:29:18:105:121:29:19 chr18 29795101 . T C 4371.11 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111263;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.322;QD=63.1207;RBI=0.0614994;REFB=0;REVB=0.0604846;RO=0;SAF=144;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95755e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:262:277:0:0:262:277:1:118:144:0:0:131:146:0:0 chr18 29797921 . C T 104.54 PASS AF=0.119816;AO=26;DP=217;FAO=26;FDP=217;FR=.;FRO=191;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=94;FSRR=97;FWDB=-0.0204646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.208;QD=1.92701;RBI=0.0206187;REFB=-0.00364782;REVB=0.00251621;RO=191;SAF=12;SAR=14;SRF=94;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382436;STB=0.526968;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0273113;OID=.;OPOS=29797921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:191:191:26:26:0.119816:14:12:94:97:14:12:94:97 chr18 29848028 . T C 81.24 PASS AF=0.121019;AO=19;DP=157;FAO=19;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=91;FSRR=47;FWDB=-0.00814668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.626;QD=2.06986;RBI=0.0184142;REFB=-0.000525414;REVB=0.0165141;RO=138;SAF=10;SAR=9;SRF=91;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170907;STB=0.618672;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00573283;OID=.;OPOS=29848028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:138:138:19:19:0.121019:9:10:91:47:9:10:91:47 chr18 30253010 . TA CA,T,TCA 92.62 PASS AF=0,0,0.245614;AO=3,11,10;DP=60;FAO=0,0,14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0615485,0.190997,0.0751609;FXX=0.109358;HRUN=4,2,0;LEN=1,1,1;MLLD=70.278,16.2058,66.901;QD=6.4999;RBI=0.099187,0.433555,0.0937626;REFB=-0.00373632,-0.0785063,-0.00281799;REVB=-0.0777807,-0.389217,-0.0560559;RO=25;SAF=0,0,5;SAR=3,11,5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.719291,-0.836255,-0.358935;STB=0.5,0.5,0.562724;STBP=1,1,0.618;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0437727,0.0652292,0.0114464;OID=.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011;OREF=T,A,-;OALT=C,-,C;OMAPALT=CA,T,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:82:60:57:25:43:3,11,10:0,0,14:0,0,0.245614:3,11,5:0,0,5:20:5:0,0,8:0,0,6:22:21 chr18 30563247 . GAAAA GAAA,GAAAT 68.86 PASS AF=0.305556,0.0555556;AO=8,2;DP=36;FAO=11,2;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=1,2;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0710355,0.0519928;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.0363,26.3418;QD=7.65061;RBI=0.084795,0.0563757;REFB=0.0200904,-0.00737576;REVB=-0.0463049,0.0217937;RO=23;SAF=1,2;SAR=7,0;SRF=7;SRR=16;SSEN=0.36,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.3143,0.592955;STB=0.754129,0.996416;STBP=0.104,0.056;TYPE=del,snp;VARB=-0.0648948,0.139401;OID=.,.;OPOS=30563248,30563251;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556,0.0555556:8,2:36:11,2:36:23:1,2:10,0:7:16:58:23:1,2:7,0:7:16 chr18 30804756 . C T 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7705;QD=60.9618;RBI=0.0345352;REFB=0;REVB=-0.0334681;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391506;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr18 30804758 . A C 390.04 PASS AF=0.756098;AO=30;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0227358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.75;QD=38.0529;RBI=0.0284043;REFB=-0.00263075;REVB=-0.0170261;RO=8;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114377;STB=0.53016;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000909567;OID=.;OPOS=30804758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:8:10:30:31:0.756098:12:18:7:1:13:18:7:3 chr18 30846894 . TA T,TT 788.17 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=9,47;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108524,0.0239533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.68,123.008;QD=56.2979;RBI=0.0399358,0.0340659;REFB=0,0;REVB=-0.038433,-0.0242223;RO=0;SAF=6,20;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0301782,0.00247252;OID=.,.;OPOS=30846895,30846895;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:9,47:56:1,55:56:0:0,26:1,29:0:0:5:0:6,20:3,27:0:0 chr18 30847180 . C T 401.05 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0146925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.66;QD=24.3063;RBI=0.0151435;REFB=0.00487907;REVB=0.00366825;RO=27;SAF=17;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500583;STB=0.527432;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00261305;OID=.;OPOS=30847180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:22:17:10:17:22:17:10:17 chr18 30908047 . A T 114.13 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.381;QD=41.5006;RBI=0.103525;REFB=0;REVB=0.103465;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14388e-05;OID=.;OPOS=30908047;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:1:8:0:0:2:9:0:0 chr18 31320229 . A G 59.89 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0247668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.2674;QD=6.14251;RBI=0.0345986;REFB=-0.0165838;REVB=-0.0241593;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799301;STB=0.561271;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0423157;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:39:29:30:9:9:0.230769:4:5:18:11:4:5:19:11 chr18 31324934 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0293219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.667;QD=4.46098;RBI=0.029428;REFB=-0.0136434;REVB=0.00249583;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177959;STB=0.621806;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0404068;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:13:12:2:4:13:12 chr18 32834095 . T C 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0133217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.834;QD=23.527;RBI=0.0590867;REFB=-0.00980416;REVB=0.0575654;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13928;STB=0.553137;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00511618;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:15:20:20:0.571429:7:13:6:7:7:13:8:7 chr18 32834186 . T G 154.85 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0606594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2333;QD=22.9405;RBI=0.100365;REFB=-0.0229258;REVB=0.0799598;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180487;STB=0.602508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0214535;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:7:4:3:13:7:4 chr18 32889193 . C T 514.24 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00570744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.859;QD=33.1765;RBI=0.00689133;REFB=-0.0594502;REVB=-0.00386207;RO=17;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913824;STB=0.549334;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0185048;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:45:45:0.725806:24:21:11:6:24:21:11:6 chr18 32916162 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00637158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.434;QD=7.95468;RBI=0.00962364;REFB=-0.00906781;REVB=-0.00721231;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283248;STB=0.675254;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0132657;OID=.;OPOS=32916162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:7:12:3:5:7:12 chr18 32917644 . T C 141.8 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0192558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.258;QD=13.8342;RBI=0.062745;REFB=-0.0215651;REVB=0.0597173;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226393;STB=0.632417;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0345393;OID=.;OPOS=32917644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:12:13:5:11:12:13 chr18 32947616 . A ATTTTAT 286.95 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=29;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.01135;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=6;MLLD=230.247;QD=40.9932;RBI=0.0394512;REFB=0.00187565;REVB=-0.0377832;RO=5;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178192;STB=0.518852;STBP=0.663;TYPE=ins;VARB=-0.0010412;OID=.;OPOS=32947617;OREF=-;OALT=TTTTAT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:18:29:24:28:4:9:15:2:2:19:5:8:10:2:3 chr18 33290678 . C CTGAT 187.72 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0204798;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=4;MLLD=287.046;QD=10.5755;RBI=0.0302883;REFB=-0.00245527;REVB=0.0223149;RO=47;SAF=8;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25231;STB=0.647494;STBP=0.081;TYPE=ins;VARB=0.00531903;OID=.;OPOS=33290679;OREF=-;OALT=TGAT;OMAPALT=CTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338028:24:73:24:71:47:8:16:26:21:99:47:8:16:26:21 chr18 33647254 . A C 724.15 PASS AF=0.981132;AO=46;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.103;QD=54.6528;RBI=0.0361635;REFB=-0.0100687;REVB=0.0160572;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000142909;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:46:52:0.981132:23:23:0:0:29:23:1:0 chr18 33706614 . C G 890.41 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117348;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.638;QD=58.3878;RBI=0.0848481;REFB=0;REVB=0.0840327;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659174;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:22:37:0:0:24:37:0:0 chr18 33721325 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3322;QD=39.2068;RBI=0.0234977;REFB=0;REVB=0.019889;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197292;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr18 33779821 . C A 1338.05 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000843956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.867;QD=62.2349;RBI=0.0157244;REFB=0;REVB=-0.0157018;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80023e-05;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr18 33779855 . C T 912.7 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00340726;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.727;QD=52.9103;RBI=0.0168605;REFB=-0.140513;REVB=0.0165127;RO=4;SAF=27;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950515;STB=0.50504;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0018934;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:65:65:0.942029:38:27:2:2:38:27:2:2 chr18 33779896 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.62;QD=64.1538;RBI=0.0136292;REFB=0;REVB=-0.0111584;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31662e-06;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr18 33780020 . A G 613.61 PASS AF=1;AO=30;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6028;QD=59.8639;RBI=0.0421027;REFB=0;REVB=-0.00708543;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700883;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:30:41:1:19:11:0:0:20:21:0:0 chr18 33780021 . C G 70.28 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0367588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.111;QD=6.85618;RBI=0.0521963;REFB=-0.0375428;REVB=-0.0370574;RO=31;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622563;STB=0.894717;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0214604;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:1:9:12:19:1:9:12:19 chr18 33785093 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.167;QD=57.1062;RBI=0.0396984;REFB=0;REVB=0.0288999;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72095e-05;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr18 33785185 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.98388e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.017;QD=56.7057;RBI=0.0527957;REFB=0;REVB=-0.0527956;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161948;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr18 33848581 . T C 353.88 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0244381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.413;QD=23.992;RBI=0.0274329;REFB=-0.0211354;REVB=0.0124635;RO=23;SAF=14;SAR=21;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214083;STB=0.62216;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0169857;OID=.;OPOS=33848581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:21:14:3:20:21:14:3:21 chr18 34156497 . A G 122.28 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.016906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.745;QD=5.75444;RBI=0.0221643;REFB=0.000816762;REVB=0.0143333;RO=66;SAF=4;SAR=15;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415008;STB=0.760442;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00463254;OID=.;OPOS=34156497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:66:66:19:19:0.223529:15:4:35:31:15:4:35:31 chr18 34310668 . C T 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000911159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.944;QD=21.8934;RBI=0.0334167;REFB=0.00458949;REVB=-0.0334043;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464776;STB=0.525629;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0041234;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:20:16:21:21:20:16 chr18 34324091 . G A 404.56 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0563709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7147;QD=27.9005;RBI=0.0563781;REFB=-0.00871163;REVB=-0.000901868;RO=20;SAF=24;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870526;STB=0.547503;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0052874;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:14:24:10:10:14:24:10:10 chr18 34824530 . GTTTTTTTTG TTTTTTTGTT 30.86 PASS AF=0.0958904;AO=6;DP=79;FAO=7;FDP=73;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=66;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=16;FWDB=-0.010468;FXX=0.0874891;HRUN=1;LEN=10;MLLD=245.061;QD=1.69099;RBI=0.0127108;REFB=-0.00233933;REVB=-0.00721007;RO=32;SAF=0;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.777052;STB=0.932116;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.0290063;OID=.;OPOS=34824530;OREF=GTTTTTTTTG;OALT=TTTTTTTGTT;OMAPALT=TTTTTTTGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:79:73:32:66:6:7:0.0958904:6:0:25:7:6:1:50:16 chr18 39761310 . A G 495.32 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.98;QD=56.608;RBI=0.0431023;REFB=-0.0562042;REVB=0.0374976;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010381;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:34:35:1:17:17:1:0:17:18:0:0 chr18 39761342 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0305905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.508;QD=4.81089;RBI=0.0430712;REFB=0.00440643;REVB=0.0303208;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148013;STB=0.618641;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0221085;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:4:2:10:12:4:2:11:12 chr18 40323497 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.457;QD=49.599;RBI=0.0130587;REFB=0;REVB=-0.0118109;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99259e-05;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr18 42456653 . G A 616.73 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054304;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.589;QD=61.6731;RBI=0.0549276;REFB=0;REVB=0.00825367;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032325;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:31:8:0:0:31:9:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 708.71 PASS AF=0.807692,0.192308;AO=39,10;DP=53;FAO=42,10;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=27,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038724,0.0238551;FXX=0.0370302;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=227.13,43.2488;QD=54.5164;RBI=0.0391745,0.0334024;REFB=0,0;REVB=0.00592384,0.0233806;RO=1;SAF=15,1;SAR=24,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0191347,0.0471711;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00576001,-0.0111181;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:53:52:1:0:39,10:42,10:0.807692,0.192308:24,9:15,1:0:1:27,9:15,1:0:0 chr18 42532606 . G A 1339.44 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.596;QD=62.2994;RBI=0.0167066;REFB=0;REVB=-0.00439019;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4407e-05;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:50:35:0:0:51:35:0:0 chr18 42533130 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.463;QD=57.0001;RBI=0.0129278;REFB=0;REVB=0.0100097;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3824e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr18 43206985 . A G 272.87 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00191577;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.177;QD=10.495;RBI=0.0109596;REFB=0.00556616;REVB=-0.0107908;RO=68;SAF=12;SAR=23;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263954;STB=0.657053;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00799392;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:35:35:0.336538:23:12:39:29:23:12:40:29 chr18 43246156 . G A 495.33 PASS AF=0.5875;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.000197011;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.331;QD=24.7664;RBI=0.00962402;REFB=-0.009444;REVB=-0.009622;RO=34;SAF=19;SAR=27;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246575;STB=0.504423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00595215;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:33:46:47:0.5875:27:19:13:21:28:19:13:20 chr18 43247001 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6624;QD=52.6122;RBI=0.0986075;REFB=0;REVB=0.0382228;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198201;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr18 43262359 . G A 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0410144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2318;QD=7.0663;RBI=0.0582719;REFB=-0.0334386;REVB=-0.0413936;RO=47;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115054;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.101528;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:11:6:17:30:11:6:17:31 chr18 43307246 . C T 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0028612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.241;QD=22.7936;RBI=0.0354604;REFB=-0.0276172;REVB=-0.0353448;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010198;STB=0.505699;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0256581;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:12:9:10:14:12:9 chr18 43307338 . C A 355.35 PASS AF=0.583333;AO=32;DP=56;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.014437;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.917;QD=23.6899;RBI=0.0191738;REFB=-0.059936;REVB=0.0126178;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565836;STB=0.554992;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0316057;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:24:25:32:35:0.583333:15:17:11:13:15:20:11:14 chr18 43316538 . A G 277.19 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0511497;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.452;QD=24.6389;RBI=0.0512037;REFB=-0.0194959;REVB=0.00235098;RO=20;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195702;STB=0.609469;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0153832;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:18:7:10:10:18:7:10:10 chr18 43319519 . G A 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0200139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4761;QD=16.6133;RBI=0.0200406;REFB=0.00706849;REVB=0.00103295;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298132;STB=0.670534;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00969608;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:14:7:11:6:14:7 chr18 43416974 . T A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0108644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.578;QD=10.7542;RBI=0.0141888;REFB=-0.00836867;REVB=-0.00912615;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263807;STB=0.658287;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0108212;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:14:12:9:4:14:12 chr18 43420177 . G A 84.7 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0120406;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.635;QD=9.96458;RBI=0.0231163;REFB=-0.0213426;REVB=-0.0197328;RO=23;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549994;STB=0.86016;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0318415;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:23:23:11:11:0.323529:1:10:12:11:1:10:11:12 chr18 43497710 . A G 279.0 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0370894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.81;QD=41.3335;RBI=0.0432742;REFB=-0.0075715;REVB=0.0222942;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.583261;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00133913;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:0:4:22:23:0.851852:13:9:0:0:13:10:4:0 chr18 43547127 . TGG T,TG 317.64 PASS AF=0,1;AO=6,26;DP=33;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754684,-0.140254;FXX=0.0588062;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.88103,14.533;QD=39.7054;RBI=0.129256,0.246756;REFB=0,0;REVB=-0.104936,-0.20302;RO=0;SAF=4,16;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.47619,0.47619;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0151719;OID=.,.;OPOS=43547128,43547128;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,26:33:0,32:32:0:0,20:0,12:0:0:6:0:4,16:2,10:0:0 chr18 43671668 . C G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0280915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.888;QD=11.0196;RBI=0.0329428;REFB=0.00674551;REVB=-0.0172075;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236249;STB=0.642419;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00367719;OID=.;OPOS=43671668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:6:2:3:3:6:2 chr18 43833701 . T TCTG 681.49 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=67;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0170991;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.605;QD=41.938;RBI=0.0174398;REFB=-0.0317762;REVB=0.00343033;RO=12;SAF=23;SAR=31;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11056;STB=0.551329;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.0054414;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.830769:54:67:54:65:11:23:31:8:3:61:12:23:31:9:3 chr18 43843736 . T G 453.58 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6086;QD=54.9796;RBI=0.098766;REFB=-0.0937292;REVB=0.0847984;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00697297;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:1:0:12:20:1:0 chr18 44040660 . T C 338.15 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0285846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8634;QD=26.5213;RBI=0.0636132;REFB=0.00870515;REVB=0.0568292;RO=18;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187938;STB=0.596954;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00808582;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:19:31:32:0.627451:19:12:12:6:20:12:12:7 chr18 44057710 . C T 146.31 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0544558;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.826;QD=7.31545;RBI=0.054771;REFB=-0.00347242;REVB=-0.00586717;RO=52;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166063;STB=0.630646;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0216735;OID=.;OPOS=44057710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:59:21:21:0.2625:13:8:27:25:13:8:33:26 chr18 44063598 . G A 1446.28 PASS AF=0.748428;AO=118;DP=159;FAO=119;FDP=159;FR=.;FRO=40;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0248801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9;QD=36.3844;RBI=0.0550866;REFB=-0.0238332;REVB=0.0491479;RO=40;SAF=55;SAR=63;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423754;STB=0.50324;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00750915;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:40:40:118:119:0.748428:63:55:19:21:64:55:19:21 chr18 44126909 . T C 1141.54 PASS AF=1;AO=63;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527532;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.593;QD=60.882;RBI=0.0735276;REFB=0;REVB=0.0512192;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256047;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:63:75:1:27:36:0:0:39:36:0:0 chr18 44135143 . T C 531.72 PASS AF=0.64;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00610213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.681;QD=28.3585;RBI=0.0144187;REFB=-0.0297563;REVB=0.0130638;RO=26;SAF=12;SAR=36;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137386;STB=0.585328;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0101971;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:27:48:48:0.64:36:12:11:15:36:12:12:15 chr18 44560300 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.972;QD=53.273;RBI=0.0860463;REFB=0;REVB=0.00888029;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122284;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr18 44560429 . C A 644.05 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.863;QD=61.338;RBI=0.0565608;REFB=0;REVB=0.0564965;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166509;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:14:25:0:0:16:26:0:0 chr18 44560875 . C A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.331;QD=59.3228;RBI=0.0369794;REFB=0;REVB=0.0223539;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0841e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr18 44561100 . C G 160.03 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1398;QD=45.7233;RBI=0.087626;REFB=0;REVB=0.0792508;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217644;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr18 44561516 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0665;QD=33.4271;RBI=0.100181;REFB=0;REVB=-0.100181;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00925554;OID=.;OPOS=44561516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr18 44561795 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.365;QD=51.1846;RBI=0.0751908;REFB=0;REVB=0.0144471;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771163;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr18 44585955 . G A 196.8 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.842;QD=46.3065;RBI=0.0494092;REFB=0;REVB=-0.0148267;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133809;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:11:4:0:0:11:6:0:0 chr18 45696157 . AG A,AA 220.15 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027521,0.0235621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.587,251.689;QD=48.9217;RBI=0.031763,0.0275115;REFB=0,0;REVB=-0.0158583,-0.0142025;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0264889,0.00228579;OID=.,.;OPOS=45696158,45696158;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:1,9:0,8:0:0:5:0:2,8:0,8:0:0 chr18 45696204 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.288;QD=52.6096;RBI=0.0216783;REFB=0;REVB=0.0148019;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234013;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr18 45696256 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.339;QD=50.4134;RBI=0.0107577;REFB=0;REVB=0.00872539;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66574e-06;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr18 45711740 . T C 182.14 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0111931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.132;QD=16.9431;RBI=0.0128365;REFB=-0.0101529;REVB=0.00628416;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33796;STB=0.698635;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00992762;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:8:11:5:18:8:11:5:19 chr18 46001932 . A G 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.959;QD=57.7087;RBI=0.05353;REFB=0;REVB=0.0534097;RO=0;SAF=53;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70405e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:6:53:0:0:6:53:0:0 chr18 46284587 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2255;QD=57.5434;RBI=0.0578093;REFB=0;REVB=-0.0126097;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490069;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:16:42:0:0:16:42:0:0 chr18 46343666 . C T 225.23 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0571697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8127;QD=27.3001;RBI=0.0574686;REFB=-0.0425762;REVB=-0.00585343;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213687;STB=0.618928;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.025304;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:15:6:7:5:15:6:7:5 chr18 46446589 . T C 652.68 PASS AF=0.601942;AO=60;DP=100;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.000563471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3268;QD=25.3469;RBI=0.027029;REFB=-0.0329728;REVB=0.0270232;RO=40;SAF=34;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494721;STB=0.521057;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.024941;OID=.;OPOS=46446589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:40:41:60:62:0.601942:26:34:20:20:27:35:21:20 chr18 46468946 . G A 446.27 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.762;QD=57.5827;RBI=0.0449623;REFB=0;REVB=0.0341846;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53832e-05;OID=.;OPOS=46468946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr18 46474746 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0224294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.255;QD=9.49166;RBI=0.0350752;REFB=-0.00353921;REVB=0.0269665;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30793;STB=0.695122;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00856601;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:13:5:1:8:13:5 chr18 46545924 . A G 1878.67 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0587591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.362;QD=60.6024;RBI=0.0588457;REFB=-0.130754;REVB=0.0031915;RO=1;SAF=52;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904767;STB=0.504586;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0016532;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:121:123:0.991935:69:52:1:0:69:54:1:0 chr18 47093864 . C T 85.62 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0182454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6212;QD=6.00843;RBI=0.0256133;REFB=-0.00762025;REVB=-0.0179763;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292701;STB=0.684497;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0204002;OID=.;OPOS=47093864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:4:9:20:24:4:9:20:24 chr18 47352599 . G T 30.5 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0275076;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.288;QD=2.21788;RBI=0.0397542;REFB=-0.00524328;REVB=-0.0287007;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117315;STB=0.509061;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0437473;OID=.;OPOS=47352599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:3:3:24:25:3:3:25:24 chr18 47352639 . A C 82.23 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00165993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.507;QD=5.48228;RBI=0.0063789;REFB=-0.00102484;REVB=0.00615914;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906562;STB=0.566825;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00329377;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:46:47:13:13:0.216667:8:5:21:25:8:5:22:25 chr18 47352677 . A C 79.28 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0191411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.448;QD=6.74729;RBI=0.020282;REFB=0.002042;REVB=-0.00670655;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037706;STB=0.513594;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0224945;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:6:5:17:18:6:5:17:19 chr18 47369758 . C T 171.21 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=54;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00325003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.885;QD=11.8075;RBI=0.00336184;REFB=-0.00584322;REVB=0.000859811;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179782;STB=0.569968;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.016516;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:33:36:20:22:0.37931:14:6:15:18:14:8:17:19 chr18 47383243 . C T 127.02 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0163704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0344;QD=11.8154;RBI=0.0853706;REFB=0.00895315;REVB=0.0837864;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047539;STB=0.50876;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0123129;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:28:14:15:0.348837:10:4:9:19:10:5:9:19 chr18 47500836 . G A 453.54 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00486557;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.679;QD=13.4383;RBI=0.0210353;REFB=-0.0215549;REVB=0.0204648;RO=81;SAF=33;SAR=19;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089047;STB=0.551786;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0345437;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:83:52:52:0.385185:19:33:45:36:19:33:46:37 chr18 47563299 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9254;QD=60.2298;RBI=0.0442241;REFB=0;REVB=0.0397118;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914063;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr18 47733498 . G T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0229645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.591;QD=18.7769;RBI=0.0231822;REFB=-0.00562816;REVB=0.00316974;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179636;STB=0.576865;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00680397;OID=.;OPOS=47733498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:26:26:26:0.5:13:13:7:17:13:13:9:17 chr18 47777244 . C T 667.89 PASS AF=0.708861;AO=52;DP=78;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0133348;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.789;QD=33.8171;RBI=0.0254201;REFB=-0.0372944;REVB=-0.0216417;RO=26;SAF=27;SAR=25;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118415;STB=0.503431;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0151712;OID=.;OPOS=47777244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:26:23:52:56:0.708861:25:27:13:13:25:31:13:10 chr18 47777937 . G A 52.79 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00954415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.025;QD=7.03884;RBI=0.0329421;REFB=-0.00538319;REVB=0.0315292;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.59976;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0185995;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:8:14:4:4:8:14 chr18 47795629 . C A 905.34 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0847;QD=56.5835;RBI=0.0314811;REFB=0.139186;REVB=0.0292748;RO=2;SAF=34;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269626;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00407805;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:2:1:62:63:0.984375:28:34:2:0:28:35:1:0 chr18 47801800 . G A 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0124405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1787;QD=27.3827;RBI=0.0130811;REFB=-0.048376;REVB=-0.00404357;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0314239;OID=.;OPOS=47801800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:2:1:7:3:2:1 chr18 47803354 . C T 102.77 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0182581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.251;QD=6.04518;RBI=0.024106;REFB=-0.00498957;REVB=-0.0157398;RO=52;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236566;STB=0.514687;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0137809;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:8:8:27:25:8:8:27:25 chr18 47809871 . G T 215.04 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00781536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6881;QD=21.5044;RBI=0.0483308;REFB=0.00368985;REVB=-0.0476947;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294818;STB=0.664964;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0108715;OID=.;OPOS=47809871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:14:5:13:8:14:5 chr18 47810251 . C G 307.36 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0429277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.894;QD=15.5626;RBI=0.0471791;REFB=-0.0328787;REVB=0.0195724;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243744;STB=0.642255;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0424932;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:20:14:29:15:20:14:30:15 chr18 47810351 . A G 738.82 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=56.8326;RBI=0.0710996;REFB=0;REVB=0.0709111;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157116;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:20:28:0:0:23:29:0:0 chr18 47811374 . G A 103.74 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0427924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7823;QD=19.7601;RBI=0.0962216;REFB=-0.0702269;REVB=0.0861824;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462643;STB=0.545383;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0627365;OID=.;OPOS=47811374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:21:21:7:9:11:12:0.571429:2:9:6:1:2:10:8:1 chr18 47908556 . G A 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0270819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.214;QD=10.4729;RBI=0.0282086;REFB=0.000393845;REVB=0.00789281;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191986;STB=0.5999;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000974612;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:37:19:19:0.339286:10:9:11:25:10:9:12:25 chr18 48190412 . C T 141.56 PASS AF=0.205128;AO=24;DP=118;FAO=24;FDP=117;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0396122;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.278;QD=4.83969;RBI=0.0419517;REFB=-0.00879765;REVB=-0.0138136;RO=92;SAF=13;SAR=11;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937897;STB=0.571167;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0349891;OID=.;OPOS=48190412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:92:93:24:24:0.205128:11:13:43:49:11:13:42:51 chr18 48248453 . T C 179.75 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0216135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.378;QD=18.4362;RBI=0.0225423;REFB=-0.0370247;REVB=0.00640413;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121753;STB=0.564449;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0451551;OID=.;OPOS=48248453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:17:19:0.487179:8:9:8:12:9:10:8:12 chr18 48256614 . A G 109.27 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000503365;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.978;QD=8.2469;RBI=0.0446386;REFB=-0.0119025;REVB=-0.0446358;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17214;STB=0.572422;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0231202;OID=.;OPOS=48256614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:38:14:15:0.283019:5:9:18:18:6:9:19:19 chr18 48325430 . T G 56.17 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00359868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8415;QD=2.99594;RBI=0.0876215;REFB=0.00116125;REVB=0.0875475;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143745;STB=0.591183;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00591816;OID=.;OPOS=48325430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:63:64:11:11:0.146667:6:5:36:27:6:5:36:28 chr18 48327815 . G A 425.8 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00396792;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.839;QD=27.0347;RBI=0.0129738;REFB=-0.0196922;REVB=0.0123522;RO=23;SAF=15;SAR=25;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051181;STB=0.527883;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0114456;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:23:40:40:0.634921:25:15:7:16:25:15:7:16 chr18 48331553 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2376;QD=54.7457;RBI=0.0717383;REFB=-0.0966394;REVB=0.0547486;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00348698;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr18 48578977 . GT G 35.84 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.101597;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.04249;QD=5.97296;RBI=0.133194;REFB=-0.10109;REVB=-0.0861321;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.588084;STBP=0.395;TYPE=del;VARB=0.0953515;OID=.;OPOS=48578978;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:24:12:24:12:8:4:6:6:35:10:7:4:5:5 chr18 48723217 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.382;QD=39.2058;RBI=0.0972048;REFB=0;REVB=0.0920166;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935411;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr18 49072801 . C T 96.02 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0333566;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6155;QD=5.90865;RBI=0.0346731;REFB=0.00976855;REVB=-0.00946364;RO=50;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209581;STB=0.6314;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0206443;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:65:65:50:50:15:15:0.230769:10:5:25:25:10:5:25:25 chr18 49867224 . T C 1840.93 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.771;QD=61.3642;RBI=0.0390229;REFB=0;REVB=-0.00722448;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67117e-05;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:64:55:0:0:64:56:0:0 chr18 50936994 . T C 186.06 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00685585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.936;QD=8.55463;RBI=0.0101703;REFB=-0.0144171;REVB=-0.00751217;RO=61;SAF=10;SAR=15;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110943;STB=0.572035;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0299021;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:62:25:25:0.287356:15:10:30:31:15:10:31:31 chr18 50942653 . C T 242.25 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.00450616;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.263;QD=8.07505;RBI=0.0585581;REFB=0.000532356;REVB=-0.0583845;RO=84;SAF=20;SAR=14;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386851;STB=0.520885;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00126453;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:84:86:34:34:0.283333:14:20:52:32:14:20:53:33 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA 831.04 PASS AF=1,0;AO=41,11;DP=62;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053959,-0.024114;FXX=0.0806322;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=168.195,183.068;QD=58.3183;RBI=0.0807436,0.0354727;REFB=0,0;REVB=0.0600663,0.026016;RO=0;SAF=25,0;SAR=16,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000319994,0;OID=.,.;OPOS=51795958,51795961;OREF=CGA,CGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GCGAC,GCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,11:62:57,0:57:0:29,0:28,0:0:0:5:0:25,0:16,11:0:0 chr18 51820210 . C G 297.93 PASS AF=0.78125;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0162031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1139;QD=37.2417;RBI=0.0241604;REFB=0.00534444;REVB=0.0179216;RO=7;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295634;STB=0.519984;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00145044;OID=.;OPOS=51820210;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:7:7:24:25:0.78125:12:12:4:3:13:12:4:3 chr18 51820805 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=47.8222;RBI=0.0077919;REFB=0;REVB=0.00730657;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108158;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr18 52265308 . A C 785.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1149;QD=64.1161;RBI=0.0361209;REFB=0;REVB=0.00646228;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268763;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr18 52570281 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.906;QD=48.7373;RBI=0.0399474;REFB=0;REVB=0.0230423;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6104e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr18 52889967 . T C 407.78 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0190628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.701;QD=28.6159;RBI=0.0192642;REFB=0.0233727;REVB=-0.00277838;RO=19;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101001;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:18:20:10:9:18:20:10:9 chr18 52895531 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00770335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.547;QD=25.3671;RBI=0.00888784;REFB=-0.0203253;REVB=-0.00443307;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.571359;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.013539;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:7:7:14:7:7:7 chr18 53070914 . G A 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.000533712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.424;QD=6.07087;RBI=0.00903803;REFB=-0.0141556;REVB=-0.00902225;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800268;STB=0.549929;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.051967;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:7:7:20:26:7:7:20:26 chr18 53177774 . G C 137.95 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.103133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3026;QD=29.0415;RBI=0.119848;REFB=0.00143473;REVB=-0.061049;RO=5;SAF=12;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413354;STB=0.7343;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00133817;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:2:12:1:4:2:12:1:4 chr18 53303101 . C G 1103.48 PASS AF=1;AO=41;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792627;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.884;QD=61.3042;RBI=0.14993;REFB=0;REVB=0.14972;RO=0;SAF=35;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281347;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:41:72:1:6:35:0:0:37:35:0:0 chr18 54339818 . C G 1027.76 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3339;QD=57.9018;RBI=0.0471404;REFB=0.00823064;REVB=0.0382152;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-4.51108e-05;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:35:34:1:0:36:34:1:0 chr18 54448778 . G A 478.41 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0295234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.301;QD=30.8651;RBI=0.0662281;REFB=-0.0410928;REVB=0.0592835;RO=19;SAF=27;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344107;STB=0.51863;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0171761;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:19:43:43:0.693548:16:27:13:6:16:27:13:6 chr18 55021724 . A AC 504.41 PASS AF=1;AO=7;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000935361;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.355;QD=43.8621;RBI=0.0799208;REFB=0;REVB=-0.0799154;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00341252;OID=.;OPOS=55021725;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:48:46:46:0:17:29:0:0:4:41:2:5:16:25 chr18 55021725 . A C 541.63 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00341962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.624;QD=47.0979;RBI=0.0174034;REFB=0.0277354;REVB=0.0170641;RO=7;SAF=15;SAR=24;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298389;STB=0.516006;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00191048;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:24:15:2:5:24:15:2:5 chr18 55021726 . A T 40.37 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00477277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2398;QD=3.51083;RBI=0.00592971;REFB=-0.0157013;REVB=0.00351883;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131797;STB=0.594123;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.185957;OID=.;OPOS=55021726;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:5:2:15:24:5:2:15:24 chr18 55027334 . G T 794.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1941;QD=63.5838;RBI=0.0148342;REFB=0;REVB=0.0145857;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011684;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:29:21:0:0 chr18 55034359 . T C 388.12 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00198561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.989;QD=26.7667;RBI=0.00295571;REFB=0.00197755;REVB=-0.00218943;RO=20;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582793;STB=0.523352;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00124395;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:17:20:9:11:17:20:10:11 chr18 55035072 . C T 75.02 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00717328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.363;QD=9.37804;RBI=0.222268;REFB=-0.00352434;REVB=-0.222152;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518874;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00718183;OID=.;OPOS=55035072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:9:21:5:10:0.3125:2:3:9:0:5:5:11:10 chr18 55124087 . A G 218.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.267;QD=48.651;RBI=0.049475;REFB=0;REVB=0.0466612;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300679;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr18 55143766 . C T 800.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.101;QD=57.1654;RBI=0.0624074;REFB=0;REVB=0.0215659;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176569;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr18 55144035 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.549;QD=56.1916;RBI=0.0169879;REFB=0;REVB=-0.0144205;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27227e-05;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr18 55144045 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.027;QD=55.6552;RBI=0.0781709;REFB=0;REVB=-0.0725589;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704346;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr18 55144748 . G A 1080.53 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.16;QD=60.0295;RBI=0.00524102;REFB=0;REVB=0.00494197;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86567e-06;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:71:72:1:29:42:0:1:30:42:0:0 chr18 55145575 . C G 693.53 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237676;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8272;QD=63.0478;RBI=0.034573;REFB=0;REVB=0.0344912;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122006;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr18 55145765 . G C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.728;QD=52.7698;RBI=0.0312169;REFB=0.0336373;REVB=0.0278353;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000128981;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr18 55145906 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9593;QD=56.1903;RBI=0.047265;REFB=0;REVB=-0.00365646;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540827;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr18 55146261 . G A 1066.24 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.539;QD=58.4242;RBI=0.0465099;REFB=-0.0518107;REVB=0.018999;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000232748;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:1:0:33:39:1:0 chr18 55150271 . A C 377.65 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439742;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3659;QD=55.9476;RBI=0.0758627;REFB=0;REVB=0.0618177;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121228;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr18 55151334 . GT AT,TA 531.47 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=31,2;DP=36;FAO=36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331102,-0.00772892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.399,33.5126;QD=57.4564;RBI=0.0041806,0.0235312;REFB=0,0;REVB=0.00255236,-0.0222257;RO=0;SAF=11,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000229239,0.0556885;OID=.,.;OPOS=55151334,55151334;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:37:0:0:31,2:36,1:0.972973,0.027027:20,0:11,2:0:0:20,0:16,1:0:0 chr18 55153371 . T C 185.81 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.471;QD=46.4523;RBI=0.0797895;REFB=0;REVB=0.029169;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501766;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:6:10:0:0 chr18 55155489 . A G 1171.38 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.586;QD=60.851;RBI=0.00829829;REFB=0;REVB=0.00263828;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87996e-06;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr18 55155711 . C G 537.93 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.417;QD=59.7697;RBI=0.0225065;REFB=0;REVB=0.00766571;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87765e-05;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr18 55155870 . G A 971.65 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4033;QD=58.8881;RBI=0.0707336;REFB=0;REVB=0.00746803;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707187;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:40:23:0:0:41:25:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 210.75 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.026058;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=275.199;QD=27.1937;RBI=0.026599;REFB=-0.0175837;REVB=0.00533735;RO=12;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138976;STB=0.539752;STBP=0.582;TYPE=ins;VARB=0.0085771;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:19:32:20:31:11:7:13:5:6:83:12:6:13:6:6 chr18 55221648 . T C 808.05 PASS AF=0.634783;AO=73;DP=116;FAO=73;FDP=115;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0114561;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.456;QD=28.1062;RBI=0.01277;REFB=-0.00936469;REVB=-0.00564171;RO=41;SAF=35;SAR=38;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759509;STB=0.536132;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00441026;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:41:42:73:73:0.634783:38:35:15:26:38:35:16:26 chr18 55226383 . G C 274.0 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0112304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3946;QD=24.9094;RBI=0.0123748;REFB=0.00255504;REVB=-0.00519761;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131927;STB=0.57284;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0013781;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:9:16:15:4:9:16:15:4 chr18 55317676 . C T 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0540186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0493;QD=47.81;RBI=0.054165;REFB=0.0408337;REVB=-0.00397986;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00416582;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:12:9:0:0:12:9:0:1 chr18 55346232 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.764;QD=42.1826;RBI=0.0280091;REFB=0;REVB=0.0228085;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333316;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr18 55362532 . T G 785.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.823;QD=64.1165;RBI=0.076121;REFB=0;REVB=0.0495247;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196743;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:26:19:0:0:27:22:0:0 chr18 55364852 . A G 864.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.975;QD=56.6614;RBI=0.0374816;REFB=0;REVB=0.00646563;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236088;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:25:33:0:0:26:35:0:0 chr18 55816791 . G A 203.6 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00981322;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9295;QD=8.31014;RBI=0.0102724;REFB=0.00912645;REVB=0.00303674;RO=72;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140503;STB=0.579325;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0268541;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:72:71:27:27:0.27551:13:14:29:43:13:14:29:42 chr18 56148796 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.585;QD=49.5965;RBI=0.0170147;REFB=0;REVB=-0.0143364;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85227e-05;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr18 56149099 . T C 1088.5 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.030214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.823;QD=55.114;RBI=0.0307375;REFB=-0.134119;REVB=0.00564876;RO=3;SAF=25;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534518;STB=0.537027;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00100411;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:79:79:3:4:75:75:0.949367:50:25:3:0:50:25:4:0 chr18 56202418 . T C 198.33 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7663;QD=44.0727;RBI=0.031704;REFB=-0.198639;REVB=0.0122553;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00673537;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:0:1:6:11:0:1 chr18 56202982 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.08;QD=57.1771;RBI=0.00681525;REFB=0;REVB=-9.98313e-05;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57467e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr18 56203411 . G C 179.74 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266546;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.68;QD=47.9306;RBI=0.0272146;REFB=0;REVB=0.00549252;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.201e-05;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr18 56203447 . A G 327.49 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241397;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.476;QD=54.581;RBI=0.0241553;REFB=0;REVB=0.000868287;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256096;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr18 56203891 . G T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5651;QD=51.9138;RBI=0.0713772;REFB=0;REVB=0.0691503;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578223;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr18 56203898 . T G 289.63 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.497;QD=52.6594;RBI=0.0329281;REFB=0;REVB=0.00851618;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60283e-05;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr18 56204250 . A C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0525;QD=62.0181;RBI=0.0233914;REFB=0;REVB=0.0167847;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96161e-06;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr18 56204644 . T G 427.74 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.188;QD=57.0324;RBI=0.087113;REFB=0;REVB=0.0783319;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607522;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:10:17:0:0:12:18:0:0 chr18 56204747 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.687;QD=61.0489;RBI=0.0132813;REFB=0;REVB=-0.0127892;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15821e-05;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr18 56246439 . CTTT CTT,CTTC 659.11 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=18,22;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138451,0.159835;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.59,26.386;QD=57.3138;RBI=0.163131,0.159933;REFB=0,0;REVB=-0.0862722,-0.00558805;RO=0;SAF=15,6;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.32e-08,-3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0740518,0.00862064;OID=.,.;OPOS=56246440,56246442;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:18,22:46:1,45:46:0:0,24:1,21:0:0:7:0:15,6:3,16:0:0 chr18 56247180 . T C 567.35 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278725;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.864;QD=58.1902;RBI=0.0477157;REFB=0.0307876;REVB=0.0387287;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-4.83879e-06;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:1:0 chr18 56247567 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.803;QD=47.8223;RBI=0.017225;REFB=0;REVB=-0.000976472;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164529;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr18 56247600 . C A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.965;QD=39.318;RBI=0.023186;REFB=0.0330648;REVB=0.011114;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294909;STB=0.666346;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000807895;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:1:12:0:1:1:12:0:1 chr18 56279025 . T G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.085;QD=63.2828;RBI=0.0154907;REFB=0;REVB=0.0126336;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24249e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr18 56470255 . G C 128.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3877;QD=42.9977;RBI=0.0731582;REFB=0;REVB=-0.00743381;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358215;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr18 56887507 . C A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.041;QD=45.8016;RBI=0.126705;REFB=0;REVB=0.0442821;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025611;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr18 56940307 . G T 176.7 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.104959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4152;QD=20.7879;RBI=0.132816;REFB=-0.0371336;REVB=0.0813872;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.558759;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0410494;OID=.;OPOS=56940307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:9:8:10:6:9:9:10:6 chr18 59166541 . C T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.085;QD=52.4082;RBI=0.0201145;REFB=0.0623186;REVB=0.011243;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00125173;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:15:17:1:1:15:17:1:1 chr18 59170304 . C G 655.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207408;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=62.4206;RBI=0.0432915;REFB=0;REVB=0.0379996;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413883;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr18 59805532 . T C 785.66 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.992;QD=64.1353;RBI=0.084087;REFB=0;REVB=0.0642984;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123686;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr18 59807635 . T C 215.14 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.049709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9386;QD=37.4158;RBI=0.0501525;REFB=-0.0405197;REVB=0.00665486;RO=3;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153492;STB=0.621162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00339738;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:3:4:19:19:0.826087:15:4:2:1:15:4:3:1 chr18 59810563 . A G 192.45 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00751671;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.784;QD=10.2639;RBI=0.02288;REFB=-0.00520732;REVB=0.02161;RO=46;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270865;STB=0.662206;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0264293;OID=.;OPOS=59810563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:46:50:24:25:0.333333:7:17:22:24:8:17:22:28 chr18 59814268 . G A 793.42 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.703;QD=63.4738;RBI=0.0290691;REFB=0;REVB=0.00607468;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90613e-05;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:28:18:0:0:28:22:0:0 chr18 59814324 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.442;QD=62.0215;RBI=0.0256357;REFB=0;REVB=-0.0203792;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41194e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr18 59821843 . T C 60.77 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0718934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.157;QD=6.3969;RBI=0.0722604;REFB=-0.00334036;REVB=-0.00727335;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108157;STB=0.581216;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00587569;OID=.;OPOS=59821843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:5:4:15:13:5:4:16:13 chr18 59899576 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00910318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.745;QD=7.96531;RBI=0.0101099;REFB=-0.0106268;REVB=-0.0043979;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141515;STB=0.508755;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0269158;OID=.;OPOS=59899576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:21:5:2:8:21:5 chr18 60027241 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.089;QD=63.8706;RBI=0.0048946;REFB=0;REVB=0.00248186;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39085e-06;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr18 60036083 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4185;QD=54.517;RBI=0.0385306;REFB=0;REVB=-0.0362007;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000673903;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr18 60111488 . G A 276.23 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198844;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7854;QD=52.616;RBI=0.0313173;REFB=0;REVB=-0.0241948;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131835;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr18 60237388 . A G 740.1 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2958;QD=56.9304;RBI=0.0367979;REFB=0;REVB=0.0133843;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039268;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr18 60241732 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.969;QD=46.9606;RBI=0.0486085;REFB=-0.0429407;REVB=-0.00175929;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00068947;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:5:15:1:0:5:15:1:0 chr18 60244856 . A G 2792.18 PASS AF=0.994444;AO=177;DP=178;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.966;QD=62.0485;RBI=0.0551012;REFB=-0.00937105;REVB=0.0531207;RO=1;SAF=101;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469024;STB=0.502439;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000118442;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:180:1:1:177:179:0.994444:76:101:1:0:77:102:1:0 chr18 60562298 . A T 756.28 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.846;QD=63.0232;RBI=0.0561538;REFB=0;REVB=-0.0215058;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101097;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr18 60985879 . T C 261.98 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0225501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.875;QD=25.5593;RBI=0.0226537;REFB=-0.0212912;REVB=-0.00216334;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151615;STB=0.519491;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0166396;OID=.;OPOS=60985879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:13:11:7:9:13:11:7:10 chr18 61156606 . G C 318.48 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00775245;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8282;QD=28.3091;RBI=0.0531526;REFB=-0.0192078;REVB=0.0525842;RO=17;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182255;STB=0.599931;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0136495;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:14:14:4:13:14:14:4:13 chr18 61160287 . T C 352.15 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0516932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5582;QD=21.0238;RBI=0.0619439;REFB=0.0499918;REVB=-0.03413;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775414;STB=0.550014;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0457691;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:19:17:17:13:19:17:18:13 chr18 61160385 . T C 259.96 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00503117;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.273;QD=23.6326;RBI=0.00504122;REFB=0.000507692;REVB=0.000318158;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723735;STB=0.549959;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00132271;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:20:24:24:0.545455:11:13:12:7:11:13:13:7 chr18 61170721 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4222;QD=56.7038;RBI=0.0509363;REFB=0;REVB=0.0414837;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203758;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr18 61170782 . A G 581.43 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414726;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.447;QD=61.2027;RBI=0.0506561;REFB=0;REVB=0.0290872;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197748;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr18 61170925 . T C 1217.7 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.338;QD=60.1335;RBI=0.0214803;REFB=-0.0965495;REVB=0.0167118;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396872;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:38:43:0:0 chr18 61234004 . G C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.000347452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.063;QD=17.1562;RBI=0.033107;REFB=0.00834405;REVB=0.0331052;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131045;STB=0.574991;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00729682;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:11:9:10:7:11:9 chr18 61264298 . G A 1434.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.723;QD=63.0491;RBI=0.0380235;REFB=0;REVB=0.0373874;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42782e-05;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:46:43:0:0:46:45:0:0 chr18 61264468 . C T 660.6 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0650614;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.245;QD=52.848;RBI=0.0670644;REFB=0.0225279;REVB=0.0162679;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156907;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000649532;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:48:48:0.96:23:25:1:1:23:25:1:1 chr18 61322995 . T C 544.29 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0742594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.016;QD=31.1022;RBI=0.0755489;REFB=-0.00519429;REVB=-0.0138992;RO=22;SAF=14;SAR=34;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108464;STB=0.558879;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00177281;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:34:14:10:12:34:14:10:12 chr18 61326597 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.436;QD=63.8709;RBI=0.032261;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=48;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107666;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:0:48:0:0:0:48:0:0 chr18 61326602 . A G 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00826689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.511;QD=55.0455;RBI=0.00826689;REFB=-0.0389632;REVB=0;RO=0;SAF=55;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129437;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:0:55:0:0:0:55:1:0 chr18 61326609 . T G 815.96 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.00236e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.303;QD=57.2604;RBI=9.00236e-05;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=56;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16716e-06;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:0:56:0:0:0:57:0:0 chr18 61377579 . A C 950.05 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0322157;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.997;QD=55.8852;RBI=0.0357333;REFB=-0.0331952;REVB=0.0154602;RO=2;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713924;STB=0.50378;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000556197;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:66:66:0.970588:41:25:1:1:41:25:1:1 chr18 61379838 . T G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.41;QD=59.4326;RBI=0.0206041;REFB=0;REVB=0.0147031;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15189e-06;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr18 61383354 . C T 243.82 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00296161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.646;QD=15.2389;RBI=0.0178943;REFB=-0.0116455;REVB=-0.0176475;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255193;STB=0.636468;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0154687;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:27:28:0.4375:10:17:13:22:11:17:13:23 chr18 61387312 . G A 858.03 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950106;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.577;QD=57.2018;RBI=0.0306587;REFB=0;REVB=-0.0291494;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29578e-05;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:30:28:0:0:31:29:0:0 chr18 61387333 . T A 774.09 PASS AF=0.965517;AO=58;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00348243;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.349;QD=53.3855;RBI=0.0137684;REFB=-0.0355669;REVB=-0.0133207;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.516661;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000272937;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:1:2:58:56:0.965517:30:28:0:1:29:27:0:2 chr18 61387389 . G A 708.14 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5305;QD=62.9459;RBI=0.0703302;REFB=0;REVB=-0.054597;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134392;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr18 61390316 . C A 504.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110629;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.522;QD=59.3575;RBI=0.0147743;REFB=0;REVB=0.00979237;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88274e-05;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr18 61390332 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.608;QD=60.2297;RBI=0.0364065;REFB=0;REVB=0.0042656;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14127e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr18 61390361 . T C 536.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.168;QD=59.6515;RBI=0.0183596;REFB=0;REVB=0.0145366;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5458e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr18 61390570 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.355;QD=59.0187;RBI=0.0292886;REFB=0;REVB=0.0173643;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13991e-05;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr18 61564394 . A G 272.39 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0585887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2859;QD=15.1329;RBI=0.0783423;REFB=-0.0152308;REVB=0.0520084;RO=40;SAF=23;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290001;STB=0.659633;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0273747;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:8:23:19:21:8:23:20:21 chr18 61570503 . C G 172.46 PASS AF=0.328767;AO=22;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00130518;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2683;QD=9.45001;RBI=0.014836;REFB=0.0169582;REVB=-0.0147784;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764908;STB=0.57619;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.033997;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:49:49:22:24:0.328767:13:9:17:32:13:11:17:32 chr18 61570529 . C G 135.97 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00214834;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.611;QD=10.6645;RBI=0.00216171;REFB=-0.00975253;REVB=-0.000240009;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129816;STB=0.583241;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0206258;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:34:17:17:0.333333:10:7:10:23:10:7:10:24 chr18 61575213 . T G 443.84 PASS AF=0.354839;AO=55;DP=155;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00789415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.164;QD=11.4539;RBI=0.0114751;REFB=-0.0121239;REVB=-0.00832827;RO=98;SAF=32;SAR=23;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182316;STB=0.603596;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0220792;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:98:100:55:55:0.354839:23:32:41:57:23:32:42:58 chr18 61575232 . A G 483.52 PASS AF=0.346821;AO=60;DP=173;FAO=60;FDP=173;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.0083519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.45;QD=11.1796;RBI=0.0135311;REFB=-0.00905328;REVB=-0.0106459;RO=112;SAF=32;SAR=28;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785071;STB=0.547676;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0233031;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:112:113:60:60:0.346821:28:32:52:60:28:32:52:61 chr18 61582867 . A G 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00805478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.254;QD=15.6933;RBI=0.0169552;REFB=0.000986219;REVB=0.0149197;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260904;STB=0.514722;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00125762;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:19:22:18:14:19:22 chr18 61587053 . G A 158.94 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00216699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.884;QD=12.2262;RBI=0.00592999;REFB=0.00393336;REVB=-0.00551987;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262677;STB=0.652021;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00231198;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:22:11:11:8:22:11 chr18 61587067 . C T 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0157725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.296;QD=12.2752;RBI=0.0210704;REFB=-0.00451603;REVB=0.0139711;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205037;STB=0.619818;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0120933;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:21:11:9:8:21:11 chr18 61600384 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0110554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.581;QD=5.85761;RBI=0.0159136;REFB=-0.00209612;REVB=0.0114464;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502916;STB=0.835744;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00646611;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:1:8:17:15:1:8:17:15 chr18 61650865 . G A 117.98 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0176359;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.722;QD=7.61159;RBI=0.0231211;REFB=-0.0068789;REVB=-0.014952;RO=45;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291313;STB=0.675775;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0176132;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:6:11:18:27:6:11:18:27 chr18 61654297 . A G 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00256299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.171;QD=21.2915;RBI=0.00332687;REFB=-0.0133246;REVB=0.00212112;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188627;OID=.;OPOS=61654297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:11:14:14:11:11:14:14:11 chr18 62036875 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.437;QD=58.2393;RBI=0.0163541;REFB=0;REVB=-0.0154886;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16521e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr18 63489378 . C T 1148.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4261;QD=60.4629;RBI=0.0175898;REFB=0;REVB=0.0166741;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70071e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr18 63530016 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.697;QD=57.1772;RBI=0.0378861;REFB=0;REVB=-0.00670233;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17584e-05;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr18 65178103 . G GCA 73.94 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0344233;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.115;QD=7.21352;RBI=0.042196;REFB=-0.0334353;REVB=-0.0244037;RO=42;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40415;STB=0.706974;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.116939;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:10:55:10:41:31:5:5:24:7:73:42:5:5:34:8 chr18 65179829 . G A 151.55 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0205439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.337;QD=10.1031;RBI=0.0664054;REFB=-0.013265;REVB=-0.0631476;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204576;STB=0.602988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0330522;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:19:20:0.333333:13:6:19:20:13:7:20:20 chr18 66504093 . A C 1203.92 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.403;QD=60.958;RBI=0.0351276;REFB=0;REVB=0.0237794;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66879e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:27:48:0:0:31:48:0:0 chr18 66504459 . A T 742.92 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555227;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.185;QD=57.1474;RBI=0.0737062;REFB=0;REVB=0.0734968;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290799;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr18 66513615 . A G 41.95 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0139143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0469;QD=4.41598;RBI=0.0301519;REFB=-0.00953842;REVB=-0.0267494;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666455;STB=0.53561;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0450238;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:2:5:20:10:2:5:21:10 chr18 66513662 . T C 440.4 PASS AF=0.755556;AO=32;DP=46;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00558127;FXX=0.09998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.86;QD=39.1469;RBI=0.0509952;REFB=-0.00695653;REVB=0.0506888;RO=9;SAF=16;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675926;STB=0.511105;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0027125;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:46:45:9:11:32:34:0.755556:16:16:3:6:17:17:5:6 chr18 66542006 . G T 225.7 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00510441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.33;QD=24.3999;RBI=0.0125762;REFB=-0.0145233;REVB=-0.0114938;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583331;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0258447;OID=.;OPOS=66542006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:15:16:0.432432:7:8:7:8:8:8:7:8 chr18 66746521 . TTA T,TTT 41.69 PASS AF=0.232558,0;AO=11,5;DP=53;FAO=10,0;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.127871,0.205794;FXX=0.0227221;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.4929,15.1805;QD=3.8779;RBI=0.206964,0.209;REFB=-0.0314058,-0.0059528;REVB=-0.162736,0.0364671;RO=30;SAF=1,1;SAR=10,4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.631254,-0.450164;STB=0.853934,0.5;STBP=0.033,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00648137,0;OID=.,.;OPOS=66746522,66746523;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558,0:11,5:53:10,0:43:33:1,0:9,0:16:17:42:30:1,1:10,4:18:12 chr18 67345034 . T C 1029.95 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374363;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6586;QD=59.707;RBI=0.0407717;REFB=0;REVB=0.0161512;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000785283;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr18 67365668 . A G 1011.28 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304252;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.536;QD=59.4871;RBI=0.0368334;REFB=0;REVB=0.0207608;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60677e-05;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr18 67531642 . T C 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.789;QD=64.4061;RBI=0.0637195;REFB=0;REVB=0.0381814;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033356;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr18 67718688 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00289865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.624;QD=61.8144;RBI=0.00544349;REFB=-0.123719;REVB=-0.00460754;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00319595;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:32:17:0:0:32:17:0:1 chr18 67728588 . T C 194.82 PASS AF=0.292135;AO=25;DP=88;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00212951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2679;QD=8.75608;RBI=0.0226793;REFB=-0.0162688;REVB=0.0225791;RO=63;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128625;STB=0.588269;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0297702;OID=.;OPOS=67728588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:63:63:25:26:0.292135:12:13:26:37:12:14:26:37 chr18 67863850 . T TCTC 363.37 PASS AF=0.875;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0351431;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.547;QD=45.4214;RBI=0.0406411;REFB=-0.0501818;REVB=0.0204122;RO=5;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721268;STB=0.52292;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.00220627;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:27:32:28:32:4:16:12:3:1:19:5:15:12:4:1 chr18 67871343 . A C 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.18;QD=57.1033;RBI=0.0694224;REFB=0;REVB=0.0330043;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772066;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr18 67994632 . A AATT 104.07 PASS AF=0.265306;AO=14;DP=51;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0210245;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=3;MLLD=333.805;QD=8.4956;RBI=0.0235254;REFB=-0.00735797;REVB=-0.0105554;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101049;STB=0.528258;STBP=0.825;TYPE=ins;VARB=0.0204577;OID=.;OPOS=67994633;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306:14:51:13:49:36:6:7:18:18:99:37:6:8:19:18 chr18 70209177 . C T 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0573061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.917;QD=55.4803;RBI=0.071332;REFB=-0.0828616;REVB=0.0424767;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586349;STB=0.503105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000935092;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:26:39:1:1:26:39:1:1 chr18 70417304 . C T 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00540456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.059;QD=4.76314;RBI=0.0453774;REFB=0.00141854;REVB=-0.0450544;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176252;STB=0.624732;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00967707;OID=.;OPOS=70417304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:39:40:9:9:0.183673:5:4:23:16:5:4:24:16 chr18 70417396 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.488;QD=61.3358;RBI=0.0231207;REFB=0;REVB=-0.00613853;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130342;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr18 70532840 . T G 435.01 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0112887;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.573;QD=20.7149;RBI=0.0348389;REFB=-0.0107589;REVB=-0.0329593;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651767;STB=0.536054;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0105669;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:24:17:21:22:24:17 chr18 71412428 . C T 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00824246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.042;QD=34.608;RBI=0.00841848;REFB=-0.0318264;REVB=-0.00171251;RO=9;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178745;STB=0.597909;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0121656;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:17:8:6:3:17:8:6:3 chr18 72021717 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1259;QD=45.8052;RBI=0.0505716;REFB=0;REVB=0.00453309;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198019;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr18 72103782 . T C 724.56 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0222096;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6331;QD=25.423;RBI=0.0271047;REFB=-0.00317795;REVB=0.015537;RO=46;SAF=30;SAR=38;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439765;STB=0.523926;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00194653;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:46:46:68:68:0.596491:38:30:23:23:38:30:23:23 chr18 72114454 . TC T,TT 615.2 PASS AF=1,0;AO=16,22;DP=39;FAO=39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107085,-0.0588775;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.986,166.137;QD=63.0978;RBI=0.0301167,0.0895439;REFB=0,0;REVB=-0.0281486,-0.0674652;RO=0;SAF=2,13;SAR=14,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.19057e-05,0;OID=.,.;OPOS=72114455,72114455;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,22:39:39,0:39:0:15,0:24,0:0:0:4:0:2,13:14,9:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 263.23 PASS AF=0.846154;AO=20;DP=27;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0577737;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.168;QD=40.4976;RBI=0.0812569;REFB=-0.164214;REVB=0.0571391;RO=6;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676556;STB=0.522367;STBP=0.665;TYPE=ins;VARB=0.021821;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:20:27:22:26:4:14:8:2:2:20:6:13:7:3:3 chr18 72228124 . A G 1403.65 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157527;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.699;QD=63.0854;RBI=0.0285581;REFB=0;REVB=-0.0238205;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128588;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr18 72234635 . C T 222.27 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0088029;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.015;QD=22.7972;RBI=0.0123128;REFB=0.00363642;REVB=0.00860897;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.522367;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00194129;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:14:7:7:10:14:8:7:10 chr18 72343008 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.687;QD=51.1846;RBI=0.0637122;REFB=0;REVB=0.0549828;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593453;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr18 72343181 . A G 131.46 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0073204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.014;QD=21.9107;RBI=0.00893806;REFB=-0.00877798;REVB=-0.00512841;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110077;STB=0.562409;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0089967;OID=.;OPOS=72343181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:5:5:5:9:5:5 chr18 72344223 . T C 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0160892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.267;QD=23.4432;RBI=0.0161027;REFB=0.00029951;REVB=0.000661222;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121448;STB=0.500667;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.000185805;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:25:17:13:19:25:17:13:19 chr18 72345890 . A C 380.13 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0475818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.7545;QD=24.9264;RBI=0.047609;REFB=-0.0068403;REVB=0.00160749;RO=22;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221386;STB=0.6232;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0033958;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:24:37:37:0.606557:25:12:14:8:25:12:15:9 chr18 72347482 . T C 322.83 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00416848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.095;QD=23.0589;RBI=0.00625907;REFB=-0.0357158;REVB=-0.00466902;RO=17;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111797;STB=0.541078;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0135191;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:23:28:32:0.571429:19:9:8:9:21:11:10:13 chr18 72776074 . A G 312.95 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0175918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.554;QD=16.9164;RBI=0.0176178;REFB=-0.0166145;REVB=-0.000956274;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166252;STB=0.506575;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0187865;OID=.;OPOS=72776074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:40:34:34:0.459459:20:14:15:23:20:14:16:24 chr18 72776121 . G A 1067.02 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.087;QD=58.4668;RBI=0.0491574;REFB=-0.18069;REVB=0.0356969;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.508472;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00206715;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:43:29:1:0:43:29:1:0 chr18 72914280 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0452889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.615;QD=25.4671;RBI=0.046302;REFB=-0.031977;REVB=0.00963297;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0226136;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:0:3:3:6:0:3 chr18 74090957 . CG C 104.4 PASS AF=0.571429;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.137306;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.26333;QD=8.52257;RBI=0.137695;REFB=-0.125633;REVB=0.0103444;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694597;STB=0.545819;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.0915213;OID=.;OPOS=74090958;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:26:49:28:49:21:13:15:12:9:64:18:12:14:10:8 chr18 74208487 . G C 76.45 PASS AF=0.4;AO=4;DP=17;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0019057;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=216.772;QD=12.232;RBI=0.00820728;REFB=-0.0137927;REVB=-0.00798297;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176217;OID=.;OPOS=74208487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:17:25:0:15:4:10:0.4:4:0:0:0:6:4:6:9 chr18 74208573 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1752;QD=35.5753;RBI=0.0352445;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266876;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr18 74611127 . A G 300.65 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0389348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.314;QD=23.127;RBI=0.0402739;REFB=-0.0133428;REVB=0.010299;RO=22;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112977;STB=0.562458;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00885926;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:18:12:12:10:18:12:12:10 chr18 74671768 . T C,G 750.64 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=50,4;DP=54;FAO=50,4;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=37,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138266,-0.0602859;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.5738,28.1811;QD=55.6027;RBI=0.038715,0.070353;REFB=0,0;REVB=-0.0361618,-0.036265;RO=0;SAF=13,0;SAR=37,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.32377e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00211666,0.173197;OID=.,.;OPOS=74671768,74671768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:54:54:0:0:50,4:50,4:0.925926,0.0740741:37,4:13,0:0:0:37,4:13,0:0:0 chr18 74680208 . C T 104.65 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0230494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.259;QD=10.4647;RBI=0.0236522;REFB=-0.0114213;REVB=-0.00530551;RO=25;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460474;STB=0.819242;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.026336;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:12:1:8:17:12:1:10:17 chr18 74680259 . C T 677.3 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8924;QD=60.2043;RBI=0.0460113;REFB=-0.177469;REVB=0.0112748;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.507243;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00222515;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:34:10:0:0:34:10:0:1 chr18 74682214 . C T 217.08 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0223208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3688;QD=7.82286;RBI=0.0563679;REFB=0.000532166;REVB=-0.0517602;RO=80;SAF=14;SAR=17;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285173;STB=0.516948;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00333698;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:80:80:31:31:0.279279:17:14:38:42:17:14:38:42 chr18 74701984 . G A 1088.27 PASS AF=0.689394;AO=91;DP=132;FAO=91;FDP=132;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0329925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9033;QD=32.9779;RBI=0.0329926;REFB=-0.0135933;REVB=6.34832e-05;RO=41;SAF=46;SAR=45;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052494;STB=0.528202;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00445256;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:41:41:91:91:0.689394:45:46:17:24:45:46:17:24 chr18 74980809 . G A 446.53 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4521;QD=57.6169;RBI=0.0308223;REFB=0;REVB=-0.0297387;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326416;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr18 75796809 . G A 45.16 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.023757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5579;QD=8.21085;RBI=0.0251893;REFB=-0.0064044;REVB=0.00837295;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0668307;OID=.;OPOS=75796809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:22:14:15:6:7:0.318182:2:4:7:7:3:4:8:7 chr18 76754466 . C T 411.54 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0049;QD=56.7636;RBI=0.0751899;REFB=0;REVB=0.0549288;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579902;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:23:5:0:0:23:6:0:0 chr18 76870397 . G A 143.01 PASS AF=0.339623;AO=19;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0387981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.527;QD=10.793;RBI=0.0407961;REFB=-0.0212035;REVB=-0.0126107;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355702;STB=0.546384;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0320378;OID=.;OPOS=76870397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:19:18:0.339623:11:8:14:19:11:7:16:19 chr18 77171061 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.611;QD=42.1825;RBI=0.0240525;REFB=0;REVB=0.022952;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107229;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr18 77227476 . A G 324.24 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000403339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.84;QD=17.5267;RBI=0.00619409;REFB=-0.00280568;REVB=-0.00618095;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030932;STB=0.515895;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00231614;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:39:34:35:0.472973:19:15:18:20:19:16:19:20 chr18 77246406 . T G 268.9 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0115373;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.518;QD=13.4451;RBI=0.0234955;REFB=-0.0185133;REVB=-0.0204678;RO=49;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123427;STB=0.507049;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0250255;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:18:13:20:29:18:13:20:29 chr18 77420703 . C G 39.93 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.021366;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.51;QD=3.39819;RBI=0.0559297;REFB=-0.0312136;REVB=0.0516877;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318579;STB=0.722262;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0272138;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:47:47:38:40:7:7:0.148936:5:2:21:17:5:2:22:18 chr18 77473127 . C T 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0155642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.136;QD=11.6662;RBI=0.0169027;REFB=-0.0117165;REVB=0.00659233;RO=26;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425049;STB=0.764207;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0295463;OID=.;OPOS=77473127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:13:1:7:19:13:1:7:19 chr18 77513721 . T C 1438.04 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332167;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.78;QD=63.2107;RBI=0.0363971;REFB=0;REVB=0.0148796;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08145e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr18 77728135 . G T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00874361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.002;QD=55.5195;RBI=0.0102414;REFB=-0.13935;REVB=-0.00533259;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00315075;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr18 77736735 . T C 339.62 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00709808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2909;QD=48.5172;RBI=0.042896;REFB=-0.0557432;REVB=0.0423047;RO=2;SAF=14;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06184;STB=0.533308;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0054783;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:12:14:2:0:12:14:2:0 chr18 77773006 . A G 78.22 PASS AF=0.175;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0180365;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.761;QD=3.91089;RBI=0.0207939;REFB=-0.00542523;REVB=-0.0103476;RO=65;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134466;STB=0.583212;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0409103;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:80:65:66:14:14:0.175:9:5:30:35:9:5:30:36 chr18 77773035 . G A 80.41 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.000950423;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.294;QD=5.18793;RBI=0.00177073;REFB=-0.0019086;REVB=0.00149405;RO=47;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130769;STB=0.584252;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0106274;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:63:62:47:49:13:13:0.209677:8:5:23:24:8:5:24:25 chr18 77805856 . A C 185.72 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0241358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9875;QD=20.0779;RBI=0.0288334;REFB=0.0031659;REVB=-0.0157743;RO=18;SAF=15;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371427;STB=0.718835;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00208872;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:3:15:9:9:3:16:9:9 chr18 77896242 . C T 101.12 PASS AF=0.25;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00510751;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7377;QD=6.74143;RBI=0.0280307;REFB=-0.0281956;REVB=-0.0275615;RO=42;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31281;STB=0.677197;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0555538;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:42:45:15:15:0.25:9:6:28:14:9:6:29:16 chr18 77918221 . C T 168.55 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0218279;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.746;QD=19.2624;RBI=0.0318055;REFB=-0.0114836;REVB=0.0231329;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610493;STB=0.512181;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.012537;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:20:18:17:17:0.485714:10:7:7:13:10:7:7:11 chr19 282753 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00123897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.169;QD=11.0923;RBI=0.0291088;REFB=-0.0111846;REVB=-0.0290824;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0348489;OID=.;OPOS=282753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr19 371250 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0325649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1182;QD=16.9315;RBI=0.0347893;REFB=0.001988;REVB=0.0122404;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.588084;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00108167;OID=.;OPOS=371250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:6:6:8:4:6:6 chr19 372661 . C A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0421264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7808;QD=9.49029;RBI=0.0575996;REFB=0.00164608;REVB=-0.0392822;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439844;STB=0.772207;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00911577;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:4:13:3:6:4:14 chr19 407900 . A G 204.92 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0204981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.553;QD=14.9033;RBI=0.031682;REFB=-0.0279278;REVB=-0.0241574;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.520107;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0552959;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:31:22:24:0.436364:10:12:16:14:10:14:17:14 chr19 440880 . G A 206.93 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00748369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.523;QD=18.8119;RBI=0.0112018;REFB=-0.0250941;REVB=0.00833514;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420279;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0191201;OID=.;OPOS=440880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:12:11:11:10:12:11 chr19 453160 . A G 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.161;QD=61.8488;RBI=0.00706423;REFB=0;REVB=0.00629652;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54837e-06;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr19 463528 . G A 2204.75 PASS AF=0.986755;AO=147;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0467142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3481;QD=58.404;RBI=0.093174;REFB=-0.00651446;REVB=0.0806175;RO=2;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130261;STB=0.500044;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0013301;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:151:2:2:147:149:0.986755:72:75:0:2:75:74:1:1 chr19 498524 . A G 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260318;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.934;QD=57.7364;RBI=0.02609;REFB=0;REVB=-0.00174133;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66454e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr19 501719 . T C 125.28 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0271545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.662;QD=29.4778;RBI=0.0462749;REFB=-0.0435751;REVB=-0.0374699;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159262;STB=0.610951;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00272867;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:3:4:13:13:0.764706:7:6:0:3:7:6:0:4 chr19 532066 . C T 129.57 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0063397;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.953;QD=12.3399;RBI=0.00639083;REFB=-0.000576047;REVB=-0.000806751;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175333;STB=0.604248;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00116237;OID=.;OPOS=532066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:11:4:11:16:11:4:11:16 chr19 542009 . A T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0414951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.782;QD=23.2631;RBI=0.0537605;REFB=-0.0140732;REVB=-0.0341811;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194543;STB=0.608601;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0126856;OID=.;OPOS=542009;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:7:12:9:14:7:12 chr19 549080 . A G 170.51 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0310248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2144;QD=10.826;RBI=0.0647049;REFB=0.0194585;REVB=-0.0567819;RO=41;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342574;STB=0.519982;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0374675;OID=.;OPOS=549080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:13:9:18:23:13:9:18:23 chr19 549678 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.482;QD=59.4344;RBI=0.0269757;REFB=0;REVB=-0.00128549;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11143e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 549725 . T C 97.06 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0574235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.423;QD=14.9319;RBI=0.0577845;REFB=-0.0634303;REVB=-0.00644897;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360904;STB=0.506568;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0728326;OID=.;OPOS=549725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:26:12:14:10:12:0.461538:7:3:4:8:7:5:6:8 chr19 579010 . G A 37.08 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0129577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3854;QD=8.23959;RBI=0.0150171;REFB=-0.0201847;REVB=-0.00759015;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223205;STB=0.635977;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0579893;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:10:2:2:4:10:2 chr19 579035 . C T 109.87 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00648473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.523;QD=14.6487;RBI=0.106952;REFB=-0.0123146;REVB=0.106755;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228757;STB=0.631394;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0191205;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:13:4:6:7:13:4 chr19 580665 . T C 241.2 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00234801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.523;QD=14.8433;RBI=0.00384298;REFB=-0.0254357;REVB=0.00304226;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786801;STB=0.545423;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0413068;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:37:27:28:0.430769:11:16:24:12:12:16:24:13 chr19 582505 . G A 122.04 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0164864;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3447;QD=22.1887;RBI=0.0464105;REFB=-0.0182676;REVB=-0.0433835;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0104131;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:3:6:5:8:3:6 chr19 582775 . A G 225.0 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00638897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6544;QD=19.9999;RBI=0.0420903;REFB=-0.038041;REVB=-0.0416026;RO=22;SAF=19;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354113;STB=0.697035;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0348243;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:3:19:13:9:3:19:14:9 chr19 582927 . T A 78.35 PASS AF=0.244444;AO=8;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0126484;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.585;QD=6.96433;RBI=0.0250318;REFB=-0.0060955;REVB=-0.0216011;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253314;STB=0.578172;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0167452;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:45:45:23:34:8:11:0.244444:4:4:12:11:5:6:15:19 chr19 605171 . T C 1607.46 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.773;QD=59.5356;RBI=0.0804643;REFB=0;REVB=0.00513654;RO=1;SAF=49;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348001;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:1:0:105:108:1:56:49:1:0:56:52:0:0 chr19 613307 . C T 314.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0434668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.805;QD=19.9996;RBI=0.0439899;REFB=-0.0155623;REVB=0.00676366;RO=30;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149443;STB=0.58304;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0137984;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:20:13:17:13:20:13:17:13 chr19 613898 . T C 1180.54 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5167;QD=60.5404;RBI=0.0633324;REFB=0;REVB=0.0590611;RO=0;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988665;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:18:58:0:0:20:58:0:0 chr19 621712 . A G 130.35 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.107339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7537;QD=13.7207;RBI=0.17716;REFB=-0.0261896;REVB=-0.14094;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192548;STB=0.519974;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.027993;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:23:15:15:0.394737:10:5:6:13:10:5:7:16 chr19 622336 . T G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.022326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9992;QD=18.7442;RBI=0.116874;REFB=0.0252296;REVB=-0.114722;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0177675;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr19 625198 . A G 252.36 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0186988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.981;QD=21.0301;RBI=0.0212899;REFB=-0.0189506;REVB=-0.0101792;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943123;STB=0.542219;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0164412;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:12:11:9:15:13:11:9:15 chr19 632915 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00455013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.201;QD=13.8496;RBI=0.0197818;REFB=-0.0165768;REVB=0.0192514;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708753;STB=0.541349;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0346939;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:14:11:6:10:14:11 chr19 641215 . T C 223.21 PASS AF=0.470588;AO=21;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00795378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.873;QD=17.5068;RBI=0.0185535;REFB=-0.0214498;REVB=0.0167621;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942073;STB=0.518119;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0175531;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:27:21:24:0.470588:7:14:15:11:9:15:16:11 chr19 652238 . A G 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00464648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.244;QD=20.769;RBI=0.0229386;REFB=0.00289184;REVB=-0.0224631;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807553;STB=0.504501;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00305593;OID=.;OPOS=652238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:14:10:11:16:14:10 chr19 687142 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.682;QD=42.1816;RBI=0.0671642;REFB=0;REVB=0.0232812;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010034;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 748260 . T TC 36.77 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00417127;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.658;QD=2.01496;RBI=0.021633;REFB=-0.00407977;REVB=-0.0212271;RO=61;SAF=11;SAR=1;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615233;STB=0.836548;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.165327;OID=.;OPOS=748261;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164384:12:74:12:73:61:10:2:26:35:36:61:11:1:26:35 chr19 757800 . CG CC,C 70.84 PASS AF=0.1,0.2125;AO=9,8;DP=76;FAO=8,17;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=3,2;FSAR=5,15;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0355575,0.00138134;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.0602,9.58282;QD=3.54195;RBI=0.0473386,0.0322469;REFB=-0.0635454,-0.0837685;REVB=-0.0312507,-0.0322173;RO=43;SAF=3,1;SAR=6,7;SRF=9;SRR=34;SSEN=0,0.280702;SSEP=0,0;SSSB=0.191709,-0.180008;STB=0.61857,0.681561;STBP=0.56,0.179;TYPE=snp,del;VARB=0.0342079,0.148187;OID=.,.;OPOS=757801,757801;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.2125:9,8:76:8,17:80:55:3,2:5,15:14:41:45:43:3,1:6,7:9:34 chr19 797517 . G C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0222787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.929;QD=16.4247;RBI=0.0240599;REFB=-0.0610924;REVB=0.00908505;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189204;STB=0.612006;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0146893;OID=.;OPOS=797517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:2:9:10:1:2:9 chr19 804327 . C T 501.62 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=-0.0152591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.882;QD=15.9244;RBI=0.0325699;REFB=0.00203941;REVB=0.0287743;RO=69;SAF=32;SAR=23;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119527;STB=0.572531;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00377461;OID=.;OPOS=804327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:71:55:55:0.436508:23:32:48:21:23:32:50:21 chr19 804612 . C T 186.42 PASS AF=0.6;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.00807457;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.587;QD=24.8566;RBI=0.0479;REFB=-0.0216608;REVB=0.0472146;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341462;STB=0.687328;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0132013;OID=.;OPOS=804612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:12:12:18:18:0.6:8:10:12:0:8:10:12:0 chr19 804959 . C T 69.86 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262678;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.01;QD=27.9425;RBI=0.0409399;REFB=-0.0255181;REVB=0.0314018;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00723829;OID=.;OPOS=804959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:10:10:2:2:7:8:0.8:5:2:1:1:6:2:1:1 chr19 810573 . C A 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00468055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.048;QD=21.8911;RBI=0.00607998;REFB=-0.00683646;REVB=0.00388054;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460988;STB=0.52544;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00728198;OID=.;OPOS=810573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:16:12:17:18:16:12 chr19 815086 . A G 248.56 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00555837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.751;QD=16.8514;RBI=0.0205931;REFB=-0.0115283;REVB=-0.0198288;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137005;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0131429;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:31:26:28:0.474576:16:10:10:17:17:11:12:19 chr19 815319 . C T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0499851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.157;QD=14.978;RBI=0.0520666;REFB=-0.020891;REVB=-0.0145746;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167219;STB=0.59977;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0425733;OID=.;OPOS=815319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:2:9:9:1:2:9 chr19 829568 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0350031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.039;QD=8.73774;RBI=0.0350043;REFB=-0.0121453;REVB=0.000299741;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.585171;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0223364;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:17:20:9:9:0.310345:6:3:8:9:6:3:9:11 chr19 830854 . T C 454.19 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0233352;FXX=0.0303;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.037;QD=18.9247;RBI=0.0238697;REFB=-0.016681;REVB=-0.00502278;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968813;STB=0.521508;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.018414;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:46:51:45:45:0.46875:23:22:22:24:23:22:27:24 chr19 844020 . G A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0229115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.141;QD=11.0159;RBI=0.0231062;REFB=-0.000833007;REVB=-0.0029929;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102754;STB=0.547552;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00156436;OID=.;OPOS=844020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:7:7:16:11:7:7:16:12 chr19 880066 . G A 208.29 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0133662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.321;QD=18.1121;RBI=0.0133799;REFB=-0.00668379;REVB=0.000605333;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185871;STB=0.605957;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00520461;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:13:12:14:7:13:12 chr19 885818 . A G 166.25 PASS AF=0.38;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0885414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3078;QD=13.2997;RBI=0.0892362;REFB=-0.0144381;REVB=0.0111137;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598383;STB=0.539404;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0238153;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:31:18:19:0.38:8:10:15:15:8:11:16:15 chr19 965043 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.428;QD=55.6554;RBI=0.0624634;REFB=0;REVB=0.0093156;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374921;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr19 966693 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.798;QD=63.578;RBI=0.0270454;REFB=0;REVB=0.0264516;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162525;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr19 971949 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.074;QD=45.8068;RBI=0.0687459;REFB=0;REVB=0.0521019;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851236;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr19 984537 . A G 446.6 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00142572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.508;QD=54.1327;RBI=0.00876628;REFB=0.0300444;REVB=-0.00864957;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00230151;OID=.;OPOS=984537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:17:14:0:1:17:15:0:1 chr19 990281 . G A 523.88 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390269;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.733;QD=59.8714;RBI=0.0418676;REFB=0;REVB=0.0151592;RO=0;SAF=29;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47758e-05;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:6:29:0:0:6:29:0:0 chr19 991063 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.532;QD=47.8224;RBI=0.0232136;REFB=0;REVB=-0.0196575;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39945e-05;OID=.;OPOS=991063;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 991129 . G A 223.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.579;QD=49.576;RBI=0.0357977;REFB=0;REVB=0.0265076;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179562;OID=.;OPOS=991129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 1003172 . C T 1492.64 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354281;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.344;QD=63.5166;RBI=0.0356121;REFB=0;REVB=0.00361532;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60617e-05;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:50:42:0:0:51:43:0:0 chr19 1036552 . T C 1965.52 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588772;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.937;QD=61.9062;RBI=0.0589359;REFB=0;REVB=-0.00262984;RO=0;SAF=89;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161607;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:126:127:1:37:89:0:0:37:90:0:0 chr19 1038995 . A C 3605.5 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.331;QD=62.7044;RBI=0.0142505;REFB=0;REVB=-0.000709179;RO=0;SAF=102;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03853e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:221:230:0:0:221:230:1:119:102:0:0:127:103:0:0 chr19 1041352 . A G 778.57 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.34;QD=56.6229;RBI=0.057618;REFB=0;REVB=-0.0123543;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100085;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:49:55:1:23:26:0:0:23:32:0:0 chr19 1047002 . A G 523.51 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391148;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5097;QD=59.8296;RBI=0.0614824;REFB=0;REVB=-0.0474354;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126451;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr19 1047160 . GA G,GG 1190.86 PASS AF=0.0126582,0.987342;AO=12,67;DP=80;FAO=1,78;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316819,0.0342146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.335,231.986;QD=60.2966;RBI=0.0325965,0.0348513;REFB=0,0;REVB=0.00766731,0.00663139;RO=1;SAF=8,34;SAR=4,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0531285,-0.0136967;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.037314,0.000345754;OID=.,.;OPOS=1047161,1047161;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0126582,0.987342:12,67:80:1,78:79:0:1,41:0,37:0:0:4:1:8,34:4,33:1:0 chr19 1049269 . G A 3240.38 PASS AF=0.99061;AO=211;DP=213;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=129;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0153659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.725;QD=60.8523;RBI=0.0414728;REFB=0.00936739;REVB=0.0385212;RO=2;SAF=129;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209534;STB=0.5011;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-9.82731e-07;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:213:2:2:211:211:0.99061:82:129:1:1:82:129:1:1 chr19 1052005 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00247676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.732;QD=14.7662;RBI=0.0209403;REFB=-0.027743;REVB=-0.0207933;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190972;STB=0.616346;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.031172;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:10:15:13:19:10:15:13:20 chr19 1054060 . A G 298.42 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00935827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.603;QD=23.8739;RBI=0.00936682;REFB=-0.0232542;REVB=0.000400093;RO=22;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142941;STB=0.591479;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0135646;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:9:18:11:11:9:18:11:12 chr19 1055191 . G A 188.75 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0500244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.083;QD=20.9717;RBI=0.054972;REFB=-0.00167149;REVB=0.022792;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00285075;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:7:10:5:14:7:10 chr19 1056065 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0258488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.924;QD=18.7441;RBI=0.0260014;REFB=0.00496319;REVB=0.0028136;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.003706;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr19 1059004 . A G 119.68 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.022389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9791;QD=15.9579;RBI=0.0499765;REFB=0.00461552;REVB=-0.0446808;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00668162;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr19 1061849 . A AG 67.36 PASS AF=0.25;AO=10;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0890597;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.735;QD=5.61358;RBI=0.0969661;REFB=0.000307109;REVB=-0.0383509;RO=37;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593232;STB=0.902269;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.0429761;OID=.;OPOS=1061850;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:48:12:48:36:11:1:15:21:67:37:9:1:16:21 chr19 1064193 . G A 703.37 PASS AF=0.552846;AO=67;DP=122;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0285644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.385;QD=22.8737;RBI=0.0314845;REFB=-0.0208912;REVB=0.0132419;RO=55;SAF=41;SAR=26;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373076;STB=0.524331;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0158245;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:55:55:67:68:0.552846:26:41:36:19:27:41:36:19 chr19 1068734 . T C 523.45 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0122477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.329;QD=18.6948;RBI=0.0271088;REFB=-0.0264584;REVB=-0.0241842;RO=55;SAF=20;SAR=35;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119641;STB=0.567542;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.037689;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:55:57:55:55:0.491071:35:20:27:28:35:20:28:29 chr19 1068738 . G A 489.4 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0495148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.229;QD=18.2951;RBI=0.0557769;REFB=-0.0160338;REVB=0.0256778;RO=55;SAF=18;SAR=34;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173989;STB=0.596676;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00971485;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:34:18:29:26:34:18:29:26 chr19 1074000 . A T 298.5 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00192034;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.952;QD=13.4159;RBI=0.0179914;REFB=-0.022383;REVB=-0.0178886;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227941;STB=0.629556;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0345249;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:55:55:34:34:0.382022:15:19:19:36:15:19:19:36 chr19 1077985 . A G 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0511384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.949;QD=21.7418;RBI=0.0615243;REFB=-0.0406888;REVB=0.0342068;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292939;STB=0.662967;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0103935;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:10:1:7:8:10:1 chr19 1080311 . G C 82.66 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0576164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8198;QD=11.8088;RBI=0.0646762;REFB=-0.0510836;REVB=0.029383;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.513491;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0907161;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:28:16:16:11:12:0.428571:7:4:5:11:8:4:5:11 chr19 1094004 . G A 1425.88 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.063;QD=60.6755;RBI=0.0311467;REFB=-0.211802;REVB=0.0146716;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501656;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00045588;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:94:0:2:91:92:0.978723:39:52:0:0:39:53:1:1 chr19 1106615 . T C 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.897;QD=49.3936;RBI=0.0268945;REFB=-0.0747042;REVB=0.00877067;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00762672;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:0:1:16:7:0:1 chr19 1109213 . A G 323.56 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.5;QD=51.7692;RBI=0.119062;REFB=0;REVB=0.0812853;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839291;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr19 1109215 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0341439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.088;QD=22.831;RBI=0.034409;REFB=-0.0128632;REVB=0.0042628;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00912405;OID=.;OPOS=1109215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:4:6:9:6:4:6 chr19 1112943 . G C 160.18 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00322261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9298;QD=18.3065;RBI=0.0475156;REFB=-0.0154487;REVB=-0.0474062;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.543573;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0147081;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:8:10:8:9:8:10 chr19 1122731 . G C 69.74 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0770924;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8374;QD=14.683;RBI=0.0773921;REFB=0.0106572;REVB=-0.00680435;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0160241;OID=.;OPOS=1122731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr19 1231142 . T C 401.55 PASS AF=1;AO=18;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371533;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.876;QD=57.364;RBI=0.0492024;REFB=0;REVB=0.0322569;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242356;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:28:0:0:18:28:1:1:17:0:0:5:23:0:0 chr19 1256998 . C T 1480.28 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0057231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.819;QD=58.0503;RBI=0.0164134;REFB=0.13209;REVB=0.0153833;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977988;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000151008;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:99:101:0.990196:48:51:0:1:48:53:0:1 chr19 1272040 . T C 1301.71 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.239;QD=61.986;RBI=0.0104263;REFB=0;REVB=0.00288459;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35115e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr19 1277275 . G C 611.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9073;QD=61.166;RBI=0.0249828;REFB=0;REVB=0.024644;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010526;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:7:33:0:0:7:33:0:0 chr19 1357082 . T C 1605.9 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.931;QD=64.2358;RBI=0.0494768;REFB=0;REVB=0.0429556;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8827e-05;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:41:57:0:0:43:57:0:0 chr19 1358726 . C T 739.08 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0266437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.839;QD=54.7468;RBI=0.0349615;REFB=-0.111679;REVB=0.0226367;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000346133;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:22:30:1:0:22:31:1:0 chr19 1360575 . G A 1212.45 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8366;QD=59.8742;RBI=0.073411;REFB=-0.0472975;REVB=0.0722844;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0117422;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:1:0:41:39:1:0 chr19 1370675 . C G 968.99 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0225821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.573;QD=56.9995;RBI=0.0336038;REFB=-0.114042;REVB=0.0248851;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00111709;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:36:30:0:1:37:30:0:1 chr19 1383572 . C T 153.91 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0197444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1728;QD=14.3169;RBI=0.0199971;REFB=-0.0255462;REVB=-0.00316898;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717456;STB=0.541499;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0451734;OID=.;OPOS=1383572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:17:9:7:10:17:9 chr19 1388538 . C T 206.96 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0178554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.447;QD=24.3484;RBI=0.0317544;REFB=-0.00833212;REVB=0.0262588;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162123;STB=0.590814;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00534096;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:7:7:14:6:7:7 chr19 1389043 . CAT C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0212307;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.145;QD=6.25133;RBI=0.0220241;REFB=-0.0180549;REVB=0.00585819;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=del;VARB=0.0554571;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:6:23:6:23:17:3:3:9:8:35:17:3:3:9:8 chr19 1389064 . G T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00321111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.307;QD=28.5242;RBI=0.0496713;REFB=-0.0299825;REVB=0.0495674;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359305;STB=0.519974;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00839699;OID=.;OPOS=1389064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:6:9:4:2:6:9:4:2 chr19 1389517 . C A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00525579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.363;QD=18.3356;RBI=0.0077225;REFB=-0.0200881;REVB=0.00565806;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134402;STB=0.57512;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0161095;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:18:19:13:22:18:19 chr19 1495634 . G A 292.93 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0761603;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4851;QD=19.8599;RBI=0.0802126;REFB=-0.0122414;REVB=0.0251729;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263434;STB=0.654687;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0164101;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:29:31:0.525424:10:19:10:18:10:21:10:18 chr19 1497543 . A G 206.51 PASS AF=0.578947;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0353282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.6;QD=21.7379;RBI=0.0366976;REFB=-0.0345958;REVB=-0.00993156;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275822;STB=0.615666;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0171635;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:15:16:19:22:0.578947:10:9:2:13:12:10:3:13 chr19 1510661 . A G 115.86 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.503;QD=42.1324;RBI=0.0379977;REFB=0;REVB=0.0374537;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652195;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:1:9:0:0:2:9:0:0 chr19 1535179 . G A 506.58 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=86;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00455788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.912;QD=23.2912;RBI=0.0228906;REFB=-0.00278311;REVB=0.0224322;RO=39;SAF=22;SAR=25;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910118;STB=0.545171;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00309049;OID=.;OPOS=1535179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:39:47:48:0.551724:25:22:14:25:26:22:14:25 chr19 1575031 . C CG 77.24 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.217847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9824;QD=13.4333;RBI=0.250542;REFB=-0.0685816;REVB=0.12375;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.675067;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=0.0902084;OID=.;OPOS=1575032;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:11:23:13:23:10:8:5:2:8:39:11:6:5:4:7 chr19 1609267 . A G 642.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836491;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.156;QD=59.8062;RBI=0.0224304;REFB=-0.092537;REVB=-0.0208123;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117652;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:27:15:0:1:28:15:0:0 chr19 1624007 . A G 1221.11 PASS AF=0.480916;AO=126;DP=257;FAO=126;FDP=262;FR=.;FRO=136;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=74;FSRR=62;FWDB=-0.000336421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8363;QD=18.6428;RBI=0.0485082;REFB=0.000924819;REVB=-0.048507;RO=131;SAF=73;SAR=53;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209557;STB=0.518655;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00163662;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:262:131:136:126:126:0.480916:53:73:73:58:53:73:74:62 chr19 1783261 . C T 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3631;QD=58.1263;RBI=0.123337;REFB=0;REVB=0.108672;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324061;OID=.;OPOS=1783261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr19 1784890 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.895;QD=63.5808;RBI=0.0142345;REFB=0;REVB=0.0086693;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80473e-05;OID=.;OPOS=1784890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr19 1784944 . A G 547.97 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9233;QD=59.2397;RBI=0.0279968;REFB=0;REVB=-0.000733291;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319161;OID=.;OPOS=1784944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr19 1796166 . C T 209.19 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0013675;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.511;QD=17.4328;RBI=0.00857911;REFB=-0.0071058;REVB=-0.00846942;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00901898;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:14:13:9:12:14:13 chr19 1810605 . T C 288.78 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.878;QD=52.5061;RBI=0.053476;REFB=0;REVB=0.0116784;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169445;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 1811547 . A G 171.13 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0206312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.718;QD=20.1326;RBI=0.0259222;REFB=-0.0282945;REVB=0.0156944;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251281;STB=0.657382;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00727804;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:13:16:17:18:0.529412:9:8:2:11:10:8:2:14 chr19 1819112 . A G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0115192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.639;QD=13.9181;RBI=0.0228986;REFB=-0.0236064;REVB=-0.0197902;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948336;STB=0.555513;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0360567;OID=.;OPOS=1819112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:25:26:0.412698:13:12:14:22:13:13:15:22 chr19 1821637 . A G 86.8 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00238326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.202;QD=12.8595;RBI=0.0069127;REFB=-0.0208579;REVB=0.00648887;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212575;STB=0.622452;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0239956;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:2:14:8:3:2:14 chr19 1880950 . T C 394.55 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0217042;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.617;QD=20.4962;RBI=0.0217657;REFB=-0.0444603;REVB=-0.00163454;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658901;STB=0.503648;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0397213;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:37:40:40:0.519481:17:23:21:16:17:23:21:16 chr19 1925942 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0152158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.789;QD=13.9608;RBI=0.0333913;REFB=0.00936414;REVB=0.029723;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368547;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00689437;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:3:7:7:7:0.5:6:1:2:1:6:1:3:4 chr19 1925970 . T C 89.14 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000737614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.295;QD=14.8565;RBI=0.0215404;REFB=-0.00420638;REVB=0.0215277;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00756945;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:6:7:6:5:6:7 chr19 1986520 . G A 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0193449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3366;QD=18.4894;RBI=0.0468723;REFB=0.0047266;REVB=0.0426942;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137578;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0095491;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:11:15:13:9:11:15 chr19 1997363 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00971564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8142;QD=22.5996;RBI=0.00992554;REFB=-0.0131106;REVB=-0.00203044;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225029;STB=0.625147;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0155561;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:15:5:12:11:15:5 chr19 2041032 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000590622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.371;QD=15.6507;RBI=0.0298063;REFB=-0.0153224;REVB=-0.0298004;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194315;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0149019;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:9:12:6:10:9:12 chr19 2099250 . G A 116.85 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0408912;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0613;QD=11.1288;RBI=0.12834;REFB=-0.0146346;REVB=0.121651;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799514;STB=0.547552;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0325957;OID=.;OPOS=2099250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:16:12:7:7:16:12 chr19 2138654 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.184;QD=44.6898;RBI=0.0197997;REFB=0;REVB=0.0192971;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579856;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr19 2226676 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.84;QD=39.205;RBI=0.083805;REFB=0;REVB=0.020957;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221111;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 2230007 . T A,TTA 44.8 PASS AF=0,0.144928;AO=5,8;DP=77;FAO=0,10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0104541,0.253089;FXX=0.028165;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=20.2569,21.8973;QD=2.5971;RBI=0.0425101,0.257772;REFB=-0.0189865,-0.0154305;REVB=-0.0412046,-0.0489117;RO=58;SAF=4,4;SAR=1,4;SRF=26;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.367904,0.0617753;STB=0.5,0.520916;STBP=1,0.906;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0806555;OID=.,.;OPOS=2230007,2230008;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:77:69:58:59:5,8:0,10:0,0.144928:1,4:4,4:26:32:0,6:0,4:25:34 chr19 2249477 . G T 823.68 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232561;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.725;QD=57.8023;RBI=0.0612874;REFB=0;REVB=0.0567036;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84551e-05;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr19 2251817 . T C 294.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558553;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5942;QD=53.512;RBI=0.00773329;REFB=0;REVB=0.00534842;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119679;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:15:7:0:0 chr19 2278755 . C T 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.235;QD=46.8392;RBI=0.025575;REFB=0;REVB=-0.00149739;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131409;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 2280885 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.964;QD=28.5378;RBI=0.0172478;REFB=0.116302;REVB=0.00803993;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00224046;OID=.;OPOS=2280885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr19 2328527 . GCCCCCCG CCCCCCCG,GCCCCCCC,GCCCCCCCG 56.23 PASS AF=0,0.0285714,0.514286;AO=3,3,9;DP=35;FAO=0,1,18;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=0,1,10;FSAR=0,0,8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0452675,-0.0752831,0.199401;FXX=0;HRUN=1,2,6;LEN=1,1,1;MLLD=183.957,23.4439,7.84279;QD=6.4264;RBI=0.0471806,0.0839082,0.208235;REFB=-0.00748677,-0.0781834,-0.11784;REVB=0.0132989,0.0370545,0.0600076;RO=16;SAF=3,3,1;SAR=0,0,8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.594791,0.594791,-0.551398;STB=0.5,0.988464,0.503308;STBP=1,0.477,0.997;TYPE=snp,snp,ins;VARB=0,0.0810283,0.148677;OID=.,.,.;OPOS=2328527,2328534,2328528;OREF=G,G,-;OALT=C,C,C;OMAPALT=CCCCCCCG,GCCCCCCC,GCCCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:55:35:35:16:16:3,3,9:0,1,18:0,0.0285714,0.514286:0,0,8:3,3,1:9:7:0,0,8:0,1,10:9:7 chr19 2337468 . G A 1023.82 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0540712;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.175;QD=55.3414;RBI=0.0584373;REFB=-0.0281358;REVB=0.0221634;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521733;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000552258;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:70:71:0.959459:33:37:0:0:33:38:0:3 chr19 2339958 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.848;QD=61.6835;RBI=0.0352543;REFB=0;REVB=0.00594415;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115583;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 2340154 . G GC 931.97 PASS AF=1;AO=81;DP=124;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187885;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.4551;QD=31.8623;RBI=0.297983;REFB=0;REVB=0.231286;RO=40;SAF=41;SAR=40;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00386706;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:124:117:117:0:59:58:0:0:21:40:41:40:24:16 chr19 2341060 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.851;QD=48.7368;RBI=0.0771467;REFB=0;REVB=0.0559281;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084038;OID=.;OPOS=2341060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 2341577 . G A,C 628.96 PASS AF=0.909091,0.0681818;AO=38,3;DP=42;FAO=40,3;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24,1;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164582,0.0283239;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.365,102.329;QD=57.1778;RBI=0.0192306,0.0283358;REFB=-0.16749,-0.0503516;REVB=0.00994712,0.000820646;RO=1;SAF=23,1;SAR=15,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0302093,0.163246;STB=0.515144,0.59939;STBP=0.293,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000291362,0.179831;OID=.,.;OPOS=2341577,2341577;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:42:44:1:1:38,3:40,3:0.909091,0.0681818:15,2:23,1:0:1:16,2:24,1:0:1 chr19 2353150 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.82;QD=44.6898;RBI=0.0422042;REFB=0;REVB=0.0203465;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301815;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 2398849 . A G 962.68 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.647;QD=58.3441;RBI=0.00891552;REFB=0;REVB=0.00713701;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147087;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:43:22:0:0:44:22:0:0 chr19 2405456 . C T 724.99 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.038;QD=59.1825;RBI=0.0241542;REFB=0.0190356;REVB=0.0143813;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375754;STB=0.519992;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000724255;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:49:2:2:46:47:0.959184:22:24:2:0:23:24:2:0 chr19 2410332 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8614;QD=55.0983;RBI=0.0502115;REFB=0;REVB=-0.0112335;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133302;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 2413961 . G C 280.27 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2253;QD=50.9575;RBI=0.0684569;REFB=0;REVB=0.00396669;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466356;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr19 2418031 . C T 128.48 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338124;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.386;QD=39.5329;RBI=0.0451701;REFB=-0.053853;REVB=0.0299509;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.010535;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:0:1:12:12:0.923077:3:9:0:0:3:9:1:0 chr19 2433890 . A C,G 597.0 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,37;DP=40;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107193,0.0514358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.4808,134.591;QD=56.8571;RBI=0.0590712,0.0625681;REFB=0,0;REVB=-0.0580905,-0.0356247;RO=0;SAF=3,15;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0422692,0.00589398;OID=.,.;OPOS=2433890,2433890;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:40:42:0:0:3,37:3,39:0.0714286,0.928571:0,22:3,15:0:0:0,22:3,17:0:0 chr19 2512174 . A G 189.55 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.053303;FXX=0.172354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3552;QD=31.591;RBI=0.055708;REFB=-0.107594;REVB=-0.0161917;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18273;STB=0.612787;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0456648;OID=.;OPOS=2512174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:27:24:6:7:17:17:0.708333:12:5:0:6:12:5:0:7 chr19 2538760 . A T 71.39 PASS AF=0.36;AO=13;DP=30;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00265795;FXX=0.166611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.453;QD=11.4225;RBI=0.0397839;REFB=-0.0101148;REVB=-0.039695;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412888;STB=0.524943;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0285782;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:30:25:15:16:13:9:0.36:3:10:12:3:2:7:12:4 chr19 2714720 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.096;QD=53.9111;RBI=0.0448258;REFB=0;REVB=0.0234182;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011112;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 2714771 . T C 372.02 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.4716;QD=55.1136;RBI=0.14987;REFB=0;REVB=0.105876;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845215;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:21:27:1:6:15:0:0:10:17:0:0 chr19 2732986 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.966;QD=51.9163;RBI=0.00648863;REFB=0;REVB=0.00640583;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29464e-05;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr19 2733394 . GA AG,G,GG 1673.39 PASS AF=0.0518519,0.948148,0;AO=8,67,6;DP=124;FAO=7,128,0;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63,0;FSAR=7,65,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211162,0.462821,0.171002;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=125.055,20.0787,6.48048;QD=49.5818;RBI=0.0932196,0.576554,0.334176;REFB=0,0,0;REVB=-0.0931957,0.343819,0.28711;RO=43;SAF=0,36,1;SAR=8,31,5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.723647,-0.0489338,-0.490619;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.178335,0.0218902,-0.003914;OID=.,.,.;OPOS=2733394,2733395,2733395;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:124:135:43:0:8,67,6:7,128,0:0.0518519,0.948148,0:8,31,5:0,36,1:26:17:7,65,0:0,63,0:0:0 chr19 2762585 . A C 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555101;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.903;QD=58.1705;RBI=0.0581983;REFB=0;REVB=0.0174832;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407252;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 2767192 . G T 1068.55 PASS AF=0.986842;AO=69;DP=72;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208173;FXX=0.0256377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.3812;QD=56.2393;RBI=0.0410079;REFB=-0.125484;REVB=0.0353311;RO=2;SAF=25;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363191;STB=0.509088;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000964222;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:76:2:1:69:75:0.986842:44:25:2:0:48:27:1:0 chr19 2833802 . A G 171.41 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0139843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.933;QD=13.4437;RBI=0.0147872;REFB=-0.0136086;REVB=-0.00480634;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776908;STB=0.518868;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0214211;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:30:31:17:20:0.392157:8:9:18:12:9:11:18:13 chr19 2833864 . G A 224.77 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0347573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1838;QD=17.6286;RBI=0.047773;REFB=-0.0348527;REVB=-0.0327749;RO=27;SAF=17;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461196;STB=0.52609;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0134656;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:7:17:18:9:7:17:18:9 chr19 2834808 . T C 37.33 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0536997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6593;QD=13.5755;RBI=0.0874722;REFB=-0.0291667;REVB=0.0690487;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0720991;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:5:6:0.545455:4:1:2:2:5:1:2:3 chr19 2852530 . G A 341.78 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00308984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.013;QD=18.4744;RBI=0.0277037;REFB=-0.0243764;REVB=-0.0275308;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630077;STB=0.540069;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0226213;OID=.;OPOS=2852530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:38:35:36:0.486486:17:18:21:15:17:19:23:15 chr19 2853566 . A G 556.7 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1426;QD=60.1835;RBI=0.0857745;REFB=0;REVB=0.080679;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869778;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chr19 2896818 . C T 90.77 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00987276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4909;QD=8.06811;RBI=0.0290875;REFB=0.020039;REVB=-0.0273608;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511093;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0328597;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:6:6:16:16:6:6:16:17 chr19 2896948 . T C 413.68 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0249166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.473;QD=15.0428;RBI=0.0280952;REFB=-0.0133964;REVB=0.0129809;RO=63;SAF=20;SAR=27;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846409;STB=0.547562;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0201053;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:27:20:32:31:27:20:32:31 chr19 2896953 . A G 422.33 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00239519;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.488;QD=15.937;RBI=0.00505844;REFB=-0.00735244;REVB=0.00445543;RO=58;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911559;STB=0.546539;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0105647;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:27:20:30:28:27:20:30:29 chr19 2915738 . T A 323.21 PASS AF=0.433735;AO=34;DP=81;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00941999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.059;QD=15.5762;RBI=0.0228829;REFB=-0.015378;REVB=0.020854;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186351;STB=0.58775;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0257546;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:47:47:34:36:0.433735:17:17:15:32:19:17:15:32 chr19 2917186 . T C 474.63 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000986093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.086;QD=27.1218;RBI=0.021574;REFB=-0.00861965;REVB=0.0215515;RO=26;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404664;STB=0.516964;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00481884;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:26:26:43:44:0.628571:24:19:13:13:24:20:13:13 chr19 2917287 . C A 282.12 PASS AF=0.532258;AO=28;DP=58;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0367112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.62;QD=18.2013;RBI=0.0367112;REFB=-0.0653747;REVB=-2.54684e-06;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744682;STB=0.524985;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0421047;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:30:29:28:33:0.532258:18:10:13:17:21:12:12:17 chr19 2917612 . T C 351.9 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00736162;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.291;QD=23.0754;RBI=0.0217045;REFB=0.00296341;REVB=0.020418;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181679;STB=0.607782;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00127604;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:21:14:16:9:21:14:17:9 chr19 2993427 . T C 416.61 PASS AF=0.494118;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00691442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=19.6049;RBI=0.00726117;REFB=-0.012521;REVB=-0.00221708;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123146;STB=0.50617;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0106168;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:43:40:42:0.494118:18:22:22:19:20:22:22:21 chr19 3056573 . C CG,G 116.69 PASS AF=0.421053,0;AO=20,11;DP=77;FAO=32,0;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11,0;FSAR=21,0;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0345784,-0.00786005;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=13.2346,27.3045;QD=6.14144;RBI=0.0346547,0.0864287;REFB=-0.151411,-0.0413905;REVB=0.00229852,-0.0860705;RO=45;SAF=7,4;SAR=13,7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.264474,-0.260309;STB=0.644188,0.5;STBP=0.042,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.197533,0.0503373;OID=.,.;OPOS=3056574,3056573;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:44:20,11:32,0:0.421053,0:13,7:7,4:26:19:21,0:11,0:26:18 chr19 3062857 . T C 1692.37 PASS AF=0.928571;AO=117;DP=128;FAO=117;FDP=126;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0123078;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.821;QD=53.726;RBI=0.0474641;REFB=-0.192035;REVB=0.0458406;RO=9;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580272;STB=0.530607;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00898783;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:128:126:9:9:117:117:0.928571:69:48:0:9:69:48:0:9 chr19 3150238 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.254;QD=56.7033;RBI=0.0310104;REFB=0;REVB=-0.0112814;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14863e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 3155902 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0333415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.563;QD=14.7343;RBI=0.033629;REFB=-0.00610922;REVB=0.00438796;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195026;STB=0.615306;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00677138;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:12:15:26:9:12:15:27:9 chr19 3186085 . G T 311.65 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0228631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.376;QD=15.39;RBI=0.0584849;REFB=-0.01793;REVB=-0.0538309;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354422;STB=0.7091;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.027736;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:46:34:35:0.432099:10:24:17:30:10:25:16:30 chr19 3201593 . C T 242.67 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00203403;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.331;QD=17.0297;RBI=0.0211035;REFB=-0.0299778;REVB=0.0210053;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566566;STB=0.531891;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0377695;OID=.;OPOS=3201593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:14:16:16:11:14:16 chr19 3207646 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0326946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7974;QD=13.4859;RBI=0.0433596;REFB=-0.00536473;REVB=-0.0284801;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.538379;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00938769;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:3:8:6:3:3:8 chr19 3208890 . T C 378.18 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0469374;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9261;QD=14.0068;RBI=0.0471971;REFB=0.00520247;REVB=0.00494499;RO=62;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825754;STB=0.553936;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00608113;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:64:44:44:0.407407:25:19:22:40:25:19:22:42 chr19 3224896 . G C 233.41 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=59;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0129277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.903;QD=14.8199;RBI=0.0130118;REFB=-0.0275544;REVB=-0.00147683;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120758;STB=0.516117;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0313722;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:35:35:23:28:0.444444:15:8:16:19:16:12:16:19 chr19 3534842 . G A 114.1 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.091;QD=18.2553;RBI=0.0023376;REFB=-0.006794;REVB=0.0023376;RO=12;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00716407;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:12:0:0:12:13:0:0:12 chr19 3543397 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00847409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.174;QD=14.1698;RBI=0.0199337;REFB=-0.00895809;REVB=0.0180428;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242655;STB=0.639755;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0088097;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:10:2:4:6:10:2 chr19 3543677 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0329632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.908;QD=20.8378;RBI=0.0367786;REFB=-0.00574424;REVB=-0.0163124;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970608;STB=0.555438;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00209759;OID=.;OPOS=3543677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:4:1:3:6:4:1 chr19 3576314 . CCTT C 135.09 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00646481;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.011;QD=11.4968;RBI=0.0212053;REFB=-0.011139;REVB=-0.0201958;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420579;STB=0.538426;STBP=0.679;TYPE=del;VARB=0.0151765;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:48:21:47:26:6:15:6:20:99:24:6:15:6:18 chr19 3578653 . C T 269.4 PASS AF=0.492308;AO=21;DP=68;FAO=32;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00752703;FXX=0.0579626;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.5525;QD=16.5783;RBI=0.0902042;REFB=-0.00599195;REVB=-0.0898896;RO=21;SAF=3;SAR=18;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799953;STB=0.512187;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0031421;OID=.;OPOS=3578653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:21:33:21:32:0.492308:18:3:4:17:22:10:11:22 chr19 3592171 . T C 105.46 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0170742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.041;QD=14.5465;RBI=0.0777427;REFB=-0.0475085;REVB=-0.0758445;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317828;STB=0.656028;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0781756;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:7:5:12:4:7:6:12:4 chr19 3592855 . A C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0143132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.786;QD=12.0157;RBI=0.0172996;REFB=-0.0136296;REVB=0.00971642;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0266364;OID=.;OPOS=3592855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr19 3593004 . A G 146.46 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.033378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3535;QD=17.2307;RBI=0.0841408;REFB=-0.00680739;REVB=-0.0772372;RO=18;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247324;STB=0.644525;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00877098;OID=.;OPOS=3593004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:14:2:5:13:14:2:5:13 chr19 3595794 . A G 146.44 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0287351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.523;QD=13.9468;RBI=0.033476;REFB=-0.0220607;REVB=-0.0171738;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0323445;OID=.;OPOS=3595794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:16:17:0.404762:8:8:15:9:8:9:15:10 chr19 3595923 . G A 164.35 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.013342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.379;QD=21.2064;RBI=0.0314287;REFB=-0.0228272;REVB=0.0284562;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.58452;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0221125;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:4:10:9:8:4:10 chr19 3600390 . G A 643.98 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0148315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.716;QD=19.5144;RBI=0.0150307;REFB=-0.0145884;REVB=-0.00243892;RO=67;SAF=29;SAR=36;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291352;STB=0.516094;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.014726;OID=.;OPOS=3600390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:36:29:32:35:36:29:32:35 chr19 3611348 . C T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0312163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.118;QD=14.3995;RBI=0.0349397;REFB=-0.0153659;REVB=0.0156948;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125692;STB=0.583382;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0158927;OID=.;OPOS=3611348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:34:25:25:0.423729:16:9:15:16:16:9:17:17 chr19 3611765 . A G 162.45 PASS AF=0.5;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0154596;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.232;QD=19.1113;RBI=0.0245797;REFB=-0.0204087;REVB=0.0191092;RO=18;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404179;STB=0.660164;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0293703;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:17:15:17:0.5:2:13:10:8:3:14:10:7 chr19 3614403 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.391;QD=60.2298;RBI=0.0478012;REFB=0;REVB=0.0477238;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151623;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr19 3633192 . A G 47.56 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0260476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.856;QD=11.8903;RBI=0.0260476;REFB=-0.0287911;REVB=0;RO=9;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0523613;OID=.;OPOS=3633192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:0:7:9:0:0:7:9:0 chr19 3653525 . C T 262.51 PASS AF=0.410959;AO=24;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00541856;FXX=0.0394685;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.085;QD=14.3843;RBI=0.00547458;REFB=-0.00414445;REVB=-0.000781161;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.532697;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00540841;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:43:24:30:0.410959:12:12:15:15:17:13:21:22 chr19 3728609 . G A 214.13 PASS AF=0.468085;AO=13;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0151269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.798;QD=18.2235;RBI=0.0883281;REFB=-0.0269812;REVB=0.0870232;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604238;STB=0.527248;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0273231;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:16:25:13:22:0.468085:10:3:3:13:13:9:9:16 chr19 3730041 . C T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00942125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9073;QD=9.91486;RBI=0.0280096;REFB=0.00671198;REVB=0.0263775;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154634;STB=0.594378;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0174653;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:9:8:3:6:9:8 chr19 3735934 . G A 50.45 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0185995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.255;QD=16.8157;RBI=0.0315403;REFB=0.0107563;REVB=0.0254725;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00314469;OID=.;OPOS=3735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:2:3:6:1:2:3 chr19 3738649 . A C 180.95 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0139262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.969;QD=12.9249;RBI=0.0507617;REFB=-0.00652108;REVB=-0.048814;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109607;STB=0.562858;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00795653;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:12:22:12:10:12:22 chr19 3738971 . A G 223.57 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.03091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3763;QD=26.3023;RBI=0.0324602;REFB=-0.0342504;REVB=-0.00991154;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117234;STB=0.564911;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00972737;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:9:4:10:11:9:4 chr19 3740658 . T G 386.85 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00626821;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.712;QD=17.9931;RBI=0.00998919;REFB=-0.0180441;REVB=0.00777775;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188537;STB=0.595132;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0257098;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:46:40:40:0.465116:14:26:20:24:14:26:22:24 chr19 3746087 . G A 373.06 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=83;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0236611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.782;QD=17.5557;RBI=0.0259731;REFB=-0.0120508;REVB=-0.0107122;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708811;STB=0.523159;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0195618;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:46:37:39:0.458824:17:20:24:21:17:22:24:22 chr19 3762698 . C T 785.14 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.152;QD=57.1008;RBI=0.0712362;REFB=0;REVB=0.0505236;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285163;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:21:33:0:1:22:33:0:0 chr19 3767265 . C T 579.33 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159703;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.412;QD=60.982;RBI=0.0456812;REFB=0;REVB=0.0427986;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259904;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr19 3784866 . A AG,G 81.89 PASS AF=0.395833,0;AO=11,2;DP=54;FAO=19,0;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=15,0;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.157013,-0.0211054;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=12.5586,200.538;QD=6.82394;RBI=0.164825,0.0228909;REFB=-0.0987135,-0.00572221;REVB=0.0501423,-0.00886322;RO=41;SAF=2,0;SAR=9,2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.335187,-0.375759;STB=0.630102,0.5;STBP=0.212,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.171601,0;OID=.,.;OPOS=3784867,3784866;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:48:41:29:11,2:19,0:0.395833,0:9,2:2,0:17:24:15,0:4,0:11:18 chr19 3831525 . C A 106.2 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0492802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.404;QD=21.2396;RBI=0.108602;REFB=-0.000895403;REVB=0.0967774;RO=8;SAF=10;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602244;STB=0.854835;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00654746;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:20:8:8:11:12:0.6:1:10:2:6:1:11:2:6 chr19 3831709 . C T 159.9 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0199963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.715;QD=18.2747;RBI=0.0601868;REFB=-0.00585474;REVB=-0.0567679;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.542324;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00917243;OID=.;OPOS=3831709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:10:7:8:9:11:7 chr19 3831765 . G A 274.23 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00871359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.98;QD=24.9296;RBI=0.0092767;REFB=0.00389234;REVB=0.00318284;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138745;STB=0.59992;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00125378;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:19:25:25:0.568182:15:10:10:7:15:10:12:7 chr19 3977486 . A G 327.32 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331821;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.997;QD=54.553;RBI=0.0449849;REFB=0;REVB=0.0303741;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07349e-05;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr19 3979408 . A G 635.62 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475592;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8835;QD=62.0119;RBI=0.0545307;REFB=0;REVB=0.026678;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189078;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 4028783 . C T 475.77 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0287165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.977;QD=46.4162;RBI=0.0357158;REFB=-0.131907;REVB=-0.0212364;RO=3;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184065;STB=0.530709;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00936528;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:41:41:3:6:35:35:0.853659:19:16:1:2:19:16:4:2 chr19 4033462 . T C 2190.26 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.086;QD=62.5789;RBI=0.0265477;REFB=0;REVB=0.00260186;RO=1;SAF=85;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16044e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:140:1:0:139:140:1:54:85:1:0:54:86:0:0 chr19 4042858 . G A 704.38 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.002;QD=62.6118;RBI=0.0732862;REFB=0;REVB=0.0727153;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268955;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:17:25:0:0:20:25:0:0 chr19 4042923 . A G 756.54 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997489;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9237;QD=57.0976;RBI=0.0209822;REFB=0;REVB=-0.0184595;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101027;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr19 4043024 . T C 689.65 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.222;QD=62.695;RBI=0.042178;REFB=0;REVB=0.00443612;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168954;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr19 4101062 . G T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0675982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.046;QD=13.6609;RBI=0.0715809;REFB=-0.0224882;REVB=-0.0235438;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26417;STB=0.65647;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.02879;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:9:12:11:3:9:12 chr19 4217207 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.156;QD=60.9786;RBI=0.0458561;REFB=0;REVB=0.0457281;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106259;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 4236996 . G A 1054.99 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.302;QD=59.4361;RBI=0.0255526;REFB=0;REVB=0.00368373;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30267e-05;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr19 4237067 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.908;QD=59.0186;RBI=0.0433229;REFB=0;REVB=-0.0228752;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70564e-05;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr19 4251069 . T C 1345.95 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363903;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2075;QD=61.8827;RBI=0.0432888;REFB=0;REVB=0.0234449;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224291;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:51:34:0:0:53:34:0:0 chr19 4254375 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.856;QD=49.5991;RBI=0.0444595;REFB=0;REVB=0.0281618;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033146;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 4280186 . C T 459.1 PASS AF=0.571429;AO=42;DP=74;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0317687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5908;QD=23.8492;RBI=0.0801227;REFB=-0.00780917;REVB=0.0735554;RO=32;SAF=13;SAR=29;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027356;STB=0.507521;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00331093;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:32:33:42:44:0.571429:29:13:10:22:30:14:10:23 chr19 4288332 . A G 61.63 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00532355;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.697;QD=16.4343;RBI=0.0171168;REFB=-0.017308;REVB=0.0162679;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00745825;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:5:7:8:8:0.533333:5:3:1:4:5:3:1:6 chr19 4306311 . T C 124.72 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0690346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2347;QD=17.8165;RBI=0.0705755;REFB=0.00670959;REVB=-0.0146671;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269989;STB=0.651985;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.010578;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:12:2:6:8:12:2 chr19 4325433 . G A 50.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00913919;FXX=0.062461;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.495;QD=13.3704;RBI=0.0092423;REFB=-0.0148112;REVB=0.00137667;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0146112;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:2:6:5:2:2:6 chr19 4333711 . C T 447.25 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0222008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7149;QD=15.5564;RBI=0.0501795;REFB=-0.00249218;REVB=0.0450012;RO=65;SAF=23;SAR=27;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156137;STB=0.500875;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00361734;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:27:23:30:35:27:23:30:35 chr19 4352959 . A G 74.28 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1285;QD=37.1377;RBI=0.0817072;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011892;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:8:0:0:6:8:1:0:6:0:0:0:8:0:0 chr19 4357555 . A G 956.97 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00941219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5276;QD=55.4767;RBI=0.0174122;REFB=-0.0832583;REVB=-0.014649;RO=2;SAF=34;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269769;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00675717;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:2:1:65:68:0.985507:31:34:2:0:31:37:1:0 chr19 4359199 . G A 199.07 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.021673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4484;QD=9.3679;RBI=0.0401997;REFB=-0.00921821;REVB=0.033857;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634529;STB=0.50273;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0225864;OID=.;OPOS=4359199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:57:59:26:26:0.305882:14:12:26:31:14:12:27:32 chr19 4362691 . G C 669.29 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0387632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.521;QD=23.079;RBI=0.0388723;REFB=-0.0124836;REVB=-0.00290975;RO=51;SAF=33;SAR=32;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770847;STB=0.542117;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0122252;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:32:33:21:30:32:33:21:30 chr19 4442336 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.035017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.285;QD=14.2588;RBI=0.0355308;REFB=-0.0103018;REVB=-0.00602111;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685576;STB=0.545691;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0153679;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:15:14:22:18:15:14:23:18 chr19 4442999 . T G 175.48 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0152724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4;QD=13.7628;RBI=0.0376879;REFB=-0.0142775;REVB=-0.0344548;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868637;STB=0.549951;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0263444;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:21:10:8:12:21:10 chr19 4443046 . T C 178.28 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.000288552;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.105;QD=10.4872;RBI=0.00591528;REFB=-0.00301558;REVB=-0.00590824;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827098;STB=0.554044;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00750399;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:45:23:23:0.338235:10:13:28:16:10:13:29:16 chr19 4446617 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0349121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.508;QD=23.263;RBI=0.0356317;REFB=-0.0407327;REVB=0.00712478;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240908;STB=0.635388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0273573;OID=.;OPOS=4446617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:17:6:10:9:17:6:10:9 chr19 4457650 . C T 173.3 PASS AF=0.486486;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00849709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.15;QD=18.7349;RBI=0.0176269;REFB=-0.0177145;REVB=-0.0154437;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12351;STB=0.523783;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0221004;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:19:16:18:0.486486:13:3:5:13:13:5:6:13 chr19 4493708 . A G 438.31 PASS AF=0.4;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0172119;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.66;QD=14.0259;RBI=0.0172228;REFB=-0.0152793;REVB=-0.000613745;RO=71;SAF=28;SAR=22;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992954;STB=0.563913;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0223453;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:71:75:50:50:0.4:22:28:33:38:22:28:34:41 chr19 4501243 . G A 40.81 PASS AF=0.0958904;AO=6;DP=79;FAO=7;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0152714;FXX=0.0874891;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.7324;QD=2.23603;RBI=0.131893;REFB=-0.0476853;REVB=0.131006;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114603;STB=0.639393;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.167809;OID=.;OPOS=4501243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:73:49:58:6:7:0.0958904:4:2:21:28:5:2:25:33 chr19 4504602 . G A 220.43 PASS AF=0.583333;AO=16;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0105616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1767;QD=24.4925;RBI=0.027468;REFB=-0.011096;REVB=0.0253563;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402008;STB=0.551677;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00639465;OID=.;OPOS=4504602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:16:21:0.583333:12:4:3:11:13:8:4:11 chr19 4508945 . A G 766.05 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.185;QD=56.7442;RBI=0.0372641;REFB=0;REVB=0.0355652;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69269e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:24:27:0:0:25:29:0:0 chr19 4511281 . G A 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0155787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.291;QD=3.8336;RBI=0.0155804;REFB=-0.00410034;REVB=-0.000227846;RO=36;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435682;STB=0.81105;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0139271;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:6:1:17:19:6:1:17:19 chr19 4511349 . CTT CAT,GCA 59.73 PASS AF=0.333333,0;AO=7,2;DP=27;FAO=9,0;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.130193,-0.0524342;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=128.927,202.551;QD=8.84938;RBI=0.131368,0.0525136;REFB=-0.0146926,0.000626922;REVB=0.0175348,-0.00288751;RO=18;SAF=1,2;SAR=6,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36153,0.571416;STB=0.540449,0.5;STBP=0.777,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0141755,0;OID=.,.;OPOS=4511350,4511349;OREF=T,CTT;OALT=A,GCA;OMAPALT=CAT,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:27:27:18:18:7,2:9,0:0.333333,0:6,0:1,2:7:11:6,0:3,0:7:11 chr19 4511453 . G A 161.88 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0129567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8106;QD=28.1533;RBI=0.0320219;REFB=-0.0249481;REVB=0.0292835;RO=7;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082597;STB=0.546157;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0101453;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:7:7:16:16:0.695652:3:13:5:2:3:13:5:2 chr19 4511525 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.013154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.734;QD=18.2487;RBI=0.0244852;REFB=0.0026212;REVB=-0.0206518;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583577;STB=0.533283;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00254994;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:3:9:9:4:3:9 chr19 4511647 . C G 107.01 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0437373;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5556;QD=11.264;RBI=0.0449003;REFB=-0.0009591;REVB=0.0101533;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41967;STB=0.755363;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00252511;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:4:9:7:17:4:9:7:18 chr19 4511725 . T C 55.12 PASS AF=0.36;AO=5;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.16753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.095;QD=8.8193;RBI=0.190795;REFB=-0.0215246;REVB=0.091305;RO=11;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531405;STB=0.7495;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0388583;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:11:16:5:9:0.36:1:4:3:8:3:6:4:12 chr19 4511730 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0191441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.261;QD=15.2625;RBI=0.019383;REFB=0.00422291;REVB=0.00303414;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208073;STB=0.619395;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00555927;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:4:12:7:6:4:12 chr19 4511746 . A T 62.27 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.014781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.638;QD=7.78383;RBI=0.0491325;REFB=-0.006065;REVB=0.0468564;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443156;STB=0.768713;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0107763;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:6:17:3:6:6:17 chr19 4511791 . A C 68.17 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0235617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.476;QD=5.56522;RBI=0.0312447;REFB=0.00244865;REVB=-0.0205202;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348754;STB=0.72054;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00966765;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:4:6:12:27:4:6:12:27 chr19 4511830 . A G 40.36 PASS AF=0.14;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00658717;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.168;QD=3.22849;RBI=0.019528;REFB=-0.0014319;REVB=-0.0183834;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854591;STB=0.571225;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0105729;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:51:50:44:43:7:7:0.14:4:3:22:22:4:3:22:21 chr19 4511955 . T C 432.58 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0251026;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.743;QD=20.1199;RBI=0.0265099;REFB=-0.0168075;REVB=-0.00852284;RO=42;SAF=30;SAR=13;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141688;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:13:30:30:12:13:30:30:13 chr19 4512185 . C A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0117706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.169;QD=12.9142;RBI=0.0144221;REFB=-0.0152987;REVB=0.00833358;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380009;STB=0.502182;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0195672;OID=.;OPOS=4512185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:23:14:9:15:23:14 chr19 4512669 . T C 511.14 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0274175;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7648;QD=21.0779;RBI=0.0276249;REFB=-0.00188436;REVB=0.00337897;RO=48;SAF=30;SAR=19;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24694;STB=0.636384;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00195147;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:48:49:49:0.505155:19:30:16:32:19:30:16:32 chr19 4513143 . CA TG 202.05 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180094;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.51;QD=47.5412;RBI=0.13511;REFB=0;REVB=0.133905;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00107969;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:8:9:0:0 chr19 4513559 . A G 673.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288538;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9676;QD=62.6596;RBI=0.0294461;REFB=0;REVB=-0.00587646;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118403;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr19 4525046 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.756;QD=44.6872;RBI=0.021305;REFB=0;REVB=-0.0127932;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84164e-05;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 4538599 . G A 446.82 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00743211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.752;QD=16.7034;RBI=0.0176564;REFB=-0.00583976;REVB=0.016016;RO=57;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641289;STB=0.539807;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00606947;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:26:23:23:34:26:23:23:35 chr19 4558431 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0155778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.95;QD=17.3781;RBI=0.0254772;REFB=-0.00798336;REVB=-0.0201598;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320985;STB=0.707579;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00725311;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:8:3:6:3:8:3:7:3 chr19 4652515 . GT GG,G 70.66 PASS AF=0.0363636,0.4;AO=4,16;DP=55;FAO=2,22;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=1,14;FSAR=1,8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0691441,0.0570397;FXX=0.017854;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=17.0619,8.17813;QD=5.13868;RBI=0.0693026,0.0635312;REFB=-0.0614545,-0.0960355;REVB=0.00468554,0.0279763;RO=28;SAF=1,12;SAR=3,4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420941,0.140625;STB=0.63511,0.505571;STBP=0.729,0.978;TYPE=snp,del;VARB=-0.0409308,0.14628;OID=.,.;OPOS=4652516,4652516;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0363636,0.4:4,16:55:2,22:55:31:1,14:1,8:20:11:58:28:1,12:3,4:18:10 chr19 4652820 . TAC GTA,TAG 206.82 PASS AF=0,0.466667;AO=2,18;DP=45;FAO=0,21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=0,14;FSAR=0,7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00556957,-0.0238217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=102.541,74.4942;QD=18.3838;RBI=0.00561191,0.0383906;REFB=0.00245708,-0.0074233;REVB=0.000688134,0.030106;RO=23;SAF=2,11;SAR=0,7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.567298,0.253998;STB=0.5,0.656566;STBP=1,0.065;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0270759,0.0113324;OID=.,.;OPOS=4652820,4652822;OREF=TAC,C;OALT=GTA,G;OMAPALT=GTA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:23:24:2,18:0,21:0,0.466667:0,7:2,11:8:15:0,7:0,14:9:15 chr19 4653351 . C G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00734386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.978;QD=7.96571;RBI=0.0179057;REFB=0.00118494;REVB=-0.0163304;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360469;STB=0.722392;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00676597;OID=.;OPOS=4653351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:16:10:7:3:16:10 chr19 4653370 . C G 71.99 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.010809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6799;QD=8.22784;RBI=0.0866795;REFB=-0.00274562;REVB=-0.0860029;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306948;STB=0.711446;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00834925;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:9:10:0.285714:6:3:15:10:7:3:15:10 chr19 4653420 . A G 44.26 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0188856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0845;QD=6.8089;RBI=0.0935035;REFB=0.00110206;REVB=-0.0915764;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363483;STB=0.713674;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0124916;OID=.;OPOS=4653420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:11:7:5:2:11:8 chr19 4654163 . A C 109.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.169556;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9946;QD=13.702;RBI=0.173892;REFB=0.00503316;REVB=-0.0385897;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366552;STB=0.705655;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0186602;OID=.;OPOS=4654163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:1:18:9:4:1:18 chr19 4655166 . A G 40.25 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0116369;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.309;QD=12.3843;RBI=0.0191434;REFB=-0.0403801;REVB=0.0152004;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406329;STB=0.732802;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0440509;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:7:0:2:4:7:0 chr19 4658047 . A G 85.46 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000565619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.424;QD=16.2789;RBI=0.0371154;REFB=-0.00966711;REVB=0.0371111;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0146489;OID=.;OPOS=4658047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:19:21:9:10:10:11:0.52381:5:5:4:5:5:6:5:5 chr19 4685259 . G A 427.68 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0246543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.096;QD=19.4398;RBI=0.106166;REFB=-0.00634446;REVB=0.103263;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118087;STB=0.557496;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00647692;OID=.;OPOS=4685259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:43:43:0.488636:18:25:31:13:18:25:31:14 chr19 4685276 . A C 556.72 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.01665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6586;QD=22.7233;RBI=0.017179;REFB=0.042417;REVB=0.00423008;RO=45;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133787;STB=0.577299;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0321769;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:46:52:52:0.530612:23:29:32:13:23:29:33:13 chr19 4724069 . G A 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0106247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.774;QD=10.9413;RBI=0.0261143;REFB=-0.0138852;REVB=0.0238553;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261867;STB=0.65491;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0238917;OID=.;OPOS=4724069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:14:6:6:5:14:6 chr19 4724157 . G A 224.1 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.025285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.844;QD=19.487;RBI=0.0252894;REFB=0.000124256;REVB=0.000472003;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11149;STB=0.56332;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000708756;OID=.;OPOS=4724157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:9:15:16:6:9:15 chr19 4769740 . C A 260.49 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0230361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.202;QD=18.9448;RBI=0.0255428;REFB=-0.0116854;REVB=0.0110351;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504529;STB=0.528158;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0172143;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:16:11:13:15:16:11 chr19 4772202 . A C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0236506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7757;QD=10.8235;RBI=0.0585805;REFB=-0.0155744;REVB=-0.0535941;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753952;STB=0.545376;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0168498;OID=.;OPOS=4772202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:7:16:9:3:7:16 chr19 4794257 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.563;QD=55.6558;RBI=0.0486801;REFB=0;REVB=-0.0210299;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68788e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 66.13 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314268;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=8;MLLD=278.545;QD=37.7899;RBI=0.0354458;REFB=0;REVB=0.0163939;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00103343;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:7:7:0:4:3:0:0:4:0:3:3:0:0 chr19 4847713 . A G 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.174;QD=59.0071;RBI=0.013794;REFB=0;REVB=-0.00988862;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14053e-05;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 4847874 . A G 743.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.429;QD=63.3085;RBI=0.0377413;REFB=0;REVB=0.0189456;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99125e-05;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr19 4852106 . A G 821.28 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232383;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.81;QD=57.6335;RBI=0.0310884;REFB=0;REVB=0.0206511;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305674;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr19 4852137 . C T 772.83 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.188;QD=61.8261;RBI=0.0361235;REFB=-0.00477336;REVB=0.0240972;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=7.2865e-05;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:1:0 chr19 4945914 . A C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0420439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.733;QD=24.8182;RBI=0.0502033;REFB=-0.0130999;REVB=-0.0274351;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265195;STB=0.653575;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00556819;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:13:11:2:15:13:11:2:16 chr19 4945917 . C T 260.12 PASS AF=0.6;AO=22;DP=38;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.000750844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8662;QD=26.0115;RBI=0.0158366;REFB=-0.0336701;REVB=0.0158187;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286311;STB=0.637236;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0401358;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:16:22:24:0.6:11:11:2:14:13:11:2:14 chr19 4945974 . T C 237.53 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.107;QD=50.0058;RBI=0.0893941;REFB=0;REVB=0.0694024;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113151;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 4954454 . C T 690.07 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.104;QD=62.7332;RBI=0.0148182;REFB=0;REVB=0.00181465;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35919e-05;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr19 4954679 . G C,GC 295.33 PASS AF=0,1;AO=2,14;DP=29;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239866,0.108223;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=5.53778,15.2044;QD=42.19;RBI=0.101542,0.121893;REFB=0,0;REVB=-0.098668,0.0560865;RO=13;SAF=1,14;SAR=1,0;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.412624,0.855102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0175244,0.00854006;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:29:28:13:0:2,14:0,28:0,1:1,0:1,14:2:11:0,12:0,16:0:0 chr19 5041178 . T C 1071.44 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0392276;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5109;QD=58.709;RBI=0.0794087;REFB=-0.0512481;REVB=0.069043;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129566;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000743256;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:36:36:1:0:36:36:1:0 chr19 5110794 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0525762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.788;QD=15.1715;RBI=0.0564672;REFB=-0.00816579;REVB=-0.0205984;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095668;STB=0.605548;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.014419;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:24:17:17:0.414634:12:5:8:13:12:5:11:13 chr19 5114116 . T G 405.22 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0154713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.984;QD=13.9731;RBI=0.0156207;REFB=-0.0082103;REVB=0.00215534;RO=69;SAF=20;SAR=27;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13186;STB=0.574436;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0117806;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:27:20:38:31:27:20:38:31 chr19 5114409 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00896832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6733;QD=16.4261;RBI=0.0484762;REFB=-0.0254409;REVB=0.0476394;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220357;OID=.;OPOS=5114409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:2:9:9:2:2:9 chr19 5135392 . A G 971.74 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00747479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.816;QD=52.5262;RBI=0.0144569;REFB=-0.033794;REVB=0.0123746;RO=5;SAF=43;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314323;STB=0.501666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00284465;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:5:5:69:69:0.932432:26:43:3:2:26:43:3:2 chr19 5206775 . A G 148.69 PASS AF=0.551724;AO=12;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0104576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3675;QD=20.5087;RBI=0.107572;REFB=-0.0558351;REVB=-0.107062;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341381;STB=0.72693;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0531049;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:12:16:0.551724:2:10:7:6:2:14:7:6 chr19 5210782 . G A 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0138747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.149;QD=16.1145;RBI=0.0282508;REFB=-0.019444;REVB=0.0246089;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220895;STB=0.616017;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0237192;OID=.;OPOS=5210782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:15:9:17:11:15:9:17:12 chr19 5212380 . C T 291.52 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0107813;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.83;QD=25.9131;RBI=0.0241239;REFB=0.00658323;REVB=-0.0215807;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106264;STB=0.538977;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00557052;OID=.;OPOS=5212380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:10:16:8:9:10:16:10:9 chr19 5212482 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000669362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.8;QD=20.1558;RBI=0.0411744;REFB=0.016866;REVB=0.041169;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744206;STB=0.541517;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00979773;OID=.;OPOS=5212482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:14:11:10:18:14:11 chr19 5214697 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.296;QD=57.3815;RBI=0.0729345;REFB=0;REVB=-0.069319;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139143;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr19 5223229 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00351485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.722;QD=8.698;RBI=0.0433191;REFB=-0.00143792;REVB=0.0431762;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453064;STB=0.768638;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00586338;OID=.;OPOS=5223229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:12:2:4:3:12:2 chr19 5455611 . C T 398.4 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0011;QD=54.9513;RBI=0.105996;REFB=0;REVB=0.0785283;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041533;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:9:16:0:0:9:20:0:0 chr19 5455735 . G A 231.73 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0671927;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0084;QD=23.7676;RBI=0.0683385;REFB=-0.0210358;REVB=0.0124618;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11138;STB=0.572451;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0134723;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:17:22:22:0.564103:15:7:8:10:15:7:8:9 chr19 5455796 . A G 465.79 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.305;QD=58.2235;RBI=0.0557383;REFB=0;REVB=-0.00446564;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166539;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:1:0:30:32:1:21:9:1:0:21:11:0:0 chr19 5455800 . G A 96.85 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00332643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.118;QD=11.7396;RBI=0.00523968;REFB=-0.0225956;REVB=-0.00404835;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368981;STB=0.740287;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0257064;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:33:20:21:12:12:0.363636:10:2:9:11:10:2:10:11 chr19 5455971 . G T 1254.21 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490458;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1768;QD=61.1808;RBI=0.0943549;REFB=0;REVB=0.0806062;RO=1;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255218;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:1:0:81:82:1:29:52:0:1:30:52:0:0 chr19 5455978 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.352;QD=63.6147;RBI=0.0398613;REFB=0;REVB=0.039838;RO=0;SAF=62;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77278e-05;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:33:62:0:0:33:62:0:0 chr19 5455989 . C T 521.29 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0540551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1395;QD=20.8514;RBI=0.0542726;REFB=-0.00843605;REVB=0.00485408;RO=49;SAF=31;SAR=19;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515471;STB=0.532315;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.010754;OID=.;OPOS=5455989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:50:50:0.5:19:31:33:16:19:31:34:16 chr19 5456037 . G A 522.77 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0126047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.649;QD=21.1218;RBI=0.0126863;REFB=-0.0275416;REVB=0.00143609;RO=49;SAF=34;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106564;STB=0.559087;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0223176;OID=.;OPOS=5456037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:16:34:28:21:16:34:28:21 chr19 5456450 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.844;QD=63.2866;RBI=0.0169221;REFB=0;REVB=-5.38726e-05;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14734e-05;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:35:11:0:0:35:11:0:0 chr19 5456810 . G A 274.65 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00486786;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=280.34;QD=19.9744;RBI=0.00819492;REFB=-0.014752;REVB=0.00659247;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356987;STB=0.510043;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00912261;OID=.;OPOS=5456810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:15:14:11:14:15:14:12:14 chr19 5587144 . T C 389.36 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.01056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0671;QD=24.335;RBI=0.0392339;REFB=0.0140902;REVB=0.0377861;RO=26;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569102;STB=0.536405;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.008231;OID=.;OPOS=5587144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:37:38:0.59375:17:20:16:10:18:20:16:10 chr19 5590291 . G T 84.78 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0989096;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.0508;QD=9.97462;RBI=0.101537;REFB=-0.108321;REVB=0.0229502;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521702;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0480641;OID=.;OPOS=5590291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:14:7:4:8:14:8 chr19 5591735 . G A 179.66 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0139274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.812;QD=15.6225;RBI=0.0204293;REFB=0.00143216;REVB=-0.0149459;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216105;STB=0.624864;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00139548;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:14:13:13:6:14:13 chr19 5616266 . C T 424.83 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=69;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0343536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.984;QD=24.2761;RBI=0.0378277;REFB=-0.023524;REVB=0.0158358;RO=29;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594952;STB=0.508044;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0151702;OID=.;OPOS=5616266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:29:29:40:41:0.585714:21:19:14:15:22:19:14:15 chr19 5654449 . G A 338.13 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0366831;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.151;QD=16.9065;RBI=0.0375813;REFB=0.0119245;REVB=0.00816704;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988515;STB=0.567829;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0140803;OID=.;OPOS=5654449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:35:36:0.45:16:19:19:24:16:20:19:25 chr19 5678497 . C T 830.85 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=142;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0015011;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.195;QD=23.9093;RBI=0.0135251;REFB=-0.0191836;REVB=0.0134415;RO=60;SAF=40;SAR=37;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690517;STB=0.544561;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0155802;OID=.;OPOS=5678497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:60:62:77:77:0.553957:37:40:26:34:37:40:26:36 chr19 5692192 . C T 365.82 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0381399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3788;QD=18.7599;RBI=0.0401719;REFB=-0.0237919;REVB=0.0126147;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917009;STB=0.550994;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0174622;OID=.;OPOS=5692192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:18:20:25:15:18:20:25:15 chr19 5696101 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00578163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.93;QD=19.1803;RBI=0.013808;REFB=0.00327618;REVB=0.0125393;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00311181;OID=.;OPOS=5696101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr19 5729888 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000205002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.607;QD=13.4549;RBI=0.0164695;REFB=0.00549472;REVB=0.0164682;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00503744;OID=.;OPOS=5729888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:10:11:0.423077:5:5:8:7:6:5:8:7 chr19 5766090 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1277;QD=46.8442;RBI=0.0857391;REFB=0;REVB=-0.0845907;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201153;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 5772950 . G A 240.97 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00113332;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=128.535;QD=21.9063;RBI=0.0426928;REFB=-0.00949247;REVB=0.0426777;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960076;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00542507;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:10:13:9:11:10:13:9:12 chr19 5783905 . G A 253.7 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0913145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9594;QD=21.5913;RBI=0.0971211;REFB=-0.0547882;REVB=0.0330783;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356997;STB=0.531058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0545639;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:11:13:11:11:11:13:11:12 chr19 5784370 . C T 56.55 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0020306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.98;QD=11.3104;RBI=0.044593;REFB=0.0117209;REVB=0.0445467;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462091;STB=0.583139;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0105005;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:12:12:7:8:0.4:5:2:3:9:5:3:3:9 chr19 5786815 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0116911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.36;QD=12.9748;RBI=0.0117533;REFB=-0.00857753;REVB=0.00120719;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228726;STB=0.633127;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0136761;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:13:5:6:6:13:5 chr19 5789565 . T C 253.89 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00556792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.824;QD=28.2102;RBI=0.0104956;REFB=-0.0229934;REVB=0.00889701;RO=12;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117213;STB=0.554846;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.013088;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:13:23:23:0.638889:6:17:7:5:6:17:8:5 chr19 5831724 . T C 42.19 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0191137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.408;QD=18.7532;RBI=0.0192827;REFB=-0.0196009;REVB=0.00254765;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00396493;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:3:3:1:1:3:3:2:1 chr19 5831840 . C T 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0168725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.637;QD=17.4999;RBI=0.0312723;REFB=-0.0179621;REVB=0.0263302;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883005;STB=0.5498;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0246594;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:18:8:11:17:18:8:11:17 chr19 5832209 . G A 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0314544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.829;QD=21.8817;RBI=0.0316624;REFB=-0.00843048;REVB=-0.00362367;RO=26;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148621;STB=0.575554;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00644023;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:11:23:13:13:11:23:14:13 chr19 5843784 . A T 170.58 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0075887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.783;QD=17.0584;RBI=0.0106348;REFB=-0.0409171;REVB=-0.00745055;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260212;STB=0.628278;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0485574;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:7:10:7:15:8:10:7:15 chr19 5844537 . A G 734.54 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.866;QD=56.5029;RBI=0.0133791;REFB=0;REVB=0.00427822;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32307e-05;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:33:19:0:0 chr19 5844649 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.983;QD=46.8479;RBI=0.0596795;REFB=0;REVB=0.0148151;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714006;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr19 5844792 . A C 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0175255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.625;QD=28.7635;RBI=0.0429775;REFB=-0.00649948;REVB=-0.0392419;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274747;STB=0.652345;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00426528;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:6:13:2:7:6:13:2:7 chr19 5866654 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.889;QD=49.5992;RBI=0.0325039;REFB=0;REVB=0.0220242;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46718e-05;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr19 5867748 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.658;QD=43.4854;RBI=0.0571807;REFB=0;REVB=0.043905;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926527;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 5892954 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00653775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.764;QD=17.4012;RBI=0.0247015;REFB=-0.031748;REVB=-0.0238207;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263617;STB=0.650935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0160713;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:4:9:5:8:4:9 chr19 6042059 . C T 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0089761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.594;QD=18.6382;RBI=0.034808;REFB=-0.00339989;REVB=0.0336308;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229204;STB=0.630978;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00291315;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:9:7:11:5:9:7 chr19 6047451 . C T 468.25 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00149442;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.553;QD=19.9256;RBI=0.0245133;REFB=-0.0428603;REVB=0.0244677;RO=46;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198026;STB=0.5098;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0309629;OID=.;OPOS=6047451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:48:46:46:0.489362:25:21:20:26:25:21:21:27 chr19 6156483 . T C 326.14 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00388565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.52;QD=20.7075;RBI=0.0526619;REFB=-0.0322164;REVB=0.0525183;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157891;STB=0.612838;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0352839;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:26:29:33:34:0.539683:18:15:17:9:19:15:20:9 chr19 6312290 . T C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00944782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6099;QD=5.3969;RBI=0.033787;REFB=0.00151679;REVB=-0.0324392;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189758;STB=0.624716;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0222268;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:17:18:6:3:17:18 chr19 6375831 . G A 54.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0735631;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.918;QD=7.78594;RBI=0.0747038;REFB=-0.0184323;REVB=-0.013005;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172358;STB=0.605035;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0344109;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:3:17:6:2:3:17 chr19 6376722 . A G 391.65 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0131356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0368;QD=19.3407;RBI=0.0677066;REFB=-0.026644;REVB=-0.0664202;RO=40;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112254;STB=0.556076;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0364689;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:18:22:17:23:18:22:18:23 chr19 6378573 . A T 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0337387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.343;QD=17.3756;RBI=0.0402744;REFB=-0.0379583;REVB=-0.0219937;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.567442;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0145278;OID=.;OPOS=6378573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:5:5:4:7:5:5 chr19 6411830 . C G 1557.06 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.819;QD=63.5533;RBI=0.040951;REFB=0;REVB=0.0214968;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685532;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:40:57:0:0:41:57:0:0 chr19 6415443 . T C 211.18 PASS AF=1;AO=9;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072761;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.579;QD=49.6903;RBI=0.0750834;REFB=0;REVB=0.0185301;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152092;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:9:17:1:1:8:0:0:7:10:0:0 chr19 6477256 . G T 127.57 PASS AF=0.483871;AO=10;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00497275;FXX=0.0312402;HRUN=9;LEN=1;MLLD=244.023;QD=16.4609;RBI=0.00522963;REFB=-0.022153;REVB=0.00161889;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198514;STB=0.554844;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0189319;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:4:16:10:15:0.483871:3:7:4:0:4:11:13:3 chr19 6495736 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0937956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8753;QD=39.2025;RBI=0.0943732;REFB=0;REVB=-0.0104247;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0091614;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 6535080 . T C 1236.59 PASS AF=0.542986;AO=118;DP=219;FAO=120;FDP=221;FR=.;FRO=101;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=34;FWDB=-0.00570844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.562;QD=22.3817;RBI=0.0392887;REFB=-0.00641047;REVB=-0.0388718;RO=99;SAF=71;SAR=47;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665986;STB=0.534329;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00572875;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:99:101:118:120:0.542986:47:71:67:32:49:71:67:34 chr19 6586268 . G A 159.77 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00585608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.086;QD=18.7964;RBI=0.00622825;REFB=-0.0345959;REVB=-0.0021207;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279432;STB=0.62671;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0271462;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:4:12:8:9:5:12:8:9 chr19 6665020 . T C 536.18 PASS AF=0.948718;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0265903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9863;QD=54.993;RBI=0.0371353;REFB=0.0284914;REVB=0.0259227;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.506604;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0213185;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:38:37:0.948718:14:24:0:1:14:23:1:1 chr19 6677989 . G A 1125.17 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239427;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.914;QD=59.2193;RBI=0.0385467;REFB=0.0433614;REVB=0.0302092;RO=1;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-1.63145e-05;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:30:45:0:1:30:45:0:1 chr19 6679511 . C T 919.47 PASS AF=1;AO=52;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5583;QD=58.379;RBI=0.0972462;REFB=0;REVB=0.0545546;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599673;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:52:63:1:31:21:0:0:40:23:0:0 chr19 6679512 . G T 61.22 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0411734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7527;QD=3.71018;RBI=0.0500892;REFB=-0.0747219;REVB=0.0285251;RO=55;SAF=2;SAR=9;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297287;STB=0.706063;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0469656;OID=.;OPOS=6679512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:66:66:55:55:11:11:0.166667:9:2:21:34:9:2:21:34 chr19 6696597 . G A 272.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000496634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.631;QD=51.8964;RBI=0.0046428;REFB=0;REVB=0.00461616;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92234e-05;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr19 6697406 . A G 1377.48 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.891;QD=62.6129;RBI=0.00681117;REFB=0;REVB=-0.00596571;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34858e-06;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:37:50:0:0:37:51:0:0 chr19 6702157 . C G 890.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494799;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.769;QD=58.4073;RBI=0.144189;REFB=0;REVB=0.144105;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812962;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr19 6709704 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.817;QD=48.7373;RBI=0.0471002;REFB=0;REVB=0.0118676;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576046;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr19 6713291 . C T 408.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8287;QD=54.4966;RBI=0.209396;REFB=0;REVB=0.175293;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00808009;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr19 6731057 . T C 117.02 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0154278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8094;QD=12.0018;RBI=0.0539643;REFB=-0.0200744;REVB=-0.0517119;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258932;STB=0.649171;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0335919;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:21:4:5:9:21:4 chr19 6735929 . C T 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0569436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0944;QD=11.0165;RBI=0.0595396;REFB=-0.00644523;REVB=0.0173895;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0271798;OID=.;OPOS=6735929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:5:3:3:3:5:3 chr19 6737481 . T C 302.81 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.373;QD=52.6621;RBI=0.0459317;REFB=0;REVB=0.043277;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117107;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:10:13:0:0 chr19 6737509 . G A 171.55 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.035;QD=42.8875;RBI=0.0667822;REFB=0;REVB=0.0508324;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441653;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:3:11:0:0:5:11:0:0 chr19 6833777 . A G 1116.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134189;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.888;QD=60.3652;RBI=0.0285177;REFB=0;REVB=0.0251633;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210917;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr19 6833989 . G T 274.77 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499694;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.5521;QD=49.9585;RBI=0.0558137;REFB=0;REVB=0.0248643;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00852046;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:14:5:0:0:16:6:0:0 chr19 6896483 . G A 212.35 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00391032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5135;QD=20.224;RBI=0.0904407;REFB=-0.00484341;REVB=-0.0903561;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664426;STB=0.523895;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00213715;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:11:10:8:12:11:10:9:12 chr19 6897464 . C G 185.23 PASS AF=0.475;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0244688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.188;QD=18.5234;RBI=0.0313888;REFB=-0.0315724;REVB=0.0196604;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.551127;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.030291;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:21:17:19:0.475:10:7:12:9:10:9:12:9 chr19 6901891 . G A 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.02072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.319;QD=18.1929;RBI=0.0310841;REFB=0.00627694;REVB=-0.0231712;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130489;STB=0.572822;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00692725;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:15:19:15:21:15:19:15:21 chr19 6903920 . A G 216.36 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00311338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8274;QD=13.3145;RBI=0.0369682;REFB=-0.0236348;REVB=-0.0368369;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544041;STB=0.531077;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0416328;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:12:14:23:16:12:14:23:16 chr19 6904137 . C T 181.81 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0281737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.169;QD=12.1208;RBI=0.0282475;REFB=-0.00480475;REVB=-0.00204067;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102623;STB=0.571367;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0125988;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:22:23:0.383333:11:11:15:22:11:12:15:22 chr19 6913811 . A G 795.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018219;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.783;QD=56.8318;RBI=0.0320363;REFB=0;REVB=-0.0263513;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204267;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:21:33:0:0:21:35:0:0 chr19 6919624 . A C 898.18 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156026;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8613;QD=57.0272;RBI=0.0397455;REFB=-0.0602346;REVB=-0.036555;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0028118;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:1:0:35:27:1:0 chr19 6919753 . A G 458.24 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.339;QD=57.2804;RBI=0.119175;REFB=0;REVB=-0.00326346;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725007;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr19 6974564 . C T 657.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591305;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.483;QD=62.5894;RBI=0.0193923;REFB=0;REVB=0.0184688;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16494e-05;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 7005905 . T A 442.04 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9142;QD=57.0373;RBI=0.0821881;REFB=0;REVB=0.0788472;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112388;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr19 7006048 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00010655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.768;QD=6.85045;RBI=0.0365323;REFB=-0.000180164;REVB=0.0365322;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192748;STB=0.62278;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000709004;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:14:17:7:3:14:17 chr19 7013179 . A C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.107837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3254;QD=16.1991;RBI=0.109832;REFB=-0.044324;REVB=-0.0208392;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.026199;OID=.;OPOS=7013179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr19 7076418 . C A 277.52 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00473098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9995;QD=16.0879;RBI=0.0577386;REFB=0.000865825;REVB=-0.0575445;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338983;STB=0.526743;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0023715;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:14:17:19:18:14:17:19:19 chr19 7083629 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0422471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.202;QD=21.8421;RBI=0.0757335;REFB=0.0799584;REVB=0.0628549;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00616608;OID=.;OPOS=7083629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr19 7125297 . G A 147.11 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00917622;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.481;QD=15.0884;RBI=0.0279891;REFB=-0.0136946;REVB=-0.0264422;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155401;STB=0.589635;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0284674;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:8:15:8:8:8:15 chr19 7166376 . C T 657.3 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436463;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.335;QD=62.5999;RBI=0.0439599;REFB=0;REVB=0.00524135;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28956e-05;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr19 7524846 . C T 440.91 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=129;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0345869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.176;QD=13.5664;RBI=0.03714;REFB=-0.0206468;REVB=0.0135324;RO=77;SAF=31;SAR=19;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124469;STB=0.562917;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0371624;OID=.;OPOS=7524846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:77:79:50:51:0.392308:19:31:39:38:20:31:40:39 chr19 7524855 . C T 459.65 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0399342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9683;QD=14.477;RBI=0.0979718;REFB=-0.0017954;REVB=0.0894636;RO=73;SAF=30;SAR=22;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101778;STB=0.565324;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00431499;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:75:52:52:0.409449:22:30:35:38:22:30:35:40 chr19 7527216 . C T 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0495308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.172;QD=16.535;RBI=0.0501421;REFB=-0.00939626;REVB=-0.00780572;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186807;STB=0.605863;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0263293;OID=.;OPOS=7527216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:5:18:11:7:5:18 chr19 7528734 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00305699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2811;QD=16.6267;RBI=0.112501;REFB=0.0057706;REVB=-0.112459;RO=14;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18945;STB=0.610919;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00737633;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:2:11:10:4:2:11:10:4 chr19 7532252 . G C 144.94 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0412594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0453;QD=16.1046;RBI=0.0419465;REFB=-0.0358374;REVB=0.00756108;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0544659;OID=.;OPOS=7532252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:11:8:9:7:11:9 chr19 7533767 . T G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=22;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0489904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.291;QD=18.6423;RBI=0.0512516;REFB=-0.0224685;REVB=-0.0150556;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103146;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0256669;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:22:21:0.466667:9:13:11:12:9:12:12:12 chr19 7533850 . A G 237.85 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0201605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.791;QD=16.1256;RBI=0.0267045;REFB=-0.0218086;REVB=-0.0175124;RO=32;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308718;STB=0.674029;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0296125;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:9:18:11:21:9:18:11:21 chr19 7538039 . A G 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00997744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.923;QD=21.4484;RBI=0.0115209;REFB=-0.0285183;REVB=0.00576044;RO=36;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496911;STB=0.527459;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0199213;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:17:24:19:17:17:24:19:17 chr19 7542118 . G A 148.92 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0240155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0959;QD=18.6149;RBI=0.0246686;REFB=-0.00231304;REVB=0.00563861;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583465;STB=0.83043;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00463601;OID=.;OPOS=7542118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:2:14:3:13:2:14 chr19 7547074 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.217;QD=56.7066;RBI=0.0125056;REFB=0;REVB=0.00311099;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98642e-05;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 7550844 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0164263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.991;QD=16.7551;RBI=0.0164481;REFB=-0.00293646;REVB=0.000846808;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736317;STB=0.541632;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00305878;OID=.;OPOS=7550844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:15:13:13:11:15:13 chr19 7584223 . A G 377.39 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.024359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.535;QD=16.232;RBI=0.0243695;REFB=-0.00542959;REVB=-0.000716709;RO=53;SAF=29;SAR=11;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326692;STB=0.684559;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0118356;OID=.;OPOS=7584223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:11:29:22:31:11:29:22:31 chr19 7593589 . C T 498.32 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0180142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.619;QD=17.4848;RBI=0.0322767;REFB=-0.00616594;REVB=0.0267821;RO=55;SAF=23;SAR=31;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722888;STB=0.50398;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00706844;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:60:54:54:0.473684:31:23:23:32:31:23:26:34 chr19 7675770 . C CT 40.21 PASS AF=0.666667;AO=2;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.039199;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=222.19;QD=17.8726;RBI=0.0392506;REFB=-0.0470955;REVB=-0.00201231;RO=7;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50628;STB=0.615062;STBP=0.687;TYPE=ins;VARB=0.0288247;OID=.;OPOS=7675771;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:2:9:6:9:3:5:1:3:0:15:7:2:0:6:1 chr19 7685843 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0472931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.426;QD=10.8099;RBI=0.047855;REFB=-0.000558633;REVB=-0.00731165;RO=36;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284051;STB=0.667863;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00247253;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:5:14:18:18:5:14:18:18 chr19 7692182 . G A 173.62 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00867934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.861;QD=19.2915;RBI=0.0314559;REFB=-0.027915;REVB=0.0302347;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.555494;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0187845;OID=.;OPOS=7692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:8:10:7:10:8:10:8:10 chr19 7703605 . C T 153.94 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0318985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.195;QD=11.6179;RBI=0.042222;REFB=-0.0212146;REVB=-0.0276619;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319581;STB=0.683423;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0434884;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:8:26:9:10:8:26 chr19 7705440 . C CTG 32.29 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0216021;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.162;QD=9.22655;RBI=0.0754257;REFB=-0.0335836;REVB=0.072266;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.788601;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=0.0805298;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:5:16:5:14:9:2:3:8:1:32:10:2:3:8:2 chr19 7706656 . C T 249.58 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.127341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4324;QD=16.6386;RBI=0.127529;REFB=-0.0105985;REVB=0.00692399;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10358;STB=0.558352;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0207839;OID=.;OPOS=7706656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:16:16:17:11:16:16 chr19 7711221 . T C 565.39 PASS AF=0.508772;AO=59;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00736901;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.717;QD=19.8382;RBI=0.00913824;REFB=-0.0175476;REVB=-0.00540417;RO=56;SAF=25;SAR=34;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775172;STB=0.538206;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0145233;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:56:59:58:0.508772:34:25:19:37:34:24:19:37 chr19 7712277 . A G 1498.93 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237382;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.572;QD=59.957;RBI=0.0253277;REFB=0;REVB=0.00883098;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20671e-06;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr19 7747445 . G A 420.01 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00317939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.282;QD=17.8727;RBI=0.0177968;REFB=-0.0257807;REVB=0.0175105;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153872;STB=0.58576;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0206172;OID=.;OPOS=7747445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:22:21:33:18:22:21:33:18 chr19 7755056 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00295089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.726;QD=12.7823;RBI=0.0449594;REFB=-0.00741425;REVB=0.0448624;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209438;STB=0.624739;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0119078;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:7:7:3:7:7:7 chr19 7761667 . A G 132.23 PASS AF=0.6;AO=13;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0421185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7771;QD=21.1567;RBI=0.0421356;REFB=-0.0115303;REVB=-0.00120214;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248211;STB=0.650094;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00731991;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:13:15:0.6:5:8:9:1:7:8:9:1 chr19 7763248 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0433893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.681;QD=19.1086;RBI=0.0437459;REFB=-0.0303385;REVB=0.00557435;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0228816;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:2:4:7:2:2:4 chr19 7796655 . GC TT 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0234494;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=279.713;QD=9.19977;RBI=0.0324206;REFB=-0.00403895;REVB=0.022388;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=mnp;VARB=0.0169629;OID=.;OPOS=7796655;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:5:8:2:5:5:8 chr19 7913974 . T C 304.93 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=0.0062436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.849;QD=15.058;RBI=0.00737184;REFB=0.00014994;REVB=-0.00391938;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345781;STB=0.692209;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000865303;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:45:47:33:34:0.419753:16:17:8:37:16:18:9:38 chr19 7916620 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0141733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.043;QD=17.8402;RBI=0.0244993;REFB=-0.0303503;REVB=-0.0199833;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162718;STB=0.606997;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.017191;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:7:7:9:4:7:7:10:4 chr19 7928462 . T C 801.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.552;QD=64.1476;RBI=0.0346329;REFB=0;REVB=0.002074;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6643e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:26:21:0:0:27:23:0:0 chr19 7928788 . A C 206.34 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7696;QD=48.5511;RBI=0.11471;REFB=0;REVB=-0.0315087;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220044;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr19 7936208 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00893344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.555;QD=20.8979;RBI=0.0226822;REFB=-0.00685566;REVB=-0.0208489;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215906;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00341054;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:1:3:3:5:1:3 chr19 7938306 . A AG,G 439.95 PASS AF=1,0;AO=28,2;DP=36;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630366,-0.020847;FXX=0.0555401;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.2459,151.621;QD=51.7585;RBI=0.0803227,0.0403807;REFB=0,0;REVB=-0.0497808,-0.0345832;RO=3;SAF=25,1;SAR=3,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212318,0.142842;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00650716,0;OID=.,.;OPOS=7938307,7938306;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:34:3:0:28,2:34,0:1,0:3,1:25,1:1:2:6,0:28,0:0:0 chr19 7944348 . TC T 343.89 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0749;QD=45.8514;RBI=0.0771382;REFB=0;REVB=-0.0043741;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00399988;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:15:15:0:0:6:0:14:15:0:0 chr19 7944700 . A G 483.32 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0547217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4954;QD=20.7882;RBI=0.0590334;REFB=-0.0186764;REVB=-0.0221466;RO=45;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640473;STB=0.539756;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0131586;OID=.;OPOS=7944700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:46:47:47:0.505376:27:20:16:29:27:20:16:30 chr19 7963914 . A C 428.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.333;QD=57.177;RBI=0.0691189;REFB=0;REVB=0.021291;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328871;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 7963949 . A G 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0401693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.848;QD=19.6445;RBI=0.0470826;REFB=-0.0485722;REVB=-0.0245601;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0326284;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr19 7963976 . T C 65.62 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0633817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.735;QD=13.8155;RBI=0.0812547;REFB=-0.0826894;REVB=0.0508438;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333612;STB=0.691009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0399867;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:9:1:4:5:9:1 chr19 7965339 . C T 742.86 PASS AF=0.578512;AO=67;DP=119;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0080861;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.476;QD=24.5574;RBI=0.0215361;REFB=-0.014474;REVB=0.0199604;RO=51;SAF=37;SAR=30;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766355;STB=0.54457;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00959709;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:51:51:67:70:0.578512:30:37:33:18:32:38:33:18 chr19 7975586 . C T 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0236963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.351;QD=16.4235;RBI=0.0251855;REFB=-0.0185827;REVB=-0.00853204;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331013;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:5:6:6:4:5:6:6:5 chr19 7976127 . C G 91.34 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0155075;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=200.809;QD=17.3983;RBI=0.015515;REFB=-0.0397748;REVB=0.000482638;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204038;STB=0.533274;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0260722;OID=.;OPOS=7976127;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:8:10:11:11:0.52381:4:7:7:1:4:7:7:3 chr19 7986316 . C T 287.04 PASS AF=0.568627;AO=25;DP=47;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00157933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.819;QD=22.513;RBI=0.021913;REFB=-0.0205751;REVB=0.021856;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184917;STB=0.5072;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0246907;OID=.;OPOS=7986316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:21:22:25:29:0.568627:16:9:8:13:18:11:8:14 chr19 7986638 . C G 83.85 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00401679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.938;QD=10.1641;RBI=0.0183975;REFB=-0.017815;REVB=-0.0179537;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249274;STB=0.650002;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0368278;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:13:9:7:4:13:9 chr19 8122737 . G A 210.23 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0386899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7328;QD=15.5725;RBI=0.117427;REFB=-0.028152;REVB=-0.11087;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202321;STB=0.589834;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0277101;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:29:30:23:24:0.444444:11:12:21:8:11:13:21:9 chr19 8122767 . T C 364.13 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00451049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.474;QD=21.1092;RBI=0.064688;REFB=-0.00830562;REVB=-0.0645306;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660232;STB=0.536416;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00866702;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:13:24:23:9:13:24:23:9 chr19 8138054 . C A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0196288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2174;QD=11.198;RBI=0.0258386;REFB=-0.00115805;REVB=0.0168031;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328766;STB=0.693103;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00568888;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:6:16:5:7:6:16 chr19 8145921 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00473848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.896;QD=24.8031;RBI=0.0111059;REFB=-0.0106508;REVB=-0.0100443;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436085;STB=0.749463;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0283724;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:0:4:2:8:0:4 chr19 8152725 . A G 176.62 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00293575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7031;QD=14.1297;RBI=0.00790771;REFB=0.0107928;REVB=0.00734257;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258699;STB=0.649844;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0210867;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:19:12:12:7:19:12 chr19 8154984 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0055446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.373;QD=21.7444;RBI=0.0117312;REFB=-0.0208448;REVB=0.0103382;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085345;STB=0.547884;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0143119;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:4:11:9:2:4:11:9:2 chr19 8159362 . G T 208.26 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0178961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.881;QD=24.5013;RBI=0.0331705;REFB=-0.0154843;REVB=0.0279287;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145747;STB=0.58815;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0108802;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:11:14:20:20:0.588235:10:10:8:3:10:10:10:4 chr19 8159409 . G T 670.27 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.679;QD=62.3508;RBI=0.0203651;REFB=0;REVB=0.0168109;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25795e-05;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:34:43:1:18:16:0:0:27:16:0:0 chr19 8160334 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.102559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2687;QD=13.9589;RBI=0.119305;REFB=0.00782268;REVB=0.0609547;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161108;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.005429;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:1:6:5:2:1:6 chr19 8160957 . G A 178.65 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0127588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.013;QD=22.3317;RBI=0.0129139;REFB=0.0102301;REVB=-0.00199541;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183763;STB=0.586112;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0101738;OID=.;OPOS=8160957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:8:10:4:9:8:10:5:9 chr19 8161450 . C T 314.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0142807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.449;QD=19.999;RBI=0.0181284;REFB=0.0133299;REVB=0.0111669;RO=30;SAF=9;SAR=24;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324226;STB=0.680737;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0124122;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:24:9:19:11:24:9:19:11 chr19 8165868 . G A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0282327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.073;QD=21.4746;RBI=0.0314763;REFB=-0.0346569;REVB=-0.0139167;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863281;STB=0.55552;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0246776;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:15:16:15:9:15:16:16:9 chr19 8176009 . C T 194.83 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0381213;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.999;QD=22.2659;RBI=0.0391475;REFB=-0.0305624;REVB=0.00890464;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115419;STB=0.564886;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0241647;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:9:7:11:8:9:7 chr19 8176569 . G A 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0179424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.314;QD=17.3988;RBI=0.0386261;REFB=-0.0128549;REVB=0.0342059;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0178268;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:6:7:9:4:6:7 chr19 8176640 . C T 161.64 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0206842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0251;QD=19.5926;RBI=0.0317919;REFB=-0.0114268;REVB=-0.0241431;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.511614;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0180199;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:11:5:6:10:11:6:6:10 chr19 8176919 . C T 150.57 PASS AF=0.789474;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0242381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.194;QD=31.6996;RBI=0.0370837;REFB=-0.0618805;REVB=0.0280663;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.53329;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00166644;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:2:4:14:15:0.789474:8:6:0:2:9:6:1:3 chr19 8176945 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0129531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.389;QD=14.1699;RBI=0.0142355;REFB=-0.0062122;REVB=0.00590472;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506153;STB=0.806938;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0142286;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:6:6:9:1:6:6 chr19 8191184 . C T 211.66 PASS AF=0.512195;AO=17;DP=37;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0814785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4573;QD=20.6494;RBI=0.0824685;REFB=-0.0569792;REVB=0.0127399;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.53568;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0570983;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:20:20:17:21:0.512195:7:10:12:8:7:14:12:8 chr19 8191238 . C T 613.02 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2919;QD=61.3018;RBI=0.0612125;REFB=0;REVB=0.0231907;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830943;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:13:26:0:0:13:27:0:0 chr19 8191248 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.298;QD=57.8247;RBI=0.0377761;REFB=0.00293672;REVB=0.0157472;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.519989;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=8.12172e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:12:26:0:1:12:26:0:1 chr19 8194178 . G A 190.46 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0715453;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.086;QD=18.139;RBI=0.0718774;REFB=-0.0301082;REVB=0.00690183;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341979;STB=0.6998;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.025;OID=.;OPOS=8194178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:22:19:20:0.47619:13:6:15:7:14:6:15:7 chr19 8196444 . C T 712.7 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153104;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.528;QD=63.3514;RBI=0.0440366;REFB=0;REVB=0.0412894;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519625;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:36:45:1:19:17:0:0:20:25:0:0 chr19 8201279 . C T 219.28 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0171068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.141;QD=23.7057;RBI=0.0431737;REFB=-0.0215012;REVB=0.03964;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634919;STB=0.542331;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0200449;OID=.;OPOS=8201279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:15:5:5:11:16:5:5:11 chr19 8203188 . G A 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00877327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.053;QD=15.6247;RBI=0.0211678;REFB=-0.00374064;REVB=0.0192641;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.599896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00753348;OID=.;OPOS=8203188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:16:11:11:8:16:11 chr19 8203328 . G A 245.28 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00546935;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.791;QD=17.5203;RBI=0.00736944;REFB=-0.0142879;REVB=-0.00493911;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117844;STB=0.500662;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0121772;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:15:14:13:14:15:14 chr19 8321182 . A T 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.010387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.386;QD=15.0997;RBI=0.0148334;REFB=-0.014978;REVB=-0.0105896;RO=31;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188553;STB=0.607503;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0136137;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:8:16:15:16:8:16:15:16 chr19 8321946 . T C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.04586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.254;QD=12.5787;RBI=0.0628946;REFB=-0.016011;REVB=-0.0430417;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853542;STB=0.550063;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0204104;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:17:14:9:8:17:14 chr19 8326904 . G A 670.51 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213829;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.3852;QD=52.5889;RBI=0.0531941;REFB=-0.102119;REVB=0.0487071;RO=1;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125523;STB=0.513335;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00249454;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:1:2:49:49:0.960784:37:12:0:1:37:12:1:1 chr19 8367033 . T C 239.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4089;QD=50.3393;RBI=0.0686041;REFB=0;REVB=0.0606397;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037623;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr19 8367264 . G C 214.34 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00410346;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.566;QD=20.4128;RBI=0.018499;REFB=-0.0131855;REVB=0.0180382;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190715;STB=0.594505;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.013906;OID=.;OPOS=8367264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:20:21:21:21:0.5:13:8:12:8:12:9:13:8 chr19 8367424 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0212694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.006;QD=12.7823;RBI=0.0212903;REFB=-0.0191719;REVB=-0.000942342;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0242265;OID=.;OPOS=8367424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:5:9:6:4:5:9 chr19 8376431 . G A 169.85 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0191348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.883;QD=12.819;RBI=0.022187;REFB=-0.00625703;REVB=-0.0112305;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160047;STB=0.602307;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0213579;OID=.;OPOS=8376431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:20:21:0.396226:14:6:14:18:15:6:14:18 chr19 8387207 . G A,T 972.2 PASS AF=0.927536,0.057971;AO=64,4;DP=69;FAO=64,4;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=50,4;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483773,0.00346282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.891,72.9946;QD=56.3593;RBI=0.0484174,0.0218343;REFB=0.0402862,-0.013524;REVB=-0.00196914,-0.0215579;RO=1;SAF=50,4;SAR=14,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0325365,0.749895;STB=0.517236,0.995941;STBP=0.114,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00220771,0.0740938;OID=.,.;OPOS=8387207,8387207;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:69:69:1:1:64,4:64,4:0.927536,0.057971:14,0:50,4:0:1:14,0:50,4:0:1 chr19 8398714 . AC CG,GC 739.07 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,39;DP=46;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000297752,-0.0138857;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=29.407,187.071;QD=62.8991;RBI=0.0697528,0.0927791;REFB=0,0;REVB=0.0697522,0.0917341;RO=0;SAF=0,33;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0648152,0.00100539;OID=.,.;OPOS=8398714,8398714;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:47:0:0:2,39:1,46:0.0212766,0.978723:2,6:0,33:0:0:1,13:0,33:0:0 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234096;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=297.467;QD=35.5759;RBI=0.0428735;REFB=0;REVB=0.0359184;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00081917;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:5:2:0:0:4:0:5:2:0:0 chr19 8468337 . C T 220.08 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.12226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3237;QD=14.1988;RBI=0.122262;REFB=-0.0121847;REVB=-0.000735995;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359531;STB=0.520445;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0265848;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:11:15:22:14:11:15:22:14 chr19 8503864 . AC A 62.07 PASS AF=0.46875;AO=7;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.191471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.115;QD=7.75868;RBI=0.206052;REFB=-0.0628932;REVB=0.0761338;RO=12;SAF=0;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.308176;SSSB=-0.707383;STB=0.5183;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0698291;OID=.;OPOS=8503865;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:7:32:15:32:17:4:11:5:12:62:12:0:7:2:10 chr19 8553630 . C G,T 1025.54 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=3,66;DP=70;FAO=4,66;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=4,37;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341918,0.00751658;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.141,103.069;QD=58.6021;RBI=0.0057728,0.0267324;REFB=0,0;REVB=-0.00465128,0.0256539;RO=0;SAF=3,37;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0836474,-0.00059956;OID=.,.;OPOS=8553630,8553630;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:70:70:0:0:3,66:4,66:0.0571429,0.942857:0,29:3,37:0:0:0,29:4,37:0:0 chr19 8612914 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00611307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.875;QD=24.4129;RBI=0.00617001;REFB=0.0161843;REVB=0.000836322;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101007;STB=0.556863;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00973904;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:1:4:7:4:1:4 chr19 8612943 . C G 37.51 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0196394;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.987;QD=7.14443;RBI=0.0196406;REFB=-0.00434648;REVB=0.000215853;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111604;STB=0.571195;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0111833;OID=.;OPOS=8612943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:9:6:3:3:9:6 chr19 8645786 . A C 468.77 PASS AF=1;AO=20;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.382;QD=58.5967;RBI=0.0935083;REFB=0;REVB=0.057477;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065358;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:20:32:1:11:9:0:0:11:21:0:0 chr19 8649879 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.041899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.132;QD=12.0159;RBI=0.0432261;REFB=-0.0432206;REVB=-0.0106287;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0345237;OID=.;OPOS=8649879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr19 8651082 . C A 274.94 PASS AF=0.509804;AO=11;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0297399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3233;QD=21.5641;RBI=0.0320271;REFB=-0.0322893;REVB=0.0118857;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216984;STB=0.527376;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0445735;OID=.;OPOS=8651082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:11:19:11:26:0.509804:2:9:7:4:12:14:9:10 chr19 8660751 . G T 294.01 PASS AF=0.591837;AO=19;DP=47;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0446728;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.4728;QD=24.0009;RBI=0.106786;REFB=-0.149078;REVB=0.0969925;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.580693;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0342457;OID=.;OPOS=8660751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:17:20:19:29:0.591837:6:13:13:4:11:18:16:4 chr19 8669931 . G C 924.16 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0573263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.235;QD=56.8715;RBI=0.0632179;REFB=-0.156389;REVB=0.0266496;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0006108;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr19 8670528 . G A 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0417399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.893;QD=15.1638;RBI=0.0717868;REFB=0.00587456;REVB=0.0584048;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266903;STB=0.65798;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0148754;OID=.;OPOS=8670528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:13:2:6:14:13:2:6:14 chr19 8808184 . G A 227.93 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0265735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1424;QD=13.8136;RBI=0.0986098;REFB=-0.00398084;REVB=0.0949618;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086431;STB=0.549413;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0099817;OID=.;OPOS=8808184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:18:9:16:23:18:9:16:23 chr19 8808373 . G T 421.74 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0321378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0985;QD=26.3586;RBI=0.0684222;REFB=-0.0286789;REVB=0.0604049;RO=24;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065131;STB=0.535524;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0188731;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:23:17:8:16:23:17:8:16 chr19 8808900 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.276;QD=45.8059;RBI=0.0454815;REFB=0;REVB=0.0348296;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4757e-05;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr19 8808942 . A G 223.34 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0861;QD=49.6314;RBI=0.169816;REFB=0;REVB=-0.154173;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00828038;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:1:16:0:0:1:17:0:0 chr19 8953801 . T C 505.19 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476965;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1604;QD=59.4342;RBI=0.0504574;REFB=0;REVB=0.0164619;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188767;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr19 8953922 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8997;QD=60.6091;RBI=0.011435;REFB=0;REVB=7.99365e-05;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11683e-05;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr19 8961981 . C G 1847.18 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180063;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.075;QD=61.5728;RBI=0.0418878;REFB=0;REVB=0.0378201;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0496e-05;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:56:64:0:0:56:64:0:0 chr19 8999421 . G C 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.00230328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.223;QD=1.77375;RBI=0.0280499;REFB=-0.000281178;REVB=-0.0279552;RO=100;SAF=2;SAR=10;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331511;STB=0.756563;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00557229;OID=.;OPOS=8999421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:100:100:12:12:0.107143:10:2:41:59:10:2:41:59 chr19 8999429 . G T 42.28 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.018474;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4486;QD=1.48342;RBI=0.0211884;REFB=0.00147612;REVB=0.010376;RO=100;SAF=1;SAR=10;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441557;STB=0.866283;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0256828;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:100:103:11:11:0.0964912:10:1:41:59:10:1:44:59 chr19 8999438 . A T 90.14 PASS AF=0.153846;AO=18;DP=117;FAO=18;FDP=117;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0377296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1234;QD=3.08178;RBI=0.0428985;REFB=-0.00101106;REVB=0.0204148;RO=98;SAF=6;SAR=12;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100771;STB=0.564344;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00755559;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:117:117:98:99:18:18:0.153846:12:6:40:58:12:6:40:59 chr19 8999445 . C T 47.9 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0299477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.274;QD=1.65181;RBI=0.0326717;REFB=-0.00510941;REVB=-0.0130603;RO=99;SAF=2;SAR=10;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336131;STB=0.766174;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0480325;OID=.;OPOS=8999445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:99:104:12:12:0.103448:10:2:41:58:10:2:44:60 chr19 8999449 . G T 93.46 PASS AF=0.160714;AO=18;DP=111;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.030878;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0319;QD=3.33789;RBI=0.056451;REFB=-0.00414776;REVB=-0.0472575;RO=93;SAF=6;SAR=12;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876155;STB=0.545403;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.019371;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:111:112:93:94:18:18:0.160714:12:6:37:56:12:6:36:58 chr19 8999453 . C T 940.9 PASS AF=0.714286;AO=78;DP=112;FAO=80;FDP=112;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0191888;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.762;QD=33.6036;RBI=0.0221996;REFB=-0.0142904;REVB=0.0111631;RO=32;SAF=33;SAR=45;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798042;STB=0.539206;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00757467;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:32:32:78:80:0.714286:45:33:9:23:47:33:9:23 chr19 8999462 . C T 46.68 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=-0.0119335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7371;QD=1.56904;RBI=0.0256948;REFB=0.00101446;REVB=0.0227555;RO=104;SAF=2;SAR=10;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332155;STB=0.758594;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00625008;OID=.;OPOS=8999462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:119:119:104:107:12:12:0.10084:10:2:43:61:10:2:44:63 chr19 8999468 . C G 45.93 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.0246809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.882;QD=1.51819;RBI=0.0269427;REFB=-0.000884584;REVB=-0.0108056;RO=109;SAF=2;SAR=10;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32824;STB=0.760034;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00815174;OID=.;OPOS=8999468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:121:121:109:109:12:12:0.0991736:10:2:45:64:10:2:45:64 chr19 8999474 . T C 40.95 PASS AF=0.0932203;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=-0.048565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.706;QD=1.38823;RBI=0.0498361;REFB=-0.00228422;REVB=0.0111839;RO=106;SAF=3;SAR=8;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167868;STB=0.638105;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.020183;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:118:118:106:107:11:11:0.0932203:8:3:43:63:8:3:44:63 chr19 8999478 . T C 92.89 PASS AF=0.159292;AO=19;DP=113;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0301892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.616;QD=3.28809;RBI=0.0310108;REFB=-0.0069793;REVB=-0.00709105;RO=93;SAF=7;SAR=12;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674618;STB=0.5874;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0244039;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:113:113:93:95:19:18:0.159292:12:7:39:54:12:6:41:54 chr19 9001822 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.057;QD=60.6102;RBI=0.0483335;REFB=0;REVB=0.0477379;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151506;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr19 9001833 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.361;QD=60.6101;RBI=0.0146314;REFB=0;REVB=0.0136509;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53597e-05;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr19 9001835 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00402426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.611;QD=57.3928;RBI=0.0093936;REFB=-0.0819146;REVB=-0.00848794;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000474014;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:0:1:10:27:0:1 chr19 9002504 . T C 129.09 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=92;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00278902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0421;QD=5.61244;RBI=0.0290518;REFB=-0.00905158;REVB=-0.0289176;RO=72;SAF=15;SAR=5;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357568;STB=0.724488;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0204046;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:72:72:20:20:0.217391:5:15:34:38:5:15:34:38 chr19 9002519 . G C 96.03 PASS AF=0.175258;AO=14;DP=93;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00310643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.406;QD=3.9598;RBI=0.0679471;REFB=-0.0208499;REVB=0.0678761;RO=74;SAF=9;SAR=5;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212656;STB=0.674789;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0920147;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:93:97:74:80:14:17:0.175258:5:9:35:39:5:12:40:40 chr19 9002576 . T C 38.23 PASS AF=0.0925926;AO=11;DP=109;FAO=10;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.160095;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2191;QD=1.41588;RBI=0.209043;REFB=-0.0207187;REVB=-0.13442;RO=82;SAF=7;SAR=4;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207995;STB=0.581925;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.172247;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:109:108:82:98:11:10:0.0925926:4:7:38:44:4:6:50:48 chr19 9002587 . C T 35.95 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0438907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1469;QD=1.52967;RBI=0.0505337;REFB=5.27132e-05;REVB=-0.0250452;RO=83;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214404;STB=0.656792;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00394007;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:83:85:9:9:0.0957447:3:6:40:43:3:6:42:43 chr19 9003618 . C T 2014.56 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860188;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.575;QD=62.467;RBI=0.0117446;REFB=0;REVB=-0.0079964;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39502e-06;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:76:53:0:0:76:53:0:0 chr19 9003645 . G A 552.24 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00907919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7275;QD=18.1062;RBI=0.0107235;REFB=-0.013935;REVB=0.00570635;RO=64;SAF=22;SAR=36;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422129;STB=0.523434;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.010596;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:36:22:27:37:36:22:27:37 chr19 9005674 . G A 215.77 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0236422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.515;QD=22.7124;RBI=0.0262161;REFB=-0.0335214;REVB=0.0113285;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126472;STB=0.59047;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00696488;OID=.;OPOS=9005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:17:21:21:0.552632:9:12:11:4:9:12:13:4 chr19 9005719 . A G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.127;QD=55.648;RBI=0.0646411;REFB=0;REVB=0.00714651;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000766446;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 9006370 . A G 85.72 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0499043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.126;QD=5.19501;RBI=0.0499826;REFB=-0.0149078;REVB=-0.00279729;RO=52;SAF=3;SAR=11;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501225;STB=0.814391;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.032942;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:11:3:33:19:11:3:33:19 chr19 9006415 . TT CA,TA 67.69 PASS AF=0.147541,0.0491803;AO=9,3;DP=61;FAO=9,3;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=1,1;FSAR=8,2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.000110078,0.00219044;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=194.028,88.7812;QD=4.43847;RBI=0.0184865,0.0176941;REFB=-0.00580715,-0.0169303;REVB=-0.0184861,-0.017558;RO=49;SAF=1,1;SAR=8,2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.548681,-0.19786;STB=0.88102,0.698714;STBP=0.016,0.591;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0505015,-0.0440654;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:61:61:49:49:9,3:9,3:0.147541,0.0491803:8,2:1,1:27:22:8,2:1,1:27:22 chr19 9006418 . G A 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0261522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.221;QD=4.36703;RBI=0.0344135;REFB=-0.00735274;REVB=-0.0223686;RO=48;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456182;STB=0.796906;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0387191;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:48:49:11:11:0.183333:9:2:26:22:9:2:26:23 chr19 9019605 . C G 760.41 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.00465451;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.174;QD=19.6234;RBI=0.0111324;REFB=-0.0234124;REVB=-0.0101126;RO=77;SAF=36;SAR=42;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110577;STB=0.560815;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0205675;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:77:77:78:78:0.503226:42:36:45:32:42:36:45:32 chr19 9020154 . A G 309.08 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0057429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.943;QD=20.9544;RBI=0.0134035;REFB=-0.0326536;REVB=-0.0121109;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178491;STB=0.515685;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0214923;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:19:12:11:16:20:12:11:16 chr19 9024871 . C T 230.1 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00399132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.334;QD=15.0883;RBI=0.00480333;REFB=-0.0175301;REVB=-0.00267233;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394162;STB=0.514528;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0194424;OID=.;OPOS=9024871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:25:27:0.442623:9:16:21:12:11:16:21:13 chr19 9025604 . A G 62.38 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00199707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.576;QD=2.47045;RBI=0.011616;REFB=-0.00234878;REVB=-0.0114431;RO=88;SAF=12;SAR=1;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522415;STB=0.886555;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0144117;OID=.;OPOS=9025604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:88:88:13:13:0.128713:1:12:49:39:1:12:49:39 chr19 9026257 . G A 894.08 PASS AF=0.511494;AO=89;DP=174;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.00331034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.238;QD=20.5536;RBI=0.0170697;REFB=-0.0163904;REVB=0.0167456;RO=83;SAF=39;SAR=50;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693097;STB=0.536784;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.013948;OID=.;OPOS=9026257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:83:85:89:89:0.511494:50:39:30:53:50:39:31:54 chr19 9026318 . A G 595.71 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.000740527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.686;QD=19.3726;RBI=0.00757843;REFB=-0.0256763;REVB=0.00754217;RO=62;SAF=26;SAR=35;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520334;STB=0.528707;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0240277;OID=.;OPOS=9026318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:35:26:23:39:35:26:23:39 chr19 9046876 . G T 428.79 PASS AF=0.44;AO=45;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0155142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3452;QD=17.1517;RBI=0.0206684;REFB=0.010155;REVB=0.0136563;RO=55;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445164;STB=0.512076;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0140358;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:45:44:0.44:25:20:22:33:25:19:23:33 chr19 9048320 . C T 103.02 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0282914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.668;QD=9.58279;RBI=0.0301836;REFB=-0.00154989;REVB=-0.010519;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515353;STB=0.791149;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0103134;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:4:9:6:23:4:9:7:23 chr19 9048342 . C T 264.05 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00339546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0888;QD=26.4048;RBI=0.0108185;REFB=-0.00319533;REVB=0.0102719;RO=15;SAF=2;SAR=21;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57918;STB=0.790038;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00869991;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:23:24:0.6:21:2:10:5:21:3:11:5 chr19 9048421 . T C 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0569095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.574;QD=8.99453;RBI=0.0569773;REFB=-0.00769542;REVB=0.00277729;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429905;STB=0.755782;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0303916;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:6:6:4:24:6:6:4:25 chr19 9048525 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00826662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.655;QD=16.7279;RBI=0.0103334;REFB=-0.0137482;REVB=0.00620018;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671083;STB=0.538414;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0155425;OID=.;OPOS=9048525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:12:7:7:9:12:7 chr19 9049339 . C G 328.41 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00698499;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8321;QD=12.2769;RBI=0.0140478;REFB=-0.0140837;REVB=-0.0121881;RO=64;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204225;STB=0.508007;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0176202;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:64:67:40:40:0.373832:18:22:34:30:18:22:36:31 chr19 9049726 . G A 532.16 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0532619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.596;QD=25.6464;RBI=0.0568927;REFB=-0.0151812;REVB=0.0199988;RO=33;SAF=13;SAR=36;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231843;STB=0.622715;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00949343;OID=.;OPOS=9049726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:34:49:49:0.590361:36:13:18:15:36:13:18:16 chr19 9049910 . C T 609.42 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00904611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.158;QD=19.6587;RBI=0.0144258;REFB=-0.011716;REVB=0.0112371;RO=62;SAF=34;SAR=28;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293958;STB=0.516225;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0196717;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:28:34:32:30:28:34:32:30 chr19 9056982 . G A 346.54 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0336355;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9745;QD=19.5232;RBI=0.0436905;REFB=0.018339;REVB=-0.0278839;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389303;STB=0.521625;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0277961;OID=.;OPOS=9056982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:19:17:15:20:19:17:15:20 chr19 9056989 . C G 297.49 PASS AF=0.472222;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0121046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6028;QD=16.5273;RBI=0.0405021;REFB=-0.00869066;REVB=-0.038651;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288312;STB=0.533314;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00888039;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:38:32:34:0.472222:19:13:14:18:20:14:18:20 chr19 9057408 . A G 759.9 PASS AF=0.586777;AO=65;DP=115;FAO=71;FDP=121;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0451448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.191;QD=25.1208;RBI=0.0484996;REFB=-0.0206835;REVB=0.0177243;RO=49;SAF=26;SAR=39;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010063;STB=0.523916;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0173361;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:49:50:65:71:0.586777:39:26:19:30:40:31:19:31 chr19 9057687 . A G 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.035909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.963;QD=21.1963;RBI=0.036953;REFB=0.0165239;REVB=-0.00872146;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120805;STB=0.573393;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.014733;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:17:21:13:19:17:21:13:20 chr19 9057721 . C T 255.12 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00423913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.965;QD=22.1846;RBI=0.0168766;REFB=-0.0563045;REVB=-0.0163355;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547387;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.024279;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:11:13:10:11:11:13:10:12 chr19 9058624 . G A 594.9 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00585083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7302;QD=17.6265;RBI=0.0190609;REFB=-0.0119164;REVB=0.0181407;RO=73;SAF=22;SAR=40;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860562;STB=0.547929;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0133714;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:40:22:32:41:40:22:32:41 chr19 9058942 . C T 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0547704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.3;QD=13.2294;RBI=0.0551705;REFB=-0.0108202;REVB=0.00663174;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872883;STB=0.550961;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.016977;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:16:13:9:8:16:13 chr19 9059808 . A G 270.73 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0227615;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.749;QD=14.0639;RBI=0.0241983;REFB=0.000955955;REVB=0.00821391;RO=47;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625155;STB=0.528997;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00182125;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:47:46:31:31:0.402597:17:14:24:23:17:14:23:23 chr19 9060085 . C T 795.01 PASS AF=0.510067;AO=75;DP=149;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.038851;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.677;QD=21.3426;RBI=0.0394344;REFB=-0.00965988;REVB=-0.00675825;RO=71;SAF=28;SAR=47;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109472;STB=0.549594;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00997445;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:73:75:76:0.510067:47:28:35:36:47:29:35:38 chr19 9060541 . C T 343.8 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0242479;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.637;QD=15.807;RBI=0.0285295;REFB=-0.0202193;REVB=-0.0150324;RO=49;SAF=6;SAR=31;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244162;STB=0.63611;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.034658;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:49:50:37:37:0.425287:31:6:16:33:31:6:16:34 chr19 9060572 . G A 289.27 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00166679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.02;QD=13.9405;RBI=0.0151992;REFB=-0.0259106;REVB=0.0151075;RO=42;SAF=7;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331133;STB=0.653985;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0355168;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:50:33:33:0.39759:26:7:21:21:26:7:21:29 chr19 9060605 . G A 338.89 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00703956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.741;QD=15.5813;RBI=0.0244294;REFB=0.00204356;REVB=0.0233932;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113686;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00299402;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:50:37:37:0.425287:20:17:22:26:20:17:23:27 chr19 9060812 . T C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0050537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.414;QD=15.5753;RBI=0.0154841;REFB=-0.01286;REVB=-0.0146361;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123457;STB=0.56973;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0160856;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:11:20:13:12:11:20 chr19 9061559 . C G 366.76 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0271237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.83;QD=24.4509;RBI=0.036522;REFB=-0.015297;REVB=-0.0244573;RO=24;SAF=25;SAR=11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327711;STB=0.680011;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0069692;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:11:25:6:18:11:25:6:18 chr19 9062415 . T G 333.09 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0266667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.951;QD=16.449;RBI=0.0269093;REFB=-0.0167517;REVB=-0.00360534;RO=43;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355538;STB=0.509972;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0288155;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:45:36:36:0.444444:13:23:26:17:13:23:28:17 chr19 9062544 . T G 289.01 PASS AF=0.5625;AO=23;DP=44;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0382728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0174;QD=24.0839;RBI=0.0383817;REFB=-0.0117352;REVB=-0.00288834;RO=21;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123055;STB=0.590289;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0137945;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:21:21:23:27:0.5625:6:17:13:8:6:21:13:8 chr19 9066874 . G T 795.35 PASS AF=0.439791;AO=84;DP=191;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00560409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.402;QD=16.6566;RBI=0.0348653;REFB=-0.016974;REVB=-0.034412;RO=107;SAF=41;SAR=43;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209682;STB=0.511666;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0218761;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:107:107:84:84:0.439791:43:41:50:57:43:41:50:57 chr19 9069792 . G A 314.92 PASS AF=0.336207;AO=38;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0843282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2237;QD=10.8594;RBI=0.0974859;REFB=0.0283736;REVB=0.0489108;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140109;STB=0.602687;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0384014;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:74:38:39:0.336207:23:15:20:29:24:15:40:34 chr19 9069892 . A C 496.5 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00286682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.709;QD=13.5103;RBI=0.00954513;REFB=-0.00471804;REVB=-0.00910444;RO=89;SAF=29;SAR=27;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862303;STB=0.555105;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00733177;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:89:91:56:56:0.380952:27:29:39:50:27:29:39:52 chr19 9070194 . A G 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0175134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.815;QD=17.0878;RBI=0.0287188;REFB=-0.023362;REVB=-0.0227607;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672963;STB=0.546246;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0208217;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:11:16:13:12:11:17 chr19 9070225 . G C 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0106091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1499;QD=16.5067;RBI=0.0199057;REFB=0.0104504;REVB=0.0168429;RO=50;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584604;STB=0.532855;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0171252;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:21:18:26:24:21:18:26:24 chr19 9070837 . G A 410.99 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0297109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.666;QD=21.0763;RBI=0.0402565;REFB=-0.0317879;REVB=-0.0271634;RO=35;SAF=26;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128148;STB=0.559657;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0238923;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:37:41:41:0.525641:15:26:17:18:15:26:19:18 chr19 9071763 . T A 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.00267259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.739;QD=13.9458;RBI=0.0189402;REFB=-0.0103501;REVB=-0.0187507;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719101;STB=0.540791;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0203039;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:20:12:15:33:20:12:15:33 chr19 9071834 . G C 224.65 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0144263;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.53;QD=15.2308;RBI=0.0289098;REFB=-0.0163499;REVB=0.0250532;RO=33;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215097;STB=0.629519;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0243463;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:20:5:12:21:21:5:12:21 chr19 9072221 . G A 60.98 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0437482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.112;QD=6.59291;RBI=0.0440308;REFB=-0.0183789;REVB=-0.00498009;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654726;STB=0.515118;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0566755;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:26:28:9:9:0.243243:5:4:13:13:5:4:13:15 chr19 9072875 . G A 231.47 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0327364;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.855;QD=16.5336;RBI=0.0328963;REFB=-0.0356957;REVB=0.00323921;RO=29;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121894;STB=0.582191;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0325222;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:30:26:26:0.464286:19:7:11:18:19:7:12:18 chr19 9072975 . G A 238.85 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00141273;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.703;QD=13.8464;RBI=0.018936;REFB=-0.0218337;REVB=0.0188832;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13514;STB=0.576419;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0288614;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:18:10:10:31:18:10:10:31 chr19 9074073 . G A 220.5 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0144065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0847;QD=16.6412;RBI=0.0517066;REFB=-0.0194918;REVB=0.0496591;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833645;STB=0.562862;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0286979;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:28:23:25:0.471698:15:8:12:16:17:8:12:16 chr19 9076729 . G A 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0122986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.545;QD=6.14791;RBI=0.0243769;REFB=-0.0121667;REVB=-0.0210471;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105037;STB=0.567431;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0464071;OID=.;OPOS=9076729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:4:6:18:17:4:6:18:17 chr19 9077581 . G T 530.99 PASS AF=0.486957;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=0.00930505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.812;QD=18.4693;RBI=0.0298762;REFB=-0.0142844;REVB=-0.0283902;RO=59;SAF=44;SAR=11;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523124;STB=0.517173;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0134922;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:55:56:0.486957:11:44:45:14:12:44:45:14 chr19 9080462 . C G 556.52 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00202529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.517;QD=17.1236;RBI=0.00205124;REFB=-0.0113265;REVB=-0.000325236;RO=71;SAF=26;SAR=33;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606253;STB=0.533713;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0149386;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:33:26:27:44:33:26:27:44 chr19 9083427 . A G 458.72 PASS AF=0.60274;AO=41;DP=70;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0207042;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5076;QD=25.1351;RBI=0.021935;REFB=-0.0293329;REVB=0.00724441;RO=29;SAF=18;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333647;STB=0.520495;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0252343;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:29:29:41:44:0.60274:23:18:14:15:25:19:14:15 chr19 9083457 . C T 433.59 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00099326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.526;QD=23.4371;RBI=0.0134591;REFB=-0.014642;REVB=-0.0134224;RO=32;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621997;STB=0.534177;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00899972;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:23:19:17:15:23:19:17:15 chr19 9083791 . G A 272.34 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0539949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8048;QD=17.2916;RBI=0.0541511;REFB=-0.0142769;REVB=0.00411095;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234867;STB=0.520432;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0330148;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:29:30:0.47619:9:20:22:10:9:21:22:11 chr19 9084183 . G A 580.7 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00546717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.487;QD=17.3342;RBI=0.00865356;REFB=-0.0127305;REVB=-0.00670777;RO=73;SAF=15;SAR=46;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26046;STB=0.646016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0196168;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:46:15:35:38:46:15:35:38 chr19 9084299 . T C 237.33 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0112195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6428;QD=16.6548;RBI=0.0149836;REFB=-0.00861332;REVB=0.00993126;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212057;STB=0.64275;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.011181;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:30:26:27:0.473684:17:9:16:12:18:9:18:12 chr19 9085004 . T C 203.18 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0227992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.467;QD=12.3141;RBI=0.0329372;REFB=-0.0122811;REVB=0.0237709;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128104;STB=0.565166;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.011171;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:12:13:16:24:12:13:17:24 chr19 9085643 . A G 215.93 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0112047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.476;QD=15.153;RBI=0.0121272;REFB=-0.0226011;REVB=-0.00463943;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871916;STB=0.549258;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0326744;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:9:23:16:9:9:23 chr19 9085958 . A G 817.16 PASS AF=0.562044;AO=69;DP=129;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0100457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.411;QD=23.8587;RBI=0.0102931;REFB=-0.0244462;REVB=0.00224323;RO=59;SAF=26;SAR=43;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562577;STB=0.507978;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0208046;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:137:59:60:69:77:0.562044:43:26:26:33:45:32:26:34 chr19 9086145 . G C 361.78 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00981129;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.6;QD=27.8292;RBI=0.0165362;REFB=-0.0368152;REVB=-0.013311;RO=18;SAF=17;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070413;STB=0.538439;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0231834;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:17:17:7:11:17:17:7:11 chr19 9086318 . G A 161.14 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00148421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.708;QD=21.4846;RBI=0.0158502;REFB=-0.0327313;REVB=0.0157806;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326793;STB=0.660059;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0311072;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:12:13:17:17:0.566667:9:8:11:1:9:8:11:2 chr19 9086819 . G A 158.5 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0209489;FXX=0.149963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.995;QD=18.6476;RBI=0.0240369;REFB=-0.0392163;REVB=0.0117863;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147222;STB=0.591128;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0524458;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:34:16:18:15:16:0.470588:6:9:7:9:7:9:7:11 chr19 9087615 . T A 980.61 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0719704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2137;QD=56.8468;RBI=0.0939435;REFB=-0.0416238;REVB=0.0603792;RO=1;SAF=44;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106189;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00188374;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:22:44:1:0:24:44:1:0 chr19 9087758 . G A 444.88 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00143449;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.711;QD=13.6887;RBI=0.0014401;REFB=-0.020078;REVB=-0.000126956;RO=79;SAF=26;SAR=25;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507413;STB=0.52869;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0362615;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:79:79:51:51:0.392308:25:26:44:35:25:26:44:35 chr19 9088017 . T G 753.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2498;QD=56.8774;RBI=0.0791356;REFB=0;REVB=0.0785564;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761122;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr19 9088330 . G A 217.63 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0162616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3801;QD=15.5451;RBI=0.0163181;REFB=-0.0274396;REVB=0.00135777;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197752;STB=0.503103;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0261938;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:9:16:18:11:9:16:20:11 chr19 9088772 . T C 488.51 PASS AF=0.469027;AO=49;DP=111;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00287806;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.334;QD=17.2925;RBI=0.00425272;REFB=-0.00726198;REVB=0.00313089;RO=60;SAF=30;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14533;STB=0.563233;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0109063;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:60:49:53:0.469027:19:30:28:32:22:31:28:32 chr19 9090182 . T C 136.18 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00647904;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.184;QD=17.0227;RBI=0.00723564;REFB=-0.0106852;REVB=-0.00322125;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289734;STB=0.685495;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0103028;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:17:15:15:0.46875:8:7:12:3:8:7:14:3 chr19 9090784 . C T 164.97 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00831389;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.334;QD=27.4955;RBI=0.0116967;REFB=-0.0183201;REVB=-0.0082275;RO=9;SAF=14;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467776;STB=0.699699;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00571812;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:24:9:8:16:16:0.666667:2:14:3:6:2:14:4:4 chr19 9204307 . A G 617.0 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166447;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.556;QD=61.7003;RBI=0.0259065;REFB=0;REVB=-0.019852;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81542e-05;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 9213026 . T C 623.09 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0639106;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6411;QD=59.3418;RBI=0.0640401;REFB=0.0179449;REVB=0.00407013;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00194924;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:1:0:23:18:1:0 chr19 9213079 . A C 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2967;QD=60.2203;RBI=0.022865;REFB=0;REVB=-0.0144044;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538118;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr19 9213132 . A G 540.84 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696727;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0239;QD=60.0934;RBI=0.0830725;REFB=0;REVB=0.045241;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014893;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 9251220 . C T 272.24 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0139186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.622;QD=17.2854;RBI=0.0149486;REFB=-0.00315368;REVB=0.00545285;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132708;STB=0.574396;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00514958;OID=.;OPOS=9251220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:13:17:14:19:13:17:14:19 chr19 9251257 . A AC 97.26 PASS AF=0.47619;AO=5;DP=46;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0224127;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.3356;QD=9.26256;RBI=0.0224833;REFB=-0.000553678;REVB=-0.00178044;RO=39;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474013;STB=0.664964;STBP=0.081;TYPE=ins;VARB=-0.00124828;OID=.;OPOS=9251258;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:5:46:20:42:22:11:9:5:17:97:39:4:1:14:25 chr19 9251258 . T C 139.76 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0213521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.626;QD=13.3102;RBI=0.0438629;REFB=-0.0146649;REVB=-0.038315;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205386;STB=0.618907;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0382499;OID=.;OPOS=9251258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:8:18:8:8:8:18 chr19 9267292 . G A 186.19 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0522295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9267;QD=12.4127;RBI=0.0534816;REFB=0.0134493;REVB=0.0115049;RO=37;SAF=3;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539406;STB=0.816017;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0191693;OID=.;OPOS=9267292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:20:3:21:16:20:3:21:16 chr19 9271969 . C A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00782902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4843;QD=17.7313;RBI=0.0142885;REFB=-0.0290587;REVB=0.0119527;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171001;STB=0.618896;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0385625;OID=.;OPOS=9271969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:4:13:11:7:4:13:11:8 chr19 9273800 . A G 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0226884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.435;QD=18.467;RBI=0.046568;REFB=-0.0176075;REVB=-0.0406671;RO=43;SAF=35;SAR=5;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308244;STB=0.686163;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.02147;OID=.;OPOS=9273800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:5:35:29:14:5:35:29:15 chr19 9346427 . T C 176.77 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.905;QD=41.593;RBI=0.0785333;REFB=-0.081773;REVB=0.0469401;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212197;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:10:7:0:0 chr19 9346599 . C G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.115951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.024;QD=10.4387;RBI=0.116782;REFB=0.0105501;REVB=-0.0139108;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123277;STB=0.574349;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0172024;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:11:16:9:4:11:16 chr19 9346762 . T G 63.82 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0615274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3885;QD=10.2105;RBI=0.0619787;REFB=-0.0352161;REVB=-0.00746558;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266321;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0835511;OID=.;OPOS=9346762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:24:25:16:16:8:9:0.36:3:5:6:10:3:6:6:10 chr19 9362343 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00735247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.72;QD=14.0783;RBI=0.00858348;REFB=-0.00310468;REVB=-0.00442914;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772124;STB=0.545376;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0035417;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:11:5:3:9:11:5 chr19 9362799 . T G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.041829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.869;QD=26.399;RBI=0.0418493;REFB=0.00559115;REVB=0.00130458;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128526;STB=0.571351;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00295598;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:3:7:9:9:3:7 chr19 9452026 . ACT ACA,A 546.53 PASS AF=0.135135,0.864865;AO=5,31;DP=41;FAO=5,32;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918599,0.000311478;FXX=0.0975372;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=64.1883,217.484;QD=59.0846;RBI=0.0578658,0.00722204;REFB=0,0;REVB=-0.057132,0.00721532;RO=0;SAF=5,11;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0106461,0.000485435;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.135135,0.864865:5,31:41:5,32:37:0:5,12:0,20:0:0:28:0:5,11:0,20:0:0 chr19 9490814 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000523169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.228;QD=62.3509;RBI=0.00694755;REFB=0;REVB=0.00692783;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29522e-05;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 9492141 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2181;QD=57.7101;RBI=0.0458169;REFB=0;REVB=-0.0211904;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000642038;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr19 9492370 . A T 306.18 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.377;QD=53.2488;RBI=0.052785;REFB=0;REVB=0.0283055;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022047;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:8:13:0:0:9:14:0:0 chr19 9524185 . A G 1725.87 PASS AF=0.916667;AO=120;DP=132;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.119661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0647;QD=52.2992;RBI=0.130896;REFB=-0.197637;REVB=0.053056;RO=5;SAF=51;SAR=69;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289755;STB=0.525909;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.017502;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:132:132:5:11:120:121:0.916667:69:51:4:1:70:51:8:3 chr19 9721401 . A T 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0147543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.666;QD=18.4973;RBI=0.0241822;REFB=-0.0124462;REVB=-0.0191596;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336267;STB=0.518815;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0209145;OID=.;OPOS=9721401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:11:16:15:12:11:16 chr19 9801440 . TCTCTC T 125.86 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=61;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0109112;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=5;MLLD=295.294;QD=8.53314;RBI=0.0195053;REFB=-0.00517312;REVB=0.0161679;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242246;STB=0.525396;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=0.0124662;OID=.;OPOS=9801441;OREF=CTCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:17:61:18:59:41:9:9:22:19:99:40:9:8:22:18 chr19 9804424 . T G 404.6 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000379969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1267;QD=32.3677;RBI=0.0212758;REFB=-0.0133853;REVB=-0.0212724;RO=16;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118997;STB=0.514678;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00775093;OID=.;OPOS=9804424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:13:20:10:6:13:20:11:6 chr19 9868278 . T C 338.32 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0293158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8583;QD=22.1849;RBI=0.0436838;REFB=0.00193866;REVB=0.032386;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221066;STB=0.506845;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000206553;OID=.;OPOS=9868278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:20:14:10:16:21:14:10:16 chr19 9868404 . C T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00648468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.133;QD=11.4383;RBI=0.0264242;REFB=0.00878504;REVB=-0.0256162;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00229998;OID=.;OPOS=9868404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chr19 9922223 . G A 136.96 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.01959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.109;QD=18.2609;RBI=0.101553;REFB=-0.000809053;REVB=0.0996456;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309186;STB=0.677477;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0028436;OID=.;OPOS=9922223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:9:6:11:4:9:6 chr19 10071063 . T C 145.07 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263437;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.535;QD=44.6354;RBI=0.0263529;REFB=0;REVB=-0.000696214;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176471;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr19 10078589 . T C 243.02 PASS AF=0.465517;AO=21;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0507902;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.185;QD=16.7599;RBI=0.0650095;REFB=-0.00520452;REVB=0.0405782;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134722;STB=0.62132;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00128485;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:30:21:27:0.465517:11:10:16:10:17:10:18:12 chr19 10084999 . AC A 46.21 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.105749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.0846;QD=10.8741;RBI=0.240409;REFB=0.00857342;REVB=0.215902;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.387097;SSSB=-0.0490059;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.0378745;OID=.;OPOS=10085000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:7:17:9:17:8:5:4:6:2:45:8:4:3:5:3 chr19 10089262 . G A 220.36 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0156071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9568;QD=24.4839;RBI=0.0156316;REFB=-0.00402274;REVB=0.000875798;RO=15;SAF=1;SAR=20;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.666664;STB=0.884463;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144562;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:20:1:9:6:20:1:9:6 chr19 10090649 . A G 107.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0181341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4211;QD=13.0851;RBI=0.052138;REFB=-0.0297481;REVB=-0.0488828;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256033;STB=0.64499;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0445428;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:11:2:1:19:11:2:1:19 chr19 10100061 . C A 278.78 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0193359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.337;QD=21.8648;RBI=0.024506;REFB=0.011631;REVB=-0.0150554;RO=23;SAF=22;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421215;STB=0.735383;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00499298;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:6:22:7:16:6:22:7:16 chr19 10102676 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0222965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.002;QD=15.2589;RBI=0.0223569;REFB=-0.0299458;REVB=0.00164251;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0250064;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:5:2:2:3:5:2:2:4 chr19 10104322 . A C 166.2 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0314646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.395;QD=22.16;RBI=0.0337403;REFB=-0.0615297;REVB=-0.0121815;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030493;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0367639;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:8:8:7:6:9:8:7:6 chr19 10106936 . G C 168.86 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0242354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9399;QD=16.0822;RBI=0.0673211;REFB=-0.00569376;REVB=0.0628075;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117815;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00678824;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:10:13:8:10:11:13 chr19 10112346 . T C 169.81 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=49;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0441283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.945;QD=13.0623;RBI=0.0480562;REFB=-0.0240764;REVB=0.0190289;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205037;STB=0.653987;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.03281;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:32:32:17:20:0.384615:9:8:21:11:12:8:21:11 chr19 10116375 . G T 90.6 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0406739;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1361;QD=15.1002;RBI=0.063738;REFB=-0.0296229;REVB=0.0490731;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094561;STB=0.5998;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.031659;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:12:13:11:11:0.458333:9:2:3:9:9:2:4:9 chr19 10131999 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.076;QD=60.9746;RBI=0.0213944;REFB=0;REVB=0.00472793;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09191e-05;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr19 10132290 . C T 682.27 PASS AF=1;AO=24;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.56;QD=63.467;RBI=0.0646023;REFB=0;REVB=0.047909;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469509;OID=.;OPOS=10132290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:24:43:1:22:2:0:0:24:19:0:0 chr19 10132859 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.134;QD=35.5756;RBI=0.0819968;REFB=0;REVB=-0.00879891;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359439;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 10198035 . GACCC ACCCG,GACC 35.17 PASS AF=0,0.347826;AO=2,3;DP=23;FAO=0,8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.31624,-0.0683629;FXX=0;HRUN=6,3;LEN=5,1;MLLD=19.8928,13.416;QD=6.11597;RBI=0.366435,0.0792001;REFB=-0.087667,-0.0234435;REVB=0.185113,0.0399896;RO=7;SAF=2,0;SAR=0,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.286088;SSSB=0.621371,-0.649962;STB=0.5,0.842438;STBP=1,0.035;TYPE=mnp,del;VARB=0.110419,0.0329011;OID=.,.;OPOS=10198035,10198037;OREF=GACCC,C;OALT=ACCCG,-;OMAPALT=ACCCG,GACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:23:23:7:15:2,3:0,8:0,0.347826:0,3:2,0:3:4:0,7:0,1:9:6 chr19 10218408 . G A 199.01 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00922692;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.947;QD=26.534;RBI=0.0414112;REFB=-0.0229637;REVB=-0.0403702;RO=10;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187834;STB=0.623482;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00960407;OID=.;OPOS=10218408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:6:13:4:6:6:13:4:7 chr19 10265312 . T C 403.9 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.188;QD=55.7108;RBI=0.0220245;REFB=0;REVB=0.0181661;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249158;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr19 10265725 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00123663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.986;QD=17.1001;RBI=0.0448979;REFB=-0.00491242;REVB=-0.0448808;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220441;STB=0.626683;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00394483;OID=.;OPOS=10265725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:6:9:5:9:6:9 chr19 10267077 . T C 968.68 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00249332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.817;QD=56.9809;RBI=0.0162321;REFB=-0.0864773;REVB=0.0160394;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000434717;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:30:36:0:1:31:36:0:1 chr19 10271034 . C G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0374372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5655;QD=20.5632;RBI=0.0390308;REFB=-0.00769764;REVB=-0.0110393;RO=23;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150901;STB=0.585116;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.005501;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:25:29:29:0.537037:11:18:10:13:11:18:11:14 chr19 10292698 . A G 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0166387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.111;QD=18.7132;RBI=0.027563;REFB=0.00102925;REVB=-0.0219744;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949381;STB=0.598078;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000845261;OID=.;OPOS=10292698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:19:18:18:0.486486:7:11:8:8:7:11:8:11 chr19 10370490 . T A 612.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.686;QD=61.2382;RBI=0.000835062;REFB=0;REVB=-0.000835062;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25997e-06;OID=.;OPOS=10370490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:40:0:0:0:40:0:0:0 chr19 10395683 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.16;QD=33.4285;RBI=0.0540912;REFB=0;REVB=-0.0503767;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698672;OID=.;OPOS=10395683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 10402938 . G A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0990863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.736;QD=57.3932;RBI=0.10219;REFB=0.0169302;REVB=0.0249938;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406685;STB=0.521727;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000525231;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:26:11:1:0:26:11:1:0 chr19 10403368 . G A 657.14 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0256334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.3989;QD=55.9272;RBI=0.0415381;REFB=-0.0350931;REVB=0.0326856;RO=3;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226887;STB=0.512095;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000891975;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:21:23:1:2:21:23:1:2 chr19 10404519 . G A 325.31 PASS AF=0.604167;AO=27;DP=46;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0151432;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6098;QD=27.1092;RBI=0.0715445;REFB=-0.0361019;REVB=0.0699235;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167303;STB=0.586147;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0454257;OID=.;OPOS=10404519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:19:19:27:29:0.604167:11:16:7:12:12:17:7:12 chr19 10443962 . TA AT,TAC 51.22 PASS AF=0,0.297297;AO=2,12;DP=37;FAO=0,11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.00237424,-0.0698371;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=136.863,13.3626;QD=5.53774;RBI=0.00477094,0.120347;REFB=0.00709026,-0.0681471;REVB=0.00413822,0.0980108;RO=23;SAF=2,5;SAR=0,7;SRF=20;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.373398,-0.482716;STB=0.5,0.824912;STBP=1,0.03;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.155925;OID=.,.;OPOS=10443962,10443964;OREF=TA,-;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:37:37:23:26:2,12:0,11:0,0.297297:0,7:2,5:20:3:0,7:0,4:23:3 chr19 10449392 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.313;QD=54.5177;RBI=0.0401363;REFB=0;REVB=0.0274421;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146591;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr19 10461519 . G A 267.64 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0216838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1489;QD=28.9336;RBI=0.0656779;REFB=-0.00341504;REVB=0.0619952;RO=13;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122796;STB=0.506769;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00343674;OID=.;OPOS=10461519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:7:17:9:4:7:17:9:4 chr19 10475652 . C A 954.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.035;QD=58.7107;RBI=0.151498;REFB=0;REVB=0.0290657;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046095;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:41:24:0:0 chr19 10574661 . CG C 33.19 PASS AF=0.5;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0654267;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.507;QD=8.29694;RBI=0.101432;REFB=0.0267551;REVB=0.0775101;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.492063;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.617308;STBP=0.551;TYPE=del;VARB=0.0267762;OID=.;OPOS=10574662;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:17:8:16:8:1:7:2:6:32:5:1:6:2:3 chr19 10579474 . T G 587.19 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690837;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8221;QD=60.2248;RBI=0.117474;REFB=0;REVB=0.0950134;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214012;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:18:21:0:0 chr19 10579834 . T C,TC 306.75 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=19,5;DP=26;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091582,0.000661245;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=159.32,147.97;QD=51.1245;RBI=0.0225552,0.0205037;REFB=0,0;REVB=-0.0206122,-0.020493;RO=2;SAF=9,5;SAR=10,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0917561,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00892722,0.0238264;OID=.,.;OPOS=10579834,10579835;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:24:2:0:19,5:23,1:0.958333,0.0416667:10,0:9,5:2:0:10,0:13,1:0:0 chr19 10599965 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.691;QD=61.3349;RBI=0.0365222;REFB=0;REVB=0.0195877;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299948;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 10600442 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.856;QD=51.1846;RBI=0.012285;REFB=0;REVB=0.0122425;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99784e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 10659659 . C T 423.51 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0195582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.995;QD=18.616;RBI=0.0211797;REFB=-0.0167466;REVB=0.00812752;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087178;STB=0.543458;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0325514;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:18:25:23:24:18:25:24:24 chr19 10668383 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0120436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.964;QD=21.9446;RBI=0.012058;REFB=-0.0204987;REVB=-0.00058828;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190956;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0191677;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:9:3:8:8:9:3 chr19 10668452 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0267675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4439;QD=32.8216;RBI=0.0271869;REFB=0.0530898;REVB=-0.00475727;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00391381;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr19 10668673 . A G 150.62 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0107144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.466;QD=12.552;RBI=0.0139314;REFB=-0.0243172;REVB=-0.00890419;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148913;STB=0.587681;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0402134;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:15:16:11:6:15:16 chr19 10668717 . C T 204.43 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.020619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.634;QD=22.7145;RBI=0.0231624;REFB=-0.0365042;REVB=-0.0105525;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271526;STB=0.650156;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.011004;OID=.;OPOS=10668717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:2:14:11:9:2:14 chr19 10670184 . C G 362.19 PASS AF=0.645833;AO=29;DP=46;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00476226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2847;QD=30.1829;RBI=0.0117117;REFB=-0.0430435;REVB=0.0106997;RO=17;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390381;STB=0.530706;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0372075;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:17:17:29:31:0.645833:12:17:9:8:12:19:9:8 chr19 10670992 . C T 57.5 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.103688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4257;QD=12.7771;RBI=0.120743;REFB=-0.0180877;REVB=0.0618677;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239788;STB=0.666296;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0352547;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:10:10:7:8:0.444444:4:3:2:8:4:4:2:8 chr19 10676423 . G A 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0148883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.864;QD=32.2577;RBI=0.0283759;REFB=-0.0488868;REVB=0.0241564;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051041;STB=0.528026;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0199602;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:10:11:5:3:10:11:5:3 chr19 10676681 . T C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00384849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.174;QD=28.226;RBI=0.0744762;REFB=-0.0122351;REVB=-0.0743767;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164015;STB=0.590774;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00842454;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:3:9:4:0:3:9:4:0 chr19 10683477 . A G 702.07 PASS AF=1;AO=42;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019277;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.965;QD=56.1658;RBI=0.0299494;REFB=0;REVB=0.0229207;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161789;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:42:50:1:29:13:0:0:35:15:0:0 chr19 10692000 . T C 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000911816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.025;QD=16.4426;RBI=0.0266062;REFB=0.00779254;REVB=-0.0265906;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231656;STB=0.633345;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00967475;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:14:6:14:13:14:6:14:13 chr19 10736346 . G A 264.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0208711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.895;QD=21.1311;RBI=0.0237266;REFB=-0.0289223;REVB=0.0112849;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249375;STB=0.639888;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0307834;OID=.;OPOS=10736346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:9:16:9:16:9:16:9:16 chr19 10738415 . T C 65.74 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0134364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.062;QD=11.4337;RBI=0.0135847;REFB=-0.0200406;REVB=-0.00200156;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0256266;OID=.;OPOS=10738415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:8:9:0.391304:3:5:8:6:4:5:8:6 chr19 10738639 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.876;QD=52.611;RBI=0.0483482;REFB=0;REVB=0.0298681;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80029e-05;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr19 10742170 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0852;QD=55.6529;RBI=0.0857387;REFB=0;REVB=-0.0812744;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184245;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 10793905 . C CG 43.51 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=45;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00441646;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9601;QD=4.14424;RBI=0.161651;REFB=-0.0778526;REVB=0.161591;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591692;STB=0.533289;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=0.141957;OID=.;OPOS=10793906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:12:45:15:42:27:7:8:14:13:43:30:7:5:16:14 chr19 10794630 . G T 1476.13 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0344075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.62;QD=57.3254;RBI=0.0444968;REFB=-0.00219088;REVB=0.028215;RO=2;SAF=42;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318815;STB=0.50168;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=3.5137e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:59:42:1:1:59:42:1:1 chr19 11224265 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0158234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.462;QD=17.56;RBI=0.0285212;REFB=-0.0166713;REVB=0.0237292;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119423;STB=0.568106;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0180587;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:9:12:8:10:9:12 chr19 11227602 . C T 104.39 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00957649;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2607;QD=9.48979;RBI=0.0299845;REFB=-0.0026823;REVB=-0.0284141;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194513;STB=0.593494;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0057843;OID=.;OPOS=11227602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:31:13:13:0.295455:8:5:13:10:8:5:16:15 chr19 11230881 . T C 315.47 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0287173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6451;QD=22.5336;RBI=0.0340062;REFB=0.00950389;REVB=-0.0182138;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1527;STB=0.606168;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00577094;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:31:32:0.571429:20:11:13:11:21:11:14:10 chr19 11233941 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.064;QD=56.1846;RBI=0.0316791;REFB=0;REVB=-0.031441;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121476;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr19 11242044 . G A 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0258884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.772;QD=24.9758;RBI=0.026255;REFB=-0.00450854;REVB=0.00437196;RO=21;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154261;STB=0.508469;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00312656;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:15:18:11:10:15:18:11:10 chr19 11242765 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0140907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3064;QD=16.3859;RBI=0.0156461;REFB=0.0157233;REVB=-0.00680088;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274707;STB=0.657229;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0121583;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:1:7:5:4:1:7 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 172.63 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=10,2;DP=17;FAO=12,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095517,0.268161;FXX=0.222099;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=120.439,47.0522;QD=49.3226;RBI=0.13061,0.269849;REFB=0,0;REVB=0.0890807,-0.0301289;RO=0;SAF=2,1;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0124313,-0.0676252;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:10,2:17:12,2:14:0:3,1:9,1:0:0:12:0:2,1:8,1:0:0 chr19 11303943 . A G 214.22 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1073;QD=45.0981;RBI=0.0914618;REFB=-0.0109269;REVB=-0.0842502;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000749705;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr19 11348911 . A G 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00548749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8158;QD=13.9552;RBI=0.0077933;REFB=-0.00191008;REVB=0.00553381;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252798;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00173555;OID=.;OPOS=11348911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:4:3:5:2:4:3 chr19 11350340 . C G 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.002885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.689;QD=19.1533;RBI=0.0152618;REFB=-0.0578203;REVB=0.0149866;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112276;STB=0.563846;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0682998;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:9:14:15:6:9:14 chr19 11363146 . A T 173.94 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0164645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.994;QD=19.3271;RBI=0.0569729;REFB=-0.0279882;REVB=-0.054542;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202772;STB=0.615253;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0278228;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:8:10:6:12:8:10 chr19 11411868 . C A 1227.06 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7058;QD=61.3531;RBI=0.0513639;REFB=0;REVB=0.0484973;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477836;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr19 11459665 . G GA 192.98 PASS AF=0.682927;AO=25;DP=43;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0804219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.3378;QD=18.827;RBI=0.107385;REFB=-0.13881;REVB=0.0711608;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688945;STB=0.535186;STBP=0.605;TYPE=ins;VARB=0.092659;OID=.;OPOS=11459666;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.682927:25:43:28:41:13:12:16:7:6:53:17:12:13:8:9 chr19 11516007 . T G 86.65 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00460293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.82;QD=15.7541;RBI=0.0151752;REFB=-0.0317735;REVB=-0.0144603;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00790687;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:23:22:11:11:9:8:0.363636:3:6:5:6:2:6:5:6 chr19 11526759 . G A 243.2 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=0.00654532;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9904;QD=12.3138;RBI=0.0139879;REFB=-0.0530828;REVB=-0.012362;RO=48;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28343;STB=0.64796;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0329009;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:49:30:30:0.379747:18:12:8:40:18:12:9:40 chr19 11526765 . G T 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0166359;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.526;QD=13.4976;RBI=0.0189149;REFB=0.00262015;REVB=0.0090012;RO=45;SAF=6;SAR=25;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141722;STB=0.568815;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00422489;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:48:31:31:0.392405:25:6:13:32:25:6:13:35 chr19 11569316 . G A 572.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7295;QD=60.2935;RBI=0.139857;REFB=0;REVB=0.0473439;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164638;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:17:20:1:0:17:21:0:0 chr19 11664068 . A G 206.42 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.54;QD=48.5694;RBI=0.104564;REFB=0;REVB=0.0937545;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586841;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:2:14:0:0:2:15:0:0 chr19 11687195 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.156;QD=58.5868;RBI=0.0286165;REFB=0;REVB=0.00436126;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146276;OID=.;OPOS=11687195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 11687351 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.988;QD=44.6896;RBI=0.0334118;REFB=0;REVB=-0.0182958;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126066;OID=.;OPOS=11687351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 11891003 . G A 520.48 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.734;QD=59.4837;RBI=0.02075;REFB=0;REVB=0.0155462;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147205;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr19 11892935 . G C 80.38 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0238639;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0286;QD=7.14533;RBI=0.0283196;REFB=-0.0014343;REVB=-0.0152485;RO=34;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330053;STB=0.712437;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0125037;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:46:45:34:34:11:11:0.244444:9:2:14:20:9:2:14:20 chr19 11892968 . A G 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00135085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.635;QD=7.81319;RBI=0.0111904;REFB=-0.00397823;REVB=-0.0111086;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858957;STB=0.55256;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00871239;OID=.;OPOS=11892968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:10:5:16:24:10:5:16:24 chr19 11943697 . G A 249.47 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.505;QD=49.8932;RBI=0.0699273;REFB=0;REVB=0.0603052;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502115;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:5:15:0:0 chr19 12187020 . G A 258.37 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0155161;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.938;QD=13.422;RBI=0.017232;REFB=-0.0197663;REVB=-0.00749635;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297098;STB=0.654723;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0218551;OID=.;OPOS=12187020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:47:30:30:0.38961:12:18:14:31:12:18:16:31 chr19 12222381 . C G 446.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.557;QD=57.6429;RBI=0.0394773;REFB=0;REVB=0.037326;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118583;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr19 12256358 . T G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.199;QD=52.6081;RBI=0.0558148;REFB=0;REVB=-0.00635384;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297522;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 12502457 . A G 602.88 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.592;QD=60.2882;RBI=0.0537964;REFB=0;REVB=-0.00555345;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831285;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:19:19:0:0:19:21:0:0 chr19 12541214 . G T 728.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8537;QD=60.6756;RBI=0.0897871;REFB=-0.0584269;REVB=-0.0868222;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193516;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr19 12541532 . C A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.81;QD=60.2046;RBI=0.0139676;REFB=0;REVB=-0.00849062;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93401e-06;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr19 12541542 . C T 1041.72 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.19;QD=57.0806;RBI=0.0204205;REFB=0.0584939;REVB=0.00657787;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-6.40351e-05;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:36:35:1:0:37:35:1:0 chr19 12541544 . A C 1083.83 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479808;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.893;QD=60.2131;RBI=0.0294683;REFB=0;REVB=0.0290751;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76841e-05;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:37:35:0:0 chr19 12541795 . C A 1235.28 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.522;QD=59.5313;RBI=0.0398177;REFB=-0.000325942;REVB=0.00718312;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000104563;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:42:39:0:1:42:40:0:1 chr19 12542355 . A G 629.6 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00409128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.203;QD=45.7893;RBI=0.0204267;REFB=-0.0655532;REVB=0.0200128;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007528;STB=0.53742;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00063607;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:55:55:2:6:49:49:0.890909:24:25:1:1:24:25:1:5 chr19 12542653 . TT GA 889.73 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137647;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=2;MLLD=273.807;QD=58.3428;RBI=0.0207506;REFB=0;REVB=0.0155281;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.29829e-05;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:39:22:0:0 chr19 12551715 . A C 666.45 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.562;QD=61.9957;RBI=0.0625999;REFB=0;REVB=0.0430868;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132972;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:38:43:1:29:9:0:0:34:9:0:0 chr19 12774561 . C T 204.12 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0218896;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.498;QD=14.3245;RBI=0.0315575;REFB=-0.0143182;REVB=-0.0227315;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524146;STB=0.529929;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0236744;OID=.;OPOS=12774561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:15:9:14:19:15:9:14:19 chr19 12958697 . T C 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00438665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2979;QD=18.9954;RBI=0.129724;REFB=0.0114106;REVB=-0.12965;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183655;STB=0.619575;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0160879;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:11:6:9:7:11:6:10:7 chr19 12963143 . T C 376.65 PASS AF=0.673913;AO=29;DP=45;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0290878;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.033;QD=32.7521;RBI=0.068713;REFB=-0.0645873;REVB=0.0622526;RO=15;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19735;STB=0.591041;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0287686;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:15:29:31:0.673913:12:17:4:11:14:17:4:11 chr19 12985576 . A G 372.51 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0199906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.199;QD=27.0914;RBI=0.0305608;REFB=-0.0480076;REVB=0.0231157;RO=19;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316056;STB=0.517232;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0321363;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:21:15:7:12:21:15:7:12 chr19 12989289 . C T 257.74 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0149417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.013;QD=19.8264;RBI=0.0150979;REFB=0.00500908;REVB=-0.00216597;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.558697;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00323436;OID=.;OPOS=12989289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:9:16:14:13:9:16 chr19 12989560 . G A 418.13 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00681812;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.993;QD=19.6768;RBI=0.0192121;REFB=-0.020096;REVB=0.0179615;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075193;STB=0.541764;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0184847;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:43:42:42:0.494118:23:19:23:20:23:19:23:20 chr19 13010520 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00041379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.844;QD=14.132;RBI=0.0113353;REFB=-0.00867614;REVB=-0.0113278;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126949;STB=0.573834;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0111662;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:16:15:7:12:16:15 chr19 13317490 . GTTATTA GTTA,GTTAT 66.96 PASS AF=0.45,0;AO=6,3;DP=21;FAO=9,0;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00928298,0.00627029;FXX=0.0475964;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=265.391,267.442;QD=13.3918;RBI=0.00929765,0.0188877;REFB=-0.0084396,-0.00725371;REVB=-0.000522095,-0.0178165;RO=6;SAF=5,3;SAR=1,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.248427,0.248427;SSEP=0,0;SSSB=0.202122,0.637446;STB=0.726652,0.5;STBP=0.142,1;TYPE=del,del;VARB=0.00856605,0;OID=.,.;OPOS=13317491,13317495;OREF=TTA,TA;OALT=-,-;OMAPALT=GTTA,GTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0:6,3:21:9,0:20:11:8,0:1,0:7:4:63:6:5,3:1,0:4:2 chr19 13445208 . C T 651.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.929;QD=62.074;RBI=0.0354905;REFB=0;REVB=0.0354446;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015225;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr19 13868669 . G A 357.45 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00180512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2272;QD=49.3027;RBI=0.0103166;REFB=0.0248999;REVB=0.0101575;RO=2;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131958;STB=0.571372;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00146234;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:6:21:0:2:6:21:0:2 chr19 13885309 . C T 318.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916092;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.417;QD=53.05;RBI=0.0381522;REFB=0;REVB=0.037036;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102294;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr19 13885482 . CAA CA,CAG 467.74 PASS AF=0.151515,0.848485;AO=5,28;DP=34;FAO=5,28;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=5,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.091362,-0.0118409;FXX=0.0294031;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.1024,47.254;QD=56.6962;RBI=0.10028,0.0125979;REFB=0,0;REVB=-0.0413398,-0.00430121;RO=0;SAF=0,8;SAR=5,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.75204e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0698231,-0.00433823;OID=.,.;OPOS=13885483,13885484;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.151515,0.848485:5,28:34:5,28:33:0:0,8:5,20:0:0:24:0:0,8:5,20:0:0 chr19 13900981 . G A 1106.31 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0738233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4878;QD=55.3155;RBI=0.0745709;REFB=0.0331145;REVB=-0.0105325;RO=4;SAF=40;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249277;STB=0.501319;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00562579;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:80:80:4:4:76:76:0.95:36:40:2:2:36:40:2:2 chr19 13942221 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0127022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.523;QD=14.1696;RBI=0.0153036;REFB=0.0288748;REVB=0.00853552;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398755;STB=0.726911;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0367388;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:1:11:5:5:1:11 chr19 13947292 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0498633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.184;QD=15.3791;RBI=0.0535415;REFB=0.00199005;REVB=0.0195024;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00177845;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:7:7:7:5:7:7 chr19 14040896 . G A 94.52 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497664;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1835;QD=42.0088;RBI=0.0545389;REFB=0;REVB=-0.0223115;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00915137;OID=.;OPOS=14040896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 14049006 . A AC,C 72.2 PASS AF=0.264151,0;AO=12,3;DP=53;FAO=14,0;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00551236,-0.0729045;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.2643,95.2067;QD=5.4492;RBI=0.121354,0.100404;REFB=-0.075313,-0.00730839;REVB=-0.121229,-0.069036;RO=38;SAF=9,3;SAR=3,0;SRF=17;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.372336,0.536646;STB=0.831866,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.184061,0;OID=.,.;OPOS=14049007,14049006;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:53:53:38:39:12,3:14,0:0.264151,0:3,0:9,3:17:21:2,0:12,0:17:22 chr19 14083761 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0341236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2462;QD=11.8303;RBI=0.120131;REFB=-0.0158794;REVB=-0.115183;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.01768;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:9:9:6:5:9:9 chr19 14141116 . T TCATG 703.17 PASS AF=0.859375;AO=53;DP=65;FAO=55;FDP=64;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00478901;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=4;MLLD=298.546;QD=43.948;RBI=0.00643605;REFB=0.00147365;REVB=0.00429979;RO=9;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063682;STB=0.530839;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=-0.000218468;OID=.;OPOS=14141117;OREF=-;OALT=CATG;OMAPALT=TCATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.859375:53:65:55:64:9:24:31:2:7:47:9:24:29:2:7 chr19 14153292 . CT C,CC 442.2 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=4,27;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259642,0.0290064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.874,217.087;QD=57.058;RBI=0.0261364,0.029255;REFB=0,0;REVB=-0.00299505,-0.00380558;RO=0;SAF=3,13;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0263199,0.000165313;OID=.,.;OPOS=14153293,14153293;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742:4,27:31:1,30:31:0:1,15:0,15:0:0:4:0:3,13:1,14:0:0 chr19 14185226 . T C 97.73 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0328925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0132;QD=13.4797;RBI=0.0341027;REFB=-0.00235287;REVB=-0.00900436;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.618844;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00455319;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:4:8:7:9:4:8:8:9 chr19 14200109 . T C 78.43 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0977233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5522;QD=14.9392;RBI=0.0984584;REFB=-0.0360383;REVB=0.0120089;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0493991;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr19 14231325 . C G 331.02 PASS AF=0.544118;AO=29;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0181137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.8646;QD=19.4715;RBI=0.104898;REFB=-0.0752374;REVB=-0.103323;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119368;STB=0.51554;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0488281;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:30:29:37:0.544118:17:12:11:8:21:16:14:16 chr19 14231330 . A G 298.96 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0486557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4643;QD=16.1597;RBI=0.0872472;REFB=-0.0144211;REVB=-0.0724202;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969249;STB=0.505454;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0145939;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:17:24:19:14:17:24 chr19 14262121 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0285558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.721;QD=24.0275;RBI=0.041605;REFB=-0.00390231;REVB=0.0302579;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264536;OID=.;OPOS=14262121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr19 14268799 . G A 511.39 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0283694;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9657;QD=21.532;RBI=0.0396449;REFB=-0.0112495;REVB=-0.0276929;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291969;STB=0.515458;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0114137;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:46:48:49:0.515789:24:24:21:24:24:25:22:24 chr19 14273641 . A G 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00443697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.99;QD=19.345;RBI=0.0117506;REFB=-0.0197805;REVB=-0.0108807;RO=41;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777565;STB=0.543188;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.020333;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:20:20:24:17:20:20:24:17 chr19 14512489 . G A 283.88 PASS AF=0.96;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345841;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=85.4587;QD=45.4205;RBI=0.0860602;REFB=-0.0810142;REVB=0.0788054;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00673542;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:25:0:1:18:24:0.96:10:8:0:0:12:12:1:0 chr19 14582468 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00610403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.222;QD=14.6538;RBI=0.00806605;REFB=-0.0400407;REVB=-0.00527275;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.028078;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:2:6:6:2:2:6 chr19 14589378 . C T 266.62 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0141412;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.951;QD=20.1225;RBI=0.0263469;REFB=-0.00738648;REVB=0.0222303;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985106;STB=0.563713;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00360521;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:25:28:28:0.528302:13:15:10:14:13:15:10:15 chr19 14590236 . C T 382.56 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00536062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6075;QD=25.5041;RBI=0.0066894;REFB=-0.01872;REVB=-0.00400148;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104326;STB=0.543356;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0157178;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:23:37:37:0.616667:20:17:6:14:20:17:8:15 chr19 14600305 . C T 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0103351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.774;QD=9.47351;RBI=0.0466825;REFB=-0.0180302;REVB=-0.0455241;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200623;STB=0.595545;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.033296;OID=.;OPOS=14600305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:31:19:21:10:10:0.322581:7:3:9:10:7:3:9:12 chr19 14600563 . T C 79.04 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00857199;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=131.917;QD=12.1595;RBI=0.0136792;REFB=0.00211196;REVB=-0.0106603;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523317;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00858564;OID=.;OPOS=14600563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:12:15:9:10:0.384615:3:6:8:4:3:7:10:5 chr19 14626567 . C G 259.82 PASS AF=0.423077;AO=27;DP=71;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0113389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5566;QD=13.3238;RBI=0.0341112;REFB=-0.0215577;REVB=-0.0321715;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102252;STB=0.568142;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0384932;OID=.;OPOS=14626567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:44:45:27:33:0.423077:16:11:14:30:19:14:14:31 chr19 14626911 . A G 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.024034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.885;QD=14.3993;RBI=0.0249184;REFB=-0.00432846;REVB=-0.00657964;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132599;STB=0.575784;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00584557;OID=.;OPOS=14626911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:17:8:15:19:17:8:15:19 chr19 14640399 . G C 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0249645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9449;QD=15.8801;RBI=0.0379554;REFB=-0.000624495;REVB=0.0285899;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00421336;OID=.;OPOS=14640399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr19 14640435 . T C 222.39 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00672058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=22.8094;RBI=0.0286052;REFB=-0.0282158;REVB=0.0278045;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167545;STB=0.578383;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0187921;OID=.;OPOS=14640435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:8:13:7:10:9:13:7:10 chr19 14682804 . G C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.012099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.622;QD=21.3767;RBI=0.0179891;REFB=-0.019165;REVB=-0.0133125;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.533951;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0236411;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:22:23:0.511111:12:10:9:13:12:11:9:13 chr19 14699452 . A G 250.44 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.000572001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.962;QD=26.3625;RBI=0.0104912;REFB=-0.0441096;REVB=0.0104756;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233427;STB=0.63337;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0266033;OID=.;OPOS=14699452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:13:9:11:4:14:9:11:4 chr19 14705509 . T C 262.56 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00577728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.015;QD=19.0954;RBI=0.00835023;REFB=-0.0110558;REVB=-0.00602905;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146761;STB=0.58215;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00605524;OID=.;OPOS=14705509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:10:18:13:14:10:18:13:14 chr19 14752325 . C T 418.98 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0278771;FXX=0.0434735;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.849;QD=19.0444;RBI=0.0307617;REFB=-0.0193267;REVB=-0.0130059;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121711;STB=0.567537;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0186031;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:88:46:46:42:42:0.477273:18:24:32:14:18:24:32:14 chr19 14758168 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0173992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.237;QD=15.571;RBI=0.0236625;REFB=-0.0317306;REVB=-0.0160368;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262014;STB=0.650906;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0313085;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:3:9:5:6:3:9 chr19 14769339 . C G 2728.54 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0113;QD=61.662;RBI=0.0404875;REFB=0;REVB=0.0255734;RO=1;SAF=146;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121616;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:1:0:174:177:1:28:146:1:0:28:149:0:0 chr19 14817548 . T A 345.25 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345368;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9741;QD=55.2404;RBI=0.039115;REFB=0;REVB=0.0389623;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400722;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 14829749 . C T 289.51 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0133662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.794;QD=16.5434;RBI=0.0545791;REFB=-0.0144388;REVB=-0.0529171;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020758;STB=0.511662;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0306387;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:21:17:15:17:21:17 chr19 14847013 . G C 141.9 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0668737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.772;QD=22.7037;RBI=0.105733;REFB=-0.0750392;REVB=-0.0818982;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149138;STB=0.513351;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0498046;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:9:10:15:15:0.6:7:8:5:4:7:8:5:5 chr19 14862278 . G A 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0904529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9672;QD=14.6967;RBI=0.108904;REFB=-0.00509568;REVB=0.0606488;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077632;STB=0.530092;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00757521;OID=.;OPOS=14862278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:8:13:20:9:8:13:20:10 chr19 14862430 . C G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.396;QD=61.6821;RBI=0.020227;REFB=0;REVB=-0.0146078;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86328e-06;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr19 14877043 . C T 639.68 PASS AF=0.430303;AO=71;DP=165;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0546045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9976;QD=15.5075;RBI=0.0556483;REFB=0.000400345;REVB=-0.0107275;RO=94;SAF=35;SAR=36;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831051;STB=0.546372;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000200743;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:94:71:71:0.430303:36:35:54:40:36:35:54:40 chr19 14910210 . C G 269.41 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0133878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.212;QD=22.9286;RBI=0.014873;REFB=-0.0154402;REVB=0.00647851;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141453;STB=0.589671;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0172362;OID=.;OPOS=14910210;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:15:10:12:9:15:10:13:9 chr19 14910321 . A G 147.99 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0231449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6128;QD=16.9134;RBI=0.0561731;REFB=-0.0448315;REVB=-0.0511832;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411352;STB=0.742524;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0451042;OID=.;OPOS=14910321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:19:16:16:0.457143:13:3:10:7:13:3:11:8 chr19 14910438 . C T 316.81 PASS AF=0.925926;AO=21;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0375602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.047;QD=46.9352;RBI=0.052556;REFB=-0.0481925;REVB=0.0367609;RO=2;SAF=2;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301655;STB=0.624884;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00789315;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:26:27:2:2:21:25:0.925926:19:2:2:0:22:3:2:0 chr19 14910573 . C T 338.27 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.718;QD=52.0416;RBI=0.0453497;REFB=0;REVB=0.0274287;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248839;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr19 14910654 . T C 32.79 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00252396;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.271;QD=13.1154;RBI=0.056951;REFB=-0.0158483;REVB=0.056895;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508365;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0256666;OID=.;OPOS=14910654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:10:6:5:4:5:0.5:3:1:5:1:4:1:4:1 chr19 14938616 . T C 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.537;QD=62.344;RBI=0.0582514;REFB=0;REVB=-0.0527142;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278705;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr19 14951898 . G T 72.26 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.057862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6109;QD=8.50095;RBI=0.0682509;REFB=-0.0212959;REVB=-0.0361964;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115678;STB=0.571285;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.052342;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:12:12:6:4:12:12 chr19 14974930 . G A 538.11 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.282;QD=59.7902;RBI=0.031441;REFB=0;REVB=0.0245624;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97498e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:23:13:0:0 chr19 14975040 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0161931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.691;QD=14.0974;RBI=0.0335634;REFB=0.00324362;REVB=-0.0293988;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.536026;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00630765;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:8:5:8:9:8:5:8:10 chr19 14975368 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6996;QD=39.2056;RBI=0.0347322;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138349;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr19 14991643 . G A 168.68 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00989691;FXX=0.0526177;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.647;QD=18.7427;RBI=0.0134084;REFB=-0.0164347;REVB=0.00904637;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2184;STB=0.604188;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0102407;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:10:19:17:17:0.472222:5:12:4:6:5:12:10:9 chr19 14991963 . C A 186.94 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00651622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.085;QD=27.6948;RBI=0.00765175;REFB=-0.0224017;REVB=-0.00401101;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189665;STB=0.609637;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0165701;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:9:9:17:18:0.666667:9:8:7:2:10:8:7:2 chr19 14992031 . A G 37.62 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0210482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.564;QD=9.4047;RBI=0.151228;REFB=0.00520539;REVB=0.149756;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599699;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00405808;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:1:4:8:2:2:4:8:2 chr19 15052983 . T TATC 588.84 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0151044;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.889;QD=51.2039;RBI=0.0162264;REFB=-0.102673;REVB=0.00592891;RO=6;SAF=6;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207065;STB=0.586545;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.00637021;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891304:41:47:41:46:5:6:35:3:2:25:6:6:35:4:2 chr19 15063757 . A G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0461151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3668;QD=16.4152;RBI=0.0642368;REFB=-0.015856;REVB=-0.0447188;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414199;STB=0.523776;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0109026;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:12:4:4:10:12:4 chr19 15131330 . G A 739.98 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700807;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8257;QD=56.9213;RBI=0.00782841;REFB=0;REVB=0.00348869;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49092e-05;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 15133762 . G C 1221.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3299;QD=61.0971;RBI=0.0445056;REFB=0;REVB=-0.0441347;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350992;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:34:46:0:0 chr19 15133787 . C A 204.51 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00249806;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.954;QD=12.0299;RBI=0.00477069;REFB=-0.00177233;REVB=-0.00406438;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288015;STB=0.668443;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00503286;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:43:25:25:0.367647:15:10:27:13:15:10:29:14 chr19 15198263 . A G 239.33 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7651;QD=50.385;RBI=0.035827;REFB=0;REVB=-0.0133222;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339889;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 15198292 . C G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0142648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.894;QD=17.6438;RBI=0.0198731;REFB=-0.0450625;REVB=-0.0138368;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.676989;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.02571;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:4:3:7:2:4:3 chr19 15198363 . A C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00382132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.745;QD=13.4866;RBI=0.0242356;REFB=-0.0269104;REVB=-0.0239325;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0196381;OID=.;OPOS=15198363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr19 15198507 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0695108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.923;QD=8.30709;RBI=0.117753;REFB=-0.0207345;REVB=-0.0950474;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340931;STB=0.719924;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0885495;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:12:6:1:7:12:6 chr19 15198631 . A C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00273203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.257;QD=7.54481;RBI=0.015923;REFB=6.20253e-05;REVB=-0.0156869;RO=41;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221368;STB=0.513496;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000270144;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:5:10:28:13:5:10:28:13 chr19 15198720 . A T 428.58 PASS AF=0.708333;AO=33;DP=47;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00847474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.598;QD=35.7148;RBI=0.0162162;REFB=0.00262675;REVB=-0.0138254;RO=14;SAF=22;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138823;STB=0.577995;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000400686;OID=.;OPOS=15198720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:14:14:33:34:0.708333:11:22:6:8:11:23:6:8 chr19 15198764 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5036;QD=64.4129;RBI=0.0270161;REFB=0;REVB=-0.026782;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198293;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr19 15219888 . A AC 40.53 PASS AF=0.28125;AO=7;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.017102;FXX=0.0302939;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.0077;QD=5.06665;RBI=0.0251268;REFB=-0.0102459;REVB=-0.0184087;RO=24;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779693;STB=0.899817;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0664753;OID=.;OPOS=15219889;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:7:33:9:32:23:8:1:7:16:40:24:7:0:7:17 chr19 15225348 . T C 1417.56 PASS AF=0.969697;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0101047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1778;QD=57.2752;RBI=0.0634895;REFB=-0.051216;REVB=-0.0626802;RO=5;SAF=36;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172094;STB=0.512602;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00289587;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:99:99:5:3:94:96:0.969697:58:36:2:3:58:38:0:3 chr19 15225358 . T A,C 1273.92 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=80,3;DP=83;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=54,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218338,-0.0326218;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.686,85.9089;QD=60.6629;RBI=0.00666791,0.0333045;REFB=0,0;REVB=0.00630031,0.00670845;RO=0;SAF=27,2;SAR=53,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000563051,0.00297864;OID=.,.;OPOS=15225358,15225358;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:84:0:0:80,3:81,3:0.964286,0.0357143:53,1:27,2:0:0:54,1:27,2:0:0 chr19 15226970 . G A 1400.1 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0997667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7003;QD=61.5429;RBI=0.100592;REFB=-0.132734;REVB=-0.0128608;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.507461;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00185189;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:56:33:1:0:57:33:1:0 chr19 15227030 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8476;QD=55.6553;RBI=0.0137971;REFB=0;REVB=-0.00996028;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99583e-06;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 15233581 . C A 880.15 PASS AF=0.890411;AO=64;DP=72;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0184785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.736;QD=48.2274;RBI=0.022792;REFB=-0.0370696;REVB=0.0133425;RO=8;SAF=27;SAR=37;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166806;STB=0.507716;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00413389;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:73:8:8:64:65:0.890411:37:27:4:4:37:28:4:4 chr19 15271135 . T G 304.91 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8497;QD=50.8191;RBI=0.0692759;REFB=0;REVB=0.031888;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194342;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:21:24:1:14:7:0:0:16:8:0:0 chr19 15278057 . A G 2655.15 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.9692e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.442;QD=61.7477;RBI=0.00530978;REFB=0;REVB=-0.00530903;RO=0;SAF=100;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800757;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:172:0:0:170:172:1:70:100:0:0:70:102:0:0 chr19 15285052 . T C 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.616;QD=59.4908;RBI=0.0452893;REFB=0;REVB=0.0409184;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77832e-05;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr19 15292437 . T C 133.58 PASS AF=0.151351;AO=26;DP=182;FAO=28;FDP=185;FR=.;FRO=157;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=92;FSRR=65;FWDB=0.00968856;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.511;QD=2.88818;RBI=0.0225872;REFB=-0.00626962;REVB=-0.0204038;RO=153;SAF=12;SAR=14;SRF=90;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160622;STB=0.572922;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0279974;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:153:157:26:28:0.151351:14:12:90:63:14:14:92:65 chr19 15295134 . G A 3029.57 PASS AF=0.990244;AO=200;DP=207;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0556739;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.975;QD=59.1136;RBI=0.0606521;REFB=-0.143665;REVB=0.0240644;RO=3;SAF=96;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413504;STB=0.500265;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00117922;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:207:205:3:2:200:203:0.990244:104:96:1:2:107:96:1:1 chr19 15302844 . T C 944.12 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326456;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6191;QD=59.0073;RBI=0.035575;REFB=0;REVB=-0.0141367;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111107;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr19 15465786 . G T 147.4 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00903924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.827;QD=6.07841;RBI=0.0226994;REFB=-0.0202093;REVB=0.0208219;RO=75;SAF=6;SAR=16;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388031;STB=0.739157;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0401132;OID=.;OPOS=15465786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:75:75:22:22:0.226804:16:6:44:31:16:6:44:31 chr19 15490485 . C T 204.18 PASS AF=0.149153;AO=43;DP=294;FAO=44;FDP=295;FR=.;FRO=251;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=155;FSRR=96;FWDB=-0.0262256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.437;QD=2.7686;RBI=0.0306549;REFB=-0.0110457;REVB=0.0158727;RO=251;SAF=22;SAR=21;SRF=155;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137888;STB=0.581392;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0881971;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:251:251:43:44:0.149153:21:22:155:96:21:23:155:96 chr19 15508362 . G C 5184.61 PASS AF=1;AO=331;DP=335;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410751;FXX=0.0119399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.366;QD=62.6539;RBI=0.00410872;REFB=-0.0374549;REVB=9.96049e-05;RO=4;SAF=177;SAR=154;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00079509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50423e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:335:331:4:0:331:331:1:154:177:2:2:154:177:0:0 chr19 15533821 . A G 2242.78 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0367534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.782;QD=61.8698;RBI=0.0368946;REFB=-0.10514;REVB=-0.00322423;RO=2;SAF=71;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132049;STB=0.506943;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00428705;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:72:71:2:0:72:71:2:0 chr19 15540461 . GC CG,GCG 196.05 PASS AF=0.00643087,0.263666;AO=18,63;DP=321;FAO=2,82;FDP=311;FR=.;FRO=227;FSAF=0,32;FSAR=2,50;FSRF=133;FSRR=94;FWDB=-0.00752694,-0.0680133;FXX=0.00638957;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=43.8866,41.0546;QD=2.52148;RBI=0.0422699,0.0753406;REFB=-0.0117166,-0.0115488;REVB=-0.0415944,-0.0324099;RO=217;SAF=1,19;SAR=17,44;SRF=133;SRR=84;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.587771,-0.386809;STB=0.995844,0.64159;STBP=0.114,0.004;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0865974,0.171436;OID=.,.;OPOS=15540461,15540463;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:321:311:217:227:18,63:2,82:0.00643087,0.263666:17,44:1,19:133:84:2,50:0,32:133:94 chr19 15549939 . C T 1630.31 PASS AF=0.957265;AO=112;DP=117;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.143925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2381;QD=55.737;RBI=0.170465;REFB=-0.0953153;REVB=0.0913452;RO=3;SAF=51;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271069;STB=0.514805;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00793643;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:117:117:3:5:112:112:0.957265:61:51:3:0:61:51:4:1 chr19 15580290 . G A 206.27 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00347873;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3115;QD=30.5583;RBI=0.0267183;REFB=-0.0390559;REVB=-0.0264909;RO=8;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185725;STB=0.603651;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0152305;OID=.;OPOS=15580290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:8:8:19:19:0.703704:3:16:5:3:3:16:5:3 chr19 15582863 . C T 720.27 PASS AF=0.642105;AO=38;DP=94;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00755542;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.95;QD=30.3273;RBI=0.0185032;REFB=-0.0213203;REVB=0.0168903;RO=22;SAF=28;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275218;STB=0.514727;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0134054;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:22:34:38:61:0.642105:10:28:8:14:28:33:17:17 chr19 15586672 . A T 539.01 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0562413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.848;QD=38.5007;RBI=0.0674518;REFB=-0.0537159;REVB=0.0372379;RO=11;SAF=19;SAR=26;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120866;STB=0.506491;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0119221;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:26:19:5:6:26:19:5:6 chr19 15587185 . C T 1233.35 PASS AF=0.777778;AO=94;DP=127;FAO=98;FDP=126;FR=.;FRO=28;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00561424;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.214;QD=39.154;RBI=0.00620285;REFB=-0.008651;REVB=0.00263736;RO=25;SAF=46;SAR=48;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510739;STB=0.521565;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0052394;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:25:28:94:98:0.777778:48:46:9:16:50:48:11:17 chr19 15587345 . T C 915.13 PASS AF=0.763441;AO=68;DP=90;FAO=71;FDP=93;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0171863;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.556;QD=39.3605;RBI=0.0389912;REFB=-0.0202021;REVB=0.0349992;RO=22;SAF=21;SAR=47;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960352;STB=0.549784;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00501768;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:22:22:68:71:0.763441:47:21:3:19:49:22:3:19 chr19 15648715 . G A 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0497293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.374;QD=3.34978;RBI=0.0812626;REFB=-0.00893933;REVB=-0.0642699;RO=59;SAF=3;SAR=8;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161589;STB=0.61155;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0368943;OID=.;OPOS=15648715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:8:3:23:36:8:3:23:36 chr19 15726487 . G T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00958333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.815;QD=6.57181;RBI=0.00964226;REFB=-0.0270418;REVB=0.00106442;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234162;STB=0.64659;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0904145;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:24:13:6:5:24:13 chr19 15729056 . C G 749.6 PASS AF=0.653846;AO=67;DP=102;FAO=68;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=0.00417382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.2924;QD=28.8307;RBI=0.0111029;REFB=-0.0296452;REVB=0.0102885;RO=32;SAF=7;SAR=60;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031887;STB=0.505493;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0189084;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:32:36:67:68:0.653846:60:7:4:28:60:8:4:32 chr19 15730498 . G GC 2632.06 PASS AF=1;AO=165;DP=182;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443269;FXX=0.0279314;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.9897;QD=60.5071;RBI=0.0716543;REFB=0;REVB=-0.0562981;RO=15;SAF=77;SAR=88;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000321743;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:165:182:174:174:0:79:95:0:0:15:15:77:88:7:8 chr19 15739597 . A C 785.63 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.152;QD=64.1328;RBI=0.0420682;REFB=0;REVB=0.0325202;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178437;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:21:20:0:0:28:21:0:0 chr19 15752398 . A AC 33.71 PASS AF=0.130841;AO=12;DP=113;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0106198;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.491;QD=1.26004;RBI=0.0157971;REFB=-0.00260571;REVB=-0.0116948;RO=97;SAF=12;SAR=0;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632097;STB=0.903522;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0877938;OID=.;OPOS=15752399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130841:12:113:14:107:93:13:1:49:44:33:97:12:0:54:43 chr19 15757927 . T C 1336.87 PASS AF=0.717949;AO=112;DP=157;FAO=112;FDP=156;FR=.;FRO=44;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0122385;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.899;QD=34.2787;RBI=0.0179751;REFB=-0.00688918;REVB=0.0131652;RO=41;SAF=59;SAR=53;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317919;STB=0.507569;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00211285;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:41:44:112:112:0.717949:53:59:19:22:53:59:22:22 chr19 15763721 . G A 1085.45 PASS AF=0.778761;AO=87;DP=113;FAO=88;FDP=113;FR=.;FRO=25;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0334458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.072;QD=38.423;RBI=0.0342231;REFB=-0.0404663;REVB=0.00725242;RO=25;SAF=45;SAR=42;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115468;STB=0.500604;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00802283;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:25:25:87:88:0.778761:42:45:13:12:42:46:13:12 chr19 15769379 . G C 545.8 PASS AF=0.661538;AO=40;DP=69;FAO=43;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.025814;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.876;QD=33.5877;RBI=0.0264906;REFB=-0.0137475;REVB=0.00594906;RO=15;SAF=12;SAR=28;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955949;STB=0.563605;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0201433;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:65:15:17:40:43:0.661538:28:12:7:8:31:12:8:9 chr19 15769529 . GC TT 666.75 PASS AF=0.708861;AO=55;DP=78;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0127647;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.118;QD=33.7596;RBI=0.0330535;REFB=-0.0304991;REVB=0.0304893;RO=23;SAF=29;SAR=26;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268206;STB=0.511529;STBP=0.781;TYPE=mnp;VARB=0.0124692;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:23:23:55:56:0.708861:26:29:11:12:27:29:11:12 chr19 15769625 . A G 611.17 PASS AF=0.712329;AO=51;DP=73;FAO=52;FDP=73;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0190194;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.084;QD=33.489;RBI=0.0206008;REFB=-0.0214519;REVB=0.00791546;RO=22;SAF=19;SAR=32;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482132;STB=0.519385;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00727459;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:21:51:52:0.712329:32:19:10:12:33:19:9:12 chr19 15770027 . A T 49.88 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.031092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.953;QD=4.53475;RBI=0.0322762;REFB=-0.00172418;REVB=-0.00866256;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484399;STB=0.828028;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0254974;OID=.;OPOS=15770027;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:1:7:18:17:1:7:19:17 chr19 15784061 . C A 1151.89 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826128;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7957;QD=60.6255;RBI=0.0936863;REFB=0;REVB=0.0441841;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121037;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:75:76:1:30:45:0:0:31:45:0:0 chr19 15784386 . C T 1110.56 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8707;QD=60.03;RBI=0.0157307;REFB=0;REVB=0.0132605;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249298;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr19 15789098 . A G 1904.12 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8723;QD=60.4483;RBI=0.087122;REFB=0;REVB=0.0373676;RO=0;SAF=73;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792167;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:126:0:0:118:126:1:45:73:0:0:46:80:0:0 chr19 15789140 . A G 2106.4 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161373;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.669;QD=62.8775;RBI=0.0179873;REFB=0;REVB=0.00794531;RO=0;SAF=82;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122608;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:132:134:1:50:82:0:0:51:83:0:0 chr19 15791180 . C T 1590.36 PASS AF=0.981818;AO=104;DP=106;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.117;QD=57.8311;RBI=0.0654272;REFB=-0.192348;REVB=0.0606125;RO=2;SAF=60;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281905;STB=0.501198;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000990821;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:110:2:2:104:108:0.981818:44:60:1:1:47:61:1:1 chr19 15793235 . T C 417.36 PASS AF=0.339744;AO=53;DP=155;FAO=53;FDP=156;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0256214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.953;QD=10.7014;RBI=0.0356062;REFB=-0.00335853;REVB=0.0247254;RO=100;SAF=25;SAR=28;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248637;STB=0.503762;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0058818;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:100:103:53:53:0.339744:28:25:45:55:28:25:48:55 chr19 15807884 . A G 183.15 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00297197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5649;QD=8.23127;RBI=0.0270714;REFB=-0.00882627;REVB=-0.0269078;RO=64;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359159;STB=0.713122;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0308382;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:8:17:24:40:8:17:24:40 chr19 15838967 . G A 1154.8 PASS AF=0.734375;AO=94;DP=128;FAO=94;FDP=128;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=77;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0614592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3646;QD=36.0875;RBI=0.0650495;REFB=-0.0432136;REVB=0.0213122;RO=33;SAF=17;SAR=77;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933704;STB=0.547671;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0206385;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:33:34:94:94:0.734375:77:17:10:23:77:17:10:24 chr19 15839174 . C T 444.48 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0680433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.998;QD=41.3468;RBI=0.069356;REFB=0.00707363;REVB=-0.0134297;RO=9;SAF=8;SAR=26;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697114;STB=0.537528;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00174363;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:9:9:34:34:0.790698:26:8:1:8:26:8:1:8 chr19 15839365 . C T 52.46 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0651509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3939;QD=6.35876;RBI=0.0820734;REFB=-0.0191026;REVB=0.0499139;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.605807;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0324803;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:33:23:25:8:8:0.242424:4:4:14:9:4:4:16:9 chr19 15852223 . A C 666.26 PASS AF=0.753425;AO=55;DP=72;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0357771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6421;QD=36.5076;RBI=0.0636447;REFB=0.00661162;REVB=-0.052637;RO=17;SAF=26;SAR=29;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791842;STB=0.548451;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00184688;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:17:18:55:55:0.753425:29:26:5:12:29:26:5:13 chr19 15852242 . C A 93.95 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.034292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8174;QD=4.58288;RBI=0.0430499;REFB=-0.0125873;REVB=0.0260261;RO=63;SAF=3;SAR=13;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363403;STB=0.744457;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.115621;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:82:82:63:66:16:16:0.195122:13:3:28:35:13:3:30:36 chr19 15852872 . G A 1600.55 PASS AF=0.682292;AO=131;DP=198;FAO=131;FDP=192;FR=.;FRO=61;FSAF=82;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00946966;FXX=0.0303015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2972;QD=33.3448;RBI=0.0579236;REFB=-0.0182527;REVB=0.0571443;RO=60;SAF=82;SAR=49;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670579;STB=0.539153;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00882695;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:192:60:61:131:131:0.682292:49:82:31:29:49:82:31:30 chr19 15881953 . A G 1751.13 PASS AF=0.775281;AO=134;DP=178;FAO=138;FDP=178;FR=.;FRO=40;FSAF=87;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.000828054;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.919;QD=39.3512;RBI=0.0145422;REFB=-0.0150648;REVB=0.0145186;RO=39;SAF=86;SAR=48;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721398;STB=0.541772;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0030712;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:39:40:134:138:0.775281:48:86:31:8:51:87:32:8 chr19 15905002 . T C 258.7 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.0243391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.742;QD=7.66514;RBI=0.040396;REFB=-0.00760597;REVB=-0.0322404;RO=98;SAF=12;SAR=25;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717206;STB=0.542732;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0223576;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:98:98:37:37:0.274074:25:12:37:61:25:12:37:61 chr19 15905431 . T C 380.4 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=143;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0130233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.85;QD=10.6406;RBI=0.0133734;REFB=-0.0190525;REVB=-0.00304002;RO=96;SAF=18;SAR=29;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161817;STB=0.593578;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0400426;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:96:96:47:47:0.328671:29:18:50:46:29:18:50:46 chr19 15905529 . C A 234.75 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0606099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7666;QD=11.5926;RBI=0.0766867;REFB=0.00789659;REVB=0.0469818;RO=52;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102036;STB=0.568076;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0157044;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:52:28:29:0.358025:16:12:27:25:17:12:27:25 chr19 15918455 . G A 733.65 PASS AF=0.701149;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00960922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.888;QD=33.731;RBI=0.0160046;REFB=-0.0288497;REVB=0.0127989;RO=26;SAF=22;SAR=39;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103407;STB=0.555801;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0114116;OID=.;OPOS=15918455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:26:26:61:61:0.701149:39:22:14:12:39:22:14:12 chr19 15989696 . G C 103.31 PASS AF=0.171171;AO=17;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.004815;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.109;QD=3.72281;RBI=0.0176318;REFB=-0.00466207;REVB=-0.0169616;RO=93;SAF=13;SAR=4;SRF=31;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508603;STB=0.760391;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0130742;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:93:92:17:19:0.171171:4:13:31:62:6:13:32:60 chr19 15989730 . T C 133.99 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0243226;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2247;QD=4.58099;RBI=0.0304151;REFB=-0.00392012;REVB=0.0182617;RO=92;SAF=17;SAR=6;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428599;STB=0.76134;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0185333;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:92:94:23:23:0.196581:6:17:36:56:6:17:38:56 chr19 15990431 . C T 789.28 PASS AF=0.703297;AO=64;DP=93;FAO=64;FDP=91;FR=.;FRO=27;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0126646;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1351;QD=34.6934;RBI=0.0347633;REFB=0.00189766;REVB=-0.0323743;RO=27;SAF=43;SAR=21;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324917;STB=0.50175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.000976372;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:27:27:64:64:0.703297:21:43:18:9:21:43:18:9 chr19 16034714 . A G 2007.47 PASS AF=0.992366;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438851;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.804;QD=61.2969;RBI=0.0454908;REFB=-0.00182803;REVB=0.0119794;RO=0;SAF=77;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46198e-08;STB=0.503225;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000315556;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:131:0:1:127:130:0.992366:50:77:0:0:53:77:1:0 chr19 16045141 . T C 1439.08 PASS AF=1;AO=69;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.645;QD=63.2563;RBI=0.0926073;REFB=0;REVB=0.0273314;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233632;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:69:91:1:42:27:0:0:47:44:0:0 chr19 16136923 . T C,G 1256.38 PASS AF=0.931034,0.045977;AO=77,4;DP=83;FAO=81,4;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=48,2;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00207871,-0.00409129;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.84,169.567;QD=57.7648;RBI=0.0183943,0.0409155;REFB=-0.0582687,0.0784294;REVB=0.0182764,0.0407104;RO=1;SAF=44,2;SAR=33,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0141253,0.166656;STB=0.514702,0.66592;STBP=0.132,0.397;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000408096,0.0207801;OID=.,.;OPOS=16136923,16136923;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:83:87:1:2:77,4:81,4:0.931034,0.045977:33,2:44,2:0:1:33,2:48,2:0:2 chr19 16145533 . A G 119.23 PASS AF=0.157534;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=146;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=0.0103033;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0534;QD=3.26664;RBI=0.0275797;REFB=0.00231522;REVB=0.0255828;RO=107;SAF=11;SAR=12;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741634;STB=0.546994;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0090006;OID=.;OPOS=16145533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:107:123:23:23:0.157534:12:11:45:62:12:11:52:71 chr19 16145539 . G A 172.72 PASS AF=0.193333;AO=29;DP=151;FAO=29;FDP=150;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=-0.00741172;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.402;QD=4.60585;RBI=0.00938197;REFB=0.000677829;REVB=0.0057522;RO=120;SAF=14;SAR=15;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085054;STB=0.556339;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00350203;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:120:121:29:29:0.193333:15:14:50:70:15:14:50:71 chr19 16145653 . G A 305.65 PASS AF=0.23301;AO=48;DP=206;FAO=48;FDP=206;FR=.;FRO=158;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=86;FSRR=72;FWDB=-0.0134157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.327;QD=5.93485;RBI=0.01602;REFB=-0.00142592;REVB=0.0087555;RO=158;SAF=21;SAR=27;SRF=86;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134658;STB=0.581488;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00460263;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:158:158:48:48:0.23301:27:21:86:72:27:21:86:72 chr19 16145731 . C A 184.03 PASS AF=0.233871;AO=29;DP=124;FAO=29;FDP=124;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.062495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.562;QD=5.93643;RBI=0.0686541;REFB=-0.0129298;REVB=-0.0284212;RO=94;SAF=13;SAR=16;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157022;STB=0.599052;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0295167;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:94:95:29:29:0.233871:16:13:54:40:16:13:55:40 chr19 16146400 . A G 2888.27 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205207;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.205;QD=63.1316;RBI=0.0212404;REFB=0;REVB=-0.00548216;RO=0;SAF=109;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57102e-06;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:74:109:0:0:74:109:0:0 chr19 16238279 . C T 483.68 PASS AF=0.787234;AO=35;DP=46;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0241691;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3447;QD=41.1643;RBI=0.0242242;REFB=-0.0392515;REVB=0.00163337;RO=8;SAF=19;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148739;STB=0.529938;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00611328;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:46:47:8:10:35:37:0.787234:16:19:4:4:17:20:4:6 chr19 16244326 . G C 160.8 PASS AF=0.203008;AO=27;DP=133;FAO=27;FDP=133;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=1.38903e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4928;QD=4.83607;RBI=0.0448354;REFB=-0.00488058;REVB=-0.0448354;RO=105;SAF=17;SAR=10;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125359;STB=0.582795;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0178113;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:105:106:27:27:0.203008:10:17:56:49:10:17:56:50 chr19 16268207 . TAA TA,T 361.92 PASS AF=0.964912,0;AO=38,11;DP=57;FAO=55,0;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=21,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.211842,-0.109299;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.64536,9.39938;QD=25.3976;RBI=0.228359,0.117453;REFB=0.071198,0.054972;REVB=-0.0852679,-0.042999;RO=3;SAF=14,5;SAR=24,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.055049,0.179011;STB=0.514281,0.5;STBP=0.317,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00461439,0;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.964912,0:38,11:57:55,0:57:2:21,0:34,0:0:2:4:3:14,5:24,6:0:3 chr19 16275655 . C T 224.95 PASS AF=0.292453;AO=19;DP=112;FAO=31;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0149867;FXX=0.0535666;HRUN=8;LEN=1;MLLD=150.886;QD=8.48852;RBI=0.0220467;REFB=-0.0122998;REVB=0.0161697;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578512;STB=0.525531;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0350749;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:106:36:75:19:31:0.292453:11:8:17:19:16:15:39:36 chr19 16284288 . G T 203.89 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0210632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1655;QD=10.4556;RBI=0.0218517;REFB=0.0020875;REVB=-0.00581736;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672815;STB=0.525621;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00370112;OID=.;OPOS=16284288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:52:25:26:0.333333:13:12:28:24:13:13:28:24 chr19 16301312 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.089;QD=56.9377;RBI=0.0736997;REFB=0;REVB=0.0718662;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290478;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr19 16339715 . C T 1318.0 PASS AF=0.7;AO=109;DP=157;FAO=112;FDP=160;FR=.;FRO=48;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0489827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8288;QD=32.9499;RBI=0.0542486;REFB=-0.0098311;REVB=0.0233153;RO=48;SAF=51;SAR=58;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183505;STB=0.505361;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00363887;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:48:48:109:112:0.7:58:51:24:24:58:54:24:24 chr19 16591464 . G A 807.67 PASS AF=0.7875;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=80;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0223768;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.619;QD=40.3834;RBI=0.0224132;REFB=-0.0337166;REVB=0.00127706;RO=17;SAF=31;SAR=32;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319069;STB=0.517072;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00805029;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:17:17:63:63:0.7875:32:31:7:10:32:31:7:10 chr19 16593552 . G A 817.49 PASS AF=0.709677;AO=66;DP=93;FAO=66;FDP=93;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0321549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6223;QD=35.1607;RBI=0.0340032;REFB=-0.0253377;REVB=0.011058;RO=27;SAF=35;SAR=31;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136864;STB=0.507363;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.010093;OID=.;OPOS=16593552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:27:27:66:66:0.709677:31:35:15:12:31:35:15:12 chr19 16601194 . C T 989.87 PASS AF=0.669291;AO=84;DP=125;FAO=85;FDP=127;FR=.;FRO=42;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0180466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9006;QD=31.1769;RBI=0.0181128;REFB=-0.0258943;REVB=0.00154803;RO=40;SAF=54;SAR=30;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904812;STB=0.55161;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0159812;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:40:42:84:85:0.669291:30:54:20:20:30:55:21:21 chr19 16611978 . T C 121.18 PASS AF=0.231707;AO=18;DP=81;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00953607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.41;QD=5.91097;RBI=0.0164849;REFB=-0.000919705;REVB=-0.0134467;RO=62;SAF=9;SAR=9;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602155;STB=0.510298;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00284078;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:62:63:18:19:0.231707:9:9:28:34:10:9:29:34 chr19 16612011 . T C 74.6 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00467689;FXX=0.0609682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.808;QD=3.87538;RBI=0.0161697;REFB=0.00417062;REVB=0.0154785;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215995;STB=0.621328;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0198327;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:81:77:59:64:13:13:0.168831:5:8:26:33:5:8:30:34 chr19 16633950 . T C 237.6 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.159;QD=50.02;RBI=0.0619743;REFB=0;REVB=0.0037143;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198254;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr19 16638978 . CCG C,CCC 161.56 PASS AF=0.575758,0;AO=11,4;DP=36;FAO=19,0;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0735535,0.139605;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=26.5327,14.9635;QD=19.5835;RBI=0.114713,0.152445;REFB=-0.087491,-0.0777272;REVB=-0.0880278,-0.0612384;RO=16;SAF=5,3;SAR=6,1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.293444,3.84668e-08;STB=0.519979,0.5;STBP=0.811,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0802012,0;OID=.,.;OPOS=16638979,16638980;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758,0:11,4:36:19,0:33:14:13,0:6,0:9:5:99:16:5,3:6,1:12:4 chr19 16667760 . C T 54.72 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0136349;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.908;QD=5.4715;RBI=0.0191687;REFB=-0.0111691;REVB=-0.0134733;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661942;STB=0.549876;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0342068;OID=.;OPOS=16667760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:40:40:27:32:8:8:0.2:4:4:15:12:4:4:18:14 chr19 16685939 . G A 2394.04 PASS AF=0.736641;AO=193;DP=265;FAO=193;FDP=262;FR=.;FRO=69;FSAF=86;FSAR=107;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.00242962;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.623;QD=36.5502;RBI=0.00520504;REFB=-0.039388;REVB=-0.00460319;RO=68;SAF=86;SAR=107;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985417;STB=0.550624;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0118326;OID=.;OPOS=16685939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:262:68:69:193:193:0.736641:107:86:44:24:107:86:44:25 chr19 16688029 . TGGG TGG,TGGC 43.35 PASS AF=0.25641,0.025641;AO=9,3;DP=39;FAO=10,1;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2,1;FSAR=8,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0679042,-0.0366023;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.6,25.7764;QD=4.44632;RBI=0.139338,0.146313;REFB=-0.0572767,-0.0211956;REVB=-0.121672,-0.14166;RO=26;SAF=3,1;SAR=6,2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0.406915,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.364535,-0.330599;STB=0.815715,0.9872;STBP=0.03,0.481;TYPE=del,snp;VARB=0.121802,0.0511475;OID=.,.;OPOS=16688030,16688032;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0.025641:9,3:39:10,1:39:28:2,1:8,0:18:10:38:26:3,1:6,2:17:9 chr19 16757546 . T C 75.82 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0130352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.422;QD=4.46028;RBI=0.0143194;REFB=-0.00819581;REVB=-0.00592695;RO=55;SAF=9;SAR=4;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192098;STB=0.625698;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0460386;OID=.;OPOS=16757546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:4:9:30:25:4:9:30:25 chr19 16770761 . C CCTA 56.76 PASS AF=0.176471;AO=8;DP=54;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0236652;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.732;QD=4.45188;RBI=0.0245421;REFB=-0.015432;REVB=-0.00650151;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565073;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.067444;OID=.;OPOS=16770762;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:8:54:9:51:42:5:4:20:22:56:46:4:4:23:23 chr19 16855265 . A G 182.52 PASS AF=0.268817;AO=24;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0334021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.348;QD=7.85036;RBI=0.0449696;REFB=-0.00616656;REVB=-0.0301091;RO=68;SAF=16;SAR=8;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259518;STB=0.665662;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0154693;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:24:25:0.268817:8:16:31:37:8:17:31:37 chr19 16860105 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.935;QD=59.5017;RBI=0.033337;REFB=0;REVB=0.0192387;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71553e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr19 16899838 . A T 2679.57 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.724;QD=61.5993;RBI=0.0501581;REFB=-0.0624066;REVB=-0.0328589;RO=0;SAF=85;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.65174e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:0:1:173:173:0.994253:88:85:0:0:88:85:0:1 chr19 16976286 . A G 2102.32 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5533;QD=62.7558;RBI=0.0105693;REFB=0;REVB=-0.00623861;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32047e-06;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:72:62:0:0:72:62:0:0 chr19 17004049 . T C 155.99 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0116621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.399;QD=7.70336;RBI=0.0117529;REFB=-0.00372838;REVB=0.00145806;RO=57;SAF=9;SAR=13;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141248;STB=0.58485;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0114664;OID=.;OPOS=17004049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:59:22:22:0.271605:13:9:30:27:13:9:31:28 chr19 17006697 . C A 261.55 PASS AF=0.20362;AO=45;DP=220;FAO=45;FDP=221;FR=.;FRO=176;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=92;FSRR=84;FWDB=-0.0376838;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7359;QD=4.73397;RBI=0.0376954;REFB=-0.0182196;REVB=0.000935125;RO=175;SAF=18;SAR=27;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154133;STB=0.597783;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0496244;OID=.;OPOS=17006697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:175:176:45:45:0.20362:27:18:91:84:27:18:92:84 chr19 17006700 . G T 288.49 PASS AF=0.222727;AO=47;DP=220;FAO=49;FDP=220;FR=.;FRO=171;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=91;FSRR=80;FWDB=-0.0254689;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7193;QD=5.24525;RBI=0.0262615;REFB=-0.0284908;REVB=0.00640337;RO=171;SAF=17;SAR=30;SRF=91;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218176;STB=0.628365;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0999957;OID=.;OPOS=17006700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:171:171:47:49:0.222727:30:17:91:80:31:18:91:80 chr19 17006734 . A G 35.77 PASS AF=0.0666667;AO=15;DP=225;FAO=15;FDP=225;FR=.;FRO=210;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=109;FSRR=101;FWDB=-0.0453287;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9948;QD=0.635957;RBI=0.0514429;REFB=-0.00590973;REVB=-0.0243244;RO=210;SAF=9;SAR=6;SRF=109;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876039;STB=0.576199;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.107081;OID=.;OPOS=17006734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:225:225:210:210:15:15:0.0666667:6:9:109:101:6:9:109:101 chr19 17006736 . A G 40.52 PASS AF=0.0707965;AO=16;DP=226;FAO=16;FDP=226;FR=.;FRO=210;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=109;FSRR=101;FWDB=-0.0258412;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6401;QD=0.717193;RBI=0.0546311;REFB=-0.00608364;REVB=-0.0481331;RO=209;SAF=9;SAR=7;SRF=108;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504649;STB=0.54055;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0752229;OID=.;OPOS=17006736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:226:226:209:210:16:16:0.0707965:7:9:108:101:7:9:109:101 chr19 17006738 . A G 64.21 PASS AF=0.0913242;AO=22;DP=219;FAO=20;FDP=219;FR=.;FRO=199;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=102;FSRR=97;FWDB=-0.0832836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9217;QD=1.1727;RBI=0.106836;REFB=-0.0170946;REVB=-0.0669164;RO=187;SAF=12;SAR=10;SRF=97;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326761;STB=0.534093;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.141408;OID=.;OPOS=17006738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:219:219:187:199:22:20:0.0913242:10:12:97:90:9:11:102:97 chr19 17006747 . T C 60.08 PASS AF=0.0967742;AO=33;DP=187;FAO=18;FDP=186;FR=.;FRO=168;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=89;FWDB=-0.18615;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3732;QD=1.29203;RBI=0.215692;REFB=-0.0143726;REVB=-0.108955;RO=137;SAF=22;SAR=11;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306936;STB=0.574643;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.156661;OID=.;OPOS=17006747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:187:186:137:168:33:18:0.0967742:11:22:58:79:11:7:79:89 chr19 17006787 . G A 151.68 PASS AF=0.20155;AO=26;DP=129;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0345458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.954;QD=4.70331;RBI=0.0358354;REFB=-0.0172015;REVB=-0.00952725;RO=99;SAF=8;SAR=18;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183854;STB=0.618226;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0585937;OID=.;OPOS=17006787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:99:103:26:26:0.20155:18:8:44:55:18:8:46:57 chr19 17008578 . G C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000673544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.165;QD=9.91656;RBI=0.0391902;REFB=-0.0133404;REVB=-0.0391844;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234373;STB=0.514254;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0243422;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:11:6:3:6:11:6 chr19 17025292 . G A 185.82 PASS AF=0.612903;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.049692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=23.9768;RBI=0.0537063;REFB=-0.00454042;REVB=0.0203734;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.577693;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00295449;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:31:12:12:17:19:0.612903:6:11:6:6:6:13:6:6 chr19 17081790 . G A 180.97 PASS AF=0.218045;AO=29;DP=134;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.00617799;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.024;QD=5.44278;RBI=0.00622534;REFB=-0.00810961;REVB=0.000766363;RO=104;SAF=11;SAR=18;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177758;STB=0.609934;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0265572;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:104:104:29:29:0.218045:18:11:54:50:18:11:54:50 chr19 17088299 . T C 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.181;QD=60.2238;RBI=0.0428739;REFB=0;REVB=0.0272696;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280548;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr19 17088319 . G T 294.28 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0518912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4209;QD=34.6212;RBI=0.0519564;REFB=-0.0527611;REVB=0.00260116;RO=7;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327216;STB=0.507686;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0168938;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:34:7:9:25:25:0.735294:9:16:5:2:9:16:6:3 chr19 17091368 . T G 1753.63 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811356;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.407;QD=60.9957;RBI=0.0276541;REFB=0;REVB=0.0264371;RO=0;SAF=35;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07179e-05;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:80:35:0:0:80:35:0:0 chr19 17100552 . A G 1030.13 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100683;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.277;QD=59.7179;RBI=0.0216753;REFB=0;REVB=0.019195;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32563e-05;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:25:43:0:0:26:43:0:0 chr19 17108135 . C T 772.7 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0003725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.045;QD=61.8161;RBI=0.0241341;REFB=-0.117381;REVB=0.0241313;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000291995;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:25:24:0:0:25:24:1:0 chr19 17111297 . A G 1130.0 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1622;QD=60.2664;RBI=0.0462062;REFB=0;REVB=-0.0179837;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119136;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr19 17170885 . C T 494.7 PASS AF=0.803922;AO=40;DP=50;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0142562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.097;QD=38.8;RBI=0.0193807;REFB=-0.042575;REVB=0.013129;RO=10;SAF=25;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488432;STB=0.527905;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00879183;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:51:10:10:40:41:0.803922:15:25:5:5:15:26:5:5 chr19 17273893 . G T 721.59 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568719;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.69;QD=56.5949;RBI=0.0524613;REFB=0;REVB=0.0521521;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296511;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:47:51:1:21:26:0:0:25:26:0:0 chr19 17301998 . C T 1069.37 PASS AF=0.763158;AO=87;DP=114;FAO=87;FDP=114;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00699665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9909;QD=37.5216;RBI=0.0123356;REFB=-0.0207759;REVB=0.0101594;RO=27;SAF=34;SAR=53;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024808;STB=0.51326;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00733832;OID=.;OPOS=17301998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:27:27:87:87:0.763158:53:34:12:15:53:34:12:15 chr19 17303774 . T G 2478.14 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176479;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.966;QD=61.5686;RBI=0.0244149;REFB=0;REVB=-0.0168712;RO=0;SAF=68;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81451e-07;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:93:68:0:0:93:68:0:0 chr19 17305440 . T C 1105.43 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383836;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3952;QD=60.5714;RBI=0.040651;REFB=0;REVB=0.0133865;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034362;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr19 17306030 . CT C,CC 188.25 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=5,10;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332533,0.0318112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.8757,106.691;QD=47.0621;RBI=0.148604,0.136241;REFB=0,0;REVB=0.144836,0.132475;RO=0;SAF=2,9;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.011554,0.00162602;OID=.,.;OPOS=17306031,17306031;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:5,10:16:1,15:16:0:1,10:0,5:0:0:6:0:2,9:3,1:0:0 chr19 17312992 . C T 1060.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1595;QD=59.7257;RBI=0.0508243;REFB=0;REVB=0.024359;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53675e-05;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:34:37:0:0 chr19 17316782 . T C 1161.64 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398972;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.077;QD=59.5712;RBI=0.0561638;REFB=0.00365575;REVB=0.0395296;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.29229e-05;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:0:1:40:37:0:1 chr19 17317955 . A G 3143.15 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879626;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7591;QD=63.498;RBI=0.0879794;REFB=0;REVB=0.00171622;RO=0;SAF=97;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712173;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:199:198:0:0:197:198:1:100:97:0:0:100:98:0:0 chr19 17330060 . T C 2277.86 PASS AF=0.993197;AO=143;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0349075;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1632;QD=61.9825;RBI=0.0349172;REFB=-0.0848046;REVB=-0.000822933;RO=2;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130242;STB=0.503311;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00469778;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:2:1:143:146:0.993197:72:71:0:2:75:71:0:1 chr19 17337554 . C CA 108.1 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000978522;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=226.893;QD=39.3107;RBI=0.00772773;REFB=0;REVB=0.00766553;RO=8;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.57802e-05;OID=.;OPOS=17337555;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:11:11:0:4:7:0:0:4:8:0:2:4:4 chr19 17337555 . C A 62.72 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0190319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.688;QD=20.9081;RBI=0.0293819;REFB=-0.151645;REVB=0.0223849;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292303;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00472104;OID=.;OPOS=17337555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:0:4:4:4:0:4 chr19 17366278 . T C 717.63 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137225;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.72;QD=57.4102;RBI=0.0144107;REFB=0;REVB=0.00439991;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104844;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr19 17392572 . G C 49.85 PASS AF=0.0769231;AO=19;DP=246;FAO=19;FDP=247;FR=.;FRO=228;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=104;FSRR=124;FWDB=-0.00275004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8403;QD=0.807321;RBI=0.00298927;REFB=-0.000206378;REVB=-0.00117176;RO=225;SAF=16;SAR=3;SRF=103;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431314;STB=0.849138;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0169201;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:246:247:225:228:19:19:0.0769231:3:16:103:122:3:16:104:124 chr19 17392643 . AG A 95.94 PASS AF=0.278689;AO=44;DP=122;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.0364111;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.3758;QD=3.14565;RBI=0.143812;REFB=-0.0639946;REVB=-0.139127;RO=71;SAF=13;SAR=31;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199138;STB=0.873741;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0825076;OID=.;OPOS=17392644;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278689:44:122:34:122:88:3:31:46:42:95:71:13:31:33:38 chr19 17547292 . A G 925.8 PASS AF=0.616541;AO=82;DP=133;FAO=82;FDP=133;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0131356;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.708;QD=27.8436;RBI=0.0155065;REFB=-0.00580265;REVB=-0.00824064;RO=47;SAF=37;SAR=45;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111488;STB=0.559912;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00322828;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:47:51:82:82:0.616541:45:37:29:18:45:37:31:20 chr19 17556054 . A G 685.47 PASS AF=0.721519;AO=56;DP=78;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00934943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.112;QD=34.7072;RBI=0.0627473;REFB=-0.012624;REVB=0.0620469;RO=18;SAF=32;SAR=24;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328393;STB=0.503419;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00370795;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:18:22:56:57:0.721519:24:32:9:9:24:33:13:9 chr19 17566634 . T A 148.39 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.023164;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.793;QD=34.9151;RBI=0.0231896;REFB=-0.0554189;REVB=-0.00108971;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15968;STB=0.588113;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0117502;OID=.;OPOS=17566634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:18:17:3:3:14:14:0.823529:7:7:3:0:7:7:3:0 chr19 17611490 . T G 608.24 PASS AF=0.793651;AO=50;DP=64;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0445347;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.741;QD=38.6181;RBI=0.0450373;REFB=-0.00888141;REVB=0.00670957;RO=12;SAF=21;SAR=29;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899266;STB=0.54082;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00156369;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:64:63:12:13:50:50:0.793651:29:21:8:4:29:21:8:5 chr19 17616171 . G A 291.04 PASS AF=0.217877;AO=34;DP=180;FAO=39;FDP=179;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=131;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.00601514;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.804;QD=6.5037;RBI=0.0302524;REFB=-0.00237253;REVB=0.0296484;RO=107;SAF=14;SAR=20;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105405;STB=0.538442;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0398656;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:107:131:34:39:0.217877:20:14:53:54:21:18:67:64 chr19 17628587 . A G 262.76 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0285606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0852;QD=10.5104;RBI=0.0395303;REFB=0.0134585;REVB=-0.0273302;RO=68;SAF=23;SAR=9;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374761;STB=0.718613;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0199274;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:68:32:32:0.32:9:23:27:41:9:23:27:41 chr19 17648350 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.719;QD=50.4125;RBI=0.0703894;REFB=0;REVB=0.0383473;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100467;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 17651370 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.071;QD=59.8321;RBI=0.1269;REFB=0;REVB=0.0292207;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369485;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:22:12:0:0:22:14:0:0 chr19 17660300 . G A 183.02 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0141814;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9781;QD=11.6201;RBI=0.0245282;REFB=-0.000931419;REVB=0.020013;RO=40;SAF=17;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086217;STB=0.55021;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00186562;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:6:17:27:13:6:17:27:13 chr19 17692324 . T C,G 776.87 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=2,46;DP=48;FAO=1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104563,0.0127943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.271,154.117;QD=63.4179;RBI=0.0105109,0.0181675;REFB=0,0;REVB=0.00106968,0.0128983;RO=0;SAF=1,27;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0170104,0.00087914;OID=.,.;OPOS=17692324,17692324;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:48:49:0:0:2,46:1,48:0.0204082,0.979592:1,19:1,27:0:0:1,20:0,28:0:0 chr19 17741047 . A G 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00353882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.25;QD=4.66893;RBI=0.00555557;REFB=-0.00436648;REVB=-0.00428265;RO=61;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109665;STB=0.507033;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0163274;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:7:8:32:29:7:8:32:29 chr19 17746946 . GA G,GG 2063.51 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=44,82;DP=127;FAO=4,128;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=1,53;FSAR=3,75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343046,0.0426163;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=279.945,291.52;QD=62.5305;RBI=0.0441712,0.0498656;REFB=0,0;REVB=0.0278261,0.0258926;RO=0;SAF=27,21;SAR=17,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.54734e-08,4.06518e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0132567,0.000879317;OID=.,.;OPOS=17746947,17746947;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:44,82:127:4,128:132:0:1,53:3,75:0:0:6:0:27,21:17,61:0:0 chr19 17766900 . C T 100.77 PASS AF=0.225352;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0103566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.176;QD=5.67708;RBI=0.0172627;REFB=-0.00177564;REVB=-0.013811;RO=55;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263333;STB=0.681188;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00502545;OID=.;OPOS=17766900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:15:16:0.225352:10:5:30:25:11:5:30:25 chr19 17777508 . C G 800.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.004;QD=57.1952;RBI=0.0883702;REFB=0;REVB=-0.0877728;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598029;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr19 17885270 . A G 69.7 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0174487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.208;QD=4.28927;RBI=0.0198778;REFB=-0.0210916;REVB=-0.009522;RO=52;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802659;STB=0.560622;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0663735;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:52:53:12:12:0.184615:5:7:27:25:5:7:27:26 chr19 17886940 . G A 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0016164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.687;QD=8.99423;RBI=0.0165287;REFB=-0.0195713;REVB=-0.0164495;RO=29;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527177;STB=0.835559;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.053657;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:11:1:12:17:11:1:12:17 chr19 17887024 . T C 1134.17 PASS AF=1;AO=71;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123031;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.802;QD=59.6932;RBI=0.0417278;REFB=0;REVB=0.0398728;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149871;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:71:76:1:45:26:0:0:44:32:0:0 chr19 17892591 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.801;QD=50.4134;RBI=0.024609;REFB=0;REVB=8.24124e-05;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238922;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 17922795 . G A 487.01 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0114891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.713;QD=27.0563;RBI=0.0182198;REFB=-0.0127541;REVB=0.0141408;RO=25;SAF=30;SAR=15;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708392;STB=0.515783;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00508504;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:27:45:45:0.625:15:30:19:6:15:30:19:8 chr19 18047283 . T G 239.63 PASS AF=0.267176;AO=33;DP=129;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.0294524;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1807;QD=7.31707;RBI=0.054903;REFB=-0.0192962;REVB=-0.0463345;RO=90;SAF=18;SAR=15;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962166;STB=0.54559;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0482179;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:90:96:33:35:0.267176:15:18:56:34:16:19:58:38 chr19 18234441 . C T 1168.35 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6242;QD=60.6936;RBI=0.077692;REFB=0;REVB=0.060016;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0573e-05;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr19 18245512 . C T 410.72 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.362;QD=56.6506;RBI=0.0335785;REFB=0;REVB=-2.42379e-05;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153906;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr19 18248146 . T C 946.83 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.818;QD=58.2664;RBI=0.0778005;REFB=0;REVB=-0.0014597;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210267;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:63:65:1:42:21:0:0:42:23:0:0 chr19 18255359 . G A 1766.84 PASS AF=0.924242;AO=121;DP=131;FAO=122;FDP=132;FR=.;FRO=10;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.051308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.365;QD=53.5407;RBI=0.0630122;REFB=-0.063943;REVB=0.0365791;RO=9;SAF=49;SAR=72;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976758;STB=0.500129;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.002892;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:131:132:9:10:121:122:0.924242:72:49:3:6:73:49:4:6 chr19 18257750 . C T 2714.75 PASS AF=0.962366;AO=175;DP=183;FAO=179;FDP=186;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=105;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0246392;FXX=0.0158722;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.341;QD=58.3817;RBI=0.0262671;REFB=-0.0713435;REVB=0.00910338;RO=7;SAF=71;SAR=104;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339875;STB=0.517112;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000553524;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:183:186:7:7:175:179:0.962366:104:71:6:1:105:74:6:1 chr19 18273047 . T C 427.96 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.507;QD=57.0619;RBI=0.0579579;REFB=0;REVB=0.030624;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116826;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:14:8:0:0:19:11:0:0 chr19 18279638 . T C 2719.08 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146772;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3687;QD=62.5077;RBI=0.0211029;REFB=0;REVB=-0.0151628;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27781e-05;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:91:82:0:0:92:82:0:0 chr19 18313515 . C T 135.73 PASS AF=0.209524;AO=22;DP=105;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.00776174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2537;QD=5.17058;RBI=0.0368903;REFB=-0.00923045;REVB=-0.0360646;RO=83;SAF=9;SAR=13;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309765;STB=0.519369;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0331839;OID=.;OPOS=18313515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:83:83:22:22:0.209524:13:9:32:51:13:9:32:51 chr19 18359037 . G A 835.0 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0222231;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.714;QD=53.0157;RBI=0.029007;REFB=-0.048696;REVB=0.0186424;RO=2;SAF=22;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871088;STB=0.50171;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000995288;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:2:3:60:60:0.952381:38:22:1:1:38:22:1:2 chr19 18370063 . A AG 368.4 PASS AF=1;AO=47;DP=64;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478606;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=7.6212;QD=25.8527;RBI=0.127252;REFB=0;REVB=-0.117909;RO=12;SAF=19;SAR=28;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0004971;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:64:57:57:0:22:35:0:0:9:12:19:28:4:8 chr19 18370160 . A AG 235.76 PASS AF=0.974359;AO=28;DP=41;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0974469;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.37894;QD=24.1801;RBI=0.127969;REFB=0.0314608;REVB=0.0829468;RO=10;SAF=19;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145066;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=ins;VARB=0.0257017;OID=.;OPOS=18370161;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:28:41:38:39:1:23:15:1:0:3:10:19:9:4:6 chr19 18371394 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.017;QD=39.2068;RBI=0.0404608;REFB=0;REVB=0.00470991;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204291;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:2:4:0:0:4:5:0:0 chr19 18444360 . T G 176.11 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.527;QD=46.9634;RBI=0.119848;REFB=0;REVB=0.000891602;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170031;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:8:5:0:0:8:7:0:0 chr19 18497024 . G C 541.52 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0108728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.387;QD=47.0888;RBI=0.0267674;REFB=-0.0218183;REVB=-0.0244597;RO=7;SAF=29;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617747;STB=0.533221;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0032824;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:7:7:39:39:0.847826:10:29:4:3:10:29:4:3 chr19 18497141 . T A 579.55 PASS AF=0.68;AO=49;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0263724;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.078;QD=30.9092;RBI=0.0323363;REFB=-0.0333211;REVB=0.0187117;RO=24;SAF=28;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094384;STB=0.542392;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0149227;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:24:49:51:0.68:21:28:10:14:23:28:10:14 chr19 18499238 . G T 478.6 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0452393;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.349;QD=33.5861;RBI=0.0564761;REFB=-0.0356102;REVB=0.0338076;RO=14;SAF=7;SAR=35;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141576;STB=0.59628;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0140028;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:14:15:42:42:0.736842:35:7:5:9:35:7:6:9 chr19 18502835 . G A 1191.95 PASS AF=0.789916;AO=94;DP=119;FAO=94;FDP=119;FR=.;FRO=25;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000101824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.804;QD=40.0657;RBI=0.00300223;REFB=-0.0117197;REVB=0.00300051;RO=24;SAF=57;SAR=37;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583713;STB=0.536042;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00285139;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:24:25:94:94:0.789916:37:57:11:13:37:57:11:14 chr19 18538742 . A C 74.02 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0074567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=4.17003;RBI=0.0189133;REFB=-0.00339608;REVB=-0.0173813;RO=58;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907711;STB=0.559304;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0161329;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:58:58:13:13:0.183099:6:7:27:31:6:7:27:31 chr19 18546678 . T C 241.41 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=122;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0199214;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.977;QD=7.98038;RBI=0.0229426;REFB=0.00266001;REVB=-0.0113799;RO=86;SAF=19;SAR=15;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113222;STB=0.570971;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00541507;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:86:87:34:34:0.280992:15:19:40:46:15:19:40:47 chr19 18547305 . T A 70.88 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0080483;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8313;QD=3.589;RBI=0.0349307;REFB=-0.00446952;REVB=-0.0339908;RO=64;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275222;STB=0.667683;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0165394;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:81:79:64:66:13:13:0.164557:5:8:25:39:5:8:27:39 chr19 18553580 . CAGAT C 81.36 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00320658;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.846;QD=4.39795;RBI=0.016795;REFB=-0.00413544;REVB=0.0164861;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432305;STB=0.531205;STBP=0.857;TYPE=del;VARB=0.0182969;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189:14:75:14:74:60:8:6:32:28:81:54:8:6:29:25 chr19 18562438 . C T 161.39 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000577445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.332;QD=8.84343;RBI=0.0115445;REFB=-0.0172263;REVB=0.0115301;RO=51;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808685;STB=0.547902;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0257644;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:11:11:29:22:11:11:29:22 chr19 18679379 . C G 485.24 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0289288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7497;QD=39.6116;RBI=0.0792924;REFB=-0.0189171;REVB=0.0738269;RO=12;SAF=14;SAR=23;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575943;STB=0.531161;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00734224;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:49:49:12:12:37:37:0.755102:23:14:6:6:23:14:6:6 chr19 18684563 . C T 246.67 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00773585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.929;QD=39.4669;RBI=0.0333179;REFB=-0.0166262;REVB=0.0324074;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411632;STB=0.584331;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00459035;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:2:4:21:21:0.84:15:6:1:1:15:6:3:1 chr19 18700047 . A G 438.55 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00830937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.849;QD=30.2447;RBI=0.00842106;REFB=-0.0218402;REVB=0.00136695;RO=18;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354325;STB=0.519221;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00838696;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:18:22:11:7:18:22:11:7 chr19 18700128 . C G 32.06 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0275669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7847;QD=1.60276;RBI=0.0289362;REFB=-0.00184155;REVB=-0.0087958;RO=66;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249189;STB=0.67032;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0939556;OID=.;OPOS=18700128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:80:80:66:72:8:8:0.1:3:5:27:39:3:5:31:41 chr19 18710535 . G A 771.54 PASS AF=0.648148;AO=68;DP=106;FAO=70;FDP=108;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00407796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6858;QD=28.5754;RBI=0.0234354;REFB=-0.023583;REVB=0.0230779;RO=35;SAF=27;SAR=41;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574316;STB=0.522645;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00987152;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:35:38:68:70:0.648148:41:27:17:18:43:27:17:21 chr19 18726856 . T C 1102.74 PASS AF=0.621118;AO=99;DP=161;FAO=100;FDP=161;FR=.;FRO=61;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00216725;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.241;QD=27.3973;RBI=0.00578186;REFB=-0.026867;REVB=0.00536031;RO=60;SAF=51;SAR=48;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477243;STB=0.52419;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.016869;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:60:61:99:100:0.621118:48:51:35:25:49:51:35:26 chr19 18775077 . C T 2937.81 PASS AF=0.669355;AO=248;DP=371;FAO=249;FDP=372;FR=.;FRO=123;FSAF=117;FSAR=132;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=0.0294866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9715;QD=31.5894;RBI=0.0473501;REFB=-0.0342838;REVB=0.0370482;RO=117;SAF=116;SAR=132;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832028;STB=0.543487;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0217049;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:372:117:123:248:249:0.669355:132:116:71:46:132:117:74:49 chr19 18876309 . A G 193.75 PASS AF=0.225352;AO=31;DP=144;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0178327;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.316;QD=5.45768;RBI=0.0528044;REFB=-0.00589859;REVB=-0.0497021;RO=105;SAF=13;SAR=18;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362599;STB=0.556533;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0296171;OID=.;OPOS=18876309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:105:110:31:32:0.225352:18:13:47:58:20:12:49:61 chr19 18965450 . G T 285.21 PASS AF=0.280576;AO=38;DP=138;FAO=39;FDP=139;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00645945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6221;QD=8.20745;RBI=0.0510618;REFB=-0.00667638;REVB=-0.0506516;RO=99;SAF=24;SAR=14;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192823;STB=0.617454;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0143499;OID=.;OPOS=18965450;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:99:100:38:39:0.280576:14:24:47:52:14:25:48:52 chr19 18977937 . G C 1082.35 PASS AF=0.679104;AO=91;DP=134;FAO=91;FDP=134;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0084036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0391;QD=32.3089;RBI=0.0201393;REFB=-0.0166092;REVB=0.0183022;RO=43;SAF=41;SAR=50;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00876652;STB=0.504715;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0101426;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:43:43:91:91:0.679104:50:41:20:23:50:41:20:23 chr19 18979506 . G A 61.45 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0175168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.408;QD=4.38937;RBI=0.0605811;REFB=-0.0110604;REVB=0.0579934;RO=46;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482365;STB=0.807185;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0246848;OID=.;OPOS=18979506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:3:7:13:33:3:7:13:33 chr19 18979523 . C A 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.123503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.904;QD=3.93806;RBI=0.12351;REFB=-0.00196598;REVB=-0.00130902;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571927;STB=0.861355;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0917479;OID=.;OPOS=18979523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:2:5:7:28:2:5:7:28 chr19 19017862 . G A 1092.44 PASS AF=0.705426;AO=90;DP=130;FAO=91;FDP=129;FR=.;FRO=38;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00658592;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.533;QD=33.8741;RBI=0.00664322;REFB=-0.0279307;REVB=0.000870659;RO=36;SAF=53;SAR=37;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063369;STB=0.532564;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00802774;OID=.;OPOS=19017862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:36:38:90:91:0.705426:37:53:17:19:38:53:18:20 chr19 19033089 . G A 936.69 PASS AF=0.692308;AO=80;DP=116;FAO=81;FDP=117;FR=.;FRO=36;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0125517;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.98;QD=32.0237;RBI=0.0144787;REFB=-0.0106345;REVB=-0.00721713;RO=36;SAF=53;SAR=27;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14992;STB=0.581797;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00486413;OID=.;OPOS=19033089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:36:36:80:81:0.692308:27:53:15:21:27:54:15:21 chr19 19035428 . G T 371.95 PASS AF=0.789474;AO=27;DP=36;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0411818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.344;QD=39.1527;RBI=0.0482864;REFB=-0.023296;REVB=0.0252119;RO=8;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235624;STB=0.507038;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00545052;OID=.;OPOS=19035428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:38:8:8:27:30:0.789474:12:15:4:4:14:16:4:4 chr19 19040312 . G C 323.44 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0834816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.179;QD=53.906;RBI=0.0858561;REFB=0;REVB=0.020052;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121602;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:15:8:1:0:15:9:0:0 chr19 19105285 . AG AC,GA 35.26 PASS AF=0.150943,0;AO=3,2;DP=53;FAO=8,0;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0583883,0.0151831;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=52.0647,27.4555;QD=2.66132;RBI=0.0636127,0.0162752;REFB=-0.0390893,-0.0477667;REVB=-0.0252464,-0.00586131;RO=26;SAF=3,2;SAR=0,0;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697524,0.630761;STB=0.912182,0.5;STBP=0.035,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.226678,0;OID=.,.;OPOS=19105286,19105285;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:53:53:26:42:3,2:8,0:0.150943,0:0,0:3,2:6:20:1,0:7,0:13:29 chr19 19136541 . C T 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.424;QD=58.608;RBI=0.0478573;REFB=-0.0161064;REVB=0.0448326;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.505616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00117185;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:29:44:1:0:29:44:1:0 chr19 19162559 . C G 75.53 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0187586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2591;QD=3.28388;RBI=0.0597464;REFB=-0.0127121;REVB=-0.0567252;RO=75;SAF=14;SAR=1;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667673;STB=0.935419;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0835532;OID=.;OPOS=19162559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:92:92:75:77:15:15:0.163043:1:14:29:46:1:14:31:46 chr19 19230868 . A G 3854.62 PASS AF=1;AO=227;DP=231;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037961;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.791;QD=62.1713;RBI=0.0536109;REFB=0.0518566;REVB=0.0378562;RO=3;SAF=121;SAR=106;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401985;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:231:248:3:0:227:248:1:106:121:2:1:120:128:0:0 chr19 19243175 . C T 31.27 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0286906;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.685;QD=2.36033;RBI=0.0339593;REFB=-0.0074995;REVB=-0.0181682;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826572;STB=0.547782;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0497035;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:45:47:6:6:0.113208:2:4:27:18:2:4:29:18 chr19 19267910 . G A 77.01 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0258205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9055;QD=5.40447;RBI=0.0331731;REFB=-0.00203364;REVB=0.0208269;RO=44;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265629;STB=0.657869;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00929964;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:44:45:12:12:0.210526:7:5:28:16:7:5:28:17 chr19 19304899 . G C 544.24 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0312236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.517;QD=31.0995;RBI=0.0387585;REFB=-0.00161872;REVB=-0.0229632;RO=22;SAF=13;SAR=35;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341547;STB=0.518511;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00125494;OID=.;OPOS=19304899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:35:13:7:15:35:13:7:15 chr19 19312496 . C G 42.15 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0237035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3686;QD=4.55679;RBI=0.0250964;REFB=0.00117113;REVB=0.00824461;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500934;STB=0.821174;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00655815;OID=.;OPOS=19312496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:8:22:2:5:8:22 chr19 19369435 . A G 108.87 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0151465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3574;QD=24.1924;RBI=0.0266228;REFB=-0.111573;REVB=-0.0218943;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0420779;OID=.;OPOS=19369435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:3:3:5:7:3:3 chr19 19379549 . C T 377.93 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0120836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.696;QD=26.9951;RBI=0.0247643;REFB=-0.0108548;REVB=0.0216161;RO=20;SAF=12;SAR=24;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150188;STB=0.582231;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00574283;OID=.;OPOS=19379549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:24:12:11:9:24:12:11:9 chr19 19380996 . G T 371.42 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0278088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.188;QD=29.1306;RBI=0.0350793;REFB=-0.0394468;REVB=0.0213829;RO=15;SAF=26;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162769;STB=0.618972;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0197371;OID=.;OPOS=19380996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:15:17:34:34:0.666667:8:26:8:7:8:26:8:9 chr19 19446936 . G A 207.86 PASS AF=0.216561;AO=34;DP=157;FAO=34;FDP=157;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.0420066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4612;QD=5.29567;RBI=0.0421911;REFB=-0.00186133;REVB=0.00394159;RO=123;SAF=14;SAR=20;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107609;STB=0.566426;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00735113;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:123:123:34:34:0.216561:20:14:61:62:20:14:61:62 chr19 19449686 . G T 277.61 PASS AF=0.25;AO=42;DP=168;FAO=42;FDP=168;FR=.;FRO=126;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.012211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.957;QD=6.60969;RBI=0.0231813;REFB=-0.00513809;REVB=-0.0197044;RO=126;SAF=21;SAR=21;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109324;STB=0.565446;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0139765;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:126:126:42:42:0.25:21:21:52:74:21:21:52:74 chr19 19467085 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.564;QD=60.6103;RBI=0.0211085;REFB=0;REVB=-0.0123947;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17416e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr19 19467545 . C T 1009.24 PASS AF=0.708333;AO=85;DP=120;FAO=85;FDP=120;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0533441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.226;QD=33.6415;RBI=0.0545337;REFB=-0.0171455;REVB=0.011328;RO=35;SAF=26;SAR=59;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069861;STB=0.537411;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00501572;OID=.;OPOS=19467545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:35:35:85:85:0.708333:59:26:7:28:59:26:7:28 chr19 19467937 . T C 31.96 PASS AF=0.193548;AO=4;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0383311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.659;QD=4.12436;RBI=0.0560266;REFB=-0.0154583;REVB=-0.0408621;RO=23;SAF=2;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246959;STB=0.621806;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.100553;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:30:31:23:25:4:6:0.193548:2:2:12:11:4:2:12:13 chr19 19467996 . T A 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0140226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.169;QD=33.7903;RBI=0.0153698;REFB=0.0450233;REVB=-0.00629263;RO=7;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217704;STB=0.511934;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00374094;OID=.;OPOS=19467996;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:11:10:3:4:11:10:3:4 chr19 19468655 . C T 1327.13 PASS AF=0.706667;AO=105;DP=150;FAO=106;FDP=150;FR=.;FRO=44;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0278845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.786;QD=35.39;RBI=0.0290087;REFB=-0.0151301;REVB=-0.00799757;RO=44;SAF=44;SAR=61;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315272;STB=0.515622;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00705959;OID=.;OPOS=19468655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:44:44:105:106:0.706667:61:44:16:28:62:44:16:28 chr19 19468710 . C G 96.62 PASS AF=0.2;AO=15;DP=83;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0350479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.913;QD=4.54682;RBI=0.037668;REFB=-0.0188635;REVB=0.0138031;RO=67;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163141;STB=0.559372;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0778318;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:83:85:67:68:15:17:0.2:7:8:27:40:9:8:27:41 chr19 19468734 . G A 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0398174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.952;QD=5.08308;RBI=0.0413069;REFB=-0.00400292;REVB=-0.0109926;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305307;STB=0.519453;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0151291;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:8:6:24:29:8:6:24:29 chr19 19606634 . G A 1317.02 PASS AF=0.86087;AO=96;DP=112;FAO=99;FDP=115;FR=.;FRO=16;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0442679;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9385;QD=45.8094;RBI=0.0484222;REFB=-0.00388439;REVB=0.0196231;RO=15;SAF=38;SAR=58;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105055;STB=0.545735;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00110689;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:112:115:15:16:96:99:0.86087:58:38:12:3:57:42:12:4 chr19 19619542 . A G 670.08 PASS AF=0.55;AO=56;DP=110;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=64;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0157797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.28;QD=22.3359;RBI=0.015788;REFB=-0.0082661;REVB=0.000510182;RO=54;SAF=55;SAR=1;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.795951;STB=0.920686;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0090641;OID=.;OPOS=19619542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:120:54:54:56:66:0.55:1:55:24:30:2:64:24:30 chr19 19625547 . A G 824.55 PASS AF=0.62037;AO=56;DP=112;FAO=67;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.014331;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.385;QD=30.5389;RBI=0.0159597;REFB=-0.0397876;REVB=-0.0070238;RO=31;SAF=36;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043846;STB=0.51237;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0319913;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:31:33:56:67:0.62037:20:36:18:13:28:39:18:15 chr19 19735257 . G T 1533.96 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.589;QD=62.6107;RBI=0.0353391;REFB=-0.0600508;REVB=0.0144696;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104228;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000108214;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:52:45:1:0:52:45:1:0 chr19 19756073 . AGCC A 225.16 PASS AF=0.8;AO=18;DP=23;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0098385;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.88;QD=36.0248;RBI=0.0395571;REFB=-0.0415217;REVB=0.0383141;RO=5;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.564044;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.0115128;OID=.;OPOS=19756074;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:18:23:20:25:5:3:17:0:5:27:5:3:15:0:5 chr19 19789528 . A G 718.06 PASS AF=0.674157;AO=58;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00271198;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.453;QD=32.2722;RBI=0.0127252;REFB=0.00317914;REVB=0.0124328;RO=29;SAF=35;SAR=23;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335627;STB=0.513348;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00136694;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:29:58:60:0.674157:23:35:19:10:23:37:19:10 chr19 19843717 . C T 103.47 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0165002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.4;QD=3.76261;RBI=0.0211435;REFB=-0.00558391;REVB=0.013221;RO=90;SAF=6;SAR=13;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23791;STB=0.659985;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0230971;OID=.;OPOS=19843717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:90:91:19:19:0.172727:13:6:45:45:13:6:46:45 chr19 19855654 . C T 668.11 PASS AF=0.708861;AO=56;DP=79;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0117982;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.58;QD=33.8281;RBI=0.0122837;REFB=-0.0375676;REVB=0.00341941;RO=21;SAF=26;SAR=30;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543148;STB=0.54199;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00953764;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:21:23:56:56:0.708861:30:26:12:9:30:26:14:9 chr19 20003109 . A G 224.69 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.027325;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.254;QD=33.2876;RBI=0.0500681;REFB=-0.0236022;REVB=0.0419543;RO=7;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14916;STB=0.582007;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0139415;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:12:8:5:2:12:8:5:2 chr19 20044886 . T C 1375.73 PASS AF=0.864407;AO=99;DP=118;FAO=102;FDP=118;FR=.;FRO=16;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0595991;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1054;QD=46.6348;RBI=0.0647285;REFB=-0.0182918;REVB=0.0252532;RO=16;SAF=55;SAR=44;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184441;STB=0.503178;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00276107;OID=.;OPOS=20044886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:118:118:16:16:99:102:0.864407:44:55:9:7:47:55:9:7 chr19 20150125 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=19;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.503;QD=60.6099;RBI=0.0714865;REFB=0;REVB=0.00711353;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33266e-05;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:19:38:1:15:4:0:0:21:17:0:0 chr19 20150175 . G C 719.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.866;QD=62.5779;RBI=0.0184857;REFB=0;REVB=0.0150233;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02616e-05;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr19 20229485 . T TA 229.39 PASS AF=1;AO=4;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702159;FXX=0.0416493;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.7295;QD=39.8943;RBI=0.0720466;REFB=0;REVB=-0.0161383;RO=19;SAF=0;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000954839;OID=.;OPOS=20229486;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:23:23:23:0:9:14:0:0:5:19:0:4:9:10 chr19 20229486 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.791;QD=53.9083;RBI=0.0368936;REFB=0;REVB=0.0299843;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027109;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr19 20369503 . C G 3945.34 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066198;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.077;QD=63.8922;RBI=0.0198886;REFB=0;REVB=-0.0187546;RO=0;SAF=128;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222946;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:247:0:0:243:247:1:115:128:0:0:115:132:0:0 chr19 20727463 . T C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0315925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.749;QD=4.81072;RBI=0.0319665;REFB=-0.00454848;REVB=-0.00487545;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3641;STB=0.752478;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0414141;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:13:10:1:5:13:10 chr19 20808149 . A G 241.18 PASS AF=0.251799;AO=34;DP=138;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=37;FWDB=0.00757188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.523;QD=6.94035;RBI=0.0101919;REFB=-0.0185972;REVB=0.00682206;RO=103;SAF=25;SAR=9;SRF=67;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12486;STB=0.58824;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0370728;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:103:104:34:35:0.251799:9:25:67:36:9:26:67:37 chr19 21607878 . ATAAT A 1216.21 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438398;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=4;MLLD=241.668;QD=61.5803;RBI=0.0439977;REFB=0;REVB=0.0037245;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.18739e-05;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:79:79:79:0:34:45:0:0:6:0:34:44:0:0 chr19 21608269 . AC GT 1251.06 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147926;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.087;QD=61.7805;RBI=0.0230668;REFB=0;REVB=0.0176991;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.41229e-05;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:41:40:0:0 chr19 21608272 . A T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.991;QD=61.8526;RBI=0.0294585;REFB=0;REVB=0.027197;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07336e-05;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr19 21608275 . C T 1319.51 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0361;QD=62.0947;RBI=0.0609689;REFB=0;REVB=0.0509652;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125879;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr19 21608280 . T A 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.626;QD=62.1616;RBI=0.0323557;REFB=0;REVB=0.0224124;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62797e-05;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr19 21608283 . A C 1353.82 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.926;QD=62.2446;RBI=0.0326409;REFB=0;REVB=0.00296469;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86966e-05;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:41:46:0:0 chr19 21608287 . G C 1357.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1084;QD=62.4092;RBI=0.028162;REFB=0;REVB=-0.0207706;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19237e-06;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr19 21608311 . G A 976.1 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0619579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0642;QD=57.4176;RBI=0.0774368;REFB=0.00566057;REVB=-0.0464508;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00145716;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:0:1:29:38:0:1 chr19 21608319 . A C 822.29 PASS AF=0.910448;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0277189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6094;QD=49.0921;RBI=0.0452972;REFB=-0.212931;REVB=-0.035826;RO=5;SAF=33;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848055;STB=0.511349;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0148612;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:67:67:5:6:61:61:0.910448:28:33:3:2:28:33:4:2 chr19 22115982 . A G 295.91 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0689804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5761;QD=49.3176;RBI=0.0831481;REFB=-0.143187;REVB=0.0464253;RO=1;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215476;STB=0.511618;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00869357;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:21:2:0:1:21:2:0:1 chr19 22115990 . G A 170.43 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.030902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.9;QD=25.2481;RBI=0.0493889;REFB=-0.0200865;REVB=-0.0385271;RO=10;SAF=1;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29029;STB=0.666418;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0173113;OID=.;OPOS=22115990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:16:1:2:8:16:1:2:8 chr19 22153495 . A T 396.66 PASS AF=0.672727;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0454951;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8468;QD=28.8482;RBI=0.052379;REFB=-0.0576096;REVB=-0.0259568;RO=18;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175294;STB=0.505615;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0209122;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:18:18:36:37:0.672727:15:21:11:7:15:22:11:7 chr19 22154670 . GTT GTC,GT 40.77 PASS AF=0.0689655,0.275862;AO=2,7;DP=30;FAO=2,8;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=2,5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00683936,0.073459;FXX=0.0937207;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=177.059,11.8531;QD=5.62318;RBI=0.0551228,0.0820543;REFB=-0.00653186,-0.0771003;REVB=-0.0546969,-0.0365607;RO=17;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0.330986;SSEP=0,0;SSSB=-0.540081,-0.112877;STB=0.994802,0.607206;STBP=0.177,0.491;TYPE=snp,del;VARB=0.0858493,0.10674;OID=.,.;OPOS=22154672,22154671;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GTC,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0689655,0.275862:2,7:30:2,8:29:19:0,3:2,5:10:9:30:17:0,3:2,4:9:8 chr19 22154732 . T C 458.97 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0415126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.33;QD=23.5371;RBI=0.0415946;REFB=-0.057476;REVB=0.00261027;RO=33;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474756;STB=0.519897;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0277325;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:24:20:17:16:24:20:17:17 chr19 22154954 . C T 440.02 PASS AF=0.735849;AO=38;DP=52;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00895062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.946;QD=33.209;RBI=0.0100206;REFB=-0.0120927;REVB=-0.00450541;RO=13;SAF=13;SAR=25;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220684;STB=0.51974;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00499509;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:13:14:38:39:0.735849:25:13:5:8:25:14:6:8 chr19 22155520 . A G 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.08235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.801;QD=20.8987;RBI=0.0824999;REFB=-0.00748259;REVB=-0.00497122;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337603;OID=.;OPOS=22155520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:1:3:6:2:1:3 chr19 22156585 . G T 575.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1222;QD=60.5914;RBI=0.00418243;REFB=0;REVB=0.00250884;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78539e-06;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 22156992 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.71;QD=23.2183;RBI=0.0331929;REFB=-0.0001431;REVB=0.024885;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00074527;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr19 22157302 . G A 1728.0 PASS AF=0.712871;AO=144;DP=203;FAO=144;FDP=202;FR=.;FRO=58;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0108469;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.11;QD=34.2179;RBI=0.0131658;REFB=-0.00288586;REVB=-0.00746218;RO=56;SAF=73;SAR=71;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244451;STB=0.507909;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00112027;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:56:58:144:144:0.712871:71:73:31:25:71:73:31:27 chr19 22235478 . G C 300.42 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0211539;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.307;QD=30.8121;RBI=0.029789;REFB=-0.0266489;REVB=0.0209737;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104954;OID=.;OPOS=22235478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:12:14:7:6:12:14:7:6 chr19 22363445 . A T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0559638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.012;QD=10.8245;RBI=0.0732111;REFB=-0.00778997;REVB=-0.0472009;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.627234;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0118028;OID=.;OPOS=22363445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:12:11:8:4:12:11 chr19 22363448 . A T 42.22 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.105143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2325;QD=4.56432;RBI=0.108045;REFB=0.0100776;REVB=-0.0248728;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374365;STB=0.724556;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0496571;OID=.;OPOS=22363448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:37:28:30:7:7:0.189189:2:5:11:17:2:5:13:17 chr19 22363460 . A G 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0109781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.337;QD=4.41808;RBI=0.0396558;REFB=-0.00629618;REVB=-0.0381059;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281417;STB=0.691748;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0287613;OID=.;OPOS=22363460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:15:16:2:5:15:16 chr19 22363493 . G A 43.4 PASS AF=0.2;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0564141;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0956;QD=4.95946;RBI=0.0988247;REFB=-0.00521243;REVB=-0.0811405;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169404;STB=0.612587;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0118693;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:35:28:28:7:7:0.2:3:4:12:16:3:4:12:16 chr19 22363508 . G A 52.11 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00421159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9952;QD=6.31696;RBI=0.01201;REFB=-0.00564796;REVB=0.0112473;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126229;STB=0.581189;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.030532;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:13:12:3:5:13:12 chr19 22363796 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0601868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.035;QD=34.6655;RBI=0.0608806;REFB=-0.117931;REVB=0.00916527;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00303939;OID=.;OPOS=22363796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:0:1:8:2:0:1 chr19 22363826 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0277825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.298;QD=18.767;RBI=0.0345548;REFB=-0.000518024;REVB=0.0205467;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000555336;OID=.;OPOS=22363826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr19 22375863 . C CT 715.23 PASS AF=0.975207;AO=16;DP=127;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0507967;FXX=0.0162588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.1864;QD=23.644;RBI=0.131099;REFB=-0.0159585;REVB=-0.120858;RO=109;SAF=7;SAR=9;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379949;STB=0.511626;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.0272978;OID=.;OPOS=22375864;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.975207:16:127:118:121:3:55:63:0:3:5:109:7:9:51:58 chr19 22375868 . C T 1785.68 PASS AF=0.983871;AO=104;DP=126;FAO=122;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0390721;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8241;QD=57.6026;RBI=0.0398841;REFB=-0.00538417;REVB=0.008007;RO=2;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155537;STB=0.507352;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000288641;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:124:2:2:104:122:0.983871:60:44:0:2:67:55:0:2 chr19 22498943 . T C 145.4 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2981;QD=44.7391;RBI=0.0800538;REFB=0;REVB=0.0337779;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131741;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr19 22499925 . A G 210.44 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00468987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.932;QD=26.3051;RBI=0.0125587;REFB=-0.00667943;REVB=0.0116502;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691191;STB=0.538423;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00740547;OID=.;OPOS=22499925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:6:6:8:12:6:6 chr19 22575488 . C T 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0216719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9323;QD=6.02922;RBI=0.022868;REFB=0.00118263;REVB=-0.00729881;RO=48;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558558;STB=0.545393;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00620939;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:48:49:15:15:0.234375:5:10:30:18:5:10:30:19 chr19 22586192 . A G 114.48 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000373244;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.674;QD=8.80579;RBI=0.0105213;REFB=-0.0105543;REVB=-0.0105147;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246202;STB=0.649149;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0212291;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:5:10:17:20:5:10:17:20 chr19 22817278 . T G 242.86 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0485231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.148;QD=22.5917;RBI=0.112005;REFB=-0.0786261;REVB=0.100949;RO=17;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409405;STB=0.670446;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.050881;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:17:18:24:25:0.581395:19:5:12:5:18:7:12:6 chr19 22846623 . G A 80.14 PASS AF=0.34375;AO=4;DP=30;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0195207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2281;QD=10.0178;RBI=0.0473585;REFB=-0.00251423;REVB=-0.0431482;RO=17;SAF=1;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431019;STB=0.547855;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00336162;OID=.;OPOS=22846623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:30:32:17:21:4:11:0.34375:3:1:11:6:3:8:14:7 chr19 22846697 . T C 90.64 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0222536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3307;QD=6.71405;RBI=0.025094;REFB=8.8387e-05;REVB=0.0115967;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319824;STB=0.519969;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000267923;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:20:21:7:6:20:21 chr19 22847072 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0226945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4495;QD=18.7441;RBI=0.0398146;REFB=0.0223203;REVB=0.0327133;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429216;STB=0.749316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00370757;OID=.;OPOS=22847072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:4:0:5:2:4:0 chr19 22848028 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00674404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.376;QD=10.1724;RBI=0.00982905;REFB=-0.0269703;REVB=0.00715039;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.635901;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.028266;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:5:4:4:2:5:4 chr19 22868096 . A G 686.15 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0163805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.683;QD=29.5117;RBI=0.0164345;REFB=-0.0187182;REVB=0.00133023;RO=31;SAF=14;SAR=45;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101508;STB=0.516124;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0120896;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:31:34:59:59:0.634409:45:14:7:24:45:14:7:27 chr19 22868147 . G A 695.35 PASS AF=0.655556;AO=59;DP=90;FAO=59;FDP=90;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0144426;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.054;QD=30.9045;RBI=0.0264094;REFB=-0.00117314;REVB=-0.0221104;RO=31;SAF=12;SAR=47;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216711;STB=0.511744;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00020319;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:31:31:59:59:0.655556:47:12:7:24:47:12:7:24 chr19 22868205 . T C 319.43 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0558876;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0311;QD=25.0534;RBI=0.0625705;REFB=-0.0128379;REVB=0.028136;RO=18;SAF=6;SAR=25;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300672;STB=0.561755;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00615553;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:18:20:31:31:0.607843:25:6:4:14:25:6:6:14 chr19 22868445 . C T 367.38 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.020627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6367;QD=19.0846;RBI=0.0262387;REFB=-0.0209769;REVB=0.0162173;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349998;STB=0.51947;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0400333;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:19:19:21:18:19:19:21:18 chr19 22868470 . G T 280.14 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0170048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.146;QD=19.3197;RBI=0.025609;REFB=0.00559169;REVB=0.0191483;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775928;STB=0.531893;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0135638;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:18:11:13:15:18:12:13:15 chr19 22868479 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00407675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.597;QD=16.5268;RBI=0.0395079;REFB=-0.00487223;REVB=-0.039297;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116764;STB=0.549959;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00585296;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:16:9:13:14:16:9:13:16 chr19 22868484 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00625482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.42;QD=20.0308;RBI=0.017972;REFB=-0.0146093;REVB=-0.0168485;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466067;STB=0.526294;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0115177;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:11:15:15:9:11:15 chr19 22868541 . G A 76.79 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0748379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.632;QD=11.8137;RBI=0.0904976;REFB=-0.0132504;REVB=0.0508833;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0172637;OID=.;OPOS=22868541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr19 22937148 . G A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=-0.0187937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.431;QD=8.64045;RBI=0.0209836;REFB=-0.00206934;REVB=0.00933331;RO=34;SAF=12;SAR=1;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140403;STB=0.58808;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00502749;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:1:12:30:4:1:12:30:4 chr19 22937238 . T C 1065.86 PASS AF=0.666667;AO=88;DP=134;FAO=90;FDP=135;FR=.;FRO=45;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00860468;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.833;QD=31.5811;RBI=0.0612804;REFB=-0.0285777;REVB=0.0606733;RO=43;SAF=53;SAR=35;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278949;STB=0.511625;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0111195;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:43:45:88:90:0.666667:35:53:24:19:35:55:26:19 chr19 22937334 . G T 1257.81 PASS AF=0.656805;AO=107;DP=166;FAO=111;FDP=169;FR=.;FRO=58;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00600588;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.885;QD=29.7706;RBI=0.00602886;REFB=-0.0184823;REVB=-0.000525949;RO=58;SAF=56;SAR=51;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185593;STB=0.506963;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0132426;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:58:58:107:111:0.656805:51:56:32:26:52:59:32:26 chr19 22937638 . G A 76.39 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0276171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1599;QD=25.4648;RBI=0.0377102;REFB=-0.00601853;REVB=0.025678;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240503;STB=0.636074;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00208756;OID=.;OPOS=22937638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:3:0:5:4:3:0 chr19 22939096 . T G 906.49 PASS AF=0.701754;AO=78;DP=110;FAO=80;FDP=114;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0167521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4076;QD=31.8067;RBI=0.0241664;REFB=-0.0353631;REVB=-0.017418;RO=32;SAF=33;SAR=45;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931603;STB=0.549059;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0159846;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:32:34:78:80:0.701754:45:33:19:13:46:34:20:14 chr19 22939326 . G A 308.33 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0255192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.701;QD=28.0299;RBI=0.0388627;REFB=-0.0067349;REVB=0.0293101;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147836;STB=0.570406;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00189169;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:26:27:0.613636:10:16:7:10:11:16:7:10 chr19 22940046 . C A 181.27 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0127851;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2747;QD=26.8543;RBI=0.0330843;REFB=-0.036744;REVB=-0.0305141;RO=8;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219412;STB=0.519629;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0218231;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:27:8:9:17:18:0.666667:7:10:5:3:7:11:6:3 chr19 22940192 . A AG 30.77 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0895306;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.7707;QD=8.79113;RBI=0.0927155;REFB=-0.0715374;REVB=0.0240922;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404365;STB=0.713701;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=0.0881396;OID=.;OPOS=22940193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:5:15:6:14:8:3:3:1:7:30:10:3:2:2:8 chr19 22940659 . C T 419.77 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0383019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7209;QD=27.0818;RBI=0.0476515;REFB=-0.0104238;REVB=-0.0283484;RO=22;SAF=21;SAR=19;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134099;STB=0.572998;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00743893;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:19:21:7:15:19:21:7:15 chr19 22940694 . C T 719.4 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0173961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.131;QD=29.6661;RBI=0.0278321;REFB=-0.0397453;REVB=-0.0217256;RO=35;SAF=30;SAR=32;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178214;STB=0.509657;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0226621;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:35:35:62:62:0.639175:32:30:16:19:32:30:16:19 chr19 22940827 . T C 146.25 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0430554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6307;QD=23.4;RBI=0.112359;REFB=-0.0815834;REVB=0.103782;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550669;STB=0.538412;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.051664;OID=.;OPOS=22940827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:11:4:3:6:12:4:3:6 chr19 22940898 . AG A,AA 61.57 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=3,4;DP=7;FAO=6,1;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267608,-0.053382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.109,170.254;QD=35.1815;RBI=0.0396653,0.0671865;REFB=0,0;REVB=-0.0292779,-0.0407968;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000207726,0.000218524;OID=.,.;OPOS=22940899,22940899;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:3,4:7:6,1:7:0:2,0:4,1:0:0:5:0:1,1:2,3:0:0 chr19 22941071 . T C 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0497167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.175;QD=30.8214;RBI=0.0544731;REFB=-0.0582741;REVB=-0.0222614;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17961;STB=0.59984;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0145166;OID=.;OPOS=22941071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:6:6:0:3:6:6:0:3 chr19 22941591 . A T 124.18 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0124704;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.436;QD=18.3965;RBI=0.0124962;REFB=-0.0274887;REVB=0.000803535;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0315323;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:28:27:12:13:10:11:0.407407:7:3:5:7:7:4:5:8 chr19 22941617 . T C 32.71 PASS AF=0.375;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0134112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.365;QD=8.17626;RBI=0.0788916;REFB=-0.0105525;REVB=-0.0777434;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225088;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0384375;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:9:10:4:6:0.375:3:1:4:5:4:2:5:5 chr19 22942061 . A C 668.72 PASS AF=0.80597;AO=54;DP=67;FAO=54;FDP=67;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0467728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7567;QD=39.9234;RBI=0.0492731;REFB=-0.0549669;REVB=0.0154967;RO=13;SAF=26;SAR=28;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072362;STB=0.503875;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0186403;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:13:13:54:54:0.80597:28:26:6:7:28:26:6:7 chr19 22942325 . G C 498.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.73;QD=58.6112;RBI=0.0421313;REFB=0;REVB=0.00510744;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198842;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr19 22942335 . G A 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0445823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.917;QD=31.85;RBI=0.0535478;REFB=-0.0480214;REVB=0.0296612;RO=9;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192277;STB=0.510564;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0112781;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:13:9:4:5:13:9:4:5 chr19 22952111 . A G 374.12 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0165928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8234;QD=28.7782;RBI=0.0518969;REFB=0.0149554;REVB=0.0491728;RO=17;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93123e-08;STB=0.503998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0039261;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:17:34:35:0.673077:14:20:10:7:14:21:10:7 chr19 23159486 . T C 41.91 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0139765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.221;QD=2.23495;RBI=0.0797656;REFB=-0.00651688;REVB=0.0785316;RO=65;SAF=3;SAR=6;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193408;STB=0.648315;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0605686;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:65:66:9:9:0.12:6:3:32:33:6:3:33:33 chr19 23328940 . G A 555.66 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0164106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.589;QD=33.1735;RBI=0.0178218;REFB=-0.0489784;REVB=-0.00695048;RO=18;SAF=19;SAR=29;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332888;STB=0.508151;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0187483;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:19:48:48:0.716418:29:19:6:12:29:19:7:12 chr19 23329275 . G A,GA 193.54 PASS AF=0.0357143,0.714286;AO=3,28;DP=55;FAO=2,40;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=2,22;FSAR=0,18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.031176,0.120894;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=20.8289,7.9289;QD=13.8246;RBI=0.0377228,0.145729;REFB=0.0420586,0.0383344;REVB=-0.0212383,0.0813744;RO=19;SAF=1,16;SAR=2,12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209932,0.0335138;STB=0.995031,0.531583;STBP=0.154,0.437;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0202419,0.0955328;OID=.,.;OPOS=23329275,23329276;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:55:56:19:14:3,28:2,40:0.0357143,0.714286:2,12:1,16:10:9:0,18:2,22:6:8 chr19 23405456 . C CG 115.56 PASS AF=0.9375;AO=4;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111725;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.6547;QD=28.8907;RBI=0.12636;REFB=-0.230979;REVB=-0.0590296;RO=12;SAF=0;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731329;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.0872005;OID=.;OPOS=23405457;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:4:16:15:16:1:7:8:1:0:6:12:0:4:8:4 chr19 23405457 . T G 109.63 PASS AF=0.75;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.213731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6871;QD=27.4087;RBI=0.215535;REFB=-0.146984;REVB=-0.0278258;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240587;STB=0.666388;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0435423;OID=.;OPOS=23405457;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:5:4:11:12:0.75:4:7:1:4:4:8:0:4 chr19 23405580 . T C 79.62 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0671275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.079;QD=28.9541;RBI=0.0758738;REFB=-0.106075;REVB=0.0353656;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241727;STB=0.63963;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0088382;OID=.;OPOS=23405580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:1:1:8:1:1:1 chr19 23406165 . T C 411.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.751;QD=56.7357;RBI=0.0261835;REFB=0;REVB=0.0260053;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85078e-05;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:20:9:0:0 chr19 23406801 . G C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.41;QD=52.7678;RBI=0.0198454;REFB=0.0251924;REVB=-0.0102593;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000306493;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:1:0:19:9:1:0 chr19 23432997 . C G 702.09 PASS AF=0.77027;AO=57;DP=74;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00929087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.657;QD=37.9508;RBI=0.0300566;REFB=-0.056919;REVB=0.0285846;RO=17;SAF=21;SAR=36;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724645;STB=0.538908;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0157981;OID=.;OPOS=23432997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:17:57:57:0.77027:36:21:9:8:36:21:9:8 chr19 23445130 . G A 1197.45 PASS AF=0.718519;AO=97;DP=136;FAO=97;FDP=135;FR=.;FRO=38;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00766711;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.874;QD=35.48;RBI=0.0162591;REFB=-0.0244229;REVB=-0.0143379;RO=38;SAF=46;SAR=51;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000285774;STB=0.500153;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00867651;OID=.;OPOS=23445130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:38:38:97:97:0.718519:51:46:18:20:51:46:18:20 chr19 23542290 . AG GC 778.15 PASS AF=0.669903;AO=69;DP=107;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0144543;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.949;QD=30.2196;RBI=0.017822;REFB=0.006158;REVB=-0.0104259;RO=34;SAF=34;SAR=35;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315657;STB=0.517033;STBP=0.657;TYPE=mnp;VARB=-0.0024339;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:103:34:34:69:69:0.669903:35:34:15:19:35:34:15:19 chr19 23542697 . G C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0144261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.323;QD=15.6193;RBI=0.028411;REFB=-0.00752223;REVB=-0.024476;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662078;STB=0.529747;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0103116;OID=.;OPOS=23542697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:5:13:16:8:5:13:17:8 chr19 23543834 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=23;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0269103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.957;QD=24.5998;RBI=0.0275351;REFB=-0.0394351;REVB=-0.00583289;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200757;STB=0.565639;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0252844;OID=.;OPOS=23543834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:23:22:0.578947:17:6:1:14:17:5:2:14 chr19 23545004 . G A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00308793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.745;QD=36.3422;RBI=0.0126661;REFB=-0.0350307;REVB=0.0122839;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933246;STB=0.55097;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00673406;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:11:9:1:4:11:9:1:4 chr19 23837365 . A C 563.07 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00665128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8108;QD=57.7511;RBI=0.0805002;REFB=-0.0901464;REVB=-0.0802249;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00191788;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:16:22:0:0:16:22:0:1 chr19 23927252 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.492;QD=33.4285;RBI=0.0160329;REFB=0;REVB=0.0154271;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268373;OID=.;OPOS=23927252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 23927468 . A G 1448.85 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.22;QD=57.38;RBI=0.0264543;REFB=-0.0421414;REVB=0.0194243;RO=2;SAF=57;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291046;STB=0.501534;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00204533;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:42:57:1:1:42:57:1:1 chr19 24010929 . A G 35.42 PASS AF=0.102941;AO=10;DP=69;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00518942;FXX=0.0144907;HRUN=20;LEN=1;MLLD=108.306;QD=2.08354;RBI=0.00534395;REFB=0.00060443;REVB=0.00127585;RO=53;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192314;STB=0.655318;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00220314;OID=.;OPOS=24010929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:69:68:53:61:10:7:0.102941:6:4:22:31:3:4:24:37 chr19 24183696 . T C 33.42 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00636697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.707;QD=1.65024;RBI=0.0140939;REFB=0.00369514;REVB=-0.0125738;RO=73;SAF=6;SAR=2;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340109;STB=0.762991;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0202565;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:2:6:33:40:2:6:33:40 chr19 24183714 . T C 33.13 PASS AF=0.106667;AO=7;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0181795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3017;QD=1.76694;RBI=0.0217493;REFB=-0.0025194;REVB=0.0119389;RO=66;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277288;STB=0.754335;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00889505;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:75:75:66:67:7:8:0.106667:2:5:31:35:2:6:31:36 chr19 24183723 . T G 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.020062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5522;QD=1.88949;RBI=0.0320349;REFB=0.00432737;REVB=-0.024975;RO=66;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328669;STB=0.754335;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0378196;OID=.;OPOS=24183723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:66:67:8:8:0.106667:2:6:31:35:2:6:31:36 chr19 24183727 . A G 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.000400491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.575;QD=2.40065;RBI=0.00431574;REFB=0.000833208;REVB=0.00429712;RO=63;SAF=6;SAR=3;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229378;STB=0.666297;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0156345;OID=.;OPOS=24183727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:3:6:30:33:3:6:30:33 chr19 24183734 . T C 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0249533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.885;QD=1.92299;RBI=0.0340832;REFB=0.0023113;REVB=-0.0232163;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250892;STB=0.695084;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0395402;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:2:5:30:30:2:5:30:30 chr19 24183736 . T C 32.19 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0244587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.922;QD=1.92206;RBI=0.037215;REFB=-0.00213951;REVB=-0.0280487;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250892;STB=0.695084;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0429452;OID=.;OPOS=24183736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:2:5:30:30:2:5:30:30 chr19 29724209 . A G 1422.85 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9142;QD=61.1981;RBI=0.0350801;REFB=-0.0968926;REVB=-0.00331636;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00136922;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:0:1:91:92:0.989247:50:41:0:0:50:42:1:0 chr19 30097268 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0227794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.176;QD=9.49112;RBI=0.085139;REFB=-0.0184177;REVB=-0.082035;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154457;STB=0.595515;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0172591;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:12:6:2:7:12:6 chr19 30156599 . G GC 267.35 PASS AF=1;AO=7;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.08753;QD=22.7536;RBI=0.162347;REFB=0;REVB=0.14711;RO=41;SAF=7;SAR=0;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00750137;OID=.;OPOS=30156600;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:50:47:47:0:37:10:0:0:7:41:7:0:32:9 chr19 30156601 . G C 469.67 PASS AF=0.787234;AO=35;DP=46;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0284787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4827;QD=39.9718;RBI=0.0300164;REFB=-0.0502601;REVB=0.0094841;RO=10;SAF=27;SAR=8;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786859;STB=0.543208;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0437284;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:46:47:10:10:35:37:0.787234:8:27:9:1:9:28:9:1 chr19 30193721 . G A 617.87 PASS AF=0.35514;AO=74;DP=212;FAO=76;FDP=214;FR=.;FRO=138;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=87;FSRR=51;FWDB=0.0217881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.917;QD=11.5489;RBI=0.0248466;REFB=-0.0208047;REVB=-0.0119429;RO=138;SAF=34;SAR=40;SRF=87;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193567;STB=0.616419;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.032718;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:138:138:74:76:0.35514:40:34:87:51:42:34:87:51 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1839.41 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=98,13;DP=126;FAO=112,12;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64,8;FSAR=48,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112048,-0.00418284;FXX=0.0312476;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=129.91,94.0779;QD=59.3358;RBI=0.0598478,0.00697701;REFB=-0.212527,-0.259055;REVB=0.0587896,0.00558413;RO=0;SAF=54,12;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.40252e-08,-3.00075e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00172323,0.0513761;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.903226,0.0967742:98,13:126:112,12:124:0:64,8:48,4:0:0:42:0:54,12:44,1:0:0 chr19 31038995 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.787;QD=64.1535;RBI=0.0317664;REFB=0;REVB=0.0190848;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92302e-05;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr19 31039146 . A G 562.04 PASS AF=0.649351;AO=49;DP=76;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0379925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.286;QD=29.1969;RBI=0.0427845;REFB=-0.0257573;REVB=0.0196745;RO=26;SAF=28;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708001;STB=0.535041;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0130548;OID=.;OPOS=31039146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:26:27:49:50:0.649351:21:28:12:14:21:29:13:14 chr19 31769763 . G A 878.4 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00948593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.4;QD=53.2366;RBI=0.0102813;REFB=-0.156566;REVB=-0.00396514;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.538449;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000994439;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:66:66:0:3:63:63:0.954545:18:45:0:0:18:45:0:3 chr19 32083696 . T C 2547.41 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.395;QD=61.7554;RBI=0.0226214;REFB=0;REVB=-0.00761515;RO=0;SAF=92;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08017e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:73:92:0:0:73:92:0:0 chr19 32873697 . CA C,CG 687.26 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=5,39;DP=44;FAO=5,40;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=4,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248326,-0.00255068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.256,222.93;QD=61.0898;RBI=0.0405516,0.0392224;REFB=0,0;REVB=0.0404755,0.0391394;RO=0;SAF=1,20;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.031122,-0.00387648;OID=.,.;OPOS=32873698,32873698;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:5,39:44:5,40:45:0:1,20:4,20:0:0:23:0:1,20:4,19:0:0 chr19 32930069 . G A 421.4 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00192197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6196;QD=29.0621;RBI=0.0587374;REFB=-0.0177799;REVB=-0.058706;RO=19;SAF=27;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144658;STB=0.578905;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00491656;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:12:27:9:10:12:27:9:10 chr19 33096786 . G A 375.83 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.727;QD=55.679;RBI=0.0749554;REFB=0;REVB=0.0680956;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976117;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:10:14:0:0:13:14:0:0 chr19 33096816 . C T 448.94 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0199375;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.736;QD=52.8158;RBI=0.0447612;REFB=0.0302828;REVB=0.0400756;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0066479;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:2:2:31:32:0.941176:16:15:2:0:17:15:1:1 chr19 33099277 . T C 519.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.99;QD=59.3966;RBI=0.0727282;REFB=0;REVB=-0.0672876;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000906146;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 33099305 . T C 749.31 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00842501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.869;QD=61.1679;RBI=0.00878222;REFB=-0.136205;REVB=0.00247925;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-4.75679e-05;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:23:24:0:1:23:25:0:1 chr19 33099336 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.408;QD=57.1771;RBI=0.0157989;REFB=0;REVB=0.0149809;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49845e-05;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr19 33106621 . C T 685.91 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0280531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.041;QD=58.3755;RBI=0.0305016;REFB=-0.0180314;REVB=0.0119738;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533318;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000428465;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:0:2:45:45:0.957447:14:31:0:0:14:31:0:2 chr19 33110471 . AG A,AGG 32.21 PASS AF=0.4,0;AO=5,2;DP=16;FAO=6,0;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0987456,-0.0998956;FXX=0.062461;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.8043,10.617;QD=8.59046;RBI=0.222635,0.221666;REFB=0.0398018,-0.0304569;REVB=0.199538,-0.19788;RO=6;SAF=3,0;SAR=2,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.392405,0;SSSB=0.231237,-0.562437;STB=0.666172,0.5;STBP=0.338,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0375333,0.0344269;OID=.,.;OPOS=33110472,33110472;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=A,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:5,2:16:6,0:15:9:3,0:3,0:2:7:32:6:3,0:2,2:2:4 chr19 33117666 . T C 984.82 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.752;QD=58.795;RBI=0.0300423;REFB=0;REVB=0.0253481;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75818e-05;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:1:0:61:67:1:26:35:0:1:29:38:0:0 chr19 33119653 . C T 400.64 PASS AF=0.429907;AO=44;DP=105;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0326419;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5122;QD=14.9771;RBI=0.0631204;REFB=-0.010185;REVB=0.0540249;RO=61;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192487;STB=0.501628;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0175918;OID=.;OPOS=33119653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:61:61:44:46:0.429907:23:21:29:32:24:22:29:32 chr19 33167208 . C G 222.68 PASS AF=0.28972;AO=30;DP=106;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00744371;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.947;QD=8.32431;RBI=0.0176954;REFB=-0.0204776;REVB=-0.0160536;RO=76;SAF=7;SAR=23;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244995;STB=0.6224;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0546625;OID=.;OPOS=33167208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:76:76:30:31:0.28972:23:7:31:45:23:8:31:45 chr19 33167879 . G A 287.38 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0272382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.76;QD=38.3179;RBI=0.0275394;REFB=-0.0657169;REVB=0.00406167;RO=6;SAF=20;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0101895;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:4:20:5:1:4:20:5:1 chr19 33168383 . T G 890.19 PASS AF=0.729167;AO=70;DP=96;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.020613;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.968;QD=37.0914;RBI=0.0374996;REFB=-0.0154792;REVB=0.0313261;RO=26;SAF=23;SAR=47;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100101;STB=0.505375;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00481691;OID=.;OPOS=33168383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:26:26:70:70:0.729167:47:23:9:17:47:23:9:17 chr19 33168412 . C T 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.348;QD=61.6926;RBI=0.0200116;REFB=0;REVB=0.0119799;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39307e-05;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr19 33168605 . G A 810.31 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0300526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.679;QD=23.4873;RBI=0.0321657;REFB=-0.0261648;REVB=0.0114663;RO=62;SAF=40;SAR=36;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087741;STB=0.547933;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0194496;OID=.;OPOS=33168605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:62:76:76:0.550725:36:40:26:36:36:40:26:36 chr19 33168641 . C T 706.08 PASS AF=0.514706;AO=69;DP=137;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00427148;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.621;QD=20.7671;RBI=0.00879721;REFB=-0.0159915;REVB=-0.0076906;RO=65;SAF=28;SAR=41;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194532;STB=0.510206;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.020324;OID=.;OPOS=33168641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:65:66:69:70:0.514706:41:28:25:40:41:29:26:40 chr19 33169003 . A C 223.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00511321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.169;QD=20.7556;RBI=0.0186932;REFB=-0.0207849;REVB=0.0179803;RO=20;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134896;STB=0.595594;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0223882;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:5:17:13:7:5:17:13:8 chr19 33169097 . G T 544.97 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=85;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00413581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.28;QD=24.7712;RBI=0.0215401;REFB=-0.0133704;REVB=-0.0211394;RO=34;SAF=19;SAR=31;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068877;STB=0.547078;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00734823;OID=.;OPOS=33169097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:34:37:50:51:0.579545:31:19:10:24:32:19:10:27 chr19 33239450 . C A,G 492.72 PASS AF=0.0555556,0.916667;AO=2,33;DP=36;FAO=2,33;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=2,13;FSAR=0,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0667524,-0.0297447;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=190.339,203.336;QD=54.7465;RBI=0.0674618,0.0332014;REFB=-0.091285,-0.00714554;REVB=-0.00975752,-0.0147507;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.82173e-08;STB=0.5,0.518507;STBP=1,0.285;TYPE=snp,snp;VARB=0.215791,-0.00278338;OID=.,.;OPOS=33239450,33239450;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:1:2,33:2,33:0.0555556,0.916667:0,20:2,13:0:0:0,20:2,13:1:0 chr19 33281924 . A G 2352.65 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0711;QD=59.5609;RBI=0.0494587;REFB=0.0200849;REVB=-0.0171723;RO=2;SAF=99;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951358;STB=0.504999;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000126696;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:156:156:0.987342:57:99:2:0:57:99:2:0 chr19 33293948 . G A 273.26 PASS AF=0.685714;AO=19;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.027122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8725;QD=31.2296;RBI=0.0426323;REFB=-0.00130722;REVB=0.0328924;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209336;STB=0.558853;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00114135;OID=.;OPOS=33293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:10:11:19:24:0.685714:12:7:4:6:17:7:5:6 chr19 33390796 . G A 2018.52 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115532;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0994;QD=62.1082;RBI=0.0307293;REFB=0;REVB=-0.0284749;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690044;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:67:61:0:0:69:61:0:0 chr19 33414420 . A G 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.358;QD=60.5455;RBI=0.0554069;REFB=0;REVB=0.00230731;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1469e-05;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr19 33430816 . T G 1453.84 PASS AF=0.654822;AO=127;DP=199;FAO=129;FDP=197;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=87;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0289704;FXX=0.0198995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3852;QD=29.5197;RBI=0.0334672;REFB=-0.0194893;REVB=0.0167562;RO=64;SAF=41;SAR=86;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120271;STB=0.560124;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0219396;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:64:68:127:129:0.654822:86:41:32:32:87:42:33:35 chr19 33444519 . A G 92.12 PASS AF=0.157895;AO=18;DP=114;FAO=18;FDP=114;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0137596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2036;QD=3.23213;RBI=0.0137932;REFB=0.00364274;REVB=0.000961922;RO=95;SAF=17;SAR=1;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637889;STB=0.931734;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00782084;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:114:114:95:96:18:18:0.157895:1:17:45:50:1:17:46:50 chr19 33444556 . T C 377.14 PASS AF=0.343284;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.00509702;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4734;QD=11.258;RBI=0.0301028;REFB=-0.000510747;REVB=-0.0296682;RO=83;SAF=35;SAR=11;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418717;STB=0.749725;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000801287;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:88:46:46:0.343284:11:35:33:50:11:35:34:54 chr19 33444576 . C T 324.95 PASS AF=0.308824;AO=42;DP=138;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.00564382;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.222;QD=9.55727;RBI=0.0105879;REFB=-0.0118389;REVB=0.00895833;RO=89;SAF=33;SAR=9;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468126;STB=0.775508;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0184504;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:89:94:42:42:0.308824:9:33:35:54:9:33:37:57 chr19 33444588 . T G 284.69 PASS AF=0.278571;AO=39;DP=140;FAO=39;FDP=140;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.00637782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.209;QD=8.13395;RBI=0.0124508;REFB=0.00337633;REVB=0.0106933;RO=85;SAF=32;SAR=7;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531881;STB=0.807371;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0198492;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:85:101:39:39:0.278571:7:32:32:53:7:32:41:60 chr19 33444707 . C T 480.78 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0516065;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.704;QD=33.7388;RBI=0.0521396;REFB=-0.0284869;REVB=-0.00743702;RO=14;SAF=11;SAR=31;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553098;STB=0.523748;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00784697;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:14:15:42:42:0.736842:31:11:5:9:31:11:5:10 chr19 33467357 . G A 473.18 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.013792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.93;QD=23.9584;RBI=0.0166729;REFB=-0.0266685;REVB=-0.0093683;RO=32;SAF=18;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776042;STB=0.556676;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0211788;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:34:45:45:0.56962:27:18:16:16:27:18:18:16 chr19 33467515 . T C 284.07 PASS AF=0.370787;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00600405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.453;QD=12.767;RBI=0.0152029;REFB=-0.00474672;REVB=-0.0139671;RO=55;SAF=24;SAR=8;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378754;STB=0.727323;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129439;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:55:56:32:33:0.370787:8:24:23:32:8:25:23:33 chr19 33470874 . A G 789.54 PASS AF=0.631579;AO=67;DP=110;FAO=72;FDP=114;FR=.;FRO=42;FSAF=57;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.0138446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.499;QD=27.7032;RBI=0.01387;REFB=-0.0155015;REVB=-0.000839843;RO=35;SAF=52;SAR=15;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049423;STB=0.5163;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00969015;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:35:42:67:72:0.631579:15:52:29:6:15:57:32:10 chr19 33487071 . G C,T 557.14 PASS AF=0.35,0.65;AO=15,24;DP=39;FAO=14,26;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=10,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0922619,0.0634089;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=76.9258,30.0586;QD=55.7139;RBI=0.0930592,0.0642428;REFB=0,0;REVB=0.0121553,0.0103175;RO=0;SAF=5,10;SAR=10,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0556681,-0.0263389;OID=.,.;OPOS=33487071,33487071;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:40:0:0:15,24:14,26:0.35,0.65:10,14:5,10:0:0:10,14:4,12:0:0 chr19 33490566 . T C 156.12 PASS AF=0.192857;AO=26;DP=138;FAO=27;FDP=140;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.00285851;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.255;QD=4.46051;RBI=0.04134;REFB=-0.0019482;REVB=-0.0412411;RO=108;SAF=7;SAR=19;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314638;STB=0.718006;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.012607;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:108:113:26:27:0.192857:19:7:55:53:20:7:59:54 chr19 33490585 . G A 242.01 PASS AF=0.257353;AO=35;DP=135;FAO=35;FDP=136;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.00229428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.65;QD=7.11806;RBI=0.010141;REFB=-0.00140287;REVB=0.00987804;RO=100;SAF=21;SAR=14;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208407;STB=0.620923;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00753857;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:100:101:35:35:0.257353:14:21:43:57:14:21:44:57 chr19 33498978 . A G 444.69 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0051743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7316;QD=41.3663;RBI=0.0355681;REFB=-0.0536976;REVB=0.0351897;RO=9;SAF=25;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335175;STB=0.518124;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0163794;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:9:9:34:34:0.790698:9:25:6:3:9:25:6:3 chr19 33517515 . C T 319.23 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0314457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.529;QD=15.7644;RBI=0.0325307;REFB=-0.00763338;REVB=-0.0083317;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160034;STB=0.50902;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0114774;OID=.;OPOS=33517515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:20:15:19:27:20:15:19:27 chr19 33579128 . T C 422.89 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0286057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5988;QD=23.825;RBI=0.0458493;REFB=0.00147358;REVB=0.0358311;RO=30;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306174;STB=0.516799;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000106556;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:23:18:12:18:23:18:12:18 chr19 33586739 . G C 348.92 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00645876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7504;QD=22.8797;RBI=0.0101149;REFB=-0.0100269;REVB=-0.00778433;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215969;STB=0.619161;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00611993;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:23:12:16:10:23:12:16:10 chr19 33600764 . T C 486.28 PASS AF=0.642857;AO=43;DP=69;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00823944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.33;QD=27.7871;RBI=0.0326426;REFB=-0.0379868;REVB=0.0315856;RO=26;SAF=28;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269238;STB=0.517139;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0184269;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:26:25:43:45:0.642857:15:28:16:10:16:29:15:10 chr19 33605300 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.188;QD=50.413;RBI=0.0457691;REFB=0;REVB=0.0188882;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840272;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 33605312 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.152;QD=46.8479;RBI=0.0113189;REFB=0;REVB=0.0035804;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92423e-05;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr19 33617583 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00271524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1621;QD=14.7007;RBI=0.0102749;REFB=0.0132369;REVB=0.00990965;RO=15;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260413;STB=0.656396;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0214287;OID=.;OPOS=33617583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:1:11:12:3:1:11:12:3 chr19 33635761 . C T 401.09 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00719124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.885;QD=24.3082;RBI=0.00720552;REFB=0.00486686;REVB=-0.000453452;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140002;STB=0.512814;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00511129;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:27:27:38:39:0.590909:19:19:13:14:19:20:13:14 chr19 33647379 . T C 200.03 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0307669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.727;QD=13.5614;RBI=0.0345948;REFB=-0.00668168;REVB=0.0158177;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411983;STB=0.510196;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00934103;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:22:24:0.40678:14:8:14:21:14:10:14:21 chr19 33655144 . C T 194.88 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00515985;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.301;QD=12.3735;RBI=0.017021;REFB=-0.0220863;REVB=-0.01622;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123663;STB=0.571368;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0335823;OID=.;OPOS=33655144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:19:20:15:9:19:20 chr19 33668046 . G A 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0120487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.776;QD=23.0074;RBI=0.0125783;REFB=-0.00688341;REVB=-0.00361164;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106841;STB=0.558819;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00712247;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:16:17:9:15:16:17:9:15 chr19 33696136 . C T 1416.01 PASS AF=0.538462;AO=132;DP=247;FAO=133;FDP=247;FR=.;FRO=114;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.000473749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7771;QD=22.9313;RBI=0.0404949;REFB=-0.014213;REVB=0.0404921;RO=111;SAF=58;SAR=74;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170292;STB=0.50585;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0150964;OID=.;OPOS=33696136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:111:114:132:133:0.538462:74:58:51:60:74:59:52:62 chr19 33696708 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0748526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.922;QD=5.68928;RBI=0.0749691;REFB=0.00207213;REVB=0.00417745;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.610731;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0126268;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:4:2:8:10:4:2:9:10 chr19 33696897 . C T 211.44 PASS AF=0.280374;AO=29;DP=105;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0125244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6327;QD=7.90442;RBI=0.0253273;REFB=-0.0128241;REVB=-0.0220139;RO=76;SAF=13;SAR=16;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110441;STB=0.547232;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.018144;OID=.;OPOS=33696897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:76:77:29:30:0.280374:16:13:41:35:16:14:41:36 chr19 33698291 . T C 183.55 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0416851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.173;QD=11.8416;RBI=0.041691;REFB=-0.0200715;REVB=0.000704473;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489731;STB=0.555887;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0276649;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:39:23:23:0.370968:17:6:11:26:17:6:13:26 chr19 33699695 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTC,TCTTTTTTT,TTCTTTTTT,TTTTCTTTT,TTTTTTTTT 41.81 PASS AF=0.375,0.0416667,0,0,0,0;AO=10,2,3,3,2,2;DP=49;FAO=18,2,0,0,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12,2,0,0,0,0;FSAR=6,0,0,0,0,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0817661,0.0268421,-0.0318006,-0.0188605,-0.00776285,-0.00495181;FXX=0.058812;HRUN=8,8,1,1,1,1;LEN=1,1,2,3,5,1;MLLD=6.52619,20.4311,10.3054,25.4174,63.2603,166.996;QD=3.4844;RBI=0.173804,0.112704,0.0509907,0.0272271,0.0142196,0.016277;REFB=-0.0273492,-0.0154625,-0.047064,-0.0260755,-0.010632,-0.000860121;REVB=0.153369,0.109461,0.0398594,0.0196366,0.0119136,-0.0155055;RO=17;SAF=4,2,3,3,0,1;SAR=6,0,0,0,2,1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.255027,0.474595,0.562485,0.562485,-0.594792,-0.150121;STB=0.539638,0.993732,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=0.709,0.188,1,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp,mnp,snp;VARB=-0.0985074,0.115114,0.0190916,0,0,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=33699696,33699703,33699695,33699695,33699695,33699695;OREF=T,T,CT,CTT,CTTTT,C;OALT=-,C,TC,TTC,TTTTC,T;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC,TCTTTTTTT,TTCTTTTTT,TTTTCTTTT,TTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:49:48:17:28:10,2,3,3,2,2:18,2,0,0,0,0:0.375,0.0416667,0,0,0,0:6,0,0,0,2,1:4,2,3,3,0,1:11:6:6,0,0,0,0,0:12,2,0,0,0,0:17:11 chr19 33702245 . A G 214.62 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0593251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3778;QD=13.0075;RBI=0.0856071;REFB=-0.00120636;REVB=-0.061718;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121267;STB=0.56056;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.000527259;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:13:13:15:24:13:13:16:24 chr19 33791386 . G A 973.93 PASS AF=0.68595;AO=83;DP=123;FAO=83;FDP=121;FR=.;FRO=38;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0308767;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8836;QD=32.196;RBI=0.0308996;REFB=-0.00476058;REVB=0.00118735;RO=38;SAF=46;SAR=37;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472934;STB=0.525445;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00258715;OID=.;OPOS=33791386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:38:38:83:83:0.68595:37:46:18:20:37:46:18:20 chr19 33882222 . G A 1087.12 PASS AF=0.61875;AO=99;DP=161;FAO=99;FDP=160;FR=.;FRO=61;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0212601;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4291;QD=27.178;RBI=0.0212646;REFB=-0.00101805;REVB=-0.000437445;RO=60;SAF=52;SAR=47;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600617;STB=0.500253;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000722117;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:60:61:99:99:0.61875:47:52:31:29:47:52:32:29 chr19 34302280 . C G 670.36 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.645;QD=62.3586;RBI=0.0324614;REFB=0;REVB=0.0239047;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68366e-05;OID=.;OPOS=34302280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr19 34304260 . A AT 642.22 PASS AF=1;AO=60;DP=77;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580053;FXX=0.0399947;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5163;QD=35.6789;RBI=0.0709463;REFB=-0.0139495;REVB=0.0408504;RO=14;SAF=28;SAR=32;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00274604;OID=.;OPOS=34304261;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:77:72:72:0:38:34:0:0:11:14:28:32:10:4 chr19 34584137 . A G 148.27 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0281321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.643;QD=7.80382;RBI=0.02833;REFB=-0.0166022;REVB=-0.00334233;RO=53;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397888;STB=0.534851;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0404227;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:55:21:21:0.276316:12:9:21:32:12:9:21:34 chr19 34706073 . A G 552.81 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0322637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0948;QD=24.8454;RBI=0.0457963;REFB=-0.032744;REVB=0.0325017;RO=36;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675083;STB=0.52961;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0239125;OID=.;OPOS=34706073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:36:38:50:51:0.573034:22:28:17:19:22:29:19:19 chr19 34842488 . T C 563.02 PASS AF=0.7;AO=48;DP=69;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=1.68309e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.062;QD=32.1728;RBI=0.00156104;REFB=-0.00212628;REVB=0.00156095;RO=21;SAF=11;SAR=37;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175332;STB=0.585574;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000802576;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:21:21:48:49:0.7:37:11:10:11:37:12:10:11 chr19 34959979 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.393;QD=59.0184;RBI=0.0267097;REFB=0;REVB=0.0231215;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29234e-05;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr19 34972146 . G C 653.31 PASS AF=0.894737;AO=50;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0704044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8647;QD=45.8466;RBI=0.0854494;REFB=-0.109938;REVB=0.0484234;RO=6;SAF=22;SAR=28;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112473;STB=0.559976;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0119078;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:57:57:6:6:50:51:0.894737:28:22:6:0:29:22:6:0 chr19 35173717 . T A 75.04 PASS AF=0.106952;AO=20;DP=184;FAO=20;FDP=187;FR=.;FRO=167;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=78;FSRR=89;FWDB=-0.00482133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.146;QD=1.60513;RBI=0.0124844;REFB=0.00128142;REVB=0.0115158;RO=152;SAF=7;SAR=13;SRF=75;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178902;STB=0.607367;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0103788;OID=.;OPOS=35173717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:184:187:152:167:20:20:0.106952:13:7:75:77:13:7:78:89 chr19 35424607 . A T 505.09 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00345676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.174;QD=36.7336;RBI=0.0379156;REFB=-0.0332998;REVB=0.0377577;RO=12;SAF=18;SAR=25;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711551;STB=0.538241;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00770372;OID=.;OPOS=35424607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:12:12:43:43:0.781818:25:18:3:9:25:18:3:9 chr19 35434238 . A G 579.84 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00466339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.71;QD=30.1215;RBI=0.00466417;REFB=-0.0267815;REVB=-8.49728e-05;RO=26;SAF=23;SAR=28;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911034;STB=0.549306;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0106141;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:26:51:51:0.662338:28:23:8:18:28:23:8:18 chr19 35434512 . T C 464.11 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0036871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.349;QD=27.7078;RBI=0.0101952;REFB=-0.0084958;REVB=-0.00950509;RO=24;SAF=30;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143999;STB=0.578666;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00675097;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:13:30:12:12:13:30:12:12 chr19 35435006 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0031986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.727;QD=23.0883;RBI=0.0159783;REFB=0.0047086;REVB=0.0156549;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686566;STB=0.538426;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0041113;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:14:8:8:10:14:8:8:10 chr19 35449409 . G A 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0356148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.081;QD=29.8318;RBI=0.0461157;REFB=-0.010544;REVB=0.0292958;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258492;STB=0.514271;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00428853;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:4:5:12:8:4:5 chr19 35449760 . G C 462.8 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0217262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9645;QD=37.0237;RBI=0.030067;REFB=0.0324197;REVB=-0.0207846;RO=14;SAF=18;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368614;STB=0.519989;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0127568;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:18:18:6:8:18:18:6:8 chr19 35450229 . C T 313.98 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.000160737;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.195;QD=19.0291;RBI=0.00248287;REFB=-0.0075951;REVB=-0.00247766;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234183;STB=0.635292;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0078518;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:32:33:33:33:0.5:17:16:24:8:17:16:25:8 chr19 35510102 . G C 622.09 PASS AF=0.658537;AO=53;DP=81;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0299765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.501;QD=30.3458;RBI=0.0416554;REFB=-0.0341883;REVB=0.0289236;RO=28;SAF=22;SAR=31;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146366;STB=0.505153;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0172092;OID=.;OPOS=35510102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:28:28:53:54:0.658537:31:22:11:17:32:22:11:17 chr19 35590180 . T A 688.11 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0262436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.613;QD=58.5622;RBI=0.0428051;REFB=-0.0339386;REVB=0.0338164;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000444995;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:1:0:20:25:2:0 chr19 35597352 . T C,G 417.12 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=26,4;DP=30;FAO=26,4;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12,4;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173654,-0.0154366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.125,141.815;QD=55.6162;RBI=0.0340569,0.0249418;REFB=0,0;REVB=0.029297,0.019591;RO=0;SAF=12,4;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00995229,0.0431698;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:30:30:0:0:26,4:26,4:0.866667,0.133333:14,0:12,4:0:0:14,0:12,4:0:0 chr19 35610245 . A G 824.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00063887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.854;QD=56.8708;RBI=0.0214461;REFB=0;REVB=0.0214366;RO=0;SAF=45;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5936e-05;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:12:45:0:0:13:45:0:0 chr19 35612159 . C G 244.26 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0447333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6332;QD=30.5326;RBI=0.111273;REFB=-0.0157071;REVB=0.101886;RO=10;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138587;STB=0.576202;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00870808;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:10:10:22:22:0.6875:10:12:3:7:10:12:3:7 chr19 35614336 . T C 674.24 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0740921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2322;QD=46.4991;RBI=0.0777964;REFB=0.00366037;REVB=-0.0237198;RO=6;SAF=22;SAR=30;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11253;STB=0.559977;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00967084;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:58:58:6:6:52:52:0.896552:30:22:6:0:30:22:6:0 chr19 35614534 . A T 168.4 PASS AF=0.325;AO=13;DP=79;FAO=26;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0455476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1382;QD=8.41982;RBI=0.129613;REFB=0.00707278;REVB=0.121346;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163321;STB=0.563206;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000686254;OID=.;OPOS=35614534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:54:13:26:0.325:3:10:21:11:11:15:36:18 chr19 35616315 . GC AT 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0138816;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.694;QD=8.89956;RBI=0.0165045;REFB=-0.00555728;REVB=-0.0089274;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223495;STB=0.648512;STBP=0.255;TYPE=mnp;VARB=0.011146;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:7:4:14:11:7:4:15:11 chr19 35616663 . A G 48.68 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0229019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.426;QD=3.9741;RBI=0.0505679;REFB=-0.016445;REVB=0.0450846;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510179;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.10624;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:40:41:8:8:0.163265:4:4:20:20:4:4:21:20 chr19 35616692 . C T 74.69 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0695086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3904;QD=5.0635;RBI=0.0695817;REFB=-0.00605361;REVB=-0.00318744;RO=47;SAF=3;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333312;STB=0.71644;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0293259;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:9:3:24:23:9:3:24:23 chr19 35617122 . A G 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0351996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.54;QD=6.59502;RBI=0.0636597;REFB=0.00137992;REVB=-0.0530429;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200736;STB=0.654199;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0119773;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:26:28:9:9:0.243243:6:3:13:13:6:3:15:13 chr19 35617270 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0123186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.817;QD=9.76075;RBI=0.0248504;REFB=-0.0148826;REVB=0.0215823;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0155017;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:6:6:2:5:6:6 chr19 35617746 . AGGGGGC AGGGGCG 35.44 PASS AF=0.186047;AO=4;DP=44;FAO=8;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.0119291;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=2;MLLD=102.068;QD=3.29675;RBI=0.0852023;REFB=-0.021488;REVB=-0.0843631;RO=25;SAF=1;SAR=3;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710152;STB=0.940985;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.240175;OID=.;OPOS=35617751;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047:4:44:8:43:35:1:7:29:6:31:25:1:3:23:2 chr19 35622695 . A G 839.74 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0078361;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.307;QD=55.9829;RBI=0.0384487;REFB=-0.10268;REVB=-0.0376417;RO=1;SAF=39;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119466;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0017889;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:20:39:1:0:20:39:1:0 chr19 35631561 . TGGGG TGGGA,TGGG 74.47 PASS AF=0.0714286,0.27381;AO=6,33;DP=84;FAO=6,23;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=6,19;FSAR=0,4;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0847388,-0.216023;FXX=0.0117633;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=235.193,10.1413;QD=3.54626;RBI=0.0847873,0.23909;REFB=-0.0132429,-0.150813;REVB=0.00286894,0.102459;RO=40;SAF=6,27;SAR=0,6;SRF=6;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.799389,0.61801;STB=0.998745,0.846848;STBP=0,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0.169057,0.1154;OID=.,.;OPOS=35631565,35631562;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGA,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.27381:6,33:84:6,23:84:55:6,19:0,4:17:38:40:40:6,27:0,6:6:34 chr19 35648365 . T G 1509.21 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501926;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.186;QD=59.7707;RBI=0.0596137;REFB=0;REVB=0.0321636;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173687;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr19 35649324 . C G 771.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.764;QD=62.9427;RBI=0.0449044;REFB=0;REVB=0.0351402;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85485e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:23:22:0:0:26:23:0:0 chr19 35655151 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.128;QD=52.6131;RBI=0.0319009;REFB=0;REVB=0.0315027;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115698;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr19 35660508 . G A 895.8 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8542;QD=55.9873;RBI=0.022917;REFB=-0.125216;REVB=0.0119199;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0031413;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:34:28:0:1:35:28:0:1 chr19 35719020 . C T 139.84 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0484066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3452;QD=6.14681;RBI=0.0488771;REFB=-0.00587711;REVB=-0.00676558;RO=70;SAF=15;SAR=6;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308452;STB=0.691132;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0139456;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:70:70:21:21:0.230769:6:15:33:37:6:15:33:37 chr19 35719106 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0312351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5944;QD=11.6671;RBI=0.0317277;REFB=0.00138652;REVB=0.005569;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00214726;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:14:12:6:8:14:12 chr19 35741375 . C T 1101.25 PASS AF=0.644928;AO=74;DP=139;FAO=89;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.000760228;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.868;QD=31.9204;RBI=0.0401536;REFB=-0.000442067;REVB=0.0401465;RO=42;SAF=43;SAR=31;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022896;STB=0.520661;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0177813;OID=.;OPOS=35741375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:42:42:74:89:0.644928:31:43:23:19:46:43:23:19 chr19 35741456 . T C 1602.36 PASS AF=0.681592;AO=137;DP=202;FAO=137;FDP=201;FR=.;FRO=64;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0691231;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2769;QD=31.8879;RBI=0.0919497;REFB=-0.0111728;REVB=-0.0606362;RO=59;SAF=54;SAR=83;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226211;STB=0.516922;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00277196;OID=.;OPOS=35741456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:59:64:137:137:0.681592:83:54:21:38:83:54:22:42 chr19 35757427 . G A 162.92 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00284992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.221;QD=13.0338;RBI=0.011597;REFB=-0.0189439;REVB=0.0112413;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639546;STB=0.507454;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0295524;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:17:18:0.36:12:5:11:21:12:6:11:21 chr19 35758275 . G GGGA 252.07 PASS AF=0.289256;AO=33;DP=121;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00590025;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=3;MLLD=192.034;QD=8.33299;RBI=0.0241273;REFB=-0.0145503;REVB=-0.0233948;RO=88;SAF=17;SAR=16;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462228;STB=0.501889;STBP=0.955;TYPE=ins;VARB=0.0348559;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289256:33:121:35:121:86:17:18:42:44:99:88:17:16:42:46 chr19 35758789 . ATTTTTTTTTTT ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA,TATTTTTTTTTT 284.17 PASS AF=0,0.885714,0.104762,0.00952381;AO=12,35,9,11;DP=105;FAO=0,93,11,1;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47,2,0;FSAR=0,46,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199366,0.436774,0.213809,0.100857;FXX=0.0277752;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=6.74559,4.28151,14.9338,14.0006;QD=10.8256;RBI=0.199368,0.436843,0.220975,0.102053;REFB=0,0,0,0;REVB=0.000847319,0.00777526,-0.0558165,-0.0155811;RO=22;SAF=2,15,1,9;SAR=10,20,8,2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.493258,-0.114507,-0.584169,0.311634;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0441184,-0.00530509,0.132248,-0.250882;OID=.,.,.,.;OPOS=35758790,35758790,35758800,35758789;OREF=TT,T,T,AT;OALT=-,-,A,TA;OMAPALT=ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA,TATTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:22:105:105:22:0:12,35,9,11:0,93,11,1:0,0.885714,0.104762,0.00952381:10,20,8,2:2,15,1,9:13:9:0,46,9,1:0,47,2,0:0:0 chr19 35770056 . G A 794.79 PASS AF=0.719101;AO=64;DP=91;FAO=64;FDP=89;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0192813;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.687;QD=35.7209;RBI=0.0194472;REFB=0.00483272;REVB=-0.00253459;RO=25;SAF=22;SAR=42;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767056;STB=0.541306;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00282337;OID=.;OPOS=35770056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:25:25:64:64:0.719101:42:22:12:13:42:22:12:13 chr19 35786868 . C T 231.39 PASS AF=0.277311;AO=33;DP=119;FAO=33;FDP=119;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0155627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.963;QD=7.77781;RBI=0.0197941;REFB=0.000299488;REVB=-0.0122315;RO=86;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509993;STB=0.530229;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00140131;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:86:86:33:33:0.277311:19:14:33:53:19:14:33:53 chr19 35790503 . G A 276.22 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0761712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9982;QD=21.2473;RBI=0.100755;REFB=-0.0150003;REVB=0.0659502;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353409;STB=0.525712;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0155818;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:11:17:13:10:11:18:13:10 chr19 35820741 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.026423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.865;QD=12.7823;RBI=0.0345575;REFB=0.00125348;REVB=0.0222721;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00123507;OID=.;OPOS=35820741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr19 35836600 . C A 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0327166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.233;QD=12.2754;RBI=0.0330371;REFB=-0.0141204;REVB=0.00459064;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167602;STB=0.598891;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0383355;OID=.;OPOS=35836600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:16:16:6:11:16:16 chr19 35843086 . G A 613.8 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371256;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7157;QD=59.8827;RBI=0.130127;REFB=0;REVB=0.124718;RO=2;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884072;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:2:0:39:41:1:13:26:0:2:15:26:0:0 chr19 35843347 . C A 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0417974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.677;QD=12.1424;RBI=0.04306;REFB=-0.00538204;REVB=0.0103508;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10715;STB=0.575139;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0210231;OID=.;OPOS=35843347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:13:6:13:19:13:6:14:19 chr19 35849928 . C T 588.51 PASS AF=0.305221;AO=76;DP=249;FAO=76;FDP=249;FR=.;FRO=173;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=79;FSRR=94;FWDB=-0.00417239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.728;QD=9.45395;RBI=0.0185595;REFB=-0.0283863;REVB=-0.0180844;RO=169;SAF=35;SAR=41;SRF=76;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129994;STB=0.502712;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0565572;OID=.;OPOS=35849928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:169:173:76:76:0.305221:41:35:76:93:41:35:79:94 chr19 35850572 . C T 219.02 PASS AF=0.132316;AO=52;DP=393;FAO=52;FDP=393;FR=.;FRO=341;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=176;FSRR=165;FWDB=-0.00470719;FXX=0.00253801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.277;QD=2.22921;RBI=0.00532656;REFB=-0.00223059;REVB=0.00249292;RO=340;SAF=23;SAR=29;SRF=175;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923706;STB=0.563935;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.01644;OID=.;OPOS=35850572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:340:341:52:52:0.132316:29:23:175:165:29:23:176:165 chr19 35850672 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0272625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.84;QD=19.9285;RBI=0.0341905;REFB=-0.0171207;REVB=-0.0206336;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801908;STB=0.545383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0103581;OID=.;OPOS=35850672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:10:2:1:8:10:2:1:8 chr19 35850893 . G A 525.39 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.216;QD=56.7985;RBI=0.0690792;REFB=-0.0685339;REVB=0.0574686;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000854762;OID=.;OPOS=35850893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr19 35863707 . G A 69.74 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0124729;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.905;QD=10.3323;RBI=0.0405273;REFB=-0.0344154;REVB=-0.0385602;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265437;STB=0.655473;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0248194;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:27:15:17:9:10:0.37037:6:3:2:13:6:4:3:14 chr19 35898899 . A G 121.68 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0385837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2258;QD=7.05388;RBI=0.108234;REFB=0.00214812;REVB=-0.101124;RO=49;SAF=17;SAR=1;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651721;STB=0.910791;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0171556;OID=.;OPOS=35898899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:51:18:18:0.26087:1:17:25:24:1:17:26:25 chr19 35899691 . GGTTTGTTTGTTTGT GGTTTGTTTGT,GGTTTGTTTGTTTGG 37.95 PASS AF=0.235294,0.117647;AO=3,2;DP=18;FAO=4,2;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1,2;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00811158,0.0529482;FXX=0.105208;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=181.904,38.8031;QD=8.92877;RBI=0.00978916,0.0529482;REFB=-0.00145923,-0.0264229;REVB=-0.00547996,-2.02571e-05;RO=9;SAF=1,2;SAR=2,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123106,0.602534;STB=0.665779,0.994648;STBP=0.515,0.163;TYPE=del,snp;VARB=0.0193961,0.0584479;OID=.,.;OPOS=35899692,35899705;OREF=GTTT,T;OALT=-,G;OMAPALT=GGTTTGTTTGT,GGTTTGTTTGTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294,0.117647:3,2:18:4,2:17:11:1,2:3,0:5:6:25:9:1,2:2,0:4:5 chr19 35899969 . GC G,GG 136.06 PASS AF=0.244444,0.0333333;AO=17,4;DP=88;FAO=22,3;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=7,2;FSAR=15,1;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0428361,0.0815694;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.1382,35.1746;QD=6.04715;RBI=0.14923,0.0849853;REFB=-0.0123651,-0.0124934;REVB=-0.142949,-0.0238525;RO=56;SAF=7,2;SAR=10,2;SRF=34;SRR=22;SSEN=0.347542,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.237773,-0.10828;STB=0.686615,0.59727;STBP=0.045,0.72;TYPE=del,snp;VARB=0.0274266,-0.1053;OID=.,.;OPOS=35899970,35899970;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444,0.0333333:17,4:88:22,3:90:65:7,2:15,1:37:28:99:56:7,2:10,2:34:22 chr19 35979745 . G A 852.53 PASS AF=0.715686;AO=72;DP=101;FAO=73;FDP=102;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00467334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.386;QD=33.4325;RBI=0.0110194;REFB=-0.0190916;REVB=0.00997939;RO=29;SAF=36;SAR=36;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920993;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0074094;OID=.;OPOS=35979745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:29:29:72:73:0.715686:36:36:15:14:36:37:15:14 chr19 35991442 . T G 1308.94 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512152;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.005;QD=62.3304;RBI=0.0558087;REFB=0;REVB=-0.0221724;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32684e-05;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr19 35998362 . T G 374.35 PASS AF=0.75;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.041537;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3622;QD=37.4346;RBI=0.0423564;REFB=-0.0243402;REVB=0.00829098;RO=10;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613332;STB=0.533311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00759791;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:10:10:30:30:0.75:16:14:6:4:16:14:6:4 chr19 36002381 . C T 122.14 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00545892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.998;QD=25.7133;RBI=0.00548591;REFB=-0.0439477;REVB=0.000543516;RO=6;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284443;STB=0.662361;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00888909;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:2:11:3:3:2:11:3:3 chr19 36002710 . C A 619.57 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=90;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0289151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.663;QD=27.2337;RBI=0.033913;REFB=-0.00669737;REVB=0.0177203;RO=32;SAF=25;SAR=29;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468108;STB=0.543662;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00448826;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:32:36:54:55:0.604396:29:25:17:15:29:26:21:15 chr19 36004106 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0037;QD=64.153;RBI=0.0270367;REFB=0;REVB=-0.0257316;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013775;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 36004171 . C A 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00250863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.833;QD=21.7422;RBI=0.0135662;REFB=-0.0202362;REVB=0.0133323;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131062;STB=0.52784;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0142772;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:19:19:0.542857:12:7:3:11:12:7:5:11 chr19 36050969 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.228;QD=60.2303;RBI=0.0290312;REFB=0;REVB=-0.0168019;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85117e-05;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr19 36051418 . C T 306.49 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0256638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.206;QD=27.2437;RBI=0.0286395;REFB=-0.000162939;REVB=0.0127117;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201522;STB=0.6272;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000214906;OID=.;OPOS=36051418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:14:13:3:13:14:13:3:15 chr19 36053448 . G A 1393.35 PASS AF=0.731544;AO=103;DP=144;FAO=109;FDP=149;FR=.;FRO=40;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0290655;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.253;QD=37.4055;RBI=0.0371027;REFB=-0.0512126;REVB=0.0230611;RO=38;SAF=51;SAR=52;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244521;STB=0.500555;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0181728;OID=.;OPOS=36053448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:149:38:40:103:109:0.731544:52:51:19:19:52:57:21:19 chr19 36066570 . A G 2298.3 PASS AF=0.851485;AO=170;DP=200;FAO=172;FDP=202;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=127;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00220487;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.169;QD=45.5109;RBI=0.00680639;REFB=-0.0161849;REVB=0.00643937;RO=30;SAF=45;SAR=125;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093069;STB=0.549739;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00210923;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:30:30:170:172:0.851485:125:45:16:14:127:45:16:14 chr19 36066577 . A G 2314.67 PASS AF=0.852041;AO=166;DP=196;FAO=167;FDP=196;FR=.;FRO=29;FSAF=45;FSAR=122;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00862018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.679;QD=47.2381;RBI=0.062899;REFB=-0.0109372;REVB=0.0623056;RO=30;SAF=45;SAR=121;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914985;STB=0.55056;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00238536;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:30:29:166:167:0.852041:121:45:16:14:122:45:16:13 chr19 36066634 . A G 1602.56 PASS AF=0.77439;AO=127;DP=165;FAO=127;FDP=164;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=87;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0332582;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5531;QD=39.0869;RBI=0.0379022;REFB=0.00137886;REVB=-0.0181788;RO=37;SAF=40;SAR=87;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1059;STB=0.556494;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00116589;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:37:37:127:127:0.77439:87:40:20:17:87:40:20:17 chr19 36066642 . A G 1330.88 PASS AF=0.72549;AO=111;DP=153;FAO=111;FDP=153;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0613681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.176;QD=34.7943;RBI=0.0638324;REFB=0.0105496;REVB=-0.0175654;RO=42;SAF=38;SAR=73;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997542;STB=0.55344;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00417198;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:42:42:111:111:0.72549:73:38:22:20:73:38:22:20 chr19 36066645 . A G 1357.79 PASS AF=0.727891;AO=106;DP=147;FAO=107;FDP=147;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0144074;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.668;QD=36.9465;RBI=0.0147136;REFB=-0.0349516;REVB=-0.00298596;RO=39;SAF=39;SAR=67;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498489;STB=0.53895;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0161743;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:39:40:106:107:0.727891:67:39:18:21:68:39:20:20 chr19 36066661 . A G 511.14 PASS AF=0.486486;AO=52;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0158322;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.56;QD=18.4196;RBI=0.016986;REFB=-0.000771281;REVB=-0.00615356;RO=57;SAF=27;SAR=25;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564751;STB=0.531134;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00199029;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:57:52:54:0.486486:25:27:33:24:26:28:33:24 chr19 36066667 . A G 482.02 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0101588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.379;QD=17.37;RBI=0.0167649;REFB=-0.00933232;REVB=-0.0133364;RO=58;SAF=28;SAR=24;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624015;STB=0.529401;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00939892;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:24:28:35:23:24:28:35:24 chr19 36159368 . T G 396.23 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0206837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0091;QD=25.5634;RBI=0.0347259;REFB=-0.0366703;REVB=0.0278939;RO=18;SAF=23;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383271;STB=0.514504;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0113277;OID=.;OPOS=36159368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:23:38:39:0.629032:15:23:12:6:15:24:15:8 chr19 36168872 . G A 86.52 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0299564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.747;QD=24.7203;RBI=0.145695;REFB=-0.00331771;REVB=0.142582;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158958;STB=0.521694;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00346399;OID=.;OPOS=36168872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:9:10:0.714286:1:8:3:1:2:8:3:1 chr19 36168914 . T C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0186521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4041;QD=28.1409;RBI=0.0186862;REFB=0.0190736;REVB=-0.00112898;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02563;STB=0.514268;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0115853;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:4:12:5:2:4:12:5:2 chr19 36205537 . G C,GC 40.34 PASS AF=0,0.435897;AO=2,13;DP=41;FAO=0,17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=0,15;FSAR=0,2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00404606,0.00114019;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=143.776,6.70801;QD=4.13774;RBI=0.00698875,0.24081;REFB=0.00724814,-0.114161;REVB=0.00569842,0.240807;RO=22;SAF=2,12;SAR=0,1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.431599,0.452951;STB=0.5,0.720837;STBP=1,0.046;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.147999;OID=.,.;OPOS=36205537,36205538;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:41:39:22:22:2,13:0,17:0,0.435897:0,1:2,12:15:7:0,2:0,15:14:8 chr19 36206050 . A C 464.64 PASS AF=0.651515;AO=42;DP=65;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.005722;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.382;QD=28.1602;RBI=0.0475312;REFB=-0.0256537;REVB=0.0471855;RO=23;SAF=28;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720696;STB=0.532304;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0119682;OID=.;OPOS=36206050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:23:23:42:43:0.651515:14:28:13:10:15:28:13:10 chr19 36214632 . A AG 2418.83 PASS AF=1;AO=203;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132159;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.9319;QD=43.5825;RBI=0.139628;REFB=0;REVB=-0.0450556;RO=16;SAF=101;SAR=102;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000290996;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:203:223:222:222:0:107:115:0:0:47:16:101:102:7:9 chr19 36222857 . C T 917.06 PASS AF=0.552795;AO=89;DP=161;FAO=89;FDP=161;FR=.;FRO=72;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.0156026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0895;QD=22.784;RBI=0.0358226;REFB=-0.0107266;REVB=-0.0322462;RO=71;SAF=54;SAR=35;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059998;STB=0.535097;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0259688;OID=.;OPOS=36222857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:71:72:89:89:0.552795:35:54:48:23:35:54:49:23 chr19 36223747 . A G 542.73 PASS AF=0.60241;AO=41;DP=74;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=46;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=3;FWDB=0.0106509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.064;QD=26.1554;RBI=0.0492341;REFB=-0.0141443;REVB=0.0480683;RO=26;SAF=39;SAR=2;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964746;STB=0.514371;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00981839;OID=.;OPOS=36223747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:83:26:33:41:50:0.60241:2:39:24:2:4:46:30:3 chr19 36224161 . C A 57.2 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0.0908265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.552;QD=22.8792;RBI=0.0220502;REFB=-0.0784193;REVB=0.0220502;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00570839;OID=.;OPOS=36224161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:10:10:1:3:7:7:0.7:7:0:0:1:7:0:0:3 chr19 36224705 . A G 424.49 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00808915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.764;QD=24.2568;RBI=0.00825299;REFB=-0.0264609;REVB=-0.0016363;RO=29;SAF=5;SAR=36;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218529;STB=0.621446;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0207262;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:36:5:8:21:36:5:8:21 chr19 36230767 . A G 295.68 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0110626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.402;QD=22.3156;RBI=0.0148502;REFB=-0.0149221;REVB=0.00990688;RO=23;SAF=25;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253641;STB=0.642094;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0174239;OID=.;OPOS=36230767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:5:25:14:9:5:25:14:9 chr19 36243089 . T C 859.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3431;QD=57.2752;RBI=0.0591048;REFB=0;REVB=0.0521842;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180012;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:13:45:0:0:15:45:0:0 chr19 36243813 . G A 2352.46 PASS AF=0.952381;AO=160;DP=168;FAO=160;FDP=168;FR=.;FRO=8;FSAF=91;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00498423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.441;QD=56.0109;RBI=0.00759395;REFB=0.00113159;REVB=0.00572936;RO=8;SAF=91;SAR=69;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292599;STB=0.515404;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-4.24676e-05;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:168:168:8:8:160:160:0.952381:69:91:2:6:69:91:2:6 chr19 36255965 . C G 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00464021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6281;QD=15.2594;RBI=0.0635488;REFB=-0.00800459;REVB=0.0633791;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00844579;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr19 36258721 . C T 1430.89 PASS AF=0.645503;AO=121;DP=189;FAO=122;FDP=189;FR=.;FRO=67;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00999672;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.787;QD=30.2834;RBI=0.0512386;REFB=-0.0259853;REVB=0.050254;RO=67;SAF=57;SAR=64;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433832;STB=0.500782;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0141428;OID=.;OPOS=36258721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:67:67:121:122:0.645503:64:57:32:35:64:58:32:35 chr19 36258842 . G C 562.25 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0107214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.993;QD=26.4586;RBI=0.0119375;REFB=-0.00815609;REVB=-0.00524919;RO=34;SAF=19;SAR=32;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086796;STB=0.547228;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00713462;OID=.;OPOS=36258842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:32:19:9:25:32:19:9:25 chr19 36259415 . G A 404.05 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0236598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4959;QD=13.8136;RBI=0.0297792;REFB=-0.00521983;REVB=0.0180836;RO=69;SAF=22;SAR=25;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412886;STB=0.527645;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00710123;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:70:47:47:0.401709:25:22:35:34:25:22:36:34 chr19 36268771 . C T 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00267774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.499;QD=62.1705;RBI=0.0329902;REFB=0.0415085;REVB=0.0328813;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092068;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-2.8319e-05;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:43:51:1:0:43:51:1:0 chr19 36270052 . A G 546.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.604;QD=59.1219;RBI=0.0310704;REFB=0;REVB=0.00312839;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462649;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr19 36271139 . C T 200.76 PASS AF=0.313953;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00770349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.192;QD=9.33759;RBI=0.0180102;REFB=-0.0262445;REVB=0.0162795;RO=58;SAF=19;SAR=7;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211196;STB=0.640045;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.061605;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:58:59:26:27:0.313953:7:19:33:25:7:20:33:26 chr19 36273308 . G A 391.47 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.020647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6312;QD=24.855;RBI=0.067445;REFB=0.0136449;REVB=0.064207;RO=25;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106935;STB=0.558434;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0141792;OID=.;OPOS=36273308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:16:22:18:7:16:22:18:7 chr19 36278470 . C G 825.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.923;QD=56.9183;RBI=0.012198;REFB=0;REVB=-0.00854624;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35542e-06;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr19 36302921 . T C 1468.87 PASS AF=0.688889;AO=122;DP=180;FAO=124;FDP=180;FR=.;FRO=56;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0209552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.005;QD=32.6417;RBI=0.0380416;REFB=-0.0288954;REVB=-0.0317496;RO=56;SAF=68;SAR=54;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105376;STB=0.556057;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0123109;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:56:56:122:124:0.688889:54:68:41:15:55:69:41:15 chr19 36304178 . C T 400.82 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0307875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.852;QD=36.4381;RBI=0.0326607;REFB=-0.0304447;REVB=0.0109019;RO=12;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114963;STB=0.562461;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00658735;OID=.;OPOS=36304178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:12:12:32:32:0.727273:18:14:8:4:18:14:8:4 chr19 36322270 . C T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.733;QD=56.8267;RBI=0.0484163;REFB=-0.00188078;REVB=0.0154907;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125954;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=9.11926e-05;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:37:27:0:1:37:27:0:1 chr19 36342212 . C T 679.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.138;QD=61.7656;RBI=0.0782443;REFB=0;REVB=0.0353819;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134223;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr19 36355595 . A G 813.94 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1305;QD=56.1337;RBI=0.0158441;REFB=0;REVB=-0.0143827;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026281;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:27:28:0:0:29:29:0:0 chr19 36486445 . G C 576.47 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.974;QD=60.6807;RBI=0.0584456;REFB=0;REVB=0.0418812;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159821;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr19 36487078 . AGGGGT AGGGGTG,AGGGT,AGGGTG 62.0 PASS AF=0.0921053,0.118421,0.0526316;AO=8,15,4;DP=80;FAO=7,9,4;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=7,1,4;FSAR=0,8,0;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.136202,-0.0475538,-0.128954;FXX=0.0499937;HRUN=0,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=38.5298,13.114,43.5654;QD=3.26334;RBI=0.136615,0.115138,0.134975;REFB=-0.00344892,-0.0711886,-0.0155019;REVB=-0.0106186,-0.104859,-0.0398632;RO=40;SAF=8,3,4;SAR=0,12,0;SRF=6;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.319249,0;SSSB=0.821587,0.101461,0.759032;STB=0.998868,0.766951,0.998171;STBP=0,0.152,0.004;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.127262,0.174396,0.00994092;OID=.,.,.;OPOS=36487084,36487079,36487082;OREF=-,G,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=AGGGGTG,AGGGT,AGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0921053,0.118421,0.0526316:8,15,4:80:7,9,4:76:56:7,1,4:0,8,0:18:38:26:40:8,3,4:0,12,0:6:34 chr19 36497358 . C G 1457.44 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.996;QD=62.0189;RBI=0.0617887;REFB=-0.077855;REVB=-0.00356938;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108952;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000277577;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:90:93:0.989362:47:43:1:0:47:46:1:0 chr19 36499171 . C CT 211.75 PASS AF=1;AO=6;DP=36;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0894467;FXX=0.142816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.68571;QD=28.2334;RBI=0.126206;REFB=0;REVB=0.0890344;RO=30;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.723894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000380743;OID=.;OPOS=36499172;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:36:30:30:0:17:13:0:0:5:30:6:0:11:19 chr19 36499173 . C G,T 488.28 PASS AF=0.171429,0.828571;AO=6,27;DP=33;FAO=6,29;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6,11;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281056,-0.0399721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.7663,83.463;QD=55.8038;RBI=0.0291555,0.0665321;REFB=0,0;REVB=0.00775372,0.0531859;RO=0;SAF=6,11;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0482202,0.0102734;OID=.,.;OPOS=36499173,36499173;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:33:35:0:0:6,27:6,29:0.171429,0.828571:0,16:6,11:0:0:0,18:6,11:0:0 chr19 36530428 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3187;QD=46.8477;RBI=0.0674578;REFB=0;REVB=0.0561309;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364706;OID=.;OPOS=36530428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 36590329 . T C 527.95 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232706;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.796;QD=60.3376;RBI=0.0241735;REFB=0;REVB=0.00654501;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115043;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 36594659 . A T 712.08 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110537;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9887;QD=63.2963;RBI=0.0116893;REFB=0;REVB=0.003802;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12839e-05;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr19 36595436 . A C 1339.86 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.386;QD=61.6029;RBI=0.0243494;REFB=0;REVB=0.00847008;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85033e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:35:49:0:0:37:50:0:0 chr19 36602729 . G C 787.4 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474106;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6179;QD=57.2655;RBI=0.0490059;REFB=0;REVB=0.0124022;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039992;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr19 36603703 . TG AG,CA 1578.68 PASS AF=0.943925,0.0560748;AO=94,6;DP=104;FAO=101,6;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50,6;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212813,-0.0319972;FXX=0.0360328;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=99.6805,80.1321;QD=59.0162;RBI=0.0338198,0.034231;REFB=0,0;REVB=0.0262847,0.0121629;RO=0;SAF=48,6;SAR=46,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.73299e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=2.22356e-05,0.00841055;OID=.,.;OPOS=36603703,36603703;OREF=T,TG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:104:107:0:0:94,6:101,6:0.943925,0.0560748:46,0:48,6:0:0:51,0:50,6:0:0 chr19 36603843 . A T 646.9 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00368221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.378;QD=35.4466;RBI=0.0262039;REFB=-0.00943097;REVB=0.0259439;RO=18;SAF=26;SAR=28;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00861771;STB=0.511671;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00274602;OID=.;OPOS=36603843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:18:19:54:54:0.739726:28:26:9:9:28:26:10:9 chr19 36605770 . G T 161.13 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0275715;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.869;QD=25.7812;RBI=0.0356603;REFB=-0.0497936;REVB=0.0226157;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.585252;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.015529;OID=.;OPOS=36605770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:25:8:9:16:16:0.64:4:12:4:4:4:12:5:4 chr19 36642884 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0272094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.508;QD=13.6606;RBI=0.0325308;REFB=-0.00850634;REVB=0.0178298;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824005;STB=0.547879;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0106353;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:6:15:9:5:6:15 chr19 36674305 . A G 81.59 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0430056;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.795;QD=7.77043;RBI=0.0441369;REFB=-0.00483699;REVB=-0.00992911;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316018;STB=0.687429;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0228073;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:30:31:11:11:0.261905:3:8:14:16:3:8:15:16 chr19 36727365 . G A 541.66 PASS AF=0.566667;AO=48;DP=88;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0150928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.489;QD=24.0738;RBI=0.0185086;REFB=-0.0256968;REVB=-0.0107134;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120049;STB=0.595294;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0168199;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:39:39:48:51:0.566667:25:23:13:26:24:27:12:27 chr19 36939572 . C T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00816842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.238;QD=12.0467;RBI=0.00959187;REFB=-0.00214515;REVB=-0.00502801;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130485;STB=0.57503;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0033539;OID=.;OPOS=36939572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:16:14:31:22:16:14:31:22 chr19 36940760 . G T 103.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0580997;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8402;QD=9.18112;RBI=0.0584827;REFB=-0.0171693;REVB=0.00668217;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340271;STB=0.503994;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0337769;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:32:13:13:0.288889:4:9:20:10:4:9:22:10 chr19 37038092 . T C 374.7 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0170368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8194;QD=49.9602;RBI=0.0622844;REFB=-0.149259;REVB=0.059909;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.549963;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0133956;OID=.;OPOS=37038092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:9:19:0:1:9:19:0:2 chr19 37039069 . A C 1217.82 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3736;QD=58.6903;RBI=0.0478555;REFB=-0.0759015;REVB=-0.0246907;RO=2;SAF=50;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018561;STB=0.509802;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00131158;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:30:50:2:0:31:50:2:0 chr19 37068081 . G C 526.78 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00846854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.692;QD=56.9491;RBI=0.0138743;REFB=-0.108523;REVB=0.01099;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00122685;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:1:0:16:20:1:0 chr19 37118440 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00936142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.865;QD=22.1884;RBI=0.0198517;REFB=-0.0163135;REVB=-0.0175059;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110138;STB=0.561745;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0155977;OID=.;OPOS=37118440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:11:11:15:9:11:11 chr19 37129580 . GGGA G 909.49 PASS AF=0.941176;AO=82;DP=92;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0105946;FXX=0.0957345;HRUN=3;LEN=3;MLLD=226.559;QD=42.7994;RBI=0.0245834;REFB=-0.0424265;REVB=0.0221833;RO=3;SAF=42;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103251;STB=0.508122;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.00153927;OID=.;OPOS=37129581;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:82:92:80:85:5:43:37:2:3:5:3:42:40:2:1 chr19 37129768 . A G 1648.17 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060988;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3158;QD=60.4832;RBI=0.0624223;REFB=0;REVB=0.0133044;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206516;OID=.;OPOS=37129768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:47:61:0:0:47:62:0:0 chr19 37210805 . C T 975.57 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612737;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3056;QD=59.1254;RBI=0.022472;REFB=0;REVB=-0.0216205;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90913e-05;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr19 37241141 . A G 769.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.209;QD=56.9865;RBI=0.0127495;REFB=0;REVB=-0.00290722;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91674e-05;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr19 37310679 . C A 1251.15 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161344;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.967;QD=61.7853;RBI=0.0164397;REFB=0;REVB=-0.00315353;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142246;OID=.;OPOS=37310679;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:35:44:0:0:37:44:0:0 chr19 37310886 . G A 728.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8373;QD=57.1608;RBI=0.0348113;REFB=0;REVB=0.00433578;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458819;OID=.;OPOS=37310886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr19 37369454 . T G 1240.84 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=89;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0523632;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8091;QD=57.0503;RBI=0.0546149;REFB=-0.0870127;REVB=0.0155202;RO=4;SAF=45;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040255;STB=0.521272;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00290058;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:87:4:4:83:83:0.954023:38:45:4:0:38:45:4:0 chr19 37441111 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.697;QD=62.1621;RBI=0.0303695;REFB=0;REVB=0.028547;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03037e-05;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr19 37465310 . T A 1641.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.577;QD=60.2355;RBI=0.029168;REFB=0;REVB=0.0195655;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82303e-05;OID=.;OPOS=37465310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:56:52:0:0:56:53:0:0 chr19 37488481 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.282;QD=40.7629;RBI=0.0386991;REFB=0;REVB=0.00853678;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398272;OID=.;OPOS=37488481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 37618208 . A G 1535.45 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266799;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.674;QD=56.8684;RBI=0.0529544;REFB=-0.0431442;REVB=0.0457423;RO=1;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903911;STB=0.500175;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00220788;OID=.;OPOS=37618208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:108:1:2:105:106:0.981481:53:52:1:0:54:52:1:1 chr19 37619945 . A G 958.52 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4665;QD=57.2249;RBI=0.0323728;REFB=-0.128456;REVB=0.0127135;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00212395;OID=.;OPOS=37619945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:1:0:36:30:1:0 chr19 37620041 . C T 741.3 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.417;QD=63.0896;RBI=0.0552061;REFB=0;REVB=-0.0550455;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160289;OID=.;OPOS=37620041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:26:21:0:0 chr19 37621022 . G C 916.64 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.363;QD=58.1991;RBI=0.0420925;REFB=0;REVB=-0.00179671;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89164e-05;OID=.;OPOS=37621022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:58:63:1:23:35:0:0:25:38:0:0 chr19 37621057 . T A 765.05 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7234;QD=56.67;RBI=0.0539861;REFB=0;REVB=0.0525717;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326041;OID=.;OPOS=37621057;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:21:31:0:0:23:31:0:0 chr19 37642917 . G A 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1037;QD=61.373;RBI=0.0254463;REFB=0;REVB=0.0251607;RO=0;SAF=68;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192778;OID=.;OPOS=37642917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:12:68:0:0:12:68:0:0 chr19 37642922 . C T 1118.89 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.754;QD=58.889;RBI=0.0159347;REFB=-0.144677;REVB=0.003767;RO=0;SAF=64;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523803;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00053033;OID=.;OPOS=37642922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:10:64:0:0:10:65:0:1 chr19 37676896 . T C 686.32 PASS AF=0.641304;AO=57;DP=90;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0251408;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.218;QD=29.8402;RBI=0.0449496;REFB=-0.0279692;REVB=0.0372613;RO=33;SAF=30;SAR=27;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109537;STB=0.551859;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0261164;OID=.;OPOS=37676896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:33:33:57:59:0.641304:27:30:12:21:29:30:12:21 chr19 37690420 . C T 471.84 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.381;QD=55.5105;RBI=0.0554803;REFB=-0.0637742;REVB=-0.0528049;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00406952;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:1:0:13:20:1:0 chr19 37835658 . C T 417.69 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0103713;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.551;QD=24.5699;RBI=0.010439;REFB=-0.0192897;REVB=0.0011871;RO=28;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022217;STB=0.512189;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0139246;OID=.;OPOS=37835658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:28:28:40:40:0.588235:16:24:16:12:16:24:16:12 chr19 37854040 . G A 132.02 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0730914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.432;QD=14.6683;RBI=0.0731845;REFB=-0.000478444;REVB=0.00369137;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888851;STB=0.571326;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000124739;OID=.;OPOS=37854040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:12:3:5:14:12:3:6:15 chr19 37879965 . T C 352.04 PASS AF=0.43617;AO=35;DP=86;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00703726;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5827;QD=14.9806;RBI=0.016662;REFB=-0.0421509;REVB=-0.015103;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118458;STB=0.502898;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0632252;OID=.;OPOS=37879965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:94:50:53:35:41:0.43617:18:17:30:20:18:23:30:23 chr19 38028579 . G A 521.34 PASS AF=0.75;AO=44;DP=60;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.008893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2919;QD=34.7558;RBI=0.015004;REFB=-0.056135;REVB=-0.0120844;RO=15;SAF=15;SAR=29;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973347;STB=0.547148;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0212286;OID=.;OPOS=38028579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:60:60:15:15:44:45:0.75:29:15:8:7:29:16:8:7 chr19 38030265 . G A 466.2 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0174324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.34;QD=25.1998;RBI=0.0245639;REFB=-0.0113044;REVB=-0.017306;RO=30;SAF=26;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189924;STB=0.603865;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00821742;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:18:26:10:20:18:26:10:20 chr19 38033251 . C T 199.35 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00462994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.713;QD=27.4972;RBI=0.0304491;REFB=0.0139492;REVB=-0.0300951;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263312;STB=0.645019;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00883898;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:9:1:10:9:9:1 chr19 38046967 . G A 718.11 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00887596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.569;QD=30.2361;RBI=0.0132893;REFB=-0.012341;REVB=0.0098905;RO=30;SAF=36;SAR=25;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137072;STB=0.585034;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00576204;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:30:34:61:61:0.642105:25:36:11:19:25:36:12:22 chr19 38055612 . A T 1009.71 PASS AF=0.708333;AO=85;DP=120;FAO=85;FDP=120;FR=.;FRO=35;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0106726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.669;QD=33.6569;RBI=0.0309602;REFB=-0.0142899;REVB=-0.0290625;RO=35;SAF=40;SAR=45;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237847;STB=0.512767;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00666591;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:35:35:85:85:0.708333:45:40:18:17:45:40:18:17 chr19 38056574 . T A 597.89 PASS AF=0.638554;AO=51;DP=81;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0636341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8051;QD=28.814;RBI=0.0659714;REFB=-0.0171667;REVB=-0.0174049;RO=30;SAF=26;SAR=25;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142699;STB=0.581985;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0126099;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:30:30:51:53:0.638554:25:26:9:21:25:28:9:21 chr19 38091932 . A T 397.11 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00234014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.925;QD=23.3595;RBI=0.00840649;REFB=-0.0036605;REVB=0.00807421;RO=28;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446846;STB=0.516608;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00211518;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:29:39:39:0.573529:20:19:12:16:20:19:13:16 chr19 38189440 . T C 181.28 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0141828;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.535;QD=9.29624;RBI=0.0153472;REFB=-0.00967976;REVB=-0.00586403;RO=54;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177901;STB=0.604566;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0231169;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:11:13:21:33:11:13:21:33 chr19 38189616 . T C 115.67 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.00585711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.764;QD=7.22959;RBI=0.0167353;REFB=-0.0122916;REVB=0.0156768;RO=46;SAF=9;SAR=8;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262773;STB=0.661487;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0260779;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:47:17:17:0.265625:8:9:34:12:8:9:35:12 chr19 38202516 . A C 671.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.232;QD=62.4944;RBI=0.175453;REFB=0;REVB=0.174036;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506781;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:20:23:0:0 chr19 38229824 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2302;QD=54.5144;RBI=0.0622971;REFB=0;REVB=-0.0549505;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529208;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 38230720 . C G 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00780053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.715;QD=8.04988;RBI=0.014685;REFB=-0.00524821;REVB=0.0124419;RO=45;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538933;STB=0.532339;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0176882;OID=.;OPOS=38230720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:10:8:18:27:10:8:18:27 chr19 38315089 . G A 410.46 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00542871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.686;QD=26.4811;RBI=0.00600599;REFB=-0.0355822;REVB=0.00256923;RO=23;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133328;STB=0.50728;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0131344;OID=.;OPOS=38315089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:16:23:14:9:16:23:14:9 chr19 38375666 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00263524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.747;QD=14.6579;RBI=0.00397166;REFB=-0.0206184;REVB=0.00297146;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.57132;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0351936;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:7:6:8:7:7:6:10:7 chr19 38376485 . T A 404.82 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00504741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.907;QD=32.3853;RBI=0.0214655;REFB=-0.0171325;REVB=0.0208636;RO=16;SAF=18;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646947;STB=0.545427;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00595415;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:15:18:7:9:15:18:7:10 chr19 38377409 . A T 48.26 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3963;QD=32.1706;RBI=0.254815;REFB=0;REVB=0.203973;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0479368;OID=.;OPOS=38377409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:4:1:0:0:5:1:0:0 chr19 38377564 . T C 241.63 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0118061;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6876;QD=14.2137;RBI=0.0481885;REFB=0.00107792;REVB=0.0467199;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124612;STB=0.564193;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000422692;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:11:17:19:20:11:17:20:20 chr19 38378539 . G C 953.45 PASS AF=0.772277;AO=78;DP=101;FAO=78;FDP=101;FR=.;FRO=23;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00597088;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.927;QD=37.7603;RBI=0.018774;REFB=-0.0341501;REVB=-0.0177993;RO=22;SAF=44;SAR=34;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112398;STB=0.500258;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101679;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:22:23:78:78:0.772277:34:44:13:9:34:44:13:10 chr19 38379446 . C T 430.71 PASS AF=0.614286;AO=35;DP=66;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00836692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.002;QD=24.612;RBI=0.00877443;REFB=-0.0161376;REVB=0.00264295;RO=26;SAF=10;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243008;STB=0.606009;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00863626;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:26:27:35:43:0.614286:25:10:15:11:30:13:15:12 chr19 38382328 . C T 844.97 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0342989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5946;QD=22.9924;RBI=0.0487597;REFB=-0.00127692;REVB=-0.0346569;RO=67;SAF=27;SAR=52;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146256;STB=0.577337;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000756892;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:68:79:79:0.537415:52:27:34:33:52:27:34:34 chr19 38384421 . C G 64.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0191143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.709;QD=12.3448;RBI=0.0337514;REFB=-0.0209095;REVB=-0.0278173;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447363;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0260046;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:21:11:12:9:9:0.428571:8:1:5:6:8:1:5:7 chr19 38573148 . G GC 274.31 PASS AF=0.705882;AO=7;DP=56;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0151989;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.755;QD=21.5148;RBI=0.024522;REFB=-0.0127677;REVB=-0.0192437;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477342;STB=0.509798;STBP=0.846;TYPE=ins;VARB=0.00772196;OID=.;OPOS=38573149;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:7:56:36:51:15:18:18:8:7:74:48:6:1:22:26 chr19 38573149 . G C 292.19 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00538851;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.923;QD=21.6434;RBI=0.0266429;REFB=-0.0116606;REVB=0.0260923;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180429;STB=0.599933;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00948982;OID=.;OPOS=38573149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:15:9:18:12:15:9 chr19 38698997 . G T 51.43 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00808594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.192;QD=5.71417;RBI=0.0404173;REFB=-0.00716681;REVB=-0.0396002;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391247;STB=0.746221;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0271391;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:20:8:5:3:20:8 chr19 38702777 . C T 189.1 PASS AF=0.287356;AO=14;DP=89;FAO=25;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0159593;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.023;QD=8.69441;RBI=0.0294721;REFB=-0.00215918;REVB=-0.0247772;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800135;STB=0.538576;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00954426;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:37:62:14:25:0.287356:9:5:11:26:14:11:24:38 chr19 38706989 . G A 82.32 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00243805;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.775;QD=17.3295;RBI=0.00392685;REFB=0.00384792;REVB=0.00307832;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00212115;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:5:4:5:5:5:4 chr19 38709568 . CA AC,TA 35.18 PASS AF=0,0.222222;AO=3,6;DP=28;FAO=0,6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.238214,-0.0710229;FXX=0.0357015;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=21.1168,37.6757;QD=5.21235;RBI=0.238642,0.0842839;REFB=-0.0535188,-0.0293541;REVB=-0.0142918,-0.045382;RO=15;SAF=3,3;SAR=0,3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741484,0.347481;STB=0.5,0.555373;STBP=1,0.777;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0898725;OID=.,.;OPOS=38709568,38709568;OREF=CA,C;OALT=AC,T;OMAPALT=AC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:28:27:15:21:3,6:0,6:0,0.222222:0,3:3,3:3:12:0,3:0,3:9:12 chr19 38794895 . T C 241.53 PASS AF=0.255474;AO=35;DP=137;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=79;FWDB=-0.0259234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.523;QD=7.05193;RBI=0.0266207;REFB=-0.0072158;REVB=-0.00605318;RO=101;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471017;STB=0.775648;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0176873;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:101:102:35:35:0.255474:13:22:23:78:13:22:23:79 chr19 38798086 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0788818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.913;QD=7.4651;RBI=0.0833463;REFB=-0.0107339;REVB=-0.0269122;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0119698;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:15:17:7:7:0.291667:5:2:8:7:5:2:9:8 chr19 38817486 . T C 464.24 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0724094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.687;QD=27.7161;RBI=0.0725794;REFB=-0.0260406;REVB=-0.00496487;RO=24;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038554;STB=0.520999;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0126025;OID=.;OPOS=38817486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:24:19:12:12:24:19:12:12 chr19 38817876 . G A 452.58 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00445445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.729;QD=30.6831;RBI=0.0342541;REFB=-0.0320178;REVB=0.0339632;RO=17;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188333;STB=0.609783;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0142036;OID=.;OPOS=38817876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:18:41:41:0.694915:24:17:13:4:24:17:14:4 chr19 38827960 . T C 412.79 PASS AF=0.780488;AO=25;DP=41;FAO=32;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0181468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.072;QD=40.2721;RBI=0.0471264;REFB=-0.021064;REVB=0.0434924;RO=9;SAF=16;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994628;STB=0.512187;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00643393;OID=.;OPOS=38827960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:9:9:25:32:0.780488:9:16:4:5:16:16:4:5 chr19 38847431 . T C 1081.01 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.876;QD=59.2332;RBI=0.043229;REFB=0;REVB=0.0377497;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262469;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:66:73:1:39:27:0:0:46:27:0:0 chr19 38852357 . T G 516.13 PASS AF=0.313636;AO=66;DP=215;FAO=69;FDP=220;FR=.;FRO=151;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=78;FSRR=73;FWDB=-0.0179242;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1529;QD=9.38421;RBI=0.02136;REFB=-0.0170431;REVB=-0.0116178;RO=148;SAF=19;SAR=47;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273757;STB=0.640285;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.040243;OID=.;OPOS=38852357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:220:148:151:66:69:0.313636:47:19:75:73:47:22:78:73 chr19 38865586 . G A 188.24 PASS AF=0.241667;AO=27;DP=120;FAO=29;FDP=120;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0191145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.693;QD=6.27454;RBI=0.0192896;REFB=-0.0100247;REVB=0.00259345;RO=93;SAF=9;SAR=18;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220583;STB=0.588723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.018192;OID=.;OPOS=38865586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:93:91:27:29:0.241667:18:9:47:46:18:11:45:46 chr19 38877168 . A G 170.08 PASS AF=0.213333;AO=26;DP=144;FAO=32;FDP=150;FR=.;FRO=118;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.00943633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.106;QD=4.53556;RBI=0.0100309;REFB=-0.00421133;REVB=0.00340222;RO=103;SAF=13;SAR=13;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130226;STB=0.631693;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0152519;OID=.;OPOS=38877168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:150:103:118:26:32:0.213333:13:13:41:62:13:19:50:68 chr19 38895609 . G A 97.39 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0621778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6231;QD=4.93122;RBI=0.0667223;REFB=0.000492983;REVB=0.0242032;RO=63;SAF=10;SAR=6;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896995;STB=0.557304;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.000746816;OID=.;OPOS=38895609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:79:79:63:63:16:16:0.202532:6:10:35:28:6:10:35:28 chr19 38905683 . A G 777.4 PASS AF=0.63964;AO=70;DP=113;FAO=71;FDP=111;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00644538;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3013;QD=28.0144;RBI=0.0491153;REFB=0.0084253;REVB=-0.0486905;RO=37;SAF=27;SAR=43;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606592;STB=0.52645;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00606308;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:37:40:70:71:0.63964:43:27:11:26:43:28:13:27 chr19 38912764 . A G 1178.67 PASS AF=1;AO=42;DP=81;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029142;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.582;QD=60.4444;RBI=0.0319072;REFB=0;REVB=-0.012993;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225408;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:78:0:0:42:78:1:32:10:0:0:51:27:0:0 chr19 38912765 . T G 379.56 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0326595;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.193;QD=19.2181;RBI=0.0671905;REFB=-0.0787005;REVB=0.058719;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188953;STB=0.598058;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00575656;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:21:17:10:30:22:17:10:30 chr19 38939408 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.901;QD=56.938;RBI=0.0142686;REFB=0;REVB=-0.0141764;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79145e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr19 38946182 . G A 704.31 PASS AF=0.645161;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00487067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.773;QD=30.2929;RBI=0.0322773;REFB=0.0209974;REVB=0.0319077;RO=33;SAF=27;SAR=33;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160647;STB=0.586951;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0128646;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:33:33:60:60:0.645161:33:27:23:10:33:27:23:10 chr19 38949904 . C T 267.19 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00282767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.189;QD=29.6878;RBI=0.0208916;REFB=-0.0571117;REVB=-0.0206994;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432098;STB=0.514007;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0255337;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:9:12:21:24:0.666667:11:10:5:4:13:11:5:7 chr19 38956803 . G A 2119.05 PASS AF=0.697581;AO=158;DP=235;FAO=173;FDP=248;FR=.;FRO=75;FSAF=89;FSAR=84;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.014987;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.698;QD=34.1782;RBI=0.0578088;REFB=-0.0478286;REVB=0.0558323;RO=75;SAF=76;SAR=82;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154152;STB=0.502355;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0158916;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:248:75:75:158:173:0.697581:82:76:38:37:84:89:38:37 chr19 38956839 . C T 544.03 PASS AF=0.338235;AO=69;DP=208;FAO=69;FDP=204;FR=.;FRO=135;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.0100162;FXX=0.0192298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.276;QD=10.6673;RBI=0.0327913;REFB=-0.00174073;REVB=0.0312242;RO=132;SAF=25;SAR=44;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927077;STB=0.556945;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00273582;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:204:132:135:69:69:0.338235:44:25:58:74:44:25:60:75 chr19 38957016 . C T 405.9 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0795858;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.313;QD=36.8997;RBI=0.0795956;REFB=0.0102892;REVB=0.0012502;RO=14;SAF=15;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628735;STB=0.560308;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00273611;OID=.;OPOS=38957016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:46:44:14:12:32:32:0.727273:17:15:5:9:17:15:3:9 chr19 38959680 . C T 120.96 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00426638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.081;QD=8.20034;RBI=0.0111721;REFB=-0.0285663;REVB=0.0103254;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136645;STB=0.581725;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0424746;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:9:8:15:27:9:8:15:27 chr19 38991516 . G A 147.47 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0118579;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.284;QD=16.3856;RBI=0.0179589;REFB=-0.00671608;REVB=0.0134875;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00653911;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr19 38991543 . G A 204.06 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0373465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.502;QD=18.1387;RBI=0.0374018;REFB=-0.00340135;REVB=0.00203434;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048064;STB=0.538425;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00453012;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:11:9:12:12:12:9:12:12 chr19 38993547 . C T 845.56 PASS AF=0.542484;AO=83;DP=152;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=16;FWDB=-0.0211906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.307;QD=22.106;RBI=0.0268341;REFB=-0.00073041;REVB=0.0164629;RO=69;SAF=57;SAR=26;SRF=53;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814166;STB=0.54658;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000573899;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:69:70:83:83:0.542484:26:57:53:16:26:57:54:16 chr19 38994910 . G A 331.91 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0108035;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.49;QD=23.2921;RBI=0.0128839;REFB=-0.0194653;REVB=-0.00701997;RO=22;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060506;STB=0.556927;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0139485;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:24:33:33:0.578947:11:22:13:9:11:22:13:11 chr19 38995438 . T C 414.39 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.031992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.669;QD=21.8099;RBI=0.031992;REFB=-0.0411762;REVB=-5.38612e-05;RO=35;SAF=9;SAR=32;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191893;STB=0.606704;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0279601;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:32:9:14:21:32:9:14:21 chr19 38995510 . T C 324.02 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0286703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.861;QD=28.8018;RBI=0.0339243;REFB=-0.0215049;REVB=-0.0181348;RO=16;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124169;STB=0.507457;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.01859;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:17:11:6:10:17:11:7:10 chr19 38995975 . G A 450.62 PASS AF=0.646154;AO=38;DP=61;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00258007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.923;QD=27.7303;RBI=0.0430005;REFB=-0.0168814;REVB=0.042923;RO=23;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135106;STB=0.585414;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0104709;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:23:23:38:42:0.646154:19:19:16:7:23:19:16:7 chr19 38996990 . T C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0104604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.75;QD=28.5593;RBI=0.0151894;REFB=0.001413;REVB=0.0110135;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334927;STB=0.5185;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000287487;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:3:7:13:7:3:7 chr19 39002725 . A G 821.52 PASS AF=0.669725;AO=69;DP=106;FAO=73;FDP=109;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0227849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.857;QD=30.1474;RBI=0.0230452;REFB=-0.0125569;REVB=-0.00345386;RO=34;SAF=28;SAR=41;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337614;STB=0.517102;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00562582;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:34:36:69:73:0.669725:41:28:12:22:43:30:13:23 chr19 39010053 . C T 340.59 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.003682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.793;QD=18.4104;RBI=0.0144596;REFB=-0.0214525;REVB=0.013983;RO=38;SAF=15;SAR=20;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304964;STB=0.659741;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0288257;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:38:35:36:0.486486:20:15:29:9:20:16:29:9 chr19 39086604 . T C 157.93 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.118605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2188;QD=25.2695;RBI=0.1293;REFB=-0.0728405;REVB=-0.0514913;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0341466;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:6:3:5:11:6:3 chr19 39100594 . G A 599.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480539;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.307;QD=61.478;RBI=0.0206136;REFB=0;REVB=0.0200456;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83554e-05;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 39101870 . T C 347.58 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0365;QD=51.4932;RBI=0.0307634;REFB=-0.0327367;REVB=0.0241965;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00251319;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:17:9:0:0:17:9:0:1 chr19 39101879 . G A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.446;QD=55.0926;RBI=0.0269609;REFB=0;REVB=0.0263003;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198399;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr19 39212400 . C T 901.87 PASS AF=0.942029;AO=63;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.119681;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.89;QD=52.2824;RBI=0.122799;REFB=-0.113638;REVB=0.0274979;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527769;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0112436;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:69:69:0:4:63:65:0.942029:31:32:0:0:31:34:4:0 chr19 39224413 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.333;QD=62.0205;RBI=0.03578;REFB=0;REVB=-0.0343612;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97751e-05;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr19 39233146 . A G 2178.26 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.882;QD=63.138;RBI=0.0412354;REFB=0;REVB=0.0410006;RO=0;SAF=52;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41513e-05;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:86:52:0:0:86:52:0:0 chr19 39322087 . T G 1189.16 PASS AF=0.666667;AO=98;DP=146;FAO=98;FDP=147;FR=.;FRO=49;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00555287;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.89;QD=32.3581;RBI=0.00803032;REFB=-0.0129882;REVB=-0.005801;RO=48;SAF=53;SAR=45;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000523105;STB=0.503422;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00704661;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:48:49:98:98:0.666667:45:53:26:22:45:53:26:23 chr19 39367111 . T C 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0443066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7713;QD=7.20334;RBI=0.0655013;REFB=0.00143088;REVB=-0.0482425;RO=50;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913415;STB=0.555494;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00383708;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:10:8:26:24:10:8:26:24 chr19 39385531 . CT C,CC 624.45 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=12,29;DP=41;FAO=7,35;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=4,13;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417581,0.0451881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.339,143.352;QD=59.471;RBI=0.0426187,0.0455113;REFB=0,0;REVB=0.00852152,0.00541419;RO=0;SAF=7,9;SAR=5,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0116458,0.0100307;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:12,29:41:7,35:42:0:4,13:3,22:0:0:20:0:7,9:5,20:0:0 chr19 39395999 . A AC,C 76.74 PASS AF=0.444444,0;AO=8,4;DP=30;FAO=12,0;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0594242,-0.0286162;FXX=0.0689417;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=79.6383,108.358;QD=11.3682;RBI=0.0666458,0.0306143;REFB=-0.00770378,-0.0431606;REVB=-0.0301734,-0.0108789;RO=18;SAF=2,0;SAR=6,4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497058,-0.734914;STB=0.842815,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.13848,0;OID=.,.;OPOS=39396000,39395999;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:27:18:15:8,4:12,0:0.444444,0:6,4:2,0:13:5:10,0:2,0:12:3 chr19 39432783 . T C 1572.48 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.035827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.091;QD=62.8991;RBI=0.0360501;REFB=-0.0339579;REVB=0.00400448;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000211612;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:99:99:0.99:39:60:0:0:39:60:1:0 chr19 39433299 . A G 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.227;QD=64.1397;RBI=0.018343;REFB=0;REVB=-0.0101505;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36375e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr19 39515823 . GCCCCCCCG GCCCCCCG,GCCCCCCGC,GGCCCCCCG 95.11 PASS AF=0.928571,0,0;AO=9,3,2;DP=25;FAO=26,0,0;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11,0,0;FSAR=15,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.158965,-0.0871322,0.0883387;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=6.96483,10.9011,13.5663;QD=13.5869;RBI=0.29202,0.0978889,0.18682;REFB=0.0160204,-0.0164895,-0.0419747;REVB=0.24496,0.0446118,0.164614;RO=5;SAF=3,2,0;SAR=6,1,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0455969,0.247694,-0.589598;STB=0.505614,0.5,0.5;STBP=0.879,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0415061,0,0;OID=.,.,.;OPOS=39515824,39515830,39515824;OREF=C,CG,C;OALT=-,GC,G;OMAPALT=GCCCCCCG,GCCCCCCGC,GGCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571,0,0:9,3,2:25:26,0,0:28:2:11,0,0:15,0,0:1:1:11:5:3,2,0:6,1,2:2:3 chr19 39592138 . C T 900.35 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0340039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.778;QD=53.7522;RBI=0.0579924;REFB=-0.146165;REVB=0.0469771;RO=3;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398659;STB=0.52112;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00129497;OID=.;OPOS=39592138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:34:30:0:3:34:30:0:3 chr19 39891161 . T C 613.45 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0152121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.52;QD=18.5892;RBI=0.0421251;REFB=-0.00494106;REVB=0.0392825;RO=69;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689782;STB=0.538191;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00557263;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:31:32:30:39:31:32:30:39 chr19 39891219 . C T 647.13 PASS AF=0.496183;AO=63;DP=130;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0126844;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.143;QD=19.7596;RBI=0.0127057;REFB=-0.0131888;REVB=0.000735647;RO=67;SAF=28;SAR=35;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171632;STB=0.503545;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.012472;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:67:66:63:65:0.496183:35:28:31:36:35:30:30:36 chr19 39913634 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3546;QD=60.2284;RBI=0.0253178;REFB=0;REVB=-0.0209517;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211196;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr19 39914748 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.043;QD=57.2026;RBI=0.0187103;REFB=0;REVB=-0.0182826;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14472e-05;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr19 39915637 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.997;QD=37.4885;RBI=0.029114;REFB=0;REVB=0.00583335;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351848;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 39915758 . C G 192.86 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00421293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.607;QD=40.6013;RBI=0.0467569;REFB=-0.0490106;REVB=0.0465668;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114072;STB=0.562426;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000951986;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:0:2:7:10:0:2 chr19 39916110 . GGGA G 896.46 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286509;FXX=0.108421;HRUN=3;LEN=3;MLLD=152.009;QD=48.4575;RBI=0.0299181;REFB=0;REVB=0.00861524;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0.0171851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.78253e-05;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:80:74:74:0:44:30:0:0:16:1:42:27:0:1 chr19 39926509 . A C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.951;QD=61.3339;RBI=0.0369512;REFB=0;REVB=0.0353996;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141078;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 39926521 . G A 565.06 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00538995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0601;QD=53.8149;RBI=0.0183712;REFB=0.0037085;REVB=0.0175627;RO=3;SAF=15;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849488;STB=0.545431;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000299921;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:24:15:3:0:24:15:3:0 chr19 39932023 . T C 2355.77 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.768;QD=60.7941;RBI=0.0446832;REFB=0;REVB=0.0437079;RO=0;SAF=55;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02995e-05;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:155:0:0:151:155:1:96:55:0:0:99:56:0:0 chr19 39932066 . T C 1769.11 PASS AF=0.983333;AO=108;DP=109;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0307176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.334;QD=58.9704;RBI=0.0530855;REFB=-0.0426391;REVB=0.0432954;RO=1;SAF=28;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166476;STB=0.505371;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00110844;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:120:1:2:108:118:0.983333:80:28:1:0:88:30:1:1 chr19 39944082 . C T 1081.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.063;QD=60.0614;RBI=0.0708615;REFB=0;REVB=0.0700019;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242689;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr19 39967318 . T C 421.3 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.231997;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2216;QD=54.3618;RBI=0.234343;REFB=0.0949299;REVB=0.0330793;RO=1;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176011;STB=0.509428;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000439579;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:26:4:0:1:26:4:0:1 chr19 39967320 . T C 357.45 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0473221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.145;QD=49.3031;RBI=0.0493769;REFB=-0.0714831;REVB=0.0140962;RO=2;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387493;STB=0.520818;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0028284;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:23:4:0:2:23:4:0:2 chr19 39967322 . T C 283.84 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0690899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6146;QD=43.6679;RBI=0.100297;REFB=-0.182103;REVB=0.0727052;RO=3;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677087;STB=0.536555;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0199137;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:19:4:0:3:19:4:0:3 chr19 39994711 . T C 1543.75 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2034;QD=63.0104;RBI=0.0300306;REFB=0;REVB=0.0264684;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165412;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:95:98:1:43:52:0:0:45:53:0:0 chr19 40009396 . A G 251.44 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0247414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.2725;QD=27.1826;RBI=0.0257623;REFB=0.00258295;REVB=-0.00718031;RO=12;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907561;STB=0.573398;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00259443;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:12:14:23:23:0.621622:11:12:8:4:11:12:10:4 chr19 40023308 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.788;QD=47.8224;RBI=0.0307584;REFB=0;REVB=0.0307362;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127801;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:5:11:0:0 chr19 40030654 . G C 554.22 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00717961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.599;QD=30.3681;RBI=0.0368317;REFB=-0.0517879;REVB=0.0361251;RO=23;SAF=19;SAR=30;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289889;STB=0.509961;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0214166;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:24:49:49:0.671233:30:19:10:13:30:19:10:14 chr19 40030704 . C T 385.16 PASS AF=0.364341;AO=46;DP=128;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0169868;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.017;QD=11.9428;RBI=0.037517;REFB=-0.026544;REVB=-0.0334511;RO=76;SAF=27;SAR=19;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152789;STB=0.59327;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0262724;OID=.;OPOS=40030704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:76:82:46:47:0.364341:19:27:34:42:20:27:35:47 chr19 40149297 . T A 1513.93 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419974;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6564;QD=63.7444;RBI=0.0649869;REFB=0;REVB=0.0648511;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215924;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr19 40170053 . G A 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00412072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.746;QD=11.9177;RBI=0.00437064;REFB=-0.0277127;REVB=-0.00145677;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0405527;OID=.;OPOS=40170053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:2:5:4:4:2:5:5:4 chr19 40316080 . AGGGGGGGT AGGGGGGGG,AGGGGGGT 30.27 PASS AF=0,0.314286;AO=3,7;DP=38;FAO=0,11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0467848,0.174016;FXX=0.0540395;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=103.477,7.19872;QD=3.4597;RBI=0.0469357,0.180067;REFB=-0.000754705,-0.0203297;REVB=0.00376104,-0.0462898;RO=19;SAF=0,4;SAR=3,3;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.523984,0.347455;STB=0.5,0.555457;STBP=1,0.67;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0488113;OID=.,.;OPOS=40316088,40316081;OREF=T,G;OALT=G,-;OMAPALT=AGGGGGGGG,AGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.314286:3,7:38:0,11:35:24:0,5:0,6:9:15:31:19:0,4:3,3:5:14 chr19 40363020 . G A 281.79 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00488196;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.217;QD=16.1023;RBI=0.00543031;REFB=-0.0226339;REVB=0.00237797;RO=33;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223598;STB=0.64696;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0395737;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:33:39:31:31:0.442857:9:22:16:17:9:22:18:21 chr19 40363926 . C G 115.38 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00712183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3736;QD=8.87498;RBI=0.0343847;REFB=-0.020052;REVB=-0.0336391;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714096;STB=0.543249;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0469517;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:9:6:17:20:9:6:17:20 chr19 40366362 . G C 286.67 PASS AF=0.37234;AO=31;DP=90;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00140082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.053;QD=12.1989;RBI=0.00216911;REFB=-0.0206657;REVB=0.00165612;RO=59;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440855;STB=0.517651;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0385391;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:59:59:31:35:0.37234:18:13:27:32:18:17:27:32 chr19 40368330 . C T 76.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00389998;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.88;QD=4.72165;RBI=0.0125577;REFB=0.0267119;REVB=-0.0119368;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724128;STB=0.891449;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0564059;OID=.;OPOS=40368330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:66:65:32:48:9:9:0.138462:1:8:6:26:1:8:20:28 chr19 40368376 . A T 31.01 PASS AF=0.0825688;AO=10;DP=110;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.0415656;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5816;QD=1.13816;RBI=0.0711552;REFB=-0.00794865;REVB=0.0577526;RO=99;SAF=9;SAR=1;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531585;STB=0.900127;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.106496;OID=.;OPOS=40368376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:109:99:100:10:9:0.0825688:1:9:42:57:1:8:43:57 chr19 40368395 . C T 346.44 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0154119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.974;QD=13.3248;RBI=0.0154159;REFB=-0.0159554;REVB=0.000350665;RO=62;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232338;STB=0.616966;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0221936;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:63:40:41:0.394231:17:23:22:40:18:23:23:40 chr19 40368498 . AA CC 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023884;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=2;MLLD=228.289;QD=63.8846;RBI=0.0239967;REFB=0;REVB=-0.0023231;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.66736e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr19 40368520 . G C 51.51 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0151948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4598;QD=7.92388;RBI=0.0342532;REFB=-0.00594324;REVB=0.0306985;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0143705;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:8:10:4:4:8:10 chr19 40374034 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.010989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5721;QD=26.601;RBI=0.0253795;REFB=0.0359524;REVB=0.0228772;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00965522;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr19 40376675 . G A 40.93 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.1489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8682;QD=3.72136;RBI=0.157893;REFB=-0.0197564;REVB=0.0525277;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387193;STB=0.789759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0901416;OID=.;OPOS=40376675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:36:37:7:7:0.159091:1:6:21:15:1:6:21:16 chr19 40376880 . T C 163.79 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0195956;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.014;QD=9.22776;RBI=0.0674983;REFB=-0.00437384;REVB=-0.0645913;RO=49;SAF=8;SAR=14;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328811;STB=0.692902;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00642675;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:49:22:22:0.309859:14:8:32:17:14:8:32:17 chr19 40392482 . A G 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0169563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5766;QD=27.2504;RBI=0.0469634;REFB=0.0224269;REVB=-0.0437955;RO=17;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10374;STB=0.571374;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0127235;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:9:18:9:8:9:18:9:9 chr19 40392631 . G A 327.94 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0297154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.601;QD=30.5057;RBI=0.101107;REFB=-0.0484264;REVB=0.0966422;RO=14;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090103;STB=0.55858;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0367994;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:12:16:10:4:12:16:11:4 chr19 40406019 . G A 577.94 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0248932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.452;QD=24.3344;RBI=0.0248969;REFB=-0.0229381;REVB=0.000425467;RO=42;SAF=27;SAR=26;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651476;STB=0.535701;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0241348;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:26:27:18:24:26:27:18:24 chr19 40408268 . G T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0552277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6649;QD=5.19177;RBI=0.0651482;REFB=0.00317727;REVB=0.0345571;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667511;STB=0.504412;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0154407;OID=.;OPOS=40408268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:11:15:4:3:11:15 chr19 40408821 . C G 80.29 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0121339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6547;QD=16.903;RBI=0.0220246;REFB=-0.0255928;REVB=0.0183807;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128055;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0210022;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:4:5:4:6:4:5 chr19 40719076 . T C 83.58 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00399309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.875;QD=20.8947;RBI=0.0639491;REFB=-0.028484;REVB=-0.0638243;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299059;STB=0.699599;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00879642;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:3:7:1:4:3:7:1:5 chr19 40721215 . G A 585.81 PASS AF=0.641975;AO=50;DP=80;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00288473;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6066;QD=28.9288;RBI=0.0281349;REFB=-0.0399522;REVB=0.0279866;RO=28;SAF=19;SAR=31;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935777;STB=0.541907;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0144577;OID=.;OPOS=40721215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:28:29:50:52:0.641975:31:19:7:21:32:20:8:21 chr19 40739513 . A G 310.33 PASS AF=0.584906;AO=29;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0101641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.121;QD=23.4212;RBI=0.0235881;REFB=-0.00797175;REVB=0.0212859;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258503;STB=0.523914;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00487784;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:29:31:0.584906:12:17:13:8:13:18:14:8 chr19 40900865 . C T 185.19 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0254194;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.377;QD=8.23065;RBI=0.0259729;REFB=-0.0110162;REVB=0.00533375;RO=63;SAF=14;SAR=11;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334559;STB=0.529495;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0293297;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:63:65:25:25:0.277778:11:14:37:26:11:14:39:26 chr19 40903618 . G C 129.47 PASS AF=0.8125;AO=11;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0107813;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.194;QD=32.3683;RBI=0.0181266;REFB=-0.00966532;REVB=-0.0145718;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0022573;OID=.;OPOS=40903618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:1:3:11:13:0.8125:7:4:1:0:7:6:2:1 chr19 40928944 . A G 734.12 PASS AF=0.645833;AO=62;DP=96;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0229326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.9;QD=30.5882;RBI=0.0281887;REFB=-0.038951;REVB=-0.016392;RO=34;SAF=28;SAR=34;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510592;STB=0.527656;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0201002;OID=.;OPOS=40928944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:34:62:62:0.645833:34:28:18:16:34:28:18:16 chr19 40929363 . T C 553.11 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0411558;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.968;QD=24.3123;RBI=0.0442688;REFB=-0.0386739;REVB=-0.0163073;RO=40;SAF=24;SAR=27;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367608;STB=0.520148;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.026597;OID=.;OPOS=40929363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:40:40:51:51:0.56044:27:24:17:23:27:24:17:23 chr19 40964312 . G A 562.15 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.039609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.862;QD=26.454;RBI=0.0402372;REFB=-0.0447189;REVB=-0.00708262;RO=34;SAF=22;SAR=29;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368378;STB=0.520087;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0303877;OID=.;OPOS=40964312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:29:22:13:21:29:22:13:21 chr19 41008049 . A G 781.92 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401506;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4867;QD=56.8665;RBI=0.0470122;REFB=0;REVB=0.0244555;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122184;OID=.;OPOS=41008049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:51:55:1:28:23:0:0:32:23:0:0 chr19 41012190 . C T 708.77 PASS AF=0.652174;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=92;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0070668;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.613;QD=30.8162;RBI=0.026992;REFB=-0.00508653;REVB=0.0260505;RO=30;SAF=25;SAR=35;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113789;STB=0.562023;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00185093;OID=.;OPOS=41012190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:30:32:60:60:0.652174:35:25:18:12:35:25:19:13 chr19 41038574 . G A 264.53 PASS AF=0.571429;AO=25;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0482344;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.765;QD=25.1935;RBI=0.0531808;REFB=-0.0330706;REVB=-0.0223973;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18986;STB=0.634659;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0398353;OID=.;OPOS=41038574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:18:25:24:0.571429:12:13:4:12:11:13:4:14 chr19 41078220 . G C 477.24 PASS AF=0.788462;AO=40;DP=51;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00312986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6983;QD=36.7109;RBI=0.0199058;REFB=0.0130304;REVB=0.0196582;RO=10;SAF=24;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113179;STB=0.55339;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00222502;OID=.;OPOS=41078220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:51:52:10:11:40:41:0.788462:16:24:3:7:16:25:4:7 chr19 41086309 . G C 595.18 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0243802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.086;QD=20.8834;RBI=0.0387546;REFB=-0.0294701;REVB=-0.0301252;RO=54;SAF=34;SAR=26;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557224;STB=0.530602;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0339549;OID=.;OPOS=41086309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:26:34:34:20:26:34:34:20 chr19 41089390 . G C 339.67 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0178754;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.94;QD=20.903;RBI=0.0378571;REFB=-0.00533635;REVB=0.0333711;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220643;STB=0.625581;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00443038;OID=.;OPOS=41089390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:18:16:22:8:19:16:22:8 chr19 41096189 . A G 426.89 PASS AF=0.645161;AO=39;DP=61;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00141145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.754;QD=27.541;RBI=0.00424507;REFB=-0.0268191;REVB=-0.00400355;RO=22;SAF=16;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906028;STB=0.543138;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0121432;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:22:39:40:0.645161:23:16:12:10:23:17:12:10 chr19 41097276 . C G 496.23 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00208118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.534;QD=29.1898;RBI=0.00249478;REFB=-0.0217109;REVB=-0.00137571;RO=23;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101536;STB=0.555096;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0103597;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:23:22:15:8:23:22:15:8 chr19 41111069 . G A 441.7 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0839447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0842;QD=29.4466;RBI=0.0853239;REFB=-0.0830532;REVB=0.0152793;RO=17;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109469;STB=0.561067;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0521032;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:19:41:41:0.683333:25:16:10:7:25:16:11:8 chr19 41117869 . A G 393.43 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00321992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8676;QD=25.3826;RBI=0.0234022;REFB=-0.0122456;REVB=0.0231796;RO=24;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520778;STB=0.528483;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.010378;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:21:17:9:15:21:17:9:15 chr19 41118056 . A G 251.3 PASS AF=0.657143;AO=21;DP=33;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00252522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.275;QD=28.7195;RBI=0.00552494;REFB=-0.0154667;REVB=-0.00491409;RO=12;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262149;STB=0.60368;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0085123;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:35:12:12:21:23:0.657143:16:5:7:5:16:7:7:5 chr19 41123093 . A AG,AGG,G 458.92 PASS AF=1,0,0;AO=24,6,3;DP=45;FAO=39,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130067,-0.0760322,-0.152198;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,2,1;MLLD=18.1132,10.0964,136.371;QD=47.069;RBI=0.251085,0.128289,0.153166;REFB=0,0,0;REVB=-0.214771,-0.103331,-0.0171931;RO=12;SAF=14,1,3;SAR=10,5,0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0513833,-0.403885,0.637912;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00915537,0,0;OID=.,.,.;OPOS=41123094,41123094,41123093;OREF=-,-,A;OALT=G,GG,G;OMAPALT=AG,AGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:39:12:0:24,6,3:39,0,0:1,0,0:10,5,0:14,1,3:6:6:21,0,0:18,0,0:0:0 chr19 41129842 . C T 153.35 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0106693;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1511;QD=18.0409;RBI=0.0204101;REFB=-0.0271631;REVB=0.0173994;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796379;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0300107;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:10:7:8:8:10:8 chr19 41173904 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0247053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.758;QD=16.199;RBI=0.0247053;REFB=-0.0643953;REVB=0;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326184;OID=.;OPOS=41173904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:0:5:3:0:0:5:3:0 chr19 41186879 . A G 472.3 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=47;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.013465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3277;QD=40.1955;RBI=0.0254666;REFB=-0.0955875;REVB=-0.0216158;RO=11;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590407;STB=0.531897;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0221583;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:11:11:36:36:0.765957:18:18:4:7:18:18:4:7 chr19 41198129 . G A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.000152586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.577;QD=11.8149;RBI=0.00554041;REFB=-0.00289938;REVB=0.00553831;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436819;STB=0.748505;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00906357;OID=.;OPOS=41198129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:23:13:13:0.361111:10:3:14:8:10:3:14:9 chr19 41209477 . C T 510.93 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.022623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.896;QD=32.4397;RBI=0.022648;REFB=-0.0372879;REVB=-0.00106432;RO=18;SAF=31;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469562;STB=0.525412;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0146981;OID=.;OPOS=41209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:18:45:45:0.714286:14:31:11:7:14:31:11:7 chr19 41211056 . T C 73.41 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0548292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.337;QD=9.47264;RBI=0.089505;REFB=-0.0134776;REVB=-0.0707454;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101142;STB=0.561915;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0454621;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:13:8:3:7:13:8 chr19 41248009 . C T 360.25 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00820098;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.229;QD=31.3262;RBI=0.0096566;REFB=-0.0372258;REVB=0.00509841;RO=16;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294018;STB=0.516118;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0181296;OID=.;OPOS=41248009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:10:20:10:6:10:20:10:6 chr19 41255500 . C G 147.1 PASS AF=0.75;AO=13;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0315012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8183;QD=29.4201;RBI=0.0827935;REFB=-0.132101;REVB=0.0765666;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214904;STB=0.608563;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0279119;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:19:20:5:5:13:15:0.75:8:5:0:5:9:6:0:5 chr19 41302577 . TCCCCC TCCCC,TCCCCT 76.42 PASS AF=0.17,0.1;AO=23,10;DP=96;FAO=17,10;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=16,10;FSAR=1,0;FSRF=59;FSRR=14;FWDB=-0.137316,-0.00776117;FXX=0.0196059;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.1579,21.2228;QD=3.05671;RBI=0.141732,0.0137198;REFB=-0.0808156,-0.0635373;REVB=-0.0351021,0.0113136;RO=54;SAF=21,10;SAR=2,0;SRF=42;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.3239,0.623705;STB=0.761489,0.99834;STBP=0.086,0.046;TYPE=del,snp;VARB=-0.00083187,0.144813;OID=.,.;OPOS=41302578,41302582;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.17,0.1:23,10:96:17,10:100:73:16,10:1,0:59:14:35:54:21,10:2,0:42:12 chr19 41316355 . T C 203.31 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0566177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4463;QD=14.2677;RBI=0.0684487;REFB=0.00547539;REVB=0.0384664;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127291;STB=0.507902;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0131879;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:24:24:0.421053:17:7:9:23:17:7:10:23 chr19 41316370 . T C 247.68 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0220483;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.706;QD=24.1643;RBI=0.0317831;REFB=-0.0269436;REVB=-0.0228919;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169282;STB=0.594912;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0200487;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:17:6:8:10:17:6:8:10 chr19 41350664 . A T 765.6 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0774647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.282;QD=51.9053;RBI=0.0779756;REFB=-0.033432;REVB=0.00891139;RO=2;SAF=16;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169178;STB=0.502958;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00143409;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:2:3:56:56:0.949153:40:16:1:1:40:16:1:2 chr19 41497274 . C T 457.28 PASS AF=0.764706;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0443081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.01;QD=35.8652;RBI=0.0460487;REFB=-0.0144591;REVB=0.0125412;RO=12;SAF=20;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781258;STB=0.542147;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00401271;OID=.;OPOS=41497274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:51:12:12:39:39:0.764706:19:20:4:8:19:20:4:8 chr19 41512841 . G T 848.38 PASS AF=0.556338;AO=78;DP=140;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00425135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3956;QD=23.8979;RBI=0.0193565;REFB=-0.0106434;REVB=-0.0188839;RO=61;SAF=36;SAR=42;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112097;STB=0.510544;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00796058;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:61:63:78:79:0.556338:42:36:29:32:42:37:31:32 chr19 41531522 . G T 953.34 PASS AF=0.590278;AO=85;DP=146;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.014723;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2912;QD=26.4815;RBI=0.0335919;REFB=-0.0104971;REVB=0.0301936;RO=59;SAF=35;SAR=50;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099658;STB=0.554164;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00612332;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:59:59:85:85:0.590278:50:35:32:27:50:35:32:27 chr19 41531597 . C G 395.08 PASS AF=0.299435;AO=53;DP=178;FAO=53;FDP=177;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.0153303;FXX=0.00561766;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.77;QD=8.9283;RBI=0.0158665;REFB=-0.00214803;REVB=-0.00409016;RO=124;SAF=35;SAR=18;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150942;STB=0.588399;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00508083;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:124:124:53:53:0.299435:18:35:67:57:18:35:67:57 chr19 41531656 . A C 1179.77 PASS AF=0.68;AO=102;DP=152;FAO=102;FDP=150;FR=.;FRO=48;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.00794839;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.924;QD=31.4605;RBI=0.0285361;REFB=-0.0232987;REVB=0.0274068;RO=48;SAF=65;SAR=37;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464497;STB=0.524931;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0119009;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:48:48:102:102:0.68:37:65:34:14:37:65:34:14 chr19 41531705 . G A 718.78 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0240314;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.332;QD=32.6716;RBI=0.0266808;REFB=-0.0103029;REVB=-0.0115912;RO=26;SAF=44;SAR=16;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146948;STB=0.585748;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0029595;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:26:28:60:60:0.681818:16:44:24:2:16:44:26:2 chr19 41533009 . T C 239.61 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0317996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.457;QD=18.084;RBI=0.0465539;REFB=-0.0361605;REVB=-0.0340008;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162518;STB=0.591456;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0322548;OID=.;OPOS=41533009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:13:14:9:17:13:14 chr19 41533028 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0544923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5685;QD=16.0284;RBI=0.0555783;REFB=-0.0123368;REVB=0.0109332;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139576;STB=0.579121;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0166886;OID=.;OPOS=41533028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:15:15:9:16:15:15 chr19 41533049 . G A 218.38 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0249823;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1543;QD=15.5988;RBI=0.0377896;REFB=-0.0111094;REVB=0.0283539;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139576;STB=0.57137;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0151585;OID=.;OPOS=41533049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:31:25:25:0.446429:9:16:15:15:9:16:16:15 chr19 41533087 . T C 154.88 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0700921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6075;QD=9.24632;RBI=0.094488;REFB=-0.0033271;REVB=-0.0633646;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512669;STB=0.543593;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00442411;OID=.;OPOS=41533087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:44:46:21:21:0.313433:10:11:25:19:10:11:27:19 chr19 41533112 . C T 112.37 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0177799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.555;QD=6.60995;RBI=0.039038;REFB=-0.0168364;REVB=0.034754;RO=51;SAF=8;SAR=9;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239057;STB=0.644892;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0512194;OID=.;OPOS=41533112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:9:8:34:17:9:8:34:17 chr19 41533133 . G A 47.28 PASS AF=0.140625;AO=10;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.019957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4073;QD=2.95511;RBI=0.0219933;REFB=-0.0190174;REVB=0.00924229;RO=53;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282394;STB=0.666297;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.104066;OID=.;OPOS=41533133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:64:53:55:10:9:0.140625:7:3:28:25:6:3:29:26 chr19 41596414 . C T 404.37 PASS AF=0.335526;AO=51;DP=152;FAO=51;FDP=152;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.0115404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2431;QD=10.6412;RBI=0.0394469;REFB=-0.00136266;REVB=-0.0377211;RO=101;SAF=28;SAR=23;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186448;STB=0.606947;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00212519;OID=.;OPOS=41596414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:101:101:51:51:0.335526:23:28:39:62:23:28:39:62 chr19 41622106 . AG AGC,GC 240.73 PASS AF=0.560976,0.0487805;AO=22,3;DP=41;FAO=23,2;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12,2;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0606564,-0.051689;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=22.3117,22.5612;QD=23.4859;RBI=0.0675868,0.0536736;REFB=0.0168879,0.0196766;REVB=0.0298124,-0.0144605;RO=15;SAF=11,3;SAR=11,0;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0729464,0.589173;STB=0.516764,0.993941;STBP=0.835,0.19;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0107761,0.0261392;OID=.,.;OPOS=41622108,41622106;OREF=-,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:22,3:23,2:0.560976,0.0487805:11,0:11,3:9:6:11,0:12,2:9:7 chr19 41622189 . G A 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00141871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.922;QD=25.2448;RBI=0.0344831;REFB=-0.00982502;REVB=0.0344539;RO=21;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967708;STB=0.513545;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00672426;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:11:17:13:8:11:17:14:8 chr19 41700493 . G C 1010.48 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.32;QD=58.5787;RBI=0.0721224;REFB=0;REVB=0.0365594;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260476;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:69:1:0:64:69:1:27:37:1:0:29:40:0:0 chr19 41743861 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00348875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.23;QD=57.3935;RBI=0.00349043;REFB=0.0323867;REVB=-0.000108351;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000203737;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:1:0:10:27:1:0 chr19 41743932 . GC G 50.98 PASS AF=0.68;AO=13;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0484458;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.87068;QD=8.15638;RBI=0.0504126;REFB=-0.0450645;REVB=-0.013944;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.588683;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.0823454;OID=.;OPOS=41743933;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68:13:24:17:25:8:9:8:2:6:24:7:6:7:1:6 chr19 41838174 . C T 300.63 PASS AF=0.362745;AO=36;DP=104;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00179575;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.774;QD=11.7896;RBI=0.00347122;REFB=-0.00836268;REVB=0.00297062;RO=68;SAF=23;SAR=13;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145023;STB=0.583963;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0150122;OID=.;OPOS=41838174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:68:65:36:37:0.362745:13:23:35:33:14:23:32:33 chr19 41848139 . GC AG,G 249.21 PASS AF=0,1;AO=2,16;DP=25;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017152,-0.0577536;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=7.84178,16.1015;QD=38.3406;RBI=0.0793969,0.104335;REFB=-0.118784,-0.0750135;REVB=0.0793784,0.0868925;RO=4;SAF=2,5;SAR=0,11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0.397173;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,-0.0763516;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0217568;OID=.,.;OPOS=41848139,41848140;OREF=GC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:25:26:4:0:2,16:0,26:0,1:0,11:2,5:2:2:0,14:0,12:0:0 chr19 41858921 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0845364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.972;QD=14.7985;RBI=0.0888576;REFB=-0.00536717;REVB=-0.0273729;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377809;STB=0.709427;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00757386;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:0:13:9:2:0:13 chr19 41869392 . T C 642.74 PASS AF=0.577982;AO=56;DP=102;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00861178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.719;QD=23.5868;RBI=0.0154683;REFB=-0.0178957;REVB=0.0128494;RO=45;SAF=28;SAR=28;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135711;STB=0.582945;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0100823;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:109:45:46:56:63:0.577982:28:28:30:15:33:30:31:15 chr19 41889748 . T C 848.27 PASS AF=0.611111;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=126;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.022032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9968;QD=26.9293;RBI=0.0225294;REFB=-0.0347313;REVB=0.00470811;RO=48;SAF=29;SAR=48;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163908;STB=0.585343;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0349874;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:48:49:77:77:0.611111:48:29:29:19:48:29:29:20 chr19 41903220 . G A 551.68 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.005656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.286;QD=29.8207;RBI=0.0141256;REFB=-0.0337075;REVB=0.0129438;RO=25;SAF=24;SAR=25;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310456;STB=0.516835;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0154165;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:25:24:11:14:25:24:11:14 chr19 41928652 . C T 225.33 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0597735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1059;QD=27.3131;RBI=0.0639184;REFB=0.0097773;REVB=0.0226425;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701954;STB=0.538868;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00330336;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:7:5:11:10:7:5 chr19 41930396 . A G 426.71 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0103532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=27.5297;RBI=0.0188509;REFB=-0.0011194;REVB=0.0157533;RO=22;SAF=12;SAR=28;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.551975;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000637305;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:28:12:4:18:28:12:4:18 chr19 41932084 . G T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0279177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.588;QD=15.2928;RBI=0.0419327;REFB=0.00618147;REVB=0.0312882;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448105;STB=0.758111;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0115572;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:1:8:3:6:1:8 chr19 41932120 . C T 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0999771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1595;QD=14.0417;RBI=0.100653;REFB=-0.022017;REVB=-0.0116451;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0435974;OID=.;OPOS=41932120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr19 41932275 . T C 184.14 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00321957;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2675;QD=26.3058;RBI=0.0798557;REFB=-0.0536063;REVB=0.0797908;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289752;STB=0.516111;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0344186;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:6:4:8:10:6:4 chr19 41937095 . G A 259.7 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00350626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.153;QD=9.89329;RBI=0.0149775;REFB=-0.0275276;REVB=0.0145613;RO=71;SAF=19;SAR=15;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726109;STB=0.542144;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0498778;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:15:19:44:27:15:19:44:27 chr19 41939297 . C G 196.21 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00527357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.769;QD=10.9006;RBI=0.0152801;REFB=-0.0298357;REVB=-0.0143412;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192559;STB=0.627224;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0591644;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:47:24:25:0.347222:11:13:17:29:11:14:17:30 chr19 41944237 . T C 69.54 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0131213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.473;QD=4.27926;RBI=0.0245506;REFB=-0.00621836;REVB=-0.02075;RO=51;SAF=4;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288435;STB=0.673182;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0566998;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:65:51:53:12:12:0.184615:8:4:29:22:8:4:29:24 chr19 41945837 . T A 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0115994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.436;QD=10.5911;RBI=0.0115999;REFB=-0.00160508;REVB=-0.000102283;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172683;STB=0.600225;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00189095;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:10:11:27:13:10:11:27:13 chr19 42070360 . C T 1028.05 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225386;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.476;QD=59.5972;RBI=0.0364915;REFB=0;REVB=0.0286991;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164616;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr19 42070528 . G C 1138.22 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161351;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.587;QD=60.7049;RBI=0.0162078;REFB=0;REVB=0.00153311;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35681e-06;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr19 42071289 . T C 3458.63 PASS AF=0.99115;AO=222;DP=229;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=159;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00189515;FXX=0.0130999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8523;QD=61.2147;RBI=0.0371194;REFB=-0.17983;REVB=0.037071;RO=1;SAF=158;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300646;STB=0.502249;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000365131;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:229:226:1:2:222:224:0.99115:64:158:1:0:65:159:1:1 chr19 42082695 . G T 154.86 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00288975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.21;QD=22.9423;RBI=0.0417103;REFB=-0.0117397;REVB=0.0416101;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785172;STB=0.544131;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00720224;OID=.;OPOS=42082695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:5:6:7:9:5:6 chr19 42083849 . C A 1607.84 PASS AF=0.957265;AO=107;DP=112;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.036481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1677;QD=54.9689;RBI=0.0369422;REFB=-0.175051;REVB=0.00581875;RO=5;SAF=64;SAR=43;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000164473;STB=0.50032;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00712855;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:112:117:5:5:107:112:0.957265:43:64:3:2:44:68:3:2 chr19 42085873 . A G 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.323;QD=61.3752;RBI=0.032511;REFB=0;REVB=0.00898317;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97204e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr19 42190859 . A T 701.49 PASS AF=0.625;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0185828;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3933;QD=29.2286;RBI=0.0465512;REFB=-0.0293632;REVB=-0.0426813;RO=37;SAF=34;SAR=26;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987912;STB=0.560325;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0274463;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:37:36:60:60:0.625:26:34:26:11:26:34:26:10 chr19 42221607 . A G 1135.05 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991522;FXX=0.0624922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.02;QD=60.5359;RBI=0.0991606;REFB=0;REVB=0.00129177;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034593;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:70:75:1:37:33:0:0:39:36:0:0 chr19 42224111 . C T 251.27 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0198188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.748;QD=27.164;RBI=0.0281015;REFB=-0.00180679;REVB=-0.0199227;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183875;STB=0.518852;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00119037;OID=.;OPOS=42224111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:12:10:6:8:12:11:6:8 chr19 42260569 . G A 516.67 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.00153699;FXX=0.0404601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7474;QD=12.4498;RBI=0.00292116;REFB=0.00461241;REVB=0.00248412;RO=101;SAF=30;SAR=31;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400277;STB=0.521938;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00229381;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:105:61:61:0.36747:31:30:46:55:31:30:48:57 chr19 42265889 . G T 185.61 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0199861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6413;QD=7.13875;RBI=0.0553422;REFB=-0.00237641;REVB=-0.0516073;RO=64;SAF=20;SAR=7;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321298;STB=0.668089;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00919886;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:77:27:27:0.259615:7:20:31:33:7:20:41:36 chr19 42315281 . G T 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00609455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.492;QD=7.53852;RBI=0.00880986;REFB=-0.00825826;REVB=0.00636162;RO=55;SAF=8;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112988;STB=0.569395;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0139496;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:57:21:21:0.269231:13:8:26:29:13:8:27:30 chr19 42342319 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0101717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.494;QD=6.26149;RBI=0.0241804;REFB=-0.00122037;REVB=0.021937;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557603;STB=0.535979;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0037334;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:10:11:4:3:10:11 chr19 42354629 . T C 107.83 PASS AF=0.27451;AO=10;DP=47;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0240689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.665;QD=8.45751;RBI=0.0273364;REFB=0.00222961;REVB=-0.0129602;RO=35;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233722;STB=0.542312;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00705879;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:35:37:10:14:0.27451:3:7:18:17:6:8:19:18 chr19 42392130 . T C 798.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.029;QD=63.8851;RBI=0.039215;REFB=0;REVB=0.0348654;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80304e-05;OID=.;OPOS=42392130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:23:24:0:0:25:25:0:0 chr19 42392309 . TC T,TT 835.96 PASS AF=0.0163934,0.983607;AO=15,44;DP=61;FAO=1,60;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585076,0.156932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.2045,115.769;QD=54.8171;RBI=0.0778524,0.16317;REFB=-0.0822882,-0.0240232;REVB=0.05136,0.0446867;RO=1;SAF=8,16;SAR=7,28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0607183,0.0164853;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0169292,0.00187126;OID=.,.;OPOS=42392310,42392310;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0163934,0.983607:15,44:61:1,60:61:0:0,24:1,36:0:0:3:1:8,16:7,28:0:1 chr19 42392311 . G T 63.17 PASS AF=0.196721;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0843796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.114;QD=4.14214;RBI=0.096591;REFB=-0.0287987;REVB=-0.0470096;RO=48;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150707;STB=0.52404;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.151826;OID=.;OPOS=42392311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:59:61:48:49:11:12:0.196721:7:4:18:30:7:5:19:30 chr19 42400537 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC 103.8 PASS AF=0.576923,0.0769231;AO=10,2;DP=26;FAO=15,2;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7,2;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0734027,0.112036;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.5096,25.6845;QD=15.9695;RBI=0.251626,0.191569;REFB=-0.100038,-0.0641306;REVB=0.240682,0.155392;RO=11;SAF=5,2;SAR=5,0;SRF=2;SRR=9;SSEN=0.344828,0;SSEP=0,0;SSSB=0.289235,0.711767;STB=0.593102,0.996368;STBP=0.244,0.05;TYPE=del,snp;VARB=0.148142,0.0086733;OID=.,.;OPOS=42400538,42400542;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923,0.0769231:10,2:26:15,2:26:9:7,2:8,0:2:7:33:11:5,2:5,0:2:9 chr19 42463447 . C T 726.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.208;QD=63.1716;RBI=0.0877516;REFB=0;REVB=0.0442004;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249788;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr19 42471050 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448082;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.688;QD=37.4885;RBI=0.00448082;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18973e-05;OID=.;OPOS=42471050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 42489516 . A C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.335;QD=60.2549;RBI=0.0424951;REFB=0;REVB=0.0313214;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53444e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:59:50:0:0:59:50:0:0 chr19 42572987 . C T 854.68 PASS AF=1;AO=49;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392072;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5437;QD=55.1407;RBI=0.0650688;REFB=-0.0387239;REVB=0.0519302;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955742;OID=.;OPOS=42572987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:62:0:0:49:62:1:17:32:0:0:22:40:0:0 chr19 42621463 . T G,TG 44.85 PASS AF=0,0.333333;AO=2,6;DP=28;FAO=0,8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-8.78663e-05,-0.00621963;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.059,17.2523;QD=7.47421;RBI=0.0275179,0.0568494;REFB=-0.0274428,-0.0791695;REVB=-0.0275177,-0.0565081;RO=20;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.396346,-0.0362124;STB=0.5,0.583101;STBP=1,0.729;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.139859;OID=.,.;OPOS=42621463,42621464;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:28:24:20:16:2,6:0,8:0,0.333333:0,1:2,5:17:3:0,1:0,7:13:3 chr19 42736267 . A G 1348.14 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0639011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.319;QD=59.9175;RBI=0.0660391;REFB=-0.0392031;REVB=0.0166679;RO=2;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175454;STB=0.509257;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000131331;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:53:35:0:2:53:35:0:2 chr19 42814856 . G A 252.17 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0130272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.932;QD=34.7815;RBI=0.0131791;REFB=0.0119536;REVB=0.00199515;RO=7;SAF=2;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314492;STB=0.675478;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00297304;OID=.;OPOS=42814856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:20:2:3:4:20:2:3:4 chr19 42830556 . A G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.123131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.397;QD=12.7281;RBI=0.128058;REFB=0.00656596;REVB=-0.0351772;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303064;STB=0.682485;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0162056;OID=.;OPOS=42830556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:6:6:7:2:6:6 chr19 42854443 . C T 69.77 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0745902;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5191;QD=8.20777;RBI=0.0814636;REFB=-0.0262755;REVB=-0.0327507;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.602613;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0665503;OID=.;OPOS=42854443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:34:21:22:8:9:0.264706:4:4:8:13:4:5:9:13 chr19 42855889 . AT ATC,TC 82.44 PASS AF=0.240506,0.0506329;AO=23,4;DP=81;FAO=19,4;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=17,4;FSAR=2,0;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0734218,-0.0454089;FXX=0.0124984;HRUN=0,2;LEN=1,2;MLLD=31.3301,44.9685;QD=4.17407;RBI=0.0849007,0.0676694;REFB=-0.0413177,-0.0275744;REVB=-0.0426306,-0.0501715;RO=50;SAF=15,4;SAR=8,0;SRF=19;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.310873,0.590666;STB=0.901631,0.998088;STBP=0.001,0.007;TYPE=ins,mnp;VARB=0.167195,-0.00294313;OID=.,.;OPOS=42855891,42855889;OREF=-,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=ATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:81:79:50:56:23,4:19,4:0.240506,0.0506329:8,0:15,4:19:31:2,0:17,4:19:37 chr19 42872731 . GC G 36.56 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0948353;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.91298;QD=5.62496;RBI=0.17646;REFB=-0.147776;REVB=0.14881;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.334694;SSEP=0;SSSB=0.305863;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=del;VARB=0.151907;OID=.;OPOS=42872732;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:27:11:26:15:7:4:8:7:36:11:7:3:4:7 chr19 42882829 . TA T 137.97 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0840439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.027;QD=13.1398;RBI=0.0865787;REFB=-0.00276426;REVB=-0.0207964;RO=24;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268261;STB=0.712643;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.00866528;OID=.;OPOS=42882830;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:15:39:16:42:26:2:14:9:17:99:24:2:13:7:17 chr19 43233304 . C A 703.15 PASS AF=0.311864;AO=92;DP=297;FAO=92;FDP=295;FR=.;FRO=203;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=105;FSRR=98;FWDB=-0.0180585;FXX=0.0296043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.575;QD=9.53421;RBI=0.0186031;REFB=-0.0116581;REVB=-0.00446807;RO=184;SAF=55;SAR=37;SRF=100;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647587;STB=0.556376;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0268068;OID=.;OPOS=43233304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:295:184:203:92:92:0.311864:37:55:100:84:37:55:105:98 chr19 43234049 . A T 682.53 PASS AF=0.317857;AO=88;DP=280;FAO=89;FDP=280;FR=.;FRO=191;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=129;FSRR=62;FWDB=-0.0453756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1867;QD=9.75043;RBI=0.0701509;REFB=0.00468514;REVB=-0.0534997;RO=186;SAF=58;SAR=30;SRF=128;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387935;STB=0.518002;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0130316;OID=.;OPOS=43234049;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:186:191:88:89:0.317857:30:58:128:58:31:58:129:62 chr19 43243217 . AA GG 3918.44 PASS AF=1;AO=249;DP=251;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835866;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.634;QD=62.1975;RBI=0.0193726;REFB=0;REVB=0.0174766;RO=0;SAF=117;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.04427e-05;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:252:0:0:249:252:1:132:117:0:0:135:117:0:0 chr19 43243238 . A G 3111.35 PASS AF=0.990291;AO=202;DP=205;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.89;QD=60.4145;RBI=0.0221265;REFB=-0.00027592;REVB=-0.018985;RO=2;SAF=101;SAR=101;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933749;STB=0.504854;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-7.94807e-08;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:206:2:2:202:204:0.990291:101:101:0:2:102:102:0:2 chr19 43244485 . G C 1486.53 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.535;QD=63.2564;RBI=0.0855078;REFB=0;REVB=0.0825668;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77695e-05;OID=.;OPOS=43244485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:80:94:0:0:80:94:1:29:51:0:0:34:60:0:0 chr19 43258605 . A G 2301.68 PASS AF=0.592486;AO=205;DP=347;FAO=205;FDP=346;FR=.;FRO=141;FSAF=96;FSAR=109;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=0.00381953;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.312;QD=26.609;RBI=0.0059447;REFB=-0.00371699;REVB=-0.00455528;RO=140;SAF=96;SAR=109;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462822;STB=0.523366;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00291993;OID=.;OPOS=43258605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:346:140:141:205:205:0.592486:109:96:57:83:109:96:58:83 chr19 43259184 . T G 247.73 PASS AF=0.177358;AO=47;DP=265;FAO=47;FDP=265;FR=.;FRO=218;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=137;FSRR=81;FWDB=0.0486325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1971;QD=3.73926;RBI=0.059618;REFB=0.00649751;REVB=0.0344846;RO=217;SAF=34;SAR=13;SRF=137;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135505;STB=0.589736;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0257735;OID=.;OPOS=43259184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:217:218:47:47:0.177358:13:34:137:80:13:34:137:81 chr19 43268069 . A G 344.27 PASS AF=0.312057;AO=44;DP=141;FAO=44;FDP=141;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.00233804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.125;QD=9.76657;RBI=0.00667264;REFB=-0.00755555;REVB=-0.00624961;RO=95;SAF=26;SAR=18;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647929;STB=0.531298;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0161034;OID=.;OPOS=43268069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:95:97:44:44:0.312057:18:26:51:44:18:26:53:44 chr19 43268140 . AG A 222.33 PASS AF=0.287179;AO=56;DP=194;FAO=56;FDP=195;FR=.;FRO=139;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=-0.0827752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0145;QD=4.56072;RBI=0.147545;REFB=-0.0072862;REVB=-0.122139;RO=132;SAF=28;SAR=28;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182297;STB=0.512816;STBP=0.806;TYPE=del;VARB=0.0136331;OID=.;OPOS=43268141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287179:56:194:56:195:139:28:28:72:67:99:132:28:28:68:64 chr19 43268216 . T G 318.3 PASS AF=0.288344;AO=41;DP=158;FAO=47;FDP=163;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.012473;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9016;QD=7.81112;RBI=0.017415;REFB=-0.0100156;REVB=0.0121535;RO=115;SAF=10;SAR=31;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313504;STB=0.60516;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0504575;OID=.;OPOS=43268216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:163:115:116:41:47:0.288344:31:10:55:60:31:16:56:60 chr19 43268235 . A C 306.22 PASS AF=0.275;AO=44;DP=160;FAO=44;FDP=160;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=0.0154226;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.578;QD=7.65555;RBI=0.015423;REFB=0.00346545;REVB=0.00011037;RO=115;SAF=16;SAR=28;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195394;STB=0.618775;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00791735;OID=.;OPOS=43268235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:115:116:44:44:0.275:28:16:60:55:28:16:61:55 chr19 43268385 . A G 920.92 PASS AF=0.576159;AO=86;DP=151;FAO=87;FDP=151;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00632003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.647;QD=24.3952;RBI=0.00636042;REFB=-0.0106709;REVB=-0.00071567;RO=64;SAF=47;SAR=39;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126581;STB=0.50462;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.010528;OID=.;OPOS=43268385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:64:64:86:87:0.576159:39:47:36:28:39:48:36:28 chr19 43269699 . C T 1589.89 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.354;QD=59.9958;RBI=0.0409373;REFB=0;REVB=0.0344395;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50743e-05;OID=.;OPOS=43269699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:56:49:0:0:57:49:0:0 chr19 43269704 . TG CA 1566.32 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173148;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.154;QD=59.1064;RBI=0.0653563;REFB=-0.0802555;REVB=0.063021;RO=1;SAF=48;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978419;STB=0.505154;STBP=0.305;TYPE=mnp;VARB=0.00131336;OID=.;OPOS=43269704;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:106:1:1:105:105:0.990566:57:48:1:0:57:48:1:0 chr19 43371292 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=357.82;QD=45.8068;RBI=0.0166418;REFB=0;REVB=0.0158834;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65491e-05;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 43372386 . T C 3367.7 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909975;FXX=0.00458695;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.007;QD=62.0774;RBI=0.0113654;REFB=-0.061041;REVB=-0.00680931;RO=0;SAF=108;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57113e-06;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:217:0:0:216:217:1:108:108:0:0:109:108:0:0 chr19 43372941 . T C 1283.29 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.108;QD=61.8452;RBI=0.0301337;REFB=0;REVB=-0.0299342;RO=0;SAF=74;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53507e-05;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:8:74:0:0:9:74:0:0 chr19 43382368 . T G 2414.62 PASS AF=0.927778;AO=165;DP=182;FAO=167;FDP=180;FR=.;FRO=13;FSAF=92;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0128627;FXX=0.0163925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3524;QD=53.6583;RBI=0.012956;REFB=-0.00837413;REVB=0.00155201;RO=15;SAF=91;SAR=74;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076797;STB=0.534344;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.010263;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:182:180:15:13:165:167:0.927778:74:91:1:14:75:92:1:12 chr19 43382374 . C G 2958.64 PASS AF=0.994709;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.482;QD=62.6168;RBI=0.0290015;REFB=-0.0705887;REVB=0.0107428;RO=1;SAF=99;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538019;STB=0.502825;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00021351;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:189:1:1:187:188:0.994709:88:99:0:1:88:100:0:1 chr19 43383680 . G T 1330.86 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0105762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.008;QD=59.8138;RBI=0.057038;REFB=-0.0500695;REVB=-0.0560488;RO=2;SAF=53;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175436;STB=0.509257;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00176338;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:34:53:2:0:34:53:2:0 chr19 43414682 . C T 279.53 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=48.613;RBI=0.0134835;REFB=0.0301877;REVB=-0.00869694;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000648447;OID=.;OPOS=43414682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:0:1:22:22:0.956522:13:9:0:0:13:9:1:0 chr19 43420451 . G C 2772.1 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019007;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.027;QD=62.2945;RBI=0.0312215;REFB=-0.0894573;REVB=0.0247693;RO=1;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404533;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:178:1:0:176:178:1:84:92:0:1:86:92:0:0 chr19 43433736 . C A 879.74 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0117;QD=57.688;RBI=0.070201;REFB=0;REVB=0.0677289;RO=0;SAF=13;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456857;OID=.;OPOS=43433736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:46:13:0:0:48:13:0:0 chr19 43433805 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.934;QD=58.2396;RBI=0.00872772;REFB=0;REVB=0.00518637;RO=0;SAF=10;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87454e-06;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:52:10:0:0:52:10:0:0 chr19 43439793 . G A 1806.62 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000619523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.598;QD=60.2207;RBI=0.0115404;REFB=-0.018854;REVB=0.0115237;RO=1;SAF=95;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049744;STB=0.502617;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=1.85629e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:24:95:1:0:24:95:1:0 chr19 43519442 . T C 2296.46 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.482;QD=62.9168;RBI=0.0544861;REFB=-0.0515382;REVB=0.0342919;RO=1;SAF=60;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785993;STB=0.504132;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=9.20046e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:85:60:1:0:85:60:1:0 chr19 43575874 . T C 734.13 PASS AF=0.323024;AO=93;DP=292;FAO=94;FDP=291;FR=.;FRO=197;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=111;FSRR=86;FWDB=0.0099346;FXX=0.00682571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.217;QD=10.0912;RBI=0.011254;REFB=-0.00158673;REVB=0.00528728;RO=196;SAF=57;SAR=36;SRF=111;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569472;STB=0.537682;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00378558;OID=.;OPOS=43575874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:196:197:93:94:0.323024:36:57:111:85:36:58:111:86 chr19 43575905 . C T 2360.68 PASS AF=0.654952;AO=204;DP=314;FAO=205;FDP=313;FR=.;FRO=108;FSAF=109;FSAR=96;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0164929;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.228;QD=30.1684;RBI=0.0190048;REFB=-0.00668295;REVB=-0.00944287;RO=108;SAF=109;SAR=95;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176473;STB=0.501847;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00370502;OID=.;OPOS=43575905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:313:108:108:204:205:0.654952:95:109:58:50:96:109:58:50 chr19 43579642 . A G 287.83 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0102045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1576;QD=9.67497;RBI=0.0127314;REFB=0.00429761;REVB=-0.00761294;RO=78;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16584;STB=0.579566;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0118048;OID=.;OPOS=43579642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:78:81:38:38:0.319328:20:18:26:52:20:18:29:52 chr19 43579679 . T A 658.04 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=112;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0506737;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0932;QD=24.1481;RBI=0.0653643;REFB=-0.0494367;REVB=0.0412876;RO=45;SAF=20;SAR=42;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287214;STB=0.514623;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0293351;OID=.;OPOS=43579679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:45:46:62:63:0.577982:42:20:16:29:43:20:16:30 chr19 43585111 . C G 1613.21 PASS AF=0.705882;AO=131;DP=188;FAO=132;FDP=187;FR=.;FRO=55;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00812712;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.156;QD=34.5072;RBI=0.0186535;REFB=-0.0314487;REVB=0.0167899;RO=53;SAF=63;SAR=68;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520156;STB=0.50134;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0116548;OID=.;OPOS=43585111;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:53:55:131:132:0.705882:68:63:26:27:69:63:26:29 chr19 43585325 . G A 1580.5 PASS AF=0.498433;AO=157;DP=317;FAO=159;FDP=319;FR=.;FRO=160;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=92;FSRR=68;FWDB=-0.00529074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.178;QD=19.8182;RBI=0.00868735;REFB=-0.00837295;REVB=0.00689043;RO=159;SAF=84;SAR=73;SRF=91;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344936;STB=0.52042;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00942057;OID=.;OPOS=43585325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:319:159:160:157:159:0.498433:73:84:91:68:74:85:92:68 chr19 43586664 . C G 1505.19 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.328;QD=59.6115;RBI=0.0129416;REFB=0;REVB=0.00821594;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58956e-05;OID=.;OPOS=43586664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:46:54:0:0:46:55:0:0 chr19 43679410 . A G 2809.71 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.11369e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.678;QD=62.438;RBI=0.0623312;REFB=0;REVB=0.0623312;RO=0;SAF=108;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9306e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:180:0:0:176:180:1:68:108:0:0:70:110:0:0 chr19 43680051 . C T 3418.7 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174676;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.415;QD=62.442;RBI=0.0313146;REFB=0;REVB=0.0259902;RO=0;SAF=149;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72851e-07;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:219:219:0:0:218:219:1:69:149:0:0:69:150:0:0 chr19 43680147 . C T 352.07 PASS AF=0.256158;AO=51;DP=202;FAO=52;FDP=203;FR=.;FRO=151;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=103;FSRR=48;FWDB=-0.0616136;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.848;QD=6.93739;RBI=0.0632518;REFB=-0.0218851;REVB=0.0143019;RO=148;SAF=30;SAR=21;SRF=101;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125305;STB=0.582143;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0526823;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:148:151:51:52:0.256158:21:30:101:47:22:30:103:48 chr19 43689004 . G A 439.93 PASS AF=0.350318;AO=55;DP=158;FAO=55;FDP=157;FR=.;FRO=102;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=-0.00747883;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.611;QD=11.2084;RBI=0.0099402;REFB=0.00793527;REVB=0.00654787;RO=101;SAF=24;SAR=31;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166219;STB=0.591597;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0123324;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:101:102:55:55:0.350318:31:24:59:42:31:24:59:43 chr19 43690506 . G C 300.59 PASS AF=0.320312;AO=36;DP=123;FAO=41;FDP=128;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.00303479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.45;QD=9.39354;RBI=0.0463201;REFB=-0.00536244;REVB=0.0462206;RO=80;SAF=18;SAR=18;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118309;STB=0.541598;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0122759;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:80:87:36:41:0.320312:18:18:48:32:18:23:54:33 chr19 43699198 . G A 2099.43 PASS AF=0.662963;AO=178;DP=271;FAO=179;FDP=270;FR=.;FRO=91;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=63;FSRR=28;FWDB=-0.0103895;FXX=0.00735267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.754;QD=31.1027;RBI=0.0130113;REFB=-0.00357226;REVB=0.00783277;RO=90;SAF=92;SAR=86;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108352;STB=0.558575;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00119624;OID=.;OPOS=43699198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:90:91:178:179:0.662963:86:92:62:28:86:93:63:28 chr19 43699278 . A G 534.44 PASS AF=0.313901;AO=69;DP=228;FAO=70;FDP=223;FR=.;FRO=153;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=74;FWDB=0.00215897;FXX=0.0387914;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.052;QD=9.58629;RBI=0.00690298;REFB=-0.00139996;REVB=-0.00655667;RO=150;SAF=37;SAR=32;SRF=78;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192997;STB=0.518265;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0030416;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:223:150:153:69:70:0.313901:32:37:78:72:32:38:79:74 chr19 43699336 . T C 3433.2 PASS AF=0.982379;AO=222;DP=227;FAO=223;FDP=227;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0152552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.134;QD=60.4969;RBI=0.0333401;REFB=-0.115815;REVB=0.0296452;RO=4;SAF=103;SAR=119;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157434;STB=0.508196;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=3.67348e-05;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:227:227:4:4:222:223:0.982379:119:103:0:4:120:103:0:4 chr19 43699417 . A G 3969.07 PASS AF=1;AO=240;DP=248;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516872;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9612;QD=62.0166;RBI=0.0842833;REFB=0;REVB=0.066574;RO=1;SAF=131;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374957;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:248:256:1:0:240:256:1:109:131:0:1:125:131:0:0 chr19 43702342 . C T 894.66 PASS AF=0.337386;AO=111;DP=333;FAO=111;FDP=329;FR=.;FRO=218;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=106;FSRR=112;FWDB=-0.0566072;FXX=0.0120117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.757;QD=10.8773;RBI=0.0567239;REFB=-0.00844717;REVB=-0.0036364;RO=213;SAF=54;SAR=57;SRF=102;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878926;STB=0.500164;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0161536;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:329:213:218:111:111:0.337386:57:54:102:111:57:54:106:112 chr19 43708245 . G C 1831.11 PASS AF=0.631783;AO=161;DP=257;FAO=163;FDP=258;FR=.;FRO=95;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0174664;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.022;QD=28.3892;RBI=0.0177079;REFB=-0.0165644;REVB=-0.00291417;RO=94;SAF=82;SAR=79;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015479;STB=0.512437;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0108209;OID=.;OPOS=43708245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:94:95:161:163:0.631783:79:82:50:44:81:82:51:44 chr19 43708926 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.466;QD=53.2763;RBI=0.0303994;REFB=0;REVB=-0.0223084;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287591;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 43708968 . T C 358.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.035;QD=55.1582;RBI=0.0466405;REFB=0;REVB=0.0436174;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86411e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr19 43708976 . TTTC T,TTT,TTTT 325.94 PASS AF=0,1,0;AO=3,12,8;DP=26;FAO=0,24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179351,0.0189312,0.0184249;FXX=0.0768935;HRUN=3,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=246.955,268.709,266.587;QD=54.3239;RBI=0.0242943,0.0189361,0.0192413;REFB=0,0,0;REVB=0.0163873,-0.000430992,-0.00554538;RO=0;SAF=2,9,3;SAR=1,3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00233721,-0.000613318,-0.0350566;OID=.,.,.;OPOS=43708977,43708979,43708979;OREF=TTC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TTT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,12,8:26:0,24,0:24:0:0,16,0:0,8,0:0:0:3:0:2,9,3:1,3,5:0:0 chr19 43709619 . C T 1545.55 PASS AF=0.895161;AO=111;DP=124;FAO=111;FDP=124;FR=.;FRO=13;FSAF=74;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0393139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2464;QD=49.8566;RBI=0.0716102;REFB=-0.00219973;REVB=0.0598535;RO=13;SAF=74;SAR=37;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406216;STB=0.521469;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000833935;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:13:13:111:111:0.895161:37:74:11:2:37:74:11:2 chr19 43709647 . G A 1670.76 PASS AF=0.881481;AO=119;DP=135;FAO=119;FDP=135;FR=.;FRO=16;FSAF=79;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0461747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6521;QD=49.504;RBI=0.0538175;REFB=-0.0118332;REVB=0.0276446;RO=16;SAF=79;SAR=40;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540302;STB=0.528555;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00203413;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:16:16:119:119:0.881481:40:79:14:2:40:79:14:2 chr19 43709654 . C A 1680.42 PASS AF=0.88806;AO=119;DP=135;FAO=119;FDP=134;FR=.;FRO=15;FSAF=80;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00257447;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.64;QD=50.1618;RBI=0.0224285;REFB=-0.0318379;REVB=0.0222802;RO=15;SAF=80;SAR=39;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047534;STB=0.525115;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00172621;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:135:134:15:15:119:119:0.88806:39:80:13:2:39:80:13:2 chr19 43709656 . C G 1682.32 PASS AF=0.88806;AO=119;DP=133;FAO=119;FDP=134;FR=.;FRO=15;FSAF=81;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0130903;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.243;QD=50.2185;RBI=0.0244513;REFB=-0.0446736;REVB=0.0206521;RO=13;SAF=81;SAR=38;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359753;STB=0.524365;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00117745;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:133:134:13:15:119:119:0.88806:38:81:11:2:38:81:13:2 chr19 43773599 . T C 1681.54 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269034;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.498;QD=60.5961;RBI=0.0276226;REFB=0;REVB=0.00626215;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054966;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr19 43857873 . G C 1661.68 PASS AF=1;AO=90;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934826;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.602;QD=60.4247;RBI=0.0935369;REFB=0;REVB=0.00318525;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589904;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:90:110:1:48:42:0:0:49:61:0:0 chr19 43865692 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7973;QD=47.8145;RBI=0.138357;REFB=-0.114552;REVB=0.0779513;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00873315;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr19 43910649 . G T 255.26 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00492424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.211;QD=36.4654;RBI=0.0213286;REFB=-0.0277912;REVB=0.0207524;RO=6;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179352;STB=0.509795;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0059901;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:12:10:3:3:12:10:3:3 chr19 43910764 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5363;QD=61.6816;RBI=0.0523979;REFB=0;REVB=0.0504454;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481343;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 43922061 . A G 778.08 PASS AF=0.683168;AO=66;DP=99;FAO=69;FDP=101;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.038898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8589;QD=30.815;RBI=0.0401591;REFB=-0.00328731;REVB=-0.00998508;RO=32;SAF=29;SAR=37;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179744;STB=0.506225;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00161725;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:32:32:66:69:0.683168:37:29:15:17:38:31:15:17 chr19 43965029 . G A 186.62 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0397581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2614;QD=10.6637;RBI=0.0402853;REFB=-0.0141634;REVB=-0.00649563;RO=46;SAF=14;SAR=10;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813417;STB=0.547225;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0261175;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:10:14:30:16:10:14:30:16 chr19 43979589 . G T 510.56 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.566;QD=55.1954;RBI=0.0741209;REFB=-0.0781089;REVB=0.0530679;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00159677;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:35:36:0.972973:16:19:0:1:17:19:0:1 chr19 43999432 . A T 178.64 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0296031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.733;QD=22.3303;RBI=0.0386681;REFB=-0.00898002;REVB=0.0248773;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137918;STB=0.577689;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.010953;OID=.;OPOS=43999432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:7:7:6:12:7:7 chr19 44001345 . C T 808.43 PASS AF=0.714286;AO=65;DP=93;FAO=65;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0816795;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9829;QD=35.5352;RBI=0.120319;REFB=-0.0814379;REVB=0.088346;RO=28;SAF=44;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108129;STB=0.543806;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0448827;OID=.;OPOS=44001345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:28:26:65:65:0.714286:21:44:14:14:21:44:14:12 chr19 44047550 . T C 499.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5173;QD=58.8154;RBI=0.069985;REFB=0;REVB=0.0433921;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117265;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:19:15:0:0 chr19 44047826 . T A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.304;QD=57.3856;RBI=0.0383773;REFB=0;REVB=-0.00468144;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30094e-05;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr19 44055726 . T C 1020.87 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.064;QD=58.3353;RBI=0.0665168;REFB=0;REVB=0.0362147;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272051;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:70:1:0:61:70:1:36:25:1:0:37:33:0:0 chr19 44057574 . G A 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00477991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.6;QD=7.68742;RBI=0.0105697;REFB=-0.00758641;REVB=0.00942718;RO=47;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454776;STB=0.5275;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0162915;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:11:7:20:27:11:7:20:27 chr19 44081288 . A C,G 774.68 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,42;DP=46;FAO=5,45;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165803,0.0338605;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.998,69.678;QD=61.9745;RBI=0.0184392,0.0582516;REFB=0,0;REVB=-0.00806839,0.0473996;RO=0;SAF=3,23;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.03014,-0.00437508;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:46:50:0:0:3,42:5,45:0.1,0.9:0,19:3,23:0:0:2,22:3,23:0:0 chr19 44082945 . T C 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.233;QD=56.7023;RBI=0.022259;REFB=0;REVB=-0.0207488;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188383;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr19 44098963 . C G 254.35 PASS AF=0.270677;AO=36;DP=133;FAO=36;FDP=133;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0576708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.367;QD=7.64977;RBI=0.0601087;REFB=-0.0185601;REVB=-0.0169451;RO=97;SAF=16;SAR=20;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011348;STB=0.506753;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0541176;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:97:97:36:36:0.270677:20:16:44:53:20:16:44:53 chr19 44118188 . A C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00244452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1492;QD=21.1723;RBI=0.0291573;REFB=-0.0274421;REVB=-0.0290546;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2412;STB=0.633161;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0179256;OID=.;OPOS=44118188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:1:11:8:0:1:11:8:0 chr19 44118353 . G A 426.72 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0200258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.102;QD=27.5302;RBI=0.0246071;REFB=-0.0221988;REVB=-0.0142996;RO=22;SAF=14;SAR=26;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971825;STB=0.505298;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0082354;OID=.;OPOS=44118353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:26:14:8:14:26:14:8:14 chr19 44126738 . G A 688.88 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.085;QD=62.625;RBI=0.0158629;REFB=0;REVB=-0.00894662;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4066e-05;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:14:30:0:0 chr19 44156435 . A G 136.69 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0558391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8059;QD=11.1587;RBI=0.0997881;REFB=-0.00613108;REVB=-0.0827023;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159856;STB=0.594054;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00548429;OID=.;OPOS=44156435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:10:23:9:7:10:23 chr19 44303066 . C G 86.14 PASS AF=0.3;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0123007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.081;QD=8.61403;RBI=0.0172876;REFB=-0.0230681;REVB=0.0121471;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.558725;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0543036;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:38:40:28:28:10:12:0.3:5:5:14:14:5:7:14:14 chr19 44341340 . A G 992.57 PASS AF=0.674603;AO=85;DP=126;FAO=85;FDP=126;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00710736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.664;QD=31.51;RBI=0.00720273;REFB=0.00266466;REVB=-0.00116823;RO=41;SAF=29;SAR=56;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642359;STB=0.534625;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0013199;OID=.;OPOS=44341340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:41:41:85:85:0.674603:56:29:18:23:56:29:18:23 chr19 44351836 . G A 431.92 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000545489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.019;QD=23.0357;RBI=0.00438386;REFB=-0.0442222;REVB=0.00434979;RO=33;SAF=29;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224767;STB=0.624014;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0340916;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:13:29:14:19:13:29:14:19 chr19 44351860 . T C 483.2 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0393333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5932;QD=23.0093;RBI=0.0578722;REFB=-0.0237176;REVB=0.042451;RO=37;SAF=31;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161689;STB=0.596111;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0244222;OID=.;OPOS=44351860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:15:31:18:19:15:31:18:20 chr19 44352665 . T C 354.27 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0022672;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.378;QD=28.9196;RBI=0.0179431;REFB=-0.00773021;REVB=0.0177993;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855292;STB=0.546954;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00529511;OID=.;OPOS=44352665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:19:19:30:30:0.612245:17:13:6:13:17:13:6:13 chr19 44377357 . C T 739.66 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.926;QD=54.7897;RBI=0.0307475;REFB=0.0182537;REVB=0.0273247;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-6.06299e-05;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:51:53:0.981481:29:22:0:1:31:22:0:1 chr19 44377669 . G A 151.97 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00344549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.735;QD=6.90749;RBI=0.0109898;REFB=0.00188767;REVB=0.0104357;RO=65;SAF=13;SAR=9;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176924;STB=0.612603;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00651535;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:66:22:22:0.25:9:13:29:36:9:13:29:37 chr19 44417575 . A G 299.85 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00884655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3428;QD=13.9463;RBI=0.0391429;REFB=-0.00574418;REVB=-0.0381301;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877052;STB=0.557129;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0126261;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:52:34:34:0.395349:12:22:29:22:12:22:29:23 chr19 44418077 . C T 321.1 PASS AF=0.302158;AO=42;DP=139;FAO=42;FDP=139;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.0616649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4593;QD=9.2403;RBI=0.0694774;REFB=-0.00812354;REVB=-0.0320086;RO=96;SAF=24;SAR=18;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145073;STB=0.5042;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0187197;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:96:97:42:42:0.302158:18:24:56:40:18:24:56:41 chr19 44418343 . C T 215.89 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0143743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.041;QD=8.99548;RBI=0.0384437;REFB=-0.011869;REVB=-0.0356552;RO=65;SAF=13;SAR=15;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105804;STB=0.55634;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.035589;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:68:28:28:0.291667:15:13:36:29:15:13:37:31 chr19 44418544 . A G 287.71 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00975899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5254;QD=10.5582;RBI=0.0133606;REFB=0.00204421;REVB=0.00912517;RO=71;SAF=10;SAR=27;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145419;STB=0.590962;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00337619;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:72:37:37:0.33945:27:10:27:44:27:10:28:44 chr19 44418680 . G C 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0132078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.925;QD=4.41926;RBI=0.0200643;REFB=0.00035774;REVB=0.0151039;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264104;STB=0.668791;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00160386;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:38:30:31:7:7:0.184211:2:5:15:15:2:5:16:15 chr19 44418693 . T C 91.4 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0202835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.978;QD=8.50239;RBI=0.0354861;REFB=-0.00110353;REVB=-0.0291177;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06868;STB=0.542301;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00229398;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:19:12:4:8:19:12 chr19 44418824 . C T 263.56 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0576285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2366;QD=10.7576;RBI=0.0783624;REFB=-0.0107198;REVB=-0.0531;RO=63;SAF=18;SAR=14;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263845;STB=0.521894;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0294475;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:66:32:32:0.326531:14:18:34:29:14:18:35:31 chr19 44419030 . A G 1271.79 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326346;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.694;QD=62.0385;RBI=0.0327055;REFB=0;REVB=-0.00215143;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47036e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr19 44470189 . T A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.473;QD=58.2373;RBI=0.0440995;REFB=0;REVB=0.002726;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166428;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr19 44470420 . T C 986.2 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0414;QD=58.8778;RBI=0.0263444;REFB=0;REVB=0.0229229;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136513;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:42:25:0:0 chr19 44470548 . A G 990.39 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9357;QD=59.1275;RBI=0.0547189;REFB=0;REVB=0.0496523;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678164;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr19 44470663 . G C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.361;QD=59.6795;RBI=0.00290352;REFB=0;REVB=0.000129607;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9944e-06;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr19 44471209 . T A 1193.89 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507229;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3312;QD=61.2252;RBI=0.0274859;REFB=0;REVB=0.0270138;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208622;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr19 44471323 . G A 1458.15 PASS AF=0.98;AO=91;DP=93;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0201095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.297;QD=58.326;RBI=0.0339787;REFB=-0.125522;REVB=0.0273891;RO=2;SAF=36;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256026;STB=0.511902;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00253834;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:100:2:2:91:98:0.98:55:36:2:0:57:41:2:0 chr19 44494215 . T C 493.36 PASS AF=0.552941;AO=44;DP=81;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0822346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4517;QD=23.217;RBI=0.103053;REFB=0.0151112;REVB=0.0621083;RO=37;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599199;STB=0.542381;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00943016;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:37:38:44:47:0.552941:21:23:22:15:23:24:23:15 chr19 44496070 . A G 620.07 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000778121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.931;QD=21.3818;RBI=0.0176861;REFB=-0.0293933;REVB=-0.017669;RO=53;SAF=31;SAR=31;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396248;STB=0.517236;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.025116;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:54:62:62:0.534483:31:31:24:29:31:31:25:29 chr19 44500478 . A T 972.76 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.207;QD=58.9549;RBI=0.0546676;REFB=0;REVB=0.0500453;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110513;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr19 44500761 . G A 1193.98 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955246;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.151;QD=61.23;RBI=0.0137204;REFB=0;REVB=0.00984883;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16663e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr19 44501116 . A G 983.77 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.032659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.932;QD=54.6541;RBI=0.0326787;REFB=-0.0813689;REVB=-0.00113346;RO=2;SAF=20;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449374;STB=0.533323;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0023562;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:68:69:0.958333:48:20:2:0:48:21:3:0 chr19 44501227 . A G 953.11 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8779;QD=54.4632;RBI=0.0571785;REFB=0.0275535;REVB=0.0541568;RO=2;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024218;STB=0.502599;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00162969;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:66:68:0.971429:38:28:0:2:40:28:1:1 chr19 44501518 . G A 1102.15 PASS AF=0.533333;AO=104;DP=195;FAO=104;FDP=195;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.020346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3052;QD=22.6082;RBI=0.0204865;REFB=-0.000735153;REVB=0.00239475;RO=90;SAF=41;SAR=63;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157136;STB=0.583491;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000388783;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:90:91:104:104:0.533333:63:41:52:38:63:41:52:39 chr19 44501627 . T C 229.3 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0169494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.344;QD=9.75752;RBI=0.0174218;REFB=-0.00224687;REVB=0.00402935;RO=65;SAF=21;SAR=8;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351001;STB=0.706661;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00402648;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:8:21:28:37:8:21:28:37 chr19 44511202 . A T 126.21 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.00317421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.594;QD=4.80802;RBI=0.0191217;REFB=-0.00630285;REVB=-0.0188564;RO=84;SAF=15;SAR=6;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195426;STB=0.624875;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0373489;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:84:21:21:0.2:6:15:48:36:6:15:48:36 chr19 44511223 . T G 1542.1 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8161;QD=58.1923;RBI=0.0460923;REFB=-0.105813;REVB=0.0410481;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102034;STB=0.505375;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000593251;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:103:105:0.990566:46:57:0:1:46:59:0:1 chr19 44515352 . T G 952.86 PASS AF=0.626866;AO=82;DP=132;FAO=84;FDP=134;FR=.;FRO=50;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0197438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.212;QD=28.4435;RBI=0.0290034;REFB=-0.00613978;REVB=0.0212457;RO=48;SAF=44;SAR=38;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534633;STB=0.516355;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00313067;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:48:50:82:84:0.626866:38:44:22:26:40:44:24:26 chr19 44515514 . C A 965.85 PASS AF=0.661417;AO=82;DP=126;FAO=84;FDP=127;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000747435;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5257;QD=30.4203;RBI=0.00101557;REFB=-0.015483;REVB=-0.000687549;RO=44;SAF=40;SAR=42;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225882;STB=0.503936;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.011998;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:44:43:82:84:0.661417:42:40:23:21:42:42:22:21 chr19 44535999 . G T 68.32 PASS AF=0.232558;AO=8;DP=42;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00133625;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.062;QD=6.35528;RBI=0.0105475;REFB=-0.0094648;REVB=0.0104625;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755954;STB=0.565904;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0300135;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:42:43:32:33:8:10:0.232558:4:4:14:18:6:4:16:17 chr19 44564981 . G A 1625.85 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.734;QD=59.1219;RBI=0.015282;REFB=-0.00209823;REVB=0.00600211;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811455;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=4.23111e-05;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:58:51:0:1:58:51:0:1 chr19 44570393 . C A 279.79 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0147502;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.109;QD=9.56534;RBI=0.0167625;REFB=-0.0189978;REVB=-0.00796334;RO=72;SAF=11;SAR=26;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134381;STB=0.587521;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0342159;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:72:80:37:37:0.316239:26:11:29:43:26:11:33:47 chr19 44570551 . G A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8956;QD=62.9799;RBI=0.0459907;REFB=0;REVB=0.00660623;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362335;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr19 44570714 . T C 315.54 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00107074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.927;QD=25.2433;RBI=0.0223985;REFB=-0.0183897;REVB=-0.0223729;RO=22;SAF=5;SAR=22;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539793;STB=0.534858;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0145549;OID=.;OPOS=44570714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:22:5:5:17:23:5:5:17 chr19 44571154 . T C 104.84 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00693186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9743;QD=10.7526;RBI=0.00702508;REFB=0.0073088;REVB=-0.00114066;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871439;STB=0.551921;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0211898;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:16:10:6:7:16:10 chr19 44589999 . TCTC T 112.51 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0163301;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.277;QD=7.7591;RBI=0.0294711;REFB=-0.0131961;REVB=-0.0245331;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214111;STB=0.645397;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=0.0334124;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:16:62:16:58:42:9:7:15:27:99:42:9:7:16:26 chr19 44590558 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00578726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8579;QD=6.52636;RBI=0.00620995;REFB=-0.00173124;REVB=-0.00225191;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520582;STB=0.516083;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00868047;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:3:4:10:9:3:4:11:9 chr19 44591360 . G A 748.71 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.936;QD=56.5066;RBI=0.0180537;REFB=0;REVB=0.0116236;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170213;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr19 44610665 . A G 1175.2 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535617;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.443;QD=61.0492;RBI=0.0535728;REFB=0;REVB=0.00109166;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79515e-05;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr19 44610798 . A T 1479.43 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.343;QD=62.9544;RBI=0.0295012;REFB=0;REVB=0.0284916;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64604e-05;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:44:49:0:0:44:50:0:0 chr19 44611066 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8709;QD=56.9352;RBI=0.0551972;REFB=0;REVB=0.0490172;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364091;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr19 44611420 . A G 820.43 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00255685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.249;QD=55.6224;RBI=0.00979044;REFB=-0.118744;REVB=0.00945068;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-2.38376e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr19 44612004 . GA G,GG 1144.84 PASS AF=0.103896,0.896104;AO=8,67;DP=75;FAO=8,69;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=6,30;FSAR=2,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121305,0.0133639;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.698,282.619;QD=59.472;RBI=0.0317021,0.0241996;REFB=0,0;REVB=0.0292895,0.0201749;RO=0;SAF=5,29;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00617666,0.000571875;OID=.,.;OPOS=44612005,44612005;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.103896,0.896104:8,67:75:8,69:77:0:6,30:2,39:0:0:23:0:5,29:3,38:0:0 chr19 44612014 . A T 1127.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.556;QD=60.1206;RBI=0.0336598;REFB=0;REVB=0.00211789;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36249e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:41:34:0:0 chr19 44612231 . A G 788.13 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0208392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7647;QD=50.8472;RBI=0.0271225;REFB=-0.125147;REVB=0.0173597;RO=4;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495731;STB=0.526307;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00444767;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:62:4:4:57:58:0.935484:36:21:0:4:36:22:0:4 chr19 44652954 . G A 1098.1 PASS AF=0.617284;AO=100;DP=162;FAO=100;FDP=162;FR=.;FRO=62;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0179785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.343;QD=27.1135;RBI=0.0305636;REFB=-0.0332826;REVB=0.0247166;RO=62;SAF=64;SAR=36;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103941;STB=0.556294;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0189904;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:62:62:100:100:0.617284:36:64:31:31:36:64:31:31 chr19 44660967 . A G 274.76 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00560345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.879;QD=25.5593;RBI=0.0460506;REFB=0.00172279;REVB=0.0457084;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200321;STB=0.611023;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00308817;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:12:6:15:10:12:6 chr19 44721699 . C T 345.58 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=122;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0152565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.323;QD=11.3305;RBI=0.0155169;REFB=-0.0121281;REVB=0.00283063;RO=78;SAF=24;SAR=19;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036838;STB=0.517313;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0219556;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:79:43:43:0.352459:19:24:41:37:19:24:42:37 chr19 44739303 . T C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0474667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.334;QD=8.25359;RBI=0.049255;REFB=-0.00926352;REVB=-0.0131517;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0215698;OID=.;OPOS=44739303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:4:8:4:2:4:8 chr19 44764064 . A G 2063.19 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5183;QD=62.521;RBI=0.0434903;REFB=0;REVB=-0.0296527;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252938;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:65:67:0:0:65:67:0:0 chr19 44778405 . A C 341.06 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.864;QD=50.5281;RBI=0.0451276;REFB=0;REVB=0.0312399;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747362;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:25:27:1:13:12:1:0:14:13:0:0 chr19 44778796 . G A 175.8 PASS AF=0.511111;AO=2;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0290281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8265;QD=15.6267;RBI=0.0415007;REFB=0.00963807;REVB=0.0296594;RO=22;SAF=1;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433315;STB=0.53279;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00863846;OID=.;OPOS=44778796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:2:23:0.511111:1:1:12:10:12:11:12:10 chr19 44778797 . T A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0230582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.049;QD=18.6423;RBI=0.0316447;REFB=-0.00848391;REVB=0.0216727;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061468;STB=0.534851;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.018228;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:13:11:11:10:13:11 chr19 44778799 . G A 227.69 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0214628;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0704;QD=20.6995;RBI=0.0522591;REFB=-0.0076023;REVB=-0.0476483;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626175;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0186103;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:11:10:12:10:11:11:12:10 chr19 44792701 . T G 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0330972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.7;QD=9.85721;RBI=0.0489057;REFB=-0.0070051;REVB=0.0360048;RO=53;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062669;STB=0.536812;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0135176;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:10:15:29:24:10:15:29:24 chr19 44792810 . G C 702.26 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0326648;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7897;QD=24.009;RBI=0.0559468;REFB=0.0141048;REVB=0.0454209;RO=50;SAF=30;SAR=37;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118923;STB=0.564866;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.010023;OID=.;OPOS=44792810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:67:67:0.57265:37:30:30:20:37:30:30:20 chr19 44792969 . G A 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.448;QD=52.6049;RBI=0.0129114;REFB=0;REVB=0.0117012;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0922e-05;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 44831989 . T G 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0354043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.167;QD=39.3299;RBI=0.0666686;REFB=-0.0704422;REVB=0.056491;RO=9;SAF=9;SAR=22;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748108;STB=0.540616;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0153351;OID=.;OPOS=44831989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:22:9:4:5:22:9:4:5 chr19 44832684 . T G 1695.01 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.86;QD=60.5359;RBI=0.0381762;REFB=0;REVB=-0.00442522;RO=0;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31345e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:69:43:0:0:69:43:0:0 chr19 44832875 . A G 1171.81 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4068;QD=60.8734;RBI=0.0473452;REFB=0;REVB=0.040021;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331824;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr19 44832992 . C G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8394;QD=59.6774;RBI=0.0166727;REFB=0;REVB=0.00960629;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180512;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr19 44833506 . C T 1233.05 PASS AF=0.954023;AO=82;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0351786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3247;QD=56.6918;RBI=0.045948;REFB=-0.0293987;REVB=0.0295582;RO=3;SAF=40;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341967;STB=0.52325;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00578321;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:87:87:3:4:82:83:0.954023:42:40:3:0:42:41:4:0 chr19 44833851 . G C 1179.05 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977025;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.253;QD=59.6989;RBI=0.0545088;REFB=0;REVB=0.053626;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264169;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:73:79:1:35:38:0:0:41:38:0:0 chr19 44840789 . T C 1708.2 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.632;QD=59.4158;RBI=0.059634;REFB=-0.038262;REVB=0.0560246;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.505262;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000192971;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:115:0:1:113:114:0.991304:47:66:0:0:47:67:0:1 chr19 44890697 . A G 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00990962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.466;QD=12.4545;RBI=0.0529398;REFB=-0.0123975;REVB=0.052004;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478585;STB=0.519981;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0178656;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:8:13:19:14:8:13:20:14 chr19 44891784 . T C 880.49 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0044359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.502;QD=54.1839;RBI=0.0117432;REFB=-0.0101392;REVB=0.0108732;RO=2;SAF=40;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102926;STB=0.505087;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000599002;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:61:63:0.969231:21:40:1:1:22:41:1:1 chr19 44930880 . G A 2574.71 PASS AF=0.583333;AO=231;DP=396;FAO=231;FDP=396;FR=.;FRO=165;FSAF=111;FSAR=120;FSRF=69;FSRR=96;FWDB=-0.011073;FXX=0.005025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8291;QD=26.0072;RBI=0.0179979;REFB=-0.00537435;REVB=-0.0141884;RO=162;SAF=111;SAR=120;SRF=67;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512644;STB=0.526064;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00313216;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:162:165:231:231:0.583333:120:111:67:95:120:111:69:96 chr19 44934489 . G A 929.73 PASS AF=0.635659;AO=82;DP=128;FAO=82;FDP=129;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0350737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5733;QD=28.8288;RBI=0.0459362;REFB=-0.000992446;REVB=0.0296643;RO=46;SAF=46;SAR=36;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175812;STB=0.504995;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000469336;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:46:47:82:82:0.635659:36:46:27:19:36:46:27:20 chr19 44981318 . G A 107.1 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0258404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.639;QD=12.2399;RBI=0.025894;REFB=0.0033099;REVB=0.00166405;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147588;STB=0.601612;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0048419;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:8:5:11:10:8:5:12:10 chr19 44981525 . G A 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0319486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5502;QD=3.88719;RBI=0.0466578;REFB=-0.0216675;REVB=0.0340034;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184863;STB=0.633299;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0572681;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:21:8:1:5:21:8 chr19 44981883 . C G 277.75 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00829445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.908;QD=11.4538;RBI=0.0115862;REFB=-0.00913979;REVB=0.00808962;RO=64;SAF=15;SAR=18;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519215;STB=0.530057;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0148938;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:18:15:32:32:18:15:32:32 chr19 44983567 . C G 501.32 PASS AF=0.305936;AO=67;DP=219;FAO=67;FDP=219;FR=.;FRO=152;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=-0.0134355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.566;QD=9.1566;RBI=0.0224971;REFB=-0.00195621;REVB=0.0180445;RO=152;SAF=31;SAR=36;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259846;STB=0.501508;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0048706;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:152:152:67:67:0.305936:36:31:70:82:36:31:70:82 chr19 45001346 . G A 378.96 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=-0.0219905;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2932;QD=11.0644;RBI=0.0287017;REFB=-0.00913055;REVB=0.0184447;RO=89;SAF=29;SAR=18;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423275;STB=0.519223;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0376821;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:89:90:47:47:0.343066:18:29:58:31:18:29:58:32 chr19 45001360 . TGGGGGC TGGGGCT 65.9 PASS AF=0.121739;AO=11;DP=121;FAO=14;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.122607;FXX=0.0573723;HRUN=5;LEN=2;MLLD=25.8096;QD=2.29206;RBI=0.123649;REFB=-0.0546705;REVB=0.0160234;RO=71;SAF=10;SAR=1;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513589;STB=0.910305;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.122584;OID=.;OPOS=45001365;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=TGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121739:11:121:14:115:95:13:1:48:47:42:71:10:1:38:33 chr19 45001368 . T G 44.66 PASS AF=0.102362;AO=14;DP=126;FAO=13;FDP=127;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.111265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2472;QD=1.40661;RBI=0.113448;REFB=-0.00131003;REVB=-0.022153;RO=101;SAF=13;SAR=1;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589888;STB=0.906484;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0613491;OID=.;OPOS=45001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:127:101:114:14:13:0.102362:1:13:46:55:1:12:58:56 chr19 45016990 . CT CC,C 2983.84 PASS AF=0.040404,0.959596;AO=8,187;DP=198;FAO=8,190;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=4,108;FSAR=4,82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156439,-0.0268899;FXX=0.00502487;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.37917,27.7567;QD=60.2795;RBI=0.101756,0.125751;REFB=0,0;REVB=0.101744,0.122843;RO=1;SAF=4,107;SAR=4,80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0978599,0.00591475;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0520466,0.0028987;OID=.,.;OPOS=45016991,45016991;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.040404,0.959596:8,187:198:8,190:198:0:4,108:4,82:0:0:10:1:4,107:4,80:0:1 chr19 45021210 . G A 75.99 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0317238;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1919;QD=4.47025;RBI=0.0748122;REFB=-0.0166475;REVB=0.0677529;RO=56;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019836;STB=0.518296;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0714786;OID=.;OPOS=45021210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:68:56:55:13:13:0.191176:9:4:18:38:9:4:18:37 chr19 45029208 . G A 325.63 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00832603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.842;QD=12.0605;RBI=0.00838876;REFB=-0.0212763;REVB=0.00102397;RO=64;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710675;STB=0.55912;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.020458;OID=.;OPOS=45029208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:68:40:40:0.37037:18:22:31:33:18:22:31:37 chr19 45121424 . G A 219.72 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=120;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.00287472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.165;QD=7.32392;RBI=0.0156533;REFB=-0.0200691;REVB=-0.0153871;RO=88;SAF=21;SAR=11;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114103;STB=0.568464;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0591261;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:88:88:32:32:0.266667:11:21:50:38:11:21:50:38 chr19 45153329 . GA AA,AG 353.75 PASS AF=0.618182,0;AO=34,2;DP=57;FAO=34,0;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=15,0;FSAR=19,0;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0264045,-0.0311065;FXX=0.0350816;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=108.529,76.3865;QD=25.7271;RBI=0.0299728,0.0354959;REFB=-0.00931883,-0.00996318;REVB=0.0141833,-0.0170982;RO=21;SAF=15,2;SAR=19,0;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.090845,0.475599;STB=0.54981,0.5;STBP=0.346,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.015345,0;OID=.,.;OPOS=45153329,45153329;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:21:21:34,2:34,0:0.618182,0:19,0:15,2:12:9:19,0:15,0:12:9 chr19 45162038 . A G 1542.69 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012879;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6678;QD=59.9103;RBI=0.0463748;REFB=0;REVB=0.0445506;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284806;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr19 45315755 . G A 416.1 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000904201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.677;QD=22.1918;RBI=0.0216443;REFB=0.000467393;REVB=-0.0216254;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824792;STB=0.545433;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.000361172;OID=.;OPOS=45315755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:20:21:14:20:20:21:14:20 chr19 45322016 . G GC 33.94 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0277309;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.7513;QD=7.98551;RBI=0.037887;REFB=-0.0237003;REVB=0.0258152;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39117;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.17682;OID=.;OPOS=45322017;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:5:16:7:17:10:2:5:6:4:33:11:1:4:6:5 chr19 45389224 . A G 788.03 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.15;QD=55.3002;RBI=0.0355494;REFB=-0.157016;REVB=0.0127392;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000411446;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:33:23:0:0:33:23:1:0 chr19 45392254 . C T 125.16 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0284026;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5637;QD=11.1255;RBI=0.0352768;REFB=0.00854228;REVB=0.0209224;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278723;STB=0.565949;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0457084;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:11:15:0.333333:3:8:14:14:6:9:14:14 chr19 45395714 . T C 198.25 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0301073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7515;QD=7.2753;RBI=0.0335922;REFB=0.011828;REVB=-0.0148993;RO=80;SAF=12;SAR=17;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121351;STB=0.57274;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0339146;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:17:12:41:39:17:12:41:39 chr19 45396144 . C T 227.84 PASS AF=0.358974;AO=24;DP=82;FAO=28;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.027168;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.962;QD=11.6839;RBI=0.0288239;REFB=-0.0135522;REVB=0.00962905;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316866;STB=0.52939;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0215327;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:25:50:24:28:0.358974:15:9:2:23:18:10:20:30 chr19 45409167 . C G 61.85 PASS AF=0.25;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=0.0057155;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.236;QD=6.87195;RBI=0.0057155;REFB=-0.014294;REVB=0;RO=27;SAF=9;SAR=0;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0461358;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:36:27:27:9:9:0.25:0:9:27:0:0:9:27:0 chr19 45448036 . T C 833.83 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.014;QD=57.5052;RBI=0.0101604;REFB=0;REVB=-0.00997061;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45783e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:29:26:0:0:31:27:0:0 chr19 45448465 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.644;QD=51.1841;RBI=0.0434539;REFB=0;REVB=-0.028921;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56789e-05;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr19 45452694 . G GT 624.4 PASS AF=0.683544;AO=53;DP=84;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0122843;FXX=0.0365809;HRUN=0;LEN=1;MLLD=290.682;QD=31.6154;RBI=0.0128318;REFB=-0.0345016;REVB=0.00370837;RO=29;SAF=26;SAR=27;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398329;STB=0.512191;STBP=0.757;TYPE=ins;VARB=0.0163531;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.683544:53:84:54:79:25:26:28:13:12:99:29:26:27:16:13 chr19 45476422 . T C 1745.96 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.682;QD=60.2055;RBI=0.0268527;REFB=0;REVB=0.0145343;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150465;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:111:116:1:58:53:0:0:61:55:0:0 chr19 45488567 . TG AC,CG 202.89 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=4,11;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081884,0.00067444;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=91.8339,114.023;QD=47.739;RBI=0.102283,0.0618436;REFB=0,0;REVB=-0.101955,-0.0618399;RO=0;SAF=0,6;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0664849,-0.000969176;OID=.,.;OPOS=45488567,45488567;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:17:17:0:0:4,11:2,15:0.117647,0.882353:4,5:0,6:0:0:2,9:0,6:0:0 chr19 45490570 . A G 757.61 PASS AF=0.712644;AO=55;DP=87;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00690488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8863;QD=34.8324;RBI=0.0331694;REFB=-0.0412466;REVB=-0.0324428;RO=21;SAF=24;SAR=31;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11812;STB=0.554057;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0217327;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:21:25:55:62:0.712644:31:24:14:7:34:28:16:9 chr19 45490636 . T C 185.87 PASS AF=0.324324;AO=25;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0132949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0368;QD=10.0469;RBI=0.0683004;REFB=-0.0363008;REVB=-0.066994;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638488;STB=0.554201;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0431277;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:50:25:24:0.324324:15:10:17:32:14:10:17:33 chr19 45561063 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.01;QD=61.6948;RBI=0.0812418;REFB=0;REVB=-0.0626977;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000813483;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr19 45790001 . T A 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0124751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2054;QD=21.9412;RBI=0.0562315;REFB=-0.0361544;REVB=0.0548302;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27582;STB=0.655764;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0197667;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:5:11:4:8:5:11:4:8 chr19 45790439 . C T 184.51 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0126538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.378;QD=35.1455;RBI=0.0302824;REFB=-0.037473;REVB=-0.0275119;RO=4;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313083;STB=0.517221;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0100588;OID=.;OPOS=45790439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:10:7:2:2:10:7:2:2 chr19 45806609 . A G 178.74 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.000998594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2303;QD=22.3424;RBI=0.0016115;REFB=0.00950324;REVB=-0.00126481;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899025;STB=0.505045;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00366742;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:3:11:14:4:3:11 chr19 45810035 . A G 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0106257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.5;QD=23.6746;RBI=0.0106337;REFB=-0.00558314;REVB=-0.000413721;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289103;STB=0.53122;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00233754;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:9:12:8:7:9:12:8:8 chr19 45818835 . A G 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00742189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.111;QD=7.78025;RBI=0.00834163;REFB=0.0079683;REVB=0.00380767;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155203;STB=0.594805;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0196737;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:44:17:17:0.278689:9:8:14:27:9:8:15:29 chr19 45865002 . C A 41.93 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0166795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.946;QD=18.6342;RBI=0.039227;REFB=-0.0236907;REVB=-0.0355043;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00992185;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:3:2:2:1:4:2:2:1 chr19 45868309 . T G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0163817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.023;QD=4.55542;RBI=0.0201544;REFB=-0.00521426;REVB=-0.0117404;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120737;STB=0.580426;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0226712;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:10:20:4:3:10:20 chr19 45882962 . T A 114.56 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0212263;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.563;QD=6.94313;RBI=0.0279738;REFB=-0.00121588;REVB=-0.0182203;RO=45;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2929;STB=0.70564;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00298725;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:49:17:17:0.257576:12:5:24:21:12:5:28:21 chr19 45912736 . C A 152.62 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0152664;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.04;QD=29.0695;RBI=0.0244138;REFB=-0.023893;REVB=0.0190518;RO=6;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295756;STB=0.666419;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00366824;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:6:6:15:15:0.714286:12:3:4:2:12:3:4:2 chr19 45923653 . A G 713.56 PASS AF=0.628571;AO=65;DP=104;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0201679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.117;QD=27.1834;RBI=0.0258665;REFB=-0.060351;REVB=0.0161966;RO=38;SAF=32;SAR=33;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231347;STB=0.50476;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0261577;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:38:39:65:66:0.628571:33:32:20:18:33:33:20:19 chr19 45976502 . C CG 33.4 PASS AF=0.23913;AO=8;DP=50;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0101439;FXX=0.041658;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.301;QD=2.90469;RBI=0.0304412;REFB=-0.0071991;REVB=0.0287013;RO=39;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624237;STB=0.858591;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.172845;OID=.;OPOS=45976503;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:8:50:11:46:35:8:3:6:29:33:39:6:2:7:32 chr19 45978375 . A G 700.08 PASS AF=0.670455;AO=57;DP=87;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00871422;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4989;QD=31.8217;RBI=0.0263009;REFB=-0.00495625;REVB=-0.0248153;RO=29;SAF=26;SAR=31;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026655;STB=0.520117;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00179429;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:29:29:57:59:0.670455:31:26:12:17:31:28:12:17 chr19 45988684 . CG C 100.64 PASS AF=0.28;AO=26;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0440052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1437;QD=4.02573;RBI=0.159169;REFB=0.0189066;REVB=0.152965;RO=70;SAF=12;SAR=14;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986696;STB=0.571378;STBP=0.391;TYPE=del;VARB=-0.0310417;OID=.;OPOS=45988685;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:26:100:28:100:72:12:16:38:34:99:70:12:14:38:32 chr19 45998247 . A G 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.033313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.826;QD=23.8987;RBI=0.0334175;REFB=-0.00341194;REVB=0.00264126;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669765;STB=0.550686;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00202987;OID=.;OPOS=45998247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:27:27:0.54:18:9:9:13:18:9:10:13 chr19 46003068 . A G 533.06 PASS AF=0.543478;AO=51;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0393207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.336;QD=23.1767;RBI=0.0454457;REFB=-0.0330175;REVB=0.0227858;RO=40;SAF=39;SAR=12;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011546;STB=0.501193;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0228644;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:42:51:50:0.543478:12:39:31:9:12:38:32:10 chr19 46024582 . GGT G,GGG 157.36 PASS AF=0.34375,0.1875;AO=10,5;DP=34;FAO=11,6;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9,4;FSAR=2,2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00142068,-0.00305419;FXX=0.0856898;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=219.899,224.172;QD=19.67;RBI=0.0178606,0.0175539;REFB=-0.018157,-0.00944065;REVB=0.017804,0.0172862;RO=15;SAF=9,3;SAR=1,2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.214855,-0.260866;STB=0.517209,0.615046;STBP=0.907,0.573;TYPE=del,snp;VARB=0.00583187,0.0307759;OID=.,.;OPOS=46024583,46024584;OREF=GT,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375,0.1875:10,5:34:11,6:32:15:9,4:2,2:12:3:91:15:9,3:1,2:12:3 chr19 46024588 . C G 97.76 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.104608;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.2396;QD=11.5006;RBI=0.115027;REFB=-0.0117899;REVB=0.0478355;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299811;STB=0.620445;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.025721;OID=.;OPOS=46024588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:34:14:19:11:11:0.323529:2:9:8:6:2:9:13:6 chr19 46026970 . T A 481.68 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0429716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3559;QD=28.7568;RBI=0.052656;REFB=0.0397078;REVB=0.0304319;RO=22;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10028;STB=0.562862;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0177723;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:23:44:44:0.656716:27:17:12:10:27:17:13:10 chr19 46027125 . G A 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0112306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.537;QD=7.04963;RBI=0.0112377;REFB=-0.00749101;REVB=-0.000401579;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246252;STB=0.655928;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0172725;OID=.;OPOS=46027125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:7:3:15:15:7:3:15:15 chr19 46029981 . T C 1661.13 PASS AF=0.656109;AO=140;DP=219;FAO=145;FDP=221;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=102;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.00819659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4183;QD=30.0658;RBI=0.0157128;REFB=0.0261334;REVB=0.0134055;RO=75;SAF=42;SAR=98;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745924;STB=0.544229;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0128129;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:75:76:140:145:0.656109:98:42:30:45:102:43:31:45 chr19 46057081 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.954;QD=57.1763;RBI=0.0447233;REFB=0;REVB=0.00956252;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178593;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr19 46094597 . G A 201.06 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00281978;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.365;QD=12.1852;RBI=0.00318144;REFB=-0.00691562;REVB=-0.00147323;RO=42;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287725;STB=0.679856;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0111968;OID=.;OPOS=46094597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:41:24:25:0.378788:8:16:17:25:8:17:16:25 chr19 46095651 . A G 702.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.483;QD=62.4239;RBI=0.0749317;REFB=0;REVB=-0.0724736;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136486;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:15:28:0:0:15:30:0:0 chr19 46124517 . C T 109.42 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0189446;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.61;QD=20.8412;RBI=0.0322453;REFB=-0.031913;REVB=0.0260933;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.027422;OID=.;OPOS=46124517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:3:6:9:3:3:6 chr19 46129999 . C A 414.81 PASS AF=0.693878;AO=20;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0655509;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.9331;QD=33.8619;RBI=0.0708594;REFB=-0.0395757;REVB=-0.0269096;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113775;STB=0.590446;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0289821;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:6:15:20:34:0.693878:8:12:2:4:11:23:6:9 chr19 46154806 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.213;QD=56.1906;RBI=0.0531807;REFB=0;REVB=0.053133;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382547;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 46154820 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.567;QD=58.5872;RBI=0.0203868;REFB=0;REVB=0.0190725;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164903;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 46154902 . G GC 680.56 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117413;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=220.839;QD=48.6116;RBI=0.0132917;REFB=0;REVB=0.0062299;RO=2;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.33421e-05;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:58:56:56:0:30:26:0:0:12:2:27:23:1:1 chr19 46154906 . C CT 679.32 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155117;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.998;QD=49.4051;RBI=0.00197186;REFB=0;REVB=-0.00121742;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000135236;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:55:55:0:30:25:0:0:12:2:29:25:1:1 chr19 46155049 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6209;QD=50.4091;RBI=0.0434241;REFB=0;REVB=-0.0330111;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014036;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr19 46181392 . G C 94.32 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0183486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.268;QD=10.4796;RBI=0.0194219;REFB=-0.00794725;REVB=-0.00636694;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299495;STB=0.681497;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0170776;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:12:12:9:3:12:12 chr19 46206262 . G A 495.96 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00219107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.364;QD=31.9974;RBI=0.00262505;REFB=-0.0198772;REVB=0.00144573;RO=18;SAF=11;SAR=33;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162279;STB=0.588193;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00597966;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:18:44:44:0.709677:33:11:9:9:33:11:9:9 chr19 46214244 . A G 338.85 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00438244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.646;QD=22.9729;RBI=0.0184349;REFB=0.0102711;REVB=0.0179064;RO=24;SAF=24;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706759;STB=0.551693;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00546765;OID=.;OPOS=46214244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:25:34:34:0.576271:10:24:15:9:10:24:15:10 chr19 46262286 . C A 261.05 PASS AF=0.555556;AO=22;DP=40;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0332761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.41;QD=23.2042;RBI=0.0390602;REFB=-0.0339889;REVB=0.0204549;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812719;STB=0.570865;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0319144;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:45:18:20:22:25:0.555556:12:10:10:8:14:11:12:8 chr19 46268902 . C T 488.98 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0684403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.702;QD=40.7485;RBI=0.0685406;REFB=-0.0243323;REVB=-0.00370605;RO=9;SAF=11;SAR=26;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03312;STB=0.532486;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0104105;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:9:11:37:37:0.770833:26:11:2:7:26:11:2:9 chr19 46269076 . G A 59.58 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.0411804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.905;QD=6.11079;RBI=0.0598074;REFB=-0.015891;REVB=-0.0433717;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391259;STB=0.732981;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0681502;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:3:27:6:3:3:27 chr19 46269313 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.785;QD=46.8472;RBI=0.0523253;REFB=0;REVB=-0.0195365;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449976;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr19 46275976 . G C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0268422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.332;QD=11.0861;RBI=0.0268436;REFB=-0.00683911;REVB=0.000273597;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290827;STB=0.512176;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0182881;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:25:13:13:0.342105:7:6:10:13:7:6:12:13 chr19 46289338 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0551489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2783;QD=10.3904;RBI=0.0814608;REFB=0.000264288;REVB=0.0599538;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423661;STB=0.738729;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000116489;OID=.;OPOS=46289338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:11:0:1:6:11:0 chr19 46289392 . G C 631.75 PASS AF=0.907407;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0161799;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=227.218;QD=46.7964;RBI=0.0266169;REFB=-0.0199815;REVB=0.0211347;RO=1;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447271;STB=0.500582;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.000562525;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:53:54:1:5:48:49:0.907407:10:38:0:1:10:39:4:1 chr19 46289503 . C T 522.43 PASS AF=0.579545;AO=34;DP=90;FAO=51;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0738355;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5777;QD=23.747;RBI=0.08497;REFB=-0.0546615;REVB=0.0420503;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882277;STB=0.519414;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0447382;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:37:37:34:51:0.579545:17:17:22:15:23:28:22:15 chr19 46289504 . G T 102.26 PASS AF=0.193182;AO=15;DP=83;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00854507;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.0715;QD=4.64828;RBI=0.00955295;REFB=-0.0400853;REVB=-0.0042709;RO=68;SAF=10;SAR=5;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12355;STB=0.582074;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0224801;OID=.;OPOS=46289504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:68:71:15:17:0.193182:5:10:39:29:6:11:39:32 chr19 46319415 . G C 264.31 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.717;QD=44.0513;RBI=0.0500995;REFB=-0.182336;REVB=0.0344883;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000982056;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:21:23:0.958333:11:10:1:0:12:11:0:1 chr19 46327053 . C T 117.38 PASS AF=0.233766;AO=17;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0154926;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.426;QD=6.09774;RBI=0.0174458;REFB=-0.0110379;REVB=-0.0080209;RO=59;SAF=5;SAR=12;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38288;STB=0.747279;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0394748;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:59:17:18:0.233766:12:5:36:23:13:5:36:23 chr19 46330809 . G A 197.21 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0163854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4843;QD=9.17248;RBI=0.0253994;REFB=-0.0161189;REVB=0.0194075;RO=60;SAF=14;SAR=12;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608873;STB=0.503594;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0382834;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:12:14:32:28:12:14:32:28 chr19 46375779 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0121424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.071;QD=15.2558;RBI=0.0157128;REFB=0.00534502;REVB=0.00997265;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866919;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00811787;OID=.;OPOS=46375779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:16:14:11:9:16:14 chr19 46387792 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.000632355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.933;QD=10.0752;RBI=0.0100562;REFB=-0.0115873;REVB=0.0100363;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410879;STB=0.74415;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00714756;OID=.;OPOS=46387792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:3:11:3:5:3:11 chr19 46388379 . C G 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0123014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.996;QD=15.3079;RBI=0.0161;REFB=-0.0150775;REVB=-0.0103867;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261981;STB=0.647398;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.019922;OID=.;OPOS=46388379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:20:14:31:15:20:14:31:15 chr19 46404579 . A G 881.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.846;QD=57.7801;RBI=0.050323;REFB=0;REVB=0.00245117;RO=0;SAF=6;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03478e-05;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:50:6:0:0:53:8:0:0 chr19 46443886 . C A 49.25 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.809;QD=32.8342;RBI=0.143495;REFB=0;REVB=0.128267;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338086;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:0:5:0:0:1:5:0:0 chr19 46498353 . C G 249.05 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0177356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.178;QD=11.8597;RBI=0.0227887;REFB=-0.0134659;REVB=0.0143099;RO=54;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457829;STB=0.526383;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0254395;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:16:14:23:31:16:14:23:31 chr19 46511548 . T C 101.92 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.548;QD=40.7677;RBI=0.0514265;REFB=0;REVB=-0.0399044;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135961;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr19 46520026 . A G 566.61 PASS AF=0.654321;AO=47;DP=79;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=0.000708218;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.496;QD=27.9808;RBI=0.0107253;REFB=-0.0195423;REVB=-0.0107019;RO=27;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290026;STB=0.636405;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00704802;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:27:28:47:53:0.654321:26:21:1:26:29:24:2:26 chr19 46526272 . C T 161.22 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0879117;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7576;QD=24.8034;RBI=0.0879697;REFB=0.0279588;REVB=0.00319478;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369049;STB=0.696153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00163441;OID=.;OPOS=46526272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:9:10:16:16:0.615385:13:3:6:3:13:3:6:4 chr19 46543615 . A G 44.63 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000793884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2114;QD=5.95047;RBI=0.0609353;REFB=-0.030803;REVB=-0.0609301;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322841;STB=0.820058;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0522567;OID=.;OPOS=46543615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:30:17:23:7:7:0.233333:6:1:6:11:6:1:12:11 chr19 46627592 . G A 532.08 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0191183;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0867;QD=20.4644;RBI=0.0233165;REFB=0.00691914;REVB=-0.0133472;RO=35;SAF=24;SAR=30;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326156;STB=0.529904;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00793304;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:35:48:54:55:0.528846:30:24:14:21:31:24:24:24 chr19 46808371 . C T 612.65 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00267576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.234;QD=24.0256;RBI=0.0108726;REFB=-0.00718645;REVB=-0.0105382;RO=43;SAF=32;SAR=27;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238467;STB=0.513022;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00516599;OID=.;OPOS=46808371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:27:32:22:21:27:32:22:21 chr19 46811984 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.577;QD=53.9108;RBI=0.0247275;REFB=0;REVB=0.0241946;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217695;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 46815310 . G A 746.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.654;QD=63.5489;RBI=0.0355899;REFB=0;REVB=0.0281952;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252077;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr19 46815499 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.31;QD=56.1915;RBI=0.048387;REFB=0;REVB=-0.0447979;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000589223;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 110.51 PASS AF=0.6,0.4;AO=6,4;DP=12;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271863,-0.0565345;FXX=0.230592;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=186.031,44.5319;QD=44.202;RBI=0.0281435,0.102784;REFB=0,0;REVB=-0.00727742,-0.0858388;RO=0;SAF=5,3;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0120447,-0.0100539;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:6,4:12:6,4:10:0:5,3:1,1:0:0:26:0:5,3:1,1:0:0 chr19 46815709 . CTCT C,CTTT 93.66 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=3,9;DP=14;FAO=4,7;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016457,-0.0225007;FXX=0.266489;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=131.902,142.674;QD=34.0588;RBI=0.0313895,0.0417535;REFB=0,0;REVB=-0.0267295,0.035172;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0133898,0.0295477;OID=.,.;OPOS=46815710,46815711;OREF=TCT,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.636364:3,9:14:4,7:11:0:3,5:1,2:0:0:23:0:2,7:1,2:0:0 chr19 46823702 . A G 1012.84 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9551;QD=57.0617;RBI=0.0713352;REFB=-0.0661206;REVB=0.0709689;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196345;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:71:0:0:66:71:1:26:40:0:0:28:43:0:0 chr19 46823751 . C T 1245.42 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314781;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2227;QD=61.5021;RBI=0.0350666;REFB=0;REVB=0.0154531;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421784;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:35:44:0:0:36:45:0:0 chr19 46857015 . C T 271.65 PASS AF=0.296;AO=37;DP=126;FAO=37;FDP=125;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0176689;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.746;QD=8.69293;RBI=0.021971;REFB=-0.00661659;REVB=0.0130589;RO=86;SAF=15;SAR=22;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127486;STB=0.575122;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0121826;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:86:88:37:37:0.296:22:15:44:42:22:15:45:43 chr19 46914547 . C G 499.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2797;QD=58.7257;RBI=0.00695926;REFB=0;REVB=0.00131196;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1147e-05;OID=.;OPOS=46914547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:26:8:0:0 chr19 46914927 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.03;QD=33.4285;RBI=0.0598508;REFB=0;REVB=-0.0536907;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174004;OID=.;OPOS=46914927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 46915177 . TCCCCCCT TCCCCCTC 46.12 PASS AF=0.2;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.11308;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=27.5318;QD=5.2709;RBI=0.141618;REFB=-0.0306349;REVB=0.0852563;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.643136;STBP=0.468;TYPE=mnp;VARB=0.0259624;OID=.;OPOS=46915183;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:6:36:7:35:24:2:5:11:13:37:18:2:4:8:10 chr19 46973981 . G A 197.09 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0120614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.71;QD=8.95888;RBI=0.0124556;REFB=-0.00133183;REVB=-0.00310874;RO=62;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266431;STB=0.515777;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0035437;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:26:26:0.295455:14:12:30:32:14:12:30:32 chr19 46974233 . G A 213.69 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0114683;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.075;QD=14.4877;RBI=0.0121111;REFB=-0.0167257;REVB=-0.00389337;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.524456;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0369238;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:14:19:15:10:15:19 chr19 46999691 . C G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0350731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.85;QD=11.6316;RBI=0.0514177;REFB=-0.0292471;REVB=-0.0375986;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0531639;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:4:12:6:4:4:12 chr19 47124714 . T G 709.39 PASS AF=0.616162;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0349039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.93;QD=28.6623;RBI=0.0349905;REFB=-0.0186966;REVB=-0.00246024;RO=37;SAF=32;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077146;STB=0.500664;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0125048;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:37:38:61:61:0.616162:29:32:19:18:29:32:20:18 chr19 47127324 . C G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0406789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4035;QD=18.7636;RBI=0.0515202;REFB=0.0104498;REVB=-0.0316158;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00275866;OID=.;OPOS=47127324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr19 47137459 . C T 284.17 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000369839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6355;QD=17.7609;RBI=0.0439724;REFB=0.00204799;REVB=0.0439708;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925111;STB=0.551833;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00260882;OID=.;OPOS=47137459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:19:12:16:17:19:12:16:17 chr19 47177913 . A G 804.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.26;QD=64.3541;RBI=0.0750795;REFB=0;REVB=-0.00856798;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312624;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr19 47212589 . T TG 153.12 PASS AF=0.894737;AO=6;DP=41;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.146938;FXX=0.0731529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=7.85063;QD=16.1176;RBI=0.14979;REFB=-0.0927278;REVB=0.02909;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131767;STB=0.545428;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.0643657;OID=.;OPOS=47212590;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:6:41:34:38:4:14:20:0:4:7:34:2:4:11:23 chr19 47212593 . A G 348.95 PASS AF=0.7;AO=26;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0125942;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6572;QD=34.8954;RBI=0.0175527;REFB=-0.0651807;REVB=0.0122264;RO=10;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101961;STB=0.562457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0268874;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:40:40:10:10:26:28:0.7:16:10:2:8:16:12:2:8 chr19 47223543 . T C 2296.3 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542826;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.286;QD=63.786;RBI=0.0784328;REFB=0;REVB=-0.0782447;RO=0;SAF=105;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98385e-05;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:39:105:0:0:39:105:0:0 chr19 47223949 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00301558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.875;QD=9.41572;RBI=0.00305991;REFB=-0.0173797;REVB=0.000518969;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198701;STB=0.511798;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0294232;OID=.;OPOS=47223949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:10:8:18:21:10:8:18:21 chr19 47258842 . C T 257.62 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0062183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.856;QD=9.72138;RBI=0.0110579;REFB=-0.0119369;REVB=0.00914383;RO=71;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191056;STB=0.504261;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0285162;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:72:34:34:0.320755:22:12:24:47:22:12:25:47 chr19 47282162 . G A 273.94 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0137378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.919;QD=17.6738;RBI=0.0182037;REFB=-0.0159431;REVB=0.0119436;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237946;STB=0.633244;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00747502;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:20:12:19:11:20:12 chr19 47543774 . G A 1522.52 PASS AF=0.61991;AO=133;DP=216;FAO=137;FDP=221;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=87;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0454632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3737;QD=27.5569;RBI=0.0584111;REFB=-0.0180152;REVB=0.0366736;RO=83;SAF=48;SAR=85;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461921;STB=0.525713;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0142928;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:221:83:84:133:137:0.61991:85:48:35:48:87:50:36:48 chr19 47570906 . A G 832.85 PASS AF=0.691589;AO=73;DP=107;FAO=74;FDP=107;FR=.;FRO=33;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0145892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.802;QD=31.1346;RBI=0.0305926;REFB=-0.00428974;REVB=-0.0268898;RO=33;SAF=43;SAR=30;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791717;STB=0.501685;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00467105;OID=.;OPOS=47570906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:33:33:73:74:0.691589:30:43:19:14:31:43:19:14 chr19 47585517 . G C 615.53 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0181296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.098;QD=21.9832;RBI=0.0181312;REFB=-0.0107834;REVB=-0.00024631;RO=51;SAF=31;SAR=30;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502547;STB=0.527541;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00681941;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:30:31:29:22:30:31:29:22 chr19 47588325 . G A 411.17 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0255867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0423;QD=29.3695;RBI=0.0413657;REFB=-0.0461801;REVB=-0.0325029;RO=18;SAF=24;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114719;STB=0.562467;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0235571;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:14:24:8:10:14:24:8:10 chr19 47593449 . G A 397.09 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0580673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1466;QD=20.6279;RBI=0.0644448;REFB=-0.030546;REVB=0.0279519;RO=36;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039266;STB=0.529397;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0361587;OID=.;OPOS=47593449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:24:16:16:20:24:16:17:20 chr19 47761646 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.568;QD=56.1916;RBI=0.0510416;REFB=0;REVB=0.0399843;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190362;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 47768128 . G C 400.11 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4617;QD=53.3483;RBI=0.0392959;REFB=-0.0781986;REVB=0.0264514;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00327675;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chr19 47770015 . A C 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9195;QD=59.3198;RBI=0.0272725;REFB=0;REVB=0.0177211;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25472e-05;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr19 47774447 . G A 401.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.292;QD=55.4164;RBI=0.0708304;REFB=0;REVB=0.0357045;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459639;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:15:14:0:0 chr19 47774572 . C T 433.66 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7836;QD=55.9566;RBI=0.0915991;REFB=0;REVB=0.0893505;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210106;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr19 47774772 . T C 340.45 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.525;QD=54.4713;RBI=0.0360806;REFB=0;REVB=-0.0322028;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48123e-05;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr19 47778851 . C T 146.79 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00267514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.1305;QD=11.9826;RBI=0.0242721;REFB=-0.0326149;REVB=-0.0241243;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19448;STB=0.654261;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0346792;OID=.;OPOS=47778851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:31:16:16:0.326531:6:10:10:13:6:10:12:19 chr19 47778857 . C G 737.6 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0576656;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.031;QD=61.4666;RBI=0.0611406;REFB=-0.0885251;REVB=0.0203186;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000508002;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:26:21:0:0:26:21:1:0 chr19 47823038 . G A 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7526;QD=47.8065;RBI=0.0279282;REFB=0;REVB=0.0137652;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002574;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 47823484 . T C,G 762.32 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=52,2;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432242,0.017469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.922,85.3224;QD=56.4684;RBI=0.043234,0.0186803;REFB=0,0;REVB=-0.000920829,-0.00661726;RO=0;SAF=23,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.84538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00173269,0.0300709;OID=.,.;OPOS=47823484,47823484;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:54:0:0:52,2:53,1:0.981481,0.0185185:29,2:23,0:0:0:30,1:23,0:0:0 chr19 47823871 . G T 747.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4473;QD=61.0303;RBI=0.0295389;REFB=0;REVB=0.00800158;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757592;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:49:0:0:46:49:1:19:27:0:0:20:29:0:0 chr19 47935351 . T TC 81.3 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12386;FXX=0.473435;HRUN=0;LEN=1;MLLD=73.8707;QD=32.5209;RBI=0.128935;REFB=0;REVB=-0.0358169;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0121965;OID=.;OPOS=47935352;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:10:10:0:6:4:0:0:4:18:0:2:13:5 chr19 47935352 . T C,G 208.36 PASS AF=0.842105,0.105263;AO=16,2;DP=19;FAO=16,2;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=5,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00934818,-0.0153691;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=116.696,12.9519;QD=43.8645;RBI=0.0396478,0.176013;REFB=-0.110911,0.0644107;REVB=0.0385299,0.175341;RO=1;SAF=11,0;SAR=5,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0397692,-0.697199;STB=0.521712,0.993266;STBP=0.607,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00139715,0.174606;OID=.,.;OPOS=47935352,47935352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:19:1:1:16,2:16,2:0.842105,0.105263:5,2:11,0:1:0:5,2:11,0:1:0 chr19 47960794 . T G 591.62 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=159;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0274255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5202;QD=14.7904;RBI=0.0542857;REFB=-0.0261756;REVB=-0.0468485;RO=91;SAF=30;SAR=37;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126829;STB=0.570691;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0302729;OID=.;OPOS=47960794;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:91:93:67:67:0.41875:37:30:52:39:37:30:53:40 chr19 47969394 . G A 421.36 PASS AF=0.625;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00996651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4426;QD=26.3352;RBI=0.0101921;REFB=-0.0518046;REVB=0.00213248;RO=23;SAF=10;SAR=30;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830034;STB=0.539979;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0362726;OID=.;OPOS=47969394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:24:40:40:0.625:30:10:8:15:30:10:8:16 chr19 47978671 . G A 65.36 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00508395;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9385;QD=5.02798;RBI=0.0381465;REFB=-0.00448053;REVB=0.0378062;RO=42;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024552;STB=0.516097;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0133151;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:53:52:42:42:10:10:0.192308:6:4:16:26:6:4:16:26 chr19 47996010 . C T 173.26 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=106;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.000939485;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.19;QD=6.60029;RBI=0.00180571;REFB=-0.0147641;REVB=0.00154206;RO=77;SAF=6;SAR=20;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374908;STB=0.721955;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0359446;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:77:79:26:26:0.247619:20:6:40:37:20:6:40:39 chr19 48000071 . CCTT C 122.49 PASS AF=0.3125;AO=21;DP=82;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0244631;FXX=0.0588166;HRUN=2;LEN=3;MLLD=207.746;QD=6.12453;RBI=0.024759;REFB=-0.0040834;REVB=0.00381639;RO=54;SAF=7;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162665;STB=0.535183;STBP=0.676;TYPE=del;VARB=0.00934631;OID=.;OPOS=48000072;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:21:82:25:80:55:11:14:27:28:99:54:7:14:25:29 chr19 48042976 . C T 35.98 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0241175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2811;QD=6.257;RBI=0.0354976;REFB=0.00965741;REVB=-0.0260466;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.646563;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0322832;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:8:9:2:4:8:9 chr19 48047821 . C T 201.79 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00135603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.23;QD=13.019;RBI=0.0199412;REFB=-0.0194698;REVB=-0.019895;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916862;STB=0.544712;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.037117;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:24:25:0.403226:11:13:22:13:12:13:22:15 chr19 48048515 . T C 154.79 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=82;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00402778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.882;QD=7.45982;RBI=0.022927;REFB=-0.00836;REVB=-0.0225704;RO=60;SAF=17;SAR=4;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32827;STB=0.669464;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0226879;OID=.;OPOS=48048515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:61:21:22:0.26506:4:17:35:25:5:17:35:26 chr19 48084410 . G A 438.59 PASS AF=0.581081;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0160277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.061;QD=23.7074;RBI=0.0233448;REFB=-0.0100614;REVB=0.0169732;RO=28;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281439;STB=0.502761;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.015377;OID=.;OPOS=48084410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:28:31:42:43:0.581081:27:15:11:17:28:15:11:20 chr19 48244194 . A G 446.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.416;QD=57.6517;RBI=0.0615203;REFB=0;REVB=-0.0599403;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209138;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr19 48244569 . G A 406.99 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1704;QD=54.2652;RBI=0.199193;REFB=-0.054149;REVB=0.0612558;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00693254;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:30:1:0:27:30:1:12:15:1:0:13:17:0:0 chr19 48255803 . C CG 95.02 PASS AF=1;AO=4;DP=28;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263174;FXX=0.499821;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.7622;QD=27.1496;RBI=0.0263174;REFB=-0.152533;REVB=-4.50121e-06;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0523493;OID=.;OPOS=48255804;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:28:14:14:0:14:0:0:0:6:24:2:2:13:11 chr19 48255804 . A C,G 379.71 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=4,24;DP=28;FAO=4,24;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305145,0.00270406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.744,52.5195;QD=54.2439;RBI=0.0425322,0.0201987;REFB=0,0;REVB=-0.0424226,-0.0200169;RO=0;SAF=2,13;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143221,-0.0160939;OID=.,.;OPOS=48255804,48255804;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:28:28:0:0:4,24:4,24:0.142857,0.857143:2,11:2,13:0:0:2,11:2,13:0:0 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 62.05 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000146371;FXX=0.399886;HRUN=0;LEN=7;MLLD=213.326;QD=11.8197;RBI=0.0265467;REFB=-0.0192583;REVB=-0.0265463;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43483;STB=0.693879;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.0428273;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:36:7:21:14:2:5:8:6:62:29:1:5:15:14 chr19 48282078 . C G 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0137444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.787;QD=13.2127;RBI=0.0140019;REFB=-0.0149493;REVB=-0.00267296;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10623;STB=0.562409;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0281575;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:10:12:9:5:10:12 chr19 48351527 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0100483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.952;QD=10.3791;RBI=0.0117238;REFB=-0.00219053;REVB=-0.00603965;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00699997;OID=.;OPOS=48351527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:8:7:5:4:9:7 chr19 48352054 . G C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0115482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1049;QD=19.3435;RBI=0.0431748;REFB=-0.0451071;REVB=-0.0416017;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152434;STB=0.585896;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0217073;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:5:13:10:8:5:13 chr19 48389425 . A G 1740.39 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.211;QD=60.0134;RBI=0.0349583;REFB=0;REVB=0.0209691;RO=1;SAF=76;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150416;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:116:1:0:115:116:1:39:76:1:0:39:77:0:0 chr19 48525507 . G A 124.26 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00671171;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.376;QD=6.06147;RBI=0.0186616;REFB=0.00465819;REVB=-0.0174129;RO=59;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617334;STB=0.531882;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0209328;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:63:19:19:0.231707:11:8:22:37:11:8:24:39 chr19 48533856 . A G 336.28 PASS AF=0.604167;AO=18;DP=42;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00196009;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=270.986;QD=28.0231;RBI=0.00309649;REFB=-0.000341016;REVB=-0.00239714;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383221;STB=0.67298;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000134001;OID=.;OPOS=48533856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:48:4:19:18:29:0.604167:11:7:2:2:22:7:12:7 chr19 48537585 . A G 577.58 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0267268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.343;QD=29.6195;RBI=0.0289196;REFB=-0.00844814;REVB=-0.0110462;RO=27;SAF=28;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432895;STB=0.523487;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00378294;OID=.;OPOS=48537585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:23:28:13:14:23:28:13:14 chr19 48543862 . G A 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00338718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.448;QD=27.3085;RBI=0.0050388;REFB=-0.0144376;REVB=0.00373048;RO=20;SAF=22;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086534;STB=0.504777;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0104861;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:7:22:15:5:7:22:15:5 chr19 48543923 . C A 379.42 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0139918;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6979;QD=24.4786;RBI=0.0176488;REFB=0.00949287;REVB=0.0107568;RO=25;SAF=26;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118408;STB=0.565181;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00913984;OID=.;OPOS=48543923;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:11:26:14:11:11:26:14:11 chr19 48558286 . G A 294.47 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00426203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.431;QD=28.045;RBI=0.0250142;REFB=-0.0381705;REVB=0.0246484;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139367;STB=0.576864;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0249998;OID=.;OPOS=48558286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:15:11:10:6:15:11:10:6 chr19 48598823 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.826;QD=52.7696;RBI=0.0233065;REFB=-0.0494002;REVB=0.0194677;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00151272;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:17:11:0:0:17:11:0:1 chr19 48601454 . T C 1421.46 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0332045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.015;QD=61.1381;RBI=0.0382308;REFB=-0.0432631;REVB=0.0189489;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=9.90849e-05;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:89:92:0.989247:50:39:0:0:50:42:0:1 chr19 48602948 . T C 668.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.362;QD=62.1721;RBI=0.027976;REFB=0;REVB=-0.00015165;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140717;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr19 48621036 . C G 133.76 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0207954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.515;QD=8.49276;RBI=0.0264201;REFB=-0.0285548;REVB=-0.0162965;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417948;STB=0.519979;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0618886;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:44:18:19:0.301587:6:12:26:15:6:13:29:15 chr19 48622427 . A G 554.83 PASS AF=0.275618;AO=78;DP=281;FAO=78;FDP=283;FR=.;FRO=205;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=105;FSRR=100;FWDB=-0.0241803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.406;QD=7.84212;RBI=0.0341629;REFB=-0.006108;REVB=-0.0241333;RO=200;SAF=42;SAR=36;SRF=101;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411444;STB=0.519079;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0307356;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:283:200:205:78:78:0.275618:36:42:101:99:36:42:105:100 chr19 48654553 . G T 211.05 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0592182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3795;QD=12.06;RBI=0.060696;REFB=-0.0196742;REVB=0.0133118;RO=44;SAF=20;SAR=6;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231352;STB=0.634808;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0345753;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:6:20:26:18:6:20:26:18 chr19 48668795 . G A 272.48 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0149064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3247;QD=12.5279;RBI=0.0197455;REFB=-0.0134683;REVB=0.0129492;RO=55;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157144;STB=0.50902;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0230764;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:15:17:30:25:15:17:30:25 chr19 48737706 . A T 660.74 PASS AF=0.691358;AO=56;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00838062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.99;QD=32.629;RBI=0.00862541;REFB=-0.00264503;REVB=0.00204031;RO=24;SAF=22;SAR=34;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377952;STB=0.527844;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00194773;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:24:25:56:56:0.691358:34:22:11:13:34:22:12:13 chr19 48809595 . GAAAAAAAT GAAAAAAGT,GAAAAAAT,GAAAAAATC 47.32 PASS AF=0.0638298,0.361702,0;AO=4,14,2;DP=48;FAO=3,17,0;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3,12,0;FSAR=0,5,0;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.133488,-0.0314423,-0.0156846;FXX=0.020829;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=128.434,10.0463,24.5093;QD=4.02758;RBI=0.133866,0.116765,0.0954742;REFB=-0.00683467,-0.153545,-0.073828;REVB=0.0100513,0.112452,0.0941771;RO=22;SAF=4,10,1;SAR=0,4,1;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.768837,0.516597,0.361578;STB=0.997782,0.75921,0.5;STBP=0.015,0.012,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0112175,0.192643,0;OID=.,.,.;OPOS=48809602,48809596,48809602;OREF=A,A,AT;OALT=G,-,TC;OMAPALT=GAAAAAAGT,GAAAAAAT,GAAAAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0638298,0.361702,0:4,14,2:48:3,17,0:47:27:3,12,0:0,5,0:7:20:36:22:4,10,1:0,4,1:4:18 chr19 48815266 . T C 715.87 PASS AF=0.635417;AO=61;DP=96;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00593479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.422;QD=29.8279;RBI=0.00619635;REFB=-0.0170392;REVB=-0.00178128;RO=35;SAF=33;SAR=28;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206435;STB=0.511192;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00922046;OID=.;OPOS=48815266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:35:35:61:61:0.635417:28:33:20:15:28:33:20:15 chr19 48821738 . C G 141.82 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0180746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2892;QD=11.1234;RBI=0.0249143;REFB=-0.00745694;REVB=0.0171473;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157516;OID=.;OPOS=48821738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:18:16:8:9:18:16 chr19 48863386 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.294;QD=60.2042;RBI=0.0332525;REFB=0;REVB=0.013258;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34495e-05;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr19 48866688 . G C 120.17 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.268275;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.5739;QD=10.0138;RBI=0.290868;REFB=9.12965e-05;REVB=0.112394;RO=13;SAF=0;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731226;STB=0.871498;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0442405;OID=.;OPOS=48866688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:32:8:16:0.333333:8:0:3:10:15:1:14:18 chr19 48869178 . C T 68.01 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0174509;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.595;QD=4.77281;RBI=0.0748837;REFB=-0.00844072;REVB=0.072822;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162539;STB=0.605491;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0382687;OID=.;OPOS=48869178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:57:46:46:11:11:0.192982:6:5:27:19:6:5:27:19 chr19 48949286 . G T 702.99 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4106;QD=61.13;RBI=0.103276;REFB=-0.0708756;REVB=0.0848677;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210656;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:20:25:1:0:20:26:0:0 chr19 48972740 . T C 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.002636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.468;QD=8.99466;RBI=0.00663328;REFB=-0.00850903;REVB=0.00608703;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100069;STB=0.561298;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0310077;OID=.;OPOS=48972740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:17:12:4:8:17:12 chr19 48975746 . C T 53.85 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=25;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0418559;FXX=0.079968;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.721;QD=9.36475;RBI=0.041974;REFB=-0.0288926;REVB=-0.00314605;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27779;STB=0.70519;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0250646;OID=.;OPOS=48975746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:23:12:14:5:7:0.304348:4:1:5:7:6:1:5:9 chr19 48975807 . C T 116.06 PASS AF=0.274194;AO=15;DP=64;FAO=17;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00187454;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.57;QD=7.4876;RBI=0.0402496;REFB=-0.0196037;REVB=-0.0402059;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480219;STB=0.502854;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0514028;OID=.;OPOS=48975807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:36:45:15:17:0.274194:6:9:23:13:8:9:24:21 chr19 48977479 . C T 117.91 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00974826;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3422;QD=11.7914;RBI=0.00979513;REFB=-0.00284521;REVB=0.000957008;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306053;STB=0.693149;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00627913;OID=.;OPOS=48977479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:26:14:14:0.35:10:4:14:11:10:4:15:11 chr19 48979664 . T A,TAAAATA 126.15 PASS AF=0.0111111,0.211111;AO=4,18;DP=92;FAO=1,19;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=1,11;FSAR=0,8;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.000705217,-0.0169559;FXX=0.0217368;HRUN=1,4;LEN=1,6;MLLD=179.421,147.671;QD=5.60649;RBI=0.0134269,0.0372955;REFB=-0.0020548,0.00260564;REVB=-0.0134084,-0.0332183;RO=65;SAF=3,11;SAR=1,7;SRF=42;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112318,-0.0467753;STB=0.987893,0.528734;STBP=0.503,0.803;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0071139,-0.0110905;OID=.,.;OPOS=48979664,48979665;OREF=T,-;OALT=A,AAAATA;OMAPALT=A,TAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:90:65:70:4,18:1,19:0.0111111,0.211111:1,7:3,11:42:23:0,8:1,11:43:27 chr19 48985178 . TA T 2170.06 PASS AF=1;AO=181;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7554;QD=46.4184;RBI=0.116765;REFB=0;REVB=-0.116726;RO=0;SAF=77;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000647005;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:181:187:187:187:0:82:105:0:0:40:0:77:104:0:0 chr19 49000676 . G C 33.1 PASS AF=0.0583333;AO=6;DP=122;FAO=7;FDP=120;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=103;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=68;FWDB=-0.0517361;FXX=0.0163921;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.9382;QD=1.10335;RBI=0.10623;REFB=-0.0365491;REVB=0.0927802;RO=70;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686199;STB=0.813211;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0608553;OID=.;OPOS=49000676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:120:70:103:6:7:0.0583333:1:5:10:60:2:5:35:68 chr19 49079224 . G A 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00661302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.923;QD=5.06441;RBI=0.00947713;REFB=-0.00219323;REVB=-0.00678851;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152349;STB=0.60101;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0123588;OID=.;OPOS=49079224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:3:5:16:16:3:5:16:16 chr19 49116359 . T C 737.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7183;QD=56.7186;RBI=0.0701853;REFB=0;REVB=-0.0478773;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000773616;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr19 49116555 . A G 777.16 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4623;QD=55.5117;RBI=0.0454382;REFB=0;REVB=0.0275246;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226665;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:21:30:0:0:25:31:0:0 chr19 49119939 . T C 60.87 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.00678548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6093;QD=2.96936;RBI=0.00683402;REFB=-0.0058427;REVB=-0.000813032;RO=69;SAF=10;SAR=2;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300197;STB=0.721228;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0439465;OID=.;OPOS=49119939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:69:70:12:12:0.146341:2:10:44:25:2:10:44:26 chr19 49133761 . C T 1179.61 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0280502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.939;QD=56.172;RBI=0.0372393;REFB=-0.00140199;REVB=0.0244939;RO=4;SAF=42;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429794;STB=0.522722;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=3.65445e-05;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:4:4:80:80:0.952381:38:42:4:0:38:42:4:0 chr19 49183705 . G A 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4712;QD=56.9513;RBI=0.0570392;REFB=0;REVB=0.0355609;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007495;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr19 49206603 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7292;QD=57.1754;RBI=0.0479366;REFB=0;REVB=-0.00950732;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375268;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 49206631 . A T 187.76 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000962566;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.557;QD=14.1708;RBI=0.00545263;REFB=-0.011554;REVB=0.00536699;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191273;STB=0.62747;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0135732;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:17:14:14:8:18:13 chr19 49217261 . A G 783.89 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6135;QD=57.0105;RBI=0.0668884;REFB=0;REVB=-0.0653401;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264137;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr19 49217305 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.376;QD=58.6006;RBI=0.0284048;REFB=0;REVB=0.0283022;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89856e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:36:27:0:0:36:28:0:0 chr19 49244219 . CG AA 464.25 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00184433;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.461;QD=24.7602;RBI=0.0167725;REFB=-0.022167;REVB=0.0166708;RO=31;SAF=34;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323737;STB=0.517758;STBP=0.762;TYPE=mnp;VARB=0.0148787;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:10:34:23:8:10:34:23:8 chr19 49247786 . G A 590.36 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00642388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.527;QD=29.5179;RBI=0.015355;REFB=-0.0108896;REVB=0.0139467;RO=28;SAF=22;SAR=30;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036268;STB=0.501968;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00619405;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:30:22:12:16:30:22:12:16 chr19 49259529 . A G 1576.72 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.917;QD=58.943;RBI=0.0601316;REFB=0;REVB=0.0467502;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348295;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:107:0:0:94:107:1:42:52:0:0:49:58:0:0 chr19 49261368 . T C 360.46 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851862;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.846;QD=55.4549;RBI=0.00928401;REFB=0;REVB=0.00369134;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31405e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:18:8:0:0 chr19 49299533 . A G 1488.51 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369331;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.492;QD=62.6742;RBI=0.0429362;REFB=0.0314372;REVB=0.0218966;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106533;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000101217;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:49:44:1:0:49:45:1:0 chr19 49342536 . G A 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00807558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.879;QD=8.11471;RBI=0.0110886;REFB=-0.000614468;REVB=-0.00759877;RO=39;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555153;STB=0.832922;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00221997;OID=.;OPOS=49342536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:3:12:12:27:3:12:12:27 chr19 49344521 . C T 288.49 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00604454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.37;QD=13.7376;RBI=0.0352385;REFB=-0.0180621;REVB=0.0347163;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891081;STB=0.550725;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0212862;OID=.;OPOS=49344521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:16:17:22:29:16:17:22:29 chr19 49348842 . G C 44.67 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0446319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.676;QD=7.44435;RBI=0.0452512;REFB=-0.0169713;REVB=0.00746093;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276261;STB=0.666295;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0311394;OID=.;OPOS=49348842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:2:15:5:2:2:15 chr19 49416456 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000224562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.751;QD=9.1886;RBI=0.0131135;REFB=-0.0080428;REVB=0.0131115;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252878;STB=0.65544;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0170279;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:12:13:8:3:12:13 chr19 49438363 . G A 129.22 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0261425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.568;QD=9.57216;RBI=0.0272456;REFB=-0.0225076;REVB=-0.00767443;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110338;STB=0.584318;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0378238;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:37:16:17:0.314815:8:8:22:15:9:8:22:15 chr19 49442933 . T C 149.05 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.008556;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.483;QD=6.27586;RBI=0.00877255;REFB=0.00110117;REVB=-0.00193712;RO=73;SAF=15;SAR=7;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317597;STB=0.695189;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00348542;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:73:73:22:22:0.231579:7:15:31:42:7:15:31:42 chr19 49445817 . T C 131.22 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0552406;FXX=0.0757461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.908;QD=8.60424;RBI=0.0562994;REFB=-0.0176906;REVB=0.0108674;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874873;STB=0.552182;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0498239;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:61:43:43:18:18:0.295082:10:8:16:27:10:8:16:27 chr19 49469087 . T C 351.99 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0481819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.759;QD=21.0142;RBI=0.048662;REFB=-0.0100505;REVB=-0.00681812;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193211;STB=0.500872;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101074;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:14:22:19:11:14:22:19:12 chr19 49513349 . C G 268.02 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0411309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.7081;QD=28.9755;RBI=0.0427538;REFB=-0.0149368;REVB=-0.0116677;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463935;STB=0.525526;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00478121;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:9:15:9:4:9:15:9:4 chr19 49558207 . A G 458.64 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0494134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9001;QD=23.5198;RBI=0.0652613;REFB=-0.0229601;REVB=-0.0426305;RO=33;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166743;OID=.;OPOS=49558207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:22:22:16:17:22:22:17:17 chr19 49705340 . G A 1656.5 PASS AF=0.642857;AO=141;DP=222;FAO=144;FDP=224;FR=.;FRO=80;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00866663;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.658;QD=29.5804;RBI=0.01093;REFB=-0.0461109;REVB=-0.00665996;RO=79;SAF=78;SAR=63;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01451;STB=0.509049;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0230434;OID=.;OPOS=49705340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:79:80:141:144:0.642857:63:78:42:37:63:81:43:37 chr19 49839015 . T C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0661769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.58;QD=30.4281;RBI=0.0680256;REFB=0.00864071;REVB=0.0157514;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392154;STB=0.521711;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00262525;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:11:4:1:4:11:4:1:4 chr19 49867913 . G A 476.77 PASS AF=0.312821;AO=61;DP=197;FAO=61;FDP=195;FR=.;FRO=134;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=-0.0296498;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0199;QD=9.77988;RBI=0.0360106;REFB=-0.0115313;REVB=0.0204366;RO=129;SAF=31;SAR=30;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05063;STB=0.51588;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0268736;OID=.;OPOS=49867913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:129:134:61:61:0.312821:30:31:60:69:30:31:65:69 chr19 49878204 . GACC ACGA,GACA 649.86 PASS AF=0,0.7;AO=3,42;DP=80;FAO=0,56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=0,24;FSAR=0,32;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0453582,0.0100803;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=4,1;MLLD=153.062,145.062;QD=32.4932;RBI=0.0458684,0.0126851;REFB=-0.0375908,-0.0464551;REVB=-0.00682229,0.00770074;RO=16;SAF=3,12;SAR=0,30;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.745916,0.0633118;STB=0.5,0.555536;STBP=1,0.139;TYPE=mnp,snp;VARB=0.097254,0.0214639;OID=.,.;OPOS=49878204,49878207;OREF=GACC,C;OALT=ACGA,A;OMAPALT=ACGA,GACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:80:16:24:3,42:0,56:0,0.7:0,30:3,12:3:13:0,32:0,24:6:18 chr19 49894152 . C T 218.45 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=126;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=0.00321936;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.724;QD=7.04688;RBI=0.00659527;REFB=-0.0104976;REVB=-0.00575616;RO=89;SAF=13;SAR=19;SRF=59;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308022;STB=0.676482;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.033802;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:89:92:32:32:0.258065:19:13:59:30:19:13:60:32 chr19 49899076 . G A 175.57 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0117119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.769;QD=13.7701;RBI=0.0258492;REFB=0.00440469;REVB=0.0230437;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187788;STB=0.60774;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0103073;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:10:21:10:10:10:21 chr19 49901318 . T C 130.88 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0149439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.544;QD=13.7771;RBI=0.0239371;REFB=-0.035358;REVB=0.0186994;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237804;STB=0.654493;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0429992;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:23:15:15:0.394737:8:7:5:16:8:7:5:18 chr19 49930093 . ACCCC ACCCA,ACCC 193.73 PASS AF=0.1,0.85;AO=2,13;DP=21;FAO=2,17;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=2,14;FSAR=0,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0697454,-0.109557;FXX=0.0475964;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=110.777,18.6832;QD=38.745;RBI=0.112288,0.11009;REFB=-0.0297619,0.00255393;REVB=-0.0880013,-0.0108197;RO=1;SAF=2,12;SAR=0,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0363094;STB=0.5,0.517221;STBP=1,0.649;TYPE=snp,del;VARB=0.197961,-0.038142;OID=.,.;OPOS=49930097,49930094;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=ACCCA,ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.85:2,13:21:2,17:20:1:2,14:0,3:1:0:10:1:2,12:0,1:1:0 chr19 49950298 . C T 2083.68 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9428;QD=62.667;RBI=0.0515407;REFB=0;REVB=0.0475194;RO=0;SAF=84;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23741e-05;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:49:84:0:0:49:84:0:0 chr19 49950356 . C G 1762.74 PASS AF=0.96;AO=114;DP=119;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0345916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0522;QD=56.4076;RBI=0.0942874;REFB=-0.0416619;REVB=0.0877128;RO=5;SAF=63;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019979;STB=0.509821;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00430023;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:125:5:5:114:120:0.96:51:63:4:1:53:67:4:1 chr19 49954803 . C T 1481.38 PASS AF=0.96;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.529;QD=59.2553;RBI=0.0440096;REFB=-0.19255;REVB=0.0305492;RO=3;SAF=38;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161986;STB=0.514716;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00102338;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:100:3:4:96:96:0.96:58:38:2:1:58:38:3:1 chr19 49954807 . T G 1492.27 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4972;QD=59.0997;RBI=0.0182631;REFB=0;REVB=0.0159486;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187826;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:58:42:0:0:59:42:0:0 chr19 49964977 . C G 496.57 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00253016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.451;QD=29.2099;RBI=0.00278747;REFB=-0.0084562;REVB=-0.00116974;RO=23;SAF=23;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745192;STB=0.540452;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00334699;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:22:23:9:14:22:23:9:14 chr19 49967680 . G A 647.61 PASS AF=0.7;AO=53;DP=81;FAO=56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.039771;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4252;QD=32.3805;RBI=0.0654091;REFB=-0.0241013;REVB=0.051929;RO=25;SAF=24;SAR=29;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399762;STB=0.50536;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0179713;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:25:24:53:56:0.7:29:24:13:12:29:27:12:12 chr19 49971761 . G A 275.53 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0156389;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9505;QD=17.2206;RBI=0.0175335;REFB=-0.0223519;REVB=-0.00792758;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19707;STB=0.610238;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0496295;OID=.;OPOS=49971761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:23:11:16:14:23:11 chr19 50019455 . A G 90.69 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0049976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.898;QD=6.71761;RBI=0.011076;REFB=-0.00371577;REVB=-0.00988441;RO=40;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170566;STB=0.59755;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0156387;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:40:41:13:13:0.240741:8:5:21:19:8:5:21:20 chr19 50028163 . A G 166.36 PASS AF=0.24;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00245841;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9374;QD=6.65436;RBI=0.0668592;REFB=-0.00615255;REVB=-0.066814;RO=76;SAF=16;SAR=8;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479452;STB=0.529387;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0229104;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:76:76:24:24:0.24:8:16:48:28:8:16:48:28 chr19 50028221 . C T 224.91 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0245406;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9799;QD=10.839;RBI=0.047776;REFB=-0.00921464;REVB=-0.0409915;RO=54;SAF=19;SAR=9;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862758;STB=0.509427;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0347923;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:55:28:28:0.337349:9:19:37:17:9:19:38:17 chr19 50028731 . T A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0116647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.763;QD=17.5595;RBI=0.024563;REFB=0.00538408;REVB=-0.0216166;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311932;STB=0.67777;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00689059;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:14:7:12:6:14:7 chr19 50038017 . C T 104.26 PASS AF=0.314286;AO=9;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0138792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.082;QD=11.9159;RBI=0.0162676;REFB=-0.0124376;REVB=0.00848553;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315875;STB=0.606691;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0297634;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:35:12:19:9:11:0.314286:3:6:4:8:3:8:11:8 chr19 50097995 . GCCCT GCCGT,GCCT,GCCTC 68.06 PASS AF=0.010101,0.212121,0;AO=4,39,4;DP=99;FAO=1,21,0;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=1,20,0;FSAR=0,1,0;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.107926,-0.193673,-0.183814;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=92.7399,13.7572,33.5383;QD=2.74993;RBI=0.111741,0.229296,0.189685;REFB=-0.0120173,-0.175662,-0.0509218;REVB=-0.0289514,-0.12275,-0.0468261;RO=49;SAF=4,36,4;SAR=0,3,0;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.550305,0.615752,0.550305;STB=0.987485,0.893187,0.5;STBP=0.491,0,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00524335,0.12787,0.0690782;OID=.,.,.;OPOS=50097998,50097996,50097998;OREF=C,C,CT;OALT=G,-,TC;OMAPALT=GCCGT,GCCT,GCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.010101,0.212121,0:4,39,4:99:1,21,0:99:77:1,20,0:0,1,0:49:28:64:49:4,36,4:0,3,0:23:26 chr19 50098072 . C T 321.7 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0908217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8893;QD=27.9737;RBI=0.0915369;REFB=-0.0379289;REVB=0.01142;RO=17;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433228;STB=0.503814;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0183844;OID=.;OPOS=50098072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:18:28:28:0.608696:8:20:13:4:8:20:13:5 chr19 50140092 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.188;QD=51.1838;RBI=0.0160681;REFB=0;REVB=0.0153393;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13151e-05;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr19 50155907 . CG GC 32.62 PASS AF=0.0681818;AO=9;DP=87;FAO=6;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=21;FWDB=-0.00193472;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.495;QD=1.48274;RBI=0.10582;REFB=-0.015492;REVB=-0.105802;RO=42;SAF=8;SAR=1;SRF=40;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267863;STB=0.706746;STBP=0.38;TYPE=mnp;VARB=0.0156599;OID=.;OPOS=50155907;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:87:88:42:76:9:6:0.0681818:1:8:40:2:3:3:55:21 chr19 50156896 . T C 1108.33 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.484;QD=57.5754;RBI=0.0376545;REFB=0.00205831;REVB=-0.0320131;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262676;STB=0.513885;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-8.80749e-05;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:40:35:2:0:40:35:2:0 chr19 50381837 . C G 291.93 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00518138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.015;QD=9.05212;RBI=0.00605378;REFB=-0.00992287;REVB=0.00313073;RO=90;SAF=14;SAR=25;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658534;STB=0.538636;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0210921;OID=.;OPOS=50381837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:90:90:39:39:0.302326:25:14:37:53:25:14:37:53 chr19 50383591 . A G 1512.78 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483704;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.789;QD=59.9122;RBI=0.00533891;REFB=0;REVB=-0.00225986;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104948;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:65:34:0:0:67:34:0:0 chr19 50387759 . C T 650.24 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00392786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.513;QD=22.042;RBI=0.0130219;REFB=-0.0141256;REVB=0.0124153;RO=53;SAF=34;SAR=30;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763331;STB=0.545441;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0158252;OID=.;OPOS=50387759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:54:64:64:0.542373:30:34:33:20:30:34:34:20 chr19 50411742 . A G 1155.93 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.652;QD=60.0481;RBI=0.0176711;REFB=0;REVB=0.0172496;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80817e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:33:42:0:0:34:43:0:0 chr19 50412417 . G A 402.56 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0355474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4924;QD=48.795;RBI=0.0374776;REFB=-0.12062;REVB=-0.0118721;RO=3;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570364;STB=0.530593;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00774365;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:3:3:30:30:0.909091:23:7:0:3:23:7:0:3 chr19 50435998 . C T 160.34 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00862901;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0061;QD=8.55164;RBI=0.0546116;REFB=-0.00920335;REVB=0.0539256;RO=53;SAF=16;SAR=6;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424422;STB=0.52535;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0235909;OID=.;OPOS=50435998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:6:16:37:16:6:16:37:16 chr19 50455180 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0502405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4711;QD=26.0487;RBI=0.0508608;REFB=0.027557;REVB=0.00791913;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212555;STB=0.620474;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0141897;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:2:3:3:9:2:3 chr19 50464023 . C G 223.2 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0149647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3509;QD=12.7542;RBI=0.0281899;REFB=-0.00396151;REVB=-0.02389;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145858;STB=0.583535;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00339269;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:12:15:18:25:12:15:18:25 chr19 50473436 . CTA ACT,CT 261.2 PASS AF=0.0444444,0.688889;AO=5,18;DP=46;FAO=2,31;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3;FSAR=2,28;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.043535,0.269697;FXX=0.0425441;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=127.903,12.1879;QD=23.2181;RBI=0.0480444,0.27086;REFB=-0.00612927,-0.0577968;REVB=-0.0203215,0.0250718;RO=13;SAF=0,0;SAR=5,18;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803825,-0.864322;STB=0.997143,0.801521;STBP=0.022,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0997351,0.124621;OID=.,.;OPOS=50473436,50473438;OREF=CTA,A;OALT=ACT,-;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:46:45:13:12:5,18:2,31:0.0444444,0.688889:5,18:0,0:11:2:2,28:0,3:10:2 chr19 50475114 . G C 291.9 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0160388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5244;QD=21.6225;RBI=0.0382812;REFB=-0.0439163;REVB=0.0347592;RO=24;SAF=6;SAR=24;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189615;STB=0.605983;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0356007;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:24:6:9:15:24:6:9:15 chr19 50485454 . A G 709.25 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0392068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1746;QD=36.8441;RBI=0.03993;REFB=0.00495316;REVB=0.00756495;RO=19;SAF=23;SAR=35;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613879;STB=0.532983;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000724684;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:19:58:58:0.753247:35:23:10:9:35:23:10:9 chr19 50510971 . CCTGGTCTTCTGAGGGCTACAG CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC 448.21 PASS AF=0.287234;AO=20;DP=112;FAO=27;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0309927;FXX=0.1607;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.435;QD=19.0729;RBI=0.030998;REFB=-0.0101178;REVB=-0.000573922;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018133;STB=0.559954;STBP=0.466;TYPE=mnp;VARB=0.0193609;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CCTGGTCTTCTGAGGGCTACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287234:20:112:27:94:45:18:9:26:19:99:39:12:8:24:15 chr19 50510999 . TT AC 87.25 PASS AF=0.154545;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=25;FWDB=-0.00397922;FXX=0.0434745;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.988;QD=3.17265;RBI=0.0176653;REFB=-0.00615414;REVB=-0.0172113;RO=80;SAF=11;SAR=6;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759215;STB=0.581506;STBP=0.529;TYPE=mnp;VARB=0.0508328;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:102:110:80:93:17:17:0.154545:6:11:56:24:6:11:68:25 chr19 50562372 . T C 324.49 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0186051;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.958;QD=21.9994;RBI=0.0367814;REFB=-0.029908;REVB=0.0317289;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173745;STB=0.595601;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0155562;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:33:33:0.559322:16:17:19:7:16:17:19:7 chr19 50562459 . T G 842.12 PASS AF=0.663717;AO=74;DP=112;FAO=75;FDP=113;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00838121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0497;QD=29.8094;RBI=0.0163365;REFB=-0.00437694;REVB=0.0140227;RO=38;SAF=37;SAR=37;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502242;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00158711;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:38:38:74:75:0.663717:37:37:19:19:38:37:19:19 chr19 50665984 . C G 91.0 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0232648;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9111;QD=7.74489;RBI=0.0329758;REFB=-0.000833232;REVB=0.02337;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146039;STB=0.509076;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00250185;OID=.;OPOS=50665984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:48:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:15:20:7:5:15:20 chr19 50666389 . G A 153.76 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=-0.0113445;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.798;QD=13.9777;RBI=0.0714247;REFB=-0.0361496;REVB=0.070518;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501621;STB=0.775315;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0831989;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:27:0:6:11:27:0 chr19 50666392 . GC G 197.39 PASS AF=0.840909;AO=24;DP=42;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.113705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.1805;QD=17.9443;RBI=0.269435;REFB=0.00418548;REVB=0.244267;RO=11;SAF=20;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100496;STB=0.553819;STBP=0.213;TYPE=del;VARB=0.0333767;OID=.;OPOS=50666393;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.840909:24:42:37:44:7:29:8:7:0:16:11:20:4:8:3 chr19 50762418 . A G 374.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8776;QD=55.4959;RBI=0.0520879;REFB=0;REVB=-0.0311685;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010271;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:7:20:0:0 chr19 50763889 . C T 678.08 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.212;QD=60.2738;RBI=0.0559886;REFB=-0.168068;REVB=0.0318912;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000819476;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:12:32:0:0:12:32:1:0 chr19 50795648 . T TG 52.54 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0726989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.3479;QD=5.12626;RBI=0.0808;REFB=-0.121371;REVB=-0.0352635;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182015;STB=0.608383;STBP=0.37;TYPE=ins;VARB=0.17603;OID=.;OPOS=50795649;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:14:42:14:41:27:5:9:14:13:52:27:5:9:14:13 chr19 50796905 . G A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.328;QD=57.1043;RBI=0.0269548;REFB=0;REVB=0.023607;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133544;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr19 50881089 . G GC 37.65 PASS AF=0.264706;AO=7;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.131688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.6394;QD=4.42926;RBI=0.161801;REFB=-0.0334136;REVB=-0.0940092;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324627;STB=0.668445;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=0.0793327;OID=.;OPOS=50881090;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:7:35:9:34:25:4:5:17:8:37:27:3:4:19:8 chr19 50881820 . A AAAC 34.34 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134177;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=352.397;QD=22.8965;RBI=0.0201336;REFB=0.0409919;REVB=0.0150109;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272709;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=-0.00471215;OID=.;OPOS=50881821;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:4:7:5:6:1:2:3:1:0:6:1:1:3:1:0 chr19 50912024 . C T 298.32 PASS AF=0.345455;AO=37;DP=109;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0125908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9778;QD=10.8479;RBI=0.012591;REFB=-0.0117033;REVB=7.57781e-05;RO=70;SAF=24;SAR=13;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591798;STB=0.533281;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0203155;OID=.;OPOS=50912024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:70:72:37:38:0.345455:13:24:42:28:13:25:44:28 chr19 50954584 . C T 712.36 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065892;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.937;QD=63.3209;RBI=0.0659059;REFB=0;REVB=0.00135399;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93551e-05;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 50957397 . G A 1680.21 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256232;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.773;QD=60.5481;RBI=0.0370158;REFB=0;REVB=-0.0267136;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50598e-08;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:112:111:1:57:55:0:0:56:55:0:0 chr19 50965272 . T C 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3088;QD=61.3302;RBI=0.119341;REFB=0;REVB=0.0130934;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000947023;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 50983930 . C T 457.18 PASS AF=0.829268;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0247706;FXX=0.0465008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.519;QD=44.6032;RBI=0.0289482;REFB=-0.15893;REVB=0.0149804;RO=6;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11845;STB=0.576324;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0113459;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:41:6:7:34:34:0.829268:14:20:1:5:14:20:1:6 chr19 51015404 . T C 339.04 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.096;QD=54.2464;RBI=0.0167836;REFB=0;REVB=0.0157371;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125339;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:8:17:0:0 chr19 51128661 . T C 194.9 PASS AF=0.612903;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00556505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.461;QD=25.1488;RBI=0.00596518;REFB=-0.0359782;REVB=0.00214791;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504619;STB=0.519834;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0370484;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:31:12:12:17:19:0.612903:6:11:7:5:7:12:7:5 chr19 51133356 . C G 88.5 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0285096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.072;QD=19.6658;RBI=0.0611466;REFB=-0.0377096;REVB=0.0540936;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353742;STB=0.653205;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0556867;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:8:7:10:11:0.611111:6:4:7:1:6:5:6:1 chr19 51159571 . T G 573.15 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0265191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.102;QD=55.9174;RBI=0.0265266;REFB=-0.166691;REVB=-0.00062816;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.520823;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00861706;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:16:23:0:0:16:23:2:0 chr19 51207775 . C T 162.74 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0125333;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4225;QD=25.0371;RBI=0.0891076;REFB=-0.000390767;REVB=-0.0882218;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256867;STB=0.624844;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00385718;OID=.;OPOS=51207775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:9:10:16:16:0.615385:10:6:7:2:10:6:7:3 chr19 51297825 . GC AA 901.62 PASS AF=0.634921;AO=78;DP=126;FAO=80;FDP=126;FR=.;FRO=46;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00937814;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.928;QD=28.623;RBI=0.0094057;REFB=-0.0168037;REVB=0.00071957;RO=44;SAF=45;SAR=33;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824131;STB=0.551546;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.00961102;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:44:46:78:80:0.634921:33:45:20:24:34:46:20:26 chr19 51301395 . C T 995.73 PASS AF=0.651515;AO=86;DP=132;FAO=86;FDP=132;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00595283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.868;QD=30.1735;RBI=0.0262067;REFB=-0.0226244;REVB=0.0255217;RO=45;SAF=42;SAR=44;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569007;STB=0.534311;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0126357;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:45:46:86:86:0.651515:44:42:26:19:44:42:27:19 chr19 51301456 . G A 513.78 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0356552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.604;QD=30.2224;RBI=0.0358163;REFB=-0.0465506;REVB=0.00339391;RO=22;SAF=22;SAR=24;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671242;STB=0.536383;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0248218;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:22:22:46:46:0.676471:24:22:13:9:24:22:13:9 chr19 51302066 . A G 191.75 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0229673;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.112;QD=25.5659;RBI=0.0273032;REFB=-0.0196605;REVB=-0.0147636;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232282;STB=0.6314;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00107348;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:30:11:11:15:15:0.5:10:5:7:4:10:5:7:4 chr19 51302154 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0058766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.312;QD=12.1824;RBI=0.0550555;REFB=-0.00941625;REVB=0.054741;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00859167;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr19 51321813 . A G 308.38 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00386839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.071;QD=15.8141;RBI=0.0122278;REFB=-0.0141898;REVB=-0.0115998;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239625;STB=0.635178;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0196755;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:44:34:34:0.435897:22:12:24:16:22:12:26:18 chr19 51321961 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.022355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.551;QD=8.81175;RBI=0.0319889;REFB=0.0079901;REVB=0.022881;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560759;STB=0.8532;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00579028;OID=.;OPOS=51321961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:9:1:12:11:9:1:12:11 chr19 51323232 . T C 511.93 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0527951;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=126.462;QD=24.3774;RBI=0.0527975;REFB=0.000948159;REVB=-0.000500537;RO=34;SAF=30;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120505;STB=0.555532;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000888479;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:36:48:48:0.571429:18:30:16:18:18:30:18:18 chr19 51323473 . C G 405.05 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0457842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.044;QD=31.7683;RBI=0.0468753;REFB=-0.0579172;REVB=0.0100549;RO=14;SAF=22;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855977;STB=0.546411;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0109552;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:15:22:6:8:15:22:6:8 chr19 51323501 . A G 484.87 PASS AF=0.6875;AO=42;DP=65;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00296347;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2982;QD=30.3044;RBI=0.00939518;REFB=-0.0106201;REVB=-0.00891556;RO=19;SAF=23;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727657;STB=0.545434;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0094581;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:19:20:42:44:0.6875:19:23:8:11:20:24:8:12 chr19 51330932 . G T 300.35 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0104345;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.773;QD=30.0349;RBI=0.022478;REFB=-0.0197268;REVB=-0.0199093;RO=14;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292993;STB=0.516116;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0108137;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:10:16:8:6:10:16:8:6 chr19 51359497 . T C 781.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0286;QD=56.812;RBI=0.0470784;REFB=0;REVB=-0.0410438;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000674422;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr19 51359503 . A G 900.18 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.341;QD=57.1544;RBI=0.0599837;REFB=0;REVB=0.0544057;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240829;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:22:39:0:0:23:40:0:0 chr19 51379893 . C T 760.03 PASS AF=0.64;AO=63;DP=98;FAO=64;FDP=100;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0424807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0944;QD=30.4014;RBI=0.0728762;REFB=-0.00786021;REVB=0.0592142;RO=35;SAF=28;SAR=35;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463428;STB=0.52272;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00572342;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:35:36:63:64:0.64:35:28:18:17:36:28:18:18 chr19 51411636 . G T 1190.29 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.605;QD=61.0404;RBI=0.0215354;REFB=0;REVB=0.0212569;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06146e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:45:33:0:0 chr19 51452250 . T C 1511.07 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912278;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.89;QD=59.8444;RBI=0.00932593;REFB=0;REVB=-0.00193597;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98278e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:45:56:0:0:45:56:0:0 chr19 51485622 . A G 4874.58 PASS AF=1;AO=313;DP=315;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162804;FXX=0.006349;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0605;QD=62.295;RBI=0.0574084;REFB=0.021585;REVB=-0.0550515;RO=2;SAF=164;SAR=149;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201658;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:315:313:2:0:313:313:1:149:164:0:2:149:164:0:0 chr19 51487175 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.462;QD=47.8223;RBI=0.0769875;REFB=0;REVB=-0.0165895;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471992;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 51517731 . A G 382.36 PASS AF=0.627119;AO=34;DP=56;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00582434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.993;QD=25.9226;RBI=0.010117;REFB=-0.02646;REVB=0.00827233;RO=22;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748872;STB=0.542412;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0134451;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:22:22:34:37:0.627119:15:19:10:12:16:21:10:12 chr19 51519236 . A G 101.76 PASS AF=0.5;AO=5;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0101752;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.022;QD=25.4408;RBI=0.0114384;REFB=-0.0631878;REVB=0.00522519;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749526;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0585356;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:16:16:2:4:5:8:0.5:0:5:1:1:3:5:1:3 chr19 51519259 . C T 188.91 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0251088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.177;QD=20.9904;RBI=0.0264884;REFB=-0.020237;REVB=0.00843699;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983768;STB=0.551568;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.017967;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:18:19:0.527778:8:10:7:9:8:11:8:9 chr19 51519364 . T G 315.11 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000755991;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2347;QD=20.0073;RBI=0.033047;REFB=-0.062129;REVB=-0.0330383;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976323;STB=0.568924;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0342423;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:30:32:33:0.52381:14:18:12:15:15:18:12:18 chr19 51520487 . A C 650.52 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0652486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1189;QD=27.9795;RBI=0.0658008;REFB=-0.0337657;REVB=-0.00850693;RO=36;SAF=25;SAR=32;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063839;STB=0.534739;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00622941;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:32:25:19:17:32:25:19:17 chr19 51530693 . G A 1812.71 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.878;QD=60.9313;RBI=0.0552272;REFB=0;REVB=0.0261517;RO=0;SAF=70;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106164;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:116:119:1:46:70:0:0:48:71:0:0 chr19 51535130 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.332;QD=55.6546;RBI=0.047743;REFB=0;REVB=-0.0199629;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295553;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 51537682 . C A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0137361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.7;QD=8.30749;RBI=0.0159296;REFB=0.000971873;REVB=-0.00806671;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54414;STB=0.818402;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00272691;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:16:2:5:3:16:2 chr19 51560017 . GGC G 71.44 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=61;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0361627;FXX=0.0555453;HRUN=5;LEN=2;MLLD=16.8025;QD=5.60348;RBI=0.0447437;REFB=-0.0795462;REVB=-0.0263488;RO=37;SAF=1;SAR=15;SRF=12;SRR=25;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-0.520217;STB=0.687247;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.11487;OID=.;OPOS=51560018;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:16:61:18:51:33:2:16:9:24:71:37:1:15:12:25 chr19 51628529 . A G 1079.02 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.322;QD=59.9456;RBI=0.0491406;REFB=0;REVB=-0.0399606;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19636e-05;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr19 51629401 . C CG 31.65 PASS AF=0.22807;AO=14;DP=60;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0979972;FXX=0.0172384;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.1873;QD=2.22091;RBI=0.113658;REFB=-0.0404539;REVB=-0.0575724;RO=46;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373867;STB=0.702555;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.130352;OID=.;OPOS=51629402;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807:14:60:13:57:44:8:5:15:29:31:46:9:5:15:31 chr19 51630482 . C A 800.56 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.937;QD=57.1825;RBI=0.0777585;REFB=0;REVB=0.0437663;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206704;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr19 51649292 . A G 423.23 PASS AF=0.591549;AO=36;DP=67;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.012671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.475;QD=23.8439;RBI=0.0189919;REFB=-0.0222702;REVB=0.0141469;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865586;STB=0.562197;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0104681;OID=.;OPOS=51649292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:29:29:36:42:0.591549:12:24:22:7:16:26:22:7 chr19 51835892 . T TG 465.38 PASS AF=1;AO=31;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336996;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.7327;QD=36.5007;RBI=0.0441007;REFB=0;REVB=-0.0284466;RO=16;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00188653;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:53:51:51:0:23:28:0:0:10:16:20:11:0:16 chr19 51835894 . C G 80.68 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0226761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9998;QD=6.08912;RBI=0.0245804;REFB=-0.0200169;REVB=-0.00948621;RO=38;SAF=1;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.695849;STB=0.925331;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.178881;OID=.;OPOS=51835894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:53:53:38:38:15:15:0.283019:14:1:24:14:14:1:24:14 chr19 51850290 . G A 1042.05 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.421;QD=58.7071;RBI=0.029861;REFB=0;REVB=0.0298544;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80718e-05;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:1:0:70:71:1:27:43:1:0:27:44:0:0 chr19 51871195 . G A 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.288;QD=60.969;RBI=0.0592263;REFB=0;REVB=0.0416292;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312097;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr19 51917735 . G A 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0100369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.324;QD=14.0456;RBI=0.0144613;REFB=-0.0110304;REVB=0.010411;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188584;STB=0.595642;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0179878;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:9:9:9:19:9:9:10:19 chr19 51918112 . A G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0247855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1043;QD=8.88621;RBI=0.0248372;REFB=0.00311022;REVB=0.00160205;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134301;STB=0.581286;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0149163;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:9:6:19:18:9:6:19:18 chr19 51918135 . G T 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.01926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.998;QD=7.86287;RBI=0.0277107;REFB=-0.0101507;REVB=-0.0199232;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070201;STB=0.543406;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0305856;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:15:19:6:6:15:19 chr19 51919321 . T C 138.31 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0194321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.103;QD=8.92288;RBI=0.0527896;REFB=-0.0145965;REVB=-0.049083;RO=43;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214848;STB=0.600929;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0317326;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:43:43:18:19:0.306452:12:6:22:21:12:7:22:21 chr19 51920613 . C T 445.35 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00671689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8379;QD=52.3946;RBI=0.0345301;REFB=-0.120204;REVB=0.0338705;RO=1;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183157;STB=0.523545;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0249914;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:1:2:32:32:0.941176:25:7:0:1:25:7:1:1 chr19 51920619 . G C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0135721;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.406;QD=10.9409;RBI=0.0214712;REFB=-0.00851508;REVB=-0.0166377;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441876;STB=0.776061;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0195078;OID=.;OPOS=51920619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:10:1:7:13:10:1:7:13 chr19 51920850 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00203205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.373;QD=12.2164;RBI=0.00225938;REFB=0.00731385;REVB=0.000987691;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136651;STB=0.580336;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00994595;OID=.;OPOS=51920850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:16:11:8:7:16:11 chr19 51955632 . A T 107.55 PASS AF=0.266667;AO=14;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.069519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5995;QD=7.17013;RBI=0.0918215;REFB=-0.030913;REVB=-0.0599859;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264727;STB=0.57874;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0821428;OID=.;OPOS=51955632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:44:14:16:0.266667:9:5:21:15:9:7:24:20 chr19 51957556 . T C 1310.14 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.219;QD=59.552;RBI=0.0360951;REFB=0.00710248;REVB=0.0061635;RO=2;SAF=45;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128484;STB=0.500796;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000116285;OID=.;OPOS=51957556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:2:2:85:86:0.977273:40:45:1:1:40:46:1:1 chr19 51983664 . C A 132.42 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0061842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3235;QD=5.19287;RBI=0.00998243;REFB=-0.000759966;REVB=0.0078361;RO=79;SAF=13;SAR=8;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159091;STB=0.600281;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0023308;OID=.;OPOS=51983664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:81:21:21:0.205882:8:13:39:40:8:13:40:41 chr19 51984725 . T A 571.48 PASS AF=0.310924;AO=74;DP=238;FAO=74;FDP=238;FR=.;FRO=164;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=85;FSRR=79;FWDB=-0.00747934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.97;QD=9.60475;RBI=0.00843659;REFB=-0.00693412;REVB=0.00390327;RO=162;SAF=33;SAR=41;SRF=84;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086254;STB=0.549884;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0220345;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:162:164:74:74:0.310924:41:33:84:78:41:33:85:79 chr19 51984727 . A G 549.41 PASS AF=0.303797;AO=72;DP=238;FAO=72;FDP=237;FR=.;FRO=165;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=0.0115416;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5245;QD=9.27269;RBI=0.0221566;REFB=-0.0079528;REVB=-0.0189131;RO=163;SAF=31;SAR=41;SRF=84;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101677;STB=0.563209;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0051944;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:163:165:72:72:0.303797:41:31:84:79:41:31:86:79 chr19 52000624 . T G 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.298;QD=60.3739;RBI=0.0212185;REFB=0;REVB=0.00194217;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21655e-05;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr19 52000672 . G A 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.577;QD=62.906;RBI=0.0317452;REFB=0;REVB=0.0224149;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06298e-05;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr19 52001485 . G A 964.02 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178078;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.326;QD=59.3241;RBI=0.0198729;REFB=0;REVB=-0.00882131;RO=0;SAF=13;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011876;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:51:13:0:0:52:13:0:0 chr19 52002488 . C A 1585.06 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.771;QD=59.2547;RBI=0.015641;REFB=0;REVB=-0.0154292;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681433;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:64:41:0:0:66:41:0:0 chr19 52002729 . G A 1572.11 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0175092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.116;QD=58.7705;RBI=0.0392504;REFB=-0.214994;REVB=0.0351286;RO=1;SAF=77;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166442;STB=0.508473;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00074883;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:28:77:0:1:29:77:0:1 chr19 52003331 . G C 3532.47 PASS AF=1;AO=204;DP=237;FAO=234;FDP=234;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461036;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.938;QD=60.384;RBI=0.0535419;REFB=-0.00303981;REVB=0.0272248;RO=2;SAF=97;SAR=107;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132143;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:237:234:2:0:204:234:1:107:97:2:0:108:126:0:0 chr19 52004743 . G A 1427.4 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.447;QD=62.7429;RBI=0.0453534;REFB=0;REVB=0.0368308;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138774;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:88:91:1:30:58:0:0:30:61:0:0 chr19 52004795 . G T 911.21 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=75;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00246968;FXX=0.0657808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.462;QD=51.3359;RBI=0.00539102;REFB=-0.011548;REVB=0.00479205;RO=6;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830984;STB=0.544104;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000578352;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:75:71:6:6:65:65:0.915493:31:34:0:6:31:34:0:6 chr19 52032964 . C G 843.4 PASS AF=0.96;AO=41;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0424181;FXX=0.0131562;HRUN=6;LEN=1;MLLD=153.641;QD=44.9813;RBI=0.0745919;REFB=-0.133181;REVB=0.0613568;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501779;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00103076;OID=.;OPOS=52032964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:75:0:3:41:72:0.96:23:18:0:0:27:45:2:1 chr19 52033742 . G A 1300.32 PASS AF=0.945652;AO=87;DP=92;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0084187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.063;QD=56.5358;RBI=0.0233884;REFB=-0.147663;REVB=0.0218206;RO=3;SAF=54;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00308374;STB=0.501193;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000783351;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:92:3:5:87:87:0.945652:33:54:2:1:33:54:3:2 chr19 52089982 . C G 913.24 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0133579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.283;QD=55.3481;RBI=0.0207019;REFB=-0.0661555;REVB=0.0158157;RO=2;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448992;STB=0.52272;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000952633;OID=.;OPOS=52089982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:63:64:0.969697:20:43:0:2:21:43:0:2 chr19 52220351 . G A 248.91 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00327361;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.467;QD=11.4443;RBI=0.0038166;REFB=-0.0135644;REVB=0.00196212;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804755;STB=0.55169;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0342134;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:15:15:32:24:15:15:33:24 chr19 52223121 . A G 1024.6 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.89;QD=59.3969;RBI=0.0147487;REFB=0;REVB=0.00867102;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28491e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr19 52223180 . A G 911.76 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168232;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.505;QD=58.823;RBI=0.017723;REFB=0;REVB=-0.00557554;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97183e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr19 52249211 . T G 610.71 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0111683;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.913;QD=30.5357;RBI=0.0157783;REFB=-0.0186178;REVB=0.0111455;RO=27;SAF=28;SAR=25;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170471;STB=0.509234;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00915687;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:27:27:53:53:0.6625:25:28:15:12:25:28:15:12 chr19 52249672 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0535753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3051;QD=19.1341;RBI=0.0535753;REFB=0.0684211;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0260611;OID=.;OPOS=52249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr19 52249680 . T A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00538519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.389;QD=19.134;RBI=0.00538519;REFB=-0.026385;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131129;OID=.;OPOS=52249680;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr19 52249702 . G T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00368268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.242;QD=13.2053;RBI=0.0072169;REFB=0.0129107;REVB=0.00620657;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513504;STB=0.799197;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0284844;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:6:0:4:2:6:0 chr19 52249947 . C G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.393;QD=64.1436;RBI=0.0725902;REFB=0;REVB=-0.0711183;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000707563;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr19 52250216 . A G 1987.05 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2293;QD=62.0952;RBI=0.0530215;REFB=0;REVB=0.0130351;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142242;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:60:68:0:0:60:68:0:0 chr19 52329149 . GT G,TG 44.2 PASS AF=0.26087,0.0144928;AO=20,4;DP=69;FAO=18,1;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=10,0;FSAR=8,1;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0700452,-0.0205031;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=9.58108,28.0753;QD=2.5624;RBI=0.134819,0.121597;REFB=-0.111199,-0.00961125;REVB=-0.115194,-0.119856;RO=38;SAF=14,1;SAR=6,3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.207309,-0.29845;STB=0.518252,0.991509;STBP=0.87,0.272;TYPE=del,mnp;VARB=0.072755,0.11461;OID=.,.;OPOS=52329150,52329149;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:69:69:38:50:20,4:18,1:0.26087,0.0144928:6,3:14,1:20:18:8,1:10,0:29:21 chr19 52506985 . T C 184.21 PASS AF=0.324324;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0522056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.664;QD=9.95709;RBI=0.0524759;REFB=-0.00077858;REVB=0.00531936;RO=48;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303564;STB=0.516116;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00289181;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:50:23:24:0.324324:9:14:28:20:10:14:28:22 chr19 52519608 . C T 221.23 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0543484;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.176;QD=9.83235;RBI=0.0546536;REFB=-0.0249553;REVB=0.00576808;RO=61;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136202;STB=0.574825;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0527317;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:61:62:28:28:0.311111:11:17:30:31:11:17:31:31 chr19 52520607 . C T 63.74 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0274667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.363;QD=9.10516;RBI=0.0274675;REFB=-0.00737901;REVB=0.000204842;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103902;STB=0.563956;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0156065;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:8:11:6:3:8:11 chr19 52521296 . G A 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00994492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.585;QD=11.5129;RBI=0.0106835;REFB=-0.0111914;REVB=0.0039032;RO=56;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213224;STB=0.622821;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0187742;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:13:17:21:35:13:17:21:35 chr19 52537576 . T G 109.52 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00393334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.928;QD=8.11231;RBI=0.0264324;REFB=-0.00482644;REVB=-0.0261381;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303922;STB=0.698538;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0158066;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:39:15:15:0.277778:5:10:15:22:5:10:15:24 chr19 52619065 . T C 702.2 PASS AF=0.638298;AO=60;DP=94;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.000367421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.625;QD=29.8807;RBI=0.0387942;REFB=-0.0128392;REVB=0.0387924;RO=34;SAF=31;SAR=29;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676247;STB=0.536643;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00675252;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:34:60:60:0.638298:29:31:21:13:29:31:21:13 chr19 52658510 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6093;QD=53.9062;RBI=0.00701593;REFB=0;REVB=0.00693363;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117022;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 52659991 . A G 866.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.422;QD=57.784;RBI=0.0505023;REFB=0;REVB=-0.00341705;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158141;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr19 52660279 . C T 1245.9 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1665;QD=61.5257;RBI=0.0637627;REFB=0;REVB=-0.0631672;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189342;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr19 52803669 . CTG C 1083.67 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753091;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.059;QD=60.2037;RBI=0.0477659;REFB=0;REVB=0.0471685;RO=0;SAF=51;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.68546e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:74:72:72:0:52:20:0:0:6:0:51:20:0:0 chr19 52825235 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4356;QD=56.7059;RBI=0.0168161;REFB=0;REVB=0.0157103;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292704;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 52869022 . G T 164.77 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0640566;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7943;QD=7.66351;RBI=0.0842398;REFB=-0.0221918;REVB=-0.0547092;RO=63;SAF=16;SAR=7;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273218;STB=0.665134;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0566694;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:63:63:23:23:0.267442:7:16:30:33:7:16:30:33 chr19 52869278 . G C 179.24 PASS AF=0.413043;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.027897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.692;QD=15.5861;RBI=0.0280756;REFB=0.00186866;REVB=-0.00316229;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218497;STB=0.624272;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0015156;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:27:27:17:19:0.413043:7:10:21:6:8:11:21:6 chr19 52869312 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0323082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.791;QD=14.7938;RBI=0.0381465;REFB=0.00620011;REVB=-0.0202814;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103537;STB=0.568454;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0122889;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:8:10:17:9:8:10:18:9 chr19 52887382 . G A 120.63 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0487876;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9925;QD=12.6978;RBI=0.0495935;REFB=0.00934904;REVB=-0.00890452;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256112;STB=0.657692;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00650281;OID=.;OPOS=52887382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:7:7:6:17:7:7:6:18 chr19 52917588 . ACG AC,ACA,CAA 867.99 PASS AF=0.09375,0.828125,0.078125;AO=7,33,5;DP=63;FAO=6,53,5;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30,0;FSAR=3,23,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731959,0.00447282,-0.018984;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=1,1,3;MLLD=64.7975,83.9719,57.3291;QD=54.2495;RBI=0.0874337,0.0438342,0.0395033;REFB=0,0,0;REVB=0.0478227,0.0436054,0.0346427;RO=0;SAF=4,26,0;SAR=3,7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.44409e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0369279,0.00388354,-0.0335278;OID=.,.,.;OPOS=52917590,52917590,52917588;OREF=G,G,ACG;OALT=-,A,CAA;OMAPALT=AC,ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:63:64:0:0:7,33,5:6,53,5:0.09375,0.828125,0.078125:3,7,5:4,26,0:0:0:3,23,5:3,30,0:0:0 chr19 52934751 . A G 550.22 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0132676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.209;QD=21.5772;RBI=0.021837;REFB=-0.0292871;REVB=0.0173443;RO=47;SAF=22;SAR=32;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124404;STB=0.562589;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0236087;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:47:54:55:0.539216:32:22:26:21:32:23:26:21 chr19 52934778 . G C 572.95 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0225716;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.299;QD=24.1244;RBI=0.0307726;REFB=-0.0374155;REVB=0.0209159;RO=42;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991975;STB=0.548654;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0261337;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:52:53:0.557895:31:21:22:20:31:22:22:20 chr19 52938361 . C A 382.03 PASS AF=0.356061;AO=46;DP=130;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0318206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.138;QD=11.5767;RBI=0.0856766;REFB=-0.0104171;REVB=-0.0795483;RO=84;SAF=20;SAR=26;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208536;STB=0.509087;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0158212;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:84:85:46:47:0.356061:26:20:35:49:27:20:35:50 chr19 52938417 . A G 252.05 PASS AF=0.288;AO=35;DP=124;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.00793891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5449;QD=8.06549;RBI=0.00853513;REFB=-0.00677225;REVB=0.00313404;RO=82;SAF=9;SAR=26;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13756;STB=0.627831;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0290768;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:82:89:35:36:0.288:26:9:29:53:27:9:36:53 chr19 52938459 . A G 357.66 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0136759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9803;QD=14.4508;RBI=0.031327;REFB=-0.0222151;REVB=-0.0281842;RO=59;SAF=14;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540533;STB=0.526594;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0377207;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:25:14:24:35:25:14:24:36 chr19 52941171 . T C 153.63 PASS AF=0.308824;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0227902;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.954;QD=9.03679;RBI=0.0508052;REFB=0.013086;REVB=0.0454068;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10129;STB=0.553022;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0262144;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:47:20:21:0.308824:9:11:16:19:10:11:21:26 chr19 52941540 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00841327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.61;QD=16.8229;RBI=0.0368931;REFB=0.00947044;REVB=0.035921;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00701571;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr19 52941847 . A T 125.5 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0153597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7479;QD=9.6541;RBI=0.0177836;REFB=-0.00140464;REVB=-0.00896293;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178103;STB=0.606662;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0030605;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:10:6:19:17:10:6:19:17 chr19 52954507 . T C 590.49 PASS AF=0.309524;AO=77;DP=251;FAO=78;FDP=252;FR=.;FRO=174;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=93;FSRR=81;FWDB=-0.0115828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.23;QD=9.37287;RBI=0.029099;REFB=-0.0166709;REVB=-0.0266944;RO=171;SAF=36;SAR=41;SRF=92;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838605;STB=0.550261;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.031048;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:171:174:77:78:0.309524:41:36:92:79:42:36:93:81 chr19 53014346 . G A 265.04 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00693512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.379;QD=20.7875;RBI=0.00693643;REFB=-0.0298617;REVB=-0.000134737;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179636;STB=0.605985;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.016236;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:13:13:7:17:13:14:7:17 chr19 53016129 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0517646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2932;QD=18.0506;RBI=0.0592425;REFB=0.0258602;REVB=-0.0288115;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42614;STB=0.744217;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0290333;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:1:7:3:7:1:7 chr19 53077411 . T C 449.74 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00921279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2713;QD=15.9199;RBI=0.0133563;REFB=-0.0192382;REVB=-0.00967028;RO=62;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134819;STB=0.579286;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0254914;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:63:50:50:0.442478:23:27:25:37:23:27:25:38 chr19 53085659 . C T 74.66 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00522319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.066;QD=10.6655;RBI=0.00830164;REFB=0.00154986;REVB=-0.00645256;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0060465;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:8:10:4:6:8:10 chr19 53086124 . C A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0177073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.155;QD=9.26738;RBI=0.0269824;REFB=0.00611999;REVB=0.0203593;RO=46;SAF=16;SAR=5;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677842;STB=0.540298;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.017591;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:5:16:33:13:5:16:33:13 chr19 53122879 . CAAAAAAAAAAAAAAAT CAAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAAATA,CAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAT 174.39 PASS AF=0.638889,0.305556,0,0;AO=6,2,6,8;DP=43;FAO=23,11,0,0;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=4,10,0,0;FSAR=19,1,0,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-2.89154,-0.079622,-1.53865,-1.03812;FXX=0.142823;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,2,2,3;MLLD=2.47937,48.3607,4.11852,6.21607;QD=19.3763;RBI=2.89154,0.0804656,1.53865,1.03812;REFB=0.208659,0.0523987,0.133154,0.0935559;REVB=0.00104963,-0.0116212,0.000548011,0.000368381;RO=3;SAF=0,0,1,7;SAR=6,2,5,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0.200664,0.510243;STB=0.524979,0.74942,0.5,0.5;STBP=0.649,0.019,1,1;TYPE=del,mnp,del,del;VARB=0.000677357,-0.0274139,0.137032,-0.00385936;OID=.,.,.,.;OPOS=53122880,53122894,53122880,53122880;OREF=A,AT,AA,AAA;OALT=-,TA,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAAATA,CAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.638889,0.305556,0,0:6,2,6,8:43:23,11,0,0:36:2:4,10,0,0:19,1,0,0:0:2:51:3:0,0,1,7:6,2,5,1:0:3 chr19 53209553 . GG AT 120.71 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00994484;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=182.375;QD=10.4967;RBI=0.0148236;REFB=-0.00267467;REVB=0.0109927;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100565;STB=0.533289;STBP=0.78;TYPE=mnp;VARB=0.00360168;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:14:15:0.326087:6:8:15:16:7:8:15:16 chr19 53270579 . G A 513.53 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00832473;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.255;QD=23.885;RBI=0.0151512;REFB=-0.0163265;REVB=-0.0126592;RO=38;SAF=16;SAR=31;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115498;STB=0.566638;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0135193;OID=.;OPOS=53270579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:38:38:47:48:0.55814:31:16:18:20:32:16:18:20 chr19 53302942 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0927137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.456;QD=43.4856;RBI=0.0930665;REFB=0;REVB=-0.00809605;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112271;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr19 53303527 . A G 519.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.031;QD=59.4161;RBI=0.0503553;REFB=0;REVB=0.041348;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70246e-05;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 53303890 . C G 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0578015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6724;QD=16.2661;RBI=0.0785637;REFB=-0.0196401;REVB=0.0532095;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788801;STB=0.565128;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0343619;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:10:7:5:10:10:8 chr19 53304563 . T C 1115.87 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0325488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0294;QD=56.4995;RBI=0.0717812;REFB=0.00054478;REVB=0.0639775;RO=3;SAF=30;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449944;STB=0.523803;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000462236;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:46:30:3:0:46:30:3:0 chr19 53391402 . A G 680.22 PASS AF=0.393035;AO=78;DP=204;FAO=79;FDP=201;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=87;FSRR=35;FWDB=-5.17057e-05;FXX=0.0147052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1251;QD=13.5368;RBI=0.007004;REFB=-0.00794848;REVB=-0.00700381;RO=118;SAF=49;SAR=29;SRF=85;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109438;STB=0.553869;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0101034;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:118:122:78:79:0.393035:29:49:85:33:29:50:87:35 chr19 53518178 . C G 96.73 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0149226;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=279.707;QD=10.4569;RBI=0.0196965;REFB=-0.00752662;REVB=0.0128557;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.516102;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00936268;OID=.;OPOS=53518178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:37:10:25:10:12:0.324324:6:4:7:3:7:5:11:14 chr19 53576589 . C G 154.31 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0139898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5184;QD=9.07675;RBI=0.0206126;REFB=-0.00909059;REVB=-0.0151382;RO=47;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296911;STB=0.676682;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.020546;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:6:15:22:25:6:15:22:25 chr19 53577419 . G C 209.0 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.101543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8162;QD=8.11653;RBI=0.109424;REFB=0.00555996;REVB=-0.0407749;RO=73;SAF=11;SAR=18;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569661;STB=0.539721;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0167165;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:73:74:29:29:0.281553:18:11:31:42:18:11:32:42 chr19 53612311 . T C 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0156466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.377;QD=12.0196;RBI=0.0421938;REFB=-0.0288645;REVB=0.0391854;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261592;STB=0.654326;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0367285;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:15:10:9:5:15:10 chr19 53612745 . T C 90.84 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0140276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.328;QD=8.07469;RBI=0.0140894;REFB=-0.00179198;REVB=-0.00131836;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443235;STB=0.525382;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00301809;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:33:33:11:12:0.266667:3:8:23:10:4:8:23:10 chr19 53612757 . T G 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.000670092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.133;QD=9.33375;RBI=0.00815872;REFB=-0.00313194;REVB=0.00813116;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239582;STB=0.514501;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0278221;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:22:9:4:9:22:9 chr19 53645291 . T C 769.15 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.753;QD=56.9742;RBI=0.0394472;REFB=0;REVB=0.0349356;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226059;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr19 53667804 . C T 1510.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3637;QD=63.6065;RBI=0.0310043;REFB=0;REVB=-0.018497;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143436;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:51:43:0:0:51:44:0:0 chr19 53667913 . A G 786.25 PASS AF=0.813333;AO=60;DP=76;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00906839;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.549;QD=41.9332;RBI=0.010714;REFB=-0.00754267;REVB=0.00570566;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.589993;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00498033;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:76:75:0:14:60:61:0.813333:26:34:0:0:27:34:1:13 chr19 53667940 . A G,T 822.44 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=54,3;DP=57;FAO=56,2;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179901,-0.0211069;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.918,68.7578;QD=56.7201;RBI=0.00982569,0.0236827;REFB=0,0;REVB=0.00965959,-0.010741;RO=0;SAF=30,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00170934,0.124169;OID=.,.;OPOS=53667940,53667940;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:58:0:0:54,3:56,2:0.965517,0.0344828:24,1:30,2:0:0:25,1:31,1:0:0 chr19 53669273 . T C 604.93 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0657917;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.815;QD=59.0174;RBI=0.0686565;REFB=-0.128823;REVB=0.0196257;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000513717;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:27:12:1:0:28:12:1:0 chr19 53669492 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.626;QD=57.1775;RBI=0.0382643;REFB=0;REVB=0.0203892;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101947;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr19 53727097 . G A 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00661746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.133;QD=3.22789;RBI=0.0101532;REFB=-0.00605634;REVB=-0.00770049;RO=47;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189272;STB=0.624688;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0222234;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:8:8:0.142857:5:3:25:22:5:3:25:23 chr19 53741068 . C T 196.9 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0138538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0209;QD=12.9112;RBI=0.0222996;REFB=0.00348789;REVB=-0.0174742;RO=37;SAF=20;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35751;STB=0.70902;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00373653;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:4:20:21:16:4:20:21:16 chr19 53741188 . C T 290.29 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00257937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3421;QD=10.2757;RBI=0.00839593;REFB=-0.00956372;REVB=0.0079899;RO=74;SAF=24;SAR=14;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227769;STB=0.627384;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0179616;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:75:38:38:0.336283:14:24:32:42:14:24:33:42 chr19 53761775 . C G 512.56 PASS AF=0.340541;AO=63;DP=186;FAO=63;FDP=185;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.000496803;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.676;QD=11.0823;RBI=0.00180064;REFB=-0.0102935;REVB=0.00173075;RO=121;SAF=46;SAR=17;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304538;STB=0.66845;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0158574;OID=.;OPOS=53761775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:121:122:63:63:0.340541:17:46:58:63:17:46:60:62 chr19 53786079 . G A 91.05 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0445886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.509;QD=6.07005;RBI=0.0508753;REFB=-0.0181915;REVB=-0.0244981;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194953;STB=0.512178;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.089679;OID=.;OPOS=53786079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:8:6:19:27:8:6:19:27 chr19 53786081 . GA AG 83.11 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0487197;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.818;QD=5.63439;RBI=0.0503971;REFB=-0.0151079;REVB=-0.012894;RO=45;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479584;STB=0.523125;STBP=0.859;TYPE=mnp;VARB=0.0425039;OID=.;OPOS=53786081;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:61:59:45:46:13:13:0.220339:8:5:19:26:8:5:19:27 chr19 53786091 . C A 82.06 PASS AF=0.21875;AO=13;DP=63;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00780729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.382;QD=5.12897;RBI=0.0241434;REFB=-0.00499484;REVB=-0.0228462;RO=50;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124751;STB=0.535662;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0295006;OID=.;OPOS=53786091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:63:64:50:50:13:14:0.21875:9:4:20:30:9:5:20:30 chr19 53793042 . G A 489.21 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0464069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.998;QD=27.5613;RBI=0.0477319;REFB=0.000527928;REVB=0.0111686;RO=25;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154391;STB=0.517484;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.000425436;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:26:45:45:0.633803:17:28:15:10:17:28:15:11 chr19 53793574 . A G 917.3 PASS AF=0.752475;AO=76;DP=101;FAO=76;FDP=101;FR=.;FRO=25;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0126595;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.427;QD=36.3287;RBI=0.0151651;REFB=-0.0130368;REVB=-0.00834969;RO=25;SAF=45;SAR=31;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902199;STB=0.548331;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00546139;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:25:25:76:76:0.752475:31:45:10:15:31:45:10:15 chr19 53793911 . T A 310.19 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0114254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6634;QD=29.5416;RBI=0.0124239;REFB=-0.0118616;REVB=-0.00487977;RO=14;SAF=7;SAR=20;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211533;STB=0.50343;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00644476;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:15:27:27:0.642857:20:7:4:10:20:7:4:11 chr19 53794155 . C A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0190773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.779;QD=27.3838;RBI=0.0191175;REFB=0.0463459;REVB=0.00123902;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0132796;OID=.;OPOS=53794155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:1:2:4:6:1:2 chr19 53794579 . T A 130.41 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0207487;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6378;QD=7.24521;RBI=0.0268664;REFB=-0.00955555;REVB=0.0170674;RO=53;SAF=9;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889012;STB=0.553879;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0139128;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:53:53:19:19:0.263889:10:9:29:24:10:9:29:24 chr19 53794858 . G A 265.81 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0254626;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.755;QD=9.84474;RBI=0.0282927;REFB=-0.0258842;REVB=-0.0123342;RO=73;SAF=13;SAR=22;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648117;STB=0.537756;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0434024;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:73:73:35:35:0.324074:22:13:31:42:22:13:31:42 chr19 53848779 . T C 1390.42 PASS AF=0.731544;AO=109;DP=149;FAO=109;FDP=149;FR=.;FRO=40;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00311979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.432;QD=37.3267;RBI=0.0110943;REFB=-0.00807799;REVB=0.0106467;RO=39;SAF=42;SAR=67;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392525;STB=0.525114;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00333644;OID=.;OPOS=53848779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:39:40:109:109:0.731544:67:42:18:21:67:42:19:21 chr19 53848837 . C T 1569.42 PASS AF=0.701087;AO=128;DP=183;FAO=129;FDP=184;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=86;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00452882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.401;QD=34.1179;RBI=0.00552659;REFB=-0.023836;REVB=-0.0031675;RO=55;SAF=42;SAR=86;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010978;STB=0.504064;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0142084;OID=.;OPOS=53848837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:55:55:128:129:0.701087:86:42:19:36:86:43:19:36 chr19 53848845 . G A 1505.84 PASS AF=0.673797;AO=126;DP=187;FAO=126;FDP=187;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=87;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.000362732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.907;QD=32.2105;RBI=0.00577987;REFB=-0.0239156;REVB=-0.00576848;RO=61;SAF=39;SAR=87;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129624;STB=0.506962;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00823611;OID=.;OPOS=53848845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:61:61:126:126:0.673797:87:39:20:41:87:39:20:41 chr19 53856349 . A T 50.44 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0110559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5598;QD=16.8149;RBI=0.0793603;REFB=-0.102198;REVB=-0.0785864;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0703931;OID=.;OPOS=53856349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:2:3:1:6:2:3 chr19 53875494 . A T 111.18 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0214846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5634;QD=5.17117;RBI=0.057411;REFB=-0.00972207;REVB=0.0532394;RO=67;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724445;STB=0.538217;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0318914;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:67:68:18:18:0.209302:10:8:26:41:10:8:27:41 chr19 53875523 . G A 150.47 PASS AF=0.255814;AO=21;DP=85;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.00437769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.872;QD=6.99871;RBI=0.00720014;REFB=-0.0108863;REVB=-0.00571645;RO=64;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494358;STB=0.55118;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.025958;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:64:64:21:22:0.255814:13:8:22:42:13:9:22:42 chr19 53875569 . G A 126.64 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0106937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.798;QD=6.5789;RBI=0.0211119;REFB=-0.0193933;REVB=-0.0182033;RO=57;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901831;STB=0.559939;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0388097;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:57:58:19:19:0.246753:11:8:20:37:11:8:20:38 chr19 53879561 . GACA G 1058.71 PASS AF=0.701613;AO=84;DP=134;FAO=87;FDP=124;FR=.;FRO=37;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0111136;FXX=0.101442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.654;QD=34.1519;RBI=0.0132326;REFB=-0.0139431;REVB=-0.00718247;RO=37;SAF=43;SAR=41;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298262;STB=0.525286;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.00628129;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.701613:84:134:87:124:37:45:42:16:21:99:37:43:41:17:20 chr19 53884412 . G A 404.09 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-4.42487e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1007;QD=38.4848;RBI=0.0490173;REFB=0.0200763;REVB=-0.0490173;RO=10;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576348;STB=0.53123;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00792853;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:15:17:4:6:15:17:4:6 chr19 53901309 . TTC T 173.52 PASS AF=0.265823;AO=41;DP=160;FAO=42;FDP=158;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=-0.0290913;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.846;QD=4.39303;RBI=0.0351199;REFB=-0.0134139;REVB=-0.019675;RO=115;SAF=22;SAR=19;SRF=70;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905956;STB=0.541673;STBP=0.538;TYPE=del;VARB=0.03508;OID=.;OPOS=53901310;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265823:41:160:42:158:116:23:19:70:46:99:115:22:19:70:45 chr19 53911973 . A G 158.45 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.436;QD=45.2726;RBI=0.0354729;REFB=0;REVB=0.0288226;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118333;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr19 53912242 . G A 439.4 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5406;QD=56.697;RBI=0.0572456;REFB=0;REVB=-0.0264795;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231034;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr19 53952885 . TC T 111.71 PASS AF=1;AO=10;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.272069;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.9191;QD=29.7892;RBI=0.291021;REFB=0;REVB=-0.103306;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.222789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0183807;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:16:15:15:0:10:5:0:0:3:4:6:4:4:0 chr19 53958126 . T G 676.67 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0595751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1749;QD=60.1485;RBI=0.0629918;REFB=0.0906626;REVB=0.020464;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00166852;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:19:25:0:0:19:25:0:1 chr19 53958263 . G A 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142893;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.06;QD=59.0423;RBI=0.0245979;REFB=0;REVB=0.0200218;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08726e-05;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 53959804 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0163119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6101;QD=29.1636;RBI=0.052873;REFB=-0.00346431;REVB=0.0502939;RO=3;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400429;STB=0.731172;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0044252;OID=.;OPOS=53959804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:1:10:1:2:1:10:1:2 chr19 53989945 . G A 432.65 PASS AF=0.245353;AO=66;DP=268;FAO=66;FDP=269;FR=.;FRO=203;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=81;FSRR=122;FWDB=0.00991062;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.153;QD=6.4335;RBI=0.0124902;REFB=-0.00345383;REVB=-0.0076016;RO=200;SAF=40;SAR=26;SRF=81;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249219;STB=0.652944;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.011816;OID=.;OPOS=53989945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:200:203:66:66:0.245353:26:40:81:119:26:40:81:122 chr19 53989975 . C T 496.21 PASS AF=0.244444;AO=77;DP=314;FAO=77;FDP=315;FR=.;FRO=238;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=88;FSRR=150;FWDB=-0.0541715;FXX=0.00943367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4874;QD=6.30102;RBI=0.0696658;REFB=-0.00410785;REVB=-0.0438037;RO=235;SAF=38;SAR=39;SRF=87;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156791;STB=0.593727;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00939295;OID=.;OPOS=53989975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:235:238:77:77:0.244444:39:38:87:148:39:38:88:150 chr19 53993670 . G A 125.31 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00032339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0711;QD=11.1386;RBI=0.0314682;REFB=-0.0300902;REVB=-0.0314666;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149984;STB=0.610473;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0723941;OID=.;OPOS=53993670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:30:15:15:0.333333:6:9:13:15:6:9:13:17 chr19 53993988 . A T 200.81 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0209416;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.254;QD=11.641;RBI=0.0209499;REFB=-0.00610768;REVB=-0.000592217;RO=43;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39936;STB=0.722425;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0114511;OID=.;OPOS=53993988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:44:25:25:0.362319:8:17:13:30:8:17:14:30 chr19 53994178 . G A 35.89 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00701803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6691;QD=6.24143;RBI=0.0342342;REFB=-0.0127923;REVB=-0.0335071;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161893;STB=0.605698;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0850219;OID=.;OPOS=53994178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:8:9:4:2:8:9 chr19 54080144 . A G 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0123334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.412;QD=19.6972;RBI=0.0123487;REFB=0.00777971;REVB=-0.000615118;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230589;STB=0.631444;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00727826;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:10:12:16:5:10:12 chr19 54132976 . A G 125.0 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0114988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.003;QD=31.25;RBI=0.0189832;REFB=-0.0450278;REVB=0.0151042;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0140875;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:16:3:3:12:13:0.8125:6:6:2:1:7:6:2:1 chr19 54198461 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0788863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7587;QD=13.3131;RBI=0.0793056;REFB=-0.0182638;REVB=-0.00814453;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152749;STB=0.588152;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.028391;OID=.;OPOS=54198461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:18:15:7:15:18:15 chr19 54307322 . G A 540.74 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00691003;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.799;QD=24.5793;RBI=0.00695536;REFB=-0.0379555;REVB=-0.000792766;RO=38;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081259;STB=0.508641;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0373903;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:49:50:0.568182:24:25:19:19:24:26:19:19 chr19 54308554 . C T 145.6 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.521;QD=44.7993;RBI=0.0678964;REFB=0;REVB=0.0377827;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010555;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:4:7:0:0:4:9:0:0 chr19 54378082 . T C 73.18 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.101911;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.969;QD=18.2948;RBI=0.101916;REFB=-0.0257081;REVB=-0.000998281;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477578;STB=0.77716;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0423663;OID=.;OPOS=54378082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:1:6:2:7:1:6 chr19 54378099 . GA AG 37.9 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0537445;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=57.7095;QD=9.47572;RBI=0.0546715;REFB=-0.0193885;REVB=0.0100249;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572962;STB=0.864277;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.0265659;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:5:1:7:2:5:1:8:2 chr19 54378472 . G T 46.77 PASS AF=0.347826;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0478277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9259;QD=8.13378;RBI=0.052274;REFB=-0.0316559;REVB=-0.021097;RO=13;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.745917;STB=0.842438;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0833709;OID=.;OPOS=54378472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:23:13:15:6:8:0.347826:6:0:7:6:7:1:9:6 chr19 54378477 . T G 58.93 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0388812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.242;QD=15.714;RBI=0.0390342;REFB=-0.0689953;REVB=-0.00345259;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571264;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0240726;OID=.;OPOS=54378477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:11:15:5:7:6:8:0.533333:6:0:0:5:6:2:1:6 chr19 54378627 . T A 3112.91 PASS AF=0.985849;AO=204;DP=212;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=138;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00669821;FXX=0.00934536;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.708;QD=58.7341;RBI=0.01509;REFB=-0.0318172;REVB=0.0135219;RO=4;SAF=138;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073603;STB=0.500101;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.000237246;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:212:212:4:3:204:209:0.985849:66:138:2:2:71:138:2:1 chr19 54378789 . C G 4756.03 PASS AF=1;AO=290;DP=302;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038708;FXX=0.0750728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.593;QD=61.7666;RBI=0.0392868;REFB=0;REVB=-0.00671853;RO=0;SAF=112;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424237;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:302:308:0:0:290:308:1:178:112:0:0:186:122:0:0 chr19 54378797 . A G 33.3 PASS AF=0.0598592;AO=16;DP=258;FAO=17;FDP=284;FR=.;FRO=267;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=105;FSRR=162;FWDB=-0.00510206;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=154.674;QD=0.468961;RBI=0.00545713;REFB=-0.000105493;REVB=-0.0019363;RO=241;SAF=1;SAR=15;SRF=98;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419287;STB=0.904442;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0011984;OID=.;OPOS=54378797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:258:284:241:267:16:17:0.0598592:15:1:98:143:16:1:105:162 chr19 54378809 . A G 35.55 PASS AF=0.0722222;AO=11;DP=174;FAO=13;FDP=180;FR=.;FRO=167;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=134;FWDB=-0.0802256;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=215.649;QD=0.790049;RBI=0.0803419;REFB=0.000262095;REVB=-0.00432117;RO=161;SAF=1;SAR=10;SRF=29;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181654;STB=0.735992;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00247727;OID=.;OPOS=54378809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:174:180:161:167:11:13:0.0722222:10:1:29:132:12:1:33:134 chr19 54379533 . TATA T 49.1 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677074;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.774;QD=32.733;RBI=0.175521;REFB=0;REVB=0.161936;RO=2;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00200625;OID=.;OPOS=54379534;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:6:6:6:0:3:3:0:0:4:2:3:0:0:2 chr19 54379572 . CC CT,TT 609.04 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=38,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648292,-0.0331721;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=39.594,11.298;QD=59.4187;RBI=0.0686532,0.0351593;REFB=0,0;REVB=-0.0225927,-0.0116527;RO=0;SAF=17,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0115593,0.0784184;OID=.,.;OPOS=54379573,54379572;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:41:41:0:0:38,2:40,1:0.97561,0.0243902:21,0:17,2:0:0:22,0:18,1:0:0 chr19 54385820 . C T 3124.94 PASS AF=0.976415;AO=205;DP=212;FAO=207;FDP=212;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0238307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.12;QD=58.9611;RBI=0.0322186;REFB=-0.0263739;REVB=0.0216827;RO=5;SAF=82;SAR=123;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500024;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.000333071;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:212:212:5:5:205:207:0.976415:123:82:2:3:124:83:2:3 chr19 54403925 . T C 124.67 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0381219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8199;QD=8.90512;RBI=0.0381322;REFB=0.00110891;REVB=-0.000886222;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040664;STB=0.524284;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00365409;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:8:9:22:17:8:9:22:17 chr19 54600232 . A C 2433.33 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=166;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0108302;FXX=0.0120475;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4341;QD=59.3495;RBI=0.0321397;REFB=-0.0859239;REVB=-0.03026;RO=3;SAF=79;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170868;STB=0.508981;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000414565;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:166:164:3:3:161:161:0.981707:82:79:0:3:82:79:0:3 chr19 54606208 . T TG 174.83 PASS AF=1;AO=6;DP=25;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221847;FXX=0.19992;HRUN=0;LEN=1;MLLD=149.046;QD=34.9657;RBI=0.105308;REFB=0;REVB=-0.105285;RO=19;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.710835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00198583;OID=.;OPOS=54606209;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:25:20:20:0:14:6:0:0:3:19:6:0:10:9 chr19 54606209 . T G 339.83 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.097;QD=54.3725;RBI=0.014461;REFB=0;REVB=-0.0139548;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82394e-05;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 54613420 . G A 138.89 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00415487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.877;QD=19.8414;RBI=0.0194299;REFB=-0.0347355;REVB=-0.0189805;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329235;STB=0.704153;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0237042;OID=.;OPOS=54613420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:4:11:4:8:4:11:4:9 chr19 54649671 . T C 429.39 PASS AF=0.9375;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.593;QD=53.6731;RBI=0.101845;REFB=-0.00916575;REVB=0.0189376;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280287;STB=0.512187;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000882094;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:32:1:1:22:30:0.9375:16:6:0:1:20:10:0:1 chr19 54652203 . T C 159.97 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5884;QD=45.7056;RBI=0.131477;REFB=0;REVB=-0.0127239;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357029;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 54656709 . A T 46.26 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0368629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6805;QD=10.8856;RBI=0.0524766;REFB=0.0247947;REVB=-0.0373487;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487741;STB=0.777266;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0316393;OID=.;OPOS=54656709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:0:10:4:3:0:10 chr19 54657069 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00115162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.403;QD=12.3074;RBI=0.00940338;REFB=-0.0314474;REVB=0.0093326;RO=41;SAF=1;SAR=24;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537626;STB=0.827209;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0330099;OID=.;OPOS=54657069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:24:1:10:31:24:1:10:31 chr19 54664209 . G C 242.96 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0617316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0467;QD=8.99854;RBI=0.076341;REFB=0.00113404;REVB=0.0449127;RO=75;SAF=20;SAR=13;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134846;STB=0.579168;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00304323;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:13:20:37:38:13:20:37:38 chr19 54664752 . A C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.013675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.618;QD=11.2162;RBI=0.0167141;REFB=-0.00754246;REVB=-0.00961015;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314007;STB=0.518187;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0125548;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:11:15:29:19:11:15:29:19 chr19 54665970 . C T 115.49 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0152595;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5364;QD=7.21796;RBI=0.0247214;REFB=-0.0046491;REVB=0.0194498;RO=46;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494267;STB=0.540227;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00488717;OID=.;OPOS=54665970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:46:47:17:17:0.265625:11:6:18:28:11:6:19:28 chr19 54674742 . C T 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.592;QD=59.1415;RBI=0.00737188;REFB=0;REVB=-0.00599232;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82876e-05;OID=.;OPOS=54674742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr19 54676763 . C T 245.12 PASS AF=0.267176;AO=35;DP=131;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.0029727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.513;QD=7.48448;RBI=0.0213885;REFB=-0.00451435;REVB=-0.0211809;RO=96;SAF=19;SAR=16;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634976;STB=0.537794;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0133583;OID=.;OPOS=54676763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:96:35:35:0.267176:16:19:57:39:16:19:57:39 chr19 54676814 . G GC 992.57 PASS AF=1;AO=95;DP=110;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.3799;QD=37.1053;RBI=0.120521;REFB=0;REVB=0.0931962;RO=10;SAF=57;SAR=38;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00016476;OID=.;OPOS=54676815;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:110:107:107:0:62:45:0:0:21:10:57:38:4:6 chr19 54677189 . C T 401.7 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=155;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=26;FWDB=0.0511717;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4993;QD=10.641;RBI=0.0568095;REFB=-0.0165929;REVB=-0.0246733;RO=96;SAF=31;SAR=20;SRF=74;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207171;STB=0.595541;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0276405;OID=.;OPOS=54677189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:151:96:100:51:51:0.337748:20:31:74:22:20:31:74:26 chr19 54677759 . T C 1305.4 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199002;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.267;QD=62.1617;RBI=0.0217469;REFB=0;REVB=0.0216557;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72337e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr19 54677897 . G A 499.17 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.031417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.252;QD=29.801;RBI=0.0422664;REFB=-0.0600188;REVB=0.028274;RO=22;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175956;STB=0.595101;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0213908;OID=.;OPOS=54677897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:22:45:45:0.671642:21:24:18:4:21:24:18:4 chr19 54696167 . C A 762.84 PASS AF=0.650943;AO=69;DP=106;FAO=69;FDP=106;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0159605;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.79;QD=28.7863;RBI=0.0311555;REFB=-0.0329889;REVB=0.0267568;RO=37;SAF=29;SAR=40;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460544;STB=0.52488;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0190632;OID=.;OPOS=54696167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:37:37:69:69:0.650943:40:29:13:24:40:29:13:24 chr19 54697079 . C T 1255.26 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0341412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.7;QD=55.1763;RBI=0.0341461;REFB=-0.178771;REVB=0.000583652;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519154;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000771221;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:91:91:0:6:85:85:0.934066:52:33:0:0:52:33:4:2 chr19 54723355 . A G 102.27 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0665495;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4768;QD=8.3482;RBI=0.0673462;REFB=-0.00887967;REVB=0.0103279;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154991;STB=0.596013;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0222113;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:33:36:13:13:0.265306:6:7:22:11:6:7:24:12 chr19 54723738 . G C 162.0 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0303719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.782;QD=9.00006;RBI=0.0309799;REFB=-0.0027702;REVB=-0.00610719;RO=48;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897112;STB=0.555504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0059216;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:48:50:22:22:0.305556:8:14:27:21:8:14:28:22 chr19 54723985 . TG T 54.42 PASS AF=0.52;AO=8;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.174901;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2364;QD=8.70661;RBI=0.176838;REFB=-0.0646552;REVB=0.0261006;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.0983075;OID=.;OPOS=54723986;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:8:26:13:25:12:5:8:5:7:52:10:2:6:4:6 chr19 54724407 . C T 47.13 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0961041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.654;QD=4.83427;RBI=0.100616;REFB=6.4114e-06;REVB=-0.0297931;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549356;STB=0.879571;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00624908;OID=.;OPOS=54724407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:38:39:31:31:7:8:0.205128:1:6:12:19:1:7:12:19 chr19 54724457 . TA CG 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.001027;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.217;QD=3.4155;RBI=0.0533922;REFB=-0.00112347;REVB=-0.0533823;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167918;STB=0.614679;STBP=0.458;TYPE=mnp;VARB=0.00641493;OID=.;OPOS=54724457;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:4:6:25:29:4:6:25:29 chr19 54725019 . G A 45.68 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1477;QD=30.4522;RBI=0.0492684;REFB=0;REVB=0.0434865;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00973418;OID=.;OPOS=54725019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:2:4:0:0 chr19 54725798 . G T 607.95 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0708639;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.3565;QD=51.74;RBI=0.0995658;REFB=-0.0324857;REVB=0.0699404;RO=3;SAF=24;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551392;STB=0.507096;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00430852;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:47:47:3:4:42:43:0.914894:18:24:3:0:18:25:2:2 chr19 54725930 . C T 332.48 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=10;FWDB=0.0244458;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5645;QD=13.8535;RBI=0.0282252;REFB=0.0138981;REVB=-0.0141089;RO=59;SAF=33;SAR=3;SRF=49;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231614;STB=0.639562;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0213496;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:59:59:36:37:0.385417:3:33:49:10:3:34:49:10 chr19 54725995 . G A 361.38 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=-0.011752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0561;QD=15.2161;RBI=0.0128122;REFB=-0.0122232;REVB=-0.00510339;RO=56;SAF=34;SAR=4;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289484;STB=0.671535;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0257142;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:56:38:39:0.410526:4:34:42:14:4:35:42:14 chr19 54726226 . T C 118.01 PASS AF=0.12844;AO=26;DP=216;FAO=28;FDP=218;FR=.;FRO=190;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=91;FSRR=99;FWDB=0.0130337;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.097;QD=2.16526;RBI=0.0138876;REFB=-0.00162404;REVB=-0.00479455;RO=186;SAF=15;SAR=11;SRF=87;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136127;STB=0.549344;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00987338;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:186:190:26:28:0.12844:11:15:87:99:13:15:91:99 chr19 54726241 . C T 59.25 PASS AF=0.0843882;AO=20;DP=237;FAO=20;FDP=237;FR=.;FRO=217;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=106;FSRR=111;FWDB=-0.0169029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0906;QD=0.999942;RBI=0.0603294;REFB=-9.80586e-05;REVB=0.0579131;RO=205;SAF=11;SAR=9;SRF=99;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786347;STB=0.556202;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00241025;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:237:237:205:217:20:20:0.0843882:9:11:99:106:9:11:106:111 chr19 54726299 . A C 37.29 PASS AF=0.0717949;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=195;FR=.;FRO=181;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=90;FSRR=91;FWDB=-0.0422889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8032;QD=0.764992;RBI=0.0552426;REFB=-0.000113839;REVB=-0.0355443;RO=177;SAF=7;SAR=7;SRF=89;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311907;STB=0.50256;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.000710263;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:192:195:177:181:14:14:0.0717949:7:7:89:88:7:7:90:91 chr19 54726816 . A T 272.07 PASS AF=0.330275;AO=34;DP=103;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0229953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.733;QD=9.98412;RBI=0.0393378;REFB=-0.0101561;REVB=-0.0319167;RO=67;SAF=20;SAR=14;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127234;STB=0.615399;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0272735;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:67:73:34:36:0.330275:14:20:32:35:14:22:32:41 chr19 54726833 . T C 240.29 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.081306;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7836;QD=9.9088;RBI=0.0882123;REFB=-0.00809571;REVB=-0.0342161;RO=66;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183242;STB=0.601703;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0216982;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:66:67:30:30:0.309278:13:17:27:39:13:17:28:39 chr19 54726839 . C T 232.28 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0159174;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.952;QD=9.78029;RBI=0.0218559;REFB=-0.0360772;REVB=-0.0149773;RO=63;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159072;STB=0.60599;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0409297;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:63:66:29:29:0.305263:14:15:24:39:14:15:24:42 chr19 54726843 . C G 282.65 PASS AF=0.34;AO=31;DP=95;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00384112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.236;QD=11.3061;RBI=0.0196489;REFB=-0.0271076;REVB=-0.0192697;RO=61;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501633;STB=0.561201;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.039721;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:61:66:31:34:0.34:18:13:23:38:18:16:25:41 chr19 54726861 . C T 239.78 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0389891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.24;QD=9.9909;RBI=0.0414047;REFB=-0.00333567;REVB=-0.0139353;RO=60;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265929;STB=0.615311;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0401418;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:66:30:30:0.3125:14:16:18:42:14:16:24:42 chr19 54726872 . C G 250.32 PASS AF=0.357143;AO=27;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.00115448;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.81;QD=11.9198;RBI=0.00680816;REFB=-0.0248232;REVB=-0.00670956;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227452;STB=0.649907;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0769848;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:54:27:30:0.357143:13:14:18:38:14:16:16:38 chr19 54743758 . C A 141.49 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.109345;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.784;QD=20.2129;RBI=0.110257;REFB=-0.0139118;REVB=0.0141587;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350725;STB=0.519972;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0114918;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:2:11:13:2:2:11 chr19 54744799 . G C 43.92 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.000453492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.818;QD=2.58339;RBI=0.0356491;REFB=-0.00207136;REVB=-0.0356462;RO=59;SAF=6;SAR=3;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946959;STB=0.568265;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0150425;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:68:68:59:59:9:9:0.132353:3:6:35:24:3:6:35:24 chr19 54746051 . A C 1308.57 PASS AF=0.927083;AO=86;DP=93;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0331384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5762;QD=54.5236;RBI=0.0332271;REFB=-0.00620125;REVB=0.00242595;RO=6;SAF=39;SAR=47;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264381;STB=0.508969;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000861354;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:93:96:6:7:86:89:0.927083:47:39:4:2:49:40:4:3 chr19 54746081 . T C 192.9 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0224614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.291;QD=8.12189;RBI=0.0227698;REFB=-0.00311994;REVB=0.00373484;RO=66;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28771;STB=0.661821;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00971564;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:66:69:26:26:0.273684:11:15:22:44:11:15:24:45 chr19 54754752 . T C 854.15 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285487;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.875;QD=57.9086;RBI=0.0453674;REFB=0;REVB=0.0352587;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115577;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr19 54754820 . T G 181.72 PASS AF=0.85;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.019542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.404;QD=36.3431;RBI=0.0362268;REFB=-0.00203753;REVB=-0.0305039;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397692;STB=0.555494;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00754353;OID=.;OPOS=54754820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:20:1:3:16:17:0.85:5:11:1:0:5:12:3:0 chr19 54755978 . C G 588.51 PASS AF=0.654321;AO=44;DP=73;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0586871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0563;QD=29.0623;RBI=0.0626599;REFB=-0.055718;REVB=0.0219565;RO=29;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11463;STB=0.561775;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0286559;OID=.;OPOS=54755978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:81:29:28:44:53:0.654321:17:27:22:7:20:33:22:6 chr19 54756221 . T C 60.19 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0172294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.041;QD=17.1957;RBI=0.0477341;REFB=0.00248982;REVB=-0.0445162;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176177;OID=.;OPOS=54756221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:3:2:4:4:3:3 chr19 54767879 . T C 316.99 PASS AF=0.275449;AO=45;DP=166;FAO=46;FDP=167;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=54;FWDB=0.00558211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.733;QD=7.59249;RBI=0.015214;REFB=-0.00529408;REVB=0.0141529;RO=120;SAF=24;SAR=21;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205925;STB=0.507483;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.016088;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:120:121:45:46:0.275449:21:24:66:54:21:25:67:54 chr19 54781466 . C G 132.13 PASS AF=0.518519;AO=10;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0948246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4186;QD=19.5754;RBI=0.0959703;REFB=-0.0266075;REVB=-0.0147852;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279975;STB=0.688208;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0229242;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:10:14:0.518519:8:2:5:6:12:2:5:7 chr19 54782919 . C T 275.82 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.0141722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.225;QD=11.4926;RBI=0.0165039;REFB=-0.0109041;REVB=-0.00845736;RO=63;SAF=27;SAR=6;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234402;STB=0.637702;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0193545;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:6:27:42:21:6:27:42:21 chr19 54783375 . T A 3339.62 PASS AF=0.990909;AO=216;DP=219;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0493134;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.756;QD=60.7204;RBI=0.0508558;REFB=-0.0486004;REVB=0.01243;RO=2;SAF=112;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907303;STB=0.504672;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000228934;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:219:220:2:2:216:218:0.990909:104:112:0:2:106:112:0:2 chr19 54783919 . T TG 400.24 PASS AF=1;AO=7;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.215453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.52658;QD=26.2451;RBI=0.231275;REFB=0;REVB=0.0840715;RO=56;SAF=7;SAR=0;SRF=44;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00436473;OID=.;OPOS=54783920;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:64:61:61:0:49:12:0:0:10:56:7:0:44:12 chr19 54783923 . A G 884.81 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6769;QD=58.0205;RBI=0.0473908;REFB=0;REVB=0.0258824;RO=1;SAF=47;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144828;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:1:0:59:61:1:12:47:1:0:12:49:0:0 chr19 54784130 . T C 142.97 PASS AF=0.25641;AO=16;DP=75;FAO=20;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.024449;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2475;QD=7.33192;RBI=0.0376616;REFB=-0.000664329;REVB=-0.0286469;RO=42;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231351;STB=0.599893;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00482207;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:42:58:16:20:0.25641:11:5:21:21:15:5:21:37 chr19 54803504 . A C 1057.71 PASS AF=0.715447;AO=88;DP=123;FAO=88;FDP=123;FR=.;FRO=35;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00202343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.175;QD=34.397;RBI=0.0214932;REFB=-0.0247749;REVB=-0.0213977;RO=34;SAF=46;SAR=42;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034825;STB=0.505742;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0109909;OID=.;OPOS=54803504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:34:35:88:88:0.715447:42:46:18:16:42:46:19:16 chr19 54848684 . G A 72.26 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0102572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.387;QD=8.50126;RBI=0.01687;REFB=0.0025849;REVB=0.0133935;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295998;STB=0.683914;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0230086;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:19:4:4:6:20:4 chr19 54848741 . T C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.00119014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.103;QD=8.74521;RBI=0.00563023;REFB=-0.00041162;REVB=-0.005503;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21051;STB=0.624826;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000650352;OID=.;OPOS=54848741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:3:9:26:4:3:9:26:4 chr19 54849942 . G A 420.62 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.61;QD=54.2741;RBI=0.0179276;REFB=-0.161583;REVB=0.0147617;RO=1;SAF=6;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714849;STB=0.538435;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00071672;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:1:30:30:0.967742:24:6:1:0:24:6:1:0 chr19 54881849 . G GT 258.78 PASS AF=0.931034;AO=3;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0366964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.815;QD=35.6936;RBI=0.07089;REFB=-0.0782534;REVB=-0.0606528;RO=27;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562451;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.00271459;OID=.;OPOS=54881850;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931034:3:30:27:29:2:7:20:2:0:6:27:1:2:9:18 chr19 54881850 . G T 287.44 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0301034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.52;QD=38.3256;RBI=0.0528528;REFB=-0.0698491;REVB=0.043442;RO=6;SAF=6;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182608;STB=0.599911;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00541738;OID=.;OPOS=54881850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:18:6:4:2:18:6:4:2 chr19 54962579 . C T 445.01 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.029411;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6147;QD=21.1908;RBI=0.0299198;REFB=-0.0199989;REVB=0.00549409;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041113;STB=0.521729;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0469603;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:40:43:44:0.52381:23:20:20:19:24:20:20:20 chr19 54965860 . G A 307.13 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00439728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.337;QD=27.9207;RBI=0.0208979;REFB=-0.0149134;REVB=0.0204301;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125379;STB=0.547909;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0086101;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:17:26:27:0.613636:16:10:9:7:16:11:9:8 chr19 54966579 . C G 603.0 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.100041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6499;QD=21.9273;RBI=0.108094;REFB=-0.0385738;REVB=-0.040941;RO=50;SAF=24;SAR=36;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171962;STB=0.509431;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0255594;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:36:24:21:29:36:24:21:29 chr19 54973280 . C G 373.9 PASS AF=0.45977;AO=37;DP=83;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0508998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.9;QD=17.1906;RBI=0.0510933;REFB=0.00684561;REVB=0.00444171;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178265;STB=0.632122;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00692123;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:46:47:37:40:0.45977:21:16:12:34:20:20:12:35 chr19 54973988 . GCCT G 272.01 PASS AF=0.72093;AO=30;DP=41;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.034125;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.4;QD=25.3036;RBI=0.0392141;REFB=-0.0724208;REVB=0.0193193;RO=9;SAF=8;SAR=22;SRF=6;SRR=3;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.194949;STB=0.606254;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.0233046;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72093:30:41:31:43:12:8:23:7:5:59:9:8:22:6:3 chr19 55009497 . A C 481.48 PASS AF=0.818182;AO=31;DP=45;FAO=36;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0462105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.231;QD=43.7708;RBI=0.0582936;REFB=-0.0282411;REVB=0.035535;RO=8;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611686;STB=0.527762;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00629643;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:45:44:8:8:31:36:0.818182:15:16:4:4:17:19:3:5 chr19 55014124 . G A 218.53 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00793718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.056;QD=31.2185;RBI=0.0165487;REFB=-0.0419464;REVB=-0.014521;RO=8;SAF=15;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156847;STB=0.586864;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0137938;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:5:15:4:4:5:15:4:4 chr19 55019402 . A G 146.71 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0934774;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4123;QD=15.0476;RBI=0.0984666;REFB=-0.0066572;REVB=-0.0309461;RO=23;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347299;STB=0.706759;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0149642;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:2:14:15:8:2:14:15:8 chr19 55045042 . G A 261.86 PASS AF=0.258741;AO=37;DP=144;FAO=37;FDP=143;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0265192;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.222;QD=7.32466;RBI=0.0265472;REFB=-0.0182559;REVB=-0.00121959;RO=103;SAF=18;SAR=19;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022635;STB=0.523977;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0554382;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:103:106:37:37:0.258741:19:18:52:51:19:18:55:51 chr19 55085399 . G A 1770.26 PASS AF=0.675676;AO=150;DP=222;FAO=150;FDP=222;FR=.;FRO=72;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00168444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.838;QD=31.8966;RBI=0.00656673;REFB=-0.0441547;REVB=0.00634702;RO=69;SAF=85;SAR=65;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000867331;STB=0.508236;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0178831;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:69:72:150:150:0.675676:65:85:39:30:65:85:39:33 chr19 55086775 . C T 1174.89 PASS AF=0.931034;AO=65;DP=88;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0154257;FXX=0.0224694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.902;QD=54.0179;RBI=0.0157645;REFB=-0.0403226;REVB=0.00325051;RO=0;SAF=5;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30982e-08;STB=0.524424;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000155527;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:87:0:6:65:81:0.931034:60:5:0:0:69:12:2:4 chr19 55098667 . G A 1664.51 PASS AF=0.68599;AO=140;DP=206;FAO=142;FDP=207;FR=.;FRO=65;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00613706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3698;QD=32.1644;RBI=0.0122499;REFB=0.00745714;REVB=-0.0106017;RO=65;SAF=80;SAR=60;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07473;STB=0.537055;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0038733;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:65:65:140:142:0.68599:60:80:29:36:62:80:29:36 chr19 55105722 . G C 1263.82 PASS AF=0.710526;AO=107;DP=151;FAO=108;FDP=152;FR=.;FRO=44;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0720698;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.126;QD=33.2583;RBI=0.0721047;REFB=-0.00674574;REVB=0.00224218;RO=43;SAF=52;SAR=55;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236487;STB=0.507811;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0116471;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:43:44:107:108:0.710526:55:52:19:24:56:52:20:24 chr19 55105727 . A G 1466.78 PASS AF=0.751553;AO=118;DP=159;FAO=121;FDP=161;FR=.;FRO=40;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0234905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.993;QD=36.4418;RBI=0.0234986;REFB=-0.0233173;REVB=0.000618173;RO=40;SAF=61;SAR=57;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672353;STB=0.52995;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00977099;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:40:40:118:121:0.751553:57:61:15:25:58:63:16:24 chr19 55105743 . A G 1487.08 PASS AF=0.746914;AO=121;DP=162;FAO=121;FDP=162;FR=.;FRO=41;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00320792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.074;QD=36.7181;RBI=0.028936;REFB=-0.0247612;REVB=0.0287576;RO=40;SAF=65;SAR=56;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406854;STB=0.524886;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00823019;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:40:41:121:121:0.746914:56:65:18:22:56:65:18:23 chr19 55106317 . A G 1140.74 PASS AF=0.552764;AO=109;DP=201;FAO=110;FDP=199;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.036064;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.968;QD=22.9295;RBI=0.0360691;REFB=-0.00213899;REVB=0.00061083;RO=88;SAF=50;SAR=59;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117315;STB=0.563734;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00531901;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:199:88:89:109:110:0.552764:59:50:53:35:59:51:54:35 chr19 55106338 . A C 1175.98 PASS AF=0.558974;AO=107;DP=195;FAO=109;FDP=195;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.0039026;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.306;QD=24.1227;RBI=0.00581018;REFB=-0.0227285;REVB=-0.00430441;RO=80;SAF=47;SAR=60;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13596;STB=0.581326;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0164681;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:80:86:107:109:0.558974:60:47:49:31:62:47:53:33 chr19 55106590 . A G 1253.56 PASS AF=0.767442;AO=94;DP=126;FAO=99;FDP=129;FR=.;FRO=30;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0388687;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.129;QD=38.87;RBI=0.0390048;REFB=-0.0404178;REVB=-0.00325543;RO=30;SAF=55;SAR=39;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849422;STB=0.549123;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.015712;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:30:30:94:99:0.767442:39:55:12:18:39:60:12:18 chr19 55106865 . T C 867.73 PASS AF=0.703704;AO=72;DP=104;FAO=76;FDP=108;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=59;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00215429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.972;QD=32.1382;RBI=0.0111987;REFB=-0.025206;REVB=-0.0109895;RO=32;SAF=17;SAR=55;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165973;STB=0.593684;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.010591;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:32:32:72:76:0.703704:55:17:15:17:59:17:15:17 chr19 55107308 . G C 365.41 PASS AF=0.506667;AO=32;DP=70;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00145051;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.921;QD=19.4886;RBI=0.00742697;REFB=-0.0221768;REVB=-0.00728395;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191237;STB=0.572588;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0190955;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:38:37:32:38:0.506667:13:19:15:23:18:20:14:23 chr19 55107313 . T C 371.62 PASS AF=0.520548;AO=36;DP=71;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00235602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.98;QD=20.3628;RBI=0.00453353;REFB=-0.0143565;REVB=-0.00387325;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112946;STB=0.560313;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00670746;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:35:36:38:0.520548:17:19:14:21:18:20:14:21 chr19 55107336 . C T 349.22 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0444056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9817;QD=20.2444;RBI=0.0569623;REFB=-0.0146404;REVB=0.0356771;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653466;STB=0.536212;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00894928;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:14:19:18:18:14:19 chr19 55107343 . T C 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.02101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.537;QD=19.5776;RBI=0.0305663;REFB=-0.0310808;REVB=0.0222009;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853282;STB=0.546286;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0233572;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:31:33:33:0.515625:16:17:12:17:16:17:13:18 chr19 55142101 . G A 200.68 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0255692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4934;QD=17.0791;RBI=0.0255805;REFB=-0.00382995;REVB=-0.000758844;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795058;STB=0.546174;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00475481;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:20:21:0.446809:8:12:13:12:8:13:14:12 chr19 55142739 . A C 125.98 PASS AF=0.295082;AO=15;DP=57;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0176148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.042;QD=8.26095;RBI=0.0176151;REFB=-0.012156;REVB=-0.000108989;RO=42;SAF=6;SAR=9;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285844;STB=0.627104;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0409982;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:42:43:15:18:0.295082:9:6:27:15:10:8:27:16 chr19 55143083 . T C 724.24 PASS AF=0.360324;AO=87;DP=250;FAO=89;FDP=247;FR=.;FRO=158;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=0.000683307;FXX=0.0237145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.159;QD=11.7285;RBI=0.0111009;REFB=-0.00497574;REVB=-0.0110798;RO=159;SAF=50;SAR=37;SRF=74;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124299;STB=0.571035;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0101306;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:247:159:158:87:89:0.360324:37:50:74:85:38:51:73:85 chr19 55143156 . TG CA 679.81 PASS AF=0.356522;AO=82;DP=230;FAO=82;FDP=230;FR=.;FRO=148;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=78;FSRR=70;FWDB=0.0179358;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.716;QD=11.8229;RBI=0.0182858;REFB=-0.0170294;REVB=0.00356041;RO=143;SAF=41;SAR=41;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117506;STB=0.517387;STBP=0.702;TYPE=mnp;VARB=0.0306637;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:143:148:82:82:0.356522:41:41:73:70:41:41:78:70 chr19 55143452 . T C 225.61 PASS AF=0.246377;AO=31;DP=136;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.00263215;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.289;QD=6.53946;RBI=0.00659035;REFB=-0.00645675;REVB=0.00604189;RO=103;SAF=11;SAR=20;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831496;STB=0.573363;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0205077;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:103:104:31:34:0.246377:20:11:43:60:23:11:43:61 chr19 55143491 . G T 326.97 PASS AF=0.248705;AO=48;DP=192;FAO=48;FDP=193;FR=.;FRO=145;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=89;FWDB=-0.0487608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.033;QD=6.77661;RBI=0.0494829;REFB=-0.0118273;REVB=0.00842276;RO=144;SAF=17;SAR=31;SRF=55;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374186;STB=0.525901;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0343108;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:144:145:48:48:0.248705:31:17:55:89:31:17:56:89 chr19 55144186 . C T 323.06 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0907312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.282;QD=19.2871;RBI=0.118319;REFB=-0.0375843;REVB=0.0759429;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230517;STB=0.506325;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0378535;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:20:14:14:18:20:14:14:19 chr19 55175739 . TC T,TT 867.68 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=7,53;DP=64;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907501,0.0764755;FXX=0.0156226;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.1379,30.6442;QD=55.0909;RBI=0.0909314,0.0854643;REFB=0,0;REVB=0.00573996,0.0381527;RO=0;SAF=4,27;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0365465,0.0170096;OID=.,.;OPOS=55175740,55175740;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015873,0.984127:7,53:64:1,62:63:0:0,33:1,29:0:0:4:0:4,27:3,26:0:0 chr19 55176262 . A G 412.07 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.43;QD=56.8371;RBI=0.0677131;REFB=0;REVB=0.0355538;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336755;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:17:8:0:0:21:8:0:0 chr19 55176535 . C T 1045.79 PASS AF=1;AO=58;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000868917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1537;QD=58.0997;RBI=0.0596114;REFB=0;REVB=0.059605;RO=2;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02465e-05;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:2:0:58:72:1:17:41:0:2:27:45:0:0 chr19 55176536 . G T 57.13 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.0239121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6407;QD=3.13066;RBI=0.0391952;REFB=-0.0137549;REVB=-0.0310559;RO=61;SAF=2;SAR=9;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588274;STB=0.877958;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0324188;OID=.;OPOS=55176536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:61:62:11:11:0.150685:9:2:43:18:9:2:43:19 chr19 55178162 . A G 193.7 PASS AF=0.342466;AO=23;DP=71;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0153596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9038;QD=10.6135;RBI=0.04946;REFB=-0.00623633;REVB=-0.0470146;RO=48;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203569;STB=0.6014;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00834741;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:48:48:23:25:0.342466:17:6:20:28:18:7:20:28 chr19 55237554 . G A 34.94 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0461153;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.401;QD=1.4119;RBI=0.0484405;REFB=-0.00256136;REVB=-0.014828;RO=88;SAF=6;SAR=3;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130701;STB=0.605393;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0192229;OID=.;OPOS=55237554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:88:90:9:9:0.0909091:3:6:49:39:3:6:50:40 chr19 55237557 . A C 37.02 PASS AF=0.0990099;AO=7;DP=99;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0217429;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.249;QD=1.46611;RBI=0.0362715;REFB=-0.00824603;REVB=-0.0290322;RO=91;SAF=5;SAR=2;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181296;STB=0.536512;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0892191;OID=.;OPOS=55237557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:99:101:91:91:7:10:0.0990099:2:5:50:41:4:6:51:40 chr19 55237603 . G A 846.4 PASS AF=0.657895;AO=75;DP=116;FAO=75;FDP=114;FR=.;FRO=39;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.000954957;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.794;QD=29.6982;RBI=0.0172743;REFB=-0.0161486;REVB=0.0172479;RO=38;SAF=43;SAR=32;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131542;STB=0.503223;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00698077;OID=.;OPOS=55237603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:38:39:75:75:0.657895:32:43:21:17:32:43:22:17 chr19 55237616 . C T 237.92 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00197528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.783;QD=8.49707;RBI=0.00304218;REFB=-0.000581629;REVB=0.00231368;RO=79;SAF=17;SAR=16;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502073;STB=0.529554;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00179634;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:79:79:33:33:0.294643:16:17:44:35:16:17:44:35 chr19 55237677 . C T 238.72 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0167211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.076;QD=9.64519;RBI=0.0221919;REFB=-0.0136129;REVB=0.0145905;RO=68;SAF=15;SAR=15;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505047;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0218227;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:68:69:30:30:0.30303:15:15:34:34:15:15:35:34 chr19 55246731 . C T 893.3 PASS AF=0.615385;AO=80;DP=130;FAO=80;FDP=130;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00118573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.554;QD=27.486;RBI=0.0824956;REFB=0.00674523;REVB=-0.0824871;RO=50;SAF=39;SAR=41;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337633;STB=0.518293;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00327436;OID=.;OPOS=55246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:50:50:80:80:0.615385:41:39:22:28:41:39:22:28 chr19 55246739 . C T 442.78 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=8.82703e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3081;QD=13.52;RBI=0.00130733;REFB=-0.00624384;REVB=-0.0013073;RO=80;SAF=23;SAR=28;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395735;STB=0.522411;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00748618;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:80:51:51:0.389313:28:23:39:41:28:23:39:41 chr19 55246741 . T C 863.49 PASS AF=0.589552;AO=79;DP=134;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00254767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.504;QD=25.7759;RBI=0.0372218;REFB=-0.00661305;REVB=0.0371345;RO=55;SAF=38;SAR=41;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338088;STB=0.518374;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00511781;OID=.;OPOS=55246741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:55:55:79:79:0.589552:41:38:24:31:41:38:24:31 chr19 55247353 . C A 631.07 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0162278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.259;QD=26.8542;RBI=0.0191041;REFB=-0.00610743;REVB=0.0100809;RO=38;SAF=27;SAR=29;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911003;STB=0.549641;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0052073;OID=.;OPOS=55247353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:29:27:23:15:29:27:23:15 chr19 55250036 . T C 453.82 PASS AF=0.764706;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00397287;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8868;QD=35.594;RBI=0.0757764;REFB=-0.013859;REVB=0.0756722;RO=12;SAF=27;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299006;STB=0.516121;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0041936;OID=.;OPOS=55250036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:51:51:12:12:39:39:0.764706:12:27:9:3:12:27:9:3 chr19 55250061 . C A 467.3 PASS AF=0.734694;AO=33;DP=46;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0211092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.321;QD=38.147;RBI=0.0411575;REFB=-0.0631301;REVB=0.0353319;RO=13;SAF=24;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226303;STB=0.507688;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0194631;OID=.;OPOS=55250061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:13:13:33:36:0.734694:9:24:9:4:12:24:9:4 chr19 55250928 . G C 360.71 PASS AF=0.184066;AO=67;DP=366;FAO=67;FDP=364;FR=.;FRO=297;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=120;FSRR=177;FWDB=-0.0035821;FXX=0.0108693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.908;QD=3.96382;RBI=0.00363502;REFB=-0.00302586;REVB=0.000618005;RO=295;SAF=43;SAR=24;SRF=119;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302426;STB=0.688357;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.018297;OID=.;OPOS=55250928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:364:295:297:67:67:0.184066:24:43:119:176:24:43:120:177 chr19 55251010 . C A 399.07 PASS AF=0.182266;AO=74;DP=393;FAO=74;FDP=406;FR=.;FRO=332;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=148;FSRR=184;FWDB=-0.0507699;FXX=0.0145628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.719;QD=3.93172;RBI=0.0515957;REFB=-0.00754294;REVB=-0.00919401;RO=299;SAF=27;SAR=47;SRF=128;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853474;STB=0.568713;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0320254;OID=.;OPOS=55251010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:406:299:332:74:74:0.182266:47:27:128:171:47:27:148:184 chr19 55251013 . G T 775.37 PASS AF=0.276119;AO=111;DP=400;FAO=111;FDP=402;FR=.;FRO=291;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=132;FSRR=159;FWDB=-0.0144597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6486;QD=7.71512;RBI=0.0146425;REFB=-0.0106421;REVB=0.00230684;RO=286;SAF=44;SAR=67;SRF=128;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646946;STB=0.542502;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0280428;OID=.;OPOS=55251013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:402:286:291:111:111:0.276119:67:44:128:158:67:44:132:159 chr19 55253465 . C G 299.02 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00496371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.385;QD=16.1631;RBI=0.0138415;REFB=0.000842099;REVB=0.0129209;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183684;STB=0.603709;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000952869;OID=.;OPOS=55253465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:11:22:20:21:11:22:20:21 chr19 55253521 . C G 1584.4 PASS AF=0.755952;AO=127;DP=168;FAO=127;FDP=168;FR=.;FRO=41;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0177052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.894;QD=37.7239;RBI=0.0400353;REFB=-0.0135875;REVB=0.0359075;RO=41;SAF=66;SAR=61;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048054;STB=0.525621;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00239076;OID=.;OPOS=55253521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:41:41:127:127:0.755952:61:66:17:24:61:66:17:24 chr19 55253544 . A G 484.15 PASS AF=0.31;AO=62;DP=200;FAO=62;FDP=200;FR=.;FRO=138;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=80;FSRR=58;FWDB=0.0107442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7624;QD=9.6829;RBI=0.0674114;REFB=0.00116188;REVB=-0.0665496;RO=133;SAF=23;SAR=39;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244009;STB=0.64288;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00490615;OID=.;OPOS=55253544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:133:138:62:62:0.31:39:23:77:56:39:23:80:58 chr19 55253552 . T A 550.51 PASS AF=0.336538;AO=70;DP=208;FAO=70;FDP=208;FR=.;FRO=138;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=0.00309981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.971;QD=10.5867;RBI=0.00725469;REFB=0.00248511;REVB=-0.0065591;RO=138;SAF=29;SAR=41;SRF=78;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173911;STB=0.599616;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00376736;OID=.;OPOS=55253552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:138:138:70:70:0.336538:41:29:78:60:41:29:78:60 chr19 55253601 . G A 669.26 PASS AF=0.361607;AO=79;DP=219;FAO=81;FDP=224;FR=.;FRO=143;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.017237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0161;QD=11.9511;RBI=0.0363094;REFB=-0.0285557;REVB=0.0319572;RO=140;SAF=48;SAR=31;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162239;STB=0.595944;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0410716;OID=.;OPOS=55253601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:224:140:143:79:81:0.361607:31:48:65:75:31:50:67:76 chr19 55255377 . C T 512.5 PASS AF=0.515789;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00161111;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.705;QD=21.5791;RBI=0.00549262;REFB=-0.0111474;REVB=0.00525102;RO=44;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271548;STB=0.518511;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0116718;OID=.;OPOS=55255377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:46:48:49:0.515789:20:28:27:17:21:28:28:18 chr19 55255490 . A C 391.96 PASS AF=0.255507;AO=65;DP=226;FAO=58;FDP=227;FR=.;FRO=169;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=93;FSRR=76;FWDB=0.00863352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.039;QD=6.90684;RBI=0.00864821;REFB=-0.00596976;REVB=0.000503739;RO=160;SAF=37;SAR=28;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314026;STB=0.511844;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0112475;OID=.;OPOS=55255490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:160:169:65:58:0.255507:28:37:87:73:27:31:93:76 chr19 55255493 . C T 432.25 PASS AF=0.264957;AO=62;DP=234;FAO=62;FDP=234;FR=.;FRO=172;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=93;FSRR=79;FWDB=-0.00511516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.906;QD=7.38884;RBI=0.00792133;REFB=-0.00466376;REVB=0.00604836;RO=169;SAF=35;SAR=27;SRF=92;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252287;STB=0.517717;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0103122;OID=.;OPOS=55255493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:169:172:62:62:0.264957:27:35:92:77:27:35:93:79 chr19 55258778 . G A 956.66 PASS AF=0.480769;AO=97;DP=206;FAO=100;FDP=208;FR=.;FRO=108;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=72;FSRR=36;FWDB=-0.00163251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.027;QD=18.3973;RBI=0.00404865;REFB=-0.018329;REVB=0.00370493;RO=107;SAF=62;SAR=35;SRF=71;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025322;STB=0.520634;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0139739;OID=.;OPOS=55258778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:107:108:97:100:0.480769:35:62:71:36:37:63:72:36 chr19 55258830 . CG TA 1306.36 PASS AF=0.522267;AO=129;DP=255;FAO=129;FDP=247;FR=.;FRO=118;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=76;FSRR=42;FWDB=0.0198027;FXX=0.0313713;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.83;QD=21.1557;RBI=0.0219938;REFB=-0.000927462;REVB=0.00956982;RO=117;SAF=76;SAR=53;SRF=75;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047104;STB=0.527359;STBP=0.394;TYPE=mnp;VARB=0.000907421;OID=.;OPOS=55258830;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:247:117:118:129:129:0.522267:53:76:75:42:53:76:76:42 chr19 55267623 . A C 46.42 PASS AF=0.0935252;AO=13;DP=139;FAO=13;FDP=139;FR=.;FRO=126;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.016954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.277;QD=1.33583;RBI=0.0202464;REFB=-0.00448996;REVB=0.011067;RO=120;SAF=3;SAR=10;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348462;STB=0.771359;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.048367;OID=.;OPOS=55267623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:139:139:120:126:13:13:0.0935252:10:3:63:57:10:3:67:59 chr19 55286650 . T C 374.36 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0111681;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.57;QD=23.0372;RBI=0.0147257;REFB=-0.0283819;REVB=0.00959785;RO=21;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848683;STB=0.502091;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0163546;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:21:28:37:37:0.569231:17:20:14:7:17:20:15:13 chr19 55286665 . T A 594.2 PASS AF=0.6625;AO=51;DP=81;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0111753;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.246;QD=29.7101;RBI=0.0122334;REFB=-0.0255246;REVB=0.0049767;RO=27;SAF=33;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111312;STB=0.549442;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00863901;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:27:27:51:53:0.6625:18:33:13:14:20:33:13:14 chr19 55286767 . G T 431.54 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0358305;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.618;QD=20.0716;RBI=0.0391322;REFB=-0.0157722;REVB=-0.0157323;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841426;STB=0.546616;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0278984;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:43:43:43:0.5:22:21:17:26:22:21:17:26 chr19 55286770 . C G 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0427094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.408;QD=20.7521;RBI=0.0436068;REFB=-0.010055;REVB=-0.00880107;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105155;STB=0.558113;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0201688;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:22:22:16:26:22:22:16:26 chr19 55286773 . AGG GCA 453.83 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0114961;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.821;QD=22.1381;RBI=0.0374329;REFB=-0.0175627;REVB=-0.0356239;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14598;STB=0.573138;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0269581;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:38:44:44:0.536585:22:22:12:25:22:22:13:25 chr19 55286795 . T C 330.83 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00655912;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.525;QD=15.3875;RBI=0.0197747;REFB=-0.00107484;REVB=-0.0186552;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465789;STB=0.526301;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00240523;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:20:16:20:30:20:16:20:30 chr19 55286854 . A G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0276416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.246;QD=2.43208;RBI=0.028914;REFB=-0.000914815;REVB=-0.00848313;RO=51;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336936;STB=0.51228;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.020552;OID=.;OPOS=55286854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:51:52:7:7:0.118644:4:3:22:29:4:3:23:29 chr19 55294927 . A G 1302.76 PASS AF=0.717241;AO=104;DP=145;FAO=104;FDP=145;FR=.;FRO=41;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0166562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.327;QD=35.9381;RBI=0.0174235;REFB=-0.0489444;REVB=-0.00511359;RO=40;SAF=53;SAR=51;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499007;STB=0.506167;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0183389;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:40:41:104:104:0.717241:51:53:20:20:51:53:20:21 chr19 55294931 . T C 1277.89 PASS AF=0.698718;AO=109;DP=156;FAO=109;FDP=156;FR=.;FRO=47;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0257632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8158;QD=32.7665;RBI=0.032451;REFB=-0.00683677;REVB=0.0197313;RO=46;SAF=53;SAR=56;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016473;STB=0.511894;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00375035;OID=.;OPOS=55294931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:46:47:109:109:0.698718:56:53:21:25:56:53:21:26 chr19 55294969 . A G 1313.18 PASS AF=0.655172;AO=114;DP=174;FAO=114;FDP=174;FR=.;FRO=60;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00301737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3114;QD=30.188;RBI=0.0219104;REFB=-0.0315359;REVB=-0.0217016;RO=60;SAF=52;SAR=62;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255507;STB=0.513748;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0158559;OID=.;OPOS=55294969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:60:60:114:114:0.655172:62:52:25:35:62:52:25:35 chr19 55295009 . G A 1156.09 PASS AF=0.622754;AO=104;DP=157;FAO=104;FDP=167;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00339464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.064;QD=27.6908;RBI=0.0387178;REFB=-0.0278169;REVB=-0.0385687;RO=53;SAF=46;SAR=58;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542813;STB=0.500817;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0179889;OID=.;OPOS=55295009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:167:53:63:104:104:0.622754:58:46:28:25:58:46:28:35 chr19 55297784 . C T 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0207893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4304;QD=17.1526;RBI=0.0301619;REFB=-0.0243708;REVB=-0.0218528;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368113;STB=0.712065;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0475601;OID=.;OPOS=55297784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:4:13:8:12:4:13:8:12 chr19 55317456 . G A 712.76 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134697;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.369;QD=63.3566;RBI=0.022981;REFB=0;REVB=0.0186198;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225687;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr19 55317669 . C G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.874;QD=60.1583;RBI=0.0252216;REFB=-0.0541101;REVB=-0.0022125;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00147459;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:0:1:21:23:0:1 chr19 55320279 . G A 2432.07 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6197;QD=60.8017;RBI=0.01482;REFB=0;REVB=-0.00698332;RO=0;SAF=77;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160016;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:156:160:1:79:77:0:0:81:79:0:0 chr19 55324635 . T C 1659.12 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.202;QD=60.3315;RBI=0.0156016;REFB=0;REVB=-0.0115973;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39728e-06;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr19 55325455 . G A 501.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.538;QD=58.98;RBI=0.0296209;REFB=0;REVB=-0.0273711;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83015e-05;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 55327930 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8857;QD=49.599;RBI=0.028674;REFB=0;REVB=-0.0268305;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00060633;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 55327960 . C T 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00784924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.817;QD=55.0086;RBI=0.0167398;REFB=0.0353782;REVB=0.0147855;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00110979;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:0:1:10:22:0:1 chr19 55328959 . G T 1173.8 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.596;QD=60.1946;RBI=0.0200677;REFB=0;REVB=-0.0120363;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235289;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:45:33:0:0 chr19 55328993 . G C 1460.4 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473468;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3351;QD=63.4955;RBI=0.0271255;REFB=0;REVB=0.0267091;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172536;OID=.;OPOS=55328993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr19 55329021 . A G 1446.82 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.39;QD=61.5666;RBI=0.0310242;REFB=0.1204;REVB=-0.0282405;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885968;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000476875;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:90:93:0.989362:53:37:0:1:54:39:0:1 chr19 55329783 . A G 790.03 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00262863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.368;QD=53.561;RBI=0.079759;REFB=0.0138835;REVB=-0.0797156;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.504069;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000462769;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:22:35:0:1:22:35:1:1 chr19 55329901 . A G 1120.12 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.862;QD=58.9535;RBI=0.0554857;REFB=-0.091204;REVB=0.0310449;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000646343;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:42:32:1:0:42:33:1:0 chr19 55329922 . A T 845.69 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7815;QD=54.5607;RBI=0.0784561;REFB=-0.152346;REVB=0.0773578;RO=2;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294747;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0171338;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:2:1:60:61:0.983871:31:29:0:2:32:29:0:1 chr19 55333096 . T C 864.03 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.501;QD=57.6018;RBI=0.0156771;REFB=0;REVB=0.0152929;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41012e-05;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:14:45:0:0:15:45:0:0 chr19 55358655 . A G 843.14 PASS AF=0.483146;AO=86;DP=179;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=74;FWDB=0.0235655;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.108;QD=18.9469;RBI=0.0241235;REFB=-0.0243851;REVB=-0.00515882;RO=91;SAF=47;SAR=39;SRF=18;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320001;STB=0.676868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0285452;OID=.;OPOS=55358655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:91:92:86:86:0.483146:39:47:18:73:39:47:18:74 chr19 55358734 . G A 541.41 PASS AF=0.44697;AO=58;DP=131;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=71;FWDB=-0.012359;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5804;QD=16.4065;RBI=0.0312074;REFB=-0.00109232;REVB=-0.0286558;RO=70;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475687;STB=0.763682;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000163095;OID=.;OPOS=55358734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:70:73:58:59:0.44697:29:29:2:68:29:30:2:71 chr19 55359272 . C G 3499.91 PASS AF=0.956522;AO=236;DP=252;FAO=242;FDP=253;FR=.;FRO=11;FSAF=137;FSAR=105;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.113118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4646;QD=55.3345;RBI=0.113277;REFB=-0.145955;REVB=-0.0060056;RO=8;SAF=131;SAR=105;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442036;STB=0.507144;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0166486;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:252:253:8:11:236:242:0.956522:105:131:5:3:105:137:8:3 chr19 55359426 . A G 314.1 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0073419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.061;QD=17.211;RBI=0.0138561;REFB=-0.0155855;REVB=-0.0117511;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827492;STB=0.528074;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0152313;OID=.;OPOS=55359426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:22:39:32:34:0.465753:12:20:16:6:13:21:26:13 chr19 55361942 . G T 1058.77 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.75;QD=58.8203;RBI=0.0482411;REFB=0;REVB=0.0433232;RO=1;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184751;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:70:72:1:26:44:0:1:27:45:0:0 chr19 55362719 . G T 2882.43 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049163;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.176;QD=62.6616;RBI=0.0575455;REFB=0;REVB=0.0299079;RO=0;SAF=79;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51947e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:184:0:0:179:184:1:100:79:0:0:102:82:0:0 chr19 55365320 . G T 1497.47 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388603;FXX=0.0291234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.697;QD=59.8989;RBI=0.0173701;REFB=0;REVB=-0.0169298;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515177;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr19 55367174 . C G 288.2 PASS AF=0.288889;AO=38;DP=135;FAO=39;FDP=135;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0170343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.395;QD=8.53921;RBI=0.0183382;REFB=0.00232604;REVB=-0.00679125;RO=96;SAF=27;SAR=11;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267212;STB=0.6639;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00791952;OID=.;OPOS=55367174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:96:96:38:39:0.288889:11:27:48:48:11:28:48:48 chr19 55396900 . A G 728.57 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367336;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.236;QD=57.1424;RBI=0.0229451;REFB=0;REVB=0.0226491;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124282;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:16:34:0:0:16:35:0:0 chr19 55441902 . T C 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343262;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.76;QD=59.8615;RBI=0.0418199;REFB=0;REVB=0.0416788;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07031e-05;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 55441995 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.348;QD=57.0805;RBI=0.0690882;REFB=0;REVB=0.0527207;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312692;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr19 55451050 . C T 74.29 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.4449;QD=37.1435;RBI=0.0878892;REFB=0;REVB=0.0567542;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00926521;OID=.;OPOS=55451050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 55451232 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.213;QD=57.8834;RBI=0.0202035;REFB=0;REVB=0.00638593;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107788;OID=.;OPOS=55451232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr19 55451797 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.829;QD=60.6073;RBI=0.0593213;REFB=0;REVB=0.00239568;RO=0;SAF=1;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149747;OID=.;OPOS=55451797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:37:1:0:0:37:1:0:0 chr19 55494881 . C G 366.56 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0159624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8049;QD=29.325;RBI=0.0186315;REFB=-0.0320586;REVB=0.00960918;RO=19;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357192;STB=0.519638;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0123405;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:21:10:7:12:21:10:7:12 chr19 55501579 . A C 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000212226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.364;QD=57.7058;RBI=0.000403224;REFB=0;REVB=0.000342855;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52696e-06;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 55512137 . C A 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.189;QD=63.2783;RBI=0.0337048;REFB=0;REVB=0.0336755;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13339e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr19 55512232 . C A 754.8 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.804;QD=62.9;RBI=0.0417948;REFB=0;REVB=0.0348722;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139751;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:44:48:1:24:20:0:0:28:20:0:0 chr19 55525894 . G A 699.26 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0430345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3302;QD=54.8435;RBI=0.0908962;REFB=-0.171095;REVB=0.0800634;RO=1;SAF=44;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105791;STB=0.505616;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00350181;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:5:44:1:0:6:44:1:0 chr19 55526345 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.318;QD=53.9112;RBI=0.0221666;REFB=0;REVB=-0.00422518;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61014e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 55526359 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.356;QD=53.2771;RBI=0.0506527;REFB=0;REVB=0.00305911;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550345;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 55526373 . G C 203.07 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0136012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.851;QD=38.6807;RBI=0.0144114;REFB=-0.166855;REVB=0.004764;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00316675;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:0:3:18:18:0.857143:9:9:0:0:9:9:2:1 chr19 55527081 . C T 1235.01 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.040434;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.811;QD=60.2444;RBI=0.0489368;REFB=-0.0808968;REVB=0.0275663;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108852;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000400918;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:38:43:1:0:38:43:1:0 chr19 55530035 . C T 972.56 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8297;QD=58.9427;RBI=0.0482566;REFB=0;REVB=0.0223987;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303576;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:20:44:0:0:22:44:0:0 chr19 55536595 . G A 1231.53 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.966;QD=60.0746;RBI=0.0191697;REFB=-0.0714701;REVB=0.0112878;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000135495;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:36:45:0:1:36:45:0:1 chr19 55538980 . T C 1287.0 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471187;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.658;QD=62.0239;RBI=0.0198559;REFB=0;REVB=0.0192887;RO=0;SAF=61;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16304e-05;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:22:61:0:0:22:61:0:0 chr19 55539061 . A G 1678.29 PASS AF=0.991597;AO=110;DP=115;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0776777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6083;QD=56.4131;RBI=0.147668;REFB=0.0819402;REVB=0.125587;RO=4;SAF=67;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249408;STB=0.503546;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00135813;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:119:4:1:110:118:0.991597:43:67:1:3:48:70:1:0 chr19 55539072 . T G 1749.04 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.38;QD=60.836;RBI=0.0168628;REFB=0;REVB=0.0134756;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68063e-06;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:49:66:0:0:49:66:0:0 chr19 55570574 . A G 1590.31 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195048;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.192;QD=60.0115;RBI=0.026689;REFB=0;REVB=-0.0182172;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038195;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:105:106:1:37:68:0:0:37:69:0:0 chr19 55574403 . C G 108.98 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00529771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6661;QD=36.3249;RBI=0.0574511;REFB=0.00219972;REVB=0.0572063;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00137087;OID=.;OPOS=55574403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr19 55574412 . G T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.5443;QD=42.1791;RBI=0.135259;REFB=0;REVB=0.00340852;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265762;OID=.;OPOS=55574412;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 55587822 . G A 368.46 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=61;FWDB=-0.0172053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.758;QD=11.6972;RBI=0.0200921;REFB=-0.0223329;REVB=-0.0103763;RO=80;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27264;STB=0.656654;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0286834;OID=.;OPOS=55587822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:80:81:45:45:0.357143:23:22:20:60:23:22:20:61 chr19 55593417 . C T 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0132752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.464;QD=11.5756;RBI=0.0160308;REFB=-0.0210509;REVB=-0.00898637;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560364;STB=0.538974;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0378797;OID=.;OPOS=55593417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:13:10:15:24:13:10:15:25 chr19 55594996 . C G 231.87 PASS AF=0.318681;AO=22;DP=92;FAO=29;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0360975;FXX=0.0108684;HRUN=6;LEN=1;MLLD=119.314;QD=10.192;RBI=0.0407679;REFB=-0.0245136;REVB=-0.018947;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511763;STB=0.524373;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0426584;OID=.;OPOS=55594996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:42:62:22:29:0.318681:10:12:21:21:13:16:32:30 chr19 55598724 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0421045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3017;QD=8.0891;RBI=0.0800089;REFB=0.00188419;REVB=-0.068034;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145403;STB=0.590701;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0127571;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:12:10:3:6:12:10 chr19 55644325 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.283;QD=53.2759;RBI=0.0501355;REFB=0;REVB=-0.0172738;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324696;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr19 55660537 . T C 446.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3843;QD=57.6088;RBI=0.0624013;REFB=0;REVB=0.0605456;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757147;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr19 55668993 . C T 154.63 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0093261;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3389;QD=8.71134;RBI=0.0244933;REFB=-0.0159075;REVB=0.0226483;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084229;STB=0.594852;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0370316;OID=.;OPOS=55668993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:42:50:21:21:0.295775:9:12:27:15:9:12:35:15 chr19 55671337 . C T 337.67 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8363;QD=54.0274;RBI=0.0590626;REFB=0;REVB=0.0377997;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168495;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr19 55699454 . T C 958.16 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3531;QD=57.2035;RBI=0.0831165;REFB=6.08953e-05;REVB=-0.0806648;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000423652;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:23:43:1:0:23:43:1:0 chr19 55713614 . A G 626.96 PASS AF=0.53913;AO=60;DP=113;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00553655;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.308;QD=21.8071;RBI=0.0139711;REFB=-0.0224213;REVB=-0.0128272;RO=49;SAF=32;SAR=28;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653821;STB=0.543675;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0227166;OID=.;OPOS=55713614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:49:53:60:62:0.53913:28:32:30:19:28:34:34:19 chr19 55716800 . A G 1437.05 PASS AF=0.721212;AO=119;DP=165;FAO=119;FDP=165;FR=.;FRO=46;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00145879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.018;QD=34.8375;RBI=0.0154626;REFB=-0.0214385;REVB=-0.0153936;RO=46;SAF=64;SAR=55;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197875;STB=0.510584;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00761524;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:46:46:119:119:0.721212:55:64:23:23:55:64:23:23 chr19 55791091 . C T 283.56 PASS AF=0.627907;AO=23;DP=40;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0121362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.429;QD=26.3774;RBI=0.0121504;REFB=-0.00815452;REVB=-0.000588232;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199857;STB=0.574415;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00469479;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:16:16:23:27:0.627907:11:12:4:12:15:12:4:12 chr19 55816678 . C T 513.09 PASS AF=0.809524;AO=40;DP=63;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0336058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.6571;QD=32.5768;RBI=0.173461;REFB=-0.0999591;REVB=0.170175;RO=13;SAF=24;SAR=16;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134187;STB=0.526306;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0595786;OID=.;OPOS=55816678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:63:63:13:12:40:51:0.809524:16:24:4:9:27:24:4:8 chr19 55824249 . ATG AGT,AGTG,TGG 37.42 PASS AF=0,0.191489,0;AO=3,10,2;DP=51;FAO=0,9,0;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=0,7,0;FSAR=0,2,0;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=0.0106051,0.00802493,-0.0172464;FXX=0.040808;HRUN=1,0,1;LEN=2,1,2;MLLD=77.0447,74.4878,218.741;QD=3.18487;RBI=0.0726019,0.0175528,0.0200246;REFB=-0.00269541,-0.00491026,-0.0114993;REVB=0.0718232,0.0156109,-0.0101759;RO=32;SAF=3,7,1;SAR=0,3,1;SRF=27;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.424073,-0.238356,-0.385787;STB=0.5,0.661017,0.5;STBP=1,0.467,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.0197417,0.173133,0;OID=.,.,.;OPOS=55824250,55824250,55824249;OREF=TG,-,AT;OALT=GT,G,TG;OMAPALT=AGT,AGTG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:51:47:32:38:3,10,2:0,9,0:0,0.191489,0:0,3,1:3,7,1:27:5:0,2,0:0,7,0:34:4 chr19 55824332 . T G 301.62 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00111006;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.916;QD=15.8749;RBI=0.00895916;REFB=-0.0297573;REVB=-0.00889012;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912733;STB=0.505152;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0425205;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:21:12:16:27:21:12:16:27 chr19 55856083 . T C 210.25 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0333353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.522;QD=11.8449;RBI=0.0421591;REFB=-0.0124965;REVB=-0.0258097;RO=42;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13081;STB=0.567575;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0178501;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:45:25:26:0.366197:16:9:20:22:16:10:22:23 chr19 55856211 . C T 176.62 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.00419709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.73;QD=8.12059;RBI=0.00502729;REFB=-0.00202342;REVB=-0.00276731;RO=63;SAF=5;SAR=19;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783384;STB=0.547284;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0053687;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:19:5:16:47:19:5:16:47 chr19 55859439 . C A 193.04 PASS AF=0.320513;AO=20;DP=79;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0169841;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.067;QD=9.89975;RBI=0.0182051;REFB=-0.0085146;REVB=-0.00655476;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29097;STB=0.621405;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0114047;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:53:20:25:0.320513:14:6:24:20:17:8:26:27 chr19 55870104 . G C 1752.11 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.16;QD=59.9011;RBI=0.0153408;REFB=-0.0818952;REVB=0.0141821;RO=0;SAF=73;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-3.82023e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:43:73:0:0:43:73:0:1 chr19 55870289 . C T 806.81 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271833;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.076;QD=55.6417;RBI=0.050354;REFB=0;REVB=0.0423863;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791937;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:55:58:1:35:20:0:0:36:22:0:0 chr19 55870351 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.855;QD=60.6093;RBI=0.0229258;REFB=0;REVB=0.0155594;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65491e-06;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 724.35 PASS AF=0.173913,0.826087;AO=17,30;DP=47;FAO=8,38;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=7,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462522,-0.12518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.345,168.649;QD=62.9871;RBI=0.0555658,0.137455;REFB=0,0;REVB=0.0307943,0.056779;RO=0;SAF=0,18;SAR=17,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0397651,-0.00719024;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173913,0.826087:17,30:47:8,38:46:0:1,17:7,21:0:0:31:0:0,18:17,12:0:0 chr19 55871019 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1048;QD=42.1816;RBI=0.0671474;REFB=0;REVB=-0.0405334;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069071;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 55872397 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.558;QD=44.6898;RBI=0.0363047;REFB=0;REVB=0.0187083;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756167;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 55872531 . C G 45.88 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0327187;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6456;QD=7.64605;RBI=0.0381484;REFB=-0.0195419;REVB=-0.019616;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0481123;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr19 55872566 . A G 357.84 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6975;QD=53.0129;RBI=0.0563877;REFB=0;REVB=0.0114229;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00488117;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:15:12:0:0 chr19 55873642 . C T 1500.09 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220212;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0921;QD=59.4096;RBI=0.0355044;REFB=0;REVB=0.0278501;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200042;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:95:101:1:53:42:0:0:54:47:0:0 chr19 55877231 . C T 196.05 PASS AF=0.633333;AO=14;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0117863;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.6599;QD=26.14;RBI=0.0911621;REFB=-0.0122489;REVB=0.0903969;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467187;STB=0.569645;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0446245;OID=.;OPOS=55877231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:30:30:8:10:14:19:0.633333:8:6:4:4:13:6:5:5 chr19 55879872 . C T 266.48 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.005239;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.152;QD=18.0664;RBI=0.0113241;REFB=-0.017017;REVB=0.0100393;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225919;STB=0.625923;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.02534;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:9:21:13:16:9:21 chr19 56011915 . G A 706.3 PASS AF=0.674157;AO=59;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.111983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.361;QD=31.7439;RBI=0.116093;REFB=-0.0347796;REVB=0.030617;RO=30;SAF=25;SAR=34;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897678;STB=0.538855;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0146531;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:29:59:60:0.674157:34:25:17:13:34:26:16:13 chr19 56024519 . T C 267.39 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0203706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.826;QD=42.7822;RBI=0.0254265;REFB=-0.10905;REVB=0.0152167;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368142;STB=0.519982;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0153561;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:11:11:2:1:11:11:2:1 chr19 56041255 . C G 115.25 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00926012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.84;QD=20.043;RBI=0.0300858;REFB=-0.0461566;REVB=0.0286252;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200531;STB=0.602495;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0287405;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:23:10:10:11:13:0.565217:5:6:3:7:6:7:3:7 chr19 56047448 . A G 1793.55 PASS AF=0.975806;AO=118;DP=121;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.602;QD=57.8565;RBI=0.0336377;REFB=-0.024317;REVB=-0.0265541;RO=3;SAF=46;SAR=72;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136496;STB=0.507327;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000416615;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:124:3:3:118:121:0.975806:72:46:2:1:75:46:2:1 chr19 56047540 . G A 728.86 PASS AF=0.4;AO=84;DP=211;FAO=84;FDP=210;FR=.;FRO=126;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.0368859;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.43;QD=13.8831;RBI=0.078723;REFB=-0.019123;REVB=0.0695467;RO=124;SAF=39;SAR=45;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551111;STB=0.535706;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0311865;OID=.;OPOS=56047540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:124:126:84:84:0.4:45:39:64:60:45:39:66:60 chr19 56052770 . C G,T 753.31 PASS AF=0.06,0.92;AO=3,46;DP=50;FAO=3,46;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=2,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0575998,0.0314275;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.2313,184.325;QD=60.2646;RBI=0.0639916,0.0341451;REFB=0.0921973,0.0306677;REVB=0.0278781,-0.013349;RO=1;SAF=1,27;SAR=2,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.0170959;STB=0.665547,0.509087;STBP=0.558,0.514;TYPE=snp,snp;VARB=0.0766122,-0.00129099;OID=.,.;OPOS=56052770,56052770;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:1:1:3,46:3,46:0.06,0.92:2,19:1,27:1:0:2,19:1,27:1:0 chr19 56056184 . A G 2385.42 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2717;QD=64.0382;RBI=0.125973;REFB=0;REVB=-0.119134;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549258;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:73:76:0:0:73:76:0:0 chr19 56089353 . C T 295.62 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00789313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3466;QD=16.8925;RBI=0.0331564;REFB=-0.0463847;REVB=0.0322032;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519822;STB=0.513435;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0775692;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:37:33:33:0.471429:16:17:20:15:16:17:20:17 chr19 56114237 . G A 1880.25 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8434;QD=58.7577;RBI=0.185804;REFB=-0.146153;REVB=0.154926;RO=4;SAF=53;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267617;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:4:0:122:128:1:69:53:1:3:74:54:0:0 chr19 56127597 . G A 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0101506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.761;QD=7.81067;RBI=0.0115;REFB=-0.00973256;REVB=0.0054052;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923075;STB=0.555497;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0250605;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:10:9:27:22:10:9:27:22 chr19 56132661 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0521337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3059;QD=9.47545;RBI=0.0526272;REFB=-0.00449195;REVB=0.00719056;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132937;STB=0.580488;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0187329;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:13:8:5:5:13:8 chr19 56154718 . G A 140.58 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0627016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.055;QD=12.7795;RBI=0.0654355;REFB=-0.00825837;REVB=0.0187165;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16028;STB=0.607964;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0154642;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:11:4:11:17:12:4:11:17 chr19 56160399 . T C 769.46 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1428;QD=56.9967;RBI=0.0415727;REFB=0;REVB=-0.0322139;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051945;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr19 56162776 . C T 170.46 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0785799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0528;QD=8.97141;RBI=0.078631;REFB=-0.0105255;REVB=-0.00283425;RO=53;SAF=8;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172936;STB=0.602746;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0172562;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:23:23:0.302632:15:8:26:27:15:8:26:27 chr19 56180968 . C T 205.35 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0167124;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.943;QD=8.64646;RBI=0.0168839;REFB=-0.0179286;REVB=-0.00240047;RO=68;SAF=17;SAR=10;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153701;STB=0.509145;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0455288;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:68:68:27:27:0.284211:10:17:42:26:10:17:42:26 chr19 56204141 . C T 489.17 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=0.0247275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.069;QD=27.5589;RBI=0.0794173;REFB=-0.022166;REVB=0.0754696;RO=26;SAF=6;SAR=39;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883228;STB=0.547806;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0161597;OID=.;OPOS=56204141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:39:6:2:24:39:6:2:24 chr19 56241265 . A G 1487.47 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643088;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.839;QD=63.2966;RBI=0.0262563;REFB=0;REVB=0.0254566;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94621e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:53:40:0:0:53:41:0:0 chr19 56274416 . T G 122.94 PASS AF=0.137056;AO=27;DP=197;FAO=27;FDP=197;FR=.;FRO=170;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=86;FSRR=84;FWDB=0.0118271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7095;QD=2.49629;RBI=0.0369334;REFB=0.00372047;REVB=-0.0349885;RO=167;SAF=17;SAR=10;SRF=85;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154708;STB=0.607986;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0260425;OID=.;OPOS=56274416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:167:170:27:27:0.137056:10:17:85:82:10:17:86:84 chr19 56274453 . G A 57.29 PASS AF=0.10274;AO=15;DP=146;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=-0.0137169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8101;QD=1.56972;RBI=0.0342498;REFB=-0.00117041;REVB=0.031383;RO=127;SAF=7;SAR=8;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449024;STB=0.526473;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0105912;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:146:146:127:131:15:15:0.10274:8:7:64:63:8:7:65:66 chr19 56284457 . G A 45.4 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.04587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5703;QD=4.2237;RBI=0.117399;REFB=-0.0194491;REVB=-0.108067;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204673;STB=0.639625;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0733939;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:43:43:35:35:8:8:0.186047:6:2:14:21:6:2:14:21 chr19 56284507 . T G 50.64 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.011698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.093;QD=2.85307;RBI=0.0231019;REFB=-0.00268673;REVB=-0.0199212;RO=61;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833991;STB=0.558983;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0300929;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:7:3:22:39:7:3:22:39 chr19 56284511 . C G 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0087318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.725;QD=3.47829;RBI=0.0204491;REFB=-0.000866456;REVB=-0.0184911;RO=62;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595268;STB=0.539841;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00981871;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:7:5:23:39:7:5:23:39 chr19 56284529 . C A 49.04 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0208831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.726;QD=2.72421;RBI=0.0210061;REFB=-0.00749598;REVB=-0.00226968;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016543;STB=0.511605;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0189072;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:72:72:62:62:10:10:0.138889:6:4:24:38:6:4:24:38 chr19 56284535 . A G 57.34 PASS AF=0.152778;AO=9;DP=70;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00472139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.53;QD=3.18543;RBI=0.0243181;REFB=-0.00508962;REVB=0.0238554;RO=58;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103946;STB=0.566892;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0262734;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:70:72:58:61:9:11:0.152778:5:4:21:37:6:5:23:38 chr19 56290178 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.365;QD=45.8015;RBI=0.0323064;REFB=0;REVB=-0.0241907;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107974;OID=.;OPOS=56290178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 56303800 . C T 123.97 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0153493;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9452;QD=5.97462;RBI=0.0175534;REFB=-0.00690457;REVB=-0.00851582;RO=63;SAF=6;SAR=13;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207075;STB=0.635256;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0170678;OID=.;OPOS=56303800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:63:64:19:19:0.228916:13:6:30:33:13:6:31:33 chr19 56307583 . A G 1579.28 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.366;QD=63.1712;RBI=0.0550934;REFB=0;REVB=0.0193267;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262213;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:100:1:0:99:100:1:57:42:1:0:57:43:0:0 chr19 56320663 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.025;QD=61.6814;RBI=0.0107243;REFB=0;REVB=0.00704124;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69863e-05;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr19 56321414 . C A 1169.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.423;QD=60.734;RBI=0.0863087;REFB=0;REVB=0.0832922;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244741;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:77:0:0:70:77:1:22:48:0:0:28:49:0:0 chr19 56369189 . G A 804.91 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.667;QD=64.3931;RBI=0.0194098;REFB=0;REVB=0.00793908;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95588e-05;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:21:29:0:0 chr19 56369215 . C T 709.19 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.432;QD=63.0391;RBI=0.100971;REFB=0;REVB=0.100914;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722291;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:17:28:0:0 chr19 56369593 . T C 787.87 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584359;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.062;QD=64.3157;RBI=0.0602364;REFB=0;REVB=0.0146175;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158218;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:50:49:1:30:20:0:0:30:19:0:0 chr19 56410222 . C T 1021.3 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.028;QD=57.5382;RBI=0.0239498;REFB=-0.053285;REVB=0.0135244;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000779721;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:38:30:0:1:39:31:0:1 chr19 56423074 . C G 435.19 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8259;QD=56.1531;RBI=0.0627978;REFB=0;REVB=0.0552845;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148929;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:6:24:0:0:7:24:0:0 chr19 56423254 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7547;QD=56.937;RBI=0.0189336;REFB=0;REVB=-0.0127665;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05362e-05;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr19 56423668 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.506;QD=52.6112;RBI=0.0353303;REFB=0;REVB=-0.00427388;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263943;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 56423692 . C T 281.63 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.719;QD=51.2049;RBI=0.0514654;REFB=0;REVB=-0.0283475;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340052;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr19 56423728 . A G 428.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.844;QD=57.1553;RBI=0.0169625;REFB=0;REVB=0.0149294;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39504e-05;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr19 56423893 . G A 1195.63 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318961;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.119;QD=60.538;RBI=0.0334115;REFB=0;REVB=-0.00994801;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020421;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr19 56424443 . T C 255.79 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.252;QD=51.1578;RBI=0.015415;REFB=0;REVB=0.0115711;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103286;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr19 56459342 . C T 536.46 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.028822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.912;QD=55.0212;RBI=0.0645496;REFB=-0.133042;REVB=0.0577577;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583921;STB=0.529396;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00210414;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:36:37:0.948718:21:15:2:0:21:16:2:0 chr19 56459367 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0135811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.831;QD=9.83005;RBI=0.0211901;REFB=-0.00742119;REVB=0.0162658;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871856;STB=0.552545;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0131635;OID=.;OPOS=56459367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:11:15:6:6:11:15 chr19 56459614 . G C 784.77 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9894;QD=57.0739;RBI=0.0817822;REFB=0;REVB=0.0178908;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723047;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr19 56466681 . A G 150.63 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0080387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.001;QD=8.25365;RBI=0.0114118;REFB=0.00045642;REVB=-0.00809985;RO=50;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109667;STB=0.56856;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00268813;OID=.;OPOS=56466681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:52:21:21:0.287671:14:7:21:29:14:7:22:30 chr19 56466705 . C T 116.69 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00469987;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.94;QD=8.48667;RBI=0.00522764;REFB=-0.0114742;REVB=0.00228899;RO=40;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229616;STB=0.629904;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0282957;OID=.;OPOS=56466705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:40:39:16:16:0.290909:11:5:20:20:11:5:19:20 chr19 56473458 . C T 426.83 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=0.00365389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1609;QD=11.382;RBI=0.00442511;REFB=-0.00744254;REVB=-0.00249614;RO=99;SAF=28;SAR=23;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786971;STB=0.545122;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00840423;OID=.;OPOS=56473458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:99:51:51:0.34:23:28:61:38:23:28:61:38 chr19 56473460 . T C 426.89 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.000489558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.661;QD=11.3838;RBI=0.0115462;REFB=-0.00208555;REVB=0.0115359;RO=99;SAF=28;SAR=23;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786971;STB=0.545122;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.003572;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:99:51:51:0.34:23:28:61:38:23:28:61:38 chr19 56477687 . A G 512.48 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0428278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9372;QD=52.5623;RBI=0.0431841;REFB=-0.0553564;REVB=0.00553636;RO=2;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932112;STB=0.549972;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00458204;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:39:39:2:2:36:37:0.948718:9:27:0:2:9:28:0:2 chr19 56477710 . T C,G 490.52 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251587,0.0131816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.226,110.098;QD=57.7088;RBI=0.0387966,0.0224708;REFB=0,0;REVB=0.0295334,0.0181984;RO=0;SAF=17,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00278565,-0.122404;OID=.,.;OPOS=56477710,56477710;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:15,0:17,2:0:0:15,0:17,2:0:0 chr19 56487603 . A G 899.4 PASS AF=0.5625;AO=73;DP=160;FAO=90;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0344047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7861;QD=22.4849;RBI=0.0697066;REFB=-0.0610708;REVB=0.0606245;RO=68;SAF=41;SAR=32;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802454;STB=0.518746;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0492189;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:68:70:73:90:0.5625:32:41:32:36:45:45:32:38 chr19 56499279 . G C 157.54 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.123519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.395;QD=11.2528;RBI=0.124127;REFB=-0.00772499;REVB=-0.0122785;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345204;STB=0.617543;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.012851;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:32:36:20:20:0.357143:13:7:3:29:13:7:7:29 chr19 56511082 . C G 868.81 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.407;QD=57.9205;RBI=0.0119237;REFB=0;REVB=0.0118187;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45098e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:29:31:0:0 chr19 56515334 . C T 345.03 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0012787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.403;QD=11.1299;RBI=0.0189494;REFB=-0.0100555;REVB=-0.0189062;RO=77;SAF=25;SAR=18;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11354;STB=0.57349;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.013749;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:81:43:43:0.346774:18:25:37:40:18:25:38:43 chr19 56538976 . G C 103.93 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0281844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1015;QD=10.1393;RBI=0.0311389;REFB=-0.00893;REVB=0.0132391;RO=28;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527351;STB=0.831718;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0160963;OID=.;OPOS=56538976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:12:1:11:17:12:1:11:17 chr19 56539240 . C T 1546.66 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122815;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.276;QD=58.9205;RBI=0.0144273;REFB=0;REVB=0.00757048;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50781e-05;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:102:105:1:62:40:0:0:64:41:0:0 chr19 56552456 . G T 104.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00390083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3618;QD=10.7338;RBI=0.0583896;REFB=0.00993768;REVB=0.0582592;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933857;STB=0.529366;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0225028;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:14:13:0.333333:4:10:16:9:4:9:17:9 chr19 56565164 . G A 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.419;QD=58.5769;RBI=0.0824897;REFB=0;REVB=0.008595;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519266;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr19 56569629 . C G 371.28 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.00303989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.067;QD=9.11126;RBI=0.0338157;REFB=-0.00408496;REVB=-0.0336788;RO=112;SAF=23;SAR=27;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13184;STB=0.57934;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0104066;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:112:113:50:50:0.306748:27:23:64:48:27:23:65:48 chr19 56572832 . G A 162.88 PASS AF=0.261364;AO=23;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00154048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.93;QD=7.40364;RBI=0.00447501;REFB=-0.00203575;REVB=0.0042015;RO=65;SAF=18;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395364;STB=0.741067;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00969518;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:65:23:23:0.261364:5:18:31:34:5:18:31:34 chr19 56572875 . G A 137.06 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0390224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.758;QD=5.65196;RBI=0.0398708;REFB=-0.00567161;REVB=-0.00818128;RO=76;SAF=15;SAR=6;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278273;STB=0.674675;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0273121;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:76:21:21:0.216495:6:15:38:38:6:15:38:38 chr19 56672193 . G A 343.63 PASS AF=0.659091;AO=22;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000233172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.723;QD=31.2386;RBI=0.0240193;REFB=-0.00396924;REVB=0.0240181;RO=9;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105832;STB=0.563937;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000957054;OID=.;OPOS=56672193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:9:15:22:29:0.659091:8:14:4:5:12:17:6:9 chr19 56688570 . G A 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00375326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3321;QD=22.9077;RBI=0.0277539;REFB=-0.00431265;REVB=0.027499;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277471;STB=0.645017;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0040947;OID=.;OPOS=56688570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:6:15:6:10:6:15:7:10 chr19 56693620 . C G 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0220717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7236;QD=6.78158;RBI=0.0234053;REFB=-0.0127967;REVB=-0.00778771;RO=47;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906028;STB=0.555487;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0210425;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:8:8:27:20:8:8:27:20 chr19 56702323 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.00839783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.431;QD=14.9204;RBI=0.00840482;REFB=0.00287671;REVB=0.000342662;RO=36;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806954;STB=0.550528;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00400513;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:20:8:8:28:20:8:8:29 chr19 56717353 . A G 370.14 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0211335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.569;QD=30.2158;RBI=0.0447679;REFB=-0.0313758;REVB=0.0394657;RO=17;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239128;STB=0.636153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0171985;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:17:18:31:31:0.632653:12:19:16:1:12:19:17:1 chr19 56718585 . A G 1511.86 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0114891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0447;QD=56.5182;RBI=0.0253977;REFB=-0.0982369;REVB=-0.0226505;RO=3;SAF=36;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187049;STB=0.509864;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00524165;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:3:3:104:104:0.971963:68:36:2:1:68:36:2:1 chr19 56719405 . A C 97.75 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000795455;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.062;QD=21.723;RBI=0.040076;REFB=-0.0805226;REVB=0.0400681;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089159;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0415909;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:7:7:10:11:0.611111:2:8:5:2:3:8:5:2 chr19 56719822 . G T 500.61 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234059;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.942;QD=57.2124;RBI=0.0519466;REFB=-0.0291506;REVB=0.0463747;RO=1;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257802;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:35:1:0:34:35:1:7:27:0:1:8:27:0:0 chr19 56719853 . C A 635.8 PASS AF=1;AO=27;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.4437;QD=57.8002;RBI=0.0865246;REFB=0;REVB=-0.0856898;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147899;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:27:44:1:12:15:0:0:16:28:0:0 chr19 56733425 . C A 1439.24 PASS AF=0.655914;AO=122;DP=186;FAO=122;FDP=186;FR=.;FRO=64;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.011793;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.199;QD=30.9515;RBI=0.0282635;REFB=-0.0153556;REVB=-0.0256856;RO=64;SAF=61;SAR=61;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199869;STB=0.510751;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0085616;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:64:64:122:122:0.655914:61:61:30:34:61:61:30:34 chr19 56827938 . C A 714.13 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0722165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1379;QD=32.0955;RBI=0.0930795;REFB=-0.0164459;REVB=-0.0587245;RO=29;SAF=35;SAR=25;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164301;STB=0.588755;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00631554;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:29:60:60:0.674157:25:35:9:20:25:35:9:20 chr19 56935527 . A G 433.91 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130469;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.162;QD=57.8545;RBI=0.0157944;REFB=0;REVB=0.00890182;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114096;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 56953272 . G A 765.49 PASS AF=0.657143;AO=69;DP=105;FAO=69;FDP=105;FR=.;FRO=36;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00958048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.883;QD=29.1614;RBI=0.011375;REFB=-0.00362727;REVB=0.00613235;RO=36;SAF=47;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693758;STB=0.537547;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00224554;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:36:36:69:69:0.657143:22:47:21:15:22:47:21:15 chr19 56953585 . T C 536.15 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0199754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.429;QD=54.9894;RBI=0.0249723;REFB=-0.0643566;REVB=0.0149866;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.523797;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000434596;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:17:20:1:0:17:20:2:0 chr19 56953863 . T C 2385.44 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7757;QD=63.6116;RBI=0.0492874;REFB=0;REVB=0.0420466;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178051;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:145:150:1:71:74:0:0:74:76:0:0 chr19 57036653 . G A 265.38 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00115612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3641;QD=27.2187;RBI=0.00444262;REFB=-0.0108254;REVB=0.00428956;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127923;STB=0.570756;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.012608;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:6:9:10:14:6:9 chr19 57036678 . G A 248.59 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00171518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.22;QD=25.4969;RBI=0.0282299;REFB=0.00260594;REVB=-0.0281778;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621324;STB=0.534491;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00238281;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:9:7:12:11:9:7 chr19 57058998 . C G 577.8 PASS AF=0.704225;AO=50;DP=71;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0721142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.634;QD=32.5522;RBI=0.0732775;REFB=-0.0129075;REVB=-0.0130051;RO=21;SAF=16;SAR=34;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944199;STB=0.551101;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00272293;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:21:50:50:0.704225:34:16:10:11:34:16:10:11 chr19 57062047 . C T 1055.63 PASS AF=0.684615;AO=87;DP=127;FAO=89;FDP=130;FR=.;FRO=41;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0116168;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1293;QD=32.481;RBI=0.02044;REFB=-0.0253208;REVB=-0.016818;RO=40;SAF=56;SAR=31;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363858;STB=0.514661;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0109851;OID=.;OPOS=57062047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:40:41:87:89:0.684615:31:56:28:12:32:57:28:13 chr19 57062073 . T C 1637.97 PASS AF=0.973913;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00560142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.995;QD=56.9727;RBI=0.00963621;REFB=-0.219383;REVB=-0.00784096;RO=2;SAF=75;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067159;STB=0.509802;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000973384;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:2:3:111:112:0.973913:36:75:1:1:37:75:3:0 chr19 57065189 . T C 281.53 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=114;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0100908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1189;QD=9.87806;RBI=0.0170709;REFB=-0.00275998;REVB=-0.0137692;RO=76;SAF=15;SAR=22;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498261;STB=0.525072;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00655895;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:76:77:37:37:0.324561:22:15:34:42:22:15:34:43 chr19 57088850 . T C 631.27 PASS AF=0.683544;AO=53;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00420935;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.405;QD=31.9629;RBI=0.0113174;REFB=0.00692114;REVB=0.0105055;RO=24;SAF=36;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137965;STB=0.576547;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00425635;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:25:53:54:0.683544:17:36:11:13:18:36:11:14 chr19 57089050 . C T 653.73 PASS AF=0.674699;AO=56;DP=83;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0189282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9806;QD=31.5048;RBI=0.0266112;REFB=-0.0102641;REVB=0.0187052;RO=27;SAF=32;SAR=24;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164695;STB=0.589009;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00621318;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:27:27:56:56:0.674699:24:32:8:19:24:32:8:19 chr19 57135023 . T C 519.87 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00829465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.716;QD=31.507;RBI=0.00942814;REFB=-0.031664;REVB=0.00448202;RO=20;SAF=22;SAR=24;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121845;STB=0.506593;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0122585;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:20:46:46:0.69697:24:22:10:10:24:22:10:10 chr19 57135195 . G A 383.31 PASS AF=0.295455;AO=52;DP=176;FAO=52;FDP=176;FR=.;FRO=124;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.0203049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.199;QD=8.71152;RBI=0.0206163;REFB=0.00189775;REVB=0.00356978;RO=124;SAF=32;SAR=20;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21579;STB=0.626039;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00588358;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:124:124:52:52:0.295455:20:32:54:70:20:32:54:70 chr19 57175484 . A G 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.023416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0189;QD=28.6792;RBI=0.13842;REFB=-0.0716821;REVB=-0.136425;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12691;STB=0.571279;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0102977;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:6:3:0:2:6:3:0:2 chr19 57176198 . T G 857.22 PASS AF=0.590909;AO=77;DP=131;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0151025;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.543;QD=25.9765;RBI=0.0178325;REFB=-0.0108993;REVB=0.00948229;RO=54;SAF=50;SAR=27;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464633;STB=0.527208;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00737928;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:54:54:77:78:0.590909:27:50:32:22:27:51:32:22 chr19 57176304 . T G 550.42 PASS AF=0.653846;AO=46;DP=79;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00968012;FXX=0.0602337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.747;QD=28.2264;RBI=0.00973295;REFB=-0.0671984;REVB=0.00101272;RO=23;SAF=20;SAR=26;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270495;STB=0.505521;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0311618;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:23:27:46:51:0.653846:26:20:11:12:31:20:11:16 chr19 57176482 . C T 1043.22 PASS AF=0.631579;AO=78;DP=152;FAO=96;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0712676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4899;QD=27.4532;RBI=0.0745755;REFB=-0.019676;REVB=0.0219644;RO=56;SAF=41;SAR=37;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215314;STB=0.507265;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0138773;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:56:56:78:96:0.631579:37:41:31:25:41:55:31:25 chr19 57176820 . C A 736.61 PASS AF=0.623853;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=109;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0572101;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.567;QD=27.0314;RBI=0.0580394;REFB=-0.0137238;REVB=0.00977635;RO=40;SAF=26;SAR=42;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11749;STB=0.568802;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00795256;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:40:41:68:68:0.623853:42:26:22:18:42:26:23:18 chr19 57176838 . C G 627.03 PASS AF=0.608696;AO=55;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0720931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.985;QD=27.2623;RBI=0.0723056;REFB=0.00510356;REVB=-0.0055384;RO=35;SAF=18;SAR=37;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1431;STB=0.578096;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00244177;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:36:55:56:0.608696:37:18:18:17:37:19:19:17 chr19 57293394 . A G 269.65 PASS AF=0.289062;AO=37;DP=128;FAO=37;FDP=128;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0391403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1363;QD=8.42661;RBI=0.0447394;REFB=0.0099949;REVB=0.0216713;RO=90;SAF=19;SAR=18;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373025;STB=0.525589;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0305893;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:90:91:37:37:0.289062:18:19:49:41:18:19:50:41 chr19 57330037 . C T 826.55 PASS AF=0.530612;AO=76;DP=148;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0115461;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4531;QD=22.4911;RBI=0.0321516;REFB=-0.00189966;REVB=-0.0300069;RO=69;SAF=41;SAR=35;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406209;STB=0.5276;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00162234;OID=.;OPOS=57330037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:69:69:76:78:0.530612:35:41:34:35:35:43:34:35 chr19 57335022 . G A 283.48 PASS AF=0.270833;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=144;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.00197196;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.877;QD=7.87457;RBI=0.0422423;REFB=-0.0148973;REVB=0.0421962;RO=104;SAF=25;SAR=14;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583985;STB=0.531898;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0383543;OID=.;OPOS=57335022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:104:105:39:39:0.270833:14:25:62:42:14:25:63:42 chr19 57433619 . C T 1025.43 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.508;QD=59.4454;RBI=0.00508974;REFB=0;REVB=-0.00143592;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10189e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr19 57641146 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.556;QD=62.3508;RBI=0.0490397;REFB=0;REVB=0.0366816;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222666;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:17:26:0:0 chr19 57641799 . G A 193.36 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00412778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.105;QD=32.2259;RBI=0.0417689;REFB=0.0103312;REVB=0.0415644;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192068;STB=0.609247;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00405311;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:12:5:4:2:13:5:4:2 chr19 57642782 . C A,G 650.66 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=39,3;DP=42;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517548,-0.0518917;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.7616,30.1178;QD=60.5268;RBI=0.024775,0.0810894;REFB=0,0;REVB=0.0242284,-0.0623116;RO=0;SAF=23,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00185264,0.170156;OID=.,.;OPOS=57642782,57642782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:42:43:0:0:39,3:40,3:0.930233,0.0697674:16,1:23,2:0:0:17,1:23,2:0:0 chr19 57643051 . G A 1096.54 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0264319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6668;QD=56.2327;RBI=0.027507;REFB=0.0220223;REVB=0.00761504;RO=3;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358953;STB=0.518982;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000319546;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:38:37:0:3:38:37:0:3 chr19 57643099 . G A 424.58 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0307831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3238;QD=29.7948;RBI=0.030915;REFB=-0.00658773;REVB=0.00285251;RO=18;SAF=20;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719365;STB=0.539064;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00185593;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:19:20:7:11:19:20:7:11 chr19 57647015 . A G 405.33 PASS AF=0.703704;AO=35;DP=53;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00717403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.411;QD=30.0241;RBI=0.0743838;REFB=-0.0542808;REVB=0.074037;RO=16;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640033;STB=0.537018;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0194841;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:16:16:35:38:0.703704:18:17:6:10:19:19:6:10 chr19 57647236 . T C 963.52 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0296235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.533;QD=53.5289;RBI=0.0329975;REFB=-0.134472;REVB=0.0145355;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126038;STB=0.516415;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00149572;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:72:1:4:68:68:0.944444:31:37:1:0:31:37:1:3 chr19 57649901 . G A 714.51 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00525255;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.118;QD=31.7558;RBI=0.012768;REFB=-0.0419295;REVB=0.0116376;RO=28;SAF=33;SAR=27;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849291;STB=0.505616;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0175103;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:28:30:60:60:0.666667:27:33:15:13:27:33:17:13 chr19 57649940 . A T 572.69 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0232851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.897;QD=28.6347;RBI=0.0243904;REFB=-0.0041947;REVB=0.00725904;RO=29;SAF=25;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018036;STB=0.5098;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00184898;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:26:25:15:14:26:25:15:14 chr19 57649962 . C T 211.81 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0209314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.528;QD=12.6452;RBI=0.0265154;REFB=-0.00930668;REVB=0.0162771;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301062;STB=0.518381;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0120334;OID=.;OPOS=57649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:40:25:27:0.402985:12:13:23:19:12:15:21:19 chr19 57742472 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4125;QD=58.9612;RBI=0.0682285;REFB=0;REVB=0.056275;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618116;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:26:39:0:0:27:39:0:0 chr19 57742489 . C T 808.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.186;QD=56.7282;RBI=0.0358194;REFB=0;REVB=0.0356692;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131913;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:21:32:0:0:21:36:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 422.42 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277054;FXX=0.121921;HRUN=2;LEN=14;MLLD=366.601;QD=46.9357;RBI=0.0120993;REFB=0;REVB=0.0117778;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.07796e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:40:36:36:0:22:14:0:0:8:0:21:13:0:0 chr19 57773447 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.757;QD=45.8068;RBI=0.0247161;REFB=0;REVB=0.00267652;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162953;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 57802806 . C T 374.27 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00216227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3895;QD=31.8528;RBI=0.0194663;REFB=0.0298428;REVB=0.0193458;RO=16;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790972;STB=0.54335;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0117668;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:21:10:7:9:21:10:7:9 chr19 57802824 . G A 351.12 PASS AF=0.641509;AO=30;DP=49;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0093038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.817;QD=26.4998;RBI=0.0098997;REFB=-0.0159897;REVB=0.0033828;RO=19;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407167;STB=0.514577;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00884322;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:19:19:30:34:0.641509:19:11:8:11:21:13:8:11 chr19 57832214 . G T 273.65 PASS AF=0.766667;AO=18;DP=31;FAO=23;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.220159;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7329;QD=36.4868;RBI=0.23744;REFB=-0.0599979;REVB=0.0889256;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210188;STB=0.511618;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0313915;OID=.;OPOS=57832214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:31:30:7:7:18:23:0.766667:11:7:3:4:12:11:3:4 chr19 57832257 . T C 390.06 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00762648;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.548;QD=29.4384;RBI=0.0103814;REFB=-0.0207862;REVB=0.00704346;RO=17;SAF=14;SAR=22;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136542;STB=0.573993;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0124455;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:17:17:36:36:0.679245:22:14:3:14:22:14:3:14 chr19 57839150 . A G 214.98 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0362084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.622;QD=25.2918;RBI=0.0505395;REFB=-0.03951;REVB=-0.035259;RO=12;SAF=15;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30814;STB=0.664368;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0349996;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:12:13:20:21:0.617647:5:15:4:8:5:16:5:8 chr19 57839567 . T A 376.63 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.022702;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4566;QD=15.8582;RBI=0.0573303;REFB=-0.0285959;REVB=-0.0526439;RO=55;SAF=25;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103661;STB=0.558553;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0320193;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:55:40:40:0.421053:15:25:29:26:15:25:29:26 chr19 57868336 . A G 651.42 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0201172;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.967;QD=57.9042;RBI=0.0201367;REFB=-0.134852;REVB=0.00088618;RO=2;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113745;STB=0.506061;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0014793;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:27:16:1:1:27:16:1:1 chr19 57909872 . G A 1520.34 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118882;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.655;QD=59.6213;RBI=0.0182463;REFB=0;REVB=-0.0182076;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11202e-05;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:65:37:0:0:65:37:0:0 chr19 57931553 . C T 489.32 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0137354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.313;QD=27.567;RBI=0.0281385;REFB=0.000316195;REVB=0.0245584;RO=26;SAF=23;SAR=22;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110742;STB=0.560248;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-2.48604e-05;OID=.;OPOS=57931553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:22:23:9:17:22:23:9:17 chr19 57946924 . G C 689.85 PASS AF=0.648352;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00176996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.157;QD=30.3231;RBI=0.00677379;REFB=-0.0648647;REVB=0.00653846;RO=31;SAF=26;SAR=33;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347369;STB=0.523548;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0331857;OID=.;OPOS=57946924;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:31:32:59:59:0.648352:33:26:12:19:33:26:12:20 chr19 57956828 . T G 770.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187373;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3462;QD=57.1011;RBI=0.109371;REFB=0;REVB=0.107754;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110869;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 57967049 . G T 1555.83 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2059;QD=59.8398;RBI=0.0128325;REFB=0;REVB=0.00502674;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73724e-05;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr19 57967133 . G A 1244.53 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.045253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1392;QD=57.8852;RBI=0.045582;REFB=0.0016788;REVB=-0.00546654;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015616;STB=0.508251;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=9.35986e-05;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:47:36:2:1:47:36:2:1 chr19 57984426 . C A 1460.04 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.382;QD=62.7973;RBI=0.0282263;REFB=0;REVB=-0.00284241;RO=0;SAF=29;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77121e-05;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:63:29:0:0:64:29:0:0 chr19 57984918 . A G 1504.95 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219591;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.187;QD=61.4267;RBI=0.0249232;REFB=0.00684636;REVB=0.0117883;RO=2;SAF=44;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00162325;STB=0.500856;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=2.63445e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:52:44:1:1:52:44:1:1 chr19 57985460 . T A 1521.34 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.009001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9338;QD=58.513;RBI=0.039485;REFB=0.00261489;REVB=-0.0384454;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000386573;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:102:103:0.990385:46:56:0:0:46:57:1:0 chr19 57985566 . G C 2065.47 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.82;QD=62.5899;RBI=0.029729;REFB=0;REVB=0.0288113;RO=0;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43412e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:54:76:0:0:56:76:0:0 chr19 57987905 . G A 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.539;QD=61.2606;RBI=0.0462044;REFB=0;REVB=0.0421269;RO=0;SAF=75;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12996e-05;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:44:75:0:0:44:75:0:0 chr19 57988666 . A AGCC 402.43 PASS AF=0.733333;AO=28;DP=56;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.020052;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=3;MLLD=180.789;QD=35.772;RBI=0.0223481;REFB=-0.0937351;REVB=0.00986687;RO=27;SAF=7;SAR=21;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459825;STB=0.656621;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0312092;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:28:56:33:45:12:11:22:11:1:91:27:7:21:21:6 chr19 58001512 . T A 1314.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116183;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.308;QD=61.8427;RBI=0.0305777;REFB=0;REVB=0.0305556;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119236;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:35:48:0:0:37:48:0:0 chr19 58003141 . A G 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.088244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3781;QD=40.591;RBI=0.0994487;REFB=-0.0937492;REVB=-0.0458589;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567123;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0191243;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:1:1:8:9:1:1 chr19 58003488 . A G 1722.23 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247976;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3078;QD=60.964;RBI=0.0572528;REFB=0;REVB=0.0516039;RO=0;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213849;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:113:0:0:113:113:1:67:46:0:0:67:46:0:0 chr19 58003580 . A G 3018.55 PASS AF=0.99;AO=196;DP=200;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224201;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.295;QD=60.3711;RBI=0.0242263;REFB=-0.00699831;REVB=0.00917885;RO=0;SAF=67;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89628e-08;STB=0.501734;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=9.66228e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:200:200:0:2:196:198:0.99:129:67:0:0:130:68:1:1 chr19 58003613 . C T 2946.13 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9002;QD=62.3519;RBI=0.0826876;REFB=0;REVB=0.0339373;RO=1;SAF=44;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478952;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:180:189:1:0:177:189:1:133:44:1:0:135:54:0:0 chr19 58004346 . G C 1140.48 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9281;QD=59.2455;RBI=0.0177383;REFB=-0.130592;REVB=0.0119919;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108787;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000499187;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:1:76:76:0.987013:33:43:1:0:33:43:1:0 chr19 58004931 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0356;QD=45.8064;RBI=0.0264928;REFB=0;REVB=0.00481445;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750319;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 58011421 . G T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0484266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.695;QD=15.2927;RBI=0.0484645;REFB=-0.0331071;REVB=0.00191459;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0255926;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:4:5:6:3:4:5 chr19 58038964 . T A 2201.89 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3811;QD=62.9112;RBI=0.0894942;REFB=0;REVB=0.0887498;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446513;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:140:0:0:131:140:1:63:68:0:0:72:68:0:0 chr19 58058536 . A G 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2934;QD=60.347;RBI=0.0706045;REFB=0;REVB=-0.0637895;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496199;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:50:60:0:0:50:60:0:0 chr19 58058739 . T C 938.09 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210451;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3697;QD=57.7286;RBI=0.0302403;REFB=0;REVB=-0.0217159;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453367;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:27:38:0:0 chr19 58117223 . T A 291.65 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00714767;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.227;QD=32.4059;RBI=0.016129;REFB=-0.0023615;REVB=0.0144587;RO=12;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609451;STB=0.547634;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00110906;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:12:11:25:25:0.694444:12:13:5:7:12:13:4:7 chr19 58200099 . T C 701.23 PASS AF=0.981481;AO=46;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00861688;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=82.3536;QD=51.9428;RBI=0.0525895;REFB=-0.0392823;REVB=0.0518787;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00298747;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:46:53:0.981481:20:26:1:0:21:32:1:0 chr19 58200628 . G T 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8081;QD=58.4196;RBI=0.0705951;REFB=-0.111602;REVB=-0.0555513;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.509088;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000870863;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:45:27:0:0:45:27:1:0 chr19 58201360 . C T 545.63 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00499746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.526;QD=57.4346;RBI=0.0397688;REFB=-0.0917084;REVB=0.0394536;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000452535;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:15:22:0:0:15:22:1:0 chr19 58201465 . A AAT,AT,T 292.2 PASS AF=0.217391,0.695652,0.0869565;AO=7,8,13;DP=35;FAO=5,16,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11,1;FSAR=2,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212859,-0.00638456,-0.0129283;FXX=0.11534;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=138.217,139.796,134.338;QD=50.8169;RBI=0.00607599,0.00706558,0.0129441;REFB=0,0,0;REVB=-0.00569094,-0.00302652,0.000640203;RO=4;SAF=4,5,12;SAR=3,3,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.290716,-0.251651,-0.129614;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0296983,-0.00823254,-0.0092948;OID=.,.,.;OPOS=58201466,58201466,58201465;OREF=-,-,A;OALT=AT,T,T;OMAPALT=AAT,AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:35:23:4:0:7,8,13:5,16,2:0.217391,0.695652,0.0869565:3,3,1:4,5,12:4:0:2,5,1:3,11,1:0:0 chr19 58201740 . TACACACAC T 126.21 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0416668;FXX=0.121921;HRUN=1;LEN=8;MLLD=159.032;QD=14.023;RBI=0.0416843;REFB=-0.0294067;REVB=-0.00120694;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.591404;STBP=0.528;TYPE=del;VARB=0.0702528;OID=.;OPOS=58201741;OREF=ACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:14:17:14:36:22:12:2:17:5:99:0:12:2:0:0 chr19 58201817 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3462;QD=30.7901;RBI=0.0895052;REFB=-0.0265187;REVB=0.0813519;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00684613;OID=.;OPOS=58201817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr19 58201827 . G A 34.27 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0420582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.897;QD=19.5823;RBI=0.0466404;REFB=-0.0959876;REVB=-0.0201603;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0355639;OID=.;OPOS=58201827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:6:7:1:2:5:5:0.714286:2:3:1:0:2:3:1:1 chr19 58202016 . ATTCAT A 239.36 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206158;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=343.08;QD=45.5929;RBI=0.0387359;REFB=0;REVB=0.0327942;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.58689e-05;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:21:21:0:12:9:0:0:4:0:11:9:0:0 chr19 58352522 . G A 1413.88 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0403505;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.415;QD=60.8121;RBI=0.0455208;REFB=-0.0992944;REVB=0.0210708;RO=2;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182246;STB=0.509613;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00644272;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:93:2:2:91:91:0.978495:51:40:0:2:51:40:0:2 chr19 58352806 . T C 711.67 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.322;QD=54.7436;RBI=0.0403908;REFB=-0.100808;REVB=0.0287231;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00050474;OID=.;OPOS=58352806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:0:1:50:51:0.980769:22:28:0:0:23:28:1:0 chr19 58385748 . G A 56.04 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0134773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.039;QD=12.453;RBI=0.0776952;REFB=-0.0929136;REVB=-0.0765174;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.104919;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr19 58600048 . C T 450.85 PASS AF=1;AO=11;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159554;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.778;QD=58.1742;RBI=0.0440374;REFB=0;REVB=0.0410453;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221101;OID=.;OPOS=58600048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:11:31:1:6:5:0:0:26:5:0:0 chr19 58718332 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0215963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.968;QD=11.3237;RBI=0.022116;REFB=-0.0149448;REVB=0.00476615;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160009;STB=0.593137;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0223573;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:15:8:20:21:15:8:20:21 chr19 58718360 . A AG 456.54 PASS AF=1;AO=37;DP=47;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688093;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8419;QD=44.5404;RBI=0.104488;REFB=0;REVB=-0.078632;RO=9;SAF=15;SAR=22;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000497729;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:47:41:41:0:17:24:0:0:9:9:15:22:6:3 chr19 58772495 . C T 433.37 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0100565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.919;QD=20.6368;RBI=0.0234696;REFB=-0.0277969;REVB=-0.0212058;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888946;STB=0.553558;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.025024;OID=.;OPOS=58772495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:41:43:43:0.511905:26:17:12:28:26:17:12:29 chr19 58774071 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.47;QD=62.0218;RBI=0.0372232;REFB=0;REVB=-0.0277053;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71528e-06;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr19 58790675 . T C,G 633.15 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=38,4;DP=42;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547873,0.00239281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.699,129.38;QD=60.3004;RBI=0.0138824,0.00364454;REFB=0,0;REVB=-0.0127556,-0.00274902;RO=0;SAF=16,3;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00407011,0.0415136;OID=.,.;OPOS=58790675,58790675;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:42:42:0:0:38,4:38,4:0.904762,0.0952381:22,1:16,3:0:0:22,1:16,3:0:0 chr19 58790713 . G C 242.05 PASS AF=0.807692;AO=22;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00607248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0564;QD=37.2376;RBI=0.0192091;REFB=-0.0449973;REVB=-0.018224;RO=4;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141568;STB=0.553455;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.043903;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:4:5:22:21:0.807692:11:11:0:4:11:10:1:4 chr19 58806083 . T C 1164.65 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.92;QD=60.5015;RBI=0.0587701;REFB=0;REVB=-0.0469926;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232815;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:23:53:0:0:23:54:0:0 chr19 58850341 . G C 62.55 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0566907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.4848;QD=8.07125;RBI=0.0845999;REFB=-0.0255548;REVB=0.0627958;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428515;STB=0.512168;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0513947;OID=.;OPOS=58850341;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:31:20:22:9:9:0.290323:3:6:14:6:3:6:15:7 chr19 58851130 . C CT 210.69 PASS AF=0.330827;AO=42;DP=136;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.0401668;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3588;QD=6.33649;RBI=0.0405012;REFB=0.0048744;REVB=0.00519375;RO=92;SAF=28;SAR=14;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11436;STB=0.536886;STBP=0.57;TYPE=ins;VARB=-0.00910151;OID=.;OPOS=58851131;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330827:42:136:44:133:89:28:16:52:37:99:92:28:14:53:39 chr19 58864479 . T C 509.21 PASS AF=0.635135;AO=46;DP=72;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0337484;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.656;QD=27.5249;RBI=0.0376919;REFB=-0.0476999;REVB=-0.0167847;RO=26;SAF=21;SAR=25;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289793;STB=0.518425;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0169688;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:26:27:46:47:0.635135:25:21:13:13:25:22:14:13 chr19 58870087 . TG T 546.14 PASS AF=0.733333;AO=64;DP=91;FAO=66;FDP=90;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00421108;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4405;QD=24.2728;RBI=0.00995007;REFB=-0.0347075;REVB=0.00901503;RO=23;SAF=33;SAR=31;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0.0611224;STB=0.526237;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.0190657;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:64:91:66:90:24:34:32:10:14:77:23:33:31:9:14 chr19 58879965 . A G 98.24 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00881191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.906;QD=18.7122;RBI=0.0125998;REFB=-0.00867058;REVB=0.00900589;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0269566;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:21:8:8:8:12:0.571429:3:5:5:3:7:5:5:3 chr19 58879976 . C T 151.18 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0360558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.626;QD=23.2581;RBI=0.0477026;REFB=-0.0289522;REVB=0.0312332;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944299;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0245104;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:26:10:10:15:16:0.615385:8:7:6:4:9:7:6:4 chr19 58898193 . C T 222.45 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0109853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.255;QD=25.4224;RBI=0.106091;REFB=-0.00763631;REVB=0.105521;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103053;STB=0.557322;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00794922;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:6:8:9:12:6:8 chr19 58928302 . T C 817.96 PASS AF=0.793103;AO=45;DP=87;FAO=69;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00703394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.267;QD=37.6072;RBI=0.112805;REFB=-0.157414;REVB=0.112585;RO=17;SAF=35;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260924;STB=0.515995;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0438339;OID=.;OPOS=58928302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:87:87:17:18:45:69:0.793103:10:35:6:11:33:36:8:10 chr19 58928786 . A G 657.64 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0247864;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.164;QD=27.9848;RBI=0.0273096;REFB=-0.029274;REVB=0.011465;RO=36;SAF=29;SAR=29;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117527;STB=0.563808;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0236138;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:36:36:58:58:0.617021:29:29:12:24:29:29:12:24 chr19 58929052 . G A 337.48 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0433706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3808;QD=28.7215;RBI=0.0532532;REFB=-0.0331812;REVB=-0.0309013;RO=18;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.506603;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0505105;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:15:14:9:9:15:14:9:9 chr19 58929136 . G A 214.61 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.131877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3879;QD=30.658;RBI=0.13344;REFB=-0.022722;REVB=0.0203648;RO=8;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108862;STB=0.564449;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0140602;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:8:8:19:20:0.714286:6:13:4:4:6:14:4:4 chr19 58945961 . AC A,AA,AT 337.48 PASS AF=0,0.04,0.96;AO=9,2,14;DP=25;FAO=0,1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=0,1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019384,0.00728028,0.00192795;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=123.733,107.435,133.24;QD=53.9974;RBI=0.0244431,0.017391,0.243894;REFB=0,0,0;REVB=-0.0243661,-0.0157938,0.243886;RO=0;SAF=0,0,12;SAR=9,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0113768,-0.1092,0.00391389;OID=.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.04,0.96:9,2,14:25:0,1,24:25:0:0,0,12:0,1,12:0:0:4:0:0,0,12:9,2,2:0:0 chr19 58946056 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0268418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.936;QD=18.767;RBI=0.027015;REFB=0.00322184;REVB=0.00305391;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00174462;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr19 58951123 . T C 858.27 PASS AF=0.626016;AO=76;DP=124;FAO=77;FDP=123;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00100104;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.76;QD=27.9111;RBI=0.0140287;REFB=-0.0196724;REVB=0.013993;RO=43;SAF=33;SAR=43;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986254;STB=0.551388;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0121082;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:43:46:76:77:0.626016:43:33:25:18:44:33:26:20 chr19 58966644 . A T 569.59 PASS AF=0.554455;AO=55;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00658966;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.679;QD=22.5581;RBI=0.0156391;REFB=-0.00984602;REVB=-0.014183;RO=45;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497041;STB=0.522791;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00553429;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:55:56:0.554455:29:26:24:21:29:27:24:21 chr19 58967995 . C G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0020504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.444;QD=16.1648;RBI=0.0113451;REFB=-0.0203745;REVB=-0.0111582;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29851;STB=0.660921;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0190121;OID=.;OPOS=58967995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:12:21:13:27:12:21:14:27 chr19 58969179 . C A 410.2 PASS AF=0.6875;AO=31;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.018142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.746;QD=34.1833;RBI=0.0324186;REFB=-0.00486126;REVB=0.026867;RO=15;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502011;STB=0.517231;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00226864;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:15:15:31:33:0.6875:16:15:6:9:18:15:6:9 chr19 58982384 . A G 1617.06 PASS AF=1;AO=99;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.729;QD=59.3416;RBI=0.0656214;REFB=0;REVB=0.0397875;RO=0;SAF=31;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88596e-05;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:99:109:1:68:31:0:0:68:41:0:0 chr19 58989495 . A C 390.73 PASS AF=0.653061;AO=24;DP=50;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0538168;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.87;QD=31.8959;RBI=0.0598387;REFB=-0.00547714;REVB=0.0261614;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162678;STB=0.572474;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00387672;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:15:17:24:32:0.653061:12:12:4:11:14:18:6:11 chr19 58991900 . G A 1658.72 PASS AF=0.64574;AO=144;DP=224;FAO=144;FDP=223;FR=.;FRO=79;FSAF=88;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.00448332;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.551;QD=29.7528;RBI=0.00756146;REFB=-0.0419807;REVB=0.00608897;RO=77;SAF=88;SAR=56;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083782;STB=0.508152;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0168558;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:77:79:144:144:0.64574:56:88:48:29:56:88:50:29 chr19 59061357 . C T 85.63 PASS AF=0.230769;AO=13;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0439935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4092;QD=6.5872;RBI=0.0713433;REFB=-0.00693608;REVB=0.0561643;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146632;STB=0.564408;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.021824;OID=.;OPOS=59061357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:38:40:13:12:0.230769:6:7:20:18:5:7:20:20 chr19 59073613 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0469797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1261;QD=13.959;RBI=0.0762758;REFB=0.00614908;REVB=-0.0600908;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361846;STB=0.705463;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00720145;OID=.;OPOS=59073613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:0:7:5:2:0:7 chr19 59074429 . C T 198.3 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.023932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1059;QD=13.2197;RBI=0.0292206;REFB=-0.00782078;REVB=0.0167663;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880828;STB=0.550519;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00544215;OID=.;OPOS=59074429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:14:10:18:18:14:10:18:18 chr19 59074653 . T C 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0357348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.226;QD=6.14852;RBI=0.058715;REFB=-0.00871154;REVB=-0.0465884;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385767;STB=0.744218;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0375652;OID=.;OPOS=59074653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:7:3:22:13:7:3:22:13 chr19 59082368 . C T 582.75 PASS AF=0.288809;AO=80;DP=279;FAO=80;FDP=277;FR=.;FRO=197;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=122;FSRR=75;FWDB=-0.00147601;FXX=0.0071682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.209;QD=8.41515;RBI=0.0184703;REFB=-0.00768014;REVB=0.0184112;RO=187;SAF=36;SAR=44;SRF=116;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20344;STB=0.618697;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0221681;OID=.;OPOS=59082368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:277:187:197:80:80:0.288809:44:36:116:71:44:36:122:75 chr19 59082605 . C T 424.48 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0173787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.913;QD=22.0506;RBI=0.0244417;REFB=-0.012313;REVB=0.0171866;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166151;STB=0.590931;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00406948;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:16:26:28:7:16:26:28:7 chr20 76962 . T C 997.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.514;QD=57.842;RBI=0.13634;REFB=0;REVB=0.0138572;RO=0;SAF=56;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294757;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:69:0:0:64:69:1:8:56:0:0:8:61:0:0 chr20 126310 . ACC A 579.53 PASS AF=0.580882;AO=75;DP=139;FAO=79;FDP=136;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0465941;FXX=0.0215812;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.1502;QD=17.0449;RBI=0.102315;REFB=-0.0168609;REVB=0.0910894;RO=43;SAF=42;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953901;STB=0.54968;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.0143213;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580882:75:139:79:136:57:44:35:25:32:99:43:42:33:18:25 chr20 138178 . GC G 259.3 PASS AF=0.482759;AO=37;DP=85;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0685441;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0831;QD=11.9219;RBI=0.0817988;REFB=-0.0419493;REVB=-0.0446403;RO=43;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170316;STB=0.552377;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=0.0432354;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:37:85:42:87:45:22:20:19:26:99:43:17:20:19:24 chr20 139456 . G A 396.3 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0460089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4937;QD=25.9872;RBI=0.0703037;REFB=0.00400351;REVB=0.0531581;RO=23;SAF=21;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813575;STB=0.544488;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00226459;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:17:21:10:13:17:21:10:13 chr20 139576 . C A 624.7 PASS AF=0.626374;AO=41;DP=91;FAO=57;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0688619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0477;QD=27.4594;RBI=0.0688794;REFB=-0.0165895;REVB=0.00155445;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192528;STB=0.632933;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178584;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:34:34:41:57:0.626374:22:19:8:26:23:34:8:26 chr20 168728 . T A 263.89 PASS AF=0.270073;AO=37;DP=136;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.00237453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.948;QD=7.70478;RBI=0.0187133;REFB=-0.00311467;REVB=-0.018562;RO=99;SAF=22;SAR=15;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036407;STB=0.518478;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00883815;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:99:100:37:37:0.270073:15:22:56:43:15:22:57:43 chr20 210061 . G A 778.92 PASS AF=0.633929;AO=71;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00739791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4401;QD=27.8185;RBI=0.0447212;REFB=-0.0166787;REVB=-0.044105;RO=41;SAF=31;SAR=40;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844175;STB=0.545717;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0101396;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:41:41:71:71:0.633929:40:31:23:18:40:31:23:18 chr20 210306 . C G 81.08 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00276604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.186;QD=7.91048;RBI=0.00490059;REFB=-0.0160048;REVB=0.00404534;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233836;STB=0.64197;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0147491;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:22:8:5:6:22:8 chr20 238435 . CTGGTCT C 105.1 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=-0.00685638;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=300.129;QD=6.46737;RBI=0.0174302;REFB=-0.0131869;REVB=0.016025;RO=48;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19785;STB=0.645011;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.0372769;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246154:16:66:16:65:49:5:11:8:41:99:48:5:11:9:39 chr20 256727 . T A 235.11 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00704158;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.882;QD=13.8302;RBI=0.0095117;REFB=-0.0025131;REVB=0.00639442;RO=40;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102411;STB=0.549841;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0036329;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:27:28:0.411765:9:18:30:10:9:19:30:10 chr20 257733 . A G 149.63 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00758576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.968;QD=8.08826;RBI=0.00961732;REFB=-0.00756845;REVB=0.00591177;RO=51;SAF=15;SAR=6;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397545;STB=0.529925;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0158472;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:51:53:21:21:0.283784:6:15:35:16:6:15:36:17 chr20 259969 . G C 804.51 PASS AF=0.378906;AO=97;DP=255;FAO=97;FDP=256;FR=.;FRO=159;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=93;FWDB=-0.0195677;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4489;QD=12.5704;RBI=0.0223781;REFB=-0.0289823;REVB=0.0108574;RO=158;SAF=40;SAR=57;SRF=66;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605638;STB=0.508388;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0399817;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:158:159:97:97:0.378906:57:40:66:92:58:39:66:93 chr20 279483 . T C 94.14 PASS AF=0.227273;AO=13;DP=63;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0112244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.662;QD=5.70533;RBI=0.0160239;REFB=-0.00593071;REVB=-0.0114359;RO=46;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140382;STB=0.65541;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.025399;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:63:66:46:51:13:15:0.227273:9:4:19:27:11:4:23:28 chr20 368789 . CTG CGC,TCG 185.64 PASS AF=0.045045,0.234234;AO=5,21;DP=114;FAO=5,26;FDP=111;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=71;FSAF=3,19;FSAR=2,7;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=-0.0155261,-0.000462144;FXX=0.0263135;HRUN=1,6;LEN=2,2;MLLD=164.752,61.9325;QD=6.68988;RBI=0.0162698,0.00226728;REFB=-0.0133882,-0.0116052;REVB=-0.00486286,0.00221968;RO=52;SAF=2,17;SAR=3,4;SRF=9;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.318539,0.667571;STB=0.774749,0.80125;STBP=0.319,0;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.036725,0.16715;OID=.,.;OPOS=368790,368789;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:114:111:52:71:5,21:5,26:0.045045,0.234234:3,4:2,17:9:43:2,7:3,19:20:51 chr20 371972 . T C 2824.38 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103586;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2641;QD=62.764;RBI=0.0162015;REFB=0;REVB=-0.0124574;RO=0;SAF=110;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90363e-05;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:179:180:1:69:110:0:0:69:111:0:0 chr20 376857 . G A 696.79 PASS AF=0.662921;AO=57;DP=86;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00965847;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.681;QD=31.3166;RBI=0.0876193;REFB=-0.015614;REVB=0.0870853;RO=27;SAF=36;SAR=21;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124483;STB=0.508233;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00894182;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:27:30:57:59:0.662921:21:36:17:10:23:36:19:11 chr20 377226 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0115904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.399;QD=22.831;RBI=0.0176079;REFB=-0.019172;REVB=0.0132552;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00928437;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:4:6:10:5:4:6 chr20 418199 . T A 658.36 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00867396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.38;QD=24.6114;RBI=0.0117619;REFB=-0.0351051;REVB=-0.00794387;RO=44;SAF=28;SAR=35;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770824;STB=0.5042;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0285452;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:44:44:63:63:0.588785:35:28:20:24:35:28:20:24 chr20 428553 . T C 782.3 PASS AF=0.548148;AO=73;DP=134;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.0160934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9875;QD=23.1792;RBI=0.0249051;REFB=0.0176546;REVB=0.019007;RO=61;SAF=47;SAR=26;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564762;STB=0.534644;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.011719;OID=.;OPOS=428553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:61:61:73:74:0.548148:26:47:43:18:27:47:43:18 chr20 590542 . CG GC 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804684;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.55;QD=33.428;RBI=0.101974;REFB=0;REVB=-0.0626378;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000949623;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr20 628890 . T C 122.34 PASS AF=0.293103;AO=18;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.090173;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5244;QD=8.43708;RBI=0.0949512;REFB=-0.0122713;REVB=-0.0297416;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284699;STB=0.509922;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0309228;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:41:41:18:17:0.293103:7:11:26:15:6:11:26:15 chr20 741847 . A G 184.54 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00391036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.433;QD=12.1013;RBI=0.0474813;REFB=-0.0110651;REVB=-0.04732;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278814;STB=0.659029;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0213487;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:28:10:12:11:28:10 chr20 744308 . T C 92.19 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0138479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7572;QD=18.4383;RBI=0.0461896;REFB=-0.0163021;REVB=-0.0440649;RO=9;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234231;STB=0.637996;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0245242;OID=.;OPOS=744308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:1:10:7:2:1:10:7:2 chr20 744382 . G A 116.55 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0251404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.77;QD=21.1909;RBI=0.0353624;REFB=0.00270551;REVB=0.0248689;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522354;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000489279;OID=.;OPOS=744382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:12:13:0.590909:4:8:6:3:5:8:6:3 chr20 744415 . G A 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0208419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9954;QD=21.9531;RBI=0.0671685;REFB=-0.0222167;REVB=0.0638532;RO=25;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832644;STB=0.545812;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0105026;OID=.;OPOS=744415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:9:23:20:5:9:23:20:5 chr20 746098 . G A 248.27 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0629921;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3173;QD=18.3901;RBI=0.116167;REFB=-0.00575903;REVB=0.0976053;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106526;STB=0.536959;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00923773;OID=.;OPOS=746098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:25:27:0.5:14:11:15:12:14:13:15:12 chr20 825678 . T C 670.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7989;QD=62.3294;RBI=0.0127879;REFB=0;REVB=0.00966455;RO=0;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104441;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:9:34:0:0:9:34:0:0 chr20 826421 . G A 174.06 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0323347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.966;QD=7.91173;RBI=0.0326871;REFB=-0.00505559;REVB=0.0047865;RO=63;SAF=9;SAR=15;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16268;STB=0.603361;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0188091;OID=.;OPOS=826421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:64:24:24:0.272727:15:9:32:31:15:9:33:31 chr20 826492 . G C 610.86 PASS AF=0.670886;AO=53;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00225727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.753;QD=30.9294;RBI=0.0110493;REFB=0.033871;REVB=0.0108162;RO=26;SAF=22;SAR=31;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499082;STB=0.502702;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00684479;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:26:53:53:0.670886:31:22:11:15:31:22:11:15 chr20 826710 . C T 674.03 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1975;QD=59.9136;RBI=0.0840339;REFB=-0.103404;REVB=0.0805055;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0254706;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:1:0:27:17:1:0 chr20 853433 . GTTG GGTG,GT,GTG,GTGG 529.06 PASS AF=0,0,0.837209,0.162791;AO=5,10,14,12;DP=46;FAO=0,0,36,7;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22,6;FSAR=0,0,14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118671,-0.0525525,-0.107166,-0.0694477;FXX=0.0444346;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.34631,12.4836,17.84,15.3178;QD=49.2145;RBI=0.258561,0.27252,0.123212,0.20931;REFB=0.00334242,0.0139323,-0.0175896,-0.0470455;REVB=-0.229719,-0.267405,-0.0608009,0.197453;RO=0;SAF=0,5,12,11;SAR=5,5,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,3.23983e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,-0.000815022,-0.0169409,0.0526893;OID=.,.,.,.;OPOS=853434,853435,853434,853435;OREF=T,TG,T,T;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=GGTG,GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.837209,0.162791:5,10,14,12:46:0,0,36,7:43:0:0,0,22,6:0,0,14,1:0:0:22:0:0,5,12,11:5,5,2,1:0:0 chr20 853502 . G A 278.02 PASS AF=0.283582;AO=38;DP=134;FAO=38;FDP=134;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0253557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4228;QD=8.299;RBI=0.0275707;REFB=-0.0122737;REVB=0.0108274;RO=96;SAF=17;SAR=21;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134183;STB=0.507926;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0328869;OID=.;OPOS=853502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:96:96:38:38:0.283582:21:17:44:52:21:17:44:52 chr20 854940 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6078;QD=56.487;RBI=0.0498933;REFB=0.0228666;REVB=0.0179843;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0127472;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr20 860426 . G A 154.85 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0118395;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.715;QD=10.6789;RBI=0.0128047;REFB=-0.0116368;REVB=-0.00487729;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687385;STB=0.540107;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0199608;OID=.;OPOS=860426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:13:25:12:8:13:25 chr20 1099523 . T G 199.55 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00436934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.851;QD=9.5023;RBI=0.0174582;REFB=-0.0120628;REVB=-0.0169026;RO=58;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564999;STB=0.533307;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0293208;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:16:10:25:33:16:10:25:33 chr20 1115598 . C T 345.1 PASS AF=0.325581;AO=33;DP=128;FAO=42;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=63;FWDB=-0.0542979;FXX=0.0300729;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.11;QD=10.7006;RBI=0.0644253;REFB=-0.0335347;REVB=-0.0346751;RO=42;SAF=3;SAR=30;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369264;STB=0.502617;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0421334;OID=.;OPOS=1115598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:42:83:33:42:0.325581:30:3:12:30:32:10:20:63 chr20 1210647 . T C 87.67 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0193805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.364;QD=6.87639;RBI=0.0304038;REFB=-0.00543993;REVB=0.0234263;RO=39;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677391;STB=0.542784;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0109474;OID=.;OPOS=1210647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:4:8:24:15:4:8:24:15 chr20 1214814 . A C 101.39 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0703795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3513;QD=6.8738;RBI=0.0703831;REFB=-0.0200346;REVB=-0.000717094;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313362;STB=0.524443;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0383884;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:44:15:15:0.254237:6:9:25:15:6:9:25:19 chr20 1291076 . G C 1401.13 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.625;QD=61.588;RBI=0.086191;REFB=-0.0952341;REVB=0.0260822;RO=2;SAF=32;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159516;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:91:2:0:85:91:1:53:32:1:1:54:37:0:0 chr20 1293008 . C T 1481.8 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0287437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.041;QD=55.3944;RBI=0.0311097;REFB=0.0151355;REVB=0.0119001;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978283;STB=0.50812;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.000199211;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:1:4:103:103:0.962617:55:48:1:0:55:48:1:3 chr20 1298794 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5699;QD=59.6784;RBI=0.0337169;REFB=0;REVB=-0.0262912;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291639;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:29:41:0:0 chr20 1424303 . G A 232.7 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.000256803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.347;QD=10.4583;RBI=0.00157044;REFB=-0.00528282;REVB=-0.0015493;RO=60;SAF=19;SAR=10;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058719;STB=0.534128;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00871416;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:10:19:42:18:10:19:42:18 chr20 1426393 . C T 475.75 PASS AF=0.27459;AO=65;DP=242;FAO=67;FDP=244;FR=.;FRO=177;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=92;FSRR=85;FWDB=-0.0278219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.9;QD=7.79914;RBI=0.0324006;REFB=-0.00172615;REVB=-0.0166053;RO=177;SAF=31;SAR=34;SRF=92;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530058;STB=0.530553;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00449497;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:177:177:65:67:0.27459:34:31:92:85:35:32:92:85 chr20 1457910 . C A 468.04 PASS AF=0.349398;AO=58;DP=167;FAO=58;FDP=166;FR=.;FRO=108;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.0194199;FXX=0.0119041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.777;QD=11.2781;RBI=0.019795;REFB=-0.0112169;REVB=-0.00383536;RO=108;SAF=23;SAR=35;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04536;STB=0.525968;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0123803;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:108:108:58:58:0.349398:35:23:47:61:35:23:47:61 chr20 1459060 . T G 1200.91 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.96;QD=60.8058;RBI=0.0120058;REFB=0;REVB=0.00753998;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98646e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:43:36:0:0 chr20 1532595 . T C 2271.18 PASS AF=0.980645;AO=151;DP=156;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00211254;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.711;QD=58.6111;RBI=0.0155945;REFB=-0.0547618;REVB=0.0154508;RO=2;SAF=59;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102276;STB=0.507935;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000810756;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:155:2:3:151:152:0.980645:92:59:0:2:93:59:0:3 chr20 1546911 . C G 761.46 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00813232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.14;QD=60.9169;RBI=0.0610329;REFB=-0.104388;REVB=0.0604886;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00196325;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:1:1:46:49:0.98:24:22:0:1:27:22:0:1 chr20 1551485 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0068;QD=58.5987;RBI=0.0123308;REFB=0;REVB=-0.0121641;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128957;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr20 1552430 . T C 5366.13 PASS AF=0.991429;AO=339;DP=344;FAO=347;FDP=350;FR=.;FRO=3;FSAF=182;FSAR=165;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0198356;FXX=0.0140841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.802;QD=61.3272;RBI=0.0328037;REFB=-0.0742899;REVB=0.0261272;RO=2;SAF=179;SAR=160;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000314567;STB=0.501222;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000518444;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:344:350:2:3:339:347:0.991429:160:179:1:1:165:182:2:1 chr20 1559101 . T G 1444.26 PASS AF=0.373362;AO=171;DP=459;FAO=171;FDP=458;FR=.;FRO=287;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=143;FSRR=144;FWDB=-0.00503791;FXX=0.00434773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.083;QD=12.6136;RBI=0.00651146;REFB=-0.0140322;REVB=0.00412536;RO=287;SAF=74;SAR=97;SRF=142;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694979;STB=0.541337;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0257168;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:458:287:287:171:171:0.373362:97:74:142:145:97:74:143:144 chr20 1610894 . G A 324.07 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.698;QD=48.0105;RBI=0.0160085;REFB=-0.138963;REVB=-0.00144238;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.533307;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00118527;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:27:1:2:25:25:0.925926:11:14:1:0:11:14:2:0 chr20 1610939 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.022;QD=54.5177;RBI=0.00929922;REFB=0;REVB=0.00831162;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12776e-05;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr20 1615959 . T C 1732.51 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303276;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4733;QD=60.7897;RBI=0.0311975;REFB=0;REVB=0.00731568;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34934e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:54:59:0:0:55:59:0:0 chr20 1616137 . G A 3447.05 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427276;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1145;QD=62.109;RBI=0.0562425;REFB=-0.0167924;REVB=-0.0365728;RO=1;SAF=134;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118776;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:222:1:0:220:222:1:86:134:1:0:86:136:0:0 chr20 1616206 . A C,G 2203.92 PASS AF=0.0486111,0.951389;AO=6,129;DP=139;FAO=7,137;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=5,76;FSAR=2,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191811,0.007491;FXX=0.00689608;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.4056,122.94;QD=61.2201;RBI=0.0150191,0.014922;REFB=0,0;REVB=0.0148962,0.0129054;RO=0;SAF=5,74;SAR=1,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0732429,-0.00614539;OID=.,.;OPOS=1616206,1616206;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:139:144:0:0:6,129:7,137:0.0486111,0.951389:1,55:5,74:0:0:2,61:5,76:0:0 chr20 1616892 . A G 3392.46 PASS AF=1;AO=213;DP=221;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103908;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7868;QD=61.9628;RBI=0.027246;REFB=-0.0350286;REVB=-0.0251869;RO=1;SAF=110;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431147;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688728;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:219:1:0:213:219:1:103:110:1:0:108:111:0:0 chr20 1629906 . C T 914.18 PASS AF=0.353312;AO=111;DP=317;FAO=112;FDP=317;FR=.;FRO=205;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=99;FSRR=106;FWDB=-0.0123432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.63;QD=11.5354;RBI=0.0130963;REFB=-0.0116115;REVB=-0.00437695;RO=204;SAF=47;SAR=64;SRF=99;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712657;STB=0.535513;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0228583;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:204:205:111:112:0.353312:64:47:99:105:64:48:99:106 chr20 1959939 . G A 1851.63 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0014058;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.443;QD=59.7301;RBI=0.00191683;REFB=0.106205;REVB=0.00130306;RO=2;SAF=65;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100881;STB=0.500531;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00053067;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:124:2:2:122:122:0.983871:57:65:1:1:57:65:1:1 chr20 1961197 . CAA CA,CAG 70.24 PASS AF=0.28,0.16;AO=8,3;DP=27;FAO=7,4;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2,0;FSAR=5,4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0727775,-0.00506203;FXX=0.0740466;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.4165,196.839;QD=11.2391;RBI=0.0836235,0.0472694;REFB=-0.0421126,0.00630696;REVB=-0.0411863,-0.0469976;RO=11;SAF=2,0;SAR=6,3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.450024,-0.71899;STB=0.732681,0.997504;STBP=0.147,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.100817,0.0719057;OID=.,.;OPOS=1961198,1961199;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0.16:8,3:27:7,4:25:14:2,0:5,4:9:5:44:11:2,0:6,3:8:3 chr20 2082765 . C CA 62.26 PASS AF=0.7;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0773033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.72164;QD=12.4522;RBI=0.174993;REFB=-0.0979093;REVB=-0.156992;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.749985;STB=0.615242;STBP=0.245;TYPE=ins;VARB=0.0905648;OID=.;OPOS=2082766;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:2:20:14:20:6:10:4:6:0:12:18:0:2:16:2 chr20 2082767 . G A 133.42 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0325676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3868;QD=25.4123;RBI=0.0764814;REFB=-0.0151736;REVB=-0.0692008;RO=7;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659702;STB=0.536792;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00158541;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:3:11:6:1:3:11:6:1 chr20 2097688 . T C 631.07 PASS AF=0.654762;AO=49;DP=78;FAO=55;FDP=84;FR=.;FRO=29;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00485409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.501;QD=30.0507;RBI=0.0195481;REFB=-0.0250487;REVB=0.0189358;RO=29;SAF=37;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142801;STB=0.540976;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0126922;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:29:29:49:55:0.654762:12:37:17:12:17:38:17:12 chr20 2127684 . C T 1746.27 PASS AF=0.652174;AO=149;DP=231;FAO=150;FDP=230;FR=.;FRO=80;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0388592;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4359;QD=30.3699;RBI=0.040081;REFB=-0.0307966;REVB=0.00982089;RO=79;SAF=65;SAR=84;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209781;STB=0.507924;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.020825;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:79:80:149:150:0.652174:84:65:37:42:84:66:37:43 chr20 2127930 . C T 656.64 PASS AF=0.561404;AO=60;DP=111;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0818717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5149;QD=23.0401;RBI=0.126836;REFB=-0.0254025;REVB=0.0968737;RO=50;SAF=11;SAR=49;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186755;STB=0.583496;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0214997;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:50:50:60:64:0.561404:49:11:17:33:51:13:17:33 chr20 2290333 . C A 821.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315329;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.051;QD=57.6431;RBI=0.0486563;REFB=0;REVB=0.0370555;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77259e-05;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr20 2321105 . G C 901.18 PASS AF=0.526627;AO=88;DP=169;FAO=89;FDP=169;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00747939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.944;QD=21.3296;RBI=0.0150742;REFB=0.00127342;REVB=-0.0130878;RO=77;SAF=49;SAR=39;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432295;STB=0.524059;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000964047;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:77:80:88:89:0.526627:39:49:39:38:40:49:40:40 chr20 2375262 . A G 1197.1 PASS AF=0.622093;AO=107;DP=172;FAO=107;FDP=172;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00142306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.491;QD=27.8396;RBI=0.0440691;REFB=-0.031809;REVB=-0.0440461;RO=63;SAF=45;SAR=62;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608541;STB=0.539242;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0191062;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:63:65:107:107:0.622093:62:45:32:31:62:45:34:31 chr20 2380323 . G A 735.27 PASS AF=0.64486;AO=62;DP=103;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0160177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6074;QD=27.4867;RBI=0.0160365;REFB=-0.120092;REVB=-0.00077633;RO=29;SAF=27;SAR=35;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893261;STB=0.543634;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0379305;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:29:38:62:69:0.64486:35:27:17:12:41:28:20:18 chr20 2398017 . G A 617.06 PASS AF=0.373057;AO=66;DP=177;FAO=72;FDP=193;FR=.;FRO=121;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=39;FWDB=-0.00372615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.422;QD=12.7888;RBI=0.0192139;REFB=-0.0284366;REVB=0.0188491;RO=110;SAF=43;SAR=23;SRF=71;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733795;STB=0.544769;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0382372;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:193:110:121:66:72:0.373057:23:43:71:39:28:44:82:39 chr20 2539387 . G A 1151.13 PASS AF=1;AO=49;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000221788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4613;QD=61.3936;RBI=0.275545;REFB=0;REVB=0.275545;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246938;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:49:75:1:15:34:0:0:41:34:0:0 chr20 2591232 . C T 1212.96 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.841;QD=59.8993;RBI=0.0218746;REFB=-0.0615905;REVB=0.0186664;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996796;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000425264;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:33:47:1:0:33:47:1:0 chr20 2593863 . T C 2318.61 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146542;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.4;QD=63.9615;RBI=0.0148822;REFB=0;REVB=0.00259478;RO=0;SAF=104;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53237e-05;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:144:145:1:40:104:0:0:40:105:0:0 chr20 2618140 . T C 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.695;QD=59.4992;RBI=0.03667;REFB=0;REVB=0.035278;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38546e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr20 2633936 . T C 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.26;QD=60.0751;RBI=0.0581709;REFB=0;REVB=-0.0518082;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08879e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr20 2635212 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.783;QD=58.0608;RBI=0.020478;REFB=0;REVB=0.0202296;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29774e-05;OID=.;OPOS=2635212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr20 2637070 . CT C,CC 696.58 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=6,38;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143022,0.0142971;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.528,305.33;QD=61.9185;RBI=0.0168828,0.0168185;REFB=0,0;REVB=0.0089708,0.00885734;RO=0;SAF=1,19;SAR=5,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00323099,0.00014286;OID=.,.;OPOS=2637071,2637071;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0444444,0.955556:6,38:45:2,43:45:0:1,20:1,23:0:0:7:0:1,19:5,19:0:0 chr20 2638579 . T C 3613.29 PASS AF=0.991453;AO=229;DP=233;FAO=232;FDP=234;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0384539;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.086;QD=61.7657;RBI=0.0405339;REFB=-0.00937444;REVB=0.012818;RO=2;SAF=120;SAR=109;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787536;STB=0.504032;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000156902;OID=.;OPOS=2638579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:233:234:2:2:229:232:0.991453:109:120:2:0:109:123:2:0 chr20 2638882 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.999;QD=56.9476;RBI=0.0245754;REFB=0.00118276;REVB=0.0212487;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=6.09652e-05;OID=.;OPOS=2638882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:0:1:13:23:0:1 chr20 2739583 . T C 1053.95 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0944302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1736;QD=56.9705;RBI=0.0947418;REFB=-0.211794;REVB=-0.00767823;RO=1;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101718;STB=0.504057;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00634497;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:1:2:72:72:0.972973:46:26:0:1:46:26:1:1 chr20 2740262 . G A 242.57 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0109221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.699;QD=10.6624;RBI=0.0314758;REFB=-0.0149917;REVB=0.02952;RO=55;SAF=17;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059372;STB=0.516094;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0659371;OID=.;OPOS=2740262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:61:30:30:0.32967:13:17:34:21:13:17:36:25 chr20 2796007 . G A 316.26 PASS AF=0.675;AO=25;DP=38;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0272044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.757;QD=31.6259;RBI=0.0284169;REFB=-0.0122433;REVB=-0.00821221;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140041;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00530165;OID=.;OPOS=2796007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:12:13:25:27:0.675:14:11:5:7:14:13:6:7 chr20 2797015 . G A 527.19 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.713;QD=56.9936;RBI=0.0550297;REFB=-0.179865;REVB=0.0432862;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0010828;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:0:1:14:22:0:1 chr20 2996497 . C T 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.799;QD=58.9599;RBI=0.0364154;REFB=0;REVB=0.0270922;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96538e-05;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:20:46:0:0:20:46:0:0 chr20 3026345 . AGC AG,CAG 66.6 PASS AF=0.333333,0;AO=18,3;DP=72;FAO=23,0;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=19,0;FSAR=4,0;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0851737,-0.0853261;FXX=0.0416609;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=11.4026,88.8265;QD=3.86076;RBI=0.0876712,0.0870037;REFB=-0.164842,-0.0159265;REVB=-0.0207768,-0.0170031;RO=34;SAF=16,3;SAR=2,0;SRF=18;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.511113,0.516944;STB=0.774705,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.191629,0.0378105;OID=.,.;OPOS=3026347,3026345;OREF=C,AGC;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:72:69:34:46:18,3:23,0:0.333333,0:2,0:16,3:18:16:4,0:19,0:21:25 chr20 3052398 . G T 101.61 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00132392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.637;QD=16.9341;RBI=0.0267804;REFB=-0.0115695;REVB=0.0267477;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00951755;OID=.;OPOS=3052398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr20 3180701 . G A 881.23 PASS AF=0.703704;AO=75;DP=108;FAO=76;FDP=108;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0278118;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2379;QD=32.6381;RBI=0.0427895;REFB=-0.046662;REVB=0.0325184;RO=32;SAF=36;SAR=39;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626735;STB=0.501466;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0151065;OID=.;OPOS=3180701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:32:32:75:76:0.703704:39:36:15:17:40:36:15:17 chr20 3193842 . C A 281.1 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0188192;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.038;QD=14.233;RBI=0.0252391;REFB=0.00320084;REVB=-0.0168181;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625155;STB=0.524925;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00333531;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:47:31:32:0.405063:14:17:23:24:15:17:23:24 chr20 3193978 . G A 391.63 PASS AF=0.506173;AO=39;DP=77;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0255836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.1867;QD=19.3397;RBI=0.0737807;REFB=-0.0140748;REVB=0.0692031;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162081;STB=0.591302;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.013611;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:37:40:39:41:0.506173:17:22:14:23:17:24:16:24 chr20 3204084 . G A 366.78 PASS AF=0.295858;AO=49;DP=170;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=49;FWDB=9.79359e-05;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.715;QD=8.68105;RBI=0.0191369;REFB=-0.00981901;REVB=0.0191367;RO=120;SAF=24;SAR=25;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123299;STB=0.562106;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.038893;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:120:119:49:50:0.295858:25:24:71:49:25:25:70:49 chr20 3214581 . C T 163.67 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00194493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6259;QD=11.0966;RBI=0.0477566;REFB=-0.0144484;REVB=0.047717;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119627;STB=0.557736;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0291469;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:25:12:9:12:25:13 chr20 3214819 . T G 671.91 PASS AF=0.727273;AO=54;DP=75;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0100311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.419;QD=34.9045;RBI=0.0115987;REFB=-0.0185524;REVB=0.00582289;RO=21;SAF=28;SAR=26;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960045;STB=0.555022;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00810054;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:21:21:54:56:0.727273:26:28:7:14:26:30:7:14 chr20 3218634 . G C 953.86 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0820012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1175;QD=58.699;RBI=0.0872375;REFB=0;REVB=-0.029769;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000823364;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:41:23:1:0:41:24:0:0 chr20 3231134 . C T 648.41 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00952671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.629;QD=27.5919;RBI=0.035751;REFB=0.012872;REVB=-0.0344584;RO=37;SAF=24;SAR=33;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871987;STB=0.547495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0113937;OID=.;OPOS=3231134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:33:24:20:17:33:24:20:17 chr20 3232031 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.050487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.354;QD=15.1663;RBI=0.0505233;REFB=-0.00500997;REVB=-0.0019166;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387559;STB=0.726942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00494285;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:11:9:12:3:11:9 chr20 3285126 . A T 409.72 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00442812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.378;QD=34.1433;RBI=0.0115609;REFB=-0.0183217;REVB=0.0106793;RO=15;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700129;STB=0.503814;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00933336;OID=.;OPOS=3285126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:15:18:8:7:15:18:8:7 chr20 3285140 . T C 727.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7928;QD=57.0856;RBI=0.0146986;REFB=0;REVB=0.0135985;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150742;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr20 3362033 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00852897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.682;QD=10.715;RBI=0.015605;REFB=-0.00647217;REVB=0.013068;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355242;STB=0.519971;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0144098;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:29:13:14:0.325581:4:9:20:9:4:10:20:9 chr20 3541462 . A T 1443.54 PASS AF=0.637255;AO=124;DP=201;FAO=130;FDP=204;FR=.;FRO=74;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0164831;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.396;QD=28.3046;RBI=0.0278064;REFB=-0.0319787;REVB=0.0223942;RO=73;SAF=60;SAR=64;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638006;STB=0.500679;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0146928;OID=.;OPOS=3541462;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:73:74:124:130:0.637255:64:60:36:37:67:63:36:38 chr20 3564672 . C T 1235.58 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240669;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.33;QD=60.2721;RBI=0.0283835;REFB=-0.0919009;REVB=0.0150468;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133333;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000346404;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:79:81:0.987805:35:44:0:1:36:45:0:1 chr20 3628918 . T C 1512.37 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146409;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.3;QD=62.3658;RBI=0.0212818;REFB=-0.106001;REVB=0.0154453;RO=1;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839243;STB=0.504273;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=5.13657e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:94:96:0.989691:56:38:0:1:58:38:0:1 chr20 3640823 . C G,T 516.2 PASS AF=0.0540541,0.918919;AO=2,34;DP=37;FAO=2,34;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0478031,-0.00056082;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.3271,288.335;QD=55.8051;RBI=0.0565802,0.0410402;REFB=-0.0574907,-0.154259;REVB=0.0302685,0.0410363;RO=1;SAF=1,20;SAR=1,14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0322195;STB=0.665164,0.517231;STBP=0.662,0.291;TYPE=snp,snp;VARB=0.0871083,0.000193743;OID=.,.;OPOS=3640823,3640823;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:1:1:2,34:2,34:0.0540541,0.918919:1,14:1,20:0:1:1,14:1,20:0:1 chr20 3672836 . G A 68.65 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0136017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2271;QD=5.8429;RBI=0.0170634;REFB=-0.00869559;REVB=0.010303;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423227;STB=0.76148;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0356182;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:9:28:4:6:9:28 chr20 3675333 . G A 1438.93 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293357;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6841;QD=61.2312;RBI=0.0725628;REFB=-0.110147;REVB=0.0663685;RO=1;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137366;STB=0.506848;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00172937;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:1:91:93:0.989362:34:57:0:1:36:57:0:1 chr20 3675498 . T G 230.46 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.954;QD=46.0915;RBI=0.02631;REFB=-0.0247849;REVB=0.0122396;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.516112;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00158984;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:4:15:0:0:4:15:1:0 chr20 3677357 . T C 1528.1 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9015;QD=59.3437;RBI=0.0512001;REFB=0;REVB=-0.0317675;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71019e-05;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:50:52:0:0:50:53:0:0 chr20 3677736 . T G 201.9 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0270324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.67;QD=21.2521;RBI=0.0350002;REFB=-0.0409991;REVB=-0.022232;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385902;STB=0.521717;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0502402;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:8:10:12:8:8:10 chr20 3682011 . G A 1876.14 PASS AF=0.954545;AO=126;DP=132;FAO=126;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00630048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.916;QD=56.8528;RBI=0.0433351;REFB=-0.0169904;REVB=0.0428747;RO=6;SAF=57;SAR=69;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330421;STB=0.517414;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000554095;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:132:132:6:6:126:126:0.954545:69:57:5:1:69:57:5:1 chr20 3682275 . A G 289.77 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.482;QD=52.6847;RBI=0.024249;REFB=0;REVB=0.0240304;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11189e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr20 3684022 . A G 528.68 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00267969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.747;QD=43.1573;RBI=0.00400213;REFB=-0.0148162;REVB=-0.0029726;RO=9;SAF=10;SAR=29;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157562;STB=0.515313;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00305097;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:9:10:39:39:0.795918:29:10:2:7:29:10:2:8 chr20 3684729 . T C 266.34 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0397884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7257;QD=21.7417;RBI=0.0429904;REFB=0.00216368;REVB=0.0162807;RO=23;SAF=4;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24021;STB=0.629882;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00672532;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:21:4:8:15:21:4:8:16 chr20 3686436 . C T 2907.98 PASS AF=0.994595;AO=184;DP=190;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830364;FXX=0.0263144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.707;QD=62.8752;RBI=0.0236813;REFB=-0.0925331;REVB=0.0221778;RO=0;SAF=115;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000226516;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:185:0:1:184:184:0.994595:69:115:0:0:69:115:0:1 chr20 3726565 . C T 864.76 PASS AF=0.71134;AO=69;DP=97;FAO=69;FDP=97;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0203101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.294;QD=35.6603;RBI=0.0354578;REFB=-0.0383562;REVB=0.0290646;RO=28;SAF=34;SAR=35;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805138;STB=0.543271;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0129834;OID=.;OPOS=3726565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:28:28:69:69:0.71134:35:34:18:10:35:34:18:10 chr20 3732225 . G A 200.53 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0360336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6977;QD=14.5843;RBI=0.0709875;REFB=-0.0286118;REVB=0.0611621;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559092;STB=0.526294;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0490301;OID=.;OPOS=3732225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:23:24:0.436364:15:8:12:18:15:9:13:18 chr20 3734756 . G A 210.37 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000445365;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.218;QD=18.2932;RBI=0.0654991;REFB=-0.0282926;REVB=0.0654976;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.502073;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0315113;OID=.;OPOS=3734756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:11:10:12:12:11:10:12:13 chr20 3838441 . C G 494.52 PASS AF=0.643836;AO=44;DP=70;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0515375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5512;QD=27.0972;RBI=0.0562792;REFB=-0.0474445;REVB=-0.0226106;RO=24;SAF=19;SAR=25;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657876;STB=0.522502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0327731;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:24:26:44:47:0.643836:25:19:8:16:26:21:10:16 chr20 3842984 . C T 148.96 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0053384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.345;QD=10.2732;RBI=0.00898265;REFB=-0.0128311;REVB=-0.00722423;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603248;STB=0.515609;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0187245;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:11:8:18:20:11:9:18:20 chr20 4053254 . A G 268.7 PASS AF=0.246988;AO=41;DP=166;FAO=41;FDP=166;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0225503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.641;QD=6.47471;RBI=0.0507814;REFB=-0.0138627;REVB=-0.0454999;RO=125;SAF=11;SAR=30;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281481;STB=0.670779;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0398577;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:125:125:41:41:0.246988:30:11:60:65:30:11:60:65 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACACAC 298.38 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=18,3;DP=26;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840291,-0.0266863;FXX=0.153787;HRUN=1,1;LEN=16,2;MLLD=606.022,38.7233;QD=54.2517;RBI=0.0118931,0.0294787;REFB=0,0;REVB=0.00841647,-0.0125232;RO=0;SAF=8,1;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000399525,0.0688826;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:18,3:26:18,4:22:0:8,1:10,3:0:0:24:0:8,1:10,2:0:0 chr20 4164283 . A G 634.59 PASS AF=0.701299;AO=54;DP=77;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0082261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.91;QD=32.9657;RBI=0.00930698;REFB=-0.0270385;REVB=0.00435329;RO=23;SAF=27;SAR=27;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120278;STB=0.506491;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0111249;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:23:54:54:0.701299:27:27:12:11:27:27:12:11 chr20 4229218 . G A 316.78 PASS AF=0.367347;AO=33;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=0.010766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.143;QD=12.9298;RBI=0.0409724;REFB=-0.000529002;REVB=0.0395327;RO=62;SAF=19;SAR=14;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160451;STB=0.616875;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0010454;OID=.;OPOS=4229218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:33:36:0.367347:14:19:44:18:17:19:44:18 chr20 4705718 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.123;QD=56.1908;RBI=0.0162407;REFB=0;REVB=-0.00232517;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60595e-05;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr20 4705756 . T C 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2043;QD=55.0809;RBI=0.0795268;REFB=0;REVB=-0.0095039;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107828;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr20 4705865 . T C 1549.81 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.256;QD=63.9097;RBI=0.0455545;REFB=0;REVB=0.0283865;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07616e-05;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:36:56:0:0:40:57:0:0 chr20 4706310 . T C 1320.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1826;QD=62.155;RBI=0.0765292;REFB=0;REVB=0.0692402;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005984;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr20 4707066 . G C 709.47 PASS AF=0.710843;AO=55;DP=83;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00136565;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.262;QD=34.1915;RBI=0.00180961;REFB=-0.0111198;REVB=-0.0011873;RO=21;SAF=31;SAR=24;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697208;STB=0.548331;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00437054;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:24:55:59:0.710843:24:31:9:12:27:32:9:15 chr20 4707112 . G T 1498.46 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122035;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.804;QD=63.7641;RBI=0.0160462;REFB=0;REVB=0.010419;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86746e-05;OID=.;OPOS=4707112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chr20 4707388 . G T 110.99 PASS AF=0.261538;AO=16;DP=64;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00325756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.79;QD=6.83017;RBI=0.0133965;REFB=-0.00922014;REVB=-0.0129944;RO=46;SAF=13;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326262;STB=0.669887;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0307741;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:46:48:16:17:0.261538:3:13:27:19:4:13:27:21 chr20 4708130 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0505672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2845;QD=8.81167;RBI=0.0632823;REFB=0.0126405;REVB=0.0380475;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330237;STB=0.696637;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0227597;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:5:18:5:5:5:18 chr20 4708713 . T C 99.99 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.039;QD=39.9976;RBI=0.0528131;REFB=0;REVB=0.0374881;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04122e-05;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:8:2:0:0 chr20 4708778 . T C 226.72 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201194;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.945;QD=50.3828;RBI=0.201196;REFB=0;REVB=-0.00103387;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782501;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:12:18:1:12:0:0:0:17:1:0:0 chr20 4708979 . T C 402.24 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0047476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.563;QD=24.7533;RBI=0.0249107;REFB=-0.0052255;REVB=0.0244541;RO=24;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434125;STB=0.520957;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00521455;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:26:39:39:0.6:17:22:15:9:17:22:16:10 chr20 4762869 . G A 553.12 PASS AF=0.341584;AO=69;DP=202;FAO=69;FDP=202;FR=.;FRO=133;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.00644076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.937;QD=10.9529;RBI=0.0111963;REFB=-0.00324349;REVB=0.00915829;RO=133;SAF=34;SAR=35;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385907;STB=0.522082;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00647458;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:133:133:69:69:0.341584:35:34:70:63:35:34:70:63 chr20 4764682 . T C 224.76 PASS AF=0.309278;AO=26;DP=94;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00886947;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.526;QD=9.26834;RBI=0.0102469;REFB=-0.0107334;REVB=-0.00513144;RO=65;SAF=5;SAR=21;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338347;STB=0.648911;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0195755;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:65:67:26:30:0.309278:21:5:28:37:22:8:31:36 chr20 4834338 . C T 393.27 PASS AF=0.633333;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0680008;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8429;QD=26.2177;RBI=0.0684041;REFB=-0.0109591;REVB=0.00741668;RO=22;SAF=24;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107061;STB=0.550432;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00954936;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:22:22:37:38:0.633333:13:24:11:11:14:24:11:11 chr20 4880308 . G A 252.84 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00641203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.446;QD=10.535;RBI=0.0115732;REFB=-0.0153376;REVB=0.00963452;RO=65;SAF=24;SAR=7;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309176;STB=0.682424;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0292041;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:7:24:35:30:7:24:35:30 chr20 4883167 . A G 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0116113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.475;QD=10.6851;RBI=0.0131662;REFB=0.000125874;REVB=0.00620682;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179294;STB=0.603577;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000280758;OID=.;OPOS=4883167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:13:11:14:32:13:11:14:32 chr20 5283256 . C G 853.79 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0330542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3777;QD=55.986;RBI=0.111596;REFB=-0.00873313;REVB=-0.106589;RO=1;SAF=18;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254925;STB=0.513509;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000240746;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:42:18:1:0:42:18:1:0 chr20 5283376 . G A 343.37 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0183164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.31;QD=37.1209;RBI=0.0205548;REFB=-0.0595757;REVB=0.00932798;RO=8;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368271;STB=0.532141;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00871534;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:37:37:8:9:28:28:0.756757:15:13:3:5:15:13:3:6 chr20 5296488 . G C 325.93 PASS AF=0.228448;AO=52;DP=229;FAO=53;FDP=232;FR=.;FRO=179;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=-0.0221449;FXX=0.00429166;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2703;QD=5.61953;RBI=0.0368237;REFB=0.00688751;REVB=0.0294208;RO=177;SAF=15;SAR=37;SRF=82;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235762;STB=0.63656;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0199478;OID=.;OPOS=5296488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:177:179:52:53:0.228448:37:15:82:95:37:16:84:95 chr20 5296651 . T G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0277294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=14.0964;RBI=0.0292362;REFB=-0.00705252;REVB=0.00926477;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00637747;OID=.;OPOS=5296651;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:3:11:7:4:3:11 chr20 5296798 . T C 3403.22 PASS AF=0.651214;AO=293;DP=452;FAO=295;FDP=453;FR=.;FRO=158;FSAF=181;FSAR=114;FSRF=79;FSRR=79;FWDB=-0.0324425;FXX=0.00220259;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2023;QD=30.0505;RBI=0.0344457;REFB=-0.00444309;REVB=-0.0115754;RO=157;SAF=179;SAR=114;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765879;STB=0.540982;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00238525;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:452:453:157:158:293:295:0.651214:114:179:78:79:114:181:79:79 chr20 5454400 . A T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0834026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.423;QD=8.51175;RBI=0.0918853;REFB=0.0128744;REVB=-0.0385605;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197651;STB=0.512171;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0423647;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:10:14:6:4:10:14 chr20 5527176 . T A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0102675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.854;QD=22.6314;RBI=0.014019;REFB=0.0130849;REVB=-0.00954517;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109699;STB=0.561949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00710724;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:5:3:7:6:5:3 chr20 5527291 . A G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0143939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.843;QD=26.3157;RBI=0.0146247;REFB=-0.015949;REVB=0.00258794;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279135;STB=0.655589;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0129667;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:16:6:9:5:16:6:9:5 chr20 5753579 . C T 416.71 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0134784;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.824;QD=30.3061;RBI=0.0161754;REFB=-0.0631225;REVB=0.0089429;RO=17;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069193;STB=0.537553;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0313856;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:17:38:38:0.690909:18:20:11:6:18:20:11:6 chr20 5903067 . T A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0474427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.286;QD=18.154;RBI=0.0493862;REFB=-0.0271218;REVB=0.0137182;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165016;STB=0.594311;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0180799;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:6:15:14:11:6:15:14:11 chr20 5903223 . G A 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-9.60696e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.462;QD=19.7619;RBI=0.0503259;REFB=-0.0121133;REVB=0.0503258;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216262;STB=0.50276;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00942146;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:13:10:11:13:13:10:11:14 chr20 5903323 . G A 85.73 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0113706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.354;QD=11.8249;RBI=0.0222717;REFB=-0.0168092;REVB=0.0191505;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337445;STB=0.675282;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00787648;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:12:11:0.37931:11:1:4:12:10:1:4:14 chr20 5903485 . G A 581.93 PASS AF=0.619048;AO=51;DP=83;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0265695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1695;QD=27.711;RBI=0.0524366;REFB=-0.0498159;REVB=0.0452069;RO=30;SAF=8;SAR=43;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531403;STB=0.544536;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0279594;OID=.;OPOS=5903485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:30:32:51:52:0.619048:43:8:6:24:44:8:7:25 chr20 5903517 . A G 1083.85 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418287;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.536;QD=60.2136;RBI=0.0767332;REFB=0;REVB=0.0643299;RO=0;SAF=10;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196851;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:62:10:0:0:62:10:0:0 chr20 5903848 . C G 143.61 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00406232;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6935;QD=10.0781;RBI=0.00562802;REFB=-0.0212782;REVB=-0.00389515;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110127;STB=0.553016;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0412118;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:35:38:18:19:0.333333:10:8:19:16:11:8:19:19 chr20 5903894 . A G 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0489647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6494;QD=10.3804;RBI=0.0518906;REFB=-0.0166741;REVB=-0.0171782;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279795;STB=0.658406;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0293427;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:13:5:18:17:13:5:18:18 chr20 5904040 . G A 91.32 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0134657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3291;QD=10.1467;RBI=0.049573;REFB=-0.0182578;REVB=-0.0477091;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110746;STB=0.528254;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0594416;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:36:36:24:24:11:12:0.333333:7:4:11:13:7:5:11:13 chr20 5904289 . G A 54.99 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0141375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0647;QD=9.564;RBI=0.0394679;REFB=-0.0116448;REVB=-0.0368489;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328342;STB=0.695237;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0194898;OID=.;OPOS=5904289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:3:12:4:4:3:12 chr20 5923223 . C T 1124.61 PASS AF=0.598837;AO=102;DP=171;FAO=103;FDP=172;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00273925;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9648;QD=26.1538;RBI=0.00464943;REFB=0.00699903;REVB=-0.00375682;RO=69;SAF=42;SAR=60;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157519;STB=0.582508;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0057284;OID=.;OPOS=5923223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:69:69:102:103:0.598837:60:42:43:26:60:43:43:26 chr20 5988095 . A G 2428.88 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0357061;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.802;QD=59.9723;RBI=0.036671;REFB=-0.160018;REVB=-0.00835684;RO=2;SAF=75;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125175;STB=0.506578;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000222469;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:163:162:2:2:160:160:0.987654:85:75:2:0:85:75:2:0 chr20 6033340 . AG A 60.56 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0815713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.627;QD=3.90738;RBI=0.082248;REFB=-0.0490409;REVB=-0.0105285;RO=41;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.302703;SSSB=-0.30412;STB=0.897769;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0877892;OID=.;OPOS=6033341;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241935:15:58:15:62:47:1:14:23:24:60:41:3:12:17:24 chr20 6064710 . A G 1322.65 PASS AF=0.732484;AO=107;DP=147;FAO=115;FDP=157;FR=.;FRO=42;FSAF=81;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00908738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.12;QD=33.6981;RBI=0.0342419;REFB=-0.0247702;REVB=0.0330141;RO=40;SAF=81;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161149;STB=0.569122;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00865116;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:40:42:107:115:0.732484:26:81:20:20:34:81:20:22 chr20 6065729 . C T 533.3 PASS AF=0.604396;AO=56;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0551159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.936;QD=23.4416;RBI=0.073839;REFB=-0.0467838;REVB=0.0491369;RO=21;SAF=27;SAR=29;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030191;STB=0.518393;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0593155;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:21:36:56:55:0.604396:29:27:10:11:28:27:16:20 chr20 6065731 . T C 469.28 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00771678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.036;QD=20.4034;RBI=0.00813777;REFB=-0.00682406;REVB=-0.00258353;RO=46;SAF=26;SAR=20;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175226;STB=0.596959;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00400386;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:20:26:17:29:20:26:17:29 chr20 6751034 . A G 791.75 PASS AF=0.637168;AO=71;DP=112;FAO=72;FDP=113;FR=.;FRO=41;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0155735;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.518;QD=28.0265;RBI=0.026982;REFB=-0.0289837;REVB=0.022034;RO=39;SAF=41;SAR=30;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255838;STB=0.500759;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0170498;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:39:41:71:72:0.637168:30:41:24:15:30:42:24:17 chr20 6759115 . A T 732.94 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=116;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00945399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3014;QD=25.2739;RBI=0.0160189;REFB=-0.00773371;REVB=0.0129317;RO=47;SAF=44;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666358;STB=0.53629;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00447445;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:47:69:69:0.594828:25:44:26:21:25:44:26:21 chr20 7614374 . G A 629.4 PASS AF=0.595745;AO=53;DP=91;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0047708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5293;QD=26.7829;RBI=0.0318142;REFB=-0.0273198;REVB=0.0314545;RO=38;SAF=31;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369896;STB=0.532109;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0198589;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:38:38:53:56:0.595745:22:31:24:14:25:31:24:14 chr20 7962707 . C A 1304.16 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.402;QD=61.3722;RBI=0.0316238;REFB=0;REVB=0.031225;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10625e-05;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:37:47:0:0:38:47:0:0 chr20 7963039 . TCC TC,TCT,TGC 1400.04 PASS AF=0.182692,0.807692,0;AO=18,76,4;DP=106;FAO=19,84,0;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=4,48,0;FSAR=15,36,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0793952,0.0763949,-0.00705553;FXX=0.0188661;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=19.0286,33.1883,101.854;QD=53.8477;RBI=0.0828249,0.0867816,0.0662303;REFB=-0.0341164,-0.0567729,0.022286;REVB=-0.0235873,0.0411686,-0.0658534;RO=1;SAF=8,43,0;SAR=10,33,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0539582,-0.0108787,-0.749895;STB=0.555494,0.505153,0.5;STBP=0.134,0.501,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0308653,0.00440629,0;OID=.,.,.;OPOS=7963040,7963041,7963040;OREF=C,C,C;OALT=-,T,G;OMAPALT=TC,TCT,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.182692,0.807692,0:18,76,4:106:19,84,0:104:1:4,48,0:15,36,0:1:0:65:1:8,43,0:10,33,4:1:0 chr20 7963043 . G T 80.75 PASS AF=0.176471;AO=16;DP=91;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0181304;FXX=0.0192289;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.5399;QD=3.16665;RBI=0.0437409;REFB=-0.0371793;REVB=-0.0398065;RO=71;SAF=5;SAR=11;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404425;STB=0.737428;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.152173;OID=.;OPOS=7963043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:91:102:71:84:16:18:0.176471:11:5:46:25:13:5:48:36 chr20 7999642 . G A 2593.91 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000741527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7334;QD=59.9748;RBI=0.00954951;REFB=-0.101156;REVB=-0.00952068;RO=2;SAF=93;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101246;STB=0.502093;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00104034;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:173:2:3:170:170:0.982659:77:93:2:0:77:93:2:1 chr20 8548321 . G A 63.35 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0624743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.312;QD=4.08706;RBI=0.0702623;REFB=-0.0258985;REVB=0.032152;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267851;STB=0.686764;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.1099;OID=.;OPOS=8548321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:61:62:50:51:11:11:0.177419:8:3:24:26:8:3:25:26 chr20 8637863 . A G 341.29 PASS AF=0.622642;AO=34;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0155261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.517;QD=25.7579;RBI=0.0159962;REFB=-0.00503373;REVB=0.00384946;RO=19;SAF=15;SAR=19;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843439;STB=0.528908;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00345207;OID=.;OPOS=8637863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:20:34:33:0.622642:19:15:6:13:19:14:7:13 chr20 8696907 . T G 673.52 PASS AF=0.322222;AO=87;DP=270;FAO=87;FDP=270;FR=.;FRO=183;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=98;FSRR=85;FWDB=-0.0180419;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.318;QD=9.97806;RBI=0.0230687;REFB=-0.00994039;REVB=0.0143755;RO=183;SAF=41;SAR=46;SRF=98;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756037;STB=0.543466;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.025309;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:183:183:87:87:0.322222:46:41:98:85:46:41:98:85 chr20 8755243 . T C 2119.73 PASS AF=0.985612;AO=131;DP=132;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00274702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.826;QD=60.9994;RBI=0.070851;REFB=-0.00674415;REVB=0.0707977;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506756;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000259115;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:139:0:2:131:137:0.985612:58:73:0:0:64:73:2:0 chr20 8769180 . C T 523.85 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0752426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8622;QD=51.1076;RBI=0.0884008;REFB=-0.0887206;REVB=-0.046403;RO=4;SAF=16;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103653;STB=0.540519;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0133489;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:41:41:4:3:37:38:0.926829:21:16:4:0:21:17:3:0 chr20 8770822 . C T 681.86 PASS AF=0.573913;AO=64;DP=113;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0112882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.055;QD=23.7168;RBI=0.0113402;REFB=-0.0320078;REVB=0.00108471;RO=49;SAF=44;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201365;STB=0.597531;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0191927;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:49:49:64:66:0.573913:20:44:22:27:22:44:22:27 chr20 8865006 . C T 3202.69 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108026;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.658;QD=61.5901;RBI=0.0133853;REFB=-0.109528;REVB=-0.00790386;RO=0;SAF=131;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19813e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47681e-05;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:0:0:208:208:1:77:131:0:0:77:131:0:0 chr20 9288522 . G A 513.91 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.000999178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.42;QD=24.472;RBI=0.016861;REFB=-0.0104379;REVB=0.0168314;RO=36;SAF=28;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878578;STB=0.548173;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00938881;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:20:28:17:19:20:28:17:19 chr20 9543622 . C T 480.61 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0175688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9059;QD=25.6327;RBI=0.0534201;REFB=-0.0238641;REVB=-0.0504485;RO=30;SAF=23;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812974;STB=0.504444;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.014505;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:22:23:15:15:22:23:15:15 chr20 9546554 . G A 718.52 PASS AF=0.773333;AO=58;DP=75;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0148392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.767;QD=38.3211;RBI=0.0206293;REFB=-0.00168477;REVB=0.0143306;RO=17;SAF=39;SAR=19;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121034;STB=0.506491;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000654092;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:17:17:58:58:0.773333:19:39:11:6:19:39:11:6 chr20 9561008 . T A 135.06 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00770548;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.68;QD=10.593;RBI=0.0136059;REFB=-0.00764821;REVB=-0.0112137;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0416559;OID=.;OPOS=9561008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:34:17:17:0.333333:5:12:23:7:5:12:24:10 chr20 10019093 . A G 511.19 PASS AF=0.43;AO=34;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0348851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2899;QD=20.4475;RBI=0.0453961;REFB=-0.0224946;REVB=0.0290488;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155381;STB=0.559577;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0690093;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:34:43:0.43:13:21:22:25:18:25:22:25 chr20 10633237 . G A 186.43 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0158368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.952;QD=12.4284;RBI=0.0191086;REFB=-0.0274371;REVB=0.0106927;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30065;STB=0.695482;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.034243;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:34:37:23:23:0.383333:16:7:20:14:16:7:23:14 chr20 10653469 . C T 752.85 PASS AF=0.633028;AO=52;DP=106;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00302692;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.964;QD=27.6277;RBI=0.0212188;REFB=0.00253618;REVB=0.0210018;RO=24;SAF=40;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048548;STB=0.521395;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00124571;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:24:40:52:69:0.633028:12:40:17:7:28:41:26:14 chr20 11790885 . C CTT 201.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.031845;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=2;MLLD=41.1167;QD=16.4346;RBI=0.0608925;REFB=-0.00260802;REVB=0.0519018;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981079;STB=0.539653;STBP=0.575;TYPE=ins;VARB=0.00278564;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55102:27:52:27:49:22:17:10:12:10:99:25:17:10:13:12 chr20 11791008 . C T 1438.19 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2584;QD=62.5299;RBI=0.0535724;REFB=0;REVB=0.00423325;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213012;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:46:46:0:0 chr20 11799583 . G C 790.5 PASS AF=0.657407;AO=71;DP=108;FAO=71;FDP=108;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0124626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.815;QD=29.2778;RBI=0.0128335;REFB=-0.0226338;REVB=0.00306293;RO=32;SAF=35;SAR=36;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122518;STB=0.567153;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0116201;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:32:37:71:71:0.657407:36:35:9:23:36:35:11:26 chr20 11907058 . C T 701.27 PASS AF=0.625;AO=64;DP=103;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0058188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.782;QD=26.9718;RBI=0.0465192;REFB=2.34367e-05;REVB=-0.0461539;RO=39;SAF=31;SAR=33;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338876;STB=0.515435;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000268177;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:39:39:64:65:0.625:33:31:17:22:34:31:17:22 chr20 13029764 . A C 1472.5 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.708;QD=63.3332;RBI=0.0197664;REFB=0;REVB=0.00335811;RO=0;SAF=20;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85113e-05;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:73:20:0:0:73:20:0:0 chr20 13029862 . C T 925.26 PASS AF=0.985075;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00562472;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4946;QD=55.2394;RBI=0.0690797;REFB=-0.0504974;REVB=0.0688504;RO=3;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173636;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0032539;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:67:3:1:62:66:0.985075:29:33:1:2:32:34:0:1 chr20 13029920 . C G 1772.63 PASS AF=0.968254;AO=116;DP=127;FAO=122;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00827925;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.906;QD=56.2738;RBI=0.0628965;REFB=-0.0230498;REVB=0.0623492;RO=2;SAF=68;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285795;STB=0.500937;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000273688;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:126:2:2:116:122:0.968254:48:68:1:1:54:68:1:1 chr20 13053018 . T G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.033;QD=61.3754;RBI=0.0205846;REFB=0;REVB=0.00565983;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26648e-05;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr20 13053035 . A G 1165.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.134;QD=60.5683;RBI=0.0273357;REFB=0;REVB=0.0223345;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141771;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:49:26:0:0:50:27:0:0 chr20 13098266 . G A 112.99 PASS AF=0.144578;AO=24;DP=166;FAO=24;FDP=166;FR=.;FRO=142;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=0.0121156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.063;QD=2.72255;RBI=0.0243685;REFB=-0.00280662;REVB=-0.0211432;RO=141;SAF=10;SAR=14;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119362;STB=0.583264;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0156471;OID=.;OPOS=13098266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:141:142:24:24:0.144578:14:10:72:69:14:10:73:69 chr20 13269248 . C T 1319.42 PASS AF=0.674556;AO=110;DP=165;FAO=114;FDP=169;FR=.;FRO=55;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0197172;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.587;QD=31.229;RBI=0.0253218;REFB=-0.0416082;REVB=0.015888;RO=50;SAF=50;SAR=60;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499135;STB=0.52336;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0156206;OID=.;OPOS=13269248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:50:55:110:114:0.674556:60:50:27:23:60:54:30:25 chr20 13747441 . A G 1734.31 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512697;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.618;QD=60.8528;RBI=0.0691461;REFB=0;REVB=0.0463962;RO=0;SAF=74;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177073;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:40:74:0:0:40:74:0:0 chr20 13779113 . T C 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00542222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.932;QD=14.6853;RBI=0.0466528;REFB=-0.00456161;REVB=0.0463367;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115393;STB=0.565252;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00940653;OID=.;OPOS=13779113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:15:16:27:16:15:16:27:16 chr20 13847420 . A G 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.998;QD=57.636;RBI=0.0111699;REFB=-0.019172;REVB=-0.00085074;RO=1;SAF=53;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883631;STB=0.504672;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000133243;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:15:53:1:0:15:53:1:0 chr20 14203735 . T C 1500.84 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0872;QD=63.1934;RBI=0.0881744;REFB=0;REVB=0.0877094;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840975;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:48:47:0:0 chr20 14203776 . G A 914.91 PASS AF=0.592857;AO=82;DP=139;FAO=83;FDP=140;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00746361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.628;QD=26.1402;RBI=0.0152162;REFB=-0.0266703;REVB=0.01326;RO=57;SAF=38;SAR=44;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778496;STB=0.506492;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0167136;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:57:57:82:83:0.592857:44:38:27:30:45:38:27:30 chr20 14306953 . G T 681.17 PASS AF=0.359649;AO=82;DP=228;FAO=82;FDP=228;FR=.;FRO=146;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=71;FWDB=-0.03421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4698;QD=11.9503;RBI=0.0360987;REFB=-0.0111781;REVB=-0.0115238;RO=142;SAF=48;SAR=34;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728593;STB=0.546508;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0151313;OID=.;OPOS=14306953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:142:146:82:82:0.359649:34:48:74:68:34:48:75:71 chr20 15874325 . A G 605.88 PASS AF=0.59596;AO=55;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000400451;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.218;QD=24.4798;RBI=0.0399534;REFB=-0.0211548;REVB=0.0399514;RO=40;SAF=31;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878614;STB=0.55862;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0083207;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:55:59:0.59596:24:31:18:22:24:35:18:22 chr20 15967719 . T C 208.3 PASS AF=0.303371;AO=26;DP=88;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.000184525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.11;QD=9.36195;RBI=0.00180046;REFB=-0.014095;REVB=-0.00179098;RO=62;SAF=13;SAR=13;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768163;STB=0.53214;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0321099;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:62:62:26:27:0.303371:13:13:35:27:13:14:35:27 chr20 16033620 . T C 1420.88 PASS AF=0.59633;AO=128;DP=216;FAO=130;FDP=218;FR=.;FRO=88;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00199236;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.573;QD=26.0712;RBI=0.010955;REFB=-0.00328693;REVB=0.0107723;RO=88;SAF=66;SAR=62;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139127;STB=0.507561;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00169435;OID=.;OPOS=16033620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:88:88:128:130:0.59633:62:66:47:41:63:67:47:41 chr20 16033818 . ATTTG A 275.79 PASS AF=0.506329;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0102172;FXX=0.048187;HRUN=3;LEN=4;MLLD=212.501;QD=13.9639;RBI=0.0118929;REFB=-0.019089;REVB=-0.0060869;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205784;STB=0.581134;STBP=0.155;TYPE=del;VARB=0.0186526;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506329:37:81:40:79:39:17:23:23:16:99:36:15:22:23:13 chr20 16253943 . G A 651.78 PASS AF=0.647727;AO=48;DP=79;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.039828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.064;QD=29.6262;RBI=0.0404657;REFB=-0.0105188;REVB=-0.00715523;RO=28;SAF=25;SAR=23;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587;STB=0.506017;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00639041;OID=.;OPOS=16253943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:88:28:31:48:57:0.647727:23:25:17:11:23:34:19:12 chr20 16355002 . C T 653.08 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00203058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.985;QD=23.9662;RBI=0.0276512;REFB=0.00481176;REVB=-0.0275766;RO=46;SAF=24;SAR=38;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107588;STB=0.55382;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00464393;OID=.;OPOS=16355002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:46:46:62:63:0.577982:38:24:24:22:38:25:24:22 chr20 16359567 . A G 101.33 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0151491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8833;QD=5.79016;RBI=0.0386702;REFB=-0.00110922;REVB=-0.0355793;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00601863;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:8:8:27:27:8:8:27:27 chr20 16359858 . A G 388.52 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00212058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.112;QD=31.7159;RBI=0.00826629;REFB=-0.0111405;REVB=-0.00798966;RO=15;SAF=21;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676695;STB=0.519301;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00726441;OID=.;OPOS=16359858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:17:32:32:0.653061:11:21:10:5:11:21:12:5 chr20 16474957 . A G 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0305892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.48;QD=25.0374;RBI=0.0321482;REFB=-0.0261361;REVB=0.00988977;RO=23;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044646;STB=0.524482;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0147996;OID=.;OPOS=16474957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:21:15:11:12:21:15:11:12 chr20 16486698 . G A 928.63 PASS AF=0.625954;AO=82;DP=130;FAO=82;FDP=131;FR=.;FRO=49;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00861472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.485;QD=28.355;RBI=0.0354195;REFB=-0.012167;REVB=-0.0343559;RO=48;SAF=47;SAR=35;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121287;STB=0.561913;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00580554;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:48:49:82:82:0.625954:35:47:19:29:35:47:20:29 chr20 16493533 . T C 516.94 PASS AF=0.681159;AO=43;DP=65;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0252327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.132;QD=29.9674;RBI=0.0325667;REFB=-0.0271404;REVB=0.0205888;RO=22;SAF=15;SAR=28;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406911;STB=0.516207;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0160966;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:22:22:43:47:0.681159:28:15:9:13:30:17:9:13 chr20 16553944 . CGGGGT CGGGT,CGGGTC 367.58 PASS AF=0.840909,0.159091;AO=12,10;DP=47;FAO=37,7;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13,7;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.48665,0.0706687;FXX=0.0638162;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.4274,10.5785;QD=33.4159;RBI=0.571232,0.241209;REFB=0,0;REVB=0.299128,0.230624;RO=20;SAF=0,10;SAR=12,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0.404762,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.788687,0.786512;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0421158,-0.0625274;OID=.,.;OPOS=16553945,16553948;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=CGGGT,CGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.840909,0.159091:12,10:47:37,7:44:0:13,7:24,0:0:0:18:20:0,10:12,0:9:11 chr20 16729138 . T C 2470.64 PASS AF=1;AO=140;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.915;QD=61.7659;RBI=0.0981945;REFB=0;REVB=0.0338415;RO=0;SAF=44;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151988;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:140:160:1:96:44:0:0:101:59:0:0 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=34;DP=57;LEN=5;RO=23;SAF=17;SAR=25;SRF=8;SRR=7;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:57:23:34:25:17:8:7 chr20 16963522 . G C 715.12 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3177;QD=60.8616;RBI=0.0777289;REFB=-0.173509;REVB=-0.0721602;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0017962;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:20:26:0:0:20:26:1:0 chr20 16963542 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.272;QD=56.9569;RBI=0.0646877;REFB=0;REVB=0.0539648;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112449;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr20 17189761 . C G 446.1 PASS AF=0.318681;AO=57;DP=181;FAO=58;FDP=182;FR=.;FRO=124;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.00542769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5604;QD=9.80435;RBI=0.022021;REFB=-0.0109869;REVB=-0.0213417;RO=122;SAF=25;SAR=32;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630388;STB=0.524382;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0317488;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:122:124:57:58:0.318681:32:25:60:62:32:26:60:64 chr20 17469659 . G A 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00297048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.282;QD=19.9047;RBI=0.0261455;REFB=-0.000308217;REVB=-0.0259763;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117814;STB=0.573402;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=8.04936e-05;OID=.;OPOS=17469659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:14:17:11:16:14:17:11:17 chr20 17470035 . C G 149.65 PASS AF=0.34;AO=18;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00621508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.526;QD=11.9721;RBI=0.00864092;REFB=-0.0136324;REVB=0.00600319;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895551;STB=0.590135;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0260646;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:18:17:0.34:7:11:17:15:6:11:17:16 chr20 17474968 . T C 2181.57 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0038373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.647;QD=62.3306;RBI=0.0176114;REFB=-0.0653495;REVB=-0.0171882;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=7.10451e-05;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:138:139:0.992857:79:59:0:0:79:60:1:0 chr20 17475217 . C T 231.11 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.014958;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.056;QD=12.1636;RBI=0.0380232;REFB=-0.00260065;REVB=0.0349574;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113754;STB=0.557103;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00394158;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:48:28:28:0.368421:13:15:30:17:13:15:30:18 chr20 17477592 . C T 316.76 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0259767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.099;QD=17.8458;RBI=0.0285593;REFB=0.00269713;REVB=-0.0118677;RO=36;SAF=28;SAR=5;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225958;STB=0.646035;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00402253;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:37:33:34:0.478873:5:28:25:11:5:29:25:12 chr20 17556930 . T C 126.31 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0257521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8902;QD=6.31523;RBI=0.0764609;REFB=0.0043462;REVB=0.0719937;RO=55;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862442;STB=0.583694;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0105179;OID=.;OPOS=17556930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:61:19:19:0.2375:12:7:24:31:12:7:29:32 chr20 17594714 . GC G 872.27 PASS AF=0.467337;AO=89;DP=198;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.0328161;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.409;QD=17.5331;RBI=0.0431821;REFB=-0.0101793;REVB=-0.0280678;RO=105;SAF=44;SAR=45;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148707;STB=0.57766;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0346739;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467337:89:198:93:199:106:46:47:37:69:99:105:44:45:36:69 chr20 17594729 . G A 1050.58 PASS AF=0.507177;AO=106;DP=209;FAO=106;FDP=209;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.00622115;FXX=0.00476168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.818;QD=20.1069;RBI=0.00994511;REFB=-0.00766658;REVB=-0.00775903;RO=102;SAF=35;SAR=71;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169578;STB=0.591252;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00744183;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:102:103:106:106:0.507177:71:35:52:50:71:35:52:51 chr20 17594801 . G A 481.27 PASS AF=0.374194;AO=57;DP=153;FAO=58;FDP=155;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=0.00293927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.65;QD=12.4198;RBI=0.0098219;REFB=-0.00682109;REVB=-0.00937179;RO=95;SAF=18;SAR=39;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394862;STB=0.508905;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00722355;OID=.;OPOS=17594801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:95:97:57:58:0.374194:39:18:33:62:39:19:33:64 chr20 17596155 . C A 717.88 PASS AF=0.581197;AO=68;DP=117;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00461108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.786;QD=24.5428;RBI=0.00797538;REFB=-0.0225015;REVB=0.00650727;RO=49;SAF=37;SAR=31;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418878;STB=0.52283;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0174138;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:49:49:68:68:0.581197:31:37:24:25:31:37:24:25 chr20 17605240 . A T 1386.41 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107079;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.879;QD=63.0188;RBI=0.0372168;REFB=0;REVB=0.0372014;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023874;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:87:88:1:30:57:0:0:30:58:0:0 chr20 17605316 . G A 142.54 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00919112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.211;QD=8.2632;RBI=0.0160712;REFB=-0.00498169;REVB=-0.0131836;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169014;STB=0.590078;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0130466;OID=.;OPOS=17605316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:9:11:33:15:9:11:33:16 chr20 17610535 . C T 773.77 PASS AF=0.425743;AO=86;DP=203;FAO=86;FDP=202;FR=.;FRO=116;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=0.00660207;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.178;QD=15.3222;RBI=0.00865809;REFB=-0.0397707;REVB=0.00560136;RO=116;SAF=42;SAR=44;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562741;STB=0.531394;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0478475;OID=.;OPOS=17610535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:116:116:86:86:0.425743:44:42:63:53:44:42:63:53 chr20 17705677 . A G 1636.57 PASS AF=0.982301;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0023832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.131;QD=57.9316;RBI=0.0469108;REFB=-0.0759815;REVB=-0.0468503;RO=2;SAF=58;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110254;STB=0.500722;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000423203;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:113:2:2:109:111:0.982301:51:58:1:1:51:60:1:1 chr20 17932210 . C T 306.55 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00991893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.087;QD=10.8512;RBI=0.0108952;REFB=-0.00751563;REVB=-0.00450767;RO=72;SAF=27;SAR=12;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271486;STB=0.665185;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0139837;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:72:74:39:39:0.345133:12:27:33:39:12:27:33:41 chr20 18142564 . A G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0100731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.749;QD=23.7571;RBI=0.0173497;REFB=-0.0257676;REVB=-0.0141261;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130028;STB=0.572094;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0189853;OID=.;OPOS=18142564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:16:6:11:15:16:6 chr20 18143117 . T G 429.23 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0404246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9943;QD=53.6537;RBI=0.0404246;REFB=0.0505409;REVB=-3.63263e-05;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00185688;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:32:1:1:28:31:0.96875:16:12:1:0:18:13:1:0 chr20 18143355 . C T 389.6 PASS AF=0.322785;AO=51;DP=158;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.0066869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.529;QD=9.86333;RBI=0.00672116;REFB=-0.00973703;REVB=-0.0006777;RO=107;SAF=18;SAR=33;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213294;STB=0.623534;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0191841;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:107:107:51:51:0.322785:33:18:57:50:33:18:57:50 chr20 18167977 . T A,C 1301.75 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,81;DP=84;FAO=3,84;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=3,26;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259334,0.048178;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.3681,223.42;QD=59.8504;RBI=0.0262503,0.0482205;REFB=0,0;REVB=-0.00406644,-0.00202519;RO=0;SAF=3,25;SAR=0,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.245066,-0.000110557;OID=.,.;OPOS=18167977,18167977;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:84:87:0:0:3,81:3,84:0.0344828,0.965517:0,56:3,25:0:0:0,58:3,26:0:0 chr20 18296072 . T A 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0908556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8049;QD=58.1163;RBI=0.102821;REFB=0;REVB=0.0481395;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654464;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr20 18309650 . GT G 930.65 PASS AF=1;AO=77;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207118;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.3658;QD=44.8507;RBI=0.0515129;REFB=0;REVB=0.0471657;RO=1;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000937292;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:81:83:83:0:32:51:0:0:18:1:28:49:0:1 chr20 18414356 . A G 1000.27 PASS AF=1;AO=68;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3747;QD=54.8094;RBI=0.1255;REFB=0;REVB=0.0302587;RO=2;SAF=38;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779425;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:2:0:68:73:1:30:38:2:0:30:43:0:0 chr20 18433335 . T C 832.74 PASS AF=0.672727;AO=73;DP=110;FAO=74;FDP=110;FR=.;FRO=36;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.026905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4132;QD=30.2816;RBI=0.0547286;REFB=-0.0175678;REVB=0.0476586;RO=36;SAF=41;SAR=32;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135091;STB=0.509713;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00708589;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:36:36:73:74:0.672727:32:41:21:15:33:41:21:15 chr20 18445963 . A G 455.93 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0126694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0908;QD=31.4434;RBI=0.0278184;REFB=0.00689019;REVB=0.0247659;RO=16;SAF=19;SAR=22;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514388;STB=0.519383;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00220627;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:16:17:41:41:0.706897:22:19:9:7:22:19:9:8 chr20 18462421 . A G 1175.61 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.441;QD=59.5245;RBI=0.0284029;REFB=-0.0089192;REVB=0.0155646;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=4.26467e-05;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:78:78:0.987342:45:33:0:0:45:33:0:1 chr20 18541699 . T TA 447.69 PASS AF=0.734177;AO=56;DP=81;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0459458;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.871;QD=22.6677;RBI=0.0636431;REFB=-0.0267681;REVB=0.044039;RO=25;SAF=24;SAR=32;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665971;STB=0.500667;STBP=0.995;TYPE=ins;VARB=0.0102757;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734177:56:81:58:79:21:25:33:9:12:71:25:24:32:11:14 chr20 18810705 . C T 414.78 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.017617;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.026;QD=11.2102;RBI=0.0177259;REFB=-0.0130804;REVB=-0.00196156;RO=98;SAF=31;SAR=19;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217815;STB=0.512538;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0271516;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:98:98:50:50:0.337838:19:31:59:39:19:31:59:39 chr20 19261606 . T C 508.36 PASS AF=0.358382;AO=61;DP=171;FAO=62;FDP=173;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.0562782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2146;QD=11.754;RBI=0.0562932;REFB=-0.000763943;REVB=0.00129915;RO=110;SAF=21;SAR=40;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171446;STB=0.576256;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00223172;OID=.;OPOS=19261606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:110:111:61:62:0.358382:40:21:54:56:39:23:54:57 chr20 19261623 . G A 1384.51 PASS AF=0.628272;AO=120;DP=191;FAO=120;FDP=191;FR=.;FRO=71;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00638775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7024;QD=28.9951;RBI=0.0266892;REFB=-0.0106877;REVB=0.0259135;RO=70;SAF=62;SAR=58;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892956;STB=0.550575;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00394008;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:70:71:120:120:0.628272:58:62:27:43:58:62:27:44 chr20 19702049 . G A 1505.51 PASS AF=1;AO=72;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.847;QD=59.624;RBI=0.0141178;REFB=0;REVB=0.00384447;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75401e-06;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:72:101:1:30:42:0:0:43:58:0:0 chr20 19951534 . T A 499.09 PASS AF=0.358824;AO=60;DP=170;FAO=61;FDP=170;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0377423;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9872;QD=11.7434;RBI=0.0431561;REFB=-0.00283517;REVB=-0.0209277;RO=109;SAF=35;SAR=25;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15104;STB=0.579489;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00461287;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:109:109:60:61:0.358824:25:35:49:60:26:35:49:60 chr20 19970705 . C T 1419.89 PASS AF=0.735849;AO=117;DP=159;FAO=117;FDP=159;FR=.;FRO=42;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0445473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.081;QD=35.7206;RBI=0.0445497;REFB=-0.00397646;REVB=-0.000456676;RO=41;SAF=45;SAR=72;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222714;STB=0.507691;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00242448;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:41:42:117:117:0.735849:72:45:14:27:72:45:15:27 chr20 19983022 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 45.85 PASS AF=0.28,0;AO=21,3;DP=74;FAO=21,0;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=4,0;FSAR=17,0;FSRF=10;FSRR=44;FWDB=0.0569797,-0.0722608;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.00146,23.2123;QD=2.44537;RBI=0.117898,0.136125;REFB=-0.0670717,-0.0390357;REVB=0.103215,0.115362;RO=41;SAF=1,3;SAR=20,0;SRF=9;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=-0.473234,0.663154;STB=0.506218,0.5;STBP=0.984,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0770326,0.0972394;OID=.,.;OPOS=19983023,19983028;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0:21,3:74:21,0:75:54:4,0:17,0:10:44:45:41:1,3:20,0:9:32 chr20 20032998 . T C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0324258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0821;QD=55.0074;RBI=0.0324269;REFB=-0.0811961;REVB=0.000270449;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00212348;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:15:17:0:0:15:17:1:0 chr20 20033137 . T A 2088.8 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251656;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.71;QD=62.821;RBI=0.0346158;REFB=0;REVB=0.0237686;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011236;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:73:59:0:0:74:59:0:0 chr20 20033242 . A T 1511.07 PASS AF=0.979798;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0058699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3489;QD=61.0532;RBI=0.00881652;REFB=-0.0512282;REVB=0.00657839;RO=2;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193441;STB=0.509613;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0043403;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:99:2:2:94:97:0.979798:48:46:0:2:51:46:0:2 chr20 20033319 . A G 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.343;QD=60.2166;RBI=0.0103001;REFB=0;REVB=0.0101363;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44913e-05;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr20 20033380 . A G 417.84 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0292011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5632;QD=53.9149;RBI=0.0549253;REFB=-0.0212907;REVB=-0.0465197;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00205948;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr20 20050397 . G A 1618.72 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444137;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.863;QD=59.9527;RBI=0.0451611;REFB=0;REVB=0.00818185;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46432e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:106:108:1:56:50:0:0:58:50:0:0 chr20 20152462 . A C 306.0 PASS AF=0.393258;AO=34;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0377302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8045;QD=13.7527;RBI=0.0380271;REFB=0.00151466;REVB=-0.00474229;RO=54;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166697;STB=0.519132;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00300355;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:54:34:35:0.393258:15:19:31:23:16:19:31:23 chr20 20341333 . G C 2310.26 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=149;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00519951;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.098;QD=62.8641;RBI=0.0145033;REFB=-0.00792225;REVB=0.0135392;RO=1;SAF=74;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638339;STB=0.503311;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000139839;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:147:1:1:145:146:0.993197:71:74:1:0:71:75:1:0 chr20 20350516 . T G 911.77 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.036;QD=56.9856;RBI=0.0443362;REFB=0;REVB=0.0356064;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327463;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:30:31:0:0:32:32:0:0 chr20 20377351 . T C 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00274496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.422;QD=20.397;RBI=0.0244004;REFB=0.00527653;REVB=0.0242455;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10139;STB=0.556151;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00428976;OID=.;OPOS=20377351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:18:9:14:17:18:9 chr20 20512440 . CTTTTTA ACTTTTA,ATTTTTA,CTTTTA,TCATTTT 36.6 PASS AF=0,0,0.368421,0;AO=3,4,7,2;DP=55;FAO=0,0,14,0;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,11,0;FSAR=0,0,3,0;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0019233,-0.0569347,-0.0505294,-0.102608;FXX=0.20829;HRUN=1,1,5,1;LEN=2,1,1,7;MLLD=51.4666,30.5538,11.27,107.361;QD=3.85242;RBI=0.107451,0.237652,0.0543988,0.155529;REFB=-0.00785256,-0.0193424,-0.105436,-0.0128297;REVB=-0.107434,-0.230732,-0.0201496,-0.11688;RO=18;SAF=0,0,7,0;SAR=3,4,0,2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.519291,-0.580913,0.806635,-0.428552;STB=0.5,0.5,0.834055,0.5;STBP=1,1,0.008,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0.00783401,0,0.0991981,0;OID=.,.,.,.;OPOS=20512440,20512440,20512441,20512440;OREF=CT,C,T,CTTTTTA;OALT=AC,A,-,TCATTTT;OMAPALT=ACTTTTA,ATTTTTA,CTTTTA,TCATTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:36:55:38:18:24:3,4,7,2:0,0,14,0:0,0,0.368421,0:3,4,0,2:0,0,7,0:4:14:0,0,3,0:0,0,11,0:5:19 chr20 20621352 . T C 84.68 PASS AF=0.207317;AO=11;DP=70;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.012201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0816;QD=4.13066;RBI=0.0431878;REFB=-0.0105331;REVB=0.0414285;RO=58;SAF=0;SAR=11;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.739024;STB=0.721071;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0801902;OID=.;OPOS=20621352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:70:82:58:65:11:17:0.207317:11:0:35:23:11:6:42:23 chr20 21142523 . C G 122.64 PASS AF=0.22619;AO=20;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0100407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.294;QD=5.84011;RBI=0.0114019;REFB=-0.00249548;REVB=-0.00540258;RO=63;SAF=10;SAR=10;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687097;STB=0.521388;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00889923;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:65:20:19:0.22619:10:10:35:28:9:10:36:29 chr20 21142813 . T C 227.54 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.000333511;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7887;QD=11.521;RBI=0.0238205;REFB=-0.00726462;REVB=0.0238181;RO=50;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847312;STB=0.552689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0206225;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:51:27:28:0.35443:15:12:26:24:16:12:26:25 chr20 21362703 . TA T 1784.23 PASS AF=1;AO=147;DP=156;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.8588;QD=44.8862;RBI=0.0599073;REFB=-0.0648518;REVB=-0.0586925;RO=3;SAF=59;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=0.00269306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00169224;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:147:156:159:159:0:66:93:0:0:23:3:59:88:1:2 chr20 21689920 . A C 358.71 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.109656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5603;QD=25.6218;RBI=0.118549;REFB=-0.0112212;REVB=-0.0450508;RO=21;SAF=3;SAR=31;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105897;STB=0.561365;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00851234;OID=.;OPOS=21689920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:34:35:0.625:31:3:3:18:32:3:3:18 chr20 22562674 . T C 1374.45 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491877;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.139;QD=60.4153;RBI=0.0504673;REFB=-0.000947215;REVB=0.0112926;RO=2;SAF=39;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261237;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000156472;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:91:2:1:89:90:0.989011:50:39:1:1:50:40:0:1 chr20 22758594 . T C 139.83 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00404192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.28;QD=6.14643;RBI=0.0330573;REFB=5.75773e-05;REVB=0.0328093;RO=69;SAF=8;SAR=13;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105465;STB=0.560287;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-9.97515e-06;OID=.;OPOS=22758594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:70:21:21:0.230769:13:8:32:37:13:8:32:38 chr20 23017017 . T C 442.5 PASS AF=0.300518;AO=58;DP=193;FAO=58;FDP=193;FR=.;FRO=135;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=81;FSRR=54;FWDB=-0.0376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.592;QD=9.17093;RBI=0.0381589;REFB=-0.00275973;REVB=-0.00650686;RO=135;SAF=31;SAR=27;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796992;STB=0.546326;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00462937;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:135:135:58:58:0.300518:27:31:81:54:27:31:81:54 chr20 23017082 . T C 423.25 PASS AF=0.287129;AO=58;DP=202;FAO=58;FDP=202;FR=.;FRO=144;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=88;FSRR=56;FWDB=-0.0839224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4725;QD=8.38127;RBI=0.0860732;REFB=-0.00192807;REVB=-0.0191212;RO=144;SAF=28;SAR=30;SRF=88;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155909;STB=0.591002;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00412944;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:144:144:58:58:0.287129:30:28:88:56:30:28:88:56 chr20 23066338 . G C 292.65 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00171494;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.112;QD=22.0868;RBI=0.00792495;REFB=-0.00571977;REVB=-0.00773718;RO=22;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347831;STB=0.536208;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00437605;OID=.;OPOS=23066338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:22:23:29:30:0.566038:9:20:16:6:10:20:17:6 chr20 23355423 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00502486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.084;QD=25.2765;RBI=0.0104241;REFB=-0.0125891;REVB=-0.00913307;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263955;STB=0.514691;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00845882;OID=.;OPOS=23355423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:8:4:7:12:8:4 chr20 23472391 . A G 3804.71 PASS AF=0.966667;AO=233;DP=242;FAO=261;FDP=270;FR=.;FRO=9;FSAF=132;FSAR=129;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0112965;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.96;QD=56.366;RBI=0.0146251;REFB=-0.0678131;REVB=0.00928886;RO=0;SAF=119;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12516e-08;STB=0.512776;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00115569;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:242:270:0:9:233:261:0.966667:114:119:0:0:129:132:8:1 chr20 23546639 . T G 367.78 PASS AF=0.321678;AO=46;DP=143;FAO=46;FDP=143;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00368426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.172;QD=10.2875;RBI=0.00958065;REFB=-0.00589122;REVB=-0.00884392;RO=96;SAF=30;SAR=16;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182649;STB=0.602969;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0137196;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:96:97:46:46:0.321678:16:30:48:48:16:30:49:48 chr20 23586360 . G A 2217.05 PASS AF=0.992958;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0417312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4989;QD=62.4522;RBI=0.0566816;REFB=-0.0734726;REVB=0.0383577;RO=1;SAF=72;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655795;STB=0.503355;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00350607;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:142:1:1:139:141:0.992958:67:72:1:0:67:74:1:0 chr20 23618395 . T C 2653.87 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217349;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.145;QD=62.0789;RBI=0.0286915;REFB=0;REVB=0.0187296;RO=0;SAF=82;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55702e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:169:171:1:87:82:0:0:88:83:0:0 chr20 23729722 . G T 5154.74 PASS AF=1;AO=327;DP=330;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025691;FXX=0.00604211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.952;QD=62.6716;RBI=0.0259116;REFB=-0.0832231;REVB=-0.0033736;RO=2;SAF=164;SAR=163;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322141;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:330:329:2:0:327:329:1:163:164:2:0:163:166:0:0 chr20 23731494 . A G 571.2 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0457745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9089;QD=28.56;RBI=0.0459055;REFB=0.00406546;REVB=0.00346548;RO=29;SAF=18;SAR=33;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838509;STB=0.545437;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00421726;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:33:18:7:22:33:18:7:22 chr20 23860178 . A G 447.74 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0282099;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.945;QD=23.8793;RBI=0.0319749;REFB=-0.0359126;REVB=-0.0150531;RO=31;SAF=20;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103729;STB=0.501557;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.022861;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:31:32:43:43:0.573333:23:20:14:17:23:20:15:17 chr20 24939590 . G C 1017.75 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0778118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.751;QD=56.5416;RBI=0.0778664;REFB=0.0399182;REVB=-0.00291795;RO=2;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814495;STB=0.504309;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00208354;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:25:45:1:1:25:45:1:1 chr20 24954887 . A T 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.573;QD=59.8228;RBI=0.0613042;REFB=0;REVB=0.0430741;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231823;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr20 25027526 . G A 1434.6 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108444;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7548;QD=63.0591;RBI=0.0132227;REFB=0;REVB=0.00756552;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355104;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:48:41:0:0:50:41:0:0 chr20 25059442 . C T 1000.85 PASS AF=0.37037;AO=118;DP=322;FAO=120;FDP=324;FR=.;FRO=204;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=78;FSRR=126;FWDB=-0.0068166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.658;QD=12.3561;RBI=0.0225174;REFB=-0.0113606;REVB=-0.0214608;RO=203;SAF=62;SAR=56;SRF=78;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157336;STB=0.59427;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0263774;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:324:203:204:118:120:0.37037:56:62:78:125:56:64:78:126 chr20 25187213 . G A 1249.9 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0156474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.231;QD=60.2359;RBI=0.0156578;REFB=-0.0378981;REVB=-0.000570317;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000619475;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:42:39:0:1:43:39:0:1 chr20 25193949 . G A 1594.42 PASS AF=0.990826;AO=104;DP=107;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00257403;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4575;QD=58.5107;RBI=0.0186779;REFB=-0.121809;REVB=0.0184997;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.504586;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000964235;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:109:1:1:104:108:0.990826:53:51:1:0:54:54:1:0 chr20 25195387 . A AT 400.09 PASS AF=1;AO=12;DP=102;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299019;FXX=0.195856;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.95297;QD=20.5174;RBI=0.0938242;REFB=-0.0129654;REVB=-0.0889317;RO=88;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0251145;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:102:78:78:0:43:35:0:0:6:88:5:7:38:50 chr20 25195394 . C T 1550.11 PASS AF=1;AO=86;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5957;QD=62.0045;RBI=0.0475124;REFB=0;REVB=0.0251883;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266866;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:86:100:1:47:39:0:0:55:45:0:0 chr20 25195509 . A G 1685.85 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00340031;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.011;QD=56.1949;RBI=0.00427487;REFB=-0.127749;REVB=0.00259083;RO=3;SAF=68;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128445;STB=0.50822;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000633361;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:120:120:3:5:115:115:0.958333:47:68:1:2:47:68:2:3 chr20 25207074 . T C 2242.2 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.05;QD=63.1605;RBI=0.0206832;REFB=0;REVB=0.0051317;RO=0;SAF=60;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46762e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:140:142:1:80:60:0:0:81:61:0:0 chr20 25260931 . A G 1530.05 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255294;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.454;QD=59.4194;RBI=0.0257295;REFB=0;REVB=-0.00320294;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807444;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:40:61:0:0:41:62:0:0 chr20 25264814 . T C 1208.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6443;QD=61.204;RBI=0.0706752;REFB=0;REVB=0.0670627;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412364;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr20 25268920 . T C 767.99 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1613;QD=55.8538;RBI=0.0751937;REFB=0;REVB=0.0749477;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304696;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:51:55:1:19:32:0:0:22:33:0:0 chr20 25276297 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.054;QD=60.2044;RBI=0.00487776;REFB=0;REVB=-0.0028525;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4541e-05;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr20 25282944 . A G 1212.11 PASS AF=0.954023;AO=82;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00148317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.392;QD=55.7292;RBI=0.00837424;REFB=-0.0130639;REVB=0.00824185;RO=3;SAF=28;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000603717;STB=0.504503;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000639034;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:3:4:82:83:0.954023:54:28:1:2:55:28:1:3 chr20 25434138 . G C 317.91 PASS AF=0.252688;AO=44;DP=184;FAO=47;FDP=186;FR=.;FRO=139;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.00790288;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.073;QD=6.83675;RBI=0.0115643;REFB=-0.00418192;REVB=0.00844255;RO=138;SAF=18;SAR=26;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115056;STB=0.542518;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.013216;OID=.;OPOS=25434138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:138:139:44:47:0.252688:26:18:69:69:26:21:70:69 chr20 25456888 . A G 2315.34 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5592;QD=63.0024;RBI=0.038684;REFB=0.0111738;REVB=-0.0267348;RO=1;SAF=48;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980404;STB=0.505154;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-5.31816e-05;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:98:48:1:0:98:48:1:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 764.22 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039641;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=268.833;QD=63.685;RBI=0.0400953;REFB=0;REVB=0.0060185;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.30052e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:48:48:48:0:21:27:0:0:4:0:20:26:0:0 chr20 25591864 . A T 544.96 PASS AF=0.886364;AO=37;DP=42;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0327803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.703;QD=49.5418;RBI=0.0427969;REFB=-0.0902447;REVB=0.0275141;RO=5;SAF=12;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679007;STB=0.537829;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00615735;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:44:5:5:37:39:0.886364:25:12:3:2:27:12:3:2 chr20 25595829 . C T 252.16 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0163658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.329;QD=10.3983;RBI=0.0179797;REFB=0.0111821;REVB=-0.00744519;RO=66;SAF=24;SAR=7;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15893;STB=0.593791;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0301405;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:7:24:44:22:7:24:44:22 chr20 25595868 . G A 257.56 PASS AF=0.307018;AO=33;DP=112;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=-0.000620748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7653;QD=9.03714;RBI=0.013553;REFB=-0.00324662;REVB=0.0135387;RO=79;SAF=23;SAR=10;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362384;STB=0.511809;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00857144;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:79:79:33:35:0.307018:10:23:53:26:11:24:53:26 chr20 25755672 . G T 235.95 PASS AF=0.265625;AO=34;DP=128;FAO=34;FDP=128;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00775171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.815;QD=7.37348;RBI=0.0119405;REFB=-0.0102584;REVB=0.00908216;RO=94;SAF=8;SAR=26;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359201;STB=0.716401;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0205018;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:94:94:34:34:0.265625:26:8:48:46:26:8:48:46 chr20 26061803 . C A 91.32 PASS AF=0.217391;AO=14;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0391886;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8191;QD=5.29384;RBI=0.0747955;REFB=-0.0030047;REVB=0.0637073;RO=47;SAF=14;SAR=0;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744439;STB=0.881263;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0305327;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:69:69:47:54:14:15:0.217391:0:14:27:20:1:14:31:23 chr20 26061818 . G C 90.33 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00230634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.82;QD=4.94955;RBI=0.0110493;REFB=-0.0102307;REVB=-0.0108059;RO=57;SAF=14;SAR=1;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625042;STB=0.906506;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0252027;OID=.;OPOS=26061818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:73:57:58:15:15:0.205479:1:14:28:29:1:14:29:29 chr20 26061859 . G T 74.76 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0499017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5337;QD=3.39824;RBI=0.1039;REFB=-0.00607077;REVB=0.0911323;RO=74;SAF=13;SAR=1;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614688;STB=0.918333;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0393553;OID=.;OPOS=26061859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:1:13:34:40:1:13:34:40 chr20 26061877 . G A 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0145286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.338;QD=1.74064;RBI=0.0535624;REFB=-0.00308157;REVB=-0.0515544;RO=78;SAF=8;SAR=1;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51311;STB=0.890279;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0193086;OID=.;OPOS=26061877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:1:8:35:43:1:8:35:43 chr20 26061884 . C G 36.73 PASS AF=0.0989011;AO=8;DP=89;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.044674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.27;QD=1.6146;RBI=0.0545427;REFB=0.000880044;REVB=-0.0312912;RO=81;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489442;STB=0.89845;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.011265;OID=.;OPOS=26061884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:89:91:81:82:8:9:0.0989011:1:7:35:46:1:8:35:47 chr20 26094564 . T G 1517.26 PASS AF=0.382289;AO=174;DP=463;FAO=177;FDP=463;FR=.;FRO=286;FSAF=96;FSAR=81;FSRF=111;FSRR=175;FWDB=-0.0472397;FXX=0.00430098;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6284;QD=13.108;RBI=0.0515786;REFB=-0.00108316;REVB=-0.0207066;RO=280;SAF=95;SAR=79;SRF=107;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178527;STB=0.594431;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00298447;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:280:286:174:177:0.382289:79:95:107:173:81:96:111:175 chr20 26094567 . T C 1802.57 PASS AF=0.425806;AO=197;DP=466;FAO=198;FDP=465;FR=.;FRO=267;FSAF=101;FSAR=97;FSRF=104;FSRR=163;FWDB=0.00113908;FXX=0.00214588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.971;QD=15.506;RBI=0.0139904;REFB=-0.006216;REVB=0.013944;RO=265;SAF=100;SAR=97;SRF=102;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126712;STB=0.569069;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00799443;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:465:265:267:197:198:0.425806:97:100:102:163:97:101:104:163 chr20 26094605 . G A 1103.88 PASS AF=0.368715;AO=132;DP=357;FAO=132;FDP=358;FR=.;FRO=226;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=145;FWDB=-0.0130558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.168;QD=12.3339;RBI=0.0320739;REFB=-0.0171163;REVB=-0.0292965;RO=221;SAF=74;SAR=58;SRF=80;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217928;STB=0.625585;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0290658;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:221:226:132:132:0.368715:58:74:80:141:58:74:81:145 chr20 26094609 . C A 1080.34 PASS AF=0.367347;AO=126;DP=343;FAO=126;FDP=343;FR=.;FRO=217;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=79;FSRR=138;FWDB=-0.0389413;FXX=0.00579693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9034;QD=12.5987;RBI=0.0425788;REFB=0.000879119;REVB=-0.01722;RO=217;SAF=66;SAR=60;SRF=79;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178172;STB=0.600315;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00135015;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:217:217:126:126:0.367347:60:66:79:138:60:66:79:138 chr20 29623209 . G C 47.0 PASS AF=0.0740741;AO=18;DP=243;FAO=18;FDP=243;FR=.;FRO=225;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=119;FSRR=106;FWDB=0.00629526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.187;QD=0.773627;RBI=0.0195809;REFB=0.000335151;REVB=-0.0185413;RO=224;SAF=8;SAR=10;SRF=118;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918189;STB=0.577712;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00781793;OID=.;OPOS=29623209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:243:243:224:225:18:18:0.0740741:10:8:118:106:10:8:119:106 chr20 29623210 . C T 187.6 PASS AF=0.156379;AO=38;DP=243;FAO=38;FDP=243;FR=.;FRO=205;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=113;FSRR=92;FWDB=-0.022962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.993;QD=3.08806;RBI=0.0279751;REFB=-0.00491731;REVB=0.0159797;RO=205;SAF=14;SAR=24;SRF=113;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233032;STB=0.652318;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0285999;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:205:205:38:38:0.156379:24:14:113:92:24:14:113:92 chr20 29623218 . A G 57.2 PASS AF=0.0829876;AO=20;DP=240;FAO=20;FDP=241;FR=.;FRO=221;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=116;FSRR=105;FWDB=-0.0360427;FXX=0.00823011;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4591;QD=0.949368;RBI=0.058177;REFB=0.000323955;REVB=-0.0456672;RO=218;SAF=11;SAR=9;SRF=114;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314714;STB=0.523131;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00359339;OID=.;OPOS=29623218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:240:241:218:221:20:20:0.0829876:9:11:114:104:9:11:116:105 chr20 29623223 . T C 372.29 PASS AF=0.236287;AO=56;DP=237;FAO=56;FDP=237;FR=.;FRO=181;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=95;FSRR=86;FWDB=-0.00573347;FXX=0.0246903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.974;QD=6.28338;RBI=0.00589368;REFB=-2.32245e-05;REVB=0.00136485;RO=171;SAF=32;SAR=24;SRF=91;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498984;STB=0.535919;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000165959;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:171:181:56:56:0.236287:24:32:91:80:24:32:95:86 chr20 29623224 . C A 120.78 PASS AF=0.124464;AO=29;DP=238;FAO=29;FDP=233;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=114;FSRR=90;FWDB=-0.00223734;FXX=0.0371885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.581;QD=2.07355;RBI=0.00901333;REFB=-0.00437078;REVB=-0.00873124;RO=186;SAF=11;SAR=18;SRF=106;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238306;STB=0.654346;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0217008;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:233:186:204:29:29:0.124464:18:11:106:80:18:11:114:90 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 444.9 PASS AF=0.0607477,0.242991;AO=13,47;DP=225;FAO=13,52;FDP=214;FR=.;FRO=149;FSAF=6,27;FSAR=7,25;FSRF=77;FSRR=72;FWDB=-0.0287496,-0.0103125;FXX=0.053095;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=34.5631,229.226;QD=8.31586;RBI=0.124188,0.0561381;REFB=0.0221019,-0.00687597;REVB=0.120814,0.0551828;RO=125;SAF=6,25;SAR=7,22;SRF=74;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153105,-0.0746501;STB=0.550633,0.50182;STBP=0.727,0.973;TYPE=snp,del;VARB=-0.0465258,0.0302621;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0607477,0.242991:13,47:225:13,52:214:149:6,27:7,25:77:72:99:125:6,25:7,22:74:51 chr20 29624020 . GT G,GTT 60.13 PASS AF=0,0.336538;AO=16,37;DP=106;FAO=0,35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=0,18;FSAR=0,17;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00199871,-0.000838587;FXX=0.0188661;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.02782,8.23465;QD=2.31259;RBI=0.00428809,0.00840745;REFB=0.0216281,-0.0170207;REVB=-0.00379379,0.00836552;RO=47;SAF=9,20;SAR=7,17;SRF=16;SRR=31;SSEN=0.475962,0;SSEP=0.405405,0;SSSB=0.266097,0.197461;STB=0.5,0.562157;STBP=1,0.361;TYPE=del,ins;VARB=-0.0138877,-0.00279932;OID=.,.;OPOS=29624021,29624021;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.336538:16,37:106:0,35:104:69:0,18:0,17:29:40:62:47:9,20:7,17:16:31 chr20 29624068 . T C 166.9 PASS AF=0.179191;AO=28;DP=169;FAO=31;FDP=173;FR=.;FRO=142;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=0.00478101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.506;QD=3.85886;RBI=0.0106939;REFB=-0.00264906;REVB=0.00956565;RO=141;SAF=14;SAR=14;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00453926;STB=0.539758;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0121992;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:141:142:28:31:0.179191:14:14:70:71:14:17:71:71 chr20 29624070 . G A 86.08 PASS AF=0.12;AO=21;DP=175;FAO=21;FDP=175;FR=.;FRO=154;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=0.0100275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.9;QD=1.96748;RBI=0.0166004;REFB=0.00047536;REVB=-0.0132296;RO=149;SAF=13;SAR=8;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18525;STB=0.616238;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00667302;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:175:175:149:154:21:21:0.12:8:13:70:79:8:13:75:79 chr20 29625876 . C T 103.03 PASS AF=0.146853;AO=21;DP=143;FAO=21;FDP=143;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.00934335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.585;QD=2.88204;RBI=0.0265221;REFB=-0.00154339;REVB=-0.0248219;RO=117;SAF=12;SAR=9;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945976;STB=0.519251;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00882959;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:117:122:21:21:0.146853:9:12:66:51:9:12:67:55 chr20 29625877 . G A 139.93 PASS AF=0.178571;AO=25;DP=142;FAO=25;FDP=140;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.0144424;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.103;QD=3.99795;RBI=0.0319009;REFB=-0.00435777;REVB=-0.0284444;RO=114;SAF=13;SAR=12;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531523;STB=0.537284;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0231073;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:114:115:25:25:0.178571:12:13:64:50:12:13:65:50 chr20 29625925 . C CTTG 76.52 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.00860968;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=3;MLLD=243.453;QD=2.57201;RBI=0.0294364;REFB=-0.00444075;REVB=-0.0281491;RO=97;SAF=7;SAR=9;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974915;STB=0.582969;STBP=0.511;TYPE=ins;VARB=0.0257573;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134454:16:117:16:119:103:7:9:55:48:76:97:7:9:50:47 chr20 29625935 . A G 43.77 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.0110721;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.848;QD=1.36784;RBI=0.0185928;REFB=-0.00846656;REVB=-0.0149365;RO=115;SAF=2;SAR=10;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367483;STB=0.789708;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0446516;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:115:116:12:12:0.09375:10:2:53:62:10:2:53:63 chr20 29625971 . C A 60.28 PASS AF=0.0982659;AO=17;DP=173;FAO=17;FDP=173;FR=.;FRO=156;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=92;FWDB=-0.0357848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4129;QD=1.39383;RBI=0.0582763;REFB=0.00450256;REVB=-0.0459954;RO=155;SAF=5;SAR=12;SRF=64;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152187;STB=0.614103;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0495203;OID=.;OPOS=29625971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:173:173:155:156:17:17:0.0982659:12:5:64:91:12:5:64:92 chr20 29625979 . C A 34.11 PASS AF=0.0705882;AO=14;DP=172;FAO=12;FDP=170;FR=.;FRO=158;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=92;FWDB=-0.00033044;FXX=0.034089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.849;QD=0.802602;RBI=0.0058418;REFB=-0.000717269;REVB=-0.00583245;RO=152;SAF=5;SAR=9;SRF=61;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534392;STB=0.583191;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0106219;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:172:170:152:158:14:12:0.0705882:9:5:61:91:8:4:66:92 chr20 29625984 . TG CC,TA 71.6 PASS AF=0.0607735,0.0552486;AO=11,10;DP=181;FAO=11,10;FDP=181;FR=.;FRO=160;FSAF=3,6;FSAR=8,4;FSRF=63;FSRR=97;FWDB=0.0053228,-0.0116237;FXX=0.0054942;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=250.81,60.4234;QD=1.58224;RBI=0.0106519,0.0291848;REFB=-0.00123807,-0.00768351;REVB=0.00922668,-0.0267701;RO=159;SAF=3,6;SAR=8,4;SRF=62;SRR=97;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13477,0.212899;STB=0.626092,0.686728;STBP=0.393,0.255;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0111069,0.0344649;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:181:181:159:160:11,10:11,10:0.0607735,0.0552486:8,4:3,6:62:97:8,4:3,6:63:97 chr20 29628237 . C A 92.78 PASS AF=0.0982456;AO=28;DP=286;FAO=28;FDP=285;FR=.;FRO=257;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=133;FSRR=124;FWDB=-0.0298598;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.79;QD=1.30212;RBI=0.0300099;REFB=-0.00462631;REVB=-0.00299759;RO=247;SAF=18;SAR=10;SRF=132;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134735;STB=0.614909;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0360257;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:286:285:247:257:28:28:0.0982456:10:18:132:115:10:18:133:124 chr20 29628254 . A G 72.13 PASS AF=0.0865052;AO=25;DP=289;FAO=25;FDP=289;FR=.;FRO=264;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=137;FSRR=127;FWDB=-0.0104589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.899;QD=0.998367;RBI=0.011862;REFB=-0.00170611;REVB=0.00559636;RO=264;SAF=13;SAR=12;SRF=137;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124536;STB=0.50097;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0410487;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:289:289:264:264:25:25:0.0865052:12:13:137:127:12:13:137:127 chr20 29628271 . C T 1044.9 PASS AF=0.414286;AO=115;DP=280;FAO=116;FDP=280;FR=.;FRO=164;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=82;FSRR=82;FWDB=-0.0155983;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.535;QD=14.9272;RBI=0.0177907;REFB=-0.0301453;REVB=-0.00855569;RO=164;SAF=62;SAR=53;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412667;STB=0.520233;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0343857;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:164:164:115:116:0.414286:53:62:82:82:54:62:82:82 chr20 29628328 . C G 72.93 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=159;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=88;FWDB=-0.0603377;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5149;QD=1.83475;RBI=0.0658227;REFB=-0.0067211;REVB=-0.0263056;RO=140;SAF=10;SAR=8;SRF=53;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216506;STB=0.655576;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0405857;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:159:159:140:141:18:18:0.113208:8:10:53:87:8:10:53:88 chr20 29628361 . A C 162.29 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0172198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.704;QD=9.01628;RBI=0.0172198;REFB=-0.00733333;REVB=-4.80091e-07;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104122;STB=0.566951;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0129635;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:12:10:18:31:12:10:18:32 chr20 29628415 . T A 50.76 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0284469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.222;QD=3.44104;RBI=0.0297417;REFB=-0.000651266;REVB=-0.00868014;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194225;STB=0.64545;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00264203;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:48:50:9:9:0.152542:4:5:19:29:4:5:19:31 chr20 29628431 . C T 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0163867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.824;QD=26.6153;RBI=0.0216835;REFB=-0.0180404;REVB=-0.0142003;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151193;STB=0.583278;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0202405;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:6:15:15:14:6:15 chr20 29628439 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0186913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.271;QD=5.39751;RBI=0.0244113;REFB=-0.000194266;REVB=-0.0157019;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221857;STB=0.643262;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000681416;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:4:5:13:22:4:5:13:22 chr20 29630666 . T C 38.7 PASS AF=0.0704225;AO=15;DP=211;FAO=15;FDP=213;FR=.;FRO=198;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=119;FSRR=79;FWDB=-0.0145814;FXX=0.00467268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8406;QD=0.726676;RBI=0.0177499;REFB=-0.00649476;REVB=0.0101212;RO=195;SAF=13;SAR=2;SRF=116;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339389;STB=0.799089;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0205552;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:211:213:195:198:15:15:0.0704225:2:13:116:79:2:13:119:79 chr20 29630674 . A T 68.2 PASS AF=0.0929204;AO=21;DP=226;FAO=21;FDP=226;FR=.;FRO=205;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=123;FSRR=82;FWDB=0.0070077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.103;QD=1.20713;RBI=0.00714155;REFB=-0.00134903;REVB=-0.00137618;RO=203;SAF=14;SAR=7;SRF=121;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892852;STB=0.565016;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0100549;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:226:226:203:205:21:21:0.0929204:7:14:121:82:7:14:123:82 chr20 29630681 . G A 43.46 PASS AF=0.0720339;AO=17;DP=236;FAO=17;FDP=236;FR=.;FRO=219;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=131;FSRR=88;FWDB=-0.0140502;FXX=0.0125518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.401;QD=0.736685;RBI=0.0145829;REFB=-0.000632246;REVB=0.00390554;RO=203;SAF=13;SAR=4;SRF=128;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172334;STB=0.674722;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00534773;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:236:236:203:219:17:17:0.0720339:4:13:128:75:4:13:131:88 chr20 29630695 . C A 1007.83 PASS AF=0.432432;AO=110;DP=258;FAO=112;FDP=259;FR=.;FRO=147;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=89;FSRR=58;FWDB=0.000519426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.293;QD=15.5649;RBI=0.00440528;REFB=-0.0169742;REVB=-0.00437455;RO=145;SAF=65;SAR=45;SRF=87;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962875;STB=0.514681;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0266813;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:145:147:110:112:0.432432:45:65:87:58:47:65:89:58 chr20 29630697 . A G 96.78 PASS AF=0.105058;AO=27;DP=257;FAO=27;FDP=257;FR=.;FRO=230;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=137;FSRR=93;FWDB=-0.0211414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1266;QD=1.50629;RBI=0.0549057;REFB=-0.00163688;REVB=0.0506723;RO=230;SAF=17;SAR=10;SRF=137;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436464;STB=0.532033;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0153756;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:257:257:230:230:27:27:0.105058:10:17:137:93:10:17:137:93 chr20 29630725 . T C 171.98 PASS AF=0.141791;AO=38;DP=269;FAO=38;FDP=268;FR=.;FRO=230;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=133;FSRR=97;FWDB=-0.0282753;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.737;QD=2.56687;RBI=0.0316775;REFB=-0.00539738;REVB=-0.014282;RO=230;SAF=20;SAR=18;SRF=133;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671465;STB=0.544892;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.033437;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:230:230:38:38:0.141791:18:20:133:97:18:20:133:97 chr20 29631613 . TG CA 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-8.88417e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.859;QD=1.69001;RBI=0.0254043;REFB=-0.00247039;REVB=0.0254041;RO=88;SAF=4;SAR=6;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144014;STB=0.609538;STBP=0.486;TYPE=mnp;VARB=0.0190654;OID=.;OPOS=29631613;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:6:4:46:42:6:4:46:42 chr20 29632638 . C A 171.8 PASS AF=0.207143;AO=23;DP=136;FAO=29;FDP=140;FR=.;FRO=111;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=0.00203984;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.811;QD=4.90845;RBI=0.012215;REFB=-0.00887436;REVB=-0.0120435;RO=110;SAF=11;SAR=12;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277047;STB=0.530409;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0295774;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:110:111:23:29:0.207143:12:11:55:55:13:16:57:54 chr20 29632662 . G C 228.5 PASS AF=0.239726;AO=35;DP=158;FAO=35;FDP=146;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=-0.00469624;FXX=0.0817559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.624;QD=6.26023;RBI=0.0117325;REFB=-0.00649315;REVB=-0.0107516;RO=108;SAF=17;SAR=18;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525193;STB=0.521115;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0227227;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:146:108:111:35:35:0.239726:18:17:57:51:18:17:57:54 chr20 29632674 . T TA 35.08 PASS AF=0.162791;AO=26;DP=173;FAO=28;FDP=172;FR=.;FRO=144;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=78;FWDB=-0.164202;FXX=0.00578001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9488;QD=0.815882;RBI=0.164338;REFB=-0.0259761;REVB=0.00668318;RO=128;SAF=15;SAR=11;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137852;STB=0.593993;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=-0.0846715;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:26:173:28:172:144:16:12:66:78:35:128:15:11:60:68 chr20 29632707 . G A 183.69 PASS AF=0.1875;AO=33;DP=177;FAO=33;FDP=176;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=73;FWDB=-0.00133953;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.664;QD=4.17468;RBI=0.0170098;REFB=-0.00220597;REVB=-0.016957;RO=143;SAF=10;SAR=23;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246528;STB=0.657045;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0108453;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:143:143:33:33:0.1875:23:10:70:73:23:10:70:73 chr20 29632709 . C T 212.2 PASS AF=0.205714;AO=36;DP=175;FAO=36;FDP=175;FR=.;FRO=139;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=-0.00818328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.461;QD=4.8503;RBI=0.0315583;REFB=-0.00399301;REVB=-0.0304788;RO=138;SAF=20;SAR=16;SRF=59;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162376;STB=0.597431;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00971109;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:138:139:36:36:0.205714:16:20:59:79:16:20:60:79 chr20 29632714 . CT AG 162.38 PASS AF=0.177515;AO=28;DP=167;FAO=30;FDP=169;FR=.;FRO=139;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=-0.00744105;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.329;QD=3.84327;RBI=0.0118425;REFB=-0.00723465;REVB=-0.00921285;RO=136;SAF=16;SAR=12;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18401;STB=0.583018;STBP=0.332;TYPE=mnp;VARB=0.0372046;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:136:139:28:30:0.177515:12:16:58:78:14:16:60:79 chr20 29633854 . G A 77.29 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=136;FAO=17;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.0190622;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5172;QD=2.32436;RBI=0.0884692;REFB=-0.00826966;REVB=-0.0863911;RO=96;SAF=13;SAR=4;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376484;STB=0.78281;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0281581;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:136:133:96:116:17:17:0.12782:4:13:45:51:4:13:50:66 chr20 29633861 . A T 51.79 PASS AF=0.0952381;AO=14;DP=148;FAO=14;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.00626807;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.15;QD=1.40932;RBI=0.0429523;REFB=-0.00527851;REVB=-0.0424925;RO=106;SAF=8;SAR=6;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287776;STB=0.587883;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.036102;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:148:147:106:133:14:14:0.0952381:6:8:63:43:6:8:63:70 chr20 29633883 . C A 64.76 PASS AF=0.10559;AO=12;DP=163;FAO=17;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=144;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=77;FWDB=-0.0573371;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5552;QD=1.609;RBI=0.0817421;REFB=-0.0022027;REVB=-0.0582601;RO=110;SAF=5;SAR=7;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119446;STB=0.557107;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0284711;OID=.;OPOS=29633883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:163:161:110:144:12:17:0.10559:7:5:57:53:8:9:67:77 chr20 29633887 . G A 43.77 PASS AF=0.0813953;AO=14;DP=173;FAO=14;FDP=172;FR=.;FRO=158;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=79;FSRR=79;FWDB=-0.0568739;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.254;QD=1.01793;RBI=0.0642391;REFB=-0.00234691;REVB=-0.0298668;RO=153;SAF=2;SAR=12;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407721;STB=0.84178;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0244555;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:173:172:153:158:14:14:0.0813953:12:2:74:79:12:2:79:79 chr20 29633900 . A G 166.38 PASS AF=0.164948;AO=31;DP=195;FAO=32;FDP=194;FR=.;FRO=162;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=92;FWDB=0.0694421;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6943;QD=3.43048;RBI=0.104246;REFB=-0.00553383;REVB=0.0777495;RO=162;SAF=16;SAR=15;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107746;STB=0.556666;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0254764;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:162:162:31:32:0.164948:15:16:70:92:16:16:70:92 chr20 29633915 . C T 73.54 PASS AF=0.104167;AO=20;DP=192;FAO=20;FDP=192;FR=.;FRO=172;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=98;FWDB=-0.0378787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.634;QD=1.53204;RBI=0.0544492;REFB=-0.00590238;REVB=-0.0391142;RO=169;SAF=8;SAR=12;SRF=71;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252481;STB=0.527869;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0500981;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:192:192:169:172:20:20:0.104167:12:8:71:98:12:8:74:98 chr20 29633916 . G T 572.37 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=192;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0177715;FXX=0.218739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.987;QD=15.2632;RBI=0.0283127;REFB=-0.00479519;REVB=-0.0220405;RO=83;SAF=26;SAR=36;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275986;STB=0.534487;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00969375;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:150:83:88:62:62:0.413333:36:26:37:46:36:26:42:46 chr20 29633927 . C A 221.12 PASS AF=0.336842;AO=64;DP=190;FAO=64;FDP=190;FR=.;FRO=126;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=0.00300849;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.583;QD=4.65507;RBI=0.00616691;REFB=-0.0147582;REVB=-0.00538328;RO=120;SAF=27;SAR=37;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158847;STB=0.500843;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.240847;OID=.;OPOS=29633927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:120:126:64:64:0.336842:37:27:49:71:37:27:53:73 chr20 29633929 . A G 559.74 PASS AF=0.352632;AO=67;DP=190;FAO=67;FDP=190;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=-0.0105204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.061;QD=11.784;RBI=0.0132044;REFB=-0.0077924;REVB=0.00797992;RO=122;SAF=28;SAR=39;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965875;STB=0.503225;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00645749;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:122:123:67:67:0.352632:39:28:52:70:39:28:52:71 chr20 29633938 . A G 246.4 PASS AF=0.220994;AO=39;DP=181;FAO=40;FDP=181;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=-0.0434541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0378;QD=5.44522;RBI=0.0484732;REFB=0.00294676;REVB=-0.02148;RO=142;SAF=16;SAR=23;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343934;STB=0.531802;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0232914;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:142:141:39:40:0.220994:23:16:62:80:24:16:62:79 chr20 29633952 . C T 416.68 PASS AF=0.323529;AO=54;DP=166;FAO=55;FDP=170;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.00938118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.357;QD=9.80415;RBI=0.0115007;REFB=-0.0097524;REVB=-0.0066528;RO=112;SAF=22;SAR=32;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254519;STB=0.518242;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0151307;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:170:112:115:54:55:0.323529:32:22:48:64:33:22:49:66 chr20 29652138 . C G 61.01 PASS AF=0.0854701;AO=20;DP=251;FAO=20;FDP=234;FR=.;FRO=214;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=150;FWDB=0.027247;FXX=0.0714257;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6482;QD=1.0429;RBI=0.0282984;REFB=0.00269269;REVB=0.00764225;RO=213;SAF=5;SAR=15;SRF=63;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662369;STB=0.556393;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0325368;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:251:234:213:214:20:20:0.0854701:15:5:63:150:15:5:64:150 chr20 29652147 . A G 53.87 PASS AF=0.0823045;AO=17;DP=244;FAO=20;FDP=243;FR=.;FRO=223;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=168;FWDB=-0.00480361;FXX=0.0201605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8453;QD=0.886714;RBI=0.0285571;REFB=-0.00312261;REVB=-0.0281502;RO=223;SAF=3;SAR=14;SRF=55;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111307;STB=0.504128;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0483271;OID=.;OPOS=29652147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:244:243:223:223:17:20:0.0823045:14:3:55:168:15:5:55:168 chr20 29652165 . C T 118.45 PASS AF=0.126087;AO=22;DP=225;FAO=29;FDP=230;FR=.;FRO=201;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=159;FWDB=-0.0285557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3209;QD=2.06008;RBI=0.0887358;REFB=-0.013485;REVB=-0.0840155;RO=199;SAF=4;SAR=18;SRF=41;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462326;STB=0.50273;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0809096;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:230:199:201:22:29:0.126087:18:4:41:158:23:6:42:159 chr20 29652166 . G A 106.77 PASS AF=0.118421;AO=26;DP=224;FAO=27;FDP=228;FR=.;FRO=201;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=161;FWDB=-0.0249163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.33;QD=1.87308;RBI=0.0249923;REFB=-0.00137314;REVB=0.00194731;RO=198;SAF=5;SAR=21;SRF=38;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00077739;STB=0.51967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0148834;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:228:198:201:26:27:0.118421:21:5:38:160:22:5:40:161 chr20 29652172 . TG CA,CG 2099.07 PASS AF=0.313084,0.485981;AO=67,103;DP=215;FAO=67,104;FDP=214;FR=.;FRO=43;FSAF=11,16;FSAR=56,88;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.0219642,-0.0367841;FXX=0.00925883;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.615,113.373;QD=39.2349;RBI=0.0274909,0.0401538;REFB=0.00217915,0.0207047;REVB=0.0165325,-0.0161014;RO=43;SAF=11,16;SAR=56,87;SRF=9;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0565157,-0.0540745;STB=0.530796,0.529859;STBP=0.54,0.4;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00138185,0.00115466;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:215:214:43:43:67,103:67,104:0.313084,0.485981:56,87:11,16:9:34:56,88:11,16:9:34 chr20 29652182 . C T 48.58 PASS AF=0.0790698;AO=17;DP=217;FAO=17;FDP=215;FR=.;FRO=198;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=167;FWDB=-0.0274023;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2909;QD=0.903746;RBI=0.0277869;REFB=-5.27286e-05;REVB=0.0046072;RO=197;SAF=1;SAR=16;SRF=31;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26024;STB=0.73632;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000450902;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:217:215:197:198:17:17:0.0790698:16:1:31:166:16:1:31:167 chr20 29652183 . G A 169.34 PASS AF=0.160377;AO=34;DP=209;FAO=34;FDP=212;FR=.;FRO=178;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=152;FWDB=-0.0338487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.107;QD=3.1951;RBI=0.0352262;REFB=-0.0102979;REVB=0.00975433;RO=175;SAF=5;SAR=29;SRF=24;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026147;STB=0.501662;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0424074;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:212:175:178:34:34:0.160377:29:5:24:151:29:5:26:152 chr20 29652191 . C T 1844.91 PASS AF=0.72381;AO=150;DP=208;FAO=152;FDP=210;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=129;FSRF=9;FSRR=49;FWDB=0.0299527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4153;QD=35.1411;RBI=0.0300318;REFB=-0.00793439;REVB=-0.00217796;RO=58;SAF=22;SAR=128;SRF=9;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880526;STB=0.502067;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0039273;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:58:58:150:152:0.72381:128:22:9:49:129:23:9:49 chr20 29652194 . C T 263.39 PASS AF=0.212264;AO=44;DP=210;FAO=45;FDP=212;FR=.;FRO=167;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=143;FWDB=0.00915458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.635;QD=4.96963;RBI=0.0165531;REFB=-0.00124745;REVB=0.0137912;RO=165;SAF=9;SAR=35;SRF=24;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129508;STB=0.575533;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00620087;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:165:167:44:45:0.212264:35:9:24:141:36:9:24:143 chr20 29652196 . T C 136.44 PASS AF=0.140845;AO=30;DP=213;FAO=30;FDP=213;FR=.;FRO=183;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=152;FWDB=-0.0402147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7076;QD=2.56219;RBI=0.042428;REFB=-0.0029483;REVB=0.0135247;RO=183;SAF=2;SAR=28;SRF=31;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301652;STB=0.719436;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0257196;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:183:183:30:30:0.140845:28:2:31:152:28:2:31:152 chr20 29652235 . CG CC,GC 1133.23 PASS AF=0.656716,0.0746269;AO=87,10;DP=150;FAO=88,10;FDP=134;FR=.;FRO=36;FSAF=13,2;FSAR=75,8;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00323356,-0.0242967;FXX=0.118413;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=79.2569,180.106;QD=33.8277;RBI=0.00516215,0.024368;REFB=0.00269609,0.00736406;REVB=0.00402392,-0.00186158;RO=36;SAF=13,2;SAR=74,8;SRF=9;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0992931,-0.0872478;STB=0.554422,0.556841;STBP=0.15,0.764;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00729315,0.00886592;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:134:36:36:87,10:88,10:0.656716,0.0746269:74,8:13,2:9:27:75,8:13,2:9:27 chr20 29652254 . G A 98.12 PASS AF=0.149254;AO=20;DP=134;FAO=20;FDP=134;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=88;FWDB=-0.0398564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.772;QD=2.92896;RBI=0.0437076;REFB=-0.00153996;REVB=0.0179396;RO=113;SAF=4;SAR=16;SRF=26;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561615;STB=0.535677;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0064277;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:134:134:113:114:20:20:0.149254:16:4:26:87:16:4:26:88 chr20 29652267 . C G 59.03 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=71;FWDB=-0.0172794;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.191;QD=2.22755;RBI=0.0189346;REFB=-0.00362318;REVB=0.00774216;RO=93;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213703;STB=0.646288;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0459021;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:106:93:93:13:13:0.122642:8:5:22:71:8:5:22:71 chr20 29965014 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8531;QD=63.8861;RBI=0.0344926;REFB=0;REVB=0.0341927;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115552;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr20 29978216 . T C 1359.43 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.694;QD=62.5026;RBI=0.0179492;REFB=0;REVB=0.0149236;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12448e-05;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:40:47:0:0 chr20 30452782 . C T 690.09 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00412636;FXX=0.0480723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.27;QD=27.8824;RBI=0.0177417;REFB=-0.00951285;REVB=0.0172552;RO=31;SAF=21;SAR=42;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146823;STB=0.511275;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0064722;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:99:31:36:63:63:0.636364:42:21:11:20:42:21:13:23 chr20 30676401 . AGGG AGGA,AGG 577.78 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,47;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327783,-0.0469175;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=74.1793,15.1924;QD=40.5462;RBI=0.0909946,0.24966;REFB=-0.0688818,-0.0955001;REVB=0.0848859,0.245212;RO=7;SAF=2,20;SAR=0,27;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.618056;SSSB=0.732272,0.0709641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00691461,0.0328603;OID=.,.;OPOS=30676404,30676402;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0175439,0.982456:2,47:57:1,56:57:0:1,22:0,34:0:0:4:7:2,20:0,27:1:6 chr20 30746248 . T C 1932.29 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9595;QD=61.3424;RBI=0.0623831;REFB=0;REVB=0.0372491;RO=0;SAF=82;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103742;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:126:0:0:124:126:1:42:82:0:0:42:84:0:0 chr20 30777336 . G T 488.53 PASS AF=0.625;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00943692;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.712;QD=27.1406;RBI=0.0121853;REFB=-0.0183457;REVB=-0.0077089;RO=27;SAF=19;SAR=26;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924454;STB=0.550413;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0129365;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:27:27:45:45:0.625:26:19:15:12:26:19:15:12 chr20 30777800 . T C 1530.65 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.249;QD=63.1197;RBI=0.043078;REFB=0;REVB=0.0183586;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83624e-05;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:56:40:0:0:56:41:0:0 chr20 30777860 . A G 700.29 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300863;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1611;QD=62.2477;RBI=0.0307654;REFB=0;REVB=-0.00642865;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499648;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:22:23:0:0 chr20 30795818 . CT C,CC 1200.45 PASS AF=0.05,0.95;AO=15,66;DP=81;FAO=4,76;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=4,62;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522259,0.0626829;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.944,150.936;QD=60.0225;RBI=0.056609,0.0741241;REFB=0,0;REVB=0.0218411,0.0395631;RO=0;SAF=15,51;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0475897,0.00513331;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:15,66:81:4,76:80:0:4,62:0,14:0:0:7:0:15,51:0,15:0:0 chr20 30915461 . T C 862.88 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00460038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1884;QD=24.1364;RBI=0.0161664;REFB=-0.0204465;REVB=0.0154981;RO=63;SAF=37;SAR=43;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177222;STB=0.500967;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0123527;OID=.;OPOS=30915461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:63:63:80:80:0.559441:43:37:29:34:43:37:29:34 chr20 30922398 . C T 134.07 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.004824;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.167;QD=9.40864;RBI=0.013322;REFB=-0.00468499;REVB=-0.0124179;RO=39;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760907;STB=0.545402;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00786559;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:5:13:26:13:5:13:26:13 chr20 31022959 . T C 1591.64 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125375;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.21;QD=64.3089;RBI=0.0630129;REFB=0;REVB=0.0617531;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4821e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:36:63:0:0:36:63:0:0 chr20 31024002 . G A 199.63 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0191363;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.218;QD=8.06586;RBI=0.0233594;REFB=0.00836938;REVB=0.0133965;RO=74;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358373;STB=0.705736;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0327573;OID=.;OPOS=31024002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:74:72:27:27:0.272727:9:18:27:47:9:18:27:45 chr20 31024274 . T C 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0293264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.063;QD=4.55157;RBI=0.0294204;REFB=-0.0017252;REVB=0.00234968;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150897;STB=0.608479;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00880278;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:55:44:45:10:10:0.181818:4:6:21:23:4:6:21:24 chr20 31025163 . A G 125.82 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0263201;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.246;QD=8.98742;RBI=0.0294291;REFB=-0.00174022;REVB=-0.0131652;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243933;STB=0.517221;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0050439;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:37:39:17:17:0.303571:10:7:16:21:10:7:17:22 chr20 31025535 . A G 203.94 PASS AF=0.278846;AO=19;DP=98;FAO=29;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0112282;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.487;QD=7.84366;RBI=0.0242841;REFB=0.000728703;REVB=-0.0215324;RO=53;SAF=15;SAR=4;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198585;STB=0.522999;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00286392;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:53:75:19:29:0.278846:4:15:35:18:13:16:39:36 chr20 31035129 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00555404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.857;QD=21.377;RBI=0.0145702;REFB=-0.00522973;REVB=0.0134701;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838134;STB=0.554866;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0036169;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:22:23:23:0.511111:11:12:7:10:11:12:9:13 chr20 31099159 . G A 859.84 PASS AF=0.711538;AO=74;DP=104;FAO=74;FDP=104;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00965836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.839;QD=33.0707;RBI=0.0135567;REFB=-0.0218506;REVB=0.00951315;RO=30;SAF=41;SAR=33;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170893;STB=0.591728;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00917934;OID=.;OPOS=31099159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:30:30:74:74:0.711538:33:41:7:23:33:41:7:23 chr20 31291625 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0102511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.53;QD=19.0178;RBI=0.0110226;REFB=-0.0189814;REVB=0.00405127;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462923;STB=0.526281;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.014472;OID=.;OPOS=31291625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:10:4:5:10:10:4 chr20 31292310 . A G 36.09 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0403145;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=108.891;QD=4.24553;RBI=0.0409083;REFB=-0.00258713;REVB=-0.00694508;RO=26;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432901;STB=0.786946;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0127939;OID=.;OPOS=31292310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:34:34:26:27:7:7:0.205882:1:6:14:12:1:6:15:12 chr20 31292312 . A G 148.1 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0158469;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=132.499;QD=17.9512;RBI=0.0197124;REFB=-0.00744446;REVB=-0.0117241;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327623;STB=0.688275;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00713969;OID=.;OPOS=31292312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:7:10:4:12:7:10 chr20 31386347 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0451195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.692;QD=55.6044;RBI=0.045358;REFB=-0.0909675;REVB=0.00464546;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000144789;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr20 31386449 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.826;QD=43.4862;RBI=0.0103593;REFB=0;REVB=-0.000801082;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05303e-05;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 31388636 . T C 988.62 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215716;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.548;QD=56.4923;RBI=0.0312569;REFB=-0.154728;REVB=0.02262;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000998357;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:70:1:1:68:69:0.985714:41:27:0:1:41:28:0:1 chr20 31427635 . C T 691.48 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.026739;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.009;QD=27.3853;RBI=0.0297849;REFB=-0.0156022;REVB=0.0131212;RO=37;SAF=38;SAR=26;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000591514;STB=0.500321;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0106366;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:37:37:64:64:0.633663:26:38:22:15:26:38:22:15 chr20 31436747 . C T 696.17 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000458697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.038;QD=60.5369;RBI=0.0521981;REFB=-0.181471;REVB=-0.0521961;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000825183;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:0:1:18:27:0:1 chr20 31494382 . G A 1245.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8656;QD=61.5204;RBI=0.0189895;REFB=0;REVB=0.0167537;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47283e-05;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:45:34:0:0:47:34:0:0 chr20 31505292 . C T 234.36 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0365208;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.867;QD=24.0367;RBI=0.0381096;REFB=0.000880652;REVB=0.0108891;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544063;STB=0.522367;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000357785;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:20:22:0.564103:7:13:10:7:8:14:10:7 chr20 31584178 . G A 144.02 PASS AF=0.253012;AO=20;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00908143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.507;QD=6.94051;RBI=0.00915465;REFB=-0.010093;REVB=-0.00115558;RO=61;SAF=8;SAR=12;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250098;STB=0.657896;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0242558;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:62:20:21:0.253012:12:8:37:24:13:8:37:25 chr20 31585432 . G T 229.75 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0612145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3783;QD=17.6731;RBI=0.0999379;REFB=-0.023373;REVB=0.078996;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524281;STB=0.543272;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0194057;OID=.;OPOS=31585432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:27:25:25:0.480769:15:10:11:13:15:10:13:14 chr20 31587752 . G C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00166114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.562;QD=16.0341;RBI=0.00588166;REFB=-0.0161876;REVB=-0.00564221;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14559;STB=0.583252;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0284105;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:18:10:10:10:18:10 chr20 31587793 . A G 739.11 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6357;QD=56.8548;RBI=0.0478205;REFB=0;REVB=0.0349037;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426789;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr20 31590745 . T C 621.44 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.034051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9915;QD=30.314;RBI=0.0360806;REFB=-0.0392976;REVB=0.0119306;RO=27;SAF=21;SAR=33;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363126;STB=0.511457;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0253213;OID=.;OPOS=31590745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:28:54:54:0.658537:33:21:9:18:33:21:10:18 chr20 31609581 . C T 874.85 PASS AF=0.669565;AO=76;DP=114;FAO=77;FDP=115;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00716947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.268;QD=30.4294;RBI=0.0134237;REFB=-0.0195823;REVB=-0.0113487;RO=38;SAF=32;SAR=44;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983439;STB=0.549987;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00686812;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:38:38:76:77:0.669565:44:32:22:16:44:33:22:16 chr20 31671206 . T TC 708.39 PASS AF=1;AO=10;DP=100;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616749;FXX=0.101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.8116;QD=31.8379;RBI=0.243144;REFB=0;REVB=-0.235192;RO=90;SAF=0;SAR=10;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684596;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00388804;OID=.;OPOS=31671207;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:100:89:89:0:47:42:0:0:15:90:0:10:57:33 chr20 31671209 . G C 1580.42 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9527;QD=63.8555;RBI=0.0129198;REFB=0;REVB=-0.0125765;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63923e-06;OID=.;OPOS=31671209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:42:56:0:0:43:56:0:0 chr20 31671599 . AT GT,TG 402.83 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540716,-0.0123867;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=131.94,96.0885;QD=55.5631;RBI=0.072975,0.0661034;REFB=0,0;REVB=0.0727744,0.0649325;RO=0;SAF=16,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5146e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000532586,0.102848;OID=.,.;OPOS=31671599,31671599;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:29:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:11,0:16,2:0:0:11,0:16,2:0:0 chr20 31671663 . T C 538.44 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3907;QD=59.8266;RBI=0.0251484;REFB=0;REVB=-0.0251183;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349472;OID=.;OPOS=31671663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:28:7:0:0:29:7:0:0 chr20 31678533 . A AC 1721.2 PASS AF=1;AO=24;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439563;FXX=0.00746213;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.917;QD=51.7655;RBI=0.0453729;REFB=0;REVB=0.0112492;RO=111;SAF=5;SAR=19;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246461;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.84616e-05;OID=.;OPOS=31678534;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:136:133:133:0:44:89:0:0:11:111:5:19:41:70 chr20 31678534 . T C 1454.41 PASS AF=0.819549;AO=108;DP=134;FAO=109;FDP=133;FR=.;FRO=24;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.000475571;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.59;QD=43.7417;RBI=0.0081152;REFB=-0.0124406;REVB=0.00810125;RO=24;SAF=38;SAR=70;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038688;STB=0.521418;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00349078;OID=.;OPOS=31678534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:24:24:108:109:0.819549:70:38:6:18:70:39:6:18 chr20 31678535 . T G 124.25 PASS AF=0.171429;AO=24;DP=140;FAO=24;FDP=140;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=77;FWDB=0.00425017;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.908;QD=3.54989;RBI=0.0082163;REFB=-0.00397583;REVB=-0.00703162;RO=116;SAF=6;SAR=18;SRF=39;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13198;STB=0.58688;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.209096;OID=.;OPOS=31678535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:116:116:24:24:0.171429:18:6:39:77:18:6:39:77 chr20 31688241 . T C 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.944;QD=63.6132;RBI=0.0324364;REFB=0;REVB=0.0285699;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83882e-05;OID=.;OPOS=31688241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr20 31688260 . C T 1501.9 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0183;QD=62.5791;RBI=0.0380648;REFB=0;REVB=-0.0373479;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501241;OID=.;OPOS=31688260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:96:1:0:94:96:1:46:48:1:0:46:50:0:0 chr20 31812923 . G A 2336.66 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291332;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.886;QD=63.153;RBI=0.033969;REFB=0.00802236;REVB=-0.0174686;RO=1;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726061;STB=0.503816;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-5.29411e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:65:82:0:1:65:82:0:1 chr20 31897554 . G C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.368;QD=60.9771;RBI=0.0374811;REFB=0;REVB=-0.0134928;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57958e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr20 31981849 . T C 586.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317188;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.236;QD=60.1201;RBI=0.0392476;REFB=-0.0838086;REVB=0.0231147;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011358;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr20 32212690 . C T 210.03 PASS AF=0.221477;AO=33;DP=151;FAO=33;FDP=149;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=-0.00652955;FXX=0.0261421;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.767;QD=5.63842;RBI=0.00654795;REFB=-0.00119006;REVB=-0.000490607;RO=90;SAF=20;SAR=13;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500094;STB=0.511979;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00328068;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:90:116:33:33:0.221477:13:20:58:32:13:20:72:44 chr20 32224505 . A G 49.1 PASS AF=0.133333;AO=13;DP=91;FAO=12;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.101423;FXX=0.0109878;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.7654;QD=2.18225;RBI=0.104778;REFB=-0.0219283;REVB=-0.0263017;RO=56;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203017;STB=0.656791;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.140655;OID=.;OPOS=32224505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:91:90:56:78:13:12:0.133333:6:7:21:35:5:7:31:47 chr20 32232389 . G A 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0208976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.745;QD=24.0729;RBI=0.0210785;REFB=0.00453259;REVB=-0.0027554;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660951;STB=0.537134;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00366214;OID=.;OPOS=32232389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:5:2:5:8:5:2 chr20 32256195 . AC A,GA 513.2 PASS AF=0.779221,0;AO=31,4;DP=72;FAO=60,0;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=33,0;FSAR=27,0;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0893261,0.0225996;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=15.4841,18.2953;QD=26.66;RBI=0.21043,0.0369673;REFB=-0.143208,-0.0367468;REVB=0.19053,0.0292548;RO=30;SAF=21,4;SAR=10,0;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=0.137001,0.593368;STB=0.521732,0.5;STBP=0.49,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0845805,0;OID=.,.;OPOS=32256196,32256195;OREF=C,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:72:77:30:17:31,4:60,0:0.779221,0:10,0:21,4:16:14:27,0:33,0:11:6 chr20 32295541 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0137505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.969;QD=9.76039;RBI=0.0178948;REFB=-0.0260329;REVB=-0.0114518;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0499705;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr20 32295716 . C G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00781086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5357;QD=10.1732;RBI=0.00838904;REFB=-0.0236114;REVB=-0.00306047;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303333;OID=.;OPOS=32295716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:3:6:4:2:3:6 chr20 32379263 . T C 395.87 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151555;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.659;QD=56.5522;RBI=0.0408148;REFB=0;REVB=0.0378966;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025258;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 305.63 PASS AF=1;AO=18;DP=58;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718969;FXX=0.322477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=174.838;QD=58.2146;RBI=0.0719603;REFB=0;REVB=-0.00301867;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00036287;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:58:21:21:0:11:10:0:0:3:38:8:10:14:24 chr20 32664866 . G A 270.32 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0373622;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.604;QD=20.7936;RBI=0.0423535;REFB=-0.0277802;REVB=0.0199472;RO=22;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191811;STB=0.633231;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0154022;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:24:28:28:0.538462:21:7:10:12:21:7:12:12 chr20 32664880 . T C 50.17 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0152296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0934;QD=4.77774;RBI=0.0354169;REFB=-0.00854979;REVB=-0.0319753;RO=34;SAF=1;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581097;STB=0.884131;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0157342;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:7:1:21:13:7:1:21:13 chr20 32972053 . TGCA T 493.76 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144097;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=3;MLLD=318.462;QD=56.4297;RBI=0.031973;REFB=-0.0201068;REVB=0.0285419;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=del;VARB=0.000393648;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971429:34:35:34:35:1:17:17:1:0:5:0:17:17:0:0 chr20 33000354 . T C 1628.48 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0875624;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5693;QD=57.6455;RBI=0.0910607;REFB=-0.104521;REVB=0.0249975;RO=2;SAF=52;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179062;STB=0.509432;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0020602;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:113:2:2:110:111:0.982301:58:52:2:0:59:52:2:0 chr20 33104592 . G C 1421.45 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0130456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3239;QD=56.2951;RBI=0.0767608;REFB=0.0139128;REVB=0.0756441;RO=2;SAF=51;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182351;STB=0.509613;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00324405;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:101:101:2:2:98:99:0.980198:47:51:2:0:48:51:2:0 chr20 33337751 . T C 614.19 PASS AF=0.635294;AO=54;DP=85;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00506348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5499;QD=28.9029;RBI=0.0193686;REFB=-0.0105388;REVB=0.018695;RO=27;SAF=40;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111385;STB=0.55732;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0048773;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:27:31:54:54:0.635294:14:40:16:11:14:40:19:12 chr20 33451148 . G A 618.97 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=30;FWDB=-0.0169633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1978;QD=15.4744;RBI=0.067725;REFB=0.00955747;REVB=0.0655662;RO=91;SAF=48;SAR=21;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300048;STB=0.516778;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0127439;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:91:91:69:69:0.43125:21:48:61:30:21:48:61:30 chr20 33462951 . G T 61.0 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.00131876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1107;QD=4.5185;RBI=0.0310904;REFB=-0.0081226;REVB=-0.0310624;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155128;STB=0.599822;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0262344;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:54:54:44:44:10:10:0.185185:7:3:9:35:7:3:9:35 chr20 33470694 . C T 300.52 PASS AF=0.359223;AO=36;DP=102;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0387259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.476;QD=11.6706;RBI=0.0389252;REFB=-0.00266829;REVB=0.00393402;RO=66;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163522;STB=0.60057;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00640482;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:66:66:36:37:0.359223:16:20:27:39:16:21:27:39 chr20 33565480 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0226709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.469;QD=9.76022;RBI=0.0234517;REFB=-0.00584719;REVB=-0.00600122;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0101804;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:7:5:3:4:7:5 chr20 33572941 . A G 165.66 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0287257;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.181;QD=20.7073;RBI=0.095416;REFB=-0.018933;REVB=-0.0909893;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110844;STB=0.523781;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0146363;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:7:15:16:17:0.53125:10:6:4:3:11:6:6:9 chr20 33578899 . T C 735.23 PASS AF=0.644231;AO=66;DP=104;FAO=67;FDP=104;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.015435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.908;QD=28.2781;RBI=0.0177895;REFB=-0.0131003;REVB=-0.00884463;RO=37;SAF=29;SAR=37;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495533;STB=0.528994;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00642753;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:37:37:66:67:0.644231:37:29:19:18:38:29:19:18 chr20 33581955 . G A 666.79 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00419067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.331;QD=24.247;RBI=0.0228917;REFB=-0.011899;REVB=0.0225049;RO=44;SAF=38;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544101;STB=0.53084;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00824978;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:46:64:64:0.581818:26:38:23:21:26:38:24:22 chr20 33583331 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.847;QD=55.6539;RBI=0.0800776;REFB=0;REVB=-0.0490907;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00246932;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr20 33584289 . C T 307.95 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00168903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.466;QD=24.1526;RBI=0.0416815;REFB=-0.0116739;REVB=0.0416473;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12456;STB=0.568583;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00847138;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:7:14:15:15:7:14 chr20 33657126 . G A 710.88 PASS AF=0.628866;AO=60;DP=96;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0144563;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9987;QD=29.3145;RBI=0.0180683;REFB=-0.00665482;REVB=-0.0108388;RO=35;SAF=34;SAR=26;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016413;STB=0.500685;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00575119;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:35:36:60:61:0.628866:26:34:19:16:27:34:20:16 chr20 33867924 . G A 1158.96 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.657;QD=60.2056;RBI=0.0229671;REFB=0;REVB=-0.012599;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101455;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:41:34:0:0:42:35:0:0 chr20 33874720 . C T 866.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.989;QD=57.784;RBI=0.0238928;REFB=0;REVB=0.0153541;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14384e-06;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr20 33969530 . C T 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0123652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.566;QD=7.04938;RBI=0.0313349;REFB=-0.000841418;REVB=0.028792;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245358;STB=0.657876;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00319207;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:8:2:11:19:8:2:11:19 chr20 33971914 . C T 261.38 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.042319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4167;QD=13.4041;RBI=0.0496877;REFB=0.0060883;REVB=-0.0260378;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303347;STB=0.509364;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00625258;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:47:30:31:0.397436:12:18:24:18:13:18:28:19 chr20 33974163 . T A 43.41 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0396031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.953;QD=9.13839;RBI=0.0405364;REFB=-0.00495071;REVB=0.00864816;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0330772;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:19:12:12:6:7:0.368421:4:2:5:7:4:3:5:7 chr20 34022196 . C T 817.76 PASS AF=0.725275;AO=52;DP=89;FAO=66;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.211452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1726;QD=35.9456;RBI=0.21148;REFB=-0.0294715;REVB=-0.00348788;RO=23;SAF=14;SAR=38;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249778;STB=0.518158;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0136449;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:23:25:52:66:0.725275:38:14:7:16:38:28:9:16 chr20 34022672 . C A 469.52 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0145251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.847;QD=28.8932;RBI=0.0158306;REFB=-0.0356409;REVB=-0.00629503;RO=21;SAF=31;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398958;STB=0.516206;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0240319;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:22:43:43:0.661538:12:31:14:7:12:31:15:7 chr20 34062642 . C T 417.18 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00926717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.791;QD=25.2835;RBI=0.0666223;REFB=-0.0172238;REVB=-0.0659747;RO=24;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00913947;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:24:26:40:40:0.606061:20:20:12:12:20:20:12:14 chr20 34089718 . G T 608.11 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00799931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.233;QD=27.6416;RBI=0.0320321;REFB=-0.0180401;REVB=0.0310172;RO=34;SAF=30;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397096;STB=0.52162;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0120996;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:24:30:17:17:24:30:17:17 chr20 34116307 . C T 329.9 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0493021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.61;QD=31.4194;RBI=0.0496987;REFB=0.0206694;REVB=0.00626561;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651438;STB=0.535689;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00709273;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:13:15:6:8:13:15:6:8 chr20 34144107 . T C 809.62 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0561022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.938;QD=52.2337;RBI=0.0562929;REFB=-0.188841;REVB=0.00462908;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517641;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000991349;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:0:3:58:59:0.951613:40:18:0:0:41:18:0:3 chr20 34144746 . A G 776.55 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0573359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8825;QD=21.2753;RBI=0.0582755;REFB=-0.0164502;REVB=-0.0104224;RO=69;SAF=38;SAR=37;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500665;STB=0.53403;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0203833;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:69:71:75:75:0.513699:37:38:31:38:37:38:31:40 chr20 34146779 . T C 352.69 PASS AF=0.625;AO=33;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00458991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.069;QD=25.192;RBI=0.0067614;REFB=-0.00849194;REVB=0.00496481;RO=21;SAF=9;SAR=24;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918208;STB=0.528373;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00696313;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:33:35:0.625:24:9:8:13:24:11:8:13 chr20 34147998 . A G 948.15 PASS AF=0.672131;AO=82;DP=122;FAO=82;FDP=122;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0125449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.764;QD=31.0868;RBI=0.0167483;REFB=-0.0308363;REVB=-0.0110964;RO=39;SAF=40;SAR=42;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000374549;STB=0.504201;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0128629;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:39:40:82:82:0.672131:42:40:19:20:42:40:19:21 chr20 34148001 . C T 931.34 PASS AF=0.669421;AO=78;DP=119;FAO=81;FDP=121;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0596822;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.176;QD=30.788;RBI=0.0597024;REFB=-0.0299489;REVB=-0.00155294;RO=40;SAF=37;SAR=41;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000403764;STB=0.506224;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0169364;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:40:40:78:81:0.669421:41:37:19:21:41:40:19:21 chr20 34148322 . T G 227.6 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0611609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2566;QD=28.4495;RBI=0.0666278;REFB=-0.0299485;REVB=0.0264313;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238095;STB=0.647955;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.010797;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:10:11:20:21:0.65625:8:12:2:8:8:13:2:9 chr20 34150714 . C G 385.93 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0181674;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.603;QD=28.5871;RBI=0.0237381;REFB=-0.0212625;REVB=0.0152789;RO=18;SAF=17;SAR=19;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170173;STB=0.509273;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0100347;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:18:36:36:0.666667:19:17:9:9:19:17:9:9 chr20 34152684 . C T 433.08 PASS AF=0.689655;AO=39;DP=57;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00598599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.29;QD=29.8679;RBI=0.00639484;REFB=0.0220077;REVB=0.00224986;RO=18;SAF=18;SAR=21;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224365;STB=0.507768;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00813838;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:18:18:39:40:0.689655:21:18:9:9:21:19:9:9 chr20 34164422 . T C 1442.54 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175245;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5065;QD=57.7016;RBI=0.0178977;REFB=-0.140187;REVB=-0.00363562;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.504424;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00187209;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:98:99:0.99:43:55:0:0:43:56:1:0 chr20 34169971 . T C 158.01 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0431297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.013;QD=25.281;RBI=0.0463846;REFB=-0.049227;REVB=-0.0170692;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107386;STB=0.559926;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0264492;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:3:6:8:8:3:6 chr20 34170035 . C G 247.06 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0183443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.824;QD=31.8789;RBI=0.0317437;REFB=-0.165222;REVB=0.0259066;RO=5;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124646;STB=0.521719;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00934489;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:31:31:5:9:22:22:0.709677:16:6:0:5:16:6:3:6 chr20 34170316 . C A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.373;QD=57.6792;RBI=0.0459001;REFB=0;REVB=0.0452979;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010082;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr20 34173046 . C T 177.95 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0159458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.438;QD=10.6236;RBI=0.0187362;REFB=-0.0253409;REVB=-0.00983738;RO=43;SAF=15;SAR=8;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878485;STB=0.538767;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0349662;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:8:15:31:12:8:15:31:13 chr20 34173178 . A G 389.14 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.218;QD=55.5917;RBI=0.0168575;REFB=0;REVB=-0.0144448;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06418e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:13:15:0:0 chr20 34179907 . C T 2011.05 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4632;QD=61.4061;RBI=0.044857;REFB=0.0282622;REVB=-0.0409239;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.503759;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00290854;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:64:66:0:0:64:66:1:0 chr20 34183479 . C T 580.79 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=77;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00488998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.053;QD=29.7843;RBI=0.00501606;REFB=-0.0408134;REVB=0.00111758;RO=20;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980109;STB=0.551161;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0201812;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:20:26:40:52:0.666667:16:24:15:5:28:24:16:10 chr20 34186953 . T C 677.17 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0625034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0688;QD=30.4347;RBI=0.0633089;REFB=-0.0551576;REVB=-0.0100671;RO=30;SAF=33;SAR=26;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163827;STB=0.508864;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0235361;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:30:59:59:0.662921:26:33:16:14:26:33:16:14 chr20 34187697 . A G 175.7 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0296358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1427;QD=29.284;RBI=0.0701445;REFB=-0.0167524;REVB=-0.0635765;RO=7;SAF=1;SAR=16;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164426;STB=0.592466;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00284838;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:16:1:1:6:16:1:1:6 chr20 34187728 . T G 187.14 PASS AF=0.612903;AO=14;DP=26;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0174626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.33;QD=24.1473;RBI=0.0598647;REFB=-0.0233199;REVB=0.0572611;RO=10;SAF=0;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.804187;STB=0.557311;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0208573;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:31:10:12:14:19:0.612903:14:0:2:8:17:2:2:10 chr20 34194054 . T C 300.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0360237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3842;QD=24.5152;RBI=0.0495129;REFB=-0.0218019;REVB=-0.033968;RO=22;SAF=21;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567316;STB=0.531621;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0158603;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:6:21:16:6:6:21:16:6 chr20 34194243 . A G 620.64 PASS AF=0.710526;AO=29;DP=73;FAO=54;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.199639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6589;QD=32.665;RBI=0.216049;REFB=-0.106102;REVB=0.0825908;RO=18;SAF=5;SAR=24;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116732;STB=0.51853;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0498867;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:18:22:29:54:0.710526:24:5:5:13:31:23:8:14 chr20 34324456 . A T 538.55 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00039948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4893;QD=20.516;RBI=0.027157;REFB=-0.010896;REVB=0.027154;RO=49;SAF=35;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406406;STB=0.528535;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0114744;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:50:55:55:0.52381:20:35:29:20:20:35:29:21 chr20 34324484 . A C 579.34 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00665424;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.932;QD=21.6576;RBI=0.0219979;REFB=-0.00605766;REVB=0.0209673;RO=47;SAF=36;SAR=22;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00317804;STB=0.504097;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00522857;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:47:49:58:58:0.542056:22:36:29:18:22:36:30:19 chr20 34542360 . C T 1469.99 PASS AF=0.754717;AO=119;DP=158;FAO=120;FDP=159;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=82;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0137632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1778;QD=36.9808;RBI=0.014445;REFB=-0.0495474;REVB=0.00438539;RO=39;SAF=37;SAR=82;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524194;STB=0.526011;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0126424;OID=.;OPOS=34542360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:39:39:119:120:0.754717:82:37:16:23:82:38:16:23 chr20 34596371 . C T 590.75 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0298725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.558;QD=29.5373;RBI=0.036288;REFB=-0.0400166;REVB=0.0206023;RO=28;SAF=29;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143369;STB=0.507779;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0168797;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:23:29:15:13:23:29:15:13 chr20 34782171 . T C 277.57 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0346881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9635;QD=20.5608;RBI=0.112782;REFB=-0.00856921;REVB=-0.107315;RO=24;SAF=25;SAR=4;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109146;STB=0.586788;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00311165;OID=.;OPOS=34782171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:4:25:19:5:4:25:19:6 chr20 34820647 . C T 771.22 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=82;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0313122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.943;QD=37.1672;RBI=0.0379915;REFB=-0.0669685;REVB=-0.0215152;RO=19;SAF=31;SAR=31;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011512;STB=0.506022;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0180392;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:19:21:62:62:0.746988:31:31:9:10:31:31:11:10 chr20 35740794 . T C 835.1 PASS AF=0.875;AO=62;DP=71;FAO=63;FDP=72;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0104727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7561;QD=46.3942;RBI=0.0192945;REFB=0.00306395;REVB=0.016205;RO=8;SAF=15;SAR=47;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105326;STB=0.547405;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00242843;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:72:8:9:62:63:0.875:47:15:5:3:47:16:5:4 chr20 35769592 . T C 702.33 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0927691;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.537;QD=59.7723;RBI=0.146556;REFB=-0.022757;REVB=0.113457;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00334405;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:24:21:0:1:25:21:0:1 chr20 35769647 . G T 706.24 PASS AF=1;AO=31;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554874;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6741;QD=56.4994;RBI=0.218688;REFB=0;REVB=0.211531;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039169;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:31:50:1:10:21:0:0:26:24:0:0 chr20 35783494 . T C 1009.25 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2878;QD=57.6712;RBI=0.063372;REFB=-0.0514173;REVB=0.0624804;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136989;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00463408;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:34:34:0:1:35:34:0:1 chr20 35807790 . GC CT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,TC 151.48 PASS AF=0.05,0.3,0.1;AO=2,10,4;DP=45;FAO=2,12,4;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=0,8,2;FSAR=2,4,2;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.000290887,0.00342848,-0.0617361;FXX=0.111086;HRUN=2,3,2;LEN=2,29,1;MLLD=80.3164,583.889,97.6412;QD=15.1481;RBI=0.0295864,0.00731564,0.062504;REFB=0.0149704,0.0037886,-0.0193981;REVB=-0.0295849,-0.00646251,-0.00976709;RO=23;SAF=0,8,2;SAR=2,2,2;SRF=20;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.723915,-0.138679,-0.483573;STB=0.998329,0.699752,0.84525;STBP=0.008,0.224,0.558;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.190614,-0.00137995,0.0150801;OID=.,.,.;OPOS=35807790,35807791,35807790;OREF=GC,-,G;OALT=CT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T;OMAPALT=CT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:40:23:22:2,10,4:2,12,4:0.05,0.3,0.1:2,2,2:0,8,2:20:3:2,4,2:0,8,2:20:2 chr20 35865054 . C T 1282.51 PASS AF=0.907216;AO=88;DP=97;FAO=88;FDP=97;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0253019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5837;QD=52.8871;RBI=0.0298541;REFB=-0.0139321;REVB=-0.0158455;RO=9;SAF=42;SAR=46;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720132;STB=0.538129;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0134946;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:9:9:88:88:0.907216:46:42:8:1:46:42:8:1 chr20 36030939 . G C 1858.71 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00303189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4676;QD=60.4458;RBI=0.0624439;REFB=-0.0726233;REVB=0.0623702;RO=1;SAF=55;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085588;STB=0.504504;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000850495;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:66:55:1:0:67:55:1:0 chr20 36146148 . T C 2943.85 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000720121;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.273;QD=63.3087;RBI=0.000746022;REFB=0;REVB=-0.000194871;RO=0;SAF=102;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14395e-06;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:186:186:1:84:102:0:0:84:102:0:0 chr20 36603611 . A C 234.12 PASS AF=0.259542;AO=34;DP=131;FAO=34;FDP=131;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0147623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.162;QD=7.14862;RBI=0.0222114;REFB=-0.0133254;REVB=-0.0165958;RO=95;SAF=19;SAR=15;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079082;STB=0.547473;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0249237;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:95:97:34:34:0.259542:15:19:47:48:15:19:48:49 chr20 36603780 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.287;QD=62.3464;RBI=0.0465603;REFB=0;REVB=0.0462381;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189676;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr20 36603807 . C T 469.03 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.343;QD=56.8522;RBI=0.0652708;REFB=0;REVB=0.0225703;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228827;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr20 36759521 . C T 245.54 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00456035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3396;QD=23.9548;RBI=0.0312843;REFB=0.0207275;REVB=0.0309502;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205223;STB=0.613641;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00912656;OID=.;OPOS=36759521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:14:4:11:12:14:4 chr20 36760995 . G A 665.29 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00783186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8723;QD=24.1923;RBI=0.00896781;REFB=-0.00285807;REVB=-0.00436846;RO=46;SAF=37;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101254;STB=0.505522;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00451206;OID=.;OPOS=36760995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:46:64:64:0.581818:27:37:26:20:27:37:26:20 chr20 36775024 . G A 929.47 PASS AF=0.571429;AO=84;DP=147;FAO=84;FDP=147;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0104699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.613;QD=25.2917;RBI=0.0111007;REFB=-0.0217714;REVB=-0.00368891;RO=59;SAF=44;SAR=40;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152539;STB=0.574451;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0159;OID=.;OPOS=36775024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:59:63:84:84:0.571429:40:44:19:40:40:44:22:41 chr20 36841756 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.219;QD=57.2023;RBI=0.0460581;REFB=0;REVB=0.0193504;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480707;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr20 36841914 . G A 750.41 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424096;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.102;QD=63.8647;RBI=0.0426173;REFB=0;REVB=-0.00420252;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60747e-05;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr20 36845738 . C T 1489.75 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423182;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.122;QD=59.5901;RBI=0.0967018;REFB=0;REVB=0.0869506;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208338;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:41:55:0:0:43:57:0:0 chr20 36919758 . A G 574.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.422;QD=60.4237;RBI=0.0374428;REFB=0;REVB=0.0271449;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264129;OID=.;OPOS=36919758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:14:24:0:0 chr20 36932660 . C T 2235.68 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.353;QD=63.4236;RBI=0.0562129;REFB=0;REVB=0.00278822;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181949;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:71:70:0:0:71:70:0:0 chr20 36932676 . G C 2023.35 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0184819;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.76;QD=59.9511;RBI=0.0236237;REFB=-0.130292;REVB=0.0147139;RO=3;SAF=65;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021428;STB=0.511276;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00108829;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:3:3:132:132:0.977778:67:65:3:0:67:65:3:0 chr20 36940314 . C T 318.73 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0276433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.12;QD=20.9001;RBI=0.028649;REFB=-0.0030038;REVB=-0.00752409;RO=28;SAF=25;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247253;STB=0.637961;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00638934;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:8:25:14:14:8:25:14:14 chr20 36946848 . G A 168.34 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0060483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4438;QD=10.3596;RBI=0.0155893;REFB=-0.0222754;REVB=0.0143682;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116682;STB=0.568183;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0276229;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:24:19:12:10:24:19 chr20 36954724 . C T 186.07 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0426389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.548;QD=8.55492;RBI=0.0444055;REFB=-0.0138955;REVB=0.0124006;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282955;STB=0.514969;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0265732;OID=.;OPOS=36954724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:60:62:25:25:0.287356:14:11:25:35:14:11:26:36 chr20 36956026 . A G 460.78 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00530697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.421;QD=17.0659;RBI=0.0615944;REFB=-0.00179054;REVB=-0.0613653;RO=57;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521922;STB=0.53332;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00264156;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:57:50:51:0.472222:29:21:27:30:30:21:27:30 chr20 36975031 . G A 839.02 PASS AF=0.617886;AO=76;DP=123;FAO=76;FDP=123;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0159796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.615;QD=27.2853;RBI=0.0358506;REFB=-0.0424141;REVB=-0.0320923;RO=47;SAF=37;SAR=39;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061708;STB=0.533439;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0269985;OID=.;OPOS=36975031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:47:47:76:76:0.617886:39:37:27:20:39:37:27:20 chr20 36977970 . G A 1028.18 PASS AF=0.790476;AO=83;DP=105;FAO=83;FDP=105;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=0.0293629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.336;QD=39.1687;RBI=0.0333495;REFB=-0.0886215;REVB=0.0158116;RO=17;SAF=35;SAR=48;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165435;STB=0.610467;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00377576;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:17:22:83:83:0.790476:48:35:16:1:48:35:21:1 chr20 36989381 . G A 176.68 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0208261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.296;QD=6.42486;RBI=0.0427238;REFB=-0.00464409;REVB=-0.0373041;RO=83;SAF=13;SAR=14;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752727;STB=0.545665;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0126902;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:83:83:27:27:0.245455:14:13:45:38:14:13:45:38 chr20 36999897 . C T 148.63 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0509239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5455;QD=18.5786;RBI=0.0820822;REFB=-0.0133706;REVB=-0.0643758;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176129;STB=0.600709;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0190016;OID=.;OPOS=36999897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:8:8:11:5:8:8 chr20 37001761 . T C 631.73 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0280571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.306;QD=27.1713;RBI=0.0349605;REFB=-0.0311155;REVB=0.0208576;RO=37;SAF=26;SAR=30;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035424;STB=0.50193;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0200759;OID=.;OPOS=37001761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:30:26:17:20:30:26:17:20 chr20 37005536 . T C 2266.43 PASS AF=0.993103;AO=135;DP=136;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.199;QD=62.5222;RBI=0.0399468;REFB=0.0502177;REVB=0.00703109;RO=1;SAF=53;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888441;STB=0.504273;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-1.95203e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:145:1:1:135:144:0.993103:82:53:1:0:86:58:1:0 chr20 37062583 . T C 1181.95 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00437943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.411;QD=58.3678;RBI=0.00442601;REFB=-0.0622012;REVB=0.000640385;RO=2;SAF=37;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248992;STB=0.513155;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0022462;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:42:37:2:0:42:37:2:0 chr20 37203813 . C T 1356.37 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012417;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0022;QD=62.3617;RBI=0.0175145;REFB=0;REVB=0.0123522;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359882;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr20 37277271 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0140358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.914;QD=6.57164;RBI=0.0146239;REFB=-0.00914976;REVB=-0.00410561;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546862;STB=0.565918;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0262041;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:34:37:11:11:0.229167:5:6:17:17:5:6:17:20 chr20 37501507 . T C 1564.44 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.99;QD=63.8545;RBI=0.00663146;REFB=0;REVB=0.00604143;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63643e-05;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:52:46:0:0 chr20 37534665 . C T 1740.22 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00281657;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.659;QD=58.9906;RBI=0.00632732;REFB=0.0280546;REVB=-0.00566585;RO=2;SAF=70;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369969;STB=0.50183;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-3.47611e-06;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:118:2:2:115:116:0.983051:45:70:1:1:46:70:1:1 chr20 37547374 . G A,C 715.76 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,4;DP=47;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361165,0.027564;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.91,94.824;QD=62.2402;RBI=0.0814378,0.0544268;REFB=0,0;REVB=0.0729912,0.0469308;RO=0;SAF=22,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00456645,0.0417622;OID=.,.;OPOS=37547374,37547374;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:47:46:0:0:43,4:43,3:0.934783,0.0652174:21,0:22,4:0:0:21,0:22,3:0:0 chr20 37555116 . G C 340.33 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.336;QD=54.4521;RBI=0.00775687;REFB=0;REVB=-0.00148421;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24278e-05;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr20 37570725 . C T 1627.52 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180596;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.665;QD=60.2783;RBI=0.0182023;REFB=0;REVB=-0.00227457;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114876;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:58:47:0:0:60:48:0:0 chr20 37581437 . A G 1263.31 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4469;QD=61.6249;RBI=0.019633;REFB=0;REVB=0.0012731;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155864;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr20 37601243 . A G 500.94 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00796279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.311;QD=19.4538;RBI=0.0133782;REFB=-0.00688179;REVB=-0.0107504;RO=51;SAF=21;SAR=31;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108995;STB=0.506022;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0110493;OID=.;OPOS=37601243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:31:21:20:31:31:21:20:31 chr20 37667182 . C T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0144082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.27;QD=10.7535;RBI=0.0146256;REFB=-0.025862;REVB=0.00251245;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855449;STB=0.551103;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0406798;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:14:12:7:6:14:12 chr20 37977945 . T C 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.292;QD=58.0295;RBI=0.0296824;REFB=-0.0754002;REVB=0.0164251;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000715273;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:29:41:0:0:29:41:1:0 chr20 37981578 . A T 3103.34 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579361;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0203;QD=61.758;RBI=0.0154328;REFB=0;REVB=0.0143041;RO=0;SAF=92;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123245;OID=.;OPOS=37981578;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:109:92:0:0:109:92:0:0 chr20 39609426 . C T 2818.62 PASS AF=0.973404;AO=182;DP=187;FAO=183;FDP=188;FR=.;FRO=5;FSAF=116;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0297287;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0303;QD=59.9706;RBI=0.0403955;REFB=-0.201039;REVB=0.0273496;RO=3;SAF=114;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132909;STB=0.506676;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00372984;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:187:188:3:5:182:183:0.973404:68:114:2:1:67:116:2:3 chr20 39634616 . C T 661.92 PASS AF=0.604167;AO=56;DP=94;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0309546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0336;QD=27.5798;RBI=0.0314091;REFB=-0.0214971;REVB=-0.00532374;RO=37;SAF=35;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163203;STB=0.583304;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0061827;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:37:38:56:58:0.604167:21:35:15:22:23:35:15:23 chr20 39797465 . T C 516.73 PASS AF=0.635135;AO=46;DP=73;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0258043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.236;QD=27.9316;RBI=0.0345913;REFB=-0.0159967;REVB=-0.0230368;RO=27;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125716;STB=0.502876;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00901441;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:27:27:46:47:0.635135:23:23:14:13:23:24:14:13 chr20 39807769 . G A 1182.85 PASS AF=0.586957;AO=105;DP=183;FAO=108;FDP=184;FR=.;FRO=76;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.00801228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4618;QD=25.7142;RBI=0.0638445;REFB=-0.00152464;REVB=-0.0633397;RO=76;SAF=62;SAR=43;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151763;STB=0.582038;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000561905;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:76:76:105:108:0.586957:43:62:30:46:44:64:30:46 chr20 39986085 . A C 352.81 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0651601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.845;QD=26.1338;RBI=0.065184;REFB=0.0255661;REVB=0.00176283;RO=20;SAF=27;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135081;STB=0.574421;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0110591;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:7:27:13:7:7:27:13:7 chr20 39986540 . G A 890.51 PASS AF=0.533333;AO=88;DP=165;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=68;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0275663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4464;QD=21.5881;RBI=0.0385368;REFB=-0.0268223;REVB=0.0269293;RO=77;SAF=20;SAR=68;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24654;STB=0.635905;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0198711;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:77:77:88:88:0.533333:68:20:36:41:68:20:36:41 chr20 39990614 . C T 530.59 PASS AF=0.531915;AO=47;DP=92;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00215768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.4;QD=22.5784;RBI=0.0135944;REFB=-0.00531704;REVB=-0.0134221;RO=43;SAF=29;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736727;STB=0.527262;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00462763;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:43:44:47:50:0.531915:18:29:23:20:21:29:23:21 chr20 40179920 . C T 89.87 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00538711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.249;QD=11.2339;RBI=0.00559929;REFB=-0.00531832;REVB=-0.00152678;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272843;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0173295;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:32:32:19:20:12:12:0.375:6:6:10:9:6:6:11:9 chr20 40701456 . G A 1305.69 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103887;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.491;QD=62.1758;RBI=0.0107551;REFB=0;REVB=-0.00278317;RO=0;SAF=20;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.14185e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07481e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:64:20:0:0:64:20:0:0 chr20 41101180 . G T 238.28 PASS AF=0.30303;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.010518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.077;QD=9.62733;RBI=0.0164533;REFB=-0.00183816;REVB=0.0126524;RO=67;SAF=16;SAR=14;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304995;STB=0.518206;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00409493;OID=.;OPOS=41101180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:67:69:30:30:0.30303:14:16:34:33:14:16:35:34 chr20 42196550 . T G 491.96 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00666448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.692;QD=33.928;RBI=0.0174401;REFB=-0.046672;REVB=-0.0161165;RO=15;SAF=16;SAR=27;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142418;STB=0.507689;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0188763;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:43:43:0.741379:27:16:6:9:27:16:6:9 chr20 42225114 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.488;QD=57.5442;RBI=0.0310326;REFB=0;REVB=0.0239126;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14933e-06;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr20 42310509 . T C 390.33 PASS AF=0.966667;AO=25;DP=27;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0407593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.316;QD=52.0439;RBI=0.0431457;REFB=-0.0395861;REVB=0.0141504;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00286766;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:30:1:1:25:29:0.966667:12:13:0:1:12:17:0:1 chr20 42328639 . T C 1652.5 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8455;QD=60.0911;RBI=0.0616499;REFB=0;REVB=0.0613294;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150602;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:110:0:0:103:110:1:41:62:0:0:47:63:0:0 chr20 42425127 . G A 222.88 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0166691;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.093;QD=16.5095;RBI=0.0209644;REFB=-0.0185153;REVB=-0.012714;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138428;STB=0.578109;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0179701;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:12:17:11:14:12:17 chr20 42425178 . A G 170.37 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0101213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.046;QD=17.0374;RBI=0.0301657;REFB=-0.00618718;REVB=0.0284171;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258194;STB=0.634468;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00580577;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:7:11:7:14:7:11:8:14 chr20 42747247 . C T 233.08 PASS AF=0.301887;AO=31;DP=101;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=57;FWDB=0.0111876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.677;QD=8.79528;RBI=0.0143062;REFB=-0.0127406;REVB=0.00891651;RO=70;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191042;STB=0.634072;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0382964;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:70:74:31:32:0.301887:19:12:17:53:19:13:17:57 chr20 42815190 . G A 727.67 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.662;QD=63.2752;RBI=0.0555183;REFB=0;REVB=0.0381209;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229381;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr20 42891934 . C T 408.33 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.021711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.83;QD=20.4166;RBI=0.0220161;REFB=-0.0121657;REVB=-0.00365235;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243902;STB=0.513507;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0125858;OID=.;OPOS=42891934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:22:19:17:22:22:19:17:22 chr20 42939750 . T C 275.97 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847161;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2064;QD=52.5653;RBI=0.0675295;REFB=0;REVB=0.066996;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00695328;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:15:21:1:6:9:0:0:9:12:0:0 chr20 43059211 . A C 1182.64 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487379;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2412;QD=59.132;RBI=0.0932382;REFB=-0.0381561;REVB=0.0794857;RO=2;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575676;STB=0.508195;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00100262;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:2:1:78:79:0.9875:30:48:1:1:30:49:0:1 chr20 43089819 . G A 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3124;QD=56.9375;RBI=0.0554848;REFB=-0.0636232;REVB=0.0523805;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0149558;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:19:17:0:0:19:17:1:0 chr20 43123028 . G A 974.26 PASS AF=0.719298;AO=81;DP=112;FAO=82;FDP=114;FR=.;FRO=32;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000840386;FXX=0.0256388;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.794;QD=34.1846;RBI=0.00602274;REFB=-0.0326777;REVB=0.00596382;RO=31;SAF=37;SAR=44;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363639;STB=0.512773;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0164274;OID=.;OPOS=43123028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:31:32:81:82:0.719298:44:37:12:19:45:37:13:19 chr20 43264927 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.109;QD=60.3761;RBI=0.0233333;REFB=0;REVB=-0.0195035;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67784e-06;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr20 43348734 . G GA 73.17 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025243;FXX=0.110988;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.297;QD=36.5874;RBI=0.0458009;REFB=0;REVB=0.0382167;RO=7;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000605856;OID=.;OPOS=43348735;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:9:8:8:0:1:7:0:0:3:7:0:2:1:6 chr20 43348735 . C A 46.91 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0761812;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.995;QD=23.4533;RBI=0.0884791;REFB=0.0805986;REVB=0.0449996;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144764;STB=0.583085;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00214623;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:2:2:6:6:0.75:5:1:0:2:5:1:0:2 chr20 43378770 . A G 1822.99 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.231;QD=61.277;RBI=0.0310696;REFB=0;REVB=0.0280094;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20334e-05;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:52:64:0:0:55:64:0:0 chr20 43379264 . A C 114.36 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.191;QD=41.5869;RBI=0.185955;REFB=0;REVB=0.0784929;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165601;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr20 43379268 . C A 62.57 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0110085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.282;QD=22.7539;RBI=0.0173645;REFB=-0.0334889;REVB=-0.013429;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.608384;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0129212;OID=.;OPOS=43379268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:6:8:0.727273:5:1:1:2:7:1:1:2 chr20 43379454 . T C 460.27 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5325;QD=55.7898;RBI=0.182602;REFB=0;REVB=0.181677;RO=0;SAF=24;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393542;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:1:24:0:0:8:25:0:0 chr20 43509516 . G A 146.37 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=25;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00799415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.434;QD=20.9095;RBI=0.0582013;REFB=-0.0359801;REVB=0.0576497;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160162;STB=0.571341;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0217234;OID=.;OPOS=43509516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:28:11:12:14:16:0.571429:6:8:4:7:8:8:4:8 chr20 43509597 . C A 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00804703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.911;QD=29.7235;RBI=0.0080475;REFB=-0.00198183;REVB=-8.64877e-05;RO=15;SAF=15;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228003;STB=0.624911;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00107855;OID=.;OPOS=43509597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:12:15:3:12:12:15:3:12 chr20 43547677 . T G 384.12 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0211323;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.521;QD=21.9495;RBI=0.0292221;REFB=-0.00134764;REVB=-0.020183;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345792;STB=0.526302;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00207053;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:18:20:15:16:18:20:15:17 chr20 43565622 . G A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0526786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.587;QD=23.3697;RBI=0.052709;REFB=-0.0277067;REVB=0.00179062;RO=24;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131118;STB=0.555525;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0155821;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:26:36:36:0.580645:20:16:15:9:20:16:15:11 chr20 43566787 . A G 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.035311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.615;QD=26.7404;RBI=0.0353527;REFB=-0.0256073;REVB=0.0017154;RO=25;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356772;STB=0.519471;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.015013;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:18:24:13:12:18:24:13:12 chr20 43629135 . G A 590.76 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0172975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.526;QD=24.3614;RBI=0.0236111;REFB=-0.0208568;REVB=-0.0160711;RO=42;SAF=32;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368883;STB=0.515717;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0146858;OID=.;OPOS=43629135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:43:54:54:0.556701:22:32:23:19:22:32:24:19 chr20 43629911 . T C 227.89 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0476612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4647;QD=8.21207;RBI=0.0720593;REFB=0.000932724;REVB=-0.0540457;RO=77;SAF=11;SAR=21;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327911;STB=0.68404;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00212292;OID=.;OPOS=43629911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:77:79:32:32:0.288288:21:11:48:29:21:11:48:31 chr20 43708137 . T G 139.83 PASS AF=0.168831;AO=26;DP=154;FAO=26;FDP=154;FR=.;FRO=128;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=-0.010145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.068;QD=3.63186;RBI=0.0114183;REFB=-0.0103697;REVB=-0.00523984;RO=128;SAF=14;SAR=12;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128592;STB=0.58327;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0451868;OID=.;OPOS=43708137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:128:128:26:26:0.168831:12:14:56:72:12:14:56:72 chr20 43708297 . T G 1388.41 PASS AF=0.60804;AO=121;DP=200;FAO=121;FDP=199;FR=.;FRO=78;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.00793205;FXX=0.00499975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.145;QD=27.9078;RBI=0.00806761;REFB=0.00489844;REVB=0.00147269;RO=77;SAF=66;SAR=55;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473484;STB=0.527773;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00313156;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:77:78:121:121:0.60804:55:66:47:30:55:66:48:30 chr20 43933021 . G T 249.87 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00139371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.631;QD=16.6579;RBI=0.019638;REFB=-0.0323942;REVB=0.0195884;RO=32;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227619;STB=0.629417;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0473216;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:22:6:13:19:22:6:13:19 chr20 43933163 . T C 283.35 PASS AF=0.301587;AO=38;DP=126;FAO=38;FDP=126;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0168839;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0043;QD=8.99525;RBI=0.018332;REFB=-0.0100948;REVB=-0.00714126;RO=87;SAF=23;SAR=15;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093816;STB=0.510438;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0121866;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:87:88:38:38:0.301587:15:23:52:35:15:23:52:36 chr20 43942676 . T C 151.48 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.000351345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.848;QD=5.66282;RBI=0.0319153;REFB=-0.0141675;REVB=-0.0319134;RO=79;SAF=19;SAR=5;SRF=54;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17542;STB=0.618407;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0502361;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:79:83:24:24:0.224299:5:19:54:25:5:19:56:27 chr20 43955317 . TCCCCCCC CCCCCCCC,TCCCCCC,TCCCCCCA 43.94 PASS AF=0.0357143,0.321429,0.0357143;AO=2,9,2;DP=28;FAO=1,9,1;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1,2,0;FSAR=0,7,1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0131928,0.220999,0.141921;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=305.96,8.97188,22.5299;QD=6.27663;RBI=0.0172355,0.226152,0.156753;REFB=0.00189185,-0.0532003,-0.0573697;REVB=-0.0110911,0.0480015,-0.0665571;RO=13;SAF=2,2,0;SAR=0,7,2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.67888,-0.0121026,-0.468324;STB=0.993395,0.56307,0.985897;STBP=0.213,0.723,0.477;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.163746,0.11305,0.055619;OID=.,.,.;OPOS=43955317,43955318,43955324;OREF=T,C,C;OALT=C,-,A;OMAPALT=CCCCCCCC,TCCCCCC,TCCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:28:28:13:17:2,9,2:1,9,1:0.0357143,0.321429,0.0357143:0,7,2:2,2,0:3:10:0,7,1:1,2,0:5:12 chr20 43995880 . T G 692.98 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00508875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.837;QD=28.2849;RBI=0.0153231;REFB=-0.0286011;REVB=-0.0144535;RO=35;SAF=20;SAR=40;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287674;STB=0.503816;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0164858;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:35:38:60:60:0.612245:40:20:13:22:40:20:13:25 chr20 43996454 . G T 300.38 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0346393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2145;QD=16.459;RBI=0.0387846;REFB=-0.015971;REVB=-0.0174459;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146591;STB=0.582386;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0178424;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:19:14:23:17:19:14:23:17 chr20 44005936 . C T 932.77 PASS AF=0.737374;AO=71;DP=100;FAO=73;FDP=99;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0410238;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.354;QD=37.6875;RBI=0.0444772;REFB=-0.0126034;REVB=0.0171835;RO=26;SAF=33;SAR=38;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751522;STB=0.535645;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00401797;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:26:26:71:73:0.737374:38:33:16:10:38:35:16:10 chr20 44038574 . A G 90.27 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00470434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0503;QD=16.4132;RBI=0.00884226;REFB=-0.00277113;REVB=0.00748697;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300591;STB=0.677196;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0041911;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:1:10:10:0:1:10:11:0 chr20 44054349 . T C 1359.37 PASS AF=0.52439;AO=129;DP=247;FAO=129;FDP=246;FR=.;FRO=117;FSAF=82;FSAR=47;FSRF=73;FSRR=44;FWDB=0.00838158;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.061;QD=22.1036;RBI=0.0109286;REFB=-0.0121784;REVB=-0.0070131;RO=116;SAF=82;SAR=47;SRF=72;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139409;STB=0.506;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.010883;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:116:117:129:129:0.52439:47:82:72:44:47:82:73:44 chr20 44141331 . A G 1598.25 PASS AF=0.982759;AO=102;DP=108;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0255773;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.155;QD=55.112;RBI=0.0255774;REFB=0.0186374;REVB=-8.24533e-05;RO=2;SAF=44;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210747;STB=0.510202;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00108129;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:116:2:2:102:114:0.982759:58:44:2:0:66:48:2:0 chr20 44141332 . A G 52.33 PASS AF=0.109244;AO=9;DP=115;FAO=13;FDP=119;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=0.00145625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.801;QD=1.75915;RBI=0.00626017;REFB=-0.0182917;REVB=0.00608843;RO=106;SAF=4;SAR=5;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117448;STB=0.545384;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0304427;OID=.;OPOS=44141332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:115:119:106:106:9:13:0.109244:5:4:46:60:8:5:46:60 chr20 44170797 . C T 376.07 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00819111;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6753;QD=26.3908;RBI=0.0207264;REFB=-0.00946243;REVB=0.0190392;RO=21;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168815;STB=0.59254;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00820001;OID=.;OPOS=44170797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:21:36:36:0.631579:24:12:12:9:24:12:12:9 chr20 44171455 . T C 680.68 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00121896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.606;QD=24.5289;RBI=0.015592;REFB=-0.0128142;REVB=-0.0155443;RO=46;SAF=36;SAR=29;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246216;STB=0.513419;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00930668;OID=.;OPOS=44171455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:29:36:24:22:29:36:24:22 chr20 44174238 . G C 564.28 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0203425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.447;QD=26.8702;RBI=0.0204762;REFB=-0.0250898;REVB=0.00233613;RO=30;SAF=26;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387673;STB=0.525937;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0123584;OID=.;OPOS=44174238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:33:51:51:0.607143:25:26:17:13:25:26:19:14 chr20 44174249 . G T 654.03 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0432193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0086;QD=27.2513;RBI=0.0436798;REFB=-0.0832218;REVB=-0.00632545;RO=34;SAF=29;SAR=29;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.035103;OID=.;OPOS=44174249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:38:58:58:0.604167:29:29:19:15:29:29:19:19 chr20 44174423 . G A 1924.01 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153934;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.33;QD=61.0797;RBI=0.0173158;REFB=-0.0349867;REVB=-0.00792961;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.503597;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=2.55164e-05;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:0:1:124:125:0.992063:68:56:0:0:69:56:0:1 chr20 44184375 . T C 562.11 PASS AF=0.6;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000216055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.094;QD=26.452;RBI=0.0416891;REFB=0.000162604;REVB=-0.0416885;RO=33;SAF=30;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132903;STB=0.51219;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.000450689;OID=.;OPOS=44184375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:33:34:51:51:0.6:21:30:20:13:21:30:21:13 chr20 44188489 . A C 1115.76 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00534238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.812;QD=56.4943;RBI=0.015292;REFB=0.0102858;REVB=0.0143285;RO=3;SAF=40;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101104;STB=0.505346;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00060739;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:36:40:2:1:36:40:2:1 chr20 44238741 . T G 766.83 PASS AF=0.657143;AO=68;DP=102;FAO=69;FDP=105;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0304864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4557;QD=29.2124;RBI=0.0332087;REFB=-0.0196942;REVB=-0.013168;RO=34;SAF=32;SAR=36;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732634;STB=0.530773;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00970807;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:34:36:68:69:0.657143:36:32:12:22:36:33:14:22 chr20 44314609 . A G 1252.82 PASS AF=0.987952;AO=83;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00381882;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.046;QD=60.3769;RBI=0.0290803;REFB=0.0753453;REVB=-0.0288285;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104093;STB=0.505617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00920981;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:83:82:0.987952:45:38:0:1:44:38:0:1 chr20 44352620 . G A 1075.11 PASS AF=0.692308;AO=90;DP=130;FAO=90;FDP=130;FR=.;FRO=40;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0260542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7094;QD=33.0803;RBI=0.0373569;REFB=0.0052509;REVB=-0.0267716;RO=40;SAF=48;SAR=42;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00479126;STB=0.502574;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00220418;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:40:40:90:90:0.692308:42:48:21:19:42:48:21:19 chr20 44378577 . T C 172.73 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0128711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.438;QD=9.46469;RBI=0.0139587;REFB=-0.0143196;REVB=0.00540181;RO=50;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615856;STB=0.503629;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0342301;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:13:10:22:28:13:10:22:28 chr20 44417643 . A G 92.63 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0494998;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.157;QD=8.23343;RBI=0.0577269;REFB=0.0167015;REVB=0.0297014;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128798;STB=0.550477;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0261948;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:45:32:33:11:12:0.266667:4:7:17:15:5:7:17:16 chr20 44417675 . G C 91.68 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.103627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.3731;QD=8.73097;RBI=0.108476;REFB=-0.0117991;REVB=-0.0320728;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161881;STB=0.618537;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0340728;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:42:42:28:29:9:10:0.238095:3:6:15:13:3:7:16:13 chr20 44418564 . A G 174.84 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00756662;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.322;QD=11.6558;RBI=0.0140661;REFB=-0.0185346;REVB=-0.0118575;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941638;STB=0.574627;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0365233;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:38:21:22:0.366667:12:9:20:19:13:9:20:18 chr20 44452697 . C A 117.34 PASS AF=0.197917;AO=18;DP=95;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00544438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.297;QD=4.8891;RBI=0.00624392;REFB=0.0008059;REVB=0.003057;RO=76;SAF=7;SAR=11;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220813;STB=0.650603;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00257033;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:76:77:18:19:0.197917:11:7:43:33:12:7:43:34 chr20 44469290 . G A 47.91 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0127971;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.031;QD=10.0868;RBI=0.0328121;REFB=-0.0203337;REVB=-0.0302138;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.029901;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr20 44470676 . T C 282.02 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00888847;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.905;QD=12.0009;RBI=0.0174684;REFB=-0.0157946;REVB=-0.0150379;RO=62;SAF=15;SAR=17;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090467;STB=0.525758;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0277494;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:61:32:33:0.351064:17:15:34:28:17:16:32:29 chr20 44501458 . A G 97.75 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0252841;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.754;QD=6.20656;RBI=0.0285203;REFB=-0.00943231;REVB=-0.0131955;RO=46;SAF=11;SAR=4;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120055;STB=0.537767;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0340414;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:65:63:46:48:15:15:0.238095:4:11:37:9:4:11:37:11 chr20 44505973 . T C 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0489289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5341;QD=4.78738;RBI=0.0489543;REFB=-0.0183239;REVB=0.00157945;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037728;STB=0.547501;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0388698;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:32:34:8:8:0.190476:4:4:15:17:4:4:15:19 chr20 44506418 . G A 169.09 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00602321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.435;QD=8.67118;RBI=0.00720666;REFB=-0.0124374;REVB=-0.00395687;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101051;STB=0.559948;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0214952;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:12:11:31:24:12:11:31:24 chr20 44512792 . CTG C 41.78 PASS AF=0.205882;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0219481;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.403;QD=4.91546;RBI=0.0263152;REFB=-0.00425734;REVB=-0.014518;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536394;STB=0.578732;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.0149723;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:6:33:7:34:27:3:4:9:18:41:24:2:4:9:15 chr20 44512996 . C T 110.68 PASS AF=0.27027;AO=5;DP=35;FAO=10;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0228289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.123;QD=11.9655;RBI=0.029633;REFB=-0.00742452;REVB=0.0188933;RO=21;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299801;STB=0.829979;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00984903;OID=.;OPOS=44512996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:37:21:24:5:10:0.27027:1:4:12:9:1:9:13:11 chr20 44513289 . T C 158.37 PASS AF=0.234694;AO=22;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0419832;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2185;QD=6.46404;RBI=0.0487656;REFB=-0.00341083;REVB=0.0248092;RO=75;SAF=15;SAR=7;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301323;STB=0.652042;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0084852;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:75:75:22:23:0.234694:7:15:33:42:8:15:34:41 chr20 44513357 . G A 166.2 PASS AF=0.237705;AO=21;DP=125;FAO=29;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.005422;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.282;QD=5.449;RBI=0.00587089;REFB=-0.00407615;REVB=-0.00225152;RO=69;SAF=7;SAR=14;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27026;STB=0.500848;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0136866;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:69:93:21:29:0.237705:14:7:38:31:14:15:48:45 chr20 44523547 . G A 80.28 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0162576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.764;QD=7.64537;RBI=0.0315326;REFB=-0.0125462;REVB=0.0270184;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242445;STB=0.683246;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0463974;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:42:30:31:10:11:0.261905:5:5:21:9:6:5:22:9 chr20 44578674 . T A 1277.25 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416616;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9833;QD=62.3048;RBI=0.0419687;REFB=0;REVB=0.00506775;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491483;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr20 44578961 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.715;QD=61.5359;RBI=0.0235272;REFB=0;REVB=-0.0170961;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31542e-05;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr20 44596207 . C G 921.03 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.668;QD=58.4779;RBI=0.0383563;REFB=0;REVB=0.0238681;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220668;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:58:63:1:32:26:0:0:35:28:0:0 chr20 44640225 . A G 1500.14 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.25;QD=59.4115;RBI=0.0279429;REFB=0;REVB=0.0274732;RO=0;SAF=63;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12162e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:98:101:1:35:63:0:0:37:64:0:0 chr20 44642406 . G C 842.51 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0157625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7591;QD=54.3558;RBI=0.0326956;REFB=-0.00951402;REVB=0.0286452;RO=2;SAF=26;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349219;STB=0.518512;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00173655;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:34:26:2:0:34:26:2:0 chr20 44642833 . A C 339.88 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0197794;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.413;QD=20.2911;RBI=0.0207516;REFB=-0.0390157;REVB=-0.00627714;RO=30;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122847;STB=0.566289;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0338412;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:32:35:35:0.522388:18:17:19:11:18:17:20:12 chr20 44678348 . G A 1783.53 PASS AF=0.938462;AO=122;DP=130;FAO=122;FDP=130;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0114182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.001;QD=54.878;RBI=0.0127615;REFB=-0.197788;REVB=0.00569927;RO=8;SAF=70;SAR=52;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530566;STB=0.527993;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00294262;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:130:130:8:8:122:122:0.938462:52:70:1:7:52:70:1:7 chr20 44688302 . G A 1086.69 PASS AF=0.594118;AO=95;DP=171;FAO=101;FDP=170;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0045514;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.553;QD=25.5692;RBI=0.005105;REFB=-0.0035982;REVB=0.0023121;RO=62;SAF=43;SAR=52;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604765;STB=0.530318;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0021968;OID=.;OPOS=44688302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:62:69:95:101:0.594118:52:43:23:39:54:47:27:42 chr20 44688730 . G A 2502.17 PASS AF=1;AO=160;DP=164;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012731;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2869;QD=61.4029;RBI=0.0127317;REFB=0;REVB=0.000133107;RO=0;SAF=57;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42309e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:163:0:0:160:163:1:103:57:0:0:103:60:0:0 chr20 44691350 . T G 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.0200843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.488;QD=2.65217;RBI=0.022017;REFB=0.000127524;REVB=-0.00902051;RO=70;SAF=8;SAR=3;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611604;STB=0.543397;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.000925537;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:3:8:48:22:3:8:48:22 chr20 44746982 . T C 276.95 PASS AF=0.527273;AO=23;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0344733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.584;QD=20.1414;RBI=0.079174;REFB=-0.0450874;REVB=0.071275;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196773;STB=0.541372;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0432012;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:23:29:0.527273:7:16:13:13:12:17:13:13 chr20 44994696 . A G 1018.58 PASS AF=0.609589;AO=89;DP=146;FAO=89;FDP=146;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0038383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.967;QD=27.9064;RBI=0.00421341;REFB=-0.000170393;REVB=-0.00173791;RO=57;SAF=39;SAR=50;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125707;STB=0.506809;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=8.1164e-05;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:57:57:89:89:0.609589:50:39:24:33:50:39:24:33 chr20 44996182 . A G 440.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.52;QD=56.883;RBI=0.113195;REFB=0;REVB=0.0164728;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618447;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:8:21:0:0:10:21:0:0 chr20 44999028 . T C 399.76 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0251556;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4756;QD=20.5002;RBI=0.0265638;REFB=-0.0238715;REVB=0.00853413;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334349;STB=0.512189;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.022135;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:19:21:18:19:19:21:19:19 chr20 45085437 . C CTTT,CTTTT,T 736.21 PASS AF=0.491935,0.00806452,0.0887097;AO=49,13,11;DP=125;FAO=61,1,11;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=32,0,5;FSAR=29,1,6;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.00759361,-0.00673922,-0.0194531;FXX=0.00799936;HRUN=0,0,1;LEN=3,4,1;MLLD=190.982,187.059,111.112;QD=23.7488;RBI=0.0259512,0.0328162,0.101014;REFB=-0.00964859,-0.00633485,-0.0101934;REVB=-0.0248153,-0.0321167,-0.0991227;RO=50;SAF=32,0,5;SAR=17,13,6;SRF=38;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.112166,-0.817083,-0.382923;STB=0.592509,0.994288,0.715577;STBP=0.044,0.156,0.174;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00814993,0.027093,0.0431795;OID=.,.,.;OPOS=45085438,45085438,45085437;OREF=-,-,C;OALT=TTT,TTTT,T;OMAPALT=CTTT,CTTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:50:51:49,13,11:61,1,11:0.491935,0.00806452,0.0887097:17,13,6:32,0,5:38:12:29,1,6:32,0,5:37:14 chr20 45140681 . T A 212.41 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0205819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.556;QD=14.4006;RBI=0.0380356;REFB=-0.0114061;REVB=-0.0319858;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135335;STB=0.568281;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0127774;OID=.;OPOS=45140681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:11:14:14:19:11:14:15:19 chr20 45217858 . A G 533.11 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00593072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3656;QD=23.1785;RBI=0.00960435;REFB=0.0105567;REVB=-0.00755447;RO=42;SAF=7;SAR=43;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329947;STB=0.684263;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0111141;OID=.;OPOS=45217858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:43:7:17:25:43:7:17:25 chr20 45354291 . G A 263.79 PASS AF=0.266187;AO=35;DP=149;FAO=37;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=35;FWDB=0.0116559;FXX=0.0608067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0637;QD=7.5912;RBI=0.0355336;REFB=-0.0013736;REVB=0.0335675;RO=86;SAF=18;SAR=17;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210625;STB=0.605817;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00445666;OID=.;OPOS=45354291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:139:86:102:35:37:0.266187:17:18:59:27:18:19:67:35 chr20 45817255 . A C 1788.51 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670951;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2099;QD=61.1456;RBI=0.0121849;REFB=0;REVB=0.0101712;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172873;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:116:117:1:51:65:0:0:52:65:0:0 chr20 45839075 . AA AT,TT 113.83 PASS AF=0.27451,0.0392157;AO=12,3;DP=51;FAO=14,2;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7,1;FSAR=7,1;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.040701,-0.0197962;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=34.8616,54.5866;QD=8.92808;RBI=0.0484549,0.0232926;REFB=-0.0323169,-0.0156669;REVB=-0.0262928,-0.0122742;RO=32;SAF=5,2;SAR=7,1;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0126812,0.261119;STB=0.550948,0.56691;STBP=0.636,0.839;TYPE=snp,mnp;VARB=0.019551,0.126756;OID=.,.;OPOS=45839076,45839075;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:51:51:32:35:12,3:14,2:0.27451,0.0392157:7,1:5,2:13:19:7,1:7,1:15:20 chr20 45839078 . C T 125.14 PASS AF=0.326087;AO=12;DP=51;FAO=15;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00456447;FXX=0.09802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.358;QD=10.8821;RBI=0.0105258;REFB=-0.00634358;REVB=-0.00948468;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256991;STB=0.576268;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0224053;OID=.;OPOS=45839078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:46:19:31:12:15:0.326087:4:8:8:11:7:8:13:18 chr20 45853037 . A G 577.25 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548897;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.079;QD=60.763;RBI=0.0604658;REFB=-0.0593707;REVB=-0.0253622;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734928;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr20 45867852 . A G 201.4 PASS AF=0.487805;AO=14;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.034163;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.528;QD=19.6489;RBI=0.0381777;REFB=-0.00454585;REVB=-0.0170418;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224506;STB=0.568054;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00864277;OID=.;OPOS=45867852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:21:14:20:0.487805:10:4:9:9:13:7:10:11 chr20 46283490 . TGGGG TGGG,TGGGA 86.01 PASS AF=0.142857,0.0588235;AO=22,6;DP=119;FAO=17,7;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=2,2;FSAR=15,5;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.102948,0.104822;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.8848,25.2466;QD=2.89125;RBI=0.169344,0.137903;REFB=-0.02342,-0.00884415;REVB=-0.134459,-0.0896088;RO=79;SAF=4,2;SAR=18,4;SRF=50;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.547666,-0.306913;STB=0.885563,0.759304;STBP=0.002,0.171;TYPE=del,snp;VARB=0.00603524,0.0393968;OID=.,.;OPOS=46283491,46283494;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.0588235:22,6:119:17,7:119:95:2,2:15,5:55:40:53:79:4,2:18,4:50:29 chr20 46331275 . G A 714.47 PASS AF=0.628571;AO=65;DP=104;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00781776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.954;QD=27.218;RBI=0.0179425;REFB=-0.021299;REVB=0.0161498;RO=39;SAF=29;SAR=36;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717792;STB=0.501318;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0123384;OID=.;OPOS=46331275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:39:39:65:66:0.628571:36:29:17:22:37:29:17:22 chr20 46365571 . A G 1426.33 PASS AF=0.584821;AO=131;DP=223;FAO=131;FDP=224;FR=.;FRO=93;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0359281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.37;QD=25.4702;RBI=0.038023;REFB=-0.0421152;REVB=-0.0124469;RO=89;SAF=58;SAR=73;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506295;STB=0.500794;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0311525;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:89:93:131:131:0.584821:73:58:40:49:73:58:41:52 chr20 47241618 . A G 708.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.165;QD=62.9718;RBI=0.0425155;REFB=0;REVB=0.0388036;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137701;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr20 47253150 . T C 1476.49 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065568;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.556;QD=63.5047;RBI=0.0678337;REFB=0;REVB=0.0173852;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26808e-05;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:53:40:0:0 chr20 47258763 . C T 1296.5 PASS AF=0.674699;AO=108;DP=163;FAO=112;FDP=166;FR=.;FRO=54;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0369027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.095;QD=31.241;RBI=0.0373486;REFB=-0.0248407;REVB=-0.00575378;RO=54;SAF=59;SAR=49;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028852;STB=0.51756;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0121655;OID=.;OPOS=47258763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:54:54:108:112:0.674699:49:59:27:27:50:62:27:27 chr20 47261017 . T C 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0229393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.993;QD=24.7735;RBI=0.0294022;REFB=-0.0191837;REVB=-0.0183923;RO=32;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390473;STB=0.521378;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0144859;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:22:23:18:14:22:23:18:14 chr20 47262549 . C T 94.99 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0449366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3281;QD=11.1748;RBI=0.0496904;REFB=-0.0134245;REVB=0.0212094;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279135;STB=0.666389;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0202693;OID=.;OPOS=47262549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:9:13:4:8:9:13 chr20 47267480 . A G 94.47 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0627302;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8505;QD=18.8935;RBI=0.066903;REFB=0.0202231;REVB=-0.0232578;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0139738;OID=.;OPOS=47267480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:3:6 chr20 47267940 . G A 823.11 PASS AF=0.683673;AO=66;DP=97;FAO=67;FDP=98;FR=.;FRO=31;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0366448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1204;QD=33.5963;RBI=0.0409705;REFB=-0.045595;REVB=0.0183232;RO=31;SAF=38;SAR=28;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131046;STB=0.567144;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0194978;OID=.;OPOS=47267940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:31:31:66:67:0.683673:28:38:11:20:29:38:11:20 chr20 47269233 . C G 946.14 PASS AF=0.604317;AO=84;DP=139;FAO=84;FDP=139;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.011338;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5701;QD=27.2271;RBI=0.0335707;REFB=0.0116105;REVB=0.0315981;RO=55;SAF=46;SAR=38;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812034;STB=0.544042;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00582467;OID=.;OPOS=47269233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:55:55:84:84:0.604317:38:46:24:31:38:46:24:31 chr20 47273726 . C T 597.25 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0110652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.505;QD=25.4147;RBI=0.0132499;REFB=-0.0175549;REVB=-0.0072884;RO=38;SAF=33;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663028;STB=0.527017;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0107777;OID=.;OPOS=47273726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:40:54:54:0.574468:21:33:20:18:21:33:22:18 chr20 47307618 . G A 262.3 PASS AF=0.215385;AO=42;DP=196;FAO=42;FDP=195;FR=.;FRO=153;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=80;FSRR=73;FWDB=0.0145511;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0364;QD=5.38051;RBI=0.0167389;REFB=-0.00263898;REVB=0.00827385;RO=151;SAF=23;SAR=19;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312906;STB=0.519509;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00754354;OID=.;OPOS=47307618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:151:153:42:42:0.215385:19:23:79:72:19:23:80:73 chr20 47605869 . G C 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0413799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.731;QD=4.90477;RBI=0.0517279;REFB=-0.00501006;REVB=-0.0310399;RO=43;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220178;STB=0.644164;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.02544;OID=.;OPOS=47605869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:4:6:18:25:4:6:18:25 chr20 47630449 . C T 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.094;QD=59.1367;RBI=0.0223043;REFB=0;REVB=0.0129793;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09325e-05;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr20 47712930 . G T 315.94 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0277688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.905;QD=12.7651;RBI=0.0283429;REFB=0.00579259;REVB=-0.00567579;RO=63;SAF=12;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200438;STB=0.615319;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00947208;OID=.;OPOS=47712930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:24:12:32:31:24:12:32:31 chr20 47874063 . T C 128.66 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=92;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0786885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5234;QD=5.59369;RBI=0.0906696;REFB=-0.0138492;REVB=-0.0450455;RO=72;SAF=12;SAR=8;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918803;STB=0.557464;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0535042;OID=.;OPOS=47874063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:72:72:20:20:0.217391:8:12:38:34:8:12:38:34 chr20 48099131 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 92.42 PASS AF=0.631579,0.157895;AO=7,2;DP=19;FAO=12,3;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8,3;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.207424,0.431521;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=15.4624,8.95521;QD=19.4563;RBI=0.210914,0.44878;REFB=-0.072323,-0.0963556;REVB=-0.0382076,-0.123261;RO=8;SAF=3,2;SAR=4,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0.375,0.375;SSEP=0,0;SSSB=-0.497472,0;STB=0.599849,0.5;STBP=0.255,1;TYPE=del,del;VARB=0.106296,0.140412;OID=.,.;OPOS=48099136,48099132;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579,0.157895:7,2:19:12,3:19:4:8,3:4,0:4:0:20:8:3,2:4,0:8:0 chr20 48122140 . G A 327.95 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=127;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=0.0118058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5903;QD=10.1691;RBI=0.0453205;REFB=-0.000786789;REVB=-0.0437558;RO=85;SAF=13;SAR=29;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026564;STB=0.50964;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00122924;OID=.;OPOS=48122140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:85:87:42:42:0.325581:29:13:28:57:29:13:28:59 chr20 48140682 . C T 310.12 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0314435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.465;QD=35.4422;RBI=0.032246;REFB=-0.00248715;REVB=-0.00714921;RO=9;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061132;STB=0.533308;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000872666;OID=.;OPOS=48140682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:12:14:6:3:12:14:6:3 chr20 48250747 . C A 122.48 PASS AF=0.5;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00085606;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.021;QD=16.3309;RBI=0.0116902;REFB=-0.0178145;REVB=0.0116588;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308734;STB=0.706139;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0144362;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:30:19:15:12:15:0.5:9:3:10:9:11:4:10:5 chr20 48257149 . C T 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2111;QD=64.1477;RBI=0.0471933;REFB=0;REVB=-0.0186393;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769904;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr20 48259034 . A G 420.27 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0370171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8828;QD=27.114;RBI=0.0377038;REFB=-0.00425304;REVB=0.00716314;RO=22;SAF=15;SAR=25;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105853;STB=0.557495;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00389338;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:25:15:5:17:25:15:5:17 chr20 48411429 . A T 145.06 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619241;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.8194;QD=44.6332;RBI=0.108027;REFB=0;REVB=0.0885174;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00632683;OID=.;OPOS=48411429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr20 48491258 . T G 1172.04 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.141;QD=58.6021;RBI=0.0200821;REFB=-0.0476057;REVB=0.0052912;RO=2;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182997;STB=0.505881;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000424581;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:36:42:1:1:37:42:1:0 chr20 48520610 . A G 1508.42 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434413;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.873;QD=58.5794;RBI=0.0440287;REFB=-0.108068;REVB=0.00716802;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921259;STB=0.504853;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00166174;OID=.;OPOS=48520610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:102:102:0.990291:51:51:1:0:51:51:1:0 chr20 48522330 . G A 1250.5 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.057851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.721;QD=60.2649;RBI=0.0670298;REFB=-0.0449491;REVB=0.0338564;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000342884;OID=.;OPOS=48522330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:42:40:0:0:42:40:1:0 chr20 48522585 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.321;QD=56.9378;RBI=0.0611772;REFB=0;REVB=0.0551328;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142382;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr20 48524827 . A G 855.76 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251762;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.034;QD=56.1156;RBI=0.042637;REFB=-0.0951464;REVB=0.0344103;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00106795;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:33:27:0:0:33:27:0:1 chr20 48569240 . TGG TG,TGA 2060.56 PASS AF=0.950355,0.0496454;AO=123,7;DP=141;FAO=134,7;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=62,4;FSAR=72,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707373,0.0646656;FXX=0.0275843;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8755,6.76446;QD=58.4555;RBI=0.0143501,0.0977729;REFB=0,0;REVB=0.0124855,0.0733342;RO=0;SAF=54,4;SAR=69,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0054196,-0.122147;OID=.,.;OPOS=48569241,48569242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.950355,0.0496454:123,7:141:134,7:141:0:62,4:72,3:0:0:15:0:54,4:69,3:0:0 chr20 48569278 . T C 2116.11 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0101116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.686;QD=60.4601;RBI=0.0246525;REFB=-0.0901034;REVB=0.0224834;RO=3;SAF=62;SAR=75;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00490167;STB=0.502579;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000449692;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:3:3:137:137:0.978571:75:62:1:2:75:62:1:2 chr20 48700947 . T C 1549.98 PASS AF=0.601732;AO=139;DP=231;FAO=139;FDP=231;FR=.;FRO=92;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=0.0258518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.63;QD=26.8395;RBI=0.0357935;REFB=-0.0126887;REVB=0.024756;RO=92;SAF=70;SAR=69;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935725;STB=0.550548;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00820385;OID=.;OPOS=48700947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:92:92:139:139:0.601732:69:70:58:34:69:70:58:34 chr20 48713049 . G A 685.64 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0164108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.498;QD=50.7878;RBI=0.0168487;REFB=-0.0419652;REVB=-0.00381666;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.510913;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000234668;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:1:3:51:51:0.944444:24:27:1:0:24:27:1:2 chr20 48729677 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.623;QD=51.1845;RBI=0.042093;REFB=0;REVB=0.0166956;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443873;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr20 48809073 . GT G,TT 34.91 PASS AF=0.195402,0;AO=17,7;DP=88;FAO=17,0;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=9,0;FSAR=8,0;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0643823,-0.00171961;FXX=0.0224694;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.3276,244.621;QD=1.60487;RBI=0.162042,0.0265716;REFB=-0.0512125,-0.000239998;REVB=0.148703,-0.0265159;RO=57;SAF=7,0;SAR=10,7;SRF=28;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0.459459,0;SSSB=-0.0991182,-0.626296;STB=0.591841,0.5;STBP=0.416,1;TYPE=del,snp;VARB=0.08439,0;OID=.,.;OPOS=48809074,48809073;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:88:87:57:70:17,7:17,0:0.195402,0:10,7:7,0:28:29:8,0:9,0:29:41 chr20 49214156 . A G 1167.21 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.571;QD=60.6344;RBI=0.0340906;REFB=0;REVB=-0.0339099;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34753e-05;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:49:27:0:0:49:28:0:0 chr20 49367076 . T G 2034.11 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0337711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.84;QD=60.7198;RBI=0.0754;REFB=-0.193444;REVB=0.0674141;RO=2;SAF=48;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00417371;STB=0.502196;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00092358;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:84:48:1:1:84:48:1:1 chr20 49369006 . A G 1576.22 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288793;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2556;QD=58.9241;RBI=0.0350005;REFB=-0.10095;REVB=0.0197742;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000693427;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:49:57:0:0:49:57:0:1 chr20 49369605 . C CCT 166.62 PASS AF=0.328571;AO=13;DP=76;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0166584;FXX=0.0666578;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.458;QD=9.52097;RBI=0.023173;REFB=-0.00693975;REVB=0.0161086;RO=61;SAF=3;SAR=10;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454763;STB=0.825803;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0291374;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328571:13:76:23:70:47:4:19:31:16:99:61:3:10:37:24 chr20 49369613 . T TC 269.14 PASS AF=0.52459;AO=21;DP=79;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.000733235;FXX=0.061529;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.73;QD=17.6485;RBI=0.0290094;REFB=-0.0264399;REVB=-0.0290001;RO=56;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266788;STB=0.622879;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.016539;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52459:21:79:32:61:29:16:16:7:22:99:56:14:7:25:31 chr20 49369614 . T C 155.9 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00475673;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=148.533;QD=7.69896;RBI=0.0291262;REFB=-0.0170269;REVB=-0.0287352;RO=59;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236098;STB=0.64193;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.01695;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:22:22:0.271605:8:14:26:33:8:14:26:33 chr20 49508203 . CT CC,C 31.82 PASS AF=0,0.310345;AO=2,19;DP=57;FAO=0,18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=0,5;FSAR=0,13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.112155,0.209241;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=24.9765,6.78054;QD=2.19448;RBI=0.128397,0.209637;REFB=-0.0542992,-0.0944645;REVB=0.0625056,-0.0128849;RO=29;SAF=1,5;SAR=1,14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0154067,-0.252413;STB=0.5,0.595958;STBP=1,0.363;TYPE=snp,del;VARB=0.0935316,0.0949942;OID=.,.;OPOS=49508204,49508204;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.310345:2,19:57:0,18:58:40:0,5:0,13:16:24:33:29:1,5:1,14:14:15 chr20 49620783 . G T 906.3 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0779647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.988;QD=56.6436;RBI=0.0793448;REFB=-0.0216961;REVB=-0.0147346;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=7.37306e-05;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:0:1:34:29:0:1 chr20 50069517 . G A 503.52 PASS AF=0.382166;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=157;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.048078;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.071;QD=12.8286;RBI=0.0480928;REFB=-0.0105502;REVB=-0.00119609;RO=94;SAF=38;SAR=22;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170238;STB=0.600139;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0214192;OID=.;OPOS=50069517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:94:97:60:60:0.382166:22:38:45:49:22:38:46:51 chr20 50092027 . T G 295.89 PASS AF=0.282759;AO=37;DP=142;FAO=41;FDP=145;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0171281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.181;QD=8.1624;RBI=0.0175104;REFB=-0.00506702;REVB=-0.00363875;RO=104;SAF=12;SAR=25;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16617;STB=0.58338;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.011803;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:104:104:37:41:0.282759:25:12:47:57:27:14:47:57 chr20 50140627 . G C 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0165298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.827;QD=17.243;RBI=0.0165494;REFB=-0.0150818;REVB=0.000804586;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909894;STB=0.551677;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0150603;OID=.;OPOS=50140627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:19:8:8:13:19:8 chr20 50217620 . A G 519.09 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00384771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2963;QD=25.6343;RBI=0.00506864;REFB=-0.0181982;REVB=-0.00329944;RO=33;SAF=19;SAR=29;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909263;STB=0.549742;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0155995;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:29:19:17:16:29:19:17:16 chr20 50287736 . C T 1352.8 PASS AF=0.93578;AO=89;DP=102;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0299395;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.366;QD=49.6439;RBI=0.0505908;REFB=-0.128642;REVB=0.0407805;RO=10;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10486;STB=0.535347;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0026574;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:102:109:10:7:89:102:0.93578:40:49:0:10:46:56:0:7 chr20 50287790 . A G 1227.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0964;QD=61.3687;RBI=0.0433692;REFB=0;REVB=-0.0296816;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380666;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr20 50307365 . A G 331.47 PASS AF=0.336;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0125737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.825;QD=10.607;RBI=0.014584;REFB=-0.00716801;REVB=0.00738881;RO=82;SAF=25;SAR=17;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117106;STB=0.511604;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.019614;OID=.;OPOS=50307365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:82:83:42:42:0.336:17:25:48:34:17:25:48:35 chr20 50408482 . A G 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.775;QD=57.7075;RBI=0.0255927;REFB=0;REVB=0.00655488;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89505e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr20 50521580 . A AAAT 92.34 PASS AF=0.342105;AO=8;DP=76;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0921487;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=3;MLLD=200.477;QD=9.71979;RBI=0.0921666;REFB=-0.0187714;REVB=-0.00181449;RO=67;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355395;STB=0.761917;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.0358956;OID=.;OPOS=50521581;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:8:76:13:38:25:2:11:12:13:92:67:1:7:25:42 chr20 50803444 . C T 876.1 PASS AF=0.669565;AO=77;DP=115;FAO=77;FDP=115;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0212561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7565;QD=30.473;RBI=0.0212642;REFB=-0.0274995;REVB=-0.000585212;RO=36;SAF=19;SAR=58;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14423;STB=0.591485;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0176885;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:36:38:77:77:0.669565:58:19:16:20:58:19:18:20 chr20 50803573 . G A 293.12 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0222822;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.673;QD=26.0548;RBI=0.0328838;REFB=-0.0132336;REVB=-0.0241837;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112969;STB=0.562453;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00780511;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:6:13:14:12:6:13 chr20 51870849 . T C 2398.67 PASS AF=0.97561;AO=160;DP=164;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0734437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.5317;QD=58.5042;RBI=0.0751227;REFB=-0.23312;REVB=0.0157942;RO=2;SAF=75;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000736931;STB=0.500765;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00198412;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:2:4:160:160:0.97561:85:75:1:1:85:75:2:2 chr20 52105972 . C T 1120.66 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3692;QD=58.9823;RBI=0.0134295;REFB=-0.0752621;REVB=-0.0010473;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000512141;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:0:1:37:38:0:1 chr20 52192408 . C T 405.69 PASS AF=0.374046;AO=48;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0592755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.543;QD=12.3875;RBI=0.0592808;REFB=-0.0196741;REVB=-0.000793894;RO=83;SAF=24;SAR=24;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669013;STB=0.514013;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0328333;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:83:82:48:49:0.374046:24:24:41:42:24:25:40:42 chr20 52193368 . C T 301.47 PASS AF=0.275641;AO=43;DP=157;FAO=43;FDP=156;FR=.;FRO=113;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.0164669;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.164;QD=7.72996;RBI=0.0278007;REFB=-0.00309143;REVB=-0.0223991;RO=113;SAF=18;SAR=25;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029815;STB=0.517653;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00752236;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:113:113:43:43:0.275641:25:18:50:63:25:18:50:63 chr20 52193660 . G A 267.51 PASS AF=0.280303;AO=36;DP=132;FAO=37;FDP=132;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.011394;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.363;QD=8.10647;RBI=0.0150925;REFB=-0.00759636;REVB=-0.00989755;RO=95;SAF=17;SAR=19;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403515;STB=0.513506;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.029739;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:95:95:36:37:0.280303:19:17:48:47:19:18:48:47 chr20 52193698 . G A 232.17 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0128543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.104;QD=7.87019;RBI=0.01511;REFB=-0.00127353;REVB=-0.00794236;RO=83;SAF=15;SAR=18;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911932;STB=0.553814;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00267506;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:83:85:33:33:0.279661:18:15:44:39:18:15:45:40 chr20 52198340 . T A 115.07 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0104288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.968;QD=5.90111;RBI=0.0107323;REFB=3.01451e-05;REVB=-0.00253444;RO=59;SAF=9;SAR=9;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734724;STB=0.538419;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000281618;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:60:18:18:0.230769:9:9:33:26:9:9:33:27 chr20 52611540 . C A 470.75 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3809;QD=55.3823;RBI=0.0759153;REFB=-0.15074;REVB=0.0659355;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.028825;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr20 52674615 . A G 1288.75 PASS AF=1;AO=72;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.686;QD=62.1085;RBI=0.0568448;REFB=0;REVB=0.038457;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565073;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:72:83:1:32:40:0:0:43:40:0:0 chr20 52675188 . G T 784.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9771;QD=64.0024;RBI=0.0583284;REFB=0;REVB=-0.0316916;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100508;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr20 52775528 . C T 1989.76 PASS AF=0.985075;AO=128;DP=130;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.21;QD=59.3959;RBI=0.00776293;REFB=-0.0525277;REVB=-0.00706362;RO=2;SAF=66;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000457241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076244;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:134:2:2:128:132:0.985075:62:66:1:1:66:66:1:1 chr20 52781091 . C T 514.71 PASS AF=0.321608;AO=64;DP=200;FAO=64;FDP=199;FR=.;FRO=135;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=-0.0609764;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2074;QD=10.3459;RBI=0.0629944;REFB=0.00922789;REVB=0.0158168;RO=134;SAF=42;SAR=22;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146011;STB=0.582344;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0157306;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:134:135:64:64:0.321608:22:42:72:62:22:42:73:62 chr20 52786219 . G A 563.17 PASS AF=0.75;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0212141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.547;QD=35.198;RBI=0.0224684;REFB=-0.0124078;REVB=-0.00740221;RO=16;SAF=27;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584531;STB=0.531483;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00305144;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:16:16:48:48:0.75:21:27:7:9:21:27:7:9 chr20 54824029 . G A 245.97 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0165347;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.745;QD=9.2818;RBI=0.0201688;REFB=-0.00525198;REVB=0.0115492;RO=64;SAF=16;SAR=17;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883684;STB=0.571467;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0151634;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:64:73:33:33:0.311321:17:16:36:28:17:16:43:30 chr20 54944791 . C G 211.04 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00334303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.643;QD=9.93106;RBI=0.0124456;REFB=-0.015072;REVB=-0.0119882;RO=58;SAF=12;SAR=15;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20305;STB=0.618472;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0232441;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:15:12:36:22:15:12:36:22 chr20 54961463 . T C 1529.75 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.786;QD=63.7394;RBI=0.0245013;REFB=0;REVB=0.0100465;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26438e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr20 54961541 . A T 868.76 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0164641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5254;QD=53.4623;RBI=0.0184336;REFB=-0.179365;REVB=0.00829038;RO=4;SAF=41;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224431;STB=0.517931;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0081951;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:65:65:4:3:61:62:0.953846:20:41:2:2:20:42:1:2 chr20 55070268 . A T 575.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.562;QD=60.54;RBI=0.036446;REFB=0;REVB=0.0118255;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024492;OID=.;OPOS=55070268;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:14:24:0:0 chr20 55072459 . AAT AA,A 46.15 PASS AF=0.166667,0.277778;AO=2,3;DP=19;FAO=3,5;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0,2;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0520612,-0.0723645;FXX=0.0526039;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.5103,27.1389;QD=10.2557;RBI=0.227678,0.12228;REFB=-0.0489008,-0.0368507;REVB=-0.221646,-0.0985687;RO=9;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.587597;STB=0.5,0.811817;STBP=1,0.493;TYPE=del,del;VARB=0.116267,0.0140765;OID=.,.;OPOS=55072461,55072460;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.277778:2,3:19:3,5:18:10:0,2:3,3:0:10:31:9:0,1:2,2:0:9 chr20 55072471 . TA T,TG,TT 242.84 PASS AF=0.136364,0.681818,0.181818;AO=3,12,4;DP=21;FAO=3,15,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,1;FSAR=3,14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342896,0.0326769,0.0309084;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=86.7933,91.2302,80.9587;QD=44.1534;RBI=0.0753295,0.0645781,0.0651242;REFB=0,0,0;REVB=0.0670727,0.0557005,0.0573222;RO=0;SAF=0,1,1;SAR=3,11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.23983e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0457947,-0.00764232,0.00431012;OID=.,.,.;OPOS=55072472,55072472,55072472;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.136364,0.681818,0.181818:3,12,4:21:3,15,4:22:0:0,1,1:3,14,3:0:0:19:0:0,1,1:3,11,3:0:0 chr20 55088404 . A G 990.92 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.191;QD=59.1597;RBI=0.0194103;REFB=0;REVB=0.0162931;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84601e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:21:45:0:0:22:45:0:0 chr20 55108617 . C A 1859.76 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.524;QD=61.4796;RBI=0.0561979;REFB=0;REVB=0.0258327;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54035e-05;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:57:63:0:0:58:63:0:0 chr20 55111371 . G A 850.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.177;QD=57.63;RBI=0.0178781;REFB=0;REVB=0.00776571;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67566e-05;OID=.;OPOS=55111371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr20 55208521 . C T 56.97 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.069811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7068;QD=3.12152;RBI=0.0954241;REFB=-0.00842698;REVB=-0.0650553;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461489;STB=0.524954;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0412902;OID=.;OPOS=55208521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:72:73:61:62:11:11:0.150685:5:6:31:30:5:6:32:30 chr20 55213711 . TC CT 31.68 PASS AF=0.075;AO=7;DP=80;FAO=6;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=18;FWDB=0.0560613;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=30.6842;QD=1.58379;RBI=0.0577153;REFB=-0.00989928;REVB=0.0137181;RO=68;SAF=4;SAR=3;SRF=51;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230559;STB=0.587362;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=0.109978;OID=.;OPOS=55213711;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:80:80:68:71:7:6:0.075:3:4:51:17:2:4:53:18 chr20 55263662 . T G 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0495326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.065;QD=15.6438;RBI=0.0536498;REFB=0.0120001;REVB=-0.0206112;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530006;STB=0.530275;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0176007;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:17:12:8:14:17:12 chr20 55748206 . G A 1214.2 PASS AF=1;AO=67;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148085;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3788;QD=61.4783;RBI=0.111066;REFB=0;REVB=0.110075;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802282;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:67:79:1:33:34:0:0:36:43:0:0 chr20 56098733 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.472;QD=63.2856;RBI=0.041457;REFB=0;REVB=0.0311177;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210236;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr20 56137184 . C T 646.79 PASS AF=0.619565;AO=52;DP=87;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0350119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.236;QD=28.1215;RBI=0.0359545;REFB=-0.0230579;REVB=0.00817901;RO=35;SAF=21;SAR=31;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061802;STB=0.546746;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0110548;OID=.;OPOS=56137184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:35:35:52:57:0.619565:31:21:17:18:36:21:17:18 chr20 56137895 . G C 334.32 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0285484;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4178;QD=24.3143;RBI=0.0666359;REFB=0.0123829;REVB=0.0602107;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027583;STB=0.50606;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00901203;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:21:22:33:33:0.6:17:16:11:10:17:16:11:11 chr20 56139403 . T C 1043.94 PASS AF=0.583333;AO=97;DP=167;FAO=98;FDP=168;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00117498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5622;QD=24.8558;RBI=0.0218995;REFB=-0.000514175;REVB=-0.021868;RO=70;SAF=50;SAR=47;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339653;STB=0.516149;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000177848;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:70:70:97:98:0.583333:47:50:33:37:48:50:33:37 chr20 56179422 . C A 271.99 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.23;QD=51.8081;RBI=0.0236342;REFB=0;REVB=0.0229408;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101905;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr20 56182296 . A C 1976.35 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509356;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.67;QD=61.282;RBI=0.0558534;REFB=-0.0218879;REVB=0.0229165;RO=1;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683767;STB=0.503597;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000301868;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:1:1:128:128:0.992248:69:59:0:1:69:59:0:1 chr20 56186884 . T C 1755.77 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2129;QD=60.5438;RBI=0.09637;REFB=0;REVB=0.0803248;RO=0;SAF=27;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041888;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:112:116:1:85:27:0:0:87:29:0:0 chr20 56190634 . C T 758.42 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010379;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.564;QD=63.2014;RBI=0.0251904;REFB=0;REVB=0.0229528;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043088;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr20 56224602 . G A 1276.41 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3833;QD=61.5139;RBI=0.0628776;REFB=0;REVB=0.03528;RO=0;SAF=61;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044564;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:83:0:0:76:83:1:15:61:0:0:18:65:0:0 chr20 56227514 . T C,G 384.72 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=25,3;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767011,-0.0117335;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.437,139.479;QD=54.9605;RBI=0.0147633,0.0265808;REFB=0,0;REVB=-0.0126144,-0.0238508;RO=0;SAF=18,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00488255,0.0829425;OID=.,.;OPOS=56227514,56227514;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:25,3:26,2:0.928571,0.0714286:7,0:18,3:0:0:7,0:19,2:0:0 chr20 56227532 . T C 418.64 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954366;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.871;QD=57.7437;RBI=0.0162466;REFB=0;REVB=-0.013148;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183051;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr20 56793706 . G A 1342.91 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2813;QD=61.0413;RBI=0.0618897;REFB=-0.052508;REVB=0.0388438;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000807824;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:42:44:0:1:43:44:0:1 chr20 56793764 . G A 1384.25 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.549;QD=62.2133;RBI=0.00708594;REFB=0;REVB=0.00376034;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9296e-05;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:45:44:0:0 chr20 56814892 . G T 1511.3 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1318;QD=61.6858;RBI=0.0227713;REFB=-0.0831437;REVB=-0.0184948;RO=1;SAF=55;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216256;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:1:0:96:98:1:41:55:1:0:41:57:0:0 chr20 57020556 . G C 1489.52 PASS AF=0.627358;AO=133;DP=213;FAO=133;FDP=212;FR=.;FRO=79;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0136413;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.73;QD=28.1042;RBI=0.0150643;REFB=-0.019604;REVB=0.00639136;RO=78;SAF=61;SAR=72;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108366;STB=0.508379;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0115808;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:78:79:133:133:0.627358:72:61:37:41:72:61:38:41 chr20 57042665 . A G 1492.87 PASS AF=0.559055;AO=141;DP=253;FAO=142;FDP=254;FR=.;FRO=112;FSAF=91;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.00253121;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2806;QD=23.5098;RBI=0.0406446;REFB=-0.0131839;REVB=-0.0405657;RO=112;SAF=90;SAR=51;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102747;STB=0.557005;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00750235;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:112:112:141:142:0.559055:51:90:58:54:51:91:58:54 chr20 57045667 . T C 1612.48 PASS AF=0.67;AO=129;DP=195;FAO=134;FDP=200;FR=.;FRO=66;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00214548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.256;QD=32.2495;RBI=0.00679356;REFB=-0.0320315;REVB=-0.00644587;RO=66;SAF=60;SAR=69;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937359;STB=0.550626;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00787616;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:200:66:66:129:134:0.67:69:60:21:45:71:63:21:45 chr20 57045694 . T A 457.84 PASS AF=0.306533;AO=61;DP=203;FAO=61;FDP=199;FR=.;FRO=138;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=-0.0132078;FXX=0.0245086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.747;QD=9.20272;RBI=0.0245486;REFB=-0.00339115;REVB=-0.0206926;RO=137;SAF=14;SAR=47;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316528;STB=0.68389;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0136701;OID=.;OPOS=57045694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:199:137:138:61:61:0.306533:47:14:64:73:47:14:64:74 chr20 57045765 . A G 765.75 PASS AF=0.636364;AO=70;DP=110;FAO=70;FDP=110;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0276452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.423;QD=27.8455;RBI=0.0276785;REFB=-0.0130434;REVB=-0.00135688;RO=40;SAF=38;SAR=32;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22775;STB=0.622917;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.01215;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:40:40:70:70:0.636364:32:38:8:32:32:38:8:32 chr20 57244493 . G A 307.87 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=-0.00365132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.383;QD=11.1952;RBI=0.0364267;REFB=-0.0152929;REVB=-0.0362433;RO=71;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484824;STB=0.527764;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0393245;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:26:13:21:50:26:13:21:50 chr20 57268867 . C A 269.53 PASS AF=0.25641;AO=40;DP=156;FAO=40;FDP=156;FR=.;FRO=116;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=86;FWDB=-0.0498003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.501;QD=6.91103;RBI=0.0506904;REFB=-0.00633959;REVB=-0.00945734;RO=116;SAF=4;SAR=36;SRF=30;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345129;STB=0.71482;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0145612;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:116:116:40:40:0.25641:36:4:30:86:36:4:30:86 chr20 57280575 . T C 433.28 PASS AF=0.372263;AO=50;DP=137;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0276573;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9759;QD=12.6505;RBI=0.027757;REFB=0.00477562;REVB=0.00235008;RO=80;SAF=27;SAR=23;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434942;STB=0.525763;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00996756;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:86:50:51:0.372263:23:27:40:40:24:27:42:44 chr20 57282190 . G A 751.36 PASS AF=0.661017;AO=63;DP=103;FAO=78;FDP=118;FR=.;FRO=40;FSAF=60;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=6.2936e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.168;QD=25.4698;RBI=0.0420054;REFB=-0.0186822;REVB=0.0420054;RO=40;SAF=59;SAR=4;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357436;STB=0.509089;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0175036;OID=.;OPOS=57282190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:118:40:40:63:78:0.661017:4:59:30:10:18:60:30:10 chr20 57290347 . C G 301.92 PASS AF=0.278146;AO=42;DP=151;FAO=42;FDP=151;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0493165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1558;QD=7.99775;RBI=0.0541693;REFB=-0.00818338;REVB=-0.0224098;RO=98;SAF=27;SAR=15;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209652;STB=0.639744;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.027044;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:98:109:42:42:0.278146:15:27:46:52:15:27:49:60 chr20 57478807 . C T 421.37 PASS AF=0.335404;AO=54;DP=161;FAO=54;FDP=161;FR=.;FRO=107;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0349236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8648;QD=10.4689;RBI=0.0417584;REFB=0.0169547;REVB=0.0228934;RO=107;SAF=24;SAR=30;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485473;STB=0.502792;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0339615;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:107:107:54:54:0.335404:30:24:48:59:30:24:48:59 chr20 57563977 . G A 261.54 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00287412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.767;QD=17.1503;RBI=0.00405088;REFB=-0.0166844;REVB=-0.00285465;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254873;STB=0.504081;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0154242;OID=.;OPOS=57563977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:12:17:19:12:12:17:19:13 chr20 57564070 . C T 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0070506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.973;QD=19.9055;RBI=0.0248779;REFB=-0.013175;REVB=-0.0238579;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214908;STB=0.625331;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0117523;OID=.;OPOS=57564070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:16:15:20:7:16:15:21:7 chr20 57571763 . A G 836.02 PASS AF=0.475524;AO=63;DP=146;FAO=68;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0397439;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.999;QD=23.3852;RBI=0.0398986;REFB=-0.032941;REVB=-0.00351038;RO=60;SAF=21;SAR=42;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064722;STB=0.50367;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0322236;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:143:60:59:63:68:0.475524:42:21:24:36:42:26:23:36 chr20 57572675 . A G 1657.83 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642193;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.416;QD=60.2847;RBI=0.0152406;REFB=0;REVB=0.0138215;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10447e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:40:69:0:0:41:69:0:0 chr20 57599016 . T G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8153;QD=60.6029;RBI=0.0327382;REFB=0;REVB=0.0316902;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245877;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr20 57612390 . C G 1116.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8066;QD=60.3625;RBI=0.0224069;REFB=0;REVB=0.0191781;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39108e-05;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chr20 57769139 . TGGGGGGGGA GGGGGGGGGA,TGGGGGGGA,TGGGGGGGGAG 32.75 PASS AF=0,0.521739,0.0434783;AO=2,8,3;DP=23;FAO=0,12,1;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0,3,1;FSAR=0,9,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00697451,-0.123614,-0.23292;FXX=0;HRUN=2,8,0;LEN=1,1,1;MLLD=25.1299,6.84486,88.8721;QD=5.69615;RBI=0.0817124,0.166416,0.233151;REFB=-0.0014268,0.0512484,-0.000337265;REVB=-0.0814143,0.111417,-0.010367;RO=5;SAF=1,1,3;SAR=1,7,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0967026,-0.428999,0.658479;STB=0.5,0.674689,0.987514;STBP=1,0.086,0.503;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,-0.0658516,0.108055;OID=.,.,.;OPOS=57769139,57769140,57769149;OREF=T,G,-;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGGGGGGGGA,TGGGGGGGA,TGGGGGGGGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:23:23:5:10:2,8,3:0,12,1:0,0.521739,0.0434783:1,7,0:1,1,3:3:2:0,9,0:0,3,1:6:4 chr20 57829301 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6439;QD=57.7118;RBI=0.0278603;REFB=0;REVB=-0.0190459;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149189;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr20 57833518 . G A 366.69 PASS AF=0.575758;AO=35;DP=63;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00751326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.017;QD=22.2235;RBI=0.00822591;REFB=-0.0228576;REVB=0.00334911;RO=26;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128539;STB=0.573272;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.013959;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:26:28:35:38:0.575758:12:23:13:13:14:24:13:15 chr20 57833740 . T C 692.74 PASS AF=0.570248;AO=65;DP=113;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0335957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8072;QD=22.9004;RBI=0.0390267;REFB=-0.0259446;REVB=0.0198598;RO=48;SAF=24;SAR=41;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481121;STB=0.511748;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.021216;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:48:52:65:69:0.570248:41:24:15:33:42:27:19:33 chr20 57834150 . A T 608.01 PASS AF=0.58;AO=57;DP=101;FAO=58;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0334983;FXX=0.00990001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.2259;QD=24.3202;RBI=0.0686246;REFB=-0.0909937;REVB=-0.0598933;RO=29;SAF=28;SAR=29;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267778;STB=0.535341;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0581968;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:29:41:57:58:0.58:29:28:13:16:29:29:17:24 chr20 58342349 . C T 316.1 PASS AF=0.279503;AO=45;DP=162;FAO=45;FDP=161;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=0.0624209;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8707;QD=7.85345;RBI=0.0630093;REFB=-0.0160541;REVB=-0.00859088;RO=116;SAF=26;SAR=19;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535645;STB=0.525389;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0621524;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:116:116:45:45:0.279503:19:26:62:54:19:26:63:53 chr20 58514308 . C T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.101319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4448;QD=15.3805;RBI=0.102771;REFB=-0.0540349;REVB=0.017211;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0137809;OID=.;OPOS=58514308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:8:5:8:4:9:5 chr20 58520788 . T G 66.37 PASS AF=0.160714;AO=7;DP=55;FAO=9;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0122419;FXX=0.0344768;HRUN=10;LEN=1;MLLD=22.0601;QD=4.74038;RBI=0.0445817;REFB=-0.0237448;REVB=-0.042868;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611001;STB=0.6613;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.087257;OID=.;OPOS=58520788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:55:56:15:44:7:9:0.160714:2:5:10:5:2:7:27:17 chr20 60293919 . C A 2940.89 PASS AF=0.970588;AO=196;DP=204;FAO=198;FDP=204;FR=.;FRO=6;FSAF=122;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.051483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2987;QD=57.6645;RBI=0.0523271;REFB=-0.0478267;REVB=0.00936085;RO=6;SAF=120;SAR=76;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132026;STB=0.506772;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000824591;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:204:204:6:6:196:198:0.970588:76:120:5:1:76:122:5:1 chr20 60294278 . C CG 183.58 PASS AF=1;AO=5;DP=38;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720312;FXX=0.459335;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.1378;QD=36.7163;RBI=0.0726075;REFB=0;REVB=-0.00912951;RO=33;SAF=5;SAR=0;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.665245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0164022;OID=.;OPOS=60294279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:38:20:20:0:9:11:0:0:4:33:5:0:14:19 chr20 60294279 . A G,T 540.2 PASS AF=0.864865,0.135135;AO=32,5;DP=37;FAO=32,5;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14,5;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571473,0.0289802;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.5036,75.9944;QD=58.3999;RBI=0.0574961,0.0296105;REFB=0,0;REVB=0.00632385,0.00607676;RO=0;SAF=14,5;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0128821,0.0711323;OID=.,.;OPOS=60294279,60294279;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:37:37:0:0:32,5:32,5:0.864865,0.135135:18,0:14,5:0:0:18,0:14,5:0:0 chr20 60294296 . G A 90.8 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0616745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9536;QD=11.0061;RBI=0.0625347;REFB=0.00268917;REVB=-0.0103367;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274871;STB=0.679703;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0080557;OID=.;OPOS=60294296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:32:33:21:21:11:12:0.363636:4:7:8:13:4:8:8:13 chr20 60503350 . A G 444.72 PASS AF=0.288372;AO=61;DP=215;FAO=62;FDP=215;FR=.;FRO=153;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=76;FSRR=77;FWDB=-0.0124082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3774;QD=8.27376;RBI=0.0184255;REFB=-0.0135323;REVB=-0.0136211;RO=152;SAF=31;SAR=30;SRF=75;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01799;STB=0.513801;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0406739;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:152:153:61:62:0.288372:30:31:75:77:30:32:76:77 chr20 60572663 . C A 256.53 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0348931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.461;QD=9.68025;RBI=0.0523187;REFB=-0.0204758;REVB=0.0389836;RO=72;SAF=18;SAR=16;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343131;STB=0.519988;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0505125;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:72:72:34:34:0.320755:16:18:36:36:16:18:36:36 chr20 60712511 . A G 151.1 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0277973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.598;QD=8.39422;RBI=0.0286855;REFB=-0.00290336;REVB=0.00708274;RO=51;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665197;STB=0.539867;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00802324;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:15:6:17:34:15:6:17:34 chr20 60713311 . G A 150.87 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.000798477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9553;QD=6.70551;RBI=0.0139751;REFB=0.00164867;REVB=0.0139522;RO=68;SAF=17;SAR=5;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312693;STB=0.693688;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00567357;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:5:17:37:31:5:17:37:31 chr20 60713332 . A G 107.75 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00196466;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0299;QD=5.67079;RBI=0.0377879;REFB=-0.00507941;REVB=0.0377368;RO=60;SAF=15;SAR=2;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493638;STB=0.821869;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0360652;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:60:59:17:17:0.223684:2:15:33:27:2:15:32:27 chr20 60791404 . C T 726.77 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0442914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.318;QD=25.9561;RBI=0.0809565;REFB=-0.0352381;REVB=0.067766;RO=43;SAF=29;SAR=39;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011199;STB=0.502145;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.028662;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:43:44:68:68:0.607143:39:29:19:24:39:29:19:25 chr20 60808666 . G A 455.73 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.018141;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2205;QD=28.045;RBI=0.0296279;REFB=-0.0533622;REVB=0.0234247;RO=23;SAF=39;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317;STB=0.676195;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0289137;OID=.;OPOS=60808666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:23:23:42:42:0.646154:3:39:17:6:3:39:17:6 chr20 60831300 . G A 184.78 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00671441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.832;QD=12.1167;RBI=0.0132477;REFB=0.000866357;REVB=0.01142;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255377;STB=0.646934;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000859387;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:24:14:14:9:24:14 chr20 60881330 . G A 214.24 PASS AF=0.25;AO=32;DP=128;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00377006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.937;QD=6.69499;RBI=0.00932353;REFB=-0.00747853;REVB=0.0085273;RO=92;SAF=24;SAR=8;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383723;STB=0.731852;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0112642;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:92:96:32:32:0.25:8:24:41:51:8:24:43:53 chr20 60881780 . T C,G 1448.43 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=89,4;DP=93;FAO=90,3;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=40,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164679,-0.0689561;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=103.657,24.9123;QD=62.2982;RBI=0.0277762,0.0758995;REFB=0,0;REVB=-0.0223679,-0.0317144;RO=0;SAF=49,1;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00118556,0.030372;OID=.,.;OPOS=60881780,60881780;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:93:93:0:0:89,4:90,3:0.967742,0.0322581:40,3:49,1:0:0:40,3:50,0:0:0 chr20 60887581 . G A 328.13 PASS AF=0.615385;AO=30;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0658426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5533;QD=25.241;RBI=0.0746212;REFB=-0.0278792;REVB=0.0351151;RO=19;SAF=22;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244385;STB=0.598382;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0311114;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:20:30:32:0.615385:8:22:8:11:10:22:9:11 chr20 60892526 . A G 2446.48 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.823;QD=61.162;RBI=0.0221445;REFB=0;REVB=-0.00195603;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38504e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:84:75:0:0:85:75:0:0 chr20 60893564 . T C 261.22 PASS AF=0.231638;AO=41;DP=177;FAO=41;FDP=177;FR=.;FRO=136;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=-0.0184836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.857;QD=5.90333;RBI=0.0229823;REFB=-0.0131923;REVB=-0.0136581;RO=134;SAF=21;SAR=20;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317492;STB=0.518898;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0471676;OID=.;OPOS=60893564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:134:136:41:41:0.231638:20:21:72:62:20:21:73:63 chr20 60895697 . C T 128.59 PASS AF=0.301587;AO=16;DP=64;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0646722;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.109;QD=8.16448;RBI=0.0653029;REFB=0.00192661;REVB=0.00905388;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406786;STB=0.730395;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0042514;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:44:16:19:0.301587:5:11:12:25:5:14:18:26 chr20 60897488 . G A 215.04 PASS AF=0.442623;AO=22;DP=56;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0379598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2053;QD=14.1008;RBI=0.0661293;REFB=-0.0406628;REVB=0.0541492;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158109;STB=0.506078;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0754239;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:33:34:22:27:0.442623:11:11:16:17:14:13:16:18 chr20 60897772 . T C 305.73 PASS AF=0.289655;AO=28;DP=137;FAO=42;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=37;FWDB=-0.0716114;FXX=0.0333311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6626;QD=8.43388;RBI=0.0779981;REFB=-0.0145952;REVB=-0.0309113;RO=74;SAF=23;SAR=5;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274722;STB=0.582346;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0319651;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:145:74:103:28:42:0.289655:5:23:48:26:11:31:66:37 chr20 60899182 . C T 85.42 PASS AF=0.25;AO=8;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0490756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2171;QD=6.57043;RBI=0.0492632;REFB=-0.0233309;REVB=-0.00429528;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414198;STB=0.559178;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0520403;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:22:39:8:13:0.25:3:5:13:9:5:8:21:18 chr20 60900481 . A G 268.73 PASS AF=0.232323;AO=43;DP=183;FAO=46;FDP=198;FR=.;FRO=152;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=92;FWDB=-0.0526034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2415;QD=5.42887;RBI=0.0685898;REFB=-0.0224502;REVB=-0.0440164;RO=139;SAF=22;SAR=21;SRF=50;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192242;STB=0.580774;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0851944;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:198:139:152:43:46:0.232323:21:22:50:89:23:23:60:92 chr20 60900579 . C A 290.12 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=0.0727253;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5625;QD=12.2156;RBI=0.0729495;REFB=-0.0122247;REVB=0.00571531;RO=61;SAF=8;SAR=26;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643331;STB=0.537167;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0202599;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:61:61:34:34:0.357895:26:8:17:44:26:8:17:44 chr20 60903419 . C T 119.71 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00271961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7551;QD=7.98054;RBI=0.041886;REFB=-0.0157647;REVB=0.0417976;RO=43;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053902;STB=0.532593;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0431921;OID=.;OPOS=60903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:6:11:26:17:6:11:26:17 chr20 60904853 . T C 172.74 PASS AF=0.245283;AO=26;DP=104;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0139262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.777;QD=6.51844;RBI=0.0373692;REFB=-0.00931492;REVB=-0.0346773;RO=76;SAF=7;SAR=19;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446666;STB=0.752287;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0300312;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:76:80:26:26:0.245283:19:7:49:27:19:7:49:31 chr20 60904854 . G C 48.97 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.000648836;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9865;QD=1.86548;RBI=0.058204;REFB=-0.00703064;REVB=-0.0582004;RO=89;SAF=11;SAR=1;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542281;STB=0.908383;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0962197;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:103:105:89:93:12:12:0.114286:1:11:44:45:1:11:44:49 chr20 60905878 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0121897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.531;QD=6.92898;RBI=0.0622354;REFB=-0.0209246;REVB=-0.06103;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111604;STB=0.571195;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0376275;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:6:9:3:3:6:9 chr20 60907446 . T C 308.17 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=122;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=0.00345896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.112;QD=9.94086;RBI=0.0158512;REFB=-0.0157347;REVB=0.0154692;RO=82;SAF=26;SAR=14;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109277;STB=0.503551;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0303539;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:82:84:40:40:0.322581:14:26:54:28:14:26:55:29 chr20 60907675 . G A 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00360686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.781;QD=4.98611;RBI=0.0195029;REFB=-0.0144758;REVB=-0.0191664;RO=45;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277482;STB=0.682249;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0956195;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:3:8:23:22:3:8:23:22 chr20 60909060 . A G 166.54 PASS AF=0.315068;AO=21;DP=71;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0133069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.43;QD=9.12563;RBI=0.0137438;REFB=-0.0109376;REVB=-0.00343782;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238948;STB=0.640725;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0170948;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:44:50:21:23:0.315068:8:13:18:26:9:14:20:30 chr20 60910344 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0102399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3576;QD=10.3891;RBI=0.0341724;REFB=0.0031221;REVB=-0.0326021;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119123;STB=0.571245;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0104646;OID=.;OPOS=60910344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:1:10:6:1:1:10 chr20 60912683 . T C 322.22 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0291399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4333;QD=14.3207;RBI=0.0662586;REFB=-0.0132849;REVB=-0.0595069;RO=53;SAF=15;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232791;STB=0.625844;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.015069;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:21:15:34:19:21:15:34:20 chr20 60913127 . A G 109.51 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0170442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1618;QD=8.11201;RBI=0.0438475;REFB=0.00343732;REVB=-0.0403993;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130564;STB=0.578846;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0105735;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:25:14:7:8:25:14 chr20 60921643 . T C 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6625;QD=56.6995;RBI=0.103437;REFB=0;REVB=0.0823953;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219626;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr20 60927349 . C T 325.71 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00236559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.67;QD=14.8049;RBI=0.00236585;REFB=-0.00550598;REVB=-3.48157e-05;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030457;STB=0.522715;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00870721;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:18:18:27:24:18:18:28:24 chr20 60937516 . A G 601.72 PASS AF=0.6;AO=52;DP=89;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0189314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3457;QD=26.7429;RBI=0.0190336;REFB=-0.0567615;REVB=-0.00196988;RO=36;SAF=32;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191355;STB=0.600459;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0383832;OID=.;OPOS=60937516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:36:36:52:54:0.6:20:32:13:23:21:33:13:23 chr20 60937597 . A G 273.29 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0123095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9022;QD=31.2332;RBI=0.0309772;REFB=-0.0105764;REVB=-0.0284264;RO=11;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025999;STB=0.514274;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00423158;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:12:12:5:6:12:12:5:6 chr20 60966318 . G T 1033.73 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.785;QD=58.2384;RBI=0.10052;REFB=-0.0906424;REVB=0.0806788;RO=1;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169288;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:71:1:0:67:71:1:20:47:0:1:23:48:0:0 chr20 60968547 . A G 662.32 PASS AF=0.618557;AO=56;DP=94;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0983115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.132;QD=27.3121;RBI=0.0985243;REFB=-0.0355058;REVB=-0.00647219;RO=37;SAF=26;SAR=30;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633975;STB=0.52774;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0217619;OID=.;OPOS=60968547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:37:37:56:60:0.618557:30:26:14:23:33:27:14:23 chr20 60968596 . A G 311.96 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.015491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.016;QD=11.448;RBI=0.02379;REFB=-0.020264;REVB=-0.0180553;RO=69;SAF=14;SAR=25;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889127;STB=0.556625;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0307865;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:70:39:39:0.357798:25:14:30:39:25:14:31:39 chr20 60986019 . A C 443.87 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0265139;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.634;QD=16.1406;RBI=0.0268187;REFB=-0.0247845;REVB=-0.00403182;RO=61;SAF=13;SAR=36;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216692;STB=0.621945;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0344947;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:36:13:28:33:36:13:28:33 chr20 61039958 . T C 862.41 PASS AF=0.614173;AO=77;DP=127;FAO=78;FDP=127;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0180305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.937;QD=27.1625;RBI=0.0180306;REFB=-0.0191936;REVB=7.10759e-05;RO=42;SAF=31;SAR=46;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146887;STB=0.528632;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0175384;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:42:49:77:78:0.614173:46:31:17:25:47:31:23:26 chr20 61040453 . C G 1584.33 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.731;QD=63.3733;RBI=0.147838;REFB=0;REVB=0.147318;RO=0;SAF=91;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325402;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:6:91:0:0:9:91:0:0 chr20 61040951 . C T 2199.57 PASS AF=0.93865;AO=152;DP=163;FAO=153;FDP=163;FR=.;FRO=10;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0366197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3435;QD=53.9773;RBI=0.0395821;REFB=-0.0326806;REVB=-0.0150247;RO=9;SAF=78;SAR=74;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281256;STB=0.511677;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0181054;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:163:163:9:10:152:153:0.93865:74:78:7:2:75:78:7:3 chr20 61048549 . G A 363.51 PASS AF=0.340909;AO=44;DP=130;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0480181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.979;QD=11.0153;RBI=0.0480258;REFB=-0.0116018;REVB=-0.000858963;RO=84;SAF=28;SAR=16;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18553;STB=0.59326;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0283157;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:84:87:44:45:0.340909:16:28:40:44:17:28:42:45 chr20 61143487 . T C 354.88 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0199658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.088;QD=11.1775;RBI=0.0202483;REFB=-0.00704465;REVB=-0.00337098;RO=79;SAF=30;SAR=14;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233326;STB=0.620711;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0154865;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:79:83:44:44:0.346457:14:30:38:41:14:30:42:41 chr20 61162267 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3783;QD=46.8466;RBI=0.0702681;REFB=0;REVB=-0.0182899;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168556;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr20 61167883 . G A 144.84 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0156195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.335;QD=15.658;RBI=0.0343457;REFB=-0.00594912;REVB=-0.0305885;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234155;STB=0.513497;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0030215;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:11:10:8:8:11:10 chr20 61326380 . C T 1157.51 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448426;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.476;QD=60.9214;RBI=0.0291245;REFB=0;REVB=0.0287772;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07013e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:27:48:0:0:27:49:0:0 chr20 61386232 . G A 521.41 PASS AF=0.75;AO=45;DP=60;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00769876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.495;QD=34.7608;RBI=0.0595418;REFB=0.00905158;REVB=0.059042;RO=14;SAF=21;SAR=24;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775283;STB=0.549867;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00218934;OID=.;OPOS=61386232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:14:15:45:45:0.75:24:21:9:5:24:21:10:5 chr20 61443687 . G A 149.46 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.055317;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1621;QD=8.18963;RBI=0.0938913;REFB=-0.00673017;REVB=0.0758657;RO=51;SAF=6;SAR=15;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189415;STB=0.622195;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.020063;OID=.;OPOS=61443687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:52:21:21:0.287671:15:6:22:29:15:6:23:29 chr20 61444600 . C A 102.03 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.09483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.6503;QD=9.95432;RBI=0.0961064;REFB=-0.0253702;REVB=-0.0156116;RO=26;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486351;STB=0.794111;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0122321;OID=.;OPOS=61444600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:28:13:13:0.317073:12:1:9:17:12:1:9:19 chr20 61444939 . G C 808.34 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.202;QD=53.8894;RBI=0.0316531;REFB=-0.218013;REVB=0.0256922;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294628;STB=0.51562;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0010075;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:31:27:0:2:31:27:0:2 chr20 61448969 . C T 1422.61 PASS AF=1;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817054;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2132;QD=62.5322;RBI=0.0833763;REFB=0;REVB=0.0166078;RO=2;SAF=22;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176286;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:91:2:0:89:91:1:67:22:2:0:67:24:0:0 chr20 61467800 . A G 180.22 PASS AF=0.271739;AO=19;DP=94;FAO=25;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0491566;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1843;QD=7.8356;RBI=0.0494575;REFB=-0.0117145;REVB=-0.00544724;RO=44;SAF=4;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326421;STB=0.680387;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0282786;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:44:67:19:25:0.271739:15:4:20:24:19:6:31:36 chr20 61468571 . T C 551.12 PASS AF=0.245014;AO=76;DP=340;FAO=86;FDP=351;FR=.;FRO=265;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=167;FSRR=98;FWDB=-0.00526553;FXX=0.00566556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.455;QD=6.28052;RBI=0.00576554;REFB=-0.00714735;REVB=0.00234854;RO=258;SAF=44;SAR=32;SRF=162;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650809;STB=0.555845;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0187801;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:351:258:265:76:86:0.245014:32:44:162:96:38:48:167:98 chr20 61472386 . A G 888.07 PASS AF=0.562914;AO=85;DP=151;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0402755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.459;QD=23.5251;RBI=0.0402817;REFB=-0.00511479;REVB=0.000705726;RO=66;SAF=56;SAR=29;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110002;STB=0.560079;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00486779;OID=.;OPOS=61472386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:66:66:85:85:0.562914:29:56:35:31:29:56:35:31 chr20 61472546 . A ACATCT,T 491.17 PASS AF=0.360902,0.0676692;AO=44,9;DP=134;FAO=48,9;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=29,8;FSAR=19,1;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=0.00396144,0.082663;FXX=0.00746213;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=238.825,50.9193;QD=14.7721;RBI=0.00584265,0.0832986;REFB=-0.00558491,-0.0377879;REVB=-0.0042946,-0.0102705;RO=77;SAF=25,8;SAR=19,1;SRF=51;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109025,0.349043;STB=0.543616,0.778273;STBP=0.461,0.155;TYPE=ins,snp;VARB=0.0130494,-0.0712867;OID=.,.;OPOS=61472547,61472546;OREF=-,A;OALT=CATCT,T;OMAPALT=ACATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:77:76:44,9:48,9:0.360902,0.0676692:19,1:25,8:51:26:19,1:29,8:51:25 chr20 61472596 . G A 488.77 PASS AF=0.469027;AO=51;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0020923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.028;QD=17.3015;RBI=0.0227868;REFB=-0.00780438;REVB=-0.0226906;RO=59;SAF=31;SAR=20;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195691;STB=0.516508;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0102981;OID=.;OPOS=61472596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:60:51:53:0.469027:20:31:37:22:21:32:38:22 chr20 61488785 . T C 658.04 PASS AF=0.682927;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0036683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.68;QD=32.0998;RBI=0.0186824;REFB=-0.0242197;REVB=0.0183187;RO=26;SAF=43;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218597;STB=0.618824;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129578;OID=.;OPOS=61488785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:26:26:56:56:0.682927:13:43:12:14:13:43:12:14 chr20 61512606 . T C 1135.05 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.7;QD=60.536;RBI=0.0423448;REFB=0;REVB=0.00887286;RO=0;SAF=6;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122363;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:69:6:0:0:69:6:0:0 chr20 61513649 . G T 715.17 PASS AF=0.603604;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0105224;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.72;QD=25.7721;RBI=0.0121168;REFB=-0.0175898;REVB=0.00600804;RO=43;SAF=31;SAR=36;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150864;STB=0.512324;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0116366;OID=.;OPOS=61513649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:43:44:67:67:0.603604:36:31:19:24:36:31:19:25 chr20 61528074 . T C 1110.76 PASS AF=0.615854;AO=101;DP=164;FAO=101;FDP=164;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00666925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.734;QD=27.0916;RBI=0.0225291;REFB=-0.0475063;REVB=0.0215194;RO=59;SAF=52;SAR=49;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112025;STB=0.546283;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0268224;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:59:63:101:101:0.615854:49:52:40:19:49:52:40:23 chr20 61577275 . T C 1121.45 PASS AF=1;AO=67;DP=80;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511107;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.116;QD=59.0238;RBI=0.05202;REFB=0;REVB=0.0096841;RO=0;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144291;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:76:0:0:67:76:1:50:17:0:0:49:27:0:0 chr20 61588159 . A G 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0982646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8609;QD=62.3051;RBI=0.103359;REFB=0;REVB=0.0320484;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262766;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr20 61594679 . A G 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.176;QD=63.8864;RBI=0.0210621;REFB=0;REVB=0.0207369;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12449e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 1224.26 PASS AF=1,0;AO=77,4;DP=91;FAO=92,0;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915512,-0.0167458;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=19.4157,6.23221;QD=53.2286;RBI=0.0288533,0.018044;REFB=0,0;REVB=0.0273624,0.00672045;RO=2;SAF=32,1;SAR=45,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0205689,0.210252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00027366,0;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:77,4:91:92,0:92:0:36,0:56,0:0:0:7:2:32,1:45,3:0:2 chr20 61834695 . G A 180.52 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00774627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9414;QD=9.25764;RBI=0.0272312;REFB=-0.00296459;REVB=0.0261062;RO=54;SAF=16;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201495;STB=0.619367;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0126744;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:8:16:27:27:8:16:27:27 chr20 61869607 . C A 87.05 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.681;QD=38.6879;RBI=0.160052;REFB=0;REVB=0.157299;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274228;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:1:8:0:0 chr20 61869826 . C T 675.9 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0307344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3115;QD=23.9256;RBI=0.0412794;REFB=-0.0103084;REVB=0.0275569;RO=48;SAF=39;SAR=26;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374938;STB=0.52044;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00797393;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:65:65:0.575221:26:39:31:17:26:39:31:17 chr20 61870727 . G C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0375779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.005;QD=6.31708;RBI=0.0375804;REFB=-0.0215051;REVB=-0.000433847;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839024;STB=0.553067;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0644703;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:20:5:2:6:20:5 chr20 61873080 . T A 188.66 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0150215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.817;QD=29.0252;RBI=0.0386212;REFB=-0.0213593;REVB=0.0355802;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228528;STB=0.624879;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0104844;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:12:6:0:8:12:6:0:8 chr20 61878950 . A C 137.95 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0351795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6483;QD=29.043;RBI=0.113656;REFB=0.0582238;REVB=0.108074;RO=5;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525103;STB=0.529368;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0180689;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:12:2:1:4:12:2:1:4 chr20 61880169 . T G 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00948925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.418;QD=28.1931;RBI=0.00961439;REFB=-0.016699;REVB=0.00154618;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335267;STB=0.518502;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00848626;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:13:10:5:8:13:10:5:8 chr20 61881296 . A G 1916.05 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155322;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3162;QD=60.827;RBI=0.01889;REFB=0;REVB=0.0107508;RO=0;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500225;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:126:0:0:123:126:1:69:54:0:0:69:57:0:0 chr20 61912715 . T C 133.63 PASS AF=0.321429;AO=16;DP=54;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0018638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.871;QD=9.54519;RBI=0.00593239;REFB=-0.0119109;REVB=0.005632;RO=38;SAF=4;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390823;STB=0.707427;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0159159;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:38:38:16:18:0.321429:12:4:22:16:13:5:22:16 chr20 61918164 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.658;QD=50.4135;RBI=0.0410287;REFB=0;REVB=0.0404057;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495546;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr20 61941747 . A C,G 579.31 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,33;DP=36;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191653,0.0246584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.2544,94.4562;QD=57.9306;RBI=0.0268658,0.0785343;REFB=0,0;REVB=-0.0188273,0.0745628;RO=0;SAF=2,14;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0557586,-0.00318764;OID=.,.;OPOS=61941747,61941747;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:40:0:0:3,33:2,38:0.05,0.95:1,19:2,14:0:0:0,22:2,16:0:0 chr20 61943275 . G C 49.4 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=111;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=80;FWDB=0.0192991;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0383;QD=1.78014;RBI=0.061312;REFB=-0.000495234;REVB=-0.0581954;RO=99;SAF=1;SAR=11;SRF=19;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2564;STB=0.706959;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00685826;OID=.;OPOS=61943275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:111:111:99:99:12:12:0.108108:11:1:19:80:11:1:19:80 chr20 61951489 . G C 272.04 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0828352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7924;QD=45.3405;RBI=0.0864169;REFB=-0.0505755;REVB=-0.0246213;RO=2;SAF=2;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301655;STB=0.666481;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00141698;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:21:22:0.916667:19:2:2:0:20:2:2:0 chr20 61956782 . T C 549.52 PASS AF=0.561798;AO=35;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.124631;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.2847;QD=24.6975;RBI=0.127369;REFB=0.00125198;REVB=0.0262687;RO=23;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627472;STB=0.531202;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00907698;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:23:35:35:50:0.561798:24:11:9:14:36:14:12:23 chr20 61981104 . C T 418.08 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0604892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.257;QD=28.3443;RBI=0.0607241;REFB=-0.0147347;REVB=0.00533581;RO=20;SAF=17;SAR=22;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153048;STB=0.582992;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00933615;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:22:17:4:16:22:17:4:16 chr20 61981536 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0784;QD=60.6098;RBI=0.0383956;REFB=0;REVB=-0.0318174;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123604;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr20 61981554 . C A 704.23 PASS AF=0.979592;AO=38;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.502;QD=57.4884;RBI=0.0928577;REFB=-0.0938991;REVB=0.091405;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00344256;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:38:48:0.979592:10:28:0:0:19:29:1:0 chr20 61982085 . A G 1935.95 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290435;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.431;QD=61.9503;RBI=0.0401721;REFB=0;REVB=-0.0277538;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76811e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:66:58:0:0:67:58:0:0 chr20 61982124 . A G 1817.19 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412514;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.542;QD=61.0821;RBI=0.0420741;REFB=0;REVB=0.00827996;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222464;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:117:119:1:64:53:0:0:64:55:0:0 chr20 62044847 . G A 833.88 PASS AF=0.660714;AO=74;DP=112;FAO=74;FDP=112;FR=.;FRO=38;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0330492;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.489;QD=29.7815;RBI=0.0472155;REFB=-0.00524343;REVB=0.0337202;RO=38;SAF=41;SAR=33;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175993;STB=0.5095;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00240375;OID=.;OPOS=62044847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:38:38:74:74:0.660714:33:41:20:18:33:41:20:18 chr20 62070966 . G A 179.36 PASS AF=0.292683;AO=22;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.000371594;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.59;QD=8.74926;RBI=0.0178983;REFB=-0.0130655;REVB=0.0178944;RO=58;SAF=16;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250424;STB=0.598206;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0296908;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:22:24:0.292683:6:16:31:27:8:16:31:27 chr20 62126185 . A G 1300.4 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000585144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0265;QD=60.4838;RBI=0.0530829;REFB=-0.020561;REVB=-0.0530797;RO=1;SAF=59;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201412;STB=0.509802;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000102923;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:82:85:0.988372:23:59:0:1:25:60:0:1 chr20 62126299 . C T 325.37 PASS AF=0.282209;AO=46;DP=163;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.00283618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4125;QD=7.98459;RBI=0.0308039;REFB=-0.00533367;REVB=-0.0306731;RO=116;SAF=25;SAR=21;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042507;STB=0.522079;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0133199;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:116:117:46:46:0.282209:21:25:59:57:21:25:60:57 chr20 62127326 . G A 1055.65 PASS AF=0.610063;AO=97;DP=159;FAO=97;FDP=159;FR=.;FRO=62;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.04511;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3492;QD=26.5571;RBI=0.0796944;REFB=-0.0259127;REVB=0.0656985;RO=61;SAF=52;SAR=45;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433549;STB=0.526679;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0176682;OID=.;OPOS=62127326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:61:62:97:97:0.610063:45:52:29:32:45:52:29:33 chr20 62172219 . G A 1707.03 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.33;QD=60.426;RBI=0.124766;REFB=0;REVB=0.123697;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130415;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:113:0:0:106:113:1:52:54:0:0:57:56:0:0 chr20 62173562 . G T 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.631;QD=59.9363;RBI=0.010874;REFB=0;REVB=-0.00912591;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96385e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr20 62174724 . G A 1116.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7799;QD=60.3483;RBI=0.138915;REFB=0;REVB=0.138201;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898506;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:30:41:0:0:33:41:0:0 chr20 62187187 . T C 765.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.812;QD=56.7251;RBI=0.0537675;REFB=0;REVB=0.0395531;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197043;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:13:40:0:0:13:41:0:0 chr20 62187439 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.402;QD=50.1335;RBI=0.0220098;REFB=-0.0755274;REVB=0.00431179;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00131553;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:12:11:1:0:13:11:1:0 chr20 62191321 . A G 443.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.686;QD=57.2861;RBI=0.0171393;REFB=0;REVB=5.95244e-05;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243023;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:6:23:0:0:7:24:0:0 chr20 62191558 . G A 107.93 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00789296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9988;QD=13.0826;RBI=0.0149775;REFB=-0.0171662;REVB=0.0127289;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439832;STB=0.734917;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0643005;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:20:13:13:0.393939:3:10:6:12:3:10:8:12 chr20 62193019 . C T 373.36 PASS AF=1;AO=17;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504055;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.936;QD=55.3128;RBI=0.0714706;REFB=0;REVB=0.0712926;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453227;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:1:0:17:27:1:10:7:0:1:20:7:0:0 chr20 62193445 . G A 896.8 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224855;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.66;QD=56.9395;RBI=0.0233749;REFB=-0.0374505;REVB=0.00638631;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122616;STB=0.506491;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000329464;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:61:62:0.984127:38:23:0:1:38:24:0:1 chr20 62194030 . G C 2389.64 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.171;QD=64.1515;RBI=0.0475941;REFB=0;REVB=0.0134167;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85695e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:78:71:0:0:78:71:0:0 chr20 62194103 . A G 1043.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.847;QD=59.6266;RBI=0.0231979;REFB=0;REVB=0.0216292;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63379e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:46:21:0:0:49:21:0:0 chr20 62194713 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.152;QD=35.5759;RBI=0.0143873;REFB=0;REVB=0.0109326;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136277;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr20 62195220 . C T 490.52 PASS AF=0.921053;AO=31;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000369264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1702;QD=51.6335;RBI=0.0449475;REFB=-0.0418147;REVB=0.044946;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531498;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00243261;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:0:3:31:35:0.921053:21:10:0:0:24:11:2:1 chr20 62195672 . C T 803.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6804;QD=64.283;RBI=0.0934208;REFB=0;REVB=0.0655449;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010039;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr20 62196033 . C T 574.87 PASS AF=0.671053;AO=50;DP=76;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0799054;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2217;QD=30.2565;RBI=0.0886198;REFB=-0.00835862;REVB=0.0383222;RO=25;SAF=26;SAR=24;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491625;STB=0.5294;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00515695;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:25:50:51:0.671053:24:26:11:14:24:27:11:14 chr20 62196182 . G C 372.3 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0237537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2237;QD=23.2687;RBI=0.0694264;REFB=-0.0300644;REVB=0.0652364;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129896;STB=0.564851;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0392175;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:27:36:37:0.578125:18:18:18:9:18:19:18:9 chr20 62196807 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.706;QD=61.0489;RBI=0.0310596;REFB=0;REVB=0.0245476;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56356e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr20 62196884 . A G 1624.33 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.456;QD=60.1602;RBI=0.0847535;REFB=0;REVB=-0.0847433;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163984;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr20 62198236 . G A 191.04 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0198433;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.011;QD=17.7713;RBI=0.0209705;REFB=-0.0615027;REVB=-0.00678281;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494088;STB=0.50276;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0501607;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:19:20:0.465116:5:14:16:7:6:14:16:7 chr20 62198348 . C T 1526.27 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.017;QD=59.8537;RBI=0.0569966;REFB=0;REVB=0.0162707;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00707e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:95:102:1:47:48:0:0:49:53:0:0 chr20 62198662 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.681;QD=57.6755;RBI=0.0299777;REFB=0;REVB=-0.0126563;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307302;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 713.11 PASS AF=0.596154,0.403846;AO=31,21;DP=52;FAO=31,21;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14,15;FSAR=17,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394618,-0.0336787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=70.1038,50.3168;QD=54.8545;RBI=0.0908322,0.12208;REFB=0,0;REVB=0.0907464,0.117343;RO=0;SAF=14,15;SAR=17,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00126943,0.023346;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:52:52:0:0:31,21:31,21:0.596154,0.403846:17,6:14,15:0:0:17,6:14,15:0:0 chr20 62200860 . A G 1128.47 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437062;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.241;QD=60.9982;RBI=0.0647659;REFB=0;REVB=0.0477953;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327845;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:28:43:0:0:28:46:0:0 chr20 62202205 . A AC 43.13 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.001529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.468;QD=4.92888;RBI=0.0249073;REFB=-0.0126039;REVB=0.0248603;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587509;STB=0.870147;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0374817;OID=.;OPOS=62202206;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:10:35:10:35:25:9:1:11:14:43:25:9:1:11:14 chr20 62221610 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.961;QD=64.1537;RBI=0.0142061;REFB=0;REVB=-0.00632453;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21759e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:40:59:0:0:40:59:0:0 chr20 62221766 . C T 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0110396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.322;QD=20.4381;RBI=0.0178554;REFB=-0.0288779;REVB=0.0140336;RO=25;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572257;STB=0.558103;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0211392;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:29:33:33:0.532258:22:11:10:15:22:11:13:16 chr20 62227081 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.392;QD=58.2379;RBI=0.0590774;REFB=0;REVB=0.0224186;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001086;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr20 62236148 . T C 439.97 PASS AF=0.640625;AO=37;DP=60;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0119438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.13;QD=27.498;RBI=0.0717346;REFB=-0.0260692;REVB=0.0707332;RO=23;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212234;STB=0.510356;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0139767;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:23:23:37:41:0.640625:15:22:13:10:19:22:13:10 chr20 62324289 . C T 1019.35 PASS AF=0.714286;AO=84;DP=121;FAO=85;FDP=119;FR=.;FRO=34;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00297814;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.483;QD=34.2639;RBI=0.0240346;REFB=-0.0027624;REVB=0.0238494;RO=36;SAF=54;SAR=30;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521776;STB=0.536008;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00145325;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:36:34:84:85:0.714286:30:54:20:16:30:55:18:16 chr20 62326110 . A C 268.3 PASS AF=0.310345;AO=37;DP=117;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.0370998;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7059;QD=9.25164;RBI=0.0844201;REFB=-0.00815298;REVB=-0.0758311;RO=80;SAF=23;SAR=14;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518508;STB=0.5473;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0162941;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:80:80:37:36:0.310345:14:23:53:27:14:22:54:26 chr20 62328267 . C T 835.78 PASS AF=0.652174;AO=75;DP=115;FAO=75;FDP=115;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0115597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9957;QD=29.0706;RBI=0.0248532;REFB=-0.0211076;REVB=0.0220012;RO=39;SAF=32;SAR=43;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224938;STB=0.51709;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0110963;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:39:40:75:75:0.652174:43:32:18:21:43:32:19:21 chr20 62328375 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.029;QD=59.1432;RBI=0.00973719;REFB=0;REVB=-0.000892079;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10603e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr20 62328453 . T C 285.79 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.013097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.576;QD=21.9837;RBI=0.0139918;REFB=-0.0342105;REVB=0.00492324;RO=23;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137459;STB=0.56272;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0273422;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:19:9:11:12:19:10:11:12 chr20 62328742 . C T 291.26 PASS AF=0.613636;AO=24;DP=41;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00484445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.726;QD=26.4784;RBI=0.00772844;REFB=-0.0442995;REVB=-0.00602164;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110278;STB=0.575699;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0358416;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:17:17:24:27:0.613636:16:8:8:9:19:8:8:9 chr20 62328829 . C G 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.012118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.918;QD=22.0083;RBI=0.0127038;REFB=-0.0133985;REVB=0.00381306;RO=27;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109629;STB=0.531018;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00989992;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:31:38:38:0.550725:21:17:16:11:21:17:16:15 chr20 62331989 . T G 518.86 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0039953;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4907;QD=30.9764;RBI=0.0126308;REFB=0.0141563;REVB=-0.0119822;RO=21;SAF=10;SAR=36;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925858;STB=0.550337;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00639932;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:21:21:46:46:0.686567:36:10:7:14:36:10:7:14 chr20 62332641 . T C 867.72 PASS AF=0.666667;AO=76;DP=116;FAO=76;FDP=114;FR=.;FRO=38;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=34;FWDB=0.0160081;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.565;QD=30.4463;RBI=0.0171881;REFB=-0.0109045;REVB=0.00625869;RO=36;SAF=42;SAR=34;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259445;STB=0.646118;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011819;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:36:38:76:76:0.666667:34:42:4:32:34:42:4:34 chr20 62340115 . C G 773.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.05993e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.58;QD=63.1105;RBI=0.0486229;REFB=0;REVB=0.0486229;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192869;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:24:25:0:0 chr20 62372813 . G A 1029.55 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366669;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.886;QD=58.0029;RBI=0.0374946;REFB=0.0167078;REVB=-0.00783466;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000126825;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:68:70:0.985915:48:20:0:0:50:20:1:0 chr20 62373707 . G T 1176.14 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.712;QD=59.5516;RBI=0.0464007;REFB=-0.0688507;REVB=0.0334016;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000256314;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:30:48:0:0:30:48:0:1 chr20 62378349 . C T 1012.04 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0947766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7808;QD=57.831;RBI=0.140191;REFB=0.0317178;REVB=0.1033;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000395701;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:38:31:1:0:38:31:1:0 chr20 62378364 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.182;QD=60.3767;RBI=0.0276858;REFB=0;REVB=0.0121739;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07851e-05;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr20 62421622 . A G 494.78 PASS AF=0.290043;AO=65;DP=234;FAO=67;FDP=231;FR=.;FRO=164;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=94;FSRR=70;FWDB=-0.0258596;FXX=0.01282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.204;QD=8.56758;RBI=0.0258831;REFB=-0.0060684;REVB=-0.00110297;RO=164;SAF=34;SAR=31;SRF=94;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615928;STB=0.536232;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.012663;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:231:164:164:65:67:0.290043:31:34:94:70:32:35:94:70 chr20 62422080 . T C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0138355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.513;QD=13.037;RBI=0.0188131;REFB=-0.0175792;REVB=0.0127481;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527664;STB=0.530772;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0149051;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:11:21:11:7:11:21 chr20 62492922 . T A 286.43 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0643471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7961;QD=24.3768;RBI=0.0661536;REFB=-0.0589815;REVB=-0.0153539;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099554;STB=0.5551;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0450827;OID=.;OPOS=62492922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:5:16:17:9:5:16 chr20 62493978 . G A 402.88 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00535766;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.664;QD=35.8115;RBI=0.0673712;REFB=-0.0573845;REVB=0.0671579;RO=13;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707417;STB=0.538438;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.026808;OID=.;OPOS=62493978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:13:13:32:32:0.711111:14:18:9:4:14:18:9:4 chr20 62494027 . G C 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0011435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.639;QD=29.5045;RBI=0.00224655;REFB=-0.0212748;REVB=0.00193376;RO=18;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145158;STB=0.579778;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0111122;OID=.;OPOS=62494027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:12:18:7:11:12:18:7:11 chr20 62522466 . A G 739.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.903;QD=56.9187;RBI=0.0315534;REFB=0;REVB=0.0281166;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07892e-05;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:15:36:0:0:15:37:0:0 chr20 62540460 . A G 102.41 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.026267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.589;QD=7.72873;RBI=0.0308659;REFB=-0.00821508;REVB=-0.0162095;RO=39;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406654;STB=0.75176;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0217783;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:3:11:18:21:3:11:18:21 chr20 62574006 . A G 1082.49 PASS AF=0.638037;AO=94;DP=153;FAO=104;FDP=163;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0228331;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.411;QD=26.5641;RBI=0.0228474;REFB=-0.0476494;REVB=0.000806984;RO=49;SAF=37;SAR=57;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073184;STB=0.51102;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.029214;OID=.;OPOS=62574006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:163:49:59:94:104:0.638037:57:37:14:35:64:40:21:38 chr20 62576030 . GC G 927.92 PASS AF=1;AO=101;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.287839;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.5101;QD=27.4939;RBI=0.289538;REFB=-0.0264837;REVB=-0.0313204;RO=27;SAF=40;SAR=61;SRF=21;SRR=6;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=-0.152537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0166413;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:132:135:135:0:66:69:0:0:14:27:40:61:21:6 chr20 62576991 . G A 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00513299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.844;QD=8.72452;RBI=0.0113274;REFB=-0.00275768;REVB=0.0100976;RO=47;SAF=14;SAR=7;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092642;STB=0.52629;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00987448;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:21:21:0.3:7:14:31:16:7:14:31:18 chr20 62679647 . GCCC GCC,GCCG 866.9 PASS AF=0.901099,0.0989011;AO=31,14;DP=90;FAO=82,9;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37,5;FSAR=45,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.41306,0.204301;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.6908,7.62931;QD=38.1053;RBI=0.581869,0.233114;REFB=0,0;REVB=0.40982,0.112264;RO=27;SAF=8,12;SAR=23,2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0.320755,0;SSEP=0.309544,0;SSSB=-0.214669,0.483313;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0141416,-0.0721105;OID=.,.;OPOS=62679648,62679650;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCC,GCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.901099,0.0989011:31,14:90:82,9:91:0:37,5:45,4:0:0:19:27:8,12:23,2:13:14 chr20 62700844 . C T 443.11 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=63;FWDB=0.0271273;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.46;QD=13.4277;RBI=0.029731;REFB=-0.00898324;REVB=0.0121672;RO=78;SAF=10;SAR=41;SRF=16;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151688;STB=0.52467;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0137433;OID=.;OPOS=62700844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:78:81:51:51:0.386364:41:10:16:62:41:10:18:63 chr20 62701659 . T C 117.84 PASS AF=0.190476;AO=19;DP=104;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0121695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2091;QD=4.48907;RBI=0.0301504;REFB=-0.00217123;REVB=0.0275853;RO=84;SAF=10;SAR=9;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783679;STB=0.5333;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0121029;OID=.;OPOS=62701659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:84:85:19:20:0.190476:9:10:39:45:10:10:39:46 chr20 62714783 . C G 3771.77 PASS AF=0.988095;AO=247;DP=248;FAO=249;FDP=252;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0463304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=59.8694;RBI=0.0589901;REFB=-0.0534563;REVB=0.0365148;RO=0;SAF=111;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505415;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00109356;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:248:252:0:3:247:249:0.988095:136:111:0:0:137:112:0:3 chr20 62729746 . GC G 70.33 PASS AF=0.255556;AO=22;DP=87;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0666557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4682;QD=3.12561;RBI=0.0988932;REFB=0.0237597;REVB=-0.0730541;RO=63;SAF=17;SAR=5;SRF=31;SRR=32;SSEN=0.226038;SSEP=0;SSSB=0.36551;STB=0.829378;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0960259;OID=.;OPOS=62729747;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255556:22:87:23:90:67:20:3:32:35:70:63:17:5:31:32 chr20 62737318 . G A 849.73 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0324202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.987;QD=53.108;RBI=0.0333102;REFB=-0.0336034;REVB=0.00764837;RO=2;SAF=47;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225901;STB=0.506827;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000499776;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:14:47:1:1:14:47:2:1 chr20 62851191 . C T 667.64 PASS AF=0.623656;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0153869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7945;QD=28.7157;RBI=0.06295;REFB=0.00259569;REVB=0.0610406;RO=35;SAF=9;SAR=49;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021103;STB=0.511478;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00114438;OID=.;OPOS=62851191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:35:35:58:58:0.623656:49:9:6:29:49:9:6:29 chr20 62959184 . T C 93.78 PASS AF=0.118557;AO=23;DP=194;FAO=23;FDP=194;FR=.;FRO=171;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=71;FSRR=100;FWDB=-0.0386166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3963;QD=1.93367;RBI=0.0526768;REFB=-0.00200933;REVB=-0.0358274;RO=169;SAF=3;SAR=20;SRF=71;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416684;STB=0.804045;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0143132;OID=.;OPOS=62959184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:194:194:169:171:23:23:0.118557:20:3:71:98:20:3:71:100 chr21 9907271 . A G 2248.86 PASS AF=0.836735;AO=163;DP=196;FAO=164;FDP=196;FR=.;FRO=32;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0476338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.587;QD=45.8951;RBI=0.0830771;REFB=-0.0435813;REVB=-0.0680649;RO=32;SAF=80;SAR=83;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035916;STB=0.518442;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00977238;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:32:32:163:164:0.836735:83:80:12:20:84:80:12:20 chr21 9907302 . C T 396.18 PASS AF=0.262443;AO=57;DP=221;FAO=58;FDP=221;FR=.;FRO=163;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=72;FSRR=91;FWDB=0.00221857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.69;QD=7.17065;RBI=0.00966818;REFB=-0.006079;REVB=-0.00941019;RO=163;SAF=26;SAR=31;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181424;STB=0.504893;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0183758;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:163:163:57:58:0.262443:31:26:72:91:32:26:72:91 chr21 9907309 . G A 153.32 PASS AF=0.146667;AO=33;DP=225;FAO=33;FDP=225;FR=.;FRO=192;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=111;FWDB=0.0395723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.287;QD=2.7256;RBI=0.0395751;REFB=-0.00333435;REVB=-0.000469401;RO=192;SAF=17;SAR=16;SRF=81;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119414;STB=0.579239;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0214193;OID=.;OPOS=9907309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:192:192:33:33:0.146667:16:17:81:111:16:17:81:111 chr21 9907322 . G T 473.53 PASS AF=0.290179;AO=65;DP=224;FAO=65;FDP=224;FR=.;FRO=159;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=87;FWDB=0.0265417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2958;QD=8.45582;RBI=0.0298591;REFB=0.00637589;REVB=0.0136787;RO=159;SAF=27;SAR=38;SRF=72;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046333;STB=0.527104;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0167348;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:159:159:65:65:0.290179:38:27:72:87:38:27:72:87 chr21 9907328 . G C 147.21 PASS AF=0.144796;AO=32;DP=221;FAO=32;FDP=221;FR=.;FRO=189;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=109;FWDB=0.0410639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2962;QD=2.66446;RBI=0.0452091;REFB=0.00140998;REVB=0.0189108;RO=188;SAF=17;SAR=15;SRF=80;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.59158;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00929641;OID=.;OPOS=9907328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:188:189:32:32:0.144796:15:17:80:108:15:17:80:109 chr21 9907340 . A G 1425.62 PASS AF=0.627451;AO=128;DP=204;FAO=128;FDP=204;FR=.;FRO=76;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0138005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.337;QD=27.9534;RBI=0.0138147;REFB=-0.0186805;REVB=-0.000627332;RO=76;SAF=57;SAR=71;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355155;STB=0.519147;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00969618;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:76:76:128:128:0.627451:71:57:30:46:71:57:30:46 chr21 9907343 . G A 58.3 PASS AF=0.0891089;AO=18;DP=202;FAO=18;FDP=202;FR=.;FRO=184;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=106;FWDB=-0.013776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.898;QD=1.15449;RBI=0.0602458;REFB=0.000709008;REVB=0.0586497;RO=178;SAF=8;SAR=10;SRF=78;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746537;STB=0.518995;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00884267;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:202:202:178:184:18:18:0.0891089:10:8:78:100:10:8:78:106 chr21 9907345 . C T 291.67 PASS AF=0.226131;AO=45;DP=197;FAO=45;FDP=199;FR=.;FRO=154;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=88;FWDB=0.00109055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.727;QD=5.86273;RBI=0.0318577;REFB=-0.00441712;REVB=-0.031839;RO=152;SAF=17;SAR=28;SRF=66;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742187;STB=0.54095;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0166311;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:152:154:45:45:0.226131:28:17:66:86:28:17:66:88 chr21 9907375 . T C 1641.53 PASS AF=0.814103;AO=126;DP=157;FAO=127;FDP=156;FR=.;FRO=29;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0372925;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7702;QD=42.0906;RBI=0.0386882;REFB=0.0194307;REVB=-0.0102979;RO=28;SAF=51;SAR=75;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426873;STB=0.517764;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00484935;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:28:29:126:127:0.814103:75:51:8:20:76:51:9:20 chr21 9907384 . GC AA,AC 1537.99 PASS AF=0.0794702,0.735099;AO=12,109;DP=151;FAO=12,111;FDP=151;FR=.;FRO=28;FSAF=6,42;FSAR=6,69;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0110713,0.0214841;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.13,159.173;QD=40.7414;RBI=0.0116052,0.0333309;REFB=-0.0142455,-0.00449335;REVB=0.00347942,0.0254829;RO=27;SAF=6,40;SAR=6,69;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280157,0.0438242;STB=0.674744,0.527854;STBP=0.188,0.227;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0418502,-0.000588119;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:151:151:27:28:12,109:12,111:0.0794702,0.735099:6,69:6,40:7:20:6,69:6,42:7:21 chr21 9907397 . C T 1290.43 PASS AF=0.725352;AO=103;DP=142;FAO=103;FDP=142;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0261219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.307;QD=36.35;RBI=0.0266907;REFB=-0.0199821;REVB=-0.00548081;RO=38;SAF=36;SAR=67;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410945;STB=0.5049;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0151144;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:38:39:103:103:0.725352:67:36:13:25:67:36:13:26 chr21 9907398 . G C 46.22 PASS AF=0.0921986;AO=12;DP=140;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=85;FWDB=0.0162052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.286;QD=1.31109;RBI=0.0164653;REFB=-0.00765895;REVB=-0.00291527;RO=125;SAF=6;SAR=6;SRF=40;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215588;STB=0.616593;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0283906;OID=.;OPOS=9907398;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:141:125:128:12:13:0.0921986:6:6:40:85:7:6:43:85 chr21 9907402 . G C 46.95 PASS AF=0.0948905;AO=13;DP=137;FAO=13;FDP=137;FR=.;FRO=124;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=84;FWDB=-0.0208218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.469;QD=1.37084;RBI=0.0341029;REFB=0.00145797;REVB=-0.0270086;RO=123;SAF=6;SAR=7;SRF=40;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169252;STB=0.628851;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0260914;OID=.;OPOS=9907402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:137:137:123:124:13:13:0.0948905:7:6:40:83:7:6:40:84 chr21 9907416 . C T 100.18 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=129;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=77;FWDB=-0.0650035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.182;QD=3.10626;RBI=0.0661822;REFB=-0.00550429;REVB=-0.0124351;RO=109;SAF=5;SAR=15;SRF=32;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694716;STB=0.546749;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0293384;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:109:109:20:20:0.155039:15:5:32:77:15:5:32:77 chr21 9907419 . A G 421.31 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0323583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.877;QD=14.7829;RBI=0.0331082;REFB=-0.019745;REVB=-0.00700668;RO=66;SAF=9;SAR=39;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169816;STB=0.596475;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0190585;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:39:9:20:46:39:9:20:46 chr21 9907422 . G A 393.53 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0110557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.075;QD=14.85;RBI=0.0456558;REFB=0.00117327;REVB=0.044297;RO=60;SAF=9;SAR=36;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142252;STB=0.589431;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.000965819;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:36:9:18:42:36:9:19:42 chr21 9907434 . T A 117.17 PASS AF=0.211111;AO=17;DP=87;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=-0.0603773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.854;QD=5.2075;RBI=0.0624355;REFB=-0.00730788;REVB=0.0158988;RO=69;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209631;STB=0.616803;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0404903;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:69:71:17:19:0.211111:10:7:18:51:11:8:20:51 chr21 9907438 . A T 135.54 PASS AF=0.243902;AO=18;DP=81;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=-0.0237656;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.828;QD=6.61191;RBI=0.025706;REFB=-0.010117;REVB=-0.00979763;RO=62;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207653;STB=0.616916;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0317642;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:62:62:18:20:0.243902:11:7:15:47:12:8:16:46 chr21 9907470 . G A 76.36 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=-0.052794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.93;QD=4.628;RBI=0.0533464;REFB=-0.00338113;REVB=0.00765665;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24502;STB=0.642855;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0161328;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:66:51:53:13:13:0.19697:8:5:11:40:8:5:12:41 chr21 9907479 . G T 43.2 PASS AF=0.135593;AO=3;DP=52;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0408397;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=285.237;QD=2.92869;RBI=0.0408723;REFB=-0.00357677;REVB=-0.00163246;RO=32;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633301;STB=0.738413;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0193339;OID=.;OPOS=9907479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:52:59:32:51:3:8:0.135593:2:1:9:23:7:1:16:35 chr21 9907527 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.051586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.515;QD=12.3964;RBI=0.0521226;REFB=0.0242578;REVB=0.00745989;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0116057;OID=.;OPOS=9907527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:4:1:0:4:4:1:0:5 chr21 9908330 . AC GC,GG 2178.69 PASS AF=0.0872483,0.90604;AO=12,135;DP=152;FAO=13,135;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=4,57;FSAR=9,78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017893,0.00568332;FXX=0.0197355;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=141.796,113.494;QD=58.4883;RBI=0.034299,0.00983449;REFB=-0.156495,-0.0196664;REVB=-0.0292619,-0.00802602;RO=1;SAF=4,57;SAR=8,78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0531285,0.00605584;STB=0.526276,0.503184;STBP=0.615,0.507;TYPE=snp,mnp;VARB=0.063132,0.00120601;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:152:149:1:1:12,135:13,135:0.0872483,0.90604:8,78:4,57:0:1:9,78:4,57:0:1 chr21 9909078 . G A 1298.14 PASS AF=0.487085;AO=132;DP=272;FAO=132;FDP=271;FR=.;FRO=139;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=0.00727668;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.321;QD=19.1607;RBI=0.0556528;REFB=-0.0359213;REVB=0.055175;RO=138;SAF=74;SAR=58;SRF=55;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149999;STB=0.580493;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0271415;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:138:139:132:132:0.487085:58:74:55:83:58:74:56:83 chr21 9909079 . C T 264.55 PASS AF=0.177936;AO=50;DP=281;FAO=50;FDP=281;FR=.;FRO=231;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=116;FSRR=115;FWDB=0.00317811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.195;QD=3.76589;RBI=0.0377033;REFB=-0.0138577;REVB=-0.0375691;RO=228;SAF=20;SAR=30;SRF=115;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13555;STB=0.584493;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0435707;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:228:231:50:50:0.177936:30:20:115:113:30:20:116:115 chr21 9909080 . G A 446.77 PASS AF=0.241135;AO=68;DP=282;FAO=68;FDP=282;FR=.;FRO=214;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=94;FSRR=120;FWDB=-0.00229933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.306;QD=6.3372;RBI=0.010832;REFB=-0.016122;REVB=0.0105852;RO=208;SAF=42;SAR=26;SRF=91;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225364;STB=0.634218;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0393591;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:208:214:68:68:0.241135:26:42:91:117:26:42:94:120 chr21 9909089 . T C 221.51 PASS AF=0.152318;AO=46;DP=301;FAO=46;FDP=302;FR=.;FRO=256;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=127;FSRR=129;FWDB=-0.014684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.395;QD=2.93395;RBI=0.0558999;REFB=-0.00825852;REVB=-0.0539368;RO=255;SAF=16;SAR=30;SRF=127;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195879;STB=0.627687;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.048652;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:255:256:46:46:0.152318:30:16:127:128:30:16:127:129 chr21 9909103 . G A 524.78 PASS AF=0.251592;AO=79;DP=314;FAO=79;FDP=314;FR=.;FRO=235;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=110;FSRR=125;FWDB=0.00127895;FXX=0.00632891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.065;QD=6.68512;RBI=0.0558211;REFB=-0.0184645;REVB=0.0558064;RO=222;SAF=40;SAR=39;SRF=99;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752612;STB=0.528599;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0340239;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:222:235:79:79:0.251592:39:40:99:123:39:40:110:125 chr21 9909121 . C T 489.13 PASS AF=0.224432;AO=78;DP=354;FAO=79;FDP=352;FR=.;FRO=273;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=115;FSRR=158;FWDB=0.0146878;FXX=0.00845047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.294;QD=5.55826;RBI=0.0306228;REFB=-0.00570178;REVB=0.0268705;RO=269;SAF=46;SAR=32;SRF=113;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214521;STB=0.623134;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0133433;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:352:269:273:78:79:0.224432:32:46:113:156:33:46:115:158 chr21 9909122 . G A 165.29 PASS AF=0.118785;AO=43;DP=363;FAO=43;FDP=362;FR=.;FRO=319;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=150;FSRR=169;FWDB=-0.0118081;FXX=0.00275475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.937;QD=1.8264;RBI=0.0118977;REFB=-0.00965329;REVB=-0.00145778;RO=319;SAF=16;SAR=27;SRF=150;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125517;STB=0.588302;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0485164;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:362:319:319:43:43:0.118785:27:16:150:169:27:16:150:169 chr21 9909163 . G A 118.3 PASS AF=0.0978836;AO=37;DP=376;FAO=37;FDP=378;FR=.;FRO=341;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=158;FSRR=183;FWDB=0.0221546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.332;QD=1.25188;RBI=0.0553742;REFB=0.000423068;REVB=0.0507491;RO=339;SAF=16;SAR=21;SRF=158;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412309;STB=0.528172;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00216212;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:378:339:341:37:37:0.0978836:21:16:158:181:21:16:158:183 chr21 9909176 . C A 3177.4 PASS AF=0.721448;AO=259;DP=359;FAO=259;FDP=359;FR=.;FRO=100;FSAF=114;FSAR=145;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.054767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4732;QD=35.4028;RBI=0.0565375;REFB=-0.0149175;REVB=0.014038;RO=96;SAF=114;SAR=145;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673759;STB=0.50278;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00712897;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:96:100:259:259:0.721448:145:114:41:55:145:114:45:55 chr21 9909179 . C A 167.38 PASS AF=0.124646;AO=43;DP=350;FAO=44;FDP=353;FR=.;FRO=309;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=143;FSRR=166;FWDB=-0.0120452;FXX=0.0112042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.364;QD=1.89665;RBI=0.0131605;REFB=-0.00624676;REVB=-0.00530204;RO=305;SAF=10;SAR=33;SRF=141;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307517;STB=0.722192;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0670231;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:353:305:309:43:44:0.124646:33:10:141:164:34:10:143:166 chr21 9909208 . C T 199.61 PASS AF=0.145695;AO=42;DP=303;FAO=44;FDP=302;FR=.;FRO=258;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=111;FSRR=147;FWDB=0.020449;FXX=0.0130715;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.859;QD=2.64386;RBI=0.0320693;REFB=-0.0047835;REVB=-0.0247038;RO=257;SAF=10;SAR=32;SRF=114;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283996;STB=0.646872;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0561318;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:257:258:42:44:0.145695:32:10:114:143:32:12:111:147 chr21 9909217 . C A 79.68 PASS AF=0.0954198;AO=25;DP=265;FAO=25;FDP=262;FR=.;FRO=237;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=148;FWDB=-0.000600587;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.727;QD=1.21652;RBI=0.0228876;REFB=-0.00351295;REVB=-0.0228797;RO=236;SAF=10;SAR=15;SRF=88;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034389;STB=0.523256;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.04172;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:265:262:236:237:25:25:0.0954198:15:10:88:148:15:10:89:148 chr21 9909218 . GT AC,GC 344.12 PASS AF=0.144,0.092;AO=36,26;DP=254;FAO=36,23;FDP=250;FR=.;FRO=191;FSAF=8,9;FSAR=28,14;FSRF=76;FSRR=115;FWDB=-0.0459436,-0.159694;FXX=0.0157474;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=175.583,101.995;QD=5.50586;RBI=0.0473676,0.159714;REFB=-0.0110707,-0.0148563;REVB=0.0115269,0.00251296;RO=186;SAF=8,11;SAR=28,15;SRF=72;SRR=114;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245736,0.0467725;STB=0.672664,0.506162;STBP=0.029,0.965;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0312234,0.0262284;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:250:186:191:36,26:36,23:0.144,0.092:28,15:8,11:72:114:28,14:8,9:76:115 chr21 10181174 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00725121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.374;QD=7.03219;RBI=0.0168966;REFB=-0.00518144;REVB=-0.0152616;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119891;STB=0.575003;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0148588;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:17:9:4:5:17:9 chr21 10181184 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0133034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.664;QD=12.2166;RBI=0.0139671;REFB=-0.0203145;REVB=0.00425422;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136651;STB=0.580336;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0296289;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:16:11:8:7:16:11 chr21 10862599 . C T 1571.45 PASS AF=0.701087;AO=129;DP=184;FAO=129;FDP=184;FR=.;FRO=55;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0103849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.832;QD=34.162;RBI=0.0104184;REFB=-0.0190908;REVB=0.000834666;RO=53;SAF=56;SAR=73;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722827;STB=0.5444;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00765293;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:53:55:129:129:0.701087:73:56:30:23:73:56:32:23 chr21 10862618 . T C 2132.69 PASS AF=0.800971;AO=164;DP=208;FAO=165;FDP=206;FR=.;FRO=41;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0117855;FXX=0.00961492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.721;QD=41.4114;RBI=0.0187997;REFB=-0.0016751;REVB=0.0146469;RO=40;SAF=75;SAR=89;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436163;STB=0.524885;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00070852;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:40:41:164:165:0.800971:89:75:23:17:89:76:24:17 chr21 10862846 . A T 2337.97 PASS AF=1;AO=133;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.588;QD=62.7644;RBI=0.0520043;REFB=0;REVB=0.00263467;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240268;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:149:0:0:133:149:1:78:55:0:0:79:70:0:0 chr21 10862853 . G A 208.54 PASS AF=0.217105;AO=32;DP=150;FAO=33;FDP=152;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=0.0152496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.428;QD=5.48792;RBI=0.0235248;REFB=-0.0029099;REVB=-0.0179128;RO=116;SAF=19;SAR=13;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151731;STB=0.582123;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.007672;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:116:119:32:33:0.217105:13:19:55:61:14:19:56:63 chr21 10862874 . A G 1329.98 PASS AF=0.697531;AO=113;DP=162;FAO=113;FDP=162;FR=.;FRO=49;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0145577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.127;QD=32.8391;RBI=0.0189389;REFB=-0.0273956;REVB=-0.0121143;RO=48;SAF=57;SAR=56;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787619;STB=0.538808;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00825318;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:48:49:113:113:0.697531:56:57:31:17:56:57:31:18 chr21 10862947 . G A 1594.72 PASS AF=0.714286;AO=129;DP=181;FAO=130;FDP=182;FR=.;FRO=52;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.0115748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.542;QD=35.0489;RBI=0.0145135;REFB=-0.0137265;REVB=-0.00875594;RO=52;SAF=65;SAR=64;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122102;STB=0.565924;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0071492;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:52:52:129:130:0.714286:64:65:38:14:65:65:38:14 chr21 10909652 . G A 77.21 PASS AF=0.132812;AO=17;DP=128;FAO=17;FDP=128;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.016462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.078;QD=2.41272;RBI=0.0483834;REFB=-0.00642484;REVB=-0.0454968;RO=110;SAF=9;SAR=8;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871774;STB=0.509684;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0310178;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:128:128:110:111:17:17:0.132812:8:9:59:51:8:9:60:51 chr21 10910311 . T G 800.06 PASS AF=0.744186;AO=64;DP=86;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00122383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.68;QD=37.2121;RBI=0.0233135;REFB=-0.0171388;REVB=0.0232813;RO=22;SAF=34;SAR=30;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101267;STB=0.554331;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00379118;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:22:22:64:64:0.744186:30:34:7:15:30:34:7:15 chr21 10910340 . C G 57.09 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0248421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.239;QD=2.45544;RBI=0.0348032;REFB=-0.00192762;REVB=-0.0243749;RO=81;SAF=3;SAR=9;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333326;STB=0.737303;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0162138;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:81:81:12:12:0.129032:9:3:42:39:9:3:42:39 chr21 10910347 . A G 1447.91 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0019;QD=62.9527;RBI=0.0364595;REFB=0;REVB=0.0298956;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235494;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:48:44:0:0 chr21 10920098 . T C 1559.17 PASS AF=0.939655;AO=109;DP=116;FAO=109;FDP=116;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0211632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.734;QD=53.7645;RBI=0.0420048;REFB=-0.123029;REVB=0.036284;RO=7;SAF=50;SAR=59;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364772;STB=0.519249;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00063808;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:116:116:7:7:109:109:0.939655:59:50:1:6:59:50:1:6 chr21 10935004 . A T 359.95 PASS AF=0.20979;AO=60;DP=287;FAO=60;FDP=286;FR=.;FRO=226;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=110;FSRR=116;FWDB=0.00600993;FXX=0.0034842;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.023;QD=5.03422;RBI=0.00901919;REFB=-0.00448224;REVB=0.00672506;RO=225;SAF=29;SAR=31;SRF=110;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713952;STB=0.502682;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0160111;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:225:226:60:60:0.20979:31:29:110:115:31:29:110:116 chr21 10942756 . G A 191.8 PASS AF=0.117512;AO=51;DP=435;FAO=51;FDP=434;FR=.;FRO=383;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=207;FSRR=176;FWDB=-0.00974204;FXX=0.0022988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6255;QD=1.76775;RBI=0.0291057;REFB=-0.00164633;REVB=-0.0274269;RO=380;SAF=27;SAR=24;SRF=204;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939919;STB=0.5098;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0155398;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:434:380:383:51:51:0.117512:24:27:204:176:24:27:207:176 chr21 10942924 . CCTT C 71.79 PASS AF=0.154229;AO=30;DP=202;FAO=31;FDP=201;FR=.;FRO=170;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=75;FSRR=95;FWDB=0.00762726;FXX=0.0195112;HRUN=2;LEN=3;MLLD=205.171;QD=1.42871;RBI=0.0107515;REFB=-0.00118973;REVB=0.00757754;RO=163;SAF=16;SAR=14;SRF=74;SRR=89;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=0.101322;STB=0.56316;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.00740902;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.154229:30:202:31:201:170:16:15:75:95:71:163:16:14:74:89 chr21 10943003 . C T 92.16 PASS AF=0.128834;AO=21;DP=163;FAO=21;FDP=163;FR=.;FRO=142;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.0356028;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2922;QD=2.2616;RBI=0.0364594;REFB=-0.00187209;REVB=-0.0078567;RO=140;SAF=11;SAR=10;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598582;STB=0.50234;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0107962;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:163:163:140:142:21:21:0.128834:10:11:74:66:10:11:74:68 chr21 10951387 . T G 930.68 PASS AF=0.21902;AO=150;DP=692;FAO=152;FDP=694;FR=.;FRO=542;FSAF=47;FSAR=105;FSRF=248;FSRR=294;FWDB=0.00102206;FXX=0.00143883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.761;QD=5.36416;RBI=0.00582876;REFB=-0.00921798;REVB=-0.00573846;RO=536;SAF=47;SAR=103;SRF=245;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194811;STB=0.622872;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0271266;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:692:694:536:542:150:152:0.21902:103:47:245:291:105:47:248:294 chr21 10951426 . G T 949.59 PASS AF=0.235294;AO=151;DP=625;FAO=148;FDP=629;FR=.;FRO=481;FSAF=46;FSAR=102;FSRF=212;FSRR=269;FWDB=-0.00744269;FXX=0.00631902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6705;QD=6.03872;RBI=0.0415736;REFB=-0.0079234;REVB=-0.040902;RO=466;SAF=47;SAR=104;SRF=205;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174195;STB=0.606596;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0335933;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:625:629:466:481:151:148:0.235294:104:47:205:261:102:46:212:269 chr21 10959806 . G T 30.68 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00424906;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.181;QD=1.72869;RBI=0.00964871;REFB=-0.0018622;REVB=-0.00866274;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144878;STB=0.618716;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0115569;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:63:64:7:7:0.0985915:3:4:28:35:3:4:28:36 chr21 10970003 . G A 54.96 PASS AF=0.0941176;AO=16;DP=170;FAO=16;FDP=170;FR=.;FRO=154;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=76;FWDB=-0.0261047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.195;QD=1.29316;RBI=0.0300976;REFB=0.000678333;REVB=-0.0149804;RO=151;SAF=5;SAR=11;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242251;STB=0.677077;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00600006;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:170:170:151:154:16:16:0.0941176:11:5:78:73:11:5:78:76 chr21 10970017 . C T 57.08 PASS AF=0.0928962;AO=17;DP=182;FAO=17;FDP=183;FR=.;FRO=166;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=82;FWDB=-0.00556452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0509;QD=1.24755;RBI=0.0120831;REFB=0.000174922;REVB=0.0107255;RO=165;SAF=5;SAR=12;SRF=83;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249109;STB=0.694178;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00215339;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:182:183:165:166:17:17:0.0928962:12:5:83:82:12:5:84:82 chr21 10971334 . G A 152.5 PASS AF=0.26506;AO=20;DP=81;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0107125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193;QD=7.34949;RBI=0.0109469;REFB=-0.0134154;REVB=-0.00225298;RO=60;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241935;STB=0.630951;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0305338;OID=.;OPOS=10971334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:60:61:20:22:0.26506:8:12:24:36:9:13:25:36 chr21 11029596 . AC A 51.22 PASS AF=0.174129;AO=53;DP=202;FAO=35;FDP=201;FR=.;FRO=166;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=61;FWDB=-0.27663;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1527;QD=1.01939;RBI=0.289907;REFB=-0.0493683;REVB=-0.0867286;RO=141;SAF=40;SAR=13;SRF=81;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=0.250812;STB=0.503505;STBP=0.972;TYPE=del;VARB=0.0996878;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174129:53:202:35:201:166:22:13:105:61:51:141:40:13:81:60 chr21 11029616 . G T 733.08 PASS AF=0.408654;AO=84;DP=204;FAO=85;FDP=208;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0549699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2372;QD=14.0976;RBI=0.0570045;REFB=0.000604283;REVB=0.0150937;RO=120;SAF=47;SAR=37;SRF=72;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434099;STB=0.527279;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000362244;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:120:123:84:85:0.408654:37:47:72:48:37:48:75:48 chr21 11029624 . C T 722.36 PASS AF=0.402913;AO=81;DP=207;FAO=83;FDP=206;FR=.;FRO=123;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=77;FSRR=46;FWDB=-0.0116534;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.354;QD=14.0265;RBI=0.0743666;REFB=-0.0160279;REVB=-0.0734479;RO=119;SAF=46;SAR=35;SRF=75;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681693;STB=0.543782;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0173836;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:119:123:81:83:0.402913:35:46:75:44:37:46:77:46 chr21 11029630 . GC G 685.32 PASS AF=0.399015;AO=76;DP=205;FAO=81;FDP=203;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=45;FWDB=-0.00869799;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.749;QD=13.5039;RBI=0.0143256;REFB=0.0013814;REVB=0.0113828;RO=119;SAF=46;SAR=30;SRF=76;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382161;STB=0.531711;STBP=0.453;TYPE=del;VARB=-0.00365127;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.399015:76:205:81:203:122:47:34:77:45:99:119:46:30:76:43 chr21 11029679 . C G 600.64 PASS AF=0.345622;AO=75;DP=214;FAO=75;FDP=217;FR=.;FRO=142;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=-0.00424802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=11.0717;RBI=0.083742;REFB=-0.0131439;REVB=-0.0836342;RO=132;SAF=39;SAR=36;SRF=65;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309537;STB=0.513091;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0251685;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:217:132:142:75:75:0.345622:36:39:65:67:36:39:71:71 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 147.02 PASS AF=0.336283,0;AO=22,17;DP=116;FAO=38,0;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=36,0;FSAR=2,0;FSRF=74;FSRR=1;FWDB=0.0023736,-0.0319844;FXX=0.0258598;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.5264,12.9453;QD=5.20416;RBI=0.0288935,0.0781565;REFB=-0.0489357,-0.047811;REVB=-0.0287958,0.0713122;RO=63;SAF=21,17;SAR=1,0;SRF=62;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.286209,0.65946;STB=0.67067,0.5;STBP=0.448,1;TYPE=del,del;VARB=0.10175,0;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336283,0:22,17:116:38,0:113:75:36,0:2,0:74:1:99:63:21,17:1,0:62:1 chr21 11038802 . G A 188.47 PASS AF=0.161702;AO=38;DP=235;FAO=38;FDP=235;FR=.;FRO=197;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=114;FSRR=83;FWDB=0.0247502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1043;QD=3.20801;RBI=0.0259714;REFB=-0.000489007;REVB=-0.00787015;RO=195;SAF=24;SAR=14;SRF=113;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700517;STB=0.546454;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00987557;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:195:197:38:38:0.161702:14:24:113:82:14:24:114:83 chr21 11038843 . G C 818.06 PASS AF=0.50303;AO=82;DP=164;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.0436458;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1643;QD=19.8319;RBI=0.0453625;REFB=-0.0264673;REVB=0.0123614;RO=82;SAF=56;SAR=26;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980058;STB=0.548831;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0342508;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:82:82:82:83:0.50303:26:56:48:34:27:56:48:34 chr21 11049584 . C T 72.47 PASS AF=0.0948276;AO=22;DP=231;FAO=22;FDP=232;FR=.;FRO=210;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=105;FSRR=105;FWDB=-0.0169615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.564;QD=1.24946;RBI=0.0202782;REFB=-0.00278138;REVB=-0.0111138;RO=204;SAF=10;SAR=12;SRF=100;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428659;STB=0.541139;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0226542;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:231:232:204:210:22:22:0.0948276:12:10:100:104:12:10:105:105 chr21 11049592 . C T 70.48 PASS AF=0.0920502;AO=22;DP=239;FAO=22;FDP=239;FR=.;FRO=217;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=106;FSRR=111;FWDB=0.0653376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.897;QD=1.17963;RBI=0.0662618;REFB=-0.00281894;REVB=-0.0110282;RO=217;SAF=10;SAR=12;SRF=106;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403284;STB=0.530864;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0348528;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:239:239:217:217:22:22:0.0920502:12:10:106:111:12:10:106:111 chr21 11049617 . C G 230.32 PASS AF=0.171875;AO=44;DP=256;FAO=44;FDP=256;FR=.;FRO=212;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=106;FSRR=106;FWDB=-0.00938773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0463;QD=3.59867;RBI=0.0108679;REFB=0.000204417;REVB=-0.00547555;RO=207;SAF=18;SAR=26;SRF=102;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108704;STB=0.57568;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00084454;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:207:212:44:44:0.171875:26:18:102:105:26:18:106:106 chr21 11057855 . A T 884.4 PASS AF=0.626984;AO=79;DP=126;FAO=79;FDP=126;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00284534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.802;QD=28.0762;RBI=0.00605307;REFB=-0.0127079;REVB=0.00534263;RO=47;SAF=40;SAR=39;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10587;STB=0.557241;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00785624;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:47:47:79:79:0.626984:39:40:31:16:39:40:31:16 chr21 11057888 . T A 356.65 PASS AF=0.319149;AO=45;DP=139;FAO=45;FDP=141;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0234536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.064;QD=10.1176;RBI=0.0253885;REFB=-0.0123228;REVB=-0.00972151;RO=94;SAF=23;SAR=22;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367735;STB=0.520824;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0245284;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:94:96:45:45:0.319149:22:23:51:43:22:23:52:44 chr21 11057929 . T C 32.09 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.00256707;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.852;QD=1.00281;RBI=0.00258662;REFB=0.000996416;REVB=-0.00031746;RO=118;SAF=6;SAR=4;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741496;STB=0.56178;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0096465;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:129:128:118:118:10:10:0.078125:4:6:63:55:4:6:63:55 chr21 11057931 . C A 46.84 PASS AF=0.101562;AO=11;DP=127;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.000172781;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.114;QD=1.46384;RBI=0.0145985;REFB=-0.00262576;REVB=-0.0145975;RO=110;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315983;STB=0.577603;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0232466;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:127:128:110:115:11:13:0.101562:5:6:57:53:5:8:61:54 chr21 11058226 . G C 404.71 PASS AF=0.216828;AO=67;DP=310;FAO=67;FDP=309;FR=.;FRO=242;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=122;FSRR=120;FWDB=-0.00820836;FXX=0.0032257;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.068;QD=5.23899;RBI=0.00865382;REFB=-0.00401251;REVB=-0.00274069;RO=241;SAF=33;SAR=34;SRF=121;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122217;STB=0.509078;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0158987;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:241:242:67:67:0.216828:34:33:121:120:34:33:122:120 chr21 11058322 . C T 47.55 PASS AF=0.0642458;AO=23;DP=359;FAO=23;FDP=358;FR=.;FRO=335;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=144;FSRR=191;FWDB=0.0224415;FXX=0.00831002;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.586;QD=0.531267;RBI=0.0383412;REFB=-0.000565589;REVB=-0.0310874;RO=330;SAF=9;SAR=14;SRF=143;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465233;STB=0.537213;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00727147;OID=.;OPOS=11058322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:359:358:330:335:23:23:0.0642458:14:9:143:187:14:9:144:191 chr21 11097557 . A G 83.2 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0347621;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5937;QD=8.75757;RBI=0.0362328;REFB=-0.00779835;REVB=-0.0102182;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336006;STB=0.520672;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0137402;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:19:8:3:8:19:8 chr21 11097574 . T A 59.41 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0127588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.386;QD=4.09747;RBI=0.016319;REFB=-0.00335028;REVB=0.0101747;RO=47;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103802;STB=0.551185;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0193829;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:47:48:10:10:0.172414:3:7:36:11:3:7:36:12 chr21 11097608 . C T 76.32 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.0110419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0436;QD=3.63434;RBI=0.0527305;REFB=-0.0101377;REVB=-0.0515614;RO=70;SAF=11;SAR=3;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139386;STB=0.594449;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0465424;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:3:11:49:21:3:11:49:21 chr21 11098674 . T A,C 791.3 PASS AF=0.0344828,0.948276;AO=2,53;DP=57;FAO=2,55;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=1,42;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0388542,0.0510441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=17.5922,191.089;QD=54.5722;RBI=0.0612157,0.0536563;REFB=-0.070719,-0.104015;REVB=-0.0473045,0.016538;RO=0;SAF=1,40;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.518512;STBP=0.662,0.161;TYPE=snp,snp;VARB=0.0578563,0.00119459;OID=.,.;OPOS=11098674,11098674;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:58:0:1:2,53:2,55:0.0344828,0.948276:1,13:1,40:0:0:1,13:1,42:0:1 chr21 11098679 . C T 67.98 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.0212629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.68;QD=4.77055;RBI=0.0611269;REFB=-0.0223341;REVB=0.0573096;RO=45;SAF=10;SAR=1;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362803;STB=0.746557;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.11574;OID=.;OPOS=11098679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:57:57:45:46:11:11:0.192982:1:10:33:12:1:10:34:12 chr21 11098684 . A G 75.79 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.0122982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0898;QD=5.22704;RBI=0.0504174;REFB=-0.0188338;REVB=0.0488945;RO=46;SAF=11;SAR=1;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380808;STB=0.760079;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0355098;OID=.;OPOS=11098684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:1:11:34:12:1:11:34:12 chr21 11098704 . A G 98.89 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0314408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1263;QD=6.18073;RBI=0.0435213;REFB=-0.0166261;REVB=0.0300929;RO=48;SAF=9;SAR=3;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652172;STB=0.54248;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0651113;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:64:64:48:48:12:12:0.1875:3:9:34:14:3:9:34:14 chr21 11098723 . T C 363.3 PASS AF=0.475;AO=39;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0537848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.918;QD=18.1651;RBI=0.0577247;REFB=-0.0151902;REVB=-0.0209605;RO=40;SAF=11;SAR=28;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382242;STB=0.710415;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0285167;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:42:39:38:0.475:28:11:28:12:27:11:29:13 chr21 11098728 . C T 62.02 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0102233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.984;QD=3.14004;RBI=0.0188223;REFB=-0.0175954;REVB=0.0158039;RO=66;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177358;STB=0.613592;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0274785;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:66:67:12:12:0.151899:5:7:29:37:5:7:30:37 chr21 11098732 . C T 230.59 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.0071134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.963;QD=12.1362;RBI=0.0231981;REFB=-0.0416278;REVB=0.0220806;RO=47;SAF=3;SAR=25;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.66647;STB=0.887433;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0318485;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:25:3:33:14:25:3:34:14 chr21 11098756 . C A 332.8 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00839302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3954;QD=17.0668;RBI=0.0587512;REFB=-0.0127836;REVB=0.0581486;RO=42;SAF=8;SAR=26;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416031;STB=0.740041;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0249636;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:34:36:0.461538:26:8:27:15:28:8:27:15 chr21 11098763 . C T 334.42 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00410693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.642;QD=16.9328;RBI=0.0402224;REFB=-0.0156784;REVB=0.0400122;RO=43;SAF=8;SAR=28;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399357;STB=0.725477;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.051129;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:28:8:26:17:28:8:26:17 chr21 14419915 . A G 1729.43 PASS AF=0.492795;AO=170;DP=349;FAO=171;FDP=347;FR=.;FRO=176;FSAF=82;FSAR=89;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.00734743;FXX=0.00573049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.942;QD=19.9358;RBI=0.0100238;REFB=-0.0179755;REVB=0.00681852;RO=175;SAF=81;SAR=89;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402575;STB=0.524779;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0217486;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:347:175:176:170:171:0.492795:89:81:91:84:89:82:93:83 chr21 14420005 . A G 2329.44 PASS AF=0.526932;AO=223;DP=428;FAO=225;FDP=427;FR=.;FRO=202;FSAF=111;FSAR=114;FSRF=95;FSRR=107;FWDB=0.00556379;FXX=0.00697658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.59;QD=21.8215;RBI=0.00760849;REFB=-0.0137327;REVB=-0.00518973;RO=192;SAF=110;SAR=113;SRF=91;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164303;STB=0.510902;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.010914;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:427:192:202:223:225:0.526932:113:110:91:101:114:111:95:107 chr21 14743754 . C T 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0109002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0254;QD=6.10338;RBI=0.116329;REFB=-0.00676058;REVB=0.115818;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279233;STB=0.678144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0236638;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:3:5:10:16:3:5:10:16 chr21 14743785 . A G 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0258614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.44;QD=4.70027;RBI=0.0340088;REFB=0.00367314;REVB=-0.0220859;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26828;STB=0.676458;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0370831;OID=.;OPOS=14743785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:10:19:3:4:10:19 chr21 14743800 . AT TC 42.15 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0387238;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.343;QD=4.55727;RBI=0.0400043;REFB=0.00158826;REVB=-0.0100407;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242866;STB=0.661221;STBP=0.395;TYPE=mnp;VARB=-0.0101752;OID=.;OPOS=14743800;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:11:19:3:4:11:19 chr21 14743804 . G A 41.96 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00338835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6276;QD=4.41701;RBI=0.0140607;REFB=0.000106915;REVB=-0.0136463;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257272;STB=0.671079;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00122924;OID=.;OPOS=14743804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:11:20:3:4:11:20 chr21 14743844 . T A 31.34 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0196994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.662;QD=3.9175;RBI=0.0203852;REFB=-0.0127282;REVB=-0.00524326;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137902;STB=0.593449;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0324337;OID=.;OPOS=14743844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:10:16:3:3:10:16 chr21 14743864 . A T 43.0 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0350158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9963;QD=5.37476;RBI=0.0475656;REFB=-0.0124013;REVB=0.0321928;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229073;STB=0.631216;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.059659;OID=.;OPOS=14743864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:24:25:7:7:0.21875:3:4:9:15:3:4:10:15 chr21 14778721 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7081;QD=50.4133;RBI=0.0710741;REFB=0;REVB=-0.000951159;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196832;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr21 14982586 . A G 32.83 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.00597272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.622;QD=1.23901;RBI=0.0247316;REFB=-4.88198e-05;REVB=-0.0239996;RO=97;SAF=2;SAR=7;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274747;STB=0.727969;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000189851;OID=.;OPOS=14982586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:97:97:9:9:0.0849057:7:2:44:53:7:2:44:53 chr21 14982716 . T C 134.19 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.00205177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.626;QD=16.2653;RBI=0.0260558;REFB=-0.00523699;REVB=0.0259749;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263799;STB=0.670485;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0210021;OID=.;OPOS=14982716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:14:15:0.454545:11:3:1:16:11:4:1:17 chr21 14982886 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1846;QD=51.1822;RBI=0.0212509;REFB=0;REVB=-0.0191307;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470365;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr21 14982952 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.692;QD=47.8221;RBI=0.0432073;REFB=0;REVB=-0.0357026;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534744;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr21 15013735 . A G 1457.35 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.758;QD=62.0147;RBI=0.0697939;REFB=0.0892895;REVB=0.0680916;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101954;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00037061;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:47:46:1:0:47:46:1:0 chr21 15457003 . C A 302.33 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0190876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7368;QD=31.824;RBI=0.0273138;REFB=-0.00852529;REVB=0.0195373;RO=12;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489529;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:13:13:6:6:13:13:6:6 chr21 15457034 . A T 473.87 PASS AF=0.724138;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0134457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.109;QD=32.6804;RBI=0.0167974;REFB=-0.0133563;REVB=-0.010068;RO=16;SAF=25;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172586;STB=0.509333;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0048221;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:16:16:42:42:0.724138:17:25:9:7:17:25:9:7 chr21 15457086 . A G 457.74 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.052495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4975;QD=32.1218;RBI=0.0537349;REFB=-0.0111823;REVB=-0.0114771;RO=16;SAF=22;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514388;STB=0.527836;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00520596;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:19:22:7:9:19:22:7:9 chr21 15457318 . T G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00932585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6995;QD=7.25926;RBI=0.0113817;REFB=-0.00369469;REVB=0.00652466;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585417;STB=0.536768;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00772999;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:4:6:16:13:4:6:16:13 chr21 15457339 . T G 165.78 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0224987;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.225;QD=13.8146;RBI=0.0472076;REFB=-0.0133179;REVB=0.0415014;RO=29;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37226;STB=0.714014;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0268852;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:30:18:18:0.375:3:15:16:13:3:15:17:13 chr21 15457350 . TA CG 201.89 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0119994;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=2;MLLD=312.726;QD=16.1516;RBI=0.0359442;REFB=0.00196998;REVB=-0.0338821;RO=27;SAF=18;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321534;STB=0.679061;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=-0.001911;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:28:22:22:0.44:4:18:15:12:4:18:16:12 chr21 15457374 . G C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0406857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.456;QD=18.6415;RBI=0.040745;REFB=-0.0245491;REVB=-0.00219766;RO=25;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134054;STB=0.568804;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0402079;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:6:19:16:9:6:19:17:9 chr21 15457399 . G C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00275839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.209;QD=17.6173;RBI=0.0163121;REFB=-0.0110887;REVB=-0.0160772;RO=27;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17567;STB=0.599911;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0112486;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:6:18:16:11:6:18:16:11 chr21 15457410 . C G 176.73 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00154513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.847;QD=14.4273;RBI=0.0169011;REFB=-0.022458;REVB=0.0168303;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259539;STB=0.665604;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0219639;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:4:15:17:12:4:15:17:13 chr21 15457463 . CACACACAGT C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101149;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=310.712;QD=50.4135;RBI=0.0123711;REFB=0;REVB=0.00712265;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.07964e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:8:11:0:0:4:0:8:11:0:0 chr21 15481365 . G T 249.78 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.00658105;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.89;QD=9.60688;RBI=0.00989025;REFB=-0.0143467;REVB=-0.00738287;RO=71;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240614;STB=0.639019;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.030342;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:71:71:33:33:0.317308:16:17:22:49:16:17:22:49 chr21 15516976 . T A 940.97 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4992;QD=57.0283;RBI=0.0667628;REFB=-0.101706;REVB=0.0628934;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0127261;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:34:31:1:0:34:31:1:0 chr21 15524921 . C T 102.39 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00923908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3369;QD=7.72775;RBI=0.120261;REFB=-0.010353;REVB=-0.119905;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23307;STB=0.633954;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0231542;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:39:14:14:0.264151:9:5:21:17:9:5:21:18 chr21 15558346 . G A 294.32 PASS AF=0.345455;AO=37;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.00395289;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.073;QD=10.7024;RBI=0.0040223;REFB=-0.0152437;REVB=0.000744004;RO=73;SAF=29;SAR=8;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185169;STB=0.616371;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0278277;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:72:37:38:0.345455:8:29:48:25:8:30:47:25 chr21 15596772 . T G 136.26 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.100547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5357;QD=8.51653;RBI=0.107198;REFB=0.0258649;REVB=-0.03717;RO=45;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33361;STB=0.696016;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.081055;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:11:8:32:13:11:8:32:13 chr21 15599466 . A G 93.0 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0058619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1348;QD=4.59239;RBI=0.00997906;REFB=-0.0157575;REVB=0.00807588;RO=61;SAF=7;SAR=9;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269364;STB=0.651405;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0762289;OID=.;OPOS=15599466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:81:81:61:65:16:16:0.197531:9:7:40:21:9:7:41:24 chr21 15646397 . A G 2064.67 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.241;QD=62.0952;RBI=0.0666295;REFB=0;REVB=0.0525616;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103254;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:133:0:0:125:133:1:56:69:0:0:58:75:0:0 chr21 15926544 . G A 77.97 PASS AF=0.134921;AO=17;DP=126;FAO=17;FDP=126;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=-0.00920818;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.9;QD=2.47529;RBI=0.00999481;REFB=-0.000362688;REVB=-0.00388659;RO=108;SAF=12;SAR=5;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187197;STB=0.62761;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00236839;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:126:126:108:109:17:17:0.134921:5:12:61:47:5:12:62:47 chr21 15954528 . G A 777.51 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00664314;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.871;QD=32.0622;RBI=0.0408808;REFB=-0.0466239;REVB=-0.0403374;RO=21;SAF=28;SAR=34;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145458;STB=0.553807;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0108005;OID=.;OPOS=15954528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:21:29:62:62:0.639175:34:28:16:5:34:28:18:11 chr21 15954660 . T C 830.95 PASS AF=0.712871;AO=72;DP=102;FAO=72;FDP=101;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000185152;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.737;QD=32.9089;RBI=0.0650029;REFB=0.0113879;REVB=-0.0650027;RO=29;SAF=41;SAR=31;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00963708;STB=0.505179;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0036182;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:29:29:72:72:0.712871:31:41:16:13:31:41:16:13 chr21 15964920 . C G 228.6 PASS AF=0.5;AO=23;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00372243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.629;QD=20.7818;RBI=0.0358887;REFB=-0.0160647;REVB=-0.0356951;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364738;STB=0.677263;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0204489;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:23:22:0.5:15:8:16:4:14:8:16:6 chr21 15974409 . T C 1274.74 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0272836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.245;QD=59.2902;RBI=0.0320272;REFB=-0.0370525;REVB=0.0167734;RO=2;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182123;STB=0.509613;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000337488;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:51:33:0:2:51:33:0:2 chr21 15984982 . C A 151.49 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0934949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5765;QD=11.8818;RBI=0.0994709;REFB=-0.00021245;REVB=-0.033958;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205037;STB=0.622186;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00276965;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:17:18:0.352941:8:9:11:21:8:10:12:21 chr21 16335469 . T C 1423.74 PASS AF=0.84127;AO=105;DP=127;FAO=106;FDP=126;FR=.;FRO=20;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0236592;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.526;QD=45.1982;RBI=0.0452291;REFB=0.0225318;REVB=0.0385476;RO=20;SAF=59;SAR=46;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116779;STB=0.505493;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00251628;OID=.;OPOS=16335469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:20:20:105:106:0.84127:46:59:12:8:46:60:12:8 chr21 16335515 . C T 237.55 PASS AF=0.236025;AO=34;DP=161;FAO=38;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=123;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.102942;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.132;QD=5.90177;RBI=0.18049;REFB=-0.0171245;REVB=-0.148255;RO=99;SAF=14;SAR=20;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165076;STB=0.560229;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0707411;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:99:123:34:38:0.236025:20:14:54:45:20:18:68:55 chr21 16340289 . C T 1237.46 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00866544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.867;QD=59.6366;RBI=0.0121977;REFB=-0.00232813;REVB=0.00858446;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137227;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000490076;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:47:34:1:0:47:35:1:0 chr21 16423596 . T TGTGTGTGTGCGC 48.49 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0649758;FXX=0.20829;HRUN=1;LEN=12;MLLD=383.763;QD=5.10394;RBI=0.0650008;REFB=-0.0028544;REVB=0.00180279;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15769;STB=0.519029;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=0.0100177;OID=.;OPOS=16423597;OREF=-;OALT=GTGTGTGTGCGC;OMAPALT=TGTGTGTGTGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:7:49:7:38:31:3:4:14:17:48:41:3:4:23:18 chr21 16424421 . A G 362.15 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0201673;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.31;QD=29.5633;RBI=0.0520833;REFB=-0.022793;REVB=0.0480204;RO=16;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140994;STB=0.507688;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0133408;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:16:16:33:33:0.673469:11:22:11:5:11:22:11:5 chr21 16424469 . C T 130.43 PASS AF=0.3;AO=16;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0240382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9841;QD=8.695;RBI=0.0240454;REFB=-0.025015;REVB=-0.000586527;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399469;STB=0.528271;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0486326;OID=.;OPOS=16424469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:16:18:0.3:7:9:25:17:8:10:25:17 chr21 17198541 . C T 906.04 PASS AF=0.58156;AO=82;DP=141;FAO=82;FDP=141;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0127618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.797;QD=25.7034;RBI=0.0263182;REFB=0.00538562;REVB=-0.0230171;RO=57;SAF=34;SAR=48;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588425;STB=0.532762;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00327813;OID=.;OPOS=17198541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:57:59:82:82:0.58156:48:34:28:29:48:34:29:30 chr21 17203785 . A T 825.89 PASS AF=0.649123;AO=74;DP=113;FAO=74;FDP=114;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00448857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.305;QD=28.9787;RBI=0.0145261;REFB=-0.00318021;REVB=0.0138152;RO=39;SAF=37;SAR=37;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409609;STB=0.517539;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00213473;OID=.;OPOS=17203785;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:39:40:74:74:0.649123:37:37:22:17:37:37:22:18 chr21 18827106 . C T 483.7 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201151;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.076;QD=58.6303;RBI=0.0575849;REFB=0;REVB=0.0539575;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279131;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr21 18966089 . T G 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0208965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.413;QD=21.6123;RBI=0.025435;REFB=-0.013511;REVB=0.0145008;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161976;STB=0.509083;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0168496;OID=.;OPOS=18966089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:10:13:14:10:10:13 chr21 19161403 . A G 135.91 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0415212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8847;QD=6.96978;RBI=0.0493185;REFB=-0.00277881;REVB=0.026614;RO=58;SAF=13;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206972;STB=0.626174;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00788187;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:7:13:28:30:7:13:28:30 chr21 19163707 . C T 795.99 PASS AF=0.669811;AO=70;DP=105;FAO=71;FDP=106;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00168706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.79;QD=30.0374;RBI=0.00200024;REFB=-0.0196406;REVB=-0.00107461;RO=34;SAF=31;SAR=39;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123477;STB=0.558604;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0112684;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:34:35:70:71:0.669811:39:31:22:12:39:32:22:13 chr21 19165259 . ACT A 927.65 PASS AF=0.788889;AO=70;DP=92;FAO=71;FDP=90;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0109886;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.197;QD=41.229;RBI=0.016584;REFB=-0.0551646;REVB=0.0124209;RO=18;SAF=36;SAR=34;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054719;STB=0.501097;STBP=0.964;TYPE=del;VARB=0.00985681;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.788889:70:92:71:90:19:37:34:10:9:99:18:36:34:9:9 chr21 19169218 . G C 420.39 PASS AF=0.597015;AO=34;DP=69;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.010728;FXX=0.042851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.253;QD=25.098;RBI=0.0182279;REFB=-0.00471537;REVB=0.0147366;RO=19;SAF=26;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328294;STB=0.615209;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00241928;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:19:27:34:40:0.597015:8:26:6:13:14:26:10:17 chr21 19653489 . T G 218.86 PASS AF=0.219512;AO=36;DP=164;FAO=36;FDP=164;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=55;FWDB=0.0153058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.105;QD=5.33812;RBI=0.0169662;REFB=-0.00858296;REVB=-0.00732001;RO=127;SAF=13;SAR=23;SRF=72;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258643;STB=0.661008;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0242874;OID=.;OPOS=19653489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:127:128:36:36:0.219512:23:13:72:55:23:13:73:55 chr21 19666910 . A G 456.1 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2114;QD=57.0121;RBI=0.043328;REFB=0;REVB=0.0423445;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738851;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:25:32:1:6:19:0:0:13:19:0:0 chr21 19670118 . G A 836.94 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.997;QD=55.7958;RBI=0.0203067;REFB=0.0112506;REVB=-0.0117459;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000234914;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:23:36:0:0:23:36:1:0 chr21 19756040 . C G 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0238992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.991;QD=9.85735;RBI=0.0465323;REFB=-0.00280511;REVB=0.0399259;RO=52;SAF=8;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194337;STB=0.621405;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00990845;OID=.;OPOS=19756040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:17:8:25:27:17:8:26:27 chr21 21728991 . C A 836.49 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0056492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4493;QD=55.766;RBI=0.0118592;REFB=-0.00299365;REVB=0.0104272;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000431033;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:1:0:32:27:1:0 chr21 22746187 . T C 979.94 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.059;QD=57.6433;RBI=0.00719894;REFB=0;REVB=-0.00694826;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354502;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:28:38:0:0:29:39:0:0 chr21 24804558 . T C 933.61 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.441;QD=58.3503;RBI=0.0314701;REFB=0;REVB=0.0105395;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3804e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:39:25:0:0 chr21 24804562 . G A 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00259504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.497;QD=6.61962;RBI=0.00320097;REFB=-0.00460758;REVB=0.00187403;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112863;STB=0.548134;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0146067;OID=.;OPOS=24804562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:48:16:16:0.25:9:7:16:30:9:7:18:30 chr21 26965148 . G A,C 785.68 PASS AF=0.913793,0.0689655;AO=53,4;DP=58;FAO=53,4;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28,4;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00731314,0.00971245;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.618,113.859;QD=54.185;RBI=0.0912434,0.0377548;REFB=-0.0727131,-0.142704;REVB=-0.0909498,-0.0364841;RO=0;SAF=28,4;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5098,0.995941;STBP=0.33,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00500414,0.0300554;OID=.,.;OPOS=26965148,26965148;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:58:58:0:1:53,4:53,4:0.913793,0.0689655:25,0:28,4:0:0:25,0:28,4:0:1 chr21 26965205 . T C 1098.65 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.989;QD=60.1999;RBI=0.0624764;REFB=0;REVB=0.0622494;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152619;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr21 26969703 . T C 688.46 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0389921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4061;QD=59.8659;RBI=0.0515149;REFB=-0.129879;REVB=0.0336661;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00597025;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr21 26976250 . A G 237.59 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.345;QD=50.0188;RBI=0.0125615;REFB=0;REVB=-0.00489699;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0451e-05;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr21 26978950 . A G 243.57 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4996;QD=48.7147;RBI=0.0899882;REFB=0;REVB=-0.0236264;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935175;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr21 27563105 . G A 72.46 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00815606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.972;QD=3.91666;RBI=0.0279689;REFB=-0.00542553;REVB=-0.0267533;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19588;STB=0.640444;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0154592;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:59:61:13:13:0.175676:5:8:27:32:5:8:27:34 chr21 27852724 . A G 334.64 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0189367;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.389;QD=33.4642;RBI=0.0192178;REFB=-0.0228098;REVB=-0.00327544;RO=11;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780432;STB=0.534858;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00896459;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:11:12:28:28:0.7:23:5:3:8:23:5:3:9 chr21 28212760 . G A 102.09 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=16;FWDB=0.00577705;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.818;QD=4.53753;RBI=0.0127742;REFB=-0.00506001;REVB=-0.0113932;RO=69;SAF=9;SAR=8;SRF=54;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341379;STB=0.709479;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0267285;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:69:73:17:17:0.188889:8:9:54:15:8:9:57:16 chr21 28215826 . C CACA 1112.34 PASS AF=1;AO=74;DP=87;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477505;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.053;QD=60.1266;RBI=0.0719561;REFB=0;REVB=0.0538291;RO=11;SAF=40;SAR=34;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000142062;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:87:74:74:0:40:34:0:0:6:11:40:34:6:5 chr21 28215836 . GC G,GG 1095.15 PASS AF=1,0;AO=73,3;DP=78;FAO=78,0;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106251,0.029863;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8821,5.10882;QD=56.1617;RBI=0.178944,0.130896;REFB=0,0;REVB=-0.143985,-0.127443;RO=0;SAF=40,0;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.93225e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00339716,-0.00110526;OID=.,.;OPOS=28215837,28215837;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:73,3:78:78,0:78:0:41,0:37,0:0:0:6:0:40,0:33,3:0:0 chr21 28216038 . C A 1048.03 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00811987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.126;QD=58.2239;RBI=0.025749;REFB=-0.0599558;REVB=-0.0244352;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103937;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000266366;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:26:45:1:0:26:45:1:0 chr21 28216059 . A G 109.39 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0139446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2153;QD=5.83388;RBI=0.0143586;REFB=-0.00230862;REVB=-0.00342306;RO=57;SAF=11;SAR=6;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438854;STB=0.522008;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0014357;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:58:17:17:0.226667:6:11:35:22:6:11:36:22 chr21 28216066 . C T 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.172;QD=60.5448;RBI=0.0292388;REFB=0;REVB=0.0232582;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100793;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr21 28216595 . C G 2463.41 PASS AF=0.982558;AO=156;DP=161;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.123811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.5415;QD=57.2885;RBI=0.124222;REFB=-0.143341;REVB=-0.0101056;RO=5;SAF=57;SAR=99;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399151;STB=0.51111;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00571998;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:161:172:5:3:156:169:0.982558:99:57:5:0:103:66:3:0 chr21 28216674 . G C 153.91 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0278969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.923;QD=10.6141;RBI=0.0371024;REFB=-0.0153246;REVB=-0.0244612;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00860466;STB=0.531566;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0449112;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:38:20:20:0.344828:13:7:12:23:13:7:15:23 chr21 28216692 . G T 621.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596798;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8633;QD=60.6334;RBI=0.0633085;REFB=0;REVB=0.0211254;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144651;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:23:18:0:0 chr21 28296324 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.719;QD=60.3761;RBI=0.00642819;REFB=0;REVB=-0.0062383;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73178e-05;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr21 28296389 . A G 324.4 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0571997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5211;QD=19.6603;RBI=0.0646329;REFB=-0.00653433;REVB=0.0300933;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912005;STB=0.550533;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00379505;OID=.;OPOS=28296389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:22:10:14:20:22:10 chr21 28296570 . A G 639.63 PASS AF=0.670732;AO=54;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0120664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.28;QD=31.2014;RBI=0.0274261;REFB=-0.0376496;REVB=-0.0246291;RO=26;SAF=23;SAR=31;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683161;STB=0.539477;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0222568;OID=.;OPOS=28296570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:26:27:54:55:0.670732:31:23:14:12:31:24:15:12 chr21 28302354 . CA C,CG 1611.27 PASS AF=0.0458716,0.954128;AO=12,96;DP=109;FAO=5,104;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=5,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532587,0.0634986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.054,197.471;QD=59.1292;RBI=0.0532614,0.0642172;REFB=0,0;REVB=-0.00054038,0.00958017;RO=0;SAF=6,29;SAR=6,67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0024955,-0.00100446;OID=.,.;OPOS=28302355,28302355;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0458716,0.954128:12,96:109:5,104:109:0:0,35:5,69:0:0:9:0:6,29:6,67:0:0 chr21 28305212 . C T 127.9 PASS AF=0.277778;AO=19;DP=71;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0284075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.356;QD=7.10562;RBI=0.0295829;REFB=-0.00381645;REVB=-0.00825577;RO=49;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480436;STB=0.74975;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0190506;OID=.;OPOS=28305212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:52:19:20:0.277778:4:15:19:30:5:15:21:31 chr21 28326276 . G A 746.71 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0040073;FXX=0.0241916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.93;QD=24.6846;RBI=0.0122885;REFB=-0.0200226;REVB=-0.0116168;RO=50;SAF=34;SAR=36;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196972;STB=0.506381;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0143209;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:50:51:70:70:0.578512:36:34:23:27:36:34:24:27 chr21 30250555 . T C 1138.53 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557786;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.253;QD=60.7218;RBI=0.0273391;REFB=0;REVB=0.026764;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22208e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr21 30250615 . T C 927.58 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00996816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.547;QD=54.5634;RBI=0.0158911;REFB=-0.123554;REVB=0.0123759;RO=3;SAF=37;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828035;STB=0.502278;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000435645;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:3:2:65:66:0.970588:28:37:2:1:28:38:1:1 chr21 30255347 . C A 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00427668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.257;QD=25.4928;RBI=0.106066;REFB=0.00190486;REVB=0.10598;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132373;STB=0.574359;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000273598;OID=.;OPOS=30255347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:3:4:5:9:3:4 chr21 30257560 . C G 2478.07 PASS AF=0.982143;AO=163;DP=169;FAO=165;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0347277;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2527;QD=59.0017;RBI=0.110406;REFB=-0.165902;REVB=0.104802;RO=4;SAF=64;SAR=99;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682284;STB=0.501026;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00335698;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:169:168:4:3:163:165:0.982143:99:64:1:3:101:64:1:2 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 2345.75 PASS AF=0.1875,0.8125;AO=27,126;DP=160;FAO=30,130;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=7,55;FSAR=23,75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.232052,-0.0948048;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.4388,42.3879;QD=58.6437;RBI=0.255019,0.119685;REFB=0,0;REVB=-0.105766,-0.0730514;RO=0;SAF=4,52;SAR=23,74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0825242,0.000505634;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1875,0.8125:27,126:160:30,130:160:0:7,55:23,75:0:0:99:0:4,52:23,74:0:0 chr21 30257570 . A C 119.35 PASS AF=0.186747;AO=31;DP=166;FAO=31;FDP=166;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=0.00097929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.6268;QD=2.87594;RBI=0.0717258;REFB=-0.042583;REVB=-0.0717191;RO=135;SAF=8;SAR=23;SRF=57;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231744;STB=0.649051;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.182181;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:135:135:31:31:0.186747:23:8:57:78:23:8:57:78 chr21 30318207 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.038733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.862;QD=9.14899;RBI=0.04076;REFB=-0.00416768;REVB=-0.0126936;RO=40;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300429;STB=0.681197;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00797739;OID=.;OPOS=30318207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:14:4:18:22:14:4:18:22 chr21 30341891 . A G 672.67 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00341721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.682;QD=50.7677;RBI=0.00959042;REFB=-0.0384703;REVB=0.00896096;RO=2;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593352;STB=0.505041;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000332572;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:52:53:2:3:50:50:0.943396:29:21:1:1:29:21:1:2 chr21 30357163 . G T 191.26 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0193482;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.894;QD=9.32949;RBI=0.0242256;REFB=-0.00866606;REVB=-0.0145783;RO=54;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154958;STB=0.583833;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0282796;OID=.;OPOS=30357163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:54:57:25:25:0.304878:11:14:23:31:11:14:25:32 chr21 30408670 . A T 888.18 PASS AF=0.716981;AO=76;DP=106;FAO=76;FDP=106;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0187193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.135;QD=33.5163;RBI=0.0243152;REFB=-0.0292574;REVB=0.0155182;RO=30;SAF=28;SAR=48;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547199;STB=0.529404;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00939833;OID=.;OPOS=30408670;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:30:30:76:76:0.716981:48:28:14:16:48:28:14:16 chr21 30511691 . G A 316.44 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0105089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.085;QD=31.6438;RBI=0.0143567;REFB=0.000385688;REVB=0.00978153;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337407;STB=0.518505;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00047841;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:18:9:5:8:18:9:5:8 chr21 30552839 . A G 583.75 PASS AF=0.724638;AO=50;DP=69;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0272972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.859;QD=33.8403;RBI=0.0276815;REFB=-0.0197614;REVB=-0.00459652;RO=19;SAF=26;SAR=24;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322972;STB=0.501741;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00778561;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:19:19:50:50:0.724638:24:26:10:9:24:26:10:9 chr21 30552877 . T C 556.92 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0153972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.997;QD=30.9401;RBI=0.0161829;REFB=-0.000457129;REVB=0.00498133;RO=23;SAF=26;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525101;STB=0.502843;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000144637;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:23:26:12:11:23:26:12:11 chr21 30714776 . T C 690.73 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=88;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0101209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4165;QD=31.397;RBI=0.0389023;REFB=-0.00690853;REVB=0.0375627;RO=29;SAF=32;SAR=27;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574326;STB=0.503105;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00360287;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:29:59:59:0.670455:27:32:16:13:27:32:16:13 chr21 30716954 . TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 303.26 PASS AF=0.333333,0.416667,0.25;AO=5,6,2;DP=27;FAO=8,10,6;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,6;FSAR=8,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051592,0.0688117,0.308458;FXX=0.225734;HRUN=3,1,1;LEN=7,6,1;MLLD=125.182,125.735,37.9914;QD=50.5428;RBI=0.0515921,0.0689045,0.309479;REFB=0,0,0;REVB=-6.51145e-05,0.00357512,-0.0251137;RO=0;SAF=0,6,2;SAR=5,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-4.18679e-05,0.040688,0.0632083;OID=.,.,.;OPOS=30716955,30716956,30716985;OREF=TTGTGTG,TGTGTG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.416667,0.25:5,6,2:27:8,10,6:24:0:0,8,6:8,2,0:0:0:29:0:0,6,2:5,0,0:0:0 chr21 30717151 . C T 1116.86 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.013;QD=60.3708;RBI=0.0602664;REFB=0;REVB=-0.0599847;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90203e-05;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr21 30718201 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000347479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.366;QD=62.022;RBI=0.0339303;REFB=0;REVB=0.0339285;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76177e-05;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr21 30969901 . T C 842.14 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5719;QD=55.2219;RBI=0.0213467;REFB=0;REVB=0.00930163;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027119;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:0:0:58:61:1:29:29:0:0:31:30:0:0 chr21 30971183 . G A 63.37 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00492462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.871;QD=8.74017;RBI=0.0149873;REFB=-0.021613;REVB=0.0141551;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530842;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0274893;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:8:9:0.310345:1:7:9:11:2:7:9:11 chr21 30973567 . A T 155.22 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00563209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.436;QD=9.26706;RBI=0.0337811;REFB=-0.0018879;REVB=-0.0333083;RO=45;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701901;STB=0.53445;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00360152;OID=.;OPOS=30973567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:21:21:0.313433:9:12:23:22:9:12:24:22 chr21 31062070 . T G 1420.47 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3349;QD=62.4384;RBI=0.0219152;REFB=0;REVB=0.0167955;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507109;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:91:0:0:89:91:1:48:41:0:0:49:42:0:0 chr21 31655212 . A C 1413.04 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.401;QD=62.8017;RBI=0.0312569;REFB=0;REVB=0.018222;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43822e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:43:42:0:0:46:44:0:0 chr21 31661691 . A G 432.75 PASS AF=0.621212;AO=42;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0279339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.259;QD=26.2275;RBI=0.129543;REFB=0.0249723;REVB=0.126495;RO=24;SAF=20;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679231;STB=0.524224;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00598304;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:25:42:41:0.621212:22:20:9:15:22:19:10:15 chr21 31768539 . G C 1556.48 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.973;QD=59.8648;RBI=0.0502059;REFB=0;REVB=0.00936499;RO=0;SAF=31;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19964e-05;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:72:31:0:0:73:31:0:0 chr21 31768827 . C A 307.06 PASS AF=0.286713;AO=41;DP=144;FAO=41;FDP=143;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00424047;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.681;QD=8.58921;RBI=0.00445426;REFB=-0.0103214;REVB=-0.0013634;RO=101;SAF=23;SAR=18;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680095;STB=0.543658;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.027987;OID=.;OPOS=31768827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:101:102:41:41:0.286713:18:23:51:50:18:23:51:51 chr21 31803159 . T C 137.55 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.064395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5617;QD=39.3007;RBI=0.093984;REFB=0.132185;REVB=0.0684563;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00806659;OID=.;OPOS=31803159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr21 31852610 . T A 619.93 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=66;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0300756;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9248;QD=38.1494;RBI=0.030256;REFB=-0.0852526;REVB=-0.00329882;RO=14;SAF=23;SAR=28;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019814;STB=0.510634;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0150628;OID=.;OPOS=31852610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:65:14:14:51:51:0.784615:28:23:7:7:28:23:7:7 chr21 31869286 . T C 887.77 PASS AF=0.729167;AO=70;DP=95;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00795053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.16;QD=36.9902;RBI=0.0175;REFB=-0.0314378;REVB=-0.0155897;RO=25;SAF=38;SAR=32;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283096;STB=0.51985;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0088843;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:25:26:70:70:0.729167:32:38:15:10:32:38:16:10 chr21 31869421 . T G 321.17 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.019822;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.755;QD=32.9402;RBI=0.0245577;REFB=-0.0320433;REVB=0.0144973;RO=13;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569306;STB=0.541801;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0151383;OID=.;OPOS=31869421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:13:12:27:27:0.692308:10:17:7:6:10:17:6:6 chr21 31913981 . AG A 1058.45 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.287;QD=59.6308;RBI=0.0230954;REFB=0;REVB=0.00877385;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.70417e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:71:71:71:0:44:27:0:0:6:0:43:26:0:0 chr21 31914000 . T A 102.15 PASS AF=0.228571;AO=14;DP=68;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0134412;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.331;QD=5.83734;RBI=0.0134425;REFB=-0.0085506;REVB=0.000188229;RO=53;SAF=9;SAR=5;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181954;STB=0.503812;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0243783;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:53:54:14:16:0.228571:5:9:34:19:6:10:34:20 chr21 31914054 . G A 669.37 PASS AF=0.717949;AO=56;DP=78;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00234637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.392;QD=34.3266;RBI=0.0049428;REFB=-0.0307031;REVB=0.00435039;RO=22;SAF=27;SAR=29;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622871;STB=0.533536;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0126483;OID=.;OPOS=31914054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:22:22:56:56:0.717949:29:27:8:14:29:27:8:14 chr21 31964925 . T A 162.05 PASS AF=0.888889;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0307864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.299;QD=36.0117;RBI=0.0359604;REFB=-0.0912578;REVB=0.0185835;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164511;STB=0.514687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.013297;OID=.;OPOS=31964925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:18:2:2:14:16:0.888889:8:6:1:1:10:6:1:1 chr21 31964928 . A G 219.25 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00553983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.427;QD=39.8644;RBI=0.0250903;REFB=0.0444251;REVB=0.0244711;RO=3;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352055;STB=0.519211;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00296103;OID=.;OPOS=31964928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:9:10:2:1:9:10:2:1 chr21 31971070 . G A 841.32 PASS AF=0.708333;AO=66;DP=94;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00322842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.348;QD=35.0549;RBI=0.037406;REFB=-0.0114871;REVB=0.0372664;RO=28;SAF=32;SAR=34;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311942;STB=0.512312;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00492089;OID=.;OPOS=31971070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:28:28:66:68:0.708333:34:32:12:16:36:32:12:16 chr21 31973516 . T A 707.65 PASS AF=0.694118;AO=59;DP=86;FAO=59;FDP=85;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0187516;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.603;QD=33.301;RBI=0.019355;REFB=-0.0509681;REVB=0.0047952;RO=26;SAF=37;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301527;STB=0.516273;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0198771;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:26:26:59:59:0.694118:22:37:15:11:22:37:15:11 chr21 32090908 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000703224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.903;QD=8.08909;RBI=0.0817877;REFB=-0.00100649;REVB=-0.0817847;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411622;STB=0.525491;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00149672;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:13:9:4:5:13:9 chr21 32201822 . G T 259.4 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00158823;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.883;QD=16.2123;RBI=0.0190143;REFB=-0.00780916;REVB=0.0189478;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176609;STB=0.597586;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00985697;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:35:29:29:0.453125:16:13:21:12:16:13:22:13 chr21 32201835 . A C 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00795741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.296;QD=15.5668;RBI=0.012552;REFB=-0.00832098;REVB=0.00970738;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.574919;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0120265;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:15:13:21:13:15:13:21:14 chr21 32201866 . A G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.02183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.645;QD=17.6943;RBI=0.0225546;REFB=-0.0129086;REVB=-0.00567086;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198184;STB=0.610625;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0107694;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:20:15:25:14:20:15:25:14 chr21 32201951 . A G 497.56 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.000457445;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.842;QD=23.1424;RBI=0.00587815;REFB=-0.0143058;REVB=0.00586032;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726808;STB=0.549979;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0109191;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:37:39:47:47:0.546512:22:25:23:14:22:25:25:14 chr21 32201969 . GA G 838.89 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00085277;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0706;QD=46.6052;RBI=0.0742639;REFB=-0.0226953;REVB=-0.074259;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=-0.000931391;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986111:69:74:71:72:1:39:32:0:1:10:1:37:32:0:1 chr21 32491426 . AA TA,TT 99.57 PASS AF=0.32,0.2;AO=3,4;DP=38;FAO=16,10;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=4,3;FSAR=12,7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0192279,0.00658969;FXX=0;HRUN=16,16;LEN=1,2;MLLD=10.1071,36.6347;QD=7.96523;RBI=0.0619243,0.0646184;REFB=-0.0688682,-0.142614;REVB=-0.0588635,0.0642815;RO=2;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.710252,0.6996;STBP=0.046,0.175;TYPE=snp,mnp;VARB=0.102153,0.0517624;OID=.,.;OPOS=32491426,32491426;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:38:50:2:24:3,4:16,10:0.32,0.2:3,4:0,0:0:2:12,7:4,3:14:10 chr21 32493031 . A G 1523.24 PASS AF=0.718391;AO=123;DP=172;FAO=125;FDP=174;FR=.;FRO=49;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0455294;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0446;QD=35.017;RBI=0.0648123;REFB=-0.0475183;REVB=-0.0461271;RO=45;SAF=65;SAR=58;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473067;STB=0.535464;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0112089;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:45:49:123:125:0.718391:58:65:28:17:59:66:32:17 chr21 32638549 . CC AT 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00993864;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=268.11;QD=27.592;RBI=0.0422042;REFB=-0.00340687;REVB=0.0410173;RO=5;SAF=12;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473786;STB=0.773641;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.00236167;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:1:12:2:3:1:12:2:3 chr21 33068536 . TA AT,T 75.3 PASS AF=0.0943396,0.283019;AO=5,18;DP=56;FAO=5,15;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=0,5;FSAR=5,10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0104957,0.233251;FXX=0.0535619;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=188.259,7.73453;QD=5.68297;RBI=0.0400197,0.243308;REFB=-0.0147338,-0.135887;REVB=-0.0386189,-0.0692282;RO=24;SAF=0,4;SAR=5,14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.71188,-0.420074;STB=0.998005,0.666444;STBP=0.012,0.137;TYPE=mnp,del;VARB=0.0307042,0.178884;OID=.,.;OPOS=33068536,33068537;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:56:53:24:33:5,18:5,15:0.0943396,0.283019:5,14:0,4:15:9:5,10:0,5:19:14 chr21 33368188 . T C 855.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433462;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.5;QD=57.9671;RBI=0.0433749;REFB=0;REVB=-0.00157721;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501954;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr21 33370900 . T C 808.12 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0240153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2264;QD=53.875;RBI=0.062307;REFB=-0.0426211;REVB=0.0574929;RO=2;SAF=30;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304114;STB=0.516123;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00972503;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:28:30:2:0:28:30:2:0 chr21 33371001 . A AC 34.67 PASS AF=0.19697;AO=15;DP=67;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0034919;FXX=0.0149231;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.7691;QD=2.10113;RBI=0.0163775;REFB=-0.00192496;REVB=0.0160009;RO=51;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352279;STB=0.657299;STBP=0.235;TYPE=ins;VARB=0.12068;OID=.;OPOS=33371002;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19697:15:67:13:66:53:8:5:22:31:34:51:10:5:19:32 chr21 33371123 . C T 428.43 PASS AF=0.655738;AO=37;DP=58;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0301866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.119;QD=28.094;RBI=0.0303562;REFB=-0.0284999;REVB=-0.00320431;RO=21;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550517;STB=0.529189;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0108677;OID=.;OPOS=33371123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:21:21:37:40:0.655738:13:24:12:9:14:26:12:9 chr21 33372749 . T C 1769.28 PASS AF=0.991935;AO=96;DP=129;FAO=123;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722679;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.552;QD=57.0736;RBI=0.0730762;REFB=0;REVB=0.0108384;RO=1;SAF=57;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561609;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:124:1:0:96:123:0.991935:39:57:1:0:46:77:0:0 chr21 33373966 . T G,TG,TTG 213.19 PASS AF=0,0.0645161,0.580645;AO=5,4,13;DP=36;FAO=0,2,18;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=0,0,3;FSAR=0,2,15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00475057,0.0305924,0.0633514;FXX=0.114253;HRUN=3,1,3;LEN=1,1,2;MLLD=77.9575,90.0092,95.792;QD=27.5081;RBI=0.0621597,0.0694878,0.0899861;REFB=-0.142901,-0.179813,-0.170075;REVB=0.0619779,0.0623912,0.0639069;RO=14;SAF=2,0,3;SAR=3,4,10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0505846,-0.638343,-0.144167;STB=0.5,0.993132,0.613893;STBP=1,0.304,0.186;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0.094436,0.0980589;OID=.,.,.;OPOS=33373966,33373967,33373967;OREF=T,-,-;OALT=G,G,TG;OMAPALT=G,TG,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:90:36:31:14:11:5,4,13:0,2,18:0,0.0645161,0.580645:3,4,10:2,0,3:5:9:0,2,15:0,0,3:4:7 chr21 33374318 . C T 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.103;QD=60.7137;RBI=0.0127023;REFB=0;REVB=0.0118834;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74015e-05;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr21 33694224 . C G 619.84 PASS AF=0.897959;AO=42;DP=48;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.131454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.9266;QD=50.5995;RBI=0.139629;REFB=-0.128297;REVB=0.0470759;RO=3;SAF=32;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162337;STB=0.52441;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0177865;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:48:49:3:5:42:44:0.897959:10:32:2:1:10:34:3:2 chr21 33749533 . A C 1512.87 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.969;QD=58.1875;RBI=0.0491508;REFB=-0.0407986;REVB=0.0230879;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102026;STB=0.505375;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=8.87097e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:56:46:1:0:57:46:1:0 chr21 33755763 . G A 538.19 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1239;QD=59.7986;RBI=0.0724827;REFB=0;REVB=-0.0722596;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112439;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr21 33840208 . A G 866.7 PASS AF=0.736842;AO=68;DP=95;FAO=70;FDP=95;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.000949112;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.296;QD=36.4926;RBI=0.0155505;REFB=-0.0421193;REVB=0.0155215;RO=24;SAF=30;SAR=38;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744617;STB=0.540361;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.012499;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:24:25:68:70:0.736842:38:30:7:17:40:30:7:18 chr21 33887131 . G A,C 697.94 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=42,3;DP=45;FAO=42,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=23,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310809,0.00639522;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=135.971,22.7987;QD=60.6905;RBI=0.046198,0.0457974;REFB=0,0;REVB=0.0341794,-0.0453487;RO=0;SAF=19,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000228517,0.155117;OID=.,.;OPOS=33887131,33887131;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:45:46:0:0:42,3:42,4:0.913043,0.0869565:23,3:19,0:0:0:23,3:19,1:0:0 chr21 33956579 . T C 196.73 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0467576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1538;QD=10.7796;RBI=0.0469307;REFB=-0.00748635;REVB=0.00402771;RO=45;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24882;STB=0.6673;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0305178;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:48:25:25:0.342466:18:7:22:23:18:7:25:23 chr21 33964605 . T C 164.68 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.01942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.248;QD=9.54684;RBI=0.0200152;REFB=-0.00717251;REVB=-0.0048447;RO=46;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058234;STB=0.523788;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0416933;OID=.;OPOS=33964605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:47:21:22:0.318841:12:9:22:24:12:10:23:24 chr21 33964612 . G A 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.000512841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.656;QD=8.14869;RBI=0.0165521;REFB=-0.00693117;REVB=-0.0165442;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401891;STB=0.526288;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0294807;OID=.;OPOS=33964612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:41:47:19:19:0.287879:9:10:23:18:9:10:23:24 chr21 34003928 . A AAGTATT 60.14 PASS AF=0.204545;AO=8;DP=46;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00584271;FXX=0.0638162;HRUN=4;LEN=6;MLLD=271.69;QD=5.46768;RBI=0.00996877;REFB=0.00426325;REVB=0.00807707;RO=37;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543873;STB=0.888025;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=-0.0186026;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545:8:46:9:44:35:8:1:14:21:60:37:7:1:16:21 chr21 34053961 . T A 47.75 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0100475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8856;QD=3.6728;RBI=0.0476775;REFB=-0.0151083;REVB=-0.0466068;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216329;STB=0.651767;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0135146;OID=.;OPOS=34053961;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:39:44:8:8:0.153846:6:2:16:23:6:2:18:26 chr21 34163742 . A G 628.46 PASS AF=0.809524;AO=51;DP=64;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0237232;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0266;QD=39.9021;RBI=0.0329348;REFB=-0.0239458;REVB=0.0228453;RO=12;SAF=19;SAR=32;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783248;STB=0.542003;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00404772;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:64:63:12:12:51:51:0.809524:32:19:7:5:32:19:7:5 chr21 34166190 . A T 1624.59 PASS AF=0.965812;AO=111;DP=116;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00079577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2037;QD=55.5414;RBI=0.0104955;REFB=-0.0848622;REVB=-0.0104653;RO=5;SAF=70;SAR=41;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026846;STB=0.504463;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00239156;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:116:117:5:4:111:113:0.965812:41:70:3:2:42:71:3:1 chr21 34166343 . C T 769.83 PASS AF=0.669903;AO=69;DP=103;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0223668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3715;QD=29.8961;RBI=0.0349389;REFB=-0.0287408;REVB=0.0268413;RO=33;SAF=35;SAR=34;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132469;STB=0.575437;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0244661;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:33:34:69:69:0.669903:34:35:24:9:34:35:25:9 chr21 34169317 . C CT 262.83 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0154125;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.216;QD=35.0433;RBI=0.0198904;REFB=-0.00700421;REVB=0.012573;RO=5;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124821;STB=0.510463;STBP=0.846;TYPE=ins;VARB=0.00146377;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:25:30:26:30:4:11:15:2:2:14:5:11:14:2:3 chr21 34400779 . T C 218.08 PASS AF=0.740741;AO=18;DP=25;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00996412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.455;QD=32.3086;RBI=0.0160245;REFB=-0.0265195;REVB=-0.0125499;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948483;STB=0.545409;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00927933;OID=.;OPOS=34400779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:27:7:7:18:20:0.740741:7:11:3:4:8:12:3:4 chr21 34444106 . C T 327.52 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0336596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0735;QD=21.4766;RBI=0.0349727;REFB=-0.00429553;REVB=-0.00949307;RO=27;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268562;STB=0.523206;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00241768;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:33:34:0.557377:21:12:9:18:21:13:9:18 chr21 34614250 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.010563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5216;QD=7.32895;RBI=0.0590729;REFB=-0.0168119;REVB=0.0581209;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0214411;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:11:10:3:5:11:10 chr21 34614254 . C CG 278.92 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741288;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.113;QD=42.9109;RBI=0.0874651;REFB=0;REVB=0.0464227;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00235435;OID=.;OPOS=34614255;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:26:26:0:16:10:0:0:3:24:2:1:12:12 chr21 34614255 . T G 314.74 PASS AF=0.96;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530774;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0309;QD=50.3579;RBI=0.0601966;REFB=-0.159765;REVB=0.0283974;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342405;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00794034;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:25:1:1:22:24:0.96:9:13:1:0:9:15:1:0 chr21 34640788 . A G 653.6 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.543;QD=58.0978;RBI=0.0269931;REFB=-0.0346314;REVB=0.0131196;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.515145;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00102946;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:28:14:1:0:28:16:1:0 chr21 34666376 . A G 619.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0693912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4774;QD=59.0319;RBI=0.0756171;REFB=-0.0570197;REVB=-0.030047;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00438514;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr21 34668747 . A G 191.36 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.446;QD=47.8407;RBI=0.0792886;REFB=0;REVB=-0.0687957;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125615;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:2:11:0:0:2:14:0:0 chr21 34715699 . G C 1179.39 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200558;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0989;QD=61.2673;RBI=0.0254834;REFB=0;REVB=0.0157216;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54624e-05;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr21 34821807 . C T 432.15 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0184512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3554;QD=48.0168;RBI=0.022566;REFB=-0.10697;REVB=0.0129914;RO=4;SAF=13;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199865;STB=0.510746;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0101383;OID=.;OPOS=34821807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:19:13:2:2:19:13:2:2 chr21 34822150 . T A 70.9 PASS AF=0.2;AO=10;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0240723;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7449;QD=5.15671;RBI=0.0240803;REFB=-0.0115557;REVB=0.000622775;RO=45;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134456;STB=0.538391;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0472233;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:55:55:45:44:10:11:0.2:3:7:27:18:4:7:26:18 chr21 34822203 . T C 80.92 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.000651752;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.002;QD=7.35611;RBI=0.00201856;REFB=-0.00362561;REVB=0.00191044;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139712;STB=0.579558;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0108231;OID=.;OPOS=34822203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:32:33:11:11:0.25:8:3:12:20:8:3:12:21 chr21 34822452 . T C 326.52 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231663;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.539;QD=54.4194;RBI=0.0238243;REFB=0;REVB=-0.0055606;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216722;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr21 34860749 . CAATTAAATTA CAATTA,CAATTAAAATC 438.53 PASS AF=0.846154,0;AO=29,2;DP=45;FAO=33,0;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=22,0;FSAR=11,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00451863,0.0106851;FXX=0.0714116;HRUN=3,2;LEN=5,3;MLLD=222.841,126.231;QD=44.977;RBI=0.0515321,0.0146151;REFB=0.0185738,0.0239403;REVB=0.0513336,-0.00997144;RO=6;SAF=20,0;SAR=9,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0544721,-0.719959;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00335468,0;OID=.,.;OPOS=34860750,34860757;OREF=AATTA,TTA;OALT=-,ATC;OMAPALT=CAATTA,CAATTAAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154,0:29,2:45:33,0:39:6:22,0:11,0:4:2:36:6:20,0:9,2:5:1 chr21 34870990 . G A 463.76 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0310408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.792;QD=30.4102;RBI=0.0368863;REFB=-0.018696;REVB=0.0199266;RO=19;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136199;STB=0.573736;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00663501;OID=.;OPOS=34870990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:21:21:14:5:21:21:14:5 chr21 34883618 . T C 164.2 PASS AF=0.586207;AO=14;DP=26;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0481503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4574;QD=22.6476;RBI=0.0666947;REFB=-0.0478866;REVB=0.046149;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.566937;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0409764;OID=.;OPOS=34883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:29:12:12:14:17:0.586207:10:4:2:10:12:5:2:10 chr21 34897113 . C T 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.365;QD=63.194;RBI=0.0190317;REFB=0;REVB=0.0184662;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94616e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr21 34924243 . T C 672.03 PASS AF=0.763889;AO=55;DP=73;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0139759;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.57;QD=37.3351;RBI=0.0310865;REFB=-0.00107621;REVB=0.0277677;RO=17;SAF=35;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500103;STB=0.526872;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000342867;OID=.;OPOS=34924243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:17:17:55:55:0.763889:20:35:9:8:20:35:9:8 chr21 34925142 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.792;QD=61.6837;RBI=0.0410152;REFB=0;REVB=-0.0360709;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18819e-05;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr21 34925689 . G A 1061.45 PASS AF=0.794393;AO=85;DP=108;FAO=85;FDP=107;FR=.;FRO=22;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00448641;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.529;QD=39.6804;RBI=0.0249661;REFB=-0.0341283;REVB=0.0245597;RO=22;SAF=41;SAR=44;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942313;STB=0.55023;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00739964;OID=.;OPOS=34925689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:22:22:85:85:0.794393:44:41:16:6:44:41:16:6 chr21 34926260 . C T 1227.39 PASS AF=0.793388;AO=96;DP=122;FAO=96;FDP=121;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0266961;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.483;QD=40.5748;RBI=0.026894;REFB=-0.0236332;REVB=-0.003256;RO=25;SAF=34;SAR=62;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100782;STB=0.553762;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00427935;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:25:25:96:96:0.793388:62:34:15:10:62:34:15:10 chr21 34945721 . T C 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00346148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.116;QD=17.6165;RBI=0.0339308;REFB=-0.00749575;REVB=0.0337538;RO=27;SAF=3;SAR=21;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481464;STB=0.777503;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0135781;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:21:3:14:13:21:3:14:13 chr21 34948684 . G A,GA 1030.26 PASS AF=0,1;AO=4,64;DP=75;FAO=0,74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408845,0.149699;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.87194,22.6372;QD=55.6897;RBI=0.05133,0.149702;REFB=0,0;REVB=-0.0310359,-0.000955031;RO=6;SAF=1,22;SAR=3,42;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113038,0.0320278;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00237118;OID=.,.;OPOS=34948684,34948685;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:75:74:6:0:4,64:0,74:0,1:3,42:1,22:1:5:0,51:0,23:0:0 chr21 34948696 . GA G,GC 1053.23 PASS AF=0.96,0.0266667;AO=70,3;DP=75;FAO=72,2;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=22,1;FSAR=50,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564188,0.0566231;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.4785,58.8172;QD=56.1722;RBI=0.0565138,0.0571131;REFB=0.0372536,0.00523595;REVB=-0.00327695,-0.00746511;RO=1;SAF=22,1;SAR=48,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00974975,0.163246;STB=0.504949,0.665164;STBP=0.597,0.662;TYPE=del,snp;VARB=0.000331869,-0.0141809;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96,0.0266667:70,3:75:72,2:75:1:22,1:50,1:0:1:5:1:22,1:48,2:0:1 chr21 35201281 . G A 113.85 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0129512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.679;QD=5.55366;RBI=0.0139176;REFB=-0.000697011;REVB=-0.00509557;RO=64;SAF=6;SAR=12;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136901;STB=0.586108;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00222268;OID=.;OPOS=35201281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:12:6:28:36:12:6:28:36 chr21 35237608 . T C 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.846;QD=59.4095;RBI=0.0837446;REFB=0;REVB=0.00491796;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578203;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr21 35260481 . T C 1116.29 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5538;QD=60.3398;RBI=0.0162354;REFB=0;REVB=0.015392;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118748;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr21 35275955 . G A 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.848;QD=60.9689;RBI=0.0355463;REFB=0;REVB=0.0187855;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68473e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr21 35281393 . AT GC,GT 1153.98 PASS AF=0.038961,0.961039;AO=3,74;DP=78;FAO=3,74;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=2,46;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321557,0.0193818;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=67.0347,152.15;QD=59.9471;RBI=0.0431995,0.0282566;REFB=0,0;REVB=-0.028848,0.0205617;RO=0;SAF=2,46;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0821913,0.000142895;OID=.,.;OPOS=35281393,35281393;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:77:0:0:3,74:3,74:0.038961,0.961039:1,28:2,46:0:0:1,28:2,46:0:0 chr21 35467645 . A G 2207.27 PASS AF=0.980132;AO=147;DP=150;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00801289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.399;QD=58.4707;RBI=0.00967425;REFB=-0.0308454;REVB=-0.00542077;RO=3;SAF=84;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221045;STB=0.511449;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-5.91385e-05;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:151:3:3:147:148:0.980132:63:84:0:3:64:84:0:3 chr21 35469193 . C A 319.75 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0112681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8052;QD=47.3702;RBI=0.0307726;REFB=-0.117135;REVB=-0.0286353;RO=2;SAF=23;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164479;STB=0.589661;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00583661;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:2:23:1:1:2:23:1:1 chr21 35469708 . G A,GA 639.04 PASS AF=0.0111111,0.988889;AO=7,58;DP=92;FAO=1,89;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402853,0.113178;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=10.8664,9.45124;QD=28.4019;RBI=0.0719689,0.116161;REFB=0.0558037,0.0405449;REVB=-0.0596374,-0.0261562;RO=21;SAF=5,28;SAR=2,30;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180464,-0.0438005;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.061081,0.00775809;OID=.,.;OPOS=35469708,35469709;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:92:90:21:0:7,58:1,89:0.0111111,0.988889:2,30:5,28:12:9:1,43:0,46:0:0 chr21 35469726 . G GT 1001.02 PASS AF=1;AO=88;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5556;QD=44.4897;RBI=0.068083;REFB=0;REVB=-0.0100218;RO=3;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000896136;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:92:90:90:0:49:41:0:0:19:3:48:40:0:3 chr21 35469852 . C A 888.87 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0184277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0229;QD=50.077;RBI=0.0350431;REFB=-0.0779804;REVB=0.0298066;RO=5;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318275;STB=0.522892;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00896025;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:5:6:65:65:0.915493:37:28:1:4:37:28:1:5 chr21 35470042 . G T 840.64 PASS AF=1;AO=36;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8807;QD=55.124;RBI=0.0287448;REFB=0;REVB=0.0219709;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157875;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:36:61:1:15:21:0:0:20:41:0:0 chr21 35470210 . T G 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00103576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.049;QD=58.3762;RBI=0.00787786;REFB=0.0236454;REVB=0.00780948;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00104002;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:1:0:20:25:2:0 chr21 35470212 . CC AA,CA 681.54 PASS AF=0.0434783,0.934783;AO=2,43;DP=46;FAO=2,43;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=2,24;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000872084,-0.0106833;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=17.9295,48.1516;QD=59.2646;RBI=0.0577143,0.114249;REFB=0.00894673,-0.0938505;REVB=-0.0577077,-0.113748;RO=1;SAF=2,24;SAR=0,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0191664;STB=0.5,0.510199;STBP=1,0.514;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0859615,-0.0078588;OID=.,.;OPOS=35470212,35470213;OREF=CC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:1:1:2,43:2,43:0.0434783,0.934783:0,19:2,24:1:0:0,19:2,24:1:0 chr21 35471815 . T C 743.15 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00474062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.877;QD=59.4521;RBI=0.0307111;REFB=0.0172335;REVB=0.030343;RO=2;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817205;STB=0.504346;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00032528;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:29:19:1:1:29:19:1:1 chr21 35471878 . G A 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0398;QD=62.661;RBI=0.0325866;REFB=0;REVB=-0.0323994;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226307;OID=.;OPOS=35471878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr21 35474410 . G A 785.02 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.57;QD=57.0926;RBI=0.058589;REFB=0;REVB=-0.000791534;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62576e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr21 35773137 . C T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.853;QD=56.4163;RBI=0.0201382;REFB=0.00558083;REVB=0.014941;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000249934;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:37:25:0:0:37:25:0:1 chr21 35821821 . T C,G 293.31 PASS AF=0.782609,0.217391;AO=18,5;DP=23;FAO=18,5;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236882,0.0237271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.912,164.281;QD=51.0108;RBI=0.0308197,0.0646082;REFB=0,0;REVB=-0.0197159,-0.0600936;RO=0;SAF=11,4;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00189349,0.0114796;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:23:23:0:0:18,5:18,5:0.782609,0.217391:7,1:11,4:0:0:7,1:11,4:0:0 chr21 35890409 . C T 873.8 PASS AF=0.663793;AO=77;DP=116;FAO=77;FDP=116;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0156914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.845;QD=30.1309;RBI=0.0238919;REFB=-0.0195929;REVB=0.0180167;RO=39;SAF=38;SAR=39;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139825;STB=0.575305;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0120681;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:39:39:77:77:0.663793:39:38:28:11:39:38:28:11 chr21 35893737 . T C 931.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5152;QD=58.1936;RBI=0.076972;REFB=0;REVB=-0.0135838;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322063;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:44:17:0:0:46:18:0:0 chr21 36042203 . G C 115.95 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6229;QD=42.1643;RBI=0.0415507;REFB=0;REVB=-0.0323599;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00302526;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr21 36080290 . C T 119.13 PASS AF=0.283333;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0226775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.162;QD=7.94188;RBI=0.023219;REFB=-0.00315253;REVB=0.00498545;RO=43;SAF=2;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469591;STB=0.729554;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0065214;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:43:43:16:17:0.283333:14:2:19:24:14:3:19:24 chr21 37429679 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8627;QD=42.1825;RBI=0.0477474;REFB=0;REVB=0.0458149;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023239;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 37443480 . T G 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0246851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.8;QD=55.464;RBI=0.0421559;REFB=-0.0698536;REVB=0.0341725;RO=2;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131768;STB=0.507039;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000764344;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:24:14:1:1:24:14:1:1 chr21 37507745 . C T 710.31 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00433899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.88;QD=54.639;RBI=0.0263662;REFB=-0.124356;REVB=-0.0260067;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000928919;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr21 37507769 . C T 45.86 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0514571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.556;QD=3.33554;RBI=0.056052;REFB=-0.00395232;REVB=-0.0222259;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905326;STB=0.56348;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0257258;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:4:4:27:20:4:4:27:20 chr21 37518706 . G A 391.75 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0231282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2119;QD=33.3407;RBI=0.0271298;REFB=-0.0275339;REVB=0.0141814;RO=12;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482368;STB=0.562545;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0094007;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:12:15:32:32:0.680851:19:13:6:6:19:13:9:6 chr21 37605285 . CTTTTTTT CTTTTTTC,CTTTTTT 74.32 PASS AF=0.115385,0.288462;AO=6,16;DP=53;FAO=6,15;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6,4;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00921796,0.0138164;FXX=0.0188644;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=89.6688,9.81679;QD=5.7173;RBI=0.02255,0.06406;REFB=-0.0101783,-0.077501;REVB=0.0205798,0.0625523;RO=25;SAF=6,5;SAR=0,11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.752078,-0.00908697;STB=0.998471,0.570835;STBP=0.001,0.535;TYPE=snp,del;VARB=-0.00448904,0.163719;OID=.,.;OPOS=37605292,37605286;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTTC,CTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.288462:6,16:53:6,15:52:31:6,4:0,11:11:20:34:25:6,5:0,11:8:17 chr21 37609571 . T C 424.85 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0458626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9222;QD=32.0642;RBI=0.0459685;REFB=0.000900361;REVB=0.00311942;RO=15;SAF=11;SAR=27;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274523;STB=0.514891;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000833772;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:38:38:0.716981:27:11:5:10:27:11:5:10 chr21 37617630 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000690411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.135;QD=55.0978;RBI=0.0241369;REFB=0;REVB=-0.024127;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111093;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr21 37692542 . T C 64.63 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0358636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.121;QD=4.23776;RBI=0.0412995;REFB=-0.00274595;REVB=-0.0204803;RO=46;SAF=1;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446846;STB=0.806476;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00977832;OID=.;OPOS=37692542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:46:50:11:11:0.180328:10:1:16:30:10:1:17:33 chr21 37741929 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00136232;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.756;QD=22.9154;RBI=0.00190321;REFB=-0.00343292;REVB=-0.00132903;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350345;STB=0.699568;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00220945;OID=.;OPOS=37741929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:0:4:3:6:0:4 chr21 38117040 . G A 1583.99 PASS AF=0.728814;AO=126;DP=173;FAO=129;FDP=177;FR=.;FRO=48;FSAF=84;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0151548;FXX=0.027471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.214;QD=35.7963;RBI=0.0173773;REFB=-0.0419374;REVB=-0.00850315;RO=47;SAF=81;SAR=45;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373976;STB=0.519997;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0158151;OID=.;OPOS=38117040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:47:48:126:129:0.728814:45:81:27:20:45:84:28:20 chr21 38117505 . C T 210.15 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0075444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7583;QD=26.2693;RBI=0.104739;REFB=-0.0503415;REVB=-0.104467;RO=12;SAF=19;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482708;STB=0.778302;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0263425;OID=.;OPOS=38117505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:12:12:20:20:0.625:1:19:8:4:1:19:8:4 chr21 38121978 . C T 481.87 PASS AF=0.75;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0114333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.434;QD=34.4192;RBI=0.031178;REFB=-0.0195207;REVB=0.029006;RO=14;SAF=10;SAR=32;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.582399;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00418813;OID=.;OPOS=38121978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:14:14:42:42:0.75:32:10:7:7:32:10:7:7 chr21 38444863 . C T 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0572607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.902;QD=60.0682;RBI=0.0651316;REFB=-0.0418527;REVB=0.0310377;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000445493;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:1:0:40:41:1:0 chr21 38444890 . A G 102.6 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0540084;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.036;QD=7.07595;RBI=0.0548244;REFB=0.00769296;REVB=0.00942382;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175587;STB=0.599867;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0187852;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:44:43:15:15:0.258621:9:6:24:20:9:6:23:20 chr21 38459701 . G A 457.1 PASS AF=0.764706;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0321197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.488;QD=35.8507;RBI=0.0344243;REFB=-0.0308303;REVB=-0.0123837;RO=12;SAF=16;SAR=23;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112361;STB=0.56048;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00220622;OID=.;OPOS=38459701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:12:12:39:39:0.764706:23:16:2:10:23:16:2:10 chr21 38468958 . A G 250.6 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00314996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.134;QD=14.5274;RBI=0.0137924;REFB=0.00172864;REVB=0.0134279;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11065;STB=0.567683;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0021782;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:40:29:29:0.42029:14:15:15:22:14:15:16:24 chr21 38495270 . A AT 540.77 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.3605;QD=35.4604;RBI=0.110505;REFB=-0.0272536;REVB=0.0556966;RO=9;SAF=21;SAR=30;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.48229e-05;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:63:61:61:0:29:32:0:0:10:9:21:30:7:2 chr21 38512956 . A G 451.22 PASS AF=0.719298;AO=40;DP=56;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00795376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.972;QD=31.6646;RBI=0.00810998;REFB=-0.00564748;REVB=0.00158416;RO=16;SAF=26;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246345;STB=0.634398;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00126571;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:16:16:40:41:0.719298:14:26:3:13:14:27:3:13 chr21 38525356 . T C 916.38 PASS AF=0.707965;AO=77;DP=115;FAO=80;FDP=113;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0251949;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7069;QD=32.4383;RBI=0.0252091;REFB=-0.00559535;REVB=0.000847292;RO=32;SAF=26;SAR=51;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596208;STB=0.53288;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00493275;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:32:33:77:80:0.707965:51:26:14:18:52:28:15:18 chr21 38532058 . TG T 1038.66 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100264;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.4444;QD=48.31;RBI=0.0133259;REFB=0;REVB=0.00877787;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000331928;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:87:86:86:0:45:41:0:0:19:0:45:40:0:0 chr21 38532068 . G GA 909.72 PASS AF=1;AO=77;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1114;QD=43.3199;RBI=0.261315;REFB=0;REVB=0.159798;RO=9;SAF=36;SAR=41;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00606485;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:86:84:84:0:42:42:0:0:16:9:36:41:8:1 chr21 38539844 . G A 395.95 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.037022;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.005;QD=45.2518;RBI=0.0370851;REFB=-0.0106394;REVB=0.00216314;RO=5;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880969;STB=0.547497;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000990886;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:35:5:5:30:30:0.857143:16:14:4:1:16:14:4:1 chr21 38563725 . G A 522.7 PASS AF=0.707692;AO=46;DP=65;FAO=46;FDP=65;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00833296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6662;QD=32.1662;RBI=0.0406478;REFB=0.0212128;REVB=-0.0397845;RO=19;SAF=20;SAR=26;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366937;STB=0.519827;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00940906;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:19:46:46:0.707692:26:20:7:12:26:20:7:12 chr21 38568009 . G C 1227.04 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3498;QD=61.3522;RBI=0.0352339;REFB=0;REVB=-0.0161938;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49384e-05;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr21 38568308 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0370243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9533;QD=22.5856;RBI=0.0466801;REFB=0.0336029;REVB=-0.0284294;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184829;STB=0.604217;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0149649;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:5:1:5:6:5:1 chr21 38587916 . A G 718.45 PASS AF=0.814286;AO=55;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0146912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7236;QD=41.0545;RBI=0.017352;REFB=-0.0355359;REVB=0.00923358;RO=12;SAF=31;SAR=24;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670914;STB=0.513413;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0121546;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:12:13:55:57:0.814286:24:31:7:5:26:31:8:5 chr21 38588190 . C T 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0180768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.906;QD=34.1529;RBI=0.0194422;REFB=0.0108927;REVB=0.00715725;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802258;STB=0.543994;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00185462;OID=.;OPOS=38588190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:11:7:1:4:11:7:1:4 chr21 38792635 . TCCCCCA TCCCC,TCCCCA 32.4 PASS AF=0,0.444444;AO=5,7;DP=28;FAO=0,12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=0,4;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0145875,-0.0677821;FXX=0.0357015;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=217.787,9.55976;QD=4.79994;RBI=0.0146924,0.0689169;REFB=0.00442255,-0.0815636;REVB=0.00175239,-0.0124546;RO=13;SAF=2,2;SAR=3,5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2102,0.0740731;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0571809;OID=.,.;OPOS=38792640,38792636;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.444444:5,7:28:0,12:27:15:0,4:0,8:5:10:33:13:2,2:3,5:3:10 chr21 38885442 . A G 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0327809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.906;QD=3.51298;RBI=0.0523701;REFB=-0.00812791;REVB=-0.0408416;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456392;STB=0.827666;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0346798;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:1:9:32:21:1:9:32:21 chr21 38997701 . G A 1541.9 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0121394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.194;QD=57.641;RBI=0.0210276;REFB=-0.0796349;REVB=-0.0171695;RO=2;SAF=50;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000689431;STB=0.500446;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000176924;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:104:105:0.981308:54:50:1:1:55:50:1:1 chr21 39086965 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0204325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.197;QD=4.0046;RBI=0.0212142;REFB=-0.00402175;REVB=-0.00570587;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606582;STB=0.569437;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0182036;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:49:38:41:8:8:0.163265:6:2:11:27:6:2:13:28 chr21 39213020 . G A 101.99 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0158636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.567;QD=8.8685;RBI=0.016794;REFB=-0.0140412;REVB=-0.0055123;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199952;STB=0.644528;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0568247;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:33:33:12:13:0.282609:6:6:11:22:6:7:11:22 chr21 39325234 . C T 153.46 PASS AF=0.258824;AO=21;DP=84;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00380299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4397;QD=7.22182;RBI=0.0126014;REFB=-0.0101367;REVB=0.0120138;RO=62;SAF=8;SAR=13;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315751;STB=0.704138;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0655541;OID=.;OPOS=39325234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:62:63:21:22:0.258824:13:8:40:22:14:8:41:22 chr21 39672624 . C G 810.54 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.273;QD=54.9516;RBI=0.0216936;REFB=-0.138148;REVB=0.0129755;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00132446;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:28:29:0:1:29:29:0:1 chr21 39870310 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.16;QD=56.7055;RBI=0.0430592;REFB=0;REVB=-0.0426386;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151071;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr21 40195277 . T A 2280.73 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0530875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0749;QD=62.0607;RBI=0.0538788;REFB=-0.131751;REVB=0.00920006;RO=1;SAF=48;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980373;STB=0.50259;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00546561;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:1:2:145:145:0.986395:97:48:1:0:97:48:1:1 chr21 40552307 . A G 1017.23 PASS AF=0.80198;AO=79;DP=100;FAO=81;FDP=101;FR=.;FRO=20;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0539293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.627;QD=40.2865;RBI=0.0569143;REFB=-0.0323963;REVB=0.0181895;RO=20;SAF=38;SAR=41;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450311;STB=0.525923;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00589042;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:20:20:79:81:0.80198:41:38:12:8:43:38:12:8 chr21 40571246 . A G 1200.47 PASS AF=0.803419;AO=94;DP=117;FAO=94;FDP=117;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00113524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.766;QD=41.0417;RBI=0.0215409;REFB=0.000114184;REVB=0.021511;RO=22;SAF=52;SAR=42;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136129;STB=0.51106;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-1.76075e-05;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:22:23:94:94:0.803419:42:52:13:9:42:52:14:9 chr21 40574305 . A G 754.05 PASS AF=0.779221;AO=60;DP=78;FAO=60;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00910732;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1787;QD=39.1713;RBI=0.0158937;REFB=-0.0251428;REVB=0.0130257;RO=16;SAF=28;SAR=32;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377385;STB=0.513884;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00562923;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:16:17:60:60:0.779221:32:28:9:7:32:28:9:8 chr21 40584598 . C T 450.2 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0163876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1477;QD=27.2847;RBI=0.0180855;REFB=-0.0378735;REVB=-0.00765081;RO=24;SAF=21;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555893;STB=0.530289;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.022534;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:21:21:10:14:21:21:10:14 chr21 40670460 . G C 930.53 PASS AF=0.695652;AO=80;DP=115;FAO=80;FDP=115;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00293482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.737;QD=32.3663;RBI=0.0156365;REFB=-0.00513593;REVB=-0.0153586;RO=35;SAF=31;SAR=49;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743741;STB=0.503999;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00301564;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:35:35:80:80:0.695652:49:31:14:21:49:31:14:21 chr21 40686020 . C T 572.13 PASS AF=0.786885;AO=47;DP=61;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0199261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.037;QD=37.517;RBI=0.0316721;REFB=-0.0321323;REVB=0.0246185;RO=13;SAF=24;SAR=23;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197904;STB=0.508193;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0105199;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:13:13:47:48:0.786885:23:24:6:7:24:24:6:7 chr21 40686078 . G C 629.19 PASS AF=0.776119;AO=52;DP=67;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00605768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.604;QD=37.5637;RBI=0.0246754;REFB=-0.0560551;REVB=0.0239203;RO=15;SAF=25;SAR=27;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588952;STB=0.503161;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0084684;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:67:67:15:15:52:52:0.776119:27:25:7:8:27:25:7:8 chr21 40686327 . T C 529.89 PASS AF=0.754098;AO=45;DP=60;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0118311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.251;QD=34.747;RBI=0.0152596;REFB=-0.04299;REVB=0.00963746;RO=14;SAF=20;SAR=25;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714698;STB=0.525536;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0224181;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:14:15:45:46:0.754098:25:20:4:10:26:20:5:10 chr21 40762696 . G C 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00618169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.155;QD=29.8323;RBI=0.0126462;REFB=0.01806;REVB=0.0110323;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315393;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00711113;OID=.;OPOS=40762696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:5:4:9:11:5:4 chr21 40769290 . A G 322.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.004;QD=53.7329;RBI=0.0509577;REFB=0;REVB=0.0229063;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557586;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr21 40823981 . G A 1434.05 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.681;QD=63.0352;RBI=0.0579817;REFB=0;REVB=0.0532403;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42897e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:87:91:1:57:30:0:0:58:33:0:0 chr21 40871810 . T C 1323.57 PASS AF=1;AO=72;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0211;QD=61.5614;RBI=0.0595847;REFB=0;REVB=0.0310507;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431246;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:72:86:1:27:45:0:0:41:45:0:0 chr21 40883671 . G GAGA 791.99 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0682131;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=255.655;QD=54.6199;RBI=0.0697363;REFB=-0.190179;REVB=0.0144956;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250439;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.00105617;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982759:54:60:57:58:1:31:26:1:0:4:2:29:25:1:1 chr21 40969826 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.624;QD=58.7817;RBI=0.0467461;REFB=0;REVB=0.0385888;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43172e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr21 41032740 . T C 539.08 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.112;QD=59.8977;RBI=0.0281842;REFB=0;REVB=0.0225365;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67506e-05;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr21 41032804 . G A 565.75 PASS AF=0.62963;AO=48;DP=79;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.000746084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5716;QD=27.9384;RBI=0.0674887;REFB=-0.0162859;REVB=0.0674846;RO=25;SAF=18;SAR=30;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265585;STB=0.636832;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0207272;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:25:30:48:51:0.62963:30:18:20:5:31:20:23:7 chr21 41137499 . A G 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.015216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.031;QD=5.37939;RBI=0.0157657;REFB=-0.00122406;REVB=-0.00412682;RO=43;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408528;STB=0.768988;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00814874;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:2:9:22:21:2:9:22:21 chr21 41137507 . G C 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0115728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0763;QD=5.59772;RBI=0.109761;REFB=0.00132786;REVB=-0.10915;RO=44;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444698;STB=0.788952;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00662581;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:2:10:22:22:2:10:22:22 chr21 41165462 . C A 169.19 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0231664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.728;QD=6.9767;RBI=0.0231676;REFB=-0.00783001;REVB=-0.00023586;RO=72;SAF=11;SAR=13;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119537;STB=0.577221;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0260833;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:73:24:24:0.247423:13:11:40:32:13:11:41:32 chr21 41559182 . G A 447.82 PASS AF=0.333333;AO=57;DP=171;FAO=57;FDP=171;FR=.;FRO=114;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.00798186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.497;QD=10.4754;RBI=0.00798496;REFB=-0.00687412;REVB=0.000222637;RO=114;SAF=26;SAR=31;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711806;STB=0.540942;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.011483;OID=.;OPOS=41559182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:114:114:57:57:0.333333:31:26:59:55:31:26:59:55 chr21 42717662 . T A,C 764.51 PASS AF=0.0727273,0.927273;AO=3,50;DP=54;FAO=4,51;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=4,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145851,0.0819111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.6315,117.506;QD=55.6006;RBI=0.0100042,0.101561;REFB=0,0;REVB=-0.0098973,0.0600431;RO=0;SAF=0,20;SAR=3,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0141075,0.000598065;OID=.,.;OPOS=42717662,42717662;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:54:55:0:0:3,50:4,51:0.0727273,0.927273:3,30:0,20:0:0:4,31:0,20:0:0 chr21 42775555 . A G 206.42 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9005;QD=48.5684;RBI=0.0332009;REFB=0;REVB=-0.0311067;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440562;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:13:3:1:0:13:4:0:0 chr21 42812891 . C T 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0793683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.298;QD=4.55531;RBI=0.0810979;REFB=0.00220749;REVB=-0.0166597;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489882;STB=0.835054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0186252;OID=.;OPOS=42812891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:1:6:14:16:1:6:14:16 chr21 42817930 . G A 82.65 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000561183;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.183;QD=8.47651;RBI=0.00135982;REFB=-0.00534089;REVB=0.00123862;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175059;STB=0.62476;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0174133;OID=.;OPOS=42817930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:27:28:11:11:0.282051:3:8:16:11:3:8:16:12 chr21 42824661 . A G 759.31 PASS AF=0.680851;AO=62;DP=92;FAO=64;FDP=94;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0311158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1059;QD=32.3109;RBI=0.038872;REFB=-0.012161;REVB=0.0232988;RO=30;SAF=33;SAR=29;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411909;STB=0.526992;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00534476;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:30:30:62:64:0.680851:29:33:18:12:31:33:18:12 chr21 42845374 . G A 1163.24 PASS AF=0.655405;AO=96;DP=150;FAO=97;FDP=148;FR=.;FRO=51;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0395864;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.822;QD=31.4388;RBI=0.0446539;REFB=-0.0691565;REVB=0.0206611;RO=49;SAF=62;SAR=34;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190747;STB=0.517764;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0298366;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:49:51:96:97:0.655405:34:62:33:16:35:62:35:16 chr21 42848560 . CAG C 121.86 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000733438;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.22;QD=27.0794;RBI=0.0482029;REFB=-0.00562468;REVB=0.0481973;RO=4;SAF=10;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219728;STB=0.678692;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0011701;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:12:18:13:18:5:11:2:2:3:27:4:10:2:2:2 chr21 42852497 . C T 470.28 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00634654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.391;QD=31.8833;RBI=0.00760078;REFB=-0.0195063;REVB=0.0041825;RO=17;SAF=24;SAR=18;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413731;STB=0.522377;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00854356;OID=.;OPOS=42852497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:18:24:11:6:18:24:11:6 chr21 43161357 . T C 769.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6413;QD=56.9867;RBI=0.0131616;REFB=0;REVB=0.00708836;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2145e-05;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr21 43219728 . A T 256.69 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0221081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.948;QD=13.8752;RBI=0.0235405;REFB=-0.000764079;REVB=-0.00808621;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672959;STB=0.527009;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00139994;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:44:29:30:0.405405:14:15:19:23:15:15:20:24 chr21 43220380 . C A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.276;QD=63.2802;RBI=0.040068;REFB=0;REVB=0.0399001;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93274e-05;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr21 43221483 . A G 191.18 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.895;QD=47.7954;RBI=0.0173967;REFB=0;REVB=0.0117598;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113054;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr21 43221797 . G C 250.87 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0487361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3507;QD=27.1211;RBI=0.0615724;REFB=-0.050699;REVB=0.0376292;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382007;STB=0.513636;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0268852;OID=.;OPOS=43221797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:14:23:23:0.621622:14:9:4:8:14:9:5:9 chr21 43221826 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.821;QD=48.7332;RBI=0.141393;REFB=0;REVB=-0.0453557;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112257;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr21 43267260 . C T 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00966224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.459;QD=4.7439;RBI=0.0124324;REFB=-0.00527209;REVB=-0.00782342;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687633;STB=0.571306;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0325735;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:59:60:48:48:11:12:0.2:4:7:28:20:4:8:28:20 chr21 43279316 . G A 489.25 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0617461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0013;QD=27.5634;RBI=0.0636354;REFB=-0.0285231;REVB=0.0153913;RO=25;SAF=24;SAR=21;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191115;STB=0.609618;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0188621;OID=.;OPOS=43279316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:26:45:45:0.633803:21:24:6:19:21:24:6:20 chr21 43306075 . G C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0239922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.46;QD=19.0179;RBI=0.0244084;REFB=-0.013126;REVB=-0.00448828;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410723;STB=0.710274;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0106454;OID=.;OPOS=43306075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:6:9:1:12:6:9:2:12 chr21 43306101 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0278646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3924;QD=19.8492;RBI=0.0333393;REFB=0.00807291;REVB=0.0183051;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279744;STB=0.666481;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.03958;OID=.;OPOS=43306101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:9:6:1:11:9:6:1:12 chr21 43308370 . G A 293.81 PASS AF=0.304688;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=128;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00758058;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.29;QD=9.18165;RBI=0.0085621;REFB=-0.00419085;REVB=-0.00398049;RO=89;SAF=29;SAR=10;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350366;STB=0.70602;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0117373;OID=.;OPOS=43308370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:89:89:39:39:0.304688:10:29:41:48:10:29:41:48 chr21 43319180 . T C 67.71 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0480951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.029;QD=3.18638;RBI=0.054087;REFB=0.000823779;REVB=-0.0247439;RO=72;SAF=11;SAR=2;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381708;STB=0.768091;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00757252;OID=.;OPOS=43319180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:2:11:42:30:2:11:42:30 chr21 43319214 . C T 148.66 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=109;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.000352919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.093;QD=5.45541;RBI=0.043508;REFB=-0.00278612;REVB=0.0435066;RO=85;SAF=16;SAR=8;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592961;STB=0.536881;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0097916;OID=.;OPOS=43319214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:85:85:24:24:0.220183:8:16:53:32:8:16:53:32 chr21 43319424 . C T 71.54 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0154875;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.698;QD=7.15439;RBI=0.0266205;REFB=-0.0114454;REVB=-0.0216515;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15862;STB=0.5998;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0311976;OID=.;OPOS=43319424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:30:30:10:10:0.25:6:4:16:14:6:4:16:14 chr21 43327856 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0968418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.001;QD=57.3848;RBI=0.0982838;REFB=0;REVB=-0.0167738;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505033;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr21 43408317 . T TAAAGA 397.51 PASS AF=1;AO=23;DP=36;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236363;FXX=0.151469;HRUN=3;LEN=5;MLLD=174.572;QD=56.7872;RBI=0.0245173;REFB=0;REVB=0.00651336;RO=6;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000234478;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:36:28:28:0:11:17:0:0:3:6:11:12:4:2 chr21 43409641 . T C 553.1 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0108865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.082;QD=33.0211;RBI=0.0174633;REFB=-0.00915155;REVB=-0.0136548;RO=19;SAF=7;SAR=41;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125785;STB=0.506796;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00365451;OID=.;OPOS=43409641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:48:48:0.716418:41:7:3:16:41:7:3:16 chr21 43413553 . T G 496.11 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0032593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.492;QD=34.815;RBI=0.013827;REFB=0.0089832;REVB=0.0134374;RO=14;SAF=18;SAR=25;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134988;STB=0.572797;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00236763;OID=.;OPOS=43413553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:25:18:10:4:25:18:10:4 chr21 43413651 . T C 935.42 PASS AF=0.73;AO=73;DP=100;FAO=73;FDP=100;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0124603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8327;QD=37.4169;RBI=0.0415551;REFB=0.0181268;REVB=0.039643;RO=27;SAF=34;SAR=39;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119281;STB=0.563966;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0081187;OID=.;OPOS=43413651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:27:27:73:73:0.73:39:34:19:8:39:34:19:8 chr21 43413731 . C T 1230.63 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256175;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.989;QD=61.5313;RBI=0.0258464;REFB=0;REVB=0.00343254;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95847e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr21 43442372 . C T 127.84 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00652489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.43;QD=6.81807;RBI=0.00966925;REFB=-0.0108587;REVB=0.00713583;RO=56;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753713;STB=0.54605;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0207177;OID=.;OPOS=43442372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:8:11:29:27:8:11:29:27 chr21 43504228 . T C 453.98 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0191977;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.497;QD=40.3539;RBI=0.0207444;REFB=-0.030449;REVB=-0.00785992;RO=7;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947606;STB=0.541285;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00658978;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:47:45:7:10:33:33:0.733333:14:19:2:5:14:19:4:6 chr21 43510427 . T C 508.31 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00493013;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.77;QD=28.6374;RBI=0.0368332;REFB=-0.0318446;REVB=0.0365017;RO=24;SAF=26;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679292;STB=0.544316;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0162726;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:24:25:46:46:0.647887:20:26:11:13:20:26:11:14 chr21 43510437 . A C 476.31 PASS AF=0.625;AO=44;DP=70;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0185977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0153;QD=26.4619;RBI=0.0292468;REFB=-0.0354359;REVB=0.0225721;RO=26;SAF=22;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786401;STB=0.538824;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0194996;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:26:27:44:45:0.625:22:22:10:16:22:23:11:16 chr21 43513989 . C T 234.86 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0329841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8478;QD=25.3906;RBI=0.0476144;REFB=-0.0257639;REVB=0.0343392;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880355;STB=0.551075;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0204713;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:9:13:6:7:9:13:7:8 chr21 43522349 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=55.098;RBI=0.0293919;REFB=0;REVB=0.0187287;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12338e-05;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr21 43523941 . C A 346.4 PASS AF=0.301282;AO=46;DP=157;FAO=47;FDP=156;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.00478396;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.781;QD=8.88198;RBI=0.0168997;REFB=-0.00546806;REVB=0.0162084;RO=109;SAF=22;SAR=24;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646134;STB=0.529832;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0103175;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:109:109:46:47:0.301282:24:22:58:51:24:23:58:51 chr21 43523972 . G C 1206.42 PASS AF=0.677419;AO=105;DP=156;FAO=105;FDP=155;FR=.;FRO=50;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.016605;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.333;QD=31.1335;RBI=0.0178756;REFB=-0.0377462;REVB=0.00661877;RO=50;SAF=57;SAR=48;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737792;STB=0.539646;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0198353;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:50:50:105:105:0.677419:48:57:21:29:48:57:21:29 chr21 43531008 . T C,G 1496.28 PASS AF=0.938776,0.0510204;AO=89,6;DP=96;FAO=92,5;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51,3;FSAR=41,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0494214,-0.0099852;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.996,177.257;QD=61.0727;RBI=0.0506941,0.0100922;REFB=-0.000701672,-0.0735094;REVB=0.0112879,-0.0014657;RO=1;SAF=51,2;SAR=38,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00920269,-0.171372;STB=0.504853,0.571154;STBP=0.504,0.62;TYPE=snp,snp;VARB=0.000520395,0.0555125;OID=.,.;OPOS=43531008,43531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:96:98:1:1:89,6:92,5:0.938776,0.0510204:38,4:51,2:1:0:41,2:51,3:1:0 chr21 43531553 . A C 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00351411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.162;QD=5.70343;RBI=0.0101767;REFB=-0.0115683;REVB=-0.00955067;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406263;STB=0.538384;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.035186;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:6:4:16:21:6:4:17:21 chr21 43531632 . T C 854.19 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00665201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.644;QD=56.0127;RBI=0.0370952;REFB=-0.10582;REVB=-0.0364939;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000273986;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:60:60:0.983607:23:37:0:0:23:37:1:0 chr21 43539293 . G A 933.49 PASS AF=0.797753;AO=71;DP=89;FAO=71;FDP=89;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0212609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2576;QD=41.9545;RBI=0.0293964;REFB=-0.0293972;REVB=0.0203008;RO=18;SAF=30;SAR=41;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298935;STB=0.515968;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00573641;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:18:18:71:71:0.797753:41:30:9:9:41:30:9:9 chr21 43547165 . G A 465.61 PASS AF=0.671875;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00230055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.635;QD=29.1003;RBI=0.0192064;REFB=0.0197678;REVB=-0.0190681;RO=20;SAF=27;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588888;STB=0.535861;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00737527;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:20:21:42:43:0.671875:15:27:11:9:16:27:11:10 chr21 43547788 . T C 353.77 PASS AF=0.648148;AO=30;DP=50;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00318135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.62;QD=26.2053;RBI=0.0117856;REFB=-0.0354223;REVB=0.0113481;RO=19;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05586;STB=0.509913;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0159829;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:19:19:30:35:0.648148:9:21:12:7:12:23:12:7 chr21 43547873 . G A 748.79 PASS AF=0.621622;AO=68;DP=112;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.014118;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.927;QD=26.9833;RBI=0.0299121;REFB=0.00916746;REVB=-0.0263708;RO=42;SAF=40;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463413;STB=0.521548;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00594748;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:42:42:68:69:0.621622:28:40:22:20:29:40:22:20 chr21 43557559 . T A 773.25 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=97;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0219577;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2716;QD=32.5581;RBI=0.0320953;REFB=-0.0315888;REVB=0.0234087;RO=30;SAF=40;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116936;STB=0.558564;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0176542;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:30:31:64:64:0.673684:24:40:13:17:24:40:14:17 chr21 43641347 . G A 270.47 PASS AF=0.291339;AO=37;DP=127;FAO=37;FDP=127;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.00320059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.83;QD=8.5187;RBI=0.00652065;REFB=7.2245e-05;REVB=0.00568112;RO=90;SAF=26;SAR=11;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137236;STB=0.581305;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000268509;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:90:90:37:37:0.291339:11:26:54:36:11:26:54:36 chr21 43691232 . G A 181.98 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00679421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.284;QD=7.74385;RBI=0.0105419;REFB=-0.00680743;REVB=0.0080604;RO=69;SAF=10;SAR=15;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250658;STB=0.649884;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0210763;OID=.;OPOS=43691232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:15:10:42:27:15:10:42:27 chr21 43786512 . C T 406.9 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0579989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.28;QD=38.7524;RBI=0.0601429;REFB=-0.0256906;REVB=-0.0159151;RO=10;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04392;STB=0.523795;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00806184;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:16:16:6:4:16:16:6:4 chr21 43786606 . G A 102.21 PASS AF=0.246154;AO=15;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0137432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.991;QD=6.28981;RBI=0.0276502;REFB=-0.00633495;REVB=0.023993;RO=49;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111422;STB=0.588124;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0182599;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:15:16:0.246154:6:9:25:24:6:10:25:24 chr21 43792869 . C T 160.79 PASS AF=0.24;AO=22;DP=98;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00695891;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.551;QD=6.43143;RBI=0.00709604;REFB=-0.00770438;REVB=0.00138831;RO=75;SAF=8;SAR=14;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148721;STB=0.611016;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0297726;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:75:76:22:24:0.24:14:8:36:39:16:8:36:40 chr21 43805637 . C T 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0367889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6689;QD=1.80339;RBI=0.0433458;REFB=0.00221497;REVB=0.0229223;RO=69;SAF=1;SAR=7;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416174;STB=0.83179;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0132367;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:7:1:31:38:7:1:31:38 chr21 43852232 . C T 94.86 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0240203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.813;QD=4.62723;RBI=0.028858;REFB=-0.0188692;REVB=-0.0159939;RO=64;SAF=4;SAR=12;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359401;STB=0.721233;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0653835;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:64:66:16:16:0.195122:12:4:34:30:12:4:34:32 chr21 43854985 . A C 216.87 PASS AF=0.297872;AO=27;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0354086;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9981;QD=9.22869;RBI=0.0354403;REFB=-0.000120781;REVB=0.0014994;RO=67;SAF=11;SAR=16;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173187;STB=0.58176;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00149554;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:66:27:28:0.297872:16:11:37:30:16:12:36:30 chr21 43855067 . A C 575.0 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0177881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.321;QD=34.8487;RBI=0.0237378;REFB=-0.0172715;REVB=0.0157184;RO=17;SAF=21;SAR=28;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125733;STB=0.567541;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00920324;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:49:49:0.742424:28:21:3:14:28:21:3:14 chr21 43863521 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3632;QD=62.3442;RBI=0.0742591;REFB=0;REVB=0.0182206;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725114;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr21 43912911 . G A 183.48 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0212059;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.877;QD=6.98967;RBI=0.028372;REFB=-0.0115601;REVB=-0.0188488;RO=77;SAF=13;SAR=14;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785079;STB=0.542222;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0271398;OID=.;OPOS=43912911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:77:78:27:27:0.257143:14:13:42:35:14:13:42:36 chr21 43982247 . C A 462.61 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0650009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7228;QD=32.464;RBI=0.0650141;REFB=-0.0835039;REVB=-0.0013132;RO=16;SAF=21;SAR=20;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912547;STB=0.549332;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0261124;OID=.;OPOS=43982247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:20:21:11:5:20:21:11:5 chr21 43985955 . G A 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.053;QD=62.0176;RBI=0.0126634;REFB=0;REVB=0.00862281;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83691e-05;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr21 44180443 . C T 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00939866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.314;QD=3.55389;RBI=0.0413558;REFB=0.0012561;REVB=0.0402736;RO=49;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241202;STB=0.666297;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00381761;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:3:6:23:26:3:6:23:26 chr21 44189166 . T C 566.54 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00493375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.362;QD=35.9708;RBI=0.0206694;REFB=-0.0206709;REVB=-0.0200719;RO=14;SAF=27;SAR=21;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344534;STB=0.525344;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00442726;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:14:15:48:48:0.761905:21:27:9:5:21:27:10:5 chr21 44189172 . A C 601.85 PASS AF=0.78125;AO=50;DP=64;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00827918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.572;QD=37.6154;RBI=0.00854238;REFB=-0.0127032;REVB=0.00210416;RO=14;SAF=29;SAR=21;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264006;STB=0.51417;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00286273;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:14:14:50:50:0.78125:21:29:9:5:21:29:9:5 chr21 44293744 . C G 691.8 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0452973;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9931;QD=43.9239;RBI=0.0560438;REFB=-0.00240942;REVB=-0.0330009;RO=9;SAF=32;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707833;STB=0.537801;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000495827;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:9:9:54:54:0.857143:22:32:3:6:22:32:3:6 chr21 44323461 . G A 1089.2 PASS AF=0.861702;AO=71;DP=86;FAO=81;FDP=94;FR=.;FRO=13;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00357796;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.661;QD=46.3488;RBI=0.0121484;REFB=0.00444485;REVB=-0.0116096;RO=12;SAF=32;SAR=39;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323124;STB=0.520845;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000651372;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:86:94:12:13:71:81:0.861702:39:32:4:8:44:37:4:9 chr21 44323590 . T G 737.88 PASS AF=0.863636;AO=57;DP=66;FAO=57;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0375428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1592;QD=44.7202;RBI=0.0483854;REFB=-0.0243525;REVB=-0.0305235;RO=9;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302343;STB=0.516123;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00395906;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:9:9:57:57:0.863636:25:32:4:5:25:32:4:5 chr21 44324365 . G A 1358.17 PASS AF=0.8;AO=104;DP=131;FAO=104;FDP=130;FR=.;FRO=26;FSAF=70;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0815667;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7583;QD=41.7898;RBI=0.0817024;REFB=-0.0068444;REVB=-0.00470647;RO=25;SAF=70;SAR=34;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123427;STB=0.570638;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00203687;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:25:26:104:104:0.8:34:70:9:16:34:70:9:17 chr21 44327015 . G A 301.06 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0877404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.837;QD=30.8774;RBI=0.0877672;REFB=-0.0215632;REVB=0.00216921;RO=13;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315393;STB=0.651037;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00640572;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:13:25:26:0.666667:20:5:8:5:20:6:8:5 chr21 44371114 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.325;QD=48.7372;RBI=0.0143688;REFB=0;REVB=0.0130641;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132233;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr21 44430325 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.978;QD=48.7373;RBI=0.0171547;REFB=0;REVB=0.0116239;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69152e-05;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr21 44437142 . A G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00760608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4215;QD=7.52584;RBI=0.033382;REFB=-0.000241124;REVB=0.0325039;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656944;STB=0.904826;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0027545;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:1:8:7:17:1:8:7:17 chr21 44450370 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGTGTGC,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGC 156.93 PASS AF=0.230769,0.461538,0.307692;AO=2,2,4;DP=16;FAO=3,6,4;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1,2;FSAR=0,5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140511,0.00365533,0.234386;FXX=0.277624;HRUN=1,1,1;LEN=11,10,9;MLLD=119.82,211.824,95.8593;QD=48.2868;RBI=0.141129,0.0802795,0.234545;REFB=0,0,0;REVB=-0.0131951,0.0801963,-0.00863055;RO=0;SAF=2,0,2;SAR=0,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.085283,0.0272672,0.00671686;OID=.,.,.;OPOS=44450392,44450371,44450394;OREF=TGTGTGTGTGT,GTGTGTGTGT,TGTGTGTGT;OALT=CGCGTGTGTGC,-,CGTGTGTGC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGTGTGC,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.230769,0.461538,0.307692:2,2,4:16:3,6,4:13:0:3,1,2:0,5,2:0:0:32:0:2,0,2:0,2,2:0:0 chr21 44450404 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0251152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0352;QD=8.25464;RBI=0.0686183;REFB=-0.00288255;REVB=-0.0638568;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496201;STB=0.799199;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000979075;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:2:10:2:4:2:10 chr21 44480616 . G A 561.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8103;QD=57.5503;RBI=0.110051;REFB=0;REVB=0.0308494;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140104;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:23:13:0:0:23:16:0:0 chr21 44480629 . A G 231.27 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0647439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7505;QD=30.8358;RBI=0.0784713;REFB=-0.0435525;REVB=-0.0443392;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117167;STB=0.564297;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0359969;OID=.;OPOS=44480629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:12:9:2:7:12:9:2:7 chr21 44579642 . CGGGG CGGG,CGGGC 86.86 PASS AF=0.240964,0.060241;AO=18,11;DP=84;FAO=20,5;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=2,5;FSAR=18,0;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0635381,-0.000882065;FXX=0.0119033;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.6558,18.5542;QD=4.18622;RBI=0.174477,0.08746;REFB=-0.0752304,-0.0501699;REVB=-0.162497,-0.0874555;RO=46;SAF=0,11;SAR=18,0;SRF=21;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782983,0.742823;STB=0.848651,0.997911;STBP=0.002,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.0820232,-0.0138544;OID=.,.;OPOS=44579643,44579646;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240964,0.060241:18,11:84:20,5:83:58:2,5:18,0:28:30:68:46:0,11:18,0:21:25 chr21 44592483 . T G 73.61 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0066388;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.061;QD=8.41265;RBI=0.0152432;REFB=-0.00571311;REVB=-0.0137216;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280897;STB=0.734356;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0124051;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:35:20:25:10:10:0.285714:7:3:11:9:7:3:16:9 chr21 44835508 . A G 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2232;QD=57.6703;RBI=0.0403614;REFB=0;REVB=0.0373934;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052044;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr21 44837551 . G A 493.0 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0668915;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.452;QD=51.8942;RBI=0.104196;REFB=-0.0767897;REVB=0.0798895;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.542833;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000667806;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:34:35:0.921053:16:18:0:2:16:19:0:3 chr21 44837555 . G A 576.92 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0656285;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.689;QD=56.2849;RBI=0.0844743;REFB=-0.126083;REVB=0.0531865;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000734482;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:19:20:1:0:19:20:1:1 chr21 45092257 . T A 125.26 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0214422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.199;QD=6.34238;RBI=0.0239808;REFB=-0.0121099;REVB=-0.0107383;RO=60;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978791;STB=0.560258;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.056019;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:8:11:30:30:8:11:30:30 chr21 45096206 . G A 57.97 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0153608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.974;QD=4.63799;RBI=0.0662723;REFB=0.00191252;REVB=0.0644676;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834854;STB=0.555432;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00701036;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:39:41:9:9:0.18:4:5:19:20:4:5:20:21 chr21 45107518 . A G 93.49 PASS AF=0.159292;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0112908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.356;QD=3.30944;RBI=0.0114723;REFB=-0.00288438;REVB=0.00203263;RO=93;SAF=15;SAR=3;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480096;STB=0.815021;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0207376;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:113:93:95:18:18:0.159292:3:15:43:50:3:15:45:50 chr21 45107562 . T C 85.76 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=-0.00165827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.769;QD=3.33041;RBI=0.0212262;REFB=-0.00947821;REVB=-0.0211613;RO=87;SAF=12;SAR=4;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446973;STB=0.79418;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0478769;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:87:87:16:16:0.15534:4:12:33:54:4:12:33:54 chr21 45152500 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0159782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.097;QD=5.19184;RBI=0.0196714;REFB=-0.0136657;REVB=0.0114744;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494285;STB=0.81321;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0225903;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:7:19:2:5:7:19 chr21 45168884 . G A 345.07 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.031269;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.296;QD=26.5436;RBI=0.0335332;REFB=-0.0460294;REVB=0.0121131;RO=19;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077339;STB=0.542409;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0325367;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:19:33:33:0.634615:21:12:9:10:21:12:9:10 chr21 45181189 . C G 789.91 PASS AF=0.794872;AO=62;DP=79;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0192367;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.721;QD=40.5084;RBI=0.0244048;REFB=-0.00176457;REVB=0.015018;RO=16;SAF=35;SAR=27;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250589;STB=0.513407;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000442336;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:79:78:16:16:62:62:0.794872:27:35:8:8:27:35:8:8 chr21 45181446 . G A 171.61 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=129;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.019097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.007;QD=5.32115;RBI=0.0587254;REFB=-0.0124621;REVB=0.0555336;RO=100;SAF=18;SAR=10;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443759;STB=0.524358;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0442345;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:101:28:28:0.217054:10:18:61:39:10:18:62:39 chr21 45215055 . C G 122.58 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.00911899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.178;QD=5.90764;RBI=0.0344039;REFB=-0.000450628;REVB=-0.0331734;RO=64;SAF=14;SAR=5;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972178;STB=0.560796;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00156449;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:5:14:43:21:5:14:43:21 chr21 45217559 . T C 136.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00776981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.18;QD=10.9355;RBI=0.0304474;REFB=-0.00717486;REVB=-0.0294394;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252834;STB=0.669835;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.020239;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:5:11:15:17:5:11:15:19 chr21 45217929 . T C 150.33 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0242166;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.91;QD=8.12571;RBI=0.0517706;REFB=-0.00295432;REVB=-0.0457575;RO=52;SAF=16;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354807;STB=0.708931;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0192716;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:52:53:21:21:0.283784:5:16:25:27:5:16:26:27 chr21 45219524 . T C 106.0 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0344758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4413;QD=11.7773;RBI=0.03463;REFB=0.00659583;REVB=-0.00326387;RO=22;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257142;STB=0.678693;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0132426;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:2:11:15:7:2:11:15:8 chr21 45220483 . A G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0141499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.414;QD=8.2825;RBI=0.0148019;REFB=-0.00203351;REVB=0.00434447;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173136;STB=0.607916;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0070257;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:9:3:12:20:9:3:12:20 chr21 45220787 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000333771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.461;QD=59.679;RBI=0.00766885;REFB=0;REVB=-0.00766159;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48904e-05;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:28:42:0:0 chr21 45528919 . G A 1785.65 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.808;QD=58.546;RBI=0.0432568;REFB=0.0196029;REVB=0.0383783;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508619;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000176916;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:0:2:119:120:0.983607:56:63:0:0:57:63:0:2 chr21 45538647 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.786;QD=64.4154;RBI=0.0227757;REFB=0;REVB=-0.0200344;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76735e-05;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr21 45538725 . C A 787.29 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168104;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.379;QD=57.2572;RBI=0.019207;REFB=0;REVB=0.00929071;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82504e-05;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr21 45540919 . A G 1179.12 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.417;QD=59.7023;RBI=0.0439452;REFB=-0.0934651;REVB=0.00533463;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120885;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:0:0:78:79:1:31:47:0:0:32:47:0:0 chr21 45544594 . T C 1492.2 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00893218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.434;QD=57.3922;RBI=0.0158721;REFB=-0.064573;REVB=0.0131202;RO=2;SAF=62;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441808;STB=0.502392;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000842809;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:101:102:0.980769:39:62:1:1:39:63:1:1 chr21 45553596 . T C 621.98 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1873;QD=60.6812;RBI=0.093042;REFB=0;REVB=0.0886257;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741867;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:28:9:0:0:31:10:0:0 chr21 45565473 . C T 246.59 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.032;QD=46.9697;RBI=0.0307884;REFB=-0.184301;REVB=0.0285084;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00092766;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr21 45649494 . A G 375.62 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8574;QD=55.6469;RBI=0.0817688;REFB=0;REVB=0.0152087;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616987;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr21 45656774 . C T 139.62 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0055675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.221;QD=7.65021;RBI=0.019171;REFB=-0.00440094;REVB=-0.0183448;RO=53;SAF=13;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15154;STB=0.591656;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0161099;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:7:13:28:25:7:13:28:25 chr21 45679361 . G A 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0184525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.659;QD=26.6366;RBI=0.0195544;REFB=-0.00862361;REVB=-0.00647158;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115989;STB=0.564438;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0066785;OID=.;OPOS=45679361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:6:2:7:9:6:2 chr21 45712977 . T C 1062.25 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.391;QD=59.8453;RBI=0.0386592;REFB=0;REVB=0.0386142;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95727e-05;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:36:30:0:0:41:30:0:0 chr21 45717550 . T C 2540.95 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181929;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.724;QD=61.2276;RBI=0.0458239;REFB=0;REVB=0.0420577;RO=0;SAF=74;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014278;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:166:0:0:165:166:1:91:74:0:0:92:74:0:0 chr21 45725715 . A G 800.96 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.029;QD=64.0767;RBI=0.0270926;REFB=0;REVB=0.0185841;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84854e-05;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:14:35:0:0:15:35:0:0 chr21 45750346 . C A 577.75 PASS AF=0.704225;AO=50;DP=71;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00263382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.143;QD=32.5494;RBI=0.00351766;REFB=-0.0218556;REVB=0.00233172;RO=20;SAF=31;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066172;STB=0.54416;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00970834;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:21:50:50:0.704225:19:31:10:10:19:31:10:11 chr21 45844751 . A G 2758.67 PASS AF=0.994413;AO=176;DP=178;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.411;QD=61.6462;RBI=0.0378227;REFB=-0.0891787;REVB=-0.00664518;RO=1;SAF=96;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591326;STB=0.503067;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000221279;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:179:1:1:176:178:0.994413:80:96:0:1:81:97:0:1 chr21 45878637 . A G 175.48 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.81;QD=46.7938;RBI=0.0425379;REFB=0;REVB=0.0366763;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278233;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr21 45938509 . AG A 64.49 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0369896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.6283;QD=8.89546;RBI=0.0855444;REFB=-0.00267148;REVB=0.0771337;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.386667;SSSB=0.605166;STB=0.807121;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0177261;OID=.;OPOS=45938510;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:10:29:11:29:18:9:2:6:12:64:16:9:1:6:10 chr21 45959312 . C T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.42;QD=32.8219;RBI=0.0273439;REFB=-0.00460841;REVB=0.0172456;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00131435;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:0:1 chr21 45970812 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.056;QD=42.1825;RBI=0.0428784;REFB=0;REVB=0.0401495;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599058;OID=.;OPOS=45970812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr21 45994843 . G C 211.37 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051899;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.11;QD=49.7346;RBI=0.0803082;REFB=0;REVB=0.0801403;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125683;OID=.;OPOS=45994843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:15:17:1:2:13:0:0:3:14:0:0 chr21 46000398 . C T 108.65 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6375;QD=36.216;RBI=0.0599032;REFB=-0.102944;REVB=0.0370671;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0129987;OID=.;OPOS=46000398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr21 46011751 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.018;QD=33.4285;RBI=0.0644236;REFB=0;REVB=0.0318182;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320859;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr21 46012240 . A G 38.33 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00664672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0668;QD=10.2203;RBI=0.0820854;REFB=-0.0766854;REVB=-0.0818159;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.713469;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0692999;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:7:9:6:6:0.4:1:5:5:2:1:5:5:4 chr21 46020527 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0701185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.201;QD=58.2428;RBI=0.0744735;REFB=-0.0214685;REVB=-0.0250938;RO=1;SAF=31;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148867;STB=0.507932;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00165502;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:8:31:1:0:8:31:1:0 chr21 46020867 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4406;QD=35.5758;RBI=0.0569028;REFB=0;REVB=-0.0569028;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00461634;OID=.;OPOS=46020867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 46021607 . A G 272.44 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9374;QD=51.8936;RBI=0.0765093;REFB=0;REVB=0.0759196;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966989;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr21 46021759 . A G 1256.61 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.679;QD=61.2979;RBI=0.0239176;REFB=0;REVB=0.0010028;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146716;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:38:44:0:0 chr21 46021934 . C T 673.33 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247468;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.479;QD=62.6349;RBI=0.0363253;REFB=0;REVB=0.0265917;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581352;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:20:23:0:0 chr21 46021946 . C G 669.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8695;QD=62.3207;RBI=0.104419;REFB=0;REVB=-0.100697;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000903404;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr21 46021954 . CTG C 689.18 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791517;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.691;QD=62.6528;RBI=0.0148173;REFB=0;REVB=-0.0125261;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.11939e-06;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:44:44:0:25:19:0:0:4:0:23:19:0:0 chr21 46032094 . A G 520.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.835;QD=59.4796;RBI=0.0304135;REFB=0;REVB=0.0153811;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001929;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr21 46047633 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.273;QD=47.8223;RBI=0.0297359;REFB=0;REVB=-0.0212608;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000831675;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr21 46047710 . T C 149.67 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452634;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.244;QD=46.051;RBI=0.0600846;REFB=0;REVB=0.0395143;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158689;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr21 46048265 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00569129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.446;QD=37.8934;RBI=0.0522567;REFB=-0.22461;REVB=0.0519458;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00388667;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr21 46057391 . A G 33.86 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0669166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.999;QD=3.86977;RBI=0.0696872;REFB=-0.0122429;REVB=-0.0194544;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463487;STB=0.82414;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0406063;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:5:1:16:13:5:1:16:13 chr21 46057393 . T A 501.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7599;QD=58.9863;RBI=0.0302827;REFB=0;REVB=0.0217174;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819391;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:15:16:0:0:17:17:0:0 chr21 46057548 . A C 347.34 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.633;QD=51.4577;RBI=0.0552182;REFB=0.0756381;REVB=0.0510885;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000784814;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr21 46057579 . C T 105.71 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0249891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.369;QD=20.1354;RBI=0.0481477;REFB=-0.0454361;REVB=0.0411551;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.571312;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.026361;OID=.;OPOS=46057579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:5:3:6:6:6:3 chr21 46057590 . A T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0133398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1935;QD=7.76214;RBI=0.0140914;REFB=-0.0694217;REVB=0.00454061;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0163488;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr21 46057806 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.653;QD=48.7369;RBI=0.0562854;REFB=0;REVB=0.0562713;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068871;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr21 46057958 . C T 151.8 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5996;QD=40.4802;RBI=0.136281;REFB=-0.019315;REVB=0.134502;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599839;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00781818;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:12:2:0:0:12:2:1:0 chr21 46058060 . C T 211.57 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0467652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.014;QD=35.2624;RBI=0.0580595;REFB=-0.0446476;REVB=0.0344082;RO=5;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1179;STB=0.564042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00959996;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:17:2:0:5:17:2:0:5 chr21 46066764 . C T 116.2 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.02;QD=42.2543;RBI=0.158661;REFB=0;REVB=0.0913481;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170926;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr21 46067180 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1834;QD=39.2067;RBI=0.106066;REFB=0;REVB=-0.00905396;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441982;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr21 46074202 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.648;QD=42.1825;RBI=0.00103592;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26117e-06;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr21 46077946 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0479;QD=63.5804;RBI=0.0239139;REFB=0;REVB=0.00773618;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187242;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr21 46086377 . A G 238.67 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.174;QD=50.2469;RBI=0.0568007;REFB=0;REVB=0.0163651;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390072;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr21 46086718 . GA CG 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321846;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.638;QD=45.8068;RBI=0.050301;REFB=0;REVB=-0.0386567;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000872091;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr21 46086757 . GC AT 223.67 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809128;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.226;QD=49.7046;RBI=0.136588;REFB=0;REVB=0.110043;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0012466;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:14:18:1:6:8:0:0:10:8:0:0 chr21 46117792 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0212845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.67;QD=32.352;RBI=0.0212942;REFB=-0.0621323;REVB=-0.000640959;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128043;STB=0.571303;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0192236;OID=.;OPOS=46117792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:2:0:5:6:2:0 chr21 46117823 . G A 97.61 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0442319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.319;QD=24.4021;RBI=0.0500024;REFB=-0.0202688;REVB=0.0233191;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262873;STB=0.64682;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00597909;OID=.;OPOS=46117823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:5:0:5:6:5:0 chr21 46310008 . G A 834.12 PASS AF=0.755814;AO=65;DP=91;FAO=65;FDP=86;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0217757;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4418;QD=38.7961;RBI=0.0264394;REFB=-0.0562299;REVB=0.0149953;RO=19;SAF=23;SAR=42;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543454;STB=0.544193;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00514674;OID=.;OPOS=46310008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:86:19:21:65:65:0.755814:42:23:9:10:42:23:11:10 chr21 46311813 . A G 993.7 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0833452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2621;QD=57.6058;RBI=0.0925444;REFB=-0.146178;REVB=-0.0402249;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185257;STB=0.509431;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00645942;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:42:25:1:0:42:26:1:0 chr21 46314907 . T A 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.317;QD=57.7075;RBI=0.0150081;REFB=0;REVB=0.00882185;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7882e-05;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr21 46328099 . T C 1740.11 PASS AF=1;AO=109;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014006;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.432;QD=60.5255;RBI=0.0164075;REFB=0;REVB=0.00854611;RO=0;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27832e-06;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:109:115:1:71:38:0:0:76:39:0:0 chr21 46330628 . C T 1245.94 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.871;QD=61.5281;RBI=0.0253974;REFB=0;REVB=0.0169219;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48395e-05;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:39:42:0:0 chr21 46354055 . A G 1119.53 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4519;QD=59.7085;RBI=0.0756039;REFB=0;REVB=-0.0755853;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991214;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:69:75:1:21:48:0:0:24:51:0:0 chr21 46572572 . A G 1080.36 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1288;QD=60.02;RBI=0.0263608;REFB=0;REVB=-0.0172377;RO=0;SAF=51;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99238e-06;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:21:51:0:0:21:51:0:0 chr21 46641968 . G A 1701.58 PASS AF=0.982301;AO=74;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.237841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.335;QD=60.2329;RBI=0.240612;REFB=0;REVB=0.0364117;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093718;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:0:0:74:111:0.982301:39:35:0:0:45:66:0:0 chr21 46875564 . T C 1305.49 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106832;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.951;QD=62.1662;RBI=0.106833;REFB=0;REVB=-0.000228755;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138773;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr21 46876083 . A G 334.8 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453015;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.159;QD=53.5682;RBI=0.0461968;REFB=0;REVB=0.00905092;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138687;OID=.;OPOS=46876083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:15:10:0:0 chr21 46876173 . C T 320.77 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0209327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4347;QD=32.8991;RBI=0.0230454;REFB=-0.0626485;REVB=0.00963908;RO=11;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626932;STB=0.519985;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0201151;OID=.;OPOS=46876173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:39:39:11:12:27:27:0.692308:13:14:7:4:13:14:7:5 chr21 46876306 . G A 305.06 PASS AF=0.588235;AO=31;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0259355;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.653;QD=23.9265;RBI=0.0409977;REFB=-0.0603664;REVB=0.0317515;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11816;STB=0.568583;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0396684;OID=.;OPOS=46876306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:21:31:30:0.588235:15:16:7:13:15:15:7:14 chr21 46876580 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6532;QD=43.4851;RBI=0.154344;REFB=0;REVB=0.0764609;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111782;OID=.;OPOS=46876580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 46896303 . C G 37.72 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0950944;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.4241;QD=2.28601;RBI=0.0970377;REFB=-0.00655157;REVB=0.0193227;RO=56;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499062;STB=0.867277;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0579686;OID=.;OPOS=46896303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:66:66:56:58:8:8:0.121212:1:7:26:30:1:7:27:31 chr21 46896312 . G T 74.63 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00300612;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.497;QD=4.26445;RBI=0.0150527;REFB=-0.0175552;REVB=0.0147494;RO=55;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220689;STB=0.65494;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.046576;OID=.;OPOS=46896312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:70:55:57:13:13:0.185714:5:8:24:31:5:8:24:33 chr21 46902273 . A G 555.22 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.313;QD=60.0243;RBI=0.049216;REFB=0;REVB=0.037671;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04602e-05;OID=.;OPOS=46902273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:16:18:0:0:17:20:0:0 chr21 46907479 . G A 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00874418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.582;QD=31.5147;RBI=0.0388422;REFB=-0.0423549;REVB=0.0378451;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619103;STB=0.53403;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0162501;OID=.;OPOS=46907479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:5:5:14:9:5:5 chr21 46908355 . T C 384.84 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0343007;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7593;QD=22.9752;RBI=0.0400291;REFB=0.00513752;REVB=0.0206348;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186556;STB=0.515431;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00709801;OID=.;OPOS=46908355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:29:37:38:0.567164:17:20:15:14:17:21:15:14 chr21 46912658 . G GCCCGCCACTGCCCT 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0175715;FXX=0;HRUN=3;LEN=14;MLLD=266.397;QD=11.9197;RBI=0.0187993;REFB=-0.0174761;REVB=-0.00668247;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523125;STB=0.799398;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.0204045;OID=.;OPOS=46912659;OREF=-;OALT=CCCGCCACTGCCCT;OMAPALT=GCCCGCCACTGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:3:4:9:0:47:9:3:4:9:0 chr21 47329352 . T C 1565.54 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199404;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.161;QD=58.5248;RBI=0.0574315;REFB=0;REVB=0.0538587;RO=0;SAF=67;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491321;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:99:107:1:32:67:0:0:37:70:0:0 chr21 47409503 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000255778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.969;QD=56.938;RBI=0.00912272;REFB=0;REVB=-0.00911913;RO=0;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57445e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:12:40:0:0:12:41:0:0 chr21 47417415 . C A 554.94 PASS AF=0.95;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0355905;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6802;QD=55.4935;RBI=0.0389649;REFB=-0.0447771;REVB=0.0158612;RO=2;SAF=5;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154801;STB=0.530789;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0178246;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:2:2:37:38:0.95:32:5:2:0:32:6:1:1 chr21 47420725 . TC T,TG 1263.99 PASS AF=0.852273,0.147727;AO=24,48;DP=80;FAO=75,13;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49,3;FSAR=26,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679803,-0.346644;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.0107,40.7854;QD=57.4539;RBI=0.073101,0.347099;REFB=-0.0344787,-0.0150685;REVB=0.0268779,0.0177764;RO=1;SAF=10,38;SAR=14,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0319609,0.0447271;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00198784,-0.0106176;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.852273,0.147727:24,48:80:75,13:88:0:49,3:26,10:0:0:23:1:10,38:14,10:0:1 chr21 47536546 . C T 170.66 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00445689;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0798;QD=7.18546;RBI=0.0461576;REFB=-0.0155617;REVB=-0.0459419;RO=68;SAF=14;SAR=10;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190382;STB=0.628566;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0272274;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:68:71:24:24:0.252632:10:14:29:39:10:14:29:42 chr21 47538960 . G A 58.17 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=31;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0362617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.9;QD=7.05129;RBI=0.0522182;REFB=-0.0281906;REVB=0.0375743;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245612;STB=0.744113;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0744908;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:31:33:24:24:6:9:0.272727:4:2:13:11:7:2:13:11 chr21 47542861 . A G 84.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0451795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9357;QD=5.82189;RBI=0.0638205;REFB=-0.016038;REVB=-0.0450762;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267741;STB=0.66187;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0433604;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:44:45:13:13:0.224138:9:4:23:21:9:4:23:22 chr21 47545155 . A G 72.22 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=56;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00624557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5206;QD=4.98051;RBI=0.0990653;REFB=-0.0300673;REVB=-0.0988682;RO=45;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108097;STB=0.531592;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0459043;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:56:58:45:46:11:12:0.206897:4:7:29:16:4:8:29:17 chr21 47545768 . G A 41.63 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0101349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7522;QD=4.1631;RBI=0.0542641;REFB=-0.0040077;REVB=-0.0533092;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47343;STB=0.829763;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0227534;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:16:17:1:6:16:17 chr21 47545913 . G A 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0123863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.435;QD=5.45431;RBI=0.0299014;REFB=-0.00786148;REVB=-0.0272153;RO=57;SAF=10;SAR=6;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564131;STB=0.535273;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0338504;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:6:10:38:19:6:10:38:19 chr21 47556793 . C T 76.48 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0573476;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.987;QD=8.49759;RBI=0.0639715;REFB=-0.0253603;REVB=-0.0283479;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639635;STB=0.881423;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0909043;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:17:21:7:8:0.222222:1:6:4:13:1:7:7:14 chr21 47575372 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7234;QD=46.8447;RBI=0.115594;REFB=0;REVB=0.0505881;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00559177;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr21 47608580 . G A 1019.35 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190456;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.845;QD=57.4281;RBI=0.0257741;REFB=0.0546632;REVB=-0.0173657;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000483022;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:68:70:0.985915:25:43:0:0:26:44:1:0 chr21 47609677 . A G 598.86 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7985;QD=55.7081;RBI=0.0344344;REFB=-0.0931092;REVB=-0.0222896;RO=2;SAF=32;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284197;STB=0.514699;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0146861;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:8:32:2:0:8:33:2:0 chr21 47610066 . T C 580.72 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157572;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.03;QD=61.1283;RBI=0.0431914;REFB=0;REVB=0.0402145;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285001;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr21 47612466 . A G 578.69 PASS AF=0.867925;AO=44;DP=51;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.107113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.717;QD=43.6749;RBI=0.113129;REFB=-0.0522005;REVB=0.0364005;RO=7;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210072;STB=0.612851;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171625;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:53:7:7:44:46:0.867925:12:32:0:7:12:34:0:7 chr21 47612471 . T C 619.05 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0663015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7283;QD=50.5345;RBI=0.0668647;REFB=0.00476594;REVB=-0.00865971;RO=6;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186209;STB=0.599951;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=6.95122e-05;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:6:6:43:43:0.877551:12:31:0:6:12:31:0:6 chr21 47612512 . C CTG 284.28 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=33;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0167732;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.687;QD=43.7352;RBI=0.0313389;REFB=-0.0575415;REVB=0.0264724;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113629;STB=0.555508;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.0128739;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:22:33:23:26:3:12:11:3:0:14:10:11:11:7:3 chr21 47613161 . C T 159.73 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6289;QD=45.6377;RBI=0.181887;REFB=0;REVB=0.0144277;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044571;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr21 47613168 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0505163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.709;QD=28.5377;RBI=0.0556769;REFB=0.0205911;REVB=0.0234099;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00619362;OID=.;OPOS=47613168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chr21 47613623 . C T 79.67 PASS AF=0.197368;AO=17;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0340321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7366;QD=4.19337;RBI=0.0434098;REFB=-0.041833;REVB=-0.0269486;RO=56;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396371;STB=0.504944;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.150514;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:56:61:17:15:0.197368:12:5:18:38:10:5:20:41 chr21 47613639 . C T 70.74 PASS AF=0.2;AO=14;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0123246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4401;QD=4.7161;RBI=0.081617;REFB=-0.0404943;REVB=-0.0806811;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321125;STB=0.599822;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.143557;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:60:60:45:48:14:12:0.2:9:5:15:30:9:3:17:31 chr21 47614443 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9148;QD=56.9531;RBI=0.0560935;REFB=0;REVB=-0.0125033;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576805;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr21 47614469 . A C 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0201011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.843;QD=56.8431;RBI=0.0386045;REFB=-0.0133352;REVB=0.0329584;RO=3;SAF=30;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183631;STB=0.500978;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000441416;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:16:30:2:1:16:30:2:1 chr21 47662803 . TTA T,TAA 31.13 PASS AF=0.162791,0;AO=10,3;DP=48;FAO=7,0;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.24948,0.144029;FXX=0.0444346;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.727,16.6531;QD=2.89562;RBI=0.292149,0.215393;REFB=-0.0502347,-0.0228446;REVB=-0.152022,0.160156;RO=30;SAF=0,3;SAR=10,0;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78498,0.496322;STB=0.825086,0.5;STBP=0.109,1;TYPE=del,snp;VARB=0.138308,0;OID=.,.;OPOS=47662804,47662804;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791,0:10,3:48:7,0:43:36:1,0:6,0:18:18:31:30:0,3:10,0:19:11 chr21 47773103 . C A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.536;QD=61.186;RBI=0.027289;REFB=-0.117977;REVB=0.0242637;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0015481;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:0:1:17:30:0:1 chr21 47777063 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.879;QD=62.9829;RBI=0.0300588;REFB=0;REVB=0.0299152;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62193e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr21 47783796 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.114;QD=58.5837;RBI=0.0189026;REFB=0;REVB=-0.011322;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04016e-05;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr21 47786817 . C G 1230.27 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494366;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0658;QD=60.7539;RBI=0.0880223;REFB=0;REVB=0.0728282;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284633;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:81:0:0:80:81:1:45:35:0:0:45:36:0:0 chr21 47787002 . T C 786.26 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130736;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.163;QD=57.1829;RBI=0.0289643;REFB=0;REVB=0.0258459;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205381;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr21 47811272 . C T 295.44 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5906;QD=51.3805;RBI=0.132062;REFB=0;REVB=0.0683055;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290219;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr21 47836653 . C T 757.39 PASS AF=0.8;AO=59;DP=75;FAO=60;FDP=75;FR=.;FRO=15;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0181078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.498;QD=40.3939;RBI=0.0290684;REFB=-0.03577;REVB=0.0227394;RO=15;SAF=43;SAR=16;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24928;STB=0.627692;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00279312;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:75:75:15:15:59:60:0.8:16:43:2:13:17:43:2:13 chr21 47836654 . G T 98.08 PASS AF=0.213333;AO=15;DP=74;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=0.037256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6374;QD=5.2307;RBI=0.0379852;REFB=-0.0398814;REVB=0.00740745;RO=59;SAF=2;SAR=13;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.667015;STB=0.912613;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0845914;OID=.;OPOS=47836654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:75:59:59:15:16:0.213333:13:2:43:16:14:2:43:16 chr21 47850484 . G C 1033.88 PASS AF=0.83;AO=78;DP=96;FAO=83;FDP=100;FR=.;FRO=17;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0315038;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.409;QD=41.3551;RBI=0.0355373;REFB=-0.123945;REVB=-0.016444;RO=12;SAF=45;SAR=33;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886938;STB=0.528157;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00215149;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:96:100:12:17:78:83:0.83:33:45:11:1:38:45:12:5 chr21 47851753 . A G 973.94 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361398;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.923;QD=58.1458;RBI=0.0362663;REFB=0;REVB=0.00302689;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142024;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:34:30:0:0:34:33:0:0 chr21 47863757 . A C 816.89 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.75;QD=57.3255;RBI=0.00694402;REFB=0;REVB=0.00490686;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79541e-07;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr21 47910523 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.767;QD=55.0948;RBI=0.0459035;REFB=0;REVB=0.0422674;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321422;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr21 47945533 . GCTC G 372.8 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197913;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.432;QD=55.2302;RBI=0.0111601;REFB=0;REVB=0.0109832;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.51739e-05;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:27:27:0:17:10:0:0:4:0:15:10:0:0 chr21 47959692 . G A 769.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7377;QD=56.9746;RBI=0.0493747;REFB=0;REVB=0.0325162;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7538e-05;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr21 47959698 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.276;QD=58.6005;RBI=0.0468747;REFB=0;REVB=0.0467773;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135694;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr21 47961711 . G A 1938.42 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00612957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4648;QD=60.106;RBI=0.0134672;REFB=-0.0551018;REVB=0.0119915;RO=2;SAF=70;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013382;STB=0.507041;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000685632;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:57:70:2:0:57:70:2:0 chr21 47978321 . G C,GC 1721.72 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=6,108;DP=122;FAO=2,118;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=1,51;FSAR=1,67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101189,-0.00863968;FXX=0.00826378;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=11.1299,24.7291;QD=57.3906;RBI=0.108838,0.162586;REFB=0,0;REVB=0.108367,0.162356;RO=6;SAF=2,46;SAR=4,62;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275357,-0.0244492;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.013061,0.00275449;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:122:120:6:0:6,108:2,118:0.0166667,0.983333:4,62:2,46:4:2:1,67:1,51:0:0 chr21 47985655 . C T 608.44 PASS AF=0.793651;AO=49;DP=64;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00465766;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.691;QD=38.631;RBI=0.0455872;REFB=0.0108754;REVB=0.0453486;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.598703;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000618447;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:64:63:0:13:49:50:0.793651:22:27:0:0:22:28:1:12 chr21 48063476 . C G 1707.91 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0038453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.341;QD=59.4055;RBI=0.0171252;REFB=-0.141357;REVB=0.0166879;RO=1;SAF=40;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063743;STB=0.503355;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00572157;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:74:40:0:1:74:40:0:1 chr21 48084820 . C G 1168.65 PASS AF=0.941176;AO=79;DP=84;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0223084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.725;QD=54.9954;RBI=0.0227024;REFB=0.0158563;REVB=0.00421127;RO=5;SAF=27;SAR=52;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725846;STB=0.503225;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00107306;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:84:85:5:5:79:80:0.941176:52:27:2:3:52:28:2:3 chr22 16449050 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00029033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.787;QD=42.1825;RBI=0.00484062;REFB=0;REVB=-0.00483191;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59126e-05;OID=.;OPOS=16449050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr22 17072483 . A G 711.0 PASS AF=0.763158;AO=57;DP=75;FAO=58;FDP=76;FR=.;FRO=18;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0220605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.786;QD=37.4209;RBI=0.0322338;REFB=-0.0211095;REVB=0.0235022;RO=18;SAF=43;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191791;STB=0.50588;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00401601;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:18:18:57:58:0.763158:14:43:13:5:15:43:13:5 chr22 17073066 . A G 198.64 PASS AF=0.857143;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0349763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.136;QD=37.8366;RBI=0.0767945;REFB=-0.0531436;REVB=0.068367;RO=3;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109551;STB=0.559936;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00469832;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:21:3:3:16:18:0.857143:5:11:3:0:7:11:3:0 chr22 17073475 . C T 483.08 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00393659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.392;QD=38.6466;RBI=0.00569739;REFB=-0.0191273;REVB=0.00411868;RO=13;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098678;STB=0.553369;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00881937;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:19:18:9:4:19:18:9:4 chr22 17264565 . G T 914.24 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119292;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.494;QD=58.0468;RBI=0.00627521;REFB=0;REVB=0.00616078;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05072e-06;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr22 17264904 . A G 161.27 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0304306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5917;QD=8.8365;RBI=0.030488;REFB=-0.0114292;REVB=-0.00187046;RO=51;SAF=13;SAR=9;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207154;STB=0.512279;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0282861;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:9:13:31:20:9:13:31:20 chr22 17265124 . A C 517.88 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00515279;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.978;QD=54.514;RBI=0.00704994;REFB=-0.0476169;REVB=0.00481148;RO=2;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114665;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000322558;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:14:22:1:1:14:22:1:1 chr22 17265194 . G A 41.22 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0117965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.796;QD=3.83406;RBI=0.021336;REFB=-0.000910872;REVB=-0.0177783;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248463;STB=0.68439;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0059378;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:43:35:36:7:7:0.162791:2:5:18:17:2:5:18:18 chr22 17446991 . C T 386.48 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.000698939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.757;QD=36.8077;RBI=0.0364084;REFB=-0.00208706;REVB=-0.0364017;RO=11;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168061;STB=0.590854;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=2.16181e-05;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:13:18:10:1:13:18:10:1 chr22 17469026 . G A 207.27 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0774021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.22;QD=24.3841;RBI=0.0774084;REFB=-0.00943398;REVB=-0.000986085;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158572;STB=0.58815;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00901318;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:4:10:10:10:4:10 chr22 17469049 . C A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0093316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.277;QD=22.831;RBI=0.0103933;REFB=-0.00670542;REVB=-0.00457614;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194206;STB=0.608559;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0034302;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:2:8:8:7:2:8 chr22 17586471 . C T 1453.83 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.279;QD=63.21;RBI=0.0708066;REFB=0;REVB=0.00725785;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36605e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:44:45:0:0:45:47:0:0 chr22 17589297 . G A 182.01 PASS AF=0.264151;AO=24;DP=103;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0476678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.71;QD=6.86835;RBI=0.0479267;REFB=-0.00512177;REVB=-0.00497536;RO=72;SAF=14;SAR=10;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137105;STB=0.552808;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0277071;OID=.;OPOS=17589297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:72:78:24:28:0.264151:10:14:34:38:12:16:39:39 chr22 17589877 . C G 178.6 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0601179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9313;QD=31.0613;RBI=0.0602657;REFB=0.0229338;REVB=-0.00421836;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197436;STB=0.60901;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0105603;OID=.;OPOS=17589877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:5:1:10:7:5:1 chr22 17590599 . C T 359.17 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0263719;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.58;QD=22.4481;RBI=0.0432143;REFB=-0.0236419;REVB=0.0342345;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079958;STB=0.534946;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0173084;OID=.;OPOS=17590599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:36:36:0.5625:19:17:10:17:19:17:11:17 chr22 17597940 . CAG C,CG 176.46 PASS AF=0,0.575758;AO=6,12;DP=33;FAO=0,19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=0,15;FSAR=0,4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00530913,0.00456705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=194.2,200.005;QD=21.3894;RBI=0.0412365,0.0163208;REFB=-0.0369839,-0.0299216;REVB=-0.0408933,-0.0156688;RO=12;SAF=5,9;SAR=1,3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137104,0;STB=0.5,0.545404;STBP=1,0.647;TYPE=del,del;VARB=0,0.0163836;OID=.,.;OPOS=17597941,17597941;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.575758:6,12:33:0,19:33:14:0,15:0,4:10:4:99:12:5,9:1,3:9:3 chr22 17600977 . G A 98.51 PASS AF=0.26;AO=11;DP=47;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00843921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.744;QD=7.88069;RBI=0.110049;REFB=-0.00812322;REVB=0.109725;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15022;STB=0.556873;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0309525;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:47:50:35:37:11:13:0.26:7:4:17:18:8:5:17:20 chr22 17602839 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.998;QD=58.141;RBI=0.0236374;REFB=0;REVB=-0.0230837;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184112;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr22 17603477 . A G 467.09 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0033276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.329;QD=28.3087;RBI=0.00714246;REFB=-0.0312431;REVB=-0.00631995;RO=22;SAF=24;SAR=19;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108427;STB=0.564873;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0158286;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:19:24:16:6:19:24:17:6 chr22 17603503 . G A 154.33 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0126159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0208;QD=9.07793;RBI=0.0222395;REFB=0.0105954;REVB=0.0183148;RO=47;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251692;STB=0.650075;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0264288;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:6:15:24:23:6:15:24:23 chr22 17630486 . C A 421.19 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0081746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.514;QD=33.0344;RBI=0.00963283;REFB=-0.00961803;REVB=0.0050958;RO=14;SAF=26;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766945;STB=0.541644;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00393484;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:11:26:8:6:11:26:8:6 chr22 17640399 . G GGGC 33.55 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0291912;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=3;MLLD=193.951;QD=3.121;RBI=0.0585368;REFB=-0.0131752;REVB=-0.0507389;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137495;STB=0.634463;STBP=0.476;TYPE=ins;VARB=0.0856038;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.139535:6:55:6:43:37:2:4:18:19:33:49:2:4:22:27 chr22 17834040 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.306;QD=33.4284;RBI=0.0129622;REFB=0;REVB=0.0119824;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129617;OID=.;OPOS=17834040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr22 17990852 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.171;QD=61.684;RBI=0.00589731;REFB=0;REVB=0.0035672;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34761e-06;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr22 18072980 . G A 166.36 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0599253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.677;QD=14.7875;RBI=0.0623755;REFB=-0.0180561;REVB=0.0173107;RO=27;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307258;STB=0.679782;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0434228;OID=.;OPOS=18072980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:14:4:13:14:14:4:13:14 chr22 18102300 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAT 42.62 PASS AF=0.526316,0;AO=4,3;DP=19;FAO=10,0;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0514405,-0.0767212;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.76524,42.1485;QD=8.97227;RBI=0.116336,0.0777889;REFB=-0.0435803,-0.0133909;REVB=0.104345,0.012844;RO=7;SAF=4,3;SAR=0,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.722124,0.684179;STB=0.699557,0.5;STBP=0.123,1;TYPE=del,snp;VARB=0.102096,0;OID=.,.;OPOS=18102301,18102307;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316,0:4,3:19:10,0:19:9:8,0:2,0:4:5:30:7:4,3:0,0:3:4 chr22 18209612 . CA C,CG 247.17 PASS AF=0.6,0.4;AO=10,9;DP=19;FAO=12,8;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561087,-0.0646955;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.2288,76.6804;QD=49.4333;RBI=0.0631406,0.0732484;REFB=0,0;REVB=0.0289577,-0.0343485;RO=0;SAF=10,1;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00753001,0.0460376;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:10,9:19:12,8:20:0:11,1:1,7:0:0:53:0:10,1:0,8:0:0 chr22 18211983 . T C 1584.79 PASS AF=0.972973;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0163362;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=344.83;QD=57.1095;RBI=0.0168436;REFB=0.00421219;REVB=0.004103;RO=1;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958792;STB=0.503524;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-3.33117e-05;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:111:1:3:107:108:0.972973:49:58:0:1:50:58:2:1 chr22 18300240 . T C 272.33 PASS AF=0.310924;AO=36;DP=118;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.00630958;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.812;QD=9.15399;RBI=0.0105812;REFB=-0.00578219;REVB=-0.00849411;RO=77;SAF=19;SAR=17;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208361;STB=0.626024;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0117168;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:77:82:36:37:0.310924:17:19:54:23:18:19:57:25 chr22 18300775 . G A 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0484327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.119;QD=7.51895;RBI=0.0485218;REFB=-0.0215515;REVB=-0.00293915;RO=48;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140049;STB=0.585801;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0389964;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:14:4:15:33:14:4:15:33 chr22 18304821 . G A 39.01 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0867458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.502;QD=2.94452;RBI=0.0929938;REFB=-0.0193173;REVB=-0.0335113;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188652;STB=0.673644;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0601064;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:37:46:7:7:0.132075:5:2:16:21:5:2:22:24 chr22 18304891 . C T 52.32 PASS AF=0.243243;AO=4;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0332334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.218;QD=5.656;RBI=0.0342844;REFB=-0.00807211;REVB=0.00842385;RO=22;SAF=0;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583402;STB=0.82878;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0214989;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:37:22:28:4:9:0.243243:4:0:7:15:8:1:13:15 chr22 18305797 . C T 44.66 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00047491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.492;QD=7.14484;RBI=0.0290289;REFB=-0.0203203;REVB=0.029025;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.662168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0556217;OID=.;OPOS=18305797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:18:18:6:7:0.28:5:1:9:9:5:2:9:9 chr22 18310439 . G A 142.81 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=106;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00615848;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5028;QD=5.38885;RBI=0.0667598;REFB=-0.00944703;REVB=0.0664752;RO=82;SAF=11;SAR=12;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732087;STB=0.549875;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0435548;OID=.;OPOS=18310439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:83:23:23:0.216981:12:11:44:38:12:11:45:38 chr22 18324564 . C T 475.75 PASS AF=0.711864;AO=36;DP=62;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0844365;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2096;QD=32.2543;RBI=0.0881378;REFB=-0.0886378;REVB=0.0252736;RO=13;SAF=32;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130752;STB=0.537186;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0523838;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:13:17:36:42:0.711864:4:32:10:3:5:37:14:3 chr22 18571828 . T C 238.74 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5223;QD=50.26;RBI=0.04928;REFB=0;REVB=-0.0174406;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455089;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr22 18609642 . C T 783.57 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.384;QD=54.9875;RBI=0.0162817;REFB=-0.0563314;REVB=-0.00448645;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269172;STB=0.514281;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00035122;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:38:17:1:0:39:17:1:0 chr22 18628436 . T C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00700322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.358;QD=29.9648;RBI=0.0283195;REFB=0.000688704;REVB=-0.0274399;RO=13;SAF=17;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284228;STB=0.656525;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000494734;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:8:17:3:10:8:17:3:10 chr22 18628499 . G T 703.31 PASS AF=0.686047;AO=59;DP=86;FAO=59;FDP=86;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0154581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.602;QD=32.7123;RBI=0.0161749;REFB=-0.0150012;REVB=-0.00476163;RO=27;SAF=37;SAR=22;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235411;STB=0.627076;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00946967;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:27:27:59:59:0.686047:22:37:6:21:22:37:6:21 chr22 18628632 . C T 826.86 PASS AF=0.733333;AO=66;DP=90;FAO=66;FDP=90;FR=.;FRO=24;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0202289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3101;QD=36.7492;RBI=0.0311341;REFB=0.00361799;REVB=0.0236669;RO=23;SAF=40;SAR=26;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12634;STB=0.562781;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000850649;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:23:24:66:66:0.733333:26:40:8:15:26:40:9:15 chr22 18628715 . C T 547.26 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0103422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.711;QD=53.3909;RBI=0.0122624;REFB=-0.0347618;REVB=-0.00658828;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.510304;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000254201;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:2:3:38:38:0.926829:18:20:2:0:18:20:2:1 chr22 18870981 . G C 59.82 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00452903;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.474;QD=14.0761;RBI=0.0221902;REFB=0.0012552;REVB=0.0217231;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0014456;OID=.;OPOS=18870981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:6:3:3:5:6:3 chr22 18896169 . C T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0221442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.72;QD=10.2119;RBI=0.0224985;REFB=-0.0188772;REVB=-0.00397664;RO=46;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176394;STB=0.602463;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0416667;OID=.;OPOS=18896169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:12:11:15:31:12:11:15:31 chr22 18896189 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0356464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2273;QD=11.7336;RBI=0.0356747;REFB=1.58006e-05;REVB=-0.00142131;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126218;STB=0.572469;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000231639;OID=.;OPOS=18896189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:16:34:16:12:16:34 chr22 18900750 . G A 463.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.254;QD=57.9988;RBI=0.0817672;REFB=0;REVB=-0.00988218;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365922;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr22 18901004 . C T 229.39 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.739;QD=45.8785;RBI=0.0279115;REFB=-0.218198;REVB=0.00366135;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00468534;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:18:19:0.95:8:10:0:0:9:10:1:0 chr22 18904414 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.728;QD=53.9088;RBI=0.0602231;REFB=0;REVB=-0.0561264;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537218;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr22 18907124 . G A 1125.25 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0212138;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.252;QD=55.5678;RBI=0.0212482;REFB=-0.104482;REVB=0.0012087;RO=3;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171875;STB=0.503596;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000764342;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:3:4:77:77:0.950617:33:44:1:2:33:44:2:2 chr22 18908875 . A G 748.73 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0329015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6688;QD=51.6363;RBI=0.0369516;REFB=-0.201859;REVB=-0.0168201;RO=3;SAF=37;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036701;STB=0.519473;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00965393;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:3:3:55:55:0.948276:18:37:3:0:18:37:3:0 chr22 18912678 . A G 764.2 PASS AF=0.772152;AO=61;DP=79;FAO=61;FDP=79;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0565977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7947;QD=38.6936;RBI=0.0657528;REFB=0.0169951;REVB=-0.0334685;RO=18;SAF=22;SAR=39;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158515;STB=0.585055;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00760534;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:18:18:61:61:0.772152:39:22:13:5:39:22:13:5 chr22 19026613 . A G 1087.29 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0733499;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3884;QD=58.7724;RBI=0.0752315;REFB=-0.10839;REVB=-0.01672;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0018508;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:32:41:0:0:32:41:1:0 chr22 19032878 . T TAAAC 50.0 PASS AO=41;DP=75;LEN=4;RO=34;SAF=21;SAR=30;SRF=14;SRR=10;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=19032879;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:75:34:41:30:21:14:10 chr22 19034240 . A G 1000.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.126;QD=58.8357;RBI=0.0931717;REFB=0;REVB=0.0813658;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022612;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:63:68:1:23:40:0:0:26:42:0:0 chr22 19048413 . A G 1251.23 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029396;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.41;QD=61.7891;RBI=0.029593;REFB=0;REVB=0.00340953;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34258e-05;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr22 19121872 . G A 83.39 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00268795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.791;QD=9.81074;RBI=0.0365762;REFB=-0.00881255;REVB=-0.0364773;RO=23;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401462;STB=0.754129;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0133988;OID=.;OPOS=19121872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:1:10:16:7:1:10:16:7 chr22 19130246 . CGGGGGCT CGGGGCTC,CGGGGCT 37.84 PASS AF=0,0.416667;AO=2,11;DP=36;FAO=0,15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.224977,0.0820542;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=16.1329,9.40746;QD=4.20388;RBI=0.244424,0.0893699;REFB=-0.0496411,-0.096337;REVB=-0.0955413,-0.0354131;RO=15;SAF=0,1;SAR=2,10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.61514,-0.634159;STB=0.5,0.781222;STBP=1,0.006;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0736983;OID=.,.;OPOS=19130251,19130247;OREF=GCT,G;OALT=CTC,-;OMAPALT=CGGGGCTC,CGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.416667:2,11:36:0,15:36:21:0,3:0,12:14:7:37:15:0,1:2,10:10:5 chr22 19163577 . C CAT 1023.68 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466456;FXX=0.0416609;HRUN=0;LEN=2;MLLD=290.506;QD=59.3439;RBI=0.0598181;REFB=-0.0558697;REVB=0.0374485;RO=5;SAF=39;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000306952;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:74:69:69:0:39:30:0:0:4:5:39:30:4:1 chr22 19167409 . T C 929.31 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00742736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7234;QD=55.4811;RBI=0.0274202;REFB=-0.0198473;REVB=-0.0263951;RO=2;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314649;STB=0.516661;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00178846;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:29:36:0:2:29:36:0:2 chr22 19172006 . T C 1809.85 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019979;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.242;QD=61.351;RBI=0.00749427;REFB=0;REVB=-0.00722306;RO=0;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31959e-07;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:45:71:0:0:47:71:0:0 chr22 19189003 . A AC,C 524.22 PASS AF=1,0;AO=29,10;DP=41;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886701,-0.220119;FXX=0.0499875;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.0115,6.51126;QD=55.181;RBI=0.108469,0.221131;REFB=0,0;REVB=0.0624753,0.021129;RO=2;SAF=5,9;SAR=24,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153977,-0.0896193;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00507133,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:38:2:0:29,10:38,0:1,0:24,1:5,9:2:0:23,0:15,0:0:0 chr22 19196502 . G A 734.28 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.326;QD=61.1903;RBI=0.0144158;REFB=-0.0430362;REVB=-0.00864378;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000216399;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:19:27:1:0:19:28:1:0 chr22 19197896 . T C 692.91 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128147;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.232;QD=62.9921;RBI=0.0143238;REFB=0;REVB=0.00639946;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04943e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr22 19458894 . TA T 53.45 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.234106;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.92088;QD=6.68073;RBI=0.282127;REFB=-0.0618764;REVB=0.15745;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0.34375;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=0.0683814;OID=.;OPOS=19458895;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:14:32:17:32:15:10:7:6:9:52:15:8:6:6:9 chr22 19486600 . C T 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0226713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.076;QD=5.62088;RBI=0.047967;REFB=-0.0049322;REVB=-0.0422711;RO=52;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174681;STB=0.510963;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0167699;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:7:8:27:25:7:8:27:25 chr22 19511925 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.912;QD=43.4861;RBI=0.0448381;REFB=0;REVB=0.044823;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514518;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 19750773 . T C 193.85 PASS AF=0.317073;AO=25;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00431102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7285;QD=9.45603;RBI=0.11;REFB=-0.0263485;REVB=-0.109916;RO=51;SAF=13;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560502;STB=0.514113;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0415506;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:56:25:26:0.317073:12:13:29:22:12:14:29:27 chr22 19868218 . A G 410.86 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5976;QD=56.6706;RBI=0.0535518;REFB=0;REVB=0.00964008;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000960232;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr22 19882984 . T G 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0308111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.908;QD=2.03355;RBI=0.0545441;REFB=-0.00256116;REVB=-0.0450081;RO=58;SAF=1;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45805;STB=0.852315;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.036262;OID=.;OPOS=19882984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:6:1:31:27:6:1:31:27 chr22 19898886 . C T 173.4 PASS AF=0.25;AO=25;DP=103;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0213645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7333;QD=6.66928;RBI=0.0283244;REFB=-0.00390789;REVB=-0.0185965;RO=78;SAF=9;SAR=16;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236989;STB=0.653728;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0146219;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:78:78:25:26:0.25:16:9:43:35:17:9:43:35 chr22 19907099 . C A 503.07 PASS AF=0.630137;AO=44;DP=71;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0664306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3866;QD=27.5652;RBI=0.0891938;REFB=-0.00803392;REVB=0.059519;RO=27;SAF=17;SAR=27;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120447;STB=0.571045;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00435604;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:27:27:44:46:0.630137:27:17:15:12:29:17:15:12 chr22 19907118 . G A 355.35 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0124816;FXX=0.0476115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.536;QD=23.6902;RBI=0.0198214;REFB=-0.0177726;REVB=0.0153979;RO=25;SAF=10;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165313;STB=0.591343;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.012907;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:25:25:35:35:0.583333:25:10:12:13:25:10:12:13 chr22 19920949 . G A 417.76 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=45;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0237726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.951;QD=37.1344;RBI=0.0283873;REFB=-0.0238095;REVB=0.0155145;RO=12;SAF=20;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135744;STB=0.573725;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00742712;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:12:12:33:33:0.733333:13:20:4:8:13:20:4:8 chr22 19921003 . T C 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0438668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2932;QD=58.6434;RBI=0.0448911;REFB=-0.11094;REVB=-0.00953493;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00126039;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:23:17:0:0:23:17:0:1 chr22 19950235 . C T 122.76 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0763081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.96;QD=5.84548;RBI=0.0766542;REFB=-0.000990321;REVB=-0.00727593;RO=65;SAF=12;SAR=7;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211621;STB=0.63144;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00574429;OID=.;OPOS=19950235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:7:12:30:35:7:12:30:35 chr22 19951271 . G A 107.89 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0034097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.551;QD=5.75423;RBI=0.00666495;REFB=-0.00634386;REVB=-0.00572674;RO=58;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798109;STB=0.54994;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0201301;OID=.;OPOS=19951271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:11:6:24:34:11:6:24:34 chr22 19959473 . C T 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0205051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.812;QD=4.77043;RBI=0.0266212;REFB=-0.00309364;REVB=0.0169773;RO=48;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277173;STB=0.675365;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0223709;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:9:3:22:26:9:3:22:27 chr22 19959955 . A G 159.7 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0557659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.021;QD=6.79579;RBI=0.0579839;REFB=-0.0157949;REVB=-0.0158837;RO=71;SAF=5;SAR=18;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291723;STB=0.680909;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0346191;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:18:5:30:41:18:5:30:41 chr22 20136379 . C A 143.16 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0365474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0805;QD=9.87336;RBI=0.0684984;REFB=0.00876495;REVB=0.0579337;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133703;STB=0.578864;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0152535;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:18:21:8:11:18:21 chr22 20137311 . TG TC,T 38.83 PASS AF=0.0363636,0.181818;AO=2,6;DP=56;FAO=2,10;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=0,1;FSAR=2,9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0237826,-0.00642971;FXX=0.017854;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=56.3041,12.782;QD=2.82416;RBI=0.0323639,0.00746706;REFB=-0.00328324,-0.0550545;REVB=-0.0219501,0.00379682;RO=37;SAF=0,2;SAR=2,4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44477,-0.243336;STB=0.995152,0.880815;STBP=0.123,0.019;TYPE=snp,del;VARB=0.127457,0.0591081;OID=.,.;OPOS=20137312,20137312;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0363636,0.181818:2,6:56:2,10:55:43:0,1:2,9:23:20:27:37:0,2:2,4:20:17 chr22 20137723 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00678502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.295;QD=5.95802;RBI=0.0146805;REFB=-0.00371284;REVB=0.0130185;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207018;STB=0.654748;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00549044;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:16:18:6:6:0.25:4:2:3:13:4:2:3:15 chr22 20138105 . T C 67.02 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0174893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.228;QD=3.88531;RBI=0.0230622;REFB=-0.00769922;REVB=-0.015033;RO=54;SAF=2;SAR=10;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594278;STB=0.872814;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0309145;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:54:57:12:12:0.173913:10:2:37:17:10:2:38:19 chr22 20138128 . G A 90.27 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00656319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.531;QD=4.94603;RBI=0.0176542;REFB=-0.0108305;REVB=-0.0163889;RO=57;SAF=5;SAR=10;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397885;STB=0.751835;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0466776;OID=.;OPOS=20138128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:57:58:15:15:0.205479:10:5:38:19:10:5:39:19 chr22 20302291 . GC CG,G 43.12 PASS AF=0.012987,0.220779;AO=6,31;DP=79;FAO=1,17;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=0,14;FSAR=1,3;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0533874,-0.0814149;FXX=0.0253133;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=92.5864,9.85755;QD=2.24017;RBI=0.077938,0.129987;REFB=-0.0242027,-0.182832;REVB=-0.0567814,-0.101333;RO=38;SAF=0,17;SAR=6,14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0.415663;SSEP=0,0;SSSB=-0.60383,0.199725;STB=0.986047,0.870992;STBP=0.51,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0.197925,0.121314;OID=.,.;OPOS=20302291,20302292;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:79:77:38:59:6,31:1,17:0.012987,0.220779:6,14:0,17:13:25:1,3:0,14:17:42 chr22 20302797 . AC AA,A 48.72 PASS AF=0.0731707,0.243902;AO=4,6;DP=41;FAO=3,10;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=1,7;FSAR=2,3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0345048,-0.0871031;FXX=0.0238039;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.6096,12.1149;QD=4.75298;RBI=0.0873934,0.103693;REFB=-0.015255,0.0154366;REVB=-0.0802934,0.0562603;RO=24;SAF=0,6;SAR=4,0;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0.353952;SSEP=0,0;SSSB=-0.694909,0.656242;STB=0.758476,0.548093;STBP=0.486,0.761;TYPE=snp,del;VARB=0.0957963,-0.0836929;OID=.,.;OPOS=20302798,20302798;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0731707,0.243902:4,6:41:3,10:41:28:1,7:2,3:18:10:30:24:0,6:4,0:16:8 chr22 20729885 . C T 378.24 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0762656;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.948;QD=44.4988;RBI=0.0795934;REFB=-0.0537465;REVB=0.0227741;RO=5;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319183;STB=0.517229;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00736207;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:34:5:5:29:29:0.852941:15:14:3:2:15:14:3:2 chr22 20759672 . G A 280.89 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0440313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8551;QD=35.1112;RBI=0.0564398;REFB=0.0149174;REVB=0.0353085;RO=8;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621293;STB=0.533871;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.003282;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:9:15:6:2:9:15:6:2 chr22 20771144 . A T 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.98;QD=61.2128;RBI=0.0028305;REFB=0;REVB=-0.000938705;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18523e-06;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr22 20784050 . T A 418.94 PASS AF=0.730769;AO=37;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0456778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.745;QD=32.2265;RBI=0.0551666;REFB=-0.0285628;REVB=0.0309337;RO=14;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346638;STB=0.514278;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0113744;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:37:38:0.730769:21:16:7:7:21:17:7:7 chr22 20800835 . A G 1136.83 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00581039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.831;QD=59.0559;RBI=0.0235537;REFB=-0.0296946;REVB=0.0228258;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000652007;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:37:38:0:1:37:39:0:1 chr22 20847472 . A T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.601;QD=62.9821;RBI=0.0213937;REFB=0;REVB=0.021073;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52078e-05;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr22 20862646 . T G 457.09 PASS AF=0.764706;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00496679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.021;QD=35.8502;RBI=0.00593967;REFB=0.0208451;REVB=-0.00325741;RO=12;SAF=14;SAR=25;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027073;STB=0.514619;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00629859;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:12:12:39:39:0.764706:25:14:5:7:25:14:5:7 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 339.9 PASS AF=0.190476,0.785714;AO=8,14;DP=42;FAO=8,33;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=4,12;FSAR=4,21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00307698,0.576272;FXX=0.0232504;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=220.939,11.01;QD=32.3716;RBI=0.01179,0.63571;REFB=0.0334774,-0.0417373;REVB=0.0113814,0.268398;RO=19;SAF=4,0;SAR=4,14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149147,-0.828105;STB=0.555418,0.511621;STBP=0.52,0.529;TYPE=ins,del;VARB=0.00693876,0.128814;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.190476,0.785714:8,14:42:8,33:42:1:4,12:4,21:0:1:51:19:4,0:4,14:12:7 chr22 21044848 . A T 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0213933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.995;QD=37.3615;RBI=0.0318245;REFB=-0.07262;REVB=-0.023561;RO=5;SAF=4;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109978;STB=0.560378;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0201442;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:17:4:2:3:17:4:2:3 chr22 21066789 . A G 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0281742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.264;QD=3.22789;RBI=0.0513679;REFB=-0.00625555;REVB=-0.042952;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290211;STB=0.696014;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0329668;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:4:4:35:13:4:4:35:13 chr22 21079909 . A G 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00884077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.321;QD=5.00555;RBI=0.0387991;REFB=-0.00703269;REVB=-0.0377785;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.599658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0180699;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:12:10:2:4:12:10 chr22 21141300 . T C 85.33 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0166074;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.316;QD=4.06326;RBI=0.03992;REFB=-0.000417766;REVB=-0.0363016;RO=69;SAF=9;SAR=6;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306387;STB=0.519974;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00111036;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:85:84:69:69:15:15:0.178571:6:9:43:26:6:9:43:26 chr22 21150493 . G GC 39.24 PASS AF=0.243243;AO=16;DP=76;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.144228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.1909;QD=2.12093;RBI=0.162918;REFB=-0.0308555;REVB=-0.0757668;RO=57;SAF=14;SAR=2;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577976;STB=0.883001;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0431667;OID=.;OPOS=21150494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:16:76:18:74:56:16:2:22:34:39:57:14:2:24:33 chr22 21167787 . G A 113.95 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0287967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.418;QD=6.90599;RBI=0.0291694;REFB=-0.0125666;REVB=-0.00464796;RO=47;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944627;STB=0.57339;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0284296;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:47:49:17:17:0.257576:10:7:23:24:10:7:25:24 chr22 21213416 . A G 481.42 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00803538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.458;QD=31.5688;RBI=0.00848065;REFB=-0.00614057;REVB=-0.00271184;RO=18;SAF=32;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903723;STB=0.549071;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00241089;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:11:32:11:7:11:32:11:7 chr22 21301003 . CCT C,CC,CCC 317.16 PASS AF=0.5,0.5,0;AO=5,9,10;DP=24;FAO=12,12,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6,5,0;FSAR=6,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211368,0.0226937,0.0236014;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=225.271,226.305,220.669;QD=52.8607;RBI=0.0997953,0.123084,0.131708;REFB=0,0,0;REVB=-0.0975312,-0.120974,-0.129576;RO=0;SAF=5,6,0;SAR=0,3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0013154,-0.018405,-0.475934;OID=.,.,.;OPOS=21301004,21301005,21301005;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5,0:5,9,10:24:12,12,0:24:0:6,5,0:6,7,0:0:0:42:0:5,6,0:0,3,10:0:0 chr22 21304408 . A G 594.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.407;QD=60.9353;RBI=0.012194;REFB=0;REVB=-0.00680546;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9874e-05;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr22 21306743 . A G 754.52 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5715;QD=54.8745;RBI=0.0388164;REFB=-0.0456192;REVB=0.0274397;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229779;STB=0.512191;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00183385;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:0:1:20:34:0:1 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 162.72 PASS AF=0.791667,0;AO=4,5;DP=23;FAO=19,0;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8,0;FSAR=11,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0273012,0.0157645;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=198.071,191.259;QD=27.1192;RBI=0.107327,0.0969883;REFB=-0.0211603,-0.0172892;REVB=0.103797,0.0956985;RO=0;SAF=3,0;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.618925,0.5;STBP=0.049,1;TYPE=del,del;VARB=0.0115621,0;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667,0:4,5:23:19,0:24:5:8,0:11,0:5:0:27:0:3,0:1,5:0:0 chr22 21327589 . C T 956.72 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.785;QD=57.983;RBI=0.0312108;REFB=0;REVB=-0.00871523;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94024e-05;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr22 21331043 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.655;QD=47.8222;RBI=0.0188106;REFB=0;REVB=-0.00828362;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34825e-05;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr22 21335259 . C A 424.0 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0126529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.179;QD=39.4421;RBI=0.0272203;REFB=-0.0508034;REVB=0.0241008;RO=9;SAF=16;SAR=17;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602238;STB=0.519762;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.011754;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:9:10:33:33:0.767442:17:16:3:6:17:16:4:6 chr22 21335606 . C T 671.62 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510153;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6433;QD=62.4759;RBI=0.0524062;REFB=0;REVB=0.0119939;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312277;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr22 21335611 . A G 563.85 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0178273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.113;QD=57.8305;RBI=0.0326111;REFB=-0.103853;REVB=0.027307;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000687579;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:1:0:20:18:1:0 chr22 21337325 . G A 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0353392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.003;QD=8.24499;RBI=0.0355341;REFB=-0.0270258;REVB=0.00371626;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185004;STB=0.610988;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0384566;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:11:7:24:20:11:7:24:20 chr22 21348914 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00514987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.672;QD=7.1253;RBI=0.0156275;REFB=-0.00590811;REVB=-0.0147546;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253539;STB=0.662168;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0255131;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:9:9:2:5:9:9 chr22 21354970 . C G 994.89 PASS AF=1;AO=56;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.456;QD=58.5227;RBI=0.0448545;REFB=0;REVB=0.0360214;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53261e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:56:68:1:26:30:0:0:28:40:0:0 chr22 21356824 . G A 216.19 PASS AF=0.256;AO=32;DP=123;FAO=32;FDP=125;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.0277003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.15;QD=6.9182;RBI=0.0292846;REFB=-0.0110826;REVB=0.00950152;RO=90;SAF=18;SAR=14;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614862;STB=0.538438;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0327774;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:90:93:32:32:0.256:14:18:55:35:14:18:57:36 chr22 21356925 . T A 56.46 PASS AF=0.173077;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0740471;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.083;QD=4.34339;RBI=0.0765382;REFB=-0.00383206;REVB=-0.019368;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536399;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0611664;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:50:52:40:43:8:9:0.173077:4:4:20:20:5:4:21:22 chr22 21377301 . C A 1460.99 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00822475;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.949;QD=62.1699;RBI=0.0163906;REFB=-0.0698577;REVB=-0.0141776;RO=0;SAF=61;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35236e-08;STB=0.504064;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=8.1991e-05;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:1:93:93:0.989362:32:61:0:0:32:61:1:0 chr22 21385277 . C T 924.06 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0898754;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5171;QD=58.6706;RBI=0.0949101;REFB=0;REVB=0.0305014;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299733;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr22 21385843 . G A 631.2 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6691;QD=58.7158;RBI=0.0447991;REFB=0.0454404;REVB=-0.04172;RO=1;SAF=30;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153876;STB=0.507933;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00341076;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:11:30:1:0:11:31:1:0 chr22 21570296 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.978;QD=33.4285;RBI=0.0791525;REFB=0;REVB=-0.0791525;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289459;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr22 21570340 . G A 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0144434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4773;QD=13.4829;RBI=0.0175652;REFB=0.0816716;REVB=-0.00999627;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.666221;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0402546;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:3:8:8:1:3:8 chr22 21797094 . C G 296.98 PASS AF=0.896552;AO=22;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0813078;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.0919;QD=40.9623;RBI=0.227756;REFB=-0.0975073;REVB=0.212748;RO=7;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12202;STB=0.505614;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0157602;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:29:7:3:22:26:0.896552:7:15:3:4:10:16:2:1 chr22 21797100 . CCG C,CC,CCC 243.38 PASS AF=1,0,0;AO=6,12,6;DP=27;FAO=25,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149137,0.167289,0.157675;FXX=0.107105;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=155.56,153.744,149.751;QD=38.9407;RBI=0.149467,0.167715,0.158244;REFB=-0.17343,-0.182087,-0.166265;REVB=-0.00992934,-0.0119439,-0.0133991;RO=3;SAF=5,6,2;SAR=1,6,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.146968,-0.0596449,-0.194334;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000793345,-0.013168,0.0578396;OID=.,.,.;OPOS=21797101,21797102,21797102;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:6,12,6:27:25,0,0:25:0:15,0,0:10,0,0:0:0:4:3:5,6,2:1,6,4:2:1 chr22 21800444 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.15;QD=58.4196;RBI=0.047172;REFB=0;REVB=0.0310199;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161926;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr22 21801588 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.835;QD=63.8718;RBI=0.0259248;REFB=0;REVB=0.0219754;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63119e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr22 21805464 . G C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0213398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.98;QD=5.00554;RBI=0.0218748;REFB=0.000496144;REVB=0.004808;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401666;STB=0.78843;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00163725;OID=.;OPOS=21805464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:1:5:11:10:1:5:11:11 chr22 21822725 . T C 682.98 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0344388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5531;QD=52.5368;RBI=0.036316;REFB=0.0060293;REVB=-0.0115249;RO=2;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00148539;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:44:6:0:2:44:6:0:2 chr22 21982892 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.817;QD=37.4882;RBI=0.136298;REFB=0;REVB=0.0473257;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020466;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 21984205 . A G 1385.39 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167975;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3898;QD=62.9722;RBI=0.0471237;REFB=0;REVB=-0.0440283;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10185e-05;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr22 22516998 . C T 175.19 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0187223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.249;QD=8.05463;RBI=0.0432646;REFB=-0.0139339;REVB=0.0390039;RO=61;SAF=14;SAR=10;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149111;STB=0.57767;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0397798;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:61:63:24:24:0.275862:10:14:28:33:10:14:30:33 chr22 22517026 . T C 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0101824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.954;QD=8.72451;RBI=0.0110125;REFB=0.00289934;REVB=0.00419447;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120061;STB=0.571361;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00873914;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:9:12:23:26:9:12:23:26 chr22 22550510 . T G 128.76 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=104;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00133233;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.381;QD=4.95226;RBI=0.0176199;REFB=-0.00390257;REVB=-0.0175695;RO=70;SAF=7;SAR=14;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17826;STB=0.640387;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0225937;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:83:21:21:0.201923:14:7:33:37:14:7:42:41 chr22 22556270 . T C 52.37 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0203953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.26;QD=6.54562;RBI=0.0206221;REFB=-0.0138225;REVB=0.00305009;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172077;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0409933;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:5:3:12:11:5:3:13:11 chr22 22556368 . C T 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00577376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2045;QD=7.30276;RBI=0.0229758;REFB=-0.00209517;REVB=0.0222385;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150223;STB=0.592466;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00435363;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:10:5:19:23:10:5:19:23 chr22 22569448 . T A 92.83 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00588321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7604;QD=7.00593;RBI=0.0445271;REFB=-0.00920827;REVB=-0.0441367;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926156;STB=0.547753;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0255363;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:13:13:0.245283:7:6:21:18:7:6:21:19 chr22 22569554 . C A 93.77 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00943403;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.014;QD=6.94624;RBI=0.0218522;REFB=-0.0118914;REVB=-0.0197108;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203919;STB=0.624826;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0413969;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:55:54:40:40:14:14:0.259259:8:6:24:16:8:6:24:16 chr22 22569640 . T G 53.72 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000912842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3116;QD=7.95911;RBI=0.00146187;REFB=-0.00988764;REVB=0.00114184;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21811;STB=0.637927;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.02467;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:11:8:2:6:11:8 chr22 22681962 . T C 964.71 PASS AF=0.808989;AO=72;DP=92;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.000734953;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.888;QD=43.3577;RBI=0.00135815;REFB=-0.000165781;REVB=0.00114211;RO=16;SAF=43;SAR=29;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547877;STB=0.521747;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000184105;OID=.;OPOS=22681962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:16:17:72:72:0.808989:29:43:12:4:29:43:12:5 chr22 22698027 . A G 727.54 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.459;QD=63.2642;RBI=0.0837798;REFB=0;REVB=0.00109814;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113078;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr22 22707275 . C A 857.22 PASS AF=0.707071;AO=68;DP=97;FAO=70;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0253608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.224;QD=34.6353;RBI=0.0254066;REFB=-0.0349762;REVB=-0.0015249;RO=28;SAF=23;SAR=45;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945556;STB=0.539159;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0163672;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:28:29:68:70:0.707071:45:23:14:14:45:25:14:15 chr22 22707299 . A C 878.32 PASS AF=0.707071;AO=70;DP=99;FAO=70;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0761917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2648;QD=35.4879;RBI=0.0790569;REFB=-0.0432358;REVB=0.0210906;RO=23;SAF=24;SAR=46;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109464;STB=0.533533;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0107389;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:23:29:70:70:0.707071:46:24:13:10:46:24:13:16 chr22 22707309 . C T 241.14 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0413361;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6702;QD=10.0476;RBI=0.0505668;REFB=0.000791536;REVB=0.0291261;RO=66;SAF=8;SAR=22;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171282;STB=0.601215;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000254271;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:22:8:26:40:22:8:26:40 chr22 22707316 . T C 295.1 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0271193;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.182;QD=12.6926;RBI=0.0273079;REFB=-0.0255861;REVB=-0.00320425;RO=59;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515551;STB=0.529514;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0548194;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:21:13:20:39:21:13:20:39 chr22 22707349 . C A 92.06 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0148072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.389;QD=5.26077;RBI=0.0208214;REFB=-0.00212254;REVB=-0.0146383;RO=55;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122518;STB=0.57659;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0165949;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:9:6:17:38:9:6:17:38 chr22 22707351 . G C 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0557629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.029;QD=5.20294;RBI=0.0563149;REFB=0.00164214;REVB=0.00786608;RO=52;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186492;STB=0.616286;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00368242;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:8:6:15:37:8:6:15:37 chr22 22707361 . T C 71.11 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0349496;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.904;QD=4.51473;RBI=0.062827;REFB=-0.0093555;REVB=-0.0522087;RO=52;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201225;STB=0.623044;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0388201;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:64:63:52:51:12:12:0.190476:7:5:14:38:7:5:14:37 chr22 22707473 . C G 286.47 PASS AF=0.553191;AO=27;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.113699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2298;QD=24.3806;RBI=0.114801;REFB=-0.00656981;REVB=0.0158691;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237708;STB=0.646364;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.008094;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:27:26:0.553191:12:15:17:3:12:14:18:3 chr22 22707555 . A G 144.16 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0375777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.753;QD=24.0268;RBI=0.0399548;REFB=-0.0187558;REVB=0.0135757;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306606;STB=0.517218;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00932556;OID=.;OPOS=22707555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:4:5:9:6:4:5 chr22 22707557 . C G 164.17 PASS AF=0.708333;AO=13;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.115794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2943;QD=27.3613;RBI=0.140601;REFB=-0.0800034;REVB=0.079752;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518484;STB=0.554392;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0243066;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:8:7:13:17:0.708333:9:4:3:5:9:8:2:5 chr22 22707576 . T A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0268881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.376;QD=19.1792;RBI=0.0330075;REFB=-0.00138162;REVB=-0.0191448;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202754;STB=0.616252;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00137667;OID=.;OPOS=22707576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:6:5:9:4:6:5 chr22 22707597 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0131262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.388;QD=11.9197;RBI=0.0152084;REFB=-0.0087673;REVB=-0.00768111;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0234426;OID=.;OPOS=22707597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:5:4:5:2:5:4 chr22 22707601 . C T 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0268962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.591;QD=10.1718;RBI=0.0276405;REFB=-0.0352109;REVB=-0.00637134;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426681;STB=0.768236;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00421138;OID=.;OPOS=22707601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:5:4:5:1:5:4 chr22 22707608 . C A 45.63 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0204274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.426;QD=8.69083;RBI=0.0217395;REFB=-0.00763926;REVB=0.00743816;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319625;STB=0.70519;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0109009;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:5:9:6:1:5:9 chr22 22707621 . G A 36.13 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0722484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.455;QD=6.56818;RBI=0.0723025;REFB=-0.0337381;REVB=-0.00279528;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228049;STB=0.651596;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0588033;OID=.;OPOS=22707621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:5:11:5:1:5:11 chr22 22707696 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00778636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.863;QD=10.1737;RBI=0.00841726;REFB=-0.00432133;REVB=0.00319731;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347138;STB=0.732723;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00703762;OID=.;OPOS=22707696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:3:2:1:8:3:3:1:8 chr22 22707713 . G T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0199181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.301;QD=13.6316;RBI=0.0199601;REFB=-0.030997;REVB=0.00129381;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436331;STB=0.752885;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00872865;OID=.;OPOS=22707713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:1:8:3:5:1:8 chr22 22707728 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0139397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.498;QD=11.92;RBI=0.0280835;REFB=-0.0567737;REVB=-0.0243796;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520396;STB=0.805709;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.029628;OID=.;OPOS=22707728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:1:8:2:5:1:8 chr22 22707782 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.01186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.266;QD=10.0339;RBI=0.0244071;REFB=-0.000380459;REVB=-0.0213319;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65516;STB=0.887733;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000469012;OID=.;OPOS=22707782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:0:7:1:4:0:7 chr22 22712467 . T G 68.76 PASS AF=0.190476;AO=11;DP=62;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.035159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.338;QD=4.36544;RBI=0.0353308;REFB=-0.00150284;REVB=-0.0034798;RO=48;SAF=8;SAR=3;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592971;STB=0.536526;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00683232;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:62:63:48:51:11:12:0.190476:3:8:33:15:4:8:36:15 chr22 22724341 . A C 80.31 PASS AF=0.174419;AO=14;DP=87;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0102095;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.045;QD=3.73523;RBI=0.0153845;REFB=-0.000505899;REVB=-0.0115086;RO=71;SAF=4;SAR=10;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28281;STB=0.666445;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0027977;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:87:86:71:71:14:15:0.174419:10:4:36:35:10:5:38:33 chr22 22724394 . T C 1956.02 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=134;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0366347;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.168;QD=58.8277;RBI=0.0371944;REFB=-0.0593175;REVB=0.00642772;RO=1;SAF=61;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772717;STB=0.500818;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000750661;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:133:1:4:129:129:0.969925:68:61:1:0:68:61:2:2 chr22 22730359 . C T 563.06 PASS AF=0.708333;AO=47;DP=68;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0327406;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.801;QD=31.2813;RBI=0.0329758;REFB=-0.0322009;REVB=0.00393213;RO=21;SAF=21;SAR=26;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940915;STB=0.55978;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0113281;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:21:21:47:51:0.708333:26:21:6:15:26:25:6:15 chr22 22730583 . GT AA 46.31 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0292942;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.07;QD=3.43012;RBI=0.0312341;REFB=-0.0121201;REVB=-0.010836;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262737;STB=0.675254;STBP=0.305;TYPE=mnp;VARB=0.0565314;OID=.;OPOS=22730583;OREF=GT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:55:54:42:46:8:8:0.148148:3:5:17:25:3:5:19:27 chr22 22730586 . T C 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0525218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.809;QD=2.66891;RBI=0.113483;REFB=-0.00243401;REVB=-0.100598;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172101;STB=0.624688;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0189516;OID=.;OPOS=22730586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:3:5:26:28:3:5:26:28 chr22 22730595 . T A 70.65 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00444487;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2995;QD=4.48553;RBI=0.0300443;REFB=-0.00693078;REVB=-0.0297137;RO=49;SAF=9;SAR=3;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374987;STB=0.731313;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0235998;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:63:49:51:12:12:0.190476:3:9:22:27:3:9:24:27 chr22 22730619 . TC AT 136.06 PASS AF=0.253165;AO=19;DP=78;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0197115;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.028;QD=6.88918;RBI=0.048621;REFB=-0.0158934;REVB=0.0444461;RO=59;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133861;STB=0.556644;STBP=0.566;TYPE=mnp;VARB=0.0447087;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:59:59:19:20:0.253165:7:12:31:28:8:12:31:28 chr22 22730634 . G A 400.58 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.028785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.417;QD=16.5188;RBI=0.0288661;REFB=0.00939949;REVB=0.00216287;RO=54;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506286;STB=0.522672;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0130636;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:20:22:31:23:20:22:31:24 chr22 22730696 . C T 260.96 PASS AF=0.292683;AO=37;DP=123;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.105649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1154;QD=8.48658;RBI=0.108423;REFB=-0.0151571;REVB=-0.0243674;RO=85;SAF=20;SAR=17;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086176;STB=0.53037;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0504354;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:87:37:36:0.292683:17:20:52:33:16:20:52:35 chr22 22730702 . A G 331.24 PASS AF=0.336;AO=40;DP=122;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0167816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.98;QD=10.5995;RBI=0.0179576;REFB=-0.00540213;REVB=-0.00639168;RO=80;SAF=21;SAR=19;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101979;STB=0.583961;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00916794;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:80:83:40:42:0.336:19:21:49:31:21:21:52:31 chr22 22730787 . GG AA 166.98 PASS AF=0.219512;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=-0.0155165;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=2;MLLD=87.1179;QD=5.43028;RBI=0.0312856;REFB=-0.000442318;REVB=-0.0271666;RO=94;SAF=13;SAR=14;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184283;STB=0.619163;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=0.00132809;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:94:96:27:27:0.219512:14:13:59:35:14:13:61:35 chr22 22730799 . GA CC 125.71 PASS AF=0.194444;AO=21;DP=112;FAO=21;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.0157209;FXX=0.0357111;HRUN=3;LEN=2;MLLD=143.955;QD=4.65597;RBI=0.0165089;REFB=0.0027819;REVB=-0.0050396;RO=68;SAF=10;SAR=11;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841734;STB=0.606202;STBP=0.306;TYPE=mnp;VARB=-0.00791571;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:68:87:21:21:0.194444:11:10:37:31:11:10:53:34 chr22 22730829 . G A 89.92 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0214974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0937;QD=3.82632;RBI=0.0244263;REFB=0.00390118;REVB=0.0115978;RO=78;SAF=6;SAR=10;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220332;STB=0.644558;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0188006;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:94:78:78:16:16:0.170213:10:6:43:35:10:6:43:35 chr22 22749576 . G A 47.23 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00328351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1674;QD=2.39152;RBI=0.00440235;REFB=0.00405767;REVB=0.00293245;RO=68;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506316;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0118998;OID=.;OPOS=22749576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:79:68:69:10:10:0.126582:5:5:34:34:5:5:35:34 chr22 22842957 . T G 107.67 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00389741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.701;QD=4.48603;RBI=0.0214784;REFB=-0.00644567;REVB=-0.0211219;RO=78;SAF=6;SAR=12;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198774;STB=0.628426;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0265923;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:78:78:18:18:0.1875:12:6:38:40:12:6:38:40 chr22 22843118 . C T 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0426583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.921;QD=7.24249;RBI=0.048986;REFB=-0.0105397;REVB=-0.0240811;RO=55;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153614;STB=0.600441;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0338546;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:56:20:20:0.263158:7:13:29:26:7:13:29:27 chr22 22869439 . A G 440.22 PASS AF=0.714286;AO=33;DP=48;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00899776;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.351;QD=35.9361;RBI=0.0103565;REFB=-0.00596767;REVB=-0.00512815;RO=14;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701443;STB=0.536821;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00383811;OID=.;OPOS=22869439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:14:14:33:35:0.714286:16:17:9:5:17:18:9:5 chr22 22899234 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.167;QD=62.9819;RBI=0.0118765;REFB=0;REVB=-0.0071755;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13569e-06;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr22 22989256 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.001;QD=44.6898;RBI=0.0211691;REFB=0;REVB=-0.0195456;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36752e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 22989520 . G T 304.08 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0319715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1164;QD=19.9394;RBI=0.115414;REFB=0.00368708;REVB=0.110898;RO=29;SAF=25;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681336;STB=0.537995;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000835803;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:7:25:21:8:7:25:21:8 chr22 22989622 . T C 204.36 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.063386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9688;QD=14.3412;RBI=0.0819159;REFB=-0.0147582;REVB=0.0518886;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941656;STB=0.541575;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0119212;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:12:12:19:13:12:13:19:13 chr22 23029263 . T C 986.73 PASS AF=0.789474;AO=75;DP=94;FAO=75;FDP=95;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0709927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6778;QD=41.5464;RBI=0.100923;REFB=-0.0338798;REVB=-0.0717318;RO=19;SAF=30;SAR=45;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124892;STB=0.51101;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0110979;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:19:20:75:75:0.789474:45:30:7:12:45:30:7:13 chr22 23029698 . T C,G 629.87 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=37,3;DP=42;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386297,-0.0692094;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.712,49.1362;QD=59.9873;RBI=0.0489089,0.0840318;REFB=0,0;REVB=0.0299971,-0.0476592;RO=0;SAF=15,2;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.82408e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00377726,0.13919;OID=.,.;OPOS=23029698,23029698;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:42:42:0:0:37,3:39,3:0.928571,0.0714286:22,1:15,2:0:0:23,1:16,2:0:0 chr22 23040462 . T C 504.86 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0121457;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.049;QD=33.6574;RBI=0.0126306;REFB=-0.0315825;REVB=0.00346603;RO=17;SAF=27;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137572;STB=0.514279;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0124298;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:17:16:44:44:0.733333:17:27:10:7:17:27:9:7 chr22 23040767 . G T 1484.86 PASS AF=0.764331;AO=120;DP=157;FAO=120;FDP=157;FR=.;FRO=37;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0241847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.914;QD=37.8309;RBI=0.0281211;REFB=-0.0193534;REVB=0.014349;RO=37;SAF=67;SAR=53;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798305;STB=0.542561;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00639161;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:37:37:120:120:0.764331:53:67:14:23:53:67:14:23 chr22 23047069 . C A 337.48 PASS AF=0.717949;AO=26;DP=37;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0131419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.996;QD=34.6133;RBI=0.0181331;REFB=-0.0193662;REVB=0.012494;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123609;STB=0.554693;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00879229;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:39:11:11:26:28:0.717949:13:13:3:8:15:13:3:8 chr22 23047104 . G A 273.22 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0529713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.2754;QD=20.2383;RBI=0.0552459;REFB=-0.0589706;REVB=0.015689;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150254;STB=0.522682;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0219045;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:25:28:29:0.537037:15:13:5:14:16:13:10:15 chr22 23047144 . C T 385.5 PASS AF=0.616667;AO=35;DP=52;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00378243;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.049;QD=25.6999;RBI=0.0291293;REFB=-0.05362;REVB=0.0288827;RO=17;SAF=20;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096242;STB=0.610505;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.012326;OID=.;OPOS=23047144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:60:17:23:35:37:0.616667:15:20:7:10:15:22:7:16 chr22 23047146 . CCT TAC 363.99 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0037738;FXX=0.065563;HRUN=4;LEN=3;MLLD=253.848;QD=25.5433;RBI=0.0150913;REFB=-0.00823965;REVB=-0.0146118;RO=22;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197697;STB=0.60833;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.00829523;OID=.;OPOS=23047146;OREF=CCT;OALT=TAC;OMAPALT=TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:57:22:22:35:35:0.614035:14:21:7:15:14:21:7:15 chr22 23047290 . G A 681.27 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=79;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0459276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7987;QD=34.4945;RBI=0.0464469;REFB=0.00568738;REVB=-0.00692589;RO=21;SAF=36;SAR=21;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129591;STB=0.576896;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00212944;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:21:22:57:57:0.721519:21:36:8:13:21:36:8:14 chr22 23054916 . G T 400.95 PASS AF=0.727273;AO=31;DP=43;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0310312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.021;QD=36.45;RBI=0.0466788;REFB=-0.0442497;REVB=0.0348709;RO=12;SAF=20;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342158;STB=0.512041;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0139494;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:12:12:31:32:0.727273:11:20:7:5:12:20:7:5 chr22 23055421 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00540952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.665;QD=57.8351;RBI=0.00672353;REFB=-0.0165178;REVB=-0.00399287;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000169053;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:0:1:39:30:0:1 chr22 23055440 . C A 1098.29 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.731;QD=60.1802;RBI=0.0533522;REFB=0;REVB=0.0345992;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144956;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:68:73:1:41:27:0:0:42:31:0:0 chr22 23055533 . G A 2041.81 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00503483;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.12;QD=60.9497;RBI=0.0387542;REFB=-0.0599735;REVB=0.0384258;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000205484;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:134:0:1:132:133:0.992537:64:68:0:0:65:68:0:1 chr22 23055539 . G T 2112.41 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1515;QD=62.59;RBI=0.0380478;REFB=0;REVB=-0.0101776;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105576;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:66:67:0:0:67:68:0:0 chr22 23055691 . G A 1025.03 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1912;QD=59.4218;RBI=0.115637;REFB=0;REVB=0.0278899;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672884;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:34:35:0:0 chr22 23077555 . T C 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0031586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.895;QD=57.4355;RBI=0.0377551;REFB=-0.0966603;REVB=0.0376227;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00237693;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:0:1:39:28:0:1 chr22 23089941 . ACT A 543.23 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924388;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.548;QD=60.3593;RBI=0.100375;REFB=0;REVB=0.0391168;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00056127;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:39:36:36:0:14:22:0:0:4:0:9:21:0:0 chr22 23101216 . A G 256.06 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.78;QD=51.212;RBI=0.0390597;REFB=0;REVB=0.0378259;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291355;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:17:3:0:0 chr22 23101221 . A G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304283;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.979;QD=51.9852;RBI=0.0390322;REFB=0;REVB=0.0244466;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271514;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr22 23101247 . GC AT 392.41 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406273;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.278;QD=56.0582;RBI=0.0530095;REFB=0;REVB=0.0340504;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00042503;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr22 23101280 . C T 542.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182566;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.52;QD=60.2456;RBI=0.0486336;REFB=0;REVB=0.0450768;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426315;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr22 23101301 . A G 660.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.231;QD=61.4169;RBI=0.0246854;REFB=0;REVB=0.0236633;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48911e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:20:20:0:0:22:21:0:0 chr22 23101523 . G A 2173.02 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.374;QD=62.9861;RBI=0.0242057;REFB=0;REVB=0.0165628;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91735e-05;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:136:138:1:66:70:0:0:66:72:0:0 chr22 23101559 . G T 2018.97 PASS AF=0.985075;AO=129;DP=131;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0204473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.265;QD=60.2678;RBI=0.0208019;REFB=-0.0229532;REVB=0.00382482;RO=2;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130167;STB=0.506848;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00124057;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:134:2:2:129:132:0.985075:72:57:0:2:72:60:0:2 chr22 23114327 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.182;QD=52.6072;RBI=0.0417296;REFB=0;REVB=0.00671656;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367883;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr22 23114350 . A G 221.65 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.286;QD=49.256;RBI=0.148063;REFB=0;REVB=-0.00157855;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206945;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:14:3:0:0:14:4:0:0 chr22 23114993 . G A 1589.14 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.773;QD=59.9676;RBI=0.0150877;REFB=0;REVB=-0.0142399;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63053e-05;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr22 23135351 . T G 80.34 PASS AF=0.146789;AO=16;DP=109;FAO=16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.003238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3987;QD=2.9482;RBI=0.0040835;REFB=-0.00239063;REVB=0.00248804;RO=92;SAF=6;SAR=10;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220357;STB=0.508589;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0120144;OID=.;OPOS=23135351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:109:109:92:93:16:16:0.146789:10:6:33:59:10:6:34:59 chr22 23135466 . T A 529.41 PASS AF=0.863636;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00962761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.33;QD=48.1279;RBI=0.0182547;REFB=-0.024096;REVB=0.0155095;RO=6;SAF=20;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105909;STB=0.503595;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00366014;OID=.;OPOS=23135466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:44:6:6:37:38:0.863636:17:20:3:3:18:20:3:3 chr22 23223278 . A T 300.69 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0232576;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.673;QD=23.1299;RBI=0.0245119;REFB=-0.0333848;REVB=-0.00774072;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672487;STB=0.544012;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0232889;OID=.;OPOS=23223278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:29:30:0.576923:13:16:14:8:14:16:14:8 chr22 23241705 . GC AC,GA 262.0 PASS AF=0.428571,0.571429;AO=8,2;DP=21;FAO=9,12;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108629,0.0132488;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=61.4624,65.4018;QD=49.9047;RBI=0.0142407,0.10474;REFB=0,0;REVB=0.00920842,0.103898;RO=0;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00345582,0.0232372;OID=.,.;OPOS=23241705,23241706;OREF=G,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:21:21:0:0:8,2:9,12:0.428571,0.571429:4,0:4,2:0:0:4,0:5,12:0:0 chr22 23241752 . CT CTA,TA 628.78 PASS AF=1,0;AO=19,7;DP=41;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338947,0.0173413;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=98.7387,100.327;QD=59.884;RBI=0.227262,0.136609;REFB=0,0;REVB=0.22472,-0.135504;RO=12;SAF=12,1;SAR=7,6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0910107,-0.604779;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00076921,0;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:12:0:19,7:42,0:1,0:7,6:12,1:9:3:18,0:24,0:0:0 chr22 23241754 . G A 78.48 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0118783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8283;QD=7.13412;RBI=0.0133385;REFB=-0.00730401;REVB=-0.00606808;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267995;STB=0.669281;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00216741;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:44:44:33:33:11:11:0.25:3:8:17:16:3:8:17:16 chr22 23247082 . C G 1219.56 PASS AF=0.658537;AO=107;DP=163;FAO=108;FDP=164;FR=.;FRO=56;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0514312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6502;QD=29.7455;RBI=0.052368;REFB=-0.0555185;REVB=0.00986104;RO=55;SAF=66;SAR=41;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351535;STB=0.514162;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0271341;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:55:56:107:108:0.658537:41:66:31:24:42:66:32:24 chr22 23248758 . G A 100.7 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0102853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.388;QD=16.1123;RBI=0.0162458;REFB=-0.0269968;REVB=0.0125753;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0301513;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:13:11:12:0.48:6:5:5:7:7:5:6:7 chr22 23256464 . G C 1444.85 PASS AF=0.980392;AO=94;DP=98;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0529161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9824;QD=56.6606;RBI=0.0530162;REFB=-0.040495;REVB=0.00325635;RO=4;SAF=38;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275823;STB=0.501193;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00150694;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:102:4:2:94:100:0.980392:56:38:3:1:56:44:1:1 chr22 23263602 . C T 2021.55 PASS AF=1;AO=76;DP=138;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313024;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.164;QD=55.385;RBI=0.102407;REFB=0;REVB=0.0975057;RO=0;SAF=57;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312103;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:146:0:0:76:146:1:19:57:0:0:85:61:0:0 chr22 23264785 . C A 77.29 PASS AF=0.234043;AO=7;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0375591;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.351;QD=6.578;RBI=0.0377574;REFB=-0.00345394;REVB=0.00386504;RO=25;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511756;STB=0.718349;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00821333;OID=.;OPOS=23264785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:48:47:25:36:7:11:0.234043:1:6:11:14:3:8:16:20 chr22 23438191 . C T 443.96 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.037377;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.899;QD=40.3601;RBI=0.0490126;REFB=-0.0211172;REVB=0.0317048;RO=10;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803058;STB=0.543452;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00541305;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:44:10:10:34:34:0.772727:14:20:4:6:14:20:4:6 chr22 23466387 . TG GT,TT 352.27 PASS AF=0.129032,0.516129;AO=6,27;DP=59;FAO=8,32;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=4,15;FSAR=4,17;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00972041,0.00770003;FXX=0;HRUN=10,1;LEN=2,1;MLLD=67.2813,201.966;QD=22.7272;RBI=0.0314845,0.023905;REFB=-0.0473259,-0.00492168;REVB=0.0299464,0.022631;RO=10;SAF=3,14;SAR=3,13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100718,-0.0404868;STB=0.69958,0.622353;STBP=0.249,0.036;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0238931,0.0116948;OID=.,.;OPOS=23466387,23466388;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:62:10:22:6,27:8,32:0.129032,0.516129:3,13:3,14:6:4:4,17:4,15:17:5 chr22 23474972 . A G 688.82 PASS AF=0.808824;AO=54;DP=68;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0104684;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3941;QD=40.5186;RBI=0.0120734;REFB=-0.0216968;REVB=0.00601505;RO=12;SAF=30;SAR=24;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131701;STB=0.574441;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00495863;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:12:13:54:55:0.808824:24:30:2:10:25:30:2:11 chr22 23482460 . A G 739.3 PASS AF=0.635514;AO=68;DP=107;FAO=68;FDP=107;FR=.;FRO=39;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0291289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1888;QD=27.6374;RBI=0.0332209;REFB=-0.0363176;REVB=-0.0159729;RO=36;SAF=47;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134946;STB=0.562079;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0266958;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:39:68:68:0.635514:21:47:18:18:21:47:21:18 chr22 23498329 . CA TG 136.52 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00487817;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=2;MLLD=204.579;QD=26.0029;RBI=0.022495;REFB=-0.00980866;REVB=0.0219597;RO=7;SAF=12;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266493;STB=0.651921;STBP=0.12;TYPE=mnp;VARB=0.00729142;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:7:7:14:14:0.666667:2:12:4:3:2:12:4:3 chr22 23498334 . C A 77.7 PASS AF=0.47619;AO=13;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0298253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0312;QD=14.8004;RBI=0.0739696;REFB=-0.0037063;REVB=-0.0676902;RO=8;SAF=12;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407314;STB=0.678806;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.014054;OID=.;OPOS=23498334;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:8:11:13:10:0.47619:1:12:5:3:1:9:8:3 chr22 23503121 . G A 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00556361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.854;QD=29.2201;RBI=0.0184583;REFB=-0.0120981;REVB=0.0175998;RO=12;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648258;STB=0.535684;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00607539;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:10:13:8:4:10:13:8:4 chr22 23503170 . A G 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000126654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.667;QD=8.22834;RBI=0.0701662;REFB=-0.00701657;REVB=-0.070166;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541823;STB=0.533283;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0295675;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:6:7:21:15:6:7:21:15 chr22 23503205 . G C 55.7 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00922987;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.693;QD=4.20398;RBI=0.0240865;REFB=-0.0166192;REVB=-0.0222479;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404048;STB=0.527365;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0815194;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:21:23:5:4:21:23 chr22 23504862 . C T 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00519604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.75;QD=16.9282;RBI=0.0325334;REFB=-0.0408178;REVB=0.0321158;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0378184;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:5:7:5:7:5:7 chr22 23504916 . G A 177.16 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.028857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.119;QD=10.4212;RBI=0.0305507;REFB=-0.0108171;REVB=-0.0100309;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241623;STB=0.507686;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.015205;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:42:45:23:23:0.338235:11:12:21:21:11:12:24:21 chr22 23504959 . C T 249.1 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0108366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.439;QD=11.8617;RBI=0.0699452;REFB=-0.0139541;REVB=0.0691007;RO=54;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074694;STB=0.543102;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0224255;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:13:17:27:27:13:17:27:27 chr22 23513128 . C G 205.46 PASS AF=0.18408;AO=36;DP=201;FAO=37;FDP=201;FR=.;FRO=164;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=97;FSRR=67;FWDB=-0.00173025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6148;QD=4.08869;RBI=0.00507005;REFB=-0.00551827;REVB=-0.00476567;RO=163;SAF=17;SAR=19;SRF=96;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149811;STB=0.585275;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0168928;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:163:164:36:37:0.18408:19:17:96:67:19:18:97:67 chr22 23513523 . A C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2033;QD=47.8211;RBI=0.0548933;REFB=0;REVB=-0.0082047;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216359;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr22 23523630 . C A 528.99 PASS AF=0.741935;AO=45;DP=61;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.000512349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.688;QD=34.1284;RBI=0.0268396;REFB=-0.0346748;REVB=-0.0268347;RO=16;SAF=30;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463842;STB=0.52829;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0203536;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:16:16:45:46:0.741935:15:30:12:4:16:30:12:4 chr22 23541488 . C T 444.25 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.044957;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.825;QD=31.1751;RBI=0.0466832;REFB=-0.00418478;REVB=0.0125773;RO=16;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739062;STB=0.547383;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00198629;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:16:17:40:40:0.701754:18:22:11:5:18:22:12:5 chr22 23585132 . A G 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0903903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.373;QD=3.20606;RBI=0.0903969;REFB=-0.0127318;REVB=-0.0010888;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.729692;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0474027;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:5:2:24:19:5:2:24:19 chr22 23604236 . C T 320.81 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0533189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.714;QD=33.7697;RBI=0.0533778;REFB=-0.0324769;REVB=-0.00250712;RO=11;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127367;STB=0.569309;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0127813;OID=.;OPOS=23604236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:16:11:2:9:16:11:2:9 chr22 23627369 . A G 616.0 PASS AF=0.688312;AO=53;DP=77;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0123109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.182;QD=31.9998;RBI=0.0161953;REFB=-0.0297356;REVB=-0.0105228;RO=24;SAF=17;SAR=36;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353601;STB=0.519127;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0232226;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:24:24:53:53:0.688312:36:17:9:15:36:17:9:15 chr22 23915652 . G A 57.58 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0199485;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.985;QD=4.51596;RBI=0.0200275;REFB=-0.000857778;REVB=0.00177636;RO=42;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104529;STB=0.569087;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00489857;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:51:42:42:9:9:0.176471:6:3:11:31:6:3:11:31 chr22 24034287 . CA C,CG 914.39 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=7,50;DP=64;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270933,-0.0290313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.819,104.09;QD=55.4174;RBI=0.0271116,0.104471;REFB=0,0;REVB=0.000996672,0.100356;RO=0;SAF=2,34;SAR=5,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0281587,0.00316215;OID=.,.;OPOS=24034288,24034288;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:7,50:64:1,65:66:0:1,40:0,25:0:0:6:0:2,34:5,16:0:0 chr22 24035970 . C T 524.47 PASS AF=0.897436;AO=34;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000630001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.885;QD=53.7913;RBI=0.0457607;REFB=-0.0425946;REVB=0.0457564;RO=2;SAF=27;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333868;STB=0.517232;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00628271;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:34:35:0.897436:7:27:2:0:7:28:2:0 chr22 24036563 . G A 71.66 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0666115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6887;QD=7.96191;RBI=0.108459;REFB=-0.0435699;REVB=0.0855941;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509471;STB=0.765141;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0651288;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:36:23:26:10:10:0.277778:3:7:5:18:3:7:8:18 chr22 24038847 . T C 407.78 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6109;QD=54.3703;RBI=0.100428;REFB=0;REVB=0.037538;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318561;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:7:19:0:0:9:21:0:0 chr22 24086107 . A G 66.44 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0255887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.314;QD=3.79634;RBI=0.0839444;REFB=-0.00907702;REVB=-0.0799492;RO=58;SAF=4;SAR=8;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149056;STB=0.599829;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0529486;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:58:58:12:12:0.171429:8:4:26:32:8:4:26:32 chr22 24087319 . A C 130.14 PASS AF=0.3;AO=14;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0385367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.53;QD=8.67625;RBI=0.0387078;REFB=-0.00385015;REVB=0.00363613;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816695;STB=0.620308;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00921418;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:42:14:18:0.3:8:6:15:15:10:8:26:16 chr22 24106448 . G A 353.64 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0106144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.034;QD=35.3638;RBI=0.0187981;REFB=-0.0113639;REVB=0.0155146;RO=11;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107728;STB=0.558782;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00478631;OID=.;OPOS=24106448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:19:10:6:5:19:10:6:5 chr22 24143502 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.043;QD=55.0986;RBI=0.0675734;REFB=0;REVB=0.0270766;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288117;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 24158895 . A G 70.22 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0291989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.308;QD=18.7244;RBI=0.0296495;REFB=-0.00295033;REVB=-0.00514936;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00670786;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:15:6:6:6:7:0.466667:3:3:2:4:3:4:2:4 chr22 24158899 . C A 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0310297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7259;QD=6.57365;RBI=0.0429787;REFB=-0.00990949;REVB=-0.0297376;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0131362;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr22 24167513 . G A 863.91 PASS AF=0.718447;AO=74;DP=103;FAO=74;FDP=103;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0363887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.572;QD=33.5498;RBI=0.0503193;REFB=-0.0450489;REVB=0.0347548;RO=29;SAF=33;SAR=41;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725991;STB=0.538945;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0140117;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:29:29:74:74:0.718447:41:33:9:20:41:33:9:20 chr22 24167657 . G A,GA,GAA 306.68 PASS AF=0.0454545,0.0227273,0.590909;AO=6,8,13;DP=45;FAO=2,1,26;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0,13;FSAR=0,1,13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0314906,0.201619,0.108391;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=212.57,15.6093,26.3601;QD=27.8801;RBI=0.051249,0.231873,0.123092;REFB=0.000879499,-0.000234829,-6.27151e-05;REVB=-0.0404326,0.114519,0.0583362;RO=17;SAF=6,4,4;SAR=0,4,9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.717468,-0.0323108,-0.226252;STB=0.993586,0.991368,0.536557;STBP=0.215,0.282,0.553;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0494911,-0.094301,0.0694106;OID=.,.,.;OPOS=24167657,24167658,24167658;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:45:44:17:15:6,8,13:2,1,26:0.0454545,0.0227273,0.590909:0,4,9:6,4,4:9:8:0,1,13:2,0,13:9:6 chr22 24176287 . G A 1531.61 PASS AF=0.746988;AO=124;DP=166;FAO=124;FDP=166;FR=.;FRO=42;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.109634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9831;QD=36.9063;RBI=0.148688;REFB=-0.0307066;REVB=0.100442;RO=38;SAF=49;SAR=75;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358428;STB=0.52125;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.010479;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:38:42:124:124:0.746988:75:49:18:20:75:49:20:22 chr22 24180449 . C T 1333.56 PASS AF=0.736111;AO=99;DP=137;FAO=106;FDP=144;FR=.;FRO=38;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0153459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.527;QD=37.0433;RBI=0.0172668;REFB=-0.0198828;REVB=-0.00791488;RO=38;SAF=61;SAR=38;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103951;STB=0.561044;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00722439;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:144:38:38:99:106:0.736111:38:61:16:22:38:68:16:22 chr22 24212248 . A G 212.39 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0735594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8091;QD=27.4054;RBI=0.0736327;REFB=0.00793344;REVB=-0.00328499;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175983;STB=0.597348;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00233934;OID=.;OPOS=24212248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:3:8:9:11:3:8 chr22 24237463 . T C 529.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.941;QD=58.8757;RBI=0.0534462;REFB=0;REVB=0.052743;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269513;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:8:27:0:0:8:28:0:0 chr22 24459438 . T C 1389.29 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6628;QD=61.7463;RBI=0.0899944;REFB=0;REVB=0.0292155;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560413;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:45:41:0:0:47:43:0:0 chr22 24468386 . G A 115.58 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0452094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.417;QD=7.22342;RBI=0.0458573;REFB=-0.00210115;REVB=0.00768119;RO=46;SAF=6;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229768;STB=0.632496;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00778498;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:47:17:17:0.265625:11:6:25:21:11:6:25:22 chr22 24535559 . T C 99.11 PASS AF=0.171429;AO=17;DP=105;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=0.000313864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.294;QD=3.77544;RBI=0.00197431;REFB=0.00609077;REVB=0.0019492;RO=84;SAF=11;SAR=6;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847155;STB=0.521475;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.010174;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:87:17:18:0.171429:6:11:49:35:7:11:51:36 chr22 24546298 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0390489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.59;QD=13.753;RBI=0.0459619;REFB=-0.0151165;REVB=-0.0242422;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204583;STB=0.616782;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0195741;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:3:20:11:4:3:20 chr22 24564477 . C T 231.27 PASS AF=0.246377;AO=33;DP=139;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.00134149;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.157;QD=6.70339;RBI=0.0102413;REFB=-0.0133947;REVB=-0.0101531;RO=104;SAF=16;SAR=17;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670266;STB=0.528969;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0377581;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:104:104:33:34:0.246377:17:16:56:48:17:17:56:48 chr22 24579049 . G A 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0230461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.002;QD=5.62065;RBI=0.0231628;REFB=0.000250342;REVB=-0.00232226;RO=52;SAF=8;SAR=7;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310384;STB=0.688314;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000873314;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:7:8:40:12:7:8:40:12 chr22 24579157 . GA TC 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0117736;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=262.058;QD=3.24061;RBI=0.0185554;REFB=-0.00536953;REVB=-0.0143417;RO=71;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313957;STB=0.521224;STBP=0.88;TYPE=mnp;VARB=0.0335988;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:6:7:40:31:6:7:40:31 chr22 24580207 . C G 728.03 PASS AF=0.838235;AO=57;DP=68;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0132795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.119;QD=42.8255;RBI=0.019484;REFB=-0.00802423;REVB=0.0142577;RO=11;SAF=33;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103827;STB=0.505545;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00138855;OID=.;OPOS=24580207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:11:11:57:57:0.838235:24:33:6:5:24:33:6:5 chr22 24628928 . G A 226.6 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0420367;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1424;QD=20.1418;RBI=0.0504603;REFB=-0.00660861;REVB=0.0279133;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100802;STB=0.558229;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0115581;OID=.;OPOS=24628928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:23:22:22:0.488889:9:13:10:11:9:13:11:12 chr22 24717850 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.184;QD=58.1421;RBI=0.0133087;REFB=0;REVB=0.00941558;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39702e-08;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr22 24743090 . C T 541.52 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0233983;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.597;QD=47.0883;RBI=0.0254059;REFB=-0.00971399;REVB=-0.00989852;RO=6;SAF=19;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318858;STB=0.508924;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000767085;OID=.;OPOS=24743090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:45:46:6:7:39:39:0.847826:20:19:3:3:20:19:3:4 chr22 24761467 . G A 592.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.46;QD=59.2669;RBI=0.0728525;REFB=0;REVB=0.0673785;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271113;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr22 24837301 . T C 347.74 PASS AF=0.247664;AO=53;DP=214;FAO=53;FDP=214;FR=.;FRO=161;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=75;FSRR=86;FWDB=-0.0160364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.404;QD=6.49988;RBI=0.0265553;REFB=-0.00865546;REVB=-0.0211665;RO=158;SAF=21;SAR=32;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841191;STB=0.553493;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0313472;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:158:161:53:53:0.247664:32:21:73:85:32:21:75:86 chr22 24898310 . C T 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.013769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.259;QD=4.90492;RBI=0.0143071;REFB=-0.00731781;REVB=0.00388663;RO=42;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409184;STB=0.77965;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.03743;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:42:43:10:10:0.188679:1:9:28:14:1:9:29:14 chr22 24964128 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.377;QD=60.61;RBI=0.0700055;REFB=0;REVB=-0.0185489;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333797;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr22 25003922 . G A 331.23 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0452256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9672;QD=13.659;RBI=0.0500455;REFB=-0.0285442;REVB=0.021429;RO=58;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164656;STB=0.6051;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0243779;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:58:60:37:37:0.381443:13:24:29:29:13:24:29:31 chr22 25003934 . G A 104.41 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0165991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.87;QD=4.09449;RBI=0.0218991;REFB=-0.00866022;REVB=-0.0142843;RO=83;SAF=7;SAR=11;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236292;STB=0.656548;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0341609;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:83:84:18:18:0.176471:11:7:48:35:11:7:49:35 chr22 25016919 . G GC 280.0 PASS AF=0.644444;AO=5;DP=49;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.10657;FXX=0.0425441;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.361;QD=24.8884;RBI=0.120235;REFB=0.048355;REVB=-0.0556729;RO=43;SAF=0;SAR=5;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573219;STB=0.58531;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=-0.031244;OID=.;OPOS=25016920;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.644444:5:49:29:45:16:12:17:3:13:99:43:0:5:18:25 chr22 25016920 . G C 285.35 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0292449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.42;QD=23.7788;RBI=0.0292946;REFB=-0.028274;REVB=0.00170623;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314121;STB=0.680127;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0299909;OID=.;OPOS=25016920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:12:14:3:18:12:14:3:19 chr22 25045855 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.036507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.449;QD=5.1262;RBI=0.0397449;REFB=0.0027033;REVB=-0.0157129;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148562;STB=0.509782;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0197341;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:21:16:4:5:21:16 chr22 25145453 . C T 270.39 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212731;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.915;QD=51.5034;RBI=0.032733;REFB=0;REVB=-0.0248778;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166561;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr22 25145471 . A G 111.49 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00289602;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.003;QD=24.7749;RBI=0.0173066;REFB=-0.0131881;REVB=0.0170626;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629385;STB=0.535653;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00830111;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:2:4:9:3:2:4 chr22 25291181 . TTTTC CTTTC,T,TT,TTTCA 431.08 PASS AF=0,0.0243902,0.731707,0.0731707;AO=2,5,24,3;DP=40;FAO=0,1,30,3;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=0,1,15,1;FSAR=0,0,15,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.20921,-0.0162742,0.00360427,-0.043923;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,4,3,2;MLLD=9.40965,152.825,166.835,46.3514;QD=42.0561;RBI=0.228043,0.0235494,0.0267523,0.0439231;REFB=-0.0711411,-0.0915652,-0.0765994,-0.108532;REVB=-0.0907459,0.0170213,0.0265084,-9.11805e-05;RO=4;SAF=1,5,11,1;SAR=1,0,13,2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.532453,0.804028,0.123123,0.413613;STB=0.5,0.992551,0.540514,0.538213;STBP=1,0.251,0.354,0.968;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0.00791283,0.0136721,-0.0204559;OID=.,.,.,.;OPOS=25291181,25291182,25291183,25291184;OREF=T,TTTC,TTC,TC;OALT=C,-,-,CA;OMAPALT=CTTTC,T,TT,TTTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:40:41:4:7:2,5,24,3:0,1,30,3:0,0.0243902,0.731707,0.0731707:1,0,13,2:1,5,11,1:0:4:0,0,15,2:0,1,15,1:2:5 chr22 25436904 . T C 442.85 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.245;QD=57.142;RBI=0.0284698;REFB=0;REVB=0.0165062;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892899;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:10:21:0:0 chr22 25466404 . C T 52.47 PASS AF=0.235294;AO=7;DP=33;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0576858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.885;QD=6.1729;RBI=0.0608485;REFB=-0.00445104;REVB=-0.0193621;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348364;STB=0.538364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0122642;OID=.;OPOS=25466404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:34:25:26:7:8:0.235294:4:3:10:15:5:3:11:15 chr22 25570273 . G A 801.67 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101432;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3679;QD=57.2621;RBI=0.0110157;REFB=0;REVB=0.00429671;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103926;OID=.;OPOS=25570273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr22 25577688 . G A 420.08 PASS AF=0.72549;AO=36;DP=50;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0213258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8742;QD=32.947;RBI=0.11221;REFB=-0.0790057;REVB=0.110165;RO=14;SAF=17;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226276;STB=0.515915;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0338088;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:14:14:36:37:0.72549:19:17:6:8:19:18:6:8 chr22 25577733 . T C 762.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.331;QD=56.4822;RBI=0.0242456;REFB=0;REVB=-0.0132384;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51546e-05;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:28:22:0:0:31:23:0:0 chr22 25601196 . C G 723.14 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4057;QD=62.8819;RBI=0.0476052;REFB=0;REVB=0.0286653;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786687;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:16:30:0:0 chr22 25623862 . T C 102.39 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0160766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7693;QD=9.10149;RBI=0.0457445;REFB=-0.0196467;REVB=-0.0428264;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117318;STB=0.583204;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0397015;OID=.;OPOS=25623862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:5:8:16:15:5:8:16:16 chr22 26159289 . G A 536.25 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.313;QD=55.0003;RBI=0.0287166;REFB=-0.169136;REVB=-0.007372;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508316;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00101792;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:13:24:0:0:13:24:1:1 chr22 26164079 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.737;QD=53.9083;RBI=0.0254522;REFB=0;REVB=-0.00936933;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81508e-05;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr22 26166900 . G C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.472;QD=53.3623;RBI=0.0420071;REFB=-0.12083;REVB=0.0217308;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00478278;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr22 26173661 . T C 293.78 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320706;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.865;QD=53.4146;RBI=0.0514153;REFB=0;REVB=0.0401872;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015249;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr22 26193982 . C G 115.66 PASS AF=0.301887;AO=13;DP=50;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0155805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6283;QD=8.72887;RBI=0.0780812;REFB=-0.0114755;REVB=0.0765109;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303948;STB=0.603057;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0152272;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:36:37:13:16:0.301887:7:6:8:28:10:6:9:28 chr22 26194045 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=-0.0318919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.063;QD=4.16596;RBI=0.0319153;REFB=-0.00531924;REVB=-0.00122301;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254092;STB=0.538358;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0135521;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:31:33:7:7:0.175:6:1:2:29:6:1:4:29 chr22 26239850 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6552;QD=51.9161;RBI=0.0787256;REFB=0;REVB=-0.0387968;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806012;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr22 26422454 . T C 460.0 PASS AF=0.719298;AO=39;DP=56;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0122537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.962;QD=32.2804;RBI=0.0164353;REFB=-0.0387642;REVB=0.010953;RO=16;SAF=20;SAR=19;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738527;STB=0.531717;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0147086;OID=.;OPOS=26422454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:16:16:39:41:0.719298:19:20:6:10:21:20:6:10 chr22 26422980 . A G 689.16 PASS AF=0.75;AO=56;DP=76;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00964351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.108;QD=36.2717;RBI=0.0174901;REFB=-0.00963745;REVB=-0.0145913;RO=19;SAF=30;SAR=26;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04558;STB=0.526453;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00235658;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:19:56:57:0.75:26:30:12:7:27:30:12:7 chr22 26853905 . C A 582.62 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.801;QD=58.2618;RBI=0.0142534;REFB=-0.120846;REVB=0.00428294;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000832004;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr22 26854441 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.538;QD=62.0164;RBI=0.054328;REFB=0;REVB=0.0534287;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313701;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr22 26859942 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.419;QD=55.0987;RBI=0.0296123;REFB=0;REVB=0.0195366;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111718;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr22 26860269 . G C 70.84 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0149599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.021;QD=7.45705;RBI=0.0252658;REFB=-0.00385363;REVB=-0.0203607;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169718;STB=0.605062;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0371959;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:18:10:5:5:18:10 chr22 26862041 . G A 186.13 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0141089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5608;QD=7.1587;RBI=0.0143973;REFB=-0.00631184;REVB=-0.00286755;RO=77;SAF=16;SAR=11;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267438;STB=0.516117;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0152968;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:11:16:44:33:11:16:44:33 chr22 26862212 . T C 775.11 PASS AF=0.982456;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.242;QD=54.3934;RBI=0.0616126;REFB=-0.0635215;REVB=0.0552524;RO=0;SAF=41;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12541e-08;STB=0.516123;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000259064;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:57:0:1:51:56:0.982456:10:41:0:0:15:41:0:1 chr22 26879967 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00193322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.004;QD=23.2183;RBI=0.0720366;REFB=-0.0482609;REVB=0.0720107;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0147686;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr22 26884039 . G A 655.0 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=56;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0033969;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.063;QD=47.6361;RBI=0.00712002;REFB=0.00292189;REVB=0.00625745;RO=5;SAF=34;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585319;STB=0.531633;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000511383;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:55:5:5:49:50:0.909091:15:34:2:3:15:35:2:3 chr22 26895337 . G A 728.57 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=57.1426;RBI=0.0283051;REFB=0;REVB=0.0168062;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136207;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr22 26937327 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.816;QD=59.8394;RBI=0.0618235;REFB=0;REVB=0.0389573;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107352;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr22 26951185 . C G 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0267513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.256;QD=32.352;RBI=0.0269317;REFB=0.00414693;REVB=0.00311218;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00064707;OID=.;OPOS=26951185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr22 27021456 . T TC 168.13 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326005;FXX=0.296187;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.778;QD=35.3948;RBI=0.0620467;REFB=0;REVB=-0.0527921;RO=24;SAF=0;SAR=3;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.742961;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00707973;OID=.;OPOS=27021457;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:27:19:19:0:12:7:0:0:3:24:0:3:20:4 chr22 27021457 . T C,G 365.67 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=24,3;DP=27;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317343,-0.0470552;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=165.39,11.4829;QD=54.1734;RBI=0.045709,0.0548856;REFB=0,0;REVB=0.0328975,0.0282531;RO=0;SAF=20,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.83186e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=5.96023e-05,0.169937;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:27:27:0:0:24,3:24,3:0.888889,0.111111:4,3:20,0:0:0:4,3:20,0:0:0 chr22 28248670 . C T 287.34 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0252354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.218;QD=38.3124;RBI=0.0259619;REFB=-0.0641594;REVB=-0.00609878;RO=6;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110651;STB=0.560294;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0198186;OID=.;OPOS=28248670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:9:15:2:4:9:15:2:4 chr22 28316590 . CT CTG,CTGG,TG 459.14 PASS AF=1,0,0;AO=32,5,4;DP=44;FAO=44,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,0;FSAR=29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902326,-0.00412094,-0.036316;FXX=0;HRUN=2,2,3;LEN=1,2,2;MLLD=14.929,8.97513,4.9803;QD=41.7399;RBI=0.0727545,0.0387736,0.0569446;REFB=0,0,0;REVB=-0.0721928,-0.038554,-0.0438616;RO=1;SAF=14,0,1;SAR=18,5,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0252339,0,0.119989;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=-0.0154831,0.0652423,0.0251971;OID=.,.,.;OPOS=28316592,28316592,28316590;OREF=-,-,CT;OALT=G,GG,TG;OMAPALT=CTG,CTGG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:32,5,4:44,0,0:1,0,0:18,5,3:14,0,1:0:1:29,0,0:15,0,0:0:0 chr22 28503054 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0316314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9377;QD=10.8239;RBI=0.0386467;REFB=-0.00354473;REVB=-0.0222041;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846107;STB=0.512175;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00235999;OID=.;OPOS=28503054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:9:13:7:5:10:13 chr22 29182500 . C A 996.5 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.999;QD=58.6175;RBI=0.0135217;REFB=0;REVB=-0.0116371;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53525e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr22 29446610 . CA C,CC 981.74 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=17,50;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,55;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679451,0.0597884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.942,271.14;QD=58.6111;RBI=0.0913916,0.0847493;REFB=0,0;REVB=0.0611219,0.0600649;RO=0;SAF=13,43;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.2537e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0172822,0.00192758;OID=.,.;OPOS=29446611,29446611;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:17,50:67:1,66:67:0:1,55:0,11:0:0:4:0:13,43:4,7:0:0 chr22 29450923 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.981;QD=60.6078;RBI=0.0518209;REFB=0;REVB=0.0393176;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533895;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr22 29453027 . A G 618.88 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00927312;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9169;QD=58.9407;RBI=0.0447548;REFB=-0.0284192;REVB=0.0437836;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00150458;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:40:41:0.97619:19:21:0:0:19:22:0:1 chr22 29453193 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.538;QD=63.2866;RBI=0.051538;REFB=0;REVB=0.0341348;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044871;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr22 29454778 . G A 792.55 PASS AF=0.835616;AO=61;DP=74;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0159128;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.019;QD=43.4273;RBI=0.0218369;REFB=-0.0246338;REVB=0.0149543;RO=12;SAF=30;SAR=31;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231551;STB=0.512356;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00398895;OID=.;OPOS=29454778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:73:12:12:61:61:0.835616:31:30:5:7:31:30:5:7 chr22 29456699 . A G 860.44 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=136;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00497666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3316;QD=24.9404;RBI=0.0173239;REFB=-0.0249193;REVB=-0.0165937;RO=57;SAF=40;SAR=39;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521377;STB=0.53528;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0112592;OID=.;OPOS=29456699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:57:59:79:79:0.572464:39:40:25:32:39:40:25:34 chr22 29456733 . T C 365.39 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00947348;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2701;QD=12.4919;RBI=0.0240619;REFB=-0.00296644;REVB=-0.0221185;RO=73;SAF=20;SAR=24;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574067;STB=0.532695;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00665;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:73:73:44:44:0.376068:24:20:37:36:24:20:37:36 chr22 29542748 . C A 1252.97 PASS AF=1;AO=75;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147937;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3483;QD=60.384;RBI=0.0153711;REFB=0;REVB=0.00417332;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00895306;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:75:83:1:40:35:0:0:43:40:0:0 chr22 29621128 . C G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.738;QD=49.5904;RBI=0.0470426;REFB=0;REVB=0.0368504;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15459e-05;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr22 29630337 . G A 400.06 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00636249;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.073;QD=35.561;RBI=0.00675148;REFB=-0.0287023;REVB=0.00225859;RO=13;SAF=17;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158608;STB=0.586154;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00949448;OID=.;OPOS=29630337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:15:17:3:10:15:17:3:10 chr22 29656354 . C CG 30.93 PASS AF=0.175676;AO=15;DP=76;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.00847565;FXX=0.0133316;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.578;QD=1.67213;RBI=0.0441642;REFB=-0.00610068;REVB=-0.0433433;RO=60;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271321;STB=0.682676;STBP=0.205;TYPE=ins;VARB=0.149607;OID=.;OPOS=29656355;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676:15:76:13:74:61:7:6:19:42:30:60:8:7:19:41 chr22 29659960 . C T 373.79 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.120332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3342;QD=31.8117;RBI=0.120664;REFB=-0.0514201;REVB=0.00894161;RO=16;SAF=21;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198052;STB=0.608623;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0250909;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:10:21:6:10:10:21:6:10 chr22 29704125 . C T 845.6 PASS AF=0.802469;AO=65;DP=82;FAO=65;FDP=81;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0102134;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.4;QD=41.7581;RBI=0.0132358;REFB=-0.0348151;REVB=0.00841859;RO=16;SAF=30;SAR=35;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556853;STB=0.529741;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00444041;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:82:81:16:16:65:65:0.802469:35:30:5:11:35:30:5:11 chr22 29727866 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0616419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2668;QD=7.03208;RBI=0.0653647;REFB=0.00593154;REVB=-0.0217443;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334194;STB=0.705124;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0420785;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:7:19:4:5:7:19 chr22 29727886 . T C 81.3 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351208;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3617;QD=40.651;RBI=0.0352495;REFB=0;REVB=0.00300935;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744162;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr22 29755888 . T C 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00796373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.302;QD=2.65217;RBI=0.014172;REFB=-0.00353289;REVB=0.0117229;RO=70;SAF=4;SAR=7;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251378;STB=0.67513;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0341377;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:7:4:40:30:7:4:40:30 chr22 29885861 . T C 56.37 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221324;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.176;QD=37.5803;RBI=0.0282438;REFB=0;REVB=0.0175462;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194956;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr22 29886413 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.258;QD=59.0088;RBI=0.0802001;REFB=0;REVB=0.0800757;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516372;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr22 29886893 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.125;QD=49.5992;RBI=0.0694642;REFB=0;REVB=-0.00463173;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108728;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr22 29904519 . T C 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00541887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.708;QD=7.23111;RBI=0.0107688;REFB=-0.0133345;REVB=-0.00930608;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101438;STB=0.544901;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.04943;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:47:17:17:0.265625:8:9:20:25:8:9:22:25 chr22 29908072 . C T 769.93 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010948;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.675;QD=64.161;RBI=0.0125928;REFB=0;REVB=-0.00622243;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75629e-06;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr22 29913272 . C T 994.16 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.37;QD=57.6326;RBI=0.0322585;REFB=-0.0720739;REVB=0.0112598;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000287105;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:28:40:0:0:28:40:0:1 chr22 29925221 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.205;QD=61.3359;RBI=0.020383;REFB=0;REVB=-0.0179433;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39468e-05;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr22 30163526 . A G 71.65 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0209463;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.853;QD=6.36851;RBI=0.0233855;REFB=0.00318146;REVB=-0.0103988;RO=34;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483491;STB=0.817411;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0176253;OID=.;OPOS=30163526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:45:45:34:35:10:10:0.222222:1:9:20:14:1:9:21:14 chr22 30189642 . C T 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0126244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.169;QD=3.89378;RBI=0.0147207;REFB=-0.00634724;REVB=0.00757119;RO=53;SAF=5;SAR=6;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25457;STB=0.666389;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0300282;OID=.;OPOS=30189642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:6:5:35:18:6:5:35:18 chr22 30367014 . A T 255.19 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0149485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3379;QD=36.455;RBI=0.0214695;REFB=0.00805632;REVB=0.0154104;RO=6;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365744;STB=0.519982;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00057013;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:13:9:3:3:13:9:3:3 chr22 30403996 . C T 487.83 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0194448;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.44;QD=32.5217;RBI=0.0195069;REFB=0.00158898;REVB=-0.00155601;RO=15;SAF=22;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104045;STB=0.521729;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000466677;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:15:17:43:43:0.716667:21:22:8:7:21:22:10:7 chr22 30421961 . TCCCCCT TCCCCT,TCCCCTC 94.45 PASS AF=0.23301,0.0873786;AO=33,17;DP=113;FAO=24,9;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=17,8;FSAR=7,1;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.00806172,-0.0656271;FXX=0.0720656;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.74883,85.7388;QD=3.66798;RBI=0.109821,0.0707647;REFB=-0.199917,-0.0233926;REVB=-0.109524,-0.0264711;RO=47;SAF=17,16;SAR=16,1;SRF=11;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.291877,0.768805;STB=0.766073,0.92453;STBP=0.002,0.023;TYPE=del,mnp;VARB=0.177823,0.133315;OID=.,.;OPOS=30421962,30421966;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=TCCCCT,TCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23301,0.0873786:33,17:113:24,9:103:70:17,8:7,1:23:47:46:47:17,16:16,1:11:36 chr22 30423744 . G A 193.68 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00451873;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.772;QD=22.7855;RBI=0.0181853;REFB=-0.0102251;REVB=-0.0176149;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710913;STB=0.574999;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00788668;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:15:19:19:0.558824:12:7:6:7:12:7:8:7 chr22 30638721 . G A 484.85 PASS AF=0.770833;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0581636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7378;QD=40.4038;RBI=0.0583861;REFB=-0.0204364;REVB=0.00509253;RO=10;SAF=20;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225766;STB=0.526182;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00763213;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:48:10:11:36:37:0.770833:16:20:5:5:16:21:5:6 chr22 30681257 . C G 286.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.682;QD=52.0768;RBI=0.0454207;REFB=0;REVB=0.0394843;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115477;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:7:15:0:0 chr22 30689998 . G A 634.36 PASS AF=0.746479;AO=53;DP=71;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0061462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.153;QD=35.7383;RBI=0.0162964;REFB=-0.0218512;REVB=0.015093;RO=18;SAF=36;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199819;STB=0.607724;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00633812;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:18:18:53:53:0.746479:17:36:5:13:17:36:5:13 chr22 30714684 . A C 562.8 PASS AF=1;AO=26;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.091;QD=60.8437;RBI=0.192341;REFB=0;REVB=0.192044;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968861;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:26:37:1:5:21:0:0:16:21:0:0 chr22 30770603 . T A 1110.11 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114887;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.076;QD=60.0058;RBI=0.0115813;REFB=0;REVB=0.00146171;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290923;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr22 30771554 . T G 970.67 PASS AF=0.985294;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.1;QD=57.0981;RBI=0.0874968;REFB=-0.141148;REVB=-0.0836371;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000563626;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:68:0:1:63:67:0.985294:39:24:0:0:39:28:1:0 chr22 30772686 . C T 61.93 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0444675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3201;QD=7.50675;RBI=0.0445133;REFB=-0.0329254;REVB=-0.00201858;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162722;STB=0.510181;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.031669;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:13:11:4:5:13:11 chr22 30772688 . G A 262.44 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0199437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.346;QD=30.8747;RBI=0.0257881;REFB=-0.0275644;REVB=0.0163485;RO=10;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363757;STB=0.512305;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00945879;OID=.;OPOS=30772688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:34:10:10:23:24:0.705882:10:13:5:5:11:13:5:5 chr22 30782089 . A G 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0379649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7846;QD=9.33424;RBI=0.0920443;REFB=-0.00799828;REVB=-0.0838499;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062043;STB=0.537789;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0220324;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:11:20:9:4:11:20 chr22 30782731 . G A 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0182002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.321;QD=26.3371;RBI=0.021492;REFB=-0.0138547;REVB=0.0114307;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133669;STB=0.573968;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00949491;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:10:5:12:11:10:5 chr22 30793137 . G A 61.78 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0389608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0089;QD=7.2678;RBI=0.0619522;REFB=0.00300207;REVB=0.0481677;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320652;STB=0.710537;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00209307;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:8:1:7:18:8:1:7:18 chr22 30794719 . C T 860.56 PASS AF=0.718447;AO=73;DP=103;FAO=74;FDP=103;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=58;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0436979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4655;QD=33.4198;RBI=0.0438056;REFB=-0.0398471;REVB=-0.00306939;RO=30;SAF=15;SAR=58;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744801;STB=0.52409;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0159801;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:30:29:73:74:0.718447:58:15:9:21:58:16:8:21 chr22 30803160 . CCAC CC,CCCT 510.45 PASS AF=0.880952,0;AO=31,2;DP=41;FAO=37,0;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=15,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.10312,0.139707;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=267.195,49.4926;QD=48.614;RBI=0.103983,0.141774;REFB=0.0248227,-0.0132733;REVB=-0.0133681,-0.0241189;RO=5;SAF=14,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119157,0;STB=0.550994,0.5;STBP=0.104,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00334065,0;OID=.,.;OPOS=30803161,30803162;OREF=CA,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=CC,CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.880952,0:31,2:41:37,0:42:5:15,0:22,0:0:5:26:5:14,0:17,2:0:5 chr22 30819758 . G A 132.7 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=118;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0253202;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7075;QD=4.53666;RBI=0.0276587;REFB=0.00391797;REVB=0.0111307;RO=95;SAF=12;SAR=11;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326748;STB=0.516764;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0150496;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:95:94:23:23:0.196581:11:12:52:43:11:12:51:43 chr22 30820707 . A G 294.16 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0177229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.325;QD=34.6075;RBI=0.0202315;REFB=-0.00199524;REVB=0.00975764;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563413;STB=0.530781;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00115546;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:14:11:5:4:14:11:5:4 chr22 30823113 . T G 199.59 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0100735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.985;QD=36.2888;RBI=0.0186467;REFB=-0.0221345;REVB=0.0156916;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490304;STB=0.526852;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00493136;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:11:7:1:3:11:7:1:3 chr22 30823196 . T C,G 494.07 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=32,2;DP=34;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03326,0.000969732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.771,70.7485;QD=58.1264;RBI=0.0363389,0.00554814;REFB=0,0;REVB=-0.0146387,-0.00546273;RO=0;SAF=11,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00128064,0.190861;OID=.,.;OPOS=30823196,30823196;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:34:34:0:0:32,2:33,1:0.970588,0.0294118:21,1:11,1:0:0:21,1:12,0:0:0 chr22 30857373 . A C 567.2 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6554;QD=58.1743;RBI=0.0692836;REFB=-0.00994967;REVB=0.0657725;RO=1;SAF=26;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297985;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:1:0:37:39:1:11:26:1:0:12:27:0:0 chr22 30857448 . A G 603.14 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405669;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.926;QD=61.8606;RBI=0.0501368;REFB=0;REVB=0.0294623;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031351;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr22 30860830 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0374256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6629;QD=8.74456;RBI=0.0603263;REFB=0.0073928;REVB=-0.0473137;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778683;STB=0.54754;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0224636;OID=.;OPOS=30860830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:13:17:6:6:13:17 chr22 30862400 . T A 570.32 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.773;QD=60.0332;RBI=0.0262692;REFB=0;REVB=0.0254551;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79954e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr22 30864610 . A G 479.59 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0162067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4921;QD=42.6302;RBI=0.035852;REFB=0.0053071;REVB=-0.0319798;RO=9;SAF=22;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639545;STB=0.534507;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00131938;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:14:22:4:5:14:22:4:5 chr22 30864792 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0910843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7767;QD=43.0153;RBI=0.109573;REFB=-0.00909081;REVB=0.0609096;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000165852;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr22 30864817 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.083017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.995;QD=35.5759;RBI=0.0861026;REFB=0;REVB=0.0228437;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00363475;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr22 30927975 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.291;QD=48.7305;RBI=0.052754;REFB=0;REVB=0.0385334;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246587;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr22 30934816 . T C 94.71 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0190098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1714;QD=6.64651;RBI=0.0678548;REFB=0.0164336;REVB=-0.0651376;RO=43;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243149;STB=0.650658;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0672961;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:9:5:24:19:9:5:24:19 chr22 30934887 . G A 70.12 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0879039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2907;QD=6.84084;RBI=0.112787;REFB=0.00233689;REVB=0.0706668;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515121;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00197171;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:6:4:12:18:6:4:13:18 chr22 30953295 . C T 137.78 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0215769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.705;QD=11.4818;RBI=0.0519901;REFB=-0.00553902;REVB=0.0473013;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141128;STB=0.583232;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0151588;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:12:20:8:8:12:20 chr22 31011610 . G C 211.54 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0347677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.074;QD=35.2569;RBI=0.0355203;REFB=-0.010684;REVB=0.00727325;RO=5;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687825;STB=0.537738;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00339257;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:8:11:2:3:8:11:2:3 chr22 31032920 . A G 221.15 PASS AF=0.740741;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00415894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.939;QD=32.763;RBI=0.00416004;REFB=-0.0295569;REVB=-9.58525e-05;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477228;STB=0.531567;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00529869;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:7:7:19:20:0.740741:10:9:4:3:11:9:4:3 chr22 31043766 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00449531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.583;QD=28.5377;RBI=0.0127743;REFB=0.0103461;REVB=0.0119572;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00309104;OID=.;OPOS=31043766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr22 31060029 . G C 69.33 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.120694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3695;QD=30.8113;RBI=0.135704;REFB=0.0470819;REVB=0.0620355;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0123116;OID=.;OPOS=31060029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:1:1:7:8:0.888889:4:3:1:0:5:3:1:0 chr22 31090229 . GCCT GCCC,GCT,GCTT 590.96 PASS AF=0.0416667,0.958333,0;AO=2,37,2;DP=48;FAO=2,46,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18,0;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.208769,0.2954,0.208769;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=35.7364,18.9054,7.14124;QD=49.2468;RBI=0.209907,0.299214,0.209907;REFB=0.0345381,-0.0280664,-0.0345381;REVB=0.0218196,0.0476202,-0.0218196;RO=6;SAF=2,12,0;SAR=0,25,2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0.228763,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.185757,-0.794076;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0709958,0.0267853,0;OID=.,.,.;OPOS=31090232,31090230,31090231;OREF=T,C,C;OALT=C,-,T;OMAPALT=GCCC,GCT,GCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333,0:2,37,2:48:2,46,0:48:0:2,18,0:0,28,0:0:0:9:6:2,12,0:0,25,2:6:0 chr22 31266546 . T C 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.125;QD=63.8567;RBI=0.0192824;REFB=0;REVB=0.000691386;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37196e-05;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr22 31302233 . T C 138.27 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00639016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.78;QD=12.862;RBI=0.00670178;REFB=-0.0234814;REVB=0.00201983;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101276;STB=0.545397;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0335418;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:27:14:16:0.372093:9:5:12:15:10:6:12:15 chr22 31303606 . GTTTTTA GTTT,GTTTTA 194.5 PASS AF=0.138686,0.277372;AO=17,31;DP=137;FAO=19,38;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=11,15;FSAR=8,23;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.000360903,0.0741443;FXX=0.0419551;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=236.831,10.6235;QD=5.67895;RBI=0.0279428,0.0766392;REFB=-0.00138703,-0.12325;REVB=0.0279405,0.0193956;RO=72;SAF=11,15;SAR=6,16;SRF=52;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10917,-0.284597;STB=0.603503,0.698364;STBP=0.378,0.01;TYPE=del,del;VARB=0.0140865,0.0622814;OID=.,.;OPOS=31303610,31303607;OREF=TTA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.138686,0.277372:17,31:137:19,38:137:80:11,15:8,23:56:24:85:72:11,15:6,16:52:20 chr22 31303619 . TAAA TAA,T,TATA 536.55 PASS AF=0.703704,0.0740741,0.214815;AO=45,15,28;DP=141;FAO=95,10,29;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=48,4,14;FSAR=47,6,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.331185,-0.110615,-0.0200115;FXX=0.0425502;HRUN=11,11,11;LEN=1,3,1;MLLD=4.68791,10.0799,167.002;QD=15.8977;RBI=0.356119,0.118305,0.0369448;REFB=-0.448426,-0.175963,-0.0615492;REVB=0.130909,0.041958,-0.0310558;RO=22;SAF=21,10,13;SAR=24,5,15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.147433,0.427662,0.192933;STB=0.505154,0.555443,0.517229;STBP=0.509,0.304,0.548;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0607581,0.0885987,0.0180622;OID=.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303621;OREF=A,AAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.703704,0.0740741,0.214815:45,15,28:141:95,10,29:135:1:48,4,14:47,6,15:1:0:99:22:21,10,13:24,5,15:5:17 chr22 31333631 . T C 183.41 PASS AF=0.27451;AO=25;DP=99;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00461716;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.653;QD=7.19251;RBI=0.0285108;REFB=-0.00243047;REVB=-0.0281345;RO=60;SAF=19;SAR=6;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382953;STB=0.669835;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00514238;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:60:74:25:28:0.27451:6:19:27:33:9:19:33:41 chr22 31342376 . G C 205.54 PASS AF=0.267857;AO=30;DP=113;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.0058155;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.233;QD=7.34066;RBI=0.0237021;REFB=-0.00779092;REVB=0.0229776;RO=82;SAF=9;SAR=21;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416556;STB=0.524983;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0233967;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:82:82:30:30:0.267857:21:9:27:55:21:9:27:55 chr22 31354653 . G A 93.34 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00991403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.885;QD=5.49034;RBI=0.0222828;REFB=-0.00307025;REVB=-0.0199558;RO=53;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885607;STB=0.555483;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0122835;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:7:8:32:21:7:8:32:21 chr22 31522450 . G A 444.62 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0292352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.911;QD=46.8017;RBI=0.0379387;REFB=-0.007723;REVB=0.0241795;RO=5;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140782;STB=0.575712;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000582882;OID=.;OPOS=31522450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:38:5:5:33:33:0.868421:19:14:5:0:19:14:5:0 chr22 31533796 . G C 658.58 PASS AF=0.640449;AO=56;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0165549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.058;QD=29.5991;RBI=0.0345493;REFB=-0.0105111;REVB=0.0303247;RO=31;SAF=34;SAR=22;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263456;STB=0.510687;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00475384;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:32:56:57:0.640449:22:34:20:11:23:34:20:12 chr22 31533967 . G A 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.791;QD=37.8897;RBI=0.0276797;REFB=-0.0183486;REVB=0.00285964;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00666074;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr22 31535872 . G C 353.74 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.103368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8555;QD=35.3742;RBI=0.120149;REFB=-0.0904453;REVB=-0.061244;RO=11;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580721;STB=0.531577;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0299242;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:11:18:8:3:11:18:8:3 chr22 31535995 . C G 61.41 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.057661;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.427;QD=5.01331;RBI=0.0641434;REFB=-0.0213917;REVB=-0.0280997;RO=36;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503571;STB=0.856269;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0534215;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:46:49:36:40:9:9:0.183673:8:1:17:19:8:1:20:20 chr22 31536133 . A C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0869;QD=63.869;RBI=0.0170963;REFB=0;REVB=0.0160635;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212392;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr22 31556103 . A G 193.2 PASS AF=0.157895;AO=36;DP=244;FAO=39;FDP=247;FR=.;FRO=208;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=112;FSRR=96;FWDB=-0.0288023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.6;QD=3.12881;RBI=0.0375797;REFB=-0.00396365;REVB=0.0241383;RO=207;SAF=21;SAR=15;SRF=111;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611293;STB=0.566292;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0198137;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:207:208:36:39:0.157895:15:21:111:96:15:24:112:96 chr22 31602671 . C T 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00987689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5913;QD=4.76313;RBI=0.0202953;REFB=0.0336374;REVB=-0.0177298;RO=39;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393127;STB=0.755283;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0207236;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:39:40:9:9:0.183673:7:2:21:18:7:2:21:19 chr22 31626125 . A G 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0254584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.879;QD=18.821;RBI=0.0349081;REFB=-0.0039463;REVB=-0.023884;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353535;STB=0.709233;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0029365;OID=.;OPOS=31626125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:1:11:7:3:1:11:7:3 chr22 31663842 . C G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.444;QD=61.6814;RBI=0.0327286;REFB=0;REVB=0.032482;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171999;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr22 31673111 . A G 64.05 PASS AF=0.192308;AO=9;DP=51;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00253426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.629;QD=4.92665;RBI=0.00404969;REFB=-0.00591503;REVB=-0.00315872;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119576;STB=0.531186;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.01714;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:51:52:38:42:9:10:0.192308:6:3:13:25:7:3:14:28 chr22 31673116 . A G 58.47 PASS AF=0.208333;AO=8;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0102896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.681;QD=4.87265;RBI=0.0104679;REFB=-0.00230895;REVB=0.00192386;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676294;STB=0.538383;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00300536;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:37:38:8:10:0.208333:5:3:12:25:7:3:13:25 chr22 31679110 . G C 595.37 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.389;QD=61.064;RBI=0.188435;REFB=0;REVB=0.186495;RO=1;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639649;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:33:39:1:9:24:0:1:11:28:0:0 chr22 31859859 . A G 332.07 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00532256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.038;QD=32.3973;RBI=0.0430964;REFB=-0.017449;REVB=-0.0427665;RO=12;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457483;STB=0.536559;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0133433;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:12:13:28:28:0.682927:14:14:5:7:14:14:5:8 chr22 31971258 . T C 563.86 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6775;QD=57.8315;RBI=0.0260942;REFB=-0.13989;REVB=0.0230306;RO=1;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049227;STB=0.526302;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00320632;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:9:29:0:1:9:29:0:1 chr22 32011225 . T C 233.32 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8867;QD=49.1195;RBI=0.1762;REFB=0;REVB=-0.0838944;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00608784;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:11:8:0:0 chr22 32015450 . T G 501.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.912;QD=58.9729;RBI=0.025791;REFB=0;REVB=0.0247799;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105853;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr22 32110163 . G A 90.45 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0490677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4904;QD=6.7002;RBI=0.0566864;REFB=-0.0170622;REVB=-0.028385;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351516;STB=0.692012;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0557947;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:38:41:13:13:0.240741:9:4:23:15:9:4:23:18 chr22 32211390 . T C 48.49 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0245333;FXX=0.0370233;HRUN=22;LEN=1;MLLD=86.9789;QD=7.46055;RBI=0.0417313;REFB=-0.00336552;REVB=-0.0337582;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542292;STB=0.856201;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0094727;OID=.;OPOS=32211390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:26:26:18:18:7:8:0.307692:6:1:11:7:7:1:11:7 chr22 32211416 . A G 161.66 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0289979;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1206;QD=35.9241;RBI=0.0428927;REFB=-0.0208839;REVB=-0.0316055;RO=3;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181062;STB=0.599866;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0115646;OID=.;OPOS=32211416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:19:18:3:3:15:15:0.833333:6:9:0:3:6:9:0:3 chr22 32222476 . C G 103.74 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.00334478;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8999;QD=4.93986;RBI=0.0370497;REFB=-0.000704773;REVB=-0.0368984;RO=65;SAF=10;SAR=7;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184715;STB=0.596307;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00159508;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:65:67:17:17:0.202381:7:10:47:18:7:10:47:20 chr22 32334021 . T A 1434.45 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.634;QD=62.3672;RBI=0.0339669;REFB=0;REVB=0.00976984;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94602e-05;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:88:92:1:38:50:0:0:38:54:0:0 chr22 32334203 . C T 182.96 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00231581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.48;QD=43.05;RBI=0.0078955;REFB=-0.0864844;REVB=-0.00754825;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000626035;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:10:6:0:0:10:6:0:1 chr22 32334229 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7952;QD=35.5752;RBI=0.0578686;REFB=0;REVB=0.0578686;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176469;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr22 32353611 . TTCCCCCCT TCCCCCT,TTCCCCCT,TTCCCCCTC 36.08 PASS AF=0.133333,0.04,0.0133333;AO=18,13,4;DP=85;FAO=10,3,1;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=5,1,0;FSAR=5,2,1;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0109563,0.0217528,-0.0382937;FXX=0.0853554;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=13.708,6.41576,19.1809;QD=1.9242;RBI=0.103777,0.0420006,0.0412126;REFB=-0.0993988,-0.163312,-0.096621;REVB=-0.103197,-0.0359286,-0.0152338;RO=36;SAF=7,5,2;SAR=11,8,2;SRF=16;SRR=20;SSEN=0.361702,0.555556,0;SSEP=0,0.619048,0;SSSB=-0.064756,-0.0735718,0.0607658;STB=0.563256,0.592769,0.988639;STBP=0.678,0.742,0.499;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.183738,0.17378,0.119109;OID=.,.,.;OPOS=32353612,32353613,32353618;OREF=TC,C,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=TCCCCCT,TTCCCCCT,TTCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333,0.04,0.0133333:18,13,4:85:10,3,1:75:61:5,1,0:5,2,1:26:35:15:36:7,5,2:11,8,2:16:20 chr22 32377135 . T C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.622;QD=44.6822;RBI=0.0253285;REFB=0;REVB=0.0232086;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435714;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr22 32554985 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.184;QD=59.8389;RBI=0.0230223;REFB=0;REVB=0.00959969;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71475e-05;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr22 32754103 . A C 146.97 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00506927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.173;QD=5.65274;RBI=0.0290971;REFB=-0.00214923;REVB=0.0286521;RO=80;SAF=7;SAR=16;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32271;STB=0.695482;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0115247;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:81:23:23:0.221154:16:7:45:35:16:7:45:36 chr22 32754230 . A G 97.19 PASS AF=0.171717;AO=17;DP=99;FAO=17;FDP=99;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0696835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5477;QD=3.92688;RBI=0.0696844;REFB=-0.0225964;REVB=0.000357889;RO=80;SAF=6;SAR=11;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215533;STB=0.500649;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331021;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:99:99:80:82:17:17:0.171717:11:6:27:53:11:6:29:53 chr22 32754232 . C T 96.28 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.0183483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.325;QD=3.8131;RBI=0.0187854;REFB=-0.00611591;REVB=-0.00402859;RO=83;SAF=6;SAR=11;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217729;STB=0.507034;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0201664;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:83:84:17:17:0.168317:11:6:28:55:11:6:29:55 chr22 32754306 . T C 80.04 PASS AF=0.153061;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=0.0244624;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.292;QD=3.26691;RBI=0.0328572;REFB=-0.00655144;REVB=-0.0219359;RO=82;SAF=5;SAR=10;SRF=24;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593642;STB=0.543251;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0524625;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:99:98:82:83:15:15:0.153061:10:5:24:58:10:5:24:59 chr22 32756407 . A G 148.45 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0257683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.865;QD=6.2503;RBI=0.0878177;REFB=-0.00279984;REVB=-0.083952;RO=72;SAF=13;SAR=9;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100357;STB=0.565292;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0111532;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:72:73:22:22:0.231579:9:13:48:24:9:13:49:24 chr22 32756538 . C T 143.94 PASS AF=0.163842;AO=28;DP=176;FAO=29;FDP=177;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=0.0414854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3409;QD=3.25286;RBI=0.0438477;REFB=-0.00113359;REVB=-0.0141979;RO=147;SAF=9;SAR=19;SRF=75;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244235;STB=0.672348;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00702518;OID=.;OPOS=32756538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:147:148:28:29:0.163842:19:9:75:72:20:9:76:72 chr22 32756555 . G C 166.15 PASS AF=0.186335;AO=29;DP=160;FAO=30;FDP=161;FR=.;FRO=131;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=-0.0114306;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.852;QD=4.12806;RBI=0.0346837;REFB=0.0034216;REVB=0.032746;RO=130;SAF=10;SAR=19;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163916;STB=0.588899;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.014568;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:130:131:29:30:0.186335:19:10:61:69:19:11:62:69 chr22 32756744 . A G 89.0 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0901604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3306;QD=7.26537;RBI=0.0903467;REFB=-0.0056279;REVB=0.00579834;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133528;STB=0.593066;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0201222;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:36:37:12:12:0.244898:5:7:17:19:5:7:17:20 chr22 32759025 . G C 86.75 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0554544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.921;QD=4.33764;RBI=0.0581799;REFB=-0.0223844;REVB=-0.0175986;RO=62;SAF=2;SAR=13;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587164;STB=0.871853;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0618665;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:77:80:62:65:15:15:0.1875:13:2:38:24:13:2:39:26 chr22 32766927 . A G 2485.93 PASS AF=0.684039;AO=209;DP=307;FAO=210;FDP=307;FR=.;FRO=97;FSAF=103;FSAR=107;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0512132;FXX=0.00324665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0004;QD=32.39;RBI=0.0571209;REFB=-0.0249912;REVB=0.0252984;RO=85;SAF=103;SAR=106;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503227;STB=0.511657;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0118822;OID=.;OPOS=32766927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:85:97:209:210:0.684039:106:103:34:51:107:103:44:53 chr22 32784051 . T C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0183064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.381;QD=4.30359;RBI=0.0203154;REFB=-0.000941705;REVB=-0.00880855;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448269;STB=0.780608;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00395836;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:4:22:3:3:4:22 chr22 32795641 . C T 135.32 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0167286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3668;QD=8.3276;RBI=0.0246998;REFB=-0.00499079;REVB=0.0181723;RO=46;SAF=14;SAR=5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31978;STB=0.692621;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0127534;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:5:14:22:24:5:14:22:24 chr22 32811952 . A G 898.64 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1642;QD=56.1647;RBI=0.0569599;REFB=-0.0799766;REVB=0.0317039;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145205;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000784521;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:1:1:60:63:0.984375:28:32:1:0:30:33:1:0 chr22 32909251 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.731;QD=56.7061;RBI=0.0101754;REFB=0;REVB=0.00131338;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46103e-05;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr22 33253280 . T C 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00358597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4561;QD=4.04861;RBI=0.0148557;REFB=-0.00430274;REVB=-0.0144164;RO=63;SAF=10;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319176;STB=0.70341;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0098188;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:63:64:14:14:0.179487:4:10:29:34:4:10:30:34 chr22 33832598 . G A 650.54 PASS AF=0.682927;AO=53;DP=79;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0549149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.52;QD=31.7338;RBI=0.0569188;REFB=-0.0118984;REVB=0.0149701;RO=25;SAF=31;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063211;STB=0.52893;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00678665;OID=.;OPOS=33832598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:25:26:53:56:0.682927:22:31:12:13:23:33:13:13 chr22 34022284 . G A 431.75 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.000663386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.865;QD=36.7447;RBI=0.000805342;REFB=-0.0419065;REVB=-0.000456613;RO=13;SAF=16;SAR=18;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440772;STB=0.523915;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0210097;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:18:16:5:8:18:16:5:8 chr22 35463162 . A G 1358.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.544;QD=62.469;RBI=0.0276438;REFB=0;REVB=0.0276115;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11755e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:56:30:0:0:56:31:0:0 chr22 35463179 . T C 1453.02 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.529;QD=63.175;RBI=0.00627686;REFB=0;REVB=-0.00419003;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19651e-06;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr22 35463249 . C T 1124.01 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00873978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.003;QD=57.6413;RBI=0.037169;REFB=0.0724909;REVB=0.0361269;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230683;STB=0.511902;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000183789;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:75:76:0.974359:35:40:2:0:35:41:2:0 chr22 35660875 . G T 55.99 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00145922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4025;QD=3.61211;RBI=0.0366278;REFB=-0.0126184;REVB=-0.0365988;RO=52;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770707;STB=0.552525;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0442308;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:52:52:10:10:0.16129:6:4:24:28:6:4:24:28 chr22 35679951 . T C 150.42 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00285206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.756;QD=6.61203;RBI=0.0114197;REFB=-0.007828;REVB=-0.0110578;RO=69;SAF=12;SAR=10;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653037;STB=0.539964;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0231675;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:69:22:22:0.241758:10:12:34:35:10:12:34:35 chr22 36007045 . G A 654.8 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190248;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.837;QD=62.3619;RBI=0.0703782;REFB=0;REVB=0.0677581;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025956;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr22 36007075 . C T 501.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8266;QD=58.9826;RBI=0.0455203;REFB=0;REVB=-0.00516662;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000601854;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr22 36122930 . C T 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.349;QD=61.5563;RBI=0.0271489;REFB=-0.0202464;REVB=0.0129613;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.504424;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.38337e-05;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:34:56:0:0:34:56:1:0 chr22 36124860 . C G 937.59 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.511;QD=58.5996;RBI=0.0127246;REFB=0;REVB=0.0121792;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7021e-05;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:37:27:0:0 chr22 36135057 . G A 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00768827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.252;QD=3.24567;RBI=0.0175027;REFB=-0.00642983;REVB=-0.0157237;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119426;STB=0.58509;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.037164;OID=.;OPOS=36135057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:14:21:3:3:14:21 chr22 36537500 . A T 567.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716793;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.938;QD=61.3402;RBI=0.0282541;REFB=0;REVB=0.0273297;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686576;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr22 36545137 . A T 1010.26 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603281;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.009;QD=59.427;RBI=0.0201474;REFB=0;REVB=0.019223;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95303e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr22 36556823 . G T 803.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1533;QD=64.3149;RBI=0.0185468;REFB=0;REVB=-0.0021364;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165941;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr22 36573945 . A G 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0131407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4225;QD=6.58796;RBI=0.0234146;REFB=0.00193131;REVB=-0.0193795;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304495;STB=0.519199;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00874544;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:6:6:19:21:6:6:19:21 chr22 36575664 . G A 107.16 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=131;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.0219255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.935;QD=3.24718;RBI=0.022374;REFB=-0.00527193;REVB=-0.00445707;RO=109;SAF=5;SAR=16;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405964;STB=0.767106;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0273388;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:109:111:21:21:0.159091:16:5:61:48:16:5:62:49 chr22 36587223 . G T 30.67 PASS AF=0.192308;AO=3;DP=24;FAO=5;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0046267;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.665;QD=4.71868;RBI=0.00498939;REFB=-0.00350136;REVB=-0.00186753;RO=16;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261201;STB=0.599631;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00432085;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:24:26:16:21:3:5:0.192308:2:1:5:11:3:2:6:15 chr22 36587279 . A G 122.76 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0346708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8234;QD=11.9769;RBI=0.0349605;REFB=-0.0382441;REVB=-0.00449105;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525444;STB=0.757529;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0454912;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:26:14:15:0.365854:3:11:5:15:3:12:11:15 chr22 36587404 . G A 627.2 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0295217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.653;QD=26.1334;RBI=0.0296721;REFB=0.00343733;REVB=-0.00298412;RO=39;SAF=30;SAR=26;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941777;STB=0.546046;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0031061;OID=.;OPOS=36587404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:40:56:56:0.583333:26:30:16:23:26:30:17:23 chr22 36587486 . A G 109.92 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0376382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.301;QD=6.19261;RBI=0.0440644;REFB=-0.00203036;REVB=0.0229136;RO=54;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047416;STB=0.529377;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00628133;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:11:6:21:33:11:6:21:33 chr22 36587511 . C T 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0135227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.198;QD=3.93692;RBI=0.0135412;REFB=-0.0141527;REVB=0.000707678;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199811;STB=0.634634;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0510487;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:4:5:18:28:4:5:18:28 chr22 36587845 . A ACT 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.012696;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.746;QD=6.73533;RBI=0.0128206;REFB=-0.00350543;REVB=-0.00178334;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715403;STB=0.555883;STBP=0.696;TYPE=ins;VARB=0.012358;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043:11:48:11:47:36:6:5:17:19:79:37:6:5:18:19 chr22 36587952 . C T 60.87 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0967919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4861;QD=8.69505;RBI=0.123905;REFB=0.00250741;REVB=0.0773554;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203766;STB=0.623463;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00145405;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:28:28:17:19:8:9:0.321429:2:6:10:7:2:7:12:7 chr22 36591380 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0161653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.752;QD=4.30347;RBI=0.067148;REFB=0.000695458;REVB=0.0651731;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272497;STB=0.693703;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00316353;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:5:1:9:17:5:1:9:17 chr22 36598049 . C G 769.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9088;QD=56.9873;RBI=0.0702326;REFB=0;REVB=0.0482696;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839875;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr22 36598058 . T C 696.47 PASS AF=1;AO=42;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340481;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.55;QD=53.5749;RBI=0.0104052;REFB=0;REVB=0.00983242;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494028;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:42:52:1:18:24:0:0:23:29:0:0 chr22 36623731 . T C 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.33;QD=56.99;RBI=0.0481794;REFB=0;REVB=0.0480983;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04629e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr22 36650956 . G A 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0563597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4892;QD=26.3047;RBI=0.0944004;REFB=-0.0103113;REVB=-0.0757299;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233173;STB=0.639765;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00162239;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:11:10:10:2:11:10:11:2 chr22 36661330 . G A 134.39 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00224437;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.99;QD=7.90543;RBI=0.00229354;REFB=0.00372507;REVB=0.000472367;RO=52;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917775;STB=0.572802;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00920975;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:52:49:19:19:0.279412:13:6:20:32:13:6:20:29 chr22 36661536 . C A 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0401113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5756;QD=9.18759;RBI=0.0447181;REFB=-0.00289172;REVB=-0.0197686;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101167;STB=0.562378;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00388336;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:9:2:6:19:9:2:6:19 chr22 36661566 . G A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000668996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.126;QD=8.63967;RBI=0.0301757;REFB=-0.00316626;REVB=-0.0301683;RO=33;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360964;STB=0.720131;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0123097;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:34:13:13:0.276596:11:2:13:20:11:2:13:21 chr22 36661646 . G A 43.17 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0222082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6677;QD=2.92674;RBI=0.0222253;REFB=-0.00608006;REVB=-0.000871213;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298755;STB=0.716253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0351861;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:6:2:25:26:6:2:25:26 chr22 36684331 . C T 63.87 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0171098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.067;QD=5.80664;RBI=0.0338145;REFB=-0.00899025;REVB=-0.0291663;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468981;STB=0.7994;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0409914;OID=.;OPOS=36684331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:44:44:34:34:10:10:0.227273:8:2:20:14:8:2:20:14 chr22 36684354 . T C 392.81 PASS AF=0.744186;AO=31;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0310474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.717;QD=36.5402;RBI=0.0366231;REFB=-0.0287784;REVB=-0.0194244;RO=11;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190851;STB=0.604855;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00551059;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:31:32:0.744186:13:18:2:9:13:19:2:9 chr22 36684358 . C A 420.78 PASS AF=0.75;AO=32;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0514232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.069;QD=38.2526;RBI=0.0526083;REFB=-0.0575963;REVB=0.0111037;RO=11;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178006;STB=0.597752;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.020069;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:11:11:32:33:0.75:14:18:2:9:14:19:2:9 chr22 36691607 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.701;QD=59.8392;RBI=0.0124534;REFB=0;REVB=-0.00606825;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25375e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr22 36876729 . T C 1107.59 PASS AF=0.762712;AO=90;DP=118;FAO=90;FDP=118;FR=.;FRO=28;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000689117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9623;QD=37.5454;RBI=0.0513716;REFB=-0.0119792;REVB=0.051367;RO=26;SAF=59;SAR=31;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185526;STB=0.503328;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00394294;OID=.;OPOS=36876729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:26:28:90:90:0.762712:31:59:16:10:31:59:18:10 chr22 37163329 . C T 696.07 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0352435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3771;QD=54.5938;RBI=0.0794066;REFB=-0.14183;REVB=0.0711569;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00368668;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:25:25:0:0:25:25:1:0 chr22 37196971 . C A 338.4 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.058;QD=54.1437;RBI=0.128662;REFB=0;REVB=0.128613;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183308;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:15:25:1:7:8:0:0:15:10:0:0 chr22 37333794 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.001;QD=44.6897;RBI=0.0427905;REFB=0;REVB=0.0226003;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16486e-05;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr22 37387257 . T C 487.15 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0142764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.547;QD=29.9784;RBI=0.0433447;REFB=0.00599166;REVB=0.0409261;RO=21;SAF=16;SAR=28;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196118;STB=0.510633;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00238094;OID=.;OPOS=37387257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:28:16:7:14:28:16:7:14 chr22 37395999 . G A 120.76 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0979951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5934;QD=5.48924;RBI=0.0987505;REFB=-0.00326555;REVB=0.0121911;RO=69;SAF=12;SAR=7;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192802;STB=0.620811;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00805681;OID=.;OPOS=37395999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:69:19:19:0.215909:7:12:33:36:7:12:33:36 chr22 37453452 . C T 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0693276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.812;QD=59.4462;RBI=0.0696558;REFB=-0.123225;REVB=0.00675369;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519223;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00153488;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:25:23:0:0:25:23:0:2 chr22 37485724 . T C 1422.6 PASS AF=0.73125;AO=116;DP=166;FAO=117;FDP=160;FR=.;FRO=43;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0116432;FXX=0.0361424;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.416;QD=35.5651;RBI=0.0139754;REFB=-0.0182148;REVB=0.0077296;RO=42;SAF=56;SAR=60;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858235;STB=0.502621;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00786321;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:160:42:43:116:117:0.73125:60:56:21:21:61:56:21:22 chr22 37499386 . C T 35.44 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0090304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.314;QD=5.67082;RBI=0.0569163;REFB=-0.0109359;REVB=-0.0561954;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529312;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0628006;OID=.;OPOS=37499386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:2:4:12:6:2:4:12:7 chr22 37515168 . AGGGGGTG AGGGGGGTG,AGGGGGT 31.95 PASS AF=0.12,0.4;AO=3,4;DP=25;FAO=3,10;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3;FSAR=3,7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.230538,0.0551078;FXX=0.0384468;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.466,9.58805;QD=5.11122;RBI=0.290943,0.0797158;REFB=-0.0773457,-0.153349;REVB=0.177483,0.0575999;RO=8;SAF=0,1;SAR=3,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.694555,-0.37999;STB=0.996896,0.6996;STBP=0.033,0.112;TYPE=ins,del;VARB=-0.149977,0.181872;OID=.,.;OPOS=37515169,37515175;OREF=-,G;OALT=G,-;OMAPALT=AGGGGGGTG,AGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.4:3,4:25:3,10:25:12:0,3:3,7:8:4:29:8:0,1:3,3:5:3 chr22 37524619 . G T 105.16 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0180144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0868;QD=5.25804;RBI=0.117832;REFB=-0.00789037;REVB=-0.116447;RO=63;SAF=11;SAR=6;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118964;STB=0.575294;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0262986;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:63:63:17:17:0.2125:6:11:35:28:6:11:35:28 chr22 37531436 . G A 34.26 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0220722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.936;QD=4.15213;RBI=0.0286209;REFB=-0.0104698;REVB=-0.0182202;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242818;STB=0.679407;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0413363;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:2:4:12:14:2:4:12:15 chr22 37578579 . C T 757.98 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3048;QD=55.1257;RBI=0.076446;REFB=-0.126068;REVB=-0.0180313;RO=1;SAF=39;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381314;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:15:39:1:0:15:40:0:0 chr22 37578807 . G A 615.56 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0183807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.102;QD=53.5271;RBI=0.0440791;REFB=-0.197376;REVB=0.0400639;RO=4;SAF=21;SAR=20;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813746;STB=0.543458;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00341599;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:45:46:4:4:41:42:0.913043:20:21:4:0:21:21:4:0 chr22 37581485 . C A 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00275813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.952;QD=50.5687;RBI=0.0152889;REFB=-0.0404293;REVB=-0.015038;RO=3;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148178;STB=0.507883;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000451616;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:26:23:1:2:26:23:1:2 chr22 37602583 . G GC 159.52 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.2075;QD=27.7425;RBI=0.0687217;REFB=-0.0155827;REVB=0.0513797;RO=3;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0317711;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:23:23:23:0:13:10:0:0:3:3:11:7:0:3 chr22 37603021 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.461;QD=37.488;RBI=0.0573607;REFB=0;REVB=-0.015229;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073703;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr22 37603051 . C T 74.87 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6207;QD=37.4365;RBI=0.0416003;REFB=0;REVB=0.0320801;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248937;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 37603390 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.978;QD=40.7629;RBI=0.086012;REFB=0;REVB=0.0549806;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255502;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr22 37603744 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9579;QD=51.9154;RBI=0.0940514;REFB=0;REVB=0.0345841;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135037;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr22 37678551 . A G 91.86 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00430528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.54;QD=8.74815;RBI=0.0106059;REFB=-0.0187054;REVB=-0.00969273;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173858;STB=0.606124;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0434467;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:7:5:17:13:7:5:17:13 chr22 37678565 . G A 88.52 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0199698;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.448;QD=7.08144;RBI=0.0200117;REFB=-0.00972348;REVB=-0.00129463;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265424;STB=0.666389;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0453629;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:8:4:21:17:8:4:21:17 chr22 37690769 . AG GA 32.71 PASS AF=0.22;AO=9;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00536171;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=32.6025;QD=2.61679;RBI=0.0615694;REFB=-0.127874;REVB=-0.0613355;RO=38;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38095;STB=0.706965;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.117687;OID=.;OPOS=37690769;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:38:39:9:11:0.22:3:6:13:25:4:7:14:25 chr22 37770066 . G T 840.53 PASS AF=0.767442;AO=66;DP=86;FAO=66;FDP=86;FR=.;FRO=20;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0305434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2968;QD=39.0944;RBI=0.0468131;REFB=-0.0213088;REVB=-0.0354763;RO=20;SAF=38;SAR=28;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986606;STB=0.552858;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00541411;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:20:20:66:66:0.767442:28:38:7:13:28:38:7:13 chr22 37770630 . G A 974.39 PASS AF=0.639098;AO=85;DP=133;FAO=85;FDP=133;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0548174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5726;QD=29.3048;RBI=0.0560137;REFB=-0.0680861;REVB=0.0115144;RO=47;SAF=31;SAR=54;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719092;STB=0.543512;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0377973;OID=.;OPOS=37770630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:47:48:85:85:0.639098:54:31:22:25:54:31:23:25 chr22 37771158 . G A 238.88 PASS AF=0.69697;AO=20;DP=29;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0621896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.0671;QD=28.9547;RBI=0.166335;REFB=-0.0578094;REVB=0.154272;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174296;STB=0.585035;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.033326;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:29:33:8:10:20:23:0.69697:9:11:7:1:11:12:8:2 chr22 37771985 . A G 294.75 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0496152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.84;QD=28.0712;RBI=0.0568235;REFB=-0.0711693;REVB=0.0276991;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423884;STB=0.526296;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.026311;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:16:25:26:0.619048:17:8:4:11:18:8:4:12 chr22 38005144 . T C 464.2 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9386;QD=58.0244;RBI=0.120457;REFB=0;REVB=-0.116701;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110693;OID=.;OPOS=38005144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr22 38035851 . A G 554.25 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5471;QD=59.9189;RBI=0.0673004;REFB=0;REVB=-0.0470172;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100621;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:11:24:0:0:11:26:0:0 chr22 38051999 . C T 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0288006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.084;QD=60.0681;RBI=0.0357005;REFB=-0.0330728;REVB=0.0210961;RO=1;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150268;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000775838;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:31:49:0:1:31:50:0:1 chr22 38065655 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.895;QD=62.0211;RBI=0.079187;REFB=0;REVB=0.0765546;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482912;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr22 38074434 . G A 730.75 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0514122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.352;QD=52.1965;RBI=0.0528661;REFB=0.069366;REVB=0.012313;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.51428;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000627929;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:56:1:2:53:54:0.964286:20:33:1:0:20:34:2:0 chr22 38119213 . G A 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0392865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.195;QD=10.1858;RBI=0.039631;REFB=-0.00676368;REVB=-0.00521466;RO=34;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355342;STB=0.716664;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0170796;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:3:12:18:16:3:12:18:16 chr22 38121152 . C A 90.03 PASS AF=0.241379;AO=13;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.017956;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7076;QD=6.20879;RBI=0.0670151;REFB=-0.0328444;REVB=-0.0645648;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598328;STB=0.559499;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.102317;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:58:58:44:44:13:14:0.241379:5:8:25:19:5:9:25:19 chr22 38122122 . T C 73.98 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=46;FWDB=-0.048304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3117;QD=4.16802;RBI=0.0524256;REFB=0.00781709;REVB=-0.0203756;RO=58;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043538;STB=0.52826;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0467703;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:71:71:58:58:13:13:0.183099:10:3:12:46:10:3:12:46 chr22 38122462 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.491;QD=45.8068;RBI=0.0386979;REFB=0;REVB=-0.0218451;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123694;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr22 38129332 . G A 161.23 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0439719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7468;QD=6.08424;RBI=0.102933;REFB=-0.01112;REVB=0.0930686;RO=80;SAF=14;SAR=11;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126103;STB=0.50344;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.044841;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:80:81:25:25:0.235849:11:14:44:36:11:14:45:36 chr22 38130459 . G T 402.05 PASS AF=0.649123;AO=32;DP=56;FAO=37;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0136189;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.697;QD=28.214;RBI=0.0373507;REFB=-0.0177044;REVB=0.0347793;RO=14;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458967;STB=0.504345;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0094409;OID=.;OPOS=38130459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:14:19:32:37:0.649123:14:18:9:5:18:19:10:9 chr22 38130472 . T C 1006.68 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00837175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.987;QD=55.9268;RBI=0.0267453;REFB=0.00924064;REVB=-0.0254012;RO=2;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193837;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.001012;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:69:70:0.972222:32:37:1:1:32:38:1:1 chr22 38164106 . C T 368.8 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.017286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.898;QD=27.3184;RBI=0.0248286;REFB=-0.010761;REVB=-0.0178228;RO=19;SAF=23;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287551;STB=0.657053;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00882776;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:12:23:4:15:12:23:4:15 chr22 38202398 . A AC 68.32 PASS AF=0.714286;AO=3;DP=16;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0330843;FXX=0.0666222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.9073;QD=19.5209;RBI=0.0330843;REFB=0.0444175;REVB=0;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00153524;OID=.;OPOS=38202399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:3:16:10:14:4:10:0:4:0:21:13:3:0:13:0 chr22 38202399 . T C 70.47 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00332504;FXX=0.199867;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3197;QD=23.4894;RBI=0.00332504;REFB=-0.0165888;REVB=0;RO=4;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105504;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:12:4:4:8:8:0.666667:0:8:4:0:0:8:4:0 chr22 38202552 . T C 865.78 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6529;QD=55.8569;RBI=0.0291382;REFB=-0.0588198;REVB=-0.0128654;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116542;STB=0.506171;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00105022;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:40:20:0:1:40:21:0:1 chr22 38202642 . G T 379.96 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0024039;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.773;QD=46.0563;RBI=0.0218797;REFB=0.0300037;REVB=-0.0217473;RO=4;SAF=8;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610574;STB=0.532972;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00430713;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:21:8:2:2:21:8:2:2 chr22 38202645 . A G 39.77 PASS AF=0.2;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0151801;FXX=0.0624805;HRUN=7;LEN=1;MLLD=22.5996;QD=5.30321;RBI=0.0428096;REFB=-0.0434416;REVB=0.0400278;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.713471;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.132156;OID=.;OPOS=38202645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:32:30:15:24:5:6:0.2:4:1:3:12:5:1:9:15 chr22 38202734 . G C 256.18 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.875;QD=51.2356;RBI=0.0294684;REFB=0;REVB=-0.00126933;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42126e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr22 38204089 . C T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00308613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.351;QD=2.51702;RBI=0.0043037;REFB=-0.00327617;REVB=0.0029996;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272318;STB=0.69503;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0285835;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:5:3:34:22:5:3:34:22 chr22 38205989 . T C 421.32 PASS AF=0.672414;AO=38;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0428715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.945;QD=29.0562;RBI=0.0520278;REFB=-0.0291238;REVB=0.0294775;RO=17;SAF=25;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147315;STB=0.557591;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0125966;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:19:38:39:0.672414:13:25:7:10:14:25:9:10 chr22 38251629 . C G 298.67 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0139988;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.187;QD=35.137;RBI=0.0518283;REFB=-0.0529359;REVB=0.049902;RO=9;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077082;STB=0.542135;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0157907;OID=.;OPOS=38251629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:9:9:25:25:0.735294:10:15:4:5:10:15:4:5 chr22 38273749 . T C 152.13 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0858693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1196;QD=30.4267;RBI=0.0875196;REFB=-0.00737406;REVB=0.0169158;RO=5;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157067;STB=0.586105;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00540262;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:12:3:0:5:12:3:0:5 chr22 38323700 . C T 666.36 PASS AF=0.944444;AO=44;DP=56;FAO=51;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0139636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.682;QD=49.3599;RBI=0.0413212;REFB=-0.0655309;REVB=0.0388904;RO=6;SAF=26;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176416;STB=0.504503;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000557193;OID=.;OPOS=38323700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:54:6:3:44:51:0.944444:18:26:4:2:21:30:2:1 chr22 38341134 . T C 812.5 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.154;QD=57.0178;RBI=0.0377069;REFB=0;REVB=-0.016612;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23201e-05;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:1:0:55:57:1:34:21:1:0:34:23:0:0 chr22 38379670 . C A 86.1 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0392439;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6954;QD=20.2582;RBI=0.0457605;REFB=-0.056534;REVB=0.0235359;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.050434;OID=.;OPOS=38379670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:17:3:7:10:10:0.588235:7:3:2:1:7:3:5:2 chr22 38470938 . C T 391.06 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00497411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.565;QD=27.4429;RBI=0.0135673;REFB=-0.0245471;REVB=-0.0126226;RO=20;SAF=11;SAR=26;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761579;STB=0.541644;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0196402;OID=.;OPOS=38470938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:26:11:8:12:26:11:8:12 chr22 38474696 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.362;QD=58.5869;RBI=0.0153805;REFB=0;REVB=-0.00794264;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49999e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr22 38476989 . G C 43.26 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00669134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.159;QD=15.7303;RBI=0.0313639;REFB=-0.0514946;REVB=0.0306418;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0249674;OID=.;OPOS=38476989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:11:4:4:6:7:0.636364:4:2:2:2:5:2:2:2 chr22 38477930 . G A 317.57 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0108491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9214;QD=27.027;RBI=0.015866;REFB=-0.0189386;REVB=0.011577;RO=18;SAF=6;SAR=22;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639605;STB=0.556919;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0267381;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:22:6:5:13:22:6:6:13 chr22 38483172 . G T 35.53 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.008677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.561;QD=5.68524;RBI=0.0327374;REFB=-0.0146275;REVB=-0.0315666;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442448;STB=0.7797;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0305792;OID=.;OPOS=38483172;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:14:5:4:2:14:5 chr22 38503847 . C T 167.55 PASS AF=0.9375;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3065;QD=41.8868;RBI=0.0310582;REFB=-0.101132;REVB=0.0255731;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571326;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00497332;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:0:1:13:15:0.9375:3:10:0:0:3:12:0:1 chr22 38611045 . C A 233.86 PASS AF=0.153846;AO=24;DP=177;FAO=28;FDP=182;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=136;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.0234794;FXX=0.010869;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.843;QD=5.13981;RBI=0.0312026;REFB=-0.0158143;REVB=-0.0205505;RO=77;SAF=19;SAR=5;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343126;STB=0.615298;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0168282;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:182:77:136:24:28:0.153846:5:19:42:35:8:20:80:56 chr22 38615536 . A T 91.52 PASS AF=0.846154;AO=2;DP=11;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00883502;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=125.178;QD=28.1596;RBI=0.107272;REFB=-0.283678;REVB=0.106908;RO=2;SAF=1;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583183;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00584545;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:13:2:2:2:11:0.846154:1:1:1:1:6:5:2:0 chr22 38690471 . GCCCCA GCCCA,GCCCAC 206.84 PASS AF=0.463415,0;AO=24,7;DP=84;FAO=38,0;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=35,0;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.176416,-0.168756;FXX=0.0238067;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.7054,133.764;QD=10.0896;RBI=0.219685,0.171549;REFB=-0.0687805,-0.0028181;REVB=0.130916,-0.0308305;RO=40;SAF=23,7;SAR=1,0;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.686355,0.667078;STB=0.81954,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0860092,0.0410654;OID=.,.;OPOS=38690472,38690475;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCA,GCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415,0:24,7:84:38,0:82:44:35,0:3,0:24:20:99:40:23,7:1,0:21:19 chr22 38823136 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.312;QD=55.0977;RBI=0.0239987;REFB=0;REVB=0.00771733;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122394;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 38877461 . T G 172.91 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0253132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.594;QD=7.68503;RBI=0.0256406;REFB=-0.0126899;REVB=-0.00408476;RO=64;SAF=10;SAR=14;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193955;STB=0.61529;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0364079;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:66:24:24:0.266667:14:10:37:27:14:10:38:28 chr22 38993370 . C T 79.12 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00695732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.762;QD=3.16483;RBI=0.0212397;REFB=-0.00553327;REVB=-0.0200679;RO=85;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493153;STB=0.503342;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0312263;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:8:7:40:45:8:7:40:45 chr22 39069181 . T C 92.14 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0136593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.158;QD=8.98955;RBI=0.0231244;REFB=0.000912498;REVB=-0.0186591;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556225;STB=0.522783;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00323025;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:5:7:15:13:5:7:16:13 chr22 39079964 . T C 32.08 PASS AF=0.1875;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0215437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.839;QD=4.01053;RBI=0.0469989;REFB=-0.0120362;REVB=0.0417703;RO=26;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111117;STB=0.624532;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0293457;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:32:32:26:26:5:6:0.1875:4:1:7:19:5:1:7:19 chr22 39127727 . A C 32.51 PASS AF=0.184211;AO=9;DP=39;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0083528;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1834;QD=3.4218;RBI=0.0149335;REFB=-0.0191775;REVB=-0.0123791;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329242;STB=0.615011;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.205486;OID=.;OPOS=39127727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:38:28:31:9:7:0.184211:1:8:20:8:1:6:24:7 chr22 39130843 . C G 138.35 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0232927;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.568;QD=11.2937;RBI=0.0258788;REFB=-0.00522864;REVB=-0.0112766;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189232;STB=0.611954;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0146005;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:20:13:9:7:20:13 chr22 39131277 . G A 34.62 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0387964;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.4334;QD=3.29698;RBI=0.0477958;REFB=-0.0382934;REVB=-0.0279155;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242866;STB=0.617122;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.165471;OID=.;OPOS=39131277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:43:42:30:35:7:7:0.166667:3:4:11:19:3:4:15:20 chr22 39132205 . TG GG,GT,T 47.32 PASS AF=0,0.0185185,0.240741;AO=2,3,20;DP=55;FAO=0,1,13;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=0,1,1;FSAR=0,0,12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.020273,-0.0773666,-0.00852163;FXX=0.0181785;HRUN=1,1,5;LEN=1,2,1;MLLD=226.865,26.8592,9.9857;QD=3.50495;RBI=0.033711,0.105133,0.109337;REFB=0.00082661,-0.0830376,-0.1515;REVB=-0.0269339,-0.0711853,-0.109004;RO=30;SAF=2,2,4;SAR=0,1,16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.488183,0.237654,-0.296048;STB=0.5,0.990887,0.86954;STBP=1,0.284,0.013;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0,0.162553,0.152609;OID=.,.,.;OPOS=39132205,39132205,39132206;OREF=T,TG,G;OALT=G,GT,-;OMAPALT=GG,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:48:55:54:30:40:2,3,20:0,1,13:0,0.0185185,0.240741:0,1,16:2,2,4:13:17:0,0,12:0,1,1:18:22 chr22 39134207 . C T 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0203089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.62;QD=9.73951;RBI=0.0211185;REFB=-0.00489741;REVB=0.00579154;RO=46;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734237;STB=0.504319;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0132581;OID=.;OPOS=39134207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:14:8:17:29:14:8:17:29 chr22 39148537 . T C 851.83 PASS AF=0.715686;AO=73;DP=103;FAO=73;FDP=102;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00851075;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4375;QD=33.405;RBI=0.0102486;REFB=-0.0165875;REVB=-0.00570976;RO=29;SAF=29;SAR=44;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065285;STB=0.535093;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0185411;OID=.;OPOS=39148537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:29:29:73:73:0.715686:44:29:15:14:44:29:15:14 chr22 39178701 . A G 383.56 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0443503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3358;QD=41.4655;RBI=0.0682489;REFB=-0.0353411;REVB=0.0518745;RO=7;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487898;STB=0.526394;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00615824;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:13:17:3:4:13:17:3:4 chr22 39222652 . G A 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00283025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.5;QD=9.01162;RBI=0.00398635;REFB=0.00226909;REVB=-0.00280725;RO=50;SAF=19;SAR=3;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497768;STB=0.800894;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00838888;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:3:19:25:25:3:19:25:25 chr22 39357581 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.011097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.427;QD=11.1974;RBI=0.0303388;REFB=-0.0108461;REVB=0.0282365;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.617462;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0130651;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:7:15:6:6:7:15 chr22 39358104 . A G 49.84 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=13;FWDB=-0.0355098;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8798;QD=2.73088;RBI=0.037228;REFB=-0.00137443;REVB=0.0111793;RO=61;SAF=7;SAR=3;SRF=50;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202969;STB=0.604056;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.023137;OID=.;OPOS=39358104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:73:61:63:10:10:0.136986:3:7:50:11:3:7:50:13 chr22 39358108 . A G 54.54 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=74;FAO=11;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=14;FWDB=-0.0809011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.559;QD=2.90867;RBI=0.0817282;REFB=-0.0104557;REVB=0.0115979;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195842;STB=0.643845;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0380726;OID=.;OPOS=39358108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:74:75:54:64:10:11:0.146667:4:6:40:14:4:7:50:14 chr22 39358111 . C T 54.9 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=15;FWDB=0.0206117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.298;QD=2.81519;RBI=0.0318683;REFB=-0.000940588;REVB=0.0243053;RO=67;SAF=7;SAR=4;SRF=52;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20845;STB=0.639349;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0152614;OID=.;OPOS=39358111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:4:7:52:15:4:7:52:15 chr22 39358132 . G T 35.75 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=17;FWDB=-0.0126765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0861;QD=1.93255;RBI=0.034779;REFB=-0.00306502;REVB=0.0323865;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=49;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303715;STB=0.715777;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0452814;OID=.;OPOS=39358132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:4:4:49:17:4:4:49:17 chr22 39358136 . A G 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=17;FWDB=-0.0189289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.537;QD=1.88942;RBI=0.0228949;REFB=-0.00152322;REVB=-0.0128792;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=47;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310092;STB=0.719557;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0126073;OID=.;OPOS=39358136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:63:67:8:8:0.106667:4:4:47:16:4:4:50:17 chr22 39381826 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.254;QD=57.106;RBI=0.014402;REFB=0;REVB=0.0137815;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35773e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr22 39381999 . T C 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00708985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.889;QD=58.2393;RBI=0.00710232;REFB=-0.121173;REVB=0.000420741;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00835114;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:0:1:24:15:0:1 chr22 39382079 . C A 426.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.688;QD=56.9316;RBI=0.0636008;REFB=0;REVB=0.0160402;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272316;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr22 39387558 . C T 676.84 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00153197;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.401;QD=54.1473;RBI=0.00155344;REFB=-0.0501711;REVB=-0.000257386;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000253698;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:18:31:0:1:18:31:0:1 chr22 39440149 . C T 287.57 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4501;QD=52.2862;RBI=0.0363188;REFB=0;REVB=0.0236474;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17397e-05;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:17:5:0:0 chr22 39441096 . G T 1369.16 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00602782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.018;QD=60.1827;RBI=0.0197857;REFB=-0.0559329;REVB=0.0188452;RO=2;SAF=47;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117335;STB=0.500619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000720796;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:2:2:89:89:0.978022:42:47:1:1:42:47:1:1 chr22 39441203 . C T 944.72 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0440292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.834;QD=53.2238;RBI=0.0443444;REFB=-0.0143868;REVB=-0.00527798;RO=4;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169577;STB=0.508985;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00102696;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:40:27:1:3:40:27:1:3 chr22 39445436 . G A 236.5 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0142673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.474;QD=33.7851;RBI=0.0218984;REFB=-0.0195833;REVB=0.0166127;RO=7;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217704;STB=0.511934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00626168;OID=.;OPOS=39445436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:10:11:4:3:10:11:4:3 chr22 39445554 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2204;QD=59.838;RBI=0.0254819;REFB=0;REVB=-0.0140604;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72434e-05;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr22 39496322 . TAAC T 47.91 PASS AF=0.194444;AO=13;DP=73;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0100025;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=3;MLLD=306.448;QD=2.66164;RBI=0.0129843;REFB=0.000297227;REVB=0.00827903;RO=58;SAF=6;SAR=7;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694046;STB=0.513869;STBP=0.934;TYPE=del;VARB=-0.00123781;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:13:73:14:72:58:7:7:30:28:47:58:6:7:30:28 chr22 39496336 . G T 102.79 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.000707232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4818;QD=6.04622;RBI=0.0100007;REFB=-0.0225162;REVB=0.00997565;RO=52;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236566;STB=0.514687;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0409918;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:8:8:27:25:8:8:27:25 chr22 39496412 . G C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0152614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.284;QD=9.25806;RBI=0.029536;REFB=-0.0070626;REVB=-0.0252877;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136904;STB=0.583194;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0241943;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:15:13:7:5:15:13 chr22 39497404 . G C 148.6 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.016609;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.307;QD=6.19158;RBI=0.0393431;REFB=-0.0122442;REVB=-0.0356654;RO=74;SAF=17;SAR=5;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375294;STB=0.733713;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0377767;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:74:74:22:22:0.229167:5:17:36:38:5:17:36:38 chr22 39497452 . A G 80.45 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.046713;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6676;QD=6.99556;RBI=0.0878306;REFB=-0.0130737;REVB=-0.0743782;RO=35;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376902;STB=0.759485;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0293234;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:46:46:35:35:11:11:0.23913:2:9:19:16:2:9:18:17 chr22 39497454 . G C 82.75 PASS AF=0.27907;AO=13;DP=39;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.109586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.059;QD=7.69769;RBI=0.111812;REFB=-0.0181051;REVB=-0.0222013;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538541;STB=0.797788;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0667181;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:43:26:31:13:12:0.27907:2:11:10:16:2:10:14:17 chr22 39497509 . A G 289.03 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2276;QD=52.5508;RBI=0.0775945;REFB=0;REVB=0.00364152;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194774;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr22 39709009 . G A 672.78 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0850697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.097;QD=52.7673;RBI=0.089945;REFB=-0.121028;REVB=0.0292104;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502856;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00119763;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:0:2:49:49:0.960784:28:21:0:0:28:21:1:1 chr22 39712981 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.432;QD=63.2814;RBI=0.0209579;REFB=0;REVB=0.00769002;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17785e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr22 39770597 . A G 230.86 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.714;QD=48.601;RBI=0.0564335;REFB=0;REVB=-0.0260445;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457432;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 679.01 PASS AF=0.98;AO=48;DP=56;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309727;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=3;MLLD=268.313;QD=54.3207;RBI=0.0328052;REFB=-0.141548;REVB=0.0108107;RO=7;SAF=15;SAR=33;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696513;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.00168992;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.98:48:56:49:50:1:16:33:1:0:5:7:15:33:4:3 chr22 39781585 . C T 753.05 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1057;QD=56.8338;RBI=0.0141765;REFB=0;REVB=0.0132661;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46995e-05;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr22 39966856 . C T 330.11 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8208;QD=50.7856;RBI=0.152008;REFB=-0.0151579;REVB=0.151535;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0101801;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr22 40054948 . T C 178.46 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.125235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5563;QD=41.9916;RBI=0.14347;REFB=-0.0682184;REVB=0.069999;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00342735;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:7:8:0:1:8:8:0:1 chr22 40057273 . T C 1878.51 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029197;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.686;QD=60.5972;RBI=0.0539134;REFB=-0.0446917;REVB=0.0453232;RO=1;SAF=75;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629264;STB=0.503267;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000211286;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:122:123:0.991935:47:75:1:0:47:76:1:0 chr22 40061996 . C T 390.93 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0729215;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0746;QD=24.8207;RBI=0.0735443;REFB=-0.00785007;REVB=0.00955087;RO=24;SAF=23;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19221;STB=0.624095;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0200099;OID=.;OPOS=40061996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:25:38:38:0.603175:15:23:8:16:14:24:8:17 chr22 40673999 . C T 750.64 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.1603;QD=62.553;RBI=0.0699608;REFB=0;REVB=0.0697101;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215376;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:21:21:0:0:23:25:0:0 chr22 40726749 . C T 501.93 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0352611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.514;QD=30.4202;RBI=0.0372423;REFB=-0.011355;REVB=-0.0119853;RO=21;SAF=16;SAR=29;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460257;STB=0.524971;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00566173;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:21:45:45:0.681818:29:16:9:12:29:16:9:12 chr22 40726762 . A G 368.59 PASS AF=0.610169;AO=37;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0572954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2903;QD=24.9889;RBI=0.058549;REFB=-0.0189811;REVB=0.0120511;RO=21;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675717;STB=0.548136;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0169261;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:23:37:36:0.610169:23:14:10:11:23:13:11:12 chr22 40731777 . G A 74.0 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=88;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0123283;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.556;QD=3.52387;RBI=0.014728;REFB=-0.0022113;REVB=0.00805788;RO=58;SAF=7;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265045;STB=0.547552;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0191997;OID=.;OPOS=40731777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:84:58:70:22:14:0.166667:15:7:31:27:7:7:31:39 chr22 40803186 . G T 298.17 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0452588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1165;QD=29.8165;RBI=0.0569072;REFB=-0.0611307;REVB=0.0344974;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867031;STB=0.547788;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0343077;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:8:18:8:6:8:18:8:6 chr22 40814500 . T C 174.26 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0123051;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4456;QD=31.6832;RBI=0.0203657;REFB=-0.0355887;REVB=0.0162279;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702821;STB=0.51722;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00443174;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:24:22:5:6:16:16:0.727273:7:9:2:3:7:9:3:3 chr22 40816493 . AG A 30.15 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0426357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5672;QD=7.53867;RBI=0.179833;REFB=-0.0532062;REVB=-0.174705;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.429227;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0507032;OID=.;OPOS=40816494;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:16:6:16:10:1:5:6:4:30:10:1:4:6:4 chr22 41075543 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.365;QD=42.1788;RBI=0.164423;REFB=0;REVB=-0.159936;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0104558;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr22 41075695 . C T 250.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.429;QD=50.1165;RBI=0.0656196;REFB=0;REVB=0.0156248;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370685;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:1:0:18:20:1:8:10:1:0:8:12:0:0 chr22 41256680 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000212829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.015;QD=21.8402;RBI=0.0245893;REFB=-0.010044;REVB=0.0245883;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000999562;OID=.;OPOS=41256680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr22 41551039 . T A 514.88 PASS AF=0.77193;AO=44;DP=57;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0115722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.455;QD=36.1321;RBI=0.0284974;REFB=0.0105957;REVB=-0.026042;RO=13;SAF=13;SAR=31;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444039;STB=0.523933;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00313915;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:13:13:44:44:0.77193:31:13:5:8:31:13:5:8 chr22 41604399 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0820858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6913;QD=24.3275;RBI=0.100018;REFB=0.00760324;REVB=-0.0571453;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000639352;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr22 41610024 . G A 170.55 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0320739;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.482;QD=8.85996;RBI=0.0321807;REFB=0.00266629;REVB=0.00262001;RO=53;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131879;STB=0.584197;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00539762;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:53:54:23:23:0.298701:10:13:24:29:10:13:24:30 chr22 41617318 . G C 970.33 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.115;QD=58.8079;RBI=0.0282158;REFB=0;REVB=0.0131266;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0901e-05;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:26:40:0:0 chr22 41623890 . T A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000684982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.639;QD=8.37003;RBI=0.0250167;REFB=-0.00894008;REVB=-0.0250074;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442827;STB=0.776111;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0231921;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:2:9:13:15:2:9:13:15 chr22 41645757 . C G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.487;QD=51.1784;RBI=0.0446867;REFB=0;REVB=0.0264361;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585925;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr22 41829794 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.042;QD=40.7629;RBI=0.0279989;REFB=0;REVB=0.000387276;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107467;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:4:3:0:0:5:5:0:0 chr22 41833116 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.513;QD=49.5961;RBI=0.0492052;REFB=0;REVB=0.0209014;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083257;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr22 41903813 . A C 530.65 PASS AF=0.712121;AO=43;DP=62;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00144172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.423;QD=32.1609;RBI=0.0134175;REFB=-0.0494713;REVB=0.0133398;RO=19;SAF=21;SAR=22;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830947;STB=0.507809;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0189278;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:19:19:43:47:0.712121:22:21:9:10:26:21:9:10 chr22 42059768 . G T 90.88 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00967521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.462;QD=5.04879;RBI=0.0368101;REFB=-0.0152914;REVB=-0.0355158;RO=57;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157242;STB=0.599867;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0631161;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:57:57:15:15:0.208333:9:6:30:27:9:6:30:27 chr22 42089623 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.617;QD=64.4146;RBI=0.0335148;REFB=0;REVB=-0.0236791;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59899e-07;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr22 42128584 . GA G 85.82 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0146749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7992;QD=17.163;RBI=0.0427913;REFB=-0.144235;REVB=-0.0401963;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0.206687;SSEP=0;SSSB=-0.484843;STB=0.7851;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0874671;OID=.;OPOS=42128585;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:20:12:20:8:1:11:4:4:47:8:1:11:4:4 chr22 42159229 . G T 666.12 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00278113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2834;QD=52.2445;RBI=0.014254;REFB=-0.0864265;REVB=0.0139801;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.50202;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00359801;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:22:27:0:0:22:27:1:1 chr22 42336172 . G A 398.02 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0294164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.721;QD=28.947;RBI=0.0327342;REFB=-0.0272248;REVB=0.0143597;RO=18;SAF=10;SAR=27;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373447;STB=0.520294;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0132658;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:27:10:4:14:27:10:4:14 chr22 42416056 . A G 280.69 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0348506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.496;QD=28.0693;RBI=0.036823;REFB=-0.0170928;REVB=0.0118898;RO=15;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122641;STB=0.567794;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0116103;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:9:16:7:8:9:16:7:8 chr22 42423110 . G C 288.7 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0226203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.427;QD=32.0775;RBI=0.023917;REFB=-0.0252973;REVB=-0.00776795;RO=11;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212106;STB=0.511619;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00984399;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:15:10:4:7:15:10:4:7 chr22 42428727 . A T 921.9 PASS AF=0.771739;AO=71;DP=92;FAO=71;FDP=92;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0179115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6396;QD=40.0827;RBI=0.0238921;REFB=0.00505219;REVB=0.0158117;RO=21;SAF=37;SAR=34;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597393;STB=0.531958;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000968425;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:21:21:71:71:0.771739:34:37:8:13:34:37:8:13 chr22 42463814 . C T 412.7 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00346356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.835;QD=31.7461;RBI=0.00758087;REFB=-0.0433593;REVB=-0.00674339;RO=15;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541727;STB=0.529396;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00961174;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:16:21:7:8:16:21:7:8 chr22 42474138 . C G 68.66 PASS AF=0.212766;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.013862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.274;QD=5.84319;RBI=0.0154678;REFB=-0.00409985;REVB=-0.00686286;RO=37;SAF=1;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58893;STB=0.895299;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0156293;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:9:10:0.212766:8:1:22:15:9:1:22:15 chr22 42486723 . G A 86.7 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0267323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.51;QD=4.33486;RBI=0.0267678;REFB=-0.00948593;REVB=-0.00137674;RO=65;SAF=11;SAR=4;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277027;STB=0.681163;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0533646;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:4:11:34:31:4:11:34:31 chr22 42523636 . C A 172.65 PASS AF=0.263736;AO=23;DP=90;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00115781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.236;QD=7.58903;RBI=0.0138128;REFB=-0.00236109;REVB=-0.0137642;RO=66;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136197;STB=0.599914;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0070206;OID=.;OPOS=42523636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:66:67:23:24:0.263736:15:8:30:36:16:8:31:36 chr22 42523943 . A G 552.54 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=55;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0168632;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.218;QD=40.9289;RBI=0.0219296;REFB=-0.024644;REVB=0.0140193;RO=9;SAF=28;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521892;STB=0.527938;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00465984;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:54:9:9:45:45:0.833333:17:28:7:2:17:28:7:2 chr22 42525756 . G A 406.99 PASS AF=0.661017;AO=32;DP=54;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0328071;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.029;QD=27.5922;RBI=0.0383888;REFB=-0.041891;REVB=0.0199346;RO=17;SAF=15;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741542;STB=0.529602;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0197881;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:17:20:32:39:0.661017:17:15:6:11:20:19:8:12 chr22 42526694 . G A 709.19 PASS AF=0.659341;AO=60;DP=91;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0562887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.419;QD=31.1733;RBI=0.0570605;REFB=-0.0166302;REVB=0.00935286;RO=29;SAF=22;SAR=38;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142374;STB=0.50746;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00824389;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:29:31:60:60:0.659341:38:22:10:19:38:22:12:19 chr22 42536313 . G A 188.31 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00549671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.54;QD=28.9701;RBI=0.0060564;REFB=-0.0110477;REVB=0.00254286;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886834;STB=0.538419;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00370238;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:26:8:8:17:18:0.692308:8:9:3:5:9:9:3:5 chr22 42537227 . T C 51.77 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000481053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.893;QD=6.27541;RBI=0.0115175;REFB=-0.01204;REVB=-0.0115074;RO=21;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13434;STB=0.513469;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0188953;OID=.;OPOS=42537227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:32:33:21:22:5:6:0.181818:1:4:15:6:2:4:15:7 chr22 42537252 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0138124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.044;QD=11.8817;RBI=0.0742988;REFB=-0.000918083;REVB=-0.0730036;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367416;STB=0.52171;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000664419;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:14:14:7:8:14:14 chr22 42537404 . G C 354.57 PASS AF=0.725;AO=30;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0104123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.107;QD=35.4575;RBI=0.0273134;REFB=-0.0011739;REVB=-0.0252509;RO=10;SAF=18;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938008;STB=0.536816;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.000637603;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:40:40:10:11:30:29:0.725:12:18:4:6:12:17:5:6 chr22 42538029 . A G 483.08 PASS AF=0.74;AO=36;DP=49;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0213988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.039;QD=38.6463;RBI=0.0264046;REFB=-0.0110005;REVB=0.0154691;RO=13;SAF=12;SAR=24;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108308;STB=0.551696;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00338332;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:13:13:36:37:0.74:24:12:7:6:24:13:7:6 chr22 42538508 . AG GA 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00420618;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.891;QD=21.7443;RBI=0.0357176;REFB=-0.0267493;REVB=-0.0354691;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.583226;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.0124108;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:3:8:8:7:3:8 chr22 42538514 . T C,TC 128.4 PASS AF=0,0.576923;AO=2,12;DP=26;FAO=0,15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.025417,-0.16686;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=162.509,23.2462;QD=19.7534;RBI=0.0261485,0.168968;REFB=0.000528091,-0.043593;REVB=-0.00614153,-0.0266032;RO=11;SAF=2,4;SAR=0,8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663928,0.0581219;STB=0.5,0.583226;STBP=1,0.345;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0158413;OID=.,.;OPOS=42538514,42538515;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:26:26:11:11:2,12:0,15:0,0.576923:0,8:2,4:3:8:0,8:0,7:3:8 chr22 42538670 . G T 224.32 PASS AF=0.65625;AO=17;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0580042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9029;QD=28.04;RBI=0.0720077;REFB=-0.105167;REVB=0.0426687;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339941;STB=0.652027;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0150548;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:17:21:0.65625:5:12:2:8:7:14:2:8 chr22 42538876 . A T 113.69 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430462;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8545;QD=37.8965;RBI=0.0653862;REFB=-0.104534;REVB=-0.0492176;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00265466;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr22 42606257 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00513673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.472;QD=11.882;RBI=0.0181912;REFB=0.000841546;REVB=0.0174509;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151722;STB=0.59004;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00118183;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:15:13:5:10:15:13 chr22 42609148 . T C 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00269897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.152;QD=35.4875;RBI=0.0611124;REFB=0.0253372;REVB=-0.0610527;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112976;STB=0.562406;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.033472;OID=.;OPOS=42609148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:6:7:2:0:6:7:2:0 chr22 42912106 . C T 79.13 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00213672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.257;QD=6.73436;RBI=0.0187027;REFB=-0.00984034;REVB=0.0185803;RO=36;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400451;STB=0.751437;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0347264;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:3:8:14:22:3:8:14:22 chr22 42965169 . A AG 256.95 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00735731;FXX=0.0238039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=152.37;QD=25.068;RBI=0.0119518;REFB=-0.00725139;REVB=-0.00941892;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117147;STB=0.571369;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.0034484;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:23:42:24:41:17:10:14:10:7:99:17:10:13:10:7 chr22 43011302 . C T 369.99 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0223932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2406;QD=14.7996;RBI=0.0414339;REFB=-0.0125527;REVB=-0.0348614;RO=59;SAF=31;SAR=9;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365692;STB=0.713702;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0198761;OID=.;OPOS=43011302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:60:40:40:0.4:9:31:27:32:9:31:27:33 chr22 43036245 . G A 62.12 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0297396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.39;QD=4.5175;RBI=0.0297945;REFB=-0.00440337;REVB=0.00180765;RO=45;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123885;STB=0.580498;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0220671;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:7:3:10:35:7:3:10:35 chr22 43088668 . G A 267.98 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0190687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.204;QD=35.7311;RBI=0.0435109;REFB=0.00480892;REVB=0.0391099;RO=7;SAF=15;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.555506;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000458914;OID=.;OPOS=43088668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:8:15:3:4:8:15:3:4 chr22 43193641 . G A 484.36 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.029;QD=58.7106;RBI=0.026376;REFB=0;REVB=-0.00222724;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33321e-05;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:9:21:0:0:9:24:0:0 chr22 43206950 . A C 728.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.013;QD=57.1636;RBI=0.119112;REFB=0;REVB=0.0728704;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203059;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr22 43435812 . C T 158.82 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0374748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.308;QD=35.2936;RBI=0.0480652;REFB=-0.226936;REVB=0.0300983;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11358;STB=0.533289;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00798811;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:18:18:2:3:15:15:0.833333:7:8:0:2:7:8:1:2 chr22 43455432 . G A 956.38 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188285;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.541;QD=58.8541;RBI=0.0107409;REFB=0;REVB=0.0105746;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484033;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr22 43466247 . G C 130.6 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.996;QD=43.533;RBI=0.0472425;REFB=0;REVB=0.0324666;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212887;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr22 43529314 . G C 1350.34 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.094;QD=62.0847;RBI=0.0559745;REFB=0;REVB=0.025841;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109974;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:50:32:0:0:52:35:0:0 chr22 43558926 . A G 938.28 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146593;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5269;QD=58.6425;RBI=0.0614276;REFB=0;REVB=-0.0596528;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437401;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr22 43558972 . G A 111.07 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.00412634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.811;QD=7.52993;RBI=0.105429;REFB=-0.00307353;REVB=0.105349;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169646;STB=0.639043;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0094719;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:43:15:16:0.271186:6:9:32:12:7:9:32:11 chr22 43563672 . A G 198.39 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0683663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7769;QD=24.047;RBI=0.105386;REFB=-0.0225714;REVB=-0.080201;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952202;STB=0.577698;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0304188;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:12:13:19:20:0.606061:7:12:6:6:7:13:6:7 chr22 43565703 . C T 78.56 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0211869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.554;QD=4.91027;RBI=0.0215233;REFB=-0.0097642;REVB=-0.00379064;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378161;STB=0.726963;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0371963;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:50:51:13:13:0.203125:5:8:15:35:5:8:16:35 chr22 43568512 . C T 105.7 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0121755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.079;QD=5.3518;RBI=0.0206662;REFB=-0.00531582;REVB=0.0166987;RO=62;SAF=7;SAR=10;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285552;STB=0.677039;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0133598;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:10:7:40:22:10:7:40:22 chr22 43576904 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0437457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.17;QD=12.3961;RBI=0.0465926;REFB=-0.0927828;REVB=0.0160372;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0701482;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr22 43606143 . C T 769.65 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=69;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0298881;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1;QD=46.6453;RBI=0.0551846;REFB=-0.0815265;REVB=0.04639;RO=7;SAF=29;SAR=29;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00735455;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:66:7:8:58:58:0.878788:29:29:3:4:29:29:4:4 chr22 43606215 . G A 31.5 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0621961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4052;QD=2.4229;RBI=0.0626369;REFB=-0.00140366;REVB=-0.0074178;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504773;STB=0.538334;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0205237;OID=.;OPOS=43606215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:3:3:21:25:3:3:21:25 chr22 43610207 . A G 164.19 PASS AF=0.212598;AO=27;DP=127;FAO=27;FDP=127;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=28;FWDB=-0.0497778;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.448;QD=5.17121;RBI=0.0502622;REFB=-0.00763096;REVB=-0.00696149;RO=100;SAF=18;SAR=9;SRF=72;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790576;STB=0.548746;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0327474;OID=.;OPOS=43610207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:100:100:27:27:0.212598:9:18:72:28:9:18:72:28 chr22 43614316 . C G 510.58 PASS AF=0.714286;AO=42;DP=60;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0298036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.969;QD=32.4178;RBI=0.0306638;REFB=-0.0399325;REVB=-0.00721218;RO=18;SAF=20;SAR=22;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131987;STB=0.503174;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0148444;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:18:18:42:45:0.714286:22:20:9:9:22:23:9:9 chr22 43623395 . C G 198.36 PASS AF=0.944444;AO=18;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7197;QD=44.0809;RBI=0.0474325;REFB=-0.00586089;REVB=0.0342909;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00279184;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:18:17:0.944444:8:10:0:0:7:10:0:1 chr22 43976396 . G A 1343.93 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260279;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.076;QD=62.5086;RBI=0.042279;REFB=0;REVB=0.0333176;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107647;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:41:42:0:0:41:45:0:0 chr22 44022345 . G A 83.22 PASS AF=0.275;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0241729;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8222;QD=8.32223;RBI=0.0588188;REFB=-0.0153144;REVB=-0.053622;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298105;STB=0.685364;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0431171;OID=.;OPOS=44022345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:42:40:29:29:11:11:0.275:3:8:14:15:3:8:14:15 chr22 44112845 . C T 1533.47 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067455;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9489;QD=63.8946;RBI=0.0683329;REFB=0;REVB=0.0109184;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320428;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:63:33:0:0:63:33:0:0 chr22 44221565 . C A,CAATA 951.3 PASS AF=0.08,0.866667;AO=4,58;DP=71;FAO=6,65;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=4,32;FSAR=2,33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00680014,-0.0217667;FXX=0.0131562;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=134.802,142.544;QD=50.7357;RBI=0.00767091,0.0222241;REFB=0.000220539,0.0503925;REVB=-0.00354978,-0.00448599;RO=4;SAF=1,29;SAR=3,29;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.397043,-0.0303643;STB=0.538337,0.514931;STBP=0.881,0.383;TYPE=snp,ins;VARB=0.0839399,-0.00274924;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:71:75:4:4:4,58:6,65:0.08,0.866667:3,29:1,29:3:1:2,33:4,32:3:1 chr22 44282276 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000914817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.446;QD=59.4347;RBI=0.0614624;REFB=0;REVB=-0.0614556;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161452;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr22 44282307 . G A 437.59 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8066;QD=56.4637;RBI=0.0378996;REFB=0;REVB=0.00368719;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085777;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:9:21:0:0:9:22:0:0 chr22 44285765 . A G 594.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.576;QD=60.9894;RBI=0.0433068;REFB=0;REVB=0.0192209;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199282;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr22 44286950 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.11;QD=53.277;RBI=0.0266401;REFB=0;REVB=-0.0186869;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1369e-06;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr22 44342116 . A G 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.000462321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.994;QD=5.59712;RBI=0.00807348;REFB=-0.00596852;REVB=0.00806023;RO=43;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520832;STB=0.526271;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0213676;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:43:44:12:12:0.214286:4:8:27:16:4:8:28:16 chr22 44368204 . A G 154.78 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0855844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2278;QD=7.19893;RBI=0.0926041;REFB=0.00110713;REVB=-0.0353669;RO=58;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585748;STB=0.509795;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00875247;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:58:64:22:22:0.255814:13:9:24:34:13:9:27:37 chr22 44379822 . T C 57.37 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00226804;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.696;QD=3.14362;RBI=0.0153363;REFB=-0.00223218;REVB=-0.0151677;RO=54;SAF=6;SAR=5;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131807;STB=0.558272;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.011576;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:75:73:54:62:11:11:0.150685:5:6:35:19:5:6:38:24 chr22 44379838 . A G 100.14 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0142499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.786;QD=5.56306;RBI=0.0264041;REFB=-0.00695156;REVB=-0.0222287;RO=55;SAF=7;SAR=9;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199199;STB=0.616297;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0193385;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:56:16:16:0.222222:9:7:33:22:9:7:33:23 chr22 44386281 . C T 59.16 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0169235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4143;QD=3.4298;RBI=0.0171742;REFB=-0.00497625;REVB=0.00292381;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733895;STB=0.549509;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0545688;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:6:5:23:35:6:5:23:35 chr22 44489868 . T C 292.08 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00936835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9187;QD=21.6358;RBI=0.0283949;REFB=-0.0144014;REVB=-0.0268049;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00556692;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:12:12:15:15:12:12 chr22 44489896 . T C 268.69 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.058802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.508;QD=24.9943;RBI=0.0588044;REFB=-0.0134687;REVB=-0.000530084;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856818;STB=0.538287;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0114141;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:24:25:0.581395:12:12:7:11:13:12:7:11 chr22 44546582 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000744113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.145;QD=63.8716;RBI=0.0124047;REFB=0;REVB=0.0123823;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84274e-05;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr22 44582499 . T C 950.48 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.883;QD=58.4909;RBI=0.0300127;REFB=0;REVB=-0.0167738;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25831e-05;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:60:65:1:31:29:0:0:31:34:0:0 chr22 44602229 . A C 918.58 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00997155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.873;QD=54.8407;RBI=0.0518071;REFB=-0.106166;REVB=0.0508384;RO=1;SAF=55;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851232;STB=0.508926;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000680587;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:64:65:0.970149:9:55:1:0:10:55:2:0 chr22 44681612 . A G 507.19 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0200071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8692;QD=41.4035;RBI=0.0363587;REFB=-0.0219948;REVB=-0.030359;RO=11;SAF=24;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213933;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485778;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:14:24:7:4:14:24:7:4 chr22 44965320 . G A 820.02 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00504283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8314;QD=55.5943;RBI=0.0382508;REFB=0.0441329;REVB=0.0379169;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000495154;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:20:38:0:1:20:38:0:1 chr22 45126775 . T C 1422.75 PASS AF=1;AO=87;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.738;QD=62.5383;RBI=0.0463075;REFB=0;REVB=0.0457381;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83643e-05;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:87:91:1:46:41:0:0:46:45:0:0 chr22 45130957 . G A 683.8 PASS AF=0.725;AO=57;DP=80;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0357095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0157;QD=34.1897;RBI=0.0501651;REFB=-0.0204419;REVB=0.0352331;RO=23;SAF=36;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132353;STB=0.559979;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00530208;OID=.;OPOS=45130957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:23:22:57:58:0.725:21:36:9:14:22:36:9:13 chr22 45198009 . A C,G 483.18 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,30;DP=34;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422945,0.0268878;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.023,62.4082;QD=58.5674;RBI=0.0107398,0.0318879;REFB=0,0;REVB=0.00987189,-0.017143;RO=0;SAF=2,19;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.040314,0.000964196;OID=.,.;OPOS=45198009,45198009;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:34:33:0:0:3,30:3,30:0.0909091,0.909091:1,11:2,19:0:0:1,11:2,19:0:0 chr22 45244930 . C G,T 611.88 PASS AF=0.0238095,0.952381;AO=2,39;DP=41;FAO=1,40;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=0,24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0529353,0.0304011;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.7436,84.3223;QD=58.2741;RBI=0.0530388,0.0304573;REFB=-0.127725,-0.194218;REVB=0.0033133,0.0018497;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.515144;STBP=1,0.291;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138037,0.00233321;OID=.,.;OPOS=45244930,45244930;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:42:0:1:2,39:1,40:0.0238095,0.952381:0,24:2,15:0:0:0,24:1,16:1:0 chr22 45255580 . G C 559.03 PASS AF=0.975;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.15;QD=55.9029;RBI=0.0356766;REFB=-0.0739956;REVB=0.0278599;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00253003;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:40:0:1:37:39:0.975:20:17:0:0:20:19:1:0 chr22 45255594 . G A 121.41 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000140013;FXX=0.10202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.711;QD=11.0376;RBI=0.00498569;REFB=-0.0200141;REVB=-0.00498372;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449506;STB=0.769605;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0301101;OID=.;OPOS=45255594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:44:28:30:14:14:0.318182:3:11:11:17:3:11:12:18 chr22 45255637 . G C 870.87 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0366;QD=56.1853;RBI=0.108572;REFB=-0.0260736;REVB=-0.108555;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00200585;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr22 45277909 . A G 463.27 PASS AF=0.72;AO=35;DP=49;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00271615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.655;QD=37.0619;RBI=0.0525715;REFB=-0.032971;REVB=0.0525013;RO=14;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171583;STB=0.594662;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0144497;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:14:14:35:36:0.72:19:16:11:3:20:16:11:3 chr22 45278065 . A T 821.23 PASS AF=0.831169;AO=62;DP=77;FAO=64;FDP=77;FR=.;FRO=13;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.113899;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0445;QD=42.661;RBI=0.115577;REFB=-0.0230885;REVB=0.0196228;RO=13;SAF=30;SAR=32;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426719;STB=0.519474;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0114893;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:77:77:13:13:62:64:0.831169:32:30:8:5:32:32:8:5 chr22 45278187 . A T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.909;QD=62.6677;RBI=0.00887725;REFB=0;REVB=-0.00247375;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93227e-06;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr22 45279119 . G A 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=44;FWDB=-0.041081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.823;QD=6.46586;RBI=0.0446541;REFB=-0.0088959;REVB=-0.0175027;RO=47;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101943;STB=0.603874;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0320882;OID=.;OPOS=45279119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:49:16:16:0.246154:15:1:4:43:15:1:5:44 chr22 45566843 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.425;QD=57.1775;RBI=0.024186;REFB=0;REVB=0.022718;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82898e-05;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr22 45566912 . C A,T 626.4 PASS AF=0.930233,0.0465116;AO=40,2;DP=43;FAO=40,2;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0;FSAR=24,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201245,0.011717;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.352,35.2515;QD=58.27;RBI=0.0213563,0.0506289;REFB=-0.185329,-0.204855;REVB=0.00714827,0.0492544;RO=1;SAF=16,0;SAR=24,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0284076,-0.697199;STB=0.515144,0.993266;STBP=0.291,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00163618,0.106436;OID=.,.;OPOS=45566912,45566912;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:1:1:40,2:40,2:0.930233,0.0465116:24,2:16,0:1:0:24,2:16,0:1:0 chr22 45577231 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.907;QD=59.0184;RBI=0.0592459;REFB=0;REVB=0.0419816;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619957;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr22 45583898 . A G 438.38 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00504634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.838;QD=50.1005;RBI=0.00749799;REFB=-0.0116919;REVB=0.00554565;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582581;STB=0.516984;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000120343;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:17:15:2:0:17:15:2:1 chr22 45593055 . G A 297.01 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0118975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.607;QD=36.0017;RBI=0.0141094;REFB=-0.0196469;REVB=0.00758449;RO=7;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465955;STB=0.514694;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00781291;OID=.;OPOS=45593055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:33:7:8:25:25:0.757576:11:14:4:3:11:14:4:4 chr22 45596845 . AG AA,A 62.12 PASS AF=0.0789474,0.368421;AO=2,12;DP=38;FAO=3,14;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=2,11;FSAR=1,3;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0545437,0.123231;FXX=0.0256345;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=17.5109,7.13108;QD=6.53919;RBI=0.20617,0.127687;REFB=-0.0550524,-0.10971;REVB=0.198824,0.033437;RO=18;SAF=2,9;SAR=0,3;SRF=16;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399966,-0.217615;STB=0.713264,0.568538;STBP=0.794,0.681;TYPE=snp,del;VARB=0.00775775,0.143578;OID=.,.;OPOS=45596846,45596846;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0789474,0.368421:2,12:38:3,14:38:21:2,11:1,3:18:3:46:18:2,9:0,3:16:2 chr22 45603631 . C G 1796.44 PASS AF=0.722222;AO=143;DP=200;FAO=156;FDP=216;FR=.;FRO=60;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00503079;FXX=0.013698;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.855;QD=33.2673;RBI=0.0266323;REFB=-0.0290616;REVB=0.0261529;RO=57;SAF=66;SAR=77;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312046;STB=0.517855;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00951457;OID=.;OPOS=45603631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:216:57:60:143:156:0.722222:77:66:23:34:81:75:25:35 chr22 45603632 . C G 41.46 PASS AF=0.0723982;AO=15;DP=220;FAO=16;FDP=221;FR=.;FRO=205;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=91;FSRR=114;FWDB=-0.000562268;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=106.701;QD=0.750494;RBI=0.0189272;REFB=0.000651205;REVB=-0.0189189;RO=205;SAF=9;SAR=6;SRF=91;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167813;STB=0.608587;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00303069;OID=.;OPOS=45603632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:220:221:205:205:15:16:0.0723982:6:9:91:114:7:9:91:114 chr22 45683304 . G C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00527305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.643;QD=22.5809;RBI=0.0103467;REFB=-0.00231798;REVB=-0.00890215;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162618;STB=0.592433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00160192;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:4:3:8:4:4:3 chr22 45685002 . A G 399.56 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306213;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.952;QD=57.0805;RBI=0.0352416;REFB=0;REVB=0.0174444;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209906;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr22 45691594 . A G 801.02 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2747;QD=57.2157;RBI=0.0398173;REFB=0;REVB=-0.00667658;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000478474;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr22 45718041 . A G 2159.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.215;QD=63.0559;RBI=0.0226598;REFB=0;REVB=0.00270926;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94942e-05;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:66:70:0:0:67:70:0:0 chr22 45723807 . G C 1091.75 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00333304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1055;QD=58.2266;RBI=0.0906883;REFB=-0.112791;REVB=-0.090627;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00232849;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:71:74:0.986667:38:33:1:0:39:35:1:0 chr22 45723842 . G A 936.79 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0193764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.364;QD=54.3065;RBI=0.0194038;REFB=-0.0423075;REVB=0.0010302;RO=3;SAF=30;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171527;STB=0.509281;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.000740006;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:65:66:0.956522:35:30:2:1:36:30:2:1 chr22 45723947 . A G 238.96 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6522;QD=50.3077;RBI=0.10178;REFB=0;REVB=-0.0488677;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0028098;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr22 45728370 . G A 1387.41 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0299126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.839;QD=60.3221;RBI=0.0299181;REFB=-0.06478;REVB=0.000575073;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957528;STB=0.509998;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000939488;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:41:49:1:0:41:49:2:0 chr22 45737787 . A G 921.51 PASS AF=0.744898;AO=69;DP=96;FAO=73;FDP=98;FR=.;FRO=25;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0681792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2239;QD=37.6128;RBI=0.0683712;REFB=-0.0378101;REVB=0.00512099;RO=27;SAF=35;SAR=34;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447079;STB=0.503649;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0115662;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:27:25:69:73:0.744898:34:35:16:11:34:39:13:12 chr22 45767391 . C T 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0125663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.039;QD=3.54657;RBI=0.0339719;REFB=-0.00589124;REVB=-0.0315623;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541041;STB=0.503806;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248531;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:28:11:2:5:28:11 chr22 45767455 . A G 670.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.02;QD=62.3316;RBI=0.0885708;REFB=0;REVB=0.0775322;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853035;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr22 45782903 . T C 1394.92 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.499;QD=62.6931;RBI=0.0723792;REFB=0;REVB=-0.0180452;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4266e-05;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr22 45789642 . A C 742.87 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00966255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.928;QD=59.4295;RBI=0.0650197;REFB=-0.0158028;REVB=0.0642977;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00138228;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:25:23:0:1:25:23:1:1 chr22 45813687 . G A 502.86 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=60;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00402217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2682;QD=33.5239;RBI=0.0241741;REFB=-0.0168601;REVB=-0.0238371;RO=16;SAF=23;SAR=21;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728411;STB=0.539316;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00488111;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:16:16:44:44:0.733333:21:23:6:10:21:23:6:10 chr22 45821887 . G A 379.85 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0225797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.417;QD=39.9837;RBI=0.0286474;REFB=-0.00795055;REVB=0.0176304;RO=8;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246033;STB=0.633244;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00075591;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:8:8:30:30:0.789474:11:19:0:8:11:19:0:8 chr22 45821909 . C T 413.81 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0242497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.671;QD=41.3813;RBI=0.0301092;REFB=-0.0233915;REVB=-0.0178471;RO=8;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187122;STB=0.601202;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0152023;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:8:8:32:32:0.8:12:20:1:7:12:20:1:7 chr22 45821935 . G A 469.18 PASS AF=0.813953;AO=31;DP=44;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0138214;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4025;QD=43.6449;RBI=0.0742094;REFB=-0.0264275;REVB=0.0729109;RO=7;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176297;STB=0.602698;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00613433;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:43:7:8:31:35:0.813953:11:20:1:6:12:23:1:7 chr22 45826880 . G A 482.01 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0358419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.58;QD=43.819;RBI=0.0433773;REFB=-0.0505984;REVB=0.0244325;RO=8;SAF=21;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585161;STB=0.531479;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0122299;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:15:21:6:2:15:21:6:2 chr22 45898117 . T C 581.82 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3204;QD=58.1817;RBI=0.0301725;REFB=-0.106332;REVB=-0.0200389;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183767;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00213684;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:25:13:0:1:25:14:0:1 chr22 45898130 . A T 598.89 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133128;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.969;QD=61.4241;RBI=0.0178161;REFB=0;REVB=0.0177663;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860317;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr22 45923827 . A G 2008.89 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.539;QD=61.812;RBI=0.00799735;REFB=0;REVB=0.00456101;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59784e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:75:53:0:0:77:53:0:0 chr22 45937149 . C T 1504.84 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.425;QD=57.3274;RBI=0.056789;REFB=0;REVB=0.04337;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116256;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:105:0:0:93:105:1:60:33:0:0:68:37:0:0 chr22 46402715 . G T 922.41 PASS AF=0.728972;AO=78;DP=108;FAO=78;FDP=107;FR=.;FRO=29;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0184022;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.767;QD=34.4826;RBI=0.0184747;REFB=-0.0491339;REVB=-0.00163609;RO=29;SAF=42;SAR=36;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107759;STB=0.505779;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0143805;OID=.;OPOS=46402715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:29:29:78:78:0.728972:36:42:15:14:36:42:15:14 chr22 46403039 . G A 871.12 PASS AF=0.624;AO=78;DP=125;FAO=78;FDP=125;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00171801;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.1719;QD=27.8758;RBI=0.0215741;REFB=-0.0078401;REVB=0.0215055;RO=42;SAF=43;SAR=35;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446172;STB=0.508824;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00721082;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:42:47:78:78:0.624:35:43:26:16:35:43:27:20 chr22 46447714 . T C 528.68 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.035387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.861;QD=43.1575;RBI=0.035914;REFB=-0.00227597;REVB=0.00612998;RO=10;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109313;STB=0.558794;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000681883;OID=.;OPOS=46447714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:10:10:39:39:0.795918:20:19:2:8:20:19:2:8 chr22 46677607 . T C 506.85 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00515157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8271;QD=56.3166;RBI=0.060648;REFB=-0.0957523;REVB=0.0604288;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00753878;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:20:14:1:0:21:14:1:0 chr22 46722400 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.732;QD=60.2282;RBI=0.0302836;REFB=0;REVB=0.0271249;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208088;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr22 46858809 . G A 111.46 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0159462;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.403;QD=6.36928;RBI=0.0437324;REFB=0.000617756;REVB=0.0407215;RO=52;SAF=4;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303417;STB=0.69661;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00479835;OID=.;OPOS=46858809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:52:53:17:17:0.242857:13:4:24:28:13:4:25:28 chr22 46929692 . A G 882.68 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155808;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.029;QD=57.8805;RBI=0.0198289;REFB=0;REVB=0.0122647;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019015;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:29:32:0:0 chr22 46931077 . G C 480.27 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.465;QD=56.5028;RBI=0.0165622;REFB=0;REVB=0.0118741;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48726e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:12:19:0:0:12:22:0:0 chr22 46931793 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.195;QD=56.1916;RBI=0.00968111;REFB=0;REVB=0.00878429;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5545e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr22 46931838 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.264;QD=54.5148;RBI=0.0311014;REFB=0;REVB=-0.0258853;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97005e-05;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr22 47058992 . T C 2306.56 PASS AF=0.935673;AO=158;DP=173;FAO=160;FDP=171;FR=.;FRO=11;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0283587;FXX=0.01156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2628;QD=53.9545;RBI=0.0554606;REFB=0.0187769;REVB=-0.0476619;RO=10;SAF=91;SAR=67;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377237;STB=0.521812;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000681014;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:173:171:10:11:158:160:0.935673:67:91:9:1:67:93:10:1 chr22 47075462 . C T 587.7 PASS AF=0.708333;AO=50;DP=73;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00489752;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.348;QD=32.6497;RBI=0.0208572;REFB=-0.0142526;REVB=-0.020274;RO=21;SAF=31;SAR=19;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273144;STB=0.518128;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00533753;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:21:21:50:51:0.708333:19:31:14:7:20:31:14:7 chr22 47086001 . TCCCCCCCT TCCCCCCT,TCCCCCTCC 60.24 PASS AF=0.227273,0.0757576;AO=20,5;DP=68;FAO=15,5;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=4,5;FSAR=11,0;FSRF=4;FSRR=42;FWDB=0.039357,-0.0282427;FXX=0.0294074;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=6.65499,39.8971;QD=3.65079;RBI=0.039357,0.0297698;REFB=-0.176889,-0.0489072;REVB=4.64932e-05,-0.00941242;RO=33;SAF=1,5;SAR=19,0;SRF=3;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181538,0.825166;STB=0.706475,0.999293;STBP=0.241,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.142583,0.0926289;OID=.,.;OPOS=47086002,47086007;OREF=C,CCT;OALT=-,TCC;OMAPALT=TCCCCCCT,TCCCCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273,0.0757576:20,5:68:15,5:66:46:4,5:11,0:4:42:31:33:1,5:19,0:3:30 chr22 47185265 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.382;QD=53.911;RBI=0.0194199;REFB=0;REVB=-0.0191841;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126765;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr22 47311404 . A T 150.25 PASS AF=0.28;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0322046;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.898;QD=8.01314;RBI=0.0322391;REFB=-0.022129;REVB=-0.00149126;RO=54;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108043;STB=0.564824;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.048604;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:54:54:21:21:0.28:12:9:28:26:12:9:28:26 chr22 47569571 . G C 326.66 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5851;QD=52.2663;RBI=0.11989;REFB=0;REVB=0.0290281;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513624;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:9:16:0:0 chr22 47857537 . T C 1650.18 PASS AF=0.718919;AO=133;DP=186;FAO=133;FDP=185;FR=.;FRO=52;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0213167;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.634;QD=35.6795;RBI=0.0220213;REFB=-0.0247166;REVB=0.005526;RO=52;SAF=74;SAR=59;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400633;STB=0.521422;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00770344;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:52:52:133:133:0.718919:59:74:25:27:59:74:25:27 chr22 47857551 . T G 1646.9 PASS AF=0.733333;AO=132;DP=181;FAO=132;FDP=180;FR=.;FRO=48;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000779565;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3076;QD=36.5977;RBI=0.0424008;REFB=-0.00481506;REVB=0.0423936;RO=48;SAF=73;SAR=59;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026694;STB=0.514257;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00197049;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:48:48:132:132:0.733333:59:73:24:24:59:73:24:24 chr22 47857576 . A G 1332.1 PASS AF=0.717949;AO=111;DP=156;FAO=112;FDP=156;FR=.;FRO=44;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00477636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.791;QD=34.1565;RBI=0.0152228;REFB=-0.018438;REVB=0.0144541;RO=44;SAF=60;SAR=51;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215938;STB=0.512662;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00575105;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:44:44:111:112:0.717949:51:60:22:22:51:61:22:22 chr22 48023241 . G T 1269.32 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233213;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.024;QD=59.7327;RBI=0.023792;REFB=-0.0272883;REVB=0.00470937;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101845;STB=0.505262;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000462025;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:82:84:0.988235:36:46:1:0:37:47:1:0 chr22 48940553 . T C 905.64 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460268;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.259;QD=58.4286;RBI=0.0510804;REFB=0;REVB=0.0221527;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35893e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr22 48940644 . C T 1476.02 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0154971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4746;QD=57.3213;RBI=0.0155476;REFB=-0.165213;REVB=0.00125213;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825107;STB=0.50127;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00165008;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:57:44:0:1:57:44:1:1 chr22 49246723 . A C 2193.69 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0979499;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7153;QD=63.1277;RBI=0.0991744;REFB=0;REVB=-0.0155363;RO=0;SAF=44;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214258;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:95:44:0:0:95:44:0:0 chr22 49834747 . C T 1172.96 PASS AF=0.76;AO=88;DP=118;FAO=95;FDP=125;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0309153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.031;QD=37.5348;RBI=0.05589;REFB=-0.0590582;REVB=0.0465611;RO=29;SAF=40;SAR=48;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770531;STB=0.540725;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0162508;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:29:30:88:95:0.76:48:40:18:11:54:41:18:12 chr22 50017234 . A G 429.93 PASS AF=0.723404;AO=29;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.050071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8628;QD=36.5902;RBI=0.092024;REFB=-0.0429658;REVB=0.0772095;RO=13;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946333;STB=0.523915;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0152805;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:29:34:0.723404:13:16:5:8:18:16:5:8 chr22 50018045 . G A 181.67 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0354502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.187;QD=34.6044;RBI=0.0972415;REFB=-0.0658023;REVB=0.0905494;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.545407;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.028225;OID=.;OPOS=50018045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:3:12:18:0.857143:3:9:1:0:3:15:3:0 chr22 50018069 . A G 384.59 PASS AF=0.965517;AO=23;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667513;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.829;QD=53.0471;RBI=0.080572;REFB=-0.0649625;REVB=0.0451233;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00336476;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:29:1:1:23:28:0.965517:10:13:1:0:10:18:1:0 chr22 50216754 . G A 84.38 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0162662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3125;QD=4.96323;RBI=0.0422912;REFB=0.00214211;REVB=0.0390379;RO=54;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200459;STB=0.512802;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0177429;OID=.;OPOS=50216754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:8:6:24:30:8:6:24:30 chr22 50277835 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.157;QD=44.6897;RBI=0.0352594;REFB=0;REVB=-0.0348592;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000587373;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 50277883 . A G 340.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.873;QD=54.4825;RBI=0.0879277;REFB=0;REVB=-0.0396954;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299428;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 50278438 . A G 728.23 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.661;QD=63.3244;RBI=0.0348241;REFB=0;REVB=-0.000632331;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74075e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:22:24:0:0 chr22 50278568 . A G 218.58 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00147052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.709;QD=31.2249;RBI=0.00550054;REFB=-0.0106482;REVB=-0.00530033;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125131;STB=0.562441;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00482188;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:8:8:19:20:0.714286:13:6:1:7:14:6:1:7 chr22 50278642 . C T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0683364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4291;QD=32.9745;RBI=0.0699442;REFB=-0.0429865;REVB=0.0149104;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198064;STB=0.608575;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.012639;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:9:8:0:5:9:8:0:5 chr22 50280136 . T C 266.87 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.011027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.493;QD=28.0913;RBI=0.015887;REFB=-0.0409729;REVB=0.0114369;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476136;STB=0.519984;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0226943;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:15:8:4:10:16:8:4:10 chr22 50280688 . A C 45.82 PASS AF=0.259259;AO=5;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00538745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2377;QD=6.78868;RBI=0.0120825;REFB=0.0197915;REVB=-0.0108149;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152232;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0196312;OID=.;OPOS=50280688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:27:13:19:5:7:0.259259:3:2:7:6:4:3:10:9 chr22 50281917 . A G 820.2 PASS AF=0.755814;AO=65;DP=86;FAO=65;FDP=86;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.000185566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.736;QD=38.1489;RBI=0.000378328;REFB=0.00727417;REVB=-0.000329693;RO=21;SAF=34;SAR=31;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430302;STB=0.52307;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00233253;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:21:21:65:65:0.755814:31:34:9:12:31:34:9:12 chr22 50297246 . C T 126.73 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0200503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.294;QD=11.2649;RBI=0.0261631;REFB=-0.0246008;REVB=-0.0168076;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223614;STB=0.646851;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0402325;OID=.;OPOS=50297246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:4:11:16:13:4:11:16:14 chr22 50301476 . T C 112.07 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.106801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.447;QD=6.59223;RBI=0.106882;REFB=-0.0117694;REVB=-0.00415378;RO=51;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478564;STB=0.529377;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0355296;OID=.;OPOS=50301476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:8:9:25:26:8:9:25:26 chr22 50303575 . G A 104.05 PASS AF=0.172414;AO=18;DP=114;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0254175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.16;QD=3.5878;RBI=0.0387698;REFB=-0.00981442;REVB=-0.0292754;RO=96;SAF=9;SAR=9;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131615;STB=0.508612;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.045913;OID=.;OPOS=50303575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:96:96:18:20:0.172414:9:9:49:47:10:10:49:47 chr22 50315363 . C A 161.77 PASS AF=0.206107;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=38;FWDB=0.0351468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.496;QD=4.93952;RBI=0.0371959;REFB=-0.00802527;REVB=-0.0121752;RO=97;SAF=19;SAR=8;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120094;STB=0.562372;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0308882;OID=.;OPOS=50315363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:97:104:27:27:0.206107:8:19:60:37:8:19:66:38 chr22 50315971 . C G 31.84 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00690244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.056;QD=2.497;RBI=0.00833908;REFB=0.000780031;REVB=-0.00467938;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269256;STB=0.691682;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00438148;OID=.;OPOS=50315971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:51:44:45:6:6:0.117647:2:4:19:25:2:4:20:25 chr22 50315973 . G C 722.43 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.371;QD=56.6614;RBI=0.0358224;REFB=0;REVB=0.0315167;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185224;OID=.;OPOS=50315973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:42:51:1:20:22:0:0:27:24:0:0 chr22 50316051 . A G 592.5 PASS AF=0.708333;AO=50;DP=71;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00904826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.263;QD=32.9167;RBI=0.0134136;REFB=-0.0246446;REVB=0.00990216;RO=21;SAF=25;SAR=25;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912988;STB=0.545834;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00940013;OID=.;OPOS=50316051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:21:21:50:51:0.708333:25:25:14:7:25:26:14:7 chr22 50316984 . T C,TCTGCACTCCGGGGC 708.86 PASS AF=0.176471,0.541176;AO=16,46;DP=86;FAO=15,46;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=5,31;FSAR=10,15;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0107789,-0.00487489;FXX=0.0116266;HRUN=1,1;LEN=1,14;MLLD=61.4079,248.921;QD=33.3579;RBI=0.0107804,0.00488406;REFB=-0.0186016,-0.0194904;REVB=-0.000183231,-0.000299116;RO=24;SAF=5,31;SAR=11,15;SRF=19;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.466901,-0.0876055;STB=0.761598,0.547425;STBP=0.02,0.297;TYPE=snp,ins;VARB=0.0654356,0.0130833;OID=.,.;OPOS=50316984,50316985;OREF=T,-;OALT=C,CTGCACTCCGGGGC;OMAPALT=C,TCTGCACTCCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:86:85:24:24:16,46:15,46:0.176471,0.541176:11,15:5,31:19:5:10,15:5,31:19:5 chr22 50317049 . T C 912.18 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633994;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.305;QD=58.85;RBI=0.0635615;REFB=0;REVB=0.00453657;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628093;OID=.;OPOS=50317049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr22 50354819 . C A 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.676;QD=43.014;RBI=0.0922016;REFB=0.0503221;REVB=0.0905585;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129617;STB=0.571332;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000375496;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:3:13:0:1:3:13:0:1 chr22 50356693 . T C 79.69 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=64;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0127225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4894;QD=4.82972;RBI=0.0218679;REFB=-0.0206036;REVB=-0.0177861;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143302;STB=0.571327;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0601083;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:64:66:46:52:13:14:0.212121:8:5:23:23:8:6:27:25 chr22 50435480 . A G 815.46 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0182428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.9286;QD=52.6103;RBI=0.0763209;REFB=-0.202686;REVB=-0.0741085;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518512;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00611623;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:0:3:59:59:0.951613:20:39:0:0:20:39:3:0 chr22 50480108 . C T 590.3 PASS AF=0.746269;AO=49;DP=66;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.102448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8451;QD=35.2419;RBI=0.127594;REFB=0.0249206;REVB=0.0760565;RO=17;SAF=28;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076964;STB=0.543185;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00669904;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:17:17:49:50:0.746269:21:28:7:10:21:29:7:10 chr22 50547247 . A G 1434.26 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.598;QD=63.0442;RBI=0.0176089;REFB=0;REVB=-0.0169046;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2042e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr22 50555619 . C T 815.14 PASS AF=0.692308;AO=72;DP=103;FAO=72;FDP=104;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0147336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.535;QD=31.3516;RBI=0.0192558;REFB=-0.0268295;REVB=0.0123979;RO=30;SAF=42;SAR=30;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207784;STB=0.601883;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0151368;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:30:32:72:72:0.692308:30:42:6:24:30:42:8:24 chr22 50555686 . A C 800.75 PASS AF=0.67619;AO=71;DP=105;FAO=71;FDP=105;FR=.;FRO=34;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0142115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.518;QD=30.5049;RBI=0.0144641;REFB=-0.00948447;REVB=-0.00269158;RO=32;SAF=42;SAR=29;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213282;STB=0.605255;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00397656;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:32:34:71:71:0.67619:29:42:7:25:29:42:9:25 chr22 50585532 . GC CG 56.36 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0251713;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=48.496;QD=6.83141;RBI=0.0332422;REFB=-0.0241886;REVB=-0.021713;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442528;STB=0.838986;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.209116;OID=.;OPOS=50585532;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:33:33:21:23:6:7:0.212121:1:5:10:11:1:6:10:13 chr22 50589196 . C A 472.81 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0170252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2206;QD=35.0229;RBI=0.0215866;REFB=-0.0265307;REVB=0.0132712;RO=13;SAF=23;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447492;STB=0.524145;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0109726;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:18:23:6:7:18:23:6:7 chr22 50618738 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.017362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.133;QD=18.4442;RBI=0.0220484;REFB=-0.0116322;REVB=0.0135902;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00832567;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:4:5:7:4:4:5 chr22 50637597 . G C 307.88 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00377696;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.814;QD=22.8061;RBI=0.00906482;REFB=-0.0154405;REVB=0.00824048;RO=23;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914963;STB=0.555519;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0104394;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:11:19:12:11:11:20:12:11 chr22 50646936 . G C 412.24 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.04349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5377;QD=35.0843;RBI=0.0474729;REFB=-0.0642162;REVB=0.0190339;RO=14;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640666;STB=0.534863;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0262059;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:18:15:8:6:18:15:8:6 chr22 50657010 . C G 960.24 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9293;QD=56.4844;RBI=0.133584;REFB=0;REVB=0.0477188;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911077;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:1:0:66:68:1:41:25:1:0:41:27:0:0 chr22 50658698 . T A 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0145085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3188;QD=19.6951;RBI=0.0228583;REFB=-0.0139438;REVB=-0.0176637;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276113;STB=0.6561;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.010134;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:8:14:7:14:8:14 chr22 50664612 . A G 911.98 PASS AF=0.841463;AO=68;DP=81;FAO=69;FDP=82;FR=.;FRO=13;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0445539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.93;QD=44.4866;RBI=0.0535364;REFB=0.0148377;REVB=0.0296833;RO=13;SAF=45;SAR=23;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155095;STB=0.509088;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00272831;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:82:13:13:68:69:0.841463:23:45:8:5:23:46:8:5 chr22 50688348 . A G 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0264998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9723;QD=22.8642;RBI=0.0265641;REFB=-0.037857;REVB=-0.00184758;RO=27;SAF=20;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19967;STB=0.609697;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0160425;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:16:20:8:19:16:20:8:19 chr22 50693534 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.349;QD=19.1289;RBI=0.11127;REFB=-0.0465577;REVB=-0.110463;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000670049;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr22 50693554 . A G 130.52 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.486;QD=43.5064;RBI=0.047312;REFB=0;REVB=0.0425141;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228207;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:2:8:0:0:2:10:0:0 chr22 50694297 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0200007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.404;QD=15.5716;RBI=0.0305339;REFB=-0.0307478;REVB=-0.0230714;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.515124;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0288446;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:9:2:3:8:9:3 chr22 50699668 . A G 730.17 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5949;QD=60.8472;RBI=0.14488;REFB=0;REVB=-0.0262385;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198248;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:2:0:46:48:1:29:17:2:0:29:19:0:0 chr22 50704661 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.789;QD=56.9961;RBI=0.0162316;REFB=0;REVB=0.0101833;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100348;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr22 50705059 . A G 811.22 PASS AF=1;AO=46;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.795;QD=56.9275;RBI=0.0262826;REFB=0;REVB=0.00567401;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012626;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:46:57:1:30:16:0:0:33:24:0:0 chr22 50705304 . C T 176.79 PASS AF=0.68;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00798146;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.421;QD=28.286;RBI=0.0162162;REFB=0.0224637;REVB=0.0141159;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161931;STB=0.590135;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0184561;OID=.;OPOS=50705304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:8:8:17:17:0.68:11:6:5:3:11:6:5:3 chr22 50705466 . A G 397.68 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.679;QD=53.0234;RBI=0.0362483;REFB=0;REVB=0.0220789;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034572;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:23:30:1:16:7:0:0:21:9:0:0 chr22 50713866 . G C 313.56 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.948;QD=50.1697;RBI=0.0321376;REFB=-0.160986;REVB=0.0235213;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00435855;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:15:8:1:0:15:9:1:0 chr22 50722134 . T C 130.25 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.018857;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.612;QD=10.6325;RBI=0.0192221;REFB=-0.0222186;REVB=-0.00372885;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194187;STB=0.634351;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0362054;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:33:16:16:0.326531:6:10:14:17:6:10:14:19 chr22 50751529 . G C 101.02 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=87;FAO=16;FDP=84;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=68;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00967371;FXX=0.0454494;HRUN=7;LEN=1;MLLD=147.321;QD=4.81057;RBI=0.144125;REFB=-0.00359807;REVB=-0.1438;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146039;STB=0.736188;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00392834;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:87:84:35:68:12:16:0.190476:5:7:20:15:5:11:26:42 chr22 50753334 . G A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0304343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.353;QD=4.30333;RBI=0.0372205;REFB=-0.00987462;REVB=0.021427;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0589651;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:13:13:3:3:13:13 chr22 50754466 . C T 115.32 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.015745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.518;QD=8.23675;RBI=0.0204402;REFB=0.0100139;REVB=0.0130345;RO=40;SAF=3;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475817;STB=0.789343;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0126147;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:13:3:23:17:13:3:23:17 chr22 50754648 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00942246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.058;QD=7.32767;RBI=0.00948883;REFB=-0.0146383;REVB=-0.00112034;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0501355;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:8:13:4:4:8:13 chr22 50757470 . T C 72.0 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00290368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.282;QD=8.22876;RBI=0.00557879;REFB=-0.00370288;REVB=0.00476357;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306948;STB=0.711446;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0102363;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:25:25:9:10:0.285714:3:6:10:15:3:7:10:15 chr22 50809687 . T C 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00667488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3144;QD=4.46118;RBI=0.00962481;REFB=0.00274392;REVB=0.00693418;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179101;STB=0.512155;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00980673;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:17:8:2:4:17:8 chr22 50877166 . G C 258.75 PASS AF=0.689655;AO=10;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0351172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.87;QD=35.6898;RBI=0.0541797;REFB=-0.0184414;REVB=0.0412579;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256073;STB=0.504233;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0140124;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:29:29:6:6:10:20:0.689655:3:7:4:2:7:13:4:2 chr22 50878196 . G A 816.04 PASS AF=0.764706;AO=60;DP=79;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0710725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0789;QD=38.402;RBI=0.126678;REFB=-0.0972677;REVB=0.104862;RO=19;SAF=28;SAR=32;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972739;STB=0.55594;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0388146;OID=.;OPOS=50878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:19:20:60:65:0.764706:32:28:13:6:35:30:14:6 chr22 50921694 . C T 89.13 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0116634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3895;QD=7.27571;RBI=0.0458761;REFB=0.00171813;REVB=-0.0443687;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333935;STB=0.510187;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0103176;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:36:37:12:12:0.244898:6:6:19:17:6:6:19:18 chr22 50923217 . T C 101.41 PASS AF=0.254237;AO=14;DP=58;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0172926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.04;QD=6.87548;RBI=0.0228231;REFB=-0.00443246;REVB=-0.014895;RO=43;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238921;STB=0.624841;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0228197;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:43:44:14:15:0.254237:6:8:16:27:7:8:16:28 chr22 50928005 . G A 110.97 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0446995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.926;QD=26.1094;RBI=0.0500688;REFB=-0.0625492;REVB=0.0225575;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405126;STB=0.731268;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0124541;OID=.;OPOS=50928005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:17:17:5:5:12:12:0.705882:10:2:4:1:10:2:4:1 chr22 50941985 . T C 306.97 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0747498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1374;QD=49.1151;RBI=0.0758375;REFB=-0.0121721;REVB=0.0127978;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.514274;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00720222;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:16:7:0:1:17:7:0:1 chr22 50943004 . C A 308.67 PASS AF=0.722222;AO=24;DP=34;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0191044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.138;QD=34.2968;RBI=0.0512309;REFB=-0.0377226;REVB=0.0475356;RO=10;SAF=19;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140742;STB=0.583264;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0175176;OID=.;OPOS=50943004;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:36:10:10:24:26:0.722222:5:19:6:4:5:21:6:4 chr22 50943010 . G A 305.0 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0455117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.742;QD=32.9725;RBI=0.0593164;REFB=-0.0130717;REVB=0.0380411;RO=11;SAF=21;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196828;STB=0.608604;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00755897;OID=.;OPOS=50943010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:5:21:6:5:5:21:6:5 chr22 50943232 . G A 295.33 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0308753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.949;QD=42.1896;RBI=0.0506118;REFB=-0.0101298;REVB=0.0401033;RO=4;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658368;STB=0.535685;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00232513;OID=.;OPOS=50943232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:12:12:3:1:12:12:3:1 chr22 50944128 . G A 34.51 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0181549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=4.45239;RBI=0.0344241;REFB=-0.00475255;REVB=0.0292475;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504241;STB=0.840992;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0635008;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:1:5:10:15:1:5:10:15 chr22 50944590 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0111358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.763;QD=19.1341;RBI=0.0113235;REFB=0.0356985;REVB=-0.00205302;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00199582;OID=.;OPOS=50944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr22 50945256 . A G 189.46 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.040526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.858;QD=30.3135;RBI=0.0498516;REFB=-0.0510406;REVB=0.0290315;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166128;STB=0.591825;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00613302;OID=.;OPOS=50945256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:5:2:11:7:5:2 chr22 50960476 . T C 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00864788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.697;QD=7.48118;RBI=0.0246267;REFB=-0.00914876;REVB=-0.0230583;RO=36;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417229;STB=0.765637;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0223756;OID=.;OPOS=50960476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:2:10:19:17:2:10:19:17 chr22 50960682 . C T 211.62 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0164334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7696;QD=7.91103;RBI=0.0251913;REFB=-0.00699174;REVB=0.0190931;RO=76;SAF=15;SAR=15;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476829;STB=0.523349;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.020045;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:76:77:30:30:0.280374:15:15:41:35:15:15:41:36 chr22 50964236 . G A 60.94 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0210446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.863;QD=6.58862;RBI=0.0214615;REFB=-0.0161752;REVB=0.00420938;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242103;STB=0.654199;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0630476;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:6:3:15:13:6:3:15:13 chr22 50966078 . G A 375.03 PASS AF=0.68;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0263219;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.063;QD=30.0021;RBI=0.0305097;REFB=-0.00384498;REVB=0.0154273;RO=15;SAF=18;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147039;STB=0.588734;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00163817;OID=.;OPOS=50966078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:15:16:34:34:0.68:16:18:4:11:16:18:4:12 chr22 50988062 . G T 141.66 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0357032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9458;QD=8.09469;RBI=0.0364843;REFB=-0.0141745;REVB=-0.00750893;RO=47;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209833;STB=0.530091;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0375419;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:47:50:20:20:0.285714:8:12:29:18:8:12:32:18 chr22 50988193 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00907673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.119;QD=10.0737;RBI=0.014775;REFB=-0.0182689;REVB=0.0116581;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0249763;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chr22 51009953 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0254941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7797;QD=8.25449;RBI=0.033997;REFB=0.00205265;REVB=-0.022491;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00657148;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr22 51043278 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00256296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.016;QD=6.01596;RBI=0.00688242;REFB=-0.0195235;REVB=-0.00638741;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357051;STB=0.728959;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0558463;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:6:1:8:13:6:1:8:14 chr22 51048400 . A G 82.01 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00482375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9453;QD=8.86628;RBI=0.00547185;REFB=0.0023162;REVB=0.00258314;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123187;STB=0.574458;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00858177;OID=.;OPOS=51048400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:19:7:4:7:19:7 chr22 51064416 . T C 95.05 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0135166;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7809;QD=9.7491;RBI=0.0344149;REFB=-0.0139277;REVB=0.0316494;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216083;STB=0.631355;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0251702;OID=.;OPOS=51064416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:41:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:13:14:4:8:13:14 chr22 51117580 . T C 577.49 PASS AF=0.653846;AO=50;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0191001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.689;QD=29.6147;RBI=0.0303444;REFB=-0.0182415;REVB=-0.0235789;RO=27;SAF=19;SAR=31;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140173;STB=0.570524;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0154461;OID=.;OPOS=51117580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:50:51:0.653846:31:19:16:11:31:20:16:11 chr22 51183255 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.225;QD=24.3282;RBI=0.0174255;REFB=-0.0203819;REVB=0.0025354;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00181407;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:1:1:5:2:1:1 chrX 200860 . T C 1399.09 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143396;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.997;QD=60.83;RBI=0.0544513;REFB=0;REVB=0.0525293;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280905;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:84:92:1:28:56:0:0:36:56:0:0 chrX 207362 . C T 1552.28 PASS AF=0.963964;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00902066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.854;QD=55.938;RBI=0.0103272;REFB=0.0183258;REVB=0.0050277;RO=3;SAF=53;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261037;STB=0.517854;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000135438;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:111:3:4:106:107:0.963964:53:53:3:0:53:54:4:0 chrX 228879 . G C 108.58 PASS AF=0.175439;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=114;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=19;FWDB=-0.0134079;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.458;QD=3.8099;RBI=0.0181923;REFB=-0.0118142;REVB=0.0122959;RO=92;SAF=3;SAR=17;SRF=75;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.716794;STB=0.924394;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0442782;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:92:94:20:20:0.175439:17:3:75:17:17:3:75:19 chrX 228892 . C A 204.24 PASS AF=0.488372;AO=22;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=-0.0170429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1036;QD=18.9991;RBI=0.0420172;REFB=-0.0511387;REVB=-0.0384055;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209861;STB=0.641244;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0430537;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:22:22:21:0.488372:4:18:18:1:4:17:21:1 chrX 228903 . G A 45.78 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.0166299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6188;QD=8.32403;RBI=0.0903405;REFB=-0.0157093;REVB=0.0887966;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493953;STB=0.777376;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0136003;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:15:0:1:6:15:0 chrX 228934 . A G 572.36 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0279188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3061;QD=50.8768;RBI=0.102656;REFB=-0.0425735;REVB=-0.0987863;RO=5;SAF=37;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196824;STB=0.606495;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00268565;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:45:45:5:5:40:40:0.888889:3:37:3:2:3:37:3:2 chrX 228940 . A G 632.14 PASS AF=0.923077;AO=46;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000130362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9307;QD=48.6263;RBI=0.0355636;REFB=0.00764442;REVB=0.0355634;RO=5;SAF=41;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123017;STB=0.521267;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00416234;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:52:5:4:46:48:0.923077:5:41:3:2:6:42:3:1 chrX 228976 . G C 469.02 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=-0.00160209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.676;QD=19.9585;RBI=0.0660754;REFB=-0.0359486;REVB=0.066056;RO=45;SAF=27;SAR=18;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197729;STB=0.611948;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0284684;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:48:45:46:0.489362:18:27:36:9:19:27:38:10 chrX 229137 . A G 1088.29 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347302;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.624;QD=59.6324;RBI=0.0900755;REFB=0;REVB=0.0831108;RO=1;SAF=56;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980003;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:1:0:67:73:1:11:56:0:1:13:60:0:0 chrX 229542 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0351385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.582;QD=21.3532;RBI=0.0381972;REFB=0.0596772;REVB=-0.0149772;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214541;STB=0.512176;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0137022;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:3:6:9:4:3:6 chrX 295132 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3704;QD=47.8095;RBI=0.0623216;REFB=0;REVB=0.0474724;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261541;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chrX 295231 . A G 419.28 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.489;QD=55.9041;RBI=0.0196293;REFB=0;REVB=-0.017915;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103222;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:12:13:0:0:13:17:0:0 chrX 299360 . G A 110.76 PASS AF=0.419355;AO=9;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0091184;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.138;QD=14.2913;RBI=0.0514814;REFB=-0.0206763;REVB=0.0506675;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.70557;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0189613;OID=.;OPOS=299360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:9:13:0.419355:4:5:6:12:4:9:6:12 chrX 299362 . A G 445.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.662;QD=55.6933;RBI=0.0466374;REFB=0;REVB=0.000771631;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00726232;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chrX 299591 . A G 2139.54 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321759;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.531;QD=62.9277;RBI=0.0333453;REFB=0;REVB=-0.00875356;RO=0;SAF=89;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24434e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:45:89:0:0:45:91:0:0 chrX 305984 . G A 318.27 PASS AF=0.925926;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6165;QD=47.1505;RBI=0.0257653;REFB=-0.116868;REVB=0.0231276;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245642;STB=0.511173;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0109093;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:27:2:2:23:25:0.925926:15:8:1:1:16:9:1:1 chrX 306056 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2961;QD=48.7368;RBI=0.0365162;REFB=0;REVB=-0.00363164;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372133;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chrX 306151 . CT C,CG 131.2 PASS AF=1,0;AO=6,6;DP=12;FAO=12,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450746,-0.0472581;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.188,153.935;QD=43.7341;RBI=0.0553016,0.0767535;REFB=0,0;REVB=0.0320399,-0.0604795;RO=0;SAF=5,1;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000157637,0;OID=.,.;OPOS=306152,306152;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:6,6:12:12,0:12:0:6,0:6,0:0:0:4:0:5,1:1,5:0:0 chrX 322161 . A G 652.05 PASS AF=0.431138;AO=72;DP=167;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=25;FWDB=-0.00652778;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.559;QD=15.6179;RBI=0.0385689;REFB=-0.00981027;REVB=-0.0380125;RO=95;SAF=48;SAR=24;SRF=70;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083243;STB=0.546284;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0121562;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:95:95:72:72:0.431138:24:48:70:25:24:48:70:25 chrX 322257 . G A 1241.41 PASS AF=0.444079;AO=133;DP=295;FAO=135;FDP=304;FR=.;FRO=169;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=97;FSRR=72;FWDB=0.00565654;FXX=0.00327858;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.059;QD=16.3344;RBI=0.0091605;REFB=-0.0203414;REVB=0.00720544;RO=162;SAF=74;SAR=59;SRF=91;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536769;STB=0.510384;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.026777;OID=.;OPOS=322257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:304:162:169:133:135:0.444079:59:74:91:71:60:75:97:72 chrX 606325 . G A 2439.67 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143981;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.058;QD=61.3755;RBI=0.0234379;REFB=0;REVB=-0.018494;RO=0;SAF=72;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14297e-05;OID=.;OPOS=606325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:86:72:0:0:87:72:0:0 chrX 612145 . CAG C,CA,CAA 196.49 PASS AF=0.323529,0.264706,0;AO=7,5,5;DP=35;FAO=11,9,0;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=4,0,0;FSAR=7,9,0;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0106603,0.00956008,0.00865706;FXX=0.0285633;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=202.495,203.707,202.519;QD=23.1163;RBI=0.0109224,0.00970519,0.0102465;REFB=-0.00349651,-0.00151963,0.000306938;REVB=0.00237863,-0.00167201,-0.00548136;RO=14;SAF=1,0,1;SAR=6,5,4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.319625,-0.677099,-0.218754;STB=0.538391,0.998356,0.5;STBP=0.792,0.015,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00099831,0.00856068,0.00469141;OID=.,.,.;OPOS=612146,612147,612147;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=C,CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0.264706,0:7,5,5:35:11,9,0:34:14:4,0,0:7,9,0:6:8:44:14:1,0,1:6,5,4:5:9 chrX 1422868 . G A 715.45 PASS AF=0.402985;AO=80;DP=199;FAO=81;FDP=201;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=0.00513007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.466;QD=14.2379;RBI=0.0136537;REFB=0.00302092;REVB=0.0126533;RO=119;SAF=37;SAR=43;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889917;STB=0.555515;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00470736;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:119:120:80:81:0.402985:43:37:65:54:44:37:66:54 chrX 1428421 . G T 196.93 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0154816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.404;QD=17.9025;RBI=0.0361358;REFB=-0.00679311;REVB=0.0326515;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106973;STB=0.636669;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0101164;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:15:24:18:20:0.454545:7:11:11:4:9:11:19:5 chrX 1460740 . A G 330.87 PASS AF=0.615385;AO=29;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.010744;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.22;QD=25.4514;RBI=0.013145;REFB=-0.000826588;REVB=0.00757345;RO=14;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168125;STB=0.598382;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000352793;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:14:20:29:32:0.615385:20:9:8:6:22:10:11:9 chrX 1531648 . C T 593.44 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0207683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2153;QD=15.9312;RBI=0.0231521;REFB=-0.0275701;REVB=0.0102322;RO=85;SAF=28;SAR=35;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058881;STB=0.528866;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0355904;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:85:86:63:63:0.422819:35:28:33:52:35:28:34:52 chrX 1537002 . C G 510.56 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0541878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8805;QD=21.2733;RBI=0.0617167;REFB=-0.00649439;REVB=-0.0295404;RO=46;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690989;STB=0.532121;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00517407;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:23:26:28:18:23:26:28:19 chrX 1537953 . C T 441.05 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0085037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.118;QD=17.4672;RBI=0.00897381;REFB=-0.0129894;REVB=0.00286642;RO=54;SAF=16;SAR=31;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261854;STB=0.646045;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0195461;OID=.;OPOS=1537953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:31:16:33:21:31:16:33:21 chrX 1540706 . A G 1145.86 PASS AF=0.535545;AO=112;DP=209;FAO=113;FDP=211;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00961684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.854;QD=21.7225;RBI=0.0263061;REFB=-0.0120265;REVB=-0.0244853;RO=95;SAF=46;SAR=66;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451361;STB=0.520528;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00984192;OID=.;OPOS=1540706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:95:98:112:113:0.535545:66:46:44:51:66:47:45:53 chrX 1546792 . G A 141.74 PASS AF=0.642857;AO=12;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000102011;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.386;QD=20.2491;RBI=0.0623074;REFB=-0.0273181;REVB=0.0623074;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353093;STB=0.526286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0368594;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:28:7:10:12:18:0.642857:4:8:5:2:6:12:6:4 chrX 1546842 . A G 71.35 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.014614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.116;QD=8.39464;RBI=0.0357519;REFB=-0.0190228;REVB=-0.0326287;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328209;STB=0.512171;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0472046;OID=.;OPOS=1546842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:34:24:24:9:10:0.294118:4:5:14:10:4:6:14:10 chrX 1546876 . A G 395.61 PASS AF=0.692308;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000628396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.951;QD=30.4315;RBI=0.0494462;REFB=0.00868502;REVB=-0.0494422;RO=16;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954179;STB=0.554794;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00508116;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:35:36:0.692308:14:21:7:9:14:22:7:9 chrX 1553907 . G A 670.99 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00260972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.12;QD=16.4661;RBI=0.0130828;REFB=-0.00788059;REVB=0.0128199;RO=89;SAF=36;SAR=37;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345129;STB=0.516043;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00822981;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:89:90:73:73:0.447853:37:36:47:42:37:36:47:43 chrX 1554649 . T C 732.02 PASS AF=0.467066;AO=77;DP=165;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0111738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.316;QD=17.5334;RBI=0.0144192;REFB=-0.0125391;REVB=-0.0091136;RO=87;SAF=31;SAR=46;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673281;STB=0.526432;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0109684;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:87:89:77:78:0.467066:46:31:41:46:45:33:42:47 chrX 1554655 . T C 701.39 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0268727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0869;QD=17.3184;RBI=0.0358771;REFB=-0.00728121;REVB=-0.0237703;RO=84;SAF=34;SAR=41;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033341;STB=0.509694;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00778888;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:84:87:75:75:0.462963:41:34:41:43:41:34:41:46 chrX 1712364 . G A 325.93 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0301074;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4507;QD=22.4777;RBI=0.048876;REFB=0.00574045;REVB=0.038502;RO=26;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203735;STB=0.602085;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00409965;OID=.;OPOS=1712364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:25:33:33:0.568966:9:24:13:13:9:24:13:12 chrX 1713021 . C T 702.58 PASS AF=0.444444;AO=76;DP=171;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0135267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9842;QD=16.4345;RBI=0.0136204;REFB=0.0158528;REVB=0.00159477;RO=94;SAF=42;SAR=34;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146737;STB=0.584203;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0197181;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:94:95:76:76:0.444444:34:42:38:56:34:42:38:57 chrX 1718360 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0278673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.231;QD=15.2929;RBI=0.0390371;REFB=-0.0149124;REVB=0.027337;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00457927;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chrX 1719897 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.233;QD=45.8068;RBI=0.0645837;REFB=0;REVB=0.0622047;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249633;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chrX 1755404 . C T 1523.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5796;QD=59.7512;RBI=0.0452396;REFB=0;REVB=-0.0316438;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08551e-06;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chrX 2139186 . C T 420.8 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0705474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5234;QD=13.3588;RBI=0.0724846;REFB=-0.0117338;REVB=-0.016646;RO=76;SAF=25;SAR=24;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109573;STB=0.502267;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0250851;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:76:77:49:49:0.388889:24:25:38:38:24:25:39:38 chrX 2139200 . T C 1641.28 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00576755;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.145;QD=57.5888;RBI=0.00658052;REFB=-0.0160254;REVB=0.00316838;RO=3;SAF=55;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809886;STB=0.504267;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=7.78601e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:114:3:3:111:111:0.973684:56:55:1:2:56:55:1:2 chrX 2161129 . C G 338.92 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0473679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8157;QD=17.8376;RBI=0.0685226;REFB=-0.0320644;REVB=0.0495138;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191691;STB=0.606878;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0223066;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:20:16:26:14:20:16:26:14 chrX 2407207 . G A 753.5 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0384769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.795;QD=22.6615;RBI=0.0396253;REFB=-0.01499;REVB=0.00947069;RO=59;SAF=31;SAR=41;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633293;STB=0.525191;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0115047;OID=.;OPOS=2407207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:59:61:72:72:0.541353:41:31:21:38:41:31:23:38 chrX 2609983 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00355121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.327;QD=18.251;RBI=0.0112394;REFB=0.0294153;REVB=0.0106637;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309186;STB=0.677477;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0013263;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:9:6:11:4:9:6 chrX 2638499 . G A 280.73 PASS AF=0.382022;AO=30;DP=85;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=-0.0555631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3337;QD=12.617;RBI=0.058591;REFB=0.00541039;REVB=0.0185915;RO=55;SAF=4;SAR=26;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140048;STB=0.603148;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00778278;OID=.;OPOS=2638499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:55:55:30:34:0.382022:26:4:11:44:30:4:11:44 chrX 2644302 . C T 236.42 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0357553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0649;QD=13.5098;RBI=0.0390031;REFB=-0.00643455;REVB=0.015582;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270304;STB=0.653283;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0191878;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:16:12:29:13:16:12:29:13 chrX 2645366 . G C 4497.56 PASS AF=0.979592;AO=288;DP=294;FAO=288;FDP=294;FR=.;FRO=6;FSAF=135;FSAR=153;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0185269;FXX=0.00675653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.367;QD=61.1914;RBI=0.0218392;REFB=-0.0953827;REVB=-0.0115631;RO=6;SAF=135;SAR=153;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118069;STB=0.506194;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000338584;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:294:294:6:6:288:288:0.979592:153:135:1:5:153:135:1:5 chrX 2715425 . A G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.827;QD=50.4049;RBI=0.0639886;REFB=0;REVB=-0.0105977;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407277;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chrX 2724760 . T C 431.05 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.514;QD=57.4727;RBI=0.0804342;REFB=0;REVB=0.077289;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356122;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:8:18:0:0:12:18:0:0 chrX 2748253 . G C 915.5 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.198;QD=56.3385;RBI=0.0817838;REFB=0;REVB=0.0607526;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162534;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:30:31:0:0:30:35:0:0 chrX 2773054 . G A 920.14 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.318;QD=58.4216;RBI=0.0586841;REFB=0;REVB=0.0494074;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012725;OID=.;OPOS=2773054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chrX 2777985 . C T 1495.65 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8057;QD=62.3189;RBI=0.0459134;REFB=-0.00542412;REVB=0.00253534;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000231421;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:45:50:0:0:45:50:1:0 chrX 2779570 . A G 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.687;QD=60.1943;RBI=0.0225562;REFB=0;REVB=-0.0194465;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88366e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chrX 2832668 . A G 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00213915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.394;QD=7.26894;RBI=0.00959915;REFB=-0.0116121;REVB=-0.00935776;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526144;STB=0.503304;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273375;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:14:11:4:5:14:11 chrX 2832696 . T C 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00673609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.386;QD=7.48121;RBI=0.0584403;REFB=-0.00393032;REVB=-0.0580508;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150623;STB=0.583194;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00894959;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:35:36:12:12:0.25:7:5:19:16:7:5:19:17 chrX 2832708 . G T 95.61 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00543253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.997;QD=7.35483;RBI=0.0716969;REFB=-0.0128428;REVB=-0.0714907;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109173;STB=0.557434;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0369257;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:38:39:13:13:0.25:7:6:21:17:7:6:21:18 chrX 2832715 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0694681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3336;QD=7.34929;RBI=0.0748598;REFB=-0.00396325;REVB=0.0278956;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109173;STB=0.557434;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.016035;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:38:39:13:13:0.25:7:6:21:17:7:6:21:18 chrX 2832742 . G C 770.56 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00848518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2136;QD=55.0398;RBI=0.0245999;REFB=-0.00181021;REVB=0.0230902;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000133804;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:1:0:26:29:1:0 chrX 2832771 . C T 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0250944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.757;QD=7.34926;RBI=0.0294066;REFB=-0.00233641;REVB=-0.0153303;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926156;STB=0.557434;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00501441;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:7:6:21:18:7:6:21:18 chrX 2832787 . A G 102.42 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0297421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.667;QD=7.72969;RBI=0.0305335;REFB=-0.00659278;REVB=-0.00690686;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855672;STB=0.562073;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.015109;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:39:14:14:0.264151:8:6:19:19:8:6:20:19 chrX 2833628 . A C 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00363877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.995;QD=2.50909;RBI=0.0207276;REFB=-0.00827121;REVB=-0.0204057;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207128;STB=0.605937;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0554997;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:48:51:7:7:0.12069:3:4:35:13:3:4:35:16 chrX 2833638 . C T 62.36 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0890683;FXX=0.114735;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.944;QD=4.6191;RBI=0.093009;REFB=0.000153144;REVB=-0.0267864;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15302;STB=0.634772;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0198659;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:58:54:40:44:10:10:0.185185:6:4:21:19:6:4:25:19 chrX 2833643 . C A 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0413232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.168;QD=4.23761;RBI=0.0426526;REFB=-0.00680608;REVB=0.0105661;RO=50;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309433;STB=0.701661;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0352718;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:7:4:31:19:7:4:31:19 chrX 2835863 . G T 145.86 PASS AF=0.169697;AO=27;DP=164;FAO=28;FDP=165;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=87;FSRR=50;FWDB=0.00269857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.323;QD=3.53603;RBI=0.0132115;REFB=-0.000925994;REVB=-0.012933;RO=136;SAF=14;SAR=13;SRF=86;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148337;STB=0.583826;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00468334;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:136:137:27:28:0.169697:13:14:86:50:13:15:87:50 chrX 2835964 . G A 102.58 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0203163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0945;QD=3.69669;RBI=0.0217707;REFB=0.00124954;REVB=0.00782389;RO=85;SAF=14;SAR=5;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178891;STB=0.647574;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00779228;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:85:92:19:19:0.171171:5:14:52:33:5:14:53:39 chrX 2835985 . GAAAA AAAAC 111.27 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0407974;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=5;MLLD=232.524;QD=5.00097;RBI=0.0437776;REFB=-0.00525502;REVB=-0.015876;RO=54;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418186;STB=0.679532;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=0.0252989;OID=.;OPOS=2835985;OREF=GAAAA;OALT=AAAAC;OMAPALT=AAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:54:71:18:18:0.202247:5:13:20:34:5:13:36:35 chrX 2835993 . G A 83.7 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.056903;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6213;QD=3.80449;RBI=0.0572379;REFB=0.00160224;REVB=-0.00618233;RO=74;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21255;STB=0.645957;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0140963;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:89:88:74:73:15:15:0.170455:5:10:37:37:5:10:36:37 chrX 2835995 . C A 41.76 PASS AF=0.1125;AO=15;DP=86;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0285691;FXX=0.0697593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.811;QD=2.08822;RBI=0.028813;REFB=-0.00325048;REVB=-0.00374087;RO=71;SAF=10;SAR=5;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220908;STB=0.759408;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.043175;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:86:80:71:71:15:9:0.1125:5:10:35:36:2:7:35:36 chrX 2836037 . G C 383.85 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0442467;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1035;QD=34.895;RBI=0.0527422;REFB=-0.0123514;REVB=0.0287048;RO=13;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281799;STB=0.515338;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00976726;OID=.;OPOS=2836037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:13:13:31:31:0.704545:11:20:9:4:11:20:9:4 chrX 2836041 . A T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.01874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.137;QD=8.5077;RBI=0.0321641;REFB=-0.00356815;REVB=-0.0261408;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147235;STB=0.591387;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00380714;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:3:9:20:11:3:9:20:11 chrX 2836047 . C T 92.92 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0296307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.471;QD=9.53064;RBI=0.0320115;REFB=-0.00240657;REVB=-0.0121143;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178695;STB=0.599822;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00420073;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:3:9:16:10:3:9:17:10 chrX 2836060 . G A 51.9 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0139329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.033;QD=6.10586;RBI=0.0300471;REFB=-0.000822178;REVB=-0.0266215;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153322;STB=0.589049;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00597816;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:25:26:8:8:0.235294:2:6:16:9:2:6:17:9 chrX 2836084 . C G 55.57 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00116621;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.94;QD=9.26124;RBI=0.00147982;REFB=-0.0289901;REVB=-0.000910942;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177312;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.02934;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:24:17:16:7:8:0.333333:4:3:10:7:4:4:9:7 chrX 2836138 . G A 54.79 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0177118;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.304;QD=9.13097;RBI=0.0189783;REFB=0.00201169;REVB=-0.00681682;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505953;STB=0.832408;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00232301;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:15:16:8:8:0.333333:1:7:7:8:1:7:7:9 chrX 2836181 . A T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0102815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.105;QD=5.78752;RBI=0.0111463;REFB=-0.00721641;REVB=-0.00430483;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210547;STB=0.624625;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0277471;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:2:5:12:10:2:5:13:10 chrX 2836184 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0300185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.7;QD=6.01601;RBI=0.0416142;REFB=0.00268819;REVB=0.0288207;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210547;STB=0.637884;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00485498;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:12:10:2:5:12:10 chrX 2836238 . G A 44.42 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0821064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3542;QD=7.10772;RBI=0.0856541;REFB=0.000679133;REVB=-0.0243958;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156386;STB=0.584163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00302967;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:2:5:10:7:2:5:11:7 chrX 2852951 . G A 868.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.972;QD=57.8745;RBI=0.073244;REFB=0;REVB=-0.0143296;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129411;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chrX 2856155 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.651;QD=59.4353;RBI=0.0414259;REFB=0;REVB=-0.037549;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49334e-05;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chrX 2861134 . C G 727.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.708;QD=63.2618;RBI=0.0488127;REFB=0;REVB=0.0460071;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058354;OID=.;OPOS=2861134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chrX 2942109 . T C 950.67 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0445363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6809;QD=56.7564;RBI=0.0445427;REFB=-0.0739424;REVB=0.000752015;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00807589;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:25:39:1:0:27:39:1:0 chrX 3261847 . G C 39.82 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0134773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.82;QD=3.38921;RBI=0.0160589;REFB=0.00384109;REVB=-0.00873222;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262441;STB=0.686952;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.111355;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:47:47:40:40:7:7:0.148936:5:2:20:20:5:2:20:20 chrX 3736488 . G GT 97.17 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061159;FXX=0.0666222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.0003;QD=27.7624;RBI=0.149493;REFB=0;REVB=-0.13641;RO=13;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0141613;OID=.;OPOS=3736489;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:14:14:0:6:8:0:0:3:13:1:1:5:8 chrX 3736489 . C T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1545;QD=46.8427;RBI=0.0903792;REFB=0;REVB=0.00429017;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369879;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chrX 3747372 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.747;QD=62.9827;RBI=0.0272282;REFB=0;REVB=-0.0190808;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22333e-06;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chrX 3977734 . G A 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.653;QD=50.5684;RBI=0.0140036;REFB=-0.00682968;REVB=0.00238332;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427252;STB=0.53332;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000375724;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:21:28:0:2:21:28:0:3 chrX 5810090 . A G 346.53 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0491998;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.101;QD=49.5038;RBI=0.0901283;REFB=-0.032104;REVB=0.0755148;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662357;STB=0.535687;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00326455;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:13:13:0:2:13:13:0:2 chrX 6451864 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6277;QD=35.5689;RBI=0.0531601;REFB=0;REVB=-0.0206586;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234253;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 6451869 . C T 41.86 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.228703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.647;QD=23.922;RBI=0.228732;REFB=-0.00430288;REVB=-0.00366076;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00848852;OID=.;OPOS=6451869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:7:2:1:5:6:0.857143:3:2:1:1:3:3:0:1 chrX 6975782 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.144;QD=53.9109;RBI=0.0678866;REFB=0;REVB=-0.00624625;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049988;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chrX 6995315 . C T 772.18 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297802;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.208;QD=57.1987;RBI=0.010664;REFB=0;REVB=0.0102397;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151603;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chrX 6995417 . C T 860.11 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0454028;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.325;QD=54.6104;RBI=0.0825931;REFB=-0.0754161;REVB=0.0689942;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514281;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00107943;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:0:2:61:61:0.968254:27:34:0:0:27:34:2:0 chrX 6995438 . C T 725.69 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239472;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.514;QD=56.9169;RBI=0.0278868;REFB=0;REVB=0.0142901;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76593e-05;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:24:27:0:0 chrX 7023678 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.565;QD=62.022;RBI=0.019364;REFB=0;REVB=0.0192699;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34982e-05;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chrX 7066051 . A C 75.19 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.171;QD=37.5937;RBI=0.113185;REFB=0;REVB=0.0255494;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867058;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:2:3:0:0:3:5:0:0 chrX 7812017 . C T 79.26 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394339;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.718;QD=39.6276;RBI=0.0703469;REFB=0;REVB=0.0582551;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997299;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chrX 7812052 . G A 129.81 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0323;QD=39.9402;RBI=0.126141;REFB=-0.0667279;REVB=0.121772;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105785;OID=.;OPOS=7812052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chrX 8434367 . C T 243.91 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195109;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.908;QD=44.348;RBI=0.0773064;REFB=-0.0588064;REVB=0.0748037;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00826702;OID=.;OPOS=8434367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:22:2:2:20:20:0.909091:6:14:2:0:6:14:2:0 chrX 8497510 . C T 2939.83 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014403;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.304;QD=62.2187;RBI=0.0180225;REFB=0;REVB=0.0108335;RO=0;SAF=65;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112766;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:189:0:0:179:189:1:114:65:0:0:124:65:0:0 chrX 8503641 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1357;QD=55.0985;RBI=0.125111;REFB=0;REVB=-0.120783;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193631;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:4:22:0:0:4:22:0:0 chrX 8504833 . C T 888.48 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489281;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5517;QD=58.2613;RBI=0.0491854;REFB=0;REVB=-0.0050239;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977199;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chrX 9369866 . C G 116.05 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.438;QD=42.1989;RBI=0.101295;REFB=0;REVB=0.100478;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665376;OID=.;OPOS=9369866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chrX 9859098 . A G 1777.54 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108242;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.984;QD=60.7706;RBI=0.0246323;REFB=0;REVB=-0.0221266;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88214e-05;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:57:59:0:0:58:59:0:0 chrX 9859110 . C T 1584.2 PASS AF=0.964912;AO=106;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0516916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.864;QD=55.586;RBI=0.0685179;REFB=-0.157396;REVB=0.0449743;RO=3;SAF=52;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265909;STB=0.518179;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00160479;OID=.;OPOS=9859110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:114:114:3:4:106:110:0.964912:54:52:3:0:57:53:4:0 chrX 10085674 . T C 56.6 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020001;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.567;QD=37.7342;RBI=0.020001;REFB=0;REVB=9.71501e-06;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157757;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chrX 10202343 . C T 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.954;QD=54.5126;RBI=0.0320599;REFB=0;REVB=-0.0290006;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470866;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chrX 10204812 . A G 464.92 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.475;QD=58.1151;RBI=0.0842673;REFB=0;REVB=-0.0135001;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128324;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chrX 12809661 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.3;QD=35.5756;RBI=0.0606885;REFB=0;REVB=0.0548965;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683799;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 12924826 . A G 912.97 PASS AF=0.942029;AO=66;DP=70;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00293439;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.337;QD=52.926;RBI=0.00293529;REFB=-0.0615605;REVB=-7.27346e-05;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533323;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000488415;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:69:0:4:66:65:0.942029:29:37:0:0:28:37:0:4 chrX 12937513 . C T 232.69 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2979;QD=48.987;RBI=0.0325312;REFB=0;REVB=0.0322259;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815271;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chrX 12937804 . C T 1525.15 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0279904;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.274;QD=61.6224;RBI=0.0283007;REFB=-0.0506814;REVB=0.00417899;RO=2;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201713;STB=0.510636;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000467288;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:46:51:0:2:46:51:0:2 chrX 12939112 . G C 1576.66 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222924;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7076;QD=64.3534;RBI=0.0603288;REFB=0;REVB=0.056059;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909189;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chrX 12939412 . C A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.901;QD=62.9814;RBI=0.0203708;REFB=0;REVB=-0.00788363;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27202e-05;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chrX 12939928 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.312;QD=51.1846;RBI=0.0424675;REFB=0;REVB=0.0421283;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71653e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chrX 13681115 . C T 517.73 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.624;QD=59.1696;RBI=0.0310508;REFB=0;REVB=0.00118154;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203054;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:14:21:0:0 chrX 13681638 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.371;QD=57.3853;RBI=0.0514429;REFB=0;REVB=0.00751696;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151608;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chrX 13681679 . G T 740.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7548;QD=56.9413;RBI=0.0180923;REFB=0;REVB=0.008963;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285296;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chrX 13682066 . G A 254.82 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7567;QD=50.9641;RBI=0.0708651;REFB=0;REVB=0.0348427;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311569;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chrX 13682577 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.445;QD=61.6831;RBI=0.0295834;REFB=0;REVB=0.0220253;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18625e-06;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chrX 13682715 . G A 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9087;QD=54.5044;RBI=0.0579426;REFB=0;REVB=-0.0575284;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113545;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chrX 13683170 . G A 2968.04 PASS AF=1;AO=187;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011316;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.214;QD=62.8158;RBI=0.0190694;REFB=-0.122099;REVB=0.0153489;RO=1;SAF=101;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202545;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:190:189:1:0:187:189:1:86:101:1:0:89:100:0:0 chrX 13684432 . T A 2310.17 PASS AF=1;AO=119;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.133;QD=63.7288;RBI=0.0120301;REFB=0;REVB=0.00458035;RO=0;SAF=76;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3745e-06;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:119:145:1:43:76:0:0:62:83:0:0 chrX 14039570 . AT ATA,TA 81.51 PASS AF=0.338235,0.0441176;AO=12,5;DP=69;FAO=23,3;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14,3;FSAR=9,0;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.114479,-0.0334832;FXX=0.0144907;HRUN=5,7;LEN=1,2;MLLD=9.00112,22.5734;QD=4.79447;RBI=0.11704,0.0438661;REFB=-0.155648,-0.0677571;REVB=-0.0243542,-0.0283391;RO=33;SAF=9,5;SAR=3,0;SRF=23;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0790943,0.574195;STB=0.509083,0.99588;STBP=0.936,0.136;TYPE=ins,mnp;VARB=0.175575,0.0200151;OID=.,.;OPOS=14039572,14039570;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:69:68:33:42:12,5:23,3:0.338235,0.0441176:3,0:9,5:23:10:9,0:14,3:25:17 chrX 15332558 . A G 1062.95 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4411;QD=59.8844;RBI=0.0204561;REFB=0;REVB=0.0200867;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156326;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:22:49:0:0 chrX 16189096 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.836;QD=60.5102;RBI=0.0341899;REFB=-0.0381835;REVB=0.0163665;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000102477;OID=.;OPOS=16189096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chrX 16859628 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.486;QD=60.3767;RBI=0.0482362;REFB=0;REVB=0.0445428;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00122e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chrX 16860134 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.013;QD=37.4884;RBI=0.00199574;REFB=0;REVB=0.00199574;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.951e-05;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chrX 17166219 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.862;QD=60.0303;RBI=0.0401042;REFB=0;REVB=-0.00293491;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142613;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 1826.29 PASS AF=1,0;AO=114,8;DP=135;FAO=135,0;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67,0;FSAR=68,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341331,0.0105791;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.3708,214.732;QD=54.1122;RBI=0.0557231,0.01805;REFB=0,0;REVB=-0.0440454,-0.0146248;RO=10;SAF=57,0;SAR=57,8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0305322,-0.806651;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000425165,0;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:135:135:10:0:114,8:135,0:1,0:57,8:57,0:7:3:68,0:67,0:0:0 chrX 17819275 . CT C,TC 32.27 PASS AF=0.263158,0.157895;AO=4,3;DP=19;FAO=5,3;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=4,3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0941867,0.0466072;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.7325,33.8517;QD=6.79402;RBI=0.135427,0.0798192;REFB=-0.0322693,-0.0308076;REVB=0.097311,0.0647987;RO=10;SAF=1,0;SAR=3,3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0.330986,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.457083,-0.71177;STB=0.835974,0.997147;STBP=0.1,0.036;TYPE=del,mnp;VARB=0.0266919,0.12662;OID=.,.;OPOS=17819276,17819275;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:19:19:10:11:4,3:5,3:0.263158,0.157895:3,3:1,0:7:3:4,3:1,0:8:3 chrX 17819377 . T C 57.11 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0525279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.535;QD=28.5568;RBI=0.0940989;REFB=-0.194505;REVB=0.0780732;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0222653;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chrX 19482476 . C T 399.3 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0765412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.76;QD=53.2405;RBI=0.0794336;REFB=-0.060934;REVB=0.02124;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00251139;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chrX 20003200 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.287;QD=45.8065;RBI=0.0135905;REFB=0;REVB=0.00501702;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64306e-05;OID=.;OPOS=20003200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chrX 21676076 . C T 1436.55 PASS AF=0.989583;AO=91;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167491;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9405;QD=59.8562;RBI=0.0179826;REFB=-0.158173;REVB=0.00654537;RO=1;SAF=37;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126384;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00352933;OID=.;OPOS=21676076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:1:1:91:95:0.989583:54:37:1:0:58:37:1:0 chrX 23019317 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.932;QD=47.822;RBI=0.0181166;REFB=0;REVB=0.0178264;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105371;OID=.;OPOS=23019317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chrX 23019346 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.068;QD=53.9093;RBI=0.00476408;REFB=0;REVB=0.004503;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20872e-05;OID=.;OPOS=23019346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chrX 23928489 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6418;QD=57.1952;RBI=0.0295826;REFB=0;REVB=0.0133709;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131272;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chrX 24073761 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.49;QD=61.6815;RBI=0.0161023;REFB=0;REVB=0.0142094;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89584e-05;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chrX 24095039 . TTCTCTT TTC,TTCTT,TTCTTTT 126.63 PASS AF=1,0,0;AO=7,4,9;DP=21;FAO=12,0,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,0;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153829,0.0146644,0.0139371;FXX=0.076864;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=231.22,230.199,227.034;QD=42.2084;RBI=0.0153829,0.0146644,0.0139371;REFB=0,0,0;REVB=-1.38231e-12,-4.08294e-13,5.65725e-13;RO=0;SAF=7,3,5;SAR=0,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00330132,-0.0082967,0;OID=.,.,.;OPOS=24095042,24095040,24095043;OREF=TCTT,TC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=TTC,TTCTT,TTCTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:7,4,9:21:12,0,0:12:0:12,0,0:0,0,0:0:0:3:0:7,3,5:0,1,4:0:0 chrX 24232095 . C T 1661.12 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00710812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.438;QD=59.3258;RBI=0.0216419;REFB=-0.043268;REVB=0.0204413;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871089;STB=0.504586;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000351176;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:57:54:1:0:57:54:1:0 chrX 24330071 . G C 50.18 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3941;QD=33.4508;RBI=0.209895;REFB=0;REVB=0.0172424;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220871;OID=.;OPOS=24330071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chrX 24330386 . G A 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000821137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4949;QD=63.5689;RBI=0.0035241;REFB=0;REVB=-0.0034271;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01243e-05;OID=.;OPOS=24330386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chrX 24381387 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.642;QD=53.2767;RBI=0.0161192;REFB=0;REVB=-0.00288326;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133063;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chrX 24381409 . G A 379.54 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496125;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9644;QD=56.2281;RBI=0.0499377;REFB=0;REVB=-0.00569063;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121718;OID=.;OPOS=24381409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 24578803 . C T 569.34 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0436;QD=58.3936;RBI=0.117132;REFB=0;REVB=0.0061164;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249879;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:39:0:0:35:39:1:17:18:0:0:18:21:0:0 chrX 24751958 . T C 987.86 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.199;QD=58.9767;RBI=0.0655811;REFB=0;REVB=0.0634601;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39914e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:33:30:0:0:36:31:0:0 chrX 26157220 . C T 1494.98 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00978195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.992;QD=56.4145;RBI=0.0222434;REFB=0.00568727;REVB=0.019977;RO=3;SAF=68;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204718;STB=0.510789;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-3.52589e-05;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:35:68:3:0:35:68:3:0 chrX 26157792 . C T 739.09 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0511166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.445;QD=54.7477;RBI=0.0522415;REFB=-0.133749;REVB=0.0107826;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00114802;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:26:26:0:1:27:26:0:1 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 328.99 PASS AF=0,0.892857;AO=8,23;DP=39;FAO=0,25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=0,12;FSAR=0,13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0212084,-0.00593568;FXX=0.199943;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=138.283,241.132;QD=46.9978;RBI=0.0498075,0.0420813;REFB=-0.0699464,-0.0184709;REVB=0.0450665,0.0416605;RO=6;SAF=8,11;SAR=0,12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.773302,-0.071359;STB=0.5,0.519984;STBP=1,0.611;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00179367;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:39:28:6:3:8,23:0,25:0,0.892857:0,12:8,11:4:2:0,13:0,12:2:1 chrX 27479339 . A G 352.82 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.368;QD=54.2796;RBI=0.0941719;REFB=0;REVB=0.0514324;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108127;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:21:4:0:0:21:5:0:0 chrX 30236878 . G A 2077.64 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0146434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8259;QD=60.2215;RBI=0.01539;REFB=0.0145902;REVB=0.00473531;RO=3;SAF=66;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734622;STB=0.503865;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00273189;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:135:135:0.978261:69:66:2:1:69:66:2:1 chrX 30236913 . G A 1849.16 PASS AF=0.968992;AO=120;DP=127;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00159277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.132;QD=57.3384;RBI=0.0491747;REFB=-0.0859277;REVB=0.0491489;RO=5;SAF=54;SAR=66;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267519;STB=0.509447;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00177909;OID=.;OPOS=30236913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:129:5:4:120:125:0.968992:66:54:4:1:69:56:3:1 chrX 30237003 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.904;QD=57.5438;RBI=0.06001;REFB=0;REVB=0.00922243;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251746;OID=.;OPOS=30237003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chrX 30238026 . G A 739.98 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700029;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.325;QD=56.9217;RBI=0.00780162;REFB=0;REVB=-0.00344402;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337871;OID=.;OPOS=30238026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chrX 30238090 . T G 708.32 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.543;QD=62.9621;RBI=0.0450357;REFB=0;REVB=0.0445377;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206315;OID=.;OPOS=30238090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:22:17:0:0:23:22:0:0 chrX 30254376 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.498;QD=59.0105;RBI=0.0107984;REFB=0;REVB=0.00181515;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47969e-05;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chrX 30255519 . GC G,GT 1527.51 PASS AF=0.0480769,0.951923;AO=15,90;DP=105;FAO=5,99;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=5,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156994,0.019445;FXX=0.0095229;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.902,207.912;QD=58.7504;RBI=0.0205107,0.0265363;REFB=0,0;REVB=0.0131992,0.0180574;RO=0;SAF=10,40;SAR=5,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.21981e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00238407,0.000279548;OID=.,.;OPOS=30255520,30255520;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0480769,0.951923:15,90:105:5,99:104:0:0,50:5,49:0:0:7:0:10,40:5,50:0:0 chrX 30261002 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.647;QD=60.9785;RBI=0.0490611;REFB=0;REVB=0.0410908;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110017;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chrX 30261158 . G C 351.43 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.728;QD=54.0663;RBI=0.0538439;REFB=0;REVB=0.020803;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494079;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chrX 30269887 . T A 1142.39 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.57;QD=59.3447;RBI=0.0196389;REFB=-0.085187;REVB=0.0195642;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295394;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:0:76:77:1:34:42:0:1:35:42:0:0 chrX 30577846 . A C 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.932;QD=49.3067;RBI=0.0358397;REFB=0.173581;REVB=0.0316245;RO=2;SAF=13;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662949;STB=0.535688;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00639293;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:14:13:2:0:14:13:2:0 chrX 30715827 . C T 1478.51 PASS AF=0.989474;AO=90;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.024;QD=62.2531;RBI=0.0630908;REFB=-0.0442128;REVB=0.0602946;RO=2;SAF=44;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210544;STB=0.505375;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00113598;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:2:1:90:94:0.989474:46:44:2:0:48:46:1:0 chrX 30849176 . G A 958.67 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105354;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.943;QD=58.9951;RBI=0.010604;REFB=0;REVB=-0.00120486;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43318e-05;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chrX 30872602 . A G 977.61 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0300972;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8112;QD=57.5063;RBI=0.0451355;REFB=-0.106737;REVB=0.0336358;RO=1;SAF=43;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108591;STB=0.505493;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00178991;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:1:1:64:67:0.985294:21:43:1:0:22:45:1:0 chrX 31090142 . C CG 36.66 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.107701;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.1384;QD=13.332;RBI=0.107711;REFB=-0.126974;REVB=-0.00144625;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=ins;VARB=0.132054;OID=.;OPOS=31090143;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:6:12:6:11:5:2:4:3:2:21:6:2:4:3:3 chrX 31139555 . G A,GTGTA 188.64 PASS AF=0,0.396552;AO=18,12;DP=75;FAO=0,23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=0,9;FSAR=0,14;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=-0.00624649,0.0148459;FXX=0.134308;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=44.4287,101.962;QD=13.0098;RBI=0.0410442,0.110909;REFB=0.012199,-0.116968;REVB=0.0405661,0.109911;RO=38;SAF=1,9;SAR=17,3;SRF=33;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.806517,-0.225692;STB=0.5,0.789355;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0389058;OID=.,.;OPOS=31139555,31139556;OREF=G,-;OALT=A,TGTA;OMAPALT=A,GTGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:58:38:35:18,12:0,23:0,0.396552:17,3:1,9:33:5:0,14:0,9:32:3 chrX 31139563 . G A 199.54 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0314697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2038;QD=9.61642;RBI=0.0342922;REFB=-0.0472781;REVB=0.013624;RO=57;SAF=25;SAR=1;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.7331;STB=0.942455;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0520215;OID=.;OPOS=31139563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:1:25:25:32:1:25:25:32 chrX 31139590 . AGGGGT AGGG,AGGGT,AGGGTT 77.27 PASS AF=0.267606,0,0;AO=9,10,4;DP=72;FAO=19,0,0;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=16,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0313504,-0.149581,-0.0911072;FXX=0.013887;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=20.315,10.1093,16.3908;QD=4.35328;RBI=0.0500908,0.217929,0.169745;REFB=-0.0429598,-0.0712939,-0.0326305;REVB=-0.0390671,-0.158489,-0.143223;RO=32;SAF=8,5,3;SAR=1,5,1;SRF=9;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.668343,0.268792,0.488718;STB=0.872769,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.114033,0.0648152,0;OID=.,.,.;OPOS=31139594,31139591,31139594;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=AGGG,AGGGT,AGGGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267606,0,0:9,10,4:72:19,0,0:71:52:16,0,0:3,0,0:15:37:75:32:8,5,3:1,5,1:9:23 chrX 31496350 . C T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.186;QD=58.4202;RBI=0.0332037;REFB=-0.09993;REVB=0.00521515;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.508194;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000901135;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:42:30:0:0:42:30:1:0 chrX 31893307 . T G 645.88 PASS AF=0.96;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.01219;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.333;QD=51.6702;RBI=0.0420117;REFB=0.113677;REVB=0.0402043;RO=3;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574789;STB=0.519992;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00111627;OID=.;OPOS=31893307;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:50:3:2:47:48:0.96:23:24:0:3:24:24:0:2 chrX 32053662 . G C 594.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7311;QD=60.9495;RBI=0.109493;REFB=0;REVB=0.109473;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817328;OID=.;OPOS=32053662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chrX 32380996 . C T 1568.0 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.997;QD=64;RBI=0.0541543;REFB=0;REVB=0.00250837;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189103;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:62:36:0:0:62:36:0:0 chrX 32503194 . T C 470.28 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.727;QD=57.0033;RBI=0.126862;REFB=0;REVB=0.117575;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561745;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:9:17:0:0:16:17:0:0 chrX 34674970 . C G 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.318;QD=60.5427;RBI=0.00509764;REFB=0;REVB=-0.00364206;RO=0;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14485e-07;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:20:55:0:0:20:55:0:0 chrX 34962909 . A C 469.2 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159042;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.012;QD=58.6496;RBI=0.0178109;REFB=0;REVB=-0.00801792;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294363;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chrX 35820265 . C T 754.61 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.297;QD=54.8809;RBI=0.0385033;REFB=-0.00515396;REVB=0.0264568;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000159613;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chrX 35820425 . C T 392.32 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0856339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7513;QD=50.6225;RBI=0.0921533;REFB=-0.189281;REVB=0.0340451;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.529392;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0100016;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:31:1:2:29:29:0.935484:13:16:1:0:13:16:2:0 chrX 35820696 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.116;QD=53.91;RBI=0.0305021;REFB=0;REVB=0.0287631;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014187;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chrX 35820795 . A G 812.44 PASS AF=1;AO=49;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.382;QD=56.0305;RBI=0.0699315;REFB=0;REVB=0.0696687;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155108;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:49:58:1:21:28:0:0:29:29:0:0 chrX 35820796 . C G 51.58 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.034984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8577;QD=3.55695;RBI=0.0366692;REFB=-0.0589624;REVB=0.0109887;RO=49;SAF=1;SAR=8;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562804;STB=0.888026;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0560127;OID=.;OPOS=35820796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:8:1:28:21:8:1:28:21 chrX 35821055 . AT GA 290.05 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102861;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.795;QD=52.736;RBI=0.114963;REFB=0;REVB=0.0513447;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000806678;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:12:10:0:0 chrX 35821127 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.418;QD=46.8478;RBI=0.00163686;REFB=0;REVB=0.0011492;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85567e-07;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 35821302 . C G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.5;QD=37.8929;RBI=0.0263589;REFB=0.00919031;REVB=0.0240723;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000112364;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chrX 35821308 . C T 158.79 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3371;QD=45.3677;RBI=0.0408372;REFB=0;REVB=0.0380392;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015627;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chrX 35821464 . A G 461.61 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.773;QD=57.7013;RBI=0.0614282;REFB=0;REVB=0.0236842;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382498;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chrX 35821558 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.028;QD=57.2025;RBI=0.0226885;REFB=0;REVB=0.00263774;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39823e-05;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chrX 35821763 . G A 245.57 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0975448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.707;QD=44.649;RBI=0.129944;REFB=-0.0536235;REVB=-0.0858508;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843034;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0132596;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:2:1:20:21:0.954545:11:9:1:1:11:10:0:1 chrX 35821789 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.725;QD=42.1826;RBI=0.0153845;REFB=0;REVB=0.010752;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154342;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chrX 36371719 . T A 418.04 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.672;QD=53.9404;RBI=0.020599;REFB=-0.112865;REVB=0.000877624;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000401997;OID=.;OPOS=36371719;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:1:0 chrX 36385156 . A G 744.37 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0093031;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.095;QD=50.466;RBI=0.00944348;REFB=-0.0294973;REVB=0.00162225;RO=4;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939013;STB=0.549981;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00244118;OID=.;OPOS=36385156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:59:4:4:55:55:0.932203:18:37:0:4:18:37:0:4 chrX 36403036 . A G 1695.72 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.44;QD=60.5614;RBI=0.0302585;REFB=0;REVB=0.0272974;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46032e-05;OID=.;OPOS=36403036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:58:53:0:0:59:53:0:0 chrX 37028127 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.839;QD=43.4856;RBI=0.0119742;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5671e-05;OID=.;OPOS=37028127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chrX 37029254 . A C 675.47 PASS AF=1;AO=31;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4742;QD=62.8342;RBI=0.231444;REFB=0;REVB=0.222745;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262006;OID=.;OPOS=37029254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:31:43:1:11:20:0:0:23:20:0:0 chrX 38229135 . G C 3095.13 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.455;QD=63.8171;RBI=0.00483366;REFB=0;REVB=-0.00440115;RO=0;SAF=92;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22206e-06;OID=.;OPOS=38229135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:102:92:0:0:102:92:0:0 chrX 38467534 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 54.46 PASS AF=0.234043,0.106383;AO=17,2;DP=50;FAO=11,5;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7,5;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0472521,-0.0212448;FXX=0.059988;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.7462,281.954;QD=4.6347;RBI=0.139741,0.0277978;REFB=-0.125949,-0.00390751;REVB=-0.13151,-0.0179269;RO=23;SAF=7,2;SAR=10,0;SRF=3;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.315068,0.723915;STB=0.813536,0.998889;STBP=0.047,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0322603,0.0383622;OID=.,.;OPOS=38467535,38467539;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043,0.106383:17,2:50:11,5:47:31:7,5:4,0:5:26:35:23:7,2:10,0:3:20 chrX 38547862 . G A 952.06 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.018581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.914;QD=55.1917;RBI=0.0188505;REFB=-0.0715596;REVB=-0.00317626;RO=2;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175003;STB=0.509257;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00266687;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:53:14:0:2:53:14:0:2 chrX 39933339 . A G,T 783.73 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=52,4;DP=56;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=28,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000562269,-0.0377018;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.873,82.5301;QD=55.9806;RBI=0.00177225,0.0421971;REFB=0,0;REVB=-0.00168069,-0.0189518;RO=0;SAF=24,1;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00193059,0.076242;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:56:56:0:0:52,4:52,4:0.928571,0.0714286:28,3:24,1:0:0:28,3:24,1:0:0 chrX 41556195 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.77;QD=53.2761;RBI=0.0137435;REFB=0;REVB=-0.00228486;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90088e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chrX 41587218 . T C 1772.81 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=121;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00988826;FXX=0.0487765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.55;QD=60.6089;RBI=0.0122512;REFB=-0.038736;REVB=0.00723291;RO=1;SAF=64;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736305;STB=0.503875;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000271753;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:117:1:1:116:116:0.991453:52:64:1:0:52:64:1:0 chrX 41587569 . C G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0791;QD=58.1401;RBI=0.00827123;REFB=0;REVB=0.00530215;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82628e-05;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chrX 41588169 . T C 1415.58 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.316;QD=62.9145;RBI=0.0363369;REFB=0;REVB=0.0357521;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97569e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:47:43:0:0 chrX 44202890 . G GC 774.82 PASS AF=1;AO=61;DP=82;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453606;FXX=0.0844951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.457;QD=47.6815;RBI=0.0977295;REFB=0;REVB=0.0865649;RO=18;SAF=16;SAR=45;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.17563e-06;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:82:65:65:0:16:49:0:0:14:18:16:45:10:8 chrX 44929077 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.972;QD=56.1916;RBI=0.0270459;REFB=0;REVB=0.0246871;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5993e-05;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrX 45051111 . C T 1252.46 PASS AF=1;AO=67;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.978;QD=61.8498;RBI=0.0620878;REFB=0;REVB=0.061171;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181044;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:67:81:1:29:38:0:0:41:40:0:0 chrX 46472826 . G A 310.28 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941005;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.025;QD=53.9622;RBI=0.0194202;REFB=0;REVB=0.016988;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67129e-05;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 46618321 . C G 490.19 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.802;QD=56.0212;RBI=0.0521838;REFB=-0.119957;REVB=-0.0124737;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00257724;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chrX 46740032 . G A 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00874243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.675;QD=54.6353;RBI=0.0346545;REFB=0.182767;REVB=-0.0335336;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00201078;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:0:1:29:22:0:1 chrX 46920599 . C A 685.65 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00660618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.236;QD=50.789;RBI=0.0120084;REFB=-0.0783765;REVB=0.010028;RO=3;SAF=26;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163964;STB=0.508718;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000186981;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:25:26:2:1:25:26:2:1 chrX 47057647 . A G 613.99 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.882;QD=61.3991;RBI=0.0299973;REFB=0;REVB=0.0290743;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83209e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chrX 47062534 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3514;QD=57.7111;RBI=0.0551029;REFB=0;REVB=0.0456502;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616026;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chrX 47444879 . G C 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8918;QD=58.9811;RBI=0.0290874;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=34;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000504602;OID=.;OPOS=47444879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:0:34:0:0:0:34:0:0 chrX 47444985 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00137972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.174;QD=52.1521;RBI=0.0135308;REFB=-0.18076;REVB=0.0134603;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.512186;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00130986;OID=.;OPOS=47444985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:20:7:0:0:20:7:0:1 chrX 47445286 . A G 410.93 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.438;QD=56.6803;RBI=0.00731804;REFB=0;REVB=0.00441412;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22985e-05;OID=.;OPOS=47445286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chrX 47466361 . A G 363.2 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878144;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.598;QD=55.8764;RBI=0.0205099;REFB=0;REVB=0.0185349;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113221;OID=.;OPOS=47466361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chrX 47487911 . CT CTG,TG 395.29 PASS AF=0.9,0.1;AO=25,3;DP=32;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046658,0.00227771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=23.5004,42.5262;QD=52.7059;RBI=0.0471326,0.00229217;REFB=0,0;REVB=-0.00667207,0.000257144;RO=3;SAF=11,2;SAR=14,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0895847,0.483116;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00708294,0.0106221;OID=.,.;OPOS=47487913,47487911;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:32:30:3:0:25,3:27,3:0.9,0.1:14,1:11,2:0:3:16,1:11,2:0:0 chrX 47487916 . T A 432.96 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631394;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.599;QD=57.7274;RBI=0.0464159;REFB=0;REVB=-0.0459845;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11532e-05;OID=.;OPOS=47487916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chrX 47498400 . C T 499.06 PASS AF=0.972222;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00592792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3309;QD=55.4512;RBI=0.0884398;REFB=-0.135792;REVB=0.0882409;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00590058;OID=.;OPOS=47498400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:36:0:1:32:35:0.972222:10:22:0:0:13:22:0:1 chrX 47500700 . C T 808.69 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503002;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.654;QD=53.9126;RBI=0.0561255;REFB=-0.176266;REVB=0.0248989;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00244168;OID=.;OPOS=47500700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:60:1:1:56:59:0.983333:25:31:1:0:28:31:1:0 chrX 48049666 . C T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7995;QD=53.9049;RBI=0.0700113;REFB=0;REVB=0.0248753;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186138;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chrX 48054740 . C G 454.17 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.011;QD=55.0505;RBI=0.0221765;REFB=-0.0713117;REVB=0.0167894;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000269052;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:0:1:14:18:0:1 chrX 48125798 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3564;QD=59.4281;RBI=0.00972824;REFB=0;REVB=-0.00786864;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73023e-05;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 48156264 . G A 362.7 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010972;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.256;QD=55.8001;RBI=0.0142775;REFB=0;REVB=0.00913587;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378116;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chrX 48161189 . A G 393.21 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.026;QD=56.1725;RBI=0.0553757;REFB=0;REVB=0.0134812;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145852;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chrX 48163105 . A G 414.94 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577155;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.399;QD=57.2336;RBI=0.0635539;REFB=0;REVB=0.0266088;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186602;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chrX 48163717 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.66;QD=62.0218;RBI=0.0361176;REFB=0;REVB=0.03309;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11156e-05;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chrX 48435928 . C T 266.14 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147313;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.752;QD=48.3884;RBI=0.0261366;REFB=0.0335195;REVB=0.0215895;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00393145;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:0:1:21:21:0.954545:13:8:0:0:13:8:1:0 chrX 48460314 . A G 905.74 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157841;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3266;QD=58.435;RBI=0.0366789;REFB=0;REVB=-0.0331089;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60996e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chrX 48620183 . G A 1248.34 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159662;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.823;QD=59.4446;RBI=0.026947;REFB=-0.0953846;REVB=0.0217076;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000571936;OID=.;OPOS=48620183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:84:0:2:82:82:0.97619:40:42:0:0:40:42:2:0 chrX 48635423 . AG A 66.72 PASS AF=0.464286;AO=15;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0381393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.8414;QD=9.53193;RBI=0.0551825;REFB=-0.10058;REVB=-0.0398811;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268385;STB=0.849719;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0942985;OID=.;OPOS=48635424;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:15:28:13:28:15:1:12:8:7:59:13:3:12:6:7 chrX 48847497 . T C 685.56 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.020891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5121;QD=50.782;RBI=0.036184;REFB=-0.0160229;REVB=0.0295439;RO=3;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478193;STB=0.525414;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00757917;OID=.;OPOS=48847497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:54:54:3:3:51:51:0.944444:28:23:0:3:28:23:0:3 chrX 49021256 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.373;QD=61.5357;RBI=0.0361774;REFB=0;REVB=0.0289648;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9812e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chrX 49021537 . G C 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0414;QD=59.677;RBI=0.0318381;REFB=0;REVB=-0.0137441;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335452;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chrX 49022700 . T C 281.01 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0391855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.886;QD=48.8706;RBI=0.0507673;REFB=-0.180056;REVB=0.0322771;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00299191;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:0:1:21:22:0.956522:6:15:0:0:7:15:1:0 chrX 49071964 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.303;QD=51.1845;RBI=0.0219182;REFB=0;REVB=0.0214548;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51025e-05;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chrX 49081291 . G A 464.77 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271129;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1017;QD=58.096;RBI=0.124428;REFB=0;REVB=0.121439;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138678;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chrX 49103224 . G A 483.63 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.682;QD=58.6217;RBI=0.0302931;REFB=0;REVB=0.0214144;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114392;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chrX 49112251 . C T 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0134621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.285;QD=14.1303;RBI=0.0390102;REFB=-0.0214997;REVB=-0.0366137;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0423583;OID=.;OPOS=49112251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:16:14:10:9:16:15 chrX 49767832 . A G 310.0 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242406;FXX=0.0416493;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.52;QD=53.9125;RBI=0.0251096;REFB=0;REVB=0.00654876;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61365e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 49767835 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230626;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.17;QD=53.9112;RBI=0.0236091;REFB=0;REVB=0.00505053;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20969e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chrX 50121146 . A AG 554.12 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.252139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8478;QD=45.2344;RBI=0.263045;REFB=0;REVB=0.0749573;RO=5;SAF=11;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00845024;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:52:49:49:0:13:36:0:0:10:5:11:36:4:1 chrX 50350408 . G A 833.09 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1517;QD=57.4547;RBI=0.0596025;REFB=0;REVB=-0.0595601;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242249;OID=.;OPOS=50350408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chrX 50350674 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0979413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7676;QD=50.4106;RBI=0.103637;REFB=0;REVB=0.033885;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219732;OID=.;OPOS=50350674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chrX 50350728 . T C,TTCC 130.89 PASS AF=0.2,0.45;AO=11,6;DP=29;FAO=4,9;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4,1;FSAR=0,8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00712556,-0.104846;FXX=0.259163;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=36.9367,130.762;QD=26.1773;RBI=0.125401,0.106877;REFB=-0.130333,-0.107218;REVB=0.125199,0.0207367;RO=11;SAF=10,1;SAR=1,5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481452,-0.434685;STB=0.996819,0.726651;STBP=0.037,0.123;TYPE=snp,ins;VARB=0.00817363,0.141217;OID=.,.;OPOS=50350728,50350729;OREF=T,-;OALT=C,TCC;OMAPALT=C,TTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:29:20:11:7:11,6:4,9:0.2,0.45:1,5:10,1:6:5:0,8:4,1:3:4 chrX 50350757 . TC GT,TCTGCTGCTGCTGT 526.18 PASS AF=0.586957,0.304348;AO=27,11;DP=47;FAO=27,14;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=27,7;FSAR=0,7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0210077,-0.0128277;FXX=0.0212721;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=207.544,100.848;QD=45.7547;RBI=0.148009,0.049253;REFB=-0.0653203,-0.0731565;REVB=0.14651,0.0475532;RO=6;SAF=27,4;SAR=0,7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.862888,-0.190712;STB=0.999298,0.526278;STBP=0.006,0.743;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0121212,0.0417949;OID=.,.;OPOS=50350757,50350759;OREF=TC,-;OALT=GT,TGCTGCTGCTGT;OMAPALT=GT,TCTGCTGCTGCTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:46:6:5:27,11:27,14:0.586957,0.304348:0,7:27,4:4:2:0,7:27,7:3:2 chrX 51075841 . A G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0081181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.621;QD=2.91667;RBI=0.00994495;REFB=-0.00818214;REVB=-0.00574443;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712142;STB=0.55156;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0509779;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:2:4:28:11:2:4:28:11 chrX 52825546 . C G 636.82 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643041;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9553;QD=62.1284;RBI=0.0489567;REFB=0;REVB=-0.0485326;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279949;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chrX 52891619 . GT G 64.13 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0605149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5;QD=4.20556;RBI=0.0884741;REFB=0.00442087;REVB=0.0645415;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195175;STB=0.608276;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=-0.0191151;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:19:61:19:61:42:7:12:22:20:64:39:7:12:21:18 chrX 52891645 . A G 180.26 PASS AF=0.392857;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00890543;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9378;QD=12.8755;RBI=0.0223638;REFB=-0.000754707;REVB=0.0205142;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181891;STB=0.585205;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000376961;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:20:22:0.392857:13:7:17:16:14:8:17:17 chrX 52891653 . C T 198.66 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0357878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5656;QD=13.4685;RBI=0.0730199;REFB=0.0231152;REVB=-0.0636486;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111221;STB=0.567628;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0367494;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:35:24:24:0.40678:15:9:15:16:15:9:17:18 chrX 53105890 . G A 1262.01 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00376476;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.968;QD=59.3886;RBI=0.00378519;REFB=-0.0479761;REVB=0.000392718;RO=2;SAF=41;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225409;STB=0.511902;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=6.17966e-05;OID=.;OPOS=53105890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:85:2:2:83:83:0.976471:42:41:2:0:42:41:2:0 chrX 53106865 . C T 425.95 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1961;QD=53.244;RBI=0.0940375;REFB=-0.159173;REVB=0.0910506;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00173502;OID=.;OPOS=53106865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:1:1:29:31:0.96875:13:16:1:0:13:18:0:1 chrX 53107941 . C T 1434.44 PASS AF=0.979381;AO=88;DP=91;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0205764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.66;QD=59.1522;RBI=0.0341649;REFB=-0.00330218;REVB=0.0272737;RO=2;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242847;STB=0.512193;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00275691;OID=.;OPOS=53107941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:97:2:2:88:95:0.979381:38:50:0:2:40:55:0:2 chrX 53108771 . C CTG 514.9 PASS AF=0.883721;AO=33;DP=47;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.100859;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.867;QD=47.8978;RBI=0.182503;REFB=-0.173157;REVB=0.152102;RO=12;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15763;STB=0.52925;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.014634;OID=.;OPOS=53108772;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.883721:33:47:38:43:5:21:17:4:1:29:12:17:16:10:2 chrX 53108953 . TAC T 454.94 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104566;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.545;QD=58.7025;RBI=0.123969;REFB=0;REVB=0.123527;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00072593;OID=.;OPOS=53108954;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:33:31:31:0:11:20:0:0:3:0:11:17:0:0 chrX 53109075 . G A 314.1 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.533;QD=52.3492;RBI=0.0305981;REFB=0;REVB=0.0280149;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714915;OID=.;OPOS=53109075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:13:11:0:0 chrX 53563589 . A G 372.2 PASS AF=0.965517;AO=21;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.176;QD=51.3378;RBI=0.0403933;REFB=-0.175659;REVB=0.00540923;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.533309;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0115493;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:21:28:0.965517:19:2:0:0:21:7:1:0 chrX 53652846 . G T 306.28 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00331205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.459;QD=47.1206;RBI=0.07068;REFB=-0.0387135;REVB=0.0706024;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923632;STB=0.549958;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000451666;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:9:15:0:2:9:15:0:2 chrX 53652852 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.926;QD=57.6807;RBI=0.0130157;REFB=0;REVB=0.0125959;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34307e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chrX 54471977 . CCTG CCCG,CCG,CCGT,CG 644.26 PASS AF=0,0.0666667,0.155556,0.777778;AO=4,6,5,29;DP=46;FAO=0,3,7,35;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,6,21;FSAR=0,1,1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394064,0.0400093,0.035629,0.0377402;FXX=0;HRUN=1,1,1,6;LEN=1,1,2,2;MLLD=141.716,150.156,139.459,156.86;QD=57.2674;RBI=0.0396259,0.108573,0.183408,0.123483;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00416498,0.100932,0.179914,0.117574;RO=0;SAF=0,5,4,16;SAR=4,1,1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0.4;SSEP=0,0,0,0.833333;SSSB=0,-3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,-0.0422541,0.0326647,-0.00849711;OID=.,.,.,.;OPOS=54471979,54471979,54471979,54471978;OREF=T,T,TG,CT;OALT=C,-,GT,-;OMAPALT=CCCG,CCG,CCGT,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0.0666667,0.155556,0.777778:4,6,5,29:46:0,3,7,35:45:0:0,2,6,21:0,1,1,14:0:0:32:0:0,5,4,16:4,1,1,13:0:0 chrX 54476104 . T C 87.4 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.336;QD=38.8449;RBI=0.00620095;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83327e-05;OID=.;OPOS=54476104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:0:7:0:0:0:9:0:0 chrX 54476148 . AA AG,GG 127.11 PASS AF=0.785714,0.142857;AO=6,2;DP=14;FAO=11,2;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8,2;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0424745,-0.0200894;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=26.449,69.2479;QD=36.3162;RBI=0.0432555,0.0274568;REFB=-0.00079423,0.00692209;REVB=0.0081824,-0.018716;RO=0;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.52936,0.5;STBP=0.664,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000837476,-0.00586771;OID=.,.;OPOS=54476149,54476148;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:14:14:0:1:6,2:11,2:0.785714,0.142857:1,0:5,2:0:0:3,0:8,2:1:0 chrX 54836361 . A G 772.37 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461854;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.595;QD=56.1726;RBI=0.0262533;REFB=0;REVB=0.0258439;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41647e-05;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chrX 54836505 . A G 511.01 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0329981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.623;QD=52.4115;RBI=0.0435298;REFB=-0.213046;REVB=0.0283896;RO=3;SAF=31;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213504;STB=0.615312;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00159133;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:39:3:3:36:36:0.923077:5:31:0:3:5:31:0:3 chrX 54837340 . C T 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00169525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.249;QD=58.227;RBI=0.00204395;REFB=-0.00584398;REVB=-0.00114186;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108712;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-1.9913e-06;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:28:43:1:0:28:43:1:0 chrX 54838077 . C T 569.2 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5411;QD=56.9204;RBI=0.0324349;REFB=-0.096867;REVB=-0.0213253;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0243823;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:15:23:0:1:16:23:0:1 chrX 55116466 . C G 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7981;QD=64.4111;RBI=0.0555174;REFB=0;REVB=0.054069;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710362;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chrX 55172537 . G A 1316.58 PASS AF=0.784615;AO=102;DP=131;FAO=102;FDP=130;FR=.;FRO=28;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0451098;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.173;QD=40.5103;RBI=0.0468871;REFB=-0.0459049;REVB=0.0127867;RO=28;SAF=64;SAR=38;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240464;STB=0.512818;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0127029;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:28:28:102:102:0.784615:38:64:16:12:38:64:16:12 chrX 55172572 . G A 52.25 PASS AF=0.0893855;AO=16;DP=179;FAO=16;FDP=179;FR=.;FRO=163;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=95;FSRR=68;FWDB=-0.0149566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.683;QD=1.16765;RBI=0.015801;REFB=-0.00219263;REVB=-0.00509615;RO=162;SAF=10;SAR=6;SRF=94;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543483;STB=0.540095;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.032471;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:179:179:162:163:16:16:0.0893855:6:10:94:68:6:10:95:68 chrX 55172606 . G A 43.45 PASS AF=0.0723404;AO=17;DP=235;FAO=17;FDP=235;FR=.;FRO=218;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=132;FSRR=86;FWDB=-0.0155765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3175;QD=0.739658;RBI=0.0216998;REFB=0.000253536;REVB=-0.015108;RO=218;SAF=11;SAR=6;SRF=132;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487678;STB=0.541127;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00466046;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:235:235:218:218:17:17:0.0723404:6:11:132:86:6:11:132:86 chrX 55172630 . G A 33.09 PASS AF=0.0622568;AO=16;DP=251;FAO=16;FDP=257;FR=.;FRO=241;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=151;FSRR=90;FWDB=-4.17664e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.0427;QD=0.515054;RBI=0.0207471;REFB=0.000139699;REVB=0.020747;RO=235;SAF=11;SAR=5;SRF=147;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718053;STB=0.56326;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00432491;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:251:257:235:241:16:16:0.0622568:5:11:147:88:5:11:151:90 chrX 55172645 . C T 2446.86 PASS AF=0.762646;AO=193;DP=257;FAO=196;FDP=257;FR=.;FRO=61;FSAF=132;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0259316;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1087;QD=38.0835;RBI=0.0300819;REFB=-0.00975836;REVB=-0.0152471;RO=57;SAF=131;SAR=62;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809047;STB=0.539079;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.007964;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:57:61:193:196:0.762646:62:131:29:28:64:132:32:29 chrX 55172659 . A G 497.29 PASS AF=0.273764;AO=72;DP=263;FAO=72;FDP=263;FR=.;FRO=191;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=125;FSRR=66;FWDB=-0.0390865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5827;QD=7.56328;RBI=0.043936;REFB=-0.0118265;REVB=0.0200652;RO=189;SAF=44;SAR=28;SRF=125;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664643;STB=0.533595;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0316382;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:189:191:72:72:0.273764:28:44:125:64:28:44:125:66 chrX 55172680 . G C 50.15 PASS AF=0.0748031;AO=19;DP=251;FAO=19;FDP=254;FR=.;FRO=235;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=153;FSRR=82;FWDB=-0.0503366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6361;QD=0.789705;RBI=0.0509789;REFB=-0.00800128;REVB=0.00806664;RO=232;SAF=14;SAR=5;SRF=150;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11609;STB=0.593174;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0383862;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:251:254:232:235:19:19:0.0748031:5:14:150:82:5:14:153:82 chrX 55172686 . CT CC,TC 2326.52 PASS AF=0.685484,0.0685484;AO=170,17;DP=247;FAO=170,17;FDP=248;FR=.;FRO=61;FSAF=119,12;FSAR=51,5;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0182903,-0.0371279;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=49.5849,184.999;QD=37.5245;RBI=0.0190065,0.0376908;REFB=-0.0115361,-0.0148324;REVB=-0.00516842,-0.0064892;RO=60;SAF=119,12;SAR=51,5;SRF=31;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101927,0.245369;STB=0.552807,0.649499;STBP=0.015,0.194;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00168155,0.035696;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:60:61:170,17:170,17:0.685484,0.0685484:51,5:119,12:31:29:51,5:119,12:32:29 chrX 55172708 . T G 2132.54 PASS AF=0.767123;AO=168;DP=219;FAO=168;FDP=219;FR=.;FRO=51;FSAF=129;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0308331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.533;QD=38.9504;RBI=0.0314971;REFB=0.0021893;REVB=-0.00643371;RO=50;SAF=129;SAR=39;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167602;STB=0.587932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000926963;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:50:51:168:168:0.767123:39:129:23:27:39:129:24:27 chrX 55172716 . C T 435.08 PASS AF=0.291262;AO=60;DP=206;FAO=60;FDP=206;FR=.;FRO=146;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=103;FSRR=43;FWDB=-0.00654215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.966;QD=8.44815;RBI=0.00945168;REFB=-0.0104984;REVB=0.00682162;RO=145;SAF=46;SAR=14;SRF=103;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892982;STB=0.556904;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0217049;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:145:146:60:60:0.291262:14:46:103:42:14:46:103:43 chrX 55185568 . A G 564.58 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00609232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.377;QD=16.6054;RBI=0.00787506;REFB=-0.000560921;REVB=0.00499002;RO=72;SAF=23;SAR=37;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157164;STB=0.602631;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000367847;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:76:60:60:0.441176:37:23:39:33:37:23:43:33 chrX 55185656 . C A 67.62 PASS AF=0.119403;AO=16;DP=134;FAO=16;FDP=134;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=75;FSRR=43;FWDB=-0.0313371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.644;QD=2.0185;RBI=0.0317724;REFB=-0.00159082;REVB=0.00524099;RO=116;SAF=12;SAR=4;SRF=74;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159448;STB=0.618263;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0251622;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:134:134:116:118:16:16:0.119403:4:12:74:42:4:12:75:43 chrX 55247030 . C G 1320.53 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.474;QD=62.1426;RBI=0.0269175;REFB=0;REVB=0.0124319;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2244e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chrX 55289774 . T C 725.2 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.583;QD=61.7191;RBI=0.0260513;REFB=0;REVB=0.0258314;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034812;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:20:26:0:1:21:26:0:0 chrX 55514818 . C T 563.69 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1672;QD=57.8143;RBI=0.0590368;REFB=-0.0745286;REVB=0.0272028;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0085444;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:1:0:23:15:1:0 chrX 55651001 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000741818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1661;QD=59.011;RBI=0.0233281;REFB=0;REVB=0.0233163;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308221;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chrX 57163183 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.668;QD=35.5759;RBI=0.0654751;REFB=0;REVB=0.0464594;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811606;OID=.;OPOS=57163183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chrX 57313357 . T C 794.3 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9056;QD=54.7796;RBI=0.137687;REFB=0;REVB=-0.0500037;RO=1;SAF=15;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181935;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:56:58:1:41:15:1:0:42:16:0:0 chrX 57405163 . T C 1008.0 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.845;QD=59.2939;RBI=0.0309592;REFB=0;REVB=0.0268131;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.339e-05;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chrX 57619648 . G T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.959;QD=56.9478;RBI=0.0400825;REFB=0.0462439;REVB=0.0170538;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000107005;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:1:0:14:22:1:0 chrX 57622607 . G A 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000447497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.987;QD=56.8429;RBI=0.0268055;REFB=0.046861;REVB=0.0268018;RO=3;SAF=29;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362396;STB=0.519313;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00130569;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:17:29:1:2:17:29:1:2 chrX 65382685 . T A,C 656.89 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,41;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239388,-0.0132692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.155,55.1003;QD=61.1056;RBI=0.0239588,0.0361391;REFB=0,0;REVB=0.000977761,0.0336149;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.8059e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0493157,-0.00145385;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:2,41:2,41:0.0465116,0.953488:0,33:2,8:0:0:0,33:2,8:0:0 chrX 65822607 . T C 2083.48 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.761;QD=62.6611;RBI=0.0426676;REFB=0;REVB=-0.0423827;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27568e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chrX 65824986 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.461;QD=59.6795;RBI=0.0321354;REFB=0;REVB=0.0272188;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27661e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chrX 67321920 . C T 785.11 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1091;QD=57.0987;RBI=0.0256996;REFB=0;REVB=-0.00826114;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216513;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:48:55:1:32:16:0:0:32:23:0:0 chrX 67945420 . A G 346.49 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.110561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.807;QD=39.5991;RBI=0.12576;REFB=-0.166265;REVB=0.0599325;RO=7;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120476;STB=0.565172;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0594621;OID=.;OPOS=67945420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:35:7:7:28:28:0.8:15:13:1:6:15:13:1:6 chrX 68060283 . G A 1258.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.53387e-05;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.198;QD=61.3997;RBI=0.0453136;REFB=0;REVB=0.0453135;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090072;OID=.;OPOS=68060283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:27:54:0:0:27:55:0:0 chrX 69250308 . C T 617.65 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286302;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.333;QD=61.765;RBI=0.0518928;REFB=0;REVB=0.0432801;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740946;OID=.;OPOS=69250308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chrX 69258515 . T G 894.04 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7725;QD=55.0176;RBI=0.0332033;REFB=-0.183576;REVB=0.0175938;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515147;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00657307;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:0:2:63:63:0.969231:31:32:0:0:31:32:2:0 chrX 69441863 . G A 175.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.013;QD=46.8277;RBI=0.0213497;REFB=0;REVB=-0.0160298;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90309e-06;OID=.;OPOS=69441863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chrX 69441921 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.937;QD=49.5988;RBI=0.0367774;REFB=0;REVB=-0.0196654;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108243;OID=.;OPOS=69441921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chrX 69510335 . C G,T 706.8 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=4,41;DP=45;FAO=4,42;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338402,0.0180962;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=27.4857,151.801;QD=61.4609;RBI=0.0368529,0.020877;REFB=0,0;REVB=-0.0145936,0.0104104;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0866344,0.000496324;OID=.,.;OPOS=69510335,69510335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:45:46:0:0:4,41:4,42:0.0869565,0.913043:0,25:4,16:0:0:0,25:4,17:0:0 chrX 69644836 . T TC 62.79 PASS AF=0.137931;AO=26;DP=146;FAO=20;FDP=145;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=0.0061272;FXX=0.00684885;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.7687;QD=1.73226;RBI=0.0383983;REFB=-0.0163556;REVB=-0.0379063;RO=118;SAF=22;SAR=4;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57281;STB=0.868022;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.190283;OID=.;OPOS=69644837;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137931:26:146:20:145:125:17:3:50:75:62:118:22:4:45:73 chrX 69652762 . A G 726.84 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7245;QD=63.2038;RBI=0.0275719;REFB=0;REVB=-0.00157808;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380814;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chrX 69774517 . A T 602.73 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.053;QD=58.8026;RBI=0.0196384;REFB=-0.175485;REVB=-0.0150397;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000811325;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:1:0 chrX 70073159 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.412;QD=55.0987;RBI=0.0358281;REFB=0;REVB=-0.00342639;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07531e-05;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chrX 70146398 . A G 1542.05 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.441;QD=61.6819;RBI=0.0436787;REFB=-0.197899;REVB=0.031571;RO=2;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175604;STB=0.509257;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000896441;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:45:53:2:0:45:53:2:0 chrX 70146475 . G C 1074.05 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.778;QD=59.6692;RBI=0.0366654;REFB=0;REVB=0.032242;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142622;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:29:42:0:0:29:43:0:0 chrX 70389818 . GACCCCC CGACCCC,GACCCC,GACCCCA 60.57 PASS AF=0,0.279412,0.0588235;AO=3,18,3;DP=69;FAO=0,19,4;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=0,9,1;FSAR=0,10,3;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=-0.173004,-0.234841,0.0143219;FXX=0.0285673;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=41.5441,8.32485,20.7678;QD=3.56288;RBI=0.173916,0.241972,0.0494489;REFB=-0.0458655,-0.154121,-0.0841007;REVB=-0.0177842,0.0583103,0.0473295;RO=36;SAF=0,11,0;SAR=3,7,3;SRF=3;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.388058,0.564829,-0.388058;STB=0.5,0.713142,0.59659;STBP=1,0.057,0.844;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.132383,0.0387964;OID=.,.,.;OPOS=70389818,70389820,70389824;OREF=GAC,C,C;OALT=CGA,-,A;OMAPALT=CGACCCC,GACCCC,GACCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:69:68:36:45:3,18,3:0,19,4:0,0.279412,0.0588235:3,7,3:0,11,0:3:33:0,10,3:0,9,1:8:37 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGG,CGGGG,CGGGGC,GGGGGGC 160.07 PASS AF=0.0588235,0.137255,0.352941,0.0392157;AO=6,8,13,2;DP=52;FAO=3,7,18,2;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=1,4,7,2;FSAR=2,3,11,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0206112,0.00662095,0.0915897,0.0169766;FXX=0.0377287;HRUN=5,5,5,2;LEN=3,2,1,1;MLLD=24.0876,14.3865,9.28258,46.4363;QD=12.5542;RBI=0.0988979,0.146596,0.234547,0.112517;REFB=-0.0162489,0.00621977,-0.0868583,0.0813121;REVB=-0.0967263,-0.146447,-0.215925,0.111228;RO=13;SAF=3,5,5,2;SAR=3,3,8,0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0.375,0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.298785,-0.16722,-0.325318,0.468324;STB=0.767682,0.574264,0.646899,0.993116;STBP=0.436,0.704,0.122,0.319;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0433628,0.0321458,0.101156,-0.0457954;OID=.,.,.,.;OPOS=70836831,70836832,70836828,70836827;OREF=GGC,GC,G,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=CGGG,CGGGG,CGGGGC,GGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:55:52:51:13:21:6,8,13,2:3,7,18,2:0.0588235,0.137255,0.352941,0.0392157:3,3,8,0:3,5,5,2:10:3:2,3,11,0:1,4,7,2:14:7 chrX 71349753 . G A 411.54 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00724044;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=73.2207;QD=51.4426;RBI=0.0102409;REFB=-0.0537237;REVB=-0.00724236;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216881;STB=0.522712;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00135189;OID=.;OPOS=71349753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:32:32:1:2:30:30:0.9375:9:21:1:0:9:21:2:0 chrX 71349774 . T C 581.99 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.777;QD=61.2617;RBI=0.078027;REFB=0;REVB=0.0755077;RO=0;SAF=27;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541579;OID=.;OPOS=71349774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:29:38:1:2:27:0:0:11:27:0:0 chrX 71351443 . A G 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0865654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.044;QD=47.8075;RBI=0.0865756;REFB=0;REVB=0.00132803;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275907;OID=.;OPOS=71351443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chrX 71360865 . C T 701.7 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.735;QD=62.3733;RBI=0.0621877;REFB=0;REVB=0.0584481;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151517;OID=.;OPOS=71360865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chrX 71363415 . C T 392.6 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.57;QD=50.6579;RBI=0.0162637;REFB=-0.138551;REVB=-0.00264933;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.527759;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00138235;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:12:17:0:0:12:17:2:0 chrX 71379702 . T C 114.11 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.931;QD=41.4945;RBI=0.0946224;REFB=0;REVB=0.0699398;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001423;OID=.;OPOS=71379702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chrX 71379853 . C T 665.4 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164346;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1774;QD=60.4913;RBI=0.0204286;REFB=-0.107095;REVB=0.0121338;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164792;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00109789;OID=.;OPOS=71379853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:44:1:1:43:43:0.977273:28:15:0:1:28:15:0:1 chrX 71401607 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.398;QD=58.4176;RBI=0.0209451;REFB=0;REVB=0.00227988;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38486e-05;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chrX 71401614 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.351;QD=57.3858;RBI=0.0155695;REFB=0;REVB=0.000148399;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03035e-05;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chrX 71406301 . T C 1397.79 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0576;QD=61.4413;RBI=0.0826155;REFB=0.0247947;REVB=0.0776771;RO=1;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013734;STB=0.507041;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000771466;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:34:55:0:1:35:55:0:1 chrX 71418669 . C A 195.38 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142565;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.147;QD=48.8448;RBI=0.0395426;REFB=0;REVB=0.0368832;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138153;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 71521867 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.979;QD=53.2771;RBI=0.0186773;REFB=0;REVB=-0.00335757;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134697;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chrX 71791912 . C T 851.71 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000184475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.424;QD=57.7432;RBI=0.0422362;REFB=0;REVB=0.0422358;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107837;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:40:19:0:0 chrX 71819691 . A G 917.31 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.973;QD=58.2416;RBI=0.0290343;REFB=0;REVB=0.0284311;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76505e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chrX 73043817 . T C 272.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.354;QD=51.8417;RBI=0.0443687;REFB=0;REVB=0.0389972;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69036e-05;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chrX 73066439 . T C 648.09 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0305904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7469;QD=57.6079;RBI=0.0353229;REFB=-0.0711351;REVB=0.0176617;RO=2;SAF=37;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247151;STB=0.513152;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00580323;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:6:37:2:0:6:37:2:0 chrX 73071979 . CA C,CC 33.45 PASS AF=0.18,0.06;AO=9,3;DP=52;FAO=9,3;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=4,1;FSAR=5,2;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.111253,-0.0512802;FXX=0.0384541;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.91027,23.0662;QD=2.67593;RBI=0.135691,0.129208;REFB=-0.0852583,-0.0391373;REVB=0.077684,0.118596;RO=28;SAF=4,1;SAR=5,2;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199952,0.0588467;STB=0.60762,0.518397;STBP=0.487,0.947;TYPE=del,snp;VARB=0.059726,0.0637193;OID=.,.;OPOS=73071980,73071980;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.18,0.06:9,3:52:9,3:50:38:4,1:5,2:12:26:22:28:4,1:5,2:8:20 chrX 73071992 . T A 36.73 PASS AF=0.117647;AO=9;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0252096;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.2956;QD=2.16067;RBI=0.0256973;REFB=-0.0109923;REVB=0.00498296;RO=58;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258723;STB=0.663498;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.12308;OID=.;OPOS=73071992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:68:68:58:60:9:8:0.117647:7:2:24:34:6:2:25:35 chrX 73462520 . T C 837.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612263;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.642;QD=57.7308;RBI=0.0565552;REFB=0;REVB=0.0562228;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94546e-05;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chrX 73641569 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.663;QD=49.5992;RBI=0.0288656;REFB=0;REVB=-0.0122672;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017521;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chrX 73811695 . A G 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=1.77481e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.144;QD=7.34859;RBI=0.0568254;REFB=-0.00899666;REVB=0.0568254;RO=39;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21555;STB=0.632459;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0210455;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:6:7:14:25:6:7:14:25 chrX 73811737 . T A 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00261582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.988;QD=5.74826;RBI=0.016221;REFB=-0.0213792;REVB=-0.0160087;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.587032;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0577279;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:6:8:22:26:6:8:22:26 chrX 73811739 . A G 89.05 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0215079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2624;QD=5.74525;RBI=0.0308744;REFB=-0.0203082;REVB=-0.0221504;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.587032;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0704403;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:6:8:22:26:6:8:22:26 chrX 73811755 . C G 90.03 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0247628;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.182;QD=5.90379;RBI=0.0693077;REFB=-0.0289749;REVB=-0.064733;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140214;STB=0.595214;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0729948;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:46:47:14:14:0.229508:6:8:21:25:6:8:21:26 chrX 73811761 . G T 88.82 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0498206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3826;QD=5.73004;RBI=0.0584959;REFB=-0.0239193;REVB=0.0306542;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.618017;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0864783;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:62:62:48:48:14:14:0.225806:6:8:20:28:6:8:20:28 chrX 73811792 . C T 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0306856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.247;QD=5.26734;RBI=0.0319918;REFB=-0.00244318;REVB=0.00904784;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123216;STB=0.59037;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.023132;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:40:41:10:10:0.196078:6:4:20:20:6:4:21:20 chrX 73811809 . T C 51.46 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00322554;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.421;QD=4.3797;RBI=0.00342611;REFB=-0.010859;REVB=0.00115505;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492585;STB=0.510612;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0475634;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:47:47:37:39:8:8:0.170213:4:4:17:20:4:4:19:20 chrX 73963537 . T C 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.637;QD=60.9712;RBI=0.0352108;REFB=0;REVB=0.00875545;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199929;OID=.;OPOS=73963537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chrX 74494470 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.457;QD=59.4356;RBI=0.0552162;REFB=0;REVB=0.0230578;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138416;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chrX 74511202 . G C 1226.93 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1261;QD=61.3465;RBI=0.035662;REFB=0;REVB=0.0258045;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325995;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chrX 75004529 . C A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9837;QD=63.8655;RBI=0.0639361;REFB=0;REVB=-0.0636749;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729414;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chrX 75397719 . C A,CA 37.99 PASS AF=0,0.37931;AO=2,6;DP=29;FAO=0,11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.007598,0.0184955;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=265.274,9.18943;QD=5.24045;RBI=0.0308216,0.0814434;REFB=0.0063368,-0.161304;REVB=-0.0298704,-0.0793155;RO=21;SAF=2,0;SAR=0,6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.458427,-0.742963;STB=0.5,0.6519;STBP=1,0.21;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.17573;OID=.,.;OPOS=75397719,75397720;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:29:29:21:18:2,6:0,11:0,0.37931:0,6:2,0:13:8:0,7:0,4:11:7 chrX 77298857 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.404;QD=56.7066;RBI=0.0426278;REFB=0;REVB=0.0383321;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195224;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chrX 77528317 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.374;QD=63.869;RBI=0.0156283;REFB=0;REVB=-0.0126314;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03755e-06;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chrX 78011737 . T C 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3609;QD=61.6707;RBI=0.053037;REFB=0;REVB=0.0396753;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34314e-05;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chrX 78012579 . AA AT,TA 759.53 PASS AF=0.371795,0.487179;AO=6,23;DP=62;FAO=29,38;FDP=78;FR=.;FRO=11;FSAF=9,20;FSAR=20,18;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00906647,-0.00714525;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=227.022,217.422;QD=38.95;RBI=0.0275122,0.0318091;REFB=-0.00867796,-0.0936978;REVB=0.0259753,0.0309962;RO=0;SAF=1,13;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.689524,0.60779;STBP=0,0.009;TYPE=snp,snp;VARB=0.0053014,0.000123449;OID=.,.;OPOS=78012580,78012579;OREF=A,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:78:0:11:6,23:29,38:0.371795,0.487179:5,10:1,13:0:0:20,18:9,20:11:0 chrX 78216024 . A C 689.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0678;QD=62.6585;RBI=0.0945685;REFB=0;REVB=0.0945609;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510241;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:7:36:0:0:7:37:0:0 chrX 79943569 . T C 1536.1 PASS AF=0.990741;AO=102;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00180521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3738;QD=56.8927;RBI=0.0511891;REFB=-0.122699;REVB=0.0511573;RO=2;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206171;STB=0.50505;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00343269;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:2:1:102:107:0.990741:45:57:0:2:49:58:0:1 chrX 79989018 . C G 626.71 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0916;QD=61.1424;RBI=0.019095;REFB=0;REVB=0.00723047;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0131312;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:38:41:1:16:22:0:0:19:22:0:0 chrX 79999721 . GCCC GCC,GCCA 376.66 PASS AF=0.707317,0.219512;AO=18,10;DP=41;FAO=29,9;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=7,3;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.330832,0.185557;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.9556,14.1799;QD=36.7474;RBI=0.332018,0.208583;REFB=0.0139508,-0.0516637;REVB=-0.0280362,-0.0952652;RO=7;SAF=2,3;SAR=16,7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.444157,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.383115,-0.207621;STB=0.531894,0.599799;STBP=0.359,0.326;TYPE=del,snp;VARB=0.0559081,-0.0887939;OID=.,.;OPOS=79999722,79999724;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.707317,0.219512:18,10:41:29,9:41:3:7,3:22,6:0:3:36:7:2,3:16,7:4:3 chrX 81816730 . G A 1515.33 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9521;QD=62.4877;RBI=0.0634459;REFB=-0.120479;REVB=-0.0563055;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998338;STB=0.505262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000521475;OID=.;OPOS=81816730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:49:47:1:0:49:47:1:0 chrX 81816758 . A AAT 495.96 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=59;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00691766;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.382;QD=40.4869;RBI=0.0567092;REFB=-0.113701;REVB=0.0562857;RO=21;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111378;STB=0.588818;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0245933;OID=.;OPOS=81816759;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.77551:37:59:38:49:11:16:22:9:2:76:21:15:22:12:9 chrX 81816771 . G A,T 565.22 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,35;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480496,0.0548399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.3932,99.6839;QD=59.4964;RBI=0.0572855,0.0552577;REFB=0,0;REVB=-0.0311908,0.00678226;RO=0;SAF=3,16;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00135616,0.0064053;OID=.,.;OPOS=81816771,81816771;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:38:38:0:0:3,35:2,36:0.0526316,0.947368:0,19:3,16:0:0:0,19:2,17:0:0 chrX 81816778 . T C 520.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3356;QD=59.4479;RBI=0.171116;REFB=0;REVB=0.0478581;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382771;OID=.;OPOS=81816778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chrX 84350010 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7988;QD=54.5156;RBI=0.0969849;REFB=0;REVB=0.0619135;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287067;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chrX 84358864 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.266;QD=58.1415;RBI=0.00764547;REFB=0;REVB=0.00577919;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69339e-05;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chrX 84363140 . A G 1483.71 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175347;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0612;QD=59.9478;RBI=0.0219341;REFB=0;REVB=-0.0131772;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23327e-05;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chrX 84534383 . A C 446.42 PASS AF=0.53012;AO=39;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00767802;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=127.779;QD=21.5144;RBI=0.0107484;REFB=0.0017115;REVB=0.0075217;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.619665;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00120663;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:0:39:39:44:0.53012:25:14:0:0:26:18:26:13 chrX 84563135 . T A 2160.21 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.399;QD=63.072;RBI=0.0151974;REFB=0;REVB=0.0134843;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31089e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:134:137:1:61:73:0:0:63:74:0:0 chrX 86877348 . G T 794.91 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00847045;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8486;QD=53.8919;RBI=0.0487152;REFB=0.00411738;REVB=0.0479731;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00610791;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:56:58:0.983051:26:30:0:1:28:30:1:0 chrX 86887244 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00636094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.235;QD=58.6485;RBI=0.0219094;REFB=0.131016;REVB=0.0209657;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000748516;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:22:18:0:0:22:18:1:0 chrX 88008423 . A C 1334.17 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7095;QD=61.3409;RBI=0.097365;REFB=0;REVB=0.0837836;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104953;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:1:0:86:87:1:41:45:0:1:42:45:0:0 chrX 88009322 . A G 1043.42 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00787983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.245;QD=55.6489;RBI=0.00805378;REFB=-0.0237161;REVB=0.00166485;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501307;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000688692;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:0:3:72:72:0.96:50:22:0:0:50:22:1:2 chrX 88009687 . CCAGA C 348.17 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104035;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=331.293;QD=46.422;RBI=0.0179167;REFB=0;REVB=0.0145868;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00127841;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:30:30:0:15:15:0:0:6:0:12:15:0:0 chrX 88009700 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.216;QD=59.0147;RBI=0.0346277;REFB=0;REVB=-0.0229438;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76042e-06;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chrX 89177673 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.456;QD=47.8223;RBI=0.0351052;REFB=0;REVB=0.0112256;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200416;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 91585410 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.186;QD=42.1826;RBI=0.0471135;REFB=0;REVB=0.0201261;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333401;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chrX 92927634 . G C 571.31 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.435;QD=57.1311;RBI=0.0375734;REFB=-0.078457;REVB=0.0154196;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000371177;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:18:20:1:0:19:20:1:0 chrX 99355146 . C T 531.04 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.718;QD=59.0043;RBI=0.0630371;REFB=0;REVB=-0.0104736;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189968;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:23:13:0:0 chrX 99941705 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4909;QD=50.4122;RBI=0.100296;REFB=0;REVB=0.0980744;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274897;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 100098355 . TAAG T,TAAT 1312.92 PASS AF=0.883721,0.116279;AO=74,10;DP=88;FAO=76,10;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42,6;FSAR=34,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787214,-0.0547819;FXX=0.122436;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=201.224,90.7283;QD=61.0659;RBI=0.0132385,0.054982;REFB=0,0;REVB=-0.0106436,-0.00468765;RO=0;SAF=41,6;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0103796,-0.0661868;OID=.,.;OPOS=100098356,100098358;OREF=AAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.883721,0.116279:74,10:88:76,10:86:0:42,6:34,4:0:0:46:0:41,6:33,4:0:0 chrX 100103712 . G A 613.68 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286121;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.384;QD=57.0862;RBI=0.0297055;REFB=0.0390798;REVB=0.00798533;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.529397;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000816262;OID=.;OPOS=100103712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:1:2:41:41:0.953488:25:16:1:0:25:16:2:0 chrX 100547933 . A G 954.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4545;QD=58.7607;RBI=0.027437;REFB=0;REVB=-0.0107099;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312275;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chrX 100743037 . C T 780.91 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.615;QD=63.7474;RBI=0.0491948;REFB=0;REVB=0.0318384;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131079;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:19:26:0:0:22:27:0:0 chrX 100743546 . C T 954.92 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.098;QD=58.7642;RBI=0.0301142;REFB=0;REVB=0.0138095;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52597e-05;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chrX 100743826 . A G 566.78 PASS AF=0.974359;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0947944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.675;QD=58.1314;RBI=0.108908;REFB=-0.109912;REVB=0.0536189;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000785437;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:39:0:1:35:38:0.974359:21:14:0:0:21:17:1:0 chrX 100745825 . T C 160.38 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.41;QD=45.8233;RBI=0.0458997;REFB=0;REVB=0.044397;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233731;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chrX 100748078 . A G 439.3 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8774;QD=56.6835;RBI=0.0372296;REFB=0;REVB=-0.0257232;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84852e-05;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:8:22:0:0:8:23:0:0 chrX 100749127 . A G 148.1 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760896;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.904;QD=45.5684;RBI=0.0331955;REFB=0;REVB=0.0323116;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109492;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:13:0:0:11:13:1:0:11:0:0:0:13:0:0 chrX 100911066 . C T 523.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229337;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.099;QD=59.7873;RBI=0.0261158;REFB=0;REVB=0.0124933;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278625;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 101138792 . T C 340.75 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.911;QD=54.5206;RBI=0.0715545;REFB=0;REVB=0.0712573;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398587;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chrX 101395780 . T G,TG 312.44 PASS AF=0,1;AO=2,20;DP=30;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613549,0.0229133;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=5.75507,18.0651;QD=43.0954;RBI=0.0712772,0.0602475;REFB=-0.0215656,-0.0160694;REVB=-0.0362768,-0.0557202;RO=7;SAF=2,10;SAR=0,10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.539624,-0.101116;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00339721;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:30:29:7:0:2,20:0,29:0,1:0,10:2,10:5:2:0,12:0,17:0:0 chrX 101911557 . ATTTTTG ATTTT,ATTTTG,ATTTTGG 33.72 PASS AF=0.0882353,0.147059,0;AO=4,9,3;DP=37;FAO=3,5,0;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3,4,0;FSAR=0,1,0;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.117117,-0.114129,-0.0188548;FXX=0.0810592;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=25.1551,12.4611,20.6959;QD=3.96711;RBI=0.138504,0.125066,0.0289368;REFB=-0.0360862,-0.0639954,-0.0296165;REVB=-0.073938,-0.0511479,0.0219507;RO=18;SAF=4,6,3;SAR=0,3,0;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.713887,0.353661,0.671112;STB=0.997023,0.828037,0.5;STBP=0.053,0.178,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0591787,0.0706188,0;OID=.,.,.;OPOS=101911562,101911558,101911562;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=ATTTT,ATTTTG,ATTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0882353,0.147059,0:4,9,3:37:3,5,0:34:26:3,4,0:0,1,0:10:16:14:18:4,6,3:0,3,0:6:12 chrX 101913525 . T C 1572.82 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168438;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.962;QD=64.1968;RBI=0.0430053;REFB=0;REVB=0.0395695;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64921e-05;OID=.;OPOS=101913525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chrX 101913805 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.99;QD=56.1916;RBI=0.0275269;REFB=0;REVB=0.0269624;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27754e-05;OID=.;OPOS=101913805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chrX 102529190 . C G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7583;QD=55.0947;RBI=0.0486656;REFB=0;REVB=-0.0238537;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431296;OID=.;OPOS=102529190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chrX 102564583 . A G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00299139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.032;QD=53.4966;RBI=0.0093561;REFB=-0.0274098;REVB=-0.008865;RO=2;SAF=24;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254074;STB=0.513611;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00108229;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:10:24:1:1:10:24:1:1 chrX 102979486 . T C 635.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195731;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.514;QD=62.0275;RBI=0.0205835;REFB=0;REVB=-0.00636977;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9409e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chrX 103046526 . TG T 531.26 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023303;FXX=0.0384541;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.5711;QD=42.5008;RBI=0.024131;REFB=0;REVB=0.00626713;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.28045e-05;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:52:50:50:0:30:20:0:0:10:0:28:19:0:0 chrX 103267865 . C G,T 777.44 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=4,53;DP=57;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=4,29;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134184,0.0633126;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.517,61.3369;QD=54.557;RBI=0.0137367,0.0834509;REFB=0,0;REVB=0.00293977,0.0543652;RO=0;SAF=4,29;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.209936,-0.00251375;OID=.,.;OPOS=103267865,103267865;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:57:57:0:0:4,53:4,53:0.0701754,0.929825:0,24:4,29:0:0:0,24:4,29:0:0 chrX 103268333 . G A 648.51 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.606;QD=58.9557;RBI=0.00686708;REFB=0;REVB=-0.00657133;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234302;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:44:0:0:41:44:1:22:19:0:0:22:22:0:0 chrX 104992963 . T C 806.34 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701945;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.164;QD=57.5958;RBI=0.0523285;REFB=0;REVB=0.0518556;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62815e-05;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chrX 105152282 . G A 1249.71 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00377245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.441;QD=60.227;RBI=0.00432231;REFB=-0.0953159;REVB=-0.00210974;RO=1;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937821;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00236244;OID=.;OPOS=105152282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:50:32:0:1:50:32:0:1 chrX 105153001 . A G 403.78 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0918806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9526;QD=50.472;RBI=0.101417;REFB=-0.185287;REVB=0.0429345;RO=1;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182905;STB=0.519218;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0120711;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:1:2:30:30:0.9375:25:5:0:1:25:5:0:2 chrX 105278361 . C A 808.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.976;QD=56.7301;RBI=0.0132695;REFB=0;REVB=0.000638784;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2091e-05;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:31:23:0:0:33:24:0:0 chrX 106200202 . G A 1900.34 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123305;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.687;QD=61.7996;RBI=0.00749999;REFB=0;REVB=0.00739793;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929746;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:57:65:0:0:57:66:0:0 chrX 106796084 . T C 804.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.433;QD=64.3695;RBI=0.0299597;REFB=0;REVB=0.0089878;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116897;OID=.;OPOS=106796084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chrX 106841068 . G A 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.483;QD=61.6782;RBI=0.113372;REFB=0;REVB=0.10435;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219749;OID=.;OPOS=106841068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chrX 107417730 . G A,C 1857.0 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=112,9;DP=122;FAO=118,6;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60,6;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205491,0.00896026;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.604,126.918;QD=59.9033;RBI=0.0376148,0.0207602;REFB=0,0;REVB=0.0315056,0.0187269;RO=0;SAF=59,6;SAR=53,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.35459e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00183743,0.0315363;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:122:124:0:0:112,9:118,6:0.951613,0.0483871:53,3:59,6:0:0:58,0:60,6:0:0 chrX 107418906 . A G 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258272;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.12;QD=59.6908;RBI=0.0118476;REFB=0;REVB=0.0115626;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04714e-05;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chrX 107976940 . G C 837.0 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4123;QD=55.7998;RBI=0.0292362;REFB=0.00747096;REVB=-0.0129353;RO=1;SAF=41;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113712;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-3.46007e-05;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:18:41:1:0:18:41:1:0 chrX 107979512 . C T 924.24 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737707;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.594;QD=58.6816;RBI=0.107625;REFB=0;REVB=0.0783653;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648129;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chrX 107979515 . C T 923.35 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016707;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3295;QD=58.6253;RBI=0.0280013;REFB=0;REVB=0.022471;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86449e-05;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chrX 108297375 . T C 5589.56 PASS AF=1;AO=357;DP=361;FAO=358;FDP=358;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=257;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530226;FXX=0.0110494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.44;QD=62.4532;RBI=0.0157555;REFB=0.0145106;REVB=-0.0148365;RO=2;SAF=101;SAR=256;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250358;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:361:358:2:0:357:358:1:256:101:1:1:257:101:0:0 chrX 108297445 . A G 7608.69 PASS AF=0.991786;AO=472;DP=476;FAO=483;FDP=487;FR=.;FRO=4;FSAF=164;FSAR=319;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00784191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.296;QD=62.4944;RBI=0.00987362;REFB=0.0123243;REVB=0.00599939;RO=4;SAF=155;SAR=317;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598544;STB=0.503115;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-6.68057e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:476:487:4:4:472:483:0.991786:317:155:0:4:319:164:0:4 chrX 108297500 . G C 5745.73 PASS AF=0.989247;AO=365;DP=369;FAO=368;FDP=372;FR=.;FRO=4;FSAF=117;FSAR=251;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0284528;FXX=0.00268089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.095;QD=61.782;RBI=0.0287457;REFB=-0.0922503;REVB=0.00409329;RO=4;SAF=117;SAR=248;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167597;STB=0.500843;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00037019;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:369:372:4:4:365:368:0.989247:248:117:1:3:251:117:1:3 chrX 108297573 . A G 661.48 PASS AF=0.910714;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00532753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.215;QD=47.2485;RBI=0.0155541;REFB=0.0286843;REVB=0.0146133;RO=5;SAF=14;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170648;STB=0.5102;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00147813;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:56:5:5:50:51:0.910714:36:14:1:4:36:15:1:4 chrX 108297602 . T C 471.37 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.238;QD=55.4548;RBI=0.1066;REFB=-0.0368308;REVB=0.0037743;RO=1;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158349;STB=0.508192;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00134351;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:29:3:0:1:30:3:0:1 chrX 108297641 . G A 554.06 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0784978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5721;QD=56.827;RBI=0.0831161;REFB=0.00698946;REVB=0.0273201;RO=1;SAF=4;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144081;STB=0.507459;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00249934;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:36:38:0.974359:32:4:0:1:33:5:0:1 chrX 108297699 . T C 209.32 PASS AF=0.947368;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.221;QD=44.0679;RBI=0.0152634;REFB=0.0558148;REVB=-0.00513709;RO=1;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297837;STB=0.66643;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00024841;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:19:1:1:16:18:0.947368:15:1:1:0:17:1:1:0 chrX 108297702 . A G 142.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185512;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.133;QD=40.7417;RBI=0.026494;REFB=0.0214835;REVB=-0.0189152;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294909;STB=0.666346;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-1.23224e-06;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:1:1:13:13:0.928571:12:1:1:0:12:1:1:0 chrX 108297794 . T C 95.43 PASS AF=0.818182;AO=5;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.411;QD=34.7034;RBI=0.0480372;REFB=-0.0131051;REVB=0.0400806;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00224792;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:5:9:0.818182:1:4:1:0:5:4:1:0 chrX 108647653 . C G 840.3 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175857;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1472;QD=57.9519;RBI=0.0213175;REFB=0;REVB=0.0120491;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393768;OID=.;OPOS=108647653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chrX 108696981 . C A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.753;QD=57.1055;RBI=0.0512132;REFB=0;REVB=0.0114237;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131911;OID=.;OPOS=108696981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chrX 108708516 . C T 1215.61 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588239;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.576;QD=61.5497;RBI=0.0233436;REFB=0;REVB=-0.0225903;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29276e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chrX 108718478 . G A 1460.48 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120296;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.082;QD=63.499;RBI=0.0738335;REFB=0;REVB=0.0728469;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235929;OID=.;OPOS=108718478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chrX 108718687 . A T 979.69 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00785487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.092;QD=53.6814;RBI=0.0398896;REFB=0.0197367;REVB=-0.0391086;RO=4;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000749463;STB=0.500397;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.014085;OID=.;OPOS=108718687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:4:4:69:69:0.945205:34:35:2:2:34:35:2:2 chrX 108977172 . AAC A,ACC 52.92 PASS AF=0.203704,0;AO=11,3;DP=63;FAO=11,0;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.145358,0.109832;FXX=0.0357079;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.8436,13.3949;QD=3.92005;RBI=0.178159,0.129876;REFB=-0.0121035,0.035187;REVB=-0.103012,-0.0693155;RO=40;SAF=6,2;SAR=5,1;SRF=25;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0997814,0.0437806;STB=0.528958,0.5;STBP=0.843,1;TYPE=del,snp;VARB=0.066087,0;OID=.,.;OPOS=108977173,108977173;OREF=AC,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203704,0:11,3:63:11,0:54:43:6,0:5,0:25:18:53:40:6,2:5,1:25:15 chrX 108977865 . G A 669.7 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.842;QD=62.2978;RBI=0.0386645;REFB=0;REVB=-0.0123548;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00148e-05;OID=.;OPOS=108977865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chrX 114404869 . T C 1432.56 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1224;QD=62.9696;RBI=0.0420388;REFB=0;REVB=0.0237265;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248021;OID=.;OPOS=114404869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chrX 114425400 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.724;QD=37.4884;RBI=0.0478529;REFB=0;REVB=0.0478315;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161958;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chrX 114426171 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.118984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9767;QD=16.2009;RBI=0.125713;REFB=-0.0904603;REVB=0.0405775;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0738688;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chrX 114426917 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.461;QD=57.201;RBI=0.0518064;REFB=0;REVB=0.0416122;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036701;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chrX 115304830 . A G 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.478;QD=59.14;RBI=0.0105828;REFB=0;REVB=0.00371035;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01221e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chrX 115305126 . A C 600.28 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00548483;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.941;QD=58.5638;RBI=0.00651143;REFB=-0.128359;REVB=-0.00350933;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00027795;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:22:18:0:0:22:18:1:0 chrX 115590299 . C G,T 892.22 PASS AF=0.983871,0.016129;AO=59,3;DP=63;FAO=61,1;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226974,-0.088008;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=48.2423,6.95958;QD=57.5624;RBI=0.0878979,0.0913084;REFB=0,0;REVB=0.0849168,-0.0243271;RO=0;SAF=25,0;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.03209e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00257495,0.151458;OID=.,.;OPOS=115590299,115590299;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:63:62:0:0:59,3:61,1:0.983871,0.016129:34,3:25,0:0:0:36,1:25,0:0:0 chrX 117700141 . A G 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2853;QD=52.5977;RBI=0.114809;REFB=0;REVB=0.0294543;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397778;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chrX 118108785 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.852;QD=58.2361;RBI=0.030315;REFB=0;REVB=0.0257487;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83283e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chrX 118148229 . A G 901.17 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.906;QD=58.1397;RBI=0.0499179;REFB=0;REVB=0.044693;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020716;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:26:36:0:0 chrX 118281538 . C A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9537;QD=60.6072;RBI=0.0502843;REFB=0;REVB=0.0491706;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776119;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chrX 118377206 . A G 50.54 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0211847;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.5473;QD=6.97107;RBI=0.0220425;REFB=-0.0777068;REVB=-0.00608934;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.517198;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.184858;OID=.;OPOS=118377206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:29:29:10:21:8:8:0.275862:4:4:4:6:4:4:10:11 chrX 118557710 . TAA TA,TAC 217.77 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,15;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041104,0.0130573;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.3684,55.8155;QD=48.393;RBI=0.082322,0.0780972;REFB=0,0;REVB=-0.0822193,0.0769979;RO=0;SAF=0,10;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0387644,0.00248646;OID=.,.;OPOS=118557711,118557712;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:3,15:18:1,17:18:0:0,10:1,7:0:0:4:0:0,10:3,5:0:0 chrX 118603844 . T G 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.378;QD=61.813;RBI=0.0345283;REFB=0.0376111;REVB=-0.0225641;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000646645;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chrX 118604436 . T C 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7382;QD=60.215;RBI=0.0159155;REFB=0;REVB=-0.013806;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021271;OID=.;OPOS=118604436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chrX 118605114 . C A 36.17 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00604291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.61;QD=6.57565;RBI=0.120533;REFB=-0.000910172;REVB=-0.120382;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00994266;OID=.;OPOS=118605114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:22:13:16:6:6:0.272727:2:4:8:5:2:4:8:8 chrX 118605134 . G T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0437155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6496;QD=6.92902;RBI=0.0529581;REFB=-0.002489;REVB=-0.0298916;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.644671;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00139077;OID=.;OPOS=118605134;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:7:8:2:4:7:8 chrX 118605144 . GG TA 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0368654;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=247.821;QD=6.57361;RBI=0.0407981;REFB=0.0066709;REVB=-0.0174764;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=mnp;VARB=-0.0179806;OID=.;OPOS=118605144;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:7:9:2:4:7:9 chrX 118605163 . C T 37.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0104489;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.106;QD=7.56161;RBI=0.0300515;REFB=-0.00811873;REVB=-0.0281765;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.709008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0159111;OID=.;OPOS=118605163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:15:14:6:6:0.3:2:4:6:9:2:4:5:9 chrX 118678364 . G A,C 672.7 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=41,2;DP=43;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221141,0.0191582;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.954,173.577;QD=61.1543;RBI=0.0225787,0.0196189;REFB=0,0;REVB=0.00455668,0.00422678;RO=0;SAF=29,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000384215,0.0897327;OID=.,.;OPOS=118678364,118678364;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:43:44:0:0:41,2:43,1:0.977273,0.0227273:12,0:29,2:0:0:12,0:31,1:0:0 chrX 118699320 . A G 1060.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0861;QD=58.9338;RBI=0.0299716;REFB=0;REVB=0.0285806;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183679;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:35:37:0:0 chrX 119005705 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.083;QD=53.2772;RBI=0.0444325;REFB=0;REVB=0.0225452;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192155;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chrX 119065893 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.638;QD=55.0987;RBI=0.0348889;REFB=0;REVB=0.0344609;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286024;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chrX 119760629 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.093;QD=48.7373;RBI=0.0306185;REFB=0;REVB=0.0159381;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017765;OID=.;OPOS=119760629;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chrX 120008841 . TG GT 36.22 PASS AF=0.0961538;AO=2;DP=49;FAO=5;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=45;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00412243;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.4133;QD=2.78641;RBI=0.0700381;REFB=-0.0123306;REVB=-0.0699167;RO=33;SAF=2;SAR=0;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390356;STB=0.65565;STBP=0.531;TYPE=mnp;VARB=0.119101;OID=.;OPOS=120008841;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:52:33:45:2:5:0.0961538:0:2:21:12:3:2:26:19 chrX 120008979 . T C 188.22 PASS AF=0.888889;AO=12;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.25;QD=41.8257;RBI=0.027669;REFB=-0.0486946;REVB=-0.0166252;RO=1;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293687;STB=0.666403;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00012076;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:12:16:0.888889:1:11:0:1:1:15:0:1 chrX 122250996 . G T 785.63 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.894;QD=57.1365;RBI=0.0463963;REFB=0;REVB=0.0148045;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115863;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:37:17:0:0:37:18:0:0 chrX 122318386 . A AG 1773.9 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291291;FXX=0.0169477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=251.096;QD=61.1689;RBI=0.0307299;REFB=0;REVB=0.00978866;RO=1;SAF=61;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.77862e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:114:118:116:116:0:63:53:0:0:10:1:61:53:1:0 chrX 122336600 . T TG 697.5 PASS AF=1;AO=70;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2819;QD=34.0246;RBI=0.115536;REFB=0;REVB=0.114373;RO=12;SAF=34;SAR=36;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00346565;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:84:82:82:0:41:41:0:0:13:12:34:36:8:4 chrX 122537277 . T C 434.0 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024302;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.7;QD=57.8661;RBI=0.02515;REFB=0;REVB=0.00647576;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432557;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chrX 122551768 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.003;QD=42.1825;RBI=0.0468368;REFB=0;REVB=0.0384473;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203185;OID=.;OPOS=122551768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chrX 124456399 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.377;QD=49.5992;RBI=0.0180594;REFB=0;REVB=0.00422282;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98644e-05;OID=.;OPOS=124456399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chrX 124456694 . T C 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662406;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.939;QD=43.7045;RBI=0.0344966;REFB=0;REVB=0.0338547;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018827;OID=.;OPOS=124456694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chrX 125298690 . G A 1538.07 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372174;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.407;QD=59.1567;RBI=0.136164;REFB=0;REVB=0.130979;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359108;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:102:104:1:46:56:0:0:46:58:0:0 chrX 125299188 . T G 659.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.139;QD=61.3676;RBI=0.0174454;REFB=0;REVB=-0.0130608;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51486e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chrX 125299467 . G T 1338.42 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0608266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1078;QD=58.8317;RBI=0.0618095;REFB=-0.0348321;REVB=-0.010979;RO=2;SAF=52;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395496;STB=0.508752;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0149404;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:2:3:88:88:0.967033:36:52:1:1:36:52:1:2 chrX 125954753 . C T 1574.13 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218955;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.245;QD=59.967;RBI=0.0366;REFB=0;REVB=0.0293282;RO=0;SAF=67;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66032e-05;OID=.;OPOS=125954753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:36:67:0:0:37:68:0:0 chrX 128780176 . A AAGC 54.44 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.037238;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=3;MLLD=227.366;QD=19.7949;RBI=0.144456;REFB=-0.0493932;REVB=0.139573;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074933;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=ins;VARB=0.0263487;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:6:15:7:11:4:5:2:4:0:23:8:5:1:7:1 chrX 128781864 . C A 232.03 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522396;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3737;QD=48.8486;RBI=0.0438565;REFB=0;REVB=0.0435443;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115264;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chrX 128880614 . T C 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.645;QD=61.0777;RBI=0.0368495;REFB=-0.00454597;REVB=0.00139971;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000121617;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:86:87:0.988636:40:46:0:0:40:47:0:1 chrX 128926563 . T TC 38.85 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.135668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.887;QD=4.70867;RBI=0.135668;REFB=-0.0467189;REVB=0.000379402;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51654;STB=0.859605;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.123094;OID=.;OPOS=128926564;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:8:34:10:33:23:8:2:5:18:38:25:6:2:7:18 chrX 129147079 . T C 393.85 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0195773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1713;QD=47.7399;RBI=0.0198677;REFB=-0.0209986;REVB=0.0033846;RO=3;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281616;STB=0.515141;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0324926;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:15:15:2:1:15:15:2:1 chrX 129147638 . T TC 66.67 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0132476;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.3849;QD=10.2568;RBI=0.0178843;REFB=-0.0111306;REVB=0.0120145;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599786;STB=0.521704;STBP=0.872;TYPE=ins;VARB=0.0919152;OID=.;OPOS=129147639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:11:27:12:26:14:1:11:1:13:66:14:1:10:1:13 chrX 129200301 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.009;QD=51.9154;RBI=0.0520814;REFB=0;REVB=0.00379057;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905449;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chrX 129201179 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.519;QD=57.7122;RBI=0.0740556;REFB=0;REVB=0.0300592;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161318;OID=.;OPOS=129201179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chrX 130223137 . G A 623.02 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.405;QD=60.7827;RBI=0.0368007;REFB=0;REVB=-0.00839966;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23573e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:17:24:0:0 chrX 130408745 . G A 1200.52 PASS AF=0.922222;AO=82;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0438401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2589;QD=53.3564;RBI=0.0488775;REFB=-0.0309406;REVB=-0.0216114;RO=8;SAF=45;SAR=37;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129272;STB=0.501355;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0154624;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:90:90:8:7:82:83:0.922222:37:45:5:3:37:46:4:3 chrX 130415818 . T C 535.84 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.183;QD=59.538;RBI=0.0490502;REFB=0;REVB=0.0392544;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325958;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:15:19:0:0:15:21:0:0 chrX 130416958 . C T 1269.14 PASS AF=0.888889;AO=92;DP=105;FAO=96;FDP=108;FR=.;FRO=12;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0901426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2861;QD=47.0053;RBI=0.0902667;REFB=-0.0841715;REVB=-0.00473223;RO=11;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107045;STB=0.552072;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00705885;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:105:108:11:12:92:96:0.888889:43:49:0:11:43:53:1:11 chrX 130420006 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.773;QD=58.5863;RBI=0.0230842;REFB=0;REVB=0.00521658;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94718e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chrX 130420415 . T C 765.93 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1671;QD=63.8271;RBI=0.0587061;REFB=0;REVB=0.0372221;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32306e-05;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chrX 131189505 . C T 1098.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1143;QD=60.1903;RBI=0.0320012;REFB=0;REVB=-0.0279362;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032817;OID=.;OPOS=131189505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chrX 131212512 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.384;QD=30.7925;RBI=0.04996;REFB=-0.11367;REVB=0.0449747;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00503117;OID=.;OPOS=131212512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chrX 131212642 . C T 785.81 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.643;QD=64.1479;RBI=0.0389064;REFB=0;REVB=-0.0369911;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150358;OID=.;OPOS=131212642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chrX 131518737 . C T 1511.02 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333405;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.416;QD=59.8423;RBI=0.0373974;REFB=0;REVB=0.0169403;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17433e-05;OID=.;OPOS=131518737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chrX 132437337 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.513;QD=64.1518;RBI=0.0408117;REFB=0;REVB=-0.0171983;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15529e-05;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chrX 132438872 . C A 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0893;QD=56.7012;RBI=0.0564948;REFB=0;REVB=0.0371694;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107695;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chrX 133379551 . C T 824.71 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.855;QD=56.8764;RBI=0.0195099;REFB=0;REVB=0.0193171;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24629e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:52:58:1:24:28:0:0:26:32:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 618.27 PASS AF=0.906977,0.0697674;AO=32,6;DP=45;FAO=39,3;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22,1;FSAR=17,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0813363,0.0775185;FXX=0.0850883;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=142.562,140.008;QD=57.5131;RBI=0.130983,0.102682;REFB=-0.237714,-0.237714;REVB=0.102669,-0.0673391;RO=1;SAF=17,4;SAR=15,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0266731,-0.0962265;STB=0.511105,0.665547;STBP=0.512,0.558;TYPE=del,mnp;VARB=0.0147855,0.0614794;OID=.,.;OPOS=133380035,133380063;OREF=GT,GT;OALT=-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.906977,0.0697674:32,6:45:39,3:43:1:22,1:17,2:1:0:14:1:17,4:15,2:1:0 chrX 133927657 . AAT A,AAA,ATT 32.77 PASS AF=0.216216,0,0;AO=5,2,2;DP=43;FAO=8,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.063884,0.0207218,-0.0184623;FXX=0.0263089;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.2176,19.4255,18.3811;QD=3.54233;RBI=0.0981106,0.0590089,0.0576845;REFB=-0.0407232,0.0252623,-0.024906;REVB=-0.0744615,-0.0552509,0.0546502;RO=28;SAF=4,0,2;SAR=1,2,0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.259933,-0.518511,0.424235;STB=0.567402,0.5,0.5;STBP=0.687,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.1338,0,0;OID=.,.,.;OPOS=133927658,133927659,133927658;OREF=AT,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AAA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216,0,0:5,2,2:43:8,0,0:37:29:4,0,0:4,0,0:17:12:34:28:4,0,2:1,2,0:17:11 chrX 134052377 . T C 205.94 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7001;QD=48.4564;RBI=0.0850012;REFB=0;REVB=0.076304;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028887;OID=.;OPOS=134052377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:10:5:0:0:12:5:0:0 chrX 134125475 . C G 658.56 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0281786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.058;QD=56.0475;RBI=0.0305132;REFB=-0.102672;REVB=0.0117056;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585942;STB=0.545433;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00217327;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:44:44:0.93617:29:15:2:0:29:15:3:0 chrX 134155904 . G T 157.53 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.134;QD=45.0086;RBI=0.0932367;REFB=0;REVB=0.0740748;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160387;OID=.;OPOS=134155904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chrX 134156121 . G C 156.76 PASS AF=0.882353;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0432234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6099;QD=36.8854;RBI=0.0438156;REFB=-0.0433563;REVB=-0.00717928;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571332;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0843917;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:15:17:0:2:11:15:0.882353:6:5:0:0:9:6:2:0 chrX 134185997 . T A 940.53 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199237;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.429;QD=58.7834;RBI=0.0411765;REFB=0;REVB=0.0411283;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417442;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chrX 134807344 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0866;QD=39.2067;RBI=0.0121044;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753073;OID=.;OPOS=134807344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chrX 134807349 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.321;QD=40.7629;RBI=0.0482765;REFB=0;REVB=0.0441486;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327856;OID=.;OPOS=134807349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chrX 134807354 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.078;QD=43.4862;RBI=0.0919375;REFB=0;REVB=0.0918694;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493108;OID=.;OPOS=134807354;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chrX 134807372 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9105;QD=45.8045;RBI=0.0831954;REFB=0;REVB=0.0306215;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446124;OID=.;OPOS=134807372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chrX 134807868 . A T 272.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1737;QD=51.8971;RBI=0.052674;REFB=0;REVB=-0.0323834;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216802;OID=.;OPOS=134807868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 134807875 . T C 250.43 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.7399;QD=47.7005;RBI=0.0329193;REFB=-0.146924;REVB=0.00836322;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391496;OID=.;OPOS=134807875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:21:1:0:20:21:1:11:9:1:0:11:10:0:0 chrX 134978425 . G A 593.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3745;QD=60.8662;RBI=0.107372;REFB=0;REVB=-0.0882319;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223784;OID=.;OPOS=134978425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chrX 134986700 . T C 245.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168939;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.793;QD=51.6541;RBI=0.0256595;REFB=0;REVB=0.0193134;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014999;OID=.;OPOS=134986700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chrX 134990000 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.639;QD=49.5967;RBI=0.0187044;REFB=0;REVB=-0.0103246;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485876;OID=.;OPOS=134990000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chrX 134991078 . A G 682.75 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0303509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.057;QD=52.5195;RBI=0.0320978;REFB=-0.06482;REVB=0.0104447;RO=2;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313625;STB=0.51666;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000263232;OID=.;OPOS=134991078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:29:21:0:2:29:21:0:2 chrX 134994005 . T C 501.56 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.638;QD=59.0074;RBI=0.028705;REFB=0;REVB=0.0277671;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67676e-05;OID=.;OPOS=134994005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:27:34:1:19:8:0:0:19:15:0:0 chrX 135056133 . C T 351.67 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194406;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.719;QD=56.2676;RBI=0.20041;REFB=0;REVB=0.0486889;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187887;OID=.;OPOS=135056133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:21:3:0:0:22:3:0:0 chrX 135122262 . C T 4122.81 PASS AF=1;AO=259;DP=263;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265532;FXX=0.022058;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.884;QD=61.9971;RBI=0.0297559;REFB=0;REVB=0.013429;RO=0;SAF=114;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322364;OID=.;OPOS=135122262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:266:0:0:259:266:1:145:114:0:0:147:119:0:0 chrX 135307049 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7614;QD=47.8216;RBI=0.134971;REFB=0;REVB=-0.085165;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0069092;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chrX 135310785 . T C 1476.48 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.647;QD=62.1676;RBI=0.0304007;REFB=-0.125298;REVB=0.0239183;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810566;STB=0.504273;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00028174;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:58:36:0:1:58:36:0:1 chrX 135313034 . T G 770.31 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.222;QD=56.0222;RBI=0.0137652;REFB=0;REVB=0.00684127;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034413;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chrX 135474420 . C A 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.098;QD=59.675;RBI=0.0146302;REFB=0;REVB=0.0142902;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06412e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1031.95 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140082;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.137;QD=59.8232;RBI=0.0260912;REFB=0;REVB=0.0260536;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.10873e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:71:69:69:0:28:41:0:0:6:0:28:41:0:0 chrX 135480126 . T C 591.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.5469;QD=60.6231;RBI=0.0526959;REFB=0;REVB=-0.050573;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415443;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chrX 135496398 . G A 1291.18 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020784;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=60.7613;RBI=0.0634079;REFB=-0.0471064;REVB=-0.0599048;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=1.10627e-05;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:82:84:0.988235:40:42:0:0:41:43:0:1 chrX 136112706 . GA G,GG 62.03 PASS AF=1,0;AO=5,2;DP=7;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039511,-0.0394257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.568,247.982;QD=35.4455;RBI=0.054141,0.0496779;REFB=0,0;REVB=0.0370153,0.0302243;RO=0;SAF=1,1;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00139823,-0.00830158;OID=.,.;OPOS=136112707,136112707;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,2:7:7,0:7:0:2,0:5,0:0:0:4:0:1,1:4,1:0:0 chrX 138774209 . C T 2008.45 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.038;QD=62.2775;RBI=0.029362;REFB=0;REVB=0.0222639;RO=0;SAF=61;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52702e-05;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:126:129:1:65:61:0:0:65:64:0:0 chrX 138811003 . G A 1012.24 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00379132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7588;QD=57.8425;RBI=0.0296328;REFB=-0.159112;REVB=0.0293893;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129508;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00245739;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:1:0:33:36:1:0 chrX 138897130 . A C 1095.01 PASS AF=1;AO=58;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3784;QD=60.0004;RBI=0.131097;REFB=0;REVB=0.0342987;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744896;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:58:73:1:38:20:0:0:39:34:0:0 chrX 139099826 . GTT GGT,GT,GTA 933.16 PASS AF=0.0149254,0,0.985075;AO=3,8,42;DP=68;FAO=1,0,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,31;FSAR=1,0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363127,-0.0111657,-0.162529;FXX=0.0147037;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=6.44406,21.0948,27.6974;QD=55.7108;RBI=0.0375674,0.0527753,0.164239;REFB=0,0,0;REVB=0.00962813,-0.0515806,0.0236384;RO=0;SAF=0,2,19;SAR=3,6,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0303399,0.0272221,-0.00499975;OID=.,.,.;OPOS=139099827,139099827,139099828;OREF=T,T,T;OALT=G,-,A;OMAPALT=GGT,GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0149254,0,0.985075:3,8,42:68:1,0,66:67:0:0,0,31:1,0,35:0:0:3:0:0,2,19:3,6,23:0:0 chrX 140008385 . G T 3093.91 PASS AF=0.971698;AO=206;DP=212;FAO=206;FDP=212;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=108;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0673276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.343;QD=58.3756;RBI=0.0676372;REFB=-0.0102314;REVB=0.00646369;RO=6;SAF=98;SAR=108;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103044;STB=0.505413;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000173968;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:212:212:6:6:206:206:0.971698:108:98:4:2:108:98:4:2 chrX 140270418 . T C 234.33 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187302;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.915;QD=46.8666;RBI=0.0479964;REFB=-0.108207;REVB=0.0441908;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0015755;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chrX 140271005 . T TG 59.26 PASS AF=0.210526;AO=14;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0402762;FXX=0.0129853;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.1568;QD=3.11888;RBI=0.070324;REFB=-0.0175278;REVB=0.057648;RO=59;SAF=0;SAR=14;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.779724;STB=0.942868;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.123748;OID=.;OPOS=140271006;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:14:76:16:76:60:1:15:39:21:59:59:0:14:38:21 chrX 140785696 . T C 464.21 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0175011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.778;QD=16.4323;RBI=0.0175034;REFB=-0.0201338;REVB=0.000289054;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956482;STB=0.553377;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0248384;OID=.;OPOS=140785696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:28:23:34:28:28:23:34:28 chrX 140785714 . C G 352.53 PASS AF=0.302013;AO=45;DP=148;FAO=45;FDP=149;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0137026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.779;QD=9.46398;RBI=0.0234045;REFB=-0.00431164;REVB=0.018974;RO=102;SAF=15;SAR=30;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237527;STB=0.632967;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0152147;OID=.;OPOS=140785714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:102:104:45:45:0.302013:30:15:54:48:30:15:54:50 chrX 140785739 . A C 251.5 PASS AF=0.209184;AO=41;DP=193;FAO=41;FDP=196;FR=.;FRO=155;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=86;FWDB=0.00308988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.664;QD=5.13261;RBI=0.00648849;REFB=-0.00428335;REVB=-0.00570554;RO=152;SAF=23;SAR=18;SRF=69;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136051;STB=0.590865;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0172301;OID=.;OPOS=140785739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:196:152:155:41:41:0.209184:18:23:69:83:18:23:69:86 chrX 140785741 . A C 254.02 PASS AF=0.210256;AO=42;DP=195;FAO=41;FDP=195;FR=.;FRO=154;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=86;FWDB=-0.000577441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.353;QD=5.21062;RBI=0.0704338;REFB=0.00097728;REVB=-0.0704314;RO=151;SAF=23;SAR=19;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12346;STB=0.593503;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00212025;OID=.;OPOS=140785741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:151:154:42:41:0.210256:19:23:68:83:18:23:68:86 chrX 140968628 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.03;QD=55.0987;RBI=0.0136574;REFB=0;REVB=0.01172;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72039e-05;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chrX 140968664 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.686;QD=51.9161;RBI=0.0482529;REFB=0;REVB=-0.0004373;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523279;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chrX 140993852 . C G 120.66 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00456355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9714;QD=15.0825;RBI=0.041375;REFB=-0.0236107;REVB=-0.0411226;RO=17;SAF=1;SAR=13;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751245;STB=0.927959;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0321407;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:13:1:15:2:13:1:15:3 chrX 140993859 . T A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00172517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.614;QD=16.8839;RBI=0.0274938;REFB=0.00187787;REVB=0.0274396;RO=17;SAF=1;SAR=14;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754208;STB=0.932755;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00696527;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:14:1:15:2:14:1:15:2 chrX 140993864 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00161534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.884;QD=14.0792;RBI=0.00698713;REFB=-0.00212509;REVB=-0.00679784;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.735944;STB=0.926298;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00335062;OID=.;OPOS=140993864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:11:1:14:2:11:1:14:2 chrX 140994171 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8562;QD=39.2026;RBI=0.0543099;REFB=0;REVB=-0.0499056;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00271906;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chrX 140994280 . A G 106.29 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00415988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.101;QD=35.4282;RBI=0.152413;REFB=-0.106257;REVB=0.152356;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00774356;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:2:1:10:11:0.916667:5:5:1:1:6:5:1:0 chrX 141290865 . C T 1079.67 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00712326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7841;QD=58.3605;RBI=0.00726726;REFB=-0.116891;REVB=0.00143954;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00103667;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:0:1:34:39:0:1 chrX 142285253 . C T 1080.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.127;QD=60.0164;RBI=0.039424;REFB=0;REVB=0.0365733;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91199e-05;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:38:34:0:0 chrX 142517782 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00882187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.884;QD=46.9603;RBI=0.0228286;REFB=-0.0225639;REVB=0.0210552;RO=1;SAF=16;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000180302;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:4:16:1:0:4:16:1:0 chrX 142716114 . G A 1173.77 PASS AF=0.94186;AO=79;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00319652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.536;QD=54.5941;RBI=0.00522429;REFB=0.0675835;REVB=-0.00413225;RO=4;SAF=40;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222102;STB=0.506171;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000852731;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:86:86:4:5:79:81:0.94186:39:40:3:1:41:40:3:2 chrX 142795225 . G A 67.53 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0664045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.41;QD=13.5061;RBI=0.106914;REFB=-0.0666646;REVB=-0.0837922;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.052853;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:7:4:4:5:7:4 chrX 142967468 . T G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1887;QD=60.229;RBI=0.00446622;REFB=0;REVB=0.00325474;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52337e-05;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT 238.96 PASS AF=1,0;AO=7,10;DP=26;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142472,0.00319193;FXX=0.22214;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=162.231,156.493;QD=45.517;RBI=0.0500232,0.0309385;REFB=0,0;REVB=0.0479514,0.0307734;RO=0;SAF=4,6;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000817579,0.0341534;OID=.,.;OPOS=142968012,142968008;OREF=TTTTAT,TTTAT;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,10:26:21,0:21:0:11,0:10,0:0:0:4:0:4,6:3,4:0:0 chrX 142968082 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.074;QD=60.2303;RBI=0.0217264;REFB=0;REVB=0.0184273;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76583e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:13:24:0:0 chrX 144904882 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.336;QD=37.4885;RBI=0.019945;REFB=0;REVB=0.0180809;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2487e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chrX 144910142 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.716;QD=63.1954;RBI=0.0297423;REFB=0;REVB=-0.0147803;RO=0;SAF=21;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50273e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78037e-06;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:71:21:0:0:71:21:0:0 chrX 144910936 . C T 572.35 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.192;QD=60.2472;RBI=0.0222697;REFB=0;REVB=0.00178957;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88132e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:22:16:0:0 chrX 147014960 . C T 2004.06 PASS AF=0.956835;AO=132;DP=138;FAO=133;FDP=139;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0355033;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9556;QD=57.6708;RBI=0.0421196;REFB=-0.0654255;REVB=-0.0226622;RO=6;SAF=66;SAR=66;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275095;STB=0.514228;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00250841;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:138:139:6:6:132:133:0.956835:66:66:1:5:67:66:1:5 chrX 147903704 . C T 1121.44 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431163;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5757;QD=60.6183;RBI=0.0482493;REFB=0;REVB=-0.0216558;RO=0;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271325;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:21:53:0:0:21:53:0:0 chrX 147903927 . C T 653.18 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0995024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.655;QD=58.0608;RBI=0.100298;REFB=-0.100563;REVB=-0.0126068;RO=2;SAF=10;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850536;STB=0.521729;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00117524;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:2:1:43:44:0.977778:33:10:2:0:33:11:1:0 chrX 148627384 . A G 50.54 PASS AF=1;AO=2;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.049;QD=33.6953;RBI=0.215577;REFB=0;REVB=-0.031733;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00724419;OID=.;OPOS=148627384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:2:6:1:2:0:0:0:2:4:0:0 chrX 148628490 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.293;QD=33.428;RBI=0.0345229;REFB=0;REVB=0.0341082;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694314;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 149013727 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7321;QD=55.0899;RBI=0.0146414;REFB=0;REVB=-0.0145796;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199694;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chrX 149931106 . C T 565.26 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.997;QD=53.8338;RBI=0.0332419;REFB=0.0110764;REVB=0.0213664;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312062;STB=0.516679;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00121624;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:22:17:2:1:22:17:2:1 chrX 149933341 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.708;QD=64.15;RBI=0.0449328;REFB=0;REVB=0.0366133;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127066;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chrX 150349533 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.767;QD=48.7373;RBI=0.00804348;REFB=0;REVB=0.00395482;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22836e-05;OID=.;OPOS=150349533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chrX 150349649 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.808;QD=59.4259;RBI=0.0482066;REFB=0;REVB=-0.0341751;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12261e-07;OID=.;OPOS=150349649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 150565330 . G C 953.85 PASS AF=0.931507;AO=67;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0212983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.406;QD=52.2656;RBI=0.0348455;REFB=0.00495413;REVB=0.0275788;RO=5;SAF=37;SAR=30;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201039;STB=0.510999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00398621;OID=.;OPOS=150565330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:5:5:67:68:0.931507:30:37:2:3:30:38:2:3 chrX 150573543 . CT C 87.75 PASS AF=0.336207;AO=36;DP=115;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.123717;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9887;QD=3.02576;RBI=0.168849;REFB=-0.0376047;REVB=0.114909;RO=64;SAF=30;SAR=6;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536002;STB=0.82211;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0210788;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336207:36:115:39:116:77:33:6:30:47:87:64:30:6:24:40 chrX 150817094 . C G 660.64 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3726;QD=61.4546;RBI=0.0297692;REFB=0;REVB=0.0285379;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324122;OID=.;OPOS=150817094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:32:43:1:9:23:0:0:19:24:0:0 chrX 150840185 . T C 850.48 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.122;QD=57.6595;RBI=0.0172025;REFB=0;REVB=0.00838916;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37665e-05;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chrX 150867321 . C T 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.755;QD=57.8809;RBI=0.054467;REFB=0;REVB=0.0433315;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023986;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chrX 150869267 . A C,G 716.39 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=5,46;DP=51;FAO=3,48;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237507,0.00737707;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.0369,148.668;QD=56.1875;RBI=0.0371277,0.0328305;REFB=0,0;REVB=-0.0285372,0.0319909;RO=0;SAF=0,23;SAR=5,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14038,0.00030795;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:51:51:0:0:5,46:3,48:0.0588235,0.941176:5,23:0,23:0:0:3,25:0,23:0:0 chrX 151092220 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3149;QD=57.2361;RBI=0.112572;REFB=0;REVB=-0.112365;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000993059;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chrX 151092653 . G A 708.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.642;QD=62.9754;RBI=0.0112511;REFB=0;REVB=-0.00671191;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46326e-05;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chrX 151138179 . A C 1286.51 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00276383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7575;QD=60.5416;RBI=0.046797;REFB=-0.0230397;REVB=0.0467153;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000444834;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:83:84:0.988235:43:40:0:0:44:40:0:1 chrX 151303393 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.695;QD=53.911;RBI=0.0613329;REFB=0;REVB=0.00913723;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257877;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chrX 151303596 . C T 130.53 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.091;QD=43.5095;RBI=0.0452497;REFB=0;REVB=-0.0377212;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70605e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chrX 151899913 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.824;QD=62.9807;RBI=0.0364238;REFB=0;REVB=0.0361981;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127595;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chrX 151904487 . C CA 382.32 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.83;QD=33.9843;RBI=0.1534;REFB=0;REVB=-0.147504;RO=41;SAF=5;SAR=0;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00045362;OID=.;OPOS=151904488;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:45:45:0:24:21:0:0:9:41:5:0:19:22 chrX 151904488 . C A 666.89 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000347135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.182;QD=57.9901;RBI=0.0084496;REFB=-0.0132507;REVB=-0.00844247;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.521729;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00147725;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:22:22:2:0:22:22:2:0 chrX 152083006 . G C 392.16 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7403;QD=56.0223;RBI=0.0190768;REFB=0;REVB=-0.0164694;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121175;OID=.;OPOS=152083006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chrX 152083012 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.849;QD=57.2016;RBI=0.0735002;REFB=0;REVB=0.0675855;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192085;OID=.;OPOS=152083012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chrX 152083059 . G A 595.66 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105193;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3553;QD=61.0933;RBI=0.159295;REFB=0;REVB=0.119622;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209473;OID=.;OPOS=152083059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chrX 152083089 . T G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.187;QD=57.8246;RBI=0.0187728;REFB=-0.064398;REVB=0.00957667;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00153098;OID=.;OPOS=152083089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chrX 152226542 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1964;QD=62.3505;RBI=0.0338005;REFB=0;REVB=0.0166475;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219707;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chrX 152227929 . C T 2178.32 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.285;QD=63.1399;RBI=0.0100373;REFB=0;REVB=0.00964676;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58586e-06;OID=.;OPOS=152227929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:79:59:0:0:79:59:0:0 chrX 152228446 . TG T,TA,TT 470.42 PASS AF=0,0.969697,0.030303;AO=4,27,2;DP=33;FAO=0,32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,1;FSAR=0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471921,0.0720347,0.04351;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=156.259,176.843,138.597;QD=57.0205;RBI=0.0480335,0.072294,0.0442105;REFB=0,0,0;REVB=0.00895121,0.00611775,0.00783887;RO=0;SAF=4,12,2;SAR=0,15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.00518602,0.080378;OID=.,.,.;OPOS=152228447,152228447,152228447;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.969697,0.030303:4,27,2:33:0,32,1:33:0:0,17,1:0,15,0:0:0:3:0:4,12,2:0,15,0:0:0 chrX 152228523 . T C 60.6 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.048;QD=34.6309;RBI=0.0268095;REFB=0;REVB=0.0204812;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622788;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chrX 152228548 . G A 50.37 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0566539;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.3198;QD=16.789;RBI=0.143689;REFB=-0.0440157;REVB=0.132049;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.809829;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0155382;OID=.;OPOS=152228548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:5:7:0.583333:4:1:4:1:6:1:4:1 chrX 152228652 . GT AG,AT 510.55 PASS AF=0,0.826087;AO=3,31;DP=44;FAO=0,38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=0,14;FSAR=0,24;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0412139,0.0511593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=78.4818,114.045;QD=44.3956;RBI=0.0796112,0.13223;REFB=-0.0675826,-0.0693924;REVB=0.0681128,0.121932;RO=7;SAF=0,12;SAR=3,19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.722194,-0.114098;STB=0.5,0.546738;STBP=1,0.207;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0151131;OID=.,.;OPOS=152228652,152228652;OREF=GT,G;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:44:46:7:8:3,31:0,38:0,0.826087:3,19:0,12:5:2:0,24:0,14:5:3 chrX 152482796 . C T 688.93 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000556381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.261;QD=62.6297;RBI=0.0555367;REFB=0;REVB=0.0555339;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272812;OID=.;OPOS=152482796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chrX 152482917 . T C 524.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5664;QD=58.2268;RBI=0.0408868;REFB=0;REVB=0.0132588;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205773;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chrX 152483030 . G A 873.1 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00804643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.485;QD=56.3288;RBI=0.0522754;REFB=-0.13934;REVB=0.0516525;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000103285;OID=.;OPOS=152483030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:1:0:25:36:1:0 chrX 152609668 . T C 1570.5 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4706;QD=63.4546;RBI=0.0478249;REFB=0;REVB=0.0315251;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133727;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:93:99:1:41:52:0:0:44:55:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876465;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=9;MLLD=356.842;QD=56.7419;RBI=0.0105172;REFB=0;REVB=-0.00581309;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.26544e-06;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:28:28:0:20:8:0:0:4:0:20:8:0:0 chrX 152610985 . T C 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.039;QD=57.5401;RBI=0.0413028;REFB=0;REVB=0.00399351;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61669e-05;OID=.;OPOS=152610985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:15:43:0:0:15:43:0:0 chrX 152613112 . C T 652.49 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.198;QD=59.3172;RBI=0.0617252;REFB=-0.046323;REVB=0.0331299;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00261278;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:0:1:23:20:0:1 chrX 152613702 . A G 1769.97 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.495;QD=59.9991;RBI=0.0180227;REFB=-0.0271117;REVB=-0.0100427;RO=1;SAF=57;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825949;STB=0.504347;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000410771;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:60:57:1:0:60:57:1:0 chrX 152616741 . A T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.496;QD=57.194;RBI=0.0339668;REFB=0;REVB=-0.0328735;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309067;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chrX 152616952 . A G 800.91 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.768;QD=57.2079;RBI=0.0373007;REFB=0;REVB=0.0356999;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7677e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chrX 152771509 . C T 1274.89 PASS AF=0.988372;AO=81;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0596732;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.871;QD=59.2972;RBI=0.0647832;REFB=-0.100001;REVB=0.0252185;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.507041;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000655403;OID=.;OPOS=152771509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:81:85:0.988372:35:46:0:0:35:50:0:1 chrX 152815089 . A G 505.35 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.989;QD=59.4524;RBI=0.10018;REFB=0;REVB=0.0236476;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481851;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:23:34:1:17:6:0:0:17:17:0:0 chrX 152846544 . TTT TGTT,TTG 206.08 PASS AF=0.210526,0.736842;AO=3,2;DP=19;FAO=4,14;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4,9;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127563,0.0147828;FXX=0;HRUN=0,15;LEN=1,1;MLLD=232.771,244.997;QD=43.3847;RBI=0.0589304,0.08315;REFB=-0.000734015,-0.00355947;REVB=-0.0575333,-0.0818253;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.526279;STBP=1,0.633;TYPE=ins,snp;VARB=0.00142788,-4.03561e-05;OID=.,.;OPOS=152846545,152846546;OREF=-,T;OALT=G,G;OMAPALT=TGTT,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.210526,0.736842:3,2:19:4,14:19:1:4,9:0,5:1:0:21:0:3,1:0,1:0:0 chrX 152966400 . C T 1265.09 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5394;QD=60.2423;RBI=0.0280258;REFB=-0.119948;REVB=0.00179951;RO=1;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0169535;OID=.;OPOS=152966400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:37:46:1:0:37:46:1:0 chrX 153039502 . G C 404.04 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.262;QD=52.134;RBI=0.0181613;REFB=-0.211007;REVB=-0.00436301;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581366;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00521321;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:2:1:29:30:0.967742:15:14:0:2:16:14:0:1 chrX 153041544 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.106;QD=53.2768;RBI=0.0520558;REFB=0;REVB=0.0330664;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456158;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chrX 153045812 . C T 1101.84 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.461;QD=58.7647;RBI=0.0478956;REFB=-0.122256;REVB=0.0409391;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000495352;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:0:1:72:74:0.986667:36:36:0:0:36:38:1:0 chrX 153048657 . A C 129.77 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.161;QD=43.2568;RBI=0.0248677;REFB=0;REVB=0.0248677;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033732;OID=.;OPOS=153048657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:9:12:1:9:0:0:0:12:0:0:0 chrX 153049535 . A G 374.46 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103425;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.872;QD=55.4755;RBI=0.104458;REFB=0;REVB=0.0146532;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116003;OID=.;OPOS=153049535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:17:8:0:0:19:8:0:0 chrX 153050984 . G A,C 1436.25 PASS AF=0.920792,0.0693069;AO=89,6;DP=97;FAO=93,7;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=34,6;FSAR=59,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236937,0.00924388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.8989,21.0124;QD=56.8813;RBI=0.0313858,0.0758114;REFB=-0.131592,-0.0827375;REVB=0.0205835,-0.0752457;RO=1;SAF=33,5;SAR=56,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0141437,-0.0789211;STB=0.507245,0.538356;STBP=0.28,0.653;TYPE=snp,snp;VARB=0.00248336,0.068099;OID=.,.;OPOS=153050984,153050984;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:97:101:1:1:89,6:93,7:0.920792,0.0693069:56,1:33,5:1:0:59,1:34,6:1:0 chrX 153051905 . CTG CTA,TGA 367.55 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=12,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183218,0.00924799;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,3;MLLD=139.03,130.986;QD=54.4512;RBI=0.0258608,0.0200239;REFB=0,0;REVB=-0.0182508,-0.0177604;RO=0;SAF=12,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00141145,0.00197427;OID=.,.;OPOS=153051907,153051905;OREF=G,CTG;OALT=A,TGA;OMAPALT=CTA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:12,2:25,2:0.925926,0.0740741:0,2:12,0:0:0:13,2:12,0:0:0 chrX 153073319 . G A 1922.78 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259682;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.704;QD=62.0252;RBI=0.033211;REFB=0;REVB=0.0207031;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162295;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:62:62:0:0:62:62:0:0 chrX 153149708 . G GC,GCT 922.92 PASS AF=1,0;AO=54,9;DP=75;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406417,-0.0366329;FXX=0.0153822;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=208.912,186.052;QD=57.6826;RBI=0.0412859,0.038704;REFB=0,0;REVB=0.00726511,0.012491;RO=10;SAF=28,1;SAR=26,8;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142028,-0.7208;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=6.53974e-06,0;OID=.,.;OPOS=153149709,153149709;OREF=-,-;OALT=C,CT;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:54,9:75:64,0:64:0:29,0:35,0:0:0:5:10:28,1:26,8:10:0 chrX 153149715 . C G 937.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.599;QD=58.5948;RBI=0.0331332;REFB=0;REVB=-0.0315482;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112294;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chrX 153171993 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.535;QD=35.5759;RBI=0.0526483;REFB=0;REVB=0.0337815;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166772;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrX 153176254 . A G 885.31 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.341;QD=58.0531;RBI=0.0265123;REFB=0;REVB=0.0264028;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43407e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:40:20:0:0:41:20:0:0 chrX 153218365 . C A 898.72 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8823;QD=57.9819;RBI=0.164527;REFB=0;REVB=0.117759;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197039;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:35:23:0:0:37:25:0:0 chrX 153219665 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7209;QD=47.8187;RBI=0.0512129;REFB=0;REVB=-0.00531186;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121315;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 153221657 . T C 92.51 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850469;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.577;QD=41.1175;RBI=0.0146301;REFB=0;REVB=-0.0119042;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02879e-05;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chrX 153222835 . G C 535.75 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0169651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.23;QD=49.8376;RBI=0.0357436;REFB=-0.19905;REVB=0.031461;RO=3;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597159;STB=0.550994;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00368382;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:43:43:3:5:38:38:0.883721:22:16:0:3:22:16:0:5 chrX 153247720 . G GT 95.63 PASS AF=1;AO=7;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538626;FXX=0.190386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.02112;QD=22.5006;RBI=0.121162;REFB=0;REVB=0.108531;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0227217;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:22:17:17:0:8:9:0:0:3:15:6:1:3:12 chrX 153247722 . C G,T 260.17 PASS AF=0.380952,0.619048;AO=7,13;DP=20;FAO=8,13;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486115,0.0382848;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.387,66.1229;QD=49.5563;RBI=0.0663012,0.0556641;REFB=0,0;REVB=0.0450863,0.0404074;RO=0;SAF=6,2;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0738942,-0.0183693;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:20:21:0:0:7,13:8,13:0.380952,0.619048:1,11:6,2:0:0:1,12:7,1:0:0 chrX 153247745 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.758;QD=48.7369;RBI=0.0183413;REFB=0;REVB=-0.0112371;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44403e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chrX 153247954 . C T 759.2 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00228424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.264;QD=53.2774;RBI=0.0205224;REFB=-0.162528;REVB=0.0203948;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00146847;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:32:23:2:0:32:23:2:0 chrX 153248248 . G A 2797.24 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.301;QD=62.5082;RBI=0.023883;REFB=0;REVB=0.0237785;RO=0;SAF=120;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29228e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:58:120:0:0:59:120:0:0 chrX 153278835 . CCG C,GCC 202.22 PASS AF=0.428571,0.047619;AO=21,4;DP=67;FAO=27,3;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=7,0;FSAR=20,3;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.107829,-0.0286819;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=24.7077,174.086;QD=12.8394;RBI=0.107835,0.0599519;REFB=-0.0937307,-0.00369109;REVB=-0.00115893,-0.0526458;RO=37;SAF=7,0;SAR=14,4;SRF=30;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490023,-0.737374;STB=0.788666,0.998334;STBP=0,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.120653,0.124832;OID=.,.;OPOS=153278836,153278835;OREF=CG,CCG;OALT=-,GCC;OMAPALT=C,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:63:37:33:21,4:27,3:0.428571,0.047619:14,4:7,0:30:7:20,3:7,0:27:6 chrX 153421877 . A G 1313.31 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.001;QD=61.8028;RBI=0.0274813;REFB=0;REVB=-0.0192382;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86446e-05;OID=.;OPOS=153421877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:38:46:0:0:38:47:0:0 chrX 153421912 . T C 793.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.692;QD=56.6496;RBI=0.0609536;REFB=0;REVB=0.00132117;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31169e-05;OID=.;OPOS=153421912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:24:30:0:0:25:31:0:0 chrX 153421915 . CG C,CC 765.16 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=10,44;DP=55;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860814,0.0809593;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.391,233.457;QD=56.6783;RBI=0.0882393,0.0836655;REFB=0,0;REVB=0.019395,0.0211069;RO=0;SAF=9,20;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,-5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00676957,0.00383813;OID=.,.;OPOS=153421916,153421916;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:10,44:55:1,53:54:0:0,29:1,24:0:0:4:0:9,20:1,24:0:0 chrX 153421949 . TA T,TC,TT 622.61 PASS AF=0.0243902,0,0.97561;AO=16,2,23;DP=41;FAO=1,0,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,21;FSAR=0,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128465,-0.105667,0.256793;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=75.9266,56.2023,98.4641;QD=60.7424;RBI=0.12914,0.107067,0.25716;REFB=0,0,0;REVB=-0.0131922,-0.0172551,-0.0137336;RO=0;SAF=16,1,5;SAR=0,1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0135412,0,0.00144973;OID=.,.,.;OPOS=153421950,153421950,153421950;OREF=A,A,A;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0243902,0,0.97561:16,2,23:41:1,0,40:41:0:1,0,21:0,0,19:0:0:3:0:16,1,5:0,1,18:0:0 chrX 153629155 . A G 446.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.66;QD=57.6379;RBI=0.03617;REFB=0;REVB=-0.0161867;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131569;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chrX 153633359 . G C 557.51 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.874;QD=60.271;RBI=0.0390228;REFB=0;REVB=0.0312582;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102185;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:15:22:0:0 chrX 153649813 . G C 1494.13 PASS AF=1;AO=74;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.785;QD=61.6137;RBI=0.174669;REFB=0;REVB=0.0121879;RO=0;SAF=13;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0054036;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:74:97:1:61:13:0:0:72:25:0:0 chrX 153671388 . AG A 30.22 PASS AF=0.259259;AO=4;DP=25;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0280514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3145;QD=4.47754;RBI=0.0343779;REFB=-0.0216519;REVB=0.0198736;RO=20;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648393;STB=0.553039;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=0.0535351;OID=.;OPOS=153671389;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:4:25:7:27:20:4:3:10:10:30:20:4:0:10:10 chrX 153688564 . TGGGGGGGG TGGGAGGGG,TGGGGGGG,TGGGGGGGC 86.24 PASS AF=0.115385,0.5,0.0769231;AO=2,9,2;DP=27;FAO=3,13,2;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=3,10,2;FSAR=0,3,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0106135,-0.0129837,0.0914281;FXX=0.0370233;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=226.996,7.86549,19.1994;QD=13.2676;RBI=0.0110477,0.215007,0.201574;REFB=0.00265729,0.0263938,0.0171701;REVB=-0.00306699,0.214615,0.179647;RO=7;SAF=2,6,2;SAR=0,3,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.50628,-0.174375,0.50628;STB=0.993871,0.560353,0.990954;STBP=0.418,0.632,0.498;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.027376,0.0314593,-0.0718026;OID=.,.,.;OPOS=153688568,153688565,153688572;OREF=G,G,G;OALT=A,-,C;OMAPALT=TGGGAGGGG,TGGGGGGG,TGGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.5,0.0769231:2,9,2:27:3,13,2:26:8:3,10,2:0,3,0:7:1:30:7:2,6,2:0,3,0:6:1 chrX 153994596 . G T 906.82 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293351;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.932;QD=58.5046;RBI=0.0112288;REFB=0;REVB=-0.0108388;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125758;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chrX 154020114 . C A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.067;QD=60.9769;RBI=0.0698968;REFB=0;REVB=-0.016974;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000789121;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chrX 154456747 . A G 726.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484609;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.411;QD=57.0099;RBI=0.0492929;REFB=0;REVB=0.00901839;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9893e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chrX 155004437 . G T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1692;QD=59.4336;RBI=0.0175113;REFB=0;REVB=-0.0150507;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11389e-05;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chrX 155004512 . C G 146.62 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00289097;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7195;QD=24.4369;RBI=0.0061174;REFB=-0.0271524;REVB=-0.00539119;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.593102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0212523;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:8:7:2:7:8:7:2:7 chrX 155005254 . C T 1204.9 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4258;QD=61.0075;RBI=0.0194962;REFB=0;REVB=0.0113988;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124922;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:45:34:0:0 chrX 155006050 . C T 337.33 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8311;QD=53.9722;RBI=0.0419029;REFB=0;REVB=0.00362993;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000665824;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chrX 155006982 . A T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.464;QD=56.011;RBI=0.0183126;REFB=0.0685895;REVB=0.00144925;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000975228;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chrX 155008583 . G A 458.24 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7627;QD=57.2805;RBI=0.021849;REFB=0;REVB=-0.00474114;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246851;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:5:26:0:0:5:27:0:0 chrX 155008671 . G A 724.11 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0047169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.164;QD=59.1113;RBI=0.0204864;REFB=-0.121665;REVB=0.019936;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426994;STB=0.522718;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000952005;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:21:26:0:2:21:26:0:2 chrX 155009102 . G A 802.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.892;QD=64.2173;RBI=0.0836713;REFB=0;REVB=0.00551887;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191902;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:21:25:0:0:21:29:0:0 chrX 155009225 . C A,T 402.64 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.7809e-05,0.0208212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.973,95.0331;QD=55.5369;RBI=0.0265323,0.0234923;REFB=0,0;REVB=-0.0265322,0.0108797;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.112286,-0.00875974;OID=.,.;OPOS=155009225,155009225;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,7:0,20:0:0:2,7:0,20:0:0 chrX 155009829 . C T 686.03 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00293561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.655;QD=50.8167;RBI=0.00463178;REFB=-0.0267026;REVB=0.00358268;RO=3;SAF=23;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057529;STB=0.5306;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000191297;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:50:51:0.944444:27:23:3:0:28:23:3:0 chrX 155010062 . G A 415.52 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690046;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.992;QD=57.3132;RBI=0.0131973;REFB=0;REVB=0.0112495;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235663;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chrX 155010077 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.073;QD=56.7066;RBI=0.0593232;REFB=0;REVB=0.0486555;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308142;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chrX 155010230 . A C 332.61 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.000357389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9283;QD=32.4502;RBI=0.0780152;REFB=-0.0587086;REVB=0.0780144;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116917;STB=0.563631;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0282896;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:9:19:11:2:9:19:11:2 chrX 155010308 . G A 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000535979;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6596;QD=58.6184;RBI=0.101154;REFB=0;REVB=-0.101152;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010158;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chrX 155011216 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.477;QD=42.1824;RBI=0.0320505;REFB=0;REVB=-0.0229;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68034e-06;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chrX 155011276 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186369;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.887;QD=45.8068;RBI=0.0459795;REFB=0;REVB=0.0420331;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223896;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 155011472 . T A 456.56 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00965838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.987;QD=50.7289;RBI=0.0359328;REFB=-0.139271;REVB=0.0346104;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.540516;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00247279;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:0:3:33:33:0.916667:17:16:0:0:17:16:0:3 chrX 155012060 . C G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0209561;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.208;QD=23.3816;RBI=0.0283193;REFB=-0.0120042;REVB=0.019048;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167309;STB=0.593553;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00596447;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:9:5:11:8:9:5 chrX 155227464 . C T 507.15 PASS AF=0.331633;AO=59;DP=191;FAO=65;FDP=196;FR=.;FRO=131;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=94;FWDB=0.00542599;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.467;QD=10.35;RBI=0.0339305;REFB=-0.0213774;REVB=0.0334939;RO=128;SAF=22;SAR=37;SRF=35;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131581;STB=0.594369;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0337334;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:196:128:131:59:65:0.331633:37:22:35:93:38:27:37:94 chrX 155235014 . C T 456.78 PASS AF=0.351852;AO=55;DP=159;FAO=57;FDP=162;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.000640573;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.097;QD=11.2786;RBI=0.015461;REFB=-0.00357155;REVB=0.0154478;RO=99;SAF=22;SAR=33;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141995;STB=0.554663;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0066448;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:99:105:55:57:0.351852:33:22:52:47:33:24:53:52 chrX 155252758 . A G 62.54 PASS AF=0.115385;AO=12;DP=127;FAO=15;FDP=130;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=0.0238822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.573;QD=1.92429;RBI=0.0241399;REFB=-0.0044218;REVB=-0.00351789;RO=108;SAF=2;SAR=10;SRF=39;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278022;STB=0.539272;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0326581;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:127:130:108:115:12:15:0.115385:10:2:39:69:10:5:43:72 chrX 155254689 . C T 127.21 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0104756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.505;QD=11.5646;RBI=0.0398765;REFB=-0.00659794;REVB=-0.0384759;RO=29;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638772;STB=0.876348;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00694195;OID=.;OPOS=155254689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:2:13:8:21:2:13:8:21 chrX 155255024 . C T 768.06 PASS AF=0.380342;AO=87;DP=232;FAO=89;FDP=234;FR=.;FRO=145;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=-0.0104923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.11;QD=13.1292;RBI=0.0203007;REFB=-0.0210016;REVB=-0.0173791;RO=144;SAF=37;SAR=50;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601411;STB=0.530675;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.031421;OID=.;OPOS=155255024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:234:144:145:87:89:0.380342:50:37:69:75:51:38:69:76 chrY 4900800 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.86;QD=57.8246;RBI=0.0325264;REFB=-0.0911231;REVB=-0.00582107;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.519989;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00244823;OID=.;OPOS=4900800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:12:26:0:1:12:26:0:1 chrY 10034888 . C G 85.8 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0205433;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.18;QD=22.8809;RBI=0.0308445;REFB=-0.0173462;REVB=0.0230078;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428999;STB=0.755986;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0317504;OID=.;OPOS=10034888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:16:15:5:5:8:8:0.533333:7:1:3:2:7:1:3:2 chrY 10034941 . C A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.044017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.28;QD=9.44484;RBI=0.0449285;REFB=-7.49074e-05;REVB=0.00900416;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391993;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.000662079;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:5:5:5:1:5:5 chrY 10035424 . A G 45.58 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.126971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1581;QD=8.68171;RBI=0.149785;REFB=-0.0302939;REVB=-0.0794596;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0394599;OID=.;OPOS=10035424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:6:7:4:3:6:8 chrY 10035433 . T C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.015384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.692;QD=8.69834;RBI=0.0172803;REFB=-0.00818204;REVB=0.00787017;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477947;OID=.;OPOS=10035433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:6:8:4:3:6:8 chrY 10036057 . GT AC 289.41 PASS AF=0.793103;AO=22;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00624948;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.271;QD=39.9181;RBI=0.00723919;REFB=0.0335734;REVB=0.00365376;RO=5;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661024;STB=0.529755;STBP=0.538;TYPE=mnp;VARB=-0.00613926;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:30:29:5:5:22:23:0.793103:9:13:2:3:10:13:2:3 chrY 10036088 . A G 3685.01 PASS AF=0.972222;AO=245;DP=252;FAO=245;FDP=252;FR=.;FRO=7;FSAF=151;FSAR=94;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0140106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.04;QD=58.4922;RBI=0.0140453;REFB=0.00284585;REVB=0.000987621;RO=7;SAF=151;SAR=94;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250965;STB=0.501318;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000102154;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:252:252:7:7:245:245:0.972222:94:151:4:3:94:151:4:3 chrY 10036105 . T C 4702.86 PASS AF=0.974684;AO=308;DP=318;FAO=308;FDP=316;FR=.;FRO=8;FSAF=215;FSAR=93;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0034078;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.455;QD=59.5299;RBI=0.0271558;REFB=0.00531997;REVB=0.0269411;RO=7;SAF=215;SAR=93;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634475;STB=0.505919;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=5.42317e-05;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:318:316:7:8:308:308:0.974684:93:215:4:3:93:215:4:4 chrY 10036107 . T C 4885.99 PASS AF=0.978395;AO=316;DP=331;FAO=317;FDP=324;FR=.;FRO=7;FSAF=223;FSAR=94;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00657527;FXX=0.0240957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.901;QD=60.3209;RBI=0.0130428;REFB=-0.0329739;REVB=-0.0112641;RO=7;SAF=222;SAR=94;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646125;STB=0.503409;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000102354;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:331:324:7:7:316:317:0.978395:94:222:4:3:94:223:4:3 chrY 10036132 . T C 5802.72 PASS AF=0.976562;AO=374;DP=384;FAO=375;FDP=384;FR=.;FRO=9;FSAF=269;FSAR=106;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0393866;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3153;QD=60.445;RBI=0.0396983;REFB=0.0612805;REVB=-0.00496516;RO=9;SAF=268;SAR=106;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149054;STB=0.507832;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00268649;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:384:384:9:9:374:375:0.976562:106:268:4:5:106:269:4:5 chrY 10036156 . G C 5705.15 PASS AF=0.976253;AO=370;DP=379;FAO=370;FDP=379;FR=.;FRO=9;FSAF=266;FSAR=104;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00190886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.247;QD=60.2126;RBI=0.0210946;REFB=-0.047572;REVB=0.021008;RO=8;SAF=266;SAR=104;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108751;STB=0.504779;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00127229;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:379:379:8:9:370:370:0.976253:104:266:4:4:104:266:5:4 chrY 10036164 . T C 5703.79 PASS AF=0.976253;AO=370;DP=379;FAO=370;FDP=379;FR=.;FRO=9;FSAF=267;FSAR=103;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00366684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.476;QD=60.1983;RBI=0.00770444;REFB=-0.0221033;REVB=0.00677589;RO=8;SAF=267;SAR=103;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110728;STB=0.508132;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=2.97671e-06;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:379:379:8:9:370:370:0.976253:103:267:4:4:103:267:4:5 chrY 10036171 . A G 5683.54 PASS AF=0.978723;AO=368;DP=377;FAO=368;FDP=376;FR=.;FRO=8;FSAF=267;FSAR=101;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0417899;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.756;QD=60.4632;RBI=0.0418058;REFB=-0.0383165;REVB=0.00115387;RO=8;SAF=267;SAR=101;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114252;STB=0.505992;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000510978;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:377:376:8:8:368:368:0.978723:101:267:4:4:101:267:4:4 chrY 10036189 . C CCGTT 5646.15 PASS AF=0.983827;AO=355;DP=375;FAO=365;FDP=371;FR=.;FRO=6;FSAF=264;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0149332;FXX=0.00536179;HRUN=2;LEN=4;MLLD=215.265;QD=60.875;RBI=0.0151879;REFB=-0.0342292;REVB=0.00276987;RO=12;SAF=256;SAR=99;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106206;STB=0.504492;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.000626883;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983827:355:375:365:371:6:264:101:3:3:7:12:256:99:7:5 chrY 10036204 . T C 5640.57 PASS AF=0.98645;AO=363;DP=369;FAO=364;FDP=369;FR=.;FRO=5;FSAF=266;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0674901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6334;QD=61.1444;RBI=0.0761146;REFB=0.0129146;REVB=0.0351925;RO=6;SAF=265;SAR=98;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00248971;STB=0.502247;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=2.60128e-05;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:369:369:6:5:363:364:0.98645:98:265:4:2:98:266:3:2 chrY 10036229 . T C 4369.09 PASS AF=0.982517;AO=278;DP=283;FAO=281;FDP=286;FR=.;FRO=5;FSAF=224;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00290198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.12;QD=61.1061;RBI=0.00425237;REFB=-0.0526117;REVB=0.00310824;RO=5;SAF=222;SAR=56;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103223;STB=0.505295;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000896979;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:283:286:5:5:278:281:0.982517:56:222:3:2:57:224:3:2 chrY 10036233 . G C 3870.62 PASS AF=0.977011;AO=255;DP=261;FAO=255;FDP=261;FR=.;FRO=6;FSAF=204;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0280598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.997;QD=59.3198;RBI=0.0446187;REFB=0.00717862;REVB=-0.0346912;RO=6;SAF=204;SAR=51;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907007;STB=0.504762;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.000163504;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:261:261:6:6:255:255:0.977011:51:204:4:2:51:204:4:2 chrY 10036269 . A G 764.8 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0390575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.926;QD=49.3419;RBI=0.0412469;REFB=0.0061543;REVB=-0.0132595;RO=5;SAF=46;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487036;STB=0.525936;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00153958;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:11:46:3:2:11:46:3:2 chrY 10036277 . A G 324.67 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00620977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.198;QD=41.8925;RBI=0.0294498;REFB=-0.0332176;REVB=0.0287876;RO=5;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00106959;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:31:5:5:25:26:0.83871:10:15:3:2:11:15:3:2 chrY 10036280 . A G 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00618006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.034;QD=41.8378;RBI=0.0358786;REFB=-0.0189095;REVB=0.0353423;RO=5;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704132;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000698476;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:11:15:3:2:11:15:3:2 chrY 10036453 . T G 35.04 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0171784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.648;QD=5.60718;RBI=0.0177693;REFB=-0.00417997;REVB=-0.00454439;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262872;STB=0.717261;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0139149;OID=.;OPOS=10036453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:25:19:19:5:6:0.24:3:2:12:7:4:2:12:7 chrY 10036483 . T C 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0182261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.922;QD=33.2496;RBI=0.0265869;REFB=0.00819371;REVB=0.0193564;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607734;STB=0.533303;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0012689;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:11:11:5:3:11:11:5:3 chrY 10036486 . C G 212.27 PASS AF=0.645161;AO=21;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0123031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.424;QD=27.3892;RBI=0.0130434;REFB=0.00910332;REVB=0.00433166;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078358;STB=0.531117;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00516189;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:9:11:21:20:0.645161:10:11:6:3:9:11:7:4 chrY 10036503 . T C 72.31 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00798657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.831;QD=8.76526;RBI=0.0100612;REFB=-0.0119967;REVB=0.006119;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062215;STB=0.538383;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0310405;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:19:23:9:10:0.30303:2:7:14:5:3:7:15:8 chrY 10036512 . G A 34.2 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0235486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9748;QD=4.14522;RBI=0.0330579;REFB=-0.0182513;REVB=0.023201;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249077;STB=0.666173;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.079856;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:19:8:3:3:19:8 chrY 10036518 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0227019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.149;QD=8.5118;RBI=0.0292779;REFB=-0.00625987;REVB=-0.0184885;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134942;STB=0.582123;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00930621;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:17:7:4:6:17:7 chrY 10036519 . G A,GTTGA 77.21 PASS AF=0.142857,0.171429;AO=5,6;DP=35;FAO=5,6;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4,3;FSAR=1,3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.01622,-0.00893898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=157.99,236.698;QD=8.82378;RBI=0.0251694,0.0422648;REFB=-0.00119534,-0.00503748;REVB=0.019246,0.0413087;RO=24;SAF=4,3;SAR=1,3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.195078,-0.200237;STB=0.642225,0.632921;STBP=0.579,0.579;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0193384,0.0203969;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:35:35:24:24:5,6:5,6:0.142857,0.171429:1,3:4,3:16:8:1,3:4,3:16:8 chrY 10036544 . CT CC,TC 287.59 PASS AF=0.564103,0.102564;AO=22,4;DP=39;FAO=22,4;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=10,3;FSAR=12,1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00411651,-0.00649256;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=169.277,121.671;QD=29.4962;RBI=0.00687881,0.0113726;REFB=-0.00243724,0.00235013;REVB=-0.00551112,-0.00933713;RO=13;SAF=10,3;SAR=12,1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.208942,-0.0291583;STB=0.615283,0.519902;STBP=0.088,0.988;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0029157,-0.00925577;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:22,4:22,4:0.564103,0.102564:12,1:10,3:10:3:12,1:10,3:10:3 chrY 10036549 . A C 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00987207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.728;QD=7.25956;RBI=0.0288537;REFB=-0.00735534;REVB=-0.0271123;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439078;STB=0.769847;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0124884;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:20:9:7:3:20:9 chrY 10036552 . C T 81.29 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0286072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.994;QD=8.12872;RBI=0.0369617;REFB=-0.0133349;REVB=-0.0234051;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103053;STB=0.563863;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0285069;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:4:7:16:13:4:7:16:13 chrY 10036561 . T C 61.2 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.000103046;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.173;QD=6.11972;RBI=0.00406983;REFB=-0.00105964;REVB=-0.00406853;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362499;STB=0.729683;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00318546;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:31:31:9:9:0.225:6:3:20:11:6:3:20:11 chrY 10036586 . TG CA,CG 120.23 PASS AF=0.230769,0.307692;AO=6,8;DP=26;FAO=6,8;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3,3;FSAR=3,5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00035301,-0.0176207;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=212.897,111.936;QD=18.497;RBI=0.00648465,0.0301317;REFB=-0.00785266,-0.000242749;REVB=0.00647504,-0.0244423;RO=12;SAF=3,3;SAR=3,5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.367359,-0.434922;STB=0.721627,0.755272;STBP=0.223,0.117;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00889813,0.00943075;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:26:26:12:12:6,8:6,8:0.230769,0.307692:3,5:3,3:10:2:3,5:3,3:10:2 chrY 10036590 . T G 36.23 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0144376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.483;QD=5.5744;RBI=0.0152086;REFB=0.00256709;REVB=0.0047812;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216569;STB=0.615021;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00935409;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:26:19:20:6:6:0.230769:3:3:13:6:3:3:13:7 chrY 10037768 . T C 1455.39 PASS AF=0.756757;AO=111;DP=147;FAO=112;FDP=148;FR=.;FRO=36;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0101657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.68;QD=39.3348;RBI=0.0146323;REFB=0.0122481;REVB=0.0105243;RO=36;SAF=46;SAR=65;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401413;STB=0.522251;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00353182;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:36:36:111:112:0.756757:65:46:18:18:66:46:18:18 chrY 10037786 . G A 117.23 PASS AF=0.134715;AO=26;DP=188;FAO=26;FDP=193;FR=.;FRO=167;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=94;FWDB=-0.000702936;FXX=0.0102559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.695;QD=2.42953;RBI=0.0379774;REFB=-0.00290472;REVB=-0.0379709;RO=162;SAF=17;SAR=9;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25517;STB=0.68358;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156857;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:193:162:167:26:26:0.134715:9:17:73:89:9:17:73:94 chrY 10037790 . C T 42.23 PASS AF=0.0765306;AO=15;DP=198;FAO=15;FDP=196;FR=.;FRO=181;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=-0.0089915;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.727;QD=0.861829;RBI=0.0392666;REFB=-0.000318387;REVB=-0.0382233;RO=179;SAF=10;SAR=5;SRF=83;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226311;STB=0.688716;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0148897;OID=.;OPOS=10037790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:198:196:179:181:15:15:0.0765306:5:10:83:96:5:10:83:98 chrY 10037791 . C G 2129.57 PASS AF=0.806122;AO=158;DP=197;FAO=158;FDP=196;FR=.;FRO=38;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0058131;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.277;QD=43.4606;RBI=0.0168739;REFB=-0.0182195;REVB=0.0158409;RO=38;SAF=72;SAR=86;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259331;STB=0.513765;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0030591;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:38:38:158:158:0.806122:86:72:20:18:86:72:20:18 chrY 10037797 . T C 2199.32 PASS AF=0.81;AO=158;DP=200;FAO=162;FDP=200;FR=.;FRO=38;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00116316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.13;QD=43.9863;RBI=0.0192429;REFB=-0.0154317;REVB=0.0192077;RO=38;SAF=75;SAR=83;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188881;STB=0.51208;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00306664;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:38:38:158:162:0.81:83:75:20:18:87:75:20:18 chrY 10037807 . T C 2438.72 PASS AF=0.853774;AO=175;DP=208;FAO=181;FDP=212;FR=.;FRO=31;FSAF=85;FSAR=96;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0319573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.622;QD=46.0136;RBI=0.0353967;REFB=-0.0200159;REVB=0.0152202;RO=31;SAF=81;SAR=94;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152167;STB=0.506821;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0039002;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:212:31:31:175:181:0.853774:94:81:16:15:96:85:16:15 chrY 10037819 . T C 2504.75 PASS AF=0.850679;AO=187;DP=223;FAO=188;FDP=221;FR=.;FRO=33;FSAF=88;FSAR=100;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00834187;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7645;QD=45.3348;RBI=0.110218;REFB=-0.0912217;REVB=0.109902;RO=33;SAF=88;SAR=99;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021276;STB=0.511582;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0122879;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:33:33:187:188:0.850679:99:88:18:15:100:88:18:15 chrY 10037877 . G GC 1075.83 PASS AF=0.931818;AO=132;DP=208;FAO=164;FDP=176;FR=.;FRO=12;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0138297;FXX=0.0382493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.169;QD=24.4507;RBI=0.0351694;REFB=-0.00877639;REVB=-0.0323362;RO=67;SAF=62;SAR=70;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703603;STB=0.513469;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=0.0233339;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931818:132:208:164:176:12:77:87:8:4:8:67:62:70:39:28 chrY 10037892 . A G 1588.05 PASS AF=0.882812;AO=67;DP=133;FAO=113;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0431201;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.939;QD=49.6266;RBI=0.0543883;REFB=-0.0658796;REVB=-0.0331474;RO=17;SAF=10;SAR=57;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169455;STB=0.519017;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00701444;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:133:128:17:15:67:113:0.882812:57:10:7:10:57:56:5:10 chrY 10037899 . T C 1250.5 PASS AF=0.855856;AO=94;DP=110;FAO=95;FDP=111;FR=.;FRO=16;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0154669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3889;QD=45.0629;RBI=0.0213827;REFB=-0.00511851;REVB=0.0147646;RO=16;SAF=50;SAR=44;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259252;STB=0.512818;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00116753;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:110:111:16:16:94:95:0.855856:44:50:7:9:45:50:7:9 chrY 10037912 . T G 753.95 PASS AF=0.852941;AO=58;DP=68;FAO=58;FDP=68;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0188302;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.277;QD=44.3501;RBI=0.0207397;REFB=-0.0320706;REVB=-0.00869241;RO=10;SAF=23;SAR=35;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000992669;STB=0.500529;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00926292;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:68:68:10:10:58:58:0.852941:35:23:4:6:35:23:4:6 chrY 10037914 . T C 777.74 PASS AF=0.880597;AO=57;DP=65;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00539284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.085;QD=46.432;RBI=0.0107196;REFB=-0.00473879;REVB=0.00926432;RO=8;SAF=23;SAR=34;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684836;STB=0.501862;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00119832;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:67:8:8:57:59:0.880597:34:23:3:5:36:23:3:5 chrY 13262733 . T A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0323793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2986;QD=5.00526;RBI=0.0343044;REFB=-0.00183563;REVB=-0.0113301;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487292;STB=0.807709;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00537565;OID=.;OPOS=13262733;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:5:17:2:4:5:17 chrY 13262837 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0266904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.717;QD=16.199;RBI=0.037469;REFB=-0.0365735;REVB=0.0262973;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490704;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0111583;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:3:3:4:5:0.625:1:3:0:3:2:3:0:3 chrY 13262908 . C G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0117779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.184;QD=25.4671;RBI=0.0871663;REFB=-0.0476952;REVB=0.086367;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140735;STB=0.578792;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0143783;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:1:8:3:0:1:8:3:0 chrY 13262943 . ACCCA ACCA,ACCAC 348.28 PASS AF=0.875,0;AO=26,2;DP=32;FAO=28,0;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=24,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0791231,-0.0739471;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=24.6386,9.41655;QD=43.5353;RBI=0.0914239,0.169975;REFB=-0.115353,-0.0689988;REVB=0.0458025,-0.153046;RO=4;SAF=23,1;SAR=3,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.204545,0;SSSB=-0.0742701,-0.532453;STB=0.538436,0.5;STBP=0.511,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0165713,0;OID=.,.;OPOS=13262944,13262946;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCA,ACCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875,0:26,2:32:28,0:32:4:24,0:4,0:4:0:15:4:23,1:3,1:4:0 chrY 13262996 . C G 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=-0.0291443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.917;QD=3.19935;RBI=0.0318294;REFB=-0.00650583;REVB=0.0127953;RO=61;SAF=7;SAR=4;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120674;STB=0.581059;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0540131;OID=.;OPOS=13262996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:4:7:44:17:4:7:44:17 chrY 13263010 . G A 64.26 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=-0.0240127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.812;QD=3.47345;RBI=0.0255587;REFB=-0.00828823;REVB=0.00875425;RO=62;SAF=8;SAR=4;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870517;STB=0.557803;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0647273;OID=.;OPOS=13263010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:4:8:45:17:4:8:45:17 chrY 13263066 . TA T 946.01 PASS AF=0.818182;AO=13;DP=89;FAO=72;FDP=88;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0112195;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.863;QD=43.0003;RBI=0.0371423;REFB=-0.0690271;REVB=0.0354073;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.52777;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=0.0154523;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:13:89:72:88:16:34:38:10:6:91:16:10:3:10:6 chrY 13263091 . G A 1045.33 PASS AF=0.819149;AO=76;DP=96;FAO=77;FDP=94;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00808188;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.276;QD=44.482;RBI=0.0351427;REFB=-0.050431;REVB=0.0342007;RO=17;SAF=28;SAR=48;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058288;STB=0.531819;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00729793;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:17:17:76:77:0.819149:48:28:9:8:49:28:9:8 chrY 13263103 . C A 74.72 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0045942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2553;QD=3.39649;RBI=0.0153948;REFB=-0.00555749;REVB=-0.0146933;RO=73;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129617;STB=0.590784;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0447838;OID=.;OPOS=13263103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:73:74:14:14:0.159091:7:7:29:44:7:7:29:45 chrY 13263115 . C T 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0223635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.632;QD=2.49577;RBI=0.0267222;REFB=-0.00675731;REVB=0.0146269;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377679;STB=0.502697;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0308624;OID=.;OPOS=13263115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:6:4:27:40:6:4:27:40 chrY 13263118 . G A 49.27 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.081388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.093;QD=2.69966;RBI=0.0825358;REFB=-0.00349798;REVB=-0.0137169;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016543;STB=0.517207;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0447613;OID=.;OPOS=13263118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:62:63:10:10:0.136986:6:4:24:38:6:4:24:39 chrY 13263175 . A G 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0769578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1729;QD=26.3111;RBI=0.0782371;REFB=-0.0539615;REVB=-0.0140904;RO=12;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032216;STB=0.51784;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0215305;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:18:2:1:11:18:2:1:11 chrY 13263194 . T A 129.57 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.738;QD=21.5941;RBI=0.0219597;REFB=-0.0174775;REVB=0.0219597;RO=10;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024466;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:10:10:13:14:0.583333:13:0:0:10:14:0:0:10 chrY 14969588 . TA T 33.51 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0838099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6712;QD=3.82958;RBI=0.152165;REFB=-0.0651816;REVB=0.127004;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209277;STB=0.666349;STBP=0.264;TYPE=del;VARB=0.15956;OID=.;OPOS=14969589;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:7:33:10:35:25:6:4:9:16:33:23:4:3:9:14 chrY 21152662 . CAA C 37.5 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0347065;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=40.432;QD=2.14268;RBI=0.0748733;REFB=0.00640155;REVB=0.0663435;RO=55;SAF=8;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13452;STB=0.599829;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=-0.0259133;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:12:69:12:70:58:8:4:32:26:37:55:8:4:31:24 chrY 21152701 . G T 617.55 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00132316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.378;QD=38.003;RBI=0.0122642;REFB=-0.00087488;REVB=-0.0121926;RO=14;SAF=32;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538376;STB=0.528914;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000328255;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:19:32:7:7:19:32:7:7 chrY 21152719 . T C 490.27 PASS AF=0.754386;AO=41;DP=56;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.02918;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.934;QD=34.4051;RBI=0.0292404;REFB=0.00100694;REVB=0.00187753;RO=15;SAF=25;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106294;STB=0.568628;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00017705;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:57:15:14:41:43:0.754386:16:25:6:9:16:27:5:9 chrY 21153581 . T A 590.02 PASS AF=0.56701;AO=51;DP=92;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000303573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.436;QD=24.3308;RBI=0.0294297;REFB=-0.00201286;REVB=0.0294282;RO=41;SAF=33;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745406;STB=0.540579;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00152632;OID=.;OPOS=21153581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:41:42:51:55:0.56701:18:33:23:18:20:35:23:19 chrY 21153609 . T C 1039.26 PASS AF=0.785047;AO=84;DP=107;FAO=84;FDP=107;FR=.;FRO=23;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.02041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2504;QD=38.851;RBI=0.0450678;REFB=-0.0192475;REVB=0.0401813;RO=22;SAF=49;SAR=35;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213053;STB=0.505617;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00809079;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:22:23:84:84:0.785047:35:49:14:8:35:49:14:9 chrY 21154426 . G A 62.17 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0120121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.841;QD=3.14802;RBI=0.0158465;REFB=-0.00448238;REVB=0.0103355;RO=66;SAF=9;SAR=3;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219233;STB=0.647219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.020361;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:66:67:12:12:0.151899:3:9:39:27:3:9:40:27 chrY 21154466 . T A 599.46 PASS AF=0.728571;AO=51;DP=70;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0345962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1367;QD=34.2549;RBI=0.0426081;REFB=-0.0197554;REVB=0.0248709;RO=17;SAF=29;SAR=22;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929677;STB=0.517492;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00526208;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:19:51:51:0.728571:22:29:10:7:22:29:12:7